.MsoNormal{margin-top:0cm;margin-bottom:0px}    海南省海口市美兰区人民法院   行政判决书   （2015）美行初字第51号   原告：海南荣德实业开发有限公司;住所地：海口市XXX。现办公地址：海口市XXX。   法定代表人：李兴，董事长。   委托代理人：黎卫国，该司职员。   委托代理人：陈承洲，海南银德律师事务所律师。   被告：海口市地方税务局；住所地：海口市XXX。   法定代表人：林川，局长。   委托代理人：林英，该局副局长。   委托代理人：李际康，海南外经律师事务所律师。   被告：海南省地方税务局；住所地：海口市XXX。   法定代表人：麦正华，局长。   委托代理人：石旋，该局工作人员。   委托代理人：李杰，该局工作人员。   原告海南荣德实业开发有限公司（以下简称荣德公司）不服被告海口市地方税务局(以下简称市地税局)作出的海口市地税清缴[2014]025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》及被告海南省地方税务局（以下简称省地税局）作出的琼地税复字[2015]12号《行政复议决定书》，于2015年7月8日向本院提起行政诉讼。本院同日立案受理后，于2015年7月21日、7月24日分别向被告市地税局、省地税局送达了起诉状副本及应诉通知书。本院依法组成合议庭，于2015年9月15日公开开庭审理了本案。原告委托代理人黎卫国、陈承洲，被告市地税局委托代理人林英、李际康及被告省地税局委托代理人石旋、李杰到庭参加诉讼。   2015年8月31日，本院依法组织原、被告进行庭前证据质证，原告委托代理人陈承洲、黎卫国，被告市地税局委托代理人李际康，被告省地税局委托代理人李杰到庭参加庭审质证。2015年12月28日，因案件审理所适用的法律规范较为复杂，在法定期限内无法审结本案，本院依法向海南省高级人民法院申请延长本案的审理期限，海南省高级人民法院作出（2015）琼行延复字第53号《批复》，批准了本院延长本案的审理期限。本案现已审理终结。   被告市地税局于2014年12月15日作出海口市地税清缴[2014]025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》。内容：为"你（单位）南方明珠项目清算应缴土地增值税56，325，787.70元，己缴土地增值税11，515，507.07元，应补缴土地增值税44，810，280.63元。限于2014年12月29日前到海口市地方税务局税务机关缴纳。如对本通知不服，应在税款入库后六十曰内依法向上一级税务机关申请行政复议"。   被告省地税局于2015年6月18日作出的地税复字[2015]12号《行政复议决定书》认为："一、'南方明珠'项目是否可以合并清算，确定增值额。该项目土地增值税清算工作始于2007年11月，应引用当时的税收政策，即《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）第一条第二款'开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额'的规定。二、以2005年6月1日作为分段时点，分段确定'南方明珠'项目的普通住宅和非普通住宅，是否符合规定。普通住宅和非普通住宅的认定在不同的时间段有不同的认定标准，故应根据不同的时间来确认适用标准，本案中申请人的销售行为正好跨越了两个属期，因此应当分段计算。三、土地增值税是否计算准确。被申请人已于2015年6月15日作出《海南省海口市地方税务局税务事项更正通知书》（海口市地税税二更【2015】001号）自行更正了数据错误，因此土地增值税计算有误的行为已经不存在"。据此认定被告市地税局"作出的行政行为事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当，根据《中华人民共和国行政复议法》第二十八条第一款第一项、《税务行政复议规则》第七十五条第一项的规定，决定维持被告市地税局作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》。如对本决定不服，可以自接到本决定之日起15日内向人民法院提起行政诉讼"。   原告荣德公司诉称：一、被诉的《行政复议决定书》认定的事实基本清楚，与原告的主张基本一致，但需要补充两点。   1、原告于2007年11月收到龙华分局土地增值税清算通知书后，于同年12月委托海南如虹税务师事务所进行土地增值税鉴证。但因架空层的计税问题没有明确的政策依据，该事务所经请示省、市两级地税局，一直没有得到答复，故清算报告一直无法出具。被告市地税局认为，其一直未收到关于"南方明珠"项目架空层计税问题的任何书面请示。对于该事实，即便其不承认，但关于架空层的计税问题，直到2012年12月，省地税局颁布《关于房地产开发中对会所架空层地下室（含人防）等设施成本扣除问题的批复》才有了明确的规定。这也进一步证明，当时（2007年底）对架空层计税方法是不明确的。这是不争的事实。也正是这个问题，致使事务所无法出具清算报告。   2、直到2009年7月，被告省地税局委托海南省审计厅组织专项检查和项目清算。为此，原告对"南方明珠"架空层问题采取了以租代售的方法，回避了土地增值税纳税清算问题，为"南方明珠"项目的纳税清算扫清法律障碍，清算工作得以完成。   二、被诉的《行政复议决定书》以及海口市地税清缴[2014]025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》，适用法律错误。   （一）南方明珠项目属于商住综合项目，原告有权选择普通住宅与其他商品房合并清算，确定增值额。   南方明珠项目包括住宅和非住宅的综合项目。《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字【1995】048号）"十三、关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题"的规定："对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。"这一规定既确定了普通住宅和非普通住宅"应分别核算"的原则，但又赋予了纳税人有选择"不分别核算"（即普通住宅和非普通住宅混合计算纳税）的权利。当然，纳税人选择混合计算的代价是：不能享受条例第八条（一）项规定的免税优惠，即"建造普通住宅出售，增值额未超过扣除项目金额百分之二十免征土地增值税"。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）第一条第二款规定："开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。"该通知与前述"048号通知"基本一致（即"对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额"），但并不明确否定"048号通知"关于"不分别核算增值额"的适用。   从法理上讲，"048号通知"系财政部和国家税务总局以"财税字"的文号发布的文件，层次应该比国家税务总局以"国税发"的文号发布的文件的效力高。国家税务总局的"187号通知"是不能否定财政部的关于"不分别核算增值额"的规定的（但可以对上位法律文件的内容作出具体的规定）。另外，该"187号通知"第八条规定："各省税务机关可依据本通知的规定并结合当地实际情况制定具体清算管理办法"。据此，省地税局根据前述文件规定，颁布《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税函【2007】356号）。该函"五、普通住宅的征免税问题"中进一步明确规定："纳税人开发的房地产项目，由多栋单体建筑组成，有的单体建筑属普通住宅，有的属其他商品房的，包括商住楼、综合楼等单体建筑中既有普通住宅，又有其他商品房的，应分别核算土地增值额计算土地增值税。不分别核算增值额的，其建造的普通住宅不得适用'建造普通住宅出售，增值额未超过扣除项目金额百分之二十免征土地增值税'规定"。   本案"南方明珠"项目的纳税清算是从2007年11月启动。原告委托的税务师事务所对"南方明珠"项目的土地增值税进行清算时，选择普通住宅和非普通住宅合并混合计算土地增值额。清算的根据就是上述琼地税函【2007】356号《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》。另外，省地税局于2008年9月23日发布《关于明确商住综合楼土地增值税清算问题的通知》（琼地税函【2008】305号）第二条第二款规定："普通住宅与其他商品房混合建设的，在土地增值税清算中是分开清算还是合并清算，由纳税人自行决定"。这一规定更明确了纳税人选择混合计算的权利。直到2009年6月省地税局颁布《关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发【2009】104号）第三条仍然规定："普通住宅的征免税问题纳税人开发的房地产项目，同时包含普通住宅和非普通住宅的，在申报土地增值税清算时，应按普通住宅与非普通住宅的面积分别计算增值额。未分别计算的，不得适用'建造普通住宅出售，增值额未超过扣除项目金额百分之二十免征土地增值税'的规定"。   虽然"104号通知"第五条确有"《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税函【2007】356）第一条、第五条和《海南省地方税务局关于明确商住综合楼土地增值税清算问题的通知》（琼地税函【2008】305）同时废止"的规定，但是，该通知的第三条仍然保留以前有关纳税人可以选择混合计算的规定，即："普通住宅的征免税问题纳税人开发的房地产项目，同时包含普通住宅和非普通住宅的，在申报土地增值税清算时，应按普通住宅与非普通住宅的面积分别计算增值额。未分别计算的，不得适用'建造普通住宅出售，增值额未超过扣除项目金额百分之二十免征土地增值税'的规定"。由此可见，该通知并没有取消了纳税人"自行决定"分开清算还是合并清算的选择权。被告市地税局在其出具的答辩状中称，2009年12月23日下发的《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税发【2009】187号）第二条明确了"分别计算普通住宅和非普通住宅增值税、增值率，征收土地增值税"。且该通知明确"本通知自发文之日起执行"。海南三正实业投资有限公司与市地税局税务行政管理纠纷一案，经省地税局行政复议和龙华区法院一审、海口市中级人民法院二审，均支持被告海口市地方税务局按普通住宅和非普通住宅分别计算增值税。但问题是，该案原告海南三正实业投资有限公司清算实际发生在2009年之后，而本案"南方明珠"项目早在2007年就申请清算，并选择了混合计算增值税。对此，两被告均无异议，且被诉的琼地税复字【2015】12号《行政复议决定书》亦认定，"南方明珠"项目土地增值税清算工作"始于2007年11月，应引用当时的税收政策"。即便以省审计厅组织清算的2009年7月起算，当时该通知尚未发布。因此，被告市地税局主张以琼地税发【2009】187号《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》作为"分别计算增值税"的根据，系错误的。   被诉的《行政复议决定书》既然已经认定，"南方明珠"项目土地增值税清算工作应适用当时（即2007年底）的税收政策。那当时有效的税收政策，不仅有《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）规定，还有《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字【1995】048号）、《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税函【2007】356号）、《海南省地方税务局关于明确商住综合楼土地增值税清算问题的通知》（琼地税函【2008】305号）以及《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发【2009】104号）。这些规定都赋予原告在"南方明珠"项目的纳税清算上有选择普通住宅与其他商品房合并清算的权利。被告无视原告提出的按照普通住宅和非普通住宅混合清算纳税的要求，坚持按照"分别计算增值额"的规定，清算"南方明珠"项目的土地增值税，适用法律错误。之所以到了2014年12月15日被告市地税局才作出海口市地税清结【2014】025号《土地增值税清算结论》，不是原告的过错。一方面，因架空层的计税问题没有明确的政策依据，如虹事务所无法出具清算报告。另一方面，第一次清算报告又被行政复议决定书撤销，重新进行了第二次清算。被告不能因客观原因和被告的原因而拖延清算的不利后果，完全由原告承担。   关于普通住宅和非普通住宅"混合计算"土地增值税规定的实质。首先，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第三条规定："土地增值税按照纳税人转让房地产所取得的增值额和本条例第七条规定的税率计算征收。"第七条规定："土地增值税实行四级超率累进税率：......"第八条规定："有下列情形之一的，免征土地增值税：（一）纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的......"土地增值税是对纳税人转让房地产所得增值额征税。为鼓励普通住宅的建设，国家对普通住宅的增值的部分给予一定的优惠（即"普通标准住宅出售的增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税"）。税务机关在征税时将普通住宅和非普通住宅分别计算纳税，目的是兑现国家给予纳税人减免纳税的优惠。因此，我们的结论是：第一，这项优惠政策，其实质也是国家赋予纳税人的一项权利。作为权利，纳税人应享有放弃权利的权利。第二，纳税人放弃权利，就是选择普通住宅和非普通住宅"不分别计算"，将销售普通住宅的增值额全部计算纳税，放弃享受国家对普通住宅给予纳税人的税收优惠。第三，税务机关坚持无条件的对普通住宅和非普通住宅"分别计算"纳税，表面上，是强迫纳税人"必须享受国家的税收优惠政策"，不得放弃。实质上，增加了纳税人的负担。这显然违背了《土地增值税暂行条例》及实施细则设立土地增值税减免纳税优惠规则的立法本意。因此，被告剥夺纳税人的选择权，是错误的。   （二）被告以2005年6月1日作为分段时点，分段确定"南方明珠"项目的普通住宅和非普通住宅清算纳税，没有法律根据。   2004年6月24日，省地税局《关于土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税发【2004】122号）第四条规定：关于普通标准住宅的确认标准问题。除高级公寓、别墅、度假村以外的住宅，其每平方米单位面积售价：海口、三亚地区，不超过4000元，其他市县，不超过2000元的，为普通标准住宅。到了2007年12月11日，省地税局颁布《关于明确土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税函【2007】356号）第六条规定：2005年6月1日后销售的房产，"普通住宅须同时符合以下3个条件：（一）住宅小区建筑容积率在1.0以上；（二）单套建筑面积在144平方米以下；（三）实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格的1.44倍。"由此可见，普通住宅的认定标准已经发生变化。因此，以2005年6月1日作为分段时点，划分普通住宅和非普通住宅，是有事实和法律根据的。对此，原告不持异议。但需要明确三个问题：   第一，关于土地增值税的清算单位问题。   《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）第一条"土地增值税的清算单位"中规定："土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。"据此，《土地增值税清算管理规程》（国税发【2009】91号）第十七条规定："清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算......"。涉案的"南方明珠"项目系一个独立单位、单期开发的房地产项目。该项目于2003年取得建设许可证，2005年变更建设许可证，获得海市规证建【2005】AE0115号《海口市建设工程临时规划许可证》。根据《土地增值税清算管理规程》（国税发【2009】91号）的规定，清算审核时，应以国家有关部门"审批、备案的项目为单位"进行清算。不能分期清算，划分两个属期。   第二，关于土地增值税征收方式。   《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第十条规定："纳税人应当自转让房地产合同签订之日起七日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。"这是一般的土地增值税纳税规定。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，"可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。"   根据实施细则第十六条的规定，《海南省地方税务局关于土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税发【2004】122号）第一条明确规定："对从事房地产开发的纳税人销（预）售未结算的房地产单位项目和竣工结算但未全部实现销售的房地产单位项目（经济适用住房、安居工程除外），采取预征和清算相结合的办法征收土地增值税。即以房地产项目销售收入（或预收帐款）为土地增值税的计税额，按月预征，待该项目竣工结算并全部实现销售后再进行清算，多退少补。"省地税局关于土地增值税预征率的公告：海口市、三亚市、陵水县房地产开发项目普通住宅预征率为3%；非普通住宅及非住宅类房产预征率为5%。原告开发的"南方明珠"项目显然不能按"转让房地产合同签订之日起七日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报"的方式申报纳税，而应当按"预征和清算相结合的办法征收土地增值税"。   第三，关于土地增值税的清算纳税的标准。   综上，原告开发建设的"南方明珠"项目是一个独立单位的，单期开发建设的房地产项目。采用"预征和清算"相结合的办法征收土地增值税，在项目具备清算条件的情况下进行清算纳税。被告省地税局认为，"普通住宅和非普通住宅的认定在不同的时间段有不同的认定标准，故应根据不同的时间来确认适用标准，本案中申请人的销售行为正好跨越了两个属期，因此应当分段计算。"被告省地税局的这一观点，没有提出任何法律根据。   首先，根据国家的政策和海南省地方税务局颁布《关于明确土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税函【2007】356号）的规定，2005年6月1日后销售的房产确定的普通住宅有了与之前确定的普通住宅的不同标准。但是，"南方明珠"是"采取预征和清算相结合的办法征收土地增值税"的项目。这样的"一个房地产项目跨越两个时间节点销售商品房的，应当分段计算土地增值税"没有明确的法律根据。既然没有明确的法律根据，本着"有利于纳税人的原则"，被告市地税局不应该分段对"南方明珠"项目进行清算。   其次，根据"预征和清算相结合的办法征收土地增值税"的规定，即以房地产项目销售收入（或预收帐款）为土地增值税的计税额，按月预征，待该项目竣工结算并全部实现销售后再进行清算，多退少补。"南方明珠"在具备清算条件进行清算时，清算的标准应当是当时（即2007年底）适用的普通住宅认定标准认定普通住宅。而2005年6月1日之前的普通住宅认定标准，根据新法优先的原则，已经不能适用。   再次，从国家确定2005年6月1日以后的普通住宅认定的新标准的背景看。2005年4月，国务院办公厅《转发建设部等部门关于做好稳定住房价格工作意见的通知》（国办发【2005】26号），要求"明确享受优惠政策普通住房标准，合理引导住房建设与消费"。确定了新的普通住宅的认定标准。国家税务总局财政部建设部颁布《关于加强房地产税收管理的通知》（国税发【2005】89号）进一步要求，"2005年5月31日以前，各地要根据国办发【2005】26号文件规定，公布本地区享受优惠政策的普通住房标准（以下简称普通住房）。"省地税局颁布《关于明确土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税函【2007】356号）以2005年6月1日作为新的普通住宅确认标准的适用时点，是正确的；但以该时点的"销售"行为作为分段认定普通住宅的根据，显然与上述文件精神不符。   综上，对于"南方明珠"这个从预售到竣工跨时较长的房地产项目，土地增值税先行预征预缴时使用什么方法计算，都只是过程，不应是结果，但在该项目全部竣工办理结算后，具备清算条件时，只能根据一个划分标准核定土地增值额，经清算后多退少补。因此，被告使用两个标准分段确定"南方明珠"项目的普通住宅和非普通住宅，分别核定土地增值额，没有明确的法律根据。   三、被诉通知书确认的应补缴的纳税额计算有误，应当重新作出纳税结论。   2014年12月15日被告作出海口市地税清结【2014】025号《土地增值税清算结论》，以及被诉的海口市地税清缴【2014】025-1号《土地增值税税款缴纳通知书》，确认"南方明珠"项目"清算应缴土地增值税56,325,787.70元，已缴土地增值税11,515,507.07元，应补缴44,810,280.63元。"决定中确认的原告"已缴"的土地增值税，没有把原告于2011年5月5日预征的土地增值税16800元（税票号：×××）计算在内，故结算原告应补缴的税款错误。在行政复议期间，被告海口市地方税务局于2015南月15日作出《税务事项更正通知书》（海口市地税税二更【2015】001号）自行更正了数据错误。被告省地税局认为，"土地增值税计算错误的行为已经不存在"。据此维持被告海口市地方税务局海口市地税清缴【2014】025-1号《土地增值税税款缴纳通知书》。   该行政复议决定适用法律错误。因为被申请行政复议的纳税通知书和更正通知书系两个不同的具体行政行为，纳税通知书的错误不属于笔误，而是计算纳税数额上的错误，属于具体行政行为是实质错误、根本性错误，应予撤销重做，并通知原告。一方面确认并更正纳税通知书的错误，另一方面又维持错误的纳税通知书，自相矛盾。   原告就提起的诉讼提供如下证据：   证据1、《海南省地方税务局行政复议决定书》（琼地税复决字【2015】12号），证明被告省地税局作出被诉行政复议的事实。   证据2、《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税请教【2014】025-1号），证明市地税局送达清算结果，确定"南方明珠"项目清算应缴土地增值税56，325，787.70元，已缴11，515，507.07元，应补缴土地增值税44，810，280.63元，限于2014年12月29日前缴纳的事实。   证据3、《土地增值税清算核准表》，证明被告市地税局计算"南方明珠"项目土地增值税的清算结论的事实。   证据4、《海口市建设工程临时规划许可证》（海市规证建【2005】AE0115号），证明"南方明珠"项目属于一个独立单位的建设房地产项目。   证据5、《关于房地产开发中对会所架空层地下室（含人防）等设施成本扣除问题的批复》，证明被告省地税局颁布关于架空层计税的规定。   证据6、《税务事项更正通知书》（海口市地税税二更【2015】001号），证明市地税局更正纳税标的额的事实。   被告市地税局辩称，一、基本情况。原告的"南方明珠"项目位于海口市碧海大道39号，项目占地166,157.46平方米；2005年9月15日取得《海口市建设工程规划临时许可证》批准建设32栋公寓楼、26栋别墅、2栋休闲广场、1栋购物中心、1栋幼儿园，分别于2006年8月8日和2008年5月19日取得竣工验收备案，2007年11月30日取得面积测绘报告，实测建筑总面积184,890.86平方米，可售面积181，203.91平方米，（普通住宅127,932.67平方米、非普通住宅53,271.24平方米），容积率：1.02,截止2013年10月，申报销售收入：582,137,733.30元，已售面积175,006.65平方米，销售比例96.58%。   二、土地增值税清算情况。   （一）2011年10月第一次清算情况。2007年10月22日市地税局龙华分局向原告送达土地增值税清算通知书，通知原告办理土地增值税清算手续。2007年12月15日原告委托海南如虹税务师事务所对"南方明珠"项目进行土地增值税清算鉴证事宜，但一直未出具相应鉴证报告。2009年7月6日省局委托省审计厅对原告"南方明珠"项目进行土地增值税专项检查，2011年4月20日省审计厅出具关于原告"南方明珠"项目土地增值税专项检查结果的函（琼审函【2011】67号），该函附件二为原告2009年9月11日填报的《企业土地增值税清算申报表》，该表中原告未按普通住宅与非普通住宅分别计算增值额、增值率进行申报。我局于2011年10月17日对原告"南方明珠"项目出具清算审核结论。原告于2011年10月28日缴纳税款，2011年12月27日申请行政复议，2012年9月25日省地税局作出《行政复议决定书》（琼地税复决字【2011】7号），认为我局对原告所作的《关于南方明珠项目土地增值税清算结果的通知》、《土地增值税清算税款通知书》（海口市地税清缴【2011】31-1号）及《海口市地方税务局限期纳税通知书》（海口市地税清缴【2011】31-2号）的行政行为，存在土地增值税清算成本认定不清，证据不足问题，决定撤销该具体行政行为并责令我局重新做出"南方明珠"项目土地增值税清算结论。   （二）2014年12月第二次清算情况。2012年10月10日原告向我局纳税评估局提交《关于申请南方明珠项目土地增值税清算暂缓的函》，该函称："申请于缴完增容费后再进行重新清算"。2014年4月17日原告向我局纳税评估分局提交《关于"南方明珠"项目土地增值税开始清算的申请》，该申请称："由于项目当时涉及土地增容费的问题，因此迟迟未重新清算，现此问题已解决"，望我局"重新启动南方明珠土地增值税清算工作"。2014年10月24日原告以与我局在南方明珠项目土地增值税清算方法上存在法律适用的重大分歧为由再次申请暂缓"南方明珠"项目土地增值税的清算进程。   依据省局《行政复议决定书》（琼地税复决字【2011】7号），同时根据原告将后期（至2013年10月9日止）的销售收入161,498,964.00元并入一起清算的申请，我局重新对原告作出"南方明珠"项目土地增值税清算。对销售给省建行498套房屋收入，根据省局《行政复议决定书》的意见，不进行调整；对原告支付给施工方海南仕拓土石方工程有限公司回填土工程款，鉴于该项前期工程费用为实际发生的费用，企业已补缴完代开发票时应缴未缴税款，根据省局《行政复议决定书》的意见，该项费用计入项目成本；对该项目中普通住宅与非普通住宅应分开进行土地增值税清算。2014年12月15日我局做出《土地增值税清算结论》（海口市地税清结【2014】025号）：截止2013年10月9日，企业申报销售收入582,137,733.30元，审定的普通住宅销售收入为295,893,681.30元，扣除项目合计335,254,535.52元，增值额为-39,360,854.22元，增值率为-12%，免征土地增值税；非普通住宅销售收入为286,244,052.00元，扣除项目合计133,532,674.31元，增值额为152,711,377.69元，增值额与扣除项目金额之比为114%，适用税率50%，速算扣除系数15%，应缴纳土地增值税56,325,787.70元，已缴11,515,507.07元，应补缴44,810,280.63元。   三、原告在起诉书中请求撤销我局作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴【2014】025-1号）的理由不成立。   （一）南方明珠项目属于商住综合项目，根据相关税收规范性文件，该项目的普通住宅与非普通住宅应当分别计算增值额进行土地增值税清算，原告主张其"有权选择普通住宅与其他商品房合并清算，确定增值额"的理由不成立。   原告根据《海南省地方税务局关于明确商住综合楼土地增值税清算问题的通知》（琼地税函【2008】305号）中的"普通住宅与其他商品房混合建设的，在土地增值税清算中是分开清算还是合并清算，由纳税人自行决定"规定，认为其享有自主选择分开还是合并清算的权利，同时原告还依据《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字【1995】048号）、《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发【2009】104号）第三条规定"纳税人开发的房地产项目，同时包含普通住宅和非普通住宅的，在申报土地增值税清算时，应按普通住宅与非普通住宅的面积分别计算增值额。未分别计算的，不得适用'建造普通住宅出售，增值额未超过扣除项目金额百分之二十免征土地增值税'的规定"，认为其自愿放弃享受免征20%的优惠政策，即有选择在清算中是分开清算还是合并计算的权利。   我局认为，原告所持的上述观点是对相关税收规范性文件的错误理解，《海南省地方税务局关于明确商住综合楼土地增值税清算问题的通知》（琼地税函【2008】305号）已被省局2009年6月29日印发的《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》(琼地税发【2009】104号)中的第五条废止，即取消了纳税人"自行决定"分开清算还是合并清算的选择权。同时根据2006年12月28日下发的《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）第一条第二款"开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额"，2009年5月12日下发的《国家税务总局关于印发》（国税发【2009】91号）第十七条"清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税"，2009年12月23日下发的《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税发【2009】187号）第二条"对同一清算单位的房地产项目中同时包含普通住房和非普通住房的，应该分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率，征收土地增值税。纳税人在申报土地增值税清算时，未分别计算普通住房和非普通住房增值额、增值率的，税务机关审核时，应分别计算普通住房和非普通住房增值额、增值率，征收土地增值税。普通住房的增值额未超过扣除项目金额百分之二十的，免征土地增值税"和第六条"本通知自发文之日起执行"的规定，自2009年12月23日起，无论纳税人在申报土地增值税清算时是否分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率计算土地增值税，税务机关审核时，应分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率，征收土地增值税，不再执行琼地税发【2009】104号文第三条规定。   同时，在《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干问题的复函》（琼地税函【2010】429号）中，该函第三条也明确指出："根据《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税发【2009】187号）第二条及第六条的规定，截止2009年12月23日未作清算结论或其他税务处理的房地产项目，若该房地产项目同时包含普通住房和非普通住房的，应分别计算房地产开发项目的普通住宅和非普通住宅的增值额、增值率，征收土地增值税。"   我局依据上述有效的规范性文件对原告"南方明珠"项目中的普通住宅与非普通住宅分别计算增值额进行土地增值税清算，不存在错误。原告不仅错误地理解文件而且将已经过期、废止的规范性文件为依据，要求我局将普通住宅和非普通住宅合并清算的做法不合理。   另外，我局2012年与海南三正实业投资有限公司税务行政管理纠纷一案中也涉及到普通住宅与非普通住宅分别计算征收土地增值税的争议问题，海口市龙华区人民法院行政判决书（【2012】龙行初字第73号）和海口市中级人民法院行政判决书（【2012】海中法行终字第85号）均支持了我局对土地增值税清算审核中按普通住宅和非普通住宅分别计算增值额、增值率计算土地增值税的做法。   （二）原告提出的"我局以2005年6月1日作为分段时点，分段确定'南方明珠'项目的普通住宅和非普通住宅清算纳税，没有法律根据"的观点不成立。   1、以2005年6月1日作为分段点，划分普通住宅和非普通住宅具有法律依据。   《海南省地方税务局关于土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税发【2004】122号）、《海南省地方税务局海南省财政厅海南省建设厅转发国家税务总局财政部建设部关于加强房地产税收管理的通知》（琼地税发【2005】77号）和《海南省地方税务局关于普通住宅执行标准有关问题的通知》（琼地税发【2009】9号）等文件规定：2005年6月1日以前销售的房产，除高级公寓、别墅、度假村以外的住宅，其每平方米单位面积售价，海口、三亚地区，不超过4000元，其他市县，不超过2000元的，为普通标准住宅；2005年6月1日以后销售的房产，住宅小区建筑容积率为1.0以上，单套建筑面积在144平方米以下的为普通标准住宅。我局根据上述税收规范性文件规定，按不同销售时期的普通住宅与非普通住宅的划分标准确认"南方明珠"项目中的普通住宅和非普通住宅进行整体清算并无不当。   2、以房产销售时的普通住宅认定标准确认清算项目中的普通住宅和非普通住宅，据以计算土地增值额和土地增值税税具有法律依据。   根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）第十条"纳税人应当自转让房地产合同签订之日起七日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税"，《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字【1995】6号）第十六条"纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补"，《海南省财政厅海南省地方税务局转发财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（琼财税【2006】1123号）"五、关于土地增值税的纳税义务发生时间问题。纳税人转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物，应在收讫转让收入款项或者取得索取转让收入款项凭据后的10日内申报缴纳或预缴土地增值税"和《海南省地方税务局关于调整土地使用税房产税等税种纳税申报期限的通知》（琼地税发【2009】54号）第三条"土地增值税（预征）的纳税申报期限为每月15日内"的规定，土地增值税的纳税义务发生时间为纳税人收讫房地产转让收入款项或取得索取房地产转让收入款项凭据的当天，因此原告销售"南方明珠"项目房产的土地增值税纳税义务发生时间为原告收讫房地产转让款或取得索取房地产转让收入款项凭据的当天。由于原告在"南方明珠"项目竣工验收前已经开始陆续销售，当时该项目房产建造成本没有确定，无法据实计算征收土地增值税，因此采取预征土地增值税的形式，待项目全部竣工、办理结算后再进行清算。因此清算时，按原告销售"南方明珠"项目房产土地增值税纳税义务发生时的税收规范性文件所规定的普通住宅和非普通住宅标准确认该项目房产是属于普通住宅还是非普通住宅，计算征收土地增值税是符合法律规定的。另外，对"南方明珠"项目购房者来说，我局也是按照其签订购房合同时的税收规范性文件规定的普通住宅和非普通住宅标准，确定其所购买的房产是属于普通住宅还是非普通住宅而适用相应的契税征免政策计算征收契税。因此，我局按照相关税收政策的规定以2006年6月1日作为分段时点分别适用相关标准确定"南方明珠"项目的普通住宅和非普通住宅，分别计算土地增值额并无不妥，原告认为"只能根据一个划分标准核定土地增值额"的观点不成立。   （三）原告认为我局做出的通知书确认的应补缴的纳税额计算有误，要求重新作出决定的理由不成立。   我局于2014年12月15日作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴【2014】025-1号）中的已缴土地增值税税款11,515,507.07元存在着计算遗漏的情况，少计算原告于2011年5月5日预缴的土地增值税款16,800.00元。市地税局纳税评估局已于2014年12月18日向该公司的主管地税机关市地税局第一分局发出特别说明："由于计算遗漏，未将该公司于2011年5月5日预征的土地增值税16,800元（税票号：×××）进行抵缴，请在该公司补缴清算的土地增值税44,810,280.63元时，允许抵缴"。同时，原告本次申请复议时提供的纳税担保税款，我局也以应补缴土地增值税44,810,280.63元扣除2011年5月5日缴纳的16,800.00元及2014年12月26日缴纳的税款13,983,200.00元后仍欠缴的土地增值税税款30,810,280.63元作为担保税款金额。   故，上述计算错误我局已经自行纠正并得到原告的确认，已不存在原告认为的我局对其"南方明珠"项目应补缴土地增值税额计算有误的问题。2015年4月16日，原告对我局2014年12月15日作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴[2014]025-1号）的具体行政行为不服，提起行政复议。海南省地方税务局依法受理并作出了《行政复议决定书》（琼地税复决字[2015]12号），维持了我局的具体行政行为。   综上所述，我局做出的土地增值税清算税款缴纳通知书事实清楚，依据充分，原告请求撤销"南方明珠"项目土地增值税清算税款缴纳通知书的理由不成立，请依法予以维持。   被告市地税局就其辩驳主张，提供如下证据及依据：   第一部分：事实证据，主要证明作出的具体行政行为事实清楚、证据充分、程序合法。   证据1、2011年10月9日《海南省地方税务局关于对海南荣德实业开发有限公司"南方明珠"项目出具清算审核结论的通知》（琼地税函【2011】474号）；证明：当时是在2011年7月9日地税局第一次对原告进行清算的时间和工作的过程。   证据2、2011年4月20日《海南省审计厅关于海南荣德实业开发有限公司"南方明珠"项目土地增值税专项检查结果的函》（琼审函【2011】67号）；证明：1、曾在2007年的时候我们就有给原告下过土地增值税的清算，因原告未拿出清算报告，所以就委托审计厅对原告进行了专项检查。   证据3、2012年9月25日《海南省地方税务局行政复议决定书》（琼地税复决字【2011】7号）；证明原告曾对第一次的审计厅的审计结论和地税局作出的纳税通知书作出了行政复议，然后省地税局认为市地税局的纳税通知依据不足，给予了撤销。   证据4、2012年10月10日，荣德实业公司《关于申请南方明珠项目土地增值税清算暂缓的函》；   证据5、2014年1月2日，荣德实业公司《关于申请南方明珠项目土地增值税清算的函》；   证据6、2014年4月17日，荣德实业公司《关于"南方明珠"项目土地增值税重新开始清算的申请》；   证据7、2014年10月24日，荣德实业公司《关于暂缓"南方明珠项目土增税"清算进程的申请》；   证据8、2014年12月15日《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴【2014】025-1号）；   证据9、2014年12月15日《海口市地方税务局土地增值税清算结论》（海口市地税清结【2014】025号），证明原告对行政行为不服的一个文件。   证据10、2014年12月18日，市地税局纳税评估局向市地税局第一分局发出的关于荣德实业公司在补缴清算土地增值税时，允许抵缴16,800.00元土地增值税款的书面意见；   证据11、2015年6月16日《海口市地方税务局税务事项更正通知书》（海口市地税税二更【2015】001号）；   证据12、2015年2月12日《海南省海口市地方税务局纳税担保书》、《海南荣德实业开发有限公司担保土地增值税税款及滞纳金计算明细表》；   证据13、2015年6月18日《海南省地方税务局行政复议决定书》（琼地税复决字【2015】12号）；   证据14、【2012】海中法行终字第85号《行政判决书》；   证据15、【2012】龙行初字第73号《行政判决书》。   第二部分：法律依据，主要证明被告作出的具体行政行为合法。   1、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（1993年12月13日国务院令第138号）；   2、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（1995年1月27日财法字【1995】6号）；   3、《海南省地方税务局关于他的增值税若干政策问题的通知》（琼地税发【2004】122号）；   4、《国务院办公厅转发建设部等部门关于做好稳定住房价格工作意见的通知》（国办发【2005】26号）；   5、《国家税务总局财政部建设部关于加强房地产税收管理的通知》（国税发【2005】89号）；   6、《海南省地方税务局海南省财政厅海南省建设厅转发国家税务总局财政部建设部关于加强房地产税收管理的通知》（琼地税发【2005】77号）；   7、《财政部国家税务总局关于土地增值税普通标准住宅有关政策的通知》（财税【2006】141号）；   8、《国家税务总局关于房产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）；   9、《海南省地方税务局关于土地增值税普通标准住宅新旧政策衔接问题的通知》（琼地税函【2006】346号）；   10、《海南省人民政府关于促进房地产业持续稳定健康发展的意见》（琼府【2008】74号）；   11、《海南省地方税务局关于普通住宅执行标准有关问题的通知》（琼地税发【2009】9号）；   12、《关于印发的通知》（国税发【2009】91号）；   13、《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发【2009】104号）；   14、《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税发【2009】187号）；   15、《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干问题的复函》（琼地税函【2010】429号）。   被告省地税局辩称，一、我局对原告提起的行政复议案件进行的审理程序合法。   2015年4月22日我局收到了原告提交的行政复议申请书及资料目录，复议事项为原告对海口市地方税务局2014年12月15日作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴【2014】025-1号）中的补缴土地增值税不服。根据《行政复议法》第十七条及《税收征收管理法》第八十八条第一款的规定，经过审查，我局于2015年4月27日作出了《海南省受理行政复议申请通知书》（琼地税复受字【2015】12号），同时，向被申请人海口市地方税务局作出了《海南省地方税务局行政复议答复通知书》（琼地税复答字【2015】12号）。海口市地方税务局于2015年5月7日在法定时间内进行了答辩。   在复议案件审理过程中，针对原告提出的三个异议即"南方明珠"项目是否可以合并清算、以2005年6月1日作为分段时点，确定"南方明珠"项目普通和非普通住宅是否有依据和《土地增值税清算税款缴纳通知书》是否计算有误等问题，我局采取书面审查为主，经过对双方当事人提交的证据材料进行审理后，我局认为海口市地方税务局作出补缴土地增值税的处理决定，认定事实清楚，证据充分，适用法律正确，根据《行政复议法》第二十八条第一款第一项、《税务行政复议规则》（国家税务总局令第21号）第七十五条第一项的规定，于2015年6月18日作出《海南省地方税务局行政复议决定书》（琼地税复决字【2015】12号），维持了海口市地方税务局作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴【2014】025-1号）行政行为。   二、海口市地方税务局作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴【2014】025-1号）认定的事实清楚，法律依据充分，程序合法。   （一）关于"南方明珠"项目普通住宅与非普通住宅是否应当分别计算增值额进行土地增值税清算的问题   根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）第一条第二款"开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额"、《国家税务总局关于印发》（国税发【2009】91号）第十七条"清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税"和《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税发【2009】187号）第二条"对同一清算单位的房地产项目中同时包含普通住房和非普通住房的，应该分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率，征收土地增值税。纳税人在申报土地增值税清算时，未分别计算普通住房和非普通住房增值额、增值率的，税务机关审核时，应分别计算普通住房和非普通住房增值额、增值率，征收土地增值税。普通住房的增值额未超过扣除项目金额百分之二十的，免征土地增值税"等文件的规定，房地产开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，都应分别计算增值额。   原告认为根据《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字【1995】048号）和《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发【2009】104号）第三条的规定，其自愿放弃享受免征20%的优惠政策，即有选择在清算中对普通住宅和非普通住宅分开清算还是合并清算的权利，只是对相关税收规范性文件的错误理解。   （二）关于以2005年6月1日作为分段时点，分段确定"南方明珠"项目的普通住宅和非普通住宅清算纳税的问题   根据《海南省地方税务局关于土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税发【2004】122号）第四条、《海南省地方税务局海南省财政厅海南省建设厅转发国家税务总局财政部建设部关于加强房地产税收管理的通知》（琼地税发【2005】77号）和《海南省地方税务局关于普通住宅执行标准有关问题的通知》（琼地税发【2009】9号）等文件规定：2005年6月1日以前销售的房产，除高级公寓、别墅、度假村以外的住宅，其每平方米单位面积售价，海口、三亚地区，不超过4000元，其他市县，不超过2000元的，为普通标准住宅；2005年6月1日以后销售的房产，同时满足两个条件，即住宅小区建筑容积率为1.0以上和单套建筑面积在144平方米以下的为普通标准住宅。   因此，普通住宅和非普通住宅的认定在不同的时间段有不同的认定标准，故应根据不同的时间来确认适用标准，被答辩人的销售行为正好跨越了两个属期，因此应当以不同的标准来确认。   （三）关于《土地增值税清算税款缴纳通知书》确认的应补缴纳税额计算有误，应当重新作出纳税结论问题   在该案件行政复议审理期间，海口市地方税务局于2015年6月15日作出《海南省海口市地方税务局税务事项更正通知书》（海口市地税税二更【2015】001号）自行纠正了数据错误并得到被答辩人的确认，所以已不存在被答辩人认为的计算有误问题。   综上所述，一是我局对原告提起的行政复议案件进行的审理程序合法。二是海口市地方税务局作出的《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴〔2014〕025-1号）应补缴土地增值税的处理决定，认定事实清楚，证据充分，适用法律正确，请求法院予以维持。   被告省地税局就其辩驳主张，提供如下证据：   证据1、海南荣德实业开发有限公司行政申请书及相关材料；   证据2、海南省地方税务局受理行政复议申请通知书（琼地税复受字【2015】12号）；   证据3、海南省地方税务局行政复议文书送达回证（琼地税复受字【2015】12号）；   证据1-3证明：答辩人在法定时间内依法受理了海南荣德实业开发有限公司行政复议案件。   证据4、海南省地方税务局行政复议答辩通知书（琼地税复答字【2015】12号）；   证据5、海南省地方税务局行政复议文书送达回证（琼地税复答字【2015】12号）；   证据6、海口市地方税务局行政复议答复书及证据依据；   证据4-6证明海口市地方税务局在法定时间内提交了书面答复和作出具体行政行为的的证据、依据。   证据7、海南省海口市地方税务局税务事项更正通知书（海口市地税税二更【2015】001号）；   证据8、海南省海口市地方税务局税务文书送达回证（海口市地税税二更【2015】001号）；   证据7-8证明：在该案件行政复议审理期间，海口市地方税务局已自行纠正了数据错误并得到被答辩人的确认。   证据9、海南省地方税务局行政复议决定书（琼地税复决字【2015】12号）；   证据10、海南省地方税务局行政复议文书送达回执（琼地税复决字【2015】12号）；   证据9-10证明:答辩人在法定期限内对案件进行审理并作出处理决定书。   以上证据证明答辩人在收到被答辩人行政复议申请后到案件作出处理决定，整个复议案件的审理过程程序合法。   经本院庭前组织证据质证，原、被告对对方提供的证据，除被告对原告提供的证据6及原告对被告市地税局提供的第一部分事实证据中的证据1、2、3、8、9的证明内容有异议外，原、被告对证据的真实性、合法性均予以确认。   经庭审质证，原、被告庭审质证中有异议的证据，发表如下质证意见：   一、对原告提供的证据6，被告发表质证意见如下：   1、被告市地税局对该证据的关联性有异议，认为与本案没有直接关系。   2、被告省地税局认为该证据是对某一特定项目下达的通知，并不是对全省普遍性问题进行的一个解释，这个批复和原告所述的架空层问题的解决没有关系。在2006年国家税务局（2006）187号文已经有了相关的规定，并不是原告所说的架空层问题一直没有得到解决。   原告对两被告的质证意见辩驳称：2006年国家有一个原则性的规定，但是这个原则性的规定在房地产项目中不能完全适用，正因为不能完全适用，被告省地税局才向其下属单位稽查局作出了批复，而不是说2006年的规定就能够解决所有架空层的技术问题，包括本案涉及的架空层计税问题。2007年龙华税务局通知让我们进行清算，后我方委托了税务师事务所进行税务清算，但是税务师事务所也不知怎么处理架空层的计税问题，税务师事务所也多次口头上分别向市局、省局汇报，但是没有得到明确的答复，所以一直到2009年都没能完成清算。   二、对被告市地税局提供的证据，原告，被告省地税局发表质证意见如下：   1、原告的质证意见是：对上述证据证明内容及事实予以确认。但这个项目由审计厅进行审计是因为被告的原因而不是因为原告的原因引起的。   2、被告省地税局补充意见是：之所以委托审计厅审计，目的是提高土地增值税的清算质量。   本院对上述证据认证意见如下：向本院提供的以上证据，原、被告双方对其真实性均认可，本院确认以上证据具有证据效力，可以作为认定本案事实的证据。   经审理查明，原告的"南方明珠"项目位于海口市碧海大道39号，项目占地166,157.46平方米；2005年9月15日取得《海口市建设工程规划临时许可证》批准建设32栋公寓楼、26栋别墅、2栋休闲广场、1栋购物中心、1栋幼儿园；并分别于2006年8月8日和2008年5月19日取得竣工验收备案；2007年11月30日取得面积测绘报告，实测建筑总面积184,890.86平方米，可售面积181，203.91平方米，（普通住宅127,932.67平方米、非普通住宅53,271.24平方米），容积率：1.02；截止2013年10月，申报销售收入：582,137,733.30元，已售面积175,006.65平方米，销售比例96.58%。   2007年10月22日，海口市地税局龙华分局向原告送达《土地增值税清算通知书》，通知原告办理土地增值税清算手续。后原告委托海南如虹税务师事务所对"南方明珠"项目进行土地增值税清算鉴证事宜，但一直未出具相应鉴证报告。   2009年7月6日被告省地税局委托海南省审计厅（以下简称省审计厅）对原告"南方明珠"项目进行土地增值税专项检查。省审计厅依据原告提供的《销售收入调整表》、《项目开发成本调整表》、《土地增值税扣除项目表》、《土地增值税计算表》及《鉴证报告》（截止2009年9月份）进行专项检查。2011年4月20日省审计厅出具琼审函【2011】67号《关于原告"南方明珠"项目土地增值税专项检查结果的函》及附件一《关于海南荣德实业开发有限公司"南方明珠"项目土地增值税专项检查结果报告》和附件二《企业土地增值税清算申报表》。该函第四部分"其他事项说明"之"关于普通住宅与非普通住宅划分说明"："根据海南省地方税务局琼地税发【2004】122号、琼地税发【2005】77号和琼地税发【2009】等文件的规定，2005年6月1日以前销售的房产、除高级公寓、别墅、度假村以外的住宅，其每平方米单位面积售价，海口、三亚地区，不超过4000元，其他市县，不超过2000元的，为普通住宅；2005年6月1日以后销售的房产，住宅小区建筑容积率在1.0以上，单套建筑面积在144平方米以下的为普通住宅。本次清算按上述标准划分普通住宅和非普通住宅"。   2011年10月9日，被告省地税局作出琼地税函【2011】474号《关于对海南荣德实业开发有限公司"南方明珠"项目出具清算审核结论的通知》，要求被告市地税局根据省审计厅出具的清算审核结果，"按照海南省地方税务局转发《国家税务总局关于印发土地增值税清算管理规程的通知》（琼地税发【2009】102号）的有关规定，对海南荣德实业开发有限公司出具相关的清算审核结论及缴纳税款通知书"。2011年10月17日，被告市地税局对原告作出《关于南方明珠项目土地增值税清算结果的通知》、《土地增值税清算税款通知书》（海口市地税清缴【2011】31-1号）及《海口市地方税务局限期纳税通知书》（海口市地税清缴【2011】31-2号），限原告于2011年10月30日前缴清税款。原告于2011年10月28日缴纳了税款。   2011年12月27日，原告认为被告市地税局的以上通知认定1、项目销售收入有误；2、应缴的土地增值税税额有误，不应分普通住宅和非普通住宅清算；3、营业税及附加计算有误。后向被告省地税局申请行政复议，请求撤销被告市地税局作出的以上通知及退还其项目所缴的土地增值税11,515,507.07元、营业税及附加1,061,719.34元。被告省地税局受理后，经审查于2012年9月25日作出琼地税复决字[2011]7号《行政复议决定书》，认定被告市地税局对原告作出的上述通知，存在土地增值税清算成本认定不清，证据不足的问题，撤销了被告市地税局的以上行政行为，并责令其重新做出清算结论。   2012年10月10日原告向被告市地税局纳税评估局提交《关于申请南方明珠项目土地增值税清算暂缓的函》，申请将2009年9月30日后销售的收入一并做土地增值税清算，另"申请于缴完增容费后再进行重新清算"。2014年1月2日，原告向被告市地税局申请"南方明珠"项目重新作出土地增值税清算结论及申请函复企业应如何补缴应缴而未缴税款的问题，并要求"将清算截止日定为2013年10月30日"。2014年4月17日，原告又向市地税局纳税评估分局提交《关于"南方明珠"项目土地增值税开始清算的申请》，提出"由于项目当时涉及土地增容费的问题，因此迟迟未重新清算，现此问题已解决"，要求"重新启动南方明珠土地增值税清算工作"，清算截至2013年10月30日。2014年10月24日原告以与被告市地税局"在南方明珠项目土地增值税清算方法上存在基础性法律条文如何适用的重大分歧"，"已于今日上报海南省地税局请求法律解释"为由，又向市地税局纳税评估分局申请暂缓"南方明珠"项目土地增值税的清算进程。   2014年12月15日，被告市地税局作出海口市地税清结【2014】025号《土地增值税清算结论》和海口市地税清结【2014】025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》。《土地增值税清算结论》第三、四项基本内容为："三、销售收入确认。截止2013年10月9日，申报销售收入：582，137，733.30元，根据《海南省地方税局关于土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税发【2004】122号）、《海南省地方税务局、海南省财政厅、海南省建设厅转发(国家税务总局、财政部、建设部关于加强房地产税收管理>的通知》(琼地税发【2005】77号），及《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》(琼地税函【2007】356号）、《海南省地方税务局关于普通住宅执行标准有关问题的通知》(琼地税发【2009】9号）、《海南省人民政府关于促进房地产业持续稳定健康发展的意见》(琼府【2008)】74号）等文件的规定，2005年5月31曰以前销售的房产，除高级公寓、别墅、度假村以外的住宅，其每平方单位面积售价，海口、三亚地区，不超过4000元，其他市县，不超过2000元的，为普通标准住宅；2005年6月1日以后销售的房产，住宅小区建筑容积率在1.0以上，单套建筑面积在144平方米以下的为普通标准住宅。审定的普通住宅销售收入为295,893,681.30元、非普通住宅销售收入为286，244，052.00元......。四、应补缴税款情况。1、普通住宅：本项目普通住宅销售收入259,893,681,30元，扣除项目合计335,254,535.52元，增值额为-39,360,854.22元，增值率：-12%。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令【1993】第138号）第八条第一款，免征土地增值税。2．非普通住宅：本项目非普通住宅销售收入286，244，052,00元，扣除项目合计133，532，674.31元，增值额为152，711，377.69元，增值额与扣除项目金额之比为114%，适用税率50%，速算扣除系数15%，应缴纳土地增值税56，325，787.70元，已缴11，515，507.07元，应补缴44，810，280.63元"。   通知书要求原告应于2014年12月29日前补缴土地增值税。对此，原告认为被告市地税局清算结论中确认"已缴"的增值税额计算有误，应补缴的税额未将原告于2011年5月5日预征的土地增值税16800元（税票号：×××）计算在内。故以《土地增值税清算税款缴纳通知书》要求其补缴土地增值税的行政行为，与事实不符，存在重大瑕疵为由，于2015年4月16日向被告省地税局提出行政复议申请，请求撤销被告市地税局在作出的海口市地税清结【2014】025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》。   2015年4月27日被告省地税局受理原告的复议申请，并向被告市地税局送达了《行政复议答复通知书》。2015年6月18日，被告省地税局作出琼地税复决字【2015】12号《行政复议决定书》，认为被告市地税局作出的行政行为事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当，决定维持其作出的海口市地税清结【2014】025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》。并告知原告"如对本决定不服，可以自接到本决定之日起15日内向人民法院提起行政诉讼"。2015年6月24日，原告签收该决定书后认为被告省地税局认定的部分事实不清，海口市地税清结【2014】025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》适用法律错误，确认的应补缴的纳税额计算有误，遂提起行政诉讼。   另查明，2014年12月18日，海口市地税评估局函告海口市地税第一分局，告知"由于计算遗漏，未将该公司于2011年5月5日预征的土地增值税16800元（税票号：×××），进行抵扣，请在该公司补缴清算的土地增值税44，810，280.63元时，允许抵缴"。2015年6月15日，被告市地税局作出海口市地税税二更【2015】001号《税务事项更正通知书》，告知原告海口市地税清结【2014】025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》及海口市地税清结[2014]025号《土地增值税清算结论》数据有误，予以更正。通知书更正内容如下：一、《土地增值税清算税款缴纳通知书》（海口市地税清缴【2014】025-1号）中的"已缴土地增值税11，515，507.07元，应补缴土地增值税44，810，280.63元"有误，改为"已缴土地增值税11，532，307.07元，应补缴土地增值税44，793，480.63元"。二、《海口市地方税务局土地增值税清算结论》（海口市地税清结【2014】025号）第5页第7行中"已缴11，515，507.07元，应补缴44，810，280.63元"有误，改为"已缴11，532，307.07元，应补缴44，793，480.63元"。并于2015年6月16日向原告予以送达。   再查明，2012年12月29日，被告省地税局函复海南省地税局稽查局《关于房地产开发中对会所、架空层、地下室（含人防）等设施成本扣除问题的批复》(琼地税函【2013】第**)称"公共配套设施费，是指在房地产开发中必须建造，但又有不能有偿转让的公共配套设施所发生的支出。在土地增值税清算时，对房地产开发项目中所建造的会所、架空层、地下室（包括地下人防）等设施，对纳税人能提供规划、房管等相关部门有关设施属规划建造和不能有偿转让的证明资料，却通过合同、协议或其他方式约定（人防除外），将该设施实际提供全体业主共同使用的，其成本支出可作为公共配套设施费，予以扣除。否则，将该设施建筑面积视为可售建筑面积处理"。   本院认为，一、关于《行政复议决定书》认定部分事实是否清楚的问题。   关于项目架空层计税问题。2012年12月29日，被告省地税局函复海南省地税局稽查局《关于房地产开发中对会所、架空层、地下室（含人防）等设施成本扣除问题的批复》，该复函是对会所、架空层及地下室等设施成本问题进行的函复，架空层仅是该复函内容的一部分，原告不能以该复函推定在2012年之前，税务行政规范性文件对架空层的计算方法规定不明确。   原告认为2007年11月开始委托税务事务所对土地增值税进行鉴证，但因架空层的计税问题当时没有明确的证据依据，而事务所经请示省、市两级税务部门均未得到答复，致使事务所无法出具项目的清算报告。本案中，对以上主张原告既没有提供委托事务所进行项目清算的委托书，也没有提供事务所就架空层问题向被告提出异议或向相关部门请示的函件等相关证据予以佐证，证明被告存在行政不作为的情形。因此，根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第四条第一款规定，原告应承担举证不能的法律后果。   综上，原告认为被告省地税局在行政复议决定书中认定部分事实不清楚，理由不成立。   二、关于《行政复议决定书》和《土地增值税清算税款缴纳通知书》适用法律是否正确的问题。   （一）关于项目清算的计算方式，原告是否有选择权的问题。   1、行政规范性文件的效力问题。2008年7月10日，《国务院办公厅关于印发国家税务总局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（国办发【2008】87号）第二条第一项规定国家税务总局的"主要职责(一)具体起草税收法律法规草案及实施细则并提出税收政策建议，与财政部共同上报和下发，制订贯彻落实的措施。负责对税收法律法规执行过程中的征管和一般性税政问题进行解释，事后向财政部备案"。据此可见，国家税务总局作为国务院下属的税收管理机构，具有制定征收管理规章制度、税收法律法规解释及检查政策的贯彻执行，监督执行税收业务、指导地方税务工作等职能。因此，国家税务总局依据国务院的授权在职权范围内，根据国家经济发展的现状，制定相关的的税收方面的行政规范性文件，对全国税务机关具有指导性意义。   财政部、国家税务总局联合发布的财税字【1995】048号《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》第十三条的规定，虽然赋予纳税人既可以"分别核算增值税"，也可以"不分别核算增值税"的权利，但是国家税务总局国税发【2006】187号《国家税务总局关于房地产企业土地增值税清算管理有关问题的通知》第一条第二款规定"开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额"。此条款对于是否分开清算作出了明确的规定。国税发【2006】187号《通知》是国家税务总局对于我国房地产开发企业土地增值税清算管理征收方式进行进一步的确认，是一项具体的税务行政管理措施，并未改变财税字【1995】048号《通知》的性质。   因此，原告认为财政部、国家税务总局财税字【1995】048号《通知》的效力高于国家税务总局国税发【2006】187号《通知》的效力的理解是不正确的。   2、清算项目的选择权问题。虽然琼地税函（2007）356号《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》第五条"......不分别核算增值额的，其建造的普通住宅不得适用'建造普通住宅出售，增值额未超过扣除项目金额百分之二十免征土地增值税'的规定"及琼地税函【2008】305号《海南省地方税务局关于明确商住综合楼土地增值税清算问题的通知》第二条第二款"普通住宅与其他商品房混合建设的，在土地增值税清算中是分开清算还是合并清算，由纳税人自行决定"的规定，均赋予纳税人有选择权，但是《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第九条规定"纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊"。第十一条第一款规定"......普通标准住宅与其他住宅的具体划分界限由各省、自治区、直辖市人民政府规定";国家税务总局国税发【2006】187号《通知》第八条规定"各省税务机关可依据本通知的规定并结合当地实际情况制定具体的清算管理办法"。据以上条款，我国的税务行政规范文件赋予各省、市税务机关视自身的经济发展状况和条件，确定"其扣除项目金额"和具体划分普通住宅与其他住宅的界限。2009年6月29日，海南省地方税务局颁布琼地税发【2009】104号《关于土地增值税有关问题的通知》，正是据以上的行政规范性文件，依职权对土地增值额的清算方式作出的明确规定。依照《中华人民共和国税收征收管理法》第三条"税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税的决定"、第四条第三款"纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款"的规定，原告和被告市地税局在缴纳税款、代扣税款的问题上均不得违反法律、法规的强制性规定，应依照琼地税发【2009】104号《通知》履行自身的义务。因此，原告认为对涉案项目清算方式原告有选择权，于法无据，本院不予支持。   （二）关于项目清算的法律适用问题。   1、2009年1月16号，海南省地税局琼地税发【2009】9号《海南省地方税务局关于普通住宅执行标准有关问题的通知》确定了2005年6月1日前已受理未办结的纳税业务中关于普通住宅的标准的执行时间。2009年6月29日，海南省地方税务局又颁布琼地税发【2009】104号《关于土地增值税有关问题的通知》。该通知第三条规定"纳税人开发的房地产项目，同时包含普通住宅和非普通住宅的，在申报土地增值税清算时，应按普通住宅和非普通住宅的面积分别计算增值额"、"普通住宅的认定按《海南省地方税务局关于普通住宅执行标准有关问题的通知》（琼地税发【2009】9号文）执行"，故以上规范性文件已明确规定了增值额的清算方式和时间。   2、琼地税发【2009】104号《关于土地增值税有关问题的通知》第五条还规定"本通知自发文之日起执行。本通知下发前税务机关已作清算结论或其他税务处理的，不再按本通知规定予以调整，未处理的税务事项一律按本通知执行。《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》（琼地税函【2007】356号）第一条、第五条和《海南省地方税务局关于明确商住综合楼土地增值税问题的通知》（琼地税函【2008】305号）同时废止"。另2009年12月23日颁布的琼地税发【2009】187号《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》第二条"关于同一清算单位的房地产项目中包含不同类型房地产应如何计算土地增值税的问题"的规定，也对普通住宅和非普通住宅的是否分开计税问题作出了明确的规定；同时该通知第六条还明确规定"本通知自发文之日起执行。本通知下发前税务机关已作清算结论或其他税务处理的，不再按本通知执行"。可见上述的行政规范性文件均确定自发文之日尚未作出清算结论或其他税务处理的，必须按通知执行，否则不再按通知调整。而本案涉及的项目的清算至2009年12月31日，尚未作出清算结论，故2010年10月25日，海南省地方税务局针对海南省审计厅琼审企函【2010】138号《关于明确土地增值税问题的函》作出的琼地税函【2010】429号《关于明确土地增值税问题的复函》第三条正是根据以上琼地税发【2009】187号《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》第二条及第六条的规定作出的函复。因此，2011年4月20日海南省审计厅对原告"南方明珠"项目土地增值税专项检查结果以普通住宅和非普通住宅划分清算是正确的。   综上所述，被告按照"分别计算增值额"的规定，清算"南方明珠"项目的土地增值税，适用法律法规正确。   三、关于以2005年6月1日作为分段时点，分段确定"南方明珠"项目的普通住宅和非普通住宅的法律依据问题。   （一）关于土地增值税的清算单位问题。   《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条规定"转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税"。原告作为"南方明珠"项目的开发商，在转让、销售房地产并取得收入后，必然是纳税义务主体，应依法缴纳土地增值税。国家税务总局2006年6月28日颁布的国税发【2006】187号《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》第一条"土地增值税的清算单位"中规定"土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算"，从以上法律法规可以看出，如果分期开发的项目，存在不同的开发单位则应以分期开发项目为单位清算。本案涉案的项目虽属分期开发，但项目开发单位均为原告，故被告市地税局以原告作为清算单位是正确的。   但是，同一单位开发同一项目并不能以此认为只能以同一时段开发的时间节点进行清算并适用法律法规。《土地增值税清算管理规程》第十七条规定"清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税"。因此，本案涉案项目为分期开发完成的项目，被告市地税局根据项目的具体情况，按规定将其划分为两个属期清算，适用法律依据准确，程序合法。原告认为"不能分期清算，划分两个属期"理由不成立，本院不予支持。   （二）关于土地增值税征收方式的问题。   《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定"纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定"、琼地税发【2004】122号《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》第一条规定土地增值税征收方式有：1、预征和清算相结合的办法；2、据实计征的办法。以上规定均是对纳税人纳税方式的规定，它并不是对税率的定性，是"预征""清算"或是"预征与清算"相结合缴纳征税，则由纳税人自己来确定。但是土地增值税的核定标准须依据项目具体实施过程中，国家颁布的相关行政规范性文件来确定。   因此，本案涉案项目的清算计税，被告市地税局按原告销售"南方明珠"项目房地产土地增值税纳税义务发生时的税收行政规范性文件计征土地增值税，符合法律规定，其辩解主张本院予以支持。   四、关于通知书确认的应补缴纳税额计算有误，应否重新作出的问题。   2014年12月15日，被告市地税局作出《土地增值税清算税款缴纳通知书》后，同年12月18日，海口市地税局评估局发现数据计算错误，书面告知海口市地税局第一分局进行抵扣。但被告市地税局在明知遗漏计算原告已缴税款，清算结论内容存在瑕疵的情况下，没有及时书面纠正错误，直至2015年6月15日才作出《税务事项更正通知书》予以更正，被告市地税局的上述行政行为，明显不妥。   但是，从海口市地税清结[2014]025号《土地增值税清算结论》内容看，该清算结论只是土地增值税数据计算有所遗漏即数据的增加或减少，并不存在计算方式、方法或适用行政规范性文件错误而影响该土地增值税清算的性质的问题。而海口市地税清缴【2014】025-1号《土地增值税清算税款缴纳通知书》，它是被告市地税局将其作出的具体行政行为以书面的方式告知原告应履行其纳税人义务的一种形式，是被告市地税局履行其行政行为措施的一部分。海口市地税税二更【2015】001号《税务事项更正通知书》，虽与以上两份通知书的发文编号及内容有所不同，但它是同一行政行为的不同表现形式，是海口市地税清结[2014]025号《通知书》和地税清缴【2014】025-1号《通知书》的补充，是被告市地税局对原告"南方明珠"项目进行清算所实施的行政行为的一部分。因此，被告省地税局作出的琼地税复决字【2015】12号《行政复议决定书》维持了地税清结【2014】025-1号《通知书》程序上并无不妥。   综上，原告认为被申请行政复议的纳税通知书和更正通知书系两个不同的具体行政行为，纳税通知书的错误不属于笔误，而是计算纳税数额上的错误，属于具体行政行为是实质错误、根本性错误，应予撤销重做的理由不成立，本院不予支持。   综上所述，被告市地税局依职权作出的行政行为，适用法律、行政规范性文件正确。被告省地税局作出的行政复议决定，程序合法，认定事实清楚。依照《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条之规定，判决如下：   驳回原告的诉讼请求。   本案案件受理费50元由原告负担（原告已付）。   如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于海南省海口市中级人民法院。   审 判 长 符文瑄   人民陪审员 王惠花   人民陪审员 李运全     二〇一六年六月十七日   法官 助理 柳 松   书 记 员 郑舒予   书记员郑舒予   附：本案判决依据的相关法律法规   《中华人民共和国税收征收管理法》   第四条法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。   法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。   纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。   《中华人民共和国土地增值税暂行条例》   (2011修正)   第二条转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。   《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》   第九条纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。   第十一条条例第八条（一）项所称的普通标准住宅，是指按所在地一般民用住宅标准建造的居住用住宅。高级公寓、别墅、度假村等不属于普通标准住宅。普通标准住宅与其他住宅的具体划分界限由各省、自治区、直辖市人民政府规定。   第十六条纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。   最高人民法院   《关于行政诉讼证据若干问题的规定》   第四条公民、法人或者其他组织向人民法院起诉时，应当提供其符合起诉条件的相应的证据材料。   在起诉被告不作为的案件中，原告应当提供其在行政程序中曾经提出申请的证据材料。但有下列情形的除外：   （一）被告应当依职权主动履行法定职责的；   ......   《中华人民共和国行政诉讼法》   （2014年修正）   第六十九条行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民法院判决驳回原告的诉讼请求。