Hindi siya pinalitan ng kaniyang anak na lalaking Katoliko Romano na si James Francis Edward Stuart , bagkus ang humalili sa kaniya ay ang kaniyang anak na babaeng Protestante na si Mary II ng Inglatera at ng kaniyang manugang na lalaki ( asawa ni Mary II ) na si William III ng Inglatera ( William II ng Eskosya ) , na naging mga pinuno ng kaharian noong 1689.
