Ang kasayasan ng PNR ay nagpatakbo sa mga lalawigan ng Bulacan , Pampanga , Tarlac , Nueva Ecija , Pangasinan at La Union sa Linyang Pahilaga , at Batangas , Naic , Lungsod ng Kabite , Carmona , sa lalawigan ng Kabite pati narin sa Pagsanjan , Rodriguez ( dating Montalban ) , Taytay at Antipolo sa lalawigan ng Rizal , sa Linyang Patimog.
