Ang sunod sunod na mga hakban na nakatalisa sa isang bahagi ng recombinase ay tumutungo naman sa pagsasama ng dalawang mga heliks nang hindi baba sa isang Holliday junction kung saan ang isang segmento ng isang strando sa bawat helix ay anilado ( annealed ) sa komplementaryong strando sa kabilang helix.
