Noong 1863 ang buong Luzon ay sinalanta ng malakas ng Lindol , ang Kumbento ng Malolos ay naipatayo ni Fray Fernandez ay nasira.Muling ipinayos ni Fray Ezequiel Merino na tumagal hanggang 1872.Muling sinira ng isa pang malakas na lindol noong 1880 at ipinaayos ng noon ay kura na si Fray Juan Tombo at natapos naman sa panahon ni Fray Felipe Garcia noong 1884.
