Matapos ang sunog noong 1813 , muling ipinatayo ni Fray Melchor Fernandez ang simbahan noong 1817 , si Msgr Fernandez ay kilalang tagapagtayo ng mga edipisyo at gusali , siya ang nagpatayo ng tulay na bato na nagdudugtong sa Barasoain at Malolos noong 1817 , nagdagdag ng arko sa kumbento ng simbahan at naglagay ng Torre de Relos sa kaliwang bahagi ng kumbento.Ang ikalawang simbahang bato ng Malolos ay natapos at nabasbasan noong Oktubre 18,1826 ni Ilmo.Francisco Alban , obispo ng Nueva Segovia.
