Iginiit niyang si Thutmose I , na kanyang ama , ang talagang pumili para kay Hatshepsut na maging kapalit ni Thutmose II , noong nabubuhay pa si Thutmose I. Si Hatshepsut ay isa ring kalahating kapatid o kapatid sa ina ng asawang niyang si Thutmose II.
