லிக்டன் கானின் தவறான உத்திகள் காரணமாக 1625 மற்றும் 1628 ஆம் ஆண்டுகளில் சகர் ராணுவம் உள் மங்கோலியா மற்றும் மஞ்சு ராணுவங்களால் தோற்கடிக்கப்பட்டது. குயிங் படைகள் 1635 இல் உள் மங்கோலியாவின் மீது தங்களது கட்டுப்பாட்டை நிலைநாட்டின. கடைசி கானான லிக்டன் கானின் ராணுவம் திபெத்திய கெலுபா பிரிவினரின் (மஞ்சள் தொப்பி பிரிவு) படைகளுடன் யுத்தம் புரிய அணிவகுத்தது. கெலுபா படைகள் மஞ்சு மக்களை ஆதரித்தன. அதே நேரத்தில் லிக்டன் கான் திபெத்திய பௌத்த மதத்தின் கக்யு பிரிவை (சிவப்பு தொப்பி பிரிவு) ஆதரித்தார். திபெத்திற்கு செல்லும் வழியில் 1634 இல் லிக்டன் கான் இறந்தார். 1636 ஆம் ஆண்டில் பெரும்பாலான உள் மங்கோலிய உயர்குடியினர் மஞ்சு இனக்குழுவால் தோற்றுவிக்கப்பட்ட குயிங் அரசமரபிடம் அடிபணிந்தனர். 1640 களில் உள் மங்கோலிய டெங்கிஸ் நோயன் குயிங் அரசமரபிற்கு எதிராக புரட்சி செய்தார். கல்கா மங்கோலியர்கள் சுனுட்டை பாதுகாக்க யுத்தம் புரிந்தனர்.  
மேற்கு மங்கோலிய ஒயிரட்டுகள் மற்றும் கிழக்கு மங்கோலிய கல்காக்கள் 15 ஆம் நூற்றாண்டிலிருந்தே மங்கோலியாவில் தத்தமது ஆதிக்கத்தை நிலைநாட்ட முயற்சித்தனர். இப்பிரச்சினையின் காரணமாக மங்கோலியாவின் பலம் குறைந்தது. 1688 இல் டுஷீட் கான் சகுன்டோர்ஜ் (முக்கிய அல்லது நடு கல்கா தலைவர்) மேற்கு மங்கோலிய சுங்கர் கானேட்டின் அரசன் கல்டன் போஷுக்டுவின் தம்பியை கொல்கிறார். இதன் காரணமாக கல்கா-ஒயிரட் போர் ஆரம்பமானது. சகுன்டோர்ஜ் மற்றும் சனபசாரை (முதலாம் சவ்சன்டம்பா குடக்ட், கல்காவின் ஆன்மிகத் தலைவர்) கொன்று விடுவதாக கல்டன் மிரட்டினார். ஆனால் அவர்கள் சுனுட்டுக்கு (உள் மங்கோலியா) தப்பினர். பல கல்கா உயர் குடியினர் மற்றும் நாட்டுப்புற மக்கள் இந்தப் போரினால் உள் மங்கோலியாவிற்கு தப்பி ஓடினர். சில கல்காக்கள் புர்யத் பகுதிக்கு தப்பி ஓடினர். அவர்கள் அடிபணியாவிட்டால் கொன்றுவிடுவதாக உருசியா மிரட்டியது. ஆனால் பெரும்பாலானவர்கள் கல்டன் போஷுக்டுவிடம் அடிபணிந்தனர்.  
1683 இல் கல்டனின் ராணுவங்கள் தாஷ்கந்து மற்றும் சிர் தர்யாவை அடைந்தன. கசக் மக்களின் இரண்டு ராணுவங்களை நொறுக்கின. அதன் பிறகு கல்டன் கருப்பு கிர்கிசுக்களை அடிபணிய வைத்தார். பெர்கானா பள்ளத்தாக்கை சூறையாடினார். 1685 இல் இருந்து கல்டனின் படைகள் ஆக்ரோஷத்துடன் கசக் மக்களை இடம் பெயர வைத்தன. இவரது தளபதி ரப்டன் தரசை கைப்பற்றிய அதே நேரத்தில் இவரது முக்கிய இராணுவம் கசக் மக்களை மேற்கு நோக்கி இடம் பெயரச் செய்தது. 1687 இல் இவர் துருக்கிஸ்தான் நகரத்தை முற்றுகையிட்டார். அபுல் கயிர் கானின் தலைமையின் கீழ் கசக் மக்கள் சுங்கர்களுக்கு எதிராக பெரும் வெற்றிகளை 1726 இல் புலந்தி ஆற்றங்கரையிலும் மற்றும் 1729 இல் அன்ரகாய் யுத்தத்திலும் பெற்றனர்.  
கல்கா மங்கோலியர்கள் இறுதியாக சனபசாரின் முடிவின் படி 1691 இல் குயிங் ஆட்சிக்கு அடிபணிந்தனர். இவ்வாறாக தற்போதைய மங்கோலியாவின் அனைத்து பகுதிகளும் குயிங் அரசமரபின் ஆட்சியின் கீழ் வந்தது. ஆனால் நடைமுறையில் கல்கா மங்கோலியர்கள் கல்டன் போஷுக்டு கானின் ஆட்சியின் கீழ் 1696 வரை நீடித்தனர். 1640 இல் வேற்றுநாட்டு படையெடுப்புக்கு எதிராக ஒயிரட்டுகள் மற்றும் கல்கா மங்கோலியர்கள் ஒன்று சேர்ந்து எதிர்க்கும் மங்கோலிய-ஒயிரட்டு குறியீடு (ஒரு கூட்டணி ஒப்பந்தம்) கையொப்பமிடப்பட்டது. எனினும் வேற்று நாட்டு படையெடுப்புகளுக்கு எதிராக மங்கோலியர்களால் ஒன்றிணைய முடியவில்லை. 1688 வரை வெளி மங்கோலியாவின் மீதான உருசிய படையெடுப்புக்கு எதிராக சகுன்டோர்ஜ் சண்டையிட்டார். கோவுசுகல் மாகாணத்தின் மீதான உருசிய படையெடுப்பை தடுத்து நிறுத்தினார். போருக்கு முன்னர் ஒயிரட்டுகள் மற்றும் கல்கா மங்கோலியர்களை ஒன்றிணைக்க சனபசார் போராடினார்.  
கல்கா மங்கோலியர்களின் ராணுவத்தை தோற்கடித்த பிறகு கல்டன் போஷுக்டு உள் மங்கோலியாவை "விடுதலை" பெறச் செய்வதற்காக தனது ராணுவத்தை அனுப்பினார். உள் மங்கோலிய உயர்குடியினரை மங்கோலிய சுதந்திரத்திற்கு போரிடுமாறு அழைத்தார். சில உள் மங்கோலிய உயர்குடியினர், திபெத்தியர்கள், குமுல் கானேடு மற்றும் சில மொகுலிஸ்தான் உயர்குடியினர் மஞ்சுக்களுக்கு எதிரான அவரது போரை ஆதரித்தனர். எனினும் உள் மங்கோலிய உயர்குடியினர் குயிங் அரசமரபுக்கு எதிராக போர் புரியவில்லை.  
கல்கா மங்கோலியர்களுக்கு மூன்று கான்கள் இருந்தனர். மேற்கு கல்கா தலைவரான சசக்ட் கான் ஷர் என்பவர் கல்டனின் கூட்டாளியாக இருந்தார். கிழக்கு கல்காத் தலைவரான செட்சன் கான் இந்த பிரச்சனையில் இருந்து விலகியே இருந்தார். கிழக்கு மங்கோலியாவில் கல்டன் போரிட்டுக் கொண்டிருந்தபோது அவரது உறவினரான செவீன்ரவ்டன் சுங்கரிய அரியணையை 1689 இல் கைப்பற்றினார். இந்த நிகழ்வு குயிங் பேரரசுக்கு எதிராக கல்டன் போரிடுவதற்கான வாய்ப்பை இல்லாமல் செய்துவிட்டது. உருசிய மற்றும் குயிங் பேரரசுகள் இந்த செயலை ஆதரித்தன. ஏனெனில் இந்த ஆட்சிக்கவிழ்ப்பு மேற்கு மங்கோலிய வலிமையை பலவீனமாக்கியது. 1696 இல் எண்ணிக்கையில் அதிகமாக இருந்த குயிங் இராணுவத்தால் கல்டன் போஷுக்டுவின் ராணுவம் தோற்கடிக்கப்பட்டது. அவர் 1697 இல் இறந்தார். புரியத் மற்றும் உள் மங்கோலியா ஆகிய பகுதிகளுக்கு தப்பி ஓடிய மங்கோலியர்கள் இப்போருக்கு பிறகு திரும்பினர். சில கல்காக்கள் புரியத் மக்களுடன் கலந்து வாழ்ந்தனர்.  
புர்யத்தியர்கள் உருசிய படையெடுப்புக்கு எதிராக 1620 களிலிருந்தே போரிட்டு வந்தனர். ஆயிரக்கணக்கான புர்யத்தியர்கள் படுகொலை செய்யப்பட்டனர். புர்யத் பகுதியானது அதிகாரப்பூர்வமாக 1689 மற்றும் 1727 ஆகிய ஆண்டுகளில் உருசியாவுடன் ஒப்பந்தங்கள் மூலம் இணைக்கப்பட்டது. அந்நேரத்தில் பைக்கால் ஏரி<nowiki/>யின் இருபக்கமும் இருந்த பகுதிகள் மங்கோலியாவில் இருந்து பிரிக்கப்பட்டன. 1689 இல் தற்போதைய எல்லைக்கு வடக்கே மஞ்சூரியாவின் வடக்கு எல்லையை நெர்ச்சின்ஸ்க் ஒப்பந்தம் உறுதிப்படுத்தியது. மங்கோலியாவுக்கு வடக்கே இருந்த பைக்கால் ஏரி மற்றும் அர்குன் ஆற்றுக்கு இடைப்பட்ட பகுதியை உருசியர்கள் தக்க வைத்துக் கொண்டனர். கியாக்தா ஒப்பந்தம் (1727) மற்றும் நெர்ச்சின்ஸ்க் ஒப்பந்தம் ஆகியவை பத்தொன்பதாம் நூற்றாண்டின் நடுப்பகுதிவரை ஏகாதிபத்திய உருசியா மற்றும் குயிங் பேரரசுக்கு இடையே இருந்த உறவை கட்டுப்படுத்தின. இது மங்கோலியாவின் வடக்கு எல்லையை நிறுவியது. சைபீரியாவின் ஒகா ஆற்றின் அருகே வசித்த புர்யத்தியர்கள் 1767 இல் புரட்சி செய்தனர். பதினெட்டாம் நூற்றாண்டின் பிற்பகுதியில் உருசியா முழுவதுமாகக் புர்யத் பகுதியை வென்றது. 20 ஆம் நூற்றாண்டின் ஆரம்ப காலம் வரை உருசியா மற்றும் குயிங் எதிரிப் பேரரசுகளாக இருந்தன. எனினும் இரண்டு பேரரசுகளும் நடு ஆசியர்களுக்கு எதிராக ஒன்றிணைந்த கொள்கைகளை செயல்படுத்தின.  
1720 களில் குயிங் பேரரசு, மேல் மங்கோலியா அல்லது ஒயிரட்களின் கோஷுக்ட் கானேட்டை வென்றது. 80,000 மக்கள் கொல்லப்பட்டனர். அந்நேரத்தில் மேல் மங்கோலியாவின் மக்கள் தொகை 200,000 ஐ எட்டி இருந்தது. 1755–1758 இல் சுங்கர் கானேடு குயிங் அரசமரபால் வெல்லப்பட்டது. ஏனெனில் அவர்களது தலைவர்கள் மற்றும் ராணுவ தளபதிகள் பிரச்சினை செய்து கொண்டிருந்தனர். 1755–1758 இல் சுங்கர் கானேட்டை குயிங் அரசமரபு வென்ற காலத்தில் சுங்கர் மக்கள் தொகையில் சுமார் 80% மக்கள் போர் மற்றும் நோய்களால் அழிக்கப்பட்டதாக சில அறிஞர்கள் மதிப்பிடுகின்றனர். இனப்படுகொலை பற்றி ஆய்வு செய்கின்ற மார்க் லெவின் என்கிற வரலாற்றாளர், கூறுவதன்படி "சுங்கர்களை ஒழித்துக்கட்டியது தான் பதினெட்டாம் நூற்றாண்டின் பெரிய இனப்படுகொலை ஆகும்." 1755 இல் சுங்கர் மக்களின் மக்கள் தொகை 600,000 எட்டியது.