அழிவுகரமான போர் (1467-1477) தொடங்கி, முரோமாச்சி காலத்தின் பிற்பகுதியில் மத்திய அரசாங்கத்தின் அதிகாரப் பகிர்வு மற்றும் *டெய்மிஸ்* எனப்படும் பிராந்திய சாமுராய் போர்வீரர்களின் எழுச்சி மற்றும் "போரிடும் மாநிலங்களின் சகாப்தம்" ( *செங்கோகுகி* ) என அழைக்கப்பட்டது. இந்த சகாப்தத்தில், பரவலான போரில் பல புத்த கோவில்கள் மற்றும் மடாலயங்கள் அழிக்கப்பட்டன, குறிப்பாக கியோட்டோ மற்றும் அதைச் சுற்றியுள்ள பகுதிகளில். இந்த பழைய கோவில்களில் பல 16 மற்றும் 17 ஆம் நூற்றாண்டு வரை மீண்டும் கட்டப்படவில்லை. செங்கோகு காலப் போருக்குப் பிறகு, ஜப்பான் டோகுகாவா ஷோகுனேட்டால் (1600-1868) மீண்டும் ஒன்றிணைக்கப்பட்டது, பெரும்பாலான வெளிநாட்டவர்கள் நாட்டிற்குள் நுழைவதை டோகுகாவா தடை செய்தார். பதினேழாம் நூற்றாண்டில், டோகுகாவா ஷோகன் ஐமிட்சு தொடர்ச்சியான சீர்திருத்தங்களைத் தொடங்கினார், இது மதத்தின் மீதான அரச கட்டுப்பாட்டை அதிகரிக்க முயன்றது. ஐமிட்சுவின் சீர்திருத்தங்கள் தலைமை-கிளை அமைப்பு ( *ஹான்-மாட்சு சீடோ* ) மற்றும் கோயில் இணைப்பு அமைப்பு (*ஜிடான்* ; ஆல்ட். *டாங்கா சீடோ*) என்று அழைக்கப்படுவதை உருவாக்கியது. இந்த அமைப்பு ஏற்கனவே இருக்கும் பௌத்த நிறுவனங்கள் மற்றும் இணைப்புகளைப் பயன்படுத்தியது, ஆனால் அவற்றை உத்தியோகபூர்வ அரசாங்க கட்டுப்பாட்டின் கீழ் கொண்டு வர முயற்சித்தது.  
எடோ காலத்தில், அச்சு பதிப்பகத்தின் வளர்ச்சி (டோக்குகாவா ஆட்சியின் ஆதரவின் காரணமாக) மற்றும் அச்சிடப்பட்ட பௌத்த படைப்புகளின் உருவாக்கம் அதிகரித்தது. டெண்டாய் துறவி தென்காய், ஐமிட்சுவால் ஆதரிக்கப்பட்டு, புத்த "நியதி" (*இசைக்கியோ,* அதாவது *தி ட்ரிபிடகா* ) அச்சிடுவதற்கு தலைமை தாங்கினார். 1868 இல் மீஜி மறுசீரமைப்பிற்குப் பிறகு, புதிய ஏகாதிபத்திய அரசாங்கம் ஒரு வலுவான பௌத்த எதிர்ப்பு அணுகுமுறையை ஏற்றுக்கொண்டது. அனைத்து பௌத்த தாக்கங்களிலிருந்தும் பழுதடைந்த ஷின்டோவின் ஒரு புதிய வடிவம், அரச மதமாக உயர்த்தப்பட்டது, இது 1868 ஆம் ஆண்டின் *காமி* *மற்றும் புத்தர் பிரிவினை ஆணையுடன்* ( *ஷின்புட்சு ஹன்சென்ரேய்* ) தொடங்கியது. புதிய உத்தரவு பல நூற்றாண்டுகளாக இருந்த ஒருங்கிணைந்த கோவில் வளாகங்களை சிதைத்தது. பௌத்த மதகுருமார்கள் மற்றும் பௌத்த கலைப்பொருட்கள் ஷின்டோ ஆலயங்களில் இருந்து அகற்றப்பட்டன. நாட்டின் அனைத்து பகுதிகளிலும் வன்முறை பரவியது. 40,000 புத்த கோவில்கள் அழிக்கப்பட்டதாக மதிப்பிடப்பட்டுள்ளது. சில பௌத்தர்கள் பௌத்த சிந்தனையை மேற்கத்திய அறிவியல் மற்றும் தத்துவத்துடன் இணைத்து நவீனமயமாக்க முயன்றனர்.  
இந்த சீர்திருத்தப்பட்ட "புதிய பௌத்தம்" பெரும்பாலும் சாமானியர்களால் ஊக்குவிக்கப்பட்டது. புதிய பௌத்தர்கள் பெரும்பாலும் பௌத்த நற்பண்புகளுடன் தேசியவாத தேசபக்தியில் இணைந்தனர். "பதினைந்து ஆண்டுகாலப் போரின்" போது (1931 இல் மஞ்சூரியாவின் படையெடுப்பில் தொடங்கி 1945 இல் சப்பானின் சரணடைதல் வரை), பெரும்பாலான சப்பானிய புத்த நிறுவனங்கள் ஜப்பானின் இராணுவமயமாக்கலை ஆதரித்தன. போரின் போது, சப்பானிய அரசாங்கம் பௌத்த நிறுவனங்களின் மீதான தனது கட்டுப்பாட்டை மேலும் இறுக்க முயன்றது. சக்கரவர்த்திக்கு முழு விசுவாசத்தை காட்டிலும் குறைவான எதையும் வெளிப்படுத்தும் அல்லது ஷிண்டே காமியின் முக்கியத்துவத்தை குறைக்கும் எந்தவொரு மொழியையும் அல்லது கருத்தையும் தங்கள் கோட்பாடுகளில் இருந்து நீக்குவதற்கு அவர்கள் புத்த பள்ளிகளை கட்டாயப்படுத்த முயன்றனர். இதில் இடைக்கால பௌத்த ஸ்தாபகர்களான ஷின்ரன் மற்றும் நிச்சிரென் போன்றவர்களின் எழுத்துக்களின் பகுதிகள் அடங்கும், அவர்கள் தர்மத்திற்கு மாறாக ஆட்சியாளர்களை விமர்சிப்பது சில சமயங்களில் நல்லது என்று எழுதியுள்ளனர். போரின் முடிவில், சப்பான் நட்பு நாடுகளின் குண்டுவீச்சு பிரச்சாரங்களால் பேரழிவிற்குள்ளானது, பெரும்பாலான நகரங்கள் இடிந்த நிலையில் இருந்தன. ஆக்கிரமிப்பு அரசாங்கம் ஷின்டோ மாநிலத்தை ஒழித்தது, மத சுதந்திரத்தை நிறுவியது மற்றும் மதம் மற்றும் அரசைப் பிரித்தது, இது சப்பானிய அரசியலமைப்பின் அதிகாரப்பூர்வ பகுதியாக மாறியது. பௌத்த விகாரங்கள் எந்த மதப் பரம்பரையுடனும் தொடர்பு கொள்ளவோ அல்லது மாறவோ இப்போது சுதந்திரமாக உள்ளது என்பதே இதன் பொருள்.