9 பிப்ரவரி 1989 அன்று, ஜெ. ஜெயலலிதா தலைமையிலான கழகம் தமிழ்நாடு சட்டப் பேரவையில் முக்கிய எதிர்க்கட்சியாக மாறியது, மேலும் அவர் சட்டப் பேரவையின் முதல் பெண் எதிர்க்கட்சித் தலைவரானார். 1991 ஆம் ஆண்டு கழகத்தின் கூட்டணிக் கட்சியாக இருந்த அப்போதைய பிரதமர் சந்திரசேகர் தலைமையிலான மத்திய அரசால், மாநிலத்தில் அரசியல் சாசன இயந்திரம் சீர்குலைந்துவிட்டதாகக் குற்றம்சாட்டி, திமுக அரசு டிஸ்மிஸ் செய்யப்பட்டது. கழகம் இந்திய தேசிய காங்கிரசுடன் கூட்டணி அமைத்து 1991 சட்டமன்றத் தேர்தலில் அவரது தலைமையில் ஆட்சியைப் பிடித்தது, மேலும் அவர் மாநிலத்தின் இரண்டாவது பெண் மற்றும் ஐந்தாவது முதலமைச்சரானார். அண்டை நாடான இலங்கையில் தாயகத்திற்காகப் போராடும் தமிழ் பிரிவினைவாதிகள் என சந்தேகிக்கப்படும் முன்னாள் பிரதமர் ராஜீவ் காந்தி படுகொலை செய்யப்பட்டதில் இருந்து எழும் பதவிக்கு எதிரான அலைதான் இந்த மாபெரும் வெற்றிக்கு காரணம் என அரசியல் பார்வையாளர்கள் கூறுகின்றனர். அடுத்து வந்த அரசு பெரிய அளவிலான ஊழல் குற்றச்சாட்டுகளுக்கு ஆளானது, ஆனால் ஜெயலலிதா 5 ஆண்டுகள் முழுப் பதவியில் இருந்தார்.  
1996 சட்டமன்றத் தேர்தலில், கழகம் காங்கிரசுடனான தனது கூட்டணியைத் தொடர்ந்தது, ஆனால் 234 சட்டமன்றத் தொகுதிகளில் 4 இடங்களில் மட்டுமே வெற்றிபெற்று, பர்கூர் தொகுதியில் கழகத்தின் பொதுச் செயலாளர் ஜெயலலிதாவும் தோல்வியடைந்ததுடன், பெரும் தோல்வியைச் சந்தித்தது. கழகம் 1996 பொதுத் தேர்தலில் போட்டியிட்ட அனைத்து தொகுதிகளிலும் தோல்வியடைந்தது.  
1998 ஆம் ஆண்டு, அதிமுக வெள்ளி விழா மாநாடு திருநெல்வேலியில் பொதுச்செயலாளர் ஜெயலலிதா தலைமையில் சனவரி 1 முதல் 3 வரை நடைபெற்றது. எல். கே. அத்வானி, வைகோ, ராமதாஸ், வாழப்பாடி ராமமூர்த்தி மற்றும் சுப்பிரமணியன் சுவாமி ஆகியோர் கலந்து கொண்டனர். 1998 பொதுத் தேர்தலின் போது, பாரதிய ஜனதா கட்சி (பாஜக) மற்றும் மறுமலர்ச்சி திராவிட முன்னேற்றக் கழகம் (மதிமுக) ஆகியவற்றுடன் கழகம் கூட்டணி அமைத்தது. 1998 மற்றும் 1999 க்கு இடையில் அடல் பிஹாரி வாஜ்பாய் தலைமையிலான ஆட்சியில், கழகம் பாஜகவுடன் ஆட்சியைப் பகிர்ந்து கொண்டது, ஆனால் 1999 ஆம் ஆண்டின் தொடக்கத்தில் ஆதரவை விலக்கிக் கொண்டது, இதனால் பாஜக அரசாங்கம் வீழ்ச்சியடைந்தது. இதைத் தொடர்ந்து, 1999 பொதுத் தேர்தலில் கழகம் மீண்டும் காங்கிரசுடன் கூட்டணி வைத்தது, மேலும் தமிழ்நாட்டில் மொத்தமுள்ள 39 இடங்களில் 13 இடங்களில் அந்தக் கூட்டணி வெற்றி பெற்றது.  
2001 சட்டமன்றத் தேர்தலில் கழக தலைமையிலான இந்திய தேசிய காங்கிரஸ், தமிழ் மாநில காங்கிரஸ் (மூப்பனார்) (தமாகா(மூ)), இடதுசாரி முன்னணி, பாட்டாளி மக்கள் கட்சி (பாமக) ஆகிய கட்சிகள் அடங்கிய கூட்டணி மீண்டும் வெற்றி பெற்று ஆட்சியைப் பிடித்தது. கூட்டணி வென்ற 197 இடங்களில் கழகம் வென்றது 132 ஆகும். ஜெயலலிதாவின் முந்தைய ஆட்சிக் காலத்தில் நடந்த சொத்துக்குவிப்பு வழக்கின் விசாரணையின் காரணமாக, ஜெயலலிதா பதவி வகிப்பது தடுக்கப்பட்டது. 21 செப்டம்பர் 2001 அன்று, ஓ. பன்னீர்செல்வம் முதன்முறையாக தமிழ்நாடு முதலமைச்சராக நியமிக்கப்பட்டார். இந்த வழக்கில் ஜெயலலிதாவின் தண்டனை மற்றும் தண்டனையை இந்திய உச்ச நீதிமன்றம் ரத்து செய்தவுடன், ஓ. பன்னீர்செல்வம் 2 மார்ச் 2002 அன்று ராஜினாமா செய்தார், அதை தொடர்ந்து ஜெயலலிதா மீண்டும் மூன்றாவது முறையாக முதலமைச்சராகப் பதவியேற்றார்.  
அவரது இரண்டாவது பதவிக்காலம் ஊழல் மோசடிகளால் பாதிக்கப்படவில்லை. குலுக்கல் பரிசுச் சீட்டுகளை தடை செய்தல், மதுபானம் மற்றும் மணல் குவாரி வணிகங்களை அரசு நிறுவனங்களுக்கு கட்டுப்படுத்துதல், பள்ளிகள் மற்றும் கல்லூரிகளுக்கு அருகில் புகையிலை பொருட்களை விற்பனை செய்வதை தடை செய்தல் போன்ற பல பிரபலமான முடிவுகளை அவர் எடுத்தார். 2003 ஆம் ஆண்டு இந்தியாவில் முதன்முறையாக அனைத்து மகளிர் காவல் நிலையங்களையும், 150 பெண்களை உயரடுக்கு நிலை போலீஸ் கமாண்டோக்களாக நியமிப்பதன் மூலம் பெண்களை மாநில காவல்துறையில் சேர ஊக்குவித்தார். ஆயுதங்களைக் கையாளுதல், வெடிகுண்டுகளைக் கண்டறிதல் மற்றும் அப்புறப்படுத்துதல், வாகனம் ஓட்டுதல், குதிரையேற்றம் மற்றும் சாகச விளையாட்டுகள் போன்றவற்றை உள்ளடக்கிய ஆண்களைப் போலவே பெண்களும் பயிற்சி பெற்றனர். கடந்த 2004 அக்டோபரில், சந்தனக் கடத்தல் வீரப்பனைக் கண்டுபிடிப்பதற்காக, அவர் ஒரு சிறப்புப் படையை சத்தியமங்கலம் வனப்பகுதிக்கு அனுப்பினார். 18 அக்டோபர் 2004 அன்று அவர் அதிரடிப்படையால் கொல்லப்பட்டதால், நடவடிக்கை வெற்றிகரமாக இருந்தது.  
2004 பொதுத் தேர்தலில்,மீண்டும் பாஜகவுடன் கூட்டணி வைத்து, அனைத்துத் தொகுதிகளிலும் தோல்வி அடைந்தது. திமுக தலைமையிலான மதச்சார்பற்ற முற்போக்குக் கூட்டணி, மாநிலத்தில் உள்ள அனைத்து முக்கிய எதிர்க்கட்சிகளையும் உள்ளடக்கிய கூட்டணி, தேர்தலில் வெற்றி பெற்றது.  
பின்னர், 2006 சட்டமன்றத் தேர்தலில் தொங்கு சட்டசபை என்ற ஊடக ஊகங்கள் இருந்தபோதிலும், கழகம், மதிமுக மற்றும் சில சிறிய கட்சிகளின் ஆதரவுடன் மட்டுமே போட்டியிட்டு, 61 இடங்களை வென்றது. திமுக தலைமையிலான பாமக மற்றும் இடது முன்னணி காங்கிரஸ் கூட்டணியால். 2009 பொதுத் தேர்தலில் ஒன்பது இடங்களை வென்றது.  
பரவலான ஊழல், விலைவாசி உயர்வு, மின்வெட்டு, 2011 சட்டமன்றத் தேர்தலில் திமுக அரசுக்கு எதிரான குற்றச்சாட்டைத் தொடர்ந்து, கழகம், இடதுசாரி மற்றும் அரசியல்வாதியாக மாறிய நடிகர் விஜயகாந்தின் தேசிய முற்போக்கு திராவிடக் கழகம் (தேமுதிக) போன்ற கட்சிகளுடன் கூட்டணி வைத்தது, 202 இடங்களில் வெற்றி பெற்று, கழகம் 150 இடங்களில் வெற்றி பெற்றது. ஜெயலலிதா நான்காவது முறையாக முதலமைச்சராக பதவியேற்றார்.  
யூனியன் பிரதேசமான புதுச்சேரியில் கழக கூட்டணியில் ந. ரங்கசாமியின் அகில இந்திய என்.ஆர். காங்கிரஸ் தமிழ்நாடு சட்டமன்றத் தேர்தலுக்கு இணையாக நடைபெற்ற 2011 சட்டமன்றத் தேர்தலில் வெற்றி பெற்றது. மறுபுறம், கழகத்தை கலந்தாலோசிக்காமல் ஆட்சியை அமைத்த ரங்கசாமி, தேர்தலுக்கு முந்தைய கூட்டணி கட்சியான கழகத்துடன் ஆட்சியைப் பகிர்ந்து கொள்ள மறுத்துவிட்டார். அதனால் அவர் கூட்டணிக்கு துரோகம் செய்து விட்டதாக ஜெயலலிதா குற்றம் சாட்டினார்.  
2014 பொதுத் தேர்தலிலும் கழகத்தின் சிறப்பான தேர்தல் செயல்பாடு தொடர்ந்தது. எந்தக் கூட்டணியிலும் சேர வேண்டாம் என்று முடிவு செய்து, தமிழ்நாடு மற்றும் புதுச்சேரி யூனியன் பிரதேசத்தில் உள்ள அனைத்து தொகுதிகளிலும் தனித்து போட்டியிட்டது. கழகம் போட்டியிட்ட 40 நாடாளுமன்றத் தொகுதிகளில் முன்னெப்போதும் இல்லாத வகையில் 37 தொகுதிகளில் வெற்றி பெற்று, இந்திய நாடாளுமன்றத்தின் 16வது மக்களவையில் மூன்றாவது பெரிய கட்சியாக உருவெடுத்தது. இது பொதுத் தேர்தல் வரலாற்றில் இதுவரை எந்த ஒரு பிராந்திய அரசியல் கட்சியும் அடையாத மாபெரும் வெற்றியாகும்.  
29 ஆகத்து 2014 அன்று, ஜெ. ஜெயலலிதா தொடர்ந்து 7 வது முறையாக கழகத்தின் பொதுச் செயலாளராக தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டார், இன்றுவரை கழகத்தின் பொதுச் செயலாளராக நீண்ட காலம் பணியாற்றியவர். முன்னதாக, 1988, 1989, 1993, 1998, 2003, 2008 மற்றும் 2014 ஆகிய ஆண்டுகளில் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டார். பொதுச் செயலாளராக நீண்ட காலம் பதவி வகித்தபோது, இரா. நெடுஞ்செழியன், கா. காளிமுத்து, புலமைப்பித்தன், சி. பொன்னையன் மற்றும் இ. மதுசூதனன் கழகத்தின் அவைத் தலைவர்களாக பணியாற்றினார்கள்.  
27 செப்டம்பர் 2014 அன்று, ஜெயலலிதா, அவரது கூட்டாளிகள் வி. கே. சசிகலா, இளவரசி மற்றும் வி. என். சுதாகரன் ஆகியோருடன் சொத்துக் குவிப்பு வழக்கில் சிறப்பு நீதிமன்றத்தால் தண்டிக்கப்பட்டு நான்கு ஆண்டுகள் சிறைத்தண்டனை விதித்தது. மேலும் ஜெயலலிதாவுக்கு ரூ. 100 கோடியும், அவரது கூட்டாளிகளுக்கு தலா ரூ. 10 கோடியும் அபராதம் விதிக்கப்பட்டது. நீதிமன்றத் தண்டனையின் காரணமாக ஆளும் முதலமைச்சர் பதவியில் இருந்து விலகுவது இதுவே முதல் முறை என்பதால் இந்த வழக்கு அரசியல் தாக்கங்களைக் கொண்டிருந்தது.  
அவரது தகுதி நீக்கம் காரணமாக, ஓ. பன்னீர்செல்வம் 29 செப்டம்பர் 2014 அன்று முதலமைச்சராகப் பதவியேற்றார். ஜெயலலிதாவுக்கு உயர்நீதிமன்றம் ஜாமீன் மறுத்ததால் ஜாமீன் கோரி உச்ச நீதிமன்றத்தில் மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டது. உச்ச நீதிமன்றம் 17 அக்டோபர் 2014 அன்று ஜாமீன் வழங்கியது. 11 மே 2015 அன்று, அந்த வழக்கில் இருந்து அவர் விடுவிக்கப்பட்டதாக கர்நாடக உயர் நீதிமன்றம் கூறியது மற்றும் ஐந்தாவது முறையாக மீண்டும் முதலமைச்சராகப் பதவியேற்றார்.  
2016 சட்டமன்றத் தேர்தலில், கூட்டணி இல்லாமல் போட்டியிட்டு, 234 இடங்களில் 135 இடங்களில் வெற்றி பெற்று, தேர்தலில் வெற்றி பெற்றார். தமிழ்நாடு வரலாற்றில் இதுவரை எந்த அரசியல் தலைவரும் செய்யாத அற்புதமான வெற்றிக்காக அவர் எடுத்த துணிச்சலான முடிவு இது. 23 மே 2016 அன்று ஜெயலலிதா ஆறாவது முறையாக முதலமைச்சராகப் பதவியேற்றார்.  
22 செப்டம்பர் 2016 அன்று, காய்ச்சல் மற்றும் நீர்ச்சத்து குறைபாடு காரணமாக சென்னையில் உள்ள அப்போலோ மருத்துவமனையில் அனுமதிக்கப்பட்டார். நீண்டகால நோய்க்குப் பிறகு, அவர் 5 திசம்பர் 2016 அன்று காலமானார், மேலும் அண்ணா மற்றும் அவரது வழிகாட்டியான எம்.ஜி.ஆருக்குப் பிறகு பதவியில் இருந்தபோது இறந்த மூன்றாவது தமிழ்நாடு முதலமைச்சர் ஆனார்.  
;தமிழ்நாடு மற்றும் புதுச்சேரிக்கு அப்பால் விரிவாக்கம்