# 보세공장 운영에 관한 고시

제 1 장  총   칙


제1조(목적) 이 고시는 「관세법」 제174조부터 제182조까지와 제185조부터 제189조까지 및 그에 따른 「관세법 시행령」에서 보세공장의 운영과 관리에 관하여 위임한 사항과 그 시행에 필요한 세부사항을 정함으2.11. 개정)로써 보세공장을 원활하게 운영하고 가공무역의 진흥을 목적으로 한다. (‘13.12., ’22.11., ’26.4. 개정)


제2조(이 고시의 해석ㆍ적용에 관한 원칙) ① 이 고시의 해석ㆍ적용은 보세공장 관리의 합목적성에 비추어 보세화물의 부정유출 방지 등「관세법」(이하 "법"이라 한다)과 「관세법 시행령」(이하 "영"이라 한다)에 따른 보세화물의 관리가 적정하게 이루어지도록 하여야 한다.
  ② 이 고시에서 ‘수출’이란 보세공장에서 제조ㆍ가공된 물품 또는 이와 유사한 물품을 외국으로 반출하는 것을 말하는 것으로서 법 제2조제2호에 따른 ‘수출’과는 개념상 달리 해석되어야 한다.


제3조(정의) 이 고시에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
  1. "기내식 보세공장"이란 외국물품 또는 외국물품과 내국물품을 원재료로 하여 항공기에 탑승하거나 탑승 대기하는 승무원 및 승객에게 제공할 기내식을 제조ㆍ가공(조리)하는 보세공장을 말한다. (‘05.1. 일부개정)
  2. "물품도착전 사용신고"란 운영인이 보세공장의 작업공정상 물품도착과 동시에 보세작업에 사용하려는 물품에 대하여 해당 보세공장에 물품이 도착하기 전에 세관장에게 사용신고를 하는 것을 말한다.  
  3. "내국작업"이란 보세공장의 유휴시설 등을 이용하여 내국물품만을 원료로 하거나 재료로 하여 제조ㆍ가공하거나 수리, 그 밖에 이와 유사한 작업을 하는 것을 말한다.
  4. "장외작업"이란 해당 보세공장 외의 장소에서 보세작업의 일부를 행하는 것을 말한다.
  5. "잉여물품"이란 보세작업으로 인하여 발생하는 부산물과 불량품, 제품 생산 중단 등의 사유로 사용하지 않은 원재료와 제품 등을 말하며, 제12조제3항제8호의 물품을 포함한다. (‘05.1. 일부개정)
  6. "보세작업기간총소요량"이란 해당 보세작업기간 동안에 제품을 생산하는 과정에서 사용한 원재료별 총량을 말한다.
  7. "물품관리체계"란 보세공장(장외작업 포함)에서 원재료, 잉여물품 및 제품에 대한 반출입사항(예: 기초재고, 반입, 반출, 기말재고)과 생산공정에서의 원재료, 잉여물품 및 제품의 출납사항(예: 기초재고, 투입, 생산, 재공품, 기말재고)이 장부 또는 자료전달 및 보존매체(마이크로필름, 광디스크, 그 밖의 전산매체)에 따라 기록하고 동 기록을 유지해서, 최종적으로 결산보고서 재무제표 및 관련부속서류와 연계되어 보세화물의 재고 등을 파악 관리하는 일련의 체제를 말한다. 
  8. "자율관리보세공장"이란 법 제164조에 따라 세관장이 「자율관리 보세구역 운영에 관한 고시」 제3조제2호의 우수 자율관리보세구역으로 지정한 보세공장을 말한다. (‘10.12. 신설, ’13.12. 개정)

제 2 장  설치ㆍ운영의 특허


제4조(특허대상) 세관장은 다음 각 호를 모두 충족하는 경우에는 보세공장 설치ㆍ운영특허를 할 수 있다. (’23.11. 개정)
  1. 외국물품 또는 외국물품과 내국물품을 원료로 하거나 재료로 하여 제품(중간제품ㆍ시제품을 포함한다. 이하 같다)을 제조ㆍ가공하거나 수리ㆍ조립ㆍ분해ㆍ검사(원재료와 제품의 품질검사ㆍ테스트 등을 포함한다)ㆍ포장 또는 그 밖에 이와 유사한 작업을 하는 것을 목적으로 하는 공장 또는 연구ㆍ개발 장소 (’09.8., ’12.6., ‘13.12., ‘18.12., ’20.7., ’23.11., ’26.4. 개정)
  2. 수입을 목적으로 하는 물품을 제조ㆍ가공하는 공장의 경우 법 제185조제5항에 따라 제한되지 않는 업종 (’23.11. 개정)


제5조(특허요건) ① 보세공장은 다음 각 호의 시설을 갖추어야하고, 공장의 규모와 입지적 조건 등이 보세공장관리 운용에 지장이 없어야 한다.
  1. 제조ㆍ가공 또는 그 밖의 보세작업에 필요한 기계시설 및 기구의 비치
  2. 물품검사를 위하여 필요한 측정용 기기와 이에 부수하는 장비의 비치(제조공정 특성상 물품검사가 필요 없거나, 보세공장 외 장소에서 수행하는 경우는 제외) (’23.11. 개정)
  3. 원재료, 제품, 잉여물품, 수입통관 후 사용해야 하는 물품 및 그 밖의 반입물품을 구분하여 안전하게 장치 보관할 수 있는 창고 또는 야적장과 필요한 작업장의 확보
  4. 소방법령 및 소방관서가 지정하는 방화 및 소방시설의 구비
  5. 전기사업법령의 규정에 적합한 전기설비 및 전기안전시설의 구비 (‘05.1. 개정)
  6. 보세화물의 분실과 도난방지를 위한 적절한 시설을 완비하거나 보안전문업체와 경비위탁계약서를 구비 (‘18.12. 개정)
  7. 위험물품을 취급하는 보세공장의 경우는 위험물취급요령 및 그 밖의 법령(「화학물질관리법」, 소방관련 법령, 「고압가스 안전관리법」 등)에서 정한 시설의 완비 및 취급자격자의 상시 근무와 위험물품 보세공장 특허지역으로서의 적합한 지역 (‘05.1., ’22.11. 인용법명개정)
  ② 보세공장은 보세화물관리를 적정하게 하기 위하여 다음 각 호의 관리요건을 갖추어야 한다. (‘12.6. 개정)
  1. 보세화물 관리를 위하여 1명 이상의 보세사를 채용하여야 하며, 제7조제1항에 따른 단일보세공장의 경우 각 공장별 1명 이상의 보세사를 채용하여 근무하도록 해야 한다. (’22.11. 후단 신설)
  2. 원자재의 반출입, 제품 제조ㆍ가공, 제품 반출 및 잉여물품의 처리 등과 관련한 물품관리체계가 확립되어 있고, 물품관리를 위한 시스템(기업자원관리(ERP) 시스템 등)을 구비하여야 한다.
  3. 원자재 등의 부정유출 우려가 없으며, 보세작업의 감시ㆍ감독에 지장이 없어야 한다. 
  4. 특허를 갱신하는 경우에는 갱신신청 전의 특허기간 동안 해당 보세공장의 법규수행능력평가 평균등급이 B등급 이상이어야 한다. (’20.7. 개정)
  ③ 제2항에 따른 물품관리를 위하여 운영인은 보세작업의 종류 및 특수성에 따라 장부 또는 자료전달 및 보존매체(마이크로필름, 광디스크, 그 밖의 전산매체)를 사용하여 물품을 관리할 수 있으며, 자료전달 및 보존매체에 따라 보관ㆍ관리하려는 운영인은 자료보존매체를 확인, 조회할 수 있는 장치를 같이 보관ㆍ관리하여야 한다.


제6조(설치ㆍ운영의 특허) ① 보세공장 설치ㆍ운영특허를 받으려는 자는 별지 제1호서식의 보세공장 설치ㆍ운영특허 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 신청하고 별지 제2호서식의 보세공장 설치ㆍ운영특허장을 받아야 한다. (‘26.4. 개정)
  1. 민원인 제출서류 (‘07.12., ’22.11. 개정)
    가. 사업계획서(공장 위치도 및 도면, 물품관리체계 포함)
    나. 위험물품을 취급하는 공장의 경우에는 관계행정기관의 장의 허가서(또는 승인서) 사본
    다. 임차계약서 사본(임차인 경우)
    라. 「소방시설 설치 및 관리에 관한 법률」 제22조에 따른 소방시설등 자체점검 실시결과 보고서(최근 1년 이내의 것으로 한정하며, 신설공장이 아닌 경우 제출한다)
    마. 「전기사업법」 제63조, 「전기안전관리법」 제9조 및 제11조의 규정에 따른 검사확인증
    바. 임원(보세공장업무를 직접 담당하거나 감독하는 자로 한정한다)의 인적사항
  2. 담당공무원 확인사항. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 않는 경우에는 신청인이 제출하여야 한다. (‘07.12. 개정)
    가. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제16조에 따른 공장등록증명서
    나.  <삭 제> (‘26.4.)
    다. 국세납세증명
    라. 법인등기사항증명서 (‘26.4. 개정)
    마. 「소방시설공사업법」 제14조에 따른 소방시설 완공검사증명서(신설공장으로 한정한다)
  ② 세관장은 제1항에 따른 신청서를 접수한 후 특허대상, 특허요건 및 특허제한 사유 등 검토의견을 첨부하여 보세공장 특허심사위원회에 심의를 요청하여야 한다. (‘12.6. 개정)
  ③ 세관장은 특허심사위원회의 심의결과를 반영하여 보세공장으로 특허하는 것이 타당하다고 인정될 경우에는 특허할 수 있다. (‘07.12. 삭제, ’12.6. 신설)
  ④ 세관장은 신규 보세공장설치ㆍ운영특허 신청업체가 물품관리체계를 갖추지 못한 것으로 인정되는 경우 6개월 이내의 기간을 정하여 물품관리체계를 갖추는 조건으로 설치ㆍ운영특허 할 수 있다.
  ⑤ 세관장은 제조ㆍ가공 등 작업의 성질상 부득이 보세공장 외에서 일부의 작업(장외작업)을 하여야 하는 경우에도 보세작업의 원재료의 손모율이 안정되어 있어 감독에 지장이 없다고 인정될 때에는 보세공장으로 특허할 수 있다.


제6조의2(보세공장 특허심사위원회) ① 법 제174조 및 제185조에 따른 보세공장을 특허(갱신 포함) 하려는 때에는 보세공장 특허심사위원회를 개최하여야 한다.
  ② 특허심사위원회는 위원장 포함 7명 이내의 위원으로 구성하되, 해당 지역 본부세관장(직할세관장)을 위원장으로 하고, 다음 각 호의 사람을 위원으로 한다. 다만, 제2호 및 제3호에 해당하는 사람 중 1명 이상을 포함하여야 한다. (’23.11. 단서 신설, ‘26.4. 개정)
  1. 본부세관(직할세관) 통관국(과)장, 관할세관 부서장
  2. 보세구역을 대표하는 비영리단체의 임직원
  3. 학계 및 연구단체 등의 관세행정 또는 무역ㆍ물류전문가
  4. 그 밖에 위원장이 위촉하는 사람   
  ③ 특허심사위원회는 다음 각 호의 사항을 심사한다.
  1. 특허신청인의 특허요건 충족 여부 및 특허제한 사유
  2. 보세공장 특허대상, 사업계획서 등을 고려하여 시설요건과 관리요건 등 충족여부
  3. 제7조에 따른 단일보세공장의 적정 여부
  4. 기장의무 준수가능성과 화물관리능력 등 
  5. 보세공장 주요 제도개선사항 (‘12.6. 전문 신설)
  6. 특허취소, 물품반입 정지, 과징금 부과, 행정처분 경감과 관련하여 특허심사위원회의 심사가 필요한 사항(’25.3. 신설)
  ④ 특허심사위원 중에서 공무원이 아닌 위원의 임기는 2년으로 하되, 연임할 수 있다. (’23.11. 신설, ’25.3. 개정)
  ⑤ 위원은 특허신청인과 최근 3년 이내 사적이해관계가 있는 경우 당해 안건에 대한 심사를 회피하여야 한다. 이 경우 위원장은 다른 사람을 위원으로 지정하여야 한다. (’23.11. 신설)
  ⑥ 세관장은 특허심사위원회의 위원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 위원을 해촉할 수 있다. (’23.11. 신설)
  1. 심신장애로 인하여 직무를 수행할 수 없게 된 경우
  2. 직무와 관련된 비위사실이 있는 경우
  3. 직무태만, 품위손상이나 그 밖의 사유로 위원으로 적합하지 않다고 인정되는 경우
  4. 위원 스스로 직무 수행이 곤란하다고 의사를 밝히는 경우


제7조(단일보세공장의 특허 등) ① 2개 이상 근접한 장소에 있는 공장이 동일기업체에 속하며 각 공장 간에 물품관리체계의 통합관리로 반출입 물품관리 및 재고관리에 지장이 없는 경우 다음 각 호를 모두 충족할 때에는 제6조에 따라 단일보세공장으로 특허할 수 있다.
  다만, 세관관할구역을 달리하는 경우에는 통관절차의 간소화 및 세관업무의 편리를 도모하기 위하여 감시 단속에 지장이 없는 경우에만 관할지 세관장과 협의하여 주공장 관할세관에서 특허할 수 있다. (‘13.12., ‘18.12., ’25.3. 개정)
  1. 제조ㆍ가공의 공정상 일괄작업에 각 공장이 필요한 경우 (‘04.3., ‘18.12. 개정)
  2. 기존 보세공장으로부터 직선거리 30Km 이내에 신규 공장을 증설하거나 다른 공장을 합병하는 경우. 다만, 세관장은 세관감시의 단속에 지장이 없는 경우 동일세관 관할구역 내에서는 거리기준을 적용하지 않을 수 있다. (‘18.12. 신설, ’22.11., ‘25.3. 개정)
  ② 세관장은 「수출입 안전관리 우수업체 공인 및 운영에 관한 고시」 제5조제1항에 해당하는 보세공장(이하 "수출입 안전관리 우수업체"라 한다) 또는 「수출입물류업체에 대한 법규수행능력측정 및 평가관리에 관한 훈령」 제12조제1항제1호에 해당하는 보세공장(이하 "법규수행능력 우수업체"라 한다)으로서 해당 보세공장에 원재료 및 제품 등의 추가 보관이 곤란하다고 인정되고 다음 각 호의 요건을 충족시키는 경우에는 영 제191조에 따라 동일세관 관할구역에 보관창고를 증설하게 할 수 있다. (‘04.3. 삭제, ‘06.6. 신설, ’12.6. 개정)
  1. 보관창고: 해당 보세공장 및 동일법인 보세공장의 원재료 및 생산제품을 보관하는 전용 창고일 것 (’23.11. 개정)
  2. 물품관리: 보세공장과 보관창고 물품의 통합관리로 반출입 물품관리 및 재고관리에 지장이 없을 것
  ③ 제2항에도 불구하고 세관장은 감시단속에 지장이 없다고 판단하는 경우 관할구역을 벗어나는 경우에도 보세공장으로부터 직선거리 30Km 이내에 보관창고를 증설하게 할 수 있다. 이때 세관장은 보관창고 관할지 세관장과 협의하여야 하며, 물품관리는 보세공장 관할지 세관장이 수행하는 것을 원칙으로 한다. (’22.11. 신설, ‘25.3. 개정)


제8조(특허의 제한) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보세공장의 설치ㆍ운영 특허를 할 수 없다.
  1. 법 제175조 각 호의 어느 하나에 해당되는 자
  2. 관세 및 내국세를 체납하고 있는 자 
  3. 위험물품을 취급하는 경우에는 위험물품의 종류에 따라 관계행정기관의 장의 허가나 승인을 받지 아니한 자
  ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보세작업의 종류 및 특수성을 고려하여 설치ㆍ운영특허를 제한할 수 있다.
  1. 제25조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 보수작업만을 목적으로 하는 경우 (‘05.1. 개정)
  2. 폐기물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공하려는 경우
  3. 손모율이 불안정한 농ㆍ수ㆍ축산물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공하려는 경우
  4. 보세작업의 전부를 장외작업에 의존할 경우
  5. 공장 또는 제조 시설에 대한 보세공장 특허 없이 연구ㆍ개발 장소만을 보세공장으로 운영하려는 경우 (‘26.4. 신설)
  6. 영 제71조의2에 따른 우회덤핑이 우려되는 경우(이 경우 법 제189조에 따른 원료과세와 1년의 특허기간을 조건으로 특허를 부여할 수 있다.) (‘26.4. 신설)


제9조(특허기간) ① 보세공장 설치ㆍ운영의 특허기간은 10년의 범위 내에서 해당 보세공장의 설치ㆍ운영특허 신청기간으로 하되 갱신할 수 있다. 다만, 타인의 시설을 임차하여 설치ㆍ운영특허를 신청하는 경우의 특허기간은 임차계약기간으로 한다.
  ② 제1항 단서에도 불구하고 특허 신청면적 중 일부 임차시설이 포함된 경우에는 매 임차기간 종료 전에 갱신된 임대차계약서를 제출하는 것을 조건으로 10년의 범위 내에서 특허기간을 부여할 수 있다. (‘23.11. 신설)


제10조(특허의 갱신) ① 보세공장 설치ㆍ운영특허기간을 갱신하려는 자는 특허기간 만료 1개월 전까지 다음 각 호의 서류를 첨부하여 별지 제1호서식의 보세공장설치ㆍ운영특허(갱신)신청서를 세관장에게 제출하여야 한다. 다만, 보세공장 특허 갱신과 자율관리보세공장 지정 갱신을 통합하여 신청하는 경우에는 별지 제1호서식의 보세공장 설치ㆍ운영 특허(갱신) 신청서 하단의 자율관리 갱신 신청란에 갱신 신청 여부를 표시하는 방법으로 자율관리보세공장 갱신 신청을 한 것으로 갈음한다. 이때, 자율관리보세공장 갱신 심사기간은 보세공장 특허 심사기간에 따른다.
  1. <삭 제> (‘05.1.)
  2. 임차계약서 사본(임차인 경우)
  3. 제6조제1항제1호라목 및 마목의 서류 (‘05.1. 신설, ‘07.12. 개정)
  4. 제6조제1항제1호바목의 서류(종전 특허(갱신) 당시와 변동이 있는 경우로 한정한다) (‘05.1. 신설, ‘07.12. 개정)
  ② 세관장은 특허의 갱신 신청이 있는 경우 특허요건 및 특허의 제한 사유에 대한 심사는 설치ㆍ운영특허의 규정을 준용한다.
  ③ 본부세관 특허심사위원회에서 심의되어 특허받은 업체가 갱신신청을 하는 경우에는 소재지 관할 세관장 또는 국장을 위원장으로 하고 5명 이상의 위원으로 자체 심사위원회를 구성하여 사전심사를 한 후 특허여부를 결정하여야 한다. (‘12.6. 신설)


제11조(특허의 상실 및 승계) ① 세관장은 법 제179조에 따라 특허가 상실된 보세공장에 대하여는 지체없이 재고조사를 실시하고 법 제182조에 따라 필요한 조치를 하여야 한다.
  ② 법 제179조제3항에 따라 상속인 또는 승계법인이 보세공장의 운영을 계속하려는 때에는 별지 제2호의2서식의 특허보세구역(보세공장)승계신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 피상속인 또는 피승계법인이 사망하거나 해산한 날부터 30일 이내에 세관장에게 제출하여야 한다. (‘05.1. 신설)
  1. 상속인 또는 승계법인을 확인할 수 있는 서류
  2. 제6조제1항제1호나목부터 바목까지의 서류 (‘07.12. 개정)
  3. 그 밖에 보세공장의 시설이 특허내용과 다른 경우는 변동을 확인할 수 있는 서류
  ③ 제2항에 따라 신고를 받은 세관장은 제5조 및 제6조에 따라 심사하여 신고일부터 5일 이내에 심사결과를 통보하여야 한다. (‘05.1. 신설)
  ④ 세관장은 제3항에 따라 특허승계를 허용하는 경우 보세공장의 특허기간은 피승계 보세공장 특허기간의 남은 기간으로 하여 특허장을 재교부하여야 한다. (‘05.1. 신설)

제 3 장   반출입 절차


제12조(반입대상 물품) ① 보세공장에서 보세작업을 하기 위하여 반입되는 원료 또는 재료(이하 "보세공장 원재료"라 한다)는 영 제199조제1항 및 제2항에 해당하는 물품으로서 세관장에게 설치ㆍ운영 특허 받은 품목의 제조ㆍ가공 등에 소요되는 것으로 한정한다. (‘04.3. 개정)
  ② 수입통관 후 해당 보세공장에서 사용할 기계, 기구, 부분품, 소모품, 견품, 내국작업 원재료 및 보세공장이 아닌 부설 연구소에서 사용될 시설기자재ㆍ원재료 등은 보세공장에 반입할 수 있다. 이 경우 반입된 물품은 반입일부터 30일 이내에 법 제241조제1항에 따른 수입 또는 반송신고를 하여야 한다. (‘26.4. 개정) 
  ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품은 보세공장제도의 원활한 운영을 위하여 보세공장에 반입할 수 있다. (‘05.1. 개정, ‘09.8. 개정)
  1. 보세공장에서 제조되어 반출된 제품의 하자보수용 물품 (‘09.8. 개정)
  2. 보세공장에서 제조ㆍ가공하여 반출한 후 하자발생, 불량, 구매자의 인수거절 등으로 인하여 반송된 물품과 하자보수, 성능개선 등 목적으로 보세공장에 재반입되는 물품 (‘09.8. 개정, ’22.11 개정)
  3. 해당 보세공장의 생산품목과 동일품목을 보세작업 또는 보수작업을 거쳐 재수출하거나 다른 보세공장에 원재료로 공급할 물품 (‘04.3. 개정)
  4. 해당 보세공장에서 건조ㆍ수리되는 선박 또는 항공기에 적재하고자 하는 선박용품ㆍ항공기용품(환급대상물품은 제외)
  5. 해당 보세공장에서 외국으로 원재료 등을 반출하여 제조ㆍ가공한 후 국내 보세공장에서 마무리작업, 성능검사, 조립, 재포장, 상표(LABEL)부착의 작업을 하거나 해당 보세공장에 반입 후 양수도 또는 통관절차를 수행하고자 하는 완성품 (‘06.6. 개정)
  6. <삭 제> (‘26.4.)
  7. 보세공장 반입물품 또는 보세공장에서 제조ㆍ가공한 물품과 세트를 구성하거나 함께 거래되는 물품 (‘05.1. 신설)
  8. 보세공장 반입물품 또는 보세공장에서 제조ㆍ가공한 물품에 전용되는 포장ㆍ운반용품 (‘05.1. 신설)
  9. 해당 보세공장의 특허 받은 품목의 제조ㆍ가공에 소요되는 물품과 동일한 물품으로 위탁가공계약에 의해 보세작업을 위하여 반입되는 타인소유 물품 (‘13.12. 신설)
  10. 해당 보세공장에서 제조되어 수출된 물품의 마무리 작업, 유지보수 또는 수리 등을 위해 추가로 수출하는 물품으로서 해당 보세공장에서 보세작업이 필요한 물품 (’20.7. 신설)
  11. 수리를 위해 반입되는 선박 또는 항공기에 적재되어 있는 연료(’20.7. 신설)
  12. 해당 보세공장 생산품과 함께 보관ㆍ관리하고자 하는 해외 현지법인 생산품 (’22.11. 신설)
  ④ 세관장은 운영인이 제3항 각 호의 물품을 반입신고하는 때에는 자료를 제출받아 심사하거나 검사할 수 있다. (‘04.3. 개정)
  ⑤ <삭제> (‘09.8. 삭제)


제12조의2(원료과세) ① 법 제189조제1항에 따라 원료과세의 적용을 받으려는 자는 수입신고 전에 별지 제3호서식의 원료과세 적용 신청(승인)서로 세관장에게 신청하여야 한다. 이 경우 세관공무원은 물품이 사용 전인 경우에는 현품을 검사할 수 있으며, 이미 사용된 경우에는 사용신고수리필증 제출을 요구할 수 있다. (‘26.4. 개정)
  ② 법 제189조제2항 및 영 제205조제3항에 따라 보세공장이 다음 각 호의 사항을 충족하는 경우에는 별지 제3호의2서식의 원료과세 포괄적용 신청(승인)서를 제출하여 1년의 범위에서 원료별, 제품별 또는 보세공장 전체에 대하여 원료과세의 적용을 신청할 수 있다.
  1. 최근 2년간 생산되어 판매된 물품 중 수출된 물품의 가격비율이 100분의 50 이상인 경우
  2. 수출입 안전관리 우수업체(AEO)
  3. 내ㆍ외국 원재료별 품명, 규격, 소요량, 재고 등이 전산시스템에 의하여 명확하게 기록ㆍ관리되는 경우
  ③ 운영인이 제2항에 따른 원료과세 적용 신청내역을 정정하려는 때에는 별지 제3호의3서식의 원료과세 포괄적용 정정신청(승인)서를 전산시스템으로 전송하여야 하며, 세관장이 정정신청 내용의 확인을 위하여 증명자료를 요청하는 경우에는 이를 제출하여야 한다. (‘09.8. 전문신설)
  ④ 원료과세 적용신청 물품에 대해 FTA 협정관세를 적용받으려는 자는 사용신고를 할 때 해당 원산지와 원산지증명서 구비여부(Y), 세율란(FTA 관세율)을 기재하여 사용신고 하여야 하며, 제품 수입신고를 할 때 협정관세적용신청서와 함께 해당 사용신고서를 첨부하여야 한다.(‘12.6. 신설)


제13조(물품의 반출입) ① 보세공장에 물품을 반입, 반출하려는 자는 세관장에게 별지 제4호서식의 보세공장물품 반출(입)신고(승인)서로 신고하여야 하며 세관장은 보세공장 반입대상 물품인지를 심사하여 반입대상이 아닌 경우에는 다른 보세구역으로 반출을 명하여야 한다.
  ② 보세운송절차에 따라 반입되는 물품은 즉시 제1항에 따른 반입신고를 하여야 한다. 이 경우 반입신고는 보세운송 도착보고를 갈음할 수 있다. (‘04.3. 개정)
  ③ 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시」(이하 "환급고시"라 한다)에 따른 환급대상물품의 반입신고는 보세사에 의한 반입명세의 기록으로 갈음하며, 국내 반출신고는 환급고시 제5장제3절에 따른 반입확인서의 정정ㆍ취하 승인으로 갈음한다. 다만, 반입확인서의 정정ㆍ취하 승인 대상이 아닌 물품의 반출신고는 수입 등의 절차에 따른다. (‘04.3., ’10.12., ’18.12. 개정)
  1. <삭 제> (’18.12.)
  2. <삭 제> (’18.12.)
  ④ 운영인은 잉여물품을 수입신고 전에 즉시 반출하려는 경우에는 별지 제18호의5서식의 보세공장 잉여물품 수입신고전 반출신고서를 제출하여야 하며, 반출신고서를 정정하거나 취하하려는 경우에는 별지 제18호의6서식의 보세공장 잉여물품 수입신고전 반출 정정ㆍ취하신청(승인)서를 수입신고수리 전까지 제출하여 세관장의 승인을 받아야 한다. (’18.12. 신설, ’22.11. 후단 신설)
  ⑤ 수출 또는 수입의 신고가 수리되어 반출되는 물품의 반출신고는 동 신고의 수리로 갈음하며, 운영인은 보세공장에 반입된 물품에 이상(계약내용과 상이 포함)이 있는 경우에는 영 제182조제1항에 따라 관할세관장에게 물품이상신고를 하여야 한다.
  ⑥ 운영인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보세공장에서 제조ㆍ가공ㆍ수리 또는 재생한 물품, 원재료와 부산물 등 잉여물품을 보세운송절차(별지 제18호의2 및 제18호의3서식)에 따라 다른 보세구역 또는 보세공장으로 반출할 수 있으며, 다른 보세구역으로 반출하는 경우에는 화물관리시스템으로 화물관리번호를 신청한 후 「보세운송에 관한 고시」에서 정한 보세운송 절차에 따라 반출할 수 있다. 이때 반출신고는 별지 제18호의2서식의 보세공장 등 물품반출신고 및 보세운송신고서에 보세운송신고번호, 반출일시 등을 기재하여 신고해야 하며, 제1호부터 제3호까지에 따른 보세공장과 다른 보세공장에는 제조업종의 사업 또는 복합물류 관련 사업(포장ㆍ보수ㆍ가공 또는 조립 등의 기능을 수행하는 경우)을 하는 자유무역지역 입주기업체와 복합물류보세창고를 포함한다. (‘26.4. 개정)
  1. 비축ㆍ보관ㆍ판매를 위하여 다른 보세구역 또는 보세공장으로 반출하는 경우 (’06.6., ’23.11. 개정)
  2. 다른 보세공장의 원재료로 사용하기 위하여 다른 보세공장으로 반출하는 경우(‘05.1. 개정)
  3. 불량, 성능미달 등의 사유로 다른 보세공장으로부터 공급받은 원재료를 원재료 공급 보세공장으로 재반출하는 경우
  4. <삭 제> (‘22.11.)
  ⑦ 세관장은 운영인이 수출입 안전관리 우수업체 또는 법규수행능력 우수업체에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 화물관리번호의 신청수리를 전산에서 자동수리하게 할 수 있다. 이 경우 해당 보세공장의 보세구역 부호를 화물관리시스템에 등록하여야 한다. (‘09.8. 신설, ’12.5. 개정)
  ⑧ 이 고시에서 반출입신고를 규정하지 아니한 내국물품에 대한 반출입신고는 생략할 수 있다. 다만, 제품의 제조ㆍ가공 등에 소요되는 원재료를 반출입하려는 때에는 그 사실을 기록ㆍ관리하여야 한다. (‘04.3. 개정)
  ⑨ <삭 제> (’22.11.)


제14조(국외가공 등 원재료 원상태 반출) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품은 반입신고 시의 원재료 원상태로 국외반출을 허용할 수 있다. (‘04.3. 개정)
  1. 국외에서 제조ㆍ가공공정의 일부를 이행하기 위하여 필요한 원재료
  2. 보세공장에서 수출한 물품의 하자보수 등 추가적인 제조ㆍ가공ㆍ수리에 필요한 원재료
  3. 보세공장의 해외 현지공장에서 제조ㆍ가공ㆍ수리 그 밖에 유사한 작업에 사용할 원재료
  4. 생산계획 변경, 제조품목의 사양변경 또는 보세작업과정에서 발생하는 잉여 원재료 (‘22.11. 개정)
  5. 계약내용과 다른 원재료. 다만, 사용신고가 수리된 경우에는 사용신고 당시의 성질이나 형태가 변경되지 아니한 경우에 한한다. (’18.12. 신설)
  6. 임가공을 의뢰한 해외 공급자가 계약수량 변경, 품질검사 등의 사유로 반환을 요구하는 원재료 (’22.11. 신설)
  ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있을 때에는 보세운송절차(별지 제18호의2 및 제18호의3서식)에 따라 보세공장 간 원재료의 원상태 반출을 허용할 수 있다. (‘05.1. 일부개정)
  1. 동일법인이 2개 이상의 보세공장을 설치ㆍ운영특허를 받아 운영하는 경우에 일부 보세공장의 원재료 수급 및 재고관리 등 불가피한 사유로 동일법인 보세공장 간 원재료의 원상태 반출이 타당하다고 인정되는 경우
  2. 생산제품의 사양 변경, 단종 또는 재고 원재료 중 해당 보세공장의 제조ㆍ가공에 지장이 없는 원재료에 대하여 동일 원재료를 사용하는 다른 보세공장 등에 양도하는 것이 타당하다고 인정되는 경우 (‘04.3. 개정)
  ③ 세관장은 보세공장에서 국내로 수입된 물품의 하자보수, 원재료에 대한 성분 분석, 보세공장이 아닌 부설연구소의 연구ㆍ개발용 원재료의 사용 등 부득이한 사유로 보세공장에 반입신고 또는 사용신고된 원재료를 사용하는 것이 타당하다고 인정하는 경우에는 원재료의 원상태 수입을 허용할 수 있다. (‘26.4. 개정)


제15조(물품반입확인서 발급) ① 보세공장에 반입한 보세공장원재료의 환급대상물품반입확인서(환급고시 별지 제1호서식)의 발급ㆍ정정 등의 절차는 환급고시 제5장제1절, 제3절 및 제4절에 따르며, 세관장은 환급고시 제5장제1절 및 제4절에 따라 반입확인하는 때에는 제13조제3항의 기록을 확인하거나 관련 자료 또는 반입사실에 대한 보세사의 확인서를 제출하게 할 수 있다. (‘04.3., ‘05.1., ‘18.10. 개정)
  ② 세관장은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품은 물품반입확인서를 발급하지 아니한다. 
  1. 시험ㆍ연구 후 수출되지 않은 제품의 생산을 위한 원재료 (‘26.4. 개정)
  2. 제26조에 따른 내국작업용 원재료
  3. 국내로 수입하려는 물품의 제조ㆍ가공 등에 필요한 원재료


제15조의2(계약내용 상이 물품의 반입) ① 법 제106조제1항에 따라 보세공장으로부터 수입신고 수리된 물품이 계약내용과 달라 보세공장으로 반입하려는 자는 별지 제4호의2서식의 보세공장 계약상이물품 반입신고(승인)서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다. (‘04.3. 신설, ‘09.8. 개정)
  1. 수입신고필증
  2. 해당 물품 수입에 관한 계약내용의 증명서류
  3. 해당 물품의 품명ㆍ규격ㆍ수량ㆍ가격 및 반입사유를 기재한 사유서
  ② 제1항의 보세공장 계약상이물품 반입신고서를 접수한 세관공무원은 제출서류 및 물품검사 등을 통하여 다음 각 호의 사항을 심사하여야 한다. (‘04.3. 신설)
  1. 해당 물품이 계약내용과 다른지 여부
  2. 수입신고 당시의 성질 또는 형태가 변경되지 아니한지 여부
  3. 수입신고 수리일부터 1년 이내에 보세공장에 반입되었는지 여부 (‘09.8. 개정)
  ③ 제1항의 반입신고를 승인하는 세관공무원은 수입신고필증의 세관기재란에 보세공장 반입승인내용을 기재하여야 한다. (‘04.3. 신설)


제16조(물품반입의 정지 및 과징금의 부과) ① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생할 때에는 기간을 정하여 보세공장에 물품반입을 정지시킬 수 있다.
  1. 반입물품에 대한 관세를 납부할 능력이 없다고 인정되는 경우 
  2. 해당 시설의 미비 등으로 보세공장 설치ㆍ운영의 목적을 달성하기 곤란하다고 인정되는 경우
  3. 재고조사결과 자율 소요량 관리가 부적정하다고 인정되는 경우
  4. 1년 이상 장기간 계속하여 물품 반출입 실적이 없거나, 6개월 이상 보세작업을 아니하거나, 업체가 부도 또는 극심한 경영난으로 인하여 정상적인 영업활동이 불가능하여 보세공장 설치ㆍ운영목적을 달성하기 곤란하다고 인정되는 경우
  5. 운영인이 최근 1년 내에 3회 이상 경고처분을 받은 경우
  6. 본인 또는 그 사용인이 법 또는 법에 따른 명령을 위반한 경우. 다만, 제44조에 따라 주의 또는 경고처분을 받은 경우는 제외한다.
  ② 세관장은 제1항에 따라 기간을 정하여 물품반입의 정지를 하는 경우 그 기간은 다음 각 호에 따른다. 
  1. 제1항제1호부터 제3호까지의 경우에는 6개월의 범위에서 그 사유가 해소될 때까지
  2. 제1항제4호부터 제6호까지의 경우에는 1개월 이내의 기간(‘12.6. 개정)
  ③ 세관장은 제1항 및 제2항에 따라 물품반입을 정지하였을 때에는 지체없이 관세청 전자통관시스템의 해당 보세공장 보세구역부호를 삭제등록하고, 반입정지기간이 경과하는 때 시스템 관리부서로 부호삭제의 해제를 요청하여야 한다. (‘04.3. 개정)
  ④ 세관장은 제1항에 따른 물품반입의 정지처분이 법 제178조제3항에 해당하는 경우에는 과징금을 부과할 수 있다. (‘11.3. 신설)
  ⑤ 과징금의 부과절차에 관하여는 「보세창고 특허 및 운영에 관한 고시」 제18조를 준용한다. (‘11.3. 신설, ’25.3. 개정)


제17조(물품의 장치 및 관리) ① 운영인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품을 각각 구분하여 장치하여야 한다. 다만, 물품을 전산에 의하여 보관ㆍ관리하는 자동화 보관시설을 갖춘 경우로서 세관장이 보세화물의 감시 단속에 지장이 없다고 인정할 경우에는 그러하지 아니하며, 제12조제2항에 해당하는 물품으로서 해당 사용장소에 장치할 필요가 있는 경우에는 그 장소에 장치할 수 있다.
  1.보세가공용 원재료 등(물품반입확인서 발급대상물품 포함)
2. 수입통관 후 사용하여야 하는 외국물품          
3. 보세공장에서 제조ㆍ가공, 수리된 물품          
4. 보세작업결과 발생한 잉여물품          
5. 내국작업 물품          
  ② 제7조제1항에 따라 단일보세공장으로 특허한 경우 주공장 관할지세관(특허세관)장은 공장 및 공정별로 구분하여 보세공장을 관리한다. 다만, 보세공장의 감시감독에 필요하다고 인정되는 경우에는 소재지 관할세관장에게 보세공장 운영실태 등의 업무조사를 의뢰할 수 있다.
  ③ <삭 제> (‘23.11.)


제17조의2(보세공장 외 일시 물품장치 등) ① 운영인은 해당 보세공장에 반입하려는 물품과 반입된 물품, 해당 보세공장에서 생산된 재공품 및 제품 중 거대 중량(부피)의 물품 또는 특수보관이 필요한 물품으로서 다른 보세작업의 수행에 지장이 있는 경우에는 세관장의 허가를 받아 해당 물품을 보세공장 외의 장소에 장치(이하 "장외일시장치"라 한다)할 수 있다. (‘20.7., ‘22.11. 개정)
  ② 제1항에 따라 별지 제4호의3서식의 보세공장 외 일시 물품 장치허가(정정)신청서를 제출받은 세관장은 신청물품이 다른 보세작업의 수행에 지장을 초래하는지, 그 밖의 장치기간ㆍ장소 및 신청사유 등이 보세화물의 감시감독에 지장을 초래하는지 등을 심사하여 1년 6개월의 범위에서 이를 허가할 수 있다. 다만, 재해 그 밖에 부득이한 사유가 있는 경우에는 세관장의 허가를 받아 장치장소를 변경하거나 1년 6개월의 범위에서 장치기간을 연장할 수 있다. (‘20.7. 개정)
  ③ 장외일시장치 물품은 장외일시장치 장소에 장치한 상태에서 수출입신고, 양수도 또는 폐기처분 등을 할 수 있다. (‘17.7. 신설)
  ④ 운영인은 장외일시장치 허가를 받은 물품을 허가일부터 30일 이내에 허가받은 장소에 반입하여야 한다. 이 경우 해당 물품의 반출신고 및 보세운송신고는 장외일시장치허가서로 갈음하며, 허가받은 물품을 장외장치장으로 직접 반입하려는 경우에는 제23조의 규정을 준용한다. (’22.11. 개정)
  ⑤ 제3항에 따라 장외일시장치장소에 반입된 물품은 허가기간이 종료될 때까지 보세공장에 있는 것으로 본다.
  ⑥ 운영인은 장외일시장치 물품을 보세공장에 반입하는 때에는 세관장에게 별지 제7호의2서식의 장외작업ㆍ장치 반출입신고(수리) 겸 보세운송신고(수리)서를 제출하여야 하며, 세관장은 허가기간이 경과한 물품이 장외일시장치장소에 장치되어 있는 경우에는 해당 물품의 허가받은 운영인으로부터 그 관세를 즉시 징수한다.
  ⑦ 장외일시장치장소가 다른 세관의 관할 구역인 경우에는 제22조제10항 및 제11항을 준용한다. (‘05.1. 전문 신설, ‘22.11. 개정)
  ⑧ 동일한 장외장치 장소에서 반복적으로 제1항에 따른 허가를 받고자 하는 운영인은 사전에 장외일시장치 장소를 관할하는 세관장에게 별지 제7호의4서식을 제출하여 장외일시 장치 장소를 등록(변경하는 경우를 포함한다) 할 수 있다.


제18조(사용신고 및 검사) ① 운영인은 보세공장에 반입된 물품에 대하여  그 사용 전에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장(제7조 및 제24조제6항의 경우 해당 물품이 장치된 보세구역을 관할하는 세관장을 말한다)에게 사용신고를 하여야 한다. 다만, "환급대상물품반입확인서" 발급 대상물품은 제13조제3항에서 정하는 반입신고 방법을 사용신고에 갈음할 수 있으며, 별지 제18호의3서식에 의해 반입되는 물품으로 다른 보세공장으로부터 반입된 물품(보세공장에서 화물관리번호 부여 후 다른 보세구역을 경유하여 반입되는 물품을 포함한다)과 자유무역지역 또는 복합물류보세창고로부터 반입된 물품은 반입신고를 사용신고에 갈음할 수 있으며, 내국물품은 사용신고를 생략한다. 
  1. 사용신고서(수입신고서 양식 사용)
2. 수입승인서 또는 이를 갈음하는 서류(필요한 경우에 한정함)          
3. 송품장          
4. 선하증권(B/L)ㆍ항공화물운송장(AWB) 사본          
5. 법 제226조에 따른 세관장 확인서류(제2항에 따라 필요한 경우)          
  6. 그 밖에 세관장이 필요하다고 인정하는 서류(포장명세서, 보수작업신청서, 내ㆍ외국물품 혼용비율 과세 적용 신청서, 위탁가공계약서 등) (’26.4. 개정)
  ② 제1항에 따라 사용신고를 한 외국물품이 다음 각 호의 법률에 따라 수입요건을 갖출 필요가 있는 물품인 경우에는 세관장에게 그 요건을 갖춘 것임을 증명하여야 한다.
  1. 「마약류 관리에 관한 법률」
  2. 「식물방역법」
3.「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」          
4.「총포ㆍ도검ㆍ화약류 등의 안전관리에 관한 법률」          
5.「수산생물질병 관리법」          
6.「가축전염병 예방법」          
7.「폐기물의 국가 간 이동 및 그 처리에 관한 법률」          
8.「약사법」(오ㆍ남용우려 의약품 한정)          
9.「수입식품안전관리 특별법」          
10.「통신비밀보호법」          
11.「화학물질관리법」(금지물질, 제한물질에 한함)          
12.「방위사업법」          
13. 국민건강보호ㆍ사회안전을 위해 긴급한 대응이 필요하여 법률상 수입요건 구비 여부 확인이 필요하다고 세관장이 인정하는 경우 해당 법          
  ③ 제1항에 따른 사용신고 물품에 대한 검사는 관세청장이 정하는 바에 따르며, 사용신고를 수리한 때에는 세관특수청인을 전자적으로 날인한 신고필증을 교부한다. 다만, 각 호의 사유가 있을 때에는 해당 각 호의 방법으로 교부한다. (‘13.12., ’22.11. 개정)
  1. 부득이한 사정으로 신고필증을 전자적으로 교부할 수 없는 경우: 사용신고서에 세관특수청인을 직접 찍어서 교부
  2. 신고물품의 규격수가 50개를 초과하여 전산으로 입력하지 않고 신고서와 신고필증에 상세내용을 별도의 붙임서류로 첨부하여 신고하는 경우: 세관특수청인을 전자적으로 찍은 신고필증과 붙임서류의 경계면에 [별표 3]의 신고서 처리담당자의 인장을 찍어서 교부
  ④ 제2항에 따른 검사대상물품 선별에서 검사방법이 수리전분석 또는 수리후분석으로 지정된 경우 사용신고한 물품이 원료과세적용 신청물품이 아닌 경우에는 검사를 생략할 수 있다.
  ⑤ 운영인은 사용신고하는 보세공장 반입대상 물품 중 제12조제3항제7호 및 제8호의 물품이 있는 때에는 란을 달리하여 신고하여야 한다. (‘05.1. 신설)
  ⑥ 세관장은 수출입 안전관리 우수업체 또는 법규수행능력 우수업체 보세공장이 해당 보세공장에서 사용하는 원재료의 품목번호(HSK)를 전산시스템에 등록한 경우에 입항전에 사용신고를 하게 하거나 사용신고수리를 전산에서 자동수리하게 할 수 있다. 다만, 서류제출대상 또는 검사대상으로 선별된 물품의 경우에는 그렇지 않다. (‘06.6. 신설, ’12.6., ‘20.7. 개정)
  ⑦ 운영인은 제6항에 따른 입항전 사용신고를 「보세화물 입출항 하선 하기 및 적재에 관한 고시」에 따라 화물관리번호가 부여된 이후에 보세공장 관할세관장에게 할 수 있다. 이 경우 적재화물목록 심사가 완료되는 때에 전산에서 자동수리할 수 있다. 다만, 서류제출대상이나 검사대상으로 선별된 물품의 경우에는 그렇지 않다. (‘26.4. 개정)


제18조의2(사용신고 취하 등) ① 운영인은 보세공장에 반입된 물품 중 제12조제2항에 따라 수입통관 후 사용해야 할 물품을 운영인의 착오 등으로 제18조제1항에 따른 사용신고를 한 물품에 대해서는 관할세관장에게 사용신고 취하신청을 할 수 있다. 
  ② 세관장은 제1항에 따라 사용신고 취하신청을 받은 때 해당 물품이 사용신고 당시의 성질과 상태가 변경되지 아니한 경우에만 그 사용신고를 취하할 수 있다.
  ③ 세관장은 제18조제1항에 따라 사용신고 된 물품이 제조공정 등에 투입되어 사용신고 당시의 성질과 상태가 변경된 경우에는 법 제39조제1항제1호 및 법 제42조제3항에 따라 운영인에게 관세 및 가산세를 부과고지 하여야 한다. 
  ④ 제1항 및 제2항에 따른 사용신고의 취하신청 및 승인 절차는 「수입통관 사무처리에 관한 고시」 제18조를 준용한다.  
   (‘20.7. 본조 신설)


제19조(보세공장 도착전 사용신고) ① 세관장은 운영인이 보세공장 도착전 사용신고한 물품 중 검사생략으로 선별된 물품으로서 보세공장 도착전에 심사 및 결재등록을 하는 경우에는 법 제215조에 의한 보세운송 도착보고 된 때에 전산에서 자동수리할 수 있다. (‘05.1. 개정)
  ② 세관장은 수출입 안전관리 우수업체 또는 법규수행능력 우수업체인 보세공장에 대하여 해당 보세공장에서 사용하는 물품의 품목번호(HSK)를 전산시스템에 등록한 경우에는 보세공장 도착전 사용신고 물품의 심사 및 결재등록을 생략할 수 있다. 다만, 서류제출대상이나 검사대상으로 선별된 물품의 경우에는 그렇지 않다. (‘16.10. 신설, ’20.7., ’22.11. 개정)


제20조 <삭 제> (’22.11.)


제21조(내ㆍ외국물품 혼용작업) ① 법 제188조 단서에 따라 내ㆍ외국물품 혼용비율에 따른 과세 적용 승인을 받고자 하는 자는 수입신고를 하기 전에 별지 제5호서식의 보세공장 내ㆍ외국물품 혼용비율 과세 적용 신청서에 소요원재료에 대한 상세목록을 첨부하여 세관장의 승인을 받아야 한다. 다만, 세관장이 혼용작업관리에 지장이 없다고 인정한 때에는 주요원재료목록 제출로 상세목록을 갈음할 수 있다. (‘26.4. 개정)
  ② 운영인은 제1항에 따라 작업한 물품에 대하여 제27조제2항에 따라 세관장이 요구하는 때에는 별지 제6호서식의 원재료실소요량계산서를 세관장에게 제출하여 내ㆍ외국물품 혼용비율에 대해 세관장의 확인을 받아야 한다. (‘05.1. 개정)
  ③ 세관장은 제1항에 따른 내ㆍ외국물품 혼용비율 과세 적용 승인을 받은 물품과 품명 및 규격이 각각 동일하고 손모율에 변동이 없는 동종의 물품을 혼용하는 경우에는 새로운 승인신청을 생략하게 할 수 있다. (‘26.4. 개정) 
  ④ 제22조 또는 제24조에 따른 장외작업 또는 다른 보세공장 일시보세작업 허가를 받아 생산하는 물품의 내ㆍ외국물품 혼용비율 과세 적용 신청은 허가받은 운영인이 원보세공장 관할 세관장에게 신청하여야 한다. (‘26.4. 개정)
  ⑤ 운영인이 제1항에 따른 내ㆍ외국물품 혼용비율 과세 적용 승인내역을 정정하려는 때에는 별지 제5호의2서식의 내ㆍ외국물품 혼용비율 과세 적용 정정신청(승인)서를 제출하여 세관장의 승인을 받아야 한다. (‘26.4. 개정)


제22조(장외작업) ① 장외작업을 하려는 운영인은 세관장에게 별지 제7호의4서식의 장외작업장 등록신청서를 제출하여 장외작업 장소를 등록하고, 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 장외작업허가(별지 제7호서식)를 받아야 한다. 이 경우 세관장은 작업에 소요되는 원재료를 부정하게 유출할 우려가 있다고 인정되는 물품 또는 공장에 대하여는 장외작업을 허가하여서는 아니 된다. (‘04.3, ‘05.1. ‘18.12. 개정)
  1. 임가공계약서 등 임가공계약을 확인할 수 있는 서류 사본 1부(전산시스템에 의한 신고의 경우 제출생략) (‘06.6. 개정)
  2. <삭제> (‘06.6.)
  ② 장외작업허가신청을 받은 세관장은 6개월 이내의 기간과 장소를 정하여 이를 허가할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 기간이내에서 장외작업을 허가할 수 있다.
  1. 임가공계약서 등으로 전체 장외작업의 내용(장외작업장소, 작업종류, 예상 작업기간)을 미리 알 수 있어 여러 건의 장외작업을 일괄 허가하는 경우: 1년
  2. 제품 1단위를 생산하는데 장기간 소요되는 물품인 경우: 2년 (’18.12. 개정)
  ③ 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 장외작업 기간 동안 생산하는 물품과 소요 원재료를 포괄하여 장외작업을 허가(별지 제7호의3서식) 할 수 있다. 이 경우 임가공계약서 등에 작업공정별 작업장소, 작업기간, 생산하는 물품 및 소요원재료 등이 명시되어 있어야 한다. (’20.7. 개정)
  1. 제조공정상 동일한 장외작업장에서 연속하여 작업수행이 필요한 경우
  2. 장외작업장, 제24조에 따른 다른 보세공장 및 자유무역지역 간에 한 곳 이상의 장외작업장 등에서 연속하여 작업수행이 필요한 경우 (’23.11. 개정)
  ④ 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 운영인으로부터 장외작업 기간연장(장소변경) 승인신청(별지 제8호서식)을 받아 승인할 수 있다. (‘04.3. 개정)
  1. 거대중량 또는 원보세공장의 장치공간 부족 등의 사유로 1년의 범위에서 계속하여 장치하려는 경우
  2. 재해 그 밖에 부득이한 사유로 1년의 범위에서 작업기간을 연장하려는 경우(‘05.1. 개정)
  3. 재해 그 밖에 부득이한 사유로 장외작업 장소를 변경하려는 경우 (‘05.1. 신설)
  ⑤ 운영인은 원보세공장과 장외작업장 또는 장외작업장과 장외작업장 간의 원재료 및 제품을 이동할 때에 물품 반출입 내역을 자체적으로 기록ㆍ유지하는 경우에는 반출입신고 겸 보세운송신고(별지 제7호의2서식)를 생략할 수 있으며, 제3항에 따른 장외작업장과 다른 보세공장 간의 원재료 및 제품의 이동은 제24조제4항의 보세운송절차(별지 제18호의2 및 제18호의3서식)에 따른다. (‘04.3., ‘05.1., ‘06.6., ‘09.8., ‘16.10., ’20.7. 개정)
  ⑥ 운영인은 장외작업으로 생산한 물품과 잉여물품 등을 장외작업장소에 장치한 상태에서 원보세공장 관할세관에 수출ㆍ수입신고, 양수도, 다른 보세구역 또는 자유무역지역 입주기업체로의 반출신고, 폐기신청, 장외일시장치신청 등을 할 수 있다. 이때, 세관장이 보세화물의 관리ㆍ감독상 필요하다고 판단하거나 검사대상물품으로 선별한 경우에는 원보세공장으로 반입하여야 하며, 거대중량 등 부득이한 사유로 반입하기 곤란한 물품은 장외작업 장소에서 확인하여야 한다. 다만, 수출ㆍ수입신고는 장외작업장 관할세관에도 할 수 있다. (‘26.4. 개정)
  ⑦ 운영인은 제1항에 따라 허가받은 장외작업 내용이 변경된 경우 세관장에게 별지 제8호서식의 장외작업 허가정정 신청서를 제출하여 장외작업허가 내용을 정정신청 하여야 한다. 이 경우 업종에 따라 잦은 제작(설계) 변경 등으로 허가내용을 수시로 정정하여야 하는 경우 세관장이 타당하다고 인정하는 경우에 한하여 완료보고 전에 사용된 원재료 실소요량으로 일괄하여 1건으로 정정신청을 할 수 있다. (’18.12. 신설)
  ⑧ 운영인은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 허가받은 기간이 끝나는 날부터 10일 이내에 세관장에게 별지 제8호의2서식의 장외작업 완료보고서를 제출하여야 하며, 완료보고서 내용에 오류를 발견하여 정정하고자 하는 경우에는 사유서 및 증빙자료를 첨부하여 정정 신청할 수 있다. 이 경우 동일장소 또는 동일계약에 따른 여러 건의 장외작업허가를 일괄하여 1건으로 완료보고 할 수 있다. (‘26.4. 개정)
  ⑨ 장외작업 허가기간이 경과한 물품이 장외작업장에 장치되어 있는 경우 세관장은 해당 물품의 허가를 받은 보세공장 운영인으로부터 그 관세를 즉시 징수한다.
  ⑩ 장외작업의 허가를 받은 물품은 원보세공장 관할세관에서 관리한다. 다만, 보세공장과 장외작업장소가 서로 다른 세관의 관할구역에 있어 관리가 어렵다고 인정되는 경우에는 장외작업장소 관할세관장에게 구체적으로 확인할 사항을 통보하여 관리ㆍ감독을 의뢰할 수 있다.
  ⑪ 제10항 단서에 따라 장외작업 물품의 관리ㆍ감독을 의뢰받은 세관장은 해당 작업장의 관리ㆍ감독과정에서 보세화물의 관리가 부적절하다고 인정되는 경우에는 즉시 장외작업허가 세관장에게 그 사실을 통보하여야 한다. (‘05,1. 신설)
  ⑫ 운영인은 장외작업허가를 받은 원재료 및 제품의 운송 시에는 보세운송등록 차량, 원보세공장 또는 장외작업장 소유의 차량을 이용하여야 한다. 이때 원보세공장 또는 장외작업장 소유의 차량을 이용하려는 경우 해당 운영인은 사전에 관할세관장에게 별지 제19호의2서식을 제출하여  보세운송신고자로 등록하여야 한다. (’22.11. 후단 신설, ’25.3. 후단 개정)


제23조(원재료의 장외작업장소 직접 반입) ① 장외작업에 소요되는 물품을 장외작업장소로 직접 반입하고자 하는 경우 운영인은 제22조에 따른 신청 시 해당 품목에 장외작업장 직접 반입물품임을 표시하여야 한다. <단서 삭제>
  ② 제1항 단서에 따라 장외작업허가를 받은 물품을 보세운송하려는 자는 보세운송신고서에 다음 각 호에 해당하는 서류를 모두 첨부하여 신고지세관장에게 제출하여야 한다. (‘06.6. 개정)
  1. 장외작업허가서 사본(자율관리보세공장 물품은 제출 생략) (‘23.11. 개정)
  2. 적재화물목록 또는 B/L(AWB 포함) 사본
  3. 송품장 사본
  ③ 운영인은 장외작업장에 원재료가 직접 반입된 때에는 이 고시에 의한 반입신고, 사용신고 등은 보세공장 관할지세관장에게 하여야 한다.


제24조(다른 보세공장 등 일시 보세작업) ① 운영인은 작업공정상 보세작업의 일부를 다른 보세공장 또는 자유무역지역에서 수행하고자 하는 경우에는 세관장에게 다른 보세공장 일시보세작업허가신청(별지 제7호서식)을 하여야 한다. (‘13.12. 개정)
  ② 운영인이 전산시스템을 통해 다른 보세공장 일시보세작업허가신청을 하는 경우 세관장은 작업기간동안 생산하는 물품과 소요 원재료를 일괄하여 1년 이내의 기간을 정하여 이를 허가할 수 있다. 다만, 세관장은 재해 그 밖에 부득이한 사유로 인정되는 경우 별지 제8호서식의 장외작업(다른보세공장일시보세작업) 등 허가정정(취소) 신청(승인)서를 제출받아 1년의 범위 내에서 작업기간의 연장을 허가 할 수 있다. (’18.12. 개정)
  ③ 세관장은 제조공정상 한 곳 이상의 다른 보세공장이나 자유무역지역 또는 제22조에 따른 장외작업장에서 연속하여 작업수행이 필요하여 임가공계약서 등에 작업공정별 작업장소, 작업기간, 생산하는 물품 및 소요원재료가 명시되어 있는 경우에는 작업기간 동안 생산하는 물품과 소요 원재료를 포괄하여 허가(별지 제7호의3서식) 할 수 있다. 이 경우 허가받은 물품은 장외작업장과 다른 보세공장 상호간에 직접 반입할 수 있다. (’18.12. 신설, ’20.7. 후단 신설)
  ④ 운영인이 제2항 또는 제3항에 따라 허가받은 물품을 반출입하는 때에는 보세운송절차(별지 제18호의2 및 제18호의3서식)에 따라야 한다. 이 경우 세관장은 보세화물의 감시감독을 위하여 반출입시마다 확인하는 것이 필요한 경우를 제외하고 보세운송신고 및 보고에 대한 수리를 전산에서 자동수리하게 할 수 있다. (’18.12. 개정)
  ⑤ 다른 보세공장 일시보세작업에 소요되는 원재료 중 다른 보세공장 운영인이 사용신고한 물품은 다른 보세공장에서 관리한다.
  ⑥ 운영인이 최초의 보세작업을 다른 보세공장 또는 자유무역지역의 보세작업을 통하여 수행하려는 경우에는 제23조제1항 및 제2항의 규정을 준용하여 처리할 수 있다. 이 경우 보세운송 도착보고 및 반입신고는 다른 보세공장 운영인(자유무역지역은 입주기업체)이 하여야 한다. (‘13.12. 개정)
  ⑦ 운영인은 다른 보세공장 일시보세작업으로 생산한 물품과 잉여물품 등을 다른 보세공장에 장치한 상태에서 수출입신고, 양수도, 다른 보세구역 또는 자유무역지역 입주기업체로의 반출신고, 폐기신청, 장외일시장치신청 등을 할 수 있다. (’22.11. 개정)
  ⑧ 운영인은 다른 보세공장 또는 자유무역지역 일시보세작업이 완료된 때에는 허가받은 기간이 끝나는 날부터 10일 이내에 관할지 세관장에게 다른 보세공장 일시보세작업 완료보고(별지 제8호의2서식)를 하여야 하며, 완료보고서 내용에 오류를 발견하여 정정하고자 하는 경우에는 사유서 및 증빙자료를 첨부하여 정정 신청할 수 있다. 이 경우 여러 건의 다른 보세공장 일시보세작업을 일괄하여 1건으로 완료보고할 수 있다. (‘26.4. 개정)
  ⑨ 운영인은 다른 보세공장에 일시보세작업허가를 받은 원재료 및 제품을 운송할 때에는 원보세공장 또는 다른 보세공장(자유무역지역 입주기업체를 포함한다) 소유의 차량을 이용할 수 있다. 이 경우 원보세공장 또는 다른 보세공장 운영인은 사전에 관할세관장에게 별지 제19호의2서식을 제출하여 보세운송신고자로 등록하여야 한다.(’20.7. 신설, ‘25.3. 개정)


제25조(보수작업) ① 운영인은 다음 각 호에 해당하는 보수작업을 할 수 있으며, HS상 품목분류의 변화를 가져오는 것은 보수작업으로 인정되지 아니한다. (‘05.1., ‘22.11. 개정)
  1. 물품의 보존을 위해 필요한 작업(부패ㆍ손상 등을 방지하기 위해 필요한 작업)
  2. 물품의 상품성 향상을 위한 개수작업(포장개선, 라벨표시, 단순절단등)
  3. 선적을 위한 준비작업(선별, 분류, 용기변경 등) (‘12.6. 개정)
  4. 단순한 조립작업(간단한 세팅, 완제품의 특성을 가진 구성요소의 조립등)
  5. 제12조제3항제1호부터 제3호까지 물품의 하자보수작업 (‘25.3. 신설)
  6. 장비ㆍ기계에 별도 용품 단순 부착, 성능검사, 각인 표시, 검품ㆍ수선 등 (‘25.3. 신설) 
  ② 제1항에 따라 보수작업을 하고자 하는 경우에는 세관장으로부터 보수작업승인(별지 제9호서식)을 받아야 한다. 다만, 보수작업 후 즉시 재수출하려는 경우에는 사용신고서에 보수작업물품임을 표시하여 사용신고를 할 수 있으며, 사용신고가 수리되는 경우에는 해당 물품에 대한 보수작업이 승인된 것으로 갈음한다. 
  ③ 제2항에 따라 보수작업을 완료한 경우에는 세관장에게 완료보고(별지 제10호서식)를 하여 그 확인을 받아야 한다. 다만, 완료보고와 동시에 수출하려는 경우에는 수출신고서에 보수작업완료물품임을 기재하여 수출신고를 할 수 있으며, 이 경우 수출신고가 수리되면 보수작업완료보고를 하여 확인받은 것으로 본다. 
  ④ 수출 후 재반입된 물품이 제1항에 따른 보수작업이 곤란한 경우에는 제33조에 따라 이를 잉여물품으로 처리하고 대체품을 수출할 수 있다.(‘25.3. 개정)


제26조(내국작업) ① 운영인은 보세공장에서 내국작업을 하고자 하는 경우 별지 제11호서식의 보세공장 내 내국작업허가신청서를 세관장에게 제출하여야 한다.
  ② 제1항에 따른 신청서를 제출받은 세관장은 보세공장의 조업상태 및 보세화물 감시단속상 문제 등을 고려하여 타당하다고 인정되는 경우 내국작업을 허가할 수 있으며, 이때, 보세공장의 운영실태, 작업의 성질 및 기간 등을 고려하여 작업기간에 소요될 것으로 예상되는 물품의 품명과 수량을 일괄하여 신고하게 할 수 있다.
  ③ 세관장은 제2항에 따른 내국 작업 허가기간 중 재해, 그 밖에 부득이한 사유로 허가취소, 허가내용 변경, 기간연장 등이 필요한 경우에는 별지 제11호의2서식에 따라 보세공장내 내국작업 허가정정(취소) 신청(승인)을 할 수 있다. 
  ④ 제2항에 따라 허가받은 내국작업 원재료로 반입하는 내국물품의 반입신고는 내국작업허가서로 갈음하며, 이 경우 내국작업으로 제조ㆍ가공하여 생산된 물품은 내국물품이 된다. (‘04.3. 개정)
  ⑤ 운영인은 제2항에 따른 내국작업을 종료한 경우에는 세관장에게 내국작업종료신고(별지 제12호서식)를 하고 내국작업의 허가를 받아 제조ㆍ가공된 물품과 잉여물품을 지체 없이 보세공장 외로 반출하여야 하며, 반출신고는 내국작업종료신고로 갈음한다. 다만, 보세공장의 보세화물과 구분장치에 필요한 충분한 장치장소가 확보된 경우에는 6개월의 범위 내에서 해당 공장에 계속하여 장치할 수 있다. (’22.11. 개정)
  ⑥ 제5항에도 불구하고 내국작업 일괄 허가를 받은 경우 내국작업이 끝나기 전에도 내국작업으로 제조ㆍ가공한 물품의 일부를 보세공장 외로 반출할 수 있다. 이 경우 운영인은 내국작업이 끝나기 전 반출하려는 물품의 품명, 수량 등을 기록ㆍ관리하여야 하며, 내국작업이 끝난 때에는 해당 반출기록을 첨부하여 세관장에게 제5항에 따른 내국작업종료신고를 하여야 한다.


제27조(수출ㆍ수입 또는 국외반출의 신고) ① 보세공장에서 제조ㆍ가공한 물품을 운영인이 수출 또는 수입을 하거나 양수한 자가 수출, 수입하려는 경우(보세공장에서 제조ㆍ가공하여 외국의 제3자와의 거래관계에 의하여 국내업자가 수출, 수입하는 경우 포함)에는 법 제241조에 따라 세관장에게 신고하여야 한다. (‘06.6. 개정)
  ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품은 수입신고를 하여야 하며, 세관장은 필요한 경우 관련 증명자료의 제출을 요구할 수 있다. (‘04.3. 개정)
  1. 보세공장에서 생산한 제품과 잉여물품 중 국내로 수입하려는 물품
  2. 제12조제2항에 따라 수입통관 후 보세공장에서 사용할 물품
  3. 보세공장으로부터 수입한 물품을 제12조제3항제1호 및 제2호에 따라 반입되어 외국물품 또는 환급대상내국물품을 사용하여 수리 후 다시 반출하는 물품 또는 그 대체품 (‘05.1. 개정)
  4. <삭  제> 
  5. 제14조제3항에 따른 원재료로서 세관장이 그 사유와 증명자료 심사결과 타당하다고 인정하는 원재료
  ③ 운영인이 제7조 및 제24조제7항에 따른 물품을 수출 또는 수입신고하려는 경우에는 해당 물품이 장치된 보세구역을 관할하는 세관장에게 하여야 한다. (‘04.3. 신설, ‘05.1. 개정) 
  ④ 운영인이 제14조제1항 각 호의 물품을 국외로 반출하려는 경우에는 제1항에서 정하는 수출의 절차에 따른다. 다만, 제18조에 따른 사용신고를 하지 아니한 물품은 「수출 및 반송 통관에 관한 고시」의 반송절차에 따른다. (‘05.1. 신설, ‘25.3. 개정)
  ⑤ 제12조의2에 따라 원료과세 적용물품을 수입하는 경우에는 제품과 원료를 란을 달리하여 신고하여야 한다. (‘13.12. 신설)
  ⑥ 제13조제4항에 따라 수입신고전 반출한 잉여물품은 반출신고서를 제출한 날로부터 10일 이내에 수입신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 수입신고하여야 한다. 이 경우 「수입통관 사무처리에 관한 고시」제136조제6항에 따라 과세환율 적용 기간이 동일한 반출 물품을 일괄하여 수입신고 할 수 있다. (’18.12. 신설, ‘25.3. 개정) 
  1. 보세공장 잉여물품 수입신고전 반출신고서
  2. 송품장 및 포장명세서
  3. 매매계약서(필요한 경우에 한함)
  ⑦ 운영인은 제6항에 따른 수입신고가 수리된 경우에는 화물관리시스템으로 제출한 보세공장 잉여물품 수입신고전 반출신고서 목록을 조회하여 통관이행내역을 등록하여야 한다. 다만, 제6항에 따른 수입신고 시 즉시반출신고번호를 기재하여 신고하는 경우에는 통관이행내역 등록 절차를 생략할 수 있다. (’18.12. 신설, ’22.11. 단서 신설)
  ⑧ 수입신고전의 잉여물품 반출과 관련한 즉시반출업체 및 물품의 지정절차 등에 대해서는 「수입통관 사무처리에 관한 고시」 제6장을 적용한다. (’18.12. 신설)


제28조(휴대탁송물품 등의 적재이행관리) 보세공장에서 제조ㆍ가공한 물품을 휴대 또는 우편 등에 의해 반출하려는 경우에는 보세공장 관할세관장에게 법 제241조에 의한 수출신고를 하여야 하며, 이에 대한 적재이행관리 등은 「수출 및 반송 통관에 관한 고시」제5장의 수출물품등의 적재이행관리에 따른다.


제29조(견본품 전시 등을 위한 일시반출) ① 세관장은 운영인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 보세공장에서 전시장, 본ㆍ지사의 지정장소, 품질검사업체 등의 장소(이하 "전시장 등"이라 한다)로 물품을 반출하고자 별지 제13호서식의 견본품반출허가신청서를 제출하는 경우 6개월의 범위 내에서 이를 허가 할 수 있다.
  1. 수출상담이나 전시 등을 위하여 필요한 경우 (‘09.8. 신설)
  2. 품질검사를 위하여 필요한 경우
  3. 연구ㆍ시험용 목적을 위하여 필요한 경우
  ② 보세공장 견본품 일시반출입절차는 다음 각 호의 규정에 따른다. 다만, 수출상담의 지속 등 부득이한 경우에는 6개월의 범위 내에서 연장하거나, 일시반출 일정 취소 사유가 발생한 경우에는 취하(별지 제14호서식)를 승인할 수 있다.
  1. 견본품은 수출상담, 전시 또는 원자재 등의 품질검사 등을 위하여 세관장이 필요하다고 인정하는 최소한의 물량이어야 한다. (‘09.8. 개정)
  2. 반출허가를 받은 견본품은 허가일로부터 10일 이내에 허가받은 전시장 등에 반입하여야 한다. (‘09.8., ’25.3. 개정, ‘26.4. 개정)
  3. 견본품을 보세공장에 재반입 하고자 하는 경우에는 세관장에게 해당 물품의 반출허가서 사본을 첨부하여 견본품재반입신고(별지 제15호서식)를 하여야 한다.
  4. 견본품 반출허가를 받아 전시장 등으로 반출하거나 보세공장으로 재반입하는 물품의 반출입신고는 동 허가(신고)서로 갈음하고 별도의 보세운송절차를 요하지 아니한다. (‘09.8. 개정, ‘26.4. 개정)
  5. 보세공장과 전시장 등이 서로 다른 세관의 관할구역내에 있는 경우 세관장은 전시장 등 관할 세관장에게 필요한 사항에 대한 관리ㆍ감독을 위탁할 수 있다. (‘09.8. 개정, ‘26.4. 개정)
  ③ 보세공장에서 제조된 선박이나 철도차량, 항공기를 보세공장이외의 장소로 반출하여 시운전하고자 하는 때에는 제22조제1항, 제2항, 제4항 및 제5항에 따른 장외작업의 절차를 준용한다. 다만, 제22조제1항 각 호의 서류제출을 생략한다. (‘06.6. 신설, ‘22.11., ‘23.11. 개정)
  ④ 제3항에 따른 선박에는 해양플랜트를 포함하며, 시운전은 해양플랜트의 진수작업을 포함한다. 이때 해양플랜트의 진수작업을 위한 보세운송수단으로 선박을 이용할 수 있다. (‘22.11. 신설)


제29조의2(연구ㆍ시험용 물품의 기업부설연구소 등 반출) ① 세관장은 자율관리보세공장 운영인이 해당 보세공장의 원재료ㆍ시제품ㆍ견본품을 연구ㆍ시험용 목적으로 보세공장이 아닌 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서(이하 ’기업부설연구소 등‘이라 한다)로 반출하고자 하는 때에는 감시 단속에 지장이 없는 경우에 한하여 제22조에 따른 장외작업의 절차를 준용하게 할 수 있다. 다만, 법 제226조에 따른 세관장확인대상물품 중 「관세법 제226조에 따른 세관장확인물품 및 확인방법 지정고시」 제7조제2항에 따라 세관장확인이 생략되지 않는 물품과 「관세법 시행규칙」제8조에 따른 사전세액심사 대상물품은 장외작업절차를 준용하여 기업부설연구소 등으로 반출할 수 없다. (‘26.4. 개정)
  ② 제1항에 따라 기업부설연구소 등으로 보세공장 물품을 반출하려는 운영인은 제22조제1항 전단에 따른 작업장소 등록 시 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2에 따라 기업부설연구소 등으로 인정받았음을 입증하는 서류를 첨부하여야 하고, 장외작업 허가 신청 시 기업부설연구소 등으로 반출이 예상되는 물품의 품명, 수량 및 기간을 포괄하여 기재할 수 있으며 첨부서류는 제출하지 아니한다. (‘25.3. 개정)
  ③ 운영인은 별지 제8호의2서식에 의한 완료보고서 제출 시 보세공장에 원상태로 재반입되지 않은 물품이 있는 경우에는 해당 물품에 대한 관세 등 납부고지서를 첨부하여야 한다. (’22.11. 본조 신설)


제30조(보세공장 보세운송의 특례) ① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대하여 보세운송신고 수리를 전산에서 자동수리하게 할 수 있다. (‘06.6. 개정)
  1. 동일법인 보세공장(자유무역지역 입주기업체 및 복합물류보세창고를 포함한다) 간 반출입 물품 (‘12.6., ‘23.11. 개정)
  2. 이 법과 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 대한 준수도가 우수한 보세공장(자유무역지역 입주기업체 및 복합물류보세창고를 포함한다)의 반출입 물품 (‘23.11., ’25.3. 개정)
  3. 제35조의2에 따른 FTA형 특별보세공장 반출입 물품 (‘07.12. 신설)
  ② 제1항에 따른 물품 반출입절차를 이용하려는 운영인은 보세공장 관할지 세관장에게 별지 제22호서식의 보세공장 보세운송 특례적용 신청(승인)서를 제출하여 세관장의 승인을 받아야 한다. (‘05.1., ‘06.6. 일부개정)
  ③ 제2항에 따른 보세공장보세운송특례적용신청(승인)서를 접수한 세관장은 해당 보세공장, 복합물류보세창고 및 자유무역지역을 관할하는 세관장과 협의하여 다음 각 호의 사항을 충족하고 보세화물관리에 지장이 없다고 인정하는 경우에는 이를 일괄하여 승인하고 전산시스템에 해당 보세구역 부호 및 자유무역지역 입주기업체 부호를 등록하여야 한다. (‘05.1., ’06.6., ‘12.6., ‘23.11. 개정)
  1. 제1항제1호의 물품
    가. 보세공장, 복합물류보세창고 및 자유무역지역 입주기업체의 물품관리체계상 반출입 물품관리에 지장이 없는 경우 (‘12.6., ‘23.11. 개정)
    나. 「징수업무 처리에 관한 고시」에 따라 담보제공 생략자 또는 포괄담보제공업체에 해당하는 경우 (‘10.12., ’25.3. 개정)
    다. 자유무역지역 입주기업체 중 제조업종의 사업이나 포장ㆍ보수ㆍ가공ㆍ조립 등 복합물류 관련 사업을 하는 경우
  2. 제1항제2호의 물품
    가. 해당 업체가 수출입 안전관리 우수업체 또는 법규수행능력 우수업체인 경우
    나. 최근 3개월동안 해당 업체가 이 법 또는 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」을 위반하여 통고처분 또는 반입정지, 과징금 부과, 고발, 송치된 이력이 없는 경우. (‘23.11., ’25.3. 개정)
    다. 자유무역지역 입주기업체 중 제조업종의 사업이나 포장ㆍ보수ㆍ가공ㆍ조립 등 복합물류 관련 사업을 하는 경우
  3. 제1항제3호의 물품 (‘07.12. 신설)
    가. FTA형 특별보세공장으로 특허받은 경우
    나. FTA형 특별보세공장의 상대 보세공장이 수출입 안전관리 우수업체 또는 법규수행능력 우수업체에 해당하는 경우 (‘12.6. 개정)
  ④ 제3항에 따라 승인받은 운영인은 보세운송물품의 내용과 반출입물품의 내용을 보세사로 하여금 확인하도록 하여야 한다.
  ⑤ 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보세공장 보세운송 특례절차의 적용을 해제할 수 있다. 이 경우 제3호 및 제4호는 제1항제2호의 물품에 대하여 적용하고, 제3호 및 제5호는 제1항제3호의 물품에 대하여 적용한다. (‘04.3. 전문신설, ‘05.1., ‘06.6., ‘07.12. 개정)
  1. 운영인이 별지 제22호의2서식의 보세공장 보세운송 특례적용 정정(해제)신청서를 제출한 때
  2. 제16조에 따라 반입정지처분을 받은 때
  3. 수출입 안전관리 우수업체 또는 법규수행능력 우수업체에 해당하지 아니한 때 (‘12.6. 개정)
  4. 해당 업체가 전월 말일을 기준으로 최근 3개월 동안 이 법 또는 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」을 위반하여 통고처분 또는 반입정지, 과징금 부과, 고발, 송치된 이력이 있는 경우. 
  5. 제35조의2제1항에 따른 FTA형 특별보세공장의 기준에 부합하지 아니할 때 (‘07.12. 신설)
  ⑥ (’25.3. 삭제)


제31조(수출신고의 취하) ① 법 제250조에 따라 수출신고를 취하하고자 하는 자는 세관장에게 전자문서에 의한 수출신고취하승인신청서를 제출하고 승인을 받아야 한다. (‘04.3. 개정)
  ② 세관장은 수출신고수리물품이 해당 보세공장 이외의 보세구역 또는 다른 세관 관할 보세구역에 장치되어 있는 경우에는 해당 물품이 원보세공장에 재반입된 이후에 신고를 취하하여야 한다. (‘22.11. 개정)


제32조(원재료 소요량 관리) ① 운영인은 보세작업에 의하여 생산된 해당 제품을 생산하는 과정에서 사용한 각각의 원재료의 총량을 기초로 다음 각 호의 사항을 기록ㆍ관리하여야 하며, 회계연도 종료 후 3개월이내에 해당 회계연도에 생산한 제품에 대하여 보세공장원재료실소요량계산서(별지 제6호서식)를 작성 보관(전산설비에 의한 기록을 포함한다)하여야 한다.  다만, 동종ㆍ동질물품으로서 손모율의 차이가 없다고 세관장이 인정하는 경우에는 제품 또는 소요원재료를 통합하여 손모율을 산정할 수 있다.
  1. 제품의 품명, 모델ㆍ규격, 수량
  2. 원재료의 품명, 모델ㆍ규격, 내ㆍ외국물품의 구분
  3. 원재료별 실소요량
  4. 제품 1단위 생산에 소요되는 원재료별 평균 소요량
  ② 세관장은 보세작업을 종료한 물품을 국내로 수입통관 할 때 물품의 성질, 보세작업의 종류, 그 밖의 사유로 원재료 소요량 관리가 필요하다고 인정되는 경우에는 운영인으로 하여금 해당 신고물품에 대한 보세공장 원재료 실소요량계산서를 작성하여 제출하게 할 수 있다. 이 경우 원재료실소요량은 해당 보세작업 기간에 제품을 생산하는 과정에서 사용한 원재료별 총량으로 산정한다.
  ③ 제1항 및 제2항에 따른 원재료 실소요량을 산정하는데 있어 정상적인 작업공정 중에 발생한 원재료의 손모량 이외에 제조ㆍ가공과정 중에 품질검사 등의 목적으로 보세공장 내에서 소모되는 물품, 불량품 생산에 사용된 원재료 등(원재료 자체불량, 천재지변 등으로 발생된 원재료의 손실량, 기계의 고장 등으로 발생한 손실량 등) 잉여물품에 대하여도 소요량으로 인정한다. (’18.12. 개정)
  ④ 운영인은 제1항에 따라 기록하는 원재료별 소요량을 객관적으로 확인할 수 있도록 원재료, 재공품, 제품과 잉여물품에 대한 수급명세를 기록하여야 한다. (‘04.3. 전문개정)
  ⑤ <삭제> (‘04.3. 삭제)


제33조(잉여물품의 처리) ① 운영인은 잉여물품이 발생한 때에는 잉여물품관리대장에 잉여물품의 형태, 품명ㆍ규격, 수량 또는 중량 및 발생사유를 기록하여야 하며, 잉여물품을 다른 보세작업에 사용하고자 하는 경우에는 잉여물품관리대장에 그 내용을 기록한 후 사용하여야 한다. (‘04.3., ‘05.1. 개정)
  ② 제1항에 따라 잉여물품을 폐기하려는 운영인은 세관장의 승인(별지 제16호서식)을 받아야 하며, 이 경우 세관장은 해당 물품의 성질, 폐기장소 및 폐기방법 등을 고려하여 필요하다고 인정되는 경우에는 세관공무원을 입회시킬 수 있다. 다만, 기업의 영업비밀 또는 보안상의 사유로 해당 보세공장의 자체 시설을 이용하여 잉여물품의 원형을 변형하려는 경우에는 별도의 폐기승인 절차 없이 잉여물품 등에 대한 원형변형 작업을 할 수 있으며, 이 경우 운영인은 작업 내역을 자체적으로 기록ㆍ유지하여야 한다. (‘05.1. 개정, ‘20.7. 단서 신설)
  ③ 운영인이 제2항에 따라 승인받은 물품을 폐기할 경우에 세관공무원은 폐기물품의 품명, 규격 및 수량 등이 현품과 일치하는지를 확인하여야 하며, 폐기를 완료한 운영인은 관련 자료를 첨부하여 세관장에게 폐기완료일로부터 30일 이내에 폐기완료보고(별지 제17호서식)를 하여야 한다. 이 경우 세관장은 폐기 후 잔존물이 실질적인 가치가 있을 때에는 폐기 후의 물품의 성질과 수량에 따라 관세 등을 부과한다. (‘20.7., ’25.3. 개정)
  ④ 운영인이 제1항에 따라 기록된 잉여물품을 수입신고전 반출신고, 수입 또는 수출하고자 하는 때에는 보세사가 확인한 잉여물품확인서(별지 제18호서식)를 제출하여야 하며, 일시적으로 보세사가 확인할 수 없는 부득이한 사유가 있는 운영인은 세관장으로부터 잉여물품확인서를 확인받아 제출하여야 한다. 다만, 수입신고전 즉시반출신고 후 수입신고하는 경우에는 반출일로부터 10일 이내에 수입신고하는 때까지 잉여물품확인서를 제출할 수 있다. (‘04.3., ‘05.1., ’17.7. ‘18.12., ‘23.11. 개정)
  ⑤ 세관장은 운영인이 제3항에 따라 잉여물품을 폐기하는 때에는 수출입 안전관리 우수업체, 법규수행능력평가 우수업체 등 성실하다고 인정하는 업체 중 폐기 후의 잔존물이 실질적 가치가 없는 물품에 대하여는 업체의 신청을 받아 사전에 자체폐기대상물품으로 지정할 수 있다. 이 경우 폐기수량 확인 및 폐기방법 등에 대하여는 특정폐기물처리업체 등으로부터 폐기물처리완료증명서를 제출받아 보세공장 운영인이 자체적으로 대장관리 하도록 하며, 세관장은 재고조사시에 이를 일괄하여 확인함으로써 폐기신청, 폐기시 입회확인 및 폐기완료보고 등을 생략하게 할 수 있다. (‘20.7. 개정)
  ⑥ 운영인은 제2항에 따른 잉여물품의 폐기장소가 다른 보세공장인 경우에는 보세운송절차(별지 제18호의2 및 제18호의3서식)에 의하여 다른 보세공장으로 반출하여 폐기하여야 하며, 세관장은 세관공무원의 입회가 필요한 물품으로 폐기장소가 세관관할구역을 달리하는 경우에는 관할지 세관장에게 세관공무원의 입회를 의뢰할 수 있다. (‘05.1. 신설)
  ⑦ 제1항 및 제5항에도 불구하고 잉여물품이 사용신고시 따로 신고하지 아니하는 일회용 포장재로서 반복사용하지 아니하는 물품인 경우에는 해당 원재료의 사용신고수리로써 폐기처분승인을 받은 것으로 본다. 이 경우 폐기에 따른 입회 및 폐기완료보고는 생략한다. (‘06.6. 개정)
  ⑧ 운영인은 잉여물품의 불량여부 검사 또는 자원재활용을 위한 재생작업 등을 위하여 다른 보세공장이나 보세공장이외의 장소로 반출하고자 하는 때에는 제22조 및 제24조를 준용하여 반출입할 수 있다. (‘06.6. 신설)
  ⑨ 세관장은 잉여물품의 실제 중량을 측정하기 위하여 보세공장 외의 장소로 반출하는 것이 필요하다고 인정되는 경우에는 제17조의2를 준용하여 이를 허가할 수 있다. 이 경우 해당 장소에서 잉여물품의 수입신고가 수리되는 때에는 세관장은 화물관리시스템에 보세공장 외 일시 물품장치 허가승인 목록을 조회하여 통관이행내역을 등록ㆍ관리하여야 한다. (‘09.8. 신설, ‘13.12. 개정)
  ⑩ 세관장은 제27조제8항에 따라 잉여물품 즉시반출업체로 지정받은 운영인이 즉시반출물품으로 지정받은 잉여물품을 제9항에 따라 실제 중량을 측정하기 위하여 제17조의2제8항에 따라 등록된 장외일시장치장소로 반출하는 경우에 보세공장외 일시 물품 장치허가(정정)를 전산에서 자동수리 할 수 있다. (‘20.7. 신설)
  ⑪ 운영인은 실질적인 가치가 과세가격을 기준으로 1kg당 3,000원 이하인 다음 각 호의 잉여물품에 대하여 동일한 품목번호(HSK)별로 내국ㆍ외국물품 등의 구분 없이 전산시스템에 기록ㆍ관리하는 방식으로 보세공장 또는 장외작업장에서 보관하거나 반출입할 수 있다.(‘25.3. 신설)
  1. 설계도면 등에 의해 정확한 손모 중량 산출이 가능한 비금속(卑金屬) 제품 원재료로부터 발생한 웨이스트 또는 스크랩으로서 기본 관세율이 0%인 것
  2. 보세공장 반입물품 또는 보세공장에서 제조ㆍ가공한 물품에 전용된 후 재사용하지 않는 포장ㆍ운반용품ㆍ용기로부터 발생한 웨이스트 또는 스크랩
  ⑫ 제11항에 해당하는 잉여물품 중 외국물품의 중량은 다음 각 호의 중량으로 한다.(‘25.3. 신설)
  1. 제11항제1호의 잉여물품은 설계도면에 따라 산출되는 외국 원재료의 손모 중량. 다만, 보세작업 오류 등으로 외국물품인 잉여물품이 추가 발생한 경우에는 해당 중량을 합산하거나, 별도로 구분 관리해야 한다.
  2. 제11항제2호의 잉여물품은 해당 잉여물품이 발생한 보세작업기간 동안 혼용된 내ㆍ외국 원재료 중 외국 원재료의 혼용 중량 비율을 해당 잉여물품의 중량에 배분한 중량


제 4 장  특별(귀금속류 등) 보세공장 관리


제34조(귀금속류 보세공장) ① 귀금속 및 보석류 보세공장(이하 "귀금속류 보세공장"이라 한다) 특허 및 운영은 다음 각 호에서 정하는 바에 의하며, 이 조에서 별도로 정하지 않은 사항은 이 고시의 일반적인 규정을 따른다. 
  1. 설치ㆍ운영특허: 물품검사를 위한 필요한 측정용 기기와 이에 부수하는 장비 비치, 원재료와 제품을 구분하여 안전하게 장치 보관할 수 있는 창고 또는 금고를 구비하여야 한다. (‘06.6. 개정)
  2. 물품의 장치 및 관리: 세관장은 보세화물의 안전을 위하여 필요하다고 판단하는 경우에는 해당 물품, 창고 또는 금고에 세관봉인을 할 수 있다.(‘06.6. 개정)
  3. 물품의 반출입검사: 세관장은 전산시스템에 의하여 검사대상으로 선별되지 아니한 물품에 대하여 자체 검사대상선별기준을 따로 정하여 시행할 수 있다. (‘04.3., ‘06.6. 개정)
  4. 장외작업 및 다른 보세공장 일시보세작업은 허용하지 아니한다. 다만, 성실업체로서 세관장이 판단하여 감시ㆍ단속에 문제가 없다고 인정되는 경우는 이를 허용할 수 있다.
  5. 운영인은 원석 등의 절단 작업장과 일반작업장을 분리하여 작업하여야 한다. (‘06.6. 개정)
  6. <삭제> (‘06.6. 삭제)
  7. 세관장은 원재료ㆍ제품의 반출입 및 관리방법, 보세작업신고, 보세작업완료보고 등 귀금속류보세공장운영에 필요한 사항에 대하여 내규를 정하여 관세청장의 사전승인을 받아 운영할 수 있다. (‘06.6. 개정)
  8. <삭제> (‘06.6. 삭제)
  ② 귀금속류 보세공장의 소요량관리는 보세작업기간총소요량으로 하며, 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
  1. 내ㆍ외국물품 혼용비율 과세 적용 승인: 매 건별로 혼용비율 과세 적용 승인을 받아야 하며, 작업종료시마다 원재료실소요량계산서를 작성 관리하여야 한다. (‘26.4. 개정)
  2. 운영인은 보세작업을 종료한 물품을 수출 또는 수입하고자 하는 경우에 보세작업으로 생산된 제품에 대한 원재료실소요량계산서(별지 제6호서식)를 세관장에게 제출하여야 한다.


제35조(기내식 보세공장) ① 기내식 보세공장의 특허 및 운영은 다음 각 호에서 정하는 바에 의하며, 이 조에서 별도로 정하지 않은 사항은 이 고시의 일반적인 규정을 따른다.
  1. <삭제> (‘05.1. 개정, ‘06.6. 삭제)
  2. 물품의 장치 및 관리: 세관장은 보세화물의 안전관리를 위하여 필요하다고 판단하는 때에는 세관봉인과 물품 반출입시 세관공무원을 입회시킬 수 있다. (‘06.6. 개정)
  3. 장외작업 및 다른 보세공장 일시보세작업은 허용하지 아니한다.
  4. <삭제> (‘06.6. 삭제)
  5. 세관장은 기내식 보세공장 특성을 고려하여 이 고시에서 규정된 절차의 일부를 생략하는 자체내규를 정하여 사전에 관세청장의 승인을 받은 후 운영할 수 있다.
  ② 기내식 보세공장물품의 반출입에 관한 사항은 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
  1. 운영인은 보세공장에서 제조ㆍ가공한 기내식 물품을 반출입하고자 할 때에는 세관장에게 별지 제26호서식의 기내식 적재(하기)허가ㆍ신청서를 제출하여 세관장의 허가를 받아야 한다. 이 경우 세관장은 세관공무원으로 하여금 입회하여 확인하게 할 수 있다.(’18.12. 개정)
  2. 세관장은 수출입 안전관리 우수업체이거나 법규수행능력평가 우수업체 등 보세공장 물품의 관리가 적정하다고 판단되는 보세공장에 대하여 제1호의 적재(하기)허가를 당일 적재 예정인 항공기 전체에 대하여 포괄하여 허가(별지 제26호의2서식)할 수 있다. (‘20.7. 신설)
  3. 운영인은 제2호에 따라 포괄허가 받은 내역이 실제 적재한 내역과 상이한 경우에는 적재한 날로부터 7일 이내에 기내식 적재허가 정정신청서(별지 제26호의3서식)를 제출하여 세관장의 승인을 받아야 한다. (‘20.7. 신설)
  4. 운영인은 기내식 적재신청ㆍ허가를 득하고 적재 또는 제공한 후 선(기)장 또는 그 대리인의 적재확인 서명을 받은 적재허가서를 수출신고필증에 준하여 관리하여야 한다. 이 경우 세관담당공무원은 필요시 적재여부를 확인할 수 있다.(‘05.1. 개정)
  5. 기내식 보세공장 물품의 수출기적관리는 기내식 적재(하기)신청ㆍ허가서(별지 제26호서식)로 갈음하고 제6장 선(기)적관리 규정은 적용하지 아니한다.
  6. 운영인이 기내식을 보세운송하려는 경우에는 「선박용품 및 항공기용품 등의 관리에 관한 고시」 제4장 보세운송 절차를 준용한다. (‘26.4. 개정)
  ③ 기내식 보세공장의 소요량관리는 보세작업기간 총소요량으로 한다.


제35조의2(FTA형 특별보세공장) ① 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업의 범위에 해당하는 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 때에는 FTA형 특별보세 공장으로 특허를 신청할 수 있다. 이 경우 세관장은 내부시스템 등을 통하여 다음 각 호 중 해당사항을 확인해야 한다.
  1. 「자유무역협정 원산지인증수출자 운영에 관한 고시」제9조에 따라 업체별 원산지인증수출자로 인증받은 자(‘10.12. 신설)
  2. 해당 업체 연간 수출실적의 3분의 1 이상을 FTA협정 체결국으로 수출하거나 수출예정인 자
  ② 제5조 및 제6조에도 불구하고 제1항에 따라 FTA형 특별보세공장으로 특허를 신청하는 경우에는 제5조제1항 시설요건 중 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호ㆍ제5호ㆍ제7호의 요건의 확인을 생략하거나, 특허신청 시 제6조제1항제1호의 제출서류 중 나ㆍ라ㆍ마목의 서류에 대하여 제출을 생략하게 할 수 있다.
  ③ FTA형 특별보세공장의 운영 및 물품의 반출입 절차에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하며, 이 조에서 따로 정하지 않은 사항은 이 고시의 일반적인 규정에 따른다.
  1. 세관장은 제17조의2제1항에도 불구하고 FTA형 특별보세공장 물품에 대하여 보세공장의 장치공간 협소 등 세관장이 인정하는 경우 보세공장외 일시 물품장치를 허용할 수 있다.
  2. 세관장은 제18조제6항에도 불구하고 FTA형 특별보세공장 반입물품에 대하여 입항전 사용신고 또는 사용신고 수리를 전산에서 자동수리하게 할 수 있다.
  3. 세관장은 FTA형 특별보세공장에서 내국작업을 신청하는 경우 제3조제3호에 따른 유휴시설 등이 아니더라도 보세화물관리에 지장이 없다고 인정되는 경우 이를 허가할 수 있다.
  ④ 신청인이 FTA형 특별보세공장으로 신청하고자 하는 때에는 별지 제1호서식의 보세공장 종류에 ‘(FTA)’를 병기하고 제1항의 요건을 증빙하는 서류를 추가하여 신청하여야 하며, 세관장은 전산시스템에 보세공장을 등록하는 때 설치ㆍ운영목적 말미에 ‘(FTA형)’ 문구를 병기하여야 한다. 
  ⑤ 제1항의 요건을 갖춘 운영인이 FTA형 특별보세공장으로 전환하고자 하는 때에는 세관장에게 특허사항 변경신청을 하여야 한다. (‘07.12. 신설)


제35조의3(중소기업형 자율관리 보세공장) ① 세관장은 다음 각 호 모두에 해당하는 자가 보세공장의 특허를 신청하는 경우에는 중소기업형 자율관리 보세공장으로 지정할 수 있으며, 이 조에서 특별히 정하지 않은 사항에 대해서는 이 고시의 일반적인 규정을 적용한다. (’25.3. 개정)
  1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업
  2. 전년도 해당 공장에서 생산한 물품의 매출액 대비 수출액 비중이 50% 이상인 자(수출액은 「대외무역법 시행령」 제2조제11호의 "수출실적"을 적용하여 산출한다)
  ② 제1항에 따른 중소기업형 자율관리 보세공장으로 지정받고자 하는 자는 보세공장 설치ㆍ운영특허신청서(별지 제1호서식)와 중소기업형 자율관리 보세공장 지정신청서(별지 제1호의4서식)를 제출하여야 한다. 
  ③ 제1항 및 제2항에 따라 특허신청 및 중소기업형 자율관리 보세공장 지정신청을 받은 세관장은 제6조의2에 따라 보세공장 특허심사위원회를 구성하여 특허요건의 충족 여부 및 관세행정의 목적에 부합 하는지 등을 심의하여야 하며, 심의 결과 타당하다고 인정되는 경우에는 중소기업형 자율관리 보세공장으로 특허할 수 있다. 이 경우 세관장은 보세공장 설치ㆍ운영 특허장(별지 제2호서식) 및 중소기업형 자율관리 보세공장 지정서(별지 제1호의5서식)를 교부하여야 한다. (’25.3. 개정)
  ④ 세관장은 중소기업형 자율관리 보세공장 지정을 신청하는 자가 제5조제1항 및 제2항의 특허요건을 충족하지 못하였으나, 설치ㆍ운영의 목적이 관세행정 목적에 부합하다고 인정되는 경우에는 일정 기간 내에 동 조건을 구비하는 조건으로 설치ㆍ운영을 특허 할 수 있다.
  ⑤ 중소기업형 자율관리 보세공장으로 지정받은 운영인은 다음 각 호의 특례 중 관할 세관장으로부터 특례적용 대상으로 지정받은 작업, 품목, 장소 등에 한하여 특례를 적용 받을 수 있다. 
  1. 제37조제1항제1호부터 제3호까지의 자율관리보세공장 특례
  2. 보세공장에서 사용하는 원재료의 품목번호(HSK)를 전산시스템에 등록한 경우 제18조제6항의 사용신고를 전산에서 자동수리
  3. 전산시스템에 반출입 보세공장의 보세구역 부호를 등록한 경우 제30조의 보세운송신고를 전산에서 자동수리
  4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특허기간 동안 일괄하여 허가 또는 승인을 받은 것으로 간주
    가. 장외 일시장치 장소, 사유, 장치물품 등을 사전에 제출한 경우 제17조의2의 장외일시장치신청
    나. 장외작업 장소, 작업범위, 작업원료, 생산물품 등을 사전에 제출한 경우 제22조의 장외작업신청
    다. 다른 보세공장명, 작업범위, 작업원료, 생산물품 등을 사전에 제출한 경우 제24조의 다른 보세공장 일시보세작업신청
    라. 작업내용, 작업원료 등을 사전에 제출한 경우 제26조의 내국작업
    마. 폐기대상 물품, 폐기방법, 폐기업체 등을 사전에 제출한 경우 제33조제5항의 잉여물품 자체 폐기대상 지정신청
  ⑥ 중소기업형 자율관리 보세공장으로 지정받은 운영인은 제5항의 특례적용 사항에 대하여 자체 기록ㆍ관리하여야 하며, 매분기가 종료된 다음달 10일까지 중소기업형 자율관리 보세공장 운영상황 보고서(별지 제1호의6서식)를 세관장에 제출하여야 한다. (’25.3. 개정)
  ⑦ 제1항의 요건을 갖춘 보세공장 운영인이 중소기업형 자율관리 보세공장으로 전환하고자 하는 때에는 보세공장 제조ㆍ가공품목(작업종류) 변경(승인)서(별지 제24호서식)와 중소기업형 자율관리 보세공장 지정(변경)신청서(별지 제1호의4서식)를 세관장에게 제출하여야 한다. 
   (‘20.7. 본조 신설)

제 5 장 자율관리보세공장


제36조(자율관리보세공장 지정요건 및 신청절차 등) ① 세관장은 다음 각 호 모두에 해당하는 경우 자율관리보세공장으로 지정할 수 있으며 이 조에서 특별히 정하지 않은 사항은 이 고시의 일반적인 규정을 따른다. (‘26.4. 개정)
  1. 「수출입 안전관리 우수업체 공인 및 운영에 관한 고시」 제5조에서 정한 A등급 이상인 수출입 안전관리 우수업체인 자
  2. 법 제164조제3항에 따라 해당 보세공장에 장치된 물품을 관리하는 보세사를 채용한 자
  3. <삭 제> (‘22.11.)
  4. 반출입, 제조ㆍ가공, 재고관리 등 업무처리의 적정성을 확인ㆍ점검할 수 있는 기업자원관리(ERP)시스템 또는 업무처리시스템에 세관 전용화면을 제공하거나 해당 시스템의 열람 권한을 제공한 자(국가보안 등의 사유로 시스템 열람 권한을 제공할 수 없는 경우, 세관직원이 업체를 방문하여 열람 요구 시 열람을 보장한다는 확약서를 제출하고 세관장이 이를 인정하는 경우를 포함한다.)
  ② 자율관리보세공장을 지정 신청하려는 자는 별지 제1호의2서식의 자율관리보세공장 지정 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다.
  ③ 제1항에 따라 자율관리보세공장 지정 신청을 받은 세관장은 지정 요건을 검토하여 타당한 경우 지정기간을 해당 보세공장의 특허기간으로 하여 자율관리보세공장으로 지정하고 별지 제1호의3서식의 자율관리보세공장 지정서를 신청자에게 교부하여야 한다.
  ④ <삭 제> 
  ⑤ 세관장은 제1항의 자율관리보세공장 지정요건과 제37조의 특례사항에 대한 위반사항을 적발한 경우 해당 보세공장에 대한 특례의 적용을 잠정 중단하여야 하며, 관세법령이나 이 고시 규정의 위반사항에 해당하는 경우에는 그에 따른 처분을 하여야 한다. 다만, 단순 보고 지연 등 세관장이 경미한 위반사항이라고 판단하는 경우 그러하지 않을 수 있으며, 특례 적용을 중단한 경우 해당 보세공장의 운영인으로부터 개선계획서 등을 제출받아 적정 여부를 심사한 후에 특례를 다시 적용할 수 있다. (‘26.4. 개정)


제37조(자율관리보세공장의 특례) ① 세관장은 자율관리보세공장으로 지정받은 자에게 다음 각 호의 특례를 적용한다. 세관장은 각 호의 특례사항 중 자율관리보세공장 운영인이 신청하는 특례적용대상을 자율관리보세공장 지정서에 기재하여 교부하여야 한다. (‘23.11. 후단 신설)
  1. 보세공장에 반입된 물품(제23조에 따라 장외작업장에 직접 반입된 물품을 포함한다)을 공휴일(「노동절 제정에 관한 법률」에 따른 노동절 및 토요일을 포함한다), 야간 등 세관 개청시간 외에 먼저 사용하려는 경우에는 법 제186조제1항 및 이 고시 제18조제1항에 따른 사용 전 사용신고를 공휴일 또는 야간 종료일 다음날까지 사용신고 할 수 있다. 다만, 법 제186조제2항에 해당되는 외국물품으로서 해당 수입요건을 갖추지 않고 면제도 받지 않은 물품은 제외한다. (‘26.4. 개정)
  2. 제24조에 따른 다른 보세공장 일시 보세작업 장소가 자율관리보세공장인 경우 제24조제4항에 따른 보세운송절차를 생략할 수 있다. (‘12.6. 신설)
  3. 제13조에 따른 물품의 반출입을 할 때 동일법인에서 운영하는 자율관리보세공장 간이나, 동일법인에서 운영하는 자율관리보세공장과 자유무역지역 입주기업체 간에는 제13조제6항에 따른 보세운송절차를 생략할 수 있다. (‘12.5. 신설, ’22.11. 개정)
  4. <삭 제> (‘22.11.)
  5. 제18조제6항에 따른 사용신고 특례적용을 위한 품목번호(HSK) 등록절차를 생략할 수 있다.
  6. 제40조제1항에 따른 연 1회 재고조사를 생략할 수 있다. (’22.11. 개정)
  7. 제12조제3항 및 제14조의 물품 외에도 해당 보세공장의 특허 목적과 관련 있는 물품은 보세공장에 반입하거나 보세공장으로부터 반출할 수 있다. (’22.11. 신설, ’23.11. 개정)
  8. 해당 보세공장에서 생산된 수출물품이 무상으로 반출하는 상품의 견품 및 광고용품에 해당되고, 물품 가격이 미화 1만불(FOB기준) 이하인 경우 제38조제2항에 따른 보세운송절차를 생략할 수 있으며, 보세공장에서 생산된 물품이 제17조의2에 따른 장외일시장치장과 제22조에 따른 장외작업장에서 수출신고되는 경우에도 이와 같다. (’22.11. 신설, ’23.11. 후단 신설)
  9. 제40조제2항제4호의 규정에 따른 보세공장 장기재고 현황 및 처리계획 보고서의 제출을 생략할 수 있다. (’22.11. 신설)
  10. 제29조의2에 따라 해당 보세공장의 견본품을 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 반출할 때 장외작업절차를 준용하게 할 수 있다. (’22.11. 신설, ‘25.3. 개정)
  11. 제22조제1항에 따른 장외작업 허가 신청 및 같은 조 제8항에 따른 장외작업 완료보고서 제출을 생략하게 할 수 있다. 이 경우 보세공장 운영인은 별지 제7호의4서식으로 장외작업장을 등록하여야 하며, 이때 세관장으로부터 장외작업 허가를 받은 것으로 본다. (’23.11. 신설)
  12. 제25조제2항에 따라 승인 받은 것과 동일한 품목의 동일한 작업방법으로 수행하는 보수작업에 대해 차후에는 보수작업 신청(승인) 및 완료보고를 생략할 수 있다. (‘25.3. 개정)
  13. 제17조의2에 따른 보세공장 외 일시 물품 장치허가 신청, 반출입 및 보세운송 신고를 생략하게 할 수 있다. 이 경우 보세공장 운영인은 사전에 별지 제7호의4서식으로 장외일시 장치 장소를 등록하여야 한다. (‘26.4. 신설)
  14. 제24조에 따른 다른 보세공장 등 일시 보세작업 허가 신청 및 완료보고를 생략하게 할 수 있다. (‘26.4. 신설)
  15. 제26조에 따른 내국작업의 허가 신청, 내국작업종료신고 및 이에 따른 내국물품의 반출입신고를 생략하게 할 수 있다. (‘26.4. 신설)

  ② 자율관리보세공장은 특례사항에 대한 업무절차 매뉴얼과 물품의 반출입 등 이동내용을 관리할 수 있는 내부통제시스템을 갖추어야 한다.
  ③ 제1항제2호, 제3호, 제8호, 제10호부터 제15호까지의 물품 반출입 내역을 보세사가 각 호별로 자체 기록ㆍ유지하고, 기록내용을 매분기가 종료된 다음달 10일까지 세관에 제출하여야 한다. (‘26.4. 개정)


제 6 장  보세운송 및 선(기)적 관리


제38조(수출물품 등의 보세운송) ① 이 고시의 규정에 의하여 보세공장에서 다른 보세구역 또는 다른 보세공장으로 반출하는 물품은 보세운송 승인일로부터 10일 이내에 도착지에 도착하여야 한다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우에는 10일의 범위내 또는 세관장이 인정하는 기간까지 보세운송기간을 연장(별지 제19호서식)할 수 있다. (‘04.3., ‘05.1., ’25.3. 개정)
  ② 보세공장에서 제조ㆍ가공되어 수출신고수리된 물품은 보세운송절차(수출신고서상의 운송(신고)인 및 운송기간의 기재로써 보세운송신고에 갈음)에 의하여 수출신고수리일로부터 30일 이내에 도착지에 도착하여야 하며, 보세운송기간의 연장은 제39조에 따른 선(기)적 기간의 연장으로 갈음한다. (‘04.3., ’06.6., ‘12.6. 개정)
  ③ 보세구역 운영인등은 수출물품이 도착한 때에는 운송인으로부터 수출신고수리필증 또는 반출입신고서 사본을 제출받아 도착화물의 이상유무를 확인하고, 이상이 있는 경우에는 즉시 그 사실을 도착지세관의 보세운송담당과에 보고하여야 하며, 보세운송 담당과는 도착물품을 검사하고 이상이 있을 때에는 그 결과를 발송지세관장에게 통보하여야 한다.
  ④ 보세구역 운영인등은 수출신고수리물품 등의 관리에 있어 수입물품에 준하여 관리하여야 하며, 세관장의 정당한 허가, 승인(보세운송, 적재허가, 재반입명령 등) 없이는 해당 물품의 반출을 허용하여서는 안된다.
  ⑤ 운영인은 보세공장에서 수출신고수리된 물품을 운송하는 때에는 보세공장 소유의 차량 또는 특송업체의 집하차량을 이용할 수 있다. 이 경우 사전에 관할세관장에게 별지 제19호의2서식을 제출하여 보세운송신고자로 등록(변경)하여야 한다. (‘26.4. 개정)


제39조(수출물품의 선（기）적 관리) ① 운영인은 보세공장에서 제조ㆍ가공되어 수출신고수리된 물품을 수출신고가 수리된 날부터 30일 이내에 우리나라와 외국간을 왕래하는 운송수단에 적재하여야 한다. (‘20.7. 개정)
  ② 운영인은 출항 또는 적재 일정변경 등 부득이한 사유로 적재기간을 연장하고자 하는 때에는 「수출 및 반송 통관에 관한 고시」제65조의 수출물품 적재기간 연장승인 신청 절차를 따른다. 다만, 서면으로 신청하는 경우에는 별지 제21호서식의 보세공장 수출신고수리물품 선(기)적기간연장신청서의 제출 및 승인으로 한다. (‘04.3., ‘05.1., ’12.6., ‘20.7., ’22.11., ’25.3. 개정)
  ③ 제2항에 따라 적재기간 연장신청을 받은 통관지 세관장은 신청사유의 타당성을 심사하여 6개월의 범위 내에서 연장승인을 할 수 있다. 이 경우 연장승인을 받고자 하는 물품이 관할지 이외의 보세구역에 장치되어 있는 경우에는 연장승인 대상물품이 장치된 보세구역을 관할하는 세관장에게 물품의 소재 여부를 확인하고 승인하여야 한다.
  ④ 운영인은 제38조제2항에 따라 수출신고수리되어 보세운송된 물품이 주문취소, 적재일정 변경 등의 사유로 적재기간 내에 적재할 수 없어 수출신고를 취하하려는 경우에 보세공장 수출신고수리물품 재반입 신청(별지 제20호의2서식)을 하고 관할세관장의 승인을 받아 원보세공장에 반입하여야 한다. 이때 운영인은 재반입 신청을 하는 때에 수출신고 취하 신청을 할 수 있다. (‘20.7. 신설, ’22.11. 개정)
  ⑤ 통관지세관장은 보세공장에서 제조ㆍ가공되어 수출신고수리된 물품이 신고수리일로부터 제1항 또는 제2항의 적재기간 내에 선(기)적 되지 아니한 경우에는 원보세공장에 재반입(별지 제20호서식)하도록 하여 신고수리를 취소하는 등 필요한 조치를 하여야 한다. 이 경우 수출신고수리물품의 반출입신고 및 보세운송신고는 별지 제20호의2서식의 보세공장 수출신고수리물품 재반입 승인서 또는 별지 제20호서식의 보세공장 수출신고수리물품 반입명령서로 갈음한다. (‘20.7. 개정)
  ⑥ 제1항에도 불구하고 보세공장에서 건조된 선박과 항공기의 선(기)적 관리는 「수출 및 반송 통관에 관한 고시」 제69조제1항을 적용한다. (‘05.1., ‘09.8., ‘10.12., ’25.3. 개정)


제 7 장  물품의 관리ㆍ감독


제40조(재고조사) ① 보세공장에 대한 재고조사는 서면심사 및 실지조사의 방법으로 회계연도 종료 3개월 이후 연 1회 실시를 원칙으로 한다. 다만, 부정유출의 혐의가 있거나, 설치ㆍ운영특허가 상실되는 등 세관장이 필요하다고 인정하는 경우에는 수시로 재고 조사할 수 있다.
  ② 운영인은 회계연도 종료 3개월이 지난 후 15일 이내에 보세공장 반입 원재료 및 제품 등의 관리에 대한 적정여부를 자체 점검하고, 다음 각 호의 사항을 포함하는 자율점검표를 작성하여 전산시스템으로 전송하거나 관할 세관장에게 서류로 제출하여야 한다. 이 경우 공인회계사가 이 고시에서 정하는 바에 따라 재고조사를 실시하고 작성한 보고서는 자율점검표를 갈음할 수 있으며,  자율점검표 또는 보고서를 제출한 경우에는 「자율관리 보세구역 운영에 관한 고시」 제10조제1항의 자율점검표 제출을 생략할 수 있다. (‘26.4. 개정)
  1. 보세공장 현황(임원ㆍ보세사, 관련부서, 생산제품 등)
  2. 원재료, 재공품, 제품 및 잉여물품 등의 재고관리 방법(반입일 또는 생산일로부터 1년 이상된 장기재고물품의 처리계획 포함한다)(’18.12. 개정)
  3. 제32조제1항에 따른 보세공장원재료실소요량계산서(전산기록매체 또는 서면)
  4. 보세공장 반입물품의 기초재고, 반입/반출량, 기말재고 현황(사용신고 전 원재료, 수입신고 전 자본재, 사용신고 후 원재료, 재공품, 제품, 잉여물품을 구분하여 작성하되, 원재료 반입일 또는 제품 생산일로부터 1년 이상 경과된 원재료 또는 제품의 재고현황은 별도로 구분하여 별지 제27호서식을 사용하여 전산시스템으로 제출한다) (’18.12., ‘20. 7. 개정)
  5. 재고관리 현황을 확인할 수 있는 관련 서류명 및 관리부서
  6. 보세공장의 법규수행능력 제고를 위한 내부 자율통제체제에 관한 사항 (‘05.1. 신설)
  7. 그 밖에 보세공장 물품관리와 관련한 참고사항 및 의견
  8. 자율관리보세공장의 경우 「자율관리 보세구역 운영에 관한 고시」 제10조제1항 각 호의 사항 (‘26.4. 개정)
  ③ 세관장은 수출입 안전관리 우수업체, 법규수행능력평가 우수업체 등 보세공장 물품의 관리가 적정하다고 판단되는 보세공장에 대해서는 제2항에 따라 제출받은 자율점검표 등을 심사하여 그 결과로 재고조사를 갈음할 수 있으며, 그 밖의 보세공장에 대하여는 재고조사의 방법을 정하여야 한다. (‘04.3., ‘20.7. 개정)
  ④ 세관장은 제3항에 따라 재고조사 대상으로 정하여진 보세공장에 대하여 재고조사 개시일부터 10일 이전에 물품의 반출입사항, 잉여물품의 처리사항 등 보세공장 물품관리에 필요한 사항이 포함된 제출서류명(결산서 및 부속서류 등), 서류제출기한, 재고조사대상기간, 재고조사기간 등을 기재한 통지서를 운영인에게 송부하여야 하며, 재고조사 개시일부터 서면심사의 경우는 7일 이내, 실지조사의 경우는 10일 내에 완료하여야 한다. 다만, 부득이하게 재고조사기간을 연장하려는 경우에는 7일 이내의 범위에서 연장할 수 있으며, 이미 재고조사가 완료된 "재고조사 대상기간"에 대해서는 부정유출혐의 등의 경우를 제외하고는 반복조사할 수 없다. (‘04.3. 개정)
  ⑤ 세관장은 부정유출혐의 등 긴급하게 조사할 필요가 있다고 인정하는 경우에는 제4항의 사전통지를 생략할 수 있다.
  ⑥ 세관장은 제3항에 따라 정하여진 재고조사의 방법에도 불구하고 제4항의 관련 자료를 심사한 결과 동 재고조사의 방법이 타당하지 아니하다고 인정되는 경우에는 이를 변경할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되면 실지조사를 하여야 한다. (‘04.3. 개정) 
  1. 제2항의 자율점검표 및 제4항의 자료를 제출기한까지 제출하지 않은 경우. 다만, 세관장이 타당하다고 인정하는 경우 제출기한을 연장할 수 있다. (‘04.3. 개정)
  2. 보세화물의 부정유출 우려가 있는 경우
  3. 실소요량 관리가 다른 보세공장과 비교하여 불합리한 경우
  4. 제출된 자료가 서면조사에 필요한 사항이 기재되지 않아 서면심사가 이루어지기 어려운 경우
  5. 설치ㆍ운영특허가 상실된 경우(세관장이 실지조사를 생략할 수 있다고 인정한 경우는 제외) (‘26.4. 개정)
  ⑦ 세관장은 물품의 종류와 작업공정 등을 고려하여 다음 각 호에서 정하는 예시와 같이 합리적인 방법으로 재고조사를 실시할 수 있다.
  1. 전자제품(반도체 제품 등) 원재료로서 게르마늄, 실리콘, 골드와이어 등과 같이 미세하고 손을 대어 확인하는 것이 불가능한 물품은 포장단위의 조사
  2. 제조기간이 장기간이고 제조공정에 투입된 원재료가 변형되어 수량확인에 기술적인 분석이 필요한 것으로서 부정유출의 우려가 없다고 인정하는 물품(예: 선박 및 산업설비 등)은 업체의 작업현황에 따른 합리적인 수량확인 방법으로 조사
  3. 원자재가 다양하고 수량이 많아서 현품수량을 파악하는 것이 곤란한 물품에 대하여는 투입되는 재료 중에서 고가품 또는 부정유출의 우려가 있다고 인정되는 주요 물품위주의 발췌조사
  ⑧ 운영인이 장부기장과 물품관리를 소홀히 하여 재고조사를 실시할 수 없을 때에는 기간을 정하여 그의 시정을 명하고, 지정기간 내 시정이 이루어지지 않는 경우 제16조에 따른 조치를 할 수 있다.
  ⑨ 실지조사결과 물품의 수량이 부족함을 발견하거나 잉여물품을 승인없이 처분하는 등 관련법령을 위반한 사실을 발견한 때에는 자체조사 후 통고처분 등 필요한 조치를 하여야 한다. 다만, 「세관공무원의 범칙조사에 관한 훈령」 제14조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 즉시 조사전담부서로 조사의뢰를 하여야 한다. (‘26.4. 개정)
  ⑩ 이 고시에서 따로 정하는 경우를 제외하고는 「행정조사기본법」 제11조, 제17조, 제18조, 제21조, 제22조 및 제24조를 준용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 이를 적용하지 아니하되, 이때에도 조사공무원은 같은 법 제11조제3항에 따라 권한을 나타내는 증표를 지니고 이를 조사대상자에게 내보여야 한다. (‘08.12., ’22.11. 개정)
  1. 「행정조사기본법」 제3조제2항제5호에 관한 사항
  2. 행정조사를 긴급히 실시하여야 할 필요가 있다고 세관장이 인정하는 경우


제41조(장부의 비치 및 기장의무) 보세공장 운영인은 물품의 반출입사항, 잉여물품의 처리사항 등 보세공장물품관리에 필요한 사항이 포함된 장부 또는 자료보존매체(마이크로필름, 광디스크, 그 밖의 전산매체)를 업체특성에 맞게 자율적으로 관리하여야 한다.


제42조(특허 변경사항의 보고 등) ① 보세공장 운영인은 다음 각 호에 해당하는 사항이 발생하였을 때에는 지체없이 세관장에게 보고 또는 신청(신고)하여야 하며, 필요시 그 승인을 받아야 한다.
  1. 영 제193조에 따른 폐업 등의 사항 보고ㆍ신고(별지 제23호서식)
  2. 영 제190조제1항에 따른 업무내용의 변경 사항에 대한 변경 승인신청(별지 제24호서식)
  3. 영 제190조제2항에 따른 법인등기 사항의 변경통보(「보세창고 특허 및 운영에 관한 고시」 별지 제5호의2서식 및 같은 고시 제17조제5항 준용) (‘25.3. 개정)
  4. 영 제191조에 따른 수용능력 증감에 관한 사항 승인신청(별지 제25호서식) 및 완료 보고(’18.12. 개정)
  5. 법 제179조제2항에 따른 보고, 법 제179조제3항 및 이 고시 제11조제2항에 따른 특허보세구역(보세공장) 승계신고(별지 제2호의2서식) (‘05.1. 신설)
  6. 그 밖에 설치ㆍ운영특허 내용 중 변경사항 신고
  ② 세관장은 다음 각 호에 해당하는 사항이 발생하였을 때에는 지체 없이 그 내용을 화물관리정보시스템에 등록하여야 하며, 제2호부터 제4호까지의 경우에는 관세청장에게 보고하여야 한다. (‘05.1. 개정)
  1. 법 제174조제1항 및 영 제188조에 따른 보세공장 설치ㆍ운영의 특허 및 기간갱신
  2. 법 제178조에 따른 보세공장 설치ㆍ운영특허의 취소
  3. 법 제179조제1항제2호 및 제3호에 따른 보세공장 설치ㆍ운영특허의 상실 (‘05.1. 개정)
  4. 영 제194조에 따른 보세공장 설치ㆍ운영특허의 승계 (‘05.1. 신설)
  5. 영 제193조에 따른 보세공장의 폐업
  6. 제1항제2호부터 제4호까지에 따른 설치ㆍ운영특허의 변경사항
  ③ 제1항에 따른 보고 등에 대하여는 이 고시에서 따로 정하는 경우를 제외하고 제40조제10항에 따른다.


제42조의2(세관공무원의 임무) ① 세관장은 필요하다고 인정하는 경우에는 소속 공무원으로 하여금 이 고시에 의하여 운영인 또는 보세사가 확인하거나 기록하는 사항에 대하여 그 이행여부를 확인하게 할 수 있다.
  ② 제1항에 따라 지정된 공무원은 다음 각 호의 사항을 확인하여야 한다.
  1. 보세공장(장외작업장을 포함한다) 반출입 물품의 기록여부
  2. 제27조제2항에 따른 수입신고대상물품의 수입신고 여부
  3. 반입물품의 사용신고전 사용여부
  4. 장외작업 및 내국작업의 보세화물 감시단속의 문제점
  5. 잉여물품관리대장 기록여부
  6. 운영인 및 보세사의 의무 성실이행여부
  7. 장기재고물품의 처리계획 이행여부 (’18.12. 신설)
  8. 그 밖에 세관장의 명령 이행여부
  ③ 세관공무원이 제2항 각 호의 사항을 확인한 결과 그 관리가 적정하지 아니하다고 판단되는 경우에는 즉시 시정토록 하거나 서류에 의하여 시정을 요구하고 기간을 정하여 그 결과를 보고하게 할 수 있다. (‘04.3. 신설)
  ④ 세관장은 소속공무원으로 하여금 법 제175조제4호부터 제8호까지의 운영인의 결격사유를 매년 조회하게 하여 운영인의 자격 여부를 확인한 후 필요한 조치를 취하여야 한다.


제42조의3(운영인 및 보세사의 의무) ① 운영인 또는 보세사는 다음 각 호의 사항을 확인하거나 기록(전산설비에 의한 기록을 포함한다)하여야 한다.
  1. 보세운송의 도착 및 화물의 이상유무 확인
  2. 보세공장의 원재료보관ㆍ보세작업ㆍ제품보관 등 각 단계별 반입과 반출
  3. 장외작업물품의 반입과 반출
  4. 내국작업허가 물품의 반입과 반출
  5. 잉여물품의 발생과 반출입
  6. 환급고시 규정에 따른 환급대상 내국물품의 반입(’18.12. 개정)
  7. 반입대상이 아닌 내국물품의 반출입
  8. 보세공장 물품의 장치와 보관
  9. 그 밖에 이 고시에서 정하는 확인ㆍ기록 사항
  ② <삭 제> (’18.12.)
  ③ 운영인 또는 보세사는 세관공무원이 관계자료의 열람, 제출 및 확인을 요구하는 경우에는 즉시 이에 응하여야 한다. (‘04.3. 신설)
  ④ 운영인은 보세사가 퇴사, 업무정지 등의 사유로 보세사 업무를 수행할 수 없는 경우에는 2개월 이내에 다른 보세사를 채용하여 보세사 업무를 수행하게 하여야 한다. 다만, 채용공고 후 2개월 이내 신규 보세사를 채용하지 못하는 등 객관적인 사유가 있고, 이를 관할 세관장이 인정하는 경우 2개월 이내의 추가 유예기간을 부여할 수 있다. (‘26.4. 단서 신설) 


제 8 장  보칙


제43조(준용규정) 이 고시에서 정하고 있는 사항 이외의 보세공장물품의 사용신고의 신고ㆍ심사ㆍ검사 등에 관한 사항과 수출, 보세운송, 운영인 및 보세사의 의무에 관한 사항은 각각 「수입통관 사무처리에 관한 고시」, 「수출 및 반송 통관에 관한 고시」, 「보세운송에 관한 고시」, 「자율관리 보세구역 운영에 관한 고시」및 「보세사제도 운영에 관한 고시」를 준용한다. (‘05.1., ’13.12., ‘25.3. 개정)


제44조(주의 및 경고) ① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 주의처분 할 수 있다. 이 경우 주의횟수는 세관장이 현장조사, 감사 등의 결과 위반사항이 다른 경우 사안별로 산정하고 최근 1년내에 3회 주의처분을 받은 때에는 경고 1회로 한다.
  1. <삭 제> (’23.11.)
  2. 제13조제1항ㆍ제2항을 위반한 때
  3. 제13조제5항의 물품이상신고를 하지 않은 때
  4. 제13조제8항의 제조ㆍ가공 등에 소요되는 내국물품 원재료의 반출입 사실을 기록ㆍ관리하지 않은 때
  5. 제17조제1항, 제17조의2제2항 단서 및 제3항을 위반한 때
  6. 제17조의2제6항 전단에 따른 반출입신고서를 제출하지 아니한 때
  7. 제22조제4항ㆍ제8항을 위반한 때
  8. 제24조제5항ㆍ제6항 후단 및 제8항을 위반한 때
  9. 제25조제2항ㆍ제3항 및 제26조제5항ㆍ제6항을 위반한 때
  10. 제29조제2항, 제30조제4항, 제33조제1항ㆍ제3항ㆍ제4항을 위반한 때
  11. 제34조제1항제5호를 위반하여 작업한 때
  12. 제35조의3제6항, 제37조제3항, 제38조제1항ㆍ제2항 위반 및 제38조제3항 전단의 이상화물발생시 세관 보고의무를 불이행한 때 (‘25.3. 개정)
  ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경고처분 할 수 있다. 이 경우 경고횟수는 세관장이 현장조사, 감사 등의 결과 위반사항이 다른 경우 사안별로 산정한다.
  1. 제17조의2제1항, 제18조제1항, 제22조제1항, 제24조제1항, 제26조제1항, 제29조제1항, 제32조제1항, 제33조제2항, 제34조제2항 및 제40조제2항을 위반한 때
  2. 제42조에 따른 특허 변경사항에 대한 보고를 미이행하거나 지연보고한 때
  3. 특허수수료를 납부하지 아니한 때
  4. 제41조에 따른 장부의 비치 및 기장의 의무를 태만히 한 때
  5. 보세화물의 관리소홀 등으로 멸실, 도난, 그 밖의 손실이 발생한 때
  6. 소요량 계산을 소홀히 하거나 심사자료 제출을 지연하여 재고조사에 지장을 초래할 때


제45조(청문) ① 세관장은 법 제164조제6항에 따른 자율관리보세구역 지정 취소, 이 고시 제36조제5항에 따른 자율관리보세공장 지정 취소, 법 제178조에 따른 특허 취소ㆍ물품반입의 정지ㆍ과징금 부과 처분을 하려는 경우에는 「보세창고 특허 및 운영에 관한 고시」 제19조를 준용한다. (‘11.3., ‘25.3. 개정) (‘26.4. 개정)
  ② 세관장은 제1항에 따른 행정처분을 할 때 운영인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당한다고 인정하는 경우에는 제6조의2에서 정하는 특허심사위원회의 심사를 거쳐 그 처분을 경감할 수 있다. 다만, 운영인이 제1항에 따른 의견을 제출하지 아니한 때에는 그렇지 않다. (‘11.3., ‘25.3. 개정)
  1. 법규수행능력 우수업체로 평가된 경우
  2. 수출입 안전관리 우수업체로 공인된 경우 (‘26.4. 개정)
  3. 관세행정에 기여한 공로가 있는 경우

 제46조(재검토기한) 관세청장은「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 고시에 대하여 2025년 1월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.

 제47조(규제의 재검토) 관세청장은 「행정규제기본법」 제8조에 따라 이 고시에 대하여 2019년 1월 1일을 기준으로 매 5년이 되는 시점(매 5년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.