# 사립학교법 제14조 제3항 등 위헌확인

## 판시사항

가.(1)개방이사제에 관한 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것, 이하 ‘사립학교법’이라 한다) 제14조 제3항, 제4항이 학교법인의 사학의 자유를 침해하는지 여부(소극)
(2) 위 법률조항이 평등권을 침해하는지 여부(소극)
나.개방감사제에 관한 사립학교법 제21조 제5항이 학교법인의 사학의 자유를 침해하는지 여부(소극)
다.임시이사의 임기에 관한 사립학교법 제25조 제3항이 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해하는지 여부(소극)
라.(1)학교법인의 정상화에 관한 사립학교법 제25조의3 제1항이 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해하는지 여부(소극)
(2)위 법률조항이 재산권을 침해하는지 여부
마.대학평의원회에 관한 사립학교법 제26조의2 제1항이 학교법인의 사학의 자유를 침해하는지 여부(소극)
바.(1)초ㆍ중등학교장의 중임회수를 1회로 제한한 사립학교법 제53조 제3항 단서가 학교법인의 사학의 자유나 초ㆍ중등학교장의 직업의 자유를 침해하는지 여부(소극)
(2)위 법률조항이 평등권을 침해하는지 여부(소극)
사.학교법인의 이사장과 특정관계에 있는 사람의 학교장 임명을 제한하는 사립학교법 제54조의3 제3항이 이사장과 특정관계에 있는 사람의 직업의 자유나 학교법인의 사학의 자유를 침해하는지 여부(소극)

## 결정요지

가.(1)개방이사제에 관한 사립학교법 제14조 제3항, 제4항은 사립학교운영의 투명성과 공정성을 제고하고, 학교구성원에게 학교운영에 참여할 기회를 부여하기 위한 것으로서, 개방이사가 이사 정수에서 차지하는 비중, 대학평의원회와 학교운영위원회가 추천하는 개방이사추천위원회 위원의 비율, 학교법인 운영의 투명성 확보를 위한 사전적ㆍ예방적 조치의 필요성 등을 고려할 때 학교법인의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다. 
(2)학교법인은 일반 사법인과 달리 공공성이 요구되고, 공익법인이나 사회복지법인 등과는 그 용역의 성격이나 수요층의 범위, 대체수단에 대한 접근용이성의 정도 등에서 차이가 있으므로 개방이사 선임에 차이를 둔 것은 합리적 이유가 있고, 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원을 설치ㆍ경영하는 학교법인은 그 자율성을 보장해 줄 필요성이 큰 반면 외부인사를 학교운영에 개입하게 하여야 할 정도로 공공성의 요구가 크지 않으므로 당해 종교단체에서 2분의 1을 추천하도록 한 것은 합리적 이유가 있어 평등권을 침해하지 않는다.
나.개방감사제에 관한 사립학교법 제21조 제5항은, 학교법인에 대한 감사의 신뢰성을 확보하고 그 책무성을 강화함으로써 사립학교운영의 투명성과 공공성을 높이기 위한 것으로, 개방감사가 1인으로 제한되고, 감사의 존재목적이 학교법인 및 학교운영의 적정성을 감독하는 데 있는 점 등을 고려하면 학교법인의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.
다.임시이사의 임기에 관한 사립학교법 제25조 제3항은, 비록 임시이사 체제의 존속기한을 명시하고 있지는 않으나, 임시이사는 그 선임사유가 해소될 때까지 재임하는 것이고, 임시이사 체제가 부당히 장기화되는 것을 방지하기 위한 법적 수단
들이 마련되어 있으므로 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.
라.(1)임시이사가 선임된 학교법인의 정상화를 위한 이사 선임에 관하여 사학분쟁조정위원회의 심의를 거치도록 한 사립학교법 제25조의3 제1항은, 사학분쟁조정위원회가 그 인적 구성과 기능에 있어 공정성 및 전문성을 갖추고 있다는 점, 학교법인의 정체성은 설립자로부터 이어지는 이사의 인적 연속성보다는 설립 목적이 화체된 정관을 통하여 유지ㆍ계승된다는 점, 사학분쟁조정위원회는 정상화 심의과정에서 종전이사 등의 의견을 청취할 수 있다는 점 등을 고려할 때 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.
(2)설립자나 종전이사가 사립학교 운영에 대해 가지는 재산적 이해관계는 법률적인 것이 아니라 사실상의 것에 불과하므로 위 법률조항은 이들의 재산권을 침해하지 않는다.
마.대학평의원회에 관한 사립학교법 제26조의2 제1항은, 대학평의원회가 대학자치의 범위에 속하는 사항들 중 중요사항에 한하여 심의 또는 자문하는 데 불과해 이사회의 결정권한을 제약하지 않는 점, 학교법인에 정관을 통한 자율적 형성의 여지가 부여되어 있는 점 등을 고려하면, 학교법인의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.
바.(1)초ㆍ중등학교장의 중임회수를 1회로 제한한 사립학교법 제53조 제3항 단서는, 교장의 노령화ㆍ관료화를 방지하고 인사순환을 통하여 교단을 활성화하며, 학교경영과 교육을 분리하고 있는 교육법제에 충실하고자 한 것으로, 최장 8년간 재임이 보장되고 동일한 학교의 장 중임만 제한받을 뿐이므로 학교법인의 사학의 자유나 초ㆍ중등학교장의 직업의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.
(2)초ㆍ중등학교와 달리 대학은, 대학의 장이 임기에 구애됨이 없이 장기적인 학교발전의 전망을 가지고 이를 실현해 나가도록 보장해 주는 것이 필요하여 대학의 장 임면에 관하여 대학의 자율에 맡겨 둘 필요성이 크므로 이를 달리 취급하는 데는 합리적 이유가 있어 초ㆍ중등학교장의 평등권을 침해하지 않는다.
사.사립학교법 제54조의3 제3항은 학교법인의 이사장과 배우자, 직계존속 및 직계비속과 그 배우자의 관계에 있는 자가 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장에 임명되기 위해서는 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 얻도록 하고 있는데, 이는 학교법인의 경영과 학교행정을 인적으로 분리함으로써 학교의 자주성을 보호하고 사학운영의 공공성과 투명성을 제고하고자 하는 것으로 이사장의 배우자 등의 직업의 자유나 학교법인의 사립학교 운영의 자유를 침해한다고 볼 수 없다. 
사립학교법 제14조 제3항, 제4항에 대한 재판관 조용호의 반대의견 
학교법인의 이사는 학교법인 최고의사결정기관이자 집행기관인 이사회를 구성하여 사학 운영의 자유를 구현하는 주체이다. 학교법인의 이사선임권은 학교법인의 자주성과 자율성의 핵심요소이므로 이사의 선임과 구성은 전적으로 학교법인의 자율에 맡겨야 한다. 그런데 학교운영의 공공성과 투명성을 강화한다는 명목으로 정상적으로 운영되고 있는 절대 다수의 사학에 대하여까지 학교법인의 의사와 관계없이 일률적으로 이사 정수의 4분의 1을 개방이사라는 이름으로 선임하도록 강제하는 것은 학교법인 의사결정체계의 본질에 어긋나고, 학교법인 이사제도의 본질을 침해하는 것이다. 우리나라의 경우 학교 수나 학생 수에 있어서 특히 고등교육기관에 사립학교의 비중이 매우 높은 점, 삼국시대 이래로 우리 민족과 함께 연면히 이어져 내려온 사학의 역사성, 사학의 기능과 자주성 보장의 필요, 학교법인 이사제도의 본질, 개방이사제도의 문제점 등을 종합해 보면, 위 조항들은 과잉금지원칙에 반하여 학교법인의 사학의 자유를 침해한다.
사립학교법 제25조의3 제1항에 대한 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 안창호, 재판관 조용호의 반대의견
학교법인의 설립목적은 그 의사결정기관이자 집행기관인 이사회를 구성하는 이사들에 의해 실행되므로 설립자가 최초의 이사들을, 그 다음에는 그 이사들이 후임이사를 순차적으로 선임함으로써 학교법인의 설립목적을 영속성 있게 실현하는 것이 학교법인 이사제도의 본질이다. 사립학교법상 임시이사제도는 위기사태에 빠진 학교법인에 임시이사를 파견하여 학교법인을 조속히 정상화함으로써 그 설립목적을 달성할 수 있도록 하려는 데에 그 제도적 취지가 있는 것이지, 위기사태를 가져온 구 이사들에 대한 제재의 일환으로 그들로부터 학교법인 경영권을 박탈하거나 학교법인의 지배구조를 변경하는 것을 허용하는 제도가 아니다. 그러므로 학교법인이 임시이사 체제에서 정상화되는 단계에서 학교법인의 정체성이 유지되고 학교법인 설립목적의 영속성을 인적으로 보장하기 위한 최소한의 장치가 마련되어야 할 것인데, 이 단계에서 모든 정식이사 
선임의 주도권을 사실상 사학분쟁조정위원회에 부여하면서 종전이사 등의 의견 청취를 법률적으로 전혀 보장하지 않은 것은 학교법인의 인적 연속성의 단절을 초래하여 그 설립 목적의 영속성 보장을 불투명하게 하는 것으로서, 과잉금지원칙에 반하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유의 본질적 내용을 침해한다.
사립학교법 제53조 제3항 단서 부분에 대한 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 서기석, 재판관 조용호의 반대의견 
학교장의 장기 재임에 따른 학교법인과의 유착 문제는 이미 이사장의 학교장 겸직금지 조항, 이사장의 배우자 등의 학교장 임명제한 조항 등을 통해 해결되고 있고, 학교장의 중임을 제한하는 것과는 직접적인 관련성을 가진다고 보기 어렵다. 또한 국ㆍ공립학교와 달리 학교법인별ㆍ학교별로 교원인사가 이루어지는 데 그치는 사립학교의 경우에는 학교장의 중임 횟수 제한만으로 교단의 활성화에 어느 정도나 효과가 있을지 의문이다. 학교장은 행정과 교육활동을 통하여 학생의 발달 및 성장에 직ㆍ간접적으로 영향을 미치므로 유능한 교장은 학교법인이나 학교의 구성원이 원할 경우 그 직무를 장기간 계속해서 수행할 수 있도록 보장하는 것이 필요하고, 이는 학교장의 임기를 정관에서 자유롭게 정할 수 있도록 한 사립학교법 취지에도 부합하는 것이다. 따라서 초ㆍ중등학교장의 중임 횟수를 1회로 제한하는 것은 그들의 직업의 자유와 초ㆍ중등 사립학교를 운영하는 학교법인의 사학의 자유를 침해한다.

## 심판대상조문

사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제14조 제3항 내지 제6항, 제20조의2 제1항, 제21조 제5항, 제23조 제1항 본문, 제24조의2, 제24조의3, 제25조 제1항, 제3항, 제6항, 제25조의3 제1항, 제26조의2, 제53조 제3항 단서, 제54조의3 제3항
사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정된 것) 제20조의2 제2항, 제20조의3 제1항, 제25조 제5항, 제53조의3 제1항, 제54조의2 제1항 후문, 제58조 제1항 제4호
사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것) 제25조 제2항, 제4항

## 참조조문

헌법 제10조, 제11조 제1항, 제15조, 제31조 제1항, 제4항
사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것) 제14조 제1항, 제2항
사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제24조의4 제1항
사립학교법 시행령(2007. 11. 5. 대통령령 제20362호로 개정된 것) 제7조의2, 제9조의6
사립학교법 시행령(2006. 6. 23. 대통령령 제19546호로 개정된 것) 제10조의6

## 참조판례

가. 헌재 1992. 10.  1. 92헌마68, 판례집 4, 659, 670헌재 2001. 11. 29. 2000헌마278, 판례집 13-2, 762, 770
다. 헌재 2009.  4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 37-38
라. (1) 헌재 2001. 1. 18. 99헌바63, 판례집 13-1, 60, 70	헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 36-37(2) 헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 39-40
마. 헌재 1992. 10.  1. 92헌마68, 판례집 4, 659, 670
사. 헌재 2005. 12. 22. 2005헌마19, 판례집 17-2, 785, 792

## 전문

[당 사 자]
청 구 인	별지 1 목록과 같음

[주    문]
1.청구인 학교법인 ○○학원, 학교법인 □□학원의 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제14조 제3항, 제4항, 제21조 제5항에 대한 심판청구, 청구인 학교법인 □□학원, 김○주, 박○국, 고○애, 손○국, 전○용, 조○성, 주○건의 같은 법 제25조 제3항, 제25조의3 제1항에 대한 심판청구, 청구인 학교법인 ○○학원의 같은 법 제26조의2 제1항에 대한 심판청구, 청구인 학교법인 ○○학원, 학교법인 □□학원, 김○수, 조○행의 같은 법 제53조 제3항 단서에 대한 심판청구, 청구인 학교법인 ○○학원, 학교법인 □□학원, 조○수의 같은 법 제54조의3 제3항에 대한 심판청구를 모두 기각한다. 
2.청구인 학교법인 ○○학원, 학교법인 □□학원, 김○주, 박○국, 김○수, 조○행, 조○수, 고○애, 손○국, 전○용, 조○성, 주○건의 나머지 심판청구와 청구인 이○희, 최○규, 강○락, 최○준, 임○란, 최○영의 심판청구를 모두 각하한다. 

[이    유]
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인들의 지위
(가) 2007헌마1189 사건
청구인 학교법인 ○○학원(이하 ‘○○학원’이라 한다)은 ○○대학교, ○○과학대학 및 ○○고등학교를, 청구인 학교법인 □□학원(이하 ‘□□학원’이라 한다)은 □□초ㆍ중ㆍ고등학교를 각 설치ㆍ경영하고 있는 학교법인이고, 이 사건 심판청구 당시 청구인 이○희는 ○○학원의 이사장, 청구인 김○주는 □□학원의 이사장, 청구인 최○규는 기독교계통인 ○○대학원대학교의 총장, 청구인 강○락은 기독교계통인 ○○공과대학의 학장이었으며, 청구인 박○국은 학교법인 △△학원의 설립자이자 위 학교법인에 임시이사가 선임되기 전까지 이사장으로 재직했고, 청구인 김○수는 학교법인 ◇◇학원의 설립자로서 위 학교법인이 설치ㆍ경영하는 ○○중학교의 교장이었으며, 청구인 조○행은 학교법인 ▽▽학원이 설치ㆍ경영하는 ○○여자중학교의 교장이었고, 청구인 조○수는 청구인 이○희의 아들로서 ○○학원이 경영하는 ○○과학대학의 학장이었으며, 청구인 최○영은 2007. 8. 20. 당시 서울 소재 사립 외국어고등학교에 재학 중이었고, 청구인 최○준, 임○란은 청구인 최○영의 학부모이다. 
(나) 2007헌마1190 사건
청구인 고○애는 학교법인 ◎◎학원 및 학교법인 ■■학원의 임시이사 선임 직전 이사 및 이사장, 청구인 손○국은 학교법인 ××학원의 임시이사 선임 직전 이사장 및 위 학교법인이 설치ㆍ경영하는 ××대학교의 직전 총장, 청구인 전○용은 학교법인 □□대학의 설립자 겸 임시이사 선임 직전 이사, 청구인 조○성은 학교법인 ◁◁학원의 임시이사 선임 직전 이사 및 총장, 청구인 주○건은 학교법인 ●●학원의 임시이사 선임 직전 이사장으로 각 재직하였다. 
(2) 사립학교법의 개정ㆍ재개정 및 이 사건 헌법소원심판의 청구 경위
‘개방이사제’ 등의 도입을 골자로 하는 사립학교법 중 개정법률안이 2005. 12. 29. 법률 제7802호로 공포되고 2006. 7. 1.부터 시행되었으나(이하 ‘2005년 개정법’이라 한다), 개정법을 둘러싸고 사회적 갈등이 격화되는 양상을 보이자 국회는 개방이사의 추천 절차와 방식을 변경하고 사학분쟁조정위원회를 설치하여 임시이사의 선임ㆍ해임 및 학교법인의 정상화와 관련하여 기속력 있는 심의권한을 부여하는 것을 주요 내용으로 하는 개정법률안을 의결하여, 그 법률안이 2007. 7. 27. 법률 제8545호로 공포되고 같은 날부터 시행되었다(이하 ‘2007년 개정법’이라 한다). 
청구인들은 2007. 10. 24. 2005년 개정법 및 2007년 개정법의 주요 조항들이 청구인들의 기본권을 침해한다고 주장하며 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 심판의 대상 
(1) 2007헌마1189 사건의 청구인들이 청구취지에서 심판을 구하는 조항들은 사립학교법(이하 ‘법’이라 한다) 제14조 제3항 내지 제6항, 제20조의2, 제20조의3, 제21조 제5항, 제23조 제1항, 제24조의2, 제24조의3, 제25조, 제25조의3, 제26조의2, 제53조 제3항, 제53조의3 제1항, 제54조의2 제1항 후문, 제54조의3, 제58조 제1항 제4호이고, 2007헌마1190 사건의 청구인들은 이 중 법 제20조의2, 제24조의2, 제24조의3, 제25조, 제25조의3에 대하여 심판을 구하고 있다. 
헌법재판에 있어서 심판청구서의 청구취지는 심판대상을 확정하기 위한 전제로서의 의미만 갖고 헌법재판소가 이에 전적으로 구속되는 것은 아니므로, 헌법재판소는 심판청구서에 기재된 청구취지에 구애됨이 없이 청구인의 주장요지를 종합적으로 판단하여 심판대상을 확정할 수 있다(헌재 2003. 5. 15. 2002헌마90, 판례집 15-1, 581, 591; 헌재 2007. 5. 31. 2003헌마579 판례집 19-1, 662, 675 등 참조).
(2) 다음의 조항들은 아래와 같은 이유로 심판의 대상에서 제외함이 타당하다.
(가) 법 제20조의3 제2항
청구인들은 법 제20조의3 전체에 대하여 위헌확인을 구하고 있으나, 청구이유를 살펴보면 임원의 직무집행정지 사유를 포괄적이고 불명확하게 규정하여 관할청에 과도한 재량을 부여하고 있는 점의 위헌성을 다투고 있다. 그런데 같은 조 제2항은 직무집행정지 사유가 종료된 때에 관할청에 이를 즉시 해제할 의무를 부과하고 있을 뿐이므로 이는 청구인들의 기본권 침해와 무관하고, 청구인들도 위 제2항에 관하여는 달리 아무런 위헌 주장을 하고 있지 아니하므로 이 부분은 심판의 대상에서 제외한다. 
(나) 법 제23조 제1항 단서
청구인들은 법 제23조 제1항 전체에 대하여 위헌확인을 구하고 있으나, 위 조항 중 단서 부분은 ‘이사장은 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 장을 겸할 수 없다.’는 같은 항 본문의 제한을 유치원만을 설치ㆍ경영하는 학교법인의 이사장의 경우에 해제하는 내용일 뿐만 아니라 청구인들 중에는 유치원만을 설치ㆍ경영하는 학교법인이나 그 이사장에 해당하는 자가 포함되어 있지도 않다. 
따라서 위 단서 부분은 청구인들의 기본권 침해와 무관하고, 청구인들도 달리 이 부분에 대한 위헌 주장을 하고 있지 아니하므로 이 부분도 심판의 대상에서 제외한다.
(다) 법 제25조의3 제2항, 제3항 
청구인들은 법 제25조의3 전체에 대하여 위헌확인을 구하나, 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 여부나 정식이사 선임에 관한 판단 및 결정이 관할청 및 사학분쟁조정위원회(이하 ‘조정위원회’라 한다)의 재량에 맡겨져 있는 점의 위헌성을 다투고 있을 뿐이다. 위와 같은 주장은 법 제25조의3 제1항에 관한 것이고, 달리 임시이사가 선임된 학교법인에 대하여 조정위원회에 정상화 추진실적을 보고할 의무를 부과하고 있는 같은 조 제2항이나 조정위원회로 하여금 위 추진실적을 평가하여 관할청에 통보하도록 정하고 있는 같은 조 제3항에 관하여는 아무런 위헌 주장을 하고 있지 않으므로 위 조항들도 심판의 대상에서 제외한다. 
(라) 법 제53조 제3항 본문
청구인들이 위 조항에 관하여 주장하는 바는 고등교육기관과 초ㆍ중등교육기관을 구분하여 초ㆍ중등학교의 장의 경우에만 ‘1회에 한하여 중임할 수 있다.’고 규정하여 중임 횟수에 제한을 둔 것이 초ㆍ중등학교를 운영하는 학교법인 및 초ㆍ중등학교의 장의 기본권을 침해한다는 것이다. 
따라서 각급학교의 장의 임기와 이들이 원칙적으로 중임할 수 있음을 규정하고 있는 위 조항 본문은 청구인들의 주장과 무관하고, 달리 위 본문 부분에 대한 위헌 주장을 하고 있지도 아니하므로 이 부분도 심판의 대상에서 제외한다.
(마) 법 제54조의3 제1항, 제2항, 제4항
청구인들은 법 제54조의3 전체에 대하여 위헌확인을 구하고 있으나, 같은 조 제3항이 이사장 친ㆍ인척의 당해 학교장 임명을 금지하면서 예외적으로 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 받은 때에만 허용하는 것이 위헌이라고 다투고 있을 뿐이다. 따라서 학교장의 일반적 임명제한 사유에 관하여 규정하고 있는 같은 조 제1항, 제2항 및 교원의 임명제한 사유를 규정하고 있는 같은 조 제4항은 위 주장과 무관하고, 달리 청구인들이 이들 조항에 대한 위헌 주장을 하고 있지도 아니하므로 위 조항들도 심판의 대상에서 제외한다. 
(3) 소결
따라서 이 사건 심판의 대상은 법 제14조 제3항 내지 제6항, 제20조의2, 제20조의3 제1항, 제21조 제5항, 제23조 제1항 본문, 제24조의2, 제24조의3, 제25조, 제25조의3 제1항, 제26조의2, 제53조 제3항 단서, 제53조의3 제1항, 제54조의2 제1항 후문, 제54조의3 제3항, 제58조 제1항 제4호가 관련 청구인들의 기본권을 침해하여 위헌인지 여부이다(이 중 법 제24조의2 제1항은 2008. 2. 29. 법률 제8852호 및 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되었으나, 그 개정내용은 정부조직법의 개정에 따라 장관의 명칭이 ‘교육인적자원부장관’에서 ‘교육과학기술부장관’으로, 다시 ‘교육부장관’으로 바뀐 것에 불과하고, 법 제25조 제1항은 2012. 1. 26. 법률 제11216호로 개정되었으나, 그 개정내용은 이사회 의결정족수를 정한 제18조에 제2항이 추가됨으로써 기존의 제18조가 제18조 제1항으로 바뀐 것에 불과하므로, 위 심판대상조항들은 위와 같이 개정된 것을 포함하는 것으로 본다). 
심판대상조항 및 관련조항의 내용은 다음과 같다. 
[심판대상조항] (밑줄로 표시한 부분은 조항의 일부만 심판대상조항인 경우임)
사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것)
제14조(임원) ③ 학교법인은 제1항에 따른 이사정수의 4분의 1(단, 소수점 이하는 올림한다)에 해당하는 이사(이하 "개방이사"라 한다)를 제4항에 따른 개방이사추천위원회에서 2배수 추천한 인사 중에서 선임하여야 한다.
④개방이사추천위원회(이하 "추천위원회"라 한다)는 제26조의2에 따른 대학평의원회(이하 "대학평의원회"라 한다) 또는 ‘초ㆍ중등교육법’ 제31조에 따른 학교운영위원회(이하 "학교운영위원회"라 한다)에 두고 그 조직과 운영 및 구성은 정관으로 정하되, 위원정수는 5인 이상 홀수로 하고 대학평의원회 또는 학교운영위원회에서 추천위원회 위원의 2분의 1을 추천하도록 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원 설치ㆍ경영 학교법인의 경우에는 당해 종교단체에서 2분의 1을 추천한다.
⑤제3항에 따라 추천위원회가 개방이사를 추천하는 경우에는 30일 이내에 완료하여야 하며, 이 기간 내에 추천하지 못하는 때에는 관할청이 추천한다.
⑥제3항부터 제5항까지의 규정에 따른 개방이사의 추천, 선임방법 및 자격요건과 기준에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관으로 정한다.
제20조의2(임원취임의 승인취소) ① 임원이 다음 각 호의 1에 해당하는 행위를 하였을 때에는 관할청은 그 취임승인을 취소할 수 있다.
1.이 법과 ‘초ㆍ중등교육법’ 또는 ‘고등교육법’ 의 규정을 위반하거나 이에 의한 명령을 이행하지 아니한 때
2.임원간의 분쟁ㆍ회계부정 및 현저한 부당 등으로 인하여 당해 학교운영에 중대한 장애를 야기한 때
3.학사행정에 관하여 당해 학교의 장의 권한을 침해하였을 때
6.관할청의 학교의 장에 대한 징계요구에 불응한 때
제21조(임원선임의 제한) ⑤ 학교법인에 두는 감사 중 1인은 추천위원회에서 추천하는 자를 선임한다.
제23조(임원의 겸직금지) ① 이사장은 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 장을 겸할 수 없다. (단서 생략)
제24조의2(사학분쟁조정위원회의 설치 및 기능) ① 제25조에 따른 임시이사의 선임과 제25조의2에 따른 임시이사의 해임 및 제25조의3에 따른 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 등에 관한 중요 사항을 심의하기 위하여 교육인적자원부장관 소속으로 사학분쟁조정위원회(이하 "조정위원회"라 한다)를 둔다.
② 조정위원회는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
1. 임시이사의 선임에 관한 사항
2. 임시이사의 해임에 관한 사항
3.임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 추진에 관한 사항
4.그 밖에 관할청이 조정위원회에 심의를 요청한 사항
③조정위원회는 제2항 각 호의 사항에 대한 심의결과를 지체없이 관할청에 통보하여야 한다.
④관할청은 제3항에 따른 심의결과에 따라야 한다. 다만, 심의결과에 이의가 있는 경우에는 조정위원회에 재심을 요청할 수 있고, 그 재심 결과를 수용하여야 한다.
제24조의3(조정위원회의 구성 등) ① 조정위원회는 대통령이 위촉하는 다음 각 호의 위원으로 구성하며, 위원장은 대법원장이 추천하는 인사 중에서 호선한다.
1. 대통령이 추천하는 자 3인
2. 국회의장이 추천하는 자 3인
3. 대법원장이 추천하는 자 5인
②위원의 임기는 2년으로 하고 1차에 한하여 중임할 수 있다.
③조정위원회의 조직 및 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제25조(임시이사의 선임) ① 관할청은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 이해관계인의 청구 또는 직권으로 조정위원회의 심의를 거쳐 임시이사를 선임하여야 한다.
1.학교법인이 이사의 결원보충을 하지 아니하여 학교법인의 정상적 운영이 어렵다고 판단될 때
2.제20조의2에 따라 학교법인의 임원취임 승인을 취소한 때. 다만, 제18조에 따른 이사회 의결정족수를 초과하는 이사에 대하여 임원취임 승인이 취소된 때에 한한다.
3.제25조의2의 규정에 의하여 임시이사를 해임한 때
③임시이사는 제1항에 따른 사유가 해소될 때까지 재임하되, 임시이사의 임기는 선임된 날부터 3년을 초과할 수 없다.
⑥임시이사가 선임된 학교법인 중 재정이 열악한 학교법인의 최소한의 이사회 운영경비 및 사무직원 인건비는 국가 또는 지방자치단체에서 지원할 수 있다.
제25조의3(임시이사가 선임된 학교법인의 정상화) ①관할청은 제20조에도 불구하고 제25조에 따라 선임된 임시이사의 선임사유가 해소되었다고 인정한 때에는 조정위원회의 심의를 거쳐 지체없이 임시이사를 해임하고 이사를 선임하여야 한다.
제26조의2(대학평의원회) ① 대학교육기관에 다음 각 호의 사항을 심의하게 하기 위하여 대학평의원회를 둔다. 다만, 제3호 및 제4호는 자문사항으로 한다.
1. 대학의 발전계획에 관한 사항
2. 학칙의 제정 또는 개정에 관한 사항
3. 대학헌장의 제정 또는 개정에 관한 사항
4. 대학교육과정의 운영에 관한 사항
5. 추천위원회의 위원의 추천에 관한 사항
6.그 밖에 교육에 관한 중요 사항으로서 정관으로 정하는 사항
②대학평의원회의 조직 및 운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관으로 정한다.
제53조(학교의 장의 임면) ③ 각급학교의 장의 임기는 학교법인 및 법인인 사립학교경영자는 정관으로, 사인인 사립학교경영자는 규칙으로 정하되, 4년을 초과할 수 없고, 중임할 수 있다. 다만, 초ㆍ중등학교의 장은 1회에 한하여 중임할 수 있다.
제54조의3(임명의 제한) ③ 학교법인의 이사장과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자는 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장에 임명될 수 없다. 다만, 이사정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 받은 자는 그러하지 아니하다.
1. 배우자
2. 직계존속 및 직계비속과 그 배우자
사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정된 것)
제20조의2(임원취임의 승인취소) ② 제1항의 규정에 의한 취임승인의 취소는 관할청이 당해 학교법인에게 그 사유를 들어 시정을 요구한 날로부터 15일이 경과하여도 이에 응하지 아니한 경우에 한한다. 다만, 시정을 요구하여도 시정할 수 없는 것이 명백하거나 회계부정, 횡령, 뇌물수수 등 비리의 정도가 중대한 경우에는 시정요구 없이 임원취임의 승인을 취소할 수 있으며, 그 세부적 기준은 대통령령으로 정한다.
제20조의3(임원의 직무집행정지) ① 관할청은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 60일의 범위 안에서 해당임원의 직무를 정지할 수 있으며, 부득이한 사유가 있을 때에는 60일의 범위 안에서 그 기간을 연장할 수 있다.
1.제20조의2 제1항의 규정에 의한 임원취임의 승인취소를 위한 조사 또는 감사가 진행 중일 때
2.제20조의2 제2항의 규정에 의한 시정요구 기간 중 해당 임원이 계속 직무를 집행할 경우 법인 또는 학교운영상 중대한 손해가 생길 우려가 있다고 인정되는 때
제25조(임시이사의 선임) ⑤ 관할청은 임시이사가 선임된 법인에 대하여 이사회의 소집을 요구할 수 있다.
제53조의3(교원인사위원회) ① 각급학교(초등학교ㆍ고등기술학교ㆍ공민학교ㆍ고등공민학교ㆍ유치원과 이들에 준하는 각종학교를 제외한다)의 교원(학교의 장을 제외한다)의 임면 등 인사에 관한 중요사항을 심의하기 위하여 당해 학교에 교원인사위원회를 둔다.
제54조의2(해임요구) ① 각급학교의 장이 다음 각 호의 1에 해당할 때에는 관할청은 임면권자에게 당해 학교의 장의 해임을 요구할 수 있다. 이 경우 해임을 요구받은 임명권자는 특별한 사유가 없는 한 이에 따라야 한다.
1. 제58조 제1항 각 호의 1에 해당할 때
2.학생의 입학(편입학을 포함한다)ㆍ수업 및 졸업에 관한 당해 학교의 장의 권한에 속하는 사항으로서 교육관계 법률 또는 그 법률에 의한 명령에 위반할 때
3.이 법 또는 이 법에 의한 명령 또는 다른 교육관계 법령에 위반하였을 때
4.학교에 속하는 회계의 집행에 관하여 부정 또는 현저히 부당한 일을 행하였을 때
제58조(면직의 사유) ① 사립학교의 교원이 다음 각 호의 1에 해당할 때에는 당해 교원의 임면권자는 이를 면직시킬 수 있다.
4.정치운동을 하거나 집단적으로 수업을 거부하거나 또는 어느 정당을 지지 또는 반대하기 위하여 학생을 지도ㆍ선동한 때
사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것)
제25조(임시이사의 선임) ② 임시이사는 조속한 시일 내에 제1항의 규정에 의한 사유가 해소될 수 있도록 노력하여야 한다.
④임시이사는 제20조의 규정에 의한 임원으로 선임될 수 없다.
[관련조항]
[별지 2] 기재와 같다. 
2. 청구인들의 주장요지
[별지 3] 기재와 같다. 
3. 적법요건에 관한 판단
가. 법률조항에 대한 헌법소원의 적법요건
법률조항에 대한 헌법재판소법 제68조 제1항의 헌법소원심판이 적법하기 위해서는 기본권의 침해가능성이 있어야 할 뿐만 아니라 당해 법률조항에 의하여 구체적인 집행행위를 기다리지 아니하고 청구인 자신의 기본권이 직접 그리고 현재 침해당한 경우라야 하고, 그 밖에 청구기간 등 법령이 정하고 있는 요건을 충족하여야 한다. 
아래에서는 이 사건 심판청구 중 적법요건을 갖추지 못하였거나, 그 흠결 여부가 문제되는 부분을 심판대상조항별로 살펴본다. 
나. 심판대상조항별 판단
(1) 법 제14조 제3항, 제4항, 제21조 제5항
위 조항들은 학교법인에게 이사 정수의 4분의 1에 해당하는 이사를 개방이사추천위원회(이하 ‘추천위원회’라 한다)에서 2배수 추천하는 인사 중에서 선임하도록, 학교법인에 두는 감사 중 1인은 추천위원회에서 추천하는 자를 선임하도록 각 의무지우고 있으므로, 청구인들 중 청구인 ○○학원, □□학원(이하 ‘청구인 학교법인들’이라 한다)에 대하여는 자기관련성이 인정된다.
청구인 박○국, 김○수는 위 조항들로 인하여 학교법인 설립자인 자신들의 기본권도 침해된다고 주장하나, 학교법인은 설립자와는 별개의 인격체로서 독립된 권리ㆍ의무의 주체가 될 뿐만 아니라 법은 원칙적으로 학교법인만을 사립학교운영의 주체로 허용하고 있으므로(법 제3조 제1항), 설립자는 일단 학교법인이 설립되고 나면 원칙적으로 학교법인과의 사이에 구체적인 권리 내지 법률관계가 성립될 여지가 없게 된다. 따라서 사립학교운영의 주체가 아닌 설립자의 자기관련성은 인정되지 아니한다. 
(2) 법 제14조 제5항
위 조항은 추천위원회가 30일 이내에 개방이사 추천을 완료하지 못할 경우 관할청이 추천하도록 규정하고 있는데, 위 조항으로 인한 기본권 침해는 추천위원회가 30일 내에 추천하지 않을 것을 요건으로 하여 관할청이 실제로 추천이라는 집행행위를 한 때 비로소 문제될 것이므로 직접성을 인정하기 어렵고, ‘추천위원회가 30일 내에 추천권을 행사하지 않을 것’이라는 요건이 충족되기 전에는 관할청의 추천이라는 집행행위의 가능성이 잠복되어 있을 뿐이어서 장래에 침해가 발생하리라는 것이 현재 확실히 예측되는 경우로 볼 수 없다는 점에서 현재성도 인정되지 아니한다. 
(3) 법 제14조 제6항
직접성 요건에서 말하는 집행행위에는 입법행위도 포함되므로 법률규정이 그 규정의 구체화를 위하여 하위규범의 시행을 예정하고 있는 경우에는 당해 법률의 직접성은 부인된다(헌재 1996. 2. 29. 94헌마213, 판례집 8-1, 147, 154; 헌재 2006. 6. 29. 2005헌마165등, 판례집 18-1하, 337, 377 참조).
법 제14조 제6항은 개방이사의 추천 및 선임에 관한 구체적인 사항을 대통령령으로 정하도록 하는 위임규정으로서 하위규범의 시행을 예정하고 있으므로, 위 조항에 대해서는 직접성이 인정되지 아니한다. 
(4) 법 제20조의2, 제20조의3 제1항
위 조항들은 관할청이 일정한 사유가 있을 경우 학교법인이 선임한 임원의 취임승인을 취소하거나 그 직무집행을 정지할 수 있도록 규정하고 있는데, 위 조항들에 의한 기본권 침해 문제는 위 조항들로 인해 직접 초래되는 것이 아니라 관할청의 임원취임의 승인취소처분이나 직무집행정지처분이라는 집행행위가 있을 경우에 비로소 현실화된다고 할 것이므로 위 조항들에 대한 심판청구는 기본권 침해의 직접성을 갖추지 못하였다. 
(5) 법 제23조 제1항 본문
위 조항은 이사장의 학교장 겸직을 금지하고 있으므로, 청구인들 중 학교법인이나 그 이사장은 학교장의 임명이나 취임에 관하여 직접적인 제한을 받는다.
그런데 이사장의 학교장 금지 조항은 1963. 6. 26. 법률 제1362호로 사립학교법이 제정될 당시부터 현행 사립학교법에 이르기까지 계속 존재해 온 규정으로서, 2005년 개정법에서 다른 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 장이나 다른 학교법인의 이사장도 겸할 수 없도록 대상을 확대하였다가 2007년 개정법에서 ‘당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 장’으로 겸직금지의 대상이 한정되었을 뿐이다. 
기록상 청구인 이○희는 2001. 8. 1. 및 2005. 8. 1. ○○학원의 이사장에 각 중임되었고, 청구인 김○주는 2005. 9. 20. □□학원의 이사장에 취임하였으므로, 청구인 이○희, 김○주의 경우 이들이 이사장에 중임되거나 취임한 위 각 시점에는 위 조항으로 인한 기본권 침해 사유가 발생하였다고 할 것인데 이 사건 심판청구는 위 각 중임 내지 취임 시점으로부터 1년이 훨씬 지난 2007. 10. 24. 청구되었으므로 이 부분에 대한 위 청구인들의 심판청구는 청구기간을 준수하지 못하였다.
한편, 청구인 ○○학원은 1954. 4. 7. 설립되어 1990. 12. 9. ○○과학대학을, 1998. 11. 30.경 ○○대학교를 각 설치하여 경영해 오고 있고, 청구인 □□학원은 1965. 4. 21. 설립되어 1965. 8. 23.경 □□초등학교를, 1969. 1. 15.경 □□중학교를, 1972. 12. 29.경 □□고등학교를 각 설치하여 경영해 오고 있으므로, 위 학교법인들은 위 각 사립학교를 설치한 위 각 시점에 위 조항으로 인한 기본권 침해 사유가 발생했다고 할 것이다. 그런데 이 사건 심판청구는 위 각 사립학교의 설립 시점으로부터 1년이 훨씬 지난 2007. 10. 24. 비로소 제기되었으므로, 이 부분에 대한 청구인 학교법인들의 심판청구 역시 청구기간을 준수하지 못하였다. 
(6) 법 제24조의2, 제24조의3
법 제24조의2는 조정위원회의 설치근거 조항으로 그 심의사항 등 권한을 규정하고 있고, 법 제24조의3은 조정위원회의 구성에 관한 사항을 규정하고 있다.
그런데 어떤 국가기관이나 기구의 기본조직 및 직무범위 등을 규정한 조직규범은 원칙으로 그 조직의 구성원이나 구성원이 되려는 자 등 외에 일반국민을 수범자로 하지 아니하므로 일반국민은 그러한 조직규범에 의하여 기본권이 직접적으로 침해된다고 할 수 없다(헌재 1994. 6. 30. 91헌마162, 판례집 6-1, 672, 676; 헌재 2006. 6. 29. 2005헌마165등, 판례집 18-1하, 337, 377 등 참조). 
위 조항들의 경우에도, 청구인들이 주장하는 기본권 침해는 위 조항들 자체에 의하여 직접 발생하는 것이 아니라 위 조항들에 의하여 설치된 조정위원회가 법률에서 부여한 심의권한을 현실적으로 행사하고 그 심의결과에 기속되는 관할청의 구체적인 집행행위, 즉 임시이사의 선임, 해임, 정식이사 선임 등의 처분이 있을 때 비로소 발생하는 것이므로, 직접성을 갖추지 못하였다.
청구인들은 조정위원회를 독립기관으로 하지 않고 교육부장관의 소속 하에 둔 것이 권력분립의 원칙이나 정부 구성체계의 원칙에 합치되지 않는다는 이유로 위 기구 자체의 위헌성을 주장하나, 어떠한 제도가 헌법의 기본원리에 부합하지 않는다는 점만으로 국민의 기본권이 직접 현실적으로 침해된 것이라고 할 수는 없다(헌재 1995. 2. 23. 90헌마125, 판례집 7-1, 238, 243; 헌재 1998. 10. 29. 96헌마186, 판례집 10-2, 600, 606 참조). 
(7) 법 제25조 제1항
위 조항은 관할청이 학교법인의 임시이사를 선임할 수 있는 근거조항으로 각 호에서 임시이사의 선임사유를 규정하고 있는데, 각 호의 선임사유는 어느 경우나 관할청에 판단의 여지를 부여하고 있어 집행행위 이전에 국민의 권리관계가 집행행위의 유무나 내용에 의하여 좌우될 수 없을 정도로 확정된 상태에 있다고 볼 수 없고, 위 조항으로 인한 기본권 침해는 관할청의 임시이사선임처분이라는 집행행위가 있을 때 비로소 현실화된다고 할 것이므로, 위 조항에 대한 심판청구도 기본권 침해의 직접성을 갖추지 못하였다. 
(8) 법 제25조 제2항, 제4항, 제6항
위 조항들은 임시이사에게 그 선임사유가 조속히 해결될 수 있도록 노력하여야 할 의무를 부과하고(제25조 제2항), 임시이사는 정식이사로 선임될 수 없으며(제25조 제4항), 국가 또는 지방자치단체가 임시이사가 선임된 학교법인을 지원할 수 있다(제25조 제6항)고 규정할 뿐, 청구인들에 대하여 권리를 제한하거나 의무를 부과하고 있지 않다. 
따라서 위 조항들로 인하여 청구인들의 법적 지위에 어떠한 영향이 있다고 할 수 없으므로 기본권의 침해가능성이 존재하지 않는다. 
(9) 법 제25조 제3항, 제25조의3 제1항
(가) 청구인 학교법인들의 경우 
법 제25조 제3항은 개별 임시이사의 임기를 정하고 있을 뿐 관할청이 임시이사를 선임할 수 있는 기간 즉 임시이사 체제의 존속기한에 대하여는 아무런 제한을 두고 있지 않고, 법 제25조의3 제1항은 임시이사 선임사유가 종료되어 정식이사를 선임하는 단계에서 학교법인의 설립자나 종전이사 등이 관여할 권리를 보장하고 있지 않다. 
위 조항들로 인하여, 관할청이나 조정위원회의 판단에 따라서는 임시이사 체제가 부당히 장기화될 가능성도 배제할 수 없고, 학교법인은 스스로 선임한 이사로 구성된 이사회를 통하여 학교법인 또는 사립학교를 경영할 권리를 제한당하게 되므로 청구인 학교법인들이 자기관련성을 가지는 점은 의문이 없다.
그러나 청구인 ○○학원의 경우 임시이사가 선임되어 있지 아니하고, 달리 위 학교법인들에 위 조항에서 정하고 있는 임시이사 선임사유가 발생하여 임시이사 선임이 확실히 예상된다고 볼 수 있는 특별한 사정도 찾을 수 없으며, 장차 위 학교법인들에 임시이사 선임사유가 발생할 경우 기본권 침해를 받을 우려가 있다 하더라도 이는 잠재적인 것에 불과하므로 이들의 심판청구는 기본권 침해의 현재성을 갖추지 못하였다고 할 것이다.
반면 청구인 □□학원은 2013. 9. 17. 서울특별시 교육감이 □□학원의 임원 전원에 대해 임원취임 승인을 취소하여 임시이사 선임절차가 진행 중에 있으므로 기본권 침해의 현재성이 인정된다.
(나) 설립자, 종전이사 등의 자기관련성 인정 여부
청구인들은 위 조항으로 인하여 학교법인 외에 임시이사가 선임되어 있는 학교법인의 설립자나 임시이사 선임 전에 이사 또는 이사장직에 있었던 사람들의 기본권도 침해된다고 주장한다. 
살피건대, 앞에서 본 바와 같이 설립자는 학교법인이 설립되고 난 다음에는 비록 사실상으로 학교법인의 운영에 영향력을 행사할 수 있다 하더라도 학교법인과는 현재 구체적인 권리 내지 법률관계가 성립될 수 없고, 이사장을 포함한 이사 역시 퇴임함으로써 학교법인과의 법률관계는 종료되는 것이 원칙이며, 이러한 법리는 학교법인에 임시이사가 선임되어 있다 하여 달라지는 것은 아니다. 
그러나 법률조항에 대한 헌법소원심판에 있어서 당해 법률조항의 문언만으로는 법률상 이익이라는 자기관련성의 징표가 뚜렷하지 않은 경우에도 법의 목적, 실질적인 규율대상, 법률조항이 내포하는 불이익이 당해 청구인에게 미치는 영향이나 진지성의 정도, 직접적인 수범자에 의한 헌법소원의 제기가능성 등을 종합적으로 고려하여 자기관련성을 인정할 수 있다(헌재 1997. 9. 25. 96헌마133, 판례집 9-2, 410, 416-417; 헌재 2000. 6. 29. 99헌마289, 판례집 12-1, 913, 933-934 참조). 
이 사건의 경우, 법 제25조 제3항 및 법 제25조의3 제1항과 자기관련성이 인정되는 범위를 사립학교운영의 법적 주체인 학교법인으로만 한정한다면, 이미 이사 정수의 과반수에 대하여 임시이사가 선임되어 있는 학교법인의 경우에는 부당한 결과가 생기게 된다. 즉, 관할청이 학교법인의 이사 과반수에 대하여 취임승인을 취소하고 임시이사를 선임한 경우 이들로 구성되는 이사회는 임시이사 체제에 의하여 배제된 구 이사회와는 이해관계를 달리하는 것이 일반적일 것이므로, 임시이사들에게 임시이사 및 정상화 관련 조항들에 대한 헌법소원을 제기하기를 기대할 수는 없다.
또한, 임시이사가 선임되기 전, 즉 학교법인이 정상적으로 운영되는 상황에서 임시이사와 관련된 법률조항에 대하여 헌법소원을 제기한 경우에는 위에서 본 것처럼 직접성 또는 현재성이 없다는 이유로 각하될 것이므로, 학교법인으로서는 임시이사 관련 법률조항에 대해 직접 헌법소원을 제기할 수 있는 길이 사실상 봉쇄되어 있다. 
이 사건에서 자기관련성의 인정 여부가 문제되는 청구인 박○국, 고○애, 손○국, 전○용, 조○성, 주○건은 이 사건 심판청구 당시 임시이사가 선임되어 있던 학교법인의 설립자이거나 임시이사 선임 전에 이사장 또는 이사로 재직했던 사람들이고, 청구인 김○주는 현재 임시이사 선임절차가 진행 중인 청구인 □□학원의 이사장으로 재직했던 사람이다. 
이 중 설립자는 학교법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고, 정관으로 설립 목적(건학이념)을 정립하는 한편, 최초 임원을 선임하여 이사회를 구성하고, 그 이사회에 의하여 설립 목적이 구체적으로 실현된다. 사립학교법이 사립학교의 원칙적인 설립ㆍ운영자로 학교법인만을 인정함으로써 설립자 개인의 사학의 자유는 사실상 학교법인의 설립단계에서 단절시키고 있으나, 이는 학교법인의 설립 목적이 지속적으로 구현될 수 있음이 전제가 되어야 정당화될 수 있다.
그런데 학교법인에 임시이사가 선임됨으로써 이사회의 인적 연속성이 단절되고 학교법인의 정체성의 유지ㆍ계승 여부에 관하여 의문이 제기되는 상황에서, 임시이사로 구성된 이사회가 학교법인의 정체성이나 설립 목적을 수호하기 위한 법적 쟁송을 제기할 것을 기대할 수 없다면 이러한 경우에는 예외적으로 설립자의 사학의 자유가 단절되지 않고 연장된다고 보아 학교법인의 정체성과 설립 목적을 수호할 기회가 주어져야 할 것이다. 이를 보장하지 않는다면 설립자의 사학의 자유의 본질적인 내용을 부정하는 것이 될 수 있다.
또한 임시이사가 선임되기 직전의 최종이사 중 적법하게 선임되었다가 퇴임한 최후의 정식이사(종전이사)는 학교법인의 이해관계인에 해당하므로 자기관련성을 인정하는 데 특별한 문제가 없고(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결 참조), 나아가 임원취임승인이 취소됨으로써 적법하게 퇴임하지 못한 최종이사의 경우에도 법적 쟁송절차를 거칠 경우 긴급처리권을 행사하여 정식이사를 선임할 수 있는 지위를 회복할 여지가 있을 뿐만 아니라(대법원 2007. 7. 19. 선고 2006두19297 전원합의체 판결 참조) 종래 법원이 이사취임승인 취소처분을 다투는 소송에서 소의 이익을 좁게 인정하여 재판 진행 중에 임기가 만료된 경우에도 권리보호의 이익이 없음을 들어 소 각하판결을 하는 등 취소처분의 적법성이 확인되지 못한 사례가 많았던 점에 비추어 보면, 이사취임승인처분의 취소가 있었다 하여 그 사유의 내용 및 경중을 가리지 아니한 채 무조건 학교법인과 사이에서 신뢰관계가 파괴되었다고 보아 학교법인의 정체성을 대변할 지위를 부정하는 것은 타당하다고 할 수 없다. 나아가 주관적 기본권보장 외에 헌법보장기능을 함께 가지는 헌법소원에서 그 적법요건으로서의 자기관련성이란, 추상적인 수준에서 제3자가 아니라 자신이 스스로 법적으로 관련될 것을 요구하는 것이므로 이들에 대해서도 현실적으로 그와 같은 법적 쟁송절차를 거쳐 긴급처리권을 행사할 수 있는 지위를 획득하였는지 여부와 관계없이 임시이사 관련 조항에 대하여 자기관련성을 인정할 수 있다 할 것이다(이하 이들과 위에서 본 설립자, 종전이사를 통칭하여 ‘종전이사 등’이라 한다). 
(10) 법 제25조 제5항
위 조항은 임시이사가 선임된 학교법인에 대하여 관할청이 이사회의 소집을 요구할 수 있도록 규정하고 있는데, 위 조항으로 인한 기본권 침해 역시 관할청의 이사회 소집 요구라는 집행행위를 매개로 하여 비로소 현실화된다고 할 것이므로 직접성을 인정할 수 없다.
(11) 법 제26조의2 제1항
위 조항은 대학교육기관에게 대학평의원회를 설치할 의무를 부과하고 있으므로, 대학교육기관인 ○○대학교 및 ○○과학대학을 설립ㆍ경영하고 있는 청구인 ○○학원에 대해서만 기본권 침해의 자기관련성, 직접성, 현재성이 인정된다. 
(12) 법 제26조의2 제2항
위 조항은 대학평의원회의 조직 및 운영 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있는데, 이는 법률조항이 그 규정의 구체화를 위하여 하위규범의 시행을 예정하고 있는 경우에 해당하여 위 조항 자체로는 직접 청구인들의 기본권을 침해한다고 볼 수 없으므로, 직접성이 인정되지 아니한다. 
(13) 법 제53조 제3항 단서
위 조항 단서로 인하여 초ㆍ중등학교의 장은 중임 횟수에 제한을 받게 되고, 또한 초ㆍ중등학교를 경영하는 학교법인도 학교장 임명권에 제한을 받게 되므로 청구인들 중 초ㆍ중등학교의 장인 청구인 김○수, 조○행과 초ㆍ중등학교를 운영하는 청구인 학교법인들의 자기관련성이 인정되고, 이들에 대하여는 기본권 침해의 직접성ㆍ현재성도 인정할 수 있다. 
(14) 법 제53조의3 제1항
위 조항은 각급학교에게 교원인사위원회를 설치할 의무를 부과하고 있는데, 사립학교 교원의 임면권자인 학교법인으로서는 위 조항에 의하여 교원인사위원회를 설치하여 교원의 임면에 관한 사항을 심의하게 할 의무를 직접 부담하게 되므로 청구인 학교법인들의 자기관련성, 직접성, 현재성을 인정할 수 있다. 
그런데 위 조항은 사립학교법이 1981. 2. 28. 법률 제3373호로 개정되면서 "대학교육기관의 교원(학교의 장을 제외한다)의 인사에 관한 중요사항을 심의하기 위하여 당해 대학교육기관에 교원인사위원회를 둔다."는 내용으로 신설되었다가 1990. 4. 7. 법률 제4226호로 개정되면서 설치범위가 ‘각급학교’로 확대되었으며, 이후 설치대상 학교의 범위 및 명칭 변경에 따른 두 차례 개정을 거쳐 2005년 개정법에서 현행 조항과 같이 규정되었다. 
2005년 개정법의 시행일인 2006. 7. 1.(부칙 제1조)부터 기산하더라도 위 조항에 대한 심판청구는 그로부터 1년이 훨씬 지난 2007. 10. 24. 제기되었으므로, 청구인 학교법인들의 이 부분 심판청구는 청구기간을 준수하지 못하였다. 
(15) 법 제54조의2 제1항 후문
위 조항은 관할청이 각급학교의 장의 해임을 요구할 경우 임면권자가 이에 기속되도록 정한 규정이다. 청구인들 중 각급학교의 장과 학교의 장의 임면권자인 학교법인들에 대하여 자기관련성이 인정되나, 위 조항으로 인한 기본권 침해 역시 실제로 관할청의 해임요구라는 집행행위가 있을 때에 비로소 현실화될 것이므로, 직접성을 갖추지 못하였다. 
(16) 법 제54조의3 제3항 
위 조항은 학교법인의 이사장과 특수관계에 있는 자들이 당해 학교법인이 경영하는 학교의 장에 임명될 수 없도록 하면서 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 요건으로 하여 예외적으로 그 임명을 허용하고 있다. 
이 사건 청구인들 중 ○○학원 이사장(이○희)의 아들인 청구인 조○수와 사립학교장의 임면권자인 청구인 학교법인들의 자기관련성이 인정되고, 이사장과 특수관계에 있는 자들을 학교의 장으로 임명하려 할 경우 위와 같은 예외적 허용요건을 갖추어야 할 의무는 위 조항에 의하여 직접 그리고 위 조항이 시행됨으로써 바로 발생한다고 보아야 하므로 직접성과 현재성도 갖추었다.
(17) 법 제58조 제1항 제4호
청구인들은 위 조항이 정하고 있는 사립학교 교원의 면직사유에서 ‘노동운동’ 부분을 제외한 것이 학생인 청구인 최○영의 수학권, 학부모인 청구인 최○준, 임○란의 자녀교육권을 침해한다고 주장한다. 
그러나 노동운동을 한 교원을 면직시킬 수 없다는 점으로부터 학생이나 학부모가 불이익을 입을 수 있다 하더라도 이는 이들의 법적 지위에 대한 직접적 침해가 아니라 이들이 학교재학이라고 하는 생활관계에 필연적으로 관련되는 데서 파생하는 간접적ㆍ사실적 불이익에 불과하다 할 것이므로, 위 조항에 대하여 위 청구인들이 자기관련성을 갖는다고 볼 수 없다. 
다. 소결
이상 살펴본 바와 같이, 이 사건 심판대상조항 중 법 제14조 제5항, 제6항, 제20조의2, 제20조의3 제1항, 제23조 제1항 본문, 제24조의2, 제24조의3, 제25조 제1항, 제2항, 제4항 내지 제6항, 제26조의2 제2항, 제53조의3 제1항, 제54조의2 제1항 후문, 제58조 제1항 제4호에 대한 심판청구 부분은 적법요건을 갖추지 못하였다. 
따라서 본안 판단의 대상이 되는 조항은 법 제14조 제3항, 제4항, 제21조 제5항, 제25조 제3항, 제25조의3 제1항, 제26조의2 제1항, 제53조 제3항 단서, 제54조의3 제3항이다.
4. 본안에 관한 판단
가. 사학의 자유와 공교육체계하의 사립학교에 대한 규제가능성
(1) 사립학교는 그 설립자의 특별한 설립이념을 구현하거나 독자적인 교육방침에 따라 개성 있는 교육을 실시할 수 있을 뿐만 아니라, 공공의 이익을 위한 재산출연을 통하여 정부의 공교육 실시를 위한 재정적 투자능력의 한계를 자발적으로 보완해 주는 역할을 담당한다. 
헌법재판소는 사립학교에 대한 위와 같은 인식을 바탕으로, 비록 헌법에 명문의 규정은 없지만 학교법인을 설립하고 이를 통하여 사립학교를 설립ㆍ경영하는 것을 내용으로 하는 사학의 자유가 헌법 제10조, 제31조 제1항, 제4항에서 도출되는 기본권임을 확인하는 한편, 학교 교육이 개인ㆍ사회ㆍ국가에 지대한 영향을 미친다는 점에서 사립학교도 국ㆍ공립학교와 본질적으로 다를 바 없음을 밝힌 바 있다(헌재 2001. 1. 18. 99헌바63, 판례집 13-1, 60, 68 참조). 
(2) 헌법 제31조는 국민의 교육을 받을 권리를 실질적으로 보장하기 위하여 국가나 공공단체가 적극적ㆍ능동적으로 주도하고 관여하는 교육체계, 즉 공교육제도를 전제하고 있음(헌재 1992. 11. 12. 89헌마88, 판례집 4, 739, 751-752 참조)에 따라 학교 교육의 제도와 그 운영에 관해서 법률에 위임하고 있으며, 이러한 헌법의 위임에 따라 교육기본법, 초ㆍ중등교육법 등의 교육관련 법률들도 학교, 교원, 학생선발, 교육내용, 학교에 대한 공적 지도ㆍ감독 등 학교 및 교육의 거의 모든 영역에 걸쳐 사립학교를 공립학교와 동일하게 규율하고 있으므로, 법제상 우리나라 사립학교는 공교육제도의 체계에 철저히 편입되어 있다고 할 수 있다. 
사립학교의 운영에 있어서 자율성을 인정하면서도 국가가 감독과 통제의 제약을 부과하는 정도는 그 시대의 사정과 각급학교의 특성에 따라 다를 수밖에 없을 것이지만, 우리나라와 같은 공교육체계하에서의 사립학교는 태생적으로 그 공공성이 강조되는 양상이 뚜렷할 수밖에 없다. 
학교법인은 교육의 실시를 목적으로 설립되고 고도의 공공성을 지닌 사립학교를 설치ㆍ경영한다는 점에서 사법인이라는 그 법적 형식에도 불구하고 대단히 공익적인 역할을 수행한다. 학교법인 운영의 투명성, 효율성은 사립학교 및 그에 의해 수행되는 교육의 공공성과 직결되므로, 이를 제고하기 위하여 사적 자치를 넘어서는 새로운 제도를 형성하거나 학교법인의 자율적인 조직구성권 및 학교운영권에 공법적 규제를 가하는 것까지도 교육이나 사학의 자유의 본질적 내용을 침해하지 않는 한 궁극적으로는 입법자의 형성의 자유에 속하는 것으로 허용된다 할 것이고, 이는 우리 헌법이 예정하고 있는 공교육의 주관자로서의 국가의 책무이기도 하다. 
나. 법 제14조 제3항, 제4항에 관한 판단
(1) 개방이사제도 개관
학교법인에는 필요적 상설기관으로 7인 이상의 이사를 두어야 하는데(법 제14조 제1항), 학교법인은 이사 정수의 4분의 1 이상은 추천위원회가 2배수 추천한 인사 중에서 선임하여야 한다(이하 ‘개방이사’라 한다, 법 제14조 제3항). 
2005년 개정법은 학교운영위원회 또는 대학평의원회가 직접 개방이사를 추천하는 것으로 규정하고 있었으나, 2007년 개정법에서는 추천의 주체를 위 기구의 참여하에 구성되는 추천위원회로 변경하였다.
추천위원회는 대학평의원회(대학교육기관의 경우) 또는 학교운영위원회(초ㆍ중등교육기관의 경우)에 설치되고, 그 조직과 운영 및 구성은 정관으로 정하되, 위원정수는 5인 이상 홀수로 하고 대학평의원회 또는 학교운영위원회에서 추천위원회 위원의 2분의 1을 추천한다. 다만, 대통령령으로 정하는 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원 설치ㆍ경영 학교법인의 경우에는 당해 종교단체에서 2분의 1을 추천한다(법 제14조 제4항). 
이와 같이 추천위원 정수의 2분의 1에 대한 추천권이 대학평의원회나 학교운영위원회에 부여되어 있으므로 이들 기구가 어떤 인사로 구성되는지가 중요한 의미를 가진다. 
대학평의원회는 사립대학에 의무적으로 설치되는 기구로(법 제26조의2), 교원ㆍ직원 및 학생 중에서 각각의 구성단위를 대표할 수 있는 자로 하여 11인 이상으로 구성하되, 동문 및 학교의 발전에 도움이 될 수 있는 자를 포함할 수 있다[사립학교법 시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제10조의6].
학교운영위원회는 국ㆍ공립을 포함한 모든 초ㆍ중ㆍ고등학교에 의무적으로 설치되는 기구로(초ㆍ중등교육법 제31조 제1항), 학부모위원(100분의 40 내지 100분의 50), 교원위원(100분의 30 내지 100분의 40), 지역위원(100분의 10 내지 100분의 30)으로 구성되는데, 학교장은 당연직 교원위원이고, 나머지 교원위원은 정관이 정한 절차에 따라 교직원전체회의에서 추천한 자 중 학교의 장이 위촉하며, 학부모위원은 학부모전체회의에서 직접 선출하고, 지역위원은 학부모위원 또는 교원위원의 추천을 받아 학부모위원 및 교원위원이 무기명투표로 선출한다(초ㆍ중등교육법 제31조 제3항, 같은 법 시행령 제58조, 제59조, 제63조). 
(2) 제한되는 기본권 
학교법인이 자신의 의사를 결정할 기관을 스스로 구성할 권리는 사학의 자유에 당연히 내포되어 있는 내용이라 할 것인데, 법 제14조 제3항, 제4항은 학교법인의 이사의 선임을 정관이나 학교법인의 의사에 의하지 아니한 방법, 즉 추천위원회의 구성에 대학평의원회나 학교운영위원회를 참여시키고, 이사 정수의 4분의 1을 추천위원회가 2배수로 추천하는 인사 중에서 선임하도록 함으로써 학교법인의 사학의 자유의 한 내용인 이사선임권을 제한하고 있다. 
또한, 법 제14조 제3항은 다른 사법인과 달리 학교법인의 경우에만 개방이사 선임을 강제하고 있으므로 학교법인을 차별하고, 법 제14조 제4항 단서가 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원을 설치ㆍ경영하는 학교법인의 경우 당해 종교단체에서 2분의 1을 추천하도록 한 것은 위 단서에 해당하는 학교법인과 그렇지 아니한 학교법인을 차별하는 것으로 볼 수 있다.
(3) 사학의 자유 침해 여부
(가) 개방이사제도의 입법취지
개방이사제도는 학교법인의 이사 정수 중 4분의 1 이상을 이사회 외부에서 추천한 인사 중에서 선임하도록 하여 사립학교운영의 투명성과 공정성을 제고하고, 추천위원회에 다양한 학교구성원들이 참여하도록 함으로써 이들에게 학교운영에 참여할 기회를 부여하는 데 그 입법취지가 있다고 할 수 있다. 
1)입법자가 개방이사제도를 통하여 이사회의 투명성과 공공성을 제고하고자 한 것은 사립학교가 전체 학교 교육에서 차지하는 비중이나 공교육체계에 편입되어 있는 정도가 유례가 없을 정도로 높은 우리나라 교육현실에서, 그동안 학교법인이 보여 온 사립학교운영의 양상이 국민의 교육을 받을 권리를 실질적으로 보장하는 방향으로 작동하지 않았다는 비판적인 현실인식에 근거하고 있는 것이다. 
즉, 입법자는 설립자나 이사장 및 그 친족들에 의해 학교법인이 폐쇄적으로 운영되는 등 투명한 학교운영을 통한 학교의 건전한 발전이라는 이상적인 모습과는 거리를 보여 온 우리 사학의 현실을 개선하기 위하여 학교법인의 설립자나 이사장으로부터 독립한 인사를 이사회에 참여하게 하고, 이들이 다른 관점에서 학교법인의 운영을 평가, 감시, 조언함으로써 학교운영의 투명성을 제고하고자 한 것이다. 
학교법인이 본질적으로 사법인이라 할지라도 학교운영이라는 공공적 기능을 수행하는 이상 그 이사회는 단순히 사법인의 내부의사결정기관에 그치는 것이 아니라 공공성을 담보하는 역할과 기능도 수행해야 할 것이므로, 이를 위하여 독립적인 외부 인사의 이사회 참여가 필요하다고 본 입법자의 판단은 그 정당성을 수긍할 수 있다. 
2)개방이사제도는 학교구성원들로 하여금 학교운영에 참여할 수 있도록 해 준다는 점에서도 그 정당성을 찾을 수 있다. 
헌법재판소는 학부모의 집단적인 교육참여권이나 교사의 수업권이 헌법상 도출되는 기본권은 아니라고 보면서도 법률로써 이들 권리를 인정하고 보장하는 것은 헌법상 당연히 허용된다고 하고, 지역주민이 학교운영에 참여하는 것 역시 주민자치라는 민주주의 원리와 무관하지 않고 학교운영에 지역사회의 특성과 요구를 반영할 수 있는 장점이 있다는 점을 이유로 이들로 구성되는 학교운영위원회의 설치를 사립학교에도 의무화하는 것의 정당성을 인정한 바 있다(헌재 2001. 11. 29. 2000헌마278, 판례집 13-2, 762, 770 참조). 
학교구성원들의 학교운영참여권은 헌법 제31조 제4항에서 규정하고 있는 교육의 자주성에서 그 근거를 찾을 수 있고, 교육제도와 그 운영에 관한 기본적 사항을 규정하고 있는 교육기본법은 이들이 학교운영에 참여할 수 있는 법률적 근거를 마련해 두고 있다. 즉 교육기본법 제5조 제1항은 국가 및 지방자치단체에 교육의 자주성 및 전문성을 보장할 의무를 부과하면서 그것이 지역의 실정에 맞게 구체화되도록 할 것을 주문하고 있고, 제2항은 제1항의 취지를 학교현장에서 구체적으로 살릴 수 있도록 학교운영의 자율성을 존중하겠다는 의사를 밝힘과 동시에 그러한 자율성을 구현하는 방법으로 교직원과 학생, 학부모 및 지역주민의 학교운영에 대한 참여가 필요하다는 점을 명시하고 있다.
3) 위 교육기본법 조항은 초ㆍ중등교육기관 뿐만 아니라 고등교육기관에도 적용되지만, 나아가 대학의 경우에는 헌법에서 명시적으로 대학의 자율성을 기본권으로 보장하고 있기도 하다. 
대학의 자율성은 대학에 대한 공권력 등 외부세력의 간섭을 배제하고 대학구성원 자신이 대학을 자주적으로 운영할 수 있도록 함으로써 대학구성원으로 하여금 연구와 교육을 자유롭게 하여 진리탐구와 지도적 인격의 도야라는 대학의 기능을 충분히 발휘할 수 있도록 하기 위한 것으로 학문의 자유의 확실한 보장수단이자 대학에 부여된 헌법상의 기본권이고, 대학의 인사, 관리, 운영, 재정, 학사에서 외부의 간섭을 받지 않고 자율적으로 결정하는 것을 그 내용으로 한다(헌재 1992. 10. 1. 92헌마68, 판례집 4, 659, 670 참조). 
대학의 자율성의 위와 같은 함의는 개념 내재적으로 대학의 자치를 그 본질로 하는데, 기본적으로 대학 자체가 그 주체가 될 것이나 침해가 발생하는 국면에 따라서는 대학의 전 구성원이 주체가 될 수도 있다. 
4)따라서 교육당사자들로 구성되는 학교운영위원회나 대학평의원회에서 개방이사를 추천하는 것은 헌법상 허용되고, 입법자가 사립학교운영의 투명성과 공공성을 제고하는 수단으로 국가가 직접 관여하는 것이 아니라 학교구성원을 참여시키는 방식을 택하였다는 것은 학교운영의 민주성까지 고려한 것으로 수단의 적절성도 갖추었다고 할 것이다. 
(나) 입법형성재량의 한계 일탈 여부
위에서 본 개방이사제도의 일반적 정당성에 더하여, 다음과 같은 점에 비추어 보면 개방이사제도가 헌법 제31조 제6항에 의하여 입법자에게 부여된 교육제도에 관한 입법형성재량을 벗어나 학교법인의 사학의 자유 등의 기본권을 과도하게 제한하는 것이라 할 수 없다.
1)대학평의원회와 학교운영위원회가 추천하는 추천위원의 수는 위원 정수의 2분의 1에 한정되므로 나머지 추천위원의 구성권은 여전히 이사회에 유보되어 있고, 학교법인은 이사 정수의 4분의 1에 한하여 자율적 구성권의 제약을 받을 뿐 나머지 부분에 대하여는 여전히 자율적으로 이사회를 구성할 수 있다. 이사 정수의 4분의 1에 불과한 개방이사가 이사회의 의사결정을 좌우할 수 없음은 명백하고, 나아가 학교법인에게는 2배수 추천 인사 중에서 선임할 수 있는 선택권도 유보되어 있다. 이는 입법자의 의도가 개방이사로 하여금 학교법인의 운영권을 장악하도록 하는 데에 있는 것이 아니라, 그야말로 법인 외부의 학교구성원의 관점에서 학교운영에 관하여 공정하게 사안을 평가하고 문제를 제기함으로써 이사회 운영의 투명성을 강화하는 데에 있음을 잘 보여준다.
2) 개방이사의 추천, 선임방법 등에 관하여는 대통령령과 정관에서 정하도록 위임되어 있는데(법 제14조 제6항), 그 위임에 근거하여 사립학교법 시행령은 추천위원회가 해당 학교의 건학이념을 구현할 수 있는 자를 추천하여야 하고(시행령 제7조의2 제2항), 개방이사의 자격요건은 일반이사의 자격요건을 고려하여 정관으로 정하도록 하고 있다(시행령 제7조의2 제5항). 그 밖에 개방이사의 추천, 선임방법 및 기준에 관하여 필요한 사항에 관하여도 정관으로 이를 정하도록 하고 있어(시행령 제7조의2 제8항), 학교법인으로서는 정관에서 개방이사의 자격요건을 구체적으로 규정함으로써 건학이념에 부합하지 않는 인사가 개방이사로 선임되는 것을 사전에 방지할 수 있다. 
3)학교법인 운영의 투명성을 확보하는 데에는 사후적ㆍ제재적 방법과 예방적 방법이 있을 수 있는데, 국가기관의 감독활동을 통하여 비리 사학에 대한 사후제재를 엄격히 함으로써 목적하는 효과를 거둘 수도 있겠지만, 감독활동에는 한계가 있을 뿐만 아니라 위와 같은 사후제재 방식에는 행정비용, 선별적ㆍ일벌백계식 사후조치 등의 부작용이 따르기 쉽다. 
무엇보다도, 사전적ㆍ예방적 조치를 등한시하여 교육현장인 학교가 정상적으로 운영되지 않는 상황이 일단 발생하게 되면, 원상회복이 용이하지 않을 뿐만 아니라 그로 인한 피해는 고스란히 교육을 받을 권리의 주체인 국민의 몫으로 돌아갈 수밖에 없다는 점에서 사전적ㆍ예방적 수단의 필요성을 수긍하지 않을 수 없다.
임시이사가 선임되는 학교법인의 수가 증가해 왔고, 임시이사 체제에 들어선 학교법인의 정상화가 쉽게 이루어지지 않았던 그동안의 경험 역시 임시이사 체제를 초래할 수 있는 원인을 사전에 예방하는 것이 필요하다는 점을 잘 대변해 주고 있다. 
(다) 소결
이처럼 개방이사제도는 입법목적이 정당하고 적절한 수단에 의하여 목적 달성에 필요한 한도 내에서의 제한에 그치고 있으므로, 청구인 학교법인들의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다. 
(4) 평등권 침해 여부
(가) 일반 사법인 및 공익법인과의 차별
법 제14조 제3항, 제4항은 일반 비영리재단법인은 물론 공익목적으로 운영됨에도 개방이사의 선임이 강제되지 않는 공익법인, 사회복지법인, 의료법인 등과 비교할 때 학교법인을 차별하는 것으로 볼 수 있다. 
그러나 학교법인은 비록 그 본질이 재단법인이라고 하더라도 사립학교운영을 통하여 수행하는 공공성의 측면에서 보면 원칙적으로 그러한 공공성이 요구되지 않아 사적 자치의 영역에 맡겨 두는 것으로 족한 일반 사법인과 동렬에 놓고 비교할 수는 없다. 
또한, 공익법인이나 사회복지법인, 의료법인 등의 경우, 그 수행하는 사업이 공공성을 띤다고 할 수는 있으나, 이들이 제공하는 용역의 성격이나 그 수요층의 범위, 법인 내부의 의사결정이 그 사업영역 내 관련 국민들에게 미치는 영향, 특정 법인이 정상적으로 운영되지 못하여 사업수행에 차질이 생길 경우에 그 이용자들이 공백 없이 동질의 용역을 계속 제공받을 수 있는 가능성 즉, 대체수단에 대한 접근용이성의 정도 등에서 학교법인과는 현격한 차이가 있다고 할 것이므로, 이들과 학교법인을 달리 취급하는 데에는 합리적인 이유가 있다고 할 것이다.
 (나) 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학ㆍ대학원을 경영하는 학교법인과의 차별
법 제14조 제4항 단서는 개방이사추천위원의 추천과 관련하여, 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원 설치ㆍ경영 학교법인의 경우에는 당해 종교단체에서 2분의 1을 추천하도록 정하고 있는데, 위 단서에 해당하는 학교법인과 비교할 때 일반 학교법인은 물론 종립 학교법인 중에도 종교지도자 양성만을 목적으로 하지 않는 일반사립학교를 운영하는 학교법인을 차별 취급하는 것으로 볼 수 있다. 
법 제14조 제4항 단서에서 규정하고 있는 "종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원 설치ㆍ경영 학교법인"이란 정관에서 그 설립 목적과 해당 종교단체의 관계를 명확히 하고 있는 학교법인으로서 해당 종교단체에서 종교의식의 집행, 신도의 교육, 선교 활동, 종교단체의 운영 등을 지도ㆍ담당하는 자의 양성만을 위하여 설립된 대학 및 대학원을 설치ㆍ경영하는 학교법인을 말하고(시행령 제7조의2 제6항), 교육부장관이 학교법인의 설치목적과 설치ㆍ경영하는 학교의 교육과정 등을 확인하여 위 단서 조항에 해당하는 학교법인을 고시하도록 하고 있다(시행령 제7조의2 제7항). 
종립 학교법인이 운영하는 일반종교사학의 경우, 보편적인 교육이념을 벗어나지 않는 한 설립 목적에서 종교교육을 표방할 수 있고 교육과정에 이를 포함시킬 수도 있으나, 그러한 종교사학도 공교육체제에 편입되어 있는 이상 공교육의 주관자인 국가는 교육을 위한 인적ㆍ물적 시설의 기준이나 학력인정에 필요한 교과과정의 기준을 제시할 수 있고, 학교운영의 투명성과 학교구성원의 학교운영에 대한 참여를 제고하기 위하여 학교운영 영역에서 사적 자치의 원칙을 제한하거나 수정하는 등 사립학교 일반에 적용되는 공적 규율을 행할 수 있는 것이며, 이는 대부분의 초ㆍ중등학교에 있어서 학생이나 학부모의 학교선택권 및 학교의 학생선발권이 보장되어 있지 않은 우리 교육법제 하에서는 더욱 그러하다. 
따라서 공립대체 사립학교인 일반종교사학에 대하여 일반 학교법인과 마찬가지로 개방이사의 선임을 의무화하고 추천위원회 구성방법 역시 동일하게 적용한다 하더라도 이를 두고 본질적으로 다른 것을 같게 취급하는 것이라 할 수 없다. 
다만, 위 조항 단서에서 예외로 하고 있는 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원의 경우 그 설립 목적의 종교지향성이 뚜렷하고, 대부분의 학교구성원들 역시 이러한 설립 목적을 당연한 전제로 받아들인 상태에서 당해 학교를 선택할 것이며, 보편적인 교육이념이나 학력인정을 위하여 국가가 관여할 필요성도 상대적으로 낮으므로, 입법자는 이러한 점을 고려하여 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원을 운영하는 학교법인의 경우에는 개방이사의 추천방법을 달리 정하고 있는 것이다. 
이와 같이 위 조항 단서에 해당하는 학교법인의 경우 그 자율성을 보장해 줄 필요성이 큰 반면 외부인사를 학교운영에 개입하게 하여야 할 정도로 공공성의 요구가 크지 않다는 점에서 다른 학교법인과 차이를 둔 것이므로, 그 차별취급에는 합리적인 이유가 있다.
(5) 청구인들의 기타 주장에 대한 판단
청구인들은 개방이사제도가 학교법인의 재산권, 종교의 자유, 일반적 행동의 자유, 직업의 자유를 침해하고, 정교분리원칙이나 교육의 자주성ㆍ전문성ㆍ정치적 중립성ㆍ대학의 자율성, 자유민주주의, 자유시장경제질서에도 위배된다고 주장한다. 
그러나 하나의 규제로 인해 여러 기본권이 동시에 제약을 받는 경우에는 기본권 침해를 주장하는 청구인의 의도 및 기본권을 제한하는 입법자의 객관적 동기 등을 참작하여 먼저 사안과 가장 밀접한 관계에 있고 또 침해의 정도가 큰 주된 기본권을 중심으로 해서 그 제한의 한계를 따져 보아야 할 것인데(헌재 1998. 4. 30. 95헌가16, 판례집 10-1, 327, 337), 법 제14조 제3항, 제4항과 관련한 청구인들의 주장, 입법자의 입법동기 등을 고려하면 개방이사제도는 학교법인의 사립학교운영의 자유와 가장 밀접한 관계에 있고, 재산권이나 종교의 자유에 대한 제한은 학교법인에게 인정되는 포괄적 기본권인 사립학교 운영의 자유에 대한 제한에 부수하여 2차적으로 발생하는 것에 불과하므로, 사립학교 운영의 자유를 침해하지 않는 이상 위와 같은 부수적 제한 역시 과잉제한이라 볼 수 없다. 
한편, 사립학교 운영의 자유는 국민의 교육을 받을 권리 외에 헌법 제10조에서 보장되는 행복추구권의 한 내용을 이루는 일반적인 행동의 자유권, 교육의 자주성ㆍ전문성ㆍ정치적 중립성 및 대학의 자율성을 규정하고 있는 헌법 제31조 제4항으로부터 도출되는 기본권이므로(헌재 2001. 1. 18. 99헌바63, 판례집 13-1, 60, 67), 사립학교 운영의 자유에 대한 침해 여부를 판단한 이상 다시 그 도출 근거가 되는 기본권이나 헌법상 원칙을 중복하여 판단할 필요는 없다. 
또한, 개방이사제도는 국가가 특정종교의 교육을 강제하거나 특정종교를 우대하도록 하는 규정이 아니므로 헌법 제20조 제2항이 정한 정교분리 원칙의 위반 여부는 문제되지 아니하고, 사립학교 운영의 자유는 자유민주주의나 시장경제질서와 같은 헌법의 기본질서를 당연한 전제로 하여 인정되는 기본권이고, 위와 같은 헌법의 기본질서가 사립학교 운영의 자유라는 구체화된 기본권에 온전히 포섭되지 않는 독자적인 의미영역을 가지는 것으로 보기 어려우므로 이에 대해서도 별도로 판단하지 아니한다. 
다. 법 제21조 제5항에 관한 판단
(1) 법률조항의 내용
학교법인에는 2인 이상의 감사를 두어야 하고(법 제14조 제1항), 감사는 이사와 마찬가지로 학교법인 이사회가 선임하는데(법 제20조 제1항), 법 제21조 제5항은 감사 중 1인은 추천위원회에서 추천하는 자를 선임하도록 의무지우고 있으므로, 위 조항도 학교법인의 사학의 자유에 포함되는 내부기관 구성권을 제한하는 것이다. 
개방이사는 추천위원회에서 2배수를 추천하게 되어 있으나, 감사의 경우에는 2배수의 제한이 없으므로 학교법인으로서는 선택의 여지없이 추천위원회에서 추천하는 인사 1인을 감사로 선임하여야 한다. 
(2) 사학의 자유 침해 여부
(가) 목적의 정당성 및 수단의 적절성
감사는 학교법인의 재산상황과 회계, 이사회의 운영과 그 업무에 관한 사항을 감사하고, 위 사항들에 대하여 이사장 또는 이사에게 의견을 진술할 수 있으며, 감사 결과 부정 또는 불비한 점이 있음을 발견한 때에는 이를 이사회와 관할청에 보고하고 이를 위해 이사회 소집을 요구할 수 있다(법 제19조 제4항).
그러나 학교법인의 이사회가 설립자나 이사장과 친분관계 있는 인사를 감사로 선임한다면, 이사회에서 선임되는 감사만으로는 그 본래의 목적인 내부감사기관으로서의 기능과 역할을 수행하는 데 한계가 있어 감사제도는 유명무실하게 된다. 
위 조항이 학교법인에 두는 감사 중 1인을 이사회 외부의 기구인 추천위원회가 추천하는 자로 선임토록 한 것은 학교법인의 재무ㆍ회계에 대한 감사의 신뢰성을 확보하고 그 책무성을 강화함으로써 궁극적으로는 사립학교운영의 투명성과 공공성을 높이려는 데 그 입법목적이 있으므로 그 정당성을 인정할 수 있고, 법인 외부기구에 추천권을 부여하면서 이를 국가기관이 아니라 학교구성원들이 참여하는 독립된 기구인 추천위원회에서 추천하도록 한 것은 필요하고도 적정한 수단이라고 할 것이다. 
(나) 입법형성재량의 한계 일탈 여부
학교법인은 감사 1인에 대해서는 추천위원회가 추천하는 자를 선택의 여지없이 그대로 감사로 선임하여야 하기 때문에, 학교법인으로서는 내부기관을 스스로 조직하는 데 중대한 제약을 받게 된다. 
그러나 감사는 이사와 달리 학교법인의 의사결정과정에 참여하지 않을 뿐 아니라 그 본래의 존재목적이 학교법인 및 학교운영의 적정성을 감독하는 데 있는 점, 위 조항에 의한 감사 선임의 제한은 감사 중 1인에 불과하고, 나머지 감사에 대해서는 여전히 학교법인 이사회에서 자유롭게 선임할 수 있는 점을 종합해 보면, 위와 같은 제한은 입법목적을 달성하기 위하여 필요한 범위 내의 제한이라고 할 것이다. 
따라서 위 조항이 학교법인의 사학의 자유를 침해한다고 할 수 없다. 
라. 법 제25조 제3항에 관한 판단
(1) 임시이사제도의 취지와 임시이사의 임기
사립학교법상임시이사는이사의 결원이보충되지않아학교법인의 정상적 운영이 어렵거나 이사회 의결정족수를 초과하는 이사에 대하여 임원취임승인이 취소되는 등 법 소정의 선임사유가 발생한 경우에 그 선임사유가 해소될 때까지 임시적으로 학교법인을 운영할 지위와 권한을 가지는 기관이다(법 제25조 제1항). 
임시이사제도는 위기사태에 빠진 학교법인에 임시이사를 선임하여 조속히 법인과 학교의 운영을 정상화함으로써 공교육기관으로서의 사립학교의 기능을 회복시키는 데 그 제도적 취지가 있다. 
임시이사는 조속한 시일 내에 임시이사 선임사유가 해소될 수 있도록 노력하여야 하고(법 제25조 제2항), 또 그 사유가 해소되는 경우에도 정식이사로 선임되지 못하며(법 제25조 제4항), 그 지위의 한시적ㆍ임시적인 특성상 민법상의 임시이사와는 달리 그 권한에 내재적인 한계를 가지고 있어 일반적인 학교법인의 운영에 관한 행위에 한하여 정식이사와 동일한 권한을 가진다고 해석되고 있다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결 참조). 
임시이사의 임기조항은, 1999. 8. 31. 법률 제6004호로 사립학교법이 개정되면서 제25조 제3항에 "임시이사는 제1항의 규정에 의한 사유가 해소될 때까지 재임한다. 이 경우 그 사유가 장기간 지속되는 경우에도 그 재임기간은 2년 이내로 하되, 1차에 한하여 연임할 수 있다."는 내용으로 신설되었다가, 2005년 개정법에서는 제2문 부분이 삭제되었고, 2007년 개정법에서는 개별 임시이사의 임기를 3년으로 제한하고 있는데, 이는 임기를 2년에서 3년으로 늘이고 연임가능조항을 없앤 외에는 2005년 개정 이전 상태와 차이가 없는 것이고, 종전 조항들과 마찬가지로 임시이사 체제의 존속기한에 대해서는 아무런 규정을 두고 있지 않다. 
(2) 제한되는 기본권
위 조항은 임시이사 개인의 임기에 관하여만 규정하고 있을 뿐 임시이사 체제의 존속기간에 대해 명시적인 규정을 두고 있지 않아 임시이사가 선임되어 있는 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 제한하고 있다.
(3) 사학의 자유 침해 여부
헌법재판소는 2005년 개정 전 구 사립학교법 제25조 제3항에 대하여 교육인적자원부장관이 임시이사를 선임할 수 있는 기간 자체를 제한하고 있지 아니한 점의 위헌 여부가 다투어진 사건에서 합헌결정을 한 바 있다(헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101). 위 결정은 심판대상조항이 구법 조항이기는 하나, 임시이사 체제의 존속기한을 규정하지 아니한 점이 헌법적으로 정당화될 수 있는지 여부가 핵심적 쟁점인 것은 현행 조항과 마찬가지이고, 이 점에 관하여 위 결정의 견해를 변경하여야 할 필요성이나 특별한 사정변경이 있다고 볼 수 없으므로, 아래와 같이 위 결정의 판시요지를 원용한다. 
『임시이사는 그 권한에 내재적인 한계가 있고, 학교법인의 이해관계인은 교육인적자원부장관에게 임시이사 해임신청을 하고 그 거부처분에 대하여 항고소송으로 다툴 수 있는 등 임시이사 체제가 부당히 장기화되는 것을 방지하기 위한 법적 수단들이 마련되어 있으며, 임시이사제도는 그 본질상 학교법인이 정상적으로 운영될 수 없는 경우 이를 정상화하기 위한 법적 장치이므로, 임기 중이라도 그 임무를 완성하여 임시이사를 필요로 하는 비정상적 상황이 종료되면 즉시 퇴임하는 것이 당연하고, 반면 비정상적 상황이 해소되지 않고 있는 동안에는 그 역할과 기능을 계속 수행할 필요가 있는 것이다. 
따라서 이 사건 법률조항이 임시이사 체제의 존속기한을 따로 정하고 있지 않다 하더라도 이로써 학교법인의 사립학교운영의 자유를 과잉제한한다고 할 수 없다.』(헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 37-38 참조)
(4) 청구인들의 기타 주장에 대한 판단 
(가)청구인들은 위 조항이 설립자나 종전이사 등으로 하여금 당해 사학을 타인에게 양도하거나 자진 해산하는 등 임시이사 체제를 자신의 의사로 종결시킬 수 있는 절차규정을 마련하고 있지 않은 점의 위헌성도 다투는데, 이는 사립학교 운영권 자체가 독립된 재산권의 대상이 되고, 설립자나 종전이사가 그러한 사립학교 운영권을 처분할 수 있는 지위에 있음을 전제로 그 처분권을 과도하게 제한하여 이들의 재산권을 침해한다는 주장으로 볼 수 있다. 
그러나 앞서 적법요건 판단 항목에서 살펴본 것처럼 설립자는 학교법인이 설립됨으로써, 그리고 종전이사 등은 퇴임함으로써 학교운영의 주체인 학교법인과 사이에 더 이상 구체적인 법률관계가 지속되지 않고, 사립학교의 운영은 건학이념의 구현을 목적으로 하는 공익적 비영리활동으로서 사적 유용성을 본질적 요소로 하는 재산권의 보호대상이 된다고 보기도 어려우므로, 청구인들의 위 주장은 이유 없다.
(나)청구인들은 또 위 조항이 설립자 등의 직업의 자유, 일반적 행동의 자유를 침해하고, 교육의 자주성ㆍ전문성ㆍ정치적 중립성과 자유민주주의원리 및 자유시장경제질서에도 위배된다고 주장한다.
그러나 설립자 등에게 임시이사 관련 조항에 대한 자기관련성을 인정하는 것은 이들과 관련된 학교법인들의 이사회가 임시이사들로 구성되어 있어 학교법인이 자신의 고유한 기본권 침해를 주장할 것을 기대하기 어렵고, 이들이 학교법인의 정체성을 대변할 지위에 있다는 점을 고려하여 보충적ㆍ예외적으로 그 인정대상을 확대하는 것이므로, 설립자 등인 청구인들이 임시이사 관련 조항에 대하여 할 수 있는 헌법적 문제제기 역시 자신들의 위와 같은 지위가 반영된 영역 즉, 학교법인의 정체성에 관한 보충적 대변자로서 가지는 사학의 자유에 한정된다 할 것이다.
따라서 청구인들의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
마. 법 제25조의3 제1항에 관한 판단
(1) 쟁점의 소재
2007년 개정법은 임시이사의 선임 및 해임, 임시이사 선임 사유 해소 시의 정식이사 선임권을 관할청에 부여하고, 대통령, 국회의장, 대법원장이 추천하는 위원으로 구성되는 조정위원회라는 별도 기구를 설치하여 위 사항들에 관하여 관할청이 조정위원회의 심의결과에 기속되도록 함으로써 실질적으로는 조정위원회로 하여금 주도적인 역할을 수행하게 하면서, 종전이사 등이 정식이사 선임 과정에서 자신들의 의사를 반영할 권리는 법률상 보장하고 있지 않다. 
임시이사의 선임에 의하여 학교법인 이사회의 인적 연속성은 일시적으로 단절되는데, 위 조항은 임시이사 체제를 종료하고 정식이사 체제로 환원되는 단계에서도 종전이사 등에게 관여할 권리를 보장하지 않고 조정위원회라는 제3의 국가기관에게 주도권을 부여하는 것이 과연 헌법적으로 정당화될 수 있는지 여부가 핵심적인 쟁점이다. 
(2) 제한되는 기본권 및 심사기준
위 법률조항은 임시이사 체제에서 정식이사 체제로 환원되는 시점, 즉 학교법인 정상화 단계에서의 이사선임권을 제한하는 규정으로서 사립학교 운영의 자유를 제한하고 있다.
사립학교 운영의 자유가 헌법 제10조, 제31조 제1항, 제4항에서 도출되는 기본권이기는 하나, 사립학교도 공교육의 일익을 담당한다는 점에서 국ㆍ공립학교와 본질적인 차이가 있을 수 없기 때문에 공적인 학교 제도를 보장하여야 할 책무를 진 국가가 일정한 범위 안에서 사립학교의 운영을 감독ㆍ통제할 권한과 책임을 지는 것 또한 당연하다고 할 것이고, 그 규율의 정도는 그 시대의 사정과 각급학교의 형편에 따라 다를 수밖에 없는 것이므로, 교육의 본질을 침해하지 않는 한 궁극적으로는 입법자의 형성의 자유에 속하는 것이라고 할 수 있다(헌재 2001. 1. 18. 99헌바63, 판례집 13-1, 60, 70; 헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 36-37 참조).
따라서 위 법률조항이 사립학교 운영의 자유를 제한하고 있다 하더라도 그 위헌 여부는 입법자가 기본권을 제한함에 있어 합리적인 입법한계를 벗어나 자의적으로 그 본질적인 내용을 침해하였는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.
(3) 사학의 자유 침해 여부
(가) 학교법인 이사제도의 본질과 임시이사 체제 및 정상화의 의미
1) 학교법인은 설립자가 재산을 출연하고 설립 목적이 명시된 정관을 작성함으로써 설립자와 별개의 법인격을 가지게 된다. 학교법인의 권리능력은 설립 목적을 정하고 있는 정관에 의하여 그 범위가 확정되며(법 제9조, 민법 제34조), 법인의 이사는 정관으로 화체된 설립 목적을 집행하고 실현한다. 법인의 의사를 형성하거나 그 업무를 집행하기 위하여 조직된 인위적 기관인 이사는 법에 의하여 그의 행위가 법인의 행위로 간주될 뿐이고, 법인이 갖는 권리능력의 정당성은 이사에 의해서가 아니라 설립 목적이 담겨 있는 정관에 의하여 담보된다. 
학교법인의 이사는 설립자가 최초로 선임하고(법 제10조 제2항), 그 이사들로 구성된 이사회에서 후임이사를 순차 선임함으로써 설립자로부터 인적 연속성이 이어지는 것이 정상적인 모습이다. 
그러나 이사에게 학교법인의 업무처리를 위임하는 주체는 설립자나 전임이사가 아니라 학교법인이므로, 학교법인의 이사로서는 정관에 화체되어 있는 설립자의 설립 목적과 건학이념에 따라 선량한 관리자의 주의의무로써 업무를 수행하여야 하는 것이지 설립자를 위하여 업무를 처리하는 것은 아니다. 
따라서 학교법인의 설립 목적의 영속성도 설립자로부터 이어지는 이사의 인적 연속성보다는 ‘위임관계의 본지(本旨)’라 할 수 있는 정관에 의하여 보장된다. 설립 목적을 구현하는 이사의 지위 역시 인적 연속성보다는 객관화된 설립 목적인 정관에 기속된다는 측면 즉, 기능적 연관성에서 그 정당성의 근거를 찾아야 할 것이다. 인적 연관성은 개인의 특성이나 시간의 경과에 따라 설립 목적과의 긴밀성이 희석될 개연성이 있는 반면, 정관을 매개로 한 기능적 연관성은 그에 구애받지 않고 면면히 이어질 수 있기 때문이다. 
2) 임시이사는 법 소정의 사유로 학교법인의 정상적 운영이 어려워진 경우에 선임되므로(법 제25조 제1항), 임시이사 체제가 유효하게 성립하였다는 것은 이미 당해 학교법인이 위기관리능력을 상실하여 스스로 위기사태를 해결할 수 없는 상황에 이르렀음을 의미하고, 그와 같은 상황을 방치하여 장기화할 경우 학교법인의 설립 목적 달성은 불가능해질 것이다. 
사립학교가 수행하는 공교육 기능을 중시한 입법자는 임시이사 체제로 학교운영을 계속하면서 이를 통하여 위기를 수습하고 궁극적으로 학교법인을 정상화시키는 것이 국민의 교육을 받을 권리를 보장하는 데 적합할 뿐만 아니라 당해 학교법인의 정관이 정한 설립 목적의 실현에도 기여할 수 있다고 판단한 것이다. 
3)한편, 임시이사의 선임사유가 해소되면 정식이사 선임을 위한 정상화 절차를 밟게 되는데, 여기서 정상화란 학교법인이 직면하였던 운영상의 위기상황이 수습되어 위기관리자로서의 소임을 다한 임시이사 체제가 통상적인 학교법인 이사회 체제로 전환되는 것을 말하나, 이는 위기관리자로서의 특성상 그 권한에 내재적인 한계가 있는 임시이사 대신 후임이사의 선임을 포함하여 이사로서의 모든 권한을 행사할 수 있는 정식이사가 선임된다는 것이지 학교법인의 지배구조나 이사회의 구성이 학교법인 설립 당시나 임시이사 선임 전의 상태로 회귀하는 것을 의미하는 것은 아니다. 
(나) 조정위원회의 기능과 정당성
1)임시이사 체제를 종료하고 정식이사를 선임하는 단계에서 정식이사 선임권을 누구에게 부여할 것인지에 관해서는, 임시이사로 구성된 이사회에서 선임하는 방법, 종전이사 등이 선임하는 방법, 관할청이나 법원 또는 제3의 중립기관이 선임하는 방법 등 다양한 방안이 있을 수 있다. 
이 중 임시이사로 구성된 이사회에서 선임하도록 하는 것은 정상화 방법에 관하여 사립학교법에 아무런 규정을 두고 있지 않던 2005년 개정법 이전의 관행이었으나, 임시이사 선임사유가 존속하는지 여부에 관한 판단권이나 자신의 후임 임시이사를 선임할 권한도 부여되지 않은 사립학교법상의 임시이사에게 정식이사를 선임할 권한을 부여하는 것은 헌법적으로 정당화되기 어렵다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결 참조). 
또한 학교법인의 종전이사 등은 이사와 가족 간의 분쟁, 회계 부정, 이사회 운영 부실, 교비 유용, 교원 채용시 금품 수수 등 임시이사 체제라는 위기사태를 불러온 원인제공자이자 사학분쟁의 직접 당사자인 경우가 많다. 이러한 위기사태를 야기한 종전이사 등에게 정식이사 선임권을 부여하는 것은 학교법인의 정상화라는 취지에 배치될 우려가 있고, 다른 학교구성원들과 사이에 새로운 분쟁의 빌미를 제공할 수도 있다는 점에서 문제의 소지가 크다. 관할청이나 법원이 선임하는 방법 역시 전문성이나 공정성을 두루 갖추었다고 보기는 어렵다 할 것이다. 
2)사립학교법은 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화에 관하여, 관할청이 조정위원회의 심의를 거쳐 임시이사를 해임하고 정식이사를 선임하되(법 제25조의3 제1항), 관할청으로 하여금 조정위원회의 심의결과에 기속되도록 함으로써(법 제24조의2) 실질적으로는 정식이사 선임에 있어서 조정위원회에 주도적인 역할을 부여하고 있다. 
조정위원회는 행정ㆍ입법ㆍ사법부에서 추천한 인사들로 구성되고 임기제를 취함으로써(법 제24조의3) 고도의 정치적 중립성을 가진다 할 것이고, 위원의 자격을 법률과 회계, 그리고 교육에 전문적 지식을 갖추고 일정한 경력을 가진 자로 제한함으로써(법 제24조의4) 그 인적 구성의 면에서 공정성 및 전문성을 갖추고 있다고 볼 수 있다.
그러나 사립학교는 공공의 이익을 위한 설립자의 재산출연에 의하여 설립되었고, 이로써 국가의 공교육 실시를 위한 재정적 투자능력의 한계를 자발적으로 보완해 주는 역할을 수행해 오고 있다는 점에서, 정상화 단계에서 종전이사 등의 의견이 반영되도록 제도를 설정할 필요성은 여전히 있다고 할 것인데, 관건이 되는 것은 이들의 의견을 어느 정도까지 보장해 주어야 하느냐의 문제일 것이다.
(다) 현행 법령상 정상화 절차 개관
사립학교법은 임시이사가 선임된 학교법인이 정상화되는 유형으로 2가지 경우를 예정하고 있다. 첫째, 관할청이 임시이사의 선임사유가 해소되었다고 인정한 경우이고(법 제25조의3 제1항), 둘째, 조정위원회가 정상화 추진실적을 평가한 결과 정상화가 가능하다고 판단하여 관할청에 통보한 경우이다(법 제25조의3 제3항). 후자의 경우에 그와 같은 심의결과는 관할청을 기속하므로(법 제24조의2 제4항, 제3항, 제2항 제3호), 관할청은 이 경우에도 조정위원회의 심의를 거쳐 정식이사를 선임하여야 한다.
어느 경우에나 관할청은 조정위원회에 정식이사 심의 요청을 하여야 하는데, 조정위원회의 운영에 필요한 사항을 대통령령에 위임한 법 제24조의3에 따라 시행령과 조정위원회 운영규정은 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 심의에 관한 사항에 대하여 규정하고 있다. 즉, 조정위원회는 정식이사 적격 여부를 심의함에 있어서 해당 학교법인의 기본재산액의 3분의 1 이상에 해당하는 재산을 출연하거나 기부한 자, 학교 발전에 기여한 자, 임시이사가 선임되기 전에 적법하게 선임되었다가 퇴임한 정식이사(종전이사), 해당 학교법인의 임직원 및 학교의 교직원, 그 밖의 이해관계인으로부터 의견을 청취할 수 있다(시행령 제9조의6 제3항, 조정위원회 운영규정 제13조 제1항).
위 시행령 및 조정위원회 운영규정상 의견청취는 임의규정의 형식으로 되어 있고, 그 의견에 어떠한 구속력이 있는 것은 아니지만, 현재 조정위원회 실무상 의견청취는 예외 없이 이루어지고 있는 것으로 보이고, 실제로 최근에 정상화가 이루어지거나 정상화 절차가 진행 중인 학교법인들의 경우 종전이사 등 구 재단 측에 과반수의 정식이사 추천권을 부여함으로써 오히려 다른 학교구성원들로부터 반발이 제기되고 있는 실정이다.
(라) 입법형성재량의 한계 일탈 여부
1) 사학의 설립 및 운영의 자유는, 설립자가 재산을 출연하여 설립 목적을 명시한 정관을 작성하고, 정관에 따라 최초의 이사회가 구성되며, 그 이사회에 의하여 학교법인 및 학교가 운영되는 법적 연쇄과정을 통하여 실현되는 것이 통상의 모습이다. 이러한 일련의 과정 중에서도 사학의 자유의 원천은 설립행위에서 구체적으로 확인되는 설립 목적에 있다 할 것이므로, 이러한 설립 목적이 유지ㆍ계승될 수 있도록 제도적으로 보장하는 것은 사학의 자유의 본질적 내용에 해당한다.
학교법인이 정상적으로 운영되는 상황에서는 이사회를 통하여 설립 목적이 지속적으로 구현될 것이나, 임시이사가 선임되거나 그 선임사유가 소멸하여 정상화 되는 단계에서는 설립 목적의 유지ㆍ계승 여부에 의문이 제기되는 상황이 초래될 수 있다. 이와 같이 임시이사들로 구성된 학교법인의 이사회가 학교법인의 설립 목적이나 정체성에 대한 수호자로서의 역할을 할 것을 기대할 수 없는 경우에는 예외적으로 종전이사 등에게도 사학의 자유에 대한 자기관련성을 확장하여 인정함으로써 이들로 하여금 학교법인의 설립 목적이나 정체성을 수호할 기회를 가질 수 있도록 하는 것이 필요하다.
그러나 이는 설립 목적의 수호를 위하여 예외적ㆍ보충적으로 인정되는 것이므로, 종전이사 등에게 부여되는 사학의 자유의 폭은 정식이사 선임권을 부여하거나 이사회 구성에 있어서 일정한 지분을 보장하여야 하는 정도로까지 확장될 수는 없고, 그 권리의 내용 역시 통상적인 경우에 학교법인이 행사하는 사학의 자유에 비해서는 축소되지 않을 수 없다. 사립학교법이 아닌 시행령과 조정위원회 운영규정에 조정위원회가 종전이사 등 학교법인의 이해관계인으로부터 의견을 청취할 수 있는 임의적 규정을 두고 있는 것은 이와 같은 까닭에서 비롯한 것이다.
2)청구인들은 설립 목적의 수호라는 보충적 지위에서 더 나아가 종전이사 등의 경영권을 회복시켜주거나 이들의 지분을 보장해 주어야 한다고 주장하나, 이는 학교 내지 학교경영권을 재산권의 대상으로 보는 사고의 산물이라 하지 않을 수 없다.
정상화 단계에서 반드시 종전이사 등이 이사회로 복귀하거나 이들에게 정식이사 선임의 주도권을 부여하지 않더라도 정관에 명시된 학교법인의 설립 목적이 유지되고 제대로 실현될 수 있다면 학교법인의 정체성은 의연히 유지ㆍ계승되는 것이다. 설립 목적의 영속성은 말 그대로 정관에 명시되어 있는 설립자의 의사인 학교법인의 설립 목적 그 자체가 유지ㆍ계승됨으로써 이루어지는 것이지 설립자나 종전이사 등의 종전 지위를 회복시켜 주어야만 달성될 수 있는 것은 아니기 때문이다.
설립자로부터 최초의 이사 그리고 후임 이사로 이어지는 인적 연속성에 학교법인의 이사 제도의 본질이 있다고 보는 견해는 이렇게 순차 선임된 이사들이 학교법인의 설립 목적을 가장 잘 실현할 수 있다는 점을 전제로 한 것이나, 그 인적 연속선상에 있던 종전이사 등이 회계부정이나 비리 등 이사취임승인 취소사유에 해당하는 행위를 하고 그로 인하여 학교법인의 정상적인 운영에 장애를 야기하였다면 이는 학교법인의 설립 목적을 위반하는 행위를 한 것이므로 이미 그와 같은 전제요건이 상실되었음을 의미한다. 
한편, 임시이사가 선임된 학교법인을 정상화하는 것은 관할청이나 조정위원회가 적극적으로 설립 목적을 변경하여 새로운 학교법인을 설립하거나 사학을 공립화 하는 것이 아니라, 후견적인 입장에서 위기관리능력을 상실한 학교법인을 대신하여 설립 목적을 가장 잘 실현할 수 있는 인사를 정식이사로 선임함으로써 한때 그 실현이 불투명했던 설립 목적이 지속적으로 구현될 수 있도록 학교법인의 기능을 회복시켜 주는 것이다.
이와 같이 학교법인의 정체성은 설립 목적 및 그것이 화체된 정관을 통하여 기능적으로 유지ㆍ계승되는 것이지, 종전이사 등과의 인적ㆍ재산적 연관성의 확보가 전제되어야만 구현되는 것은 아니라 할 것이다. 
3)조정위원회나 관할청은 정식이사를 선임함에 있어서 마땅히 정관의 규정을 준수하여야 할 것이므로, 정관에 나타나 있는 설립자의 설립 목적을 구현하는 데 합당한 인사를 선임하여야 하고, 정관에서 이사의 자격을 규정하고 있을 경우 당연히 여기에도 기속된다.
위 법률조항은 조정위원회가 주도하는 정상화 과정에 종전이사 등이 관여하는 것을 적극적으로 배제하는 조항이 아니다. 시행령과 조정위원회 운영규정이 종전이사 등 학교법인의 이해관계인으로부터 의견을 청취할 수 있도록 하는 근거규정을 두고 있으므로, 조정위원회는 이들로부터의 의견청취 등 정상화 심의과정에서 종전이사 중에 학교비리 등 임시이사 선임사유에 연루되지 않고 설립 목적 구현에 노력한 인사들이 있을 경우 이들의 참여를 배제할 이유가 없을 뿐만 아니라, 정식이사 선임에 관한 이들의 의견을 적극 수용하거나 나아가 이들을 정식이사로 선임할 수도 있을 것이고, 이렇게 하는 것이 조정위원회 본연의 임무라 할 것이다. 그렇다면 조정위원회와 관할청에 의한 정식이사 선임 제도가 현저하게 불합리하거나 자의적이어서 입법형성권의 재량의 범위를 일탈한 것이라고는 볼 수 없다. 
(마) 소결
따라서 법 제25조의3 제1항이 입법형성의 한계를 일탈하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.
(4) 재산권 침해 여부
청구인들은 위 조항이 종전이사 등의 재산권을 침해한다고 주장하는데, 이러한 주장은 사립학교 운영권 자체가 독립된 재산권의 대상이 되고, 설립자나 종전이사가 그러한 사립학교 운영권을 처분할 수 있는 지위에 있음을 전제로 한 주장이다. 
그러나 사립학교를 위하여 출연된 재산에 대한 소유권은 학교법인에 있고, 설립자는 학교법인이 설립됨으로써, 그리고 종전이사는 퇴임함으로써 학교운영의 주체인 학교법인과 사이에 더 이상 구체적인 법률관계가 지속되지 않는 것이어서 설립자나 종전이사가 사립학교 운영에 대해 가지는 재산적 이해관계는 법률적인 것이 아니라 사실상의 것에 불과하므로(헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 39-40 참조), 청구인들의 위 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
바. 법 제26조의2 제1항에 관한 판단
(1) 대학평의원회 제도의 개관
(가) 법률조항 및 관련 규정의 내용
법 제26조의2 제1항은 사립대학에 대학평의원회를 두도록 하면서 그 권한 사항을 정하고 있는데, 위 조항에 규정된 대학평의원회의 주요 권한은 대학의 발전계획(제1호), 학칙의 제ㆍ개정(제2호), 추천위원회 위원 추천(제5호), 그 밖에 정관으로 정한 교육에 관한 중요 사항(제6호)을 심의하고, 대학헌장의 제ㆍ개정(제3호), 대학교육과정의 운영(제4호)에 관하여 자문하는 것이다. 
대학평의원회의 조직 및 운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령이 정하는 바에 따라 정관으로 정하도록 되어 있는데(법 제26조의2 제2항), 시행령은 교원ㆍ직원 및 학생 중에서 각각의 구성단위를 대표할 수 있는 11인 이상의 평의원으로 대학평의원회를 구성하고, 동문 및 학교의 발전에 도움이 될 수 있는 자를 포함할 수 있되, 어느 하나의 구성단위에 속하는 평의원의 수가 전체 평의원 정수의 2분의 1을 초과할 수 없도록 정하고 있다(시행령 제10조의6). 
(나) 입법취지 및 조항의 연혁
대학평의원회는 이사, 감사, 이사회 등과 같은 학교법인의 고유기관이 아니라 교육에 관한 중요사항을 심의하는 사립대학의 자치기구로서, 대학구성원으로 하여금 학교운영에 참여할 수 있도록 함으로써 헌법이 보장하고 있는 대학의 자율성을 제고하기 위하여 마련된 제도라고 할 수 있다. 
대학평의원회 조항은 1990. 4. 7. 법률 제4226호로 사립학교법이 개정될 때 임의설치 조항으로 신설되었다가 2005년 개정법에서 그 설치가 의무화되었으며, 2007년 개정법에서는 구체적인 심의ㆍ자문 사항의 내역이 추가되었다.
(다) 대학평의원회의 성격
대학평의원회는 법 제26조의2 제1항에 규정된 사항에 대하여 심의ㆍ자문하는 외에 학교 회계의 예산 및 결산에 대하여 자문하고(법 제29조 제4항, 제31조 제3항), 개방이사추천위원회 위원의 2분의 1을 추천할 권한을 가진다(법 제14조 제4항). 
사립학교법이나 그 시행령은 대학평의원회가 행사하는 ‘심의’ 및 ‘자문’의 개념이나 효력에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하나, 교육관계법령에서의 용례를 비교해 보면, ‘자문’은 물론 ‘심의’의 경우에도 조정위원회의 심의 결과(법 제24조의2 제4항)와 같이 법률이 기속력을 부여하는 특별한 규정을 두고 있지 않는 한 그 결과가 결정권자를 기속하지는 않는 것으로 해석된다. 따라서 결정권자는 심의결과와 다른 결정을 할 수 있고, 이 점에서 ‘심의’와 ‘자문’은 다르지 않다 할 것이나, 국ㆍ공립학교운영위원회의 경우에서 보듯이 정당한 사유없이 심의ㆍ의결결과와 다르게 시행하거나 이를 시행하지 아니하는 경우 또는 긴급한 사유 없이 심의사항을 심의를 거치지 아니하고 시행하는 경우 시정명령의 제재가 부과될 수 있고(초ㆍ중등교육법 제32조 제1항, 제3항, 제63조, 같은 법 시행령 제60조 제2항, 제61조), 법률이 심의기관과 결정기관을 분리하면서 심의절차를 필요적인 것으로 규정하고 있는 경우 그 심의절차를 거치지 않은 결정은 원칙적으로 그 적법성을 인정받기 어려울 것이라는 점에서는 ‘자문’과 다르다고 할 것이다(대법원 2007. 3. 15. 선고 2006두15806 판결 등 참조). 
(2) 제한되는 기본권
사립대학을 운영하는 학교법인은 법 제26조의2 제1항에 의하여 대학평의원회를 의무적으로 설치하여야 하므로, 위 법률조항은 사립대학을 운영하는 청구인 ○○학원의 사학의 자유를 제한한다.
청구인들은 사립대학에 의무적으로 대학평의원회를 설치하도록 하는 것이 학교법인, 노동조합 등 기존의 사학기구와 사이에 새로운 갈등을 야기함으로써 종국적으로는 학생들에게 피해를 줄 것이므로, 학생의 교육을 받을 권리를 침해한다고 주장한다. 그러나 사립대학에 대학평의원회가 설치된다 하여 학생의 수학권이 침해된다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 청구인들 중에는 사립대학의 재학생이 포함되어 있지 아니하므로, 청구인들의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 
(3) 학교법인의 사학의 자유 침해 여부
(가) 대학의 자율성과 교육제도 법정주의 
헌법 제31조 제4항은 "교육의 자주성ㆍ전문성ㆍ정치적 중립성 및 대학의 자율성은 법률이 정하는 바에 의하여 보장된다."라고 규정하여 교육의 자주성ㆍ대학의 자율성을 보장하고 있다. 이는 대학에 대한 공권력 등 외부세력의 간섭을 배제하고 대학구성원 자신이 대학을 자주적으로 운영할 수 있도록 함으로써 대학구성원으로 하여금 연구와 교육을 자유롭게 하여 진리탐구와 지도적 인격의 도야라는 대학의 기능을 충분히 발휘할 수 있도록 하기 위한 것이자, 헌법 제22조 제1항이 보장하고 있는 학문의 자유의 확실한 보장수단으로 꼭 필요한 것으로서, 대학에 부여된 헌법상의 기본권이다(헌재 1992. 10. 1. 92헌마68, 판례집 4, 659, 670 참조).
헌법 제31조 제6항이 교육제도에 관하여 입법자에게 형성권을 부여하고 있으나, 입법자는 법률로써 교육제도를 구체화함에 있어 헌법 제31조 제4항이 명하고 있는 의무 즉, 대학의 자율성을 보장하여야 하는 제한을 받는다. 대학의 자율성을 보장하고 있는 헌법 제31조 제4항의 취지는 대학의 자율성 부여 여부를 입법자에게 맡겨 놓은 것이 아니라 자의적 행정규제를 차단하기 위하여 의회의 통제 하에 대학의 자율성을 구체화하는 입법을 하여 이를 보장하라는 것이므로, 입법자는 교육제도를 형성함에 있어서 대학의 자율성을 보장할 책무가 있다 할 것이고, 대학평의원회는 이를 구현하는 하나의 방법으로 입법자가 형성한 제도라 할 수 있다. 
(나) 대학의 자율성과 사립대학 운영의 자유
대학의 자율성 즉, 대학의 자치란 대학이 그 본연의 임무인 연구와 교수를 외부의 간섭 없이 수행하기 위하여 인사ㆍ학사ㆍ시설ㆍ재정 등의 사항을 자주적으로 결정하여 운영하는 것을 말한다. 따라서 연구ㆍ교수활동의 담당자인 교수가 그 핵심주체라 할 것이나, 연구ㆍ교수활동의 범위를 좁게 한정할 이유가 없으므로 학생, 직원 등도 포함될 수 있다.
한편, 학교법인도 사립대학의 운영 주체로서 학교운영에 관한 자율적 결정권을 가지고 있으므로, 학교법인의 대학운영의 영역과 대학구성원에 의한 대학자치의 영역이 서로 겹칠 수 있고, 이 경우 양자의 기본권 사이에 충돌이 발생할 여지도 있다. 이와 같이 양 기본권의 보호영역이 중첩되는 관계에 있을 경우 어느 일방의 기본권을 우선하기보다는 실제적 조화의 관점에서 양자를 조정하는 방법을 도모하여야 할 것이다. 
대체로 보자면, 대학 본연의 기능인 학술의 연구나 교수, 학생선발ㆍ지도 등과 관련된 교무ㆍ학사행정의 영역에서는 대학구성원의 결정이 우선한다고 볼 수 있으나, 학교법인으로서도 설립 목적을 구현하는 차원에서 조정적 개입은 가능하다고 할 것이고, 우리 법제상 학교법인에게만 권리능력이 인정되므로 각종 법률관계의 형성이나 법적 분쟁의 해결에는 법인이 대학을 대표하게 될 것이다.
한편, 대학의 재정, 시설 및 인사 등의 영역에서는 학교법인이 기본적인 윤곽을 결정하되, 대학구성원에게는 이러한 영역에 대하여 일정 정도 참여권을 인정하는 것이 필요하다.
(다)입법형성재량의 한계 일탈 여부
법 제26조의2 제1항에서 심의사항으로 규정하고 있는 항목들은 추천위원회 위원의 추천에 관한 사항(제5호)을 제외하면 대체로 학사ㆍ교육 영역에 해당하고, 대학재정과 관련된 사항들은 자문사항으로 되어 있다.
이와 같이 교무ㆍ학사행정 등 대학자치의 범위에 속하는 사항들 중 중요사항에 한하여 대학자치기구인 대학평의원회로 하여금 ‘심의’ 또는 ‘자문’하도록 하는데 그친다는 점에서 대학평의원회의 목적과 지향이 사학의 자유의 본질적 영역을 침범한다고 보기 어렵다.
한편, 대학평의원회의 조직 및 운영 등에 관하여 필요한 사항은 "대통령령이 정하는 바에 따라 정관으로 정한다."(법 제26조의2 제2항)고 규정되어 있으므로, 학교법인으로서는 정관을 통해 대학평의원회의 조직 및 운영에 관여할 길이 열려 있을 뿐만 아니라 대학평의원회에는 총장, 교수들의 다수가 구성원으로 참여하는 것이 보통일 것인데, 총장이나 교수의 임면권한은 학교법인이 보유하고 있으므로 학교법인의 사립대학 운영권은 단절되지 아니한 채 대학평의원회에 연결되는 것으로 볼 수 있다.
(라) 소결
이상 살펴본 대학평의원회의 설치 목적, ‘심의’ 내지 ‘자문’ 권한만을 부여함으로써 학교법인 이사회의 결정권한을 제약하지 않는 점, 학교법인에 정관을 통한 자율적 형성의 여지가 부여되어 있는 점 등을 종합적으로 고려하면, 헌법의 명령인 대학의 자율성을 보장하는 일환으로 사립대학에 대학평의원회를 설치하도록 한 법 제26조의2 제1항이 학교법인의 사학운영의 자유를 침해하는 것으로 볼 수 없다. 
사. 법 제53조 제3항 단서에 관한 판단
(1) 법률조항의 내용 및 연혁
법 제53조 제3항은 본문에서 각급학교의 장의 임기를 학교법인의 정관으로 정하도록 하되 4년을 초과할 수 없고, 중임할 수 있도록 하면서, 단서에서 초ㆍ중등학교의 장은 1회에 한하여 중임할 수 있는 것으로 정하고 있다. 위 조항에 의하여 초ㆍ중등 사립학교의 장의 재임기간은 정관에서 최대한 장기로 정하더라도 8년을 초과할 수 없다. 
한편, 국ㆍ공립학교의 장의 임기는 교육공무원법에서 정하고 있는데, 국ㆍ공립 대학의 장의 경우 임기만 4년으로 규정하고 있을 뿐 중임을 제한하고 있지 않고(제28조 제1호), 국ㆍ공립 초ㆍ중등학교 교장의 임기는 4년으로 하되, 1차에 한하여 중임할 수 있도록 규정되어 있다(제29조의2 제2항, 제3항).
1963. 6. 26. 법률 제1362호로 사립학교법이 제정된 이래 학교의 장의 임기나 중임가능 여부에 대해서 별다른 제한을 두지 않았으나, 2005년 개정법에서 임기는 4년을 초과할 수 없고 모든 사립학교의 장에 대하여 1회에 한하여 중임을 허용하는 것으로 규정되었다가 2007년 개정법에서 초ㆍ중등학교의 장에 대하여만 중임 횟수 제한을 유지하는 것으로 다시 개정되었다. 
(2) 제한되는 기본권
위 조항은 사립 초ㆍ중등학교장의 중임 횟수를 제한함으로써 이들의 직업의 자유를 제한하고, 초ㆍ중등학교를 경영하는 학교법인으로서도 특정인을 학교장으로 중임하는 데 제약을 당하게 되므로 사립학교운영의 자유의 한 내용인 자주적 인사권을 제한받게 되며, 초ㆍ중등학교의 장을 다른 학교의 장과 달리 취급한다는 점에서 평등권 침해 여부도 문제된다. 
(3) 직업의 자유 및 사립학교운영의 자유 침해 여부
(가) 국ㆍ공립학교 교원과 사립학교 교원의 동질성
사립학교 중에서도 초ㆍ중등학교는 공교육체계에 더 철저히 편입되어 공교육의 일익을 담당한다는 점에서 국ㆍ공립의 초ㆍ중등학교와 본질적인 차이가 없다 할 것이고, 우리의 교육법제는 교육의 내적 조건인 교육목적ㆍ교육과정과 교과서 등에 있어서는 물론 교육의 외적 조건인 인적ㆍ물적 기반에 있어서도 국ㆍ공립학교와 사립학교 사이에 별다른 차별을 두고 있지 않다.
국ㆍ공립학교 교원은 원칙적으로 국가공무원법의 적용을 받지만 그 직무의 특수성 즉, 전문성과 자주성을 존중하기 위하여 교육공무원법은 그 자격ㆍ임용ㆍ보수ㆍ연수 및 신분보장에 관하여 일반공무원과 다른 특례를 규정하고 있는데, 사립학교 교원도 교육공무원과 마찬가지로 법정근무조건을 누리고, 법률에 의하여 신분보장과 사회보장을 받고 있다. 사립학교법은 사립학교 교원에 대하여 교육공무원과는 그 임용절차만을 달리할 뿐, 그 밖의 자격요건, 복무, 연수의무, 신분보장 및 사회보장 등에 있어서 동일하게 처우하고 있다.
이와 같이 현행 교육법제는 교원의 소속 여하를 묻지 아니하고 교원을 일반국민에 대한 봉사자로 보고 있고, 교육의 전문성과 관련하여서도 국ㆍ공립학교 교원 또는 사립학교 교원을 가리지 아니하고 동등한 처우를 하도록 규율하고 있다.
학교의 장에 대해서 보더라도, 초ㆍ중등학교의 장은 공ㆍ사립을 불문하고 학교행정의 최고책임자로서 교무를 통할하고, 소속 교직원을 지도ㆍ감독하며, 학생을 교육할 권한과 임무가 부여되어 있고(초ㆍ중등교육법 제20조 제1항), 그 자격기준은 법률에서 정하고 있다(초ㆍ중등교육법 제21조 제1항 별표 1). 
(나) 목적의 정당성 및 수단의 적절성
법 제53조 제3항 단서는 국ㆍ공립 초ㆍ중등학교의 장과 마찬가지로 사립 초ㆍ중등학교의 장에 대해서도 중임 횟수를 제한하고 있는데, 그 취지는 국ㆍ공립학교장과 마찬가지로 교장의 노령화ㆍ관료화를 방지하고 인사순환을 통하여 교단을 활성화하려는 것이다. 특히 사립학교의 장이 중임 횟수 제한 없이 장기간 재임할 경우 학교법인과의 유착으로 학교운영의 투명성이 저하될 수 있으며, 유임을 희망하는 학교장으로서는 임면권자인 학교법인의 의사에 종속될 개연성이 높아 학교경영과 교육을 분리하고 있는 우리 교육법제의 근본취지에 반하게 될 우려가 있으므로 이를 예방하고자 하는 데에도 그 입법취지가 있다고 할 수 있다.
이러한 입법목적은 그 정당성을 수긍할 수 있고, 사립학교장의 중임 횟수를 제한하는 것은 그와 같은 목적을 달성하기 위한 유용한 수단이 될 수 있다. 
(다) 피해의 최소성 및 법익의 균형성
위 조항은 사립 초ㆍ중등학교장에 대하여 임기 4년에 1회의 중임을 허용하고 있어 학교장의 재임기간을 최장 8년간 보장하고 있으므로, 학교법인이나 학교장이 스스로의 교육관에 기초하여 학교운영 계획을 수립하고 일관되고 책임 있게 이를 수행하는 데 장애가 될 정도로 짧은 기간이라 단정할 수 없다. 
또한, 사립 초ㆍ중등학교의 장이 되려는 사람으로서는 동일한 학교의 장을 2회 이상 중임하려는 경우에만 제한을 받을 뿐 다른 학교법인이 운영하는 학교는 물론 같은 학교법인이 운영하더라도 학교가 다른 경우에는 학교장으로 취임하는 데 아무런 제한을 받지 않으므로 위 조항에 의한 제한의 정도는 입법목적 달성에 필요한 범위를 넘어서는 것으로 볼 수 없다. 
나아가 위 조항에 의하여 달성하고자 하는 학교법인과의 유착방지나 교장의 노령화 방지라는 공익은 위 조항에 의하여 제한되는 학교법인이나 학교장의 기본권에 비하여 결코 작다고 할 수 없으므로, 양 법익 사이에 균형이 유지되고 있다고 할 수 있다. 
(4) 평등권 침해 여부
위 조항은 사립학교 중 초ㆍ중등학교의 장에 대해서만 중임 횟수를 제한하고 있어 그러한 제한을 두고 있지 아니한 사립대학의 장과 사이에 차별취급이 존재한다.
대학의 총장이나 학장도 교무를 통할하고, 소속 교직원을 감독하며 학생을 지도할 권한과 임무가 부여된다는 점(고등교육법 제15조 제1항)에서는 초ㆍ중등학교의 장과 다르지 않다.
그러나 대학은 교육 외에 학문연구도 그 본연의 임무로 하고(초ㆍ중등교육법 제20조 제3항, 고등교육법 제15조 제2항), 학문의 자유에서 연원하는 대학의 자유의 주체가 된다는 점에서 초ㆍ중등학교와는 차이가 있다.
우리 교육법제도 이러한 차이를 반영하여 초ㆍ중등교육과 고등교육을 달리 규율하고 있는데 학교의 장을 비교해 보면, 대학의 장은 학칙 제ㆍ개정권을 행사함에 있어서 관할청의 인가를 요건으로 하지 아니하고(고등교육법 제6조 제1항, 초ㆍ중등교육법 제8조 제1항), 학교법인으로부터 위임을 받아 교원에 대한 임면권을 행사할 수도 있으며(법 제53조의2 제2항), 학교법인이 대학의 장을 임기 중에 해임하고자 하는 경우 초ㆍ중등학교의 장과 달리 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성에 의한 이사회 의결을 거쳐야 하는 제한을 받는다(법 제53조 제2항)는 점에서 초ㆍ중등학교의 장과는 다르다. 
또한, 보편교육에 치중하는 초ㆍ중등학교와 달리 대학은 자유로운 연구ㆍ교육을 통한 진리탐구와 지도적 인격의 도야라는 고전적 기능에 더하여 국제적 경쟁력을 갖춘 유능한 인재를 사회에 공급하는 역할도 요청되는데, 대학이 이러한 역할을 수행하는 데 필요한 물적ㆍ인적 토대를 갖추기 위해서는 학교법인의 지속적인 재정적 지원이 뒷받침되어야 함은 물론 그에 못지않게 대학의 장의 역할도 중요하다 할 것이다. 
따라서 대학의 경우 대학의 장이 임기에 구애됨이 없이 장기적인 학교발전의 전망을 가지고 이를 실현해 나가도록 보장해 주는 것이 필요하다 할 것이고, 이는 대학의 자율성이라는 관점에서도 대학의 장의 임면에 관하여는 임면권자나 대학 구성원들의 자율에 맡겨 둘 필요성이 초ㆍ중등학교의 장의 경우에 비하여 한층 크다 할 것이므로, 입법자가 이를 달리 규율하는 데에는 합리적인 이유가 있다고 할 것이다. 
(5) 소결
따라서 위 조항은 청구인 학교법인들의 사학의 자유나 청구인 김○수, 조○행의 직업의 자유 및 이들의 평등권을 침해하지 아니한다. 
아. 법 제54조의3 제3항에 관한 판단
(1) 법률조항의 내용 및 연혁
위 조항은 학교법인의 이사장과 배우자, 직계존속 및 직계비속과 그 배우자의 관계에 있는 자(이하 ‘이사장의 배우자 등’이라 한다)가 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장에 임명되기 위해서는 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 얻도록 하고 있다. 
이는 이사장의 배우자 등이 학교의 장으로 임명될 수 있는 요건을 가중하고 있다는 점에서 이들의 직업의 자유와 학교법인의 사립학교 운영의 자유의 한 내용인 학교장 임명권을 제한하는 규정이다.
1981. 2. 28. 법률 제3373호로 개정된 구 사립학교법 제54조의3 제2항은 학교법인의 설립자나 경영권자의 배우자 등에 대하여 당해 학교법인이 경영하는 대학교육기관의 장에 임명될 수 없도록 규정하였고, 1986. 5. 9. 법률 제3812호에 의하여 이사장의 배우자 등에 대하여 동일한 임명 제한을 하는 것으로 개정되었다가 1990. 4. 7. 법률 제4226호 개정으로 삭제되었다.
그 후 2005년 개정법 제54조의3 제3항에 의하여 이사장의 배우자 등은 당해 학교법인이 경영하는 모든 학교의 장에 임명될 수 없게 되어 종전보다 제한의 범위가 넓어졌으나, 2007년 개정에서는 이사장의 배우자 등도 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 받으면 학교의 장에 임명될 수 있게 되어 제한이 완화되었다. 
(2) 헌법 제13조 제3항 위반 여부
청구인들은 위 조항이 헌법 제13조 제3항이 정하고 있는 ‘친족의 행위로 인해 불이익한 처우를 받지 아니할 권리’를 침해한다고 주장한다. 
그런데 헌법 제13조 제3항은 친족 간의 신분이나 재산 그 밖의 법률관계에 관하여 일정한 자유를 제약하거나 책임을 부담시키는 모든 법적 규율을 금지하는 것이 아니라 ‘친족의 행위와 본인 간에 실질적으로 의미 있는 아무런 관련성을 인정할 수 없음에도 불구하고 오로지 친족이라는 사유 그 자체만으로 불이익한 처우를 가하는 경우’에만 적용된다. 그 밖의 경우에는 문제된 불이익을 보호하는 다른 헌법규범이나 기본권규범을 찾아 그 친족과의 관계에서 본인에게 그러한 불이익을 주는 것이 과연 합리적 근거가 있는지, 또는 입법목적 달성을 위해 필요한 한도 내의 수단인지를 살펴봄으로써 그러한 법적 규율의 정당성 여부를 충분히 판단할 수 있기 때문이다(헌재 2005. 12. 22. 2005헌마19, 판례집 17-2, 785, 792 참조). 
법 제54조의3 제3항은 그 제한이 이루어지는 영역이 공공성과 함께 학교법인으로부터의 자주성도 담보되어야 하는 사립학교의 장이라는 직책이라는 점에서, 가족 간에 실질적으로 의미 있는 아무런 관련성을 인정할 수 없음에도 불구하고 오로지 배우자 등의 관계에 있다는 사유 자체만으로 불이익을 주는 것이 아니라, 아래에서 보는 바와 같이 배우자나 직계가족이라는 인적 관계의 특성상 당연히 예상할 수 있는 일체성 내지 유착가능성을 근거로 일정한 제약을 가하는 것이다.
따라서 그와 같이 제한하고 있다는 것만으로 곧바로 헌법이 금지하고 있는 연좌제에 위배된다 할 수는 없고, 다만 위 조항이 학교법인이나 이사장의 배우자 등에게 가하고 있는 제한의 정도가 과잉하여 이들의 기본권을 침해하는지 여부만이 문제된다 할 것이다. 
(3)직업의 자유 및 사립학교 운영의 자유 침해 여부
(가) 목적의 정당성 
법 제23조 제1항이 학교법인의 이사장으로 하여금 당해 사립학교의 장을 겸하지 못하도록 한 것에서 더 나아가 법 제54조의3 제3항 본문이 학교법인의 이사장과 긴밀한 친ㆍ인척관계에 있는 자를 학교의 장에 임명될 수 없도록 한 취지는 학교법인의 경영과 학교행정을 인적으로 분리함으로써 견제와 균형을 도모하는 데 있다 할 것이다. 즉, 이사장의 배우자 등이 학교의 장에 임명되는 것을 아무런 제한 없이 허용할 경우 이른바 ‘족벌경영’에 의하여 사실상 학교법인의 이사장이 학교의 장을 겸하는 것과 다를 바 없는 결과를 가져올 수 있고, 이는 학교의 장이 학교법인으로부터 독립적으로 수행하여야 할 학사ㆍ교무행정까지 학교법인에 종속되는 것을 의미하기 때문이다. 
친족관계에 있는 임원의 수를 제한함으로써 가족의 학교법인 장악을 방지하는 규정이 법 제21조 제2항, 제4항이라면, 법 제54조의3 제3항은 가족을 매개로 하여 학교법인이 학교를 장악하는 것을 방지함으로써 학교의 자주성을 보호하고자 하는 것이므로, 그와 같은 입법목적의 정당성은 수긍할 수 있다. 
(나) 수단의 적절성
우리의 사립학교 역사는 실제로 비리나 분규가 발생한 사학들의 경우 일가족이 학교법인과 학교를 장악한 경우가 적지 않음을 보여주고 있다. 
이러한 경험에서 확인할 수 있었던 가족경영의 폐해는, 일가족이 학교법인의 이사회를 장악함으로써 견제와 감시가 이루어지지 않아 학교운영의 투명성ㆍ합리성이 보장되지 않고, 이사장의 가족이 학교의 주요 보직까지 차지함으로써 가족에 의한 학교법인 장악을 넘어 학교 장악으로까지 이어진 결과 학교의 재정, 인사 등 제반 분야에 있어 비리와 불법이 발생할 개연성이 높아진다는 점이다. 
가족 특유의 친화성, 유대를 강점으로 살려 학교법인이나 학교를 효율적으로 운영할 수 있는 여지도 있다는 점에서 가족경영 자체를 본질적으로 유해한 것이라고 할 수는 없겠지만, 그럼에도 불구하고 입법자가 위 조항 본문과 같은 제한을 둔 것은 배우자 등은 이사장의 직계 최근친들로서 이사장의 연장된 팔과 같아 실질적으로는 이사장 스스로 학교장을 겸직하는 것과 다를 바 없다고 보았기 때문이다. 
학교법인의 학교운영의 자유와 학교 스스로의 자율적 운영은 공히 교육의 자주성에 의해 보장되어야 할 것이나, 입법자는 가족에 의한 학교 지배의 폐해와 위험성이라는 우리의 사학현실 특유의 문제점을 더 중시하였고, 그에 기초한 법익형량의 결과 학교법인과 학교를 인적 지배구조의 측면에서 일정하게 분리함으로써 학교의 자주성을 보호하고자 위 조항을 마련하였다고 볼 것이므로, 이는 입법목적의 달성을 위한 적절한 수단으로 평가할 수 있다.
(다) 피해의 최소성 
한편, 위 조항은 단서에서 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 받은 경우에는 이사장의 배우자 등도 당해 학교의 장에 취임할 수 있는 길을 열어 두고 있다. 
또한, 이사장의 배우자 등은 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장으로 임명되는 데 제한을 받을 뿐 학교장 아닌 교원이 되거나 다른 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장에 임명되는 데에는 아무런 장애가 없다는 점에서, 이들에게 가해지는 제한은 입법목적 달성에 필요한 한도를 벗어나지 않은 것으로 평가할 수 있다. 
(라) 법익의 균형성
이사장의 배우자 등의 학교장 임명을 제한함으로써 이들의 직업의 자유나 학교법인의 학교운영의 자유가 제한된다 하더라도, 앞서 본 것처럼 이를 통하여 달성하려는 공익, 즉 사학의 가족경영에 따른 폐해를 방지하여 궁극적으로 사학운영의 공공성과 투명성을 제고한다는 공익이 더 크다고 할 것이므로, 법익의 균형성도 갖추었다고 할 것이다. 
(마) 소결 
따라서 위 법률조항이 이사장의 배우자 등의 직업의 자유나 학교법인의 사립학교 운영의 자유를 과잉제한하여 헌법에 위배된다고 할 수 없다. 
5. 결  론
그렇다면 이 사건 심판청구 중 청구인 ○○학원, □□학원의 법 제14조 제3항, 제4항, 제21조 제5항에 대한 심판청구, 청구인 □□학원, 김○주, 박○국, 고○애, 손○국, 전○용, 조○성, 주○건의 법 제25조 제3항, 제25조의3 제1항에 대한 심판청구, 청구인 ○○학원의 법 제26조의2 제1항에 대한 심판청구, 청구인 ○○학원, □□학원, 김○수, 조○행의 법 제53조 제3항 단서에 대한 심판청구, 청구인 ○○학원, □□학원, 조○수의 법 제54조의3 제3항에 대한 심판청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하고, 청구인 ○○학원, □□학원, 김○주, 박○국, 김○수, 조○행, 조○수, 고○애, 손○국, 전○용, 조○성, 주○건의 나머지 심판청구와 청구인 이○희, 최○규, 강○락, 최○준, 임○란, 최○영의 심판청구는 모두 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다.
이 결정은 법 제14조 제3항, 제4항에 대하여 재판관 조용호의 아래 6.과 같은 반대의견, 법 제25조의3 제1항에 대하여 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 안창호, 재판관 조용호의 아래 7.과 같은 반대의견, 법 제53조 제3항 단서 부분에 대하여 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 서기석, 재판관 조용호의 아래 8.과 같은 반대의견이 있는 외에는 나머지 관여 재판관들의 일치된 의견에 의한 것이다. 
6. 법 제14조 제3항, 제4항에 대한 재판관 조용호의 반대의견
나는 개방이사제도에 관하여 규정하고 있는 법 제14조 제3항, 제4항이 위헌이라고 판단하므로, 다음과 같이 반대의견을 밝힌다.
가. 사립학교의 지위와 학교법인의 이사 제도
(1) 사립학교의 역사성과 현재의 위치
교육부가 간행한 ‘2013년 교육통계연보’에 의하면 사립학교의 비율은, 학교 수를 기준으로 할 때 초등학교의 경우 1.3%에 불과하지만 중학교는 20.3%, 고등학교는 40.8%, 전문대학은 93.6%, 대학교는 82.4%에 이르고, 학생 수를 기준으로 할 때 초등학교는 1.5%, 중학교는17.7%,고등학교는43.6%,전문대학은 97.9%, 대학교는 77.8%를 차지한다. 우리나라에서 특히 고등교육기관의 사립학교 비중이 높은 것은 국가의 공교육에 대한 투자를 대신하여 개인이 사립학교를 세워 교육 공백을 메우고 국가가 지원하는 방식을 취해왔기 때문이다. 이렇게 상당한 비중을 차지하는 사학은 국가 발전에 크게 기여하여왔다. 
역사적으로 우리나라의 사립학교는 고구려의 경당, 신라의 화랑도, 고려의 사학12도와 조선의 서당ㆍ서원 등이 있었다. 우리 민족과 더불어 연면히 이어져 내려온 사학은, 조선 말엽에는 신문화를 도입하면서 학생들에게 새로운 학문과 지식을 가르쳤고, 일제침략기에는 민족개화운동ㆍ구국항일운동의 산실이 되었으며, 해방 후에는 교육의 대중화를 통하여 경제발전과 민주화 진전에 큰 역할을 하였다. 획일적인 관립(국ㆍ공립)학교 체제가 아니라 제각기 다른 사학들의 건학정신에 따라 자유로운 교육 분위기가 주어졌을 때 우리의 교육은 풍성한 열매를 맺을 수 있었던 것이다. 
(2) 사립학교의 기능과 법 현실
사립학교는 공교육의 질적 제고와 다양성을 보장하고, 다채로운 교육적 구상과 세계관을 펼칠 수 있으며, 학교의 개별화와 특성화를 통하여 학생과 학부모에게 폭넓은 선택의 기회를 주고, 사립학교 간의 경쟁을 통하여 창의적이고 자유로운 교육적 상상력을 실현함은 물론 제도의 발전과 교육혁신을 가져올 수 있다. 헌법 제31조는 교육을 받을 권리(제1항)와 교육의 자주성ㆍ전문성ㆍ정치적 중립성 및 대학의 자율성(제4항)을 보장하고 있음에도 불구하고, 그 구체화법의 하나인 사립학교법은 사립학교의 자주성ㆍ특수성 및 창의성을 육성ㆍ보호하는 규정은 거의 두지 않고, 설립에서 운영ㆍ해산에 이르기까지 온갖 까다로운 규제와 간섭을 하기 때문에 위와 같은 사립학교의 기능을 실현하기가 매우 어렵다. 사립학교에 대하여는 국ㆍ공립학교에 대하여 가해지는 규제가 그대로 적용됨은 물론 사립학교법에 의한 규제가 추가되어 국ㆍ공립학교보다 오히려 더 많은 규제를 받고 있는 실정이다. 
사립학교법은 사립학교의 자주성과 공공성의 조화를 그 입법목적으로 내세우고 있다(제1조 참조). 사학의 자주성은 특성 있는 건학이념과 교육목적에 근거한 자율적인 학교 운영 및 교육활동을 의미하고, 사학의 공공성은 비록 사립학교에서의 교육활동이라도 사회 공공의 복리를 위한 것이며 국가ㆍ사회 공동체의 교육목적에 기여하여야 한다는 것을 의미한다. 따라서 사립학교가 공교육 제도의 체계에 철저히 편입되어 있는 우리나라의 교육제도라 하더라도, 사학의 자주성과 공공성은 배치되는 것이 아니라 상호보완적인 관계라야 한다. 우리 헌법재판소도 이미 사학의 특수성을 설립자의 특별한 설립이념 구현, 독자적인 교육방침에 의한 개성 있는 교육의 실시, 공익적 성격의 재산출연을 통한 공교육의 재정적 한계 보완 등으로 설명하여 왔다(헌재 1991. 7. 22. 89헌가106, 판례집 3, 387, 408-409; 헌재 1999. 3. 25. 97헌마130, 판례집 11-1, 233, 243 참조).
(3) 학교법인에 있어서 이사 제도의 의미
학교법인은 사립학교의 설립자이며 학교경영의 주체이다. 사립학교의 설립 및 운영의 자유는 학교법인이 자신의 정체성을 외부의 간섭 없이 자율적으로 결정할 자유를 포함한다. 학교법인의 정체성은 학교법인의 설립목적(정관)에서 나타나고, 그 설립목적을 실현하는 것은 학교법인의 최고 의사결정기관인 이사회이다. 이사회는 학교법인의 핵심 기관으로 학교법인의 권리를 실질적으로 행사하기 때문에 이사회의 조직과 기능 여하는 사학의 자주성과 자율성에 막대한 영향을 준다. 따라서 이사회를 조직, 구성하는 이사는 설립자 또는 학교법인의 교육이념과 건학정신을 이해하고 그 뜻을 같이 하여야 하며, 이사 상호간의 의사소통이 원활하여야 한다. 학교법인에게 인정되는 헌법상 사학의 자유는 순차적으로 선임되는 관계에 있다는 점에서 연결선상에 있는 이사들에 의하여 실질적으로 구현되는 것이고, 이사는 학교법인의 자주성과 정체성을 확보하는 임무가 있으며, 이를 대변할 지위에 있다. 그러므로 학교법인의 설립목적을 구현하기 위한 목적에 적절한 이사를 선임하는 것이야말로 학교법인의 설립목적을 가장 잘 실현할 수 있는 것이고, 설립자에 의하여 선임된 이사 및 그 이사에 의하여 선임된 후임이사에 의하여 학교법인의 설립목적이 인적으로 보장되어 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 바로 학교법인 이사 제도의 본질인 것이다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결 참조). 이와 같이 학교법인의 이사는 학교법인이 사립학교 운영의 자유를 구현하는 데 있어서 중추적 역할을 하는 실질적 주체이므로 학교법인의 이사선임권은 학교법인의 자주성과 자율성의 핵심 요소이자 기본권 주체로서의 학교법인에 부여된 모든 기본권 행사의 전제가 되는 것이다. 
나. 개방이사제도의 위헌성
위와 같은 사립학교의 지위와 학교법인에 있어서 이사 제도의 본질에 대한 인식 아래 개방이사제도의 위헌성에 대하여 구체적으로 검토하여 본다.
(1) 심사기준
사립학교 교육에 대한 국가의 간섭은 사립학교가 담당하는 공교육, 즉 학력인정에 필요한 교육의 충실을 확보하기 위하여 필요한 한도에 그쳐야 한다. 헌법 제31조 제6항이 사립학교를 포함한 교육제도의 내용 형성을 입법권에 위임하였다고 하더라도, 사립학교에 관한 법률이 학교법인이나 사립학교의 자율적 운영을 제한하기 위해서는 헌법 제37조 제2항의 요건을 갖추어야 하고, 헌법 제31조 제1항이 보장하고 있는 교육받을 권리와 교육선택권을 충실하게 보장하기 위하여 필요한 경우에 최소한도의 제한에 그쳐야 한다.
개방이사제도는 학교법인의 기본조직의 구성, 즉 지배구조와 관련된 핵심적 부분에 대한 제한을 가하는 것으로서, 이는 사립학교 설립ㆍ운영의 자유 가운데서도 보다 본질적인 영역에 대한 제한을 의미한다. 따라서 이러한 영역에 대한 기본권 제한의 경우 엄격한 비례의 원칙이 그 심사척도가 되어야 한다.
(2) 목적의 정당성
법 제14조 제3항, 제4항은 법정의견이 밝힌 바와 같이 학교법인과는 독립적이고 객관적인 인사를 이사로 선임하여 사립학교 운영의 공공성과 투명성을 강화하고, 다양한 학교구성원에게 학교운영에 참여할 기회를 부여함으로써 학교운영의 자율성을 제고하고자 하는 데 취지가 있는 것으로서 그 목적의 정당성은 일단 수긍할 수 있다.
(3) 수단의 적절성
법 제14조 제4항은 추천위원회 위원의 2분의 1에 대한 추천권을 대학평의원회나 학교운영위원회에 부여하고 있는데, 그 중 학교운영위원회는 그 구성과 성격의 한계상 위와 같은 입법목적 달성에 적절한 역할을 한다고 볼 수 있는지에 관하여 강한 의문이 제기된다. 사립학교의 학교운영위원회는 교원위원, 학부모위원, 지역위원으로 구성되고(초ㆍ중등교육법 제31조, 같은 법 시행령 제63조), 국ㆍ공립학교와 달리 학교장의 자문기관이다(초ㆍ중등교육법 제32조 제2항). 그런데 단순한 자문기관에 불과한 학교운영위원회가 학교법인의 의사결정기관인 이사선임에 관여하는 것은 자문기관으로서의 성격에 부합하지 않을 뿐 아니라, 실제 그 위원들 사이에서 어떻게 확정적인 의사를 정할 것인지 알 수 없고, 특히 학부모위원은 어떻게 의사를 수렴할 것인지, 회의체로서의 모습을 갖추고 있는지도 의문이며, 지역위원은 그 선정기준 자체가 모호하다.
법 제14조 제3항, 제4항이 추구하는 사립학교 운영의 공공성과 투명성 제고라는 입법목적은 일단 수긍한다 하더라도, 자문기관에 불과하고 그 구성의 대표성과 정당성에 의문이 있는 외부기구가 학교법인 의사결정기관 구성원의 선임에 개입하는 것이 이러한 입법목적을 달성하는 데 적합한 수단인지는 선뜻 수긍이 가지 않고, 특히 ‘학교운영의 자율성 제고’는 학교법인이 의사결정기관인 이사회를 구성하고, 그 이사회에서 이사를 선임하는 것 자체가 자율적 운영일진대, 학교법인의 의사결정기관과 관계없는 외부기구가 일정 수의 이사선임에 개입하도록 하는 것은 입법목적과 그 수단 사이에 합리적 연관성이 있다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 오히려 이러한 입법취지를 몰각시킬 우려마저 있다.
(4) 피해의 최소성
(가)학교법인의 이사는 학교법인이 사립학교 운영의 자유를 구현하는 데 있어서 중추적 역할을 하는 실질적 주체이므로 학교법인의 임원선임권은 학교법인의 자주성과 자율성의 핵심 요소이자 기본권 주체로서의 학교법인에 부여된 모든 기본권 행사의 전제가 되는 것이다. 그런데, 학교법인 스스로가 최고의사결정기관인 이사회의 구성원으로, 교원 중에서 학교발전에 공로가 큰 사람, 학부모 중 학교설립 취지에 공감하여 적극적으로 후원하는 사람을 이사로 영입함은 모르되, 법으로 의사결정기관 구성원의 일부, 그것도 4분의 1을 학교법인의 의사와 관계없이 일률적으로 외부 인사 중에서 선임하도록 강제하는 것은 학교법인의 설립ㆍ운영의 자유에 대한 심대한 제한을 초래한다.
(나) 학교법인은 사립학교의 설립ㆍ운영의 주체로서 대내외적으로 법적ㆍ재정적 책임을 지고, 이사회는 학교법인 자체뿐만 아니라 사립학교 운영과 관련된 전반적이고 중요한 사항들을 심의ㆍ의결하는 최고의사결정기관이다. 따라서 사립학교의 학사, 인사, 재정, 조직 등 모든 분야에서 학교법인의 사학 설립ㆍ운영권의 본질적인 부분들이 기능적으로 유지될 수 있도록 하는 것이 절대적으로 필요하다. 그러나 개방이사제도는 학교법인과는 ‘직접적 관련성’을 갖지 못하는 인사들도 그 구성원이 되는 기구로 하여금 이사 정수의 4분의 1에 대한 추천권을 주도하도록 하고 있는바, 이는 사학운영에 대하여 법적ㆍ재정적 책임을 지지 않는 기구가 이사 추천권한만을 행사함으로써 권한과 책임이 분리되는 불합리한 결과를 초래한다.
이와 같은 것은 외국의 입법례 어디에도 그 유래를 찾아볼 수 없는 것이고, 비영리재단법인 나아가 공익법인의 경우에도 이사회 외부에서 추천한 인사를 이사로 선임하도록 강제하고 있는 예는 보이지 아니하는바, 사립학교 운영의 공공성과 투명성 확보를 위한 예방적 조치라는 명분으로 이사회가 아닌 외부에서 이사회의 관여 없이 추천하는 자를 선임하도록 강제하는 것은 학교법인의 의사결정 체계와 본질에 어긋나 학교법인 설립ㆍ운영의 자유의 본질적인 내용을 침해하는 것이다. 
(다)나아가, 비록 법 제14조 제3항이 추천위원회에서 2배수 추천하는 인사 가운데 선임하는 방식을 취하고 있어 형식적으로는 학교법인의 이사선임권 자체를 박탈하는 것은 아니라고 볼 여지도 있지만, 실질적으로는 학교법인의 의도와는 전혀 다른 인사라도 이사로 선임할 수밖에 없는 제한을 받게 됨으로써 사실상 이사 정수의 4분의 1에 관한 한 학교법인의 이사선임권 자체가 형해화(形骸化)되는 결과를 초래할 수 있다. 또한, 학교구성원들로 하여금 학교운영에 참여할 수 있도록 하는 것이 헌법상 허용된다 하더라도, 이들이 참여할 수 있는 영역은 학교의 학사, 교무, 인사 등 특정영역에 한하여 제한된 범위에서 고려될 수 있을 뿐이고, 참여를 허용하는 정도에 있어서도 사립 초ㆍ중등학교와 사립대학은 차이를 둠이 마땅하다. 
그런데 개방이사는 학교법인의 최고의사결정기관인 이사회의 구성원이 되어 이사회의 모든 관장사항의 심의에 참여하고 의결권을 행사할 수 있는바, 이는 학교구성원에게 허용될 수 있는 학교운영 참여의 범위를 넘어서는 것으로 학교법인의 내부기관구성권에 대한 과도한 제한이라 할 것이다. 이러한 점에서 개방이사의 비율이 이사 정수의 4분의 1로서 의결정족수에 미치지 않는다는 점만으로는 피해의 최소성을 충족한다고 보기 어렵다. 
(라)기본적으로 개방이사제도는 일부 사학의 비리라는 특수한 현상을 일반화한 잘못된 전제에서 출발한 것이다. 비리와 부정이 있는 일부 사학에 대하여는 사후적인 규제와 감독권 행사의 일환으로 그 정상화 과정에서 개방이사제도를 도입, 시행할 수 있음은 별론으로 하더라도, 아무런 문제도 없는 절대다수의 사학까지 범죄 집단시하여 사전적ㆍ예방적인 수단으로 전체 사학에 대하여 예외 없이 개방이사제도를 도입, 강제하는 것은 도저히 수긍할 수 없고, 그 피해의 최소성에도 반한다. 현실적으로 학교법인 또는 사학이 국가로부터 보조금을 받는다든지 관할청으로부터 일정한 지휘ㆍ감독을 받는다고 하더라도 이를 빌미로 하여 전체 사학에 대하여 개방이사제도를 도입, 강제하는 것은 학교법인의 이사제도의 본질을 침해하는 것이다.
(5) 법익의 균형성
개방이사제도를 통하여 달성하고자 하는 공익은 학교구성원이 학교운영에 참여하는 것을 보장함으로써 궁극적으로는 사학운영의 공정성, 투명성, 민주성을 높이는 데 있다 할 것이나, 이는 일부 사학의 비리라는 특수한 현상을 일반화한 잘못된 전제에서 출발한 것이어서 그 추구하는 입법목적과 개방이사제도라는 수단 사이의 연관성이 긴밀하지 않을 뿐만 아니라, 학교법인으로서는 개방이사제도로 인하여 사립학교 운영의 자유의 본질적인 부분을 침해받게 되므로, 위 법률조항은 보호하려는 공익과 기본권제한 사이에 현저한 불균형을 초래하여 법익의 균형성을 갖추고 있다고 볼 수 없다. 
다. 소결
위에서 본 바와 같은 우리나라 교육에서 사학이 차지하는 중요성과 역사성, 사학의 기능과 자주성 보장의 필요, 학교법인 이사 제도의 본질, 개방이사제도의 문제점 등 여러 가지 사정에 비추어 보면, 법 제14조 제3항, 제4항은 청구인 학교법인들의 사학의 자유를 침해하는 것으로서 헌법에 위반된다. 나아가 국가와 민족의 미래를 위해서도 사학을 이런 식으로 대우해서는 안된다. 
7. 법 제25조의3 제1항에 대한 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 안창호, 재판관 조용호의 반대의견
우리는 법 제25조의3 제1항이 과잉금지원칙에 반하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 본질적인 내용까지 침해하여 헌법에 위반된다고 판단하므로, 다음과 같이 그 이유를 밝힌다. 
가. 심사기준
위기사태에 빠진 학교법인이 임시이사 체제를 거쳐 정상화되는 단계에서 누가 어떤 방법으로 정식이사를 선임할 것인가 하는 문제는, 학교법인의 지배구조와 관련된 핵심적 부분이므로, 이에 대한 제한은 사학의 자유 가운데서도 보다 본질적인 영역에 대한 제한을 의미한다. 따라서 이러한 영역에 대한 기본권 제한의 과잉 여부를 심사함에 있어서는 엄격한 비례의 원칙이 그 심사척도가 되어야 한다.
나. 목적의 정당성 및 수단의 적절성 
위 법률조항은 임시이사가 선임된 학교법인을 정상화함에 있어서 가장 중요한 절차라 할 수 있는 정식이사 선임을 행정청의 일방적 판단에 맡기는 대신 제3의 기관인 조정위원회에 실질적인 선임권을 부여하고 있는데, 이는 정식이사 선임 문제를 공정하게 처리하고자 하는 데 주된 입법목적이 있다고 할 것이므로, 그 정당성을 인정할 수 있다. 
또한, 학교법인의 운영상 심각한 장애가 발생하여 임시이사가 선임되었다가 임시이사 선임사유가 해소되고 학교법인을 정상화하기 위하여 정식이사를 선임하는 단계에서는 학교법인, 학교구성원, 설립자나 종전이사 등의 다양한 이
해관계가 대립될 수 있으므로 더욱 그 절차 및 방법의 공정성이 요구된다 할 것인데, 조정위원회는 일응 공정성이나 전문성이 담보된 기구로 볼 수 있으므로 조정위원회에 정상화 절차의 주도권을 부여한 것이 위와 같은 입법목적의 달성에 유효한 수단이 될 수 있음은 부인할 수 없다. 
다. 피해의 최소성
(1) 학교법인은 사립학교를 설치ㆍ경영하기 위한 목적으로 설립된 재단법인의 일종으로서 그 운영시 설립 당시의 설립자의 의사, 즉 설립 목적을 존중함이 마땅하고, 이러한 학교법인의 설립 목적은 그 의사결정기관이자 집행기관인 이사회를 구성하는 자연인인 이사들에 의하여 실현되는 것이므로, 설립자가 최초의 이사들을, 그 다음에는 그 이사들이 후임이사들을 순차적으로 선임함으로써 학교법인의 설립 목적이 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 학교법인의 이사제도의 본질이라 할 수 있다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결 참조). 
한편, 사립학교법상 임시이사제도는, 위기사태에 빠진 학교법인에 임시이사를 파견하여 학교법인을 조속히 정상화함으로써 그 설립 목적을 달성할 수 있도록 하려는 데에 그 제도적 취지가 있는 것이지, 위기사태를 가져온 구 이사들에 대한 제재의 일환으로 그들로부터 학교법인 경영권을 박탈하거나 학교법인의 지배구조를 변경하는 것을 허용하는 제도가 아니다. 
임시이사의 선임에 의하여 설립자로부터 연유하는 학교법인의 정체성은 종전이사에까지 승계된 후 정지된 상태로 있게 되는데, 임시이사 체제에서 정식이사 체제로 된다는 것은 학교법인과 학교의 운영상 위기상태를 극복함으로써 임시이사 선임사유가 해소되어 통상적인 학교법인 체제로 복귀하는 것, 즉 학교법인의 정상화를 의미하는 것으로 이때 정식이사를 선임하는 행위는 정지된 상태로 남아 있던 학교법인의 정체성을 대변할 지위를 승계할 자를 정하는 행위이다. 
임시이사는 그 선임사유가 해소될 때까지만 존속한다는 점에서 임시이사가 선임되는 단계에서는 학교법인의 사학의 자유가 한시적ㆍ잠정적으로 제한되는 것으로 볼 수 있음에 반하여, 임시이사 선임사유가 해소되어 정상화 절차로서의 정식이사를 선임하는 단계에서 건학이념이나 종전이사 등의 이해관계가 반영되지 않을 경우 임시이사가 선임됨으로써 한시적ㆍ잠정적으로 제한되었던 이들의 사학 운영의 자유가 영구적ㆍ확정적으로 제한되는 것을 의미하므로 그 제한의 정도가 훨씬 크다.
따라서 이 단계에서는 앞서 본 학교법인 이사제도의 본질 즉, 학교법인 설립 목적의 영속성이 인적으로 보장될 수 있도록 하기 위한 최소한의 장치가 마련되어야 하고, 그럼으로써 임시이사 선임에 의하여 강제적으로 정지되어 있던 학교법인의 정체성과 사학의 자유가 회복될 수 있는 것이다.
그렇지 않고 학교법인의 정체성을 고려하지 아니한 채 정식이사 선임이 이루어진다면 이로써 학교법인의 정체성이 단절되고, 학교법인이나 종전이사 등의 사학의 자유가 영구적으로 박탈되는 결과를 초래한다. 
(2)그런데 법 제25조의3 제1항은 임시이사 체제에서 정식이사 체제로 전환되는 단계에서 모든 정식이사의 선임권한을 사실상 조정위원회에 부여하고 있을 뿐만 아니라, 2005년 개정법에 두고 있던 법 제25조의3 제2항과 같은 조항 즉, 상당한 재산을 출연하거나 학교발전에 기여한 자 등의 의견을 들어 이사를 선임하도록 한 규정조차 삭제함으로써 정식이사 선임에 있어 종전이사 등의 의사가 반영될 여지가 적어도 법률의 차원에서는 전혀 보장되지 않고 있다. 
비록 시행령과 조정위원회 운영규정에서 이들의 의견을 들을 수 있도록 하는 조항을 두고는 있으나, 위 시행령 조항이나 조정위원회 규정은 그 내용이 임의규정으로 되어 있을 뿐이다.
이러한 점은 임시이사가 선임되었다가 정상화되는 단계에서 정식이사 전원이 학교법인의 인적 연속성이나 설립 목적의 영속성을 담보할 수 없는 인사들로 채워질 수도 있다는 점에서 사학의 자유에 대한 제한의 심각성이 크다고 할 것이다.
사립학교법은 임시이사의 선임사유 자체를 상당히 포괄적으로 규정하고 있어서(법 제25조 제1항) 임시이사 선임단계에서 이미 조정위원회나 관할청의 자의적 판단이 개입할 여지가 적지 아니한데, 나아가 임시이사 선임사유의 해소 여부를 판단하거나 정식이사를 선임하는 단계에서도 학교법인의 설립 목적이나 정체성을 대변할 위치에 있는 인사들의 참여가 법적으로 보장되어 있지 않다.
그 결과 설립자로부터 연원하여 순차 이어지던 이사회의 인적 구성에 본질적인 변화가 생기면 이로써 설립자가 정초(定礎)한 학교법인의 설립 목적 역시 그 영속성을 보장받을 수 없게 되고, 이는 학교법인의 정상화를 넘어서 실질적으로는 학교법인의 경영주체가 교체되는 것을 의미하므로, 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 심대하게 침해하는 것이라 하지 않을 수 없다. 
(3) 또한, 정상화 과정에서 종전이사 등을 배제하는 것은 국가가 사학의 설립자에게 부여한 신뢰에 반하는 것이고, 이는 궁극적으로 사학설립에 뜻을 둔 국민에게 필연적으로 위축효과를 초래할 것이라는 점에서도 헌법상 정당화될 수 없다. 
우리나라의 공교육체계에서 사립학교가 차지하는 비중이 유례없이 높은 것은, 국가가 공교육을 표방하면서도 궁핍한 재정 탓에 국민의 교육열에 상응하는 공교육 주관자로서의 책임을 온전히 수행하지 못하였고, 그 공백을 사학이 감당해 왔기 때문이다. 국가가 사립학교의 설립을 권장하고 이에 부응한 설립자가 사유재산을 출연하여 학교법인을 설립한 것이라면, 그 과정에서 국가는 자발적으로 공교육의 책임을 떠맡은 사학의 설립자에게 사학의 자유를 보장하고 학교법인의 설립 목적에 따른 독립적인 경영을 보장한다는 신뢰를 부여한 것으로 보아야 할 것이므로, 설립자나 그에 의하여 순차적으로 선임된 학교법인의 이사들이 가지는 이러한 신뢰를 보호할 의무가 있다. 
임시이사 체제를 거쳐 학교법인이 정상화되는 경우, 학교법인 설립 목적의 영속성이 인적으로 보장될 수 있도록 제도를 설정하는 것이 위와 같은 신뢰를 보호하는 최소한의 장치라 할 것이다.
종전이사 등이 정식이사 선임권을 전유하는 것이 반드시 바람직한 것은 아닐 것이므로 학교법인의 설립 목적이나 정체성의 유지ㆍ계승을 보장하기 위한 장치를 어느 수준에서 마련할지의 문제는 원칙적으로 입법자가 정책적으로 결정할 영역에 속한다고 할 것이다. 
그러나 법 제25조의3 제1항과 같이 정식이사 체제로 전환하는 단계에서 설립자나 종전이사 등의 참여를 법률 차원에서 보장하지 않는 것은 이들과 학교법인의 사학의 자유를 심대하게 침해하는 것일 뿐 아니라, 나아가 교육사업에 뜻을 두고 사립학교를 설립하려는 국민을 위축시키고, 궁극적으로는 다양한 교육을 제공함으로써 국민의 교육을 받을 권리를 실질적으로 보장하는 기능을 하는 사립학교의 존재의의를 유명무실하게 만들 것이다.
(4) 다수의견은 학교법인 설립 목적의 영속성은 설립자로부터 이어지는 이사의 인적 연속성에 있는 것이 아니라 위임관계의 본지, 즉 정관에 의하여 보장된다고 한다. 그러나 정관변경의 요건에 대하여 규정하고 있는 법 제45조는 2012. 1. 26. 법률 제11216호로 개정되면서 사립학교 운영의 자율성을 확대한다는 취지하에 사전인가제로 운영되고 있던 정관변경 절차를 사후보고제로 전환하여 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성으로 이사회 의결을 거치면 정관을 변경할 수 있도록 하고 있다. 이러한 정관변경 절차를 통해 정관에 기재된 설립자의 설립 목적, 출연자의 출연의사 등 위임관계의 본지가 변경될 가능성이 없다고 볼 수 있는지 의문이다. 정관변경에 의해 설립 목적 등 위임의 본지가 변경될 가능성을 배제할 수 없다면, 설립 목적이 정관에 화체되어 있다 하더라도 그 자체로 완전한 보장책이 되지 못하는 한계는 여전히 남는다.
라. 법익의 균형성 
나아가 위 법률조항을 통하여 달성하고자 하는 공익, 즉 제3의 기관이 정식이사를 선임하도록 하여 사학운영의 민주성ㆍ투명성을 제고할 필요성이 있다는 점을 고려하더라도 이러한 공익과 종전이사 등의 참여가 보장되지 않아 학교법인의 인적 연속성이 단절됨으로써 침해되는 사학의 자유 사이에는 법익의 균형이 적절하게 유지되고 있다고 볼 수 없다. 
마. 소결 
결국 법 제25조의3 제1항은 과잉금지원칙에 반하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 본질적인 내용까지 침해하는 규정이라 할 것이므로, 헌법에 위반된다. 
8.법 제53조 제3항 단서 부분에 대한 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 서기석, 재판관 조용호의 반대의견
우리는 법 제53조 제3항 단서 부분이 초ㆍ중등 사립학교장의 직업의 자유와 학교법인의 사학의 자유를 침해하여 헌법에 위반된다고 판단하므로, 다음과 같이 그 이유를 밝힌다. 
가. 목적의 정당성 및 수단의 적절성
(1) 다수의견은 위 조항의 입법목적으로, 먼저 학교장의 장기 재임에 따른 학교법인과의 유착을 방지하여 학교운영의 투명성을 제고하는 것을 들고 있다.
그러나 가족경영이나 학교법인과의 유착의 문제는 법인경영과 학교운영을 인적으로 분리하는 규정을 정당화하는 사유로 될 수 있을 뿐, 학교장의 중임을 제한하는 것과는 직접적인 관련성을 가진다고 보기 어렵다.
친족관계에 기반한 인적 유착은 이미 이사장의 학교장 겸직금지 조항(법 제23조 제1항 본문), 이사장의 배우자 등의 학교장 임명제한 조항(법 제54조의3 제3항)을 통하여 관철되고 있다. 이러한 유형의 인적 유착 외에도 장기 재임으로 인한 자연발생적 유착이 생길 가능성을 부정할 수는 없겠으나, 이러한 자연발생적 유착은 친족관계에 바탕한 인적 유착과 달리 당해 학교장과 학교법인의 개인적ㆍ구체적 특성과 상호관계에 따라 좌우되는 것이기 때문에 중임제한이라는 규제를 통하여 예방하기에 적합하지 않다.
학교장은 행정과 교육활동을 통하여 학생의 발달 및 성장에 직ㆍ간접적으로 영향을 미치므로, 수요자 중심의 교육을 실현한다는 차원에서도 유능한 교장은 학교법인이나 학교의 구성원이 원할 경우 그 직무를 장기간 계속해서 수행할 수 있도록 보장하는 것이 필요하다.
학교법인이 장기에 걸친 교육목표나 학교발전계획을 설정하고 유능한 학교장을 통하여 이를 추진하고자 하는 경우에도 위 조항으로 인하여 그러한 교육사업을 추진하는 데 제한을 받게 되고, 이러한 특별한 경우가 아니더라도 재임기간 동안 의 업무수행과정에서 능력과 덕성이 검증된 학교장을 최장 8년 동안 재직하였다는 이유만으로 그 직에서 물러나게 할 특별한 공익은 생각하기 어렵다.
(2)다수의견은 또한 국ㆍ공립학교장의 경우와 공통된 입법목적으로 교장의 노령화ㆍ관료화 방지 및 인사순환을 통한 교단의 활성화를 들고 있다.
그러나 교원인사가 전체 교단 차원에서 이루어지는 국ㆍ공립학교 교원의 경우에는 국ㆍ공립학교장의 연임을 제한함으로써 승진을 위한 과열경쟁을 막고 승진기회 축소에 따른 교원의 사기저하를 방지하는 효과를 가져올 수 있을 것이나, 국ㆍ공립학교와 달리 학교법인별ㆍ학교별로 교원인사가 이루어지는 데 그치는 사립학교의 경우에는 학교장의 중임 횟수 제한만으로 교단의 활성화에 어느 정도나 효과가 있을지 의문이다.
또한, 교육공무원의 정년을 규정하고 있는 교육공무원법(제47조 제1항)과 달리 사립학교법은 사립학교교원의 정년을 별도로 규정하고 있지 않은데, 정년조항은 두지 않으면서 학교장의 중임 횟수만 제한하여 노령화를 방지하겠다는 것은 체계적으로 합리적인 수단이라 할 수 없다.
세대교체를 통한 교단의 활성화라는 명분 역시 참신성보다는 경륜과 원숙한 지혜가 더 필요한 학교장이라는 직책의 특성에 대한 고려가 결여되어 있다는 점에서 선뜻 수긍하기 어렵다.
나. 피해의 최소성 및 법익의 균형성
위 법률조항은 초ㆍ중등학교의 장의 임기를 원칙적으로 학교법인의 정관으로 정하도록 하면서도 4년을 초과할 수 없고, 1회에 한하여 중임할 수 있다고 규정함으로써, 어떠한 경우에도 동일인이 8년을 초과해서 같은 학교의 장에 재직할 수 없도록 하였다. 이는 연임의 제한에 그치는 것이 아니라 한번 학교장에 취임하면 연속해서 임명되든, 그렇지 않든 합산하여 8년을 초과하여 학교장에 재임할 수 없게 하는 것으로서 학교장의 임기를 정관에서 자유롭게 정할 수 있도록 맡겨둔 취지와 맞지 않을 뿐만 아니라, 그 제한으로 인한 피해의 정도가 심각하다고 할 것이다.
또한, 사립학교 학교장의 중임을 제한할 경우 국ㆍ공립학교장의 경우와 달리 오히려 일반 교원이나 직원에 대한 교무장악력이 약화되어 공교육을 실현하는 데 부정적인 영향을 미칠 소지도 있으므로, 이와 같이 중임 횟수를 제한하는 것이 반드시 공익에 기여할 것으로 보기도 어렵다는 점에서 법익의 균형을 갖추고 있다고 볼 수도 없다. 
다. 소결
따라서 법 제53조 제3항 단서 부분은 초ㆍ중등사립학교의 장의 직업의 자유와 초ㆍ중등 사립학교를 운영하는 학교법인의 사학의 자유를 침해하여 헌법에 위반된다. 

재판관  박한철(재판장) 이정미 김이수 이진성 김창종 안창호 강일원(해외출장으로 서명날인 불능) 서기석 조용호

[별지 1]  청구인 목록 생략
(2007헌마1189)
1. 학교법인 ○○학원대표자 이사장 이○희 외 12인
청구인 1 내지 13의 대리인법무법인 바른 	담당변호사 강훈홍익 법무법인 담당변호사 이헌
(2007헌마1190)
14. 고○애 외 4인
청구인 1 내지 18의 대리인법무법인 서울 담당변호사 이석연

[별지 2]  관련조항
사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것)
제14조(임원) ① 학교법인에는 임원으로서 7인 이상의 이사와 2인 이상의 감사를 두어야 한다. 다만, 유치원만을 설치ㆍ경영하는 학교법인에는 임원으로서 5인 이상의 이사와 1인 이상의 감사를 둘 수 있다.
② 이사 중 1인은 정관이 정하는 바에 의하여 이사장이 된다.
사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것)
제24조의4(조정위원회 위원의 자격 기준) ① 위원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자이어야 한다.
1.판사ㆍ검사ㆍ군법무관 또는 변호사의 직에 15년 이상 재직한 자
2.대학의 총장ㆍ학장ㆍ또는 초ㆍ중등학교의 교장경력이 있는 자로서 교육경력 15년 이상인 자
3.대학에서 부교수 이상의 직에 종사하는 자로서 교육경력 15년 이상인 자
4.회계사로서 회계업무경력 15년 이상인 자
5.교육행정기관에서 고위공무원의 경력이 있는 자로서 공무원경력 15년 이상인 자
사립학교법(1990. 4. 7. 법률 제4226호로 개정된 것)
제53조(학교의 장의 임면) ① 각급학교의 장은 당해 학교를 설치ㆍ경영하는 학교법인 또는 사립학교경영자가 임면한다.
제53조의3(교원인사위원회) ② 교원인사위원회의 조직ㆍ기능과 운영에 관하여 필요한 사항은 학교법인 및 법인인 사립학교경영자의 경우에는 정관으로, 사인인 사립학교경영자의 경우에는 규칙으로 정한다.
제54조의2(해임요구) ② 제1항의 규정에 의한 해임의 요구는 관할청이 당해 학교법인 또는 사립학교경영자에게 그 사유를 밝혀 시정을 요구한 날로부터 15일이 경과하여도 이에 응하지 아니한 경우에 한한다.
사립학교법 시행령(2007. 11. 5. 대통령령 제20362호로 개정된 것)
제7조의2(개방이사의 추천ㆍ선임 등) ① 법 제14조 제3항에 따라 개방이사를 학교법인이 선임하고자 하는 때에는 선임사유가 발생한 날부터 15일(재직이사의 경우 임기만료 전 3개월) 안에 이사장이 법 제14조 제4항에 따른 개방이사추천위원회(이하 "추천위원회"라 한다)에 추천을 요청하여야 한다.
②제1항의 요청에 따라 추천위원회가 개방이사를 추천하는 때에는 해당 학교의 건학이념을 구현할 수 있는 자를 추천하여야 한다.
③추천위원회는 제1항에 따른 기간 안에 이사장이 개방이사의 추천을 요청하지 아니하는 경우에는 그 사실을 안 날부터 30일 안에 법 제14조 제3항에 따른 추천을 할 수 있다.
④2 이상의 학교를 설치ㆍ경영하고 있는 학교법인의 경우에는 대학평의원회 또는 학교운영위원회가 협의하여 추천위원회를 공동으로 구성할 수 있다.
⑤개방이사의자격요건은일반이사의자격요건을 고려하여 정관으로 정한다.
⑧이 영에서 정하고 있는 사항 외에 개방이사의 추천, 선임방법 및 기준에 관하여 필요한 사항은 정관으로 정한다.
제9조의6(조정위원회의 회의) ③ 조정위원회는 심의에 필요하다고 인정하는 때에는 해당 학교법인 및 학교의 임직원, 그 밖의 이해관계인 등으로부터 의견을 청취할 수 있다.
사학분쟁조정위원회 운영규정(2008. 9. 4. 사학분쟁조정위원회 규정 제4호로 개정된 것)
제13조(임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 심의) ①위원회는 법 제24조의2제2항 제3호에 따라 정상화를 심의하거나 이사 선임에 관한 심의를 위하여 필요한 때에는 다음 각 호에 해당하는 자의 의견을 청취하거나 해당 학교법인에 대한 현장 조사를 할 수 있다.
1.해당 학교법인의 기본재산액의 3분의 1 이상에 해당하는 재산을 출연하거나 기부한 자
2.학교 발전에 기여한 자
3.임시이사가 선임되기 전에 적법하게 선임 되었다가 퇴임한 정식이사
4.해당 학교법인의 임직원 및 학교의 교직원, 그 밖의 이해관계인
②제1항 제2호의 ‘학교발전에 기여한 자’ 및 제4호의 ‘그 밖의 이해관계인’의 범위는 해당 학교법인의 상황 등을 고려하여 위원회에서 정한다.
사립학교법 시행령(2006. 6. 23. 대통령령 제19546호로 개정된 것)
제10조의6(평의원회의 구성) ① 평의원회는 교원ㆍ직원 및 학생 중에서 각각의 구성단위를 대표할 수 있는 자로 구성하되, 동문 및 학교의 발전에 도움이 될 수 있는 자를 포함할 수 있다. 다만, 평의원회의 구성단위 중 어느 하나의 구성단위에 속하는 평의원의 수가 전체 평의원 정수의 2분의 1을 초과하여서는 아니 된다.
② 평의원회는 11인 이상의 평의원으로 구성한다.
③ 이 영에서 규정한 것 외에 평의원회의 구성ㆍ운영 등에 관하여 필요한 사항은 정관으로 정한다.
구 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정되기 전의 것) 
제58조(면직의 사유) ① 사립학교의 교원이 다음 각 호의 1에 해당할 때에는 당해 교원의 임면권자는 이를 면직시킬 수 있다.
4.정치운동 또는 노동운동을 하거나 집단적으로 수업을 거부하거나 또는 어느 정당을 지지 또는 반대하기 위하여 학생을 지도ㆍ선동한 때

[별지 3]  2. 청구인들의 주장요지
가.개방이사ㆍ감사 제도 관련 조항(법 제14조 제3항 내지 제6항, 제21조 제5항)의 위헌성
(1)학교법인의 최초 이사를 설립자가 직접 임명하고, 이들로 구성된 이사회에서 연속성을 가지고 후임 이사를 임명하는 것은 학교법인의 설립 목적 구현을 인적으로 보장하기 위한 최소한의 장치이다. 
개방이사제도는 학교법인 내지 학교법인 설립자의 이사회 구성권을 박탈하는 것으로 학교법인 내지 설립자의 재산권, 일반적 행동자유권, 직업의 자유, 종교의 자유를 침해하는 동시에 교육의 자주성ㆍ전문성ㆍ정치적 중립성 및 대학의 자율성, 자유민주주의, 자유시장경제 등 헌법의 기본원리에도 위배된다. 
(2) 법 제14조 제3항
위 조항은 학교법인과 무관한 제3자에게 이사 추천권을 부여하고 그 추천된 인사 중에서 선임할 것을 강제하고 있는데, 이는 학교법인의 기본권인 사학의 자유를 침해하는 것이고, 다른 사법인과 달리 학교법인의 경우에만 개방이사를 강제하는 것은 합리적 근거 없이 학교법인을 차별하는 것이므로 평등권을 침해한다.
(3) 법 제14조 제4항
위 조항은 개방이사 추천위원회 위원 정수의 2분의 1을 대학평의원회나 학교운영위원회가 추천하도록 하고 있는데, 이는 학교법인의 피용자들을 필수적 구성원으로 하는 대학평의원회나 학교운영위원회가 학교법인의 이사 선임에 관여하도록 허용하는 것이어서 재단법인인 학교법인의 사회단체화 내지 사립학교의 국ㆍ공립학교화를 초래할 수 있고, 학교운영권을 내용으로 하는 학교법인의 재산권 내지 자율권의 본질적 내용을 침해한다. 
또한, 위 조항 단서가 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원을 설치ㆍ경영하는 학교법인의 경우 당해 종교단체에서 2분의 1을 추천하도록 한 것은 종교사학과 비종교사학을 합리적 이유 없이 차별하여 평등권을 침해하고, 종교지도자 양성만을 목적으로 하지 않는 종교계 사립학교의 경우 그 설립취지에 따른 종교교육이 제대로 이루어지지 않을 개연성이 크므로 종교의 자유도 침해하며, 나아가 학교운영위원회 내지 대학평의원회의 개방이사추천위원 제도를 통하여 국가가 건학이념인 종교교육에 관여할 수 있는 길을 터 줌으로써 특정 이데올로기에 의한 교육의 획일화 내지 평준화를 강요하여 헌법 제20조 제2항이 선언하고 있는 정교분리원칙에도 위배된다. 
(4) 법 제14조 제5항, 제6항
추천위원회가 30일 이내에 개방이사를 추천하지 못하는 때에는 관할청이 추천하도록 한 것(제5항)이나, 개방이사의 추천, 선임방법 및 자격요건과 기준에 관한 구체적인 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관으로 정하도록 한 것(제6항)은 결국 개방이사가 학교법인에 의하여 임명되는 것이 아니라 사실상 행정청이 임명한다는 점을 명백히 한 것으로 사학의 자유의 본질적 내용을 침해하는 것이다. 
(5) 법 제21조 제5항
위 조항은 학교법인에 두는 감사 중 1인은 추천위원회에서 추천하는 자를 선임하도록 하고 있는바, 개방감사 역시 학교법인의 설립 목적이나 의사와 무관한 지위에 있는 개방이사 추천위원회에 의하여 강제적이고 타율적으로 감사 선임이 이루어진다는 점에서 사학의 자유를 침해하는 것이다. 
나. 임시이사제도 관련 조항의 위헌성
(1)임시이사 선임의 전제인 임원취임의 승인취소 조항(법 제20조의2) 및 임원직무집행정지 조항(법 제20조의3 제1항)의 위헌성
임시이사 선임은 임원취임의 승인취소를 매개로 하여 이루어지는데 법 제20조의2는 승인취소사유를 막연하고 광범위하게 정하고 있고, 관할청이 임원의 직무집행을 정지할 수 있도록 하는 근거조항인 제20조의3 제1항 역시 그 사유를 포괄적이고 불명확하게 규정함으로써 관할청의 재량을 과도하게 인정하여 명확성원칙에 반하며, 학교법인의 사학의 자유를 과잉제한하고 있다. 
(2) 임시이사제도(법 제25조) 자체의 위헌성
사립학교법상 임시이사 관련 조항 중 법 제25조 제3항은 개별 임시이사의 임기만 제한하고 있을 뿐 임시이사 체제의 존속기한에 관하여는 아무런 제한을 두지 않고 있어 관선이사 체제가 영속될 수도 있는데, 이는 학교법인의 사립학교운영의 자유 및 재산권을 침해하고, 학교법인 설립자의 설립행위의 근간을 무너뜨리는 것으로 학교법인 설립자 및 운영자의 행복추구권을 침해하며, 학교법인이나 학교법인의 설립자, 운영자의 직업선택의 자유도 침해한다. 
또한, 임시이사가 선임되기 직전의 정식이사 또는 당해 학교법인에 대하여 정당한 권리를 가지는 설립자 등이 당해 사학을 타인에 양도하거나 자진해산하는 등으로 임시이사 체제를 자신의 의사로 종결시킬 수 있는 절차규정이 마련되어 있지 않다는 점에도 위헌성이 있다.
나아가 임시이사제도는 실제에 있어서 임원취임의 승인취소 및 임원직무집행정지제도와 연계되어 시행됨으로써 학교법인을 운영할 권리가 손쉽게 제3자에게 넘어가게 되어 학교법인의 정체성에 본질적인 변화를 초래한다. 그리고 학교법인 및 학교법인 경영자의 직업의 자유, 행복추구권에 내포된 일반적 행동의 자유, 재산권에 대한 과잉제한일 뿐만 아니라 교육의 자주성ㆍ전문성ㆍ정치적 중립성과 자유민주주의원리 및 자유시장경제질서에도 위배된다. 
(3)임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 관련 조항(법 제25조의3 제1항)의 위헌성
위 조항은 관할청이 조정위원회의 심의를거쳐임시이사를해임하고 정식이사를 선임하도록 규정하고 있는바, 조정위원회 역시 관할청의 산하기관이라는 점에서 정상화 여부를 국가기관의 판단에 맡기고 있으므로 사학의 자유를 과다하게 제한하는 것이고, 설립자나 종전이사는 학교법인의 자주성과 정체성을 대변할 위치에 있음에도 정상화 과정에서 이들의 의견을 듣는 절차도 거치지 않은 채 정식이사를 선임할 수 있도록 한 것은 학교법인, 설립자, 운영자(종전이사)의 사학의 자유, 재산권, 직업의 자유를 침해하는 것이며, 신뢰보호의 원칙에도 위배된다. 
(4)사학분쟁조정위원회 제도 자체의 위헌성(제24조의2, 제24조의3)
조정위원회를 교육인적자원부장관 소속하에 설치하여 사학의 분쟁에 국가기관이 관여하도록 한 것은 사학의 자유를 침해하고, 사학을 국ㆍ공립화 하는 것이다.
조정위원회는 헌법상 설치근거가 없을 뿐만 아니라 대통령, 국회의장, 대법원장이 추천하는 인사로 구성하도록 하면서 이를 독립한 위원회 조직으로 하지 않고 교육인적자원부장관의 소속하에 둔 것이나, 조정위원회를 심의기구로 하면서도 그 심의결과에 법적 구속력을 부여한 것은 헌법 제96조가 정하고 있는 행정기관법정주의에 합치하지 않고, 권력분립의 원칙에도 위배되므로 결국 조정위원회 관련 조항은 모두 헌법에 위배된다. 
다.학교법인과 학교의 구성원 등의 관계 설정에 있어서의 위헌성
(1)임원의 겸직금지 조항(법 제23조 제1항 본문)의 위헌성
학교법인의 이사장으로 하여금 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 장을 겸할 수 없도록 한 것은 이사장의 직업의 자유를 침해한다. 
(2) 대학평의원회 제도(법 제26조의2)의 위헌성
위 조항에 따라 대학평의원회가 사실상 기속력을 갖는 심의기구로서 학교운영의 중요 사항을 심의하는 것은 실질적으로 학교법인 및 학교의 장의 권한을 대학평의원회에 이양하는 것이고, 게다가 심의사항으로 규정하고 있는 ‘교육에 관한 중요사항’(제1항 제6호)은 그 개념이 모호하여 대학평의원회가 학교법인의 학교경영에 관한 거의 모든 사항을 심의할 수 있는 여지를 주고 있으므로, 이는 사학의 자유의 본질에 대한 중대한 침해이다. 
국ㆍ공립대학의 경우 1997년 고등교육법의 시행으로 대학평의원회를 폐지하였음에도 위 조항이 사립대학에만 대학평의원회의 설치를 의무화하는 것은 대학의 자율성을 침해하는 것이고, 현실적으로 대학 내 구성원들 사이에 갈등을 유발하여 궁극적으로 그 피해가 학생들에게 돌아가게 될 것이므로 학생의 수학권도 침해하는 것이다. 
(3)교원인사위원회 제도(법 제53조의3 제1항)의 위헌성
2007년 개정에 의하여 종전에 ‘교원의 인사에 관한 중요사항’을 심의하는 것으로 되어 있던 규정이 ‘교원의 임면 등 인사에 관한 중요사항’으로 변경됨으로써 교원인사에 관한 기본원칙뿐만 아니라 교사의 신규채용, 면직ㆍ퇴직, 승진 등 교원의 임면에 관한 제반 사항을 교사들로 구성된 교원인사위원회가 심의하는 것으로 되었다. 
교원인사위원회에서 심의ㆍ결정한 사항을 이사회에서 거부하거나 번복할 경우 교사들에 의한 학내분규로 이어지고 이는 임시이사 선임의 빌미가 될 것이기 때문에 학교법인으로서는 교원인사위원회의 심의결과를 그대로 따를 수밖에 없는 실정이다. 
이와 같이 학교법인의 피고용자인 교원들로 하여금 자신들의 인사권을 관장케 하는 것은 학교법인의 재산권, 일반적 행동자유권, 직업의 자유 및 교육의 자주성을 침해한다. 
또한, 국ㆍ공립학교에 대해서는 심의기구가 아닌 자문기구인 교원인사자문위원회를 두고 있을 뿐이면서 사립학교에 대하여만 심의기구를 두게 강제하는 것은 합리적 이유 없이 사립학교를 차별하는 것이므로 평등권을 침해하는 것이기도 하다. 
(4)학교의 장의 임면 제한(법 제53조 제3항, 제54조의2 제1항 후문, 제54조의3 제3항)의 위헌성 
(가)법 제53조 제3항은 고등교육기관의 장과 달리 초ㆍ중등교육기관의 장에 대해서만 ‘1회에 한하여 중임할 수 있다’고 규정하여 고등교육기관의 장에 비하여 초ㆍ중등교육기관의 장을 합리적인 이유 없이 차별함으로써 이들의 평등권 및 직업의 자유를 침해하고, 사학의 자유도 침해한다
(나)법 제54조의2 제1항 후문은 관할청이 학교의 장에 대한 해임을 요구할 경우 임명권자의 이행의무를 정하고 있는데, 이는 사학을 국ㆍ공립학교와 동일하게 취급하는 것으로 사학의 자유를 침해한다. 
(다)법 제54조의3 제3항은 이사장의 배우자, 직계존속 및 직계비속과 그 배우자가 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장에 임명될 수 없도록 하면서 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성과 관할청의 승인을 받은 경우에만 예외적으로 허용하고 있는데, 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성 외에 관할청의 승인까지 요구하는 것은 사학의 자유와 함께 헌법 제13조 제3항이 정하고 있는 ‘친족의 행위로 인해 불이익한 처우를 받지 아니할 권리’를 침해하는 것이다. 
(5) 교원의 면직 사유 조항(법 제58조)의 위헌성
법 제58조는 2005년 개정 당시 교원의 면직 사유 중 노동운동 부분을 삭제하였는데, 교원의 노동운동은 미성숙한 학생들의 교육에 큰 악영향을 미칠 수 있음에도 이를 면직 사유에서 제외한 것은 학생의 수학권, 학부모의 자녀교육권을 침해한다.