# 군산시와 행정자치부장관 등 간의 권한쟁의

## 전문

사		건	2016헌라1    군산시와 행정자치부장관 등 간의 권한쟁의
청	구	인	군산시
			대표자 시장 강임준
			대리인   법무법인(유한) 태평양
				          담당변호사 전병하, 박상현, 문병선, 고지훈, 윤지효, 이한길
피	청	구	인	1. 행정안전부장관대리인   정부법무공단 
					담당변호사 서규영, 문병화, 김민정, 윤현경, 기영조, 김성수, 조철호, 김창수
			2. 부안군대표자 군수 권익현대리인   법무법인(유한) 바른
					담당변호사 박제형
				복대리인   법무법인 오라클
					    담당변호사 김치중, 이동렬, 최우제, 정윤영
			3. 김제시
				대표자 시장 박준배
				대리인   법무법인(유한) 로고스
					          담당변호사 강완구, 한혜진, 김무겸, 조원익, 유선진, 김용찬
			4. 국토교통부장관


[주           문]
이 사건 심판청구를 모두 각하한다.

[이           유]
1. 사건개요
가. 새만금개발사업은 전북 부안군, 김제시, 군산시 일원에 부안과 군산을 연결하는 총 33.9㎞의 방조제(배수갑문 구간 및 연결도로 구간 포함)를 축조하고, 그 내부를 매립하여 배수갑문 2개소, 토지 28,290ha와 담수호 11,810ha를 조성하는 국책사업이다.

나. 농림축산식품부장관(당시 농림수산식품부장관, 이하 ‘농림축산식품부장관’으로 통일하여 사용한다)은 2009. 12.경 새만금개발사업 중 제3, 4호 방조제를 비롯하여 제1, 2호 방조제의 공사를 모두 완료하고, 2013. 3. 12. 피청구인 행정안전부장관(당시 안전행정부장관, 이하 ‘행정안전부장관’으로 통일하여 사용한다)에게 매립이 완료된 새만금 제1, 2호 방조제 구간에 대하여 방조제 준공처리, 지적 등록, 시설물 등록 및 이관, 도로관리구역의 결정 및 고시 등 각종 행정 처리를 위하여 매립지가 속할 지방자치단체의 결정을 신청하였다.

다. 피청구인 행정안전부장관 소속 ‘지방자치단체중앙분쟁조정위원회’(이하 ‘중앙분쟁조정위원회’라고 한다)는 2015. 10. 26. 국토의 효율적 이용, 주민편의 및 행정의 효율성, 역사성 및 경계구분의 명확성과 용이성을 고려하여 새만금 제1호 방조제 구간의 별지 도면 표시 “0, 42, 2, 3, 7, 6, 8, 12, 21, 15-2, 15, 15-1, 11, 10, 9, 5, 4, 1, 50, 48, 47, 46, 45, 44, 43, 49, 0” 각 점을 순차적으로 연결한 선내 부분 중 군산시 관할 구역(군산시 옥도면 비안도리 495 및 496 - 가력배수갑문 및 가력광장)을 제외한 나머지에 해당하는 매립지(이하 ‘이 사건 제1호 방조제’라고 한다)가 속할 지방자치단체를 피청구인 부안군으로, 제2호 방조제 구간의 별지 도면 표시 “15, 15-2, 16, 17, 24, 31, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 34, 33, 32, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 23, 22, 20, 19, 18, 14, 13, 15-1, 15” 각 점을 순차적으로 연결한 선내 부분에 해당하는 매립지(이하 ‘이 사건 제2호 방조제’라고 하고, 이 사건 제1호 방조제와 제2호 방조제를 합하여 ‘이 사건 방조제’라고 한다)가 속할 지방자치단체를 피청구인 김제시로 결정하였다.

라. 피청구인 행정안전부장관은 2015. 11. 13. 농림축산식품부장관, 전라북도지사, 군산시장, 김제시장, 부안군수, 새만금개발청장에게 위 의결 내용과 같은 ‘매립지 등이 속할 지방자치단체 결정’을 통보하였고, 청구인은 같은 날 위 결정 통지를 받았다.

마. 이에 청구인은 2016. 1. 11. 피청구인들에게는 이 사건 방조제에 대한 관할권한이 청구인에게 있다는 확인을 구하고, 피청구인 행정안전부장관에게는 위 2015. 11. 13.자 ‘매립지 등이 속할 지방자치단체 결정’의 취소를 구하며, 피청구인 국토교통부장관에게는 이 사건 제1호 방조제를 피청구인 부안군의 관할 구역으로, 이 사건 제2호 방조제를 피청구인 김제시의 관할 구역으로 지적공부에 신규등록하는 것이 청구인의 자치권을 침해한다는 확인을 구하는 이 사건 심판청구를 제기하였다.

바. 한편, 군산시장은 이 사건 심판청구 이외에 2015. 11. 27. 대법원에 위 행정안전부장관(당시 행정자치부장관) 결정의 취소를 구하는 소를 제기하였고(2015추566), 부안군수 또한 같은 날 이 사건 제2호 방조제를 피청구인 김제시의 관할구역으로 결정한 위 행정안전부장관 결정의 취소를 구하는 소를 제기하였으며(2015추573), 현재 계속 중이다.

2. 심판대상
이 사건의 심판대상은, ① 이 사건 방조제에 관한 자치권한이 청구인에 속하는지 여부, ② 피청구인 행정안전부장관의 2015. 11. 13.자 ‘매립지 등이 속할 지방자치단체 결정(이하 ‘이 사건 결정’이라 한다)’이 청구인의 자치권한을 침해한 것으로서 무효인지 여부, ③ 피청구인 부안군이 이 사건 제1호 방조제에서, 피청구인 김제시가 이 사건 제2호 방조제에서 각 행사할 장래처분(이하 ‘이 사건 장래처분’이라 한다)이 청구인의 자치권한을 침해하거나 침해할 위험성이 있는지 여부, ④ 피청구인 국토교통부장관이 이 사건 방조제에 대하여 지적공부에 할 신규등록(이하 ‘이 사건 신규등록’이라 한다)이 청구인의 자치권한을 침해하거나 침해할 위험이 있는지 여부이다. 관련조항의 내용은 다음과 같다. 

[관련조항]
지방자치법(2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정된 것)
제4조(지방자치단체의 명칭과 구역) ① 지방자치단체의 명칭과 구역은 종전과 같이 하고, 명칭과 구역을 바꾸거나 지방자치단체를 폐지하거나 설치하거나 나누거나 합칠 때에는 법률로 정한다. 다만, 지방자치단체의 관할 구역 경계변경과 한자 명칭의 변경은 대통령령으로 정한다.
구 지방자치법(2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정되고, 2010. 4. 15. 법률 제10272호로 개정되기 전의 것)
제4조(지방자치단체의 명칭과 구역) ③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 지역이 속할 지방자치단체는 제4항부터 제7항까지의 규정에 따라 행정안전부장관이 결정한다. 
1. 「공유수면매립법」에 따른 매립지
④ 제3항 제1호의 경우에는 「공유수면매립법」 제9조에 따른 면허관청 또는 관련 지방자치단체의 장이 같은 법 제25조에 따른 준공검사 전에, 제3항 제2호의 경우에는 「지적법」 제2조 제2호에 따른 소관청(이하 “지적소관청”이라 한다)이 지적공부에 등록하기 전에 각각 행정안전부장관에게 해당 지역이 속할 지방자치단체의 결정을 신청하여야 한다. 이 경우 제3항 제1호에 따른 매립지의 매립면허를 받은 자는 면허관청에 해당 매립지가 속할 지방자치단체의 결정 신청을 요구할 수 있다. 
구 지방자치법(2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정되고, 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)
제4조(지방자치단체의 명칭과 구역) ⑥ 행정안전부장관은 제5항에 따른 기간이 끝난 후 제149조에 따른 지방자치단체중앙분쟁조정위원회(이하 이 조에서 “위원회”라 한다)의 심의·의결에 따라 제3항 각 호의 지역이 속할 지방자치단체를 결정하고, 그 결과를 면허관청이나 지적소관청, 관계 지방자치단체의 장 등에게 통보하고 공고하여야 한다. 
⑧ 관계 지방자치단체의 장은 제3항부터 제7항까지의 규정에 따른 행정안전부장관의 결정에 이의가 있으면 그 결과를 통보받은 날부터 15일 이내에 대법원에 소송을 제기할 수 있다. 
⑨ 행정안전부장관은 제8항에 따라 대법원의 인용결정이 있으면 그 취지에 따라 다시 결정하여야 한다. 

3. 청구인의 주장 및 피청구인들의 답변
가. 청구인의 주장
(1) 지방자치법 제4조 제8항에서는 행정안전부장관의 공유수면 매립지가 속할 지방자치단체의 결정에 이의가 있으면 대법원에 소송을 제기할 수 있다고 규정하고 있으나, 이는 헌법 제111조 제1항 제4호에서 명시하고 있는 헌법재판소의 권한쟁의심판권을 배제할 수는 없다. 따라서 이 사건 결정이 청구인의 자치권한이라는 헌법상 및 법률상의 권한을 침해하는 이상 대법원에 제기하는 소송과는 별도로 헌법재판소에 권한쟁의심판도 청구할 수 있다. 
(2) 지방자치법 제4조 제3항은 피청구인 행정안전부장관이 매립지 관할 자치단체를 결정하도록 하였으나, 그 결정에 관한 아무런 기준을 설정하지 아니하고 있다. 이는 헌법상 지방자치제도의 본질을 훼손한 것이므로, 이에 따라 이루어진 이 사건 결정 또한 헌법에 위반된다. 
한편, 이 사건 결정은 매립지 귀속 결정 과정에서 가장 기본적인 기준인 해상경계선을 고려하지 않았다. 효율적인 신규 토지의 이용 및 항만의 조성&#8228;이용계획, 주민편의와 행정의 효율성, 역사성 및 경계구분의 명확성과 용이성, 이 사건 방조제로 인하여 상실되는 공유수면 관련 이익 등을 고려하더라도, 이 사건 방조제는 청구인에게 귀속되어야 한다. 그런데 이 사건 결정은 위와 같은 요소를 제대로 고려하지 아니한 재량권 일탈&#8228;남용의 하자가 있다.
 이러한 위법한 결정에 근거하여 이루어질 수 있는 이 사건 신규등록 및 이 사건 장래처분은 청구인의 자치권을 침해할 것이 확실하다.

나. 피청구인 행정안전부장관, 피청구인 부안군, 피청구인 김제시의 답변
(1) 2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정된 지방자치법이 중앙분쟁조정위원회의 의결을 거쳐 행정안전부장관이 공유수면 매립지 등의 관할구역 귀속을 결정하는 절차를 마련한 이상, 새로운 경계를 창설&#8231;확정하거나 기존의 경계를 변경하는 내용의 권한쟁의 심판청구는 허용될 수 없다. 또한 자치단체의 자치권은 법률 또는 대통령령에 의하여 관할구역이 결정되어야만 발생하는 권한이므로, 이 사건 결정에서 이 사건 방조제의 관할권을 청구인에게 부여하지 않은 이상, 청구인은 이 사건 방조제에 대한 자치권이 없다. 따라서 권한 침해의 위험성도 없으므로, 이 사건 심판청구는 모두 부적법하다. 
(2) 이 사건 심판청구가 적법하다고 하더라도, 매립지 관할 자치단체를 결정함에 있어 종전의 해상경계선이 최우선적인 기준이 되어야 한다는 것은 신법의 취지에 맞지 않고, 이 사건 결정에서 피청구인 행정안전부장관의 재량권 일탈&#8228;남용을 인정할 만한 증거도 없다. 따라서 이 사건 결정은 청구인의 자치권한을 침해하지 아니한다. 

4. 판단
가. 헌법재판소의 선례
헌법재판소는 2020. 7. 16. 2015헌라3 결정에서 2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정된 지방자치법 제4조 제3항이 적용되는 경우, 매립 전 공유수면에 대한 관할권을 가졌던 지방자치단체가 공유수면 매립 사업으로 새로이 형성된 매립지에 대해서 자치권한을 주장하며 청구한 권한쟁의심판이 부적법하다고 판단하였는바, 그 이유의 요지는 다음과 같다.
『2009년 개정 전 구 지방자치법 하에서 공유수면 매립지의 경계 획정이 문제된 경우 종래에는 헌법재판소가 지방자치법 제4조 제1항의 ‘종전’이 무엇인지를 살펴본 후 공유수면 해상경계선을 기준으로 매립지가 속할 지방자치단체를 결정하여 왔다. 그러나 2009년 개정 지방자치법에서는 제4조 제3항을 신설하여 공유수면 매립지가 속할 지방자치단체를 행정안전부장관이 결정하도록 하고, 이러한 결정을 위한 신청을 의무로 규정하며, 개정 지방자치법 시행 전에 이미 준공검사를 받은 매립지라 하더라도 법 시행 후에 지적공부에 등록하려면 그 전에 행정안전부장관에의 신청 및 결정 절차를 반드시 거치도록 하였다. 그렇다면 개정 지방자치법 제4조 제3항은, 매립지의 관할에 대하여는 앞으로 같은 조 제1항이 처음부터 배제되고, 행정안전부장관의 결정에 의하여 비로소 관할 지방자치단체가 정해지며, 그 전까지 해당 매립지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않는다는 의미로 해석함이 타당하다.
한편, 공유수면의 매립은 막대한 사업비와 장기간의 시간 등이 투입될 뿐 아니라 해당 해안지역의 갯벌 등 가치 있는 자연자원의 상실 내지 환경의 파괴를 동반하는 등 국가 전체적으로 중대한 영향을 미치는 사업이고, 일반적으로 공유수면은 인근 어민의 어업활동에 이용되는 반면, 매립지는 주체와 목적이 명확하게 정해져 있어 매립지의 이용은 그 구체적인 내용에 있어서도 상당히 다르다. 또한 공유수면이 매립됨으로써 상실되는 어업권 등은 보상 등을 통해 보전되었으므로, 공유수면의 관할권을 가지고 있던 지방자치단체이든 그 외의 경쟁 지방자치단체이든 새로 생긴 매립지에 대하여는 중립적이고 동등한 지위에 있다 할 것이다. 이러한 점을 고려했을 때 공유수면의 경계를 그대로 매립지의 ‘종전’ 경계로 인정하기는 어렵다.
이와 같이 개정 지방자치법의 취지와 공유수면과 매립지의 성질상 차이 등을 종합하여 볼 때, 신생 매립지는 지방자치법 제4조 제3항에 따라 같은 조 제1항이 처음부터 배제되어 종전의 관할구역과의 연관성이 단절되고, 행정안전부장관의 결정이 확정됨으로써 비로소 관할 지방자치단체가 정해지며, 그 전까지 해당 매립지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않는다. 그렇다면 매립지의 매립 전 공유수면에 대한 관할권을 가졌을 뿐인 지방자치단체가 새로이 형성된 매립지에 대해서까지 어떠한 권한을 보유하고 있다고 볼 수 없으므로, 매립지가 속할 지방자치단체를 정한 행정안전부장관의 결정 등이 지방자치단체의 자치권한을 침해하거나 침해할 현저한 위험이 있다고 보기는 어렵다.』

나. 선례 변경의 필요성 여부
위 2015헌라3 결정의 이유는 이 사건에서도 그대로 타당하고, 헌법재판소 선례를 변경할 특별한 사정의 변경이나 필요성이 있다고 인정되지 아니한다. 
이 사건 방조제의 매립 전 공유수면에 대한 관할권을 가졌을 뿐인 청구인이, 그 후 새로이 형성된 이 사건 방조제에 대해서까지 어떠한 권한을 보유하고 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건에서 청구인의 자치권한을 침해하거나 침해할 현저한 위험이 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 심판청구는 모두 부적법하다. 

5. 결론
그렇다면 이 사건 심판청구는 모두 부적법하므로 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 아래 6.과 같은 재판관 이선애, 재판관 이영진의 반대의견이 있는 외에는 나머지 관여 재판관들의 일치된 의견에 따른 것이다.

6. 재판관 이선애, 재판관 이영진의 반대의견
우리는 ‘이 사건에서 청구인의 권한이 침해되거나 침해될 위험이 있다고 볼 수 없어 이 사건 심판청구 모두가 부적법하다’는 법정의견에 반대하고, 개정 지방자치법 제4조 제8항은 이 사건에 관한 헌법재판소의 권한쟁의심판권을 배제하지 않는다고 생각하므로, 이 사건 심판청구 모두가 적법하여 본안판단에 나아가야 한다는 반대의견을 남긴다. 이 사건에서 법정의견은 헌법재판소 2020. 7. 16. 2015헌라3 결정의 요지만을 인용하고 있으나, 이 사건 결정의 자체 완결성의 관점에서 볼 때, 선례의 요지에 한정한 반론은 그 논거의 선명성과 전체성을 담보할 수 없으므로, 이 사건에서의 반대의견은 위 선례 결정의 모든 논거들에 대한 반론을 담기로 한다. 

가. 헌법상 지방자치의 제도적 보장
지방자치제도는 지방시정에 직접적인 관심과 이해관계가 있는 지방주민으로 하여금 스스로 다스리게 한다면 자연히 민주주의가 육성·발전될 수 있다는 ‘풀뿌리 민주주의’를 그 이념적 배경으로 한다. 이는 일정한 지역을 단위로 일정한 지역의 주민이 주민의 복리에 관한 사무·재산관리에 관한 사무·기타 법령이 정하는 사무(헌법 제117조 제1항)를 자신의 책임 하에서 자신들이 선출한 기관을 통하여 직접 처리하게 함으로써 지방자치행정의 민주성과 능률성을 제고하고 지방의 균형 있는 발전과 국가의 민주적 발전을 도모하는 제도이다(헌재 1991. 3. 11. 91헌마21 참조).
헌법 제117조는 “① 지방자치단체는 주민의 복리에 관한 사무를 처리하고 재산을 관리하며 법령의 범위 안에서 자치에 관한 규정을 제정할 수 있다. ② 지방자치단체의 종류는 법률로 정한다.”고 규정하고 있고, 헌법 제118조는 “① 지방자치단체에 의회를 둔다. ② 지방의회의 조직·권한·의원선거와 지방자치단체의 장의 선임방법 기타 지방자치단체의 조직과 운영에 관한 사항은 법률로 정한다.”고 규정하여 지방자치단체의 자치를 제도적으로 보장하고 있으므로, 그 핵심영역 내지 본질적 부분은 입법이나 중앙정부의 침해로부터 보호되어야 하고, 여기에는 자치단체의 보장, 자치기능의 보장, 자치사무의 보장이 포함된다(헌재 1994. 12. 29. 94헌마201; 헌재 2008. 5. 29. 2005헌라3 참조).

나. 지방자치단체의 관할구역과 그 경계확정의 실체법적 결정기준 내지 원칙
(1) 지방자치단체의 자치권 행사의 장소적 범위
헌법 제117조 제1항에서 보장하고 있는 지방자치단체의 지방자치권에는 자신의 구역 내에서 자신의 자치권을 행사할 수 있는 권한이 포함된다. 지방자치단체의 구역은 주민·자치권과 함께 지방자치단체의 구성요소로서 자치권을 행사할 수 있는 장소적 범위를 말하므로, 관할범위의 면에서 다른 지방자치단체와의 구별을 명확하게 해 준다. 지방자치단체는 자신의 관할구역 내에서 헌법 제117조 제1항과 지방자치법 제9조 및 기타 개별 법령에서 부여한 자치권한 내지 관할권한을 가진다. 

(2) 개정 지방자치법 제4조의 내용
지방자치단체의 관할구역에 대해서는 개정 지방자치법(2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정된 것) 제4조 제1항이 “지방자치단체의 명칭과 구역은 종전과 같이 하고, 명칭과 구역을 바꾸거나 지방자치단체를 폐지하거나 설치하거나 나누거나 합칠 때에는 법률로 정한다. 다만, 지방자치단체의 관할 구역 경계변경과 한자 명칭의 변경은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다. 개정 지방자치법 제4조 제3항 제1호(2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정된 이후 법명 변경이나 정부조직 변경으로 인한 변경을 제외하고 실질적 내용은 동일하다)는 제1항에도 불구하고 공유수면매립법에 따른 매립지가 속할 지방자치단체는 면허관청 또는 관련 지방자치단체의 장이 준공검사 전에 행정안전부장관에게 결정을 신청하면, 지방자치단체중앙분쟁조정위원회(이하 ‘중분위’라고 한다)의 심의·의결에 따라 행정안전부장관이 결정하도록 하고 있다. 

(3) 지방자치단체의 관할구역 경계확정의 실체법적 결정기준 내지 원칙
지방자치법 제4조 제1항의 규정에서 ‘종전’이라 함은 지방자치단체의 관할구역 경계확정의 실체법적 기준 내지 원칙을 의미하는데, 종전의 법령 내용만을 의미하는 것이 아니고, 지적공부상의 기재 등까지를 포괄하는 의미로 해석되어야 하며, ‘지방자치단체의 관할구역은 종전과 같이 한다’는 것은 동법 시행 시 존재한 구역을 그대로 답습한다는 것을 의미한다(헌재 2004. 9. 23. 2000헌라2; 헌재 2006. 8. 31. 2003헌라1 참조). 지방자치법 제4조 제1항을 비롯한 관할구역에 관한 규정들은 대한민국 법률이 제정되기 이전부터 지방자치단체의 관할구역 경계에 대하여 법적 효력을 부여하고 있는 것이고, 이러한 지방자치단체의 관할구역 경계는 각 법령이 관할구역을 정하는 기준으로 삼고 있는 법률 또는 대통령령에 의하여 달리 정하여지지 않은 이상 현재까지 유지되고 있음이 원칙이다(헌재 2015. 7. 30. 2010헌라2 참조). 공유수면 매립지에 대한 지방자치단체의 관할구역 경계 역시 위와 같은 기준에 따르며, 명시적인 법령상의 규정이나 불문법마저 존재하지 않는 경우에는, 형평의 원칙에 따라 합리적이고 공평하게 그 경계를 획정할 수밖에 없다(헌재 2015. 7. 30. 2010헌라2; 헌재 2019. 4. 11. 2015헌라2 참조).
헌법재판소는 공유수면인 바다가 지방자치단체의 자치권한이 미치는 관할구역에 포함되는지 여부에 대하여, 지방자치법 제4조 제1항에 규정된 지방자치단체의 구역은 주민&#8228;자치권과 함께 자치단체의 구성요소이고, 자치권이 미치는 관할구역의 범위에는 육지는 물론 바다도 포함되므로, 공유수면에 대하여도 지방자치단체의 자치권한이 존재한다고 보고 있고(헌재 2004. 9. 23. 2000헌라2; 헌재 2006. 8. 31. 2003헌라1; 헌재 2015. 7. 30. 2010헌라2; 헌재 2019. 4. 11. 2016헌라8등 참조), 공유수면에 조성된 매립지 역시 지방자치법 제4조 제1항에 규정된 지방자치단체의 구역으로서 지방자치단체의 자치권한이 미치는 관할구역이라는 점을 인정하고 있다(헌재 2004. 9. 23. 2000헌라2; 헌재 2019. 4. 11. 2015헌라2 참조).
주민, 구역과 자치권을 구성요소로 하는 지방자치단체의 본질에 비추어 지방자치단체의 관할구역에 경계가 없는 부분이 있다는 것은 상정할 수 없으므로(헌재 2015. 7. 30. 2010헌라2; 헌재 2019. 4. 11. 2015헌라2 참조), 공유수면이나 공유수면 매립지에는 지방자치단체의 관할구역 경계가 존재하며, 그 경계가 불분명하여 분쟁이 발생한 때에는 지방자치법 제4조 제1항의 실체법적 기준에 의한 확인이 요청된다.

다. 법정의견의 요지
법정의견은 2015헌라3 결정의 법정의견을 선례로 인용하면서 ‘개정 지방자치법의 취지와 공유수면과 매립지의 성질상 차이 등을 종합하여 볼 때, 신생 매립지는 개정 지방자치법 제4조 제3항에 따라 동조 제1항이 처음부터 배제되어 종전의 관할구역과의 연관성이 단절되고, 행정안전부장관의 결정이 확정됨으로써 비로소 관할 지방자치단체가 정해지며, 그 전까지 해당 매립지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않는다. 그 결과 이 사건 방조제의 매립 전 공유수면에 대한 관할권을 가졌을 뿐인 청구인이 그 후 새로이 형성된 이 사건 방조제에 대해서까지 어떠한 권한을 보유하고 있다고 볼 수 없으므로 이 사건에서 청구인의 자치권한이 침해되거나 침해될 현저한 위험이 있다고 보기는 어렵다’고 한다. 법정의견은 선례의 이유의 요지만을 적시하였으나, 그것은 법정의견이 선례로 인용한 결정의 논거를 당연히 전제하고 있는 것이므로, 이에 대한 반박을 통해 반대의견의 전체성과 선명성을 구현하고자 한다.

라. 개정 지방자치법 제4조의 취지에 대한 반론
(1) 법정의견은 개정 지방자치법 제4조의 취지를 법정의견의 논거로 삼고 있다.
(2) 그런데, 지방자치법일부개정법률안(의안번호 1804014호)에서 확인할 수 있는 개정 지방자치법 제4조의 최종적 개정취지에는 ‘매립지나 지적공부 미등록지의 지적 등록과정에서 자치단체 간 분쟁이 자주 발생함에 따라 이를 예방할 수 있는 제도적 장치가 필요하여 이를 마련한 것’이라는 점만 나타나 있을 뿐이다. 
개정 지방자치법 제4조를 보더라도 공유수면 매립지 등의 소속 지방자치단체를 결정하는 절차만을 규정하고 있을 따름이고, 그 결정의 실체법적 결정기준 내지 원칙은 따로 마련하지 않았다. 2009. 3.경 국회 행정안전위원회에 제출된 지방자치법일부개정법률안 심사보고서를 살펴보면, ‘다만, 신규토지에 대한 관할구역에 관한 문제는 해당 지방자치단체 간 첨예한 이해관계가 존재하고 있는 사안인바, 개정안에서는 동 사안을 중분위를 통해 결정하도록 하고 있으나, 그 심의 시 구체적인 고려사항, 객관적인 판단기준 등을 제시할 필요가 있는 것으로 보임’이라는 의견이 있었으나, 이것은 최종입법에 반영되지 않아 결국 중분위, 행정안전부장관에게 공유수면 매립지의 소속 지방자치단체를 심의·의결, 결정하도록 함에 있어서 그 실체법적 기준이나 원칙이 새로 마련되지 않은 상태로 법 개정이 이루어졌다. 
따라서, 위에서 본 최종적 개정취지에 개정 지방자치법 제4조 제3항이 관할구역 경계확정의 실체법적 기준인 같은 법 제4조 제1항 소정의 ‘지방자치단체의 구역은 종전과 같이 한다’ 부분을 처음부터 배제하고 행정안전부장관의 결정에 의한 관할권 창설을 규정하는 취지가 포함되었다고 볼 수 없다. 말하자면, 입법자가 지방자치법 제4조 제1항이 규정하는 ‘종전’에 따른 경계가 존재하는 공유수면과 그 매립지가 완전히 단절된 것이라고 보는 전제에서, 공유수면 매립지는 지방자치법 시행 당시 존재하지 아니하여 ‘종전’도 존재하지 않는 완전히 새로운 영토이므로, 공유수면 매립지는 지방자치단체의 자치권이 없는 진공상태에 있다고 보아 행정안전부장관의 결정으로 관할권을 창설하게 한 것이라고는 볼 수 없으므로, 지방자치법 제4조의 개정취지는 법정의견의 논거가 될 수 없다.

마. 개정 지방자치법 제4조 제3항의 해석론에 대한 반론
(1) 법정의견은 법문에 표현된 ‘제1항에도 불구하고’에 주목하여 ‘신생 매립지는 개정 지방자치법 제4조 제3항에 따라 동조 제1항의 적용이 처음부터 배제되고 종전의 관할구역과의 연관성이 단절된다’고 해석하고 있는 것으로 보이나, 이에 동의할 수 없다.

(2) 개정 지방자치법 제4조 제3항은 공유수면 매립지의 경우 중분위의 의결에 따라 행정안전부장관이 결정으로 그 소속 지방자치단체를 정하도록 하고 있다. 이는 같은 조 제1항에서 지방자치단체의 경계변경은 대통령령으로 정하도록 한 원칙에 대하여, ‘기존의 공유수면에 연접하여 위치한 여러 지방자치단체들의 관할구역으로서 경계가 존재하는 공유수면을 가로질러 걸쳐서 조성된 매립지’(이하 ‘공유수면 관할 경계상 매립지’라 한다)의 전부 또는 일부에 대하여 소속 지방자치단체를 결정하는 것은 지방자치단체 관할구역의 경계변경에 해당하지만, 그 형식을 대통령령이 아닌 행정안전부장관의 결정으로 해야 한다는 예외를 정한 것에 불과하다. 개정 지방자치법 제4조 제3항이 지방자치법 제4조 제1항에 의한 경계가 존재하는 공유수면과 바로 그 공유수면의 매립지를 전혀 별개의 것으로 단절시키기 위한 전제로 관할구역 경계확정의 실체법적 기준인 지방자치법 제4조 제1항 소정의 ‘지방자치단체의 구역은 종전과 같이 한다’ 부분을 처음부터 배제한 것으로까지 볼 수는 없다. 
오히려 입법자는 개정 지방자치법 제4조 제3항 내지 제7항에서 공유수면 관할 경계상 매립지에 대해 중분위의 의결과 행정안전부장관의 결정으로 소속 지방자치단체를 기존의 공유수면을 관할하던 지방자치단체와 다르게 정할 수 있도록 하면서 어떤 실체법적 근거나 원칙을 제시하고 있지 않으므로, 이것은 기존부터 존재했던 지방자치단체의 관할구역 경계확정의 실체법적 기준 내지 원칙인 지방자치법 제4조 제1항 소정의 ‘지방자치단체의 구역은 종전과 같이 한다’를 공유수면 매립지의 경우에도 적용한다는 것을 전제하고 있다고 해석해야 한다. 
만일 이렇게 해석하지 않고, 법정의견과 같이 개정 지방자치법 제4조 제3항을 본다면, 중분위의 의결 내지 행정안전부장관의 결정만으로 법령에서 미리 정한 실체법적 기준이나 원칙에 의하지 아니하고 자의적으로 지방자치단체의 관할권을 창설하는 것을 용인하는 것에 다름 아니다. 이는 지방자치제도의 본질적 부분인 자치단체의 보장, 자치기능의 보장, 자치사무의 보장의 장소적 범위를 한정짓는 관할구역을 법령에 미리 정한 실체법적 기준이나 원칙 없이 행정청이 자의적으로 결정할 수 있도록 하는 것이어서 헌법 제117조 제1항에서 보장하고 있는 지방자치단체의 지방자치권의 본질적인 내용을 침해하는 결과에 이르게 될 것이다. 

바. 헌법재판소 2010헌라2 결정 및 2015헌라2 결정에 근거한 반론
헌법재판소의 2015. 7. 30. 2010헌라2 결정은 공유수면이 지방자치단체의 관할구역에 해당하여 이에 대한 지방자치단체의 자치권한이 이미 존재한다는 점을 인정하는 전제하에서, 단지 공유수면 관할구역 경계의 존재와 형태를 구체적으로 어떻게 확인할 것인가에 대해 지방자치법 제4조 제1항의 해석과 적용에 관한 법적 견해를 변경한 것일 뿐이므로 지방자치법 제4조 제3항의 해석과는 무관하다.
헌법재판소의 2015헌라2 결정 역시 공유수면 매립지가 지방자치단체의 관할구역에 해당하여 이에 대한 지방자치단체의 자치권한이 이미 존재한다는 점을 인정하는 전제하에, 단지 공유수면 관할 경계상 매립지의 관할구역 경계의 존재와 형태를 구체적으로 어떻게 확인할 것인가에 대한 입장을 변경한 것이다. 이 결정에서 헌법재판소는 ‘이미 소멸되어 사라진 종전 공유수면의 해상경계선을 그대로 매립지의 관할경계선으로 확인해 온 기존법리(헌재 2011. 9. 29. 2009헌라3 등)’를 변경하였는데, 이는 공유수면 매립으로 종전의 관할권이 소멸하였다거나 공유수면과 그 공유수면 매립지의 연속성을 인정하지 않는다는 의미가 아니다. 공유수면 매립과정의 어느 시점에서는 더 이상 해상경계선이 존재하지 않는다는 점, 헌법재판소가 2010헌라2 결정에서 법적 견해를 변경하여 해상경계선은 이미 공유수면 관할 경계의 의미를 갖지 않는다는 점, 나아가 공유수면 매립사업의 목적과 현상변경 등을 고려할 때 공유수면 관할 경계상 매립지의 경우 새로이 경계확인이 필요한 경우에 해당한다는 인식 하에 ‘매립 전 공유수면의 관할권이 인정된다고 하여 매립지에 대한 관할권한을 인정하여야 한다고 볼 수는 없다’(헌재 2019. 4. 11. 2015헌라2 참조)고 법적 견해를 변경한 것일 뿐이다. 이때 공유수면 매립지에 대한 지방자치단체의 관할구역의 경계획정원리로서, 여전히 지방자치법 제4조 제1항의 ‘종전’이라는 기준이 원천적 기준이 됨을 전제로, 법령상의 규정이나 불문법이 존재하지 않는 때에는 공유수면의 매립 목적, 그 사업목적의 효과적 달성, 매립지와 인근 지방자치단체의 교통관계나 외부로부터의 접근성 등 지리상의 조건, 행정권한의 행사 내용, 사무 처리의 실상, 매립 전 공유수면에 대한 행정권한의 행사 연혁이나, 주민들의 사회적·경제적 편익 등 여러 사정을 종합하여 형평의 원칙에 따라 구체적으로 획정하여 확인해 내는 것이라고 하였다. 만약 위 결정에 공유수면과 바로 그 공유수면의 매립지를 단절시키려는 의도가 있었다면, 매립지 관할 경계 확인에 매립 전 공유수면에 대한 행정권한의 행사 연혁을 고려하도록 할 이유가 없었다고 본다. 
따라서, 위 결정들이 신생 매립지의 경우 개정 지방자치법 제4조 제3항에 따라 동조 제1항이 처음부터 배제되어 종전의 관할구역과의 연관성이 단절된다는 점을 뒷받침한다고 볼 수 없다. 

사. 공유수면 매립지에 대한 지방자치단체의 자치권이 행정안전부장관의 결정에 의하여 비로소 창설된다고 보는 입장에 대한 반론
(1) 법정의견은 개정 지방자치법 제4조 제3항 소정의 행정안전부장관의 결정이 확정됨으로써 비로소 관할 지방자치단체가 정해지고, 그 전까지 해당 매립지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않으며, 그 결과 이 사건 방조제의 매립 전 공유수면에 대한 관할권을 가졌을 뿐인 청구인이 그 후 새로이 형성된 이 사건 방조제에 대해서까지 어떠한 권한을 보유하고 있다고 볼 수 없다고 하나, 이에 동의할 수 없다.

(2) 공유수면 관할 경계상 매립지의 경우에 그 매립지의 전부 또는 일부에 대하여 소속 지방자치단체를 결정하는 것은 지방자치단체 관할구역의 경계변경에 해당하는데, 개정 지방자치법 제4조 제3항은 그 형식을 대통령령이 아닌 행정안전부장관의 결정으로 하도록 규정하고 있다. 
지방자치단체 관할구역의 경계변경은 지방자치단체의 존폐와 관계없이 단순히 경계만 달라지는 구역변경으로서 지방자치단체의 자치권이 미치는 지리적 범위를 변경하는 것이다. 개정 지방자치법 제4조 제3항 소정의 행정안전부장관의 결정은 공유수면 관할 경계상 매립지에 대하여 관할구역 경계의 존재 및 그 구체적인 형태에 대한 확인을 통해 매립지의 전부 또는 일부가 연접하여 위치한 지방자치단체들 중 어느 지방자치단체에는 속하고, 어느 지방자치단체에는 속하지 않는지를 확인하는 처분이다. 
앞서 본 헌법재판소의 확립된 선례들처럼 공유수면 및 그 매립지에 대한 지방자치단체의 자치권한이 존재한다고 볼 때, 바다에서 육지로 그 물리적인 상태가 변한다고 하여 같은 공간에 존재했던 지방자치단체의 관할구역의 경계가 당연히 소멸한다고 볼 수는 없고, 단지 공유수면 상태에서의 관할구역 경계선의 목적·기능과 공유수면 매립지 상태에서의 그것이 상이하여 서로 부합하지 않을 수 있으므로, 새로 조성된 공유수면 매립지의 목적·기능까지 고려한 경계선으로 구체화되어 확인되기를 기다리는 상태로 해당 관할구역의 경계선이 존재하고 있는 것으로 보아야 한다. 

(3) 그런데, 법정의견은 공유수면에 매립지가 조성되면 기존의 공유수면에 대한 지방자치단체의 자치권은 소멸되고, 개정 지방자치법 제4조 제3항 소정의 행정안전부장관의 결정전까지는 공유수면 매립지가 어떤 지방자치단체의 관할구역에도 속하지 않은 채 자치권이 없는 진공상태에 있다가 행정안전부장관의 결정을 통해서 비로소 지방자치단체의 관할구역이 정해지는 것으로 파악한다. 즉, 공유수면 매립지의 경우는 이에 대한 지방자치단체의 자치권이 행정안전부장관의 결정에 의하여 비로소 창설된다고 보는 것이다.
법정의견처럼 행정안전부장관의 결정전까지는 공유수면 매립지를 어떤 지방자치단체의 관할구역에도 속하지 않는 자치권의 진공상태에 있다고 보는 것은 공유수면 매립지가 지방자치단체의 관할권이 인정되는 기존의 공유수면이 존재하던 바로 그 공간에 조성된 것이라는 점을 도외시한 것이다. 공유수면 매립이라는 사실적 행위로 인해 특정한 공간에 이미 존재했던 지방자치단체의 자치권이 당연히 소멸한다고 볼 어떠한 근거도 찾을 수 없다. 공유수면 매립사업은 매립부터 준공까지 장기간에 걸쳐 일련의 과정이 연속되는데 지방자치단체의 자치권이 소멸한다고 하면 어느 시점, 어느 단계에 소멸하는 것인지도 알 수 없고, 행정안전부장관이 매립지에 대한 자치권을 창설한다고 하는데 그 실체법적 기준이나 원칙에 대한 법적 근거를 찾을 수 없다. 공유수면 매립 시작부터 행정안전부장관의 결정전까지 장기간에 걸쳐서 지방자치단체의 자치권이 소멸한 진공상태에 놓인 공간을 인정하는 것은 그 기간 동안 그 공간에 연접한 지방자치단체들의 관할구역에 경계가 없는 부분이 존재한다고 보는 것인데, 이러한 입장이 헌법 제117조 제1항이 보장하는 지방자치제도의 본질에 부합하는지 의문이다. 헌법재판소는 주민, 구역과 자치권을 구성요소로 하는 지방자치단체의 본질에 비추어 지방자치단체의 관할구역에 경계가 없는 부분이 있다는 것은 상정할 수 없다는 점을 분명히 하고 있는데(헌재 2015. 7. 30. 2010헌라2; 헌재 2019. 4. 11. 2015헌라2 참조), 법정의견은 이에 상충한다.

아. 공유수면 매립의 실제와 개정 지방자치법 제4조 제4항, 제7항, 제8항에 근거한 반론
(1) 이 사건에서 문제된 매립지의 조성은 전라북도 군산시, 김제시, 부안군의 공유수면 일원에 ‘군산 - 고군산군도 - 부안을 연결하는 방조제 33㎞’를 축조하여 집단화된 토지(28,300ha)와 담수호(11,800ha)를 조성하는 새만금사업의 일환으로서 이 사건 방조제를 축조하기 위한 것이었다. 이 사건 방조제는 외곽시설에 포함된 축조물인데 외곽시설은 1991년부터 2010년까지 약 19년이라는 장기간에 걸쳐 축조가 이루어졌고, 그 중 이 사건 방조제는 2009. 12.경 공사가 완료되었다. 이 사건 방조제 축조를 위한 매립지 조성 당시 시행되었던 구 공유수면매립법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 폐지되기 전의 것)에 따르면, 공유수면 매립이란 공유수면에 토사, 토석 기타의 물건을 인위적으로 투입하여 토지를 조성하는 것(간척을 포함)을 말한다(구 공유수면매립법 제2조 제3호). 구 공유수면매립법에 따르면, 해양수산부장관은 국토의 전체적인 기능 및 용도에 맞고 환경과 조화되도록 공유수면을 이용&#8228;관리하기 위하여 10년마다 공유수면매립 기본계획을 수립하는데, 이때 미리 관계 중앙행정기관의 장은 물론 관계 특별시장&#8228;광역시장&#8228;도지사(이하 ‘시&#8228;도지사’라 한다) 및 특별자치시장의 의견을 들어야 하며, 시&#8228;도지사는 관련 시장&#8228;군수 또는 구청장 및 당해 시&#8228;군 또는 구에 설치된 지방의회 의견을 첨부한 의견을 제출하여야 한다(같은 법 제4조). 공유수면을 매립하고자 하는 자는 해양수산부장관의 면허를 받아야 하고, 해양수산부장관은 이때 관계 중앙행정기관의 장과 협의하고 관계 시&#8228;도지사의 의견을 들어야 하며, 공유수면매립 기본계획에 적합한 범위 안에서 면허를 하여야 한다(같은 법 제9조). 국가&#8228;지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 해양수산부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 하며, 준공인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다(같은 법 제38조). 한편 매립된 바닷가에 상당하는 면적을 집합구획한 매립지는 원칙적으로 국가가 소유권을 취득한다(같은 법 제26조). 이러한 절차 등은 현행 ‘공유수면 관리 및 매립에 관한 법률’의 규정과 크게 다르지 않은데, 중앙 정부의 계획에 의하도록 하면서도 관계 지방자치단체와의 긴밀한 협의와 의견 수렴을 요구하고 있다.
인구에 비하여 상대적으로 국토면적이 협소하고 산지와 같은 경사가 급한 토지가 많은 우리나라는 인구증가와 토지자원에 대한 수요 증가에 따라 공유수면 매립을 지속적으로 추진하여 왔다. 공유수면 매립은 국토의 효율적 이용을 통하여 공공의 이익을 증진하고 국민생활을 향상시키기 위한 것이지만, 동시에 인구 유입, 연안접근권의 변화, 수산자원&#8228;관광자원의 변화, 환경훼손을 포함하는 농&#8228;어촌 생활환경의 질적 변화를 발생시켜 지역 주민의 삶에 지대한 영향을 미치는 것이므로 그 과정에서 중앙 정부와 지방자치단체의 상호작용이 매우 중요하다. 
한편 공유수면 매립이 완료되면, 매립의 목적, 매립으로 발생하는 지형의 변화 및 그로 인하여 발생하는 인근 주민의 삶과 해당 지역의 연계성의 변화를 고려하여 기존의 관할구역의 경계선이 새로 조성된 공유수면 매립지의 목적·기능을 고려한 경계선으로 구체화되어 확인되어야 한다. 다만, 공유수면 매립이 곧 역사적&#8228;경제적&#8228;사회적 단절을 의미하는 것은 아니므로, 공유수면 매립 이전부터 해당 지역에서 오랜 기간 일상생활을 영위해 온 지역 주민의 이해관계에 기초하여 주민의 복리에 관한 사무를 처리하고 지역 균형발전을 도모하는 등 자치권을 행사해 온 지방자치단체는 개정 지방자치법 제4조 제3항 소정의 행정안전부장관의 결정과 관련하여 공유수면 매립지의 전부 또는 일부에 대하여 자치권을 보유한 지방자치단체로 확인받기를 기대하는 중대한 이해를 가진 당사자에 해당한다. 

(2) 개정 지방자치법 제4조에서 관계 지방자치단체의 장에게 해당 지역이 속할 지방자치단체에 관한 행정안전부장관의 결정을 신청할 권한을 부여하고(같은 조 제4항), 중분위의 위원장이 관계 지방자치단체의 장에게 의견을 진술할 기회를 주도록 하며(같은 조 제7항), 관계 지방자치단체의 장은 행정안전부장관의 결정에 이의가 있으면 대법원에 소를 제기할 수 있도록 한 것(같은 조 제8항) 역시 같은 맥락으로 이해된다.
만약 개정 지방자치법 제4조 제3항 소정의 행정안전부장관의 결정에 의하여 관할 지방자치단체가 정해지기 전까지 해당 매립지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않는다고 본다면, 개정 지방자치법에 위와 같은 절차적 규정, 특히 행정안전부장관의 결정에 대한 불복 절차를 둘 이유가 없다. 법정의견과 같이 본다면, 관계 지방자치단체는 행정안전부장관의 매립지 귀속 결정으로 인하여 법적 지위에 전혀 영향을 받지 않는 제3자에 불과하게 된다. 이렇게 된다면, 관계 지방자치단체는 관할구역이 공유수면의 매립과 관련하여 국가나 다른 지방자치단체의 지방자치권 침해에 대해 효과적으로 방어할 수 있는 수단을 갖지 못하게 됨으로써 헌법이 보장하고 입법자가 의도하는 지방자치의 가치를 현실적으로 구현할 수 없게 된다.

자. 이 사건 권한쟁의심판의 적법요건 판단에 대한 반론
(1) 법정의견은 이 사건 매립지의 매립 전 공유수면에 대한 관할권을 가졌을 뿐인 청구인이 그 후 새로이 형성된 이 사건 매립지에 대해서까지 어떠한 권한을 보유하고 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건에서 청구인의 권한이 침해되거나 침해될 현저한 위험이 있다고 보기 어려워 이 사건 권한쟁의심판청구 모두가 부적법하다고 하나, 이에 동의할 수 없다.
권한쟁의심판은 권한의 유무 또는 범위에 관한 다툼이 있을 때 청구할 수 있고(헌법재판소법 제61조 제1항), 그러한 권한을 헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 기관이 적법한 청구권자가 된다(헌법재판소법 제61조 제2항). 헌법재판소는 공유수면 매립지의 관할에 관한 권한쟁의의 적법요건에 관하여 ‘만약 이 사건 계쟁지역이 청구인들의 관할구역에 속한다면, 청구인들은 헌법 제117조 제1항 및 지방자치법 제9조에 의거하여 이 사건 계쟁지역에 대한 자치권한을 부여받는다고 볼 수 있으므로, 침해된 청구인들의 권한이 존재하느냐 여부는 이 사건 계쟁지역이 청구인들의 관할구역에 속하는지 여부와 관련되어 있다고 할 것이고, 이는 거꾸로 이 사건 계쟁지역이 피청구인의 관할구역에 속하는 경우에도 마찬가지이다. 이 사건 계쟁지역이 청구인들 또는 피청구인들 중 어느 편의 관할구역에 속하는지 여부는 본안판단 단계에서 확정될 것이므로 적법요건 단계에서는 이 사건 계쟁지역에 대한 자치권한이 어느 일방에 부여될 수 있는 가능성이 존재하기만 하면 충분하다.’고 하였다(헌재 2010. 6. 24. 2005헌라9등 참조).
행정안전부장관의 공유수면 매립지 귀속결정은 지방자치단체의 관할구역, 즉 자치권의 공간적 범위에 관한 것이므로, 헌법과 법률이 정한 권한의 유무와 범위의 문제에 해당하고, 그 결정으로 인하여 지방자치단체의 자치권을 침해할 수 있으므로, 이로 인하여 발생하는 분쟁은 전형적인 국가기관과 지방자치단체간의 권한쟁의에 해당한다.
개정 지방자치법 제4조 제3항에 따른 행정안전부장관의 결정은 법률이 정한 권한범위 내의 권한 행사이고, 그러한 권한 행사의 요건&#8228;절차&#8228;방법을 어겨 위법한 것인지 여부만이 문제된다고 보는 입장에서 볼 때, 이 사건의 경우 권한의 유무&#8228;범위에 관한 다툼이 존재하는가에 관한 의문이 제기될 수도 있다. 그러나 법률이 정한 행정안전부장관의 권한 행사가 그 요건&#8228;절차&#8228;방법을 지키지 않은 경우 이는 규범적으로 권한의 범위를 벗어난 월권행위, 즉 권한 없는 행위가 되므로, 결국 권한의 유무 또는 범위에 관한 다툼이 존재하는 것으로 된다. 
이 사건에 관하여 살펴보면, 피청구인 행정안전부장관은 공유수면 관할 경계상 매립지인 이 사건 방조제 중 이 사건 제1호 방조제는 피청구인 부안군에게 속하고, 이 사건 제2호 방조제는 피청구인 김제시에게 속하며, 이 사건 방조제 중 어느 것도 청구인에게는 속하지 않음을 확인함으로써 청구인과 피청구인 부안군, 피청구인 김제시의 해당 구역에 관한 자치권의 범위를 변경하는 결정을 하였다.
헌법상 지방자치단체의 자치권의 범위 내지 내용은 법령에 의하여 형성되고 제한될 수 있으며, 지방자치법에 따라 지방자치단체의 경계변경은 당연히 가능하다 할 것이지만, 만약 피청구인 행정안전부장관의 결정이 위법한 것이라면, 이는 권한 없이 청구인의 자치권을 침해하는 결과가 되므로, 행정안전부장관의 결정에 관한 다툼은 결국 지방자치단체의 권한의 유무 또는 범위에 관한 다툼에 해당하게 된다. 만일, 피청구인 행정안전부장관의 결정이 취소된다면, 이 사건 방조제는 관할구역 경계의 존재 및 그 구체적인 형태에 대한 확인을 통해 공유수면 매립지 전부 또는 일부가 어느 지방자치단체에는 속하고, 어느 지방자치단체에는 속하지 않는지를 확인받아야 하는 상태에 머무르게 된다.
이 사건 방조제의 전부 또는 일부가 청구인 또는 피청구인 부안군, 피청구인 김제시 중 어느 편의 관할구역에 속하는지는 본안판단 단계에서 확정되어야 할 것이고, 이 사건 심판청구의 적법요건 충족 여부를 판단하는 단계에서는 이 사건 방조제에 대한 자치권한이 어느 일방에 부여될 수 있는 가능성이 존재하는지 여부를 심사하면 족하다. 청구인은 기존의 공유수면에 연접한 지방자치단체로서 매립 전 공유수면에 관하여 자치권한을 가지고 있었으므로, 이 사건 방조제의 전부 또는 일부에 대하여 자치권을 보유한 지방자치단체로 확인받기를 기대하는 중대한 이해를 가진 당사자로서 이 사건에서 청구인이 이 사건 방조제에 대한 헌법상 및 법률상 자치권한을 가질 수 있는 가능성은 충분히 인정된다고 할 것이다. 
따라서, 이 사건 방조제에 대한 관할권한 확인 청구, 피청구인 행정안전부장관의 이 사건 결정을 다투는 심판청구는 모두 적법하다.
법정의견은 이 사건 심판청구의 적법요건 충족 여부를 판단하는 단계에서 ‘이 사건 방조제의 매립 전 공유수면에 대한 관할권을 가졌을 뿐인 청구인이 그 후 새로이 형성된 이 사건 방조제에 대해서까지 어떠한 권한을 보유하고 있다고 볼 수 없다.’고 하며 본안에서 할 판단을 선취하고 있는데, 이러한 입장은 ‘계쟁지역이 청구인 또는 피청구인 중 어느 편의 관할구역에 속하는지 여부는 본안판단 단계에서 확정될 것이므로 적법요건 단계에서는 이 사건 계쟁지역에 대한 자치권한이 어느 일방에 부여될 수 있는 가능성이 존재하기만 하면 충분하다’고 본 헌법재판소의 선례(헌재 2010. 6. 24. 2005헌라9등)와 상충되므로 동의할 수 없다.

(2) 피청구인 국토교통부장관의 토지대장 신규등록과 관련하여 다툼이 있는 권한은 청구인의 자치권이다. 청구인은 이 사건 방조제에 대한 피청구인 국토교통부장관의 공간정보 구축 및 관리 등에 관한 법률 제64조 제1항 따른 등록권한이 기본적으로 국가의 권한인 것에 대하여 다투는 것이 아니다. 청구인은 다만 이 사건 방조제에 대한 등록권한 행사의 선결적 문제로서 이 사건 방조제가 청구인의 관할권한 하에 있다고 주장하면서 이를 다투고 있는 것이다. 
토지대장상의 행정구역기재는 비록 관할권한을 창설하는 효력은 없지만 관할권한을 대외적으로 공시하고 관할권한을 사실상 추정케 하는 중요한 기능을 수행하므로, 잘못된 외관이 형성된다면 청구인의 관할권한 행사에 중대한 장애가 되고, 이러한 침해는 그것이 제거되기까지는 계속 존재하므로, 그 자체로 청구인의 관할권한에 대한 현재의 침해를 구성한다. 따라서 피청구인 국토교통부장관의 이 사건 신규등록에 대한 심판청구 역시 적법하다.

(3) 피청구인의 장래처분이 확실하게 예정되어 있고 피청구인의 장래처분에 의해서 청구인의 권한이 침해될 위험성이 있어서 청구인의 권한을 사전에 보호해 주어야 할 필요성이 매우 큰 예외적인 경우에는 피청구인의 장래처분에 대해서도 권한쟁의심판을 청구할 수 있다(헌재 2019. 4. 11. 2015헌라2 참조). 
이 사건의 경우 피청구인 행정안전부장관의 결정에 따라 피청구인 부안군, 피청구인 김제시는 이 사건 방조제에 대한 자치권한을 행사할 가능성이 높은데, 앞서 본 바와 같이 청구인은 이 사건 방조제에 대한 헌법상 및 법률상 자치권한을 부여받을 수 있는 가능성이 인정되므로, 앞으로 피청구인 부안군, 피청구인 김제시가 행사할 장래처분으로 인해 이 사건 방조제에 대한 청구인의 자치권한이 침해될 현저한 위험성이 존재한다고 할 수 있으므로, 피청구인 부안군, 피청구인 김제시가 행사할 이 사건 장래처분에 대한 심판청구는 적법하다.

차. 헌법재판소의 권한쟁의심판 관할권과 지방자치법 제4조 제8항의 소송의 관계
(1) 헌법재판소의 권한쟁의심판 관할권
(가) 헌법 제111조 제1항은 국가기관 상호간, 국가기관과 지방자치단체간 및 지방자치단체 상호간의 권한쟁의에 관한 심판을 헌법재판소의 관장사항으로 규정하고 있다. 헌법재판소의 관장사항에 속하는 위헌법률심판이나 탄핵심판, 정당해산심판의 경우 그 범위가 명확하고, 헌법소원심판의 경우 그 범위에 관하여 법률로 정하도록 헌법이 명시하고 있으나, 권한쟁의심판의 경우 헌법상 당사자의 대강만이 정해져 있을 뿐 아니라 그 기능과 목적, 성격을 어떻게 보는가에 따라 다양한 유형의 소송을 포괄할 수 있음에도 유보조항이 없어 관할권의 범위를 둘러싼 논쟁이 있어 왔다. 
이에 관하여 헌법재판소는, ‘입법자인 국회는 권한쟁의심판의 종류나 당사자를 제한할 입법형성의 자유가 있다고 할 수 없고, 헌법 제111조 제1항 제4호에서 말하는 국가기관의 의미와 권한쟁의심판의 당사자가 될 수 있는 국가기관의 범위는 결국 헌법해석을 통하여 확정하여야 할 문제’(헌재 1997. 7. 16. 96헌라2 참조)라고 보았다.
우리는, 헌법 규정만으로 권한쟁의심판의 내용과 범위가 명확히 파악될 수 없음에도 이에 관하여 헌법재판소의 배타적&#8228;전속적 관할권이 인정된다고 보기는 어렵다고 생각하며, 개방적 헌법규정을 구체화하여 권한쟁의심판절차를 형성할 입법자의 권한과 책임이 인정될 수 있다고 본다. 다만 헌법의 포괄적 규정형식, 1987년 헌법 개정시 헌법재판소를 만들고 헌법재판소에 권한쟁의심판권을 부여한 주권자의 의지를 고려할 때, 법률을 통한 권한쟁의심판 관할권의 구체화에는 헌법재판소의 원칙적 관할을 존중하여야 하는 한계가 있다. 
공권력을 행사하는 헌법기관 사이의 권한 배분질서를 유지하는 것은 국가기능의 수행을 원활히 하고 국가권력 상호간의 견제와 균형을 유지하여 헌법질서를 수호&#8228;유지하는 것을 의미하며, 이는 국민의 기본권 보장과 함께 우리 헌법의 주요한 내용을 형성하고 있다. 지방자치단체의 독립성과 권한을 보장하고 지방자치단체 상호간 법적 평화를 유지하는 것을 국가공동체 전체에 대하여 헌법적 중요성을 가지는 것으로 보아, 우리 헌법이 지방자치제도를 헌법적으로 보장하는 한편 국가기관과 지방자치단체간 및 지방자치단체 상호간 권한분쟁을 헌법재판소의 관장사항으로 삼았으므로, 입법자는 위와 같은 권한분쟁에 관한 헌법재판소의 원칙적 관할을 부정할 수 없다.
헌법재판소법은 헌법상 권한 침해뿐 아니라 법률상 권한 침해에 대해서도 권한쟁의심판을 청구할 수 있도록 하고 있고(헌법재판소법 제61조 제2항), 행정소송법은 헌법재판소의 관장사항으로 되는 사항을 기관소송의 대상에서 제외하고 있는데(행정소송법 제3조 제4호), 이러한 현행 법률 체계 역시 권한쟁의심판에 관한 헌법재판소의 원칙적 관할권에 기초한 것이다.

(나) 헌법 제111조 제1항 제5호는 헌법소원심판을 헌법재판소의 관장사항으로 정하면서 법률로 제도를 구체화하여 형성할 것을 규정하고 있고, 헌법재판소법은 권리구제를 위한 헌법소원에 대해서 보충성을 요구하고 있다(헌법재판소법 제68조 제1항). 그러나 권한쟁의심판의 경우 헌법재판소법 등 실정법상 보충성을 요하는 규정이 존재하지 아니하며, 앞서 살핀 헌법재판소의 원칙적 관할권을 고려하면 항고소송 등 법원의 재판과 관련하여 권한쟁의심판에 불문의 보충성원칙을 적용해 관할권 행사를 제약해야 할 필요성도 인정되지 않는다. 법률로 형성된 권한쟁의심판의 청구의 요건을 갖추었음에도 내용적으로 유사하거나 중복되는 사법절차가 존재한다는 이유만으로 헌법재판소의 관할권을 부정할 수는 없다. 이는 사법권(헌법 제101조 제1항)과 헌법재판권(헌법 제111조 제1항)의 수평적 규정이나, 항고소송과는 구분되는 권한쟁의심판의 고유한 소송물과 효력에 비추어 보더라도 그러하다.

(2) 지방자치법 제4조 제8항의 소송
개정 지방자치법 제4조 제8항에 따라, 관계 지방자치단체의 장은 공유수면 매립지가 속할 지방자치단체를 정하는 행정안전부장관의 결정에 이의가 있으면 그 결과를 통보받은 날부터 15일 이내에 대법원에 소송을 제기할 수 있다.
위 조항은 지방자치단체의 기관인 지방자치단체의 장이 국가기관인 행정안전부장관의 처분에 대해 제소하도록 하는 형식을 취하고 있으나, 지방자치단체의 장은 지방자치단체의 대표로서 지방자치단체의 이익을 위하여 다투는 것이므로, 위 소송이 지방자치단체와 국가기관 사이의 권한분쟁의 성격을 가지고 있음은 분명하고, 이로부터 지방자치법 제4조 제8항의 소송과 공유수면 매립지 상의 경계확정을 위한 권한쟁의심판의 관할권에 관한 논쟁이 비롯된다.
그러나 위 소송은 지방자치법상 공유수면 매립지가 속할 지방자치단체를 결정할 수 있는 행정안전부장관의 우월적 지위의 존재를 전제로, 행정청의 공권력 행사에 의하여 생긴 행정법상의 위법한 상태를 제거하여 지방자치단체의 권한을 보호하는 것을 목적으로 하며, 종국적으로는 행정안전부장관의 결정의 취소 여부를 판단하는 것이라는 점에서 특수한 유형의 항고소송에 해당한다고 본다. 개정 지방자치법 제4조 제9항은 대법원의 인용결정이 있으면 행정안전부장관이 그 취지에 따라 다시 결정하도록 규정하고 있는데, 이 점 역시 항고소송의 취소판결의 기속력의 특성에 의한 것이다. 
공유수면 매립지 상의 경계 확정에 관한 권한쟁의심판과 지방자치법 제4조 제8항의 소송은 권한분쟁으로서의 유사성이 있고, 행정안전부장관의 결정의 위법 여부를 판단할 수 있다는 공통점이 있으나, 개정 지방자치법 제4조 제8항의 소송이 행정안전부장관의 결정의 위법 여부에 따라 결정을 취소할 수 있을 뿐임에 비하여, 권한쟁의심판은 결정의 취소 외에 매립지에 대한 지방자치단체의 관할권의 존부 및 범위에 관하여 포괄적으로 판단할 수 있다는 점에서 소송물이 다르다. 이는 단지 형식적 차이에 머무르지 않는다. 헌법재판소의 결정은 처분의 위법성 판단 및 구체적 조치의 시정보다 ‘권한 배분’, 즉 헌법상 지방자치단체의 권한의 지역적 한계를 확정하는 데 중점이 있기 때문이다. 
기속력에 있어서도 대법원의 판결은, 개정 지방자치법 제4조 제8항에 의한 행정안전부 장관의 재결정 의무가 인정되는 외에 취소판결의 일반적 기속력으로서 당사자인 행정청과 그 밖의 관계 행정청에 대한 기속력이 인정되는 반면(행정소송법 제30조 제1항), 헌법재판소의 권한쟁의심판의 결정은 결정의 주문에 관계없이 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속한다(헌법재판소법 제67조 제1항)는 점에서 큰 차이가 있다.
공유수면 매립으로 조성된 토지 등의 관할에 관한 분쟁을 해소하기 위한 개정 지방자치법 제4조 제3항 내지 제9항의 입법과정에서 위와 같은 소송제도를 마련한 것은 상대적으로 짧은 제소기간을 두고 행정안전부장관의 결정의 위법 여부를 판단함으로써 분쟁의 신속한 종결을 도모하려 하였던 것으로 보이나, 위와 같이 권한쟁의심판과의 소송물 및 기속력의 차이가 존재하고, 개정 지방자치법 제4조 제8항의 소송만으로는 지방자치단체의 권한의 유무와 범위가 종국적으로 확정되지 않는 점을 고려할 때, 명문의 규정 없이 위 조항에 의하여 헌법재판소의 권한쟁의심판 관할권이 배제된다고 볼 수 없다. 

(3) 권한쟁의심판과 지방자치법 제4조 제8항의 소송의 관계
개정 지방자치법 제4조 제8항이 공유수면 매립지 상의 경계 확정에 관한 헌법재판소의 권한쟁의심판 관할권을 배제하는 취지로 볼 수 없으므로, 국가기관과 지방자치단체간 권한쟁의심판의 특수한 유형에 대하여 한정된 범위에서 관할의 중첩 여지가 존재한다는 이유로 지방자치법 제4조 제8항이 헌법에 위반된다고 볼 것은 아니다.
다만, 관할권 병존으로 인하여 동일한 분쟁 관계에서 상이한 결론이 내려질 가능성을 배제할 수 없고, 한정된 사법자원의 합리적이고 효율적인 분배 및 분쟁의 신속한 해결이라는 이상에 부합하지 않는 문제가 생길 수 있다는 점에 충분히 공감한다. 그러나 이러한 문제는 헌법이나 관련 법률의 개정을 통해 입법적으로 해결되어야 하는 성질의 것이다. 현재와 같은 규범체계 하에서는 유사한 쟁송에 관하여 헌법재판소와 법원의 판단이 모두 가능함에 따라 발생할 수 있는 문제는 헌법재판소의 결정과 법원의 판결의 기속력에 의하여 해결하여야 한다. 예컨대, 법원의 취소판결이 확정되면 취소된 행정안전부장관의 결정을 이유로 하는 권한쟁의심판에 있어 심판의 이익이 없다고 볼 수 있다. 헌법재판소가 먼저 권한쟁의심판의 결정을 하는 경우, 인용결정은 물론 기각결정, 권한의 침해가능성이 없음을 이유로 하는 각하결정에도 기속력이 있으므로 법원은 이를 존중하여야 한다. 한편 법원이 먼저 청구를 기각하는 경우 또는 법원의 취소판결에 따른 행정안전부장관의 재결정에 관한 권한쟁의심판 청구가 있는 경우, 개정 지방자치법 제4조 제8항의 소송과 헌법재판소의 권한쟁의심판은 소송물이 다를 뿐 아니라 법원과 헌법재판소의 관계상 헌법재판소가 법원 판결의 기판력의 구속을 받는 것은 아니다. 그러나 양 기관이 상호신뢰에 바탕하여 헌법상 권한배분질서가 유지될 수 있도록 운용의 묘를 발휘하여야 할 것이다.

카. 소결
그렇다면, 이 사건 심판청구는 모두 적법하다고 할 것이고, 개정 지방자치법 제4조 제8항에 의하여 이 사건에 관한 헌법재판소의 권한쟁의심판권이 배제된다고 볼 수 없으므로, 본안판단으로 나아가 이 사건 방조제에 대한 청구인의 자치권한의 유무 및 그 범위에 관하여 판단하여야 한다.

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