# 법인세법  제29조 제1항 제4호 등 위헌확인

## 판시사항

1. 법인세 산출 시 기부금의 손금산입 특례를 규정한 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제73조 제1항 제2호, 제13호에 대하여 기부의 주체가 아닌 기부의 상대방으로 의료법상의 의료법인들인 청구인들이 자기관련성을 갖는지 여부(소극)
2. 신고납세방식의 과세법령에 대하여 기본권침해의 직접성이 인정되지 않는다고 본 사례

## 결정요지

1. 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호에 의하여 기부금의 손금산입을 받을 수 있는 자, 즉 위 조항의 수범자는 기부의 주체인 내국법인이며, 기부의 상대방이 되는 청구인들과 같은 의료법상 의료법인은 위 조항의 직접적인 수범자가 아니라고 할 것인바, 설사 기부의 주체가 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호 소정의 의료법인에 대하여 기부를 하는 경우, 당해 사업연도의 법인세 산출을 위한 소득금액 계산에 있어서 일반 의료법인에 대하여 기부하는 경우에 비하여 넓은 범위에서 손금산입을 받을 수 있게 됨에 따라 구 조특법 조항 소정의 의료법인에 대한 기부를 더 선호하도록 하는 유인으로 작용하게 되고, 그로 인하여 청구인들이 상대적으로 기부를 덜 받게 되는 결과가 야기된다 하더라도 이는 간접적, 사실적 또는 경제적인 불이익에 불과하다고 할 것이고, 법적인 불이익이라고 할 수 없다. 따라서 청구인들은 위 조항에 대하여 자기관련성이 인정되지 않는다.
2. 조세법령의 경우에는 과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되는 부과과세 방식(국세기본법 시행령 제10조의2 제3호)이나 납세의무자가 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확인하고 이에 관
계 세법을 적용하여 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무를 확정시키는 신고납세 방식(국세기본법 시행령 제10조의2 제1호)을 불문하고 과세처분이라는 구체적인 집행행위를 매개로 하여 기본권을 침해하는 것이고, 그 자체로 직접 기본권을 침해하는 것이 아니므로 직접성이 인정되지 않는다. 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호, 지방세법 시행령 제207조는 모두 신고납세 방식의 조세법령에 대한 특례조항으로서, 그에 의거한 구체적 집행행위를 매개로 하여 기본권 침해 여부의 문제가 발생할 수 있을 뿐이므로 기본권 침해의 직접성이 인정되지 않는다.

## 참조조문

헌법재판소법 제68조 제1항
법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제24조(기부금의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 사업연도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)
2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액
② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각 호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 차감한 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “법정기부금의 손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 
1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 기부금품모집규제법의 적용을 받는 기부금품은 동법 제5조 제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한한다.
2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액
3. 천재ㆍ지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액
4. 다음 각 목의 기관(병원을 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금
가. ㆍ사립학교법ㆍ에 의한 사립학교
나. 비영리교육재단(사립학교의 신축ㆍ증설, 시설확충 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 비영리 재단법인에 한한다)
다. ㆍ기능대학법ㆍ에 의한 기능대학
라. ㆍ평생교육법ㆍ에 의한 원격대학형태의 평생교육시설
마. ㆍ경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법ㆍ에 의하여 설립된 외국교육기관
바. ㆍ산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률ㆍ에 의한 산학협력단
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 
당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 3년(법정기부금의 경우에는 1년)이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 이를 손금에 산입한다. 
법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 
1. ㆍ소득세법ㆍ 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배금
2. ㆍ소득세법ㆍ 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, ㆍ상속세 및 증여세법ㆍ 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.
3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의설립ㆍ운영에관한법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.
③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.
1. 해산한 때
2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때
3. 법인으로 보는 단체가 국세기본법 제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)
④ 제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하
여 납부하여야 한다.
⑤ 제1항의 규정은 이 법 또는 다른 법률에 의하여 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 
⑥ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 
⑦ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 
의료법 제33조(개설) ① 생략
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원ㆍ병원ㆍ요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원ㆍ요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.
1.∼2. 생략 
3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 “의료법인”이라 한다)
4.∼5. 생략 
③∼⑧ 생략 
지방세법(2008. 3. 21. 법률 제8974호로 개정된 것) 제72조(청구대상) ① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다. 
② 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다. 
1. 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하는 경우를 제외한다.
2. ㆍ조세범처벌절차법ㆍ에 의한 통고처분
3. ㆍ감사원법ㆍ에 의하여 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
4. 제70조의 규정에 의한 과세전적부심사의 청구에 대한 처분
지방세법(2008. 3. 21. 법률 제8974호로 개정된 것) 제115조(징수방법) 취득세의 징수는 신고납부의 방법에 의한다.
지방세법(2008. 3. 21. 법률 제8974호로 개정된 것) 제250조(징수방법과 납기) ① 사업소세는 신고납부의 방법에 의하여 징수한다.
②∼④ 생략
국세기본법 시행령 제10조의2(납세의무의 확정) 법 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다. 
1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우에는 그 결정하는 때
2의2. 종합부동산세에 있어서는 정부가 종합부동산세의 과세표준과 세액을 결정하는 때. 다만, 납세의무자가 ㆍ종합부동산세법ㆍ 제16조 제3항에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우에는 그 신고하는 때로 한다.
3. 제1호 및 제2호의2 이외의 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때
법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정된 것) 제36조(지정기부금의 범위) ① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다. 
1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금
가. ㆍ사회복지사업법ㆍ에 의한 사회복지법인
나. ㆍ초ㆍ중등교육법ㆍ 및 ㆍ고등교육법ㆍ에 의한 학교, ㆍ기능대학법ㆍ에 의한 기능대학 또는 ㆍ평생교육법ㆍ에 의한 원격대학
다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체
라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체(ㆍ문화예술진흥법ㆍ에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체
마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체
바. ㆍ의료법ㆍ에 의한 의료법인
사. 가목 내지 바목의 지정기부금단체등과 유사한 것으로서 재정경제부령이 정하는 지정기부금단체등
아.∼타. 삭제 
2. 다음 각목의 기부금
가. ㆍ초ㆍ중등교육법ㆍ 및 ㆍ고등교육법ㆍ에 의한 학교의 장, ㆍ기능대학법ㆍ에 의한 기능대학의 장 또는 ㆍ평생교육법ㆍ에 의한 원격대학의 장이 추천하는 개인에게 교육비ㆍ연구비 또는 장학금으로 지출하는 기부금
나. ㆍ상속세 및 증여세법 시행령ㆍ 제14조 각 호의 요건을 갖춘 공익신탁으로 신탁하는 기부금
다. 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 재정경제부령이 정하는 기부금
라.∼마. 삭제
3. 제19조 제11호의 규정에 의한 회비중 특별회비와 동호의 규정에 의한 조합 또는 협회외의 임의로 조직된 조합 또는 협회에 지급한 회비
② 법인으로 보는 단체 중 제56조 제1항 각 호의 규정에 의한 지정기부금대상단체를 제외한 단체의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 이를 제1항 본문의 규정에 의한 기부금으로 본다. 
③ 제1항 제1호 본문 및 제2항에서 “고유목적사업비”라 함은 당해 비영리법인 또는 단체
에 관한 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업(보건 및 사회복지사업중 의료업을 제외한다)외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다. 
④ 법 제24조의 규정에 의하여 기부금을 지출한 법인이 손금산입을 하고자 하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 기부금영수증을 받아서 보관하여야 한다.
법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정된 것) 제38조(기부금의 손금산입 범위 등) ① 법 제24조 제2항 제1호의 규정에 의한 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액에는 법인이 개인 또는 다른 법인에게 자산을 기증하고 이를 기증받은 자가 지체 없이 다시 국가 또는 지방자치단체에 기증한 금품의 가액과 ㆍ한국은행법ㆍ에 의한 한국은행이 ㆍ국제금융기구에의 가입조치에 관한 법률ㆍ 제2조 제2항의 규정에 의하여 출연한 금품의 가액을 포함한다. 
② 법 제24조 제2항 제2호의 국방헌금에는 ㆍ향토예비군설치법ㆍ에 의하여 설치된 향토예비군에 직접 지출하거나 국방부장관의 승인을 얻은 기관 또는 단체를 통하여 지출하는 기부금을 포함한다. 
③ 법인이 ㆍ조세특례제한법ㆍ 제73조 또는 법 제24조의 규정에 의한 기부금을 지출한 경우 다음 각 호의 구분에 의한 금액의 범위 안에서 당해 기부금을 순차적으로 손금에 산입한다. 
1. ㆍ조세특례제한법ㆍ 제73조 제1항 제1호의 규정에 의한 기부금(이하 이 항에서 “문화예술진흥기부금”이라 한다)과 법 제24조 제2항 각 호의 기부금(이하 이 항에서 “법정기부금”이라 한다)의 경우 다음 산식에 의하여 계산한 금액
당해 사업연도 소득금액(기부금을 손금산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)－이월결손금(법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)
2. ㆍ조세특례제한법ㆍ 제73조의 규정에 의한 기부금(문화예술진흥기부금을 제외한다)의 경우 다음 산식에 의하여 계산한 금액
(당해 사업연도 소득금액－이월결손금－문화예술진흥기부금－법정기부금)×100분의 50
3. 법 제24조 제1항의 규정에 의한 지정기부금의 경우 다음 산식에 의하여 계산한 금액
(당해 사업연도 소득금액－이월결손금－법정기부금－ㆍ조세특례제한법ㆍ 제73조의 규정에 의한 기부금)×100분의 5
④ 법 제24조 제3항의 규정을 적용함에 있어서 동조 제1항의 규정에 의한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 이월된 각 사업연도에 있어서 지정기부금이 동조 제1항의 규정에 의한 손금산입한도액에 미달하는 경우에 한하여 그 미달하는 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다.
⑤ 법인이 법 제24조 및 ㆍ조세특례제한법ㆍ 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 지출한 때에는 법 제24조 제1항의 규정에 의한 지정기부금과 동조 제2항의 규정에 의한 기부금 및 ㆍ조세특례제한법ㆍ 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 구분하여 작성한 재정경제부령이 정하는 기부금명세서를 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 납세지 관할세무서장
에게 제출하여야 한다.

## 참조판례

1. 헌재 2006. 10. 26. 2004헌마13, 판례집 18-2, 393, 401
2. 헌재 1994. 4. 28. 92헌마280, 판례집 6-1, 443, 446
헌재 2001. 1. 18. 2000헌마80, 판례집 13-1, 163

## 전문

【당 사 자】
청 구 인의료법인 백산의료재단 외 37([별지 1] 기재와 같다)
대리인 법무법인 정세
담당변호사 이승문 외 4인【주 문】
이 사건 심판청구를 모두 각하한다.【이 유】
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인들은 모두 의료법 소정(의료법 제33조 제2항 제3호)의 의료법인들로서, 청구인 의료법인 인천사랑의료재단은 2006. 8. 31. 인천세무서에 2006년도 귀속 법인세 중간예납분 5,188,670원을 신고&#183;납부하였고, 의료법인 구봉의료재단 세왕병원은 같은 날 2006년도 귀속 법인세 중간예납분 303,470원을 위 세무서에 신고&#183;납부하였으며, 청구인 의료법인 동신의료재단은 2006. 10. 9. 서울 서대문구 홍은동 427-1 2층 제1호 부동산을 취득하고 2006. 11. 7. 서대문구청에 취득세를 신고&#183;납부하였다.
(2) 청구인들은 기부금에 대한 과세 특례의 적용대상을 정한 구 조세특례제한법 제73조 제1항 제2호, 제13호, 고유목적사업준비금의 손금산입 특례의 적용대상을 정한 구 조세특례제한법 제74조 제1항, 용도구분에 의한 취득세와 사업소세의 각 비과세 대상을 정한 지방세법 제107조, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항, 지방세법 시행령 제207조 등이 대학병원 등 특별법에 의하여 설립된 법인에 대한 조세특례의 혜택을 부여하면서, 그와 성격이 다르지 않은 청구인들과 같은 의료법상 일반 의료법인을 그 적
용대상에서 제외하고 있는 것이 자신들의 평등권과 재산권을 침해하여 위헌이라고 주장하면서 2006. 11. 8. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 심판의 대상
청구인들은 법인세법 제24조 제1항, 법인세법 제29조 제1항 제4호도 헌법소원심판 청구대상으로 들고 있으나, 청구이유를 살펴보면 위 법인세법 규정들에 대한 조세특례 규정인 구 조세특례제한법 규정들의 위헌 확인을 구하고 있는 것이 분명하므로, 위 법인세법 규정들은 심판대상에서 제외함이 상당하다.
따라서 이 사건 심판대상은 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제73조 제1항 제2호, 제13호, 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’ 이라 한다) 제79조 제1항 제2호, 지방세법 시행령(1988. 5. 7. 대통령령 제12447호로 개정된 것, 이하 ‘지방세법 시행령’이라 한다) 제207조(이하 위 조항들 모두를 가리켜 ‘이 사건 법률조항들’이라 한다)가 청구인들의 기본권을 침해하는지 여부이며, 그 구체적인 내용은 다음과 같고, 관련조항은 [별지 2] 기재와 같다.
〔심판대상조항〕
구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제73조(기부금의 과세특례) ① 내국인이 2006년 12월 31일 이전에 다음 각 호의 1에 해당하는 기부금을 지출한 경우에는 당해 과세연도의 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제하거나, 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다. 이 경우 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제함에 있어 그 공제금액은 종합소득금액에서 ?소득세법? 제34조 제2항의 규정에 의한 기부금을 공제한 금액에 100분의 50(제1호의 경우에는 100분의 100)을 곱하여 계산한 금액을 한도로 하고, 기부금 손금산입 한도액을 계산함에 있어서 제1호의 기부금은 ?소득세법? 제34조 제2항의 기부금으로 본다.
2.법인이 다음 각 목의 병원에 시설비ㆍ교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금
가.?사립학교법?에 의한 사립학교가 운영하는 병원
나.?국립대학병원 설치법?에 의한 국립대학병원
다.?서울대학교병원 설치법?에 의한 서울대학교병원
라.?서울대학교치과병원 설치법?에 의한 서울대학교치과병원
마.?대한적십자사 조직법?에 의하여 설립된 대한적십자사가 운영하는 병원
13.국립암센터법에 의한 국립암센터에 지출하는 기부금
제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 법인에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제29조의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설 안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1.사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인
2.사회복지사업법에 의한 사회복지법인
3.국립대학병원설치법에 의한 국립대학병원, 서울대학교병원설치법에 의한 서울대학교병원, 서울대학교치과병원설치법에 의한 서울대학교치과병원 및 국립암센터법에 의한 국립암센터
지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1.제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득
제245조의2(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 사업소세를 부과하지 아니한다.
1.제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다.
구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
1.종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
2.?초ㆍ중등교육법? 및 ?고등교육법?에 의한 학교를 경영하는 자 및 ?평생교육법?에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체
3.?사회복지사업법?의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인
지방세법 시행령(1988. 5. 7. 대통령령 제12447호로 개정된 것) 제207조(비영리사업자의 범위) 법 제245조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조 제1항 제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말한다.
2. 청구인들의 주장 및 이해관계기관의 의견
가. 청구인들의 주장요지
(1) 이 사건 법률조항들은 모두 신고납세 방식의 조세에 관한 규정인바, 청구인들은 스스로 과세표준을 확인하여 세율을 적용, 세액을 산출하여 신고, 납부할 의무를 부담하고, 이를 게을리하면 가산세를 부담하게 되며, 행정청이 신고납부세액을 수령하는 것은 행정처분이 아니어서 이를 행정소송으로 다툴 수 없다. 따라서 이 사건 법률조항들은 과세법령 그 자체가 납세의무자에게 직접적인 법적 부담을 가하고 있으므로 기본권 침해의 직접성이 인정된다.
(2) 청구인들과 같이 매년 법인세를 신고&#183;납부하여야 할 의무가 부과되어 있어 계속적&#183;반복적인 기본권 침해의 우려가 존재하는 경우에는 법적 안정성보다 기본권 침해에 대한 구제가 우선되어야 할 것인바, 침해가 발생하는 각 별로 청구기간을 기산하여야 할 것이므로 청구기간 도과의 위법이 없다.
(3) 의료법상 일반 의료법인과 이 사건 법률조항 소정의 대학병원 등 대형병원들은 서로 본질적인 차이가 없고, 오히려 중소규모의 의료법인들은 저소득층에 해당하는 기초수급대상자에 대한 의료급여 진료실적이 대부분을 차지하여 공공성이 더욱 크다. 그럼에도 불구하고 이 사건 법률조항들은 기부자에 대한 법인세의 손금산입의 범위, 고유목적사업준비금에 대한 손금산입의 범위, 지방세법상 취득세 및 사업소세의 비과세 요건 등 조세에 대한 감면 및
지원 정책을 대학병원 등과 같은 대형병원들에 집중하고 있는바, 이는 합리적 이유가 없는 차별로서 의료법상 일반 의료법인인 청구인들의 평등권을 침해하고, 청구인들에 대한 조세 부과에 있어서 과잉금지원칙에 위배되어 재산권을 침해한다.
나. 이해관계인 국세청장, 재정경제부, 행정자치부 장관의 의견요지
(1) 이 사건 법률조항들은 모두 신고납세 방식에 의한 조세들로서 부과징수 방식에 의한 조세의 경우와 마찬가지로 종국적인 과세처분이라는 공권력의 행사를 통하여 비로소 기본권 침해가 현실화되는 것이므로, 기본권 침해의 직접성이 인정되지 않는다.
또한, 청구인들 중 가장 최근에 의료법인을 설립한 청구인 의료법인 청심의료재단의 경우를 보더라도 그 법인 성립일은 2002. 12. 17.이고, 이 사건 법률조항들은 모두 위 법인의 성립일 이전부터 시행되어 왔으며, 청구인들의 헌법소원심판청구일은 2006. 11. 8.이므로, 이 사건 심판청구는 모두 이 사건 법률조항의 시행일로부터, 또는 청구인들이 주장하는 사유 발생일로부터 1년의 청구기간이 도과한 후에 제기된 것으로서 부적법하다.
(2) 대학병원 등은 의료법상의 일반 의료법인과는 달리, 환자에게 의료용역을 제공하는 외에 각 법인의 설립 근거 법률에서 규정하는 의학 발전의 도모, 국민보건의 향상, 사립학교의 건전한 발달, 사회복지의 증진 등 특별한 목적을 지니고 있어 강한 공익적 성격이 인정되고, 그 설립목적, 경영원칙, 목적사업, 운영형태, 재정지원 및 감독 등의 면에서 일반 의료법인보다 더  엄격한 법률적 규제를 받고 있어 조세의 지원 및 경감을 해 줄 필요성도 일반 의료법인에 비하여 훨씬 크다. 따라서 이 사건 법률조항들이 일반 의료법인과 대학병원 또는 특별 의료법인 등을 달리 취급하고 있는 것은 각 법인의 성격의 본질적 차이에 따른 것으로서 합리적 이유가 있다고 할 것이므로 청구인들의 평등권을 침해하지 아니한다. 나아가 청구인들은 조세혜택의 기회 및 기부금을 더 받을 수 있는 기회를 재산권의 내용으로 주장하고 있으나, 이는 단순한 기대이익으로서 헌법상 재산권의 보호영역에 포함되지 않으며, 특히 이 사건 법률조항들 중 지방세법 조항들에 의하여는 의료법인의 재산에 대한 이용&#183;수익&#183;처분의 권한이 중대한 제한을 받게 된다고 볼 수 없으므로 재산권의 제한이 있다고 보기 어렵다.
3. 판  단
가. 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호
헌법소원은 원칙적으로 자기의 기본권을 침해당하고 있는 자만이 제기할 수 있고, 공권력 작용에 단지 간접적, 사실적 또는 경제적인 이해관계로만 관련이 있는 제3자에게는 자기관련성이 인정되지 않는다(헌재 2006. 10. 26. 2004헌마13, 판례집 18-2, 393, 401 참조).
구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호는 내국법인의 법인세 과세표준 산출 시 각 사업연도의 소득금액의 계산에 있어서 기부금에 대한 손금산입의 범위를 정한 규정이다. 기부금이란 법인이 특수관계가 없는 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액을 말하는바(법인세법 시행령 제35조 제1호), 법인의 순자산감소의 원인이기는 하지만 기업활동과는 무관한 지출로서 본래 수익에 대응하는 비용으로 인정되기는 어렵고, 다만 사회적으로 유익한 경우가 있으므로 법인세법은 그 공익성의 정도에 따라 특정한 목적의 기부금에 대해서만 그 범위를 달리하여 손금에 산입하도록 하고 있다.
이 사건 법률조항들 중 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호는 내국법인이 위 각 호 소정의 병원에 대하여 시설비ㆍ교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금에 대해서는 당해 사업연도의 소득금액에서 이월결손금, 법정기부금, 정치자금기부금을 차감한 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액의 한도 내에서 손금에 산입하도록 함으로써, 청구인들과 같은 일반 의료법인에 대하여 지출하는 기부금에 적용되는 법인세법 제24조 제1항의 기부금의 손금산입 범위(법인세법 시행령 제24조 제1항, 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 바. 목, 제38조 제1항 제3호)에 비하여 더 넓은 범위에서 손금에 산입할 수 있도록 하는 조세특례 조항이다.
청구인들은 이와 같이 기부주체의 법인세액 계산 시 기부대상에 따라서 손금산입의 범위를 달리하고 있는 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호가 청구인들의 평등권을 침해한다고 주장한다.
그러나 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호에 의하여 기부금의 손금산입을 받을 수 있는 자, 즉 위 조항의 수범자는 기부의 주체인 내국법인이며, 기부의 상대방이 되는 청구인들과 같은 의료법상 의료법인은 위 조항의 직접적인 수범자가 아니라고 할 것이다. 설사 기부의 주체가 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호 소정의 의료법인에 대하여 기부를 하는 경우, 당해 사업연도의 법인세 산출을 위한 소득금액 계산에 있어서 일반 의료법인에 대하여 기부하는 경우에 비하여 넓은 범위에서 손금산입을 받을 수 있게 됨에 따라
구 조특법 조항 소정의 의료법인에 대한 기부를 더 선호하도록 하는 유인으로 작용하게 되고, 그로 인하여 청구인들이 상대적으로 기부를 덜 받게 되는 결과가 야기된다 하더라도 이는 간접적, 사실적 또는 경제적인 불이익에 불과하다고 할 것이고, 법적인 불이익이라고 할 수 없다.
따라서 청구인들의 이 사건 헌법소원심판 중 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호에 대한 청구 부분은 자기관련성을 흠결하여 부적법하다.
나. 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호 등
기본권침해의 직접성이란 집행행위에 의하지 아니하고 법령 그 자체에 의하여 자유의 제한, 의무의 부과, 법적 지위의 박탈이 발생하는 경우를 말하므로, 당해 법령에 근거한 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 기본권침해의 법률효과가 발생하는 경우에는 직접성의 요건이 인정되지 않는다(헌재 1994. 4. 28. 92헌마280, 판례집 6-1, 443, 446 참조).
조세법령의 경우에는 과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되는 부과과세 방식(국세기본법 시행령 제10조의2 제3호)이나 납세의무자가 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확인하고 이에 관계 세법을 적용하여 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무를 확정시키는 신고납세 방식(국세기본법 시행령 제10조의2 제1호)을 불문하고 과세처분이라는 구체적인 집행행위를 매개로 하여 기본권을 침해하는 것이고, 그 자체로 직접 기본권을 침해하는 것이 아니므로 직접성이 인정되지 않는다고 할 것이다(헌재 2001. 1. 18. 2000헌마80, 판례집 13-1, 163 참조).
법인세는 신고납세 방식의 조세인바(국세기본법 시행령 제10조의2 제1호), 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호는 위 조항 각 호에 게기된 법인에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 수익사업에서 발생한 소득의 전부를 손금에 산입할 수 있도록 하여, 법인세법 제29조 제1항 제3호의 고유목적사업준비금의 손금산입 범위에 비하여 넓은 범위 내에서 손금산입이 가능하도록 한 조세특례 조항이다.
취득세 및 사업소세 또한, 신고납세 방식의 조세로서(지방세법 제115조, 제250조 제1항), 지방세법 제107조 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호는 취득세의 비과세 요건을 정한 규정이고, 지방세법 제245조의2 제1항 제1호, 지방세법 시행령 제207조는 사업소세의 비과세 요건을 정한 규정인바, 위 조항들은 공공성과 공익성이 특히 강하여 각 조항 소정의 비영리사업자의 조
세부담을 경감시킬 필요성이 있다고 인정되는 경우에는 용도 구분에 따라 취득세와 사업소세를 부과하지 아니하도록 하는 조세특례 조항이다.
결국 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호, 지방세법 시행령 제207조는 모두 신고납세 방식의 조세법령에 대한 특례조항으로서, 그에 의거한 구체적 집행행위를 매개로 하여 기본권 침해 여부의 문제가 발생할 수 있을 뿐이므로 기본권 침해의 직접성이 인정되지 않는다고 할 것이고, 따라서 이 부분 헌법소원심판 청구는 부적법하다.
4. 결  론
그렇다면 이 사건 헌법소원심판청구는 모두 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.