# 구 국세기본법 제45조의2 제1항 위헌소원

## 판시사항

가. 경정청구기간을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 정하고 있는 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 본문 중 “법정신고기한이 지난 후 3년 이내” 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 청구인들의 재판청구권을 침해하는지 여부(소극)
나. 법 개정으로 경정청구기간이 5년으로 연장되었음에도 불구하고 2015. 1. 1. 이전에 이미 3년의 기간이 경과한 분에 대해서는 종전 규정을 적용한다고 정하고 있는 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제2항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)이 평등원칙에 위배되는지 여부(소극)

## 결정요지

가. 경정청구기간을 제한하는 것은 납세의무자가 그 기한 내에 자신의 과세표준 및 세액을 충분히 검토하도록 하여 기한 내 신고의 적정을 기함과 동시에, 조세법률관계의 조기안정, 세무행정의 능률적 운용 등 제반요청을 만족시키기 위한 것이다. 그리고 경정청구가 납세의무자에게 유리한 변경을 도모하고자 하는 것이어서 납세의무자가 보다 적극적으로 자료를 수집하고 과세표준 및 세액이 정확하게 계산되었는지 여부를 검토할 것이라는 점에 비추어 보면, 3년이라는 기간은 납세의무자 스스로 원시적으로 존재하였던 사유를 발견하는 데에 결코 짧은 기간이 아니다. 또한, 과세관청은 세무조사 등을 하지 않고서는 납세의무자가 신고한 과세표준이나 세액의 당부를 알기 어려워 신고된 과세표준 및 세액에 오류나 탈루가 있다고 할지라도 이를 신속하게 경정하기 어려우므로, 경정청구기간을 국세부과의 제척기간에 비해 짧게 정하였다는 이유만으로 이 사건 법률조항이 입법재량을 일탈한 것이라고 볼 수도 없다. 나아가 이 사건 법률조항이 경정청구기간을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 일률적으로 제한하고, 과세표준신고서에 기재된 과세표준이나 세액에 오류가 발생하게 된 데 당사자의 귀책사유가 없는 경우 등에 대한 일체의 예외를 마련하지 않고 있는 것은 조세행정의 원활한 운영과 조세법률관계의 조속한 안정을 달성하기 위한 것으로, 여기에도 합리적 이유가 있다. 따라서 이 사건 법률조항은 청구인들의 재판청구권을 침해하지 아니한다. 
나. 입법자는 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 국세기본법 제45조의2 제1항을 개정하여 경정청구기간을 3년에서 5년으로 연장하면서, 이미 확정된 조세법률관계에도 개정된 조항을 적용하게 되면 조세행정의 안정성을 해하고 국가재정에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 점을 고려하여, 개정 국세기본법 제45조의2 제1항이 시행되는 2015. 1. 1. 이전에 이미 3년의 청구기간이 경과한 사람들에게는 위 개정 조항을 적용하지 아니한다고 정하였는바, 여기에는 합리적인 이유가 있다. 따라서 이 사건 부칙조항은 평등원칙에 위배되지 아니한다.

## 심판대상조문

구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 본문 중 “법정신고기한이 지난 후 3년 이내” 부분 
국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제2항

## 참조조문

헌법 제11조, 제27조 제1항, 제37조 제2항
구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되고, 2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항
국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정한 것) 제45조의2 제1항
국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제1항

## 참조판례

가. 헌재 2004. 12. 16. 2003헌바78, 판례집 16-2하, 472, 484-487 헌재 2009. 5. 28. 2006헌바104, 판례집 21-1하, 529, 539
나. 헌재 2012. 5. 31. 2009헌마553, 판례집 24-1하, 529, 536 헌재 2012. 8. 23. 2011헌바169, 판례집 24-2상, 540, 550-551

## 전문

[당 사 자]
청 구 인 (2015헌바195)
 1. 한국철도시설공단
대표자 이사장 강○일
대리인 법무법인(유한) 주원
 담당변호사 조상규
 (2016헌바251)
 2. 오○영
 3. 오○환
 4. 오□영
 5. 오○정
 청구인 2 내지 5의 대리인 변호사 황성필
당해사건 1. 대전지방법원 2013구합2855 부가가치세경정거부처분무효확인 등(2015헌바195)
 2. 서울행정법원 2015구합8107 상속세경정거부처분취소(2016헌바251)
[주 문]
구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 본문 중 “법정신고기한이 지난 후 3년 이내” 부분 및 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제2항은 헌법에 위반되지 아니한다. 
[이 유]
1. 사건개요
가. 2015헌바195 사건
(1) 청구인 한국철도시설공단은 2008. 5. 9. 한국철도공사에 고속철도선로 등 사용용역을 공급하고, 한국철도공사로부터 선로사용료를 지급받기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 청구인은 2008. 7. 25. 대전세무서장에게 위 계약과 관련하여 2008년도 제1기분 부가가치세에 관한 신고를 하고, 수정신고, 경정청구 및 환급을 거쳐 조세심판원의 결정에 따라 2012. 3. 16. 재차 수정신고(이하 ‘최종 수정신고’라 한다)를 하였다가, 2012. 3. 29. 최종 수정신고가 부당하여 취하한다고 주장하면서 2008년도 제1기분 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 대전세무서장은 2012. 5. 16. 청구인의 최종 수정신고가 정당하여 경정청구를 받아들일 수 없다는 이유로 청구인의 경정청구에 대한 거부결정(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)을 통지하였다. 
(2) 이에 청구인은 조세심판원에 대한 심판청구를 거쳐 이 사건 제1처분의 무효확인 또는 취소를 구하는 소를 제기하고(대전지방법원 2013구합2855), 위 소송 계속 중이던 2014. 5. 14. 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 대한 위헌법률심판제청신청을 하였으나(대전지방법원 2014아156), 2015. 5. 18. 위 신청이 기각되자, 2015. 5. 20. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 2016헌바251 사건
(1) 청구인 오○영, 오○환, 오□영, 오○정은 청구외 망 이○수의 상속인들로, 2011. 3. 31. 성북세무서장에게 성남시 분당구 ○○동 ○○외 8필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 포함한 상속재산에 대하여 상속세 과세표준신고를 하였으며, 성북세무서장은 개별공시지가인 6,546,919,135원을 기준으로 평가한 가액을 시가로 보아 청구인들에게 상속세를 부과하였다. 이후 성북세무서장은 이 사건 토지를 공매처분하기 위하여 한국자산관리공사에 위탁하였는데, 그 과정에서 감정평가법인은 이 사건 토지의 감정가액을 5,560,598,000원으로 평가하였다. 이에 청구인들은 2015. 7. 9. 성북세무서장에게 이 사건 토지의 시가를 위 감정가액으로 하여 상속세액을 경정해 달라는 내용의 경정청구를 하였다. 그러나 성북세무서장은 청구인들이 상속세 과세표준 신고기한인 2011. 3. 31.로부터 3년이 도과한 2015. 7. 9. 상속세경정청구를 하였다는 이유로, 2015. 9. 3. 청구인들의 경정청구에 대한 거부결정(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 한다)을 통지하였다. 
(2) 이에 청구인들은 이 사건 제2처분의 취소 및 과오납한 상속세의 환급을 구하는 소를 제기하고(서울행정법원 2015구합8107), 위 소송 계속 중이던 2016. 4. 26. 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항, 제2항, 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제45조의2 제1항, 제2항, 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제1항, 제2항에 대한 위헌법률심판제청신청을 하였으나(서울행정법원 2016아10717), 2016. 6. 15. 국세기본법 제45조의2 제1항 및 제2항, 국세기본법 부칙 제7조 제1항, 구 국세기본법 제45조의2 제2항에 대한 신청은 각하되고, 구 국세기본법 제45조의2 제1항, 국세기본법 부칙 제7조 제2항에 대한 신청은 기각되자, 2016. 6. 21. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다. 
2. 심판대상
가. 2015헌바195 사건
청구인은 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 전체의 위헌확인을 구하고 있으나, 청구인은 경정청구기간을 3년으로 제한하고 있는 것의 위헌성만을 주장하고 있으므로 심판대상을 이와 관련된 부분으로 한정하기로 한다.
나. 2016헌바251 사건
청구인들은 ① 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 및 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제45조의2 제1항, ② 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되고, 2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 및 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정된 것) 제45조의2 제2항, ③ 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제1항 및 제2항의 위헌확인을 구하고 있다. 
우선 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되고, 2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 및 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정된 것) 제45조의2 제2항은 후발적 사유에 의하여 과세표준 및 세액 등의 계산의 기초에 변동이 생긴 경우 그 경정을 청구할 수 있도록 정한 후발적 경정청구제도에 관한 규정이다. 그런데 청구인들은 위 조항들의 각 호에서 정하고 있는 사유에 해당하는 바가 없으며 후발적 경정청구의 사유나 기간의 위헌성에 대해서도 전혀 주장하지 아니하고 있으므로, 위 조항들은 심판대상에서 제외하기로 한다. 또한, 청구인들의 상속개시일은 2010. 9. 21.이고, 상속세 과세표준 신고기한은 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 후인 2011. 3. 31.이므로(상속세 및 증여세법 제67조 제1항), 청구인들의 경정청구기간은 개정된 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제45조의2 제1항이 시행되기 이전인 2014. 3. 31.에 이미 도과하였다. 따라서 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제2항에 따라 청구인들에게는 개정된 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제45조의2 제1항이 아닌 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항이 적용된다. 그러므로 개정된 국세기본법 제45조의2 제1항과 경정청구기간이 도과하지 아니하였음을 전제로 위 개정 조항의 적용례를 정하고 있는 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제1항은 청구인들에게 적용되는 조항이 아니고, 청구인들 역시 위 조항들의 독자적인 위헌성을 전혀 주장하지 않고 있으므로, 위 조항들 역시 심판대상에서 제외하기로 한다. 
한편, 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항과 관련하여 청구인들은 경정청구기간을 3년으로 제한하고 있는 것의 위헌성만을 주장하고 있으므로 심판대상을 이와 관련된 부분으로 한정하기로 한다.
다. 소결
따라서 이 사건의 심판대상은 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 본문 중 “법정신고기한이 지난 후 3년 이내” 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다) 및 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제2항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)의 위헌 여부이다. 심판대상조항의 내용은 다음(이 사건 법률조항은 밑줄 부분)과 같고 관련조항의 내용은 [별지]와 같다. 
[심판대상조항]
구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되고, 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 
제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (단서 생략)
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 
제7조(경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등) ② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 
3. 청구인들의 주장요지
가. 이 사건 법률조항에 대한 주장요지
(1) 법정신고기한 내 신고의 적정화, 조세법률관계의 조기안정 및 세무행정의 능률적 운용이라는 이 사건 법률조항의 입법목적은 정당하나, 이 사건 법률조항에서 정하고 있는 경정청구기간은 지나치게 단기여서 경정청구의 취지를 반영할 수 없다. 또한, 경정청구기간의 도과에 당사자의 귀책사유가 없는 경우에 대한 예외규정도 전혀 마련하지 아니한 채 3년이라는 기간이 도과하면 일률적으로 법률관계를 확정시키고 있는 것은 지나친 제한이 아닐 수 없다. 그리고 경정청구의 기간을 다소 늘린다거나 당사자의 귀책사유가 없는 경우에 대한 예외사유를 마련한다고 할지라도 조세채권채무관계의 조속한 확정에 커다란 장애가 된다고 볼 수 없는 반면, 납세의무자의 입장에서는 경정청구기간을 경과한 이후에는 구제받을 수 있는 방법이 없으므로, 이 사건 법률조항은 과잉금지원칙에 위배되는 것으로 청구인들의 재산권을 침해한다. 
(2) 과세표준 및 세액 등이 과다신고되었는데 납세의무자가 이 사건 법률조항이 정하는 기간 내에 경정청구를 하지 아니한 경우, 납세의무자는 경정청구 외의 다른 구제수단에 의해 그 감액을 주장하는 것이 허용되지 아니하고, 가사 경정청구를 거부하는 취지로 결정한 과세관청 처분의 취소를 구하는 소를 제기한다고 할지라도 법원은 소를 각하할 수밖에 없으므로, 이로 인해 청구인들의 재판청구권이 침해된다. 
(3) 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 경우 국세부과의 제척기간은 5년이고, 국세징수의 소멸시효 기간은 5억 원 이상의 국세의 경우에는 10년, 5억 원 미만의 국세의 경우에는 5년이라는 점을 고려할 때, 이 사건 법률조항은 과세관청과 납세의무자를 합리적인 이유 없이 차별취급하고 있는 것으로 평등원칙에 위배된다. 
나. 이 사건 부칙조항에 대한 주장요지
이 사건 부칙조항은 경정청구기간을 5년으로 연장한 개정 조항이 시행되기 전에 이미 3년의 경정청구기간이 경과한 부분에 대해서는 합리적인 이유 없이 개정 조항이 아닌 이 사건 법률조항을 적용하도록 정함으로써, 평등원칙에 위배된다. 
4. 판단
가. 경정청구제도의 의의 및 연혁
(1) 경정청구제도의 의의
(가) 조세채무의 확정은 조세의 납부 또는 징수를 위하여 세법이 정하는 바에 따라 납부할 세액을 납세의무자 또는 세무관청의 일정한 행위나 절차를 거쳐서 구체적으로 확정하는 것을 의미한다. 조세채무의 확정방식에는 자동확정방식, 신고납세방식, 부과과세방식이 있다. 자동확정방식의 경우 납부하여야 할 세액은 납세의무의 성립과 동시에 특별한 절차를 필요로 하지 않고 법규가 정한 바에 따라 당연히 확정되므로 그 이후에는 징수의 문제만이 남게 된다. 반면 신고납세방식과 부과과세방식의 경우에는 신고, 수정신고, 부과처분, 경정처분의 모든 단계 또는 일부 단계를 거쳐 조세채무가 확정된다. 따라서 납세의무자의 신고는 신고납세방식 및 부과과세방식의 조세확정절차에 있어 매우 중요한 절차인데, 과세표준과 세액을 잘못 신고하여 세법에 규정된 과세표준과 세액에 미달하거나 초과하여 신고하게 된 경우에 인정되는 제도가 바로 수정신고 또는 경정청구제도이다.
수정신고란 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못하거나, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과한 경우, 정산 과정에서의 누락 등으로 인해 불완전한 신고를 하였을 경우에 과세관청이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 수정ㆍ보완한 과세표준수정신고서를 제출할 수 있는 것을 의미한다(국세기본법 제45조). 이에 비해 경정청구란 납세의무자가 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 과세표준 및 세액을 신고하였거나, 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못하는 금액을 신고한 경우에 세액의 경정을 청구할 수 있는 것을 의미한다(국세기본법 제45조의2). 이처럼 수정신고와 경정청구는 납세신고에 있어서 오류 등으로 세법이 정한 정당한 세액을 신고하지 못한 경우에 이를 바로잡는 것으로 모두 구체적 조세채무를 확정함에 있어 중요한 단계라는 점에서 공통점을 가지나, 수정신고는 세액의 증액을 구하는 것이고 경정청구는 세액의 감액을 구하는 것이라는 점에서 차이가 있다. 
(나) 경정청구제도는 객관적으로 존재하는 진실한 세액을 초과하여 착오 등으로 과다신고ㆍ납부한 경우에 이를 시정하거나 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액 등의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 납세의무자의 이익을 위하여 그러한 사정을 반영하여 시정하게 하는 법적 장치로(헌재 2000. 2. 24. 97헌마13등 참조), 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자에게 부여된 권리구제수단이다. 경정청구제도는 1994. 12. 22. 법률 제4810호로 국세기본법이 개정될 당시에 신설되었다. 이전의 국세기본법 제45조는 증액수정 및 감액수정을 포괄하는 수정신고제도만을 마련하고, 과세표준이나 세액 등이 후발적 사유에 의해 변동된 경우 이를 시정할 수 있는 수단을 마련하지 아니하고 있었다. 그러나 이에 대해 감액수정신고와 증액수정신고는 그 효과가 서로 다르므로 이를 구분하여 규정할 필요성이 있고, 후발적 사유에 의한 수정이나 경정을 인정하여야 한다는 비판이 계속되자, 입법자는 과소신고에 대한 수정신고와 과다신고에 대한 경정청구를 구분하여 규정하면서 후발적 사유에 의한 경정청구를 인정하였던 것이다. 
납세의무자가 경정청구를 하면 관할 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나, 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다(국세기본법 제45조의2 제3항). 관할 세무서장의 통지를 받은 납세의무자는 국세청장에게 심사를 청구하거나(국세기본법 제61조 제1항, 제62조 제1항), 조세심판원에 심판을 청구할 수 있으며(국세기본법 제69조 제1항), 그 결정에 불복하여 행정소송을 제기할 수도 있다. 경정청구를 한 후 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에도 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심사청구, 심판청구를 할 수 있으며, 관할 세무서장의 부작위의 위법확인을 구하는 행정소송을 제기할 수 있다. 
(2) 경정청구기간의 연혁
경정청구제도가 1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정된 국세기본법 제45조의2에서 처음으로 마련될 당시에는 통상적 경정청구기간을 법정신고기한 경과 후 1년 이내로 규정하고 있었으며, 후발적 경정청구기간을 사유발생일로부터 2월 이내로 정하고 있었다. 이후 2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정된 국세기본법 제45조의2에서 납세의무자의 권익보호를 위하여 경정청구권의 청구기간을 법정신고기한 경과 후 2년 이내로 연장함과 동시에, 후발적 사유에 의한 경정청구도 ‘사유발생일’로부터 2월에서 ‘사유가 발생한 것을 안 날’로부터 2월로 보완하였으며, 2005. 7. 13. 국세기본법을 법률 제7582호로 개정하면서 통상적 경정청구기간을 다시 2년에서 3년으로 연장하여 권리구제의 폭을 더욱 넓혔다.
그러나 기업과세의 경우 실무적으로 신고 후 2∼3년이 경과하여야 실제 조사가 이루어진다는 점을 고려할 때 3년의 기간이 지나치게 단기라는 비판이 계속되었고, 이에 입법자는 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 국세기본법 제45조의2 제1항을 개정하여 통상적 경정청구기간을 3년에서 5년으로 연장하였다.
나. 이 사건 법률조항의 위헌 여부
(1) 쟁점의 정리
(가) 납세의무자는 과다신고된 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구를 하고 과세관청이 경정청구에 대한 거부통지를 하거나 아무런 통지를 하지 아니한 경우에 비로소 그 거부처분 또는 부작위를 다투는 행정소송을 제기할 수 있을 뿐, 과다신고된 과세표준 및 세액에 대해 과세관청을 상대로 직접 그 정정을 구하는 행정소송을 제기할 수 없다. 따라서 경정청구제도는 납세의무자가 과다신고된 과세표준 및 세액의 감액 자체를 주장할 수 있는 사실상 유일한 권리구제수단이고, 납세의무자가 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 아니한 경우에는 행정소송에 의한 구제의 길마저 차단된다는 점에서 경정청구기간을 단기간으로 제한하는 것은 납세의무자의 권리구제를 위한 법원에의 접근권, 즉 재판청구권을 제한한다(헌재 2004. 12. 16. 2003헌바78; 헌재 2009. 5. 28. 2006헌바104 참조).
(나) 경정청구기간을 제한하게 되면 경정청구기간이 도과한 이후에는 과다신고ㆍ납부된 세액을 다툴 수 있는 기회를 가지지 못하게 되어, 납세의무자가 실제로 납부하여야 하는 세액보다 많은 금액의 세액에 대한 납부의무를 부담하게 될 가능성이 있으므로 재산권이 제한된다고 볼 여지도 있다. 그러나 이는 과다신고ㆍ납부된 세액을 다툴 수 있는 절차가 제한됨으로 인해 발생한 결과이고, 청구인들 역시 총체적 재산상태의 감소라는 실질보다는 과다신고된 내용을 다툴 수 있는 기회의 제한, 즉 절차적 권리 제한의 위헌성을 주로 주장하고 있다. 따라서 경정청구기간의 제한 및 이로 인한 행정쟁송을 통한 권리구제가능성의 차단을 재판청구권의 문제로 포섭하여 그 침해 여부에 대하여 판단하는 이상, 재산권 침해 여부에 대해서는 별도로 판단하지 아니한다. 
(다) 이외에도 청구인들은 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 경우 국세부과의 제척기간이 5년(국세기본법 제26조의2 제1항 제3호)이고, 국세징수의 소멸시효 기간이 5억 원 이상의 국세의 경우에는 10년, 5억 원 미만의 국세의 경우에는 5년인데(국세기본법 제27조 제1항 제1호, 제2호), 이 사건 법률조항이 납세의무자의 경정청구기간을 3년으로 정하고 있는 것은 평등원칙에 위배된다고 주장한다. 
납세의무자의 경정청구권은 과세표준 및 세액의 감소나 결손금액 또는 환급세액의 증가를 목적으로 하는 것인 반면, 과세관청의 경정결정은 과세표준 및 세액의 증가 뿐 아니라 감소를 통하여 적정한 조세의 부과를 목적으로 하는 것이다. 따라서 양자는 그 취지 및 기능 등 여러 가지 측면에서 본질적으로 상이한 제도로 봄이 상당하다(헌재 2004. 12. 26. 2003헌바78 참조). 또한, 국세징수권은 확정된 납세의무에 대하여 국가가 납세고지와 독촉, 체납처분 등에 의하여 그 이행을 청구하고 강제할 수 있는 권리로서, 조세의 확정절차에서 인정되는 납세의무자의 경정청구와는 구분된다. 
이처럼 과세관청의 경정결정이나 국세징수권이 납세의무자의 경정청구와 본질적으로 구별되는 이상, 납세의무자와 과세관청은 이 사건 법률조항이 평등원칙에 위배되는지 여부를 판단함에 있어 비교집단이 된다고 볼 수 없으므로, 평등원칙 위배는 문제되지 아니한다. 
(2) 재판청구권 침해 여부
(가) 심사기준
경정청구권의 행사기간을 정하는 것은 조세행정의 원활한 운영과 조세법률관계의 조속한 안정 등과 같은 공익상의 필요와 납세의무자의 권익보호라는 상충하는 이익을 어떻게 조화시킬 것인가의 문제로서, 조세법률관계의 성질 및 조세법의 체계, 기간 내 권리행사의 가능성, 과세관청에 의한 자기시정의 개연성 등을 종합적으로 고려하여 입법자가 그 입법형성재량에 기초한 정책적 판단에 따라 결정할 문제이고, 그것이 입법부에 주어진 합리적인 재량의 한계를 일탈하지 아니한 한 위헌이라고 판단할 것은 아니다(헌재 2004. 12. 26. 2003헌바78 참조). 다만, 경정청구제도는 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자에게 부여된 필수적이고 본질적인 권리구제수단이므로 법에 이를 규정함에 있어서 납세의무자의 권리가 충분히 보장되도록 하여야 하며, 경정청구의 기간이 지나치게 단기간이어서 그 권리행사를 현저히 곤란하게 하거나 사실상 불가능하게 한다면 그것은 재판청구권의 본질을 침해하는 것이므로 허용될 수 없다.
(나) 판단
1) 우리의 조세법구조는 조세채권자의 조세채무에 대한 결정권에 대응하여 조세채무자에게는 과세표준 및 세액의 신고에 의한 조세채무의 확정권을 부여하는 신고납세제도를 그 기본적 골격으로 하고 있다. 이는 과세물건의 파악은 누구보다도 납세의무자가 정확히 알고 있다는 전제 아래 그에게 일차적으로 그 측정작업을 맡기는 제도로서 신고납세제도의 실효성확보를 위해서는 납세의무자의 정확한 신고가 필수적이다. 부과과세방식의 조세의 경우에는 납세의무자의 신고가 과세관청의 부과처분을 위한 참고자료에 불과하다는 점에서 신고납세방식의 조세와 차이가 있지만, 누락ㆍ오류 등이 객관적으로 발견되지 않는 한, 납세의무자의 신고를 존중하여 결정함이 원칙이므로 부과과세방식의 조세에 있어서도 납세의무자의 정확한 신고는 조세법률관계의 조기 안정, 세무행정의 능률적 운용에 매우 중요하다. 
이처럼 신고납세방식의 조세와 부과과세방식의 조세 모두에 있어 납세의무자의 성실하고 정확한 신고가 적정한 과세권행사의 기초가 된다는 점을 고려하면, 경정청구기간을 일정하게 제한하는 것은 납세의무자가 그 기한 내에 자신의 과세표준 및 세액에 대한 계산을 충분히 검토하도록 하여 기한 내 신고의 적정을 기함과 동시에, 조세법률관계의 조기안정, 세무행정의 능률적 운용 등 제반요청을 만족시키기 위한 기한을 정하는 의미를 가지고 있다(헌재 2004. 12. 16. 2003헌바78 참조). 
그런데 신고 후의 경정청구를 장기로 정하게 되면 실질적으로 신고기한의 연장을 인정하는 것이 되어 법정신고기한을 정한 취지가 무색하게 될 우려가 있고, 납세의무자에게 신고기한 내에 자신의 과세표준 및 세액에 대한 계산을 충분히 검토하여 기한 내에 최대한 적정한 신고를 하고자 하는 유인을 떨어뜨려 조세법률관계의 조기 안정 및 세무행정의 능률적 운용을 도모하기도 어렵다. 또한, 경정청구를 무한정 인정하게 되면 국가재정이 항상 불안정한 상태에 놓이게 되고 조세채권ㆍ채무관계가 불안정하게 되어 과세의 공평을 도모할 수 없게 되므로, 국가재정의 안정 및 조세법률관계의 조속한 확정을 위해서도 경정청구기간을 제한하는 것이 불가피하다.
2) 경정청구기간을 제한하는 이러한 취지에 비추어 볼 때, 법정신고기한 경과 후 3년이라는 기간이 납세의무자의 경정청구를 현저히 곤란하게 할 정도로 짧다고 보이지 아니한다. 특히 통상적 경정청구는 과세표준신고서를 작성할 당시에 원시적으로 존재하고 있었던 사유에 대한 경정을 청구하는 것인데, 3년이라는 기간은 납세의무자 스스로 원시적으로 존재하였던 사유를 발견하는 데에 결코 짧은 기간이 아니다. 경정청구가 납세의무자에게 유리한 변경을 도모하고자 하는 것이어서 납세의무자가 보다 적극적으로 자료를 수집하고 과세표준 및 세액이 정확하게 계산되었는지 여부를 검토할 것이라는 점에 비추어 보면 더욱 그러하다. 또한, 국세기본법은 후발적 사유에 의하여 과세표준 및 세액 등의 계산의 기초에 변동이 생긴 경우에 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있도록 하는 후발적 경정청구제도를 별도로 마련함으로써(국세기본법 제45조의2 제2항) 납세의무자의 경정청구권을 실질적으로 보장하고 있으므로, 이 사건 법률조항이 경정청구기간을 3년으로 제한한다고 하여도 이로 인해 납세의무자의 권리를 구제함에 있어 공백이 발생한다고 보기도 어렵다. 
3) 납세의무자는 과세요건의 사실관계를 파악하고 과세자료를 지득하는 것이 용이하므로 당초 신고한 과세표준이나 세액이 과다하다거나 환급세액이 과소하다는 사실을 쉽게 알 수 있고 이를 이유로 경정청구권도 바로 행사할 수 있는 반면에, 과세관청은 세무조사 등을 하지 않고서는 납세의무자가 신고한 과세표준이나 세액의 당부를 알기 어려우므로 신고된 과세표준 및 세액에 오류나 탈루가 있다 하더라도 이를 신속히 경정하기 어렵다. 또한, 납세의무자의 경정청구기간이 도과한 이후에라도 관할 세무서장은 직권조사에 의하여 신고한 세액이 과다하다고 인정하는 때에는 적극적으로 감액결정을 함으로써 납세의무자의 권리를 보호할 수 있으므로(헌재 2004. 12. 16. 2003헌바78 참조), 국세부과의 제척기간을 이 사건 법률조항이 정하고 있는 경정청구기간보다 긴 5년으로 정하고 있는 것이 반드시 납세의무자에게 불리한 것도 아니다. 따라서 경정청구기간을 국세부과의 제척기간인 5년보다 단기로 정하고 있다는 것만으로 이 사건 법률조항이 입법재량을 일탈한 것이라고 볼 수는 없다. 
4) 납세의무자 사이의 공평성을 확보하고 조세행정의 안정성을 도모하기 위해서는 과세관청의 일의적인 집행 및 조세법률관계의 조속한 확정이 매우 중요한데, 조세채무의 확정에 있어 당사자의 귀책사유의 유무나 주관적 사유의 발생 등을 하나하나 고려하여 이에 대하여 예외를 마련하게 되면 신속하고 일의적으로 조세법률관계를 확정시키기가 어려워진다. 따라서 이 사건 법률조항이 경정청구기간을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 일률적으로 제한하고, 과세표준신고서에 기재된 과세표준이나 세액에 오류가 발생하게 된 데 당사자의 귀책사유가 없는 경우 등에 대한 일체의 예외를 마련하지 않고 있는 것은 조세행정의 원활한 운영과 조세법률관계의 조속한 안정이라는 취지를 달성하기 위한 것으로, 여기에도 합리적 이유가 있다. 
5) 이처럼 이 사건 법률조항이 경정청구의 기간을 제한하고 있는 것은 납세의무자의 권리를 보호하면서도 조세행정을 원활하게 운영하고 조세법률관계를 조속히 안정하기 위한 것이고, 법정신고기한 내 3년이라는 기간이 납세의무자의 경정청구권을 형해화할 정도로 단기라고 보이지도 않는 이상, 이 사건 법률조항은 입법자의 합리적인 재량 범위 내에 있는 것으로, 납세의무자인 청구인들의 재판청구권을 침해하지 아니한다. 
다. 이 사건 부칙조항의 위헌 여부
(1) 쟁점의 정리
이 사건 부칙조항은 납세의무자의 경정청구기간을 3년에서 5년으로 연장한 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제45조의2 제1항을 위 조항의 시행일인 2015. 1. 1. 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다고 정하고 있는 국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 제7조 제1항에 대한 예외를 정하고 있는 조항으로, 2015. 1. 1. 이전에 이미 3년의 청구기간이 경과한 분에 대해서는 종전의 경정청구기간인 3년을 적용한다는 것이다. 이 사건 부칙조항으로 인하여 2015. 1. 1. 이전에 이미 3년의 청구기간이 경과한 납세의무자들과 아직 3년의 청구기간이 경과하지 아니한 납세의무자들 사이에 차별취급이 발생하고 있는바, 이 사건 부칙조항이 평등원칙에 위배되는지 여부가 문제된다.
(2) 평등원칙 위배 여부
(가) 심사기준
우리 헌법은 “모든 국민은 행위시의 법률에 의하여 범죄를 구성하지 아니하는 행위로 소추되지 아니하며”(헌법 제13조 제1항 전단), “모든 국민은 소급입법에 의하여 참정권의 제한을 받거나 재산권을 박탈당하지 아니한다.”(헌법 제13조 제2항)라고 규정하고 있을 뿐, 법률이 변경된 경우 피적용자에 대하여 유리한 신법을 적용할 것인가에 관하여 일반적인 규정은 두고 있지 않고, 헌법상의 기본원칙인 법치주의로부터 도출되는 법적 안정성의 측면에서 볼 때도 법규범은 현재와 장래에 효력을 가지는 것이기 때문에 소급입법은 금지 내지 제한된다. 다만, 신법이 피적용자에게 유리한 경우에는 이른바 시혜적 소급입법이 가능하지만, 그러한 소급입법을 할 것인가의 여부는 그 일차적인 판단이 입법기관에 맡겨져 있으므로 입법자는 입법목적, 사회실정이나 국민의 법감정, 법률의 개정이유나 경위 등을 참작하여 시혜적 소급입법을 할 것인가 여부를 결정할 수 있고, 그 판단은 존중되어야 하며, 그 결정이 합리적 재량의 범위를 벗어나 현저하게 불합리하고 불공정한 것이 아닌 한 헌법에 위반된다고 할 수 없다(헌재 2012. 5. 31. 2009헌마553; 헌재 2012. 8. 23. 2011헌바169 참조). 
(나) 합리적인 이유가 존재하는지 여부
납세의무자의 경정청구는 조세채무의 확정단계에서 인정되는 권리로, 경정청구기간이 도과하게 되면 납세의무자가 더 이상 신고한 과세표준 및 세액의 수정이나 변경을 청구하지 못하게 되어 이와 관련된 조세법률관계가 일정 부분 확정된다. 따라서 이미 경정청구기간이 도과한 납세의무자에게까지 경정청구기간의 연장을 인정하게 되면, 확정되었던 조세법률관계가 변경되어 조세행정의 안정성을 해하고 국가재정에 부정적인 영향을 미치게 된다. 반면, 경정청구기간 내에 있는 납세의무자는 일정 기간 동안 신고한 과세표준 및 세액의 수정이나 변경을 청구할 수 있는 권리가 있고, 이러한 기대가 존속되는 동안에는 그 기간이 연장된다고 할지라도 이로 인하여 소급적으로 확정되었던 법률관계가 다시 부활하는 등의 문제가 발생하지 아니한다. 입법자는 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 국세기본법 제45조의2 제1항을 개정하여 경정청구기간을 5년으로 연장하면서 이미 확정된 조세법률관계에도 개정된 조항을 적용하게 되면, 위와 같이 조세행정의 안정성을 해하고, 국가재정에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 점을 고려하여, 개정 국세기본법 제45조의2 제1항이 시행된 2015. 1. 1. 이전에 이미 3년의 청구기간이 경과한 사람들에게는 위 개정 조항을 적용하지 아니한다고 정하였다.
그렇다면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 납세의무자의 경정청구기간을 3년에서 5년으로 연장하면서, 유리하게 개정된 신법을 이미 법률관계가 확정된 납세의무자에게까지 소급하여 적용하도록 정하지 아니한 데에는 합리적인 이유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 부칙조항은 평등원칙에 위배되지 아니한다. 
5. 결론
그렇다면 이 사건 법률조항 및 이 사건 부칙조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다. 



[별지] 
관련조항
국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정한 것) 
제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되고, 2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 
제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 
국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정된 것) 
제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산의 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때 
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
국세기본법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12848호) 
제7조(경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등) ① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.