# 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 등 위헌소원

## 판시사항

가. 수정수입세금계산서의 발급요건을 제한한 부가가치세법(2013. 7. 26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조 제2항 제2호 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 과잉금지원칙을 위반하는지 여부(소극)
나. 이 사건 법률조항을 개정 후 최초로 신고하거나 결정하는 것부터 적용하도록 한 부가가치세법 부칙(2013. 7. 26. 법률 제11944호) 제2조 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 하고, 위 두 조항을 합하여 ‘이 사건 심판대상조항들’이라 한다)이 소급과세금지원칙 내지 신뢰보호원칙을 위반하는지 여부(소극)

## 결정요지

가. 이 사건 법률조항은 세관장이 과세표준 등을 경정하거나 관세조사 등이 이루어져 수입자가 과세표준 등이 경정될 것을 미리 알고 수정신고를 하는 모든 경우에 수정수입세금계산서의 발급을 제한하는 것이 아니고, 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우 등에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 하고 있어, 수입자의 재산권 침해를 최소화하기 위한 합리적인 장치를 두고 있다. 또한 이 사건 법률조항으로 인하여 제한되는 사익에 비하여 조세수입의 공백을 막고 국가재정의 기초를 튼튼히 하고자 하는 공익이 훨씬 크다고 할 것이므로, 이 사건 법률조항은 과잉금지원칙을 위반한다고 볼 수 없다.
나. 이 사건 부칙조항은, 이 사건 법률조항이 개정된 이후 수입자가 수정신고하거나 과세관청이 경정함으로써 새로이 확정된 사실관계에 대하여 이를 적용하도록 하고 있으므로, 소급입법에 의한 재산권 침해는 문제될 여지가 없다. 따라서 관세조사 등으로 과세표준 등이 경정될 것을 미리 알고 수정신고하는 경우 또는 세관장이 과세표준 등을 경정하는 경우에도 수정수입세금계산서 발급이 가능하였다는 청구인들의 신뢰가 보호가치가 있는 신뢰인지 여부만 문제된다. 그런데 청구인들의 위와 같은 신뢰는 구법상의 입법미비사항에 기대어 세액을 누락하여도 수정수입세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받을 수 있을 것이라는 신뢰에 불과하여 헌법상 보호가치가 크다고 할 수 없다. 반면, 이 사건 심판대상조항들은 수정수입세금계산서를 일정한 요건 하에 발급하도록 함으로써, 성실한 납세신고를 유도하는 등 건전한 과세문화를 정착시키고자 하는 것이므로, 그 공익이 중대하다고 할 것이어서, 이 사건 부칙조항은 신뢰보호원칙을 위반한다고 볼 수 없다.

## 심판대상조문

부가가치세법(2013. 7. 26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조 제2항 제2호 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분
부가가치세법 부칙(2013. 7. 26. 법률 제11944호) 제2조 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분

## 참조조문

헌법 제13조 제2항, 제38조, 제59조 
부가가치세법(2013. 7. 26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조 제2항 제1호
구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되고, 2013. 8. 13. 법률 제12027호로 개정되기 전의 것) 제110조의3 제2항
관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정된 것) 제110조의3 제1항

## 참조판례

나. 헌재 2004. 7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59, 71
헌재 2008. 5. 29. 2006헌바99, 판례집 20-1하, 142, 154-155

## 전문

[당 사 자]
청 구 인 1. ○○ 주식회사(2014헌바372)
대표이사 문○집
대리인 법무법인 정담
 담당변호사 김정기 외 1인
 2. 주식회사 □□(2016헌바29)
대표이사 박○갑
대리인 변호사 박요찬, 김진영, 권수빈
당해사건 1. 인천지방법원 2013구합11677 수정수입세금계산서발급거부처분무효확인등(2014헌바372)
 2. 서울행정법원 2015구합7654 부가가치세등부과처분취소(2016헌바29)
[주           문]
부가가치세법(2013. 7. 26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조 제2항 제2호 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분 및 부가가치세법 부칙(2013. 7. 26. 법률 제11944호) 제2조 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분은 모두 헌법에 위반되지 아니한다.

[이           유]
1. 사건개요
가. 2014헌바372 사건
청구인 ○○컴퍼니 주식회사(이하 ‘청구인 ○○’라 한다)는 남성복 도ㆍ소매업 등을 영위하는 회사로서, 2009. 7. 30.부터 2013. 4. 29.까지 199회에 걸쳐 위 청구인과 ○○상사 주식회사의 명의로 중국산 남성복을 수입하였다. 
인천세관장은 위 청구인이 위와 같이 남성복을 수입하면서 거래가격보다 저가로 신고하여 관세 등을 포탈하였다는 혐의로 범칙사건 조사를 하여, 2013. 9. 16. 위 청구인에게 “관세 1,152,348,810원, 부가가치세 1,001,657,863원, 관세 가산세 564,598,483원, 부가가치세 가산세 608,594,564원 등 합계 3,327,199,719원을 경정ㆍ고지할 예정”이라는 내용의 과세전 통지를 하였다. 
이에 위 청구인은 인천세관장에게 2013. 11. 12. 수입신고번호 40538-13-001130U 외 11건에 대하여 수정신고를 하였으며, 2013. 11. 13. 부가가치세 39,605,140원을 포함하여 합계 109,985,200원을 납부하고, 위 부가가치세 39,605,140원에 대한 수정수입세금계산서 발급을 신청하였다. 그런데 인천세관장은 2013. 11. 27. 부가가치세법 제35조 제2항 제2호와 부가가치세법 부칙 제2조, 구 부가가치세법 시행령 제72조 제3항 제1호에 따라 수정수입세금계산서의 발급대상에 해당하지 않는다는 이유로, 위 청구인에 대하여 수정수입세금계산서 발급을 거부하는 처분을 하였다. 
위 청구인은 2013. 12. 4. 인천세관장을 상대로 위 거부처분의 취소 등을 구하는 소를 제기하고(인천지방법원 2013구합11677), 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 및 부가가치세법 부칙 제2조가 위헌이라고 주장하면서 위헌법률심판제청신청을 하였으나 2014. 7. 24. 위 신청이 기각되자(인천지방법원 2013아735), 2014. 8. 22. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 2016헌바29 사건
청구인 주식회사 □□(이하 ‘청구인 □□’이라 한다)은 원청업체로부터 의류 임가공(賃加工) 주문을 받아 해외 업체에 원자재 등을 공급한 후 제조된 완제품 의류를 수입하여 원청업체에 납품하는 회사이다. 위 청구인은 2010. 6. 15.부터 2013. 9. 13.까지 약 73건의 완제품 의류를 수입하면서 위 청구인 또는 원청업체가 공급한 원자재 등의 지원비용을 완제품 의류의 수입가격에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
그런데 인천세관장은 위 원자재 등의 지원비용도 수입가격에 포함시켜, 2014. 5. 1. 위 청구인에게 부가가치세 804,758,800원, 부가가치세 가산세 241,340,190원 등 합계 1,046,098,990원을 경정ㆍ고지하면서, 위 청구인의 경우 부가가치세법 제35조에서 정한 요건을 갖추고 있지 않다고 보아 이에 대한 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하였다.
위 청구인은 위 경정ㆍ고지 처분의 취소 등을 구하는 소(서울행정법원 2015구합7654)를 제기하고, 위 소송 계속 중 부가가치세법 부칙 제2조에 대한 위헌법률심판제청을 신청하였으나(서울행정법원 2015아11746), 2015. 12. 18. 위 신청이 기각되자, 2016. 1. 16. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
2. 심판대상
2014헌바372 사건은 청구인 ○○가 세관장의 관세조사 등에 따라 ‘수정신고’를 한 경우이고, 2016헌바29 사건은 세관장이 청구인 □□의 신고세액을 ‘경정’한 경우에 해당하므로, 심판대상을 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 및 같은 법 부칙 제2조 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분으로 한정한다. 
따라서 이 사건의 심판대상은 부가가치세법(2013. 7. 26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조 제2항 제2호 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다) 및 부가가치세법 부칙(2013. 7. 26. 법률 제11944호) 제2조 중 ‘경정 및 수정신고’에 관한 부분(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다. 이 사건 법률조항과 이 사건 부칙조항을 모두 지칭할 때는 ‘이 사건 심판대상조항들’이라 한다)이 헌법에 위반되는지 여부이다. 심판대상조항들의 내용은 다음과 같고, 관련조항의 내용은 별지와 같다. 
[심판대상조항]
부가가치세법(2013. 7. 26. 법률 제11944호로 개정된 것) 
제35조(수입세금계산서) ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다. 
2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 
가. 「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
다. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우
부가가치세법 부칙(2013. 7. 26. 법률 제11944호)
제2조(수정수입세금계산서 발급에 관한 적용례) 제35조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.
3. 청구인들의 주장요지
가. 2014헌바372 사건
(1) 소급입법금지원칙 및 신뢰보호원칙 위반 
구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제16조 제5항에 의하면 세관장은 관세조사 통지 여부와 무관하게 수정수입세금계산서를 발급할 수 있었고, 부가가치세법이 2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정된 후에도 부가가치세법 부칙(2013. 6. 7. 법률 제11873호) 제15조에서 위 법률 시행 전에 재화를 수입한 분에 대하여 법 시행 후에 세금계산서를 발급하여야 하거나 발급할 수 있는 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 하여 소급과세를 금지하고 있었다. 그리하여 청구인 ○○는 2013. 7. 26. 이전에 수입한 분에 대해서는 사유를 불문하고 관할 세관장에게 부가가치세를 추가 납부하면 수정한 수입세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다. 그런데, 부가가치세법이 2013. 7. 26. 법률 제11944호로 개정되면서 이 사건 심판대상조항들이 신설됨에 따라 이 사건 법률조항 시행 전에 재화를 수입하여 납세의무가 성립한 분에 대하여도 관세조사 통지 후 수정신고한 경우 수정수입세금계산서 발급을 제한함으로써 소급하여 과세하게 되었다. 따라서 이 사건 부칙조항은 소급입법금지원칙에 반하고, 이 사건 법률조항은 매입세액 공제를 받을 수 있는 권리에 대한 청구인 ○○의 신뢰에 반한다. 
(2) 재산권 침해
납세자의 성실한 신고를 유도하려는 이 사건 법률조항의 입법목적은, 국세기본법, 관세법, 부가가치세법 등에 이미 마련되어 있는 가산세나 형사처벌 등 다른 수단으로도 달성할 수 있음에도 불구하고, 가산세에 더하여 매입세액 자체를 공제받지 못하도록 하는 수단은 적정하지 않고, 법익의 균형성도 충족하지 못하는 것으로서 과잉금지원칙에 반하여 청구인 ○○의 재산권을 침해한다.  
(3) 평등원칙 위반
이 사건 법률조항은 합리적인 이유 없이 관세조사 통지를 받은 업체와 관세조사 통지를 받지 않은 업체를 차별하여 관세조사 통지를 미리 받았다는 사유로 부가가치세액을 매입세액으로 공제받지 못하게 하므로, 헌법상 평등원칙에 반한다.
나. 2016헌바29 사건
수입재화의 수입시기는 관세법에 따른 수입신고가 수리된 때이므로, 이 때 부가가치세의 납세의무는 성립과 동시에 확정된다 할 것이어서, 납세의무확정 이후 이루어지는 수정신고ㆍ경정청구의 효과가 납세의무 확정 당시 적용되던 세법규정보다 납세자에게 불리하게 적용되어서는 아니 된다.  
그렇다면 이미 관세법에 따라 수입신고가 수리된 행위에 대해서까지 이 사건 법률조항을 적용하도록 한 이 사건 부칙조항은 소급입법금지원칙에 반하여 헌법에 위반된다.
4. 판단
가. 쟁점의 정리
이 사건의 쟁점은, ① 이 사건 법률조항이 일정 요건을 충족한 경우에만 수정수입세금계산서 발급을 가능하게 함으로써 해당 요건을 충족하지 못하면 수정수입세금계산서를 발급받지 못하여 매입세액을 공제받을 수 없는데, 이것이 과잉금지원칙에 위반되어 청구인 ○○의 재산권을 침해하고 헌법상 평등원칙에 위반되는지 여부, ② 위와 같이 수정수입세금계산서의 발급 요건을 제한하는 이 사건 법률조항을 경정 내지 수정신고 전에 이미 수입이 완료된 경우에도 적용하도록 하는 것이 소급입법금지원칙에 반하여 청구인들의 재산권을 침해하고 신뢰보호원칙에도 반하는지 여부이다. 
나. 이 사건 법률조항의 위헌 여부
(1) 입법취지
이 사건 법률조항이 시행되기 전에는 수입자가 탈세를 목적으로 수입물품의 과세표준을 낮춰서 신고한 것이 적발되어 세관장이 수입부가가치세를 추징한 경우에도 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있었고, 수입자는 위 수정수입세금계산서를 이용하여 추징당한 수입부가가치세를 모두 매입세액으로 공제받을 수 있으므로 세관장의 부가가치세 추징액이 상쇄되는 문제가 발생하였다. 또한 수입자가 수입신고를 할 때 실제 거래가격대로 신고하지 아니하면 이를 기초로 하는 관세, 부가가치세 등의 정확한 세액산정이 어려울 뿐만 아니라, 실질적 담세자인 최종소비자에 대한 조세의 전가가 원활하고 적정하게 이루어지는 것을 기대하기 어려워, 부가가치세 제도는 물론이고 세제 전반의 부실한 운영과 국내시장의 왜곡을 초래할 우려도 제기되었다. 따라서 수입물품의 실제 거래가격을 사실대로 신고하도록 유도함으로써 결과적으로 과세표준 또는 세액을 성실하게 신고하는 풍토를 조성할 필요성이 긴요하였다. 
더욱이 내국거래에 대한 부가가치세의 경우 매출자는 매입자에게 부가가치세를 징수하여 납부하고, 매입자는 매출자로부터 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받아야 하므로 매입자와 매출자 상호간에 검증 기능이 작동하여 그 진실성을 담보할 수 있을 뿐만 아니라, 과세관청도 매출처별 합계표와 매입처별 합계표의 비교를 통하여 불성실한 신고를 비교적 용이하게 적발할 수 있다. 반면, 수입거래의 경우 수입자가 매출자의 지위와 매입자의 지위를 겸하게 됨으로써 상호 검증 기능이 취약하고 과세관청도 해외에 있는 수출자의 매출액을 제대로 알기가 쉽지 않아 수입자의 신고액수에 의존할 수밖에 없다. 따라서 수입자의 성실신고를 유도할 필요성이 내국물품에 대한 부가가치세에 비하여 더 높다고 할 수 있다.
이에 입법자는 이 사건 법률조항 등을 개정하여 원칙적으로 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우에 수정수입세금계산서를 발급하되(부가가치세법 제35조 제2항 제1호), 세관장이 경정하거나 관세조사 등으로 인하여 수입자가 수정신고하는 경우에는 부가가치세법 제35조 제2항 제2호가 정한 사유가 있는 경우에만 세관장이 수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하도록 하였다. 그 결과 위와 같은 사유가 없는 경우에는 수입자는 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받지 못하여 신고누락 분의 수입부가가치세액에 대하여 매입세액을 공제받을 수 없게 됨으로써, 수입업자로 하여금 과소신고에 대한 유인을 억제하고 성실신고를 유도할 수 있게 되었다. 
(2) 과잉금지원칙 위반 여부
(가) 이 사건 법률조항은 세관장이 과세표준 등을 경정하거나 관세조사 등이 이루어져 과세표준 등이 경정될 것을 미리 알고 수정신고하는 경우에는 일정한 요건을 충족하는 경우 이외에는 수정수입세금계산서의 발급을 제한하고 있다. 그런데 이는 납세의무자(수입자)로 하여금 과소신고에 대한 유인을 억제하고 성실한 과세표준 등의 신고를 유도하기 위한 것으로서 그 입법목적의 정당성이 인정되고, 수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하지 아니함으로써 매입세액 불공제라는 세제상의 불이익을 주는 것은 이러한 입법목적 달성을 위한 실효성 있는 제도적 장치라고 할 것이므로 수단의 적절성도 인정된다.
(나) 이 사건 법률조항은, 세관장이 과세표준 등을 경정하거나 관세조사 등이 이루어져 수입자가 과세표준 등이 경정될 것을 미리 알고 수정신고를 하는 모든 경우에 수정수입세금계산서의 발급을 제한하는 것이 아니다. 즉, 수입자의 귀책사유로 돌릴 수 없는 사유, 예컨대 관세법 등에 따라 품목분류가 변경되는 경우나 합병에 따른 납세의무의 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 달라지게 된 경우, 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 규정하고 있으므로, 수입자의 재산권 침해를 최소화하기 위한 합리적인 장치를 두고 있다고 할 것이다.
여기에, 부가가치세법 제35조 제2항 제1호에 의하면 세관장이 경정하거나 관세조사 등을 받기 전에 수입자가 자발적으로 과세표준 또는 세액을 수정신고하는 경우에는 얼마든지 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있는 점, 사업자가 재화 또는 용역을 공급받거나 재화를 수입하면서 부담한 부가가치세액은 사업자의 매출세액에서 공제되는 것이 전단계세액공제 제도의 기본원리이기는 하나, 부가가치세법상 모든 매입세액이 무조건적으로 공제되는 것은 아니고 일정 요건을 갖추지 못한 경우(예컨대 수입세금계산서를 아예 발급받지 아니한 경우는 물론이고 수입세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우, 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액인 경우 등)에는 설사 사업자가 매입에 따른 부가가치세를 부담하였다고 하더라도 공제대상 매입세액이 될 수 없다는 점까지 덧붙여 고려해 보면, 수입신고 시 수입부가가치세를 낮추기 위해서 과세표준 등을 저가로 신고하였다가 세관장이 부실신고를 발견하여 과세표준 등이 경정되거나 세관공무원의 관세조사 등이 이루어져 과세표준 등이 경정될 것을 알고 비로소 수정신고하는 경우에 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하도록 하는 것이 수입자의 재산권을 과도하게 제한한다고 보기 어렵다.
결국 이 사건 법률조항이 수입자의 귀책사유로 돌릴 수 없는 경우 등 일정한 요건이 충족되는 경우에만 수정수입세금계산서를 발급하도록 한 것은, 수입자의 성실한 신고를 담보하기 위한 불가피한 제한으로서 입법형성권의 범위와 한계 내에서 그 발급 요건을 규정한 것이라 볼 수 있으므로 침해의 최소성 원칙에 위배되지 아니한다.
(다) 이 사건 법률조항으로 인하여 제한되는 사익(私益)은 수입자가 거래가격을 과소신고 하였다가 다시 수정신고함에 따라 그 차액에 대한 부가가치세를 추가로 납부하는 것임에 반하여, 이 사건 법률조항이 달성하려는 공익(公益)은 성실한 납세신고를 유도함으로써 조세수입의 공백을 막고 국가재정의 기초를 튼튼히 하고자 하는 것으로서 사익보다 공익이 훨씬 크다고 할 것이므로, 이 사건 법률조항은 법익의 균형성 원칙에도 반하지 아니한다. 
그렇다면 이 사건 법률조항은 과잉금지원칙에 반하여 납세자의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다.
(3) 평등원칙 위반 여부
청구인 ○○는, 이 사건 법률조항이 관세조사 통지를 받은 업체와 관세조사 통지를 받지 않은 업체를 차별하여 관세조사 통지를 미리 받았다는 사유로 부가가치세액을 매입세액으로 공제받지 못하게 하는 것은 평등원칙에 반한다고 주장한다.
그러나 관세조사는 관세청장이 수출입업자의 신고 내용에 대하여 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정되는 경우나(관세법 제110조의3 제1항), 수출입업자에 대한 구체적인 탈세제보 등이 있는 경우 또는 신고내용에 탈세나 오류의 혐의를 인정할 만한 자료가 있는 경우 등(관세법 제110조의3 제2항)에 대하여 그 대상자를 선정하여 이루어지는 것이므로, 관세조사 통지를 받은 자와 통지를 받지 아니한 자는 ‘납세신고의 성실도’ 측면에서 서로 같다고 보기 어렵다. 
뿐만 아니라, 위 청구인은 관세포탈 등 관세법령 위반이 의심되어 관세 범칙사건의 조사를 받은 경우인데, 위 청구인이 “범칙사건 조사를 통지받지 아니한 자 중에서도 수입가격의 과소신고를 한 자도 상당수 있음에도 범칙사건 조사 통지를 받은 자에게만 매입세액의 불공제라는 불이익을 주는 것은 불평등하다”라고 주장하는 것은, 불법의 평등을 요구하는 것에 지나지 아니하다. 
그렇다면 관세조사 통지를 받지 아니한 업체와 관세조사 통지를 받은 위 청구인은 평등원칙을 논함에 있어 그 비교대상이 될 수 없고, 더 나아가 헌법상 평등은 불법의 평등까지 보장하는 것은 아니므로, 이 사건 법률조항은 평등원칙에 반한다고 볼 수 없다. 
다. 이 사건 부칙조항의 위헌 여부
(1) 소급과세금지원칙 위반 여부
조세법령에 있어 소급과세금지원칙은 그 조세법령의 효력발생 전에 완성된 과세요건사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 의미이다. 헌법 제13조 제2항은 모든 국민은 소급입법에 의하여 재산권을 박탈당하지 않는다고 규정하고 있고, 헌법 제38조는 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 진다고 하는 한편, 헌법 제59조는 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다고 규정하여 조세법률주의를 선언하고 있다. 이는 납세의무가 존재하지 않았던 과거에 소급하여 과세하는 입법은 원칙적으로 금지된다는 의미인 것이다. 이러한 소급과세금지원칙은 조세법률관계에 있어서 법적 안정성을 보장하고 납세자의 신뢰이익의 보호에 기여한다. 따라서 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 또는 이미 납세의무가 존재하는 경우에도 소급하여 중과세하는 것은 소급과세금지원칙에 위반된다(헌재 2004. 7. 15. 2002헌바63 참조).  
한편, 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지 아니면 현재 진행 중인 사실관계에 작용하는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분된다. 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이며 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌재 2008. 5. 29. 2006헌바99 참조).
살피건대, 수입세금계산서는 재화를 수입할 때 세관장이 수입자에게 부가가치세를 징수하고 이에 대한 증빙자료로 발급하는 것이고, 수정수입세금계산서는 이후 납부한 세액이 부족하여 수입자가 수정신고를 하거나 세관장이 세액을 경정하는 경우 변동세액 납부에 대한 증빙자료로 발급하는 것으로서, 수입세금계산서와 수정수입세금계산서는 납부한 부가가치세에 대한 증빙자료로서의 측면에서는 그 역할이 동일하나, 발급사유 및 발급시기 등에는 엄연히 구별되는 차이가 있다. 따라서 수정수입세금계산서에 관한 규정은 수입신고 당시 적용되는 것이 아니라 납세의무자가 수정신고를 하거나 과세관청이 경정하는 경우에 비로소 적용되는 것이므로, 소급입법의 판단은 수입신고 시가 아닌 수정신고 혹은 경정 시가 기준이 된다.
그런데 이 사건 법률조항은 2013. 7. 26.부터 시행되었고, 이 사건 부칙조항은 위 법률 시행 후 최초로 수정신고하거나 경정하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 2014헌바372 사건의 청구인 ○○는 2013. 11. 12. 인천세관장에게 수정신고를 하였고, 2016헌바29 사건의 경우 인천세관장이 2014. 5. 1. 청구인 □□에 대하여 부가가치세를 경정하였다. 그렇다면 이 사건 법률조항은 수입신고 시 완료된 사실관계에 대하여 소급적용되는 것이 아니라, 수입자의 수정신고 또는 과세관청의 경정에 의하여 새로이 확정된 사실관계에 대하여 적용되는 것이다. 따라서 이 사건 부칙조항은 이미 종료된 과거의 사실관계 또는 법률관계에 대하여 새로운 법률을 소급적으로 적용함으로써 과거를 법적으로 새로이 평가하는 것이 아니므로 진정소급입법에 해당된다고 볼 수 없다.
결국 소급입법에 의한 재산권 침해는 문제될 여지가 없고, 다만 관세조사 등으로 과세표준 등을 경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우 또는 세관장이 과세표준 등을 경정하는 경우에도 수정수입세금계산서 발급이 가능하였다는 기존의 법적 상태에 대한 청구인들의 신뢰를 법치국가적인 관점에서 헌법적으로 보호해 주어야 할 것인지 여부가 문제될 뿐이다.
(2) 신뢰보호원칙 위반 여부
이 사건에서 청구인들은 수정신고를 하거나 과세관청의 경정처분이 있더라도 수정수입세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받을 수 있을 것이라는 기대 내지 신뢰를 가졌다고 볼 수 있다.
그런데 이 사건 법률조항은 세관장이 청구인들의 불성실 신고를 발견하여 세액을 경정하거나 혹은 관세조사 등이 이루어져 수입하는 자가 세액이 경정될 것을 미리 알고 수정신고하는 경우에만 수정수입세금계산서 발급을 일부 제한하는 것이고, 위와 같은 경우에도 수입자의 귀책사유로 돌릴 수 없는 사유, 예컨대 관세법에 따른 품목분류가 변경되는 경우나 합병에 따른 납세의무의 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 달라지게 된 경우, 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 규정하고 있다.
그렇다면 청구인들의 신뢰라는 것은 청구인들의 책임 있는 사유로 불성실한 신고를 한 것이 발견되어 세액이 경정되거나 세무조사가 이루어진 이후 경정될 것을 미리 알고 수정신고하는 경우에도 매입세액 공제를 받을 수 있다는 것인데, 부가가치세법상 전단계세액공제방식을 취하고 있다고 하여도 일정 요건을 갖추지 못한 경우에는 공제대상 매입세액이 될 수 없다는 점에 비추어 보면, 청구인들의 신뢰는 이 사건 법률조항의 시행 전의 입법미비사항에 기대어 세액을 누락하여도 수정수입세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받을 수 있을 것이라는 신뢰, 즉 세법상의 흠결을 계속 이용할 수 있을 것이라는 점에 대한 신뢰에 해당한다고 볼 수 있어, 이에 대한 헌법상 보호가치나 그 필요성이 크다고 할 수 없다.
반면 이 사건 심판대상조항들은 수정수입세금계산서를 일정한 요건 하에 발급함으로써, 성실한 납세의무자와의 과세형평을 제고하고 성실한 납세신고를 유도하는 등 건전한 과세문화를 정착시키고자 하는 것이므로, 그 공익이 중대하다고 할 것이어서, 이 사건 부칙조항이 헌법상 신뢰보호원칙에 위반된다고 볼 수 없다.
5. 결론
그렇다면 이 사건 심판대상조항들을 헌법에 위반되지 아니하므로 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.

별지  
관련조항 
 
부가가치세법(2013. 7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 
제35조(수입세금계산서) ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다. 
1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우 
관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정된 것) 
제110조의3(관세조사 대상자 선정)  ① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 “정기선정”이라 한다)하여 조사를 할 수 있다. 이 경우 세관장은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다. 
1. 관세청장이 수출입업자의 신고 내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우 
2. 최근 4년 이상 조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우 
3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우 
구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되고, 2013. 8. 13. 법률 제12027호로 개정되기 전의 것) 
② 세관장은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조사를 할 수 있다. 
1. 납세자가 이 법에서 정하는 신고ㆍ신청, 과세자료의 제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 
2. 수출입업자에 대한 구체적인 탈세제보 등이 있는 경우 
3. 신고내용에 탈세나 오류의 혐의를 인정할 만한 자료가 있는 경우