# 법인세법 부칙 제1조 위헌소원 등

## 판시사항

가. 비영리내국법인의 장기 보유 비사업용 토지에 대하여 개인의 경우와 유사한 기간 동안 그 적용을 배제하거나 유예하는 규정을 두지 아니한 채 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 개정규정의 시행시기를 정하고 있는 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제1조 단서 중 “제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.” 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 조세평등주의에 위반되는지 여부(소극)
나. 의제취득일 규정을 두지 아니한 채 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 개정규정의 시행시기를 정하고 있는 이 사건 법률조항이 소급입법 과세금지원칙에 위반되는지 여부(소극)
다. 비영리내국법인의 장기 보유 비사업용 토지에 대하여 그 적용을 배제 또는 2009. 12. 31. 까지 유예하거나 의제취득일 규정을 두지 아니한 채 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 개정규정의 시행시기를 정하고 있는 이 사건 법률조항이 신뢰보호원칙에 위반되는지 여부(소극)

## 결정요지

가. 개인과 비영리내국법인은 그 성격상 동일하다고 볼 수 없고, 개인에 대하여는 소득세법이, 비영리내국법인에 대하여는 법인세법이 각각 따로 규율하고 있으며, 비사업용 토지는 목적사업과는 직접 관련이 없는 것으로 토지에 대한 투기를 방지할 필요가 절실할 뿐 아니라, 비영리내국법인의 과세상 특혜가 악용되거나 비영리내국법인의 수익 등을 고유 목적사업과 관련 없는 사업 또는 목적에 지출하거나 투기적으로 이용하는 사례가 있어 이를 방지할 필요가 있고, 중과규정의 적용배제나 과세유예 등의 조세 우대적 조치를 개인과 비영리내국법인에 대하여 동일하게 규율하여야 할 의무가 입법자에게 부여되어 있다고 볼 수 없으며, 오히려 이러한 조세우대조치는 입법 당시의 여러 경제상황 등을 고려하여 합목적적으로 결정하여야 할 입법정책의 문제이므로, 이 사건 법률조항에 의하여 결과적으로 개인과 비영리내국법인 사이에 차별이 발생하더라도 합리적인 이유가 있어 조세평등주의에 위반되지 않는다.
나. 청구인의 토지 양도일은 2007. 12. 7.로서 이 사건 법률조항에서 정한 시행일인 2007. 1. 1. 이후임이 명백하여 토지 등의 양도소득에 대한 법인세 과세요건 완성 후에 새로운 입법으로 법인세를 과세하거나 이미 성립한 납세의무를 가중한 것이 아니므로, 의제취득일 규정을 두지 아니하였다고 하여 이 사건 법률조항이 소급입법 과세금지원칙에 위반된다고 할 수 없다.
다. 비영리내국법인의 장기 보유 비사업용 토지에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정의 적용을 배제 또는 장기 유예하거나 취득가액 산정의 기준이 되는 의제취득일을 두는 등의 조세우대조치가 마련되지 않고서는 과세되지 아니하리라는 청구인의 신뢰가 있었다고 하더라도, 이는 극히 주관적이거나 불확실하고도 잠정적인 것에 불과하여 헌법상 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있다고 보기 어려우므로, 그러한 규정을 두지 아니하였다고 하여 이 사건 법률조항이 신뢰보호원칙에 위반된다고 할 수 없다.

## 심판대상조문

법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제1조 단서 중 “제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.” 부분

## 참조조문

헌법 제11조 제1항, 제38조, 제59조
구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제55조의2 제1항 제3호, 제2항, 제3항, 제6항
법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호) 부칙 제8조 제2항, 제10조
법인세법((2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제14조, 제21조
구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제92조의11
구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 20618호로 개정되기 전의 것) 제168조의14 제1항 제1호, 제3항 제2호

## 참조판례

가. 헌재 1996. 6. 26. 93헌바2, 판례집 8-1, 525, 535
헌재 1996. 8. 29. 95헌바41, 판례집 8-2, 107, 117
헌재 1999. 11. 25. 98헌마55, 판례집 11-2, 593, 608
헌재 2000. 1. 27. 98헌바12, 공보 42, 136, 140
헌재 2000. 2. 24. 98헌바94등, 판례집 12-1, 188, 227
나. 헌재 2003. 4. 24. 2002헌바9, 판례집 15-1, 406, 415
헌재 2004. 7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59, 71
헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 522-523
다. 헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 460-461
헌재 1998. 11. 26. 97헌바58 판례집 10-2, 673, 682
헌재 1999. 7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195
헌재 2003. 4. 24. 2002헌바9, 판례집 15-1, 406, 415
헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 523-524

## 전문

[당 사 자]
청 구 인          재단법인 ○○장학회
                  대표자 이사 이○규
                  대리인 변호사 장철우
당 해 사 건       서울행정법원 2009구합18264 과세특례세액경정거부처분취소
               
[주      문]
법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제1조 단서 중 "제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다." 부분은 헌법에 위반되지 아니한다.

[이      유]
1. 사건의 개요 및 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인은 1952. 3. 29. 장학금의 보조 등을 목적으로 설립된 비영리내국법인으로서, 1971. 10. 15. 출연에 의하여 취득한 이천시 호법면 ○○리 임야 271,171㎡, 같은 리  임야 102,087㎡ 및 같은 리 916-7 대 230㎡(이하 위 임야와 대지를 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)를 2007. 12. 7. 대한예수교장로회 ○○교회에게 3,900,000,000원에 양도하였다.

(2) 청구인은 2008. 3. 31. 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생한 수입을 2007 사업연도 소득에 산입하여 산출한 법인세 143,549,350원과 법인세법 제55조의2의 규정에 따라 산출한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 1,169,661,048원 등 합계 1,313,210,398원을 서초세무서장에게 신고·납부하였다.

(3) 청구인은 2008. 4. 16. 서초세무서장에게, 2007 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고시 이 사건 토지의 양도소득을 양도금액에서 양도 당시 장부가액을 차감한 금액으로 하여 신고·납부하였으나, 양도금액에서 차감할 금액을 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호) 부칙 제8조 제2항에 따라 "장부가액과 1991. 1. 1. 현재 「상속세 및 증여세법」의 규정에 의한 평가금액인 2,314,475,600원 중 큰 금액", 즉 2,314,475,600원으로 보아야 하므로 정당세액을 초과하여 납부한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 694,003,728원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다. 그러나 서초세무서장은 2008. 8. 23. 위 부칙 제8조 제2항은 비영리내국법인의 수익사업소득 계산에만 적용되는 것이어서 이를 법인세법 제55조의2의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 적용하는 것은 부당하다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

(4) 청구인은 2009. 5. 14. 서초세무서장을 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소송(서울행정법원 2009구합18264)을 제기하고, 그 소송 계속 중 2009. 8. 11. 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제1조에 대한 위헌법률심판제청신청(서울행정법원 2009아2440)을 하였다가 2009. 10. 1. 기각되자, 2009. 11. 5. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.

나. 심판의 대상
(1) 청구인은 심판청구서에 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제1조 이외에 양도소득에 대한 과세특례 적용대상으로 비사업용 토지를 추가한 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제55조의2 제1항 제3호와 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등에 관한 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제92조의11도 심판대상으로 기재하고 있다.
그런데 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원심판은 법원이 법률의 위헌여부심판의 제청신청을 각하 또는 기각한 경우에만 당사자가 직접 헌법재판소에 청구할 수 있는 것이므로, 법원의 위헌제청신청기각결정의 대상이 되지 아니한 규정에 대하여 헌법소원심판청구를 추가한 경우 그 부분에 대한 심판청구는 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원심판의 대상이 되지 아니하여 부적법하다(헌재 1997. 11. 27. 96헌바12, 판례집 9-2, 607, 618; 헌재 2001. 9. 27. 2000헌바13, 판례집 13-2, 316, 320).
청구인은 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제55조의2 제1항 제3호에 대해서는 당해사건 법원에 위헌여부심판의 제청신청을 하지 않았고, 당해사건 법원이 이에 대한 기각결정을 하지 않았을 뿐만 아니라, 이 사건 헌법소원심판 청구서에서 위 법인세법 제55조의2 제1항 제3호로 신설된 비사업용 토지의 양도소득에 대한 과세특례 자체에 대하여는 특별히 위헌 이유를 개진하고 있지도 아니하다.
한편, 위 시행령 조항은 법률이 아닌 대통령령인바, 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원 심판청구에서 심판의 대상은 재판의 전제가 되는 법률인 것이지 대통령령은 될 수 없다(헌재 1992. 11. 12. 92헌바7, 판례집 4, 731, 737; 헌재 2000. 1. 27. 96헌바95등, 판례집 12-1, 16, 35).
따라서 이들 조항에 관한 심판청구는 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원심판청구에서 법원의 위헌제청신청기각결정의 대상이 된 법률규정에 대한 것이 아니거나 그 대상으로 할 수 없는 규범에 대한 것으로서 부적법함이 명백하므로, 심판대상에서 제외한다.

(2) 그리고 청구인은 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제1조 전부를 심판대상으로 기재하고 있으나, 위 조항 중 단서 부분의 "제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다." 부분을 제외한 나머지는 당해사건에 적용되는 것이 아니고, 청구인이 그에 관하여 별도의 위헌 주장을 하고 있지도 아니하므로 심판대상에서 제외한다.

(3) 그렇다면, 이 사건 심판의 대상은 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호) 부칙 제1조 단서 중 "제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다." 부분(아래 밑줄 친 부분, 이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 헌법에 위반되는지 여부로 한정함이 상당한바, 그 내용은 다음과 같고, 관련 조항은 [별지] 기재와 같다.
[심판대상 조항]
법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호)
부칙 
제1조(시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

2. 청구인의 주장
(1) 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 법인세법은 물론 그와 같이 개정된 법인세법 하에서도 비영리내국법인이 비사업용 토지 등 부동산을 양도할 경우에는 개인의 경우와 유사한 수준에서 법인세를 과세하도록 규정하고 있었다. 그런데 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 법인세법이 개정될 때 제55조의2 제1항 제3호가 신설되어 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용대상으로 비사업용 토지가 추가되었는바, 개인에 대하여는 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제168조의14 제3항 제2호(이하 ‘구 소득세법 시행령 관련 조항’이라 한다)에서 20년 이상 장기 보유한 임야 등으로서 2009. 12. 31.까지 양도하는 경우 비사업용 토지로 보지 아니하여 비사업용 토지의 양도소득에 대한 중과적용을 배제하고 있는 것과 달리, 이 사건 법률조항은 그러한 규정을 두지 않은 상태에서 위 법인세법 제55조의2 개정규정을 2007. 1. 1.부터 시행하도록 하였다. 결국 설립 목적과 사업 활동이 공익에 부응하고, 주로 출연에 의하여 자산을 형성하는 비영리내국법인이 장기 보유한 비사업용 토지를 양도하는 경우 이 사건 법률조항은 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정에 의하여 과세를 함에 있어 개인의 경우와 유사한 기간 동안 그 적용을 배제하거나 유예하는 규정을 두어야 함에도 그러한 규정을 두지 않음으로써 비영리내국법인을 합리적 이유 없이 차별하는 것이어서 조세평등주의에 위반될 뿐 아니라, 신뢰보호원칙에 위반된다.

(2) 2001. 12. 31. 법인세법이 개정되기 전의 특별부가세 제도 하에서는 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호) 부칙 제10조에 의하여 1984. 12. 31. 이전에 취득한 부동산에 대하여 그 취득일을 1985. 1. 1.로 의제하도록 규정하고 있었는데, 이 사건 법률조항은 그러한 규정을 두지 않은 상태에서 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 시행하도록 하였다. 이는 결과적으로 종래의 특별부가세 제도 하에서는 사실상 과세대상에서 제외되었던 기간인 1984. 12. 31. 이전의 보유 기간에 대해서까지 과세하도록 한 것이어서 소급입법 과세금지원칙에 위반된다.

3. 판단
가. 조세평등주의 위반 여부
(1) 조세평등주의의 의의와 이 사건 법률조항으로 인한 차별취급의 존부
헌법 제11조 제1항은 모든 국민은 법 앞에 평등하고 누구든지 합리적인 이유 없이는 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다는 평등의 원칙을 선언하고 있고, 이와 같은 평등의 원칙이 세법영역에서 구현된 것이 조세평등주의이다. 즉, 조세평등주의는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다(헌재 1996. 6. 26. 93헌바2, 판례집 8-1, 525, 535; 헌재 1999. 11. 25. 98헌마55, 판례집 11-2, 593, 608; 헌재 2000. 2. 24. 98헌바94등, 판례집 12-1, 188, 227). 그리고 조세감면의 우대조치의 경우에 있어서도 특정 납세자에 대하여만 감면조치를 하는 것이 현저하게 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 위헌이 된다(헌재 1996. 8. 29. 95헌바41, 판례집 8-2, 107, 117). 다만, 입법자가 조세감면의 혜택을 부여하는 입법을 함에 있어서 그 입법목적, 과세공평 등에 비추어 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 재량행위에 속하고, 재량의 범위를 뚜렷하게 벗어난 것으로 볼 수 없는 한 이것을 위헌이라고 단정할 수 없다(헌재 2000. 1. 27. 98헌바12, 공보 42, 136, 140).
이 사건 법률조항은 비영리내국법인이 장기 보유하고 있는 비사업용 토지의 경우에도 양도소득에 대한 과세특례 규정을 법 개정일로부터 1년간만 유예한 채 2007. 1. 1.부터 시행하도록 하고 있는데, 개인의 경우에는 구 소득세법 시행령 관련 조항이 2006. 12. 31. 이전에 20년 이상을 소유한 임야 등을 2009. 12. 31. 이내에 양도하는 경우에는 이를 비사업용 토지에서 제외함으로써 해당 법률의 적용을 2009. 12. 31.까지 배제 내지 유예한 것에 비하여 비영리내국법인을 불리하게 차별취급하고 있어, 조세평등주의에 위반되는지 여부가 문제된다.

(2) 이 사건 법률조항이 조세평등주의에 위반되는지 여부
개인과 비영리내국법인은 그 성격이 동일하다고 볼 수 없어 비사업용 토지의 양도에 대하여 동일한 기준으로 과세하는 것이 합리적이라고 보기는 어려운데다가, 법인세법은 토지 등 양도소득에 대한 법인세 관련 비사업용 토지의 판정기준에 대하여 소득세법을 준용하지 아니하고 제55조의2 제2항 등에서 별도로 규정하고 있고, 비영리내국법인이라 하더라도 공익만을 목적으로 하는 것은 아니고 그 본질에 반하지 않는 범위 내에서 수익을 목적으로 하는 사업 활동을 할 수도 있다.
더욱이 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 부과대상인 비사업용 토지는 비영리내국법인의 목적사업과는 직접적인 관련이 없는 것으로서 목적사업에 불요불급한 이러한 토지에 대한 투기를 방지할 필요가 절실하고, 공익성을 띤 비영리내국법인에 대한 출연재산에 대하여 「상속세 및 증여세법」에서 정한 과세가액 불산입 등의 과세상 특혜가 부의 무상 상속이나 변칙 증여의 수단으로 악용되거나 비영리내국법인의 소득이 고유목적사업과 관련이 없는 사업이나 목적에 지출되거나 투기적으로 이용되는 사례가 있어 이를 방지할 필요도 있다.
그리고 입법자에게 그 성격이나 자금동원능력 및 부동산 취득규모가 다른 비영리내국법인과 개인 사이에 있어 조세우대조치의 하나로 볼 수 있는 중과규정의 적용배제나 과세유예 등 조세감면조치를 동일하게 규율하여야 할 의무까지 있다고 할 수는 없고, 오히려 위와 같은 조세감면조치 등은 입법 당시 국가의 경제사정이나 부동산정책 및 기업정책 등 여러 가지 경제상황을 고려하여 합목적적으로 결정하여야 할 입법정책의 문제라고 볼 수 있는 점 등에 비추어, 비영리내국법인에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정의 적용을 배제 내지 유예하는 기간을 개인과 달리 정함으로써 이것이 다소 불공정한 결과를 가져온다고 하더라도 이러한 차별이 비합리적이고 자의적인 조치라거나 재량의 범위를 벗어난 것이라고 보기 어렵다.
따라서 이 사건 법률조항에 의하여 결과적으로 토지 등 양도소득에 대한 과세에 있어 개인과 비영리내국법인 사이에 차별이 발생하더라도 그에 대한 합리적인 이유가 있으므로 조세평등주의에 위반되지 않는다.

나. 소급입법 과세금지원칙 위반 여부
(1) 헌법상 소급입법 과세금지원칙
헌법 제38조는 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 진다고 규정하는 한편, 헌법 제59조는 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다고 규정하여 조세법률주의를 선언하고 있다. 이는 납세의무가 존재하지 않았던 과거에 소급하여 과세하는 입법을 금지하는 원칙을 포함하는 것이다. 이러한 소급입법 과세금지원칙은 조세법률관계에 있어서 법적 안정성을 보장하고 납세자의 신뢰이익을 보호한다. 따라서 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 또는 이미 납세의무가 존재하는 경우에도 소급하여 중과세하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 위반된다(헌재 2004. 7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59, 71; 헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 522-523).
그런데 소급입법은, 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지(과거에 완성된 사실 또는 법률관계를 규율대상으로 하는지), 아니면 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 사실관계에 작용하는지에 따라 이른바 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분되는바, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙인 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌재 2003. 4. 24. 2002헌바9, 판례집 15-1, 406, 415).

(2) 이 사건 법률조항이 소급입법 과세금지원칙에 위반되는지 여부
구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제55조의2 제1항 제3호는 2005. 12. 31. 신설된 조항으로서, 이 사건 법률조항에 의하여 2007. 1. 1.부터 시행되었으며, 그 부칙 제14조에 의하여 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용되었다. 즉, 이 사건 법률조항은 이미 과세요건이 완성된 토지 양도에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용하도록 하고 있는 것이 아니라 이 사건 법률조항에서 정한 시행일 이후의 토지 양도에 대하여 적용하도록 하고 있으므로, 진정소급입법에 해당하지 아니한다. 이 사건에서도 청구인이 이 사건 토지를 양도한 날은 2007. 12. 7.로서 이 사건 법률조항에서 정한 시행일 이후임이 명백하다.
따라서 청구인이 주장하는 바와 같은 의제취득일에 관한 규정을 두지 않은 것이 종래의 법적 상태의 존속을 신뢰한 토지 소유자에 대한 신뢰보호의 문제를 발생시킬 수는 있으나, 토지 등의 양도소득에 대한 법인세의 과세요건 완성 후에 새로운 입법으로 법인세를 과세하거나 이미 성립한 납세의무를 가중한 것이 아니므로, 이 사건 법률조항은 소급입법 과세금지원칙에 위반되지 아니한다.

다. 신뢰보호원칙 위반 여부
(1) 조세영역에 있어서의 신뢰보호원칙
신뢰보호의 원칙은 헌법상 법치국가의 원칙으로부터 파생되는 것으로서, 법률의 제정이나 개정시 구법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법률의 제정이나 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 그러한 새 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다. 그러나 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규·제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 하고, 특히 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다(헌재 1998. 11. 26. 97헌바58 판례집 10-2, 673, 682; 헌재 2003. 4. 24. 2002헌바9, 판례집 15-1, 406, 415; 헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 523-524).
신뢰보호원칙의 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 새 입법을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 한다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 460-461; 헌재 1999. 7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195).

(2) 이 사건 법률조항이 신뢰보호원칙에 위반되는지 여부
청구인은 비영리내국법인이 20년 이상 장기 보유한 비사업용 토지를 양도하는 경우에 이 사건 법률조항이 법인세법 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정의 적용을 배제하거나 2009. 12. 31.까지 유예하는 규정을 두지 않은 채 2007. 1. 1.부터 위 과세특례 규정에 따라 법인세를 과세하도록 한 것은 신뢰보호원칙에 위배된다고 주장한다.
그리고 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호) 부칙 제10조는 ‘토지 등 양도소득에 대한 특별부가세(제99조)를 적용함에 있어서 1984. 12. 31. 이전에 취득한 토지 등은 1985. 1. 1.에 취득한 것으로 본다.’고 규정하고 있었고, 이러한 의제취득일 규정은 보통 매입한 지 오래된 부동산의 취득가액을 높여 양도소득을 줄임으로써 토지 등 부동산을 장기 보유한 과세 대상자들에게 조세감면 혜택을 주기 위한 조치의 하나로 받아들여지고 있는바, 청구인이 이 사건 토지를 양도함으로써 양도소득을 계산할 때에도 그와 같이 마련된 의제취득일 규정에 따른 취득가액에 의할 것이라고 신뢰하는 것이 합리적이어서 그러한 의제취득일 규정을 두지 않은 것이 신뢰보호원칙에 위배되는 것은 아닌지 의문이 있을 수 있으므로, 청구인의 위 주장과 함께 보기로 한다.
살피건대, 이 사건 법률조항이 장기 보유한 비사업용 토지가 양도되는 경우에 양도소득에 대한 과세특례 규정의 적용을 배제하거나 유예하는 기간을 1년보다 더 장기로 하지 않은 것과 의제취득일 규정을 두지 않은 것은 청구인이 36년 이상 이 사건 토지를 소유하면서 가졌던 구법 질서에 대한 신뢰와 배치되는 측면은 있다.
그러나 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 전신이라고 할 수 있는 토지 등 양도차익에 대한 특별부가세가 시행되다가 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 법인세법이 개정되면서 폐지되었으나, 토지에 대한 투기적 수요를 억제하고 투기이익을 환수하여 부동산 시장을 안정시킬 목적으로 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 다시 신설하게 되었는바, 비영리내국법인의 장기 보유 비사업용 토지에 대하여 법인세법 제55조의2의 적용을 배제 내지 장기 유예하거나 취득가액 산정기준이 되는 의제취득일 규정을 두지 않은 것은 비영리내국법인의 목적사업과는 직접 관계없는 비사업용 토지의 가액 상승분에 대한 실효적인 과세를 통하여 그 입법목적을 달성하고자 하는 것으로서 비사업용 토지의 장기 보유 욕구를 차단함으로써 투기적 수요를 억제하기 위한 유효하고도 적절한 수단으로 보이고, 실질과세의 원칙을 실현한다는 관점에서는 오히려 실제 양도소득에 착안한 과세를 추구함으로써 담세력에도 상응하는 과세라는 또 다른 공익적 목적에도 부합하는 것이 되며, 구 법인세법 하의 특별부가세의 경우 의제취득일 규정이 있었다고 하더라도 그와 같은 조세감면조치의 하나인 의제취득일 규정을 두는 것이 조세법의 영역에 있어서 일반적이고도 항구적이라고는 할 수 없는데다가 청구인이 이에 기초하여 새로운 법률관계를 형성하였다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 것으로는 보이지 아니한다.
그렇다면, 비영리내국법인의 비영리사업 내지 고유목적사업과 직접 관련이 없는 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 과세를 하지 아니하거나 과세특례 규정의 장기 유예 또는 의제취득일을 두는 등의 조세우대조치가 마련되지 않고서는 과세되지 아니하리라는 청구인의 신뢰가 있었다고 하더라도, 이러한 청구인의 신뢰는 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 입법 경위에 비추어 보더라도 극히 주관적이거나 불확실하고도 잠정적인 것에 불과하여 헌법상 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 법률조항은 공익 목적의 중요성, 신뢰침해의 방법과 정도, 침해받은 신뢰의 보호가치 등을 종합적으로 비교·형량할 때 헌법상의 신뢰보호원칙에 위반한 것이라고 할 수 없다.

4. 결론
이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.

[별지]
관련 조항
구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것)
제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각 호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 전·답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다.
나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도·농복합형태의 시의 읍·면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시·광역시 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다.
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.
가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림·보안림·채종림·시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것
나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것
다. 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것
3.∼7. 생략
③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다.
법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호)
부칙(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것)
제8조(수익사업소득계산에 관한 특례) ② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 동법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.
부칙(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 
제8조(수익사업소득계산에 관한 특례) ② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.
법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호)
부칙
제10조(토지 등의 취득시기에 관한 특례) 제99조의 개정규정을 적용함에 있어서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 본다.
법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호)
부칙
제14조(토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제21조(수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례) 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것)
제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 재정경제부령이 정하는 기간
②∼③ 생략
구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 20618호로 개정되기 전의 것)
제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
③ 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.
2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지 끝.