# 소득세법 제88조 제9호 등 위헌확인

## 전문

【당 사 자】
사건2025헌마1126    소득세법 제88조 제9호 등 위헌확인
청구인1. 송○○
2. 유○○
3. 송□□
4. 송△△
5. 송▽▽
청구인들의 대리인   법무법인 로펌나비
    담당변호사 이한수, 김윤미 
결정일2025. 10. 14.
【주 문】
이 사건 심판청구를 모두 각하한다.
【이 유】
1. 사건개요
가. 청구인들은 망 송◇◇로부터 서울시 ○○구 (주소 생략) 소재 ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 2016. 6. 17. 민법상 법정비율로 상속받은 후 2024. 9. 26. 제3자에게 30억 9천만 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
나. 이 사건 아파트는 주택법 제63조 제1항에 의하여 투기과열지구로 지정된 지역에 소재한 아파트로서 2018. 5. 15. ‘도시 및 주거환경정비법’(이하 ‘도시정비법’이라 한다) 제74조에 따른 재건축 관리처분계획이 인가되어 고시되었고, 이 사건 양도 당시에도 재건축사업이 진행되고 있었다. 도시정비법 제39조 제2항에 의하면 투기과열지구로 지정된 지역에서 재건축사업을 시행하는 경우에는 조합설립인가 후 원칙적으로 재건축조합원 지위의 양도가 불가능하나, 청구인들은 같은 항 제4호의 예외 요건(장기보유 및 장기거주)에 해당하여 이 사건 양도 당시 재건축조합원 지위를 함께 양도하고 조합을 탈퇴하였다.
다. 소득세법 제88조 제9호에 따라, 관리처분계획 인가 이후 이루어진 이 사건 양도는 부동산의 양도가 아닌 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’(소득세법 제94조 제1항 제2호 가목)인 조합원입주권을 양도하는 것으로 간주되었다. 
라. 소득세법은 양도소득세 부과 대상인 양도소득금액을 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 정의한다(제95조 제1항). 구 소득세법 시행령 제155조 제17항 제1호는 조합원입주권의 양도와 관련하여, 1세대가 양도일 현재 다른 주택이 없이 조합원입주권 1개만 소유하고 있고, 그 조합원입주권이 도시정비법에 따른 관리처분계획의 인가일 현재 소득세법 시행령 제154조 제1항에 해당하는 비과세대상 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택이었던 경우, 그 조합원입주권은 ‘부동산’이 아니라 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’임에도 불구하고 양도소득세가 원칙적으로 비과세되는 1세대 1주택 요건에 해당하는 것으로 간주하였고, 이러한 경우는 양도 대상 주택이 이 사건 아파트와 같이 소득세법 제89조 제1항 제3호 소정의 고가주택에 해당하여 양도소득세가 과세되더라도 소득세법 제95조 제2항 단서의 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"에 해당하게 되어 같은 항 표 1의 공제율(이하 ‘장기소유 특별공제 일반공제율’이라 한다)이 아니라 표 2의 특례공제율(이하 ‘장기보유 특별공제 특례공제율’이라 한다)을 적용받을 수 있었다. 
그런데 구 소득세법 시행령 제155조 제17항 제1호의 내용이 소득세법 제89조 제1항 제4호로 옮겨 규정되면서, 소득세법 제89조 제1항 제4호에 의하여 1세대 1주택으로 간주되는 경우는 ‘법률이 정하는 1세대 1주택’에 해당하게 되었고 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"에 해당하지 않게 되었다. 이로 인해 청구인들은 이 사건 양도와 관련하여 장기보유 특별공제 특례공제율을 적용받지 못하게 되었다.
마. 한편 청구인들은 소득세법 제95조 제2항 본문에 의하여, 이 사건 아파트의 실제 양도차익이 아닌 관리처분계획 인가 전 토지분 및 주택분의 양도차익에 대하여만 같은 법 제95조 제1항의 장기보유 특별공제를 적용받게 되었다. 
바. 이에 청구인들은 소득세법 제88조 제9호, 제89조 제1항 제4호, 제95조 제2항 및 소득세법 시행령 제166조 제5항 제1호가 조세법률주의, 적법절차원칙, 과잉금지원칙 및 포괄위임금지원칙 등에 위반하여 청구인들의 평등권과 재산권 등을 침해한다고 주장하면서 2025. 8. 27. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
2. 심판대상
이 사건 심판대상은 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정된 것) 제88조 제9호, 제89조 제1항 제4호, 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정된 것) 제95조 제2항 및 소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정된 것) 제166조 제5항 제1호가 청구인들의 기본권을 침해하는지 여부이다. 심판대상조항 및 관련조항은 다음과 같다. 
[심판대상조항]
소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정된 것)
제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
9. "조합원입주권"이란 "도시 및 주거환경정비법" 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 "빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법" 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 "도시 및 주거환경정비법"에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, "빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법"에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.
제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 
4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대["도시 및 주거환경정비법" 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 "빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법" 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억 원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것
소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정된 것)
제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 "도시 및 주거환경정비법" 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 "빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법" 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. 
표 1
 
보유기간
공제율
3년 이상 4년 미만
100분의 6
4년 이상 5년 미만
100분의 8
5년 이상 6년 미만
100분의 10
6년 이상 7년 미만 
100분의 12
7년 이상 8년 미만 
100분의 14
8년 이상 9년 미만 
100분의 16
9년 이상 10년 미만 
100분의 18
10년 이상 11년 미만 
100분의 20
11년 이상 12년 미만 
100분의 22
12년 이상 13년 미만 
100분의 24
13년 이상 14년 미만 
100분의 26
14년 이상 15년 미만 
100분의 28
15년 이상 
100분의 30
표 2

보유기간
공제율
거주기간
공제율
3년 이상 4년 미만
100분의 12
2년 이상 3년 미만
(보유기간 3년 이상에 한정함)
100분의 8
3년 이상 4년 미만
100분의 12
4년 이상 5년 미만
100분의 16
4년 이상 5년 미만
100분의 16
5년 이상 6년 미만
100분의 20
5년 이상 6년 미만
100분의 20
6년 이상 7년 미만
100분의 24
6년 이상 7년 미만
100분의 24
7년 이상 8년 미만
100분의 28
7년 이상 8년 미만
100분의 28
8년 이상 9년 미만
100분의 32
8년 이상 9년 미만
100분의 32
9년 이상 10년 미만
100분의 36
9년 이상 10년 미만
100분의 36
10년 이상
100분의 40
10년 이상
100분의 40
소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정된 것)
제166조(양도차익의 산정 등) ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다. 
1. 관리처분계획등인가전양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간
[관련조항]
소득세법(2014. 6. 3. 법률 제12738호로 개정된 것) 
제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 
1. 토지["공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률"에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정된 것)
제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
소득세법 시행령(2025. 2. 28. 대통령령 제35349호로 개정된 것)
제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 
구 소득세법 시행령(2012. 6. 29. 대통령령 제23887호로 개정되고, 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 
제155조(1세대1주택의 특례) <17> 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대{"도시 및 주거환경정비법" 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다}가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다. 
1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우
2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)
3. 판단
가. 법령 자체가 헌법소원의 대상이 될 수 있으려면 집행행위에 의하지 아니하고 법령 그 자체에 의하여 자유의 제한, 의무의 부과, 권리 또는 법적 지위의 박탈이 생겨야 한다(헌재 1992. 11. 12. 91헌마192 참조). 과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되는 부과과세방식이나 납세의무자 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확인하여 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식의 조세에 있어서 조세법령으로 인한 기본권 침해는 과세처분 또는 경정거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 현실화된다(헌재 2020. 9. 24. 2017헌마498 참조).
나. 심판대상조항은 신고납세방식의 조세인 양도소득세 산정에 있어서의 장기보유 특별공제와 관련된 조항들로서, 이로 말미암은 청구인에 대한 기본권 침해는 경정거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통해 비로소 현실화되는 것이므로, 결국 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추지 못하여 허용될 수 없다. 
4. 결론
그렇다면 이 사건 심판청구는 모두 부적법하므로 헌법재판소법 제72조 제3항 제4호에 따라 이를 각하하기로 하여, 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.