# 구 법인세법 제42조 제3항 위헌소원

## 판시사항

1. 주택사업공제조합(이하 ‘공제조합’이라 한다)이 대한주택보증주식회사(이하 ‘대한주택보증’이라 한다)로 조직 변경되면서 발생한 공제조합 출자증권과 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액 상당(이하 ‘이 사건 유가증권 감액손실’이라 한다)을 법인세 산정 시 손금에 산입하지 아니하는 것이 실질과세원칙에 위배되는지 여부(소극)
2. 이 사건 유가증권 감액손실을 법인세 산정 시 손금에 산입하지 아니하는 것이 헌법상의 평등원칙에 위배되는지 여부(소극)

## 결정요지

1. 이 사건 유가증권 감액손실은 주식의 처분이 이루어지기 전까지는 미실현 손실의 한 형태에 불과할 뿐만 아니라 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제42조 제3항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)에서 정하고 있는 손금산입대상과는 그 경제적 실질이 동일하지도 아니하므로, 이 사건 법률조항이 그와 같은 감액손실을 손금으로 산입하지 않는다고 하더라도 이를 두고 납세의무자의 실제 담세력을 초과하는 과세로서 경제적 실질에 부합하지 않는 과세라고 할 수는 없다.
2. 이 사건 법률조항에 규정된 손금산입대상은 모두 당해 자산의 가액이 정상적으로 형성될 수 없을 뿐만 아니라 그 가치감소를 외견상, 객관적으로 명확히 인식할 수 있는 경우들인 반면 이 사건 유가증권 감액손실은 공제조합이 대한주택보증으로 조직변경하는 과정에서 공제조합 출자증권의 실질적인 가치를 평가함으로써 비롯된 것으로서, 당해 출자증권의 가치는 현재 대한주택보증의 주식 가치로 그대로 옮겨져 있고, 그 주식의 시장가치는 앞으로 얼마든지 변동될 수 있어 당해 주식을 처분하기 전까지는 아직 그 손실이 확정된 것으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 유가증권 감액손실과 이 사건 법률조항 소정의 손금산입대상은 본질적으로 서로 같은 두 개의 비교집단으로 보기 어렵다. 설령 동일한 비교집단으로 볼 수 있다고 하더라도, 미실현 손실의 본질적 성격, 과세기술상 문제, 입법정책적 목적 등을 합리적, 종합적으로 고려하여 의회가 그 입법재량의 범위 내에서 이 사건 법률조항을 제정한 것으로 보이므로, 그 차별취급이 입법형성권의 한계를 벗어난 자의적 조치라고 단정할 수 없다.

## 심판대상조문

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제42조(자산·부채의 평가) ①～② 생략
③다음 각 호의 1에 해당하는 자산은 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 그 장부가액을 감액할 수 있다.
1. 재고자산으로서 파손·부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것
2.고정자산으로서 천재·지변·화재 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 파손 또는 멸실된 것
3.대통령령이 정하는 주식 등으로서 그 발행법인이 부도가 발생한 경우의 당해 주식 등 
④～⑤ 생략

## 참조조문

헌법 제11조 제1항
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제18조(평가차익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.
1.자산의 평가차익. 다만, 제42조 제1항 각 호의 규정에 의한 평가로 인하여 발생하는 평가차익(동항 제1호의 경우에는 자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액에 한한다)을 제외한다.
2.～8. 생략
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제22조(자산의 평가차손의 손금부산입) 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산을 평가함에 따라 발생하는 평가차손은 그러하지 아니하다.
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제42조(자산·부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 자산재평가법에 의한 재평가
2. 보험업법 기타 법률에 의한 고정자산의 평가(증액에 한한다)
3. 재고자산 등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가
②제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다.
③～⑤ 생략
구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되고, 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제78조(재고자산 등의 평가차손) ① 법 제42조 제3항 제2호에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 사유를 말한다.
1. 천재·지변 또는 화재
2. 법령에 의한 수용 등
3.채굴예정량의 채진으로 인한 폐광(토지를 포함한 광업용 고정자산이 그 고유의 목적에 사용될 수 없는 경우를 포함한다)
②법 제42조 제3항 제3호에서 "대통령령이 정하는 주식 등"이라 함은 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자가 보유하는 주식 등 중 각각 창업자 또는 신기술사업자가 발행한 것을 말한다.
③법 제42조 제3항 본문에서 "대통령령이 정하는 방법"이라 함은 동항 각 호의 규정에 의한 자산의 장부가액을 다음 각 호의 규정에 의한 평가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 방법을 말한다.
1.법 제42조 제3항 제1호의 재고자산의 경우에는 당해 재고자산을 사업연도종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액
2.법 제42조 제3항 제2호의 고정자산의 경우에는 사업연도종료일 현재 시가로 평가한 가액
3.법 제42조 제3항 제3호의 주식 등의 경우에는 사업연도종료일 현재 시가(창업자 또는 신기술사업자별로 보유주식총액을 시가로 평가한 가액이 1천 원 이하인 경우에는 1천 원으로 한다)로 평가한 가액

## 참조판례

헌재 1989.  7. 21. 89헌마38, 판례집 1, 131, 142-143
헌재 2004.  7. 15. 2003헌바45, 판례집 16-2상, 95, 110
헌재 2006.  6. 29. 2004헌바76, 공보 117, 907, 912
대법원 2004. 5. 28. 선고 2004두2745 판결
헌재 1994.  7. 29. 92헌바49등, 판례집 6-2, 64, 97
헌재 2001. 11. 29. 99헌마494, 판례집 13-2, 714, 727-728
헌재 2002. 12. 18. 2001헌바55, 판례집 14-2, 810, 818
대법원 2004. 5. 28. 선고 2004두2745 판결

## 전문

【당 사 자】
청 구 인　1. 주식회사 ○○건설(2005헌바53)
대표이사　김○회
2. □□건설산업 주식회사(2005헌바65)
대표이사　정○명
3. 정리회사 주식회사 △△의 관리인 권○민(2005헌바79)
4. ▽▽산업 주식회사(2006헌바27)
대표이사　신　○
청구인들의 대리인 변호사　안병민
당해사건　서울행정법원 2004구합34230 법인세부과처분취소(2005헌바53)
의정부지방법원 2004구합3019 법인세경정청구거부처분취소
(2005헌바65)
서울행정법원 2004구합36328 결손금증액경정청구거부처분취소
(2005헌바79)
광주지방법원 2004구합3007 법인세부과처분취소(2006헌바27)
【주　　문】
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제42조 제3항은 헌법에 위반되지 아니한다.
【이　　유】
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 주택사업공제조합(이하 ‘공제조합’이라 한다)은 구 주택건설촉진법(1992. 12. 8. 법률 제4530호로 개정되고, 1999. 2. 8. 법률 제5908호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 주택건설촉진법’이라 한다) 제47조의6의 규정에 의하여 주택사업에 관한 의무이행에 필요한 보증업무 등을 수행하기 위하여 1993. 4. 24. 설립된 특수법인이다.
(2) 공제조합은 1997. 11. 이른바 IMF 외환위기 이후 조합원의 부도증가 및 대위변제 급증으로 인하여 심각한 유동성 부족에 직면하게 되자 정부에 지원을 요청하였고 이에 정부는 1998. 12.경 공제조합을 정상화하기 위하여 공제조합을 주식회사 형태로 전환하기로 하고 1999. 2. 8. 법률 제5908호로 구 주택건설촉진법을 개정하여 대한주택보증주식회사(이하 ‘대한주택보증’이라고 한다)의 설립에 관한 입법적 근거를 마련하였다.
(3) 이에 따라 공제조합은 1999. 6. 1. 조합원총회에서 대한주택보증으로 전환할 것을 결의하고, 같은 해 6. 2. 건설교통부장관의 인가를 받은 후 다음 날 대한주택보증의 설립등기와 함께 공제조합의 해산등기를 마쳤다.
(4)한편 정부, 채권금융기관, 주택업계, 공제조합의 각 대표들로 구성된 합동실사지원팀은 1998. 12.말 현재 공제조합의 순자산가액을 실사하였는데, 그 결과 공제조합의 순자산가액은 당시 장부가액이었던 3조 3,242억 원보다 약 74.5% 적은 8,480억 원으로 평가되었다. 그에 따라 대한주택보증은 공제조합의 순자산가액 8,480억 원을 대한주택보증의 자본금으로 전환하고, 이에 해당하는 주식 169,602,800주를 대한주택보증 설립등기 직전일 현재 각 출자자의 출자증권 보유비율에 따라 배정하였다.
(5) 그 과정에서 공제조합의 출자증권을 보유하고 있던 청구인들은 각자 소유 출자증권 수에 비례하여 대한주택보증 주식을 배정받았는바, 공제조합 출자증권 26,250,000,000원 상당을 보유하고 있던 청구인 주식회사 ○○건설(이하 ‘청구인 ○○건설’이라 한다)은 대한주택보증 주식 6,523,180,000원 상당(＝8,480억 원×26,250,000,000원/전체 출자금)을, 공제조합 출자증권 1,035,000,000원 상당을 보유하고 있던 청구인 □□건설산업 주식회사(이하 ‘청구인 □□건설산업’이라 한다)는 대한주택보증 주식 380,362,500원 상당(＝8,480억 원×1,035,000,000원/전체 출자금)을, 공제조합 출자증권 55,767,074,219원 상당을 보유하고 있던 청구인 정리회사 주식회사 △△의 관리인(이하 ‘청구인 정리회사 △△의 관리인’이라 한다)은 대한주택보증 주식 14,283,935,000원 상당(＝8,480억 원×55,767,074,219원/전체 출자금)을, 공제조합 출자증권 18,476,760,000원 상당을 보유하고 있던 청구인 ▽▽산업 주식회사(이하 ‘청구인 ▽▽산업’이라 한다)는 대한주택보증 주식 4,379,925,000원 상당(＝8,480억 원×18,476,760,000원/전체 출자금)을 각 배정받았다.
(6)청구인들의 법인세 산정과 이 사건 헌법소원심판청구
(가) 2005헌바53 사건
1) 청구인 ○○건설은 1999사업연도 법인세 신고 당시에는 공제조합 출자증권과 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액 19,726,820,000원(＝26,250,000,000원－6,523,180,000원) 상당을 손금에 산입하지 아니하고 법인세를 신고·납부하였는데, 영등포세무서장은 업무와 관련 없는 이자 208,796,103원을 손금불산입하는 등 합계 301,124,099원을 1999사업연도 법인세 과세표준에 증액하여, 2002. 10. 10. 법인세 174,533,700원을 추가로 부과하는 처분을 하였다.
2) 청구인 ○○건설은 그에 불복하여 영등포세무서장을 상대로 서울행정법원 2004구합34230호로 위 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하는 한편, 공제조합 출자증권과 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액이 손금에 산입되었어야 한다고 주장하면서 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제42조 제3항에 대하여 같은 법원 2005아562호로 위헌법률심판제청신청을 하였으나, 2005. 5. 31. 기각되었다.
이에 위 청구인은 2005. 6. 3. 위헌제청신청 기각결정을 송달받고 같은 해 7. 4.(7. 3.은 일요일) 이 사건 헌법소원심판청구를 하였다.
(나) 2005헌바65 사건
1) 청구인 □□건설산업은 공제조합 출자증권과 새로 배정받은 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액 654,637,500원(1,035,000,000원－380,362,500원) 중 527,850,000원은 2000사업연도에, 나머지 126,787,500원은 2001사업연도에 각 투자유가증권 감액손실로 회계처리하고, 다만 위 각 사업연도의 법인세를 신고·납부함에 있어서는 위 각 손실금액을 손금에 산입하지 않은 채 각 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 산정하였다.
2) 그런데 청구인 □□건설산업은 2002. 7. 23. 의정부세무서장에게 위 손실금액을 손금에 산입하여야 한다는 이유로, 2000사업연도 법인세 147,798,000원, 2001사업연도 법인세 35,500,500원의 감액경정청구를 하였으나 의정부세무서장으로부터 아무런 결정을 받지 못하자, 이를 위 경정청구에 대한 거부처분으로 보아 2004. 10. 22. 의정부지방법원 2004구합3019호로 위 경정거부처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다.
위 청구인은 당해 소송 계속 중 구 법인세법 제42조 제3항의 규정이 헌법에 위반된다고 하면서 같은 법원 2005아12호로 위헌법률심판제청신청을 하였으나 2005. 6. 15. 기각되었다. 이에 위 청구인은 같은 해 6. 24. 위헌제청신청 기각결정을 송달받고 같은 해 7. 25. 이 사건 헌법소원심판청구를 하였다.
(다) 2005헌바79 사건
1) 청구인 정리회사 △△의 관리인은 2000사업연도에 공제조합 출자증권과 새로 배정받은 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액 41,483,139,219원(55,767,074,219원－14,283,935,000원)을 투자유가증권 감액손실로 회계처리하고, 다만 2001. 3. 30.경 영등포세무서장에게 2000사업연도 법인세를 신고·납부함에 있어서는 위 유가증권 감액손실을 손금에 산입하지 않은 채 법인세 과세표준 및 세액을 산정하였다.
2) 그런데 청구인 정리회사 △△의 관리인은 2003. 3. 25. 영등포세무서장에게 위 손실금액을 손금에 산입하여야 한다는 이유로 2000사업연도 법인세의 감액경정청구를 하였으나 같은 해 7. 1. 경정거부처분을 받자, 이의신청 및 심판청구 등을 거쳐 2004. 11. 24. 서울행정법원 2004구합36328호로 위 경정거부처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다.
위 청구인은 당해 소송 계속 중 구 법인세법 제42조 제3항의 규정이 헌법에 위반된다고 하면서 같은 법원 2005아563호로 위헌법률심판제청신청을 하였으나 2005. 7. 26. 기각되었다. 이에 위 청구인은 같은 해 8. 5. 위헌제청신청 기각결정을 송달받고 같은 해 9. 5. 이 사건 헌법소원심판청구를 하였다.
(라) 2006헌바27 사건
1) 청구인 ▽▽산업은 2001. 3. 17.경 서광주세무서장에게 2000사업연도 법인세 신고 당시 공제조합 출자증권과 새로 배정받은 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액 14,096,835,000원(18,476,760,000원－4,379,925,000원) 중 9,238,380,000원 상당을 투자유가증권 감액손실로 회계처리하면서 그 금액을 손금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였다. 그러나 서광주세무서장은 위 손금산입된 투자유가증권 감액손실은 자산의 평가차손에 불과하다고 보고 이를 손금불산입 처리하면서 2001. 11. 16. 위 청구인에게 2000사업연도 법인세로서 2,998,545,780원을 추가로 부과하는 처분을 하였다.
2) 청구인 ▽▽산업은 그에 불복하여 서광주세무서장을 상대로 광주지방법원 2004구합3007호로 위 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하는 한편, 구 법인세법 제42조 제3항의 규정이 헌법에 위반된다고 하면서 같은 법원 2005아29호로 위헌법률심판제청신청을 하였으나 2005. 12. 22. 기각되었다.
이에 위 청구인은 2006. 2. 22. 위헌제청신청 기각결정을 송달받고 같은 해 3. 21. 이 사건 헌법소원심판청구를 하였는데, 그 당시 청구취지는 주위적으로 위 구 법인세법 제42조 제3항의 위헌확인을 구하고, 예비적으로 위 법률조항과 함께 같은 법 제22조의 위헌확인도 함께 구하는 것이었다. 그 후 청구인은 2006. 6. 19. 같은 법 제22조의 위헌확인을 구하는 예비적 청구취지를 철회하는 내용의 청구취지변경신청서를 제출하였다.
나. 심판의 대상
이 사건 심판의 대상은 구 법인세법 제42조 제3항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 헌법에 위반되는지 여부이다. 이 사건 법률조항 및 그와 관련한 법령조항은 다음과 같다.
[심판대상조항]
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제42조(자산·부채의 평가) ③ 다음 각 호의 1에 해당하는 자산은 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 그 장부가액을 감액할 수 있다.
1.재고자산으로서 파손·부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것
2.고정자산으로서 천재·지변·화재 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 파손 또는 멸실된 것
3.대통령령이 정하는 주식 등으로서 그 발행법인이 부도가 발생한 경우의 당해 주식 등
[관련규정]
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제18조(평가차익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.
1.자산의 평가차익. 다만, 제42조 제1항 각 호의 규정에 의한 평가로 인하여 발생하는 평가차익(동항 제1호의 경우에는 자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액에 한한다)을 제외한다.
2. 내지 8. (생략)
제22조(자산의 평가차손의 손금불산입) 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산을 평가함에 따라 발생하는 평가차손은 그러하지 아니하다.
제42조(자산·부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 자산재평가법에 의한 재평가
2.보험업법 기타 법률에 의한 고정자산의 평가(증액에 한한다)
3.재고자산 등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가
② 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다.
③, ④ (생략)
⑤ 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산 및 부채를 평가함에 따라 발생하는 평가차익 및 평가차손의 처리 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되고, 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제78조(재고자산 등의 평가차손) ① 법 제42조 제3항 제2호에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 사유를 말한다.
1. 천재·지변 또는 화재
2. 법령에 의한 수용 등
3.채굴예정량의 채진으로 인한 폐광(토지를 포함한 광업용 고정자산이 그 고유의 목적에 사용될 수 없는 경우를 포함한다)
② 법 제42조 제3항 제3호에서 "대통령령이 정하는 주식 등"이라 함은 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자가 보유하는 주식 등 중 각각 창업자 또는 신기술사업자가 발행한 것을 말한다.
③ 법 제42조 제3항 본문에서 "대통령령이 정하는 방법"이라 함은 동항 각 호의 규정에 의한 자산의 장부가액을 다음 각 호의 규정에 의한 평가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 방법을 말한다.
1.법 제42조 제3항 제1호의 재고자산의 경우에는 당해 재고자산을 사업연도종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액
2.법 제42조 제3항 제2호의 고정자산의 경우에는 사업연도종료일 현재 시가로 평가한 가액
3.법 제42조 제3항 제3호의 주식 등의 경우에는 사업연도종료일 현재 시가(창업자 또는 신기술사업자별로 보유주식총액을 시가로 평가한 가액이 1천 원 이하인 경우에는 1천 원으로 한다)로 평가한 가액
2. 청구인들의 주장 요지와 법원의 제청신청 기각이유 및 관계기관의 의견
가. 청구인들의 주장 요지
공제조합이 부실화되어 대한주택보증으로 전환하는 과정에서 공제조합의 출자증권을 보유하고 있던 청구인들은 각자 그 보유비율에 따라 대한주택보증의 주식을 새로 배정받았는바, 이로써 청구인들은 각자 공제조합 출자증권과 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액 상당의 손실(이하 ‘이 사건 유가증권 감액손실’이라 한다)을 현실적으로 입게 되었음이 명백하다. 그럼에도 불구하고 이 사건 법률조항은 유가증권을 발행한 회사가 사실상 파산 또는 부도를 당하여 그 유가증권의 가치가 현저하게 떨어진 것이 공인된 감정기관 등에 의하여 객관적으로 명백하게 확인되어 그 손실이 현실화된 경우까지도 손금산입을 허용하지 않음으로써 이 사건 유가증권 감액손실만큼 법인의 이익을 과다하게 계상하고 결국 당해 법인에게 과다한 법인세를 부과하게 된다. 이는 헌법에서 정한 재산권보장의 원칙 및 실질과세원칙에 위반된다.
나. 법원의 제청신청 기각이유
공제조합이 대한주택보증으로 전환한 것은 조직변경에 불과하여 상호 동일성이 인정되고 따라서 청구인들이 공제조합 출자증권에 대신하여 대한주택보증의 주식을 배정받음으로 인한 이 사건 유가증권 감액손실은 자산의 평가차손에 불과하므로 아직 손실이 실현되었다고 할 수 없다. 그런데 과세대상인 이득의 범위를 실현된 소득에 국한할 것인가 혹은 미실현 이득을 포함시킬 것인가의 여부는, 과세목적, 과세소득의 특성, 과세기술상의 문제 등을 고려하여 판단할 입법정책의 문제일 뿐이므로, 위와 같은 자산의 평가차손에 대하여 이 사건 법률조항이 손금으로 인정하는 내용을 두고 있지 않다고 하여 곧바로 헌법상의 재산권보장원칙 및 실질과세원칙에 위반된다고 할 수 없다.
다. 국세청장의 의견
법인세법은 미실현 손실인 자산의 평가차손을 과세표준에 반영시키는 것이 어려운 사정을 고려하여 원칙적으로 이를 법인세 과세표준에 반영하지 않고 예외적으로 그 객관적인 평가가 가능하고 입법정책적 필요가 있는 경우에 한하여 당해 평가차손을 손금에 산입하고 있다. 따라서 이 사건 법률조항은 입법부의 입법재량 범위 내에서 법률의 형태로 규정된 것으로서 헌법상의 재산권보장의 원칙에 반하지 아니한다. 또한 이 사건 유가증권 감액손실은 이 사건 법률조항에서 정하고 있는 손금산입대상과는 그 경제적 실질이 동일하지 아니하여 결국 동일하게 취급할 수 없으므로, 이 사건 법률조항이 위와 같은 유가증권 감액손실을 손금산입대상에 포함시키지 않았다고 하더라도 실질과세원칙에 위반되지 아니한다.
라. 재정경제부장관의 의견
국세청장의 의견과 대체로 같다.
3. 판　단
가. 이 사건의 쟁점과 심사원칙
구 법인세법 제42조 제1항은 "내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다."라고 규정하여 원칙적으로 자산·부채의 새로운 평가를 인정하지 않음으로써 결과적으로 자산의 평가차익·평가차손을 법인의 익금·손금에 산입하지 않고 있다. 이에 대하여, 이 사건 법률조항은 일정한 자산으로서 동 조항 각 호에 해당하는 일정한 경우에는 그 장부가액을 ‘대통령령이 정하는 방법’에 의하여 감액할 수 있도록 규정하고, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되고, 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제78조 제3항에서는 당해 자산의 장부가액을 일정한 시가로 평가한 금액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하여 그 평가차손을 손금에 산입하도록 하고 있다.
청구인들은 이 사건 유가증권 감액손실과 같이 보유하고 있는 유가증권의 가치가 현저하게 떨어진 것이 객관적으로 명백하게 된 경우에는 그 가치 감소액을 당연히 손금에 산입하여야 함에도, 이 사건 법률조항은 이를 손금산입대상에 포함시키지 않음으로써 당해 유가증권 보유 법인에게 과다한 법인세를 부담시키기 때문에 헌법상의 재산권보장의 원칙과 실질과세원칙에 위배된다고 주장하고 있다.
그런데 이 사건 법률조항은 위에서 본 바와 같이 자산의 장부가액에 대한 감액을 인정하지 않고 있는 구 법인세법 제42조 제1항에 대한 예외로서 일정한 자산의 장부가액을 감액하고 그 감액한 금액을 손금으로 계상함으로써 결과적으로 법인세 부담의 경감을 가져오는 조항이다. 이와 같이 결과적으로 조세감면의 효과를 가지는 조항은 그 자체로서는 개인의 기본권을 침해하지 아니하며 결국 납세의무자에게 이익을 주게 되는 조항이므로, 그에 대하여 헌법상의 평등원칙 심사를 하는 것은 별론으로 하고 재산권 등의 구체적인 기본권 침해심사를 하기에는 부적당하다(헌재 2006. 2. 23. 2004헌바80, 판례집 18-1상, 208, 222; 헌재 2006. 3. 30. 2003헌가11, 판례집 18-1상, 348, 359-360 등 참조).
따라서 여기에서는 이 사건 법률조항이 실질과세원칙에 위배되는지 여부 및 헌법상의 평등원칙에 위배되는지 여부를 살펴보기로 한다.
나. 이 사건 법률조항의 위헌 여부
(1) 법인세법상 자산의 평가차손·차익의 처리
(가) 구 법인세법 제42조 제1항 본문은 원칙적으로 자산의 새로운 평가를 허용하지 않음으로써 임의적 평가차손·차익이 발생할 여지를 배제하고 있으며, 다시 구 법인세법 제18조 제1호 전단은 자산의 평가차익을 익금에 산입하지 않음을, 구 법인세법 제22조 본문은 자산의 평가차손을 손금에 산입하지 않음을 각각 명시하고 있다. 이에 대하여 구 법인세법 제18조 제1호 단서 및 제42조 제1항 단서 각 호는 자산의 평가차익을 익금에 산입할 수 있는 경우를 규정하고 있고, 구 법인세법 제22조 단서, 제42조 제2항 및 이 사건 법률조항은 자산의 평가차손을 손금에 산입할 수 있는 경우를 규정하고 있다.
위와 같이 법인세법이 자산의 평가손익을 원칙적으로 과세에 반영하지 않는 것은, 원래 자산의 평가손익이란 본질적으로 미실현 이익 내지 손실로서 유동적 상태에 있어 확정적인 것이 아니고, 미실현 손익에 대하여 과세하기 위하여서는 과세기간 말 현재 자산의 시장가치를 정확하게 평가하여야 하는데, 과세대상에 해당하는 모든 자산을 객관적·통일적으로 파악·평가하기는 과세기술상 거의 불가능하기 때문이다. 또한 만약 그와 같은 평가손익을 손금 또는 익금으로 산입하는 것을 원칙적으로 허용하게 되면, 과세소득의 자의적인 조작수단으로 악용될 여지가 있어 이를 방지할 정책적인 필요도 있고, 경우에 따라 자산가치의 상승이 있다고 하여 원칙적으로 익금산입을 무제한하게 허용하게 되면 그에 대한 불필요한 조세저항을 부를 우려조차 있다.
그리하여 법인세법은 원칙적으로 자산의 평가차익을 익금으로 산입하지 않는 것과 마찬가지 이유로 자산의 평가차손을 손금으로 산입하지 않고 있는 것이다.
(나) 그런데 이 사건 법률조항은 ① 재고자산으로서 파손·부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것, ② 고정자산으로서 천재·지변·화재 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 파손 또는 멸실된 것, ③ 대통령령이 정하는 주식 등으로서 그 발행법인이 부도가 발생한 경우의 당해 주식 등의 자산에 한하여서는 대통령령이 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액하는 방법으로 평가차손을 손금에 산입할 수 있도록 하고 있다. 이는 결국 당해 자산가치의 회복이 현실적으로 불가능하여 그 손실이 확정적으로 발생한 경우로서 가치감소분의 객관적인 평가가 충분히 가능하고, 과세소득의 자의적인 조작수단으로 악용될 여지가 없는 경우에 한하여 그 평가의 대상자산, 방법, 절차 등에 대한 엄격한 요건을 전제로 자산의 평가차손을 손금에 산입하는 것을 허용하고 있는 취지로 보인다.
(다) 특히 주식 등의 유가증권은 그 시장가치가 수시로 변동하기 때문에 일정 시점에서의 시장가치가 당해 유가증권의 객관적인 가치라고 단정할 수 없고, 상장주식 등의 예외적인 경우를 제외하면 외견상 또는 객관적으로 그 감치감소를 명확히 인식할 수 있는 징표가 없어 그 평가손익의 정확한 반영이 어렵다. 그리하여 법인세법에서는 유가증권에 대하여 기업회계와는 달리 시가법을 적용하지 아니하고 원칙적으로 원가법만을 인정하여, 유가증권의 처분 등 거래가 이루어지는 시점에서 그 ‘실현 손익’을 익금 또는 손금에 반영하도록 하고 있다.
(2) 실질과세원칙에 위반하는지 여부
(가) 실질과세원칙의 내용
조세평등주의는 정의의 이념에 따라 ‘평등한 것은 평등하게’, 그리고 ‘불평등한 것은 불평등하게’ 취급함으로써 조세법의 입법과정이나 집행과정에서 조세정의를 실현하려는 원칙이라고 할 수 있다. 이러한 조세평등주의의 원칙에 따라 과세는 개인의 경제적 급부능력을 고려한 것이어야 하고, 동일한 담세능력자에 대하여는 원칙적으로 평등한 과세가 있어야 한다. 또 나아가 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하는 것이 금지될 뿐만 아니라 합리적 이유 없이 특별한 이익을 주는 것도 허용되지 않는다. 실질과세원칙이라 함은 이러한 조세평등주의의 이념을 실현하기 위한 제도의 하나로서 법률상의 형식과 경제적 실질이 서로 부합하지 않는 경우에 그 경제적 실질을 추구하여 그에 과세함으로써 조세를 공평하게 부과하겠다는 것이다(헌재 1989. 7. 21. 89헌마38, 판례집 1, 131, 142-143; 헌재 2004. 7. 15. 2003헌바45, 판례집 16-2상, 95, 110; 헌재 2006. 6. 29. 2004헌바76, 공보 117, 907, 912 등 참조).
(나) 이 사건 법률조항의 경우
1) 공제조합이 대한주택보증으로 전환하는 과정에서 공제조합의 순자산가치에 대한 실사가 이루어지고 그에 따라 청구인들은 보유하고 있던 공제조합 출자증권의 소유비율대로 대한주택보증의 주식을 새로이 배정받았으므로, 결국 청구인들은 공제조합 출자증권과 대한주택보증 주식 사이의 가액 차액 상당의 손실을 현실적으로 입게 되었고 그에 따라 위와 같은 손실을 법인세법상 손금으로 산입하여야 하는 것이 아닌가 하는 의문이 있을 수 있다.
2) 그런데 구 주택건설촉진법에서 대한주택보증 설립과 동시에 공제조합은 대한주택보증으로 전환된 것으로 보고, 그 경우 해산 및 청산절차를 거치지 아니하며(부칙 제5조), 대한주택보증이 공제조합의 모든 재산과 권리·의무를 포괄승계하고(부칙 제6조), 공제조합의 순재산액 및 출자자는 대한주택보증의 자본금 및 주주로 보며(부칙 제7조), 공제조합의 임직원을 대한주택보증의 임직원으로 보는(부칙 제9조) 등 공제조합과 대한주택보증의 동일성을 인정하는 취지의 규정을 다수 두고 있다. 실제에 있어서도 대한주택보증은 1999사업연도 결산 시 공제조합의 사업기간을 포함하여 법인세 신고를 하였을 뿐 아니라 과세관청은 대한주택보증이 공제조합으로부터 포괄적으로 승계받은 공제조합의 재산 등은 소유권의 이전에 해당하지 아니하여 취득세의 과세대상으로 보지 아니하였다. 또한 구 법인세법 제78조는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니하는 경우로서, 상법의 규정에 의하여 조직변경하는 경우와 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경하는 경우의 2가지를 들고 있고 그와 같이 청산소득에 대하여 법인세를 과세하지 않는다는 입법취지는 위 두 경우 모두 조직변경 전후의 법인에 대하여 동일성을 그대로 인정하였기 때문이라고 할 것인바, 이 사건에서도 조직변경으로서 동일성이 인정되어 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니하는 경우에 해당한다고 볼 수 있다. 따라서 위와 같은 제반 사정을 종합하면, 법인세법상 공제조합과 대한주택보증은 상호 간에 동일성이 인정된다고 봄이 상당하므로 공제조합의 조합원이었던 청구인들이 그 조직변경에 따라 종전 출자증권 수에 비례하여 대한주택보증의 주식을 배정받음으로써 발생한 이 사건 유가증권 감액손실은 구 법인세법 제22조 소정의 ‘자산의 평가차손’에 불과한 것이지, 이를 청구인들이 주장하는 바와 같은 투자자산의 처분손실에 해당한다고 볼 수는 없다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2004두2745 판결 참조).
그리고 청구인들이 보유하고 있는 대한주택보증 주식의 시장가치는 앞으로 얼마든지 변동될 가능성이 있고 결국 청구인들은 당해 주식을 최종적으로 처분할 때에 그 양도금액은 익금으로(구 법인세법 시행령 제11조 제2호), 공제조합 출자증권의 장부가액은 손금으로(구 법인세법 시행령 제19조 제2호) 각각 산입함으로써 실현손익을 계상하게 된다.
3) 이와 같이 이 사건 유가증권 감액손실은 주식의 처분이 이루어지기 전까지는 미실현 손실의 한 형태에 불과할 뿐만 아니라 이 사건 법률조항에서 정하고 있는 손금산입대상과는 그 경제적 실질이 동일하지도 아니하므로, 이 사건 법률조항이 위와 같은 감액손실을 손금으로 산입하지 않는다고 하더라도 이를 두고 납세의무자의 실제 담세력을 초과하는 과세로서 경제적 실질에 부합하지 않는 과세라고 단정할 수는 없다.
따라서 이 사건 법률조항은 실질과세원칙에 위배되지 아니한다.
(3) 헌법상의 평등원칙에 위배되는지 여부
(가) 헌법상의 평등원칙 내용
헌법상의 평등원칙은 일반적으로 입법자에게 본질적으로 같은 것을 자의적으로 다르게, 본질적으로 다른 것을 자의적으로 같게 취급하는 것을 금하고 있는 것으로 해석되고, 위와 같이 평등원칙 위반 여부를 심사함에 있어 엄격한 심사척도에 의할 것인지, 완화된 심사척도에 의할 것인지는 입법자에게 허용되는 입법형성권의 정도에 따라서 달라지는데(헌재 1999. 12. 23. 98헌마363, 판례집 11-2, 770, 787 참조), 특별한 사정이 없는 한 조세 법률의 평등원칙 위반 심사는 입법자의 자의성이 있는지의 여부만을 심사하게 된다(헌재 2001. 12. 20. 2000헌바54, 판례집 13-2, 819, 824; 헌재 2002. 8. 29. 2001헌가24, 판례집 14-2, 138, 151 등 참조).
이와 같이 일반적으로 평등원칙 위반에 대한 심사요건은 ① 본질적으로 같은 것을 다르게 취급하고 있는가(또는 본질적으로 다른 것을 같게 취급하고 있는가) 하는 차별취급의 여부와 ② 이러한 차별취급이 자의적인가의 여부라고 할 수 있다. ①의 기준과 관련하여 두 개의 비교집단이 본질적으로 동일한지의 여부에 대한 판단은 일반적으로 관련 헌법규정 및 당해 법규정의 의미와 목적에 달려 있고(헌재 2001. 11. 29. 99헌마494, 판례집 13-2, 714, 727-728 등 참조), ②의 기준과 관련하여 차별취급의 자의성은 합리적인 이유가 결여된 것을 의미한다(헌재 2002. 12. 18. 2001헌바55, 판례집 14-2, 810, 818 등 참조).
(나) 이 사건 법률조항의 경우
1) 차별취급의 여부
이 사건 법률조항은, 재고자산으로서 파손·부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 경우, 고정자산으로서 천재·지변·화재 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 파손 또는 멸실된 경우, 대통령령이 정하는 주식 등으로서 그 발행법인이 부도가 발생한 경우 등에 한하여 당해 자산의 평가차손을 대통령령이 정하는 방법에 따라 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있는데, 결국 위와 같은 경우는 모두 당해 자산의 가액이 정상적으로 형성될 수 없을 뿐만 아니라 그 가치감소를 외견상, 객관적으로 명확히 인식할 수 있는 경우들이다. 특히 발행법인 부도의 경우 당해 주식에 대하여는 거래가액 등의 시가가 형성되기 어렵고 단지 발행법인의 순자산가치에 따라 그 가치가 결정되므로 당해 주식의 가치감소가 확정적으로 발생한 상황일 뿐만 아니라, 구 법인세법은 이 경우에도 모든 법인에 대하여 그 평가차손을 인정하지는 않고 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자가 보유하는 주식 중 각각 창업자 또는 신기술사업자가 발행한 것에 한하여 제한적으로 그 손금산입을 허용하고 있다(제42조 제3항 제3호, 구 법인세법 시행령 제78조 제2항). 이러한 점에서 이 사건 법률조항에서 규정하고 있는 경우는 전형적인 자산의 평가차손이라기보다는 당해 순자산이 현실적·실질적으로 감소한 경우라고도 할 수 있다.
반면에 이 사건 유가증권 감액손실은 공제조합이 대한주택보증으로 조직변경하는 과정에서 공제조합 출자증권의 실질적인 가치를 평가함으로써 비롯된 것이고, 당해 출자증권의 가치는 현재 대한주택보증의 주식 가치로 그대로 옮겨져 있는바, 그 주식의 시장가치는 앞으로 얼마든지 변동될 수 있어 당해 주식을 처분하기 전까지는 아직 그 손실이 확정된 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 위와 같은 조직변경을 법인의 부도와 동일하게 볼 수도 없다.
한편 청구인들은 주택조합이 대한주택보증으로 조직변경한 것을 주택조합의 파산과 동일하게 볼 수 있다는 이유로, 이 사건 유가증권 감액손실은 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정된 것) 제42조 제3항 제4호 소정의「주식 등을 발행한 법인이 파산한 경우의 당해 주식 등」의 평가차손에 해당되는 것으로 볼 수 있다는 취지로 주장한다. 그러나 공제조합과 대한주택보증은 동일성이 있고 다만 공제조합은 그 조직만 변경되어 대한주택보증으로 존속하는 것이므로(대법원 2004. 5. 28. 선고 2004두2745 판결), 공제조합에서 대한주택보증으로의 조직변경을 발행법인이 파산한 경우와 경제적 실질이 동일하다고 볼 수도 없다.
이와 같이 이 사건 유가증권 감액손실은 미실현 손실의 전형을 이루는 것으로서 이 사건 법률조항 소정의 손금산입대상과는 경제적 실질이 동일하지 아니하여 위 양자를 평등원칙 심사에서의 ‘본질적으로 서로 같은 두 개의 비교집단’으로 보기는 어렵다.
2) 자의성 심사
과세대상의 범위를 실현된 손익에 국한할 것인가 혹은 미실현 손익을 포함시킬 것인가의 여부는, 과세목적, 과세대상의 특성, 과세기술상의 문제 등을 고려하여 판단할 입법정책의 문제일 뿐, 헌법상의 조세개념에 저촉하거나 그와 양립할 수 없는 모순이 있는 것으로 볼 수는 없다. 미실현 손익에 대한 과세제도가 이론상으로는 조세의 기본원리에 배치되는 것이 아니라고 하더라도, 미실현 손익은 용어 그대로 그 손익이 아직 자본과 분리되지 아니하여 현실적으로 지배·관리·처분할 수 있는 상태에 있는 것이 아니라는 특성으로 인하여, 이를 조세로 환수함에 있어서는 그 손익의 공정하고도 정확한 계측 문제, 조세법상의 응능부담(應能負擔)원칙과 모순되지 않도록 납세자의 현실 담세력을 고려하는 문제, 적정한 과세기간의 설정문제, 과세표준의 등락에 대비한 적절한 보충규정 설정문제 등 선결되어야 할 여러 가지 과제가 있다(헌재 1994. 7. 29. 92헌바49등, 판례집 6-2, 64, 97 참조).
그런데 자산의 평가차손은 원래 미실현 손실로서 확정적으로 실현된 것이 아니고, 과세대상에 해당하는 모든 자산에 대하여 그 평가차손을 객관적·통일적으로 파악·평가하기는 과세기술상 거의 불가능하며, 자산의 평가차손을 손금으로 산입하는 것을 원칙적으로 허용하게 되면 과세소득의 자의적인 조작수단으로 악용될 여지가 있어 이를 방지할 정책적인 필요가 있다는 것은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이러한 제반 사정을 고려하여, 구 법인세법은 원칙적으로 자산의 평가차손을 법인세 과세표준에 반영하지 않고 예외적으로 이 사건 법률조항에서 당해 자산가치의 회복이 현실적으로 불가능하여 그 손실이 확정적으로 발생한 것으로 볼 수 있고 그 가치감소분의 객관적인 평가가 가능하며, 과세소득의 자의적인 조작수단으로 악용될 여지가 없는 경우에 한하여 그 평가차손의 손금산입을 허용하고 있으므로 그 입법취지의 정당성과 합리성이 인정된다.
특히 주식 등의 유가증권은 그 시장가치가 수시로 변동될 수 있고, 더구나 대한주택보증은 비상장 정부출자 회사로서 증권거래소의 거래 등을 통한 객관적인 시가가 존재할 수 없어 당해 주식의 과세기간 말 현재시점의 시장가치를 정확히 평가하여 이를 법인세 과세표준에 반영하기가 상당히 어려운 문제점도 있다. 또한 만약 그때 그때의 주식 가치를 평가하여 이를 과세표준에 반영한다면 경우에 따라서는 과세기간 말에 주식가치가 급상승하고 곧바로 그 하락이 있는 경우 납세자에게 과도한 법인세를 부담시키게 되어 그의 재산권 보장에 지장을 줄 수도 있다.
따라서 이 사건 유가증권 감액손실과 이 사건 법률조항 소정의 손금산입대상을 동일한 비교집단으로 볼 수 있다고 하더라도, 미실현 손실의 본질적 성격, 과세기술상 문제, 입법정책적 목적 등을 합리적, 종합적으로 고려하여 의회가 그 입법재량의 범위 내에서 이 사건 법률조항을 제정한 것으로 보이므로, 그 차별취급이 입법형성권의 한계를 벗어난 자의적 조치라고 단정할 수 없다.
3) 그러므로 이 사건 법률조항은 헌법상의 평등원칙에 위배되지 아니한다.
4. 결　론
그렇다면 이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.

재판관　이강국(재판장) 이공현(주심) 조대현 김희옥 김종대
민형기 이동흡 목영준