# 구 토지초과이득세법 제26조  제1항 제1호 등  위헌제청  (2호,4항)

## 판시사항

1. 토지초과이득세 결정일로부터 유휴토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 100%를 전액 세액공제해 주면서도, 3년 후 6년 이내에 당해 토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 60%만 공제해 주고, 그 이후에는 전혀 세액공제는 해 주지 아니하고, 다만 이미 납부한 토지초과이득세액을 비용으로만 공제해 주는 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되고, 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호 중 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우” 부분, 제2호 및 제4항 중 양도소득세에 관한 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 실질과세원칙 및 조세평등원칙에 위배되는지 여부(소극)
2. 이 사건 법률조항이 납세자들의 재산권을 침해하는지 여부(소극)

## 결정요지

1. 토지초과이득세는 유휴토지에 대한 투기적 수요의 억제 등을 위해 도입된 유도적ㆍ조정적 조세로서 양도소득세의 한계를 보완하는 조세다. 이러한 입법목적이 정당한 이상 유휴토지의 매각을 촉진하기 위해, 토지 보유기간의 장단에 따라 이미 납부한 세액의 공제율을 달리 하였다 하더라도 이를 자의적 차별이라 할 수 없다. 또한, 세액공제의 비율이나 토지시세 등락 등을 고려하여 토지를 언제 처분할 것인지는 납세자 본인의 선택에 달려 있다는 점 등을 고려하면, 토지초과이득세 결정일로부터 유휴토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 100%를 전액 세액공제해 주면서도, 3년 후 6년 이내에 당해 토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 
토지초과이득세액 60%만 공제해 주고, 그 이후에는 전혀 세액공제는 해 주지 아니하고, 다만 이미 납부한 토지초과이득세액을 비용으로만 공제해 주는 이 사건 법률조항은 유휴토지를 보유하다가 처분한 자와 유휴토지가 아닌 것을 보유하다가 처분한 자와의 담세력을 불합리하게 차별하였다고도 볼 수 없으므로, 실질과세원칙 및 조세평등원칙에 위배되지 아니한다.
2. 이 사건 법률조항은 이미 발생한 양도소득세의 부담을 경감시켜 주는 조항으로서 수익적 조항이므로 납세자의 재산권을 바로 침해하는 조항은 아니다. 만약 양도소득세를 부과할 때 이미 납부한 토지초과이득세를 전액 세액공제하여야 한다는 어떤 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다면 이를 준수하지 아니하고 세액공제의 폭을 제한한 이 사건 법률조항이 납세자의 재산권을 제한한다고 볼 소지가 있다 할 것이나, 헌법의 명문이나 해석상 그러한 의무를 도출해 낼 수 없다. 혹시, 세액을 조정하는 장치를 충분히 마련하지 아니하여 납세자에게 과도한 재산상의 부담을 주었다는 점이 넓은 의미에서 재산권의 침해가 아닌가 하는 견해가 있을 수도 있으나, 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 사건 법률조항의 입법목적은 정당하고 그 수단도 적정하다고 할 것이다. 법익형량의 면에서 보더라도 토지초과이득이 불로소득이라는 점 등에 비추어 이 사건 법률조항으로 인하여 얻게 되는 공익이 납세자가 잃게 되는 사익에 비하여 크다고 할 것이어서 과잉금지의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다.
재판관 권 성, 재판관 김경일, 재판관 송인준의 반대의견
이중과세금지원칙은 조세공평주의 및 실질과세원칙의 구체적인 심사와 판단을 돕는 파생원칙으로 봄이 상당하고, 그렇다면 그 헌법적 기초는 헌법 제11조 제1항에서 찾을 수 있다. 이중과세의 정당화 문제는 경제정책적ㆍ사회형성적 목적 등에 의하여 합리성이 인정되는가에 따라 판단된다. 그런데, 어떤 특정 토지에 대한 토지초과이득세와 그 토지의 양도에 따른 양도소득세는 이중과세에 해당하고, 유휴토지를 보유하다가 처분한 자나 유휴토지에 속하지 않는 토지를 보유하다가 처분한 자나 그 담세력의 기초는 같은 것이므로, 유휴토지의 처분을 유도하고자 
하는 토지초과이득세법의 입법목적을 달성한 연후에도 이미 납부한 토지초과이득세를 양도소득세 부담에서 불충분하게 공제해 주는 것은 이중과세원칙에 반하여 헌법 제11조의 평등권을 침해하는 것이 된다.

## 참조조문

소득세법 제89조
(비과세양도소득) 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득
2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득
3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건
물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득
소득세법 제94조
(양도소득의 범위) ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전세권과 등기된 부동산임차권
3. 다음 각 목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유
주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 “협회등록법인”이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 “협회중개시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
다. 
주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등
4. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다.
구 토지초과이득세법(1989. 12. 20. 법률 제4177호로 제정된 것) 제26조
(양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세) ① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각 호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 토지초과이득세의 결정일부터 1년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 80
2. 토지초과이득세의 결정일부터 1년 후 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 60
3. 토지초과이득세의 결정일부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 40
② 과세기간의 종료후 토지초과이득세의 결정전에 유휴토지등을 양도한 경우에는 당해 토지초과이득세액의 100분의 80에 상당하는 금액을 경감한다.
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지초과이득세의 결정일은 제16조 제3항에 규정된 토지초과이득세의 결정기한으로 한다.
④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제95조 또는 제100조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나, 법인세법 제59조의5의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다.
토지초과이득세법폐지법률(1998. 12. 28. 법률 제5586호) 부칙 제1조
(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
토지초과이득세법폐지법률(1998. 12. 28. 법률 제5586호) 부칙 제2조
(일반적경과조치) 이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

## 참조판례

1. 헌재 1994.  7. 29. 92헌바49등, 판례집 6-2, 64
헌재 1999. 11. 25. 98헌마55, 판례집 11-2, 593-60
헌재 1996.  6. 26. 93헌바2, 판례집8-1, 525, 535
헌재 2002. 10. 31. 2002헌바43, 판례집 14-2, 529, 538

## 전문

【당 사 자】
제 청 법 
원　서울행정법원
제청신청인　송○훈 외 2인
대리인 법무법인　율촌
담당변호사　소순무 외 2인
당 해 사 
건　서울행정법원 2002구단4771호 양도소득세부과처분취소
【주　　문】
구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되고, 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호 중 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우” 부분, 제2호 및 제4항 중 양도소득세에 관한 부분은 헌법에 위반되지 아니한다.
【이　　유】
1. 사건의 개요 및 심판대상
가. 사건의 개요
(1) 제청신청인들은 안산시 ○○동 532의 2 대 1,845.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1989. 12. 28. 공동으로 매수(각 지분 1/3)하였다가 2000. 8. 8. 청구외 ○○주식회사에 매도하였다.
(2) 제청신청인들은 1993. 11. 30. 이 사건 토지에 대한 1990년-1992년도분 토지초과이득세 96,128,691원을 안산세무서에 납부하였다.
(3) 제청신청인들은 각 관할세무서장에게 소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것) 제165조 제1항의 규정에 의하여 부동산 양도신고를 하면서, 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 제4항, 토지초과이득세법폐지법률(1998. 12. 28. 법률 제5586호) 부칙 제2조의 규정에 따라 이미 납부한 위 토지초과이득세를 위 토지의 양도로 인한 양도소득세의 필요경비에 산입하여 산정된 양도소득세액을 제청신청인별로 각 31,583,881원으로 계산하여 신고ㆍ납부하였다가, 2001. 5. 31. 소득세법 제110조의 규정에 의하여 위 양도소득세에 대한 확정 신고를 하면서 자신들이 이미 납부한 위 토지초과이득세액 전부를 당해 양도소득세액에서 공제하는 것으로 하여 신고하였다.
(4) 강남세무서장은 2001. 12. 20. 제청신청인 송○훈에게, 청주세무서장은 2001. 9. 27. 제청신청인 송□훈과 송○돈에게 각각 이미 납부한 토지초과이득세 96,128,691원은 구 토지초과이득세법 제26조 제1항ㆍ제4항 및 토지초과이득세법폐지법률 부칙 제2조의 규정에 따라 “토지초과이득세의 결정일부터 6년 후에 양도하는 경우”에 해당하므로 이를 양도소득세에서 공제하지 아니하고 필요경비에만 산입하는 것이 타당하다는 이유로 당초의 사전신고 내용대로 결정하는 처분을 하였다.
(5) 제청신청인들은 위 처분에 불복하여 2001. 12. 26. 국세심판청구를 제기하였으나, 2002. 5. 31. 기각결정을 받았다. 이에 제청신청인들은 2002. 7. 15. 위 양도소득세부과처분취소소송을 제기함과 아울러 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호 중 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우” 부분, 제2호 및 제4항에 관하여 위헌법
률심판제청신청을 하였고, 위 법원은 이를 받아들여 위헌법률심판을 제청하였다.
나. 심판의 대상
이 사건의 심판대상은 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되고, 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제26조 제1항 제1호 중 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우” 부분, 제2호 및 제4항 중 양도소득세에 관한 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)의 위헌 여부다. 그 내용 및 관련규정은 다음과 같다.
구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되고, 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조(양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토초세) ① 토초세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토초세는 그 세액에 대하여 다음 각 호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 토초세의 결정일부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 100
2. 토초세의 결정일부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 60
④ 토초세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토초세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나, 법인세법 제59조의5 내지 제59조의7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토초세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다.
〔관련규정〕
구 토지초과이득세법(1989. 12. 30. 법률 제4177호로 제정된 것) 제26조(양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세) ① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특
별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각 호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 토지초과이득세의 결정일부터 1년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 80
2. 토지초과이득세의 결정일부터 1년 후 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 60
3. 토지초과이득세의 결정일부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우：100분의 40
② 내지 ③ 생략
④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제95조 또는 제100조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나, 법인세법 제59조의5의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다.
토지초과이득세법폐지법률(1998. 12. 28. 법률 제5586호) 부칙 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적경과조치) 이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
2. 제청법원의 위헌여부심판제청 이유와 관계기관의 의견
가. 제청법원의 제청이유
구법 제26조 제1항 제1호 및 제2호에서는 토지초과이득세 결정일로부터 당해 토지를 3년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액의 100%를, 6년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액의 60%를 각각 공제하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 토지초과이득세가 부과된 토지를 양도하는 경우에는 위의 세액공제 대신 토지초과이득세액을 필요경비로서 양도차익으로부터 공제할 수 있도록 규정하고 있다.
그러나, 토지초과이득세는 양도소득세와 같은 수득세의 일종으로서 그 과
세대상 또한 양도소득세 과세대상의 일부와 완전히 중복되는 자본이득에 대한 과세이고, 위 두 가지 조세가 지향하는 목적과 기능의 상당부분이 겹치고 있어 어느 의미에서는 토지초과이득세가 양도소득세의 예납적 성격을 가지고 있다고 봄이 상당하므로 결국 위의 경우 중 양도소득세에서 토지초과이득세액 전부를 곧바로 공제하지 못하도록 제한함에 따라 생기게 되는 위 두 가지 세금의 중복부분은 이중과세에 해당하고, 이는 헌법상의 재산권 보장의 원칙 및 조세법률주의상의 실질과세의 원칙에도 반한다고 할 것이다.
나. 재정경제부장관 및 국세청장의 의견
토지초과이득세는 유휴토지를 빠른 시일 내에 매각하도록 촉진함으로써 토지에 대한 가수요 및 장기적인 유휴토지의 보유를 억제하여 토지의 효율적 이용을 할 수 있도록 하는 데 그 입법의 핵심목적이 있고, 그 입법목적이 정당한 이상 유효토지의 처분시기 즉 보유연수에 따라 양도소득세로부터 토지초과이득세의 공제율과 공제방법 등에 차등을 두는 것은 조세정책상 당연하다.
개발 등으로 인하여 유휴토지에 발생한 정상적인 자본이득을 초과하는 이득에 대하여 보유단계에서 과세하는 토지초과이득세는 정상적인 소득세의 일종인 양도소득세가 조세부담의 형평성에 관하여 가지고 있는 한계와 개발이익환수제로서 가지고 있는 한계를 보완하기 위하여 도입된 것으로 토지초과이득세와 양도소득세는 서로 과세의 목적, 과세대상, 정책적 효과 등에서 큰 차이가 있으므로, 법률적으로 엄격히 중복과세는 아니다.
헌법상 재산권은 공공복리에 적합하도록 행사하여야 하는 그 자체 사회적 기속을 받고 있을 뿐만 아니라(헌법 제23조 제2항), 특히 토지재산권은 국가는 국토의 균형 있는 개발과 이용을 위한 계획을 수립하고(헌법 제120조 제2항) 국민 모두의 생산 및 생활의 기반이 되는 토지의 효율적인 이용ㆍ개발을 위하여 법률이 정하는 바에 의하여 필요한 제한과 의무를 가할 수 있도록 하는(헌법 제122조) 등 헌법자체에 의한 제한은 물론 법률상으로도 많은 제약을 받고 있는 점에 비추어 볼 때, 토지의 투기적 수요의 억제와 토지이용의 효율성이라는 입법목적에 부합한 이 사건 법률조항은 제청신청인의 헌법상 재산권을 침해하는 것이라고 할 수 없다.
3. 판　단
가. 이 사건 법률조항의 연혁
(1) 토지초과이득세법은 1989. 12. 30. 법률 제4177호로 각종 개발사업 기타 
사회경제적 요인으로 유휴토지 등의 지가가 상승함으로 인하여 그 소유자가 얻은 토지초과이득을 조세로 환수함으로써 조세부담의 형평과 지가의 안정 및 토지의 효율적 이용을 기하고 나아가 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 제정되었다(제1조).
(2) 헌법재판소는 1994. 7. 29. 92헌바49등 결정에서 토지초과이득세법 전체에 대하여 헌법불합치 결정을 선고한 바 있다(판례집 6-2, 64). 그 이유의 요지는 토지초과이득세 제도 자체와 그 입법목적은 헌법에 위반되는 것이 아니나, 토지초과이득의 산정기준이 되는 기준시가의 산정방법을 하위법규에 백지위임하고 나아가 계측수단의 정확성이나 공정성에 대한 의구심을 불러일으킬 정도로 미비하다는 점, 여러 과세기간에 걸쳐 토지를 장기 보유하는 경우 전체보유기간 동안의 지가변동 상황에 대처할 수 있는 보충규정을 두지 아니한 점, 토지초과이득세의 세율을 고율의 단일비례세로 하고 있는 점 등의 사유로 인하여 토지초과이득세의 과세가 토지로부터 발생하는 토지초과이득에 대한 과세가 아니라 원본인 토지에 대한 과세로 되어 원본 자체를 잠식하게 됨에 따라 결과적으로 원본인 토지를 무상으로 몰수 당하는 것 같은 재산권의 침해문제가 발생하며 토지초과이득세가 부과된 토지를 양도하는 경우 양도소득세에서 토초세액 전부를 공제하지 아니하는 것은 이중과세로서 조세법률주의상의 실질과세원칙에 반하여 헌법에 위반된다는 것이었다.
(3) 입법자는 1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정법을 마련하여 토지초과이득의 산정기준이 되는 기준지가의 산정방법을 법에서 명문화(제8조 제1항 제1호 및 제11조 제1항)함은 물론 지가공시 및 평가에 관한 법률을 개정하여(1995. 12. 29. 법률 제5108호) 그 계측수단의 정확성과 공정성을 보완하였고, 여러 과세기간에 걸쳐 장기간 토지를 보유하는 경우 전체 보유기간 동안의 지가의 변동상황에 대처할 수 있는 보충규정을 두었으며(제11조 제1항 제3호), 토지초과이득세의 세율을 누진제로 변경(제12조)하고 양도소득세액에서의 토지초과이득세 공제비율을 달리하는(제26조 제1항) 등 92헌바49등 결정에서 지적한 사항을 입법에 대부분 반영하였다.
(4) 그 후 부동산실명제의 실시, 토지종합전산망의 가동 등 부동산투기를 방지하기 위한 제도적 장치가 마련되었고 또한 전국의 토지가격도 계속 하향ㆍ안정세를 유지하고 있어 토지초과이득세법을 유지할 필요가 없게 되었다는 이유로 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되었다. 그 폐지법률에서는 일반적 경과조치(부칙 제2조)를 두어 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과
하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의하도록 하였다.
나. 이 사건 법률조항의 위헌 여부
(1) 위에서 본 바와 같이 우리 재판소는 1994. 7. 29. 선고된 92헌바49등 결정에서 이 사건 법률조항과 유사하고 다만 세액공제비율만을 달리하는 구 토지초과이득세법(제정 1989. 12. 30. 법률 제4177호, 개정 1993. 6. 11. 법률 제4561호, 1993. 6. 11. 법률 제4563호) 제26조 제1항ㆍ제4항에 대하여 다음과 같은 이유로 위헌이라고 하였다.
즉, “제26조 제1항 및 제4항의 규정은 어느 경우에나 양도소득세에서 토초세액 전부를 곧바로 공제하지 아니한 결과 위 두 가지 세금이 중복되는 부분이 생길 수 있다. 그러나 토초세는 양도소득세와 같은 수득세의 일종으로서 그 과세대상 또한 양도소득세 과세대상의 일부와 완전히 중복되는 자본이득에 대한 과세이고, 위 두 가지 조세가 지향하는 목적과 기능의 상당부분이 겹치고 있어 어느 의미에서는 토초세가 양도소득세의 예납적 성격을 가지고 있다 봄이 상당하므로, 결국 위 중복부분은 이중과세에 해당하여 조세법률주의상의 실질과세에 위반된다.”(판례집 6-2, 64, 98, 116)
그런데 개정된 이 사건 법률조항은, 토지초과이득세 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 100%를 전액 세액공제해 주면서도, 3년 후 6년 이내에 당해 토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 60%만 공제해 주고, 그 이후에는 전혀 세액공제는 해 주지 아니하고, 다만 이미 납부한 토지초과이득세액을 비용으로만 공제해 주고 있다.
따라서 토지초과이득세 결정일로부터 3년이 지난 후에 유휴토지를 양도하는 부분에 관하여는 종전 규정과 마찬가지로, 동일한 납세자에게 실질적으로 동일한 과세 대상에 대하여 조세부과의 목적이 다른 조세를 따로 부과하면서 그들 사이의 세액을 조정하는 장치를 충분히 마련하지 아니하여 실질과세원칙 또는 조세평등원칙에 반하거나 납세자의 재산권을 과도하게 침해하는 것이 아닌가 하는 의문이 있을 수 있다.
(2) 살피건대, 헌법 제11조 제1항의 평등의 원칙이 세법 영역에서 구현된 것이 조세평등주의로서, 이는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이는 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이
다(헌재 1999. 11. 25. 98헌마55, 판례집 11-2, 593-60 ; 헌재 1996. 6. 26. 93헌바2, 판례집8-1, 525, 535). 다만 합리적인 이유가 있는 경우에는 납세자 간의 차별취급도 예외적으로 허용된다고 할 것인데, 세법의 내용을 어떻게 정할 것인가에 관하여는 입법자에게 광범위한 형성의 자유가 인정되며, 오늘날 조세입법자는 재정수입의 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문이다 (헌재 2002. 10. 31. 2002헌바43, 판례집 14-2, 529, 538).
이 사건 법률조항의 토지초과이득세는 유휴토지 등의 지가가 정상지가상승분을 초과하여 상승한 경우 그 토지소유자가 얻은 토지초과이득의 일정부분을 보유단계에서 조세로 환수하도록 함으로써 유휴토지 등에 대한 투기적 수요의 억제, 지가의 안정과 실수요자에게 토지의 공급을 확대하도록 유도하고자 하는 목적을 가진 유도적ㆍ조정적 조세로서 양도소득세가 조세부담의 형평성에 관하여 가지고 있는 한계와 개발이익 환수제로서 가지고 있는 한계를 보완하기 위하여 도입된 것이다. 이러한 입법목적이 정당한 이상 유휴토지 등을 보유한 자들로 하여금 가능한 한 빠른 시일 내에 매각하도록 촉진하기 위하여 이 사건 법률조항에서 토지 보유기간의 장단에 따라 이미 납부한 세액의 공제율을 달리 하였다 하여 토지초과이득세 결정일로부터 3년 내에 토지를 양도한 납세자와 그 후에 양도한 납세자를 자의적으로 차별한 것이라고 할 수 없다. 또한, 세액공제의 비율이나 토지시세 등락 등을 고려하여 토지를 언제 처분할 것인지는 납세자 본인의 선택에 달려 있다는 점, 구법과 달리 세율, 과표 등을 정비하여 원본 잠식의 우려가 현저하게 줄었다는 점 등을 아울러 고려하면, 유휴토지를 보유하다가 처분한 자와 유휴토지가 아닌 것을 보유하다가 처분한 자와의 담세력을 불합리하게 차별하였다고 보이지도 아니한다.
따라서 이 사건 법률조항이 조세법률주의상의 실질과세원칙에 어긋나거나 조세평등의 원칙에 위배된다는 주장은 이유 없다.
(3) 한편, 이 사건에서 납세자에게 부담을 부과하는 조항은 양도소득에 대한 과세의 근거규정이라 할 수 있는 소득세법 제89조, 제94조라 할 것이고, 이 사건 법률조항은 이미 발생한 양도소득세의 부담을 경감시켜 주는 조항으로서 수익적 조항이므로 납세자의 재산권을 바로 침해하는 조항은 아니다. 이 사건 법률조항을 위헌, 무효로 한다면 납세자의 조세부담은 더욱 늘어나게 되어 합헌적 법률상태로부터 더욱 멀어지는 결과가 된다. 이러한 수익적 조항에 
관하여는 원칙적으로 조세평등의 원칙에 위반되는지의 여부를 논의해야 할 것인데 이 점은 이미 위에서 판단하였다.
만약 양도소득세를 부과할 때 이미 납부한 토지초과이득세를 전액 세액공제하여야 한다는 어떤 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다면 이를 준수하지 아니하고 세액공제의 폭을 제한한 이 사건 법률조항이 납세자의 재산권을 제한한다고 볼 소지가 있다 할 것이나, 헌법의 명문이나 해석상 그러한 의무를 도출해 낼 수 없다.
혹시, 동일한 납세자에게 실질적으로 동일한 과세 대상에 대하여 조세부과의 목적이 다른 조세를 따로 부과하면서 그들 사이의 세액을 조정하는 장치를 충분히 마련하지 아니하여 납세자에게 과도한 재산상의 부담을 주었다는 점이 넓은 의미에서 재산권의 침해가 아닌가 하는 견해가 있을 수도 있다. 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 사건 법률조항의 입법목적은 정당하고 그 수단도 적정하다고 할 것이다. 법익형량의 면에서 보더라도 토지초과이득은 정상지가상승분을 초과하여 얻은 불로소득이라는 점, 부동산 투기와 토지소유의 편재현상은 개발이익을 기대한 불필요한 토지의 가수요 및 장기보유의 성향, 산업용지의 확보곤란 및 비용증가로 인한 산업경쟁력의 약화, 주택가격 상승으로 인한 서민층의 내 집 마련의 어려움 등 심각한 사회 경제적 부작용 등을 초래한다는 점에 비추어 볼 때 이 사건 법률조항으로 인하여 얻게 되는 공익이 납세자가 잃게 되는 사익에 비하여 크다고 할 것이어서 과잉금지의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다.
따라서 이 사건 법률조항이 제청신청인의 재산권을 침해한다는 주장도 이유 없다.
4. 결　론
그렇다면, 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되고, 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호 중 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우” 부분, 제2호 및 제4항 중 양도소득세에 관한 부분은 헌법에 위반되지 아니하므로 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 재판관 권 성, 재판관 김경일, 재판관 송인준의 아래 5.와 같은 반대의견이 있는 외에는 나머지 관여 재판관의 일치된 의견에 의한 것이다.
5. 재판관 권 성, 재판관 김경일, 재판관 송인준의 반대의견
다수의견은, 이 사건 법률조항이 헌법에 위반되지 아니한다고 판단하였으
나, 우리는 이에 반대하므로 그 의견을 밝힌다.
이중과세의 문제는 조세공평과 밀접한 관련이 있다. 동일 과세입법권자가 동일한 담세력에 대하여 다른 경우와는 달리 세목을 달리하여 중복되게 과세요건을 정하는 것은 이례적인 일로서 차별취급의 징후를 보이는 것이고, 담세력이라는 경제적 실질에 상응하는 과세가 과연 이루어지고 있는가 하는 의구심을 갖게 한다. 그렇다면 이중과세금지원칙은 조세공평주의 및 실질과세원칙의 구체적인 심사와 판단을 돕는 파생원칙으로 봄이 상당하고, 그렇다면 그 헌법적 기초는 헌법 제11조 제1항에서 찾을 수 있다. 이중과세의 정당화 문제는 실질과세원칙의 경우와 크게 다르지 아니하다. 경제정책적ㆍ사회형성적 목적 등에 의하여 합리성이 인정되는지가 그 판단 기준이 될 것이다.
위와 같은 관점에서 판단해 보면, 어떤 특정 토지에 대한 토지초과이득세와 그 토지의 양도에 따른 양도소득세는 토지의 보유로 인해 생기는 자본이득에 대한 과세로서 과세이익이 동일하고, 그 납세자를 같이 하는 것이므로, 이중과세에 해당한다. 유휴토지를 보유하다가 처분한 자나 유휴토지에 속하지 않는 토지를 보유하다가 처분한 자나 그 담세력의 기초는 같은 것이므로, 유휴토지의 처분을 유도하고자 하는 토지초과이득세법의 입법목적을 달성한 연후에는 이미 납부한 토지초과이득세를 전액 양도소득세 부담에서 공제해주는 것이, 동일한 담세능력을 가진 토지소유자들 사이에 평등을 구현하는 것임에도 불구하고, 이를 불충분하게 공제하여 주도록 규정한 이 사건 법률조항은 이중과세원칙에 반하여 헌법 제11조의 평등권을 침해하는 것이 된다.
우리 재판소는 위와 같은 법리를 바탕으로 92헌바49등 결정에서 이 사건 법률조항과 거의 같은 내용을 담고 있는 조항에 대하여 이미 그 위헌성을 확인하였음에도 불구하고, 다수의견이 이에 배치되는 결정을 하고자 하므로, 이에 반대하는 의견을 밝히는 것이다.
재판관　윤영철(재판장) 권  성 김효종 김경일 송인준 주선회
전효숙(주심) 이공현 조대현