# 재판취소 등

## 판시사항

가. "구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정된 것)의 시행에도 불구하고 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반됨을 확인한다."는 헌재 2012. 7. 26. 2009헌바35등 결정(이하 ‘이 사건 한정위헌결정’이라 한다)의 기속력을 부인하고 청구인의 재심청구를 기각한 법원의 재판이 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’으로 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 되고 청구인의 기본권을 침해하는지 여부(적극)
나. 법원의 재판을 거쳐 확정된 행정처분인, 피청구인이 2004. 1. 16. 청구인에 대하여 한 과세처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다)이 헌법소원심판의 대상이 되는지 여부(소극)

## 결정요지

가. 헌법재판소는 2022. 6. 30. 2014헌마760등 결정에서 "헌법재판소법(2011. 4. 5. 법률 제10546호로 개정된 것) 제68조 제1항 본문 중 ‘법원의 재판’ 가운데 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’ 부분은 헌법에 위반된다."라는 결정을 선고하였다. 
헌법재판소가 법률의 위헌성 심사를 하면서 합헌적 법률해석을 하고 그 결과로서 이루어지는 한정위헌결정은 일부위헌결정으로서, 헌법재판소가 헌법에서 부여받은 위헌심사권을 행사한 결과인 법률에 대한 위헌결정에 해당한다. 따라서 이 사건 한정위헌결정으로 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조의 규범 영역 중 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정된 구 조세감면규제법의 시행일인 1994. 1. 1. 이후에 적용되는 부분은 그 효력을 상실하였고, 이는 법원을 비롯한 모든 국가기관과 지방자치단체에 대하여 기속력이 있다. 
법원은 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인하여 청구인의 재심 청구를 기각하였는바, 이는 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’으로 헌법소원심판의 대상이 되고 청구인의 재판청구권을 침해하였으므로 헌법재판소법 제75조 제3항에 따라 취소되어야 한다.
나. 법원의 재판을 거쳐 확정된 행정처분(이하 ‘원행정처분’이라 한다)에 대한 헌법소원 심판청구는 헌법재판소법 제68조 제1항의 입법취지 등에 비추어 원칙적으로 허용되지 않지만, 원행정처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 되어 그 재판 자체가 취소되는 경우에는 예외적으로 원행정처분에 대하여도 헌법소원 심판청구가 허용된다. 
그런데 위헌결정이 있기 전에 그 법률을 법원이 적용하는 것은 제도적으로 정당성이 보장되므로 아직 헌법재판소에 의하여 위헌으로 선언된 바가 없는 법률이 적용된 재판을 그 후에 위헌결정이 선고되었다는 이유로 위법한 공권력의 행사라고 하여 헌법소원심판의 대상으로 삼을 수는 없다. 그러므로, 이 사건 과세처분을 심판대상으로 삼았던 법원의 재판인 재심대상판결은 법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판에 해당하지 않는다. 
따라서 이 사건 과세처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원의 대상이 되어 취소되는 경우에 해당하지 아니하므로, 원행정처분인 이 사건 과세처분에 대한 심판청구는 부적법하다.   
이 사건 과세처분에 대한 재판관 이석태, 재판관 이영진의 반대의견
원행정처분에 대한 헌법소원 심판청구는 절대적으로 허용되지 않는 것이 아니라, 법원이 헌법재판소의 위헌결정의 효력을 인정하지 않음으로써 국민의 기본권을 침해하는 경우와 같이 헌법재판소법 제68조 제1항에서 원칙적으로 재판소원을 금지하고 있는 취지를 더 이상 존중할 필요가 없는 경우에는 달리 판단될 수 있다.
이 사건 과세처분의 근거가 된 법률조항에 대하여 헌법재판소의 위헌결정이 있었고 이 사건 과세처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 취소될 수 있는 재심 절차가 법에 마련되어 있음에도, 법원 스스로 이를 위반하여 해당 재판이 취소될 수 없는 결과가 초래된 것이다. 이러한 경우에는 법원의 확정판결이 가지는 효력인 기판력에 의한 법적 안정성을 더 이상 유지시켜야 할 이유가 없으며, 헌법재판소는 위헌결정의 실효성을 확보함과 동시에 법원에 의하여 훼손된 헌법 우위의 법질서를 바로 잡고 국민의 기본권을 신속하고 효율적으로 구제하기 위하여 예외적으로 원행정처분에 대한 헌법소원심판청구를 허용할 필요가 있다.
따라서 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인하여 청구인의 재심청구를 기각한 법원의 재판과 함께 이 사건 과세처분도 함께 취소하여야 한다.

## 참조조문

헌법 제107조, 제111조
헌법재판소법(2011. 4. 5. 법률 제10546호로 개정된 것) 제47조 제1항, 제68조, 제75조

## 참조판례

가. 헌재 1992. 6. 26. 90헌바25, 판례집 4, 343, 349헌재 1993. 7. 29. 90헌바35, 판례집 5-2, 14, 30-31헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등, 판례집 9-2, 842, 854-862헌재 2022. 6. 30. 2014헌마760등, 공보 309, 864, 868-869
나. 헌재 1998. 5. 28. 91헌마98등, 판례집 10-1, 660, 670-671헌재 2001. 2. 22. 99헌마461, 판례집 13-1, 328, 343

## 전문

[당 사 자]
청　구　인　주식회사 ○○
　　　　　　대표이사 이○○ 
　　　　　　대리인 법무법인(유한) 율촌 
　　　　　　　　　담당변호사 곽태훈
　　　　　　　　　법무법인(유한) 원
　　　　　　　　　담당변호사 강금실 외 1인
　　　　　　　　　법무법인 진성담당변호사 김덕현
피청구인　○○세무서장

[주    문]
1. 대법원 2013. 3. 28. 선고 2012재두299 판결은 청구인의 재판청구권을 침해한 것이므로 이를 취소한다. 
2. 청구인의 나머지 심판청구를 각하한다.  

[이    유]
1. 사건개요
가. 청구인은 1989. 7. 1. 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2에 따라 한국증권거래소에 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 실시하고 그에 따라 1989 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였으나, 2003. 12. 31.까지 한국증권거래소에 주식을 상장하지 못하였다. 
피청구인은 2004. 1. 16. 청구인이 상장기간 내인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다는 이유로 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조에 따라 청구인에 대하여 1989 사업연도 법인세 등을 결정ㆍ고지하였다가, 2005. 3. 30. 국세심판원의 결정에 따라 1989 사업연도 법인세 5,211,365,618원 및 방위세 1,302,841,404원으로 감액 경정하였다. 
청구인은 2005. 6. 16. 피청구인이 2004. 1. 16. 청구인에 대하여 한 1989 사업연도 법인세 5,211,365,618원의 부과처분 중 352,238,003원을 초과하는 부분 및 방위세 1,302,841,401원의 부과처분 중 88,059,500원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나 기각되었고(서울행정법원 2006. 4. 21. 선고 2005구합18594 판결), 이후 항소 및 상고하였으나 모두 기각되었다(서울고등법원 2009. 1. 23. 선고 2006누11097 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두3842 판결). 
나. 청구인은 위 항소심 계속 중 위와 같이 그 취소를 구하는 부과처분의 근거가 된다고 본 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2 제1항, 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조 제1항에 대하여 위헌법률심판제청신청을 하였으나 기각되자, 위 각 조항에 대하여 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원심판을 청구하였는데, 이에 대하여 헌법재판소는 2012. 7. 26. "구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정된 것)의 시행에도 불구하고 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반됨을 확인한다."라는 결정을 하였다(헌재 2012. 7. 26. 2009헌바35등, 이하 ‘이 사건 한정위헌결정’이라 한다).
다. 청구인은 이 사건 한정위헌결정 이후 헌법재판소법 제75조 제7항에 따라 그 전에 이미 확정된 대법원 2009두3842 판결에 대하여 재심을 청구하였으나, 법원은 이 사건 한정위헌결정은 헌법재판소가 법률조항의 해석ㆍ적용을 한 것이지 법률조항 자체가 헌법에 위반되는지 여부를 판단한 것이 아니므로 헌법재판소법 제75조 제7항이 규정한 ‘헌법소원이 인용된 경우’에 해당하지 않아 재심사유가 될 수 없다는 이유 등으로 재심청구를 기각하였다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2012재두299 판결). 
라. 이에 청구인은 2013. 4. 16. 재심기각판결인 대법원 2012재두299 판결과 피청구인이 국세심판원의 결정에 따라 감액 경정한 1989 사업연도 법인세 5,211,365,618원의 부과처분 중 352,238,003원을 초과하는 부분 및 방위세 1,302,841,401원의 부과처분 중 88,059,500원을 초과하는 부분의 각 취소를 구하는 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.

2. 심판대상
이 사건 심판대상은 ① 대법원 2013. 3. 28. 선고 2012재두299 판결(이하 ‘이 사건 재심기각판결’이라 한다), ② 피청구인이 2004. 1. 16. 청구인에 대하여 한 1989 사업연도 법인세 5,211,365,618원의 부과처분 중 352,238,003원을 초과하는 부분 및 방위세 1,302,841,401원의 부과처분 중 88,059,500원을 초과하는 부분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다)이 각각 청구인의 기본권을 침해하는지 여부이다. 관련조항은 다음과 같다. 
[관련조항]
헌법재판소법(2011. 4. 5. 법률 제10546호로 개정된 것)
제47조(위헌결정의 효력) ① 법률의 위헌결정은 법원과 그 밖의 국가기관 및 지방자치단체를 기속(羈束)한다.
제68조(청구 사유) ① 공권력의 행사 또는 불행사(不行使)로 인하여 헌법상 보장된 기본권을 침해받은 자는 법원의 재판을 제외하고는 헌법재판소에 헌법소원심판을 청구할 수 있다. 다만, 다른 법률에 구제절차가 있는 경우에는 그 절차를 모두 거친 후에 청구할 수 있다.
제75조(인용결정) ① 헌법소원의 인용결정은 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속한다.
⑥ 제5항의 경우 및 제68조 제2항에 따른 헌법소원을 인용하는 경우에는 제45조 및 제47조를 준용한다.
⑦ 제68조 제2항에 따른 헌법소원이 인용된 경우에 해당 헌법소원과 관련된 소송사건이 이미 확정된 때에는 당사자는 재심을 청구할 수 있다.

3. 청구인의 주장 
헌법재판소의 법률에 대한 위헌결정은 법원과 그 밖의 모든 국가기관을 기속하고, 여기서 위헌결정에는 한정위헌결정도 당연히 포함된다. 청구인이 이 사건 한정위헌결정 이후 해당 헌법소원과 관련된 소송사건의 당사자로서 헌법재판소법 제75조 제7항에 따라 제기한 재심청구를 기각한 판결은 헌법재판소의 위헌결정의 기속력에 정면으로 반하는 재판으로 청구인의 기본권을 침해하였으므로 취소되어야 한다.
이 사건 과세처분은 이미 법원의 재판을 거쳐 그 취소 여부가 확정된 행정처분인데, 법원이 위와 같이 이 사건 한정위헌결정의 기속력에 반하여 청구인의 재심청구를 기각함으로써 청구인의 기본권을 침해하였으므로 이 사건 과세처분도 이 사건 재심기각판결과 함께 취소되어야 한다.

4. 판단
가. 쟁점
이 사건은 특정한 과세처분의 근거가 된 법률조항에 대하여 헌법재판소법(이하 경우에 따라 연혁과 관계없이 ‘법’이라 한다) 제68조 제2항에 따른 헌법소원심판에서 한정위헌결정이 선고되자, 이전에 해당 법률조항을 근거로 이루어진 확정판결에 대하여 법 제75조 제7항에 따른 재심이 청구된 사안에서, 헌법재판소의 한정위헌결정은 위헌결정이 아니라는 이유로 해당 법률조항을 적용한 확정판결에 대해 재심을 받아들이지 아니한 이 사건 재심기각판결과 처분의 근거가 되는 법률조항에 대한 헌법재판소의 한정위헌결정 이후 법이 정한 절차에 따라 재심절차까지 거쳤으나 결국 취소되지 않은 이 사건 과세처분이 청구인의 기본권을 침해하는지 여부에 대한 것이다.  
나. 법률에 대한 위헌심사권과 위헌결정의 기속력
(1) 헌법은 법률에 대한 위헌심사권을 헌법재판소에 부여하고 있다(헌법 제107조, 제111조). 헌법재판소는 헌법에서 부여받은 위헌심사권을, 법원의 제청에 의한 법률의 위헌 여부 심판(헌법 제107조 제1항, 제111조 제1항 제1호, 법 제41조 제1항), 법률의 위헌 여부 심판의 제청신청이 기각된 때 당사자가 청구하는 헌법소원심판(헌법 제111조 제1항 제5호, 법 제68조 제2항), 그리고 기본권을 침해하는 법률에 대해 헌법재판소법이 정한 절차에 따라 그 권리구제를 구하는 헌법소원심판(헌법 제111조 제1항 제5호, 법 제68조 제1항)을 통해 행사한다. 
(2) 법률이 헌법에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 된 경우에 당해 사건을 담당하는 법원은 직권 또는 당사자의 신청에 의한 결정으로 헌법재판소에 법률에 대한 위헌 여부 심판을 제청한다(법 제41조 제1항). 그런데 당사자의 위헌제청신청이 법원에 의하여 기각된 경우 법 제68조 제2항은 그 신청을 한 당사자가 헌법재판소에 법률에 대한 위헌 여부 심판을 청구할 수 있도록 정하고 있다. 즉, 법 제68조 제1항 본문에서 법원의 재판을 헌법소원심판 대상에서 제외하면서도, 법원이 위헌제청을 하지 않고 위헌적인 법률을 적용하여 재판을 한다는 의심이 있는 경우 소송당사자가 직접 헌법재판소에 해당 법률의 위헌 여부에 관한 심판을 청구할 수 있도록 함으로써 헌법재판소로 하여금 법원의 재판의 전제가 되는 법률의 위헌성을 심사하게 할 수 있는 길을 열어 놓고 있다. 법원이 아니라 개인이 직접 헌법재판소에 법률에 대한 위헌 여부 심판을 구한다는 점에서 법은 이를 헌법소원의 형태로 심판 청구를 하는 것으로 정하고 있지만, 법 제68조 제2항의 헌법소원심판은 구체적인 소송사건을 계기로 하여 헌법재판소에 ‘법률의 위헌 여부’에 대한 심판을 구하는 제도라는 점에서, 법 제41조의 위헌법률심판과 마찬가지로 구체적 규범통제에 해당한다. 
따라서 법 제68조 제2항의 헌법소원심판에서 법률의 위헌성이 확인되면, 헌법재판소는 법률에 대한 위헌결정의 형태로 헌법소원 인용결정을 하여야 하며, 헌법재판소가 헌법에서 부여받은 위헌심사권을 행사한 결과인 법률에 대한 위헌결정은 법원을 포함한 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속한다(헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등 참조).
법 제75조 제6항은 법 제68조 제2항에 따른 헌법소원을 인용하는 경우 법 제47조를 준용한다고 규정함으로써, 법 제68조 제2항의 헌법소원심판을 통해 이루어진 법률의 위헌결정은 법원을 포함한 모든 국가기관과 지방자치단체에 대해 기속력이 인정됨을 분명히 하고 있다. 
다. 법률에 대한 규범통제로서 한정위헌결정의 기속력
헌법재판소는 법률의 위헌 여부를 심사하는 경우 법률에 대해 다의적인 해석가능성이 있을 때 일반적인 해석 작용이 용인되는 범위 내에서 종국적으로 어느 쪽이 가장 헌법에 합치되는가를 가려, 합헌적인 한정축소해석의 영역 밖에 있는 경우에까지 법률의 적용범위를 넓히는 것은 위헌이라는 취지로 위헌의 범위를 정하여 한정위헌의 결정을 선고할 수 있다. 이는 단순히 법률을 헌법에 비추어 해석하는 것에 지나지 않는 것이 아니라 헌법규범을 기준으로 하여 법률의 위헌성 여부를 심사하는 작업이며, 헌법재판소가 법률의 위헌성 심사를 하면서 합헌적 법률해석을 하고 그 결과로서 이루어지는 한정위헌결정은 비록 법문의 변화를 가져오는 것은 아니나 법률조항 중 특정의 영역에 적용되는 부분이 위헌이라는 것을 뜻하는 일부위헌결정으로, 법률에 대한 위헌심사권을 가진 헌법재판소의 권한에 속한다(헌재 1992. 2. 25. 89헌가104; 헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등 참조).
따라서 한정위헌결정도 법 제47조 제1항에서 정한 기속력이 인정되는 ‘법률의 위헌결정’에 해당하고, 법 제68조 제2항에 따른 헌법소원심판에서 법률의 위헌성이 확인되어 한정위헌결정의 형태로 인용되는 경우 그 결정은 법률에 대한 위헌결정으로 법원을 비롯한 모든 국가기관과 지방자치단체에 대하여 기속력이 인정된다(법 제75조 제6항, 제47조 제1항).
라. 이 사건 재심기각판결에 대한 판단
(1) 이 사건 한정위헌결정의 기속력
(가) 헌법재판소는 2012. 5. 31. 2009헌바123등 결정에서 "구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정된 것)의 시행에도 불구하고 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다."라고 선고하고, 이 사건 한정위헌결정인 헌재 2012. 7. 26. 2009헌바35등 결정에서도 헌재 2009헌바123등 결정과 같은 취지로 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)가 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정된 것)의 시행 이후에도 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 위헌임을 확인하는 결정을 선고함으로써, 법률조항의 문언 자체는 그대로 둔 채, 그 법률조항이 규율하는 일부 영역, 즉 이 사건 부칙조항의 규범 영역 중 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정된 것)의 시행일인 1994. 1. 1. 이후에도 적용되는 부분을 한정하여 그 효력을 상실시키는 한정위헌결정을 하였다. 
(나) 이 사건 한정위헌결정은 구체적 사건에서 법률조항에 대한 법원의 특정한 해석ㆍ적용의 당부를 심사한 것이 아니라, 법률조항의 규범 영역 중 일부가 헌법에 위반되어 무효라는 내용의 일부위헌결정이다. 구체적 사건에서 법원의 법률의 해석ㆍ적용 권한이 사법권의 본질적 내용을 이루는 것은 부정할 수 없다. 그러나 법률조항의 문언 자체에 변화가 없고 헌법재판소가 법률조항의 규범 영역 중 헌법에 위반되어 효력을 상실하는 부분을 ‘해석’이라는 표현을 사용하여 지칭하였다는 이유로 법률에 대한 위헌성 심사의 결과인 한정위헌결정을 규범통제가 아닌 구체적 사건에서의 법원의 법률의 해석ㆍ적용 권한에 대한 통제라고 볼 수는 없다. 
따라서 이 사건 한정위헌결정은 일부위헌결정으로서 법률에 대한 위헌결정에 해당하고, 법 제75조 제6항, 법 제47조 제2항에 따라 이 사건 부칙조항 중 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정된 것)의 시행일인 1994. 1. 1. 이후에 적용되는 부분은 그 효력을 상실하였다. 또한 이 사건 한정위헌결정은 법 제75조 제6항, 제47조 제1항에 따라 법원과 그 밖의 국가기관 및 지방자치단체에 대하여 기속력이 있다.
(2) 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 되는 법원의 재판에 해당하는지 여부
(가) 헌법재판소는 헌재 2022. 6. 30. 2014헌마760등 결정에서 "헌법재판소법(2011. 4. 5. 법률 제10546호로 개정된 것) 제68조 제1항 본문 중 ‘법원의 재판’ 가운데 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’ 부분은 헌법에 위반된다."라는 위헌결정을 선고하였다. 
(나) 이 사건 재심기각판결은 ‘법률조항 자체는 그대로 둔 채 그 법률조항에 관한 특정한 내용의 해석ㆍ적용만을 위헌으로 선언하는 이른바 한정위헌결정에 관하여는 헌법재판소법 제47조가 규정하는 위헌결정의 효력을 부여할 수 없으며, 그 결과 한정위헌결정은 법원을 기속할 수 없고 재심사유가 될 수 없다’라는 이유를 들어 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인하고 청구인의 재심청구를 기각하였다. 이는 일부위헌결정으로서 법 제75조 제6항, 제47조 제1항에 따라 기속력이 인정되는 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인한 것이므로, 이 사건 재심기각판결은 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’에 해당한다. 따라서 이 사건 재심기각판결에 대해서는 예외적으로 그 취소를 구하는 헌법소원심판청구가 허용된다.
(3) 재판청구권 침해 여부
(가) 헌법 제27조 제1항은 "모든 국민은 헌법과 법률이 정한 법관에 의하여 법률에 의한 재판을 받을 권리를 가진다."라고 규정하여 법원이 법률에 기속된다는 당연한 법치국가적 원칙을 확인하고, ‘법률에 의한 재판, 즉 절차법이 정한 절차에 따라 실체법이 정한 내용대로 재판을 받을 권리’를 보장하고 있다(헌재 1992. 6. 26. 90헌바25; 헌재 1993. 7. 29. 90헌바35 참조). 
(나) 법 제75조 제7항은 "제68조 제2항에 따른 헌법소원이 인용된 경우에 해당 헌법소원과 관련된 소송사건이 이미 확정된 때에는 당사자는 재심을 청구할 수 있다."라고 규정함으로써 소송당사자가 재심을 청구할 권리를 부여하고 있고, 여기서 ‘헌법소원이 인용된 경우’에는 헌법재판소가 한정위헌결정을 한 경우도 포함된다.
따라서 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인하여 재심사유로 받아들이지 아니한 이 사건 재심기각판결은 청구인의 재판청구권을 침해하는 것이다.  
(4) 소결
이 사건 재심기각판결은 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’으로 이에 대한 헌법소원은 허용되고 헌법상 보장된 청구인의 재판청구권을 침해하였으므로, 법 제75조 제3항에 따라 취소되어야 한다.
마. 이 사건 과세처분에 대한 판단  
(1) 법원의 재판을 거쳐 확정된 행정처분에 대한 헌법소원 심판청구
(가) 공권력의 행사로 인하여 헌법상 보장된 기본권을 침해받은 자는 원칙적으로 법원의 재판을 제외하고는 헌법재판소에 헌법소원심판을 청구할 수 있다(헌법 제111조 제1항 제5호, 법 제68조 제1항 본문). 따라서 행정처분에 대하여도 헌법소원심판을 청구할 수 있음이 원칙이다. 다만, 행정소송의 대상이 되는 행정처분의 경우에는 법 제68조 제1항 단서에 의하여 헌법소원심판을 청구하기에 앞서 행정소송절차를 거치도록 되어 있고, 법원의 재판을 원칙적으로 헌법소원심판의 대상에서 제외한 법 제68조 제1항의 입법취지 등에 비추어 볼 때, 행정처분의 취소를 구하는 행정소송에서 그 청구가 받아들여지지 아니하는 판결이 확정된 후 당해 행정처분(이하 ‘원행정처분’이라 한다)에 대하여 헌법소원심판을 청구하는 것은 허용되지 않는다. 행정처분의 취소소송에서 청구를 기각하는 판결이 확정되면 당사자는 그 판결의 기판력에 의한 기속을 받게 되므로, 별도의 절차에 의해 확정판결의 기판력이 제거되지 아니하는 한, 판결에 의해 적법한 것으로 확정된 원행정처분의 위법성을 주장하는 것은 확정판결의 기판력에 어긋나기 때문이다(헌재 1998. 5. 28. 91헌마98등 참조).
(나) 그러나 원행정처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 되어 그 재판 자체가 취소되는 경우에는 신속하고 효율적인 국민의 기본권 구제를 위해 원행정처분에 대하여도 헌법소원심판청구를 허용하고 이를 취소할 수 있다(헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등 참조).
(2) 이 사건의 경우
(가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 재심기각판결은 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’으로 헌법상 보장된 청구인의 재판청구권을 침해하였으므로 취소되어야 한다. 그러나 이 사건 재심기각판결은 원행정처분인 이 사건 과세처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 아니다. 
(나) 이 사건 과세처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판은 대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두3842 판결(이하 ‘이 사건 재심대상판결’이라 한다)이고, 이 사건 재심대상판결이 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’으로 예외적으로 헌법소원의 대상이 되어 취소된다면 이 사건 과세처분도 함께 취소될 여지가 있다. 
그러나 헌법과 법률에 의하여 법률의 위헌 여부를 심사하는 헌법재판절차를 통상의 사법절차와 분리하여 제도화하고 있는 우리나라에서 헌법재판소가 위헌을 선언하기 전까지 모든 법률은 합헌으로 추정되므로, 법원으로서도 위헌의 의심이 있는 경우 헌법재판소에 해당 법률에 대한 위헌제청을 하여 그 적용을 일시 유보할 수는 있더라도, 그 법률의 적용을 거부할 수는 없다. 이에 위헌결정이 있기 전에 그 법률을 법원이 적용하는 것은 제도적으로 정당성이 보장된다. 따라서 아직 헌법재판소에 의하여 위헌으로 선언된 바가 없는 법률이 적용된 재판을 그 후에 위헌결정이 선고되었다는 이유로 위법한 공권력의 행사라고 하여 헌법소원심판의 대상으로 삼을 수는 없고(헌재 2001. 2. 22. 99헌마461등 참조), 그에 대한 구제 및 기판력의 제거는 재심절차에 의해 가능하도록 제도화되어 있다. 
이 사건 재심대상판결은 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’에 해당하지 아니하고, 헌법재판소가 이 사건 재심대상판결을 취소하지 않으면서 이 사건 과세처분을 취소하는 것은 이 사건 재심대상판결의 기판력과 충돌하게 되므로 허용되지 아니한다.  
(3) 소결 
결국 이 사건 과세처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원의 대상이 되어 취소되는 경우에 해당하지 아니하므로, 이 사건 과세처분에 대한 심판청구는 부적법하다.  

5. 결론
그렇다면 이 사건 재심기각판결은 청구인의 재판청구권을 침해한 것이므로 이를 취소하고, 청구인의 나머지 심판청구인 이 사건 과세처분에 대한 심판청구는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여, 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 아래 6.과 같은 재판관 이석태, 재판관 이영진의 이 사건 과세처분에 대한 반대의견이 있는 외에는 관여 재판관들의 일치된 의견에 의한 것이다. 

6. 재판관 이석태, 재판관 이영진의 이 사건 과세처분에 대한 반대의견
우리는 이 사건 재심기각판결과 함께 이 사건 과세처분도 이 사건에서 함께 취소하여야 한다고 생각하므로 아래와 같이 반대의견을 밝힌다.
가. 원행정처분에 대한 헌법소원심판청구
(1) 공권력의 행사로 인하여 헌법상 보장된 기본권을 침해받은 자는 원칙적으로 법원의 재판을 제외하고는 헌법재판소에 헌법소원심판을 청구할 수 있다(헌법 제111조 제1항 제5호, 법 제68조 제1항 본문). 다만 다른 법률에 구제절차가 있는 경우에는 그 절차를 모두 거친 후에 청구할 수 있다(법 제68조 제1항 단서). 
그런데 행정소송의 대상이 되는 행정처분의 경우에는 법 제68조 제1항 단서에 의하여 헌법소원심판을 청구하기에 앞서 행정소송절차를 모두 거친다 하더라도 법원의 재판을 원칙적으로 헌법소원심판의 대상에서 제외하고 있는 법 제68조 제1항의 입법취지 등을 고려하여, 원래의 행정처분에 대하여 다시 헌법소원심판을 청구하는 것은 원칙적으로 허용되지 않고 있다(헌재 1998. 5. 28. 91헌마98등 참조). 다만, 헌법재판소는 헌법재판소가 위헌으로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을 침해한 법원의 재판은 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 될 수 있음을 선언하면서, 그와 같은 법원의 재판을 취소함과 아울러, 그 재판의 대상이었던 원행정처분에 대한 헌법소원심판청구도 받아들여 이를 취소한 바 있다(헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등 참조). 
따라서 행정소송절차를 모두 거친 원행정처분에 대한 헌법소원심판청구는 절대적으로 허용되지 않는 것이 아니라, 법원이 헌법재판소의 위헌결정의 효력을 인정하지 않음으로써 국민의 기본권을 침해하는 경우와 같이 법 제68조 제1항에서 원칙적으로 재판소원을 금지하고 있는 취지를 더 이상 존중할 필요가 없는 경우에는 원행정처분에 대한 헌법소원심판청구의 허용 여부도 달리 판단될 수 있다.
(2) 법률에 대한 위헌결정 및 헌법소원의 인용결정은 모든 국가기관에 대하여 효력이 미치고(법 제47조 제1항, 제75조 제1항, 제6항), 이러한 기속력은 헌법의 우위와 법률의 위헌 또는 인용결정의 실효성을 확보하기 위한 것이다. 앞서 본 바와 같이 현행 헌법소원제도는 재판소원을 원칙적으로 금지하면서도 법 제68조 제2항의 헌법소원제도를 마련하여 헌법재판소에 의하여 재판의 전제가 되는 규범통제 결과 해당 법률의 위헌성이 확인되면 위헌소원을 제기한 당해 사건 당사자의 경우 법원에 재심청구를 할 수 있도록 하고 법원 스스로 이러한 재심절차를 통해 법 제68조 제2항 헌법소원이 인용되기 전에 이미 확정된 재판을 취소할 수 있도록 함으로써, 위헌결정의 계기를 부여한 당사자를 구제함과 동시에 헌법재판소에 의한 규범통제의 실효성이 확보될 수 있도록 하고 있다. 그런데 만약 법 제68조 제2항에 따른 헌법소원 심판청구가 인용되어 법률에 대한 위헌결정이 있었음에도 법원이 위헌결정의 기속력을 부인하여 당해 사건 당사자가 제기한 재심청구를 받아들이지 않음으로써 원행정처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 취소될 수 없는 결과를 초래하는 경우에는, 법원 스스로 법이 정한 재심재판을 통해 확정판결의 기판력을 제거함으로써 합헌적 질서를 회복할 수 있는 기회를 거부하고 헌법의 우위에 따른 법질서를 훼손한 것이 된다. 
이러한 경우에는 법원의 확정판결이 가지는 효력인 기판력에 의한 법적 안정성을 더 이상 유지시켜야 할 이유가 없으며, 헌법재판소는 위헌결정의 실효성을 확보함과 동시에 법원에 의하여 훼손된 헌법 우위의 법질서를 바로 잡고 국민의 기본권을 신속하고 효율적으로 구제하기 위하여 예외적으로 원행정처분에 대한 헌법소원심판청구를 허용할 필요가 있다.
나. 이 사건의 경우
(1) 청구인은 2005. 6. 16. 이 사건 과세처분에 대해 취소를 구하는 행정소송을 제기하였고 그에 대한 패소판결이 2011. 4. 28. 최종 확정된 이후에 이 사건 과세처분에 대한 헌법소원심판청구를 함으로써 다른 법률에 구제절차가 있는 경우 그 절차를 모두 거칠 것을 요하는 법 제68조 제1항 단서가 정한 헌법소원심판청구의 보충성 요건을 충족하였다. 또한 청구인은 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 행정소송 계속 중 처분의 근거가 되는 법률조항에 대하여 법 제68조 제2항의 헌법소원을 제기하여 헌법재판소로부터 2012. 7. 26. 인용결정을 받고 법 제75조 제7항에 따라 법원에 이 사건 재심대상판결에 대한 재심을 청구하였으나, 법원은 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인하여 그에 관한 재심청구를 기각함으로써 헌법 및 그 위임에 따라 마련된 헌법소원제도에 의하여 보장되는 청구인의 재판청구권을 침해하였다. 이러한 이유로 이 사건 재심기각판결이 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’으로서 예외적으로 취소되어야 함은 앞서 본 바와 같다.  
(2) 엄밀히 말해 원행정처분인 이 사건 과세처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판은 이 사건 재심대상판결이고, 이 사건 재심대상판결은 이 사건 한정위헌결정 이전에 확정된 법원의 재판으로서 오로지 헌법재판소법이 정한 재심절차에 의하여서만 취소가 가능하다. 그런데 이 사건 재심기각판결은 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인하여 이를 재심사유로 받아들이지 않았고, 이로써 이 사건 재심대상판결이 취소될 수 있는 유일한 절차가 차단되었다.  
이와 같이 법원의 재판절차를 통해서는 원행정처분에 의하여 침해된 국민의 기본권이 더 이상 구제될 가능성이 없고 나아가 원행정처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 취소될 수 있는 절차가 마련되어 있음에도 법원 스스로 이를 위반하여 해당 재판이 취소될 수 없는 결과를 초래한 경우에는, 법원의 재판을 거친 원행정처분이라 하더라도 예외적으로 그에 대한 헌법소원심판을 허용할 필요가 있다. 헌법재판소는 이러한 경우 국민의 기본권을 신속하고 효율적으로 구제하기 위해서 그리고 법원에 의해 부정된 위헌결정의 기속력을 회복시키기 위하여, 원행정처분을 직접 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판인 이 사건 재심대상판결을 직접 취소할 수 없는 경우라 하더라도, 원행정처분인 이 사건 과세처분을 직접 취소할 필요가 있는 것이다. 
이는 헌법에 대한 최종해석권한을 가진 헌법재판소를 통하여 최고 규범인 헌법의 우위를 확보할 필요성에 따른 것임은 물론, 나아가 이러한 예외적인 경우에는 확정판결의 기판력을 통한 법적 안정성보다 헌법의 우위에 따라 마련된 제도인 헌법소원심판청구를 통한 국민의 기본권에 대한 실효적 보장을 중요시하는 것이 우리 헌법의 정신에 부합하기 때문이다.  
다. 소결
이 사건 과세처분은 원행정처분에 해당하지만, 이 사건 한정위헌결정에서 위헌으로 선언한 법률조항을 근거로 한 처분으로서 법 제68조 제2항 및 법 제75조 제7항에 따라 재심절차에 의하여 법원의 재판을 통해 취소되어야 함에도, 법원이 이 사건 한정위헌결정의 기속력을 부인함으로써 법이 정한 절차를 통한 취소가 불가능하게 되었으므로, 예외적으로 헌법소원심판청구가 허용되는 경우에 해당한다. 
따라서 청구인은 피청구인의 위헌ㆍ위법한 공권력 행사인 이 사건 과세처분으로 말미암아 헌법상 보장된 기본권인 재산권을 침해받았다고 할 것이므로, 법 제75조 제3항에 따라 피청구인이 청구인에게 한 이 사건 과세처분은 취소되어야 한다.

재판장  유남석 이선애 이석태 이은애 이종석 이영진 김기영 문형배 이미선