# 구 조세감면규제법 부칙 제23조 위헌소원

## 판시사항

가. 법률조항에 대한 한정위헌의 판단을 구하는 심판청구가 실질은 법률조항 자체의 위헌성을 다투는 것이어서 적법하다고 본 사례

나. 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)가 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것, 이하 ‘이 사건 전부개정법’이라 한다)의 시행에도 불구하고 실효되지 않은 것으로 해석하는 것이 헌법상의 권력분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배되어 헌법에 위반되는지 여부(적극)

## 결정요지

가. 이 사건 헌법소원심판에서 청구인들이 다투는 취지는, 이 사건 각 부과처분에 있어서 ‘법원이 한 부과처분의 근거법률에 대한 해석·적용’에 관한 것이 아니라, 이 사건 전부개정법의 시행으로 말미암아 이 사건 부칙조항은 ‘실효된’ 것으로 보아야 함에도 당해 사건 법원이 이를 ‘유효한’ 법률조항이라고 잘못 판단한 후 당해 사건에 적용한 것을 문제삼고 있는 것이므로, 이 사건 심판청구는 ‘이 사건 부칙조항 그 자체의 위헌성’을 다투고 있다고 봄이 상당하다.

나. (1) 형벌조항이나 조세법의 해석에 있어서는 헌법상의 죄형법정주의, 조세법률주의의 원칙상 엄격하게 법문을 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 수는 없는바, ‘유효한’ 법률조항의 불명확한 의미를 논리적·체계적 해석을 통해 합리적으로 보충하는 데에서 더 나아가, 해석을 통하여 전혀 새로운 법률상의 근거를 만들어 내거나, 기존에는 존재하였으나 실효되어 더 이상 존재한다고 볼 수 없는 법률조항을 여전히 ‘유효한’ 것으로 해석한다면, 이는 법률해석의 한계를 벗어나 ‘법률의 부존재’로 말미암아 형벌의 부과나 과세의 근거가 될 수 없는 것을 법률해석을 통하여 창설해 내는 일종의 ‘입법행위’로서 헌법상의 권력분립원칙, 죄형법정주의, 조세법률주의의 원칙에 반한다.

(2) 이 사건 부칙조항은 과세근거조항이자 주식상장기한을 대통령령에 위임하는 근거조항이므로 이 사건 전문개정법의 시행에도 불구하고 존속하려면 반드시 위 전문개정법에 그 적용이나 시행의 유예에 관한 명문의 근거가 있었어야 할 것이나, 입법자의 실수 기타의 이유로 이 사건 부칙조항이 이 사건 전문개정법에 반영되지 못한 이상, 위 전문개정법 시행 이후에는 전문개정법률의 일반적 효력에 의하여 더 이상 유효하지 않게 된 것으로 보아야 한다. 비록 이 사건 전문개정법이 시행된 1994. 1. 1. 이후 제정된 조세감면규제법(조세특례제한법) 시행령들에서 이 사건 부칙조항을 위임근거로 명시한 후 주식상장기한을 연장해 왔고, 조세특례제한법 중 개정법률(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것)에서 이 사건 부칙조항의 문구를 변경하는 입법을 한 사실이 있으나, 이는 이미 실효된 이 사건 부칙조항을 위임의 근거 또는 변경대상으로 한 것으로서 아무런 의미가 없을 뿐만 아니라, 이 사건 부칙조항과 같은 내용의 과세근거조항을 재입법한 것으로 볼 수도 없다.

(3) 다만, 이 사건 부칙조항이 실효되지 않고 여전히 존재한다는 전제 하에 과세하더라도, 청구인들을 비롯하여 주식상장을 전제로 자산재평가를 실시한 후 정해진 주식상장기한 내에 상장하지 못하였거나 자산재평가를 취소한 법인들로서는 부당하게 이익을 침해당한 것으로 볼 수 없는 데다가, 이 사건 부칙조항이 실효되었다고 해석하면, 이미 상장을 전제로 자산재평가를 실시한 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되는 법률의 공백상태가 발생하고, 종래 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 성실하게 법인세 등을 신고·납부한 법인이나 상장기간을 준수한 법인들과 비교하여 볼 때 청구인들을 비롯한 위 해당 법인들이 부당한 이익을 얻게 되어 과세형평에 어긋나는 결과에 이를 수도 있다.
그러나, 과세요건법정주의 및 과세요건명확주의를 포함하는 조세법률주의가 지배하는 조세법의 영역에서는 경과규정의 미비라는 명백한 입법의 공백을 방지하고 형평성의 왜곡을 시정하는 것은 원칙적으로 입법자의 권한이고 책임이지 법문의 한계 안에서 법률을 해석·적용하는 법원이나 과세관청의 몫은 아니다. 뿐만 아니라 구체적 타당성을 이유로 법률에 대한 유추해석 내지 보충적 해석을 하는 것도 어디까지나 ‘유효한’ 법률조항을 대상으로 할 수 있는 것이지 이미 ‘실효된’ 법률조항은 그러한 해석의 대상이 될 수 없다.
따라서 관련 당사자가 공평에 반하는 이익을 얻을 가능성이 있다 하여 이미 실효된 법률조항을 유효한 것으로 해석하여 과세의 근거로 삼는 것은 과세근거의 창설을 국회가 제정하는 법률에 맡기고 있는 헌법상 권력분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 반한다.

(4) 따라서, 이 사건 전부개정법의 시행에도 불구하고 이 사건 부칙조항이 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법상의 권력분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배되어 헌법에 위반된다.

## 심판대상조문

구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조

## 참조조문

헌법 제59조
헌법재판소법 제68조 제2항
구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2
구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것)
조세특례제한법 중 개정법률(2002. 12. 11. 법률 제
6762호로 개정된 것)
구 자산재평가법(1998. 4. 10. 법률 제5531호로 일부 개정되기 전의 것) 제4조, 제38조
구 조세감면규제법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정된 것) 제109조
구 조세감면규제법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 것) 제109조
구 조세특례제한법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 법령명이 조세특례제한법 시행령으로 변경되어 전문개정된 것) 제138조
구 조세특례제한법 시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 것) 제138조
조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조

## 참조판례

가. 헌재 1992. 12. 24. 92헌가8, 판례집 4, 853헌재 1995.  7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48헌재 1997.  2. 20. 95헌바27, 판례집 9-1, 156헌재 2006.  2. 23. 2004헌바80, 판례집 18-1상, 208헌재 2011.  2. 24. 2009헌바33, 판례집 23-1상, 88
나. 헌재 1992. 12. 24. 90헌바21, 판례집 4, 890헌재 1998.  3. 26. 96헌바57, 판례집 10-1, 255대법원 2002.  7. 26. 선고 2001두11168 판결대법원 2004.  6. 24. 선고 2002두10780 판결대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두17550 판결

## 전문

[당사자] 
청 구 인  1. ○○ 주식회사(2009헌바123)  대표이사 허○수
2.□□ 주식회사(2009헌바126)  대표이사 김○욱
청구인들 대리인 법무법인(유) 태평양
담당변호사 곽태철 외 3인
당해사건  서울고등법원 2008누37574 법인세부과처분취소(2009헌바123)  서울고등법원 2005누30183 법인세등부과처분취소(2009헌바126)

[주문] 
구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것)의 시행에도 불구하고 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다.

[이유]
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 2009헌바123 사건
(가) 청구인 ○○ 주식회사는 1990. 10. 1. 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세감면규제법’이라 한다) 제56조의2에 근거하여 한국증권거래소에 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 실시하고 한국증권거래소에 주식 상장을 준비하였으나, 2003. 12. 31.까지 한국증권거래소에 주식을 상장하는 것이 어렵게 되자, 2003. 12. 30. 스스로 위 자산재평가를 취소하였다.

(나) 역삼세무서장은 2004. 4. 16. 청구인이 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조 제2항에 따라 1990 사업연도 이후 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도 법인세 과세표준과 함께 신고·납부하지 않았다는 이유로, 1990∼1999 사업연도에 걸쳐 과다계상된 감가상각비 173,579,616,995원을 손금불산입하고, 과소계상된 감가상각비 6,215,574,406원을 손금산입하며, 과소계상된 자산양도차익 4,581,834,590원을 익금산입하여, 청구인에게 법인세, 방위세, 농어촌특별세를 부과하고, 종전의 자산재평가가 자산재평가법에 의한 자산재평가에 해당하지 않게 되었다는 이유로 청구인이 기존에 신고·납부한 자산재평가세에 대하여는 환급결정을 함과 동시에 1999. 4. 1.자 제5차 자산재평가에 대하여 자산재평가법 제13조 제1항 제2호에 따라 재평가세율 100분의 3을 적용하여 산정한 1999년 귀속 자산재평가세를 부과하는 등 합계 156,843,073,190원(가산세 86,075,237,128원 포함)을 각 부과·고지하였다.

(다) 청구인은 2004. 7. 9. 위 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2005. 5. 10. 위 부과처분 중 가산세(과소신고가산세 및 미납부가산세) 부분은 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하라는 결정을 하였으며, 이에 따라 역삼세무서장은 2005. 5. 25. 위 부과처분 중 가산세 부분에 대한 부과처분을 취소하였다(이하 2004. 4. 16.자 부과처분에서 가산세 부분을 제외한 법인세, 방위세, 농어촌특별세 및 자산재평가세의 본세 70,767,836,129원 부분을 ‘청구인 ○○ 주식회사에 대한 이 사건 부과처분’이라 한다.).

(라) 이에 청구인은 서울행정법원에 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였으나 2005. 12. 20. 기각되었고(2005구합19764), 그 후 서울고등법원에 항소를 제기하여 2006. 10. 12. 청구인용 판결(2006누4297)을 받았으나, 대법원은 2008. 12. 11. 원심판결을 파기하여 서울고등법원에 위 사건을 환송하였다(대법원 2006두17550). 위 사건이 파기환송심(서울고등법원 2008누37574)에 계속중 청구인은 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조에 대하여 위헌법률심판제청신청을 하였고(서울고등법원 2009아105), 2009. 5. 13. 위 신청이 기각되어(같은 날 항소도 기각되어 6. 4. 판결이 확정되었다.) 2009. 5. 25. 그 기각결정이 위 청구인에게 송달되자, 2009. 6. 22. 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.

(2) 2009헌바126 사건
(가) 청구인 □□ 주식회사(원래 상호가 ‘주식회사 에스케이엠’이었다가 2007. 1. 1. ‘에스케이엠면세점 주식회사’로, 다시 2008. 3. 25. ‘□□ 주식회사’로 각 변경되었다.)는 1990. 10. 1. 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2에 근거하여 한국증권거래소에 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 실시하고 한국증권거래소에 주식 상장을 준비하였으나, 2003. 12. 31.까지 한국증권거래소에 주식을 상장하지 못하였다.

(나) 삼성세무서장은 2004. 1. 16. 청구인이 상장기간 내인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다는 이유로 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조 제1항에 의하여 자산재평가차익을 자산재평가법에 의한 재평가차익이 아닌 임의평가차익으로 보고 1990 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 계산에서 이를 익금에 산입하여, 청구인에 대하여 1990 사업연도 법인세 21,617,335,700원(과소신고가산세 1,650,192,206원 및 미납부가산세 11,957,961,967원 포함)과 방위세 2,478,610,640원(미납부가산세 413,101,774원 포함)을 결정·고지하고, 1990. 10. 1.자 자산재평가가 자산재평가법에 의한 자산재평가에 해당하지 않는다는 이유로 위 청구인이 종전에 신고·납부한 자산재평가세에 대하여 환급결정을 하였다.

(다) 청구인은 이에 불복하여 국세심판원에 이의를 제기하였는데, 국세심판원은 2005. 3. 24. 1990 사업연도 법인세와 방위세 중 과소신고가산세와 미납부가산세를 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하라는 결정을 하였고, 이에 따라 삼성세무서장은 당초 결정금액을 법인세는 8,356,506,769원으로, 방위세는 2,065,508,871원으로 감액 경정하였다(이하 청구인에 대한 위 법인세, 방위세 부과 처분을 ‘청구인 □□ 주식회사에 대한 이 사건 부과처분’이라 한다.).

(라) 이에 청구인은 2005. 5. 17. 서울행정법원에 삼성세무서장을 상대로 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나(2005구합15083) 2005. 11. 24. 기각되었고, 2005. 12. 28. 서울고등법원에 항소(2005누30183)한 후 이 사건 부과처분의 근거가 된다고 본 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조에 대하여 위헌법률심판제청신청을 하였으며(2009아109), 2009. 5. 22. 위 신청이 각하되어(같은 날 항소도 기각되어 6. 19. 판결이 확정되었다.) 2009. 6. 4. 그 결정을 통지받게 되자, 2009. 6. 24. 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 이 사건 헌법소원심판청구를 하였다.

나. 심판의 대상
청구인들은 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조 제1항 및 제2항 전체에 대하여 각각 헌법소원심판을 청구하였으나, 2009헌바123 사건에서 역삼세무서장이 청구인 ○○ 주식회사에 대한 이 사건 부과처분을 함에 있어 적용한 근거법률은 위 부칙 제23조 제2항이어서 이 부분으로 심판대상조항을 제한하고, 2009헌바126 사건에서 삼성세무서장이 청구인 □□ 주식회사에 대한 이 사건 부과처분을 함에 있어 적용한 근거법률은 위 부칙 제23조 제1항이므로 이 부분으로 심판대상조항을 제한함이 상당하다.
따라서 이 사건 심판대상은 ⅰ) 2009헌바123 사건의 경우에는 청구인 ○○ 주식회사에 대한 이 사건 부과처분의 근거가 되는 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조 제2항(이하 ‘이 사건 부칙조항 제2항’이라 한다.), ⅱ) 2009헌바126 사건의 경우에는 청구인 □□ 주식회사에 대한 이 사건 부과처분의 근거가 되는 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙조항 제1항’이라 한다.)의 위헌 여부이다.
이 사건 심판대상조항 및 관련조항의 내용은 다음과 같다.

[심판대상조항]
구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조(기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 등) ① 이 법 시행 전에 종전의 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 종전의 동조 동항 단서의 규정에 불구하고 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.
② 제1항의 규정에 의한 재평가를 한 법인이 당해 자산재평가적립금의 일부 또는 전부를 자본에 전입하지 아니한 경우에는 재평가일부터 제1항의 규정에 의한 기간 이내에 그 재평가를 취소할 수 있으며, 이 경우 당해 법인은 각 사업연도소득에 대한 법인세(가산세와 당해 법인세에 부가하여 과세되는 방위세를 포함한다)를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세과세표준신고와 함께 신고·납부하여야 한다.
[관련조항]
구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2(기업공개시의 재평가특례) ① 증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.
② 1987년 1월 1일부터 1988년 12월 31일까지의 기간 중 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하는 법인이 1989년 12월 31일까지 자산재평가법에 의한 재평가를 하는 경우에도 제1항 본문의 규정을 준용할 수 있다. 다만, 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
조세특례제한법 중 개정법률(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것)
법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항 중 "한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에"를 "주식을 한국증권거래소에 상장하지 아니하거나 한국증권업협회에 등록하지 아니하는 경우에"로 한다.
구 자산재평가법(1998. 4. 10. 법률 제5531호로 일부 개정되기 전의 것) 제4조(재평가일) ① 이 법의 규정에 의한 재평가는 법인에 있어서는 각 사업연도 개시일, 개인에 있어서는 매년 1월 1일(이하 "재평가일"이라 한다) 현재 이를 행한다.
② 대통령령이 정하는 합병을 하고자 하는 법인은 매월 1일을 재평가일로 하여 재평가할 수 있다.
제38조(재평가의 제한) 이 법이 규정에 의하여 자산을 재평가한 자는 그 재평가일을 기준으로 도매물가지수가 100분의 25 이상 증가한 경우가 아니면 다시 자산을 재평가하지 못한다. 다만, 대통령령이 정하는 합병을 하고자 하는 법인에 있어서는 그러하지 아니하다.
구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 것) 제66조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 5년을 말한다.
구 조세감면규제법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정된 것) 제109조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 8년을 말한다.
구 조세감면규제법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 것) 제109조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 10년을 말한다.
구 조세특례제한법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 법령명이 조세특례제한법 시행령으로 변경되어 전문개정된 것) 제138조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 11년을 말한다.
구 조세특례제한법 시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 것) 제138조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 13년을 말한다.
조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 2003년 12월 31일까지의 기간을 말한다.

2. 청구인들의 주장, 법원의 위헌제청신청 기각 또는 각하 이유의 요지
가. 청구인들의 주장
(1) 과세관청은 이 사건 부칙조항을 적용하여 이 사건 각 부과처분을 하였는데, 구 조세감면규제법이 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정되면서 이 사건 부칙조항에 관하여는 경과규정도 두지 아니하였는바, 이와 같이 개정 법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정한 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로, 이 사건 부칙조항과 같은 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효되었다고 보아야 할 것이다.

(2) 그럼에도 불구하고 대법원은 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결, 2008. 12. 11. 선고 2006두17550 판결에서, 이 사건 부칙조항이 전부 개정된 구 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 ‘특별한 사정’이 있기 때문에 실효되지 않았다고 판시하였는바, 그와 같이 해석하는 한 이 사건 부칙조항은 헌법에 규정된 국회의 입법권을 침해하고 조세법률주의에 위반되는 것으로서 위헌이다.

나. 법원의 위헌제청신청 기각 또는 각하 이유
(1) 2009헌바123 사건
법률이 전부 개정된 경우에는 개정전 법률의 본칙은 물론 부칙과 그 경과 규정도 모두 폐지되는 것이 원칙이지만, 종전의 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도의 규정을 두거나 그러한 명시적인 조항은 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 계속 적용된다고 볼 특별한 사정이 있는 경우에는 위 경과규정은 실효되지 않는다.
이 사건 부칙조항은 자산재평가에 관한 특례규정인 종전 법률의 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 따라 이미 자산재평가를 실시한 법인에 관하여 상장기한 내에 상장하지 않거나 자산재평가를 취소한 경우의 효력을 정하는 한편 그 상장기한에 대하여 대통령령에 위임하는 내용의 조항이므로, 전부 개정된 구 조세감면규제법에서 특별히 경과규정을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보인다. 또한 그렇게 보지 않으면, 위와 같이 자산재평가를 실시한 후 상장을 하지 않은 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되고, 자산재평가를 실시하지 아니한 법인 또는 자산재평가 실시 후 상장기한 내에 상장을 한 법인에 비하여 합리적 이유 없이 우대를 받게 되므로 조세공평의 이념에도 반하며, 위 부칙조항에 기하여 과세하더라도 해당 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것도 아니다.
따라서 이 사건 부칙조항은 전문 개정된 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호)의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 할 것이며, 그러한 해석이 국회의 입법권을 침해한다거나 조세법률주의에 반하는 것이라고 보기도 어렵다.

(2) 2009헌바126 사건
청구인 □□ 주식회사의 위헌법률심판제청 신청취지는, 이 사건 부칙조항 자체가 위헌이라는 주장이 아니고 결국 그 법률의 해석·적용에 관한 문제를 거론하면서 청구인의 주장과 반대되는 대법원의 관련사건에서의 재판 결과를 다투면서 청구인 자신에게 패소판결이 선고되어서는 안 된다는 취지의 주장을 하는 것에 불과하므로, 법원의 위헌법률심판제청의 대상이 될 수 없어 부적법하다.

3. 적법요건에 대한 판단
가. 재판의 전제성
헌법재판소법 제68조 제2항의 규정에 의한 헌법소원에 있어서는 법률이 헌법에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 되어야 하고, 이 경우 재판의 전제가 된다고 하려면, 우선 그 법률이 당해 소송사건에 적용될 법률이어야 하고 그 위헌 여부에 따라 재판의 주문이 달라지거나 재판의 내용과 효력에 관한 법률적 의미가 달라지는 경우라야 한다(헌재 1992. 12. 24. 92헌가8, 판례집 4, 853, 864; 헌재 1995. 7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48, 58; 헌재 2006. 2. 23. 2004헌바80, 판례집 18-1상, 208, 218 등).
이 사건 각 과세관청은 이 사건 부칙조항에 근거하여 청구인들에 대하여 이 사건 각 부과처분을 하였고 당해 사건을 담당한 법원은 이 사건 부칙조항을 적용하여 청구인들에 대한 이 사건 각 부과처분이 적법하다는 이유로 청구인들의 항소를 기각하였으므로, 위 규정의 위헌 여부에 따라 당해 사건 재판의 주문이 달라지는 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 부칙조항 제1항, 제2항은 모두 재판의 전제성이 인정된다.

나. 한정위헌청구의 적법성
헌법재판소법 제68조 제2항이 ‘법률의 위헌여부심판의 제청신청이 기각된 때에는’이라고 규정하여 심판의 대상을 ‘법률’에 한정하고 있으므로, 일반적으로 법률조항 자체의 위헌판단을 구하는 것이 아니라 법률조항을 ‘……하는 것으로 해석하는 한 위헌’이라는 판단을 구하는 청구라고 하더라도, 청구인의 주장이 단순히 법률조항의 해석을 다투는 것만이 아니라, 이에서 더 나아가 법률조항 자체의 위헌성을 다투는 것으로 이해되는 경우에는 헌법재판소법 제68조 제2항의 적법한 청구로 받아들일 수 있는 것이다(헌재 1997. 2. 20. 95헌바27, 판례집 9-1, 156, 161-162; 헌재 2011. 2. 24. 2009헌바33, 판례집 23-1상, 88, 97 참조).
이 사건 헌법소원심판에서 청구인들이 다투는 취지는, 청구인들의 이 사건 사실관계가 이 사건 부칙조항이 규정하고 있는 부과처분의 요건이나 내용에 해당하지 않음에도 당해 사건 법원이 그에 해당하는 것으로 잘못 해석·적용하였다는 것이 아니라, 조세감면특별법이 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정(이하 ‘이 사건 전부개정법’이라 한다)되면서 이 사건 부칙조항과 같은 내용을 전혀 반영하지 않음으로써 전부개정법률의 일반적 효력에 의하여 이 사건 부칙조항은 실효된 것으로 보아야 함에도 당해 사건 법원이 이 사건 부칙조항을 ‘유효한’ 법률조항이라고 잘못 판단하고 이 사건 부칙조항이 유효함을 전제로 이를 해석?적용한 것이 헌법상 국회의 입법권을 침해하고 조세법률주의에 반한다는 것이다.
살피건대, 이 사건 부칙조항은 과세요건을 정하고 있어 납세자에 대한 과세의 근거로 작용하고 있는 조항이므로 이 사건 부과처분 당시에는 유효하게 존속하는 과세요건 규정이어야 함이 조세법률주의의 원칙상 당연하다. 유효하게 존속하는 과세요건 규정이 납세자의 권리를 제한함으로써 헌법이 정하는 조세법률주의 위반과 관련된 문제가 될 수 있는 것처럼, 과세요건 규정이 실효되었음에도 불구하고 실효된 그 규정을 마치 유효한 것으로 해석·적용하는 것 또한 조세법률주의 위반과 직결되는 문제라 할 것이다.
그러므로 "구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것)의 시행에도 불구하고 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 한 위헌"이라는 취지의 청구인들의 이 사건 헌법소원심판청구는, 이 사건 각 부과처분에 있어서 ‘법원이 한 부과처분의 근거법률에 대한 해석·적용’에 관한 다툼이 아니라, 청구인들이 이미 실효되었다고 주장하는 이 사건 부칙조항을 법원이 실효되지 않고 유효하게 존속하는 조항이라고 해석하여 이 사건에 적용한 것을 문제삼고 있는 것이므로, 결국 이 사건 심판청구는 ‘이 사건 부칙조항 그 자체의 위헌성’에 관한 다툼으로 보아야 할 것이어서 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 청구로서 적법하다 할 것이다.

4. 본안에 관한 판단
가. 이 사건의 쟁점
따라서 이 사건의 쟁점은, 이 사건 부칙조항과 관련하여 아무런 규율을 하고 있지 아니한 이 사건 전부개정법의 시행에도 불구하고 이 사건 부칙조항이 여전히 효력을 갖고 있다고 보아야 할 것인지, 만약 그렇게 볼 수 없다면 이 사건 부칙조항이 이미 실효되었음에도 이를 유효하게 존속하는 것으로 해석하는 것이 법률해석의 한계를 넘어서 헌법상의 권력분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 반하는 위헌적인 법률해석인지 여부이다.

나. 조세법률주의와 법률의 전부 개정의 효력
(1) 조세법률주의는 조세평등주의와 함께 조세법의 기본원칙으로서, 법률의 근거 없이는 국가는 조세를 부과·징수할 수 없고 국민은 조세의 납부를 요구당하지 않는다는 원칙이다. 이러한 조세법률주의는 조세는 국민의 재산권을 침해하는 것이 되므로, 납세의무를 성립시키는 납세의무자, 과세물건, 과세표준, 과세기간, 세율 등의 과세요건과 조세의 부과?징수절차는 모두 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 이를 규정하여야 한다는 과세요건법정주의와 아울러 과세요건을 법률로 규정하였다고 하더라도 그 규정내용이 지나치게 추상적이고 불명확하면 과세관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 그 규정내용이 명확하고 일의적이어야 한다는 과세요건명확주의를 그 핵심적 내용으로 하고 있다. 결국 과세요건법정주의와 과세요건명확주의를 핵심내용으로 하는 조세법률주의의 이념은 과세요건을 법률로 명확하게 규정함으로써 국민의 재산권을 보장함과 동시에 국민의 경제생활에 법적 안정성과 예측가능성을 보장함에 있다(헌재 1992. 12. 24. 90헌바21, 판례집 4, 890, 899-900; 헌재 1998. 3. 26. 96헌바57, 판례집 10-1, 255 등 참조).

(2) 한편, 기존 법률의 일부를 추가·수정·삭제하는 방식으로 법률이 일부 개정된 경우에는 개정법률이 시행됨과 동시에 그 개정내용이 기존법령의 내용에 흡수되므로, 개정법률에 종전 법률의 본칙이나 부칙에 규정되어 있던 개별 내용을 다시 반영하지 않더라도 종전 법률의 내용이 일부 개정으로 인하여 실효되지 않는다.
그러나 법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다. 이 경우 종전의 법률 부칙의 경과규정이 실효되지 않는다고 볼 ‘특별한 사정’이 구체적으로 어떠한 경우를 의미하는지에 관해서 대법원은, 종전의 법률규정에 대한 경과규정을 두거나 종전의 규정을 계속 적용한다는 등의 특별한 명시적 규정을 둔 경우 정도로만 해석해 왔으나(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결; 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 참조), 증권거래소에 상장할 것을 전제로 이 사건 부칙조항에 기한 자산재평가를 실시하였지만 구 조세감면규제법 또는 조세특례제한법 시행령상의 주식상장기한인 2003. 12. 31.이 지나도록 주식을 상장하지 않은 법인 및 위 기한 이전에 자산재평가를 취소한 법인에 대하여 과세관청이 이 사건 부칙조항에 근거하여 부과한 과세처분의 취소를 구하는 소송에서, 아래{4. 다. (1)} 에서 보는 바와 같은 사유로도 ‘특별한 사정’을 인정할 수 있다고 해석하였다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결; 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두17550 판결 참조).

다. 이 사건 부칙조항이 실효되지 않은 것으로 해석하는 것의 위헌 여부
(1) 이 사건 부칙조항의 실효 여부에 관한 법원의 판단
대법원은 위 2006두19419 판결, 2006두17550 판결에서 이 사건 부칙조항의 실효 여부와 관련하여 다음과 같이 판단하였다.
"개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론, 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만, 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 할 것인바(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조), 여기에서 말하는 ‘특별한 사정’이라 함은 전문 개정된 법률에서 종전의 법률 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라, 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 특별한 사정이 있는 경우도 포함된다고 할 것이고, 이 경우 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다.
그런데, 이 사건 부칙조항은 자산재평가 특례제도 규정인 종전의 조세감면규제법 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 의하여 이미 자산재평가를 실시한 법인만을 사후적으로 규율하기 위하여 당해 법인의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편, 그 상장기한에 대하여만 대통령령에 구체적으로 위임하였으므로, 이 사건 전문개정법에서 이 사건 부칙조항을 계속하여 적용한다는 내용의 경과규정 등을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아 이 사건 전문개정법은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보이는 점, 이 사건 전문개정법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙조항의 효력이 1994. 1. 1.자로 상실되는 것으로 본다면 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시한 법인에 대하여는 사후관리가 불가능하게 되는 법률상 공백상태에 이르게 되는 점, 이에 따라 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인에 대하여는 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에도 불구하고, 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하거나(이 사건 부칙조항 제1항의 실효) 재평가를 취소한 법인에 대하여는 재평가된 자산가액을 기초로 계상한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못한다면(이 사건 부칙조항 제2항의 실효), 이는 종전의 제56조의2에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고·납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적인 이유 없이 우대하는 결과가 되어 조세공평주의 이념에 반하게 되는 점, 반면에 종전의 제56조의2에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 사건 부칙조항을 적용하여 과세를 하더라도 이를 두고 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해친다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부칙조항은 이 사건 전문개정법의 시행에도 불구하고, 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 보아야 할 것이다."

(2) 이 사건의 쟁점에 관한 판단
(가) 대법원이 이 사건 전문개정법의 시행에도 불구하고 이 사건 부칙조항이 실효되지 않았다고 볼 특별한 사정이 있다고 본 주된 근거는 다음과 같다.
첫째, 이 사건 부칙조항은 자산재평가 특례제도에 기하여 이미 자산재평가를 실시한 법인에 대하여 그 상장기한에 대하여만 대통령령에 구체적으로 위임하는 규정이므로, 이 사건 전문개정법에서 이 사건 부칙조항을 계속하여 적용한다는 내용의 별도의 경과규정 등을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다는 것이 이 사건 전문개정법 입법자의 의사라는 것이다(입법자의 의사 추정).
둘째, 이 사건 전문개정법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙조항의 효력이 1994. 1. 1.자로 상실되는 것으로 본다면 이미 자산재평가를 실시한 법인에 대하여 사후관리가 불가능하게 되는 법률상 공백상태에 이르게 되고, 상장기한 내에 상장을 하지 않거나 재평가를 취소한 법인을 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고·납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적인 이유 없이 우대하는 결과가 되어 공평에 반하며, 이 사건 부칙조항을 적용하여 과세를 하더라도 해당 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것은 아니라는 것이다(법률의 공백 방지 및 형평상 이유).

(나) 일반적으로 법률문언의 의미와 내용을 분명히 하는 법률해석에 있어, 법률조항의 문구의 의미가 명확하지 않거나 특정한 상황에 들어맞는 규율을 하고 있는 것인지 애매할 경우에는, 입법목적이나 입법자의 의도를 합리적으로 추정하여 문언의 의미를 보충하여 확정하는 체계적, 합목적적 해석을 하거나, 유사한 사례에 관하여 명확한 법률효과를 부여하고 있는 법률조항으로부터 유추해석을 하여 법의 흠결을 보충하거나, 심지어 법률의 문언 그대로 구체적 사건에 적용할 경우 터무니없는 결론에 도달하게 되고 입법자가 그런 결과를 의도하였을 리가 없다고 합리적으로 판단되는 경우에는 문언을 약간 수정하여 해석하는 경우도 있을 수 있다. 또한 어떤 법률조항에 대한 여러 갈래의 해석이 가능한 경우, 특히 법률조항에 대한 해석이 한편에서는 합헌이라는 해석이, 다른 편에서는 위헌이라는 해석이 다 같이 가능하다면, 원칙적으로 헌법에 합치되는 해석을 선택하여야 한다는 ‘헌법합치적 법률해석’의 원칙도 존중되어야 하는 것은 당연할 것이다.
그러나 법률해석의 이러한 여러 방법들은 대상 법률규정의 규율영역에 따라 때로는 아예 허용되지 않거나 때로는 엄격하게 제한되는 경우가 있다. 특히 형벌조항의 경우 헌법상 규정된 죄형법정주의(헌법 제12조 제1항, 제13조 제1항)에 의해 입법목적이나 입법자의 의도를 감안한 유추해석이 일체 금지되고 법률조항의 문언의 의미를 엄격하게 해석할 것이 요구된다. 또한 국민의 재산권과 밀접한 관련을 갖고 있는 조세법의 해석에 있어서도 조세법률주의의 원칙상(헌법 제59조) 과세요건, 절차, 결과 등 모든 면에서 엄격하게 법문언대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 수는 없다. 그러므로 형벌조항이나 조세관련 법규를 해석함에 있어서, ‘유효한’ 법률조항의 불명확한 의미를 논리적·체계적 해석을 통해 합리적으로 보충하는 데에서 더 나아가, 해석을 통하여 전혀 새로운 법률상의 근거를 만들어 내거나, 기존에는 존재하였으나 실효되어 더 이상 존재한다고 볼 수 없는 법률조항을 여전히 ‘유효한’ 것으로 해석한다면, 이는 법률해석의 한계를 벗어나는 것으로서, ‘법률의 부존재’로 말미암아 형벌의 부과나 과세의 근거가 될 수 없는 것을 법률해석을 통하여 이를 창설해 내는 일종의 ‘입법행위’에 해당하므로 헌법상의 권력분립원칙에 반할 뿐만 아니라 죄형법정주의, 조세법률주의의 원칙에도 반하는 것이다. 또한 헌법정신에 맞도록 법률의 내용을 해석?보충하거나 정정하는 ‘헌법합치적 법률해석’ 역시 ‘유효한’ 법률조항의 의미나 문구를 대상으로 하는 것이지, 이를 넘어 이미 실효된 법률조항을 대상으로 하여 헌법합치적인 법률해석을 할 수는 없는 것이어서, 유효하지 않은 법률조항을 유효한 것으로 해석하는 결과에 이르는 것은 ‘헌법합치적 법률해석’을 이유로도 정당화될 수 없다 할 것이다.

(다) 이 사건 부칙조항의 경우도 법인세의 과세요건을 설정하는 근거조항이므로 조세법률주의의 원칙상 법률조항의 문구에 충실하도록 엄격한 해석이 요구될 뿐만 아니라 법률해석의 결과 새로운 과세근거를 창설하는 결과에 이르는 것은 허용되지 않는다. 그런데 위 법원의 해석은, 이 사건 부칙조항이 과세의 근거조항으로서 이 사건 전문개정법에 반영되지 않은 채 위 전문개정법이 시행됨으로써 원칙적으로 실효되어 더 이상 존재하지 않게 되었음에도 불구하고, ‘입법자의 의사 추정’, ‘법률의 공백 방지 및 형평상 이유’를 근거로 명문상 존재하지 않는 과세근거조항을 여전히 존재하는 것으로 해석하고 있으므로, 이는 과세근거를 새로이 창설하는 결과에 이르는 ‘입법행위’일 뿐만 아니라 헌법상의 조세법률주의의 원칙에도 위배되는 것이라 보지 않을 수 없다.
뿐만 아니라 위와 같은 해석에 이르게 된 근거가 타당한지도 심히 의문이다.
우선, 이 사건 전문개정법이 이 사건 부칙조항을 계속 적용한다는 경과규정을 명시하지 않은 이유를 그러한 경과규정이 없더라도 관련 문제를 충분히 규율할 수 있다고 입법자가 판단하였기 때문이라고 ‘입법자의 의사를 추정’하였으나, 그와 같은 입법자의 의사를 확인하거나 추정할 만한 입법자료는 전혀 없다.
다만 이 사건 전문개정법이 시행된 1994. 1. 1. 이후 제정된 구 조세감면규제법(조세특례제한법) 시행령 등이 "법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조(이 사건 부칙조항이다) 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 기간’이라 함은"이라고 이 사건 전문개정법 이전에 유효하게 존재하던 이 사건 부칙조항을 위임의 근거로 명시하여 주식상장기한을 2003. 12. 31.까지로 연장하여 왔다는 사정을 ‘입법자의 의사 추정’의 근거로 삼은 것으로 보이나, 법률과 대통령령 상호간의 규범적 위계체계를 감안할 때 대통령령의 근거법률이 실효되었다면 대통령령 역시 위임사항을 유효하게 규정할 수 없는 것이므로, 법률적 근거 없는 대통령령이 여러 차례 개정되어 왔다는 사정이 거꾸로 근거법률이 실효되지 않았다는 입법자의 의사를 추정하는 근거로 이용될 수는 없다는 점에서 위 추정은 타당하지 않다.
한편 조세특례제한법 중 개정법률(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것)에서 "법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항 중 ‘한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에’를 ‘주식을 한국증권거래소에 상장하지 아니하거나 한국증권업협회에 등록하지 아니하는 경우에’로 한다"라고 규정한 것(기획재정부장관 제출의 의견서 첨부 관보 제19면 참조) 역시 이 사건 부칙조항이 실효되지 않을 것으로 의도하였다는 입법자의 의사를 추정하는 근거가 될 수 없다. 이 사건 부칙조항은 과세근거조항이자 주식상장기한을 대통령령에 위임하는 근거조항이므로 이 사건 전문개정법의 시행에도 불구하고 존속하려면 반드시 위 전문개정법에 그 적용이나 시행의 유예에 관한 명문의 근거가 있었어야 할 것이나, 입법자의 실수 기타의 이유로 이 사건 부칙조항이 이 사건 전문개정법에 반영되지 못한 이상 위 전문개정법 시행 이후에는 더 이상 이 사건 부칙조항은 유효하지 않게 된 것이므로, 위 2002. 12. 11. 개정법률에서 이 사건 부칙조항의 문구를 변경하는 입법을 하였다 하더라도, 이는 이미 실효된 이 사건 부칙조항을 변경대상으로 한 것으로서 아무런 의미가 없을 뿐만 아니라, 주식상장의 방법을 추가하였다는 사정만으로는 이 사건 부칙조항과 같은 내용의 과세근거조항을 재입법한 것으로 볼 수도 없기 때문이다.
결국 위와 같이 법원이 존재하지도 않는 입법자의 의사를 무리하게 추정한 이유는 두 번째 근거인 ‘법률의 공백 상태를 방지하고 과세형평상’ 구체적 타당성 있는 결과를 도출하기 위한 것으로 보인다. 법령의 수범자 입장에서도 시행령으로 정하는 주식상장기간이 13년간 연장되어 온 것을 인식할 수 있었던 이상 과세근거인 이 사건 부칙조항이 실효되지 않고 여전히 존재한다는 전제 하에 과세하더라도 해당 법인의 이익을 부당하게 침해하는 것으로 볼 수 없는 데다가, 이 사건 부칙조항이 실효되었다고 해석하면 종래 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 성실하게 법인세 등을 신고·납부한 법인이나 상장기간을 준수한 법인들과 비교하여 청구인들을 비롯한 해당 법인들이 부당한 이익을 얻게 되어 형평에 어긋나는 결과에 이를 것이라는 과세형평적 근거에서, 구체적 타당성 있는 결과를 얻기 위한 해석을 시도한 것이다.
그러나, 과세요건법정주의 및 과세요건명확주의를 포함하는 조세법률주의가 지배하는 조세법의 영역에서는 경과규정의 미비라는 명백한 입법의 공백을 방지하고 형평성의 왜곡을 시정하는 것은 원칙적으로 입법자의 권한이고 책임이지, 법률조항의 법문의 한계 안에서 법률을 해석·적용하여야 하는 법원이나 과세관청의 몫은 아니라 할 것이다. 뿐만 아니라, 구체적 타당성을 이유로 법률에 대한 유추해석 내지 보충적 해석을 해야 하는 경우에도 그것은 어디까지나 ‘유효한’ 법률조항을 대상으로 그 의미와 내용을 분명히 하기 위한 것이지, 이미 실효된 법률조항은 그러한 해석의 대상이 될 수 없음은 명백하다. 그러므로 관련 당사자가 공평에 반하는 이익을 얻을 가능성이 있다 하여 이미 실효된 법률조항을 유효한 것으로 의제하여 과세의 근거로 삼는 것은 과세근거의 창설을 국회가 제정하는 법률에 맡기고 있는 헌법상의 권력분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 근본적으로 반하는 것이다. 이는 입법자의 실수로 형사처벌근거조항이 사라졌음에도 과거의 법률조항에 의하여 처벌받은 사람들과의 형평성, 그래도 피고인은 비난받아야 한다는 구체적 타당성 등을 이유로 법원이 피고인을 형사처벌할 수 없는 것과 같은 이치이다.

(라) 따라서, 이 사건 전부개정법이 부칙에서 종전 법률의 규정 중 계속적인 적용이 필요한 다른 사항들에 대해서는 경과조치를 마련하여 두었으면서도 이 사건 부칙조항에 관하여는 이를 계속 적용한다는 등의 규정을 두지 않았고 이 사건 부칙조항을 대체할 만한 별도의 경과규정을 둔 바도 없으므로, 이 사건 부칙조항은 이 사건 전부개정법이 시행된 1994. 1. 1.자로 실효되었다고 보아야 할 것인바, 이와 달리, 이 사건 전부개정법의 시행에도 불구하고 이 사건 부칙조항과 관련된 규율을 하지 않음으로써 생긴 입법상의 흠결을 보완하기 위하여 ‘특별한 사정’을 근거로 이 사건 부칙조항이 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법상의 권력분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배된다고 할 것이다.

5. 결론
그렇다면 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것)의 시행에도 불구하고 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반되므로, 관여재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.