# 구 소득세법 제95조 제2항 위헌제청

## 판시사항

가. 부동산 과다소유 법인 등의 주식의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 있는 구 소득세법(2008. 3. 21. 법률 제8911호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’ 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 조세법률주의에 반하는지 여부(소극)
나. 이 사건 법률조항이 조세평등주의에 반하는지 여부(소극)
다. 이 사건 법률조항이 재산권 보호 규정에 반하는지 여부(소극)

## 결정요지

가. 이 사건 법률조항은 장기보유특별공제 대상 자산을 구 소득세법 제94조 제1항 제1호의 자산(토지, 건물)에 한정하고 있고, 이는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 자산(주식)을 포함하지 아니함이 분명하므로 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 자산(주식)의 일부인 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의8 자산도 장기보유특별공제 대상으로 되지 않는다. 그리고 이러한 내용을 괄호 안에 규정하여 명시하였다고 하여 이 사건 법률조항이 장기보유특별공제 대상으로 명시한 구 소득세법 제94조 제1항 제1호 소정의 자산 범위에 어떠한 변동을 가져오거나 그 내용이 불명확해졌다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 법률조항은 조세법률주의에 반하지 아니한다.
나. 양도소득세율과 장기보유특별공제는 그 입법취지가 서로 달라 각자의 입법취지에 따라 독자적인 정책적ㆍ기술적 판단을 요구하기 때문에 특정주식의 양도소득세율을 정함에 있어 부동산의 양도소득세율과 같게 정하였다고 하여 양도소득금액의 산정과 관련된 장기보유특별공제에 있어서도 똑같이 취급하여야 할 논리적 필연성이 있다고 보기는 어렵고. 특히 부동산의 건전한 투자 및 소유 행태를 유도하기 위한 장기보유특별공제 제도의 입법취지를 고려할 때, 부동산 과다보유 법인의 주주가 그 법인 보유의 부동산을 직접 소유한 것으로 의제하여 장기보유특별공제를 인정해야 할 당위성은 인정하기 어려우므로 이러한 모든 사정을 종합하면, 이사건 법률조항은 특정주식 양도자와 부동산 양도자를 자의적으로 차별취급하고 있다고 보기어려워 조세평등주의에 반하지 아니한다.
다. 구 소득세법 제104조 제1항 제1호가 부동산을 양도한 경우와 특정주식을 양도한 경우의 양도소득세율을 동일하게 규정한 것은 조세부담의 형평을 실현하고 법인을 도관으로 이용하여 부동산 양도소득세를 회피하는 것을 막기 위한 것이고, 이 사건 법률조항의 장기보유특별공제는 일정한 부동산의 장기보유를 유도하여 부동산 투기를 억제하고 국토의 효율적 이용을 촉진하기 위한 것이므로, 이 사건 법률조항이 특정주식의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제를 인정하지 아니하였다고 하여 입법재량권의 한계를 일탈하여 제청신청인들의 재산권을 침해하였다고 보기 어렵다.
재판관 목영준의 반대의견
부동산 투기를 방지하여 부동산에 대한 건전한 투자 내지 소유 형태를 유도하기 위하여 부동산과다보유 법인의 주식 양도소득에 대하여 부동산양도소득과 동일한 누진세율을 적용하도록 한 구소득세법 제104조 제1항 제1호와 제94조 제1항 제4호 다목 및 장기보유특별공제를 허용하는 구소득세법 제95조 제1, 2항의 각 입법취지를 고려하면, 부동산 과다보유 법인이 해당 부동산을 장기간 보유하고 또한 주주가 당해 법인의 주식을 장기보유한 경우 실질적으로 부동산을 장기보유한 경우와 동일 또는 유사하다고 평가함이 상당하다. 그럼에도 불구하고 부동산 과다보유 법인의 주식양도소득에 관하여, 부동산의 양도소득과 동일한 누진세율을 적용하면서도, 장기보유특별공제에 있어서는 부동산의 양도와 달리 장기보유에 따른 공제혜택을 부여하지 않는 것은, 합리적 이유를 찾을 수 없는 부당한 차별이라고 할 수밖에 없다.

## 심판대상조문

구 소득세법(2008. 3. 21. 법률 제8911호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’부분

## 참조조문

헌법 제11조 제1항, 제23조 제1항, 제3항, 제37조 제2항, 제59조
구 소득세법(2008. 3. 21. 법률 제8911호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항, 제95조 제2항, 제104조 제1항

## 참조판례

나. 헌재 1989. 7. 21. 89헌마38, 판례집 1, 131, 141-142
헌재 1992. 2. 25. 90헌가69등, 판례집 4, 114, 120-121
헌재 1996. 8. 29. 92헌바46, 판례집 8-2, 17, 24
헌재 1996. 8. 29. 95헌바41, 판례집 8-2, 107, 116-117
헌재 1999. 2. 25. 96헌바64, 판례집 11-1, 96, 108-109

## 전문

【당 사 자】
제청법원 부산지방법원
제청신청인 장○구 외 2인
대리인 법무법인 청해
담당변호사 임방조
당해사건 부산지방법원 2009구합2345 양도소득세경정거부처분

【주 문】
구 소득세법(2008. 3. 21. 법률 제8911호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’ 부분은 헌법에 위반되지 아니한다.

【이 유】
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 제청신청인들은 ○○개발 주식회사(이하 ‘○○개발’이라 한다)의 주주였던 자들이고, ○○개발은 자산총액 중 토지 및 건물의 합계액이 80/100 이상을 차지하는 법인으로서 ‘체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률’에 의한 골프장업을 영위하고 있다.

(2) ○○개발은 2001. 7. 7. 골프장 사업을 영위하기 위하여 □□개발 주식회사로부터 토지 및 건물(이하‘이 사건 부동산’이라 한다)을 현물출자받아 2001. 7. 13. 법인설립등기를 하고, 2001. 7. 19. 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기를 마쳤다.

(3) 이후 제청신청인들은 아래와 같이 ○○개발의 주식을 양도하였다.
┌─────┬────┬──────┬──────┬───────────┐
│제청신청인│주식 수 │취득일      │양도일      │양수인                │
├─────┼────┼──────┼──────┼───────────┤
│장○구    │267,245 │2001. 8. 10.│2008. 6. 5. │(주)○○씨 외 1인     │
├─────┼────┼──────┼──────┼───────────┤
│이○관    │267,245 │2001. 8. 10.│2008. 6. 5. │(주)○○에너지 외 2인 │
├─────┼────┼──────┼──────┼───────────┤
│조○래    │267,245 │2001. 8. 10.│2008. 6. 5. │이○윤 외 4인         │
└─────┴────┴──────┴──────┴───────────┘

(4) 구 소득세법(2008. 3. 21. 법률 제8911호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다)은 토지ㆍ건물 및 부동산에 관한 권리의 자산가액 합계액이 자산총액의 80% 이상인 법인의 주식을 양도한 경우에 그 양도차익을 양도소득세의 과세대상으로 하면서 토지ㆍ건물을 양도한 경우와 마찬가지로 제104조 제1항 제1호에 따라 누진세율을 적용하게 하면서 부동산 과다보유 법인의 부동산 보유기간이 장기간이라고 하더라도 장기보유특별공제를 인정하지 아니한다.
그래서 제청신청인들은 2008. 8. 31. 위 양도와 관련하여 양도소득세 과세표준(제청신청인 장○구, 조○래：각 4,140,799,030원, 이○관：4,140,548,226원)을 신고하면서 구 소득세법 제104조 제1항 제1호에 따른 세율(최고 양도소득세율 0.36)을 적용하여, 제청신청인 장○구, 조○래는 각 1,331,088,885원의, 제청신청인 이○관은 1,331,007,624원의 각 양도소득세를 신고ㆍ납부한 다음, 제청신청인 장○구, 이○관은 2008. 10. 31. 서부산세무서장에게, 제청신청인 조○래는 같은 날 금정세무서장에게 위 주식양도는 비상장주식의 양도에 해당하므로 양도소득세율 0.2를 적용하여야 하고, 구소득세법 제104조 제1항 제1호에 따른 세율을 적용하여야 한다면 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 내용의 경정청구를 하였으나, 제청신청인 장○구, 이○관은 2008. 12. 26. 서부산세무서장으로부터, 제청신청인 조○래는 2008. 10. 31. 금정세무서장으로부터 각위 경정청구의 거부처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라한다)을 받았다.

(5) 이에 제청신청인들은 2009. 4. 28. 서부산세무서장, 금정세무서장을 상대로 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 소송(부산지방법원 2009구합2345호)을 제기하였고, 위 소송계속중 인 2009. 7. 10. 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제1호에 대하여 위헌법률심판제청신청을 하였으며, 당해 법원은 2009. 11. 6. 그 중 구 소득세법 제95조 제2항에 대한 신청을 받아들여 이 사건 위헌법률심판제청을 하였다.

나. 심판의 대상
제청법원은 구 소득세법 제95조 제2항 전체에 대하여 위헌법률심판을 제청하였으나, 그 중 단서는 당해사건과는 관련이 없으며, 제청법원이 위헌성을 의심하는 부분은 구 소득세법 제95조 제2항 본문 중에서 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(토지 및 건물)에 한정하여 장기보유특별공제를 허용하는 부분이다. 따라서 이 사건 심판대상은 이 사건 각 처분에 적용된 구 소득세법(2008. 3. 21. 법률 제8911호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’ 부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 헌법에 위반되는지 여부이며, 그 내용 및 관련조항의 내용은 다음과 같다.
[심판대상조항]
구 소득세법(2008. 3. 21. 법률 제8911호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)
제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
표 1
┌─────────┬─────┐
│보유기간          │공제율    │
├─────────┼─────┤
│3년 이상 4년 미만 │100분의 10│
├─────────┼─────┤
│4년 이상 5년 미만 │100분의 12│
├─────────┼─────┤
│5년 이상 6년 미만 │100분의 15│
├─────────┼─────┤
│6년 이상 7년 미만 │100분의 18│
├─────────┼─────┤
│7년 이상 8년 미만 │100분의 21│
├─────────┼─────┤
│8년 이상 9년 미만 │100분의 24│
├─────────┼─────┤
│9년 이상 10년 미만│100분의 27│
├─────────┼─────┤
│10년 이상         │100분의 30│
└─────────┴─────┘
표 2 생략
[관련조항]
[별지] 기재와 같다.

2. 법원의 위헌제청 이유 및 제청신청인들의 의견
가. 법원의 위헌제청이유 요지
구 소득세법 제104조 제1항 제1호가 부동산을 과다보유한 법인의 주식을 양도한 경우에 양도소득세를 부과하면서 부동산을 양도한 경우와 마찬가지로 누진세율을 적용하면서, 이 사건 법률조항은 일정한 부동산을 양도한 경우에만 장기보유특별공제를 인정하고 부동산 과다보유 법인이 부동산을 장기간 보유한 경우에도 장기보유특별공제를 인정하지 아니하는바, 이러한 차별취급은 자의적이라고 볼 소지가 있다.

나. 제청신청인들의 의견요지
구 소득세법 제95조 제2항은 일정한 토지와 건물을 장기보유특별공제 대상으로 규정하면서도, 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산을 장기보유특별공제 대상에서 제외하고 있는바, “제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산”은 문언적으로 도저히 제94조 제1항 제1호에 따른 자산인 토지와 건물에 포함될수 없는 것이다. 따라서 이 사건 법률조항은 과세요건법정주의와 과세요건명확주의를 내용으로 하는 조세법률주의에 반한다.

3. 판 단
가. 장기보유특별공제 제도 개관
(1) 의의
장기보유특별공제는 과세대상인 양도소득금액을 산출하기 위하여 자산의 양도차익에서 일정액을 공제하는 제도이다. 양도소득금액은 양도차익(양도가액 - 필요경비)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하고(구 소득세법 제95조 제1항), 양도소득과세표준은 양도소득금액에서 양도소득기본공제를 한 금액으로 한다(구 소득세법 제92조 제2항).

(2) 입법 연혁
1974. 12. 24. 법률 제2705호로 개정된 구 소득세법에 의하여 토지 및 건물 등에 대한 양도소득세가 도입되었고, 1978. 12. 5. 법률 제3098호로 개정된 구 소득세법에 의하여 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목과 유사한 기타자산에 대한 양도소득세가 도입되었으며(제23조 제1항 제3호), 한편, 토지 및 건물 등에 대한 양도소득세 신설 당시부터 취득가액에 대통령령에 정하는 율과 그 취득일로부터 양도일까지의 기간을 곱한 금액을 공제하는 양도소득특별공제 제도가 도입되었고(위 1974. 12. 24. 개정된 구 소득세법 제23조 제2항), 이에 더하여 1988. 12. 26. 법률 제4019호로 개정된 구 소득세법에 의하여 장기보유특별공제 제도가 도입되었으며, 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정된 구소득세법에 의하여 위 양도소득특별공제 제도가 폐지되었다.
한편, 장기보유특별공제 대상에 관하여 보면, 장기보유특별공제 제도 신설 당시에는 보유기간이 5년 이상인 토지 및 건물에 한정하고 그 중에서도 대통령령이 정하는 토지를 제외하는 것으로 규정하였다가, 그 후 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 구 소득세법은 제104조 제1항 제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 장기보유특별공제 대상에서 제외하였다.

(3) 기능
장기보유특별공제 조항은 부동산의 장기보유를 유도하여 부동산 투기를 억제하고 국토의 효율적 이용을 촉진하기 위하여 장기보유 부동산에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 특별히 일정한 금액을 공제하여 주는 조항이다(헌재 1999. 7. 22. 96헌바80 등, 판례집 11-2, 90, 107 참조). 그 외에도 장기보유특별공제 제도는 양도소득이 일반적으로 장기간에 걸쳐 형성되면서 화폐가치 하락이나 물가상승으로 인한 명목소득을 배제하는 기능을 한다.

나. 조세법률주의 위반 여부
(1) 문제의 제기
(가) 장기보유특별공제 대상은 토지 및 건물로서 보유기간이 3년 이상인 것에 한한다(구 소득세법 제95조 제2항, 제94조 제1항 제1호). 다만, 토지 및 건물 중에서도 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택, 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 구 소득세법 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택, 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택, 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 구소득세법 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택, 구 소득세법 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지, 구 소득세법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산에 대하여는 장기보유특별공제가 허용되지 아니한다(구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제2호의3 내지 제2호의7, 제104조 제3항).

(나) 입법 연혁에서 살펴본 바와 같이, 장기보유특별 공제는 토지 및 건물을 대상으로 하여 왔고 그 중에서도 미등기양도자산 등에 대하여 이를 배제하여 왔으며, 소득세법에서 토지 및 건물 이외의 권리에 대하여 장기보유특별공제를 인정한 적이 없다. 그런데 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 구 소득세법 제95조 제2항에서 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산(토지 및 건물)을 장기보유특별공제대상으로 하면서도, 그 괄호 안에서 토지 및 건물이 아닌 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의8에 규정된 자산(구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목이 정하고 있는 자산 중 비사업용 부동산이 50% 이상을 차지하는 법인의 주식 등)에 대하여 장기 보유특별공제를 제외한다고 규정하였다.

(다) 위와 같은 규정 방식과 관련하여 제청신청인들은 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의8에 해당되지 않는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 자산에 대하여는 장기보유특별공제를 인정할 여지가 있으며, 이 사건 법률조항과 괄호 안의 제104조 제1항 제2호의8 부분을 불명확하게 규정하여 조세법률주의에 반한다고 주장하고 있으므로, 우선 이에 관하여 간단하게 살펴보기로 한다.

(2) 판단
이 사건 법률조항은 장기보유특별공제 대상 자산을 구 소득세법 제94조 제1항 제1호의 자산(토지, 건물)에 한정하고 있고, 이는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 자산(주식)을 포함하지 아니함이 분명하다. 따라서 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 자산(주식)의 일부인 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의8 자산도 장기보유특별공제 대상으로 되지 않는다. 이러한 내용을 괄호 안에 규정하여 명시하였다고 하여 이 사건 법률조항이 장기보유특별공제 대상으로 명시한 구소득세법 제94조 제1항 제1호 소정의 자산 범위에 어떠한 변동을 가져오거나 그 내용이 불명확해졌다고 보기는 어렵다.
따라서 이 사건 법률조항이 과세요건명확주의에 반한다고 할 수 없다.

다. 조세평등주의 위반 여부
(1) 조세평등주의와 조세입법 형성권
조세평등주의는 헌법 제11조 제1항의 평등원칙에 따라 조세법의 입법과정이나 집행과정에서 같은 것은 같게 취급하고 다른것은 다르게 취급함으로써 조세정의를 실현하려는 원칙이다(헌재 1989. 7. 21. 89헌마38, 판례집 1, 131, 141-142).
그런데 오늘날 세원(稅源)이 극히 다양하고, 납세의무자인 국민의 담세능력에도 차이가 많을 뿐만 아니라, 조세도 국가재원의 확보라는 고전적 목적 이외에 다양한 정책적 목적으로 부과되고 있기 때문에 조세법의 영역에서는 입법자에게 광범위한 형성권이 부여되어 있다(헌재 1996. 8. 29. 92헌바46, 판례집 8-2, 17, 24 참조). 따라서 주식 양도소득에 대한 소득세의 입법과 관련하여서도 입법자는 모든 과세대상을 동일하게 취급할 것인가 아니면 특정의 대상에 대하여는 이와 구별하여 중과세할 것인가, 중과세할 경우 그 대상을 무엇으로 한정할 것이며 그 세율은 어느 정도로 할것인가, 부동산 양도소득에 대하여 인정되는 장기보유특별공제를 인정할 것인가 등에 관하여 광범위한 입법 형성의 자유를 갖는다고 할 수 있다(헌재 1999. 2. 25. 96헌바64, 판례집 11-1, 96, 108-109 참조). 다만 이러한 결정을 함에 있어서도 입법자는 재정정책적, 국민경제적, 사회정책적, 조세기술적 제반 요소들에 대한 교량을 통하여 그 조세관계에 맞는 합리적인 조치를 하여야만 평등의 원칙에 부합할 수 있으며, 그러한 결정이 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 위헌이 된다고 할 것이다(헌재 1996. 8. 29. 95헌바41, 판례집 8-2, 107, 116-117).

(2) 차별취급의 자의성 여부
(가) 제청법원 및 제청신청인들이 주장하는 이 사건법률조항의 위헌성의 핵심은, 제청신청인들이 부동산과다보유 골프장업을 영위하는 법인의 주식을 양도하여 구 소득세법 제104조 제1항 제1호에 따라 일반적인 비상장주식의 양도세율이 아니라 부동산 양도와 마찬가지로 누진세율을 적용받은 이상, 장기보유특별공제에 관하여 부동산 양도의 경우와 달리 장기보유특별공제를 허용하지 않는 것은 불합리하고 자의적인 차별이라는 것이다. 결국 장기보유특별공제 측면에서, 구 소득세법 제104조 제1항 제1호의 적용을 받는 같은 법 제94조 제1항 제4호 다목 소정의 자산(이하 ‘특정주식’이라 한다) 양도자와 장기보유특별공제가 인정되는 토지ㆍ건물 양도자를 차별하는 것이 합리적인 이유가 있는지 여부가 쟁점이다. 이에 관하여 살펴본다.
첫째, 양도소득세율 면에서 부동산과 동일하게 취급되면서도 장기보유특별공제는 받지 못하는 자산으로 부동산 취득권, 지상권, 전세권, 등기된 부동산임차권(구 소득세법 제94조 제1항 제2호), 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권(같은 항 제4호 가목), 특정시설물이용권(예컨대 골프장회원권, 같은 항 제4호 나목)등이 있는데, 이러한 자산에 대하여도 장기보유특별공제는 인정되지 아니한다. 결국 부동산이 아니면서 양도소득세율 면에서 부동산과 동일하게 취급되는 자산중에서 어떤 것을 장기보유특별공제의 대상으로 할 것인지에 대해서는 장기보유특별공제의 입법취지에 따른 입법자의 정책적ㆍ기술적 판단을 존중할 수밖에 없다.

둘째, 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에서 특정주식을 일반 주식과 구분하고, 구 소득세법 제104조 제1항 제1호가 특정주식 양도소득에 대하여 부동산 양도소득과 같이 취급하여 초과누진세율을 적용하도록한 것은, ‘주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산’에 대하여 부동산 또는 부동산에 대한 권리에 준하여 양도소득세를 과세함으로써 조세부담의 형평을 실현하기 위한 것이다. 그렇게 함으로써 법인을 도관으로 이용하여 부동산 양도소득에 대한 조세를 회피하는 행위를 방지하려는 것이다.
그런데 특정주식의 양도소득세율을 정함에 있어 부동산의 양도소득세율과 같게 정하였다고 하여 양도소득금액의 산정과 관련된 장기보유특별공제에 있어서도 똑같이 취급하여야 할 논리적 필연성이 있다고 보기는 어렵다. 왜냐하면 양도소득세율과 장기보유특별공제는 그 입법취지가 서로 달라 각자의 입법취지에 따라 독자적인 정책적ㆍ기술적 판단을 요구하기 때문이다. 특히 부동산의 건전한 투자 및 소유 행태를 유도하기 위한 장기보유특별공제 제도의 입법취지를 고려할 때, 부동산 과다보유 법인의 주주가 그 법인 보유의 부동산을 직접 소유한 것으로 의제하여 장기보유특별공제를 인정해야 할 당위성은 인정하기 어렵다.

셋째, 주식과 부동산은 그 종류가 다른 자산으로서 엄연히 다른 법적 규율을 받게 된다. 이 사건에서도 제청신청인들은 ○○개발이라는 법인의 주식을 소유하는 방식을 택함으로써 이 사건 부동산을 직접 소유하는 경우와는 다른 법인세법, 소득세법상의 규율을 받게 된다. 따라서 부동산 양도소득과 부동산 과다보유 법인의 주식양도소득에 대하여 동일한 양도소득세율이 적용된다고 하여 장기보유특별공제 측면에서도 양자를 동일하게 규율해야 한다고 보기는 어렵다.

(나) 이러한 모든 사정을 종합하면, 특정주식의 양도에 대하여 부동산 양도와 동일한 양도소득세율을 적용하면서 장기보유특별공제를 인정하지 아니한 이 사건 법률조항이 특정주식 양도자와 부동산 양도자를 자의적으로 차별취급하고 있다고 보기 어렵다.

라. 재산권 침해 여부
구 소득세법 제104조 제1항 제1호가 부동산을 양도한 경우와 특정주식을 양도한 경우의 양도소득세율을 동일하게 규정한 것은 조세부담의 형평을 실현하고 법인을 도관으로 이용하여 부동산 양도소득세를 회피하는 것을 막기 위한 것이고, 이 사건 법률조항의 장기보유특별공제는 일정한 부동산의 장기보유를 유도하여 부동산 투기를 억제하고 국토의 효율적 이용을 촉진하기 위한 것이므로, 이 사건 법률조항이 특정주식의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제를 인정하지 아니하였다고 하여 입법재량권의 한계를 일탈하여 제청신청인들의 재산권을 침해하였다고 보기 어렵다.

4. 결 론
따라서 이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 아니한다고 결정한다. 이 결정에는 재판관 목영준을 제외한 나머지 관여 재판관 전원의 의견이 일치되었다.

5. 재판관 목영준의 반대의견
나는 다수의견과 달리, 이 사건 법률조항이 ‘부동산 과다보유 법인의 주식을 양도한 자’를 ‘부동산을 양도한 자’에 비하여 불합리하게 차별함으로써 헌법상 평등원칙에 위반된다고 판단하므로 다음과 같이 견해를 밝힌다.
가. 차별의 발생
(1) 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득에 대한 누진세율의 적용
구 소득세법 제104조 제1항 제1호, 제94조 제1항 제4호 다목, 같은 법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 의하면, ‘법인의 자산총액 중 토지, 건물 및 기타 부동산에 대한 권리(제94조 제1항 제1, 2호)의 자산가액 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인’(이하 ‘부동산 과다보유 법인’이라 한다)의 주식 양도소득에 대하여는, 일반적인 주식의 양도소득에 대하여 단일세율이 적용되는 것과 달리, 제104조 제1항 제1호에 따라 부동산 양도소득에 준하여 고율의 누진세율을 적용하고 있다.
부동산 양도소득에 대하여 누진세율을 적용하는 목적은 부동산 투기를 방지하여 부동산에 대한 건전한 투자 내지 소유 형태를 유도하고자 하기 위함인데, 이러한 누진세율의 적용을 회피하기 위하여 법인이 부동산을 과다취득한 후 그 주식의 양도에 의하여 실질적으로 부동산의 양도와 동일한 효과를 얻을 가능성이 있으므로, 부동산 과다보유 법인의 주식의 양도에 대하여 예외적으로 누진세율을 적용함으로써, 위와 같은 입법목적을 실효성 있게 달성하려고 하는 것이다.

(2) 장기보유특별공제
부동산의 장기보유는, 부동산 투기를 방지하여 부동산에 대한 건전한 투자 내지 소유 형태를 유도하고자 하는 위와 같은 입법목적에 부합하는 소유 형태이다. 또한 부동산을 장기간 보유하는 동안 물가상승 등으로 부동산 구입 당시를 고려한 실질가액과 양도시의 명목가액 간에 상당한 편차가 발생한다. 그리하여 부동산 양도차익에 대하여 보유기간에 상관없이 일률적으로 과세표준을 설정하여 세액을 산출하게 되면, 실질과세 원칙에 반할 뿐 아니라 부동산의 장기보유를 유도하려는 위 입법목적과도 상치되는 결과를 초래하게 된다. 그러므로 구 소득세법 제95조 제1항 및 제2항은, 부동산의 보유기간이 3년 이상인 경우 양도소득세의 과세표준이 되는 양도가액에서 ‘보유기간에 따라 높아지는 공제율을 곱하여 계산한 금액’(이하 ‘장기보유특별공제액’이라 한다)을 공제하도록 함으로써, 부동산의 단기투기를 억제하고 양도소득에 대한 실질과세원칙을 실현하고 있다.

(3) 이 사건 법률조항에 의한 차별
이 사건 법률조항은 위와 같은 취지에서 ‘보유기간이 3년 이상인 부동산의 양도소득’에 대하여 장기보유특별공제를 하고 있지만, ‘부동산 과다보유 법인의 주식의 양도소득’에 대하여는 해당 법인이 부동산을 장기간 보유하였더라도 그 양도소득에 대하여 장기보유 특별공제를 허용하고 있지 않다. 그 결과, 동일한 양도소득세율을 적용받는 ‘부동산의 양도’와 ‘부동산 과다보유 법인의 주식의 양도’ 사이에 장기보유특별공제 여부로 인한 차별이 발생하게 된다.

나. 차별의 합리성 여부
부동산 투기를 방지하여 부동산에 대한 건전한 투자내지 소유 형태를 유도하기 위하여 부동산 과다보유법인의 주식 양도소득에 대하여 부동산 양도소득과 동일한 누진세율을 적용하도록 한 구 소득세법 제104조 제1항 제1호와 제94조 제1항 제4호 다목 및 장기보유 특별공제를 허용하는 구 소득세법 제95조 제1, 2항의 각 입법취지를 고려하면, 부동산 과다보유 법인이 해당 부동산을 장기간 보유하고 또한 주주가 당해 법인의 주식을 장기보유한 경우 실질적으로 부동산을 장기보유한 경우와 동일 또는 유사하다고 평가함이 상당하다. 그럼에도 불구하고 부동산 과다보유 법인의 주식양도소득에 관하여, 부동산의 양도소득과 동일한 누진세율을 적용하면서도, 장기보유특별공제에 있어서는 부동산의 양도와 달리 장기보유에 따른 공제혜택을 부여하지 않는 것은, 합리적 이유를 찾을 수 없는 부당한 차별이라고 할 수밖에 없다.

다. 소결론
그렇다면 이 사건 법률조항은 평등원칙에 반하여‘부동산 과다보유 법인의 주식을 양도한 자’를 ‘부동산을 양도한 자’와 차별하고 있으므로, 헌법에 위배된다고 할 것이다.


[별지] 관련조항
구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전세권과 등기된 부동산임차권
3. 다음 각 목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는소득
가. 「증권거래법」에 의한 주권상장법인(이하"주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
나. 「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등
4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
나. 이용권ㆍ회원권 그 밖에 그 명칭에 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반 이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권(법인의 주식 등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식 등을 포함한다)
다. 주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산
② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는경우에는 제4호의 규정을 적용한다.
제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산
┌──────────────┬───────────┐
│<양도소득과세표준>          │<세율>                │
├──────────────┼───────────┤
│1천만 원 이하               │과세표준의 100분의 9  │
├──────────────┼───────────┤
│1천만 원 초과 4천만 원 이하 │90만 원 ＋ 1천만 원을 │
│                            │초과하는 금액의 100분 │
│                            │의 18                 │
├──────────────┼───────────┤
│4천만 원 초과 8천만 원 이하 │630만 원 ＋ 4천만 원을│
│                            │초과하는 금액의 100분 │
│                            │의 27                 │
├──────────────┼───────────┤
│8천만 원 초과               │1천710만 원 ＋ 8천만  │
│                            │원을 초과하는 금액의  │
│                            │100분의 36            │
└──────────────┴───────────┘
2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 40
2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것양도소득과세표준의 100분의 50 
2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60
2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) 양도소득과세표준의 100분의 60
2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50
2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) 양도소득과세표준의 100분의 50
2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지양도소득과세표준의 100분의 60 
2의8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 양도소득과세표준의 100분의 60
3. 미등기양도자산 양도소득과세표준의 100분의 70
4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산
가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조 제6항에서 "중소기업"이라 한
다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가
1년 미만 보유한 주식 등 양도소득과세표준의 100분의 30
나. 중소기업의 주식 등 양도소득과세표준의 100분의 10
다. 가목 및 나목 외의 주식 등 양도소득과세표준의 100분의 20
② ～ ⑤ (생략)
구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제158조(기타 자산의 범위)
① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식 등
가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인
나. 당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인
2. 삭제 <1995. 12. 30.>
3. 삭제 <2003. 12. 30.>
4. 삭제 <2003. 12. 30.>
5. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주식 등을 양도하는 경우의 당해 주식 등
가. 당해 법인의 자산총액중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인
나. 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 의한 골프장업ㆍ스키장업 등 체육시설업 및 「관광진흥법」에 의한 관광사업 중 휴양시설관련업과 부동산업ㆍ부동산개발업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 영위하는 법인
② 제1항 제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식 등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 3년 내에 그들이 양도한 주식 등을 합산한다. 이 경우 동항 본문 및 각호에 해당하는 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주식 등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.
③ 제1항 제1호 가목 및 동항 제5호 가목의 규정에 의한 자산총액 및 자산가액은 당해법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.
1.「법인세법 시행령」제24조 제1항 제2호 바목내지 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액
2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금ㆍ금융재산(「상속세 및 증여세법」제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액