# 구 지방세법 부칙 제3항  위헌소원

## 판시사항

결손금소급공제에 의한 법인세 환급으로 법인세액이 달라진 경우 법인세할 주민세의 환부에 관한 규정의 적용시점을 구 지방세법 시행 후 결손금소급공제에 의하여 최초로 환급받은 분부터로 규정하고 있는 구 지방세법 부칙 제3항이 자의적인 입법으로서 평등원칙에 위반되거나 재산권을 침해하여 헌법에 위반되는지 여부(소극)

## 결정요지

결손금소급공제는 어떤 과세기간의 결손금을 그 전 과세연도에서 발생한 이익으로 전보하는 것으로, 전 과세기간의 과세표준 및 세액을 재계산하고 기납부된 세액을 환급하여야 하므로 조세행정을 복잡하게 하고 국가세입을 불안정하게 하는 등의 문제점이 있기 때문에, 결손금소급공제제도를 신설한 구 법인세법(1996. 12. 30 법률 제5192호로 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)은 그 적용요건을 엄격하게 규정하고, 그 부칙 제8조에서 위 제도를 최초 시행함에 있어서 소급하여 적용되지 않도록 규정하였다. 이렇게 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급을 제한적ㆍ예외적으로 인정하는 취지와 더불어, 법인세할 주민세는 비록 법인세액을 그 과세표준으로 하지만 법인세의 부가세가 아니라 엄연한 독립세로서 그 부과주체, 부과요건, 부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세인 점을 고려하면, 결손금소급공제에 따른 법인세 환급이 있었다 하더라도 법인세할 주민세의 환부까지 소급하여 인정하지 않았다 하여 그러한 입법자의 결정이 합리적인 재량의 범위를 벗어난 자의적 입법이라고 할 수는 없다.
또한, 결손금의 소급공제와 이월공제 사이에 선택의 여지가 있는 중소기업이 자신의 이익 내지 편의를 위하여 1997 사업연도에 발생한 결손금에 관하여 이월공제방법을 택하지 아니하고 소급공제방법
을 택함으로써 이월공제방법을 택한 법인에 비하여 조세편의를 받은 이상, 법인세할 주민세를 환부받지 못한 점을 들어 법인세할 주민세 환부의 소급적용을 인정하지 아니한 구 지방세법 부칙 제3항 중 “제178조 제2항의 개정규칙은 이 법 시행 후 법인세법 제72조의 규정에 의하여 최초로 환급받는 분부터 적용한다” 부분(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)이 이월공제방법을 택한 법인과 소급공제방법을 택한 법인 사이에 차별을 야기한다고 볼 수도 없다.
결국, 이 사건 규정이 법인세할 주민세 환부에 관한 규정의 적용시점을 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급이 이루어지기 시작한 시점부터 소급하여 인정하지 않았다 하더라고 그것만으로 입법재량의 한계를 현저히 벗어난 불합리한 조항이라거나 평등의 원칙에 위반한 조항이라고 볼 수 없고, 이 사건 규정이 법인세할 주민세의 환부에 관한 기산점을 소급하여 인정하지 아니한 데에 합리적 이유가 있는 이상 재산권을 침해한다고도 볼 수 없다.
재판관 김영일의 반대의견
공평과세실현이라는 측면에서든 중소기업지원 등과 같은 조세정책 목적의 일관성있고 체계적인 추진이라는 측면에서든 소급공제에 의해 법인세를 환급받은 중소기업에 대해 법인세할 주민세도 환부해 줄 필요성은 청구인처럼 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업이나 위 사업연도 이후에 결손금이 발생한 여타의 중소기업이나 똑같이 인정되며, 이러한 점에서 양자는 본질적으로 다르지 않다. 또한 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업이든 위 사업연도 이후에 결손금이 발생한 기업이든 그 환부로 인해 조세행정이 복잡해지고 국가세입이 불안정해지는 등의 문제점이 야기될 수 있다는 점에서도 양자는 아무런 차이가 없다.
그런데 이 사건 규정을 통해 법인세할 주민세 환부규정의 적용시점을 제한하여 유독 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업만 결손금소급공제에 따른 주민세환부를 받을 수 없게 할 어떠한 불가피한 합리적 이유가 있다고는 인정되지 않는다. 그러므로 이 사건 규정은 입법자의 합리적 재량의 범위를 벗어난 자의적인 규정으로서 헌법 제11조 제1항 평등
의 원칙에 위반된다 할 것이다.

## 참조조문

헌법 제11조 제1항, 제23조
구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되고 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제178조
(소득할의 계산방법) ① 생략
② 소득세법ㆍ법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고한 소득세ㆍ법인세ㆍ농지세의 결정ㆍ경정 또는 소득세법 제85조의2와 법인세법 제72조의 규정에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정ㆍ경정 또는 환급세액에 따라 소득할의 세액을 환부 또는 추징한다.
구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정된 것) 부칙 제1항
(시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
법인세법 제72조
(결손금 소급공제에 의한 환급) ① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.
② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.
③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.
⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.
⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 
전문개정되기 전의 것) 제38조의2
(결손금 소급공제에 의한 환급) ① 대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제8조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.
② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.
③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 법인이 제26조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 적용한다.
⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.
⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산과 신청절차 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정된 것) 부칙 제1조
(시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제31조의2ㆍ제41조 제13항 및 제66조의4의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정된 것) 부칙 제8조
(결손금 소급공제에 의한 환급에 관한 적용례) 제38조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 적용한다.

## 참조판례

헌재 2001.  1. 18. 98헌바84등, 판례집 13-1, 41, 50
헌재 1999. 11. 25. 98헌마55, 판례집 11-2, 593, 608
헌재 2000.  2. 24. 98헌바94등, 판례집 12-1, 188, 227
헌재 2003.  7. 24. 2000헌바28, 판례집 15-2상, 38, 55
헌재 1998. 11. 26. 97헌바67, 판례집 10-2, 701, 707
헌재 1999. 12. 23. 98헌마363, 판례집 11-2, 770, 787

## 전문

【당 사 자】
청 구 인　○○코리아 주식회사
대표이사　김○준
대리인　서정 법무법인
담당변호사　전익수 외 2인
당해사건　서울지방법원 2002가합60288 환급금
【주　　문】
구 지방세법 부칙(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정될 당시의 부칙) 제3항 중 “제178조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 법인세법 제72조의 규정에 의하여 최초로 환급받는 분부터 적용한다” 부분은 헌법에 위반되지 아니한다.
【이　　유】
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인은 종합무역업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 1997. 3.경 1996 사업연도의 사업손익을 정산한 결과 금 38억 원의 순이익이 발생하자 서울 강남세무서장에게 당해 연도분 법인세 금 1,032,070,420원과 이에 따른 농어촌특별세 금 64,576,450원을 신고납부함과 아울러 서울특별시로부터 주민세 징수사무를 위임받은 서울 강남구청장에게 위 법인세할 주민세로서 금 103,207,040원을 납부하였다.
(2) 그 후 청구인은 1998. 4.경에 이르러 1997 사업연도를 결산한 결과 금 52억 여원의 결손금이 발생하였음이 밝혀지자 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제38조의2에 따라 강남세무서장에게 환급신청을 하여 기납부한 1996 사업연도분 법인세 전액인 위 금 1,032,070,420원을 환급받았다.
(3) 그 후 청구인은 위와 같이 기납부한 주민세의 과세표준인 법인세액이 사후에 변경되었음을 이유로 2001. 2. 8. 강남구청장에게 기납부한 이 사건 법인세할 주민세 금 103,207,040원에 관하여 환급신청을 하였으나 환부대상이 아니므로 환급하여 줄 수 없다는 취지의 통지를 받음에 따라 서울특별시를 상대로 서울지방법원 2002가합60288호로 위 법인세할 주민세의 환급을 구하는 소를 제기하고, 같은 소송 계속 중 법인세할 주민세 환부에 관한 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되고 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제178조 제2항을 위 법 시행 후 결손금 소급공제에 의하여 환급받은 분부터 적용하도록 규정하고 있는 구 지방세법 부칙 제3항에 대하
여 위헌제청신청(2002카기8832)을 하였으나, 위 법원이 2003. 3. 27. 위 제청신청을 기각하자 같은 해 4. 23. 헌법재판소법 제68조 제2항에 따라 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 심판의 대상
청구인은 구 지방세법 부칙 제3항 전체에 대하여 위헌소원을 제기하였으나, 당해사건에서 문제된 것은 결손금소급공제에 의한 법인세 환급에 따른 법인세할 주민세의 환부에 관한 것이므로 심판의 대상을 이와 관련된 부분으로 한정함이 상당하다.
따라서, 이 사건 심판의 대상은 구 지방세법 부칙(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정될 당시의 부칙) 제3항 중 “제178조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 법인세법 제72조의 규정에 의하여 최초로 환급받는 분부터 적용한다” 부분(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)이 헌법에 위반되는지 여부이고, 그 내용 및 관련규정은 다음과 같다.
부칙 ③ (주민세 소득할 환부에 관한 적용례) 제178조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 소득세법 제85조의2 및 법인세법 제72조의 규정에 의하여 최초로 환급받는 분부터 적용한다.
구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되고 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)
제178조(소득할의 계산방법) ② 소득세법ㆍ법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고한 소득세ㆍ법인세ㆍ농지세의 결정ㆍ경정 또는 소득세법 제85조의2와 법인세법 제72조의 규정에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정ㆍ경정 또는 환급세액에 따라 소득할의 세액을 환부 또는 추징한다.
부칙(제5615호, 1998. 12. 31.)
① (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정된 것) 제72조(결손금 소급공제에 의한 환급) ① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.
구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제38조의2(결손금 소급공제에 의한 환급) ① 대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제8조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.
부칙 (제5192호, 1996. 12. 30.)
제1조(시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제8조(결손금 소급공제에 의한 환급에 관한 적용례) 제38조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 적용한다.
2. 청구인의 주장, 법원의 위헌제청신청 기각이유 및 관계기관의 의견
가. 청구인의 주장
(1) 이 사건 규정에 의하면 1997 사업연도에 결손금이 발생한 중소기업이 소급공제방법을 택하여 1999. 1. 1. 이전에 기납부한 1996 사업연도분 법인세액을 환급받은 경우 기납부한 법인세할 주민세를 환부받을 수 없는 반면, 이월공제방법을 택하여 결손금을 공제받게 되면 그만큼 법인세할 주민세를 납부하지 않아도 되므로, 소급공제방법을 택한 중소기업과 이월공제방법을 택한 중소기업을 합리적인 이유 없이 차별하여 평등원칙에 위반된다.
(2) 법인세액을 과세표준으로 하는 법인세할 주민세는 법인세의 부가세적인 성격을 가진다 할 것이어서 법인이 구 법인세법 제38조의2에 따라 소급공제방법으로 기납부한 법인세를 환급받은 경우 세무공무원이 그 과세표준이 없어진 법인세할 주민세를 당해 법인에게 환부하지 아니하고 그대로 보유하는 것은 부당이득에 해당한다 할 것임에도 불구하고, 이 사건 규정은 법인세법상의 결손금 소급공제로 인한 법인세할 주민세의 환부를 1999. 1. 1. 이후에 발생한 법인세의 환급분부터 허용한다고 규정함으로써 결손금소급공제의 방법을 택하여 1997 사업연도에 발생한 결손금으로 1996 사업연도에 기납부한 법인세를 환급받은 청구인의 법인세할 주민세를 환부받을 권리를 부당하게 박탈하여 재산권을 침해하는 것이다.
나. 법원의 위헌제청신청 기각이유
(1) 결손금소급공제로 인한 법인세할 주민세의 환부를 소급시켜 인정할 것인가의 여부는 입법자의 입법형성 재량의 범위 내에 속한다고 봄이 상당하고, 
결손금소급공제를 받을 수 있는 요건을 갖춘 중소기업은 반드시 그 방법을 택하도록 강제되지 아니하고 이월공제방법을 택할 수도 있다는 점에 비추어 볼 때, 청구인 스스로 자신의 이익 내지 편의를 위하여 1997 사업연도에 발생한 결손금에 관하여 이월공제방법을 택하지 아니하고 소급공제방법을 택함으로써 이월공제방법을 택한 법인에 비하여 조세편의를 받은 한편, 법인세할 주민세를 환부받지 못하게 된 이상, 반드시 이월공제방법을 택한 법인과의 관계에서 이 사건 규정에 의하여 합리적인 이유 없이 차별당하였다고 볼 수 없다.
(2) 법인세와 법인세할 주민세는 그 부과주체, 부과요건 등이 서로 다른 별개의 조세이므로 법인세액이 소급공제로 인하여 환급된다고 하여 그에 따라 법인세할 주민세가 당연히 환부되어야 하는 것은 아니고 결손금소급공제의 방법으로 법인세액을 환급받은 법인이 기납부한 법인세할 주민세를 환부받기 위해서는 별도의 세법상의 근거규정이 필요하다고 할 것인 바, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제178조 제2항은 결정ㆍ경정으로 인한 환부에 대하여만 규정하고 있어 결손금소급공제로 인한 법인세할 주민세를 환부받기 위한 근거규정이 없었으나, 위 조항이 1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되면서 위와 같은 경우를 법인세할 주민세의 환부 대상에 추가함으로써 결손금소급공제를 받은 법인의 당해 법인세할 주민세의 환부청구권을 단순히 확인한 것이 아니라 새로이 창설한 것이라고 봄이 상당하고 이와 같이 창설된 권리를 소급하여 인정할 것인지, 또는 장래를 향하여 인정할 것인지의 여부는 입법자의 입법형성 재량의 범위 내에 속한다 할 것이므로 이 사건 규정이 청구인의 재산권을 침해하였다고 볼 수 없다.
다. 서울특별시장의 의견
(1) 적법요건에 관하여
청구인이 법인세할 주민세를 신고납부한 것은 1997. 4. 30.이고 환급금청구소송을 제기한 것은 2002. 9. 25.이므로 지방세법 제30조의5 제2항에 의한 5년의 소멸시효가 완성된 후 소를 제기한 것이 명백하여 이 사건 규정의 위헌여부는 당해소송 재판의 전제가 되지 않는다.
(2) 본안에 관하여
법원의 위헌제청신청 기각이유와 대체로 같다.
라. 행정자치부장관의 의견
법원의 위헌제청신청 기각이유와 대체로 같다.
3. 판　단
가. 결손금소급공제제도와 법인세할 주민세
(1) 결손금소급공제제도
(가) 의　의
결손금이란 각 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 말한다(법인세법 제14조 제2항). 과세의 편의상 법인의 소득금액을 과세기간 단위로 구분하여 과세하고 있기는 하지만, 그 법인의 전 존속기간의 소득은 사업연도단위의 소득금액 또는 결손금의 차가감액(差加減額)이므로 어떤 사업연도에 발생한 결손금으로 그 이전 또는 이후의 사업연도의 소득금액을 보전하는 것이 마땅하다. 다만, 결손금의 발생시기에 관계없이 제한없이 공제하기는 어려우므로 결손금의 발생 전 또는 발생 후의 일정기간 안에서만 공제를 허용하도록 하고 있다.
결손금공제에는 이월공제와 소급공제가 있다. 법인세법은 종래 당기의 결손금을 차후 사업연도에 이월하여 차후 사업연도의 소득에서 공제하는 이월공제방법만을 허용하다가(제13조 제1호) 1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정시 일정 요건을 갖춘 중소기업에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 1997. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 소급공제에 의한 환급을 받을 수 있도록 규정을 신설함으로써 소급공제제도를 도입하였다.
일반적으로 결손금소급공제제도는 경기의 자동안정장치로서의 기능을 수행한다고 본다. 즉 경기가 하락하여 결손이 생긴 경우 전기에 납부한 법인세를 현금으로 환급하여 줌으로써 당해 법인의 자금조달을 용이하게 하고 재투자를 촉진시켜 경기를 자동적으로 부양시켜 주게 된다.
(나) 적용요건 및 입법취지
결손금소급공제제도는 조세특례제한법시행령 제2조에 규정한 중소기업을 그 대상으로 하되, 그에 해당하는 중소기업이라도 결손금이 발생한 사업연도의 직전사업연도에 한하여 소급공제가 허용되고, 결손금의 소급공제와 세액의 환급은 당해 법인이 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 적용된다(법인세법 제72조 제4항). 결손금의 이월공제제도나 소급공제제도 모두 기간과세제도가 안고 있는 모순을 시정 또는 완화하기 위한 법적 장치이기는 하나, 위와 같이 소급공제의 요건이 엄격히 제한되어 있는 점에 비추어 결손금소급공제제도는 특별히 중소기업에 대한 조세지원을 강화하기 위
한 조세정책적인 목적(대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결 ; 대법원 2003. 7. 25. 선고 2001두10721 판결 참조)도 아울러 추구한다고 볼 것이다.
즉, 결손금소급공제제도는 기업의 계속성이나 기업투자의 특성상 요구되는 것이라고 할 수 있으며, 특히 위험자산에 대한 투자촉진이라는 측면에서도 필요한 것이라고 할 수 있다. 우리나라의 중소기업에 대해서 이를 적용한 것은 즉각적인 세액환급을 통하여 중소기업의 자금난을 해소하고, 그와 동시에 모험중소기업에 대한 투자장려의 의미도 지닌 것이라고 할 수 있다.
(2) 법인세할 주민세
(가) 의의 및 법률적 성격
법인세할 주민세라 함은 법인세법의 규정에 의하여 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 주민세를 말한다(지방세법 제172조 제4호).
주민세는 지방자치단체가 행정서비스를 제공하기 위하여 필요한 경비의 부담을 널리 주민들에게 분담하도록 하는 조세로서 지방자치단체가 재원조달을 위해 부과하는 지방세의 일종이며, 지방세의 분류 중 징수목적에 따른 분류인 보통세와 목적세 중 보통세에 속하고 과세권자인 지방자치단체의 유형에 따른 분류에는 시ㆍ군세에 속한다. 주민세는 지방자치단체로부터 행정서비스를 받고 있다는 것에 착안하여 널리 그 부담을 분담하도록 하는 성격을 가지고 있다는 점에서 소득의 재분배를 주된 기능으로 하는 소득세와는 성격을 달리한다.
이러한 주민세는 균등할과 소득할로 구분되는데, 균등할은 인두세(人頭稅)의 성격을 가진 조세로서 주민이라고 호칭되는 지방자치단체의 구성원인 회원의 자격으로서 그가 속한 단체에 납부하는 최소한도의 기본회비에 해당한다고 할 수 있으며, 소득할은 소득의 정도에 따라 부담하는 조세로서 소득세할ㆍ법인세할ㆍ농지세할로 나누어지는데 이는 각각 그 과세표준을 소득세액, 법인세액, 농지세액으로 하고 있어 이들 조세의 부가세적 성격이 있기는 하지만 근원적으로는 주민이라는 데 착안해서 소득의 정도에 따라 지역사회비용을 능력에 맞게 분담시킨다는 데 그 기조를 두고 있다.
(나) 법인세와의 관계
법인세할 주민세의 과세표준이 법인세액이라고 하여 이를 법인세의 부가세로 볼 것은 아니며, 주민세는 엄연한 독립세이다(헌재 2001. 1. 18. 98헌바84등, 판례집 13-1, 41, 50 참조).
즉, 법인세할 주민세는 비록 법인세액을 그 과세표준으로 하는 것이지만 이
는 지방세로서 국세인 법인세와는 그 부과주체, 과세요건, 부과절차 등에 있어서 서로 다른 별개의 조세이므로, 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제38조의2에 의한 환급결정이 있었다 하더라도 그에 따라 법인세할 주민세가 당연히 환부되어야 하는 것은 아니다(대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결 참조).
나. 이 사건 규정의 입법배경 및 이 사건의 쟁점
법인세법상 결손금소급공제로 인한 법인세의 환급에 관한 규정은 1996. 12. 30. 법률 제5192호로 신설되어 1997. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 소급공제에 의한 환급을 받을 수 있도록 하였다(구 법인세법 제38조의2, 부칙 제8조). 그러나 법인세를 결손금 소급공제에 의해 환급받은 경우 그 법인세를 과세표준으로 하여 납부한 법인세할 주민세를 환부할 수 있는 명문의 규정이 없어 이를 둘러싼 민원이 계속 제기되어 왔다. 이러한 규정이 보완되지 않더라도 법인세가 환급된 경우 주민세도 환급하면 될 것이 아니냐는 주장을 할 수도 있으나, 결손금소급공제에 의한 환급은 당해 세법에 의한 법률적용이 잘못되어 환급하는 것이 아니라 중소기업을 지원하기 위한 정책의 일환으로 환급하는 제도이기 때문에 주민세도 당연히 환부하여야 한다고 보지는 않는다는 유권해석 하에 환부대상에서 제외되는 것으로 운영되었다.
그러나 납세자들이 이러한 해석에 대하여 계속 불만을 제기하고 제도개선을 건의함에 따라 1998. 12. 31. 구 지방세법 개정시 결손금소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 경우 법인세할 주민세도 환부받을 수 있는 근거를 마련(제178조 제2항)하여 민원을 해소하도록 하였다. 다만, 이 규정의 적용에 관하여 부칙에서 위 법 시행일인 1999. 1. 1. 이후 결손금 소급공제에 의해 법인세를 최초로 환급받는 분부터 적용하도록 하였다(이 사건 규정).
그 결과 결손금소급공제의 요건을 갖춘 중소기업은 소급공제방법으로 1996년에 납부한 법인세부터 환급받을 수 있으나, 1999. 1. 1. 이전에 소급공제의 방법으로 이미 환급받은 법인세를 과세표준으로 하여 납부한 법인세할 주민세는 환급을 받지 못하게 되었다. 대부분 법인의 사업연도가 1년 단위임을 감안하면, 이 사건 규정에 의해 법인세할 주민세를 환부받지 못하는 문제가 발생하는 것은 1997 사업연도에 결손금이 발생하여 소급공제에 의해 법인세를 환급받은 중소기업의 경우이다.
청구인이 다투고자 하는 바는 1997 사업연도에 결손금이 발생한 중소기업
이 소급공제의 방법을 택하여 1996 사업연도분 법인세액을 환급받았다면 1996 사업연도의 법인세액을 과세표준으로 한 법인세할 주민세도 환부되는 것이 당연하다 할 것임에도 불구하고 이 사건 규정이 법인세할 주민세의 환부 규정의 적용 시점을 제한함으로써 결손금이월공제의 방법을 택한 기업과의 차별을 야기하고 청구인의 환급청구권을 박탈하여 청구인의 평등권과 재산권이 침해되었다는 것이다.
그러므로 과연 이 사건 규정이 조세평등주의에 반하는 것인지, 그리고 청구인이 주장하는 바와 같은 환급청구권이 헌법상 재산권으로서 보호되는 기본권인지 여부에 관해 살펴보기로 한다.
다. 이 사건 규정의 위헌 여부
(1) 조세평등주의 위반 여부
(가) 평등원칙과 조세평등주의
헌법 제11조 제1항은 모든 국민은 법 앞에 평등하고 누구든지 합리적 이유 없이는 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다는 평등의 원칙을 선언하고 있고, 이와 같은 평등의 원칙이 세법영역에서 구현된 것이 조세평등주의로서, 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다(헌재 1999. 11. 25. 98헌마55, 판례집 11-2, 593, 608 ; 헌재 2000. 2. 24. 98헌바94등, 판례집 12-1, 188, 227 등 참조).
(나) 심사의 기준
법률에 의하여 특정 납세의무자에게 조세를 부과하도록 한 경우에 그 조세를 환급하고자 하면 과세요건법정주의원칙상 그 납세의무를 소멸시키는 별도의 법률규정이 존재하여야 하는바(헌재 2003. 7. 24. 2000헌바28, 판례집 15-2상, 38, 55 참조), 결손금소급공제에 의해 법인세를 환급받은 경우 법인세할 주민세를 환부 받을 수 있는 규정이 1998. 12. 31. 구 지방세법 제178조 제2항에 신설됨으로써 비로소 법인세할 주민세의 환부에 관한 근거가 마련되었다 할 것이다. 그런데 법인세할 주민세의 환부를 이미 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급이 이루어진 경우에 대해서까지 소급하여 인정할 것인가 여부는 조세의 환부로 인한 조세행정의 혼란과 납세자의 조세부담, 문제가 된 조세의 성격 등을 종합적으로 고려하여 입법자가 그 입법형성재량에 기초한 정책적 판단에 따라 결정할 문제로서 그 결정이 합리적 재량의 범위를 벗어나 현저
하게 불합리하고 불공정한 것이 아닌 한 헌법에 위반된다고 할 수 없다.
특히 결손금소급공제는 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서(대법원 2003. 7. 25. 선고 2001두10721 판결 등) 그에 따른 법인세의 환급은 기업의 입장에서 볼 때 이월공제의 방법에 비하여 조세부담을 감소시키는 효과가 훨씬 크기 때문에 일종의 시혜적 성격을 가진다고 볼 수 있다. 따라서 법인세액을 과세표준으로 하는 법인세할 주민세의 환부 역시 이와 같은 성격을 가지는 것으로서 그 환부에 관한 규정을 정함에 있어 시혜적인 소급입법을 할 것인지의 여부는 국민의 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 경우와는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정된다 할 것이다(헌재 1998. 11. 26. 97헌바67, 판례집 10-2, 701, 707 참조).
(다) 구체적 검토
1) 결손금소급공제는 어떤 과세기간의 결손금을 그 전 과세연도에서 발생한 이익으로 전보하는 것으로, 전 과세기간의 과세표준 및 세액을 재계산하고 기납부된 세액을 환급하여야 하므로 조세행정을 복잡하게 하고 국가세입을 불안정하게 하는 등의 문제점이 있기 때문에, 결손금소급공제제도를 신설한 구 법인세법(1996. 12. 30 법률 제5192호로 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)은 그 적용대상을 조세특례제한법시행령 제2조에 규정한 중소기업으로 제한하고, 소급공제기간을 직전 사업연도로 한정하면서 이월결손금의 발생 등 실체적 요건과 과세표준확정신고기한 내에 환급신청을 하는 등의 절차적 요건이 충족되어야 환급을 받을 수 있도록 하여 그 적용요건을 엄격하게 규정하고, 그 부칙 제8조에서 “이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 적용한다”라고 규정함으로써 위 제도를 최초 시행함에 있어서 소급하여 적용되지 않도록 규정하였다. 이렇게 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급을 제한적ㆍ예외적으로 인정하는 취지와 더불어, 법인세할 주민세는 비록 법인세액을 그 과세표준으로 하지만 법인세의 부가세가 아니라 엄연한 독립세로서 그 부과주체, 부과요건, 부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세인 점을 고려하면, 결손금소급공제에 따른 법인세 환급이 있었다 하더라도 법인세할 주민세의 환부까지 소급하여 인정하지 않았다 하여 그러한 입법자의 결정이 합리적인 재량의 범위를 벗어난 자의적 입법이라고 할 수는 없다.
2) 청구인은 이 사건 규정이 소급공제방법을 택한 법인과 이월공제방법을 택한 법인을 합리적인 이유 없이 차별한다고 주장하나, 결손금소급공제를 받
을 수 있는 요건을 갖춘 중소기업은 반드시 그 방법을 택하도록 강제되지 아니하며, 직전 사업연도에 대하여 결손금을 소급공제하여 법인세를 환급받을 수도 있고 아니면 이월공제의 방법을 택하여 5년간 이월공제를 할 수도 있다. 통상 소급공제제도는 이전 과세기간의 법인세를 감액경정하고 기납부된 세액을 환급하는 것으로서 이미 납부한 세액을 바로 환급받을 수 있기 때문에 조세부담의 감소효과가 최소한 1년 후에 또는 향후 몇 년간에 걸쳐 나타나게 되는 이월공제에 비해서 기업에 주는 효과는 크다고 할 수 있는 반면, 다른 한편으로는 이미 납부한 세액을 다시 계산하고 세액을 환급하여 주기 때문에 이미 완결된 조세법률관계에 변동을 초래하여 조세행정이 매우 복잡해지는 폐단이 있다. 이러한 결손금의 소급공제와 이월공제 사이에 선택의 여지가 있는 중소기업이 자신의 이익 내지 편의를 위하여 1997 사업연도에 발생한 결손금에 관하여 이월공제방법을 택하지 아니하고 소급공제방법을 택함으로써 이월공제방법을 택한 법인에 비하여 조세편의를 받은 이상, 법인세할 주민세를 환부받지 못한 점을 들어 이 사건 규정이 이월공제방법을 택한 법인과 소급공제방법을 택한 법인 사이에 차별을 야기한다고 볼 수는 없다. 더욱이 청구인이 결손금소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 1998. 4.경에는 법인세할 주민세의 환부에 관한 근거규정 조차 마련되어 있지 않았는데, 그 상태에서 청구인이 이월공제와 소급공제 사이에 소급공제의 방법을 택한 것은 그 대신 법인세할 주민세를 환급받을 수 없는 불이익을 감수한 선택이라고도 볼 수 있다.
(라) 소결론
결국, 이 사건 규정이 법인세할 주민세 환부에 관한 규정의 적용시점을 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급이 이루어지기 시작한 시점부터 소급하여 인정하지 않았다 하더라고 그것만으로 입법재량의 한계를 현저히 벗어난 불합리한 조항이라거나 평등의 원칙에 위반한 조항이라고 볼 수는 없다.
(2) 재산권 침해 여부
청구인은 이 사건 규정이 청구인의 법인세할 주민세를 환급받을 권리를 부당하게 박탈함으로써 재산권을 침해하는 규정이라고 주장한다.
살피건대, 법인세할 주민세는 비록 법인세액을 그 과세표준으로 하는 것이지만 이는 지방세로서 국세인 법인세와는 그 부과주체, 부과요건, 부과절차 등에 있어서 서로 다른 별개의 조세이므로 법인세액이 소급공제로 인하여 환급되었다 하여 그에 따라 법인세할 주민세가 법률상 원인 없는 부당이득이 
되어 환부되어야 한다고는 할 수 없다. 따라서 청구인이 주장하는 바와 같은 환급청구권이 헌법상 당연히 보장된다고 볼 수는 없고, 앞에서 본 바와 같이 이 사건 규정이 법인세할 주민세의 환부에 관한 기산점을 소급하여 인정하지 아니한 데에 합리적 이유가 있는 이상 재산권을 침해한다고도 볼 수 없다.
4. 결　론
따라서 이 사건 규정은 헌법에 위반되지 아니하므로 주문과 같이 결정한다. 이 결정에 대하여는 재판관 김영일의 아래 5.와 같은 반대의견이 있는 외에는 나머지 재판관 전원의 의견이 일치되었다.
5. 재판관 김영일의 반대의견
나는 다음과 같은 이유로 다수의견에 반대한다.
가. 청구인은 이월공제에 의하느냐 아니면 소급공제에 의하느냐에 따라 주민세 납부총액이 달라질 수 있다는 점을 들어 차별의 존재를 주장하나, 엄밀히 말하면 청구인의 의도가 이를 다투는 데 있다고는 생각되지 않는다. 그보다는 오히려 청구인의 진정한 의도는 똑같은 소급공제방식을 따랐는데도, 누구는 주민세의 환부를 받을 수 있게 하고 누구는 주민세의 환부를 받을 수 없게 함을 다투는 데 있다고 보아야 할 것이다. 즉, 이 사건 규정은 법 시행일 이후인 1999. 1. 1. 이후에 결손금소급공제를 통해 법인세를 환급받는 사람에 대하여는 법인세할 주민세를 환부받을 수 있게 하면서도, 유독 위 시행일 이전에 결손금소급공제를 통해 법인세를 환급받은 사람에 대하여는 법인세할 주민세를 환부받을 수 없게 하여 양자를 차별하고 있는바, 이러한 차별이 과연 합리적 이유가 있는 것인지가 바로 이 사건의 쟁점이라고 할 것이다.
나. 다수의견은 ① 결손금소급공제가 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서 그에 따른 법인세의 환급은 기업의 입장에서 볼 때, 이월공제의 방법에 비하여 조세부담을 감소시키는 효과가 훨씬 크므로 일종의 시혜적 성격을 가지고, 따라서 법인세액을 과세표준으로 하는 법인세할 주민세의 환부 역시 시혜적 성격을 가지는 것으로 볼 수 있다는 점, ② 법인세할 주민세의 환부를 이미 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급이 이루어진 경우에 대해서까지 적용하는 것은 시혜적인 소급입법에 해당한다는 점을 전제로 하여 시혜적인 소급입법을 할 것인지의 여부는 국민의 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 경우와는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정되어야 할 것이라고 하고 있다.
그러나 다수의견의 위와 같은 전제에는 다음과 같은 불합리한 점이 있음을 
지적하지 않을 수 없다.
첫째, 구 지방세법 제178조 제2항에 의한 법인세할 주민세 환부제도를 시혜적 성격의 것으로 보는 것이 과연 타당한가 하는 것이다. 우선 결손금을 소급공제하는 것이 이월공제하는 경우보다 조세부담을 감경하는 결과를 가져올 수 있다고 하더라도, 그러한 점만을 가지고 곧 결손금소급공제가 시혜적 제도라고 할 수는 있는가 하는 것이다. 결손금의 공제는 이전의 사업연도에 대해서든 이후의 사업연도에 대해서든 조세평등주의의 관점에서 마땅히 행해져야 하는 것으로 보아야 할 것이다. 만일 특정 사업연도의 결손금을 다른 사업연도의 소득에서 공제할 수 있도록 하는 제도를 전혀 두지 않는다면, 이는 법인의 전 존속기간을 놓고 볼 때, 오히려 담세능력에 따른 공평과세원칙에 반하는 결과를 초래하게 될 것이다. 따라서 결손금소급공제에 의해 법인세의 환급을 받는다고 하여 이를 시혜적인 것으로 성격규정할 수는 없으며, 마찬가지로 법인세할 주민세의 환부도 조세평등주의의 관점에서 당연히 요청되는 것으로서 시혜적인 것과는 거리가 멀다고 보는 것이 상당하다.
둘째, 구 지방세법 제178조 제2항이 신설된 1998. 12. 31. 이전에 이루어진 법인세 환급에 관하여 동 조항을 적용하는 것이 과연 ‘시혜적’ 소급입법에 해당하는가 하는 점이다. 다수의견이 말하는 바와 같은 소급입법여부에 관한 입법자의 광범위한 재량의 인정은 그러한 소급입법이 어디까지나 시혜적인 성격을 가진 것일 때에 한정되어야 할 것이다. 다시 말하여 구법 하에서도 별다른 헌법적 문제가 없었지만, 피적용자에게 더 유리한 신법이 제정된 경우 이를 소급하여 적용할 것인가에 관하여는 다수의견의 주장처럼 입법자의 광범위한 재량을 인정할 여지가 있다. 그러나 이 사건의 경우 주민세의 환부규정이 없던 구법 하에서는 과세형평성의 훼손이 문제되었고, 이에 대한 반성적 고찰을 통해 구 지방세법 제178조 제2항이 신설되기에 이른 것인바, 이 때에도 위와 같은 광범위한 입법재량을 인정할 수 있는지는 매우 의심스럽다. 이러한 경우에는 광범위한 입법재량을 인정하기보다는 오히려 납세의무자간의 평등한 지위를 인정하여야 할 것이다.
다. 심사의 기준
(1) 헌법에서 특별히 차별의 근거로 삼아서는 안 되는 기준이나 차별이 금지되는 영역을 제시하고 있는 경우 또는 차별적 취급으로 인하여 관련 기본권에 중대한 제한이 초래되는 경우에는, 단지 차별의 합리적 이유의 유무만을 확인하는 정도를 넘어, 차별의 이유와 차별의 내용 사이의 적절한 균형여부까
지 살피는 비례원칙에 의한 심사를 하여야 할 것이다(헌재 1999. 12. 23. 98헌마363, 판례집 11-2, 770, 787 참조).
그러나 이 사건의 경우 헌법에서 특별히 금하는 차별의 기준이나 영역이 적용되고 있지는 않으며, 비례원칙심사를 할 정도로 관련 기본권에 중대한 제한이 초래되는 경우라고 보기도 어렵다. 그러므로 이 사건에서는 자의금지원칙에 의한 심사로 충분할 것이다. 이 경우 입법자의 결정에서 차별을 정당화할 수 있는 아무런 합리적 이유를 찾아볼 수 없는 때에 평등원칙의 위반을 확인하게 된다.
(2) 구체적 검토
결손금소급공제제도 및 그에 따른 법인세의 환급이란 것도 넓게 보면 담세능력에 상응한 공평과세실현의 정신에 입각한 것이라고 할 때, 소득의 정도에 따라 지역사회비용을 능력에 맞게 분담시킨다는 취지에서 법인세액을 과세표준으로 하여 부과되는 법인세할 주민세에도 역시 그러한 정신이 반영되어야 할 것이다.
또한 입법자가 중소기업지원 등의 조세정책적 목적에서 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급제도를 인정하였다면, 그러한 소급공제방식을 채택하더라도 이월공제방식을 채택한 경우에 비해 주민세의 부담에 있어서 더 불리함이 없도록 하는 것이 위와 같은 조세정책적 목적을 일관성있고 체계적으로 추진하는 길이 될 것이다.
이처럼 공평과세실현의 정신이라는 측면에서든 중소기업지원 등과 같은 조세정책 목적의 일관성있고 체계적인 추진이라는 측면에서든 소급공제에 의해 법인세를 환급받은 중소기업에 대해 법인세할 주민세도 환부해 줄 필요성은 청구인처럼 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업이나 위 사업연도 이후에 결손금이 발생한 여타의 중소기업이나 똑같이 인정되며, 이러한 점에서 양자는 본질적으로 다르지 않다. 또한 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업이든 위 사업연도 이후에 결손금이 발생한 기업이든 그 환부로 인해 조세행정이 복잡해지고 국가세입이 불안정해지는 등의 문제점이 야기될 수 있다는 점에서도 양자는 아무런 차이가 없다.
그런데 이 사건 규정을 통해 법인세할 주민세 환부규정의 적용시점을 제한하여 유독 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업만 결손금소급공제에 따른 주민세환부를 받을 수 없게 할 어떠한 불가피한 합리적 이유가 있다고는 인정되지 않는다. 그러므로 이 사건 규정은 입법자의 합리적 재량의 범위를 벗
어난 자의적인 규정으로서 헌법 제11조 제1항 평등의 원칙에 위반된다 할 것이다.
라. 따라서 이 사건 규정에 대하여는 마땅히 평등원칙위반을 이유로 하여 헌법에 위반된다고 선언하여야 할 것이다.
이상과 같은 이유로 나는 다수의견에 반대하는 바이다.
재판관　윤영철(재판장) 김영일 권　성 김경일 송인준 주선회
전효숙(주심) 이상경