# 중앙선거관리위원회와 감사원 간의 권한쟁의

## 판시사항

가. 청구인(중앙선거관리위원회)의 독립적인 업무 수행에 관한 권한의 내용
나. 청구인의 독립적 헌법기관으로서의 지위 및 그 입헌취지
다. 피청구인(감사원)에게 청구인에 대한 직무감찰권이 존재하는지 여부(소극)
라. 피청구인이 2023. 6. 1.부터 2025. 2. 25.까지 청구인에 대하여 실시한 ‘선거관리위원회 채용 등 인력관리실태’에 관한 직무감찰(이하 ‘이 사건 직무감찰’이라 한다)이 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한을 침해한 것인지 여부(적극)

## 결정요지

가. 청구인의 헌법상 지위와 헌법 및 선거관리위원회법의 관련 규정들을 종합하여 보면, 청구인에게는 헌법과 선거관리위원회법에 의하여 행정부 등 외부기관의 부당한 간섭 없이 선거사무는 물론 인사, 조직운영, 내부규율 등에 관한 각종 사무 등을 독립적으로 수행할 권한이 부여되어 있다고 할 것이다.
나. 제3차 개정헌법은 3ㆍ15 부정선거에 대한 반성적 조치로 선거관리사무 및 그 주체를 정부와 기능적ㆍ조직적으로 분리하여 독립된 헌법기관에 맡기도록 규정하였고, 이러한 체계는 현행 헌법에 이르기까지 그대로 견지되고 있다. 이는 선거관리기구가 대의민주제에서 요청되는 독립적ㆍ중립적 선거관리라는 헌법적 과제를 제대로 수행하기 위해서는 외부 권력기관, 특히 대통령을 수반으로 하는 정부의 영향력을 제도적으로 차단할 필요가 있고, 이를 위해서는 선거관리사무를 행정부가 아닌 독립된 헌법기관에 맡겨야 한다는 헌법적 결단이 헌법체계에 반영된 결과라고 볼 수 있다.
다. 헌법 제97조는 피청구인에게 ‘국가’를 대상으로 한 회계검사권과 ‘행정기관’을 대상으로 한 직무감찰권을 부여하고 있다. 선거관리가 그 사무의 성격상 행정작용에 해당한다고 하더라도, 선거관리위원회를 독립된 헌법기관으로 설치함으로써 선거관리에 정부가 영향력을 행사할 수 없도록 하여 선거관리의 독립성과 중립성을 보장하고자 하는 것이 헌법개정권자의 의사인 점을 고려하면, 헌법상 대통령 소속으로 행정부에 속한 피청구인의 직무감찰 대상에 청구인이 당연히 포함된다고 볼 수 없다. 또한 피청구인의 직무감찰권은 행정부 내부의 통제장치로서의 성격을 갖는다고 볼 수 있는바, 정부와 독립된 헌법기관인 국회, 법원, 헌법재판소는 물론 이들 헌법기관과 마찬가지로 독립된 헌법기관으로 설치된 선거관리위원회도 헌법 제97조가 정한 피청구인의 직무감찰 대상에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다. 더욱이 피청구인은 대통령에 소속된 행정부 기관이고 그 구성에 있어서도 대통령이 감사원장과 감사위원을 임명하고 있으며, 감사원법 제42조 제1항은 피청구인이 감사 결과 중요하다고 인정되는 사항을 대통령에게 보고하도록 규정하고 있다. 대통령은 정당민주주의 하에서 특정 정당의 당원으로서 해당 정당의 정책이나 이익과 밀접하게 관련될 가능성이 있는바, 대통령 소속기관인 피청구인이 청구인에 대하여 직무감찰을 할 수 있게 된다면 선거관리의 공정성과 중립성에 대한 국민의 신뢰가 훼손될 위험이 있다. 따라서 헌법 제97조가 정한 피청구인의 직무감찰 대상인 ‘행정기관 및 공무원’에 청구인과 그 소속 공무원은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다.
위에서 살핀 헌법 제97조를 구체화한 감사원법 제24조 제1항 제1호의 ‘행정기관 및 그 소속 공무원’에도 청구인과 그 소속 공무원은 제외된다고 보는 것이 합헌적 법률해석의 원칙상 명백하다. 한편 감사원법 제24조 제3항은 “제1항의 공무원에는 국회ㆍ법원 및 헌법재판소에 소속한 공무원은 제외한다.”라고 규정하여 청구인 소속 공무원을 직무감찰 제외대상으로 명시하고 있지 않다. 그러나 정부와 독립된 헌법기관인 국회, 법원, 헌법재판소가 피청구인의 직무감찰 대상에 해당하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 이들 헌법기관 소속 공무원을 직무감찰 대상에서 제외한 감사원법 제24조 제3항은 예시적ㆍ확인적 규정에 불과하다고 할 것이다. 따라서 감사원법 제24조 제3항이 청구인을 직무감찰 제외대상으로 명시하지 않았다고 하더라도 청구인이 피청구인의 직무감찰 대상에 포함되지 않는다는 결론에는 아무런 차이가 없다.
이상에서 살핀 우리 헌법의 체계 및 헌법 제97조와 감사원법 제24조의 해석 등을 종합하면, 피청구인에게는 청구인에 대한 직무감찰권이 부여되어 있다고 볼 수 없다.
라. 피청구인에게 청구인에 대한 직무감찰권이 부여되어 있지 않은 이상, 이 사건 직무감찰은 헌법 및 법률상 권한 없이 이루어진 것으로서 헌법과 선거관리위원회법에 의하여 부여받은 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한을 침해한다.

## 참조조문

헌법 제97조, 제100조, 제114조
감사원법(2009. 1. 30. 법률 제9399호로 개정된 것) 제24조

## 참조판례

가. 헌재 2008. 6. 26. 2005헌라7, 판례집 20-1하, 340, 358-359
나. 헌재 2008. 1. 17. 2007헌마700, 판례집 20-1상, 139, 142헌재 2008. 6. 26. 2005헌라7, 판례집 20-1하, 340, 358-359

## 전문

【당 사 자】
청 구 인중앙선거관리위원회
대표자 위원장 노태악
대리인 이효정법무법인(유한) 동인담당변호사 손용근 외 3인
피청구인감사원
대표자 감사원장 권한대행 감사위원 김인회
대리인 법무법인(유한) 클라스한결담당변호사 최정현 외 1인
【주    문】
피청구인이 2023. 6. 1.부터 2025. 2. 25.까지 청구인에 대하여 실시한 ‘선거관리위원회 채용 등 인력관리실태’에 관한 직무감찰은 헌법 및 선거관리위원회법에 의하여 부여받은 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한을 침해한 것이다.
【이    유】
1. 사건개요
가. 2023. 5. 10.경 청구인 사무처의 사무총장 및 사무차장의 각 자녀가 선거관리위원회 경력경쟁채용과 관련하여 특혜를 받았다는 의혹(이하 위 사건을 포함하여 선거관리위원회 전ㆍ현직 공무원 자녀 등의 채용 특혜에 관한 일련의 의혹을 통칭하여 ‘이 사건 자녀채용특혜의혹’이라 한다)이 언론에 보도되었다.
나. 이에 청구인은 외부전문가 2명이 포함된 특별감사위원회를 구성하여 2023. 5. 17.부터 2주간 이 사건 자녀채용특혜의혹에 대한 특별감사를 실시하였다. 청구인은 2023. 6. 2. 위 특별감사 결과에 따라 자녀의 경력경쟁채용과정에서 부당한 영향력을 행사한 것으로 의심되는 사무총장, 사무차장, 제주특별자치도선거관리위원회 상임위원, 경상남도선거관리위원회 총무과장을 경찰청에 수사의뢰하고, 부적정하게 업무를 처리한 직원 4명에 대하여 징계의결을 요구하며, 선거관리위원회에 근무 중이거나 근무했던 배우자 및 4촌 이내의 친족까지 범위를 확대하여 가족채용 전수조사를 실시하겠다고 발표하였다.
다. 한편 이 사건 자녀채용특혜의혹이 사회적으로 문제되자 피청구인은 2023. 5. 31. 2023년도 제23회 감사위원회의에서 ‘2023년도 업무계획’에 ‘선거관리위원회 채용 등 인력관리실태’를 감사사항에 추가하는 의결을 하고, 2023. 6. 1. 청구인에게 위 감사와 관련하여 감사원법 제27조 등에 따른 자료제출을 요구하였다. 
이에 대해 청구인은, 헌법 제97조에서 정한 행정기관이 아닌 선거관리위원회는 피청구인의 직무감찰 대상이 아니고 국가공무원법상 인사감사의 대상도 아니므로 피청구인의 감사를 수용하기 어렵다는 입장을 밝혔다. 그러나 피청구인은, 감사원법 제24조에 따라 선거관리위원회는 피청구인의 직무감찰 대상에 포함되고, 청구인이 자료제출을 요구받고도 정당한 사유 없이 이에 따르지 아니할 경우 감사원법 제51조에 따라 엄중하게 대처할 것임을 알렸다.
청구인은 2023. 6. 9. 이 사건 자녀채용특혜의혹을 조속히 해소하고 당면한 총선준비에 매진하기 위하여 피청구인의 감사를 수용하겠으나, 피청구인이 청구인을 직무감찰하는 것은 선거관리위원회를 독립된 헌법기관으로 규정한 헌법정신에 부합하지 않으므로 피청구인의 감사 범위를 명확히 하기 위해 헌법재판소에 권한쟁의심판을 청구하겠다는 입장을 밝혔다.
라. 청구인은, 피청구인이 청구인에 대하여 2023. 6. 1.부터 실시하고 있는 ‘선거관리위원회 채용 등 인력관리실태’ 감사는 헌법과 감사원법에 의한 직무감찰 대상이 될 수 없는 독립된 헌법기관인 청구인을 대상으로 한 것으로, 헌법과 선거관리위원회법에 의하여 부여된 청구인의 인사권을 포함한 독립적 업무수행권을 침해한다고 주장하면서, 2023. 7. 28. 이 사건 권한쟁의심판을 청구하였다.
마. 한편 피청구인은 2025. 2. 25. 감사위원회의에서 위 ‘선거관리위원회 채용 등 인력관리실태’에 관한 직무감찰의 감사결과를 의결ㆍ확정하였다.
2. 심판대상
가. 청구인은 2024. 11. 21.자 청구취지변경신청서에서 “피청구인은 청구인에 대한 직무감찰권을 가지고 있지 아니함을 확인한다.”라는 결정을 구하는 내용을 추가하였다. 그러나 그 구체적인 주장 내용은 ‘행정부 소속 기관인 피청구인이 독립된 헌법기관인 청구인에 대하여 직무감찰을 하는 것은 헌법상 허용되지 않으므로, 피청구인의 청구인에 대한 직무감찰은 헌법과 법률이 보장한 청구인의 독립성 및 독자적 업무수행권을 침해한다’는 것으로, 아래 나.항의 심판대상과 사실상 동일하다. 따라서 이 부분 심판청구는 별도의 심판대상으로 삼지 아니한다.
나. 이 사건 심판대상은 피청구인이 2023. 6. 1.부터 2025. 2. 25.까지 청구인에 대하여 실시한 ‘선거관리위원회 채용 등 인력관리실태’에 관한 직무감찰(이하 ‘이 사건 직무감찰’이라 한다)이 헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 청구인의 권한을 침해한 것인지 여부이다. 관련조항은 다음과 같다.
[관련조항]
대한민국헌법(1987. 10. 29. 헌법 제10호로 전부개정된 것)
제97조 국가의 세입ㆍ세출의 결산, 국가 및 법률이 정한 단체의 회계검사와 행정기관 및 공무원의 직무에 관한 감찰을 하기 위하여 대통령 소속하에 감사원을 둔다. 
제100조 감사원의 조직ㆍ직무범위ㆍ감사위원의 자격ㆍ감사대상 공무원의 범위 기타 필요한 사항은 법률로 정한다. 
제114조 ① 선거와 국민투표의 공정한 관리 및 정당에 관한 사무를 처리하기 위하여 선거관리위원회를 둔다. 
② 중앙선거관리위원회는 대통령이 임명하는 3인, 국회에서 선출하는 3인과 대법원장이 지명하는 3인의 위원으로 구성한다. 위원장은 위원 중에서 호선한다. 
③ 위원의 임기는 6년으로 한다. 
④ 위원은 정당에 가입하거나 정치에 관여할 수 없다. 
⑤ 위원은 탄핵 또는 금고 이상의 형의 선고에 의하지 아니하고는 파면되지 아니한다. 
⑥ 중앙선거관리위원회는 법령의 범위 안에서 선거관리ㆍ국민투표관리 또는 정당사무에 관한 규칙을 제정할 수 있으며, 법률에 저촉되지 아니하는 범위 안에서 내부규율에 관한 규칙을 제정할 수 있다. 
⑦ 각급 선거관리위원회의 조직ㆍ직무범위 기타 필요한 사항은 법률로 정한다. 
감사원법(2009. 1. 30. 법률 제9399호로 개정된 것)
제24조(감찰 사항) ① 감사원은 다음 각 호의 사항을 감찰한다. 
1.「정부조직법」 및 그 밖의 법률에 따라 설치된 행정기관의 사무와 그에 소속한 공무원의 직무 
2. 지방자치단체의 사무와 그에 소속한 지방공무원의 직무 
3. 제22조 제1항 제3호 및 제23조 제7호에 규정된 자의 사무와 그에 소속한 임원 및 감사원의 검사대상이 되는 회계사무와 직접 또는 간접으로 관련이 있는 직원의 직무
4. 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 한 사무와 그 밖의 법령에 따라 공무원의 신분을 가지거나 공무원에 준하는 자의 직무 
② 제1항 제1호의 행정기관에는 군기관과 교육기관을 포함한다. 다만, 군기관에는 소장급 이하의 장교가 지휘하는 전투를 주된 임무로 하는 부대 및 중령급 이하의 장교가 지휘하는 부대는 제외한다. 
③ 제1항의 공무원에는 국회ㆍ법원 및 헌법재판소에 소속한 공무원은 제외한다.
④ 제1항에 따라 감찰을 하려는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항은 감찰할 수 없다. 
1. 국무총리로부터 국가기밀에 속한다는 소명이 있는 사항 
2. 국방부장관으로부터 군기밀이거나 작전상 지장이 있다는 소명이 있는 사항 
3. 청구인의 주장 및 피청구인의 답변
가. 청구인의 주장
(1) 일반적으로 피청구인이 행하는 직무감찰은 징계요구, 기관경고 등의 처분으로 이어져 피감기관의 기관운영 전반에 영향을 미친다. 피청구인의 이 사건 직무감찰은 그 권한 범위를 벗어난 것으로서 헌법 및 선거관리위원회법에서 보장한 청구인의 독립적 업무수행권 내지 독립성을 침해할 가능성이 현저하므로 권한침해가능성이 인정된다.
(2) 1960년 제3차 개정헌법은 이른바 3ㆍ15 부정선거에 대한 반성으로 선거의 공정을 기하기 위하여 독립적인 헌법기관으로 청구인의 전신이라 할 수 있는 중앙선거위원회를 설치하였다. 헌법이 청구인에게 부여한 독자적인 권한인 ‘선거와 국민투표의 공정한 관리 및 정당에 관한 사무’는 공정한 선거에 의한 대표자 선출이라는 대의민주주의에 대한 신뢰와 공정성의 기반이 된다는 점에서, 청구인은 정치권력의 개입으로부터 자유로워야 하며 기관 조직과 운영에 있어 독립성과 중립성을 보장받아야 한다. 
(3) 헌법 제97조는 피청구인의 세입ㆍ세출 결산 및 회계검사 대상을 ‘국가’로 규정하고 있는 반면, 직무감찰 대상은 ‘행정기관’으로 규정하고 있다. 이에 더하여 헌법이 피청구인을 대통령 소속으로 규정하면서 피청구인에 관한 규정을 ‘제4장 정부’ 중 ‘제2절 행정부’의 제4관에 위치하도록 하고 있음을 고려할 때, 피청구인의 직무감찰 대상이 되는 ‘행정기관’은 행정부에 소속된 기관이라고 할 것이다. 그러므로 헌법상 행정부와 분리되어 규정되어 있는 청구인은 직무감찰의 대상에서 제외된다고 해석하는 것이 타당하다.
감사원법 제24조에 따른 피청구인의 직무감찰 범위는 헌법 제97조의 규정 내에서만 정하여질 수 있으므로, 감사원법 제24조 제1항 제1호에서 피청구인의 직무감찰 대상으로 정한 ‘법률에 따라 설치된 행정기관’에 헌법상 독립된 국가기관인 청구인이 포함된다고 볼 수 없다. 감사원법 제24조 제3항에서 “제1항의 공무원에는 국회ㆍ법원 및 헌법재판소에 소속한 공무원은 제외한다.”라고 규정한 것은 헌법 해석상 당연한 내용을 선언적ㆍ예시적으로 규정한 것에 불과하므로, 비록 위 조항에 선거관리위원회 소속 공무원이 명시적으로 포함되어 있지 않다고 하더라도 이는 입법의 불비에 불과할 뿐 청구인이 피청구인의 직무감찰 대상이 된다는 것을 의미하는 것은 아니다. 
(4) 따라서 이 사건 직무감찰은 피청구인의 권한의 범위를 정한 헌법 제97조와 감사원법 제24조의 한계를 벗어난 것으로서 청구인의 독립성 내지 독립적 업무수행권을 침해한다.
나. 피청구인의 답변
(1) 이 사건 직무감찰과 직접적으로 관련이 있는 청구인의 권한은 국가공무원법 제17조 제2항에서 정한 감사권인데, 위 조항은 헌법과 감사원법에 따른 피청구인의 직무감찰권을 배제하지 않는다. 이 사건 직무감찰로 인하여 청구인의 인사ㆍ채용 등에 관한 정책판단이 제한되거나 인사권이 제약될 우려도 없다. 따라서 이 사건 직무감찰로 인하여 청구인의 권한이 침해되거나 침해될 현저한 위험이 인정되지 않으므로, 이 사건 심판청구는 권한쟁의심판청구의 적법요건을 충족하지 못하였다. 
(2) 청구인의 사무인 선거관리 등은 그 성질상 행정작용 또는 집행작용에 해당하므로 피청구인의 직무감찰 대상에 포함된다. 피청구인의 직무감찰 대상에 포함되는지 여부는 해당 기관이 독립된 헌법기관인지 여부와는 상관없이 그 업무의 성격에 따라 정하여야 한다. 
헌법의 편제를 살피더라도 국회(제3장), 법원(제5장), 헌법재판소(제6장)가 기관별로 편제되어 있는 것과 달리 청구인은 기관명이 아니라 선거관리(제7장)라는 표제 하에 규정되어 있고, 청구인이 독립된 헌법기관으로서의 지위를 가지게 된 것은 이른바 3ㆍ15 부정선거 이후 선거의 공정을 기하기 위함이었다. 이러한 사정에 비추어 보면, 헌법은 공정한 선거관리의 중요성을 고려하여 선거관리를 별도의 장에 편제한 것으로 이해함이 타당하고, 이를 넘어 헌법이 청구인을 피청구인의 직무감찰 대상인 행정기관에서 배제하도록 규정한 것이라 볼 수는 없다.
(3) 헌법은 피청구인의 권한으로 회계검사권과 함께 행정기관 및 공무원에 대한 직무감찰권을 명시하고 있고, 감사원법 제24조와 하위 규범인 ‘감사원 감사사무 처리규칙’에서 직무감찰 사항 등을 정하고 있다. 피청구인의 직무감찰 대상은 ‘행정기관 및 공무원’과 같이 포괄적으로 규정되어 있고, 다만 감사원법 제24조 제3항에 의하여 입법기관과 사법기관 소속 공무원이 예외적으로 직무감찰 대상에서 제외될 뿐이다. 따라서 피청구인은 청구인과 그 소속 공무원에 대하여 직무감찰을 할 권한이 있다. 과거 선거관리위원회 소속 공무원을 직무감찰 대상에서 제외하는 것으로 감사원법 제24조 제3항을 개정하는 문제와 관련하여 여러 차례 논의가 있었으나 개정이 이루어지지 않았는데, 이에 따르면 청구인은 피청구인의 직무감찰 대상에 포함된다고 보는 것이 감사원법 제24조 제3항의 문언과 입법자의 의도에 부합하는 해석이다.
(4) 이상과 같이 이 사건 심판청구는 권한쟁의심판청구의 적법요건을 충족하지 못하여 부적법하고, 설령 적법하다 하더라도 피청구인은 헌법과 감사원법에 근거하여 청구인의 인사관리 및 조직운영 등 사무에 대하여 이 사건 직무감찰을 한 것이므로 이 사건 직무감찰은 청구인의 독립적 업무수행권을 침해하지 않는다.
4. 적법요건에 관한 판단
가. 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한
(1) 선거는 대의기관을 구성하는 민주적 방법인 동시에 대표기관으로 하여금 민주적 정당성을 확보하게 함으로써 대의민주주의를 실현하기 위한 불가결한 수단이다. 이러한 선거의 기능은 선거의 자유와 공정성이 보장된 선거에서만 가능하다. 선거와 투표에 대한 관리가 공정하게 이루어지지 못한다면, 그 선거와 투표는 본래의 민주정치적 기능을 발휘하지 못하고 하나의 형식적인 기능에 그치고 말 것이다. 이에 헌법은 선거 및 투표관리 등에 관한 사무를 일반행정업무와 기능적으로 분리해 이를 독립된 헌법기관인 선거관리위원회에 맡김으로써 행정부의 부당한 선거 간섭을 제도적으로 배제 내지 견제할 수 있도록 하고 있다(헌재 2008. 6. 26. 2005헌라7 참조).
(2) 행정부의 부당한 선거 간섭을 배제하여 선거의 공정성을 확보하기 위해서는 청구인이 선거관리사무 자체는 물론 이를 수행하는 데 필수적으로 요청되는 인사ㆍ조직운영ㆍ내부규율 등에 관한 사무 또한 독립적으로 수행할 수 있어야 한다. 헌법과 법률에 의해 독자적 권한이 배분된 국가기관은 정도의 차이는 있으나 인적ㆍ물적 자원의 관리 등 조직운영에 관하여 독자적으로 결정할 수 있을 때 그 국가기관의 목적이나 고유기능을 제대로 발휘할 수 있는데, 청구인과 같이 헌법상 독립된 지위와 선거ㆍ국민투표 관리 및 정당사무 등에 관한 고유의 기능이 인정되고 직무 수행에 있어 행정부 등 외부기관으로부터의 독립성과 중립성이 필요한 헌법기관의 경우는 더욱 그러하다.
이에 헌법은 선거와 국민투표의 공정한 관리 등을 위하여 선거관리위원회를 두도록 하면서, 청구인에게 법령의 범위 안에서 선거ㆍ국민투표 관리 또는 정당사무에 관한 규칙을 제정할 수 있고 법률에 저촉되지 아니하는 범위 안에서 내부규율에 관한 규칙을 제정할 수 있는 권한을 부여하고 있으며, 각급 선거관리위원회의 조직ㆍ직무범위 기타 필요한 사항에 관하여는 법률로 정하도록 하고 있다(제114조 제6항, 제7항). 그에 따라 선거관리위원회법은 청구인이 선거관리위원회의 사무를 통할ㆍ관리하도록 하고(제3조 제3항), 각급 선거관리위원회에 두는 조직ㆍ직무범위 및 공무원의 정원 그 밖의 필요한 사항은 중앙선거관리위원회규칙으로 정하도록 하고 있으며(제15조 제13항), 선거관리위원회 소속 공무원의 임용을 위한 채용시험ㆍ승진시험ㆍ기타 시험은 국가공무원법을 적용하여 청구인 사무처의 사무총장이 실시하도록 하고 있고(제15조의3 제1항), 청구인의 경비는 독립하여 국가예산에 계상하도록 하고 있다(제18조 제1항). 이처럼 헌법과 선거관리위원회법은 독립된 헌법기관인 청구인에게 선거사무 등에 관한 권한은 물론 내부규율에 관한 규칙제정권을 부여하고 있으며, 인사와 조직운영 등 선거관리기관의 운영에 수반되는 각종 사무에 관한 사항들도 청구인이 직접 규율할 수 있도록 정하고 있다.
이와 같은 청구인의 헌법상 지위와 헌법 및 선거관리위원회법의 관련 규정들을 종합하여 보면, 청구인에게는 헌법과 선거관리위원회법에 의하여 행정부 등 외부기관의 부당한 간섭 없이 선거관리사무는 물론 인사ㆍ조직운영ㆍ내부규율 등에 관한 사무를 독립적으로 수행할 권한이 부여되어 있다고 할 것이다.
나. 권한의 침해 또는 현저한 침해 위험의 가능성
(1) 권한쟁의심판청구의 적법요건 단계에서 요구되는 권한침해의 요건은 청구인의 권한이 구체적으로 관련되어 이에 대한 침해가능성이 존재할 경우 충족되는 것으로 볼 수 있고, 권한의 침해가 실제로 존재하고 그것이 위헌 내지 위법한지의 여부는 본안의 결정에서 판단되어야 한다(헌재 2006. 5. 25. 2005헌라4; 헌재 2009. 5. 28. 2006헌라6 참조).
(2) 이 사건 직무감찰은 인사ㆍ채용ㆍ조직운영 등 청구인의 기관운영 전반에 관하여 이루어진 것으로서, 독립된 헌법기관인 청구인의 기관운영에 관하여 그 합법성 내지 합목적성을 감찰하는 것은 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한에 영향을 미치므로, 이 사건 직무감찰로 인한 청구인의 권한 침해가능성이 인정된다. 
피청구인은 이 사건 직무감찰 결과 징계 요구 등이 이루어진다 하더라도 청구인에게 강제되는 것이 아니어서 청구인의 권한이 침해될 여지가 없다는 취지로 주장한다. 그러나 직무감찰을 받는 자가 피청구인의 자료제출 요구에 따르지 아니할 경우 감사원법 제51조에 따라 처벌대상이 될 수 있는데, 피청구인이 청구인에 대하여 직무감찰을 실시하면서 청구인의 인사업무 내지 내부규율 등에 관한 자료를 제출하도록 강제하는 것 그 자체로 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한에 영향을 미치므로, 위 주장은 이유 없다.
다. 피청구인은 이 사건 심판청구가 사실상 권한쟁의심판의 대상으로 삼을 수 없는 감사원법 제24조의 위헌 여부를 다투는 것이어서 그 자체로 부적법하다는 취지로 주장하나, 청구인이 다투는 것은 이 사건 직무감찰이 헌법과 감사원법을 위반하여 청구인의 권한을 침해하는지 여부에 관한 것이므로, 위 주장도 이유 없다.
라. 한편 이 사건 직무감찰의 감사결과가 2025. 2. 25. 감사위원회의에서 의결ㆍ확정되었으므로 이 사건 심판청구가 인용된다고 하더라도 청구인의 권리구제에는 도움이 되지 아니하여 원칙적으로 심판의 이익이 없다. 
그러나 권한쟁의심판은 주관적 권리구제뿐만 아니라 객관적인 헌법질서 보장의 기능도 겸하고 있으므로, 청구인에 대한 권한침해상태가 이미 종료하여 이를 취소할 여지가 없어졌다 하더라도 같은 유형의 침해행위가 앞으로도 반복될 위험이 있고, 헌법질서의 수호ㆍ유지를 위하여 그에 대한 헌법적 해명이 긴요한 사항에 대하여는 예외적으로 심판청구의 이익을 인정할 수 있다(헌재 2009. 5. 28. 2006헌라6; 헌재 2023. 3. 23. 2020헌라5 참조).
피청구인은 청구인이 피청구인의 직무감찰 대상에 포함된다고 주장하고 있어 앞으로 같은 유형의 침해행위가 반복될 위험이 있고, 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한과 피청구인의 직무감찰 대상에 관한 헌법적 해명의 필요성 역시 인정되므로, 이 사건의 경우 예외적으로 심판청구의 이익을 인정할 수 있다.
5. 본안에 관한 판단
가. 쟁점
(1) 청구인은, 헌법과 감사원법상 피청구인에게는 청구인을 직무감찰할 권한이 없으므로 이 사건 직무감찰은 권한 없이 이루어진 것으로서 청구인의 독립적 업무수행권을 침해한다고 주장한다. 이에 대하여 피청구인은, 이 사건 직무감찰은 헌법 제97조와 감사원법 제24조 제1항 제1호를 근거로 하여 피청구인의 권한 범위 내에서 이루어진 것이라고 주장한다.
앞서 본 바와 같이 독립된 헌법기관인 청구인에게는 독립적인 업무 수행에 관한 권한이 인정되고, 여기에는 소속 공무원에 대한 인사와 처우를 스스로 결정하고 조직운영 및 관할사무의 수행 등에 있어 다른 국가기관으로부터 부적법한 간섭을 받지 않을 권한도 포함된다고 볼 수 있다. 따라서 피청구인에게 청구인을 직무감찰할 권한이 존재하지 않는다면 이 사건 직무감찰은 위헌ㆍ위법한 것으로서 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한을 침해하는 것이 되므로, 이 사건 쟁점은 피청구인에게 청구인을 직무감찰할 권한이 있는지 여부이다. 
(2) 헌법은 제97조에서 ‘국가의 세입ㆍ세출의 결산, 국가 및 법률이 정한 단체의 회계검사’와 ‘행정기관 및 공무원의 직무에 관한 감찰’을 하기 위하여 대통령 소속하에 감사원을 두도록 규정하는 한편, 제100조에서 감사원의 직무범위와 감사대상 공무원의 범위 등을 법률로 정하도록 규정하고 있다. 이에 따라 감사원법 제24조는 직무감찰의 범위를 규정하고 있는데, 그중 제1항 제1호는 ‘정부조직법 및 그 밖의 법률에 따라 설치된 행정기관의 사무와 그에 소속한 공무원의 직무’를 직무감찰 사항으로 규정하고 있다. 결국 피청구인에게 청구인을 직무감찰할 권한이 있는지 여부는 직무감찰의 수권규정인 헌법 제97조와 감사원법 제24조 제1항 제1호에서 직무감찰의 대상으로 규정하고 있는 ‘행정기관과 그 소속 공무원’의 범위에 청구인과 그 소속 공무원이 포함되는지 여부에 달려있는바, 이는 헌법이 청구인을 독립된 헌법기관으로 규정한 취지와 피청구인의 소속형태 및 직무감찰권의 성격 등을 바탕으로 검토되어야 한다.
이하에서는 청구인의 헌법적 지위, 헌법 제97조와 감사원법 제24조 제1항 제1호를 근거로 피청구인이 청구인에 대하여 직무감찰을 할 수 있는지, 나아가 이 사건 직무감찰이 청구인의 권한을 침해하는 것인지 여부에 관하여 살펴본다. 
나. 청구인의 독립된 헌법기관으로서의 지위
(1) 공정한 선거관리의 헌법적 중요성
오늘날의 대의민주주의 하에서 선거는 국민이 통치기관을 결정·구성하는 방법이고 선출된 대표자에게 민주적 정당성을 부여함으로써 국민주권주의 원리를 실현하는 핵심적인 역할을 하고 있으므로, 선거에서의 공정성 요청은 매우 중요하고 필연적이다(헌재 2008. 1. 17. 2007헌마700 참조). 이와 같은 선거의 기능은 선거의 자유와 공정성이 보장된 선거에서만 가능하며, 선거와 투표에 대한 관리가 공정하게 이루어지지 못한다면 그 선거와 투표는 본래의 민주정치적 기능을 발휘하지 못하고 하나의 형식적인 기능에 그치고 말 것임은 앞서 본 바와 같다. 다시 말해 대의민주주의와 국민주권주의를 실현하기 위해서는 선거의 공정한 관리가 필수적으로 요구되는데, 선거와 투표관리사무 등의 담당기관을 일반행정기관과는 별도의 독립기관으로 구성해야 한다는 요청이 나오는 것도 바로 이 때문이다. 아래에서 살피듯이 헌법상 선거관리위원회는 이러한 요청을 제도화한 것이다(헌재 2008. 6. 26. 2005헌라7 참조).
(2) 헌법이 선거관리위원회를 독립된 헌법기관으로 설치한 취지
(가) 1948. 7. 17. 제정된 헌법과 1952. 7. 7. 개정된 헌법 및 1954. 11. 29. 개정된 헌법은 선거관리기구 설치에 관한 직접적인 근거규정을 두지 않았고, 선거관리사무는 법률상 기관인 행정부 소속의 선거위원회가 담당하였다. 이러한 체제 하에서 공무원과 경찰의 선거개입 등 관권선거가 문제되었고, 특히 1960. 3. 15. 실시된 대통령 및 부통령 선거에서 내무부와 각 도의 경찰이 투표총계를 조작하고 날조하는 등 이른바 3ㆍ15 부정선거가 자행되기에 이르렀다. 
(나) 3ㆍ15 부정선거 등 불의에 항거한 4ㆍ19 혁명에 의하여 1960. 6. 15. 헌법 개정(제3차 개정헌법)이 이루어지면서 3ㆍ15 부정선거에 대한 반성적 조치 및 국민적 열망에 따라 민주적인 선거제도와 관련된 규정들이 헌법에 도입되었는데, 가장 핵심적인 내용은 선거관리사무와 그 주체를 정부와 기능적ㆍ조직적으로 분리하여 독립된 헌법기관에 맡긴 것이었다. 즉 제3차 개정헌법은 ‘제5장 정부’와 병립하는 ‘제6장 중앙선거위원회’를 별도로 편제하였고, 제6장에 ‘선거의 관리를 공정하게 하기 위하여 중앙선거위원회를 두고, 중앙선거위원회는 대법관 중에서 호선한 3인과 정당에서 추천한 6인의 위원으로 구성하며, 위원장은 대법관인 위원 중에서 호선’하도록 하는 규정을 마련하였다(제75조의2). 
(다) 이후 헌법이 여러 차례 개정되면서 선거관리기구의 명칭과 구성방식 등 일부 변경이 있었으나 선거관리의 주체를 정부와는 별도의 독립된 합의제 헌법기관으로 규정하여 그 독립성과 중립성을 강조하는 체계는 현행 헌법에 이르기까지 그대로 견지되고 있다. 또한 위와 같은 헌법 개정을 통해 청구인의 위원의 신분보장 규정이 마련되고 선거관리 등 사무 및 내부규율에 관한 규칙제정권이 부여되는 등 청구인의 독립성과 중립성을 강화할 수 있는 규정들이 헌법에 추가되었다. 
즉, 현행 헌법은 제7장에서 ‘선거관리’라는 표제 하에 선거와 국민투표의 공정한 관리 및 정당에 관한 사무의 처리를 담당하는 독립된 헌법기관으로 선거관리위원회를 두면서, 합의제 헌법기관인 청구인의 구성에 대통령, 국회, 대법원장이 동등하게 참여하고, 청구인의 위원장을 위원 중에서 호선하도록 규정하고 있다(제114조 제2항). 그리고 청구인의 위원의 임기를 6년으로 명시하고, 탄핵 또는 금고 이상의 형의 선고에 의하지 아니하고는 파면되지 않도록 하여 신분을 보장하고 있으며(제114조 제3항, 제5항), 선거관리ㆍ국민투표관리 또는 정당사무에 관한 규칙과 내부규율에 관한 규칙의 제정권도 부여하고 있다(제114조 제6항).
(라) 이와 같이 제3차 개정헌법 이래로 우리 헌법이 선거관리사무를 행정부로부터 기능적ㆍ조직적으로 분리하여 독립된 헌법기관인 선거관리위원회에 부여한 것은, 선거관리기구가 대의민주제에서 요청되는 독립적ㆍ중립적 선거관리라는 헌법적 과제를 제대로 수행하기 위해서는 외부 권력기관, 특히 대통령을 수반으로 하는 정부의 영향력을 제도적으로 차단할 필요가 있고, 이를 위해서는 선거관리사무를 행정부가 아닌 독립된 헌법기관에 맡겨야 한다는 헌법적 결단이 헌법체계에 반영된 결과라고 볼 수 있다.
다. 피청구인에게 청구인에 대한 직무감찰권이 존재하는지 여부
(1) 헌법 제97조의 해석
(가) 헌법은 피청구인을 ‘제4장 정부’ 중 ‘제2절 행정부’의 제4관에서 규정하고 있는바, 피청구인은 대통령 소속으로 행정부에 속한 기관이다. 헌법 제97조는 “국가의 세입ㆍ세출의 결산, 국가 및 법률이 정한 단체의 회계검사와 행정기관 및 공무원의 직무에 관한 감찰을 하기 위하여 대통령 소속하에 감사원을 둔다.”라고 정하여, 피청구인에게 ‘국가’를 대상으로 한 회계검사권과 ‘행정기관’을 대상으로 한 직무감찰권을 부여하고 있다. 여기서 회계검사 대상인 ‘국가’에는 모든 국가기관이 포함된다고 볼 수 있지만, 직무감찰 대상이 되는 ‘행정기관’의 종류에 관하여 헌법은 구체적으로 정하고 있지 않다. 
한편 청구인이 담당하는 선거관리사무는 그 성격상 행정작용에 해당한다고 볼 수 있다. 피청구인은 이와 같은 선거관리사무의 성격을 근거로 행정사무를 담당하는 청구인은 헌법 제97조가 직무감찰 대상으로 정한 행정기관에 포함된다고 주장한다.
(나) 그러나 앞서 본 바와 같이 정부에 의해 관권선거가 자행된 이른바 3ㆍ15 부정선거로 대의민주주의와 국민주권주의의 위기를 경험한 우리 국민은 헌법적 결단을 통해 선거관리사무를 행정부로부터 기능적ㆍ조직적으로 분리하여 독립된 헌법기관인 선거관리위원회에 부여하고 있는바, 공정한 선거관리를 위해서는 대통령을 수반으로 하는 정부의 영향력을 제도적으로 차단하여야 한다는 것이 헌법개정권자의 확고한 의사라고 할 수 있다. 즉, 선거관리가 그 사무의 성격상 행정작용에 해당한다고 하더라도, 선거관리위원회를 독립된 헌법기관으로 설치함으로써 선거관리에 정부가 영향력을 행사할 수 없도록 하여 선거관리의 독립성과 중립성을 보장하고자 하는 것이 헌법개정권자의 의사인 것이다. 
이와 같이 청구인을 정부와 독립된 헌법기관으로 둔 헌법적 결단을 고려하면, 선거관리사무가 행정작용에 해당한다는 이유만으로 헌법상 대통령 소속으로 행정부에 속한 피청구인의 직무감찰 대상에 청구인이 당연히 포함된다고 볼 수 없다. 이는 아래에서 살펴 볼 피청구인의 직무감찰권의 성격 등을 고려할 때 더욱 그러하다.
(다) 피청구인의 직무감찰은 행정기관 등의 사무와 그 소속 공무원 등의 직무 및 이와 관련된 행위에 대하여 조사, 평가 등의 방법으로 법령상, 제도상 또는 행정상의 모순이나 문제점을 적출하여 이를 시정, 개선하고, 공무원 등의 위법ㆍ부당행위를 적발하여 이를 바로잡기 위한 감사이다(‘감사원 감사사무 처리규칙’ 제5조 제1항 참조). 
1962. 12. 26. 헌법 개정(제5차 개정헌법) 이전의 헌법은 국가의 회계검사를 담당하는 헌법기관으로 심계원을 두었을 뿐 행정기관에 대한 직무감찰을 담당하는 헌법기관을 별도로 두지 않았고, 대신 법률 내지 대통령령에서 대통령 소속(의원내각제를 채택한 제2공화국에서는 국무총리 소속) 기관으로 감찰위원회 또는 사정위원회를 두어 행정기관에 대한 직무감찰을 담당하도록 하였다. 그러다가 제5차 개정헌법에서 회계검사기능과 직무감찰기능을 통합한 피청구인이 헌법기관으로 규정됨에 따라 비로소 행정기관에 대한 직무감찰권이 헌법에 편입되어 현행 헌법에 이르고 있다. 이처럼 피청구인의 직무 중 세입ㆍ세출의 결산과 그 전제가 되는 회계검사는 입헌국가의 필수적 작용으로서 헌법사항으로 인정되어 온 반면, 행정기관에 대한 직무감찰의 경우 제5차 개정헌법 이전에는 헌법상 직접적 수권 없이 정부의 수반인 대통령의 권한인 행정감독권 행사의 일환으로 이루어졌던 것으로 평가할 수 있다. 
결국 현행 헌법상 피청구인의 직무감찰은 행정기관의 사무와 그 소속 공무원의 직무수행의 합법성뿐만 아니라 합목적성까지 조사함으로써 행정기관의 운영개선과 향상을 도모하고 직원의 비위를 척결하는 것으로서, 대통령의 행정감독권에 기하여 대통령 소속 하에 설치된 직무감찰기관이 수행하던 기능이 제5차 개정헌법을 통해 피청구인이 헌법기관으로 규정됨에 따라 헌법기능으로 격상되어 헌법 제97조의 직무감찰 대상 범위 등의 내용에 반영된 것이라 볼 수 있다. 따라서 피청구인의 직무감찰권은 행정부 내부의 통제장치로서의 성격을 갖는다고 볼 수 있는바, 정부와 독립된 헌법기관인 국회, 법원, 헌법재판소는 물론 이들 헌법기관과 마찬가지로 독립된 헌법기관으로 설치된 선거관리위원회도 헌법 제97조가 정한 피청구인의 직무감찰 대상에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다. 
(라) 헌법 제98조와 감사원법 제8조는 감사원장과 감사위원의 임기 및 신분보장을 규정하고 있고, 감사원법 제2조 제1항은 “감사원은 대통령에 소속하되, 직무에 관하여는 독립의 지위를 가진다.”라고 규정하여 피청구인의 직무상 독립성을 강조하고 있다. 그러나 피청구인은 대통령에 소속된 행정부 기관이고 그 구성에 있어서도 대통령이 감사원장과 감사위원을 임명하고 있는바(헌법 제98조 제2항, 제3항), 현실적으로 피청구인 소속 공무원이 정부의 수반인 대통령의 영향력에서 자유롭기 어렵고, 대통령이 임명권을 통하여 피청구인의 업무를 실제적으로 통제할 수 있다는 우려를 배제하기가 어렵다. 또한 감사원법 제42조 제1항은 감사 결과 중요하다고 인정되는 사항을 대통령에게 보고하도록 규정하고 있는데, 보고 대상이나 절차 등을 감사원규칙(‘중요 감사 결과 등 보고의 운영에 관한 규칙’)으로 한정한다 하더라도 대통령이 피청구인의 직무감찰을 통해 간접적으로나마 피감기관에 영향을 미칠 가능성이 완전히 차단되어 있다고 단정하기 어렵다. 
특히 선거관리와 관련하여 보면, 정당민주주의 하에서 대통령은 특정 정당의 당원으로서 해당 정당의 정책이나 이익과 밀접하게 관련될 가능성이 있는데, 대통령 소속기관인 피청구인이 청구인에 대하여 직무감찰을 할 수 있게 된다면 선거관리의 공정성과 중립성에 대한 국민의 신뢰가 훼손될 위험도 있다. 
따라서 대통령 소속인 피청구인으로 하여금 청구인에 대한 직무감찰을 허용하는 것은 선거관리에 행정부, 특히 대통령의 영향력을 제도적으로 차단하기 위하여 선거관리위원회를 독립된 헌법기관으로 설치한 헌법개정권자의 의사에 반하는 것이다.
(마) 한편 ‘부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률’ 제72조는 일정한 요건을 갖춘 국민에 대하여 공공기관의 사무처리가 법령위반 또는 부패행위로 인하여 공익을 현저히 해하는 경우 피청구인에게 감사를 청구할 수 있도록 하면서도, 국회ㆍ법원ㆍ헌법재판소ㆍ선거관리위원회의 사무에 대하여는 국회의장ㆍ대법원장ㆍ헌법재판소장ㆍ청구인의 위원장에게 감사를 청구하도록 규정하여, 선거관리위원회의 경우 국회 등 다른 독립된 헌법기관과 마찬가지로 자체감사를 전제로 국민감사청구제도를 마련하고 있다. 이는 앞서 살핀 피청구인의 직무감찰 대상에 관한 헌법의 입장이 관련 입법을 통해 구체화되고 있는 사례로 볼 수 있다.
(바) 이상 살핀 바와 같은 독립된 헌법기관으로서의 청구인의 지위와 피청구인의 소속 및 직무감찰권의 성격 등을 종합하여 보면, 헌법 제97조가 정한 피청구인의 직무감찰 대상인 ‘행정기관 및 공무원’에 청구인과 그 소속 공무원은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다. 
(2) 감사원법 제24조 제1항 제1호와 같은 조 제3항의 해석
(가) 헌법 제100조는 피청구인의 직무범위와 감사대상 공무원의 범위 등을 법률로 정하도록 위임하고 있고, 이에 따라 감사원법 제24조 제1항 제1호는 ‘정부조직법 및 그 밖의 법률에 따라 설치된 행정기관의 사무와 그에 소속한 공무원의 직무’를 직무감찰 사항으로 정하고 있다. 
그런데 앞서 살핀 바와 같이 청구인과 그 소속 공무원은 헌법 제97조에 의하여 피청구인의 직무감찰이 허용되는 ‘행정기관 및 공무원’에 포함되지 않으므로, 헌법 제97조를 구체화한 감사원법 제24조 제1항 제1호의 ‘행정기관 및 그 소속 공무원’에도 청구인과 그 소속 공무원이 제외됨은 합헌적 법률해석의 원칙상 명백하다. 
(나) 한편 감사원법 제24조 제3항은 “제1항의 공무원에는 국회ㆍ법원 및 헌법재판소에 소속한 공무원은 제외한다.”라고 규정하여 청구인 소속 공무원을 직무감찰 제외대상으로 명시하고 있지 않다. 
피청구인은 위 조항의 문리해석상 청구인은 피청구인의 직무감찰 대상에서 제외되지 않고, 이러한 해석이 입법자의 의도에도 부합한다고 주장한다. 그러나 정부와 독립된 헌법기관인 국회, 법원, 헌법재판소가 피청구인의 직무감찰 대상에 해당하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 이들 헌법기관 소속 공무원을 직무감찰 대상에서 제외한 감사원법 제24조 제3항은 예시적ㆍ확인적 규정에 불과하다고 할 것이다. 
따라서 감사원법 제24조 제3항이 청구인을 직무감찰 제외대상으로 명시하지 않았다고 하더라도 청구인이 피청구인의 직무감찰 대상에 포함되지 않는다는 결론에는 아무런 차이가 없으므로, 피청구인의 위 주장은 이유 없다.
(3) 소결
결국 우리 헌법의 체계 및 헌법 제97조와 감사원법 제24조의 해석 등을 종합하면, 피청구인에게는 청구인에 대한 직무감찰권이 부여되어 있다고 볼 수 없다.
라. 이 사건 직무감찰이 청구인의 권한을 침해하는지 여부
(1) 피청구인에게 청구인에 대한 직무감찰권이 부여되어 있지 않은 이상, 이 사건 직무감찰은 헌법 및 법률상 권한 없이 이루어진 것으로서 헌법과 선거관리위원회법에 의하여 부여받은 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한을 침해한다. 
(2) 피청구인은 이 사건 직무감찰이 청구인의 선거관리 등 고유한 사무가 아니라 인사ㆍ채용ㆍ조직운영 등 일반적인 행정사무에 한정하여 이루어졌으므로 청구인의 권한을 침해하는 것이 아니라는 취지로 주장한다.
그러나 청구인에게는 독립된 헌법기관으로서 인사ㆍ조직운영ㆍ내부규율 등에 관한 독립적인 업무 수행 권한이 인정됨은 앞서 본 바와 같고, 직무감찰 대상이 된 사무의 성격에 따라 권한 침해 여부가 달라진다고 볼 수는 없다.
또한 피청구인의 직무감찰이 인사ㆍ채용ㆍ조직운영 등 일반 행정사무를 대상으로 이루어지는 경우에도 선거관리를 담당하는 조직 내지 공무원이 그 대상이 되는 경우 직무감찰과정에서 선거관리에 관한 자료 등에 대해서까지 광범위하게 제출 요구가 이루어질 수 있고, 직무감찰과정에서 인사사무에 관한 사항과 선거관리에 관한 사항을 엄격하게 구분하는 것도 곤란할 수 있는바, 일반 행정사무에 대한 직무감찰이 청구인의 중립성과 독립성에 미치는 영향이 제한적이라 보기도 어렵다.
따라서 이 사건 직무감찰이 선거관리사무를 직접적인 대상으로 삼지 않았다는 사정만으로 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한이 침해되지 않는다고 볼 수 없다.
(3) 피청구인은 이 사건 자녀채용특혜의혹을 통해서도 알 수 있듯이 청구인의 자체감사만으로는 제대로 된 자정기능을 기대하기 어렵기 때문에 피청구인에 의한 직무감찰이 필요하다고 주장하나, 앞서 살핀 바와 같이 피청구인에게는 청구인에 대한 직무감찰권이 부여되어 있지 않으므로, 위 주장은 이유 없다. 
다만 분명하게 하여야 할 것은, 피청구인의 직무감찰 대상에서의 배제가 곧바로 부패행위에 대한 성역의 인정으로 호도되어서는 안 된다는 점이다. 부패행위에 대한 감시와 통제는 어느 영역에서나 당연히 이루어져야 하는 것으로, 청구인이 피청구인의 직무감찰 대상에 포함되지 않는다고 하더라도 국민의 대표인 국회에 의한 국정조사와 국정감사 및 수사기관에 의한 외부적 통제까지 배제되는 것이 아님은 물론이며, 그 밖에 헌법 제65조에 따른 탄핵심판제도도 청구인에 대한 외부적 통제가 될 수 있다.
한편 헌법이 독립된 헌법기관에 대한 피청구인의 직무감찰을 허용하지 않는 것은, 이를 대신할 수 있는 독립성과 전문성을 갖춘 자체 감찰기구가 마련될 것이라는 점을 전제로 한 것이라 이해할 수 있다. 이와 관련하여 청구인은 제20대 대통령선거 사전투표 부실 관리 논란과 이 사건 자녀채용특혜의혹 등을 계기로 이루어진 조직쇄신 방안 등을 통해, 종래 청구인 사무처의 사무차장 소속 하에 두었던 감사조직을 청구인 직속으로 변경하고, 감사조직의 장인 감사관을 임기제공무원으로 보할 수 있도록 하였으며[‘선거관리위원회 사무기구에 관한 규칙’(2022. 11. 30. 선거관리위원회 규칙 제559호로 개정된 것) 제2조 제1항, 제4조 제1항 참조], 이에 따라 2024. 1. 1. 감사관을 외부인사로 임명하였다. 또한 청구인은 선거관리위원회 감사업무의 공정성과 투명성을 제고하기 위해 위원장과 부위원장을 포함한 6인의 외부인사 위원과 1인의 청구인 내부 위원으로 구성되는 독립된 심의기관인 ‘선거관리위원회 감사위원회’제도를 신설하여[‘선거관리위원회 감사위원회 규칙’(2023. 10. 20. 선거관리위원회규칙 제585호로 제정된 것) 제1조부터 제3조 참조], 2024. 1. 1.부터 시행하고 있다. 위와 같은 제도들은 종전 자체 감사기구에 비하여 외부인사의 참여와 역할이 보장되어 제도적으로는 그 독립성과 실효성이 강화될 수 있는 단초가 마련되었다고 할 것인바, 그 취지에 맞는 운영과정 등을 통해 실효성을 담보함으로써 청구인의 자체감사에 대한 우려를 불식시킬 수 있는 노력이 함께 경주되어야 할 것이다.
6. 결론
그렇다면 피청구인이 2023. 6. 1.부터 2025. 2. 25.까지 청구인에 대하여 실시한 ‘선거관리위원회 채용 등 인력관리실태’에 관한 직무감찰은 헌법 및 선거관리위원회법에 의하여 부여받은 청구인의 독립적인 업무 수행에 관한 권한을 침해하였다고 할 것이므로, 이 사건 심판청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.

재판관  문형배 이미선 김형두 정정미 정형식 김복형 조한창 정계선