# 구 법인세법 제99조 제1항 제1호 등 위헌소원

## 판시사항

법인의 양도소득에 대하여 법인세 외에 특별부가세를 부과하고 있는 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호, 제2호, 제2항 전단, 제3항 제1호 본문 및 제2호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)가 조세법률주의에 위배되어 재산권을 침해하는지 여부(소극)

## 결정요지

이 사건 법률조항은 개인과 법인 사이의 과세의 불균형을 바로잡고 토지 등에 대한 투기를 방지하기 위하여 부동산 등의 처분이익에 대하여 법인세를 과세하는 외에 추가로 특별부가세를 과세하고, 그리하여 소득세법상 양도소득에 대한 최고세율과 법인세법상 양도소득에 대한 최고세율이 비슷하게 되도록 함으로써 토지 등에 대한 투기 유인을 제거하는 한편 법인과 개인 간의 조세형평도 달성하게 하는 것이므로, 이 사건 법률조항은 목적의 정당성이 인정되고, 그 목적을 위한 적절한 수단이라고 할 것이다. 또한 법인세 이외에 별도의 조세부과가 없다면 토지 등의 양도에 있어서 법인과 개인의 세부담이 불공평하게 되고, 이 사건 부동산을 기준으로 하여, 법인의 부동산 양도차익에 대한 특별부가세의 세부담과 개인의 부동산 양도차익에 대한 양도소득세의 세부담을 비교하여 보면 일률적으로 개인이 법인에 비하여 양도차익에 대한 세부담율이 낮다고는 할 수 없으며, 개인에게 부과되는 양도소득세와 비교하여 중복과세로 인한 법인의 세부담 차이는 거의 없거나 있다고 하더라도 과세체계상 허용되는 범위 내에 있는 것으로 봄이 상당하므로 이 사건 법률조항은 그 입법목적의 달성에 비례하는 제한 수단을 취한 것이고, 이 사건 법률
조항을 통하여 추구하는 공익을 침해되는 사익과 비교할 때 법익의 균형성 요건도 충족한다고 할 것이므로, 이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 않는다.

## 심판대상조문

구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조(과세표준) ① 특별부가세의 과세표준은 다음 각 호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.
1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)
2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3.～4. 생략
② 제1항에서 "양도"라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세및증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.
③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용
④～⑫ 생략

## 참조조문

헌법 제23조, 제59조
구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호, 제2호, 제3조 제1항, 제101조
구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호, 제2호, 제2항 전단, 제3항 제1호 본문 및 제2호

## 참조판례

92헌가15
95헌바38
96헌가19
97헌바66
2000헌바54
2000헌바35
2000헌바28

## 전문

【당 사 자】
청 구 인  이○길 외 1인
청구인들 대리인 법무법인 부일
담당변호사 안병민
당해사건서울고등법원 2006누2116 제2차납세의무자지정납세고지처분취소
【주 문】
구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호ㆍ제2호, 제2항 전단, 제3항 제1호 본문 및 제2호는 헌법에 위반되지 아니한다.
【이 유】
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 부동산임대업 등을 목적으로 설립된 청구외 주식회사 ○○벤처프라자(이하 ‘○○벤처’라 한다)는 2000. 5. 10. ○○종합건설 주식회사로부터 서울 강남구 ○○동 689-3, 31, 32 및 그 지상 건물(대지 합계 321.52평, 건물은 지하 2층 지상 7층으로서 연면적 1,611.43평, 이하 위 토지와 건물을 가리켜 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 건물만을 가리켜 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 58억 3,000만 원에 매수하여 내부수리 공사를 마친 후 2001. 10. 4. 대한예수교장로회 ○○교회에게 74억 원에 양도하였다.
(2) ○○벤처는 2002. 3. 31. 위 양도차익에 따른 사업소득 등을 포함하여 2001년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였고, ○○세무서장은 ○○벤처가 이 사건 부동산의 취득원가와 지급 공사비 등을 과다계상하여 이 사건 부동산의 양도차익에 따른 사업소득을 감소시켰다는 이유로 2002. 10. 7. ○○벤처에게 2001년도 법인세에 대해 1차 증액 경정처분하고, 아울러 법인 소유 부동산을 유상양도함으로써 발생하는 차익에 대한 조세로서 특별부가세를 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 제1차 처분’이라 한다).
(3) 그러나 ○○벤처가 이 사건 제1차 처분에 대한 세액을 체납하자, ○○세무서장은 청구인들 및 청구인 이○길의 동생인 이○우가 ○○벤처의 발행주식의 98%를 소유하는 구 국세기본법(2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것)
제39조 제1항 제2호 가목 소정의 과점주주에 해당한다는 이유로, 2002. 11. 2. 청구인들을 ○○벤처의 제2차 납세의무자로 지정하고, 같은 날 청구인들에 대하여 ○○벤처의 위 체납세액 중 청구인들 소유의 주식비율(청구인 이○길 38%, 청구인 유○례 50%)에 해당하는 금액을 제2차 납세의무 세액으로 산정하여, 청구인들에게 2000년도 법인세, 특별부가세를 포함한 2001년도 법인세 등을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 제2차 처분’이라 한다).
(4) ○○벤처는 2002. 12. 31. 이 사건 제1차 처분에 대하여 국세심판을 청구하였는데, 국세심판원은 2003. 5. 13. ○○벤처의 이 사건 건물 취득원가와 지급 공사비 등 자본적 지출액을 다시 조사하라는 취지로 재결하여, ○○세무서장은 그 재결취지에 따라 2003. 7. 17. 감액경정처분을 하였고, 청구인들
에 대하여도 이 사건 제1차 처분이 감액된 만큼 각 주식소유비율에 따라 2003. 7. 24.경 청구인들에 대한 이 사건 제2차 처분에 대하여 각 감액경정처분을 하였다.
(5) 청구인들은 ○○세무서장을 상대로 서울행정법원 2003구합39245호로 이 사건 제2차 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였는데, 위 법원이 청구인들 패소 판결을 선고하자 서울고등법원에 2006누2116호로 항소를 제기하였고, 그 재판 계속중에 이 사건 각 처분의 근거가 된 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제99조 제1항 제1호 등에 대하여 위헌법률심판제청신청(2006아178)을 하였으나 위 법원이 2006. 10. 31. 그 신청을 기각하자, 2006. 12. 6. 헌법재판소법 제68조 제2항에 따라 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 심판의 대상
청구인들은 법 제99조 제1항 제1호 및 제2호, 제2항ㆍ제3항 제1호 및 제2호 전부를 심판대상으로 하여 심판청구를 하였으나, 법 제99조 제2항 후단, 제3항 제1호 단서는 증여에 관한 것으로서 청구인들이 다투는 납세의무 부과처분과 관련된 것이 아니므로, 심판대상은 법 제99조 제1항 제1호ㆍ제2호, 제2항 전단, 제3항 제1호 본문 및 제2호가 헌법에 위반되는지 여부로 한정함이 타당하다 할 것이다(이하 ‘이 사건 법률조항’이라고 한다).
이 사건 심판대상조항은 다음과 같고, 관련 법령의 규정은 [별지]와 같다.
구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조(과세표준) ? 특별부가세의 과세표준은 다음 각 호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.
1.토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)
2.건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
? 제1항에서 "양도"라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.
? 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.
1. 취득가액
2.토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용
2. 청구인들의 주장, 법원의 위헌제청신청 기각이유 및 관계기관의 의견
가. 청구인들의 주장요지
부동산의 매매, 임대를 목적으로 하는 회사인 ○○벤처에게 이 사건 건물의 양도 차익을 포함한 소득에 관하여 법인세 납세의무 외에 다시 위 건물의 양도차익에 관하여 특별부가세를 부과하는 것은 이중과세로서 법인의 재산권을 부당하게 침해하는 것이므로 이 사건 법률조항은 헌법에 위배된다.
나. 법원의 위헌제청신청 기각이유 요지
(1) 법인의 양도소득에 대하여 법인세가 부과되는 것은 본질적으로 개인과 법인 사이의 과세체계의 차이에서 비롯된 것이다. 개인의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 부과되고, 법인의 양도소득에 대하여는 특별부가세가 부과되며, 모두 부동산투기의 억제 등을 주된 과세목적으로 하고 있다. 법인의 경우에는 양도소득 자체가 법인세의 과세대상이 되는 법인의 소득을 구성하는 까닭에 양도소득에 대하여도 법인세가 부과되고 있지만 법인세의 세율이 개인의 양도소득세율보다 훨씬 낮은 수준이므로, 개인과 법인 사이에 과세균형을 맞추기 위하여 법인세와 별도로 특별부가세를 중복 과세하면서 그 세율을 양도소득세의 세율보다 낮게 정하고 있다.
(2) 따라서 개인과 달리 법인에 대하여 적용되는 이 사건 법률조항은 본질적으로 법인세의 과세체계가 개인에 대한 소득세의 과세체계와 다른 것에 기인하며 세율의 불균형 및 부동산투기의 억제라는 입법목적을 달성하기 위한 것으로서 합리성이 인정된다 할 것이므로, 위 법률조항이 법인의 재산권을 부당하게 침해한다고 볼 수 없다.
다. 국세청장의 의견
(1) 법원의 위헌법률심판제청신청 기각이유와 같다.
(2) 입법자는 조세법의 영역에서 납세자를 자의적으로 차별하지 아니하는 한도에서 광범위한 형성의 자유를 가지고 재정정책적, 국민정책적, 사회정책적, 조세정책적 제반요소들에 대한 교량을 할 수 있으므로, 이 사건 법률조항의 경우 법인과 개인 간의 활동영역의 차이, 법인의 과세소득범위 등 제반요소를 고려하여 양도의 주체에 따른 양도소득의 과세방법에 차이를 둔 것으로, 합목적적이고 공평과세 이념을 구현하기 위한 입법재량권의 범위 내에 있다.
(3) 이 사건 법률조항의 입법취지와 입법연혁에 비추어 법인의 토지 등 양도차익에 대하여 과세되는 특별부가세는 그 입법목적이 정당하고, 개인에게 부과되는 양도소득세와 비교해 보면 그 중복과세로 인한 세부담의 차이가 없
거나 그 차이가 과세형평상 또는 과세체계상 허용되는 한계의 범위 이내로서 실질적인 재산권의 침해가 없어 헌법에서 규정하는 재산권보장의 원칙에 위배되지 않는다.
라. 기획재정부장관의 의견요지
법원의 위헌법률심판제청신청 기각이유 및 국세청장의 의견과 같다.
3. 적법요건에 대한 판단
가. 청구인들이 헌법소원을 제기한 이 사건 법률조항은 이 사건 제2차 처분의 전제인 이 사건 제1차 처분 중 특별부가세의 근거가 된 법률로서, 그 위헌 여부에 따라 이 사건 제1차 처분이 무효가 되거나 취소될 수 있고 그 경우 당해 사건의 주문에도 영향을 주게 되므로 청구인들의 이 사건 심판청구는 재판의 전제성 요건을 충족하였다.
나. 서울고등법원은 2006. 10. 31. 청구인들의 이 사건 법률조항에 대한 위헌제청신청을 기각하였고, 청구인들은 2006. 11. 7. 위 기각결정을 송달받은 날부터 30일이 경과하지 아니한 2006. 12. 6. 이 사건 헌법소원심판청구를 하였으며, 그 밖에 적법요건의 흠결이 없다.
다. 따라서 이 사건 심판청구는 적법요건을 갖추었다.
4. 본안에 관한 판단
가. 이 사건의 쟁점과 심사기준
(1) 이 사건의 쟁점
이 사건 법률조항에 의하면, 법인은 그 소유의 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분을 양도할 경우 그 양도로 인하여 발생한 차액에 대하여는 특별부가세를 납부할 의무가 있다. 그런데 특별부가세는 법인세 납부의무 주체인 법인에게 이미 법인세 과세대상에 포함된 양도소득에 대하여 부담의 본질이 같은 조세를 다시 부과한다는 점에서, 동일한 경제적 담세력의 원천에 대하여 중복된 조세부담을 지우는 이중과세에 해당한다고 할 수 있다.
청구인들은 위 특별부가세가 이중과세에 해당하여 위헌이라고 주장한다. 그러나 이중과세가 그 자체로 위헌이라고 할 수는 없고, 위와 같은 이중과세 상황이 헌법적으로 용인될 수 있는지 여부를 살펴보아야 할 것인바, 이는 곧 특별부가세가 납세의무자의 실제 담세력을 초과하여 우리 헌법상의 원리인 조세법률주의(실질과세원칙)에 반하는지의 문제라고 할 것이다.
따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건의 이중과세 상황이 조세법률주의(실질과세원칙)에 위배하여 청구인들의 재산권을 침해하는지 여부라고 할 것이다.
(2) 심사기준
헌법 제38조 및 제59조에 근거를 둔 조세법률주의는 과세요건 법정주의 및 과세요건 명확주의라는 형식적 측면뿐만 아니라 실질적 측면에서 조세법의 목적이나 내용이 기본권 보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 헌법상의 제 원칙에 합치될 것을 요구한다고 할 것이고(헌재 1997. 11. 27. 95헌바38, 판례집 9-2, 591, 600-601；헌재 1999. 5. 27. 97헌바66등, 판례집 11-1, 589, 611), 한편 헌법 제23조 제1항에 따라 모든 국민은 헌법에 합치하는 법률이 정하는 범위 내에서 구체적 재산권을 보유하여 이를 자유롭게 이용ㆍ수익ㆍ처분할 수 있다(헌재 1994. 2. 24. 92헌가15등, 판례집 6-1, 38, 55-56).
그런데 원칙적으로 조세의 부과ㆍ징수는 국민의 납세의무에 기초하는 것으로서 재산권의 침해가 되지 않으나, 그에 관한 법률조항이 조세법률주의에 위반되고 이로 인한 자의적인 과세처분권 행사에 의하여 납세의무자의 사유재산에 관한 이용ㆍ수익ㆍ처분권이 중대한 제한을 받게 되는 경우에는 예외적으로 재산권의 침해가 될 수 있다(헌재 1997. 12. 24. 96헌가19등, 판례집 9-2, 762, 773；헌재 2002. 1. 31. 2000헌바35, 판례집 14-1, 14, 27)고 할 것이므로, 조세법도 국민의 납세의무에 불구하고 과잉금지의 원칙을 준수하여야 할 것이다(헌재 2003. 7. 24. 2000헌바28, 판례집 15-2상, 38, 49-52；헌재 2003. 12. 18. 2002헌바16, 판례집 15-2하, 487, 498-501).
나. 조세법률주의 위배 여부 및 재산권의 침해 여부에 대한 판단
(1) 입법목적의 정당성과 수단의 적절성
(가) 부동산 투기 가능성의 억제
특별부가세는 산업자본이 부동산의 투기 내지 과다투자에 동원되는 것을 억제하기 위한 것으로서, 비생산적인 부동산에 투자되는 자금을 생산적인 자금으로 유도하고 지가의 안정을 도모하기 위하여 투기적인 부동산투자에 의한 양도로 인하여 생기는 차익에 과세함으로써 법인의 불필요한 부동산투자를 억제하고, 그럼으로써 부동산의 과점 현상, 자원배분의 왜곡 가능성을 미리 막고자 하는 데 그 입법목적이 있다.
(나) 법인과 개인 사이의 양도소득에 대한 조세형평의 도모
① 과세체계상의 차이
개인의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 부과되고, 법인의 양도소득에 대하여는 그 양도소득 자체가 법인세의 과세대상이 되는 법인의 소득을 구성하므로 법인세가 부과된다. 그런데 법인세의 세율은 개인의 양도소득세율보
다 훨씬 낮은 수준이고, 결손법인의 경우에는 양도차익이 발생하더라도 법인세가 과세되지 않는 등 과세체계상의 차이가 있어, 양도소득과 관련하여 법인과 개인 사이의 과세 불균형의 문제가 발생하게 된다.
② 과세불균형의 시정
개인과 법인 사이의 이러한 과세 불균형은 그 자체로도 문제이지만 개인에 비하여 월등한 자금동원능력을 보유하고 있는 법인이 위와 같은 과세 불균형 구조에 편승하여 그 자금력을 토지 등에 투자함으로써 결과적으로 법인을 통한 토지 등의 투기를 조장할 우려가 있다는 점에서도 적지 않은 문제점이 있는바, 이 사건 법률조항은 이러한 문제점을 사전에 막기 위한 것이다.
(다) 소  결
이 사건 법률조항은 개인과 법인 사이의 과세의 불균형을 바로잡고 토지 등에 대한 투기를 방지하기 위하여 각 사업연도소득에 포함된 부동산 등의 처분이익에 대한 법인세의 과세 외에 추가로 특별부가세를 과세하고, 그리하여 소득세법상 양도소득에 대한 최고세율과 법인세법상 양도소득에 대한 최고세율이 비슷하게 되도록 함으로써 결국 토지 등에 대한 투기 유인을 제거하는 한편 법인과 개인 간의 조세형평도 달성하게 하는 것이므로, 이 사건 법률조항은 목적의 정당성이 인정되고, 또한 그 목적을 위한 적절한 수단이 된다고 할 것이다.
(2) 최소침해성
(가) 법인의 양도소득에 대하여 법인세 외에 특별부가세를 부과한 이 사건 법률조항은, 다음과 같은 점에 비추어 침해의 최소성원칙도 충족하고 있다고 할 것이다.
첫째, 입법자가 동일한 담세력에 대하여 법형식상 두 개의 세목으로 나누어 조세를 부과할 것인지, 아니면 단일한 세목으로 부과할 것인지는 입법재량의 영역에 속한다 할 것이다. 그런데 이 사건 법률조항의 입법목적은 법인의 양도소득에 대하여 법인세만을 부과할 경우에 발생할 수 있는 문제점을 예방하기 위한 것인바, 위 입법목적의 달성을 위해서는 법인의 양도소득에 대하여 법인세 외의 세목에 의한 조세 부과가 불가피하다고 볼 수 있다. 법인세 외의 별도의 조세부과가 없다면 부동산 투기를 억제하고자 하는 정책적 의지가 법인에 대해서는 무력해질 것이고, 토지 등의 양도에 있어서 법인과 개인의 세부담이 불공평하게 되기 때문이다.
둘째, 이 사건과 같은 특별부가세의 부과가 법인에 대하여 부동산 등의 처분
권을 중대하게 제한한다고 볼 정도로 과도한 조세부담을 지우고 있다고는 보기 어렵다.
조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지는 입법자가 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적, 기술적인 판단에 의하여 정하여야 하는 문제이므로, 이는 입법자의 입법형성적 재량에 기초한 정책적, 기술적 판단에 맡겨져 있다고 할 수 있고(헌재 2001. 12. 20. 2000헌바54, 판례집 13-2, 819, 829), 조세입법에 있어서 ‘세율’의 적정성에 관하여는 형벌법규에 있어서 ‘형량’과 유사하여 그 입법목적의 정당성과 수단 내지 방법의 적절성이 인정된다면 일응 입법자의 판단을 존중하여 소유권의 과도한 침해를 야기하는 사유가 없는 한 위헌이라고 볼 수는 없을 것이다(헌재 2003. 12. 18. 2002헌바16, 판례집 15-2하, 487, 499-500).
이 사건 처분 시를 기준하여 법인의 부동산 양도차익에 대한 특별부가세의 세부담과 개인의 부동산 양도차익에 대한 양도소득세의 세부담을 비교하여 보건대, 개인의 경우 실거래가액에 의한 양도차익 산정보다 세부담이 훨씬 가벼운 기준시가에 의한 양도차익 산정을 원칙으로 하고, 예외적으로 투기지역이나 기준시가에 의한 양도차익이 실거래가액에 의한 양도차익보다 많은 경우에만 실거래가액에 의한 양도차익을 산정하며, 미등기의 경우 세율이 달라지는 등 개인과 법인의 양도차익에 대한 과세방법이 동일하지 않고, 개인의 경우에도 사업자(부동산 매매업자 등)와 비사업자를 구별하고 있어 개인과 법인의 양도소득세의 세부담에 관하여 일률적으로 단정하기는 어렵다. 그러나 법인과 비사업자 개인에 대하여 이 사건 처분 당시에 적용된 세율을 살펴보면, 특별부가세는 세율 15%(미등기시 30%)이고, 이 사건의 경우처럼 양도소득이 과세표준 1억 원을 초과하는 경우의 법인세는 세율 28%, 개인 양도소득세는 세율 40%(미등기 시 65%)에 이르러 일률적으로 개인이 법인에 비하여 양도차익에 대한 세부담율이 낮다고는 할 수 없으며, 개인에게 부과되는 양도소득세와 비교하여 위 중복과세로 인한 법인의 세부담 차이는 거의 없거나 있다고 하더라도 과세체계상 허용되는 범위 내에 있는 것으로 봄이 상당하다.
(나) 위와 같은 사정을 고려하면, 이 사건 법률조항은 그 입법목적의 달성에 비례하는 제한 수단을 취한 것이라고 할 것이다.
(다) 청구인은, 이중과세의 문제점을 제거하기 위하여 법인세의 과세표준에서 특별부가세 과세표준(양도차익)을 공제하거나 법인세액에서 특별부가세액
을 공제하도록 하는 조정규정을 두어야 마땅하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 개인과 법인 사이의 조세 부담 차이가 있다고 하더라도 이는 부동산 투기의 억제 필요성과 개인과 법인 사이의 부담의 공평성 확보라는 입법목적의 중대성, 중복과세로 인한 법인의 전체 조세부담의 정도 등에 비추어 헌법상 허용되는 범위 내에 있다고 볼 것이므로 위 주장은 이유 없다.
(3) 법익의 균형성
중복과세로 인한 법인의 전체 조세부담의 정도가 법인의 재산 처분의 자유를 중대하게 제한하는 정도에 이르지 않고 또한 개인의 양도소득세의 부담 정도에 비하여도 별다른 차이가 없음에 비하여, 이 사건 법률조항을 통하여 추구하는 공익은 개인과 법인 사이의 양도소득에 대한 과세상의 불균형을 시정함으로써 과세형평을 도모하고 토지 등의 투기를 방지하기 위한 것으로서 그 중대성을 인정할 수 있으므로, 이 사건 법률조항은 침해되는 사익과 추구하는 공익 사이의 법익균형성 요건도 충족한다고 할 것이다.
5. 결  론
그렇다면 이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.

재판장,이강국,이공현,조대현,김종대,민형기,이동흡,목영준,송두환【별 지】
[별지] 관련 법률조항
구 국세기본법(2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제39조(출자자의 제2차 납세의무) ① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주
주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
1. 무한책임사원
2. 과점주주 중 다음 각 목의 1에 해당하는 자
가.당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
나.명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
다.가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속
② 제1항 제2호에서 "과점주주"라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다.
제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.
② 이 법 또는 세법에 의한 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 받게 될 제2차 납세의무자 등 대통령령이 정하는 이해관계인(이하 "이해관계인"이라 한다)은 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 기타 필요한 처분을 청구할 수 있다.
구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.
1. 내국법인
② 내국법인 및 외국법인에게 제99조의 규정에 의한 양도차익이 있거나 내국법인에게 제105조의 규정에 의한 양도차익이 있는 때에는 이 법에 의하여 특별부가세를 법인세로서 납부할 의무가 있다.
제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여
만 이를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
제99조(과세표준) ① 특별부가세의 과세표준은 다음 각 호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. <개정 2000. 2. 3., 2000. 12. 29.>
1.토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)
2.건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3.부동산에 관한 권리로서 다음 각 목의 1에 해당하는 것
가.부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전세권과 등기된 부동산임차권
4. 주식 또는 출자지분으로서 다음 각 목의 1에 해당하는 것
가.비영리내국법인이 양도하는 주식 또는 출자지분으로서 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 것(제103조의 규정에 의한 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례의 경우에 한한다)
나.주식 또는 출자지분의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성ㆍ특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 것
② 제1항에서 "양도"라 함은 토지등에 대한 등기등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.<개정 2000. 12. 29.>
③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.<개정 2000. 12. 29.>
1.취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령
령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
2.토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용
④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액이 분명하지 아니한 경우에는 제102조 제2항의 규정에 의한 가액을 취득가액으로 한다.<개정 2000. 12. 29.>
⑤ 법인이 토지 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
⑥ 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
⑦∼⑨ 삭제<2000. 12. 29.>
⑩ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 대통령령이 정하는 바에 따라 토지 등의 양도차익이 있는 법인의 행위 또는 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 당해 양도차익에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 계산에 관계없이 양도차익을 계산할 수 있다.
⑪ 합병(제44조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ법인의 분할(제46조 제1항 각 호 및 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다.<개정 2000. 12. 29.>
⑫ 소득세법 제100조 제1항의 규정은 제1항의 규정에 의한 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다.<신설 2000. 12. 29.>
제100조(비과세) ① 다음 각 호의 소득에 대하여는 특별부가세를 과세하지 아니한다.<개정 2000. 2. 3.>
1.파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득
2.법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득
3.국유재산법 제55조의 규정에 의하여 청산절차에 관한 특례적용을 받는 회사로 지정된 법인이 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득
4.한국토지공사법에 의한 한국토지공사가 동법에 의한 토지개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득
5.주택을 신축하여 판매(임대주택법에 의한 건설임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득
② 제1항 제5호의 규정을 적용함에 있어서 주택의 일부에 설치된 점포등 다른 목적의 건물 또는 동일지심(주거여건이 동일한 단지안의 다른 지심을 포함한다)상에 설치된 다른 목적의 건물(이하 이 항에서 "다른 목적의 건물"이라 한다)이 당해 주택과 같이 있는 경우로서 주택 및 다른 목적의 건물의 면적 또는 매매단위 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 때에는 그 전체를 제1항 제5호의 규정에 의한 주택으로 본다.<신설 2000. 2. 3.>
③ 제101조 제3항의 규정에 의한 미등기양도토지 등에 대하여는 이 법 및 다른 법률에 의한 특별부가세의 비과세에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다.
제101조(세율) ① 법인의 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 제99조의 규정에 의한 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1.미등기양도토지 등의 경우 과세표준의 100분의 30
2.제1호 외의 경우 과세표준의 100분의 15
② 제1항의 규정은 제13조의 규정에 의한 각 사업연도의 과세표준에 대한 법인세액이 없는 경우에도 이를 적용한다.
③ 제1항 제1호에서 "미등기양도토지 등"이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 등은 제외한다.