# 소득세법 제95조 제2항 등 위헌소원

## 판시사항

가. 소득세법상 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제를 배제하고 있는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 “제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다” 부분이 과잉금지원칙에 위배되어 재산권을 침해하는지 여부(소극)
나. 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득 과세표준에 60%의 단일 세율을 적용하도록 하는 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3이 과잉금지원칙에 위배되어 재산권을 침해하는지 여부(소극)
다. 위 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항, 이에 관한 경과규정인 소득세법 중 개정법률(2003. 12. 30. 법률 제7006호) 부칙 제16조 본문 중 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 자’에 관한 부분이 장기보유특별공제 제도와 일반 양도소득세율 제도가 변함없이 존속될 것이라는 청구인의 신뢰를 침해하여 신뢰보호원칙에 위배되는지 여부(소극)

## 결정요지

가. 장기보유특별공제 조항에 의한 소득공제 비율은가장높은경우에도양도소득금액의 30%(1세대 1주택의 경우 최고 45%)로 한정되어 있고, 장기보유특별공제가 배제되더라도 이 사건 가중세율조항에 의하여 양도소득 과세표준에다 60%라는 단일세율이 적용되어 양도소득 과세표준 금액 중 일부에 대하여만 양도소득세가 부과되는 것이고, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항에 의하여 장기보유특별공제가 배제되어 명목소득만이 발생할 수 있는 예외적인 상황이라면 이 사건 부칙조항이 정한 유예기간 내에 주택을 양도함으로써 1세대 3주택 이상의 요건을 피할 수 있는 길이 열려 있으므로, 소득세법상 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제를 배제하고 있는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 “제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다” 부분으로 인하여 명목소득만이 발생하고 실질소득이 없는 경우에도 양도소득세를 부담할 수 있다는 사정만으로는 침해의 최소성원칙을 벗어났다고 볼 수 없다.
나. 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3에 의한 가중된 양도소득세율이 일반 양도소득세율과 비교하여 높기는 하지만, 입법자가 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 사실상 1세대 3주택 이상의 주택 소유를 억제할 수 있는 정도의 세율을 정하고 그것도 과세구간에 따른 누진세율이 아니라 고율의 단일세율을 정한 것으로, 이 사건 가중세율조항의 위와 같은 입법목적, 이 사건 부칙조항과 같은 유예기간을 두고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 가중세율조항이 일반 양도소득세율에 비하여 고율의 단일세율이라는 이유만으로 침해의 최소성원칙을 벗어났다고 볼 수 없다.
다. 조세의 정책적 기능, 이 사건에 있어서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 주택 양도에 따른 양도소득세 강화를 통한 주거생활의 안정이라는 정책적 목적과 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용 필요성에 따른 조세에 관한 법규·제도의 신축적 변화 가능성 등을 고려하면, 1세대 3주택 이상에 해당하는 자들에 대한 장기보유특별공제 조항과 일반 양도소득세율의 존속에 대한 청구인의 기대는 불확실하고 잠정적인 것에 불과하다고 할 것이다. 따라서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제, 일반 양도소득세율 제도가 변함없이 존속될 것이라는 청구인의 신뢰는 헌법상 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있는 것이라고 보기 어려워, 위 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항, 이에 관한 경과규정인 소득세법 중 개정법률(2003. 12. 30. 법률 제7006호) 부칙 제16조 본문 중 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 자’에 관한 부분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 볼 수 없다.
재판관 김종대의 별개의견
헌법상 국민이 부담하는 기본의무는 국가공동체의 보존·유지를 목적으로 하여 헌법이 직접적으로 설정한 의무이므로, 헌법 제37조 제2항에 따라 기본권을 제한할 때 국민이 부담하게 되는 수인의무와는 그 차원과 성격이 다르기 때문에, 헌법상 기본의무 부과에 관한 법률의 위헌심사에서는 헌법 제37조 제2항을 적용하는 것은 우리 헌법의 규범체계와 맞지 않다. 이 사건 법률조항들과 같은 납세의무를 부과하는 법령의 위헌심사기준으로 일응, ⅰ) 부과 목적의 공공성, ⅱ) 부과 내용의 합리성, ⅲ) 부과 방식의 공평성, 3가지 기준을 제시할 수 있을 것으로 생각하고, 이 기준에 의하더라도 이 사건 법률조항들은 모두 헌법에 위반되지 아니하므로, 재산권에 대한 비례심사를 거칠 것 없이 합헌이다.

## 심판대상조문

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 “제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다.” 부분
구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3
소득세법 중 개정법률(2003. 12. 30. 법률 제7006호) 부칙 제16조 본문 중 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 자’에 관한 부분

## 참조조문

헌법 제11조 제1항, 제23조 제1항, 제3항, 제38조
구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 일부 개정된 것) 제95조, 제104조, 부칙 제16조

## 참조판례

가., 나. 헌재 1992. 2. 25. 90헌가69등, 판례집 4, 114, 120-121  
   헌재 1997. 6. 26. 94헌바38등, 판례집 9-1, 611, 621-622
   헌재 1998. 2. 27. 95헌바5, 판례집 10-1, 49, 61-62
   헌재 1999. 7. 22. 선고 96헌바80등, 판례집 11-2, 90, 108
   헌재 2003. 7. 24. 2000헌바28, 판례집 15-2상, 38, 49-50  
   헌재 2008. 11. 13. 2006헌바112등, 판례집 20-2하, 1, 63-64 
 다. 헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 460-461  헌
   헌재 1998. 11. 26. 97헌바58 판례집 10-2, 673, 682  
   헌재 1999. 7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195 
   헌재 2001. 5. 31. 99헌가18등, 판례집 13-1, 1017, 1104
   헌재 2003. 4. 24. 2002헌바9, 판례집 15-1, 406, 415  
   헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 523-524

## 전문

[당 사 자]
청 구 인윤○상
대리인 1.변호사 김성수 
2.법무법인 세아 
담당변호사 서상홍 외 4인
당해사건서울행정법원 2008구단17137 양도소득세경정거부처분취소

[주    문]
구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 "제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다." 부분, 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3, 소득세법 중 개정법률(2003. 12. 30. 법률 제7006호) 부칙 제16조 본문 중 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 자’에 관한 부분은 헌법에 위반되지 아니한다. 

[이    유]
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인은 1978. 7.경 서울 송파구 ○○동 27 ○○아파트 519동 510호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하였으며, 1996. 5.경 마지막으로 취득한 주택을 포함하여 2007. 1. 11. 현재 모두 6채의 주택을 소유하고 있었다.   

(2) 청구인은 2007. 1. 11. 이 사건 아파트를 16억 원에 양도하고, 이에 대하여 2008. 5. 31.경 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의3 소정의 1세대 3주택자의 양도에 해당한다고 보아 같은 법 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 하지 아니하고 계산한 과세표준에 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의3에 따른 60%의 세율을 적용하여 산정한 양도소득세 891,954,435원을 신고하면서 그 중 7,000만 원을 납부하였다가, 2008. 7. 28.경 삼성세무서장에게 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 장기보유특별공제를 배제하고 60%의 높은 세율을 적용하도록 한 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제2호의3 및 관련 부칙 제16조는 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조, 평등권을 규정한 헌법 제11조, 재산권 보장을 규정한 헌법 제23조 등에 위배되어 무효라는 이유로 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제1호에 의한 장기보유특별공제와 누진세율을 적용한 364,265,344원으로 양도소득세를 경정하여 달라는 청구를 하였다.

(3) 삼성세무서장이 2008. 8. 20. 청구인에게 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제2호의3 및 위 부칙조항에 따른 양도소득세 확정 신고가 적법하다는 이유를 들어 청구인의 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하자, 이에 청구인은 2008. 12. 5. 삼성세무서장을 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였고(서울행정법원 2008구단17137), 그 소송계속 중 이 사건 처분의 근거가 된다고 본 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제2호의3 및 위 부칙 제16조에 대해 위헌법률심판 제청신청을 하였다가 기각되자, 위 조항들의 위헌확인을 구하는 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다. 

나. 심판의 대상
청구인은 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제1항 제2호의3, 위 부칙 제16조 전체에 대하여 이 사건 심판청구를 하고 있으나, 구 소득세법 제95조 제2항, 위 부칙 제16조에 대하여는 청구인과 관련된 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 관한 부분으로 한정함이 상당하다.    
따라서 이 사건 심판대상은 이 사건 처분 당시 적용된 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 "제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다." 부분(이하 ‘이 사건 장기보유특별공제 배제조항’이라 한다), 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3(이하 ‘이 사건 가중세율조항’이라 한다), 소득세법 중 개정법률(2003. 12. 30. 법률 제7006호) 부칙 제16조 본문 중 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 자’에 관한 부분(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 하며, 위 세 조항을 합쳐 ‘이 사건 법률조항들’이라 한다)의 위헌 여부이며, 이 사건 심판대상조항 및 관련조항의 내용은 다음과 같다. 
[심판대상조항]
구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)
제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.
1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것
양도차익의 100분의 10
2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것
양도차익의 100분의 15
3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것
양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45
구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 
제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 
2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)
양도소득 과세표준의 100분의 60
소득세법 중 개정법률(2003. 12. 30. 법률 제7006호) 부칙 
제16조(1세대 3주택 이상 소유자에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 부동산매매업자 또는 1세대 3주택 이상에 해당하는 자가 이 법 시행 전에 취득한 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 2004년 12월 31일 이전에 양도하는 경우에는 제64조·제95조 및 제104조 제1항 제2호의3의 개정규정을 적용하지 아니한다. 다만, 당해 부동산매매업자 또는 1세대 3주택 이상에 해당하는 자가 2004년 1월 1일 이후 다른 주택을 새로이 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.
[관련조항]
[별지] 기재와 같다. 

2. 청구인의 주장, 법원의 위헌제청신청 기각 이유 및 이해관계인의 의견
가. 청구인의 주장 요지  
(1) 장기보유특별공제는 보유기간 중의 화폐가치 하락이나 물가상승률을 반영하여 양도차익 중 물가상승에 의한 명목상의 가치상승 부분을 공제한 나머지 금액을 기준으로 양도소득세액을 산정함으로써 자산 양도자가 얻은 순수한 양도소득에 대해서만 세금을 물리기 위한 것이므로 국가가 특정 납세자에게 베푸는 시혜적인 제도가 아니라 실질소득이 아닌 가공의 소득에 대한 과세를 방지하기 위해서 과세기술상 인정되는 필수적인 제도이다. 따라서 이 사건 장기보유특별공제 배제조항은 실질소득이 아닌 명목소득에 과세를 하는 결과를 야기하므로 조세법률주의, 실질과세의 원칙에 반하고, 과잉금지원칙에 반하여 청구인의 재산권을 침해한다. 

(2) 2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정된 구 소득세법이 제95조 제2항에서 1세대 3주택 이상 주택 소유자를 장기보유특별공제 대상에서 제외하고 있는 이유는 주택에 대한 투기를 막기 위한 것으로 보이는데, 이는 1세대 3주택 이상의 주택을 보유한 자와 그 밖의 자산 보유자를 합리적인 이유 없이 차별하는 것이며, 위와 같은 차별이 정당화되기 위해서는 엄격한 비례의 원칙이 지켜져야 하는데, 장기보유특별공제 배제조항은 그렇지 아니하여 헌법상의 평등권을 침해한다.

(3) 이 사건 가중세율조항은 1세대가 3주택 이상의 주택을 보유한 경우 그 보유목적을 묻지 않고 양도소득세를 중과하도록 하고 있고, 일반 부동산에 대한 양도소득세율에 비하여 세율이 지나치게 높다. 또한 구 소득세법 제104조 제4항에 의하여 15%의 가산세율을 적용하는 경우 실질적으로 1세대 3주택 이상의 소유를 금지하는 결과를 야기하여 과잉금지원칙에 반하여, 조세입법권의 한계를 벗어난 것으로써 헌법에 위반되며, 1가구 3주택 이상 소유자를 그렇지 않은 자와 자의적으로 차별하여 평등의 원칙에 위배된다.

(4) 이 사건 부칙조항에 의하여 유예기간인 2004. 12. 31.이 경과되면 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대하여 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항이 적용되도록 한 것은 이미 완결되어 있는 재산 상태에 대해서 납세의무를 가중시키는 것이어서 진정소급과세에 해당하고, 개정 소득세법의 효력이 발생하기 이전에 발생한 양도소득에 대해서 소급과세를 하는 것으로서 1세대 3주택 이상의 주택보유자의 정당한 신뢰를 침해하고 있다.
한편, 부진정소급과세에 있어서도 신뢰보호의 원칙이 적용된다 할 것인데, 부진정소급과세가 정당화되기 위해서는 국민의 신뢰를 보호할 수 있는 상당한 유예기간을 두어야 하는데 1년이라는 유예기간이 충분하다 할 수 없고, 주택보유 규모에 따라 유예기간을 연장하여 줄 필요가 있었을 것임에도, 그러한 고려 없이 일률적으로 1년이라는 유예기간을 둔 것은 타당하다고 할 수 없다.
따라서 이 사건 부칙조항은 소급입법에 의하여 납세자에게 불이익한 과세를 하는 것이어서 헌법상의 소급입법금지, 신뢰보호의 원칙, 재산권 보장에 위반한다.

나. 법원의 위헌제청신청 기각 이유 요지
(1) 이 사건 법률조항들은 2005. 1. 1. 이후에 실현된 양도소득에 대하여만 적용될 뿐, 이미 과거에 실현된 양도소득에 소급하여 적용되는 것이 아니므로, 이를 가리켜 재산권을 박탈하는 소급입법이라고 할 수 없다. 
청구인이 이 사건 법률조항들이 신설되기 이전의 법이 그대로 유지되어 과세상 불이익을 받지 않으리라고 신뢰하였다고 하더라도, 이러한 신뢰는 단순한 기대에 불과할 뿐이지 헌법상 권리로서 보호하여야 할 신뢰라고 보기는 어렵고, 침해받은 신뢰의 보호가치, 이 사건 법률조항들의 입법취지에서 엿보이는 공익목적의 중요성, 신뢰침해의 방법과 정도 등을 종합적으로 비교·형량할 때 헌법상의 신뢰보호원칙에 위반된다고 할 수 없다.

(2) 청구인이 들고 있는 장기보유특별공제 제도의 기능을 고려하더라도, 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조절 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정·경제·사회정책 등 국정 전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하는 것이어서, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지는 입법자의 입법형성적 재량에 기초한 정책적·기술적 판단에 맡겨져 있다.
장기보유특별공제 한도는 가장 높은 경우에도 양도차익의 30%에 불과하고, 양도소득금액에 대하여 다시 양도세율을 적용하는 것이며, 장기보유특별공제 규정이 배제되더라도 실제로 발생한 양도소득의 범위 내에서 양도소득세가 부과되는 것이어서 양도소득세의 수득세로서의 본질을 침해하는 것은 아니라고 할 것이고, 이를 두고 조세입법의 재량을 일탈하였거나, 합리적 이유 없이 국민의 재산권을 과도하게 제한하는 것으로 보기는 어렵다. 

(3) 이 사건 장기보유특별공제 배제조항 및 가중세율조항은 투기적 목적의 주택 소유를 방지하고 이를 통하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 집중적으로 소유되는 것을 막아 다수 국민의 주거생활의 안정을 이룩하려는 공익을 실현하려는 것이고, 이 사건 부칙조항은 청구인과 같이 2003. 12. 31. 이전에 1세대 3주택 이상을 취득한 자에 대하여는 2004. 12. 31.까지 주택을 양도하여 1세대 2주택 이하가 되는 경우 장기보유특별공제 배제조항 및 가중세율조항의 적용을 회피할 수 있도록 하고 있는바, 이는 기존의 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 신뢰이익을 보호하려는 것으로서, 이로 인하여 위 유예기간을 경과하도록 기존에 보유한 주택을 양도하지 않은 1세대 3주택 이상에 해당하는 자가 차후 주택 양도시에 가중된 양도소득세율 등을 적용받게 되더라도, 이 사건 부칙조항의 입법취지와 조세법규 제정에 있어서의 입법재량 등에 비추어 이를 합리적 이유 없는 차별이라고 보기 어렵다. 

다. 국세청장 및 기획재정부장관의 의견 요지
법원의 위헌제청신청 기각 이유와 대체로 같다.

3. 판단
가. 장기보유특별공제 제도와 이 사건 법률조항들의 입법취지  
(1) 장기보유특별공제 제도
(가) 의의
장기보유특별공제는 과세대상인 양도소득금액을 산출하기 위하여 자산의 양도차익에서 장기보유를 이유로 일정액을 공제하는 제도이다. 양도소득 과세표준은 양도소득금액에서 양도소득기본공제를 한 금액으로 하고{2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 구 소득세법(이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제92조 제2항}, 양도소득금액은 양도차익(양도가액 - 필요경비)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다(구 소득세법 제95조 제1항).

(나) 기능
부동산을 장기간 보유하는 사람은 투기 목적으로 부동산을 보유하지 않는 경우가 많은데, 그 양도차익에 대하여 단기간 보유한 사람과 같은 방법으로 세액을 산출하여 과세하면 보유기간 동안 누적된 소득이 일시에 과세되고 누진세율에 의하여 중하게 과세되므로 부동산의 보유자로 하여금 장기보유를 꺼리게 하는 효과가 발생하게 된다. 따라서 장기보유특별공제 조항은 부동산의 장기보유를 유도하여 부동산 투기를 억제하고 국토의 효율적 이용을 촉진하기 위하여 장기보유 부동산에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 특별히 일정한 금액을 공제하여 주는 조항이다(헌재 1999. 7. 22. 96헌바80등, 판례집 11-2, 90, 107 참조). 
그 외에도 장기보유특별공제 제도는 양도소득이 일반적으로 장기간에 걸쳐 형성되면서 발생하는 화폐가치 하락이나 물가상승으로 인한 명목소득을 배제하는 기능을 하기도 한다.

(2) 이 사건 법률조항들의 입법취지
2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정된 소득세법은 1세대 3주택 이상에 해당하는 자가 보유주택을 양도하는 경우에는 장기보유특별공제 조항의 적용을 배제하고 양도소득 과세표준의 60%인 단일세율을 적용하도록 하며, 다만 이로 인하여 불이익을 받게 되는 1세대 3주택 이상의 소유자들의 신뢰를 보호하기 위하여 이러한 다주택 보유자가 2004. 12. 31.까지 기존의 주택을 양도하는 경우에는 개정법의 적용을 유예하도록 하였다. 
위와 같은 소득세법의 개정은, 수도권의 아파트를 중심으로 부동산 가격이 급등하자, 1세대 다주택 소유자들의 주택 양도를 유도하여 주택 가격을 안정화시키기 위한 것을 주된 목적으로 하여 이루어졌다.

나. 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항이 과잉금지원칙 등에 위배되어 재산권을 침해하는지 여부
(1) 조세법률주의와 재산권의 보장 
조세 관련 법률이 헌법 제38조 및 제59조에서 선언하고 있는 조세법률주의의 원칙에 따라 과세요건을 명확히 규정하고 있다 하더라도, 그 법률의 목적이나 내용이 기본권 보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 과잉금지의 원칙 등 헌법상의 제반 원칙에도 합치되어야 하므로(헌재 1992. 2. 25. 90헌가69등, 판례집 4, 114, 120-121 ; 헌재 1997. 6. 26. 94헌바38등, 판례집 9-1, 611, 621-622 참조), 조세 관련 법률이 과잉금지원칙 등에 어긋나 국민의 재산권을 침해하는 때에는 헌법 제38조에 의한 국민의 납세의무에도 불구하고 헌법상 허용되지 아니한다(헌재 2003. 7. 24. 2000헌바28, 판례집 15-2상, 38, 49-50 ; 헌재 2008. 11. 13. 2006헌바112등, 판례집 20-2하, 1, 63 참조). 특히 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 양도소득세 중과세 제도와 같이 국가재정 수요의 충당에서 더 나아가 부동산 가격안정 등의 적극적인 목적을 추구하는 유도적·형성적 기능을 지닌 정책적 조세에 있어서는 당해 조세가 추구하는 특별한 정책 목적과의 관계에서 그 수단인 조세의 부과가 정책 목적 달성에 적합하고 필요한 한도 내에 그쳐야 할 뿐만 아니라 그 정책 목적에 의하여 보호하고자 하는 공익과 침해되는 사익 사이에도 비례관계를 유지하여 과잉금지의 원칙에 어긋나지 않도록 하여야 하는 것이다(헌재 2008. 11. 13. 2006헌바112등, 판례집 20-2하, 1, 64 참조). 

(2) 판단
(가) 목적의 정당성 
이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항은 국가의 재정수요를 충족시킨다는 조세 본래의 기능을 넘어 투기적 목적의 주택 소유를 억제하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 집중적으로 소유되는 것을 막아 국민 다수의 주거생활의 안정과 주택 가격안정을 이룩하려는 공익을 실현하기 위한 것으로, 이러한 입법 목적은 정당하다.

(나) 방법의 적절성
1) 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항은 이 사건 부칙조항과 결합하여, ① 유예기간 내에는 기존의 1세대 3주택 이상에 해당하는 자로 하여금 장래의 불이익을 피하도록 서둘러 주택을 양도하는 것을 촉진하고, ② 유예기간 동안 및 유예기간 도과 후에는 추후 주택양도시 장기보유특별공제의 배제라는 불이익을 주도록 하여 새로운 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 발생을 억제한다. 
물론 주택가격 안정을 위하여 이 사건 법률조항들과 같은 수요억제 위주의 정책보다 공급위주의 정책이 더 효율적일 수 있다고 반론을 제기할 수는 있으나, 그렇다고 하더라도 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항이 주택소유 억제를 통한 주택가격 안정이라는 입법목적을 위한 적절한 방법이 아니라고 할 수는 없다.
장기보유특별공제를 배제하는 것은 1세대 3주택 이상에 해당하는 자들로 하여금 주택양도를 꺼리게 하여 주택공급의 감소를 초래할 수 있어 방법의 적절성 원칙에 어긋난다는 청구인의 주장은 본래 장기보유특별공제 제도가 동결효과를 완화하기 위한 제도임을 지적하는 점에서는 옳으나, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항이 앞으로 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 발생을 억제하여 주택수요를 감소시키는 측면을 함께 고려하면 타당하지 아니하다. 

2) 한편, 가공의 소득에 대한 과세를 방지하기 위한 과세기술상 인정되는 필수적인 제도인 장기보유특별공제 제도를 폐지할 수 없고, 이를 폐지하는 것은 방법의 적절성 원칙에 반한다는 청구인의 주장에 관하여 보건대, 우리 재판소는, 1999. 7. 22. 선고 96헌바80등 사건에서 장기보유특별공제의 대상에서 제외되는 토지를 대통령령에 위임한 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전부 개정되기 전의 것) 제23조 제2항이 포괄위임입법에 해당하는지에 관하여, 양도소득을 계산함에 있어 일정한 정책목적을 위하여 장기보유특별공제를 완전히 배제하는 것을 긍정하는 것을 전제로 포괄위임입법에 해당하지 아니한다고 판시한 바 있다(판례집 11-2, 90, 108).
그리고 우리 소득세법령은 일찍부터 미등기양도자산(1978. 12. 5. 법률 제3098호로 전부 개정시), 나대지(1988. 12. 26. 법률 제4019호로 개정시) 등에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 왔으며, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법 제95조 제2항은 1세대 2주택에 해당하는 주택, 비사업용 토지, 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령으로 정하는 자산에 대해서까지 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제를 완전히 배제하도록 규정하고 있다.
청구인의 주장과 같이 장기보유특별공제 제도가 화폐가치 하락이나 물가상승으로 인한 명목소득을 배제하는 기능을 하기도 하여 이전부터 장기보유특별공제가 인정되어 왔던 토지와 주택에 대하여 특별한 정책목적을 위해 장기보유특별공제를 배제함에 있어서는 신중한 접근이 필요한 것은 맞으나, 앞서 본 바와 같이 우리 소득세법상 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제를 배제하는 조항은 일정한 정책적 목적을 위하여 여러 종류의 양도자산에 대하여 규정되어 왔고, 헌법재판소 판례 또한 이를 긍정하고 있는바, 이는 일정한 정책적 목적을 위한 수단으로 받아들일 수밖에 없는 제도라고 할 것이다.   

3) 따라서 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항은 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 주택수요를 억제함으로써 주택가격 안정에 기여할 수 있으므로 방법의 적절성 요건을 충족한다.

(다) 침해의 최소성
1) 장기보유특별공제를 배제하면, 보유기간이 아주 장기이고 일정한 물가상승률이 장기적으로 발생하는 조건을 가정할 경우, 실질적인 양도소득은 없으나 명목상의 양도소득이 발생하여 양도소득세를 부담할 수도 있다. 청구인은 이 사건 아파트를 31여 년간 보유하여 2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 구 소득세법에 의하면 양도소득금액의 30%에 대하여 장기보유특별공제가 인정될 수 있었는데, 위 법 개정으로 인하여 유예기간을 도과하여 이 사건 아파트를 양도하면서 그 혜택을 보지 못하게 되었는바, 청구인의 경우와 같이 주택을 장기간 소유하고 있다가 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용 여부는 과세표준 금액에 상당한 영향을 미치고, 이러한 경우에는 실질적인 양도소득이 명목상의 양도소득과 상당한 괴리를 보이는 것은 사실이다.   
그런데, 우리 재판소는 "양도소득에 물가상승으로 인한 명목소득도 포함되어 있는 것은 사실이나, 1980년대에 우리나라에서 발생한 부동산가격상승은 물가상승에 의한 영향보다는 오히려 부동산 투기 등으로 인한 과수요에 의하여 발생한 것이 대부분이었고, 물가상승으로 인한 경제적 효과는 모든 소득자에게 동일한 것이므로 물가상승에 의한 부동산 가격의 상승도 또한 다른 소득과 마찬가지로 납세자의 담세력을 증가시키는 소득이지 이것만을 가공소득이라고 할 수는 없는 것이다."라고 판시하여(헌재 1998. 2. 27. 95헌바5, 판례집 10-1, 49, 61-62), 명목소득에 대한 양도소득세의 과세를 긍정하고 있다.
한편, 장기보유특별공제 조항에 의한 소득공제 비율은 가장 높은 경우에도 양도소득금액의 30%(1세대 1주택의 경우 최고 45%)로 한정되어 있고, 장기보유특별공제가 배제되더라도 이 사건 가중세율조항에 의하여 양도소득 과세표준에다 60%라는 단일세율이 적용되어 양도소득 과세표준 금액 중 일부에 대하여만 양도소득세가 부과되는 것이고, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항에 의하여 장기보유특별공제가 배제되어 명목소득만이 발생할 수 있는 예외적인 상황이라면 이 사건 부칙조항이 정한 유예기간 내에 주택을 양도함으로써 1세대 3주택 이상의 요건을 피할 수 있는 길이 열려 있으므로, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항으로 인하여 명목소득만이 발생하고 실질소득이 없는 경우에도 양도소득세를 부담할 수 있다는 사정만으로는 침해의 최소성 원칙을 벗어났다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 가중세율조항에 의한 세율이 일반 양도소득세율과 비교하여 높기는 하지만, 입법자가 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 사실상 1세대 3주택 이상의 주택 소유를 억제할 수 있는 정도의 세율을 정하고 그것도 과세구간에 따른 누진세율이 아니라 고율의 단일세율을 정한 것으로, 이 사건 가중세율조항의 위와 같은 입법목적, 이 사건 부칙조항과 같은 유예기간을 두고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 가중세율조항이 일반 양도소득세율에 비하여 고율의 단일세율이라는 이유만으로 침해의 최소성 원칙을 벗어났다고 볼 수는 없다. 
또한, 구 소득세법 제104조 제4항에 의하여 15%의 가산세율을 적용하는 경우라면 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 양도소득에 대하여 75%의 단일세율이 적용될 수 있으나, 위 조항은 대통령령으로 조정하는 경우에만 적용되는 것이고 의무적으로 적용되는 것도 아니며, 설령 대통령령으로 정하여 이 사건 가중세율에 15%의 가산세율을 적용하더라도, 이것만으로 침해의 최소성 원칙을 벗어났다고 볼 수도 없다.
한편, 청구인은 헌법재판소 2001. 5. 31. 99헌가18등 부동산실권리자명의등기에 관한 법률(이하 ‘부동산실명법’이라 한다) 제10조 제1항 위헌제청 등 사건에서 부동산실명법 시행 후 법을 위반한 명의신탁자 및 법 시행일로부터 1년 이내에 실명등기를 하지 아니한 기존 명의신탁자 등에 대하여 부동산 가액의 100분의 30에 해당하는 과징금을 부과할 수 있도록 규정한 부동산실명법 제5조 제1항, 제12조 제2항 중 제5조 제1항 적용 부분이 과잉금지의 원칙이나 평등의 원칙에 위반한다는 선례를 들어, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항에 의한 과세가 지나치게 과중하여 실질적 조세법률주의에 반한다고 주장하나, 부동산실명법에 의한 과징금은 부동산 가액에다 100분의 30 비율을 적용한 것인 반면, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항은 양도소득을 대상으로 하여 장기보유특별공제를 배제할 뿐이고, 이 사건 가중세율조항 또한 양도소득을 기초로 한 양도소득 과세표준에 적용되는 것이므로, 위 선례의 위헌 논거가 이 사건에 그대로 적용된다고 할 수 없다.

3) 또한, 대가족이거나 직업생활의 특성상 가족들이 여러 주택에 나누어 살아야 하는 예외적인 경우나 다른 곳으로 이주할 필요가 있는 경우 여러 주택이 필요할 수도 있으나, 일정한 요건이 되는 경우에는 세대를 분리할 수 있는 방법이 있고, 주택이 필요하다고 하여 반드시 이를 소유하여야 하는 것도 아니어서, 위와 같은 이유로 침해의 최소성 원칙에 위배된다고 할 수도 없다.

(라) 법익의 균형성
국가의 재정수요를 충족시킨다는 조세 본래의 기능을 넘어 투기적 목적의 주택 소유를 막고 이를 통하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 집중적으로 소유되는 것을 막아 국민 다수의 주거생활의 안정을 이룩하려는 공익과 장기보유특별공제를 배제하고 가중세율조항을 적용함으로써 침해받게 되는 사익을 비교·형량하여 보면, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항으로 인해 1세대 3주택 이상에 해당하는 납세의무자가 입게 되는 불이익이 이 사건 장기보유특별공제  배제조항, 가중세율조항이 추구하는 공익에 비하여 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수도 없으므로, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항은 법익의 균형성 원칙에 위배되지 않는다.

(마) 소결론
따라서 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항이 과잉금지원칙 등에 위배되어 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다.

다. 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항의 소급입법금지원칙 위배 여부
(1) 헌법상 소급입법 과세금지원칙
헌법 제38조는 "모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다."고, 헌법 제59조는 "조세의 종목과 세율은 법률로 정한다."고 규정하여 조세법률주의를 선언하고 있는데, 이는 납세의무가 존재하지 않았던 과거에 소급하여 과세하는 입법을 금지하는 원칙을 포함하는 것이므로, 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 이미 납세의무가 존재하는 경우에 소급하여 중과세하는 것은 이에 위반된다(헌재 2008. 5. 29. 2006헌바99, 판례집 20-1하, 142, 155).
그런데, 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지(과거에 완성된 사실 또는 법률관계를 규율대상으로 하는지), 아니면 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 사실관계에 작용하는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분되고, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이며 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 457-459 ; 헌재 2008. 5. 29. 2006헌바99, 판례집 20-1하, 142, 156 ; 헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 523 참조).

(2) 판단
이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항은 2003. 12. 30. 법률 제7006호로 소득세법이 개정되면서 신설되어 2004. 1. 1.부터 시행되었으며, 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용되었다(부칙 제3조). 즉, 그 시행 전에 이미 양도되어 과세요건이 완성된 주택양도에 대하여 적용되는 것이 아니라 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항의 시행일 이후에 양도된 주택에 대하여 적용되는 것이므로, 진정소급입법에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항은 종래의 법적 상태의 존속을 신뢰한 주택 소유자에 대한 신뢰보호의 문제를 발생시킬 뿐, 소급입법 과세금지원칙에 위반되지 아니한다.

라. 이 사건 법률조항들의 신뢰보호원칙 위배 여부
(1) 조세영역에 있어서의 신뢰보호원칙
신뢰보호의 원칙은 헌법상 법치국가의 원칙으로부터 파생되는 것으로서, 법률의 제정이나 개정시 구법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법률의 제정이나 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 그러한 새 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다. 그러나 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규·제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 하고, 특히 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다(헌재 1998. 11. 26. 97헌바58 판례집 10-2, 673, 682 ; 헌재 2003. 4. 24. 2002헌바9, 판례집 15-1, 406, 415 ; 헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 523-524 참조). 
그리고 신뢰보호원칙의 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 새 입법을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 한다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 460-461 ; 헌재 1999. 7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195 ; 헌재 2008. 9. 25. 2007헌바74, 판례집 20-2상, 511, 523-524 참조).

(2) 판단
(가) 청구인의 신뢰이익 
청구인은 ‘1세대 3주택 이상의 소유자는 이미 장기간 자산을 보유함으로써 그 기간에 발생한 자산가치의 상승이라는 이익을 누리고 있고, 그 부분 차익에 대해서는 이미 장기보유특별공제, 일반양도소득세율이 적용될 것’이라는 기대 내지 신뢰를 가졌다고 주장하고 있다. 
앞서 본 바와 같이 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없으며, 특히 현재의 세율이 장래에도 그대로 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다.
조세의 정책적 기능, 이 사건에 있어서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 주택 양도에 따른 양도소득세 강화를 통한 주거생활의 안정이라는 정책적 목적과 앞서 본 바와 같은 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용 필요성에 따른 조세에 관한 법규·제도의 신축적 변화 가능성 등을 고려하면, 1세대 3주택 이상에 해당하는 자들에 대한 장기보유특별공제 조항과 일반 양도소득세율의 존속에 대한 청구인의 기대는 불확실하고 잠정적인 것에 불과하다고 할 것이다.
따라서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제, 일반 양도소득세율 제도가 변함없이 존속될 것이라는 청구인의 신뢰는 헌법상 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있는 것이라고 보기 어렵다.

(나) 공익의 중대성
이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항이 추구하는, 1세대 3주택 이상에 해당하는 자들의 주택 양도를 유도하여 주택 가격을 안정화시키고 이를 통하여 주거생활을 안정을 도모한다는 정책적 목적의 실현은 중대한 공익이라고 할 것이다.
그런데 청구인이 주장하는 바와 같이 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항이 시행되기 전에 주택을 취득하였으나 위 시행일 당시 아직 주택을 양도하지 아니한 사람들의 신뢰를 보호하기 위하여 위 시행일 당시까지 발생한 자산가치 상승분에 대하여는 구법에 따른 제도를 유지하여야 한다면, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율이 추구하는 위와 같은 정책적 목적을 실현하는 데 방해가 되거나 그 정책효과가 현저히 감소하는 결과가 될 것이다. 
그리하여 입법자는 법 시행일 이전에 발생한 자산가치 상승분에 대하여도 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항을 적용하면서 청구인과 같은 자들의 신뢰를 보호하기 위하여 이 사건 부칙조항과 같은 경과규정을 두어 그 신뢰의 손상을 최소화하도록 하였다고 볼 수 있다. 

(다) 유예기간의 인정
청구인은 ‘이 사건 부칙조항에 의한 1년의 유예기간이 너무 짧으며 주택 보유 규모를 고려하지 아니하고 일률적으로 1년이라는 유예기간을 설정하고 있는 것이 신뢰보호원칙에 반한다’고 주장한다. 
청구인의 경우와 같이 모두 6채의 주택을 소유한 자에 대하여는 1년의 유예기간이 충분한 기간이라고 볼 수 없는 측면도 있지만, 주택보유 규모를 고려하지 아니하고 일률적으로 1년이라는 유예기간을 정하였다고 하여 불합리하다 할 수 없고, 오히려 더 많은 주택을 보유한 자에 대하여 더욱 장기간의 유예기간을 두거나 1년보다 장기간의 유예기간을 주는 것은 그 기간 중 1세대 3주택 이상 소유하는 것을 방치한다는 점에서 입법목적에 반할 수 있고, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항과 가중세율조항의 입법목적과 그 시급성 등에 비추어 보면, 위 1년의 유예기간은 1세대 3주택 이상에 해당하는 자로 하여금 과다 보유한 주택을 처분하기에 결코 짧은 기간이라고 할 수 없어, 위 1년의 유예기간 설정이 신뢰보호원칙에 반할 정도로 단기라고는 할 수 없다(헌재 2001. 5. 31. 99헌가18등, 판례집 13-1, 1017, 1104 참조). 

(라) 소결론
따라서 이 사건 법률조항들은 신뢰보호원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

마. 이 사건 법률조항들의 평등권 침해 여부
(1) 헌법상 평등원칙
헌법 제11조 제1항이 규정하고 있는 평등의 원칙은 본질적으로 같은 것은 같게, 다른 것은 다르게 취급하는 것을 의미한다. 그러나 이는 일체의 차별적 대우를 부정하는 절대적 평등을 의미하는 것이 아니라 입법과 법의 적용에 있어서 불합리한 차별을 하여서는 아니 된다는 상대적·실질적 평등을 뜻하므로, 합리적 근거 없이 차별하는 경우에 한하여 평등의 원칙에 위배될 뿐이다(헌재 1989. 5. 24. 89헌가37등, 판례집 1, 48, 54 ; 헌재 2001. 5. 31. 99헌바94, 판례집 13-1, 1150, 1163).
헌법재판소는 평등권의 침해 여부를 심사하는 기준으로서, 헌법에서 특별히 평등을 요구하고 있는 경우와 차별적 취급으로 인하여 관련 기본권에 대한 중대한 제한을 초래하게 되는 경우에는 엄격한 심사척도가 적용되어야 하고, 그렇지 않은 경우에는 완화된 심사척도에 의한다는 원칙을 적용하고 있는데(헌재 2002. 10. 31. 2001헌바59, 판례집 14-2, 486, 498 참조), 이 사건 법률조항들은 헌법에서 특별히 평등을 요구하는 부분에 대한 것이 아니라 공익을 위하여 상대적으로 넓은 규제가 가능하다고 인정되는 재산권의 일부 제한 여부가 문제되는 경우이므로 완화된 심사기준에 따라 평등권의 침해 여부를 가려야 할 것이고, 그에 관한 구체적 심사요건은 본질적으로 동일한 것을 다르게 취급하고 있는지 또는 본질적으로 다른 것을 같게 취급하고 있는지에 관련된 차별취급의 존재 여부와 이러한 차별취급이 존재한다면 이를 자의적이라고 볼 수 있는지 여부라고 할 수 있다(헌재 2010. 4. 29. 2007헌바144, 공보 163, 821, 828).

(2) 판단
살피건대, 청구인이 주장하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 자와 아닌 자 사이의 차별은 이 사건 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항에 의한 재산권 제한 그 자체에서 비롯된 것인바, 앞의 재산권에 관한 판단에 비추어 볼 때, 위와 같은 차별에는 합리적 이유가 있다고 할 것이다(헌재 2008. 6. 26. 2007헌마1175, 판례집 20-1하, 460, 470 참조).
다만, 1세대 3주택 이상에 해당하는 자라는 기준이 합리적인가에 관하여 부연하여 보면, 헌법이 제35조 제3항에서 "국가는 주택개발 정책 등을 통하여 모든 국민이 쾌적한 주거생활을 할 수 있도록 노력하여야 한다.", 제122조에서 "국가는 국민 모두의 생산 및 생활의 기반이 되는 국토의 효율적이고 균형 있는 이용·개발과 보전을 위하여 법률이 정하는 바에 의하여 그에 관한 필요한 제한과 의무를 과할 수 있다."고 선언하고 있는 점과 주택의 사회적 기능이나 국민경제의 측면, 특히 주택이 인간의 기본적인 생존의 조건이 되는 생활공간인 점을 고려하여 볼 때, 입법자로서는 주택과 관련된 조세정책을 형성함에 있어서 폭넓은 입법재량을 갖고 있다고 할 것인바, 이 사건 법률조항들이 투기적 목적의 주택 소유를 방지하고 이를 통하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 집중적으로 소유되는 것을 막아 다수 국민의 주거생활의 안정을 이룩하려는 공익을 실현하기 위하여 앞서 본 바와 같은 폭넓은 입법재량 하에서, 주택이 그 소유권이야 개인별로 귀속되겠지만, 그 사용은 세대를 이루어 사는 가족들의 공동주거로 쓰이는 특수성이 있으므로(헌재 2008. 11. 13. 2006헌바112등, 판례집 20-2하, 1, 86 참조) 생계를 같이 하는 1세대를 기준으로 하고, 주택 본연의 목적을 넘는 투기적 목적의 보유 기준으로 1세대 3주택이라는 객관적 기준을 설정한 것을 두고 자의적인 차별이라고 할 수 없다.

(3) 소결론
따라서 이 사건 법률조항들은 평등원칙에 반하지 아니한다.

4. 결론
이상과 같은 이유로 이 사건 법률조항들은 헌법에 위반되지 아니하므로 주문과 같이 결정한다. 이 결정에는 재판관 김종대의 아래 5.와 같은 별개의견이 있는 외에는 나머지 관여 재판관 전원의 의견이 일치되었다.

5. 재판관 김종대의 별개의견
나는 이 사건 법률조항들이 헌법에 위반되지 아니한다는 법정의견의 결론에는 찬성하나, 결론에 이르게 된 이유 중 과잉금지원칙을 적용한 부분(3. 나.)에 관하여 견해를 달리하므로, 다음과 같이 의견을 밝힌다.
가. 기본권과 기본의무의 관계
(1) 국가와 국민과의 헌법적 관계는 우리 헌법 제2장에 의해 권리와 의무라는 형태로 짜여져 있다. 국민의 기본적 권리의 보장과 그 제한에 관하여는 헌법 제10조 내지 제37조가, 기본적 의무의 부과에 관해서는 제38조 및 제39조가 각각 규율하고 있다. 헌법이 국민의 권리·의무를 이같이 나누어 규정하고 있는 뜻은, 우리 헌법은 국민의 관점에서 볼 때 기본권과 기본의무의 두 축으로 짜여 있고 국가의 관점에서는 국가공동체의 기본목적인 기본권의 보장과 동시에 국가공동체의 보존·유지를 위한 재정력과 국방력의 확보라는 두 기본가치를 대등하게 결합시켜 놓은 것이라는 의미이다. 그러므로, 국민의 기본권과 기본의무는 공동체의 목적달성과 보존·유지에 있어서 서로가 서로를 무시할 수 없는 협조·보완관계에 있다고 할 것이다. 국가공동체를 형성해 발전시키고 보존·유지함에 있어 기본권은 사회통합의 무형적, 공감적 가치로서 기능하는 반면 기본의무는 유형적, 물리적 기초로서 기능하여 양자가 모두 필요불가결한 기능을 하므로, 그들 사이의 긴장과 갈등관계는 일방이 다른 일방의 우위에 섬으로서는 해결될 수 없고, 공동체의 발전과 유지를 위해 합리적 조화점을 찾음으로써 해결될 수 있을 뿐이다.

(2) 이처럼 기본권과 기본의무는 국가공동체의 발전·보존·유지라는 가치를 위하여 우리 헌법이 지향하는 두 기둥과 같은 역할을 하므로, 국가가 국민의 기본의무를 구체화하기 위해 부과하는 구체적 의무설정행위와 기본권을 제한함에 따라 자연적으로 생겨나는 의무의 설정행위는 동일한 차원에서 평가될 수 없다. 헌법상 국민이 부담하는 기본의무는 국가공동체의 보존·유지를 목적으로 하여 헌법이 직접적으로 설정한 의무이므로, 헌법 제37조 제2항에 따라 기본권을 제한할 때 국민이 부담하게 되는 수인의무와는 그 차원과 성격이 다르기 때문이다. 
따라서, 헌법 제38조에 합치되는 납세의무의 부과에 대하여 재산권이나 영업의 자유 등으로 대항한다거나, 헌법 제39조에 부합하는 국방의무의 부과에 대하여 일반적 행동의 자유, 신체의 자유, 종교의 자유, 양심의 자유 등을 이유로 대항하는 것은, 적어도 헌법이 설정한 기본권과 기본의무의 기본구도체계에 맞지 않는다(헌재 2004. 8. 26. 2002헌가1, 판례집 16-2상, 141, 183-187 참조). 그렇다고 하여 기본의무를 부과하는 입법을 함에 있어 국민의 기본권을 무시하고 소홀히 여길 수 있다는 의미는 결코 아니다. 입법자는 기본권을 제한할 때뿐만 아니라 기본의무를 부과·설정함에 있어서도 항상 공동체의 최고 가치질서인 기본권 존중의 원칙을 충실히 반영해야 하겠기 때문이다. 

나. 납세의 의무를 부과하는 법령에 대하여 적용할 위헌심사기준
(1) 국민에게 납세의무를 부과하는 법령에 대해 적용할 위헌심사기준에 관하여 우리 헌법이 아무런 규정을 두지 아니한 결과, 이는 헌법재판소의 헌법해석에 의존할 수밖에 없었다. 
헌법재판소는 적어도 초기에는 납세의 의무 부과에 대하여 재산권으로 대항하는 것을 받아들이지 않은 것으로 보인다. 권리의 이전이나 그 행사에 등기를 요하는 재산에 있어서 실질소유자와 명의자가 다른 경우 실질소유자가 명의자에게 이를 증여한 것으로 의제하는 구상속세법 조항에 관한 헌법소원심판사건에서 당사자가 명시적으로 재산권 침해를 주장하였으나 이를 재산권보장을 전제로 한 조세법률주의와 조세평등주의와의 관계에서 위헌성을 다투는 것으로 환언한 후 해당 법률조항이 조세법률주의 및 조세평등주의에 반하는 것인지를 차례로 검토하기만 하였던 것이다(헌재 1989. 7. 21. 89헌마38, 판례집 1, 131-154 참조).
그 이후, 조세의 부과·징수가 국민의 납세의무에 기초하는 것으로서 원칙적으로 재산권의 침해가 되지 않는다는 이러한 입장을 유지하면서도, 다만 그로 인하여 납세의무자의 사유재산에 관한 이용, 수익, 처분권이 중대한 제한을 받게 되는 경우에는 재산권의 침해가 될 수 있다고 하면서, 조세법률주의, 조세평등주의뿐만 아니라 납세의무 부과의 내용이 기본권 보장이라는 헌법이념에 부합되어야 한다는 의미의 실질적 법치주의, 재산권보장의 원칙에 반하는지, 재산권의 본질적 내용을 침해하는지 여부를 추가적인 기준으로 심사하기 시작하였다(헌재 1992. 2. 25. 90헌가69, 판례집 4, 114-129 ; 헌재 1992. 12. 24. 90헌바21, 판례집 4, 890-907 ; 헌재 1994. 6. 30. 93헌바9, 판례집 6-1, 631-644 ; 헌재 1994. 7. 29. 92헌바49, 판례집 6-2, 64-121 ; 헌재 1994. 8. 31. 91헌가1, 판례집 6-2, 153-175 등 참조). 
그러다가, 1990년대 후반경부터 기본권 제한의 한계인 과잉금지원칙을 위반하여 재산권을 제한하고 있는지를 명시적으로 언급하면서 과잉금지원칙을 적용한 심사를 하기 시작했고(헌재 1997. 12. 24. 96헌가19, 판례집 9-2, 762-779 ; 헌재 2001. 11. 29. 99헌바120, 판례집 13-2, 596-605 ; 헌재 2001. 12. 20. 2001헌바25, 판례집 13-2, 863-892 등 참조), 이러한 입장은 현재에 이르기까지 대체적인 헌법재판소의 견해로 이어져 오고 있다. 다만, 기본권제한에 관하여 적용되는 과잉금지원칙 위반여부를 검토하면서도 기본적으로 과세관련 입법에 입법형성권이 넓게 인정될 수 있음을 긍정하면서 사실상은 위 입법재량권 행사가 합리적이었는지 하는 간단한 합리성 심사에 그치는 경우도 많았다.

(2) 이 사건의 법정의견 역시 이 사건 법률조항들이 과잉금지원칙을 위반하여 청구인의 재산권을 침해하는지 여부를 목적의 정당성, 방법의 적절성, 침해의 최소성, 법익의 균형성, 4가지 요건을 충족시켰는지를 검토함으로써, 위와 같은 전통적 입장을 그대로 따르고 있다. 
그러나 납세의무를 부과하는 법률의 위헌 여부를 납세의무의 뒷면에 서 있는 재산권의 과잉제한이 되느냐의 여부로써 판단하는 이러한 태도는 앞서 언급한 기본권과 기본의무의 헌법적 관계에 비추어 옳지 않다. 기본권과 기본의무가 국가공동체의 발전·보존·유지를 위한 대등한 두 축이라면 기본의무 부과의 위헌심사기준을 기본권 제한의 위헌심사기준의 그림자로 삼아야 할 것은 아니기 때문이다. 
납세의무 부과에 대하여 과잉금지원칙을 적용하는 것이 부당하다고 생각하는 또다른 이유는, 과잉금지의 원칙을 적용할 경우 아래에서 보는 바와 같은 논리전개의 어색함이 필연적으로 생길 수밖에 없다고 보기 때문이다. 
우선, 조세란 국가 또는 지방자치단체가 그 존립의 물리적 기초인 재정력을 확보하기 위한 중대한 공익적 목적으로 부과·징수하는 것이고, 반면 담세자가 부담하는 불이익은 원칙적으로 생존에의 위협을 초래하는 정도는 아니므로 법익의 균형성이 요구하는 ‘침해되는 사익보다 추구하는 공익이 커야 한다’는 요건은 언제나 충족된다고 볼 수밖에 없다. 
침해의 최소성 요건에 관한 판단에서도 무리가 생긴다. 조세의 종목이나 과세단위의 선택, 조세부담률의 설정 같은 문제는 세수를 예측하고 국가의 재정규모를 결정하며 세제의 사회경제적 효과를 예상하는 것과 연계되어 결정되어야 할 고도의 전문적·정책적 판단이 요구되는 분야이기 때문에 입법자의 형성의 자유가 광범위하게 인정될 수밖에 없고, 구체적인 납세의무 부과가 국민 개개인에 미치는 영향 내지 부담의 정도도 다양할 수밖에 없으므로, 어느 정도의 조세부담률이면 국민의 재산권을 최소한으로 침해하는 것인지, 어떤 방식으로 과세단위를 선택하고 조세를 부과하는 것이 해당 개인들에게 덜 부담을 주는 것인지 그 기준을 명확히 설정하기가 기술상 불가능하다. 동일한 과세에 대하여 재산권을 덜 침해받는 집단과 많이 침해받는 집단이 있을 경우 어느 집단을 기준으로 최소침해성의 요건을 따질 수 있겠는가. 그러한 다양한 차이를 다 감안하고 각계의 의견을 수렴한 후 최선의 과세방식을 선택한 입법자의 전문적인 판단에 대하여, 재산권을 덜 침해하는 획일적 기준을 헌법재판소가 제시한다는 것은 지극히 어려울 뿐만 아니라 바람직하지도 않다고 할 것이다. 
과거 과잉금지원칙을 적용시킨 헌법재판소 결정들 중 과세관련 입법의 입법형성재량이 넓음을 인정한 후 사실상 그 내용이 합리적인지 여부만 간략히 심사하는 데 그치고 침해의 최소성이라든가 법익의 균형성을 자세히 심사하지 않은 결정들이 상당수 있는 것도, 위와 같이 광범위한 입법형성권이 인정될 수밖에 없는 영역에서 이루어진 입법자의 판단에 대하여, 개별적으로 문제되는 기본권마다 최소침해의 정도가 달라질 수밖에 없는 과잉금지원칙을 적용하여 그 타당성을 심사하는 것이 무리가 있을 수밖에 없음을 반증하는 것이라 생각한다. 

(3) 나는 납세의무를 부과하는 법령의 위헌심사기준으로 일응, ⅰ) 부과 목적의 공공성, ⅱ) 부과 내용의 합리성, ⅲ) 부과 방식의 공평성, 3가지 기준을 제시할 수 있을 것으로 생각한다.
부과 목적의 공공성이란, 납세의무 부과 목적이 국가나 지방자치단체의 유지와 보존을 위한 재정적 필요, 기타 중요한 공익을 달성하기 위한 것이어야 한다는 의미이다. 대부분의 조세는 국가나 지방자치단체의 세수를 목적으로 하므로 문제 없으나, 그와 더불어 부동산투기나 조세회피의 방지라든가 부의 재분배 등을 목적으로 하는 조세의 경우 그러한 공익적 목적에도 정당성이 인정되어야 할 것이다.
또한 부과 내용이 과세를 함에 있어 지켜야 할 중요할 헌법적 제원칙들을 준수한 것으로서 합리적이고 타당해야 한다. 과세요건법정주의와 과세요건명확주의로 대변되는 조세법률주의, 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙에 위배되어서는 아니될 뿐만 아니라, 시장경제와 사유재산권의 기본적 틀 내에서 기본권보장의 원칙을 충분히 존중한 것이어야 한다. 과세는 필연적으로 국민의 재산권과 부딪칠 수밖에 없는 구조로 되어 있는바, 이에 대하여 과잉금지원칙을 대입하는 것은 위에서 본 바와 같이 바람직하지 않으나, 재산권을 행사하려는 국민에게 주는 부담의 정도가 위 납세의무 부과의 목적을 위하여 필요한 범위를 현저히 넘는 것으로서 국가가 지는 기본권보장의 의무에 반할 정도의 것이면 이는 내용적으로 도저히 합리적이라고 보기 힘들 것이기 때문이다. 
부과 방식의 공평성이란, 동일한 수준의 소득이나 담세능력을 가진 사람들을 동일하게 과세하여야 한다는 ‘수평적 의미의 조세평등’, 경제적 담세능력이 서로 상이한 납세자들 사이에는 실질적으로 다른 수준의 조세부담이 귀착되어야 한다는 ‘수직적 의미의 조세평등’이 아울러 구비될 것을 요구하는, 조세평등의 원칙을 의미하는 것이다. 이는 과세에 있어서 차별취급의 합리성 여부를 따지는 평등권 위반 주장과 관련하여 주로 판단되는 쟁점이다. 

(4) 기본권을 제한하는 법률이 위헌심사기준을 통과하면 그 기본권이 제한됨으로써 생겨난 의무의 부담이 과잉이냐 아니냐와 무관하게 합헌적 법률이 되듯이, 납세의무를 부과하는 법률이 위 위헌심사기준을 통과하게 되면 그로 인해 생겨난 재산권의 제한이 과잉이냐 아니냐는 따로 따질 것 없이 합헌적 법률이 될 것이다. 즉, 납세의무 부과가 위 기준에 따라 심사한 결과 위헌이 아니라면 그 의무부과에 따르는 기본권의 제한적 상황은 이를 감수할 수밖에 없다.

다. 이 사건 법률조항들에 대한 구체적 적용
이 사건 법률조항들은, 1세대 3주택 이상 소유자가 보유주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제 조항의 적용을 배제하고 양도소득 과세표준의 60%인 단일세율을 적용하도록 하며 다만 이로 인하여 불이익을 받게 되는 1세대 3주택 이상 소유자들을 위하여 1년간 법의 적용을 유예하는 것을 그 핵심내용으로 하고 있다. 
위와 같이 1세대 3주택 이상 소유자들에게 장기보유특별공제 조항의 적용을 배제시킴으로써 양도소득세를 중과세하는 목적은, 1세대 다주택 소유자들의 주택 양도를 유도하여 주택가격을 안정화시키고 나아가 투기목적의 부동산 보유를 억제함으로써 국민 주거생활의 안정을 도모하려는 것이므로, 그 부과 목적은 정당하다. 
부과 내용이 헌법상 제원칙들을 준수한 합리적인 것이었는지에 관하여 살피건대, 비록 장기보유특별공제의 배제대상을 대통령령에 위임하고는 있으나 ‘1가구 3주택 이상 소유자’들을 대상으로 하는 것임은 법률에 명확히 규정되어 있는 데다가, 양도소득세 부과의 입법취지, 장기보유특별공제의 대상에서 제외할 부동산은 그 대상이 지극히 다양하고 수시로 변경될 수 있는 점 등에 비추어 보면, 그 세부적 내용을 대통령령에 위임하더라도 포괄위임입법에 해당한다고 볼 수 없다. 또한 장기보유특별공제가 배제됨으로써 장기보유기간에 따라 양도차익의 100분의 10 내지 100분의 30이 양도소득금액 계산에서 배제되지 못하고 60%라는 단일세율을 중과세하게 되나, 입법자가 국민 전체의 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 1세대 3주택 이상의 주택 소유를 효과적으로 억제할 수 있는 정도의 세율을 60%라는 고율의 단일세율로 정한 것에 특별히 입법재량을 현저히 일탈했다고 볼 만한 아무런 자료가 없고, 그러한 세부담으로 말미암아 1가구 3주택 소유자의 기본권이 심각하게 제약을 받는다고 볼 만한 사정도 없으며, 혹시 있을 수 있는 부담을 완화시키기 위하여 1년의 유예기간을 설정하여 주어 기왕의 신뢰를 보호하는 조치도 취하고 있으므로, 국민의 재산권을 보장해야 한다는 기본권보장의 원칙, 신뢰보호의 원칙에 어긋나는 바도 없다고 할 것이다. 
마지막으로 위와 같은 입법취지 하에 이 사건 법률조항들이 부과하는 의무 부과는 1세대 3주택 이상의 소유자에 해당하는 모든 자에게 차별없이 평등하게 부과되어 있고, 위 대상자들 중 특별히 선별하여 차별적인 예외나 혜택을 부여하고 있지 않으므로, 의무 부과 방식에 있어서 공평성 요건도 충족하였다.

라. 소결
따라서, 이 사건 법률조항들은 납세의무를 부과하는 법률로서 그 부과 목적에 정당성이 인정되고, 부과 내용이 과세제도를 형성하는 입법자가 유의해야 하는 제반 헌법적 가치나 원칙들을 충분히 존중한 것으로서 합리적이고 타당하며, 부과 방식의 공평성 또한 인정되므로, 기본의무를 부과하는 법령이 갖추어야 할 헌법적 심사기준을 모두 충족하였다. 따라서, 그로 인해 청구인에게 결과되는 재산권에 대한 제한의 점은 따로 살펴 볼 필요 없이 헌법에 위반되지 않는다고 할 것이다. 

[별지]
관련조항

구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 일부 개정되기 전의 것) 
제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 
④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산
    <양도소득 과세표준>                     <세율> 
1천만 원 이하                   과세표준의 100분의 9 
1천만 원 초과 4천만 원 이하     90만 원 ＋ 1천만 원을 초과하는 금액의 
                                100분의 18 
4천만 원 초과 8천만 원 이하     630만 원 ＋ 4천만 원을 초과하는 금액의 
                                100분의 27    
8천만 원 초과                   1천710만 원 ＋ 8천만 원을 초과하는 금액의
                                100분의 36
2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것
양도소득 과세표준의 100분의 40
2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것
양도소득 과세표준의 100분의 50
2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)
양도소득 과세표준의 100분의 60
2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
양도소득 과세표준의 100분의 50
2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)
양도소득 과세표준의 100분의 50
2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지
양도소득 과세표준의 100분의 60
2의8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산
양도소득 과세표준의 100분의 60
3. 미등기양도자산
양도소득 과세표준의 100분의 70
4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산
가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조 제6항에서 "중소기업"이라 한다)외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등
양도소득 과세표준의 100분의 30
나. 중소기업의 주식 등
양도소득 과세표준의 100분의 10
다. 가목 및 나목외의 주식 등
양도소득 과세표준의 100분의 20
5. 삭제
② 제1항 제2호·제2호의2 및 제4호 가목의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 당해 자산의 취득일로 본다.
1. 상속받은 자산은 피상속인이 당해 자산을 취득한 날
2. 제97조 제4항의 규정에 해당하는 자산은 증여자가 당해 자산을 취득한 날
3. 법인의 합병·분할(물적 분할을 제외한다)로 인하여 합병법인·분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 새로이 주식 등을 취득한 경우에는 피합병법인·분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주식 등을 취득한 날
③ 제1항 제3호에서 "미등기양도자산"이라 함은 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다. 
④ 제1항의 규정에 의한 세율은 그 세율에 100분의 15를 가감한 범위 안에서 대통령령으로 조정할 수 있다. 다만, 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에는 그 적용대상을 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산에 한정할 수 있다.
1. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산
2. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산으로서 대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택
⑤ 제1항 내지 제4항 외에 양도소득산출세액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.