# 신체의 자유의 침해에 대한 헌법소원

## 판시사항

가. 헌법소원심판청구(憲法訴願審判請求)의 요건인 보충성(補充性) 원칙의 예외사유가 있는 사례     
나. 국가안전기획부(國家安全企劃部)를 대통령직속기관(大統領直屬機關)으로 한 정부조직법(政府組織法) 제14조가 행정각부(行政各部)를 국무총리(國務總理)의 통할(統轄)하에 두도록 한 헌법(憲法) 제86조 제2항에 위반(違反)하는 지 여부

## 결정요지

가. 이사건 청구이유(請求理由)는 청구인(請求人)에 대한 구속조치(拘束措置)의 행정기관(行政機關)인 국가안전기획부(國家安全企劃部)가 위헌적(違憲的)인 국가기관(國家機關)이고 그 위헌적(違憲的) 기관(機關)에 의하여 구속(拘束)되었으니 이를 취소(取消)하여 달라는 것인바, 이러한 경우 헌법소원(憲法訴願) 이외의 다른 구제절차(救濟節次)로는 형사소송법(刑事訴訟法) 제417조의 준항고(準抗告)와, 동법(同法) 제214조의2의 구속적부심절차(拘束適否審節次)를 생각할 수 있으나, 이 사건 청구이유(請求理由)는 위 준항고(準抗告) 규정(規定)이 정한 불복사유(不服事由)에 해당한다고 보기 어렵고, 구속적부심(拘束適否審)도 이 사건의 경우에 사전구제절차(事前救濟節次)에 해당한다고 단정하기 어려움은 물론, 구속적부심(拘束適否審)으로 구속집행기관(拘束執行機關)의 위헌성(違憲性)을 다투기 위하여는 먼저 구속적부심사청구(拘束適否審査請求)를 하고 그 절차(節次)에서 동(同) 기관(機關)의 설치근거(設置根據) 법률(法律)에 대한 위헌심판(違憲審判) 여부의 제청(提請)을 하여 동(同) 신청(申請)이 기각(棄却)된 경우 비로소 헌법소원심판청구(憲法訴願審判請求)를 하여야 하는데 이는 청구인(請求人)에게 대단히 우회적(迂廻的) 절차(節次)를 요구하는 것밖에 되지 않아 전심절차(前審節次)로서 기대가능성(期待可能性)이 없는 경우에 해당한다 할 것이므로, 이 사건의 경우 청구인(請求人)은 다른 구제절차(救濟節次)를 거침이 없이 직접 헌법소원심판청구(憲法訴願審判請求)를 할 수 있다.  

   나. 헌법(憲法) 제86조 제2항은 그 위치나 내용으로 보아 국무총리(國務總理)의 헌법(憲法)상 주된 지위가 대통령(大統領)의 보좌기관(補佐機關)이라는 것과 그 보좌기관(補佐機關)인 지위에 서 행정(行政)에 관하여 대통령(大統領)의 명(命)을 받아 행정각부(行政各部)를 통할(統轄)할 수 있다는 것을 규정한 것일 뿐, 국가의 공권력(公權力)을 집행하는 행정부의 조직(組織)은 헌법(憲法)상 예외적으로 열거되어 있거나 그 성질상 대통령(大統領)의 직속기관(直屬機關)으로 설치할 수 있는 것을 제외하고는 모두 국무총리(國務總理)의 통할(統轄)을 받아야 하며, 그 통할(統轄)을 받지 않는 행정기관(行政機關)은 법률에 의하더라도 이를 설치할 수 없음을 의미한다고는 볼 수 없을 뿐만 아니라, 헌법(憲法) 제94조, 제95조 등의 규정취지(規定趣旨)에 비추어 정부(政府)의 구성단위로서 그 권한에 속하는 사항을 집행하는 모든 중앙행정기관(中央行政機關)이 곧 헌법(憲法) 제86조 제2항 소정의 "행정각부(行政各部)"라고 볼 수도 없으므로, 결국 정부조직법(政府組織法) 제14조가 국가안전기획부(國家安全企劃部)를 대통령직속기관(大統領直屬機關)으로 규정(規定)하고 있다 하더라도 위 규정(規定)이 헌법(憲法) 제86조 제2항에 위반된다 할 수 없다.    

 재판관 조규광, 재판관 한병채, 재판관 김양균의 별개의견(別個意見)     
나. 정부기관(政府機關)으로부터 수사권(搜査權)을 분리시키는 것이 반드시 헌법적(憲法的) 지시(指示)라고까지는 할 수 없으나 정보기관(情報機關)이 수사권(搜査權)까지 가지는 것은 바람직스러운 것은 아니므로 그 수사권(搜査權)은 필요한 최소한에 그쳐야 할 뿐만 아니라 그 권한(權限)의 남용(濫用)을 막을 수 있는 적절한 견제장치(牽制裝置)가 마련되어 있어야 함에도 불구하고, 이 사건 심판대상규정(審判對象規定)은 국가안전기획부(國家安全企劃部)를 대통령(大統領) 소속하에 두어 국무위원(國務委員) 아닌 자를 그 장(長)에 보(補)할수 있게 함으로써 국회(國會)의 국가안전기획부(國家安全企劃部)에 대한 견제기능(牽制機能)을 현저히 약화시킨데다가 개정(改正) 전의 구(舊) 국가안전기획부법(國家安全企劃部法)은 국회(國會)의 관여를 여러 가지로 제한하는 특례규정을 두고 국가안전기획부(國家安全企劃部)로 하여금 그 본래의 직무내용에 비추어 과도한 수사권(搜査權)을 부여하는 등 법상 실효성(實效性) 있는 견제장치(牽制裝置)가 없었으므로, 이 사건 심판대상규정(審判對象規定)은 구(舊) 국가안전기획부법(國家安全企劃部法)을 논리적(論理的) 전제(前提)로 하는 한 헌법체계부조화(憲法體系不調和) 상 태(狀態)에 있었다.     

재판관 변정수의 반대의견(反對意見)     
2. 국가안전기획부(國家安全企劃部)는 행정부(行政府)의 권한(權限)에 속하는 사항을 집행(執行)하는 중앙행정기관(中央行政機關)으로서 성질상(性質上) 국무총리(國務總理)의 통할(統轄)하에 두어야 할 "행정각부(行政各部)"에 속하는 것이 명백하므로, 국가안전기획부(國家安全企劃部)를 행정각부(行政各部)에 넣지 않고 대통령(大統領)의 직속(直屬)하에 두어 국무총리(國務總理)의 지휘(指揮), 감독(監督)을 받지 않도록 한 행정조직법(行政組織法) 제14조 제1항은 헌법(憲法) 제86조 제2항 및 제94조에 위반된다.

## 전문

[당  사  자]     
청 구 인      성     ○     대                    
대리인   변호사   장  기  욱 외 10인     
피청구인      국가안전기획부장
[주     문]     
청구인의 심판청구를 기각한다.
[이     유]     
1. 청구인의 주장과 심판의 대상     
가. 청구인의 주장     
(1) 헌법 제86조 제2항에 의하면 "국무총리는 대통령을 보좌하며, 행정에 관하여 대통령의 명을 받아 행정각부를 통할한다"라고 규정되어 있는바, 이는 국가의 공권력을 집행하는 행정부의 조직은 헌법상의 예외적으로 열거된 경우(헌법이 명시적으로 열거한 것으로는 감사원, 국가안전보장회의, 민주평화통일자문회의, 국민경제자문회의 등이 있고, 대통령에 대한 비서와 경호는 헌법에 명시된 바 없지만 그 성질상 각국 헌법례에서 볼 수 있듯이 대통령에 직속된 부서로서 설치할 수 있다.)를 제외하고는 모두 국무총리의 통할을 받아야 하며 그 통할을 받지 아니하는 행정기관은 이를 설치할 수 없음을 의미한다.     
우리 헌법이 대통령제 정부구조를 취하면서도 위와 같이 국무총리제도를 둔 이유는, 대통령에 의한 직접적인 행정부처 통할을 견제하는 의미에서 대통령 밑에 그 보좌기관으로서 국회의 동의를 얻어 임명된 국무총리를 두고 그 국무총리는 대통령의 명의 받아 모 든 행정부처를 통할하도록 한 것이므로, 국무총리의 통할을 받지 않는 행정부처는 이를 설치할 수 없는 것이다. 그런데 국가안전기획부는 그 전신인 중앙정보부의 경우와 마찬가지로 국무총리의 통할을 받지 않고 직접 대통령에 속하는 기구로서 설치 운영되고 있다(정부조직법 제14조).     
따라서 국가안전기획부는 헌법에 위반되는 위헌의 행정기관이다. 국가안전기획부 직원에 의한 사법경찰권의 행사는 국가안전기획부법 제15조에 그 법적 근거를 두고 있지만 위와 같이 국가안전기획부의 조직 자체가 헌법에 위반되므로 동법 제15조에 의한 그 직원의 사법경찰권행사 역시 위헌임이 명백하다.     

(2) 청구인은 1989.5.6. 23:00 국가안전기획부 소속 수사관에 의하여 군사기밀보호법위반 등 혐의로 서울중부경찰서에 구속당하였는바, 이는 위에서 본 바와 같이 위헌적인 기구의 권력행사로 인하여 국민의 중요한 기본권인 신체의 자유가 침해를 당한 것이다.    
 따라서, 위헌무효인 이 사건 구속조치를 취소하는 결정을 구하고, 덧붙여 국가안전기획부의 설치근거 법률인 정부조직법 제14조가 헌법 제86조 제2항에 위반됨의 선언을 구한다.     

나. 심판의 대상     
그러므로 이 사건 심판청구는 위 "구속조치"의 취소를 구하는 이른바 처분소원(處分訴願)이고, 부수적으로 헌법재판소법 제75조 제5항에 의하여 이 헌법소원이 인용되는 경우에는 국가안전기획부의 설치근거 법률조항인 정부조직법 제14조에 대한 위헌선언을 구한다는 취지이다.     그러나 위에서 본 청구인의 주장에 의하면 그가 이 사건에서 위 "구속조치"의 취소를 구하는 이유는 그 구속조치가 위헌이라는 데 있고 그 위헌성은 국가안전기획부라는 기구 자체의 위헌성에서 유래하며 그 기구의 위헌성은 그 설치근거 법률조항인 정부조직법 제14조가 헌법 제86조 제2항에 위반되기 때문이라는 것이므로, 결국 이 사건 심판의 대상은 국가안전기획부의 설치근거 법률조항인 위 정부조직법 제14조가 헌법 제86조 제2항에 위반되는지의 여부이다. 

    2. 피청구인의 답변     
가. 본안전의 주장     
(1) 이 사건 청구는 법원의 재판에 대한 헌법소원이므로 부적법하다.     
즉, 국가안전기획부 수사관이 청구인을 구금한 것은 적법하게 발부된 법관의 구속영장을 집행한 것에 불과하므로 위 구금조치의 취소를 구하는 이 사건 헌법소원은 결국 법원의 재판에 대한 헌법소원으로서, 법원의 재판을 헌법소원심판의 대상에서 제외하고 있는 헌법재판소법 제68조 제1항 본문 및 제72조 제3항 제1호의 규정에 비추어 부적법하다.    

 (2) 이 사건 청구는 다른 법률에 구제절차가 있는 경우인데도 이를 거치지 아니한 것이므로 부적법하다.      
즉, 이 사건의 경우와 같이 형사소송절차에 의하여 구속된 경우에는 형사소송법의 규정에 따라 법원의 재판을 받게 되므로 그 재판과정에서 부당한 수사·소추권에 의한 기본권침해를 구제받을 수 있고, 정부조직법 제14조 또는 국가안전기획부법의 위헌 여부가 재판의 전제가 된 때에는 당해 사건의 담당법원이 직권 또는 당사자의 신청에 따라 헌법재판소에 그 위헌 여부의 심판을 제청하여 기본권침해를 구제받을 수 있도록 하고 있으며(헌법재판소법 제41조 제1항) 당사자의 위헌여부심판제청신청이 기각된 때에야 비로소 당사자가 직접 헌법소원심판을 청구할 수 있다(헌법재판소법 제68조 제2항). 그런데 이 사건은 위와 같은 다른 법률에 의한 구제절차를 전혀 거치지 않고 바로 헌법소원심판을 청구한 것이므로 부적법하다.     

나. 본안에 관한 답변     
정부조직법 제14조는 헌법 제86조 제2항에 위반되지 아니하므로 그것이 위헌임을 전제로 한 이 사건 청구는 이유 없어 기각되어야 하는 바, 그 이유는 다음과 같다.    
 (1) 헌법 제86조 제2항은 "국무총리는 대통령을 보좌하며, 행정에 관하여 대통령의 명을 받아 행정각부를 통할한다"라고 규정하고 있으므로 "행정각부"에 포함되지 않는 국가안전기획부가 국무총리의 통할을 받지 않는 것은 당연하며 따라서 국가안전기획부가 헌법 제86조 제2항에 위반되는 위헌기관이라고 할 수 없다.     

(2) 청구인은 행정각부에 포함되지 않는 대통령직속기관은 헌법상 열거된 것(감사원, 국가안전보장회의등) 이외에는 설치할 수 없다고 주장하고 있으나, 헌법에서 규정하고 있는 감사원, 국가안정보장회의 등은 그 업무의 중요성 등을 감안하여 특별히 헌법에 그 설치근거를 두고 있는 것에 불과하며, 이것이 그 설치근거를 법률에 두고 있는 법률기관이나 대통령령에 두고 있는 대통령령기관이 설치를 금지하는 취지는 아니다.    

 (3) 국가안전기획부는 정부조직법 제14조 및 이에 의거한 국가안전기획부법에 의하여 설치된 법률기관으로서 행정조직 법정주의를 채택하고 있는 우리 헌법의 기본정신에 부합하므로 위헌기관이라 할 수 없고, 또 대통령직속기관으로서 헌법상 설치근거가 없는 대통령비서실(정부조직법 제11조 및 "대통령비서실직제"에 의하여 설치된 것) 대통령경호실(대통령경호실법 및 동 법시행령에 의하여 설치된 것)등도 국가안전기획부와 똑같이 법률에 의하여 설치된 기관인데 그 어느 것은 합헌기관이고 다른 것은 위헌기관이라고 달리 볼 근거가 박약하다.    

 (4) 외국의 입법례를 보더라도, 정보기관의 설치근거를 헌법에 두고 있는 경우는 거의 없으며 대부분의 경우 법률 또는 대통령령등에 두고 있거나 아니면 아무런 근거법령 없이 대통령 또는 수상의 직속기관으로 설치, 운영되고 있다. 그런데도 위헌 여부의 시비는 전혀 제기되지 않고 있다.     

3. 법무부장관의 의견    
 대통령을 수반으로 하는 정부에 속하는 행정권은 법령의 집행작용과 형성적인 국가작용으로 분류할 수 있고, 이 형성적인 국가작용에는 법령의 집행 및 행정업무 수행을 위한 행정기관의 설치, 조직권한이 당연히 포함되어 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 대통령은 헌법 제96조에 규정된 "행정각부"만이 아니라 행정각부의 직무범위에 속하지 않는 여타의 업무를 수행하게 하기 위하여 법률로 다른 행정기관을 설치할 수 있다.     
우리 헌법상 국무총리는 정부의 수반인 대통령의 보좌기관으로서 대통령의 명을 받아 "행정각부"(헌법 제96조, 정부조직법 제29조)를 통할할 뿐(헌법 제86조 제2항) 대통령의 행정권을 실현하는 모든 행정기관을 통할할 권한이 있다고 볼 만한 헌법상 및 법률상의 근거가 없다.     따라서, 정부조직법 제14조에서 정부의 수반인 대통령 소속하에, 국무총리의 통할을 받지 않는, 특정목적 수행을 위한 어떤 기관(국가안전기획부)을 설치했다고 하여, 그것이 헌법 제86조 제2항 소정의 국무총리의 "행정각부" 통할권에 위반된 위헌규정이라 할 수 없다.     

4. 판단     
가. 피청구인의 본안전 주장에 대한 판단    
 (1) 이 사건 청구는 법원의 재판을 대상으로 한 헌법소원이 아니므로 이에 관한 피청구인의 주장은 받아들일 수 없다.     
즉, 이 사건 청구는 법관의 "구속영장의 발부"라는 재판을 대상으로 하여 거기에 어떤 위헌 또는 위법사유가 있다는 것이 아니고 그 구속영장을 집행한 기관의 기구 자체가 헌법에 위반됨을 이유로 그 기관에 의한 구속영장의 "집행행위"의 취소를 구하는 것이므로 법원의 재판에 대한 헌법소원이라고는 할 수 없다.     

(2) 이 사건의 경우는 이른바 보충성의 원칙에 대한 예외사유에 해당한다고 볼 것이므로 이에 관한 피청구인의 주장도 받아들일 수 없다.     
즉, 이 사건에 있어서 청구인은 자기에 대한 위 "구속조치"의 취소를 구하고 있으나 그 청구이유는 그 구속조치의 구체적인 방법이나 절차 등에 어떤 위헌, 위법사유가 있다는 것이 아니고 오로지 그 구속조치의 집행기관이 위헌적인 국가기관이고 그 위헌적 기관에 의하여 구속되었으니 이를 취소해 달라고 함에 있다. 이러한 경우 헌법소원 이외에 어떠한 구제절차가 있겠는지를 살펴보기로 하는 바, 일응 형사소송법 제214조의2의 구속적부심사청구와 같은 법 제417조의 준항고 등을 생각할 수 있다.     
우선 형사소송법 제417조의 준항고는 그 규정의 내용이나 취지로 보아 위에서 본 이 사건 청구이유가 위 법조 소정의 불복사유에 해당한다고 볼 수 있을는지 의문이어서 그 구제절차에 해당한다고 단정하기는 어렵다. 다음으로 형사소송법 제214조의2의 구속적부심사청구가 그 구제절차로 될 수 있겠는가 하는 점인데, 이는 현행 형사소송법이 구속적부심사의 청구사유를 "구속의 적부"로 매우 포괄적으로 규정하고 있다는 점과 구속조치에 불복하는 피의자들이라면 그 구제절차로서 우선 구속적부심사를 쉽게 생각할 수 있다는 점에서 검토의 필요성이 있다.     그러나 형사소송법 제214조의2(구속적부심사)및 그 세부적 절차를 정한 형사소송규칙 제101조 내지 제106조의 규정내용과 구속적부심사의 청구를 받은 법원으로서는 어떤 법률 또는 법률조항에 대하여 위헌이라고 판단할 권한이 없는 점(헌법 제107조 제1항, 제111조 제1항 제1호)등으로 미루어 보면 관연 이 사건의 경우에 구속적부심사청구가 그 구제절차에 해당한다고 단정할 수 있을는지 의문이 없지 않고, 이 점에 관한 이론과 실무의 관행이 확립된 바도 없다.     
또 설사 구속적부심사청구가 그 구제절차에 해당한다고 하더라도, 구속집행기관의 위헌성을 다투기 위하여는 먼저 구속적부심사의 청구를 하고 그 절차에서 그 구속집행기관의 설치근거 법률에 대한 위헌여부심판의 제청신청을 하여 그 제청신청이 기각된 경우에 비로소 헌법재판소법 제68조 제2항의 규정에 따라 헌법소원심판을 청구하도록 하는 것은, 매우 우회적인 절차를 요구하는 것밖에 되지 아니한다.     
그렇다면 이 사건의 경우에 헌법소원 이전의 권리구제절차로서 구속적부심사를 반드시 거쳐 오라고 하는 것은, 그 전심절차로는 권리구제의 가능성이 거의 없거나 그 권리구제절차로서 허용되는 지의 여부가 불확실하여, 전심절차이행의 기대가능성이 없는 때에 해당한다고 할 것이다. 그리고 형사소송법 등에 달리 그 구제절차에 관한 규정이 있음을 찾아볼 수 없다.     따라서 이 사건의 경우에는 다른 구제절차를 거칠 것 없이 직접 헌법소원심판을 청구할 수 있다고 보여진다.     

나. 본안에 관한 판단     
(1) 청구인 주장의 요지는, 우리 헌법이 대통령제 정부구조를 취하면서도 국무총리제도를 둔 이유에서 볼 때 헌법 제86조 제2항의 취지는 국가의 공권력을 집행하는 행정부의 조직은 헌법상 에외적으로 열거된 경우(예컨대 감사원, 국가안전보장회 등)나 헌법에 명시된 바 없더라도 그 성질상 대통령직속기관으로 설치할 수 있는 것(예컨대 대통령비서실, 대통령경호실 등)을 제외하고는 모두 국무총리의 통할을 받아야 하며 그 통할을 받지 않는 행정기관은 이를 설치할 수 없음을 의미하는 것인데도, 정부조직법 제14조가 국가안전기획부를 그 전신인 중앙정보부의 경우와 마찬가지로 국무총리의 통할을 받지 않고 직접 대통령에 속하는 기구로 규정한 것은 위 헌법조항에 위반되고 따라서 국가안전기획부는 헌법에 위반되는 위헌기관이므로 그 직원의 청구인에 대한 이 사건 구속조치도 위헌무효이어서 이를 취소하여 달라는 것이다. 

    (2) 그러므로 국가안전기획부를 대통령직속기관으로 한 정부조직법 제14조가 헌법 제86조 제2항에 위반되는지의 여부를 본다.    
 (가) 먼저, 헌법 제86조 제2항의 취지를 살펴본다.     
헌법 제86조 제2항은 "국무총리는 대통령을 보좌하며, 행정에 관하여 대통령의 명을 받아 행정각부를 통할한다"고 규정하고 있는 바, 이 조항은 그 위치와 내용으로 보아 국무총리의 헌법상 주된 지위가 대통령의 보좌기관이라는 것과 그 보좌기관인 지위에서 행정에 관하여 "대통령의 명을 받아" 행정각부를 통할할 수 있다는 그 행정각부 통할권을 규정한 것일 뿐, 청구인의 주장처럼 국가의 공권력을 집행하는 행정부의 조직은 감사원, 국가안전보장회의 등과 같이 헌법상 예외적으로 열거되어 있거나 대통령비서실, 대통령경호실과 같이 그 성질상 대통령직속기관으로 설치할 수 있는 것을 제외하고는 모두 국무총리의 통할을 받아야 하며 그 통할을 받지 않는 행정기관은 법률에 의하더라도 이를 설치할 수 없음을 의미한다고는 볼 수 없고 이 점은 우리 헌법이 국무총리제도를 둔 이유에서 보아도 마찬가지이다.     
그것은 우리 나라의 정부형태, 국무총리의 헌법상의 지위 특히 대통령과의 관계 등에 관련된 문제로서, 우리 나라의 정부형태는 약간의 의원내각제적 요소도 있기는 하나 기본적으로는 대통령(또는 대통령중심제)로서 행정권 행사에 관한 최고·최후의 결정권자는 대통령이라고 해석되는 점, 국무총리의 권한 중에는 국무위원 및 행정각부의 장 임명제청권(헌법 제87조 제1항, 제94조), 대통령의 국법상 행위에 관한 문서에의 부서권(헌법 제82조) 등 대통령의 권한행사에 대하여 다소의 견제적 기능을 할 수 있다고 보여지는 것이 있기는 하나, 우리 헌법이 대통령제 정부형태를 취하면서도 국무총리제도를 둔 주된 이유가 부통령제를 두지 않았기 때문에 대통 령 유고시의 그 권한 대행자가 필요하고 또 대통령제의 기능과 능률을 높이기 위하여 대통령을 보좌하고 그 의견을 받들어 정부를 통할·조정하는 보좌기관이 필요하다는 데 있었던 점과 대통령에게 법적 제한 없는 국무총리해임권이 있는 점(헌법 제78조, 제86조 제1항 참조) 등을 고려하여 총체적으로 보면, 우리 헌법상 국무총리의 지위의 바탕은 그가 대통령의 첫째 가는 보좌기관인 점에 있다고 보여진다.     
그렇다면 비록 국무총리가 헌법상의 정부의 제2인자인 지위에 있다고 하더라도 그 사실만으로 곧 국무총리의 통할을 받지 않는 행정기관은 법률에 의하더라도 이를 설치할 수 없다든가 또는 모든 행정기관은 헌법상 예외적으로 열거된 경우 등 이외에는 반드시 국무총리의 통할을 받아야 한다고는 볼 수 없고, 이는 그 기관이 관장하는 사무의 성질에 따라 국무총리가 대통령의 명을 받아 통할할 수 있는 기관으로 설치할 수도 있고 또는 대통령이 직접 통할하는 기관으로 설치할 수도 있다 할 것이다. 또 헌법이 감사원, 국가안전보장회의 등의 설치근거 규정을 두고 있는 것은 헌법적 시각에서 본 그 기관의 성격, 업무의 중요성 등을 감안하여 특별히 헌법에 그 설치근거를 명시한 것에 불과할 뿐 이것이 그 설치근거를 법률에 두는 법률기관의 설치를 금지하는 취지는 아니다.     
이상 살펴본 바와 같이, 헌법 제86조 제2항의 취지가 국무총리의 통할을 받지 않는 행정기관은 헌법상 예외적으로 열거된 경우 등 외에는 법률에 의하더라도 이를 설치할 수 없음을 의미한다고는 볼 수 없다.     

(나) 다음으로, 헌법 제86조 제2항 소정의 "행정각부"가 어떤 기 관을 가리키는가 또 그 기관에 국가안전기획부가 포함되는가의 여부를 살펴본다.     
만약 국가안전기획부가 위의 "행정각부"에 포함된다면 이 기구를 대통령직속기관으로 한 정부조직법 제14조는 위 헌법조항에 위반된 다 할 것이고 반대로 그에 포함되지 않는다면 그 헌법조항에 위반 된다고 할 수 없을 것이다. 그런데 위 헌법조항 소정의 "행정각부"가 어떤 기관을 가리키는 것인지에 관하여 헌법에 아무런 직접적인 규정이 없고 단지 헌법 제96조에 "행정각부의 설치·조직과 직무범위는 법률로 정한다"고만 규정되어 있다. 이와 같이 헌법이 행정각부의 의의(意義)에 관하여 아무런 규정을 두지 않고 그 조직과 직무 범위에 관한 사항만이 아니라 그 "설치"에 관한 사항까지도 법률에 위임한 이상 헌법 제86조 제2항의 "행정각부"가 어떤 기관을 가리키는 것인지는 그 위임에 따라 제정된 법률의 규정에 의하여 해석, 판단할 수밖에 없다.     
헌법 제4장 제2절 제3관(행정각부)의 "행정각부"의 의의에 관하여 학설상으로는, 정부의 구성단위로서 대통령 또는 국무총리의 통할 하에 법률이 정하는 소관사무를 담당하는 중앙행정기관이라든가, 또는 대통령을 수반으로 하는 집행부의 구성단위로서 국무회의의 심의를 거쳐 대통령이 결정한 정책과 그 밖의 집행부의 권한에 속하는 사항을 집행하는 중앙행정기관이라는 등으로 일반적으로 설명되고 있다.     
그런데 위에서 본 바와 같이 헌법이 "행정각부"의 의의에 관하여는 아무런 규정도 두고 있지 않지만, "행정각부의 장(長)"에 관하여는 "제3관 행정각부"의 관(款)에서 행정각부의 장은 국무위원 중 에서 임명되며(제94조) 그 소관사무에 관하여 법률이나 대통령령의 위임 또는 직권으로 부령을 발할 수 있다(제95조)고 규정하고 있는 바, 이는 헌법이 "행정각부"의 의의에 관하여 간접적으로 그 개념범위를 제한한 것으로 볼 수 있다. 즉, 성질상 정부의 구성단위인 중앙행정기관이라 할지라도, 법률상 그 기관의 장(長)이 국무위원이 아니라든가 또는 국무위원이라 하더라도 그 소관사무에 관하여 부령을 발할 권한이 없는 경우에는, 그 기관은 우리 헌법이 규정하는 실정법적(實定法的) 의미의 행정각부로는 보지 아니하는 헌법상의 간접적인 개념제한이 있음을 알 수 있다. 따라서 정부의 구성단위로서 그 권한에 속하는 사항을 집행하는 모든 중앙행정기관이 곧 헌법 제86조 제2항 소정의 행정각부는 아니라 할 것이다.     
이러한 관점에서 헌법 제96조에 의거하여 제정된 정부조직법을 보면, 이 법은 제1장 총칙(정부조직에 관한 총칙 규정), 제2장 대통령(대통령 및 그 소속기관과 국무회의에 관한 규정), 제3장 국무총리(국무총리 및 그 소속기관에 관한 규정), 제4장 행정각부(행정각부의 구분과 조직에 관한 규정) 및 부칙 규정으로 구성되어 있고, "제4장 행정각부"의 장(長)의 첫 번째 조항인 제29조 제1항에 행정각부의 설치와 그 명칭에 관하여 "대통령의 통할하에 다음의 행정각부를 둔다"하여 "외무부"를 비롯한 14개의 행정각부를 구체적으로 열거하고 있으며, 한편 동법 제14조에서 국가안전기획부는 대통령직속기관임을 분명히 하고 있고 이 조문은 대통령비서실을 대통령직속기관으로 규정한 동법 제11조와 함께 "제2장 대통령"의 장(長)안에 규정되어 있다.     그리고 정부조직법의 체재와 규정내용을 이와 관련된 헌법의 체 재 및 규정과 대비하여 살펴보아도 헌법 제86조 제2항 소정의 "행정각부"의 의의를 위와 달리 볼 만한 뚜렷한 근거규정이 없고 또 우리 헌법이 국무총리제도를 둔 이유에서 본다 하더라도 곧 위와 다른 해석은 나오지 아니한다.     

(다) 그렇다면 국가안전기획부는 국무총리의 행정각부 통할권을 규정한 헌법 제86조 제2항 소정의 "행정각부"에 포함되지 아니한다 할 것이므로 이 조항에 의거한 국무총리의 통할을 받지 않는 것은 당연하고 따라서 국가안전기획부를 대통령직속기관으로 규정한 정부조직법 제14조가 헌법 제86조 제2항에 위반된다고 할 수 없다.   

  (3) 그렇다면 정부조직법 제14조가 헌법 제86조 제2항에 위반됨을 이유로 국가안전기획부가 위헌의 국가기관임을 전제로 한 청구인의 이 사건 심판청구는 이유 없다 할 것이므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 결정한다.     
이 결정은 재판관 조규광, 재판관 한병채, 재판관 김양균의 별개 의견과 재판과 변정수의 반대의견이 있는 외에는 재판관 전원의 의견일치에 따른 것이다.    

 5. 다수의견의 "본안에 관한 판단"에 대한 재판관 조규광, 재판관 한병채, 재판관 김양균의 별개의견은 다음과 같다.     
우리는 이 사건을 판단함에 있어, 청구인이 위헌주장의 이유로 들고 있는바 정부조직법 제14조가 헌법 제86조 제2항에 위반되는지 여부만에 국한할 것이 아니라, 그것을 넘어서서 청구인의 위헌주장이유의 참뜻을 살펴 직권으로 위 정부조직법 규정이 정부조직에 관한 총체적 헌법체계에 반하는 것으로서 위헌인지 여부까지를 고찰 판단함이 헌법재판의 올바른 태도라고 생각하기 때문에 아래와 같 이 의견을 밝힌다.    
 우리 헌법은 국회에 대하여 대통령 이외에 국무총리·국무위원·행정각부의 장 등에 대한 탄핵소추권(헌법 제65조)을 부여함과 아울러 국무총리·국무위원 등의 국회 출석·답변 요구권(헌법 제62조), 국무총리 또는 국무위원의 해임건의권(헌법 제63조), 정부에 대한 국정감사 및 조사권(헌법 제61조) 등을 부여함으로써 권력분립상 순수한 대통령제보다 강한 정부견제권을 국회에 부여하는 특수한 구조를 취하고 있다. 그러므로 헌법규정이나 특별한 사유가 있는 예외적인 경우가 아닌 한 국회에 의한 위와 같은 견제가 정부조직상 중요한 지위를 차지하는 행정기관에 미치도록 함이 헌법체계와 조화를 이루는 것이 된다고 본다.     
그런데 정부조직법 제14조 제1항에 의하면 국가안전보장에 관련되는 정보·보안 및 범죄수사에 관한 사무를 담당하게 하기 위하여 대통령 소속하에 국가안전기획부를 두도록 되어 있고, 이를 받아 그 조직과 직무범위 등을 규정한 국가안전기획부법이 제정되었다. 국가안전기획부가 대통령의 헌법수호책무(헌법 제66조 제2항, 제69조)와 직접적인 관련이 있는 헌법 적대적·헌법 파괴적 행위의 봉쇄를 목적으로 위와 같은 업무를 담당하고 있는 정보기관으로서 비밀취급을 그 속성으로 한다는 관점에서 볼 때, 정보수집 및 보안업무에 관한 한 안전기획부를 대통령직속기관으로 설치하여 앞서 본 바와 같은 국회에 의한 정부견제기능에 예외를 두고 있다 하여 헌법체계상 문제가 될 것은 없다고 보여진다.     
그러나 이와 같은 정보기관은 그 업무의 밀행적(密行的) 속성으로 인하여 일반국민이 그 존재 자체를 국민의 헌법상 보장된 기본권 특히 사생활의 비밀을 비롯한 자유권에 대한 잠재적 위협으로 받아들일 가능성이 있고, 이와 같은 정보기관이 수사권마저 함께 가질 때 국민이 느끼는 기본권침해에 대한 위구심(危懼心)은 더욱 증폭될 수밖에  없으며, 실제 일반인의 이러한 위구심이 반드시 기우가 아니었음은 역사상 정보기관에 관한 국내외에 있어서의 여러 가지 경험이 우리에게 가르쳐 준 바이기도 하다. 물론 정보기관 업무의 특수성으로 인하여 정보기관 스스로 수사업무를 담당하지 아니하면 아니 될 부득이한 경우가 있을 수 있음은 부인할 수 없고, 형사소송법도 일반사법경찰관리 이외에 특별한 사항에 관하여 검사의 지휘 아래 수사업무를 수행할 수 있는 특별사법경찰관리의 존재를 인정하고 있으며(동법 제196조, 제197조), 정보기관으로부터 수사권을 분리시키는 것이 반드시 헌법적 지시라고까지는 할 수 없으나, 정보기관이 수사권까지 가지는 것은 앞서 본 바와 같이 바람직스러운 것이 아니므로 그 수사권은 필요한 최소한에 그쳐야 할 뿐만 아니라 그 권한의 남용을 막을 수 있는 적절한 견제장치가 마련되어 있을 필요가 있다.     

한편, 행정공권력행사의 중핵(中核)을 이루는 범죄수사는 연혁적으로 보아도 앞서 본 바와 같은 국회의 여러 가지 견제 아래 놓이게 되는 국무위원인 행정각부 장관의 소관업무로서 국무총리의 통할하에 두었다. 그리고 범죄수사에 과한 원칙적인 권한을 공익의 대표자인 검사에게 부여하고(검찰청법 제4조, 형사소송법 제195조, 제196조 등 참조), 그 총괄책임은 검찰사무의 최고감독자로서 일반적으로 검사를 지휘·감독하는 법무부장관이 지는 것일 뿐만 아니라(검찰청법 제8조), 일반사법경찰업무와 여타 행정부 공무원에게 제 한적으로 인정되고 있는 특별사법경찰업무(형사소송법 제197조, 사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위에관한법률 등 참조)역시 그 각 공무원의 소관업무를 최종적으로 책임지는 행정각부 장관 등이 그 정치적·일차적인 책임을 져야 함은 관할책임 원칙상 당연하다.     

그런데 이 사건에서 문제된 위 정부조직법 규정은 국가안전기획부를 대통령 소속하에 두어 국무위원이 아닌 자를 그 장에 보할 수 있게 함으로써 그 장이 국회의 탄핵소추권, 국회출석·답변요구권, 해임건의권 등의 대상이 되지 아니하게 하여 국회의 국가안전기획부에 대한 견제기능을 현저히 약화시킨데다가, 1994.1.5. 법률 제4708호로 개정되기 전의 구국구안전기획부법은 그 예산회계, 국회에 대한 증언 등에 관하여 국회의 관여를 여러 가지로 제한하는 특례규정(동법 제10내지 11조)을 두었을 뿐 아니라, 국가안전기획부로 하여금 그 본래의 직무내용에 비하여 과도한 수사권(동법 제2조 제1항 제3호), 자체 하부기구 조직권(제3조), 그 예산 및 결산 등의 비공개권(제5조)등을 행사할 수 있도록 함으로써, 법상 이렇다 할 실효성 있는 견제장치가 없는 수사기관이었다고 보지 않을 수 없다. 구법에 따른 국가안전기획부에 대한 이와 같은 견제장치의 미비는 막바로 위 기관에 의한 국민의 기본권에 대한 위협으로 이어졌다고 보지 않을 수 없었으며, 바로 이러한 이유로 우리는 국가안전기획부의 수사권 남용을 적절히 통제할 수 있는 합리적인 안전장치가 마련되지 않는 한 위 정부조직법 규정이 적어도 그러한 점에서 헌법체계와 부조화되는 것으로 보았다. 그러나 한편 구법 당시에도 규범상으로는 그 수사권이 검사의 지휘하에 놓여 있고 또한 사법적 통제의 대상이 됨으로써 국민의 기본권 보장에 관한 최소한의 담보 가 있었던 것으로 보아 체계부조화가 곧 이 법률의 위헌으로까지 직결된다고는 단정할 수 없고, 위에서 밝힌 체계부조화를 입법자가 곧 시정하여야 하며, 헌법재판에 있어서 개선입법촉구취지의 결정 대상이었다고 생각한다.     

그런데 동법은 1994.1.5. 개정되어, 구법과는 달리 국가안전기획부의 예산회계, 국회에서의 증언등에 있어서 국회에 의한 최소한의 견제기능이 보장되는 외에(제12조, 제13조), 그 수사권한이 본래의 직무범위에 맞추어 불가결한 것이라고 입법자가 합리적으로 인식하는 범위 내로 축소되어 국민의 기본권침해 우려가 있었던 범죄를 그 관할에서 제외하고(제3조 제3호), 그 하부조직권이 대통령 승인 사항으로 되었으며(제4조 제2항), 과거의 비공개대상이던 예산 및 결산이 비공개 대상에서 제외되는 한편(제6조), 부장 이하 직원들의 정치관여와 수사권행사에서의 직권남용이 구체적으로 금지되고(제9조, 제11조), 그와 같은 정치관여와 직권남용에 대하여는 무거운 형벌규정이 신설됨으로써(제18조, 제19조) 적법절차 준수에 대한 필요하고도 최소한의 견제장치가 마련되었다고 볼 수 있다.     

그러므로 우리는 위 정부조직법 규정이 구 국가안전기획부법을 그 논리적 전제로 하는 한 헌법체계부조화 상태로 있었으나, 위 법 개정으로 인하여 그러한 상태가 해소되었다고 보는 것이다.     

6. 재판관 변정수의 반대의견     
가. 우리 헌법은 정부형태에 관하여 기본적으로는 대통령중심제를 채용하면서도 국무회의와 국무총리를 두고, 국무회의를 단순한 자문기관이 아닌 정책심의기관으로 하고 국무총리에게 국무위원 및 행정각부의 장 임명제청권과 국무위원해임건의권을 주었으며 국회에 대하여 국무총리임명동의권과 국무총리·국무위원의 출석요구권 및 국무총리, 국무위원의 해임건의권 등을 부여하고 있는데 이는 대통령중심제에 의원내각제적 요소를 가미한 것으로서 헌법의 취지는 대통령의 독단을 견제하여 국정을 신중하게 운영토록 하고 행정부에 대한 국회의 통제를 강화하는 등 대통령중심제의 폐단을 보완하고 책임정치를 구현하기 위한 것으로 해석된다. 그러므로 국무회의 및 국무총리에 관한 헌법규정은 반드시 준수되어야 하고 대통령중심제하에서의 국무총리는 보좌기관에 불과하다는 등의 이론을 내세워 이를 가볍게 생각하여서는 아니된다.  
   나. 헌법 제86조 제2항은 ‘국무총리는 대통령을 보좌하며, 행정에 관하여 대통령의 명을 받아 행정각부를 통할한다’라고 규정하고 제94조는 ‘행정각부의 장은 국무위원 중에서 국무총리의 제청으로 대통령이 임명한다’라고 규정하고 있다. 위 두 조문에서 말하는 "행정각부"가 무엇을 뜻하느냐가 문제인데 "행정각부"란 국무회의의 심의를 거쳐 또는 단독으로 대통령이 결정한 정책과 그 밖의 집행부의 권한에 속하는 사항을 집행하는 중앙행정기관을 말하는 것으로 해석된다. 이러한 중앙행정기관은 행정각부의 하나로 하여 반드시 국무총리의 통할하에 두어야 하고, 그러한 중앙행정기관의 장은 반드시 국무위원 중에서 국무총리의 제청으로 임명되어야 한다는 것이 헌법의 취지이다. 이 점에 관하여 다수의견은    
 첫째, 헌법이 "행정각부"의 의의에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않지만 "행정각부의 장"에 관하여는 "제3관 행정각부"의 관에서 행정각부의 장은 국무위원 중에서 임명되며(헌법 제94조) 그 소관사무에 관하여 법률이나 대통령령의 위임 또는 직권으로 부령을 발할 수 있다(헌법 제95조)고 규정하고 있는 것으로 보아 헌법은 성질상 정부의 구성단위인 중앙행정기관이라 할지라도 그것을 다 "행정각부"로 하는 것이 아니라 그 중에서도 법률상 그 기관의 장이 국무위원이 아니라든가 또는 국무위원이라 하더라도 그 소관사무에 관하여 부령을 발할 권한이 없는 경우에는 그 기관은 헌법이 규정하는 실정법적 의미의 행정각부로 볼 수 없다고 하여 간접적으로 "행정각부"의 개념범위를 제한하고 있는 것으로 볼 수 있으므로 정부의 구성단위로서 그 권한에 속하는 사항을 집행하는 모든 중앙행정기관이 곧 헌법 제86조 제2항, 제94조 소정의 "행정각부"는 아니라고 주장한다. 그러나 헌법 제94조의 규정은 행정각부의 장은 반드시 국무위원이어야 한다는 것과 국무총리의 제청에 의하여서만 대통령이 임명할 수 있다는 것을 규정하는 조문이고 헌법 제95조는 행정각부의 장의 부령발포권을 규정하는 조문일 따름이다. 위 두 규정이 헌법상 "행정각부"의 개념범위를 제한하는 것 즉 성질상 행정각부에 해당되는 중앙행정기관이라 하여 다 행정각부로 아니하고 그 중에서 법률이 기관의 장을 국무위원으로 보하도록 하고 또한 부령발포권을 갖게 한 기관에 한정하겠다는 취지가 포함된 규정이라고 해석할 수는 없다. 행정각부의 장을 국무위원 중에서 임명하도록 한 것은 행정각부의 장으로 하여금 국무회의의 정책심의에 참여케 하여 기획과 집행의 유기적 통일을 보장함과 동시에 국회에 출석하여 국정처리상황을 보고하거나 의견을 진술하고 질문에 응답할 수 있게 하고 또한 국회의 요구에 따라 출석 답변할 수 있게 하고 국회의 해임건의에 따라 해임될 수 있게 하는 등 소관업무에 관하여 국민에 대하여 책임을 지도록 하게 하기 위한 것이다. 그러 므로 앞에서 정의한 기준에 따라 성질상 행정각부에 해당되는 중앙행정기관이라면 이를 반드시 행정각부로 하여 그 기관의 장은 국무위원 중에서 임명되도록 함으로써 행정의 효율과 책임정치를 구현하려는 것이 헌법 제94조의 취지이지 그 반대로 성질상 행정각부에 해당되는 중앙행정기관일지라도 법률에서 그 기관의 장을 국무위원으로 임명하게 되어 있지 아니하는 것은 행정각부로 보지 않겠다는 취지가 내포된 규정은 아니다. 다수의견은 헌법 제94조의 정신을 왜곡하고 있다.     

둘째, 다수의견은 헌법 제96조에서 "행정각부의 설치·조직과 직무범위는 법률로 정한다"라고만 규정하고 있는 것으로 보아 입법권자는 헌법 제96조에 의하여 법률로써 행정을 담당하는 행정기관을 설치함에 있어 그 기관이 관장하는 사무의 성질에 따라 국무총리가 대통령의 명을 받아 통할할 수 있는 기관으로 설치할 수도 있고 또는 대통령이 직접 통할하는 기관으로 설치할 수도 있다 할 것이므로 헌법 제86조 제2항 및 제94조에서 말하는 "행정각부"는 입법권자가 헌법 제96조의 위임을 받은 정부조직법 제29조에 의하여 설치하는 행정각부만을 의미하고 따라서 정부조직법 제29조에 행정각부로 규정되어 있지 아니한 국가안전기획부(이하 안전기획부라 한다)는 행정각부가 아니므로 안전기획부를 국무총리의 통할하에 두지 않고 대통령직속기관으로 두도록 규정한 정부조직법 제14조는 정당하다고 설명한다. 그러나 이것 또한 첫째 주장과 마찬가지로 잘못된 견해이다. 앞에서 설명한 바와 같이 헌법 제86조 제2항이나 제94조에서 말하는 "행정각부"란 헌법에 특별규정을 둔 감사원, 국가안전보장회의, 민주평화통일자문회의, 국민경제자문회 등을 제외 하고(이들 기관은 그 대상업무의 특성상, 즉 국민의 자유과 권리에 영향을 미치지 아니하는 단순한 자문기관이거나 또는 행정권으로부터의 강한 독립성이 요구되는 기관이므로 국무총리 통할하의 행정각부에 해당될 수는 없는 것이고 따라서 헌법이 이들 기관을 행정각부에서 제외시켜 그 설치 등에 대하여 직접 규정하고 있는 것이어서 그럴 만한 상당한 이유가 있다) 성질상 행정각부에 해당되는 모든 기관 즉 국무회의 심의를 거쳐 또는 단독으로 대통령이 결정한 정책과 그 밖의 집행부의 권한에 속하는 사항, 다시 말하면 군력분립의 원칙에 따라 헌법과 법률의 집행을 통해 국민의 권리와 자유에 영향을 미치는 등 기능상 행정권에 속하는 사항을 집행하는 모든 중앙행정기관을 의미하고 헌법 제96조에 의하여 제정된 법률(정부조직법 제29조)에서 "행정각부"로 명칭 지워진 기관만을 의미하는 것은 아니다. 헌법 제96조의 취지는 위와 같은 성질상 행정각부에 해당되는 기관은 이를 반드시 행정각부로 하여 그 설치·조직·직무범위를 권력통제의 헌법정신에 따라서 법률로 정하라는 취지이다. 따라서 이러한 행정기관을 행정각부로 하지 아니하고 국무총리의 통할밖에   두었다면 이는 헌법 제86조 제2항, 제94조 및 제96조에 위반되는 것이다. 헌법 제96조가 제86조 제2항 및 제94조 소정의 행정각부를 구체적으로 법률로 정하도록 위임하였지만은 그렇다고 행정각부에 해당되는 것을 행정각부로 규정하지 아니해도 괜찮다는 것은 아니다. 헌법 제96조는 행정각부의 설치·조직·직무범위는 국민의 권리·의무에 영향을 미치기 때문에 그러한 사항은 명령이나 규칙으로 정할 수 없고 국민의 대표기관인 국회에서 제정한 법률로써만 정할 수 있다는 것, 즉 행정조직에 관한 법치주의를 천명한 것에 중요한 의미가 있 으며 헌법 제86조 제2항 및 제94조에 의하여 국무총리의 통할하에 둘 "행정각부"는 헌법 제96조에 의하여 제정된 법률(정부조직법)이 잘됐건 잘못됐건 간에 무조건 그 법률에 정해진 것에 한정하겠다는 취지의 규정이 아닌 것은 너무나도 당연하다. 그리고 만약 다수의견대로 성질상 행정각부에 속하는 기관도 법률로써 국무총리 통할하의 행정각부로 아니하고 대통령직속기관으로 해도 무방한 것이라고 한다면 행정각부를 한두 개만 두고 모조리 대통령직속기관으로 만들어 국무총리제도를 형해화(形骸化)시켜 버려도 괜찮다는 말인데 이러한 일이 국무회의와 국무총리제도를 두는 헌법정신에 반하는 것임은 의문의 여지가 없다.    

 다수의견은 헌법 제96조의 정신을 잘못 이해하고 헌법상의 "행정각부"가 무엇인가를 헌법정신에 의하여 판단하지 아니하고 하위법으로서 위헌심판의 대상이 되어야 할 정부조직법 제29조를 가지고 판단하고 있는 것이어서 헌법재판의 판단기준상의 주객이 전도된 것이라고 아니할 수 없다.    

 다. 그렇다면 안전기획부가 "행정각부"에 해당되는가를 보건대, 정부조직법 제14조 제1항이 "국가안전보장에 관련되는 정보·보안 및 범죄수사에 관한 사무를 담당하게 하기 위하여 대통령 소속하에 국가안전기획부를 둔다"라고 규정하여 대통령의 대내외 정책수행에 필요한 정보수집에 국한하지 않고 국민의 기본권에 중대한 영향을 미치는 보안 및 범죄수사에 관한 사무를 담당하게 한 것으로 볼 때 안전기획부는 대통령비서실과는 달리 행정부(내무부 및 법무부)의 권한에 속하는 사항을 집행하는 중앙행정기관이므로(안전기획부의 직무범위를 규정한 안전기획부법 제3조는 국외정보, 국내보안정보의 수집·작성 및 배포, 국가기밀에 속하는 문서, 자재, 시설 및 지역에 대한 보안업무뿐만 아니라 정보 및 보안업무의 기획조정 그리고 형법 중 내란의 죄, 외환의 죄, 군형법 중 반란의 죄, 암호부정사용죄, 군사기밀보호법에 규정된 죄, 국가보안법에 규정된 죄 및 안전기획부 직원의 직무와 관련된 범죄 등에 대한 수사권을 인정하는 등 광범위한 직무를 부여하고 있다) 이는 성질상 국무총리의 통할하에 두어야 할 헌법 제86조 제2항, 제94조 내지 제96조에서 규정한 "행정각부"에 속하는 것이 명백하다. 따라서 안전기획부를 행정각부에 넣지 아니하고 대통령의 직속하에 두어 국무총리의 지휘·감독을 받지 아니하도록 한 정부조직법 제14조 제1항은 헌법 제86조 제2항 및 제94조에 위반된다고 아니할 수 없다.    

 라. 정부조직법 제14조가 합헌이라는 점에 대하여 다수의견과 견해를 같이하면서 다만 그 이유를 달리한다는 재판관 조규광, 재판관 한병채, 재판관 김양균의 별개의견에 대하여 본다.     별개의견의 요지는 안전기획부설치에 관한 근거법률인 정부조직법 제14조 제1항의 위헌 여부는 그 법률조항만을 보고 판단할 것이 아니라 그 법률조항에 의하여 제정된 안전기획부법의 내용과 합쳐보아야 한다고 전제한 다음 1994.1.5.자 개정법률에 의하여 개정되기 전의 구 안전기획부법은 안전기획부의 수사권 남용을 적절히 통제할 수 있는 합리적인 안전장치가 마련되지 않았다는 점에서 다소의 체제부조화(법률의 위헌으로까지는 직결되지 않는 정도의)가 있었으나 안전기획부법이 1994.1.5. 개정되어 안정기획부의 예산회계 국회에서의 증언 등에 있어서 국회에 의한 최소한의 견제기능이 보장되고 수사권도 축소되어 국민의 기본권침해 우려가 있었던 범죄를 그 관할에서 제외하였으며 그 밖에도 적법절차 준수에 대한 최소한의 견제장치가 마련됨으로써 헌법체제 부조화상태가 해소되었으니 정부조직법 제14조 제1항은 위헌이 될 수 없다는 주장이다.     
그러나 이 사건에서 문제되는 것은 정부조직법 제14조 제1항이 헌법 제86조 제2항, 제94조에 위반되는지의 여부이고 그 위헌 여부의 해결은 안전기획부가 위 헌법규정 소정의 "행정각부"에 해당되는지의 여부에 달려 있다. 정부조직법 제14조 제1항 소정의 안전기획부가 "행정각부"에 해당된다면 그것을 국무총리 통할하에 두지 않고 대통령 소속하에 두도록 한 정부조직법 제14조 제1항은 헌법에 위반될 것이고 "행정각부"에 해당되지 않는다면 헌법위반이라고 할 수 없을 것이다. 그럼에도 불구하고 별개의견은 안전기획부가 "행정각부"에 해당되느냐의 여부는 제쳐놓고 안전기획부법의 내용에 있어 안전기획부가 합리적으로 권력통제를 받을 수 있게 되었느냐의 여부에 대하여 판단하여 문제의 핵심을 피하고 있다. 정부조직법 제14조 제1항은 안전기획부의 설치근거 법률이고 안전기획부법은 정부조직법 제14조 제2항에 의하여 제정된 것으로서 안전기획부의 조직·직무범위 등을 규정한 법률이다. 따라서 정부조직법 제14조 제1항이 헌법에 위반된다면 안전기획부법은 설치근거 법률을 상실하게 되어 그 내용을 아무리 손질하여 합리적으로 만들더라도 위헌무효의 법률이 될 수밖에 없다. 별개의견은 정부조직법 제14조 제1항의 위헌여부판단을 상위법인 헌법을 가지고 하는 것이 아니라 하위법인 안전기획부법을 가지고 하였으며 그러다 보니 문제의 쟁점에 대하여 판단하지 아니하고 엉뚱한 이론을 펴면서 정부조직법 제14조 제1항이 합헌이라고 강변하고 있으므로 별개의견에 대하여는 더 이상 비판할 필요조차 없다고 본다.     

마. 이상과 같이 안전기획부 설치의 근거법률인 정부조직법 제14조 제1항은 위헌이므로 안전기획부는 헌법에 위반된 기관이라는 말이 된다. 안전기획부법이 있으나 그 법은 헌법 제96조 및 정부조직법 제14조 제2항에 의하여 안전기획부의 조직 및 직무범위 등을 규정하는 법률일 따름이지 설치근거 법률이 아니며(정부조직법 제14조는 제1항에서 안전기획부의 설치에 관하여서만 규정하고, 조직·직무범위에 관하여는 직접 규정하지 아니하고 제2항에서 다른 법률 즉 안전기획부법으로 미루었다) 안전기획부의 설치근거 법률인 정부조직법 제14조 제1항이 위헌법률이므로 그 조직과 직무범위를 정하는 안전기획부법은 효력을 발생할 수 없는 무효의 법률이다. 그렇다면 안전기획부법 제3조가 내란죄, 외환죄 등 특정범죄에 대한 수사를 안전기획부의 직무로 포함시키고 있고 동법 제16조가 안전기획부의 직원으로서 부장이 지명하는 자에 대하여 특정범죄에 관하여 사법경찰관리의 직무를 행할 수 있도록 규정하고 있다고 하더라도 안전기획부직원의 사법경찰권 행사는 무효인 법률에 근거한 것이어서 법률상 근거 없는 권한행사라고 아니할 수 없을 것이다. 따라서 안전기획부 수사관 김원이 1989.5.6. 청구인을 군사기밀보호법위반 등 협의로 서울 중부경찰서에 구금한 조치는 법률상 권한 없는 자에 의한 불법구금이 되고 결국 공권력 행사에 의하여 청구인의 기본권(신체의 자유)을 침해한 것이 된다. 따라서 청구인의 이 사건 심판청구는 인용되어야 한다.    

 바. 안전기획부는 여·야 합의에 의한 1994.1.5.자 안전기획부법 개정법률에도 불구하고 여전히 위헌법률에 의하여 설치된 헌법위 반의 행정기관임을 면할 수 없다. 안전기획부는 그 전신인 중앙정보부를 명칭을 바꾸어 개편한 것이지만 중앙정보부나 안전기획부는 다 같이 군사쿠데타로 정권을 잡은 군인들에 의하여, 정당한 입법기관도 아닌 국가재건최고회의(중앙정보부의 경우) 또는 국가보위입법회의(안전기획부의 경우)에서 만든 법률로 설치되고 군사독재정권을 지키기 위한 정권안보기관으로서 국민을 감시하고 독재정권에 저항하는 세력을 탄압하는 것을 주요업무로 하여 왔다는 점에서 아무런 차이가 없다. 안전기획부가 정보수집업무뿐만 아니라 정보 및 보안업무의 기획조정 및 범죄수사권 등 광범위한 직무권한을 가지고 있는 중앙행정기관임에도 불구하고 행정각부로 아니하고 대통령 직속하에 둔 것은 국무총리, 국무회의 및 국회의 통제 밖에 두어 대통령 한 사람에게만 책임을 지게 함으로써 국민 전체의 이익과 인권옹호보다는 대통령 1인의 개인적인 신뢰와 이익을 보호하고 그에게 충성하도록 하기 위한 것이었다고 볼 수 있고 또한 과거의 권위주의 정권하에서 그와 같이 활동해 온 것이 사실이다. 그러므로 안전기획부는 이를 폐지하여 그의 업무를 내무부와 법무부로 하여금 맡도록 하는 것이 가장 좋고, 안전기획부를 존치시키려면 그의 담당업무를 오로지 정보수집에 한정하고 보안업무나 범죄수사권 등을 완전히 배제시켜 권력남용 및 인권침해의 요소를 없애든가 아니면 행정각부의 하나로 하여 국무총리의 통할하에 두어야 할 것이다. 안전기획부를 행정각부의 하나로 하면 안전기획부장도 국무위원 중에서 임명하게 되어 안전기획부의 중요한 업무가 당연히 국무회의의 심의대상이 될 것이고 안전기획부장도 국회의 요구에 따라 출석, 답변할 의무를 지게 되고(안전기획부법 제13조는 안전기획 부장에 대하여 중대한 국가기밀사항임을 이유로 하는 자료제출거부권 및 증언, 답변거부권을 부여하고 있으나 안전기획부장을 국무위원으로 보하면 이러한 거부권을 행사할 수 없게 된다) 안전기획부장도 국회의 해임 건의에 따라 해임될 수 있을 것이며 국회의 탄핵소추대상이 될 수 있을 것이다. 이렇게 되어야만 막강한 안전기획부장의 권력행사에 대한 헌법적 통제가 가능하여 권력남용과 대공업무를 빙자한 국민의 기본권침해를 예방할 수 있을 것이며 언필칭(言必稱) 문민정부의 개혁위상에도 맞게 될 것이다.     
안전기획부가 합헌성을 결여한 위헌기관임은 의문의 여지가 없다. 그럼에도 불구하고 다수의견은 견강부회로 헌법정신을 왜곡하여 이를 합헌화시키고 나서 국가가 어떤 정보기관을 설치운영하는 경우에 그것을 대통령직속기관으로 할 것인가 또는 다른 어떤 국가기관의 통제나 규제를 받는 기관으로 할 것인가의 문제는 기본적으로 국가의 입법정책의 영역에 속하는 문제라느니, 우리 나라와 같이 대통령중심제의 정부형태를 취하고 있는 경우에는 안전기획부의 직무내용으로 보아 이를 대통령직속기관으로 하는 것이 합리적이고 효율적이라느니, 이러한 입법이 우리 헌법의 다른 규정이나 헌법이념에도 반한다고 볼 수 없다느니 하면서 안전기획부를 적극 옹호하고 있고, 별개의견은 일부러 문제의 핵심을 피하고 하위법인 안전기획부법을 가지고 상위법인 정부조직법 제14조 제1항의 위헌여부를 판단하면서 이것이 합헌이라고 강변하고 있다. 헌법재판소는 과거의 권위주의정권에 시달린 국민이 그 시대에 만들어진 수많은 악법에 대하여 과감하게 위헌선언하여 왜곡된 민주적 헌법질서를 바로잡고 권력남용을 통제하여 줄 것을 갈망하여 설치한 것이 다. 그런데 그러한 국민의 염원에 부응은 커녕 헌법정신을 왜곡하면서까지 기존제도와 권력옹호에 급급하다면 이는 국민을 업신여기는 것이어서 국민들은 헌법이나 헌법재판소의 존재에 대하여 깊은 회의와 좌절감을 가지게 될 것이다.          
재판장      재판관 조규광                      
재판관 변정수                      
재판관 김진우                      
재판관 한병채                      
재판관 최광률                      
재판관 김양균                      
재판관 김문희                      
재판관 황도연                      
재판관 이재화