# 구 사립학교법 제29조 제1항 등 위헌소원

## 판시사항

가. 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법(이하 ‘초ㆍ중등교육법 등’이라 한다)에 따른 학교에 대하여는 재산세를 면제하면서도, 유아교육법에 따른 유치원에는 최소납부세액을 부과해 재산세를 85%만 감면하는 구 지방세특례제한법 제177조의2 제1항 단서 제2호(이하 ‘최소납부세액예외조항’이라 한다)가 조세평등주의에 위배되는지 여부(소극)
나. 재산세 부과 처분에 관하여 다투는 당해 사건에서 학교법인 회계의 구분에 관하여 규정한 구 사립학교법 제29조 제1항, 구 사립학교법 제29조 제2항(이하 이를 합하여 ‘회계조항’이라 한다)에 대한 재판의 전제성이 부인된 사례

## 결정요지

가. 재산세가 부과되는 사립유치원의 절대다수는 사인에 의하여 설립ㆍ운영되고 있는바, 사인이 설립ㆍ운영하는 사립유치원에는 설립ㆍ운영주체 및 그 재산을 엄격하게 관리하기 위해 마련된 사립학교법 규정 다수가 적용되지 않으므로, 재산세 부과대상이 되는 유치원에 직접 사용되는 부동산은 일반적으로 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 쓰이는 부동산과 공공성의 정도가 같다고 보기 어렵다. 유치원은 유아의 보육 기능을 어린이집과 부담하는 점에서도 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교와 다르므로, 최소납부세액예외조항이 유치원을 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교와 달리 그에 직접 사용되는 부동산의 재산세를 85%만 감면한 것이 입법자의 재량의 범위를 벗어나 자의적이거나 임의적이라고 보기는 어렵다. 따라서 최소납부세액예외조항은 조세평등주의에 위배되지 않는다.
나. 회계조항은 이미 부과된 재산세를 학교의 회계 중 어떤 회계에서 납부할지에 관한 것이다. 따라서 재산세 부과 처분에 관하여 다투는 당해 사건에 적용될 여지가 없으므로, 재판의 전제성이 인정되지 않는다. 
재판관 이은애의 최소납부세액예외조항에 대한 반대의견
유치원은 교육기본법과 유아교육법에서 정한 유아교육을 위한 학교이다. 그런데 최소납부세액예외조항은 외국인학교, 대안학교 등 다양한 형태의 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 대하여도 ‘학교’라는 이유만으로 재산세 최소납부세액을 면하고, 그 학교가 학교법인에 의하여 설립될 것을 요구하지 않는다. 또한 감면대상 부동산이 과세기준일 기준 설립자 개인의 사적 용도가 아니라, 유치원에 직접 사용되고 있음을 고려하면, 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산에 비하여 공공성이 떨어진다고 보기도 어렵다. 유치원이 유아의 보육을 어린이집과 분담한다고 하더라도, 운영방식 등을 고려하면 유치원의 ‘학교’로서의 정체성은 약화되지 않는다. 따라서 최소납부세액예외조항이 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교와 달리, 유치원에 직접 쓰이는 부동산에 대하여 최소납부세액을 부과하는 것은 현저하게 입법재량을 벗어나 합리성을 결여한 것이므로 조세평등주의에 위배된다.

## 심판대상조문

구 사립학교법(1981. 2. 28. 법률 제3373호로 개정되고, 2020. 12. 22. 법률 제17659호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항
구 사립학교법(2013. 1. 23. 법률 제11622호로 개정되고, 2020. 12. 22. 법률 제17659호로 개정되기 전의 것) 제29조 제2항
구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되고, 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제177조의2 제1항 단서 제2호

## 참조조문

헌법 제11조 제1항, 제23조 제1항
구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되고 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2항, 제41조 제2항

## 참조판례

가. 헌재 2001. 12. 20. 2000헌바54, 판례집 13-2, 819, 824헌재 2011. 6. 30. 2010헌바430, 판례집 23-1하, 409, 415-417헌재 2015. 5. 28. 2014헌바262등, 판례집 27-1하, 269, 273-274
나. 헌재 1995. 7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48, 58헌재 2014. 12. 9. 2014헌바462

## 전문

【당 사 자】
청 구 인학교법인 ○○
대표자 이사장 김○○
대리인 1. 리마크 법무법인담당변호사 박주범 외 3인
2. 법무법인 문장담당변호사 최민호 외 3인
당해사건서울행정법원 2020구합55848 재산세등부과처분취소
【주    문】
1. 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되고, 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제177조의2 제1항 단서 제2호는 헌법에 위반되지 아니한다.
2. 청구인의 나머지 심판청구를 모두 각하한다.
【이    유】
1. 사건개요
가. 청구인은 서울 은평구 (주소 생략) 및 그 지상 건축물 4개동(A～D동, 건물면적 합계 5,393.82㎡, 토지면적 합계 6,712㎡, 이하 건물 부분을 ‘이 사건 건물’이라 하고, 토지 부분과 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 소유한 학교법인이다. 청구인은 이 사건 부동산에서 ○○초등학교와 ○○유치원을 각각 설치ㆍ경영하여 왔는데, 당초 청구인은 서울특별시 서부교육지원청으로부터 이 사건 건물 중 A, C, D동 건물은 ○○초등학교로, B동 건물은 ○○유치원으로 허가받아 사용하여 왔다.
나. 서울특별시 은평구청장은 2019년경 ○○초등학교가 2018년 이후 사실상 폐교 상태임을 언론을 통해 인지하고, 2019. 6. 19. 이 사건 부동산을 방문하여 현장조사를 실시한 결과, ‘청구인이 2018. 3. 이후부터 ○○초등학교를 사실상 운영하지 않고 있고, 이 사건 부동산에서 ○○유치원은 계속 운영 중에 있다’고 판단하였다.
다. 이에 서울특별시 은평구청장은 2019. 9. 10. 이 사건 건물 중 아래 [표1] 기재와 같이 ○○유치원이 사용하고 있는 A동 일부 부분과 당초부터 ○○유치원이 사용하고 있던 B동 건물 부분의 각 아래 [표2] 기재 부속토지와 운동장에 대하여는 지방세특례제한법 제19조 제2항 및 같은 법 제177조의2 등에 따른 유치원에 대한 지방세 감면율(100분의 85)을 적용하여, 청구인에게 2019년도 재산세(토지) 등 합계 9,118,160원(= 재산세 5,833,780원 + 도시지역분 2,117,630원 + 지방교육세 1,166,750원)을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[표1]
(단위 : ㎡)
┌────┬────┬────┬────┒
│건물구분│건물    │일반    │유치원  ┃
│        │연면적  │과세면적│전용면적┃
┝━━━━┿━━━━┿━━━━┿━━━━┫
│A동     │2,988.53│2,788.53│200     ┃
├────┼────┼────┼────┨
│B동     │1,523.9 │-       │1,523.9 ┃
├────┼────┼────┼────┨
│C동     │240.78  │240.78  │-       ┃
├────┼────┼────┼────┨
│D동     │640.61  │640.61  │-       ┃
├────┼────┼────┼────┨
│합계    │5,393.82│3,669.92│1,723.9 ┃
┕━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━━┛

[표2]
(단위 : ㎡)
┌─────┬────┬────┬────┒
│토지구분  │바닥면적│일반    │유치원  ┃
│          │        │과세면적│전용면적┃
┝━━━━━┿━━━━┿━━━━┿━━━━┫
│A동       │779.14  │728.84  │50.3    ┃
├─────┼────┼────┼────┨
│B동       │376.2   │-       │376.2   ┃
├─────┼────┼────┼────┨
│C동       │51.3    │51.3    │-       ┃
├─────┼────┼────┼────┨
│D동       │210.17  │210.17  │-       ┃
├─────┼────┼────┼────┨
│운동장 외 │5,295.19│-       │5,295.19┃
├─────┼────┼────┼────┨
│합계      │6,712   │990.31  │5,721.69┃
┕━━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━━┛
라. 청구인은 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2019. 10. 11. 서울특별시 지방세심의위원회에 심사청구를 제기하였으나, 위 지방세심의위원회는 2019. 11. 28. 이를 기각하였다.
마. 청구인은 2020. 2. 25. 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 2021. 2. 16. 청구기각판결을 선고받았다(서울행정법원 2020구합55848). 청구인은 항소하였으나, 2021. 10. 1. 기각되었고(서울고등법원 2021누37146), 위 판결은 2021. 10. 9. 그대로 확정되었다.
바. 청구인은 제1심 계속 중 사립학교법 제29조 제1항, 제2항, 지방세특례제한법 제177조의2 제1항 단서 제2호에 대하여 위헌법률심판제청신청을 하였으나, 2021. 2. 16. 사립학교법 제29조 제1항, 제2항 부분에 대한 신청이 각하되고, 나머지 신청은 기각되었다(서울행정법원 2020아12447). 이에 청구인은 2021. 3. 16. 위 조항들에 대하여 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
2. 심판대상
이 사건 심판대상은 ① 구 사립학교법(1981. 2. 28. 법률 제3373호로 개정되고, 2020. 12. 22. 법률 제17659호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항, ② 구 사립학교법(2013. 1. 23. 법률 제11622호로 개정되고, 2020. 12. 22. 법률 제17659호로 개정되기 전의 것) 제29조 제2항(이하 위 두 조항을 합하여 ‘회계조항’이라 한다), ③ 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되고, 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제177조의2 제1항 단서 제2호(이하 ‘최소납부세액예외조항’이라 하고, 이를 회계조항과 합하여 ‘심판대상조항’이라 한다)가 헌법에 위반되는지 여부이다. 심판대상조항과 관련조항은 아래와 같다.
[심판대상조항] 
구 사립학교법(1981. 2. 28. 법률 제3373호로 개정되고, 2020. 12. 22. 법률 제17659호로 개정되기 전의 것)
제29조(회계의 구분 등) ① 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.  
구 사립학교법(2013. 1. 23. 법률 제11622호로 개정되고, 2020. 12. 22. 법률 제17659호로 개정되기 전의 것)
제29조(회계의 구분 등) ② 제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 비등록금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 학교가 받은 기부금 및 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다.
구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되고 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)
제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.  
2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면
[관련조항]
구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되고 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)
제19조(어린이집 및 유치원에 대한 감면) ② 다음 각 호의 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2021년 12월 31일까지 면제한다. 
1. 해당 부동산 소유자가 과세기준일 현재 유치원등에 직접 사용하는 부동산
2. 과세기준일 현재 유치원등에 사용하는 부동산으로서 해당 부동산 소유자와 사용자의 관계 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 부동산
제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. 
3. 청구인의 주장
가. 회계조항 중 구 사립학교법 제29조 제2항은 교비회계에 어떠한 사항이 들어갈 수 있는지 명시하지 않은 채 ‘각 회계의 세입세출에 관한 사항’을 포괄적으로 대통령령에 위임하고 있어 포괄위임금지원칙에 반한다.
나. 회계조항은 교비회계와 법인회계를 엄격하게 구분하여, 교비회계 항목에 해당하지 않는 한 부당한 목적이 없는 경우라도 교비회계를 이용하는 것을 금지하고 있어, 청구인의 사학 운영의 자유와 재산권을 침해한다.
다. 최소납부세액예외조항은 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산은 예외 대상에 포함하는 반면, 유치원에 직접 사용되는 부동산은 포함하지 않음으로써 유치원을 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법상에 따른 학교에 비하여 합리적 이유 없이 차별하고 있으므로, 최소납부세액예외조항은 유치원을 운영하는 청구인의 평등권, 재산권을 침해하고, 신뢰보호의 원칙, 조세평등주의에도 반한다.
4. 회계조항에 대한 판단
헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원은 법률이 헌법에 위반되는지 여부가 당해 사건의 재판의 전제가 되어야 한다. 그리고 재판의 전제가 된다고 하려면 위헌법률심판제청신청 시 구체적 사건이 법원에 계속 중이어야 하고, 그 법률이 당해 사건 재판에서 적용되는 법률이어야 하며, 그 법률의 위헌 여부에 따라 재판의 주문이 달라지거나 그 내용과 효력에 관한 법률적 의미가 달라져야 한다(헌재 1995. 7. 21. 93헌바46; 헌재 2014. 12. 9. 2014헌바462 참조). 
회계조항은 학교법인의 회계의 구분에 관하여 규정한 것으로, 부과된 재산세를 어떤 회계에서 납부할지에 관한 것이므로 이 사건 처분의 근거 규정이 아니고, 달리 당해 사건에 적용될 여지도 없다. 따라서 회계조항에 대한 심판청구는 재판의 전제성이 인정되지 않으므로 부적법하다.
5. 최소납부세액예외조항에 대한 판단
가. 최소납부세액예외조항의 의의 및 유치원에 대한 적용 예외
지방세 감면 제도는 지방세 관련법에 의한 세목에 따라 과세요건이 성립하였으나, 납세의무 이행 단계에서 그 일부 또는 전부를 이행하지 않도록 하는 제도이다. 지방세특례제한법은 지방세 감면 및 특례, 이의 제한에 관한 사항을 통일적으로 규정하기 위하여 제정된 법으로서, 현재 지방세 감면을 8개 분야로 나누어 관리하고 있다. 그런데 지방세는 취득세와 재산세의 감면 비중이 월등히 높고, 대부분 전액 감면을 적용하고 있어 감면 폭이 과도하게 높았다. 이에 조세형평성과 지방세입 기반이 약화되자, 국가 정책 목적 등 감면 필요성이 있더라도 지방공공재 사용에 따른 최소한의 비용을 지불할 필요가 있다는 인식에서, 2015년부터 지방세특례제한법 각 규정에 따라 취득세 및 재산세가 전액 감면되는 경우라도 15%의 세액을 부담하도록 하는 최소납부세액 제도가 도입되었다(지방세특례제한법 제177조의2 제1항).
한편, 최소납부세액 제도는 취약계층 등 보호를 위해 일부 예외를 두었다. 우선, 지방세법에 따라 산출한 취득세가 200만 원 이하 또는 재산세가 50만 원 이하(세부담 상한세액 산출 이전의 세액)인 경우 최소납부세액을 면제한다(제177조의2 제1항 단서 제1호). 또한, 주로 정책적 지원 목적 또는 비과세 성격을 갖는 면제대상, 공익법인 등 일부 분야에 관하여는 경제적 규모와 상관없이 최소납부세액을 면제한다(최소납부세액예외조항).
초ㆍ중등교육법 및 고등교육법(이하 ‘초ㆍ중등교육법 등’이라 한다)에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산은 최소납부세액예외조항에 최소납부세액 제도 도입 시부터 포함되어, 위 부동산에 대하여는 재산세가 아예 면제된다. 반면, 유치원에 직접 사용되는 부동산은 최소납부세액 제도 도입 시부터 지금까지 줄곧 제외되어, 위 부동산에 대하여는 지방세특례제한법 제19조 제2항의 재산세 면제규정에도 불구하고, 같은 법 제177조의2 제1항에 따라 최소납부세액인 재산세 15%가 부과된다. 
나. 쟁점의 정리
최소납부세액예외조항은 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산과 유아교육법에 따른 유치원에 직접 사용되는 부동산에 대하여 재산세 감면율에 차이를 두고 있다. 그런데 헌법 제11조 제1항은 모든 국민은 법 앞에 평등함을 선언하고 있는바, 조세평등주의는 위 평등원칙의 조세법적 표현이므로(헌재 2001. 12. 20. 2000헌바54; 헌재 2011. 6. 30. 2010헌바430; 헌재 2015. 5. 28. 2014헌바262등 참조), 이 사건에서는 조세평등주의 위배 여부가 문제된다.
청구인은 최소납부세액예외조항이 재산권을 침해한다는 주장도 하고 있으나, 최소납부세액예외조항과 같은 시혜적 입법으로 얻을 수 있는 재산상 이익의 기대는 헌법이 보호하는 재산권의 영역에 포함되지 않으므로, 이 사건에서 재산권 침해 여부는 문제가 되지 않는다(헌재 2011. 6. 30. 2010헌바430 참조).
청구인은 신뢰보호원칙 위배 또한 주장하나, 주장 자체로 법질서의 변경을 전제하지 않고 있어, 신뢰보호의 원칙이 문제되지 않는다.
따라서 이 사건의 쟁점은 최소납부세액예외조항에서 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산에 관하여는 재산세 최소납부세액을 면제하고, 유아교육법에 따른 유치원에 직접 사용되는 부동산은 재산세 최소납부세액 면제 대상에서 제외한 것이 조세평등주의에 위배되어 헌법에 위반되는지 여부이다.
다. 조세평등주의 위배 여부
(1) 조세평등주의는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이고, 조세감면의 우대조치의 경우에 있어서도 특정 납세자에 대하여만 감면조치를 하는 것이 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 헌법에 위반된다. 다만 입법자가 조세감면의 혜택을 부여하는 입법을 하면서, 그 입법목적 등에 비추어 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 재량행위에 속하므로, 재량의 범위를 뚜렷하게 벗어나 자의적이거나 임의적인 것으로 볼 수 없는 한 이를 위헌으로 단정할 수 없다(헌재 2001. 12. 20. 2000헌바54; 헌재 2011. 6. 30. 2010헌바430; 헌재 2015. 5. 28. 2014헌바262등 참조). 
최소납부세액예외조항은 재산세 최소납부세액을 면하도록 혜택을 부여하는 규정이므로, 그 내용이 명백하게 불합리하거나 불공정하지 않는 한 입법자의 판단은 존중되어야 한다. 그러므로 최소납부세액예외조항이 조세평등주의에 위반되는지 여부를 판단함에 있어서는 그 내용이 입법목적 등에 비추어 현저하게 입법재량의 범위를 벗어나 합리성을 결여한 것인지 여부, 즉 자의금지원칙에 따라 심사함이 타당하다(헌재 2015. 5. 28. 2014헌바262등 참조). 
(2) 지방세특례제한법 제177조의2에서 정하고 있는 최소납부세액 제도는 납세의무가 있는 자가 지방공공재 사용에 따른 최소한의 비용을 지불하도록 하기 위하여, 같은 법에 의하여 재산세가 100% 면제되는 경우라고 하더라도, 최소 15%의 재산세는 부담하도록 하는 것이다.
국ㆍ공립학교 및 국ㆍ공립유치원의 경우 지방세가 부과되지 않으므로(지방세법 제9조, 제109조), 최소납부세액예외조항 포함 여부는 사립학교에 한하여 논의된다. 그런데 유아교육법상 ‘학교’인 사립유치원은 초ㆍ중등교육법 등에 따른 사립학교와 재산의 활용 및 처분에 관한 감시와 규제의 정도가 일반적으로 같지 않다.
이는 외국인학교, 대안학교 등과 같은 특수하고 예외적인 경우를 제외하고, 초등학교, 중학교, 고등학교, 대학 등 공교육 체계의 일반적 학교 형태인 초ㆍ중등교육법 등에 따른 사립학교와 달리 사립유치원은 사인에 의하여 설립될 수 있다는 점에서 비롯된다. 즉, 대부분의 초ㆍ중등교육법 등에 따른 사립학교에 관하여 사립학교법은 원칙적인 설립ㆍ운영자로 학교법인만을 인정하여, 이사회가 사립학교의 최고의사결정기관이자 집행기관이 되도록 해, 설립자 개인에 의하여 학교 운영이 좌우되지 않도록 하고 있다. 학교법인 자체도 개방이사 선임 의무(제14조 제1항, 제3항) 등을 통해 일반 사법인에 비하여 높은 공공성과 투명성을 갖추도록 통제 및 관리하고 있다. 
또한 사립학교법에 의하면, 학교법인은 학교를 설치ㆍ경영하기 위하여 필요한 재산을 갖추어야 한다(제5조). 따라서 학교 운영을 위한 재산은 사인이 아니라 학교법인에 소유권이 귀속될 수밖에 없다. 학교법인은, 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ교환ㆍ용도변경하거나 담보로 제공하려는 경우 또는 의무를 부담하거나 권리를 포기하려는 경우에는 원칙적으로 관할청의 허가를 받아야 하고(제28조 제1항), 해산하는 경우에도 합병 및 파산의 경우를 제외하고는 교육부장관에 대한 청산종결의 신고가 있는 때에 잔여재산은 다른 학교법인이나 기타 교육 사업을 운영하는 자 또는 해당 지방자치단체 등에 귀속되어야 하는(제35조 제1항, 제2항, 제4항 참조) 등 학교교육을 위하여 법인에 출연된 재산이 학교교육에 오롯이 쓰일 수 있도록 엄격한 제한을 받고 있다.
다시 말해, 사립학교법은 학교법인을 원칙적인 설립ㆍ운영주체로 정함으로써, 설립에 관여한 개인이더라도 사립학교의 재산을 사사로이 소유ㆍ이용할 수 없게 할 뿐만 아니라, 일반 사법인에 비하여도 강화된 관리를 하고 있다. 따라서 일반적으로 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산은 공공의 이익을 위해 사용되고 있고, 설립에 관여한 개개인의 사익을 위해 이용될 가능성이 낮다고 볼 수 있다. 
반면, 사립유치원은 사인에 의하여도 설립ㆍ운영될 수 있고(사립학교법 제2조 제1호, 유아교육법 제7조 제3호), 실제로 현 시점의 사립유치원은 절대다수가 사인에 의하여 운영되고 있다. 사립학교법에 따르면, 사립유치원을 설립ㆍ운영하는 사인은 준용규정(제51조)에 따라 사립학교법 중 학교시설에 필요한 재산을 갖출 의무(제5조), 기본재산 매도 또는 직접 담보 금지(제28조 제2항) 등 일부 규정만 적용받고, 앞서 언급한 이사ㆍ감사 등 임원선임 및 개방이사선임 의무(제14조 제1항, 제3항), 이사회 설치의무 및 이사회의 의결권(제15조, 제16조), 기본재산의 처분 제한(제28조 제1항) 등 학교재산 및 경영을 강도 높게 관리하기 위한 다수의 규정은 적용받지 않는다.
더욱이 사인이 사립유치원을 설립할 때에는 ‘학교법인’에 재산을 출연할 필요가 없다. 이로 인하여 사인이 사립유치원을 설립ㆍ운영하고자 할 때, 이를 위한 재산은 사립학교법의 일부 규정에 따라 제한을 받기는 하나 소유권은 여전히 설립자 개인에게 귀속되어 있고, 폐원하는 경우에도 학교법인과 달리 잔여재산이 다른 학교법인이나 지방자치단체로 귀속되지 않는다(사립학교법 제35조 제1항, 제2항, 제4항 참조). 따라서 사립유치원에 직접 쓰이는 부동산은 본질적으로는 설립자 개인의 사유재산이고 유치원 폐원 후에도 개인의 사유재산으로 남는다.
그런데 사립유치원의 경우 일반적으로 사인에 의하여 운영되고 있는 현실을 고려하면, 사립유치원 또한 사립학교법 등에 의하여 공공성과 투명성을 위해 학교교육에 사용되는 재산에 관하여 어느 정도의 관리와 제한을 받고 있다고 하더라도, 그 수준이 학교법인에 의하여 설립ㆍ운영되는 초ㆍ중등교육법 등에 따른 사립학교에 이르렀다고 보기는 어렵다. 지방세특례제한법이 유치원에 관하여 지방 공공재 사용에 따른 최소한의 비용을 면하지 않은 것은 이와 같은 현실적 차이를 고려한 것이라고 볼 수 있고, 이러한 차별취급을 재량의 범위를 뚜렷하게 벗어나 자의적이거나 임의적인 것으로 보기는 어렵다.
(3) 한편, 유치원은 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교와 달리 유아의 보육 기능을 어린이집과 나누어 부담하고 있다는 점에서도 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교와 차이가 있다. 유치원은 교육과정 이후 맞벌이 가정 등을 위해 유아에 대하여 그 밖의 교육활동과 더불어 돌봄활동을 수행하는 방과후 과정을 운영함으로써 보호자 대신 유아를 돌보는 기능 또한 일부 수행한다(유아교육법 제13조 제1항, 제2조 제6호). 
또한 유치원은 어린이집 등과 함께 교육부장관과 보건복지부장관이 협의하여 정하는 공통의 교육ㆍ보육과정(‘누리과정’)을 유아에게 무상으로 제공한다(유아교육법 제24조 제1항, 유아교육법 시행령 제29조 제1항 참조). 이와 같이 유치원은 유아들의 공평한 교육과 보육기회 보장을 위해 보육과 교육이 통합된 공통과정을 어린이집과 동일하게 제공함으로써, 유치원은 유아에 대한 교육뿐만 아니라, 어린이집과 함께 사회복지서비스의 일부로서 보육(영유아보육법 제2조 제2호 참조)의 기능을 분담하고 있다.
더욱이 생애 초기 발달 단계에 있는 유아에 대해서는 보육과 교육이 뚜렷하게 구분되지 않는 면도 있다. 영유아보육법 제2조 제2호는 보육을 영유아를 건강하고 안전하게 보호ㆍ양육하고 영유아의 발달 특성에 맞는 ‘교육’을 제공하는 어린이집 및 가정양육 지원에 관한 사회복지서비스라고 정의하고 있어, 보육에 ‘교육’이란 개념을 포함하고 있다. 유아교육법 역시 제정 이유로, 국가 인적자원 관리 체제의 기본틀을 유아단계부터 체계화하고 유아의 교육에 대한 공교육체제를 마련하는 것이 유아의 균형적이고 조화로운 발달을 조장함과 아울러 ‘유아 보호자의 사회ㆍ경제적 활동이 원활하게 이루어질 수 있도록 지원’하기 위함임을 언급하였다. 제정 유아교육법은 유아교육 및 보육에 관한 기본계획, 유치원 및 보육시설간의 연계운영 등에 관한 사항을 심의하기 위하여 국무총리 소속하에 유아교육ㆍ보육위원회를 두었고(제4조), 보호자의 요구 및 지역실정에 따라 반일제 외에도 시간연장제, 종일제 등(제12조)을 운영할 수 있도록 하는 등 유아교육 과정에서 보육적 활동을 분리하지 않았다. 
이 점에서도 입법자가 재산세 감면에 관하여 유치원을 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교가 아니라, 어린이집과 동일하게 규정하고(지방세특례제한법 제19조), 이로 말미암아 최소납부세액예외조항에서도 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교와 달리 유치원을 어린이집과 마찬가지로 제외한 것이 지극히 불합리하다고 보기 어렵다.
(4) 위와 같은 사정들에 비추어 볼 때, 최소납부세액예외조항은 취득세 및 재산세의 100% 감면이냐 85% 감면이냐를 정하는 조항으로서, 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산에 관한 재산세 납세의무자와 비교하여 유치원에 직접 사용되는 부동산에 관한 재산세 납세의무자인 청구인을 합리적인 이유 없이 차별한다고 할 수는 없으므로 조세평등주의에 위반되지 않는다.
6. 결론
그렇다면 최소납부세액예외조항은 헌법에 위반되지 아니하고 청구인의 나머지 심판청구는 부적법하므로 이를 모두 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 아래 7.과 같은 재판관 이은애의 최소납부세액예외조항에 대한 반대의견이 있는 외에 관여 재판관들의 의견이 일치되었다.
7. 재판관 이은애의 최소납부세액예외조항에 대한 반대의견 
나는 최소납부세액예외조항이 조세평등주의에 위배되어 헌법에 위반된다고 판단하므로, 다음과 같이 반대의견을 밝힌다.
(1) 지방세특례제한법은 학교 및 외국교육기관에 직접 사용하는 부동산에 재산세를 면제해 주고 있는데(제41조 제2항), 이는 교육 및 과학기술(제3절)을 지원하기 위함이다. 하지만 지방세특례제한법은 유치원에 직접 사용하는 부동산은 지방세특례제한법 제41조에 포함시키지 않고, 어린이집과 함께 규정하여 사회복지 지원의 일환으로 재산세를 감면하고 있다(제2절 제19조 제2항). 최소납부세액예외조항 역시 위 지방세특례제한법의 구조를 그대로 따라, 학교 및 외국교육기관에 직접 사용하는 부동산은 최소납부세액예외조항에 전부 포함하고, 유치원에 직접 사용하는 부동산은 어린이집과 마찬가지로 최소납부세액예외조항에서 제외한다. 그러나 이는 유치원이 교육기본법과 유아교육법에 따른 학교라는 점을 고려하면, 납득하기 어렵다. 
교육에 관한 국민의 권리ㆍ의무와 국가ㆍ지방자치단체의 책임을 정하고 교육제도 및 그 운영에 관한 기본적 사항을 규정함을 목적으로 하는 교육기본법은 유아교육ㆍ초등교육ㆍ중등교육 및 고등교육을 하기 위하여 학교를 둔다고 규정함으로써(제9조 제1항), 유치원도 학교에 포함시키고 있고, 학교는 공공성을 가진다고도 규정하고 있다(제9조 제2항). 
유치원 교육의 많은 비중을 차지하는 사립유치원도 유아교육에 관한 사항을 정하고 있는 유아교육법에 따라 유치원의 설립, 감독기관의 지도와 감독, 교직원의 임무와 자격, 교육과정 등 거의 모든 영역에 걸쳐 국ㆍ공립유치원와 동일하게 규율 받고 있다. 
또한, 회계 및 재산 관리 측면에서도 사립유치원의 공공성은 강화되어 왔다. 유아무상교육기간은 초등학교 취학 직전 3년으로 전면 확대되었고(유아교육법 제24조),  회계관리시스템인 ‘K-에듀파인’이 전면도입되었다(같은 법 제19조의2 제1항, 제5항). 내부통제기능 강화를 위해 유치원운영위원회 역시 의무적으로 설치하게 되었고(같은 법 제19조의3 제1항), 보조금뿐만 아니라 지원금에 대한 반환규정을 마련하여 예산을 유치원 목적에 부합하게 지출하도록 규정하였다(같은 법 제28조 제1항).
이와 같은 점을 고려하면, 유아의 교육을 위하여 유아교육법에 따라 설립ㆍ운영되는 학교인 유치원은 그것이 사립유치원이라고 하더라도 공교육 체계의 일부로서 관리되는 교육기관임이 분명하다. 
(2) 사인이 운영하는 사립유치원과 학교법인이 운영하는 사립학교에 적용되는 규제가 같지 않다고 하더라도, 이는 유치원과 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교를 최소납부세액 면제 여부에서 달리 취급할 합리적인 이유라고 보기 어렵다. 최소납부세액예외조항에 포함되어 최소납부세액을 면제받는 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교로서 외국인학교(초ㆍ중등교육법 제60조의2), 대안학교(같은 법 제60조의3)는 사립유치원과 마찬가지로 사인에 의하여 설립이 가능하다. 더욱이 초ㆍ중등교육법에 따르면, 외국인학교와 대안학교는 원칙적으로 초등학교, 중학교, 고등학교와 같은 이름을 사용할 수 없고(제60조 제2항), 외국인학교는 일정기간 외국 거주 등 특정 요건이 갖추어져야 입학이 가능하며(제60조의2 제1항), 대안학교는 학업을 중단하거나 개인적 특성에 맞는 교육을 받으려는 학생을 대상으로 현장 실습 등 체험 위주의 교육 등 다양한 교육을 추구하는 등(제60조의3 제1항) 공교육 체계의 전형적인 학교와는 다른 형태의 학교임에도, 최소납부세액예외조항은 교육기관이라는 점만으로 최소납부세액을 면제하고 있다. 
또한, 최소납부세액예외조항에 포함된 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 관한 부동산과 위 조항에서 제외된 유치원에 관한 부동산에 대한 재산세 면제 기준은 ‘과세기준일 현재 학교 또는 유치원에 직접 사용되는 부동산’으로 동일하다. 즉, 위 각 부동산이 재산세를 면제받기 위하여 교육에 쓰여야 하는 정도가 다르다고 보기 어렵고, 그 기준에 따르면 유치원에 직접 사용되는 부동산이 개인의 사유재산이라고 하더라도, 유치원이 운영되고 있는 동안에는 사인에 의해 사사로이 사용되지 않음이 분명하다. 따라서 최소납부세액예외조항이 제외하고 있는 유치원에 직접 사용되는 부동산이 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산보다 공공성이 떨어진다고 단언하기도 어렵다.
(3) 유치원이 유아에게 방과후 과정 등을 운영함으로써 유아의 보육을 어린이집과 분담하고 있다는 이유로 유치원을 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교보다 재산세를 더욱 많이 부담해야 한다고 보기도 어렵다. 유아교육법에 따르면, 유치원의 방과후 과정은 교육과정 이후 이루어지는 그 밖의 교육활동과 돌봄 활동으로(제13조 제1항), 국가는 방과후 과정을 교육과정과는 별도로 지원할 수 있다(제27조). 이처럼 방과후 과정은 원칙적으로 유치원이 유아교육을 제공하는 학교로서의 책무를 모두 이행한 후 남은 여력으로 운영되는 것이다. 따라서 유치원이 방과후 과정을 통해 어린이집과 함께 유아에 대한 보육을 공통으로 하고 있다고 하더라도, 유아교육을 담당하는 학교로서의 정체성이 약화된다고 보기 어렵다.
또한 유치원의 실제 운영 과정은 어린이집보다는 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 가깝다. 어린이집은 보호자의 위탁을 받아 영유아를 보육하는 사회복지서비스를 제공하는 기관(영유아보육법 제2조 제2호, 제3호)으로서 어린이집에 근무할 보육교사는 보건복지부령으로 정하는 보육 관련 전문학사학위 이상을 취득하거나 교육훈련시설에서 교육과정을 이수하여 보건복지부장관이 검정ㆍ수여하는 보육교사 자격증을 취득하면 되는(같은 법 제21조) 반면, 유치원 교사는 대학의 유아교육과를 졸업하거나 이와 동등한 교육경력을 거쳐 교원의 자격을 갖추어야 한다(유아교육법 제22조 제2항, [별표2]). 어린이집은 하루 12시간을 기본으로 운영하고 있고, 방학이나 학기가 없는 반면, 유치원은 초등학교와 유사하게 원칙적으로 교육과정을 하루 4～5시간 동안 제공하고, 매 학년도를 두 학기로 나누고(유아교육법 시행령 제11조), 매 학년도 180일을 기준으로 운영을 해 방학이 있다(같은 시행령 제12조). 이와 같이 교원의 자격, 운영방식 등을 고려하면, 유치원이 어린이집과 동일한 공통과정을 제공하고 있다고 하더라도, 유치원은 보육보다는 교육 기능에 집중하고 있음을 알 수 있다. 따라서 유치원은 어린이집이 아니라 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교와 같이 교육기관으로서 취급함이 타당하다.
(4) 그렇다면 최소납부세액예외조항에 유치원에 쓰이는 부동산을 포함하지 않아 유치원에 직접 사용되는 부동산의 재산세 납세의무자를 초ㆍ중등교육법 등에 따른 학교에 직접 사용되는 부동산의 재산세 납세의무자와 차별하는 것은 현저하게 입법재량의 범위를 벗어나 합리성을 결여한 것이므로, 조세평등주의에 위배되어 헌법에 위반된다.

재판관  이종석 이은애 이영진 김기영 문형배 이미선 김형두 정정미 정형식