# 대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법 위헌소원

## 판시사항

가. 이미 제소기간이 도과하여 확정력이 발생한 교원소청심사특별위원회 (이하 ‘위원회 ’라 한다)의 재임용거부결정에 대한 취소결정 (이하 ‘이사건 취소결정 ’이라 한다)이 민사소송인 당해 사건에서 선결문제가 된 경우, 이 사건 취소결정의 근거법률인 ‘대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법 ’(2005. 7. 13. 법률 제7583호로 제정된 것, 이하 ‘특별법 ’이라 한다) 제4조에 대한 재판의 전제성이 인정되는지 여부(소극)
나. 재임용절차의 이행과 불법행위를 원인으로 한 손해배상을 구하는 당해 사건에서 특별위원회의 재임용 재심사 결정의 효력과 기속력에 대하여 정하고 있는 특별법 제9조 제2항의 재판의 전제성이 인정되는지 여부(소극)

## 결정요지

가. 특별법 제4조에 대하여 헌법재판소의 위헌결정이 내려진다고 할지라도 특별한 사정이 없는 한 이 사건 취소결정이 당연무효가 되는 것은 아니어서 , 당해사건 법원은 민사소송 절차에서 이미 제소기간이 도과하여 확정력이 발생한 이 사건 취소결정의 효력을 부인할 수 없다할 것이므로 특별법 제4조의 위헌 여부는 재판의 전제성이 인정되지 아니한다 .
나. 재임용을 거부한 학교법인의 결정이 불법행위를 구성하는 것인지 여부는 학교법인에게 고의, 과실을 인정할 수 있을 것인지에 대한 법원의 판단에 따라 달라지는 것이고 , 이 사건 취소결정에 의하여 학교법인이 재임용이나 재임용심사절차를 이행할 의무를 부담하게 되는 것도 아니므로 특별법 제9조 제2항의 위헌 여부는 재판의 전제성이 인정되지 아니한다 .
재판관 조대현의 반대의견
특별법에 대하여 위헌결정이 선고되면 , 특별법을 더 이상 사립대학에 적용할 수 없게 되고, 이사건 취소결정 역시 근거법률의 실효로 효력을 상실하게 되어 청구인을 기속하지 못하게 되므로, 특별법의 위헌여부는 당해사건 재판의 전제가 된다.
그리고 특별법은 사립대학의 자율성을 본질적으로 침해할 뿐만 아니라 적법하게 형성된 학교법인의 법적 지위를 근본적으로 부정하고 있는 것으로 헌법의 기본원리인 법치주의를 정면으로 부정하는 것이어서 헌법에 위반된다 .
재판관 김종대의 반대의견
헌법재판소로서의 행정처분의 근거가 된 법률이 그 처분이 선결문제가 된 민사소송인 당해 사건에서 재판의 전제성을 가지는지를 판단함에 있어, 행정처분의 무효사유에 관해 제시되는 여러 기준 가운데 하나인 이른바 ‘중대명 백설’을 들어 이를 전면적으로 부정할 것이 아니라 , 특별한 사정이 없는 한 궁극적인 무효여부는 당해 법원의 판단에 맡기고 일응 재판의 전제성을 인정하여 본안판단에 나아가야 할 것이다 . 이처럼 헌법재판소가 특별법 제4조가 헌법에 위반된다고 결정할 경우 법원이 이 사건 취소결정을 무효로 판단할 가능성을 완전히 배제할 수 없는 이상, 특별법 제4조에 대하여는 재판의 전제성을 인정하여 본안판단에 나아가야 한다.

## 심판대상조문

대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법 (2005. 7. 13. 법률 제7583호로 제정된 것) 제4조, 제9조 제2항

## 참조조문

헌법재판소법 제41조 제1항
대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법 (2005. 7. 13. 법률 제7583호로 제정된 것) 제3조 제1항, 제8조 제1항

## 참조판례

가. 헌재 1995. 7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48, 58
헌재 2004. 1. 29. 2002헌바73, 판례집 16-1, 103, 109
헌재 2006. 4. 27. 2005헌마1119, 판례집 18-1상, 631, 642
헌재 2010. 9. 30. 2009헌바101, 공보 168, 1667, 1669-1670
대법원 2001. 1. 16. 선고 98다58511 판결
대법원 2001. 3. 23. 선고 98두5583 판결
대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두16202 판결
나. 헌재 2006. 4. 27. 2005헌마1119, 판례집 18-1상, 631, 642
헌재 2009. 5. 28. 2007헌바105, 판례집 21-1하, 671, 684-685

## 전문

[당 사 자]
청 구 인 학교법인 ○○학원
대표자 이사장 백○현
대리인 변호사 황성필
당 해 사 건 대전지방법원 2006가합3640 교수재임용절차이행 등

[주      문]
이 사건 심판청구를 각하한다. 

[이      유]
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인의 재임용 거부결정과 이를 다투는 소송의 경과
청구인은 산하에 ○○대학교를 운영하고 있는 학교법인으로, 1992. 8. 20. 4년의 임기로 재임용되어 ○○대학교 법학과에 근무 중이던 당해사건 원고인 이○철에 대한 재임용탈락 인사명령을 결정하고, 같은 달 27. 이를 이○철에게 통지하였다(이하 ‘이 사건 재임용거부결정’이라 한다).
이에 이○철은 자신과 청구인 사이의 임용계약은 묵시적으로 갱신되었으므로 이 사건 재임용거부결정은 해임에 해당한다고 주장하면서 교원해임처분무효확인의 소를 제기하였으나(대전지방법원 92가합8129) 계약기간을 정하여 임용된 교원은 재임용계약을 체결하지 못한 이상 당연퇴직되는 것이므로 무효 확인을 구할 법률상 이익이 없다는 이유로 각하되었으며, 이에 대한 항소(대전지방법원 93나4656) 및 상고(대법원 94다12852) 역시 모두 기각되었다.

(2) 구 사립학교법에 대한 헌법불합치결정 및 ‘대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법’의 제정
헌법재판소는 2003. 2. 27. 입법자가 정년보장제가 아닌 기간임용제를 선택한 것 자체는 위헌이라고 볼 수 없다고 하면서도 재임용과 관련하여 객관적인 기준의 재임용 거부사유, 교원의 진술 기회, 재임용 거부 사전통지, 불복절차 등에 관한 보완규정을 두지 아니한 것은 헌법 제31조 제6항에서 정하고 있는 교원지위법정주의에 위반된다는 이유로 구 사립학교법(1990. 4. 7. 법률 제4226호로 개정되고, 1997. 1. 13. 법률 제5274호로 개정되기 전의 것) 제53조의2 제3항에 대하여 헌법불합치결정을 선고하였고(2000헌바26 결정), 2003. 12. 18. 위 조항과 실질적으로 내용이 동일한 구 사립학교법(1997. 1. 13. 법률 제5274호로 개정되고, 1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정되기 전의 것) 제53조의2 제3항 전문에 대하여도 헌법불합치결정을 선고하였다(2002헌바14·32 결정).
위 헌법불합치 결정에 따라 2005. 1. 27. 사립학교법이 개정되었으나, 개정 사립학교법이 법률 시행일 이후부터 적용되어 개정 사립학교법 시행일 전일까지 임용권자로부터 임용기간 만료, 재임용 심사기준 미달 등의 사유로 재임용되지 아니한 교원들은 구제받을 수 없게 되자, 이들을 구제하기 위하여 2005. 7. 13. 법률 제7583호로 ‘대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법’(이하 ‘특별법’이라 한다)이 제정되었다. 

(3) 당해사건의 경과와 이 사건 헌법소원심판의 청구
이○철이 특별법 제4조에 따라 2005. 10. 24. 교원소청심사특별위원회(이하 ‘특별위원회’라 한다)에 이 사건 재임용거부결정의 취소를 구하는 재임용 재심사를 청구하자 특별위원회는 같은 해 12. 13. 이 사건 재임용거부결정은 합리적 기준에 따른 공정한 심사를 거쳤다고 볼 수 없어 부당하므로 이를 취소한다는 결정(이하 ‘이 사건 취소결정’이라 한다)을 내렸고, 이○철은 2006. 4. 12. 이 사건 취소결정에 기초하여 청구인을 상대로 교수재임용 절차의 이행과 임용계약이 종료된 때부터의 임금 상당의 재산상 손해 및 위자료의 지급을 구하는 소송을 제기하였다(대전지방법원 2006가합3640). 이에 청구인은 재판 계속 중, 특별법 전부에 대한 위헌법률심판 제청신청을 하였으나(대전지방법원 2006카기2675), 당해사건 법원이 2006. 11. 22. 이○철의 청구를 모두 기각함과 동시에 특별법 조항들은 재판의 전제성이 인정되지 않는다는 이유로 위헌법률심판 제청신청을 각하하자, 2006. 12. 6. 헌법재판소법 제68조 제2항에 따라 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다. 

나. 심판의 대상
청구인은 특별법 전체의 위헌여부를 다투고 있으나, 특별 재임용 재심사 청구 및 재임용 재심사 결정의 학교법인에 대한 기속력을 정하고 있는 특별법 제4조와 제9조 제2항을 제외한 나머지 조항은 당해사건과 직접적인 관련이 없고 청구인 역시 나머지 조항에 대해서는 그 위헌성을 구체적으로 주장하고 있지 아니하다. 따라서 이 사건 심판대상은 ‘대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법’(2005. 7. 13. 법률 제7583호로 제정된 것) 제4조 및 제9조 제2항의 위헌여부로 한정하기로 하며, 심판대상 조항 및 관련 조항의 내용은 다음과 같다. 
[심판대상 조항]
대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법(2005. 7. 13. 법률 제7583호로 제정된 것) 제4조(특별 재임용 재심사 등) 재임용 탈락 교원이 교원소청심사위원회의 재심 결정, 법원의 소송 등을 통하여 이미 재임용 탈락 결정의 적정성 여부를 다투었다 할지라도 이 법에 의한 재임용 재심사를 청구할 수 있다.
제9조(재임용 재심사 결정의 효력) ② 재임용 재심사 결정의 효력은 재임용 탈락 당시의 임용주체가 변경된 경우 포괄승계한 임용주체를 기속한다. 
[관련 조항]
별지와 같음

2. 청구인의 주장요지
재임용 탈락에 대한 법원의 확정판결이 존재하는 경우에도 특별위원회에 재임용 재심사를 청구하고, 특별위원회로 하여금 그 부당성에 대하여 결정할 수 있도록 한 것은 삼권분립, 소급입법에 의한 재산권침해 금지, 평등권 등에 반하는 것이다.

3. 판단
가. 재판의 전제성의 의미
헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원 심판청구가 적법하기 위해서는 당해사건에 적용될 법률이 헌법에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 되어야 하고, 여기에서 법률의 위헌 여부가 재판의 전제가 된다 함은 그 법률이 당해사건에 적용되고, 그 위헌 여부에 따라 재판의 주문이 달라지거나 재판의 내용과 효력에 관한 법률적 의미가 달라지는 것을 의미한다(헌재 1995. 7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48, 58 참조).

나. 특별법 제4조에 대한 재판의 전제성이 인정되는지 여부
(1) 당해사건은 이 사건 취소결정에 기초하여 재임용 절차의 이행 및 손해배상을 구하는 민사소송으로, 이 사건 취소결정은 당해사건의 선결문제가 된다. 그런데 이 사건 취소결정에 대하여는 이미 제소기간이 도과하여 확정력이 발생하였는바, 헌법재판소가 특별법 제4조에 대하여 위헌결정을 선고할 경우 당해사건의 결론이 달라질 수 있는지 여부는 위헌인 법률에 근거한 행정처분의 효력 및 확정력이 발생한 행정처분의 효력을 민사소송에서 부인할 수 있는지에 따라 달라진다.

(2) 위헌인 법률에 근거한 행정처분의 효력과 이 사건 취소결정의 효력
원칙적으로, 행정처분의 근거가 된 법률이 헌법재판소에서 위헌으로 선고된다고 하더라도 위 처분이 당연무효가 되는 것은 아니다. 행정처분에 대한 쟁송기간이 경과한 후에 행정처분의 근거가 된 법률의 위헌여부에 대하여 심판청구를 하여 그 법률에 대한 위헌결정이 있는 경우에 행정처분의 효력은 이를 당연무효라고 볼 수 있는 예외적인 사정이 있는지에 따라 달라지는 것으로, 행정처분이 무효인지 여부는 당해사건을 재판하는 법원이 판단할 사항이다(헌재 2004. 1. 29. 2002헌바73, 판례집 16-1, 103, 109; 헌재 2010. 9. 30. 2009헌바101, 공보 168, 1667, 1669-1670 참조).
대법원은 행정청이 어떠한 법률조항에 근거하여 행정처분을 한 후 헌법재판소가 그 조항을 위헌으로 결정한 경우 그 행정처분은 결과적으로 법률의 근거 없이 행하여진 것과 마찬가지여서 하자 있는 것으로 되지만, 일반적으로 법률이 헌법에 위반된다는 사정은 헌법재판소의 위헌결정이 있기 전에는 객관적으로 명백한 것이라고 할 수 없으므로, 특별한 사정이 없는 한 그러한 하자는 행정처분의 취소사유일 뿐 당연무효사유는 아니라고 판시해 오고 있다(대법원 2001. 3. 23. 선고 98두5583 판결; 대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두16202 판결 등 참조). 
그런데 이 사건 취소결정에 대해서는 이미 그 쟁송기간이 도과하여 특별법 제4조에 대하여 위헌결정이 선고된다고 할지라도 이 사건 취소결정이 취소될 수는 없으며, 이 사건 취소결정이 내려질 당시 특별법 제4조의 위헌성이 명백하였다고 볼만한 특별한 사정도 존재하지 아니하고, 나아가 이 사건 취소결정의 하자가 특별히 중대하다거나 이 사건 취소결정을 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 위 결정에 대한 청구인의 권리구제수단이 미흡하여 그로 인한 불이익을 감수시키는 것이 현저히 부당하다고 볼 여지도 없으므로, 특별법 제4조에 대한 위헌결정으로 인해 이 사건 취소결정이 당연무효가 되는 것은 아니다.

(3) 당해사건 법원이 이 사건 취소결정의 효력을 부인할 수 있는지 여부
행정행위의 효력이 민사소송에서 선결문제가 되는 경우, 행정행위의 하자가 단지 취소할 수 있는 정도에 불과한 때에는 항고소송절차에 의하여 위 처분이 취소되거나 행정청이 위 처분을 스스로 취소하지 않는 이상, 민사법원은 선결문제가 된 행정처분의 효력을 부인할 수 없다(대법원 2001. 1. 16. 선고 98다58511 판결). 
당해사건 법원 역시 이 사건 취소결정에 취소사유에 해당하는 하자가 존재하더라도, 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라고 보아야 할 사유가 없는 이상 그 효력을 부인할 수 없으며(헌재 2006. 4. 27. 2005헌마1119, 판례집 18-1상, 631, 642 참조), 이 사건 취소결정이 유효하다는 전제하에서 재임용 절차의 이행 및 손해배상 청구의 인용 여부를 판단하여야 한다.

(4) 소결 
이처럼 특별법 제4조에 대한 위헌결정이 선고되는 경우에도 당해사건 법원이 소송절차에서 이 사건 취소결정의 효력을 부인할 수 없는 이상, 특별법 제4조의 위헌여부에 따라 당해사건 재판의 주문이 달라지거나 재판의 내용과 효력에 관한 법률적 의미가 달라진다고 볼 수는 없으므로 특별법 제4조에 대한 심판청구는 재판의 전제성을 갖추지 못한 것이다. 

다. 특별법 제9조 제2항에 대한 재판의 전제성이 인정되는지 여부
당해사건에서 이○철은 청구인에 대하여 재임용 절차의 이행을 구하고, 재임용을 거부한 불법행위로 인하여 자신에게 발생한 손해를 배상할 것을 구하고 있다. 
그런데 특별위원회의 재심청구 인용결정에 의하여 ‘학교법인과 재임용이 거부되었던 당해 교원 사이에 교원임용관계가 성립된다’거나 ‘학교법인이 당해 교원을 반드시 재임용할 의무를 부담하게 되는’ 것은 아니고, 이러한 인용결정은 다만 과거의 재임용 거부처분이 부당하였음을 확인하는 정도의 효력만 가질 뿐이다(헌재 2006. 4. 27. 2005헌마1119, 판례집 18-1상, 631, 642; 헌재 2009. 5. 28. 2007헌바105, 판례집 21-1하, 671, 684-685).
따라서 이○철의 재임용을 거부한 학교법인의 결정이 불법행위를 구성하는지에 대한 결론은 이 사건 재임용거부결정에 대하여 위법성을 인정하여야 할 것인지 또는 기간임용제 교원의 재임용에 대한 절차규정 등이 존재하지 아니하였던 구 사립학교법 하에서 재임용을 거부한 학교법인의 고의, 과실을 인정할 수 있을 것인지에 대한 판단에 따라 달라지는 것일 뿐 이 사건 취소결정의 효력이나 기속력과는 무관하다. 또한 이 사건 취소결정의 기속력과는 무관하게 청구인은 이○철에 대하여 재임용 절차를 이행할 의무를 부담하지 아니하며, 이○철의 청구를 재임용 자체가 아닌 재임용을 위한 심사절차의 이행을 구하는 것으로 선해하는 경우에도, 특별위원회의 재심청구 인용결정에 의하여 학교법인에게 당해 교원을 재임용할 의무가 발생하지 않는다는 것은 학교법인이 재임용을 위한 절차를 이행할 의무 역시 부담하지 아니한다는 것을 뜻하므로, 재임용 심사절차의 이행을 구하는 청구의 인용 여부 역시 이 사건 취소결정의 기속력에 의하여 달라지는 것이 아니라, 합리적이고 공정한 심사를 받을 권리로부터 재임용 심사절차 이행청구권이 도출될 수 있는지에 대한 법원의 독자적인 판단에 의하여 결정되는 것일 뿐이다.
결국 특별위원회 재심결정의 기속력을 정하고 있는 특별법 제9조 제2항의 위헌여부에 따라 당해사건 재판의 주문이 달라지거나 그 내용과 효력에 관한 법률적 의미가 달라진다고 할 수는 없으므로, 특별법 제9조 제2항에 대한 심판청구 역시 재판의 전제성 요건을 갖추지 못한 것이다.

4. 결론
그렇다면 이 사건 심판청구는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 아래 5.와 같은 재판관 조대현의 반대의견과 아래 6.과 같은 재판관 김종대의 반대의견이 있는 외에는 나머지 관여 재판관의 일치된 의견에 따른 것이다. 

5. 재판관 조대현의 반대의견
나는 이 사건 특별법은 제4조·제9조뿐만 아니라 그 전부가 사립대학에 적용하면 헌법에 위반된다고 생각한다. 이처럼 이 사건 특별법을 사립대학에게 적용하는 것이 위헌이라고 결정되면, 이 사건 특별법을 더 이상 사립대학에 적용할 수 없게 되므로 사립대학인 청구인에 대하여 재임용거부결정을 취소하라는 특별위원회의 결정도 위헌결정 이후에는 근거법률의 실효로 인하여 효력이 없어지게 되고 청구인을 기속하지 못하게 된다(헌재 2007. 10. 4. 2005헌바71 결정의 반대의견 참조). 따라서 이 사건 특별법의 위헌 여부는 당해사건 재판의 전제로 된다고 보아야 한다.
대학교원에 대한 기간임용제는 대학교원의 연구 분위기를 제고시키고 대학교육의 질을 향상시키기 위하여 대학교원의 임용기간을 정하여 임용할 수 있도록 하는 제도로서, 기간을 정하여 임용된 대학교원은 임용기간이 만료되면 면직 또는 재임용거절 등의 행위가 없더라도 당연히 대학교원의 지위를 상실하게 된다. 이는 대학교원 기간임용제가 시행되기 시작한 1975. 7. 23.부터 법률 제7352호로 개정된 사립학교법이 2005. 1. 27. 시행되기 전까지 시행되었던 종전 기간임용제의 본질이다. 이에 따르면 임용기간이 만료되어 대학교원의 지위를 상실하게 되는 사람을 다시 대학교원으로 재임용할 것인지의 여부는 임용권자가 스스로 정한 임용기준에 따라 판단할 사항이고, 헌법 제31조 제4항이 보장하는 대학의 자율성에 내포되는 사항이다.
그런데 이 사건 특별법은 국립·공립 대학의 대학교원 뿐만 아니라 사립대학의 대학교원에 대해서도, 종전의 기간임용제에 따라 임용기간이 만료된 후 재임용되지 못한 경우에 재임용에서 탈락시킨 것이 정당한 것인지의 여부를 재심사하도록 하면서(제1조·제2조), 사립대학 교원의 임용권자도 아니고 사법기관도 아닌 교원소청심사특별위원회에서 재심사의 기준을 정하여 재심사하도록 하고(제3조·제7조), 이미 교원소청심사위원회의 재심이나 법원의 소송 등을 통하여 재임용 탈락 결정의 적정성 여부를 다툰 경우에도 재심사의 대상에 포함시키고(제4조), 재임용 탈락 교원이 이미 정년을 넘었거나 사망한 경우에도 재심사를 청구할 수 있도록 하고(제5조), 재심사 결정의 효력은 임용주체(포괄승계한 임용주체 포함)를 기속하도록 하면서 재임용 탈락이 부당하다는 결정에 대하여는 임용권자가 소송으로 다투지 못하도록 규정하고 있다(제9조).
이는 종전에 적법한 법률에 근거하여 시행되었던 대학교원 기간임용제를 근본적으로 부정하고 사립대학의 자율성에 터잡은 적법한 행위를 국가기관이 사후에 만든 심사기준에 의하여 재심사함으로써 사립대학의 자율성을 본질적으로 침해할 뿐만 아니라, 적법하게 형성된 사립대학의 법적 안정성을 전복시켜 헌법의 기본원리인 법치주의를 정면으로 부정하는 것이다. 종전의 기간임용제에 따른 채용기간이 만료되어 사립대학 교원의 지위가 상실된 경우에 재임용되지 아니한 것의 정당성 여부를 재심사한다는 것 자체가 이미 적법하게 형성된 사립대학의 법적 지위를 근본적으로 부정하는 것이다. 이 사건 특별법에 의한 재심사가 대학교원의 지위를 회복시키는 효력은 가지지 못한다고 할지라도, 재심사 결정의 효력은 임용권자를 기속할 뿐만 아니라 재임용 탈락이 부당하였다는 취지의 결정은 사립대학 운영자에 대하여 손해배상을 청구하는 빌미로 이용될 수도 있을 것이므로, 사립대학의 법적 안정성을 근본적으로 무너뜨리는 것이라고 보지 않을 수 없다. 
헌법재판소가 2003. 2. 27. 2000헌바26 결정으로 임용기간이 만료된 대학교원이 재임용되지 아니한 경우에 재임용의 심사절차와 재임용 탈락을 다툴 수 있는 사후구제절차를 두지 아니한 것은 헌법 제31조 제6항의 교원지위법정주의에 위반된다고 선언하였지만, 그것은 종전의 대학교원 기간임용제 자체가 위헌이라고 선언한 것이 아니고 그 제도가 남용되지 않도록 하기 위하여 사후구제절차를 마련할 필요가 있다는 취지였을 뿐이다. 그러한 취지에 따라 법률 제7352호로 개정된 사립학교법은 재임용 심사절차와 구제절차를 마련하였다. 따라서 이 사건 특별법이 대학교원 기간임용제를 근본적으로 부정하고 종전의 법률에 의하여 적법하게 시행된 기간임용제를 전면적으로 재심사하도록 하고 이미 구제절차를 거친 경우에도 재심사하도록 한 것은 헌법재판소의 위 결정의 취지를 넘는 것이다.
헌법재판소와 법원은 이 사건 특별법의 위헌성을 완화하기 위하여 이 사건 특별법에 의하여 재임용 탈락이 부당하다고 결정된 경우에도, 그것은 단순히 재임용 심사절차가 부당하였음을 확인하는 것일 뿐, 당연히 재임용의 효과가 생기는 것도 아니고, 재임용 재심사의 의무가 생기는 것도 아니라고 해석하고 있으나, 그로 인하여 이 사건 특별법의 위헌성이 완전히 해소된다고 보기 어렵다.
따라서 이 사건 특별법을 사립대학에 적용하면 헌법에 위반된다고 선언하여야 한다. 이 사건 특별법은 제4조·제9조뿐만 아니라 어떠한 조항도 사립대학에 적용되어서는 안 된다고 밝혀야 한다.

6. 재판관 김종대의 반대의견
나는 특별법 제4조에 대한 심판청구가 재판의 전제성 요건을 갖추고 있다고 보므로 아래와 같이 반대의견을 밝힌다. 
다수의견은 특별법 제4조에 대한 위헌결정이 있더라도, 이러한 하자는 이 사건 취소결정의 취소사유에 해당할 뿐 당연무효 사유가 아니므로 당해사건 법원은 이미 불가쟁력이 발생한 이 사건 취소결정의 효력을 부인할 수 없음을 근거로, 당해사건에 관한 특별법 제4조의 재판의 전제성을 부정하고 있다.  
그러나 행정처분이 무효가 되기 위해서 그 하자가 어느 정도이어야 하는지에 대해 법률은 아무런 규정을 두지 않고 있다. 따라서 어떤 행정처분에 존재하는 하자가 그 처분의 무효사유인지 아니면 취소사유에 불과한 것인지 여부는 개별적인 사건에서 당해 법원이 판단할 수밖에 없고, 대법원이 무효사유의 판단 기준에 관하여 하자의 중대성과 명백성을 동시에 고려하는 입장을 취한다고 하여 모든 법원이 개별 사건에서 이와 동일한 기준으로써 무효사유를 판단하여야 하는 것은 아니다. 법률이 명문으로 당연무효설을 규정하고 있지 아니한 이상, 특정한 사건에서 중대명백설을 취한 대법원의 견해는 대법원에 상소된 당해사건에 관하여서만 그 하급심을 기속할 뿐이므로(법원조직법 제8조) 별개의 사건에서 다른 하급심 법원은 상급법원의 판단과 얼마든지 달리 판단할 수 있으며, 대법원의 판단 역시 언제든지 변경될 수 있는 것이다(법원조직법 제7조 제1항 제3호 참조). 결국 행정처분의 근거가 된 법률의 위헌결정으로 인해 그 처분이 무효로 될 것인지 여부는 궁극적으로 당해사건을 담당한 법원의 전권사항이다(보다 자세한 논거는 헌재 2007. 10. 4. 2005헌바71 결정에서 피력한 바 있으므로 이를 따로 쓰지는 않는다). 
결국 헌법재판소로서는 행정처분의 근거가 된 법률이 위헌이라는 사유가 그 처분의 무효사유에 해당하는지를 판단함에 있어, 행정처분의 무효사유에 관해 제시되는 여러 기준 가운데 하나인 이른바 ‘중대명백설’을 들어 전면적으로 재판의 전제성을 부정할 것이 아니라, 특별한 사정이 없는 한 처분의 궁극적인 무효 여부에 대한 판단을 당해사건 법원에 맡겨야 할 것이다. 따라서 당해사건의 선결문제인 이 사건 취소결정이 특별법 제4조에 기초하여 이루어졌고 특별법 제4조가 무효가 될 경우 재임용 절차의 이행과 손해배상을 구하는 당해사건의 결론이 달라질 가능성이 존재하는 이상, 헌법재판소로서는 특별법 제4조가 위헌이라는 사유가 이 사건 취소결정의 취소사유에 불과할 뿐이므로 당해사건 법원은 위 취소결정의 효력을 부인할 수 없다고 단정할 것이 아니라, 이 사건 취소결정의 무효 여부에 대한 판단을 법원에 맡기고 일응 재판의 전제성을 인정하여 본안 판단에 나아가야 할 것이다.  
또한 당해사건은 이 사건 취소결정의 효력을 직접적으로 다투는 것이 아니라 위 결정에 기초하여 재임용 절차의 이행과 손해배상을 청구하는 것으로, 특별법 제4조에 대한 위헌결정에 의해 이 사건 취소결정이 무효가 되는 것이 아니라고 할지라도, 최소한 당해사건 재판의 결론을 도출하는 이유가 달라질 가능성은 존재한다.
그렇다면 특별법 제4조에 대하여 마땅히 재판의 전제성을 인정하고 본안 판단에 나아가야 할 것이다. 

[별지]
관련 조항

대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "대학교원 기간임용제"라 함은 대학교원에 대하여 기간을 정하여 임면하는 제도로, 법률 제2774호 「교육공무원법」, 법률 제2775호 「사립학교법」에 의하여 1975년 7월 23일 이후 도입된 제도를 말한다.
2. "재임용 탈락"이라 함은 대학교원 기간임용제에 따라 임용된 교원 중 법률 제7352호 「사립학교법」 및 법률 제7353호 「교육공무원법」의 시행일 전일까지 임용권자 또는 임면권자로부터 임용기간 만료(해임, 파면 또는 면직된 후 이를 다투는 소송과정에서 임용기간이 만료되어 소의 이익이 없다는 판결을 받은 경우 및 해임, 파면 또는 면직된 후 이를 다투는 소송에서 승소판결을 받았으나 임용기간 만료라는 사유로 재임용 되지 아니한 경우를 포함한다), 재임용 심사기준 미달 등의 사유로 재임용 되지 아니한 경우를 말한다.
3. "재임용 재심사"라 함은 재임용 탈락 교원 중 제3조의 규정에 의한 교원소청심사특별위원회가 제7조의 규정에 의한 심사기준에 따라 재임용 탈락이 부당하였는지 여부를 심사하는 것을 말한다.
제3조 (교원소청심사특별위원회의 설치 등) ①재임용 탈락 교원에 대한 재임용 재심사 및 소송업무를 수행하기 위하여 「교원지위 향상을 위한 특별법」에 의하여 설치된 교원소청심사위원회에 교원소청심사특별위원회(이하 "위원회"라 한다)를 둔다.
②위원회는 다음 각 호의 업무를 수행한다.
1. 재임용 탈락 교원에 대한 재임용 재심사
2. 재임용 재심사 결과에 불복한 당사자가 제기한 소송업무
3. 그 밖에 재임용 재심사 업무 수행에 필요한 사항에 관한 심의 및 결정
③∼⑧ 생략
제7조 (심사기준) 위원회는 재임용 탈락 교원에 대한 재임용 재심사를 함에 있어 재임용 탈락이 학생교육에 관한 사항, 학문연구에 관한 사항, 학생지도에 관한 사항, 재임용 관련 학칙 또는 규정에서 정하고 있는 사항 등 정당하고 객관적인 사유에 따라 이루어 졌었는지 여부를 심사기준으로 한다.
제8조 (재임용 재심사의 결정) ①위원회는 재임용 재심사 청구를 접수한 날부터 180일 이내에 재임용 탈락의 타당성 여부에 대하여 결정하여야 한다. 다만, 재임용 탈락 관련 서류의 멸실, 학교법인의 해산 등으로 재임용 탈락의 타당성 판단에 필요한 자료가 없는 경우 등 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 의결로 30일을 연장할 수 있다.
② 생략
제10조 (「교원지위 향상을 위한 특별법」의 준용) ①위원회 위원의 겸직금지 및 신분보장에 관하여는 「교원지위 향상을 위한 특별법」 제8조 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.
② 위원회의 결정에 관하여는 「교원지위 향상을 위한 특별법」 제10조 제3항의 규정을 준용한다.
교원지위향상을 위한 특별법 제7조 (교원소청심사위원회의 설치) ① 각급학교 교원의 징계처분 그 밖에 그 의사에 반하는 불리한 처분(교육공무원법 제11조의3 제4항 및 사립학교법 제53조의2 제6항의 규정에 의한 교원에 대한 재임용 거부처분을 포함한다. 이하 같다)에 대한 소청심사를 하게 하기 위하여 교육과학기술부에 교원소청심사위원회(이하 "심사위원회"라 한다)를 둔다.