# 조세특례제한법 부칙 제30조 위헌소원

## 판시사항

1. 세무조사의 사전통지를 받고 수정신고를 하는 경우 구 조세특례제한법(이하 ‘법’이라 한다) 제7조의 중소기업특별세액감면 규정을 적용하지 아니하도록 한 법 제128조 제3항을 법 시행 후 수정신고하는 분부터 적용하도록 한 법(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 부칙 제30조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)가 소급입법과세금지원칙에 위배되는지 여부(소극)
2. 이 사건 부칙조항이 신뢰보호원칙에 위배되는지 여부(소극)
3. 세무조사의 통지를 받고 경정결정이 있기 전에 수정신고를 하면 세액감면을 배제당하지 않을 것이라는 점에 대한 선처가 헌법 제23조가 보장하는 재산권에 해당하는지 여부(소극)
4. 이 사건 부칙조항이 평등원칙에 위배되는지 여부(소극)

## 결정요지

1. 구 조세특례제한법(이하 ‘법’이라 한다) 제128조 제3항은 납세의무 성립 당시 적용되는 것이 아니라, ‘납세의무의 확정단계에서’ 과세관청으로부터 부당과소신고금액에 대한 경정결정이 있는 경우 또는 납세의무자가 세무조사의 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에 비로소 적용되는 것이므로, 위 조항의 개정·시행으로 인한 소급입법의 판단은 납세의무의 ‘성립 여부’가 아닌 ‘경정결정 또는 수정신고 여부’를 기준으로 하여야 할 것이다. 이 사건 부칙조항은 누락세액에 대하여 과세관청의 경정결정이 있거나 납세의무자가 수정신고를 하기 전인 납세의무에 대하여만 개정된 법 제128조 제3항을 적용하도록 규정하고 있으므로 진정소급입법이라고 볼 수 없다. 따라서 소급입법과세금지원칙에 반하지 아니한다.
2. 청구인은 개정 전의 법 제128조 제3항에 의하여 ‘2003 사업연도분에 대한 세액누락사실이 발각되어 세무조사를 받게 되더라도 과세관청의 경정결정이 있기 전까지 수정신고를 하게 되면 자발적으로 수정신고한 경우와 마찬가지로 중소기업특별세액감면혜택을 박탈당하지 않을 것’이라는 기대 내지 신뢰를 가졌다고 볼 수 있다.
이러한 신뢰는 신축적·잠정적인 조세우대조치에 대한 것으로서 단순한 기대에 불과하고, 당초 일부 세액을 누락하여 신고하였던 이상 언제든지 경정결정이 내려질 수 있는 상태였으므로 종전 법에 의하더라도 세액감면혜택의 존속 여부가 확실하였다고 볼 수 없어 그 신뢰의 보호가치가 적다. 특히 구법상의 입법미비사항을 악용하면 일부 세액을 누락하고 신고하여도 감면 규정을 계속 적용받을 수 있을 것이라는 점에 대한 신뢰에 해당한다고 볼 수 있어 그 보호가치와 필요성은 극히 적다.
한편, 법 제128조 제3항은 조세형평의 원칙을 실현하고 납세자의 성실신고를 유도한다는 데 그 입법목적이 있다. 또한 이 사건 부칙조항은 세무조사 통지를 받은 후에야 수정신고를 한 비성실납세자에 대하여 사업연도의 경과 여부를 불하고 누락세액에 대한 감면을 배제함으로써 비성실납세자 간의 조세형평을 실현하는 한편, 위 조항이 개정·시행되기 전에 수정신고를 마친 분에 대하여는 개정법령을 적용하지 않음으로써 이미 확정된 납세의무에 대한 납세자의 신뢰 및 법적 안정성을 보호하기 위한 것이다.
그렇다면 법 제128조 제3항과 이 사건 부칙조항이 달성하고자 하는 공익목적은 청구인이 침해받는 신뢰이익에 비하여 매우 중대하다고 할 것이므로, 이 사건 부칙조항은 헌법상 신뢰보호원칙에 위반된다고 볼 수 없다.
3. 청구인은 2003 사업연도분에 대한 일부 세액의 신고를 누락하여 언제든지 경정결정이 내려질 수 있는 가능성이 있었으므로, 중소기업특별세액감면을 배제당하지 아니할 권리를 확정적으로 취득하였다고 볼 수 없다. 따라서 ‘세무조사의 통지를 받고 경정결정이 있기 전에 수정신고를 하면 세액감면을 배제당하지 않을 것이라는 점’에 대한 신뢰는 단순한 기대이익에 불과할 뿐, 헌법 제23조 제1항 제1문이 보장하는 재산권이라고 보기 어렵다.
4. 이 사건 부칙조항은 ‘세무조사의 사전통지를 받고 수정신고할 것’이라는 세액감면배제사유가 신설되면서 그 시행일을 기준으로 그 이전에 사유가 발생한 자와 그 이후에 사유가 발생한 자를 달리 취급하고 있는바, 법 제128조 제3항의 시행일 이전에 수정신고한 자와 위 조항의 시행일 이후에 수정신고한 자간에 중소기업특별세액감면 규정의 적용 여부가 달라지는 것은 법 개정에 따른 당연한 결과일 뿐, 이 사건 부칙조항에 의한 차별취급의 결과라고 볼 수 없다.
재판관 이강국, 재판관 조대현의 별개의견
법 제7조는 일정한 중소기업에 대하여 소득세 또는 법인세의 과세요건을 경감시키는 규정이 아니라, 납세의무자의 신고에 의하여 구체적인 납세의무의 내용이 확정될 때에 구체적으로 산출된 세액을 기준으로 하여 그 일정 비율을 감면하는 규정이다. 따라서 과세요건이 충족되어 납세의무가 추상적으로 성립될 때에 적용되는 규정이 아니라, 득세 또는 법인세의 신고에 의하여 그 납세의무의 세액이 구체적으로 확정될 때에 비로소 적용되는 규정이다.
그리고 법 제7조에 의한 세액 감면은 납세의무자의 신고가 신고기간 내에 진실하게 이루어진 한도에서만 적용되고, 법정신고기간 내에 신고하지 않거나, 신고기간 후에 신고하거나, 불성실하게 신고한 경우에는 그 한도에서 법 제7조가 적용되지 아니한다(법 128조 제2항·제3항). 이와 같은 취지를 더욱 분명하게 보완하기 위하여, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 법 128조 제3항과 이 사건 부칙조항을 마련하여, 과소신고금액에 대하여 수정신고에 따라 구체적인 납세의무를 확정할 때에는 법 제7조의 세액 감면 혜택을 주지 아니하고, 그러한 개정법률이 시행된 후에 수정신고가 이루어져 납세의무의 확정절차가 개시될 경우에도 개정법률을 적용한다고 밝힌 것이다.
따라서 법 제128조 제3항의 개정내용과 이 사건 부칙조항이 불합리하거나 조세법률에 관한 입법형성권을 벗어난 것이라고 볼 수 없고, 납세의무자의 지위를 더욱 불리하게 변경시키는 것이라고 보기도 어렵다.
또한 신고누락 부분에 대해서는 법 제7조에 의한 세액 감면이 이루어지지 않았기 때문에, 신고기간이 지난 후에 신고누락 부분에 대하여 수정신고에 따라 구체적인 납세의무를 확정할 때에 세액 감면에 관한 법 제7조의 적용을 배제하더라도, 이미 발생된 세액 감면의 효과를 소급하여 상실시키는 것이라고 볼 수 없다.
그리고 법정신고기간 내에 성실하게 신고한 부분에 대해서는 법 제7조에 의한 세액 감면이 이루어졌고, 법 제128조 제3항의 개정내용과 이 사건 부칙조항에 의하여 법 제7조의 적용이 배제되는 부분은 종전의 신고에서 누락되어 법 제7조의 적용을 기대할 수 없었던 부분이므로, 납세의무자의 신뢰이익을 침해하는 것이라고 볼 수 없다.
따라서 이 사건 부칙조항은 헌법에 위반된다고 볼 수 없다.

## 심판대상조문

조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 부칙 제30조(추계과세 시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.

## 참조조문

헌법 제11조 제1항, 제13조 제2항, 제23조 제1항, 제38조, 제59조
구 국세기본법(1996. 12. 30. 법률 제5189호로 개정되고, 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제49조(수정신고에 의한 감면) 관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한경과후 6월이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다
구 국세기본법(1996. 12. 30. 법률 제5189호로 개정되고, 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의6(세무조사의 사전통지와 연기신청) ① 세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부·서류 기타 물건등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조의 규정에 의하여 납세관리인을 정하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말하며, 이하 이 조에서 같다)에게 조사개시 7일전에 조사대상 세목 및 조사사유 기타 대통령령이 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대한 조사 또는 사전통지의 경우 증거인멸등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
② 생략
구 법인세법 제76조(가산세) ① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리
내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.
1. 생략
2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우는 다음 각 목의 금액
가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 "부당과소신고금액"이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
3. 생략
②～⑩ 생략
조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 부칙 제1조(시행일)  이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 부칙 제33조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되고, 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권(이하 "수도권"이라 한다)안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다. 
1. 감면업종
가. 제조업
나. 광업
다. 건설업
라. 물류산업
마. 운수업 중 여객운송업
바. 어업
사. 도매업
아. 소매업
자. 전기통신업
차. 연구 및 개발업
카. 방송업타. 엔지니어링사업
파. 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터 운영관련업
하. 종자 및 묘목생산업
거. 축산업
너. 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(의원·치과의원 및 한의원을 제외하며, 이하 이 조에서 "의료업"이라 한다)
더. 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 "자동차정비업"이라 한다)
러. 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다)
머. 수질환경보전법에 의한 폐수처리업
버. 과학 및 기술서비스업
서. 전문디자인업
어. 포장 및 충전업
저. 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다)
처. 공연산업(자영 예술가를 제외한다)
커. 뉴스제공업
터. 관광진흥법에 의한 관광사업(카지노, 관광유흥음식점 및 외국인전용유흥음식점업을 제외하며, 이하 이 조에서 "관광사업"이라 한다)
퍼. 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업
허. 대통령령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업
고.「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 건설폐기물처리업
2. 감면비율
가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 "도매업 등"이라 한다)을 영위하는 사업장：100분의 10
나. 소기업이 수도권 안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장：100분의 20
다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장：100분의 30
라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장：100분의 5
마. 중기업의 사업장으로서 수도권 안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장：100분의 10
바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장：100분의 15
② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되고, 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제128조(추계과세 시 등의 감면배제) ① 소득세법 제80조 제3항 단서 또는 법인세법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우에는 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조 내지 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)·제3항의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증빙서류를 제출하는 경우에 한한다)의 규정은 거주자에 한하여 이를 적용한다.
② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항의 규정에 의하여 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조의3의 규정에 의하여 기한 후신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의2, 제31조 제4항·제5항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. 
③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조의6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의2, 제31조 제4항·제5항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. 
구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되고, 2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제29조(내용연수의 특례 및 변경) ① 생략
② 법인이 제1항의 규정에 의하여 내용연수의 승인 또는 변경승인을 얻고자 할 때에는 제28조 제3항 각호의 날부터 3월 또는 그 변경할 내용연수를 적용하고자 하는 최초사업연도의 종료일이전 3월이 되는 날까지 재정경제부령이 정하는 내용연수승인(변경승인)신청서를 납세지 관할지방국세청장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 내용연수의 승인·변경승인의 신청은 연단위로 하여야 한다. 
③～⑤ 생략
구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되고, 2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제118조(과소신고금액의 계산 등) ①～③ 생략
④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 부당과소신고금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.
1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
2. 법 제26조(동조 제4호를 제외한다)·법 제27조 및 법 제28조 제1항 제1호·제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
3. 법 또는「조세특례제한법」에 의한 준비금·충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다.
3의2.「국제조세조정에 관한 법률」제4조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는「조세특례제한법」과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.
5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액
6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액
⑤～⑥ 생략
구 조세특례제한법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18704호로 개정되고, 2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제122조(과소신고소득금액의 범위) 법 제128조 제3항에서 "대통령령이 정하는 과소신고금액"이라 함은 법인의 경우에는「법인세법 시행령」제118조의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다

## 참조판례

1. 헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 457-459
헌재 1998. 11. 26. 97헌바58, 판례집 10-2, 673, 680
헌재 1999.  7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195
헌재 2004.  7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59, 71
2. 헌재 1992. 10.  1. 92헌마68등, 판례집 4, 659, 683
헌재 1995.  3. 23. 93헌바18, 판례집 7-1, 376
헌재 1995.  6. 29. 94헌바39, 판례집 7-1, 896, 910
헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 460-461
헌재 1998. 11. 26. 97헌바58, 판례집 10-2, 673, 680-683
헌재 1999.  7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195
헌재 2004.  7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59, 73
대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결(공2001, 134)
3. 헌재 1995.  3. 23. 93헌바44
헌재 2004.  7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59
대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결(공2001, 134)
4. 헌재 1995.  2. 23. 93헌바24, 판례집 7-1, 188

## 전문

【당 사 자】
청 구 인　주식회사 ○○정공대표이사　심○호
대리인 법무법인　삼덕
담당변호사　김백영
당해사건　창원지방법원 2006구합1300 법인세경정거부처분취소
【주　　문】
조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 부칙 제30조 중 조세특례제한법 제7조에 관한 부분은 헌법에 위반되지 아니한다.
【이　　유】
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인은 기계제조 중소기업으로서, 2005. 3.경 부산지방국세청장의 범칙조사를 받고 2005. 4. 14. 2003 사업연도 소득금액을 과소신고하였음을 이유로 과소신고금액에 대하여 법인세 과세표준과 세액의 수정신고를 하였다. 이에 대해 창원세무서장은 구 조세특례제한법 제128조 제3항에 따라 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면규정의 적용을 배제하여 청구인에게 2003 사업연도 법인세를 부과하였다.
(2) 그러자 청구인은 2005. 12. 8. 2003 사업연도 법인세는 이미 종료된 사업연도에 대한 세액이므로 여전히 위 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면규정이 적용되어야 한다고 주장하면서 과세표준과 세액의 경정청구를 하였으나, 창원세무서장은 2006. 1. 13. 위 청구에 대한 거부처분을 하였다.
(3) 이에 청구인은 창원세무서장의 위 경정거부처분에 대하여 취소소송(당해사건：창원지방법원 2006구합1300)을 제기함과 동시에 국세기본법상 세무조사 사전통지를 받고 수정신고를 하는 경우 중소기업에 대한 특별세액감면규정의 적용을 배제하도록 한 구 조세제한특례법 제128조 제3항을 위 조항의 시행일인 2005. 1. 1. 이후 수정신고한 분부터 적용하도록 한 같은 법 부칙 제30조가 헌법에 위반된다고 주장하면서 위헌법률심판제청신청(2006아312)을 하였다. 그러나 위 법원은 2006. 10. 12. 위 취소소송과 위헌법률심판제청신청을 기각하였고, 청구인은 2006. 11. 20. 위헌법률심판제청신청의 기각결정을 송달받은 후 2006. 12. 2. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 심판의 대상 
이 사건은, 구 국세기본법(1996. 12. 30. 법률 제5189호로 개정되고, 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘기본법’이라 한다) 제81조의6에 의한 세무조사 사전통지를 받고 수정신고를 하는 경우 ‘조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액면규정’을 적용하지 아니하도록 한 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되고, 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제128조 제3항을 이 법 시행 후 수정신고하는 분부터 적용하도록 하는 것의 위헌 여부가 문제된 사건이다. 그러므로 이 사건 심판의 대상은 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 부칙 제30조 중 위 법 제7조에 관한 부분(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)으로 한정하여야 한다.
이 사건 심판대상조항의 내용은 다음과 같고, 관련조항은 [별지] 기재와 같다.
[심판대상조항]
조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 부칙
제30조(추계과세시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.
2. 청구인의 주장, 위헌제청신청기각결정의 이유 및 관계기관의 의견
가. 청구인의 주장요지
이 사건 부칙조항은 과세요건이 성립된 사업연도를 기준으로 하지 않고 수정신고시를 기준으로 법 제128조 제3항을 적용하도록 하여 이미 종료된 사업연도에 대한 중소기업특별세액감면규정의 적용을 소급하여 배제할 수 있도록 하고 있으므로, 헌법상 예측가능성과 신뢰보호의 원칙을 기본으로 하는 조세법률주의에 위배된다. 또한 부당하게 조세부담을 가중시킴으로써 재산권보장의 원리에 반하며, 개정 법률 시행 후에 수정신고한 자를 그 전에 수정신고한 자와 부당하게 차별하고 있으므로 평등원칙에 위배된다.
나. 위헌제청신청기각결정의 이유요지
이 사건 부칙조항은 기본법 제81조의6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받고 수정신고를 하는 경우 중소기업에 대한 특별세액감면규정의 적용을 배제하도록 한 법 제128조 제3항에 대하여, 그 개정 법률 시행 후 수정신고하는 분부터 적용하도록 함으로써 오히려 그 이전에 수정신고한 분에 대하여는 개정 규정의 적용으로 인한 불이익을 받지 않도록 한 규정이므로 헌법상 조세법률주의와 재산권보장의 원리 등에 합치되고, 수정신고의 대상인 과세대상 사업연도가 그 개정 법률의 시행일 이전이라고 하여 다르게 해석할 것은 아니다.
다. 국세청장의 의견요지
(1) 적법성에 관한 의견헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원심판청구가 적법하기 위하여는 문제된 법률 또는 법률조항이 헌법에 위반되는지 여부가 당해 법원에 계속된 소송사건의 재판의 전제가 되어야 하는바, 청구인은 창원세무서장의 경정거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나 2006. 10. 12. 청구기각 판결(당해사건：창원지방법원 2006구합1300)을 선고받은 후 항소를 포기함으로써 위 판결이 확정되었으므로, 결국 이 사건 심판대상의 위헌 여부가 문제되는 당해 사건이 존재하지 않는다. 따라서 이 사건 헌법소원심판청구는 재판의 전제성 요건을 충족하지 못하여 부적법하다.
(2) 본안에 관한 의견
2004. 12. 31. 개정되기 전의 조세특례제한법(이하 ‘구 법’이라 한다)에 의하여도 법인세법 제66조 제1항에 의하여 법인세 무신고 결정을 하는 경우, 기본법 제45조의3에 의하여 기한 후 신고를 하는 경우(구 법 제128조 제2항), 법인세법 제66조 제2항에 의하여 탈루 등에 따른 경정을 하는 경우(구 법 제128조 제3항)에는 중소기업특별세액감면규정의 적용을 배제하도록 하고 있었으며, 위 2004. 12. 31. 개정으로 세액감면의 배제대상에 ‘기본법 제81조의6에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우’가 추가된 것이다. 이는 사업자가 세무조사의 사전통지를 받은 후에 탈루 세액의 적출이 예상되어 세무조사 착수 직전에 수정신고를 하는 경우에도 조세감면규정을 적용한다면, 세무조사 후 경정에 의해 세액감면의 적용이 배제되는 경우와 비교할 때 오히려 사업자간 조세 부담에 있어서 형평성을 잃게 된다는 고려에 기한 것으로 합리적인 개정이다.
또한 이 사건 부칙조항은 법 제128조 제3항을 그 개정 법률 시행 후 수정신고하는 분부터 적용하도록 함으로써 그 이전에 수정신고한 분에 대하여는 개정규정의 적용으로 인한 불이익을 받지 않도록 보장하려는 규정으로서 소급과세와는 관련이 없을 뿐만 아니라, 오히려 헌법상 조세법률주의와 재산권보장의 원리 등에 합치되는 규정이고, 수정신고의 대상인 과세대상 사업연도가 위 개정 법률의 시행일 이전이라고 해서 달리 해석할 것은 아니다.
라. 재정경제부장관의 의견요지
법 제128조 제3항은 기업의 과소신고금액에 대하여 불이익을 부여함으로써 성실신고를 유도하고 기업경영의 투명성을 확보하기 위하여 개정된 것으로 합리적인 입법이고, 자발적인 수정신고를통해 감면규정을 적용받을 수 있었음에도 부당한 이익을 얻기 위하여 고의로 신고를 미루어오다가 세무조사의 사전통지를 받고 비로소 수정신고하는 납세자의 경우 보호의 필요성이 없으며 납세자의 귀책사유가 인정되므로 신뢰보호원칙에 위배되지 않는다. 또한 이 사건 부칙조항은 개정 법률의 시행 이전에 수정신고한 분에 대하여는 개정 규정의 적용으로 인한 불이익을 받지 않도록 하기 위한 불가피한 규정이고, 청구인의 주장대로 과세연도를 기준으로 개정 법률을 적용할 경우 오히려 동시에 세무조사 사전통지를 받고 수정신고한 납세자 간에 수정신고한 대상 과세연도가 언제인가에 따라 감면 여부가 달라지는 불합리한 결과가 발생할 수 있다. 
3. 적법요건에 관한 판단
헌법재판소법 제68조 제2항에 따른 헌법소원의 경우에는 당해 소송사건이 헌법소원의 제기로 정지되지 않기 때문에 헌법소원심판의 종국결정 이전에 당해 소송사건이 확정되어 종료되는 경우가 있을 수 있으나, 위 법 제68조 제2항에 의한 헌법소원이 인용된 경우에는 당해 헌법소원과 관련된 소송사건이 이미 확정된 때라도 당사자는 재심을 청구할 수 있으므로(헌법재판소법 제75조 제7항), 판결이 확정되었더라도 재판의 전제성이 소멸된다고 볼 수는 없다(헌재 1998. 7. 16. 96헌바33등, 판례집 10-2, 116, 142). 
따라서 비록 이 사건 헌법소원심판청구 당시 당해 사건은 청구인의 항소포기로 확정되었으나, 이 사건 부칙조항에 대한 위헌결정이 내려지면 청구인은 헌법재판소법 제75조 제7항에 의해 재심을 청구할 수 있으므로, 당해사건의 판결이 확정되었다고 하더라도 재판의 전제성이 소멸된다고 볼 수 없다. 그렇다면, 이 사건 헌법소원심판청구는 재판의 전제성 요건을 갖추었으므로 적법하다.
4. 본안 판단
가. 세액감면(법 제7조)과 세액감면배제(법 제128조 제2항 및 제3항)
이 사건에서 문제되고 있는 중소기업특별세액감면에 관한 법 제7조는 중소기업의 육성 및 보호 취지에서 사업연도 종료 당시 법이 정한 중소기업의 요건에 해당하면 일정 비율의 세액을 감면하도록 규정하고 있다. 위 조항에 의한 감면은 감면신청이 없더라도 법 제7조 제1항 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 당연히 감면되는 것으로서(대법원 2004. 11. 12. 선고 2003두773 판결 참조), 감면대상 여부 및 감면율은 ‘사업연도 종료일 현재’ 본점 소재지를 기준으로 결정된다. 따라서 청구인의 2003 사업연도 소득분에 대한 납세의무는 사업연도 종료와 동시에 중소기업특별세액감면규정이 적용되어 그 감면된 범위에서 성립되었다고 보아야 한다.
다만, 세액감면배제에 관한 법 제128조 제2항 및 제3항은 무신고·기한후 신고에 의한 결정, 경정결정 등의 사유가 발생하면 법 제7조를 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이는 납세의무자의 성실신고 유도를 목적으로 실체적·절차적 성실신고의무를 다하지 않은 납세의무자에 대하여는 세액감면의 혜택을 박탈하도록 한 것이다.
결국, 법 제7조 등에 의한 ‘세액감면’은 추상적 납세의무의 내용을 정하는 한 요소로서, 사후에 불성실하게 신고한 경우 감면혜택이 배제될지 여부는 별론으로 하더라도, 일단 납세의무의 성립 당시 감면규정 자체에서 정한 요건에 해당하기만 하면 감면의 효과가 발생하는 것이고, 법 제128조 제2항 및 제3항에 의한 ‘세액감면배제’는 구체적 납세의무의 내용을 정하는 요소로서, 납세의무의 확정단계에서 위 조항이 정한 감면배제사유에 해당하게 되면 이미 발생한 감면의 효과를 소급적으로 박탈시키는 관계에 있다.나. 법 제128조 제3항과 이 사건 부칙조항의 입법배경 및 취지
(1) 구 법 제128조 제3항에 의하면 과세관청에 의한 경정결정이 있는 경우에만 세액감면규정의 적용이 배제되고, 납세의무자가 과세관청의 세무조사 통지나 실시 등으로 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고 하는 경우에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 않았다. 따라서 국세청이 부당과소신고 기업에 대한 세무조사에 착수하여 세액누락사실을 적출하였음에도 경정결정 전에 당해 법인이 누락세액에 대한 수정신고를 하여 세액감면규정이 적용된 경우 위 감면규정의 적용을 배제할 수 있는 근거조항이 없었다. 이에 대한 감사원의 권고 및 지적이 잇따르자, 국회는 2004. 12. 31. 법 제128조 제3항의 세액감면배제사유에 "국세기본법 제81조의6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우"를 추가하는 내용으로 위 조항을 개정하였다.
위와 같은 입법배경에 비추어 볼 때, 법 제128조 제3항은 법인세 납세의무자인 법인이 세무조사의 사전통지를 받은 후 탈루 세액의 적출이 예상되자 경정결정이 있기 직전에 수정신고를 하는 경우, 부당과소신고분에 대한 경정결정이 있는 경우와 세액 누락의 점에 있어서 본질적인 차이가 없으므로, 전자의 경우에도 세액감면을 배제함으로써 조세형평의 원칙을 실현하고, 비성실 납세자에 대하여는 자발적인 수정신고를 유도함으로써 세무조사를 하는 데 소요되는 국세청의 인력과 예산의 낭비를 방지하는 데 그 개정취지가 있다.
(2) 또한 이 사건 부칙조항은 과세연도의 종료 여부가 아닌 수정신고 시를 기준으로 법 제128조 제3항의 적용 여부를 달리하도록 규정하고 있다. 이는 자발적인 수정신고의 기회가 얼마든지 있었음에도 이를 하지 않고 있다가 세무조사 사전통지를 받고 뒤늦게 수정신고를 하였다는 행위태양은 동일함에도, 사업연도의 경과 여부를 기준으로 세액감면배제규정의 적용 여부를 달리하게 된다면 비성실 납세자간의 조세형평의 실현에 반하는 결과가 초래될 수 있다는 점에 근거한 것이다. 또한 법 제128조 제3항의 시행일 이전에 수정신고한 분에 대하여는 위 조항을 적용하지 않도록 하고 있는바, 이미 세액감면규정을 적용하여 수정신고를 마쳤다면 이 부분에 관한 납세의무가 확정되어 구 법에 따른 법적 상태가 굳어졌다고 볼 수 있음에도 이러한 경우까지 개정법을 소급적용하여 세액감면혜택을 배제하는 것은 납세자의 신뢰와 법적안정성에 반하는 결과를 초래하기 때문이다.
결국 이 사건 부칙조항은 조세형평의 원칙을 실현하면서 동시에 납세자의 신뢰와 법적 안정성을 보호하는데 그 입법목적이 있다 할 것이다.
다. 소급입법 과세금지원칙 위배 여부
(1) 헌법상 소급입법 과세금지원칙
조세법령에 있어 소급입법금지원칙인 소급입법 과세금지원칙은 그 조세법령의 효력발생 전에 완성된 과세요건사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 의미이다. 헌법 제38조는 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 진다고 규정하는 한편, 헌법 제59조는 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다고 규정하여 조세법률주의를 선언하고 있다. 이는 납세의무가 존재하지 않았던 과거에 소급하여 과세하는 입법을 금지하는 원칙을 포함하는 것이다. 이러한 소급입법 과세금지원칙은 조세법률관계에 있어서 법적 안정성을 보장하고 납세자의 신뢰이익의 보호에 기여한다. 따라서 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 또는 이미 납세의무가 존재하는 경우에도 소급하여 중과세하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 위반된다(헌재 2004. 7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59, 71).
소급입법 과세금지원칙은 비과세·세액감면·세액공제 등과 같은 조세우대조치가 축소·폐지되는 경우에도 적용된다고 할 것인바, 국가가 잠정적·시혜적으로 부여한 세제상의 특혜라고 하더라도 이미 완결된 사실 또는 법률관계에 대하여 개정 법령을 소급 적용함으로써 기존의 혜택을 박탈 또는 제한하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 반하여 허용되지 아니한다.
(2) 소급입법의 유형과 허용 여부 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지 아니면 현재 진행중인 사실관계에 작용하는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분되고, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이며 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 457-459; 헌재 1999. 7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195 참조).
(3) 이 사건 부칙조항에 대한 판단
(가) 법인세와 같이 과세단위가 시간적으로 정해지는 기간세에 있어서는 이미 종료된 사업연도분에 대하여 개정법령을 적용하는 것은 진정소급입법에 해당된다고 봄이 일반적이나(헌재 1998. 11. 26. 97헌바58, 판례집 10-2, 673, 680 참조), ‘사업연도의 종료 여부’를 기준으로 진정소급입법인지를 판단하는 것은 과세요건이나 세액감면요건과 같이 ‘사업연도의 종료와 동시에 그 적용 여부가 결정되는’ 조세법령이 개정된 경우에만 국한되는 것이고, 이 사건에서 문제되는 법 제128조 제3항과 같이 ‘사업연도의 종료 이후에 비로소 그 적용 여부가 결정되는’ 세액감면배제에 관한 규정이 개정된 경우에는 이와 달리 보아야 한다.
즉, 법 제128조 제3항은 납세의무 성립 당시 적용되는 것이 아니라, ‘납세의무의 확정단계에서’ 과세관청으로부터 부당과소신고금액에 대한 경정결정이 있는 경우 또는 납세의무자가 세무조사의 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에 비로소 적용되는 것이므로, 위 조항의 개정·시행으로 인한 소급입법의 판단은 납세의무의 ‘성립 여부’가 아닌 ‘경정결정 또는 수정신고 여부’를 기준으로 하여야 할 것이다. 따라서 ‘이미 경정결정 또는 수정신고된 납세의무’에 대하여 개정법령을 적용하는 것은 진정소급입법으로서 허용되지 않는다고 보아야 할 것인바, 이 사건 부칙조항은 누락세액에 대하여 과세관청의 경정결정이 있거나 납세의무자가 수정신고를 하기 전인 납세의무에 대하여만 개정된 법 제128조 제3항을 적용하도록 규정하고 있으므로 진정소급입법이라고 볼 수 없다.
(나) 한편, 법 제128조 제3항은 비록 ‘세무조사 사전통지 후 수정신고’라는 행위 요건만을 신설하였지만, 위 조항에 의하여 감면배제의 대상이 되는 것은 특정 사업연도의 ‘소득’이라는 점에서, ‘과세대상인 소득의 발생(사업연도의 종료)’, ‘기한 내 부당과소신고’, ‘세무조사 사전통지 후 수정신고’라는 일련의 단계가 모두 충족되어야 적용될 수 있다. 그렇다면 청구인의 2003 사업연도분과 같이 법 제128조 제3항의 개정·시행일 전에 이미 종료된 사업연도분의 경우, 비록 수정신고는 위 조항의 개정 후에 이루어졌다고 하더라도 개정법에 따라 감면이 배제되는 ‘소득의 귀속연도’와 ‘납세의무자의 과소신고시기’는 위 조항의 개정 전이 될 것이므로, 개정된 법 제128조 제3항의 적용대상 및 요건이 위 조항의 시행일 전후에 걸쳐있다고 볼 수 있다. 따라서 사업연도가 종료되었으나 아직 확정되지 않은 납세의무의 경우 법 제128조 제3항의 적용에 관한 법적지위 내지 상태가 진행 중인 단계에서 위 조항의 요건이 개정된 것이므로, 이 사건 부칙조항은 현재 계속 진행되고 있는 사실에 대하여 개정법의 효력을 미치도록 하는 부진정소급입법에 해당한다고 봄이 상당하다.
(4) 소 결그렇다면, 이 사건 부칙조항은 진정소급입법에 해당하지 아니하므로 소급입법 과세금지원칙에 반한다고 볼 수 없다.
다만, 청구인으로서는 종전 법에 의하면 ‘세무조사의 통지를 받고 수정신고한 경우에도 세액감면이 배제되지 아니할 것이라는 신뢰’를 가지고 있었다고 볼 수 있으므로, 이 사건 부칙조항이 구법질서에 대한 납세의무자의 신뢰를 침해하는 것으로서 헌법에 위반되는지 여부를 살펴보아야 한다.
라. 신뢰보호원칙 위배 여부
(1) 조세영역에 있어서의 신뢰보호원칙
헌법상 법치국가의 원칙으로부터 신뢰보호의 원리가 도출된다. 법률의 개정시 구법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법률의 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 그러한 새 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다. 그러나 사회환경이나 경제여건의 변화에 따른 필요성에 의하여 법률은 신축적으로 변할 수밖에 없고, 변경된 새로운 법질서와 기존의 법질서 사이에는 이해관계의 상충이 불가피하므로, 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규·제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 한다(헌재 1992. 10. 1. 92헌마68등, 판례집 4, 659, 683; 헌재 1995. 6. 29. 94헌바39, 판례집 7-1, 896, 910 등 참조). 더구나 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다(헌재 1998. 11. 26. 97헌바58, 판례집 10-2, 673, 680-683 참조).
신뢰보호원칙의 위배 여부를 판단하기 위하여는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 새 입법을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 한다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바12, 판례집 7-2, 447, 460-461; 헌재 1999. 7. 22. 97헌바76등, 판례집 11-2, 175, 195 참조).
(2) 이 사건 부칙조항에 대한 판단(가) 청구인의 신뢰이익
1) 이 사건에서 청구인은 구 법 제128조 제3항에 의하여 ‘2003 사업연도분에 대한 세액누락사실이 발각되어 세무조사를 받게 되더라도 과세관청의 경정결정이 있기 전까지 수정신고를 하게 되면 자발적으로 수정신고한 경우와 마찬가지로 중소기업특별세액감면혜택을 박탈당하지 않을 것’이라는 기대 내지 신뢰를 가졌다고 볼 수 있다.
그러나 조세공평의 원칙에 배치되는 비과세나 감면과 같은 조세우대조치에 대한 기대나 신뢰를 영구히 보호할 필요나 가치가 있다고 할 수 없고, 또한 복잡다양한 경제현상에 따라 신축적인 개정이 요구되는 조세법에 있어서 그러한 조세우대조치는 잠정적인 것으로서 장래에 축소 내지 폐지되는 방향으로 개정될 수 있으리라는 것을 충분히 예측할 수 있으므로 청구인에게 인정될 수 있는 법률의 존속에 대한 신뢰가 존재한다고 하더라도 신뢰의 보호가치는 크다고 할 수 없으며(헌재 1995. 3. 23. 93헌바18, 판례집 7-1, 376; 헌재 2004. 7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2, 59, 73 참조), 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다[대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결(공2001, 134) 참조].
이 사건에서 세무조사 사전통지를 받은 후라도 경정결정 전에 수정신고하면 중소기업특별세액감면이 배제되지 않을 것이라는 구 법 제128조 제3항에 대한 납세의무자의 신뢰는 신축적·잠정적인 조세우대조치에 대한 것으로서 단순한 기대에 불과하고, 청구인이 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정도 보이지 않는다. 또한 세무조사의 사전통지를 받고 수정신고한 납세의무자는 당초 일부 세액을 누락하여 신고하였던 이상 언제든지 경정결정이 내려질 수 있는 상태였으므로, 종전 법에 의하더라도 세액감면혜택의 존속 여부가 확실하였다고 볼 수 없어 그 신뢰의 보호가치가 적다. 특히 세액누락사실이 발각되더라도 과세관청의 경정결정이 있기 전까지 수정신고를 하게 되면 자발적으로 수정신고한 경우와 마찬가지로 중소기업세액감면의 혜택을 계속 누릴 수 있을 것이라는 점에 대한 납세의무자의 신뢰는, 구법상의 입법미비사항을 악용하면 일부 세액을 누락하고 신고하여도 감면규정을 계속 적용받을 수 있을 것이라는 점에 대한 신뢰, 즉 세법상의 흠결을 계속 이용할 수 있을 것이라는 점에 대한 신뢰에 해당한다고 볼 수 있어 그 보호가치와 필요성은 극히 적다고 할 것이다.
2) 한편, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고가산세가 부과된다(구 법인세법 제76조 제1항 제2호). 다만 법정신고기한의 경과 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감하되, 과세표준과 세액에 하여 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우에는 감면되지 아니한다(기본법 제49조). 여기서 ‘경정이 있을 것을 미리 알고 한 경우’라 함은 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우를 말하는바(위 법 시행령 제29조 제2항), 세무조사 사전통지를 받고 수정신고한 자는 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 한 경우에 해당하므로, 법정신고기한 경과 후 6개월 이내에 수정신고하였다고 하더라도 가산세를 감면받을 수 없다. 
위와 같은 가산세에 관한 내용들은 법 제128조 제3항과 비교할 때 입법취지나 감면배제사유에 있어서 거의 동일하다고 볼 수 있는바, 과소신고 납세자로서는 경정결정이 있을 것을 알고 수정신고한 경우에는 위 가산세규정에 의하여 가산세감면이 배제된다는 사실을 이미 알고 있었다고 할 것이므로, 중소기업특별세액감면과 같은 다른 세액감면에 있어서도 조세형평상의 문제점을 제거하기 위하여 위 가산세규정과 유사한 내용의 입법이 이루어질 수 있음을 충분히 예상할 수 있었을 것이다.
3) 이러한 사정을 고려할 때, 현재의 세법이 변함없이 유지되어 중소기업특별세액감면의 혜택을 계속 적용받을 수 있을 것이라는 청구인의 신뢰는 헌법상 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있다고 보기 어렵다.
(나) 공익의 중대성앞서 본 바와 같이 법 제128조 제3항은, 누락세액에 대하여 세무조사의 사전통지를 받은 후 뒤늦게 수정신고를 하는 경우에는 수정신고 전에 경정결정이 있는 경우와 비교하여 비성실신고자라는 점에 있어서 본질적인 차이가 없으므로, 전자의 경우에도 세액감면규정의 적용을 배제함으로써 조세형평의 원칙을 실현하고 납세자의 성실신고를 유도한다는 데 그 입법목적이 있다.
또한 이 사건 부칙조항은, 자발적인 수정신고의 기회가 있었음에도 세무조사 통지를 받은 후에야 수정신고를 하였다는 ‘불성실한 신고로서의 행위태양’과 ‘세액탈루의 혐의’가 동일한 비성실납세자에 대하여 사업연도의 경과 여부를 불문하고 누락세액에 대한 감면을 배제함으로써 비성실납세자간의 조세형평을 실현하는 한편, 위 조항이 개정·시행되기 전에 수정신고를 마친 분에 대하여는 개정법령을 적용하지 않음으로써 이미 확정된 납세의무에 대한 납세자의 신뢰 및 법적 안정성을 보호하기 위한 것이다.
이러한 조세형평의 실현과 납세의무자의 성실신고 유도, 납세의무가 확정된 자의 신뢰 및 법적 안정성 보호라는 위 조항들의 입법목적은 매우 중대한 공익에 해당한다고 볼 수 있다.
(다) 소 결
구 법에 따르더라도 중소기업특별세액감면에 대한 청구인의 법적상태가 불확실하고 혼란스러워 보호할만한 신뢰의 이익이 적다는 점, 누락세액에 대한 자진신고를 미루다가 사후에 발각되더라도 경정결정이 있기 전에만 수정신고하면 세액감면이 배제되지 않을 것이라는 청구인의 신뢰는 입법의 흠결에 대한 신뢰로서 보호가치가 적다는 점, 반면 법 제128조 제3항과 이 사건 부칙조항이 달성하고자 하는 공익목적은 청구인이 침해받는 신뢰이익에 비하여 매우 중대한 것이라는 점을 고려할 때, 이 사건 부칙조항은 헌법상 신뢰보호원칙에 위반된다고 볼 수 없다.
마. 헌법상 재산권보장규정에 위배되는지 여부
(1) 헌법 제23조 제1항 제1문은 "모든 국민의 재산권은 보장된다"고 규정하고 있고, 헌법 제13조 제2항은 "모든 국민은 소급입법에 의하여 …… 재산권의 박탈을 받지 아니한다"고 규정하고 있는바, 납세의무자가 전규정에 의한 조세우대조치를 신뢰하였다 하더라도 이는 영구적으로 조세혜택을 받을 권리를 부여한 것이라고 할 수 없고 당시의 법제도에 대한 단순한 기대이익에 불과할 뿐이므로 헌법 제23조 제1항 1문이 보장하는 재산권이라고 할 수 없으며, 더 나아가 그 기대가 충족되지 못하였다고 하여 재산권이 박탈된 것이라고 할 수 없으므로 헌법 제13조 제2항에 위반된다고 할 수 없다[헌재 1995. 3. 23. 93헌바44; 헌재 2004. 7. 15. 2002헌바63, 판례집 16-2상, 59; 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결(공2001, 134) 참조].
살피건대, 이 사건 청구인은 2003 사업연도분에 대한 일부 세액의 신고를 누락하여 언제든지 경정결정이 내려질 수 있는 가능성이 있었으므로, 중소기업특별세액감면을 배제당하지 아니할 권리를 확정적으로 취득하였다고 볼 수 없다. 따라서 ‘누락세액이 있더라도 세무조사의 통지를 받고 경정결정이 있기 전에 수정신고를 하면 세액감면을 배제당하지 않을 것이라는 점’에 대한 신뢰는 구법제도에 대한 단순한 기대이익에 불과할 뿐, 이를 기득권으로서 헌법 제23조 제1항 제1문이 보장하는 재산권이라고 보기 어렵다.
(2) 한편 청구인은 세무조사의 통지를 받은 후 수정신고하는 경우 과소신고가산세가 별도로 부과되는데도 이에 그치지 않고 중소기업세액감면까지 배제하는 것은 과도한 기본권 침해라고 주장하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 과세관청의 경정결정이 있기 전에 수정신고를 하면 중소기업특별세액감면혜택을 박탈당하지 아니할 수 있는 청구인의 법적 지위는 단순한 기대이익일 뿐 헌법상 보장된 재산권이라고 보기 어려우므로 위 주장은 받아들이기 어렵다.
(3) 따라서 이 사건 부칙조항은 헌법 제23조 제1항 제1문과 헌법 제13조 제2항의 헌법상 재산권보장규정에 위배되지 아니한다.
바. 평등원칙 위배 여부
청구인은 법 제128조 제3항의 시행일 이전에 수정신고한 자와 위 조항의 시행일 이후에 수정신고한 자간에 중소기업특별세액감면규정의 적용 여부가 달라지는 것은 합리적 이유 없는 차별로서 평등원칙에 반한다고 주장한다.
헌법재판소는 "정책의 변경에 따라 조세법규가 개정된 경우라도 그 법령에서 정한 과세요건이 개정 전에 완성되었다면 법령에 특별한 규정이 없는 한 그에 대하여 개정 전의 법령을 적용하는 것이 당연하다. 그리고 동일한 조세법규가 과세요건 완성당시의 납세의무자들을 차별취급하는 것으로 규정하고 있다면 이는 평등의 원칙 또는 조세공평의 원칙에 어긋날 여지가 있지만, 법규가 개정된 결과 그 개정전후의 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래된다고 하더라도 이를 평등의 원칙에 어긋난다고 할 수는 없다."(헌재 1995. 2. 23. 93헌바24, 판례집 7-1, 188)고 판시하였는바, 과세요건의 완성 전에 법률조항이 개정·시행되고 그 시행 전후의 요건 충족 여부에 따라 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래된다고 하더라도, 이는 법 개정으로 인하여 수반되는 당연한 결과로서 차별취급 자체가 존재하지 않는다는 취지이다. 
살피건대, 이 사건 부칙조항은 ‘세무조사의 사전통지를 받고 수정신고할 ’이라는 세액감면배제사유가 신설되면서 그 시행일을 기준으로 그 이전에 사유가 발생한 자와 그 이후에 사유가 발생한 자를 달리 취급하고 있는바, 이는 법 개정에 따른 당연한 결과일 뿐, 이 사건 부칙조항에 의한 차별취급의 결과라고 볼 수 없다.
5. 결　론
그렇다면, 이 사건 부칙조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 아래 6.과 같은 재판관 이강국, 재판관 조대현의 별개의견이 있는 외에는 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다. 
6. 재판관 이강국, 재판관 조대현의 별개의견
조세법률이 규정한 과세요건(납세의무자, 과세대상, 과세표준, 세율)이 충족되면 납세의무자나 과세관청의 특별한 행위가 없더라도 법률상 당연히 납세의무가 성립되지만, 납세의무의 구체적인 내용과 범위는 납세의무자의 신고·수정신고나 과세관청의 과세처분·경정결정 등이 있어야 비로소 확정되고 납부 또는 징수할 수 있는 상태로 된다.
법 제7조는 일정한 중소기업에 대하여 소득세 또는 법인세의 일정 비율을 감면하는 규정으로서, 소득세 또는 법인세의 과세요건을 경감시키는 규정이 아니라, 납세의무자의 신고에 의하여 구체적인 납세의무의 내용이 확정될 때에 구체적으로 산출된 세액을 기준으로 하여 그 일정 비율을 감면하는 규정이다. 따라서 법 제7조는 소득세 또는 법인세의 과세요건이 충족되어 납세의무가 추상적으로 성립될 때에 적용되는 규정이 아니라, 소득세 또는 법인세의 신고에 의하여 그 납세의무의 세액이 구체적으로 확정될 때에 비로소 적용되는 규정이다.
그리고 법 제7조에 의한 세액 감면은 납세의무자의 신고가 신고기간 내에 진실하게 이루어진 한도에서만 적용되고, 법정신고기간 내에 신고하지 않거나, 신고기간 후에 신고하거나, 불성실하게 신고한 경우에는 그 한도에서 법 제7조가 적용되지 아니한다(법 128조 제2항·제3항). 이와 같은 취지를 더욱 분명하게 보완하기 위하여, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 법 128조 제3항을 개정하여 세무조사 사전통지를 받은 후 과소신고금액에 대하여 수정신고하는 경우에도 과소신고금액에 대하여 법 제7조의 적용을 배제한다는 내용을 추가하고, 그러한 개정 규정은 그 개정법률이 시행된 후에 수정신고하는 분부터 적용하도록 이 사건 부칙조항을 마련한 것이다. 즉, 과소신고금액에 대하여 수정신고에 따라 구체적인 납세의무를 확정할 때에는 법 제7조의 세액 감면 혜택을 주지 아니한다는 취지를 명확히 하고, 그러한 개정법률이 시행된 후에 수정신고가 이루어져 납세의무의 확정절차가 개시될 경우에도 개정법률을 적용한다고 밝힌 것이다.
이처럼 법 제128조 제3항의 개정내용과 이 사건 부칙조항은 법 제7조에 의한 세액 감면이 납세의무자의 충실한 신고를 조건으로 적용되는 것임을 더욱 분명히 한 것이므로, 불합리하거나 조세법률에 관한 입법성권을 벗어난 것이라고 볼 수 없고, 납세의무자의 지위를 더욱 불리하게 변경시키는 것이라고 보기도 어렵다.
또한 법 제7조에 의한 세액 감면은 원래 납세의무자의 충실한 신고를 전제로 그 신고에 따라 구체적인 납세의무를 확정할 때에 적용되는 것이므로, 법정신고기간 내에 신고하지 않았거나 신고가 누락된 부분에 대해서는 법 제7조에 의한 세액 감면이 적용되지 아니한다. 신고누락 부분에 대해서는 법 제7조에 의한 세액 감면이 이루어지지 않았기 때문에, 신고기간이 지난 후에 신고누락 부분에 대하여 수정신고에 따라 구체적인 납세의무를 확정할 때에 세액 감면에 관한 법 제7조의 적용을 배제하더라도, 이미 발생된 세액 감면의 효과를 소급하여 상실시키는 것이라고 볼 수 없다.
그리고 법정신고기간 내에 성실하게 신고한 부분에 대해서는 법 제7조에 의한 세액 감면이 이루어졌고, 법 제128조 제3항의 개정내용과 이 사건 부칙조항에 의하여 법 제7조의 적용이 배제되는 부분은 종전의 신고에서 누락되어 법 제7조의 적용을 기대할 수 없었던 부분이므로, 납세의무자의 신뢰이익을 침해하는 것이라고 볼 수 없다.
따라서 이 사건 부칙조항은 헌법에 위반된다고 볼 수 없다.
재판관　이강국(재판장) 이공현 조대현 김희옥(주심) 김종대 민형기 이동흡 목영준 송두환(해외출장으로 서명날인 불능)