# 법무부장관 등과 국회 간의 권한쟁의

## 판시사항

가. 국회가 2022. 5. 9. 법률 제18861호로 검찰청법을 개정한 행위 및 같은 날 법률 제18862호로 형사소송법을 개정한 행위(이하 ‘이 사건 법률개정행위’라 한다)에 대한 권한쟁의심판에서, 법무부장관의 ‘청구인적격’ 인정 여부(소극)
나. 이 사건 법률개정행위로 인한 검사의 ‘권한침해가능성’ 인정 여부(소극)

## 결정요지

가. 법무부장관은 헌법상 소관 사무에 관하여 부령을 발할 수 있고 정부조직법상 법무에 관한 사무를 관장하지만, 이 사건 법률개정행위는 이와 같은 법무부장관의 권한을 제한하지 아니한다. 물론 법무부장관은 일반적으로 검사를 지휘ㆍ감독하고 구체적 사건에 대하여는 검찰총장만을 지휘ㆍ감독할 권한이 있으나, 이 사건 법률개정행위가 이와 같은 법무부장관의 지휘ㆍ감독 권한을 제한하는 것은 아니다. 따라서 법무부장관은 이 사건 법률개정행위에 대해 권한쟁의심판을 청구할 적절한 관련성이 인정되지 아니하므로, 청구인적격이 인정되지 아니한다.  
나. 국가기관의 ‘헌법상 권한’은 국회의 입법행위를 비롯한 다양한 국가기관의 행위로 침해될 수 있다. 그러나 국가기관의 ‘법률상 권한’은, 다른 국가기관의 행위로 침해될 수 있음은 별론으로 하고, 국회의 입법행위로는 침해될 수 없다. 국가기관의 ‘법률상 권한’은 국회의 입법행위에 의해 비로소 형성ㆍ부여된 권한일 뿐, 역으로 국회의 입법행위를 구속하는 기준이 될 수 없기 때문이다. 따라서 문제 된 침해의 원인이 ‘국회의 입법행위’인 경우에는 ‘법률상 권한’을 침해의 대상으로 삼는 심판청구는 권한침해가능성을 인정할 수 없다. 
이 사건 법률개정행위는 검사의 수사권 및 소추권을 조정ㆍ배분하는 내용을 담고 있으므로, 해당 수사권 및 소추권이 검사의 ‘헌법상 권한’인지 아니면 ‘법률상 권한’인지 문제 된다. 수사 및 소추는 우리 헌법상 본질적으로 행정에 속하는 사무이므로, 특별한 사정이 없는 한 ‘대통령을 수반으로 하는 행정부’(헌법 제66조 제4항)에 부여된 ‘헌법상 권한’이다. 그러나 수사권 및 소추권이 행정부 중 어느 ‘특정 국가기관’에 전속적으로 부여된 것으로 해석할 헌법상 근거는 없다. 이에 헌법재판소는, 행정부 내에서 수사권 및 소추권의 구체적인 조정ㆍ배분은 헌법사항이 아닌 ‘입법사항’이므로, 헌법이 수사권 및 소추권을 행정부 내의 특정 국가기관에 독점적ㆍ배타적으로 부여한 것이 아님을 반복적으로 확인한 바 있다(94헌바2, 2007헌마1468, 2017헌바196, 2020헌마264등). 같은 맥락에서 입법자는 검사ㆍ수사처검사ㆍ경찰ㆍ해양경찰ㆍ군검사ㆍ군사경찰ㆍ특별검사와 같은 ‘대통령을 수반으로 하는 행정부’ 내의 국가기관들에, 수사권 및 소추권을 구체적으로 조정ㆍ배분하고 있다. 
헌법 제12조 제3항, 제16조는 검사의 영장신청권을 규정한다. 이에 헌법재판소는, 헌법상 영장신청권 조항은 수사과정에서 남용될 수 있는 다른 수사기관의 강제수사를 ‘법률전문가인 검사’가 합리적으로 ‘통제’하기 위한 취지에서 도입된 것임을 확인한 바 있다(96헌바28등). 물론 헌법은 검사의 수사권에 대해 침묵하므로, 입법자로서는 영장신청권자인 검사에게 직접 수사권을 부여하는 방향으로 입법형성을 하여 영장신청의 신속성ㆍ효율성을 증진시킬 수 있다. 그러나 형사절차가 규문주의에서 탄핵주의로 이행되어 온 과정을 고려할 때, 수사기관이 자신의 수사대상에 대한 영장신청 여부를 스스로 결정하도록 하는 것은 객관성을 담보하기 어려운 구조라는 점도 부인하기 어렵다. 이에 영장신청의 신속성ㆍ효율성 측면이 아니라, 법률전문가이자 인권옹호기관인 검사로 하여금 제3자의 입장에서 수사기관의 강제수사 남용을 통제하는 취지에서 영장신청권이 헌법에 도입된 것으로 해석되므로, 헌법상 검사의 영장신청권 조항에서 ‘헌법상 검사의 수사권’까지 도출된다고 보기 어렵다. 
결국 이 사건 법률개정행위는 검사의 ‘헌법상 권한’(영장신청권)을 제한하지 아니하고, 국회의 입법행위로 그 내용과 범위가 형성된 검사의 ‘법률상 권한’(수사권ㆍ소추권)이 법률개정행위로 침해될 가능성이 있다고 볼 수 없으므로, 권한침해가능성이 인정되지 아니한다. 
재판관 이선애, 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 권한침해확인청구에 대한 반대의견
이 사건 법률개정행위의 내용은 검사의 수사권 및 소추권 행사의 범위를 제한할 뿐만 아니라, 일정한 범죄 영역에 관하여 수사를 개시한 검사가 공소를 제기하지 못하도록 함으로써 검사들 사이에 직무 영역을 분리하고, 수사를 개시할 수 있는 부의 직제 및 해당 부에 근무하고 있는 소속 검사와 공무원, 파견 내역 등의 현황을 검찰총장이 분기별로 국회에 보고하도록 하는 것으로, 검찰의 구체적인 조직 및 검사와 검찰청 직원의 보직에 관해서도 영향을 미쳐 수사권과 소추권의 일반적 행사기준과 검찰조직의 전반적인 운용에 대해서도 제한을 가하는 내용이다. 이는 법무부장관이 헌법상 행정각부의 장으로서 정부조직법에 의하여 검찰 및 검사에 관한 사무를 관장하면서 갖는, 검찰청법상 검사에 대한 일반적인 지휘ㆍ감독권, 검찰조직 전반의 운용 및 검사와 검찰청 직원의 보직에 관한 권한에 영향을 미치는 것이므로, 청구인 법무부장관의 청구인적격과 권한침해가능성이 인정된다.
검사는 국가기관 상호간의 권한쟁의심판의 당사자능력이 인정되며, 이 사건 법률개정행위의 내용은 검사의 수사권 및 소추권의 범위를 축소하고 검사의 직접 수사개시와 관련하여 국회가 통제를 가하는 것이므로, 청구인들 중 검사들의 청구인적격과 권한침해가능성도 인정된다.
이 사건 법률개정행위가 그 절차 또는 내용의 관점에서 헌법적 한계를 벗어나 실제로 청구인들의 권한을 침해하는지 여부는 본안 판단의 문제이고, 검사의 소추권과 수사권 및 법무부장관의 검사에 관한 관장 사무에 대한 권한을 대상으로 하는 입법행위의 한계는 본안을 판단하는 기준의 문제이다.
헌법 제49조의 다수결원칙 위반과 같이 입법절차상 법위반의 정도와 내용이 의회입법의 우위의 근본적인 근거를 훼손할 정도의 중대한 헌법 위반에 이르렀다면, 그러한 입법행위로 국회 밖의 행정부나 사법부에 소속된 국가기관의 권한을 제한하는 것을 정당화할 헌법상 근거가 없게 된다. 한편, 국가기관 상호간의 권한쟁의심판에서 ‘피청구인의 처분’은 청구인의 ‘권한을 침해하거나 침해할 현저한 위험’을 초래하는 ‘원인’이 되어야 한다.
이 사건 법률개정행위는 법제사법위원회 의결 절차에서는 안건조정제도에 관한 국회법 제57조의2 및 국회 위원회의 심사 및 표결에 관한 국회법 제58조를, 본회의 의결 절차에서는 무제한토론에 관한 국회법 제106조의2 및 본회의 수정동의절차에 관한 국회법 제95조 제5항을 위반하였고, 두 절차 모두에 있어서 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙 및 국회 내 의결 절차상 회의 주재자의 중립성을 엄격하게 요구한 헌법 제49조를 위반하였으므로, 그 헌법 위반 사유가 의회입법의 우위의 근본적 근거가 훼손될 정도로 중대하다. 이러한 입법절차상 하자는 의결정족수 충족 및 의결된 법률안의 주요 내용의 성립과 관련되어 그 하자가 없었다면 청구인들의 권한을 제한하는 내용의 입법이 이루어지지 못했을 것임이 명백하다. 따라서 이 사건 법률개정행위의 입법절차상 하자로 인한 청구인들의 권한침해가 인정된다.
형사상 소추와 관련된 여러 헌법조항들의 내용을 종합할 때, ‘소추기능’은 법률로써 폐지할 수 없는 ‘국가기능’이므로 ‘국가기관의 소추권’은 ‘헌법상 권한’이다. ‘소추기관’은 적법하게 수집된 객관적인 증거에 기초하여 공소제기 및 유지 여부를 결정하고, 법정에서 변론 및 입증활동을 하며, 이에 관한 법원의 재판에 대하여 불복하는 등의 기능을 수행하는 국가기관으로서, 형사사법절차에서 피의자 또는 피고인뿐만 아니라 피해자의 절차적 기본권 보장의무도 구체적으로 지는 ‘준사법기관’의 성격을 가져야 한다. 헌법상 이러한 기능을 하는 국가기관이 ‘검사’라는 점은 그 용어의 문언적 의미로 명백하다.
‘수사’는 범죄혐의의 유무를 명백히 하여 공소의 제기ㆍ유지 여부를 결정하기 위하여 범인을 발견ㆍ확보하고 증거를 수집ㆍ보전하는 활동으로서, 소추와 마찬가지로 국가의 기본적 책무인 형사사법의 일환으로서 법률로써 폐지될 수 없는 ‘국가기능’에 해당한다. 소추와 수사에 관한 헌법 규범들을 고려할 때, 국가의 수사기능은 소추기능을 목적으로 하는 수단으로서 소추기능에 실효적으로 기여하여야 하며, 그 목적의 달성에 필요한 상당한 방법으로만 수행되어야 한다. 
‘헌법상 수사권’은 ‘국가의 수사기능’을 실현하는 권한으로서, 그 의미에 부합하는 법률상 수사기관의 여러 구체적인 권한들을 모두 포함한다. 헌법 제12조 제3항 및 제16조에 따라 검사가 영장을 신청하는 것도, 사법경찰관의 수사 중 신청에 따른 것이든, 검사가 직접 수사를 개시한 사건의 수사 또는 사법경찰관이 송치한 사건의 보완수사를 하면서 청구하는 것이든, 법관에게 영장발부를 신청하는 행위 그 자체로 ‘국가의 수사기능’을 실현하는 것이므로 ‘헌법상 수사권’의 행사에 해당한다. 
검찰청법상 검사의 소추권과 수사권에 해당하는 구체적 권한들은 국가의 소추기능 및 수사기능을 실현하는 ‘헌법상 소추권 및 수사권’을 ‘헌법상 검사’에게 부여하는 입법을 구체적으로 형성한 것이다. 소추 및 수사기능은 형사사법절차의 핵심이면서도 사법부가 담당하는 심판기능과 분리된 행정영역에 속하여 ‘사법작용’과 ‘행정작용’의 성격을 겸유하는 ‘준사법작용’에 해당하고, 행정부 내에서 소추 및 수사기능에 속하는 권한들을 배분하는 입법을 할 때에도 준사법적 성격이 유지되도록 하여야 한다. 형사사법의 일부인 수사와 소추에 있어 ‘적극성’, ‘능동성’, ‘상하위계’를 특징으로 하는 행정작용의 성격이 ‘객관성’, ‘중립성’, ‘독립성’을 특징으로 하는 사법작용의 성격을 압도하게 되면, 피의자, 피고인 또는 피해자의 기본권이 침해될 위험이 있다. 따라서 검사의 소추권 또는 수사권을 제한하는 내용의 입법행위에는 기능적 권력분립의 관점에서 ‘준사법작용’인 소추 및 수사기능의 ‘객관성ㆍ중립성ㆍ독립성’을 훼손해서는 안 된다는 한계가 있다. 
개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목은 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위를 변경하여 공직자범죄, 선거범죄, 방위사업범죄 및 대형참사 등에 관하여 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄 영역을 축소하였다. 이 영역에서 검사의 소추권 또는 수사권의 본질적 내용이 침해되는지는, 검사의 직접 수사개시 범죄에서 배제된 결과 필연적으로 사법경찰관이 1차로 수사해야 하는 사건의 처리, 즉 송치사건에 대한 보완수사, 불송치결정에 대한 통제 등의 문제와 연관하여 판단해야 한다. 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 규정상 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 영역에서는 검찰청법의 주요 개정 내용에 의하여 ‘검사의 직무상 독립성’이 훼손되는지 여부가, 검사가 직접 수사를 개시할 수 없게 되어 사법경찰관이 1차로 수사하게 된 영역에서는 형사소송법의 주요 개정 내용에 의하여 ‘검사의 직무상 객관성 및 중립성’이 훼손되는지 여부가 문제 된다.
개정 검찰청법 제4조 제2항은 검사는 원칙적으로 자신이 수사개시한 범죄에 대해서는 공소를 제기하지 못하며, 다만 사법경찰관이 송치한 범죄에 대하여는 그러하지 아니한 것으로 규정하였다. 이러한 입법은 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 부패범죄, 경제범죄 등 정치권력 또는 경제적ㆍ사회적 권력의 영향이 강하게 작용할 위험이 있는 범죄 영역에 대하여, 검찰사무의 지휘ㆍ감독에 관한 검찰청법 제7조와 결합하여 공소제기 검사가 수사개시 검사를 지휘할 수 있도록 제도화하고 검찰조직의 상하위계를 강화한 것이다. 이것은 준사법기관으로서의 검사의 직무상 독립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해한다.
개정 검찰청법 제24조 제4항은 검찰총장이 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 ‘부패범죄, 경제범죄 등 대통령령으로 정하는 중요 범죄’에 대한 수사를 개시할 수 있는 부의 직제 및 해당 부에 근무하고 있는 소속 검사와 공무원, 파견 내역 등의 현황을 분기별로 국회에 보고하여야 하는 것으로 규정하였다. 이러한 입법은 부패범죄, 경제범죄 등 정치권력 또는 경제적ㆍ사회적 권력의 영향이 강하게 작용할 위험이 있는 범죄 영역에 대한 검사의 수사 및 기소 문제에 대하여, 국회 내의 정치세력이 검찰조직 내의 강화된 상하위계를 통하여 영향력을 행사할 수 있도록 하는 것이다. 이것은 국회의 국정통제권한의 한계를 넘어 검사의 직무에 정치적 압력이 작용하는 외관을 형성하고 실제로 작용할 위험을 초래하기도 하므로, 준사법기관으로서의 검사의 직무상 독립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해한다.
개정 형사소송법 제196조 제2항은, 사법경찰관이 송치한 사건 중 시정조치요구 불이행에 따른 송치 요구, 체포ㆍ구속장소 감찰 시 위법한 체포ㆍ구속의 의심에 기초한 송치 명령, 사법경찰관의 불송치결정에 대한 이의신청에 따라 송치된 사건에 대해서는, ‘해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내’에서만 검사가 직접 수사할 수 있도록 하였다. 이와 같은 송치사건의 세 가지 유형은, 모두 사법경찰관의 1차 수사에 위법의 의심이 있거나 수사미진의 가능성이 있는 경우들로서, 사법경찰관의 1차 수사가 적정하지 않은 방향으로 진행되어 이를 바로 잡을 필요가 있거나, 그 수사 방향에 고소인이나 피해자 등의 이의가 있는 경우들이므로, 수사의 실효성 확보가 사법경찰관이 기소의견으로 송치한 경우보다 더욱 절실하게 필요하다. 하지만, 이러한 경우 개정 형사소송법 제196조 제2항에 의하면, 검사가 수사할 때 공범이 확인되거나 추가 피해사실이 발견되는 등 송치된 범죄와 직접 관련성이 있는 범죄의 단서가 확인되더라도, 검사는 그 범죄를 인지하여 수사를 개시할 수 없으므로, 오히려 수사의 실효성이 저하된 절차에 의할 수밖에 없고, 그만큼 형사피의자의 신속하고 공정한 재판을 받을 권리 및 형사피해자의 재판절차진술권의 보장 수준도 저하된다. 이러한 입법은 검사가 수사권 및 소추권을 행사할 때 형사피의자나 형사피해자를 합리적 이유 없이 차별 취급하도록 함으로써, 검사로 하여금 그와 관련된 신속하고 공정한 재판을 받을 권리 또는 재판절차진술권 등 절차적 기본권 보장의 의무를 준수할 수 없도록 한다. 이것은 준사법기관으로서의 검사의 직무상 객관성과 중립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해하는 것이다.
개정 형사소송법 제245조의7 제1항은 사법경찰관으로부터 불송치의 취지와 이유를 통지받은 고소인, 피해자 등 이의신청을 할 수 있는 주체에서 ‘고발인을 제외’하였다. 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권이 배제됨에 따라 사건이 그대로 종결되면, 검사가 공소제기 여부의 결정을 비롯한 소추권을 행사할 여지가 없게 되고, 검사가 재수사요청을 통하여 소추권을 회복하는 것은 매우 어려우며, 중요한 국가적ㆍ사회적 법익에 관한 범죄 영역에서 기관 고발의 대상이 되거나 사회적 약자인 피해자가 있는 고발 사건의 영역에서는 수사의 실효성을 확보할 필요가 큼에도 불구하고 그 실효성이 크게 저하된다. 이러한 입법은 사실상 준사법기관인 검사의 소추권을 배제하고, 공공의 안전과 질서의 유지를 위하여 물리력을 행사할 수 있고 상하위계가 강한 특성이 있는 경찰조직에 소추기능의 일부로서 준사법작용인 ‘공소제기 여부를 결정하는 권한’을 일부 이전하면서, 이에 대한 준사법기관의 통제는 극도로 제한하는 것이다. 또한, 검사가 직무를 수행하면서 사회적 약자인 형사피해자를 보호할 필요가 있는 영역에서 재판절차진술권을 제대로 보장할 수 없도록 하고, 고발 사건의 피해자와 그렇지 않은 사건의 피해자 사이에 불합리한 차별 취급을 할 수밖에 없도록 하며, 국가적ㆍ사회적 법익을 보호해야 하는 사건의 공정한 처리를 어렵게 한다. 이것은 소추 및 수사기능의 준사법적 성격에 반하는 입법형성이며, 준사법기관으로서의 검사의 직무상 객관성과 중립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해하는 것이다.
사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권 배제로 인하여, 고발인에게 보장된 검찰청법상 항고ㆍ재항고 및 공직선거법 등에 규정된 일정한 범위의 재정신청을 통한 시정의 기회가 제한되는데, 이것은 검사의 직접 수사개시 범죄의 범위를 축소한 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목과 결합하여, 감사원이 고발하는 공직자범죄, 선거관리위원회가 고발하는 선거범죄 등에서 제도적 공백을 초래한다. 또한, 아동ㆍ청소년대상 성범죄 사건을 수사하는 검사의 친권상실선고 또는 후견인 변경 결정 청구와 같은, 수사과정에서의 피해자 보호에 관한 검사의 민사법상 권한을 행사하기 어렵게 될 수도 있다. 이러한 입법은 법체계의 정합성에 부합하지 않으므로, 법치국가원리에 따른 입법의 한계를 벗어난다.
개정 검찰청법 및 형사소송법의 각 부칙 조항들에 의하여, 개정 법률은 공포 후 4개월이 경과한 날인 2022. 9. 10. 시행되었고, 선거범죄에 관하여 검사가 직접 수사를 개시하지 못하도록 한 부분은 2023. 1. 1.부터 시행되었다. 그런데 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권 배제를 규정한 개정 형사소송법 제245조의7 제1항과 같은 경우, 앞서 본 바와 같이 여러 관련 법령들의 내용과 체계상 모순이 매우 심하여 4개월 이내에 이를 종합적으로 검토하고 정비하기 어려울 뿐만 아니라, 피청구인이 그러한 시도를 하지도 않았다. 이러한 입법은 법체계의 정합성에 부합하지 않으므로, 법치국가원리에 따른 입법의 한계를 벗어난다.
검사의 직접 수사개시 범죄의 범위를 축소한 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목은 개정 형사소송법 제196조 제2항 및 제245조의7 제1항에 관한 부분과 결합하여 청구인들 중 검사들의 소추권과 수사권의 본질적 내용을 침해한다. 이 사건 법률개정행위의 주요 조항들 이외의 나머지 조항들 부분도 주요 조항들에 관한 부분과 체계적 관련이 있다.
따라서 이 사건 법률개정행위의 내용은 청구인들 중 검사들의 소추권 및 수사권을 침해한다.
이 사건 법률개정행위는 행정각부의 장인 법무부장관이 관장하는 검찰 또는 검사에 관한 사무에 관하여 국가의 필수기능인 소추 및 수사의 본질을 훼손하는 내용을 규정하였으므로, 법무부장관의 관장 사무를 구체적으로 정하는 입법의 한계를 일탈하였고, 이와 관련하여 국회의 국정통제기능에 관한 입법의 한계도 일탈하여, 청구인 법무부장관의 검사에 관한 사무에 대한 권한을 침해한다.
재판관 이선애의 권한침해확인청구에 대한 반대의견에 관한 보충의견
현대적 헌법원리로서의 권력분립원칙은 소극적으로 이미 존재하는 국가권력을 분리하여 억제하고 통제하는 데에 그치는 것이 아니라, 적극적으로 개개의 국가권력을 구성하여 그 권한을 확정하고 한정하며 상호간의 협력을 규율하는 국가기관의 조직 원리이다. 권력분립원칙에 따라 국가권력을 구성할 때 입법ㆍ행정ㆍ사법으로 구별되는 기능은 상호 배타적인 성격을 갖는 것이 아니라, 국가가 수행해야만 하는 과제를 민주적이고 법치국가적으로 수행하는 방식의 기본적인 유형을 나타내는 것으로, 국가의 여러 과제를 적절하게 수행하기 위한 기능은 이를 맡는 기관의 구조와 결부되어 있다. 그러므로 어떤 기관에 대하여 그 구조와 기본기능에 상응하지 않는 기능을 배정하여 수행하도록 하는 것은 권력분립의 원칙상 원칙적으로 허용되지 않는다.
검사의 소추권과 수사권의 근거가 되는 헌법규범은 형사사법절차에 관련된 다수의 헌법조항들의 해석을 통하여 확인된다. 검사의 영장신청권은 헌법상 소추권과 수사권을 전제로 하므로, 법률에 의하여 검사의 소추권과 수사권이 제한될 경우 그 구체적인 내용에 따라서는 검사의 영장신청권이 제한될 가능성도 전혀 없지 않다. 일례로 이 사건 법률개정행위에 따라 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권이 배제됨으로써 사건이 그대로 종결되어 검사의 소추권이 제한되는 영역에서 검사는 영장신청권을 행사할 수도 없게 된다.
이 사건 법률개정행위는 입법절차상 헌법 제49조를 위반한 하자가 있을 뿐만 아니라, 그 본회의 의결 절차는 법률안들 사이의 상호 연관성의 관점에서 중요한 내용에 대하여 실질적인 토론을 기반으로 한 표결을 할 수 없도록 의사절차가 형성되어, 헌법상 다수결원칙을 회기제에 제도적으로 구현한 헌법 제47조 제1항 및 제2항에도 위배된다. 
이 사건 법률개정행위는 국가의 필수적인 기능인 소추 및 수사기능에 관하여 행정부 내 검사와 경찰 상호간뿐만 아니라, 소추ㆍ수사기관과 독립된 헌법기관인 감사원, 선거관리위원회, 법원 상호간의 협력과 통제, 그리고 국회의 행정부에 대한 국정통제기능과 관련하여 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 협력과 통제의 균형을 광범위하게 훼손하였으므로, 헌법상 기능적 권력분립원칙을 중대하게 위반하였다.
국가의 필수적 과제인 형사사법을 수행하는 소추기능과 수사기능은 헌법상 기능적 권력분립원칙에 따라 그 기능을 담당할 기관을 구성하고 관련 기관들 상호간의 협력과 통제의 관계를 유지해야 하는 대표적인 영역이고, 소추 및 수사기능의 준사법적 성격을 유지하는 것은 형사사법에 관련된 국민의 기본권 보장과 직결되는 문제이다. 그런데 이 사건 법률개정행위는 입법기능을 수행하는 절차와 검사의 소추권 및 수사권을 구체적으로 형성하고 제한하는 내용 모두에 있어서 헌법상 한계를 일탈하여 청구인들의 권한을 침해하였고, 국가기관 상호간 협력과 통제의 관계를 광범위하게 훼손하였다.
재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 무효확인청구에 대한 반대의견
권한쟁의심판에서 피청구인의 처분으로 인하여 청구인의 권한이 침해된 것으로 확인하는 경우 그러한 처분을 취소하거나 무효를 확인할 것인지 여부는, 권한 침해 사유의 헌법적 중대성, 침해된 청구인의 권한과 그 원인이 된 피청구인의 처분이 헌법적 권한질서 내에서 가지는 의미, 권한쟁의심판의 결정을 통하여 달성될 수 있는 헌법적 권한질서 회복의 이익 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.
이 사건 법률개정행위는 그 절차의 측면에서 국회법상 관련 규정과 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙 및 국회 내 의결절차상 회의 주재자의 중립성을 요구하는 헌법 제49조를 위반하였다. 이러한 입법절차상 하자는 의결정족수의 충족 및 의결된 법률안의 주요 내용의 성립에 관한 하자로서 국회 밖의 국가기관인 청구인들의 헌법상 권한에 대한 침해의 원인이 되었는바, 이는 모든 국가기관이 국회가 제ㆍ개정한 법률을 준수해야 한다는 의회입법의 우위의 근본적인 근거를 훼손하는 것으로, 헌법적으로 매우 중대하다. 이 사건 법률개정행위의 주요 내용들은 준사법작용인 소추 및 수사기능의 객관성ㆍ중립성ㆍ독립성을 훼손하여 헌법상 검사의 소추권 및 수사권에 관한 입법형성의 한계를 일탈함으로써 청구인들 중 검사들의 권한을 본질적으로 침해하였고, 법체계의 정합성에 부합하지 않으므로 법치국가원리에 따른 입법형성의 한계도 일탈하였다. 법무부장관의 권한에 관해서도 행정각부의 장으로서 관장하는 사무에 관한 입법 및 국회의 국정통제기능에 관한 입법의 한계를 일탈하여, 청구인 법무부장관의 검사에 대한 일반적인 지휘ㆍ감독권, 검찰조직 전반의 운용 및 검사와 검찰청 직원의 보직에 관한 권한을 침해하였다. 이는 준사법작용으로서 행정작용과 사법작용의 성격을 겸유하는 소추 및 수사기능의 본질적 내용을 침해하고, 행정부와 입법부 사이의 견제와 균형을 훼손하는 것이므로, 헌법상 기능적 권력분립의 원칙에 대한 중대한 위반에 해당한다.
이 사건에서 침해된 청구인들의 권한 및 그 원인이 된 피청구인의 처분은, 개별 형사사건의 당사자인 개인의 절차적 기본권 보장 및 국가의 기본적인 책무인 형사사법의 실효성과 공정성의 확보에 관련된 것이므로, 국민의 기본권 및 국가의 권한질서에 중요한 의미를 가진다. 검사는 법률이 유효하면 그대로 형사사법 절차에 적용하여 집행하여야만 하는 준사법기관이므로, 이 사건 법률개정행위로 인한 기본권 침해를 방지하고 관련 제도의 기능상 장애를 교정하기 위해서는, 그 법적 효력을 제거하여 침해된 검사의 권한을 즉시 회복해야 할 필요성이 크다.
권한쟁의심판의 대상인 ‘법률의 제정 또는 개정 행위’를 취소하거나 그 무효를 확인하여 그 법적 효력을 제거할 경우, 개정된 법률은 개정 전의 상태로 회귀한다. 이 경우 신설된 조항은 그 효력 발생 시점으로 소급하여 효력을 상실하고 폐지된 것과 같이 되지만, 개정된 조항은 위헌법률심판의 경우처럼 법률에서 사라지는 것이 아니라 개정 전의 상태로 돌아간다. 이 사건 법률개정행위를 취소하거나 그 무효를 확인하면, 그 효력이 부인되는 즉시 검사는 제한되었던 수사권과 소추권을 회복하게 되어 이를 행사할 수 있게 되고, 사법경찰관의 불송치결정에 대한 이의신청이 배제되었던 고발인은 즉시 이의신청을 함으로써 해당 사건이 검사에게 송치되도록 할 수 있게 된다. 국회의 입법행위의 효력을 헌법재판소의 사법적 판단으로 부인하는 것은 헌법 제111조 제1항 제4호, 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호 및 제66조 제2항에 근거한 것이고, 이 사건 법률개정행위의 효력을 부인하여 형사사법절차가 그에 따른 검찰청법 및 형사소송법의 개정 전의 상태로 돌아간다고 해서 특별히 헌법적 권한질서에 어긋나는 문제가 생기지는 않는다. 따라서 권한쟁의심판의 결정을 통하여 이 사건 법률개정행위를 실효시킴으로써 손상된 헌법적 권한질서를 회복할 이익이 인정된다.
이 사건 법률개정행위의 경우 그 법적 효력을 제거하여 청구인들의 침해된 권한을 즉시 회복할 필요성이 인정되지만, 개정 검찰청법과 형사소송법이 집행되는 모든 경우에 그 집행행위의 효력까지 소멸시킬 경우 법적 안정성이 훼손될 가능성이 전혀 없다고 단정하기는 어렵다. 위헌법률심판에서는 행정기관 및 사법기관의 조직법규와 형사소송에 관한 절차법규는 헌법재판소법 제47조 제2항에 따라 그 결정이 있는 날부터 효력을 상실하는데, 이와 같은 결정의 효력과의 균형을 고려할 필요도 있다. 따라서 이 사건 법률개정행위에 대해서도 원칙적으로 무효확인결정보다는 취소결정을 함으로써 헌법재판소법 제67조 제2항에 따라 그 처분의 상대방인 수범자에 대하여 이미 생긴 효력에는 영향을 미치지 않도록 하는 것이 타당하다.
따라서 이 사건 법률개정행위에 대해서는 그 행위를 취소하는 결정을 하여야 할 것이다.
재판관 이선애의 무효확인청구에 대한 반대의견
국회의 입법관련 행위를 대상으로 한 국가기관 상호간의 권한쟁의심판에 있어서 심판대상 행위에 대한 취소ㆍ무효확인의 형성적 결정은 자제하여야 함이 원칙이지만, 예외적으로 국회의 입법관련 행위라 하더라도 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 견제와 균형을 근본적으로 훼손하여 헌법재판소가 사법적 자제를 유지해서는 헌법적 가치질서 및 헌법의 규범적 효력을 보호할 수 없는 경우에는, 손상된 헌법상 권한질서의 회복을 위하여 부득이 심판대상 행위의 취소 또는 무효확인으로 그 효력을 소멸시키는 결정을 할 수밖에 없다.
이 사건 법률개정행위에는 그 절차에 있어 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙 및 이를 제도적으로 구현한 헌법조항들을 위반하여 의결정족수를 충족시키고 법률안의 주요 내용을 성립시킨 중대한 하자가 존재하고, 이는 국회 밖의 국가기관인 검사와 법무부장관에 대한 권한침해의 원인이 되었다. 이처럼 입법행위의 절차가 의회입법의 우위의 근본적인 근거를 훼손한 경우에는 개정 법률의 효력을 유지하여 국회 밖의 국가기관으로 하여금 후속 입법이 있을 때까지 해당 법률을 그대로 준수하라고 할 수 없다.
이 사건 법률개정행위의 내용은 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 견제와 균형을 광범위하게 훼손하여 헌법재판소의 권한쟁의심판을 통하여 객관적 권한질서를 회복해야 할 필요가 크다.
이 사건 법률개정행위의 내용은 준사법작용의 본질을 훼손하여 국민의 절차적 기본권을 침해하는 것으로, 개정 법률의 효력이 지속되는 한 언제든 국민 개개인의 기본권이 침해되는 상황이 발생할 수 있다. 이처럼 위헌적 입법행위로 인한 기본권 침해 또는 그 현저한 위험이 헌법재판소의 판단으로 확인되었음에도 국가기관 상호간 권한 배분에 관한 문제라는 이유로 국민 개개인으로 하여금 국회의 후속 입법이 있을 때까지 기본권 침해 또는 그 현저한 위험을 감수하라고 할 수는 없다.
이 사건 법률개정행위에 대해서는, 국회의 입법관련 행위임에도 의회제도를 보장하는 헌법적 가치를 본질적으로 부인하는 중대한 하자가 존재하여 피청구인의 정치적 형성권을 존중하거나 피청구인에게 다른 정치적 형성방법을 기대할 수 없으므로, 손상된 헌법적 권한질서를 회복하기 위하여 예외적으로 그 효력을 소멸시키는 형성적 결정을 할 수밖에 없다. 다만, 법적 안정성의 유지 및 위헌법률심판 또는 헌법소원심판의 결정과의 균형을 고려하여, 헌법상 객관적 권한질서의 회복 및 유지를 통한 국가기능의 원활한 수행에 적합한 결정으로서, 이 사건 법률개정행위의 무효를 확인하는 대신 그 행위를 취소하여야 할 것이다.

## 참조조문

헌법 제12조 제3항, 제16조, 제40조, 제66조 제4항, 제89조 제16호, 제95조, 제111조 제1항 제4호
헌법재판소법(2011. 4. 5. 법률 제10546호로 개정된 것) 제61조 제2항, 제62조 제1항 제1호
검찰청법(2022. 5. 9. 법률 제18861호로 개정된 것) 제4조 제1항 제1호 가목, 나목, 제2항, 제3항, 제24조 제4항
검찰청법 부칙(2022. 5. 9. 법률 제18861호) 제1조, 제2조, 제3조, 제4조
형사소송법(2022. 5. 9. 법률 제18862호로 개정된 것) 제196조 제2항, 제198조 제4항, 제245조의7 제1항
형사소송법 부칙(2022. 5. 9. 법률 제18862호) 제1조, 제2조

## 참조판례

나. 헌재 1997. 8. 21. 94헌바2, 판례집 9-2, 223, 232헌재 2008. 1. 10. 2007헌마1468, 판례집 20-1상, 1, 29헌재 2019. 2. 28. 2017헌바196, 판례집 31-1, 52, 57헌재 2021. 1. 28. 2020헌마264등, 판례집 33-1, 72, 106-107헌재 1997. 3. 27. 96헌바28등, 판례집 9-1, 313, 321-322

## 전문

【당 사 자】
청 구 인1. 법무부장관
대리인 검사 김석우, 남소정, 조아라, 차호동
법무법인 케이원챔버
담당변호사 강일원 외 1인
2. 검사 김석우
3. 검사 김선화
4. 검사 김진혁
5. 검사 남소정
6. 검사 윤원기
7. 검사 조아라 
청구인 2.부터 7.까지의 대리인 법무법인 케이원챔버담당변호사 강일원 외 1인
피청구인국회
대표자 국회의장 김진표
대리인 법무법인 상록담당변호사 장주영변호사 노희범
【주 문】
이 사건 심판청구를 모두 각하한다.
【이 유】
1. 사건개요
가. 피청구인은 2022. 4. 30. 검찰청법 일부개정법률안(대안)(의안번호 제2115408호)에 대한 수정안을 본회의에서 가결하였다. 그 주요 내용은 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위를 부패범죄 및 경제범죄 등으로 축소하고, 검사는 자신이 수사개시한 범죄에 대하여는 공소를 제기할 수 없도록 하는 한편, 검찰총장이 부패범죄 및 경제범죄 등의 수사를 개시할 수 있는 부의 직제 및 해당 부에 근무하고 있는 소속 검사와 공무원, 파견 내역 등의 현황을 분기별로 국회에 보고하도록 하는 것이다.
나. 피청구인은 2022. 5. 3. 형사소송법 일부개정법률안(대안)(의안번호 제2115407호)에 대한 수정안을 본회의에서 가결하였다. 그 주요 내용은 사법경찰관으로부터 송치 받은 사건에 대하여 검사가 직접 보완수사를 할 수 있는 범위를 축소하여, 시정조치요구 불이행, 체포ㆍ구속 장소 감찰 시 위법한 체포ㆍ구속의 의심, 사법경찰관의 불송치결정에 대한 이의신청에 따라 송치된 사건의 경우에는 해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내에서만 검사가 수사할 수 있도록 하고, 수사기관의 준수사항으로서 별건 수사 금지에 관한 내용을 신설하며, 사법경찰관의 불송치결정에 대하여 이의신청을 할 수 있는 사람에서 고발인을 제외하는 것이다.
다. 위 개정 법률안들은 정부로 이송된 후 2022. 5. 9. 검찰청법 일부개정법률(법률 제18861호) 및 형사소송법 일부개정법률(법률 제18862호)로 공포되어 4개월이 경과한 날인 2022. 9. 10.부터 시행되었다. 
라. 청구인들은 피청구인이 위와 같이 검찰청법 및 형사소송법을 개정한 행위가, 헌법과 법률에 의하여 부여된 검사들의 수사ㆍ소추권 및 법무부장관이 관장하는 검사에 관한 사무 권한을 침해한다고 주장하며 2022. 6. 27. 피청구인의 위와 같은 법률개정행위로 인한 청구인들의 권한침해확인 및 그 행위의 무효확인을 구하는 이 사건 권한쟁의심판을 청구하였다. 
2. 심판대상
법률에 대한 권한쟁의심판은 법률 그 자체가 아니라 ‘법률의 제정 또는 개정 행위’를 그 심판대상으로 한다(헌재 2006. 5. 25. 2005헌라4 등 참조).
이 사건 심판대상은 피청구인이 2022. 5. 9. 법률 제18861호로 검찰청법을 개정한 행위 및 같은 날 법률 제18862호로 형사소송법을 개정한 행위(이하 ‘이 사건 법률개정행위’라 한다)가 청구인들의 권한을 침해하는지 여부 및 그 무효 여부이다.
이 사건 법률개정행위로 개정 또는 신설된 법률조항들 및 각 개정 법률의 부칙(이하 ‘이 사건 법률조항들’이라 하고, 이중 각 개별조항은 ‘개정 검찰청법’ 또는 ‘개정 형사소송법’의 각 해당 조항으로 지칭한다)은 다음과 같다.
[이 사건 법률조항들]
검찰청법(2022. 5. 9. 법률 제18861호로 개정된 것)
제4조(검사의 직무) ① 검사는 공익의 대표자로서 다음 각 호의 직무와 권한이 있다. 
1. 범죄수사, 공소의 제기 및 그 유지에 필요한 사항. 다만, 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위는 다음 각 목과 같다.
가. 부패범죄, 경제범죄 등 대통령령으로 정하는 중요 범죄 
나. 경찰공무원(다른 법률에 따라 사법경찰관리의 직무를 행하는 자를 포함한다) 및 고위공직자범죄수사처 소속 공무원(「고위공직자범죄수사처 설치 및 운영에 관한 법률」에 따른 파견공무원을 포함한다)이 범한 범죄 
② 검사는 자신이 수사개시한 범죄에 대하여는 공소를 제기할 수 없다. 다만, 사법경찰관이 송치한 범죄에 대하여는 그러하지 아니하다. 
③ 검사는 그 직무를 수행할 때 국민 전체에 대한 봉사자로서 헌법과 법률에 따라 국민의 인권을 보호하고 적법절차를 준수하며, 정치적 중립을 지켜야 하고 주어진 권한을 남용하여서는 아니 된다.
제24조(부장검사) ④ 검찰총장은 제4조 제1항 제1호 가목의 범죄에 대한 수사를 개시할 수 있는 부의 직제 및 해당 부에 근무하고 있는 소속 검사와 공무원, 파견 내역 등의 현황을 분기별로 국회에 보고하여야 한다.
검찰청법 부칙(2022. 5. 9. 법률 제18861호)
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 4개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(검사의 직무에 관한 적용례) 제4조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 공소를 제기하는 경우부터 적용한다.
제3조(검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제4조 제1항 제1호 가목에 따른 선거범죄에 관하여는 2022년 12월 31일까지는 제4조 제1항 제1호 가목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 고위공직자범죄수사처 설치 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제47조 중 "제4조 제1항 제2호, 제4호, 제5호는"을 "제4조 제1항 제2호ㆍ제4호ㆍ제5호 및 같은 조 제2항은"으로 한다.
② 공군 20전투비행단 이예람 중사 사망 사건 관련 군 내 성폭력 및 2차 피해 등의 진상규명을 위한 특별검사 임명 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조 제6항 중 "「검찰청법」"을 "「검찰청법」(제4조 제2항은 제외한다)"으로 한다.
③ 특별검사의 임명 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조 제7항 중 "「검찰청법」"을 "「검찰청법」(제4조 제2항은 제외한다)"으로 한다.
형사소송법(2022. 5. 9. 법률 제18862호로 개정된 것)
제196조(검사의 수사) ② 검사는 제197조의3 제6항, 제198조의2 제2항 및 제245조의7 제2항에 따라 사법경찰관으로부터 송치받은 사건에 관하여는 해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내에서 수사할 수 있다.
제198조(준수사항) ④ 수사기관은 수사 중인 사건의 범죄 혐의를 밝히기 위한 목적으로 합리적인 근거 없이 별개의 사건을 부당하게 수사하여서는 아니 되고, 다른 사건의 수사를 통하여 확보된 증거 또는 자료를 내세워 관련 없는 사건에 대한 자백이나 진술을 강요하여서도 아니 된다.
제245조의7(고소인 등의 이의신청) ① 제245조의6의 통지를 받은 사람(고발인을 제외한다)은 해당 사법경찰관의 소속 관서의 장에게 이의를 신청할 수 있다.
형사소송법 부칙(2022. 5. 9. 법률 제18862호)
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 4개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(이의신청에 관한 적용례) 제245조의7의 개정규정은 이 법 시행 후 해당 개정규정에 따른 이의신청을 하는 경우부터 적용한다.
3. 청구인들의 주장 및 피청구인의 답변
[별지] 청구인들의 주장 및 피청구인의 답변과 같다.
4. 판단
가. 당사자능력
(1) 당사자능력이란, 구체적 소송사건의 내용과 관계없이, 일반적으로 권한쟁의심판의 당사자가 될 수 있는 자격을 의미한다. 헌법 제111조 제1항 제4호는 ‘국가기관 상호간’의 권한쟁의심판을 규정하고, 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호는 이를 ‘국회, 정부, 법원 및 중앙선거관리위원회 상호간’의 권한쟁의심판으로 규정한다. 이에 헌법재판소는, 헌법 제111조 제1항 제4호의 국가기관인지 여부는 ‘그 국가기관이 헌법에 의하여 설치되고 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받고 있는지 여부, 헌법에 의하여 설치된 국가기관 상호간의 권한쟁의를 해결할 수 있는 적당한 기관이나 방법이 있는지 여부’ 등을 종합적으로 고려해야 한다고 판시하면서, 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호의 ‘국회, 정부, 법원 및 중앙선거관리위원회’에 관한 부분은 한정적ㆍ열거적 조항이 아닌 예시적 조항이므로 정부의 부분기관도 당사자가 될 수 있다고 판단한바 있다(헌재 1997. 7. 16. 96헌라2; 헌재 2008. 3. 27. 2006헌라1 등 참조). 
이때, ‘헌법에 의해 설치되는 국가기관’이란 그 조직과 기능에 있어 헌법에 근거를 두고 있는 국가기관을 의미한다. 대한민국 헌법은 전문(前文), 총강(제1장), 기본권(제2장), 권력구조(제3장 내지 제8장), 경제(제9장), 헌법개정(제10장), 부칙(附則)으로 구성되어 있는바, 헌법 제3장 내지 제8장은 헌법에 의해 설치되는 국가기관의 조직법적ㆍ기능법적 기초를 규율하고 있다.
(2) ‘법무부장관’은 헌법 제4장(정부)에서 "행정각부의 장은 국무위원 중에서 국무총리의 제청으로 대통령이 임명한다."라고 규정한 헌법 제94조에 의해 설치된 국가기관으로서, 소관 사무에 관하여 부령을 발할 수 있고(헌법 제95조) 검찰ㆍ행형ㆍ인권옹호ㆍ출입국관리 그 밖에 법무에 관한 사무를 관장하여(정부조직법 제32조) 헌법과 법률에 의해 독자적인 권한을 부여받고 있다. 그러므로 청구인 법무부장관은 권한쟁의심판에서 일반적인 당사자능력이 인정된다. 
(3) 한편, ‘검사’는 헌법 제4장(정부)에서 명시적으로 그 설치가 규정되어 있지 않다. 다만, 헌법 제2장(국민의 권리와 의무)의 신체의 자유와 주거의 자유에 관한 규정에 검사의 영장신청권이 명시되어 있고(헌법 제12조 제3항, 제16조), 헌법 제4장(정부)에서는 국무회의의 심의사항에 관한 규정에 검찰총장의 임명이 언급되어 있을 뿐이다(헌법 제89조 제16호). 이를 ‘헌법에 의해 설치되는 국가기관’의 조직법적ㆍ기능법적 기초로 볼 수 있을지 문제 된다. 
(가) 이와 관련하여 헌법재판소는 2021. 1. 28. 2020헌마264등 결정에서, 아래와 같은 판시를 통해 ‘헌법 제12조 제3항 및 제16조에서의 검사’는 ‘검찰권을 행사하는 국가기관’으로서 일반적 의미의 검사(검찰청법상 검사, 군검사, 특별검사 등)를 의미하는 것이므로 ‘검찰청법상 검사’와 동일한 것은 아님을 확인한바 있다. 
「우리 헌법이 영장주의를 실현하는 과정에서 수사단계에서의 영장신청권자를 검사로 한정한 것은 검찰의 다른 수사기관에 대한 수사지휘권을 확립시켜 종래 빈번히 야기되었던 검사 아닌 다른 수사기관의 영장신청에서 오는 인권유린의 폐해를 방지하고, 반드시 법률전문가인 검사를 거치도록 함으로써 다른 수사기관의 무분별한 영장신청을 막아 기본권침해가능성을 줄이는 데에 그 목적이 있다. 이처럼 영장신청권자를 검사로 한정한 취지를 고려할 때, 영장신청권자로서의 ‘검사’는 ‘검찰권을 행사하는 국가기관’인 검사로서 공익의 대표자이자 인권옹호기관으로서의 지위에서 그에 부합하는 직무를 수행하는 자를 의미하는 것이지, 검찰청법상 검사만을 지칭하는 것으로 보기 어렵다. 실제로 군사법원법 및 ‘특별검사의 임명 등에 관한 법률’ 등에 의하여 검찰청법상 검사 외에 군검사와 특별검사도 영장신청권을 행사한다. 군검사와 특별검사는 검찰청법상 검사에 해당하지는 않으나 검찰권을 행사하는 국가기관으로서 수사단계에서 다른 수사기관을 지휘ㆍ감독하여 수사대상자의 인권을 보호하는 역할을 하고 법률전문가로서의 자격 또한 갖추고 있으므로, 검찰청법상 검사와 마찬가지로 수사단계에서 영장을 신청할 수 있도록 규정되어 있다 할 것이다. 따라서 헌법에 규정된 영장신청권자로서의 ‘검사’가 ‘검찰청법상 검사’에 한정된다고 할 수 없다.」(헌재 2021. 1. 28. 2020헌마264등) 
(나) 이와 같이 ‘검사’는 헌법 제4장(정부)에서 명시적으로 그 설치가 규정되어 있지 아니하고, 헌법에 규정된 영장신청권자로서의 검사는 ‘검찰권을 행사하는 국가기관’으로서 일반적 의미의 검사를 의미하므로 ‘검찰청법상 검사’와 일치하는 것이 아닌 점을 고려하면, 검찰청법상 검사인 청구인은 당사자능력 인정의 전제인 ‘헌법에 의해 설치된 국가기관’에 해당되지 않는다고 판단할 여지도 있다. 
다만, 헌법은 검찰청법상 검사의 경우 ‘검찰총장과 검사’로 구성된다는 조직법적 기초를 규정하는 것으로 해석할 여지가 있고(헌법 제89조 제16호), 수사기관이 국민의 신체의 자유와 주거의 자유를 제한하기 위해서는 ‘검찰권을 행사하는 국가기관’인 일반적 의미의 검사(검찰청법상 검사 포함)의 영장신청권의 통제를 받아야 한다는 기능법적 기초를 규정하는 것으로 해석할 여지가 있다는 점에서(헌법 제12조 제3항, 제16조), 검찰청법상 검사를 ‘헌법에 의해 설치된 국가기관’이 아니라고 단정하기 어려운 측면도 있다. 또한 검찰청법상 검사는 영장신청권을 행사하고(헌법 제12조 제3항, 제16조) 공익의 대표자로서 범죄수사, 공소제기 및 그 유지에 필요한 사항 등에 관한 직무를 담당하여(검찰청법 제4조 제1항) 헌법과 법률에 의해 독자적인 권한을 부여받고 있다. 그러므로 청구인 검사들에게도 일응 권한쟁의심판에서 일반적인 당사자능력을 인정할 수 있다. 
(4) 따라서 청구인 법무부장관과 청구인 검사들은 권한쟁의심판에서 일반적인 당사자능력이 인정된다. 
나. 당사자적격
(1) 당사자적격이란, 구체적 권한쟁의심판 사건에서 당사자로서 소송을 수행하고 본안판단을 받을 수 있는 자격을 의미한다. 국가기관은 헌법과 법률에 의하여 부여받은 자신의 권한을 구제받기 위해서만 권한쟁의심판청구권을 가지는 것이므로, 이를 제3자가 수행하도록 하는 것은 자기책임의 원칙과 권한분할의 원리에 반할 뿐 아니라 헌법질서의 수호와 법적 안정성을 위해서도 바람직하지 않다. 또한 권한쟁의심판의 무한정한 확장은 국가기관이 민주적 방법으로 의견제출과 토론을 통해 의사를 결정하는 것을 등한시하게 하고 모든 문제를 헌법재판소에 제소하여 사법적 수단으로 해결하는 방향으로 남용될 우려가 있으므로, 그 적절한 균형점을 찾기 위해 당사자적격이 요구된다. 헌법재판소법 제61조 제2항은 "(권한쟁의) 심판청구는 피청구인의 처분 또는 부작위가 헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 청구인의 권한을 침해하였거나 침해할 현저한 위험이 있는 경우에만 할 수 있다."라고 규정하므로, 피청구인의 처분 또는 부작위로 침해당했다고 주장하는 헌법상 또는 법률상 권한과 적절한 관련성이 인정되는 기관만이 ‘청구인적격’을 갖고, 그러한 처분 또는 부작위를 야기한 기관으로서 적절한 관련성이 인정되는 기관만이 ‘피청구인적격’을 가진다. 
(2) ‘검사’는 앞서 살펴본 바와 같이 영장신청권을 행사하고(헌법 제12조 제3항, 제16조), 공익의 대표자로서 범죄수사, 공소제기 및 그 유지에 필요한 사항 등에 관한 직무를 담당하여(검찰청법 제4조 제1항), 헌법과 법률에 의해 독자적인 권한을 부여받고 있다. 이 사건 법률개정행위는 이와 같은 검사의 수사 및 공소제기에 관한 권한 중 일부를 조정ㆍ제한하는 것을 주요 골자로 하고 있으므로, 검사는 이 사건 법률개정행위에 대하여 권한쟁의심판을 청구할 적절한 관련성을 가지고 있다. 따라서 청구인 검사들은 이 사건 권한쟁의심판에서 청구인적격이 인정된다. 
(3) ‘법무부장관’의 경우에도, 앞서 살펴본 바와 같이 소관 사무에 관하여 부령을 발할 수 있고(헌법 제95조), 검찰ㆍ행형ㆍ인권옹호ㆍ출입국관리 그 밖에 법무에 관한 사무를 관장하므로(정부조직법 제32조), 헌법과 법률에 의해 독자적인 권한을 부여받고 있다. 그러나 이 사건 법률개정행위는, 법무부장관의 이와 같은 독자적인 권한이 아닌, 수사 및 공소제기에 관한 검사의 독자적인 권한을 일부 제한하는 것을 주요 골자로 하고 있다. 물론 법무부장관에게는 일반적으로 검사를 지휘ㆍ감독하고 구체적 사건에 대하여는 검찰총장만을 지휘ㆍ감독할 권한이 있으나(검찰청법 제8조), 이 사건 법률개정행위가 이와 같은 법무부장관의 지휘ㆍ감독권한을 제한하는 것이 아님은 명백하며, 이 사건 법률개정행위에 대하여 수사권ㆍ소추권을 직접적으로 행사하는 검사들이 청구인으로서 권한쟁의심판을 청구한 이상, 수사권ㆍ소추권을 직접적으로 행사하지 아니하는 법무부장관에게 이 사건 법률개정행위에 대하여 권한쟁의심판을 청구할 적절한 관련성이 있다고 보기 어렵다. 따라서 청구인 법무부장관은 이 사건 권한쟁의심판에서 청구인적격이 인정되지 아니한다. 
(4) 따라서 이 사건 권한쟁의심판에서 청구인 검사들은 청구인적격이 인정되나, 청구인 법무부장관은 청구인적격이 인정되지 아니한다. 
다. 권한침해가능성
(1) 권한침해가능성에 있어 ‘침해의 원인’과 ‘침해의 대상’의 관계
헌법재판소법 제61조 제2항은, ‘피청구인의 처분 또는 부작위’가 ‘헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 청구인의 권한’을 ‘침해하였거나 침해할 현저한 위험이 있는 경우에만’ 권한쟁의심판을 청구할 수 있도록 규정한다. 즉, 피청구인의 행위(처분 또는 부작위)로 인하여 청구인의 헌법상 또는 법률상 권한이 침해될 가능성이 있는 경우에만 권한쟁의심판을 청구할 수 있는 것이다. 그러므로 권한쟁의심판에서 ‘침해의 대상’인 청구인의 권한에는 헌법상 권한뿐만 아니라 법률상 권한도 포함된다고 할 것이나, 청구인이 구체적으로 문제삼고 있는 ‘침해의 원인’인 피청구인의 행위로 인하여 해당 권한이 ‘침해될 가능성’이 있어야 권한쟁의심판을 청구할 수 있다. 
헌법 제111조 제1항 제4호는 ‘국가기관 상호간, 국가기관과 지방자치단체간 및 지방자치단체 상호간’의 권한쟁의심판을 규정하고, 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호는 그 국가기관 상호간의 권한쟁의심판을 ‘국회, 정부, 법원 및 중앙선거관리위원회 상호간’의 권한쟁의심판으로 구체화하고 있으므로, 국회ㆍ정부ㆍ법원ㆍ중앙선거관리위원회의 처분 또는 부작위가 권한 침해의 원인인 피청구인의 행위로 인정될 수 있다. 다만, 이와 같이 다양한 침해의 원인 중 ‘국회의 입법행위’는 침해의 대상 중 ‘법률에 의하여 부여받은 권한’과의 관계에서 특별한 의미를 가진다. 
국가기관의 ‘헌법상 권한’은 헌법에 의하여 직접 부여된 권한이므로, 국회의 입법행위를 비롯한 다양한 국가기관의 작위 또는 부작위로 침해될 가능성이 있다. 그러나 국가기관의 ‘법률상 권한’은, 다양한 국가기관의 작위 또는 부작위로 침해될 가능성이 있음은 별론으로 하고, 국회의 입법행위로는 침해될 수 없다. 국가기관의 헌법상 권한이 아닌 법률상 권한은, 헌법에 의해 부여된 권한이 아니라 국회의 구체적인 입법행위에 의하여 비로소 그 내용과 범위가 형성되어 부여되는 것이기 때문이다. 국가기관의 법률상 권한은 국회의 입법행위에 의하여 형성ㆍ부여된 권한일 뿐, 역으로 국회의 입법행위를 구속하는 기준이 될 수 없으므로, 청구인이 문제 삼고 있는 침해의 원인이 ‘국회의 입법행위’인 경우에 청구인의 ‘법률상 권한’을 침해의 대상으로 삼는 심판청구는 그 권한침해가능성을 인정할 수 없다. 
(2) 청구인 검사들이 다투고자 하는 ‘침해의 원인’의 내용
이 사건 권한쟁의심판청구서ㆍ준비서면ㆍ변론요지서 및 변론진술에 의하면, 청구인 검사들이 피청구인의 이 사건 법률개정행위를 침해의 원인으로 설정함으로써 권한쟁의심판청구를 통해 궁극적으로 권한 침해를 다투고자 하는 법률조항은, 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목, 같은 조 제2항, 개정 형사소송법 제196조 제2항, 제198조 제4항, 제245조의7 제1항이다. 
해당 법률조항은, 검사는 부패범죄ㆍ경제범죄 등 대통령령으로 정하는 중요 범죄에 대하여 수사개시할 수 있고(개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목), 자신이 수사개시한 범죄에 대하여는 공소제기할 수 없고(개정 검찰청법 제4조 제2항), 형사소송법 제197조의3 제6항, 제198조의2 제2항 및 제245조의7 제2항에 따라 사법경찰관으로부터 송치받은 사건에 관하여는 해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내에서 수사할 수 있으며(개정 형사소송법 제196조 제2항), 수사기관은 수사 중인 사건의 범죄 혐의를 밝히기 위한 목적으로 합리적인 근거 없이 별개의 사건을 부당하게 수사하여서는 아니 되고, 다른 사건의 수사를 통하여 확보된 증거 또는 자료를 내세워 관련 없는 사건에 대한 자백이나 진술을 강요하여서도 아니 된다고 규정하고(개정 형사소송법 제198조 제4항), 고소인 등은 해당 사법경찰관 소속 관서의 장에게 불송치결정에 대해 이의를 신청할 수 있다고 규정함으로써(개정 형사소송법 제245조의7 제1항), 해당 영역에 관한 구체적인 수사권 및 소추권을 조정 또는 배분하는 내용을 담고 있다. 
그러므로 국회의 입법행위(이 사건 법률개정행위)를 ‘침해의 원인’으로 설정한 이 사건 심판청구에서, ‘침해의 대상’인 검사의 권한에 대한 침해가능성을 판단하기 위해서는, 해당 법률조항이 조정 또는 배분하는 구체적인 수사권 및 소추권이 ‘검사의 헌법상 권한’인지 여부가 선결적으로 검토되어야 한다. 
(3) ‘침해의 대상’인 수사권ㆍ소추권이 검사의 헌법상 권한인지 여부
(가) 권력분립원리는 국가기능을 분할하여 이를 각각 독립된 국가기관에 귀속시키고, 국가기관 상호간의 견제와 균형을 통하여 국가권력을 통제함으로써 국민의 자유와 권리를 보호하고자 하는 원리이다. 
헌법은 권력분립원리에 입각하여, "입법권은 국회에 속한다."라고 규정하고(제40조), "행정권은 대통령을 수반으로 하는 정부에 속한다."라고 규정하고(제66조 제4항), "사법권은 법관으로 구성된 법원에 속한다."라고 규정하며(제101조 제1항), "헌법재판소는 다음의 사항(법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판, 탄핵의 심판, 정당의 해산 심판, 국가기관 상호간, 국가기관과 지방자치단체간 및 지방자치단체 상호간의 권한쟁의에 관한 심판, 법률이 정하는 헌법소원에 관한 심판)을 관장한다."라고 규정하고(제111조 제1항), "선거와 국민투표의 공정한 관리 및 정당에 관한 사무를 처리하기 위하여 선거관리위원회를 둔다."라고 규정함으로써(제114조 제1항), 국가권력을 국회ㆍ정부ㆍ법원ㆍ헌법재판소ㆍ선거관리위원회 등으로 분할하고 있다. 
헌법 제66조 제4항은 "행정권은 대통령을 수반으로 하는 정부에 속한다."라고 규정하는데, 여기에서의 ‘정부’란 입법부와 사법부에 대응하는 개념으로서의 행정부를 의미한다. 전통적인 권력분립의 관점에서, 국민의 대표기관으로서 입법권을 행사하는 ‘입법부’와 구체적인 법적 분쟁의 사법적 해결에 그 사명이 있는 ‘사법부’와 달리, ‘행정부’는 법의 집행을 의미하는 행정권을 담당하는데 이때 행정이란 입법부와 사법부 등의 작용을 제외한 국가작용 일반을 의미한다. 그런데 수사와 공소제기ㆍ유지는 원칙적으로 입법권과 사법권에 포함되지 않는 국가기능으로서 우리 헌법상 본질적으로 행정에 속하는 사무이고, 법률로써 폐지ㆍ소멸시킬 수 없는 헌법상 기능이므로, 특별한 사정이 없는 한 수사권 및 소추권은 입법부ㆍ사법부가 아닌 ‘대통령을 수반으로 하는 행정부’에 부여된 ‘헌법상 권한’이라 할 것이다. 
(나) 그러나 수사권 및 소추권이 행정부 중 어느 ‘특정 국가기관’에 전속적으로 부여된 것으로 해석할 헌법상 근거를 발견하기는 어렵다. 이에 헌법재판소는, 아래와 같은 다양한 선례를 통해, 우리 헌법은 수사 및 공소제기의 주체ㆍ방법ㆍ절차에 관하여 직접적인 규정을 두고 있지 아니하므로, 이는 입법자가 우리의 역사와 문화, 입법당시의 시대적 상황과 국민 일반의 가치관 내지 법감정, 범죄성향, 우리가 채택한 형사사법제도의 기본골격 등을 종합적으로 고려하여 결정해야 할 입법형성의 자유에 속하는 사항이라는 취지를 반복하여 판시함으로써, 행정부 내에서 수사권 및 소추권의 구체적인 조정ㆍ배분은 헌법사항이 아닌 ‘입법사항’이므로 헌법이 수사권 및 소추권을 행정부 내의 특정 국가기관에 독점적ㆍ배타적으로 부여한 것이 아님을 밝히고 있다. 
「우리 헌법은 공소제기의 주체, 방법, 절차나 사후통제에 관하여 직접적인 규정을 두고 있지 아니하다. 따라서 형사소송에서 어떤 절차나 형식에 따라 공소를 제기하고 그에 대한 통제를 할 것인가의 문제는 헌법원리에 위배되지 아니하는 한 입법자가 정하여야 할 입법정책의 문제로서 그의 재량에 맡겨져 있다. 즉 어떠한 원칙에 따라 공소를 제기하고 그에 대한 통제를 어떻게 할 것인가의 문제는 입법자가 우리의 역사와 문화, 입법당시의 시대적 상황과 국민 일반의 가치관 내지 법감정, 범죄성향, 우리가 채택한 형사사법제도의 기본골격 등을 종합적으로 고려하여 결정해야 할 입법형성의 자유에 속하는 영역이다.」(헌재 1997. 8. 21. 94헌바2) 
「검찰의 기소독점주의 및 기소편의주의에 대한 예외로서 특별검사제도를 인정할지 여부는 물론, 특정 사건에 대하여 특별검사에 의한 수사를 실시할 것인지 여부, 특별검사에 의한 수사대상을 어느 범위로 할 것인지는, 국민을 대표하는 국회가 검찰 기소독점주의의 적절성, 검찰권 행사의 통제 필요성, 특별검사제도의 장단점, 당해 사건에 대한 국민적 관심과 요구 등 제반 사정을 고려하여 결정할 문제로서, 그 판단에는 본질적으로 국회의 폭넓은 재량이 인정된다고 보아야 할 것이다.」(헌재 2008. 1. 10. 2007헌마1468) 
「검찰의 기소독점주의 및 기소편의주의에 대한 예외로서 특별검사제도를 인정할지 여부는 물론, 특정 사건에 대하여 특별검사에 의한 수사를 실시할 것인지 여부, 특별검사에 의한 수사대상을 어느 범위로 할 것인지는, 국민을 대표하는 국회가 검찰 기소독점주의의 적절성, 검찰권 행사의 통제 필요성, 특별검사제도의 장단점, 당해사건에 대한 국민적 관심과 요구 등 제반 사정을 고려하여 결정할 문제로서, 그 판단에는 본질적으로 국회의 폭넓은 재량이 인정된다.」(헌재 2019. 2. 28. 2017헌바196) 
「우리 헌법은 수사나 공소제기의 주체, 방법, 절차 등에 관하여 직접적인 규정을 두고 있지 않으므로, 입법자는 입법 당시의 시대적 상황과 국민 일반의 가치관 내지 법 감정 등을 고려하여 수사 및 공소제기의 주체를 누구로 할 것인지, 어떠한 절차나 형식에 따라 수사를 진행하고 공소를 제기할 것인지를 결정할 수 있다. 따라서 기존의 행정조직에 소속되지 않은 독립된 위치에서 고위공직자 등의 범죄에 대한 수사와 공소제기 및 그 유지에 관한 사무를 수행할 기관을 설치ㆍ운영할 것인지 여부를 포함하여 해당 기관에 의한 수사나 기소의 대상을 어느 범위로 정할 것인지는 독립된 기관의 설치 필요성, 고위공직자범죄의 척결 및 공직사회의 신뢰성 제고에 대한 국민적 관심과 요구 등 모든 사정을 고려하여 결정할 문제라 할 것이므로, 이에 대한 입법자의 결정은 명백히 자의적이거나 현저히 부당하다고 볼 수 없는 한 존중되어야 한다.」(헌재 2021. 1. 28. 2020헌마264등) 
(다) 이와 같이 행정부 내에서 수사권ㆍ소추권의 구체적인 조정ㆍ배분은 헌법사항이 아닌 입법사항이라는 맥락에서 입법자는, ㉠[검사] 형사소송법에서 "검사는 범죄의 혐의가 있다고 사료하는 때에는 범인, 범죄사실과 증거를 수사한다." 및 "공소는 검사가 제기하여 수행한다."라고 규정하고(제196조 제1항, 제246조), ㉡[수사처검사] ‘고위공직자범죄수사처 설치 및 운영에 관한 법률’에서 "수사처검사는 제3조 제1항 각 호에 따른 수사와 공소의 제기 및 유지에 필요한 행위를 한다."라고 규정하고(제20조 제1항), ㉢[경찰] 형사소송법에서 "경무관, 총경, 경정, 경감, 경위는 사법경찰관으로서 범죄의 혐의가 있다고 사료하는 때에는 범인, 범죄사실과 증거를 수사한다." 및 "경사, 경장, 순경은 사법경찰리로서 수사의 보조를 하여야 한다."라고 규정하며(제197조 제1항, 제2항), ‘즉결심판에 관한 절차법’에서 "즉결심판은 관할경찰서장 또는 관할해양경찰서장이 관할법원에 청구한다."라고 규정하고(제3조 제1항), ㉣[해양경찰] 해양경찰청법에서 "해양경찰은 해양에서 공공의 안녕과 질서유지를 위하여 해양관련 범죄의 예방ㆍ진압ㆍ수사와 피해자 보호에 관한 직무를 수행한다."라고 규정하고(제14조 제2항), ㉤[군검사] 군사법원법에서 군검사의 직무로 "범죄 수사와 공소제기 및 그 유지(항소심을 포함한다)에 필요한 행위"를 규정하며(제37조 제1호), ㉥[군사경찰] ‘군사경찰의 직무수행에 관한 법률’에서 군사경찰의 직무범위로 "군사법원법 제44조 제1호에 규정된 범죄의 정보수집ㆍ예방ㆍ제지 및 수사"라고 규정하고(제5조 제1항 제3호), ㉦[특별검사] ‘특별검사의 임명 등에 관한 법률’에서 특별검사의 직무로 "특별검사 임명 추천서에 기재된 사건에 관한 수사와 공소제기 여부의 결정 및 공소유지"라고 규정함으로써(제7조 제1항 제1호), 수사권 및 소추권을 특정 국가기관에 독점적ㆍ배타적으로 부여하지 않고 ‘대통령을 수반으로 하는 행정부’ 내의 국가기관 사이에서 구체적으로 조정ㆍ배분하고 있다. 
(4) 영장신청권 조항에서 ‘헌법상 검사의 수사권’ 도출 여부
(가) 비록 구체적인 수사권 및 소추권이 행정부 중 ‘특정 국가기관’에 전속적으로 부여된 것으로 해석할 헌법상 근거를 발견하기 어렵다 하더라도, 헌법 제12조 제3항 및 제16조가 영장신청권을 검사에게 부여하고 있음은 명백하다. 이에 청구인 검사들은 위와 같은 영장신청권 조항으로부터 ‘헌법상 검사의 수사권’이 도출된다는 취지로 주장하므로, 이를 영장신청권 뿐만 아니라 검사에게 독자적인 수사권을 부여하기 위한 헌법상 근거로 해석할 수 있는지 문제된다. 이는 직접적인 헌법 문언의 한계를 넘어 그 범위를 확장하는 해석론이므로, 해당 헌법규정을 두게 된 연혁 및 취지 등에 비추어 그와 같은 해석론을 도출할 근거가 있는지 살펴볼 필요가 있다. 
한편, 청구인은 헌법 제27조 제5항, 제28조에서 ‘헌법상 검사의 소추권’이 도출된다는 취지로 주장하나, 이는 형사피해자의 재판절차진술권 및 형사피의자ㆍ피고인의 형사보상청구권에 관한 규정일 뿐 소추권 부여에 관한 헌법상 근거가 아니고, 무엇보다 검찰청법상 검사에게 어떠한 권한을 부여하는 조항으로 볼 수 없으므로, 이 부분 주장에 대해서는 더 나아가 판단하지 아니한다. 
(나) 검사의 영장신청권은 제5차 개정헌법(1962. 12. 26. 헌법 제6호)에서 처음 도입되었다. 제5차 개정헌법은 제10조 제3항 본문에서 "체포ㆍ구금ㆍ수색ㆍ압수에는 검찰관의 신청에 의하여 법관이 발부한 영장을 제시하여야 한다."라고 규정함으로써, ‘검찰관의 영장신청권’을 명시적으로 도입하였고, 이후 검찰관을 ‘검사’로 수정하는 등 표현에 있어 일부 차이가 있지만 같은 내용으로 존속되어 현행 헌법에 이르고 있다. 
제5차 개정헌법이 구속영장의 발부에 관하여 ‘검찰관의 신청’이라는 요건을 추가한 이유는 1961. 9. 1. 형사소송법의 개정과 관련하여 이해할 수 있다. 즉, 형사소송법이 처음 제정(1954. 9. 23. 법률 제341호)될 당시에는 수사기관의 영장신청에 관하여 "피의자가 죄를 범하였다고 의심할 만한 상당한 이유가 있고 제70조 제1항 각 호의 1에 해당하는 사유가 있을 때에는 검사 또는 사법경찰관은 관할지방법원판사의 구속영장을 받어 피의자를 구속할 수 있다"(제201조 제1항 본문)라고 규정함으로써 검사 뿐만 아니라 사법경찰관에게도 영장신청권을 주고 있던 것이 1961. 9. 1. 형사소송법 개정(법률 제705호)으로 "피의자가 죄를 범하였다고 의심할 만한 상당한 이유가 있고 제70조 제1항 각 호의 1에 해당하는 사유가 있을 때에는 검사는 관할지방법원판사의 구속영장을 받아 피의자를 구속할 수 있다"(제201조 제1항 본문)로 개정되어 영장신청권자를 검사로 한정하였는데, 위와 같은 형사소송법의 개정내용이 1962년의 헌법개정에 반영된 것이다. 그렇다면 제5차 개정헌법이 영장의 발부에 관하여 "검찰관의 신청"이라는 요건을 규정한 취지는 검찰의 다른 수사기관에 대한 수사지휘권을 확립시켜 종래 빈번히 야기되었던 검사 아닌 다른 수사기관의 영장신청에서 오는 인권유린의 폐해를 방지하고자 함에 있다고 할 것이고, 따라서 현행 헌법 제12조 제3항 중 ‘검사의 신청’이라는 부분의 취지도 모든 영장의 발부에 검사의 신청이 필요하다는 것이 아니라 수사단계에서 영장의 발부를 신청할 수 있는 자를 검사로 한정한 것으로 해석함이 타당하다. 즉, 수사단계에서 영장신청을 함에 있어서는 반드시 법률전문가인 검사를 거치도록 함으로써 다른 수사기관의 무분별한 영장 신청을 막아 국민의 기본권을 침해할 가능성을 줄이고자 함에 그 취지가 있는 것이다(헌재 1997. 3. 27. 96헌바28등). 
따라서 헌법상 검사의 영장신청권은, 종래 빈번히 야기되었던 검사 아닌 다른 수사기관의 영장신청에서 오는 인권유린의 폐해를 방지하기 위한 것으로서, 수사과정에서 남용될 수 있는 강제수사를 ‘법률전문가인 검사’가 합리적으로 ‘통제’하기 위하여 도입된 것임을 알 수 있다. 
(다) 물론 헌법은 검사의 수사권에 대해 침묵하므로, 입법자로서는 영장신청권자인 검사에게 직접 수사권을 부여하는 방향으로 입법형성도 가능하고 그와 같은 방식에도 일정한 장점이 있다. 그러나 반대로 직접 수사권을 행사하는 수사기관은 자신의 수사에 대한 정당성을 의심하기 어려운 경향이 있어 영장신청을 상대적으로 남발하게 될 가능성이 있다는 점 역시 부인하기 어렵다. 즉, 직접 수사를 담당하는 국가기관이 그 수사대상에 대한 영장신청 여부를 스스로 결정하도록 하는 것은, 수사상황을 잘 알기 때문에 영장신청의 필요성 여부를 더 신속하고 효율적으로 결정할 것이라는 장점이 있겠지만, 역사적으로 형사절차가 규문주의에서 탄핵주의로 이행되어 온 과정을 고려할 때 자신의 수사대상에 대한 영장신청 여부를 스스로 결정하는 것은 객관성을 담보하기 어렵다는 구조적 약점도 있기 때문이다. 이에 헌법개정권자는 영장신청의 신속성ㆍ효율성 증진의 측면이 아니라 수사기관의 강제수사 남용 가능성을 경계하는 맥락에서, 법률전문가이자 인권옹호기관인 검사로 하여금 제3자의 입장에서 수사기관이 추진하는 강제수사의 오류와 무리를 통제하게 하기 위한 취지에서 영장신청권을 헌법에 도입한 것으로 해석되므로, 검사의 영장신청권 조항에서 검사에게 헌법상 수사권까지 부여한다는 내용까지 논리 필연적으로 도출된다고 보기 어렵다. 
(라) 결국, 수사권 및 소추권이 본질적으로 ‘대통령을 수반으로 하는 행정부’에 부여된 헌법상 권한이고(제66조 제4항), 영장신청권이 ‘검사’에 부여된 헌법상 권한임은 다툼의 여지가 없으나(제12조 제3항, 제16조), 이를 바탕으로 헌법이 수사권을 (검찰청법상) 검사에게 부여한 것으로 해석하기는 어렵다. 헌법이 행정부에 속하는 국가기관 중 어느 기관에 수사권을 부여할 것인지에 대해 침묵하는 이상, 행정부 내에서 수사권의 구체적인 조정ㆍ배분의 문제는 헌법사항이 아닌 입법사항이고, 입법권은 국회에 속하므로(제40조), 특정 범죄에 대한 수사권을 반드시 특정 기관에 전속시켜야 한다는 헌법적 근거나 논리적 당위성은 없기 때문이다. 헌법상 영장신청권이 수사과정에서 남용될 수 있는 강제수사를 ‘법률전문가이자 인권옹호기관’인 검사가 합리적으로 ‘통제’하기 위한 연혁과 취지에서 도입된 것임을 고려할 때, 검사에 대한 영장신청권 부여 조항으로부터 검사에 대한 수사권 부여까지 헌법상 도출된다고 볼 수도 없다. 
(5) 소결
사정이 이와 같다면, 국회가 입법사항인 수사권 및 소추권의 일부를 행정부에 속하는 국가기관 사이에서 조정ㆍ배분하도록 법률을 개정한 것으로 인해, 청구인 검사들의 헌법상 권한이 침해되거나 침해될 가능성이 있다고 볼 수 없다. 또한 이 사건 법률개정행위는 검사의 영장신청권에 대해서는 아무런 제한을 두고 있지 않으므로, 검사에게 부여된 헌법상 영장신청권이 침해될 가능성도 없다. 따라서 피청구인의 이 사건 법률개정행위로 인해 검사의 ‘헌법상 권한’(영장신청권)이 침해될 가능성은 존재하지 아니하고, 국회의 구체적인 입법행위를 통해 비로소 그 내용과 범위가 형성되어 부여된 검사의 ‘법률상 권한’(수사권 및 소추권)은 그 자체로 국회의 법률개정행위로 인해 침해될 가능성이 없으므로, 피청구인의 이 사건 법률개정행위로 인한 청구인 검사들의 헌법상 권한 침해가능성은 인정되지 아니한다. 
(6) 방론
검사의 법률상 권한을 제한하는 국회의 입법행위가 입법절차 과정에서 국회의원의 법률안 심의ㆍ표결권을 제한하는 상황이 문제 된다면 해당 국회의원은 그에 관한 권한쟁의심판을 청구하여 자신의 권한 침해 여부를 다툴 수 있고(실제로 이와 관련된 국회의원의 권한쟁의심판이 2022헌라2 사건으로 선행 접수되었다), 만약 해당 입법행위로 인해 국민의 기본권을 제한하는 상황이 문제 된다면 법적 관련성 있는 국민은 그에 관한 헌법소원심판을 청구하여 자신의 기본권 침해 여부를 다툴 수 있다. 
그러므로 검사가 청구한 이 사건 권한쟁의심판에서, 국회의원의 법률안 심의ㆍ표결권 침해 여부 또는 국민의 기본권 침해 여부에 관한 판단을 위해, 권한침해가능성에 대한 특별한 예외를 인정하기도 어렵다. 
라. 소결론
결국 청구인 법무부장관의 심판청구는 청구인적격이 없고, 청구인 검사들의 심판청구는 권한침해가능성이 없다. 
5. 결론
그렇다면 이 사건 심판청구는 모두 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 아래 6.과 같은 재판관 이선애, 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 권한침해확인청구에 대한 반대의견, 아래 7.과 같은 재판관 이선애의 권한침해확인청구에 대한 반대의견에 관한 보충의견, 아래 8.과 같은 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 무효확인청구에 대한 반대의견, 아래 9.와 같은 재판관 이선애의 무효확인청구에 대한 반대의견이 있는 외에는 관여 재판관들의 일치된 의견에 의한 것이다.
6. 재판관 이선애, 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 권한침해확인청구에 대한 반대의견
우리는 법정의견과 달리 이 사건 심판청구는 모두 적법하며, 나아가 피청구인의 이 사건 법률개정행위는 그 절차 및 내용 모두에 있어 청구인들 중 검사들의 헌법상 소추권 및 수사권과 청구인 법무부장관의 검사에 관한 관장 사무에 대한 권한을 각각 침해하였다고 판단하므로, 다음과 같이 반대의견을 남긴다.
가. 적법요건에 대한 판단
(1) 이 사건의 쟁점
이 사건은 국회를 피청구인으로 하여 정부 내의 부분기관인 법무부장관과 검찰청법상 검사들이 청구한 국가기관 상호간의 권한쟁의심판이다(헌법재판소법 제62조 제1항 제1호 참조).
권한쟁의심판의 당사자로서 헌법 제111조 제1항 제4호 소정의 ‘국가기관’에 해당하는지 아닌지를 판별함에 있어서는 그 국가기관이 헌법에 의하여 설치되고, 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받고 있는지 여부, 헌법에 의하여 설치된 국가기관 상호간의 권한쟁의를 해결할 수 있는 적당한 기관이나 방법이 있는지 여부 등을 종합적으로 고려하여야 한다(헌재 1997. 7. 16. 96헌라2; 헌재 2010. 10. 28. 2009헌라6 등 참조). 이 사건에서는 특히, 정부 내의 부분기관으로서 검찰청법상 검사인 청구인들 중 검사들이 권한쟁의심판의 당사자능력이 있는지 여부가 문제 된다.
국가기관 상호간의 권한쟁의심판에서는 침해당하였다고 주장하는 권한과 적절한 관련성이 있는 기관에 청구인적격이 있다. 이 사건에서는 특히, 검사의 소추권과 수사권에 대한 제한을 주요 내용으로 하는 이 사건 법률개정행위에 대하여 청구인 법무부장관이 권한쟁의심판청구의 청구인적격이 있는지 여부가 문제 된다.
헌법재판소법 제61조 제2항에 따라 권한쟁의심판을 청구하려면 피청구인의 처분 또는 부작위로 인해 청구인의 권한이 침해되었거나 현저한 침해의 위험성이 존재하여야 한다. 여기서 ‘피청구인의 처분’은 입법행위인 국회의 법률 제ㆍ개정행위, 행정처분 및 행정입법과 같은 모든 행정작용, 법원의 재판 및 사법행정작용 등을 포함하는 넓은 의미의 공권력처분을 의미한다. 또한, ‘권한의 침해’란 피청구인의 처분 또는 부작위로 인한 청구인의 권한침해가 과거에 발생하였거나 현재까지 지속되는 경우를 의미하며, ‘현저한 침해의 위험성’이란 아직 침해라고는 할 수 없으나 침해될 개연성이 상당히 높은 상황을 의미한다. 권한쟁의심판청구의 적법요건 단계에서 요구되는 권한침해의 요건은, 청구인의 권한이 구체적으로 관련되어 이에 대한 침해가능성이 존재할 경우 충족되는 것으로 볼 수 있다. 권한의 침해가 실제로 존재하고 위헌 내지 위법한지의 여부는 본안의 결정에서 판단되어야 할 것이다(헌재 2006. 5. 25. 2005헌라4 등 참조). 이 사건 법률개정행위는 국회의 입법행위로서 ‘피청구인의 처분’에 해당하고, 그 내용이 검찰청법상 검사 및 법무부장관 각각의 권한에 구체적으로 관련되어 청구인들의 권한이 침해될 가능성이 있는지 여부가 문제 된다.
(2) 청구인들 중 검사들의 청구
(가) 헌법 제12조 제3항 및 제16조는 ‘검사’의 영장신청권을 규정하고, 헌법 제89조 제16호는 일반적으로 검찰권을 행사하는 검사들의 수장인 ‘검찰총장’의 임명을 국무회의의 심의를 거쳐야 하는 사항으로 정함으로써, 헌법은 ‘검사’라는 국가기관의 설치를 규정하고 있다. 헌법이 설치하도록 규정한 ‘검사’에는 직무 대상 범죄가 한정된 군사법원법상 군검사, ‘고위공직자범죄수사처 설치 및 운영에 관한 법률’상 수사처검사, ‘특별검사의 임명 등에 관한 법률’상 특별검사 등도 포함되는데, 원칙적으로 직무 대상 범죄가 한정되지 않고 일반적으로 검찰권을 행사하는 ‘검찰청법상 검사’는 정부조직법 제32조 제2항 및 제3항에 의하여 법무부장관 소속의 검찰청에 소속되지만, 이것은 ‘헌법에서 설치하도록 규정된 국가기관’인 ‘검사’를 행정각부에 소속된 기관으로 둘 것인지, 행정각부 중 어디에 소속되도록 할 것인지의 문제를 법률로 정한 것일 뿐, 검사라는 국가기관의 ‘설치 여부’를 법률로 정한 것은 아니다. 따라서 검사는 헌법에 의하여 설치된 국가기관이다.
헌법 제12조 제3항 및 제16조는 명문으로 검사에게 ‘영장신청권’을 부여하고 있고, 헌법 제13조 제1항, 제84조에서 형사상 ‘소추’를, 헌법 제28조에서 ‘불기소처분’을 규정하고 있으며, 검찰청법 및 형사소송법 등 관련 법률에서는 검사의 범죄수사와 공소제기 및 유지 등에 관한 직무와 권한에 관하여 규정하고 있다. 이에 따라 검사는 형사사법절차에서 수사와 소추기능을 담당하는 공익의 대표자이자 준사법기관으로서 구체적 사건에 관하여 객관적ㆍ중립적ㆍ독립적으로 그 직무를 수행하고, 공권력의 주체로서 피의자에 대하여 공소를 제기하거나 제기하지 않는 처분을 할 수 있으며, 형사재판에서 공소를 제기하고 유지하는 등의 권한을 ‘자신의 이름으로’ 행사하는 ‘독임제 단독관청’의 지위에 있다. 따라서 검사는 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받은 국가기관이다.
헌법에 의하여 설치된 국가기관인 검사에 대하여 헌법과 법률에 의하여 부여된 권한이, 다른 헌법상 국가기관인 국회의 입법행위로 침해되는지에 관련된 분쟁은 헌법재판소의 권한쟁의심판 이외에 달리 해결할 적당한 기관이나 방법이 없다. 특히, 검찰청법상 검사인 청구인들은 행정각부의 하나인 법무부의 검찰청에 소속되어 검사와 국회 사이의 분쟁은 정부 내의 상급기관에 의하여 조정되는 등의 방법으로 해결될 수 없다. 검사에게 부여된 권한의 본질적인 내용을 국회가 법률로써 침해하는 경우, 검사가 이를 다툴 수 있는 제도는 우리나라의 법제에서 헌법재판소의 권한쟁의심판 이외에는 존재하지 않는다.
따라서 청구인들 중 검사들은 국가기관 상호간의 권한쟁의심판의 당사자능력이 인정된다.
(나) 이 사건 법률개정행위의 내용은 검사의 수사권 및 소추권의 범위를 축소하고, 검사의 직접 수사개시와 관련하여 국회가 통제를 가하는 것이므로, 수사권 및 소추권의 침해를 주장하는 청구인들 중 검사들의 경우 청구인적격이 인정될 뿐만 아니라, 피청구인의 처분으로 인한 권한침해가능성도 인정된다.
(3) 청구인 법무부장관의 청구
(가) 청구인 법무부장관은 국무위원이자(헌법 제87조) 행정각부의 장(헌법 제94조)으로서 헌법과 정부조직법에 의하여 그 소관사무에 관한 독자적인 권한을 부여받은 국가기관이며, 헌법재판소의 권한쟁의심판 이외에 법무부장관의 권한을 국회가 침해하였는지 여부에 관한 분쟁을 해결할 수 있는 적당한 기관이나 다른 방법도 없으므로, 권한쟁의심판의 당사자능력이 있다.
(나) 검사가 수사, 소추 등을 담당하는 공익의 대표자로서 구체적인 사건에서 독자적이고 독립적으로 그 권한을 행사하는 것에 비하여, 법무부장관은 정부조직법 제32조에 따라 검찰 및 검사에 관한 사무를 관장하여, 검찰청법 제8조에 따라 검찰사무의 최고 감독자로서 일반적으로 검사들을 지휘ㆍ감독할 뿐만 아니라, 검찰청법 제34조 제1항에 따라 대통령이 하는 검사의 보직에 제청의 형식으로 관여하며, 검찰청법 제50조에 따라 검찰청 직원의 보직을 하는 권한이 있다.
이 사건 법률개정행위의 내용은, 검사의 수사권 및 소추권 행사의 범위를 제한할 뿐만 아니라(개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목, 개정 형사소송법 제196조 제2항, 제245조의7 제1항), 일정한 범죄 영역에 관하여, 수사를 개시한 검사가 공소를 제기하지 못하도록 함으로써 검사들 사이에 직무 영역을 분리하고(개정 검찰청법 제4조 제2항), 수사를 개시할 수 있는 부의 직제 및 해당 부에 근무하고 있는 소속 검사와 공무원, 파견 내역 등의 현황을 검찰총장이 분기별로 국회에 보고하도록 하는 것으로(개정 검찰청법 제24조 제4항), 검찰의 구체적인 조직 및 검사와 검찰청 직원의 보직에 관해서도 영향을 미친다. 이것은 개별 검사의 수사권 및 소추권뿐만 아니라, 수사권과 소추권의 일반적인 행사 기준과 검찰조직의 전반적인 운용에 대해서도 제한을 가하는 내용이다.
이처럼 이 사건 법률개정행위의 내용은 법무부장관이 헌법상 행정각부의 장으로서, 정부조직법에 의하여 검찰 및 검사에 관한 사무를 관장하면서 갖는, 검찰청법상 검사에 대한 일반적인 지휘ㆍ감독권, 검찰조직 전반의 운용 및 검사와 검찰청 직원의 보직에 관한 권한에 영향을 미치는 것이므로, 검사에 관한 관장 사무에 대한 권한의 침해를 주장하는 청구인 법무부장관의 경우 청구인적격이 인정될 뿐만 아니라, 피청구인의 처분으로 인한 권한침해가능성도 인정된다.
(4) 소결론
국가기관 상호간의 권한쟁의심판인 이 사건에서 청구인들은 모두 당사자능력 및 청구인적격이 인정되고, 피청구인의 처분인 이 사건 법률개정행위의 내용상 그로 인한 청구인들의 권한침해가능성이 인정되며, 청구기간이나 심판의 이익 등 다른 적법요건의 흠결도 없으므로, 이 사건 심판청구는 모두 적법하다.
이 사건 법률개정행위가 그 절차 또는 내용의 관점에서 헌법적 한계를 벗어나 실제로 청구인들의 권한을 침해하는지 여부는 본안 판단의 문제이고, 검사의 소추권과 수사권 및 법무부장관의 검사에 관한 관장 사무에 대한 권한을 대상으로 하는 입법행위의 한계가 무엇인지는 본안에서 권한침해 여부를 판단하는 기준의 문제이다. 그 판단의 기준은 국가기관 상호간의 권한쟁의심판을 통하여 보장되는 기능적 권력분립의 관점에서 찾아야 할 것이다.
나. 이 사건 법률개정행위의 절차로 인한 권한침해 여부
(1) 판단 기준
청구인들은 피청구인의 처분인 이 사건 법률개정행위가 그 절차에 있어 헌법상 다수결원칙 등을 중대하게 위반하여 청구인들의 권한을 침해한다고 주장한다.
권한쟁의심판의 대상으로 ‘피청구인의 처분’이 되는 국회의 입법행위는 전체로서의 ‘법률의 제정 또는 개정행위’이므로, 여기에는 법률안 발의부터 본회의 의결까지의 전체 과정이 포함되고, 그 과정 속에서 나타난 위헌 또는 위법사유는 ‘국회의 입법행위’의 위헌 또는 위법 사유가 될 수 있다.
헌법 제12조 제1항 후문과 제3항에 규정된 적법절차의 원칙은 형사절차상의 제한된 범위뿐만 아니라 국가작용으로서 모든 입법 및 행정작용에도 광범위하게 적용되며, 헌법 제49조는 입법절차에 관한 다수결원칙을 규정하고 있다(헌재 2009. 6. 25. 2007헌마451 참조). 
입법, 행정, 사법으로 분립된 권력은 서로 다른 형태와 경로로 국민으로부터 민주적 정당성을 부여받는데, 행정부 및 사법부에 소속된 기관을 포함하는 모든 국가기관이 입법부인 국회가 제ㆍ개정한 법률을 준수해야 하는 근본적인 근거는, 국민이 직접 선출한 국회의원으로 구성된 회의체인 국회가 다양한 의견을 수렴하고 합리적인 토론을 거쳐 다수결원칙 등 민주주의원리에 부합하는 의사결정 방식으로 법률을 제정 또는 개정했다는 점에 있다. 그런데 헌법 제49조의 다수결원칙 위반과 같이 입법절차상 법위반의 정도와 내용이 의회입법의 우위의 근본적인 근거를 훼손할 정도의 중대한 헌법 위반에 이르렀다면, 그러한 입법행위로 국회 밖의 행정부나 사법부에 소속된 국가기관의 권한을 제한하는 것을 정당화할 헌법상 근거가 없게 된다.
한편, 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호에 규정된 국가기관 상호간의 권한쟁의심판에서 ‘피청구인의 처분’은 청구인의 ‘권한을 침해하거나 침해할 현저한 위험’을 초래하는 ‘원인’이 되어야 할 것인바(헌법재판소법 제61조 제2항, 제66조 제2항 참조), 만약 피청구인인 국회의 입법행위의 과정에 존재하는 절차상 위법 사유가 없었다면 청구인인 국회 밖의 국가기관의 권한을 제한하는 내용의 입법이 성립할 수 없었다고 볼 수 있다면, 피청구인의 처분인 ‘국회의 입법행위’가 청구인인 국회 밖 국가기관의 ‘권한침해의 원인’이 된다고 할 수 있다.
따라서 이 사건 법률개정행위의 입법절차로 인한 청구인들의 권한침해가 인정되는지는, 의회입법의 우위의 근본적 근거가 훼손될 정도의 중대한 헌법 위반 사유가 있는지 여부 또는 해당 사유가 없었다면 청구인들의 권한을 제한하는 내용의 입법이 성립할 수 없었다고 볼 수밖에 없는 중대한 위법 사유가 있는지 여부에 따라 판단해야 할 것이다.
(2) 인정되는 사실
이 사건의 기록과 변론의 결과에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(가) 법제사법위원회 의결 절차
1) 더불어민주당은 2022. 4. 12. 의원총회를 열고 검사의 수사권과 기소권을 분리하여 검사의 직접 수사권을 제한하려는 취지의 법안을 4월 임시국회에서 처리하기로 당론을 정하였다.
더불어민주당의 교섭단체 대표의원인 박홍근 의원은 2022. 4. 15. 위와 같은 당론에 따른 검찰청법과 형사소송법의 각 일부개정법률안(의안번호 제2115284호, 제2115286호)을 발의하였고, 민형배 의원과 당시 국회 법제사법위원회 위원장인 박광온 의원을 포함한 더불어민주당 소속 국회의원 171명은 위 법안의 찬성자로 참여하였다.
민형배 의원은 2021. 2. 1. 검사의 수사권에 관한 규정을 삭제하는 내용의 검찰청법 및 형사소송법의 각 일부개정법률안(의안번호 제2107833호, 제2107832호)을 대표발의한 바 있는데, 2022. 4. 18. 더불어민주당의 교섭단체 대표의원인 박홍근 의원의 요청에 따라 민형배 의원과 김진표 의원이 법제사법위원회 위원으로 보임되었고, 같은 날 국회 법제사법위원회 제1소위원회에서는 위와 같이 박홍근 의원이 발의한 법률안과 민형배 의원이 대표발의한 법률안을 포함하여 검사의 수사권 축소에 관한 9건의 법률안들에 대한 심사를 개시하였다.
2022. 4. 20. 당시 법제사법위원회 위원 중 유일하게 교섭단체에 소속되지 않은 양향자 의원이 더불어민주당의 법안 추진 방식에 반대의견을 표명한 사실이 알려졌고, 같은 날 민형배 의원은 더불어민주당을 탈당하였으며, 김진표 의원 등 더불어민주당 소속 법제사법위원회 위원 8인과 민형배 의원은 조정위원회 구성을 요구하였다.
이후 2022. 4. 22. 국회의장의 중재로 더불어민주당과 국민의힘의 각 교섭단체 대표의원은 국회의장과 함께 검찰의 직접 수사권과 기소권을 분리하는 등 총 8개의 항목에 관한 합의문을 작성하였고, 이에 따라 조정위원회 구성을 요구했던 김진표 의원 등 9인은 2022. 4. 25. 그 요구를 철회하였다. 같은 날 제395회 국회(임시회) 제5차 법제사법위원회 제1소위원회가 개회되었고, 위 합의문의 내용을 반영한 조정의견을 마련하여 법안 심사를 재개하였다.
2022. 4. 26. 14:01경 개회된 제395회 국회(임시회) 제6차 법제사법위원회 제1소위원회에서 더불어민주당과 국민의힘 소속 위원들은 위 조정의견에 대한 각 당의 입장을 반영한 법률안을 제시하였다. 그런데 국민의힘 소속 위원들은 더불어민주당이 제시한 법률안에 합의되지 않은 내용이 다수 포함되어 있다는 이유로 표결 전에 모두 퇴장하였고, 더불어민주당 소속 위원들만 남은 상태에서 표결이 진행되어, 기존에 상정되어 있는 9개 법률안들을 폐기하고 위와 같이 더불어민주당이 제시한 법률안을 기반으로 한 법제사법위원회의 대안을 제안하기로 의결하였다.
이상의 법제사법위원회 제1소위원회의 심사에서는 특히, 사법경찰관의 불송치결정에 대하여 이의신청을 할 수 있는 자 중에서 고발인을 제외할 것인지 여부도 논의하여 해당 내용을 법안에서 제외하기로 하였고, 이에 따라 의결된 법률안에는 그에 관한 형사소송법 제245조의7 제1항의 개정 내용이 포함되지 않았다.
2) 국회 법제사법위원회 위원장은 같은 날인 2022. 4. 26. 21:19경 제395회 국회(임시회) 제3차 법제사법위원회 전체회의를 개회하고 위와 같이 법제사법위원회 제1소위원회에서 의결된 법률안을 안건으로 상정하였다. 이에 법제사법위원회의 국민의힘 소속 위원 6인은 조정위원회 구성을 요구하였고, 국회 법제사법위원회 위원장은 제1교섭단체인 더불어민주당 소속 김남국, 김진표, 이수진 의원과 제2교섭단체인 국민의힘 소속 유상범, 전주혜 의원, 그리고 어느 교섭단체에도 속하지 않은 민형배 의원을 조정위원으로 선임하였다.
제395회 국회(임시회) 법제사법위원회 제1차 안건조정위원회는 같은 날 23:37경 개회되었고, 더불어민주당 소속 김진표 의원이 조정위원장으로서 회의를 주재한 가운데 축조심사 및 질의ㆍ토론이 모두 생략된 채 위와 같이 제6차 법제사법위원회 제1소위원회에서 의결된 법률안이 조정안으로 가결되었다. 조정위원회는 같은 날 23:54경 산회되었고, 그 회의시간은 약 17분이었다.
3) 조정위원회 산회 직후인 2022. 4. 27. 00:03경 제395회 국회(임시회) 제4차 법제사법위원회 전체회의가 개회되었다. 국회 법제사법위원회 위원장은 조정위원회에서 조정안으로 의결된 법률안을 상정하였고, 조정위원장의 보고와 토론 등 절차를 생략하고 바로 표결에 나아갔으며, 상정된 법률안이 그대로 법제사법위원회가 제안하는 대안으로 의결되었다. 법제사법위원회 전체회의는 같은 날 00:11경 산회되었고, 그 회의시간은 약 8분이었다.
(나) 본회의 의결 절차
1) 국회 법제사법위원회 위원장은 2022. 4. 27. 법제사법위원회에서 의결된 검찰청법 및 형사소송법의 각 일부개정법률안(대안)(각 의안번호 제2115408호, 제2115407호)을 국회의장에게 제출하였다. 
한편, 2022. 4. 6. 제395회 국회(임시회)의 회기는 집회 후 즉시 회기를 결정하지 아니하여 2022. 4. 6. 당일부터 종기(終期)를 정함이 없이 개시된 상태였다.
국회의장은 2022. 4. 27. 17:05경 제395회 국회(임시회) 제2차 본회의를 개의하고 임시회 회기결정의 건을 상정하였다. 회기결정의 건에 대하여는 제395회 임시회 회기를 2022. 4. 6.부터 2022. 5. 5.까지 30일간으로 하는 국회의장의 안이 있었고, 제395회 임시회 회기를 2022. 4. 6.부터 본회의 당일인 2022. 4. 27.까지 22일간으로 하는 진성준 의원 외 170인의 수정안이 있었는데, 이 수정안이 재석의원 212인 중 찬성 143인, 반대 65인, 기권 4인으로 가결되어 제395회 국회(임시회)는 제2차 본회의 당일 회기가 종료되는 것으로 결정되었다. 
국회의장은 회기결정의 건이 가결된 이후 검찰청법 일부개정법률안(대안)을 상정하였고, 이에 대한 무제한토론을 실시하였으며, 무제한토론 중 자정이 경과함에 따라 회기가 종료되어 무제한토론도 종료되었다.
한편, 위와 같은 검찰청법 일부개정법률안(대안)에 대한 무제한토론이 진행되는 중에 진성준 의원 외 31인은 검찰청법 및 형사소송법의 각 일부개정법률안(대안)에 대한 각 수정안을 제출하였다. 특히, 형사소송법 일부개정법률안(대안)의 수정안에는 원안에 포함되어 있지 않았던, 사법경찰관의 불송치결정에 대하여 이의신청을 할 수 있는 자 중에서 고발인을 제외하는 형사소송법 제245조의7 제1항의 개정 내용이 포함되었다.
2) 국회의장은 2022. 4. 30. 16:22경 제396회(국회) 임시회 제1차 본회의를 개의하고 검찰청법 일부개정법률안(대안)을 상정하였으며, 진성준 의원 외 31인이 제출한 수정안에 대한 제안설명을 들은 후 지난 본회의에서 무제한토론이 종결되었다는 이유로 곧바로 수정안에 대한 표결을 실시하였다. 이 수정안은 재석 177인 중 찬성 172인, 반대 3인, 기권 2인으로 가결되었으며, 이에 따라 원안은 따로 표결되지 않았다.
이후 제396회 국회(임시회) 제1차 본회의에서도 회기결정의 건이 상정되었다. 국회의장은 임시회 회기를 2022. 4. 30.부터 2022. 5. 29.까지 30일간으로 하는 안을 제안하였고, 진성준 의원 외 167인은 임시회 회기를 2022. 4. 30. 당일로 하는 수정안을 제출하였는데, 이 수정안이 재석의원 175인 중 찬성 169인, 반대 3인, 기권 3인으로 가결되어 제396회 국회(임시회) 회기는 당일 하루로 결정되었다.
그 다음의 의사일정으로 형사소송법 일부개정법률안(대안)이 상정되어 그 원안 및 수정안에 대한 제안설명이 있었고, 이에 대한 무제한토론이 실시되었으며, 무제한토론 중 자정이 되어 회기가 종료됨으로써 무제한토론도 종료되었다.
3) 국회의장은 2022. 5. 3. 10:03경 제397회 국회(임시회) 제1차 본회의를 개의하여 형사소송법 일부개정법률안(대안)을 상정하고 이에 대하여 진성준 의원 외 31인이 제출한 수정안에 대한 표결을 먼저 진행하였다. 이 수정안은 재석 174인 중 찬성 164인, 반대 3인, 기권 7인으로 가결되었으며, 이에 따라 원안은 표결되지 않았다.
또한, 위 본회의에서 제397회 국회(임시회) 회기결정의 건이 상정되었고, 국회의장이 제안한 2022. 5. 3.부터 2022. 6. 1.까지 30일간으로 회기를 정하는 안이 가결되었다.
(다) 개정 검찰청법 및 형사소송법의 공포 및 시행
위와 같이 국회에서 의결된 검찰청법 일부개정법률안(대안)의 수정안은 2022. 5. 2., 형사소송법 일부개정법률안(대안)의 수정안은 2022. 5. 3. 각각 정부에 이송되었고, 제19대 대통령이 2022. 5. 9. 검찰청법 일부개정법률(법률 제18861호) 및 형사소송법 일부개정법률(법률 제18862호)로 공포하였으며, 다음 날인 2022. 5. 10. 제20대 대통령이 취임하였다.
한편, 위 각 개정 법률은 각 부칙 제1조에서 공포 후 4개월이 경과한 날부터 시행하도록 규정하였고, 개정 검찰청법 부칙 제3조에서는 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위에 관한 경과조치로 선거범죄에 관하여는 제4조 제1항 제1호 가목의 개정에도 불구하고 2022. 12. 31.까지 종전의 규정에 따르는 것으로 규정하였다.
(3) 입법절차상 위헌 또는 위법 여부 및 그 내용
(가) 의회민주주의와 헌법상 다수결원칙
의회민주주의의 기본원리의 하나인 다수결의 원칙은 의사형성과정에서 소수파에게 토론에 참가하여 다수파의 견해를 비판하고 반대의견을 밝힐 수 있는 기회를 보장하여 다수파와 소수파가 공개적이고 합리적인 토론을 거쳐 다수의 의사로 결정한다는 데 그 정당성의 근거가 있다(헌재 2010. 12. 28. 2008헌라7 참조).
헌법 제49조는 "국회는 헌법 또는 법률에 특별한 규정이 없는 한 재적의원 과반수의 출석과 출석의원 과반수의 찬성으로 의결한다. 가부동수인 때에는 부결된 것으로 본다."라고 규정하고 있는바, 이는 의회민주주의의 기본원리인 다수결의 원칙을 선언한 것이고, 헌법상 다수결원칙은 다수에 의한 의사결정 이전에 합리적인 토론과 상호 설득의 과정에서 의사의 내용이 변동되거나 조정될 수 있음을 전제로 하며, 이를 위해 의원들에게 실질적이고 자유로운 토론의 기회가 부여되어 있을 것을 요구한다(헌재 2020. 5. 27. 2019헌라3등 중 재판관 이선애, 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 반대의견 및 별개의견 참조).
특히, 헌법 제49조 후문에서는 ‘가부동수인 때에는 부결된 것으로 본다.’라고 규정하여 우리 헌법상 국회 내 회의의 의결정족수 충족에 있어 회의의 주재자가 다른 구성원과 동등한 지위의 표결권을 넘어서는 결정권을 갖지 못하도록 하고 있다. 이는 국회 내 의결 절차에서 회의 주재자의 중립적 지위를 엄격하게 요구하는 것이다.
또한, 국회의 의사절차를 의안에 대한 실질적 토론 및 이에 기초한 표결을 보장하지 않는 방식으로 형성한다면, 헌법상 다수결의 원칙에 반하게 되어 국회의 자율권의 한계를 벗어난다고 할 것이다.
(나) 법제사법위원회 의결 절차의 위헌ㆍ위법 여부
1) 위원회의 안건심사절차는 제안자의 취지설명, 전문위원의 검토보고, 대체토론, 소위원회 심사, 축조심사, 찬반토론, 표결의 순서로 이루어지는데(국회법 제58조 제1항, 제2항, 제3항), 헌법상 다수결원칙을 실질적으로 이해한다면, 위의 의사절차는 모든 위원회의 구성원에게 실질적으로 자유로운 토론의 기회가 부여되는 것을 전제조건으로 하는 의사정족수 또는 의결정족수의 충족을 요하는 것으로 해석되어야 한다(헌재 2020. 5. 27. 2019헌라3등 중 재판관 이선애, 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 반대의견 및 별개의견 참조).
또한, 국회법 제57조의2에 규정된 안건조정제도는, 위원회에서 직접 심사하거나 소위원회에서 심사할 경우 이견을 조정하기 어려운 안건에 대하여 위원회 재적위원 3분의 1 이상의 요구에 따라 소속 의원 수가 가장 많은 제1교섭단체 소속 조정위원과 그 밖의 조정위원을 각각 3인의 동수로 하는 조정위원회를 구성하여 논의하도록 함으로써, 쟁점 안건을 대화와 타협을 통해 효과적으로 처리할 수 있도록 한 제도이다. 조정위원회에서는 조정위원의 3분의 2인 4명 이상의 찬성으로 조정안을 의결하도록 함으로써 최소한의 합의를 전제로 결론을 도출하도록 되어 있으며, 이러한 측면에서 안건조정제도는 국회 내 다수 세력의 일방적 입법 시도를 저지하는 기능도 가지고 있다. 안건조정제도의 취지상 조정안의 의결은 당연히 조정위원회에서 안건에 대하여 조정하는 심사를 전제로 하며, 실제로 적법한 절차로 조정이 이루어지지 않았다는 사실이 확인되어야만 조정안 의결의 위법성을 인정할 수 있다. 조정위원회의 활동은 그 소속된 위원회 활동의 일부가 된다(헌재 2020. 5. 27. 2019헌라5 참조).
2) 민형배 의원은 이미 2021. 2. 1. 더불어민주당 소속 의원으로서 검사의 수사권에 관한 규정을 삭제하는 내용의 법률안을 대표발의하였을 뿐만 아니라, 2022. 4. 12.자 의원총회에서 검사의 수사권과 기소권을 분리하여 검사의 직접 수사권을 제한하려는 취지의 법안을 4월 임시국회에서 처리하기로 한 더불어민주당의 당론에 따라 2022. 4. 15. 그 교섭단체 대표의원이 발의한 법률안에도 더불어민주당에 소속된 다른 의원들과 함께 찬성자로 참여하였으며, 더불어민주당의 교섭단체 대표의원의 요청에 따라 국회 법제사법위원회 제1소위원회에서 위 법률안들을 포함한 관련 법률안들의 심사가 개시된 2022. 4. 18. 법제사법위원회로 보임된 의원이었다.
민형배 의원은 위와 같이 국회의 제1교섭단체인 더불어민주당의 당론에 따라 검사의 수사권을 축소 또는 폐지하는 취지의 법안 처리에 적극적이고 주도적인 역할을 담당한 의원이었는데, 2022. 4. 20. 당시 법제사법위원회 위원 중 유일하게 교섭단체에 소속되지 않은 양향자 의원이 더불어민주당의 위와 같은 법안 추진 방식에 대하여 반대의견을 표명한 사실이 알려지자, 법안에 대한 입장이 달라지거나 특별히 탈당할 만한 사유가 없었음에도 더불어민주당을 탈당하였고, 같은 날 김진표 의원 등 더불어민주당 소속 법제사법위원회 위원 8인과 함께 조정위원회 구성을 요구하였다.
2022. 4. 22. 국회의장과 더불어민주당 및 국민의힘의 각 교섭단체 대표의원의 합의 이후 2022. 4. 25. 위와 같은 조정위원회 구성요구가 철회되었으나, 2022. 4. 26. 국민의힘 소속 법제사법위원회 위원 6인이 다시 조정위원회 구성을 요구하자, 국회 법제사법위원회 위원장은 민형배 의원을 비교섭단체 몫의 조정위원으로 선임함으로써, 제1교섭단체인 더불어민주당 소속 의원 3인, 제2교섭단체인 국민의힘 소속 의원 2인, 그리고 민형배 의원 1인으로 조정위원회를 구성하였다.
당시 국회 법제사법위원회 위원장인 박광온 의원은 더불어민주당 소속 국회의원으로서 그 당론에 따라 검사의 직접 수사권을 제한하는 취지로 교섭단체 대표의원이 발의한 법률안에 민형배 의원과 함께 찬성자로 참여한 바 있다.
한편, 양향자 의원은 2022. 4. 22. 국회의장 및 더불어민주당과 국민의힘의 각 교섭단체 대표의원간의 합의에 기초한 법안 추진에 대하여는 찬반의 입장을 명확히 밝히지 않았으며, 조정위원회의 구성과 심사를 포함한 법제사법위원회 법안 심사의 전 과정에서 교섭단체에 소속되어 있지 않은 법제사법위원회 위원의 지위에 있었다.
위와 같은 민형배 의원의 탈당 과정과 국회 법제사법위원회 위원장의 조정위원 선임 과정 및 법제사법위원회의 위원 구성 등의 사정을 종합해 보면, 민형배 의원은 법제사법위원회에서 조정위원회가 구성될 경우 비교섭단체 몫의 조정위원으로 선임되어 더불어민주당 소속 조정위원들과 함께 조정위원회의 의결정족수를 충족시킬 의도로 더불어민주당과 협의하여 더불어민주당을 탈당하였고, 같은 당 소속으로 민형배 의원과 함께 그 교섭단체 대표의원이 발의한 법률안에 찬성자로 참여하였던 국회 법제사법위원회 위원장은 이러한 사정을 알고도 검사의 수사권을 폐지 또는 축소하는 내용의 입법이 더불어민주당의 당론에 따라 신속하게 추진될 수 있도록 하기 위해 민형배 의원을 조정위원으로 선임한 것임을 합리적으로 추단할 수 있다.
국회 법제사법위원회 위원장은 위와 같이 법제사법위원회의 회의 주재자로서의 중립적인 지위에서 벗어나 그 위원회 활동의 일부인 조정위원회에 관하여 미리 가결의 조건을 만들어 두었고, 조정위원회에서 축조심사 및 질의ㆍ토론이 모두 생략되어 실질적인 조정심사 없이 의결된 조정안에 대하여, 법제사법위원회 전체회의에서도 심사보고나 실질적인 토론의 기회를 부여하지 않은 채 그 조정안의 내용 그대로 법제사법위원회가 제안하는 대안의 가결을 선포하였다.
이러한 법제사법위원회의 의결 절차는 제1교섭단체 소속 조정위원 수와 그렇지 않은 조정위원 수를 동수로 구성하도록 한 국회법 제57조의2 제4항을 위반하였고, 제1교섭단체인 더불어민주당 소속 조정위원 3명과 민형배 의원만으로 재적 조정위원 6명의 3분의 2인 4명이 충족되도록 함으로써 국회 내 다수세력의 일방적 입법 시도를 저지할 수 있도록 의결정족수를 규정한 국회법 제57조의2 제6항의 기능을 형해화하였으며, 위원회의 안건심사절차에 관하여 규정한 국회법 제58조도 위반하였다.
3) 이 사건에서 조정위원회 구성 이전 법제사법위원회 제1소위원회의 회의까지 법안 내용에 대한 심사가 있었다는 사실이 인정된다 하더라도, 이것은 그러한 심사로도 이견이 좁혀지지 않아 조정위원회 구성 요구가 있었다는 점에서 그 이후에 실질적 조정심사가 반드시 있었어야 할 이유에 해당한다.
또한, 법률안의 내용에 대하여 국회의원들 사이에 법정 절차 밖에서의 정치적 합의가 있었다고 하더라도 이러한 합의의 내용은 공개되고 국회법 소정의 절차를 따르는 위원회의 회의에서 충분히 논의되고 토론될 수 있어야 한다. 그렇지 않다면, 밀실에서의 정치적 합의가 민주적 통제를 위해 마련된 국회법상의 절차를 무용하게 만들 위험이 있어, 법치국가원리에 따라 입법작용에도 적용되는 적법절차원칙 및 헌법 제50조에서 규정한 국회 의사공개의 원칙을 형해화할 수도 있기 때문이다.
이 사건 법제사법위원회의 조정위원회 및 전체회의 당시 장내 소란이 있었다는 사실이 인정되지만, 이는 다수당에 유리한 일방적 의사절차 진행에 항의하기 위한 것이었고, 회의 당시 장내 소란이 있었다는 것만으로는 국회법상 절차를 위반하여 위원들에게 실질적인 토론의 기회를 전혀 제공하지 않고 곧바로 표결을 강행하여야만 하는 긴박하고 중대한 공익을 발견하기 어렵다. 국회법은 안건조정제도를 단지 위원회 심사를 지연시키기 위한 도구로만 이용하지 않도록 할 필요에 따라 조정위원회의 활동기한을 원칙적으로 그 구성일로부터 90일로 정하였고(국회법 제57조의2 제2항 및 헌재 2020. 5. 27. 2019헌라5 참조), 위원회는 그 소속 조정위원회의 조정안이 의결된 날부터 30일 이내에 그 안건을 표결하도록 하였으므로(국회법 제57조의2 제7항), 조정 대상이 된 안건에 대한 위원회의 심사가 무한정 지연되지 않도록 하는 장치는 마련되어 있다. 또한, 법제사법위원회에서 위와 같은 의결 절차를 거쳐 제안된 검찰청법 및 형사소송법의 각 일부개정법률안(대안)은 원칙적으로 공포 후 4개월이 경과한 날부터 시행하도록 하는 부칙 규정을 두었을 뿐이고, 그 규율 내용과 관련하여 각 개정 법률안을 수일 내에 긴급하게 의결하고 공포ㆍ시행하여야 할 객관적인 사유가 특별히 발견되지 않는다.
4) 따라서 이 사건 법률개정행위의 법제사법위원회 의결 절차는 이견이 있는 쟁점 안건을 대화와 타협을 통해 효과적으로 처리하도록 한 안건조정제도에 관한 국회법 제57조의2, 국회 위원회의 심사 및 표결에 관한 국회법 제58조를 위반하였다.
나아가 이 사건 법률개정행위의 법제사법위원회 의결 절차는 그 위원장이 회의 주재자의 중립적 지위에서 벗어나 미리 가결의 조건을 만들어 두고 법률안의 심사 과정에서 실질적 토론의 기회를 형해화한 상태에서 표결에 부쳐 의결에 이르도록 하였다는 점에서, 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙을 규정하면서 국회 내 의결 절차에서 회의 주재자의 중립성을 엄격하게 요구하는 헌법 제49조를 위반한 것이다.
이러한 입법절차상 하자는 의결정족수 충족에 관련된 중대한 헌법 위반에 해당하며, 이러한 하자가 없었다면 법제사법위원회가 검찰청법 및 형사소송법의 각 일부개정법률안(대안)을 제안하고, 이 법률안들이 본회의에 부의 및 상정될 수 없었을 것임이 명백하다.
(다) 본회의 의결 절차의 위헌ㆍ위법 여부
1) 이 사건 본회의에서 의결되어 개정 법률의 내용으로 확정된 법률안은, 법제사법위원회의 대안으로 제안된 검찰청법 및 형사소송법의 각 일부개정법률안(대안)을 원안으로 하는 각 수정안이다. 이러한 본회의의 수정안 의결은 그 원안이 헌법을 중대하게 위반하여 제안된 것으로서 그 부의 및 상정 자체가 헌법 위반에 해당하므로, 더 나아가 살펴볼 필요 없이 헌법에 위반된다고 할 것이다.
다만, 본회의 의결 절차에 국한해서 보더라도 무제한토론 및 수정동의에 관한 국회법 위반 여부와 헌법상 다수결원칙 위반 여부가 문제되므로, 이에 대하여 살펴본다.
2) 본회의에 부의된 안건에 대하여 재적의원 3분의 1 이상의 요구가 있는 경우 국회의원은 본회의에서 시간의 제한을 받지 아니하고 무제한토론을 할 수 있다(국회법 제106조의2 제1항). 이는 본회의에서 안건을 최종적으로 의결하기 전에 소수의견을 개진할 수 있는 기회를 부여하고, 다수당과 소수당이 타협하도록 하여 안건이 합의를 통하여 처리되도록 유도하려는 것이다.
국회법상 무제한토론이 종결되기 위해서는 재적의원 3분의 1 이상의 종결동의가 의장에게 제출되어 그 때로부터 24시간이 지난 후에 무기명투표로 재적의원 5분의 3 이상의 찬성으로 의결되거나(국회법 제106조의2 제5항, 제6항), 더 이상 토론할 의원이 없거나(국회법 제106조의2 제7항), 또는 무제한토론 실시 중 회기가 종료되어야 한다(국회법 제106조의2 제8항).
이 사건의 경우 2022. 4. 27. ‘17:05경 개의된’ 본회의에서 제395회 국회(임시회)의 회기를 ‘당일 종료’하기로 하는 회기결정 및 2022. 4. 30. ‘16:22경 개의된’ 본회의에서 제396회 국회(임시회)의 회기를 ‘당일 1일’로 정하는 회기결정을 각각 의결한 것은, 무제한토론 종결동의를 위한 재적의원 5분의 3 이상의 의결정족수가 적용되지 않도록 하면서 종결동의 제출 시로부터 24시간으로 보장된 최소한의 무제한토론 시간까지 대폭 제약하는 것으로 무제한토론권한을 보장하고 있는 국회법 제106조의2 제6항의 규율 내용에 반한다.
회기 종료로 무제한토론 종결선포가 간주된 경우 해당 안건은 다음 회기에서 지체 없이 표결되는데(국회법 제106조의2 제8항 후문), 이 사건의 각 개정법률안에 대한 무제한토론 실시가 예정되었던 제395회 및 제396회 국회(임시회)의 회기가 회의 당일 종료되거나 당일 하루로 결정된 것과 달리, 무제한토론 실시가 예정되지 않았던 제397회 국회(임시회)의 회기는 통상의 경우와 같이 30일로 결정된 점에 비추어 보면, 제395회 및 제396회 국회(임시회)의 회기를 국회법 제106조의2 제6항에 반하여 무제한토론을 제한하는 내용으로 극단적으로 짧게 결정한 것은, 오로지 이 사건의 각 개정법률안에 대한 무제한토론을 신속하게 마무리하고 바로 다음 회기에서 표결하기 위한 것 외에 다른 이유를 찾기 어렵다.
그런데 개정 검찰청법과 형사소송법은 원칙적으로 공포 후 4개월이 경과한 날에 시행하도록 하였을 뿐, 그 규율 내용과 관련하여 각 개정법률안을 수일 내에 긴급하게 의결하여 공포ㆍ시행하지 않으면 안 되는 객관적인 사유가 특별히 발견되지 않는다. 이와 관련하여 확인할 수 있는 사정은 위와 같은 의결 절차로 개정된 검찰청법 및 형사소송법이 제20대 대통령이 취임하기 전날인 2022. 5. 9. 제19대 대통령에 의하여 공포되었다는 것뿐이다.
따라서 이 사건 본회의 의결 절차에서 제395회 국회(임시회)의 회기를 ‘당일 종료’하기로 하고 제396회 국회(임시회)의 회기를 ‘당일 1일’로 정한 각 회기결정은, 무제한토론 종결동의의 요건 및 절차에 관한 국회법 제106조의2 제6항을 위반하였다.
3) 헌법 제47조 제2항은 임시회의 회기는 30일을 초과할 수 없도록 하여 그 상한을 정하고 있을 뿐이고, 회기결정은 기본적으로 국회에서 자율적으로 결정할 수 있는 의사절차에 관한 것이나, 자율권이 보장된다고 하여 회기결정이 본래의 목적이나 취지에서 벗어나 헌법이나 국회법에서 보장된 국회의원의 심의ㆍ표결권을 침해하는 방법으로 이루어지는 것까지 허용된다고 볼 수는 없다.
무제한토론은 본회의에서 안건을 최종적으로 의결하기 전에 소수의견이 개진될 수 있는 마지막 기회로 국회법에서 최소 24시간을 보장하고 있다. 그런데 국회의장은 무제한토론권한을 침해하기 위한 위법한 회기결정의 건이 다수당 소속 의원에 의하여 제안되었음에도 이를 상정하여 의결되도록 하였다. 이는 엄격한 무제한토론 종결 동의의 요건을 우회하여 무제한토론을 무력화하였다는 점에서 무제한토론권한을 보장하는 국회법 제106조의2에 위배될 뿐만 아니라, 소수의견이 개진될 수 있는 국회법상 마지막 기회를 무력화하였다는 점에서 실질적 토론의 기회를 보장하는 다수결원칙을 규정하면서 국회 내 의결 절차에서 회의 주재자의 중립적인 지위를 엄격하게 요구하는 헌법 제49조에도 위배된다.
4) 국회법 제95조 제5항은 의안에 대한 수정동의는 "원안 또는 위원회에서 심사보고(제51조에 따라 위원회에서 제안하는 경우를 포함한다)한 안의 취지 및 내용과 직접 관련이 있어야 한다. 다만, 의장이 각 교섭단체 대표의원과 합의를 하는 경우에는 그러하지 아니하다."라고 규정하고 있다.
국회법 제95조 제5항 소정의 ‘원안의 취지 및 내용과의 직접 관련성’은 원안과 수정안의 근본 목적이 동일하여야 한다는 ‘원안의 취지와 수정안의 취지 사이의 직접 관련성’, 수정안의 내용인 개정법률 조항이 원안이 법률개정을 통해 실현하고자 하는 근본 목적을 이루기 위한 적절한 수단이 되는 관계에 있어야 한다는 ‘원안의 취지와 수정안의 내용 사이의 직접 관련성’, 원안과 수정안의 각 개정법률 조항이 동일한 주제(主題)를 다루어야 한다는 ‘원안의 내용과 수정안의 내용 사이의 직접 관련성’으로 나누어 볼 수 있다. 국회법 제95조 제5항 소정의 수정안은 위 3가지의 직접 관련성을 모두 갖추어야 할 것이고, 만일 그 중 단 하나의 직접 관련성이라도 흠결할 경우에는 수정동의를 통해 발의할 수 있는 적법한 수정안이 될 수 없다(헌재 2020. 5. 27. 2019헌라6등 중 재판관 이선애, 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 반대의견 참조).
이 사건에서 법제사법위원회의 제안으로 본회의에 부의 및 상정된 형사소송법 일부개정법률안(대안)의 원안은 사법경찰관이 송치한 사건에 대한 검사의 보완수사의 범위에 관한 내용만 포함하고 있을 뿐, 사법경찰관의 송치 여부에 관한 규율로 검사의 소추권을 직접적으로 제한하는 내용을 포함하고 있지 않았다. 그러나 이에 대한 수정안에 포함된 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권을 배제하는 내용은, 사건의 송치 여부와 관련된 규율로서 검사의 소추권을 직접적으로 제한하는 것이므로, 이러한 수정안은 원안과 ‘동일한 주제’를 다루는 것이 아니어서 ‘원안의 내용과 수정안의 내용 사이’에 직접 관련성이 없는 경우에 해당한다. 따라서 이러한 수정안의 제안, 상정 및 의결은 국회법 제95조 제5항의 ‘원안의 취지 및 내용과의 직접 관련성’ 요건에 위배되며, 이와 같은 수정동의에 관해 국회의장이 각 교섭단체 대표의원과 합의한 사정도 없다.
그러므로 이 사건의 본회의 의결 절차에서 형사소송법 일부개정법률안(대안)에 대한 수정안을 상정하여 표결한 것은 수정동의에 관한 국회법 제95조 제5항에도 위배되었다.
5) 이 사건의 본회의 의결 절차에서는 검찰청법 일부개정법률안(대안)의 원안에 대한 무제한토론이 진행되던 도중 그에 대한 수정안이 제출되었고, 바로 다음 회기에서 수정안의 제안설명만 듣고 토론 없이 표결에 나아갔으므로, 검찰청법의 개정에 관해서는 수정안에 대한 토론의 기회가 전혀 보장되지 않았다. 따라서 검찰청법 일부개정법률안(대안)의 수정안에 대한 의결은 실질적 토론 기회의 보장을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙을 명백히 위반하였다.
6) 따라서 이 사건 법률개정행위의 본회의 의결 절차는 회기결정에 있어 무제한토론에 관한 국회법 제106조의2를 위반하였고, 수정안의 상정 및 표결에 있어 본회의 수정동의절차에 관한 국회법 제95조 제5항을 위반하였다.
나아가 이 사건 법률개정행위의 본회의 의결 절차는, 법제사법위원회에서 헌법상 다수결의 원칙을 위반하여 제안된 법률안들을 부의 및 상정한 것이었을 뿐만 아니라, 본회의의 절차만으로도 국회법 위반에 그치지 않고, 회의의 주재자인 국회의장이 중립적 지위에서 벗어나 소수의견이 개진될 수 있는 국회법상 마지막 기회를 무력화하였으며, 특히 검찰청법 일부개정법률안(대안)의 수정안에 대해서는 제안설명 이후 바로 표결에 나아가 토론의 기회를 전혀 보장하지 않았으므로, 헌법상 다수결의 원칙 및 국회 내 의결 절차상 회의 주재자의 엄격한 중립성을 규정한 헌법 제49조를 위반한 것이다.
이러한 입법절차상 하자는 본회의에서 의결된 법률안의 주요 내용의 성립과 관련된 중대한 헌법 위반에 해당하며, 이러한 하자가 없었다면 개정 검찰청법 및 형사소송법과 같이 청구인들의 권한을 제한하는 내용의 입법이 이루어지지 못했을 것임이 명백하다.
(4) 청구인들의 권한침해 여부
이 사건 법률개정행위는 법제사법위원회 의결 절차에서는 안건조정제도에 관한 국회법 제57조의2 및 국회 위원회의 심사 및 표결에 관한 국회법 제58조를, 본회의 의결 절차에서는 무제한토론에 관한 국회법 제106조의2 및 본회의 수정동의절차에 관한 국회법 제95조 제5항을 위반하였을 뿐만 아니라, 두 절차 모두에 있어서 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결의 원칙 및 국회 내 의결 절차상 회의 주재자의 중립성을 엄격하게 요구한 헌법 제49조를 위반하였으므로, 그 헌법 위반 사유가 의회입법의 우위의 근본적 근거가 훼손될 정도로 중대하다.
아울러 이러한 하자는 의결정족수 충족 및 의결된 법률안의 주요 내용의 성립과 관련된 것으로 그 하자가 없었다면 청구인들의 권한을 제한하는 내용의 입법이 이루어지지 못했을 것임이 명백하다.
따라서 이 사건 법률개정행위의 입법절차상 하자로 인한 청구인들의 권한침해가 인정된다.
다. 이 사건 법률개정행위의 내용으로 인한 권한침해 여부
(1) 청구인들 중 검사들의 권한침해 여부
(가) 판단 기준
1) 검사의 소추권에 관한 헌법 규범
국민의 기본권을 보호하고 공동체의 안전과 질서를 확보하기 위하여 범인을 발견하여 처벌하는 형사사법은 국가의 기본적인 책무이다.
수사, 소추, 재판에 이르는 형사사법절차의 모든 과정에는 적법절차원칙이 엄격하게 적용되며(헌법 제12조 제1항 및 제3항 참조), 형사사법에서 소추기관과 심판기관의 분리는 근대 형사법의 대원칙으로 "누구도 자기 자신의 사건을 심판할 수 없다."라는 것은 불법적인 심문을 금지하는 적법절차원칙의 내용에 해당한다(헌재 2008. 1. 10. 2007헌마1468 참조).
형사상 ‘소추’(헌법 제13조 제1항, 제84조 참조)는 심판기관과 분리된 ‘소추권자’가 유죄 판결 및 적정한 처벌을 구하는 활동으로, ‘소추기능’은 공소의 제기와 유지 여부의 결정 및 공개된 법정에서 피고인의 상대방 당사자로서 수행하는 변론 및 입증활동, 이에 관한 법원의 재판에 대한 불복 등을 포함한다.
형사소송의 ‘정식재판’(헌법 제12조 제7항 참조)은 독립된 법관에 의하여 공개된 법정에서 소추권자와 피고인이 대등한 공격ㆍ방어의 기회를 가지며(헌법 제27조 제1항, 제103조, 제109조 참조), 적법절차원칙(헌법 제12조 제1항 및 제3항), 자백에 관한 증거법칙(헌법 제12조 제7항), 신속한 공개재판(헌법 제27조 제3항), 무죄추정원칙(헌법 제27조 제4항) 등 공정한 재판의 요소를 모두 갖춘 재판이라 할 것이고, 이러한 정식재판에서 ‘소추권자’는 증거의 적법성 및 신빙성을 확인하여 공소의 제기와 유지 여부의 결정, 공개된 법정에서의 변론 및 입증활동, 이에 관한 법원의 재판에 대한 불복 등 소추기능을 실현하는 권한을 객관적으로 행사해야 한다.
헌법은 제27조 제1항 및 제3항에서 형사피고인의 공정한 재판을 받을 권리를 보장함과 동시에, 제27조 제5항에서 형사피해자의 재판절차진술권을 보장하고, 제28조에서는 공소를 제기하지 않는 것을 형사피의자의 구금에 대하여 국가가 보상하는 책임의 요건이자, 공권력 주체의 개인에 대한 ‘처분’으로 규정한다.
이러한 점들을 종합할 때, ‘소추기능’은 법률로써 폐지할 수 없는 ‘국가기능’이므로 ‘국가기관의 소추권’은 ‘헌법상 권한’이다. ‘소추기관’은 적법하게 수집된 객관적인 증거에 기초하여 공소제기 및 유지 여부를 결정하고, 법정에서 변론 및 입증활동을 하며, 이에 관한 법원의 재판에 대하여 불복하는 등의 기능을 수행하는 국가기관으로서, 형사사법절차에서 피의자 또는 피고인뿐만 아니라 피해자의 절차적 기본권 보장의무도 구체적으로 지는 ‘준사법기관’의 성격을 가져야 한다. 헌법상 이러한 기능을 하는 국가기관이 헌법 제12조 제3항 및 제16조에 영장신청권의 주체로 규정되어 있는 ‘검사’라는 점은 그 용어의 문언적 의미로 명백하다.
2) 검사의 수사권에 관한 헌법 규범
‘수사’는 범죄혐의의 유무를 명백히 하여 공소를 제기ㆍ유지할 것인가의 여부를 결정하기 위하여 범인을 발견ㆍ확보하고 증거를 수집ㆍ보전하는 수사기관의 활동으로서, 그 목적을 달성함에 필요한 경우에 한하여 사회통념상 상당하다고 인정되는 방법 등에 의하여 수행되어야 한다(대법원 1999. 12. 7. 선고 98도3329 판결 참조).
‘수사’는 소추와 마찬가지로 국가의 기본적 책무인 형사사법의 일환으로서 법률로써 폐지될 수 없는 ‘국가기능’에 해당한다. 또한, 대통령의 불소추특권을 규정한 헌법 제84조의 해석과 관련하여 재직 중인 대통령에 대하여 내란 또는 외환의 죄 이외의 혐의에 관한 수사가 가능한지 문제될 수 있는 것과 같이, 국가기능인 수사와 소추의 기본적인 상호관계는 헌법의 해석으로 규명되어야 한다.
헌법 제13조 제1항 및 제84조는 개인의 행위가 특정한 범죄를 구성하는 것을 ‘형사상 소추’의 요건으로 규정하므로, 소추기능은 구체적인 범죄혐의 유무의 확인 및 이에 대한 입증을 전제로 한다. 헌법 제12조 제3항 및 제16조에서 규정한 체포ㆍ구속ㆍ압수ㆍ수색은 국가의 형사사법절차에서 범인을 발견ㆍ확보하고 증거를 수집ㆍ보전하는 활동에 해당하며, 위 조항들은 이러한 강제수사에 검사의 신청에 의하여 법관이 발부한 영장이 필요함을 규정한다. 헌법 제12조에서는 형사사법에 적용되는 적법절차원칙을 명문화하고, 수사의 과정에서 일어날 수 있는 인권침해를 방지하기 위한 여러 제도들을 규정하였다. 또한, 구체적인 수사 활동은 신체의 자유나 주거의 자유뿐만 아니라 사생활의 비밀과 자유, 통신의 비밀 등 다양한 영역에서 개인의 기본권을 제한할 수 있는 공권력 작용이므로, 기본권 제한에 관한 헌법 제37조 제2항의 과잉금지원칙을 준수해야 한다.
소추와 수사에 관한 위와 같은 헌법 규범들을 고려할 때, 국가의 수사기능은 소추기능을 목적으로 하는 수단으로서 소추기능에 실효적으로 기여하여야 하며, 구체적인 수사는 그 목적의 달성에 필요한 상당한 방법으로만 수행되어야 한다.
‘헌법상 수사권’은 위와 같은 기능적 목적과 방법상 한계가 있는 ‘국가의 수사기능’을 실현하는 권한으로서, 그 의미에 부합하는 법률상 수사기관의 여러 구체적인 권한들을 모두 포함한다. 형사소송법상 검사의 사법경찰관에 대한 보완수사요구 또는 재수사요청의 권한도 헌법상 수사권에 해당하며, 물리적으로 범인을 체포하거나 물건을 압수하는 행위, 피의자를 신문하는 행위와 같은 경우만 수사인 것은 아니다.
헌법 제12조 제3항 및 제16조에 따라 검사가 체포ㆍ구속ㆍ압수ㆍ수색을 위한 영장을 신청하는 것도, 사법경찰관의 수사 중 신청에 따른 것이든, 검사가 직접 수사를 개시한 사건의 수사 또는 사법경찰관이 송치한 사건의 보완수사를 하면서 청구하는 것이든, 법관에게 영장발부를 신청하는 행위 그 자체로 범인을 발견ㆍ확보하고 증거를 수집ㆍ보전하는 ‘국가의 수사기능’을 실현하는 것이므로 ‘헌법상 수사권’의 행사에 해당한다.
헌법이 수사단계에서 영장신청권자를 검사로 한정한 것은 종래 빈번히 야기되었던 검사 아닌 다른 수사기관의 영장신청에서 오는 인권유린의 폐해를 방지하고, 반드시 법률전문가인 검사를 거치도록 함으로써 다른 수사기관의 무분별한 영장신청을 막아 기본권침해가능성을 줄이는 데에 그 목적이 있는바(헌재 1997. 3. 27. 96헌바28등 참조), 영장신청권자로서의 ‘검사’는 ‘검찰권을 행사하는 국가기관’으로서 공익의 대표자이자 인권옹호기관의 지위에서 그에 부합하는 직무를 수행하는 자를 의미하며, 법률전문가의 자격을 갖추어야 한다(헌재 2021. 1. 28. 2020헌마264등 참조).
이처럼 ‘헌법상 검사’의 영장신청은 그 자체로 ‘헌법상 수사권’의 행사에 해당하고, 이는 영장주의가 적용되는 강제수사에 관하여 구체적이고 개별적인 수사 활동의 기능적 목적과 방법상 한계를 법관 이전에 준사법기관인 검사가 선행적으로 판단하도록 함으로써 기본권침해의 발생 가능성을 엄격하게 통제하는 의미가 있다. 이 밖에 국가의 수사기능을 실현하기 위한 ‘헌법상 수사권’에 해당하는 권한을 ‘검사’ 이외의 다른 기관에 부여한 헌법의 명문 규정은 없다.
이러한 점들을 종합할 때, 검사의 영장신청에 관하여 규정한 헌법 제12조 제3항 및 제16조는 공익의 대표자이자 인권옹호기관의 지위에 있고 법률전문가의 자격을 갖춘 ‘헌법상 검사’에게 ‘헌법상 수사권’을 부여한 조항이라 할 것이다.
3) 헌법상 검사의 소추권ㆍ수사권에 관한 입법형성의 한계
가) ‘헌법상 검사’에 해당하는 법률상 기관의 구체적인 구성과 조직, ‘헌법상 소추권’ 및 영장신청권 이외의 ‘헌법상 수사권’에 해당하는 법률상 권한의 종류와 주체 및 행사 방법 등은 헌법에서 명문으로 규정하지 않았으므로, 입법형성의 영역에 있다고 할 것이다. 따라서 검찰청법상 검사의 소추권과 수사권에 해당하는 구체적 권한들은 국가의 소추기능 및 수사기능을 실현하는 ‘헌법상 소추권 및 수사권’을 ‘헌법상 검사’에게 부여하는 입법을 구체적으로 형성한 것이며, 헌법에서 ‘검찰청법상 검사’가 소추권 또는 수사권에 해당하는 모든 법률상 권한들을 독점하도록 예정하였다고 볼 수는 없을 것이다.
하지만, 형사사법에서 소추기능이 갖는 의미 및 관련 헌법 규범을 고려할 때, 검찰청법상 검사를 포함하여 소추기관인 ‘헌법상 검사’에게는 준사법기관으로서의 직무상 권한이 보장되어야 하고, 입법자가 헌법상 소추기능을 구체화하여 검찰청법상 검사의 공소제기 또는 유지 여부, 법원의 재판에 대한 불복 여부를 결정하는 권한과 같은 법률상 소추권의 내용을 형성할 때에는 소추기능의 ‘준사법작용’으로서의 본질을 훼손해서는 안 된다는 헌법상 한계가 있다.
또한, 국가의 수사기능의 본질에 따라 법률로써 수사권의 구체적인 종류와 주체, 내용 및 행사 방법 등을 형성할 때에는, 소추기능에 대한 실효적 기여라는 수사의 기능적 목적에 부합해야 하고, 적법절차원칙 및 과잉금지원칙에 따라 구체적인 수사 활동이 그 목적의 달성에 필요한 상당한 방법으로만 수행되도록 하여야 한다는 헌법상 한계가 있다.
국가는 형사사법의 모든 과정에서 적법절차원칙을 준수하고 피의자와 피고인 및 피해자의 절차적 기본권을 보장할 의무가 있다는 점을 고려할 때, 개별적인 수사 활동이 위와 같은 기능적 목적과 방법상 한계에 부합하여야 한다는 점은 헌법상 영장주의가 적용되는 영역에만 국한된다고 보기 어렵다. 영장제도가 적용되지 않아 법관의 통제 범위 밖에 있는 다양한 개별적인 수사 활동에 대하여 준사법기관인 검사 이외의 다른 행정기관에 법률상 수사권을 부여하면서 사법적 관점에 따른 통제 장치를 전혀 두지 않는다면, 해당 영역에서는 수사의 필요성과 상당성에 관한 적법절차원칙에 따른 통제가 어렵게 되고, 수사의 결과 공소를 제기하지 않기로 하는 경우에는 법원이 형사재판을 통하여 증거 수집 과정의 적법성을 심사하는 것도 불가능하게 된다. 이는 헌법에서 영장주의가 적용되는 강제수사의 영역에 법관과 검사가 모두 관여하도록 하여 수사의 실효성과 적법성에 대한 법률전문가의 통제를 강화한 것과 균형이 맞지 않고, 형사사법에서 적법절차원칙을 엄격하게 적용하여 국민의 기본권을 두텁게 보장하고자 한 헌법의 취지에도 부합하지 않는다.
따라서 헌법이 명문으로 규정한 법관에 대한 영장신청 이외의 영역에서는 수사기능에 속하는 법률상 권한을 준사법기관의 성격이 없는 행정기관에 부여하는 입법형성을 할 수도 있을 것이나, 이 경우에도 법률상 수사권의 구체적인 내용과 행사 방법 등이 수사의 기능적 목적과 방법상 한계에 부합하도록 준사법기관인 헌법상 검사가 수사의 실효성과 적법성을 통제함으로써 소추 및 수사기능의 준사법작용으로서의 본질이 훼손되지 않도록 하여야 할 것이다.
나) 국회의 입법으로 기소 또는 불기소, 범인 확보 또는 증거 보전, 강제수사 또는 임의수사 등 소추 및 수사기능에 포함될 수 있는 여러 요소들 중 일부에 대하여 검찰청법상 검사의 권한을 제한하는 것도 헌법상 검사의 소추권 및 수사권의 형성에 해당한다. 이러한 입법행위의 내용이 헌법상 검사의 소추권 및 수사권을 침해하는지 여부는 기능적 권력분립의 관점에서 국가의 소추 및 수사기능의 본질에 따른 입법형성의 한계를 일탈하였는지를 기준으로 판단하여야 한다.
소추 및 수사기능은 형사사법절차의 핵심이면서도 사법부가 담당하는 심판기능과 분리된 행정영역에 속하여 ‘사법작용’과 ‘행정작용’의 성격을 겸유하는 ‘준사법작용’에 해당한다. 행정각부의 설치ㆍ조직과 직무범위를 법률로써 정하도록 한 헌법 제96조에 따라 행정부 내에서 소추 및 수사기능에 속하는 구체적 권한들을 배분하는 입법을 할 때에도, 소추 및 수사기능의 준사법적인 성격이 유지되도록 하여야 한다.
형사사법의 일부인 수사와 소추는, 범인에 대한 처벌과 이를 통한 피해자의 보호 및 사회방위라는 목적을 위해 신체의 자유나 주거의 자유 등 개인의 기본권을 직접적이고 강력하게 제한할 수 있는 국가기능이다. 이러한 국가기능의 구체적 내용을 형성하는 입법에 있어서, ‘적극성’, ‘능동성’ 및 ‘상하위계’를 특징으로 하는 행정작용의 성격이 ‘객관성’, ‘중립성’ 및 ‘독립성’을 특징으로 하는 사법작용의 성격을 압도하게 되면, 피의자, 피고인 또는 피해자의 기본권이 침해될 위험이 생길 수 있다. 따라서 헌법상 소추권 및 수사권에 해당하는 법률상 권한의 주체와 내용을 구체적으로 형성하는 입법행위에는, 그 내용상 소추 및 수사기능이 갖는 ‘준사법작용’으로서의 ‘객관성ㆍ중립성ㆍ독립성’을 훼손해서는 안 된다는 한계가 있다.
소추 및 수사기능의 객관성ㆍ중립성ㆍ독립성은, 공소제기 또는 공소유지의 ‘여부’를 결정하거나 이를 위한 개별적인 수사 활동의 시작 또는 계속 ‘여부’를 판단하는 등 소추 및 수사의 모든 과정에 요청되며, 개개의 형사사건 모두에 보장되어야 한다. 그러므로 검사의 소추권 또는 수사권이 제한될 경우 그 헌법상 권한의 본질적 내용이 침해되는지를, 예컨대 기소 또는 불기소의 권한과 같은 소추권의 어느 일부분이 검사에게 유보되어 있는지, 검사에게 수사권의 일부가 유보되어 있는 범죄 영역의 범위가 어떠한지와 같은 형식적인 기준으로만 판단할 수는 없다.
수사기능은 소추기능에 실효적으로 기여해야 하는 수단인바, 소추권자인 검사가 ‘수사의 실효성’을 통제하기 위하여 법률상 보유해야 하는 수사권의 종류, 내용 및 범위가 어느 정도까지인지는 원칙적으로 입법정책의 문제라 할 것이다. 다만, 수사의 실효성이 지나치게 축소되어 소추기능을 형해화할 정도이거나, 수사의 실효성 문제가 소추권 행사의 객관성 또는 중립성에 직접적 영향을 미치는 경우에는, 검사의 수사권에 대한 제한을 그 소추권 침해 여부의 판단에도 고려할 수 있다.
소추 및 수사기능의 ‘객관성’과 ‘중립성’ 확보는 형사피고인의 공정한 재판을 받을 권리(헌법 제27조 제1항, 제3항) 및 형사피해자의 재판절차진술권(헌법 제27조 제5항) 등의 기본권 보장을 위한 것이고, 검사가 지는 기본권 보장의 의무(헌법 제10조 후문 참조)는 당사자의 절차적 권리 보장이라는 준사법기관의 본질과 직접적으로 연관된다. 그러므로 국회의 입법행위로 제ㆍ개정된 법률의 내용이 소추권 및 수사권을 행사하는 검사로 하여금 그와 관련된 ‘절차적 기본권 보장의 의무’를 준수할 수 없도록 하는 것이라면, 이는 ‘검사의 직무상 객관성과 중립성’을 훼손하므로, 검사가 준사법기관으로서 행사하는 권한의 본질적 내용을 침해한다고 볼 수 있다. 특히, 법률상 구체화된 검사의 소추권 또는 수사권의 행사가 피해자 또는 피의자를 불합리하게 차별할 수밖에 없게 되는지는, 단지 기본권 주체의 평등권 침해 여부에 그치는 것이 아니라, 검사의 직무상 객관성과 중립성이 유지되는지와 직접 관련되므로, 그 권한의 본질적 내용 침해 여부의 문제가 될 수 있다.
소추 및 수사기능의 ‘독립성’ 확보는 그 객관성 및 중립성을 보장하기 위한 것으로, 소추 및 수사기능은 행정권 내의 상하위계 또는 정치권력으로부터 독립하여 오로지 법률 및 적법절차원칙에 따라 실현되도록 하여야 한다.
행정권 내의 상하위계와 관련하여, 특히 공공의 안전과 질서의 유지를 위한 행정작용을 수행하는 대표적인 기관으로서 준사법기관이 아닌 ‘경찰’에 법률로써 수사권을 부여하는 경우 그 조직과 기능의 속성에 유의해야 한다. 헌법에서 ‘경찰’이 언급되는 조항으로, 헌법 제29조에서는 국가배상청구권이 일정 범위로 제한되는 경우에 관하여 ‘경찰공무원’의 ‘전투ㆍ훈련 등 직무집행과 관련하여 받은 손해’를, 헌법 제32조 제6항은 ‘상이군경’ 및 ‘전몰군경’의 유가족에 대한 우선적 근로기회의 부여를 각각 규정하고 있다. 이 조항들은 경찰의 기능 또는 권한에 관하여 규율한 것이 아니지만, 국가안전보장과 질서유지를 위한 공권력 행사로서 ‘경찰공무원’이 수행하는 직무가 ‘군인’과 유사하게 ‘신체적 위험을 수반하는 물리력의 동원’과 관련이 있음을 전제로 한다. 또한, ‘경찰’은 행정조직 중에서도 특히 ‘상하위계’가 강하다는 특징이 있다는 점에서도 ‘국군’과 유사하다. 이처럼 공권력 행사 시 물리력을 동원할 수 있고 상하위계가 강한 행정조직이라는 경찰의 속성 및 헌법 제12조 제3항과 제16조에서 체포ㆍ구속ㆍ압수ㆍ수색에 관하여 검사의 영장신청권을 규정함으로써 다른 수사기관에 의한 인권침해의 가능성을 줄이려 한 취지를 고려하면, 경찰에 법률상 수사권을 부여할 경우에는 반드시 준사법기관인 검사가 수사의 실효성과 적법성을 통제할 수 있어야 하고, 그 통제에 있어 객관성과 중립성이 훼손되지 않도록 하여야 한다.
소추 및 수사기능의 독립성은 준사법기관인 ‘검사의 직무수행’에서도 보장되어야 하므로, 개별 사건에 대한 구체적인 수사 및 소추의 과정에서 검사가 공소제기 여부와 같은 주요 결정을 객관적이고 적법한 증거에 의하여 할 수 있는 권한이 ‘검찰조직 내부’의 상하위계에 따른 지시로 본질적으로 침해되지 않도록 하여야 하고, 이러한 검사의 직무상 독립성은 ‘검찰조직 외부’의 정치권력으로부터도 지켜질 수 있도록 하여야 한다.
이와 같은 ‘검사의 직무상 독립성’을 전제로 소추 및 수사기능의 객관성과 중립성을 담보하기 위하여 검사의 권한 행사는 원칙적으로 ‘사법적인 관점에서 통제’되어야 하며, 범죄로부터 국민과 사회 안전을 보호하는 형사정책의 구체적인 방향 역시 법적인 관점에서 설정되어야 한다.
다) 이상 살펴본 바와 같이 검사의 소추권 또는 수사권을 제한하는 내용의 입법행위에는 기능적 권력분립의 관점에서 준사법작용인 소추 및 수사기능의 객관성ㆍ중립성ㆍ독립성을 훼손해서는 안 된다는 한계가 있고, 국회의 입법행위의 내용으로 헌법상 검사의 소추권 및 수사권의 본질적 내용이 침해되는지는 이러한 입법의 한계를 일탈하였는지 여부에 따라 판단해야 할 것이다.
4) 법치국가원리에 따른 입법형성의 한계
입법작용에도 법치국가원리가 적용되는바, 가령 법률 사이의 체계부조화나 불명확성으로 인하여 집행기관이 법률을 준수할 수 없거나 자의적으로 집행할 수밖에 없고 법률해석으로도 이를 극복할 수 없는 경우, 이러한 입법형성은 법치국가원리에 반한다. 만약, 검사의 수사권 또는 소추권을 제한하는 입법행위가 국회 스스로 마련한 검사에 관한 다른 제도와 명백하게 모순되어 그 기능이 정상적으로 실현되지 못하도록 한다면, 이는 법체계의 정합성에 부합하지 않으므로 법치국가원리에 따른 입법의 한계를 일탈한 것이며, 이로써 검사의 권한을 침해한다고 볼 수 있다.
입법절차상 하자 여부와 관련하여 입법작용에 적용되는 적법절차원칙도 법치국가원리상 한계에 해당한다.
(나) 권한침해 여부의 판단
1) 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목
이 사건 법률개정행위로 개정된 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에서는, 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위를 ‘부패범죄, 경제범죄, 공직자범죄, 선거범죄, 방위사업범죄, 대형참사 등 대통령령으로 정하는 중요 범죄’에서 ‘부패범죄, 경제범죄 등 대통령령으로 정하는 중요 범죄’로 변경함으로써, ‘공직자범죄, 선거범죄, 방위사업범죄 및 대형참사’에 관하여 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄의 영역을 축소하였다.
어떤 종류의 범죄에 대하여 사법경찰관의 1차 수사 없이도 검사가 직접 수사를 개시할 수 있도록 하는 것이 수사기능의 실효성 확보에 기여하느냐는 원칙적으로 범죄에 대응하는 국가의 자원 투입에 관한 정책의 문제라 할 것이다.
그러나 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에 따라 검사가 1차로 수사를 개시할 수 없게 된 ‘공직자범죄, 선거범죄, 방위사업범죄, 대형참사’의 영역에서 검사의 소추권 또는 수사권의 본질적 내용이 침해되는지는, 수사기능의 실효성과 관련된 국가의 범죄 대응 정책의 문제가 아니라, 검사의 직접 수사개시 범죄에서 배제된 결과 필연적으로 사법경찰관이 1차로 수사해야 하는 사건의 처리, 즉 송치사건에 대한 보완수사 및 사법경찰관의 불송치결정에 대한 통제 등의 문제와 연관하여 판단해야 한다.
만약, 이 사건 법률개정행위에서 형사소송법을 개정함에 따른 몇 가지 유형의 송치사건에 대한 검사의 보완수사 범위의 제한(개정 형사소송법 제196조 제2항), 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권 배제(개정 형사소송법 제245조의7 제1항)와 관련하여, 검사의 직무상 객관성, 중립성 또는 독립성이 훼손됨이 확인된다면, 검사의 직접 수사개시 범죄에서 원칙적으로 제외된 공직자범죄, 선거범죄, 방위사업범죄 및 대형참사의 영역에서도 같은 사유가 있게 되므로, 이 경우 피청구인이 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목을 개정한 행위도 위와 같은 형사소송법의 개정행위와 결합하여 청구인들 중 검사들의 소추권 및 수사권을 침해한다고 볼 수 있다.
따라서 이 사건 법률개정행위 중 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에 관한 부분에 의한 청구인들 중 검사들의 권한침해 여부는, 이 사건 법률개정행위의 다른 주요 내용과의 연관 속에서 판단되어야 할 것이다.
이 사건 법률개정행위의 주요 내용을 살펴보면, 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 규정상 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄 영역에 대해서는 개정 검찰청법 제4조 제2항 및 제24조 제4항에 의하여 ‘검사의 직무상 독립성’이 훼손되는지 여부가 문제 되고, 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에 따라 검사가 직접 수사를 개시할 수 없게 되어 사법경찰관이 1차로 수사하게 된 영역에서는 개정 형사소송법 제196조 제2항 및 제245조의7 제1항에 의하여 ‘검사의 직무상 객관성 및 중립성’이 훼손되는지 여부가 문제 되는바, 이에 관하여 이하에서 상세히 검토한다.
2) 개정 검찰청법 제4조 제2항
이 사건 법률개정행위로 신설된 개정 검찰청법 제4조 제2항에서는, 검사는 원칙적으로 자신이 수사개시한 범죄에 대해서는 공소를 제기하지 못하며, 다만 사법경찰관이 송치한 범죄에 대하여는 그러하지 아니한 것으로 규정하였다. 이러한 입법의 취지는 검사의 직접 수사를 되도록 제한하고 수사개시 검사가 기소의 결론을 지향하여 수사하는 것을 통제하고자 한 것으로 판단된다.
개정 검찰청법 제4조 제2항에 의하면, 부패범죄, 경제범죄 등과 경찰공무원이 범한 범죄(검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목, 나목) 및 이와 관련하여 인지한 직접 관련성이 있는 범죄(경합범, 공범, 위증, 증거인멸, 범인은닉 등, 검찰청법 제4조 제1항 제1호 다목)의 경우, 사법경찰관의 수사 없이 검사가 수사를 개시할 수 있고, 이와 같이 수사를 개시하여 수행한 검사는 ‘공소를 제기할 권한’이 없다.
위와 같은 경우 검사가 범죄혐의를 발견하여 수사를 개시하고 적법절차에 따라 유죄의 증거를 수집하였더라도 공소를 제기할 권한은 다른 검사에게 있게 되는데, 수사개시 검사의 기소의견과 공소제기 검사의 불기소의견이 상충되면, 공소제기 검사의 의견에 따라 불기소처분을 하게 된다. 이것은 개정 검찰청법 제4조 제2항의 입법취지에 비추어볼 때, 예외적인 상황이 아니라 이 조항으로 규율하고자 하는 전형적인 경우에 해당한다.
검찰청법 제7조 제1항은 "검사는 검찰사무에 관하여 소속 상급자의 지휘ㆍ감독에 따른다."라고 규정하고, 같은 조 제2항은 "검사는 구체적 사건과 관련된 제1항의 지휘ㆍ감독의 적법성 또는 정당성에 대하여 이견이 있을 때에는 이의를 제기할 수 있다."라고 규정하고 있다.
개정 검찰청법 제4조 제2항이 신설되기 이전에는 검사는 독임제 단독관청으로서 스스로 수사를 개시한 사건의 기소 여부를 최종적으로 결정할 권한과 책임을 보유하고 있었으므로, 수사개시 검사는 기소의견을 가진 사건에 대하여 검찰청법 제7조 제1항에 따라 지휘ㆍ감독권이 있는 상급자가 불기소의견을 제시하더라도, 검찰청법 제7조 제2항의 이의제기 등을 통하여 의견의 상충을 조정할 수 있었다.
그러나 개정 검찰청법 제4조 제2항에 의하면, 검찰청법 제7조 제1항에 따라 상급자인 검찰청의 장이나 부장검사 등이 스스로 공소제기 검사가 되거나, 수사개시 검사가 아닌 공소제기 검사를 지휘하는 방법으로 불기소의견을 제시하는 경우, 수사개시 검사는 스스로 적법하게 수집한 증거에 의하여 기소의견을 갖게 되더라도, 자신이 공소를 제기할 권한이 없으므로 상급자의 불기소의견의 적법성 또는 정당성에 대하여 이의를 제기할 수 없다.
수사기능은 소추기능의 실현을 위한 수단의 성격을 가지는 점과 보완수사의 가능성 및 필요성을 고려할 때, 수사개시 검사의 기소의견과 공소제기 검사의 불기소의견이 상충될 경우 법적으로 공소제기 검사의 불기소의견에 따를 수밖에 없도록 하고, 여기에 검찰사무에 관한 상급자의 지휘ㆍ감독권이 결합되면, 검찰조직 내에서 공소제기 검사가 수사개시 검사의 수사를 지휘하는 것이 제도화될 수 있다.
특히, 개정 검찰청법 제4조 제2항이 규율하는 주된 범죄 영역은, 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄로 규정한, 부패범죄, 경제범죄 등과 경찰공무원이 범한 범죄 및 이와 직접 관련성이 있는 공범, 위증 또는 증거인멸, 범인은닉 등으로, 이러한 영역에는 정치권력 또는 경제적ㆍ사회적 권력의 영향이 강하게 작용할 위험이 있다. 개정 검찰청법 제4조 제2항은 이러한 위험이 있는 범죄 영역에 대한 검사의 소추권 및 수사권 행사에 관하여 검찰조직을 구성하는 검사들 사이에 기소 여부 결정권에 기초한 상하위계를 새롭게 형성하는 결과를 초래한다.
검사가 소추기능의 핵심 영역에 해당하는 기소 여부에 관하여 스스로 결정권을 보유하는 것은, 적법절차를 준수하여 증거에 따른 객관적이고 중립적인 판단으로 관할 사무를 처리하는 준사법기관의 본질적인 요소이다. 이러한 사무에 관하여 상급자의 지휘ㆍ감독을 받는다고 하더라도, 이는 그 권한을 적정하게 행사하도록 하는 통제에 해당할 뿐, 권한 행사의 독립성이 본질적으로 훼손되는 것은 아니라고 볼 수도 있다. 하지만, 검사가 기소 여부에 관한 결정권이 없는 상태에서 상급자의 지휘ㆍ감독을 받게 되면, 소추 및 수사기능의 ‘상하위계’에 따르는 행정작용의 성격이 ‘독립성’을 특징으로 하는 사법작용의 성격을 압도하게 되므로, 소추권뿐만 아니라 수사권의 행사에 관해서도 준사법기관으로서의 ‘직무상 독립성’이 본질적으로 훼손된다.
이와 같이 개정 검찰청법 제4조 제2항은 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 부패범죄, 경제범죄 등 정치권력 또는 경제적ㆍ사회적 권력의 영향이 강하게 작용할 위험이 있는 범죄 영역에 대하여, 검찰사무의 지휘ㆍ감독에 관한 검찰청법 제7조와 결합하여 공소제기 검사가 수사개시 검사를 지휘할 수 있도록 제도화하고 검찰조직의 상하위계를 강화함으로써, 검사의 소추권 및 수사권 행사에 관한 직무상 독립성을 훼손하고, 직무상 객관성과 중립성에 대한 위험도 증대시켰다.
따라서 이 사건 법률개정행위 중 개정 검찰청법 제4조 제2항에 관한 부분은 준사법기관으로서의 검사의 직무상 독립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해한다.
3) 개정 검찰청법 제24조 제4항
이 사건 법률개정행위로 신설된 개정 검찰청법 제24조 제4항에서는, 검찰총장이 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 ‘부패범죄, 경제범죄 등 대통령령으로 정하는 중요 범죄’에 대한 수사를 개시할 수 있는 부의 직제 및 해당 부에 근무하고 있는 소속 검사와 공무원, 파견 내역 등의 현황을 분기별로 국회에 보고하여야 하는 것으로 규정하였다.
국회는 국정감사 또는 조사권(헌법 제61조), 국무총리ㆍ국무위원 또는 정부위원에 대한 출석요구 및 질문권(헌법 제62조) 등 헌법상 국정통제권한이 있으나, 여기에는 재판이나 범죄수사 및 소추 등 사법적 성격을 가진 작용에는 관여하지 못한다는 한계가 있다(국정감사 및 조사에 관한 법률 제8조 참조). 예컨대 국회는 형사정책의 수립과 이행 상황의 점검, 검찰사무의 투명성과 일관성 확보의 관점에서 검찰사무 전반의 성과와 관련된 통계를 보고 받는 등의 활동을 할 수 있을 것이나, 검사의 수사 및 소추에 정치적 영향력을 행사하는 행위를 할 수는 없다고 할 것이다.
그런데 개정 검찰청법 제24조 제4항의 보고의무 조항은 국회의 일반적인 국정감사ㆍ조사권(헌법 제61조) 및 국무위원이나 정부위원에 대한 출석요구ㆍ질문권(헌법 제62조)과는 별도로, 검찰의 조직 구성에 관하여 ‘지방검찰청 및 지청의 사무를 분장하기 위한 부’에 관하여 규율하는 ‘부장검사’ 부분에 보고의 내용, 시기, 주체를 다음과 같이 규율하는 내용으로 신설되었다.
위 조항에서 국회에 대한 ‘보고의 내용과 시기’에 관해 규정한 내용은, 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 부패범죄, 경제범죄 등에 관하여 수사를 개시할 수 있거나 진행 중인 담당 인력에 대한 구체적인 정보를 국회가 분기별로 취득할 수 있도록 되어 있다.
국회에 대한 ‘보고의 주체’는 ‘검찰총장’으로 규정되어 있는데, 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 부패범죄, 경제범죄 등의 영역에서는 수사개시 검사가 공소를 제기하지 못하도록 한 개정 검찰청법 제4조 제2항에 의하여 소추 및 수사에 관한 검찰조직 내 검사들 사이의 상하위계가 새롭게 형성될 수 있으므로, 검찰총장에 대한 정치적 압력이 있을 경우 구체적 사건에 대한 지휘ㆍ감독체계에 따라 일선 검찰청의 부서에까지 영향을 미칠 위험이 더욱 커졌다.
이와 같은 개정 검찰청법 제24조 제4항의 내용은 부패범죄, 경제범죄 등 정치권력 또는 경제적ㆍ사회적 권력의 영향이 강하게 작용할 위험이 있는 범죄 영역에 대한 검사의 수사 및 기소 문제에 대하여, 국회 내의 정치세력이 검찰조직 내의 강화된 상하위계를 통하여 영향력을 행사할 수 있도록 하는 것이다. 이러한 입법은 국회의 국정통제권한의 한계를 넘어선 것으로, 검사의 직무에 정치적 압력이 작용하는 외관을 형성하고, 실제로 작용할 위험을 초래하기도 하므로, 그 독립성을 훼손한다.
따라서 이 사건 법률개정행위 중 개정 검찰청법 제24조 제4항에 관한 부분은 준사법기관으로서의 검사의 직무상 독립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해한다.
4) 개정 형사소송법 제196조 제2항
가) 신설된 조항의 내용
이 사건 법률개정행위로 신설된 개정 형사소송법 제196조 제2항에서는, 사법경찰관이 송치한 사건 중 시정조치요구 불이행에 따른 송치 요구(형사소송법 제197조의3 제6항), 체포ㆍ구속장소 감찰 시 위법한 체포ㆍ구속의 의심에 기초한 송치 명령(형사소송법 제198조의2 제2항), 사법경찰관의 불송치결정에 대한 이의신청(형사소송법 제245조의7 제2항)에 따라 송치된 사건에 대해서는, ‘해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내’에서만 검사가 직접 수사할 수 있도록 하였다. 
나) 사법경찰관의 송치결정 이후의 수사 절차
사법경찰관이 범죄를 수사한 때 혐의가 있다고 인정되는 경우에는 지체 없이 검사에게 사건을 송치하고, 관계 서류와 증거물을 검사에게 송부하여야 한다(형사소송법 제245조의5 제1호). 사법경찰관이 범죄를 수사한 사건에서 스스로 범죄 혐의가 있다고 인정하는 경우 이외에 검사에게 사건이 송치되는 경우로는, 개정 형사소송법 제196조 제2항에 규정된 위 세 가지 유형 및 검사가 사법경찰관과 동일한 범죄사실을 수사하게 되어 수사의 경합이 생김에 따라 사법경찰관에게 사건의 송치를 요구하는 경우(형사소송법 제 197조의4 참조)가 있다.
사법경찰관으로부터 사건을 송치받은 검사는 송치사건의 공소제기 여부 결정 또는 공소의 유지에 관하여 필요한 경우 사법경찰관에게 보완수사를 요구할 수 있으며, 사법경찰관은 정당한 이유가 없는 한 지체 없이 이를 이행하고, 그 결과를 검사에게 통보하여야 한다(형사소송법 제197조의2).
검사는 사법경찰관이 송치한 사건에 대하여 직접 보완수사를 할 수도 있다. 이 때 검사는 검찰청법 제4조 제1항 제1호 다목에 의하여 송치된 범죄와 ‘직접 관련성이 있는 범죄’를 인지하여 수사를 개시할 수 있는데, 사법경찰관이 스스로 범죄혐의가 인정된다고 판단하여 송치한 경우가 아닌 경우 중 개정 형사소송법 제196조 제2항의 세 가지 유형의 송치사건에 대해서는 검찰청법 제4조 제1항 제1호 다목의 적용이 제한되어 ‘해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내’에서만 수사할 수 있다. 이 경우 검사는 송치된 범죄와 직접 관련성이 있더라도 해당 사건의 범죄사실과 동일성이 인정되는 범위를 벗어나는 공범이나 추가 피해에 관한 범죄 등을 인지하여 수사할 수는 없다. 형사소송법 제197조의4에 의한 수사의 경합에 따른 사건 송치는 이미 검사가 동일한 범죄사실을 수사하게 된 경우를 전제로 하므로, 별도로 검사가 수사할 수 있는 범위가 문제 되지 않는다.
다) 검사의 소추권 및 수사권의 본질적 내용 침해 여부
① 범죄사실과 죄명은 객관적 증거가 확인되는 수사의 진행에 따라 정해지는 것이고, 때로는 피의자나 피해자 등이 수사 초기에 추정하는 바와 다르게 특정될 수도 있다. 이처럼 수사과정에서 사실관계에 대한 증거의 수집과 그 가치에 대한 판단은 유동적이고, 수사의 결과에 따른 범죄사실 및 죄명과 적용법조는 법률전문가로서 소추권자인 검사의 판단으로 특정되는 것이며, 준사법기관이 아닌 사법경찰관의 1차 수사만으로 확정될 수 없다.
개정 형사소송법 제196조 제2항에 규정된 ‘동일성’의 해석과 관련된 기준으로 제시되는 ‘동일한 범죄사실’ 또는 ‘공소사실의 동일성’도, 형사소송법상 검사가 직접 수사를 하는 경우나(형사소송법 제197조의4 참조), 검사가 영장을 청구하는 체포 또는 구속의 경우(형사소송법 제200조의2 제4항, 제208조 참조), 또는 검사가 하는 공소장 변경의 경우(형사소송법 제298조 제1항 참조)에 관하여 규정되어 있다.
형사소송법 제197조의2에서 검사가 송치된 사건에 대한 보완수사요구를 할 수 있도록 규정한 것, 그리고 형사처벌조항으로 인한 기본권침해를 이유로 하는 헌법소원심판의 청구기간에 관하여, 기본권침해사유가 발생한 시점은 청구인의 행위가 당해 법령의 위반행위에 해당한다는 이유로 형사처벌을 받을 가능성이 발생하는 시점으로서 당해 법령의 위반을 이유로 검사가 공소를 제기한 시점을 기준으로 판단하는 것(헌재 2011. 7. 28. 2010헌마432; 헌재 2011. 12. 29. 2009헌마476 등 참조)도 그 맥락이 같다.
② 사법경찰관이 송치한 사건에 대하여 검사가 기소 여부를 결정하기 위하여 기록을 검토하고 해당 범죄의 증거에 대한 보완수사를 진행한 결과, 공범 또는 추가 피해사실이 발견되는 등 해당 범죄와 직접 관련성이 있는 범죄의 단서가 발견되는 경우, 신속한 범인 확보와 증거의 수집 및 보전을 위해서는 검사가 곧바로 그와 같은 직접 관련성 있는 범죄를 인지하여 수사함으로써 수사의 실효성을 확보할 필요가 있다. 이것은 수사권이 남용되는 별건 수사라고 보기 어렵고, 검찰청법 제4조 제1항 제1호 다목에서 사법경찰관이 송치한 범죄와 관련하여 인지한 직접 관련성이 있는 범죄를 ‘검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄’에 포함한 것도 같은 취지로 볼 수 있다.
그런데 개정 형사소송법 제196조 제2항에 규정된 송치사건의 세 가지 유형은, 사법경찰관의 수사과정에서 법령위반, 인권침해 또는 현저한 수사권 남용이 의심되는 경우의 시정조치요구 불이행에 따른 검사의 송치 요구(형사소송법 제197조의3 제6항), 적법한 절차에 의하지 아니하고 체포 또는 구속된 것이라고 의심할 만한 상당한 이유가 있는 경우에 하는 검사의 송치 명령(형사소송법 제198조의2 제2항), 그리고 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고소인이나 피해자 등의 이의신청에 따른 송치 의무(형사소송법 제245조의7 제2항)에 근거하여 송치된 것으로, 모두 사법경찰관의 1차 수사에 위법의 의심이 있거나 수사미진의 가능성이 있는 경우들이다. 이러한 사건들은 사법경찰관의 1차 수사가 적정하지 않은 방향으로 진행되어 이를 바로 잡을 필요가 있거나, 그 수사 방향에 고소인이나 피해자 등의 이의가 있는 경우이므로, 수사의 실효성 확보가 사법경찰관이 기소의견으로 송치한 경우보다 더욱 절실하게 필요하다.
하지만, 개정 형사소송법 제196조 제2항에 의하면 위와 같은 유형의 송치사건에 관해서는, 검사가 수사할 때 공범이 확인되거나 추가 피해사실이 발견되는 등 송치된 범죄와 직접 관련성이 있는 범죄의 단서가 확인되더라도, 검사는 그 범죄를 인지하여 수사를 개시할 수 없으므로, 오히려 수사의 실효성이 저하된 절차에 의할 수밖에 없고, 그만큼 형사피의자의 신속하고 공정한 재판을 받을 권리 및 형사피해자의 재판절차진술권의 보장 수준도 저하된다. 이는 검사의 수사권뿐만 아니라 소추권 행사에 대해서도 그 객관성 및 중립성을 해치고, 당사자의 절차적 기본권 보장에 있어 수사기관의 노력과 상관없이 불합리한 차별을 초래한다.
③ 이와 같이 개정 형사소송법 제196조 제2항은 검사가 수사권 및 소추권을 행사할 때 형사피의자나 형사피해자를 합리적 이유 없이 차별 취급하도록 함으로써, 검사로 하여금 그와 관련된 신속하고 공정한 재판을 받을 권리 또는 재판절차진술권 등 절차적 기본권 보장의 의무를 준수할 수 없도록 한다.
따라서 이 사건 법률개정행위 중 개정 형사소송법 제196조 제2항에 관한 부분은 준사법기관으로서의 검사의 직무상 객관성과 중립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해한다.
5) 개정 형사소송법 제245조의7 제1항
가) 개정된 조항의 내용
이 사건 법률개정행위로 개정된 형사소송법 제245조의7 제1항에서는, 사법경찰관으로부터 불송치의 취지와 이유를 통지받은 고소인, 피해자 등 이의신청을 할 수 있는 주체에서 ‘고발인을 제외’하는 것으로 규정하였다.
나) 사법경찰관의 불송치결정 이후의 수사 절차
① 사법경찰관이 범죄를 수사한 결과 범죄의 혐의가 인정된다고 판단하지 아니하여 사건을 송치하지 않는 경우에는 그 이유를 명시한 서면과 함께 관계 서류와 증거물을 지체 없이 검사에게 송부하여야 하고, 검사는 이를 송부받은 날부터 90일 이내에 사법경찰관에게 반환하여야 한다(형사소송법 제245조의5 제2호).
검사는 사법경찰관의 불송치결정이 위법 또는 부당한 때에는 그 이유를 문서로 명시하여 사법경찰관에게 재수사를 요청할 수 있고, 이러한 요청이 있는 때에는 사법경찰관은 사건을 재수사하여야 한다(형사소송법 제245조의8).
② 검사의 재수사요청 이후의 절차에 관해서는 형사소송법에서 직접 규율하지 않으며, 대통령령인 ‘검사와 사법경찰관의 상호협력과 일반적 수사준칙에 관한 규정’(이하 ‘수사준칙’이라 한다)에 의하여 규율된다.
검사가 사법경찰관에게 재수사요청을 하려는 경우에는 관계 서류와 증거물을 송부받은 날부터 90일 이내에 해야 한다. 다만, 불송치결정에 영향을 줄 수 있는 명백히 새로운 증거 또는 사실이 발견된 경우, 또는 증거 등의 허위, 위조 또는 변조를 인정할 만한 상당한 정황이 있는 경우에는 위 90일이 지난 후에도 재수사를 요청할 수 있다. 검사가 재수사를 요청할 때에는 그 내용과 이유를 구체적으로 적은 서면으로 해야 하고, 송부받은 관계 서류와 증거물을 사법경찰관에게 반환해야 한다. 검사는 재수사를 요청한 경우 그 사실을 고소인 등에게 통지해야 한다(수사준칙 제63조).
사법경찰관이 검사의 재수사요청에 따라 재수사를 한 경우, 범죄의 혐의가 있다고 인정하는 경우에는 사건을 검사에게 송치하고 관계 서류와 증거물을 송부하는 반면, 기존의 불송치결정을 유지하는 경우에는 재수사결과서에 그 내용과 이유를 구체적으로 적어 검사에게 통보한다(수사준칙 제64조 제1항).
사법경찰관의 재수사 결과 범죄의 혐의가 있다고 인정하여 사건을 검사에게 송치하면, 검사는 보완수사요구(형사소송법 제197조의2) 또는 직접 보완수사를 할 수 있고 종국적으로 공소제기 여부를 결정한다.
반면, 사법경찰관이 기존의 불송치결정을 유지하는 재수사 결과를 통보한 경우에는 검사는 그 사건에 대해서 다시 재수사를 요청하거나 송치 요구를 할 수 없다. 다만, 사법경찰관의 재수사에도 불구하고 관련 법리에 위반되거나, 송부받은 관계 서류 및 증거물과 재수사 결과만으로도 공소제기를 할 수 있을 정도로 명백히 채증법칙에 위반되거나, 공소시효 또는 형사소추의 요건을 판단하는 데 오류가 있어 사건을 송치하지 않은 위법 또는 부당이 시정되지 않은 경우에는, 재수사 결과를 통보받은 날부터 30일 이내에 시정조치요구 불이행의 경우에 준하여 형사소송법 제197조의3에 따라 사건송치를 요구할 수 있다(수사준칙 제64조 제2항).
③ 한편, 사법경찰관은 불송치결정을 한 경우 검사에게 관계 서류와 증거물을 송부한 날부터 7일 이내에 서면으로 고소인ㆍ고발인ㆍ피해자 또는 그 법정대리인(피해자가 사망한 경우에는 그 배우자ㆍ직계친족ㆍ형제자매를 포함한다)에게 사건을 검사에게 송치하지 아니하는 취지와 그 이유를 통지하여야 한다(형사소송법 제245조의6).
이러한 통지를 받은 고소인 등은 해당 사법경찰관의 소속 관서의 장에게 이의를 신청할 수 있고, 사법경찰관은 이러한 이의신청이 있는 때에는 지체 없이 검사에게 사건을 송치하고 관계 서류와 증거물을 송부하여야 하며, 처리결과와 그 이유를 이의신청인에게 통지하여야 한다(형사소송법 제245조의7). 다만, 이 사건 법률개정행위에 따라 이와 같이 송치된 사건에 대한 검사의 직접 보완수사의 범위는 해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내로 제한되며(개정 형사소송법 제196조 제2항), 이의신청권자에서 고발인은 제외된다(개정 형사소송법 제245조의7 제1항).
사법경찰관의 불송치결정에 대한 검사의 재수사요청으로 재수사 중인 사건에 대하여도, 고소인, 피해자 등의 이의신청이 있는 경우에는 사법경찰관은 재수사를 중단해야 하며, 해당 사건을 지체 없이 검사에게 송치하고 관계 서류와 증거물을 송부해야 한다(수사준칙 제65조).
다) 사법경찰관의 불송치결정으로 인한 검사의 소추권 및 수사권 제한
① 사법경찰관이 불송치한 사건들 중에는 증거의 추가 수집 등 수사에 보완이 이루어지면 기소할 수 있는 사건이 있을 수 있는데, 사건이 그대로 종결되고 검사에게 송치되지 않으면 검사의 ‘기소할 권한’이 제한된다.
또한, 사건이 검사에게 송치되지 않으면 검사가 ‘불기소처분을 할 권한’도 행사할 수 없다. 특히, 검사가 기소를 유예할 권한(형사소송법 제247조)은 범죄수사의 결과 혐의가 인정되는 경우 행사할 수 있는데, 수사가 미진한 상태에서 사법경찰관의 불송치결정으로 사건이 검사에게 송치되지 않으면, 검사는 기소유예처분을 할 수 없다.
사법경찰관의 불송치결정으로 사건이 종결되어 검사가 해당 사건에 대한 공소제기 여부를 결정하지 못하면, 검사는 공소제기를 전제로 공판절차에서 변론과 입증, 공소취소 여부를 결정하는 등의 ‘공소유지’에 관한 권한을 행사할 여지도 없게 된다. 
따라서 사법경찰관의 불송치결정으로 사건이 검사에게 송치되지 않고 종결되면, 해당 사건에 대해서는 검사의 ‘소추권’이 크게 제한된다.
② 사법경찰관이 불송치결정을 하더라도 이후 해당 사건이 검사에게 송치되면, 검사는 공소제기 여부를 결정하고 공소를 제기한 경우 그 유지에 관한 권한을 행사할 수 있으므로, 소추권에 대한 제한이 회복ㆍ완화될 수 있다.
그런데 사법경찰관이 불송치한 사건에 대하여 검사의 판단으로 사건을 송치하도록 할 수 있는 경우는 매우 예외적으로만 규정되어 있고, 그 요건도 엄격하다.
검사는 사법경찰관의 수사과정에서 법령위반, 인권침해 또는 현저한 수사권 남용이 의심된다는 이유로 시정조치를 요구할 수 있고, 사법경찰관이 정당한 이유 없이 이를 불이행한 경우 사건의 송치를 요구할 수 있으나(형사소송법 제197조의3), 현실적으로 사법경찰관이 사건의 송치 여부를 결정하여 검사에게 기록을 송부하기 전에 검사가 적극적으로 법령위반 등을 발견하여 시정조치를 요구하기는 어렵다.
검사는 사법경찰관이 불송치결정을 하였을 때 해당 서류와 증거물만으로 불송치결정의 위법 또는 부당 여부를 판단하여 재수사를 요청할 수 있으나(형사소송법 제245조의8), 사법경찰관으로부터 송부받은 관계 서류와 증거물을 90일 이내에 반환하여야 하고(형사소송법 제245조의5 제2호), 수사준칙 제63조 제1항 본문에 의하면 재수사요청도 해당 기간 내에 하여야 하는 것이 원칙이다.
예외적으로 수사준칙 제63조 제1항 단서에 의하면 불송치결정에 영향을 줄 수 있는 명백히 새로운 증거 또는 사실이 발견된 경우, 또는 증거 등의 허위, 위조, 변조를 인정할 만한 상당한 정황이 있는 경우에는 검사는 위 90일이 지난 후에도 재수사요청을 할 수 있으나, 같은 조 제2항 후문에 의하면 재수사요청을 할 때 검사는 사건의 관계 서류 및 증거물을 반환해야 하고, 이에 관한 90일 이내의 반환 기간은 형사소송법 제245조의5 제2호에 예외 없이 규정되어 있으며, 검사에게는 직접 수사를 개시할 수 없는 범죄 영역에서 사법경찰관의 수사에 대한 지휘권도 없으므로, 사건 기록의 범위를 벗어나서 명백히 새로운 증거 또는 사실 등이 발견되거나, 증거 등의 허위, 위조, 변조를 인정할 만한 상당한 정황이 나타나는 것은 매우 예외적인 상황이라고 볼 수밖에 없다.
그런데 위와 같이 지극히 예외적인 상황이 아닌 일반적인 경우에 있어서, 사건 관련자가 다수이거나 범죄사실 또는 관련 쟁점 및 증거가 많은 경우에도 검사가 사법경찰관이 수사한 기록만으로 그 기록을 송부받은 날부터 90일 이내에 불송치결정의 위법 또는 부당 여부를 판단할 수 있다고 보기는 어렵다. 또한, 형사소송법은 사법경찰관이 재수사 이후에도 불송치결정을 유지할 경우에 관하여 별도로 규정하고 있지 않아 검사의 요청에 따른 재수사의 실효성이 보장되는 것도 아니다. 수사준칙 제64조 제2항에 의하면, 검사의 사법경찰관에 대한 재수사요청은 원칙적으로 1회에 한하며, 재수사의 결과 불송치결정이 유지될 때 검사가 시정조치요구에 준하여 사건 송치를 요구할 수 있는 경우는 관련 법리 위반, 송부받은 관계 서류 및 증거물과 재수사 결과만으로도 공소제기를 할 수 있을 정도의 명백한 채증법칙 위반, 공소시효 또는 형사소추 요건 판단의 오류와 같은 위법 사유가 있는 경우로 한정된다.
이와 같이 사법경찰관이 불송치결정을 한 경우에는, 송치결정의 경우 검사가 횟수 및 기간 제한 없이 보완수사요구를 할 수 있고 직접 보완수사를 할 수도 있는 것과 달리, 검사가 공소제기 여부를 결정하기 위하여 재수사요청 등을 통해 증거를 보완하여 수집하고 보전할 수 있는 수단이 크게 제약되어 있으며, 이처럼 사법경찰관이 불송치결정한 사건에 대한 검사의 ‘수사권’이 제한됨에 따라 그대로 사건이 종결되면, 검사가 해당 사건에 대한 ‘소추권’을 행사하는 것도 불가능해진다.
③ 그런데 사법경찰관의 불송치결정의 취지와 이유를 통지받은 고소인, 피해자 등의 이의신청은, 그 신청권자의 범위 이외에 특별한 요건 및 기간의 제한이 없고, 이의신청이 있다는 사유만으로 사건이 검사에게 송치되므로(형사소송법 제245조의6 및 제245조의7 참조), 위와 같은 사법경찰관의 불송치결정으로 인한 검사의 소추권에 대한 제한을 상당한 정도로 회복ㆍ완화하는 의미가 있다. 다만, 이러한 이의신청으로 사건이 검사에게 송치된 경우 검사가 직접 보완수사를 할 수 있는 범위는 송치된 사건과 동일성을 해치지 않는 범위 내로 제한된다(개정 형사소송법 제196조 제2항 참조).
라) 검사의 소추권 및 수사권의 본질적 내용 침해 여부
① 개정 형사소송법 제245조의7 제1항은 사법경찰관의 불송치결정을 통지받은 고소인, 고발인, 피해자 및 그 법정대리인 등 중에서 ‘고발인’은 이의신청을 할 수 없도록 규정하였다. 이에 따라 검사가 직접 수사를 개시할 수 없는 범죄에 대한 사법경찰관의 수사가 고발로 개시된 경우, 불송치결정이 있게 되면 위에서 본 바와 같이 매우 제한적인 요건에 따라서만 검사에게 사건이 송치될 수 있고, 그 밖의 경우에는 사건이 검사에게 송치되지 않고 그대로 종결됨으로써 검사의 소추권이 제한된다.
② 형사소송법 제245조의6에는 사법경찰관이 불송치의 취지와 이유를 통지해야 하는 대상으로 고소인, 고발인 이외에 피해자 또는 그 법정대리인 등이 별도로 규정되어 있으므로, 고발인이 피해자의 지위에 있는 경우에는 ‘피해자’로서 이의신청을 할 수 있을 것이다. 그런데 고발 사건에서 사법경찰관이 불송치결정을 하는 경우 중에는 실제로 존재하는 피해자가 사법경찰관의 수사에서 밝혀지지 않거나, 피해자가 불특정 다수인 경우 등 피해자에 대한 통지가 이루어지지 않는 경우가 있을 수 있고, 이러한 경우에는 해당 피해자의 이의신청도 있을 수 없다.
③ 고발 사건들 중에는 피해자가 특정되지 않는 국가적ㆍ사회적 중요 법익을 보호해야 하는 영역에서 국가기관 등에 고발 권한을 부여한 경우, 또는 아동이나 장애인과 같이 피해자가 스스로 권리행사를 하기 어려워 유관 단체나 기관 등의 고발을 통해 그 재판절차진술권을 보장하도록 하는 경우도 존재한다.
기관 고발의 대상이 되거나 사회적 약자가 피해자인 고발 사건들 중에는 범죄사실에 대한 입증이 어렵고, 사건 관계인 사이의 이해관계가 첨예하게 대립되거나, 범죄 혐의가 인정될 경우 피의자 또는 피고인의 불이익이 큰 것들이 많다. 예를 들어 감사원이 공직자가 저지른 범죄에 대하여 고발하는 경우(감사원법 제35조 참조), 해당 공직자는 형사피의자의 지위에 있게 될 뿐만 아니라, 공무원법상 징계처분을 받게 될 위험도 안게 된다. 선거관리위원회 등이 고발하는 선거범죄의 경우, 일정한 범위의 유죄판결이 있으면 피선거권 제한이나 당선무효, 또는 공무담임권 제한의 불이익이 발생할 수 있다(공직선거법 제19조, 제263조부터 제266조까지 참조). 성폭력범죄의 경우 유죄판결 이외에 관련 기관 취업제한 등의 법적인 불이익이 수반될 수 있고(아동ㆍ청소년의 성보호에 관한 법률 제56조 참조), 혐의가 있다는 사실만으로도 사회적 낙인 효과가 발생할 수 있다. 이러한 특성이 있는 범죄들은 그만큼 피의자 또는 피고인이 무혐의 또는 무죄를 강하게 주장하여 다툴 수 있으며, 조직적인 은폐나 정치적 압력, 증거인멸의 시도나 피해자에 대한 회유, 압박 등이 발생할 가능성도 크다. 
위와 같은 범죄 영역에서는 수사기관이 특별히 위법하거나 부당한 행위를 하지 않더라도, 적정한 사건 처리 또는 피해자의 인권 보호에 사각지대가 발생할 가능성이 있으므로, 증거를 수집ㆍ보전하는 ‘수사기능의 실효성’을 높여야 할 필요가 크다. 그런데 사법경찰관의 불송치결정에 대하여 고발인의 이의신청권이 배제되면, 검사가 사법경찰관으로부터 송부받은 수사기록에서 90일 이내에 확인할 수 있는 위법 또는 부당 사유 이외의 수사지연이나 수사미진 등에 대해서는 검사의 통제가 거의 불가능해지므로, 수사의 실효성이 현저히 저하된다.
예를 들어 피해자를 특별히 보호하여야 하는 유형의 성폭력범죄 사건의 경우는 초기에 피해자의 증언을 확보하는 것이 매우 중요한데, 이와 관련하여 ‘성폭력범죄의 처벌 등에 관한 특례법’ 제41조는 성폭력범죄의 피해자나 그 법정대리인 또는 경찰은 피해자가 공판기일에 출석하여 증언하는 것에 현저히 곤란한 사정이 있을 때에는 그 사유를 소명하여 피해자의 진술내용과 조사과정이 촬영된 영상물 또는 그 밖의 다른 증거에 대하여 해당 성폭력범죄를 ‘수사하는 검사’에게 증거보전의 청구를 할 것을 요청할 수 있도록 하는 ‘증거보전의 특례’를 규정하고 있다. 이 경우 피해자가 16세 미만이거나 신체적인 또는 정신적인 장애로 사물을 변별하거나 의사를 결정할 능력이 미약한 경우에는 공판기일에 출석하여 증언하는 것에 현저히 곤란한 사정이 있는 것으로 본다. 이러한 증거보전의 특례 규정은 ‘아동ㆍ청소년의 성보호에 관한 법률’ 제27조에도 규정되어 있다.
위와 같이 피해자를 특별히 보호하여야 하는 유형의 성폭력범죄는 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목 또는 나목에 규정된, 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄에 포함되어 있지 않고, 이러한 성폭력범죄를 제3자가 공익제보자로서 고발하는 경우, 사법경찰관이 불송치결정을 하고 이에 대한 고발인의 이의신청권이 배제되어 검사에게 사건이 송치되지 않으면, 검사는 해당 사건을 ‘수사하는 검사’가 아니므로 적기에 증거보전청구를 하기 어렵게 된다. 즉, 검사가 수사의 주체로서 사회적 약자인 피해자의 증언 등에 관해 초기에 증거보전청구를 할 필요가 큰 영역에서 불송치결정을 한 사법경찰관에게 재수사요청을 하더라도, 재수사 이후 사건이 송치되기 전에는 검사는 여전히 수사를 하고 있는 상태가 아니므로, 적기에 증거보전청구를 못하게 될 우려가 있어 수사의 실효성이 현저히 저하된다.
④ 이상 살펴본 바와 같이 개정 형사소송법 제245조의7 제1항에 의하여 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권이 배제됨에 따라 사건이 그대로 종결되면, 검사가 공소제기 여부의 결정을 비롯한 소추권을 행사할 여지가 없게 되고, 이 경우 검사가 재수사요청을 통하여 소추권을 회복하는 것은 매우 어려우며, 중요한 국가적ㆍ사회적 법익에 관한 범죄 영역에서 기관 고발의 대상이 되거나 사회적 약자인 피해자가 있는 고발 사건의 영역에서는 수사의 실효성을 확보할 필요가 큼에도 불구하고 그 실효성이 크게 저하된다.
이러한 입법은 사실상 준사법기관인 검사의 소추권을 배제하고, 공공의 안전과 질서의 유지를 위하여 물리력을 행사할 수 있고 상하위계가 강한 경찰조직에 소추기능의 일부로서 준사법작용인 ‘공소제기 여부를 결정하는 권한’을 일부 이전하면서, 이에 대한 준사법기관의 통제는 극도로 제한하는 것이므로, 소추 및 수사기능의 준사법적 성격에 반한다.
또한, 위와 같은 입법은 검사가 그 직무를 수행하면서 사회적 약자인 형사피해자를 보호할 필요가 있는 영역에서 그 재판절차진술권을 제대로 보장할 수 없도록 하고, 고발 사건의 피해자와 그렇지 않은 사건의 피해자 사이에 불합리한 차별 취급을 할 수밖에 없도록 하며, 국가적ㆍ사회적 법익을 보호해야 하는 사건의 공정한 처리를 어렵게 하므로, 검사의 준사법기관으로서의 직무상 객관성 및 중립성을 훼손한다.
따라서 이 사건 법률개정행위 중 개정 형사소송법 제245조의7 제1항에 관한 부분은 소추 및 수사기능의 준사법적 성격에 반하는 입법형성이며, 준사법기관으로서의 검사의 직무상 객관성과 중립성을 훼손하여 그 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해한다.
마) 법치국가원리에 따른 입법형성의 한계 일탈 여부
① 소추 및 수사기능에 대한 준사법적ㆍ사법적 통제 제도의 기능 상실
검찰청법 제10조는 검사의 불기소처분에 불복하는 고소인이나 고발인의 항고 및 재항고에 관하여, 형사소송법 제260조는 형법 제123조부터 제126조까지의 죄(직권남용, 불법체포ㆍ불법감금, 폭행ㆍ가혹행위, 피의사실공표의 죄)에 대한 고발인이 검사로부터 공소를 제기하지 아니한다는 통지를 받은 때의 재정신청에 관하여 규정하고 있다. 또한, 다수의 선거범죄에 관하여 고발한 후보자, 정당의 중앙당, 선거관리위원회의 재정신청권을 규정한 공직선거법 제273조와 같이 고발인의 재정신청에 관한 특례를 정한 법률들도 있다. 이러한 경우 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권이 배제된 결과 사건이 검사에게 송치되지 않으면, 해당 사건에 대해서는 ‘검사의 불기소처분’이 없으므로 고발인에게 보장된 검찰청법상 항고ㆍ재항고 및 일정한 범위의 재정신청을 통한 시정의 기회가 제한된다.
이러한 시정 기회의 제한은 검사의 직접 수사개시 범죄의 범위를 축소한 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목과 결합하여 다음과 같은 제도적 공백을 초래한다.
예를 들어 감사원법상 감사원은 감사 결과 범죄혐의가 있다고 인정할 때에는 수사기관에 고발하여야 하는 것으로 규정되어 있다(감사원법 제35조). 그런데 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에서는 기존에 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄로 규정되어 있던 ‘공직자범죄’를 삭제하였으므로, 공직자범죄 중 부패범죄, 경제범죄 등 개정 검찰청법 제4조 제1항 가목 또는 나목에 따라 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄로 분류되지 않게 된 경우(검사의 수사개시 범죄 범위에 관한 규정 제2조 제1호 참조)에는, 감사원이 고발한 사건에서도 경찰의 수사가 반드시 선행되어야 한다. 여기서 사법경찰관이 불송치결정을 하고 고발인이 이의신청을 할 수 없어 사건이 검사에게 송치되지 않으면, 검사가 불기소처분을 할 여지가 없으므로, 검찰청법 제10조에 규정된 항고ㆍ재항고를 통한 시정의 기회가 차단된다.
‘선거범죄’도 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에서 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄에서 제외되었고, 여기서 제외되지 않은 부패범죄로 볼 수 있는 선거범죄는 제한적이다(검사의 수사개시 범죄 범위에 관한 규정 제2조 제1호 별표1. 4호 가목 참조). 이처럼 부패범죄로 분류되지 않은 선거범죄에 대해서는 해당 조항이 적용되는 2023. 1. 1. 이후에는 경찰의 수사가 반드시 선행되어야 하고, 사법경찰관의 불송치결정이 있을 경우 고발인은 이의신청을 할 수 없는데, 이에 따라 사건이 검사에게 송치되지 않고 종결되면, 상당수 선거범죄에 대하여 검찰청법 제10조뿐만 아니라 고발인의 재정신청에 관한 특례를 규정한 공직선거법 제273조도 적용될 수 없게 된다.
중요한 공익과 인권을 보호하기 위하여 감사원, 선거관리위원회 등 여러 독립된 기관에 고발권을 부여하고, 검찰청법상 항고ㆍ재항고 또는 재정신청의 특례를 포함하여 이러한 기관에 의한 고발과 관련된 제도들을 둔 것은, 공익과 인권의 보호가 특히 중요한 영역에서 위와 같은 독립된 기관이 주도적으로 위법 여부를 감시하는 체계를 마련한 것이며, 이러한 감시의 대상에는 검사의 소추권 행사의 내용인 기소 여부의 결정까지 포함된다. 그런데 해당 영역에서 기관의 고발이 있을 경우 사법경찰관의 수사가 선행되어야 하고, 그 불송치결정에 대하여 고발한 기관이 이의신청을 하지 못하게 된 결과 그대로 사건이 종결되면, 검사의 기소 또는 불기소처분을 전제로 설계된 위와 같은 수사 및 소추기능에 대한 감시 체계는 제대로 작동하지 않게 된다. 이에 따라 해당 영역의 수사과정은 그 실효성 및 적법성에 관한 법률전문가에 의한 통제에서 벗어나, 경찰조직의 위계에 따라 행정경찰이 통제하는 결과가 된다.
검찰청법상 항고ㆍ재항고 및 형사소송법상 재정신청제도는 ‘검사의 직무상 독립성’을 전제로 검사의 직무에 대한 ‘준사법적ㆍ사법적 통제 수단’으로 마련된 것이다. 특히, 재정신청제도는 검사의 독립적인 소추권 행사를 전제로, 검사가 기소했을 때에는 형사재판절차에서 그 적법성이 사법적으로 통제될 수 있지만, 검사가 불기소처분을 했을 때에는 통제에서 벗어날 수 있다는 점을 고려하여, 형사피해자의 재판절차진술권을 보장하고 적정한 소추권 행사를 담보하기 위한 통제 장치로 고안된 제도이며, 검사의 소추권을 선행적으로 제한하여 다른 주체에게 배분한 제도가 아니다. 이와 관련하여 중요 국가기관 등의 고발 권한은 검사의 소추권 행사에 관해 실효적인 준사법적ㆍ사법적 통제를 보장한다.
검찰청법상 항고ㆍ재항고와 같은 통제 수단 또는 재정신청대상의 범위나 기관 고발의 범위를 정하는 것은 원칙적으로 입법정책의 영역에 있다. 하지만, 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권을 배제하여 법률상 고발인에게 보장된 검찰청법상 항고ㆍ재항고 및 재정신청제도의 기능에 공백을 초래하는 것은, 통제의 대상인 ‘검사의 직무 집행’을 선행적으로 배제 또는 형해화함으로써 해당 영역에서 국회가 스스로 마련한 ‘수사 및 소추기능’ 그 자체에 대한 ‘준사법적ㆍ사법적 통제 제도’의 기능을 상실시키는 것이므로, 이는 법체계의 정합성에 부합하지 않아 법치국가원리에 따른 입법의 한계를 벗어난다고 할 것이다.
② 검사의 인권옹호기관으로서의 법률상 권한에 대한 입법의 한계 일탈
검사는 민사법상으로도 성년후견개시심판의 청구(민법 제9조 제1항 참조), 친권의 상실이나 일시 정지의 청구(민법 제924조 제1항 참조)와 같이 약자의 보호를 위하여 각종 심판을 법원에 청구할 수 있는 권한이 있는 것으로 규정되어 있다.
그런데 장애인이나 아동 성폭력 피해자 등 사회적 약자에 대한 범죄를 제3자가 고발하는 경우 사법경찰관의 불송치결정에 대하여 이의신청을 하지 못하면, 검사가 수사과정에서 피해자 보호에 관한 민사법상 권한을 행사하기 어렵게 될 수 있다.
예를 들어 아동ㆍ청소년대상 성범죄 사건을 ‘수사하는’ 검사는 가해자가 피해아동ㆍ청소년의 친권자나 후견인인 경우 특별한 사정이 없는 한 법원에 친권상실선고 또는 후견인 변경 결정을 청구하여야 하고, 아동권리보장원, 아동보호전문기관, 성폭력피해상담소, 성폭력피해자보호시설, 청소년상담복지센터 및 청소년쉼터의 장은 이러한 검사의 청구를 요청할 수 있으며, 이 경우 검사는 요청받은 날부터 30일 내에 해당 기관ㆍ시설 또는 단체의 장에게 그 처리 결과를 통보하여야 한다. 그리고 위 기관ㆍ시설 또는 단체의 장은 처리 결과에 대하여 이의가 있을 경우 통보받은 날부터 30일 내에 직접 법원에 친권상실선고 또는 후견인 변경 결정 청구를 할 수 있다(아동ㆍ청소년의 성보호에 관한 법률 제23조).
이러한 유형의 사건은 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄에 해당하지 않고, 아동ㆍ청소년을 보호하는 기관ㆍ시설 또는 단체의 장의 고발로 수사가 개시될 가능성이 높다. 그런데 만약, 수사를 선행한 사법경찰관이 불송치결정을 하여 고발인이 이의신청을 하지 못하면, 검사에게 사건이 송치되지 않아 검사는 ‘수사하는’ 상태가 아니므로 친권상실선고나 후견인 변경 결정 청구와 같은 피해자 보호를 위한 조치를 할 수 없게 된다. 이 경우 검사가 사법경찰관에게 재수사요청을 하더라도, 재수사 후 사건이 송치되기 전에는 검사는 여전히 ‘수사하는’ 상태가 아니므로, 피해자 보호에 관하여 필요한 조치를 적기에 취하지 못하게 될 수 있다.
검사가 공익의 대표자이자 수사과정에서의 인권옹호기관으로서 사회적 약자인 피해자의 보호에 관하여 보유하는 민사법상 청구에 관한 권한은 수사 또는 소추의 기능에 속하지 않는 법률상 권한으로, 그 구체적 내용은 입법형성의 영역에 있다. 하지만, 검사의 수사 또는 소추에 관한 권한을 제한하고자 한 입법행위가 위와 같이 국회 스스로 사회적 약자인 피해자를 보호하기 위해 마련한 제도와 명백하게 모순되어 그 기능이 정상적으로 실현되지 못하도록 한다면, 이는 법체계의 정합성에 부합하지 않으므로 법치국가원리에 따른 입법의 한계를 벗어난다고 할 것이다.
6) 개정 검찰청법 및 형사소송법의 각 부칙 조항 등 이 사건 법률개정행위의 나머지 내용으로 인한 권한침해
가) 이 사건 법률개정행위 중 개정 검찰청법 및 형사소송법의 각 부칙 조항들에 의하여, 개정 법률은 공포 후 4개월이 경과한 날인 2022. 9. 10. 시행되었고(개정 검찰청법 부칙 제1조, 개정 형사소송법 부칙 제1조 참조), 다만, 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 경우 선거범죄에 관하여 검사가 직접 수사를 개시하지 못하도록 한 부분은 2023. 1. 1.부터 시행되었다(개정 검찰청법 부칙 제3조 참조).
법률의 시행 시점을 정하는 것은 광범위한 입법재량의 범위 내에 있으나, 국가의 필수기능인 수사 및 소추기능을 법률로써 구체화하는 경우, 이는 국민의 기본권에 곧바로 영향을 미치므로, 제도 상호간의 정합성을 살피고 서로 연관이 있는 관련 법령 사이의 문제는 미리 조정하여 함께 법률을 개정하고 시행하여야 한다.
그런데 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권 배제를 규정한 개정 형사소송법 제245조의7 제1항과 같은 경우, 앞서 살펴본 검찰청법상 고발인의 항고ㆍ재항고, 공직선거법상 고발인의 재정신청 특례, 감사원법이나 공직선거법 등 여러 법령에 규정된 독립된 기관에 의한 고발, 성폭력범죄에 대한 증거보전의 특례 및 아동ㆍ청소년대상 성범죄를 수사하는 검사의 친권상실선고 또는 후견인 변경 결정 청구 등과 같이 개정되지 않은 여러 관련 법령들의 내용과 체계상 모순이 매우 심하여 4개월 이내에 이를 종합적으로 검토하고 정비하기 어려울 뿐만 아니라, 피청구인이 그러한 시도를 하지도 않았다.
위와 같이 이 사건 법률개정행위는 합리적 이유 없이 관련 법령들 사이의 정합성을 무시한 채 입법이 이루어진 것이고, 개정 검찰청법 및 형사소송법의 각 부칙 부분은 그에 대한 검토나 정비가 실질적으로 진행되기 어려운 기간이 지난 후 바로 개정 법률이 시행되도록 하였으므로, 법체계의 정합성 유지라는 측면에서 법치국가원리에 따른 입법형성의 한계를 일탈하였으며, 이로 인해 청구인들 중 검사들의 권한이 침해되었다.
나) 이 사건 법률개정행위 중 검사의 직접 수사개시 범죄의 범위를 축소한 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에 관한 부분은 개정 형사소송법 제196조 제2항 및 제245조의7 제1항에 관한 부분과 결합하여 청구인들 중 검사들의 소추권 및 수사권의 본질적 내용을 침해한다.
 또한, 이 사건 법률개정행위 중 위와 같이 청구인들 중 검사들의 권한침해 사유가 확인되는 주요 조항들 이외의 나머지 조항들에 관한 부분도, 위의 주요 조항들에 관한 부분과 체계적 관련이 있다.
(다) 소결론
따라서 이 사건 법률개정행위는 그 내용상 준사법작용인 소추 및 수사기능의 객관성ㆍ중립성ㆍ독립성을 훼손하여 헌법상 검사의 소추권 및 수사권에 관한 입법형성의 한계를 일탈하였고, 법체계의 정합성에 부합하지 않아 법치국가원리에도 어긋나므로, 청구인들 중 검사들의 소추권 및 수사권을 침해한다.
(2) 청구인 법무부장관의 권한침해 여부
(가) 판단 기준
행정각부의 설치ㆍ조직과 직무범위를 법률로 정하도록 규정한 헌법 제96조에 따라 국회는 행정각부의 장의 관장 사무를 법률로써 구체적으로 규정할 수 있다. 다만, 해당 사무가 필수적인 국가기능에 해당하는 경우 법률로써도 그 본질을 훼손하는 내용을 규정할 수는 없다는 한계가 있다.
한편, 국회는 국정감사 또는 조사권(헌법 제61조), 국무총리ㆍ국무위원 또는 정부위원에 대한 출석요구 및 질문권(헌법 제62조) 등 헌법상 국정을 통제하는 권한이 있다. 다만, 여기에는 재판이나 범죄수사 및 소추 등 사법적 성격을 가진 작용에는 관여하지 못한다는 한계가 있다(국정감사 및 조사에 관한 법률 제8조 참조). 국회의 국정통제권한에 관한 입법을 할 때에도 그 내용에는 이와 같은 한계가 있다고 할 것이다.
이 사건 법률개정행위의 내용으로 인하여 행정각부의 장인 법무부장관의 권한이 침해되는지는 기능적 권력분립의 관점에서 위와 같은 입법의 한계를 일탈하였는지 여부에 따라 판단해야 한다.
(나) 권한침해 여부의 판단
1) 이 사건 법률개정행위의 내용으로 인하여 청구인들 중 검사들의 소추권 및 수사권의 본질적 내용이 침해되었고, 이는 소추 및 수사기능의 준사법작용으로서의 객관성ㆍ중립성ㆍ독립성을 훼손하였다는 점에 그 근거가 있다. 따라서 이 사건 법률개정행위는 행정각부의 장인 법무부장관이 관장하는 검찰 또는 검사에 관한 사무에 관하여 국가의 필수기능인 소추 및 수사의 본질을 훼손하는 내용을 규정하였으므로, 법무부장관의 관장 사무를 구체적으로 정하는 입법의 한계를 일탈하였으며, 이와 관련하여 국회의 국정통제기능에 관한 입법의 한계도 일탈하였다.
2) 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목, 개정 형사소송법 제196조 제2항 및 제245조의7 제1항은 검사의 소추권 및 수사권 행사의 범위를 제한하므로 검사의 직무수행에 관한 일반적 기준에도 영향을 미친다. 그런데 그 내용은 검사의 준사법기관으로서의 직무상 객관성과 중립성을 훼손하는 것이므로, 법무부장관의 검사에 대한 일반적 지휘ㆍ감독권(검찰청법 제8조)에 대한 입법형성의 한계를 일탈하였다.
특히, 사법경찰관의 불송치결정에 대하여 고발인의 이의신청권을 배제한 개정 형사소송법 제245조의7 제1항의 경우, 그로 인해 사법경찰관의 불송치결정으로 사건이 종결되고 검사의 소추권 행사가 차단되면, 해당 영역의 수사 및 소추기능은 법무부장관의 일반적 지휘ㆍ감독의 범위를 벗어나 준사법기관이 아닌 행정경찰의 상하위계에 따른 지휘ㆍ감독만을 받게 되므로, 이러한 내용의 입법은 법무부장관이 검찰 및 검사에 관한 사무를 관장하는 권한(정부조직법 제32조)을 본질적으로 침해한다.
3) 개정 검찰청법 제4조 제2항의 내용은 부패범죄, 경제범죄 등의 수사 및 기소와 관련하여 수사개시 검사와 공소제기 검사의 직무 영역을 분리하는 방식으로 검찰조직의 운용에 영향을 미친다. 이러한 입법은 검사의 직무상 독립성을 침해하여 수사 및 소추기능의 준사법작용으로서의 본질을 훼손하는 것이므로, 법무부장관이 관장하는 검찰 및 검사에 관한 사무 중 중요한 영역에 대한 입법형성의 한계를 일탈하여, 법무부장관의 검사에 대한 일반적 지휘ㆍ감독권과 검사의 보직에 관여하는(검찰청법 제34조 제1항) 등 검찰조직의 운용에 관한 권한을 침해한다.
4) 개정 검찰청법 제24조 제4항의 검찰총장의 국회에 대한 보고의무는 일반적인 국회의 국정통제기능에 추가하여 특별하게 규정된 것인데, 그 내용은 국회 내의 정치권력이 부패범죄, 경제범죄 등에 대한 수사 및 기소 문제에 영향력을 행사할 수 있도록 하여 검사의 준사법기관으로서의 직무상 독립성을 훼손하는 것이다. 이러한 국회의 영향력은 법무부장관이 행사하는 검사에 대한 일반적 지휘ㆍ감독권과 검사 및 검찰청 직원의 보직에 관한 권한(검찰청법 제34조 제1항, 제50조)에도 미친다.
개정 검찰청법 제24조 제4항에서 규정한 내용은 법무부장관이 관장하는 검찰 및 검사에 관한 사무의 영역에서 국회가 정부를 견제하는 기능을 넘는 부당한 정치적 영향력을 행사하도록 하는 것이므로, 국회의 국정통제권한의 한계를 넘어선다. 이러한 입법행위는 그 형성의 한계를 일탈하여 법무부장관의 검사에 대한 일반적 지휘ㆍ감독권과 검사 및 검찰청 직원의 보직 등 검찰조직의 운용에 관한 권한을 침해한다.
5) 이 사건 법률개정행위 중 나머지 조항들에 관한 부분도 위와 같이 법무부장관의 권한침해가 확인되는 주요 조항들에 관한 부분과 체계적 관련이 있다.
(다) 소결론
따라서 이 사건 법률개정행위는 그 내용상 행정각부의 장이 관장하는 사무 및 국회의 국정통제기능에 관한 입법형성의 한계를 일탈하여, 청구인 법무부장관이 관장하는 검사에 관한 사무에 대한 권한을 침해한다.
라. 결론
피청구인의 이 사건 법률개정행위는 그 절차 및 내용 모두에 있어 청구인들 중 검사들의 헌법상 소추권 및 수사권과 청구인 법무부장관의 검사에 관한 관장 사무에 대한 권한을 각각 침해하였다.
7. 재판관 이선애의 권한침해확인청구에 대한 반대의견에 관한 보충의견
나는 피청구인의 이 사건 법률개정행위가 헌법을 중대하게 위반하여 청구인들의 권한을 침해하였다는 반대의견에 동의하면서, 이에 관하여 헌법상 기능적 권력분립원칙의 관점에서 다음과 같이 보충의견을 남긴다.
가. 헌법상 기능적 권력분립원칙과 권한쟁의심판
(1) 우리 헌법은 근대자유민주주의 헌법의 원리에 따라 국가의 기능을 입법ㆍ행정ㆍ사법으로 분리하여 상호간의 견제와 균형을 이루게 하는 권력분립원칙을 채택하고 있다. 헌법상 권력분립원칙은 국가권력의 기계적 분립과 엄격한 절연이 아니라, 권력 상호간의 견제와 균형을 통한 국가권력의 통제를 의미한다(헌재 2008. 1. 10. 2007헌마1468; 헌재 2021. 1. 28. 2020헌마264등 참조). 특히, 오늘날에는 국가권력을 행사하는 여러 권한과 기능들의 실질적인 분산과 상호간의 조화를 도모하는 기능적 권력분립이 중요한 의미를 갖게 되었다(헌재 2014. 1. 28. 2012헌바216; 헌재 2021. 1. 28. 2020헌마264등 참조).
현대적 헌법원리로서의 권력분립원칙은 소극적으로 이미 존재하는 국가권력을 분리하여 억제하고 통제하는 데에 그치는 것이 아니라, 적극적으로 개개의 국가권력을 구성하여 그 권한을 확정하고 한정하며 상호간의 협력을 규율하는 국가기관의 조직 원리이다. 권력분립원칙에 따라 국가권력을 구성할 때 입법ㆍ행정ㆍ사법으로 구별되는 기능은 상호 배타적인 성격을 갖는 것이 아니라, 국가가 수행해야만 하는 과제를 민주적이고 법치국가적으로 수행하는 방식의 기본적인 유형을 나타내는 것으로, 국가의 여러 과제를 적절하게 수행하기 위한 기능은 이를 맡는 기관의 구조와 결부되어 있다.
권력분립원칙은 위와 같이 구성되는 기관 상호간의 협력과 통제를 통하여 국가의 과제를 수행하도록 함으로써, 특정한 권력의 일방적인 우위를 배제하고 각 권력기관의 본질적 기능을 조화롭게 유지하여 궁극적으로 국민의 기본권을 보장하는 것을 목적으로 한다.
우리 헌법은 고전적인 권력분립원칙에 따라 입법ㆍ행정ㆍ사법의 기능을 국회(헌법 제3장), 정부(헌법 제4장), 법원(헌법 제5장) 등 상호 독립적인 국가기관에 분리하여 귀속시키고, 아울러 기능적 권력분립원칙의 구현 형태인 직업공무원제도(헌법 제7조), 복수정당제도(헌법 제8조), 헌법재판제도(헌법 제6장) 및 지방자치제도(헌법 제8장) 등을 규범화하고 있다. 헌법에서 감사원을 행정부에 소속되었지만 독립적인 헌법기관으로 설치하고(헌법 제4장 제2절 제4관), 선거관리위원회를 국회, 정부, 법원, 헌법재판소와의 관계에서 독립적인 헌법기관으로 정한 것(헌법 제7장)도 기능적 권력분립원칙에 따른 것으로 볼 수 있다.
또한, 우리 헌법은 국가기관이 다른 국가기관과의 협력에 의하여 헌법적 과제를 이행할 수 있도록 하는 국가기관 상호간의 협력적 통제의 관계를 예정하고 있다(헌재 2021. 1. 28. 2020헌마264등 참조).
(2) 권한쟁의심판제도는 국가기관 또는 지방자치단체 사이에 권한의 존부 또는 범위에 관하여 다툼이 발생한 경우에 헌법재판소가 이를 유권적으로 심판하는 제도로서, 각 기관에게 주어진 권한을 보호함과 동시에 객관적 권한질서의 유지를 통하여 국가기능의 수행을 원활히 하고, 아울러 수평적 및 수직적 권력 상호간의 견제와 균형을 유지시켜 헌법적 가치질서 및 헌법의 규범적 효력을 보호하는 데 그 목적과 의의가 있다(헌재 2001. 5. 8. 2000헌라1 등 참조).
헌법재판소법 제62조 제1항 제1호는 헌법 제111조 제1항 제4호에서 헌법재판소의 관장사항으로 정한 ‘국가기관 상호간의 권한쟁의심판’을 ‘국회, 정부, 법원 및 중앙선거관리위원회 상호간의 권한쟁의심판’으로 규정하고 있는데, 헌법재판소는 이를 예시적인 조항으로 해석한다.
이에 따라 국회의 내부기관인 ‘국회의원’과 ‘국회의장’도 복수정당제도 하에서 여당과 야당의 대립과 타협에 의하여 국회가 운영되는 정당국가적 현실의 반영으로 권한쟁의심판의 당사자가 될 수 있다(헌재 1997. 7. 16. 96헌라2 등 참조). 또한, 국회의 ‘위원회 위원장’도 위원회 중심주의를 채택한 국회의 예비적 심사기관으로서의 위원회의 역할에 대한 고려에 따라 권한쟁의심판의 당사자능력이 인정된다(헌재 2010. 12. 28. 2008헌라7 등 참조).
한편, 헌법 제117조 제1항에 의해 지방자치단체에게 보장된 지방자치권은 절대적인 것이 아니고 법령에 의하여 형성되는 것이나, 법령에 의하여 지방자치단체의 지방자치권을 제한하는 것이 가능하다고 하더라도, 지방자치단체의 존재 자체를 부인하거나 각종 권한을 말살하는 것과 같이 그 제한이 불합리하여 지방자치권의 본질적인 내용을 침해하여서는 아니 된다(헌재 2010. 10. 28. 2007헌라4 등 참조). 즉, 권한쟁의심판에서 국회의 법률 제ㆍ개정행위가 지방자치단체의 지방자치권을 침해하는지 여부는 ‘법령에 의한 지방자치권의 형성과 제한의 한계’라는 관점에서 판단된다.
이렇듯 권한쟁의심판제도는 그 자체로 헌법상 기능적 권력분립원칙을 구현하는 형태의 하나인 ‘헌법재판을 통한 권력통제’에 해당할 뿐만 아니라, 그 실제 운용도 ‘의회 내 다수당과 소수당 사이의 견제와 균형’, ‘국가기관 내부 조직 사이의 협력과 통제’, ‘중앙정부와 지방자치단체 간의 수직적 권력분립’과 같은 기능적 권력분립원칙의 구현 형태와 관련된 개개의 권력 상호간의 협력과 통제의 관계를 보장하는 방식으로 이루어지고 있다.
(3) 국가의 소추 및 수사기능에 관하여 행정부에 소속된 검찰청법상 검사와 행정각부의 장인 법무부장관이 국회의 입법행위로 인한 권한침해를 주장하는 이 사건 권한쟁의심판의 주요 쟁점들도, 헌법상 기능적 권력분립원칙에 따라 국가의 필수적 기능으로서의 소추 및 수사기능과 국회의 입법기능에 관한 헌법규범을 파악하고 이에 따른 권한질서를 보호하는 관점에서 판단하여야 할 것이다. 이러한 견지에서 이 사건의 주요 쟁점들에 대한 의견을 보충적으로 제시한다.
나. 적법요건에 관한 쟁점
(1) 검사의 당사자능력
국가의 기능은 국민의 기본권을 보장하기 위한 것이라는 점과 헌법규범은 통일적으로 해석되어야 한다는 점을 고려하면, 국가기관 상호간의 권한쟁의심판의 당사자로서 ‘헌법에 의하여 설치되고, 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받은 국가기관’에 해당하는지를 판단하는 근거가 되는 헌법조항이 헌법전의 편제상 어느 부분에 규정되어 있는지는 문제가 되지 않는다. 헌법에서 ‘검사’의 설치 및 그 ‘영장신청권’을 국회, 정부 및 법원 등 통치기구에 관한 장(章)이 아닌 국민의 권리와 의무에 관한 장(章)에 명문화한 것은, 소추 및 수사기능과 기본권 보장의 밀접한 관련성 때문이며, 이를 이유로 헌법에서 ‘검사’라는 국가기관의 설치를 예정하고 검사에게 ‘수사단계의 영장신청권’을 부여하였다는 점이 달라지는 것은 아니다.
또한, 헌법에서 설치를 예정한 ‘검사’가 반드시 ‘검찰청법상 검사’만을 의미하는 것은 아니라고 하더라도 ‘검찰청법상 검사’가 헌법에서 설치를 예정한 검사, 즉 ‘헌법상 검사’에 해당함은 명백하다.
헌법상 기능적 권력분립원칙은 국가기관 내부 조직 사이의 협력과 통제를 통해서도 구현되므로, 행정부 내부에서 상하위계에 놓인 기관들 사이에서도 그 담당하는 기능에 따라서는 각각 독자적인 지위를 전제로 협력과 통제가 이루어질 수 있다. 정부조직법상 법무부장관에 소속된 ‘검찰청법상 검사’가 ‘헌법상 검사’에 해당하는 국가기관으로서 헌법과 법률에 의하여 ‘독자적 권한’을 보유하는 것은, 헌법상 검사에게 귀속되는 준사법작용으로서의 소추 및 수사기능의 본질인 ‘직무상 독립성’에 따른 것이다.
‘헌법상 검사’에 해당하는 ‘검찰청법상 검사’의 당사자능력이 인정되는 것은, ‘행정각부의 장’에 해당하는 ‘정부조직법상 법무부장관’, ‘국회의 위원회’에 해당하는 ‘국회법상 상임위원회’의 위원장의 경우와 법규범의 적용 구조가 다르지 않다.
(2) 법무부장관의 청구인적격
법무부장관이 보유하는 검찰 및 검사에 관한 사무에 대한 권한은, 검찰청법상 검사들을 일반적으로 지휘ㆍ감독하며(검찰청법 제8조 참조), 대통령에게 검사의 보직을 제청하고(검찰청법 제34조 참조) 검찰청 직원의 보직을 행하는 주체가 되는(검찰청법 제50조 참조) 등 검찰조직 전반의 운용에 관한 것으로, 검찰청법상 검사가 구체적인 사건에 관하여 독자적으로 보유하는 소추권 및 수사권과는 구별된다.
이 사건 법률개정행위는 그 내용상 개별 검사의 소추권 및 수사권을 제한하는 데에 그치지 않고, 검찰청법상 검사의 소추권과 수사권의 일반적 행사 기준과 검찰조직의 전반적인 운용에 관한 법무부장관의 권한도 제한한다. 특히, 일정한 범죄영역에서 수사개시 검사의 공소제기를 금지하는 개정 검찰청법 제4조 제2항에 관해서는 피청구인도 검찰청의 부서 개편에 관한 의견을 제시하였는바, 그 규율 내용은 검사들 사이의 직무 영역을 분리하는 것으로 법무부장관이 검사의 보직에 관여하는 권한을 제한한다. 또 개정 검찰청법 제24조 제4항에서 규정한 검찰총장의 국회에 대한 보고의무의 내용은 법무부장관이 대통령에게 제청하는 검사의 보직뿐만 아니라, 법무부장관 스스로 행하는 검찰청 직원의 보직에도 연관되어 있으므로, 이는 법무부장관의 검찰조직 운용에 관한 사무를 대상으로 하는 국회의 국정통제기능과 관련된다.
이 사건 법률개정행위가 검찰청법상 검사의 소추권 및 수사권에 대한 제한과 구별되는, 법무부장관의 검찰 및 검사에 관한 사무에 대한 권한들을 제한하는 내용을 포함하는 이상, 검찰청법상 검사들이 권한쟁의심판을 청구하였는지 여부와 무관하게 법무부장관에게는 이 사건 법률개정행위로 인한 자신의 권한침해를 이유로 하는 권한쟁의심판청구의 청구인적격이 인정된다.
(3) 권한침해가능성
(가) 국가의 과제를 수행하는 방식인 기능과 이를 맡는 기관의 구조는 서로 결부되어 있으므로, 어떤 기관에 대하여 그 구조와 기본기능에 상응하지 않는 기능을 배정하여 수행하도록 하는 것은 권력분립의 원칙상 원칙적으로 허용되지 않는다.
소추권과 수사권이 법률로써 폐지할 수 없는 필수적 국가기능을 수행하는 ‘헌법상 권한’이라면, 그 구체적인 내용을 법률로 형성할 수 있고 헌법에서 행정부 내 특정 기관에 전속하도록 예정하지 않았다고 하더라도, 소추권과 수사권의 구체적인 내용을 형성하여 행정부에 속하는 국가기관 사이에 배분하는 입법행위에 아무런 헌법적 한계도 없다고 볼 수는 없다.
소추기능 및 수사기능은 국가의 필수적 과제인 형사사법절차를 이행하는 방식에 해당하면서도 사법부가 담당하는 심판기능과 분리된 행정영역에 속하여 ‘사법작용’과 ‘행정작용’의 성격을 겸유하는 ‘준사법작용’이므로, 이와 같은 ‘국가의 필수적인 준사법기능’의 본질을 훼손해서는 안 된다는 것은 ‘헌법적 요청’에 해당한다.
또한, ‘수사기능’은 ‘소추기능’을 목적으로 하는 수단으로서 소추기능에 실효적으로 기여하여야 하며, 적법절차원칙 및 과잉금지원칙에 따라 구체적인 수사는 그 목적의 달성에 필요한 상당한 방법으로만 수행되어야 한다는 헌법상 한계가 있다.
한편, 국가의 필수적 과제의 수행이 의회에 유보되어 있다면, 그 과제는 ‘입법기능’의 본질에 따라 다수결원칙 및 의사공개원칙 등 의회민주주의의 기본원리에 부합하는 방식으로 수행되어야 한다는 ‘헌법적 요청’이 있는 것이고, 헌법상 기능적 권력분립원칙에 따라 국회 밖의 국가기관의 권한을 법률로써 형성하고 제한할 때에는 ‘국가기관 상호간 협력과 통제의 관계’에 기초한 객관적 권한질서의 유지를 위해 다른 독립된 국가기관의 권한에 미치는 영향도 고려해야 할 것이다.
(나) 검사의 소추권과 수사권의 근거가 되는 헌법규범은 헌법 제12조, 제13조, 제16조, 제27조, 제28조 및 제84조 등 형사사법절차에 관련된 다수의 헌법조항들의 해석을 통하여 확인된다. 헌법에 명문화된 검사의 ‘영장신청권’ 역시 보완수사요구나 재수사요청의 권한과 같은 검사의 법률상 권한들과 함께 ‘국가의 수사기능’을 실현하는 권한이므로 ‘헌법상 수사권’에 해당한다. 따라서 헌법에 명문화된 검사의 권한이 영장신청권뿐이라는 이유로 검사의 헌법상 권한이 영장신청권에만 국한되고, 기타 소추권 및 수사권에 해당하는 검사의 권한들은 아무런 헌법상 근거 없이 오로지 법률에 의하여 창설된 것이라고 볼 수는 없다.
검사의 영장신청권은 헌법상 소추권과 수사권을 전제로 하므로, 법률에 의하여 검사의 소추권과 수사권이 제한될 경우 그 구체적인 내용에 따라서는 검사의 영장신청권이 제한될 가능성도 전혀 없지 않다. 일례로 이 사건 법률개정행위에 따라 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권이 배제됨으로써 사건이 그대로 종결되어 검사의 소추권이 제한되는 영역에서 검사는 영장신청권을 행사할 수도 없게 된다. 이 사건의 심리 중 청구인들이 제출한 통계자료에서는 2020년의 검찰청법 및 형사소송법 개정 전 사법경찰관이 수사한 모든 사건을 검사에게 송치하던 시기에, 사법경찰관이 고발 사건을 불기소의견으로 송치하였으나 검사가 피의자를 구속하여 기소한 사례도 있었음이 확인된다. 그러므로 이 사건 법률개정행위가 검사의 헌법상 영장신청권을 침해할 가능성도 완전히 부인하기는 어렵다.
(다) 따라서 헌법에서 영장신청권 외에는 검사의 소추권과 수사권에 관하여 명문으로 정한 바가 없다는 이유로, 검찰청법상 검사의 소추권 또는 수사권을 제한하는 이 사건 법률개정행위로 인하여 청구인들 중 검사들이 헌법과 법률에 의하여 부여받은 독자적 권한이 침해될 가능성이 없다고 볼 수는 없다.
이러한 법규범의 구조는 청구인 법무부장관의 경우도 다르지 않다. 법무부장관의 ‘행정각부의 장으로서의 권한’에 관해서 헌법은 제95조에서 소관 사무에 관하여 ‘부령을 발할 권한’만을 명문화하고 있다. 또한, 헌법 제96조는 "행정각부의 설치ㆍ조직과 직무범위는 법률로 정한다."라고 규정할 뿐, 특정 장관의 소관 사무가 무엇인지를 구체적으로 정하고 있지 않다. 하지만, 행정각부의 장이 부령을 발할 권한은 그 고유의 ‘소관 사무’를 전제로 하는 것이고, 그 소관 사무가 ‘헌법상 행정부가 수행하는 국가의 필수적 기능’에 관한 것이라면, 해당 기능에 관한 사무를 관장하는 행정각부의 장은 그에 관한 ‘헌법상 권한’이 있다고 보아야 할 것이다. 법률로써 행정각부의 장의 권한의 내용을 구체적으로 형성할 수 있다고 하더라도, 여기에는 국가의 필수적인 행정기능의 본질을 훼손해서는 안 된다는 헌법적 한계가 있다.
청구인들에 대한 권한침해의 가능성에 관한 위와 같은 법규범의 구조는, 법령으로 지방자치권의 구체적 내용을 형성할 수 있다고 하더라도 그 본질을 침해할 수는 없고, 법령에 의하여 지방자치권이 제한될 경우 실제로 지방자치권이 침해되는지는 본안 판단의 문제가 되는 사안과 다르지 않다.
다. 본안에 관한 쟁점
(1) 입법행위의 절차상 하자로 인한 권한침해
(가) 국회의 입법기능도 헌법상 의회에 유보된 과제를 수행하는 민주적이고 법치국가적인 방식의 하나이므로, 국회의 입법은 헌법상 다수결원칙 및 의사공개원칙과 같은 의회민주주의의 기본원리에 부합하는 방식에 따라야만 행정부 및 사법부를 구속하는 것이 헌법적으로 정당화된다. 그러므로 의회입법의 우위의 근본적 근거에 해당하는 헌법상 다수결원칙을 중대하게 위반한 입법행위로 행정부에 소속된 국가기관의 권한을 제한하는 것은, 해당 기관의 권한을 위헌적으로 침해하는 것이다.
(나) 국가기관 상호간의 권한쟁의심판에서 국회의 입법행위로 인한 국회 밖의 국가기관의 권한침해가 문제 되는 경우 ‘입법절차상 하자’는 청구인에 대한 ‘권한침해의 원인’이 되는 ‘피청구인의 처분’의 ‘위헌ㆍ위법 사유’의 내용에 해당한다. 이것은 내용적으로 국회 내부의 국가기관인 국회의원과 국회의장 또는 위원회 위원장 상호간의 권한쟁의심판에서 문제 되는 ‘피청구인의 법률안 가결선포행위’의 ‘위헌ㆍ위법 사유’와 중복될 수도 있다.
하지만, 두 심판절차에서 각각 침해 여부가 문제 되는 청구인의 권한은 ‘국회 밖의 국가기관의 고유한 기능에 관한 권한’과 ‘입법기능상 국회의원의 법률안에 대한 심의ㆍ표결권’으로서 서로 다르므로, 국회의원이 법률안 심의ㆍ표결권의 침해를 다툴 수 있다는 이유로 국회 밖의 국가기관은 입법절차상 하자를 전혀 다투지 못한다고 볼 수는 없다. 권한쟁의심판을 통해 입법행위의 절차에 관한 분쟁을 해결함에 있어 헌법재판소법에 명문화되어 있지 않은 ‘국회의원과 국회의장 또는 위원회 위원장 상호간의 권한쟁의심판’이 가능하다는 이유로, 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호에 명문화되어 있는 ‘국회, 정부, 법원 및 중앙선거관리위원회 상호간의 권한쟁의심판’을 배제할 법적 근거는 없기 때문이다.
국회의 의사자율권에 비추어볼 때 국회 밖의 국가기관이 국회법상 세부적인 입법절차의 위반 여부를 다투는 데에는 한계가 있을 수 있지만, 이것은 구체적 사안에서 문제 되는 입법절차상 하자로 인해 해당 입법행위가 국회 밖 국가기관에 대한 ‘권한침해의 원인’이 되는지 여부에 관하여 고려할 문제일 뿐, 국회 밖의 국가기관이 의회입법의 우위의 헌법적 정당성을 인정하기 어려울 정도의 중대한 입법절차상 하자까지 전혀 다툴 수 없다는 근거가 될 수는 없다.
국회의 입법행위를 대상으로 국회 밖의 국가기관이 청구한 권한쟁의심판에서, 피청구인의 처분인 ‘전체로서의 입법행위’에는 법률안 발의부터 본회의 의결까지의 입법의 모든 과정이 포함되고, 그 과정에 의회입법의 우위의 근본적 근거를 훼손하는 중대한 헌법 위반 사유가 존재하거나, 해당 사유가 없었다면 청구인의 권한을 제한하는 내용의 입법이 성립할 수 없었다는 중대한 위법 사유가 있다면, 해당 입법행위는 청구인에 대한 ‘권한침해의 원인’이 되므로 청구인은 권한쟁의심판에서 그와 같은 입법절차상 하자를 다툴 수 있다.
(다) 이 사건 법률개정행위는 법제사법위원회 및 본회의 의결 절차 모두에 있어서 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙을 규정하고 국회 내 회의 주재자의 엄격한 중립성을 요구한 헌법 제49조를 위반하여 그 하자가 의회입법의 우위의 근본적 근거를 훼손할 정도로 중대하며, 이러한 하자는 의결정족수 충족 및 의결된 법률안의 주요 내용의 성립과 관련된 것으로 그 하자가 없었다면 청구인들의 권한을 제한하는 내용의 입법이 이루어지지 못했을 것임이 명백하므로, 이러한 입법절차상 하자는 청구인들에 대한 권한침해 사유에 해당한다.
특히, 이 사건 법률개정행위는 위와 같이 헌법 제49조를 위반한 하자가 있을 뿐만 아니라, 그 본회의 의결 절차가 헌법상 다수결원칙을 제도적으로 구현한 헌법 제47조 제1항 및 제2항 위반에도 해당하므로, 이에 대하여 보충적으로 살펴본다.
1) 의회민주주의의 기본원리인 헌법상 다수결원칙에 따라 국회의 의사절차가 의안에 대한 실질적 토론 및 이에 기초한 표결을 보장하는 방식으로 형성되어야 한다는 것은, 국회법뿐만 아니라 국회의 의사절차에 관한 제도를 명문화한 개별 헌법조항의 해석에도 적용되는 원리라 할 것이다.
헌법 제47조 제1항은 "국회의 정기회는 법률이 정하는 바에 의하여 매년 1회 집회되며, 국회의 임시회는 대통령 또는 국회 재적의원 4분의 1 이상의 요구에 의하여 집회된다.", 제2항은 "정기회의 회기는 100일을, 임시회의 회기는 30일을 초과할 수 없다."라고 규정하고, 제51조는 "국회에 제출된 법률안 기타의 의안은 회기 중에 의결되지 못한 이유로 폐기되지 아니한다. 다만, 국회의원의 임기가 만료된 때에는 그러하지 아니하다."라고 규정한다.
헌법 제47조 제1항에서 국회 재적의원 4분의 1 이상이 국회의 임시회에 대한 집회 요구를 할 수 있도록 한 것은, 국회의 소수세력이 국회에서 다루어야 한다고 판단하는 안건에 대해서도 그 심의의 대상이 될 수 있도록 보장하는 의미가 있다. 또한, 헌법 제47조 제2항에서 정기회의 회기는 100일, 임시회의 회기는 30일을 초과하지 못하도록 하여 각 회기의 상한이 있음을 전제로, 헌법 제51조에서 ‘회기계속의 원칙’을 규정한 것은 국회에서 의안에 대한 심의가 계속되다가 회기가 종료되는 경우에도 원칙적으로 그 심의의 연속성을 보장하여 의안의 의결에까지 이를 수 있도록 한 것이다. 이것은 국회 내에서 다수세력과 소수세력의 자유로운 토론이 실질적으로 이루어지고 이를 토대로 의결에 이르도록 하려는 것으로서, 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙을 국회의 회기에 관하여 제도적으로 구현한 모습이라고 할 것이다. 
헌법 제47조 제2항은 회기의 상한만을 규정하고 하한을 규정하지 않았으나, 같은 조 제1항에서 국회 내 소수세력도 임시회의 집회 요구를 할 수 있도록 한 점과 헌법 제51조에서 국회 내 심의의 연속성을 고려하여 회기계속의 원칙을 규정한 취지에 비추어보면, 국회의 회기결정에서 소수세력이 참여하는 국회법상 토론 절차 및 이에 기초한 의결이 보장되지 않도록 하는 것은 위와 같은 헌법상 회기제의 취지에 반하여 국회의 자율권의 한계를 벗어난다.
2) 이 사건의 본회의 의결 절차에서는 무제한토론을 제한하는 여러 차례의 짧은 회기의 결정을 통하여 각 법률안별로 토론과 표결이 분리되는 방식으로 의사절차가 형성되었고, 이러한 방식으로 의사절차가 진행되는 중간에 각 개정법률안의 수정안이 제출되어 다음과 같은 헌법 위반 사유가 발생하였다.
이 사건의 본회의 의결 절차에서는 검찰청법 일부개정법률안(대안)의 원안에 대한 무제한토론이 진행되던 도중 그에 대한 수정안이 제출되었고, 바로 다음 회기에서 수정안의 제안설명만 듣고 토론 없이 표결에 나아갔으므로, 검찰청법의 개정에 관해서는 수정안에 대한 토론의 기회가 전혀 보장되지 않았다.
한편, 검찰청법 중 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위에 관한 내용은 형사소송법 중 사법경찰관이 1차로 수사하여 송치한 사건에 대한 검사의 보완수사 및 사법경찰관의 불송치결정 이후의 절차에 관한 내용과 체계적으로 연관되어 있다. 특히, 형사소송법 일부개정법률안(대안)의 수정안은 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권을 배제하는 내용을 포함하고 있었고, 이는 기관 고발의 문제와 관련하여 검찰청법 일부개정법률안(대안) 및 그 수정안에서 검사의 직접 수사개시 범위에서 제외된 공직자범죄 및 선거범죄 등에 대한 검사의 소추권과 수사권을 크게 제약하는 것이었으므로, 위와 같은 내용의 형사소송법 개정은 검찰청법의 개정 내용과 체계상 밀접한 관계가 있었다. 법제사법위원회의 법안 심사 단계에서는 이러한 체계적인 상호 연관성이 인정되어 검찰청법과 형사소송법의 개정법률안들이 함께 상정되고 의결되었으며, 법제사법위원회의 각 대안도 같은 날 제안되어 국회의장에게 함께 제출되었다. 그런데 본회의 의결 절차에서는 오로지 표결 절차를 신속하게 진행하기 위하여 검찰청법과 형사소송법의 개정법률안을 분리하여 상정하면서 각각의 토론과 표결도 분리하게 되었고, 이러한 절차가 진행되는 도중에 각 개정법률안의 수정안이 제출된 결과, 검찰청법의 개정 내용과 체계적으로 밀접하게 연관되는 형사소송법 일부개정법률안(대안)의 수정안에 대한 제안설명조차 시작되지 않은 상태에서 검찰청법의 개정에 관한 의결 절차가 마무리되었다. 그리고 형사소송법 일부개정법률안(대안)의 수정안에 포함된 사법경찰관의 불송치결정에 대한 이의신청권을 배제하는 부분(개정 형사소송법 제245조의7 제1항)은, 수정동의에 관한 국회법 제95조 제5항의 ‘원안의 취지 및 내용과의 직접 관련성’ 요건에도 위배된다. 이러한 의사절차의 형성은 법률안들 사이의 상호 연관성의 관점에서 중요한 내용에 대하여 실질적인 토론을 기반으로 한 표결을 할 수 없도록 한 것이다.
이 사건 법률개정행위의 이와 같은 본회의 의사절차의 형성은 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙을 회기제에 제도적으로 구현한 헌법 제47조 제1항 및 제2항에 위배되고, 이 역시 청구인들에 대한 권한침해 사유가 되는 입법절차상 하자에 해당한다.
(2) 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 견제와 균형의 훼손
권력분립원칙은 국가기관 상호간의 협력과 통제를 통하여 국가의 헌법적 과제를 이행하도록 함으로써 궁극적으로 국민의 기본권을 보장하고자 하는 원리이다. 국가의 필수적 과제인 형사사법절차를 이행함에 있어 ‘심판기능’과 ‘소추기능’을 분리하여 각각 사법부와 행정부에 귀속시키고 상호간 협력과 통제가 이루어지도록 한 것도 기능적 권력분립의 한 모습으로 볼 수 있다.
이 사건에서는 형사사법절차에서 ‘소추기능’과 ‘수사기능’의 분리 여부에 관하여 청구인들과 피청구인의 주장이 대립하나, 양자를 각각 담당하는 기관을 분리하든 그렇지 않든 국가의 필수기능으로서 형사사법의 일환인 소추 및 수사기능은 준사법작용의 본질을 유지하면서 원활히 수행되어야 한다. 그런데 이 사건 법률개정행위는 그 내용상 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 영역에서는 ‘검사의 직무상 독립성’을, 검사가 직접 수사를 개시할 수 없어 사법경찰관이 1차로 수사하는 영역에서는 ‘검사의 직무상 객관성과 중립성’을 훼손함으로써 소추 및 수사기능의 준사법작용으로서의 본질을 침해하였다.
소추 및 수사기능의 준사법작용으로서의 객관성ㆍ중립성ㆍ독립성은 상하위계적인 행정기능의 성격에 압도되어서는 안 된다. 그런데 개정 검찰청법 제4조 제2항에서 수사개시 검사의 공소제기를 금지한 것은 검사들 사이에 검찰사무에 관한 상급자의 지휘ㆍ감독권(검찰청법 제7조 참조)과 결합하여 부패범죄, 경제범죄 등에 대한 소추 및 수사의 독립성이 검찰조직 내부의 상하위계질서에 압도되도록 하였다. 또한, 개정 형사소송법 제245조의7 제1항에서 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권을 배제한 것은 해당 영역에서 준사법작용으로서의 소추기능의 핵심적인 부분인 ‘공소 제기 여부를 결정할 권한’을 행정경찰의 강한 상하위계질서 아래에 두면서, 이에 대한 준사법적 통제를 극도로 제한하는 결과를 초래하였다. 이러한 입법은 국가의 소추 및 수사기능의 실현에 있어 행정부 내 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 협력과 통제의 균형을 중대하게 훼손한 것이다.
검사의 직무상 독립성을 전제로 소추 및 수사기능의 객관성과 중립성을 확보하기 위해서는 검찰조직 내ㆍ외부에서 사법적 관점에 따른 협력과 통제의 장치가 있어야 하는데, 국가적ㆍ사회적 법익에 관한 중요 범죄 영역에 대한 독립된 국가기관의 위법 여부 감시와 고발의 권한, 검찰조직 내부의 항고ㆍ재항고제도와 법원이 심판하는 재정신청제도가 이에 해당한다. 그런데 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목은 공직자범죄의 영역에서 검사의 수사개시 권한을 축소하였고, 이에 따라 해당 영역에서는 사법경찰관이 1차로 수사하게 되었는데, 개정 형사소송법 제245조의7 제1항에서 사법경찰관의 불송치결정에 대하여 고발인의 이의신청권을 배제한 결과, 감사원의 고발 권한과 연계된 검찰청법상 항고ㆍ재항고제도를 통하여 소추 및 수사기능을 준사법적으로 통제하는 기능의 상당 부분이 훼손되었다. 또한, 이 사건 법률개정행위는 선거범죄의 영역에서도 같은 방식으로 선거관리위원회의 고발 권한과 연계된 검찰청법상 항고ㆍ재항고제도 및 재정신청제도를 통하여 소추 및 수사기능을 준사법적ㆍ사법적으로 통제하는 기능이 실현되지 못하도록 하였다. 이것은 공직제도 및 선거제도의 적법성과 공정성 보장에 관련된 범죄 영역의 소추 및 수사기능에 관하여 검사 및 경찰과 같은 소추ㆍ수사기관과 독립된 헌법기관인 감사원, 선거관리위원회, 법원 상호간의 협력과 통제의 균형을 중대하게 훼손한 것이다.
한편, 행정부 내에서의 검사의 소추 및 수사기능과 이에 대한 법무부장관의 일반적 지휘ㆍ감독 기능은 입법부인 국회의 국정통제의 대상이 될 수도 있다. 하지만, 이러한 통제는 형사정책의 수립과 이행 상황의 점검, 검찰사무 일반의 투명성과 일관성 확보의 관점에서 이루어져야 하는 것이고, 국회 내의 정치세력이 검사의 수사 및 소추에 영향력을 행사하는 방식이어서는 안 된다. 그런데 개정 검찰청법 제24조 제4항에서 규정한 검찰총장의 국회에 대한 보고의무의 내용은 부패범죄, 경제범죄 등의 영역에서 검사의 직무에 정치적 압력이 작용하는 외관과 위험을 발생시키는 것이므로, 이는 국회의 행정부에 대한 국정통제기능의 한계를 넘어서는 것이다.
따라서 이 사건 법률개정행위는 국가의 필수적인 기능인 소추 및 수사기능에 관하여 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 협력과 통제의 균형을 광범위하게 훼손하였으므로, 헌법상 기능적 권력분립원칙을 중대하게 위반하였다.
(3) 준사법기관의 절차적 기본권 보장의무
당사자의 절차적 권리의 보장은 사법절차의 특징적 요소로서(헌재 2000. 6. 1. 98헌바8; 헌재 2001. 6. 28. 2000헌바30 참조), 사법기관 또는 준사법기관의 권한 행사가 그 성격을 유지할 수 있도록 하는 것으로, 해당 기관은 당사자의 절차적 권리를 보장하는 권한만 있는 것이 아니라 이에 관한 의무도 구체적으로 진다.
검사가 지는 기본권 보장의 의무는 당사자의 절차적 권리 보장이라는 준사법기관으로서의 본질과 연결되어 그 ‘직무상 객관성과 중립성’에 직접적으로 연관되므로, 국회의 입법행위로 제ㆍ개정된 법률의 내용이 소추권 및 수사권을 행사하는 검사로 하여금 그와 관련된 ‘절차적 기본권 보장의 의무’를 준수할 수 없도록 하는 것이라면, 이는 준사법기관으로서의 검사의 권한을 본질적으로 침해하는 것이다.
검사의 권한과 당사자의 절차적 기본권 사이의 이러한 관계는 검사의 권한이 ‘준사법기능’의 수행이라는 점에서 비롯되는 것이고, 국가기관 상호간의 권한쟁의심판이 다른 심판절차에 대하여 보충적 지위에 있는 것도 아니므로, 입법에 의하여 신속하고 공정한 재판을 받을 권리나 재판절차진술권 등 절차적 기본권을 침해받은 당사자가 헌법소원심판을 청구할 수 있는지 여부는 이 사건 권한쟁의심판에서 절차적 기본권 침해 사유를 고려할 수 있는지 여부와는 무관한 문제이다.
특히, 이 사건에서 절차적 기본권 침해 사유가 문제 되는 기본권 주체들은 아동ㆍ청소년 등 스스로 자신의 기본권을 실효적으로 행사하는 것이 어려운 경우가 많다는 점을 고려하면, 형사사법에 관여하는 국민의 절차적 기본권 침해가 문제 되는 사유를 검사의 권한의 본질적 내용인 그 직무상 객관성과 중립성 문제의 테두리 내에서 고려하는 것은, 기본권 보장의 사각지대를 줄이는 측면에서 타당하다.
한편, 이 사건에서 피해자의 지위에 있는 고발인과 같은 당사자에 대하여 검사의 수사와 기소 여부 판단을 거치도록 하지 않더라도 재정신청 등으로 재판절차진술권을 보장할 수 있다는 취지의 주장은, 그 자체로 심판기능과 분리된 준사법기능으로서 검사가 수행하는 소추와 수사의 기능을 형해화해도 된다는 것이므로 타당하지 않다.
이 사건 법률개정행위의 내용 중 사법경찰관이 송치한 사건의 일정한 유형에서 검사의 직접 보완수사의 범위를 ‘해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내’로 제한한 개정 형사소송법 제196조 제2항과 사법경찰관의 불송치결정에 대한 이의신청권을 배제한 개정 형사소송법 제245조의7 제1항은, 검사가 소추권 및 수사권을 행사함에 있어 형사피의자 또는 형사피해자를 합리적 이유 없이 차별취급할 수밖에 없도록 하고, 그와 관련된 신속하고 공정한 재판을 받을 권리나 재판절차진술권과 같은 절차적 기본권 보장의 의무를 준수할 수 없도록 하는 것이므로, 검사의 직무상 객관성과 중립성을 훼손하여 청구인들 중 검사들의 권한을 본질적으로 침해한다.
(4) 검사의 준사법기관적 성격의 보편성
이 사건에서 청구인들과 피청구인은 대륙법계와 영미법계의 형사사법체계에 관련된 여러 주장을 하였으나, 형사사법체계의 유형이 다양함에도 불구하고 모든 국가는 형사소추를 국가의 핵심적 기능으로 보고 있으며, 소추기관인 검사가 오로지 법적인 관점에서 객관적, 중립적, 독립적으로 그 직무를 수행하는 준사법기관의 지위에 있다는 점은 보편적으로 받아들여지고 있다. 이는 대륙법계와 영미법계의 국가들을 아우르는 여러 국제기구의 권고안이나 보고서 등에서도 확인된다. 몇 가지 예를 들어보면 다음과 같다.
유럽평의회 각료위원회가 2000년에 채택한 ‘형사사법체계에서의 검찰의 역할에 관한 권고’에서는, 검사의 역할에 대하여 ‘모든 형사사법체계에서’ 검사는 ‘공소의 제기 또는 유지 여부를 결정하고, 법원 앞에서 공소를 수행하며, 모든 또는 일부 법원의 결정에 대하여 상소하거나 상소를 수행할 수 있다’고 하였고, 이에 더하여 ‘특정한 형사사법체계’에서 검사는 ‘수사를 수행, 지시 또는 감독하고’, ‘피해자가 효과적으로 지원을 받을 수 있도록 보장한다’고 하였다(The Role of Public Prosecution in the Criminal Justice System, Recommendation Rec(2000)19, Committee of Ministers of the Council of Europe, 2000. 10. 6. 참조).
국제검사협회가 1999년에 채택한 ‘직무상 책임의 기준 및 검사의 본질적 의무와 권한에 관한 선언’에서도 검사의 전문적 과제 수행, 독립성, 중립성, 그리고 형사절차에서의 역할(공정성, 일관성, 신속성, 객관성, 중립성, 인권보호 등)을 선언한 바 있다(Standards of professional responsibility and statement of the essential duties and rights of prosecutors, International Association of Prosecutors, 1999. 4. 23. 참조). 
특히, ‘베니스위원회(Venice Commission)’로 약칭되는 ‘법을 통한 민주주의를 위한 유럽 위원회(European Commission for Democracy through Law)’에서는 검사에 관한 여러 권고 의견과 보고서들을 꾸준히 채택하고 있다. 베니스위원회가 1995년에 채택한 헝가리의 헌법 제정에 관한 안에 대한 의견에서는 ‘검찰의 독립성의 보장과 보호’에 관한 기본적인 내용은 ‘헌법에 포함되는 것이 바람직하다’고 한 바 있다(Opinion on the Regulatory concept of the Constitution of the Hungarian Republic, Venice Commission, 1995. 11. 24.-25. 참조). 그리고 2010년에 채택된 ‘사법시스템의 독립성에 관한 유럽기준에 대한 보고서’ 중 ‘검찰 부분’에서는 검찰의 다양한 조직 모델과 검사의 지위, 검사의 내부적 독립과 외부적 독립 등에 관한 유럽의 기준에 대하여 정리하였는데, 이 보고서에는 특히, 형사사법체계의 다양성에도 불구하고 모든 국가는 형사소추를 국가의 핵심적 기능으로 본다는 점, 행정부가 검찰총장 및 검사에게 개별 사건에 대하여 지시하는 것은 허용되지 않으며, 검찰 외부로부터의 개입의 외관도 실제의 개입만큼 유해하다는 점, 부당한 지시를 피하기 위하여 검사의 활동이 상하위계상 상급자로부터 간섭을 받지 않도록 보장되는 일련의 목록이 있어야 한다는 점, 검사와 수사관이 분리된 경우 검사의 권력 남용의 위험이 줄어드는 대신 경찰의 권력 남용의 위험이 커진다는 점, 그리고 부패나 정치적 압력으로 기소할 사건을 불기소할 위험과 이에 대한 사법적 심사를 구할 피해자의 권리를 보장할 필요성 및 검사가 수사를 통제하지 않는 시스템에서의 불기소처분에 대한 법적 구제의 필요성 등이 언급되어 있다(Report on European Standards as regards the Independence of the Judicial System: Part II - The Prosecution Service, Venice Commission, 2010. 12. 17.-18. 참조).
라. 결론
국가의 필수적 과제인 형사사법을 수행하는 소추기능과 수사기능은 헌법상 기능적 권력분립원칙에 따라 그 기능을 담당할 기관을 구성하고 관련 기관들 상호간의 협력과 통제의 관계를 유지해야 하는 대표적인 영역이고, 소추 및 수사기능의 준사법적 성격을 유지하는 것은 형사사법에 관련된 국민의 기본권 보장과 직결되는 문제이다.
그런데 이 사건 법률개정행위는 입법기능을 수행하는 절차와 검사의 소추권 및 수사권을 구체적으로 형성하고 제한하는 내용 모두에 있어서 헌법상 한계를 일탈하여 청구인들의 권한을 침해하였고, 국가기관 상호간 협력과 통제의 관계를 광범위하게 훼손하였다. 이를 통제하고 교정해야 하는 이 사건 권한쟁의심판의 적법요건과 본안 판단에 있어서는 헌법조항을 비롯한 관련 법령을 형식적으로 파악하는 데에 그쳐서는 안 되며, 그 판단의 기준이 헌법상 기능적 권력분립원칙에 실질적으로 부합하도록 이해되고 적용되어야 한다.
8. 재판관 이은애, 재판관 이종석, 재판관 이영진의 무효확인청구에 대한 반대의견
우리는 피청구인의 이 사건 법률개정행위는 그 절차 및 내용 모두에 있어 헌법을 중대하게 위반하여 청구인들 중 검사들의 헌법상 소추권 및 수사권과 청구인 법무부장관의 검사에 관한 관장 사무에 대한 권한을 침해하였는바, 그 무효확인청구에 대해서는 다음과 같은 이유로 이 사건 법률개정행위를 취소하여야 한다고 생각한다.
가. 헌법재판소법 제66조 제2항 및 제67조의 의미
(1) 헌법재판소법 제66조 제2항은 "헌법재판소는 권한침해의 원인이 된 피청구인의 처분을 취소하거나 그 무효를 확인할 수 있고, 헌법재판소가 부작위에 대한 심판청구를 인용하는 결정을 한 때에는 피청구인은 결정 취지에 따른 처분을 하여야 한다."라고 규정한다.
권한쟁의심판에서 청구인의 권한이 침해되었다고 확인될 경우, 헌법재판소법 제66조 제2항에서 그 원인이 되는 피청구인의 처분을 취소하거나 그 무효를 확인할 것인지 여부에 대하여 헌법재판소에 재량을 부여한 취지는, 권한쟁의심판이 헌법적 권한질서의 객관적 확인이라는 객관적 쟁송의 성격과 침해된 청구인의 권한을 구제하는 주관적 쟁송의 성격을 동시에 지니고 있음을 반영하여, 헌법재판소로 하여금 권한쟁의심판제도의 기초가 되는 권력분립원리의 실질적 실현에 가장 적합한 결정을 하도록 하기 위함이라고 할 것이다. 따라서 권한쟁의심판에서 피청구인의 처분으로 인하여 청구인의 권한이 침해된 것으로 확인하는 경우 그러한 처분을 취소하거나 무효를 확인할 것인지 여부는, 권한 침해 사유의 헌법적 중대성, 침해된 청구인의 권한과 그 원인이 된 피청구인의 처분이 헌법적 권한질서 내에서 가지는 의미, 권한쟁의심판의 결정을 통하여 달성될 수 있는 헌법적 권한질서 회복의 이익 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다.
(2) 헌법재판소법 제67조 제1항은 "헌법재판소의 권한쟁의심판의 결정은 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속한다."라고 규정하고, 제2항은 "국가기관 또는 지방자치단체의 처분을 취소하는 결정은 그 처분의 상대방에 대하여 이미 생긴 효력에 영향을 미치지 아니한다."라고 규정한다.
법률의 제ㆍ개정행위에 대한 무효확인결정 또는 취소결정도 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속하므로, 그러한 결정으로 법률이 제정되지 않거나 개정되기 전으로 회귀한 것과 같이 되면 청구인과 피청구인이 아닌 국가기관이나 지방자치단체도 이에 저촉되는 다른 판단이나 행위를 할 수 없고, 위와 같은 법률의 상태를 자신의 판단 및 조치의 기초로 삼아야 한다. 청구인인 국가기관이나 지방자치단체의 침해된 권한은 바로 회복되므로, 청구인은 즉시 그 권한을 행사할 수 있다. 피청구인인 국회는 입법행위의 내용으로 청구인의 권한이 침해되었다면 같은 내용의 입법행위를 다시 할 수 없으며, 만약 입법절차상 하자에 의해서만 청구인의 권한이 침해되었다면 같은 종류의 하자가 없는 절차를 다시 밟아서 동일한 내용의 입법행위를 할 수도 있다. 대통령은 취소되거나 무효가 확인된 법률의 제ㆍ개정행위의 대상 법률안을 다시 법률로 공포할 수 없다.
헌법재판소법 제67조 제2항에 따라 피청구인의 처분을 취소할 경우 ‘처분의 상대방’에 대하여 이미 생긴 효력에 영향을 미치지 않는다는 것은 ‘제3자’인 상대방에 대하여만 적용되며, 이 경우에도 ‘이미’ 생긴 효력만 그대로 인정될 뿐 취소결정 이후의 장래에까지 그 효력을 계속 주장할 수 있는 것은 아니다.
법률의 제ㆍ개정행위의 상대방은 그 ‘법적 효력’을 받는 자이므로, 행위의 결과물인 법률이 적용되는 모든 수범자라고 할 것이다. 따라서 법률의 제ㆍ개정행위에 대하여 취소결정을 하면, 그로 인해 개정된 법률이 시행된 이후 헌법재판소의 취소결정 전까지 있었던 집행행위의 유효성은 소급하여 소멸되지 않는다.
헌법재판소법의 권한쟁의심판에 관한 규정에서 무효확인결정과 취소결정은 그 결정 여부 자체가 헌법재판소의 재량 영역에 있고, 권한침해가 확인될 경우 청구인의 청구가 없더라도 직권으로 결정할 수도 있으며, 취소결정은 처분의 상대방에 대하여 이미 생긴 효력에 영향을 미치지 않는다는 헌법재판소법 제67조 제2항 이외에 청구기간이나 다른 요건 등에서 무효사유와 취소사유가 차별적으로 규정된 바 없다. 권한쟁의심판에서 피청구인의 처분으로 인한 청구인의 권한침해가 확인되는 경우 그 처분에 대한 무효확인결정과 취소결정을 하는 것은 동일한 심판유형 내에서 결정의 주문을 정하는 문제이다. 따라서 청구인이 무효확인청구를 하였더라도 청구취지의 변경 없이 취소결정을 할 수 있다 할 것이다.
나. 이 사건 권한 침해 사유의 헌법적 중대성
(1) 이 사건 법률개정행위는 그 절차의 측면에서 다음과 같이 헌법과 국회법을 중대하게 위반하였다.
먼저 법제사법위원회의 의결 절차에서 안건조정제도에 관한 국회법 제57조의2, 위원회의 심사 및 표결에 관한 국회법 제58조를 위반하였고, 본회의 의결 절차에서도 무제한토론에 관한 국회법 제106조의2 및 본회의 수정동의절차에 관한 국회법 제95조 제5항을 위반하였다.
또한, 이 사건 법률개정행위의 법제사법위원회 의결 절차에서는 그 위원장이 조정위원회를 구성함에 있어, 제1교섭단체인 민주당의 당론에 따른 입법이 신속하게 추진되도록 조정위원회의 의결정족수를 충족시킬 의도로 민주당을 탈당한 민형배 의원을 그 사정을 알면서도 비교섭단체 몫의 조정위원으로 선임함으로써 미리 조정안에 대한 가결의 조건을 만들었고, 조정위원회의 조정안에 대한 법제사법위원회의 심사 과정에서 실질적 토론의 기회를 부여하지 않은 채 표결에 부쳐 의결에 이르도록 하였다. 본회의 의결 절차에서는 국회의장이 소수의견이 개진될 수 있는 국회법상 마지막 기회를 무력화하였고, 특히 검찰청법 일부개정법률안(대안)의 수정안에 대해서는 제안설명 이후 바로 표결에 나아가 토론의 기회를 전혀 보장하지 않았다. 이로써 이 사건 법률개정행위는 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결의 원칙을 규정하고 국회 내 의결 절차상 회의 주재자로서의 중립성을 엄격하게 요구하는 헌법 제49조를 위반하였다.
이와 같은 입법절차상의 하자는 의결정족수의 충족 및 의결된 법률안의 주요 내용의 성립에 관한 하자로서 국회 밖의 국가기관인 청구인들의 헌법상 권한에 대한 침해의 원인이 되었는바, 이러한 권한침해의 사유는 모든 국가기관이 국회가 제ㆍ개정한 법률을 준수해야 한다는 의회입법의 우위의 근본적인 근거를 훼손하는 것으로, 헌법적으로 매우 중대하다고 할 것이다.
(2) 이 사건 법률개정행위는 그 내용의 측면에서도, 다음과 같이 헌법을 중대하게 위반하였다.
이 사건 법률개정행위는 검사가 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위를 변경하여 공직자범죄, 선거범죄, 방위사업범죄 및 대형참사 등에 관하여 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄 영역을 축소하였는데(개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목), 그 주요 내용은 다음과 같이 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄 영역에 대해서는 ‘검사의 직무상 독립성’을 훼손하고, 검사가 직접 수사를 개시할 수 없게 되어 사법경찰관이 1차로 수사하게 된 영역에서는 ‘검사의 직무상 객관성 및 중립성’을 훼손하는 것들이다.
먼저 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 부패범죄, 경제범죄 등에 대해서는, 정치권력 또는 경제적ㆍ사회적 권력의 영향이 강하게 작용할 위험이 있는 범죄 영역의 소추권 및 수사권 행사에 관하여, 검사들 사이에 검찰사무에 대한 상급자의 지휘ㆍ감독권(검찰청법 제7조)이 있는 상황에서 수사개시 검사의 공소제기를 금지하여(개정 검찰청법 제4조 제2항) 검찰조직 내의 상하위계를 강화하였고, 이러한 상황에서 관련 부서의 직제 등 현황을 검찰총장이 국회에 분기별로 보고하도록 하여(개정 검찰청법 제24조 제4항) 국회 내의 정치세력이 영향력을 행사할 위험을 증대시켰으므로, 이러한 입법행위는 ‘검사의 직무상 독립성’을 훼손한 것이다.
한편, 검사가 직접 수사를 개시할 수 없어 사법경찰관이 1차로 수사하는 영역에 대해서는, 사법경찰관이 범죄혐의를 인정하여 송치한 경우에 해당하지 않는 세 가지 유형의 송치사건에 대하여 검사가 직접 보완수사할 수 있는 범위를 ‘해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위 내’로 제한하여(개정 형사소송법 제196조 제2항) 사법경찰관의 1차 수사의 방향이 적정하지 않았거나 그 수사 방향에 고소인이나 피해자 등의 이의가 있는 경우에 오히려 수사의 실효성이 저하된 절차에 의할 수밖에 없도록 하였으며, 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권을 배제하여(개정 형사소송법 제245조의7 제1항) 그 사건이 검사에게 송치되는 것은 매우 제한적인 요건에서만 가능하도록 함으로써 검사의 소추권을 제한하고, 중요한 국가적ㆍ사회적 법익을 보호하기 위하여 기관 고발의 대상이 되거나 사회적 약자가 피해자인 고발 사건의 영역에서 수사의 실효성을 크게 저하시켰다. 이러한 입법행위는 검사가 소추권 및 수사권을 행사함에 있어 형사피의자 또는 형사피해자를 합리적 이유 없이 차별 취급할 수밖에 없도록 하고, 그와 관련된 신속하고 공정한 재판을 받을 권리나 재판절차진술권과 같은 절차적 기본권 보장의 의무를 준수할 수 없도록 하며, 국가적ㆍ사회적 법익을 보호해야 하는 사건의 공정한 처리를 어렵게 하므로, ‘검사의 직무상 객관성과 중립성’을 훼손한 것이다.
특히, 사법경찰관의 불송치결정에 대한 고발인의 이의신청권을 배제한 입법은, 물리력을 행사할 수 있고 상하위계가 강한 경찰조직에 소추기능인 ‘공소제기 여부를 결정하는 권한’의 일부를 사실상 이전하면서 이에 대하여 준사법기관인 검사의 통제를 극도로 제한하고 준사법기관이 아닌 행정경찰의 상하위계에 따른 지휘ㆍ감독만을 받게 한 것으로 소추 및 수사기능의 준사법적 성격에 반한다. 또한, 이러한 입법은 기관 고발 사건에서의 검찰청법상 항고ㆍ재항고나 재정신청제도 등 소추 및 수사기능을 준사법적ㆍ사법적으로 통제하는 제도의 기능을 상당 부분 상실시키며, 검사가 인권옹호기관으로서 사회적 약자인 피해자의 보호를 위하여 보유하는 법률상 권한의 기능도 정상적으로 실현되지 못하도록 하는 등 관련 법령과의 법체계상 정합성에도 부합하지 않는다.
이와 같이 이 사건 법률개정행위의 주요 내용들은 준사법작용인 소추 및 수사기능의 객관성ㆍ중립성ㆍ독립성을 훼손하여 헌법상 검사의 소추권 및 수사권에 관한 입법형성의 한계를 일탈함으로써 청구인들 중 검사들의 권한을 본질적으로 침해하였고, 법체계의 정합성에 부합하지 않으므로 법치국가원리에 따른 입법형성의 한계도 일탈하였다.
위와 같은 이 사건 법률개정행위의 주요 내용들은 법무부장관의 권한에 관해서도 행정각부의 장으로서 관장하는 사무에 관한 입법 및 국회의 국정통제기능에 관한 입법의 한계를 일탈하여, 청구인 법무부장관의 검사에 대한 일반적인 지휘ㆍ감독권, 검찰조직 전반의 운용 및 검사와 검찰청 직원의 보직에 관한 권한을 침해하였다.
이러한 권한침해의 사유는 준사법작용으로서 행정작용과 사법작용의 성격을 겸유하는 소추 및 수사기능의 본질적 내용을 침해하고, 행정부와 입법부 사이의 견제와 균형을 훼손하는 것이므로, 헌법상 기능적 권력분립의 원칙에 대한 중대한 위반에 해당한다.
(3) 따라서 이 사건에서 청구인들에 대한 권한침해의 사유는 어느 모로 보나 헌법적으로 중대하므로, 헌법적 권한질서의 훼손을 즉시 교정해야 할 필요가 크다.
다. 이 사건에서 침해된 청구인들의 권한과 그 원인이 된 피청구인의 처분의 의미
(1) 이 사건에서 침해된 청구인들의 권한은, 검사가 준사법기관으로서 개별 형사사건의 당사자에게 지는 절차적 기본권 보장의 의무와 밀접한 관련이 있는 헌법상 소추권 및 수사권, 법무부장관이 관장하는 사무 가운데 국가의 필수기능인 소추 및 수사기능에 관련된 검찰 및 검사에 관한 사무에 대한 권한이다.
이러한 권한침해의 원인이 된 이 사건 법률개정행위는, 형사사법절차의 핵심 영역에 해당하는 소추 및 수사기능에 관하여 그 권한 주체 및 절차의 주요 내용을 변경하는 입법행위로서, 그 중에서도 일반적으로 검찰권을 행사하는 검찰청법상 검사의 소추권 및 수사권을 제한하는 것이다.
따라서 이 사건에서 침해된 청구인들의 권한 및 그 원인이 된 피청구인의 처분은, 개별 형사사건의 당사자인 개인의 절차적 기본권 보장 및 국가의 기본적인 책무인 형사사법의 실효성과 공정성의 확보에 관련된 것이므로, 국민의 기본권 및 국가의 권한질서에 중요한 의미를 가진다.
(2) 검사가 이 사건 법률개정행위에 따라 그 수사권 및 소추권이 제한된 상태에서 직무를 행사하는 경우, 범죄수사에서 적시에 수집해야 하는 증거의 산일(散逸), 실효적이고 공정한 수사 및 소추기능의 장애로 인한 형사피해자의 재판절차진술권에 대한 침해, 형사피고인의 공정하고 신속한 재판을 받을 권리의 침해는 이 사건 법률개정행위의 효력이 그대로 유지되는 한 언제든 발생할 수 있다. 특별한 공익 또는 사회적 약자인 피해자를 보호하기 위하여 여러 관련 법령들에서 검사의 소추권 및 수사권을 전제로 규정된 검찰청법상 항고ㆍ재항고 및 재정신청제도 등의 준사법적ㆍ사법적인 통제 수단, 그리고 검사가 수사의 주체임을 전제로 사회적 약자인 피해자 보호를 위하여 마련된 제도들이 정상적으로 기능하지 못하게 되는 것도 마찬가지이다.
검사는 법률이 유효하면 이를 그대로 형사사법절차에 적용하여 집행하여야만 하는 준사법기관이므로, 이 사건 법률개정행위로 인한 위와 같은 기본권 침해를 방지하고 관련 제도의 기능상 장애를 교정하기 위해서는, 그 입법행위의 법적 효력을 제거하여 침해된 검사의 권한을 즉시 회복해야 할 필요성이 크다.
라. 이 사건 권한쟁의심판의 결정을 통한 헌법적 권한질서 회복의 이익
권한쟁의심판의 대상인 전체로서의 ‘법률의 제정 또는 개정 행위’를 취소하거나 그 무효를 확인하여 그 법적 효력을 제거할 경우, 심판대상이 된 법률의 제ㆍ개정행위가 없었던 것과 같이 되어 개정된 법률은 개정 전의 상태로 회귀한다. 이 경우 신설된 조항은 그 효력 발생 시점으로 소급하여 효력을 상실하고 폐지된 것과 같이 되지만, 개정된 조항은 위헌법률심판의 경우처럼 법률에서 사라지는 것이 아니라 개정 전의 상태로 돌아간다. 가령 검사가 직접 수사를 개시할 수 있는 범죄의 범위를 축소한 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목에 대한 개정행위에 대하여 무효확인결정 또는 취소결정이 있으면, 개정 전으로 돌아가 축소되었던 검사의 직접 수사개시 범죄의 범위가 다시 회복되는 것으로, 위헌법률심판에서의 법률의 위헌결정처럼 위 규정이 효력을 상실하여 검사의 직접 수사개시의 근거 자체가 사라지는 것이 아니다. 
이 사건 법률개정행위를 취소하거나 그 무효를 확인하면, 그 효력이 부인되는 즉시 검사는 제한되었던 수사권과 소추권을 회복하게 되어 이를 행사할 수 있게 되고, 특히 사법경찰관의 불송치결정에 대한 이의신청은 그 신청 기간에 제한이 없어 이의신청이 배제되었던 고발인은 즉시 이의신청을 함으로써 해당 사건이 검사에게 송치되도록 할 수 있게 된다. 이처럼 이 사건 법률개정행위에 대하여 무효확인결정 또는 취소결정을 하면, 검사의 준사법기관으로서의 권한에 대한 침해와 밀접하게 연관되는 피의자, 피고인 및 피해자의 절차적 기본권 침해, 실효적이고 공정한 소추 및 수사기능의 장애 등이 발생하는 것을 방지할 수 있으므로, 이를 통해 손상된 헌법적 권한질서를 회복할 수 있다는 심판의 이익이 인정된다.
국회의 입법행위의 효력을 헌법재판소의 사법적 판단으로 부인하는 것은, 국가기관 상호간의 권한쟁의에 관한 심판을 헌법재판소의 관장사항으로 정한 헌법 제111조 제1항 제4호, 국회와 국회 밖의 국가기관 상호간의 권한쟁의심판을 명문으로 규정한 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호, 헌법재판소가 권한침해의 원인이 된 피청구인의 처분의 취소 또는 그 무효를 확인할 수 있도록 규정한 헌법재판소법 제66조 제2항에 근거한 것이고, 이 사건 법률개정행위의 효력을 부인하여 형사사법절차가 그에 따른 검찰청법 및 형사소송법의 개정 전의 상태로 돌아간다고 해서 특별히 헌법적 권한질서에 어긋나는 문제가 생기지는 않는다.
다만, 이 경우 이미 시행된 개정 법률에 근거한 수사 및 소추와 관련된 구체적인 집행행위의 효력은 법적 안정성의 관점에서 이 사건 법률개정행위를 취소할 것인지, 아니면 그 무효를 확인할 것인지의 문제이고, 이 밖에 이 사건 법률개정행위를 실효시킴으로써 공공복리에 적합하지 않은 상황이 초래될 수 있는 특별한 사정은 발견하기 어렵다.
따라서 권한쟁의심판의 결정을 통하여 이 사건 법률개정행위를 실효시킴으로써 손상된 헌법적 권한질서를 회복할 이익이 인정되며, 그 방법으로 피청구인의 처분인 이 사건 법률개정행위를 취소할 것인지, 그 무효를 확인할 것인지는 권한쟁의심판의 결정의 효력에 관한 헌법재판소법 제67조 제2항의 적용 여부에 따라 판단해야 할 것이다.
마. 이 사건 법률개정행위에 대한 취소결정의 필요성
이 사건 법률개정행위의 경우 그 법적 효력을 제거하여 청구인들의 침해된 권한을 즉시 회복할 필요성이 인정되지만, 개정 검찰청법과 형사소송법이 집행되는 모든 경우에 그 집행행위의 효력까지 소멸시킬 경우 법적 안정성이 훼손될 가능성이 전혀 없다고 단정하기는 어렵다. 예를 들어 이 사건 법률개정행위에 따라 시행된 개정 검찰청법 및 형사소송법에 근거한 여러 하위법령이나 내규의 효력과 그 집행행위의 효력이 어떻게 되는지는 개별 사안에 대한 검토 없이 판단하기 쉽지 않다.
한편, 위헌법률심판에서는 행정기관 및 사법기관의 조직법규와 형사소송에 관한 절차법규는 헌법재판소법 제47조 제3항이 정한 형벌에 관한 법률 또는 법률조항이라고 보기 어려우므로, 위헌결정이 있을 경우 같은 조 제2항에 따라 그 결정이 있는 날부터 효력을 상실하는 장래효가 인정된다. 권한쟁의심판에서의 법률의 제ㆍ개정행위에 대한 무효확인결정 또는 취소결정의 효력이 위헌법률심판에서의 법률의 위헌결정과 같지는 않지만, 법규범의 효력이라는 관점에서 양자의 균형을 최대한 고려할 필요는 있다.
따라서 검찰청법 및 형사소송법을 대상으로 하는 이 사건 법률개정행위에 대해서도 그로 인한 청구인들의 권한침해가 확인될 경우, 원칙적으로 무효확인결정보다는 취소결정을 함으로써 헌법재판소법 제67조 제2항에 따라 그 처분의 상대방인 수범자에 대하여 이미 생긴 효력에는 영향을 미치지 않도록 하는 것이 타당하다.
바. 결론
이 사건 법률개정행위는 헌법과 국회법을 중대하게 위반하여 청구인들의 권한을 침해하였고, 그 침해된 권한과 피청구인의 행위가 헌법적 권한질서 내에서 갖는 의미 및 이 사건 권한쟁의심판의 이익을 고려하면, 그 법적 효력을 제거함으로써 청구인들의 침해된 권한을 즉시 회복할 필요가 인정된다.
다만, 법적 안정성 및 위헌법률심판에서의 법률의 위헌결정의 효력과의 균형 등을 고려하여 그 처분의 상대방인 개정 검찰청법 및 형사소송법의 수범자에 대하여 이미 생긴 효력에는 영향을 미치지 않도록 하는 것이 타당하므로, 이 사건 법률개정행위에 대해서는 그 무효를 확인하는 대신 그 행위를 취소하여야 할 것이다. 
9. 재판관 이선애의 무효확인청구에 대한 반대의견
나는 피청구인의 이 사건 법률개정행위는 그 절차 및 내용 모두에 있어 헌법을 중대하게 위반하여 청구인들의 권한을 침해하였음을 확인해야 할 뿐만 아니라, 손상된 헌법상 권한질서를 회복하고 이를 통해 국가기능의 수행을 원활히 하도록 하기 위해서는 그 행위를 취소하여야 한다고 생각하므로, 다음과 같이 그 이유를 남긴다.
가. 국회의 입법관련 행위에 대한 형성적 결정의 원칙적 자제와 예외적 필요성
(1) 헌법재판소법 제66조 제2항이 권한침해의 원인이 된 처분을 취소하거나 그 무효를 확인하는 것을 헌법재판소의 재량으로 하도록 정한 것은 ‘국가기관 상호간’, ‘국가기관과 지방자치단체 간’, ‘지방자치단체 상호간’의 3가지 서로 다른 성격의 권한쟁의심판의 본질과 기능에 상응하여 결정 주문이 달라져야 함을 고려할 것을 요청하고 있는 것으로 해석된다. 이러한 취지를 고려할 때 헌법재판소는 국가기관 상호간의 권한쟁의에서 정치적 헌법기관의 형성권을 침해할 우려가 있는 경우에는 취소결정이나 무효확인결정을 자제해야 한다고 생각한다.
국회의 입법관련 행위를 대상으로 한 국가기관 상호간의 권한쟁의심판에 있어서, 헌법재판소는 심판대상 행위의 위헌·위법 여부 및 권한의 침해 여부를 확인하는 것에 그쳐야 하고 이를 넘어 입법관련 행위에 대한 취소 내지 그 무효확인과 같은 형성적 결정을 내리는 것은 자제해야 한다. 국회는 스스로 다양한 절차와 방법을 통하여 합헌적 상태를 회복할 수 있는 광범위한 정치적 형성권을 가지고 있고, 국회의 정치적 형성권의 행사로서 회복된 합헌적 상태는 다양한 모습일 수 있기 때문에 국가기관 스스로 권한침해확인결정에 따라 합헌적인 상태를 구현하도록 함으로써 손상된 헌법상의 권한질서는 회복될 수 있다고 보기 때문이다(헌재 2011. 8. 30. 2009헌라7 중 재판관 이강국, 재판관 김종대의 각 별개의견 참조).
이것이 각 기관에게 주어진 권한을 보호함과 동시에 객관적 권한질서의 유지를 통하여 국가기능의 수행을 원활히 하고, 아울러 수평적 및 수직적 권력 상호간의 견제와 균형을 유지시켜 헌법적 가치질서 및 헌법의 규범적 효력을 보호하고자 하는 권한쟁의심판제도의 본래 목적과 의의에도 부합한다고 생각한다(헌재 2001. 5. 8. 2000헌라1 참조).
(2) 이처럼 국회의 입법관련 행위를 대상으로 한 국가기관 상호간의 권한쟁의심판에 있어서 심판대상 행위에 대한 취소ㆍ무효확인의 형성적 결정은 자제하여야 함이 원칙이지만, 예외적으로 국회의 입법관련 행위라 하더라도 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 견제와 균형을 근본적으로 훼손하여 헌법재판소가 사법적 자제를 유지해서는 헌법적 가치질서 및 헌법의 규범적 효력을 보호할 수 없는 경우에는, 손상된 헌법상 권한질서의 회복을 위하여 부득이 심판대상 행위의 취소 또는 무효확인으로 그 효력을 소멸시키는 결정을 할 수밖에 없다.
그러므로 국가기관 상호간의 권한쟁의에 있어서도 예외적으로 청구인의 권한을 침해한 피청구인의 처분이 헌법에 위반되어 그 하자가 중대하고, 피청구인에 대하여 정치적 형성권을 존중할 필요가 없거나 다른 정치적 형성방법을 기대할 수 없는 경우에는 취소ㆍ무효확인결정을 부가적으로 선언함으로써 피청구인의 처분의 효력을 형성적으로 소멸시킬 수 있고, 피청구인의 처분이 국회의 입법관련 행위라고 하더라도 의회제도를 보장하는 헌법적 가치를 본질적으로 부인하는 중대한 권한침해 사유가 있다면 그 취소 또는 무효확인을 결정할 여지가 있다고 할 것이다(헌재 2011. 8. 30. 2009헌라7 중 재판관 이강국, 재판관 김종대의 각 별개의견 참조).
(3) 헌법재판소법 제67조 제1항은 "헌법재판소의 권한쟁의심판의 결정은 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속한다."라고 규정하고, 제2항은 "국가기관 또는 지방자치단체의 처분을 취소하는 결정은 그 처분의 상대방에 대하여 이미 생긴 효력에 영향을 미치지 아니한다."라고 규정한다.
헌법재판소법 제67조 제1항에서 권한쟁의심판의 결정은 심판청구의 인용 여부 및 결정의 구체적 유형을 불문하고 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속하는 것으로 규정한 것은, 헌법상 객관적인 권한질서의 유지를 통하여 국가기능의 수행을 원활히 하고자 하는 권한쟁의심판의 목적에 부합하도록 그 결정의 효력을 정한 것이다. 같은 조 제2항에서 특히, 피청구인의 처분을 실효시키는 형성적 결정 중 취소결정에 한하여 그 처분의 상대방에 대하여 이미 생긴 효력에 영향을 미치지 않도록 규정함으로써 결정의 효력이 미치는 범위를 제한한 것도 근본적인 목적은 같다고 할 것이다. 
따라서 헌법상 객관적 권한질서의 유지를 통하여 국가기능의 수행을 원활히 하고자 하는 권한쟁의심판의 목적에 비추어볼 때, 국회의 입법관련 행위에 대하여 예외적으로 그 효력을 상실시키는 형성적 결정을 할 수밖에 없는 경우에도, 그 결정이 청구인이 아닌 처분의 상대방에 대하여 이미 생긴 효력에까지 영향을 미치는 것이 타당한지 여부에 따라, 심판대상 행위의 무효를 확인할지, 아니면 그 행위를 취소할지를 정해야 할 것이다.
나. 이 사건 법률개정행위에 대한 취소결정의 필요성
(1) 피청구인의 처분인 이 사건 법률개정행위에는 그 절차에 있어 실질적 토론을 전제로 하는 헌법상 다수결원칙 및 이를 제도적으로 구현한 헌법조항들을 위반하여 의결정족수를 충족시키고 법률안의 주요 내용을 성립시킨 중대한 하자가 존재하고, 이는 국회 밖의 국가기관인 검사와 법무부장관에 대한 권한침해의 원인이 되었다.
이처럼 입법행위의 절차가 의회입법의 우위의 근본적인 근거를 훼손한 경우에는 위헌적 입법행위의 결과인 개정 법률의 효력을 유지하여 국회 밖의 국가기관으로 하여금 후속 입법이 있을 때까지 해당 법률을 그대로 준수하라고 할 수 없다.
이러한 경우 권한침해확인결정에 그치고 침해의 원인이 된 입법행위를 실효시키지 않으면, 손상된 헌법적 권한질서를 회복하기 어렵다.
(2) 이 사건 법률개정행위의 내용은 수평적ㆍ수직적 권력 상호간의 견제와 균형을 광범위하게 훼손하여 헌법재판소의 권한쟁의심판을 통하여 객관적 권한질서를 회복해야 할 필요가 크다.
개정 검찰청법 및 형사소송법은 행정부에 소속된 기관의 소추 및 수사기능을 형성함에 있어 준사법작용의 본질을 훼손하였는데, 그 구체적인 내용은 행정부에 소속된 검사와 법무부장관의 권한을 침해한 것에 그치지 않고, 감사원과 선거관리위원회가 그 관장 사무의 영역에서 고발 등을 통하여 위법 여부를 감시하는 권한, 법원이 재정신청제도를 통하여 소추 및 수사기능을 사법적으로 통제하는 권한까지 정상적으로 행사하지 못하게 하는 등 국회와 검사 상호간, 국회와 법무부장관 상호간뿐만 아니라, 행정부 내부에서 소추 및 수사기능을 수행하는 검사와 경찰 상호간, 그리고 이러한 소추ㆍ수사기관과 감사원, 선거관리위원회, 법원 등 여러 독립적인 헌법기관 상호간의 견제와 균형까지 광범위하게 훼손하는 것이다.
이러한 경우에는 헌법상 기능적 권력분립의 관점에서 헌법재판소가 사법적 자제를 유지해서는 헌법적 가치질서 및 헌법의 규범적 효력을 보호하기 어렵다.
(3) 또한, 이 사건 법률개정행위의 내용은 준사법작용의 본질을 훼손하여 국민의 절차적 기본권을 침해하는 것으로, 입법행위의 결과인 개정 법률의 효력이 지속되는 한 언제든 국민 개개인의 기본권이 침해되는 상황이 발생할 수 있다.
이처럼 위헌적 입법행위로 인한 기본권 침해 또는 그 현저한 위험이 헌법재판소의 심리에 의한 판단으로 확인되었음에도 국가기관 상호간 권한 배분에 관한 문제라는 이유로 국민 개개인으로 하여금 국회의 후속 입법이 있을 때까지 기본권 침해 또는 그 현저한 위험을 감수하라고 할 수는 없다.
이러한 경우 헌법재판제도의 기능상 다른 장애 사유가 없음에도 기본권 침해 또는 그 현저한 위험 상황을 방치하는 것은, 헌법재판소를 포함하여 모든 국가기관이 지는 기본권 확인 및 보장의 의무(헌법 제10조 후문 참조)에 어긋나는 것이다.
(4) 다만, 개정 법률이 이미 시행된 경우 헌법재판소의 결정 이전에 국가기관이 개정 법률을 집행한 행위의 효력 및 이로 인하여 이미 발생한 기본권 침해의 구제에 관해서는 법적 안정성 및 다른 유형의 헌법재판과의 관계를 고려할 필요가 있다.
이 사건 법률개정행위를 통하여 개정된 검찰청법과 형사소송법은 형사사법의 핵심적 기능인 소추 및 수사에 관한 중요한 내용을 담고 있는데, 이 사건 법률개정행위에 대하여 무효확인결정을 하였을 때, 하위 법령의 제ㆍ개정을 포함하여 개정 검찰청법과 형사소송법이 이미 집행된 모든 경우에 법적 안정성이 훼손될 가능성이 전혀 없을 것이라고 단정하기는 어렵다.
또한, 개정 검찰청법과 형사소송법의 각 조항들은 조직 또는 절차에 관한 법규로서 헌법재판소법 제47조 제3항이 정한 형벌에 관한 법률 또는 법률조항이라고 보기 어려우므로, 그에 관해서는 위헌법률심판에서 위헌결정이 있더라도 같은 조 제2항에 따라 그 결정이 있는 날부터 효력을 상실하는 장래효가 인정될 뿐이고, 이는 헌법소원심판에 준용되는 경우에도 같다는 점(헌법재판소법 제75조 제6항 등 참조)도 고려할 필요가 있다.
이러한 점들을 고려하면, 이 사건 법률개정행위에 대해서는 그 효력을 즉시 상실시켜 침해된 청구인들의 권한을 바로 회복할 필요가 인정되지만, 헌법재판소법 제67조 제2항에 따라 입법행위의 상대방인 수범자에 대하여 이미 생긴 효력에는 영향을 미치지 않도록 무효확인결정이 아닌 취소결정을 하는 것이 헌법상 객관적 권한질서의 회복 및 유지를 통한 국가기능의 원활한 수행에 적합하다.
다. 결론
따라서 이 사건 법률개정행위에 대해서는, 국회의 입법관련 행위임에도 불구하고 의회제도를 보장하는 헌법적 가치를 본질적으로 부인하는 중대한 하자가 존재하여 피청구인의 정치적 형성권을 존중하거나 피청구인에게 다른 정치적 형성방법을 기대할 수 없으므로, 손상된 헌법상 권한질서를 회복하기 위하여 예외적으로 그 효력을 소멸시키는 형성적 결정을 할 수밖에 없다.
다만, 입법행위의 효력을 소멸시키고 그로 인해 침해되는 기본권을 구제하는 결정에 관해서는 법적 안정성의 유지 및 위헌법률심판 또는 헌법소원심판의 결정과의 균형을 고려하지 않을 수 없으므로, 헌법상 객관적 권한질서의 회복 및 유지를 통한 국가기능의 원활한 수행에 적합한 결정으로서, 이 사건 법률개정행위에 대해서는 그 무효를 확인하는 대신 그 행위를 취소하여야 할 것이다.

재판관  유남석 이선애 이석태 이은애 이종석 이영진 김기영 문형배 이미선

[별지] 청구인들의 주장 및 피청구인의 답변
가. 청구인들의 주장
(1) 검사는 헌법에 의하여 독자적인 권한으로서 영장신청권을 부여받은 국가기관으로 당사자능력이 있고, 법무부장관은 정부조직법에 따라 검사에 관한 사무를 관장하므로 당사자적격이 있다.
(2) 헌법상 검사의 소추권은 소추와 재판의 분리, 국가소추주의, 소추권자인 국가기관으로 법률전문가인 검사 이외의 다른 기관을 전제로 하였다고 보기 어려운 점 등을 토대로 인정되고, 검사의 수사권은 헌법상 검사가 신청하는 영장은 강제수사 활동에 대한 법관의 허가장이라는 점, 수사는 본질적으로 사법작용으로서 치안전문가인 경찰의 고유 영역이 아니므로 법률전문가인 수사주재자가 필요하다는 점 등을 토대로 인정된다. 헌법상 검사의 소추권과 수사권에 대하여 국회도 입법으로 그 본질적 부분을 침해할 수 없다는 입법형성의 한계가 있다.
(3) 이 사건 심판대상은 ‘법률’이 아니라 ‘법률 개정행위’이고, 입법절차상 위헌성은 개정 대상이 된 모든 조문에 미치므로, 일부 조문에 대한 개정행위가 심판대상에서 분리ㆍ제외될 수 없다. 
헌법재판소가 법률 제ㆍ개정행위에 대해 권한쟁의심판청구가 가능하다고 인정한 이상, 이에 대해서만 헌법재판소법 제66조 제2항의 무효확인조항이 적용되지 않는다고 볼 이유가 없다.
(4) 법치주의원리상 모든 국가기관은 헌법과 법률에 기속되므로 국회의 자율권도 헌법상 한계를 준수하여야 하고, 위헌적 절차에 의하여 법률이 제ㆍ개정되어 기본권이나 권한을 침해한 경우에는 이를 사유로 법률의 위헌성까지 다툴 수 있다.
이 사건 법률개정행위의 상임위원회 안건조정절차에서는 위장 탈당한 의원을 조정위원으로 선정하여 안건조정위원회 구성 취지를 잠탈하였고, 실질적인 안건 심사 및 조정 절차 없이 조정심사를 종결하여 그 절차를 위반하였다. 본회의에서는 무제한토론 종결에 관한 국회법 규정을 고의적으로 회피하여 무제한토론을 형해화하였고, 헌법상 회기제의 취지에 반하여 토론과 표결을 인위적으로 분리하였으며, 상임위원회에서 삭제하기로 하여 본회의에 부의ㆍ상정된 원안에 포함되지 않았고 그 내용과 직접 관련성이 없는 개정 형사소송법 제245조의7 제1항의 ‘고발인 이의신청권 배제’ 규정을 포함하는 수정안을 제출ㆍ표결함으로써 국회법을 위반하였다. 
이 사건 법률개정행위는 헌법상 다수결원칙과 회기제 및 적법절차원칙에 위배되고, 복수정당제도의 취지를 잠탈하여 입법절차의 위헌성이 크며, 위헌적 절차와 내용이 수단과 목적으로 서로 밀접하게 관련되어 청구인들의 권한을 침해하였다.
(5) 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 내용에 따르면, 검사의 수사개시의 ‘원칙적 금지, 예외적 허용’으로 대부분의 범죄 영역에서 검사가 직접 수사를 수행할 수 없게 되었는데, 이로써 검사의 수사지휘권이 폐지되고 경찰의 선별송치가 가능해져 검사의 불기소처분 권한이 침해된 상황에 더하여, 검사가 범죄에 관한 단서를 발견하더라도 경찰의 수사가 선행되지 않으면 소추권을 행사할 여지가 없게 되는 등 검사의 소추권과 수사권이 더욱 크게 침해된다.
개정 검찰청법 제4조 제2항에서 수사개시 검사와 기소 검사 분리 규정을 신설한 것은 헌법이 예정한 형사소추기관으로서 단독관청인 검사의 권한을 훼손하고, 검사로 하여금 직접 수사를 개시한 사건에 대한 온전한 소추권을 행사하지 못하게 하며, 헌법과 검찰청법 등에 따른 검찰총장의 지휘ㆍ감독체계에 반하고, 개념의 모호성에 따른 혼선을 일으킬 우려가 크다.
개정 검찰청법 제24조 제4항의 검찰총장의 직접 수사 부서 현황 국회 보고의무 규정에 따르면, 수사기밀이 유출될 수 있고, 해당 수사 부서에 대한 정치적 외압의 위험으로 검사의 정치적 중립성과 독립성이 훼손되며, 권력분립원칙에도 반하게 되어 독립적이고 중립적인 검사의 소추권과 수사권이 침해된다.
(6) 개정 형사소송법 제196조 제2항에서 규정한 이의신청 송치사건 등에 대한 검사의 수사범위 제한에 따라 이에 해당하는 사건의 수사 과정에서 적법하게 발견되는 범죄들 중 ‘동일성’의 개념에 포섭할 수 없는 유형에 대해서는 헌법상 검사의 소추권의 본질적 권능으로서의 수사권의 일부가 침해된다. 사법경찰의 1차 수사과정에서 부실수사 또는 위법수사 등이 의심되는 사건들은 국민의 기본권 보호를 위하여 검사의 수사권이 더 확실하게 보장되어야 함에도, 오히려 아무런 합리적 이유 없이 다른 유형의 송치사건보다 더 많이 제약되므로, 이는 기본권 보호의무에도 역행한다.
개정 형사소송법 제198조 제4항의 별건 수사 금지 규정은 단순한 일반적ㆍ추상적 통제규범을 넘어 개별 사건에서 수사기관의 수사를 어느 범위에서 수행해야 하는지와 관련된 개별적ㆍ구체적 통제규범으로 해석될 여지가 충분하여 피의자 또는 피고인이 별건 수사 여부를 다툴 가능성이 높은데, 그 내용이 구체적 개념, 정의, 적용 범위 등을 명확히 하여 수범자가 예측하도록 하는 기능을 전혀 수행하지 못한다.
개정 형사소송법 제245조의7 제1항의 고발인의 이의신청권 박탈 규정은 고발 사건에 대한 ‘불기소의 종국적 결정’을 사법경찰이 하도록 하여, 형사소추권 중 기소 여부의 결정을 판사와 동일한 자격을 갖는 검사가 아닌 비법률전문가로 하여금 주관하게 함으로써 헌법에 반하여 검사의 소추권과 수사권을 침해한다. 국민의 입장에서는 형사소송법 등 관련 법률이 보장하는 재정신청권을 행사하지 못하게 하여 체계정합성에 반하고, 합리적 이유 없이 고발인을 고소인 등과 차별하여 평등원칙에 반하며, 피해자성 고발인의 재판절차진술권과 신속한 재판을 받을 권리를 침해한다.
(7) 이 사건 법률개정행위는 반헌법적 절차를 통해 헌법과 법률에 의하여 부여된, 법무부장관이 관장하는 검사의 소추ㆍ수사권을 본질적으로 침해하는 내용의 개정 법률을 가결시킨 것으로, 개정 경과 등에 비추어 국회의 자율적 시정 조치를 기대하는 것이 사실상 불가능하므로, 청구인들에 대한 권한침해를 확인하고, 해당 개정 법률(입법행위)의 무효도 확인하여야 한다.
나. 피청구인의 답변 
(1) 검사는 헌법에 의하여 설치되고 헌법과 법률에 의하여 독자적 권한을 부여받은 국가기관이 아니므로 당사자능력이 없고, 법무부장관은 수사권 내지 소추권 자체를 부여받은 것이 아니므로 당사자적격이 없다.
(2) 검사의 수사권과 기소권은 헌법상 권한이 아니라 법률상 권한으로서, 법률의 개정으로 침해될 수 없고, 수사권 내지 소추권에 대하여 헌법에는 아무런 규정이 없으며, 수사 및 공소제기의 주체, 그 권한의 범위, 절차 등은 입법정책으로 결정할 수 있는 전형적인 입법사항이다.
검사의 영장신청을 규정한 헌법 제12조 제3항 및 제16조는 검사의 수사권을 전제로 한 것이 아니며, 이 사건 법률개정행위는 검사의 영장신청권을 축소ㆍ제한한 것이 아니라 수사권을 축소ㆍ조정한 것으로, 청구인들의 권한을 침해하거나 침해할 가능성이 없다.
(3) 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 나목과 같이 청구인들이 다투지 않고 있는 조항에 대한 심판청구는 부적법하거나 심판대상에서 제외되어야 한다.
권한쟁의심판에서 국회의 법률 제ㆍ개정행위가 청구인의 권한을 침해하는 경우라도 헌법재판소는 권한침해확인 결정을 함에 그치는 것이고 법규범 자체에 대한 무효(위헌)확인을 할 수 없어, 이 사건 법률의 무효확인을 구하는 것은 부적법하다.
(4) 권한쟁의심판에서 국회의 입법절차상 하자는 그로써 절차적 권한을 침해당한 국회 내 기관이 주장할 수 있을 뿐, 국회 밖의 국가기관이 법률의 제ㆍ개정행위를 대상으로 하는 청구에서 독자적인 이유로 주장할 수 없다. 입법절차상 하자로 국회 밖의 국가기관인 검사의 수사권이라는 실체적 권한이 침해된다고 볼 수도 없으며, 권한쟁의심판은 위헌법률심판 및 헌법소원심판과는 그 제도의 목적과 본질, 기능이 다르다. 
이 사건 법률개정행위의 상임위원회 안건조정절차와 관련하여, 개정 법률안을 발의하고 제1교섭단체에서 탈당한 의원이 조정위원으로 선임되었더라도 안건조정위원회의 구성이 국회법 또는 헌법에 위배되지 않으며, 안건조정위원회가 구성되기 전 이미 개정 법률안에 대한 충분한 논의와 심사를 거쳤고 회의 진행 방해 등으로 정상적인 회의가 불가능한 상황에서 토론을 종결하고 표결한 것이므로 조정안 의결도 적법하다. 본회의에 관하여 회기결정과 무제한토론은 모두 국회법에 따라 적법하게 이루어졌고, 이에 관한 국회의 자율권은 존중되어야 한다. 개정 형사소송법 제245조의7 제1항의 고발인의 이의신청권 배제 규정은 수사와 기소의 분리 및 검사의 수사권 내지 보완수사권을 가급적 축소하고자 하는 개정 법률안의 취지를 실현하기 위한 수단 중 핵심적인 부분에 해당하여 본회의에 부의ㆍ상정된 원안과 직접 관련성이 인정되므로, 이를 포함하는 본회의 수정안의 제출ㆍ표결도 국회법에 따라 적법하게 이루어졌다.
이 사건 법률개정행위는 제안, 심의 및 표결 과정에서 헌법과 국회법을 모두 준수하였으며, 여야 간 충분한 협의 및 숙의를 거쳐 법안이 의결되었다. 
(5) 개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 가목의 검사의 직접 수사개시 범위에 관한 규정의 경우, 개정 법률의 입법목적 및 위임범위에 반하는 ‘검사의 수사개시 범죄 범위에 관한 규정’의 개정령에 의하면 청구인들의 권한이 오히려 확대되었으므로, 권한침해가 없거나 권한침해의 개연성이 없게 된다.
개정 검찰청법 제4조 제2항의 수사개시 검사와 기소 검사의 분리 규정의 경우, 수사한 검사가 공소제기를 못할 뿐, 다른 검사는 여전히 공소제기를 결정할 수 있으므로, 그로 인하여 검사의 소추권에는 변동이 없고 권한침해도 없다.
개정 검찰청법 제4조 제1항 제1호 나목에서 검사가 특별사법경찰관리와 고위공직자범죄수사처 공무원의 범죄를 수사할 수 있도록 한 규정에 대해서는 청구인들이 다투지 않고 있으므로, 이에 대한 청구는 부적법하거나 심판대상에서 제외되어야 한다.
개정 검찰청법 제24조 제4항의 직접 수사 부서의 국회 보고에 관한 규정은 수사내용이나 수사기밀을 보고하라는 내용이 아니어서 청구인들이 주장하는 검사의 소추권, 수사권, 수사지휘권과 무관하므로, 이에 대한 청구는 부적법하거나 심판대상에서 제외되어야 한다.
(6) 개정 형사소송법 제196조 제2항에서 이의신청 송치사건 등에 대한 검사의 수사범위를 ‘해당 사건과 동일성을 해치지 아니하는 범위’로 규정한 것은, ‘공소사실의 동일성’에 준하여 해석, 적용할 수 있으므로 명확성원칙에 반하지 않는다. 이 규정이 적용되더라도 검사는 송치된 사건과 직접 관련이 없다고 여겨지는 범죄는 경찰에 보내 수사하도록 하고, 수사가 미진하면 송치사건은 보완수사요구, 불송치사건은 재수사요청 등의 권한을 행사하면 되며, 사법경찰관이 보완수사요구나 시정조치요구에 불응하면 검찰은 직무배제나 징계, 교체임용을 요구할 수 있고, 나아가 사법경찰관의 직무유기나 직권남용 혐의를 조사할 수도 있다.
개정 형사소송법 제198조 제4항의 별건 수사 금지 규정은, 인권보장과 적법절차준수를 위해 당연히 이행되어야 할 내용으로서 청구인들이 주장하는 권한 침해와 명백히 무관하므로, 이에 대한 청구는 부적법하거나 심판대상에서 제외하여야 한다.
개정 형사소송법 제245조의7 제1항의 고발인의 이의신청 배제 규정의 경우, 우리 헌법은 수사나 기소의 주체, 방법, 절차, 사후통제에 관하여 직접적인 규정을 두고 있지 않으므로, 불송치결정에 대한 이의신청권자를 어느 범위로 제한할지는 입법정책에 속하며, 검사가 사법경찰관이 불송치한 사건의 재수사를 명할 수 있고, 시정조치를 취할 수 있는 제도가 있는 만큼 불합리한 차별이 있거나 검사의 소추권이 침해된다고 볼 수 없다.
그 밖에 청구인들이 형사피의자나 피고인, 피해자 등의 권리가 침해된다고 주장하는 사유들은 이 사건 법률개정행위와 직접 관련된 검사의 권한과 무관하다. 
(7) 이 사건 심판청구는 권한쟁의심판청구의 적법요건을 충족하지 못하여 부적법 각하되어야 하고, 설령 적법요건을 충족한다고 하더라도 이 사건 법률개정행위가 청구인들의 권한을 침해하지 않으므로, 모두 기각되어야 한다.