# 구 법인세법 제79조 제4항 등 위헌소원

## 판시사항

1.구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제79조 제4항 중 제80조 제3항에 의하여 준용되는 부분(이하 ‘상계조항’이라 한다)이 조세평등주의 및 재산권을 침해하여 헌법에 위반되는지 여부(소극)
2.구 법인세법 제80조 제2항(이하 ‘포합주식조항’이라 한다)이 조세평등주의 및 재산권을 침해하여 헌법에 위반되는지 여부(소극)

## 결정요지

1. 상계조항의 입법목적은 피합병법인이 청산하는 단계에서 세무회계상의 순자산 증가분을 정확하게 파악하려는 것이므로 그 입법목적이 정당하며, 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로, 입법목적을 달성하기 위한 수단도 적절하다. 또한 세무회계상으로는 자본잉여금과 이익잉여금을 구분하지 아니하므로 세무회계상의 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이 부당하다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 이월결손금을 잉여금의 한도에서만 공제하고 자본금에서는 공제하지 아니하여 자본충실의 원칙을 존중하고 있으므로 필요한 최소한의 조치라고 할 수 있다.
따라서 상계조항이 조세평등주의에 어긋난다거나 청구인의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.
2. 포합주식조항의 입법목적은 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것이므로 그 입법목적이 정당하며, 입법목적을 달성하기 위하여 합병법인이 포합주식을, 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 그 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시키도록 하였다. 또한 합병대가에 가산되는 포합주식은 합병의 목적으로 취득하였을 개연성이 높은 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정되며, 실제로 지급된 취득대가는 취득 당시의 피합병법인의 순자산가치를 반영하는 것이었다고 볼 수 있고, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 공제하여 포합주식 취득가액을 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있다.
한편 포합주식은 합병목적으로 미리 취득하는 것이라고 볼 수 있는 것이므로 그 사전취득으로 인한 손실부담을 사전취득자에게 부담시키는 것이 입법형성권을 남용한 것이라고 보기 어렵다.
따라서 포합주식조항은 조세평등주의에 어긋난다거나 청구인의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.

## 심판대상조문

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조(해산에 의한 청산소득금액의 계산) ①～③ 생략
④ 내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산함에 있어서 해산 등기일 현재 당해 내국법인에 제18조 제8호의 규정에 의한 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계하여야 한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다.
⑤～⑦ 생략
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 생략
② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병 등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "포합주식 등"이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액에서 교부한 주식 등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.
③～④ 생략

## 참조조문

헌법 제11조, 제23조
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제18조(평가차익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.
1.자산의 평가차익. 다만, 제42조 제1항 각 호의 규정에 의한 평가로 인하여 발생하는 평가차익(동항 제1호의 경우에는 자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액에 한한다)을 제외한다.
2. 이월익금
3.제21조 제1호의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 법인세 또는 소득할주민세를 환급받았거나 환급받을 금액을 다른 세액에 충당한 금액
4. 국세 또는 지방세의 과오납금의 환급금에 대한 이자
5. 부가가치세의 매출세액
6.대통령령이 정하는 기관투자자가 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다) 및 협회 등록법인(이하 "협회 등록법인"이라 한다) 중 대통령령이 정하는 법인 외의 법인으로부터 받은 배당소득금액에 100분의 90을 곱하여 산출한 금액
7.지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지에 대한 취득세(동법 동조 제1항의 규정에 의한 세액을 초과하는 금액에 한한다)의 환급액 
8.무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 대통령령이 정하는 이월결손금의 보전에 충당된 금액
구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제14조(재산가액의 평가 등) ① 법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각 호에 의한다.
1.취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식 등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액
가.법 제16조 제1항 제2호·제3호·제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등(동항 제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우로서 다목의 규정에 의한 주식 등의 시가가 액면가액 또는 출자금액보다 큰 경우에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는 출자금액(증권투자회사법에 의한 증권투자회사가 취득하는 주식 등의 경우에는 영으로 한다)
나.상법 제462조의2의 규정에 의한 주식배당의 경우에는 발행금액(증권투자회사법에 의한 증권투자회사가 받는 주식배당의 경우에는 영으로 한다)
다.기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 "시가"라 한다). 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다.
2. 취득한 재산이 주식 등 외의 것인 경우에는 그 재산의 취득당시의 시가
②법 제16조 제1항 제2호 단서의 규정에 의하여 주식 등을 취득하는 경우 신·구주식 등의 1주 또는 1좌당 장부가액은 다음에 의한다.
                              구주식 등 1주 또는 1좌당 장부가액
1주 또는 1좌당 ＝ ────────────────────────── 
                   장부가액 1＋구주식 등 1주 또는 1좌당 신주식 등 배정수 
③법 제16조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 주식 등의 소각(자본 또는 출자의 감소를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 전 2년 이내에 동항 제2호 단서의 규정에 해당하는 주식 등의 취득이 있는 경우에는 그 주식 등을 먼저 소각한 것으로 보며, 그 주식 등의 당초 취득가액은 제2항의 규정에 불구하고 이를 "0"으로 한다. 이 경우 그 기간 중에 주식 등의 일부를 처분한 경우에는 당해 주식 등과 다른 주식 등을 그 주식 등의 수에 비례하여 처분한 것으로 보며, 그 주식 등의 소각 후 1주 또는 1좌당 장부가액은 제2항의 규정에 불구하고 소각 후 장부가액의 합계액을 소각 후 주식 등의 총수로 나누어 계산한 금액으로 한다.
④ 제1항 제1호 가목의 경우 무액면주식의 가액은 제13조 각 호의 1에 해당하는 날에 그 주식을 발행하는 법인의 자본금을 발행주식총수로 나누어 계산한 금액에 의한다. 
구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제18조(이월결손금) ① 법 제18조 제8호에서 "대통령령이 정하는 이월결손금"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1.법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금(법 제45조의 규정에 의하여 승계받은 결손금을 제외한다)으로서 법 제13조 제1호의 규정에 의하여 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액
2.법 제60조의 규정에 의하여 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 않았으나 법원이 확인한 결손금 중 법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금에 해당하는 것(회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금에 한한다)
②제10조 제1항 및 제2항의 규정은 제1항의 규정에 의한 이월결손금의 계산에 관하여 이를 준용한다.
구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제122조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.
1. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액
2. 법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액. 다만, 다음 각 목의 요건을 충족하는 경우에는 나목의 규정에 의하여 피합병법인의 주주가 취득한 합병법인 주식가액(주식의 취득가액이 액면가액보다 큰 경우에는 액면가액을 기준으로 계산한 가액을 말한다)에 포합주식 양도금액 중 합병법인 주식 취득에 사용되지 아니한 금액을 더한 금액으로 한다.
가. 합병법인이 법 제80조 제2항의 규정에 의한 포합주식 등(이하 이 조에서 "포합주식 등"이라 한다)을 피합병법인의 주주 등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관계자가 아닐 것
나.피합병법인의 주주가 포합주식 등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 포합주식 등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)을 취득할 것
다. 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건
3. 합병법인이 납부하는 다음 각 목의 1에 해당하는 금액의 합계액
가.피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세
나. 지방세법에 의하여 가목의 법인세에 부과되는 주민세
②법 제80조 제2항 후단의 규정을 적용함에 있어서 교부한 주식 등의 가액은 제14조 제1항 각 호의 규정에 의하여 계산한 가액으로 한다.
③법 제80조 및 법 제81조의 규정에 의하여 법인의 합병·분할에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병·분할시 합병법인 등에게 승계되는 세무조정사항 중 손금불산입금액을 차감하고 동 세무조정사항 중 익금불산입액을 가산하여 계산한다.

## 참조판례

1. 헌재 1999. 6. 24. 98헌바68, 판례집 11-1, 753, 761-762
헌재 2003. 1. 30. 2002헌바65, 판례집 15-1, 121, 128
2. 헌재 1999. 6. 24. 98헌바68, 판례집 11-1, 753, 761-762
헌재 2003. 1. 30. 2002헌바65, 판례집 15-1, 121, 128

## 전문

【당 사 자】
청 구 인　주식회사 ○○토토
대표이사　조○용
대리인 변호사　이길연 외 1인
당해사건　서울행정법원 2004구합36540 법인세경정청구거부처분취소
【주　　문】
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조 제4항 중 제80조 제3항에 의하여 준용되는 부분 및 제80조 제2항은 헌법에 위반되지 아니한다.
【이　　유】
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1)청구인은 주식회사 ○○아이(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)를 흡수합병하고 2001. 11. 23. 등기하였다. 합병등기일 현재 이 사건 회사의 자본잉여금(주식발행초과금) 3,816,959,980원에서 미공제 이월결손금 1,195,125,288원을 상계하여 계산한 자기자본총액 5,905,284,692원을 합병대가 15,008,684,376원(포합주식 취득가액 10,586,193,609원 포함)에서 공제한 9,103,399,684원을 합병에 따른 이 사건 회사의 청산소득금액으로 하여, 2002. 2. 22. 법인세 2,536,951,912원을 신고·납부하였다.
(2)그 후 청구인은 2003. 12. 9. ○○세무서장에게, 합병에 따른 청산소득금액을 계산함에 있어 이월결손금은 이익잉여금의 범위 내에서만 상계되어야 하고 자본잉여금과 상계되어서는 안 된다고 하면서 위 이월결손금을 상계하지 않고 이 사건 회사의 청산소득금액을 다시 계산하여 법인세 483,576,706원이 환급되도록 하여 달라는 경정청구를 하였으나, ○○세무서장은 2004. 1. 27. 위 경정청구를 거부하였다.
(3)이에 청구인은 2004. 11. 26. 서울행정법원에 위 ○○세무서장의 거부처분의 취소를 구하는 소(서울행정법원 2004구합36540)를 제기하고, 그 소송에서 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조 제4항 및 제80조 제2항에 대하여 위 법원에 위헌법률심판제청신청을 하였으나 위 법원이 2005. 9. 12. 이를 기각하자, 2005. 9. 27. 헌법재판소법 제68조 제2항에 따른 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 심판의 대상
이 사건 심판의 대상은 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제79조 제4항 중 제80조 제3항에 의하여 준용되는 부분(이하 ‘상계조항’이라 한다) 및 구 법인세법 제80조 제2항(이하 ‘포합주식조항’이라 한다)의 위헌 여부이고, 이 사건 심판대상조항(밑줄친 부분) 및 관련조항의 내용은 다음과 같다.
구 법인세법 (1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조(해산에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 해산(합병 또는 분할에 의한 해산을 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 "해산에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 "자기자본의 총액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.
②해산으로 인하여 청산 중인 내국법인이 그 해산에 의한 잔여재산의 일부를 주주 등에게 분배한 후 상법 제229조·동법 제285조·동법 제519조 또는 동법 제610조의 규정에 의하여 사업을 계속하는 경우에는 그 해산등기일부터 계속등기일까지의 사이에 분배한 잔여재산의 분배액의 총합계액에서 해산등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액을 그 법인의 해산에 의한 청산소득의 금액으로 한다.
③내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산함에 있어서 그 청산기간 중에 국세기본법에 의하여 환급되는 법인세액이 있는 경우 이에 상당하는 금액은 그 법인의 해산등기일 현재의 자기자본의 총액에 가산한다.
④내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산함에 있어서 해산등기일 현재 당해 내국법인에 제18조 제8호의 규정에 의한 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계하여야 한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다.
제18조(평가차익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.
8.무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 대통령령이 정하는 이월결손금의 보전에 충당된 금액
제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "포합주식 등"이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액에서 교부한 주식 등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.
③ 제79조 제3항·제4항 및 제6항의 규정은 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 이를 준용한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 합병대가의 총합계액의 계산 등 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
구 법인세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제18조(이월결손금) ① 법 제18조 제8호에서 "대통령령이 정하는 이월결손금"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1.법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금(법 제45조의 규정에 의하여 승계 받은 결손금을 제외한다)으로서 법 제13조 제1호의 규정에 의하여 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액
2.법 제60조의 규정에 의하여 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 않았으나 법원이 확인한 결손금 중 법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금에 해당하는 것(회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금에 한한다)
제122조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.
1.법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액
2. 법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액
3.합병법인이 납부하는 다음 각 목의 1에 해당하는 금액의 합계액
가.피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세
나.지방세법에 의하여 가목의 법인세에 부과되는 주민세
②법 제80조 제2항 후단의 규정을 적용함에 있어서 교부한 주식 등의 가액은 제14조 제1항 각 호의 규정에 의하여 계산한 가액으로 한다.
제14조(재산가액의 평가 등)①법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각 호에 의한다.
1.취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식 등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액
가.법 제16조 제1항 제2호·제3호·제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등(동항 제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우로서 다목의 규정에 의한 주식 등의 시가가 액면가액 또는 출자금액보다 큰 경우에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는 출자금액
나.상법 제462조의2의 규정에 의한 주식배당의 경우에는 발행금액
다.기타의 경우에는 취득 당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 "시가"라 한다). 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여 받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다.
2.취득한 재산이 주식 등 외의 것인 경우에는 그 재산의 취득당시의 시가
2.청구인 주장의 요지, 법원의 위헌제청신청 기각이유 및 관계기관의 의견
가. 청구인 주장의 요지
(1) 상계조항에 대한 주장
이 사건 회사의 잉여금은 주식발행 초과금으로서 자본금과 동일한 성격을 가지는 자본잉여금이므로 그 잉여금에서 결손금을 공제하면 안된다. 재무제표상 이미 잉여금에서 결손금을 상계한 경우에도 법인세법상 미공제 결손금을 자기자본총액에서 재차 상계하도록 하는 것은 부당하다.
청산소득은 잔여재산의 가액에서 자기자본총액(자본금 및 잉여금)을 공제하여 산출하므로, 이월결손금을 잉여금에서 공제하면 그만큼 자기자본총액이 감소되고 청산소득이 증가하게 된다. 이월결손금이 많을수록 청산소득이 많아지게 산정하여 청산소득세를 부과하는 것은 불합리하게 청구인의 재산권을 침해하는 것이고 조세평등주의에 위배된다.
(2) 포합주식조항에 대한 주장
포합주식에 대하여 합병신주를 교부한 경우에는 교부된 주식의 시가평가액을 합병대가로 측정하여 청산소득을 정확하게 계산할 수 있음에도 불구하고, 합병주식의 시가평가액을 무시하고 포합주식의 취득가액을 합병대가로 취급하여 청산소득을 계산하도록 하는 것은 불합리하다. 피합병법인의 주식가치가 포합주식 취득시점의 그것보다 하락하였거나 합병법인이 취득 당시의 시가보다 높은 가액으로 포합주식을 취득한 경우에도 포합주식의 취득가액을 합병대가로 간주하는 것은 실질에 반하여 청산소득을 부당하게 증가시킨다. 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득가액을 무조건 합병대가로 간주하는 것도 실질에 반한다.
포합주식을 양도한 주주의 주식양도소득에 대하여 과세된 경우에 포합주식 취득가액을 합병대가로 간주하여 다시 청산소득과세를 하는 것은 피해의 최소성원칙에 위배된다.
포합주식조항은 청구인의 재산권을 침해하고 조세평등주의에 위배된다.
나. 법원의 위헌제청신청 기각이유
(1) 상계조항이 헌법에 위반되는지 여부
결손금이 누적되어 있는 법인이 이월결손금을 잉여금으로 전보한 경우 기업회계상으로는 그 전보된 범위 내에서 소멸되지만 세법상으로는 소멸되지 않는다는 점을 감안하면 청산소득금액 계산에 있어서 반드시 기업회계에 있어서의 이월결손금의 소멸을 반영하여 잉여금과의 상계 여부를 규정하여야 하는 것은 아니다.
청산소득에 대한 과세표준을 계산함에 있어서 이월결손금을 공제할 것인지의 여부는 입법정책의 문제로 보아야 할 것이므로 위 조항은 헌법 제10조, 제11조, 제23조 제1항, 제59조, 제119조 등에 위반된다고 볼 수 없다.
(2) 포합주식조항이 헌법에 위반되는지 여부
합병대가에 가산되는 포합주식의 취득가액을 합병과 관련되었을 개연성이 상당히 높은 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득가액으로 제한하고 있고, 포합주식 양도차익에 대하여 배당세액공제 등이 되지 않는 문제는 포합주식을 양도한 주주와 관련될 뿐 법인의 청산소득과는 직접적인 관련이 없으며, 포합주식의 취득 당시와 합병 당시의 피합병법인의 주식가치가 서로 다를 수는 있으나 포합주식의 취득으로 가산되는 금액을 그 취득가액으로 할 것인지 아니면 합병 당시의 평가액으로 할 것인지의 여부 및 청산소득금액을 계산함에 있어서 합병대가에 가산되는 포합주식의 취득가액을 합병법인이 피합병법인의 주주로부터 직접 취득한 것에 한정할 것인지 아니면 피합병법인의 유상증자에 참여하여 취득한 것까지 포함할 것인지의 여부는 입법정책적인 문제인 점 등을 감안하여 볼 때, 위 조항은 헌법 제10조, 제23조 제1항, 제37조 제2항, 제59조, 제119조 등에 위반된다고 볼 수 없다.
다. 재정경제부장관과 국세청장의 의견
(1) 상계조항에 대한 의견
세법상의 이월결손금을 세법상의 잉여금을 한도로 세법상의 자기자본의 총액에서 상계하는 것이므로 기업회계상 이미 소멸된 이월결손금이 이중으로 상계되는 문제는 발생하지 않는다. 사업연도소득은 법인의 영업활동으로 인한 소득이고 청산소득은 청산을 전제로 발생한 소득으로서 서로 성격이 다르기 때문에 사업연도소득의 경우와 달리 청산소득에서 영업활동으로 인한 결손금을 공제하지 않는 것은 입법형성의 재량을 일탈한 것이라고 할 수 없고 조세평등주의에 위반되지 않는다. 잉여금에서 이월결손금을 이중으로 공제하는 것이 아니다.
(2) 포합주식조항에 대한 의견
합병에 앞서 피합병법인의 주식을 취득한 후 그 주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부하지 않는 등의 방법으로 청산소득에 대한 법인세의 과세를 회피하는 것을 방지하기 위한 것이다. 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식은 합병과 관련하여 지급된 대가일 개연성이 높고, 포합주식의 가액을 취득가액으로 하는 것은 취득시점에서 실제로 지급된 가액으로 평가하기 위한 것이다.
포합주식 양도차익에 대한 과세와 청산소득에 대한 과세는 서로 별개의 것이기 때문에 이중과세의 문제는 발생되지 아니한다. 포합주식 취득 이후 피합병법인의 주식가치가 하락하는 경우 통상적인 합병을 하는 때보다 청산소득에 대한 법인세가 많아지게 되는 경우가 있는데 이러한 우연적인 이익은 거래형식을 선택한 납세자가 부담하여야 할 위험의 범위에 속하는 것이다.
3. 본안에 대한 판단
가. 피합병법인의 청산소득
청산소득에 대한 법인세는 법인이 합병 등으로 인하여 해산하는 단계에서 합병 등의 과정에서 해산회사의 재산을 평가하여 그동안 세법상 미실현 상태로 있던 이익이 자본이득으로 실현되는 경우에 이를 해산회사의 청산소득으로 보아 과세하는 것으로서 정산적 성격의 법인세이다. 합병으로 인하여 해산되는 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세는 피합병법인의 권리의무를 승계하는 합병법인(합병 후 존속하는 법인)에게 귀속된다.
합병의 경우에 피합병법인의 청산소득은 합병대가의 총액에서 합병등기일 현재의 자기자본 총액을 공제하여 산정한다. 합병대가의 총액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식의 가액, 합병대가로 받은 금전 기타 자산의 가액, 포합주식의 취득가액(포합주식에 대한 합병교부주식 가액은 공제), 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 등을 합산하여 산정한다. 자기자본의 총액은 피합병법인의 자본금과 잉여금의 합계액에서 이월결손금을 잉여금의 한도에서 공제하여 산정한다. 결국 피합병법인의 청산소득은 다음 산식에 의하여 산정한다.
이 사건의 쟁점은 합병대가를 산정할 때에 포합주식의 취득가액을 합산하는 것과 자기자본 총액을 계산하면서 이월결손금을 잉여금의 한도에서 공제하는 것이 각각 헌법에 위반되는지 여부이다.
나. 이월결손금 상계조항의 위헌 여부
청산소득과세에 있어서는 실질과세원칙을 충족시키기 위해서 ‘실현된 가치증가분’ 내지 ‘피합병법인의 순자산 증가분’을 정확하게 파악하여야 한다. 이월결손금은 이미 경과한 과세기간에 발생한 결손금으로서 합병 시까지 소득에서 공제되지 아니한 금액을 말하므로, 합병등기일 현재 피합병법인의 순자산규모를 정확하게 산정하려면 이를 합병 시에 잔존하는 잉여금에서 공제하여야 한다.
상계조항의 입법목적은 피합병법인을 청산하는 단계에서 세무회계상의 순자산 증가분을 정확하게 파악하려는 것이므로 입법목적이 정당하다.
상계조항은 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로, 입법목적을 달성하기 위한 수단도 적절하며, 그 결손금이 기업회계상 이미 공제된 것이라 하더라도 이중공제라고 할 수 없다. 이 사건 잉여금이 주식발행 초과금으로서 기업회계상 자본잉여금에 해당된다고 하더라도, 세무회계상으로는 자본잉여금과 이익잉여금을 구분하지 아니하며 합병으로 인한 청산단계에서 세무회계상의 자산 증가분을 산출하기 위한 것이므로, 세무회계상의 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이 부당하다고 볼 수 없다.
이월결손금을 잉여금의 한도에서만 공제하고 자본금에서는 공제하지 아니하여 자본충실의 원칙을 존중하고 있으므로 필요한 최소한의 조치라고 할 수 있다. 이 사건 잉여금이 기업회계상 자본잉여금에 해당된다고 하더라도 자본금과는 성질이 다르므로 이 사건 상계조항이 자본충실의 원칙에 어긋나거나 주주의 권리를 해친다고 볼 수 없다.
상계조항이 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 청구인(합병법인)의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.
다. 포합주식조항의 위헌 여부
합병 전에 합병법인이 피합병법인의 주식을 매수한 경우에는 피합병법인에게 지급할 합병대가가 줄어들게 되고 그에 따라 피합병법인의 청산소득금액도 감소되게 된다. 포합주식조항이 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득대가를 합병대가에 합산하도록 규정한 것은 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것이므로 입법목적이 정당하다.
포합주식조항은 입법목적을 달성하기 위하여 합병법인이 포합주식을 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 그 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시키도록 하였다. 합병법인이 피합병회사의 주식을 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 합병의 목적으로 취득하였을 개연성이 높다고 할 것이고, 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정되며, 실제로 지급된 취득대가는 취득 당시의 피합병법인의 순자산가치를 반영하는 것이었다고 볼 수 있고, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 공제하여 포합주식 취득가액을 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있으므로, 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시킨다고 하여 실질에 맞지 않는다거나 불합리하다고 보기 어렵다. 포합주식의 취득원인이 유상증자에 참여한 경우라고 하더라도 다를 바 없다.
포합주식을 취득한 후에 그 가치가 떨어진 경우에는 취득가액을 그대로 합병대가로 보는 것은 실질에 맞지 않는 점이 있지만, 포합주식을 취득한 후에 그 가치가 상승한 경우에도 그 취득가액을 합병대가로 보는 점, 포합주식조항의 입법목적은 합병법인이 포합주식을 보유함으로써 피합병법인의 청산소득이 감소되는 것을 방지하기 위한 것인 점, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있는 점 등을 종합하면, 포합주식조항은 입법목적을 달성하면서 조세징수사무의 효율성을 도모하기 위하여 선택할 수 있는 적절한 수단이라고 할 수 있다. 포합주식은 합병을 목적으로 미리 취득하는 것이라고 볼 수 있는 것이므로 그 사전취득으로 인한 손실부담을 사전취득자에게 부담시키는 것이 입법형성권을 남용한 것이라고 보기 어렵다.
포합주식조항은 그 적용범위를 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정하면서, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하도록 함으로써, 포합주식 취득대가를 합병대가로 간주함에 따른 부작용을 최소화하려고 배려하였다. 포합주식을 양도한 피합병법인의 주주 등이 주식의 양도차익에 대한 양도소득세를 납부하였다고 하더라도, 이는 피합병법인의 청산소득이나 그에 대한 법인세에서 공제할 것이 아니다.
결국 포합주식조항은 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 청구인(합병법인)의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.
라. 청구인의 기타 주장에 대한 판단
청구인은 상계조항 및 포합주식조항이 헌법 제10조(행복추구권), 헌법 제119조(국민의 창의적인 경제활동권) 및 헌법 제59조(조세법률주)에 위반된다고 주장하나, 이에 대한 구체적인 주장이 없고, 위 헌법조항들은 이 사건 상계조항이나 포합주식조항과 직접적인 관련성이 없다.
4. 결　론
이 사건 상계조항과 포합주식조항은 헌법에 위반된다고 볼 수 없다. 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.

재판관　이강국(재판장)(해외출장으로 서명날인 불능) 이공현
조대현(주심) 김희옥 김종대 민형기 이동흡 목영준 송두환