# 사립학교법 제24조의2 제1항 등 위헌소원

## 판시사항

가.사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것) 제25조 제2항, 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제25조의3 제2항, 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문이 정식이사 선임처분의 취소를 구하는 당해 사건에 대하여 재판의 전제성이 인정되는지 여부(소극)
나.학교법인의 정상화를 위한 이사 선임에 관하여 사학분쟁조정위원회의 심의를 거치도록 한 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제24조의2 제2항 제3호, 제25조의3 제1항(이하 이들 조항을 통틀어 ‘이 사건 법률조항들’이라 한다)이 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해하는지 여부(소극)
다.이 사건 법률조항들이 평등원칙에 위배되는지 여부(소극)
라.이 사건 법률조항들이 재산권을 침해하는지 여부(소극)
마.사학분쟁조정위원회의 설치와 기능에 관한 사립학교법 제24조의2를 공포한 날부터 시행하도록 한 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)가 신뢰보호원칙에 위반되는지 여부(소극)

## 결정요지

가.사립학교법 제25조 제2항은 임시이사의 선임사유 해소 노력에 관하여, 사립학교법 제25조의3 제2항은 임시이사가 선임된 학교법인의 사학분쟁조정위원회에 대한 정상화 추진실적 보고에 관하여 규정하고 있으므로, 정식이사 선임처분의 취소를 구하는 당해 사건에 적용되지 않고, 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문은 당해 사건에 적용되는 법률조항의 시행일에 관하여는 규율하고 있지 아니하므로, 위 조항들은 재판의 전제성이 인정되지 않는다.
나.임시이사가 선임된 학교법인의 정상화를 위한 이사 선임에 관하여 사학분쟁조정위원회의 심의를 거치도록 한 이 사건 법률조항들은, 사학분쟁조정위원회가 그 인적 구성과 기능에 있어 공정성 및 전문성을 갖추고 있다는 점, 학교법인의 정체성은 설립자로부터 이어지는 이사의 인적 연속성보다는 설립 목적이 화체된 정관을 통하여 유지·계승된다는 점, 사학분쟁조정위원회는 정상화 심의과정에서 종전이사 등의 의견을 청취할 수 있다는 점 등을 고려할 때 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.
다.학교법인은공익법인,사회복지법인등과 본질적으로 동일한 비교집단이라고 볼 수 없으므로 이 사건 법률조항들은 평등원칙에 위배되지 아니한다. 
라.설립자나 종전이사가 사립학교 운영에 대해 가지는 재산적 이해관계는 법률적인 것이 아니라 사실상의 것에 불과하므로 이 사건 법률조항들은 이들의 재산권을 침해하지 않는다.
마.학교법인의 정상화에 관하여 사립학교법이 개정되기 전의 규정을 적용받을 것이라는 청구인들의 신뢰는 보호가치 있는 신뢰라고 보기 어려운 반면, 사학을 공정하고 투명하게 운영하려는 공익적 가치는 긴급하고 중요한 것이므로, 사립학교법 시행일 이전부터 임시이사가 파견된 학교법인에 대하여 별도의 경과규정 없이 사학분쟁조정위원회의 설치와 기능에 관한 같은 법 제24조의2를 공포한 날부터 시행하도록 한 이 사건 부칙조항은 신뢰보호원칙에 위배되지 아니한다.
이 사건 법률조항들에 대한 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 안창호, 재판관 조용호의 반대의견
학교법인의 설립목적은 그 의사결정기관이자 집행기관인 이사회를 구성하는 이사들에 의해 실행되므로 설립자가 최초의 이사들을, 그 다음에는 그 이사들이 후임이사를 순차적으로 선임함으로써 학교법인의 설립목적을 영속성 있게 실현하는 것이 학교법인 이사제도의 본질이다. 사립학교법상 임시이사제도는 위기사태에 빠진 학교법인에 임시이사를 파견하여 학교법인을 조속히 정상화함으로써 그 설립목적을 달성할 수 있도록 하려는 데에 그 제도적 취지가 있는 것이지, 위기사태를 가져온 구 이사들에 대한 제재의 일환으로 그들로부터 학교법인 경영권을 박탈하거나 학교법인의 지배구조를 변경하는 것을 허용하는 제도가 아니다. 그러므로 학교법인이 임시이사 체제에서 정상화되는 단계에서 학교법인의 정체성이 유지되고 학교법인 설립목적의 영속성을 인적으로 보장하기 위한 최소한의 장치가 마련되어야 할 것인데, 이 단계에서 모든 정식이사 선임의 주도권을 사실상 사학분쟁조정위원회에 부여하면서 종전이사 등의 의견 청취를 법률적으로 전혀 보장하지 않은 것은 학교법인의 인적 연속성의 단절을 초래하여 그 설립 목적의 영속성 보장을 불투명하게 하는 것으로서, 과잉금지원칙에 반하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유의 본질적 내용을 침해한다.

## 심판대상조문

사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제24조의2 제2항 제3호, 제25조의3 제1항, 제2항
사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것) 제25조 제2항 
사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문
사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조

## 참조조문

헌법 제10조, 제11조 제1항, 제23조, 제31조 제1항, 제4항
사립학교법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정된 것) 제24조의2 제1항
사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제24조의2 제2항, 제3항, 제4항, 제24조의3, 제24조의4
사립학교법 시행령(2007. 11. 5. 대통령령 제20362호로 개정된 것) 제9조의6

## 참조판례

가. 헌재 1995. 7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48, 58
나. 헌재 2001. 1. 18. 99헌바63, 판례집 13-1, 60, 70헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 36-37
라. 헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 39-40
마.헌재 2008. 2. 28. 2005헌마872등, 판례집 20-1상, 279, 295-297

## 전문

[당 사 자]
청 구 인	1. 박○자2. 김○건청구인들의 대리인 변호사 이윤철
당해사건	서울북부지방법원 2009가합3733 이사회결의무효확인(2009헌바206) 서울행정법원 2009구합24511 이사선임처분취소(2010헌바101)

[주문]
1. 이 사건 심판청구 중 사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것) 제25조 제2항, 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제25조의3 제2항, 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문에 대한 심판청구를 모두 각하한다.

2. 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제24조의2 제2항 제3호, 제25조의3 제1항, 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조는 헌법에 위반되지 아니한다. 

[이유]
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 학교법인 ○○학원(2009. 6. 24. 학교법인 □□학원으로 명칭이 변경되었는데, 이하 ‘○○학원’이라 한다)은 망 김○형이 1973. 1. 5. 설립한 학교법인으로서 ○○중학교, ○○고등학교 등을 설치·경영하고 있고, 청구인 박○자는 김○형의 처, 청구인 김○건은 김○형의 아들로서 ○○학원의 이사장 또는 이사로 선임되어 있었다. 

(2) 서울특별시 교육감은 1992. 12. 11. 청구인들을 포함한 ○○학원 이사들에 대한 취임승인을 취소한 후 임시이사들을 선임하였으며, 이후 2008. 6.경까지 8차에 걸쳐 임시이사가 선임되어 임시이사회 체제로 운영되었다.

(3) 서울특별시 교육감은 사학분쟁조정위원회(이하 ‘조정위원회’라 한다)의 심의를 거쳐 2008. 12. 23. 박○국 등 5인을 ○○학원의 정식이사로 선임하였고(이하 ‘2008. 12. 23.자 처분’이라 한다), 2008. 12. 26. ○○학원의 이사회에서 박○국을 이사장으로, 백○걸을 상임이사로 선임하는 결의를 하였다(이하 ‘2008. 12. 26.자 결의’라 한다).

(4) 2009헌바206 사건의 헌법소원심판청구 경위
청구인들은 박○국 등 5인이 ○○학원 이사의 지위에 있지 아니하다는 확인 및 2008. 12. 26.자 결의의 무효확인을 구하는 소(서울북부지방법원 2009가합3733호)를 제기하였고, 그 소송계속 중 사립학교법 제24조의2 제1항, 제2항 제3호, 제25조 제2항, 제25조의3 제1항, 제2항, 같은 법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문, 같은 법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조에 대하여 위헌법률심판제청신청(서울북부지방법원 2009카기879)을 하였으나 위 신청이 일부 각하, 일부 기각되자 2009. 8. 26. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다. 

(5) 2010헌바101 사건의 헌법소원심판청구 경위 
청구인들은 위와 같이 ○○학원의 이사회결의무효확인의 소를 제기함과 아울러  주위적으로 2008. 12. 23.자 처분의 무효 확인을 구하고, 예비적으로 그 처분의 취소를 구하는 소(서울행정법원 2009구합24511)를 제기하였고, 위 소송계속 중 사립학교법 제24조의2 제1항, 제2항 제3호, 제25조 제2항, 제25조의3 제1항, 제2항, 같은 법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문, 같은 법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조에 대하여 위헌법률심판제청신청(서울행정법원 2009아2864)을 하였으나 위 신청이 기각되자 2010. 3. 2. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.  

나. 심판의 대상 
청구인들은 사립학교법 제24조의2 제1항에 대하여도 위헌확인을 구하고 있으나, 위 조항은 조정위원회의 설치근거에 관한 것으로, 위 조항 자체에 대하여는 청구인들이 고유한 위헌 주장을 하고 있지 아니하므로 심판의 대상에서 제외한다.
그러므로 이 사건 심판의 대상은 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것) 제24조의2 제2항 제3호, 제25조의3 제1항, 제2항, 같은 법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것) 제25조 제2항(이하 총칭하여 ‘이 사건 사립학교법 조항’이라 한다) 및 같은 법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문, 같은 법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조가 헌법에 위반되는지 여부이다.
심판대상조항 및 관련조항의 내용은 다음과 같다. 

[심판대상조항] 
사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것)
제24조의2(사학분쟁조정위원회의 설치 및 기능) ② 조정위원회는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
3. 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 추진에 관한 사항 

제25조의3(임시이사가 선임된 학교법인의 정상화) ① 관할청은 제20조에도 불구하고 제25조에 따라 선임된 임시이사의 선임사유가 해소되었다고 인정한 때에는 조정위원회의 심의를 거쳐 지체없이 임시이사를 해임하고 이사를 선임하여야 한다.
② 임시이사가 선임된 학교법인은 매년 1회 이상 조정위원회에 정상화 추진실적을 보고하여야 한다. 

사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정된 것)
제25조(임시이사의 선임) ② 임시이사는 조속한 시일 내에 제1항의 규정에 의한 사유가 해소될 수 있도록 노력하여야 한다.

사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

[관련조항]
[별지] 기재와 같다.

2. 청구인들의 주장요지
가. 이 사건 사립학교법 조항은 임시이사에게 학교법인의 정상화에 관한 의무를 부과하고, 조정위원회에 임시이사 체제의 학교법인에 대한 정상화 추진 사항을 심의하도록 하며, 관할청으로 하여금 임시이사의 선임사유가 해소되었다고 인정할 때에 임시이사를 해임하고 이사를 선임하도록 규정하고 있어, 사전에 설립자 또는 임시이사 체제로 전환되기 직전의 이사장과 협의하는 절차를 거지치 않고도 정식이사를 선임할 수 있도록 하고 있는바, 이는 설립자에 의하여 선택된 인적 구성에 본질적인 변화를 가져오게 하고, 설립자의 학교법인 설립목적 및 취지가 변질되게 하는 것으로서 설립자와 학교법인이 가지는 교육의 자주성, 전문성, 정치적 중립성, 학교운영의 자율성, 평등원칙, 재산권 등 헌법의 원칙과 기본권을 본질적으로 침해한다. 

나. 사립학교법 제25조의3은 같은 법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문에 의해 2006. 7. 1.부터, 사립학교법 제24조의2는 같은 법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조에 의하여 공포된 날로부터 각 시행하도록 규정함으로써, ○○학원과 같이 시행일 이전부터 임시이사가 파견된 학교법인에 대하여도 별도의 경과규정 없이 일률적으로 적용하고 있어 소급입법에 의하여 재산권을 박탈하여 헌법 제13조 제2항에 위반된다.

3. 적법요건에 관한 판단 
가. 사립학교법 제25조 제2항, 제25조의3 제2항에 대한 판단
헌법재판소법 제68조 제2항의 규정에 의한 헌법소원에 있어서는 법률이 헌법에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 되어야 하고, 이 경우 재판의 전제가 된다고 하려면, 그 법률이 당해 소송사건에 적용될 법률이어야 하고 그 위헌 여부에 따라 재판의 주문이 달라지거나 재판의 내용과 효력에 관한 법률적 의미가 달라지는 경우를 말한다(헌재 1995. 7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48, 58 등 참조). 
청구인들은 사립학교법 제25조 제2항, 제25조의3 제2항이 서울특별시 교육감의 ○○학원에 대한 2008. 12. 23.자 처분의 근거규정으로서 위헌이라고 주장한다. 그러나 서울특별시 교육감은 사립학교법 제24조의2 제2항 제3호 및 제25조의3 제1항에 근거하여 2008. 12. 23.자 처분을 한 것이며, 사립학교법 제25조 제2항은 임시이사의 선임사유 해소 노력에 관한 규정, 사립학교법 제25조의3 제2항은 임시이사가 선임된 학교법인의 조정위원회에 대한 정상화 추진실적 보고에 관한 규정에 불과하므로 당해 사건에 적용될 여지가 없어 재판의 전제성이 인정되지 않으므로 이 조항들에 대한 심판청구는 부적법하다. 

나. 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문에 대한 판단
청구인들은 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문이 같은 법 제25조의3을 예외없이 2006. 7. 1.부터 시행하도록 규정한 것의 위헌성을 주장하고 있으나, 정식이사를 선임한 2008. 12. 23.자 처분을 다투는 당해 사건에 적용되는 사립학교법 제25조의3 제1항은 2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정되어 같은 법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조에 따라 같은 날부터 시행된 것이므로, 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문은 당해 사건에 적용되지 않아 재판의 전제성이 인정되지 않는다. 따라서 이 조항에 대한 심판청구는 부적법하다.

4. 본안에 관한 판단
가. 사립학교법 제24조의2 제2항 제3호, 제25조의3 제1항에 대한 판단
(1) 쟁점의 소재
2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 사립학교법은 임시이사의 선임 및 해임, 임시이사 선임 사유 해소시의 정식이사 선임권을 관할청에 부여하고, 대통령, 국회의장, 대법원장이 추천하는 위원으로 구성되는 조정위원회라는 별도 기구를 설치하여 위 사항들에 관하여 관할청이 조정위원회의 심의결과에 기속되도록 함으로써 실질적으로는 조정위원회로 하여금 주도적인 역할을 수행하게 하면서, 설립자 또는 임시이사가 선임되기 전의 이사(이하 ‘종전이사 등’이라 한다)가 정식이사 선임 과정에서 자신들의 의사를 반영할 권리는 법률상 보장하고 있지 않다. 
임시이사의 선임에 의하여 학교법인 이사회의 인적 연속성은 일시적으로 단절되는데, 사립학교법 제24조의2 제2항 제3호 및 제25조의3 제1항(이하 ‘이 사건 법률조항들’이라 한다)은 임시이사 체제를 종료하고 정식이사 체제로 환원되는 단계에서도 종전이사 등에게 관여할 권리를 보장하지 아니하고 조정위원회라는 제3의 국가기관에게 주도권을 부여하고 있는바, 이것이 헌법적으로 정당화될 수 있는지 여부가 핵심적인 쟁점이다. 

(2) 제한되는 기본권 및 심사기준
이 사건 법률조항들은 임시이사 체제에서 정식이사 체제로 환원되는 시점, 즉 학교법인 정상화 단계에서의 이사선임권을 제한하는 규정으로서 사립학교 운영의 자유를 제한하고 있다.
사립학교 운영의 자유가 헌법 제10조, 제31조 제1항, 제4항에서 도출되는 기본권이기는 하나, 사립학교도 공교육의 일익을 담당한다는 점에서 국·공립학교와 본질적인 차이가 있을 수 없기 때문에 공적인 학교 제도를 보장하여야 할 책무를 진 국가가 일정한 범위 안에서 사립학교의 운영을 감독·통제할 권한과 책임을 지는 것 또한 당연하다고 할 것이고, 그 규율의 정도는 그 시대의 사정과 각급 학교의 형편에 따라 다를 수밖에 없는 것이므로, 교육의 본질을 침해하지 않는 한 궁극적으로는 입법자의 형성의 자유에 속하는 것이라고 할 수 있다(헌재 2001. 1. 18. 99헌바63, 판례집 13-1, 60, 70; 헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 36-37 참조).
따라서 이 사건 법률조항들이 사립학교 운영의 자유를 제한하고 있다 하더라도 그 위헌 여부는 입법자가 기본권을 제한함에 있어 합리적인 입법한계를 벗어나 자의적으로 그 본질적인 내용을 침해하였는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.

(3) 사학의 자유 침해 여부
(가) 학교법인 이사제도의 본질과 임시이사 체제 및 정상화의 의미
1) 학교법인은 설립자가 재산을 출연하고 설립 목적이 명시된 정관을 작성함으로써 설립자와 별개의 법인격을 가지게 된다. 학교법인의 권리능력은 설립 목적을 정하고 있는 정관에 의하여 그 범위가 확정되며(사립학교법 제9조, 민법 제34조), 법인의 이사는 정관으로 화체된 설립 목적을 집행하고 실현한다. 법인의 의사를 형성하거나 그 업무를 집행하기 위하여 조직된 인위적 기관인 이사는 법에 의하여 그의 행위가 법인의 행위로 간주될 뿐이고, 법인이 갖는 권리능력의 정당성은 이사에 의해서가 아니라 설립 목적이 담겨 있는 정관에 의하여 담보된다. 
학교법인의 이사는 설립자가 최초로 선임하고(사립학교법 제10조 제2항), 그 이사들로 구성된 이사회에서 후임이사를 순차 선임함으로써 설립자로부터 인적 연속성이 이어지는 것이 정상적인 모습이다. 
그러나 이사에게 학교법인의 업무처리를 위임하는 주체는 설립자나 전임이사가 아니라 학교법인이므로, 학교법인의 이사로서는 정관에 화체되어 있는 설립자의 설립 목적과 건학이념에 따라 선량한 관리자의 주의의무로써 업무를 수행하여야 하는 것이지 설립자를 위하여 업무를 처리하는 것은 아니다. 
따라서 학교법인의 설립 목적의 영속성도 설립자로부터 이어지는 이사의 인적 연속성보다는 ‘위임관계의 본지(本旨)’라 할 수 있는 정관에 의하여 보장된다. 설립 목적을 구현하는 이사의 지위 역시 인적 연속성보다는 객관화된 설립 목적인 정관에 기속된다는 측면 즉, 기능적 연관성에서 그 정당성의 근거를 찾아야 할 것이다. 인적 연관성은 개인의 특성이나 시간의 경과에 따라 설립 목적과의 긴밀성이 희석될 개연성이 있는 반면, 정관을 매개로 한 기능적 연관성은 그에 구애받지 않고 면면히 이어질 수 있기 때문이다. 

2) 임시이사는 법 소정의 사유로 학교법인의 정상적 운영이 어려워진 경우에 선임되므로(사립학교법 제25조 제1항), 임시이사 체제가 유효하게 성립하였다는 것은 이미 당해 학교법인이 위기관리능력을 상실하여 스스로 위기사태를 해결할 수 없는 상황에 이르렀음을 의미하고, 그와 같은 상황을 방치하여 장기화할 경우 학교법인의 설립 목적 달성은 불가능해질 것이다. 
사립학교가 수행하는 공교육 기능을 중시한 입법자는 임시이사 체제로 학교운영을 계속하면서 이를 통하여 위기를 수습하고 궁극적으로 학교법인을 정상화시키는 것이 국민의 교육을 받을 권리를 보장하는 데 적합할 뿐만 아니라 당해 학교법인의 정관이 정한 설립 목적의 실현에도 기여할 수 있다고 판단한 것이다. 

3) 한편, 임시이사의 선임사유가 해소되면 정식이사 선임을 위한 정상화 절차를 밟게 되는데, 여기서 정상화란 학교법인이 직면하였던 운영상의 위기상황이 수습되어 위기관리자로서의 소임을 다한 임시이사 체제가 통상적인 학교법인 이사회 체제로 전환되는 것을 말하나, 이는 위기관리자로서의 특성상 그 권한에 내재적인 한계가 있는 임시이사 대신 후임이사의 선임을 포함하여 이사로서의 모든 권한을 행사할 수 있는 정식이사가 선임된다는 것이지 학교법인의 지배구조나 이사회의 구성이 학교법인 설립 당시나 임시이사 선임 전의 상태로 회귀하는 것을 의미하는 것은 아니다. 

(나) 조정위원회의 기능과 정당성
1) 임시이사 체제를 종료하고 정식이사를 선임하는 단계에서 정식이사 선임권을 누구에게 부여할 것인지에 관해서는, 임시이사로 구성된 이사회에서 선임하는 방법, 종전이사 등이 선임하는 방법, 관할청이나 법원 또는 제3의 중립기관이 선임하는 방법 등 다양한 방안이 있을 수 있다. 
이 중 임시이사로 구성된 이사회에서 선임하도록 하는 것은 정상화 방법에 관하여 사립학교법에 아무런 규정을 두고 있지 않던 2005년 개정법 이전의 관행이었으나, 임시이사 선임사유가 존속하는지 여부에 관한 판단권이나 자신의 후임 임시이사를 선임할 권한도 부여되지 않은 사립학교법상의 임시이사에게 정식이사를 선임할 권한을 부여하는 것은 헌법적으로 정당화되기 어렵다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결 참조). 
또한 학교법인의 종전이사 등은 이사와 가족 간의 분쟁, 회계 부정, 이사회 운영 부실, 교비 유용, 교원 채용시 금품 수수 등 임시이사 체제라는 위기사태를 불러온 원인제공자이자 사학분쟁의 직접 당사자인 경우가 많다. 이러한 위기사태를 야기한 종전이사 등에게 정식이사 선임권을 부여하는 것은 학교법인의 정상화라는 취지에 배치될 우려가 있고, 다른 학교구성원들과 사이에 새로운 분쟁의 빌미를 제공할 수도 있다는 점에서 문제의 소지가 크다. 관할청이나 법원이 선임하는 방법 역시 전문성이나 공정성을 두루 갖추었다고 보기는 어렵다 할 것이다. 

2) 사립학교법은 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화에 관하여, 관할청이 조정위원회의 심의를 거쳐 임시이사를 해임하고 정식이사를 선임하되(사립학교법 제25조의3 제1항), 관할청으로 하여금 조정위원회의 심의결과에 기속되도록 함으로써(사립학교법 제24조의2 제4항 본문) 실질적으로는 정식이사 선임에 있어서 조정위원회에 주도적인 역할을 부여하고 있다. 
조정위원회는 행정·입법·사법부에서 추천한 인사들로 구성되고 임기제를 취함으로써(사립학교법 제24조의3) 고도의 정치적 중립성을 가진다 할 것이고, 위원의 자격을 법률과 회계, 그리고 교육에 전문적 지식을 갖추고 일정한 경력을 가진 자로 제한함으로써(사립학교법 제24조의4) 그 인적 구성의 면에서 공정성 및 전문성을 갖추고 있다고 볼 수 있다.
그러나 사립학교는 공공의 이익을 위한 설립자의 재산출연에 의하여 설립되었고, 이로써 국가의 공교육 실시를 위한 재정적 투자능력의 한계를 자발적으로 보완해 주는 역할을 수행해 오고 있다는 점에서, 정상화 단계에서 종전이사 등의 의견이 반영되도록 제도를 설정할 필요성은 여전히 있다고 할 것인데, 관건이 되는 것은 이들의 의견을 어느 정도까지 보장해 주어야 하느냐의 문제일 것이다. 

(다) 현행 법령상 정상화 절차 개관
사립학교법은 임시이사가 선임된 학교법인이 정상화되는 유형으로 2가지 경우를 예정하고 있다. 첫째, 관할청이 임시이사의 선임사유가 해소되었다고 인정한 경우이고(사립학교법 제25조의3 제1항), 둘째, 조정위원회가 정상화 추진실적을 평가한 결과 정상화가 가능하다고 판단하여 관할청에 통보한 경우이다(사립학교법 제25조의3 제3항). 후자의 경우에 그와 같은 심의결과는 관할청을 기속하므로(사립학교법 제24조의2 제4항 본문, 제3항, 제2항 제3호), 관할청은 이 경우에도 조정위원회의 심의를 거쳐 정식이사를 선임하여야 한다. 
어느 경우에나 관할청은 조정위원회에 정식이사 심의 요청을 하여야 하는데, 조정위원회의 운영에 필요한 사항을 대통령령에 위임한 사립학교법 제24조의3에 따라 사립학교법 시행령과 조정위원회 운영규정은 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 심의에 관한 사항에 대하여 규정하고 있다. 즉, 조정위원회는 정식이사 적격 여부를 심의함에 있어서 해당 학교법인의 기본재산액의 3분의 1 이상에 해당하는 재산을 출연하거나 기부한 자, 학교 발전에 기여한 자, 임시이사가 선임되기 전에 적법하게 선임되었다가 퇴임한 정식이사(종전이사), 해당 학교법인의 임직원 및 학교의 교직원, 그 밖의 이해관계인으로부터 의견을 청취할 수 있다(사립학교법 시행령 제9조의6 제3항, 조정위원회 운영규정 제13조 제1항). 
위 시행령 및 조정위원회 운영규정상 의견청취는 임의규정의 형식으로 되어 있고, 그 의견에 어떠한 구속력이 있는 것은 아니지만, 현재 조정위원회 실무상 의견청취는 예외없이 이루어지고 있는 것으로 보이고, 실제로 최근에 정상화가 이루어지거나 정상화 절차가 진행 중인 학교법인들의 경우 종전이사 등 구 재단측에 과반수의 정식이사 추천권을 부여함으로써 오히려 다른 학교구성원들로부터 반발이 제기되고 있는 실정이다. 

(라) 입법형성재량의 한계 일탈 여부
1) 사학의 설립 및 운영의 자유는, 설립자가 재산을 출연하여 설립 목적을 명시한 정관을 작성하고, 정관에 따라 최초의 이사회가 구성되며, 그 이사회에 의하여 학교법인 및 학교가 운영되는 법적 연쇄과정을 통하여 실현되는 것이 통상의 모습이다. 이러한 일련의 과정 중에서도 사학의 자유의 원천은 설립행위에서 구체적으로 확인되는 설립 목적에 있다 할 것이므로, 이러한 설립 목적이 유지·계승될 수 있도록 제도적으로 보장하는 것은 사학의 자유의 본질적 내용에 해당한다. 
학교법인이 정상적으로 운영되는 상황에서는 이사회를 통하여 설립 목적이 지속적으로 구현될 것이나, 임시이사가 선임되거나 그 선임사유가 소멸하여 정상화 되는 단계에서는 설립 목적의 유지·계승 여부에 의문이 제기되는 상황이 초래될 수 있다. 이와 같이 임시이사들로 구성된 학교법인의 이사회가 학교법인의 설립 목적이나 정체성에 대한 수호자로서의 역할을 할 것을 기대할 수 없는 경우에는 예외적으로 종전이사 등에게도 사학의 자유를 인정함으로써 이들로 하여금 학교법인의 설립 목적이나 정체성을 수호할 기회를 가질 수 있도록 하는 것이 필요하다. 
그러나 이는 설립 목적의 수호를 위하여 예외적·보충적으로 인정되는 것이므로, 종전이사 등에게 부여되는 사학의 자유의 폭은 정식이사 선임권을 부여하거나 이사회 구성에 있어서 일정한 지분을 보장하여야 하는 정도로까지 확장될 수는 없고, 그 권리의 내용 역시 통상적인 경우에 학교법인이 행사하는 사학의 자유에 비해서는 축소되지 않을 수 없다. 사립학교법이 아닌 사립학교법 시행령과 조정위원회 운영규정에 조정위원회가 종전이사 등 학교법인의 이해관계인으로부터 의견을 청취할 수 있는 임의적 규정을 두고 있는 것은 이와 같은 까닭에서 비롯한 것이다.

2) 청구인들은 설립 목적의 수호라는 보충적 지위에서 더 나아가 종전이사 등의 경영권을 회복시켜 주거나 이들의 지분을 보장해 주어야 한다고 주장하나, 이는 학교 내지 학교경영권을 재산권의 대상으로 보는 사고의 산물이라 하지 않을 수 없다. 
정상화 단계에서 반드시 종전이사 등이 이사회로 복귀하거나 이들에게 정식이사 선임의 주도권을 부여하지 않더라도 정관에 명시된 학교법인의 설립 목적이 유지되고 제대로 실현될 수 있다면 학교법인의 정체성은 의연히 유지·계승되는 것이다. 설립 목적의 영속성은 말 그대로 정관에 명시되어 있는 설립자의 의사인 학교법인의 설립 목적 그 자체가 유지·계승됨으로써 이루어지는 것이지 설립자나 종전이사 등의 종전 지위를 회복시켜 주어야만 달성될 수 있는 것은 아니기 때문이다. 
설립자로부터 최초의 이사 그리고 후임 이사로 이어지는 인적 연속성에 학교법인의 이사 제도의 본질이 있다고 보는 견해는 이렇게 순차 선임된 이사들이 학교법인의 설립 목적을 가장 잘 실현할 수 있다는 점을 전제로 한 것이나, 그 인적 연속선상에 있던 종전이사 등이 회계부정이나 비리 등 이사취임승인 취소사유에 해당하는 행위를 하고 그로 인하여 학교법인의 정상적인 운영에 장애를 야기하였다면 이는 학교법인의 설립 목적을 위반하는 행위를 한 것이므로 이미 그와 같은 전제요건이 상실되었음을 의미한다. 
한편, 임시이사가 선임된 학교법인을 정상화하는 것은 관할청이나 조정위원회가 적극적으로 설립 목적을 변경하여 새로운 학교법인을 설립하거나 사학을 공립화 하는 것이 아니라, 후견적인 입장에서 위기관리능력을 상실한 학교법인을 대신하여 설립 목적을 가장 잘 실현할 수 있는 인사를 정식이사로 선임함으로써 한때 그 실현이 불투명했던 설립 목적이 지속적으로 구현될 수 있도록 학교법인의 기능을 회복시켜 주는 것이다. 
이와 같이 학교법인의 정체성은 설립 목적 및 그것이 화체된 정관을 통하여 기능적으로 유지·계승되는 것이지, 종전이사 등과의 인적·재산적 연관성의 확보가 전제되어야만 구현되는 것은 아니라 할 것이다. 

3) 조정위원회나 관할청은 정식이사를 선임함에 있어서 마땅히 정관의 규정을 준수하여야 할 것이므로, 정관에 나타나 있는 설립자의 설립 목적을 구현하는 데 합당한 인사를 선임하여야 하고, 정관에서 이사의 자격을 규정하고 있을 경우 당연히 여기에도 기속된다. 
이 사건 법률조항들은 조정위원회가 주도하는 정상화 과정에 종전이사 등이 관여하는 것을 적극적으로 배제하는 조항이 아니다. 사립학교법 시행령과 조정위원회 운영규정이 종전이사 등 학교법인의 이해관계인으로부터 의견을 청취할 수 있도록 하는 근거규정을 두고 있으므로, 조정위원회는 이들로부터의 의견청취 등 정상화 심의과정에서 종전이사 중에 학교비리 등 임시이사 선임사유에 연루되지 않고 설립 목적 구현에 노력한 인사들이 있을 경우 이들의 참여를 배제할 이유가 없을 뿐만 아니라, 정식이사 선임에 관한 이들의 의견을 적극 수용하거나 나아가 이들을 정식이사로 선임할 수도 있을 것이고, 이렇게 하는 것이 조정위원회 본연의 임무라 할 것이다. 그렇다면 조정위원회와 관할청에 의한 정식이사 선임 제도가 현저하게 불합리하거나 자의적이어서 입법형성권의 재량의 범위를 일탈한 것이라고는 볼 수 없다. 

(마) 소결
따라서 이 사건 법률조항들이 입법형성의 한계를 일탈하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 침해한다고 볼 수 없다.

(4) 청구인들의 나머지 주장에 대한 판단
(가) 평등원칙 위반 주장에 대한 판단
1) 청구인들은 이 사건 법률조항들이 관할청 및 조정위원회가 임시이사 체제를 종료하면서 종전이사 등과 아무런 협의 없이 학교법인의 정식이사를 선임할 수 있도록 하여 합리적 이유 없이 ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률’에 의한 공익법인, 사회복지사업법에 의한 사회복지법인 등 여타 비영리법인과 차별한다고 주장한다.

2) 공익법인, 사회복지법인 등의 경우, 그 수행하는 사업이 공공성을 띤다는 점에서 학교법인과 유사한 점이 있으나, 사립학교는 ① 학교를 통한 이해관계인의 범위가 학생·학부모·교원·교직원, 나아가 학교의 졸업생에 이르기까지 그 인적 범위가 넓은 점, ② 공익법인과 사회복지법인은 목적 달성이 불가능하게 된 경우 또는 ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률’, 사회복지사업법의 규정이나 위 법률들에 따른 명령이나 정관을 위반한 경우 그 설립허가를 취소하는 등으로 당해 법인의 비리 등을 봉쇄하는 방법이 있으나, 사립학교는 다수의 이해관계인이 존재하고 공교육의 일익을 담당한다는 점에서 학교법인의 설립허가를 취소하는 방법은 문제해결에 적당하지 않아, 학교법인 설립 당시의 건학이념은 계속적으로 유지하도록 하면서 학교법인 자체는 존속시키는 것이 바람직하다는 점 등으로 인해, 그 제공하는 용역의 성격이나 수요층의 범위, 특정 법인이 정상적으로 운영되지 못하여 사업수행에 차질이 생길 경우에 그 이용자들이 공백 없이 동질의 용역을 계속 제공받을 수 있는 가능성 즉, 대체수단에 대한 접근용이성의 정도 등에서 공익법인, 사회복지법인 등과는 다른 측면이 있다. 
따라서, 사립학교는 공익법인, 사회복지법인 등과 본질적으로 동일한 비교집단이라고 볼 수 없으므로 이를 전제로 한 청구인들의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

(나) 재산권 침해 주장에 대한 판단
청구인들은 종전이사 등이 배제된 채 관할청 내지 조정위원회의 임의대로 정식이사를 선임한다면, 이는 정당한 보상없이 재산권을 수용하는 것과 같은 결과를 초래하는 것으로서 재산권을 침해한다고 주장한다. 
그러나 사립학교를 위하여 출연된 재산에 대한 소유권은 학교법인에 있고, 설립자는 학교법인이 설립됨으로써, 그리고 종전이사는 퇴임함으로써 학교운영의 주체인 학교법인과 사이에 더 이상 구체적인 법률관계가 지속되지 않는다 할 것이어서, 설립자나 종전이사가 사립학교 운영에 대해 가지는 재산적 이해관계는 법률적인 것이 아니라 사실상의 것에 불과하다 할 것이므로(헌재 2009. 4. 30. 2005헌바101, 판례집 21-1하, 23, 39-40 참조), 청구인들의 위 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

나. 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조에 대한 판단
(1) 소급입법에 의한 재산권 침해 여부
청구인들은 사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호) 부칙 제1조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)가 위 법 시행일 이전부터 임시이사가 파견된 학교법인에 대하여 별도의 경과규정 없이 조정위원회의 설치와 기능에 관한 규정인 같은 법 제24조의2를 공포한 날부터 시행하도록 한 것은 소급입법에 의한 재산권 침해에 해당하여 헌법 제13조 제2항에 위반된다고 주장한다. 
헌법 제13조 제2항은, "모든 국민은 소급입법에 의하여 참정권의 제한을 받거나 재산권을 박탈당하지 않는다."고 규정하고 있다. ‘소급입법’은 신법이 이미 종료된 사실관계나 법률관계에 적용되는지, 아니면 현재 진행 중인 사실관계나 법률관계에 적용되는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분되는데, 전자는 헌법상 원칙적으로 허용되지 않고 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용되는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호 요청 사이의 교량 과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 입법형성권에 일정한 제한을 가하게 된다는 데 차이가 있다(헌재 2008. 2. 28. 2005헌마872등, 판례집 20-1상, 279, 297 참조). 
그런데 ○○학원은 이 사건 부칙조항에 의해 사립학교법 제24조의2가 시행될 당시에도 임시이사 체제가 계속되는 상태였으므로, 이 사건 부칙조항은 이미 종료된 과거의 사실관계 또는 법률관계에 새로운 법률이 소급적으로 적용되어 법적으로 새로이 평가하는 진정소급입법에는 해당하지 아니한다. 
따라서 소급입법에 의한 재산권 침해는 문제될 여지가 없고, 다만 청구인들이 지니고 있는 기존의 법적인 상태에 대한 신뢰를 법치국가적인 관점에서 헌법적으로 보호해 주어야 할 것인지 여부가 문제될 뿐이다. 

(2) 신뢰보호원칙 위반 여부 
신뢰보호원칙은 헌법상 법치국가 원리로부터 파생되는 것으로, 법률을 제정하거나 개정할 때 기존의 법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고 정당한 반면, 법률의 제정이나 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성코자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰가 파괴되는 것을 정당화할 수 없는 경우 그러한 입법이 허용될 수 없다는 것이다. 이러한 신뢰보호원칙의 위반 여부는 한편으로는 침해되는 이익의 보호가치, 침해의 정도, 신뢰의 손상 정도, 신뢰 침해의 방법 등과 또 다른 한편으로는 새로운 입법을 통하여 실현하고자 하는 공익적 목적 등을 종합적으로 형량하여 판단하여야 한다(헌재 2008. 2. 28. 2005헌마872등, 판례집 20-1상, 279, 295 참조). 
이 사건 부칙조항에 의해 조정위원회의 설치와 기능에 관한 규정인 사립학교법 제24조의2를 공포한 날부터 시행함으로써 달성하려는 공익은 이미 임시이사가 선임된 학교법인이라도 그 정상화 절차를 중립적이고 전문적인 기관에 맡김으로써 정식이사 선임 문제를 공정하고 투명하게 해결하려는 데에 있고, 그와 같은 공익적 가치는 매우 크다고 하지 않을 수 없다.
한편, 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화에 관한 구체적 절차와 방법은 불변적인 것이 아니라 사회적 상황 등에 따라 변경될 수 있는 것인 점, 사립학교법 개정에 관해 2000년대 초부터 많은 논의가 있었고, 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 방법에 관하여 구체적 규정을 두고 있지 않던 구 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정되기 전의 것) 하에서 사립학교의 정상화 방법에 관하여 많은 논란이 있었던 점, ○○학원에 대해서는 2007. 7. 27. 법률 제8545호로 사립학교법이 개정된 이후인 2008. 1. 8. 제8차로 임시이사가 선임된 바 있다는 점 등에 비추어 보면, 학교법인의 정상화에 관하여 사립학교법이 개정되기 전의 규정을 적용받을 것이라는 청구인들의 신뢰는 보호가치 있는 신뢰라고 보기 어렵거나, 보호해야 할 신뢰의 가치가 그리 크다고 볼 수 없다. 반면, 사학을 공정하고 투명하게 운영하려는 공익적 가치는 긴급하고 또한 중요한 것이므로, 이 사건 부칙조항이 헌법상 신뢰보호원칙에 위반된다고 할 수 없다. 
5. 결론
그렇다면, 이 사건 심판청구 중 사립학교법 제25조 제2항, 제25조의3 제2항 및 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호) 부칙 제1조 본문에 대한 심판청구는 부적법하므로 이를 각하하고, 이 사건 법률조항들과 이 사건 부칙조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 이 사건 법률조항들에 대한 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 안창호, 재판관 조용호의 아래 6.과 같은 반대의견이 있는 외에는 나머지 관여 재판관들의 일치된 의견에 의한 것이다.

6. 재판관 박한철, 재판관 김창종, 재판관 안창호, 재판관 조용호의 이 사건 법률조항들에 대한 반대의견
우리는 이 사건 법률조항들이 과잉금지원칙에 반하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 본질적인 내용까지 침해하여 헌법에 위반된다고 판단하므로, 다음과 같이 그 이유를 밝힌다.  
가. 심사기준
위기사태에 빠진 학교법인이 임시이사 체제를 거쳐 정상화되는 단계에서 누가 어떤 방법으로 정식이사를 선임할 것인가 하는 문제는, 학교법인의 지배구조와 관련된 핵심적 부분이므로, 이에 대한 제한은 사학의 자유 가운데서도 보다 본질적인 영역에 대한 제한을 의미한다. 따라서 이러한 영역에 대한 기본권 제한의 과잉 여부를 심사함에 있어서는 엄격한 비례의 원칙이 그 심사척도가 되어야 한다.
나. 목적의 정당성 및 수단의 적절성 
이 사건 법률조항들은 임시이사가 선임된 학교법인을 정상화함에 있어서 가장 중요한 절차라 할 수 있는 정식이사 선임을 행정청의 일방적 판단에 맡기는 대신 제3의 기관인 조정위원회에 실질적인 선임권을 부여하고 있는바, 이는 정식이사 선임 문제를 공정하게 처리하고자 하는 데 주된 입법목적이 있다고 할 것이므로, 그 정당성을 인정할 수 있다. 
또한 학교법인의 운영상 심각한 장애가 발생하여 임시이사가 선임되었다가 임시이사 선임사유가 해소되고 학교법인을 정상화하기 위하여 정식이사를 선임하는 단계에서는 학교법인, 학교구성원, 종전이사 등의 다양한 이해관계가 대립될 수 있으므로 더욱 그 절차 및 방법의 공정성이 요구된다 할 것인데, 조정위원회는 일응 공정성이나 전문성이 담보된 기구로 볼 수 있으므로 조정위원회에 정상화 절차의 주도권을 부여한 것이 위와 같은 입법목적의 달성에 유효한 수단이 될 수 있음은 부인할 수 없다. 

다. 피해의 최소성 
(1) 학교법인은 사립학교를 설치·경영하기 위한 목적으로 설립된 재단법인의 일종으로서 그 운영시 설립 당시의 설립자의 의사, 즉 설립 목적을 존중함이 마땅하고, 이러한 학교법인의 설립 목적은 그 의사결정기관이자 집행기관인 이사회를 구성하는 자연인인 이사들에 의하여 실현되는 것이므로, 설립자가 최초의 이사들을, 그 다음에는 그 이사들이 후임이사들을 순차적으로 선임함으로써 학교법인의 설립 목적이 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 학교법인의 이사제도의 본질이라 할 수 있다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결 참조). 
한편, 사립학교법상 임시이사 제도는, 위기사태에 빠진 학교법인에 임시이사를 파견하여 학교법인을 조속히 정상화함으로써 그 설립 목적을 달성할 수 있도록 하려는 데에 그 제도적 취지가 있는 것이지, 위기사태를 가져온 구 이사들에 대한 제재의 일환으로 그들로부터 학교법인 경영권을 박탈하거나 학교법인의 지배구조를 변경하는 것을 허용하는 제도가 아니다. 
임시이사의 선임에 의하여 설립자로부터 연유하는 학교법인의 정체성은 종전이사에까지 승계된 후 정지된 상태로 있게 되는데, 임시이사 체제에서 정식이사 체제로 된다는 것은 학교법인과 학교의 운영상 위기상태를 극복함으로써 임시이사 선임사유가 해소되어 통상적인 학교법인 체제로 복귀하는 것, 즉 학교법인의 정상화를 의미하는 것으로 이때 정식이사를 선임하는 행위는 정지된 상태로 남아 있던 학교법인의 정체성을 대변할 지위를 승계할 자를 정하는 행위이다. 
임시이사는 그 선임사유가 해소될 때까지만 존속한다는 점에서 임시이사가 선임되는 단계에서는 학교법인의 사학의 자유가 한시적·잠정적으로 제한되는 것으로 볼 수 있음에 반하여, 임시이사 선임사유가 해소되어 정상화 절차로서의 정식이사를 선임하는 단계에서 건학이념이나 종전이사 등의 이해관계가 반영되지 않을 경우 임시이사가 선임됨으로써 한시적·잠정적으로 제한되었던 사학 운영의 자유가 영구적·확정적으로 제한되는 것을 의미하므로 그 제한의 정도가 훨씬 크다.
따라서 이 단계에서는 앞서 본 학교법인 이사제도의 본질 즉, 학교법인 설립 목적의 영속성이 인적으로 보장될 수 있도록 하기 위한 최소한의 장치가 마련되어야 하고, 그럼으로써 임시이사 선임에 의하여 강제적으로 정지되어 있던 학교법인의 정체성과 사학의 자유가 회복될 수 있는 것이다.
그렇지 않고, 학교법인의 정체성을 고려하지 아니한 채 정식이사 선임이 이루어진다면 이로써 학교법인의 정체성이 단절되고, 학교법인이나 종전이사 등의 사학의 자유가 영구적으로 박탈되는 결과를 초래한다. 

(2) 그런데 이 사건 법률조항들은 임시이사 체제에서 정식이사 체제로 전환되는 단계에서 모든 정식이사의 선임권한을 사실상 조정위원회에 부여하고 있을 뿐만 아니라, 사립학교법이 2007. 7. 27. 개정되기 전에 두고 있던 제25조의3 제2항과 같은 조항 즉, 상당한 재산을 출연하거나 학교발전에 기여한 자 등의 의견을 들어 이사를 선임하도록 한 규정조차 삭제함으로써 정식이사 선임에 있어 종전이사 등의 의사가 반영될 여지를 적어도 법률의 차원에서는 전혀 보장하지 않고 있다. 
비록 사립학교법 시행령과 조정위원회 운영규정에서 이들의 의견을 들을 수 있도록 하는 조항을 두고는 있으나, 위 시행령 조항이나 조정위원회 규정은 그 내용이 임의규정으로 되어 있을 뿐이다. 
이러한 점은 임시이사가 선임되었다가 정상화되는 단계에서 정식이사 전원이 학교법인의 인적 연속성이나 설립 목적의 영속성을 담보할 수 없는 인사들로 채워질 수도 있다는 점에서 사학의 자유에 대한 제한의 심각성이 크다고 할 것이다. 
사립학교법은 임시이사의 선임사유 자체를 상당히 포괄적으로 규정하고 있어서(사립학교법 제25조 제1항) 임시이사 선임단계에서 이미 조정위원회나 관할청의 자의적 판단이 개입할 여지가 적지 아니한데, 나아가 임시이사 선임사유의 해소 여부를 판단하거나 정식이사를 선임하는 단계에서도 학교법인의 설립 목적이나 정체성을 대변할 위치에 있는 인사들의 참여가 법적으로 보장되어 있지 않다. 
그 결과 설립자로부터 연원하여 순차 이어지던 이사회의 인적 구성에 본질적인 변화가 생기면 이로써 설립자가 정초(定礎)한 학교법인의 설립 목적 역시 그 영속성을 보장받을 수 없게 되고, 이는 학교법인의 정상화를 넘어서 실질적으로는 학교법인의 경영주체가 교체되는 것을 의미하므로, 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 심대하게 침해하는 것이라 하지 않을 수 없다. 

(3) 또한, 정상화 과정에서 종전이사 등을 배제하는 것은 국가가 사학의 설립자에게 부여한 신뢰에 반하는 것이고, 이는 궁극적으로 사학설립에 뜻을 둔 국민에게 필연적으로 위축효과를 초래할 것이라는 점에서도 헌법상 정당화될 수 없다. 
우리나라의 공교육체계에서 사립학교가 차지하는 비중이 유례없이 높은 것은,  국가가 공교육을 표방하면서도 궁핍한 재정 탓에 국민의 교육열에 상응하는 공교육 주관자로서의 책임을 온전히 수행하지 못하였고, 그 공백을 사학이 감당해 왔기 때문이다. 국가가 사립학교의 설립을 권장하고 이에 부응한 설립자가 사유재산을 출연하여 학교법인을 설립한 것이라면, 그 과정에서 국가는 자발적으로 공교육의 책임을 떠맡은 사학의 설립자에게 사학의 자유를 보장하고 학교법인의 설립 목적에 따른 독립적인 경영을 보장한다는 신뢰를 부여한 것으로 보아야 할 것이므로, 설립자나 그에 의하여 순차적으로 선임된 학교법인의 이사들이 가지는 이러한 신뢰를 보호할 의무가 있다. 
임시이사 체제를 거쳐 학교법인이 정상화되는 경우, 학교법인 설립 목적의 영속성이 인적으로 보장될 수 있도록 제도를 설정하는 것이 위와 같은 신뢰를 보호하는 최소한의 장치라 할 것이다.
종전이사 등이 정식이사 선임권을 전유하는 것이 반드시 바람직한 것은 아닐 것이므로 학교법인의 설립 목적이나 정체성의 유지·계승을 보장하기 위한 장치를 어느 수준에서 마련할지의 문제는 원칙적으로 입법자가 정책적으로 결정할 영역에 속한다고 할 것이다. 
그러나 이 사건 법률조항들과 같이 정식이사 체제로 전환하는 단계에서 설립자나 종전이사 등의 참여를 법률 차원에서 보장하지 않는 것은 이들과 학교법인의 사학의 자유를 심대하게 침해하는 것일 뿐 아니라, 나아가 교육사업에 뜻을 두고 사립학교를 설립하려는 국민을 위축시키고, 궁극적으로는 다양한 교육을 제공함으로써 국민의 교육을 받을 권리를 실질적으로 보장하는 기능을 하는 사립학교의 존재의의를 유명무실하게 만들 것이다.   

(4) 다수의견은 학교법인 설립 목적의 영속성은 설립자로부터 이어지는 이사의 인적 연속성에 있는 것이 아니라 위임관계의 본지, 즉 정관에 의하여 보장된다고  한다. 그러나 정관변경의 요건에 대하여 규정하고 있는 사립학교법 제45조는 2012. 1. 26. 법률 제11216호로 개정되면서 사립학교 운영의 자율성을 확대한다는 취지하에 사전인가제로 운영되고 있던 정관변경 절차를 사후보고제로 전환하여 이사 정수의 3분의 2 이상의 찬성으로 이사회 의결을 거치면 정관을 변경할 수 있도록 하고 있다. 이러한 정관변경 절차를 통해 정관에 기재된 설립자의 설립 목적, 출연자의 출연의사 등 위임관계의 본지가 변경될 가능성이 없다고 볼 수 있는지 의문이다. 정관변경에 의해 설립 목적 등 위임의 본지가 변경될 가능성을 배제할 수 없다면, 설립 목적이 정관에 화체되어 있다 하더라도 그 자체로 완전한 보장책이 되지 못하는 한계는 여전히 남는다.

라. 법익의 균형성 
나아가 이 사건 법률조항들을 통하여 달성하고자 하는 공익, 즉 제3의 기관이 정식이사를 선임하도록 하여 사학운영의 민주성·투명성을 제고할 필요성이 있다는 점을 고려하더라도 이러한 공익과 종전이사 등의 참여가 보장되지 않아 학교법인의 인적 연속성이 단절됨으로써 침해되는 사학의 자유 사이에는 법익의 균형이 적절하게 유지되고 있다고 볼 수 없다. 

마. 소결 
결국 이 사건 법률조항들은 과잉금지원칙에 반하여 학교법인과 종전이사 등의 사학의 자유를 본질적인 내용까지 침해하는 규정이라 할 것이므로, 헌법에 위반된다.  

2013.   11.   28.

[별지] 
관련조항
사립학교법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정된 것)
제24조의2(사학분쟁조정위원회의 설치 및 기능) ① 제25조에 따른 임시이사의 선임과 제25조의2에 따른 임시이사의 해임 및 제25조의3에 따른 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 등에 관한 중요 사항을 심의하기 위하여 교육과학기술부장관 소속으로 사학분쟁조정위원회(이하 "조정위원회"라 한다)를 둔다.

사립학교법(2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정된 것)
제24조의2(사학분쟁조정위원회의 설치 및 기능) ② 조정위원회는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
1. 임시이사의 선임에 관한 사항
2. 임시이사의 해임에 관한 사항
3. 생략
4. 그 밖에 관할청이 조정위원회에 심의를 요청한 사항
③ 조정위원회는 제2항 각 호의 사항에 대한 심의결과를 지체 없이 관할청에 통보하여야 한다.
④ 관할청은 제3항에 따른 심의결과에 따라야 한다. 다만, 심의결과에 이의가 있는 경우에는 조정위원회에 재심을 요청할 수 있고, 그 재심 결과를 수용하여야 한다.

제24조의3(조정위원회의 구성 등) ① 조정위원회는 대통령이 위촉하는 다음 각 호의 위원으로 구성하며, 위원장은 대법원장이 추천하는 인사 중에서 호선한다.
1. 대통령이 추천하는 자 3인
2. 국회의장이 추천하는 자 3인
3. 대법원장이 추천하는 자 5인
② 위원의 임기는 2년으로 하고 1차에 한하여 중임할 수 있다.
③ 조정위원회의 조직 및 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제24조의4(조정위원회 위원의 자격 기준) ① 위원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자이어야 한다.
1. 판사·검사·군법무관 또는 변호사의 직에 15년 이상 재직한 자
2. 대학의 총장·학장·또는 초·중등학교의 교장경력이 있는 자로서 교육경력 15년 이상인 자
3. 대학에서 부교수 이상의 직에 종사하는 자로서 교육경력 15년 이상인 자
4. 회계사로서 회계업무경력 15년 이상인 자
5. 교육행정기관에서 고위공무원의 경력이 있는 자로서 공무원경력 15년 이상인 자
② 제22조 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위원이 될 수 없다.  

사립학교법 시행령(2007. 11. 5. 대통령령 제20362호로 개정된 것)
제9조의6(조정위원회의 회의) ③ 조정위원회는 심의에 필요하다고 인정하는 때에는 해당 학교법인 및 학교의 임직원, 그 밖의 이해관계인 등으로부터 의견을 청취할 수 있다.

사학분쟁조정위원회 운영규정(2008. 9. 4. 사학분쟁조정위원회 규정 제4호로 개정된 것)
제13조(임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 심의) ① 위원회는 법 제24조의2제2항 제3호에 따라 정상화를 심의하거나 이사 선임에 관한 심의를 위하여 필요한 때에는 다음 각 호에 해당하는 자의 의견을 청취하거나 해당 학교법인에 대한 현장 조사를 할 수 있다.
1. 해당 학교법인의 기본재산액의 3분의 1 이상에 해당하는 재산을 출연하거나 기부한 자
2. 학교 발전에 기여한 자
3. 임시이사가 선임되기 전에 적법하게 선임 되었다가 퇴임한 정식이사
4. 해당 학교법인의 임직원 및 학교의 교직원, 그 밖의 이해관계인
② 제1항 제2호의 ‘학교발전에 기여한 자’ 및 제4호의 ‘그 밖의 이해관계인’의 범위는 해당 학교법인의 상황 등을 고려하여 위원회에서 정한다.