# 서울특별시와 정부간의 권한쟁의

## 판시사항

가. 중앙행정기관의 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사를 법령위반사항으로 한정하는 구 지방자치법(1994. 3. 16. 법률 제4741호로 개정되고, 2007. 5. 11. 법률 제8423호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 지방자치법’이라 한다) 제158조 단서 규정이 사전적·일반적인 포괄감사권인지 여부(소극)
나. 구 지방자치법 제158조 단서 규정이 중앙행정기관의 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사개시요건을 규정한 것인지 여부(적극)
다. 서울특별시의 거의 모든 자치사무를 감사대상으로 하고 구체적으로 어떠한 자치사무가 어떤 법령에 위반되는지 여부를 밝히지 아니한 채 개시한 행정안전부장관 등의 합동감사가 구 지방자치법 제158조 단서 규정상의 감사개시요건을 전혀 충족하지 못하여 헌법 및 지방자치법에 의하여 부여된 지방자치권을 침해한 것인지 여부(적극)

## 결정요지

가. 지방자치제 실시를 유보하던 개정전 헌법 부칙 제10조를 삭제한 현행헌법 및 이에 따라 자치사무에 관한 감사규정은 존치하되 ‘위법성 감사’라는 단서를 추가하여 자치사무에 대한 감사를 축소한 구 지방자치법 제158조 신설경위, 자치사무에 관한 한 중앙행정기관과 지방자치단체의 관계가 상하의 감독관계에서 상호보완적 지도·지원의 관계로 변화된 지방자치법의 취지, 중앙행정기관의 감독권 발동은 지방자치단체의 구체적 법위반을 전제로 하여 작동되도록 제한되어 있는 점, 그리고 국가감독권 행사로서 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사원의 사전적·포괄적 합목적성 감사가 인정되므로 국가의 중복감사의 필요성이 없는 점 등을 종합하여 보면, 중앙행정기관의 지방자치단체의 자치사무에 대한 구 지방자치법 제158조 단서 규정의 감사권은 사전적·일반적인 포괄감사권이 아니라 그 대상과 범위가 한정적인 제한된 감사권이라 해석함이 마땅하다.
나. 중앙행정기관이 구 지방자치법 제158조 단서 규정상의 감사에 착수하기 위해서는 자치사무에 관하여 특정한 법령위반행위가 확인되었거나 위법행위가 있었으리라는 합리적 의심이 가능한 경우이어야 하고, 또한 그 감사대상을 특정해야 한다. 따라서 전반기 또는 후반기 감사와 같은 포괄적·사전적 일반감사나 위법사항을 특정하지 않고 개시하는 감사 또는 법령위반사항을 적발하기 위한 감사는 모두 허용될 수 없다. 
다. 행정안전부장관 등이 감사실시를 통보한 사무는 서울특별시의 거의 모든 자치사무를 감사대상으로 하고 있어 사실상 피감사대상이 특정되지 아니하였고 행정안전부장관 등은 합동감사 실시계획을 통보하면서 구체적으로 어떠한 자치사무가 어떤 법령에 위반되는지 여부를 밝히지 아니하였는바, 그렇다면 행정안전부장관 등의 합동감사는 구 지방자치법 제158조 단서 규정상의 감사개시요건을 전혀 충족하지 못하였다 할 것이므로 헌법 및 지방자치법에 의하여 부여된 서울특별시의 지방자치권을 침해한 것이다.
재판관 이동흡, 재판관 목영준의 반대의견 
나. ‘지방자치단체의 자치사무에 대한 감사’라는 표목하에 규정되어 있는 구 지방자치법 제158조의 입법경위, 자치사무에 대한 조언·권고·지도 등을 위하여도 자료의 제출 요구가 가능하도록 규정하고 있는 구 지방자치법 제155조 제1항과의 관계 등에 비추어 볼 때, 구 지방자치법 제158조는, ‘행정안전부장관 또는 시·도지사는 자치사무에 관한 법령위반 여부를 판단하기 위한 절차로서 이 사건 관련규정에 의하여 제한없이 피감사대상으로부터 보고를 받거나 자료의 제출을 요구할 수 있되, 감사의 진행 단계에서 법령위반의 가능성이 없으면 감사를 중단하고, 감사에 따른 조치는 위법사항에 한한다’라고 해석하는 것이 타당하고, 그 규정이 감사개시요건을 규정한 것이라고는 도저히 볼 수 없다.
다. 대통령령인 행정감사규정 제26조와 제26조의2, 구 지방자치법 제13조의4 제1항 제3호, 감사원법 제30조의2 제2항 등의 규정으로 지방자치단체에 대하여 중복감사를 제한하기 위한 제도적 장치 또한 마련되어 있고, 합동감사 실시계획 통보서에 나타난 감사범위, 그에 첨부된 정부합동감사관련 요구자료 목록 등에 의하면, 행정안전부장관 등의 합동감사의 감사범위가 특정되지 아니하였다거나 실질적인 합목적성 감사에 해당한다고 단정할 수 없다.

## 참조조문

헌법 제117조, 제118조
구 지방자치법(1994. 3. 16. 법률 제4741호로 개정되고, 2007. 5. 11. 법률 제8423호로 개정되기 전의 것) 제158조 제1항 제1호, 제2항

## 참조판례

나. 헌재 1994. 12. 29. 94헌마201, 판례집 6-2, 510, 522
   헌재 2002. 10. 31. 2002헌라2, 판례집 14-2, 378, 387
   헌재 2008.  5. 29. 2005헌라3, 판례집 20-1하, 41

## 전문

【당 사 자】
청 구 인  서울특별시
         대표자 시장 오세훈
         대리인 법무법인 충정
         담당변호사 신명균 외 3인
피청구인  행정안전부장관
         대리인 변호사 장진성
         법무법인 율촌
         담당변호사 김대환 외 3인
【주    문】
피청구인이 2006. 9. 14.부터 2006. 9. 29.까지 청구인의 [별지] 목록 기재의 자치사무에 대하여 실시한 정부합동감사는 헌법 및 지방자치법에 의하여 부여된 청구인의 지방자치권을 침해한 것이다.
【이    유】   
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 행정자치부장관(2008. 2. 29. 시행된 정부조직법의 개정에 따라 현재는 행정안전부장관, 이하 같다)은 2006. 1. 23. 국무총리실의 국무조정실장에게 청구인에 대한 부분감사(감사시기는 2006. 9. 내지 2006. 10. 중 12일간, 감사분야는 지방세, 건설·도시계획, 환경, 보건복지, 식품 등, 감사반은 행정자치부, 건설교통부, 환경부, 보건복지부, 식품의약품안전청 등 5개 부·청 내외) 조정협의를 하였고, 국무조정실장은 2006. 2. 3. 위 조정협의를 승인하였다. 
(2) 행정자치부장관은 2006. 2. 28. 청구인을 비롯한 전국의 각 광역시 및 도에 정부합동감사계획을 통보하였다.
(3) 행정자치부장관이 2006. 8. 11. 청구인에게 ‘2006. 9. 14.부터 2006. 9. 29.까지의 정부합동감사 실시계획’을 통보하자, 청구인은 2006. 8. 14. 감사를 내년으로 연기해줄 것을 요청하였으나 받아들여지지 않았고, 행정자치부 등 5개 부·청이 참가한 정부합동감사반은 예정대로 2006. 9. 14.부터 2006. 9. 29.까지 청구인에 대하여 [별지] 목록 기재 자치사무 등 해당 분야에 대한 정부합동감사(이하 ‘이 사건 합동감사’라 한다)를 실시하였다.
(4) 이에 청구인은 2006. 9. 19. ‘이 사건 합동감사대상으로 지정된 사무 중 [별지] 목록 기재 사무는 청구인의 고유사무인 자치사무인데, 그에 관한 법령위반사실이 밝혀지지 아니하였고 법령위반 가능성에 대한 합리적인 의심조차 없는 상황에서 구 지방자치법 제158조 단서에 위반하여 사전적·포괄적으로 이 사건 합동감사를 실시하는 것은 헌법과 지방자치법이 청구인에게 부여한 자치행정권, 자치재정권 등 지방자치권을 침해하였다’고 주장하며 이 사건 권한쟁의심판을 청구하였다.
(5) 피청구인이 통보한 이 사건 합동감사 실시계획의 전체적인 취지는 청구인의 자치사무 등에 관한 포괄적ㆍ일반적인 사전감사를 하겠다는 것이다.
나. 심판의 대상
이 사건 심판대상은 피청구인이 2006. 9. 14.부터 2006. 9. 29.까지 청구인의 [별지] 목록 기재의 자치사무에 대하여 실시한 이 사건 합동감사가 헌법 및 지방자치법에 의하여 부여된 청구인의 자치행정권, 자치재정권 등 지방자치권을 침해하는지 여부이다.
관련규정의 내용은 다음과 같다.
구 지방자치법(1994. 3. 16. 법률 제4741호로 개정되고, 2007. 5. 11. 법률 제8423호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 지방자치법’이라 한다) 
제9조(지방자치단체의 사무범위) ① 지방자치단체는 그 관할구역의 자치사무와 법령에 의하여 지방자치단체에 속하는 사무를 처리한다.
제155조(지방자치단체의 사무에 대한 지도 및 지원) ① 중앙행정기관의 장 또는 시·도지사는 지방자치단체의 자치사무에 관하여 조언 또는 권고하거나 지도할 수 있으며, 이를 위하여 필요할 때에는 지방자치단체에 대하여 자료의 제출을 요구할 수 있다.
② 국가나 시ㆍ도는 지방자치단체가 그 지방자치단체의 사무를 처리하는 데에 필요하다고 인정하면 재정지원이나 기술지원을 할 수 있다
제156조(국가사무 또는 시·도 사무처리의 지도·감독) ① 지방자치단체 또는 그 장이 위임받아 처리하는 국가사무에 관하여는 시·도에 있어서는 주무부장관의, 시·군 및 자치구에 있어서는 1차로 시·도지사의, 2차로 주무부장관의 지도·감독을 받는다. 
② 시ㆍ군 및 자치구나 그 장이 위임받아 처리하는 시ㆍ도의 사무에 관하여는 시ㆍ도지사의 지도ㆍ감독을 받는다.
제156조의2(중앙행정기관과 지방자치단체 간 협의조정) ① 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장이 사무를 처리함에 있어서 의견을 달리하는 경우 이를 협의·조정하기 위하여 국무총리소속하에 협의조정기구를 둘 수 있다.
② 제1항의 규정에 의한 협의조정기구의 구성 및 운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제157조(위법·부당한 명령·처분의 시정) ① 지방자치단체의 사무에 관한 그 장의 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 현저히 부당하여 공익을 해한다고 인정될 때에는 시·도에 대하여는 주무부장관이, 시ㆍ군 및 자치구에 대하여는 시ㆍ도지사가 기간을 정하여 서면으로 시정을 명하고 그 기간 내에 이행하지 아니할 때에는 이를 취소하거나 정지할 수 있다. 이 경우 자치사무에 관한 명령이나 처분에 있어서는 법령에 위반하는 것에 한한다.
② 지방자치단체의 장은 제1항의 규정에 의한 자치사무에 관한 명령이나 처분의 취소 또는 정지에 대하여 이의가 있는 때에는 그 취소 또는 정지처분을 통보받은 날로부터 15일 이내에 대법원에 소를 제기할 수 있다.
제158조(지방자치단체의 자치사무에 대한 감사) 행정자치부장관 또는 시·도지사는 지방자치단체의 자치사무에 관하여 보고를 받거나 서류·장부 또는 회계를 감사할 수 있다. 이 경우 감사는 법령위반사항에 한하여 실시한다.   
제161조(특례의 인정) ① 서울특별시의 지위·조직 및 운영에 있어서는 수도로서의 특수성을 고려하여 법률이 정하는 바에 의하여 특례를 둘 수 있다. 
구 지방자치법시행령(2006. 6. 29. 대통령령 제19566호로 개정되고, 2006. 10. 17. 대통령령 제19702호로 개정되기 전의 것) 제55조의3(지방자치단체의 사무에 대한 감사절차 등) 주무부장관ㆍ행정자치부장관 또는 시ㆍ도지사가 법 제156조 및 제158조의 규정에 의하여 지방자치단체의 사무에 대하여 감사를 하는 경우에는 행정감사규정이 정하는 바에 의하여야 한다.
서울특별시 행정특례에 관한 법률(1995. 12. 6. 법률 제5000호로 개정되고, 2007. 5. 11. 법률 제8423호로 개정되기 전의 것) 제4조(일반행정운영상의 특례) ② 내무부장관이 지방자치법 제158조의 규정에 의하여 서울특별시의 자치사무에 관한 감사를 하고자 할 때에는 국무총리의 조정을 거쳐야 한다. 
행정감사규정(1998. 9. 12. 대통령령 제15879호로 개정되고, 2008. 2. 29. 대통령령 제20741호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
3.“부분감사”라 함은 특정 행정운영 사항에 대하여 실시하는 감사를 말한다.
제6조(부분감사) ① 부분감사는 각 행정기관이 당해 기관에 대하여 실시하는 감사와 그 하급기관에 대하여 실시하는 감사로 구분한다.
② 부분감사는 감사실시기관의 장이 필요하다고 인정하는 경우에 이를 실시한다.
제15조의2(지방자치단체에 대한 합동감사) ① 행정자치부장관은 중앙행정기관이 지방자치단체에 대하여 실시하는 감사의 효율성을 높이고 지방자치단체의 수감부담을 경감하기 위하여 지방자치단체에 대한 연간합동감사계획을 수립하여 각 중앙행정기관의 장에게 통보하여야 한다. 
② 각 중앙행정기관의 장은 제1항의 규정에 의한 연간합동감사계획에 따라 지방자치단체에 대한 감사계획을 작성하여 행정자치부장관에게 제출하여야 한다. 
③ 행정자치부장관은 제1항의 규정에 의한 연간합동감사계획과 제2항의 규정에 의한 감사계획에 의하여 합동감사반을 편성, 운영한다. 
④ 행정자치부장관은 지방자치단체에 대한 합동감사의 효율적 운영과 감사결과에 대한 조치의 형평성 확보 등을 위하여 필요한 경우에는 합동감사 참여기관의 감사관계관으로 감사협의회를 구성·운영할 수 있다. 
제19조(자료제출 요청 등) ① 감사요원은 피감사기관에 대하여 감사상 필요한 경우에는 다음의 사항을 요청할 수 있다. 
1.관계서류·장부 및 물품 등의 제출
2.진술서·경위서 또는 확인서의 제출
3. 관계공무원의 출석·진술
4.금고·창고·장부 및 물품 등의 봉인 또는 보관
5.기타 감사를 효율적으로 실시하기 위하여 필요하다고 인정되는 조치
② 감사실시기관은 감사에 필요한 경우에는 피감사기관 외의 관계기관에 대하여 필요한 자료의 제출 또는 관계공무원의 출석·진술을 요청할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 요청을 받은 기관이나 공무원은 정당한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다.
2. 청구인의 주장 및 피청구인의 답변
가. 청구인의 주장요지
(1) 청구인은 헌법 및 지방자치법상의 지방자치단체로서 헌법 제117조, 제118조 등의 규정에 의하여 청구인의 존립목적이 되는 고유사무를 중앙행정기관의 관여없이 청구인의 의사와 책임하에 처리할 수 있는 자치행정권, 중앙행정기관과 독립하여 법령의 범위 내에서 자치활동에 필요한 재산을 관리·형성하고 유지할 수 있는 권한 및 이와 관련한 조세고권을 행사할 수 있는 자치재정권을 가지고 있다. 
(2) 구 지방자치법 제158조(이하 ‘이 사건 관련규정’이라 한다)는 본문 전단에서 “행정자치부장관이 지방자치단체의 자치사무에 관하여 보고를 받을 수 있다.”고 하면서도 단서에서 “감사는 법령위반사실에 한하여 실시한다.”고 규정하고 있으므로, 행정자치부는 자치사무에 관하여는 특정 자치사무에 관하여 보고를 받아 검토한 결과 법령위반사항이 발견된 경우에만 감사를 실시할 수 있다. 
(3) 개정 전 지방자치법이 행정자치부의 지방자치단체에 대한 감사의 범위와 관련하여 아무런 제한규정을 두지 않아 행정자치부가 자치사무 전반에 대하여 정기적으로 종합감사를 실시함으로써 지방자치제도의 발전을 저해하고 지방자치단체의 자치권과 자체감사기능이 훼손된다는 비판에 따라, 지방자치법 개정이 추진되던 과정에서 자치사무에 대한 감사권을 폐지하되 자치사무에 관하여 보고를 받거나 서류의 제출을 요구할 수 있도록 하는 내용의 입법안이 제출되었고, 위 입법안에 대한 심의과정에서 이를 일부 수용하여 1994. 3. 16. 법률 제4741호로 지방자치법 개정 시 이 사건 관련규정 단서를 신설한 것이다. 이러한 입법경위 및 입법취지에 비추어 보면, 이 사건 관련규정은 자치사무에 관하여 정부의 포괄적·일반적인 사전감사권을 부여한 것이 아니고 지방자치단체로부터 특정 자치사무에 관하여 보고를 받아 검토한 결과 법령위반이 발견된 경우 이에 대하여 사후적으로 감사를 실시할 수 있도록 한 규정이다.
(4) 구 지방자치법 제161조, ‘서울특별시 행정특례에 관한 법률’ 제4조 제2항 등에서 서울특별시에 대하여 수도로서의 특별한 지위와 감사에 있어서 다른 지방자치단체에 비하여 엄격한 절차에 의하도록 하고 있음에 비추어 보면, 이 사건 관련규정상 감사권 발동원인인 ‘법령위반사항’은 엄격하게 해석하여야 한다. 
(5) 결국, 청구인의 자치사무와 관련하여 법령위반사실이 밝혀지지 아니하였고 법령위반 가능성에 대한 어떤 합리적인 의혹조차도 없는 상황에서, 이 사건 관련규정이 청구인의 자치사무에 대한 피청구인의 감사권능을 부여한 것이라는 해석을 전제로 하여 행하여진 이 사건 합동감사는 청구인에게 부여된 자치행정권, 자치재정권을 침해하는 위헌·위법의 행위로서 무효이다. 
나. 피청구인의 답변 요지 
(1) 청구인은 2006. 2. 9.경 피청구인으로부터 이 사건 합동감사가 2006. 9. 14.부터 2006. 9. 29.까지 실시된다는 통보를 받았는바, 법령위반사항이 구체적으로 드러나지 않은 상황에서 자치사무에 대한 감사는 자치권을 침해한다는 청구인의 입장에 따른다면, 이때 이미 이 사건 합동감사로 인하여 청구인의 자치권침해의 현저한 위험이 발생하였다고 할 것이므로, 이 사건 심판청구는 그로부터 청구기간인 180일이 경과한 후에 제기되어 부적법하다. 
(2) 이 사건 합동감사 시 청구인이 자치사무에 관한 서류 등의 제출을 조직적으로 거부하고 감사를 지능적으로 방해하여 감사가 제대로 진행되지 못한 채 감사기간이 도과하여 청구인의 권한이 침해되거나 침해가 발생할 현저한 위험이 발생하지 않았으므로, 이 사건 심판청구는 부적법하다. 
(3) 헌법 제8장의 지방자치제도는 제도보장을 의미하는 것으로서 지방자치단체의 자치권의 범위나 내용은 지방자치제도의 본질을 침해하지 않는 범위 내에서 입법권자가 광범위한 입법형성권을 가진다. 또한, 지방자치단체의 권한도 국가의 통치권에서 유래하는 것이고 자치행정도 국가행정의 일부인 이상 자치권한이 국가의 통일적인 관점에서 일정한 감독과 통제를 받는 것은 불가피하다. 따라서 자치행정의 적법성을 확보하기 위하여 이 사건 관련규정에 근거하여 자치사무에 대하여 전반적인 감사를 실시한다고 하더라도, 그로 인해 청구인의 자치행정권과 자치재정권의 본질적인 부분이 말살되거나 제한되는 것은 아니므로, 이 사건 합동감사가 헌법 및 지방자치법이 부여한 지방자치권을 침해한다고 할 수 없다. 
(4) 이 사건 관련규정은 보고를 감사의 선행절차로 규정하고 있지 않으므로 보고를 받은 후 위법성에 대한 의혹이 있는 경우에 한하여 감사할 수 있다고 해석할 수는 없고, 감사란 특정 행정행위 등에 대하여 그 위법성을 확인하는 일련의 과정을 뜻하는 것으로서 그 확인을 위한 개별절차가 곧 감사의 범주에 들어가는 것이므로, 법령위반사실이 드러난 경우에 한하여 감사를 해야 한다는 것은 감사원인이 소멸한 뒤에 비리사실을 재확인하는 것에 불과하고 본래 의미의 감사에 해당하지 않는다.
(5) 이 사건 관련규정 단서의 입법취지는, 같은 조 본문이 지방자치단체의 자치사무에 관하여도 행정자치부장관과 상급 자치단체의 지도ㆍ감독권이 미친다는 것을 명문으로 규정하면서도 감사권을 행사함에 있어서는 합목적성 판단에 대한 감사기관의 영향력을 배제하고 합법성 감사만을 실시함으로써 자치사무의 자율성과 자기책임적 업무수행능력을 제고하고 법령위반사항에 대하여만 징계요구, 시정명령 등의 조치를 취할 수 있도록 한 것이다. 
(6) ‘서울특별시 행정특례에 관한 법률’ 역시 지방자치법에서 출발하고 있고 자치사무에 대한 감사 시 위 법에서 규정한 국무총리의 조정을 거쳐야 하는 이상, 청구인에 대하여 감사에 있어서 특별지위를 인정하거나 타 지방자치단체와 달리 취급하여야 하는 것은 아니다. 
3. 적법요건에 대한 판단
가. 피청구인은, 청구인이 2006. 2. 9.경 피청구인으로부터 이 사건 합동감사가 실시된다는 통보를 받은 때로부터 청구기간인 180일이 경과한 후에 이 사건 심판청구를 제기하였고 청구인이 서류·장부 또는 회계자료의 제출 자체를 조직적으로 거부하고 감사를 지능적으로 방해하여 감사가 제대로 진행되지 못한 채 감사기간이 도과하였으므로 청구인의 권한이 침해되거나 침해가 발생할 현저한 위험이 발생하지 않았다고 할 것이어서 결국 이 사건 심판청구는 부적법하다고 주장하므로 살피건대, 청구인은 실제 감사기간 중인 2006. 9. 19. 이 사건 심판청구를 제기하였고, 권한쟁의심판청구의 적법요건 단계에서 요구되는 권한침해의 요건은 청구인의 권한이 구체적으로 관련되어 이에 대한 침해가능성이 존재할 경우 충족되는 것으로 볼 수 있는바, 이 사건 합동감사로 인하여 청구인의 자치행정권과 자치재정권 등 지방자치권이 침해될 가능성이 전혀 없다고 보기는 어려우므로, 피청구인의 위 주장은 모두 이유 없다.
나. 이 사건 합동감사는 2006. 9. 29. 이미 끝났으므로 권한침해상태가 종료되었다고 볼 수 있어 심판계속중의 사정변경으로 권한침해상태가 이미 종료한 지금에 이르러서는 이 사건 심판청구가 인용된다 하더라도 청구인의 주관적 권리구제에는 도움이 되지 아니하여 원칙적으로 심판의 이익이 없다고 할 것이나, 헌법소원심판과 마찬가지로 권한쟁의심판도 주관적 권리구제뿐만 아니라 객관적인 헌법질서 보장의 기능도 겸하고 있으므로, 청구인에 대한 권한침해상태가 이미 종료하여 이를 취소할 여지가 없어졌다 하더라도 같은 유형의 침해행위가 앞으로도 반복될 위험이 있고 중앙행정기관의 장의 자치단체에 대한 자치사무 감사권의 존부, 감사범위, 감사의 방법 등에 관하여는 헌법적 해명이 긴요하다고 할 것이므로 예외적으로 심판청구의 이익을 인정할 수 있다고 할 것이다(헌재 2003. 10. 30. 2002헌라1, 판례집 15-2하, 17, 29 참조). 
4. 본안에 대한 판단
가. 피청구인 등 중앙행정기관의 장이 청구인 등 지방자치단체의 자치사무에 관하여는 합법성 감사만 할 수 있고 합목적성 감사는 할 수 없다는 점에 대하여는 청구인과 피청구인 사이에 다툼이 없다. 그런데 청구인의 자치사무에 관하여 법령위반사항이 드러나지 않은 상황에서 피청구인이 청구인의 자치사무 등에 대하여 실시하는 포괄적·일반적인 이 사건 합동감사가 “감사는 법령위반사항에 한하여 실시한다.”는 이 사건 관련규정 단서의 해석상 허용되는 것인지 여부가 문제된다.
나. 지방자치제에 관한 헌법과 지방자치법의 개정 취지
(1) 1987년 10월 개정된 현행 헌법 이전의 헌법에서도 지방자치의 장을 독립된 장으로 규정해 지방자치를 보장하고 있었다. 그러나 구 헌법은 부칙 제10조에서 “이 헌법에 의한 지방의회는 순차적으로 구성하되, 그 구성시기는 법률로 정한다.”라고 하여 지방자치제 실현을 헌법 스스로 법률에다 유보해 놓고 있었기 때문에 지방자치에 관한 헌법의 규정은 사실상 유명무실하였다. 그런데 1987. 10. 29. 현행 헌법으로의 헌법개정이 이루어졌고 그 개정을 통해 지방자치제 실시를 유보하던 위 부칙 제10조가 삭제됨으로써 지방자치에 관한 헌법 규정도 그 실효성을 회복하게 되었다.
(2) 이와 같은 헌법개정으로 인한 지방자치제의 전면 실시에 따라 이를 뒷받침할 입법조치가 뒤를 이었다. 원래 지방자치법은 “내무부장관 또는 도지사는 감독상 필요할 때에는 관할 자치단체의 사무에 관하여 보고를 받거나 서류, 장부 또는 출납을 검사할 수 있다. 지방자치단체의 장은 그 자치단체의 구역 내의 공공적 단체를 감독할 수 있다. 지방자치단체의 장은 공공적 단체의 감독상 필요할 때에는 그 사무에 관하여 보고를 받거나 서류, 장부 또는 출납을 검사할 수 있다.”라고 지방자치단체의 사무 전체에 대하여 포괄적 감사규정을 두었으나, 이 규정은 1988. 4. 6. 법률 제4004호 전부 개정을 통하여 “내무부장관 또는 시ㆍ도지사는 지방자치단체의 자치사무에 관하여 보고를 받거나 서류ㆍ장부 또는 회계를 감사할 수 있다.”(제158조)로 개정되었다. 그 후 1988. 12. 15.자부터 1993. 2. 19.자까지 5회에 걸쳐 위 ‘내무부장관 또는 시ㆍ도지사의 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사규정’을 삭제하는 내용의 지방자치법 개정법률안이 제출된 바 있는데, 지방자치법은 1994. 3. 16. 법률 제4741호로 일부 개정되면서 제158조를 “내무부장관 또는 시ㆍ도지사는 지방자치단체의 자치사무에 관하여 보고를 받거나 서류·장부 또는 회계를 감사할 수 있다. 이 경우 감사는 법령위반사항에 한하여 실시한다.”라고 규정하여 자치사무에 관한 감사규정은 존치하되 ‘위법성 감사’라는 단서를 추가하여 자치사무에 대한 감사를 축소시켰고, 그 후 ‘내무부장관’이 ‘행정자치부장관’으로 바뀐 다음 2007. 5. 11. 법률 제8423호로 지방자치법이 전부 개정되면서 같은 내용의 조항이 제158조에서 제171조로 이동되었다.
(3) 위와 같은 헌법 및 지방자치법 개정취지를 고려하면, 이 사건 관련규정은 지방자치제의 실현을 위하여 지방자치단체의 자율권을 확대하고 중앙행정기관의 지방자치단체의 자치사무에 관한 감사를 제한하는 방향으로 해석하여야 할 것이다.
다. 지방자치단체의 자치사무에 관한 감사권
(1) 헌법상 보장된 청구인의 지방자치권
헌법은 제117조와 제118조에서 ‘지방자치단체의 자치’를 제도적으로 보장하고 있는바, 그 보장의 본질적 내용은 자치단체의 보장, 자치기능의 보장 및 자치사무의 보장이다(헌재 1994. 12. 29. 94헌마201, 판례집 6-2, 510, 522). 이와 같이 헌법상 제도적으로 보장된 자치권 가운데에는 자치사무의 수행에 있어 다른 행정주체(특히 중앙행정기관)로부터 합목적성에 관하여 명령·지시를 받지 않는 권한도 포함된다고 볼 수 있다.
다만, 이러한 헌법상의 자치권의 범위는 법령에 의하여 형성되고 제한된다. 헌법도 제117조 제1항 후단에서 ‘법령의 범위 안에서 자치에 관한 규정을 제정할 수 있다’고 하였고, 제118조 제2항에서는 ‘지방자치단체의 조직과 운영에 관한 사항은 법률로 정한다’고 규정하고 있다. 그러나 지방자치단체의 자치권은 헌법상 보장을 받고 있으므로 비록 법령에 의하여 이를 제한하는 것이 가능하다고 하더라도 그 제한이 불합리하여 자치권의 본질을 훼손하는 정도에 이른다면 이는 헌법에 위반된다고 보아야 할 것이다(헌재 2002. 10. 31. 2002헌라2, 판례집 14-2, 378, 387). 
한편, 지방자치단체의 사무에는 자치사무와 위임사무가 있다. 위임사무는 지방자치단체가 위임받아 처리하는 국가사무(구 지방자치법 제156조)임에 반하여, 자치사무는 지방자치단체가 주민의 복리를 위하여 처리하는 사무이며(헌법 제117조 제1항 전단 참조) 법령의 범위 안에서 그 처리 여부와 방법을 자기책임 아래 결정할 수 있는 사무로서 지방자치권의 최소한의 본질적 사항이므로 지방자치단체의 자치권을 보장한다고 한다면 최소한 이 같은 자치사무의 자율성만은 침해해서는 안 된다. 
(2) 중앙행정기관과 지방자치단체 간의 새로운 관계설정을 위해, 자치사무에 관해서는 구 지방자치법 제155조에서 “① 중앙행정기관의 장이나 시ㆍ도지사는 지방자치단체의 사무에 관하여 조언 또는 권고하거나 지도할 수 있으며, 이를 위하여 필요하면 지방자치단체에 자료의 제출을 요구할 수 있다. ② 국가나 시ㆍ도는 지방자치단체가 그 지방자치단체의 사무를 처리하는 데에 필요하다고 인정하면 재정지원이나 기술지원을 할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 반면 위임받은 국가사무에 관해서는 제156조에서 “① 지방자치단체나 그 장이 위임받아 처리하는 국가사무에 관하여 시ㆍ도에서는 주무부장관의, 시ㆍ군 및 자치구에서는 1차로 시ㆍ도지사의, 2차로 주무부장관의 지도ㆍ감독을 받는다. ② 시ㆍ군 및 자치구나 그 장이 위임받아 처리하는 시ㆍ도의 사무에 관하여는 시ㆍ도지사의 지도ㆍ감독을 받는다.”라고 규정하여, 자치사무에 대해서는 양자를 조언ㆍ지원의 관계로 정하고 국가사무에 관해서는 지도ㆍ감독의 관계로 규정함으로써 자치사무에 대한 중앙행정기관의 감독권을 삭제하기에 이르렀다. 
(3) 또한, 구 지방자치법 제156조의2는 “① 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장이 사무를 처리할 때 의견을 달리하는 경우 이를 협의ㆍ조정하기 위하여 국무총리 소속으로 협의조정기구를 둘 수 있다. ② 제1항에 따른 협의조정기구의 구성과 운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하여 자치사무에 관한 한 중앙행정기관과 지방자치단체의 관계를 상명하복의 관계가 아니라 병립적 협력관계로 설정하고 있고, 제157조 제1항은 “지방자치단체의 사무에 관한 그 장의 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 현저히 부당하여 공익을 해친다고 인정되면 시ㆍ도에 대하여는 주무부장관이, 시ㆍ군 및 자치구에 대하여는 시ㆍ도지사가 기간을 정하여 서면으로 시정할 것을 명하고, 그 기간에 이행하지 아니하면 이를 취소하거나 정지할 수 있다. 이 경우 자치사무에 관한 명령이나 처분에 대하여는 법령을 위반하는 것에 한한다.”라고 규정하여 자치사무에 관한 명령이나 처분에 대해서는 적법성 감독의 범위를 벗어날 수 없게끔 명시하고 있으며, 제2항에서 자치사무에 대한 적법성 감독의 수단으로서 시정명령권과 취소·정지권을 발동하는 경우 “지방자치단체의 장은 제1항에 따른 자치사무에 관한 명령이나 처분의 취소 또는 정지에 대하여 이의가 있으면 그 취소처분 또는 정지처분을 통보받은 날부터 15일 이내에 대법원에 소를 제기할 수 있다.”라고 규정하고 있다.
결국, 이들 규정은 중앙행정기관의 감독권 발동이 지방자치단체의 구체적 법위반을 전제로 하여 작동되도록 되어 있다는 점과 중앙행정기관과 지방자치단체 간의 분쟁관계를 대등한 권리주체로서의 “외부 법관계”로 보아 규정하고 있으므로, 중앙행정기관의 지방자치단체의 자치사무에 대한 합목적성 감사가 사전 포괄적으로 허용될 수 없음을 “사후적으로” 정해두고 있는 규정이라 할 것이다.
(4) 감사원법은 현행헌법 개정 전후에 걸쳐 지방자치단체에 대한 감사범위에 관하여 별다른 개정 없이 제24조 제1항 제2호에 ‘지방자치단체의 사무와 그에 소속한 지방공무원의 직무’에 대한 감찰권을 그대로 두었는데, 감사원법에는 감사범위를 제한하는 이 사건 관련규정 단서와 같은 규정이 없고 헌법기관이라는 감사원의 성격상 감사원의 지방자치단체에 대한 감사는 합법성 감사에 한정되지 않고 자치사무에 대하여도 합목적성 감사가 가능하여(헌재 2008. 5. 29. 2005헌라3, 판례집 20-1하, 41 참조), 국가감독권 행사로서 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사원의 사전적·포괄적 감사가 인정되는 터에 여기에다 중앙행정기관에도 사전적·포괄적 감사를 인정하게 되면 지방자치단체는 그 자치사무에 대해서도 국가의 불필요한 중복감사를 면할 수 없게 된다. 
(5) 위 나.에서 본 헌법 및 지방자치법의 개정취지, 이 사건 관련규정 단서의 신설경위, 자치사무에 관한 한 중앙행정기관과 지방자치단체의 관계가 상하의 감독관계에서 상호보완적 지도ㆍ지원의 관계로 변화된 법의 취지, 중앙행정기관의 감독권 발동은 지방자치단체의 구체적 법위반을 전제로 하여 작동되도록 제한되어 있는 점, 그리고 국가감독권 행사로서 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사원의 사전적·포괄적 합목적성 감사가 인정되므로 국가의 중복감사의 필요성이 없는 점 등을 종합하여 보면, 지방자치제의 시행이 20년이 지난 지금에 와서도 중앙행정기관이 종래처럼 지방자치단체의 자치사무까지 포괄하여 감독하겠다는 종전 태도는 지양되어야 하고, 지방자치단체가 스스로의 책임하에 수행하는 자치사무에 대해서까지 국가감독이 중복되어 광범위하게 이루어지는 것은 지방자치의 본질을 훼손할 가능성마저 있으므로 지방자치권의 본질적 내용을 침해할 수 없다는 견지에서 중앙행정기관의 지방자치단체의 자치사무에 대한 이 사건 관련규정의 감사권은 사전적·일반적인 포괄감사권이 아니라 그 대상과 범위가 한정적인 제한된 감사권이라 해석함이 마땅하다.
라. 이 사건 합동감사가 지방자치권을 침해하는지 여부
(1) 앞서 본 바와 같이 이 사건 관련규정은 문언대로 중앙행정기관의 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사범위를 법령위반사항으로 한정하고 있다고 엄격히 해석하여야 하는데, 이 사건 관련규정상의 감사개시에 어떠한 요건이 필요한 것인지에 대해서는 헌법이나 지방자치법 등 어디에도 명시적인 규정이 없다.
그러나 지방자치단체에 대하여 중앙행정기관은 합목적성 감독보다는 합법성 감독을 지향하여야 하고 중앙행정기관의 무분별한 감사권의 행사는 헌법상 보장된 지방자치단체의 자율권을 저해할 가능성이 크므로, 이 사건 관련규정상의 감사에 착수하기 위해서는 자치사무에 관하여 특정한 법령위반행위가 확인되었거나 위법행위가 있었으리라는 합리적 의심이 가능한 경우이어야 하고, 또한, 그 감사대상을 특정해야 한다고 봄이 상당하다. 따라서 전반기 또는 후반기 감사와 같은 포괄적·사전적 일반감사나 위법사항을 특정하지 않고 개시하는 감사 또는 법령위반사항을 적발하기 위한 감사는 모두 허용될 수 없다. 왜냐하면 법령위반 여부를 알아보기 위하여 감사하였다가 위법사항을 발견하지 못하였다면 법령위반사항이 아닌데도 감사한 것이 되어 이 사건 관련규정 단서에 반하게 되며, 이것은 결국 지방자치단체의 자치사무에 대한 합목적성 감사는 안 된다고 하면서 실제로는 합목적성 감사를 하는 셈이 되기 때문이다.
(2) 이 사건 합동감사의 경우를 살펴보면, 피청구인이 감사실시를 통보한 [별지] 목록 기재 사무는 청구인의 거의 모든 자치사무를 감사대상으로 하고 있어 사실상 피감사대상이 특정되지 아니하였다고 보여질 뿐만 아니라 피청구인은 이 사건 합동감사 실시계획을 통보하면서 구체적으로 어떠한 자치사무가 어떤 법령에 위반되는지 여부를 전혀 밝히지 아니하였는바, 그렇다면 이 사건 합동감사는 위에서 본 이 사건 관련규정상의 감사의 개시요건을 전혀 충족하지 못하였다 할 것이다.
5. 결  론 
따라서 피청구인이 2006. 9. 14.부터 2006. 9. 29.까지 청구인의 [별지] 목록 기재의 자치사무에 대하여 실시한 정부합동감사는 헌법 및 지방자치법에 의하여 부여된 청구인의 지방자치권을 침해하였다고 할 것이므로 청구인의 이 사건 심판청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 재판관 이동흡, 재판관 목영준의 다음 6.과 같은 반대의견이 있는 이외에 나머지 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.
6. 재판관 이동흡, 재판관 목영준의 반대의견
우리는, 이 사건 합동감사가 헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 청구인의 지방자치권을 침해하였다고 보지 않으므로, 다음과 같이 반대의견을 밝힌다.
가. 이 사건 권한쟁의심판의 대상
권한쟁의심판은 피청구인의 처분 또는 부작위가 헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 청구인의 권한을 침해하였거나 침해할 현저한 위험이 있는 때에 한하여 이를 청구할 수 있다(헌재법 제61조 제2항). 따라서 이 사건의 쟁점은, 위 합동감사가 헌법 또는 법률이 부여한 서울특별시의 자치행정권이나 자치재정권을 침해하였는지 여부, 즉 이 사건 합동감사가 그 근거규정인 구 지방자치법 제158조(이하 ‘이 사건 근거규정’이라고 한다)에 따른 적법한 것이었는지 여부를 판단하는 것일 뿐, 위 근거규정의 당부나 위헌 여부를 논하는 것이 아니다.
나. 자치사무에 대한 국가의 감독
지방자치의 본질상 자치행정에 대한 국가의 관여는 가능한 한 배제하는 것이 바람직하지만, 지방자치도 국가적 법질서의 테두리 안에서만 인정되는 것이고, 지방행정도 중앙행정과 마찬가지로 국가행정의 일부이므로, 지방자치단체가 어느 정도 국가적 감독ㆍ통제를 받는 것은 불가피하다(헌재 2008. 5. 29. 2005헌라3, 판례집 20-1하, 41, 48). 
지방자치단체의 자치권의 범위는 법률에 의하여 형성되므로, 국가의 지방자치단체에 대한 감독범위 역시 법률이 정하는 바에 따라 결정되는바, 우리 지방자치법은 위임사무에 대한 감독은 합목적성 감독까지 행할 수 있는 반면(구 지방자치법 제156조), 자치사무에 대한 감독은 합법성 감독에 그쳐야 한다고 규정하고 있다(제157조 제1항 후문). 
다. 이 사건 근거규정의 입법경위와 의미
지방자치단체의 자치사무에 대한 감사를 규정한 구 지방자치법(1988. 4. 6. 법률 제4004호로 개정되고, 1994. 3. 16. 법률 제4741호로 개정되기 전의 것) 제158조는 단순히 “행정안전부장관(입법 당시 내무부장관, 편의상 이하 ‘행정안전부장관’이라 한다) 또는 시ㆍ도지사는 지방자치단체의 자치사무에 관하여 보고를 받거나 서류ㆍ장부 또는 회계를 감사할 수 있다”로 규정되어 있었다.
이에 대하여 당시 야당은 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사권을 폐지하고자 1993. 2. 19. 개정안을 제안하였는데, 그 내용은 ‘행정안전부장관 또는 시ㆍ도지사의 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사권을 폐지하되, 자치사무에 관하여 보고를 받거나 서류의 제출을 요구할 수 있도록 함’으로 규정되어 있었다(이 사건 기록에 편철된 지방자치법중개정법률안 심사보고서). 그러나 감사권을 그대로 유지하려는 정부와의 타협 끝에, 결과적으로는 이 사건 근거규정인 구 지방자치법(1994. 3. 16. 법률 제4741호로 개정되고, 2007. 5. 11. 법률 제8423호로 개정되기 전의 것) 제158조와 같이, 본문은 자구 수정 없이 그대로 존치하되 ‘이 경우 감사는 법령위반사항에 한하여 실시한다.’는 단서가 신설되었다.
결국, 위와 같은 입법경위와 ‘지방자치단체의 자치사무에 대한 감사’라는 표목하에 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 근거규정은, ‘행정안전부장관 또는 시ㆍ도지사는 자치사무에 관한 법령위반 여부를 판단하기 위한 절차로서 이 사건 근거규정에 의하여 제한없이 피감사대상으로부터 보고를 받거나 자료의 제출을 요구할 수 있되, 감사의 진행 단계에서 법령위반의 가능성이 없으면 감사를 중단하고, 감사에 따른 조치는 위법사항에 한한다’라고 해석하는 것이 타당하다고 할 것이다.
라. 이 사건 근거규정이 감사개시요건을 규정하였는지 여부
다수의견은, 이 사건 근거규정상, 감사에 착수하기 위하여는 자치사무에 관하여 특정한 법령위반행위가 확인되었거나 위법행위가 있었으리라는 합리적 의심이 가능한 경우이어야 한다고 해석한다.
그러나 이 사건 근거규정의 문언상 위법행위의 존재나 그 의심을 전제로 하여야만 자료제출 요구 및 그에 대한 검토를 할 수 있다고 해석할 여지가 없다. 또한, 위 입법경위에서 살펴본 바와 같이, 입법자는 감사권의 폐지 대신, 개정 전부터 존재하던 사후적 감독 수단인 위 제157조 제1항 후문(자치사무에 대한 명령ㆍ이,의 시정은 법령위반사항에 한정)의 내용에 맞추어, 사전적 감독 수단인 이 사건 근거규정에 의한 감사도 합목적성을 배제한 합법성에 대한 감사로 제한하기 위하여 그 단서를 신설한 것이므로, 이 사건 근거규정이 감사개시요건을 규정한 것이라고는 도저히 볼 수 없다.
더구나 구 지방자치법 제155조 제1항이 ‘중앙행정기관의 장 또는 시ㆍ도지사는 지방자치단체의 자치사무에 관하여 조언 또는 권고하거나 지도할 수 있으며, 이를 위하여 필요한 때에는 지방자치단체에 대하여 자료의 제출을 요구할 수 있다.’라고 규정하여, 자치사무에 대한 조언ㆍ권고ㆍ지도 등을 위하여도 자료의 제출 요구가 가능하도록 규정하고 있는바, 하물며 자치사무에 대한 감사를 규정한 이 사건 근거규정을 위법행위의 존재나 그에 대한 의심이 없으면 자료의 제출요구조차 할 수 없다고 해석하는 것은 법률규정의 체계적 해석의 면에서도 받아들이기 어렵다(청구인도 당시 감사개시요건에 대하여는 다툰 바 없다. 즉, 합동감사는 이 사건 근거규정 및 행정감사규정 등에 기하여 실시해 오던 것인데, 이 사건 기록에 의하면 그동안 청구인에 대하여는 1992. 6. 12.∼1992. 6. 20., 1997. 5. 26.∼1997. 6. 5., 1999. 8. 30.∼1999. 9. 10. 3회에 걸쳐 시행된 바 있고, 피청구인의 2006. 2. 28.자 합동감사 계획 통보에 대한 청구인의 연기요청사유는 외부감사 집중에 의한 업무가중과 조직개편 작업 등의 현안업무 처리였으며, 청구인도 민원질의 회신에서 관할 자치구의 자치사무에 있어서 이 사건 근거규정상 법령위반 여부는 감사를 실시해야 명확히 규명할 수 있다는 입장을 표명하여 왔다.).
마. 중복감사 여부
이 사건 근거규정에 의한 감사는 대통령령인 행정감사규정(1998. 9. 12. 대통령령 제15789호로 개정되고, 2008. 2. 29. 대통령령 제20741호로 개정되기 전의 것)이 정하는 절차에 따르는바(구 지방자치법 제55조의3), 행정감사규정 제26조는 자체감사나 타 행정기관에 의한 감사가 이루어진 경우 특별한 사유가 없는 한 차기감사대상에서 제외하고 필요한 경우 이미 행한 감사결과보고서를 활용하여야 한다고 규정하고, 같은 규정 제26조의2는 각 중앙행정기관의 장은 당해 기관 및 그 소속기관의 업무에 대하여 감사원의 감사를 받은 경우에는 그 범위 안에서 당해 연도에 한하여 감사의 전부 또는 일부를 실시하지 아니하게 할 수 있도록 규정하며, 자치사무에 대한 감사권의 발동근거가 될 수 있는 구 지방자치법 제13조의4 제1항 제3호는 다른 기관에서 감사하였거나 감사 중인 사항에 대해서는 주민의 감사청구 대상에서 제외하며, 감사원법 제30조의2 제2항은 중앙행정기관의 장은 필요한 경우에 감사의 중복을 피하기 위하여 감사계획 등에 관하여 감사원과 협의하도록 규정하고 있어, 중복감사를 제한하기 위한 제도적 장치 또한, 마련되어 있을 뿐만 아니라, 실제로 이 사건에서는 피청구인이 위 원칙을 어기고 이 사건 합동감사를 개시하였다고 볼만한 사정도 없다.
바. 사전적 감사 허용 여부
다수의견은, 특정한 법령위반행위가 확인되었거나 위법행위가 있었으리라는 합리적 의심의 존부와는 상관없이 실시되는 감사를 사전적 감사라고 규정한 다음, 이 사건 근거규정, 구 지방자치법 제156조의2 및 제157조 등의 해석에 의하여 사전적 감사는 허용되지 않는다고 한다.
그러나 이 사건 근거규정이 위와 같은 감사개시요건을 규정하고 있지 않음은 앞에서 본 바와 같고, 구 지방자치법 제156조의2 및 제157조는 이 사건 근거규정과 규율하고자 하는 대상과 목적, 기능이 다른 사항에 관한 것이므로, 위 조항들로는 이 사건 근거규정의 감사가 사후적 감사여야 한다는 논거를 뒷받침하지 못한다.
오히려 이 사건 근거규정과 위 제157조의 관계는, 사전적 감독 수단으로서 감사를 정하고 이를 통하여 발견한 지방자치단체장의 위법한 명령ㆍ처분을 사후적 감독 수단인 위 제157조를 통하여 교정하는 것이라고 유기적으로 해석하는 것이 더욱 타당하다.
사. 포괄적 감사 여부 
다수의견은 [별지] 목록 기재에 비추어 볼 때 이 사건 합동감사가 사실상 피감사대상이 특정되지 않은 포괄적 감사로서 실질적으로 합목적성에 대한 감사라고 하나, 이 사건 합동감사 실시계획 통보서에 나타난 감사범위(지방세, 건설ㆍ도시계획, 환경, 보건복지, 식품의약, 재난관리, 지방지치제도운영), 그에 첨부된 정부합동감사관련 요구자료 목록과 [별지] 내용의 기재(감사분야, 자료요구내용, 대상, 처리부서, 근거법령)에 의하면, 이 사건 합동감사의 감사범위가 특정되지 아니하였다거나 실질적인 합목적성 감사에 해당한다고 단정할 수 없다.
아. 결  론
따라서 피청구인은 이 사건 근거규정에 따라 청구인의 자치사무에 대하여 보고를 받고 서류ㆍ장부 등 자료를 제출받아 법령위반사항이 있는지 감사할 수 있는 적법한 권한이 있다고 할 것이므로, 이 사건 합동감사는 관계 법령에 근거한 적법한 감사라고 할 것이다.
그렇다면, 이 사건 근거규정에 따라 감사를 받을 의무가 있는 청구인으로서는 이 사건 합동감사로 인하여 지방자치권이나 지방재정권 등 지방자치권을 침해받았거나 침해받을 현저한 위험이 있다고 볼 수 없으므로, 청구인의 이 사건 권한쟁의심판청구는 이유 없어 기각하여야 할 것이다.
[별지] 
자  치  사  무   목  록
연번감사대상처리부서근거법령1청계천 유지수 공급시설 현황치수과하천법 제7조, 제17조2오수, 우수 분류식 하수관거지역내 개인정화조 청소명령수질과오수ㆍ분류 및 축산폐수의 처리에 관한 법률3보도블럭교체 등 보도정비공사 현황도로관리과도로법 제22조4분수대설치현황(시간대별 분수펌프 가동일지)조경과5버스중앙차로 유색포장내역도심교통개선반도로교통법 제15조(전용차로의 설치)6토지거래토지관리과부동산등기특별조치법 제3조7농지이용실태조사 현황농산유통과농지법, 동법시행령 제72조8외국인 토지취득 신고 및 허가 현황토지관리과외국인토지법시행령 제4조9골프장사업계획승인 현황체육과(자치구)체육시설의 설치, 이용에 관한 법률 제12조 및 서울특별시사무위임조례 제5조10국ㆍ공유재산 매각 현황재무과공유재산 및 물품관리법 제28조 및 국유재산법제32조11체비지 매각 현황재무과공유재산 및 물품관리법 제28조12토지구획정리사업 청산금 부과 현황도시관리과도시개발법 제40조13미집행도시계획시설부지 현황시설계획과국토의 계획 및 이용에 관한 법률14신축건물현황건축과(시, 자치구)건축법 제8조, 제9조15신축 주거용 건축물 현황건축과(시, 자치구)건축법 제8조, 제9조16건축물 증, 개축, 대수선 허가현황건축과(시, 자치구)건축법 제8조, 제9조17가설(임시용) 건축물 사용신고 현황건축과(자치구)건축법 제15조18불법건축물 신축현황건축과(시, 자치구)건축법 제8조, 제9조19미준공 건축물 현황건축과(시, 자치구)건축법 제8조, 제9조