# 미국산 쇠고기 및 쇠고기제품 수입위생조건위헌확인

## 전문

사      건      2008헌마419·423·436 (병합) 미국산 쇠고기 및 쇠고기 제품 수입위생조건 위헌확인 
청  구  인      1. 2008헌마419
                  진보신당 외 5인(별지 3 기재와 같다) 
                  대리인 변호사 김정진
    2. 2008헌마423
                  김ㆍ석 외 5인(별지 3 기재와 같다)
      대리인 변호사 조성찬, 임신원
                         법무법인 춘추
                          담당변호사 조윤, 신태영, 변대중, 윤태삼
                3. 2008헌마436 
                  구ㆍ성 외 95,987인(별지 3 기재와 같다)
      대리인 법무법인 덕수 외 31인(별지 3 기재와 같다)
 피 청 구 인    농림수산식품부장관 
    대리인 법무법인 태평양
                         담당변호사 한위수, 강현, 김필용, 최근수, 송진욱

주           문
청구인 진보신당의 심판청구를 각하하고, 나머지 청구인들의 심판청구를 모두 기각한다.

이           유
1. 사건의 개요
가. 2006. 3. 6. 당시 농림부장관은 가축전염병예방법 제34조 제2항에 근거하여 미국산 쇠고기 수입의 위생조건에 관한 고시(‘미국산 쇠고기 수입위생조건’, 농림부고시 제2006-15호, 이하 ‘개정 전 고시’라 한다)를 제정·공포하였다. 
개정 전 고시는 수입이 가능한 미국산 쇠고기의 범위를 30개월령 미만 소에서 생산된 지육(carcass)으로부터 뼈를 제외한 골격근육(deboned skeletal muscle meat)으로 제한하고(제1조), 모든 연령의 소의 뇌(brain), 눈(eye), 척수(spinal cord), 머리뼈(skull), 척주(vertebral column), 편도(tonsil), 회장원위부(distal ileum) 및 이들로부터 생산된 단백질 제품을 특정위험물질(Specified Risk Materials, SRM)로 규정한 다음, 미국산 쇠고기의 한국 수출에 있어서는 특정위험물질을 제거하여 수출하도록 하고, 미국의 수출 작업장이 특정위험물질을 한국에 선적하였을 경우 한국이 수입중단 조치를 취할 수 있도록 한 것이다.
나. 2003년 12월 미국에서 소해면상뇌증(Bovine Spongiform  Encephalopathy, BSE, 속칭 광우병)이 발생하여 쇠고기 수입이 중단된 이후 2006년 10월 개정 전 고시에 따라 수입이 재개되었으나, 그 후 여러 차례에 걸쳐 개정 전 고시에 위반된 사례가 발견되자 정부는 2007년 10월 경 검역 및 수입을 전면 중단하는 조치를 단행하였다.
한편 미국은 2007년 5월 국제수역사무국(Office International des Epizooties, OIE)으로부터 ‘소해면상뇌증 위험통제(Controlled BSE Risk) 국가’의 지위를 획득하였고, 이에 따라 우리 정부와 미국 정부는 위 개정 전 고시를 개정하기 위한 협상을 2008. 4. 11.부터 같은 달 18.까지 진행하였으며, 2008. 4. 18. 타결된 위 협상의 골자는 1단계로 30개월령 미만 소의 뼈를 포함하여 쇠고기 수입을 허용하고, 2단계로 미국의 사료 금지조치가 강화될 때(연방관보 공포시) 30개월령 이상의 쇠고기도 수입을 허용하면서, 30개월령 미만 소의 부위 중 수입이 금지되는 특정위험물질의 범위를 축소하는 것이다.
다. 정부는 2008. 4. 22. 위 협상 결과에 따라 농림수산식품부 공고 제2008-45호로 미국산 쇠고기 수입위생조건 고시 개정안을 예고하였는데, 이에 2008헌마419 및 2008헌마423 사건의 청구인들은 2008. 5. 30.자로, 2008헌마436 사건의 청구인들은 2008. 6. 5.자로 위와 같이 예고된 고시 개정안이 청구인들의 기본권을 침해하여 헌법에 위반된다는 취지로 각 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
라. 그러자 정부는 미국산 쇠고기 수입에 대한 여론이 악화되자 미국과의 추가협상을 통하여 2008. 6. 2. 위 고시 개정안에 부칙 제7항 내지 제9항을 신설하고 2008. 6. 26. 농림수산식품부 고시 제2008-15호 ‘미국산 쇠고기 수입위생조건’(이하 ‘이 사건 고시’라 한다)을 관보에 게재하여 공포하였다.
마. 이에 2008헌마419 사건의 청구인들은 2008. 6. 27. 청구취지 변경서를, 2008헌마423 사건의 청구인들은 2008. 7. 7. 헌법소원심판 청구취지 변경신청서를, 2008헌마436 사건의 청구인들은 2008. 6. 26. 청구취지 변경신청서를 각 제출하여, 청구취지를 이 사건 고시의 위헌확인을 구하는 것으로 변경하였다.
2. 심판 대상 및 관련 규정
이 사건의 심판 대상은 이 사건 고시의 위헌 여부이고, 그 내용은 관련 규정과 함께 별지 1 기재와 같다.
3. 청구인들의 주장, 피청구인의 답변 및 관계기관의 의견
별지 2 기재와 같다.
4. 적법요건에 관한 판단
가. 기본권 침해 가능성
(1) 헌법 제10조는 "모든 국민은 인간으로서의 존엄과 가치를 가지며, 행복을 추구할 권리를 가진다. 국가는 개인이 가지는 불가침의 기본적 인권을 확인하고 이를 보장할 의무를 진다."고 규정하여, 모든 국민이 인간으로서의 존엄과 가치를 지닌 주체임을 천명하고, 국가권력이 국민의 기본권을 침해하는 것을 금지함은 물론 이에서 더 나아가 적극적으로 국민의 기본권을 보호하고 이를 실현할 의무가 있음을 선언하고 있다. 
또한 생명·신체의 안전에 관한 권리는 인간의 존엄과 가치의 근간을 이루는 기본권일 뿐만 아니라, 헌법은 "모든 국민은 보건에 관하여 국가의 보호를 받는다."고 규정하여 질병으로부터 생명·신체의 보호 등 보건에 관하여 특별히 국가의 보호의무를 강조하고 있으므로(제36조 제3항), 국민의 생명·신체의 안전이 질병 등으로부터 위협받거나 받게 될 우려가 있는 경우 국가로서는 그 위험의 원인 과 정도에 따라 사회·경제적인 여건 및 재정사정 등을 감안하여 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기에 필요한 적절하고 효율적인 입법·행정상의 조치를 취하여 그 침해의 위험을 방지하고 이를 유지할 포괄적인 의무를 진다 할 것이다.
(2) 그런데 역학적으로 확인된 바에 의하면, 영국에서 1985년경 최초로 발현된 가축전염병인 소해면상뇌증은 주로 변형 프리온 단백질로 오염된 육골분 형태의 포유동물 단백질을 매체로 전파·이환된다는 가설이 유력하고, 또 이러한 소해면상뇌증에 감염된 소에 축적된 변형 프리온 단백질을 섭취한 사람에게 전이되는 변형 크로이츠펠트야콥병(Variant Creutzfeld-Jacob Disease, vCJD, 속칭 인간광우병)은 특별한 예방이나 치료방법이 밝혀지지 않아 발병시 거의 100%에 가까운 치사율을 보이는 등 치명적인 질병으로 알려져 있으며, 이에 따라 변형 크로이츠펠트야콥병을 막기 위하여는 소해면상뇌증에 감염된 소에 축적된 변형 프리온 단백질의 섭취를 원천적으로 차단시키는 조치가 필요한 것으로 인식되어지고 있다. 
이와 관련하여 미국 내에서는 2003년 12월 이후 3건의 소해면상뇌증 발병사례가 확인되었고, 또 변형 크로이츠펠트야콥병의 경우 3명의 발병자가 보고된 바 있어 미국산 쇠고기 및 쇠고기 제품(이하 ‘미국산 쇠고기’라 한다)이 소해면상뇌증에 감염되어 있을 확률이 높다고 볼 수는 없으나, 그렇다고 하여 미국산 쇠고기의 수입에 있어 소해면상뇌증에 감염된 것이 유입되고, 그로 인하여 소해면상뇌증이 확산 되거나 변형 크로이츠펠트야콥병으로 전이될 위험성을 전적으로 배제할 수도 없는 것이다. 
더욱이 가격 경쟁력이 높은 미국산 쇠고기가 수입·유통되는 경우 많은 소비자가 이를 구매하여 섭취할 것으로 예상되고, 그렇지 않다 하더라도 가공식품 및 일반 식당 판매 등 여러 경로를 통하여 자신도 모르게 이를 섭취하게 될 가능성 또한 높다 할 것이다. 
이러한 사정을 감안할 때, 미국산 쇠고기가 수입되어 유통되는 경우 소해면상뇌증에 감염된 것이 유입되어 소비자인 국민의 생명·신체의 안전에 관한 기본권이 침해될 가능성이 있음을 부정할 수 없으므로, 국가로서는 미국산 쇠고기의 수입과 관련하여 소해면상뇌증의 원인물질인 변형 프리온 단백질이 축적된 것이 유입되는 것을 방지하기 위하여 필요한 적절하고도 효율적인 조치를 취함으로써 소비자인 국민의 생명·신체의 안전에 관한 기본권을 보호할 구체적인 헌법적 의무가 있다 할 것이다.  
(3) 이 사건 고시는 가축전염병예방법 제34조 제2항에 근거하여 농림수산식품부장관이 가축방역 및 공중위생상 필요하다고 인정하여 미국산 쇠고기의 수입위생조건을 정한 것으로서, 소해면상뇌증의 원인 물질이 축적된 쇠고기의 유입을 방지하기 위한 방책들을 포함하고 있는 등 미국산 쇠고기의 수입과 관련하여 소해면상뇌증 등 질병으로부터 소비자인 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기 위하여 취한 위험방지 조치 중의 하나이다.
그런데 이러한 고시가 미국산 쇠고기의 수입과 관련하여 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기 위하여 필요한 적절하고도 효율적인 조치를 취하지 못하였다면 이는 국가가 국민의 기본권을 보호할 의무를 위반하여 국민의 생명·신체의 안전에 관한 기본권을 침해할 가능성이 있는 경우에 해당한다 할 것이므로, 뒤에서 보는 바와 같이 법적 관련성이 인정되는 일부 청구인들이 그와 같은 취지에서 이 사건 고시에 대하여 위헌 확인을 구하며 청구한 이 사건 헌법소원심판은 기본권침해의 가능성에 대한 적법요건을 갖추었다 할 것이다.  
나. 법적 관련성 
(1) 진보신당의 경우
청구인 진보신당은 국민의 정치적 의사형성에 참여하기 위한 조직으로 성격상 권리능력 없는 단체에 속하지만, 구성원과는 독립하여 그 자체로서 기본권의 주체가 될 수 있고, 그 조직 자체의 기본권이 직접 침해당한 경우 자신의 이름으로 헌법소원심판을 청구할 수 있으나, 이 사건에서 침해된다고 하여 주장되는 기본권은 생명·신체의 안전에 관한 것으로서 성질상 자연인에게만 인정되는 것이므로, 이와 관련하여 청구인 진보신당과 같은 권리능력 없는 단체는 위와 같은 기본권의 행사에 있어 그 주체가 될 수 없고, 또한 청구인 진보신당이 그 정당원이나 일반 국민의 기본권이 침해됨을 이유로 이들을 위하거나 이들을 대신하여 헌법소원심판을 청구하는 것은 원칙적으로 허용되지 아니하므로, 이 사건에 있어 청구인 진보신당은 청구인능력이 인정되지 아니한다 할 것이다. 
(2) 나머지 청구인들의 경우 
(가) 이 사건 고시는 미국산 쇠고기를 수입하는 자에게 적용할 수입위생조건을 정한 것으로서, 쇠고기 소비자의 경우 그 직접적인 수범자는 아니라 할 것이나, 이 사건 고시가 소비자의 생명·신체의 안전을 보호하기 위한 조치의 일환으로 행하여진 것임은 앞서 본 바와 같으므로, 실질적인 규율 목적 및 대상이 쇠고기 소비자와 관련을 맺고 있다 할 것이다. 
그리고 앞서 본 바와 같이 가격 경쟁력이 높은 미국산 쇠고기가 수입·유통되는 경우 많은 소비자들이 이를 구매하여 섭취할 것으로 예상되고, 그렇지 않다 하더라도 가공식품 및 일반 식당 판매 등 여러 경로를 통하여 소비자 자신도 모르게 이를 섭취하게 될 가능성도 있으므로, 일반 소비자라 할 수 있는 나머지 청구인들(이하 ‘청구인들’이라 한다)은 특별한 사정이 없는 한 미국산 쇠고기 수입과 관련된 보호조치인 이 사건 고시에 대하여 구체적이고 실질적인 이해관계를 가진다 할 것이고, 따라서 이 사건 고시가 생명·신체의 안전에 대한 보호의무에 위반함으로 인하여 초래되는 기본권 침해와의 자기관련성을 인정할 수 있다 할 것이다. 
(나) 또한 이 사건 고시의 위생조건에 따라 수입검역을 통과한 미국산 쇠고기는 별다른 행정조치 없이 유통·소비될 것이 예상되므로, 청구인들에게 이 사건 고시가 생명·신체의 안전에 대한 보호의무에 위반함으로 인하여 초래되는 기본권 침해와의 현재성 및 직접성도 인정할 수 있다.
5. 본안에 관한 판단
가. 생명·신체의 안전에 관한 보호의무 위반 여부
(1) 심사구조와 심사기준
이 사건 고시의 수입위생조건은 가축전염병예방법 제34조 제2항에 근거하여 미국산 쇠고기 수입으로 인한 소해면상뇌증 발병 가능성 등에 대응하기 위하여 취해진 보호조치의 일환으로, 이 사건에 있어서는 고시상의 보호조치가 국가의 기본권 보호의무를 위반함으로써 생명·신체의 안전과 같은 청구인들의 중요한 기본권이 침해되었는지 여부가 문제된다 할 것이다.
그런데 국가가 국민의 생명·신체의 안전을 보호할 의무를 진다하더라도 국가의 보호의무를 입법자 또는 그로부터 위임받은 집행자가 어떻게 실현하여야 할 것인가 하는 문제는 원칙적으로 권력분립과 민주주의의 원칙에 따라 국민에 의하여 직접 민주적 정당성을 부여받고 자신의 결정에 대하여 정치적 책임을 지는 입법자의 책임범위에 속하므로, 헌법재판소는 단지 제한적으로만 입법자 또는 그로부터 위임받은 집행자에 의한 보호의무의 이행을 심사할 수 있는 것이다(헌재 1997. 1. 16. 90헌마110등, 판례집 9-1, 90, 121; 헌재 2007. 7. 31. 2006헌마711, 공보 142, 1146, 1149 참조). 
따라서 국가가 국민의 생명·신체의 안전에 대한 보호의무를 다하지 않았는지  여부를 헌법재판소가 심사할 때에는 국가가 이를 보호하기 위하여 적어도 적절하고 효율적인 최소한의 보호조치를 취하였는가 하는 이른바 ‘과소보호 금지원칙’의 위반 여부를 기준으로 삼아, 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기 위한 조치가 필요한 상황인데도 국가가 아무런 보호조치를 취하지 않았든지 아니면 취한 조치가 법익을 보호하기에 전적으로 부적합하거나 매우 불충분한 것임이 명백한 경우에 한하여 국가의 보호의무의 위반을 확인하여야 하는 것이다(헌재 1997. 1. 16. 90헌마110등, 판례집 9-1, 90, 122 참조).
(2) 과소보호금지 원칙 위반 여부 
(가) 판단 기준 개관
미국산 쇠고기의 수입과 관련하여 국가의 보호조치가 필요한 상황 그 자체가 예상된다는 것은 앞서 본 바와 같으나, 그 일환으로 행하여진 이 사건 고시에 구체적으로 어떠한 내용의 수입위생조건을 정할 것인지는 농림수산식품부장관이 그 근거규정인 가축전염병예방법 제34조 제2항의 위임 범위 내에서 구체적 상황에 맞게 정할 수 있는 것으로서 원칙적으로 그 직무상의 재량영역에 속하는 것이라 할 것이다. 
그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 고시 제정자가 구체적인 위험상황에서 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기 위하여 적어도 적절하고 효율적인 최소한의 보호조치를 취했는가를 살펴 그 보호조치 위반이 명백할 경우 이 사건 고시는 기본권 보호의무 위반에 해당한다 할 것인바, 그렇다면 구체적으로 이러한 판단을 하기 위하여는 이 사건에서 문제되는 위험상황과 보호조치의 성격 등을 고려할 필요가 있을 것이다. 
특히 미국산 쇠고기 수입과 관련된 위험상황과 그에 대한 보호조치로서의 수입위생조건 등은 지금까지 밝혀진 과학적 사실과 대외적 통상 등에 관련한 국제기준 등을 기초로 하는 것으로서 상당히 전문적이고 기술적인 영역에 속할 뿐 아니라 과학기술 및 무역환경 등과 상호 밀접하게 관련되어 있으므로, 그 위험성 등은  과학기술과 국제통상 환경 등에 근거하여 객관적으로 검토되어야 할 것이다. 
(나) 소해면상뇌증의 위험방지조치에 대한 국제 기준 등
1) 세계무역기구(WTO) 체제와 위생 및 검역 조치
앞서 본 바와 같이 지금까지 역학적으로 확인된 바에 의하면, 소해면상뇌증 및 변형 크로이츠펠트야콥병은 특별한 예방이나 치료책이 없이 거의 100%에 가까운 치사율을 나타내는 질병이므로, 소해면상뇌증에 감염된 쇠고기를 원천적으로 차단하는 것이야말로 변형 크로이츠펠트야콥병을 예방하는 데 필수적인 보호조치가 될 것이다. 
그런데 세계무역기구(WTO)는 부속협정인 ‘위생 및 검역협정’(Agreement on the Application of Sanitary and Phytosanitary Measures, SPS 협정)을 통하여 자유무역에 대한 일정한 예외를 두고, 인간이나 동식물의 생명 또는 건강을 위하여 필요한 위생 및 검역조치로서 취할 수 있는 표준과 평가방법을 규정하면서, 위생 및 검역조치의 과학적 정당성과 명료성 및 예측가능성을 요구함으로써 위생 및 검역조치가 자의적인 통상규제 수단으로 사용되는 것을 방지하는 한편, 과학적 정당성 등이 있는 경우에는 회원국이 국제기준 등에 기초한 조치보다 높은 보호수준의 위생 및 검역조치를 도입·유지할 권리도 함께 인정하고 있다(제3조 제2·3항).
이러한 위생 및 검역조치와 관련하여, 국제수역사무국(OIE)은 세계무역기구의 회원국 간에 동물과 동물성 제품의 무역에 관한 규정을 조화시키는 역할을 수행하는 국제기구로 공인되어, 현재 국제수역사무국의 후원에 따라 개발된 표준·지침·권고(이하 ‘OIE 국제기준’이라 한다)가 기본적인 국제표준으로 평가받고 있고, 회원국으로서는 소해면상뇌증에 대하여 특별히 OIE 국제기준보다 높은 보호수준의 위생·검역조치를 도입할만한 과학적인 정당성 등을 내세우지 못하는 한 OIE 국제기준에 따라 위생 및 검역조치를 설정하도록 하는 것이 일반적인 상황이다. 
2) OIE 국제기준과 미국에서의 위험방지조치
가) 쇠고기의 수입 등과 관련하여 OIE 국제기준은 소해면상뇌증의 위험성에 대한 평가기준 등을 규정하고 있고, 구체적으로는 소해면상뇌증과 관련하여 위험성 단계에 따른 경미한 위험국가, 위험통제국가, 미확인 위험국가의 분류 등에 관한 내용을 담고 있으며, 특히 OIE 국제기준은 여러 통계 및 실험 자료를 바탕으로 국가별 위험성 단계에 따라 교역이 제한되는 쇠고기 부위의 범위에 대하여 도축된 소의 연령별로 차등을 두어 위험통제국가에 대하여는 30개월 이상이 되어 도축된 소의 뇌, 눈, 척수, 머리뼈, 척주 및 모든 연령의 소의 편도와 회장원위부를 국가 간 거래금지 부위로 규정하고 있다(OIE 육상동물위생규약 제2, 3, 13장 제14조).
국제수역사무국이 그와 같이 정한 것은 이러한 부위가 소해면상뇌증의 발병 위험과 관련한 중요 요소인 이른바 특정위험물질(SRM)에 해당되고, 현재까지 확인된 과학적인 연구 결과에 의하면, 소해면상뇌증의 원인물질인 변형 프리온 단백질은 주로 그와 같은 특정위험물질 부위에 축적되고, 소해면상뇌증의 확산 및 변형 크로이츠펠트야콥병으로의 전이를 방지하기 위하여는 특정위험물질의 범위를 정하고 이를 안전하게 분리·제거할 필요가 있으며, 또한 이러한 방법은 소해면상뇌증 원인물질을 제거하고 그 전염과 확산을 줄일 수 있는 가장 효과적인 방법 중 하나로 평가되고 있기 때문이다. 
나아가 OIE 국제기준에서 30개월령을 기준으로 달리 정한 것은 소해면상뇌증의 원인물질인 변형 프리온 단백질이 특정위험물질 부위에 축적되는 데에 상당한 시간이 걸린다는 점을 반영한 것이고, 통계상으로도 전세계적으로 소해면상뇌증에 감염된 소의 90% 이상이 30개월령 이상의 소로 알려져 있다.
나) 미국의 경우 2003년 12월에 농무부가 미국소의 소해면상뇌증의 발생사실을 공식적으로 발표한 이후 3건의 발병사례가 확인되고 있지만, 1989년 이래 영국 및 기타 소해면상뇌증 발생국가로부터의 반추동물과 반추동물 유래 육골분의 수입을 금지하였을 뿐만 아니라 특정위험물질 제거를 의무화하고 사료 금지조치의 개선으로 인하여 이른바 교차감염의 위험성도 줄어들었고, 이러한 제반 조치 이후 미국은 2007년 5월 국제수역사무국에 의해 소해면상뇌증의 위험통제국으로 분류되고 있으며, 그 위험통제 조치는 OIE 국제기준에 기초한 것으로서 최근 추가 발병사례가 확인된 바 없는 점 등에 비추어 적절한 것으로 평가되고 있다.
(다) 미국산 쇠고기에 대한 이 사건 고시상의 위험방지 조치
1) 미국산 쇠고기에 대한 수입규제 연혁
미국산 쇠고기에 대한 수입규제는 미국 내의 소해면상뇌증 발생과 그에 대한 위험방지 조치의 변화에 따라 그 내용을 달리하였는데, 종래 수입이 허용되던 미국산 쇠고기는 2003년 12월 경 미국 내에서 소해면상뇌증이 발생하자 2004. 5. 3. 농림부고시 제2004-23호로 미국을 수입금지 지역에 포함시켜 수입을 금지하였다가, 2006. 3. 6. 이 사건 개정 전 고시로 수입위생조건을 제정·고시하면서 수입금지 지역에서 제외함으로써 이 사건 개정 전 고시에서 정한 조건을 충족시킬 경우 수입이 허용되게 되었다. 
그때까지 미국은 국제수역사무국의 국가별 분류기준상 소해면상뇌증의 미확인 위험국가에 포함되어 OIE 국제기준으로 보더라도 외국에 대하여 최소한의 수입 범위만을 요구할 수 있었으나, 그 후 2007년 5월 경 국제수역사무국으로부터 위험통제국가로 분류받자 국제수역사무국에서 정한 기준에 맞추어 이 사건 개정 전 고시의 개정을 요구하였고, 이에 우리 정부는 수입위험 분석절차를 거쳐 수입위생조건 개정 작업에 착수하여 2008. 4. 18. 미국과 국내 수입위생조건의 개정에 대한 합의에 이르게 되었다. 
그런데 미국산 쇠고기에 대한 국내 수입위생조건을 완화하기로 한 합의에 대하여 미국산 쇠고기의 안전 등에 대한 국민적인 우려가 높아지자, 우리 정부는 미국 정부와의 추가적인 협의를 거쳐 2008. 6. 26. 이 사건 고시를 발령하게 되었고. 이후 국회는 2008. 9. 11. 이 사건 고시의 위임근거가 된 가축전염병예방법을 법률 제9130호로 개정하여 소해면상뇌증이 발생한 국가로부터의 쇠고기 수입규제 등에 관한 내용을 포함시키기에 이르렀다. 
2) 이 사건 고시에 의한 위험방지조치
세계무역기구 회원국인 우리나라로서는 앞서 본 바와 같이 소해면상뇌증 등에 대한 위생 및 검역조치와 관련하여 OIE 국제기준을 존중할 필요가 있고, 이를  반영하여 가축전염병예방법은 미국산 쇠고기와 같은 지정검역물에 대하여 사전 예방적 보호조치로서 수입검역 절차를 거치도록 하면서 수입금지지역으로 지정하거나(제32조) 수입위생조건을 고시하는 방법(제34조) 등으로 규정하는 한편, 그 중 수입위생조건에 의한 위생 및 검역조치의 하나인 이 사건 고시에는 ‘미국 정부가 OIE 위험통제국 지위에 대한 지침에 부합되거나 그 이상의 조치를 지속적으로 유지하여야 한다’는 취지의 규정을 두고 있다(제4조). 
이와 같이 이 사건 고시는 OIE 국제기준에 따라 소해면상뇌증의 위험을 통제한다는 전제 아래 OIE 국제기준 및 미국의 위험통제 등을 고려하여 취한 조치로서, 그 개정 연혁 및 취지 등에 비추어 위험방지에 관한 국제기준에 부합하는 것으로 볼 수 있다. 
나아가 이 사건 고시는 수입단계 별로 특정위험물질 등의 유입을 차단하기 위한 보호조치를 정함에 있어 수출국인 미국에 대해 식품 위험관리의 책임을 분배하면서도 수입검역 등 단계에서 위험관리와 관련된 검역절차를 정하고 있는데, 이 사건 개정 전 고시와 비교할 때 종전보다 완화된 수입위생조건을 정하고 있는 것은 분명하므로 수입단계 별로 해당 조항들이 국가의 보호조치로서 과소한 것인지 여부를 살펴볼 필요가 있을 것이다.
3) 이 사건 고시상의 주요 보호조치
가) 특정위험물질 및  30개월령 이상 쇠고기 규제에 관한 조치 
우선 이 사건 고시는 수입이 금지되는 특정위험물질과 관련하여 개정 전 고시보다 그 범위를 축소하여 ‘모든 연령의 소의 편도, 회장원위부 및 도축 당시 30개월령 이상 소의 뇌, 눈, 척수, 머리뼈, 등배신경절, 척주’를 특정위험물질로 규정하고 있다{제1조 (9) 및 부칙 제5항, 제8항}. 
이는 수출국의 소해면상뇌증에 대한 통제의 정도에 따라 도축된 소를 연령별로 차등을 두어 특정위험물질의 범위를 규정한 OIE 국제기준에 따른 것으로서, 국제수역사무국으로부터 위험통제국가의 지위를 인정받은 미국의 통제조치를 고려하여 규정한 것이므로 그와 같이 규정한 것이 불합리하다고 보기는 어렵다.
나아가 이 사건 고시는 30개월령 미만 소에 국한하여 수입을 허용했던 개정 전 고시와 달리 강화된 사료금지조치의 공포를 조건으로 30개월령 제한을 해제하는 등 그 수입 허용범위를 확대하여 규정하고 있는데{제1조(1), 부칙 제2항}, 이것 역시 소해면상뇌증 위험통제국가에 대한 OIE 국제기준에 부합하는 것이고, 설령 미국의 강화된 사료금지조치 공포로 국내에 30개월령 이상 미국산 쇠고기의 수입이 가능하게 되더라도 소비자의 미국산 쇠고기에 대한 신뢰가 회복될 때까지 ‘30개월 미만 연령 검증 품질체계 평가(QSA) 프로그램’ 등을 규정한 부칙 제7항에 따라 30개월령 이상 미국산 쇠고기의 국내 반입이 실질적으로 제한되도록 하였을 뿐만 아니라, 그 취지를 명확히 하기 위하여 2008. 9. 11. 개정된 가축전염병예방법 부칙 제2조 제1항에서 소비자의 신뢰가 회복되었다고 판단되어 30개월령 이상 쇠고기를 반입하고자 하는 경우에는 국회의 심의를 받도록 한 점 등에 비추어 볼 때, 이와 같이 수입 허용범위를 정함에 있어 특별한 문제가 있다고 볼 수도 없다.
따라서 이 사건 고시 중 특정위험물질 및 30개월령 이상 쇠고기 규제를 정한 조항들은 미국이 인정받은 소해면상뇌증 위험통제국가에 대한 OIE 국제기준에 부합하고 지금까지의 과학기술 지식에 근거한 것으로서 특별히 부적합하다거나 불충분한 조치라고 단정하기 어렵다. 
나) 소해면상뇌증 발병시 수입중단 조치(제5조, 부칙 제6항)
이 사건 고시 제5조에 의하면 미국에서 소해면상뇌증이 추가로 발생하는 경우, 국제수역사무국이 미국에 대하여 소해면상뇌증 지위 분류에 부정적인 변경을 인정할 경우 우리 정부는 수입을 중단할 것이라고 되어 있으므로, 여기에서 국제수역사무국이 지위변경 결정을 내리기 이전이라도 예외적으로 수입중단 등 비상조치를 취할 수 있는지 문제될 수 있다.
이는 검역절차와 관계없이 미국에서 추가로 소해면상뇌증이 발생한 경우 바로 수입을 중단할 수 있는지에 관한 것으로서, 미국이 2007년 5월 국제수역사무국으로부터 위험통제국가로 인정받았다는 점을 반영하여 개정 전 고시와 달리 규정한 것이지만, 이 사건 고시 부칙 제6항에서 제5조의 적용과 관련하여 우리 정부는 GATT 제20조 및 WTO SPS협정에 따라 수입중단 등 필요한 조치를 취할 권리를 가진다는 점을 밝히고 있을 뿐 아니라, 2008. 9. 11. 개정된 가축전염병예방법 제32조의2에서 수출국에서 소해면상뇌증이 추가로 발생하여 그에 대한 긴급한 보호조치가 필요한 경우 농림수산식품부장관이 일시적 수입중단 등 조치를 취할 수 있다는 내용을 신설하면서 그 이전에 정하여진 이 사건 고시에도 적용된다는 점을 같은 법 부칙 제2조 제2항을 통하여 보다 분명하게 밝히고 있기 때문에, 미국내에서 소해면상뇌증이 추가로 발생하여 수입중단 등 긴급한 조치가 필요한 경우에는 그러한 조치를 취할 수 있을 것이므로, 이 사건 고시가 소해면상뇌증이 추가로 발생할 경우의 보호조치로서 부족하다고 평가할 수는 없다.
다) 미국 육류작업장 등 수입이전 단계에서의 위생관리 조치(제6 내지 9조, 부칙 제3항)
이 조항들은 미국 내 육류작업장에 대하여 개정 전 고시와 달리 우리 정부의 관여 정도를 낮추어 규정하고 있는데, 미국산 쇠고기에 대하여 수입검역 단계에서 전수검사를 실시하지 않는 점 등이 보호조치로서 과소한 것이 아닌가 하는 의문이 있을 수 있다. 
그러나 육류 등의 교역에 있어서는 상대국의 가축방역 및 육류위생에 대한 시스템을 점검한 후 자국과 동등한 수준 이상이라고 판단되면 수출국 내의 육류작업장에 대하여 수출국 정부의 관리 하에 검사 및 통제 등이 행해지는 것이 일반적인 교역관행이므로, 기본적으로 우리 정부가 미국내 육류작업장에 대하여서까지 직접적으로 관여할 필요가 없는 것이고, 또한 이 조항들에 의하더라도 미국의 수출 육류작업장이 이 사건 고시상의 수입위생조건과 미국 규정을 준수하는지 여부에 대하여 미국 정부가 취하여야 할 여러 조치를 규정하는 한편 미국 수출 육류작업장 중 대표성 있는 표본에 대하여 우리 정부가 관여할 수 있는 규정을 두고 있으므로, 이 조항들에 의하여 우리 정부가 미국산 쇠고기 수입위생조건과 관련한 범위 내에서 미국 육류작업장에 대하여 적정하게 관리할 수 있을 것이다. 
따라서 이 조항들에 의하여 종전과 달리 미국의 모든 육류작업장에 대하여 우리 정부의 관여사항이 축소되었다 하더라도 이 조항들에 의한 미국 내 육류작업장에 관련한 보호조치가 과소하다고 평가할 수는 없다.
라) 수입 검역검사 및 규제조치 부분(제23조, 제24조, 부칙 제9항)
우리 정부는 검역·검사 과정 중 한 로트에서 특정위험물질 등 식품안전의 위해가 발견되면 이를 전량 불합격 조치하여 국내에 수입될 수 없도록 하고, 그 사실을 미국 정부에 통보하여 개선조치를 요구하며, 미국 정부는 해당 작업장에 대하여 문제의 원인을 밝히기 위한 조사를 실시하도록 하였고, 또 해당 육류작업장에서 이후 수입되는 쇠고기에 대한 검사비율을 높이되 동일 제품의 동등 이상 물량 5개 로트에 대한 검사에서 식품안전 위해가 발견되지 않았을 경우 정상 검사절차 및 비율을 적용하도록 하였으며(제23조), 동일한 육류작업장에서 생산된 별개의 로트에서 최소 2회의 식품안전 위해가 발견된 경우 해당 육류작업장은 개선조치가 취해질 때까지 수입검역이 중단될 수 있도록 하였다(제24조). 
이 조항들 역시 개정 전 고시 이후 미국이 국제수역사무국으로부터 위험통제국으로서의 지위를 인정받은 것을 고려한 것으로서, 2회 이상 식품안전 위해가 발견될 경우 미국정부는 우리 정부의 중단 요청을 받는 대로 해당 작업장을 중단시켜야 한다는 규정(부칙 제9항)을 두고 있으며, 또한 미국산 쇠고기 검역·검사 지침 단계에서는 소의 소장과 혀 부위에 대한 전수검사가 가능하게 되어 내장 부위의 특정위험물질이 국내에 유입되는 것을 차단하는 별도의 장치까지 두고 있는 점(국립수의과학검역원의 2008. 6. 24.자 ‘미국산 쇠고기 검역·검사 지침’) 등에 비추어 이 조항들이 미국산 쇠고기의 수입검역 검사 등과 관련하여 부족한 조치임이 분명하다고 보기 어렵다.
마) 기타 조항
개정 전 고시와 달리, 월령 판정에 관한 내용이나 소해면상뇌증이 의심되거나 감염이 확인된 소가 아니라는 내용에 대하여 이 사건 고시 제22조에서는 미국 정부가 발행하는 수출위생증명서 등의 기재대상에 포함시키지 않고 있으나, 월령 판정에 관한 내용이나 소해면뇌상증이 의심되거나 감염된 소인지 여부에 관한 내용은 OIE 국제기준 등에서 요구하는 사항이 아니므로 이 사건 고시 제22조에서 이를 제외하였다 하여 이를 과소한 보호조치라고 평가할 수는 없을 것이다.
(라) 소결론
이 사건 고시는 미국산 쇠고기 수입과 관련하여 미국에서의 소해면상뇌증 발병 이후 그 위험상황에 대응하고자 취해진 보호조치로서, 앞서 본 바와 같이 그 속성상 수출국인 미국에서의 위험상황과 국제무역 환경 그리고 관련 과학기술 지식 등에 기초하여 합리적인 범위 내에서 그 보호조치의 내용을 정할 수밖에 없는 것이고, 또한 OIE 국제기준은 소해면상뇌증 발병위험과 관련한 특정위험물질의 범위 등에 관한 과학적 연구결과에 기초한 것이다. 
따라서 이 사건 고시가 개정 전 고시에 비하여 완화된 수입위생조건을 정하였다고 하더라도, 미국이 2000년 7월 국제수역사무국으로부터 소해면상뇌증 위험통제국가의 지위를 획득한 점과 미국산 쇠고기의 수입과 관련한 위험상황 등과 관련하여 개정 전 고시 이후에 달라진 여러 요인들을 고려하고 지금까지의 관련 과학기술 지식과 OIE 국제기준 등을 종합하여 보호조치를 취한 것이라면, 이를 들어 피청구인이 자의적으로 재량권을 행사하였다거나 합리성을 상실하였다고 하기 어렵다 할 것이다. 
그리고, 최근 들어 미국에서 소해면상뇌증이 추가로 발병되었음이 확인되지 아니하고 소해면상뇌증에 대한 위험통제 조치에 특별한 문제점이 발견된 적이 없으며, 이 사건 고시에 따른 특정위험물질의 수입허용 범위를 비롯한 제반 수입위생조건을 보더라도 소해면상뇌증 감염 우려가 있는 미국산 쇠고기의 국내유입을 막기 위한 여러 보호조치를 마련하고 있다고 보일 뿐만 아니라, 그 밖에 이 사건 고시를 보완하기 위하여 가축전염병예방법이 개정된 데다가 추가로 검역 및 검사 지침과 원산지표시제 등이 시행된 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 고시상의 보호조치가 완벽한 것은 아니라 할지라도, 앞서 본 기준과 내용에 비추어 쇠고기 소비자인 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기에 전적으로 부적합하거나 매우 부족하여 그 보호의무를 명백히 위반한 것이라고 단정하기는 어렵다 할 것이다.
나. 청구인들의 나머지 주장에 대한 판단
(1) 기타의 기본권 침해 
청구인들은 이 사건 고시로 인하여 인간의 존엄과 가치, 행복추구권, 자기결정권 및 일반적 행동자유권, 소비자의 권리, 보건권 등이 침해되었다고 주장하나, 이 사건 고시는 그 근거법률인 가축전염병예방법 제34조에서 보듯이 가축방역 및 공중위생이라는 공익을 위하여 미국산 쇠고기의 수입자를 상대로 그 수입위생조건을 설정한 것으로서, 이 사건 고시의 직접적인 수범자인 쇠고기 수입자에 대하여 미국산 쇠고기 수입을 제한하는 내용으로 되어 있는바, 이러한 수입 제한으로 인하여 쇠고기 소비자인 청구인들이 내세우는 위 기본권 등이 침해될 수 있는 것이 아님은 명백하다.
다만, 이 사건 고시는 미국산 쇠고기 수입과 관련하여 소비자인 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기 위한 위험방지 조치인 측면이 있고, 이에 대하여는 기본권 보호의무에 위반한 것인지 여부가 문제되므로 그와 관련된 범위에서 위 기본권 침해의 주장을 살펴보면 충분할 것인데, 앞서 본 바와 같은 이유로 이 사건 고시가 기본권 보호의무에 위반하지 않은 것으로 판단되므로, 국가의 보호의무와 관련하여서도 청구인들의 위 기본권 등이 침해된 것으로 볼 수는 없다 할 것이다. 
(2) 기타의 헌법원리 및 헌법원칙 위반 
청구인들은 이 사건 고시가 국민주권 원리의 내용을 이루는 검역주권, 헌법 제6조 제1항 및 제60조 제1항, 제37조 제2항의 법률유보, 적법절차원칙, 명확성원칙 등에 위배된다고도 주장하나, 이와 같이 단순히 일반 헌법규정이나 헌법원칙에 위반된다는 주장만으로는 특별한 사정이 없는 한 기본권침해의 가능성을 인정하기 어렵다고 할 것이므로(헌재 2006. 2. 23. 2005헌마268, 판례집 18-1상, 298, 304 참조), 청구인들의 이 부분 주장에 대하여도 이 사건 고시가 생명·신체의 안전에 관한 보호의무에 위반된 것인지 여부와 관련된 범위에서 살펴보면 충분할 것이다.
(가) 검역주권 위반 
이 사건 고시는 개정 전 고시에 비하여 다소 완화된 수입위생조건을 정하고  있으나, 이는 지금까지의 과학기술 지식과 OIE 국제기준 등에 근거하여 보호조치를 취한 것으로서 그 합리성을 상실하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 구체적으로 미국에서 소해면상뇌증 발병시 수입중단 조치(제5조, 부칙 제6항), 미국 육류작업장 등에 대한 위생관리 조치(제6 내지 9조, 부칙 제3항), 수입 검역검사 및 규제 조치(제23조, 제24조, 부칙 제9항) 등 개별 조항들을 보더라도 앞서 살펴 본 바와 같이 OIE 국제기준 등에 따라 수입단계 별로 특정위험물질 등의 유입을 차단하기 위한 여러 보호조치를 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 고시가 검역주권을 포기하였다거나 이로 인하여 생명·신체의 안전에 관한 국가의 보호의무에 위반한 것으로 보기는 어려우므로, 이와 다른 전제에 입각한 청구인들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
(나) 헌법 제6조 제1항 및 제60조 제1항 위반
이 사건 고시가 헌법 제60조 제1항에서 말하는 조약에 해당하지 아니함이 분명하므로 국회의 동의를 받아야 하는 것은 아니고, 한편 이 사건 고시에서 "미국 연방 육류검사법에 기술된 대로" 미국산 쇠고기를 정의한다거나{제1조(1)}, 미국정부가 제1조(9)(나)의 적용과 관련하여 "미국 규정{9CFR310.22(a)}에 정의된" 것을 제거한다(부칙 제5항)고 규정함으로써 미국의 법률 또는 규정을 원용하고 있으나, 이는 미국과의 이 사건 쇠고기 협상 내용을 반영할 수밖에 없는 이 사건 고시의 국제통상적인 성격과 전문적이고 기술적인 규율 내용 등을 고려한 표기방식에 불과한 만큼 이러한 표기에 의하여 미국의 법령이 국내법과 같은 효력을 가질 수는 없는 것이므로, 이와 다른 전제에 선 청구인들의 이 부분 주장은 위 헌법규정 위반이 기본권 보호의무 위반으로 귀결되는 것인지 여부에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
(다) 법률유보 위반
청구인들은, 이 사건 고시의 위임규정인 가축전염병예방법 제34조 제1항은 "지정검역물을 수입하는 자는 수출국의 정부기관이 가축전염병의 병원체를 퍼뜨릴 우려가 없다고 증명한 검역증명서를 첨부하여야 한다."고 규정하고, 같은 조 제2항은 "농림수산식품부장관은 가축방역 및 공중위생상 필요하다고 인정하는 경우에는 제1항의 규정에 의한 검역증명서의 내용에 관련된 수출국의 검역내용 및 위생상황 등 위생조건을 정하여 고시할 수 있다."고 규정하여, 쇠고기와 같은 지정검역물을 수입하는 자가 제출하여야 하는 검역증명서의 내용에 관련된 수출국의 검역내용 및 위생상황 등 위생조건에 관하여 비교적 명확하게 위임하고 있는바, 이 사건 고시와 관련하여 청구인들은 법령이 아닌 고시의 형식으로 기본권을 제한하는 데 문제가 있을 뿐만 아니라, 이 사건 고시가 수권법률에서 위임받은 범위를 벗어나 기본권을 제한하는 새로운 내용을 규정하고 있으므로 헌법 제37조 제2항이 정한 법률유보에 위반한 것으로서 청구인들의 기본권을 침해하는 것이라는 취지로 주장한다.
먼저 쇠고기 소비자인 청구인들은 쇠고기 수입자와는 달리 이 사건 고시의 규율 내용으로 인하여 직접 기본권을 제한받는 자가 아니라, 이 사건 고시가 쇠고기 수입의 자유를 제한함으로써 도모하려고 하는 생명·신체의 안전에 관한 보호대상자일 뿐이므로, 설사 이 사건 고시가 쇠고기 수입자의 기본권을 제한함에 있어서 헌법 제37조 제2항에 위반한 것이라고 하더라도, 이로 인하여 자기의 기본권 침해를 주장할 수 있는 지위에 있는 것이 아니다. 
한편 국가가 국민의 기본권 보호의무를 이행함에 있어 그 행위의 형식에 관하여도 폭 넓은 형성의 자유가 인정되고, 그것도 반드시 법령에 의하여 이행하여야 하는 것은 아니며, 이 사건 고시와 같이 국가가 쇠고기 소비자의 생명·신체의 안전에 관한 보호의무를 이행하기 위하여 취한 행위의 경우 법령의 위임이 없거나 그 위임의 범위를 벗어난 것이라는 사유만으로는 보호의무를 위반하거나 그로 인하여 소비자의 기본권을 침해한 것으로 볼 수 없으므로, 청구인들의 이 부분 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.  
(라) 적법절차 원칙 위반
헌법 제12조 제1항이 천명하고 있는 적법절차 원칙은 형사소송 절차에 국한되지 않고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용된다고 할 것이나(헌재 1992. 12. 24. 92헌가8, 판례집 4, 853, 876-877; 헌재 1998. 5. 28. 96헌바4, 판례집 10-1, 610, 618; 헌재 2007. 4. 26. 2006헌바10, 공보 127, 503, 508), 이 원칙이 구체적으로 어떠한 절차를 어느 정도로 요구하는지 일률적으로 정하기 어렵고, 이는 규율되는 사항의 성질, 관련 당사자의 사익, 절차의 이행으로 제고될 가치, 국가작용의 효율성, 절차에 소요되는 비용, 불복의 기회 등 다양한 요소들을 형량하여 개별적으로 판단할 수밖에 없는 것이다(헌재 2003. 7. 28. 2001헌가25, 판례집 15-2상, 1, 18; 헌재 2005. 12. 22. 2005헌마19, 판례집 17-2, 785, 796; 헌재 2006. 5. 25. 2004헌바12, 판례집 18-1하, 58, 67). 
이 사건 기록 등에 의하면, 농림수산식품부장관은 2008. 4. 22. 농림수산식품부 공고 제2008-45호로 미국산 쇠고기 수입위생조건 개정안에 대하여 ‘입안예고’라는 명칭으로 예고절차를 거친 이후 미국과의 쇠고기 추가협상을 통해 부칙 제5 내지 9항을 비롯한 일부 내용을 추가하거나 변경함에 있어 별도의 예고절차 없이 2008. 6. 26. 이 사건 고시를 관보에 게재하였으므로, 이러한 예고절차 등과 관련하여 적법절차 원칙에 위반되는지 여부가 문제될 수 있다.
그러나 원래 국민의 생명·신체의 안전 등 기본권을 보호할 의무를 어떠한 절차를 통하여 실현할 것인가에 대하여도 국가에게 폭 넓은 형성의 자유가 인정된다 할 것이므로, 농림수산식품부장관 등 관련 국가기관이 국민의 생명·신체의 안전에 영향을 미치는 고시 등의 내용을 결정함에 있어서 이해관계인의 의견을 사전에 충분히 수렴하는 것이 바람직하기는 하지만, 그것이 헌법의 적법절차 원칙상 필수적으로 요구되는 것이라고 할 수는 없다. 
한편 이 사건 고시는 입법예고의 대상인 ‘법령 등’에 해당하지 아니하므로(행정절차법 제2조 제1호, 제41조 제1항 참조) 비록 입안예고를 하였다고 하더라도 법령 등에 관한 입법예고를 거칠 사항으로는 볼 수 없는 점, 행정절차법 제46조에 의한 행정예고의 경우에도 관련 법령에서 일정한 사항에 대한 정책·제도 및 계획을 수립·시행하거나 변경하고자 할 때 특별한 사정이 없는 한 20일 이상 이를 예고하도록 규정하고 있을 뿐 별도로 ‘재예고’ 절차를 두고 있지 않은 점, 나아가 당초의 입안예고와 언론보도 등을 통하여 이 사건 고시의 주요 내용이 널리 알려졌다고 보일 뿐만 아니라 새로이 추가되거나 변경된 사항의 경우 그 경위와 내용 등에 비추어 당초 예고된 사항에 비하여 쇠고기 소비자 등에게 불리하거나 중대한 변경이 발생하였다고 보기 어려우므로 재예고 절차를 반드시 거칠 필요가 없어 보이는 점, 한편 청구인들은 WTO SPS 협정 등을 근거로 이 사건 고시에 대하여 최소 60일전에 입법예고를 하여야 한다고 하나 위 협정 등에 따른 기간은 위생검역정책 변경시 회원국들 간에 적용되는 것으로서 이 사건 고시에 이를 적용할 수는 없는 점, 그 밖에 이 사건 고시의 개정 경위와 내용, 그 예고절차의 이행 등으로 제고될 관련 이익과 국가 작용의 효율성 등 제반 상황을 종합하여 보면, 이 사건 고시와 관련하여 청구인들이 주장하는 재예고 절차 등을 거치지 않았다고 하여 그것만으로 법률이 정한 절차를 위반하였거나 이로 인하여 국민의 생명·신체의 안전에 관한 보호의무를 위반한 것으로 보기는 어렵다.
(마) 명확성 원칙 위반 
이 사건 고시의 경우 미국산 쇠고기 수입과 관련한 수입위생조건을 정한 것으로 앞서 본 바와 같이 쇠고기 수입자를 수범자로 하여 그 성질상 전문적이고 기술적인 사항을 규정할 수밖에 없는 영역에 속해 있는 점, 나아가 앞서 보호의무 위반에 대한 판단 등에서 본 바와 같이 30개월령 이상 쇠고기의 수입 허용 여부 등에 관하여 그 조항들의 의미가 상호 모순된다거나 불명확하다고 보기 어려울 뿐 아니라 이를 보다 명확히 하기 위한 보완조치까지 이루어진 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 고시의 명확성 여부에 대하여는 그 수범자를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 설령 보호대상자인 쇠고기 소비자를 기준으로 보더라도 이 사건 고시의 의미 내용이 불명확하다고 보기 어렵다 할 것이므로, 이 사건 고시의 내용이 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기에 부족할 정도로 불명확하다고 단정할 수 없다.
다. 소결론
따라서 이 사건 고시는 청구인들의 헌법상 보장된 기본권을 침해한다 할 수 없다. 
6. 결론
그렇다면 청구인 진보신당의 심판청구는 부적법하므로 이를 각하하고, 나머지 청구인들의 심판청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 재판관 김종대의 다음 7.과 같은 별개의견, 재판관 이공현, 재판관 조대현, 재판관 이동흡, 재판관 송두환의 다음 8. 내지 10.과 같은 반대의견을 제외한 나머지 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.
7. 재판관 김종대의 기각의견
나는 이 사건 고시가 기본권 보호의무를 명백히 위반하였다고 볼 수 없으므로 청구인 진보신당을 제외한 나머지 청구인들의 청구를 기각한다는 다수의견의 결론에는 동의하지만, 위 청구인들의 법적관련성이 인정되는 이유에 대하여는 다수의견과 견해를 달리하므로 아래와 같이 별도로 의견을 밝힌다. 
헌법재판소법 제68조 제1항의 헌법소원심판은 원칙적으로 기본권을 침해당하고 있는 자만이 제기할 수 있고, 직접적인 수범자가 아닌 제3자는 특별한 사정이 없는 한 기본권 침해에 직접 관련되었다고 볼 수 없는바, 헌법재판소는 종래 심판대상 조항의 직접적인 수범자와 계약관계를 매개로 하여 이해관계를 맺은 일반 소비자의 법적관련성을 인정함에 있어서는 대체로 소극적인 입장을 견지하여 왔다(헌재 2003. 10. 30. 2000헌마563, 판례집 15-2하, 84, 91; 헌재 2006. 6. 9. 2005헌마165 등, 판례집 18-1하, 337, 372 등 참조).
헌법소원심판의 심판대상 조항의 직접적인 수범자가 아닌 제3자의 자기관련성을 인정하기 위해서는 입법의 목적 및 실질적인 규율대상, 법규정에서의 제한이나 금지가 제3자에게 미치는 효과 등을 종합적으로 고려하여 특별한 사정이 인정되어야 하는바(헌재 1997. 9. 25. 96헌마133, 판례집 9-2, 410, 416-417 참조), 다수의견과 같이 단순히 미국산 쇠고기를 섭취할 가능성이 있는 소비자에 해당한다는 일반적·추상적 이해관계만으로는 위 청구인들의 자기관련성을 인정하기에 불충분하고 이 사건 고시에 대한 구체적이고 법적인 이해관계를 인정할 수 있는 특별한 사정이 인정되어야 한다.
살피건대, 이 사건 고시는 자동차와 같은 일반 공산품에 대한 수입 조건의 고시와는 그 성질이 다르다. 이 사건 고시는 단순히 무역정책적 측면에서 미국산 쇠고기의 수입을 규제하고자 하는 것을 넘어 국가가 외국산 먹거리로부터 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기 위해 그 수입 위생조건을 정하고 있는 것이다. 이 사건 고시의 규율 대상인 미국산 쇠고기라고 하는 먹거리는 남녀노소를 불문하고 대다수 국민들의 식생활에 제공되는 일상적인 먹거리로서, 수입과 동시에 이를 필요로 하는 사람들의 소비에 직·간접적으로 제공되게 되므로 미국산 수입쇠고기에 수반될 수 있는 소해면상뇌증 등의 질병에 대한 우려는 바로 모든 국민을 생명·신체에 대한 공포 속으로 내 몰 수밖에 없다. 따라서 이 사건 고시는 비록 외형상으로는 쇠고기 수입업자를 직접적인 수범자로 하고 있으나, 고시가 규율하는 목적물이 국민이 바로 섭취할 수밖에 없는 일반 먹거리이고 그 먹거리는 치명적인 질병의 위험을 수반할 수 있다는 규율대상의 특수성으로 말미암아 일반 국민에게도 직접적인 관련성을 가진다고 해야 할 것이다. 
또한 이 사건 고시의 규율대상인 미국산 쇠고기에 수반될 수도 있는 변형 크로이츠펠트야콥병은 기본권인 생명·신체의 안전에 불가역적(不可逆的)인 위험을 미칠 수 있는 치명적인 질병임에도 그 발병 및 전이기전에 관하여는 아직도 명확하게 규명되고 있지 않은 부분이 많아 개별적인 수출업자와 수입업자 또는 일반 소비자들은 미국산 쇠고기의 소해면상뇌증 관련 위험성을 스스로 인식하거나 평가할 능력과 방법이 없다. 그리고 위험이 현실화된 시점에는 이미 생명·신체의 안전이라는 기본권에 대한 중대한 침해를 회복하는 것이 불가능하므로, 국민의 생명·신체의 보장을 위해서는 그 병원체로 인한 감염을 예방적으로 차단하여 위험을 제거하는 것이 필수적이다. 
나아가 소해면상뇌증 및 변형 크로이츠펠트야콥병으로 인한 손해는 그 손해의 원인 및 인과관계를 규명하는 것이 사실상 불가능하므로 일반 소비자들로서는 손해배상청구와 같은 사후적인 민사상 권리구제 수단을 통하여 손해를 전보받기조차 기대하기 어렵고, 헌법소원심판제도를 통하여 수입에 앞서 미리 기본권보호조치 그 자체를 다투는 것을 제외하고는 실효성 있는 권리구제수단을 상정하기 어렵다. 
이상에서 살펴본 바와 같이 이 사건 규율대상인 미국산 수입쇠고기는 바로 국민의 식생활에 제공되는 먹거리로서 희소하긴 하나 치명적인 질병을 수반할 수 있는 특성이 있고, 이 사건 고시를 통한 사전 예방 외에는 그러한 질병으로부터 달리 국민의 생명을 보호할 적당한 방법이 없다고 하는 특별한 사정이 인정되므로 일반소비자인 청구인들에 대해서도 이 사건 고시에 대하여 자기관련성 및 현재관련성이 인정된다고 해야 할 것이다.
그러나 다수의견과 같이 청구인들의 구체적인 이해관계에 대한 해명 없이 만연히 특별한 사정이 없는 한 일반소비자들의 법적관련성이 인정된다고 한다면 종래의 우리 재판소의 입장과 배치될 뿐만 아니라, 우리의 헌법소원제도상 허용될 수 없는 민중소송 내지 일반적 소비자소송을 인정하는 결과를 낳을 수도 있으므로 특별히 이 점을 지적하는 바이다.
8. 재판관 이공현, 재판관 이동흡의 각하의견 
우리는, 국가의 기본권 보호의무와 관련하여 이 사건 헌법소원 심판청구의 적법성을 인정하고 본안판단에 나아간 다수의견과 달리, 이 사건 고시로 인하여 청구인들의 기본권이 침해될 가능성을 인정할 수 없다고 판단하므로, 청구인 진보신당 외에 나머지 청구인들에 대해서도 심판청구를 각하하여야 한다는 반대의견을 다음과 같이 개진한다.
헌법재판소법 제68조 제1항에 의한 헌법소원심판의 청구인은 자신의 기본권에 대한 공권력 주체의 제한행위가 위헌적임을 어느 정도 구체적으로 주장하여야 한다. 청구인이 막연한 주장만을 한다면 그 헌법소원 청구는 부적법하여 각하될 것인바(헌재 2005. 2. 3. 2003헌마544, 판례집 17-1, 133, 142 참조), 이는 국가가 제3자에 의해 유발되는 위험으로부터 국민의 생명·신체의 안전을 보호할 의무를 이행하지 않음으로써 기본권의 침해가 발생하였는지를 문제 삼는 헌법소원에서도 마찬가지라고 할 것이다. 따라서 이 사건 청구인들로서도 헌법소원심판을 청구하면서 먼저 국가의 기본권 보호의무와 관련하여 제3자에 의해 초래되는 위험상황으로부터 자신의 기본권이 침해될 가능성이 있음을 어느 정도 구체적으로 밝히지 않으면 안 된다.
헌법재판소법 제68조 제1항에 의한 이 사건 헌법소원의 경우 위와 같은 전제를 가지고 그 심판청구가 적법한지 여부를 살펴보아야 할 것인바, 국가가 아닌 사인인 제3자로부터 초래된 위험상황에 대해 국가의 기본권 보호의무 위반 여부만을 이유로 헌법소원심판을 청구하는 것이 적법한지 판단함에 있어서 청구인들의 주장으로부터 기본권에 대한 구체적이고 객관적인 위험 상황이 발생할 가능성이 드러나야 해당 기본권의 침해가능성을 인정할 여지도 생기는 것이라 할 것이다. 따라서 구체적이고 객관적인 위험상황의 존재 여부에 대한 판단 없이 만연히 본안에서 기본권 보호의무 위반 여부를 심사할 수는 없다 할 것인바, 만약 구체적이고 객관적인 위험상황이 발생할 가능성에 대한 사실인정 판단을 거치지 아니하고 그 심판청구를 적법하다고 본다면 이는 국가의 기본권 보호의무 위반을 이유로 한 헌법소원의 적법요건을 무리하게 확장하는 것이라 하지 않을 수 없다.
우선 청구인들은 이 사건 고시가 적극적으로 쇠고기 소비자인 자신들의 생명·신체의 안전 등에 관련한 기본권을 직접 침해한다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 고시는 국내에 수입되는 미국산 쇠고기의 식품안전을 확보할 목적으로 수입위생조건을 정한 것으로서 그 목적과 내용 등에 비추어 이 사건 고시 자체로 청구인들의 위와 같은 기본권을 침해할 가능성을 인정할 수는 없을 것이다.
다만 청구인들의 기본권 침해 주장은, 이 사건 고시가 미국산 쇠고기의 수입위생조건을 정하면서 소해면상뇌증에 감염된 쇠고기가 국내에 수입 유통될 가능성을 차단하지 않아 청구인들이 그 감염된 쇠고기를 섭취할 가능성이 발생함으로써 이를 섭취할 때 감염될 수 있다고 알려진 변형 크로이츠펠트야콥병에 감염될 가능성 또한 커지게 되어 청구인들의 생명·신체의 안전이 침해될 수 있다는 것인바, 다수의견은 이와 같은 주장을 국가의 기본권 보호의무 위반으로 인한 기본권 침해 주장으로 선해할 수 있다는 전제 하에 미국산 쇠고기 수입과 관련하여 국민의 생명·신체의 안전을 보호하기에 적절하고 효율적인 조치를 다하지 못한 것에 대하여 기본권 침해의 발생가능성을 전적으로 부정할 수 없다고 보아 본안의 판단에 나아간 것으로 보인다.
그러나 우리는 청구인들의 위와 같은 주장을 국가의 기본권 보호의무 위반으로 인한 기본권침해 주장이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 가사 다수의견과 같이 청구인들의 주장을 국가의 기본권 보호의무 위반으로 인한 기본권침해 주장으로 선해할 수 있다고 하더라도 다음에서 보는 바와 같이 현재로서는 미국산 쇠고기 수입 등으로 인한 구체적이고 객관적인 위험 상황을 인정하기 어렵다고 생각한다.
사법기관의 사실인정은 법에 의한 통제와 질서의 정립을 위한 전제가 되고 경우에 따라서는 법적 판단의 결론을 좌우하는 주요 요소이다. 특히 헌법재판의 경우 명확한 입증책임의 배분이 존재하지 아니하므로 사건의 해결이라는 목적에 집중하여 성급한 사실인정으로 나아가서는 안 될 것이다. 그런데 미국산 쇠고기 수입 등으로 인한 구체적이고 객관적인 위험 발생 여부에 대한 사실 인정의 경우, 본질적으로 과학적 판단이 요구됨에도 학계에서 완전하게 정립된 이론이 존재하지 아니하므로 사법기관인 재판소의 정보 획득이나 자료 분석에는 일정한 전문성의 한계가 있을 수밖에 없다. 또한 일종의 예측적 판단의 성질을 가진다는 점에서 원칙적으로는 민주적 정당성을 가진 입법부와 행정부의 책무에 속하며 사법기관의 권한행사의 기능적 한계에 걸쳐 있는 것으로 보인다. 다만 이 사건의 경우 국민의 생명과 신체의 건강에 관련된 국가의 기본권 보호의무에 대하여 중대한 문제가 제기되고 있으므로 현재까지의 과학기술지식 수준에서의 논의에 한정하여 구체적이고 객관적인 위험이 존재하는지 살펴보기로 한다.
먼저 미국은 국제수역사무국으로부터 소해면상뇌증 위험통제국으로의 지위를 획득한 이후 현재까지 소해면상뇌증 발병 사실이 보고된 바 없으므로 미국에서 소해면상뇌증이 발병할 가능성은 희박하며, 미국에서 소해면상뇌증이 발병한다고 가정하더라도 감염부위를 소비자가 섭취할 위험성은 더욱 낮다고 할 것이다. 여기에다가 미국 정부가 소해면상뇌증의 발병·확산 등을 통제하기 위해 사료 제한 등 일정한 조치를 취함으로써 국제수역사무국으로부터 소해면상뇌증 위험통제국으로 분류된 점 등에 비추어 미국 내의 위험통제 조치만으로도 이미 소해면상뇌증 발생가능성과 감염 부위의 섭취 가능성이 상당 부분 낮아진 상태라고 할 수 있다.
나아가 미국 내에서의 이러한 위험통제 조치에도 불구하고 미국에서 소해면상뇌증이 다시 발생하고 그에 감염된 쇠고기 부위가 국내에 수입된다고 가정하더라도, 적어도 이 사건 고시에서 특정위험물질(제1조 제9항)에 대한 수입제한 조치를 취하고 있으므로 국민들이 변형 크로이츠펠트야콥병을 유발한다고 알려진 변형 프리온 단백질이 함유된 특정위험물질을 섭취하게 될 가능성은 매우 낮다고 할 것이다.
물론 이 경우에도 변형 프리온 단백질이 함유된 쇠고기를 섭취할 가능성이 완전히 배제된다고는 볼 수 없을지 모르나, 다시 그러한 쇠고기를 섭취하여 변형 크로이츠펠트야콥병에 걸릴 확률이 매우 희박할 뿐 아니라 쇠고기 소비자가 미국산 쇠고기를 섭취하지 않으려면 원산지표시를 확인하는 등으로 그 섭취를 피할 방법도 있다는 점 등을 종합적으로 고려하면, 현재까지 확인된 과학기술 지식에 비추어 청구인들이 내세우는 정도의 위험 주장만으로 기본권 침해의 구체적이고 객관적인 위험을 드러낸 것이라고 볼 수 없다. 따라서 위와 같이 구체적이고 객관적인 위험상황이 드러나지 않은 단계에서 본안으로 나아가 기본권보호의무 위반 여부를 판단할 수는 없다고 할 것이다.
그렇다면, 청구인들의 주장을 국가의 기본권 보호의무 위반으로 인한 기본권침해 주장으로 선해할 수 있다고 하더라도 현재로서는 미국산 쇠고기의 수입 등으로 인한 구체적이고 객관적인 위험상황이 드러나지 아니하여 기본권 침해의 가능성을 인정할 수 없으므로, 청구인들의 이 사건 심판청구도 부적법하여 각하하여야 할 것이다. 
9. 재판관 조대현의 각하의견
이 사건 고시는 가축의 전염성 질병이 발생하거나 퍼지는 것을 막음으로써 공중위생의 향상에 기여하기 위하여 가축전염병예방법 제34조 제2항에 의거하여 미국산 쇠고기를 수입할 경우에 갖추어야 할 위생조건과 그 검증에 관한 사항을 정한 것이다.
이 사건 고시는 쇠고기의 수입조건을 정한 것이기 때문에 미국산 쇠고기를 수입하는 자유를 제한한다고 할 수 있지만, 쇠고기 소비자의 기본권을 침해하는 내용은 포함하고 있지 않다. 오히려 이 사건 고시는 미국산 쇠고기가 국민보건상 안전성을 갖추도록 도모하는 것이기 때문에 미국산 쇠고기를 소비하는 국민들의 건강에 대한 위험을 예방하고자 하는 것이다. 따라서 이 사건 고시는 미국산 쇠고기의 수입업자가 아닌 일반 국민들의 기본권을 침해하는 것이라고 볼 수 없다.
청구인들은 이 사건 고시가 미국산 쇠고기의 광우병 위험성을 완전하게 제거시키지 못하여 생명·신체의 안전에 대한 국가의 보호의무를 충분하게 이행하지 아니함으로써 미국산 쇠고기 소비자들의 건강권을 침해한다고 주장한다.
그러나 이 사건 고시는 앞서 본 바와 같이 미국산 쇠고기를 소비하는 국민들의 건강에 대한 위험을 예방하기 위한 조치라고 할 수 있다. 그리고 식품위생법 제4조와 제5조는 병원미생물에 감염되었거나 유해물질이 들어있는 식품이나 질병으로 죽은 동물의 고기 등을 판매하거나 판매할 목적으로 수입하는 행위 등을 금지하고, 이에 위반한 경우에는 처벌하도록 규정하고(제74조의2) 있으므로, 국가가 미국산 쇠고기의 광우병 위험성으로부터 국민들의 생명·신체의 안전을 보호할 의무를 소홀히 하고 있다고 보기 어렵다.
그리고 국가가 국민의 생명·신체의 안전에 대한 보호의무를 불이행하여 기본권이 침해되었다고 하려면, 국민의 생명·신체의 안전에 대한 위험이 구체적으로 현존하고, 그대로 방치하면 국민의 생명·신체가 침해될 것이 명백한 경우라야 하는데, 그러한 상황이라고 인정할 자료가 없다. 미국은 2003. 12. 광우병이 발생된 후 광우병 발생 위험성을 제거하는 조치를 시행하여 2007. 5. 국제무역사무국으로부터 광우병 위험을 통제하는 국가로 인정받았기 때문에, 이 사건 고시가 공포된 2008. 6. 26. 이후에 수입하는 미국산 쇠고기에 광우병의 위험성이 구체적으로 현존하고 그대로 방치하면 국민들이 광우병에 걸릴 위험성이 명백하다고 보기 어렵다고 할 것이다. 
결국 이 사건 고시는 국민들의 생명과 신체에 대한 구체적이고 명백한 위험이 현존한다고 볼 수 없어서 국가의 건강보호의무를 거론할 수 없는 상황에서 국민들의 건강에 대한 미지(未知)의 위험을 예방하기 위하여 마련한 조치라고 할 것이고, 국민들의 건강권을 막바로 침해하거나 위험에 방치하는 것이라고 볼 수 없다.
설사 이 사건 고시가 미국산 쇠고기의 광우병 위험성을 예방하기에 충분하지 않다고 하더라도, 이 사건 고시로 인하여 미국산 쇠고기 소비자들의 건강권이 막바로 침해되는 것이 아니다. 미국산 쇠고기를 수입하는 행위와 그것을 소비하는 행위가 있어야 비로소 그 소비자들만 광우병의 위험성과 접촉하게 되는 것이고 건강을 침해받을 가능성이 생기게 되는 것이다.
따라서 이 사건 고시는 미국산 쇠고기의 수입업자가 아닌 청구인들에 대하여 기본권 침해성이 없고, 청구인들은 이 사건 고시로 인하여 직접 기본권을 침해받는 지위에 있다고 볼 수 없으므로, 청구인들의 이 사건 헌법소원심판 청구는 부적법하다고 보지 않을 수 없다. 이 사건 심판청구를 각하하여야 한다.
  10. 재판관 송두환의 위헌의견
나는 이 사건 고시가 국민의 생명·신체의 안전에 관한 기본권 보호의무를 위반하였음이 명백하지 아니하다는 다수의견에 찬성하지 아니하므로, 다음과 같이 그 이유를 밝혀 둔다.
가. 기본권 보호의무 위반의 구체적 심사기준
(1) 국가가 어떠한 입법·행정상의 조치를 통하여 국민의 생명·신체의 안전을 유지, 보호하고 그에 대한 침해의 위험을 방지할 것인지는 원칙적으로 국가의 폭 넓은 재량에 맡겨져 있다 할 것이고, 따라서 헌법재판소로서는 원칙적으로 국가가 기본권 보호의무를 위반한 것이 명백한 경우에만 국가의 해당 작위나 부작위의 위헌성을 확인할 수 있다 할 것이다. 우리 헌법재판소는 그 기준을 "과소보호 금지원칙"이라 하여 이를 기본권 보호의무 위반에 관한 심사의 기준으로 삼아 왔다.
그런데, 구체적 사안에서 국가의 기본권 보호의무 이행조치가 과소보호 금지원칙에 위반된 것인지 여부를 실제로 판단함에 있어서 그 기준의 엄격 정도는 일률적으로 정할 수 있는 것이 아니고, 문제되는 기본권 보호법익의 종류 및 중요도, 위험의 정도와 내용 등을 종합적으로 비교 형량하여 구체적으로 확정하여야 할 것이다.
(2) 이 사건 사안과 같이 국민의 생명·신체 내지 보건 등 매우 중요한 사항에 관한 것인 경우, 특히 이 사건 고시와 같이 위험성을 내포한 식재료가 대량으로 수입되어 국내에서 제대로 검역되지 못한 채 유통됨으로써 일반 소비자에게 초래될 수 있는 위험의 정도와 내용이 매우 중대하고 심각할 뿐 아니라 이를 돌이키거나 통제하는 것이 불가능한 사안에 있어서는, 단순히 기본권보호의무 위반이 명백한 경우에만 그 보호조치가 헌법에 위반된다고 보는 것은 국가에게 국민의 기본적 인권을 확인하고 보장할 의무를 부과한 헌법의 기본정신에 부합한다고 보기 어렵고, 제3자의 권리나 공익을 침해함이 없이 채택할 수 있는 더 개선된 다른 보호수단이 존재하거나, 보호법익에 대한 위험을 최소화하기 위한 충분한 노력과 시도를 다하였다는 점이 명백하지 아니한 한, 헌법상 충분한 보호조치를 취한 것이라고 판단할 수 없다 할 것이다.
더구나, 국가 보호조치의 수준을 권력분립원칙과 민주주의원칙에 따라 국민에 의해 직접 민주적 정당성을 부여받은 의회가 직접 정하지 않고 이 사건 고시와 같이 하위의 법령에 의하여 보호조치의 수준이 결정되도록 하고 있는 경우에는, 보다 엄격한 기준에 의하여 심사할 필요가 있다 할 것이다.
나. 이 사건 고시의 문제점
(1) 다수의견도 지적하는 바와 같이, 변형 크로이츠펠트야콥병은 소해면상뇌증에 감염된 소에 축적된 변형 프리온 단백질을 섭취한 사람에게 전이되는 것으로, 발병될 경우 거의 100%에 가까운 치사율을 보이는 것으로 알려져 있고, 그에 대한 특별한 예방이나 치료방법이 밝혀지지 않은 현재의 과학기술지식으로서는 소해면상뇌증에 감염된 소에 축적된 변형 프리온 단백질을 차단시키는 조치가 필요한 것으로 확인되고 있다. 그런데 미국에서는 이미 소해면상뇌증과 변형 크로이츠펠트야콥병이 발병한 사실이 객관적으로 확인된 바 있을 뿐 아니라, 지금까지의 과학기술지식에 의하더라도 소해면상뇌증에 감염된 미국산 쇠고기가 수입·유통됨으로써 소해면상뇌증이 확산되거나 변형 크로이츠펠트야콥병으로 전이될 가능성을 배제할 수 없다 할 것이다. 
다수의견은 이러한 사실을 전제로 미국산 쇠고기 수입과 관련하여 국민의 생명과 신체 등 기본권적 법익을 보호하여야 할 위험상황에 처해 있다는 점과 그 위험을 방지하기 위하여 국가에게 구체적 보호의무가 있다는 점을 인정하면서도, 미국이 OIE 국제기준에 따라 소해면상뇌증 위험통제국의 지위를 취득한 것과 관련하여 그 자체로써 미국산 쇠고기 수입으로 인한 소해면상뇌증 및 변형 크로이츠펠트야콥병이 발병·전이될 위험성이 실제로 감소된 것으로 본 나머지, 미국산 쇠고기의 수입위생조건 및 검역조건을 종전보다 완화시킨 이 사건 고시가 관련 과학기술 지식과 OIE 국제기준 등에 근거한 보호조치로서 자의적으로 재량권을 행사하였다거나 합리성을 상실하였다고 보기 어렵다고 판단하였다. 
(2) 그러나, 이와 같이 다수의견이 이 사건 고시의 위험성과 관련하여 중요한 판단기준으로 내세우는 OIE 국제기준은 국제수역사무국에서 세계무역기구 회원국 간에 동물과 동물성 제품의 무역과 관련하여 개발한 표준 내지 기준으로서 단지 권고적 의미만을 가질 뿐이므로, 이에 기초하여 이 사건 고시의 기본권보호의무 위반 여부를 판단할 수는 없다고 할 것이다(회원국의 위생 검역조치가 자의적인 무역제한조치로 악용되는 것을 방지하기 위한 목적으로 체결된 SPS 협정은 각국의 조치가 관련 국제기준에 부합할 것을 요구하면서도, 회원국의 특수성에 기반하여 과학적 정당성 등이 있는 경우에는 회원국이 국제기준 등에 기초한 조치보다 높은 보호수준의 위생 및 검역조치를 도입·유지할 권리를 배제하지 않고 있다. SPS 협정 제3조 제2·3항 참조). 
다만, 세계무역기구 회원국인 우리나라로서는 소해면상뇌증 등에 대한 위생 및 검역조치와 관련하여 국제무역환경 속에서 OIE 국제기준과 과학기술지식에 터잡아 위생 및 검역조치를 취할 필요가 있다는 측면까지 부정하기는 어려우므로, 개정 전 고시에 비하여 전반적으로 완화된 내용의 수입위생조건을 담고 있는 이 사건 고시의 위험방지조치로서의 합리성 등을 판단함에 있어, 한편으로는 OIE 국제기준 및 과학기술지식 등을 염두에 두면서, 다른 한편 수입위생조건에서 정한 수입허용범위가 적정한 것인지, 미국에서 수출용 쇠고기에 대한 위생검역조치가 합리적인 것인지, 국내 수입검역장에서의 위생 및 검역조치가 제대로 갖추어져 있는지 여부 등을 종합적으로 확인할 필요가 있을 것이다. 물론 여기에는 미국산 쇠고기를 섭취하는 우리 국민의 식생활 습관과 국내 시장에서의 쇠고기 유통현황 등도 함께 고려되어야 할 것이다. 
(3) 이 사건 고시는 개정 전 고시에 비하여 수입허용 범위를 더 넓히면서 검역과 통제는 더 축소하는 등 미국산 쇠고기에 대한 수입위생조건을 완화하여 설정하고 있다. 
먼저, 개정 전 고시는 30개월령 미만 소에서 생산된 지육으로부터 뼈를 제거한 골격근육만을 수입하도록 하면서 모든 소의 뇌, 눈, 척수, 머리뼈, 척주, 편도, 회장원위부 및 이들로부터 생산된 단백질 제품을 제외한 반면, 이 사건 고시는 30개월령 이상 소의 경우에도 뇌, 눈, 척수, 머리뼈, 등뼈, 등배신경절, 척주를 제외하고는 수입이 가능한 것으로 규정함으로써 수입허용범위를 지나치게 넓게 설정하고 있다. 비록 이 사건 고시 부칙에서 30개월령 이상 쇠고기에 대해서는 소비자 신뢰 개선시까지 수입을 일시 유예하면서(제7항), 미국이 ‘강화된 사료조치’를 공포할 경우에 수입이 허용될 수 있도록 하였으나(제2항), 여기서 말하는 유예조치는 한시적인 것에 불과할 뿐 아니라 ‘강화된 사료조치’가 무엇인지 불분명하며, 나아가 30개월령 미만의 소의 경우 눈, 머리뼈, 척수에 대해서도 수입업자의 주문만으로 수입이 가능하다는 문제가 있다(부칙 제8항). 특히 이 사건 고시에서 특정위험물질(SRM, 제1조 제9항)을 정함에 있어 막연히 내장 부위 중 회장원위부 정도만을 특정위험물질로 정하고 있는데(기록에 편철된 우리 정부의 2007. 9. 11.자 제2차 전문가회의 자료에 의하면, 위, 창자 등 내장 전체를 수입금지할 것을 제안한 바 있음), 이는 국내 수입검역과정에서 소장 부위 중 특정위험물질인 회장원위부가 제대로 제거됐는지 확인하는 것이 어렵다는 점과 국내에서 소장을 비롯한 소의 내장을 광범위하게 식재료로 사용하고 있다는 점을 제대로 고려하지 아니한 것으로서, 미국산 쇠고기 수입과 관련한 이 사건 고시의 수입위생조건을 정함에 있어 내장 및 뼈 부위를 식재료로 광범위하게 사용하여 온 우리 국민의 식생활 습관을 충분히 고려하지 않았다는 데 문제의 심각성이 있다고 할 것이다.
나아가 수출작업장의 관리·감독권과 관련하여, 개정 전 고시는 수출 쇠고기의 작업장 선정에 대한 한국정부의 현지 점검 및 승인권을 인정함과 아울러(제5조), 수출 쇠고기의 작업장에 대한 현지점검권을 인정하면서 수입위생조건 중 중대한 위반사실을 발견한 때에는 미국정부에 해당 작업장에서 처리된 쇠고기의 한국수출 중단을 요구할 수 있다고 하였으나(제7조), 이 사건 고시에서는 미국 농업부의 검사 하에 운영되는 미국의 모든 육류작업장에 대하여 수출 쇠고기 또는 쇠고기 제품의 생산자격을 부여하였고(제6조), 수출 작업장에 대한 감독권한을 미국정부에 부여하였으며(제7조), 한국 정부는 단지 쇠고기 및 쇠고기 제품을 수출하는 육류작업장 중 대표성 있는 표본에 대하여 현지 점검을 실시할 수 있는 정도로 규정함으로써(제8조) 미국 내 수출작업장에 대한 우리 정부의 관여 정도를 개정 전 고시에 비하여 현저하게 약화시켜 놓았다. 
또한 수입검역 단계에서도 이 사건 고시는 개정 전 고시와는 달리 수출검역서의 기재사항에서 소해면상뇌증 의심 또는 감염소가 아니라는 확인을 제외시킴으로써 종래 수출국인 미국 측의 검역사항으로 되어있던 것을 상당 부분 수입국인 우리 정부의 검역사항으로 전환시킨 결과가 되었고, 국립수의과학검역원의 지침인 ‘미국산 쇠고기 검역·검사 지침’에 따르면, 수입된 물량 중 일부에 대한 개봉검사(관능검사) 비율(제22조의 ‘정상 검사절차 및 비율’을 의미함)이 3% 정도에 불과하여, 우리 정부가 설사 검역 검사 과정 중 식품 안전에 대한 위해를 발견한다고 하더라도 생산단위인 당해 로트를 불합격 조치할 수 있을 뿐 해당 육류작업장에서 생산된 제품은 여전히 수입검역검사를 받을 수 있으며, 동일 제품의 동등 이상 물량 5개 로트에 대한 검사에서 식품 안전 위해가 발견되지 않는다면 여전히 정상 검사절차 및 비율을 적용하여야 한다고 하여(이 사건 고시 제23조), 수입 검역의 내용에 대하여 특별한 제한을 두지 않았던 개정 전 고시(제20조 참조)에 비하여 검역권한 자체를 상당히 축소함으로써 미국산 쇠고기 수입으로 인한 위험방지조치로서 취해진 이 사건 수입위생조건 자체를 유명무실하게 만들 만큼 수입검역조치가 부실화될 우려를 배제할 수 없게 되었다. 
(4) 정부가 위와 같이 수입위생조건을 완화하여 설정한 것은 미국에서 OIE 국제기준에 따라 소해면상뇌증의 위험을 통제하고 있다는 전제에 선 것이나, 앞서 보았듯이 OIE 국제기준은 소해면상뇌증으로 인한 위험성 판단 요소 중 하나에 불과하고, 나아가 미국에서의 소해면상뇌증 위험통제에 대하여 볼 때 동물성 단백질 사료를 소 이외에 다른 가축의 사료로 사용함으로써 비롯되는 이른바 교차오염의 위험을 해결하지 못하고 있을 뿐만 아니라(교차위험은 OIE 국제기준에 나와 있지는 않으나, 소해면상뇌증의 위험성을 증대시키는 요인으로 알려져 있음), 2008. 4. 25. 미국 연방 관보에 입법예고된 미국의 사료금지조치(2009. 4. 27. 시행)에 의하더라도 30개월령 미만이나 소해면상뇌증의 감염 의심이 있는 소로부터 유래된 동물성 사료의 사용 금지 여부를 규제하지 않아 여전히 소해면상뇌증 발병 위험성이 상존한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 미국에서 소해면상뇌증에 대한 위험통제가 제대로 이루어진다고 판단할 수는 없을 것이다.
그럼에도 불구하고 우리 정부는 미국에서 소해면상뇌증에 대한 위험통제가 충분히 적정하게 이루어질 것이라고 안이하게 판단하여 개정 전 고시보다 수입허용범위를 더 넓히면서 수출작업장에 대한 통제와 수입검역단계에서의 검역조치를 축소하거나 약화시키는 내용의 이 사건 수입위생조건을 설정한 것이다.
(5) 이 사건 고시는 국민의 생명·신체의 안전에 관한 기본권을 보호하기 위한 조치로서의 성격을 지니는 것이므로, 개정 전의 고시에 비하여 전반적으로 그 보호조치를 완화함에 있어서는 단지 OIE 국제기준만을 고려하는 것을 넘어서, 미국산 쇠고기의 실질적 위험성의 감소 여부에 대한 독자적인 판단과 우리나라의 특수한 사정에 대한 고려를 통하여 그 보호조치가 부족함이 없는지를 보다 세심히 살폈어야 할 것이다.
특히, 내장 및 뼈 부위를 식재료로 광범위하게 사용하여 온 우리나라의 식문화의 특수성은 어느 정도 인정되는 것인 만큼, 정부는 과학적인 지식에 입각한 전문적인 위험성 조사 및 그 결과에 대한 투명한 공개를 통하여 국민의 막연한 우려와 공포심을 합리적인 이성에 입각한 판단으로 전환시킬 수 있는 사전적 절차를 충분히 마련하였어야 할 것이다.
또한, 수입쇠고기의 불투명한 유통과정, 군대·학교 등 대규모 급식의 불충분한 관리 상태, 당초 원산지 표시제가 시행되고 있지 않았던 점 등 법률적·제도적인 측면에서도 이 사건 고시의 제정 무렵에는 소비자의 선택권이 충분히 보장되기 어려운 상황이었다.
이 사건 고시를 발령할 당시 정부가 이러한 사정을 종합적으로 충분히 고려하여 미국산 쇠고기 수입으로 인한 위험방지조치를 취하였다고는 보기 어렵고, 위와 같은 이 사건 고시의 미비점은 엄청난 국민적 저항에 부딪쳐 뒤늦게 일부 보완되기도 하였으나, 그렇다고 하여 이 사건 고시 자체의 미비점이 완전히 치유되었다고는 보기 어렵다.
(6) 위에서 본 바와 같이, 미국이 비록 OIE 국제기준에 따라 소해면상뇌증 위험통제국 지위를 취득하였다고 하더라도 이 점만으로 미국에서 소해면상뇌증의 위험성이 감소하였다고 평가하기는 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 고시에서 정한 수입허용 범위, 수출국 검역장에 대한 조치 및 수입검역단계에서의 조치 등을 종합적으로 볼 때, 이 사건 고시는 미국에서의 소해면상뇌증에 대한 위험통제 상황과 관련 과학기술지식 및 우리 국민의 식생활 습관 등에 대하여 충분히 고려하지 아니한 채 성급하게 이루어진 것이라고 할 것이다.
다. 결론
이 사건 고시는 미국이 OIE 국제기준상 소해면상뇌증 위험통제국 지위를 얻은 것에 기초하여 특별한 사정변경 없이 개정 전 고시보다 수입위생조건을 완화시킴으로써 미국산 쇠고기에 대한 위험방지조치의 정도를 현저히 낮춘 것으로서, 이를 정당화할만한 특별한 사정변경이나 공익적 필요성을 발견할 수 없는 반면, 미국산 쇠고기의 수입·유통으로 국민의 생명, 신체의 안전 등 기본권적 법익을 해할 위험성이 여전히 남아 있다 할 것이다.
그렇다면, 이 사건 고시는 국가의 기본권 보호의무를 불충분하게 이행한 것이라고 아니할 수 없고, 따라서 이 사건 고시는 국가의 기본권 보호의무에 위배하여 청구인들의 기본권을 침해한다고 봄이 상당하다 할 것이다.

2008.    12.    26.
                                                              
  재판장    재판관  이강국        이강국                      
                                                              
                                                              
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            재판관  이공현        이공현                      
                                                              
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            재판관  조대현        조대현                      
                                                              
                                                              
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            재판관  김희옥        김희옥                      
                                                              
                                                              
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            재판관  김종대        김종대                      
                                                              
                                                              
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            재판관  민형기      민형기                        
                                                              
                                                              
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            재판관  이동흡      이동흡                        
                                                              
                                                              
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            재판관  목영준        해외출장으로 서명날인 불능  
                                                              
                                                              
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                      재판장      이강국                      
                      재판관                                  
                                                              
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            재판관  송두환        송두환                      
                                                              
                                                              
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