# 국가인권위원회와 대통령 간의 권한쟁의

## 판시사항

법률에 의하여 설치된 국가기관인 청구인에게 권한쟁의 심판의 당사자능 력이 인정되는지 여부(소극)

## 결정요지

권한쟁의 심판은 국회의 입법행위 등을 포함하여 권한쟁의 상대방의 처분 또는 부작위가 헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 청구인의 권한을 침해하였거나 침해할 현저한 위험이 있는 때 제기할 수 있는 것인데 , 헌법상 국가에게 부여된 임무 또는 의무를 수행하고 그 독립성이 보장된 국가기관이라고 하더라도 오로지 법률에 설치근거를 둔 국가기관이라면 국회의 입법행위에 의하여 존폐 및 권한범위가 결정될 수 있으므로 이러한 국가기관은 ‘헌법에 의하여 설치되고 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받은 국가기관 ’이라고 할 수 없다. 즉, 청구인이 수행하는 업무의 헌법적 중요성 , 기관의 독립성 등을 고려한다고 하더라도 , 국회가 제정한 국가인권위원회법에 의하여 비로소 설립된 청구인은 국회의 위 법률 개정행위에 의하여 존폐 및 권한범위 등이 좌우되므로 헌법 제111조 제1항 제4호 소정의 헌법에 의하여 설치된 국가기관에 해당한다고 할 수 없다. 결국, 권한쟁의 심판의 당사자능 력은 헌법에 의하여 설치된 국가기관에 한정하여 인정하는 것이 타당하므로 , 법률에 의하여 설치된 청구인에게는 권한쟁의 심판의 당사자능력이 인정되지 아니한다 .
재판관 김희옥 , 재판관 민형기의 보충의견 
피청구인이 ‘국가인권위원회와 그 소속기관 직제’를 개정한 것은 국가인권위원회법 규정의 위임에 따른 것이고 , 이와 별도로 위원회의 권한을 정한 위 법규정이 그 내용에 있어 아무런 변동이 없이 그대로 유지되고 있으므로, 특단의 사정이 없는 한 피청구인의 그러한 직제개편만으로는 곧바로 청구인의 권한이 침해될 것이라고 단정할 수는 없는 것이다 . 따라서 청구인의 권한이 침해될 가능성이 있다고 할 수 없으므로, 이 사건 권한쟁의심판청구는 이 점에서도 마찬가지로 부적법하다.
재판관 조대현 , 재판관 김종대 , 재판관 송두환의 반대의견
권한쟁의심판에 관한 헌법 및 헌법재판소법의 관련 규정, 권한쟁의심판과 기관소송의 관계 등에 비추어 , 비록 법률에 의해 설치된 국가기관이라고 할지라도 그 권한 및 존립의 근거가 헌법에서 유래하여 헌법적 위상을 가진다고 볼 수 있는 독립적 국가기관으로서 달리 권한침해를 다툴 방법이 없는 경우에는 헌법재판소에 의한 권한쟁의심판이 허용된다고 보아야 할 것인바 , 청구인은 바로 이 경우에 해당하 므로 권한쟁의심판청구의 당사자 능력이 마땅히 인정되어 야 한다.

## 참조조문

헌법 제111조 제1항 제4호
국가인권위원회법 제1조, 제3조, 제5조, 제8조, 제18조, 제19조

## 참조판례

헌재 1997. 7. 16. 96헌라2, 판례집 9-2, 154, 162-163

## 전문

[당 사 자]
청 구 인 국가인권위원회
대표자 위원장 현병철
대리인 법무법인 봄 (담당변호사 박재
승 외 1인) 외 3인
피 청 구 인 대통령
대리인 법무법인 바른
담당변호사 조현일 외 1인

[주 문]
이 사건 심판청구를 각하한다.

[이 유]
1. 사건의 개요 및 심판의 대상
가. 사건의 개요 
(1) 청구인은 2001. 5. 24. 법률 제6481호로 제정된 국가인권위원회법에 의하여 인권침해행위에 대한 조사와 구제 등의 업무를 수행하기 위하여 설립된 국가기관이다. 

(2) 국가인권위원회법 제18조에 의하면 국가인권위원회법에 규정된 사항 외에 국가인권위원회의 조직에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있는바, 이에 관한 대통령령이「국가인권위원회와 그 소속기관 직제」(이하 ‘직제령’이라고 한다.)이다. 

(3) 행정안전부장관은 정부조직과 정원 등에 관한 사무를 관장하는 중앙행정기관으로서 2009. 3. 30. 국가인권위원회 직제령에 대한 전부 개정안(이하 ‘이 사건 직제령 개정안’이라고 한다.)을 국무회의 안건으로 상정하였고, 국무회의는 같은 날 이를 의결하였다. 이 사건 직제령 개정안의 주요 내용은 청구인 조직을 종전 5본부 22팀 4소속기관에서 유사기능을 통합하고 하부조직을 대과(大課) 체제로 전환하여 1관 2국 11과 3소속기관으로 개편하면서 정원을 208명에서 164명으로 21.2% 감축하는 것이다.

(4) 청구인은 2009. 3. 30. 이 사건 직제령 개정안이 헌법 및 국가인권위원회법에 의하여 부여된 청구인의 독립적 업무수행권한을 침해하고 있다고 주장하면서, 피청구인을 상대방으로 그 권한침해 확인 및 위 직제령 개정안의 무효 확인을 구하는 이 사건 권한쟁의심판을 청구하였다. 

(5) 피청구인은 2009. 4. 6. 이 사건 직제령 개정안에 따라 대통령령 제21411호로 전부개정된 직제령(이하 ‘이 사건 직제령’이라고 한다.)을 관보에 게재함으로써 공포절차를 마쳤고, 그 효력은 부칙규정에 의하여 공포일로부터 발생하였다. 

나. 심판의 대상
이 사건 심판의 대상은 ‘피청구인의 이 사건 직제령 개정행위가 청구인의 권한을 침해하거나 침해할 현저한 위험이 있는지 여부’ 및 ‘이로 인하여 이 사건 직제령이 무효인지 여부’이다(청구인은 피청구인을 상대로 이 사건 직제령 개정안을 심판대상으로 삼아 이로 인한 청구인의 권한침해 확인 및 그 무효확인을 구하고 있으나, 청구인의 이 사건 권한쟁의심판청구 이후 피청구인은 직제령 개정행위를 완성하여 이 사건 직제령의 효력을 발생시켰으므로, 심판의 대상을 위와 같이 정한다.). 

다. 관련 규정
심판의 대상과 관련된 국가인권위원회법 조항은 별지1 기재와 같다.

2. 청구인의 주장요지 및 피청구인, 관계기관의 답변요지
별지 2 기재와 같다. 

3. 판단 
헌법은 제111조 제1항 제4호에서 헌법재판소의 관장사항의 하나로 "국가기관 상호간, 국가기관과 지방자치단체 간 및 지방자치단체 상호간의 권한쟁의에 관한 심판"이라고 규정하고 있을 뿐 권한쟁의심판의 당사자가 될 수 있는 국가기관의 종류나 범위에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않고, 이에 관하여 특별히 법률로 정하도록 위임하고 있지도 않다. 따라서 입법자인 국회는 권한쟁의심판의 종류나 당사자를 제한할 입법형성의 자유가 있다고 할 수 없고, 헌법 제111조 제1항 제4호에서 말하는 국가기관의 의미와 권한쟁의심판의 당사자가 될 수 있는 국가기관의 범위는 결국 헌법해석을 통하여 확정하여야 할 문제이다.
그런데 헌법이 특별히 권한쟁의심판의 권한을 법원의 권한에 속하는 기관소송과 달리 헌법의 최고 해석·판단기관인 헌법재판소에 맡기고 있는 취지에 비추어 보면, 헌법 제111조 제1항 제4호가 규정하고 있는 "국가기관 상호간"의 권한쟁의심판은 헌법상의 국가기관 상호간에 권한의 존부나 범위에 관한 다툼이 있고 이를 해결할 수 있는 적당한 기관이나 방법이 없는 경우에 헌법재판소가 헌법해석을 통하여 그 분쟁을 해결함으로써 국가기능의 원활한 수행을 도모하고 국가권력 간의 균형을 유지하여 헌법질서를 수호·유지하고자 하는 제도라고 할 것이다. 
따라서 헌법 제111조 제1항 제4호 소정의 "국가기관"에 해당하는지 아닌지를 판별함에 있어서는 그 국가기관이 헌법에 의하여 설치되고 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받고 있는지 여부, 헌법에 의하여 설치된 국가기관 상호간의 권한쟁의를 해결할 수 있는 적당한 기관이나 방법이 있는지 여부 등을 종합적으로 고려하여야 할 것이다(헌재 1997. 7. 16. 96헌라2, 판례집 9-2, 154, 162-163 참조).
청구인은, 헌법에 설치근거를 갖지 아니하고 단지 법률에 의하여 설치된 국가기관이라고 하더라도 그 권한이 기본권 보장 등 헌법상 국가에 부여된 업무 수행에 관한 것이고, 헌법에 설치근거를 둔 국가기관에 준할 정도의 독립성이 부여되어 있는 등 헌법상 국가기관에 준하는 지위를 부여받고 있다고 보이는 한편, 그 권한분쟁에 관하여 헌법재판소에 의한 권한쟁의심판 절차에 의하지 아니하고는 권한분쟁을 해결할 수 있는 적당한 기관이나 방법이 따로 존재하지 않는다면, 해당 국가기관에 대하여 권한쟁의심판의 당사자능력을 인정하여야 한다고 주장한다.
그러나 권한쟁의심판은 국회의 입법행위 등을 포함하여 권한쟁의 상대방의 처분 또는 부작위가 헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 청구인의 권한을 침해하였거나 침해할 현저한 위험이 있는 때 제기할 수 있는 것이다. 그런데 헌법상 국가에게 부여된 임무 또는 의무를 수행하고 그 독립성이 보장된 국가기관이라고 하더라도, 오로지 법률에 설치근거를 둔 국가기관이라면 국회의 입법행위에 의하여 존폐 및 권한범위가 결정될 수 있으므로, 이러한 국가기관은 ‘헌법에 의하여 설치되고 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받은 국가기관’이라고 할 수 없다. 즉, 청구인이 수행하는 업무의 헌법적 중요성, 기관의 독립성 등을 고려한다고 하더라도, 국회가 제정한 국가인권위원회법에 의하여 비로소 설립된 청구인은 국회의 위 법률 개정행위에 의하여 존폐 및 권한범위 등이 좌우되므로, 헌법 제111조 제1항 제4호 소정의 헌법에 의하여 설치된 국가기관에 해당한다고 할 수 없다. 
법률에 의하여 설치된 기관의 경우는 그 권한을 둘러싼 분쟁이 헌법문제가 아니라 단순한 법률문제에 불과하다. 따라서 권한쟁의심판의 당사자능력을 법률에 의하여 설치된 국가기관으로까지 넓게 인정한다면 헌법해석을 통하여 중요한 헌법상의 문제를 심판하는 헌법수호기관으로서의 헌법재판소의 지위와 기능에도 맞지 아니하고 헌법재판소와 법원의 관할을 나누어 놓고 있는 헌법체계에도 반한다. 
또한, 청구인은 중앙행정기관에 해당하고 타 부처와의 갈등이 생길 우려가 있는 경우에는 피청구인의 명을 받아 행정 각부를 통할하는 국무총리나 피청구인에 의해 분쟁이 해결될 수 있고, 청구인의 대표자가 국무회의에 출석해 국무위원들과 토론을 통하여 문제를 해결할 수 있는 점에 비추어서도 청구인이 헌법 제111조 제1항 제4호 소정의 "국가기관"에 해당한다고 보기 어렵다. 
그리고 행정소송법상 기관소송이 그 관할범위가 협소하여 국가기관의 권한분쟁에 대한 해결수단으로 미흡하다면, 이는 입법적으로 기관소송의 범위를 확대하는 등의 방법으로 해결해야지, 헌법상 권한쟁의심판의 대상 범위를 확장하여 해결할 것은 아니다. 
결국, 권한쟁의심판의 당사자능력은 헌법에 의하여 설치된 국가기관에 한정하여 인정하는 것이 타당하므로, 법률에 의하여 설치된 청구인에게는 권한쟁의심판의 당사자능력이 인정되지 아니한다.

4. 결론
그렇다면, 당사자능력이 인정되지 아니하는 청구인의 이 사건 권한쟁의심판청구는 부적법하고 그 흠결을 보정할 수 없으므로, 헌법재판소법 제40조, 민사소송법 제219조에 의하여 변론 없이 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다.
이 결정에 대하여 재판관 김희옥, 재판관 민형기가 아래 5.와 같은 보충의견을 표시하고, 재판관 조대현, 재판관 김종대, 재판관 송두환이 아래 6.과 같은 반대의견을 표시하였다.

5. 재판관 김희옥, 재판관 민형기의 보충의견
우리는 이 사건 권한쟁의심판 청구가 당사자능력이 없는 자가 제기한 것이어서 부적법하다는 다수의견과 그 견해를 같이하면서, 이에 추가하여 피청구인이 ‘국가인권위원회와 그 소속기관 직제’(이하 ‘이사건 직제령’이라 한다)를 개정한 것만으로는 청구인의 권한이 침해될 가능성이 있다 할 수 없으므로 이 점에서도 마찬가지로 부적법하다는 것을 지적하고자 한다. 
국가인권위원회법은 국가인권위원회(이하 ‘위원회’라 한다)의 조직에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로, 운영에 관하여 필요한 사항은 위원회의 규칙으로 정하도록 하고(제18조), 위원회가 수행할 업무로 ① 인권에 관한 법령(입법 중의 법령안 포함)·제도·정책·관행의 조사와 연구 및 그 개선이 필요한 사항에 관한 권고 또는 의견의 표명, ② 인권침해행위에 대한 조사와 구제, ③ 차별행위에 대한 조사와 구제, ④ 인권상황에 대한 실태조사, ⑤ 인권에 관한 교육 및 홍보, ⑥ 인권침해의 유형·판단기준 및 그 예방조치 등에 관한 지침의 제시 및 권고, ⑦ 국제인권조약에의 가입 및 그 조약의 이행에 관한 연구와 권고 또는 의견의 표명, ⑧ 인권의 옹호와 신장을 위하여 활동하는 단체 및 개인과의 협력, ⑨ 인권과 관련된 국제기구 및 외국의 인권기구와의 교류·협력, ⑩ 그 밖에 인권의 보장과 향상을 위하여 필요하다고 인정하는 사항을 규정하여, 그 권한의 내용과 범위를 명시하고 있다(제19조).
청구인이 주장하는 바와 같이 피청구인이 이 사건 직제령을 전부 개정하여 위원회의 조직을 전면적으로 개편하고 정원을 감축하였다면, 외견상 위원회의 위상이나 권한 행사가 위축될 우려가 있는 것으로 인식될 여지가 없는 것은 아니나, 피청구인이 이 사건 직제령을 개정한 것은 국가인권위원회법의 위임에 따른 것이고, 이와 별도로 위원회의 권한을 정한 위 규정이 그 내용에 있어 아무런 변동이 없이 그대로 유지되고 있으므로, 특단의 사정이 없는 한 피청구인의 그러한 직제개편만으로는 곧바로 청구인의 권한이 침해될 것이라고 단정할 수는 없는 것이다.
따라서 이 사건 권한쟁의심판 청구는, 청구인의 권한이 침해될 가능성이 있다 할 수 없으므로 마찬가지로 부적법하여 각하되어야 할 것이다.

6. 재판관 조대현, 재판관 김종대, 재판관 송두환의 반대의견
우리는 다수의견과 달리, 청구인의 권한쟁의심판의 당사자능력을 인정하고, 본안에 나아가 청구인의 이 사건 권한쟁의심판청구의 당부를 판단하여야 한다고 생각한다.
가. 권한쟁의심판의 당사자 능력에 대한 판단
(1) 다수의견은 헌법 제111조 제1항 제4호의 ‘국가기관’은 ‘헌법에 의하여 설치된 국가기관’에 한정되므로 헌법이 아닌 법률에 의하여 설치된 청구인에게는 권한쟁의심판의 당사자 능력이 인정되지 않는다고 판단하였다. 
그러나, 우리 헌법 제111조 제1항 제4호는 ‘국가기관’이라는 용어를 사용하고 있을 뿐, ‘헌법기관’이라 표현하고 있지 않다. 또한, 헌법재판소법 제61조 제2항은 "헌법 또는 법률에 의하여 부여받은 권한"을 침해받았거나 침해받을 현저한 위험이 있을 경우 권한쟁의심판청구를 할 수 있다고 규정하여 ‘법률상 부여된 권한’의 침해도 권한쟁의심판의 청구사유가 될 수 있음을 명언하고 있다. 
위 규정들을 살펴보건대, 권한쟁의심판청구를 할 수 있는 국가기관을 ‘헌법에 의하여 설치된 국가기관’으로 한정하는 것은 전혀 근거가 없을 뿐만 아니라, 오히려 규정의 문언에 반하는 것이다.

(2) 한편, 헌법은 헌법재판소의 관장사항으로 권한쟁의에 관한 심판을 규정하고 있을 뿐(헌법 제111조 제1항 제4호), 별도로 법원의 기관소송 관할 등을 규정하지는 아니하였다. 그런데 행정소송법은 행정소송의 한 종류로 ‘국가 또는 공공단체 상호간에 권한의 존부 또는 그 행사에 관한 다툼이 있을 때 제기하는’ 기관소송을 규정하면서, 헌법재판소의 관장사항으로 되는 소송은 법원의 기관소송의 대상에서 제외한다고 규정으로써(행정소송법 제3조 제4호) 헌법재판소의 원칙적·포괄적 관할권을 인정하여 권한쟁의심판에 우선권을 주고 있다. 나아가, 행정소송법 제45조는 ‘기관소송은 법률이 정한 경우에 법률이 정한 자에 한하여 제기할 수 있다’고 규정하는바, 기관소송으로 법률이 정한 경우는 ‘지방자치법’이 규정하고 있는 ① 지방자치단체장이 행정안전부장관의 결정에 대하여 제기하는 이의소송(지방자치법 제4조 제8항), ② 지방자치단체장 또는 주무장관이 지방의회를 상대로 제기하는 소송(지방자치법 제107조, 제172조), ③ 지방자치단체장에 대한 직무명령에 대한 이의소송(지방자치법 제169조 제2항) 및 ‘지방교육자치에 관한 법률’이 규정하고 있는 ④ 교육감(교육감이 제소하지 아니할 경우 교육부장관)이 시·도의회 또는 교육위원회를 상대로 제기하는 소송(지방교육자치에 관한 법률 제28조) 등에 국한되고, 국가기관 상호간의 기관소송은 별도로 법률이 정한 바 없다. 
이와 같은 규정들을 살펴보면, 권한쟁의심판을 청구할 수 있는 국가기관에 ‘법률에 의하여 설치된 국가기관’을 포함하는 것으로 해석한다고 하여 기관소송에 관한 법원의 관할권을 침해하는 것도 아니다.

(3) 다만, 헌법의 최고 해석·판단기관인 헌법재판소의 권한쟁의심판 대상을 헌법과 전혀 무관하거나 내부적인 상명하복 관계에서 해결될 수 있는 다툼에까지 무한정 확장하는 것은 헌법재판소의 위상과 원활한 기능 수행의 측면에서 적합하지 않으므로, 헌법 제111조 제1항 제4호 소정의 ‘국가기관’에 헌법에 의하여 설치된 기관 뿐만 아니라 법률에 의하여 설치된 국가기관도 포함된다고 해석하면서도 ‘헌법적 위상을 가진 독립적 국가기관’에 한정된다고 볼 것이다.
그리고 구체적인 경우에 이에 해당하는지 여부를 판별함에 있어서는, 그 국가기관이 헌법에 규정된 국가의 업무를 직접 수행하기 위한 목적으로 설치되어 헌법 또는 법률에 의하여 독자적인 권한을 부여받고 있는지 여부, 다른 헌법기관으로부터 조직적·업무적으로 독립되어 있는지 여부, 다른 국가기관과의 권한에 대한 다툼을 해결할 수 있는 적당한 기관이나 방법이 있는지 여부 등을 종합적으로 고려하여야 할 것이다.  
이와 같이 해석하는 한, 권한쟁의심판의 당사자 능력을 헌법기관에 한정하지 않더라도 권한쟁의심판을 청구할 수 있는 국가기관의 범위가 지나치게 확대되어 헌법재판소의 기능을 저해하거나 헌법의 최종적 해석·판단기관으로서의 헌법재판소의 위상을 훼손할 염려도 없다.

나. 청구인의 헌법적 위상 및 독립성
(1) 청구인 국가인권위원회는 국제 인권체제의 발전과 국내 민주주의의 진전에 따라 수년 간의 논란 끝에 2001. 5. 24. 법률 제6481호로 국가인권위원회법이 제정됨에 따라 2001. 11. 25. ‘모든 개인이 가지는 불가침의 기본적 인권을 보호하고 그 수준을 향상시킴으로써 인간으로서의 존엄과 가치를 구현하고 민주적 기본질서의 확립에 이바지하기 위하여’(국가인권위원회법 제1조) 설립된 국가기관이다. 청구인은 직접 헌법에 의하여 설치된 국가기관은 아니나, ‘국가는 개인이 가지는 불가침의 기본적 인권을 확인하고 이를 보장할 의무를 진다.’고 규정한 헌법 제10조의 국가의 기본권보장의무를 직접 수행하기 위하여 설립된 국가기관이다.

(2) 국가인권위원회법의 제정과정을 살펴보면, 애당초 정부는 형식적인 독립성을 강조하여 청구인을 민간법인 혹은 특수법인으로 설치하고자 하였으나, 법인의 형식을 취할 경우 명목만 독립적이지 실제는 주무감독관청인 법무부의 산하기관이 될 위험성이 크고, 우리나라의 현실에 비추어 볼 때 민간법인이 국가기구들의 인권침해행위를 감시한다는 것은 실효성이 보장되지 않는다는 반대논거를 수용하여 국가기관으로 규정하게 되었던 것이다. 
그 후 위원회 활동의 독립성을 위하여 대통령 소속의 국가기관으로 설립하자는 주장이 제기되었으나, 청구인을 대통령에 소속하게 하면 기관의 인사와 활동 및 운영 등에 대통령이 관여할 가능성이 높고 결국 독립성을 훼손하게 될 것이라는 우려가 있어, 진지한 검토와 논의 끝에 청구인을 국가기관으로 하되 대통령(행정부) 또는 입법부 등 어디에도 소속되지 아니한 독립기관으로 설치하기로 한 것이다. 

(3) 그리하여, 국가인권위원회법 제3조는 ‘청구인의 설립과 독립성’이라는 제목 하에 제1항에서 ‘이 법이 정하는 인권의 보호와 향상을 위한 업무를 수행하기 위하여 청구인을 둔다.’고 규정함으로써 청구인의 지위를 ‘다른 어떤 헌법기관에도 소속되지 아니한 독립적 국가기관’으로 하였고, 제2항에서는 ‘청구인은 그 권한에 속하는 업무를 독립하여 수행한다.’고 하여 업무의 독립성을 규정하였다. 그리고 청구인의 구성에 있어서도 국회, 대통령, 대법원장에 의한 분할 구성의 원칙을 취하고(위 법 제5조 제3항), 위 법 제29조 제1, 2항은 ‘청구인은 해마다 전년도의 활동내용과 인권상황 및 개선대책에 관한 보고서를 작성하여 대통령과 국회에 보고하여야 한다.’, ‘청구인은 제1항의 규정에 의한 보고 이외에도 필요하다고 인정하는 경우 대통령과 국회에 특별보고를 할 수 있다.’고 규정함으로써, 청구인이 대통령(행정부) 또는 국회 등의 어디에도 소속되지 않는 조직적·업무적 독립성을 명확히 하였다. 

(4) 이처럼 청구인을 민간기구로 하거나 대통령 산하기관으로 하지 않고 소속이 없는 독립적 국가기관으로 만든 것은, 청구인으로 하여금 국가기관 특히 행정부의 통제로부터 벗어나 독립적·중립적으로 위와 같은 헌법적 과제를 완수하도록 하고, 정치적 환경의 변화에도 불구하고 조직적 지속성을 보장받도록 하기 위한 것이다.  
따라서 청구인은 헌법 규정상의 행정부 또는 정부조직법에서 가리키는 행정기관에 해당되지 아니한다.

(5) 정부조직법상 합의제 행정기관을 포함한 정부의 부분기관 사이의 권한에 관한 다툼은 정부조직법상의 상하 위계질서나 국무회의, 대통령에 의한 조정 등을 통하여 자체적으로 해결될 가능성이 있다. 그러나, 여타 헌법기관으로부터 조직적·업무적으로 독립되어 있는 청구인의 경우, 상하관계에 의한 권한질서에 의하여 권한쟁의를 해결하는 것이 불가능하다. 
뿐만 아니라, 청구인을 어디에도 소속되지 않는 독립기관으로 설립한 취지가 인간의 존엄과 가치를 확인하고 보호하기 위한 청구인의 기능을 실효성 있게 확보하기 위한 것으로서 기존의 3권분립 체제를 보완하는 의미도 가진다는 점을 고려하면, 국가기관 내부의 상명하복 관계에서 다툼을 조정하는 것이 바람직하지도 않고, 사법기관을 통하여 유권적으로 해결하는 것이 타당하다. 
그런데 청구인은 앞서 본 바와 같이 법원에 기관소송을 제기할 수도 없고, 그 밖에 헌법재판소에 의한 권한쟁의심판 절차에 의하지 아니하고는 권한분쟁을 해결할 수 있는 다른 방법이 존재하지 않는다.

(6) 이와 같이 비록 법률에 의해 설치된 국가기관이라고 할지라도 그 권한 및 존립의 근거가 헌법에서 유래하여 헌법적 위상을 가진다고 볼 수 있는 독립적 국가기관으로서 달리 권한침해를 다툴 방법이 없는 경우에는 헌법재판소에 의한 권한쟁의심판이 허용된다고 보아야 할 것인바, 청구인은 바로 이 경우에 해당하므로, 권한쟁의 심판청구의 당사자 능력이 마땅히 인정되어야 한다.  

다. 결어
이상에서 검토한 바와 같이, 권한쟁의심판에 관한 헌법 및 헌법재판소법의 관련 규정, 권한쟁의심판과 기관소송의 관계, 청구인의 헌법적 위상 및 독립성, 기타 구제가능성 등을 종합하면, 이 사건 권한쟁의심판청구 사건에서 청구인의 당사자 능력은 인정되어야 하고, 따라서 본안에 나아가 청구인의 권한침해 여부에 관한 판단을 하여야 한다. 

[별지 1]  
다. 관련 규정
○ 국가인권위원회법
제1조(목적) 
이 법은 국가인권위원회를 설립하여 모든 개인이 가지는 불가침의 기본적 인권을 보호하고 그 수준을 향상시킴으로써 인간으로서의 존엄과 가치를 구현하고 민주적 기본질서의 확립에 이바지함을 목적으로 한다.
제3조(국가인권위원회의 설립과 독립성) 
① 이 법이 정하는 인권의 보호와 향상을 위한 업무를 수행하기 위하여 국가인권위원회(이하 "위원회"라 한다)를 둔다.
② 위원회는 그 권한에 속하는 업무를 독립하여 수행한다. 
제5조(위원회의 구성) 
① 위원회는 위원장 1인과 3인의 상임위원을 포함한 11인의 인권위원(이하 "위원"이라 한다)으로 구성한다.
② 위원은 인권문제에 관하여 전문적인 지식과 경험이 있고 인권의 보장과 향상을 위한 업무를 공정하고 독립적으로 수행할 수 있다고 인정되는 자 중에서 국회가 선출하는 4인(상임위원 2인을 포함한다), 대통령이 지명하는 4인, 대법원장이 지명하는 3인을 대통령이 임명한다.
제8조(위원의 신분보장) 
위원은 금고 이상의 형의 선고에 의하지 아니하고는 그 의사에 반하여 면직되지 아니한다. 다만, 위원이 신체상 또는 정신상의 장애로 직무수행이 현저히 곤란하게 되거나 불가능하게 된 경우에는 전체 위원 3분의 2 이상의 찬성에 의한 의결로 퇴직하게 할 수 있다.
제18조(위원회의 조직과 운영) 
이 법에 규정된 사항 외에 위원회의 조직에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 위원회의 운영에 관하여 필요한 사항은 위원회의 규칙으로 정한다.
제19조(업무) 
위원회는 다음 각 호의 업무를 수행한다.
1. 인권에 관한 법령(입법과정 중에 있는 법령안을 포함한다)·제도·정책·관행의 조사와 연구 및 그 개선이 필요한 사항에 관한 권고 또는 의견의 표명
2. 인권침해행위에 대한 조사와 구제
3. 차별행위에 대한 조사와 구제
4. 인권상황에 대한 실태조사
5. 인권에 관한 교육 및 홍보
6. 인권침해의 유형·판단기준 및 그 예방조치 등에 관한 지침의 제시 및 권고
7. 국제인권조약에의 가입 및 그 조약의 이행에 관한 연구와 권고 또는 의견의 표명
8. 인권의 옹호와 신장을 위하여 활동하는 단체 및 개인과의 협력
9. 인권과 관련된 국제기구 및 외국의 인권기구와의 교류·협력
10. 그 밖에 인권의 보장과 향상을 위하여 필요하다고 인정하는 사항


[별지2]
2. 청구인의 주장요지 및 피청구인, 관계기관의 답변요지 
가. 청구인의 주장요지 
(1) 권한쟁의심판의 당사자능력
헌법 제111조 제1항 제4호는 권한쟁의심판의 당사자에 관하여 단지 ‘국가기관’이라고 명시하고 있을 뿐 ‘헌법에 설치근거가 있는 국가기관’에 한정하고 있지 않으며, 헌법재판소법 제62조 제1항 제1호에서 국가기관 상호간의 권한쟁의심판의 당사자로 규정한 국가기관은 예시적인 것이다.  
청구인은 헌법에 직접 기관의 명칭이 규정되어 있지는 않으나 헌법과 국가인권위원회법에 의하여 설치된 국가기관으로서 독자적인 권한을 부여받고 있고, 조직구성에 있어서 대통령 또는 국무총리 등 다른 기관에 소속되어 있지 않은 독립된 기관이다. 청구인은 기존의 국가기관 어디에도 속하지 아니하면서, 입법·사법·행정 모두에 대해서 그 정책과 제도의 집행, 법률과 사법판단, 수사와 교정의 기능이 헌법상 보장된 기본권을 침해하는지 여부를 감시하고 그에 대한 의견을 내는 기구이다. 청구인의 권한을 어느 정도 인정할 것이냐의 문제는 결국 무소속 기구의 권한과 독립성을 그에 대항하고 있는 입법·사법·행정으로부터 어느 정도 보호해주고 어떻게 보호범위를 설정할 것인가의 문제이다. 이 사건 직제령 개정행위와 관련해서 보면, ‘대통령에 소속되어 있지 않는 기구’인 청구인의 권한을 피청구인이 대통령령으로 정할 수 있는 법률상의 한도를 넘어서 좌우할 때 그것을 독립성의 침해, 즉 절차상·업무상 권한의 침해로 볼 수 있느냐의 문제가 되는 것이다. 따라서 이것은 단순한 행정적인 권한의 양적 범위를 정하는 것과는 질적으로 다른 것으로서 이에 관한 심판은 헌법재판소에 의하는 것이 자연스럽고 당연하다.
또한, 청구인은 무소속 기관으로서 독자적인 권한을 부여받고 있기 때문에 대통령이나 정부와의 사이에 권한분쟁을 해결할 방법이 따로 없고, 행정소송법상 기관소송의 대상이 되지도 않는다. 
따라서 청구인은 헌법 제111조 제1항 제4호의 권한쟁의심판을 청구할 당사자능력이 있다.
(2) 청구인의 권한침해 여부
(가) 법률에 의하여 청구인에게 부여된 권한
청구인은 국가인권위원회법에 의하여 설립되었고, 이것은 국내 민주화운동의 성과 중의 하나일 뿐만 아니라, 1993. 유엔총회에서 채택·승인한 "국가인권기구의 지위에 관한 원칙(Principles Relating to the Status of National Institutions)", 일명 파리원칙(Paris Principles)에서 나타난 국가인권기구 설립에 관한 국제사회의 요구에 부응한 것이다. 
청구인은 국가인권위원회법 제19조에서 정한 업무를 수행하는데 이는 주로 국가권력에 의한 인권침해를 대상으로 하기 때문에 국가정책이나 집행에 대한 감시·견제가 주된 내용을 이루고 있어 그 업무의 본질적 속성상 독립성이 요구된다. 
국가인권위원회법은 청구인의 조직구성에 관하여 대통령령으로 정하도록 하고 있지만, 청구인의 업무수행의 독립성을 보장하기 위해서는 위 대통령령이 청구인의 독립성을 침해하지 않는 내용과 절차로 발의되고 개정되어야 한다. 그리고 청구인은 독립적인 업무수행권 외에 청구인 조직에 관한 직제령의 제·개정에 있어서 다음과 같은 절차상의 권한을 가진다고 보아야 한다. 첫째, 청구인은 그 조직에 관한 대통령령의 구체적 내용에 관한 결정권을 가진다. 국가인권위원회법 제6조가 국가인권위원장에게 그 소관사무에 관하여 국무총리에게 의안을 제출할 권한을 부여하고 있는바, 여기서 소관사무에 관한 의안에는 청구인의 조직에 관한 사항을 포함한다. 둘째, 행정부 내 조직과 정원에 관한 사항을 담당하는 행정안전부는 청구인의 조직과 관련하여서는 독립기구인 청구인의 제안이 있을 경우에 비로소 이에 관한 직제령의 개정절차를 진행할 수 있다. 즉, 직제령 발의절차는 청구인의 권한에 속한다. 셋째, 행정안전부가 청구인이 제안한 직제령을 수정하는 경우라도 청구인의 기능을 축소하거나 업무의 독립성을 훼손하지 않는 범위 내에서 이루어져야 하고 절차상 청구인과 실질적인 협의절차를 진행하여야 한다. 가사 청구인에게 그러한 권한이 주어져 있지 않다고 하더라도 최소한 직제령 개정의 협의절차에 참여할 권한이 보장되어 있다고 할 것이다.
(나) 피청구인의 이 사건 직제령 개정행위로 인한 청구인의 권한침해 
피청구인 소속 행정안전부장관은 청구인의 의견을 무시한 채 실질적인 협의과정을 거치지 아니하고 일방적으로 이 사건 직제령 개정안을 마련하여 국무회의에 상정하고 그 의결 절차를 마쳤는바, 청구인의 위 직제령 개정에 관한 발의권, 국가인권위원회 조직구성과 운영에 관한 청구인의 결정권을 침해하였다. 
이 사건 직제령 개정행위는 단순히 인원을 감축하는 것에 나아가 청구인의 독립성을 해하고 그 업무수행 능력을 본질적 영역에서 위해하려고 하는 의도가 있으며, 정부조직관리지침상 기준 미달을 해소하는 것과 관련 없고 이는 단지 구실에 불과하다. 청구인의 기능을 축소, 조정하는 것은 국회가 입법을 통해서 정해야 할 사항이고, 이를 직제령(대통령령)으로 하는 것은 국가인권위원회법이 예정하고 있는 위임의 범위를 벗어난 권한의 남용이자 위법한 행위인 것이다. 이 사건 직제령 개정행위로 인하여 5개 본부가 1관 2국으로, 본부의 22개 팀이 11개 과로 통합되고, 인력이 정원 208명에서 164명으로 감축되었다. 그 결과 정책업무와 교육업무는 종래 각 1개 국에서 수행하던 것이 1개 과로 통합되어 정책기능과 교육기능이 종래보다 절반 수준으로 축소되었다. 업무를 독립적으로 수행하려 해도 7년 전 창설 당시 인력에도 못 미치는 인력으로 감소되었으니 독립적인 업무수행이 사실상 위협받게 되었다. 정원 208명에 불과한 작은 조직에서 44명의 감축은 경직성이 높은 행정지원업무를 고려할 때 그 밖의 실질적인 사업 분야에서는 그 이상의 양적 감축 효과가 발생한다. 한편 이 사건 직제령 부칙의 경과규정에서 초과 현원자에 대해 지원근무자로 계속 근무할 수 있게 하였다고 하더라도 이것은 지극히 한시적인 것이다.  
따라서 피청구인의 이 사건 직제령 개정행위는 청구인의 직제령 개정에 관한 발의권, 청구인 조직의 구성에 관한 결정권을 침해함은 물론, 청구인의 고유 권한인 국가인권위원회법 제19조 소정의 업무수행 권한을 침해하였거나 침해할 현저한 위험을 초래하였다.    
나. 피청구인의 답변 요지 
(1) 권한쟁의심판의 당사자능력
헌법재판소는 ‘헌법에 의하여 설치되고 헌법과 법률에 의하여 독자적인 권한이 부여된 국가기관’이 권한쟁의심판청구의 당사자가 될 수 있다고 밝힌 바 있다(헌재 1997. 7. 16. 96헌라2 결정). 전적으로 법률에 의해 설치된 기관의 경우에는 그 권한을 둘러싼 다툼이 헌법문제가 아니라 단순한 법률문제에 불과하다. 따라서 헌법의 해석을 통해 중요한 헌법상의 문제를 심판하는 헌법재판소의 본질에 비추어 볼 때, 법률에 의하여 설치된 국가기관의 법적 분쟁은 헌법재판소의 관장사항이 아니다. 청구인과 같이 법률에 의하여 설치된 국가기관이 권한쟁의의 당사자가 될 수 있다는 주장은 법률에 의하여 설치된 국가기관을 헌법에 의하여 설치된 국가기관과 같은 지위를 부여하자는 것이므로, 이것은 국회의 입법에 헌법과 같은 효력을 부여하는 결과가 되어 국민주권주의 및 입헌주의에 반한다.
국민의 기본권 보장은 모든 국가기관의 첫째 사명이므로 이것이 청구인만의 업무특성이라 할 수 없고, 국가인권위원회법에 청구인의 소속에 관한 규정을 두고 있지 않다는 점은 청구인의 헌법적 지위와 아무런 관련이 없다. 따라서 청구인이 주장하는 바와 같이 청구인이 기본권보장 업무를 수행하고, 무소속의 독립된 기관이라는 점을 이유로 권한쟁의심판의 당사자가 될 수 있는 자격이 발생하는 것은 아니다. 
또한, 청구인은 중앙행정기관에 해당하고, 타 부처와의 갈등이 생길 우려가 있는 경우에는 피청구인의 명을 받아 행정 각부를 통할하는 국무총리나 피청구인에 의해 문제가 해결될 수 있다. 청구인의 대표자인 국가인권위원회 위원장이 국무회의에 출석하여 청구인의 입장을 밝히고 관계 국무위원과 토론을 통해 문제를 해결할 수도 있다. 
따라서 법률에 의하여 설치된 청구인은 권한쟁의심판의 당사자능력이 없다.
(2) 권한침해가능성의 부존재
(가) 이 사건 직제령 개정과 관련한 청구인의 절차상의 권한 부존재
청구인은 인권의 중첩적 보장을 위해 설치되었지만, 민간 차원의 인권운동기구가 아니라 국민의 세금에 의해 운영되는 국가기관이므로 권력분립의 원칙에 따른 견제원리가 적용된다. 그래서 국회는 국가인권위원회법을 제정하면서 청구인이 그 운영에 관한 사항에 대해서는 스스로 정할 수 있도록 하면서도, 조직에 관해 필요한 사항, 즉 청구인의 조직구성·정비에 대해서는 정부에게 대통령령으로 이를 정할 권한을 부여하였다(국가인권위원회법 제18조). 
국가인권위원회법 제3조는 청구인이 업무수행상 구체적인 지시를 받음이 없이 그 판단에 따라 업무를 수행할 것을 규정하고 있을 뿐, 조직구성과 관련하여서는 어떠한 권한도 부여하지 않았다. 만일, 국가인권위원회법이 청구인의 조직구성과 관련하여 청구인에게 결정권한을 부여하였다면, 제18조에서 대통령령이 아니라 국가인권위원회 규칙으로 이를 정하도록 규정하였을 것이다. 2001년 국가인권위원회법 제정 당시 청구인의 사무처 설치에 관한 세부사항을 국가인권위원회 규칙에 위임하는 내용의 법안이 있었으나 채택되지 못하였다.  
결국, 국가인권위원회법은 청구인의 조직에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 하였을 뿐, 청구인에게는 아무런 권한도 부여하지 않고 있으므로 청구인은 조직결정권, 조직에 관한 대통령령 발의권, 실질적 동의권 등을 가지지 아니한다.
(나) 이 사건 직제령 개정과 관련한 청구인의 업무수행권 침해 여부
이 사건 직제령 개정은 청구인의 기존 업무권한이나 업무수행 방법은 그대로 둔 채, 조직의 단순화와 업무중복 해소를 위해 청구인의 조직을 1관 2국 11과 3소속기관으로 재편하고, 정원 44명을 감축하는 것이다. 한편, 위 정원감축과 관련하여서는 부칙 제2조로 경과규정을 두어 개편된 정원을 초과하는 현재 인원에 대해서는 일반직 및 기능직의 경우에는 정년에 달하거나 중도사직 등으로 퇴직하지 않는 한 그 해당 인원만큼 정원이 있는 것으로 인정하여, 인원감축 방법으로 인위적인 구조조정을 채택하지 않았고 당초의 근무조건을 그대로 유지하여 청구인 소속 공무원의 신분보장 및 청구인의 업무수행 보장에 만전을 기하였다. 
그 구체적인 내용을 보면, 기존의 공통지원조직이 ‘기획조정관’ 체제로 재편되고, 상호 긴밀한 연관성이 있는 인권정책·교육·홍보 업무가 정책교육국으로 통합되어 수행되며, 조사·시정 업무의 일원화를 위해 ‘조사국’이 신설될 뿐이어서 결국 기존의 인력이 그 동안 수행해 오던 업무를 보다 간소화된 조직체계에서 수행하는 것에 지나지 아니하므로, 청구인의 업무권한 내지 그 수행에 아무런 침해도 발생하지 아니한다. 
따라서 이 사건 직제령 개정행위로 인한 청구인의 업무수행권한의 침해 여부는 개편된 직제에 따른 정원감축이 현실화된 때에 이르러서야 비로소 판단될 수 있을 것이고, 그 때에도 그러한 인원감축으로 인하여 실제 업무수행이 유명무실화될 정도에 이르러야 청구인의 업무수행권한이 침해되었다고 할 것이다. 그런데 청구인은 정원감축이 현실화되지 않았음에도 불구하고 마치 앞으로 감축이 예정된 정원에 해당하는 인원감축이 실제로 실시된 것처럼 사실과 다른 주장을 하고 있을 뿐, 업무수행권한이 구체적으로 어떻게 침해되었는지, 또 어느 정도 침해되었는지에 대하여 전혀 주장·입증을 하지 않고 있는바, 이는 단지 근무자의 수가 줄어서 이전보다 업무량이 늘고, 직원들의 사기가 떨어졌다는 주장에 지나지 않다.
다. 행정안전부장관의 의견 요지
(1) 권한쟁의심판의 당사자능력 부존재
피청구인의 답변과 같은 취지이다.
(2) 권한침해가능성의 부존재 
(가) 청구인의 독자적인 조직권한의 존부
국가인권위원회법 제3조는 청구인의 업무수행의 독립성을 보장하는 규정으로서 여기에 조직구성의 독립성까지 포함되어 있다고 볼 근거는 없다. 오히려 국가인권위원회법 제18조는 청구인의 조직에 관한 사항을 청구인 내부 규칙(국가인권위원회 규칙)이 아닌 대통령령에서 정하도록 규정하고 있다. 청구인의 경우와 같이 방송통신위원회, 공정거래위원회, 금융위원회, 국민권익위원회 역시 각 설치근거 법률에서 업무수행의 독립성을 규정하면서도 조직구성에 관한 사항을 대통령령으로 정하도록 하고 있는바, 유독 청구인의 경우만 업무수행의 독립성에 조직 구성의 독립성까지 포함되는 것으로 해석할 법적 근거나 논리적 타당성이 존재하지 아니한다. 
청구인은 방송통신위원회 등과 같이 별도의 법률에 의해 설치된 합의제 행정기관(정부조직법 제2조 제2항, 제5조)으로서 정부조직법의 적용을 받는 중앙행정기관이다. 정부조직법의 적용을 받지 않거나 조직구성의 독립성이 보장되기 위해서는 헌법기관인 국회(국회사무처법 제7조), 법원(법원조직법 제71조), 헌법재판소(헌법재판소법 제17조), 선거관리위원회(선거관리위원회법 제15조), 감사원(감사원법 제16조)의 예와 같이 각 개별 근거법률에서 실·국 단위의 조직구성에 대한 대강의 사항을 직접 규정하는 동시에 세부사항에 대해서는 각 기관 내부 규칙으로 정하도록 하는 등의 명시적 근거가 필요하다. 그런데 국가인권위원회법 제18조는 청구인의 조직에 관한 사항을 청구인의 내부 규칙이 아닌 대통령령으로 정하도록 규정하고 있는바, 이것은 법률에 근거하여 설치된 청구인이 헌법기관과 동일한 수준의 특수성과 독립성을 보유하는 것으로 볼 수 없어, 조직관리에 관한 사항까지 독립성을 보장할 이유가 없다는 입법자의 의지가 반영된 것으로 볼 수 있다. 
(나) 이 사건 직제령 개정과정에서의 청구인의 절차상 권한(발의권, 협의권 내지 결정권)의 존부
국가인권위원회법 제6조 제4항은 국가인원위원장에게 소관 사무에 관하여 국무총리에게 의안의 제출을 건의할 권한을 부여하고 있으나, 이것은 청구인 조직에 관한 직제령과는 전혀 관계없는 규정이다.
모든 중앙행정기관의 직제령의 제정·개정안의 제출권한은 정부조직법 제29조 제1항에 따라 행정안전부에 속한다. 각 중앙행정기관은 기구와 정원을 조정할 필요가 있을 때 관련 서류를 제출하여 직제령 개정을 요구할 수 있을 뿐이다(행정기관의 조직과 정원에 관한 통칙 제8조, 제10조). 그리고 행정안전부는 각 중앙행정기관의 요구를 받으면 반드시 직제령 제정·개정안을 제출하여야 하는 것도 아니다. 
정부조직과 정원 관리에 관한 주무부처는 행정안전부이다. 조직개편 대상기관에서 자체적으로 작성·요구한 기구, 정원 등에 관한 의견은 검토대상일 뿐, 행정안전부가 이에 구속되는 것은 아니다. 따라서 청구인이 이 사건 직제령 개정에 관하여 협의권이나 내용 결정권을 갖는 것은 아니다. 
이 사건 직제령 개정행위는 감사원 감사결과(2008. 10. 7.)를 반영한 것이고, 2008. 11.경부터 약 4개월 동안 청구인과 지속적인 협의과정을 거쳐 이루어졌다. 
(다) 이 사건 직제령 개정행위가 청구인의 업무수행권을 침해하였는지 여부
이 사건 직제령 개정 내용은 청구인의 각 부서가 수행하는 기능을 축소·폐지하거나 국가인권위원회법의 취지를 제약·왜곡하는 것과 무관하다. 이 사건 직제령 개정은 국가기관의 임무수행과 적정한 기구·정원·예산규모의 책정에 관한 것으로서 국민의 소중한 세금을 바탕으로 하는 자원을 어떻게 효율적으로 배분하느냐하는 과정에서 나온 것일 뿐이므로 청구인의 업무수행권을 침해하지 아니한다.