# 재판취소 등

## 판시사항

1. 헌법불합치로 선고된 구 소득세법 제60조를 적용한 법원의 판결이 헌법소원의 대상이 되는지 여부
(소극)
2. 원처분을 심판대상으로 삼은 재판이 취소되지 아니하는 경우 원처분이 헌법소원의 대상이 되는지 여부
(소극)

## 결정요지

1. 법원이 공시지가제도가 시행된 1990. 9. 1. 전에 양도한 토지에 대한 양도소득세부과처분취소사건에서 구 소득세법 제60조를 적용하여 그 부과처분의 적법 여부를 판단한 것은 헌재 1995. 11. 30. 91헌바1등 헌법불합치결정의 기속력에 따른 것이고, 그 이후에 양도한 토지에 대한 양도소득세부과처분취소사건에서 구 소득세법 제60조를 적용하여 그 부과처분의 적법 여부를 판단한 것은 위 헌법불합치결정의 기속력에 어긋나기는 하나 그로 말미암아 기본권의 침해가 있다고 볼 수 없으므로, 그 어느 것이나 예외적으로 헌법소원의 대상이 되는 재판, 즉 ‘위헌으로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을 침해한 재판’에 해당하지 아니하여 헌법소원심판의 대상이 될 수 없다.
2. 원처분에 대하여 헌법소원심판청구를 받아들여 이를 취소하는 것은, 원처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 되어 그 재판 자체까지 취소되는 경우에 한하고, 이와는 달리 법원의 재판이 취소되지 아니하는 경우에는 확정판결의 기판력으로 인하여 원처분은 헌법소원심판의 대상이 되지 
아니한다.
재판관 김용준, 재판관 신창언의 반대의견
구 소득세법 제60조에 관한 헌재 1995. 11. 30. 91헌바1등 결정은 구 소득세법 제60조를 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 개정된 소득세법을 적용하여야 할 것임을 분명히 밝히면서 헌법불합치결정을 한 것으로, 개정된 소득세법과 그 시행령에 의할 때 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가가 고시되기 전에 양도한 토지의 경우 기준시가에 관한 규정이 없어 결국 양도소득세를 산출하여 부과할 방법이 마땅치 않다 하더라도 헌법불합치결정의 기속력에 따라 법원으로서는 위헌적 법률조항을 곧바로 적용할 것이 아니라, 이러한 입법적 흠결을 보완한 법률의 개정을 기다려 새로 개정된 법률에 따라 재판하든지 아니면 과세처분의 근거가 없다고 보아 과세처분을 취소하든지 하여야 할 것이다. 결론적으로 이 사건 판결들은 위헌결정의 하나인 헌법불합치결정의 기속력에 반하는 재판임이 분명하므로 이에 대한 헌법소원은 허용된다 할 것이고, 나아가 위헌적 법률을 적용한 이 사건 판결들로 말미암아 청구인들의 헌법상 보장된 기본권인 재산권이 침해되었으므로, 이 사건 판결들을 취소함이 마땅하고, 이 경우 원행정처분도 역시 취소함이 마땅하다.
재판관 조승형, 재판관 이영모의 반대의견
구 소득세법 제60조에 관하여 헌법불합치결정을 한 헌재 1995. 11. 30. 91헌바1등 사건의 청구인들이 이를 무시한 법원의 재판에
 대하여 재차 이 사건 헌법소원심판청구를 한 경우 헌법불합치로 선언된 법률의 잠정적용은 허용될 수 없고, 그와 같은 경우가 아니라도 91헌바1등 결정에서 개정법률을 적용하라고 설시한 취지는 구 법의 헌법불합치성이 입법자에 의하여 합치적으로 개정된 것으로 보고 구 법이 적용되어야 할 사건 모두에 개정법률을 적용하게 하려는 데 있었고, 따라서 법원으로서는 기준시가에 따른 양도차익을 산정할 수 있는 1990. 9. 1. 이후에 양도한 재산에 대하여는 개정된 소득세법 제99조에 따라, 그 이전에 양도한 재산에 대하여는 입법자가 만든 위헌적 상태가 제거된 새로운 법률에 따라 각 재판을 하여야 할 의무가 있음에도 불구하고, 개정법률의 흠을 법률해석이라는 명목으로 위헌심판을 한 구 법을 다시 적용하여 청구인들에 대한 이 사건 부과처분의 당부를 판결한 것은 헌법불합치결정의 법리를 오해한 위법이 있는 것이므로, 이 사건 판결들과 부과처분들은 헌법불합치결정을 한 위헌인 법률을 적용하여 국민의 재산권을 침해한 것이므로 모두 취소하여야 한다.

## 참조조문

헌법재판소법 제68조 제1항
구 소득세법(1982. 12. 21. 법률 제3576호로 개정되어 1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제23조
(양도소득) ①～③ 생략
④ 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다.
⑤～⑥ 생략
구 소득세법(1982. 12. 21. 법률 제3576호로 개정되어 1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제45조
(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.
1. 당해 자산의 취득 당시의 기준시가에 의한 금액. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
2. 설비비와 개량비
3. 대통령령이 정하는 자본적 지출액
4. 대통령령이 정하는 양도비
② 생략
구 소득세법(1978. 12. 5. 법률 제3098호로 개정된 후 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제60조
(기준시가의 결정) 제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다.
구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정된 후 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정되기 전의 것) 제99조
(자산양도차익의 결정) 자산양도차익의 결정 또는 경정에 관하여는 제94조의 규정을 준용한다.

## 참조판례

1. 헌재 1995. 11. 30. 91헌바1등, 판례집 7-2, 562
2. 헌재 1998.  5. 28. 91헌마98등, 판례집 10-1, 660

## 전문

【당 사 자】
청 구 인　별지 청구인란 기재와 같다.
피청구인　별지 피청구인란 기재와 같다.
【주　　문】
청구인들의 심판청구를 모두 각하한다.
【이　　유】
  1. 사건의 줄거리와 심판의 대상
  가. 사건의 줄거리
(1) 97헌마301 사건
청구인 김
○
도는 1969. 5. 30. 수원시 
○○
동 337의 6 외 7필지
의 토지 55,772㎡를 취득하였다가 1987. 7. 18. 양도하였는데, 피청구인 강남세무서장이 1988. 3. 18. 구 소득세법 제60조
(1978. 12. 5. 법률 제3098호로 개정된 후 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다)
를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 위 청구인에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 위 청
구인은 서울고등법원에 위 양도소득세부과처분취소의 소
(88구10321
)
를 제기한 후 구 소득세법 제60조에 대하여 위헌제청신청
(89부13)
을 하였으나 기각되자, 헌법재판소에 헌법소원심판
(92헌바17)
을 청구하였다. 한편 서울고등법원은 1992. 3. 27. 원고 청구를 기각하고, 그 상고심인 대법원
(92누6709)
도 같은 해 10. 9. 상고를 기각함으로써 위 서울고등법원 판결이 확정되었다. 그런데, 헌법재판소가 1995. 11. 30. 구 소득세법 제60조에 대한 헌법불합치결정
(91헌바1등)
을 선고하자, 위 청구인이 서울고등법원에 위 88구10321 판결에 대하여 재심의 소
(96재구52)
를 제기하였으나 패소하였으며, 대법원에 상고하였으나, 대법원
(97누3538)
은 1997. 8. 29. 구 소득세법 제60조를 적용하여 위 부과처분의 적법 여부를 판단한 원심의 조처가 정당하다는 이유로 상고를 기각하였다. 이에 위 청구인은 1997. 9. 24. 위 대법원 판결
(97누3538)
 및 위 부과처분이 자신의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(2) 98헌마136 사건
청구인 송
○
엽, 송
○
애, 전
○
해는 청구외 송
○
은, 송
○
은, 송
○
연과 공동으로 1976. 11. 26. 대구 달서구 
○○
동 71 전 4,397㎡ 등 2필지를 상속하였다가 1994. 4. 29. 및 같은 해 11. 28. 등 2회에 
걸쳐 그 일부를 각 양도하였는데, 피청구인 대구세무서장이 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 1995. 8. 16. 위 청구인들에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 위 청구인들은 대구고등법원에 위 양도소득세부과처분취소의 소
(96구6678)
를 제기하였으나 청구기각판결이 선고되었고, 대법원에 상고하였으나 대법원
(97누20113)
도 1998. 4. 10. 구 소득세법 제60조를 적용하여 위 부과처분의 적법 여부를 판단한 원심의 조처가 정당하다는 이유로 상고를 기각하였다. 이에 위 청구인들은 1998. 4. 30. 위 대법원 판결
(97누20113)
 및 위 부과처분이 자신들의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(3) 98헌마177 사건
청구인 김
○
선은 1977. 1. 20. 천안시 차암동 157 전 4,420㎡를 취득하였다가 1992. 4. 6. 양도한 후 위 토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당하여 양도소득세 비과세 대상이라고 주장하였는데, 피청구인 천안세무서장이 1995. 9. 16. 위 토지가 비과세대상 요건에 해당하지 아니한다는 이유로 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 위 청구인에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 위 청구인은 대전고등법원에 위 부과처분취소의 소
(96구1632)
를 제기하였고, 대전고등법원은 1996. 12. 13. 위 토지가 비과세대상은 되지 아니하나 위 토지의 기준시가를 산정함에 있어서 1994. 12. 22. 전문개정되었다가 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 재차 개정된 소득세법 제99조를 적용하여야 한다는 이유로 청구를 일부인용하였는데, 대법원
(97누1938)
은 1997. 4. 25. 위
 토지의 기준시가를 산정함에 있어서는 구 소득세법 제60조를 적용하여야 한다는 이유로 위 판결을 파기환송하였으며, 그 환송심인 대전고등법원
(97구1974)
은 1997. 12. 23. 구 소득세법 제60조를 적용하여 행한 위 부과처분이 적법하다는 이유로 원고청구를 기각하였고, 그 상고심인 대법원
(98두2423)
은 1998. 4. 29. 상고를 기각하였다. 이에 위 청구인은 1998. 6. 3. 위 대전고등법원과 대법원 판결들
(96구1632, 97구1974, 97누1938, 98두2423)
 및 위 부과처분이 자신의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(4) 98헌마217 사건
청구인 주
○
진, 주
○
해, 주
○
인, 주
○
양, 주
○
아, 주
○
당의 피상속인인 청구외 신
○
순은 1971. 12. 7. 인천 남구 주안동 755 414.6㎡ 등 3필지를 취득하였다가 1990. 1. 24. 양도한 후 1993. 2. 1. 사망함으로써 위 청구인들이 상속지분에 따라 위 납세의무를 승계하였는데, 피청구인 남인천세무서장이 1996. 5. 17. 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 위 청구인들에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 위 청구인들은 서울고등법원에 위 부과처분취소의 소
(97구25493)
를 제기하였으나 서울고등법원은 1998. 1. 16. 구 소득세법 제60조를 적용하여 행한 위 부과처분이 적법하다는 이유로 원고들 청구를 기각하였고, 대법원에 상고하였으나 대법원
(98두4467)
도 1998. 5. 27. 상고를 기각하였다. 이에 위 청구인들은 1998. 6. 26. 위 대법원 판결
(98두4467)
 및 위 부과처분이 자신들의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(5) 98헌마397 사건
청구인 유
○
석은 1978. 6. 19. 서울 강남구 삼성동 167의 65 답 1,405㎡ 중 5분의 1 지분을 취득하였다가 1987. 6. 30. 양도하였는데, 피청구인 효제세무서장이 1988. 1. 15. 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 위 청구인에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 위 청구인은 서울고등법원에 위 부과처분취소의 소
(88구7769)
를 제기한 후 구 소득세법 제60조에 대하여 위헌제청신청을 하였으나 기각되자, 헌법재판소에 헌법소원심판
(91헌바4)
을 청구하였고, 헌법재판소는 1995. 11. 30. 구 소득세법 제60조에 대한 헌법불합치결정
(91헌바1등)
을 하였다. 이에 따라 서울고등법원
(88구7769)
은 1996. 4. 16. 위 부과처분을 취소하는 청구인용판결을 선고하였으나, 대법원
(96누7137)
은 1997. 5. 7. 위 토지의 기준시가를 산정함에 있어서는 구 소득세법 제60조를 적용하여야 한다는 이유로 위 판결을 파기환송하였으며, 그 환송심인 서울고등법원
(97구21071)
은 1997. 10. 23. 청구기각판결을 선고하였고, 그 상고심인 대법원
(97누19694)
은 1998. 9. 4. 구 소득세법 제60조를 적용하여 위 부과처분의 적법 여부를 판단한 원심의 조처가 정당하다는 이유로 상고기각판결을 선고하였다. 이에 위 청구인은 1998. 11. 9. 위 대법원 판결
(97누19694)
 및 위 부과처분이 자신의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(6) 98헌마398 사건
청구인 이
○
명은 1978. 6. 19. 서울 강남구 삼성동 167의 65 답 1,405㎡ 중 5분의 1 지분을 취득하였다가 1987. 6. 18. 양도하였는
데, 피청구인 종로세무서장이 1988. 1. 16. 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 위 청구인에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 위 청구인은 서울고등법원에 위 부과처분취소의 소
(88구7745)
를 제기한 후 구 소득세법 제60조에 대하여 위헌제청신청을 하였으나 기각되자, 헌법재판소에 헌법소원심판
(91헌바3)
을 청구하였고, 헌법재판소는 1995. 11. 30. 구 소득세법 제60조에 대한 헌법불합치결정
(91헌바1등)
을 하였다. 이에 따라 서울고등법원
(88구7745)
은 1996. 4. 16. 위 부과처분을 취소하는 청구인용판결을 선고하였으나, 대법원
(96누7113)
은 1997. 5. 7. 위 토지의 기준시가를 산정함에 있어서는 구 소득세법 제60조를 적용하여야 한다는 이유로 위 판결을 파기환송하였으며, 그 환송심인 서울고등법원
(97구21057)
은 1997. 10. 23. 청구기각판결을 선고하였고, 그 상고심인 대법원
(97누19700)
은 1998. 9. 4. 구 소득세법 제60조를 적용하여 위 부과처분의 적법 여부를 판단한 원심의 조처가 정당하다는 이유로 상고기각판결을 선고하였다. 이에 위 청구인은 1998. 11. 9. 위 대법원 판결
(97누19700)
 및 위 부과처분이 자신의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(7) 98헌마399 사건
청구인 하
○
초, 김
○
희, 김
○
선, 김
○
식, 양
○
휴, 김
○
진, 김
○
식의 피상속인인 청구외 김
○
형은 1978. 6. 19. 서울 강남구 
○○
동 167의 65 답 1,405㎡ 중 5분의 1 지분을 취득하였다가 1987. 6. 1. 양도하였는데, 피청구인 서대문세무서장이 1988. 1. 18. 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 청
구외 김
○
형에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 청구외 김
○
형은 서울고등법원에 위 부과처분취소의 소
(88구7776)
를 제기한 후, 구 소득세법 제60조에 대하여 위헌제청신청을 하였으나 기각되자 헌법재판소에 헌법소원심판
(91헌바1)
을 청구한 다음, 1994. 6. 16. 사망하였다. 그러자 위 청구인들이 위 소송 및 심판청구를 수계하였는데, 헌법재판소는 1995. 11. 30. 구 소득세법 제60조에 대한 헌법불합치결정
(91헌바1등)
을 하였다. 이에 따라 서울고등법원
(88구7776)
은 1996. 4. 16. 위 부과처분을 취소하는 청구인용판결을 선고하였으나, 대법원
(96누7144)
은 1997. 5. 7. 위 토지의 기준시가를 산정함에 있어서는 구 소득세법 제60조를 적용하여야 한다는 이유로 위 판결을 파기환송하였으며, 그 환송심인 서울고등법원
(97구21064)
은 1997. 10. 23. 청구기각판결을 선고하였고, 그 상고심인 대법원
(97누19717)
은 1998. 9. 4. 구 소득세법 제60조를 적용하여 위 부과처분의 적법 여부를 판단한 원심의 조처가 정당하다는 이유로 상고기각판결을 선고하였다. 이에 위 청구인들은 1998. 11. 9. 위 대법원 판결
(97누19717)
 및 위 부과처분이 자신들의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(8) 98헌마400 사건
청구인 이
○
호는 1978. 6. 19. 서울 강남구 
○○
동 167의 65 답 1,405㎡ 중 5분의 1 지분을 취득하였다가 1987. 6. 30. 양도하였는데, 피청구인 반포세무서장이 1987. 12. 17. 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 위 청구인에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 그러자 위 청구인은 서울고등법
원에 위 부과처분취소의 소
(88구7752)
를 제기한 후 구 소득세법 제60조에 대하여 위헌제청신청을 하였으나 기각되자 헌법재판소에 헌법소원심판
(91헌바2)
을 청구하였고, 헌법재판소는 1995. 11. 30. 구 소득세법 제60조에 대한 헌법불합치결정
(91헌바1등)
을 하였다. 이에 따라 서울고등법원
(88구7752)
은 1996. 4. 16. 위 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였으나, 대법원
(96누7120)
은 1997. 5. 7. 위 토지의 기준시가를 산정함에 있어서는 구 소득세법 제60조를 적용하여야 한다는 이유로 위 판결을 파기환송하였으며, 그 환송심인 서울고등법원
(97구21040)
은 1997. 10. 23. 청구기각판결을 선고하였고, 그 상고심인 대법원
(97누19687)
은 1998. 9. 4. 구 소득세법 제60조를 적용하여 위 부과처분의 적법 여부를 판단한 원심의 조처가 정당하다는 이유로 상고기각판결을 선고하였다. 이에 위 청구인은 1998. 11. 9. 위 대법원 판결
(97누19687)
 및 위 부과처분이 자신의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
(9) 98헌마464 사건
청구인 좌
○
용은 1985. 1. 15. 충남 연기군 서면 
○○
리 산 37의 
18 임야 16,364㎡를 취득하였다가 1992. 10. 2. 양도한 후 1993. 5. 31. 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 산출하여 양도소득세 금 142,897,070원을 자진 납부하였는데, 피청구인 마포세무서장
이 1994. 12. 16. 구 소득세법 제60조를 적용하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 위 청구인에게 양도소득세 등 부과처분을 하였다. 이에 위 청구인은 서울고등법원에 위 부과처분취소의 소
(95구31715)
를 제기하였고, 서울고등법원은 1997. 1. 14. 위 토지의 기
준시가를 산정함에 있어서 1994. 12. 22. 전문개정되었다가 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 재차 개정된 소득세법 제99조를 적용하여야 한다는 이유로 청구를 일부인용하였는데, 대법원
(97누2771)
은 1998. 2. 10. 위 토지의 기준시가를 산정함에 있어서는 구 소득세법 제60조를 적용하여야 한다는 이유로 위 판결을 파기환송하였으며, 그 환송심인 서울고등법원
(98누8362)
은 1998. 10. 1. 구 소득세법 제60조를 적용한 것은 적법하다고 하면서 다만 청구인의 필요경비 공제 주장을 일부 받아들여 청구를 일부인용하였다. 이에 위 청구인은 1998. 12. 12. 위 서울고등법원 판결
(98누8362)
 및 위 부과처분이 자신의 기본권을 침해하였다고 주장하면서 각 그 취소를 구하기 위하여 이 사건 심판청구를 하였다.
  나. 심판의 대상
이 사건 심판의 대상은 청구인들이 자신들의 기본권을 침해한 것이라고 주장하는 위 가.의 (1) 내지 (9)항 기재 위 판결들
(이하 “이 사건 판결들”이라 한다)
 및 위 부과처분들
(이하 “이 사건 부과처분들”이라 한다)
의 각 위헌 여부이다.
  2. 청구인들의 주장 및 관계기관의 의견
  가. 청구인들의 주장요지
이 사건 부과처분들의 기초가 된 구 소득세법 제60조는 과세표준의 산출근거가 되는 기준시가의 결정을 대통령령에 백지 위임함으로써 민주성을 상실하고, 과세표준의 산정을 대통령령에 포괄적으로 위임하는 것을 금하고 있는 헌법 제59조의 조세법률주의에도 반한다는 이유로 헌법재판소는 이미 1995. 11. 30. 91헌바1등
(병합)
 사건에서 구 소득세법 제60조에 대한 헌법불합치결정을 내린 바
 있으므로 구 소득세법 제60조는 효력을 상실하여 더 이상 과세처분의 근거가 될 수 없는 것이다. 따라서 위 헌법재판소 결정 이후 구 소득세법 제60조에 근거하여 행하여진 이 사건 판결들과 이 사건 부과처분들은 명백히 헌법에 위반되는 것이자 헌법재판소 결정의 기속력에 정면으로 배치되는 것이므로 모두 취소되어야 한다.
  나. 법원행정처장의 의견
(1) 이 사건 판결들의 취소청구에 관하여
헌법재판소법 제68조 제1항은 법원의 판결을 헌법소원의 대상에서 제외하고 있으므로, 이 사건 판결들의 취소를 구하는 심판청구부분은 모두 부적법하다.
(2) 이 사건 부과처분들의 취소청구에 관하여
행정소송에서의 재판이 확정된 경우에 그 원처분에 대하여는 헌법소원이 인정되지 아니한다. 만일 그러하지 아니하고 헌법소원을 인정한다면, 재판소원금지를 규정한 헌법재판소법 제68조 제1항을 우회적으로 회피하여 간접적으로 법원의 재판에 대한 헌법소원을 허용하는 결과가 되므로, 위 법률조항의 입법취지와 목적에 반한다. 따라서 이 사건 부과처분들의 취소를 구하는 심판청구부분 역시 모두 부적법하다.
  다. 재정경제부장관과 국세청장의 의견
대법원이 헌법재판소의 구 소득세법 제60조에 대한 헌법불합치결정은 그 위헌성이 제거된 개정법률이 시행되기 전까지는 위 구 법을 그대로 잠정 적용하는 것을 허용하는 취지의 결정으로 이해하고 개정 소득세법
(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문개정된 후 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 소득세법이라 한
다)
 제99조를 위헌성이 제거된 법률이 아니라는 전제하에, 구 소득세법 제60조를 적용하여 한 이 사건 과세처분들을 적법하다고 한 이 사건 판결들은 적법 타당한 것이다.
또한 이 사건 판결들은 헌법재판소에서 위헌으로 결정한 법령을 적용하여 국민의 기본권을 침해한 재판이 아니므로 헌법소원의 대상이 되지 아니하며, 원처분인 이 사건 부과처분들에 대하여는 원처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원의 대상이 되어 그 재판 자체까지 취소되지 아니하는 한 원처분의 취소를 구하는 헌법소원은 허용되지 아니한다는 점에서 청구인들의 심판청구는 모두 각하되어야 한다.
  3. 판　단
  가. 이 사건 판결들의 취소청구에 관하여
(1) 헌법재판소법 제68조 제1항은 “공권력의 행사 또는 불행사로 인하여 헌법상 보장된 기본권을 침해받은 자는 법원의 재판을 제외하고는 헌법재판소에 헌법소원심판을 청구할 수 있다”고 규정하여 원칙적으로 법원의 재판을 헌법소원심판의 대상에서 제외하고 있다.
그런데 헌법재판소가 헌법재판소법 제68조 제1항에 대하여 1997. 12. 24. 96헌마172등 결정
(판례집 9-2, 842)
에서 “헌법재판소법 제68조 제1항 본문의 ‘법원의 재판’에 헌법재판소가 위헌으로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을 침해한 재판도 포함되는 것으로 해석하는 한도 내에서, 헌법재판소법 제68조 제1항은 헌법에 위반된다”는 내용의 한정위헌결정을 하였으므로, 법원의 재판은 헌법재판소가 위헌으로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을
 침해한 경우에만 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 될 수 있다고 할 것이다.
그러므로 본안에 나아가 판단하기에 앞서 이 사건 판결들이 예외적으로 헌법소원심판의 대상으로 되는 ‘헌법재판소가 위헌으로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을 침해한 재판’에 해당하는지의 여부에 관하여 본다.
(2) 먼저 구 소득세법 제60조와 관련된 법령의 개정경과를 보면 다음과 같다.
구 소득세법 제60조는 같은 법 제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있었고, 이에 따른 구 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호
(1990. 5. 1. 대통령령 제12994호로 개정되기 전의 것)
는 법 제60조에 규정하는 기준시가의 결정은 토지의 경우 ① 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로, ② 그 이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액으로 하되, 다만 양도 당시의 과세시가표준액과 취득 당시의 과세시가표준액이 동일한 경우에 적용할 양도가액은 당해 양도자산의 보유기간과 과세시가표준액의 상승률을 감안하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 가액으로, ③ 법 제170조 제1항 단서의 경우에는 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령이 정하는 방법에 따라 환산한 가액으로 각 한다고 규정하고 있었다.
그 후 지가공시및토지등의평가에관한법률
(1989. 4. 1. 법률 제4120호)
이 제정되자, 정부는 1990. 5. 1. 대통령령 제12994호로 소득세
법시행령 제115조 제1항 제1호를 개정하여, 토지의 경우 기준시가의 결정을 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액에서 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 고시된 개별공시지가에 의한 가액으로 하도록 변경하고, 그 부칙에서 위 개정규정을 1990. 9. 1.부터 시행한다고 규정하면서
(제1항)
, 그 시행 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는 1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가×
(취득 당시의 과세시가표준액÷1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 고시일 현재의 과세시가표준액)
으로 계산한 가액에 의하도록 규정하는 한편
(제3항)
, 개별공시지가를 1990. 8. 30.자로 고시함으로써 1990. 9. 1. 전에 토지를 취득한 경우에 있어서도 그 양도차익을 개별공시지가에 의하여 산정할 수 있도록 하였다.
그런데 입법자는 구 소득세법 제60조에 대하여 포괄위임이라는 이유로 위헌심판청구가 계속중이던 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 소득세법을 전문개정하면서, 그 제99조에 구 소득세법시행령
(1990. 5. 1. 대통령령 제12994호로 개정된 것)
 제115조의 내용을 그대로 끌어들이는 한편, 소득세법시행령
(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정된 후 1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 소득세법시행령이라 한다)
 제164조에 토지의 기준시가 산정방법에 관하여 규정함으로써, 종전의 토지의 기준시가 산정방법과 동일한 내용을 규정하면서도, 종전의 포괄위임에 따른 위헌시비의 문제를 입법적으로 개선하였다.
(3) 한편 헌법재판소는 1995. 11. 30. 91헌바1등 사건에서 구 소득세법 제60조가 조세법률주의 및 위임입법의 한계에 위반된다는 이유로 위헌임을 지적하면서, “이 사건 위임조항
(구 소득세법 제60
조)
은 헌법에 위반되므로 원칙으로 위헌결정을 하여야 할 것이나 이에 대하여 단순위헌결정을 선고하여 당장 그 효력을 상실시킬 경우에는 기준시가에 의한 양도소득세를 부과할 수 없게 됨은 물론, 이 법률 조항의 위임에 근거한 소득세법시행령 제115조를 인용하고 있는 구 법인세법시행령 제124조의2 제8항
(1978. 12. 30. 대통령령 제9230호로 개정된 후 1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 삭제되기 전의 것)
 등도 이를 시행할 수 없게 되는 등 법적 공백 상태를 야기하게 되고 이에 따라 조세수입을 감소시키고 국가재정에 상당한 영향을 줌과 아울러 이미 이 조항에 따른 양도소득세를 납부한 납세의무자들과 사이에 형평에 어긋나는 결과를 초래하는 데다가 이 사건 위임조항
(구 소득세법 제60조)
의 위헌성은 국회에서 법률로 제정하지 아니한 단지 입법형식의 잘못에 기인하는 것으로서 이를 한시적으로 계속 적용한다고 하더라도 그것이 반드시 구체적 타당성을 크게 해쳐 정의와 형평 등 헌법적 이념에 심히 배치되는 것이라고는 생각되지 아니하고, 더욱이 이 사건의 경우에는 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 헌법에 합치하는 내용의 개정입법이 이미 행하여져 위헌조항이 합헌적으로 개정되어 시행되고 있으므로 당재판소는 단순위헌결정을 하지 아니하고 이 사건 위임조항
(구 소득세법 제60조)
을 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 위 개정법률을 적용할 것”을 내용으로 하는 헌법불합치결정을 하였다.
(4) 법률이 헌법에 위반되는 경우, 헌법의 규범성을 보장하기 위하여 그 법률은 원칙적으로 무효로 선언되어야 한다. 그러나 헌법
재판소가 위헌결정을 한다면 입법자의 형성권을 침해할 우려가 있거나 또는 법적 공백이나 혼란을 초래할 우려가 있는 등 특별한 헌법적 사유가 있을 때에는 예외적으로 위헌결정을 피하고 심판대상 규범의 위헌성만을 확인하는 헌법불합치결정을 할 수 있는 것이다.
헌법재판소가 헌법불합치결정을 하는 경우, 위헌적 법률은 효력을 상실하여 법질서에서 소멸하는 것이 아니라 형식적으로 존속하게 되나, 원칙적으로 위헌적 법률의 적용이 금지되고, 헌법심판의 계기를 부여한 당해사건은 물론 심판대상 법률이 적용되어 법원에 계속중인 모든 사건의 재판절차가 정지된다. 헌법재판소가 헌법불합치결정을 하는 주된 이유는, 권력분립원칙과 민주주의원칙의 관점에서 볼 때 입법자가 입법개선을 통하여 위헌적 상태를 궁극적으로 제거하는 것이 바람직하다는 판단에 따른 것이므로, 헌법불합치결정은 위헌적 상태를 조속한 시일 내에 제거하여야 할 입법자의 입법개선의무를 수반하게 된다.
위헌법률의 적용금지는 법치국가적 요청의 당연한 귀결로서, 헌법재판소가 어떠한 결정유형으로 규범의 위헌성을 확인하였든 간에 그와 관계없이 모든 국가기관은 위헌적 법률의 적용과 집행을 통하여 스스로 위헌적인 국가행위를 하여서는 아니된다는 것을 의미한다. 따라서 위헌결정의 한 형태인 헌법불합치결정의 경우에도 위헌법률은 적용되어서는 아니되므로, 위헌법률의 적용금지는 법원에 계속중인 사건에 있어서는 당연히 재판절차의 정지라는 형태로 나타난다. 이는 입법자가 위헌법률을 합헌적인 상태로 개정할 때까지 법원의 판단이 보류되어야 하며, 법원이 개정된 법률에 의하여 
판단을 함으로써 사건의 당사자가 개정법률의 결과에 따른 혜택을 받을 수 있는 기회를 그 때까지 열어 놓아야 한다는 것을 뜻한다.
다만, 위헌결정을 통하여 위헌법률을 법질서에서 제거하는 것이 법적 공백이나 혼란을 초래할 우려가 있는 경우, 즉 위헌법률을 잠정적으로 적용하는 위헌적인 상태가 오히려 위헌결정으로 인하여 초래되는 법적 공백 또는 혼란이라는 합헌적인 상태보다 예외적으로 헌법적으로 더욱 바람직하다고 판단되는 경우에는, 헌법재판소는 법적 안정성의 관점에서 법치국가적으로 용인하기 어려운 법적 공백과 그로 인한 혼란을 방지하기 위하여 입법자가 합헌적인 방향으로 법률을 개선할 때까지 일정 기간 동안 위헌법률을 잠정적으로 적용할 것을 명할 수 있다. 법원은 이러한 예외적인 경우에 한하여 위헌법률을 계속 적용하여 재판을 할 수 있다고 할 것이다.
그런데 헌법재판소는 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 제60조에 대하여 헌법불합치결정을 함에 있어서, 위 법률조항이 비록 위헌적 법률이기는 하나 이에 대하여 단순위헌결정을 선고하여 당장 그 효력을 상실시킬 경우에는 위 규정을 형식적으로나마 존속시킬 때보다 위헌결정으로 인하여 더욱 헌법적 질서와 멀어지는 법적 상태가 발생하는 데다가, 위 법률조항의 위헌성은 그 내용에 기인한 것이 아니라 오로지 입법형식의 잘못에 있는 것으로서 위 법률조항을 한시적으로 계속 적용한다고 하더라도, 그것이 반드시 구체적 타당성을 크게 해쳐 정의와 형평 등 헌법적 이념에 심히 배치되는 것이 아니라고 하는 한편, 다만 위 법률조항이 이미 1994. 12. 22. 합헌적으로 개정되어 시행되고 있으므로 단순위헌결정을 하지 아니하고 헌법불합치결정을 한다고 하면서 합헌적으로 개정된 소득
세법 제99조를 적용할 것을 명한 바 있다. 이는 기준시가에 의하여 양도가액이나 취득가액을 산정함에 있어서 원칙적으로 구 소득세법 제60조의 위헌적 요소를 제거한 개정 소득세법 제99조를 적용하여야 할 것이나, 다만 개정 소득세법 제99조를 적용하여서는 기준시가에 의하여 양도가액이나 취득가액을 산정할 수 없어 그 양도차익의 산정이 불가능하게 되는 예외적인 사정이 있는 경우에는 구 소득세법 제60조의 위헌적 요소를 제거하는 개정법률이 시행되기 전까지는 위 법률조항의 잠정적인 적용을 허용하는 취지인 것이다.
그러므로 나아가 개정 소득세법의 시행일인 1995. 1. 1. 전에 토지를 양도한 경우로서, 국가기관이 위 헌법불합치결정의 기속력에 따라 개정 소득세법 제99조를 적용하여야 할 경우와 구 소득세법 제60조를 잠정적으로 적용할 수 있는 경우를 나누어 본다. 먼저 공시지가제도가 시행된 1990. 9. 1. 이후에 토지를 양도한 경우에는 개정 소득세법 제99조와 그에 따른 개정 소득세법시행령 제164조 등의 규정을 적용하여 기준시가에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있다고 할 것이다. 그러나, 공시지가제도가 시행된 1990. 9. 1. 전에 토지를 양도한 경우에는 개정 소득세법 제99조에서 양도 당시의 기준시가를 산정하는 방법에 관하여 직접 규정하지 아니하고 있고, 개정 소득세법시행령 제164조에서도 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐, 양도 당시의 기준시가를 산정하는 방법에 관하여는 아무런 규정을 두지 아니함으로써, 개정 소득세법 제99조와 그에 따른 개정 소득세법시행령 제164조 등의 규정을 적용
하여서는 양도 당시의 기준시가를 산정할 수 없어 결국 그 양도차익을 산정할 수 없게 된다고 할 것이다.
따라서 법원으로서는 위 헌법불합치결정의 기속력에 따라 개정 소득세법 제99조를 적용하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 1990. 9. 1. 이후 양도한 토지에 대한 양도소득세부과처분취소사건에 있어서는 당연히 개정 소득세법 제99조를 적용하여 그 부과처분의 적법 여부를 판단하여야 하고, 개정 소득세법 제99조를 적용하여서는 그 양도차익을 산정할 수 없는 1990. 9. 1. 전에 양도한 토지에 대한 양도소득세부과처분취소사건에 있어서는 구 소득세법 제60조의 위헌적 요소를 제거하는 개정법률이 시행되기 전까지 구 소득세법 60조를 잠정적으로 적용하여 그 부과처분의 적법 여부를 판단할 수 있다고 할 것이다.
그러나 한편, 개정 소득세법 제99조, 그에 따른 개정 소득세법시행령 제164조, 개정 소득세법시행규칙
(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전문개정된 것)
 제80조의 각 규정과 구 소득세법 제60조, 그에 따른 구 소득세법시행령
(1990. 5. 1. 대통령령 제12994호로 개정된 것)
 제115
조, 구 소득세법시행규칙
(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전문개정되기 
전의 것)
 제56조의5의 각 규정을 비교하여 보면, 양자는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 방법이 동일하므로, 가사 법원이 개정 소득세법 제99조를 적용하여야 할 사건에서 구 소득세법 제60조를 적용하였다고 하더라도 그 세액이 동일하게 되어 결과적으로 그로 말미암아 기본권이 침해되었다고 할 수는 없다고 할 것이다.
사정이 이와 같다면, 법원이 공시지가제도가 시행된 1990. 9. 1. 전에 양도한 토지에 대한 양도소득세부과처분취소사건에서 구 소득
세법 제60조를 적용하여 그 부과처분의 적법 여부를 판단한 것은 헌법재판소 1995. 11. 30. 91헌바1등 헌법불합치결정의 기속력에 따른 것이고, 그 이후에 양도한 토지에 대한 양도소득세부과처분취소사건에서 구 소득세법 제60조를 적용하여 그 부과처분의 적법 여부를 판단한 것은 위 헌법불합치결정의 기속력에 어긋나기는 하나 그로 말미암아 기본권의 침해가 있다고 볼 수 없다. 따라서 그 어느 것이나 예외적으로 헌법소원의 대상이 되는 재판, 즉 ‘위헌으로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을 침해한 재판’에 해당하지 아니하여 헌법소원심판의 대상이 될 수 없다고 할 것이다.
(5) 돌이켜 이 사건 판결들에 관하여 보건대, 이 사건 판결들은 모두 1990. 9. 1.을 전후하여 양도한 토지에 대한 양도소득세부과처분취소사건에서 법원이 어느 경우에나 구 소득세법 제60조를 적용하여 각 그 부과처분의 적법 여부를 판단한 재판들임은 앞서 본 바와 같으므로 헌법소원심판의 대상이 될 수 없는 것이어서 이 사건 판결들의 취소를 구하는 이 부분 심판청구는 모두 부적법하다고 할 것이다.
  나. 이 사건 부과처분들의 취소청구에 관하여
이 사건 부과처분들과 같은 원처분에 대하여 헌법소원심판청구를 받아들여 이를 취소하는 것은, 원처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 되어 그 재판 자체까지 취소되는 경우에 한하고, 이와는 달리 법원의 재판이 취소되지 아니하는 경우에는 확정판결의 기판력으로 인하여 원처분은 헌법소원심판의 대상이 되지 아니한다고 할 것이다
(헌재 1998. 5. 28. 91헌마98등, 판례집 10-1, 660)
.
그런데 이 사건 부과처분들은 그에 대한 법원의 재판인 이 사건 판결들이 앞서 본 바와 같이 헌법소원심판의 대상이 될 수 없어 취소될 수 없으므로 모두 헌법소원심판의 대상이 될 수 없는 것이어서 이 사건 부과처분들의 취소를 구하는 이 부분 심판청구 역시 모두 부적법하다고 할 것이다.
  4. 결　론
그렇다면, 청구인들의 심판청구는 모두 부적법하므로 이를 각 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 재판관 김용준, 재판관 조승형, 재판관 신창언, 재판관 이영모의 반대의견이 있는 이외에는 나머지 재판관들의 의견일치에 따른 것이다.
 5. 재판관 김용준, 재판관 신창언의 반대의견
우리는 다수의견과 달리 이 사건 판결들은 헌법소원심판의 대상이 될 수 있는 ‘법원의 재판’에 해당하며, 이 사건 판결들과 과세처분들로 말미암아 청구인들의 재산권이 침해되었으므로 이를 취소함이 마땅하다고 생각한다.
  가. 이 사건 판결들의 취소
헌법재판소법 제68조 제1항 본문은 “공권력의 행사 또는 불행사로 인하여 헌법상 보장된 기본권을 침해받은 자는 법원의 재판을 제외하고는 헌법재판소에 헌법소원심판을 청구할 수 있다”고 규정하고 있으므로 원칙적으로 ‘법원의 재판’은 헌법소원심판의 대상이 되지 아니하나, 다만 헌법재판소가 위헌으로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을 침해한 재판에 대하여는 헌법소원심판을 청구할 수 있다
(헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등, 판례집 9-2, 842)
.
그런데 이 사건 판결들은 아래에서 보는 바와 같이 모두 헌법소
원심판의 대상이 되는 ‘법원의 재판’에 해당한다.
헌법재판소는 1995. 11. 30. 91헌바1등
(병합)
 사건의 결정에서, 구 소득세법 제60조
(1978. 12. 5. 법률 제3098호로 개정된 후 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것)
가 헌법에 합치하지 아니한다는 결정을 하였다
(헌재 1995. 11. 30. 91헌바1등, 판례집 7-2, 562)
.
위 헌법불합치결정의 요지는 위 구 소득세법 제60조가 기준시가의 내용 및 그 결정절차를 전적으로 대통령령에 위임함으로써 헌법상 조세법률주의 및 포괄위임입법금지원칙에 어긋나 위헌이라고 판단한 다음, 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 헌법에 합치하는 내용의 개정입법이 이미 행하여져 시행되고 있으므로 단순위헌결정을 하지 아니하고, 위 법률조항을 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 위 개정법률을 적용하여야 할 것임을 분명히 밝히면서 헌법불합치결정을 한 것이다
(판례집 7-2, 593-595)
.
헌법재판에 있어서 헌법불합치결정이란 단순위헌결정으로 법령의 효력을 당장 상실시킬 경우에 생길 법적 혼란이나 법적 공백을 피하기 위하여 그 효력을 잠정적으로 유지시킬 필요가 있고, 또 합헌적 상태의 회복이 입법자의 입법개선을 통하여 이루어지는 것이 바람직하다고 인정되는 경우에 하는 결정유형이므로 언제나 입법자에 대한 입법촉구를 명하게 되며, 헌법불합치결정이 선고된 경우 법원은 구체적인 사건에 대한 판단을 입법자의 새로운 결정이 있을 때까지 보류하고 있다가 개정법률에 따라 이를 판단함으로써 위헌적 요소가 배제된 개정법률을 적용하여야 한다. 이는 위헌적인 법률이 더 이상 적용되어서는 아니된다는 법치국가의 요청에 따른
 당연한 귀결로서, 개정된 법률의 당해사건 또는 병행사건에 대한 소급효는 헌법불합치결정에 내재되어 있는 본질적인 요소이다. 그리고 헌법불합치결정은 위헌결정의 일종으로서 당연히 법원 기타 국가기관 및 지방자치단체를 기속하며
(헌법재판소법 제47조 제1항, 제75조 제6항)
, 헌법불합치결정의 효력은 당해사건은 물론 당해 법률이 재판의 전제가 되어 법원에 계속중인 모든 병행사건에도 미치므로 그러한 당해사건과 병행사건에 관하여는 헌법불합치결정 이후 입법자에 의하여 개정된 법률이 적용되어야 한다
(헌재 1995. 7. 27. 93헌바1등, 판례집 7-2, 221, 246-247)
.
다만, 헌법불합치로 선언된 법률을 잠정적으로라도 적용하지 아니하면 더욱 헌법적 질서에서 이반되는 법적 상태가 발생하게 될 경우에 이를 방지하기 위하여 헌법재판소가 결정의 주문에서 그 법률의 잠정적용을 명하는 예외적 경우에만 헌법불합치로 선언된 법률을 잠정적으로 적용할 수 있을 뿐이다.
헌법재판소는 위 구 소득세법 제60조 대한 위 헌법불합치결정에서 구 소득세법 제60조의 잠정적용을 명한 바 없고, 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정된 법률을 적용하여야 함을 분명히 밝히고 있다.
그렇다면 헌법불합치결정의 기속을 받는 법원으로서는 위 구 소득세법 제60조를 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건에 대하여 위 개정법률을 적용하여야 할 의무가 있다.
그럼에도 불구하고 이 사건 판결들은 ‘헌법재판소가 구 소득세법 제60조에 대하여 굳이 헌법불합치결정을 한 것은 법적 공백의 발
생, 조세수입의 감소로 인한 국가재정의 차질, 기납세자와의 형평위배 등의 불합리한 결과발생을 고려한 것이므로 그 헌법불합치결정은 위헌성이 제거된 개정법률이 시행되기 전까지는 구 소득세법 제60조를 그대로 잠정 적용하는 것을 허용하는 취지의 결정이라고 보아야 할 것’이라면서 개정법률이 아니라 당해결정에서 이미 헌법에 위반된다고 헌법불합치로 선언된 구 소득세법 제60조를 그대로 적용하여 재판하였고, 이에 따라 위 법률조항에 의한 기준시가에 따라 양도차익을 산정하여 부과한 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 취지의 청구인들의 청구 및 상고를 모두 기각하였다.
설령 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정된 소득세법과 그 시행령에 의할 때, 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가가 고시되기 전에 양도한 토지의 경우, 기준시가에 관한 규정이 없어 결국 양도소득세를 산출하여 부과할 방법이 마땅치 않다 하더라도 헌법불합치결정의 기속력에 따라 법원으로서는 위헌적 법률조항을 곧바로 적용할 것이 아니라, 이러한 입법적 흠결을 보완한 법률의 개정을 기다려 새로 개정된 법률에 따라 재판하든지 아니면 과세처분의 근거가 없다고 보아 과세처분을 취소하든지 하여야 할 것이다.
결론적으로 이 사건 판결들은 헌법재판소의 헌법불합치결정으로 인하여 더 이상 적용하면 안되는 위헌적인 법률을 적용한 것으로서 위헌결정의 하나인 헌법불합치결정의 기속력에 반하는 재판임이 분명하므로 이에 대한 헌법소원은 허용된다 할 것이고, 나아가 위헌적 법률을 적용한 이 사건 판결들로 말미암아 청구인들의 헌법상 보장된 기본권인 재산권이 침해되었다 할 것이다.
따라서 이 사건 판결들은 헌법재판소법 제75조 제3항에 따라 취소함이 마땅하다.
  나. 이 사건 과세처분들의 취소
행정소송으로 행정처분의 취소를 구한 청구인의 청구를 받아들이지 아니한 법원의 판결에 대한 헌법소원심판의 청구가 예외적으로 허용되어 그 재판이 취소되는 경우에는, 신속하고 효율적인 기본권구제와 합헌적 질서의 분명한 회복을 위하여 그 원행정처분까지 취소할 수 있다
(헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등, 판례집 9-2, 842, 865-866)
.
그런데 이 사건 과세처분들은 헌법재판소의 헌법불합치결정으로 인하여 더 이상 적용하면 안되는 위헌적인 법령을 적용하여 한 처분이므로 그로 말미암아 청구인들의 헌법상 보장된 기본권인 재산권이 침해되었다 할 것이다.
따라서 위에서 본 바와 같이 이 사건 판결들을 취소하여야 하는 이상 이 사건 과세처분들 역시 헌법 제75조 제3항에 따라 취소함이 마땅하다.
  6. 재판관 조승형, 재판관 이영모의 반대의견
이 사건의 쟁점은 헌법불합치결정을 한 법률을 적용한 법원판결들 및 부과처분들을 헌법소원 심판대상으로 삼아 이를 취소할 수 있는지 여부다.
가. 이 사건 가운데 별지 1, 5, 6, 7, 8 청구인은 1995. 11. 30. 91헌바1등 사건의 청구인들로서 재차 헌법소원 심판청구를 한 것이다. 위 사건에서 청구인들은 고지된 양도소득세의 과세 근거가 된 구 소득세법 제60조는 조세법률주의에 위반된다고 주장하였다. 
헌법재판소는 위 주장을 받아들여 위 조항에 대한 헌법불합치결정을 한 바 있으나
(판례집 7-2, 562)
, 법원의 재판
(재심)
에서 이 결정은 무시되었고 청구인들의 주장은 배척되었다.
헌법불합치결정은 합헌결정의 변형이 아닌 위헌결정의 변형이므로, 그 결정에서 명시적으로 심판대상법률의 잠정적용을 명하거나 또는 경과규정을 두지 않는 한, 헌법불합치로 선언된 법률의 잠정적용은 허용할 수 없는 것이다.
우리는, 이 사건 법원판결들에 대하여 헌법소원 심판대상이 아니라는 이유로 청구를 각하하는 다수의견의 결론은, 91헌바1등 사건에서 헌법불합치결정을 한 이유와 비교하여 보면 일관성이 없으므로 찬성하지 아니한다.
나. 위 가.의 다섯 건 외에 병합된 사건에도 91헌바1등 결정의 기속력이 미치므로, 우리의 결론을 미리 밝혀놓고 자세한 이유 설명을 하려고 한다.
먼저, 다수의견에 대하여는 헌법불합치로 결정한 법률이 다시 헌법재판소에 계류된 때에는, 그 결정에 명시적인 판시가 없는데도 이를 유효한 법률로 보고 재판을 한 법원판결을 적법하다고 수긍하는 결정을 하여서는 안된다는 것이고, 다음 법원에 대하여는 헌법불합치결정이 된 법률은 그 결정에서 잠정적인 효력을 부여하는 명확한 표현이 없는 한 그 법률을 적용한 법원의 재판은 헌법소원 심판대상이 된다는 것이다. 이와 같은 우리의 반대의견은 헌법의 명령이자 헌법에 내재된 보편적 법이념에 충실한 결론일 뿐만 아니라, 법률과 재판 영역에 필수불가결한 예측가능성에도 부합하는 것이다.
(1) 헌법재판소의 91헌바1등 결정을 보면, 양도소득세의 과세표준을 산정함에 있어 기준시가 과세원칙을 채택한 것은 실지거래가액에 의한 납세의 길을 열어 놓고 있으므로 헌법에 위반되지 아니하나, 구 법의 위임조항은 기준시가의 내용 자체에 관한 기준이나 한계는 물론 내용 결정을 위한 절차조차도 규정함이 없이 기준시가의 내용 및 그 결정절차를 전적으로 대통령령이 정하는 바에 의하도록 하였다. 이는 어떤 사정을 고려하여, 어떤 내용으로, 어떤 절차를 거쳐 양도소득세 납세의무의 중요한 사항 내지 본질적 내용인 기준시가를 결정할 것인가에 관하여 과세권자에게 지나치게 광범한 재량의 여지를 부여함으로써, 국민으로 하여금 소득세법만 가지고서는 양도소득세 납세의무의 존부 및 범위에 관하여 개략적으로나마 이를 예측하는 것조차 불가능하게 하고, 나아가 대통령령을 포함한 행정권의 자의적인 행정입법권 및 과세처분권 행사에 의하여 국민의 재산권이 침해될 여지를 남김으로써 국민의 경제생활에서의 법적 안정성을 현저히 해친 입법으로서 조세법률주의 및 위임입법의 한계를 규정한 헌법의 취지에 반한다는 이유로, 주문에서 “구 소득세법 제60조는 헌법에 합치되지 아니한다”고 선언한 것이다
(판례집 7-2, 562)
.
대법원은, 이 사건 헌법불합치결정은 당해 조항의 위헌성이 제거된 개정법률이 시행되기 이전까지는 구 법 제60조를 그대로 잠정적용하는 것을 허용하는 취지의 결정으로 이해하여야 하고, 헌법불합치결정이란 헌법에 합치하지 아니한다는 위헌선언에 그치고 무효선언에 이르지 않은 경우이므로 그 결과 사안에 대한 과세 여부는 법률해석의 문제이며 이는 전적으로 대법원을 최고법원으로 하
는 법원에 전속한다고 하여, 법률해석을 빌미로 헌법재판소의 불합치결정에 대한 기속력을 벗어나는 판결을 되풀이 하고 있다.
(2) 헌법재판소의 91헌바1등 결정은 단순위헌선언 대신 헌법불합치결정을 하게 된 이유 설시의 끝부분을 보면, “당 재판소는 단순위헌결정을 하지 아니하고 이 사건 위임조항을 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 위 개정법률을 적용할 것을 내용으로 하는 헌법불합치결정을 하기로 한다”
(판례집 7-2, 562, 594-5)
고 되어있다.
헌법불합치결정은 위헌적 상태를 조속한 시일 내에 제거해야 할 입법자의 입법개선의무를 수반하는데 있다
(헌재 1998. 12. 24. 89헌마214등, 판례집 10-2, 927, 959)
. 헌법재판소가 입법개선대상 범위에 관한 판시를 하면서, 구 법의 잠정적용을 명하는 것과 같은 설시는 입법자의 입법개선의무 이행시까지 위헌선언이 된 법률의 효력을 그대로 유지하게 하는 입법에 가름하는 중요한 성질의 것이므로 주문에서 간결하고 명확하게 표현해 두는 것이 원칙이다. 이 사건의 경우처럼 불합치결정을 하게 되는 경위 설시를 하면서 이유에서 구 법의 잠정적용을 명하는 예외적인 경우가 있다면, 그 표현은 누가 보아도 의심할 여지가 없는 분명한 것이어야 한다. 만약 통상인이 읽어서 그 표현 자체의 전후 문맥이 잠정적용을 허용하는 것인지 여부가 불확실하고 애매하다면, 위헌결정의 변형인 헌법불합치의 속성상 구 법의 잠정적용을 명한 취지라는 판단은 할 수 없다고 본다.
91헌바1등 결정에서 개정법률을 적용하라고 설시한 취지는 구 
법의 헌법불합치성이 입법자에 의하여 합치적으로 개정된 것으로 보고 구 법이 적용되어야 할 사건 모두에 개정법률을 적용하게 하려는 데 있었고, 그 법률은 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정된 소득세법 제99조를 가리키는 것이다. 그러나 그 조항에 규정된 지가공시및토지등의평가에관한법률
(1989. 4. 1. 법률 제4120호)
 및 소득세법시행령
(1990. 5. 1. 대통령령 제12994호)
에 의할 경우 1990. 9. 1. 이후에 양도한 재산에 대하여는 기준시가에 따른 양도차익을 산정할 수 있으나, 위 날짜 이전에 양도한 재산에 대하여는 기준시가에 따른 양도차익을 산정할 수 없는 흠이 있었던 것이다. 따라서 법원으로서는 1990. 9. 1. 이후에 양도한 재산에 대하여는 개정된 소득세법 제99조에 따라, 그 이전에 양도한 재산에 대하여는 입법자가 만든 위헌적 상태가 제거된 새로운 법률에 따라 각 재판을 하여야 할 의무가 있음에도 불구하고, 개정법률의 흠을 법률해석이라는 명목으로 위헌심판을 한 구 법을 다시 적용하여 청구인들에 대한 이 사건 부과처분의 당부를 판결한 것은 헌법불합치결정의 법리를 오해한 위법이 있는 것이다.
다. 헌법재판소의 결정 중 법률에 대한 단순위헌결정은 물론, 한정합헌결정이나 한정위헌결정, 법률조항은 문언의 변화없이 존속하나 위헌성을 확인한 이 사건과 같은 헌법불합치결정 등의 효력은 법원을 포함한 모든 국가기관을 기속하므로 법원의 재판 중에 헌법재판소가 헌법불합치로 결정한 법령을 적용함으로써 국민의 기본권을 침해한 재판은 예외적으로 헌법소원 심판대상에 포함되는 것이다
(헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등, 판례집 9-2, 842, 860-862. 참조)
.
이상의 이유로, 우리는 이 사건 판결들 및 부과처분들은 헌법불
합치결정을 한 위헌인 법률을 적용하여 국민의 재산권을 침해한 것이므로 모두 취소결정을 하는 것이 옳다고 생각한다
(96헌마172등, 판례집 9-2, 842, 865-866)
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다수의견은 헌법불합치결정이 된 법률에 특별한 사정변경이 있는 것도 아닌데도 그 법률을 적용한 법원의 재판에 위법이 없다고 한다. 그러나 법치의 원칙을 외면하고 예측가능성을 저버린 오늘의 이 사건 결정은 재차 헌법소원을 한 청구인들로 하여금 짧게는 6년 길게는 12년 동안 법원과 헌법재판소를 오가며 승패가 극과 극으로 치닫는 쓰라린 경험을 하게 하고 분노와 허탈감만 안겨 주게 된 것이다.
국민의 신뢰를 바탕으로 지탱하는 헌법재판소가 스스로 그 신뢰를 깎아내리는 결론을 낸 다수의견을 우리는 더 없이 안타깝게 생각할 뿐이다.
재판관　김용준(재판장) 김문희 이재화 조승형(주심)
정경식 고중석 신창언 이영모 한대현
【별　지】
사건ㆍ청구인ㆍ피청구인의 표시