【2000年代JR时间表修正】
2000年代JR时间表修正（hg=2000ねんだいのジェイアールダイヤかいせい）是指2000年代在JR集团内路线中实施的时间表修正。
== 2000年（平成12年） ==
=== 1月22日 ===
九州中，随著筑肥线下山门站至筑前前原站之间成为双线铁路实施时间表修正。当中包括由于增加班次而引入由JR九州开发的首架直流型电动列车303系。
=== 3月11日 ===
各地实施时间表修正。
新干线
山阳新干线中，由本来700系规格进行若干变更，成为700系7000番台，并开始营运「光」的分支列车「光号铁路之星」。当时除了部分「West光」外均转换成为「光号铁路之星」（当时车厢内的自助餐已经结束营业）。
100系V编成（「Land光」）的餐车终束营业。
北海道
宗谷本线中，使用KiHa400系・480系行走于札幌站至稚内站之间的急行「宗谷」、「佐吕别」、「利尻」均改用KiHa183系与新开発的Kiha261系，同时升级至特急，分别名为「超级宗谷」、「佐吕别」和「利尻」。成为宗谷本线中首列特急列车。由于旭川站至稚内站之间的急行「礼文」废止，北海道再没有日间急行行走。
东日本
新制造的E751系开始运行特急「超级初雁」。
在中央・总武线各站停车、宇都宫线中引入E231系。
仙石线中，仙台站至陆前原之町站之间的路段地下化，延由仙台站延长路段至新车站青叶通站。
西日本（都市网络）
新快速所有列车均统一为223系，所有列车均以最高130km/h运行。同时打破了从京都站毎小时0・15・30・45分出发的规律。在日间运行快速班次中，在芦屋站至东滩号志站之间使用外侧线（列车线）。大部分大阪方向的快速列车均于东加古川站等待列车通过，在黄昏姬路方向的快速列车均于土山站等待列车通过。从大阪出发前往备前片上的外侧快速废止。
221系均转移至运行阪和线、JR宝冢线上，使快速班次提速た。在阪和线中，除关空快速・纪州路快速外，日间的快速班次均使用221系，该时段不再驶入御坊站（在和歌山站分割运输系统）。JR宝冢线・福知山线中，在日间来往大阪站的快速名为「丹波路快速」，在该时段需要在筿山口站转乘。使221系不会驶往福知山站。
来往关西的卧铺特急进行重整，「彗星」与「晓」于门司站前结并运行，「晓」来往佐世保站的班次取消。使佐世保站再没有卧铺特急列车驶入。
西日本（其他）
广岛地区中，山阳本线前空站启用。
九州
885系开始引入服务。主要执行「鸥」，使用485系行走长崎本线、佐世保线的特急废止。另外，「绿」和「豪斯登堡」列车开始使用783系运行。
削减「日轮」班次，同时新设来往延冈站至南宫崎站或宫崎机场站的「日向」。
来往博多站至门司港站之间的通勤特急名为「闪耀」。
久大本线久留米大学前站启用。
途经肥萨线、吉都线（虾野高原线）的急行「虾野」废止。
=== 4月21日 ===
由于山阳新干线「光号铁路之星」规定使用指定编成，「West光」终止运行。同时，0系不再连接绿色车厢。
=== 9月23日 ===
主要为西日本嵯峨野线（山阴本线）实施时间表修正。
嵯峨野线二条站至花园站之间开设圆町站，在日间的时间表进行大幅改动。在该时段中，设有京都站至园部站之间的快速列车班次，也增加普通列车班次。
=== 10月1日 ===
东海道新干线实施时间表修正。
「希望」停靠新横滨站的班次数目增加（由16增至32班），除了从东京站直通至山阳新干线冈山站的1号「希望」列车外，均停新横滨站。另外，在早上时段增加「希望」1往返班次（41・42号）。由于增备700系，使使用700系的「希望」班次增加，除了上述的41･42号外，所有「希望」列车统一使用700系和500系。
=== 12月2日 ===
主要为东日本实施时间表修正。
东日本
随著E351系进行翻新工程，部分特急「超级梓」改用183、189系，并以「梓」的名称运行。
京叶线中，部分快速停千叶港站。
武蔵野线中，部分来往南船桥站的班次延长至海滨幕张站。
常磐线各站停车至地下铁千代田线中，增加直通至小田急电铁的班次。
五能线中，陆奥黒崎站改名为白神岳登山口站。
货物
总武本线 - 新金货物线 - 常磐线 - 武蔵野线的路线中，大部分来往千叶方向的货物列车改经京叶线、武藏野线，使行驶时间大幅缩短。
== 2001年（平成13年） ==
=== 3月1日 ===
西日本中，随著日本环球影城 (USJ) 开幕，樱岛线环球影城站启用。在3月1日、2日樱岛线与大阪环状线实施特别时间表运行。另外，樱岛线设有「JR梦咲线」的别名。
=== 3月3日 ===
主要在西日本实施时间表修正。
东海
关西线春田号志站升级至旅客车站，名为春田站。
西日本
日本海纵贯线进行运行系统重组，在1961年（昭和36年）10月「3·6·10」修正以来，日本行走最长距离日间特急列车「白鸟」废止。
增加683系执行「雷鸟（Thunder Bird）」班次，运行区间为来往大阪站至富山站（1往返班次来往鱼津站）或和仓温泉站之间。同时，「雷鸟」统一来往金泽站。「雷鸟」另外设有来往新潟站的「故乡雷鸟」，于季节时期运行。同时，富山站至新潟站之间增加「北越」班次。
七尾线中，随著能登铁道七尾线穴水站至轮岛站之间将于4月1日废止，急行「能登路」（上行2班，下行3班）中，使用58系柴油列车运行，来往轮岛站的1往返班次（1、2号），与使用415系800番台电动列车运行，从金泽出发前往和仓温泉的1班下行班次（5号）废止。替代列车为增加来往七尾站的快速列车，设有1往返琵次。在七尾铁道中，只剩下各站停车班次。
富山港线中，日间部分班次由电动列车改为柴油列车。
随著USJ开幕，大阪环状线直通至JR梦咲线（樱岛线）增加班次。部分特急「遥」停西九条站。
JR神户线中，在早上繁忙时间的快速班次停西之宫站（现时为西宫站）。在该时段于御着站的待避废止。
在大和路线、关西本线中，大和路快速停久宝寺站。另外，龟山站至加茂站之间的普通列车不再驶入奈良站。日间加茂站至伊贺上野站之间区间班次废止。
奈良线中，京都站至JR藤森站之间与宇治站至新田站之间成为双线铁路、单线铁路中增设信号机，列车交会设备改良，奈良线的运输改善工程完成，列车大幅增加班次以及提速。在早上和黄昏加设快速、区间快速班次，在日间加设都路快速班次。京都站至城阳站之间增加普通班次。宇治站至新田站之间的JR小仓站启用。
纪国线中，削减周参见站折返班次。
加古川线、姬新线、美祢线均削减班次以及设定路轨维护工程而暂停服务的时段。在艺备线中，于假日暂停服务与来往广岛站的2往返班次使用车辆变更。木次线和三江线中，首班和尾班车于星期六及日暂停服务。长门市站至仙崎站之间的尾班车从晚上8时提高至下午5时。
四国
新设拥有回家快车特性的特急列车「午夜EXP高松」、「午夜EXP松山」。
九州
增备885系并执行「音速」班次。「日轮」缩短至小仓站。同时485系不再驶入博多站。福冈地区的回家快车升级至特急。
鹿儿岛本线弥生丘站启用。
=== 3月29日 ===
西日本中，3月31日日本环球影城开幕前，修改大阪环状线至JR梦咲线的直通班次与所需时间进行修正，同时实施时间表修正。
=== 4月1日 ===
东日本的仙台地区中，东北本线、仙山线、仙石线实施时间表修正。当中仙山线开始实行平日时间表和星期六及假日时间表。于星期六及假日时间表重开特别快速。同时该线的455系不在仙山线服务。
=== 4月21日 ===
西日本山阳新干线实施时间表修正。增加光号铁路之星班次。
=== 6月4日 ===
西日本艺备线实施时间表修正。从广岛出发志和口站的尾班车延迟。于志和口站到达时间在跨日后。因此，三次站尾班前往广岛站的班次提早出发。
=== 7月1日 ===
北海道
日间使用183系柴油列车运行的特急「大空」转用283系柴油列车运行「超级大空」，在1961年（昭和36年）以来使用的爱称「大空」被消灭。另外，「大空」夜行班次的爱称改为「毬藻」。
石北本线天幕站、中越站、奥白泷站，宗谷本线下中川站、上雄信内站、芦川站废止（中越站、奥白泷站降至号志站），在废止后，JR在来线两站最长距离的区间的记录由石北本线上川站至上白泷站之间(34.0公里)担当（在之前的记录为石胜线苫鹉站至新得站之间的33.8公里）。
西日本
和田岬线电气化，增加列车班次。
=== 7月7日 ===
西日本山阴本线实施时间表修正。为了列车高速化，来往米子站至益田站之间引入快速的Kiha126系，运行班次进行修正，班次数目微减。来往鸟取站至益田站之间的特急「国引」引入西日本首架新型特急柴油列车Kiha187系，并改名为「超级国引」。同时特急「矶风」均改为来往益田站。而木次线、三江线时间变更。
=== 7月20日 ===
西日本，大阪环状线直通至JR梦咲线的直通列车中，西九条站的停车月台变更，JR梦咲线于运送日本环球影城最繁忙的时间实施时间表修正，修改班次间隔，使前往提高前往日本环球影城的方便性。
=== 9月29日 ===
东日本中，东北本线（仙台地区）国府多贺城站启用。
=== 10月1日 ===
东海、西日本（新干线）
东海道区间「光」减少每小时1班，而定期「希望」班次增加至约30分钟一班。使时间表规律由「2-7-3」（每小时2班希望、7班光、3班回声）变为「3-6-3」（每小时3班希望、6班光、3班回声）。另外，增加新横滨站、新神户站班次，实施「光」快捷性。另外，0系Q编成（4卡编成）不再行走东海道区间。另外，同年夏季，JR西日本的700系16卡编成（3000番台／B编成）投入服务。
东海（在来线）
在来线中，名古屋铁道驶入高山本线的特急「北阿尔卑斯」废止。
西日本（在来线）
都市网络中，日间时段于草津站折返的新快速延长至野洲站。奈良线东福寺站成为快速、区间快速停车站。
=== 10月6日 ===
随著九州筑丰本线、筿栗线电气化实施时间表修正。
开设博多站至直方站之间的特急「魁皇」。在筑丰地区的运输系统进行重整。817系开始运行。使用50系客车运行定期各站停车的班次废止。
电气化区间中，筑丰本线折尾站至桂川站之间与筿栗线的爱称名为「福北丰线」，非电气化区间若松站至折尾站之间的爱称名为「若松线」，桂川站至原田站之间的爱称名为「原田线」。
同时，后藤寺线直通至筑丰本线、筿栗线方向的直通列车取消。
=== 12月1日 ===
东日本实施时间表修正。
新干线
上越新干线中，于黄昏通勤时段的「Max谷川」开始使用E4系16卡编成。来往东京站至新潟站之间的「朝日」增加1往返班次，调整于越后汤泽站转乘的特急「白鹰」班次。增加列车停燕三条站。
长野新干线（当时的通称）中，「浅间」增加班次停高崎站、佐久平站与上田站。
东北新干线中，在早上时段增加「那须野」班次。增加班次停大宫站。另外，秋田新干线「小町」的绿色车厢全面禁烟。
在来线
开始引入E257系电车运行中央本线特急「梓」与「甲斐路」。E351系的翻新工程完成，特急「超级梓」回复8往返班次。
部分特急「成田特快」，在成田站、千叶站至东京站、新宿站、池袋站之间，可使用定期票与指定席特急票乘车。
特急「若潮」增加1往返班次，特急「若潮」、「细波」增加停海滨幕张站的班次。
来往长野站至新潟站之间的特急「丰收」1往返（2、3号）废止。
来往上野站至水上站之间的新特急「水上」1往返（7、10号）废止。
中央本线急行「阿尔卑斯」从长野出发往新宿的班次变为临时列车。
设立新运输系统「湘南新宿线」，经山手货物线、品鹤线，驶越新宿站，来往东海道线、横须贺线至宇都宫线、高崎线之间。但是，由于池袋站、新宿站的改善工程还未完成，列车只来往池袋站或新宿站。
调整回家快车班次。高崎线的「回家快车鸿巢」增加班次。在中央线快速中，未来的回家快车改名为「中央快车」「青梅快车」，并增加班次。另外，乘车整理费用「回家快车费用」加价至500日圆。
首都圈中，未达50公里的自由席特急费用与急行票降至500日圆。
宇都宫线中，从宇都宫出发前往黑矶的尾班车延迟出发。京叶线、武蔵野线于晚间，与埼京线黄昏至晚间时段增加班次。中央、总武线各站停车于年度内统一使用E231系。
在此改正中，115系不再于高崎线上运行。
东北地区中，羽越本线岩城港站，五能线WeSPa椿山站启用。
== 2002年（平成14年） ==
=== 3月16日 ===
北海道实施时间表修正。从旭川方向前往新千岁机场方向的直通L特急改名为「超级白箭」。
=== 3月23日 ===
东日本
山手线的E231系500番台投入服务，在4月21日起开始投入运作。常磐线（上野站至取手站之间为快速）也引入E231系，在3月3日已经投入运作。
随著小田急电铁实施大规模时间表修正，常磐线各站停车、营团地下铁（现时为东京地下铁）千代田线也实施时间表修正。在日间来往相模大野站的列车（小田急线内为准急）改为来往唐木田站（小田急线内为多摩急行）。
磐越西线特急「Viva会津」在星期六与假日的班次改名为特急「假日Viva会津」。
西日本
部分特急「白鹰」于北北线的最高速度提升至160km/h，由西日本所属485系不再行驶「白鹰」。
在每月1次的路轨维护工程使路线暂停服务中，陆续扩大至姬新线和因美线等其他地方交通线。更多班次改用一人控制，更多车站成为无人车站或简易委托车站，以及削减列车班次（主要是早上、深夜和日间列车班次）。在JR西日本中为首次实施同类型（减班）的时间表修正。随后部分路线也开始实行每月1次的路轨维护工程使路线暂停服务。
;都市网络
: JR神户线中，西之宫站在平日早上和晩上时段，快速列车停站。早上从大阪出发前往姬路方向的1班快速的运行路线改变，停须磨站、垂水站和舞子站。增加平日早上从大阪出发前往姬路，晚上从姬路出发前往大阪的新快速班次。
: JR京都线中，在早上繁忙时间的快速班车中，京都站至高槻站之间的区间变为普通。琵琶湖线在早上前往大阪方向的新快速班次，由该线内各站停车变成设有通过车站。在黄昏快速班次中，由前往安土延长至前往米原。
: JR宝冢线、福知山线在筿山口站转乘时间改善。
: 湖西线中，早上和黄昏的快速列车停雄琴站（现时为雄琴温泉站）。
: 学研都市线（片町线）中，星田站成为快速停车站。松井山手站至JR三山木站之间的运送改善工程完成。结并与分离列车的车站由松井山手站改为京田边站。同时，207系（2000番台）24辆（3卡编成4抽、4卡编成3抽）车投入服务。部分列车改为来往京田边站。在京桥站至田条畷站之间的快速运输区间的区间快速列车增加班次。在日间京桥站至四条畷站之间的区间运输班次废止。
: 奈良线在晚上10时时段前，设有快速、区间快速列车班次。
: 阪和线削减在晚上行走的列车班次。
: 和歌山线中，直通至大和路线的区间快速中，其运输区间缩短至五条站。221系不再经和歌山线驶入和歌山站。在晚上11时时段，从和歌山出发的尾班车由前往五条缩知至粉河，使前往五条站的尾班车提早出发，并再没有跨日列车班次。
: 纪国线中，削减纪伊田边站至新宫站之间的班次。增加1班特急「黑潮」从新大阪出发前往纪伊田边。延迟尾班车出发时间。从新大阪出发前往纪伊田边的尾班快速列车由165系改为221系，在西日本内再没有165系运行。
七尾线中，直通急行「能登路」废止，削减部分特急班次。
艺备线的急行列车统一名为「三次」，来往三次站至备后落合站之间的1往返普通班次继续存在。备后落合站再没有优等列车班次。急行列车的时间表变更，使备后落合出发的尾班车大幅提早出发，在不可以在下午从广岛方向 → 木次线，晚间由木次线 → 广岛方向。延迟三次站至广岛站之间的尾班车。从广岛出发前往三次的尾班车在晚上10时半后，前往志和口则为晚上11时半后。
吴线新广站启用。
境线中，在假日的晚上列车暂停服务。
提早播但线、山阴本线香住站前往滨坂站、宇部线、小野田线的尾班车。长门本山站的尾班车在晚上6时时段。
四国
高松地区新设快速「Sunport」。由于高知地区的后免·奈半利线开业，使实施时间表修正。两地区的时间表规律化。另外特急列车的结并与分离车站改为宇多津站。
九州
丰肥本线大分大学前站启用。在3月9日，长崎本线的本川内站折返式铁路废止。
=== 7月14日 ===
随著3月JR东日本收购东京单轨铁路，东京单轨铁路羽田机场线的起点同时转乘站滨松町站中，成为京滨东北线的快速停车站。
=== 7月20日 ===
西日本中，为了方便前往日本环球影城，部分特急「黑潮」、「超级黑潮」和「海洋快箭」列车停西九条站。
=== 10月5日 ===
西日本实施时间表修正。
新干线
开始替换「回声」的100系。
在来线
都市网络的车辆运用上有所调整。日间时段的普通列车中，西明石前往京都，以及JR宝冢线前往高槻的运行形态进行变更。改为西明石站至京都站之间、直通至JR东西线、以及新三田站至高槻站之间。同时，大阪方向与JR东西线直通方向的出发顺序更变，互相转乘的组合改为同方向。在快速列车中，所有区间使用内侧线（电车线）。增加来往福知山站特急「北近畿」的班次，本来只于周末运行，来往丰冈站的班次改为毎日运行。同时，「北摄快车」废止。
广岛地区中，部分艺备线列车由各站停车改为快速列车。增加晚间列车班次。另外，在广岛都市圈路线群的名称设定为广岛城市网络。
=== 10月21日 ===
西日本北陆本线中，随著北陆新干线兴建工程进行，东金泽站至森本站之间的走线变更，同时实施时间表修正。营业距离减少0.1公里。能登铁道削减列车班次，来往七尾站的急行废止。
=== 11月2日 ===
西日本纪势本线实施时间表修正。在和歌山站至纪伊田边站之间的普通列车中，除了早晩时段外，均在御坊站把系统分割。御坊站至纪伊田边站之间的区间列车改由113系2卡编成以一人控制方式运行。
=== 12月1日 ===
北海道、东日本实施时间表修正。
新干线
东北新干线盛冈站至八户站开业。新设该区间行走的「疾风」。另外部了部分班次外，所有「疾风」均全车指定席。
秋田新干线「小町」在这次修正中与「疾风」成为全车指定席。另外结并列车由「山彦」改为「疾风」。
东京站至福岛站之间不停站的山形新干线「翼」班次，改为加停大宫站。使所有「翼」班次均停大宫站，于东京站至福岛站之间不停站「翼」消灭。
上越新干线「朝日」改名为「朱鹭」。
东京站至长野站之间不停站的长野新干线「浅间」班次，改为加停大宫站。使启有「浅间」班次起停大宫站，于东京站至长野站之间不停站「浅间」消灭。
青函列车
随著东北新干线八户站启用，东北本线盛冈站至八户站之间成为并行在来线，该路段转让给IGR岩手银河铁道（岩手银河铁道线，盛冈站至目时站之间）和青森铁道（青森铁道线，目时站至八户站之间）。
盛冈站至青森站、函馆站之间的新干线接驳特急「初雁」、「超级初雁」、青森站至函馆站间之的快速「海峡」废止。在「海峡」废止后，海峡线除了特急、急行以外，所有定期旅客列车均废止 。当日起，所有JR中，除特急、急行以外再没有定期客车列车。
在八户站接驳新干线的特急列车中，新设在青森县内行走的「津轻」，以及连接北海道的「白鸟」、「超级白鸟」。「超级白鸟」使用JR北海道新制的789系。
北海道
增加L特急「丁香」1往返班次。特急「鄂霍次克」加停美呗站、砂川站、生田原站和女满别站。所有「鄂霍次克」停生田原站、女满别站。
东日本
在东日本内不会再称呼L特急和新特急，均改回沿用「特急」。
中央本线中，特急「梓」、「甲斐路」的定期列车更换为E257系。「甲斐路」部分班次的运输区间延长至东京站和龙王站。急行「阿尔卑斯」下行班次废止，改为临时快速「月光信州」，只于在多客时期运行。另外，「成田特快」加停涩谷站，并新设来往高尾站的班次。
常磐线中，部分「新鲜常陆」使用651系，「新鲜常陆」首次连结绿色车厢。
总武本线中，特急「潮骚」来往东京站至成东站之间增加1往返班次。
羽越本线中，特急「稻穗」来往新潟站至酒田站之间削减1往返班次。
信越本线中，来往高田站至长冈站、新潟站之间的特急「丰收」降级为快速「颈城野」。使来往犀潟站至长冈站之间的定期日间特急只有「北越」。
磐越西线中，特急「Viva会津」、「假日Viva会津」改名为特急「会津」、「假日会津」。车辆方面，使用了东北新干线盛冈站至八户站之间开业后，前「初雁」废止而剩下的485系（连结绿色车厢）。另外，仙山线快速「仙山」在星期六及假日的班次改名为快速「假日仙山」。
东京临海高速铁道临海线全线开通，开始设有直通至埼京线的列车班次。另外，埼京线、湘南新宿线于大崎站的月台启用，湘南新宿线每日由25往返班次增至38往返班次。
回家快车班次中，「湘南新宿快车」的爱称进行变更，下行为「回家快车小田原」，上行为「早安快车新宿」。另外，部分中央快车、青梅快车增加班次。
在京叶线启用以来首次实施大规模的时间表修正。在星期六、假日的快速「海洋梦」、「武藏野梦」的爱称废止。所有快速列车停南船桥站、千叶港站。海滨幕张站至苏我站之间，削减日间列车班次。快速等待特急与通勤快速的时间增加。
奥羽本线、花轮线（秋田站至大馆站至鹿角花轮站之间）的急行「米代」（花轮线内为普通列车）降级为快速列车（没有爱称），使急行「米代」废止。釜石线中，急行「陆中」整合至快速「滨百合」。使在东日本内，除了夜行列车外的定期急行列车消灭。
八户线的种差站改名为种差海岸站。
夜行列车
上野站至青森站之间的卧铺特急「白鹤」，函馆站至札幌站之间的临时快速「午夜」废止。
== 2003年（平成15年） ==
=== 3月15日 ===
西日本、九州实施时间表修正。
西日本
北陆地区特急「白鹭」的683系2000番台投入服务。同时，连结全景绿色车厢的国铁型涂装485系再次执行「雷鸟」班次。
都市网络中，开设从京都出发前往米原方向（琵琶湖线）的新快速班次。在早上繁忙时间和晚上中，来往草津站的的列车延长至来往野洲站。延迟从大阪出发前往米原的尾班车（前往野洲的班次延长至米原）。103系再次驶入草津站。湖西线中，从近江舞子出发的首班车延长至从近江今津出发，出发时间也提早。在JR宝冢线中，在繁忙时间中，快速的行驶时间有所缩短。在学研都市线中，从木津站的首班车变为区间快速。
大阪环状线中，日间列车班次间隔均等。与梦咲线直通班次分离。在大和路线、阪和线中，增加平日早上前往大阪方向的快速班次。特急「遥」中，早上繁忙时间的上行列车，与黄昏繁忙时间以后的下行列车加停和泉府中站，增加日根野站停站列车。奈良线东福寺站和玉水站成为快速停车站。
小滨线电气化，125系投入服务。Kumoha42001不再运行小野田线。
九州
在大村线使用KiHa183系行走的特急「西博尔德」废止（车辆使用在后述的「由布DX」）。
鹿儿岛本线太宰府号志站启用，大野城站成为停车站。若松线二岛站至折尾站之间开设本城站。另外，筿栗线的城户站改名为城户南藏院前站，肥萨线的雾岛西口站改名为雾岛温泉站。
在此修正中，能登铁道削减班次，前往蛸岛站的列车只剩下5班。
=== 3月29日 ===
东日本中，随著实施小田急电铁时间表修正，与其互相直通的常磐线各站停车与地下铁千代田线也实施时间表修正。部分来往相模大野站、本厚木站的列车（小田急线内为准急）改为来往唐木田站（小田急线内为多摩急行）。使3间公司直通的准急消灭。另外，在互相直通的中央·总武线各站停车至地下铁东西线中，E231系800番台投入服务（在同年5月1日开始营业），103系、301系不在使用在直通运行班次。
=== 6月1日 ===
西日本实施时间表修正，来往大阪站至米原站之间的「琵琶湖快车」（485系）升级至特急「琵琶湖特快」（681系和683系）。另外，特急「遥」加设来往米原站的班次。
=== 7月7日 ===
九州中，鹿儿岛本线千早站启用。
=== 10月1日 ===
随著东海道新干线的品川站启用，实施大规模时间表修正（下述）。东海道新干线区间的运输体系中，由「光」作为主体改为「希望」为主体。
==== 在来线 ====
东日本
磐越西线特急「会津」「假日会津」降级为快速「会津快车」（使用车辆不变），该线的定期特急列车消灭。
东海
实施大规模时间表修正。主要为运输班次变更，延迟尾班车。
西日本。
北陆地域中，再次重组特急列车。来往米原站的「加越」整合至「白鹭」。急行「筑摩」降级为临时列车。山阴本线于京都一边的特急班次变更，新设在绫部站结并与分离的列车。
冈山地区中，来往冈山站至鸟取站之间途经智头急行线的特急「因幡」改用Kiha187系，并改名为「超级因幡」，提升了列车速度。在濑户大桥线中，快速「海洋快车」使用新型车辆（西日本223系5000番台、四国5000系），所需时间有所缩短。
都市网络中，部分路线由于为了方便连接东海道新干线「希望」的首班与尾班车，因此增加了班次。
阪和线在凌晨0时时段中，增加区间快速班次从天王寺出发前往日根野。另外，在星期六及假日加设1往返区间快速班次直通至大阪环状线（来往凤站，在环状线内各站停车）。
学研都市线中，从松井山手出发的首班列车提早1小时出发（5时时段 → 4时时段），从京桥出发前往松井山手的尾班列车延迟30分钟出发（晚上11时时段 → 凌晨0时时段）。
JR京都线、宝冢线中，103系在8月14日后不再运行。
山阳、山阴地区中，增加艺备线广岛站至三次站之间列车班次。在广岛城市网络中，每20分钟一班。在这区间的快速「三次快车」开始运行，急行「三次」运行时段变更，增加停车站。在山口线中，山口站至益田站之间提早尾班车。须佐站不再设有夜间停泊。在广岛站至岩国站之间于星期三暂停服务的措施取消，不再设有1小时的时间空档。
高山本线中，再没有来往高山站至富山站之间的直通普通列车，需要在猪谷站转乘。
四国
所有特急列车的车内贩卖服务全部废止。
==== 东海道・山阳新干线 ====
在10月1日，东海道、山阳新干线实施大规模时间表修正。当时JR东海副社长松本正之称此时间表修正为「第二之开业」。
主要变更
东海道新干线品川站启用，每小时「希望」最多5班、「光」1班、「回声」最多3班。
「希望」增加班次。每小时设有3班，最多设有7班（同时「光」每小时由6班减至2班）
: 东海道、山阳新干线直通的「希望」增加班次。每小时最多4班。在定期列车中，每小时来往东京站至冈山站、广岛站之间为2至3班，冈山站、广岛站至博多站之间为1至2班。同时，「希望」开始停姬路站、福山站、德山站、新山口站。而「光」班次变为「希望」班次，来往东京站的「光」最速只可到达冈山站。
在东海道新干线行走的列车车种统一使用JR车辆，包括「光」、「回声」在内，所有列车的最高时速定为270km/h。
部分车站中，增加「光」的停站班次。小田原站由6班 → 12班，三岛站由6班 → 12班，滨松站由16班 → 26班，丰桥站由6班 → 16班。
「回声」增加班次
早晩的运输体系改黖变
小郡站改名为「新山口站」。
营业上
「希望」的指定席特急费用减价（东京至新大阪、新大阪至博多减670日圆，东京至博多减1240日圆）
「希望」1至3号车引入普通车自由席（自由席特急费用与「光」「回声」相同）
使用特快预约的e特急票减价（东京 - 新大阪之间13,200日圆 车费+指定席费用）
新干线经济票等车票废止，新设新干线回数票等车票（正确来说是同年7月开始）
「JR东海 50+」成立
「希望列车用四张车票」和「光列车用四张车票」整合，开始发售「新干线四张车票」。
为了与飞机竞争，增设「希望早特往返车票」。
服务处废止。
随著实施时间表修正而进行的企划
JR东海，使用了当时偶像集团TOKIO的「AMBITIOUS JAPAN!」作为主题曲，以推行各种企划。
: 东海所有700系C编成的车身的窗下贴上了「AMBITIOUS JAPAN!」的字样。（直至2005年9月25日）
: 东海所有300系J编成部分车门位置的侧面贴上了圆形标志，写上了「のぞみは、かなう。」（中译：希望（号），实现吧。）。（直至2005年10月顷）
: 东海所有300系与700系的车内钟声会以音乐盒的音乐播放「AMBITIOUS JAPAN!」。
:: 2007年7月登场起，东海所有N700系也使用「AMBITIOUS JAPAN!」。
: 在时间表修正（10月1日）起主题曲「AMBITIOUS JAPAN!」公开（在Oricon公信榜首次登场中第1位）
: 在电视上播放广告，以 「のぞみは、かなう。」作为广告台词，以「AMBITIOUS JAPAN!」作为音乐。
:: 当中也有使用「のぞみはいつも、そこにある。」（中译：希望号一直在那里。）的口号。
西日本中，则以鬼束千寻的「出发的好日子·西方」为中心，以推行各种企划。
: 西日本所有新干线车辆车内钟声会播放「出发的好日子·西方」
:: 2007年7月起，西日本所有N700系也使用「出发的好日子·西方」
: 推行「DISCOVER WEST」企划。
在时间表修正后的效果
JR东海（东海道新干线） 2003年10月 - 2004年9月
: 人均运送距离增加3.6%（比前年），收入增加3.3%。
: 客量上，「希望」和「光」合共增加8%（比前年），「回声」减少4%，合共也有5%增长。
: 1日平均使用人次
:: 品川站为4.2万人。东京站减少14%（比前年）人次。东京站和品川站总人次，比前年东京站使用人次增长6%。新横滨站增长1%。
: 光的停车班次增加，使车站的使用人次增加（比前年，1日平均人次）
:: 小田原增加3%，三岛增加1%，滨松增加8%，丰桥没有变化。
: 京滨地区 - 山阳区间「希望」停车站之间的使用人次比前年增加10%。
JR西日本（山阳新干线）2004年3月期下期
: 新大阪站 - 西明石站之间的载客人次增加3.6%（比前期，注：2004年是闰年）。
: 客量方面，冈山站 - 首都圈增加约10%，广岛站 - 首都圈增加约15%，新山口站 - 首都圈增加约30%。
: 2004年3月期下期，人均平均乘车距离增加4.9%（比前期）。
: 虽然乘客人均票价花费减少0.6%，但是运输收入增长3.0%。
=== 12月1日 ===
西日本实施时间表修正。
在修正时西日本拥有80辆223系（2000番台），56辆207系（2000番台），在改正入增备。
JR神户线中，新快速所有列车停芦屋站。在早上繁忙时间中，大阪方向方向的快速统一使用223系，使提高速度。由于神户站 → 大阪站之间的列车首先出发和首先到达，因此该时段的普通班次微轻减班。姬路方向中，早上的外侧快速（列车线）在兵库站改在电车线上行走（停须磨站、垂水站、舞子站）。在黄昏1班外侧快速班次改为新快速班次。所有快速列车均停西之宫站。延迟姬路出发前往大阪方向的尾班车。在早上时段中，从西明石出发前往加古川的普通列车会直通至大阪方向。内侧线（电车线）的高速化工程完成，快速列车可以时速120km/h行走。
JR京都线中，早上时段部分列车的快速运输区间改为西明石站 → 京都站之间，普通的运输区间也延长（从前往高槻改为前往京都）。在晚上10时时段，快速的快速运输区间改为大阪站至高槻站之间，在新快速通过的车站中班次中，约10分一班。
琵琶湖线在日间时段的班次中，米原出发与野洲出发的次序改变。野洲站、近江八幡站可让新快速、普通列车互相转乘。
JR宝冢线中，早上时段增加快速班次，该时段中，直通至京都线的普通班列均行走内侧线。使不再通过冢本站。在日间普通列车统一使用207系。在黄昏时段中，快速三田站 → 筿山口站之间变为各站停车，在该时段中来自京都线的普通直通班次改为前往新三田。来自JR东西线的快速班次改为前往筿山口。增加从大阪出发前往新三田的班次。中山寺站成为快速停车站。在晚上10时时段，从大阪出发前往宝冢的列车增加班次。
学研都市线中，晚上快速、普通的转乘车站改在住道站。另外，前往大久保的区间快速复活。
播但线中，只限星期六与假日，设有1往返班次改用221系。
木次线中，增加临时列车班次，该列车在每个月第2个星期四暂停服务。同时，出云横田站至备后落合站之间减班（从出云横田出发的晚上6时时段，与备后落合出发的早上6时时段废止）。可部线中，可部站至加计站至三段峡站之间废止。
邻接鹰取站的神户货物总站启用。前往神户港站的货物支线（神户临港线）废止。
== 2004年（平成16年） ==
=== 3月13日 ===
主要在九州实施时间表修正。
新干线
九州新干线新八代站至鹿儿岛中央站（在开业同时，西鹿儿岛站改名为鹿儿岛中央站）之间（部分）开业。该线上的列车爱称使用了在来线特急列车「燕」，新设在新八代站的接驳特急列车「接力燕」。同时在并行在来线中，鹿儿岛本线八代站至川内站之间由第三部门铁路肥萨橙铁道接管。接管区间上的特急班次取消。
上越新干线本庄早稻田站启用，越后汤泽站前的车站可容纳16卡车厢。东北新干线仙台站至盛冈站之间，除2往返班次来往盛冈的Max山彦号定期列车外，均统一使用E2系和E3系，使到达时间缩短。东北、上越新干线的200系车辆之F、H编成所有编成，与K编成翻新车原则上不再执行定期列车班次。
北海道
快速「机场」升级。
石胜线的枫站降级为号志站。因此，在JR在来线中，车站之间最长距离的区间记录由新夕张站至占冠站之间（34.3公里）取代（之前是石北本线，上川站至上白泷站之间的34.0公里）。
东日本
中央线的「梓」1往返班次变为「超级梓」，使「超级梓」加班。同时，来往龙王站的「甲斐路」列车增加班次。「梓」、「超级梓」的特急编号共用，并按出发次序编排。
东海道线中，新宿站至小田原站之间的1往返快车（Liner）班次由185系7卡改用251系10卡编成。使251系首次执行快车（Liner）班次。
常磐线三河岛站和南千住站中，除了通勤快速外，所有「普通」停站。川尻站改名为十王站。
仙石线小鹤新田站启用。同时，仙台车辆中心宫城野派出所出入厂前的班次由来往苦竹站改为来往小鹤新田站。
磐越西线中，平日时间表与星期六及假日时间表整合。
西日本
山口线增设快速「山口快车」。大和路线增设直通至奈良线的列车。和歌山线的五位堂号志站升级为旅客车站，名为JR五位堂站，下田站改名为香芝站。山阳本线于广岛市内的天神川站启用。
九州
鹿儿岛本线熊本工大前站改名为崇城大学前站た。
久大本线中，使用Kiha183系1000番台运行的「由布DX」再次投入服务。与Kiha185系「由布」共同使用。在单数日与双数日使用不同车辆。
丰肥本线中，特急「阿苏」与急行「球磨川」部分区间整合为「九州横断特急」。急行「球磨川」升级至特急。在九州运行的急行列车全部废止。同时，新设观光用途的特急「隼人之风」。
指宿枕崎线中，快速「油菜」部分班次连结指定席车厢，并与「油菜DX」分离。
各路线で普通列车の利便性向上が行われた。
以往列车司机会在公司之间的边界站进行交班。在这次修正中，JR集团之间签订协议，列车长也会在同样情况下进行交班（夜行列车和部分日间特急列车除外）。
夜行列车
由于部分九州新干线开业，卧铺特急「那霸」的运行区间由新大阪站至西鹿儿岛站之间缩短为新大阪站至熊本站之间。
货物
新型货运电动列车M250系「Super Rail Cargo」开始投入服务，行走于东京货物总站至安治川口站之间（当初为临时列车）。
=== 9月1日 ===
西日本三江线由于发生落石事故，在时间表修正中把列车速度下降。
=== 10月1日 ===
九州实际时间表修正。
九州新干线中，在鹿儿岛中央站北边的萨摩田上隧道由于噪音治理工程，使该段需慢驶（195km/h → 120km/h），川内站至鹿儿岛中央站之间的所需时间增加1分钟。原则上，下行（鹿儿岛中央方向）在鹿儿岛中央站的到达时间延迟1分钟，上行（新八代方向）在鹿儿岛中央站的出发时间提早1分钟。而在鹿儿岛中央站转乘的部分在来线列车时间也相应调整。
=== 10月16日 ===
东日本、东海、西日本实施时间表修正。
东日本
池袋站、新宿站内的改善工程完成，湘南新宿线增加班次（每日38往返班次 → 64往返班次），该线直通至宇都宫线、高崎线的普通列车连结绿色车厢。引入绿色车厢Suica系统。新设特别快速班次，湘南新宿线所有列车统一使用E231系电动列车。
115系不再在宇都宫线上行驶。
上越线中，高崎站至井野站之间的高崎问屋町站启用。
埼京线中，主要在夜间增加直通至临海线的班次。包括在临海线内折返班次，列车增至10卡编成。
大量引入E231系电动列车在东海道线中。直通至沼津、静冈方向的班次大幅减少。JR东日本所属的绿色车厢编成班次最远只会驶入JR东海内的沼津站。
京叶线新木场站成为通勤快速停车站。
千叶地区中，E257系500番台投入服务。特急「水乡」整合至「菖蒲」。另外，房总特急的列车名称不再冠上「早安」、「回家城镇」。
仙台地区中，仙山线、仙石线、磐越西线的快速「仙山」、「假日仙山」、「海风」、「磐梯」各列车爱称废止。磐越西线的快速「会津快车」废止。仙山线、仙石线中，平日时间表与星期六及假日时间表整合。陆羽东线的快速「汤烟」废止。
东海
饭田线中，在辰野站于早上4时时段的首班车废止，首班车改为伊那松岛站于5时时段出发。晚上从冈谷出发前往驹根，于晚上10时的出发时间延迟20分钟，使可让从新宿出发的「超级梓」班次转乘该列车。
高山本线中，在晚上10时时段从高山出发前往猪谷的班次缩短至前往坂上。
西日本
来往大阪站至米子站之间（经福知山线）的急行「大山」废止。使从大阪出前前往福知山的尾班车，以及从米子出发前往鸟取的尾班车延迟。特急「北近畿」的尾班车延迟至晚上10时时段。
; 都市网络
在这此修正中，增备164辆223系（2000番台）。
JR京都线中，在早上繁忙时间增加新快速班次，前往西明石的列车复活。同时，于早上8时时段出发，从大阪前往西明石的外侧快速列车，以及黄昏时段直通至草津线、湖西线的外侧快速列车废止。前往西明石的快速列车中，尾班车延迟至凌晨0时时段。另外，由于新快速加班，使外侧线的路线容量达到顶峰，因此在早上繁忙时间，JR京都线大阪方向的快速班次中，京都站 → 高槻站之间区间使用内侧线（电车线）（长冈京站外侧线月台停止使用）。在早上繁忙时间的时间表班次相距均等，在这时段中，快速统一使用223系，使速度提高。新设来往野洲站的普通列车，削减于大久保站折返的列车班次。大阪站的首班车延长至前往米原站。
湖西线中，早上和黄昏直通至JR京都线的快速列车改为新快速列车。定期班次的通勤型车辆最远驶入近江今津站（在另一方，平日最远驶入西明石或冢口，星期六及假日最远驶入新三田站）。在日间于坚田站折返的班次改用223系4卡编成。
随著增备223系，本线系统的快速不再使用113系运行。在早上和晚上来往大垣站的列车改用221、223系。草津线开始使用223系执行班次。在6月12日后，宫原所属的113系不再服务。播但线中，平日早上1往返班次改用221系。
JR神户线的外侧快速列车编号统一使用57xx。
阪和线中，随著大阪市内上行线高架化，通过列车等待的安排有所改变。在黄昏繁忙时间中，于东岸和田站折返的班次废止。
大和路线和阪和线中，平日繁忙时段中，6卡编成的列车加设女性专用车厢。
各地方于早上和黄昏时段增加特急班次。
广岛城市网络中，增加吴线和可部线的快速列车班次。
从滨田出发前往益田的尾班车升级为定期列车。
=== 11月9日 ===
货物列车方面，大阪环状线货物支线境川号志站至浪速站之间（通称：大阪临港线）当日暂停服务。来往浪速站的（不定期）货物列车当日起暂停行驶。该区间于2006年4月1日起正式废止。
=== 12月11日 ===
东日本中，随著小田急电铁时间表修正，与其互相直通的常磐线各站停车 - 地下铁千代田线也实施时间表修正。小田急的直通运行班次扩展至早上和深夜。
=== 12月19日 ===
西日本加古川线电气化。班次所需时间缩短、提早首班车和延迟尾班车 。电气化后，新制了4辆125系列车投入服务，另外16辆103系改造车（3550番台）投入服务。
== 2005年（平成17年） ==
=== 3月1日 ===
主要在东海、西日本、九州实施时间表修正。
东海道・山阳新干线
为了爱・地球博（爱知万博），加强了「希望」班次。来往东京站至冈山站之间的班次每小时增加3班，使东海道区间每小时最多8班「希望」班次。山阳新干线的时间表有所调整。
JR东日本（在来线）
常磐线中，随著增备E653系（1抽4卡编成）。特急「新鲜常陆」上下各3班列车由7卡编成增至11卡编成。
山手线在4月17日起统一使用E231系500番台，205系引退。
越后线的内野西丘站启用。
JR东海（在来线）
特急「信浓」部分班次停金山站。万博连接列车，中央本线与爱知环状铁道线直通的「万博穿梭」开始运行。
JR西日本（在来线）
北越急行中，683系8000番台投入服务，使定期特急「白鹰」统一使用681系、683系。
来往益田站至小仓站之间的「矶风」废止。使山阴本线益田站至下关站之间的特急列车消灭。关门隧道中，除了夜行列车外，没有特急列车通过该隧道。
都市网络中，新快速日间设有每小时1班列车延长至来往播州赤穗站。在这时段中，上郡、冈山方向的列车改在相生站为终站。加古川站4号月台开始使用，除了拆返班次或早晚班次外，两方向的其他列车方向均可缓急接续。同时，在早上繁忙时间中，新快速等待通过的列车改变。另外，JR神户线姬路别所站启用，只有普通（包括在西明石站起为快速列车的班次）列车停站。
山阴本线城崎站改名为城崎温泉站。
姬新线和因美线于早晚普通列车班次改为快速。
艺备线东城站至备后落合站之间削减至每日只有3往返班次。
夜行列车
东京站至下关站之间卧铺特急「朝风」，以及东京站至长崎站之间的卧铺特急「樱花」废止。而「富士」在门司站前与「隼」结并。
=== 6月19日 ===
西日本中，由于4月25日发生福知山线出轨事故使宝冢站至尼崎站之间重开，以福知山线（JR宝冢线）为中心进行时间表修正。当中为了使时间表上安排较充裕，实施了小规模的修正。由于ATS装置的关系，直通至北近畿丹后铁道的「丹后探索者」改用KTR8000形（丹后发现）。另外，117系不再在福知山线上行走。
=== 7月9日 ===
东日本中，由于常磐线的新竞争路线筑波快线于8月24日开业。因此在此修正中只牵涉常磐快速线。新型车辆E531系投入服务，在上野站至土浦站之间的特别快速班次最快只需55分钟。而特急「新鲜常陆」增加班次，以及变更与统一停车站。
=== 7月17日 ===
西日本冈山地区中，由于进行冈山站改善工程而实施时间表修正。
=== 9月11日 ===
西日本中，随著奈良站周边进行高架化工程中（使用临时路轨），关西本线（大和路线）、奈良线、樱井线实施时间表修正。当初计划在同年5月22日实施，但由于发生福知山线出轨事故影响而延期。
=== 10月1日 ===
全国实施时间表修正。
JR东海（在来线）
在爱知万博举行期间（严格上是3月1日至9月30日），开设了「万博穿梭」。在世博结束后，开设了名古屋站至高藏寺站至冈崎站之间直通定期列车班次。
由于台风使不能进行的高山本线飞驒古川站至角川站之间重开，当时只有普通班次。
JR西日本（在来线）
由于福知山线出轨事故的契机，使部分都市网络路线的所需时间与停站时间调较至较充裕。并在此时间表修正中实施（奈良线已经在9月11日实行） 。
山阳本线中，冈山站至庭濑站之间的北长濑站启用。
艺备线中，新见站至备后落合站至三次站之间的夜间时段列车时间表大幅变更。在备后落合站前往广岛站的尾班车为晚上7时时段，广岛站 → 新见站之间的夜间班次复活。
吴线使用Kiha47形改造的「濑户内海景」登场。
JR九州
特急列车、快速列车增加班次，「接力燕」、「有明」开始连接比一般绿色车厢更高级的「DX绿色车厢」。
通过关门隧道的所有普通列车需在下关站转乘，JR九州车辆除了定期卧铺列车外，不会驶往下关站以东的在来线区域。关门隧道再没有定期柴油列车班次。
在9月23日，筑肥线九大学研都市站启用。
夜行列车
卧铺特急「彗星」废止。「晓」与「那霸」在京都站至鸟栖站之间结并运行。
=== 11月27日 ===
西日本中，随著南海电气铁道实施大规模时间表修正（增加关西机场连接列车），临空镇站至关西机场站之间，与南海共用的关西机场线与受牵连的阪和线实施时间表修正。
=== 12月10日 ===
东日本与新干线实施大幅度的时间表修正。
东日本（新干线）
增加东北新干线、山形新干线、秋田新干线「疾风」（来往盛冈站的2往返班次）、「小町」和「翼」的定期班次。来往盛冈站、八户站、秋田站的定期列车中，统一使用时速275公里的E2系和E3系。仙台站于日间可方便转乘「疾风」和「山彦」。东京站中，东日本新干线按方面编排的月台废止，并使用20至23号月台。
东日本（在来线）
房总地区特急「潮骚」「菖蒲」使用车辆由，由183系改用E257系500番台。「潮骚」开始使用255系。
使用255系的特急「景观若潮」改名为「若潮」，「景观细波」改名为「细波」。
高崎线中，从东海道线中使用的211系开始连结绿色车厢。
武蔵野线统一使用205系，不再使用103系。
常磐线中，增设于星期五从仙台出发前往原之町的回家快车。
西日本
随著上越新干线实行时间表修正，特急「白鹰」与「北越」的时间表也有所变更。与其转乘的特急「雷鸟」（Thunderbird）等也有相应变更。
== 2006年（平成18年） ==
=== 3月18日 ===
除了东日本新干线外实施时间表修正：
东海道・山阳新干线
东海道・山阳新干线中，为了对抗神户机场和北九州机场启用。来往博多站的「希望」于日间增至每小时2班。增设在早上6时时段从姬路前往东京，在晚上7时时段从东京出发姬路的「希望」班次。所有列车停新神户站。使提高来往神户、姬路方向至东京的方便程度。
削减山阳新干线「回声」的班次。使只有「回声」的停车站中会发生班次相距1小时或以上。小仓站至博多站之间开始使用700系。运行「回声」。「光号铁路之星」在15年后再次停三原站。
在前年4月发生的福知山线出轨事故，使列车所需时间进行调整。500系「希望」在新大阪站至博多站之间的所需时间延长3至4分钟。
东海道・山阳新干线的「RAIL GO服务」废止。
北海道
使用JR东日本所属的485系运行「白鸟」中，由于长年累月的服务，使车辆老化与经常故障，最后在此修正中削减「白鸟」的班次，并改用789系特急「超级白鸟」。函馆站至八户站之间的「超级白鸟」设有5.5往返班次（当中额外的0.5班次是从函馆出发前往青森）。而「超越白鸟」的基本编成由5辆增至6辆。特急「超级白鸟」增加班次停木古内站。
特急「北斗」、「超级北斗」中，增加班次停森站、八云站。
增加L特急「丁香」、「超级白箭」班次。
札幌近郊区间中，增加快速「机场」班次，使改善连接新千岁机场。另外，快速「机场」于小樽站统一使用4、5号月台。在晚间时段中，下行「机场」增加班次停白石站。
宗谷本线从旭川出发的首班列车从前往幌延延长至稚内，使普通列车可在正午前到达稚内站。而特急「超级宗谷」的时间表变更，使延长滞留时间。
石胜线中，早上5时时段从追分出发的普通列车改为早上6时时段从新夕张出发前往夕张。
札沼线（学园都市线）中，部分来往爱之里教育大站的列车延长至爱之里公园站或石狩当别站。
北海道内的特急列车与急行「玫瑰」全面禁烟。
函馆本线张碓站（临时乘降场）、札沼线中德富站、宗谷本线智东站（临时乘降场）、宗谷本线南下沼站、石北本线新荣野站、留萌本线东幌糠站、室兰本线旭滨站废止。
随著北海道新干线青函隧道工程开始准备，吉冈海底站再没有定期列车停站，只有在举行活动时设有临时列车停站。同时，吉冈海底站的参观活动取消。
东日本
直通至东武铁道中，新设使用485系、东武100系运行特急「日光」、「鬼怒川」、「SPACIA鬼怒川」，来往新宿站至东武日光站与鬼怒川温泉站之间。
在前年7月单独进行修正的常磐线中。随著筑波快线在启用的情况，增加上行1班特别快速班次。松户站、柏站中，特别快速与各站停车的转乘时间缩短。增加特急「新鲜常陆」班次，并且调整时间使在平日日间时段中，于新松户站转乘武藏野线的转乘时间改善。轻微削减上野站至取手站之间的快速班次，并改为成田线直通列车。平日早上上行2班通勤快速改为普通列车（取手站 → 上野站之间为快速）。同时，常磐快速线、成田线我孙子站至成田站之间不再使用103系。另外，所有特急列车停胜田站。在晚上11时时段增加2班从上野出发前往水户的班次。
东海道本线、伊东线、横须贺线、总武快速线、总武本线、成田线、内房线、外房线、宇都宫线（东北本线）宇都宫站至黑矶站之间引入绿色车厢Suica系统。
长年使用113系的「湘南电车」中，不再在首都圈东海道线、伊东线上运行。同时，东海道线引入E217系，只于东京站至热海站之间运行。
横滨线中，快速列车停菊名站。
东海
来往名古屋站至奈良站之间的急行「春日」废止。使东海所有定期急行列车消灭。同时，随著「春日」废止，奈良县内再没有使用定期柴油列车班次，并在JR铁道路线中（46都道府县）唯一再没有在来线定期优等列车运行的地方。
西日本
在发生福知山线出轨事故之来首个大规模时间表修正，包括山阳新干线之内，西日本大部分路线的时间表均调整得较充裕。新干线整体所需时间延长，在1964年启用以来首次延长所需时间。
; 都市网络
: 所有班次数目作出调整，在早晩与日间削减班次。
: 日间来往西明石站的普通半数缩短至须磨站，在这时段中运输系统变为京都站至须磨站之间、JR东西线直通、高槻站至新三田站之间。驶入西明石站的列车均直通至JR东西线。须磨站至西明石站之间（普通列车）只使用207系运行。另外，于大久保站折返的普通列车，黄昏从大阪前往野洲于外侧线行走的快速，以及从JR神户线直通至草津线的快速废止。在早上1班快速的运输区间改变为于加古川站折返。日间从加古川出发前往大阪方向的快速中，不再在东加古川站等待列车通过。
: 湖西线使用通勤型车辆的班次，在上午来往坚田站的普通电车，与晚上近江今津站的普通电车废止。
: JR宝冢线中，从JR东西线直通前往新三田的尾班快速废止。
: 学研都市线中，前往长尾的列车废止，提早尾班车时间。
: 大阪环状线延迟首班车时间。
: 大和路线中，日间半数普通列车改在柏原站出发或到达。而上行列车于柏原站等待快速列车的情况大幅增加。
: 关西本线使用折返式铁路的中在家号志站中，不再有定期列车互相列车交会。
: 阪和线中，从2003年10月4日起，于星期六及假日早上直通至大阪环状线的区间快速废止。
: 播但线使用221系的班次借用103系。
: 增备于前年12月1日起开始运行的321系。并开始驶入筿山口站。同时，205系于2月7日不再使用于JR宝冢线，其列车转移至阪和线，隶属日根野车厂。
广岛地区藉赵，为了艺备线、吴线可方便转乘「希望」，使两线的首班列车提高出发，在其他地区中也提早首班车与延迟尾班车时间。
前往西出云站的不载客列车中，部分变为载客列车。而尾班车更跨日到达西出云站。
在米子分社内行走的列车中。在暂时服务日的列车编号改用5xxx（但是，境线没有这样改动）。
特急「八云」、「超级八云」整合，所有班次均名为「八云」。并提早首班车，延迟尾班车时间。。
3月1日，富山港线废止，由富山轻轨接管，于同年4月29日以新公司开始营业。
九州
丰肥本线光之森站启用。同时，部分来往水前寺站或武藏冢站的特急「有明」改为来往该站。
夜行列车
来往札幌站至稚内站之间的夜行特急「利尻」，以及来往札幌站至网走站之间的特急「鄂霍次克」的夜行班次（9、10号）均变为季节临时列车（「利尻」在夏季运行时改名为「花旅利尻」，夜行「鄂霍次克」81、82号只于冬季运行）。使北海道内的定期夜行列车只剩下札幌站至钏路站之间的特急「毬藻」。
来往东京站至出云市站之间的卧铺特急「出云」废止。使「日出出云」、「日出濑户」加停上郡站。
来往大阪站的卧铺特急「日本海1、4号」于青森站至函馆站之间的区间废止，与3、2号均改为来往青森站。
在实施此时间表修正时，与JR直通运行与连接的东武铁道（伊势崎线系统），以及东京急行电铁（田园都市线、东横线）、小田急电铁、樽见铁道等，除了第三部门铁道外同时实施时间表修正。
北海道池北高原铁道故乡银河线将于4月21日废止，在此时间表修正中，直通至带广的列车时间有所调整。
=== 5月21日 ===
西日本中，阪和线下行线于大阪市内路段高架化，待避车站变更（长居站→鹤丘站），随即实施时间表修正。
=== 6月1日 ===
四国实施时间表修正，增设晚间牟岐线来往德岛站至阿南站之间的特急「回家特快阿南」。同年5月在1500形気动车于德岛地区投入服务。
=== 7月8日 ===
东日本以宇都宫线、高崎线为中心实施时间表修正。
来往上野站的所有宇都宫线・高崎线普通列车连结绿色车厢。列车增至15卡编成。宇都宫线自治医大站、石桥站、雀宫站的月台延长。宇都宫站开始15卡编成运输。
新干线中，上越新干线熊谷站与长野新干线高崎站的停站班次增加。
=== 10月1日 ===
东海的在来线实施时间表修正：
主要为名古屋地区的东海道本线实施修正。313系5000番台投入服务，增加快速（包括新快速、特别快速和区间快速）班次与列车编成长度。普通列车部分运输区间缩短，增加中途站等待列车通过的时间。东海道本线驶入饭田线的快速列车班次废止。大幅削减来往滨松站的快速班次。另外，由于增加快速班次，使回家快车班次作出修改。在车辆方面，把剩余未应用在路线上的313系5000番台取代大垣车辆区的211系5000番台，该列车不再在丰桥站至米原站之间定期执行班次。这些211系归属静冈车両区，以取代部分静冈车辆区的115系。
=== 10月21日 ===
西日本（都市网络和北陆地区）实施时间表修正。
湖西线永原站至近江盐津站之间和北陆本线长滨站至敦贺站（正确来说是北陆隧道敦贺一方）之间直流电气化。使新快速可驶入至近江盐津站、敦贺站。在早上从木之本出发的列车延长至从敦贺出发。长滨站至近江盐津站之间的班次每小时增至2班。湖西线早上和晚上的快速班次延长至来往敦贺站。在这区间中，西日本首次引入交直流两用近郊形车辆521系，行走于米原站 - 敦贺站 - 福井站之间的普通列车班次。另外，增备6辆125系（与2003年小滨线电气化时的125系共用），部分旧型车辆被取代。同时，北陆本线大部分普通列车均需在敦贺站转乘。
JR宝冢线的321系不再驶入筿山口站。
在11月3日，非一人控制的103系行走播但线，以临时取代113系。
增加高山本线富山站至猪谷站之间日间班次，以作为前导实验的一环。而富山出发的尾班次延迟20分钟。
=== 12月10日 ===
西日本冈山地区实施时间表修正。随著冈山站的改善工程有进程，各路线的月台进行变更。增加快速「海洋快车」停妹尾站的班次。木次线2班上行列车的时间表进行变更。津山线暂时使用临时时间表。
=== 12月15日 ===
随著西日本三江线滨原站至三次站重开，实施临时时间表修正。主要为修改滨原站列车转乘代行巴士的时间。
== 2007年（平成19年） ==
=== 3月18日 ===
除了北海道、四国外，主要在各公司的在来线实施时间表修正。
JR东日本
当时仙台空港铁道（仙台空港线）启用，并开始直通运行。同时翻新使用车辆，当中，E721系投入服务，取代仙台地区的455系・457系、717系。
常磐线来往上野站的普通电车统一为E531系，并开始连结绿色车厢。同时，415系1500番台、E501系只在友部站、水户站 - 磐城站、原之町站之间，以及水户线直通列车运行。在此更换列车同时，原则上常磐线普通列车在水户站（或胜田站）分割运输系统。从仙台出发前往原之町的回家快车废止。
新型车辆投入服务。KiHaE130系于水郡线投入服务。从常陆大子出发的首班车由逢平日、星期六运行改为毎日运行。在前年12月E233系于中央快速线投入服务，在这修正中，E233开始驶入富士急行线、青梅线、五日市线、八高线（直至高丽川站前）。
山手线中，在前年7月把ATC系统数码化。在这修正中，于繁忙时间增加列车班次，在日间统一班次间距。
东海道线的快速「Acty」停户冢站。而部分湘南新宿线的特别快速班次在指定日子临时延长至热海站。
吾妻线特急「草津」取消早上和晚上1往返班次。
磐越西线中，快速「会津快车」再次使用485系「Akabe」编成，来往郡山駅至会津若松站之间，设有2往返班次（星期六及假日为3往返班次）。
仙石线中，随著多贺城站周边高架化工程，于多贺城站折返的列车改为在东盐釜站折返。并再次使用103系（RT235编成。但是在2009年10月，这批103系被来自首都圈的205系取代）。
花轮线中，Kiha58系、Kiha52形非空调车辆被来自水郡线的KiHa110系取代。
JR东海
特急「东海」废止。夜行快速列车「月光长良号列车」的运行时间与改变，并改为全车指定席。
静冈地区的普通列车运输系统更变。运行班次有所加减。在车辆方面，增备了313系，于静冈地区与饭田线投入服务。包括在改正前的中央本线使用车辆，东海所有113系、115系、123系退出定期班次。
静冈地区的普通列车开始多使用长位椅车辆。取消在平日东海道线に的1往返「通勤快速」班次。
JR西日本
除了加古川线以外均实施时间表修正。在修正中，大幅度调整列车班次时间、增加和减少班次。津山线重开，使用新的时间表运行。
广岛、山口地区中，山阳本线的快速「通勤快车」于岩国站至柳井站之间的快速运行设定取消。快速「通勤快车」（山阳本线系统）加停海田市站，艺备线提早首班车。
和歌山线的北宇智站的折返式铁路废止。在京阪神地区的折返式铁路消灭。
在这次修正中增备321系后，达到一定的车辆数量。JR京都、神户线不再使用201系执行班次（在前年11月29日已经不再执行班次），这些201系改在大阪环状线、大和路线上行走。
草津线于晚上9时时段增加班次。
湖西线中，于中午前再次开设使用通勤型车辆来往坚田站的普通列车班次。在早上再次使用221系驶入播但线。
JR四国
土赞线的特急「南风」的运行区间修改，削减2往返来往宿毛站的班次。
JR九州
新干线、特急列车的时间表上有所变更，改善特急「音速」转乘新干线的时间，增加「接力燕・燕」，以及来往佐贺站的「鸥」班次。在福冈都市圈中，更多813系、817系投入服务。鹿儿岛地区增加415系列车，以取代475系急行形车辆。
在此修正中，各公司设有新车站启用，包括东日本的太子堂站、东北福祉大前站、平田站、东海的野田新町站、西日本的樱花夙川站。西日本的「西ノ宫站」改名为「西宫站」（读法相同）。
在此修正中，受到世界性的影响与健康增进法第25条（避免二手烟）。增加全国于新干线、特急列车的禁烟席，以及增加全车禁烟的班次。在东日本，于该公司路线内的列车与特急「白鸟・超级白鸟」全面禁烟（卧铺列车除外）。九州除了部分列车外均全面禁烟。
=== 6月16日 ===
西日本三江线江津站至滨原站之间重开。1往返班次直通至山阴本线滨田站，并改善江津站的转乘时间。在星期六及日暂停服务，于早晚来往江津站至石见川本站之间的列车取消。
=== 6月30日 ===
由于暴雨，使部分路段不能通行的越美北线（九头龙线）全线重开。
=== 7月1日 ===
东海道・山阳新干线与西日本部分地区实施时间表修正。
东海道・山阳新干线
新型车辆N700系投入服务，以增加「希望」列车班次，以及缩短所需时间。增加从品川站出发的列车（希望99号前往博多）。
JR西日本（冈山、广岛地区）
津山线的慢驶区间取消。回复至出轨事故前的时间表。在艺备线中，急行「三次」废止，增加快速「三次快车」班次，并调整相距班次时间。同时再次设定夜间停泊措施，使来往志和口站的列车复活。增加可部线于早上时段的班次。
冈山地区于日间的出发时间进行修正，各路线的时间表编排有所变更。多人乘坐的快速「海洋快车」增加编成长度（5卡 → 6卡编成）。
=== 8月27日 ===
JR西日本JR神户线的甲子园口站无障碍工程开始。使于甲子园口站折返的列车取消，取而代之为设定来往尼崎站和芦屋出发（从明石品质管理中心以不载客班次前往芦屋）的列车。（在2009年3月14日工程完成后再次设定）。
=== 9月8日 ===
东海实施时间表修正。
高山本线全线重开，来往富山站的特急「飞驒」重开，并改善转乘普通列车时间。
于早上与黄昏的部分东海道本线名古屋地区快速列车增加编成。
=== 10月1日 ===
北海道实施时间表修正。
旭川・稚内方向中，特急「丁香」不再使用781系，该列车不再在北海道运行。取而代之为引入新车789系1000番台7编成35辆。来往旭川站电动列车特急的爱称由「丁香」、「超级白箭」统一为「超级神威」。同时，来往札幌站至旭川站之间的所需时间统一为1小时20分（除了部分班次）。另外，以下列车提早时间出发，包括从旭川出发在早上5时时段的「超级神威2号」，以及从稚内出发在下午4时时段的特急「超级宗谷4号」，以便改善札幌站转乘列车时间。
带广、钏路方向中，来往带广站的1班特急「超级十胜」和1班「十胜」延长至至钏路站，使「超级大空」增至7往返班次。使用KiHa283系运行的特急列车基本上以7卡编成。同时，13辆新车KiHa261系1000番台投入服务，使1班「十胜」改为「超级十胜」，「超级十胜」上下行共有6班。夜行特急「毬藻」降级为季节性列车。另外，大幅度整调根室本线夜间普通列车班次。
苫小牧、函馆方向中，来往室兰站的特急「铃兰」使用车辆由781系改为785系，并开始加停沼之端站。特急「北斗」、「超级北斗」增加停车站。伊达纹别站、长万部站、八云站、森站增加停站列车。同时，增加来往糸井站的普通列车。以及改善转乘特急列车时间。
在札幌都市圈中，区间快速「石狩快车」增加停车站，所有列车停白石站。快速运输区间进行修改，设有札幌站至手稻站，及江别站前两种快速运输区间。另外，增加在黄昏繁忙时间、夜间列车的列车编成数，以减轻列车挤拥情况。
== 2008年（平成20年） ==
=== 3月15日 ===
各社实施时间表修正：
新干线
东海道・山阳新干线中，来往冈山站的「希望」延长至来往广岛站。来往东京站至广岛站之间每小时设有3班。为了提早新神户首班车时间，增设从西明石出发的「希望」班次。「光」的停车站规律变更。N700系开始执行「光」班次。增设东海道新干线史上首班从新横滨站出发的「光393号」班次。同时，「希望」、「光」所有列车统一停品川站、新横滨站。部分山阳新干线「光」再次加停东广岛站、新尾道站、新仓敷站。「回声」自前年7月修正后已经削减班次。姬路的第二班「光」取消。
东日本方面，新设从仙台站出发的「疾风」。增加「小町」、「浅间」班次。
北海道
随著青函隧道内开始建设北海道新干线，削减经津轻海峡线的夜行卧铺列车班次，取消特急「鄂霍次克」临时夜行班次。
在时间表修正后，剩下临时夜行特急只剩下「毬藻」，该列车于8月31日废止，自从北海道内出发与到达的夜行列车消灭。
札幌都市圈，增加快速「机场」和普通列车班次。
东日本（在来线）
随著品川站增设横须贺站月台，增加特急「成田特快」班次，部分总武快速线列车延长至来往品川站。
中央东线中，「中央快车·青梅快车」的使用车辆由183系改为E351系和E257系，部分特急「超级梓」列车加停立川站。
京滨东北线・根岸线中，E233系1000番台正式引入服务，以取代209系。
横滨线中，取消经根岸线直通至横须贺线逗子站的班次。
东海道线中，在修正前E233系3000番台已经投入服务，与E217系共同在该线上行走。另外，「湘南快车・早安快车新宿・回家快车小田原」的使用车辆改为185系、215系、251系。
总武快速线中，取消「回家快车津田沼」。
宇都宫线中，取消从宇都宫出发的上行「早安栃木」列车，以及从新宿出发的「回家快车古河」。另外，直通至东武铁道的特急「日光1号」的延迟约20分钟出发。
武蔵野线的越谷湖城站启用。
长野地区中，信越本线直通至信浓铁道线的尾班列车延迟最多20分钟出发。
仙台地区中，随著增备E721系，455系、457系退出营运。
盛冈地区中，取消从花轮线直通至奥羽本线秋田站的班次。
东海（在来线）
随著新干线，各在来线特急的时间表作出修正，包括提早或延迟出发时间。
名古屋地区中，下午增加中央本线普通列车班次，晚间时段增加普通、快速班次及延长运行区间。改善与新干线的转乘时间。东海道本线中也增加普通、快速班次及延长运行区间。随著增加快速班次，削减「回家快车」班次。
静冈地区中，于黄昏时段御殿场线部分来往沼津站的列车改为来往东海道本线三岛站。
西日本（在来线）
途经智头急行线的特急「超级白兔」为了在姬路方便转乘「希望」，从而进行时间表修正。
广岛地区中，快速列车增加停车站。
艺备线中，为了转乘「奥出云大蛇号」，从广岛方向前往备后落合站的列车时间表作出变更。另外也延迟尾班车出发时间。木次线则提早尾班车出发时间。出云市出发前往大田市的尾班车由晚上9时时段延至晚上10时时段。
; 都市网络
放出站至久宝寺站之间的大阪东线启用。增设直通快速班次，该班次直通至学研都市线和大和路线，使用223系6000番台运行。
JR神户线中，日间半数来往须磨的普通班次延长至来往西明石。早上前往大久保的列车和从西明石出发前往加古川的列车整合。在早上时段中，驶越尼崎站直通至神户线、宝冢线的普通列车进行变更。
琵琶湖线中，日间从米原出发与从野洲出发的快速列车出发次序更换。
JR东西线、学研都市线中，321系行驶至松井山手站。
湖西线中，早上从坚田出发的首班普通列车由前往尼崎改为前往西明石。在晚上10时时段，从京都出发前往近江舞子的普通列车，在「时间表上」为从西明石出发。221系再次驶入至近江今津站。
223系4辆编成的列车部分连接6000番台，并曾经连结在221系上。
嵯峨野线中，221系在2月18日起开始投入服务。
天王寺站内的大和路线连络线成为双线铁路，使阪和线于早上繁忙时间的6班「关空快速·纪州路快速」在此时间表修峿中，新设在大阪环状线内各站停车的「直通快速」列车。关空·纪州路快速的运行体系改变并大幅增加班次。大阪环状线区间中，大阪至京桥之间改为各站停车，部分时段更环状运行。另外，取消来往JR难波站的「关空快速」班次。随著增备60辆223系（全部为2500番台），编成数由3辆、5辆统一至4辆。日间于和泉砂川折返的班次改为于日根野折返。在早晚223系最远驶至御坊站。
大和路线中，来往JR难波的区间快速列车改为快速列车，新设从柏原出发的快速列车。
四国
予赞线高松地区的运行体系变更。连接特急「南风」的「南风接力号」列车复活。牟岐线德岛站至阿南站之间的特急列车爱称改为「回家特快阿南」，上行1班列车由晚上出发改为早上出发。另外，四国内的所有特急列车均禁烟。晚间时段的列车出发时间作出变更。
九州
各地区普通、特急列车出发时间大幅提早或延迟，行驶区间延长及增加停车站。
新设行走于熊本站至鹿儿岛中央站之间，途线肥萨橙铁道的快速列车班次（只于星期六及假日运行）。
货物
在此修正中，不再使用罐车运送化工产品，除了石油、石灰石与部分专用货物列车外，所有车携货运列车废止。
夜行列车
日本全国大部分夜行卧铺列车削减班次和取消。在此修正中，取消来往东京站至大阪站之间的卧铺急行「银河」，来往京都站至熊本站、长崎站之间的卧铺特急「那霸」、「晓」班次。削减来往大阪站至青森站之间的「日本海」，上野站至札幌站之间的「北斗星」，均剩下1往返班次。在此之后，来往东京站的夜行急行和关西来往九州方向的优等列车全部取消。同时使用西日本的客车运行的定期卧铺特急全部废止。使用EF65形牵引的定期旅客列车消灭。
在此时间表修正中，设有多个车站启用。上述的大阪东线有12座车站启用，东日本、四国、九州各1座车站启用。而西日本（不计算大阪东）有2站启用。另外，九州有1座车站改名。
=== 6月15日 ===
西日本中，随著米子机场的跑道延长工程开始，境线部分走线改变，大筿津站改名为米子机场站，御崎口站改名为大筿津町站。
=== 6月29日 ===
西日本中，随著奈良站周边高架化工程进行中（大和路线部分路轨高架化），大和路线、奈良线、樱井线等实施时间表修正。同时，JR宝冢线的223系6000番台投入服务。
=== 10月18日 ===
西日本实施时间表修正。JR京都线的桂川站启用。该车站只有普通列车停站（包括高槻站至大阪站之间为快速列车的班次）。
== 2009年（平成21年） ==
=== 3月14日 ===
各公司实施时间表修正。
新干线
东海道、山阳新干线中，部分来往新大阪的「希望」延长至来往广岛站、博多站，部分临时「希望」号列车升级至定期列车。同时，来往名古屋站至博多之间的「光」改为来往广岛站。16卡编成的「光」不再驶入博多站。从东京前往新大阪的「希望」号列车每小时最多9班，来往广岛最多5班，来往博多4班。另外，来往广岛的「希望」号列车改用N700系。使每小时设有2班使用N700系运行「希望」号，包括东京至博多班次与东京至广岛班次。在早上时段，新大阪至博多之间的「光号铁路之星」班次中改为「希望」，同时另外增加「光号铁路之星」班次。另外，新设早上从名古屋出发前往东京的「希望」号班次。
东日本各新干线中，随著上越新干线大宫站至越后汤泽站之间改用数码ATC系统，大部分「朱鹭」「谷川」和长野新干线「浅间」列车的行驶所需时间缩短。东北新干线中，增加来往仙台站的「疾风」班次，所有「疾风、小町」班次均停大宫站。
北海道
北海道的货运列车时间表作出修改，使函馆本线、室兰本线、根室本线的普通列车时间也相应作出修改。
东日本（在来线）
增加2班特急「超越梓」停立川站的班次（均在黄昏时段停站）。
卧铺特急「曙」中，本来为吸烟车厢的「长椅车厢」改为禁烟车厢。上野站至长冈站之间的牵引机车由EF81形改为EF64形。
湘南新宿线中，星期六及假日使用10卡编成运行，部分列车使用15卡编成。增加湘南新宿线、南武线、横滨线的班次。另外，南武线的西府站、川越线的西大宫站启用。
京叶线中，在前年12月1日，209系500番台开始投入服务。
鹤见线的运行体系大幅变更。日间来往扇町站、海芝浦站的列车改为每2小时1班。
磐越西线快速「会津快车」中，只于星期六及假日运行的1往返（3、4号）班次改为毎日运行，使毎日共有3往返班次。
米坂线所有班次使用KiHa110系、KiHaE120形运行。
东海（在来线）
所有特急「信浓」列车均停千种站和多治见站。特急「南纪」再次定期连结绿色车厢。
关西线中，日间增加来往龟山站的快速班次。在名古屋站至四日市站之间与快速「三重」共同设有每30分钟1班的快速列车班次。另外普通也增加班次，为每30分钟1班。使名古屋站至四日市站之间的班次为每15分钟1班。
随著东海道本线的快速「月光长良号列车」变为临时列车，在早晚增加快速班次。在早上时段中增加中央本线班次。御殿场线中，早上和黄昏时段增加来往三岛站的直通列车班次。
在东海内所有在来线月台全面禁烟。东海道本线南大高站启用。
西日本（在来线）
津山线急行「津山」废止，这些班次整合至快速列车之中。使JR再没有定期运行的日间急行列车班次，同时再没有使用柴油列车运行定期急行列车班次。
米子地区中，改善米子站的山阴本线、伯备线和境线，以及出云市站米子方向和滨田方向的转乘班次时间。
广岛地区中，假日暂停服务的列车改为星期六及假日暂停服务。
日间山阳本线（冈山站至岩国站之间）、山口线和宇部线的快速班次废止。七尾线中，早上4时段和晚上11时时段的列车废止。小滨线的尾班车提早30分钟出发。
; 都市网络
JR京都、神户线中，本来在晚上11时时段于大阪出发的新快速尾班车延长凌晨0时时段。兵库→西明石之间使用电车线行走的新快速复活。在深夜时段中，快速的快速运行区间改为大阪至高槻之间。取消与新快速重叠时间的列车班次。前往播州赤穗的尾班车改为新快速班次（在姬路站起为普通列车，在星期六及假日从姬路出发）。晚上的列车运行区间改变（设有在神户、加古川站折返的班次）。再次设有来往甲子园口的列车班次。
学研都市线中，321系驶至京田边站。
阪和线、大和路线中，取消星期六的回家快车班次。
随著嵯峨野线的双线铁路工程进行中，部分列车的所需时间有所缩短。
奈良线中，夜间的快速班次改为区间快速班次。
为了确保乘务员有充足的睡眠时间，部分尾班车提早出发。
四国（包括西日本的濑户大桥线）
濑户大桥线（宇野线区间）部分成为双线铁路。快速「海洋快车」等的行驶所需时间缩短。改变于高松站出发时间。早上特急「南风」列车改为从须崎出发（每日运行的临时列车班次）。特急「足折」增加从高知出发前往须崎的临时列车（每日运行）。另外，毎日运行的临时特急「回家特快阿南」升级为定期列车。
九州
在星期六与假日，增加特急「闪耀」、特急「日向」班次。部分特急「魁皇」的出发时间延迟。在九州所有特急列车均全面禁烟。
鹿儿岛本线中，早上时段的普通・快速列车到达博多后会进行增结与分离车厢。
日丰本线中，从柳浦出发的首班列车提早3分钟出发，该列车在柳浦站于早上4时17分出发前往门司港站，成为日本最早出发的列车。
山阳本线（下关至门司之间），部分来往门司的班次改为来往小仓。削减下关站经小仓站前往鹿儿岛本线（折尾、博多方向）或日丰本线（行桥、中津方向）的直通列车班次。
大分地区的日丰本线中，一人控制列车运行区间扩展至中津站以南。
鹿儿岛本线的鹿部站、广木站、久大本线的久留米高校前站启用。
夜行列车
与上年相同，继续削减或取消夜行列车班次。取消来往东京至熊本、大分之间的「隼」、「富士」。使来往东京的蓝色列车（客车）消灭，来往东京的夜行卧铺列车只剩下前往出云市站、高松站的电动列车特急「日出出云、濑户」。来往九州的卧铺特急与通过关门隧道的优等旅客列车全部取消。不再使用EF66形牵引定期旅客列车。广岛县内，JR在来线再没有定期优等旅客列车班次。
快速「月光长良号列车」、「月光越后号列车」降级为季节性临时列车。
=== 6月1日 ===
西日本部分地区（北陆地区）实施时间表修正。特急「雷鸟」（Thunderbird）引入新制车辆683系4000番台。特急「白鹰」增加1往返班次，共设有13往返班次，每1小时设有1班。
同时，东海、西日本内的特急、急行列车（包括通勤快车与直通至其他公司的列车。东海道、山阳新干线与卧铺特急除外）均全面禁烟。
=== 10月1日 ===
主要是北海道实施时间表修正。
北海道
提早从札幌出发前往稚内的特急「超级宗谷1号」出发时间，使增加停留在稚内的时间，该列车加停美呗站和砂川站。使方便在函馆本线内的乘客。另外，随著增备KiHa261系1000番台，来往带广站的特急列车爱称统一为「超级十胜」。提早从札幌出发前往钏路的特急「超级大空13号」出发时间。另外，增加「北斗」、「超级北斗」停五棱郭站的班次。
在北海道内互相出发和到达的特急列车中，本来设置了电话式式公共电话，但是随著使用人次减少而撤走。
在札幌都市圈中，从札幌出发前往江别、岩见泽方向的部分区间快速「石狩快车」改为普通列车。学园都市线中，黄昏繁忙时间增加从北海道医疗大学站出发的列车班次。
另外，来往糸井站的普通列车中的1往返班次改为来往萩野站。北海道内各方向的部分普通列车时间进行变更。
东日本
特急「成田特快」中，引入新制的E259系。房总地区各线中，引入209系2000番台･2100番台。在时间表上没有改变。
西日本
各路线实施时间表修正。
赤穗线中，早上从西大寺出发前往冈山的列车临时延长至仓敷。湖西线、北陆本线中，随著增备683系4000番台，部分「雷鸟」改为「雷鸟」（Thunderbird）。在伯备线行走特急列车中，取消车内贩卖服务
九州
日丰本线小仓站至中津站、佐伯站至延冈站之间的普通列车开始引入一人控制班次。使佐伯站至延冈站之间的普通列车改为使用柴油列车（KiHa220形）运行。大分站至佐伯站之间部分普通列车由于为了出入车厂关系，改用柴油列车运行。
== 注脚 ==
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