【严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株】
本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变。
引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2冠状病毒）容易发生突变而产生变异株，关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现，目前已有多个变异株在世界各地形成并传播。由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移，而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答，并影响疫苗的效力，这种现象称为antigenic escape。
已有五种被世界卫生组织认定为值得关注的变异株，它们分别为Alpha变异株、Beta变异株、Gamma变异株、Delta变异株以及Omicron变异株。
==变异株对照表==
== 命名法 ==
目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之变异株有三个常用的命名系统，分别由GISAID、Nextstrain和PANGO建立。
2021年5月31日，世界卫生组织宣布为重要变种病毒提供希腊字母标签，为免首先发现变种病毒的国家遭受歧视及污名化。
其中，命名规则在Mu变异株后跳过了希腊字母「Nu」和「Xi」这两个字母。据俄罗斯官方电视台《RT》报导，有不具名的WHO官员透露跳过「Nu」是为避免与发音相同的「New」混淆，至于跳过「Xi」则是由于这个字母的姓氏很普遍，为了避免「对区域的污名化」。
== 支序演化树 ==
PANGO命名系统的SARS-CoV-2谱系图
Variants of SARS-CoV-2#D614G（属B.1演化支）逐渐成为目前全球主要传播的严重急性呼吸综合征冠状病毒2类型。
以下为严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要变种的支序演化树简化示意图。
== 关注度之基准 ==
*世界卫生组织将变异株分为三个等级台湾疾管署按美国CDC定义分三类，称为：需留意变异株(Variants of Interest, VOI)、高关注变异株(Variants of Concern, VOC)、高冲击变异株(Variant of High Consequence)。。
#Variant of concern（variant of concern，VOC）
#Variant of interest（variant of interest，VOI）
#Variant under monitoring（variant under monitoring，VUM）
== 需要关注的变异株（VOC）==
病毒变异是一个自然随机过程，并引发关切的程度取决于其导致的传染性、发病率、死亡率，及逃避检测、免疫与治疗的风险。目前在世界引发关切的主要变异株为最早发现于非洲南部，且由希腊字母「Omicron」标记。
=== Omicron（B.1.1.529谱系）===
B.1.1.529变异株（WHO命名为Omicron）是目前变异最多的严重特殊传染性肺炎病毒。据媒体简报会上发布：这个变异株有超过50个突变bbc20211125，而单单在刺突蛋白的突变也有32种mirrorbbc20211125。
*于2021年11月，在非洲南部的波札那和南非发现oncc20211126。
*2021年11月24日，升级为「VUM」等级。
*2021年11月26日，再升级为「VOC」等级。
*目前变种分支亚型：BA.1（标准亚型）、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5，总共540种「次分支」变异株及60种「重组」变异株。
==== BA.1 ====
为「Omicron」的原始株，有大约50个突变，其中32个突变与刺突蛋白有关，大多数疫苗的目标是中和病毒。
==== BA.2 ====
于2021年12月，在英国出现，为「Omicron」的亚型变异株，目前超过百个国家报告了相关序列。
*BA.2.75；暱称为Centaurus（半人马座），目前存在子系（BA.2.75.1至BA.2.75.10，总共110种）。
**CH.1.1：为「BA.2.75」子系分支，暱称为Orthrus（双头犬）。
*XBB：为「BJ.1」（BA.2.10.1子系）和「BA.2.75」亚系的重组体，暱称为Gryphon（希腊神兽格里芬）；目前存在子系（XBB原型株、XBB.1和XBB.1.5，总共3种）。
**XBB.1.5：为「XBB」子系分支，暱称为Kraken（北欧海怪「克拉肯」），目前存在的再变种（XBB.1.5.1至XBB.1.5.10，总共10种）。
==== BA.5 ====
于2022年2月，在南非出现，为「亚型」变异株，会如此引发关注主要就是研究显示该病毒株，均有传染力较高及免疫逃脱特性，具社区传播能力。
*BF.7：为「BA.5.2.1.7」简称；目前存在子系（BF.7.1至BF.7.13，总共20种）。
*BQ.1：暱称为Typhon（暴风）；目前存在子系（BQ.1.1至BQ.1.26，总共70种）。
**BQ.1.1：为「BQ.1」子系，暱称为Cerberus（地狱三头犬）。
== 受监测的VOC谱系（VOC-LUM）==
*为「BA.2亚型变异株」谱系系列：BA.2.75、CH.1.1（为BA.2.75子系）、XBB（BA.2.75 + BA.2.10.1）、XBB.1.5（为XBB子系）
*为「BA.5亚型变异株」谱系系列：BF.7、BQ.1
*为「重组变异株」系列：XBF（BA.5.2.3 + CJ.1【BA.2.75.3】）
== 过去的需要关注的变异株（Previous VOC）==
=== Alpha（B.1.1.7谱系）===
B.1.1.7谱系，WHO命名为“Alpha”，又称VOC 202012/01，并称501Y.V1变种。部分与「N501Y」突变有关。有23个病毒基因变异点。
*在2020年9月，首次从英国东南方的肯特郡（Kent）所发现采集的样本中发现。
*2020年12月18日，升级为「VOC」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOC」等级。
*目前存在变种分支：B.1.1.7、Q.1至Q.8，总共9种。
==== B.1.1.7+E484K ====
2021年2月2日，英国公共卫生部宣布采集到少数具有E484K突变的Alpha变异株基因组。
==== B.1.1.7+E484Q ====
2021年6月1日，日本宣布在神户市发现带有E484Q突变的Alpha变异株。
=== Beta（B.1.351谱系） ===
B.1.351谱系，WHO命名为「Beta」，又称501Y.V2变种。与「N501Y」、「K417N」、「E484K」突变有关，与先前的新冠病毒变种相比，501Y.V2变种的传染率增加约50%。有证据表明，501Y.V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用。当前尚未有证据表明该变种影响严重特殊传染性肺炎的严重程度。。
*2020年5月，在南非东开普省的纳尔逊·曼德拉湾发现。
*2020年12月18日，被南非科学家和卫生官员报道。
*2020年12月18日，升级为「VOC」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOC」等级。
*目前存在变种分支：B.1.351、B.1.351.1、B.1.351.2、B.1.351.3、B.1.351.4、B.1.351.5，总共6种。
=== Gamma（P.1谱系）===
P.1谱系，WHO命名为「Gamma」，又称501Y.V3变种。包括三个相关突变：「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
*2020年11月，在巴西发现。
*2021年1月2日，在东京国际机场从四名巴西飞抵日本的旅客发现，由日本国立感染症研究所报道。
*2021年1月11日，升级为「VOC」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOC」等级。
*目前存在变种分支：P.1至P.1.17.1，总共22种。
=== Delta（B.1.617.2谱系）===
B.1.617谱系是2020年10月于印度发现的一种双突变变异株。直到2021年1月前，该变异株的感染人数都寥寥无几。4月时该变异株已经蔓延至超过20个国家，遍及南极洲和南美洲以外的所有大洲。
在该变异株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D（synonymous substitution）、G142D、P681R、E484Q、L452R，其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用。
于5月7日将B.1.617.2列为“Variant of concern”，命名为VOC-21APR-02。
5月10日WHO称，因为B.1.617较高的传染性，该变异正被列为全球范围内受关切变种。6月1日WHO将受关切变种限定为B.1.617谱系当中的B.1.617.2（Delta）变种。 稍后WHO将B.1.617.2命名为「Delta」。
5月21日，越南宣布发现一种传播性更高，由Delta变异株加上Alpha变异株上突变的病毒株。6月3日，WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义，并将其列为带有突变的Delta变种。
据报道，Delta变异株基本传染数R0大约为6（有说法称其高达8或9），是严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上。
*2021年4月4日，为升级为「VOI」等级。
*2021年5月11日，为升级为「VOC」等级。
*2022年6月7日，降级为「Previous VOC」等级。
==== Delta Plus（AY.1谱系） ====
带有K417N突变的Delta变异株在2021年6月发现。该变种被称为Delta Plus，是目前具有威胁的病毒株之一。原Delta变异株已扩散到85国，Delta Plus亦有踪迹在印度外的美国、英国、葡萄牙、瑞士、日本、波兰、尼泊尔、俄罗斯、中国、加拿大等12国。。2021年7月，在英国出现「AY.4.2」。
*目前存在变种分支：AY.1至AY.134，总共240种分支亚型。
== 过去的需要留意的变异株(Previous VOI) ==
=== Epsilon（B.1.427谱系、B.1.429谱系）===
B.1.427谱系、B.1.429谱系，WHO命名为「Epsilon」，于2020年3月在美国加州首次发现。
*2021年3月5日，升级为「VOI」等级。
*2021年7月6日，降级为「Previous VOI」等级。
=== Zeta（P.2谱系）===
P.2谱系，WHO命名为「Zeta」，于2020年4月在巴西里约热内卢首次发现。
*2021年3月17日，升级为「VOI」等级。
*2021年7月6日，降级为「Previous VOI」等级。
=== Eta（B.1.525谱系）===
B.1.525谱系，WHO命名为「Eta」，于2020年12月在奈及利亚首次发现。
*2021年3月17日，升级为「VOI」等级。
*2021年9月20日，降级为「Previous VOI」等级。
=== Iota（B.1.526谱系）===
B.1.526谱系，WHO命名为「Iota」，于2020年11月在美国纽约首次发现。
*2021年3月20日，升级为「VOI」等级。
*2021年9月20日，降级为「Previous VOI」等级。
=== Theta（P.3谱系）===
P.3谱系，WHO命名为「Theta」，于2021年1月在菲律宾首次发现。
*2021年3月24日，升级为「VOI」等级。
*2021年7月6日，降级为「Previous VOI」等级。
=== Kappa（B.1.617.1）===
B.1.617谱系的三个子谱系之一当中的「B.1.617.1」，WHO命名为「Kappa」，于2020年10月在印度首次发现。
*2021年4月4日，升级为「VOI」等级。
*2021年9月20日，降级为「Previous VOI」等级。
=== Lambda（C.37谱系）===
C.37谱系，WHO命名为「Lambda」，于2020年8月在秘鲁首次发现。
*2021年6月14日，升级为「VOI」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOI」等级。
=== Mu（B.1.621谱系）===
B.1.621谱系，WHO命名为「Mu」，于2021年1月在哥伦比亚首次发现。
*2021年8月30日，升级为「VOI」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOI」等级。
== 过去的监视下的变异株(FMV) ==
*AV.1
*AT.1
*R.1
*B.1.466.2
*B.1.1.519
*C.36.3
*B.1.214.2
*B.1.1.523
*B.1.619
*B.1.620
*B.1.630
*B.1.1.318
*C.1.2
*B.1.640
*XD
== 备注 ==