【真菌分类系统】
真菌分类系统是关于真菌的科学分类法。19世纪至今，各学者对真菌的分类不尽相同，其中最常用的是安斯沃斯在1971年作出的分类系统。
== 贝西分类系统 ==
1935年，恩斯特·贝西（Ernst Bessey）出版了美国第一本真菌学教科书。1950年，又出版了《真菌的形态和分类》一书，其中包含了他所创的“三纲一类”分类系统。
* 菌虫 Mycetozoa
* 藻状菌纲 Phycomyceteae
* 产子实体真菌类 Capormyceteae
* 子囊菌纲 Ascomyceteae
** 核菌 Pyrenomycetes
* 担子菌纲 Basidomyceteae
** 冬孢亚纲 Teliosporae
** 异担子亚纲 Heterobasidiae
** 层菌亚纲 Hymenomyceteae
** 腹菌亚纲 Gasteromyceteae
* 半知菌类 Imperfect Fungi
** 丛梗孢目 Moniliales
** 球壳孢目 Sphaeropsidales
** 黑盘孢目 Melanconiales
== 马丁分类系统 ==
乔治·威拉德·马丁（George Willard Martin）继承了“三纲一类”的分类系统，并作了细化。
* 藻类 Algal group
* 菌类 Fungal group
** 集胞黏菌目 Acrasiales
** 网黏菌目 Labyrinthulales
** 根肿菌目 Plasmodiophorales
* 黏菌门 Myxomycetes
* 真菌门 Eumycetes
** 藻状菌纲 Phycomycetes
*** 毛菌亚纲 Trichomycetes
*** 卵菌亚纲 Oomycetes
*** 接合菌亚纲 Zygomycetes
* 子囊菌纲 Ascomycetes
** 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
** 真子囊菌亚纲 Euascomycetidae
** 担子菌纲 Basidiomycetes
*** 异担子菌亚纲 Heterobasidiomycetes
*** 同担子菌亚纲 Homobasidiomycetes
** 半知菌类 Fungi Imperfecti
== 亚历克索普洛斯分类系统 ==
亚历克索普洛斯（Alexopoulos）对之前混乱的分类单元名称进行了规范。其1952年的分类系统沿袭了“三纲一类”的分类系统。而1962年的分类系统开始放弃“三刚一类”的分类系统，将藻状菌纲分为6纲。
=== 亚历克索普洛斯1952年分类系统 ===
* 黏菌门 Myxomycophyta
** 黏菌纲 Myxomyceteae
* 根肿菌纲 Plasmodiophoreae
* 集胞黏菌纲 Acrasieae
* 真菌门 Eumycophyta
* 藻状菌纲 Phycomycetes
** 单鞭毛菌组 Uniflagellatae
** 双鞭毛菌组 Biflagellatae
** 无鞭毛菌组 Aplanatae
* 子囊菌纲 Ascomycetes
** 原子囊菌亚纲 Protoascomycetes
** 真子囊菌亚纲 Euascomycetes
*** 不整子囊菌组 Plectoascomycetes
*** 果子囊菌组 Pyenomycetes
*** 盘子囊菌组 Disomycetes
* 担子菌纲 Basidiomycetes
*** 半担子菌亚纲 Hemibasidiomycetes
*** 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetes
* 半知菌类 Deuteromycetes
=== 亚历克索普洛斯1962年分类系统 ===
* 真菌门 Mycota
** 黏菌亚门 Myxomycotina
*** 黏菌纲 Myxomycetes
** 真菌亚门 Eumycotina
*** 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
*** 壶菌纲 Chytridiomycetes
*** 丝壶菌纲 Hyphochytriomycetes
*** 卵菌纲 Oomycetes
*** 接合菌纲 Zygomycetes
*** 毛菌纲 Trichomycetes
*** 子囊菌纲 Ascomycetes
**** 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
**** 真子囊菌亚纲 Euascomycetidae
***** 不整子囊菌 Plectomycetes
***** 核菌 Pyrenomycetes
***** 盘菌 Discomycetes
***** 虫囊菌 Laboulbeniomycetes
**** 腔囊菌亚纲 Loculoascomycetidae
** 担子菌纲 Basidiomycetes
*** 异担子菌亚纲 Heterobasidiomycetidae
*** 同担子菌亚纲 Homobasidiomycetidae
***** 层菌 Hymenomycetes
***** 腹菌 Gasteromycetes
**** 半知菌纲 Deuteromycetes
=== 亚历克索普洛斯1979年分类系统 ===
* 真菌界 Myceteae
** 裸菌门 Gymnomycota
*** 集胞裸菌亚门 Acrasiogymnomycotina
**** 集胞菌纲 Acrasiomycets
*** 原质体裸菌亚门 Plasmodiogymnomycotina
**** 原柄菌纲 Protosteliomycetes
**** 黏菌纲 Myxomycetes
** 鞭毛菌门 Mastigomycota
*** 单鞭毛菌亚门 Haplomastigomycotina
**** 壶菌纲 Chytridiomycetes
**** 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
**** 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
*** 双鞭毛菌亚门 Diplomastigomycotina
**** 卵菌纲 Oomycetes
** 无鞭毛菌门 Amastigomycota
*** 接合菌亚门 Zygomycotina
**** 接合菌纲 Zygomycetes
**** 毛菌纲 Trichomycetes
*** 子囊菌亚门 Ascomycotina
**** 子囊菌纲 Ascomycetes
***** 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
***** 不整子囊菌亚纲 Plectomycetidae
***** 层囊菌亚纲 Hemenoascomycetidae
****** 核菌 Pyrenomycetes
****** 盘菌 Discomycetes
***** 虫囊菌亚纲 Laboulbeniomycetidae
***** 腔囊菌亚纲 Loculoascomycetidae
*** 担子菌亚门 Basidiomycotina
**** 担子菌纲 Basidiomycetes
***** 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetidae
****** 层担子菌 Hemenomycetes
****** 腹菌 Gasteromycetes
***** 有隔担子菌亚纲 Phragmobasidiomycetidae
***** 冬孢菌亚纲 Teliomycetidae
*** 半知菌亚门 Deuteromycotina
**** 半知菌形式纲 Deuteromycetes
***** 芽孢亚纲 Blastomycetidae
***** 丝孢亚纲 Hyphomycetidae
***** 腔孢亚纲 Coelomycetidae
== 安斯沃斯分类系统 ==
安斯沃斯分类系统采用了五界系统学说，在20世纪七八十年代广泛使用。安斯沃斯分类系统与亚历克索普洛斯分类系统较相似，其区别在于建立了3个新亚门，鞭毛菌亚门、接合菌亚门和半知菌亚门，并将子囊菌分为6个纲，半知菌亚门设3个纲。
* 真菌界 Fungi
** 黏菌门 Myxomycota
*** 集胞黏菌纲 Acrasiomycetes
*** 黏菌纲 Myxomycetes
*** 水生黏菌纲 Hydromyxomycetes
*** 根肿菌纲 Plasmodiophoromyecetes
** 真菌门 Eumycota
*** 鞭毛菌亚门 Mastigomycotina
**** 壶菌纲 Chytridiomycetes
**** 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
**** 卵菌纲 Oomycetes
*** 接合菌亚门 Zygomycotina
**** 接合菌纲 Zygomycetes
**** 毛菌纲 Trichomycetes
*** 子囊菌亚门 Ascomycotina
**** 半子囊菌纲 Hemiascomycetes
**** 不整子囊菌纲 Plectomycetes
**** 核菌纲 Pyrenomycetes
**** 盘菌纲 Discomycetes
**** 虫囊菌纲 Laboulbeniomycetes
**** 腔囊菌纲 Loculoascomycetes
*** 担子菌亚门 Basidiomycotina
**** 冬孢菌纲 Teliomycetes
**** 层菌纲 Hymenomycetes
***** 隔担子菌亚纲 Phragmobasidiomycetidae
***** 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetidae
**** 腹菌纲 Gasteromycetes
*** 半知菌亚门 Deuteromycotina
**** 芽孢纲 Blastomycetes
**** 丝孢纲 Hyphomycetes
**** 腔孢纲 Coelomycetes
== 卡弗利尔-史密斯分类系统 ==
卡弗利尔-史密斯分类系统是最早体现出真菌是多界演化的分类系统之一。其将半知菌归入到其有性阶段的分类单元中。
* 原生动物界 Protozoa
** 菌虫 Mycetozoa
* 藻界 Chromista
** 具长短鞭毛门 Heterokonta
*真菌界 Fungi
** 古真菌门 Archemycota
*** 壶菌纲 Chytridiomycetes
*** 毛菌纲 Trichomycetes
*** 接合菌纲 Zygomycetes
** 子囊菌门 Ascomycota
** 担子菌门 Basidiomycota
== 巴尔分类系统 ==
唐纳德·J·S·巴尔（Donald J. S. Barr）1992年提出了巴尔分类系统。
* 原生动物界 Protozoa
** 黏菌门 Myxomycota
** 根肿菌门 Plasmodiophoromycota
* 藻界 Chromista
** 具长短鞭毛门 Heterokonta
*** 假菌亚门 Pseudomycotina
**** 卵菌纲 Oomycetes
**** 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
*** 网黏菌亚门 Labyrinthitina
**** 网黏菌纲 Labyrinthiomycetes
* 真菌界 Fungi
** 壶菌门 Chytridiomycota
** 接合菌门 Zygomycota
** 子囊菌门 Ascomycota
** 担子菌门 Basidiomycota
== 《真菌词典》第9版分类系统 ==
2001年出版的《真菌词典》第9版分类系统，根据rDNA测序等技术对第8版分类系统进行了修订。将子囊菌门分成6个纲，55个目，291个科；担子菌门原有的32个目合并为16个目；担子菌类酵母菌划分到3个不同类群中。
* 原生动物界 Protozoa
** 黏菌门 Myxomycota
*** 网柱黏菌纲 Dictyosteliomycetes
*** 黏菌纲 Myxomycetes
*** 原柱黏菌纲 Protosteliomycetes
** 根肿菌门 Plasmodiophoromycota
*** 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
* 藻界 Chromista
** 丝壶菌门 Hyphochytriomycota
*** 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
** 网黏菌门 Labyrinthumycota
*** 网黏菌纲 Labyrinthumycetes
** 卵菌门 Oomycota
*** 卵菌纲 Oomycetes
* 真菌界 Fungi
** 壶菌门 Chytridiomycota
*** 壶菌纲 Chytridiomycetes
*** 尾体菌纲 Rumpomycetes
** 接合菌门 Zygomycota
*** 接合菌纲 Zygomycetes
*** 毛菌纲 Trichomycetes
** 子囊菌门 Ascomycota
*** 子囊菌纲 Ascomycetes
*** 新床菌纲 Neolectomycetes
*** 肺炎菌纲 Pneumocyctidomycetes
*** 酵母菌纲 Saccharomycetes
*** 裂殖酵母菌纲 Schizosaccharomycetes
*** 外囊菌纲 Taphrinomycetes
** 担子菌门 Basidiomycota
*** 担子菌纲 Basidiomycetes
*** 锈菌纲 Urediniomycetes
*** 黑粉菌纲 Ustilaginomycetes
== 《真菌词典》第10版分类系统 ==
2008年出版的《真菌词典》第10版分类系统，对第9版的分类系统做了很大的调整，收录了2001年～2008年之间的研究成果。该版将真菌界划分7个门，底下分36纲、140目、560科、8283属、97861种：
* 真菌界 Fungi
** 壶菌门 Chytridiomycota
*** 尾体菌纲 Rumpomycetes
*** 壶菌纲 Chytridiomycetes
*** 单毛壶菌纲 Monoblepharidomycetes（新）
** 芽枝霉门 Blastocladiomycota（新）
*** 芽枝霉纲 Blastocladiomycetes（新）
** 新美鞭菌门 Neocallimastigomycota（新）
*** 新美鞭菌纲 Neocallimastigomycetes（新）
** 球囊菌门 Glomeromycota（新）
*** 球囊菌纲 Glomeromycetes（新）
** 接合菌门 Zygomycota
*** 毛菌纲 Trichomycetes
*** 接合菌纲 Zygomycetes
*** 地位未定 Incertae sedis（亚界）
**** 虫霉菌亚门 Entomophthoromycotina
**** 梳霉亚门 Kickxellomycotina
**** 毛霉菌亚门 Mucoromycotina
**** 捕虫霉菌亚门 Zoopagomycotina
** 子囊菌门 Ascomycota
*** 子囊菌纲 Ascomycetes
*** 盘菌亚门 Pezizomycotina（=子囊菌亚门 Ascomycotina）
**** 星裂菌纲 Arthoniomycetes（新）
**** 座囊菌纲 Dothideomycetes（新）
**** 散囊菌纲 Eurotiomycetes（新）
**** 虫囊菌纲 Laboulbeniomycetes（新）
**** 茶渍菌纲 Lecanoromycetes（新）
**** 锤舌菌纲 Leotiomycetes（新）
**** 异极菌纲 Lichinomycetes（新）
**** 圆盘菌纲 Orbiliomycetes（新）
**** 盘菌纲 Pezizomycetes（新）
**** 粪壳菌纲 Sordariomycetes（新）
*** 酵母菌亚门 Saccharomycotina
**** 酵母菌纲 Saccharomycetes
*** 外囊菌亚门 Taphrinomycotina
**** 新床菌纲 Neolectomycetes（又译无丝盘菌纲）
**** 肺炎菌纲 Pneumocystidomycetes
**** 裂殖酵母菌纲 Schizosaccharomycetes
**** 外囊菌纲 Taphrinomycetes
** 担子菌门 Basidiomycota
*** 担子菌纲 Basidiomycetes
*** 锈菌纲 Urediniomycetes
*** 伞菌亚门 Agaricomycotina
**** 伞菌纲 Agaricomycetes（新）
**** 花耳纲 Dacrymycetes（新）
**** 银耳纲 Tremellomycetes（新）
*** 柄锈菌亚门 Pucciniomycotina
**** 伞型束梗孢菌纲 Agaricostilbomycetes（新）
**** 小纺锤菌纲 Atractiellomycetes（新）
**** Classiculomycetes Classiculomycetes（新）
**** 隐菌寄生菌纲 Cryptomycocolacomyctes（新）
**** 囊担子菌纲 Cystobasidiomycetes（新）
**** 小葡萄菌纲 Microbotryomycetes（新）
**** 混合菌纲 Mixiomycetes（新）
**** 柄锈菌纲 Pucciniomycetes（新）
*** 黑粉菌亚门 Ustilaginomycotina（新）
**** 黑粉菌纲 Ustilaginomycetes
*** 地位未定 Incertae sedis（亚门）
**** 节担菌纲 Wallemiomycetes（新）
==后来加入的新分类 ==
* 真菌界 Fungi
** 子囊菌门 Ascomycota
*** 盘菌亚门 Pezizomycotina（=子囊菌亚门 Ascomycotina）
**** 地舌菌纲 Geoglossomycetes（参自地舌菌科 Geoglossaceae，译名待查）
*** 黑粉菌亚门 Ustilaginomycotina
**** 根肿黑粉菌纲 Entorrhizomycetes
**** 外担子菌纲 Exobasidiomycetes