【严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型Omicron变异株】
Omicron（B.1.1.529）是严重急性呼吸综合症冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的一种变异株。它于2021年11月9日首次在波札那被发现。2021年11月24日南非正式向世界卫生组织（WHO）报告。由于Omicron变异株显示较强的传染性及影响宿主免疫应答与疫苗效力的antigenic escape，世界卫生组织于2021年11月26日将本变异株列为「需要关注的变异株」（VOC）。
研究人员已经确定Omicron变异株存在五种亚型。其中标准亚型被称为BA.1/B.1.1.529.1；另外四个亚型被称为BA.2/B.1.1.529.2、BA.3/B.1.1.529.3、BA.4/B.1.1.529.4、BA.5/B.1.1.529.5。BA.4和BA.5的传播力和免疫逃逸能力更强。奥密克戎BA.2的R0值达到了9左右，BA.5变异株R0值达18。另外奥密克戎二次感染的几率相较于其他变种病毒可能会上升。
== 症状 ==
此变异株和其他严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型变异株一样（如：Alpha、Delta），没有任何发病症状的变化，部分感染者不会产生任何症状。
南非医学协会主席安吉丽克·库切表示，她发现该变异株的患者感到疲劳和疼痛，却没有咳嗽或味觉及嗅觉失灵。丁香医生认为，早期2019冠状病毒病患者常见呼吸急促、嗅觉丧失、高热等症状，而且患有肺炎、肺水肿，原始毒株患者中大概有一半出现了肺部问题。而奥密克戎的相关症状有咽痛、咳嗽、流鼻涕，无症状感染者比例越来越高。世卫组织流行病学家阿卜迪·马哈穆德（Abdi Mahamud）表示，越来越多的研究似乎表明，奥密克戎变异株似乎主要影响上呼吸道，而且引起的症状相对较轻。而其他变异株会影响肺部，并可能会导致严重的肺炎。北京市呼吸疾病研究所所长童朝晖表示，奥密克戎变异株导致肺炎或重症比例低于流感。奥密克戎在支气管中的繁殖速度比德尔塔变异株快约70倍，不过奥密克戎的致命性比德尔塔变异株低91%，住院风险低51%，而且它的传播率非常高，传播性相对于原始毒株提升很多，BA.4/5的免疫逃逸能力为原始株的19.2倍。
2022年12月发表的一篇综述，认为奥密克戎导致的无症状或轻症比例约为85-95%，5-10%为中重症。
Omicron变异株的疾病潜伏期一般约为三天至五天，较2019冠状病毒病其他病毒株更短。 目前流行亚型之中BA.1潜伏期平均约为4.58天，BA.2约为4.42天。
===可能的后果===
世卫组织担心，Omicron变异株可能比以前的变异株更具感染性。世卫组织于2021年底警告说，Omicron变异株疫情可能会让医疗系统不堪重负，尤其是在疫苗接种率低的国家，死亡率和发病率可能要高得多，世卫组织敦促所有国家加强COVID-19疫苗的接种。
2021年12月15日，欧洲疾病预防控制中心表示，即使Omicron变异株比Delta变异株更温和，但由于传染性更大导致病例呈指数增长，Omicron变异株引发的疫情很可能会造成住院人数和死亡人数增加。
2022年1月，美国疾病控制与预防中心表示，Omicron变异株引发的症状的确比此前其他变异株要轻。同样在美国，有数据表明Omicron变异株疫情期间，每天新增的COVID-19死亡人数要高于2021年秋季期间Delta变异株疫情期间的死亡人数。
2022年4月，中国国家卫生健康委疫情应对处置工作领导小组专家组组长梁万年表示根据世界数据显示Omicron变异株平均病死率是0.75%左右，他担忧中国一旦放松，疫情对于该国庞大的老年人口来说是巨大灾难。
2022年11月29日，中国疾控中心传防处研究员常昭瑞表示，奥密克戎变异株及其进化分支BA.1、BA.2、BA.5系列，包括BF.7、BQ.1和重组体XBB的致病力和毒力相比原始株和德尔塔等变异株明显减弱。奥密克戎变异株引起重症和死亡的比例同样明显低于原始株和关切变异株。
==诊断==
目前的聚合酶链式反应检测仍然可以检测出Omicron变异株。但部分研究表示聚合酶链式反应检测不出S基因标靶（S gene target failure）。快速抗原检测很有可能不受其影响。
== 预防感染 ==
根据香港大学李嘉诚医学院发布研究结果称，奥密克戎变异株在玻璃、塑料、不锈钢等光滑表面上可带毒传播7天。和其他变异株相同，世界卫生组织建议室内场所保持通风，避免人群聚集、近距离接触，洗手、佩戴口罩、接种疫苗。
2021年11月26日，BioNTech表示他们需要两周来重新评估疫苗的有效性，若必要可在100日内对疫苗更换毒株并向全世界发货，-{zh-cn:阿斯利康; zh-hk:阿斯利康; zh-mo:阿斯利康; zh-tw:阿斯特捷利康; zh-sg:阿斯利康; zh-my:阿斯利康;}-、莫德纳及娇生都有类似的声明与措施。科兴控股亦表示已开始通过全球合作伙伴-{zh-tw:网路 ;zh-hk:网络 ;zh-hans: 网络 ;}-积极收集并获取新变异株相关-{zh-tw:资讯 ;zh-hk: 资讯;zh-hans: 信息;}-及样本，从而了解Omicron株对现有严重急性呼吸道症候群2型病毒灭活疫苗的影响，康希诺、艾博生物等企业也已开始针对新变异株的疫苗研发。
2021年12月1日，中国疾病预防控制中心声明指现有的中国国产疫苗依然能有效应对Omicron集群。同年12月8日，中国疾病预防控制中心称，目前判断2019冠状病毒病疫苗仍有用，但其效力在衰减。中疾控主任高福接受中国新闻周刊专访时称，这次的Omicron，正好像是免疫逃逸能力强的Beta加上传染力强的Delta。
2021年12月10日，辉瑞公司和BioNTech表示在实验室检测中，作为强化接种的第三针2019冠状病毒病疫苗针对奥密克戎变异株产生的抗体是两剂疫苗的25倍，这将足够中和Omicron变异株。但是这一结果目前尚未经过同行评审。
2021年12月11日，时代杂志报道指，据南非的一项未经同行评审的实验室研究的预印本数据显示，接种两剂辉瑞－BioNTech 2019冠状病毒病疫苗对预防严重急性呼吸综合征冠状病毒2奥密克戎毒株有症状感染的有效性只有22.5%，惟仍可防止重症。辉瑞公司和BioNTech公司表示，在实验室检测中，这两家公司的第三针疫苗可有效中和奥密克戎毒株，惟两针方案阻断该毒株的效果明显较差。
2021年12月12日，多个香港媒体报道称，根据香港大学李嘉诚医学院与香港中文大学医学院最近的一项联合研究，在实验室研究中，严重急性呼吸综合征冠状病毒2Omicron集群可大幅减低辉瑞复必泰疫苗的中和抗体97%。
2021年12月14日，路透社等多个媒体报道指，根据南非最大的私营机构Discovery Health进行的分析，在预防感染严重急性呼吸综合征冠状病毒2Omicron变异株方面，两剂辉瑞－BioNTech 2019冠状病毒病疫苗仅能提供33%的保护力；但在避免住院上，其保护力可达70%。路透社的新闻稿称，辉瑞和 BioNTech上周表示，他们的疫苗注射两针仍可预防严重疾病，因为其突变不太可能逃避T细胞的反应。
2021年12月23日，香港大学李嘉诚医学院及香港中文大学医学院发表联合研究报告，注射三剂BioNTech复必泰疫苗产生的中和抗体平均达到160个单位，中和抗体水平超越抵御变种病毒Omicron病毒株所需的26个单位最低门槛；至于先注射两剂科兴疫苗，再追加一剂BioNTech复必泰疫苗的测试者的血清样本中和抗体较低，但因为仍有60个单位，尚在最低门槛的26个单位之上；可是三剂全部注射科兴克尔来福疫苗的人士，其血清分析的中和抗体平均不足10个单位，全部不达标，研究报告建议香港特区政府集中使用BioNTech复必泰疫苗作为接种计划的第三剂。
2022年3月22日，香港大学医学院基于第五波疫情的数据发布报告显示，对于60岁及以上的老人，在至少完整接种3剂科兴灭活疫苗后，预防重症、危重症的有效率为97.9％，预防死亡的有效率为98.3％，与接种3剂BioNTech复必泰疫苗的有效率相当；但只在第三针接种科兴灭活疫苗对预防老年人患轻症或普通症的效果有限，有效率为50.7％；只接种2剂科兴灭活疫苗的话，预防重症／危重症的有效率为72.2％，预防死亡的有效率为77.4％，而接种2剂BioNTech复必泰疫苗预防死亡有效率是92.3%。报告是针对香港第五波Omicron亚变体BA.2疫情的前瞻性规划报告。
==治疗==
世界卫生组织表示，皮质类固醇和IL6 receptor blockers仍能有效地处理2019冠状病毒病重症患者。对于Omicron变异株的众多突变，其他治疗方式将被评估，以确定其对Omicron变异株的有效性。
==命名==
2021年11月26日，世界卫生组织把B.1.1.529谱系定性为「高关注变异株」，并将其命名为「Omicron变异株」。在世界卫生组织尚未正式命名前，一些媒体曾将其称为「Nu」变异株，然而此次命名跳过了希腊字母「Nu」和「Xi」。
据俄罗斯官方电视台RT报导，有不具名的WHO官员透露：“跳过‘Nu’”是为避免与英语发音相同的‘New’混淆，至于跳过‘Xi’则是为了避免对区域的污名化，因为这个字母对应的姓氏很‘普遍’”。
美国议员汤姆·柯顿以及RFI、纽约时报、日刊体育等猜测跳过「Xi」的理由是「Xi」与中共中央总书记习近平的「习姓」之汉语拼音相同。
==历史==
=== 2021年 ===
11月9日，波札那采集到了已知最初的Omicron变异株样本。南非也发现了此变异株，其中一宗病例前往了香港。以色列也发现了一宗确诊病例，该病例是从马拉维返程的旅客。比利时的一宗确诊病例是在11月11日前在埃及被感染的。
4个来自博茨瓦纳的病例均接受过完整的疫苗接种。以色列与德国的确诊、疑似病例都是如此。
11月27日，英国出现了两例确诊病例，另有两例出现在德国慕尼黑，意大利米兰也有此变异株的确诊者。荷兰卫生部预计，在600位由南非乘机抵达史基浦机场的旅客中，有61人感染了此变异病毒。旅客入境荷兰需要核酸检测阴性报告、完成疫苗接种或者康复。其中一个航班是从豪登省的约翰内斯堡出发，而该变异株已经成为豪登省境内主要传播的病毒株，改机上的所有乘客都在新的旅行限制要求下进行了核酸检测并接受隔离
11月28日，悉尼出现了两个确诊病例，两位确诊者均完成了两针疫苗接种，且都从南非经多哈并于确诊前一日抵达悉尼。12位来自南非的同行者以及其他260位搭乘同一飞机的乘客、机组（多哈-悉尼）均被要求进行14天隔离。
为了应对Omicron变异株的传播，日本、加拿大、欧盟、以色列、英国、美国、马来西亚、新加坡、澳洲、印尼、摩洛哥及新西兰已宣布对南非等国实施旅行禁令。
11月30日，因担忧奥密克戎变异株扩散，日本暂停新的外国人入境申请。
12月8日，澳洲昆士兰省宣布发现全球第一个Omicron变种病毒的亚种毒株。
12月11日，台湾宣布首例境外Omicron移入个案，为一名30多岁女子，12月8日从史瓦帝尼入境，随后台湾又公布新增两例Omicron境外移入个案，分别从英国、美国入境。
12月13日，英国出现首例感染Omicron变种病毒后死亡病例，同时也是全球首例公开确认的Omicron死亡病例。
12月13日，中国大陆天津市疾病预防控制中心对12月9日境外输入2019冠状病毒病无症状感染者进行检测，检测出是Omicron变异株。
2022年，南非基因定序研究机构的科学家表示，本月在南非发现的新型Omicron病毒亚型变异株「BA.4」和「BA.5」，很可能能够逃避疫苗，以及已染疫者的自然免疫力。
=== 2022年 ===
1月15日，Omicron BA.2变种病毒自「检疫酒店群组」流入香港社区，当日出现首宗社区确诊，该变异病毒株在香港急速传播，引发香港第五波疫情大爆发。
1月16日，泰国出现首宗Omicron死亡个案，患者是一名86岁女子，患有阿尔茨海默病。
1月20日，新加坡出现首起Omicron死亡病例，为一名未接种冠病疫苗的92岁老妇。
2月11日，《每日邮报》11日称，英国衞生安全局正密切关注这种由2019冠状病毒病变种病毒株Omicron和Delta结合而成的变种病毒株。但尚未清楚今次是输入个案，还是起源于英国。
2月15日，台湾报告首例感染Omicron死亡个案，个案为一名80多岁本身有糖尿病，长期洗肾，先前因被歌友会确诊的计程车司机载过，匡列接触者隔离，1/19隔离期满阴转阳所以继续住院。住院期间有发烧、肺炎，确诊后16天，2月4日当天原定解隔出院，不料被发现死亡，死因为吸入性肺炎和冠状动脉心脏病，据悉，死者先前已打过2剂AZ疫苗。
3月，随着奥密克戎变异株的出现，2019冠状病毒病在中国大陆多地和香港开始了新一轮传播，感染人数大幅上升。上海因此出现“封城”，并执行严格的清零政策，引发争议。
4月2日，苏州发现奥密克戎新变异株，隶属于BA.1.1进化分支。
4月27日，世界卫生组织表示奥密克戎变异株已成为当时全球流行的主流变异株。
4月，世卫组织宣布已在南非、博茨瓦纳、丹麦、苏格兰和英格兰发现奥密克戎BA.4变异病毒。根据从南非收集的数据表明，BA.4和BA.5比BA.2传播得更快。BA.4和BA.5更引发了南非的第五波疫情以及葡萄牙第六波疫情。此外美国纽约州检测到奥密克戎BA.2.12 和 BA.2.12.1变异病毒，它们也比BA.2传播得更快。而美国全国BA.4和BA.5迅已超过BA.2成为仅次于BA.2.12.1的流行亚种。
5月12日，朝鲜当局承认该国出现首例2019冠状病毒病患者。该病例感染的是奥密克戎变异株亚型株BA.2同时朝鲜所有城市进入封锁状态。。
6月底至7月初，BA.4和BA.5导致欧美出现新一波疫情，并且全球病例增加30%。
6月底，在奥密克戎BA.5和BA.4亚型加速传播下，意大利出现疫情反弹。
7月5日，法国单日新增确诊病例创下3个多月以来新高，BA.2.12.1、BA.4和BA.5感染病例数已占法国新增确诊病例数的80%。
8月30日，深圳日前新增11宗2019冠状病毒病本土感染个案，经病毒基因分析后，发现大多数个案为BF.15变异株，BF.15为BA.5.2.1的子分支，根据市卫健委指出，BF.15的隐匿性和传播力更加强，当局不排除变种病毒株乃由境外输入引发本地感染。
9月13日，印度出现新的变异株「BA.2.75.2」，专家并示警称此最新变异株的免疫脱逃能力是「历代最强」，引起专家关注。目前已知英国、德国、西班牙、智利、新加坡等8国都发现持变异株踪迹。
截至9月底至10月初，BA.2.75、BA.5.2.1.7（BF.7）、BA.4.6等毒株在全球加速流行并引起世界卫生组织的关注。
截至10月上旬，亚型变异株XBB的亚谱系（XBB*）的全球流行率为1.3%，已在35个国家发现。世界卫生组织还对亚型变异株XBB、XBB*以及BQ.1及其亚谱系（BQ.1*）对公共卫生的影响进行讨论。
11月13日，香港首现一宗本地感染Omicron变种病毒株BF.7个案。
11月28日，玻利维亚卫生部长表示，近两个月在圣克鲁斯省和拉巴斯省相继发现奥密克戎新亚型BQ.1和BQ.1.1。奥密克戎新亚型的传播率达30%。
12月15日，中国工程院院士钟南山指，Omicron变异株引起的疾病已不适合称为「新冠肺炎」，应该改称「新冠上呼吸道感染」或「新冠感冒」。12月26日深夜，国家卫健委宣布，“新型冠状病毒肺炎”更名为“新型冠状病毒感染”。
=== 2023年 ===
2023年3月，印度出现XBB.1.16爆发潮。该病毒株后来被命名为Arcturus。
===对经济的影响===
2021年11月26日，由于投资者担忧Omicron变异株对经济可能造成的负面影响，全球金融市场出现下跌，包括了道琼斯工业平均指数在2021年的最严重跌幅。布兰特原油和西得克萨斯中间基原油价格分别下跌10%和11.7%。
== 亚变体 ==
Omicron（BA.1）变异株突变数量众多，其特点是与原始病毒相比有30个氨基酸变化、3个小缺失和1个小插入刺突蛋白（A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211、L212I、ins214EPE、G339D、S371L，S373P，S375F，K417N，N440K，G446S，S477N，T478K，E484A，Q493K，G496S，Q498R，N501Y，Y505H，T547K，D614G，H655Y，N679K，P681H，N764K，D796Y，N856K，Q954H，N969K，L981F）。这些变化中，有 15 个位于受体结合域（残基 319-541）。该变体还在其他基因组区域（NSP3 – K38R、V1069I、Δ1265、L1266I、A1892T；NSP4 – T492I；NSP5 – P132H；NSP6 – Δ105-107、A189V – NSP12V；NSP14L； ；E – T9I；M – D3G、Q19E、A63T；N – P13L、Δ31-33、R203K、G204R）发生了突变。
=== BA.1 ===
BA.1是Omicron变异株的原始毒株。截至2022年6月，Omicron（BA.1）有许多变异，其中一些变异引起了科学家的关注。
Image:SARS-CoV-2 Omicron (BA.1) variant.svg|Omicron变异株的基因组序列如上图所示
截至2022年6月，Omicron（BA.1）有大约50个突变，这比以前的任何SARS-CoV-2变体都要多，其中32个突变与刺突蛋白有关，大多数疫苗的目标是中和病毒。截至2021年12月，许多突变是新的，在以前的变体中没有发现。截至2022年4月，与原始病毒相比，该变种的特点是在刺突蛋白中出现了30个氨基酸变化、3个小的缺失和一个小的插入，其中15个位于受体结合域（残基319-541）。截至2022年12月，该病毒在其他基因组区域带有一些变化和缺失，例如在弗林蛋白酶裂解位点有三个突变，这有利于其传播。
研究人员已经检测到Omicron的几个亚变体，而且新的亚变体不断出现。目前有310个Pango谱系与Omicron变体有关。“标准”亚系现在被称为BA.1（或B.1.1.529.1），其他两个亚系被称为BA.2（或B.1.1.529.2）和BA.3（或B.1.1.529.3）。2022年中期，在几个国家发现了BA.4（或B.1.1.529.4）和BA.5（或B.1.1.529.5）。
=== BA.2 ===
2022年2月中旬，在日本对仓鼠和小鼠进行的一项实验室研究以非同行评审预印本的形式发表，表明BA.2不仅比BA.1更具传播性，而且可能导致更严重的疾病。后来，2022年10月下旬的一项研究推翻了这一观点，该研究发现BA.2实际上相对于原始的Omicron变异株（反过来，相对于delta变异株，它引起的疾病更不严重）。用于治疗感染COVID-19的人的治疗性单克隆抗体对BA.2没有什么影响，BA.2对casirivimab和imdevimab“几乎完全耐药”，对sotrovimab的耐药性是原始BA.1亚变体的35倍。
=== XE ===
2022年1月从英国分离出的一种新的BA.1-BA.2重组体，被称为“XE”重组体，世卫组织发现其潜在的传播性比BA.2高出10%，使其比BA.1的传播性高出约43%至76%，并使XE重组体成为已确定的最具传染性的变体。
=== BA.2.12 ===
在美国纽约州检测到两个新的BA.2亚变体，它们是BA.2.12（或B.1.1.529.2.12）和BA.2.12.1（或B.1.1.529.2.12.1），这两个亚变体比BA.2具有23-27%的明显增长优势，并促成了以雪城和安大略湖为中心的纽约中部的感染率上升，后来到2022年5月24日在美国成为主导。
=== BA.2.75与BA.2.75.2 ===
2022年5月在印度首次检测到的亚变体BA.2.75（或B.1.1.529.2.75，被媒体昵称为Centaurus）已被世界卫生组织列为监测中的变体。该系的其他较新的变异体（如BA.2.75.2又名B.1.1.529.2.75或Chiron）可能能够逃避中和抗体。
=== XBB与XBB.1 ===
XBB是BA.2.10.1和BA.2.75亚系的重组体，是2022年8月首次发现的Omicron亚变体。它被描述为“免疫侵入（immune-evasive）”，在包括新加坡和孟加拉国在内的国家引起了小规模的病例激增。
=== BA.3 ===
第三个Omicron亚系，BA.3，非常罕见。它具有与BA.1相同的S基因靶标失败（S-gene target failure，简称：SGTF）缺失（Δ69-70）。
=== BA.4与BA.5 ===
2022年4月，世卫组织宣布它正在跟踪BA.4和BA.5亚变体，在南非、波札那、丹麦、苏格兰和英格兰都发现了BA.4。在南非收集的数据的早期迹象表明，BA.4和BA.5比BA.2有明显的增长优势，到5月12日，BA.2被欧洲疾病预防控制中心授予高关注变异株（Variant of Concern）的地位，到5月20日，被英国卫生安全局授予关注变体的地位。到5月25日，BA.5在葡萄牙占主导地位，占那里所有新病例的三分之二。到6月24日，BA.4和BA.5一起成为英国和德国的主导变体。到6月28日，这两个亚变体在美国成为主导性变体。到6月下旬，BA.5成为法国的主导亚变体，59%的新病例与它有关。
BF.7是BA.5.2.1亚变体全名的缩短版，即BA.5.2.1.7。这个亚变体是Omicron的BA.5变体的一部分，该变体在全球报告的病例数最多，占所有病例的76.2%。
=== BQ.1与BQ.1.1 ===
自2022年10月以来，发现了BQ.1（或B.1.1.5.3.1.1.1.1，被媒体昵称为Typhon）和BQ.1.1（或B.1.1.529.3.1.1.1.1，昵称为Cerberus），它们是BA.5的亚变体。它们在法国比其它欧洲国家更流行，截至11月17日，法国93%的序列是Omicron亚系BA.5，在BA.5亚系中，BQ.1.1继续上升（32%对前一周的25%）。根据Nextclade的数据，甚至有55%。据报道，它们在美国已经成为主导，占新感染的44%，比前一周的33%有所增加。早期的实验室测试发现，这些亚变体比以前的变体更善于躲避第一次和加强型疫苗；然而，似乎没有新的治疗方法正在开发中。病毒学家Andy Pekosz说，“就其效力而言，这些变异几乎已经消解了目前市场上的每一种单克隆抗体”。
== 流行病学 ==
2021年11月26日，南非国家传染病研究所（NICD）宣布，30,904次COVID-19测试（在一天内）发现了2,828个新的COVID-19感染者（阳性率9.2%）。一周后，即2021年12月3日，NICD宣布，65,990次COVID-19测试发现了16,055个新的感染病例（是七天前的5.7倍；阳性率为24.3%），其中72%是在豪登省发现。南非的这个省人口稠密，每平方千米约有850名居民。豪登省的首府约翰内斯堡是一个巨型都市（城市本身约有550万居民，城市地区有950万居民）。