【吴敦义内阁】
吴敦义内阁，为2009年9月10日至2012年2月6日行政院院长吴敦义所领导的内阁，也是中华民国第12任总统马英九于2008年5月20日就任后的第2任及执政时间最长的内阁。
2009年8月8日，莫拉克台风造成台湾中南部严重水患，严重的人命财物损失引发民众对于刘兆玄内阁行政的质疑和不信任，导致刘兆玄院长为负起水灾的政治责任而宣布请辞并带领内阁总辞。随后，总统马英九于2009年9月7日任命时任立法委员的吴敦义出任行政院院长，时任桃园县县长朱立伦出任行政院副院长（副院长职2010年5月17日由陈冲接任），所有阁员并于2009年9月10日宣誓就职。内阁成员以执政党中国国民党的党员为主。
==最终内阁成员 ==
*粗体除彭淮南为萧万长内阁续任者外均为刘兆玄内阁续任者
*斜体为中途接任者
== 其他政务官及事务／常务官 ==
*内政部政务次长：简太郎
*内政部常务次长：曾中明
*外交部政务次长：董国猷
*外交部常务次长：沈斯淳
*国防部军政副部长：杨念祖
*国防部军令副部长：林镇夷
*国防部军备副部长：赵世璋
*国防部常务次长：李喜明、林于豹
*经济部政务次长：林圣忠
*经济部常务次长：黄重球
*财政部政务次长：张盛和
*财政部常务次长：曾铭宗
*教育部政务次长：林聪明
*教育部常务次长：吴财顺
*交通部政务次长：叶匡时
*交通部常务次长：郭蔡文、陈建宇
*法务部政务次长：陈守煌
*法务部常务次长：蔡茂盛、吴陈镮
*侨务委员会副委员长：任弘、薛盛华、许振荣
*中央银行副总裁：严宗大、杨金龙
*行政院主计处副主计长：李玉麟、鹿笃瑾
*行政院人事行政局政务副局长：颜秋来
*行政院人事行政局常务副局长：朱永隆
*行政院新闻局副局长：翁桂堂
*行政院卫生署副署长：张上淳、萧美玲
*行政院环境保护署副署长：邱文彦
*行政院海岸巡防署副署长：王崇仪
*行政院经济建设委员会副主任委员：胡仲英、单骥、黄万翔
*行政院大陆委员会副主任委员：刘德勋、赵建民
*行政院国军退除役官兵辅导委员会副主任委员：
*行政院青年辅导委员会副主任委员：林辰璋
*行政院原子能委员会副主任委员：谢得志
*行政院国家科学委员会副主任委员：陈正宏、陈力俊张文昌
*行政院研究发展考核委员会副主任委员：宋余侠、魏国彦
*行政院农业委员会副主任委员：胡兴华、黄有才
*行政院文化建设委员会副主任委员：张誉腾
*行政院劳工委员会副主任委员：潘世伟
*行政院金融监督管理委员会政务副主任委员：李纪珠
*行政院金融监督管理委员会常务副主任委员：吴当杰
*行政院公平交易委员会副主任委员：施秀芬
*行政院公共工程委员会副主任委员：陈振川、邓民治
*行政院体育委员会副主任委员：林国栋、陈士魁、陈显宗
*行政院客家委员会副主任委员：
*行政院原住民族委员会副主任委员：夏锦龙、徐明渊、林江义
*国家通讯传播委员会副主任委员：陈正仓
*国立故宫博物院副院长：冯明珠
== 内阁人事异动 ==
以交接时间排列:
*新闻局长：苏俊宾→江启臣→杨永明
*法务部长：王清峰→曾勇夫（2010年3月22日）
*行政院副院长：朱立伦→陈冲（2010年5月17日）
*金管会主委：陈冲→陈裕璋（2010年5月17日）
*经建会主委：蔡勋雄→刘忆如（2010年5月19日）
*国家通讯传播委员会主委：彭芸→苏蘅（2010年8月1日）
*中选会主委：赖浩敏(转任司法院长)→张博雅（2010年11月15日）
*蒙藏会委员长：高思博→罗莹雪（政务委员兼任，2011年2月9日）
*卫生署署长：杨志良→邱文达（2011年2月9日）
*青辅会主委：王昱婷→李允杰（2011年2月9日）
*文建会主委：盛治仁→曾志朗（2011年11月28日）
*政务委员：尹启铭（请辞参选立法委员，2011年11月28日）
*工程会主委：范良锈→李鸿源（政务委员兼任，2011年2月9日）
==施政==
=== 任内作为 ===
* 解锁经济弱势健保卡
民间团体向政府反映全国约有60万余户民众，因健保卡糟锁卡无法使用健保卡就医，希望政府积极主动了解其因且协助。吴揆于99年9月2日 行政院第3211次会议上请卫生署尽速了解其因并研议具体解决对策，说明政府对于无力缴纳健保费者所给予的补助、救助或医疗服务等措施，保障经济弱势民众就医权益；指示如民众有就医需要，政府就应设法协助安排就医，绝不能再发生无钱就医的情况。
* 拨款22县市救灾经费
2011年12月5日 行政院第3276次行政会议中，吴揆说明2011年风调雨顺省下许多救灾经费，决定将其中100亿元拨给各直辖市及县市政府，作为地方基础建设经费；指示主计处尽速核发且不分党派公平、公正来秉公处理，让地方首长好好照顾基层让人民受益，感受风调雨顺的好处。此决议于12月8日吴揆出席中小企业经营问题与对策座谈会时向媒体宣布。
* 签署多项两岸协议
2009年12月21日，签署《海峡两岸标准检测及认验证合作协议》、《海峡两岸渔船船员劳务合作协议》、《海峡两岸农产品检验检疫协议》等3项协议
；2010年6月29日，签署《两岸经济合作架构协议》（ECFA）
；2010年12月21日，签署《两岸医药卫生合作协议》
；2011年10月20日，签署《海峡两岸核电安全合作协议》
* 调涨基本工资
吴敦义担任行政院长期间分别调涨二次基本工资，第一次为2011年1月1日调涨3.47％约600元，与第二次2012年1月1日调涨5.03%约900元；吴揆接受采访时表示会积极研议建立基本工资调整公式的可行性，若经济成长将逐年检讨调升基本工资，让劳工分享经济成长的果实；强调要做到把过去10多年未调整的额度，一次调整到位的确会有困难，且自民国86年以来，基本工资调整3次，其中总统马英九任内就调整2次，调涨频率与金额均高于民进党政府。
* 筹设国家自然公园
2009年10月，高雄市市长陈菊向行政院院长吴敦义提议在寿山设立国家级自然公园，获吴揆指示交由内政部营建署推动筹办「寿山国家自然公园」。
=== 任内争议 ===
* 海豚转弯说
国光石化开发案预定于浊水溪河口北岸湿地填海造陆，而中华白海豚协会表达抗议声称此开发案会阻断白海豚洄游路径，危害仅存不到100只白海豚的生存空间。对此吴揆接受记者访问时表示，白海豚保育议题已指示经济部必须纳入学者专家进一步详细研究，因研究报告指出白海豚有牠游水的路径，是会转弯的，也可能借由行为训练引导的方式来穿越，这都是要共同来讨论的；随后经部分媒体报导后引发环保团体与民众的抨击，吴敦义再陈述白海豚会转弯，并非我说的，我仅是转述专家会议中的资讯向大家说明。
* 无薪假事件
2010年8月31日吴揆出席创造就业贡献奖表扬活动致词时，提及有个创新理念无薪假，其实应该得诺贝尔奖，引发劳工不满质疑引喻失当。随后吴揆接受访问时诠释，金融海啸席卷全球，台湾经济以出口贸易为主，因此受到很大的冲击。但政府政策宣布银行存款全额保障稳定民心，而部分企业实施员工无薪假方案，等待度过难关后再回岗位继续打拼，让企业得到喘息的空间，也减少高额退休金与资遣费的负担而倒闭，这是劳资双方相濡以沫、患难见真情的成果；如把约23万员工无薪假情况合并到失业率上，是会震撼台湾社会人心的；所以我绝非未体谅劳工心情，但因此引起外界不同解读，我要表达歉意，绝对没有恶意。
* 苗栗县大埔征地事件
大埔事件精神标语
2010年7月20日吴揆主持苗栗县长刘政鸿与大埔农地征收住户协商会议，会后与住户达成原屋原地保留的研商结论；并在行政院会议中指示，在该区段征收范围内检讨保留适当的区位划设农业区，让有意继续从事农业耕作地主使用，兼顾征收计划内98%申领抵价地地主及24户反对土地征收者权益。而在2013年7月3日苗栗刘县长表示将强制执行大埔拆迁案，仅原地保留4住户农地，引起台湾农村阵线社运团体声援并质疑当年吴揆原屋原地保留承诺跳票。副总统吴敦义回应，并无违反行政院当时的承诺，大埔农户必须秉持不违反交通、公共安全、公平性与都市计划合理性等原则来考量，如违反仍需拆除；所以没有出尔反尔的问题，凡事都兼顾情理法，并且有其依据与道德正当性。
*台中市太平区泼水节事件
2011年9月4日，吴敦义至台中市太平区参加泼水节活动，主持开幕的前台中市长胡志强跟前太平区长余文钦拿水枪跟民众互喷，胡志强离场前还说：「等下吴敦义院长进场一定要『好好招待他』」。吴敦义致辞时表示：「我很想跟大家玩水，但等下要参加婚宴，不能湿答答去搭高铁，所以请郑丽文陪大家一起玩」。而当胡志强离场后，民众就发现大水桶的水全被倒掉，还有人叮咛小朋友要把水枪清空，工作人员说明：「院长说他还有行程，衣服不能湿，要大家不要泼水」，导致现场无水可泼，引发参与拨水节的民众不满。
当地中山里里长阎泰利表达不满：「泼水节不玩水就不要来，行政院长一点都不亲民」，但稍晚澄清，误解院方「不要泼水」讯息，是工作人员自行决定要将水倒光，害民众中断玩水兴致，向民众致歉。太平泼水节
隔天吴敦义即公开道歉，并表示：「应该是工作人员和维安人员沟通过程有些小误会，愿意对昨天当场跟觉得不便、不受尊重的民众表示歉意」。
讥讽吴敦义「白海豚转弯」的贴纸