【陈水扁】
陈水扁（catIdx=C陈），暱称阿扁（tl=A-pínn-á），中华民国民主进步党籍政治人物、第十、十一任中华民国总统（2000年－2008年），海商法律师，曾加入中国国民党、一边一国行动党，曾任民主进步党主席、台北市议会议员、立法委员、台北市市长等职。台南县官田乡西庄村（今台南市官田区东西庄里）人，陈水扁在2020年1月12日因支持的一边一国行动党政党票失利而宣布退出政坛。
陈水扁出身贫困，于国立台湾大学法律系毕业后成为律师。1979年底，在美丽岛事件发生后，陈水扁加入了辩护律师团，成为其投身政坛的契机。1981年，他首度参与台北市议会议员选举即当选。1986年，他为共同成立民主进步党的初始党员，兼任中常委及中执委两项党职。1990年，他在增额立法委员选举中当选为台北市立法委员，开启了两届的国会生涯。
1994年12月，陈水扁在台北市长选举中当选，因而辞任立委转任市长。在任四年台北市长期间，陈水扁的政绩丰硕，包括促进社会政策革新、推动交通建设、取缔交通违规、拆除违章建筑、扫荡特种行业等，并承接当时的台北捷运乱局，令首条路线在任内通车。此外，台湾首个以BOT模式发展的项目台北101，亦是在陈水扁任内促成。陈水扁任内亦一改公务员的官僚风气，曾突击检查市政府内各办公室以警戒失职的下属，自此改变了旧有「政府为衙门」的观念，公共行政服务变得亲民。1998年，陈水扁以高达8成的市民满意度争取连任，但最后以45.91%的得票率连任失败，由马英九接任下届台北市长。由于陈水扁对台北市影响深远，即使在其卸任台北市长二十年后，陈水扁在民意调查中依然排行为历任最佳的民选台北市长。
陈水扁在2000年中华民国总统选举，以39.3%得票率当选为中华民国自1948年行宪后首次政党轮替的直接民选总统，结束中国国民党在台湾55年的长期执政，并于就职演说上提出四不一没有；2004年中华民国总统选举，他取得50.11%的得票率，以0.22%差距获得连任。任内推动一边一国、台湾正名运动以及台湾入联运动，在经贸方面则采用「南向政策」的经贸架构。
卸任总统后由于涉及龙潭购地案而被判刑20年，三审定谳发监执行，2015年1月5日核准暂时出狱，保外就医至今。2019年11月，一边一国行动党公布2020年中华民国立法委员选举不分区立委，陈水扁列为第6顺位；中央选举委员会表示依《选罢法》刑期未执行结束前不得登记为候选人，且曾犯贪污罪定谳者亦不得登记。
== 早年生活 ==
=== 家庭背景 ===
陈水扁父系先祖来自大清福建省漳州府诏安县三都的长田保磁窑村，属于福佬人，曾因开基祖陈乌被他人误以为是陈鸟，而一度被误认为是客家人。
陈水扁生于台南县官田乡西-{庄}-村（今台南市官田区东西-{庄里}-）。父亲陈松根，母亲李慎，陈水扁为长子，下有1弟2妹。陈水扁本来要取名为「陈水遍」，是陈父拜托麻豆保济寺的定妙师父取的，后来登记户籍时，户政人员误记为「扁」字，于是便将错就错下来。陈父当佃农和长工为生，乃当时的三级贫户，由于当时营养不足，一般小孩出生后一段时间才报户口，以避免夭折之后还需要申报「除户」，故陈水扁的身分证登记出生日期为「1951年2月18日」。
大学期间，陈水扁在某次旅北同学会中和曾文初中小他一届的学妹——就读国立中兴大学法商学院地政学系（今国立台北大学不动产与城乡环境学系）的吴淑珍认识，其后相恋。然而吴淑珍出身医师家庭，和陈水扁的出身有很大的差距，1975年2月，陈水扁和吴淑珍结婚。1976年成立华夏海事商务法律事务所，业绩蒸蒸日上，经济情况大有改善，并曾为长荣海运担任法律顾问。1976年8月，女儿陈幸妤出生。1979年1月，儿子陈致中诞生。
*认养家扶中心义子吴岳庭。
*2011年12月31日陈水扁的岳母吴王霞因心脏衰竭过世，当时扁奔丧过程中披孝服，爬行进入灵堂，后亲自念祭文，都引起媒体大肆报导。
*家系图：
=== 中小学时期 ===
1963年，考入曾文中学初中部，初二时（1965年11月）代表台南县参加台湾省全省作文比赛，获得初中组第二名。1966年，国中毕业后，免试直升曾文中学高中部，但一年后即因「省办高中、县办国中」政策，曾文中学高中部停办，于1967年9月转学至省立台南第一高级中学（今国立台南第一高级中学）。
=== 大学时期 ===
1969年自省立台南一中毕业后，同年的大学联考，陈水扁考入国立台湾大学商学系工商管理组，随后到成功岭营区接受8个星期的大专生军训教育，1969年9月到台湾大学就学，新生注册的同时加入中国国民党。
在年底举行的第一届中央民意代表增额选举中，陈水扁在松山区麦帅桥下听到著名党外运动份子，人称信介仙之名的黄信介正计划参选立法委员的政见演讲，深深为之著迷，遂自觉所学与志趣不符，不久休学，弃商从法。
1970年重考大学联考时，考入台湾大学法律系司法组。大学时代陆续申请到水泥公司、农会、中国佛教协会、狮子会台湾分会、国民党等各种奖助学金。
1973年，大三时，陈水扁考中律师高考（该年1459人报考，录取10名），1974年6月毕业，因在大学时已参加两个月的成功岭大专生集训，但后来在体位正式检查前发现陈水扁天生的右手手肘外弯过大，免服兵役。
==从政资历==
=== 从政初期 ===
1979年底的美丽岛事件是陈水扁踏入台湾政坛的源起。为美丽岛事件被告延揽律师的张德铭找上陈水扁，希望陈水扁能挺身出面辩护。由于当时台湾仍处于国民党政府一党专政和威权戒严统治之下，政治气氛十分紧张，所以陈水扁虽有意愿但不敢冒然应允。陈水扁成为美丽岛事件被告辩护律师团的一员，负责为主犯之一的黄信介辩护。美丽岛事件被告的辩护律师团共有15位律师，因本案而声名鹊起，其中多人后来都成为党外运动的要角，甚至是民进党的重要公职，例如张俊雄、江鹏坚、尤清、谢长廷、苏贞昌等等，陈水扁其后也开始积极参与党外运动。
1981年，陈水扁参选台北市议员，初试啼声即以第二选区最高票当选，超越后来的市长竞争对手赵少康。同年12月25日，陈水扁正式就任生平的第一个公职--台北市议会议员。
1984年，陈水扁担任由黄信介等人创办的蓬莱岛杂志社社长，杂志社的宗旨是「争取百分之百的言论自由」。
1985年9月28日，陈水扁辞去台北市议员职务，回故乡台南代表党外人士竞选台南县县长。激烈的竞选期间因腹痛而宣称被当权的国民党下毒，并吊著点滴躺在担架上于政见发表会场发表演说，最终以约1万票的差距败于国民党籍参选人李雅樵。败选翌日，妻子吴淑珍在陪同谢票的行程中遭张荣财所驾驶的拼装车撞伤，导致下半身永久瘫痪，胸部以下丧失知觉。
1986年，因国民党籍的冯沪祥论文抄袭他人著作，当时蓬莱岛杂志用「以翻译代替著作」等七字形容此事，陈水扁等三人被法院判刑一年，「北美洲台湾人教授协会」七名教授花了四个月时间写出一份两百多页的「评鉴报告」证明确有事实根据，但上诉后只改判8个月徒刑。同年立法委员选举，吴淑珍当选中华民国立法委员，陈水扁次年出狱后继续律师工作，并担任吴淑珍的国会助理。
1988年1月，加入民主进步党并当选为中常委。
=== 立法委员时期 ===
1989年中华民国立法委员选举，陈水扁正式当选中华民国增额立法委员，并成为民进党党团干事长。1990年2月1日正式上任。
陈水扁在担任立法委员期间，受民众和各党派国会助理肯定为增额立委问政绩效第一名。
1990年到1991年，在参加立法院国防委员会期间，主持编撰《国防组织法》草案，期间结识李天羽等国军高阶将领，并揭露多起军购弊案，其中包括备受关注的拉法叶军购案。期间更与行政院长郝柏村口角，场面十分经典。
1991年，担任立委期间并以国防委员会委员身份，有意与中国人民解放军举办座谈会。于7月21日到7月26日参访北京，并在北京的中国人民革命军事博物馆及天安门广场留影。
1992年3月，成为立法院中第一位在野党籍的国防委员会召集委员。
1992年中华民国立法委员选举，陈水扁连任立委成功。
1993年7月，获美国《新闻周刊》（Newsweek）评选为「台湾国会风云人物」。
=== 台北市市长时期 ===
1994年，本为官派的台北市市长首次进行市民直选。陈水扁在民进党内初选击败对手谢长廷，获民进党提名为台北市长候选人，并以「快乐·希望·陈水扁」为竞选主轴，并以「春天的花蕊」为竞选主旋律。
陈水扁获得包括台大法学院李鸿禧教授在内的多位学者支持。而国民党推出时任市长黄大洲参选，新党则推举赵少康参选，由于泛蓝分裂，选举结果由陈水扁以615,090票当选市长。他是第一位以在野党身份赢得台北市长的人。
==== 政绩 ====
作为台北市长，陈水扁在四年市长任内的政绩包括：持续改善市容街景、台北捷运完工通车（宣示「一年通一条」）；铁腕实施「首都扫黄、大扫黑」等，落实市内治安（加强电子游乐场所稽查）、公务员制度革新、拆除违章建筑等。
==== 意外 ====
1997年10月25日，陈水扁市长任内拔河断臂事件，时由台北市政府新闻处策划的大型拔河活动发生绳索绷断的意外，数十名参加者受伤，其中2位民众被断开的绳索打断左手臂 (因缠绕悬绑) ，透过媒体转播，震惊台湾社会。
==== 连任失利 ====
1998年台北市长选举，陈水扁寻求连任，并将竞选主轴定为「魄力·认真·陈水扁」，提出改革不中断的诉求：「四年的进步，台北不能再走回头路」；同时也主打「有梦最美，希望相随！」及「厝起一半，好师傅呒通换！」（出自吴念真导演）等知名口号。而国民党为重新赢回市长，推出原本坚称「回到校园不会参选」的马英九，新党则是提名王建煊。由于1994年的选举经验，反对陈水扁的人士为了拉下陈，将选票集中投给马英九，成功制造弃保效应（媒体称「王建煊模式」：选前一日，王建煊强烈呼吁其支持者，市长选票改投马英九，市议员选票则投给新党候选人）。尽管陈水扁四年台北市长任内的施政满意度超过七成，但最终不敌复出政坛的人气王「小马哥」马英九。
一般认为，国民党及新党的成功整合造成陈水扁落败。陈水扁在市长败选谈话中向支持者说：「对进步团队的无情，是伟大城市的象征。」（引用并改写自英国首相邱吉尔）。
== 总统 ==
中华民国总统府官方肖像，为陈水扁于总统任内发表演说
=== 第一次任期 ===
1998年台北市长选举落败之后，同年底入总统府晋见总统李登辉（时为国民党主席），李登辉公开推荐一篇《从摩西到约书亚》的文章给陈水扁，引发舆论对「谁是李登辉的约书亚」的广泛讨论。
1999年陈水扁出访外国进行「学习之旅」，并出版《台湾之子》自传书为其参选2000年总统大选铺路。但当时民进党有所谓「四年条款」的内规，即规定党内同志不得在四年内参选不同公职，此乃民进党为维持有限政治资源的公平分配及避免「骑驴找马」的投机心态所设，陈水扁由于先前已选择参选台北市长，所以理论上已无法参加总统选举的党内初选，不过因为陈水扁具有高度民意，且已无身任公职，所以部份民进党人士有意为陈水扁修改四年条款。陈水扁本人则公开吁请民进党同志勿为其一人量身订做规定，也口头表态支持许信良出马，但最终在大老黄信介等有力人士的大力支持下，民进党通过修改四年条款使陈水扁得以解套参选。同年7月，陈水扁在民进党党内初选胜过许信良，获民主进步党提名为总统候选人，许信良稍后愤而脱党参选。副总统候选人为时任桃园县县长吕秀莲，选战并以「年轻台湾，活力政府」为政见主轴；「全民政府，清流共治」则是改革基调。竞选主题曲是「少年台湾」。
2000年总统大选，国民党又一次分裂，该党提名时任副总统连战参选，而前台湾省长宋楚瑜则脱党参选（属无党籍的「新台湾人服务团队」）。选举过程中，宋楚瑜的选情原本被外界看好，但在国民党揭发兴票案，以及公布具争议性的民调后，声势急转直下；最终选举结果陈水扁以39.3%的得票率当选总统，胜过第二名宋楚瑜的36.8%得票率，至于国民党的连战仅拿下23.1%、少于四分之一的选票，远远落后、屈居第三。选后，由于国民党的崩盘（连战远低于陈宋二人），导致该党支持者不满，进而再分裂出宋楚瑜领导的亲民党，并在选后多次于国民党党部门口宣泄不满，导致台北市容瘫痪，附近校园学生停止上课。
陈水扁于5月20日就任第10任总统，实现中华民国首次政党轮替及政权和平转移，民进党首次执政及国民党首度在野，但在陈水扁执政的8年中，立法院多数仍是以国民党为首的泛蓝阵营。
陈水扁曾经反对党政合一，然而就任后数度兼任民进党主席。该提案由谢长廷提出。谢长廷完成两年党主席任期不久，民进党修改党章，陈水扁正式以总统身份兼任党主席。在2004年5月连任总统后，2004年12月立委选举，陈水扁未能使泛绿取得过半，辞去党主席职务，2007年10月回任，2008年1月再度因立委选举败选辞职。
==== 唐飞内阁 ====
原本希望由在大选中助陈水扁一臂之力的中央研究院院长也是诺贝尔奖得主李远哲担任，但李远哲拒绝。为安定政局，安抚在立法院中占有多数席次的在野国民党籍立法委员、以及安抚军方派系，所以任用有中华民国空军四星上将（一级上将）背景的国民党党员唐飞担任行政院院长。然而唐飞主张续建核四电厂的主张与民进党政府废核四的主张完全不同，最终唐飞于2000年10月6日被迫辞职，也结束中华民国政治史上短暂的「共治」时期。以陈水扁演说中提到过「搬开路上的大石头」暗喻唐飞的去职。
==== 张俊雄内阁（第一次） ====
唐飞辞职后，由副阁揆张俊雄于2000年10月接任行政院长，民进党在国会席次占少数，在联合内阁解组后开启随后长达七年半少数政府执政的局面。
其后，在停止兴建核四问题中，陈水扁总统坚持停建核四。当时的国民党主席连战正与总统陈水扁会谈（媒体称「扁连会」），会中连战试图说服陈水扁续建核四；但扁连会结束一小时后，行政院马上宣布停建，导致国民党籍与亲民党籍立法委员提案罢免总统。2001年1月15日，司法院大法官作出释字第520号解释文，要求行政院若欲变更国家重要政策，停止预算执行，则须向立法院报告，并获立法院决议后始得停止执行。后，陈水扁让步，宣布续建核四。
2001年5月，陈水扁依中华民国宪法获得采玉大勋章。
2001年12月的立委选举，国民党的席次因亲民党的挑战而大幅滑落，虽然民进党成为立法院第一大党，但是以国民党为首的泛蓝阵营仍为多数，连同台湾团结联盟未能取得过半，完成党内所托任务的张俊雄遂于2002年1月末，以新国会组成为由率领内阁总辞，后总统再任命时任总统府秘书长的游锡堃接任。
==== 游锡堃内阁 ====
2002年，游锡堃初任阁揆时，自许全体阁员应向蒋经国内阁看齐，并积极完成已经动工数年的建设（如台湾高铁（1990年行政院核定，自1999年开始兴建）、北宜雪山隧道（自1991年开始动工）、西部各县横向的快速公路），自诩为「战斗内阁」。
同年年底，发生农渔会信用部风波，曾向陈水扁三次请辞，结果被慰留。
2004年，陈水扁成功连任总统，游锡堃获续任行政院长，并期待年底国会选举胜利得以续任。然而由于年底国会选举，民进党高额提名，泛蓝票源大部整合，因此泛绿阵营仍然未能过半，游锡堃辞职以示负责。
=== 第二次任期 ===
====竞选连任====
2004年3月20日举行的中华民国第11任总统、副总统选举，民进党的陈吕配竞选连任，并以「相信台湾，坚持改革」（主题曲：相信台湾）为国家政见主轴；而泛蓝的国民党与亲民党组成国亲联盟则于2003年2月14日确定由连宋搭配。
2004年3月19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲于台南市车队造势游行扫街途中，发生枪击案，陈总统受到肚皮擦伤，而吕副总统则是膝盖受到枪击。三一九枪击案曾请国际知名鉴识专家李昌钰博士自美来台进行鉴识，推论为一人一枪所犯，随后的侦查依此脉络进行。
3月20日，选举开票结果出炉，陈吕配以0.228%之差险胜连宋，蓝营人士认为枪击案影响该阵营选情，使陈水扁连任成功。蓝营群众发动游行展开抗议。期间，以亲民党籍立法委员邱毅为首的多位立委以宣传车冲撞地检署，造成多名员警遭到撞伤；国民党主席连战并在落选的群众讲话上疾呼，提出选举无效及当选无效之诉。最终，司法体系的台湾高等法院于2004年11月4日下午4时2分正式宣判，驳回「陈水扁当选无效之诉」，连战败诉定谳。
对于枪击事件的真相认定，蓝绿双方存有极大歧见，并由此埋下往后中华民国政治界的高度对立。对于此次枪击案的侦查，美国鉴识专家李昌钰博士抵台协助调查证据。其鉴识报告指出，陈总统的伤口确是土制枪枝所造成，并建议相关单位以子弹追枪、以枪追人的调查方向。中华民国刑事警察局专案小组依此方向追查，但最后找不到直接证据指出「陈义雄」涉案。陈在知名蓝营政论节目2100全民开讲于台南出外景时，公开批评陈水扁的执政，因而使专案小组合理推测「对政府不满」是其犯案动机之一。并认为凶嫌畏罪自杀。
==== 谢长廷内阁 ====
起因
游锡堃内阁于2005年1月24日总辞，游锡堃转任总统府秘书长，由高雄市市长谢长廷组阁。
施政目标
提倡「和解共生」，自诩为「安定内阁」。
施行政策
* 行政院副院长的位置给国民党籍江丙坤，但国民党主席连战拒绝批准江丙坤出任。
* 谢长廷任内，行政院大部分阁员都留任。
高捷弊案
* 2005年中，爆发高雄捷运弊案，民进党在三合一选举大败，失去执政十六年的台北县、执政二十四年的宜兰县、党外执政二十多年的嘉义市等地方执政权。民进党主席苏贞昌首先辞职下台，而行政院长谢长廷也在稍后向总统陈水扁请辞，事后高捷案判决无罪。
==== 苏贞昌内阁 ====
起因
2006年1月17日，谢长廷以总预算案覆议未获在野党支持为由向总统请辞，陈水扁批准其辞呈。谢长廷遂于1月23日宣布内阁总辞。1月25日，陈水扁任命前民进党主席苏贞昌为行政院长。
施政目标
期待「走正道、做实事」，自诩「实事内阁」。
已延续并执行之政策
#自1991年开始动工的雪山隧道历时15年后在其任内（2006年6月）通车。
#自1999年开始兴建的台湾高速铁路在其任内（2007年1月）完工。
争议
苏内阁以渡过台北高雄市长选举后，苏贞昌宣布参与民进党总统提名初选，与谢、游、吕三人竞逐总统提名，后来谢长廷胜出。由于竞选民进党总统提名失败，为了方便选举布局，苏贞昌于是2007年5月12日请辞，陈水扁批准其辞呈。
==== 张俊雄内阁（第二次） ====
起因
2007年5月，接替请辞的苏贞昌，重新回锅担任行政院院长，其内阁阁员仅就苏贞昌时期小幅更动。
2008年1月12日举行立法委员改选，张俊雄院长于1月24日依照宪政惯例向总统「提出」内阁总辞（大法官释字第387号），陈总统于1月29日退回总辞案，理由是「维持政局安定」，避免于四个月之内大幅更动内阁两次（五月份新任总统就职将组新阁）。
施政目标
实为「看守内阁」。
已施行之政策
#进行一次修宪，国民大会改制，使立法院成为唯一的国会，席次减半，并改为单一选区两票制。
#进制定公布《公民投票法》，使全国性公投与地方性公投获得法源依据，并纳入公投复决宪法修正案。
#终止1990年国会全面改选前缺乏民意基础而成立的国统会与无法源依据的国统纲领。
#于中华民国护照封面加注「TAIWAN」。
#持续进行军队国家化。
#筹建国立故宫博物院嘉义院区。
=== 政绩 ===
2008年参加1025反黑心顾台湾大游行时挥舞「台湾中国、一边一国」旗帜
==== 宪政与内政方面 ====
陈水扁任内仅进行一次修宪，废除国民大会，使立法院成为唯一的国会，席次减半，并改为单一选区两票制。他制定公布《公民投票法》，使全国性公投与地方性公投获得法源依据，并纳入公投复决宪法修正案。他进一步推动军队国家化。后于2006年2月28日终止国统会与国统纲领，实质上放弃国家统一目标。
==== 人权保障与族群正义 ====
设立「总统府人权咨询委员会」，著重「人权入宪」与「人权修法」。制定通过《法律扶助法》、《两性工作平等法》与《原住民族工作权保障法》等法律。成立原住民电视台与客家电视台、客家文化园区、客家学院等。促进母语教学，教科书增加本土史地篇幅。
==== 新闻自由 ====
陈水扁政府就任后持续松绑媒体。2005年，美国「自由之家」(Freedom House) 公布〈世界各国新闻自由度调查报告〉，台湾名列全球第35名，与日本同居亚洲第一，陈水扁表示「台湾是个由威权走向民主的新兴民主国家，二十年前，他曾为追求言论自由，被关进黑牢，服刑八个月。接任总统后，矢志捍卫百分之百新闻、言论自由，戒慎恐惧、谨慎小心，唯恐有任何差池。」2008年，台湾在同报告中名列全球第32名，居亚洲第一，报告认为「台湾坚守司法独立及经济自由，媒体市场高度竞争，因而拥有东亚最自由的媒体环境；台湾宪法明确保障言论及新闻自由，政府尊重且保障民众知的权利。」
==== 外交及两岸政策 ====
2005年陈水扁（左）出席邦交国梵蒂冈国家元首及教宗若望·保禄二世辞世葬礼，陈水扁旁边为时任巴西总统卢拉
2007年，陈水扁总统亲往第一前线战地乌坵，与乌坵指挥部官兵合影留念。
陈水扁总统于2000年5月20日总统就职演说中提出「四不一没有」的承诺，暂时在一定程度上缓和中国大陆对他的疑虑，当时中华人民共和国国务院总理朱镕基回应“四不一没有”，大陆将对陈水扁“听其言、观其行”。
2002年1月1日，陈水扁同意以没有主权意涵的台澎金马个别关税领域之名称加入世界贸易组织（WTO）。WTO的成员，除了香港、澳门就是「台澎金马关税区」，不是以「国家法人主权身份」或「台湾」加入WTO的。
2002年陈水扁提出「一边一国」论，强调台湾人民民主选举所产生的政治实体为一主权独立的国家，中国大陆对陈水扁提出的宣示强烈抗议，经过一系列统独议题的操作，终止“国统纲领”。
2003年以「方便与中华人民共和国护照区分」为由，于中华民国护照封面加注「TAIWAN」。2003年9月28日，他提出2006年“催生台湾新宪法”，使台湾制宪运动完成社会运动向行政当局政策的转化。
2007年3月4日，陈水扁在出席台湾人公共事务会晚宴时，发表「四要一没有」，即「台湾要独立、台湾要正名、台湾要新宪、台湾要发展；没有所谓的左右路线问题、-{只}-有独统问题」。
当无法承受国际压力时，也明白表示，「要改国号，要把目前国号中华民国改为台湾共和国，必须经过四分之三国会议员同意，以目前来讲，支持民进党政府的席次不到国会半数，遑论要达到四分之三，这是不可能的事情。纵使有这些想法，但是客观的环境是做不到的。我不能够骗自己，也不能够骗别人，我做不到就是做不到」。
陈水扁在外交政策方面，积极与中国大陆打邦交国争夺战，中华民国的邦交国的数量从陈水扁上台时的31个，减少为卸任时的25个。陈水扁执政末期，以金援外交维持邦交国，这种以国安为名机密预算的运用产生诸多弊端，在中美洲因引发多名友邦总统收受台湾非法献金的调查案。也爆发有关金援友邦的“巴纽案”，导致外交部长黄志芳下台，及副阁揆邱义仁接受司法调查，并遭到检方收押。任内中华民国和马其顿、瑙鲁、利比里亚、多米尼克、格林纳达、塞内加尔、乍得、哥斯达黎加、马拉维九国终止外交关系，不过，任内亦恢复和基里巴斯、瑙鲁、圣卢西亚三国的外交关系。
陈水扁常以“过境外交”的方式，以过境美国地点的不同，美国接待规格的高低，来作为台美关系的展示，但由于陈水扁在任时期，两岸关系的紧张及美国小布希政府不支持台独的立场，加上中国大陆方面的压力，造成台美关系的恶化，陈水扁的过境地点从2001年5月过境“最高级别”的地点纽约以及高规格接待，到2006年，因美国只允许过境“级别很低的”地点阿拉斯加，且没有接待，导致陈水扁临时决定放弃过境美国，专机绕过西半球，半途还发生飞机找不到降落地点，无法加油的混乱，最终到达南美洲，被称为「迷航外交」。陈水扁最后一次出访中南美洲，则根本没有过境美国的规划。
陈水扁推动“以台湾名义加入联合国”的公投案。国民党为了杯葛这个公投案，又发动“以中华民国名义重返联合国”的公投案，此外国民党也对关于“加入联合国”的公投案本身提出质疑，认为这是陈水扁“公投绑大选”的技俩，进而呼吁选民“不要领取公投票”（而非国民党自己之提案），最终结果，民进党的“入联公投”，国民党的“返联公投”都没有跨越50%的生效门槛，双双不获通过。
==== 投资建设 ====
两项在陈水扁担任总统前便已经规划并动工的建设分别为1999年动工的台湾高速铁路和动工于1991年的雪山隧道在其任内开通，此两者被其支持者认为是陈水扁的重要政绩，但亦有不少人认为此两项建设在陈水扁未上任前就已规划并且动工数年，而认为陈水扁只是割稻尾，因此不认同这两项建设为陈水扁政绩，故此两项建设存在政绩归属争议。另筹建国立故宫博物院嘉义院区以平衡南北资源，以及发展台湾各地的特色文化，如屏东县东港的鲔鱼祭、垦丁的风铃祭、台南白河的莲花节等。
==== 经贸政策 ====
在经济议题上，虽然一些台湾民间企业界提出希望台湾与中国大陆「三通」，促进两岸经贸交流，但他也顾虑到由于中华民国的国防安全，必须降低对中国大陆的经济依赖度，因此认为政府不该短期内积极推动。为取代「西进政策」，陈水扁亦提出「南向」政策，并鼓励台商到东南亚投资。在2006年的元旦演讲中，陈水扁提出用「积极管理，有效开放」的中国大陆经贸政策来取代以前的「积极开放，有效管理」，国亲抨击这是「锁国政策」让台湾的经济快速衰退。
同年春节所发表之演讲，表示要考虑废除已束之高阁六年的国统纲领和国统会，并在推动以中华民国名义加入联合国多年仍然失败后，改以台湾的名义加入。但在国际上，废除国统纲领和国统会违背了他「四不一没有」承诺中的「一没有」条项，遭到泛蓝人士的猛烈抨击。
美国国务院则于1月30日在简报中，主动针对陈水扁的新春谈话发表声明，重申美国对台政策「一个中国，台湾关系法和三项公报」，反对任何片面改变现状的举动，并表示「废除国统纲领和国统会」如同北京的反分裂国家法也是单方面地改变现状。2006年2月27日，在对用语进行修订后，陈水扁总统宣布国统会终止运作，国统纲领停止适用，中华人民共和国官方为此大力抨击，但美国方面希望北京当局「别轻举妄动」，同时美国方面也要求中华民国政府说清楚其国统会是否真的终止并取消其运作，之后更再三提出不希望两岸任何一方改变其现状而损及美国的利益。。
==== 满意度与民调 ====
* 陈水扁执政后期，民意调查支持度普遍低迷。在2005年陈水扁民调跌至低点，只剩34%。
* 台湾团结联盟于2006年直接挑定100个社团对陈水扁政府进行评比（非正规统计学之随机抽样普遍性民调），在回收的69份评比中，扁政府施政满意度仅剩5.8%，整体评分为不及格的57.5分。
* 对于陈水扁与马英九两任总统之施政表现比较，台湾太平洋发展协会理事长游盈隆教授于2014年10月所做民调显示47.2%认为陈水扁较好，20.7%认为马英九比较好，22.4%觉得两者都差不多。
== 退党及再入党 ==
2008年1月12日，2008年立法委员选举前，民进党喊出稳定泛绿基本盘，放眼国会五十席的口号，但选举结果民进党遭受创党以来最大的惨败，在不分区与区域立委所获得的总席次仅27席，身兼民进党主席的陈水扁宣布辞去民进党主席职务，为败选下台。
陈水扁在2008年卸任后，受多项司法起诉，8月15日，因涉及将选举款项汇至国外及洗钱等罪，自行声明退出民进党。
2013年5月，民进党召开全国党代表大会，陈唐山在会中提案，认为陈水扁遭受司法迫害，希望民进党主动恢复陈水扁党籍，得到200位全国党代表连署支持。因陈水扁为主动退出民进党，五年不得重新申请入党的期限已到，5月29日民主进步党立法院党团总召柯建铭，代替党主席苏贞昌，为人在狱中的陈水扁，提出再入党申请，交由民进党入党复审小组审查。8月14日，由组长管碧玲宣布，依多数决原则，同意陈水扁再度加入民进党。
== 争议 ==
*包括强力扫荡台北市特种行业（如公娼、电玩游艺场等，但因部分为取缔断水电之特种行业业者为合法经营，遭业者提告于马英九任市长时期诉请国赔成案）、军公教体系通盘改革、国民党政治人物之违章建筑处理、国学大师钱穆的旧宿舍问题等。
*扁入看守所后，法务部让陈水扁在狱中以事前通过所方审查方式，在《台湾时报》与《壹周刊》固定投稿，台湾时报专栏壹周刊专栏。
*2014年4月23日，正在台中培德狱属医院服刑中的陈水扁亲自致函位于台北市大理街的中国时报，亲笔证实在狱中尿失禁等实况，与亟欲离开的念头。
*2001年末，坚持以台湾名义与新加坡签立FTA，因中华人民共和国因素而失败收场。
*以台湾名义委托索罗门群岛向联合国秘书处申请加入联合国，申请被驳回。
*任内多次宣示，『不惜动摇国本，也要将拉法叶案查办到底』，当时承办拉法叶案的检察总长卢仁发，于陈水扁卸任后被追究政治责任。最终无疾而终。
*陈水扁非常重视汉光演习，鼓励国军多尝试各种飞弹实弹射击。但因国军的实弹射击命中率不高，参谋总长霍守业宣布汉光演习不再实施实弹射击。
=== 争议案件发展 ===
2006年8月12日起，由已退出民主进步党的前主席施明德于台湾发起百万人民反贪倒扁运动诉求 ：要求总统陈水扁应为国务机要费案、其亲信及家人相关的诸多弊案负责，并主动下台。
2006年11月9日晚，李远哲发表公开信建议陈水扁“慎重考虑去留问题”。
随著越来越多证据的揭露及2008年8月14日国民党籍立法委员洪秀柱举行记者会，出示驻瑞士代表刘宽平转寄的瑞士检方存证信函，揭发陈水扁家庭密帐案。，陈水扁迫于压力，在2008年8月14日召开记者招待会承认:「我做了法律不允许的事。」
2008年陈水扁在卸任前多次表示，卸任后将成为终身的台湾志工；并且在卸任当天依约排定许多的志工行程。不过他在卸任总统职务一小时后（当天上午10点），就因国务机要费案遭到检调机关侦办。此后陈水扁官司缠身，先后因「柔性政变」诽谤案、雷学明案而出庭应询。
参见：  特别侦查组*重大侦结起诉案件
2008年8月13日，《壹周刊》刊载陈水扁借由媳妇黄睿靓将巨款汇到美国，但陈水扁随即透过律师出面否认，并声称陈家财产早已经信托，不可能汇出国外。
2008年8月14日，国民党立法委员洪秀柱举行记者会，揭露黄睿靓在瑞士以其个人与公司名义所成立的4个帐户因有洗钱嫌疑而遭瑞士联邦检察署冻结，并主动致函台湾请求司法协助。同日下午陈水扁召开记者会道歉并辩称他于2008年年初才首次得知其历来的选举剩余款并未诚实申报，而且其妻吴淑珍暗中将他自1996年起共4次的选举结余款汇往海外帐户。
2008年11月11日，特侦组以国务机要费贪污被告身份传讯陈水扁，在五小时侦讯后，向台北地院声请羁押陈水扁。
2008年11月12日清晨7点，特侦组收押陈水扁，陈水扁从声押到收押的事件，在检方的调查下，陆续追出有贪渎嫌疑的数案，其资金来源与官商授受关系也一一曝光，但陈水扁一家坚称所有资金皆是政治献金，并非贪污，迄今仍在法院审理中。收押至今曾三度绝食抗议。阿扁被羁押期间，其委任律师必须在检察官监视下会面，蔡守训法官亦无给其委任律师阅卷时间，其委任郑文龙律师亦曾对此提出抗议。
2009年9月11日，国务机要费案一审宣判，陈水扁被蔡守训法官判无期徒刑，并科新台币二亿元罚金，同时褫夺公权终身。其中国务机要费的部分被分作四案宣判，无期徒刑即为其一之判决结果。
2010年7月15日，美国政府以特侦组检察官所送国务机要费判决书向美国法院提起诉讼，寻求没收陈水扁夫妇涉嫌以贿款购买的2栋房产。2013年4月26日自由时报载，前总统陈水扁儿子陈致中在纽约曼哈顿的公寓，去年十月因不法洗钱被美国政府没收，美国政府依洗钱法拍卖，最后由来自长岛的华裔曾曼玲夫妇以一百五十万美元（约四千四百六十万台币）拍下成交。
2011年8月26日，台湾高等法院更一审改判处陈水扁有期徒刑2年8月，并科300万元罚金，国务费贪污部份改判无罪。
2014年8月6日，对于《壹周刊》所称的透过空军一号运送到帛琉洗钱新台币约14亿元再汇至美国，侦办5年多后，特侦组宣布查无不法实据，全案签结。
=== 司法疑虑 ===
*「大案并小案」，裁决不必羁押的周占春审判长中途遭撤换，改由打扁英雄蔡守训接手审理。并案五天后，即由蔡守训裁决羁押。(法院案件审理实务上，后案并入前案，为常规。主要是避免同一案件，前后判决不一。本件案子，因为蔡守训法官已经在审理，为避免同一案件出现不同判决，所以后立案的卷宗并入前案一并审理。)
*审判前持续羁押逾九个月，全程录音监听律师与被告之晤谈，遭质疑为「押人取供」。
*2009年3月11日，特侦组越方如策动辜仲谅回台内情不单纯，双方有交换条件。
*2013年3月26日，辜仲谅咬扁家的证词都是特侦组检察官越方如以「条件交换」教唆的不实陈述，不具证据能力。
*司法程序上的行政干预﹐导致马英九的博士论文指导教授、法学专家孔杰荣数度撰文质疑审判的公正性。不过孔杰荣也表示，扁及家人犯法，应该受到法律制裁，但司法程序必须公平，方能令人服气。他说，扁如果提出「绝不逃亡」等保证，法官应同意解除羁押，让扁好好为自己辩护。孔杰荣说，关在看守所中准备应诉，「就像一只手臂被绑在背后去与人格斗，是很困难的。」
*除了台湾媒体关注的孔杰荣，多位海外熟悉台湾事务的重量级专家学者皆表达对台湾司法体系相当的忧虑，但未如孔杰荣一般直接对审判内容做评价。
*「扁案」法官蔡守训在辩论庭结束的八月，早早就宣布要在「九一一」宣判，用心叵测，目的就是影射扁为「恐怖分子」；事实可能相反，一月廿四日的《经济学人》专文谈「扁案」，标题是〈审判与错误〉，毫不掩饰的说，司法审扁，但司法「与阿扁一样站在被告席受审」，蔡守训们的判决已经成为「审判」的对象。
=== 审判结果 ===
time=2016-04-13
* 2009年台北地方法院于3月3日、5月11日、7月13日三度裁定延押。
* 2009年9月24日，于台湾高等法院第四度裁定延押。
* 2009年10月8日，陈水扁委任律师团提出抗告成功，再度召开羁押庭。
* 2009年10月9日，于台湾高等法院凌晨00:15分再度裁定第五度延押。
* 2009年12月17日，高院裁定陈水扁第六度延押。
* 2010年2月8日，二次金改起诉后，高院第七度裁定陈水扁延押。
* 2010年4月16日，二审辩论终结后，高院第八度裁定陈水扁延押。
* 2010年6月18日，高院第九度裁定陈水扁延押。
* 2010年7月19日，高院将全案移审至最高法院，高院并召开移审羁押庭，裁定将陈水扁再延押3个月。
国务机要费案 (更二审台湾高等法院审理中)：
* 2008年11月12日，卸任总统职务后，被台北地方法院以涉嫌国务机要费案、洗钱等重罪为由收押禁见，成为中华民国史上首位遭收押的卸任总统。陈水扁在羁押于土城看守所的镜头中，曾高喊政治迫害。
* 2009年9月11日，台北地方法院一审判处无期徒刑，并科新台币2亿元罚金，同时褫夺公权终身。
* 2010年6月11日，台湾高等法院二审改判处有期徒刑20年，褫夺公权10年，并科1.7亿元罚金。。
* 2010年11月11日，国务费及南港展览馆案则均撤销发回更审。
* 2011年8月26日，国务费贪污部份改判无罪。
* 2012年7月26日，最高法院判处陈水扁国务费贪污部份及国务费洗钱部份均撤销发回更审，最高院撤销扁珍无罪。
(三审：最高法院101年度台上字第3895号判决发回更审。)
* 2022年7月15日，台湾高等法院更二审以适用《会计法》修法除罪规定为由，判定陈水扁、吴淑珍与马永成等幕僚免诉。
机密外交款案 (无罪定谳)：
* 检方控告陈水扁，指控阿扁在2000年8月至2006年9月间，前后11次趁外交出访，贪污33万美元，并汇给当时在留学的陈致中使用。法院一、二审均以检方证据不足为由，判决陈水扁无罪。检方上诉最高法院，最高法院于2011年4月28日驳回上诉。
海外洗钱案(全案签结)：
* 《壹周刊》在98年间报导，指前总统陈水扁在95年9月出访帛琉期间，疑以空军一号专机载美金4000万元，折合新台币约14亿元，存入帛琉银行帐户后，再分批汇至美国，涉及洗钱，特侦组侦办5年多后，查无不法实据，2014年8月6日将全案签结。
海外洗钱案(美国判决结果)：
* 美国司法院于2016年7月7日发布新闻稿指出：「第一家庭使用香港与瑞士的银行帐户、空壳公司及一间圣克里斯多福及尼维斯的信托，将贿赂所得转买位于维吉尼亚州凯斯威克（Keswick）以及纽约的房产」。此外，2012年10月，维吉尼亚州地方法院及纽约地方法院在房产的登记所有人未反对情况下，裁定没收这两处房产；美国将拍卖房产获得约150万美元收益交还台湾。
洗钱案(三审确定徒刑并科罚金)
* 三审确定：龙潭购地案洗钱部分：陈水扁、吴淑珍各处徒刑2年，并科罚金新台币300万元；郭铨庆徒刑4月，减为2月；蔡铭哲徒刑1年，减为6月。(最高法院101年度台上字第3895号判决。 (101年7月26日))
收受辜仲谅贿赂案洗钱部分：陈水扁、吴淑珍、陈镇慧、蔡铭哲、郭铨庆均无罪。
撤销发回：龙潭购地案洗钱(陈致中、黄睿靓部分)、国务机要费案洗钱部分、南港展览馆案洗钱部分。＜更二审台湾高等法院审理中＞
龙潭购地弊案(三审确定徒刑并科罚金)
* 三审确定：陈水扁、吴淑珍各处徒刑11年，并科罚金新台币1亿5千万元；李界木徒刑3年6月；蔡铭哲徒刑1年4月，减为8月，缓刑3年。(最高法院99年度台上字第7078号判决。（99年11月11日）)
南港展览馆案(三审定谳有期徒刑并科罚金)
* 三审定谳：吴淑珍处有期徒刑9年，并科罚金新台币2,000万元。(最高法院101年度台上字第3895号判决 。(101年7月26日))
陈敏薰买官案(三审定谳有期徒刑)
* 三审定谳：陈水扁徒刑8年、吴淑珍徒刑8年、1年2月。（减为7月）(最高法院99年度台上字第7078号判决。（99年11月11日）)
辜仲谅政治献金案(三审定谳无罪)
* 三审定谳：陈水扁、吴淑珍均无罪。
外交零用金案(三审定谳无罪)
* 三审：最高法院100年度台上字第2020号判决无罪定谳。(100年4月28日)
二次金改案(三审定谳有期徒刑并科罚金)
* 三审定谳部分：元大并复华案：陈水扁处有期徒刑10年，并科罚金新台币1亿元。吴淑珍处有期徒8年，并科罚金新台币8千万元。(最高法院101年度台上字第6482号判决。(101年12月20日))
发回更审部分：国泰并世华案及洗钱案撤销发回。
陈致中夫妇认罪声明：
* 已将瑞士银行陈致中名下的1700万美金约（5.7亿元台币），汇回特侦组指定帐户。
* 已将瑞士两银行陈致中名下的2100万美金（约7亿元台币），汇回特侦组指定帐户。
* 愿意交代国泰世华银行保管室的10多亿元资金的来源。
* 其中5.4亿元已汇往瑞士，1.7亿元被查扣，其余款项流向不明。陈致中虽愿交代流向，但未允诺会汇回。
* 愿汇回母亲藏放台湾、日本友人处的款项、珠宝约6亿元台币。
* 陈致中补充说，这笔钱若被认定不是犯罪所得，愿全数捐出。
* 在日本及其他国家没有任何其他帐户，愿签署任何文件供调查。
* 请求暂停审判，与检方协商认罪。
美国政府当局认定，陈致中位于纽约市曼哈顿的公寓与另一栋位于维吉尼亚州的住宅购屋款项都是陈水扁妻子吴淑珍的贪污所得，因此查封并拍卖，美国助理司法部长布洛尔(Lanny Breuer)发表声明指出，将尽一切手段，铲除外国官员的贪腐。美国移民暨海关执法局局长莫顿(John Morton)也表示，调查单位将「持续搜查，并查封想利用我国隐藏非法收益和犯罪所得的外籍贪腐官员在美国的资产。」
===侵占机密公文案===
2008年9月25日，特侦组搜索陈水扁办公室时，查扣44箱、1300余件资料，其中有大批总统府内敏感文件、公文；而总统府也在99年间向特侦组告发，陈水扁卸任时带走总统府的文件。
特侦组分案后，再度搜索陈水扁办公室和陈水扁当时被押的台北看守所舍房，查扣58箱文件，查出机密文件和非机密文件共688件，部分机密文件包含数量不等的公文、函文，即实际公文数字高达上万件。
特侦组经长期间比对相关公文函件，多次提讯、就讯陈水扁，并根据前扁办主任林德训和扁办专员供词，认为陈水扁有可能利用总统职务隐匿公文，违反侵占公物、隐匿公务员职务上掌管文书及违反国家机密保护法等罪，于是于2012年5月21日，特侦组认定陈水扁在卸任时，由总统府拿走机密公文，依违反国家机密保护法和刑法侵占公物罪将陈水扁起诉，检察官请求量处适当之刑。特侦组发言人陈宏达表示，由于全案属国家机密，法院将以不公开方式审理，起诉书全文也将改以新闻稿代替。陈水扁声称，带走资料的目的是为了编写回忆录之用，并无不法。陈水扁办公室则声明，公文都是于前总统任内合法取得、持有的，法律无明文规定国家元首于卸任后，必须缴回此类公文、文书。且卸任总统办公室隶属总统府，为公务机关，可合法持有相关卸任总统于任内合法持有之公文书。
2014年8月28日，特侦组「查无具体犯罪事证，将全案签结」。
龙潭购地案：
* 2010年11月11日，time=2016-04-12陈水扁及吴淑珍各判11年徒刑，并科1.5亿元罚金。(99年台上字第7078号，审判长：谢俊雄)，另根据卸任总统副总统礼遇条例规定，礼遇全数撤除。
* 高等法院认为，科管局无法证明4亿元被算进购地成本，且无法证明受到损失、诈骗、胁迫，所以判决科管局败诉。
消息传出后，陈致中今晚于脸书发文，指出竹科告的龙潭案民事官司，二审维持一审见解，阿扁胜诉。
龙潭案洗钱部份：
* time=2016-04-12「三审判决定谳」：101.07.26.陈水扁有期徒刑2年、罚金3百万元；吴淑珍有期徒刑2年、罚金3百万元。(101年台上字第3895号、审判长：赖忠星)
二次金改案：
元大并复华案部分
* 2010年11月5日，台北地方法院判处前总统陈水扁等21名被告无罪。合议庭法官在判决叙明，总统职务已非刑法解释问题，而是牵涉宪法规定。合议庭依照宪法、大法官相关解释，认为金融合并案，并非宪法列举的总统权限。
* 2011年10月13日，一审时承审法官认为前总统陈水扁所涉及的二次金改弊案，其总统职权与金改无关因此判决无罪。高院做出二审宣判，认为其担任总统期间仍具有总统职权，因此改判决前总统陈水扁18年有期徒刑，并科1.8亿元罚金、妻子吴淑珍判11年，并科1.02亿元罚金。。
* 2012年12月20日，「最高法院判处陈水扁元大并复华案判刑10年，并科罚金新台币1亿元，禠夺公权8年」，妻子吴淑珍判刑8年，并科罚金8000万元，褫夺公权7年。最高法院认为前总统陈水扁其担任总统期间仍具有总统职权，因此判决有罪确定。另外，最高法院把二次金改案中的国泰并世华案，及扁、珍与扁家二代陈致中、黄睿靓被控洗钱罪部分撤销，发回台湾高等法院更审。最高法院指出，国泰并世华案，前审判决仅推测而未说明陈水扁和国泰金控董事长蔡宏图如何达成期约贿赂。至于扁家二代被控洗钱，原判决就洗钱金额前后认定理由互相矛盾，因此将这两部分撤销发回。「国泰并世华案」在此便分出。
红火案部分(此案无起诉陈水扁、吴淑珍)
* citation needed|2011年4月，台湾高等法院开庭，审理辜仲谅涉及的红火案，辜声请传唤律师傅祖声、陈明以及中信金法务长金延华出庭作证。陈明、金延华均作证，红火公司获利的3亿元未流进扁家。|time=2016-04-12
陈敏薰人事案：
* 2010年11月11日，陈敏薰人事案三审定谳，citation needed|法院认定陈水扁夫妇收受前101董事长陈敏薰一千万贿款，协助她争取大华证券董座，最后因林全、辜仲莹等人拒绝配合，以台北101董座交差。|time=2016-04-12陈水扁、吴淑珍因此案各被判刑8年，并科罚金500万元，同案涉及洗钱的部分，珍判1年2个月，减刑为7个月。
南港案：
* time=2016-04-12三审判决定谳：101.07.26.吴淑珍有期徒刑9年、罚金2千万元。(101年台上字第3895号、审判长：赖忠星)
教唆伪证罪案：
* time=2016-04-12三审判决定谳：100.08.17.吴淑珍有期徒刑9个月。(100年台上字第4520号、审判长：洪文章)
以上三审定谳案件合并执行刑期:
* 陈水扁有期徒刑20年、并科罚金2亿5千万元
* 吴淑珍有期徒刑20年、并科罚金2亿元。
* 所有贪污金额6亿181万元没收
* 执行罚金刑及追缴不法所得，总计10亿172万多元
===陈水扁、吴淑珍目前暂停审判的案子===
一、国务机要费案：
* 检方认为陈水扁任内国务机要费以假发票、假犒赏清册、公费私用贪污1亿742万元之款项。目前为更二审审理中(101年瞩上重更(二)字第2号、审判长：蔡新毅)
* 一审：98.09.11.判决(97年金瞩重诉字第1号、审判长：蔡守训)扁无期徒刑、珍无期徒刑。
* 二审：99.06.11.判决(98年瞩上重诉字第60号、审判长：邓振球)扁20年、珍20年。
* 最高法院：99.11.11.发回更审。(99年台上字第7078号、审判长：谢俊雄)
* 更一审：100.08.26.判决(99年瞩上重更(一)字第3号、审判长：沈宜生)扁无罪；珍无罪。
* 最高法院：101.07.26.发回更审。(101年台上字第3895号、审判长：赖忠星)
二、国泰并世华案：
* 目前更一审审理中(102年瞩上重更(一)字第1号、受命法官：曾德水)
* 一审：99.11.05.判决(98年瞩金重诉字第1号、审判长：周占春)扁无罪、珍无罪。
* 二审：100.10.13.判决(99年瞩上重诉字第77号、审判长：张传栗)扁10年罚金1.5亿元。
* 最高法院：101.12.20.发回更审。(101年台上字第6482号、审判长：陈世雄)
三、教唆伪证罪案:
* 检方认为陈水扁教唆马永成、林德训于国务机要费侦查时做不实伪证。目前发回更一审审理中。
* 一审：100.07.29.判决(99年诉字第257号、审判长：李英豪)扁2个月。
* 二审：101.08.17.判决(100年瞩上诉字第2号、审判长：叶腾瑞)扁无罪。
* 最高法院：101.12.13.发回更审。(101年台上字第6359号、审判长：谢俊雄)
四、洗钱案：
* 国务机要费、国泰并世华等案之洗钱罪。与国务机要费案及国泰并世华案同步发回更审。
== 狱中生活与保外就医 ==
自2008年11月12日首度被羁押开始，以及到后来第一个有罪判决，陈水扁都一直被关在土城看守所，直到2013年4月19日移到台中监狱附设培德医院。
=== ｢美国军政府代理人｣之诉 ===
2009年10月11日美国军事上诉法院提供给媒体的一分诉状，显示陈水扁曾「请求」美国承认他是「美国军政府代理人」，并饬令「现任台湾民政首长」撤销他的无期徒刑。美国军事上诉法院，用「缺乏管辖权」为由，拒绝审理陈水扁案。
=== 健康问题 ===
2012年9月11日在陈水扁五度戒护就医于桃园署立医院医治后送回监狱，却在隔天紧急送往署立桃园医院就医。陈水扁与其家属希望转到马偕医院，由此发生法务部与马偕医院对于陈水扁医疗问题意见相左的风波。最后，陈水扁于台北荣总医治，终于得到详尽的检查和治疗。
陈水扁家属与支持群众坚称其有阻塞性脑中风、口齿不清等问题，2012年9月12日再次送往署立桃园医院检查，结果无异常情况，也看不出口吃问题。
==== 膀胱问题疑遭灌水与就医 ====
立法委员赖士葆在TVBS政论节目「新闻夜总会」称「前总统陈水扁无法排尿时，法务部长曾勇夫下令为陈水扁灌水，再监视陈水扁排尿，等发现陈水扁的确无法排尿，再将陈水扁送医」。法务部后否认有此说法，并对委员发言表示遗憾。
2012年9月15日，卫生署桃园医院检查后，专科医师诊断其因摄护腺肥大导致膀胱尿道出口狭窄，且膀胱神经控制较差。经治疗后陈水扁已拔除导尿管并能自行排尿，解尿困难症状已改善。
==== 马偕医院驳斥法务部 ====
陈水扁与其家人有人希望转送其他医院检查，不信任无法正确判断定病情的署立桃园医院，希望转送其他医院。其中，马偕医院是陈水扁希望转送的医院之一，但是法务部宣称马偕医院有高阶医疗人员向北监表示，基于场所较为拥挤及其他病人权益，希望不以该院为考量」，且该院的功能性核磁共振检查「仅供研究使用，临床经验尚有不足」，所以法务部表示陈水扁无法转送马偕医院。最后法务部于9月21日将陈水扁由署立桃园医院转送台北荣总诊治。
2012年9月21日马偕医院发新闻稿驳斥。马偕表示并无接获北监咨询有关陈水扁就医的相关问题，并且不会、且不能拒绝任何病人的转诊。
=== 台北荣总检查医治 ===
2012年10月3日，台北荣总院长林芳郁在立法院表示，陈水扁患有「睡眠呼吸中止症」与「被迫害妄想症」。
2012年10月4日，台北荣总发布新闻稿表示，陈水扁有「重度忧郁症合并焦虑及多重身体化症状」，且已呈现慢性化。建议宜尽速转介至精神专科，或设置有精神科之医院。北荣发现陈水扁患有摄护腺肥大、摄护腺发炎及泌尿道感染，导致的解尿困难及尿滞留，经治疗后，泌尿道感染已获控制，但仍有暂时的急迫性尿失禁现象。陈水扁另有「重度阻塞性睡眠呼吸中止症」，每1小时停止呼吸50多次，每次超过10秒。
2012年10月5日，台北荣总表示，经脑部磁振造影检查，发现数个非特异性皮质下白质高讯号点，经各院专家会诊，认为不像中风之病灶，与此相关之可能诊断依次为高血压并微小血管病变、重度忧郁症、睡眠呼吸中止症、老化，以及老人痴-{呆}-等。陈水扁有结巴性语言障碍合并命名障碍，疑似精神性疾患或是退化性脑病变所导致。建议持续目前用药与配合精神科治疗并长期追踪评估。
2012年10月，开刀治疗呼吸中止症。经过鼻中膈手术后，呼吸中止的次数已从每小时50次降为20多次。2013年12月，呼吸中止次数退化到30多次。
2013年2月23日，台北荣总医师周元华说：经磁振造影检查发现，陈水扁的脑部萎缩不可逆转。写字、画图时会手抖。
====荣总建议返家治疗忧郁症====
2013年2月23日，台北荣总医师周元华表示，荣总于2012年底已提出报告给北监，认为陈水扁回到北监有困难，建议陈水扁回家，家庭支持对重度忧郁症的治疗是重要的元素。
2013年2月24日，法务部次长陈明堂表示，北荣从未正式向任何单位建议或呼吁让阿扁回家。
=== 移到台中监狱附设培德医院 ===
2013年4月19日，法务部将陈水扁移送到台中监狱附设培德医院继续监禁并治疗。
==== 法务部公开陈水扁散步影带 ====
2013年4月22日，法务部长曾勇夫表示，陈水扁先生健康不如外界所传严重，应立委之请播放陈水扁先生在台北荣总就医时的散步运动影片，单纯为证明其个人健康不如外传。
然而就在前一天 (21日)，阳明大学医学研究所长郭正典医师前往培德探视陈水扁，经初步检查，发现陈水扁的病情比在台北荣总时更糟糕，口吃愈来愈严重，手部抖动及双脚无力情形亦更为糟糕，建议成立医疗团队改善其病情。
==== 两位美国众议员探视 ====
2008年1025反黑心顾台湾大游行上支持陈水扁的旗帜
2013年5月2日，美国联邦众议院外交委员会亚太小组主席暨共和党籍议员夏波 (Steve Chabot)、美国联邦众议院外交委员会亚太小组民主党首席议员法雷欧马维加 (Eni Faleomavaega)两人到培德医院探视陈水扁。隔日他们与当时的民进党主席苏贞昌会晤时表示：亲眼见到陈前总统的健康状况大不如前，会谈过程中常有手颤抖和口吃的情形，对此表达关心。.. 陈前总统的事件，或许不同党派意见分歧，但陈前总统在台湾民主自由上有一定的贡献。另也提到访台前曾拜会多位关心陈前总统的美国参、众议员，他们均支持探视陈前总统且希望陈前总统在服刑期间获得人道的照顾。
曾任陈水扁辩护律师的郑文龙多次在演讲时提到，他推测正是因为这两位美国议员要探视陈水扁，法务部自觉土城的环境太不人道不能被美国人知道，才赶在4月他们来台之前换监。
==== 两次自杀事件 ====
2013年4月19日，法务部将陈水扁转送到台中培德病监。北荣郭正典医师声称，移监前一晚，陈水扁听闻将移监消息，企图上吊自杀，被看护发现，救回一命。高雄长庚医院荣誉副院长陈顺胜说他于22日当天下午探视阿扁时，确实发现扁右侧脖子有一道呈红色的痕迹，矫正署否认陈水扁曾有自杀举动。
2013年6月2日，陈水扁于台中监狱，因不满立法院通过会计法修正案，使颜清标除罪，据转述「喝花酒可以除罪，为何用国务机要费拚外交不能除罪？」在狱中浴室企图自杀获救。2日晚间九时许，陈水扁到舍房浴室洗澡，避开浴室监视器，以三条毛巾绑在一起，一头悬挂在高度约六十四公分的水龙头。他则坐在地上、斜躺双手交叉扯毛巾勒颈企图寻短，但因他发出干呕的声响，引起看护注意，立刻入内将他救下。「总统，你为什么想不开？」看护问他，扁虚弱无力的回答，「喝花酒都可以除罪，为什么当总统以国务机要费拚外交不能除罪？」才会想以毛巾自杀，表达心中的强烈不满。看护立刻通报中监培德医院医护人员量测血压、体温、心跳等生命征象，经检视扁除血压升高，身体无重大异状。为安抚他的情绪，中监立即联系台中荣总精神科医师林本堂在晚间十一时多前往看诊，直到昨天凌晨零时多，扁情绪渐趋缓和后才离去。昨天则安排心理师、教诲师加强协谈与辅导。
2013年6月3日，法务部矫正署发出新闻稿证实，但强调经检视陈水扁身体无重大异状。
====在台中培德情况恶化====
疑似患有精神疾病的陈水扁，原本在北荣，每天有精神科医生定期探视，号称环境更好的台中培德，却禁止精神科医生探视陈水扁。
2013年2月24日，北荣医师周元华研判陈水扁有「巴金森氏症」。
2013年7月13日，自4月移监台中培德以来，漏尿情况日趋严重，1天漏尿5、6次，已连续1、2个月，吃药无效，因狱中无医疗设备，也找不到病因。
2013年12月14日，每小时停止呼吸的次数退化到30多次，进台中荣总医院，第二次开刀治疗呼吸中止症。
2014年5月3日，台大医院医师柯文哲表示：「陈水扁已经在包尿布了，把扁关在监狱对台湾社会的和谐也没有帮助，中华民国政府应该思考让扁回家。」
===保外就医及后续===
陈水扁支持者于2013年10月于台北车站一楼大厅静坐诉求
陈水扁于个人新书发表会上，2019年
对于处理陈水扁案之态度，2014年10月新头壳报导，台湾太平洋发展协会理事长游盈隆声称民调显示：63.7%赞成让陈水扁居家疗养，23.0%反对。关于政府反对让陈水扁保外就医或居家疗养，20.6%认为适当，59.7%认为不适当。
2014年12月9日，官田部分民众与部分民进党党员呼吁释放陈水扁，其母更称自己年岁已高，盼能早日望得子归。2015年1月将户籍从台北市迁到高雄市鼓山区，截至2017年10月仍居于高雄人文首玺。4月5日，政府核准其暂时出狱以进行保外就医一个月，但禁止其从事政治活动。2月4日，法务部矫正署依《监狱行刑法》「在监不能为适当医治」规定，参考基准第五点「病情复杂，难以控制，随时有致死之危险」状况，核准延长保外就医至5月5日。
2月11日，高雄大寮监狱受刑人郑立德等6人抢枪挟狱方持人员（典狱长、戒护科、狱警与替代役；即2015年高雄监狱挟持事件），并要求矫正署长在电视上念出他们的5项诉求，第1项诉求即认为「陈水扁装病可以保外就医，那就比照办理一视同仁」，不过后来六人饮弹自杀。
5月1日矫正署复核准延长保外就医至8月4日，8月3日再核准延长保外就医至11月4日，11月4日仍核准延长至2016年2月4日，不过禁止在2016年1月16日总统、立委大选时行使投票权。2016年2月4日法务部矫正署再依监狱行刑法核准延长保外就医至2016年5月4日。5月20日，举行蔡英文的总统就职典礼，按照惯例，蔡英文应会邀请身为前总统的陈水扁。不过，台中监狱表示，如陈前往观礼，那就表示病情已改善，必须要回监服刑。
*2016年10月高雄市一名面包师傅黄士福在高雄美术馆旁，拍摄陈水扁的散步照片、影片，表示「看起来不像生重病」，不过事后他的面包店却遭人检举，财政部高雄国税局及卫生局相继前往稽查，甚至还有人在脸书留言恐吓，让他激动的表示「今天我家里面的人，如果发生什么事情，我一定要找陈菊、陈水扁、陈致中讨一个公道，他们都要负责！」。
*2016年12月24日，女儿陈幸妤在台南筹设的牙医诊所开幕，陈水扁在中监的同意下（只能致词、不得演说、不得评论政治），入监八年首次发表公开言论，并且让女儿治疗以及保养牙齿。
*2017年5月19日，陈水扁受邀出席凯达格兰基金会募款餐会，在无违反不公开发言的要求下，透过录影画面致词，并直指不可以将军公教污名化，「和军公教无情对立是不智的」。
*2017年7月7日上午11点，陈水扁出庭高等法院。
*2017年9月29日，柯文哲在政论节目「少康战情室」」接受专访时，表示他在跟柯建铭谈话时曾提到「那个阿扁那个病，他不用装，他真的病了。他一开始是装的，后来就变成真的病了」。隔天柯澄清「正确说法是身心症，身体没有病，是心情不好」，认为「陈水扁装病」是标题杀人。
*截至2019年4月，陈水扁保外就医已延期17次。
2019年11月20日，陈水扁受邀名列一边一国行动党2020年立法委员选举不分区立委提名名单之列，但在12月13日，中央选举委员会以「公职人员选举罢免法」第26条规定为由认定陈水扁不符合参选资格。2020年1月12日，由于一边一国行动党政党票得票率未超过5%，陈水扁宣布退出政坛。
== 个人著作 ==
#1992年5月30日《穿过生死线》（共同执笔：曾繁蓉）太雅、ISBN 957-932-921-4
#1992年12月1日《国防黑盒子与白皮书》（共同执笔：柯承亨）福尔摩沙基金会、ISBN 957-970-306-2
#1996年9月8日《 跨世纪兵法：陈水扁看国防政策与管理》（共同执笔：周婉菁）时报文化、ISBN 957132132X
#1999年12月5日《台湾之子：我的成长历程、经营哲学和国家愿景》晨星出版、ISBN 9575838096
#2001年10月25日《 世纪首航：政党轮替五百天的沉思》圆神出版社、ISBN 9576076951
#2004年1月15日《 相信台湾：阿扁总统向人民报告》圆神出版社、ISBN 9861330054
#2009年1月19日《台湾的十字架》凯达格兰基金会、ISBN 9789868505100
#2009年4月8日《 关不住的声音：阿扁坐监ㄟ五十张批》凯达格兰基金会、ISBN 9789868505117
#2010年10月20日《 1.86坪的总统府》凯达格兰基金会、ISBN 9789868505124
#2019年5月2日《坚持：陈水扁口述历史回忆录》（访问：陈仪深、纪录：彭孟涛）财团法人凯达格兰基金会、978-986-850-513-1
== 荣誉 ==
*1996年荣获韩国庆南大学荣誉法学博士、俄罗斯经济学院荣誉经济学博士。
*2003年获得「国际人权联盟」颁赠的「人权奖章」。
== 衍生作品 ==
*陈水扁与吴淑珍曾发行名为「春天的花蕊」的竞选文VHS版本宣录影带。
*三立电视台在民国89年以陈水扁与吴淑珍故事为脚本的八点档连续剧「阿扁与阿珍」播出。
*2002年起由郑如芳原作和赖有贤 / 阮光民作画，以陈水扁为主角所画的传记漫画《平民总统 阿扁》正式连载，全5卷。
*由香港导演刘国昌执导，于2008年11月27日上映的电影《弹．道》；以《江湖情》为名于2009年1月9日在台湾上映。
*中国中央电视台2009年制作的纪录片《纪录专题：解密陈水扁》。 纪录专题：解密陈水扁（视频） date=20210125235425
*friDay影音/公共电视台2020年的连续剧《国际桥牌社》当中立法委员陈木宽指代陈水扁。
=== 相关文章及著作 ===
*1994年2月5日《他们为什么成功》（作者：吴伯雄）健行文化、ISBN 9789579546553
*1994年8月1日《陈水扁震撼》（作者：陶五柳）大村出版、ISBN 9789579356565
*1995年2月1日《陈水扁选总统》（作者：米俊哲、陈威晶）九仪出版、ISBN 9789578837515
*1995年4月1日《陈水扁赢的策略》（作者：陈世杰、李俊毅）台湾先智、ISBN 9789578909250
*1995年7月20日《陈水扁执政的滋味》（作者：高天生）希望出版、ISBN 9789579243001
*1995年8月18日《快乐希望陈水扁：1994陈水扁台北市长选战》（作者：福尔摩沙基金会）月旦出版、ISBN 9789576961830
*1995年8月18日《陈水扁兵法：1994台北市长胜选秘笈》（作者：郑声、陈雪）月旦出版、ISBN 9789576961847
*1998年2月1日《走希望的路》（作者：侯文咏、李艳秋平安有声、EAN 4717065000109
*1998年8月1日《心想市成：陈水扁的宏观启示》（作者：吕政达）大村出版、ISBN 9789578431577
*1998年9月29日《陈水扁武功心法》（作者：林淑玲）时报文化、ISBN 9789571327082
*1998年10月1日《该出手时就出手：金鱼缸里的陈水扁》（作者：刘宝杰、陈北威）商周出版、ISBN 9789576672026
*2000年1月28日《走出金枝玉叶：阿扁嫂的故事》（作者：钟年晃）英特发出版、ISBN 9789579762137
*2000年3月1日《陈水扁的真面目》（作者：李敖、李庆元）李敖出版、ISBN 9789575100803
*2000年7月1日《一根扁担》（作者：陈鹏宇）劲报出版、ISBN 9789579748322
*2000年7月3日《少年阿扁》（作者：吴灯山）文经出版社、ISBN 9789576632709
*2000年7月10日《拜驴为师》（作者：孙观汉）九歌出版社、ISBN 9789575606862
*2000年7月14日《陈水扁震撼：阿扁总统的人生之旅》（作者：陶五柳）沛来出版、ISBN 9789573095156
*2000年7月18日《台海无战事》（作者：沈野）独家出版、ISBN 9789579488822
*2000年7月24日《破晓：陈水扁胜选大策略》（作者：张俊雄、邱义仁、游盈隆）时报文化、ISBN 9789571331935
*2000年10月9日《谁破的了尹案？》（作者：温绅）权威出版、ISBN 9789570463118
*2000年11月24日《戴两个面具的陈水扁》（作者：许汉）阅世界出版、ISBN 9789570407679
*2000年12月7日《权力游戏荒谬剧：陈水扁混乱的180天》（作者：周玉蔻、宁育华）商智文化、ISBN 9789576677915
*2001年1月12日《阿扁卖台咁无影？江泽民挺陈水扁金相大公开》（作者：秦慧珠）狠角色出版、ISBN 9789572087787
*2001年2月26日《权力的傲慢：陈水扁的总统之路》（作者：胡忠信）商智文化、ISBN 9789576678448
*2001年5月15日《高手过招：郁慕明笑谈九大政治明星》（作者：郁慕明、萧衡倩、羊晓东）天下文化、ISBN 9789576218507
*2001年10月3日《总统府周记》（作者：陈哲男） 圆神出版、ISBN 9789576076800
*2001年10月17日《暗杀陈水扁：大卫王的密使》（作者：伴野朗 / 译者：廖舜茹）台湾先智出版、ISBN 9799570482637
*2001年11月1日《两岸关系：陈水扁的大陆政策》（作者：邵宗海）生智出版、ISBN 9789578183292
*2001年12月7日《尹清枫：陈水扁敢破尹案？》（作者：张友骅）新高地文化、ISBN 9789578724150
*2002年1月25日《无悔：剧变年代的行动者》（作者：简锡皆）先觉出版、ISBN 9789576077432
*2002年2月25日《阿扁执政五百天》（作者：李孟）采竹文化、ISBN 9789573009573
*2002年3月10日《战斗内阁》（作者：陈维新、何世芳）本土出版、ISBN 9799579906271
*2002年5月15日《总统开门：打开民主世纪之门》（作者：陈建仲、简志宏）人物出版社、ISBN 9789867887009
*2002年5月16日《中美台风云录》（作者：陈毓钧）海峡学术出版、ISBN 9789572040041
*2002年11月6日《掘起 霸权 分裂》（作者：韩江）海峡学术出版、ISBN 9789572040355
*2002年11月15日《草莽的力量》（作者：周天瑞）商周出版、ISBN 9789867892881
*2003年10月28日《留声：黄信介密录》（作者：陈丽莎、黄光芹）华谷文化、ISBN 9789572884539
*2003年12月5日《逐鹿台湾2004：蓝绿大对抗》（作者：夏珍）商讯文化、ISBN 9789578733671
*2003年12月22日《陈水扁主政台湾总评估》（作者：李家泉）海峡学术出版、ISBN 9789572040621
*2004年1月1日《台湾总统候选人：两岸虚拟政治的探索》（作者：黄鸿都）读册文化、ISBN 9789573000983
*2004年2月3日《关键年代：陈水扁执政风云》（作者：陈淞山）新自然主义出版、ISBN 9789576965418
*2004年12月10日《绿色王朝》（作者：钟慕唐）米罗文化、ISBN 9789572986943
出版日期不明
*1994年《木瓜干与大冰箱：陈水扁的12个小故事》（作者：林锦昌、徐文台 / 编辑：吴宗璘）福尔摩沙基金会
*2000年《陈水扁与台湾民进党》（作者：陈峰强、范玉周）北京群众出版社
*2001年《陈水扁时代：台湾·民进党 从诞生到执政》（作者：丸山胜 / 译者：杨鸿儒）凯仑出版社
*2001年《全球化与台湾：陈水扁时代的主权、人权与安全》（作者：王昆义）创世文化
*〈zh〉(Kagan, Richard C.（柯义耕）/ 2000) Taipei: Asia-Pacific Academic Exchange Foundation.
*2000年《候选人形象研究：以两千年总统大选候选人连战、宋楚瑜、陈水扁为例》（作者：陈信助）淡江大学大众传播学系硕士论文
*2002年《整合行销传播在候选人网站之运用：以2000年总统大选陈水扁总统竞选网站为例》（作者：洪圣惠）中国文化大学新闻研究所硕士论文
*〈zh〉(Sheng, Lijun. / 2000) New York: Zed Books.
*2003年《总统民选后行政与立法互动关系下的大陆政策：李登辉时期与陈水扁政府的比较研究》（作者：田丽虹）淡江大学大陆研究所硕士论文
*2003年《陈水扁的「一边一国论」语艺分析：认同与论辩》（作者：徐文兴）世新大学传播研究所硕士论文
*2004年《陈水扁于台湾定位言论之论辩分析》（作者：许铭峰）辅仁大学大众传播学研究所硕士论文
*2004年《陈水扁总统之两岸政策（2000-2004）》（作者：钟源旺）国立中正大学政治学研究所硕士论文
*2004年《陈水扁再选：台湾総统选挙と第二期陈政権の课题》（作者：佐籐幸人 / 编辑：竹内孝之）日本千叶县日本贸易振兴机构亚洲经济研究所
== 广播节目 ==
*《有梦上水》（微微笑广播网） - 星期日10:00-11:00