【华大基因】
深圳华大基因股份有限公司（300676）为华大集团旗下子公司，曾参与多个基因研究项目而得到关注。2017年，华大基因于深圳证券交易所创业板上市。
==发展历程==
华大于1999年9月9日成立。2017年7月14日，深圳华大基因股份有限公司在深圳证券交易所创业板上市。华大基因提供科学技术和精准医疗服务，通过基因检测、质谱检测、生物信息分析等多组学大数据技术手段，为医疗机构、科研机构、社会卫生组织等提供研究服务和精准医学检测综合解决方案。华大基因致力于科学发展及创新，科研成就及贡献得到广泛认可。在2016年的自然指数排名（Nature Index Annual Tables）中，华大名列亚太地区生命科学产业机构（life science - corporate）第一位，并连续七年蝉联该排名第一。
== 科研 ==
=== 人类基因组计划 ===
1999年9月1日，于英国茵格斯顿举行的第五次人类基因组测序战略会议上，华大基因创始人之一杨焕明提出，中国愿承担人类3号染色体短臂端粒一侧约30厘摩尔（相当于约3,000万个碱基对）区域的测序和分析任务，占整体人类基因组测序工作的1%，成为人类基因组计划成员当中唯一一个发展中国家。
于同年9月成立的华大基因，与其余14队来自不同中心或学院组成的“中国人类基因组联盟”（The Chinese Human Genome Consortium）即投入基因组测序工作，在1999年10月至2000年3月期间，进行了500,000桑格法核酸测序反应（Sanger sequencing reactions），成功完成6,400万个碱基对的测序原始数据，与其他五国科学家组成首个人类基因组序列草图。其后，经过进一步的测序及分析，“中国人类基因组联盟”呈交3,800万个碱基对的测序完整数据，与其他五国科学家共同完成《人类基因组的初步测序和分析》。在人类基因组序列草图发布记者会上，时任美国总统克林顿对中国的贡献表示肯定和感谢 。相关结果发表于《自然》科学杂志上，为人类基因科学立下重要里程碑，其重要性与曼哈顿原子弹计划及阿波罗登月计划可相比拟。
=== 水稻基因组计划 ===
水稻（籼稻）基因组工作框架图：华大基因于2000年启动水稻基因组计划，希望通过测序找出水稻产量相关基因，并于2002年在《科学》期刊以封面文章发布首个水稻（籼稻)）因组的工作框架序列图，文章先后被引用接近四千次。此次由中国科学家合作完成的水稻基因工作框架图，是继人类基因组之后完成测定的最大的基因组，也是当时测定的最大植物基因组。 水稻作为第一个完成基因组测序农作物，对解决全球粮食问题具有重要意义，建立了改善水稻品质、提高水稻产量的重要基础，并被当时《科学》杂志期刊编辑认为水稻基因组研究工作，对人类健康的重要性在接下来的二十年较人类基因组更大。
水稻基因组精细图：华大基因于2005年2月在《PLOS Biology》科学期刊发布籼稻和粳稻的水稻全基因组精细图及相关分析，发现其中只有2-3%基因是两个水稻亚种特有的，为科学家研究各个水稻亚种的差异，在新层面上探讨杂交优势的机理，以及为禾本科植物的比较基因组学和进化研究奠定了基础。
全球3,000份水稻核心种质资源重测序计划： 2011年，华大基因与中国农业科学院（CAAS）和国际水稻研究所（International Rice Research Institute）共同启动“全球3,000份水稻核心种质资源重测序计划”，在原有科研基础上，对3,010 份亚洲栽培水稻基因组变异进行了深入分析，并把一系列的研究成果发表于2018年4月《自然》科学期刊上，包括发现数个未曾发布的水稻亚群组，并同时恢复Xian(籼)/Geng(粳)的命名系统，以更能够反映水稻亚种之间的关系及演化，被国内外后续发表的水稻研究文章所使用。
=== 炎黄计划 ===
2007年，华大基因于深圳展开名为”炎黄一号”计划，约于半年内成功绘制首张亚洲人基因图谱 。科学家在这研究中找出逾三百万个多态性位点（single-nucleotide polymorphisms），并与资料库已有的白种人基因组比较，发现当中的13.6%，即约41.7万例遗传多态性位点是亚洲人基因图谱中独有的，并对相应的基因功能进行了探讨，较全面地阐述了中国人基因组结构的特征。“炎黄一号”作为中国人参照基因组序列，从基因组学上对中国人与其他族群在疾病易感性和药物反应方面差异作出了解释，揭示了中国人自主的基因组研究与中国人的医学健康事业发展的重要关联性和必要性，对中国的基因科学研究和产业发展具有重要的指导意义，该研究于2008年11月在《自然》科学期刊以封面文章发表。
=== 国际大熊猫基因组计划 ===
从北京奥运会的吉祥物大熊猫“晶晶”抽取样本，利用短序列（short-reads）模式组装全球首个熊科动物、也是第二个肉食类动物的基因图谱，包含2.25千兆（Gb）个碱基对，并于2010年1月在《自然》科学期刊以封面文章发布。研究进一步支持大多数科学家所持的“大熊猫属于熊科动物”的观点，并为日后使用次世代基因测序技术，快速省时地组装大型真核生物（eukaryotic），如哺乳类动基因图谱奠定了基础。研究指出，相比于自然环境，人类活动对其造成的影响更为严重。
基于是次的研究结果，科学家进一步为34只大熊猫进行绘制基因图谱，占全球大熊猫总数五十分之一，数量之大让科学家更清晰掌握大熊猫的种群演化史。这篇以封面文章发表于2012年12月科学期刊《Nature Genetics》的研究，指出全球气候变化是上百万年来熊猫种群波动的主要驱动因素，人类活动有可能是近期熊猫种群分化和数量严重下降的重要原因，为评估和建立其他濒危物种的保护方法提供了范例。
与浙江大学和中国大熊猫保护研究中心等单位联合发布的大熊猫超高品质基因组研究中，在染色体层次上组装了迄今为止最为完整的大熊猫两个亚种的基因组，进一步比较四川和秦岭两个亚种，找到低繁殖率的遗传基础，为大熊猫的演化、繁育、保护等研究提供了资源，该研究于2021年2月发表于《Science Bulletin》。
=== 国际千人基因组计划 ===
2008年1月，华大基因与英国茵格斯顿的桑吉尔研究所，及美国国立卫生研究院下属的国立人类基因组研究所，一同启动国际“千人基因组计划"，透过为约1,000人进行基因组测序工作，以描绘更仔细的人类基因图谱，找寻及分类不同的基因差异。当中，华大基因承担400个全基因组样本的测序和分析工作。
国际“千人基因组计划"先导阶段的成果在2010年10月27日以封面文章形式发表在《自然》科学期刊上。第二阶段的研究通过对14个种族的1,092个个体的研究，探索人类遗传性疾病中表现型和基因型之间的联系，研究成果于2012年10月31日在《自然》科学期刊上发表。华大基因于2015年在《自然》科学期刊发表两篇文章，包括发现多一倍变异位点，揭示基因的多样化与疾病之间的关系，例如患病风险及对药物的反应的差异等。
=== 肠道微生物菌群研究 ===
华大基因与欧洲7个国家、13个研究所联合组成MetaHIT（Metagenomics of the Human Intestinal Tract）， 通过研究人类肠道中的微生物群落，进而了解其功能和对人类健康的影响。成果于2010年3月以封面文章的形式在《自然》科学期刊发表，研究共获得330万个人体肠道元基因组的参考基因，约是人类自身基因的 150 倍，这个基因集包含了绝大部分目前已知的人体肠道微生物基因。该文章是迄今为止在肠道微生物研究领域引用率最高的一篇文章，引用次数超过1万。
人类肠道微生物宏基因组与2型糖尿病：华大基因在人类肠道微生物的宏基因组领域上，在2012年《自然》科学期刊发表研究文章，对345个肠道微生物的DNA的进行深度鸟枪测序（deep shotgun sequencing），成功确定并验证了大约60,000个与2型糖尿病相关的标记，并建立了宏基因组连锁群的概念。此项发现有助监察肠道健康，并对如2型糖尿病般常见疾病提供辅助评估方法。
肠道微生物与肥胖研究：华大基因联合法国农业科学研究院、哥本哈根大学等机构的研究人员，通过对肥胖和非肥胖人群的肠道菌群进行研究，发现肥胖和非肥胖人群肠道菌群的种类和数量存在显著差异，并指出肠道菌群可以作为新的切入点，为肥胖问题提供新的预防和治疗思路。研究于2013年8月29日在《自然》科学期刊线上发表。
扩展人类肠道微生物的宏基因组：华大基因其后把1,018个先前测序的人类肠道微生物基因组，与249个MetaHit项目的新测序样本结合，以创建一个来自三大洲的队列，该队列至少比当前的基因目录中使用的队列大三倍，当中包含9,879,896个基因的综合基因目录。该目录包含了大部份肠道微生物接近完整的基因集，这些基因的质量也比以前的基因目录要高，进一步扩展人类肠道微生物的宏基因组，研究于2014年7月6日在《Nature Biotechnology》科学期刊发表。
===大肠杆菌基因 ===
2011年德国爆发大肠杆菌疫情。6月5日，华大基因首先完成大肠杆菌O104:H4型的基因定序，通过对大肠杆菌的12个毒力基因、适应基因分析，研究人员判断2001年德国从腹泻病人分离的01-09591菌株应为这次O104:H4型大肠杆菌的直接祖先，其毒性基因与本次菌株大致吻合，但本次菌株经过十年演化后，携带了许多以前没有的抗药性基因。该研究有利于进一步解释导致此次菌株致病能力如此之强的原因，并将为疾病的起源、来源、传播提供线索。
===家蚕基因组计划 ===
华大基因与西南大学合作，在科学期刊《科学》上发表了家蚕基因组测序和分析的研究成果，是当时最详尽的家蚕基因组序列数据，加快了家蚕的基因组和生物学研究。通过对40种具有不同地理区域、生理特性和经济性状的家蚕与野蚕进行大规模的重测序，来阐述历史演进、人口结构以及家养过程。研究发现与家养和人工选择相关的目标基因和基因组区域，并为具商业价值的特质，包括提高蚕丝质量的、抵御害虫等提供重要基因线索。其后华大基因与其他国际家蚕基因组联盟（The International Silkworm Genome Consortium）的科学家，共同开展了大型基因组研究，增加科学界对家蚕的驯化及与其野生先祖差异的认识。此外，由于家蚕与不少农业害虫都是鳞翅目昆虫，故此家蚕的基因组资料可帮助了解及抗击害虫对世界粮食及纤维生产的破坏。
2015年，华大基因参与家蚕基因组功能研究项目，获2015年度国家自然科学奖二等奖。项目通过40个家蚕突变品系和中国野桑蚕全基因组序列研究，获632.5亿对碱基序列（63.25Gb），覆盖99.8%基因组区域。此项目也是世界第一张基因组水平上蚕类单碱基遗传变异图谱。
=== 鹰嘴豆研究 ===
华大基因开展一系列关于鹰嘴豆的研究，最初于2013年1月27日在《Nature Biotechnology》科学期刊发表，初步鉴定育种相关基因，奠定鹰嘴豆基因组学研究的基础。其后由国际半干旱热作物研究所（ICRISAT）牵头，聚集全球11个国家和地区的41个组织，包括华大基因，共57位研究人员，为3,366个鹰嘴豆样本进行基因测序工作，包括3,171人工种植及195个野生鹰嘴豆样本，于2021年11月11日在《自然》科学期刊发表鹰嘴豆基因差异图谱，是最大的植物基因图谱之一。基于基因组资料的育种方法，进一步推动了鹰嘴豆育种实践的发展，为更多农作物的改良指明了方向，也为粮食安全问题提供了新的解决方案。
=== 地球生物基因组计划 ===
2018年11月，华大基因与加州大学戴维斯分校基因组学家哈瑞斯·莱文等联合发起地球生物基因组计划（Earth BioGenome Project, EBP），旨在对所有已知的真核生物进行基因组测序，旨在破译地球上已知的真横生物基因组，以基因组学研究全面地了解地球生命的起源、物种间关系和演化规律，促进全球生物多样性的保护和利用。该计划的目标是提供所有180万种已命名的植物、动物和真菌以及单细胞真核生物的完整DNA序列目录。根据计划，华大基因将承担万种植物基因组计划（10KP）、万种鸟类基因组计划（B10K）、千种鱼类转录组计划（Fish T1K）、300种（属）蚂蚁的基因组测序工作。地球生物基因组计划被称作继人类基因组计划之后的“下一个生物学登月计划”。
=== 马里亚纳海沟生态环境科研计划 ===
马里亚纳海沟是地球最深的海沟，蕴含无数珍贵资源，极具研究价值。2021 年，来自10个单位及组织，包括华大基因，超过60位研究人员共同发起《马里亚纳共识》，建立深海考察标准化平台，以长期保存和共享深海科学样本和数据，实现深海考察的国际合作。并同时启动马里亚纳海沟生态环境科研计划（Mariana Trench Environment and Ecology Research Project, MEER) ，邀请中国及海外的专家学者，一起探索及处理众多重大科学议题，包括生命的起源、环境演化、生物多样性、气候变化。研究团队乘坐”探索一号”科考船，进入随航的“奋斗者”号载人潜水器，抵达马里亚纳海沟最深处的挑战者深渊（Challenger Deep），采集了一批深渊水体、沉积物、岩石和生物样品，为比较不同深渊特种环境、地质与生命等多学科研究提供了宝贵资料和样品，并相信华大基因的成熟基因测序技术，可进一步扩阔上述研究的维度。
=== 干细胞研究 ===
华大基因联同其他科学家，首次获得了相当于受精卵发育3天的胚胎细胞，让诱导得到的细胞从多能干细胞（pluripotent stem cell）变成了全能性干细胞（totipotent stem cell），研究成果已于2022年3月在《自然》科学期刊发布。此项研究首次建立了让多能干细胞返回到与8细胞胚胎相匹配的人类发育周期中的早期阶段的方法。这是迄今为止在体外获得的最年轻的人类细胞，因此具备非常强的发育潜力。全能性干细胞重建了受精卵仅分裂3次后的胚胎状态，相比过去的多能干细胞，这种细胞可以分化为胎盘组织，并可能发育成为更优质的各类身体组织。这项研究为合成生物学与再生医学的研究的发展奠定基础，也将有助于解开早期人类胚胎发育的秘密，治疗与发育有关的早期疾病。
=== 人类器官和系统生物年龄测量 ===
透过分析各种的生理数据，由免疫学、代谢学，到肠道微生物基因学等，发现身体不同器官的老化速度并不相同，以致不同系统及器官的生物年龄，与实际年龄（chronological age）未必一致。为此，研究人员也研发了一种可测量各种器官和系统生物年龄的工具，有助了解它们生理功能的退化和下降程度，帮助医生为病人提出个人化的医学意见。多组学研究于2022年3月在《Cell Reports》发表。而利用基因检测去量度器官及系统的生物年龄，也为华大基因日后的基因检测应用带来启示。
== 业务及合作 ==
=== 国际基因组学大会 ===
由华大基因主办的国际基因组学⼤会（International Conference on Genomics, ICG）是组学（omics）领域一年一度的全球性学术活动，于2006年首次举行。华大基因联同其他合作伙伴邀请全球专家，就不同组学，例如基因组学、蛋白组学、代谢组学等的生命科学范畴，发表最新研究并进行各类学术交流。国际基因组学⼤会以“基因科技造福人类”（Omics for All）为主题，旨在为生命科学提供交流平台，促进全球范围内组学研究的合作、创新和应用。多年来已先后有超过13,500名专家出席会议，成为一个重要国际学术会议。
第十六届国际基因组学⼤会（ICG-16）于2021年10月召开，大会主题为“组学与国际合作”，会议涵盖多个领域，探讨目前世界上困扰人们的三大问题：生物多样性损失、气候变化及公共卫生危机。大会宣布时空组学国际合作中心落成，成为了全球首个时空组学国际合作中心。
=== 时空组学联盟 ===
华大基因发起的时空组学联盟（SpatioTemporal Omics Consortium, STOC）是由来自哈佛大学、剑桥大学、牛津大学等16个国家的80多位科学家组成的国际化科学联盟。
2022年5月4日，华大基因以时空组学专题的形式发布了全球首批生命时空图谱，该时空图谱首次从时间和空间维度上对生命发育过程中的基因和细胞变化过程进行高精度的解析。通过运用时空组学技术Stereo-seq，首次绘制了小鼠、斑马鱼、果蝇、拟南芥四种模式生物胚胎发育器官的时空图谱。系列研究展现出动植物器官形成过程中细胞的动态演化，其中小鼠胚胎发育时空图谱的科研以封面文章形式在《细胞》科学期刊发表，研究人员通过Stereo-Seq技术对发育中的小鼠胚胎以高分辨率和测序深度进行组织的分析和研究。另外三项研究描述了使用Stereo-Seq绘制发育中的果蝇胚胎和幼虫、斑马鱼胚胎发生和拟南芥叶片转录组分析的过程，登上了《细胞》子刊《发育细胞》的封面。
时空组学被《自然-方法》评为2020年度技术，在2022年再度被《自然》评为值得关注的七大年度技术之一。华大的时空组学技术能同时实现“亚细胞及分辨率”和“厘米级全景现场”，并可以实现基因与影像同时分析。科研人员可以利用时空图谱对识别组织内特定细胞的特征，为认知器官结构、声明发育、人类疾病以及物种演化提供新的研究方向。
==争议==
=== IPO文件数据统计 ===
2017年11月，华大基因IPO的不同版本申报稿中，出现了数据不一致的现象。华大基因经核查后指出，两次披露的资料差异是统计口径不一致导致。2015年招股书申报稿的统计口径为公司生产过程中实际检测的样本数，即“上机数”，以客观地反映公司产能和产能利用率情况；2017年招股书的统计口径为实际交付客户的检测报告的样本数，即“报告数”，以能够更好的与招股书财务章节收入和单价资讯相匹配，更加符合实际对外产量和销量的概念，便于投资者理解。
=== 利润计算 ===
2019年4月，华大基因发出公告，表示问题主要系信息系统不完善延迟确认收入所致，公司不存在虚增收入或利润的情形。迟延确认收入主要是出于谨慎的角度，由于相关收入核算与会计政策存在不一致，因此存在收入确认的跨期问题。
===原始冠状病毒株===
2021年5月，华大基因香港化验所一男职员在接受定期病毒检测时，被安球医学化验所和相达生物科技发现，其样本带有在2020年年初流行的原始病毒株。香港大学袁国勇教授调查后表示，该男子样本所带的是病毒的DNA，不具传染性，两间实验室均运作良好，环境及操作过程合乎规格，该事件再发生的机会很低。
== 参考文献 ==