【台湾哺乳动物列表】
台湾约有80种陆生哺乳动物，其中约40多种为台湾特有种及特有亚种；另外还有约30种海生哺乳动物被记录。
==鼩形目 Soricomorpha==
* 鼹鼠科 Talpidae
# 台湾鼹鼠 - Mogera insularis insularis (Swinhoe, 1863) ※特有亚种
# 台湾高山鼹鼠 - Mogera kanoana (Oda & Lin, 2007) ※特有种
* 鼩鼱科（尖鼠科） Soricidae
# 山阶氏鼩鼱 - Anourosorex yamashinai Kuroda, 1935 ※特有种
# 水鼩 - Chimarrogale himalayica  (Gray, 1842)
# 细尾长尾鼩 - Chodsigoa sodalis Thomas, 1913 ※特有种
# 台湾灰鼩鼱 - Crocidura tanakae Kuroda, 1938 ※特有种
# 华南中麝鼩 - Crocidura rapax G. Allen, 1923
##小麝鼩 (台湾小麝鼩) -  C. r. kurodai Jameson and Jones, 1977 ※特有亚种
## 长尾麝鼩 - C. r. tadae Tokuda and Kano, 1936 ※特有亚种
#台湾烟尖鼠 - Episoriculus fumidus  (Thomas, 1913)  ※特有种
#香鼩 (家鼩、臭鼩) - Suncus murinus  (Linnaeus, 1766)
==翼手目 Chiroptera==
蝙蝠因为指骨发展成翅膀的关系，成为唯一会飞行的哺乳动物，现今全球蝙蝠估计接近1000种，占所有哺乳动物的四分之一，仅次于啮齿目。
* 大蝙蝠科 Pteropidae
# 台湾狐蝠 - Pteropus dasymallus formosus Sclater, 1873 ※特有亚种 / 濒临绝种野生动物
#印度犬果蝠 - Cynopterus sphinx
#棕果蝠 - Rousettus leschenaultii
* 蹄鼻蝠科 Rhinolophidae
# 台湾大蹄鼻蝠 - Rhinolophus formosae Sanborn ※特有种
# 台湾小蹄鼻蝠 - Rhinolophus monoceros K. Andersen, 1905 ※特有种
* 叶鼻蝠科 Hipposideridae
# 无尾叶鼻蝠 - Coelops frithi formosanus Horikawa ※特有亚种
# 台湾叶鼻蝠 - Hipposideros terasensis Kisida ※特有亚种
* 蝙蝠科 Vespertilionidae
# 黄颈蝠 (黄喉家蝠) - Arielulus torquatus Gabor & Lee ※特有种
#宽耳蝠 - Barbastella leucomelas  (Cretzschmar, 1830)
# 堀川氏棕蝠 - Eptesicus serotinus horikawai Kishida, 1924 ※特有亚种
#毛翼大管鼻蝠 (大管鼻蝠) - Harpiocephalus harpia  (Temminck, 1840)
# 金芒管鼻蝠 - Harpiola isodon  Kuo et al., 2006
#台湾彩蝠 - Kerivoula furva
#折翅蝠 - Miniopterus fuliginosus  (Hodgson, 1835)
# 姬管鼻蝠 - Murina gracilis
# 黄胸管鼻蝠 - Murina lucogaster bicolor
#台湾管鼻蝠 (管鼻蝠) - Murina puta Kishida, 1924 ※特有种
# 高山管鼻蝠 - Murina sp.
# 黄金鼠耳蝠 - Myotis flavus (Shamel, 1944)
# 宽吻鼠耳蝠 - Myotis latirostris Kishida, 1932 ※特有种
# 渡濑氏鼠耳蝠 - Myotis ruforniger watasei (Thomes) ※特有亚种
#台湾鼠耳蝠 - Myotis taiwanensis Linde, 1908 ※特有种
# 高山鼠耳蝠 - Myotis sp.
# 大足宽吻鼠耳蝠 - Myotis sp.
# 长尾鼠耳蝠 - Myotis sp.
# 夜蝠 - Nyctalus noctula  (Schreber, 1774)
# 绒山蝠 - Nyctalus velutinus G. Allen, 1923
# 东亚家蝠 (家蝠) - Pipistrellus abramus (Temminck, 1835)
# 台湾家蝠  - Pipistrellus taiwanensis ※特有种
# 山家蝠 - Pipistrellus montanus※特有种
# 台湾长耳蝠 - Plecotus taivanus Yoshiyuki, 1991 ※特有种
# 高头蝠 - Scotophilus kuhlii Leach, 1821
# 霜毛蝠 - Vespertilio sinensis  Peters, 1880
* 游离尾蝠科 Molossidae
#皱鼻蝠 (东亚游离尾蝠) - Tadarida insignis Rafinesque, 1814
==灵长目 Primates==
台湾猕猴
* 猕猴科 Cercopithecidae
# 台湾猕猴 - Macaca cyclopis  (Swinhoe, 1863)  ※特有种
==鳞甲目 Pholidota==
* 穿山甲科 Manidae
# 台湾穿山甲（台湾鲮鲤）- Manis pentadactyla pentadactyla Linnaeus, 1758 ※特有亚种 / 珍贵稀有野生动物
==兔形目 Lagomorpha==
兔形目由两类动物所组成：兔科及鼠兔科。曾经被归入为啮齿目，直到20世纪才分开独立一支。与啮齿目最大分别为兔形目上颚有4颗门齿（两排），而啮齿目只有两颗。
* 兔科 Leporidae
# 台湾野兔 - Lepus sinensis formosanus Thomas, 1908 ※特有亚种
==啮齿目 Rodentia==
* 松鼠科 Sciuridae
# 台湾小鼯鼠 (小鼯鼠) - Belomys pearsonii kaleensis (Swinhoe) ※特有亚种
# 赤腹松鼠 - Callosciurus erythraeus  (Pallas, 1779)
# 长吻松鼠 - Dremomys pernyi owstoni (Thomas) ※特有亚种
# 白面鼯鼠 - Petaurista lena Thomas ※特有种
# 大赤鼯鼠 - Petaurista philippensis  (Elliot, 1839)  ※特有亚种
# 条纹松鼠 - Tamiops maritimus formosanus (Bonhote) ※特有亚种
* 鼠科 Muridae
#赤背条鼠 - Apodemus agrarius  (Pallas, 1771)
# 台湾森鼠 - Apodemus semotus Thomas, 1908 ※特有种
# 鬼鼠 - Bandicota indica  (Bechstein, 1800)
# 巢鼠 - Micromys minutus  (Pallas, 1771)
# 田鼷鼠 - Mus caroli Bonhote, 1902
# 家鼷鼠 - Mus musculus Linnaeus, 1758
# 刺鼠 - Niviventer coxingi  (Swinhoe, 1864)  ※特有种
# 高山白腹鼠 - Niviventer culturatus  (Thomas, 1917)  ※特有种
# 缅甸小鼠 - Rattus exulans (Peale, 1848) ※外来种
# 小黄腹鼠 - Rattus losea  (Swinhoe, 1871)
# 沟鼠 - Rattus norvegeicus  (Berkenhout, 1769)
# 黑鼠 (玄鼠) - Rattus rattus  (Linnaeus, 1758)
* 仓鼠科 Cricetidae
# 黑腹绒鼠 (台湾天鹅绒鼠) - Eothenomys melanogaster  (Milne-Edwards, 1871)
# 台湾高山田鼠 (菊池氏田鼠) - Microtus kikuchii  (Kuroda, 1920)  ※特有种
==食肉目 Carnivora==
台湾黑熊
* 熊科 Ursidae
# 台湾黑熊 - Ursus thibetanus formosanus Swinhoe, 1864 ※特有亚种 / 濒临绝种野生动物
* 貂科 Mustelidae
# 欧亚水獭 - Lutra lutra chinensis Gray, 1837 ※濒临绝种野生动物
# 黄喉貂 - Martes flavigula chrysospila Swinhoe, 1866 ※特有亚种 / 珍贵稀有野生动物
# 鼬獾 - Melogale moschata subaurantiaca  (Swinhoe, 1862)  ※特有亚种
# 华南鼬鼠 (黄鼠狼) - Mustela sibirica taivana Thomas, 1913 ※特有亚种
# 台湾高山小黄鼠狼 - Mustela formosanus Lin & Harada,1997 ※特有种
# 亚洲小爪水獭 - Aonyx cinerea(仅于金门零星发现过脚印)
*灵猫科 Viverridae
# 白鼻心 (果子狸) - Paguma larvata taivana Swinhoe, 1862 ※特有亚种
# 麝香猫 - Viverricula indica taivana Schwarz, 1911 ※特有亚种 / 珍贵稀有野生动物
* 獴科 Herpestidae
# 食蟹獴 (棕蓑猫)- Herpestes urva formosanus Bechthold, 1936 ※其他应予保育类野生动物
* 猫科 Felidae
# 石虎 (山猫) - Prionailurus bengalensis chinensis  (Gray, 1837)  ※珍贵稀有野生动物
# 台湾云豹 - Neofelis nebulosa brachyura  (Swinhoe, 1862)  ※特有亚种 / 濒临绝种野生动物 / 灭绝
==鲸偶蹄目 Cetartiodactyla==
台湾梅花鹿
山羌
台湾山羊
*猪科 Suidae
# 台湾野猪 - Sus scrofa taivanus (Swinhoe, 1863) ※特有亚种
# 侯氏猪 - Sus houi  (Qi et al., 1999)  ※灭绝 / 化石记录种
* 鹿科 Cervidae
# 台湾梅花鹿 - Cervus nippon taiouanus （Blyth, 1860） ※特有亚种 / 野外灭绝
# 新竹梅花鹿 - Cervus nippon sintikuensis  (Shikama,1937)  ※灭绝 / 化石记录种
# 台湾水鹿 - Cervus unicolor swinhoei (Sclater, 1862) ※特有亚种 / 珍贵稀有野生动物
# 山羌 - Muntiacus reevesi micrurus (Sclater, 1875) ※特有亚种
* 牛科 Bovidae
# 台湾山羊 (长鬃山羊) - Naemorhedus swinhoei  (Gray, 1862)  ※特有种 / 珍贵稀有野生动物
* 须鲸科 Balaenopteridae
# 小须鲸 (小鳁鲸)- Balaenoptera acutorostrata Lacépède, 1804 ※濒临绝种野生动物
# 鳁鲸 (塞鲸) - Balaenoptera borealis Lesson, 1828 ※濒临绝种野生动物
# 布氏鲸 (热带鳁鲸)- Balaenoptera brydei Olsen, 1913 ※濒临绝种野生动物
# 鳀鲸 - Balaenoptera edeni Anderson, 1879
# 蓝鲸 - Balaenoptera musculus  (Linnaeus,1758)  ※濒临绝种野生动物
# 大村鲸 (角岛鲸) - Balaenoptera omurai  Shiro Wada
# 长须鲸 - Balaenoptera physalus  (Linnaeus, 1758)  ※濒临绝种野生动物
# 台湾鲸 - Balaenoptera taiwanica  (Huang, 1965)  ※灭绝 / 化石记录种
# 大翅鲸- Megaptera novaeangliae  (Borowski, 1781)  ※濒临绝种野生动物
*灰鲸科 Eschrichtiidae
# 灰鲸 - Eschrichtius robustus  (Lilljeborg, 1861) 　※濒临绝种野生动物
*露脊鲸科 Balaenidae
# 北太平洋露脊鲸 - Eubalaena japonica  (Gray, 1864) 　※濒临绝种野生动物
* 抹香鲸科 Physeteridae
# 抹香鲸 - Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758　※濒临绝种野生动物
* 小抹香鲸科 Kogiidae
# 小抹香鲸 - Kogia breviceps  (Blainville, 1838) 　※珍贵稀有野生动物
#侏儒抹香鲸 - Kogia sima  (Owen, 1866) 　※珍贵稀有野生动物
*喙鲸科 Ziphiidae
# 柏氏中喙鲸 (布兰氏喙鲸) - Mesoplodon densirostris  (Blainville, 1817) 　※珍贵稀有野生动物
#银杏中喙鲸 (银杏齿喙鲸) - Mesoplodon ginkgodens Nishiwaki & Kamiya, 1958　※珍贵稀有野生动物
# 柯氏喙鲸 (柯维氏喙鲸) - Ziphius cavirostris G. Cuvier, 1823　※珍贵稀有野生动物
#朗氏喙鲸 - Mesoplodon pacificus, 2005
* 海豚科 Delphinidae
# 短吻真海豚 - Delphinus delphis Linnaeus, 1758　※珍贵稀有野生动物
# 小虎鲸 - Feresa attenuata Gray, 1874　※珍贵稀有野生动物
# 短肢领航鲸 - Globicephala macrorhynchus Gray, 1846　※珍贵稀有野生动物
# 瑞氏海豚 (花纹海豚) - Grampus griseus  (G. Cuvier, 1812)  ※珍贵稀有野生动物
# 弗氏海豚 - Lagenodelphis hosei Fraser, 1956　※珍贵稀有野生动物
# 虎鲸 - Orcinus orca  (Linnaeus, 1758) 　※珍贵稀有野生动物
#瓜头鲸 - Peponocephala electra  (Gray, 1846) 　※珍贵稀有野生动物
# 伪虎鲸 - Pseudorca crassidens  (Owen, 1846) 　※珍贵稀有野生动物
# 苑里伪虎鲸 - Pseudorca yuanliensis  (Chang & Cheng , 1998)  ※灭绝 / 化石记录种
# 中华白海豚 (印太洋驼海豚) - Sousa chinensis  (Osbeck, 1765) 　※珍贵稀有野生动物
# 热带斑海豚 (热带点斑原海豚) - Stenella attenuata  (Gray, 1846) 　※珍贵稀有野生动物
# 条纹海豚 (条纹原海豚) - Stenella coeruleoalba  (Meyen, 1833) 　※珍贵稀有野生动物
#长吻飞旋海豚 (飞旋海豚) - Stenella longirostris  (Gray, 1828) 　※珍贵稀有野生动物
#糙齿海豚 (皱齿海豚) - Steno bredanensis  (G. Cuvier in Lesson, 1828) 　※珍贵稀有野生动物
# 印太瓶鼻海豚 - Tursiops aduncus  (Ehrenberg, 1833)
# 瓶鼻海豚 - Tursiops truncatus  (Montagu, 1821)  ※珍贵稀有野生动物
* 鼠海豚科 Phocoenidae
#新鼠豚 (露脊鼠海豚、江豚) - Neophocaena phocaenoides  (G. Cuvier, 1829) 　※濒临绝种野生动物
==海牛目 Sirenia==
* 儒艮科 Dugongidae
# 儒艮 - Dugong dugon  (Müller, 1776)  ※绝迹
==外部连结==
*  台湾陆生哺乳类名录fix-attempted=yes ，农委会特有生物研究保育中心