# การเลื่อนแอนติเจน
ภาพของสถาบันภูมิแพ้และโรคติดต่อแห่งชาติสหรัฐ  แสดงการเข้าชุดยีนใหม่ (genetic reassortment) ของไข้หวัดใหญ่
การเลื่อนแอนติเจน  เป็นกระบวนการที่ไวรัสสองสายพันธุ์หรือยิ่งกว่านั้น หรือสายพันธุ์ของไวรัสต่างชนิดสองอย่างหรือยิ่งกว่านั้น รวมกันเป็นชนิดย่อยใหม่โดยมีแอนติเจนหุ้มผิวไวรัสลูกผสมจากสายพันธุ์เดิมต่าง ๆ 
คำนี้มักใช้กับไข้หวัดใหญ่โดยเฉพาะเพราะเป็นตัวอย่างที่รู้จักกันดีที่สุด แต่กระบวนการนี้ก็เกิดกับไวรัสอื่น ๆ ด้วย เช่น visna virus ในแกะ
การเลื่อนแอนติเจนเป็นกรณีพิเศษของกระบวน (reassortment) หรือ viral shift ที่ก่อฟิโนไทป์ใหม่

antigenic shift (กระบวนการนี้) ไม่ควรสับสนกับ antigenic drift ซึ่งเป็นการกลายพันธุ์อย่างหนึ่งในระยะยาวของสายพันธุ์ไข้หวัดใหญ่ (หรือสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ) ซึ่งอาจทำให้ร่างกายป้องกันตนจากไวรัสไม่ได้หรือทำให้วัคซีนที่ใช้ไม่สมกับไวรัสนั้น ๆ 
antigenic drift เกิดกับไข้หวัดใหญ่ทุกประเภทรวม A-B-C
แต่กระบวนการนี้เกิดแต่ในไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A เท่านั้นเพราะสัตว์อื่น ๆ นอกจากมนุษย์ก็ติดได้
รวมทั้งสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและนก จึงทำให้ไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A สามารถเปลี่ยนแอนติเจนที่ผิวไวรัสอย่างสำคัญได้
ส่วนไข้หวัดใหญ่กลุ่ม B และ C โดยหลักติดมนุษย์ จึงลดโอกาสที่การเข้าชุดยีนใหม่จะเปลี่ยนฟิโนไทป์ของไวรัสอย่างสำคัญ

กระบวนการนี้สำคัญต่อการเกิดไวรัสก่อโรคใหม่ เพราะเป็นทางที่ไวรัสเข้าไปสู่วิถีชีวิตเฉพาะใหม่ ๆ ได้
มันอาจเกิดกับไวรัสของไพรเมตได้อีกด้วย ซึ่งอาจเป็นปัจจัยหนึ่งให้เกิดไวรัสใหม่ในมนุษย์ เช่น เอชไอวี
ให้สังเกตว่า เอชไอวีเองไม่เกิดกระบวนการเข้าชุดยีนใหม่/การเลื่อนแอนติเจน แต่ก็เกิดยีนลูกผสมได้ และถ้าเซลล์เดียวกันติดเชื้อสายพันธุ์สองสายพันธุ์ ก็จะเป็น HIV superinfection ทำให้เกิดยีนลูกผสมเป็นสายพันธุ์ที่ต่างกับบรรพบุรุษอย่างสำคัญ

 บทบาทของการแพร่ไวรัสไข้หวัดใหญ่จากสัตว์สู่มนุษย์ 
ไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A พบในสัตว์หลายชนิด รวมทั้งเป็ด ไก่ สุกร มนุษย์ วาฬ ม้า และแมวน้ำ
ส่วนไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม B เวียนไปอย่างกว้างขวางโดยหลักในมนุษย์ แม้ก็พึ่งพบในแมวน้ำเมื่อไม่นานนี้
สายพันธุ์ไข้หวัดใหญ่อาจตั้งชื่อตามโปรตีนหุ้มผิวคือเฮแม็กกลูทินิน (hemagglutinin, HA หรือ H) ซึ่งมี 18 อย่าง และนูรามินิเดส (neuraminidase, NA หรือ N) ซึ่งมี 9 อย่าง ตัวอย่างก็คือ ไวรัส H3N2 มีเฮแม็กกลูทินินชนิด 3 และมีนูรามินิเดสชนิด 2
ไข้หวัดใหญ่นกบางสายพันธุ์ (ซึ่งไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A สายพันธุ์อื่น ๆ ทั้งหมดเชื่อว่ามีกำเนิดมาจาก)
สามารถติดสุกรและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่น ๆ
เมื่อไข้หวัดใหญ่สองสายพันธุ์ติดเซลล์หนึ่งพร้อม ๆ กัน โปรตีนหุ้มที่เป็นแคปซิด (capsid) และลิพิดก็จะนำออก เปิดอาร์เอ็นเอแล้วถอดรหัสเป็นเอ็มอาร์เอ็นเอ
เซลล์ถูกเบียนก็จะสร้างไวรัสใหม่ ๆ ที่รวมแอนติเจนไวรัสเดิมเข้าด้วยกัน
ยกตัวอย่างเช่น ไวรัส H3N2 บวก H5N1 สามารถก่อไวรัส H5N2 ด้วยวิธีนี้
เพราะระบบภูมิคุ้มกันมนุษย์ไม่รู้จักไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่เช่นนี้ เชื้อสายพันธุ์ใหม่จึงอาจอันตรายมากและก่อโรคระบาดทั่วได้

ไวรัสไข้หวัดใหญ่ที่ได้ผ่านกระบวนการนี้ได้ระบาดทั่วเป็นไข้หวัดใหญ่เอเชียปี 1957 และไข้หวัดใหญ่ฮ่องกงปี 1968 และก่อความกลัวเรื่องไข้หวัดใหญ่สุกรระบาดทั่วในปี 1976
และจนกระทั่งเร็ว ๆ นี้ กระบวนการเช่นนี้ก็เชื่อว่าก่อการระบาดทั่วของไข้หวัดใหญ่สเปนปี 1918 ซึ่งทำให้คนเสียชีวิต ทั่วโลก
แต่งานศึกษาเมื่อต้นคริสต์ศตวรรษนี้แสดงว่า โรคระบาดทั่วในปี 1918 มีเหตุจากไวรัสนกล้วน ๆ ที่ผ่านกระบวนการนี้กลายเป็นรูปแบบที่สามารถติดมนุษย์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ
ส่วนการระบาดของไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 เนื่องกับไวรัส H1N1 เกิดจากกระบวนการนี้และการเข้าชุดยีนใหม่ระหว่างไวรัสต่าง ๆ รวมทั้งของมนุษย์ นก และสุกร
สถานการณ์ที่น่าเป็นห่วงเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ก็คือโอกาสการเกิดกระบวนการนี้ระหว่างไข้หวัดใหญ่นกกับไข้หวัดใหญ่มนุษย์
เพราะอาจก่อสายพันธุ์ที่ร้ายแรงมาก

 ระบบนิเวศทะเล 
ในวิทยาไวรัส ระบบนิเวศทางทะเลได้ศึกษาน้อยมาก แต่เพราะระบบมีขนาดใหญ่มาก มีไวรัสหนาแน่นมาก (ในน้ำทะเลริมฝั่ง และ ในน้ำทะเลลึก))
และมีอัตราสลายเซลล์ (lysis) สูง คือโดยเฉลี่ยอาจสูงถึง 20% อัตราการเลื่อนแอนติเจนและการผสมยีน (recombination) ของไวรัสทะเลคงสูงมาก
นี่น่าสนใจเป็นพิเศษเมื่อพิจารณาว่า วิวัฒนาการร่วมระหว่างโพรแคริโอตกับไวรัสในทะเลได้มีมานานตั้งแต่ยูแคริโอตได้เกิดขึ้นในโลกแล้ว