# รัฐบาลญี่ปุ่น
รัฐบาลญี่ปุ่น ประกอบด้วยฝ่ายนิติบัญญัติ ฝ่ายบริหาร และฝ่ายตุลาการ ภายใต้แนวคิดอธิปไตยของปวงชน รัฐบาลดำเนินการภายใต้โครงสร้างตามรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่นที่นำมาใช้ใน ค.ศ. 1947 ประเทศญี่ปุ่นเป็นรัฐเดี่ยวที่ประกอบด้วยเขตการปกครอง 47 แห่ง โดยมีจักรพรรดิเป็นประมุขแห่งรัฐ พระองค์ทรงดำรงตำแหน่งในเชิงพิธีและไม่มีอำนาจต่อรัฐบาลหมวด 1 มาตรา 4(1) แห่ง รัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) แต่อำนาจนั้นตกเป็นของคณะรัฐมนตรีอันประกอบด้วยรัฐมนตรีและนายกรัฐมนตรีซึ่งมีหน้าที่ควบคุมและกำกับกิจการของรัฐบาลและข้าราชการพลเรือน คณะรัฐมนตรีมีอำนาจบริหารและแต่งตั้งโดยนายกรัฐมนตรีผู้เป็นหัวหน้ารัฐบาลหมวด 5 มาตรา 65 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)หมวด 5 มาตรา 68(1) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) นายกรัฐมนตรีได้รับการเสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติและได้รับการแต่งตั้งอย่างเป็นทางการโดยจักรพรรดิให้ดำรงตำแหน่งนี้หมวด 5 มาตรา 67(1) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) หมวด 1 มาตรา 6 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

สภานิติบัญญัติแห่งชาติเป็นสภานิติบัญญัติ ซึ่งเป็นองค์กรของฝ่ายนิติบัญญัติ รัฐสภานี้ใช้ระบบสองสภา ประกอบด้วยราชมนตรีสภาที่ทำหน้าที่เป็นสภาสูง และสภาผู้แทนราษฎรที่ทำหน้าที่เป็นสภาล่าง สมาชิกในสภาเหล่านี้ได้รับเลือกโดยตรงจากประชาชน ซึ่งเป็นแหล่งที่มาของอำนาจอธิปไตยหมวด 1 มาตรา 1 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) โดยถือเป็นองค์กรสูงสุดตามรัฐธรรมนูญ ส่วนศาลสูงสุดและศาลภายในอื่น ๆ อยู่ในฝ่ายตุลาการ และถืออำนาจตุลาการเบ็ดเสร็จ โดยมีเจ้าพนักงานที่ได้รับมอบหมายหน้าที่โดยองค์กรตุลาการต่าง ๆ ในการตีความรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่น และถืออำนาจในการพิจารณาทบทวน ฝ่ายตุลาการเป็นอิสระจากฝ่ายนิติบัญญัติและฝ่ายบริหารหมวด 6 มาตรา 76(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) คณะรัฐมนตรีเสนอชื่อหรือแต่งตั้งผู้พิพากษาและฝ่ายนิติบัญญัติหรือบริหารไม่สามารถถอดถอนผู้ดำรงตำแหน่งนี้ได้ เว้นแต่จะอยู่ในช่วงการฟ้องให้ขับออกจากตำแหน่ง

 ประวัติ 
ก่อนหน้าการฟื้นฟูพระราชอำนาจสมัยเมจิ ประเทศญี่ปุ่นปกครองโดยรัฐบาลทหารโชกุนที่สืบทอดตามสายโลหิต ระหว่างยุคนี้ ประสิทธาภิบาลในกิจการของรัฐตกเป็นของโชกุน ผู้ซึ่งปกครองประเทศในพระปรมาภิไธยของจักรพรรดิ โชกุนเป็นผู้ว่าการฝ่ายทหารที่สืบทอดกันมา โดยเทียบเท่ากับชั้นยศสมัยใหม่ เจเนราลิสซีโม แม้ว่าจักรพรรดิผู้มีอำนาจสูงสุดจะทรงแต่งตั้งโชกุนก็ตาม แต่บทบาทของจักรพรรดินั้นมีไว้เพียงเป็นพิธีและทรงไม่เข้ามาเกี่ยวข้องในกิจการบริหารประเทศ ซึ่งมักนำมาเปรียบเทียบได้กับบทบาทปัจจุบันของจักรพรรดิที่ทรงแต่งตั้งนายกรัฐมนตรี

การฟื้นฟูพระราชอำนาจสมัยเมจิใน ค.ศ. 1872 นำไปสู่การลาออกของโชกุน โทกูงาวะ โยชิโนบุ ที่ยินยอม "เป็นเครื่องมือในการสนองพระบรมราชโองการ" ของจักรพรรดิ จากเหตุการณ์ดังกล่าวทำให้ประเทศญี่ปุ่นปกครองโดยจักรพรรดิ และการประกาศสถาปนาจักรวรรดิญี่ปุ่น ใน ค.ศ. 1889 มีการนำรัฐธรรมนูญเมจิมาใช้เพื่อสร้างความแข็งแกร่งให้กับประเทศญี่ปุ่นให้อยู่ในระดับเดียวกันกับชาติตะวันตก และทำให้เป็นชาติแรกในเอเชียที่นำระบบรัฐสภามาใช้ ซึ่งเป็นการผสมผสานระหว่างราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ–สมบูรณาญาสิทธิราชย์ ที่ได้รับต้นแบบจากแบบจำลองของชาวปรัสเซียในขณะนั้น โดยมีฝ่ายนิติบัญญัติเป็นอิสระ

กลุ่มชนชั้นสูงใหม่ที่เรียก คาโซกุ ก่อตั้งขึ้นเพื่อรวบรวมขุนนางโบราณในยุคเฮอัง, คูเงะ และไดเมียว ขุนนางมูลนายต่อโชกุน นอกจากนี้ยังมีการสถาปนาสภานิติบัญญัติแห่งสมเด็จพระจักรพรรดิ ประกอบด้วยสภาผู้แทนราษฎรญี่ปุ่นและสภาขุนนางญี่ปุ่นที่มีสมาชิกเป็นราชวงศ์, คาโซกุ และผู้ที่ได้รับการเสนอนามโดยจักรพรรดิหมวด 3 มาตรา 34 แห่งรัฐธรรมนูญจักรวรรดิญี่ปุ่น (1889) ขณะที่สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรได้รับการเลือกโดยบุรุษที่มีสิทธิออกเสียงเลือกตั้งหมวด 3 มาตรา 35 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) แม้ว่าจะมีการแบ่งแยกอำนาจของฝ่ายบริหารและจักรพรรดิในยุครัฐธรรมนูญเมจิออกจากกันอย่างเห็นได้ชัด ความคลุมเครือและข้อพิพาทในรัฐธรรมนูญฯ นำไปสู่วิกฤตการณ์การเมืองในที่สุด นอกจากนี้ยังทำให้สูญเสียความเชื่อต่อแนวคิดการควบคุมทหารโดยพลเรือน ซึ่งหมายถึงทหารนั้นสามารถพัฒนากองทัพของตนเพื่อให้มีอิทธิพลในการเมืองได้

หลังจากการสิ้นสุดของสงครามโลกครั้งที่สอง รัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่นฉบับปัจจุบันถือกำเนิดขึ้น ซึ่งเป็นการแทนที่กลไกการปกครองโดยจักรพรรดิให้เป็นประชาธิปไตยเสรีนิยมแบบตะวันตก

จวบจนถึง ค.ศ. 2020 สถาบันวิจัยญี่ปุ่น (Japan Research Institute) พบว่ารัฐบาลแห่งชาติส่วนใหญ่ดำเนินกิจการด้วยระบบแอนะล็อก เนื่องจากมีเพียงแค่ 7.5% (4,000 จาก 55,000) ของขั้นตอนทางราชการของรัฐบาลสามารถทำได้ผ่านระบบออนไลน์แบบเบ็ดเสร็จได้ โดยกระทรวงเศรษฐกิจ การค้า และอุตสาหกรรมอยู่ที่ 7.8%, กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสารอยู่ที่ 8% และเพียงแค่ 1.3% ที่กระทรวงเกษตร ป่าไม้ และประมง

ในวันที่ 12 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2021 เท็ตสึชิ ซากาโมโตะ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นรัฐมนตรีเพื่อความเหงา มีหน้าที่ช่วยลดความโดดเดี่ยวทางสังคมและความเหงาในกลุ่มอายุและเพศต่าง ๆ

 จักรพรรดิ 
thumb|right|250px|ธงพระอิสริยยศจักรพรรดิ
จักรพรรดิญี่ปุ่น  เป็นผู้นำพระบรมวงศานุวงศ์และเป็นประมุขแห่งรัฐเชิงพิธี พระจักรพรรดิได้รับการจำกัดความในรัฐธรรมนูญว่า "เป็นสัญลักษณ์แห่งรัฐและความเป็นหนึ่งเดียวของประชาชน" อย่างไรก็ตาม จักรพรรดิทรงไม่ได้เป็นผู้ถืออำนาจสูงสุดตามตำแหน่งของพระองค์ และยังทรงมีพระราชอำนาจที่จำกัดไว้เพียงการปฏิบัติพระราชกรณียกิจในพิธีสำคัญต่าง ๆ เท่านั้น พระจักรพรรดิไม่ได้มีพระราชอำนาจที่แท้จริงต่อรัฐบาลตามที่ได้บัญญัติไว้อย่างชัดเจนใน มาตรา 4 แห่งรัฐธรรมนูญหมวด 1 มาตรา 4 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

มาตรา 6 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น กำหนดให้จักรพรรดิทรงมีบทบาทเชิงพิธีดังต่อไปนี้:
 การแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีตามที่ได้เสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 การแต่งตั้งผู้พิพากษาสูงสุดตามที่ได้เสนอชื่อโดยคณะรัฐมนตรี

ขณะที่คณะรัฐมนตรี ซึ่งเป็นแหล่งที่มาของอำนาจบริหารและอำนาจส่วนใหญ่นั้นได้รับการนำมาใช้โดยตรงผ่านนายกรัฐมนตรี ขณะที่อำนาจส่วนหนึ่งนำมาใช้โดยจักรพรรดิตามที่บัญญัติไว้ในมาตรา 7 แห่งรัฐธรรมนูญ ได้แก่:
 การประกาศใช้ร่างแก้ไขรัฐธรรมนูญ กฎหมาย ข้อบังคับคณะรัฐมนตรี และสนธิสัญญา
 การเรียกประชุมร่วมกันของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 การยุบสภาผู้แทนราษฎร
 การประกาศการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปของสมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 การรับรองการแต่งตั้ง และการถอดถอนรัฐมนตรี รวมทั้งข้าราชการอื่นตามที่บัญญัติไว้โดยกฎหมาย ตลอดจนอักษรสาสน์ตราตั้ง และหนังสือมอบอำนาจของเอกอัครราชทูต และอัครราชทูต
 การรับรองการนิรโทษกรรมเป็นการทั่วไป และการนิรโทษกรรมเฉพาะบุคคล การลดหย่อนโทษ การอภัยโทษ และการคืนสู่สิทธิโดยชอบธรรม
 การสถาปนาเกียรติยศและพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์
 การรับรองหนังสือสัตยาบัน และเอกสารทางการทูตอื่น ๆ ตามที่บัญญัติไว้โดยกฎหมาย
 การต้อนรับเอกอัครราชทูตต่างชาติ และอัครราชทูต
 การปฏิบัติพระราชกรณียกิจในพระราชพิธีต่าง ๆ

จักรพรรดิเป็นที่รู้จักกันในฐานะผู้ถืออำนาจเชิงพิธี เช่น จักรพรรดิทรงเป็นผู้เดียวที่มีอำนาจแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีแม้สภานิติบัญญัติแห่งชาติจะมีอำนาจในการเสนอชื่อบุคคลที่เหมาะสมกับตำแหน่งก็ตาม หรือการยุบสภาผู้แทนราษฎรโดยคำแนะนำของนายกรัฐมนตรีใน ค.ศ. 2009 นั้นเลื่อนออกไปสำหรับการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งถัดไปเนื่องจากทั้งจักรพรรดิและจักรพรรดินีทรงเสด็จพระราชดำเนินเยือนประเทศแคนาดา

ด้วยเหตุนี้ บทบาทสมัยใหม่ของจักรพรรดิจึงมักได้รับการนำไปเปรียบเทียบกับผู้ปกครองสูงสุดในยุครัฐบาลโชกุน และประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นส่วนใหญ่จะพบจักรพรรดิที่ถืออำนาจหน้าที่เชิงสัญลักษณ์ที่ยิ่งใหญ่แต่มีอำนาจทางการเมืองที่น้อย ซึ่งผู้ถืออำนาจดังกล่าวมักเป็นบุคคลผู้ที่จักรพรรดิทรงแต่งตั้งเอง จนถึงทุกวันนี้ มรดกบางส่วนยังสืบทอดต่อมายังอดีตนายกรัฐมนตรีที่แม้จะไม่ดำรงตำแหน่งดังกล่าวแล้วแต่ยังคงไว้ซึ่งอำนาจส่วนหนึ่งนั้นเรียกว่าโชกุนเงา (闇将軍, Yami Shōgun)

ซึ่งแตกต่างจากกษัตริย์ในยุโรป จักรพรรดิญี่ปุ่นทรงไม่ได้เป็นแหล่งที่มาของอำนาจอธิปไตยและรัฐบาลไม่ได้บริหารราชการแผ่นดินในพระปรมาภิไธยของพระองค์ แต่จักรพรรดิทรงเป็นตัวแทนของรัฐและทรงแต่งตั้งข้าราชการชั้นผู้ใหญ่อื่น ๆ ในนามแห่งรัฐ โดยมีชาวญี่ปุ่นเป็นผู้ครองอำนาจอธิปไตยดังกล่าว มาตรา 5 แห่งรัฐธรรมนูญ และกฎราชวงศ์ได้บัญญัติให้มีผู้สำเร็จราชการแผ่นดินภายใต้พระปรมาภิไธยหากจักรพรรดิทรงไม่สามารถปฏิบัติพระราชกรณียกิจได้หมวด 1 มาตรา 5 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

ในวันที่ 20 พฤศจิกายน ค.ศ. 1989 ศาลสูงสุด ได้ตัดสินว่าศาลฯ ไม่มีอำนาจตุลาการเหนือจักรพรรดิ

ราชวงศ์ญี่ปุ่นได้รับการขนานนามว่าเป็นหนึ่งในราชวงศ์ที่มีการสืบทอดสันตติวงศ์มาอย่างยาวนานที่สุดในโลก อ้างอิงจากพงศาวดารโคจิกิและนิฮงโชกิ ญี่ปุ่นนั้นก่อตั้งโดยราชวงศ์ญี่ปุ่นเมื่อ 660 ปีก่อนคริสต์ศักราชโดยจักรพรรดิจิมมุ จักรพรรดิจิมมุทรงเป็นจักรพรรดิพระองค์แรกของญี่ปุ่น และเป็นบรรพบุรุษของจักรพรรดิพระองค์ต่อ ๆ มา ตามเทวตำนานของญี่ปุ่น รัชทายาทโดยตรงของพระเจ้าแห่งพระอาทิตย์ในศาสนาชินโตพื้นเมือง อามาเตราซุ (天照大御神, Amaterasu) ผ่านนินิงิ พระอัยกาทวดของจักรพรรดิจิมมุ

จักรพรรดิองค์ปัจจุบันของญี่ปุ่น  คือสมเด็จพระจักรพรรดินารูฮิโตะ พระองค์ทรงขึ้นครองราชย์ เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 2019 หลังการสละราชสมบัติของพระบิดา พระจักรพรรดินารูฮิโตะทรงมีพระบรมราชอิสริยยศว่า สมเด็จพระจักรพรรดิ (天皇陛下, Tennō Heika; His Imperial Majesty) และทรงมีชื่อรัชสมัยของพระองค์ว่า เรวะ (令和, Reiwa) เจ้าชายฟูมิฮิโตะ อากิชิโนะโนะมิยะ ทรงเป็นทายาทโดยสันนิษฐานต่อราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศ

 ฝ่ายบริหาร 
ฝ่ายบริหารของประเทศญี่ปุ่น นำโดยนายกรัฐมนตรีผู้เป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรี และได้รับการเสนอชื่อโดยฝ่ายนิติบัญญัติ กล่าวคือสภานิติบัญญัติแห่งชาติ คณะรัฐมนตรีมีรัฐมนตรีซึ่งจะได้รับการแต่งตั้งหรือสั่งให้พ้นจากตำแหน่งโดยนายกรัฐมนตรีเมื่อใดก็ได้ ฝ่ายบริหารเป็นแหล่งที่มาของอำนาจบริหารอย่างเห็นได้ชัด อย่างไรก็ตามในทางปฏิบัติ นายกรัฐมนตรีเป็นผู้ใช้อำนาจบริหารโดยมีสภานิติบัญญัติแห่งชาติเป็นผู้รับผิดชอบการใช้อำนาจนั้น หากคณะรัฐมนตรีสูญเสียความไว้วางใจและการให้ความสนับสนุนในการดำรงตำแหน่งต่อไปโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ สภาฯ ก็สามารถถอดถอนคณะรัฐมนตรีทั้งคณะได้ผ่านการอภิปรายไม่ไว้วางใจหมวด 5 มาตรา 69 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

 นายกรัฐมนตรี 
thumb|right|239px|ตราประจำตำแหน่งนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น

นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น  ได้รับการเสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ และดำรงตำแหน่งในวาระ 4 ปี หรือน้อยกว่า โดยไม่มีการกำหนดว่านายกรัฐมนตรีสามารถดำรงตำแหน่งได้กี่วาระ นายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรีและ "ควบคุมดูแล" ฝ่ายบริหาร อีกทั้งยังเป็นหัวหน้ารัฐบาลและผู้บัญชาการทหารของกองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่นหมวด 5 มาตรา 72 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) นายกรัฐมนตรีได้รับอำนาจในการเสนอร่างพระราชบัญญัติต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ, ลงนามกฎหมาย, ประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน และยังสามารถยุบสภาผู้แทนราษฎรได้ตามอัธยาศัยหมวด 1 มาตรา 7 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) นายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรี และแต่งตั้งหรือถอดถอนรัฐมนตรีออกจากตำแหน่งได้

ทั้งสองสภาในสภานิติบัญญัติแห่งชาติเสนอชื่อนายกรัฐมนตรีโดยการลงบัตรเลือกตั้งภายใต้ระบบสองรอบ หากทั้งสองสภาไม่สามารถตกลงในผู้สมัครเข้าชิงตำแหน่งได้ ให้มีคณะกรรมาธิการร่วมตามที่ได้บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญเพื่อหารือในประเด็นดังกล่าวภายในระยะเวลา 10 วัน โดยไม่นับช่วงเวลาที่รัฐสภาปิดสมัยประชุมหมวด 5 มาตรา 67(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) อย่างไรก็ตาม หากทั้งสองสภายังคงไม่สามารถหาข้อสรุปได้ ให้ถือว่าการตัดสินใจโดยสภาผู้แทนราษฎรเป็นมติของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ในกรณีที่ได้รับการเสนอชื่อ นายกรัฐมนตรีพร้อมด้วยคณะกรรมาธิการร่วมจะได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งโดยจักรพรรดิ

เมื่อผู้สมัครเข้าชิงตำแหน่งได้รับการเสนอชื่อโดยสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ผู้สมัครจะต้องรายงานตนต่อสภานิติบัญญัติฯ หากได้รับการร้องขอหมวด 4 มาตรา 63 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) นายกรัฐมนตรียังต้องเป็นทั้งพลเรือนและสมาชิกของสภาใดสภาหนึ่งของสภานิติบัญญัติแห่งชาติหมวด 5 มาตรา 66(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

 ลำดับที่  ชื่อ  ชื่อญี่ปุ่น  เพศ  เข้ารับตำแหน่ง  พ้นจากตำแหน่ง  วาระ  การศึกษา1จุนอิจิโร โคอิซูมิ小泉 純一郎ชาย26 เมษายน 200126 กันยายน 20065 ปีมหาวิทยาลัยเคโอมหาวิทยาลัยคอลเลจลอนดอน2ชินโซ อาเบะ安倍 晋三ชาย26 กันยายน 200626 กันยายน 20071 ปีมหาวิทยาลัยเซเก3ยาซูโอะ ฟูกูดะ福田 康夫ชาย26 กันยายน 200724 กันยายน 20081 ปีมหาวิทยาลัยวาเซดะ4ทาโร อาโซ麻生 太郎ชาย24 กันยายน 200816 กันยายน 20091 ปีมหาวิทยาลัยกากูชูอิง5ยูกิโอะ ฮาโตยามะ鳩山 由紀夫ชาย16 กันยายน 20092 มิถุนายน 20101 ปีมหาวิทยาลัยโตเกียวมหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ด6นาโอโตะ คัง菅 直人ชาย8 มิถุนายน 20102 กันยายน 20111 ปีสถาบันเทคโนโลยีแห่งโตเกียว7โยชิฮิโกะ โนดะ野田 佳彦ชาย2 กันยายน 201126 ธันวาคม 20121 ปีมหาวิทยาลัยวาเซดะ8ชินโซ อาเบะ安倍 晋三ชาย26 ธันวาคม 201216 กันยายน 20207 ปีมหาวิทยาลัยเซเก9โยชิฮิเดะ ซูงะ菅 義偉ชาย16 กันยายน 20204 ตุลาคม 20211 ปีมหาวิทยาลัยโฮเซ10ฟูมิโอะ คิชิดะ岸田 文雄ชาย4 ตุลาคม 2021ปัจจุบันมหาวิทยาลัยวาเซดะ
※ จวบจนถึง 17 ตุลาคม 2021

 คณะรัฐมนตรี 
thumb|right|177px|อาคารสำนักงานคณะรัฐมนตรี
thumb|right|180px|อาคารสองของรัฐบาลกลาง

คณะรัฐมนตรีญี่ปุ่น  ประกอบด้วยรัฐมนตรีและนายกรัฐมนตรี สมาชิกของคณะรัฐมนตรีได้รับการแต่งตั้งโดยนายกรัฐมนตรีและตามกฎหมายคณะรัฐมนตรี จำนวนของสมาชิกคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งไม่รวมนายกรัฐมนตรีจะต้องไม่เกิน 14 คน แต่อาจเพิ่มจนถึง 19 ได้หากมีความต้องการพิเศษ มาตรา 68 ของรัฐธรรมนูญบัญญัติไว้ว่าสมาชิกคณะรัฐมนตรีทั้งหมดจะต้องเป็นพลเรือน และจำนวนสมาชิกส่วนใหญ่จะต้องได้รับการรับเลือกจากสมาชิกของสภาใดสภาหนึ่งในสภานิติบัญญัติแห่งชาติหมวด 5 มาตรา 68 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) การบัญญัติที่ชัดเจนสร้างโอกาสให้นายกรัฐมนตรีในการแต่งตั้งข้าราชการสภานิติบัญญัติแห่งชาติที่ไม่ได้มาจากการเลือกตั้งหมวด 5 มาตรา 68(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) คณะรัฐมนตรีจำเป็นที่จะต้องลาออกทั้งคณะในขณะยังคงปฏิบัติหน้าที่จนกว่าการแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีคนใหม่หากเกิดสถานการณ์ดังต่อไปนี้ขึ้น:
 สภาผู้แทนราษฎรในสภานิติบัญญัติแห่งชาติผ่านมติอภิปรายไม่ไว้วางใจ หรือปัดตกมติอธิปรายไว้วางใจ เว้นแต่มีการยุบสภาผู้แทนราษฎรภายในระยะเวลา 10 วัน
 หากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีว่างลง หรือเมื่อมีการเรียกประชุมสามัญครั้งแรกของสภานิติบัญญัติแห่งชาติหลังจากการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรเป็นการทั่วไป

โดยปรับใช้หลักความชอบธรรมจากสภานิติบัญญัติแห่งชาติผู้ซึ่งต้องรับผิดชอบหลักการดังกล่าว คณะรัฐมนตรีจะใช้อำนาจทั้งทางปฏิบัติ กล่าวคือใช้อำนาจผ่านนายกรัฐมนตรี อีกทางหนึ่งคือใช้อำนาจผ่านพระปรมาภิไธยของจักรพรรดิ

มาตรา 73 ของรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่น บัญญัติให้คณะรัฐมนตรีปฏิบัติหน้าที่ต่อไปนี้นอกเหนือจากการบริหารราชการแผ่นดินดังนี้:
 บังคับใช้กฎหมายอย่างเที่ยงตรงและดำเนินการบริหารราชการแผ่นดิน
 กำกับดูแลกิจการการต่างประเทศ
 ลงมติในสนธิสัญญา อย่างไรก็ตามควรได้รับคำยินยอมก่อนหรือภายหลังจากสภานิติบัญญัติแห่งชาติแล้วแต่กรณี
 บริหารระบบข้าราชการพลเรือนให้สอดคล้องกับมาตรฐานตามที่บัญญัติไว้โดยกฎหมาย
 จัดเตรียมรายงานงบประมาณและนำเสนอต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ
 ประกาศคำสั่งคณะรัฐมนตรีในการดำเนินกิจการที่บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญและกฎหมาย แต่ไม่รวมถึงการกำหนดบทลงโทษทางอาญาเว้นแต่กฎหมายจำเพาะกำหนดไว้เป็นอย่างอื่น
 การพิจารณาการนิรโทษกรรมเป็นการทั่วไป และการนิรโทษกรรมเฉพาะบุคคล การลดหย่อนโทษ การอภัยโทษ และการคืนสู่สิทธิโดยชอบธรรม

ภายใต้บทบัญญัติของรัฐธรรมนูญ กฎหมายและคำสั่งคณะรัฐมนตรีทั้งสิ้นล้วนจะต้องลงนามโดยรัฐมนตรีที่ไม่ขาดคุณสมบัติความเป็นรัฐมนตรีและลงนามกำกับโดยนายกรัฐมนตรี ก่อนที่จะได้รับการประกาศอย่างเป็นทางการโดยจักรพรรดิ อีกทั้งยังไม่สามารถฟ้องร้องดำเนินคดีสมาชิกคณะรัฐมนตรีทุกคนได้ยกเว้นแต่ได้รับอนุญาตจากนายกรัฐมนตรีโดยไม่ลดทอนสิทธิของผู้ฟ้องร้องดำเนินคดีหมวด 5 มาตรา 75 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

 กระทรวง 
thumb|right|180px|อาคารสำนักงานกิจการวัฒนธรรมญี่ปุ่น
thumb|right|440x369px|การเมืองภายใต้รัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่น

กระทรวงในประเทศญี่ปุ่น  ประกอบด้วย 11 กระทรวงและสำนักคณะรัฐมนตรี แต่ละกระทรวงมีรัฐมนตรีซึ่งส่วนใหญ่เป็นสมาชิกอาวุโสของสภานิติบัญญัติและได้รับการแต่งตั้งจากสมาชิกของคณะรัฐมนตรีให้เป็นผู้นำกระทรวง สำนักคณะรัฐมนตรีนำโดยนายกรัฐมนตรีซึ่งเป็นหน่วยงานที่ดูแลกิจการภายในคณะรัฐมนตรีวันต่อวัน กระทรวงเป็นส่วนราชการที่มีอิทธิพลต่อการใช้อำนาจบริหารมากที่สุดอย่างเป็นประจำทุกวัน ขณะที่รัฐมนตรีบางคนอาจดำรงตำแหน่งมากกว่า 1 ปี เพื่อปฏิบัติราชการในกระทรวงหรือทบวงนั้นหากมีความจำเป็น ดังนั้นอำนาจส่วนใหญ่ตกเป็นของข้าราชการชั้นผู้ใหญ่
 สำนักคณะรัฐมนตรี
 คณะกรรมการความปลอดภัยสาธารณะแห่งชาติ
 สำนักงานตำรวจแห่งชาติ
 สำนักงานคุ้มครองผู้บริโภค
 สำนักงานบริการการเงิน
 คณะกรรมาธิการการค้าโดยชอบธรรม
 คณะกรรมาธิการความปลอดภัยทางอาหาร
 คณะกรรมาธิการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล
 สำนักพระราชวังหลวง
※ รับผิดชอบราชการในกิจการฝ่ายราชวงศ์
 สำนักงานการบูรณะ
 กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสาร
 คณะกรรมาธิการประสานงานข้อพิพาทด้านสิ่งแวดล้อม
 หน่วยดับเพลิงและการจัดการภัยพิบัติ
 กระทรวงยุติธรรม
 คณะกรรมาธิการตรวจสอบความปลอดภัยสาธารณะ
 หน่วยข่าวกรองความปลอดภัยสาธารณะ
 สำนักงานอัยการแผ่นดิน
 กระทรวงการต่างประเทศ
 กระทรวงการคลัง
 หน่วยงานจัดเก็บภาษีแห่งชาติ
 กระทรวงป้องกันประเทศ
 หน่วยงานสรรพาวุธเพื่อการป้องกัน
 กองกำลังป้องกันตนเอง (ภาคพื้นดิน / ทางทะเล / ทางอากาศ)
 กระทรวงศึกษาธิการ วัฒนธรรม กีฬา วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี (MEXT)
 สำนักงานกิจการวัฒนธรรม
※ ส่งเสริมศิลปะและวัฒนธรรม จัดการดูแลลิขสิทธิ์ รวมถึงมอบเงินทุนสนับสนุนสำหรับกิจกรรมทางวัฒนธรรมด้านดนตรี การละคร การเต้นรำ งานแสดงศิลปะ และการผลิตภาพยนตร์ และการพัฒนาภาษาประจำชาติ
 สำนักงานการกีฬา
 กระทรวงสาธารณสุข แรงงาน และสวัสดิการ
 หน่วยงานบริการเงินบำนาญ
 คณะกรรมาธิการความสัมพันธ์แรงงานกลาง
 กระทรวงเกษตร ป่าไม้ และประมง
 สำนักงานการประมง
 สำนักงานป่าไม้
 กระทรวงเศรษฐกิจ การค้า และอุตสาหกรรม (METI)
 สำนักงานเพื่อทรัพยากรธรรมชาติและพลังงาน
 สำนักงานวิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม
 สำนักงานสิทธิบัตร
※ จัดการดูแลกฎหมายที่เกี่ยวข้องกับสิทธิบัตร, ผลิตภัณฑ์อรรถประโยชน์, การออกแบบ และเครื่องหมายการค้า
 กระทรวงที่ดิน โครงสร้างพื้นฐาน การขนส่ง และการท่องเที่ยว (MLIT)
 คณะกรรมการความปลอดภัยด้านการขนส่ง
 สำนักงานการท่องเที่ยวญี่ปุ่น
 กรมอุตุนิยมวิทยาญี่ปุ่น
 หน่วยยามฝั่งญี่ปุ่น
 กระทรวงสิ่งแวดล้อม
 หน่วยงานข้อบังคับนิวเคลียร์
※ จวบจนถึง 14 ตุลาคม ค.ศ. 2018

คณะกรรมการตรวจสอบบัญชีแผ่นดิน  เป็นองค์กรเดียวของรัฐบาลที่คณะกรรมการนั้นแยกออกเป็นอิสระโดยสิ้นเชิงจากสภานิติบัญญัติแห่งชาติและคณะรัฐมนตรี คณะกรรมการตรวจสอบบัญชีแผ่นดินมีหน้าที่ตรวจสอบการใช้จ่ายของรัฐบาลและรายงานต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ตามมาตรา 90 ของรัฐธรรมนูญแห่งญี่ปุ่น และพระราชบัญญัติคณะกรรมการตรวจสอบแผ่นดิน ค.ศ. 1947 นั้นมอบความเป็นอิสระอย่างยิ่งยวดจากทั้งสภานิติบัญญัติแห่งชาติและคณะรัฐมนตรี

 ฝ่ายนิติบัญญัติ 
thumb|245px|อาคารสภานิติบัญญัติแห่งชาติ นางาตาโจ, เขตชิโยดะ, โตเกียว

องค์กรฝ่ายนิติบัญญัติในประเทศญี่ปุ่นคือ สภานิติบัญญัติแห่งชาติ  ที่ใช้ระบบสองสภาโดยประกอบด้วยสภาผู้แทนราษฎรเป็นสภาล่าง และราชมนตรีสภาเป็นสภาสูง ฝ่ายนิติบัญญัติได้รับอำนาจจากรัฐธรรมนูญญี่ปุ่นให้เป็น "องค์กรสูงสุดแห่งอำนาจรัฐ" และเป็น "องค์กรเพื่อการออกกฎหมายเพียงองค์กรเดียวของรัฐ" ทั้งสองสภาได้รับเลือกโดยตรงภายใต้ระบบการลงคะแนนระบบคู่ขนาน อีกทั้งยังได้รับการประกันไม่ให้มีการเลือกปฏิบัติในคุณสมบัติของสมาชิกสภา ไม่ว่าจะเป็น "เชื้อชาติ, ความเชื่อ, เพศ, สถานะทางสังคม, ต้นกำเนิดของครอบครัว, การศึกษา, ทรัพย์สิน หรือรายได้" โดยรัฐธรรมนูญ ด้วยเหตุนี้สภานิติบัญญัติแห่งชาติจึงสะท้อนอำนาจอธิปไตยซึ่งเป็นของประชาชน (หลักอธิปไตยของปวงชน) ที่ว่าในกรณีนี้ อำนาจสูงสุดตกเป็นของชาวญี่ปุ่นหมวด 4 มาตรา 43(1) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

หน้าที่ของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ได้แก่ การออกกฎหมาย, การพิจารณาอนุมัติงบประมาณแผ่นดินประจำปี, การอนุมัติข้อตกลงของสนธิสัญญา และการคัดเลือกนายกรัฐมนตรี นอกจากนี้ สภานิติบัญญัติแห่งชาติยังมีอำนาจในการริเริ่มร่างพระราชบัญญัติแก้ไขรัฐธรรมนูญ ซึ่งถ้าหากได้รับความเห็นชอบก็จะได้รับการนำเสนอต่อประชาชนในการให้สัตยาบันผ่านการออกเสียงประชามติ ก่อนที่จะได้รับการประกาศโดยจักรพรรดิภายใต้นามของชาวญี่ปุ่นหมวด 9 มาตรา 96 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) รัฐธรรมนูญยังอนุญาตให้ทั้งสองสภาดำเนินการสืบสวนในกิจการของรัฐบาล, การเรียกเพื่อให้แสดงตน, เบิกพยานบุคคล และพยานหลักฐาน รวมถึงยังอนุญาตให้ทั้งสองสภาเรียกนายกรัฐมนตรีหรือรัฐมนตรีคนอื่น ๆ เพื่อตอบกระทู้ถามหรือให้คำอธิบายเพิ่มเติมเมื่อต้องการ สภานิติบัญญัติแห่งชาติยังสามารถฟ้องร้องผู้พิพากษาศาลที่ได้รับการตัดสินว่ากระทำความผิดทางอาญาหรือประพฤติตนไม่ถูกต้อง อย่างไรก็ตาม รัฐธรรมนูญไม่ได้กำหนดวิธีการลงคะแนน จำนวนสมาชิกของแต่ละสภา และอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการรับเลือกของสมาชิกผู้มีสิทธิพิจารณาการฟ้องร้องแต่ละคนอย่างชัดเจน ดังนั้นจึงให้เป็นไปตามที่กฎหมายบัญญัติหมวด 4 มาตรา 64(1) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

ภายใต้บทบัญญัติของรัฐธรรมนูญและกฎหมาย ผู้ใหญ่ทุกคนที่มีอายุ 18 ปีขึ้นไปมีสิทธิออกเสียงเลือกตั้งได้ผ่านการลงคะแนนเลือกตั้งลับ และผู้ที่ได้รับการเลือกจะได้รับความคุ้มครองบางประการจากการจับกุมตัวขณะกำลังมีการประชุมสภา สุนทรพจน์, การอภิปราย และการลงมติในสภายังได้รับความคุ้มครองจากเอกสิทธิ์ของสมาชิกรัฐสภา แต่ละสภามีหน้าที่ในการควบคุมให้สมาชิกของตนอยู่ในวินัย และการพิจารณาไตร่ตรองทั้งสิ้นล้วนเป็นสาธารณะ เว้นแต่สองในสามหรือมากกว่าของสมาชิกแต่ละสภายื่นญัตติเป็นอย่างอื่น อีกทั้งสภานิติบัญญัติแห่งชาติจำเป็นที่จะต้องมีอย่างน้อยหนึ่งในสามของสมาชิกแต่ละสภาเพื่อให้ครบองค์ประชุมหมวด 4 มาตรา 56(1) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) ข้อสรุปทุกข้อล้วนตัดสินใจมาจากสมาชิกส่วนใหญ่ที่ปรากฏตัวอยู่ในสภา เว้นแต่จะบัญญัติไว้เป็นอย่างอื่นโดยรัฐธรรมนูญ และในกรณีที่คะแนนเสียงเท่ากัน ประธานมีสิทธิตัดสินข้อพิพาทดังกล่าว การถอดถอนสมาชิกสภาจะไม่สามารถกระทำได้ เว้นแต่เสียงส่วนใหญ่สองในสามหรือมากกว่าของสมาชิกที่ปรากฏอยู่ในสภาผ่านญัตติให้ถอดถอนหมวด 4 มาตรา 55 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

ภายใต้รัฐธรรมนูญ ต้องมีการเรียกประชุมสภาอย่างน้อย 1 ครั้งต่อปี คณะรัฐมนตรียังสามารถเรียกประชุมสภาวาระพิเศษเมื่อใดก็ได้ แต่จำเป็นที่จะต้องได้รับความเห็นชอบของสมาชิกทั้งหมดหนึ่งในสี่หรือมากกว่าหมวด 4 มาตรา 53 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) ในระหว่างการเลือกตั้ง มีการยุบลงของสภาผู้แทนราษฎรแต่เพียงสภาเดียวเท่านั้น อย่างไรก็ตาม ราชมนตรีสภาจะไม่ยุบแต่จะปิดลงและสามารถเรียกประชุมวาระฉุกเฉินได้ในกรณีเกิดภาวะเร่งด่วนระดับชาติหมวด 4 มาตรา 42(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) จักรพรรดิสามารถเรียกประชุมสภาและยุบสภาผู้แทนราษฎรได้โดยคำแนะนำของคณะรัฐมนตรี

ในการที่ร่างกฎหมายจะประกาศให้เป็นกฎหมาย จะต้องได้รับการอนุมัติจากทั้งสองสภาของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ, ลงนามโดยรัฐมนตรี และลงนามกำกับโดยนายกรัฐมนตรี จากนั้นจึงประกาศอย่างเป็นทางการโดยจักรพรรดิ อย่างไรก็ตามไม่มีข้อกฎหมายกำหนดอำนาจของจักรพรรดิในการคัดค้านร่างกฎหมาย

 สภาผู้แทนราษฎร 
thumb|240px|โถงสภาผู้แทนราษฎร

สภาผู้แทนราษฎรญี่ปุ่น  เป็นสภาล่างที่มีสมาชิกสภาได้รับเลือกทุก 4 ปี หรือเมื่อมีการยุบสภาจะดำรงตำแหน่งวาระ 4 ปีหมวด 4 มาตรา 45 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) จวบจนถึงวันที่ 18 พฤศจิกายน ค.ศ. 2017 สภาผู้แทนราษฎรมีสมาชิก 465 คน ในบรรดาเหล่านั้น สมาชิก 176 คนได้รับเลือกจาก 11 ผู้ที่มีสิทธิเลือกตั้งในเขตเลือกตั้งหลายคนโดยระบบสัดส่วนแบบบัญชีรายชื่อ และสมาชิกอีก 289 คนได้รับเลือกจากผู้ที่มีสิทธิเลือกตั้งหนึ่งเขตเลือกตั้งหนึ่งคน ต้องการ 233 ที่นั่งเพื่อเป็นเสียงข้างมาก สภาผู้แทนราษฎรเป็นสภาที่มีอำนาจมากที่สุดจากทั้งสอง สภาผู้แทนราษฎรสามารถใช้อำนาจยับยั้งต่อร่างพระราชบัญญัติต่าง ๆ ที่เสนอโดยราชมนตรีสภาได้เมื่อสภาได้รับเสียงข้างมากสองในสาม อย่างไรก็ตาม นายกรัฐมนตรีสามารถสั่งให้ยุบสภาผู้แทนราษฎรได้ทุกเมื่อตามอัธยาศัย สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรต้องเป็นชาวญี่ปุ่น บุคคลผู้ซึ่งอายุมากกว่า 18 ปีมีสิทธิที่จะลงคะแนนเสียงได้ ขณะที่ผู้ที่มีอายุมากกว่า 25 ปีสามารถลงรับสมัครเลือกตั้งสภาล่างนี้ได้

อำนาจนิติบัญญัติของสภาผู้แทนราษฎรนั้นถือได้ว่ามีอำนาจเหนือกว่าราชมนตรีสภา เพราะแม้ว่าราชมนตรีสภาสามารถใช้อำนาจยับยั้งมติที่ได้รับการตัดสินใจส่วนใหญ่ของสภาผู้แทนราษฎรได้ก็ตาม แต่อย่างไรก็ตามเป็นเพียงมาตรการชั่วคราวในการชะลอข้อตัดสินใจต่าง ๆ ได้แก่ การตราสนธิสัญญา การจัดสรรงบประมาณ และการคัดเลือกนายกรัฐมนตรี เป็นต้น ในทางกลับกัน นายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรีสามารถยุบสภาผู้แทนราษฎรเมื่อใดก็ได้หากต้องการ

การพิจารณาว่าการยุบสภาผู้แทนราษฎรนั้นเป็นทางการแล้วได้ต่อเมื่อมีการเตรียมสารตราประกาศการยุบสภา และสภาจะยุบลงตามธรรมเนียมปฏิบัติโดยพระราชพิธียุบสภา ที่มีลำดับพิธีการดังนี้:Japanese PM dissolves lower house of parliament, calls snap elections 일본 중의원 해, journal télévisé, Arirang News, 21 novembre 2014 - une partie des phases et éléments la cérémonie peut être vue en arrière-plan
 สารตราประทับตรายางโดยจักรพรรดิ และห้อหุ่มด้วยผ้าไหมสีม่วงอันเป็นสัญลักษณ์ว่าสารตรานั้นกระทำในนามของประชาชน
 นำสารตราส่งไปยังเลขาธิการคณะรัฐมนตรีที่ห้องรับรองประธานสภาผู้แทนราษฎร
 นำสารตราไปยังโถงที่ประชุมสภาสำหรับการเตรียมการโดยเลขาธิการฯ
 เลขาธิการฯ เตรียมสารตราเพื่อให้ประธานสภาฯ อ่าน
 ประธานสภาผู้แทนราษฎร ประกาศการยุบสภาอย่างทันท่วงที
 สภาผู้แทนราษฎรยุบลงอย่างเป็นทางการ

นอกจากนี้ยังมีขนบธรรมเนียมที่หลังการยุบสภาผู้แทนราษฎรนั้นสำเร็จแล้ว สมาชิกสภาจะเปล่งเสียงบันไซสามครั้ง (萬歲)

 ราชมนตรีสภา 
thumb|239px|โถงราชมนตรีสภา

ราชมนตรีสภา  เป็นสภาสูงที่มีกึ่งหนึ่งของสมาชิกสภาได้รับการเลือกทุก 3 ปี เพื่อดำรงตำแหน่งวาระ 6 ปี จวนจนถึงวันที่ 18 พฤศจิกายน ค.ศ. 2017 ราชมนตรีสภามีสมาชิก 242 คน โดยสมาชิก 73 คนของสมาชิกสภาทั้งหมดได้รับเลือกจาก 47 เขตจังหวัดผ่านระบบการลงคะแนนแบบเสียงเดียวโอนไม่ได้ และสมาชิกอีก 48 คนได้รับเลือกผ่านการเลือกตั้งระบบสัดส่วนแบบบัญชีรายชื่อเปิด นายกรัฐมนตรีไม่สามารถสั่งให้ยุบราชมนตรีสภาได้ สมาชิกสภาราชมนตรีสภาต้องเป็นชาวญี่ปุ่น บุคคลผู้ซึ่งอายุมากกว่า 18 ปีมีสิทธิที่จะลงคะแนนเสียงได้ ขณะที่ผู้ที่มีอายุมากกว่า 30 ปีสามารถลงรับสมัครเลือกตั้งสภาสูงนี้ได้

ราชมนตรีสภาสามารถใช้อำนาจในการยับยั้งข้อตัดสินใจของสภาผู้แทนราษฎร อีกทั้งยังร้องขอให้สภาผู้แทนราษฎรทบทวนข้อตัดสินใจดังกล่าวได้ อย่างไรก็ตามสภาผู้แทนราษฎรสามารถยืนกรานตามข้อตัดสินใจเดิมโดยใช้อำนาจยับยั้งซ้อนทับอีกครั้งหากสมาชิกที่แสดงตนในสภาสองในสามเห็นด้วย ในแต่ละปีและเมื่อมีความจำเป็น ราชมนตรีสภาเรียกประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติภายใต้คำแนะนำของคณะรัฐมนตรีเพื่อให้จัดการประชุมวาระสามัญหรือวิสามัญโดยจักรพรรดิได้ อย่างไรก็ตามก่อนที่จักรพรรดิจะเรียกประชุมสภาพร้อมพระราชทานพระราชดำรัสต่อสภา ประธานสภาผู้แทนราษฎรจะเป็นผู้กล่าวสุนทรพจน์อย่างสั้นคนแรกก่อน

 ฝ่ายตุลาการ 
thumb|245px|อาคารศาลสูงสุด, เขตชิโยดะ, โตเกียว
thumb|240px|อาคารศาลสูงโตเกียว

ฝ่ายตุลาการของประเทศญี่ปุ่น แบ่งออกเป็น 4 ลำดับขั้น ประกอบด้วยศาลสูงสุด และศาลล่างอื่น ๆ อีก 4 ศาล ได้แก่ ศาลสูง ศาลจังหวัด ศาลครอบครัว และศาลแขวง ความเป็นอิสระของศาลจากอำนาจบริหารและนิติบัญญัติได้รับการประกันโดยรัฐธรรมนูญซึ่งบัญญัติไว้ว่า: "มิควรมีการสถาปนาศาลชำนัญพิเศษ (extraordinary tribunal) และมิควรให้องค์กรหรือหน่วยงานอื่นของอำนาจบริหารได้รับอำนาจทางตุลาการโดยสัมบูรณ์" อันเป็นส่วนหนึ่งของหลักที่รู้จักกันว่าการแยกใช้อำนาจ มาตรา 76 แห่งรัฐธรรมนูญบัญญัติไว้ว่าผู้พิพากษาศาลนั้นเป็นอิสระทางการใช้อำนาจด้วยสติสัมปชัญญะของผู้พิพากษาศาลและภายใต้ขอบเขตแห่งรัฐธรรมนูญและกฎหมายหมวด 6 มาตรา 76 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) โดยสามารถถอดถอนผู้พิพากษาศาลได้ผ่านการฟ้องให้ขับออกจากตำแหน่งสาธารณะ หรือหากไม่มีการฟ้องร้องดังกล่าว สามารถถอดถอนผู้พิพากษาศาลได้ต่อเมื่อศาลสั่งให้ผู้พิพากษาศาลเป็นบุคคลไร้ความสามารถทั้งด้านจิตใจและร่างกายในการปฏิบัติหน้าที่ของตนหมวด 6 มาตรา 78 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) รัฐธรรมนูญยังอีกทั้งปฏิเสธอำนาจสำหรับองค์กรบริหารหรือหน่วยงานใด ๆ ในการพิจารณาโทษทางวินัยต่อผู้พิพากษา อย่างไรก็ตามอาจถอดถอนผู้พิพากษาศาลสูงสุดได้หากเสียงส่วนมากในการลงประชามติเห็นชอบภายใต้กรณีที่การลงประชามติจะต้องเกิดขึ้นระหว่างการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งแรกของสภาผู้แทนราษฎรในสภานิติบัญญัติแห่งชาติหลังจากการแต่งตั้งผู้พิพากษาศาล และหลังจากการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งแรกในระยะเวลา 10 ปีหมวด 6 มาตรา 79(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) การพิจารณาคดีจะต้องกระทำและประกาศคำตัดสินอย่างเป็นสาธารณะ เว้นแต่ศาล "เห็นควรอย่างเป็นเอกฉันท์ว่าความเป็นสาธารณะนั้นอาจสร้างความอันตรายต่อความสงบเรียบร้อยหรือศีลธรรมอันดีของประชาชน" แต่การพิจารณาคดีความผิดเกี่ยวกับการเมือง ความผิดเกี่ยวกับสื่อมวลชน และคดีที่สิทธิของบุคคลได้รับการประกันโดยรัฐธรรมนูญซึ่งไม่สามารถถือว่าจะพิจารณาคดีได้อย่างลับหมวด 6 มาตรา 82(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) ผู้พิพากษาศาลได้รับการแต่งตั้งโดยคณะรัฐธรรมนูญผ่านการรับรองโดยจักรพรรดิ ขณะที่ประธานศาลสูงสุดได้รับการแต่งตั้งโดยจักรพรรดิด้วยพระองค์เองภายใต้คำแนะนำและการเสนอชื่อของคณะรัฐมนตรี ซึ่งในทางปฏิบัติมักจะได้รับคำแนะนำจากอดีตประธานศาลสูงสุด

ระบบกฎหมายในประเทศญี่ปุ่นได้รับอิทธิพลทางประวัติศาสตร์จากกฎหมายจีนที่พัฒนาอย่างเป็นอิสระในยุคเอโดะผ่านบทบัญญัติต่าง ๆ อย่างประชุมราชนีติ (公事方御定書, Kujikata Osadamegaki) แต่อย่างไรก็ตาม หลังการฟื้นฟูพระราชอำนาจสมัยเมจิระบบกฎหมายได้รับการเปลี่ยนแปลง และส่วนใหญ่ได้รับต้นแบบจากระบบกฎหมายซีวิลลอว์ของยุโรปในตอนนี้ นอกจากนี้การบังคับใช้จนถึงปัจจุบันของประมวลกฎหมายแพ่งได้รับการอิงจากต้นแบบของเยอรมัน การนำระบบลูกขุนผสมมาใช้พึ่งเริ่มต้นขึ้นได้ไม่นาน และอีกทั้งระบบกฎหมายยังยอมรับบัญญัติสิทธิมาตั้งแต่วันที่ 3 มีนาคม ค.ศ. 1947 นอกจากนี้หกประมวลยังเป็นองค์ประกอบหลักของกฎหมายซีวิลลอว์ญี่ปุ่น

กฎหมายลายลักษณ์อักษรทั้งสิ้นในประเทศญี่ปุ่นจะต้องได้รับการประทับตรายางโดยจักรพรรดิด้วยพระราชลัญจกรแห่งจักรพรรดิ (天皇御璽, Tennō Gyoji) และไม่มีกฎหมายใดจะนำไปบังคับใช้โดยปราศจากการลงนามโดยคณะรัฐมนตรี การลงนามกำกับโดยนายกรัฐมนตรี และการประกาศใช้เป็นกฎหมายโดยจักรพรรดิหมวด 5 มาตรา 74 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)หมวด 1 มาตรา 7(1) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

 ศาลสูงสุด 
thumb|อาคารศาลสูงสุดญี่ปุ่น
ศาลสูงสุด หรือ ศาลฎีกา  เป็นศาลลำดับขั้นสุดท้ายและมีอำนาจพิจารณาทบทวนโดยศาลตามที่บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญว่า "ศาลลำดับขั้นสุดท้ายมีอำนาจในการกำหนดความเป็นรัฐธรรมนูญของกฎหมาย คำสั่ง ข้อบังคับ หรือพระราชบัญญัติใด ๆ"หมวด 6 มาตรา 81 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) ศาลสูงสุดยังอีกทีมีหน้าที่ในการเสนอชื่อผู้พิพากษาศาลล่างและกำหนดกระบวนการทางตุลาการ ควบคุมดูแลระบบตุลาการ การปฏิบัติหน้าที่ของพนักงานอัยการ และรักษาไว้ซึ่งระเบียบวินัยของผู้พิพากษาศาลและบุคคลากรทางตุลาการอื่น ๆ

 ศาลสูง 
ศาลสูง  มีอำนาจในการรับฟังคำอุทธรณ์ต่อคำชี้ขาดของศาลจังหวัดและศาลครอบครัว ยกเว้นคดีที่อยู่ภายใต้เขตอำนาจของศาลสูงสุด การอุทธรณ์คดีอาญานั้นจะอยู่ภายใต้การดูแลของศาลสูงโดยตรง แต่คดีแพ่งจะมีศาลจังหวัดเป็นศาลแรกที่รับดูแลคดีก่อน ในประเทศญี่ปุ่นมีศาลสูงอยู่ 8 ศาล: ศาลสูงโตเกียว, โอซากะ, นาโงยะ, ฮิโรชิมะ, ฟูกูโอกะ, เซ็นได, ซัปโปโร และทากามัตสึ

 ระบบราชทัณฑ์ 
ระบบราชทัณฑ์  อยู่ภายใต้การควบคุมของกระทรวงยุติธรรม เป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการยุติธรรม มีจุดประสงค์เพื่อขัดเกลาทางสังคม, เปลี่ยนแปลง และฟื้นฟูผู้กระทำความผิด กรมราชทัณฑ์ของกระทรวงฯ ดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับระบบเรือนจำผู้ใหญ่, ระบบราชทัณฑ์เยาวชน และสถานพัฒนาสตรี 3 แหล่ง ขณะที่กรมฟื้นฟูผู้ต้องขังดำเนินงานเกี่ยวกับระบบการคุมประพฤติและระบบการปล่อยตัวชั่วคราว

 การปกครองส่วนท้องถิ่น 
thumb|300px|เขตการปกครองในประเทศญี่ปุ่น

ตามความในมาตรา 92 แห่งรัฐธรรมนูญ การปกครองส่วนท้องถิ่น  มีองค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นซึ่งมีกฎหมายกำหนดโครงสร้างและหน้าที่ให้สอดคล้องกับหลักแห่งการปกครองตนเองส่วนท้องถิ่นมาตรา 92, 93, 94 และ 95 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947) p463-480 กฎหมายแม่ที่บัญญัตินั้นคือกฎหมายปกครองตนเองท้องถิ่น องค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นได้รับอำนาจบริหารและอำนาจนิติบัญญัติที่จำกัดโดยรัฐธรรมนูญ ผู้ว่าราชการจังหวัด นายกเทศมนตรี และสมาชิกของสภาต่าง ๆ ต้องได้รับการเลือกโดยประชาชนอย่างเป็นประชาธิปไตย

กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสารแทรกแซงองค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นอย่างเห็นได้ชัด เช่นเดียวกันกระทรวงอื่น ๆ การแทรกแซงส่วนใหญ่มักจะเป็นเรื่องทางการเงิน เนื่องจากภาระหน้าที่ขององค์กรบริหารส่วนท้องถิ่นส่วนมากต้องการเงินทุนโดยกระทรวงของรัฐบาลกลาง ความสัมพันธ์เช่นนี้ได้รับการเรียกว่า "การปกครองตนเองแบบ 30%"三割自治 

ผลที่ได้จากอำนาจนี้คือการวางมาตรฐานนโยบายและโครงสร้างในระดับสูงของเขตปกครองตนเองท้องถิ่นที่แตกต่างกันซึ่งสามารถคงไว้ซึ่งความเป็นเอกลักษณ์ของแต่ละจังหวัด, นคร หรือเมืองได้ นอกจากนี้เขตการปกครองแบบชุมชนนิยม (collectivist jurisdiction) อย่างโตเกียวและเกียวโตได้ทดลองบังคับใช้นโยบายในด้านสวัสดิการสังคมซึ่งต่อมาได้รับการยินยอมโดยรัฐบาลแห่งชาติ

 องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 
ประเทศญี่ปุ่นแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 47 จังหวัด ได้แก่ 1 มหานคร (โตเกียว), 2 จังหวัดนคร (จังหวัดเกียวโต และจังหวัดโอซากะ), 43 จังหวัด และ 1 มลฑล (ฮกไกโด) แต่ละจังหวัดจะแบ่งออกเป็นอำเภอ บางจังหวัดอาจแบ่งออกเป็นกิ่งจังหวัดก่อนแล้วจึงแบ่งย่อยเป็นอำเภอ

เขตการปกครองส่วนท้องถิ่นระดับล่างของประเทศญี่ปุ่นเรียกว่า เทศบาล มี 3 ประเภท ได้แก่ นคร เมือง และหมู่บ้าน นครเป็นหน่วยการปกครองตนเองที่เป็นอิสระจากอำเภอ เพื่อที่จะได้สถานะนครมาครอง เขตการปกครองนั้นจะต้องมีผู้พำนักอาศัยอย่างน้อย 50,000 คน โดยร้อยละ 60 จากทั้งหมดจะต้องมีอาชีพแบบชาวเมือง (urban occupation) มีการแบ่งนครขนาดใหญ่ออกเป็นเขต และแบ่งย่อยต่อไปเป็นย่าน หรือบางครั้งเรียกว่าเมือง หรือชุมชน นอกจากนี้ยังมีเมืองที่ปกครองตนเองที่ไม่ได้ขึ้นอยู่กับนคร ซึ่งแตกต่างจากเมืองหรือย่านที่อยู่ภายใต้เขตของนครขนาดใหญ่ การบริหารของเมืองจะมีลักษณะเช่นเดียวกับนคร คือจะมีนายกเทศมนตรีเมืองและสภาเมืองที่ได้รับการเลือกผ่านการเลือกตั้ง ส่วนหมู่บ้านเป็นองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เล็กที่สุดในเขตชนบท ซึ่งมักจะประกอบด้วยหมู่บ้านขนาดเล็กหลาย ๆ แห่งที่มีประชากรรวมราวพันคน โดยหมู่บ้านขนาดเล็กเหล่านี้จะเชื่อมโยงซึ่งกันและกันผ่านขอบค่ายการบริหารงานหมู่บ้านที่ได้มีการกำหนดไว้อย่างเป็นทางการ หมู่บ้านจะมีนายกเทศมนตรีหมู่บ้านและสภาหมู่บ้านที่ได้รับเลือกโดยประชาชนเพื่อดำรงตำแหน่งวาระ 4 ปี

 โครงสร้าง 
ในแต่ละเขตการปกครองจะมีผู้บริหารสูงสุดที่เรียกว่าผู้ว่าราชการจังหวัด (知事, Chiji) ในระดับจังหวัด และนายกเทศมนตรี (市町村長, Shichōsonchō) ในระดับเทศบาล เขตการปกครองส่วนใหญ่จะมีสภาท้องถิ่น (議会, Gikai) แบบระบบสภาเดี่ยว อย่างไรก็ตามเมืองและหมู่บ้านสามารถเลือกให้มีการปกครองตนเองโดยตรงจากประชาชนเพื่อจัดตั้งสมัชชาสามัญ (総会, Sōkai) ได้ ทั้งฝ่ายบริหารและสภาต่าง ๆ ได้รับเลือกโดย	คะแนนเสียงของผู้มีสิทธิเลือกตั้งทุก ๆ 4 ปีหมวด 8 มาตรา 93(2) แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น (1947)

การปกครองท้องถิ่นนั้นเป็นไปตามแบบจำลองดัดแปลงของการแยกใช้อำนาจที่ใช้ในรัฐบาลแห่งชาติ สมัชชาสามารถมีมติเห็นชอบการอภิปรายไม่ไว้วางใจต่อฝ่ายบริหารได้ ในกรณีนั้น ฝ่ายบริหารจะต้องยุบสภาท้องถิ่นภายใน 10 วัน หากไม่ทำเช่นนั้นจะไม่สูญเสียตำแหน่งของตนไปโดยอัตโนมัติ อย่างไรก็ตามหลังจากการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปครั้งถัดไป ฝ่ายบริหารจะยังคงอยู่ในตำแหน่งเว้นแต่สภาองค์ใหม่จะมีมติเห็นชอบญัตติไม่ไว้วางใจอีกครั้ง

ขั้นตอนในชั้นปฐมภูมิของการตรากฎหมายนั้นคือข้อบัญญัติท้องถิ่น (条例, Jōrei) และ ข้อบังคับท้องถิ่น (規則, Kisoku) ข้อบัญญัติที่มีความคล้ายคลึงกับพระราชบัญญัติในระบบแห่งชาตินั้นจะผ่านโดยสมัชชาสามัญและอาจกำหนดโทษทางอาญาแบบจำกัดสำหรับบุคคลที่ละเมิดข้อบัญญัติดังกล่าว (จำคุกสูงสุด 2 ปี หรือปรับ 1 ล้านเยน หรือทั้งจำและปรับ) ขณะที่ข้อบังคับซึ่งคล้ายคลึงกับคำสั่งคณะรัฐมนตรีในระบบแห่งชาตินั้นจะผ่านโดยฝ่ายบริหารเพียงฝ่ายเดียวเท่านั้นและจะแทรกแทนข้อบัญญัติใด ๆ ที่ขัดแย้งกับข้อบังคับดังกล่าว ทั้งนี้ฝ่ายบริหารสามารถกำหนดโทษได้เพียงโทษปรับสูงสุด 50,000 เยน

การปกครองท้องถิ่นยังอีกทั้งมีคณะกรรมการที่หลากหลาย เช่น คณะกรรมการบริหารโรงเรียน, คณะกรรมการความปลอดภัยสาธารณะ (มีหน้าที่ในการกำกับดูแลตำรวจ) คณะกรรมการบริหารงานบุคคล, คณะกรรมการการเลือกตั้ง และคณะกรรมการตรวจสอบบัญชี คณะกรรมการเหล่านี้อาจได้รับการเลือกผ่านการเลือกตั้งหรือเลือกโดยสภาหรือฝ่ายบริหารหรือทั้งสอง

จังหวัดทุกจังหวัดจำเป็นที่จะต้องมีส่วนราชการฝ่ายทั่วไป, ฝ่ายการเงิน, ฝ่ายสวัสดิการ, ฝ่ายสาธารณสุข และฝ่ายแรงงาน ขณะที่ฝ่ายเกษตรกรรม, ฝ่ายการประมง, ฝ่ายป่าไม้, ฝ่ายการค้า และฝ่ายอุตสาหกรรมเป็นทางเลือกโดยขึ้นอยู่กับความต้องการในพื้นที่นั้น ๆ ผู้ว่าราชการจังหวัดมีหน้าที่กำกับดูแลในทุกกิจกรรมซึ่งได้รับการสนับสนุนจากภาษีบำรุงท้องที่หรือรัฐบาลแห่งชาติ