# ยุคมูโรมาจิ
ยุคมูโรมาจิ  ตรงกับ ค.ศ. 1336–1568 ครึ่งหลังของศตวรรษที่ 14 อาชิกางะ โยชิมิตสึ ได้ปราบปรามชนชั้นปกครองลงอย่างราบคาบ และตั้งรัฐบาลโชกุนขึ้นอีกครั้งที่ เคียวโตะ  ซึ่งรัฐบาลโชกุนนี้ได้ปกครองญี่ปุ่นต่อมาเป็นเวลานานถึงสองศตวรรษเศษอันเป็นช่วงเวลาที่วัฒนธรรมของชนชั้นนักรบก็ได้กลืนวัฒนธรรมของชนชั้นปกครองลงอย่างราบคาบเช่นเดียวกัน อย่างไรก็ตามรัฐบาลโชกุนของตระกูลอาชิกางะ เกิดจากการรวมตัวของขุนศึกสำคัญ ๆ ตามหัวเมืองต่าง ๆ เข้าด้วยกัน จึงเป็นธรรมดาที่การรวบอำนาจให้รัฐบาลมีเสถียรภาพนั้นเป็นไปได้อย่างลำบาก ดังนั้นในครึ่งหลังศตวรรษที่ 15 เป็นต้นมา ขุนศึกตามหัวเมืองต่าง ๆ จึงเริ่มทำสงครามแย่งชิงอำนาจกัน จนทั้งประเทศญี่ปุ่นตกเข้าสู่ยุคสงคราม ภายในยุคนี้เป็นยุคที่ชนชั้นนักรบมีอำนาจเหนือเกษตรกรและมีกรรมสิทธิเหนือที่ดินจึงเป็นการปกครองระบบศักดินาโดยสมบูรณ์ ด้านเศรษฐกิจก็เจริญรุ่งเรืองมาก เนื่องจากทำการค้ากับจีนสมัยหมิงด้านวัฒนธรรม ลัทธิเซนเป็นส่วนเพิ่มเติมให้กับวัฒนธรรมของชนชั้นปกครองและชนชั้นนักรบ ซึ่งเห็นรูปแบบได้จากตำหนักทอง (Kinkaku) ในปลายศตวรรษที่ 14 อันเป็นตัวแทนของวัฒนธรรมคิตายามะ (Kitayama) และตำหนักเงิน (Ginkaku) ในปลายศตวรรษที่ 15 อันเป็นตัวแทนของวัฒนธรรมฮิงะชิยะมะ (Higashiyama) การละคร อย่างเช่น โน เคียวเง็น และการต่อเพลง ก็เริ่มแพร่หลายสู่ประชาชนภายนอก ศิลปวัฒนธรรมดั้งเดิมของญี่ปุ่น อย่างเช่น พิธีชงชา การจัดดอกไม้ ก็เริ่มมีรากฐานมาจากยุคนี้ และในช่วงกลางศตวรรษที่ 16 พวกฝรั่ง เช่น ชาติโปรตุเกส และสเปนก็ได้นำอาวุธปืนยาวและศาสนาคริสต์เข้ามาเผยแพร่ที่ญี่ปุ่น 

 ประวัติศาสตร์ 
สมัยราชวงศ์เหนือใต้
พระจักรพรรดิโก-ไดโงะ หลังจากที่ทรงล้มล้างรัฐบาลโชกุนคามากูระแล้ว ได้ทรงรื้อฟื้นระบอบการปกครองอันมีองค์พระจักรพรรดิเป็นศูนย์กลางขึ้นมาใหม่ เรียกว่า การฟื้นฟูปีเค็มมุ (Kemmu Restoration) สร้างความไม่พอใจให้แก่ชนชั้นซามูไรซึ่งยังคงต้องการให้มีการปกครองของระบอบโชกุน ค.ศ. 1336 อาชิกางะ ทากาอูจิ ( ) มีชัยชนะเหนือทัพของพระจักรพรรดิโก-ไดโงะ ซึ่งนำโดย คูซูโนกิ มาซาชิเงะ  ในยุทธการที่มินาโตงาวะ  อาชิกางะ ทากาอูจิ เข้ายึดนครเคียวโตะได้สำเร็จ ตั้งพระจักรพรรดิโคเมียวขึ้นเป็นพระจักรพรรดิองค์ใหม่ ส่วนพระจักรพรรดิโก-ไดโงะเสด็จหลบหนีไปยังเมืองโยชิโนะ (จังหวัดนะระในปัจจุบัน) และทรงจัดตั้งราชสำนักใหม่ขึ้น ณ ที่แห่งนั้น ประเทศญี่ปุ่นจึงมีพระจักรพรรดิสองพระองค์ในเวลาเดียวกัน องค์ซึ่งประทับอยู่ที่เมืองเกียวโต เรียกว่า พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ และองค์ที่ประทับอยู่ที่เมืองโยชิโนะ เรียกว่า พระราชวงศ์ฝ่ายใต้ เป็นจุดเริ่มต้นของ สมัยราชวงศ์เหนือใต้ หรือ "นัมโบกูโช"  อาชิกางะ ทากาอูจิ ซึ่งสืบเชื้อสายมาจากตระกูลเซวาเง็งจิ  หรือ ตระกูลมินาโมโตะ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็น เซอิไทโชงุง ( ) เป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลโชกุนอาชิกางะและสมัยมูโรมาจิ ซึ่งรัฐบาลโชกุนถวายการสนับสนุนแด่พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ

โชกุนอาชิกางะ ทากาอูจิ และน้องชายคือ อาชิกางะ ทาดาโยชิ  ปกครองประเทศญี่ปุ่นร่วมกัน จนกระทั่งเกิดความขัดแย้งระหว่างสองพี่น้อง เนื่องจากโชกุนทากาอุจิ ให้การสนับสนุนแก่ โค โนะ โมโรนาโอะ  ซึ่งเป็นคู่แข่งทางการเมืองของทาดาโยชิ ใน ค.ศ. 1349 ทาดาโยชิถูกอัปเปหิออกจากรัฐบาลโชกุน และแปรพักตร์ไปเข้ากับพระราชวงศ์ฝ่ายใต้ เกิดเป็น สงครามปีคันโน  ทาดาโยชิยกทัพของพระราชวงศ์ฝ่ายใต้เข้าโจมตีเมืองเกียวโต สองพี่น้องเจรจาทำสัญญาสงบศึก ทาดาโยชิเดินทางไปจัดตั้งรัฐบาลของตนเองที่เมืองคามากูระ แต่กลับถูกทาดาอูจิพี่ชายวางยาพิษสังหารในที่สุด 

พระราชวงศ์ฝ่ายใต้ ซึ่งมีผู้นำทางทหารคือ คูซูโนกิ มาซาโนริ  ยกทัพเข้าบุกยึดเมืองเกียวโตได้สำเร็จใน ค.ศ. 1353 ค.ศ. 1355 และ ค.ศ. 1362 แต่ฝ่ายรัฐบาลโชกุนสามารถยึดนครเกียวโตกลับมาได้ทุกครั้ง ใน ค.ศ. 1358 โชกุนทากาอุจิถึงแก่อสัญกรรม อาชิกางะ โยชิอากิระ  บุตรชายขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนสืบต่อแทน ใน ค.ศ. 1362 โชกุนโยชิอากิระจัดตั้งตำแหน่งคังเร  หรือผู้สำเร็จราชการแทนโชกุน โดยผู้ดำรงตำแหน่งคังเรมาจากสามตระกูลได้แต่ โฮโซกาวะ  ฮาตาเกยามะ  และชิบะ  ค.ศ. 1365 เจ้าชายคาเนโยชิ  ซึ่งเป็นพระโอรสของพระจักรพรรดิโก-ไดโงะ สร้างกองกำลังต่อต้านรัฐบาลโชกุนและเข้ายึดครองเกาะคีวชู ใน ค.ศ. 1368 โชกุนโยชิอากิระล้มป่วยและถึงแก่อสัญกรรมอย่างกระทันหัน ทำให้อาชิกางะ โยชิมิตสึ  บุตรชายของโยชิอากิระซึ่งมีอายุเพียงเก้าปี ต้องขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นโชกุนคนต่อมา 
left|thumb|คฤหาสน์ ฮะนะ โนะ โงะโชะ
เนื่องจากโชกุนโยชิมิตสึยังอายุน้อย อำนาจปกครองจึงอยู่คังเรโฮโซกาวะ โยริยูกิ  ค.ศ. 1370 คังเรโยริยูกิส่งอิมางาวะ ซาดาโยะ  นำทัพของรัฐบาลโชกุนฯ ไปปราบเจ้าชายคาเนโยชิที่เกาะคีวชูได้สำเร็จ ใน ค.ศ. 1378 คฤหาสน์แห่งใหม่ของโชกุนโยชิมิตสึสร้างขึ้นแล้วเสร็จ เรียกว่า ฮานะ โนะ โงโชะ  หรือ มูโรมาจิ โดโนะ  ซึ่งจะกลายเป็นที่พำนักของโชกุนตระกูลอาชิกางะไปจนตลอดสมัยมูโรมาจิ ใน ค.ศ. 1379 คังเร โยริยูกิถูกกดดันให้ลาออกจากตำแหน่ง ทำให้โชกุนโยชิมิตสึมีโอกาสขึ้นมามีอำนาจในการบริหารประเทศอย่างเต็มที่ ในค.ศ. 1392 โชกุนโยชิมิตสึจัดให้มีการเจรจาข้อตกลงระหว่างราชวงศ์ฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้ โดยพระราชวงศ์ฝ่ายใต้ยินยอมมอบเครื่องราชกกุธภัณฑ์สามอย่าง (Three Sacred Treasures) อันเป็นสัญลักษณ์ของราชสมบัติญี่ปุ่น ให้แก่พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ เท่ากับเป็นการยอมรับว่าพระจักรพรรดิที่เมืองเกียวโตนั้นเป็นพระจักรพรรดิแห่งญี่ปุ่นแต่เพียงพระองค์เดียว เป็นการยุติสมัยราชวงศ์เหนือใต้

 สมัยแห่งความรุ่งเรืองทางวัฒนธรรมและการติดต่อกับต่างชาติ 
link=https://th.wikipedia.org/wiki/%E0%B9%84%E0%B8%9F%E0%B8%A5%E0%B9%8C:Kinkaku-ji_the_Golden_Temple_in_Kyoto_overlooking_the_lake_-_high_rez.JPG|thumb|วัดคิงกะกุ
ใน ค.ศ. 1394 โชกุนโยชิมิตสึสละตำแหน่งโชกุนให้แก่อาชิกางะ โยชิโมจิ ผู้เป็นบุตรชาย โยชิมิตสึดำรงตำแหน่งเป็น โอโงโชะ  หรืออดีตโชกุนแทน พร้อมทั้งบรรพชาเป็นพระภิกษุในพุทธศาสนานิกายเซน แม้ว่าจะสละตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายแล้ว แต่อำนาจการปกครองยังคงอยู่ที่ โอโงโชะ โยชิมิตสึ ใน ค.ศ. 1401 โอโงโชะ โยชิมิตสึแต่งคณะทูตเดินทางไปยังนครปักกิ่งเพื่อเจริญสัมพันธไมตรีกับจีนราชวงศ์หมิง ปีต่อมา ค.ศ. 1402 จักรพรรดิเจี้ยนเหวินทรงแต่งตั้งให้โยชิมิตสึดำรงตำแหน่งเป็น "กษัตริย์แห่งญี่ปุ่น"  ในการติดต่อสัมพันธ์กับราชสำนักจีน เป็นการเริ่มต้นนำประเทศญี่ปุ่นเข้าสู่ระบอบบรรณาการจิ้มก้อง สมัยของโชกุนโยชิมิตสึเป็นสมัยแห่งความรุ่งเรืองทางด้านศิลปะวัฒนธรรมของญี่ปุ่นในสมัยมูโรมาจิ เรียกว่า สมัยวัฒนธรรมคิตายามะ  ตามชื่อเขาคิตายามะ อันเป็นที่ตั้งของ คฤหาสน์คิงกากุ  หรือ คฤหาสน์ศาลาทอง หรือปัจจุบันคือวัดคิงกากุ อันเป็นที่พำนักในช่วงบั้นปลายชีวิตของ โอโงโชะ โยชิมิตสึ การติดต่อทางการทูตกับจีนทำให้รัฐบาลโชกุนฯเปิดรับวัฒนธรรมจีน อันได้แก่ พุทธศาสนานิกายเซน พิธีชงชา ศิลปะการจัดสวน เป็นต้น โยชิมิตสึอุปถัมภ์พุทธศาสนานิกายเซ็น โอโงโชะ โยชิมิตสึถึงแก่อสัญกรรมเมื่อ ค.ศ. 1408 โชกุนโยชิโมจิได้รับการอำนาจเต็มในการปกครอง โชกุนโยชิโมจิดำเนินนโยบายตรงข้ามกับบิดาในความสัมพันธ์กับประเทศจีน โดยการตัดสัมพันธไมตรีกับราชวงศ์หมิงใน ค.ศ. 1411 

ในสมัยมูโรมาจิชาวญี่ปุ่นล่องเรือออกทะเลเข้าปล้นสะดมเมืองท่าต่าง ๆ ของจีนและเกาหลีสร้างความเสียหายอย่างมาก เรียกว่า โจรสลัดญี่ปุ่น  ใน ค.ศ. 1398 พระเจ้าแทโจแห่งโชซ็อนทรงส่งราชทูตพัคทงชี (Pak Tong-chi) เข้ามาเจริญสัมพันธไมตรีกับญี่ปุ่น เพื่อประสานความร่วมมือในการปราบปรามโจรสลัดญี่ปุ่น แต่ไม่ประสบผล ใน ค.ศ. 1419 พระเจ้าแทจงทรงส่งทัพเรืองเกาหลีนำโดยแม่ทัพ ลีจงมู (Yi Jong-mu) เข้ารุกรานเกาะสึชิมะ เรียกว่า การรุกรานปีโอเอ  แม่ทัพลีจงมูนำทัพเรือเกาหลีเข้ารุกรานและปล้มสะดมเกาะสึชิมะ จากนั้นรัฐบาลโชกุนฯ และราชสำนักโชซ็อนจึงเจรจาสงบศึก โดยผ่านทาง โซ ซาดาโมริ  เจ้าครองเกาะสึชิมะ ใน ค.ศ. 1443 สนธิสัญญาคากิตสึ (เกาหลีเรียก สนธิสัญญาปีคเยแฮ Gyehae Treaty) ราชสำนักโชซ็อนมอบอำนาจให้ตระกูลโซ เจ้าครองเกาะสึชิมะ เป็นผู้ประสานงานในการติดต่อสัมพันธ์ระหว่างเกาหลีและญี่ปุ่น โดยที่ฝ่ายญี่ปุ่นมีหน้าที่ปราบปรามโจรสลัดญี่ปุ่น 

ค.ศ. 1423 โชกุนโยชิโมจิสละตำแหน่งให้แก่บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โยะชิกะซุ  ขึ้นเป็นโชกุนคนต่อมา ส่วนอดีตโชกุนโยะชิโมะชิดำรงตำแหน่งเป็น โอโงะโชะ เฉกเช่นเดียวกับบิดา แต่ทว่าโชกุนโยะชิกะซุดำรงตำแหน่งโชกุนได้เพียงสองปีก็ถึงแก่อสัญกรรมใน ค.ศ. 1425 และ โอโงะโชะ โยะชิโมะชิถึงแก่อสัญกรรมใน ค.ศ. 1428 น้องชายของ โอโงะโชะ โยะชิโมะชิคือ อะชิกะงะ โยะชิโนะริ  จึงขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นโชกุนคนต่อมาใน ค.ศ. 1429 โชกุนโยะชิโนะริฟื้นฟูความสัมพันธ์กับจีนราชวงศ์หมิงในปี ค.ศ. 1433 และจัดตั้งโทเซ็ง-บุเงียว  ขึ้นใน ค.ศ. 1434เพื่อดูแลเรื่องงานการทูตกับจีน  

นับตั้งแต่ ค.ศ. 1349 ปฐมโชกุนอะชิกะงะ ทะกะอุจิ ได้แต่งตั้งให้บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โมะโตะอุจิ  ดำรงตำแหน่งเป็น คันโตคังเร  ซึ่งเป็นผู้สำเร็จราชการแทนโชกุนในภูมิภาคตะวันออกของญี่ปุ่น คันโตคังเร พำนักอยู่ที่เมืองคะมะกุระและมีอำนาจเหนือซะมุไรในภูมิภาคคันโตและภาคตะวันออกทั้งมวล ด้วยอำนาจอันมหาศาลของ คันโตคังเร ทำให้ คันโตคังเร กลายเป็นคู่แข่งทางการเมืองของรัฐบาลโชกุนที่เมืองเกียวโต ในเวลาต่อมาตำแหน่ง คันโตคังเร ได้รับการขนานนามว่า คันโตคุโบ  แปลว่า โชกุนแห่งภูมิภาคคันโต ซึ่งคันโตคุโบมีผู้ช่วยเป็นผู้สำเร็จราชการอีกทอดหนึ่ง เรียกว่า ชิซึจิ ซึ่งเป็นตำแหน่งของตระกูลอุเอะซุงิ  ใน ค.ศ. 1416 คันโตคุโบ อะชิกะงะ โมะชิอุจิ  เกิดความขัดแย้งกับ ชิซึจิ อุเอะซุงิ เซ็งชู  อุเอะซุงิ เซ็งชู จึงก่อการกบฎยกทัพเข้ายึดเมืองคะมะกุระ ทำให้คันโตคุโบโมะชิอุจิต้องหลบหนีออกจากเมืองคะมะกุระ ใน ค.ศ. 1417 โชกุนโยะชิโมะชิส่งทัพของรัฐบาลโชกุนฯ เข้ายึดเมืองคะมะกุระคืนจากอุเอะซุงิเซ็งชูได้สำเร็จ และช่วยเหลือให้ คันโตคุโบ โมะชิอุจิกลับเข้าเมืองตามเดิม แต่ทว่าใน ค.ศ. 1438 คันโตคุโบ โมะชิอุจิต้องการตำแหน่งโชกุนที่เมืองเกียวโต จึงก่อการกบฎต่อโชกุนโยะชิโนะริ เรียกว่า สงครามปีเอเกียว  โชกุนโยชิโนะริส่งทัพเข้ายึดเมืองคะมะกุระได้สำเร็จ โมะชิอุจิทำการเซ็ปปุกุเสียชีวิต ทำให้ตำแหน่ง คันโตคุโบ ว่างลงและภูมิภาคตะวันออกของญี่ปุ่นตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของตระกูลอุเอะซุงิ  
left|thumb|คฤหาสน์ศาลาเงิน ซึ่งไม่ได้รับการปิดด้วยเงิน ต่อมากลายเป็นวัดกิงกะกุ
ใน ค.ศ. 1441 โชกุนโยะชิโนะริถูกลอบสังหารโดยเจ้าครองแคว้นชื่อว่า อะกะมะซึ มิซึซุเกะ  อะชิกะงะ โยะชิกะซึ  ผู้เป็นบุตรชายขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนต่อมาได้เพียงสองปีก็ถึงแก่อสัญกรรมในปี ค.ศ. 1443 อะชิกะงะ โยะชิมะซะ  บุตรชายอีกคนของโชกุนโยะชิโนะริจึงขึ้นเป็นโชกุน หลังจากที่โชกุนโยะชิมะซะสละตำแหน่งโชกุน กลายเป็น โอโงะโชะ ในปีค.ศ. 1473 โอโงะโชะ โยะชิมะซะสร้างคฤหาสน์ศาลาเงิน  ขึ้นใน ค.ศ. 1482 บนเขาฮิงะชิยะมะทางตะวันออกของนครเกียวโต เพื่อเป็นที่พำนึกในบั้นปลายชีวิตให้แก่ตนเองเฉกเช่นเดียวกับ โอโงะโชะ โยชิมิตสึซึ่งได้สร้างคฤหาสน์ศาลาทอง สมัยของโชกุนโยะชิมะซะเป็นสมัยแห่งความรุ่งเรืองทางศิลปวัฒนธรรมอีกสมัยหนึ่ง เรียกว่า สมัยวัฒนธรรมฮิงะชิยะมะ  ชนชั้นซะมุไรยังคงรับวัฒนธรรมจากจีนราชวงศ์หมิงอย่างต่อเนื่อง นำไปสู่การพัฒนาศิลปะด้านการจัดสวน การจัดดอกไม้ ละครโนะ และจิตรกรรมหมึก  

 สงครามปีโอนิงและยุคเซ็งโงะกุ 
เนื่องจากโชกุนโยะชิมะซะไม่มีบุตรชาย จึงมอบหมายให้น้องชายของตนคืออะชิกะงะ โยะชิมิ  เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งโชกุนใน ค.ศ. 1464 โดยที่อะชิกะงะ โยะชิมิ ได้รับการสนับสนุนจาก คังเร โฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ  แต่ทว่า มิไดโดะโกะโระฮิโนะ โทะมิโกะ  ได้ให้กำเนิดบุตรชายแก่โชกุนโยะชิมะซะอย่างไม่คาดฝันใน ค.ศ. 1465 ชื่อว่า อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ  ทำให้เกิดประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุน โดยที่ยะมะนะ โซเซ็ง  พ่อตาและคู่แข่งทางการเมืองของคังเรคะซึโมะโตะได้ใช้โอกาสนี้ให้การสนับสนุนแก่โยะชิฮิซะที่ยังเยาว์วัย จากประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุนกลายเป็นความขัดแย้งระหว่างซะมุไร ทั้งคังเรคะซึโมะโตะและยะมะนะโซเซ็งต่างซ่องสุมกำลังของตน โดยที่โฮะโวะกะวะตั้งมั่นอยู๋ทางตะวันออกของนครเกียวโต ในขณะที่ยะมะนะตั้งอยู่ทางตะวันตก เรียกว่า สงครามปีโอนิง  ซึ่งปะทุขึ้นใน ค.ศ. 1467 เมื่อทัพของทั้งสองฝ่ายเข้าห้ำหั่นกันกลางเมืองเกียวโต สร้างความเสียหายให้แก่วัดวาอารามและศาลเจ้าทั้งหลายในเมืองเกียวโต ใน ค.ศ. 1473 ทั้งโฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ และยะมะนะ โซเซ็ง ต่างล้มป่วยเสียชีวิต แม้กระนั้นสงครามยังไม่สิ้นสุดลง เนื่องจากโออุชิ มะซะฮิโระ  ยังคงให้การสนับสนุนแก่โยะชิมิ ในปีเดียวกันโชกุนโยะชิมะซะได้ยกตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ หลังจากสู้รบยาวนานสิบปี ทำให้ทั้งสองฝ่ายเหนื่อยล้า และโออุชิ มะซะฮิโระเดินทางออกจากเมืองเกียวโตไปในที่สุดเมื่อ ค.ศ. 1477 ผลของสงครามปีโอนิง ซึ่งเป็นสงครามที่ยืดเยื้อยาวนานสิบปี ทำให้เมืองเกียวโตถูกทำลายลงไปมาก ท่ามกลางสงครามโชกุนโยะชิมะซะกลับอาศัยอยู่แต่ในความหรูหราของคฤหาสน์ศาลาเงิน และเนื่องจากรัฐบาลโชกุนฯ ไม่มีอำนาจที่การยุติข้อพิพาธระหว่างซะมุไรในเหตุการณ์นี้ทำให้ในทางปฏิบัติรัฐบาลโชกุนฯสูญสิ้นอำนาจในการปกครองประเทศ และอำนาจถูกกระจายไปยังส่วนภูมิภาคแว่นแคว้นต่าง ๆ เจ้าครองแคว้นทั้งหลายต่างตั้งตนขึ้นเป็นอิสระ มีอำนาจเต็มในการปกครองแคว้นของตนแม้ว่าจะขึ้นกับรัฐบาลโชกุนแต่เพียงในนาม เรียกว่า ยุคเซ็งโงะกุ 

แม้ว่าจะสูญสิ้นอำนาจในการปกครองประเทศ แต่ภายในรัฐบาลโชกุนฯ ยังคงมีการแก่งแย่งอำนาจอย่างต่อเนื่อง หลังจากสงครามปีโอนิง รัฐบาลโชกุนฯ ตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของ คังเร และตระกูลโฮะโซะกะวะ หลังจากที่โฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ เสียชีวิต โฮะโซะกะวะ มะซะโมะโตะ  บุตรชายของคะซึโมะโตะ ขึ้นดำรงตำแหน่งเป็น คังเร และสืบทอดอำนาจต่อจากบิดา โชกุนโยะชิฮิซะถึงแก่อสัญกรรมใน ค.ศ. 1487 โดยปราศจากทายาท โอโงะโชะ โยะชิมะซะจึงฟื้นฟูความสัมพันธ์กับโยะชิมิผู้เป็นน้องชาย และให้บุตรชายของโยะชิมิคือ อะชิกะงะ โยะชิตะเนะ  เป็นทายาทสืบทอดตำแหน่งโชกุน โอโงะโชะ โยะชิมะซะถึงแก่อสัญกรรมเมื่อ ค.ศ. 1490 โยะชิตะเนะจึงขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนต่อมา แต่ทว่าโชกุนโยะชิตะเนะเกิดความขัดแย้งกับ คังเร โฮะโซะกะวะ มะซะโมะโตะ จนนำไปสู่การที่โชกุนโยะชิตะเนะถูกคังเรบีบบังคับให้ออกจากตำแหน่งและหลบหนีไปยังแคว้นซุโอ (จังหวัดยะมะงุชิในปัจจุบัน) ใน ค.ศ. 1501 คังเร มะซะโมะโตะจึงยกให้อะชิกะงะ โยะชิซุมิ  ขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนแทนเป็นหุ่นเชิดของตน เนื่องจาก คังเร มะซะโมะโตะมีศัตรูทางการเมืองจำนวนมาก ทำให้ คังเร มะซะโมะโตะถูกลอบสังหารใน ค.ศ. 1508 อดีตโชกุนโยะชิตะเนะจึงเดินทางเข้าเมืองเกียวโตดำรงตำแหน่งเป็นโชกุนอีกครั้ง ภายใต้ความคุ้มครองของโออุชิ โยะชิโอะกิ  เจ้าครองแคว้นซุโอ และโฮะโซะกะวะ ทะกะกุนิ  เมื่อกลับมาดำรงตำแหน่งโชกุนอีกครั้ง โยะชิตะเนะพบว่าตนเองตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของ คังเร คนใหม่คือ โฮะโซะกะวะ ทะกะกุนิ โชกุนโยะชิตะเนะจึงหลบหนีออกจากเมืองเกียวโตอีกครั้งใน ค.ศ. 1521 คังเร ทะกะกุนิยกให้อะชิกะงะ โยะชิฮะรุ  ขึ้นเป็นโชกุนแทน ใน ค.ศ. 1527 โฮะโซะกะวะ ฮะรุโมะโตะ  ยกทัพเข้ายึดรัฐบาลโชกุนฯ ทำให้ทะกะกุนิต้องหลบหนีออกจากเกียวโต คังเร ฮะรุโมะโตะส่งกองทัพไปสังหารอดีต คังเร ทะกะกุนิใน ค.ศ. 1531 และปลดโชกุนโยะชิฮะรุออกจากตำแหน่ง ตั้งอะชิกะงะ โยะชิเตะรุ  ขึ้นเป็นโชกุนแทน 

ท่ามกลางความสับสนทางการเมืองของญี่ปุ่นในยุคเซ็งโงะกุ ชาวโปรตุเกสได้เดินเรือมาถึงยังประเทศญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกใน ค.ศ. 1543 โดยขึ้นฝั่งที่เกาะทะเนะงะชิมะ (จังหวัดคะโงะชิมะในปัจจุบัน) ซึ่งชาวโปรตุเกสได้เข้ามาติดต่อค้าขายกับไดเมียวต่าง ๆ บนเกาะคีวชู และเผยแผ่ศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก ชาวญี่ปุ่นเรียกชาวตะวันตกผู้มาใหม่ว่า "นัมบัน"  แปลว่า อนารยชนจากทิศใต้ ชาวโปรตุเกสได้นำวิทยาการสงครามปืนไฟและปืนคาบศิลามาให้แก่ชาวญี่ปุ่นได้รู้จัก ซึ่งส่งผลอย่างใหญ่หลวงต่อการทำสงครามกลางเมืองระหว่างแคว้นของญี่ปุ่น แล้วภายหลังญี่ปุ่นก็ได้พัฒนาปืนไฟขึ้นมาใช้งานเอง 

 จุดจบของรัฐบาลโชกุน 
ใน ค.ศ. 1549 มิโยะชิ โชเก  และมะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ  ยกทัพเข้ายึดนครเกียวโตจากคังเรฮะรุโมะโตะ เป็นการสิ้นสุดอำนาจของตระกูลโฮะโซะกะวะเหนือรัฐบาลโชกุนที่เป็นมากว่าเจ็ดสิบปี ทั้งมิโยะชิ โชเก และมะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ ขึ้นมามีอำนาจเหนือรัฐบาลโชกุนจนนำไปสู่ความขัดแย้งกับโชกุนโยะชิเตะรุ ใน ค.ศ. 1565 มะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ ส่งกำลังคนไปทำการลอบสังหารโชกุนโยะชิเตะรุถึงแก่อสัญกรรม อะชิกะงะ โยะชิอะกิ  ผู้เป็นน้องชายของโชกุนโยะชิเตะรุ จึงเดินทางหลบหนีเพื่อไปขอความช่วยเหลือจาก โอะดะ โนะบุนะงะ  เพื่อทำการแก้แค้นให้แก่พี่ชาย โอะดะ โนะบุนะกะ ยกทัพเข้ายึดเมืองเกียวโตใน ค.ศ. 1568 และตั้งอะชิกะงะ โยะชิอะกิ ขึ้นเป็นโชกุนหุ่นเชิด แต่ทว่าต่อมาโชกุนโยะชิอะกิเกิดความขัดแย้งกับโอะดะ โนะบุนะงะ ในเรื่องการแบ่งสรรอำนาจ โอะดะ โนะบุนะงะ จึงทำการปลดโชกุนโยะชิอะกิออกจากตำแหน่งใน ค.ศ. 1573 โดยที่ไม่ได้ตั้งโชกุนคนใหม่ขึ้นมาอีก เป็นการสิ้นสุดรัฐบาลโชกุนของตระกูลอะชิกะงะซึ่งดำรงอยู่มาเป็นเวลาประมาณ 250 ปี และเข้าสู่ยุคอะซุชิโมะโมะยะมะ

 ศาสนา 

 พระพุทธศาสนานิกายมหายาน 
thumb|วัดนังเซ็ง  ตั้งอยู่ที่นครเกียวโต เป็นวัดที่มีอำนาจสูงสุดในการปกครองพุทธศาสนานิกายเซ็นสำนักริงไซ 
พุทธศาสนาในยุคมูโรมาจิมีการพัฒนาที่ต่อเนื่องมาจากยุคคะมะกุระ โดยเฉพาะนิกายในกลุ่ม"พุทธศาสนาใหม่" ได้แก่นิกายเซ็นและนิกายแดนบริสุทธิ์รุ่งเรืองในยุคมูโรมาจิ ในยุคมูโรมาจิพุทธศาสนานิกายเซ็น (Zen Buddhism) ซึ่งเผยแพร่จากประเทศจีนเข้ามาสู่ญี่ปุ่นช่วงปลายสมัยคะมะกุระขึ้นมามีอำนาจเนื่องจากได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลโชกุนฯ รัฐบาลโชกุนมูโรมาจิมีอำนาจในการจัดการการปกครองคณะสงฆ์นิกายเซ็นในญี่ปุ่น หลักการและคำสอนของนิกายเซ็นเน้นเรื่องการวิปัสสนาและการฝึกจิตฝึกตน ซึ่งสอดคล้องกับวิถีชีวิตนักรบของชนขั้นซะมุไร หลักปฏิบัติของนิกายเซ็นประกอบด้วย ซะเซ็ง (การนั่งสมาธิ) โคอัง (การปุจฉาวิสัชนา) และซะมุ (การฝึกตน) ในสมัยมูโรมาจิ นิกายเซ็นในญี่ปุ่นมีสองสำนักด้วยกันได้แก่
 สำนักริงไซ  มาจากสำนัก หลินจี่ ของจีน
 สำนักโซโต  มาจากสำนัก เฉาต่ง ของจีน

ในบรรดาสองสำนัก นิกายเซ็นสำนักริงไซได้รับการอุปถัมภ์จากรัฐบาลโชกุนฯ มากที่สุด พระสงฆ์ในนิกายริงไซมีบทบาทและอำนาจในการเมือง ได้รับมอบหมายหน้าที่ให้เป็นผู้ตืดต่อสื่อกลางระหว่างรัฐบาลโชกุนและราชสำนักจีนราชวงศ์หมิง เป็นผู้แปลภาษาและเป็นผู้นำคณะทูต ในสมัยของโชกุนโยชิมิตสึมีการนำรูปแบบการปกครองคณะสงฆ์นิกายเซ็นซึ่งมีมาตั้งแต่สมัยคามากูระขึ้น เรียกว่า ระบบปัญจบรรพต หรือ โกะซัง  ซึ่งได้รับแบบอย่างมาจากจีนสมัยราชวงศ์ซ่ง โดยจัดแบ่งวัดนิกายเซ็นออกเป็นระดับต่าง ๆ โดยที่มีวัดห้าแห่งในเมืองคะมะกุระเป็นวัดระดับสูง ต่ำกว่าวัดระดับสูงหรือโกะซังลงมาคือวัดระดับกลางเรียกว่า จิเซ็ตซึ  และต่ำกว่าวัดระดับกลางลงมาเรียกว่าวัดระดับล่าง เรียกว่า โชะซัง  ซึ่งรัฐบาลโชกุนอาชิกางะได้นำพุทธศาสนานิกายเซ็นเข้ามาสู่นครหลวงเกียวโตและนำระบบปัญจบรรพตจากเมืองคามากูระมาด้วย โดยคณะสงฆ์นิกายเซ็นในเมืองเกียวโตถูกปกครองแบบลำดับชั้นโดยมีวัดใหญ่ห้าแห่งในเมืองเกียวโตมีอำนาจสูงสุด เฉกเช่นเดียวกับที่เมืองคามากูระรัฐบาลโชกุนรื้อฟื้นระบบการปกครองสงฆ์ที่เมืองคามากูระขึ้นมาใหม่

นิกายเซ็นสำนักโซโตแม้จะไม่ได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลโชกุนแต่ก็มีผู้นับถือจำนวนมาก และได้รับการสนับสนุนจากชนชั้นซะมุไรระดับล่างและชนชั้นสามัญชนชาวนาทั่วไป อย่างไรก็ตามพุทธศาสนานิกายแดนบริสุทธิ์อมิตพุทธ หรือ โจโด (Pure Land Buddhism) เป็นความเชื่อหลักที่สำคัญของชนชั้นล่าง เนื่องจากนิกายแดนบริสุทธิ์มีหลักการว่ามนุษย์ทุกคนสามารถเข้าถึงแดนบริสุทธิ์ได้ด้วยการสวด เน็มบุซึ  หรืออมิตพุทธ อย่างเท่าเทียมกัน พระภิกษุเร็นเนียว  ก่อตั้งนิกายแดนบริสุทธิ์อันแท้จริง หรือ โจโด ชิงชู  ซึ่งมีชนชั้นล่างชาวบ้านหันมานับถือจำนวนมาก จนนำไปสู่การกำเนิดของลิทธิอิกโก และการกบฎอิกโกอิกกิในที่สุด

สำหรับพุทธศาสนานิกายดั้งเดิมอื่น ๆ ของญี่ปุ่นเช่น เท็งได และ ชิงงอน ยังคงดำรงอยู่ต่อมาแม้ว่าจะต้องเผชิญกับการแข่งขันกับพุทธศาสนานิกายใหม่ ๆ ดังที่ได้กล่าวในข้างต้น 

 ศาสนาคริสต์ 
left|thumb|ภาพของ นักบุญฟราน ซิสซาเวียยร์ จากพิพิธภัณฑ์เมืองโคเบะ
นักบุญฟรานซิส ซาเวียร์ ได้พบกับชายชาวญี่ปุ่นชื่อว่า อังจิโร่ (Anjirō) ที่เมืองมะละกาของโปรตุเกสใน ค.ศ. 1547 สองปีต่อมา ค.ศ. 1549 นักบุญฟรานซิสซาเวียร์ได้นำคณะมิชชันนารีเยซูอิตมาถึงประเทศญี่ปุ่นเพื่อทำการเผยแผ่ศาสนาคริสต์เป็นครั้งแรกพร้อมกับอังจิโร่ คณะมิชชันนารีเยซูอิตประสบปัญหาทางด้านภาษาซึ่งเป็นอุปสรรคสำคัญ ในระยะแรกคณะมิชชั้นนารีใช้คำว่า "ไดนิชิ"  เป็นคำที่ใช้แทนพระเจ้าเพื่อให้ง่ายต่อความเข้าใจของคนญี่ปุ่น ซึ่งไปพ้องความหมายกับพระไวโรจนพุทธะในพุทธศาสนานิกายมหายาน ทำให้คณะสงฆ์ในญี่ปุ่นเข้าใจว่าคณะเยซูอิตนับถือพระพุทธศาสนา ในเวลาต่อมาคณะเยซูอิตเข้าใจถึงความหมายของคำว่า ไดนิชิ จึงเปลี่ยนไปใช้คำว่า "เดอุส" (Deus) แทนพระเจ้า ทำให้คณะสงฆ์ญี่ปุ่นตระหนักว่าคณะเยซูอิตกำลังเผยแพร่ศาสนาที่แตกต่าง นักบุญฟรานซิสซาเวียร์พำนักที่เมืองคะโงะชิมะและยะมะงุชิ หลังจากอาศัยอยู่ในญี่ปุ่นได้หนึ่งปีนักบุญฟรานซิสซาเวียร์จึงเดินทางกลับอินเดีย จากนั้นคณะเยซูอิตยังคงปฏิบัติงานต่อในญี่ปุ่น โดยมีชาวญี่ปุ่นจำนวนหนึ่งหันมานับถือศาสนาคริสต์โดยเฉพาะในเกาะคีวชูและภาคตะวันตกของญี่ปุ่น ประกอบไปด้วยชาวญี่ปุ่นทุกระดับตั้งแต่ชาวบ้านไปจนถึงไดเมียวเจ้าครองแคว้น รัฐบาลโชกุนฯอนุญาตให้มีการเผยแพร่ศาสนาคริสต์ใน ค.ศ. 1559 แต่ทว่าราชสำนักเกียวโตจักรพรรดิโองิมะชิมีพระราชโองการห้ามการเผยแพร่ศาสนาคริสต์ใน ค.ศ. 1565 อย่างไรก็ตามคำสั่งเหล่านี้ไม่สามารถส่งเสริมหรือห้ามปรามกิจกรรมของมิชชันนารีได้เนื่องจากทั้งสองสถาบันไม่มีอำนาจในทางการเมืองในทางพฤตินัย

 เหตุการณ์ที่สำคัญ 
เหตุการณ์สำคัญในยุคโระมะชิ เรียงตามปี ค.ศ.
 1333 จักรพรรดิกลับมามีอำนาจในการปกครองประเทศ
 1335 ทะกะอุจิ และ โยชิซาดะ ต่างก็หวังครองเคียวโตะ เกิดเป็นความขัดแย้งระหว่างราชวงศ์ทางเหนือกับทางใต้
 1338 ทากาอุจิ อาชิกางะ ได้รับตำแหน่งโชกุน และก่อตั้งรัฐบาลมุโรมะชิ
 1392 ฝ่ายเหนือกับฝ่ายใต้ ตกลงปรองดองกันได้
 1397 โยชิมิสึ อาชิกางะ โชกุนรุ่นที่ 3 สร้างตำหนักทอง ที่คิตายามะ ในเคียวโตะ เป็นช่วงเวลาที่วัฒนธรรมคิตายามะเจริญรุ่งเรือง
 1401 โยชิมิสึ อาชิกางะ ส่งทูตญี่ปุ่นไปยังราชวงศ์หมิงของจีนเป็นครั้งแรก
 1431 ระยะนี้มักจะเกิดการปะทะกันระหว่างพวกไดเมียว (หัวหน้ากลุ่มนักรบในเขตท้องถิ่น) ด้วยกันอยู่บ่อยครั้ง
 1457 โดกัน โอตะ สร้างปราสาทเอโดะที่มุซาชิ
 1467 สงครามโอนิน เป็นจุดเริ่มต้นแห่งยุคสงครามกลางเมืองอันยาวนาน ระหว่างบรรดาไดเมียวที่แตกแยกออกเป็นสองกลุ่ม ภายใต้การนำของตระกูลโฮโสกาวะ กับตระกูลยามานะ เป็นการแสดงให้เห็นถึงความล้มเหลวของการปกครองระบบโชกุนทั้งหมด ชนชั้นนักรบมีอำนาจมากขึ้นเรื่อย ๆ
1477 การต่อสู้ในเคียวโตะได้สงบลง แต่สงครามกลับขยายตัวไปยังส่วนภูมิภาคแทน
 1482 โยชิมาสะ อะชิกะงะ สร้างตำหนักเงิน ที่ฮิงาชิยามะ ในเคียวโตะ เป็นช่วงที่วัฒนธรรมฮิงาชิยามะเจริญรุ่งเรือง
 1543 พ่อค้าชาวโปรตุเกสขึ้นฝั่งที่ทาเนงาชิมะ และนำปืน ยาสูบ และของแปลก ๆ ใหม่ ๆ หลายชนิด เข้ามาเผยแพร่ในญี่ปุ่น 
1549 เซนต์ฟรานซิส ซาเวียร์ นำศาสนาคริสต์มาเผยแพร่ที่คาโงชิมะ
 1568 โนบุนางะ โอดะ ซึ่งเป็นตระกูไดเมียว ที่มีอำนาจขึ้นมาในสมัยสงครามท้องถิ่น และต้องการรวมประเทศเป็น ก็ได้เคลื่อนกำลังเข้ายึดเคียวโตะ โดยได้รับการสนับสนุนจากจักรพรรดิ โดยมีอีก 2 บุคคลที่เป็นผู้นำสำคัญในการรวมประเทศ คือ โทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิ และ โทะกุงะวะ อิเอะยะซุ  ทำให้อารยธรรมมูโรมาจิเริ่มเสื่อมสลายไป