# การบูรณะจิตรกรรมฝาผนังโบสถ์น้อยซิสทีน
thumb|300px|"พระเจ้าสร้างอาดัม" โดยมีเกลันเจโลก่อนการปฏิสังขรณ์
thumb|300px|"พระเจ้าสร้างอาดัม" หลังจากที่ได้รับการปฏิสังขรณ์แล้ว

การบูรณะจิตรกรรมฝาผนังโบสถ์น้อยซิสทีน  เป็นโครงการบูรณะจิตรกรรมฝาผนังภายในที่สำคัญที่สุดในบรรดาโครงการบูรณะศิลปะของคริสต์ศตวรรษที่ 20

โบสถ์น้อยซิสทีนนั้นสมเด็จพระสันตะปาปาซิกส์ตุสที่ 4 ทรงให้สร้างขึ้นภายในวังพระสันตะปาปา ณ ด้านเหนือของนครรัฐวาติกัน ติดกับมหาวิหารเซนต์ปีเตอร์ โดยสร้างเสร็จใน ค.ศ. 1481 ผนังและเพดานภายในโบสถ์น้อยนั้นตกแต่งด้วยจิตรกรรมฝาผนังของจิตรกรหลายคนในยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาของอิตาลี ซึ่งถือเป็นจิตรกรชั้นปรมาจารย์ในคริสต์ศตวรรษที่ 16 ในจำนวนนี้รวมถึงโดเมนนิโค เกอร์ลันเดา, เปียโตร เปรูจิโน และซานโดร บอตติเชลลี ในระหว่าง ค.ศ. 1508 ถึง ค.ศ. 1512 โบสถ์ยังได้รับการตกแต่งเพิ่มเติมด้วยจิตรกรรมเพดานของมีเกลันเจโล ภายใต้การอุปถัมภ์ของสมเด็จพระสันตะปาปาจูเลียสที่ 2 และด้วยภาพ "การตัดสินครั้งสุดท้าย" ซึ่งสมเด็จพระสันตะปาปาคลีเมนต์ที่ 7 ทรงว่าจ้างให้มีเกลันเจโลเขียนจนแล้วเสร็จใน ค.ศ. 1541Massimo Giacometti, editor,The Sistine Chapel, (1986) Harmony Books, ISBN 051756274X นอกจากนี้ จิตรกรรมฝาผนังชั้นล่างของโบสยังตกแต่งด้วยพรมทอแขวนผนังอันเลื่องชื่อ ซึ่งราฟาเอลออกแบบขึ้นในช่วง ค.ศ. 1515 ถึง ค.ศ. 1516 เป็นอันสิ้นสุดการตกแต่งภายในโบสถ์

ภาพเขียนในโบสถ์น้อยซิสทีนถือกันว่าเป็นภาพเขียนชุดที่สำคัญที่สุดของจิตรกรรมจากยุคฟื้นฟูศิลปวิทยา ที่รวมทั้งภาพเขียนแต่ละภาพและบางภาพที่เขียนโดยมีเกลันเจโลบนเพดานที่ถือกันว่าเป็นงานชิ้นเอกของศิลปะตะวันตกตั้งแต่สร้างกันมา จิตรกรรมฝาผนังภายในโบสถ์น้อยซิสทีนโดยเฉพาะบนเพดานและในโค้งพระจันทร์ครึ่งซีก (Lunette) โดยมีเกลันเจโลได้รับการบูรณะหลายครั้งมาก่อนหน้าที่จะได้รับการบูรณะครั้งล่าสุดระหว่าง ค.ศ. 1980 ถึง ค.ศ. 1994 การปฏิสังขรณ์ครั้งหลังสุดมีผลกระทบกระเทือนต่อนักประวัติศาสตร์ศิลปะและผู้รักงานศิลปะโดยทั่วไปอย่างลึกซึ้ง เพราะเป็นการบูรณะที่ทำให้เห็นสีและรายละเอียดที่ไม่ได้เห็นกันมาเป็นเวลาหลายร้อยปี และถึงกับกล่าวกันว่าการเปลี่ยนแปลงครั้งนี้เป็นผลทำให้ตำราที่เกี่ยวกับมีเกลันเจโลทุกตำราต้องได้รับการเขียนใหม่หมด University of Victoria art scholar, in the Queen's Quarterly, as quoted in:  แต่กระนั้นก็ยังมีนักประวัติศาสตร์ศิลป์บางคนที่ไม่เห็นด้วยกับการปฏิสังขรณ์ครั้งนี้ เช่นเจมส์ เบ็ค แห่ง องค์การผู้สังเกตการณ์ศิลปะนานาชาติ ผู้วิจารณ์ต่อต้านโครงการนี้อย่างรุนแรงโดยให้ความเห็นว่าผู้ปฏิสังขรณ์ไม่เข้าใจถึงวัตถุประสงค์อันแท้จริงของจิตรกร ซึ่งเป็นประเด็นที่ยังเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ต่อมา

 การปฏิสังขรณ์เดิม 
thumb|300px|"พระเจ้าสร้างโลกและวางพระอาทิตย์และพระจันทร์บนสวรรค์" จิตรกรรมฝาผนังบนเพดานโดยมีเกลันเจโลก่อนการปฏิสังขรณ์
thumb|300px|"พระเจ้าสร้างโลกและวางพระอาทิตย์และพระจันทร์บนสวรรค์" หลังจากการปฏิสังขรณ์

จิตรกรรมฝาผนังภายในโบสถ์น้อยซิสทีนได้รับการบูรณะมาก่อนหน้าการบูรณะครั้งล่าสุดหลายครั้ง ที่เริ่มใน ค.ศ. 1625 ความเสื่อมโทรมของภาพเขียนบนเพดานดูเหมือนว่าจะเกิดจากน้ำที่ซึมลงมาจากเพดานเหนือภาพเขียน ราว ค.ศ. 1547 ปาโอโล โจวีโอ เขียนบรรยายว่าเพดานได้รับความเสียหายจากดินประสิวและรอยร้าว ดินประสิวทิ้งผลึกขาว (efflorescence) บนผิวภาพ จานลุยจิ โคลาลุชชิ (Gianluigi Colalucci) ผู้อำนวยการเขียนใน "ห้องทดลองเพื่อการปฏิสังขรณ์จิตรกรรมสำหรับอนุสาวรีย์, พิพิธภัณฑ์ และหอศิลป์ของพระสันตะปาปา" (Laboratory for the Restoration of Paintings for Papal Monuments, Museums and Galleries) บรรยายในบทความ "การพบสีใหม่ของมีเกลันเจโล" (Michelangelo's colours rediscovered) ว่าผู้อนุรักษ์ในสมัยแรกพยายามอนุรักษ์โดยการใช้น้ำมันเมล็ดฝ้าย หรือ น้ำมันวอลนัตซึ่งยิ่งทำให้เกล็ดที่เกิดขึ้นจากสารต่าง ๆ เห็นชัดยิ่งขึ้น

ใน ค.ศ. 1625 ก็มีการปฏิสังขรณ์ที่นำโดยซิโมเน ลาจิผู้มีหน้าที่เป็น "ช่างปิดทองประจำโบสถ์น้อย" (Gilder) ผู้เช็ดเพดานด้วยผ้าลินนินก่อนที่จะทำความสะอาดโดยการเช็ดด้วยขนมปัง และบางครั้งก็ใช้ขนมปังชุบไวน์ในการทำความสะอาดสิ่งสกปรกที่สะสมนานจนติดผนังที่เอาออกยาก รายงานของลาจิกล่าวว่าหลังจากการทำความสะอาดแล้วจิตรกรรมฝาผนังก็ "กลับสู่ความสวยงามเช่นเดียวกับของเดิมโดยไม่ได้รับความเสียหาย[จากการทำความสะอาด]"Vatican Library, Vat. Capponiano 231, f 238 and Chigiano G. III 66. f 108. as cited by Colalucci โคลาลุชชิกล่าวว่าลาจิ "แทบจะแน่นอน" ใช้กาวเคลือบ (glue-varnish) เพื่อที่จะดึงสีเดิมที่เป็นสีสดขึ้นมาให้ปรากฏ แต่มิได้กล่าวถึงในรายงานว่าใช้วิธีใด ซึ่งอาจจะเป็นเพราะเพื่อเป็นการปกป้องสูตรลับของศิลปะการปฏิสังขรณ์ก็เป็นได้

ระหว่าง ค.ศ. 1710 ถึง ค.ศ. 1713 ก็มีการปฏิสังขรณ์กันขึ้นอีกครั้งหนึ่งที่นำโดยจิตรกรอันนิบาเล มัซซุโอลิและบุตรชาย มัซซุโอลิ ครั้งนี้ใช้ฟองน้ำจุ้มเหล้าองุ่นกรีกในการทำความสะอาดที่โคลาลุชชิเสนอว่าเป็นการช่วยกำจัดเขม่าและสิ่งสกปรกต่าง ๆ ที่หมักหมมอยู่ภายใต้สิ่งสกปรกที่เป็นมันที่เกิดจากการบูรณะก่อนหน้านั้นออก จากนั้นมัซซุโอลิก็เริ่มทำการปฏิสังขรณ์บนเพดานที่โคลาลุชชิกล่าวว่าเพื่อทำให้สีที่ตัดกันเด่นขึ้นโดยการเขียนทับ (Overpainting) และเขียนเพิ่มเติมในบางบริเวณที่สีเดิมหลุดหายไปเพราะโดนปฏิกิริยากับเกลือใหม่ โคลาลุชชิกล่าวว่ามัซซุโอลิหนักมือในการใช้กาวเคลือบ การปฏิสังขรณ์เน้นงานบนเพดานและมิได้ทำอะไรมากนักกับภาพเขียนในบริเวณโค้งพระจันทร์ครึ่งซีก

การปฏิสังขรณ์ก่อนหน้าการปฏิสังขรณ์ครั้งหลังสุดทำโดยห้องทดลองของพิพิธภัณฑ์วาติกันระหว่าง ค.ศ. 1935 ถึง ค.ศ. 1938 จุดประสงค์ของการบูรณะครั้งนี้ก็เพื่อเอาเขม่าและสิ่งสกปรกที่สะสมมานานจากบริเวณพลาสเตอร์อินโทนาโค (Intonaco) ทางด้านตะวันออกของสิ่งก่อสร้างบางส่วนออก

 การปฏิสังขรณ์ครั้งล่าสุด 
thumb|300px|โบสถ์น้อยซิสทีนก่อนหน้าการปฏิสังขรณ์ที่สึคร่ำไปด้วยเขม่าไฟและมลพิษ

การทดสอบด้วยวิธีต่าง ๆ หลายวิธีเพื่อเตรียมตัวสำหรับการปฏิสังขรณ์ครั้งล่าสุดเริ่มขึ้นใน ค.ศ. 1979 คณะผู้ทำการปฏิสังขรณ์ประกอบด้วยจานลุยจิ โคลาลุชชิ, มอริซิโอ รอซซิ, เปียจอร์โจ โบเนตติและผู้อื่น คณะผู้ทำการปฏิบัติตามคู่มือ "กฎสำหรับการปฏิสังขรณ์งานศิลปะ" (Rules for restoration of works of art) ที่วางไว้ใน ค.ศ. 1978 โดยคาร์โล เปียทราเยลิผู้อำนวยการของห้องทดลองของวาติกันที่เขียนขึ้นเพื่อใช้ในการปฏิสังขรณ์งานจิตรกรรมโดยเฉพาะ "กฎสำหรับการปฏิสังขรณ์งานศิลปะ" วางระเบียบของรายละเอียดของขั้นตอนและวิธีที่ใช้ในการบูรณะงานจิตรกรรม สิ่งที่สำคัญในกระบวนการปฏิสังขรณ์ครั้งล่าสุดที่วางรากฐานไว้ในคู่มือที่ว่านี้คือการศึกษาและการวิจัยงานศิลปะ นอกจากนั้นส่วนสำคัญอีกส่วนหนึ่งของโครงการคือการบันทึกงานที่เกี่ยวกับการบูรณะทุกขั้นทุกตอนอย่างละเอียดทั้งการบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษรและการถ่ายภาพที่ทำโดยช่างภาพชาวญี่ปุ่นทะกะชิ โอะคะมุระ จากเครือบริษัทสถานีโทรทัศน์นิปปอน

การปฏิสังขรณ์ขั้นแรกเริ่มขึ้นระหว่างเดือนมิถุนายนของ ค.ศ. 1980 ถึงเดือนตุลาคม ค.ศ. 1984 โดยเริ่มด้วยงานเขียนของมีเกลันเจโลในบริเวณโค้งพระจันทร์ครึ่งซีก สิ่งที่เรียนรู้จากการซ่อมงานเขียนนี้ก็ได้นำไปปรับปรุงใช้ในงานซ่อมบนเพดานที่ทำเสร็จในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1989 หลังจากนั้นก็เป็นการบูรณะภาพ "การตัดสินครั้งสุดท้าย" บนผนังด้านหนึ่งของโบสถ์น้อย งานปฏิสังขรณ์ได้รับการเปิดอย่างเป็นทางการโดยสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 เมื่อวันที่ 8 เมษายน ค.ศ. 1994  ขั้นตอนสุดท้ายของโครงการคือการปฏิสังขรณ์งานที่เขียนบนผนังที่ได้รับการอนุมัติใน ค.ศ. 1994 และได้รับการเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม ค.ศ. 1999 

 จุดประสงค์ของผู้บูรณะจิตรกรรม 
จุดประสงค์ของผู้บูรณะมีดังต่อไปนี้:
 เพื่อทำการศึกษาจิตรกรรมฝาผนังเพื่อความก้าวหน้าต่อไป, เพื่อวิจัยสิ่งที่ได้พบและใช้วิธีที่เหมาะสมในการตอบโต้
 เพื่อบันทึกขั้นตอนการปฏิบัติการบูรณะต่าง ๆ ที่ใช้ในโครงการเพื่อใช้เป็นหลักฐานทางประวัติศาสตร์ทั้งในด้านเอกสาร, ภาพถ่าย และ ภาพยนตร์
 เพื่อใช้กระบวนการและวัสดุที่ง่ายและได้รับการทดสอบเป็นอย่างดีแล้วและไม่เป็นอันตรายต่องานศิลปะ และสามารถเปลี่ยนแปลงกลับมาเป็นของเดิมได้
 เพื่อซ่อมรอยร้าวและความเสียหายด้านโครงสร้างที่กระทบกระเทือนต่อภาพที่เขียนบนอินโทนาโค
 เพื่อกำจัดสิ่งสกปรกชั้นต่าง ๆ ออกที่รวมทั้งไขเทียนและเขม่าที่เกิดจากการจุดเทียนในการทำคริสต์ศาสนพิธีต่าง ๆ ในโบสถ์น้อยมาเป็นเวลากว่า 500 ปี
 เพื่อลอกการเขียนทับของผู้ปฏิสังขรณ์เดิมที่พยายามเขียนเพื่อแก้ส่วนที่ได้รับความเสียหายจากเขม่าและสิ่งสกปรกออก
 เพื่อลอกเอาน้ำมันหรือไขมันสัตว์ที่ใช้ในการแก้การตกผลึกของเกลือในบริเวณที่มีน้ำซึมออก
 เพื่อลอกเอาเกล็ดเกลือที่สะสมมานานจากบริเวณที่มีน้ำซึมที่ทำให้เป็นสีขาวออก
 เพื่ออนุรักษ์ผิวภาพที่เป็นอันตรายต่อความเสื่อมโทรมที่จะเกิดขึ้นเพราะการร่อนหรือพองตัวของพลาสเตอร์
 เพื่อบูรณะอย่างมีวิจารณญาณในบริเวณที่เสียหายจนไม่เหลือรายละเอียดเดิมให้เห็น เช่นการอุดรอยร้าวใหญ่ ๆ และเขียนให้สีใกล้เคียงกับสีดั้งเดิมให้มากที่สุด
 เพื่อรักษาบริเวณเล็กบางบริเวณไว้เพื่อเป็นหลักฐานทางประวัติศาสตร์ให้เห็นถึงวิธีการปฏิสังขรณ์แต่ละครั้งก่อนหน้าการปฏิสังขรณ์ครั้งล่าสุดนี้

 การเตรียมงาน 
 280px 280px<small>รายละเอียดจาก "ขับจากสวรรค์" แสดงให้สีที่คร่ำดำจนแทบจะเป็นเอกรงค์, รอยร้าวของพลาสเตอร์,เข็มโลหะที่ใช้ดามต่าง ๆ,รอยที่สีเปลี่ยนไปจากน้ำไหล, เกลือ, ความคร่ำจากดินประสิวและการทาสีทับภาพเดิมรายละเอียดของส่วนเดียวกันหลังจากการบูรณะที่แสดงให้เห็นถึงสีที่สดขึ้น รอยร้าวได้รับการอุดและสีที่เขียนใหม่ใกล้เคียงกับสีเดิมที่อยู่ข้างเคียง แต่รอยที่เกิดจากปฏิกิริยาของดินประสิวเป็นสิ่งที่ไม่สามารถทำการแก้หรือซ่อมได้
ใน ค.ศ. 1979 โคลาลุชชิก็เริ่มทำการทดลองเพื่อหาวิธีที่เหมาะสมเพื่อการใช้ในการปฏิสังขรณ์จิตรกรรมฝาผนัง การสืบสวนเริ่มด้วยการทดสอบบริเวณตัวอย่างต่างจากภาพ "ความขัดแย้งเกี่ยวกับร่างของโมเสส" (Conflict over the Body of Moses) โดย มัทเทโอ เพเรซ ดาเลชโช (Matteo Perez d'Aleccio) ที่มีคุณสมบัติทางฟิสิกส์และเคมีที่คล้ายคลึงกับวิธีที่มีเกลันเจโลใช้ นอกจากนั้นก็ยังมีการทดลองเพื่อหาน้ำยาที่เหมาะสมจากโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกเอเลียซาร์และมัทธาน

เนื่องจากความสูงของเพดานและความที่ไม่สามารถเข้าถึงบริเวณที่ต้องการจะศึกษาเพื่อที่จะทำความเข้าใจถึงธรรมชาติของความเสียหายต่าง ๆ และปัญหาที่จะเกิดขึ้นในระหว่างการปฏิสังขรณ์ก่อนที่จะลงมือซ่อมได้ในทุกกรณี คณะผู้ปฏิสังขรณ์จึงไม่สามารถคาดการณ์ล่วงหน้าได้ไปทุกปัญหาที่เกิดขึ้นหลังที่การปฏิสังขรณ์ได้รับการอนุมัติแล้ว โคลาลุชชิกล่าวว่าการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ก็คงยังดำเนินต่อไปตลอดโครงการบูรณะเพื่อเป็นการตอบสนองปัญหาต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นระหว่างการทำการปฏิสังขรณ์อย่างเหมาะสม แทนที่จะเป็นการตัดสินใจใช้วิธีการใดวิธีการหนึ่งโดยเฉพาะหรือวิธีเดียวในการซ่อมแซมทุกสิ่งทุกอย่างในโบสถ์น้อยGianluigi Colalucci's essay, Michelangelo's Colours Rediscovered in The Sistine Chapel, ed. Massimo Giacometti. (1986) Harmony Books, ISBN 0-517-56274-X

ใน ค.ศ. 1980 การปฏิสังขรณ์ทั้งหมดก็ได้รับการอนุมัติ โดยเครือบริษัทสถานีโทรทัศน์นิปปอนเป็นผู้ให้ทุนในการดำเนินการจำนวน 4.2 ล้านเหรียญสหรัฐเพื่อเป็นการแลกเปลี่ยนกับลิขสิทธิ์ในการสร้างภาพยนตร์เกี่ยวกับโครงการ และผลิตผลอื่น ๆ

 นั่งร้าน 
ทีมงานทำการปฏิสังขรณ์ส่วนตั้งและส่วนโค้งสแปนเดรล ที่ประกบส่วนบนของหน้าต่างก่อนจากนั่งร้านอะลูมิเนียมที่ยื่นออกมาจากใต้โค้งพระจันทร์ครึ่งซีกและใช้ช่องบนกำแพงช่องเดียวกับที่มีเกลันเจโลใช้ยึดนั่งร้านเดิม เมื่อย้ายไปทำงานบนเพดานคณะผู้ดำเนินงานก็ใช้ระบบเดียวกับที่มีเกลันเจโลใช้โดยใช้คานยื่นจากนั่งร้านในการรับฐานต่างระดับและฐานโค้ง แต่น้ำหนักของนั่งร้านในปัจจุบันเบากว่าและสามารถเลื่อนไปมาบนลูกล้อได้ ซึ่งทำให้ง่ายต่อการย้ายไปมาในช่วงยาวของห้อง แทนที่จะต้องถอดและสร้างใหม่ตามจุดที่ต้องการเช่นที่มีเกลันเจโลต้องทำใน ค.ศ. 1506Fabrizio Mancinelli's essay, Michelangelo at Work in The Sistine Chapel, ed. Massimo Giacometti, (1986) Harmony Books, ISBN 0-517-56274-XPietrangeli, Hirst and Colalucci, eds. The Sistine Chapel: A Glorious Restoration, (1994) Harry N Abrams, ISBN 0-810-98176-9

 สภาพของจิตรกรรม 
การค้นคว้าใน ค.ศ. 1979 พบว่าพื้นผิวผนังและเพดานทั้งหมดของโบสถ์น้อยเคลือบด้วยสิ่งสกปรกที่เกิดจากควันเทียนที่ประกอบด้วยขี้ผึ้งและเขม่าไฟ (Amorphous carbon) ส่วนเหนือหน้าต่างที่เป็นที่ถ่ายเทอากาศและโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกเป็นบริเวณที่ได้รับความเสียหายจากควันและไอเสียจากการจราจรในตัวเมืองโรมที่สกปรกยิ่งไปกว่าเพดาน ตัวสิ่งก่อสร้างเองก็ไม่มั่นคงและเคลื่อนตัวไปบ้างแล้วมาตั้งแต่ก่อนหน้าที่มีเกลันเจโลจะเริ่มเขียนภาพใน ค.ศ. 1508 ที่เป็นผลทำให้เกิดรอยร้าวบนเพดาน เช่นรอยร้าวในช่อง "จูดิธ" ที่กว้างจนต้องอัดด้วยอิฐและปูนก่อนที่จะเขียนภาพได้ ด้านบนของเพดานที่มีเกลันเจโลเขียนเป็นผิวที่ไม่ราบเรียบเพราะเกิดจากรอยร้าวและรอยน้ำซึมJohn Shearman, essay The Chapel of Sixtus IV in The Sistine Chapel, ed. Massimo Giacometti, (1986) Harmony Books, ISBN 0-517-56274-X

ทางเข้าของน้ำมาจากหลังคาและจากบริเวณทางเดินด้านนอกเหนือเพดานที่ไม่มีหลังคาทำให้น้ำซึมเข้ามาในตัวสิ่งก่อสร้างและชะเกลือจากปูนที่ใช้ในการก่อสร้าง เมื่อแห้งก็ทิ้งรอยไว้ น้ำที่ซึมเข้ามาบางส่วนก็ทำให้พลาสเตอร์พองและลอยตัวซึ่งเป็นปัญหาย่อยที่แก้ได้เมื่อเทียบการเปลี่ยนสีของภาพที่เกิดจากน้ำ เพราะมีเกลันเจโลใช้สีที่บางบนส่วนใหญ่ของเพดานที่ทำให้น้ำเกลือซึมทะลุได้แทนที่จะหมักหมมอยู่ภายใต้ผิวสีที่เขียน

การปฏิสังขรณ์ก่อนหน้านี้ต่างก็ทิ้งร่องรอยเอาไว้บนจิตรกรรม เช่นการแก้สีที่กลายเป็นสีขาวที่เกิดจากการระเหยของเกลือโดยการใช้ไขมันสัตว์ และน้ำมันพืชช่วยที่ทำให้เกล็ดเกลือกลายเป็นสีใส แต่ทิ้งความเหนียวเป็นมันที่จับสิ่งสกปรกต่อมา อีกปัญหาหนึ่งที่เห็นได้ชัดก็คือตัวยุวเทพเล็ก ๆ ที่ถือป้ายชื่อที่ได้รับความเสียหายเพราะดินประสิวที่ซึมเข้ามาในรอยร้าวที่ทำให้เห็นเป็นวงสีคร่ำบนผิว รอยด่างจากดินประสิวต่างกับเกล็ดเกลือขาวตรงที่เป็นรอยด่างถาวรที่ไม่สามารถเอาออกได้ การใช้น้ำยาเคลือบและกาวแก้ในบางบริเวณก็ทำให้สีคร่ำลง นอกจากนั้นผู้ปฏิสังขรณ์เดิมก็ยังทาสีรายละเอียดใหม่ทับบนบริเวณที่ได้รับความเสียหายเพื่อทำให้บางส่วนของภาพที่ขาดหายไปสมบูรณ์ขึ้น โดยเฉพาะในบริเวณโค้งพระจันทร์ครึ่งซีก, โค้งสแปนเดรลและส่วนล่างของ pendentives

จากการตรวจสอบอย่างใกล้ชิดก็พบว่านอกจากสิ่งสกปรกจากควันและจากน้ำซึมแล้วก็ยังมีรอยร้าวที่เกิดจากตัวโครงสร้างเอง แต่โดยทั่วไปแล้วสภาพของภาพเขียนที่ "บางเหมือนหนัง" ("pictorial skin") ของมีเกลันเจโลก็อยู่ในสภาพที่ดีมาก โคลาลุชชิ กล่าวว่ามีเกลันเจโลใช้วิธีการวาดที่ดีที่สุดที่บรรยายโดยจอร์โจ วาซารี Milanesi ed. Vasari, Vite... Book I, Chapter V, p.182, ed. Milanesi, Florence (1906), as cited by Colalucci. สีเกือบทั้งหมดที่ใช้ยังติดอยู่กับพลาสเตอร์และต้องทำการแต่งเติมเพียงเล็กน้อย พลาสเตอร์หรือพลาสเตอร์อินโทนาโคที่พบส่วนใหญ่ที่ผู้ปฏิสังขรณ์เดิมทำไว้ก็ยังอยู่ในสภาพดีและตรึงไว้กับผนังด้วยเข็มบรอนซ์

 การเตรียมการ 
thumb|center|550px|ภาพรวม "ปฐมบาปและขับจากสวรรค์" โดยมีเกลันเจโล แสดงความแตกต่างระหว่างส่วนที่ยังไม่ได้รับการบูรณะตอนบนซ้ายและส่วนที่ได้รับการบูรณะแล้วด้านล่างขวา
ก่อนหน้าการปฏิสังขรณ์กลุ่มผู้ดำเนินการใช้เวลาหกเดือนในการสืบสวนสภาพของจิตรกรรมโดยการสอบถามผู้ที่มีส่วนในการซ่อมแซมในคริสต์ทศวรรษ 1930 และทำการศึกษาในบริเวณต่าง ๆ อย่างละเอียด เพื่อที่จะได้เรียนรู้ถึงสูตรน้ำยาและวิธีที่ดีที่สุดที่ควรใช้ในแต่ละบริเวณ

ขั้นแรกของการปฏิสังขรณ์ทางวัตถุคือการแปะพลาสเตอร์ (หนาราว 5 มิลลิเมตร) ที่เกือบจะร่อนหรือร่วงลงมาจากผนังหรือเพดานออกจากเพดานกลับไปใหม่ ซึ่งทำโดยการฉีดโพลิไวนัลอาซิเททเรซิน (Polyvinylacetate หรือ PVA) เข็มบรอนซ์ที่ใช้ยึดพลาสเตอร์ก่อนหน้านั้นก็ถูกถอดออกเพราะทำให้ผิวร้าวและรูที่ฝังเข็มก็ได้รับการอัด สีที่ไม่ค่อยติดกับผิวภาพเท่าไหร่นักก็ได้รับการผสมกับอคริลิคเรซินที่ละลายแล้ว

ผู้ปฏิสังขรณ์ล้างผิวภาพด้วยน้ำยาหลายอย่าง และเมื่อใดที่สามารถใช้น้ำกลั่นในการเอาสิ่งสกปรกหรือละลายยางที่ละลายน้ำได้ก็จะใช้ การเขียนเสริม (Retouching) หรือเขียนใหม่ (Repainting) ที่ทำไว้ระหว่างการบูรณะก่อนหน้าก็ถูกลอกหรือลบออกด้วยน้ำยาเจลาตินต่อเนื่องกันหลายครั้งและล้างด้วยน้ำกลั่น ส่วนที่มีสิ่งสกปรกที่เกิดจากการตกผลึกของแคลเซียมคาร์บอเนตก็ใช้น้ำยาไดเม็ทธิลฟอร์มาร์ไมด์ (dimethylformamide) ทำความสะอาด ขั้นสุดท้ายก็คือการเคลือบด้วยน้ำยาจากอคริลิคพอลิเมอร์ (acrylic polymer) อ่อน ๆ เพื่อผสานและรักษาผิวภาพจากความเสียหายที่อาจจะเกิดขึ้นในอนาคต

ในบริเวณที่จำเป็นต้องมีการซ่อมสีก็เขียนเสริมด้วยสีน้ำเพื่อให้ผสานกับสีเดิม และใช้แปรงทาโดยตรงที่มองเห็นได้ว่าเป็นงานซ่อมเมื่อมองไกล้ ๆ แต่มองไม่เห็นเมื่อมองจากระยะไกล

ส่วนเล็ก ๆ บางส่วนยังคงรักษาไว้โดยไม่มีการบูรณะ เพื่อที่จะใช้เป็นหลักฐานในการเรียนรู้ถึงวิธีปฏิสังขรณ์ที่ทำกันมาก่อนหน้านั้นเช่นบริเวณที่ทาสีทับและบริเวณอื่นที่ผู้ปฏิสังขรณ์พยายามแก้ความเสียหายที่เกิดจากเกลือด้วยน้ำมัน

 การรักษาภาพจากสิ่งแวดล้อม 
เมื่อกำจัดชั้นไขเทียน, น้ำยาเคลือบ และกาวสัตว์ออกแล้วผิวจิตรกรรมก็ประสบอันตรายใหม่ที่ผู้ปฏิสังขรณ์ก่อนหน้านั้นไม่ต้องคำนึงถึง

อันตรายต่อจิตรกรรมฝาผนังที่สำคัญที่สุดคืออันตรายจากไอเสีย (exhaust fumes) จากการเผาเชื้อเพลิงฟอสซิลและจากนักท่องเที่ยวที่เข้ามาชมทุกวันที่นำความร้อน, ความชื้น, ฝุ่นและแบคทีเรีย ผิวภาพที่ทำความสะอาดแล้วเป็นอันตรายจากสิ่งต่าง ๆ เหล่านี้ยิ่งไปกว่าความสกปรกที่เคลือบภาพอยู่ก่อนหน้านั้นCarrier, United Technologies, Sistine Chapel,   Retrieved on 2007-09-28. NOTE: This page is no longer available.

ก่อนหน้าที่จะมีการซ่อมแซมครั้งนี้ระบบการระบายอากาศของโบสถ์น้อยซิสทีนก็มีเพียงจากหน้าต่างตอนบนของผนัง แต่ปัจจุบันหน้าต่างเหล่านี้ก็ถูกปิดหมดเพื่อเป็นการป้องกันไม่ให้สารจากอากาศเสียเข้ามาในห้อง และติดตั้งระบบปรับอากาศขึ้นแทนที่ ระบบปรับอากาศนี้ติดตั้งโดยผู้ติดตั้งของบริษัทยูไนเต็ทเทคโนโลยีส์ ที่เป็นระบบที่ออกแบบร่วมกับสำนักงานบริการทางเทคนิคของวาติกัน ระบบที่ใช้เป็นระบบที่สำหรับแก้ปัญหาที่เกิดขึ้นกับโบสถ์น้อยโดยเฉพาะสำหรับความเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิอย่างรวดเร็วและความชื้นที่เกิดขึ้นทันที่เปิดให้นักท่องเที่ยวกลุ่มแรกเข้ามาในห้องทุกเช้าและเมื่อกลุ่มสุดท้ายออกจากห้องในตอนบ่าย ระบบปรับอากาศมิได้ปรับแต่เพียงอุณหภูมิแต่ยังปรับระดับความชื้นให้คงตัวระหว่างฤดูร้อนแลฤดูหนาวเพื่อให้ความเปลี่ยนแปลงของสิ่งแวดล้อมภายในห้องเป็นไปอย่างค่อยเป็นค่อยไป อากาศบริเวณใกล้กับเพดานรักษาไว้ในระดับอุ่นแต่ส่วนล่างของห้องจะเย็นกว่าและหมุนเวียนมากกว่าที่ทำให้ผงหล่นลงไปบนพื้นแทนที่จะลอยขึ้นไป ส่วนแบคทีเรียและสารจากอากาศเสียก็ได้รับการกรองออกไป

ข้อกำหนดของสิ่งแวดล้อม:
 ระบบการกรองอากาศ: กรองผงจนไปถึงขนาด 0.1 ไมโครเมตร
 อุณหภูมิ: 20° เซลเซียสระหว่างฤดูร้อนและค่อย ๆ เปลี่ยนไปเป็น 25° เซลเซียสระหว่างฤดูหนาว
 ความชื้นสัมพัทธ์ ที่เพดาน: 55% ±5%.
 เซ็นเซอร์ (Sensor): 92, ครึ่งหนึ่งของจำนวนนี้ใช้เป็นสำรอง
 สายไฟ: 26 กิโลเมตร (85,000 ฟุต)

 ปฏิกิริยาต่อการปฏิสังขรณ์ 
 การวิจารณ์และการสรรเสริญ 
thumb|260px|เจเรไมอาห์ครุ่นคิดถึงการถูกทำลายของกรุงเยรุซาเล็ม
การประกาศการปฏิสังขรณ์โบสถ์น้อยซิสทีนทำให้เกิดคำถามที่พรั่งพรูกันขึ้นอย่างขนานใหญ่ และปฏิกิริยาการต่อต้านจากนักประวัติศาสตร์ศิลป์จากทั่วโลก ผู้ที่มีเสียงดังที่สุดในบรรดาผู้ไม่เห็นด้วยก็เห็นจะเป็นเจมส์ เบ็คแห่ง "องค์การผู้สังเกตการณ์ศิลปะนานาชาติ" (ArtWatch International) ผู้ออกประกาศเป็นระยะ ๆ เตือนถึงความเสียหายที่อาจจะเกิดขึ้นต่อภาพเขียนของมีเกลันเจโลจาก "การปฏิสังขรณ์อย่างหนัก" เหตุผลของเบ็คที่ใช้บ่อยคือการปฏิสังขรณ์ที่ทำมาทุกก่อนหน้านั้นต่างก็สร้างความเสียหายให้แก่งานไม่อย่างใดก็อย่างหนึ่ง การปฏิสังขรณ์ (Restoration) ต่างจาก "การอนุรักษ์" (Conservation) ตรงที่เป็นวิธีแรกอยู่บนพื้นฐานของปรัชญาในการพยายามซ่อมแซมให้เหมือนต้นฉบับ ซึ่งเป็นวิธีที่อาจจะทำให้เกิดอันตรายต่อภาพเขียน แต่การอนุรักษ์เป็นกระบวนการที่พยายามรักษาภาพเขียนหรือศิลปะให้คงอยู่ในสภาพที่เป็นอยู่ในขณะที่ทำการอนุรักษ์ และป้องกันจากความเสียหายที่จะเกิดขึ้นต่อไปในอนาคต เบ็คเขียนบรรยายถึงข้อวิตกนี้ในหนังสือ "การปฏิสังขรณ์ศิลปะ: วัฒนธรรม, ธุรกิจ และเรื่องน่าอัปยศ" (Art Restoration: the Culture, the Business and the Scandal)James Beck and Michael Daley, Art Restoration, the Culture, the Business and the Scandal, W.W. Norton, 1995. ISBN 0393312976 

ขณะที่เจมส์ เบ็คมัวยุ่งอยู่กับการโต้เถียงโดยทั่วไปอยู่กับจานลุยจิ โคลาลุชชิ โรนัลด์ เฟลด์แมนนักค้าขายศิลปะจากนิวยอร์กก็เริ่มรวบรวมคำร้องโดยมีผู้สนับสนุนโดยศิลปินคนสำคัญสิบห้าคนที่รวมทั้งโรเบิร์ต มาเธอร์เวลล์, คริสโต และแอนดี วอร์ฮอล และยื่นต่อสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 ร้องขอให้ระงับการปฏิสังขรณ์ พร้อมกับยับยั้งการปฏิสังขรณ์ภาพ "พระกระยาหารมื้อสุดท้าย" ที่มิลานโดยเลโอนาร์โด ดา วินชีไปด้วยในขณะเดียวกันGrace Glueck, Halt Urged in Work on Sistine and "Last Supper", New York Times, 1987-03-06  accessed 2007-10-06

การดำเนินของคณะผู้ปฏิสังขรณ์ควรจะเป็นไปอย่างเปิดเผยโดยที่นักข่าว, นักประวัติศาสตร์ศิลป์ และผู้มีความสนใจอื่น ๆ และไม่ควรจะสร้างปัญหาให้แก่ผู้ต้องการข้อมูลหรือเปิดโอกาสให้สามารถเข้าชมงานระหว่างการปฏิสังขรณ์ได้ แต่เครือบริษัทสถานีโทรทัศน์นิปปอนเป็นผู้เดียวเท่านั้นที่มีลิขสิทธิ์ในการถ่ายภาพ ใน ค.ศ. 1991 ไมเคิล คิมเมิลแมนหัวหน้านักวิจารณ์ศิลปะของเดอะนิวยอร์กไทมส์เขียนวิจารณ์การปฏิสังขรณ์เพดานและโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกที่มีสาเหตุมาจากการที่ความไม่เต็มใจของเครือบริษัทสถานีโทรทัศน์นิปปอนที่จะให้พิมพ์ภาพเป็นการสาธารณะ เพราะถือว่าเป็นผู้มีสิทธิแต่ผู้เดียวในการบันทึกกระบวนการทุกขั้นทุกตอนและถือว่าเป็นหลักฐานอย่างเดียวที่บ่งว่าการปฏิสังขรณ์ที่ทำเป็นวิธีที่เหมาะสม

ตามทัศนคติของไมเคิล คิมเมิลแมน สาเหตุของความไม่เต็มใจในการแสดงภาพรายละเอียดของกระบวนการซ่อมแซม และความหวั่นกลัวของผู้มีความสนใจในโครงการ ก็มาจากสาเหตุความประสงค์ทางการค้าของเครือบริษัทสถานีโทรทัศน์นิปปอนที่ต้องการจะพิมพ์ "หนังสือโต๊ะกาแฟ" (coffee-table book) ฉบับจำกัดขนาดยักษ์สองเล่มขาย (ที่มีขนาดเท่าโต๊ะกาแฟจริง ๆ) หนังสือนี้ถ้าพิมพ์ก็จะตกประมาณ 1,000 เหรียญสหรัฐต่อเล่ม ไมเคิล คิมเมิลแมนกล่าววิจารณ์ว่าภาพเหล่านี้มีให้เฉพาะผู้สามารถซื้อได้ไม่กี่คนเท่านั้นซึ่งเป็นการแสดงความ "ใจแคบ" และความขาด "จริยธรรม" ของเครือบริษัทสถานีโทรทัศน์นิปปอนโดยตรง 

thumb|right|260px|"ประกาศกเอเซอคีลได้ยินเสียงพระเจ้า"
เมื่อโครงการค่อย ๆ เสร็จไปแต่ละขั้นก็มีผู้ที่พอใจกับผลงานที่รวมทั้งสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 ผู้กล่าวสรรเสริญโครงการทุกครั้งที่เปิดงานที่สำเร็จแต่ละขั้น ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1999 หลังจากการบูรณะพระองค์ก็กล่าวเปิดงานที่เสร็จลงว่า:

คาร์ดินัลเอ็ดมันด์ สโซคา (Edmund Szoka) ข้าหลวงของนครรัฐวาติกันกล่าวว่า: "การปฏิสังขรณ์และความเชี่ยวชาญของผู้ปฏิสังขรณ์เป็นการเปิดโอกาสให้ผู้ชมในปัจจุบันมีความรู้สึกเหมือนว่าได้กลับไปยืนชมภาพหลังจากที่เพิ่งเปิดให้ชมเป็นครั้งแรกเมื่อวาดเสร็จ"BBC News, Sistine Chapel Restored 1999-12-11,  accessed 2007-10-06

ผู้ไม่ประสงค์จะออกนามของบริษัทแคริเออร์ที่เป็นผู้ติดตั้งเครื่องปรับอากาศสรรเสริญยิ่งไปกว่านั้นว่า:

แต่นักเขียนอื่นไม่ได้ยกยอเท่ากับที่เขียนมา แอนดรูว์ เวิร์ดสเวิร์ธแห่งหนังสือพิมพ์ "ดิอินดีเพ็นเดนต์" ของลอนดอนแสดงความวิตก:

ประเด็นและรายละเอียดของบทวิจารณ์เกี่ยวกับการบูรณะจิตรกรรมฝาผนังในโบสถ์น้อยซิสทีนโดยจิตรกรร่วมสมัยปีเตอร์ อาร์กิมเบาบรรยายไว้อย่างละเอียดในบทความในเว็บไซต์ชื่อ "โบสถ์น้อยซิสทีนของมีเกลันเจโลถูกทำความสะอาดด้วย "อีซีออฟ": วิทยาศาสตร์และศิลปะ---ความเสียหายที่เกิดขึ้น" (Michelangelo’s Sistine Chapel Cleaned With Easyoff: Science Vrs. Art --- What A Price To Pay)"อีซีออฟ" คือตราสารเคมีแรงที่ใช้ในการทำความสะอาดเตาอบ

 ประเด็นที่เสนอโดยผู้วิจารณ์ 
ส่วนหนึ่งของการปฏิสังขรณ์ภายในโบสถ์น้อยซิสทีนที่ทำให้เกิดความวิตกกังวลกันมากที่สุดก็คือการบูรณะภาพเขียนบนเพดานที่เขียนโดยมีเกลันเจโล ความสดใสของสีสันของภาพ "บรรพบุรุษของพระเยซู" หลังจากการบูรณะจากสีที่หม่นก่อนหน้านั้นทำให้เกิดปฏิกิริยาว่าวิธีที่ใช้ในการปฏิสังขรณ์เป็นวิธีที่ออกจะหนักมือจนเกินไป แม้ว่าจะมีเสียงคัดค้านจากผู้ที่แสดงความวิตกกังวลจากนักวิจารณ์การปฏิสังขรณ์เช่นเบ็ค แต่โครงการก็ยังคงดำเนินต่อไปจนกระทั่งเสร็จ

ปัญหาของผู้ที่ไม่เห็นด้วยกับการปฏิสังขรณ์อยู่ตรงวิธีการวิจัยและการทำความเข้าใจในวิธีการเขียนภาพของมีเกลันเจโล และ วิธีที่ใช้โดยผู้ปฏิสังขรณ์ในการทำการบูรณะภาพเหล่านั้น จากการตรวจสอบอย่างใกล้ชิดของภาพเขียนในบริเวณโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกทำให้ผู้ปฏิสังขรณ์เชื่อว่ามีเกลันเจโลใช้วิธี "การวาดบนปูนเปียก" (buon fresco) โดยตลอด ซึ่งเป็นวิธีที่จิตรกรเขียนภาพลงบนพลาสเตอร์อินโทนาโคที่ฉาบไว้เป็นช่วง ๆ ในช่วงวันที่จะเขียนขณะที่พลาสเตอร์ที่ฉาบไว้ยังชื้นอยู่ ซึ่งเป็นวิธีที่ตรงกันข้ามกับ "การวาดบนปูนแห้ง" (A Secco) ซึ่งเป็นวิธีที่จิตรกรใช้ในการกลับมาเพิ่มเติมรายละเอียดเมื่อปูนแห้งแล้วSee reference to Colalucci's conflicting report.

เมื่อสรุปว่าจิตรกรใช้วิธีเดียวในการเขียนภาพทั้งหมด คณะผู้ปฏิสังขรณ์ก็ใช้วิธีเดียวในการบูรณปฏิสังขรณ์ภาพทั้งหมดเช่นกัน ซึ่งเป็นการตัดสินใจว่าชั้นสีที่เห็นเป็นสีที่เกิดจากเงาจากไขมันสัตว์และสีดำตะเกียง, ไขจากเทียน, และสีที่เขียนทับที่เป็นสิ่งที่แปลกปลอมจากงานเขียนต้นฉบับไม่อย่างใดก็อย่างหนึ่ง ตามความเห็นของอาร์กิมเบาเมื่อตัดสินเช่นนี้แล้วผู้ปฏิสังขรณ์ก็เลือกใช้น้ำยาที่เท่ากับเป็นการลอกเพดานไปจนถึงชั้นพลาสเตอร์ที่อมสีเท่านั้น ซึ่งทำให้เหลือแต่เพียงชั้นที่เขียนโดยวิธีการวาดบนปูนเปียกเท่านั้น ซึ่งทำให้ส่วนที่เขียนเมื่อปูนแห้งถูกลอกตามไปด้วย

550px|centre|thumb|แดเนียลก่อนและหลังการปฏิสังขรณ์
ตามความคิดเห็นของผู้เป็นปฏิปักษ์ต่อการปฏิสังขรณ์ ปัญหาใหญ่อยู่ตรงที่ความปรัชญาของผู้ปฏิสังขรณ์ที่มีความเชื่ออย่างเหนียวแน่นหรือสรุปว่ามีเกลันเจโลใช้วิธี "การวาดบนปูนเปียก" วิธีเดียวเท่านั้นในการเขียนภาพทั้งหมด ซึ่งเท่ากับเป็นการสรุปว่ามีเกลันเจโลมีความพอใจต่อผลงานของตนเองทุกวันที่ทำตลอดสี่ปีครึ่งที่เขียน โดยไม่มีการตามกลับมาเพิ่มรายละเอียด หรือ แก้ภายหลังใดใดทั้งสิ้นจากที่เขียนเสร็จ ซึ่งเป็นความเชื่อที่ไม่สมเหตุสมผลและค้านกับข้อเขียนของโคลาลุชชิเองก่อนหน้านั้น

ข้อสรุปที่เกี่ยวข้องของโคลาลุชชิ ในภาคผนวกชื่อ "การพบสีใหม่ของมีเกลันเจโล" กล่าวว่า:

 ขั้นหนึ่งของการเตรียมตัว ก็มีการสัมภาษณ์ผู้ปฏิสังขรณ์ผู้สูงอายุที่ทำการปฏิสังขรณ์ในคริสต์ทศวรรษ 1930 ผู้ปฏิสังขรณ์เหล่านี้อ้างว่ามีเกลันเจโลใช้วิธี "การวาดบนปูนเปียก" โดยใช้ "velature" หรือสารเคลือบเป็นตัวเชื่อม โคลาลุชชิไม่ยอมรับข้อสันนิษฐานนี้และกล่าวว่ามีเกลันเจโลใช้วิธีการวาดบนปูนเปียกวิธีเดียวเท่านั้น แต่ต่อมาโคลาลุชชิเองก็บรรยายค้านกับข้อเขียนเดิมที่ว่ามีเกลันเจโลใช้วิธีการวาดบนปูนแห้งด้วย แต่ก็เพียงเป็นการใช้บ้างและไม่ใช้เลยในการเขียนโค้งพระจันทร์ครึ่งซีก

 โคลาลุชชิต่อมากล่าวถึง "การบำรุงรักษาอย่างแข็งขัน" ของมีเกลันเจโลของงานที่เขียนไว้บนปูนเปียก และกล่าวขัดกับทฤษฎีเดิมต่อไปถึงการเขียนเพิ่มเติมบนปูนแห้งบนไหล่ของภาพเอเลซาร์และเท้าของเรโบมภายในโค้งพระจันทร์ครึ่งซีก และกล่าวว่ามีเกลันเจโลเขียนบนปูนเปียกโดยไม่มี "การแก้" (pentimenti) หรือการเปลี่ยนแปลงแต่อย่างใด

การวิจารณ์ประเด็นอื่นที่ยังคงมีอยู่คือข้อที่ผู้ปฏิสังขรณ์อ้างว่ามีความเข้าใจถึงจุดประสงค์ของจิตรกรบนทุกส่วนของเพดาน และใช้วิธีปฏิสังขรณ์ที่เป็นการสนับสนุนจุดประสงค์ที่เชื่อว่ามีความเข้าใจ ข้อวิจารณ์นี้ก็ยังไม่สามารถยุติลงได้และเป็นข้อที่ไม่มีหนทางที่จะสามารถตกลงกันได้

 ปัญหาคาร์บอนแบล็ค 
ผู้ปฏิสังขรณ์สรุปง่าย ๆ ว่าสิ่งชั้นที่ดูเหมือนสิ่งสกปรกทุกชั้นเป็นไขหรือเขม่าที่มาจากควันเทียน ซึ่งเบ็คและศิลปินหลายคนไม่เห็นด้วยและให้ความเห็นว่าสีคร่ำที่เห็นเป็นการใช้คาร์บอนแบล็ค (Carbon black) ของมีเกลันเจโล กับกาวในบริเวณที่เป็นเงาและสีดำจัดของ "การวาดบนปูนแห้ง" ถ้าเป็นเช่นนั้นจริงส่วนนี้ก็ถูกลอกออกไปจนเกือบหมดสิ้นระหว่างการทำความสะอาดColalucci refers to this opinion in his Appendix quoted above

แต่บางรูปยังมีร่องรอยที่เห็นได้ชัดของการใช้คาร์บอนแบล็ค เหตุผลของการใช้การวาดวิธีนี้ก็อาจจะอธิบายได้ว่าระหว่างที่มีเกลันเจโลทำงานเขียนอยู่ ไม่ว่าจะด้วยสาเหตุใดสาเหตุหนึ่งก็อาจตัดสินใจเปลี่ยนวิธีการเขียน ที่อาจจะมาจากสิ่งที่มีผลต่อ "งานเขียนบนปูนเปียกของแต่ละวัน" (Giornata) ที่ได้แก่อุณหภูมิและ/หรือความชื้นของบรรยากาศแต่ละวัน และความยาวของแสงอาทิตย์ที่ได้รับ แต่ไม่ว่าจะเป็นเหตุผลใดก็ตามการใช้วิธีการเขียนที่แตกต่างกันในการเขียนแสงเงาของแต่ละภาพก็เห็นได้อย่างเด่นชัด

การใช้เงาที่เข้มข้นของภาพประกาศกคิวเมียน (Cumaean) ทำให้ดูราวกับเป็นภาพนูนหรือยิ่งไปกว่านั้นที่ดูราวกับเป็นภาพสามมิติซึ่งผู้รักงานศิลปะหวังว่าจะได้พบในงานของศิลปินผู้แกะสลักรูปโมเสส นักวิจารณ์การปฏิสังขรณ์อ้างว่าการเขียนเช่นนั้นเป็นความตั้งใจเดิมของมีเกลันเจโล และจิตรกรรมเหล่านี้ที่เป็นสีสันสดใสที่เมื่อนำมาวางเคียงข้างกันทำให้เกิดผลเช่นที่ว่า แต่คุณสมบัติดังกล่าวนี้สูญหายไปจนเกือบหมดสิ้นกับการทำความสะอาดกันอย่างเอาจริงจังระหว่างการปฏิสังขรณ์ครั้งล่าสุดนี้

สิ่งที่สูญหายไปอีกอย่างหนึ่งคือ "การวาดบนปูนแห้ง" ของรายละเอียดทางสถาปัตยกรรมที่คมชัดเช่น หอยสคาลล็อพ, ลายลูกเอคอร์น หรือลายลูกปัดตกแต่งซึ่งมีเกลันเจโลอาจจะทิ้งไว้ให้ผู้ช่วยเป็นผู้วาดเมื่อตนเองย้ายไปเขียนช่วงอื่นของผนังต่อ นอกจากนั้นคุณภาพของการซ่อมรายละเอียดก็ต่างระดับกันมาก ในบางบริเวณเช่นบริเวณช่องของภาพเอเซเคียล รายละเอียดเป็นการเขียนบนปูนเปียกและไม่มีการซ่อมแซมแต่อย่างใด

thumb|550px|centre|ความแตกต่างระหว่างภาพเขียนในช่องสองช่องของงานที่คล้ายคลึงกันที่ได้รับการปฏิสังขรณ์ ทางด้านซ้ายสีดำที่ใช้ในการสร้างรายละเอียดของเสื้อ, ตา และรายละเอียดทางสถาปัตยกรรมไม่ได้รับการแตะต้อง แต่ภาพขวารายละเอียดเหล่านี้หายไปหมดระหว่างการทำความสะอาด

การเปรียบเทียบระหว่างภาพในช่องสองช่องทำให้เห็นระดับความแตกต่างที่เกิดขึ้นหลังจากการปฏิสังขรณ์ ภาพทางด้านซ้ายใช้สีดำในการเน้นรายละเอียด เสื้อสีเขียวเน้นด้วยสีเหลืองและแต่งด้วยสีดำที่ทำให้เป็นเงาลึกขึ้น และในรายละเอียดทางสถาปัตยกรรมก็ทำให้เด่นขึ้นด้วยสีดำ สีตาของเด็กก็เป็นรายละเอียดของสีขาวตัดกับดำ รายละเอียดที่เห็นนี้ทำให้สันนิษฐานได้ว่าเป็นการเขียนเมื่อปูนยังเปียก ส่วนทางด้านขวาดูเหมือนภาพที่ยังเขียนไม่เสร็จ ก่อนหน้าที่จะได้รับการทำความสะอาดภาพนี้ก็มีการใช้สีดำในการสร้างเงาบนเสื้อผ้าและรายละเอียดทางสถาปัตยกรรม

ภาพแต่ละภาพตรงมุมสี่มุมเป็นหัวข้อที่มีพลังทางนาฏกรรมอันรุนแรง (violent) การลอกคาร์บอนแบล็คจากภาพเหล่านี้ออกทำให้ภาพเหล่านี้ลดความเป็นนาฏกรรมลงไปเป็นอันมาก โดยเฉพาะการสูญเสียของความลึกของภาพ "ความตายของฮามัน" ที่เดิมดูเหมือนว่าตัวแบบจะชะโงกออกมาจากฉากหลังที่มืด ที่กลายมาเพียงปรากฏอยู่หน้าภาพหลังจากการซ่อมแซม ความเป็นนาฏกรรมของภาพจึงสูญหายไปหมดสิ้นกับสีพาสเตลที่ใช้ที่ปรากฏในปัจจุบัน

 สี 
ภัณฑารักษ์ฟาบริซิโอ มันชิเนลลิอ้างคำบรรยายจากบันทึกของนักดาราศาสตร์และนักท่องเที่ยวฝรั่งเศสจากคริสต์ศตวรรษที่ 18 เฌโรม ลาลองด์ที่กล่าวถึงสีของเพดานที่เมื่อมาถึงสมัยนั้นก็กลายเป็นสีเดียวที่ "ออกไปทางหม่นและเทา" ไปแล้ว มันชิเนลลิกล่าวถึงการปฏิสังขรณ์ว่าเป็นการทำให้เห็น "มีเกลันเจโลใหม่" ในฐานะผู้ใช้สี (colourist) และสีใหม่ที่เห็นทำให้ "ตัวแบบในภาพมีความหมายเพิ่มขึ้นตามตำแหน่งทางประวัติศาสตร์" และกล่าวต่อไปว่าผู้ชมเพดานผู้มีความซาบซึ้งมีความสำนึกอยู่เสมอถึงสีต่าง ๆ ที่เห็นที่แตกต่างไปจากสีที่เขียนไว้แต่เดิม ที่รวมทั้งสีชมพู, เขียวแอปเปิล, ส้ม, เหลือง และฟ้าอ่อนเดียวกับที่โดเมนนิโค เกอร์ลันเดาครูของมีเกลันเจโลใช้ ผู้เป็นจิตรกรผู้เชี่ยวชาญทางการเขียนจิตรกรรมฝาผนังผู้มีความสามารถที่สุดคนหนึ่งของยุคฟื้นฟูศิลปวิทยา

สีสดใสควรที่จะเป็นสิ่งที่ผู้ปฏิสังขรณ์หวังที่จะได้เห็นหลังจากการบูรณะเพราะสีต่าง ๆ ในกลุ่มสีที่ใช้ปรากฏในงานจิตรกรรมของจอตโต ดี บอนโดเน, มาซาชิโอ, มาโซลิโน ดา พานิคาเล, ฟราอันเจลิโค และเปียโร เดลลา ฟรานเชสกา และรวมทั้งโดเมนนิโค เกอร์ลันเดาเอง และจิตรกรผู้เขียนจิตรกรรมฝาผนังรุ่นต่อมาเช่นอันนิบาเล คารัคชี และ จิโอวานนิ บัตติสตา ติเอโปโล เหตุผลในการใช้กลุ่มนี้ก็เพราะรงควัตถุอื่น ๆ ใช้ในการเขียนจิตรกรรมฝาผนังไม่ได้เพราะมีปฏิกิริยาทางเคมีอย่างรุนแรงกับปูนเปียก และสีหนึ่งที่ไม่ได้ใช้เลยบนเพดาน แต่มาใช้บนผนังบนภาพ "การตัดสินครั้งสุดท้าย" บนผนังคือสีน้ำเงินเข้มสดที่ทำจากการบดหินลาพิส ลาซูไลที่เขียนเมื่อปูนแห้งแล้วพร้อมกับการปิดทองคำเปลวบนรัศมีหรือตกแต่งชายเสื้อ

thumb|500px|center|มือขวาและเข่าของดาเนียลบนภาพที่ยังไม่ได้บูรณะเห็นสีแดงเข้มภายใต้สีดำที่มาเขียนเมื่อปูนแห้งที่ทำให้มีความเรืองในเงา และการทำให้เห็นเข่าและขาส่วนล่างภายใต้เสื้อผ้าทำโดยการใช้สีดำ
การใช้สีที่แทบจะไม่ได้คาดกันของมีเกลันเจโลในการเขียนเงา การเขียนภาพประกาศกลิเบียน (Libyan) และประกาศกดาเนียล (Daniel) ที่อยู่ข้างเคียงกันเป็นตัวอย่างที่เห็นได้ชัด สีเหลืองบนเสื้อของประกาศกลิเบียนมีเกลันเจโลใช้สีเหลืองสดและค่อย ๆ เปลี่ยนเป็นเหลืองที่เข้มขึ้นจนกลายเป็นสีส้มอ่อน, ส้มแก่และเกือบจะเป็นสีแดงในบริเวณที่มีเงา ขณะที่เงาสีแดงเป็นสิ่งที่ไม่ค่อยได้พบในงานจิตรกรรมฝาผนัง การค่อย ๆ เปลี่ยนสีเป็นการแก้ปัญหาอย่างธรรมชาติ แต่บนเสื้อของแดเนียลไม่มีการเปลี่ยนสีที่ค่อยเป็นค่อยไป สีเหลืองของเสื้อคลุมกลายเป็นสีเขียวในทันทีที่อยู่ในเงา ขณะที่สีม่วงมีเงาเป็นสีแดงเข้ม การใช้สีผสมเช่นนี้เรียกว่า "การใช้สีเหลือบ" (iridescent) ซึ่งพบหลายแห่งบนเพดานรวมทั้งบนถุงน่องของชายหนุ่มในโค้งพระจันทร์ครึ่งซีก "มาธาน" ซึ่งเป็นสีเขียวอ่อนและม่วงแดง

thumb|260px|left|"โจนาห์" บูรณะแล้ว การใช้โทนสีที่เป็นนาฏกรรมของภาพหายไปหลังจากการทำความสะอาดและทำให้ลดความเป็นทัศนมิติของภาพลงอย่างมาก (effect of the foreshortening)
ในบางกรณีการใช้สีผสมทำให้ดูฉูดฉาดน่าเกลียด (garish) โดยเฉพาะในกรณีของภาพประกาศกดาเนียล การเปรียบเทียบระหว่างภาพที่ยังไม่ได้บูรณะและที่บูรณะแล้วทำให้เห็นได้อย่างชัดเจนว่ามีเกลันเจโลหันมาใช้คาร์บอนแบล็คภายหลังและการใช้เป็นการคิดล่วงหน้าas detailed in Arguimbau's article สีแดงสดที่ใช้บนเสื้อคลุมของแดเนียลและลิเบียนไม่ทำให้เกิดแสงเงาที่มีประสิทธิภาพ ในกรณีทั้งสองนี้และกรณีอื่น ๆ ก็อาจจะเป็นเพราะสีที่เห็นเป็นสีที่ตั้งใจจะให้เป็นสีภายใต้ (underpainting) ที่ตั้งใจจะให้มองทะลุสีดำบาง ๆ และด้วยเงาลึกที่ใช้สีดำจัด ซึ่งยังคงเห็นได้จากภาพประกาศกคิวเมียน การใช้สีสดที่ตัดกันสำหรับสีภายใต้ไม่ใช่วิธีที่ใช้กันทั่วไปในการเขียนจิตรกรรมฝาผนังแต่เป็นวิธีที่นิยมกันในการเขียนทั้งจิตรกรรมสีน้ำมัน และจิตรกรรมสีฝุ่นเท็มเพอราเช่นที่เห็นบนเสื้อของภาพแดเนียลและลิเบียนที่เดิมเป็นสีที่ค่อย ๆ เปลี่ยนไปกับรอยพับของเสื้อผ้าและเงา แต่รายละเอียดเหล่านี้หายไปหลังจากการบูรณะ

ก่อนหน้าที่จะมีการปฏิสังขรณ์ก็เป็นที่ทราบกันอย่างไม่มีข้อสงสัยว่าเพดานเต็มไปด้วยสิ่งสกปรกที่หมักหมมมานาน แต่เมื่อได้ชมภาพเมื่อมีคราบสิ่งสกปรกต่าง ๆ ก่อนที่จะได้รับการปฏิสังขรณ์เบ็คและอาร์กิมเบาก็บรรยายว่า ยังเป็นภาพที่มีพลังที่แสดงให้เห็นทำให้รู้สึกถึงรูปทรงอันแน่นและเป็นรูปร่าง

จิตรกรและนักเขียนชีวประวัติจอร์โจ วาซารีในหนังสือ "ชีวิตจิตรกร, ประติมากร, และสถาปนิกผู้ดีเด่น" บรรยายภาพโจนาห์ที่เห็นในกลางคริสต์ศตวรรษที่ 16 ว่า:

รูปใหญ่ของโจนาห์มีความสำคัญเป็นอันมากต่อองค์ประกอบของภาพทั้งหมดทั้งทางด้านจิตรกรรมและทางด้านคริสต์ศาสนปรัชญาเพราะภาพที่เป็นอุปมานิทัศน์ของการคืนชีพของพระเยซู ภาพโจนาห์เขียนภายในช่องที่แล่นขึ้นมาจากกำแพงแท่นบูชาที่รองรับเพดานโค้งและเอี้ยวตัวขณะที่ตามองไปยังพระเจ้า ลักษณะการวาดแบบลักษณะลวงตา (foreshortening) ที่บรรยายในงานเขียนของวาซารีว่ายังเป็นวิธีเขียนที่ใหม่ในขณะนั้น และมามีอิทธิพลต่อจิตรกรรุ่นต่อมาเป็นอันมาก การทำความสะอาดภาพนี้ทำให้ลบร่องรอยการใช้เงาดำที่เห็นทางด้านซ้ายสุดของภาพออกไปอย่างสิ้นเชิงที่เป็นผลทำให้ภาพขาดความมีพลังของภาพเดิม และลดคุณค่าทางความกินตาลงเป็นอันมาก การลบก็รวมไปถึงปลาด้านหลังของโจนาห์และรายละเอียดของกรอบสถาปัตยกรรมรอบภาพด้วย

 ตา 
การสูญเสียความลึกของภาพมิใช่เป็นเพียงประเด็นเดียวของนักวิจารณ์ติง สิ่งที่สำคัญของงานเขียนของมีเกลันเจโลในบรรดาสิ่งที่หายไปอีกอย่างหนึ่งคือการเขียนลูกตาดำ

thumb|500px|center|การสูญเสีย"สิ่งเล็ก ๆ น้อย ๆ" ที่ระบุโดยผู้ต่อต้านการปฏิสังขรณ์ ช่องเจสสีก่อนและหลังการปฏิสังขรณ์ ที่ลูกตาหายไปพร้อมกับตัวประกอบย่อยอื่น ๆ โดยเฉพาะบุคคลที่เป็นบรรพบุรุษ ตาของตัวแบบหลักของภาพต่าง ๆ มักจะเขียนเมื่อปูนเปียก แต่ถ้ายังไม่ได้เขียนก็จะมาเขียนเมื่อปูนแห้ง แต่ถ้าเขียนด้วยวิธีหลังก็จะถูกลบออกไปโดยผู้ปฏิสังขรณ์
ลูกตาของตัวแบบเป็นองค์ประกอบสำคัญของจิตรกรรมฝาผนังที่มีชื่อเสียง เช่นในภาพ "การสร้างอาดัม" ที่อาดัมทอดสายตาไปยังพระเจ้าและพระองค์ทอดพระเนตรตรงลงมายังอาดัม และภายในอ้อมพระกรที่ปกป้อง อีฟชายตาไปยังอาดัมผู้ที่จะมาเป็นสามีในอนาคตด้วยความชื่นชม มีเกลันเจโลเขียนการมองการชายตาที่สื่อความรู้สึกให้กับตัวแบบต่าง ๆ ที่เขียนได้อย่างมีประสิทธิภาพ และส่วนใหญ่เป็นการเขียนขณะที่ปูนยังเปียกซึ่งทำให้รอดมาได้จากการปฏิสังขรณ์ แต่ดวงตาที่สื่อความรู้สึกของบางภาพก็สูญหายไป เบ้าตาของครอบครัวโซโรบาเบล (Zorobabel) ผู้เป็นข้าหลวงของยูดาห์ในโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกก็กลวงเช่นเดียวกับบุรุษในโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกอมินาดับ (Aminadab) แต่การลบลูกตาที่ทำให้ผู้ต่อต้านเดือดดาลมากที่สุดคือการลบลูกตาจากตัวแบบสีเขียวและขาวผู้ที่ครั้งหนึ่งเคยมองออกมาจากโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกเจสสี (Jesse)

อาร์กิมเบากล่าวว่า:

ริชาร์ด เซอร์รินในบทความชื่อ "ความหลอกลวงและความผิด, โบสถ์น้อยซิสทีนของโบสถ์น้อยซิสทีนของจานลุยจิ โคลาลุชชิ อภิปรายรอบสอง" กล่าวว่า:

 สรุป 
คาร์โล เพียตราเจลิอดีตผู้อำนวยการของพิพิธภัณฑ์วาติกันกล่าวถึงการปฏิสังขรณ์ว่า: "เหมือนกับเป็นการเปิดหน้าต่างในห้องที่มืด และเห็นห้องสว่างขึ้นเพราะแสงที่สาดเข้ามา" คำบรรยายของคาร์โล เพียตราเจลิพ้องกับคบรรยายของวาซาริในคริสต์ศตวรรษที่ 16 ที่บรรยายเพดานของโบสถ์น้อยซิสทีนว่า:

เพียตราเจลิเขียนในคำนำในหนังสือ "โบสถ์น้อยซิสทีน" ที่เขียนหลังจากการปฏิสังขรณ์ของโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกแต่ก่อนหน้าการปฏิสังขรณ์บนเพดานสรรเสริญผู้มีความกล้าหาญในการดำเนินการปฏิสังขรณ์และไม่เพียงแต่จะกล่าวขอบคุณผู้มาเยี่ยมชมการปฏิสังขรณ์แต่ยังกับผู้ที่เป็นปฏิปักษ์ต่อโครงการด้วย เพียตราเจลิกล่าวว่าผู้ที่เป็นปฏิปักษ์มีส่วนในการทำให้ผู้ดำเนินการปฏิสังขรณ์ต้องบันทึกงานที่ทำอย่างละเอียดละออเพื่อให้เป็นหลักฐานสำหรับผู้มีความสนใจในโครงการทั้งปัจจุบันและในอนาคตCarlo Pietrangeli, Foreword to The Sistine Chapel, ed. Massimo Giacometti. (1986) Harmony Books, ISBN 0-517-56274-X

 ระเบียงภาพ 
 พระเจ้าสร้างโลกบนเพดานหลังจากการบูรณะ 

 การตัดสินครั้งสุดท้ายก่อนและหลังจากการบูรณะ 

 เชิงอรรถ 
 a. โดยเฉพาะพระเจ้าสร้างอาดัม และขับจากสวรรค์
 b. การใช้สีใหม่ในบริเวณที่ได้รับความเสียหายหนักตรงกับวิธีการปฏิสังขรณ์สมัยใหม่
 c. ภาพดูคร่ำกว่าเพดานที่เป็นจริงเล็กน้อย
 d. การใช้สีแดงและน้ำตาลดำ (sepia) ในการเขียนจิตรกรรมฝาผนังเป็นวิธีที่ใช้กันบ้างแล้ว ที่มักจะใช้เมื่อเสื้อคลุมของพระเยซู หรือพระแม่มารีวาดบนปูนแห้งที่ใช้ หินลาพิส ลาซูไล (lapis lazuli) ในการทำให้เป็นสีน้ำเงินสด เช่นในงานจิตรกรรมฝาผนัง "กำเนิดพระเยซู" ของจอตโต ดี บอนโดเน และงาน "ชุบชีวิตนักบุญลาซารัส" ภายในโบสถ์น้อยสโครเวนยี
 e. ตามคำกล่าวของวาซาริ มีเกลันเจโลตั้งใจจะเขียนภาพบนเพดานด้วยสีอุลตรามารีนที่ทำจากหินลาพิส ลาซูไลและทองแต่ก็ไม่มีโอกาสได้กลับมาสร้างนั่งร้านขึ้นไปเขียนอีก เมื่อพระสันตะปาปาถามถึงว่าทำไมยังไม่ทำ มีเกลันเจโลก็โต้ว่าผู้ที่เป็นภาพวาดบนเพดานเป็นคนที่ไม่ร่ำรวย
 f. "การแก้ภาพเขียน" (Pentimento) สองจุดที่สำคัญที่ทำบนเสื้อคลุมของแดเนียลมองเห็นได้ชัดก่อนที่จะมีการซ่อมแซม ที่เป็นรอบพับทางขวางบนขอบของเสื้อคลุมสีเขียวที่เขียนบนปูนแห้ง และขอบตรงใหม่ที่ค่อย ๆ เขียนด้วยสีอ่อนกว่าเพื่อให้เส้นติดต่อกัน แถบสีม่วงแคบก็เป็นงานแก้ด้วยปูนแห้งให้เป็นเสื้อที่หรูขึ้น รายละเอียดเล็ก ๆ น้อย ๆ เหล่านี้หายไปหลังจากการปฏิสังขรณ์ ซึ่งเป็นรายละเอียดที่ผู้เป็นปฏิปักษ์ต่อการปฏิสังขรณ์เช่นเบ็คตั้งข้อสังเกต