# อันดับสัตว์ฟันแทะ
อันดับสัตว์ฟันแทะ (, ชื่อวิทยาศาสตร์: Rodentia) เป็นหนึ่งในอันดับของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยน้ำนม ซึ่งเป็นประมาณร้อยละ 40 ของสปีชีส์สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมทุกชนิด สัตว์ในอันดับสัตว์ฟันแทะมีถิ่นอาศัยอยู่บนหลายทวีปยกเว้นทวีปแอนตาร์กติกา

วิธีการอยู่อาศัยของสัตว์ฟันแทะมีความหลากหลาย เช่น การอาศัยอยู่บนต้นไม้ การขุดรูอาศัยใต้ดิน หรือการอาศัยแบบครึ่งบกครึ่งน้ำ ชนิดของสัตว์ฟันแทะที่มนุษย์รู้จักกันเป็นอย่างดี ได้แก่ หนู กระรอก แพรรีด็อก เม่น ชิปมังก์ บีเวอร์ หนูตะเภา แฮมสเตอร์ เจอร์บิล แคพิบารา เป็นต้น ในขณะที่กระต่าย กระต่ายแจ็ก กระแต ไพกา ตุ่น และชูการ์ไกลเดอร์ไม่ถูกนับว่าเป็นสัตว์ฟันแทะถึงแม้จะมีรูปลักษณะภายนอกที่คล้ายคลึงกัน และกระต่าย กระต่ายแจ็ก และไพกามีฟันดัดหน้าที่สามารถเติบโตได้เรื่อย ๆ แต่มีจำนวนฟันที่ไม่เท่ากัน และมีพฤติกรรมการเคี้ยวที่ต่างจากสัตว์ฟันแทะ อีกทั้งสัตว์เหล่านี้มีประวัติการวิวัฒนาการที่แตกต่างจากสัตว์ฟันแทะที่แท้จริง จึงได้ถูกจัดให้อยู่ในอันดับกระต่าย โดยอันดับกระต่ายและอันดับสัตว์ฟันแทะเป็น "พี่น้อง" ซึ่งมีบรรพบุรุษร่วมกันที่ฐานและสร้างเคลดที่มีชื่อกลิเรส (Glires)

สัตว์ฟันแทะส่วนใหญ่มีขนาดเล็ก ร่างกายที่แข็งแรง ขาสั้น และหางยาว มีฟันตัดหน้าที่คมซึ่งเหมาะสมสำหรับการแทะอาหาร ขุด และป้องกันตัวเอง โดยส่วนมากจะกินเมล็ดหรือวัสดุอื่น ๆ จากพืช ในขณะที่สมาชิกอื่นอาจจะมีความหลากหลายทางอาหาร สัตว์ฟันแทะเป็นสัตว์สังคมซึ่งอยู่เป็นกลุ่มและมีวิธีการสื่อสารที่ซับซ้อน นอกจากนี้แล้วการผสมพันธุ์ระหว่างสัตว์ในอันดับนี้มีตั้งแต่แบบผัวเดียวเมียเดียว ผัวเดียวหลายเมีย และสำส่อน ตัวเมียจะออกลูกได้เป็นครอก โดยลูกที่ออกมานั้นอาจจะพัฒนาได้อย่างสมบูรณ์หรือไม่นั้นขึ้นอยู่กับแต่ละชนิด

ซากฟอสซิลที่เก่าแก่ที่สุดของสัตว์ฟันแทะมีอายุตั้งแต่สมัยพาลีโอซีนบนมหาทวีปลอเรเชีย ความหลากหลายทางชนิดพันธุ์ของสัตว์ฟันแทะเพิ่มขึ้นอย่างมากในช่วงสมัยอีโอซีน โดยมีสาเหตุมาจากการแพร่กระจายไปยังทวีปต่าง ๆ หรือแม้กระทั่งการข้ามมหาสมุทร สัตว์ฟันแทะที่มาจากทวีปแอฟริกาเดินทางถึงทวีปอเมริกาใต้และมาดากัสการ์ นอกจากนี้แล้วสัตว์ฟันแทะยังเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยน้ำนมที่มีสายรกและอาศัยอยู่บนบกกลุ่มแรกที่มาถึงและแพร่กระจายในทวีปออสเตรเลีย

สัตว์ฟันแทะถูกนำมาใช้งานโดยมนุษย์ในหลายด้าน เช่น เสื้อผ้า อาหาร สัตว์เลี้ยง และสัตว์ทดลอง สัตว์ฟันแทะบางชนิด เช่น หนูบ้าน หนูท้องขาว หนูหริ่งบ้านเป็นสัตว์ก่อความรำคาญที่กัดกินอาหารของมนุษย์หรือแพร่เชื้อโรค เมื่อสัตว์เหล่านี้ถูกนำเข้ามาหรือแพร่กระจายมาจากที่อื่น มักจะรุกรานสัตว์ที่อยู่ในท้องถิ่นและอาจก่อให้เกิดการสูญพันธุ์ของสัตว์ท้องถิ่นได้

 ลักษณะทั่วไป 
thumb|left|upright|ภาพวาดโครงสร้างฟันของสัตว์ฟันแทะ โดยด้านหน้าของฟันตัดหน้า (incisors) มีชั้นเคลือบฟันที่หนามาก ในขณะที่ด้านหลังมีเนื้อฟันที่นุ่มกว่า ซึ่งทำให้เกิดการสึกกร่อนของเนื้อฟันตัดหน้าด้านหลังและทำให้ฟันตัดหน้ามีลักษณะคล้ายสิ่ว
ลักษณะสำคัญที่จำแนกสัตว์ฟันแทะจากสัตว์อื่นนั้น คือฟันตัดหน้า (incisors) ที่คมและเติบโตเรื่อย ๆ ตัวอย่างเช่นฟันตัดหน้าของหนูตะเภาซึ่งมีระยะการเจริญเติบโตของฟันตัดหน้าขากรรไกรล่างอยู่ระหว่าง 1.34-1.74 มิลลิเมตรต่ออาทิตย์ ในขณะที่ของฟันตัดหน้าขากรรไกรล่างอยู่ระหว่าง 1.89-2.21 มิลลิเมตรต่ออาทิตย์ เนื่องจากมีเลือดมาหล่อเลี้ยงฟันตลอดเวลา สัตว์อันดับนี้จึงต้องใช้ฟันแทะอย่างสม่ำเสมอเพราะไม่งั้นจะทำให้ฟันนั้นยาวเกินไปและสามารถเจาะผ่านกะโหลกได้ โดยด้านหน้าของฟันตัดหน้าจะมีชั้นเคลือบฟันที่หนามาก ในขณะที่ด้านหลังมีชั้นเคลือบฟันที่บาง เมื่อฟันตัดหน้าจากขากรรไกรบนและล่างเสียดสีกัน ฟันที่มีชั้นเคลือบฟันที่บางกว่าจะสึกกร่อน ก่อให้เกิดขอบฟันดัดหน้าที่คมและมีลักษณะคล้ายสิ่ว โดยในกรณีฟันตัดหน้าของหนูตะเภา ระยะการสึกกร่อนของฟันตัดหน้าขากรรไกรบนอยู่ระหว่าง 1.09-2.04 มิลลิเมตรต่ออาทิตย์ ในขณะที่ของฟันตัดหน้าขากรรไกรล่างจะอยู่ระหว่าง 1.71-2.08 มิลลิเมตรต่ออาทิตย์ สัตว์ฟันแทะส่วนใหญ่มีฟันมากถึง 22 ซี่โดยไม่มีฟันเขี้ยวหรือฟันกรามน้อยที่อยู่ด้านหน้า และจะมีช่องว่าง (diastema) ระหว่างฟันตัดหน้าและฟันแก้มซึ่งทำให้สัตว์ในอันดับนี้สามารถดูดแก้มหรือริมฝีปากเพื่อที่กำจัดและป้องกันไม่ให้เศษไม้และวัสดุที่กินไม่ได้บาดปากหรือลำคอได้ ฟันกรามของชินชิยาและหนูตะเภาไม่มีรากฟันซึ่งทำให้ฟันนั้นเติบโตเรื่อย ๆ เหมือนกับฟันตัดหน้า เหมาะสมกับอาหารที่เส้นใยอาหารเป็นจำนวนมาก 

สัตว์ฟันแทะส่วนมากมีฟันกรามที่ใหญ่ โครงสร้างที่ประณีต และปุ่มฟันที่สูง ซึ่งสามารถเคี้ยวอาหารให้เป็นชิ้นเล็กได้ นอกจากนี้แล้วยังมีกล้ามเนื้อขากรรไกรที่แข็งแรง โดยที่ขากรรไกรล่างจะผลักไปข้างหน้าเมื่อแทะ และดึงไปด้านหลังเมื่อเคี้ยว กลุ่มของสัตว์ฟันแทะมีความแตกต่างกันในการจัดโครงสร้างของกล้ามเนื้อขากรรไกรและกะโหลก สมาชิกในอันดับย่อย Sciuromorpha เช่น Eastern gray squirrel มีกล้ามเนื้อแมสซีเตอร์ (masseter muscle) ที่ใหญ่และลึก ซึ่งเหมาะสำหรับการแทะด้วยฟันตัดหน้า สมาชิกในอันดับย่อย Myomorpha เช่น หนูบ้าน มีกล้ามเนื้อเทมโพราลิส (temporal muscle) ที่ใหญ่ เหมาะสำหรับการเคี้ยวด้วยฟันกราม สมาชิกในอันดับย่อยเม่นเช่น หนูตะเภา มีกล้ามเนื้อแมซีเทอร์ชั้นนอก (superficial masseter muscle) ที่ใหญ่กว่าและกันมีกล้ามเนื้อแมซีเทอร์ชั้นใน (deep masseter muscle) ที่เล็กกว่าเมื่อเทียบกับหนูหรือกระรอก ซึ่งส่งผลให้การกัดด้วยฟันตัดหน้ามีประสิทธิภาพน้อยลง แต่ในขณะเดียวกันกล้ามเนื้อเทอรีกอยด์มัดใน (internal pterygoid) ที่มีขนาดใหญ่ทำให้สามารถการขยับขากรรไกรทางด้านข้างได้มากขึ้นในขณะเคี้ยว กลุ่มย่อยของสัตว์ฟันแทะ เช่น หนูจิงโจ้ แฮมสเตอร์ ชิปมังก์ และโกเฟอร์ มีกระพุ้งแก้มสองข้างสำหรับสะสมอาหาร ถึงแม้ว่าสัตว์ฟันแทะในวงศ์ย่อยหนูจะไม่มีโครงสร้างนี้ กระพุ้งแก้มยังมีความยืดหยุ่นมากเนื่องจากการถูกปกคลุมด้วยกล้ามเนื้อและเส้นประสาทเป็นจำนวนมาก

thumb|right|ภาพจำลองหัวกะโหลกของสัตว์ฟันแทะ (CT)
สัตว์ฟันแทะที่มีขนาดเล็กที่สุดคือหนูเจอร์บัว (Salpingotulus michaelis) โดยที่ตัวโตเต็มวัยจะมีความยาวจากหัวจรดตัวเฉลี่ย 4.4 เซนติเมตรและน้ำหนักของตัวเมียเต็มวัยอยู่ที่ 3.75 กรัม สัตว์ฟันแทะที่มีขนาดใหญ่ที่สุดคือแคพิบารา (Hydrochoerus hydrochaeris) พบในทวีปอเมริกาใต้ ซึ่งมีน้ำหนักได้มากถึง 66 กิโลกรัมและมีรายงานว่าพบมากถึง 91 กิโลกรัม ในขณะที่น้ำหนักเฉลี่ยของสัตว์ฟันแทะส่วนใหญ่มีน้อยกว่า 100 กรัม สัตว์ฟันแทะส่วนมากมีรูปร่างที่อ้วนท้วนและขาที่สั้น โดยแต่ล่ะขาหน้าจะมี 5 นิ้ว ซึ่งรวมถึงหัวแม่มือที่สามารถจับสิ่งของได้ ในขณะที่แต่ล่ะขาหลังมี 3-5 นิ้ว นอกจากนี้แล้วยังมีข้อศอกที่ช่วยให้ขาแต่ล่ะข้างมีความยืดหยุ่นสูง สัตว์ฟันแทะส่วนใหญ่มีลักษณะการเดินด้วยเต็มเท้า (plantigrade locomotion) และมีกรงเล็บ โดยที่สมาชิกที่ขุดรูอยู่ใต้ดินหรือบนดินจะมีกรงเล็บที่ยาวและแข็งแรง ในขณะที่กรงเล็บของสมาชิกที่อาศัยอยู่บนต้นไม้จะมีลักษณะสั้นและคม วิธีการเคลื่อนที่ของสัตว์ในอันดับนี้มีความหลากหลายมาก เช่น การเดินด้วยสี่ขา วิ่ง ขุดรู ปีน การใช้สองขาเพื่อกระโดด (เช่น หนูจิงโจ้ และ Hopping mouse) ว่ายน้ำ และร่อน Anomalure และกระรอกบินสามารถร่อนลงมาจากต้นไม้ได้โดยใช้พังผืดที่ขยายออกมาจากด้านข้างลำตัวที่ติดต่อระหว่างขาหน้าและขาหลัง (patagium) สมาชิกในสกุลอะกูติ (Agouti) สามารถเคลื่อนไหวด้วยนิ้วเท้าได้อย่างรวดเร็วและมีกีบเล็บ หางของสัตว์ฟันแทะส่วนใหญ่มีความหลากหลายทางลักษณะมาก บางชนิดสามารถใช้เพื่อจับหรือหยิบสิ่งของได้เช่น Eurasian harvest mouse บางชนิดมีขนมากอยู่บนหาง ในขณะที่หางของบางชนิดไม่มีขน หางสามารถใช้เพื่อสื่อสารกับสัตว์ตัวอื่นได้เช่น การที่บีเวอร์ใช้หางเพื่อตีน้ำหรือการที่หนูสั่นหางตัวเองเพื่อให้สัญญาณเตือน สัตว์ฟันแทะบางชนิดอาจจะมีโครงสร้างที่หลงเหลือของหางหรือไม่มีหาง หางของสัตว์ฟันแทะบางชนิดสามารถโตใหม่ได้ถึงแม้ว่าบางส่วนอาจจะขาดหายไป

thumb|left|upright|ชินชิยาที่มีหนวดยาว
สัตว์ฟันแทะมีประสาทการรับรู้ที่ดี เช่น การมองเห็น การรับฟัง และสายตา สมาชิกส่วนมากที่ออกหากินในเวลากลางคืนจะมีตาที่ใหญ่ และในบางสมาชิกมีตาที่ไวต่อแสงอัลตราไวโอเลต สัตว์ฟันแทะส่วนมากมีหนวดที่ยาวและไวต่อการจับต้องหรือตรวจสอบสิ่งรอบข้าง บางสมาชิกมีกระพุ้งแก้มที่อาจจะปกคลุมไปด้วยขน เนื่องจากลิ้นไม่สามารถยื่นถึงฟันตัดหน้าได้ การทำความสะอาดกระพุ้งแก้มสามารถทำได้โดยการขยับให้กระพุ้งแก้มข้างในนั้นออกมาและกลับเข้าไปใหม่ สัตว์ฟันแทะมีระบบการย่อยอาหารที่มีประสิทธิภาพสูง ซึ่งสามารถย่อยและดูดซึมพลังงานได้ถึงร้อยละ 80 จากพลังงานในอาหารทั้งหมด เซลลูโลสจะถูกกระเพาะอาหารย่อยให้นุ่มลงและส่งต่อไปยังกระเปาะลำไส้ใหญ่ซึ่งมีแบคทีเรียที่ย่อยเซลลูโลสต่อ หลังจากนั้นสัตว์ฟันแทะนี้จะกินมูล (coprophagy) ของตัวเองเพื่อให้ลำไส้ได้ดูดซึมอาหาร เพราะฉะนั้นมูลของสัตว์ในอันดับนี้จะมีลักษณะแข็งและแห้ง ในสัตว์ฟันแทะหลายชนิด องคชาติของตัวผู้จะมีกระดูก (Baculum) ส่วนอัณฑะจะอยู่บริเวณท้องหรือหน้าขา

ความแตกต่างระหว่างเพศนอกเหนือจากอวัยวะเพศ (sexual dimorphism) ของสัตว์ฟันแทะสายพันธ์เดียวกันเกิดขึ้นอยู่มากในบางกลุ่มเช่น กระรอกดิน หนูจิงโจ้ หนูตุ่น และโกเฟอร์ ตัวผู้จะมีขนาดร่างกายที่ใหญ่และแข็งแรงกว่าตัวเมียซึ่งอาจจะเกิดมากจากการคัดเลือกทางเพศ (sexual selection) และการต่อสู้เพื่อคู่ผสมพันธุ์ในหมู่สัตว์เพศผู้ ในขณะที่สิ่งตรงข้ามเกิดขึ้นกลับสัตว์ฟันแทะบางชนิด เช่น ชิปมังก์ และ Jumping mice โดยที่ตัวเมียจะมีขนาดร่างกายที่ใหญ่และแข็งแรงกว่าตัวผู้ ซึ่งเหตุผลของการเกิดปรากฏการณ์นี้ยังไม่ทราบเป็นแน่ชัด แต่ในกรณีของชิปมังก์ Yellow-pine ตัวผู้เลือกตัวเมียที่มีขนาดตัวใหญ่กว่าเพราะว่ามีโอกาสในการสืบพันธุ์ที่สูงกว่า นอกจากนี้แล้วความแตกต่างระหว่างเพศอาจจะมีไม่เหมือนกันในแต่ละประชากรในสัตว์ฟันแทะชนิดเดียวกัน เช่น หนูนาในกลุ่มโวล (Vole) เช่นในกรณีของหนูนาแบงค์ (Bank vole) โดยทั่วไปตัวเมียจะมีร่างกายที่ใหญ่กว่าตัวผู้ แต่ทว่าในประชากร ณ เขตภูเขาสูง ตัวผู้มีร่างกายที่ใหญ่มากกว่าตัวเมีย ซึ่งอาจจะมีผลมาจากจำนวนผู้ล่าที่น้อยและการต่อสู้เพื่อคู่ผสมพันธุ์ในหมู่สัตว์เพศผู้ที่น้อยกว่า

 ถิ่นที่อยู่และการแพร่กระจาย 
thumb|left|หนูบ้านในกระถางดอกไม้ สัตว์ฟันแทะบางชนิดอยู่ในพื้นที่อยู่อาศัยของมนุษย์
สัตว์ฟันแทะอาศัยในทุกทวีปยกเว้นทวีปแอนตาร์กติกา นอกจากนี้แล้วยังเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยน้ำนมที่อยู่อาศัยบนบกและมีสายรกกลุ่มแรกที่ถึงและแพร่กระจายในทวีปออสเตรเลียและเกาะนิวกินีโดยมนุษย์ไม่ได้มีส่วนเกี่ยวข้องกับปรากฏการณ์นี้ ในทางกลับกันมนุษย์ทำให้สัตว์ฟันแทะเช่น หนูจี๊ด แพร่กระจายในเกาะต่าง ๆ สัตว์ฟันแทะสามารถปรับตัวให้เข้ากับภูมิอากาศเกือบทุกที่บนโลกตั้งแต่ทันดรา (มีหิมะ) ถึงทะเลทราย

สัตว์ฟันแทะบางชนิดเช่น กระรอกต้นไม้ (Tree squirrel) และสมาชิกของวงศ์เม่นโลกใหม่ อาศัยบนต้นไม้ได้ ในขณะที่สัตว์ฟันแทะอื่นเช่นโกเฟอร์ (Gopher) หนูทูโคทูโค (Tuco-tuco) หนูตุ่น (mole rat) อาศัยใต้ดินเป็นส่วนมากและสร้างระบบโพรงที่ซับซ้อน สัตว์ฟันแทะอื่นอีกอาศัยอยู่บนพื้นดิน แต่ยังสามารถสร้างโพรงใต้ดินเพื่อหลบศัตรู บีเวอร์และหนูมัสคแร็ต (Muskrat) อาศัยอยู่ทั้งบนบกและน้ำ แต่สัตว์ฟันแทะที่ปรับตัวกับการอาศัยอยู่ในน้ำมากที่สุดคือ earless water rat จากเกาะนิวกินี นอกจากพื้นที่อาศัยอยู่ในธรรมชาติ สัตว์ฟันแทะบางชนิดอาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมที่มนุษย์สร้างขึ้นเช่น เขตการเกษตรและเมือง

thumb|right|สัตว์อันดับฟันแทะบางชนิดเช่น บีเวอร์แทบทวีปอเมริกาเหนือ สร้างเขื่อนจากท่อนไม้ ซึ่งทำให้เกิดแหล่งน้ำใหม่ โดยสปีชีส์นี้ถือว่าเป็น วิศวกรทางนิเวศวิทยา (ecosystem engineer)
ถึงแม้ว่าสัตว์ฟันแทะบางชนิดเป็นสัตว์ที่ก่อความรังควานให้แก่มนุษย์ สัตว์ฟันแทะอื่นมีบทบาทสำคัญในการหมุนเวียนของระบบนิเวศ บางสมาชิกถือว่าเป็นสิ่งมีชีวิตคีย์สโตน (keystone species) และวิศวกรทางนิเวศวิทยา (ecosystem engineer) ตัวอย่างเช่นในทวีปอเมริกาเหนือ ณ บริเวณเกรตเพลนส์ (Great Plains) การสร้างโพรงของแพรรีด็อกถือว่ามีมีบทบาทสำคัญในการสึกกร่อน การกักตุนก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ และการแจกจ่ายสารอาหารของดินเช่น เพิ่มสารอินทรียและการดูดซึมน้ำของดิน นอกจากนี้แล้วสัตว์กินพืชชนิดอื่นเช่น ควายป่าไบซัน (bison) และพรองฮอร์น (pronghorn) ชอบที่จะกินหญ้าในบริเวณที่อยู่อาศัยของแพรรีด็อก เนื่องจากคุณภาพทางโภชนาการของหญ้าที่สูง

การลดลงของประชากรแพรรีด็อกสามารถนำไปสู่การสูญเสียความหลากหลายทางชีวภาพ (biodiversity loss) ในระดับภูมิภาคและท้องถิ่น การลดลงของการถูกกินของเมล็ดพันธุ์พืช และการเริ่มต้นและแพร่กระจายของพืชต่างถิ่นรุกราน เช่น ฮันนีเมสเก (Prosopis glandulosa) นอกจากนี้แล้วสัตว์ฟันแทะที่ขุดดินอาจจะกินฟรุตติ้งบอดีของเห็ดราและแพร่กระจายสปอร์ผ่านทางมูลของสัตว์ ซึ่งทำให้เห็ดราขยายอาณาเขตและสร้างความสัมพันธ์ระหว่างเชื้อรากับรากพืช

ในหลายพื้นที่เขตร้อน บีเวอร์มีบทบาทสำคัญในการจัดการทรัพยากรน้ำ การที่บีเวอร์สร้างเขื่อนและรังสามารถเปลี่ยนทิศทางของสายน้ำได้ ซึ่งส่งผลให้มีการสร้างพื้นที่ชุ่มน้ำใหม่ งานวิจัยหนึ่งพบว่าการสร้างเขื่อนของบีเวอร์เพิ่มประชากรของไม้ล้มลุกในบริเวณพื้นที่ริมฝั่งน้ำ (riparian zone) ได้ถึงร้อยละ 33 และอีกงานวิจัยหนึ่งพบว่าช่วยเพิ่มประชากรของปลาแซลมอน

พฤติกรรมและประวัติชีวิต
การกินอาหาร
thumb|left|ชิปมังก์ทางตะวันออกสะสมอาหารไว้ในกระพุ้งแก้ม
สัตว์ฟันแทะส่วนใหญ่เป็นสัตว์ที่กินแต่พืชเช่น เมล็ด ก้าน ใบไม้ ดอกไม้ และรากไม้ ในขณะที่บางสมาชิกกินทั้งพืชและเนื้อหรือเป็นผู้ล่าสัตว์ชนิดอื่น หนูนาฟิลด์ (Field vole) เป็นสัตว์ฟันแทะที่กินพืชเช่น หญ้า สมุนไพร หัวราก ตะไคร่น้ำ และเปลือกไม้ และกินสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังเป็นครั้งคราวเช่น ตัวอ่อนแมลง โกเฟอร์เพลนส์ (Plains pocket gopher) กินเศษซากพืชที่พบเจออยู่ในใต้ดินหรือเก็บภายในกระพุ้งแก้มเพื่อกักตุนไว้กินในคราวหน้า

โกเฟอร์เท็กซัส (Texas pocket gopher) จะหลีกเลี่ยงที่จะโผล่ออกมาบนผิวดินนานโดยการยึดรากพืชด้วยขากรรไกรและดึงทั้งต้นลงไปยังโพรงใต้ดิน ในขณะที่ African pouched rat จะหาอาหารบนพื้นดินและเก็บไว้ในกระพุ้งแก้มจนกว่าจะเต็ม แล้วจึงกลับไปยังโพรงเพื่อที่จะได้นำอาหารออกมาเลือกกิน

อะกูติ (Agouti) เป็นหนึ่งในไม่กี่กลุ่มที่สามารถเปิดเปลือกของผลบราซิลนัตได้ เนื่องจากผลบราซิลนัตมีเมล็ดที่ใหญ่กว่าที่จะกินได้ในหนึ่งมื้อ อะกูติจึงได้ถือเมล็ดที่เหลือไปด้วย ซึ่งก่อให้เกิดการกระจายอาณาเขตของพืชเพราะยังมีเมล็ดหลงเหลืออยู่ที่สมาชิกของกลุ่มอะกูติไม่ได้เอาติดตัวไปและเมล็ดนั้นห่างไกลจากต้นกำเนิด ต้นอื่นที่มีผลเป็นลูกนัตมีแนวโน้มที่จะออกผลมากเกินกว่าที่ต้องการในช่วงฤดูใบไม้ร่วง กระรอกจะนำผลเหล่านี้กักตุนในรอยแตกหรือพื้นที่กรวงของต้นไม้เพื่อไว้กินคราวหน้า ในเขตทะเลทรายผลเมล็ดของพืชมักจะออกเพียงเวลาสั้น ๆ เท่านั้น หนูจิงโจ้ (kangaroo rat) จึงจะเก็บเมล็ดเหล่านี้เท่าที่เก็บได้ และนำไปกักตุนในโพรงเพื่อไว้ใช้คราวหน้า

thumb|right|แคพิบาราเล็มทุ่งหญ้า
อีกกลยุทธ์ในการจัดการทรัพยากรอาหารที่แตกต่างตามฤดูกาลคือการกินให้ได้มากที่สุดและสะสมสารอาหารในรูปแบบไขมันตัวอย่างเช่น น้ำหนักตัวของมาร์มอตในฤดูใบไม้ร่วงอาจจะร้อยละ 50 มากกว่าน้ำหนักในช่วงฤดูใบไม้ผลิ มาร์มอตต้องการสะสมไขมันเพื่อการจำศีลช่วงฤดูหนาว บีเวอร์กินพืชน้ำและใบไม้และเปลือกไม้ชั้นในของต้นไม้ที่กำลังโต บีเวอร์สะสมอาหารสำหรับฤดูหนาวโดยการตัดต้นไม้ต้นเล็กและกิ่งไม้ที่มีใบในฤดูใบไม่ร่วง จากนั้นแล้วจึงปักไม้เหล่านั้นไว้ในดินที่อยู่ใต้แอ่งน้ำ บีเวอร์จึงสามารถมีอาหารใต้น้ำไว้กินได้ตลอดฤดูหนาวถึงแม้ว่าพื้นผิวน้ำของแอ่งจะเป็นน้ำแข็งก็ตาม

คนทั่วไปมักคิดว่าสัตว์ฟันแทะเป็นสัตว์กินพืช แต่ทว่าสัตว์ฟันแทะหลายชนิดโดยเฉพาะสมาชิกที่มีโครงสร้างร่างกายพิเศษ กินแมลง ปลา หรือเนื้อสัตว์ควบคู่กับพืช งานวิจัยทางสัณฐานวิทยาในระบบฟันของหนูตรงกับความคิดที่ว่าสัตว์ฟันแทะดั้งเดิมเป็นสัตว์ที่กินทั้งพืชและเนื้อมากกว่าสัตว์ที่กินแต่พืช หลายสมาชิกของ Sciuromorpha และ Myomorpha และบางสมาชิกของ Hystricomorpha มีการกินเนื้อเยื้อจากสัตว์โดยปกติหรือได้เตรียมพร้อมที่จะกินอาหารดังกล่าวเมื่อถูกนำเสนอในเวลาสัตว์เหล่านั้นถูกจองจำ จากการตรวจสอบอาหารในกระเพาะของหนูเท้าขาวทวีปอเมริกาเหนือ (North American white-footed mouse) พบว่าร้อยละ 34 ของอาหารทั้งหมดเป็นเนื้อสัตว์ ถึงแม้ว่าสมาชิกนี้โดยปกติถือว่าเป็นสัตว์กินพืช

สัตว์ฟันแทะกินเนื้อชนิดพิเศษอื่น ๆ ได้แก่ Shrewlike rat จากประเทศฟิลิปปินส์ซึ่งกินแมลงและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังที่มีเนื้อนุ่ม  Australian water rat กินแมลงในน้ำ ปลา กุ้ง ครัสเตเชีย หอย หอยทาก กบ ไข่นก และนกน้ำ grasshopper mouse จากเขตแล้งของทวีปอเมริกาตอนเหนือมีแหล่งอาหารหลักคือแมลง แมงป่อง และหนูขนาดเล็กชนิดอื่น ในขณะที่มีพืชเป็นแหล่งอาหารย่อย หนูชนิดนี้มีลำตัวที่อ้วนเล็กน้อย มีขาสั้นและหาง แต่มีความว่องไวมากและสามารถเอาชนะเหยื่อที่มีขนาดร่างกายเท่ากับตัวเอง

พฤติกรรมทางสังคม
thumb|left|แพรรีด็อกสร้างโพรงและอยู่เป็นฝูง
สัตว์ฟันแทะมีความหลากหลายในพฤติกรรมทางสังคม ซึ่งมีตั้งแต่ระบบสังคมแบบพึ่งพาอาศัยของตุ่นหนูไร้ขน (naked mole-rat) ระบบสังคมแบบอาณาเขตของแพรรีด็อก การอยู่เป็นกลุ่มฝูงจนถึงการอยู่อย่างสันโดษเช่น ดอร์เมาส์กินได้ (edible dormouse) ดอร์เมาส์ที่โตเต็มวัยอาจจะมาอาณาเขตแหล่งอาหารที่ทับซ้อนกับตัวอื่น แต่ดอร์เมาส์มีรังเป็นของตัวเองและหากินเดี่ยว ยกเว้นช่วงฤดูผสมพันธุ์ที่ดอร์เมาส์จะเจอกันและผสมพันธุ์ โกเฟอร์เป็นสัตว์สันโดษยกเว้นช่วงฤดูผสมพันธุ์ โดยแต่ล่ะตัวนั้นจะขุดโพรงที่ซับซ้อนและมีอาณาเขตเป็นตัวเอง

สัตว์ฟันแทะที่มีขนาดใหญ่มักจะอาศัยเป็นครอบครัวโดยที่พ่อและแม่จะอยู่กับลูกจนกว่าที่ลูกนั้นจะออกจากครอบครัว ตัวอย่างเช่น บีเวอร์ โดยครอบครัวมักจะประกอบไปด้วยผู้ใหญ่หนึ่งคู่ ลูกของปีนี้ และลูกของปีที่แล้วหรือแก่กว่านี้เป็นบางครั้ง หนูบ้านมักอยู่อาศัยเป็นฝูงที่มีขนาดเล็กโดยมีสมาชิกเพศเมียหกตัวขึ้นไปอาศัยอยู่ในโพรง ในขณะที่ตัวผู้ป้องกันอาณาเขตบริเวณโพรง แต่ทว่าระบบนี้จะเปลี่ยนเมื่อมีความหนาแน่นของประชากรเพิ่มขึ้น โดยตัวผู้จะมีการจัดลำดับความสำคัญในสังคมที่ซับซ้อน ลูกตัวเมียยังคงอาศัยอยู่ในโพรงเป็นกลุ่ม ในขณะที่เมื่อลูกตัวผู้โตพอประมาณแล้วจะออกจากรัง หนูนาแพรรี (Prairie vole) มีพฤติกรรมการผสมพันธุ์แบบผัวเดียวเมียเดียว ซึ่งเมื่อสัตว์เลือกคู่ผสมพันธุ์ได้แล้วจะอยู่กับคู่ผสมพันธุ์ตลอดชีวิต ในช่วงเวลานอกฤดูผสมพันธุ์หนูนาแพรรีจะอาศัยเป็นกลุ่มเล็ก โดยตัวผู้ไม่แสดงอาการก้าวร้าวต่อตัวผู้ตัวอื่นจนกว่าเมื่อตัวผู้จะเจอคู่ครอง ซึ่งในเวลานั้นตัวผู้จะป้องกันตัวเมีย อาณาเขต และรังจากตัวผู้อื่น ตัวเมียและตัวผู้จะอาศัยอยู่ร่วมกันอย่างใกล้ชิด ทำความสะอาดให้ซึ่งกันและกัน และแบ่งปันหน้าที่ดูแลลูกกับรังด้วยกัน 

thumb|right|รังของตุ่นหนูไร้ขน
ในบรรดาสัตว์ฟันแทะที่เป็นสัตว์มีสังคมมากที่สุดคือกระรอกดิน ซึ่งอยู่อาศัยกันเป็นฝูงโดยที่มีตัวเมียที่สร้างเป็นระบบเครือญาติในขณะที่ตัวผู้จะกระจายตัวออกจากกลุ่มหลังจากที่หย่านมแม่และอาศัยอย่างแร่รอนเมื่อโตเต็มวัย การร่วมมือของกระรอกดินมีความแตกต่างกันในแต่ละสายพันธุ์ แต่โดยทั่วไปแล้วมักมีการแจ้งเตือนภัย การป้องกันอาณาเขต การแบ่งปันอาหาร การป้องกันพื้นที่บริเวณรัง และการขัดขวางการฆ่าทารก แพรรีด็อกหางดำ (Black-tailed prairie dog) อยู่อาศัยเป็นฝูงและมีการสร้างโพรงที่มีลักษณะคล้ายเมืองขนาดใหญ่ซึ่งอาจครอบคลุมได้หลายเฮกตาร์ โดยที่แต่ละโพรงจะไม่เชื่อมต่อซึ่งกันและกัน และครอบครองโดยแต่ละอาณาาเขตของครอบครัวที่เรียกว่าหมู่ (coteries) ในแต่ละหมู่มักจะมีหนึ่งตัวผู้ที่โตเต็มวัย สามหรือสี่ตัวเมียที่โตเต็มวัย ลูกที่ยังไม่ผสมพันธุ์และมีอายุหนึ่งปี และลูกของปีนี้ โดยสมาชิกในกลุ่มจะเป็นมิตรซึ่งกันและกันแต่จะแสดงอาการก้าวร้าวกับสมาชิกภายนอก

ตุ่นหนูไร้ขนและหนูตุ่นแดมมาร่าแลนด์ (Damaraland mole-rat) แสดงให้ถึงลักษณะการอยู่กันเป็นฝูงอย่างมาก โดยที่ตุ่นหนูไร้ขนอยู่อาศัยภายใต้ดินตลอดเวลาและสร้างฝูงที่มีสมาชิกมากถึงแปดสิบสมาชิก แต่ทว่ามีเพียงหนึ่งตัวเมียและตัวผู้ได้มากถึงสามตัวในฝูงที่สามารถผสมพันธุ์ ในขณะที่สมาชิกอื่นที่มีขนาดเล็กกว่าเป็นหมันและมีหน้าที่หลักคือทำงาน บางสมาชิกที่มีขนาดปานกลางมีหน้าที่ช่วยเลี้ยงดูตัวอ่อนและทำหน้าที่ผสมพันธุ์แทนเมื่อตัวขยายพันธุ์หลักตาย หนูตุ่นแดมมาร่าแลนด์มีลักษณะเด่นโดยในฝูงจะมีเพียงตัวผู้และตัวเมียอย่างละตัวที่ทำหน้าที่ขยายพันธุ์ ในขณะสมาชิกที่เหลือเป็นหมันอย่างไม่แท้จริงและสามารถผสมพันธุ์ได้ต่อเมื่อสมาชิกนั้นสร้างฝูงใหม่เอง

การสื่อสาร
การรับกลิ่น
thumb|right|สายพันธุ์ที่แสดงความเห็นแก่ญาติเช่น หนูหริ่งบ้านพึ่งพากลิ่นจากมูล ปัสสาวะ และสารที่ขับจากต่อม ในการแยกแยะสัตว์ที่อยู่ตระกูลและสายพันธุ์เดียวกันจากสัตว์ต่างตระกูล

สัตว์ฟันแทะมีการวางเครื่องหมายกลิ่นในบริบททางสังคมต่าง ๆ ซึ่งรวมถึงการสื่อสารระหว่างภายในและนอกสายพันธุ์ การก่อตั้งอาณาเขต และการกำหนดทางเคลื่อนที่ ข้อมูลทางพันธุกรรมที่พบจากปัสสาวะของสัตว์ฟันแทะให้ข้อมูลเกี่ยวกับตัวมันเองเช่นเพศ สายพันธุ์ ระดับชั้นทางสังคม สถานการณ์สืบพันธุ์ และสุขภาพ ปัสสาวะของสัตว์ฟันแทะยังมีโปรตีนที่เกาะกับสารประกอบที่ได้จากลุ่มของยีนซึ่งเป็นตัวกำหนดและควบคุมลักษณะของแอนติเจนบนผิวเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับการตอบรับหรือปฏิเสธเนื้อเยื้อรวมทั้งการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน (major histocompatibility complex, MHC) พฤติกรรมการวางกลิ่นของสัตว์ฟันแทะสามารถถูกรบกวนได้ด้วยกลิ่นตัวของนักล่าซึ่งอาจจะมีผลยาวนาน (ขั้นต่ำเจ็ดวัน)

สัตว์ฟันแทะสามารถแยกแยะสัตว์ที่อยู่ตระกูลและสายพันธุ์เดียวกันจากสัตว์ต่างตระกูลได้ด้วยกลิ่น ซึ่งสัตว์จะแสดงความเห็นแก่ญาติต่อสัตว์สายตระกูลและสายพันธุ์เดียวกันและหลีกเหลียงการผสมเลือดชิด กลิ่นที่สัตว์ได้รับสามารถมาได้จากมูล ปัสสาวะ และสารที่ขับจากต่อม นอกจากนี้แล้วความสามารถในการแยกแยะนี้อาจจะมีส่วนเกี่ยวข้องกับ MHC โดยที่ระดับความสัมพันธ์ของสัตว์สองตัวจะเกี่ยวข้องกับความคล้ายคลึงกันของยีน MHC การสื่อสารระหว่างสัตว์ต่างสายพันธุ์ควรมีเครื่องหมายกลิ่นที่อยู่คงนานกว่า เพราะฉะนั้นแล้วสัตว์อาจจะใช้โปรตีนหลักในปัสสาวะ (Major urinary proteins, MUPs) ที่ไม่สามารถระเหยได้เป็นตัวขนส่งฟีโรโมน นอกจากนี้แล้วสัตว์ฟันแทะอาจจะใช้ MUPs ในการส่งสัญญาณบ่งบอกถึงสถานะของตัวเองอย่างเช่น หนูหริ่งบ้านตัวผู้ที่ขับปัสสาวะที่มี MUPs อยู่จำนวนมาก

หนูหริ่งบ้านขับปัสสาวะที่มีฟีโรโมนสำหรับการก่อตั้งอาณาเขต การแยกแยะสมาชิกในกลุ่ม และระดับชั้นทางสังคม บีเวอร์และกระรอกแดง (red squirrel) สามารถรับรู้ถึงกลิ่นของสมาชิกในอาณาเขตเพื่อนบ้าน ส่งผลให้มีการตอบสนองต่อการบุกรุกโดยสมาชิกของอาณาเขตเพื่อนบ้านรุนแรงน้อยกว่าสมาชิกต่างถิ่นหรือแปลกหน้า ปรากฏการณ์นี้มีชื่อเรียกว่า Dear enemy effect

การรับฟัง
thumb|left|หนูเดกู (common degu) มีระบบเสียงที่ซับซ้อน
สัตว์ฟันแทะหลายชนิดโดยเฉพาะสัตว์สังคมที่หากินตอนกลางวันมีวิธีการแจ้งเตือนภัยที่หลากหลายเมื่อสัตว์รู้สึกอันตราย โดยพฤติกรรมของสัตว์นี้ให้ประโยชน์แก่สัตว์ทั้งโดยตรงและไม่โดยตรง สัตว์ผู้ล่าอาจจะหยุดการล่าเมื่อถูกพบเจอ หรือการแจ้งเตือนให้อพยพ สัตว์หลายพันธุเช่นแพรรีด็อกมีระบบการเตือนภัยผู้ล่าที่ซับซ้อน ซึ่งวิธีการเตือนภัยของแพรรีด็อกจะแตกต่างกันเมื่อพบเจอผู้ล่าแตกต่างพันธุ์ (เช่น สัตว์ปีกหรือสัตว์บก) โดยในแต่ละวิธีการเตือนภัยจะมีข้อมูลที่แม่นยำและระดับความฉุกเฉินเกี่ยวกับภัยอันตราย

สัตว์ฟันแทะที่มีสังคมมีระบบเสียงที่หลากหลายมากกว่าสัตว์ฟันแทะที่อยู่อย่างสันโดษ สิบห้าเสียงที่แตกต่างกันได้ถูกค้นพบใน Fukomys micklemi ที่โตเต็มวัยและลูกสัตว์สี่ตัว เช่นเดียวกับหนูเดกู (common degu) ซึ่งเป็นหนูที่มีสังคมและขุดหลุมอีกชนิดหนึ่ง มีวิธีการสื่อสารที่หลากหลายและเสียงที่มีถึงสิบห้าชนิดด้วยกัน นอกจากนี้แล้วการสื่อสารของหนูดอร์เมาส์มีการใช้เสียงที่มีความถี่สูงเมื่ออยู่ไกลกัน

หนูหริ่งบ้านใช้เสียงที่คนสามารถได้ยินได้และเสียงที่มีความถี่สูงในโอกาสต่าง ๆ โดยเสียงที่คนสามารถได้ยินนั้นมักเป็นเสียงที่หนูใช้เมื่อเผชิญหน้ากับสิ่งอันตราย ในขณะที่เสียงที่มีความถี่สูงถูกใช้สำหรับการหาคู่ผสมพันธุ์และเมื่อลูกหนูหริ่งบ้านตกจากรัง

thumb|right|มาร์มอตกำลังผิวปาก
หนูทดลอง (โดยส่วนมากจะเป็นหนูบ้าน) มีเสียงที่สั้นและความถี่สูงเมื่อรู้สึกดีเช่นในเวลาเล่น รอคอยการฉีดมอร์ฟีน ผสมพันธุ์ หรือถูกจักจี้ โดยเสียงของหนูทดลองมีลักษณะคล้ายคลึงกับเสียงหัวเราะและถูกตีความว่าเป็นเสียงการคาดหวังถึงสิ่งที่ทำให้มีความสุข จากการศึกษาในคลินิกเสียงนี้ของหนูทดลองมีความสัมพันธ์กับความรู้สึกทางอารมณ์ในเชิงบวกและการสร้างมิตรภาพเมื่อถูกจักจี้ ซึ่งส่งผลให้หนูทดลองมีความแสวงหาการถูกจักจี้มากขึ้น แต่ทว่าเมื่ออายุของหนูเพิ่มขึ้นความต้องการนั้นลดลง เช่นเดียวกับเสียงของสัตว์ฟันแทะอื่น เสียงของหนูทดลองมีความถี่ที่สูงมากเกินกว่าที่มนุษย์สามารถรับรู้ได้ถ้าไม่มีอุปกรณ์พิเศษเช่น เครื่องตรวจหาค้างคาว

การมองเห็น
สัตว์ฟันแทะมีความเหมือนกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยน้ำนมที่มีสายรกยกเว้นสัตว์ในอันดับวานร ตรงที่มีเซลล์รับแสงรูปกรวยในจอตาอยู่สองชนิดคือแบบความยาวคลื่นสั้น (สีน้ำเงิน-แสงอัลตราไวโอเลต) และแบบความยาวปานกลาง (สีเขียว) เพราะฉะนั้นสัตว์ฟันแทะถือว่าอยู่ในกลุ่มสัตว์ที่มีตัวรับสีสองแบบ แต่ทว่าสัตว์ฟันแทะมีตัวรับแสงที่ไวต่อสเปกตรัมของแสงอัลตราไวโอเลต ซึ่งสามารถให้สัตว์ฟันแทะเห็นแสงที่มนุษย์ไม่สามารถมองเห็นได้ โดยข้อมูลเกี่ยวกับความไวต่อแสงอัลตราไวโอเลตยังไม่เป็นที่แน่ชัด ในกรณีของหนูเดกู (common degu) มีท้องที่สามารถสะท้อนแสงอัลตราไวโอเลตได้มากกว่าผิวบนหลัง เพราะฉะนั้นแล้วเมื่อหนูเดกูรู้สึกตื่นตระหนก ส่งผลให้หนูเดกูยืนขึ้นด้วยขาหลังซึ่งทำให้หน้าท้องของมันเปิดเผยและสะท้อนแสงอัลตราไวโอเลตไปยังหนูตัวอื่นเพื่อส่งสัญญาณเตือนภัย ในทางกลับกันเมื่อหนูเดกูยืนด้วยสี่ขาการสะท้อนแสงอัลตราไวโอเลตจะลดลง ซึ่งลดโอกาสของสัตว์ผู้ล่าในการพบเจอหนูเดกู แสงอัลตราไวโอเลตมีมากในช่วงกลางวันแต่ไม่ใช่ช่วงกลางคืน สัตว์ฟันแทะส่วนมากจะตื่นตัวในช่วงพระอาทิตย์ขึ้นและลงซึ่งมีประโยชน์กับสัตว์ฟันแทะมากเพราะเป็นช่วงที่อัตราการการเพิ่มของแสงอัลตราไวโอเลตจะมากขึ้น ในขณะที่ความสามารถในการสะท้อนแสงอัลตราไวโอเลตอาจจะไม่มีประโยชน์มากสำหรับสัตว์ฟันแทะที่ออกหากินตอนกลางคืน

ปัสสาวะของสัตว์ฟันแทะสามารถสะท้อนแสงอัลตราไวโอเลตเป็นอย่างดี เพราะเหตุนี้ปัสสาวะอาจจะสามารถใช้ในการสื่อสารระหว่างสัตว์ฟันแทะทางทั้งกลิ่นและการมองเห็น แต่ทว่าอัตราการสะท้อนแสงอัลตราไวโอเลตของปัสสาวะจะลดลงเมื่อเวลาผ่านไป ซึ่งอาจจะให้โทษให้แก่สัตว์ฟันแทะเพราะเหยี่ยวเคสเตรลสามารถแยกแยะหว่างเครื่องหมายกลิ่นปัสสาวะของสัตว์ฟันแทะที่ใหม่และเก่าได้ ซึ่งเพิ่มความสำเร็จในการล่าของเหยี่ยวถ้าปัสสาวะของสัตว์ฟันแทะนั้นยังใหม่

การวางแผน
thumb|right|หนูตุ่นไร้ขนตะวันออกกลาง (Middle East blind mole rat) ใช้การสื่อสารด้วยการสร้างแรงสั่นสะเทือนในดิน
สัตว์ฟันแทะใช้การสั่นสะเทือนเป็นการส่งสัญญาณให้กับสัตว์สายพันธุ์เดียวกันเพื่อให้ข้อมูลเกี่ยวกับการกระทำของสัตว์ตัวหนึ่ง การแจ้งเตือนถึงภัยอันตรายและการมาผู้ล่า  การดูแลฝูงหรือญาติ และการเกี้ยวพาราสี หนูตุ่นไร้ขนตะวันออกกลาง (Middle East blind mole rat) เป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยน้ำนมตัวแรกที่ถูกพบเจอว่ามีการสื่อสารด้วยการสร้างแรงสั่นสะเทือน (seismic communication) โดยที่หนูตุ่นไร้ขนนี้จะกระแทกหัวตัวเองเข้ากับกำแพงในโพรงของมัน โดยตอนแรกการกระทำนี้ถูกตีความว่าเป็นหนึ่งในพฤติกรรมการขุดโพรงของหนูตุ่นไร้ขน แต่ทว่านักสัตววิทยาค้นพบตอนหลังว่าการกระทำนี้ใช้เป็นการสื่อสารทางไกลกับหนูตุ่นไร้ขนตัวอื่น

การสร้างแรงสั่นสะเทือนด้วยเท้าถูกใช้ส่วนมากเพื่อเป็นการเตือนนักล่าหรือการป้องกันตัวเอง ซึ่งพฤติกรรมนี้ใช้โดยสัตว์ที่อาศัยอยู่ใต้ดินหรือกึ่งใต้ดินเป็นหลัก หนูจิงโจ้หางลายธง (banner-tailed kangaroo rat) สามารถสร้างแรงสั่นสะเทือนด้วยเท้าในหลายรูปแบบในแต่ละโอกาสเช่น เมื่อพบเจองู การสร้างแรงสั่นสะเทือนด้วยเท้าอาจจะเตือนภัยแก่ลูกของหนูจิงโจ้ได้ แต่ทว่าสาเหตุหลักของการกระทำนี้คือการแสดงให้งูเห็นว่าหนูจิงโจ้ตื่นตระหนกเกินกว่าที่งูจะสามารถล่าหนูได้อย่างสำเร็จ ซึ่งทำให้งูนั้นล้มเลิกการล่า หลายการศึกษาพบว่าหนูตุ่นรัฐเคป (Cape mole rat) มีการใช้แรงสั่นสะเทือนของดินสำหรับการหาคู่ผสมพันธุ์ โดยการสร้างแรงสั่นสะเทือนด้วยเท้าจะถูกใช้เมื่อมีการแข่งขันในหมู่ตัวผู้เพื่อแย่งตัวเมีย ตัวผู้ที่แข็งแรงกว่าจะแสดงศักยภาพในการสร้างแรงสั่นสะเทือน เพื่อหลีกเลี่ยงการต่อสู้ทางกายภาพกับคู่แข่งที่สามารถสร้างการบาดเจ็บให้ทั้งสองฝั่งได้

กลยุทธ์การผสมพันธุ์
thumb|left|กระรอกดินเคปเป็นตัวอย่างของสัตว์ฟันแทะที่มีพฤติกรรมความสำส่อน
สัตว์ฟันแทะบางชนิดมีลักษณะการผสมพันธุ์แบบผัวเดียวเมียเดียว ซึ่งมีสองรูปแบบหลัก โดยในรูปแบบแรก (obligate monogamy) ทั้งพ่อและแม่จะดูแลลูกและมีบทบาทสำคัญในการดำรงชีวิตอยู่ของลูก พฤติกรรมนี้มีประโยชน์เนื่องจากตัวผู้ลดโอกาสในการที่ไม่เจอคู่ผสมพันธุ์ตัวใหม่หรือผสมพันธุ์กับตัวเมียที่เป็นหมัน สัตว์อันดับฟันแทะที่ใช้รูปแบบนี้คือ หนูแคลิฟอร์เนีย (California mouse) หนูโอลด์ฟิลด์ (Oldfield mouse) หนูยักษ์มาลากาซี (Malagasy giant rat) และบีเวอร์ ในขณะที่รูปแบบที่สอง (facultative monogamy)
ตัวผู้ไม่สามารถดูแลลูกและจะอยู่กับตัวเมียเพียงตัวเดียวเพราะไม่สามารถหาตัวเมียใหม่ได้เนื่องจากการอยู่อย่างกระจัดกระจาย ตัวอย่างของสัตว์ฟันแทะที่ใช้รูปแบบนี้คือหนูนาแพรรี (Prairie vole) โดยที่ตัวผู้จะอยู่ในบริเวณรังและมีหน้าที่ป้องกันตัวเมียและลูกจากผู้ล่า

สัตว์ฟันแทะชนิดอื่นมีพฤติกรรมการผสมพันธุ์แบบผัวเดียวหลายเมีย โดยตัวผู้จะผสมพันธุ์กับตัวเมียหลายตัว พฤติกรรมนี้แบ่งออกเป็นสองชนิดหลัก โดยชนิดแรก (defense polygyny) ตัวผู้จะครอบครองอาณาเขตที่มีทรัพยากรมากเพื่อดึงดูดตัวเมีย สัตว์กลุ่มที่มีพฤติกรรมลักษณะแรกได้แก่ มาร์มอตท้องเหลือง (Yellow-bellied marmot) กระรอกดินแคลิฟอร์เนีย (California ground squirrel) กระรอกดินโคลัมเบีย (Columbian ground squirrel) กระรอกดินริชาร์ดสัน (Richardson's ground squirrel) ตัวผู้ที่ปกครองอาณาเขตนั้นถือว่าเป็น “พ่อบ้าน” ในขณะที่ตัวเมียที่อาศัยในอาณาเขตนั้นถือว่าเป็น “แม่บ้าน” ในกรณีของมาร์มอต ตัวผู้ที่เป็นพ่อบ้านจะสู้เพื่ออาณาเขตของตัวเองและชนะผู้บุกรุกตัวผู้เป็นบ่อยครั้ง สัตว์ฟันแทะบางชนิดปกป้องตัวเมียที่เป็นแม่บ้านโดยตรงและการต่อสู้อาจจะก่อความบาดเจ็บสาหัสแก่ทั้งสองฝั่ง ในขณะที่พฤติกรรมแบบที่สอง (non-defense polygyny) ตัวผู้จะไม่อยู่เป็นหลักเป็นฐานแต่จะเดินเรื่อย ๆ เพื่อหาตัวเมียที่จะครองครอง ตัวผู้เหล่านี้มีลำดับชั้นทางสังคม โดยที่ตัวผู้ที่มีลำดับชั้นสูงจะมีโอกาสเข้าถึงตัวเมียมากกว่าตัวผู้ที่มีลำดับชั้นต่ำ พฤติกรรมเกิดขึ้นในกลุ่มสัตว์ฟันแทะเช่น กระรอกดินเบลดิง (Belding's ground squirrel) และกระรอกต้นไม้บางชนิด

right|thumbnail|แท่งกันชู้ (mating plug) ในตัวเมียของกระรอกดินเบลดิง (Belding's ground squirrel)
พฤติกรรมความสำส่อนเกิดขึ้นในทั้งตัวผู้และตัวเมียของสัตว์ฟันแทะบางชนิด ในกรณีของหนูเท้าขาว (White-footed mouse) ตัวเมียจะมีลูกหลายตัวที่มาจากต่างพ่อ พฤติกรรมความสำส่อนก่อให้เกิดการแข่งขันทางอสุจิโดยตัวผู้มักจะมีอัณฑะที่ใหญ่ ในกรณีของกระรอกดินเคป (Cape ground squirrel) อัณฑะของตัวผู้อาจจะมีความยาวได้ถึงร้อยละ 20 ของความยาวหัวจรดตัว สัตว์ฟันแทะบางชนิดมีพฤติกรรมการเลือกคู่ผสมพันธุ์ที่ไม่ตายตัวซึ่งสามารถมีได้ทั้งแบบผัวเดียวเมียเดียว ผัวเดียวหลายเมีย และสำส่อน

ตัวเมียของสัตว์ฟันแทะมีบทบาทสำคัญในการเลือกคู่ผสมพันธุ์ โดยปัจจัยหลักที่ส่งผลกับการตัดสินใจของตัวเมียได้แก่ ขนาดตัว อันดับทางสังคม และการเคลื่อนไหวของตัวผู้ ในกรณีของหนูตุ่นที่มีลักษณะทางสังคมแบบหนึ่งตัวเมียของฝูงทำหน้าที่สืบพันธุ์ในขณะที่ตัวเมียตัวอื่นมีหน้าที่ดูแลเด็ก หนึ่งตัวเมียจะปกครองฝูงและผสมพันธุ์กับตัวผู้อย่างน้อยสามตัว

ในสัตว์ฟันแทะหลายชนิดเช่น หนูบ้านและหนูหริ่งบ้าน มีวงจรการตกไข่เกิดขึ้นอย่างสม่ำเสมอ ในขณะที่สัตว์ฟันแทะชนิดอื่นเช่น หนูนา (Vole) การเริ่มผสมพันธุ์จะกระตุ้นวงจรการตกไข่ ในระหว่างที่ผสมพันธุ์ตัวผู้ของสัตว์ฟันแทะบางชนิดจะวางแท่งกันชู้ (mating plug) บนทางเปิดของอวัยะเพศของตัวเมีย ซึ่งจะป้องกันการรั่วไหลของอสุจิและป้องกันไม่ให้ตัวผู้อื่นฉีดอสุจิให้ตัวเมีย ตัวเมียสามารถนำแท่งกันชู้ออกได้เลยหรือหลายชั่วโมงหลังจากการผสมพันธุ์

การเกิดและการเลี้ยงดู
thumb|left|ตัวอ่อนของหนูนาแบงค์ (Bank vole) อาศัยอยู่ในรังใต้กองไม้
สัตว์ฟันแทะอาจจะเกิดมาเป็นตัวอ่อนที่ไม่สมบูรณ์ (มีขนน้อยและไม่สามารถมองเห็นได้) หรือตัวอ่อนที่สมบูรณ์ (มีขนมากและมองเห็นได้) ขึ้นอยู่กับชนิดของสัตว์ โดยส่วนมากกระรอกและหนูจะออกลูกเป็นตัวอ่อนที่ไม่สมบูรณ์ ในขณะที่หนูตะเภาและเม่นจะออกลูกเป็นตัวอ่อนที่สมบูรณ์ โดยทั่วไปตัวเมียของสัตว์ที่ออกลูกไม่สมบูรณ์จะสร้างรังอย่างปณีตก่อนที่จะออกลูก ต่อมาตัวเมียจะดูแลลูกจนกว่าลูกจะหย่านม ตัวเมียจะออกลูกโดยการนั่งหรือนอนลงและลูกจะออกออกมาในทางที่ตัวเมียหันหน้า ลูกที่เกิดมาใหม่นั้นสามารถเดินทางออกจากรังเมื่อสามารถเห็นได้แล้วและจะกลับยังรังบ่อยครั้ง จนกระทั่งเมื่อลูกโตและพัฒนามากขึ้นลูกจะกลับมายังรังน้อยลง เมื่อลูกหย่านม ลูกจะออกจากรังอย่างถาวร

ในสัตว์ที่ออกตัวอ่อนที่สมบูรณ์ ตัวเมียมักจะไม่ค่อยสร้างรังที่ละเอียดและซับซ้อนมากในขณะที่ตัวเมียบางตัวไม่สร้างรังเลย ตัวเมียจะยืนระหว่างออกลูกและลูกจะออกมาทางด้านหลังของตัวเมีย ตัวเมียของสัตว์ที่ออกลูกที่สมบูรณ์สามารถรักษาการติดต่อกับลูกที่เคลื่อนไหวได้ด้วยเสียงเรียกของแม่ ถึงแม้ว่าลูกจะสามารถอยู่รอดได้ด้วยตัวเองและหย่านมแล้ว ลูกยังคงถูกดูแลโดยแม่ต่อไป ตัวเมียออกจำนวนลูกต่อหนึ่งคอกแตกต่างกัน โดยตัวเมียที่ออกลูกน้อยจะใช้เวลาอยู่ในรังมากกว่าตัวเมียที่ออกลูกเยอะ

thumb|right|พาตาโกเนียนมารา (Patagonian Mara) ที่โตเต็มวัยสองตัวอาศัยอยู่กับตัวอ่อน เป็นตัวอย่างของลักษณะการผสมพันธุ์แบบผัวเดียวเมียเดียและชนิดของสัตว์ที่มีการแบ่งปันรัง
ตัวเมียของสัตว์ฟันแทะสามารถดูแลลูกทั้งแบบโดยตรงเช่น การทำความสะอาดตัวและการขดตัวอยู่ใกล้ ๆ และแบบทางอ้อมเช่น การหาอาหาร หาสร้างรัง และการปกป้องลูก ในหลายสัตว์ฟันแทะที่มีสังคม ลูกอาจจะถูกดูแลโดยสัตว์ตัวอื่นนอกเหนือจากพ่อแม่ของมัน ซึ่งเป็นการกระทำที่เรียกว่าการดูแลเด็กที่ไม่ใช่ของตัวเอง (alloparenting) หรือ cooperative breeding โดยพฤติกรรมการดูแลนี้เกิดขึ้นกับแพรรีด็อกหางดำ (Black-tailed prairie dog) และกระรอกดินเบลดิง (Belding's ground squirrel) โดยที่ตัวเมียหลายตัวจะสร้างหลายรังและใช้ร่วมกันเพื่อดูแลทั้งลูกของตัวเองและลูกของตัวอื่น พฤติกรรมนี้ก่อให้เกิดคำถามที่ว่าแม่เหล่านี้สามารถแยกแยะระหว่างลูกของตัวเองจากของตัวอื่นได้หรือไม่ ในกรณีของพาตาโกเนียนมารา (Patagonian Mara) ลูกจะอยู่ในรังที่แบ่งปันกับลูกของตัวอื่นด้วยกัน แต่ทว่าแม่จะไม่อนุญาตให้ลูกสัตว์ของตัวอื่นดูแลลูกนอกเหนือจากของตัวเอง

พฤติกรรมการฆ่าเด็กอ่อนเกิดขึ้นในสัตว์ฟันแทะหลายชนิด และอาจจะมีในสัตว์เต็มวัยชนิดเดียวกันทั้งตัวผู้และตัวเมีย ปัจจัยหลักที่ก่อให้เกิดพฤติกรรมอาจจะมีได้ทั้งความเครียดด้านอาหาร การแข่งขันด้านทรัพยากรอาหาร หลีกเลี่ยงการดูแลที่ผิดผลาด และในกรณีของตัวผู้ ทำให้ตัวเมียพร้อมที่จะผสมพันธุ์อีกครั้ง โดยเหตุผลอันดับสุดท้ายเกิดขึ้นบ่อยครั้งในสัตว์อันดับวานรและสิงโต แต่น้อยครั้งในสัตว์อันดับฟันแทะ พฤติกรรมการฆ่าเด็กอ่อนเกิดขึ้นบ่อยครั้งในแพรรีด็อกหางดำ (Black-tailed prairie dog) ซึ่งรวมถึงการฆ่าเด็กอ่อนโดยผู้บุกรุกที่เป็นตัวผู้ ผู้อพยพที่เป็นตัวเมีย และพฤติกรรมการกินลูกตัวเองของสัตว์ ตัวเมียมีการป้องการฆ่าเด็กอ่อนจากสัตว์เต็มวัยตัวอื่นโดยอาจจะแสดงอาการก้าวร้าวต่อสัตว์ตัวนั้น ผสมพันธุ์หลายครั้ง ป้องกันอาณาเขตของตัวเอง หรือการออกลูกก่อนกำหนด พฤติกรรมการฆ่าทารกในครรภ์เกิดขึ้นในสัตว์ฟันแทะเช่นกัน ในกรณีของมาร์มอตแอลไพน์ (Alpine marmot) ตัวเมียที่มีอันดับทางสังคมที่สูงจะข่มการผสมพันธุ์ของตัวเมียตัวอื่นโดยแสดงอาการไม่เป็นมิตรต่อตัวเมียตัวอื่นในระหว่างตั้งครรภ์ ส่งผลให้เกิดการแท้งของทารกในครรภ์

สติปัญญา
thumb|right|หนูจิงโจ้สามารถค้นหาตำแหน่งของอาหารด้วยความจำเกี่ยวกับสถานที่
สัตว์ฟันแทะมีความฉลาดที่สูง สัตว์ฟันแทะมักจะไม่กินอาหารที่แปลกใหม่ (สะท้อนกับการปรับตัวของสัตว์ฟันแทะที่ไม่สามารถอาเจียนอาหาร) แต่จะชิม รอและสังเกตว่าอาหารที่กินทำให้ตัวสัตว์เองหรือสัตว์อื่นป่วยหรือไม่ การที่สัตว์ฟันแทะสามารถเรียนรู้ที่จะหลีกเลี่ยงเหยื่ออาหารที่เป็นพิษทำให้เป็นสัตว์ก่อความวุ่นวายที่ยากต่อการกำจัด หนูตะเภาสามารถเรียนรู้และจำเส้นทางที่ซับซ้อนไปยังอาหาร กระรอกและหนูจิงโจ้สามารถค้นหาตำแหน่งของอาหารได้ด้วยความจำเกี่ยวกับสถานที่นอกเหนือจากการดมกลิ่น

ความรู้เกี่ยวกับความฉลาดของสัตว์ฟันแทะมีความก้าวหน้ามากขึ้นเนื่องจากการนำหนูหริ่งบ้านและหนูบ้านมาเป็นสัตว์ทดลอง หนูบ้านมีอคติทางการตัดสินใจ โดยการประมวลผลข้อมูลจะเปลี่ยนแปลงขึ้นอยู่กับสภาวะทางจิตใจ ตัวอย่างเช่นเมื่อหนูทดลองถูกฝึกให้ตอบสนองต่อโทนเสียงเฉพาะโดยการกดคันโยกเพื่อรับรางวัลและกดคันโยกอื่นเมื่อได้ยินอีกโทนเสียงเพื่อหลีกเลี่ยงการถูกไฟฟ้าช็อต หนูทดลองตัวนั้นจะต่อสอบสนองต่อเสียงที่อยู่ระหว่างโทนเสียงทั้งสองโดยการกดคันโยกที่ได้รับรางวัลมากกว่าเมื่อหนูตัวนั้นได้ถูกจักจี้ (สิ่งที่หนูชอบ) การทดลองนี้ชี้ให้เห็นถึงความสัมพันธ์ระหว่างสภาวะจิตใจที่ดีและการตัดสินใจเมื่อพบเจอสถานการณ์ที่ไม่แน่นอนของสัตว์ทดลอง

นอกจากนี้แล้วหนูบ้านอาจจะมีกระบวนการทางปัญญา (metacognition) ซึ่งหมายถึงการตระหนักถึงการเรียนรู้ของตัวเองและตัดสินใจด้วยความรู้ที่มีหรือไม่มี โดยความคิดนี้สนับสนุนโดยผลการทดลองเกี่ยวกับการตัดสินใจของหนูบ้านเกี่ยวกับการเลือกหน้าที่ที่ง่ายกว่าและมีรางวัลสูง ซึ่งทำให้หนูเป็นสัตว์ที่สองหลังจากสัตว์อันดับวานรที่มีความสามารถนี้ แต่ทว่าผลการทดลองนี้มีข้อโต้แย้งอยู่เป็นจะนวนมากเนื่องจากหนูทดลองอาจจะเพียงทำตามที่ทฤษฎีการวางเงื่อนไขด้วยการกระทำ (operant conditioning principles) หรือโมเดลเศรษฐศาสตร์พฤติกรรม หนูบ้านใช้ความสามารถในการเรียนรู้สังคมในสถานการณ์หลายอย่างโดยเฉพาะการแสวงหาอาหารที่ชอบ

การจัดจำแนกและวิวัฒนาการ
ประวัติวิวัฒนาการ
thumb|upright=1.3|right|ฟอสซิลของ Masillamys จากแหล่งฟอสซิลอีโอซีน เมสเซิล พิต ณ ประเทศเยอรมัน

การเรียงของฟัน (Dentition) เป็นลักษณะสำคัญในการจำแนกฟอสซิลของสัตว์ฟันแทะจากฟอสซิลของสัตว์ชนิดอื่น โดยฟอสซิลสัตว์ฟันแทะที่เก่าแก่ที่สุดที่เคยบันทึกมาจากสมัยสมัยพาลีโอซีนซึ่งเป็นช่วงหลังจากการสูญพันธุ์ของไดโนเสาร์ที่ไม่ใช่นกเมื่อ 66 ล้านปีทีแล้ว ฟอสซิลเหล่านี้ถูกพบเจอ ณ มหาทวีปลอเรเชีย ซึ่งรวมทวีป ณ ปัจจุบันได้แก่ ทวีปอเมริกาเหนือ ยุโรป และเอเชีย กลิเรสเป็นเคลดที่รวมอันดับสัตว์ฟันแทะและอันดับกระต่ายไว้ด้วยกัน โดยเคลดนี้แบ่งแยกออกจากเชื้อสายสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในไม่กี่ล้านปีหลังจาก Cretaceous-Tertiary boundary ต่อมาสัตว์ฟันแทะและกระต่ายจึงแพร่มีความหลากหลายทางสายพันธุ์ที่มากขึ้นในช่วงมหายุคซีโนโซอิก ผลข้อมูลจากนาฬิกาอาศัยโครงสร้างโมเลกุล (molecular clock data) ชี้ให้เห็นว่าสัตว์ฟันแทะ ณ ปัจจุบันโพร่ขึ้นมาจากปลายยุคครีเทเชียส แต่ทว่าการคาดการณ์ของงานวิจัยอื่นตรงกับการบันทึกของฟอสซิลมากกว่า (สมัยพาลีโอซีน)

สัตว์ฟันแทะถูกเชื่อว่ามีแหล่งกำเนิดในเอเชีย ซึ่งเป็นสถานที่ที่สัตว์ multiuberculate ได้รับผลกระทบอย่างมากเนื่องจากเหตุการณ์การสูญพันธุ์ยุคครีเทเชียส–พาลีโอจีน และไม่เคยฟื้นฟูกลับได้ไม่เหมือนเดิมซึ่งไม่เหมือนกับญาติของมันในทวีปอเมริกาเหนือและยุโรป อันเป็นผลจากการที่ระบบนิเวศได้ผลกระทบจากเหตุการณ์การสูญพันธุ์ เปิดโอกาสให้สัตว์ฟันแทะและสมาชิกในเคลดกลิเรสมีวิวัฒนาการและสามารถกระจายพันธุ์ได้ ความสัมพันธ์ระหว่างการแพร่กระจายของสัตว์ฟันแทะและการสูญพันธุ์ของ multituberculates เป็นหัวข้อที่มีการถกเถียงเป็นอย่างมาก ความหลากหลายทางชีวภาพของ multituberculates อเมริกันและยุโรปลดลงเมื่อมีการนำเข้าของสัตว์อันดับฟันแทะในพื้นที่นี้ แต่ทว่า multituberculates จากทวีปเอเชียยังคงหลงเหลืออยู่และอาศัยรวมกันกับสัตว์ฟันแทะอย่างน้อย 15 ล้านปี

ประวัติศาสตร์การปกครองทวีปบนโลกโดยสัตว์ฟันแทะมีความซับซ้อน การแพร่กระจายของวงศ์ใหญ่ Muroidea (รวมสัตว์เช่น แฮมสเตอร์ เจอร์บิล หนูที่แท้จริง) อาจจะรวมถึง 7 พื้นที่ในทวีปแอฟริกา 5 พื้นที่ในทวีปอเมริกาเหนือ 4 พื้นที่ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ 2 พื้นที่ในทวีปอเมริกาใต้ และมากถึง 10 พื้นที่ในทวีปยูเรเชีย

thumb|left|Ceratogaulus hatcheri เป็นโกเฟอร์ที่มีเขา สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่ขุดดินในปลายสมัยไมโอซีนถึงต้นสมัยไพลสโตซีน และเป็นสัตว์ฟันแทะเดียวที่รู้จักว่ามีเขา

ความหลากหลายทางสายพันธุ์ของสัตว์ฟันแทะเพิ่มในสมัยอีโอซีน บีเวอร์มีต้นกำเนิดอยู่ ณ ทวีปยูเรเซียในปลายสมัยอีโอซีนก่อนที่จะแพร่กระจายถิ่นฐานไปยังทวีปอเมริกาเหนือในปลายสมัยไมโอซีน กลุ่มของเม่นโลกเก่า (Hystricognathi) คาดการว่ามีต้นกำเนิด ณ ทวีปเอเชียเมื่อ 39.5 ล้านปีที่แล้วและเริ่มที่จะแพร่กระจายในทวีปแอฟริกาในช่วงปลายอีโอซีน ฟอสซิลจากแอฟริกาบ่งบอกว่าสัตว์บางชนิดจากกลุ่มเม่นโลกเก่า (Caviomorpha) ปกครองทวีปอเมริกาใต้ซึ่งตอนนั้นเป็นทวีปสันโดษ โดยสัตว์เหล่านี้เดินทางข้ามมหาสมุทรแอตแลนติกโดยลอยตามกระแสน้ำมาพร้อมกับเศษขยะ Caviomorpha มาถึงยังทวีปอเมริกาใต้เมื่อ 41 ล้านปีที่แล้วและถึงเกรตเตอร์แอนทิลลีสเมื่อต้นสมัยโอลิโกซีน ซึ่งบงบอกว่าสัตว์กลุ่มนี้แพร่กระจายอย่างต่อเนื่องบนทวีปอเมริกาใต้

Nesomyid ถูกเชื่อว่าเดินทางจากทวีปแอฟริกาไปยังมาดากัสการ์เมื่อประมาณ 20-24 ล้านปีที่แล้ว 27 ชนิดหมดของหนูมาลากาซีคาดว่าน่าจะสืบทอดมาจากเหตุการณ์การปกครองครั้งเดียว

ฟอสซิลที่เป็นของกลุ่มสัตว์เช่น วงศ์ Muridae เริ่มที่จะเกิดขึ้นเมื่อ 20 ล้านปีที่แล้ว ในสมัยไมโอซีนเมื่อทวีปแอฟริกาเชื่อมกับทวีปเอเชีย สัตว์ฟันแทะทวีปแอฟริกาเช่น เม่น เริ่มที่จะแพร่กระจายประชากรในทวีปยูเรเซีย ฟอสซิลของสัตว์บางชนิดมีขนาดใหญ่มากเมื่อเทียบกับสัตว์ฟันแทะในยุคปัจจุบันรวมถึงบีเวอร์ยักษ์ (Castoroides ohioensis) ซึ่งสามารถโตและมีความยาวไดถึง 2.5 เมตรและมีน้ำหนัก 100 กิโลกรัม สัตว์ฟันแทะที่มีขนาดใหญ่ที่สุดคือ Josephoartigasia monesi ซึ่งเป็นพาคารานา (pacarana) ที่มีความยาวตัวได้ถึง 3 เมตร

thumb|300px|right|ประมาณ  ของสัตว์ฟันแทะทั้งหมดอยู่ในวงศ์ใหญ่ Muroidea ดูจากแผนภูมิวงกลมจะเห็นได้ว่าวงศ์หนู (สีน้ำเงิน) และวงศ์หนูทุ่ง (สีแดง) เป็นส่วนประกอบหลักของวงศ์ใหญ่ Muroidea
สัตว์ฟันแทะตัวแรกที่ถึงทวีปออสเตรเลียมาจากอินโดนีเซียเมื่อ 5 ล้านปีที่แล้ว ถึงแม้ว่าสัตว์ที่มีกระเป๋าหน้าท้องจะเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่เป็นรู้จักเมื่อพูดถึงทวีปออสเตรเลีย สัตว์ฟันแทะหลายชนิดซึ่งทั้งหมดอยู่ในวงศ์ย่อย Murinae เป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมท้องถิ่นที่สำคัญ โดยจะมีสัตว์ฟันแทะมีประมาณ 50 ชนิดที่ถือว่าเป็น “สมาชิกท้องถิ่นเก่า”  โดยในกลุ่มแรกของสัตว์ฟันแทะปกครองทวีปออสเตรเลียเมื่อสมัยไมโอซีนหรือต้นสมัยไพลโอซีน ในขณะที่หนูที่แท้จริง 8 ชนิดซึ่งถือว่าเป็น “สมาชิกท้องถิ่นใหม่” มาปกครองทวีปออสเตรเลียเป็นกลุ่มที่สองในช่วงปลายสมัยไพลโอซีนหรือต้นสมัยไพลสโตซีน ฟอสซิลที่มีอายุเก่าแก่ที่สุดในทวีปออสเตรเลียมีอายุได้มากถึง 4.5 ล้านปีและข้อมูลจากการศึกษาระดับโมเลกุลตรงกับการปกครองเกาะนิวกินีช่วงตะวันตกเมื่อช่วงปลายสมัยไมโอซีนหรือต้นสมัยไพลโอซีนและตามมาด้วยการเพิ่มขึ้นของความหลากหลายทางชีวิต การแผ่ขยายของการปรับตัวเกิดขึ้นอีกรอบเมื่อหลักจากการปกครองทวีปออสเตรเลียหนึ่งครั้งหรือมากกว่าเมื่อ 2-3 ล้านปีต่อมา

สัตว์ฟันแทะมีบทบาทสำคัญเมื่อมีการเกิดขึ้นของ the Great American Interchange ซึ่งเป็นการเชื่อมต่อกันของทวีปอเมริกาใต้และเหนือด้วยแผ่นดินคอคอดปานามาเมื่อ 3 ล้านปีที่แล้วในสมัย Piacenzian โดยการเชื่อมต่อนี้ทำให้กลุ่มของสัตว์จำนวนน้อยเช่น เม่นโลกใหม่ (Erethizontidae) เดินทางไปยังอเมริกาเหนือ ในทางกลับกันการบุกรุกไปยังทางใต้ของ Sigmodontinae เกิดขึ้นไม่กี่ล้านปีก่อนที่ทวีปทั้งสองจะเชื่อมกันโดยสัตว์กลุ่มนี้เดินทางโดยวิธีการล่องแพ Sigmodontinae กระจายตัวและเพิ่มความหลากหลายเป็นอย่างมากเมื่อถึงทวีปอเมริกาใต้ แต่ทว่าการหลากหลายของสัตว์กลุ่มนี้เกิดขึ้นบนอเมริกากลางแล้วก่อนการปกครองทวีปอเมริกาใต้ เนื่องจากการปกครองของสัตว์กลุ่มนี้เริ่มขึ้นตั้งแต่ระยะต้น ๆ ส่งผลให้สัตว์ฟันแทะทวีปอเมริกาเหนือเช่น sciurids geomyids heteromyids และ nonsigmodontine cricetids มีกลุ่มประชากรน้อยในสัตว์ทวีปอเมริกาใต้

การจัดจำแนกมาตรฐาน
ชื่อกลุ่ม “สัตว์ฟันแทะ (rodentia)” เริ่มใช้โดยนักเดินทางและนักธรรมชาติวิทยาชาวอังกฤษ Thomas Edward Bowdich (ค.ศ.1821)  คำภาษาลาตินยุคปัจจุบันว่า “Rodentia” มีรากฐานมาจากคำกริยาปัจจุบัน “rodere” ซึ่งแปลว่า “แทะ” หรือ “กัดกิน”  กระต่ายป่า กระต่าย และพิกา (อันดับกระต่าย) มีฟันดัดหน้าที่เติบโตเรื่อย ๆ เช่นเดียวกับสัตว์ฟันแทะ และเคยถูกนับว่าอยู่อันดับเดียวกัน แต่ทว่าสมาชิกในอันดับกระต่ายมีฟันดัดหน้าอีกคู่บนฟันกรามบน และทั้งสองอันดับต่างมีประวัติวิวัฒนาการที่แตกต่าง เนื่องจากวงศ์วานวิวัฒนาการของอันดับสัตว์ฟันแทะ จึงทำสัตว์ฟันแทะถูกจัดอยู่ในเคลดกริเรสซึ่งรวมอันดับใหญ่  Euarchontoglires และ Boreoeutheria แผนผังเคลดด้านล่างข้อความนี้แสดงถึงความสัมพันธ์ระหว่างสมาชิกของอันดับสัตว์ฟันแทะ อ้างอิงจาก Wu และคณะ (ค.ศ. 2012) ซึ่งใช้ข้อมูลจากการศึกษาเชิงวงศวานวิวัฒนาการระดับโมเลกุลและบรรพชีวินวิทยา:

วงศ์ของอันดับสัตว์ฟันแทะที่ยังมีชีวิตอยู่ อ้างอิงจากงานวิจัยโดย Fabre และคณะ (ค.ศ. 2012) <ref name="Fabre">{{Cite journal|last=Fabre |year=2012 |title= A glimpse on the pattern of rodent diversification: a phylogenetic approach |journal=BMC Evolutionary Biology |volume=12 |pages=88 |url=http://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2148-12-88 |accessdate= 30 December 2015|display-authors=etal|doi=10.1186/1471-2148-12-88 |pmid=22697210 |pmc=3532383 }}</ref>

 Rodentia classification

อันดับสัตว์ฟันแทะสามารถแยกเป็น อันดับย่อย อันดับฐาน วงศ์ใหญ่ และวงศ์ วิวัฒนาการแบบขนานและวิวัฒนาการแบบเบนเข้าเกิดขึ้นบ่อยครั้งในอันดับสัตว์ฟันแทะเนื่องจากสมาชิกเหล่านี้มักที่จะวิวัฒนาการให้มีบทบาทคล้ายกัน วิวัฒนาการแบบขนานที่เกิดขึ้นมีทั้งโครงสร้างฟัน และบริเวณรอบกะโหลก (ใต้เบ้าตา) ซึ่งทำให้ยากต่อการจัดแจงเนื่องจากลักษณะที่เหมือนกันอาจจะไม่เกิดจากการมีบรรพบุรุษเหมือนกัน Brandt (ค.ศ. 1855) เป็นนักธรรมชาติวิทยาชาวเยอรมันคนแรกที่เสนอให้แบ่งอันดับสัตว์ฟันแทะเป็นสามอันดับย่อย Sciuromorpha Hystricomorpha และ Myomorpha โดยมีพื้นฐานข้อมูลมาจากการเจริญเติบโตของกล้ามเนื้อกรามบางมัดและทำให้ระบบการจัดแยกนี้เป็นที่ยอมรับในเวลานั้น Schlosser (ค.ศ. 1884) ได้ทำการวิจัยแบบครอบคลุมกับฟอสซิลของสัตว์ฟันแทะ โดยส่วนใหญ่ใช้ฟันกรามและพบว่าตรงกับการจัดเรียงอันดับสัตว์ตอนนั้น แต่ทว่า Tullborg (ค.ศ. 1899) เสนอการจัดเรียงอันย่อยของสัตว์ฟันแทะใหม่เป็น Sciurognathi and Hystricognathi โดยมีพื้นฐานข้อมูลจาก Inflection ของกรามล่าง และต่อมาแบ่งเป็นอันดับย่อยเพิ่มเติมเป็น Sciuromorpha Myomorpha Hystricomorpha และ Bathyergomorpha แมทธิว (ค.ศ. 1910) คิดค้นภูมิต้นไม้ของสัตว์ฟันแทะโลกใหม่แต่ไม่รวมกับสัตว์ฟันแทะโลกเก่าที่มีปัญหามาก การจัดเรียงอันดับย่อยของสัตว์ฟันแทะยังคงดำเนินต่อไปโดยที่ยังไม่มีข้อตกลง โดยบางผู้แต่งยังคงใช้ระบบสามอันดับย่อย ในขณะที่ผู้แต่งท่านอื่นใช้ระบบ Tullborg แบบสองอันดับย่อย

ข้อถกเถียงของการจัดอันย่อยของอันดับสัตว์แทะยังคงดำเนินต่อไปและข้อมูลจากการศึกษาเชิงวงศวานวิวัฒนาการระดับโมเลกุล (Molecular phylogenetics) ยังไม่สามารถช่วยแก้ปัญหานี้ได้ แต่ทว่าข้อมูลนี้ยืนยันว่ากลุ่มอันดับสัตว์ฟันแทะมาจากชาติพันธุ์เดียว (monophyly) และมีบรรพบุรุษ ณ สมัยพาลีโอซีน Carleton and Musser (ค.ศ. 2005) จาก Mammal Species of the World ใช้ระบบห้าอันดับย่อยที่ยังคงรอคอยการยืนยัน  Sciuromorpha Castorimorpha Myomorpha Anomaluromorpha และ Hystricomorpha โดยระบบนี้มี 33 วงศ์ 481 สกุล และ 2277 สปีชีส์

อันดับสัตว์ฟันแทะ (จากคำในภาษาละติน rodere แปลว่าแทะ)
thumb|อันดับย่อย Anomaluromorpha: สปริงแฮร์แอฟริกาตะวันออก (East African springhare)
thumb|right|upright|อันดับย่อย Castorimorpha: Botta's pocket gopher
thumb|right|upright|Parvorder Caviomorpha: เม่นทวีปอเมริกาเหนือ (North American porcupine)
thumb|อันดับย่อย Myomorpha: แฮมสเตอร์สีทอง (Golden hamster)
thumb|อันดับย่อย Sciuromorpha: แอฟริกันดอร์เมาส์ African dormouse
อันดับย่อย Anomaluromorpha
วงศ์ Anomaluridae: กระรอกหางเกล็ด (scaly-tailed squirrel)
วงศ์ Pedetidae: สปริงแฮร์ (springhare)
อันดับย่อย Castorimorpha
วงศ์ใหญ่ Castoroidea
 วงศ์ Castoridae: บีเวอร์
วงศ์ใหญ่ Geomyoidea
วงศ์ Geomyidae: โกเฟอร์พ็อกเก็ต (pocket gopher)
วงศ์ Heteromyidae: หนูจิงโจ้ (kangaroo rats & kangaroo mouse)
อันดับย่อย Hystricomorpha
วงศ์ incertae sedis Diatomyidae: หนูหิน
อันดับฐาน Ctenodactylomorphi
วงศ์ Ctenodactylidae: หนูกุนดี (gundi)
อันดับฐาน Hystricognathi
วงศ์ Bathyergidae: หนูตุ่นแอฟริกัน (African mole rat)
วงศ์ Hystricidae: เม่นโลกเก่า (Old World porcupine)
วงศ์ Petromuridae: Dassie rat
วงศ์ Thryonomyidae: cane rat
Parvorder Caviomorpha
วงศ์ †Heptaxodontidae: giant hutia
วงศ์ Abrocomidae: หนูชินชิยา (chinchilla rat)
วงศ์ Capromyidae: hutia
วงศ์ Caviidae: cavies รวมถึงหนูตะเภาและแคพิบารา
วงศ์ Chinchillidae: ชินชิยา (chinchilla) และบิซกาชา (vizcacha)
วงศ์ Ctenomyidae: หนูทูโคทูโค (tuco-tuco)
วงศ์ Dasyproctidae: อกูติ (agouti)
วงศ์ Cuniculidae: พาคา (paca)
วงศ์ Dinomyidae: พาคารานา (pacarana)
วงศ์ Echimyidae: หนูขนเสี้ยน
วงศ์ Erethizontidae: เม่นโลกใหม่ (New World porcupine)
วงศ์ Myocastoridae: นากหญ้า
วงศ์ Octodontidae: octodont
อันดับย่อย Myomorpha
วงศ์ใหญ่ Dipodoidea
วงศ์ Dipodidae: จอร์บัว (jerboa) และหนูกระโดด (jumping mouse)
วงศ์ใหญ่ Muroidea
วงศ์ Calomyscidae: mouse-like hamster
วงศ์ Cricetidae: แฮมสเตอร์ หนูโลกใหม่ (New World rat and mouse) มัสคแร็ต (muskrat) หนูนา (vole) เลมมิ่ง (lemming)
วงศ์ Muridae: เจอร์บิล (gerbil) หนูขนเสี้ยน หนูขนตั้งเป็นสัน (crested rat)
วงศ์ Nesomyidae: หนูปีน (climbing mouse) หนูหิน (rock mouse) หนูหางขาว (white-tailed rat) หนูมาลากาซี (Malagasy rat)
วงศ์ Platacanthomyidae: ดอร์เมาส์ขนเสี้ยน (spiny dormouse)
วงศ์ Spalacidae: หนูตุ่น (mole rat) อ้น zokor
อันดับย่อย Sciuromorpha
วงศ์ Aplodontiidae: บีเวอร์ภูเขา (mountain beaver)
วงศ์ Gliridae (also Myoxidae, Muscardinidae): ดอร์เมาส์ (dormouse)
วงศ์ Sciuridae: กระรอกรวมถึง ชิปมังก์ แพรรีด็อก มาร์มอต

ปฏิสัมพันธ์กับมนุษย์
การอนุรักษ์
thumb|right|ภาพวาดของหนูต้นไม้ขนสีแดง  (Red-crested tree-rat) ซึ่งเป็นสัตว์ที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์เป็นอย่างมาก
ถึงแม้ว่ากลุ่มสัตว์ฟันแทะเป็นกลุ่มสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่ไม่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์มาก 168 สปีชีส์ใน 126 สกุลของสัตว์ฟันแทะถือว่าอยู่ในเกณฑ์ต้องได้รับการปกป้อง  เนื่องจากร้อยละ 76 ของสกุลของอันดับสัตว์ฟันแทะจะมีเพียงแค่หนึ่งสปีชีส์ต่อสกุล ความหลากหลายด้านวงศ์วานวิวัฒนาการอาจจะขาดหายมากถึงแม้ว่าจะมีสัตว์สูญพันธุ์เป็นจำนวนน้อย เนื่องจากไม่มีข้อมูลที่รายละเอียดของสปีชีส์และอนุกรมวิธารที่แม่นยำ การอนุรักษ์ของสัตว์ฟันแทะจึงเน้นส่วนใหญ่ที่ลำดับขั้นที่สูง (เช่น การเน้นที่วงศ์มากกว่าสปีชีส์) และสถานที่สำคัญ หลายสปีชีส์ของหนูข้าวสาร (rice rat) สูญพันธุ์ตั้งแต่ช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 19 อาจจะมีสาเหตุมาจากการสูญเสียที่อยู่อาศัยและการนำเข้าสัตว์ต่างท้องถิ่น  ในประเทศโคลอมเบียเม่นแคระขนสีน้ำตาล (brown hairy dwarf porcupine) ได้ถูกบันทึกว่ามีที่อยู่บนภูเขาเพียงสองที่เมื่อคริสต์ทศวรรษที่ 1920 ในขณะที่หนูขนเสี้ยนและตั้งเป็นสันสีแดง  (red crested soft-furred spiny rat) มีเพียงแค่ที่ตั้งแบบฉบับ (type locality) ณ ชายฝั่งทะเลแคริบเบียน ดั้งนั้นสปีชีส์เหล่านี้ถือว่ามีมูลค่าทางระบบนิเวศและชีววิทยามากและควรได้รับการปกป้อง  สหภาพระหว่างประเทศเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติ (IUCN) เขียนไว้ว่า “เราสามารถสรุปได้อย่างแน่นอนแล้วว่าสัตว์ฟันแทะของทวีปอเมริกาใต้อยู่ในภาวะเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์เป็นอย่างมากเนื่องมาจากการรบกวนสิ่งแวดล้อมและการล่าสัตว์ที่มากเกินไป” 

สามสปีชีส์ของสัตว์ฟันแทะที่แพร่กระจายอยู่ทั่วโลกได้แก่ หนูบ้าน หนูหริ่งบ้าน และหนูท้องขาว  3–5 March 1992 โดยการแพร่กระจายของสปีชีส์เหล่านี้เกิดเนื่องจากการทำของมนุษย์โดยเฉพาะการล่องเรือช่วงยุคแห่งการสำรวจ ต่อมาด้วยสปีชีส์ที่สี่คือหนูจี๊ด โดยสปีชีส์เหล่านี้เป็นสัตว์ก่อความรำคาญและทำลายระบบนิเวศทั่วโลกตัวอย่างเช่น เมื่อหนูจี๊ดถึงเกาะลอร์ด ฮาว ไอส์แลนด์ (Lord Howe Island) ในช่วงค.ศ. 1918 มากกว่าร้อยล่ะ 40 ของสปีชีส์นกรวมถึงนก Lord Howe fantail สูญพันธุ์ภายในสิบปีหลังจากการมาของหนูจี๊ด  เหตุการณ์การทำลายล้างนี้เกิดขึ้นเช่นเดียวกันบนเกาะมิดเวย์อะทอลล์ (ค.ศ. 1943) และ Big South Cape Island (ค.ศ. 1962) โปรเจกต์การอนุรักษ์ที่ถูกวางแผนเป็นอย่างดีสามารถกำจัดสัตว์ก่อความรำคาญเหล่านี้ออกจากเกาะได้โดยใช้ยาฆ่าสัตว์ฟันแทะชนิดสารกันเลือดแข็งเช่น โบรดิฟาคูม (brodifacoum)  แผนการรับมือนี้ถูกใช้ได้อย่างสำเร็จบนเกาะ Lundy ณ  สหราชอาณาจักรบริเตนใหญ่และไอร์แลนด์เหนือ โดยคาดการว่ากำจัดหนูบ้านได้ถึง 40,000 ตัว ซึ่งทำให้ประชากรของนกจมูกหลอดเกาะแมน (Manx shearwater) และนกพัฟฟินแอตแลนติก (Atlantic puffin) สามารถฟื้นฟูจากสภาวะใกล้สูญพันธุ์ได้

การใช้ประโยชน์
thumb|upright|left|เสื้อคลุมขนชินชิยาถูกใส่ในงาน Exposition Universelle (ค.ศ. 1900) ณ เมืองปารีส
มนุษย์ใช้ผิวหนังสัตว์เป็นเสื้อผ้ามาเป็นยาวนานเนื่องจากผ้าหนังมีความทนทานสูงและขนช่วยให้ความอบอุ่นได้  คนพื้นเมืองในทวีปอเมริกาฟอกและเย็บหนังของบีเวอร์เพื่อทำเสื้อคลุม คนยุโรปชื่นชอบคุณภาพของเสื้อคลุมนี้เป็นอย่างมาก จึงทำให้การค้าขายหนังสัตว์ของทวีปอเมริกาเหนือพัฒนาและมีความสำคัญกับคนท้องถิ่นมาก บนทวีปยุโรปขนชั้นในซึ่งที่รู้จักว่า “ขนบีเวอร์” เป็นขนในอุดมคติสำหรับอุสาหกรรมการทำผ้าสักหลาด และได้นำมาทำเป็นหมวกและผ้าประดับ  ภายหลังนากหญ้าเป็นที่นิยมมากขึ้นสำหรับการผลิตขนสำหรับการทำผ้าสักหลาดในทวีปอเมริกาและยุโรปเนื่องจากมีต้นทุนที่ต่ำกว่า แต่ทว่าเมื่อความนิยมเสื้อผ้าเปลี่ยน วัตถุดิบใหม่มีมากขึ้นและทำให้อุสาหกรรมขนสัตว์นี้ลดตัวลง  ชินชิยามีขนที่นุ่มและลื่นซึ่งทำให้เป็นที่นิยมและมีราคาสูงมากจนกระทั่งประชากรชินชิยาในป่าเกือบถูกทำลายก่อนที่การเลี้ยงในกรงขังเพื่อขนจะลดการทำลายนี้  ก้านขนและขนชั้นบนของเม่นถูกนำมาใช้เป็นอุปกรณ์ตกแต่งเสื้อผ้าพื้นเมือง ตัวอย่างเช่นขนชั้นบนของเม่นสามารถนำมาทำหมวกโรชของชนพื้นเมืองในทวีปอเมริกา ก้านขนหลักอาจจะนำมาย้อมสีและนำมาร้อยตกแต่งเครื่องหนังเช่น ปลอกมีดและกระเป๋าหนัง ผู้หญิงชนเผ่า Lakota จะเก็บก้านขนเม่นโดยการเอาผ้าคลุมตัวเม่นและนำขนเม่นที่ติดมากับผ้าคลุมเพื่อทำผ้า Quillwork 

อาหาร
อย่างน้อย 89 สปีชีส์ของสัตว์ฟันแทะซึ่งโดยส่วนใหญ่จากลุ่ม Hystricomorpha เช่นหนูตะเภา อกูติ (agouti) และแคพิบารา ถูกนำมาใช้เป็นอาหาร อย่างน้อย 42 สังคมมีการกินหนูใน ค.ศ. 1985  หนูตะเภาถูกเลี้ยงเพื่อเป็นอาหารเป็นครั้งแรกเมื่อก่อนคริสตกาลที่ 2500 และเมื่อก่อนคริสตกาลที่ 1500 หนูตะเภาเป็นทรัพยากรเนื้อหลักของจักรวรรดิอินคา ดอร์เมาส์ (dormouse) ถูกเลี้ยงเพื่อเป็นอาหารโดยคนโรมันในที่พิเศษชื่อว่า "gliraria" หรือกรงขังกลางแจ้งขนาดใหญ่ซึ่งเป็นสถานที่ที่ดอร์เมาส์ถูกขุนให้อ้วนด้วยวอลนัต เกาลัด และผลต้นโอ๊ก นอกจากนี้แล้วดอร์เมาส์ยังถูกจับจากป่าในฤดูใบไม้ร่วงซึ่งเป็นช่วงที่ดอร์เมาส์อ้วนที่สุด คนโรมันนำดอร์เมาส์ไปย่างและจุ่มในน้ำผึ้งหรือนำมาสอดไส้ด้วยเนื้อหมู ถั่วสน และเครื่องปรุงรสต่าง ๆ แล้วอบ นักวิจัยพบว่าในป่าดิบชื้นแอมะซอนซึ่งเป็นสถานที่มีสัตว์ใหญ่น้อย พาคา (paca) และอกูติ (agouti) เป็นประมาณร้อยละ 39 ของอาหารของคนท้องถิ่น แต่ทว่าเมื่ออยู่ในเขตที่มีสัตว์ใหญ่มาก สัตว์ฟันแทะเหล่านี้เหลือเป็นประมาณร้อยละ 3 ของอาหารของคนท้องถิ่น 

หนูตะเภาถูกนำมาใช้เป็นอาหารของเมืองกุสโก ณ ประเทศเปรู เช่น cuy al horno ซึ่งเป็นหนูตะเภาอบ  เตาอบท้องถิ่นของตนในเขตแอนดีสซึ่งเป็นที่รู้จักว่า qoncha หรือ fogón ถูกสร้างด้วยโคลนและดินโคลน และทำให้แข็งแรงด้วยเส้นฟางข้าวและขนของสัตว์เช่น หนูตะเภา  โดยในประเทศเปรู หนูตะเภาถูกเลี้ยงมากกว่า 20 ล้านตัวซึ่งสามารถผลิตเนื้อที่กินได้มากกว่า 64 ล้านชิ้นต่อปี หนูตะเภาถือว่าเป็นแหล่งอาหารยอดเยี่ยมเนื่องจากเนื้อหนูตะเภามีโปรตีนเฉลี่ยร้อยละ 19  มัสคแร็ต (muskrats) เม่น กราวน์ฮ็อก (ground hog) และกระรอกถูกนำมาเป็นอาหารคนในสหรัฐอเมริกา คนชนเผ่านาวาโฮกินแพรรีด็อกโดยการนำมาอบใต้โคลน ในขณะที่คนชนเผ่าพิอุต (Paiute) กินโกเฟอร์ กระรอก และหนู 

สัตว์ทดลอง
thumb|หนูทดลอง
สัตว์ฟันแทะถูกนิยมใช้เป็นสิ่งมีชีวิตแบบจำลอง  หนูเผือกกลายพันธุ์ถูกใช้เป็นครั้งแรกเพื่อการงานวิจัยเมื่อ ค.ศ. 1828 และต่อมาเป็นสัตว์ตัวแรกที่ถูกเลี้ยงให้เชื่องด้วยวัตถุประสงค์เพื่องานวิจัย  ในปัจจุบันหนูหริ่งบ้านเป็นที่นิยมอย่างมากเพื่อการทดลองและใน ค.ศ.1979 เชื่อว่ามีการนำหนูหริ่งมากกว่า 50 ล้านตัวต่อปีมาใช้ หนูหริ่งบ้านเป็นที่นิยมเนื่องจากมีขนาดเล็ก ออกลูกจำนวนมาก ระยะการตั้งครรภ์สั้น ง่ายต่อการควบคุม และเพราะหนูหริ่งบ้านตอบสนองไวต่อหลายสภาวะและโรคที่เกิดขึ้นในมนุษย์ หนูหริ่งบ้านถูกนำมาใช้ในงานวิจัยสาขาพันธุศาสตร์  ชีววิทยาการเจริญ เซลล์ชีววิทยา วิทยามะเร็ง และภูมิคุ้มกันวิทยา  หนูตะเภาเป็นสัตว์ทดลองที่นิยมมากจนกระทั่งเมื่อถึงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 20 ประมาณ 2.5 ล้านตัวถูกใช้ต่อปีในสหรัฐอเมริกาสำหรับการวิจัยในคริสต์ทศวรรษที่ 1960   แต่ทว่าลดลงเป็น 375,000 ตัวต่อปีเมื่อกลางคริสต์ทศวรรษที่ 1990 และเหลือเพียงร้อยล่ะ 2 ของสัตว์ทดลองทั้งหมดเมื่อ ค.ศ. 2007 หนูตะเภามีบทบาทสำคัญในการคิดค้นทฤษฎีการติดเชื้อจากจุลินทรีย์ (germ theory) ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 ผ่านทางงานทดลองของ หลุยส์ ปาสเตอร์ เอมิล รูซ์ (Émile Roux) และโรแบร์ท ค็อค  นอกจากนี้แล้วหนูตะเภายังถูกยิงไปยังบนอวกาศหลายครั้ง ครั้งแรกโดยสหภาพโซเวียตเมื่อ 9 มีนาคม ค.ศ.1961 บน Sputnik 9 ซึ่งเป็นดาวเทียมชีวภาพและกลับมาบนโลกอย่างสำเร็จ  หนูตุ่นเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมตัวเดียวเท่านั้นที่รู้จักว่าเป็นสัตว์เลือดเย็น ดั้งนั้นหนูตุ่นจึงถูกใช้เพื่อศึกษาการปรับอุณหภูมิกาย นอกจากนี้หนูตุ่นเป็นสัตว์ที่แปลกเนื่องจากไม่ผลิตสารสื่อประสาท substance P ซึ่งเป็นสาเหตุที่นักวิจัยนำมาใช้ศึกษาเกี่ยวกับความเจ็บปวด 

สัตว์ฟันแทะมีความสามารถในการจับกลิ่นที่ไว จึงถูกนำมาใช้โดยมนุษย์เพื่อไว้ตรวจจับกลิ่นหรือสารเคมีที่ต้องการศึกษา  Gambian pouched rat สามารถตรวจจับแบคทีเรียก่อวัณโรคได้ดีถึงร้อยล่ะ 86.6 และตรวจว่าไม่มีแบคทีเรียก่อวัณโรคได้ดีถึงร้อยล่ะ 93 นอกจากนี้แล้วยังสามารถนำไปตรวจจับทุ่นระเบิดได้  หนูสามารถถูกใช้เพื่อศึกษาเหตุการณ์อันตรายเช่นพื้นที่ประสบภัย และยังสามารถถูกฝึกเพื่อตอบสนองต่อคำสั่งในระยะไกล และยังสามารถโน้มน้าวไปยังที่มีแสงสว่างได้ซึ่งเป็นสถานที่ที่หนูมักหลีกเลี่ยง 

สัตว์เลี้ยง
สัตว์ฟันแทะหลายชนิดเช่น หนูตะเภา แฮมสเตอร์ เจอร์บิล ชินชิยา หนูเดกู และชิปมังก์ เป็นสัตว์ที่เลี้ยงง่ายและสามารถเลี้ยงในพื้นที่เล็ก โดยแต่ล่ะสปีชีส์มีลักษณะเฉพาะส่วนตัว ส่วนใหญ่ถูกนำไปเก็บไว้ในกรงขังที่เหมาะสมกับขนาดและมีความต้องการสำหรับพื้นที่และปฏิสัมพันธ์ทางสังคมที่แตกต่างกัน ถ้าสัตว์เลี้ยงฟันแทะถูกเลี้ยงต้นแต่เด็ก สัตว์เหล่านี้มักจะไม่ดื้อและไม่กัด หนูตะเภามีอายุขัยยาวและต้องการกรงขังที่ใหญ่ เมื่อเชื่องสามารถถูกสอนให้เล่นกลได้ และดูเหมือนจะชอบมิตรภาพของมนุษย์ หนูขนาดเล็กมักจะมีอายุไขน้อยแต่ทว่าสามารถอยู่ในพื้นที่เล็กได้ แฮมสเตอร์เป็นสัตว์สันโดษแต่มักจะเป็นสัตว์ออกหากินเวลากลางคืน แฮมสเตอร์มีพฤติกรรมที่น่าสนใจแต่ทว่ามักจะมีนิสัยป้องกันตัวเองถ้าไม่ถูกจับต้องเพียงพอ เจอร์บิลมักที่จะไม่แสดงอาการก้าวร้าว กัดน้อย และเป็นสัตว์สังคมที่ชอบมิตรภาพของมนุษย์และสปีชีส์ตัวเอง

สัตว์รำคาญและพาหะโรค
thumb|left|สัตว์ฟันแทะบางชนิดก่อความเสียหายต่อผลผลิตการเกษตรเป็นอย่างมากเช่น หนูนา (vole) ที่ทำลายมันฝรั่ง

สัตว์ฟันแทะบางชนิดเป็นสัตว์ก่อความเสียหายแก่ผลผลิตเกษตรกรรม ด้วยการกินผลผลิตที่กักตุนไว้โดยมนุษย์ ตัวอย่างเช่น ใน ค.ศ. 2003 จำนวนข้าวที่เสียหายเพราะหนูในทวีปเอเชียคาดการว่ามีปริมาณมากพอที่จะเลี้ยงมนุษย์ได้ถึง 200 ล้านคน ความเสียหายต่อผลผลิตการเกษตรที่มีอยู่ทั่วโลกเกิดขึ้นจากไม่กี่สปีชีส์ของสัตว์ฟันแทะ ในประเทศอินโดนีเซียและแทนซาเนีย สัตว์ฟันแทะลดผลผลิตทางเกษตรกรรมประมาณร้อยละ 15 ในขณะที่ผลผลิตทางเกษตรกรรมบางสถานที่ในทวีปอเมริกาใต้ลดลงถึงร้อยละ 90 นอกจากนี้แล้วสัตว์ฟันแทะบางชนิดเช่น Mastomys และ Arvicanthis ลดผลผลิตทางการเกษตรในทวีปแอฟริกาเช่นธัญพืช ถั่วลิสง ผัก และโกโก้ สัตว์ฟันแทะในทวีปเอเชียเช่น Microtus brandti มองโกเลียนเจอร์บิล และ Eospalax baileyi ก่อความเสียหายแก่ข้าว ข้าวฟ่าง พืชหัว ผัก และถั่ว สัตว์ฟันแทะในทวีปยุโรปเช่น Apodemus, Microtus และ Arvicola terrestris สร้างความเสียหายแก่สวนผลไม้ สวนผัก ทุ่งเลี้ยงสัตว์ และธัญพืช สัตว์ฟันแทะหลายชนิดในทวีปแอฟริกาใต้เช่น Holochilus, Akodon, Calomys, Oligoryzomys, Phyllotis, Sigmodon และ Zygodontomys ก่อความเสียหายแก่ต้นอ้อย ผลไม้ ผัก และพืชหัว

สัตว์ฟันแทะบางชนิดเป็นพาหะนำโรคหลัก เช่นหนูท้องขาวจะมีตัวหมัดติดมาด้วย ซึ่งตัวหมัดนี้จะมีบทบาทสำคัญในการกระจายเชื้อ Yersinia pestis ซึ่งก่อให้เกิดกาฬโรค นอกจากนี้สัตว์ฟันแทะชนิดอื่นยังเป็นพาหะเองและมีสัตว์อื่นซึ่งเป็นพาหะของโรคเช่น:
 โรค ตัวก่อโรค พาหะและแหล่งสะสมโรค โรคสครับไทฟัส (Scrub typhus) Orientia tsutsugamushi ไรบนสัตว์ฟันแทะ โรคมิวรีนไทฟัส (Murine typhus) Rickettsia typhi หมัดบนสัตว์ฟันแทะ โรคฉี่หนู แบคทีเรียสกุล Leptospira ฉี่ เนื้อเยื้อ เลือดจากสัตว์ฟันแทะ โรคติดเชื้อท็อกโซพลาสมา (toxoplasmosis) Toxoplasma gondii มูลจากสัตว์วงศ์เสือและแมว โดยสัตว์ฟันแทะสามารถติดเชื้อและแพร่กระจายสู่แมวเมื่อสัตว์ฟันแทะถูกกิน โรคพยาธิทริไคเนลลา (Trichinosis) หนอนตัวกลมสกุล Trichinella หมูกินซากสัตว์ฟันแทะที่ติดเชื้อ โรคติดเชื้อไวรัสฮันตา กลุ่มไวรัสฮันตา (hantaviruses) เช่น ไวรัสพูอูมาลา (Puumala virus) ไวรัสโดบราวา (Dobrava virus) และ Saaremaa virus ละอองจากมูล ฉี่ น้ำลายของสัตว์ฟันแทะ โรคติดเชื้อบาบิเซีย (Babesiosis) โพรทิสต์สกุล Babesia เห็บบนสัตว์ฟันแทะ โรคติดเชื้อลิชมาเนีย โพรโทซัวสกุล Leishmania สัตว์ฟันแทะเป็นแหล่งสะสมโรคให้แมลงริ้นฝอยทราย (sandfly) รับเชื้อและส่งต่อ โรคติดเชื้ออะนาพลาสมา (human granulocytic anaplasmosis) Anaplasma phagocytophilum เห็บบนสัตว์ฟันแทะ โรคไลม์ แบคทีเรียสกุล Borrelia เช่น Borrelia burgdorferi, Borrelia afzelii เห็บบนสัตว์ฟันแทะ โรคไข้เลือดออกออมสค์ (Omsk hemorrhagic fever) ไวรัสไข้เลือดออกออมสค์ (Omsk hemorrhagic fever virus) เห็บบนสัตว์ฟันแทะ ฉี่ มูล เลือดจากสัตว์ฟันแทะ สมองอักเสบ ไวรัสโปวาสสัน (Powassan virus) เห็บบนสัตว์ฟันแทะ โรคริกเก็ตเซียพอกซ์ (rickettsialpox) Rickettsia akari ไรบนสัตว์ฟันแทะ โรคไข้กลับเป็นซ้ำจากเชื้อบอเรลเลีย (relapsing fever)  แบคทีเรียสกุล Borrelia เช่น Borrelia recurrentis แมลงปรสิตขนาดเล็ก (lice) หรือเห็บบนสัตว์ฟันแทะ โรคไข้พุพองเทือกเขาร็อกกี (Rocky Mountain spotted fever) Rickettsia rickettsii เห็บบนสัตว์ฟันแทะ โรคไข้สมองอักเสบจากเชื้อไวรัสเวสต์ไนล์ (West Nile fever) ไวรัสเวสต์ไนล์ สัตว์ฟันแทะเป็นแหล่งสะสมโรคให้ยุงและเห็บรับเชื้อและส่งต่อ

thumb|บ้านกับดับสัตว์ฟันแทะที่เมืองเจนไน ประเทศอินเดีย 
เนื่องจากสัตว์ฟันแทะบางชนิดเป็นสัตว์ที่ก่อความวุ่นวายและอันตรายกับสาธารณสุข มนุษย์จึงพยายามที่จับควบคุมประชากรสัตว์เหล่านี้ วิธีการวางยาหรือวางกับดับมักจะไม่ปลอดภัยและไม่มีประสิทธิภาพ การจัดการสัตว์ก่อความวุ่นวาย (Integrated pest management) พยายามที่จะปรับปรุงวิธีการรับมือโดยทำการสำรวจหลายครั้งเพื่อกำหนดขนาดประชากรและขอบเขตการแพร่กระจาย การตั้งขอบเขตการควบคุมการกระทำของสัตว์ฟันแทะ การรบกวน และการประเมิณผลของประสิทธิภาพ มาตการการรบกวนอาจจะรวมถึงให้การศึกษา ตั้งกฎหมาย และปรับเปลี่ยนที่อยู่อาศัย วิธีการเกษตร ตัวควบคุมสัตว์ก่อความรังควานทางชีวภาพโดยใช้เชื้อโรคหรือสัตว์ผู้ล่า รวมถึงการวางยาและวางกับดัก เนื่องจากสัตว์ฟันแทะมีพฤติกรรมการเข็ดขยาดต่อสารพิษ (poison shyness) หรือการที่สัตว์ไม่กินอาหารบางประเภทหลังจากที่เรียนรู้ว่าอาหารนั้นถูกวางพิษ ทำให้เกิดความยากต่อการกำจัดสัตว์ก่อความรังควาน แต่ทว่ายาเบื่อหนูประเภทที่มีฤทธิ์ช้า เช่นยาต้านการแข็งตัวของเลือด (anticoagulant) (ซึ่งทำให้เส้นเลือดฝอยของสัตว์ฟันแทะเกิดความเสียหายได้และนำไปสู่การตกเลือดภายใน) สามารถนำมาใช้รับมือพฤติกรรมการเข็ดขยาดต่อสารพิษของสัตว์ฟันแทะได้ การใช้เชื้อโรคเช่น Salmonella'' เพื่อควบคุมประชากรสัตว์ฟันแทะมีผลเสียกลับมาเนื่องจากเชื้อติดต่อสามารถแพร่กระจายไปยังมนุษย์และสัตว์เลี้ยงได้ นอกจากนี้แล้วสัตว์ก่อความรังควานมักพัฒนาภูมิคุ้มกัน การใช้สัตว์ผู้ล่าเช่น เฟร์ริต พังพอน และกิ้งก่ามอนิเตอร์ เพื่อควบคุมประชากรมีผลออกมาไม่น่าพอใจ การใช้แมวเลี้ยงสามารถควบคุมสัตว์ฟันแทะได้อย่างมีประสิทธิภาพถ้าประชากรไม่มีขนาดใหญ่เกินไป ในสหราชอาณาจักรบริเตนใหญ่ สัตว์ฟันแทะสองชนิดได้แก่ หนูหริ่งบ้านและหนูบ้าน ถูกควบคุมประชากรอย่างมีประสิทธิภาพและถูกกฎหมายเพื่อลดความเสียหายทางเกษตรกรรม การแพร่เชื้อบนผลผลิตทางเกษตร และความเสียหาต่อเครื่องมือ
นอกเหนือจากนี้แล้ว การควบคุมประชากร