vd_omni · FI.2018.0164 · 2020-04-09 · fr

A.________/Administration cantonale des impôts, Service cantonal des contributions du canton du Valais | Assujettissement des caisses maladie (assurances complémentaires) et double imposition intercantonale.Postérieurement à l'entrée en vigueur de la nouvelle circulaire de la Conférence suisse des impôts modifiant la répartition intercantonale du bénéfice et du capital des caisses maladie, le canton du siège ou de l'administration effective "rectifie" ses décisions de taxation (assujettissement illimité), entrées en force. Refus subséquent des autorités fiscales du canton de Vaud, canton du domicile accessoire, de revenir sur leurs propres décisions (assujettissement limité). Cette situation a pour conséquence pour l'assurance concernée une double imposition intercantonale.Le canton du domicile accessoire n'est lié ni par la taxation du canton du siège ou de l'administration effective, ni par les critères de répartition retenus par ce dernier; il en résulte que les décisions des autorités fiscales vaudoises sont entrées en force indépendamment des décisions du canton du siège. Par conséquent, les décisions en question ne pouvaient être modifiées en faveur de l'assurance recourante qu'aux conditions de la révision. Or, le prononcé ultérieur d'une décision de taxation par un autre canton ne représente pas en tant que tel un motif de révision et au contraire de certaines législations cantonales, la LI ne contient aucune disposition spécifique ouvrant la voie de la révision en cas de double imposition intercantonale (cf. FI.2018.0216 du 9 mai 2019). L'ACI n'était donc pas tenue de réviser ses taxations. Rejet du recours. Recours en matière de droit public au TF rejeté par arrêt 2C_398/2020 du 5 février 2021.

Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 09.04.2020 FI.2018.0164

TRIBUNAL CANTONAL
COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du
9 avril 2020
Composition
M. Guillaume Vianin,
président
; Mme Mélanie Pasche, juge;
M. Alain Maillard, assesseur; M. Patrick Gigante, greffier.
Recourante
A.________,
à ********.
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts,
à Lausanne.
Autorité concernée
Service cantonal des contributions
du canton du Valais,
à Sion.
Objet
Révision
(décision)
Recours A.________ c/ décision sur réclamation de
l'Administration cantonale des impôts du 9 juillet 2018 (confirmant la
décision de refus de révision du 18 janvier 2018)
Vu les faits suivants:
A.
A.________ (ci-après aussi: la société, la contribuable ou la
recourante) est inscrite au registre du commerce ******** depuis le 11 juin
2010. Elle a son siège à ******** et a pour but:
«exploitation des branches
d'assurances non vie»
.
La société a repris, par contrats de transfert de
patrimoine du 20 avril 2011, avec effet au 1
er
janvier 2011, les
activités d’assurance-maladie complémentaire au sens de la loi fédérale du 2
avril 1908 sur le contrat d’assurance (LCA; RS 221.229.1) des fondations
suivantes: B.________; C.________ (C.________); D.________; E.________; F.________;
G.________; H.________; I.________; J.________.
Durant les périodes fiscales 2006 à 2010, ces fondations
avaient leur siège dans le canton du Valais, à l'exception d'B.________ (siège
à ******** jusqu'au 29 juillet 2010), de C.________ (siège à ******** jusqu'au
29 juillet 2010), d'D.________ (précédemment: ********, avec siège à ********
jusqu'au 10 septembre 2010), de E.________ (siège à ******** jusqu'au 29
juillet 2010), de H.________ (siège à ******** jusqu'au 29 juillet 2010) et de J.________
(siège à ******** jusqu'au 29 juillet 2010).
Les fondations sises dans un autre canton que le
Valais durant les périodes fiscales en cause avaient leur administration
effective dans ce canton, de sorte qu'elles y étaient assujetties de manière
illimitée.
Du fait de l'existence d’établissements stables ou
d'immeubles, ces fondations étaient assujetties de façon limitée notamment dans
les cantons de Vaud et de Genève.
B.
La décision attaquée retient, s’agissant de l’imposition des fondations
précitées, les faits suivants, qui ne sont pas contestés:
« (…)
B.________
3.            Le
Service cantonal des contributions (ci-après : SCC) du canton du Valais a rendu
les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et l'impôt fédéral direct
sur le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier
2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17 septembre 2010 (période fiscale
2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 29 décembre 2011 (période
fiscale 2010).
4.            Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM
(réd.: l’Office d’impôt des personnes morales)
a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur
le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009
[recte: 2010]
les 18 septembre 2009 (périodes
fiscales 2006, 2007 et 2008), 22 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 27
mars 2013 (période fiscale 2010).
C.________
5.            Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes
fiscales 2006 à 2009 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17
septembre 2010 (période fiscale 2008) et 23 septembre 2011 (période fiscale
2009).
6.            Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 30 septembre 2009
(périodes fiscales 2006 et 2007), 30 septembre 2010 (période fiscale 2008) et
30 septembre 2011 (période fiscale 2009).
D.________
7.            Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes
fiscales 2006 à 2009 les 20 février 2009 (période fiscale 2006), 16 janvier
2009 (période fiscale 2007), 17 septembre 2010 (période fiscale 2008), et 23
septembre 2011 (période fiscale 2009).
8.            Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 25 mars 2009
(période fiscale 2006), 22 janvier 2009 (période fiscale 2007), 7 décembre 2009
(période fiscale 2008) et 5 juillet 2011 (période fiscale 2009).
E.________
9.            Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes
fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17
septembre 2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009)
et 29 décembre 2011 (période fiscale 2010).
10.          Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 24 avril 2008
(période fiscale 2006), 2 avril 2009 (période fiscale 2007), 6 janvier 2011
(période fiscale 2008), 22 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 5 octobre
2012 (période fiscale 2010).
F.________
11.          Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes fiscales
2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17 septembre
2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 29
décembre 2011 (période fiscale 2010).
12.          Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 1er septembre 2009
(période fiscale 2006), 21 août 2009 (période fiscale 2007), 1er octobre 2010
(période fiscale 2008), 29 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 6 mars 2013
(période fiscale 2010).
G.________
13.          Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes
fiscales 2006 à 2009 les 30 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 15
octobre 2010 (période fiscale 2008) et 23 septembre 2011 (période fiscale
2009).
14.          Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 9 octobre 2009
(périodes fiscales 2006 et 2007), 30 octobre 2010 (période fiscale 2008) et 27
septembre 2011 (période fiscale 2009).
H.________
15.          Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes
fiscales 2007 à 2009 les 16 janvier 2009 (période fiscale 2007), 17 septembre
2010 (période fiscale 2008) et 23 septembre 2011 (période fiscale 2009).
16.          Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2007 à 2009 les 2 septembre 2010
(périodes fiscales 2007 et 2008) et 13 décembre 2010 (période fiscale 2009).
H.________
17.          Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes
fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17
septembre 2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009)
et 29 décembre 2011 (période fiscale 2010).
18.          Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 7 décembre 2009
(périodes fiscales 2006 et 2007), 1er octobre 2010 (période fiscale 2008), 30
septembre 2011 (période fiscale 2009) et 25 mars 2013 (période fiscale 2010).
J.________
19.          Le
SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes
fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17
septembre 2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009)
et 29 décembre 2011 (période fiscale 2010).
20.          Sur
la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a
rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le
bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 22 janvier 2009
(période fiscale 2006), 30 septembre 2009 (période fiscale 2007), 6 janvier
2011 (période fiscale 2008) et 1er novembre 2012 (périodes fiscales 2009 et
2010).
(…)»
Certaines des décisions de taxation rendues par
l’OIPM comportaient l'une des indications suivantes:
«Décision
définitive sans décision canton du SIEGE
Sans
changement. Taxation définitive sur la base des éléments déclarés. En cas de
modification ultérieure de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle
décision pourra être rendue.»
(taxations B.________ du
18 septembre 2009 pour les périodes 2006, 2007 et 2008), ou:
«Sans
changement. Taxation sur la base des éléments déclarés.
En cas de
modification ultérieure de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle
décision pourra être rendue.»
(taxations D.________ du 7 décembre 2009 pour la
période 2008 et du 5 juillet 2011 pour la période 2009; taxations J.________ du
30 septembre 2009 pour la période 2006, du 6 janvier 2011 pour la période 2008
et du 1
er
novembre 2012 pour la période 2010; taxations E.________
du 2 avril 2009 pour la période 2007, du 6 janvier 2011 pour la période 2008 et
du 5 octobre 2012 pour la période 2010; taxations H.________ du 2 septembre
2010 pour la période 2008 et du 13 décembre 2010 pour la période 2009).
Les taxations notifiées par l’OIPM n’ont pas été
attaquées.
C.
Antérieurement, durant les mois d’octobre 2007 et février 2008,
l’Administration fiscale du canton de Genève (AFC-GE) avait notifié aux
fondations précitées les bordereaux d’impôts dus dans ce canton pour la période
2006; elle en a fait de même durant le deuxième semestre 2008 pour les
bordereaux 2007. Le 4 mars 2009, suite aux premières décisions rendues par le Service
cantonal des contributions du canton du Valais (SCC-VS), les fondations ont
requis des autorités fiscales genevoises d’être radiées du registre des
contribuables, en expliquant en substance qu’elles n’avaient pas
d’établissement stable dans le canton de Genève, et d’annuler les taxations
pour les années 2006 à 2008. L’AFC-GE a traité cette correspondance comme une
réclamation. Il s’en est suivi un échange entre les autorités fiscales des deux
cantons concernés. Le 18 août 2010, l’AFC-GE a adressé au SCC-VS une
correspondance aux termes de laquelle:
«(…)
Comme nous avons déjà eu l'occasion de le préciser lors d'un
courrier que nous avons adressé en date du 11 juin 2009 à l'intention de
Monsieur ******** (et dont vous trouverez une copie jointe à la présente pour
votre convenance) et en accord avec la Direction générale de notre
administration, nous vous informons que nous ne partageons pas nécessairement
vos conclusions au sujet des modalités de répartition intercantonale des
assurances-maladie et notamment en ce qui concerne le ******** dont est objet
notre courrier précité.
Il en résulte que nous n'entendons clairement pas déroger aux
principes énoncés dans la Circulaire 23 du 21 novembre 2006 de la Conférence
suisse des impôts (CSl) relative à la répartition fiscale des éléments
imposables des compagnies d'assurances.
Cela étant, nous vous informons être disposés à mettre
temporairement en suspens le traitement fiscal des dossiers concernés, le temps
pour la CSI de se positionner au sujet de votre demande.
Pour des
raisons liées à la prescription du droit de taxer, nous procéderons néanmoins à
la taxation des dossiers fiscaux concernés, au plus tard dans le courant de
l'année civile 2011 en fonction des principes de répartition reconnus
actuellement, si et dans la mesure où la CSI ne s'est pas encore prononcée au
sujet de votre demande d'ici là.
(…)»
Par décision du 26 juin 2012, l’AFC-GE a rejeté la
réclamation que les neuf fondations précitées avaient interjetée. Le 20 juillet
2012, A.________ a recouru contre ces décisions auprès du Tribunal
administratif de première instance (TAPI) du canton de Genève (soit s'agissant
des périodes fiscales 2006 pour B.________, D.________ et I.________;  2007
pour H.________ et F.________; 2006 et 2007 pour C.________, J.________, E.________
et G.________). Par jugement du 9 septembre 2013, le TAPI a rejeté le recours.
Le 17 octobre 2013, A.________ a saisi la Cour de
Justice du canton de Genève d’un recours contre ce jugement. Elle a conclu à ce
que les taxations notifiées aux neuf fondations pour les périodes 2006 et 2007
soient annulées et à ce qu’il soit constaté que les fondations n’avaient pas
d’établissement stable dans le canton de Genève durant les années 2006 et
suivantes.
D.
Le 27 novembre 2013, la Conférence suisse des impôts (CSI) a adopté la circulaire
n°12 sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi fédérale du 18
mars 1994 sur l'assurance-maladie (LAMaI; RS 832.10). Cette circulaire remplace
le texte homonyme, du 23 mars 2000, et est applicable
«(…) jusqu’à nouvel
ordre aux exercices commerciaux bouclés durant l’année civile 2013 ou
ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales antérieures encore ouvertes
à la date de sa publication»
(ch. 1). La circulaire a pour effet de
modifier les règles de répartition intercantonale, s’agissant du bénéfice et du
capital des caisses-maladie.
Dans les nonante jours suivant la publication de
cette nouvelle circulaire, A.________ a proposé au SCC-VS une modification de
la répartition intercantonale de l’imposition des neuf fondations dont elle a
repris les activités, pour les périodes 2006 à 2010. Le 10 juin 2014, cette
proposition a été soumise à l’AFC-GE qui, par courrier électronique du 13 juin
2014 au SCC-VS, a confirmé son accord.
Le 30 juin 2014, A.________ a soumis au SCC-VS une
nouvelle proposition de répartition intercantonale de l'imposition des neuf
fondations pour les périodes 2006 à 2010. Par décisions du 25 juillet 2014, le
SCC-VS a "rectifié" les décisions de taxation concernant l'impôt
cantonal sur le bénéfice et le capital des fondations précitées, mentionnées
aux chiffres 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17 et 19 sous lettre B ci-dessus
(assujettissement illimité), en se fondant sur la nouvelle clé de répartition
intercantonale. Sur la base des nouveaux prononcés, la contribuable devait
verser des compléments d'impôt au canton du Valais, puisque la nouvelle
circulaire avait modifié la répartition à l'avantage du canton du siège ou de
l'administration effective.
Ces décisions n’ont pas été contestées.
Le 8 septembre 2014, A.________ a retiré le recours
dont elle avait saisi la Cour de Justice du canton de Genève le 17 octobre
2013. Par décision du 9 septembre 2014, cette juridiction a pris acte du
retrait et rayé la cause du rôle.
E.
Le 17 novembre 2014, A.________ a saisi l’OIPM d’une demande de "rectification"
des taxations concernant l’impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le
capital des fondations précitées, mentionnées aux chiffres 4, 6, 8, 10, 12, 14,
16, 18 et 20 sous lettre B ci-dessus (assujettissement limité dans le canton de
Vaud), pour tenir compte de la nouvelle clé de répartition intercantonale et
des décisions du 25 juillet 2014 du fisc valaisan. Le 5 mars 2015, la société a
adressé sa demande à l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI).
Le 22 avril 2015, l'OIPM a indiqué à A.________ que
la voie de la réclamation contre des décisions de taxation entrées en force ne lui
paraissait pas ouverte et qu'il n’y avait pas lieu d’entrer en matière sur une
demande de révision, dès lors que les conditions ne lui semblaient pas
réalisées; en outre, l’OIPM a constaté que les nouvelles répartitions avaient
été opérées par les autorités valaisannes en date du 25 juillet 2014, alors que
la "rectification" des décisions de taxation vaudoises avait été
requise le 17 novembre 2014, soit après l'échéance du délai de nonante jours dans
lequel il convient de faire valoir un motif de révision. Le 12 mai 2015, le SCC-VS
est intervenu auprès de l’ACI, afin qu’il soit donné suite à la demande de A.________
tendant à la "rectification" des décisions de taxation en cause.
Le 26 janvier 2017, l'ACI a établi une proposition
de règlement, consistant à réviser les décisions de taxation des périodes
fiscales 2008 à 2010 uniquement, et à maintenir les décisions de taxation des
périodes fiscales 2006 et 2007. Le 12 octobre 2017, A.________ a refusé cette
proposition de règlement, ce dont l’ACI a pris note le 7 novembre 2017, en
indiquant que celle-ci était caduque.
Par décision du 18 janvier 2018, l'OIPM a refusé de
réviser les décisions de taxation litigieuses. Le 9 février 2018, A.________ a
formé une réclamation contre cette décision, que l’ACI a rejetée, le 9 juillet
2018. L'ACI a considéré que les nouvelles décisions de taxation rendues par le
SCC-VS le 25 juillet 2014 sur la base de la circulaire no 12 de la CSI du 27
novembre 2013 ne constituaient pas un motif de révision. D'ailleurs, à supposer
même que tel ait été le cas, la demande de révision avait été déposée au-delà de
l'échéance du délai légal de 90 jours à compter de la découverte du motif de
révision, de sorte qu'elle était tardive.
F.
Par acte du 7 août 2018, A.________ a recouru à la Cour de droit
administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) contre cette dernière
décision; elle a pris les conclusions suivantes:
«(…)
1.           Déclarer recevable la présente écriture.
2.           Admettre le recours de A.________.
3.            Annuler
la décision sur réclamation du 9 juillet 2018 de l'Administration cantonale des
impôts du canton de Vaud.
4.            Condamner
l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud à rectifier ses
décisions de taxations des exercices 2006 à 2010 et à restituer à A.________ un
montant de Fr. 1'204'756.20 avec intérêt de 5 % dès le 17 novembre 2014.
5.            Débouter
l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud de toutes ses
conclusions ou conclusions contraires contre A.________.
6.            Condamner
l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud aux frais et aux
dépens.
7.            Subsidiairement,
acheminer A.________ à prouver par toutes voies de droit ou moyens les faits
allégués dans ses écritures.
(…)»
Dans sa réponse du 12 septembre 2018, l'autorité
intimée propose le rejet du recours et la confirmation de la décision attaquée.
Appelé en cause comme autorité concernée, le SCC-VS
s’est déterminé le 21 septembre 2018. Il appuie les conclusions du recours.
Dans sa réplique du 13 novembre 2018, A.________ maintient
ses conclusions.
Dans sa duplique, l’ACI maintient les siennes.
G.
Le Tribunal a tenu une audience de jugement le 28 novembre 2019, au
cours de laquelle il a recueilli les explications des parties et de leurs
représentants, soit ********, juriste, et ********, fiscaliste, pour A.________,
ainsi que ********, responsable de la taxation, et ********, juriste fiscaliste,
pour l’ACI. A sa demande, le SCC-VS a été dispensé de comparaître.
A la demande du Tribunal A.________ a produit après
l’audience une copie de son recours au Tribunal administratif de première
instance du canton de Genève, une copie de l’arrêt rendu par cette dernière
juridiction le 9 septembre 2013, une copie de son recours à la Cour de justice
du 17 octobre 2013, ainsi qu’une copie de la correspondance adressée par les
autorités fiscales du canton de Genève à leurs homologues du canton du Valais,
du 18 août 2010.
Les parties ont été invitées à produire leurs
explications finales écrites. A.________ a maintenu ses conclusions. Le 20
janvier, 2020, l'autorité intimée a précisé ses conclusions dans le sens
suivant:
« (…)
2.           Pour rappel, la Circulaire n°12 de la Conférence
suisse des impôts sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi sur
l'assurance-maladie (LAMaI) du 27 novembre 2013 (ci-après : la Circulaire n°12)
est en principe applicable aux exercices commerciaux bouclés durant l'année
civile 2013 ou ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales antérieures
encore ouvertes à la date de sa publication (chiffre 1 de la Circulaire n°12).
3.           Dès lors, l'intimée concède que les décisions de
taxation émises par l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud et
relatives aux sociétés et périodes fiscales suivantes n'étaient pas entrées en
force au moment de la publication de la Circulaire n°12, et qu'il convient dès
lors de les rectifier:
a)
B.________: période fiscale               2006 (décision de taxation du 18
septembre 2009);
b)
D.________: période fiscale 2006 (décision de taxation du 25              mars
2009) ;
c)
C.________ :                        périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions
de taxation du 30 septembre                  2009);
d)
H.________: période fiscale 2007 (décision                de taxation du 2
septembre 2010);
e)
I.________: période fiscale 2006 (décision de                         taxation
du 7 décembre 2009);
f)
J.________: périodes fiscales 2006 et 2007                            (décisions
de taxation du 22 janvier 2009 et du 30 septembre 2009);
g)
F.________ : périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions de                  taxation
du 1
er
septembre 2009 et du 21 août 2009);
h)
E.________ : périodes fiscales 2006 et 2007              (décisions de taxation
du 24 avril 2008 et du 2 avril 2009) ;
i)
G.________ : périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions                       de
taxation du 9 octobre 2009).
4.           Elle estime toutefois que les décisions de
taxation émises par l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud et
relatives aux sociétés et périodes fiscales suivantes sont entrées en force et
que les conditions de la révision ne sont pas réunies dans le cas d'espèce:
j)
B.________ : périodes fiscales                       2007 à 2010;
k)
D.________ : périodes fiscales 2007 à 2009;
l)
C.________:             périodes fiscales 2008 et 2009;
m)H.________
: périodes fiscales 2008 et                                  2009;
n)
I.________: périodes fiscales 2007 à 2010;
o)
J.________ : périodes fiscales 2008 à 2010;
p)
F.________ : périodes fiscales 2008 à 2010;
q)
E.________ : périodes fiscales 2008 à 2010;
r)
G.________ : périodes fiscales 2008 et 2009.
(…)»
Par courrier du 27 janvier
2020, le juge instructeur, constatant que la procédure administrative ouverte
dans le canton de Genève n’avait trait qu’aux années 2006 et 2007, a encore
requis de A.________ des explications complémentaires et la production de
certaines pièces. A.________ s’est déterminée le 4 février 2020. Il ressort de
ses explications qu'à la suite de la décision de radiation du rôle de la Cour
de justice du 9 septembre 2014, l’AFC-GE a admis les réclamations formées
contre les décisions de taxation de la période 2008 (prononcés du 24 septembre
2014). L'AFC-GE a en outre rendu les décisions de taxation pour les périodes 2009
et 2010.
H.
Le Tribunal a statué à huis clos, par voie de circulation.
Considérant en droit:
1.
Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les
impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11), le recours au Tribunal cantonal
s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours a
été interjeté dans la forme prescrite (cf. art. 79 de la loi cantonale du 28
octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]) et dans le
délai de trente jours (cf. art. 95 LPA-VD).
Par contrats de transfert de patrimoine du 20 avril
2011, la société recourante a repris les actifs et passifs des activités
d’assurance-maladie complémentaire des fondations précitées. Au nombre de ces
actifs et passifs figurent les créances vis-à-vis du fisc et les dettes d'impôt
en lien avec ces activités. La recourante est dès lors devenue débitrice de
l'impôt à la place des fondations et s'est substituée à elles sur le plan de la
procédure (cf. TF 2C_895/2008 du 9 juin 2009 consid. 1.1, en cas de reprise par
voie de fusion; voir en outre Markus Zweifel/Hugo Casanova/Michael Beusch/Silvia
Hunziker, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2
e
éd., Zurich 2018, § 6 n. 30). La recourante a, partant, qualité pour recourir.
Il y a lieu d'entrer en matière.
2.
a) Les sociétés de capitaux, les sociétés coopératives, les
associations, les fondations et les autres personnes morales sont assujetties à
l’impôt lorsqu’elles ont leur siège ou leur administration effective dans le
canton (art. 20 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur
l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS
642.14]; art. 85 LI). Le siège ou l'administration effective fonde un
assujettissement illimité dans le canton.
Selon les art. 21 al. 1 LHID et 86 al. 1 LI, les
personnes morales qui n'ont ni leur siège, ni leur administration effective
dans le canton y sont assujetties à l’impôt à raison de leur rattachement
économique notamment lorsqu'elles exploitent un établissement stable dans le
canton (let. b) ou qu'elles sont propriétaires d’un immeuble sis dans le canton
ou qu’elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des
droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels
(let. c). L'exploitation d'un établissement stable et la titularité de droits
sur un immeuble fondent un assujettissement limité dans le canton.
b) Sous le titre "Obligations des autorités",
l’art. 39 al. 2 LHID prescrit aux autorités fiscales de se communiquer
gratuitement toutes informations utiles et de s’autoriser réciproquement à
consulter leurs dossiers. Lorsqu’il ressort de la déclaration d’impôt d’un
contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu’il est aussi
assujetti à l’impôt dans un autre canton, l’autorité de taxation porte le
contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités
fiscales de l’autre canton.
Aux termes de l’art. 2 de l’ordonnance fédérale
du 9 mars 2001 sur l’application de la LHID dans les rapports intercantonaux
(RS 642.141; ci-après: OLHID):
"
1
En cas d’assujettissement à l’impôt à
raison du rattachement économique dans d’autres cantons que ceux du domicile ou
du siège du contribuable, la procédure de taxation se déroule aussi dans ces
autres cantons.
2
Le contribuable assujetti à l’impôt dans
plusieurs cantons peut y remplir son obligation de déposer une déclaration
d’impôt par la remise d’une copie de la déclaration d’impôt du canton du
domicile ou du siège.
3
L’autorité de taxation du canton du domicile ou
du siège porte gratuitement à la connaissance des autorités de taxation des
autres cantons le contenu de la taxation, y compris la répartition
intercantonale et d’éventuelles modifications apportées à la déclaration
d’impôt.
4
La procédure est régie par le droit cantonal de
procédure."
Il découle de cette disposition que le canton du
domicile fiscal principal  remplit en quelque sorte le rôle de canton «leader»
et de «coordinateur» entre les cantons appelés à taxer le contribuable (cf.
Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, 2
ème
éd., Berne 2013, n°1200; Martin Zweifel/Silvia Hunziker,
in
:
Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern, Zweifel/Beusch
[éds], 3
ème
éd., Bâle 2017, n°29 ad a
rt. 39 LHID;
Olivier Margraf, Ausgewählte Aspekte des interkantonalen
Steuerverfahrensrechts, RF 2016 p. 732; ATF 139 I 64 consid. 3.6 p. 71; 142 II
182 consid. 2.3.4 p. 195
). Pour autant, cela ne change rien aux
prérogatives des autres cantons de procéder eux-mêmes à la taxation et à la
répartition intercantonale (
Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker,
op. cit., § 11 n. 9), prérogatives qui découlent de la souveraineté cantonale
garantie par l'art. 3 Cst. (cf.
Olivier
Margraf, Rulings im interkantonalen Verhältnis, Archives 88 p. 199 ss [cité:
Margraf, Rulings], 202 s.
).
En lien avec l'OLHID, la CSI a adopté la circulaire
16 du 31 août 2001 (disponible à l'adresse ).
Aux termes de cette circulaire (ch. 22), pour  les  personnes  morales,  c’est
en  principe  le  canton  du  siège  ou  de  l’administration  effective  qui
le  premier  procède  à  la  taxation  et  établit  la  proposition  de
répartition  en  faveur des  cantons  où  l’entreprise  a  un  établissement
stable  ou  des  immeubles  de  placement.  Ce canton effectue les opérations
de contrôle de la déclaration et d’éventuelles corrections.  Sur cette base, il
établit sa taxation et, à l’attention des autres cantons, une proposition de
répartition  intercantonale.  Si  les  cantons  sont  en  désaccord  avec  la
méthode  de  répartition  du canton du siège ou de l’administration effective,
ils en aviseront les autorités de taxation de ce canton. Un conflit entre
cantons, ou entre cantons et contribuable, portant  sur  la  méthode de
répartition applicable sera tranché en dernier ressort par le Tribunal fédéral.
Chaque canton applique sa propre législation pour la détermination du bénéfice
et du capital imposable de la personne morale. Tant dans le canton du siège que
dans celui où l’entreprise a un établissement stable ou possède un immeuble de
placement, les autorités fiscales sont en droit de procéder aux investigations
nécessaires à la taxation (cf. art. 46 al. 1 LHID). Si ces investigations
sont  conduites  par  un  canton  autre  que  celui  du  siège  ou  de
l’administration effective, une collaboration étroite avec le canton du siège
est recommandée.
La CSI a adopté en outre la circulaire 21 du 28
novembre 2001, intitulée "Procédure pour les cas particuliers concernant
plusieurs cantons". Celle-ci envisage en particulier les cas de transfert
d'une participation d'une personne physique à une personne morale, les
restructurations et les cas assimilables à des restructurations et les
liquidations, en ajoutant que tous les autres cas complexes ayant une portée
intercantonale seront traités par analogie (ch. 2).
S'il appartient en principe au canton du siège de
procéder à la taxation en premier, le canton de l'assujettissement limité n'a
pas pour autant l'obligation d'attendre la décision du premier (cf. arrêt du
Tribunal administratif du canton de Zurich du 2 décembre 2015 SB.2015.00021
consid. 3.3). Toutefois, lorsque
le
canton du domicile fiscal secondaire statue avant que le canton du domicile
fiscal principal n'ait rendu sa propre décision de taxation, il ne peut le
faire, selon la pratique, que sur une base provisoire, à défaut de quoi il ne
peut ultérieurement procéder à un rappel d'impôt si le canton du domicile
fiscal principal applique d'autres règles de répartition (ATF
139
I 64 consid. 3.6 p. 71 s. avec renvoi à l'arrêt 2A.585/2005 du 8 mai 2006
consid. 3.4.2, StE 2007 B 97.41 no 19).
Il est usuel que le canton du domicile fiscal
principal – ou plus souvent le contribuable lui-même – établisse un plan de
répartition intercantonale qui sera soumis aux cantons intéressés. Ces cantons
peuvent alors l'examiner et le discuter préalablement, plutôt que de procéder
immédiatement à des taxations courant le risque d'être attaquées (Walter
Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse [impôts directs], 4
ème
éd., 2002, p. 128).
3.
a) L'art. 127 al. 3 1
ère
phrase de la Constitution fédérale
de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) interdit la double
imposition intercantonale. Cette interdiction fait obstacle à ce qu'un
contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le
même objet, pendant la même période, à des impôts analogues (double imposition
effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale
et, violant des règles de conflit, prétende prélever un impôt dont la
perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition
virtuelle; cf. ATF 138 I 297 consid. 3.1 p. 300; 134 I 303 consid. 2.1 p. 306
s.; 133 I 308 consid. 2.1 p. 311). Le Tribunal fédéral a déduit des
art. 46 al. 2 aCst.
et 127 al. 3 1
e
phrase Cst.
le principe selon lequel un canton ne peut pas imposer plus lourdement un
contribuable du fait qu'il est assujetti aux impôts dans un autre canton (interdiction
de l'imposition discriminatoire, "Schlechterstellungsverbot"; ATF 141
I 235 consid. 7.2 p. 240 avec renvoi à ATF 139 II 373 consid. 3.5; ATF 137 I
145 consid. 2.2 p. 147; 130 I 205 consid. 4.1 p. 210 et les références citées).
b) La voie de droit fédérale qui permet d'éliminer
la double imposition intercantonale est le recours en matière de droit public,
régi par les art. 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF;
RS 173.110).
En vertu de l'art. 86 al. 1 let. d LTF, seules les
décisions des autorités cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet
d'un recours en matière de droit public. Dans le contexte du recours pour
violation de la double imposition intercantonale, cette disposition oblige le
contribuable à épuiser les instances cantonales seulement dans l'un des cantons
en cause. En formant un recours en matière de droit public contre la décision
rendue par ce canton, le contribuable peut s'en prendre aux décisions des
autres cantons rendues auparavant, quand bien même elles n'auraient pas été
prises en dernière instance cantonale (ATF 133 I 308 consid. 2.4 p. 313). En
interjetant recours dans le délai prévu par l'art. 100 al. 5 LTF, il est
possible de remettre en cause les décisions des autres cantons, même si celles-ci
sont entrées en force (ATF 139 II 373 consid. 1.4 p. 376).
Selon certains auteurs, il découle de l'art. 100 al.
5 LTF que le prononcé de dernière instance rendu par un canton, s'il n'est pas
contesté, entre en force sous la condition résolutoire qu'un autre canton ne
fasse pas valoir de prétention fiscale. Si cette condition résolutoire se
réalise, le contribuable pourrait, en vertu de l'art. 100 al. 5 LTF, invoquer
un motif de restitution de délai aux fins de contester la taxation par le
premier canton (Michael Beusch/Urban Broger,
in
: Kommentar zum
Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht,
Zweifel/Beusch/Mäusli-Allenspach [édit.], Bâle 2011, § 44 n. 21-25).
c) La question de savoir si la taxation par le
canton du siège peut constituer un motif de révision ou de rappel d'impôt de la
taxation effectuée par le canton de l'assujettissement limité a été abordée par
la jurisprudence et la doctrine.
Les décisions et prononcés entrés en force peuvent
être modifiés en faveur du contribuable aux conditions de la révision (art. 51
LHID, art. 203 ss LI); lorsque les conditions du rappel d'impôt (art. 53 LHID, art.
207 ss LI) sont réunies, l'autorité fiscale peut les modifier au détriment du
contribuable.
aa) Selon les art. 51 al. 1 LHID et 203 al. 1 LI,
une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du
contribuable:
-  lorsque des faits importants ou des preuves
concluantes sont découverts (let. a), ou
-  lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu
compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou
devait connaître ou qu'elle a violé de quelque autre manière l'une des règles
essentielles de la procédure (let. b), ou encore
-  lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la
décision ou le prononcé (let. c).
La révision est exclue lorsque le requérant invoque
des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire,
s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être
exigée de lui (art. 51 al. 2 LHID et 203 al. 2 LI). Cette limitation s'explique
par le caractère subsidiaire de la révision et par les exigences de sécurité du
droit (cf. TF 2C_941/2015 du 9 août 2016 consid. 6.3; 2C_917/2015 du 29 octobre
2015 consid. 2.1; 2C_754/2015 du 14 septembre 2015 consid. 2.3 et les
références citées; voir ég. Hugo Casanova/Claude-Emmanuel Dubey,
in
:
Commentaire Romand, Impôt fédéral direct, 2
ème
éd., Noël/Aubry
Girardin [éds], Bâle 2017, n°15 ad art. 147 LIFD).
Les motifs des art. 51 al. 1 LHID et 203 al. 1 LI sont
les mêmes que ceux de l’art. 147 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur
l’impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11). Ces dispositions ouvrent la voie de
révision notamment lorsque le requérant découvre des faits nouveaux importants
ou des preuves qu'il n'avait pas pu invoquer dans la procédure de taxation ou
de recours. Par fait nouveau, on entend des faits antérieurs à la décision de
taxation, mais découverts seulement par la suite (pseudo-nova). Ainsi, une
nouvelle appréciation juridique ou une nouvelle jurisprudence ne sauraient être
assimilée à un fait (v. Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale
d'organisation judiciaire, vol. V, Berne 1992, n° 2.2.1 ad 137). Le Tribunal
fédéral a constamment rappelé sur ce point qu'un changement de jurisprudence
(v. arrêts 2C_134/2007 du 20 septembre 2007 consid. 2.3; 2P.18/2005 du 14 février
2005 consid. 3; cf. en outre ATF 111 Ib 209 consid. 3; 103 Ib 87 consid.
3; 102 Ib 45 consid. 1b) ou d'interprétation d'une disposition légale (v. ATF
83 I 326; Archives 38, 163 consid. 4c/cc) ne constituent pas des motifs de
révision d'une décision de taxation entrée en force.
La demande de révision doit être déposée dans les
nonante jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard
dans les dix ans dès la notification de la décision ou du prononcé (art. 51 al.
3 LHID et 204 LI).
bb) L'existence d'un motif de
révision
peut
être envisagée notamment sous l'angle de l'art. 127 al. 3 Cst., qui interdit la
double imposition intercantonale.
Certaines législations cantonales admettent
expressément l'existence d'un motif de révision en cas de double imposition
intercantonale lorsqu'il résulte d'une décision de l'autorité compétente que le
canton doit limiter son imposition pour éviter une double imposition
intercantonale (cf. art. 232 al. 1 let. d loi TI; art. 189 al. 1 let. d StG AR;
art. 186 al. 1 let. d StG LU, art. 165 al. 1 let. e StG SO, cités par Hugo
Casanova,
in
: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales
Steuerrecht, op. cit., § 45 n. 10; voir aussi Philipp Betschart/Andrea
Hildebrand, Die vorgezogene Revision wegen interkantonaler oder internationaler
Doppelbesteuerung, Archives 88 p. 211 ss, 214 s.). Une partie de la doctrine
ainsi que la jurisprudence cantonale zurichoise considèrent que cette voie de
la révision en cas de double imposition intercantonale existe de par l'art. 127
al. 3 Cst., indépendamment de l'existence d'une base légale expresse en droit
cantonal (Casanova, op. cit., § 45 n. 10 et réf. citées; de Vries Reilingh, op.
cit., n. 1245/1246; Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht,
4
ème
éd., Berne 2015, pp. 133-135). Le Tribunal fédéral a évoqué la
question, sans la trancher (ATF 139 II 373 consid. 1.5 p. 377; voir aussi arrêt
2C_495/2018 du 7 mai 2019 consid. 4.3).
Dans un arrêt du 9 mai 2019, la Cour de céans a
relevé qu'au contraire des législations cantonales précitées, la LI ne contenait
pas de disposition spécifique créant un motif de révision en cas de double
imposition intercantonale. Elle a retenu que l'existence d'une possible
situation de double imposition ne constitue pas en tant que telle un motif de
révision (arrêt FI.2018.0216 consid. 2b, avec avis minoritaire sur ce point
d'un membre de la section).
En pratique, il arrive que les cantons dont la
législation ne prévoit pas le motif de révision de la double imposition
procèdent à la révision d'une décision de taxation entrée en force, lorsqu'une
décision ultérieure d'un autre canton la fait apparaître comme clairement
erronée et qu'il en résulte une double imposition. Dans un tel cas, il est en
effet conforme au principe de proportionnalité et à l'économie de procédure que
le canton concerné révise son prononcé sans attendre (d'où le terme de
"révision anticipée", "vorgezogene Revision") que le
Tribunal fédéral, saisi d'un recours contre la décision de l'autre canton,
annule la taxation erronée, avec les conséquences qui en découlent en termes de
frais et dépens. Le contribuable ne dispose toutefois pas d'un droit à ce que
l'autorité fiscale cantonale révise sa taxation. En outre, le procédé est
réservé aux cas clairs et suppose que la révision ne soit pas exclue en
application – par analogie – de l'art. 51 al. 2 LHID (cf. Betschart/
Hildebrand, op. cit., spéc. p. 211, 217, 224).
cc) S'agissant du
rappel d'impôt
, selon la
jurisprudence du Tribunal fédéral, lorsque le canton de l'assujettissement
limité établit la taxation sans attendre celle du canton du domicile ou du
siège et sans non plus réserver cette dernière, en procédant à une taxation
provisoire, le prononcé du canton du domicile ou du siège ne constitue pas un
motif de rappel d'impôt (ATF 139 I 64 consid. 3.6 p. 71 s. avec renvoi à
2A.585/2005 du 8 mai 2006 consid. 3.4.2, StE 2007 B 97.41 no 19). Cette
jurisprudence envisage le cas où la taxation ultérieure par le canton du
domicile ou du siège révèle une sous-imposition par le canton de
l'assujettissement limité (cf. Casanova, op. cit., § 45 n. 23).
4.
a) Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de
l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la
confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités,
lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un
comportement déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un
renseignement ou une décision erronés de l'administration agissant dans les
limites de ses compétences peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré
un avantage contraire à la réglementation en vigueur. Il faut pour cela (1) que
l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes
déterminées, (2) que l'autorité ait agi dans les limites de ses compétences, (3)
que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude
du renseignement obtenu, (4) qu'il se soit fondé sur les assurances ou le
comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne
saurait renoncer sans subir de préjudice et (5) que la situation juridique
n'ait pas changé entre le moment où l'autorité a donné le renseignement et
celui où les dispositions ont été réalisées. Lorsque ces conditions sont
réunies, il faut encore peser l'intérêt à une application correcte du droit par
rapport à l'intérêt de l'administré à la protection de sa bonne foi (ATF 141 V
530 consid. 6.2 p. 538; 141 I 161 consid. 3.1 p. 164 s.; 137 II 182 consid.
3.6.2 p. 193; 137 I 69 consid. 2.5.1 p. 72 s.; Danielle Yersin/Florence Aubry
Girardin,
in
: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, op. cit., n°76
ad remarques préliminaires).
Le principe de la confiance, découlant de celui de
la bonne foi, commande à l'administration d'adopter un comportement cohérent et
dépourvu de contradictions. Une émanation du principe de la bonne foi est
l'interdiction du comportement contradictoire. En lien avec la doctrine de
droit privé relative à l'art. 2 al. 2 CC, le comportement contradictoire peut
consister à adopter deux comportements incompatibles ou à décevoir les attentes
légitimes de quelqu'un. Il est alors essentiel de peser les intérêts et de
prendre en compte ce faisant le fait que l'autorité a éventuellement eu un
comportement qui a suscité la confiance (ATF 143 V 66 consid. 4.3 p. 69; 137 V
394 consid. 7.1 p. 403). A cet égard, une décision doit être interprétée
d'après le sens qui peut et doit lui être donné de bonne foi, d'après son texte
et son contexte, ainsi que d'après toutes les circonstances qui l'ont précédée
et accompagnée (ATF 130 III 417 consid. 3.2 p. 424; 129 III 118 consid. 2.5
p.122; 126 III 119 consid. 2a p. 120, 125 III 435 consid. 2a/aa p. 436/437). La
précision que l'attente ou l'espérance doit être "légitime" est une
autre façon de dire que l'administré doit avoir eu des raisons sérieuses
d'interpréter comme il l'a fait le comportement de l'administration et d'en
tirer les conséquences qu'il en a tirées. Tel n'est notamment pas le cas s'il
apparaît, au vu des circonstances, qu'il devait raisonnablement avoir des
doutes sur la signification du comportement en cause et se renseigner à ce
sujet auprès de l'autorité (cf. ATF 134 I 199 consid. 1.3.1 p. 203; TF
2C_108/2011 du 29 août 2011 consid. 4.1 ; cf. en outre, sur la portée d'un
renseignement donné par l'Administration fédérale des douanes en matière de TVA
sur le territoire suisse, arrêt 2A.256/2003 du 8 janvier 2004 et les critiques
de Xavier Oberson/Annie Rochat Pauchard
in
: Archives 75 p. 27s. not. 49).
Enfin, l'administration qui s'aperçoit spontanément de l'erreur entachant un
renseignement qui la lie, doit prévenir immédiatement le citoyen du changement
de situation et révoquer l'engagement désormais obsolète (arrêt FI.2006.0023 du
6 novembre 2006,
in
: RDAF 2006 II p. 575 consid. 4b).
b) Le droit fiscal étant dominé par le principe de
la légalité (art. 5 al. 1 et 127 al. 1 Cst.), le principe de la bonne foi n'exerce
qu'une influence limitée dans ce domaine du droit administratif, surtout s'il
vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. ATF 142 II 182
consid. 2.2.2 p. 187; 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p.
316; arrêt 2C_1120/2015 du 26 avril 2017 consid. 6.3.2; 2C_334/2014 du 9
juillet 2015 consid. 2.5.3; cf. en outre Ernst Blumenstein/Peter Locher, System
des schweizerischen Steuerrechts, 7
ème
éd., Zurich 2016, p. 33; voir
toutefois les doutes chez certains auteurs: Yersin/Aubry Girardin, op. cit., n.
77 ad remarques préliminaires; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4
ème
éd., Bâle 2012, § 3 n. 73 p. 54s.).
Le
principe de la confiance s’applique également à la procédure de taxation, par
exemple dans le cadre d’arrangements fiscaux ou de traitements anticipés ("rulings";
v. not. ATF 141 I 161 consid. 3.1 p. 164; arrêt 2C_123/2014 du 30 septembre
2015
in
: RDAF 2015 II p. 567, consid. 7.1), dans le cas de non-respect
des délais en raison de renseignements inexacts (indication inexacte des voies
de droit; cf. ATF 138 I 49 consid. 8.3.2 p. 54;
131 I 153 consid.
4 p. 158;
124 I 255 consid. 1a/aa p.
258) ou lors d’une nouvelle évaluation des éléments imposables (arrêt 2C_596/2012
du 18 mars 2013 consid. 2.2; cf. Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker, op. cit., §
5 n. 23, réf. citées).
Toutefois, le contribuable ne peut bénéficier d'un
traitement dérogeant à la loi que si les conditions mentionnées ci-dessus - qui
doivent être interprétées de manière stricte - sont remplies de manière claire
et sans équivoque (arrêts 2C_603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 4; 2C_382/2007
du 23 novembre 2007 consid. 3; cf. ég. CDAP FI.2018.0110 du 2 avril
2019 consid. 6a/bb). Il reste que cette limitation n’a pas une grande
conséquence en pratique, car ce n’est que si les conditions précitées sont
clairement remplies que le contribuable pourra valablement se prévaloir du
principe de la confiance à l’égard des autorités fiscales (Yersin/Aubry
Girardin, loc. cit.). O
n doit même aller plus loin et se demander
s'il se justifie de faire une exception pour le domaine du droit fiscal, dans
la mesure où le principe de la bonne foi, s'il permet dans certains cas de
s'écarter de la solution résultant de l'application de la loi, ne pourra
précisément entrer en jeu qu'à titre exceptionnel, eu égard à des
considérations de justice et d'équité, elles aussi de rang constitutionnel (sur
le caractère exceptionnel de l'application du principe de la bonne foi, cf. Pierre
Moor/Alexandre Flückiger/Vincent Martenet, Droit administratif, vol. I, 3
ème
éd., Berne 2012, n° 6.4.1.2, p. 521, réf. citées; voir également Jacques-André
Reymond, La bonne foi de l'administration en droit fiscal,
in
: Mélanges
offerts à la Société suisse des juristes pour son Congrès 1991 à Genève, p.
367s.).
c) Au demeurant, il arrive parfois que
la dérogation, envisagée sur la base du principe précité, se heurte à un
intérêt public supérieur; dans cette hypothèse ce dernier l'emportera et
l'administré devra se contenter d'une indemnisation (ATF 101 Ia 328 consid. 6c
p. 331).
La violation du principe de la bonne foi peut, dans un tel cas,
notamment constituer un acte illicite au sens de la responsabilité étatique (TF
2C_597/2013 du 28 octobre 2013 consid. 5.1; 2C_502/2013 du 30 septembre 2013
consid. 2.1; 2A.511/2005 du 16 février 2009 consid. 5.5.2 et 5.5.3).
Cependant, l'intérêt public à appliquer la loi ou à percevoir des
impôts plus élevés ne saurait être suffisant à cet égard (Danielle Yersin,
L'égalité de traitement en droit fiscal,
in
: RDS 1992 II 238).
5.
La circulaire 12 de la CSI, du 27 novembre 2013, a
la teneur suivante au ch. 1 "Remarques préalables":
"Dans ses lettres-circulaires du 27
septembre 1996 sur les conséquences fiscales de la nouvelle LAMaI et du 20 mars
1998 sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi sur
l'assurance-maladie, l'Administration fédérale des contributions (AFC) a fixé
les effets de la nouvelle législation au plan fiscal. La présente circulaire
traite des conséquences de la LAMaI sur l'étendue de l'assujettissement et la
tenue des comptes à des fins fiscales par les caisses-maladie, ainsi que les
principes de répartition intercantonale qui leur sont applicables.
La présente circulaire remplace la circulaire
no 12 du 23 mars 2000.
La présente circulaire est en principe
applicable jusqu'à nouvel ordre aux exercices commerciaux bouclés durant
l'année civile 2013 ou ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales
antérieures encore ouvertes à la date de sa publication.
Dans la circulaire n° 12 du 23 mars 2000, les
questions de répartitions intercantonales étaient traitées par un renvoi aux
règles de répartition applicables aux sociétés d'assurances non-vie définies
dans la circulaire sur les répartitions intercantonales des bénéfices des
compagnies d'assurance (Circ CSI n° 23). L'expérience pratique en la matière a
toutefois montré qu'en raison des particularités de l'activité des assurances
maladie, une répartition intercantonale appropriée basée sur ces règles était
souvent impossible. Les principes en matière de répartition intrercantonale
exposés dans la présente circulaire se basent sur la jurisprudence du Tribunal
Fédéral, mais tiennent cependant compte des particularités du secteur de
l'assurance maladie."
On rappelle que
les
ordonnances administratives – dont font partie les circulaires des autorités
fiscales – s'adressent aux organes d'exécution. Elles sont destinées à assurer l'application
uniforme de certaines dispositions légales, en explicitant l'interprétation que
l'administration leur donne (ATF 142 II 113 consid. 9.1 p. 125 s.). Sans force
de loi, elles ne lient ni les administrés, ni les tribunaux ni même
l'administration (ATF 145 II 2 consid. 4.3 p. 6). Le juge peut en tenir compte
lorsqu'elles permettent une application correcte des normes légales dans un cas
concret, mais il doit s'en écarter lorsqu'elles posent des règles qui ne sont
pas conformes à l'ordre juridique (ATF
143 II 443 consid. 4.5.2 p. 450; 141
II 338 consid. 6.1 p. 346; 141
III 173 consid.
3.2.2.2 p. 183).
Quant aux circulaires
de la CSI, elles tendent à l'harmonisation fiscale entre les cantons en étant
censées correspondre à la pratique administrative en vigueur; elles ne
constituent pas du droit intercantonal (TF 2C_450/2013 du 5 décembre 2013
consid. 2.3; concernant la circulaire no 12, voir TF 2C_216/2014 du 15 décembre
2016 consid. 4.6). La CSI n'étant pas une autorité publique, mais une
association au sens des art. 60 ss CC, ses circulaires sont qualifiées de
quasi-ordonnances administratives; la jurisprudence du Tribunal fédéral tend à
leur reconnaître la même portée qu'aux ordonnances administratives (TF
2C_415/2017 du 2 juin 2017 consid. 2.2.4).
6.
a) En l'occurrence, la recourante se réfère à la nouvelle circulaire
n°12, adoptée le 27 novembre 2013 par la CSI, applicable notamment aux périodes
fiscales antérieures à 2013 "encore ouvertes" à la date de sa
publication. Elle fait valoir que tel était le cas en l'occurrence des périodes
2006 à 2010 "puisque des procédures étaient en cours dans le canton de
Genève et qu'aucune taxation définitive n'avait été prononcée".
La recourante expose que, pour tenir compte de la
nouvelle circulaire, elle a adapté les répartitions intercantonales 2006 à
2010. Les nouvelles répartitions ont été soumises aux administrations fiscales
valaisanne et genevoise. Le 13 juin 2014, l'AFC-GE a accepté les propositions,
après quelques ajustements. Par décisions du 25 juillet 2014, le SCC-VS a
"rectifié" les décisions de taxation des périodes 2006 à 2010.
L'administration fiscale vaudoise n'a pas contesté ces décisions rendues par le
canton du siège, comme elle pouvait le faire selon la circulaire no 16 de la
CSI. Dans ces conditions, l'autorité intimée était selon la recourante tenue de
réviser ses décisions, conformément à l'OLHID, ce qu'elle a refusé de faire. Du
fait de ce refus, la recourante se trouve doublement imposée dans les cantons
de Vaud et du Valais, à concurrence de 1'204'756 fr.20, montant dont elle s'est
acquittée à la suite des nouvelles décisions de taxation rendues par le SCC-VS.
Dans cette mesure, la recourante se plaint de violation de l’interdiction de la
double imposition intercantonale.
Dans sa réplique, la recourante invoque, à la suite
du SCC-VS dans sa détermination du 21 septembre 2018, le principe de la
protection de la bonne foi. Elle se prévaut des indications contenues dans les
décisions de taxation (cf. let. B ci-dessus). Elle fait valoir que, dans ces
conditions, l'autorité intimée était tenue de rectifier ses décisions de
taxation à la suite des nouveaux prononcés du canton du siège du 25 juillet
2014. La recourante relève en outre que les membres de la CSI – dont le canton
de Vaud – savaient que la circulaire no 12 était en cours de révision, après
que certains cantons aient contesté les modalités de répartition proposées par
le canton du siège. L'issue de la procédure de révision de la circulaire étant
de nature à influer sur l'ensemble des décisions de taxation des cantons
concernés, celles-ci n'avaient pu entrer en force, sous peine de violer le
principe de l’interdiction de la double imposition intercantonale.
b) Dans sa détermination du 20 janvier 2020 (cf.
let. G ci-dessus), l'autorité intimée admet que les périodes fiscales qui
faisaient l'objet (depuis le 17 octobre 2013, date de dépôt du recours) de la
procédure de recours devant la Cour de justice du canton de Genève, n'étaient
pas entrées en force à la date de la publication de la circulaire 12 de la CSI (27
novembre 2013), de sorte qu'il conviendrait de les rectifier. Les taxations
relatives aux autres périodes seraient en revanche entrées en force et ne
pourraient être révisées, les conditions de la révision n'étant pas réalisées.
c) Le Tribunal, qui applique le droit d’office (art.
41 LPA-VD), n’est pas lié par les conclusions des parties (art. 89 al. 1 et 99
LPA-VD).
7.
La recourante demande en substance que l'autorité intimée
"adapte" les décisions de taxation de l’impôt cantonal et communal
sur le bénéfice et le capital des fondations précitées, mentionnées aux
chiffres 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18 et 20 sous lettre B ci-dessus, à celles
rendues par le SCC-VS le 25 juillet 2014, afin d'éviter une double imposition.
Les modalités d'"adaptation" ou de modification de ces taxations
dépend du point de savoir si elles sont entrées en force ou non, ce qu'il y a
lieu d'examiner.
a) Au préalable, on rappelle que, dès l’instant où
une décision fiscale n’est plus susceptible d’être attaquée par un moyen de
droit ordinaire, elle entre en force. On distingue la force formelle ("
formelle
Rechtskraft
") et la force matérielle ("
materielle Rechtskraft
")
de chose jugée (ou décidée). La première signifie que la décision est
définitive, ne pouvant plus être contestée. La seconde se rapporte à la
stabilité du contenu de la décision (
"Rechtsbeständigkeit"
),
laquelle lie aussi bien le contribuable que les autorités fiscales et cela – en
vertu du principe de la sécurité juridique – indépendamment du point de savoir
si elle est matériellement fondée ou non (
Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker, op. cit., § 26, n. 3; voir aussi
Xavier
Oberson, Les types de taxation, in: Les procédures en droit fiscal, 3
ème
éd., OREF [éd.], Berne 2015, p. 808; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann,
Allgemeines Verwaltungsrecht, 7
ème
éd., Zurich/St-Gall 2016, n. 1093
ss, p. 239 s. et n. 1224 ss, p. 264 ss; Thierry Tanquerel, Manuel de droit
administratif, 2
ème
éd., Genève/Zurich/Bâle 2018, n. 867s. p. 308 et
n. 937s. pp. 330/331).
b) aa) Dans le système instauré par les art. 39 al.
2 LHID et 2 OLHID, le canton du siège ou de l’administration effective a un rôle
de leader ou de coordinateur. Selon la circulaire 16 de la CSI, il établit sa
taxation et, à l’attention des autres cantons, une proposition de répartition
intercantonale.  Si  les  cantons  sont  en  désaccord  avec  la  méthode de
répartition du canton du siège ou de l’administration effective, ils en
aviseront les autorités de taxation de ce canton.
Cela
étant, le canton du domicile accessoire n'est lié ni par la taxation du canton
du siège ou de l'administration effective, ni par les critères de répartition
retenus par ce dernier (cf. arrêt du Tribunal administratif du canton de Zurich
SB.2015.0021 précité consid. 3.4). La circulaire 16 de la CSI prévoit certes
que les cantons se concertent au sujet de la méthode de répartition, mais
ajoute qu'un conflit sur ce point est tranché en dernier ressort par le
Tribunal fédéral. On rappelle à cet égard que, dans le cadre d'un recours en
matière de droit public au Tribunal fédéral pour violation de l'interdiction de
la double imposition, il est possible de remettre en cause les décisions des
autres cantons, même si celles-ci sont entrées en force (cf. consid. 3b
ci-dessus).
Par ailleurs, la circulaire 16, qui ne constitue pas
du droit intercantonal, ne saurait créer à la charge des cantons des obligations
à proprement parler (cf. Margraf, Rulings, op. cit., p. 204). C'est ainsi que,
selon la jurisprudence, le canton où le contribuable est assujetti de manière
limitée n'est pas tenu d'attendre la taxation par le canton du siège. S'il
statue
avant que le canton du
domicile fiscal principal ait rendu sa propre décision de taxation, il ne peut
procéder à un rappel d'impôt dans le cas où le prononcé du canton du siège
ferait ultérieurement apparaître une sous-imposition qu'à la condition d'avoir
procédé sur une base provisoire, en réservant la taxation par ce dernier canton.
A défaut d'une telle réserve, le canton du domicile accessoire ne peut revenir
sur sa taxation, car le prononcé rendu ultérieurement par le canton du siège ne
constitue pas un motif de rappel d'impôt (cf. consid. 2b et 3c/cc ci-dessus). Cette
jurisprudence repose sur la prémisse que la décision de taxation du canton du
domicile accessoire est entrée en force dans l'intervalle et cela indépendamment
du prononcé du canton du siège (voir, dans le même sens, arrêt du Tribunal
administratif du canton de Zurich SB.2015.0021 précité consid. 3.3). D'ailleurs,
si tel n'était pas le cas,
il ne ferait guère de sens d’instituer
à cet égard, comme certains cantons l’ont fait et comme une partie de la
doctrine le préconise (cf. supra consid. 3c/bb), une voie de droit
extraordinaire,
sui generis
, permettant la révision des décisions
définitives, pour modifier celles-ci une fois qu’elles se révèlent
constitutives d’une double imposition intercantonale prohibée.
Il
s'ensuit, dans le cas particulier, que les décisions de l'OIPM sont en principe
entrées en force indépendamment des prononcés du canton du Valais (canton du
siège ou de l'administration effective) et,
a fortiori
, de ceux du
canton de Genève (canton du domicile accessoire).
bb) Il
est vrai que certaines de ces décisions (mais pas toutes: procès-verbal
d'audience, p. 1) contiennent la réserve mentionnée plus haut (let. B), dont la
recourante se prévaut au titre de la protection de la bonne foi. Cette réserve était
dans la plupart des cas formulée ainsi:
«Sans changement.
Taxation sur la base des éléments déclarés. En cas de modification ultérieure
de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle décision pourra être
rendue.»
La
comparaison des dates des décisions du SCC-VS et de l'OIPM permet de constater
que, d
ans huit cas, le fisc vaudois a statué avant que son
homologue valaisan ne procède à la taxation (à savoir, pour A.________, les 18
septembre 2009 [période 2008] et 22 septembre 2011 [2009]; pour D.________, les
7 décembre 2009 [2008] et 5 juillet 2011 [2009]; pour E.________, les 24 avril
2008 [2006] et 22 septembre 2011 [2009]; pour H.________, les 2 septembre 2010
[2008] et 13 décembre 2010 [2009]). Ces décisions correspondent (seulement) en
partie à celles qui comportent la réserve évoquée plus haut.
Quoi qu'il en soit, la réserve en question signifie
que la taxation avait été effectuée sur la base des éléments déclarés par le
contribuable et que, pour le cas où la taxation par le canton du siège ferait
apparaître d'autres éléments que ceux déclarés, l'autorité fiscale se réservait
de rendre une nouvelle décision tenant compte de ces nouveaux éléments. Comme
l'autorité intimée l'a indiqué en audience, il s'agissait en définitive de
réserver un rappel d'impôt sur la base de nouveaux éléments établis par le
canton du siège. L'autorité intimée a ajouté que cette réserve n'était pas
nécessaire – le rappel d'impôt étant prévu par la loi – et qu'entre-temps elle
avait modifié sa pratique en ne faisant plus figurer cette indication sur les
bordereaux de taxation.
La réserve en question ne saurait être interprétée,
comme le voudrait la recourante, en ce sens que l'autorité fiscale vaudoise se
serait engagée – en vue d'éviter une double imposition – à adapter sa taxation
pour le cas où le canton du siège ou de l'administration effective aurait
modifié ultérieurement les bases de la répartition intercantonale. En dehors du
texte de la réserve, la recourante n'allègue aucune circonstance liée par
exemple au comportement de l'autorité intimée qui accréditerait sa thèse.
A cela s’ajoute que la recourante n’a pas allégué et
encore moins démontré avoir pris, en se fiant à la réserve en question, des
dispositions auxquelles elle ne saurait renoncer sans subir de préjudice. La recourante
ne peut pas raisonnablement soutenir que c'est au vu de ce prétendu engagement
qu'aucune des neuf fondations n’a formé de réclamation à l’encontre des
décisions de taxation les concernant et que la recourante, lorsqu’elle leur a
succédé, n’a pas contesté les nouvelles décisions des autorités fiscales
valaisannes, après que celles-ci ont modifié en faveur du canton du siège ou de
l'administration effective la répartition des bénéfices et du capital
imposables des fondations.
Au vu de ce qui précède, il convient de retenir que les
décisions de taxation de l’impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le
capital des fondations précitées, mentionnées aux chiffres 4, 6, 8, 10, 12, 14,
16, 18 et 20 sous lettre B ci-dessus, sont entrées en force, nonobstant la
réserve figurant sur certaines d'entre elles, et cela indépendamment des
taxations par les cantons du Valais et de Genève.
Il s'ensuit que les décisions en question ne
pouvaient être modifiées en faveur de la recourante qu'aux conditions de la révision
(art. 51 LHID, art. 203 ss LI). Or, il est constant que le prononcé ultérieur
d'une décision de taxation par un autre canton ne représente pas en tant que
tel un motif de révision, s'agissant d'un véritable fait nouveau, postérieur à
la décision entrée en force qu'il est question de réviser. Les conditions de la
révision prévues par ces dispositions ne sont donc pas réunies.
Par ailleurs, dans un arrêt récent, la Cour de céans
a retenu que l'existence d'une possible situation de double imposition ne constitue
pas un motif de révision
sui generis
, au-delà de ceux prévus par les
dispositions précitées (FI.2018.0216 du 9 mai 2019 consid. 2b). Le Tribunal
fédéral a pour sa part relevé que les lois fiscales connaissent en principe un
numerus clausus des motifs permettant de revenir sur une décision ou un arrêt
entré en force (ATF 143 II 646 consid. 3.1 p. 655; 142 II 433 consid. 3.1 p.
437; voir aussi
Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker,
op. cit., § 26 n. 80 et les arrêts cités
).
Dans ces conditions, l'autorité intimée n'était pas
tenue de réviser les décisions en cause à la suite des nouvelles décisions du
SCC-VS du 25 juillet 2014. La décision attaquée doit partant être confirmée. La
question de savoir si c'est à bon droit que l'autorité fiscale valaisanne a "rectifié"
ses décisions de taxation antérieures en appliquant la circulaire no 12 du 27
novembre 2013 – laquelle a modifié les critères de répartition intercantonale à
l'avantage du canton du siège ou de l'administration effective – peut demeurer
indécise. On peut toutefois relever qu'il est douteux que les périodes fiscales
2006 à 2010 aient été "encore ouvertes", au sens du ch. 1 de la
nouvelle circulaire 12, dans le canton du Valais le 27 novembre 2013, date de
la publication de cette dernière. En effet, à cette date, toutes les périodes
fiscales en cause avaient fait l'objet de décisions de taxation du SCC-VS,
lesquelles étaient entrées en force, puisqu'elles n'avaient pas été contestées
et qu'au demeurant leur entrée en force ne dépendait pas du sort des procédures
dans le canton de Genève, où les périodes en question étaient encore ouvertes.
On ne saurait dire par conséquent que les nouvelles décisions rendues par le
canton du Valais étaient manifestement bien fondées, ce qui aurait été de
nature à inciter le canton de Vaud à adapter ses propres décisions.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal à rejeter le
recours et à confirmer la décision attaquée.
Vu l’issue du recours, les frais seront mis à la
charge de la recourante, qui succombe (cf. art. 49 al. 1, 52 al. 1, 91 et 99
LPA-VD). L’allocation de dépens n’entre pas en ligne de compte (cf. art. 55 al.
1, 91 et 99 LPA-VD).
Par
ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:
I.
Le recours est rejeté.
II.
La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts, du
9 juillet 2018, est confirmée.
III.
Les frais d’arrêt, par 15'000 (quinze mille) francs, sont mis à la
charge de A.________.
IV.
Il n’est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 9 avril 2020
Le
président:                                                                                             Le
greffier:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de
l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa
notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000
Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des
articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS
173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss
LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,
indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.
Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.
Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,
pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la
décision attaquée.