vd_omni · FI.2014.0043 · 2015-12-18 · fr

X.________ SA/Administration cantonale des impôts, Administration fédérale des contributions, Secretariat d'Etat à l'économie SECO | L'autorité cantonale compétente pour accorder une exonération de l'impôt cantonal et communal ne l'est pas pour l'exonération de l'impôt fédéral direct, et cela tant au regard de l'ancien droit que du nouveau. Une décision cantonale octroyant une exonération de l'impôt fédéral direct est en principe nulle. En outre, seule une exonération fiscale accordée conformément à la loi peut créer des droits acquis en faveur du contribuable.

Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 18.12.2015 FI.2014.0043

TRIBUNAL CANTONAL
COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 18 décembre 2015
Composition
M. Robert Zimmermann,
président
;
Mme
Isabelle Guisan et            M. Guillaume Vianin, juges.
Recourante
X.________ SA,
à 1********, représentée par Me Olivier Thévoz, avocat à Lausanne,
Autorité intimée
Administration
cantonale des impôts,
à Lausanne,
Autorités concernées
1.
Administration
fédérale des contributions,
Division
principale DAT,
à Bern,
2.
Secrétariat d'Etat
à l'économie SECO,
Dir. de la promotion
économique,
à
Bern,
Objet
Recours X.________ SA c/ décision sur
réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 5 mars 2014
Vu les faits suivants
A.
La société X.________ S.A. (ci-après: X.________)
a été inscrite au Registre du commerce le 6 octobre 1986. Elle a pour but la conception, le développement, la fabrication et la commercialisation de
produits dans le domaine de la mécanique, de l’électronique, de la robotique et
du traitement de l’eau, ainsi que la production de circuits intégrés. Initialement,
la société (dénommée Y.________ S.A., puis Z.________ S.A.) avait son siège à 2********,
dans le canton de Neuchâtel. En 2009, la société a adopté son actuelle raison
sociale et transféré son siège à 1********, lieu où  l’administration et la
production avaient déjà été déplacées en 2007. Le capital-actions, de 204'000
fr., est détenu par le groupe indien A.________ (à raison de 69,75%), ainsi que
par AB.________ et BB.________ (à raison de 30,25%). X.________ s’est
spécialisée dans la fabrication de tuyaux d’irrigation, selon un système de
goutte à goutte permettant d’économiser de grandes quantités d’eau et de
fertilisant. X.________ détient des brevets dans ce domaine.
B.
Le 31 octobre 2002, X.________ (alors dénommée Y.________ S.A.) a, sous les signatures de BB.________ et de C.________,
président, demandé aux autorités du canton de Neuchâtel une
«aide au
développement sur 5 ans, au moyen d’un financement avec prise en charge des
intérêts (…) en échange de la création de nombreux emplois, en plus de la
sous-traitance découlant de l’activité mécanique»
. Le 19 février 2003, le Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel a accordé à Y.________
S.A. les soutiens suivants, pour l’installation de son unité de production à 2********:
un cautionnement fédéral et cantonal pour le financement du projet; un subside
par emploi créé; une exonération totale de l’impôt sur le bénéfice, au niveau
communal, cantonal et fédéral, pour une période de dix ans à compter de l’année
du début de l’exploitation et les neuf années suivantes pour les nouvelles
activités. Pour les périodes fiscales allant de 2002 à 2006, X.________ n’a
payé aucun impôt fédéral direct sur le bénéfice.
C.
Le 24 mars 2009, X.________ a demandé au Service cantonal des contributions du canton de Neuchâtel d’admettre le transfert
du siège fiscal de la société et des conditions d’exonération octroyées, du
canton de Neuchâtel au canton de Vaud, dès le 1
er
janvier 2008. Le 26 mai 2009, le Service cantonal a donné son «bon pour accord»
D.
Le 16 décembre 2009, X.________ a demandé à l’Administration cantonale des impôts (ci-après : l’ACI) la reprise de
l’exonération accordée en 2003 par les autorités neuchâteloises. Elle a formulé
sa requête de la manière suivante:
« …
-
octroyer à X.________ une exonération complète
des impôts cantonal et communal sur le bénéfice pour une durée de 9 (neuf) ans
à compter de l’exercice commercial qui a clôturé au 31 décembre 2008 («période d’exonération») et
-
octroyer à X.________ une exonération partielle
(50%) de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice pour une période de 9 (neuf)
ans à compter de l’exercice commercial qui a clôturé au 31 décembre 2008».
E.
Le 3 novembre 2010, le Chef du Département des finances et des relations extérieures du canton de Vaud a accordé à X.________,
en application de l’art. 91 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI, RSV 642.11), une exonération totale du bénéfice net et du capital
imposable, relativement aux impôts cantonaux, pour une période de huit ans, à
compter du 1
er
janvier 2008.
F.
Le 30 novembre 2010, X.________ a demandé au Secrétariat d’Etat à l’économie (ci-après: le SECO) la reprise de l’exonération de
l’impôt fédéral direct, accordée selon la décision du 19 février 2003. Le 6 décembre 2010, le SECO a rejeté cette demande. Il a retenu que la Confédération n’avait pas donné son accord à l’allègement de l’impôt fédéral direct, comme
faussement indiqué dans la décision du 19 février 2003.
G.
Le 17 janvier 2012, l’Office d’impôt des personnes morales (ci-après: l’Office d’impôt) a rendu les décisions de taxation de
X.________ pour les périodes 2008 et 2009. Pour la période 2008, le bénéfice a
été considéré comme nul. Quant au capital imposable, de 204'000 fr., il a été
exonéré de tout impôt, conformément à la décision du 3 novembre 2010. Pour la période 2009, l’Office d’impôt a arrêté le bénéfice imposable à 1'378'700 fr.
et le capital imposable à 1'532'000 fr. Aucun impôt cantonal et communal n’a
été perçu, conformément à la décision du 3 novembre 2010. Le montant dû au titre de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice a été fixé à 117'189,50 fr.
Le 16 février 2012, X.________ a élevé une réclamation contre les décisions du 17 janvier 2012, dont elle a demandé l’annulation. Pour les périodes 2008 et 2009, elle a
conclu principalement à ce que l’impôt fédéral direct sur le bénéfice soit fixé
à zéro franc. Subsidiairement, elle a demandé que le montant de cet impôt soit
réduit de 50%, pour les périodes 2008 et 2009. Le 5 mars 2014, l’ACI a rejeté la réclamation et confirmé les décisions de taxation, faute pour X.________ de
pouvoir se prévaloir d’une décision d’exonération de l’impôt fédéral direct,
rendue par une autorité fédérale compétente.
H.
X.________ a recouru. Elle a conclu
principalement à l’admission du recours (I); à l’exonération de l’impôt fédéral
direct, pour les périodes 2008 à 2011 (II), à la réforme de la décision du 5 mars 2014 en ce sens que l’impôt fédéral direct dû pour la période 2008 est fixé à zéro
(III), ainsi que pour la période 2009 (IV). A titre subsidiaire, la recourante a
conclu à l’admission du recours (V); à l’exonération de l’impôt fédéral direct,
pour les périodes 2008 à 2011 (VI); à l’annulation de la décision du 5 mars 2014, avec renvoi de la cause à l’ACI pour nouvelle décision dans le sens des
considérants (VII). L’ACI propose le rejet du recours. Le SECO a produit des
déterminations allant dans le même sens. Dans le cadre d’un second échange
d’écritures, les parties ont maintenu leurs conclusions. La recourante s’est
encore déterminée le 25 août 2014.
I.
Le 11 novembre 2014, le juge instructeur a
demandé au Département de l’économie et des affaires sociales du canton de
Neuchâtel la production du dossier relatif à la procédure d’exonération
accordée le 19 février 2003. Le 7 juillet 2015, le Département a transmis son
dossier. Les parties ont eu l’occasion de se déterminer à ce sujet, dans le
cadre d’un double échange d’écritures. Elles ont maintenu leurs conclusions.
J.
Le Tribunal a délibéré à huis clos.
Considérant en droit
1.
a) L’objet du litige est défini par trois
éléments: la décision attaquée, les conclusions du recours et les motifs de
celui-ci. Selon le principe de l’unité de la procédure, ne peuvent être
examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels
l’autorité administrative s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la
lie sous forme de décision. L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité
de recours, mais pas étendu, ni modifié (ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365;
136 II 457 consid. 4.2 p. 462/463). Le juge  n’entre pas en matière sur des
conclusions qui vont au-delà de l’objet du litige qui lui est soumis (ATF 134 V
418 consid. 5.2.1 p. 426; 125 V 413 consid. 1a p. 414, et les références
citées).
b) La décision attaquée porte sur
la taxation de la recourante pour les périodes 2008 et 2009. Toutefois, seul
est disputé le sort de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice, dû pour la période
2009. La recourante soutient qu’elle serait exonérée de cet impôt,
contrairement à ce qu’a retenu l’ACI, dont la position est soutenue par le
SECO. Cette question forme l’unique objet du litige. Sortent de ce cadre les
conclusions principale (III) et subsidiaire (VI) du recours, tendant à ce que
l’impôt fédéral direct sur le bénéfice soit fixé à zéro pour la période 2008,
puisque l’Office d’impôt a considéré comme nul le bénéfice réalisé par la
recourante durant cette période. De même, sont exorbitantes du litige les
conclusions principale (II) et subsidiaire (VI) du recours, tendant à la
constatation que le bénéfice réalisé par la recourante en 2010 et 2011 est
exonéré de l’impôt fédéral direct. Dans la décision attaquée, l’ACI n’a pas
statué sur ce point. Elle n’avait pas à le faire, au demeurant: les décisions
de taxation du 17 janvier 2012, ainsi que la réclamation du 16 février 2012,
concernent exclusivement les périodes 2008 et 2009. Le recours n’est recevable
qu’en tant qu’il vise l’allègement de l’impôt fédéral direct pour la période
fiscale 2009.
2.
La recourante a demandé la suspension de la
cause jusqu’à ce que le SECO se prononce sur l’exonération qu’elle revendique.
a) L’autorité peut, d’office ou sur
requête, suspendre la procédure pour de justes motifs, notamment lorsque la
décision à prendre dépend de l’issue d’une autre procédure ou pourrait s’en
trouver influencée d’une manière déterminante (art. 25 de la loi du 28 octobre
2008 sur la procédure administrative – LPA-VD, RSV 173.36).
b) Dans la présente procédure, le
SECO s’est déterminé au sujet de la portée de l’exonération accordée à la
recourante le 19 février 2003. Il a indiqué ne pas être saisi, en l’état, d’une
demande d’allègement de l’impôt fédéral direct pour la période fiscale litigieuse.
De toute manière, selon le SECO, une demande présentée en 2015 pour un tel
allègement serait irrecevable, au regard du principe selon lequel les demandes
d’allègements de l’impôt fédéral direct sont examinées au regard du droit en
vigueur au moment du dépôt de la demande (cf. art. 36 let. a de la loi fédérale
du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités, RS 616.1). La
recourante ne contredit pas le SECO sur ces deux points.
c) Dès lors que le SECO n’est pas
saisi d’une demande ayant trait au litige soumis à la Cour (et ne pourrait l’être, selon le SECO), il n’y a pas lieu de suspendre la présente cause.
3.
A l’appui de sa réplique du 21 juillet 2014, la
recourante a invité le Tribunal à ordonner la production, par les autorités
neuchâteloises, du dossier complet qui a conduit au prononcé de la décision du
19 février 2003. Cela a été fait, et les pièces produites. Les parties ont eu
l’occasion de se déterminer à ce propos. La demande a dès lors perdu son objet.
4.
Les parties sont divisées sur la validité de la
décision du 19 février 2003, dont se prévaut la recourante. Pour l’ACI et le
SECO, le Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel ne pouvait
exonérer la recourante de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice, sans l’accord
exprès de l’autorité fédérale compétente en la matière. La recourante conteste
cette appréciation: l’éventuelle nullité de la décision du 19 février 2003 (pour
ce qui concerne lallègement de l’impôt fédéral direct) ne lui serait pas opposable.
a) Une décision entachée de nullité
est absolument inefficace; elle  ne produit aucun effet juridique. L
es
actes de l’administration sont nuls lorsque les défauts qui les affectent sont
particulièrement graves, qu’ils sont évidents ou aisément reconnaissables et que
la prise en compte de la nullité ne compromet pas sérieusement la sécurité du
droit. La nullité est l’exception; elle vise en premier lieu l’incompétence
fonctionnelle ou matérielle de l’autorité qui a décidé, ainsi que les
grossières erreurs de procédure (ATF 139 II 243 consid. 11.2 p. 260; 138 III 49
consid. 4.4.3 p. 56; 138 II 501 consid. 3.1 p. 503/504; 137 I 273 consid. 3.1
p. 275; 133 II 366 consid. 3.2 p. 367). L’incompétence fonctionnelle et
matérielle, comme vice particulièrement grave, entraîne la nullité de la
décision, à moins que l’autorité ne disposât, dans le domaine concerné, d’un
pouvoir de décision général ou que la constatation de la nullité ne mette
sérieusement en cause la sécurité du droit. La nullité d’une décision doit être
prise en compte d’office et par toute autorité chargée d’appliquer le droit;
elle peut aussi être constatée dans la procédure de recours ou d’exécution (ATF
139 II 243 consid. 11.2 p. 260; 138 II 501 consid. 3.1 p. 503/504; 136 II 415
consid. 1.2 p. 417; 133 II 366 consid. 3.1 p. 367, et les références citées;
ATAF 2008/59 consid. 4.2; cf., en dernier lieu, arrêts AC.2014.0301 du 16 mars
2015, consid. 2d/bb; AC.2014.0112 du 16 mars 2015, consid. 3d, et les arrêts
cités). La constatation de la nullité de la décision produit un effet ex tunc:
la décision nulle est censée n’avoir jamais existé (Pierre Moor/Etienne Poltier,
Droit administratif, vol. II, 3
ème
éd., Berne, 2011, p. 364; Thierry
Tanquerel, Manuel de droit administratif, Genève/Zurich/Bâle, 2011, n°909). A notamment
été reconnue la nullité de décisions prises par des autorités administratives
fédérales incompétentes pour statuer dans le cas d’espèce, parce qu’elles
avaient agi soit à la place d’une autorité étrangère (ATF 136 II 489), soit
dans un domaine qui leur échappait à raison de la matière (ATAF 2008/59). De
même, sont nulles les décisions prises par une autorité cantonale qui usurpe la
compétence matérielle ou fonctionnelle d’une autorité fédérale (Décision de la Commission fédérale de recours en matière de marchés publics, du 4 mars 2003, reproduit
in
:
RDAF 2003 I p. 647ss, consid. 6 p. 677ss; ATF 1P.38/2000 du 23 mai 2000,
consid. 2, reproduit
in
: RDAF 2000 I p. 446; décision du Département
fédéral de justice et police du 10 février 1988, reproduit
in
: JAAC
53.49).
b) A l’époque où a été rendue la
décision du 19 février 2003, la matière était régie par l’arrêté fédéral du 6
octobre 1995 en faveur des zones économiques en redéploiement (arrêté dit
Bonny, du nom de son inspirateur; AZER; RO 1996 p. 1918; ancien RS 951.93),
complété par l’ordonnance fédérale du 10 juin 1996 sur l’aide en faveur des
zones économiques en redéploiement (OAZER; RO 1996 p. 1922; ancien RS
951.931). L’AZER a été abrogé à la suite de l’entrée en vigueur, le 1
er
janvier 2008, de la loi fédérale du 6 octobre 2006 sur la politique régionale
(LPR; RS 901.0; cf. Annexe à la LPR, mis en relation avec l’art. 24 de cette
loi), complétée notamment par l’ordonnance fédérale concernant l’octroi
d’allègements fiscaux en application de la politique régionale, du 38 novembre
2007 (ci-après: l’ordonnance; RS 901.022). Il en est allé de même,
implicitement, de l’OAZER.
aa) Dans son état au 14 août 2001,
l’AZER prévoyait que la Confédération pouvait encourager la réalisation de projets de l’économie privée, visant à créer et réorienter des emplois dans les zones
économiques en redéploiement, en accordant des cautionnements, des
contributions au service de l’intérêt et des allègements fiscaux (art. 1 al. 1
AZER). Le canton de Neuchâtel constituait à l’époque une zone économique en
redéploiement. L’art. 6 AZER, consacré aux allègements fiscaux, avait la teneur
suivante:
«1. Une entreprise peut bénéficier d’un
allègement de l’impôt fédéral direct lorsque le canton dans lequel le projet
est réalisé lui accorde aussi des allègements fiscaux.
2. Les allègements fiscaux accordés par la Confédération ne peuvent excéder, quant à leurs modalités, leur importance et leur durée,
ceux que le canton accorde à l’entreprise.
3. La Confédération n’octroie des allègements fiscaux qu’en proportion de l’importance du projet
pour l’économie régionale, même si le canton accorde des allègements fiscaux
plus importants».
Quant à l’art. 7 AZER, régissant la
compétence et la procédure en matière de cautionnements, de contributions au
service de l’intérêt et d’allègements fiscaux, il était libellé comme suit:
«1. Les demandes de cautionnements, de
contributions au service de l’intérêt et d’allègements fiscaux doivent être
adressées à l’autorité compétente du canton dans lequel le projet sera réalisé.
2. Tous les documents nécessaires doivent
être joints à la demande, en particulier, dans le cas d’une demande de
cautionnement, l’accord de la banque qui octroie le crédit et l’appréciation
qu’elle porte sur le projet et ses promoteurs.
3. Le canton décide de sa participation à la
couverture des risques sur cautionnement et au service de l’intérêt ainsi que
de l’octroi d’allègements fiscaux au niveau cantonal. Il transmet la demande
accompagnée de ses décisions et propositions à l’office compétent.
4. L’office compétent examine les demandes
et les transmet au département compétent, lequel statue sur l’octroi de
cautionnements et de contributions au service de l’intérêt et prend une
décision de principe sur l’octroi et l’importance des allègements fiscaux en
matière d’impôt fédéral direct.
5. L’autorité cantonale qui procède à la
taxation de l’entreprise statue sur l’octroi des allègements en matière d’impôt
fédéral direct en se conformant à la décision prise par le département.
6. Lorsque les décisions faisant suite à la
demande de cautionnement et de contributions au service de l’intérêt sont
entrée en force, l’office compétent conclut, au nom de la Confédération, les contrats de droit public correspondants, auxquels s’appliquent à titre
supplétif les dispositions pertinentes du droit privé».
Si le canton approuvait la requête,
en tout ou partie, il transmettait son dossier complet au SECO, en y joignant
ses décisions et propositions (art. 7 OAZER).
L’art. 8 AZER prévoyait que les
décisions du département pouvaient faire l’objet d’un recours devant la Commission des recours du Département fédéral de l’économie (DFE), dans la mesure où la voie
du recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral était ouverte. Avec
l’entrée en vigueur, le 1
er
janvier 2007, de la loi fédérale sur le
Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32), le Tribunal administratif
fédéral a été désigné comme le tribunal administratif ordinaire de la Confédération (art. 1 al. 1 LTAF), compétent pour connaître notamment des recours contre les
décisions au sens de l’art. 5 PA (art. 31 LTAF). L’art. 8 AZER a été abrogé
(cf. art. 49 al. 1 LTAF; ch. 144 de l’annexe à cette disposition, RO 2006 p.
2212ss, 2285), partant la Commission de recours du DFE  supprimée.
bb) Sous l’empire de l’AZER, les
cantons et la Confédération pouvaient accorder des allègements fiscaux aux
entreprises. Un allègement de l’impôt fédéral direct présupposait un allègement
préalable des impôts cantonaux (art. 6 al. 1, 7 al. 3 et 7 al. 5 AZER).
L’allègement de l’impôt fédéral direct ne pouvait excéder l’allègement de
l’impôt cantonal (art. 6 al. 2 et 3 AZER). Les demandes étaient adressées à
l’autorité cantonale compétente, qui décidait notamment de l’octroi
d’allègements pour les impôts cantonaux (art. 7 al. 1, 2 et 3 al. 1, première
phrase, AZER). Cette autorité transmettait à l’office fédéral compétent la
demande d’allègement, accompagnée de sa décision et de ses propositions (art. 7
al. 3, deuxième phrase AZER). Sa décision au sens de cette disposition portait
sur l’allègement des impôts cantonaux, ses propositions sur l’allègement de
l’impôt fédéral direct. L’office fédéral examinait la demande et la
transmettait au département fédéral compétent, lequel rendait une «décision de
principe» sur l’octroi et l’importance des allègements de l’impôt fédéral
direct (art. 7 al. 4 AZER). L’autorité cantonale de taxation statuait sur
l’allègement de l’impôt fédéral direct en se conformant à la décision prise par
le département (art. 7 al. 5 AZER). Le système était le suivant: le canton
décidait de l’octroi des allègements des impôts cantonaux (et communaux), la Confédération de l’octroi des allègements de l’impôt fédéral direct. Cela ressort en
particulier du fait que l’AZER évoque les allègements
accordés
par la Confédération (art. 6 al. 2 AZER). Les demandes d’allègements (portant aussi bien sur les
impôts cantonaux que sur l’impôt fédéral direct) étaient traitées
prioritairement par l’autorité cantonale compétente, qui les examinait, puis
décidait de l’octroi de l’allègement des impôts cantonaux. L’autorité cantonale
transmettait ensuite le dossier, comprenant la demande, la décision cantonale
d’allègement et une proposition d’allègement de l’impôt fédéral direct, à
l’office fédéral compétent. Ce traitement en deux phases (la cantonale, puis la
fédérale) découle de l’art. 7 al. 3 AZER. Dans la deuxième phase, le
département fédéral statuait sur l’allègement de l’impôt fédéral direct, sous
la forme d’une décision, que l’art. 7 al. 4 AZER désignait comme une décision
de principe, alors que l’art. 7 al. 5 AZER évoque la décision du département
fédéral, à laquelle l’autorité cantonale de taxation devait se conformer. Cela
signifie que la décision d’allègement de l’impôt fédéral direct était prise par
le département fédéral et liait l’autorité cantonale, pour ce qui concerne
l’allègement de cet impôt. D’un point de vue formel, la décision de principe de
l’autorité fédérale n’était pas notifiée séparément, soit par l’autorité
fédérale, soit par l’autorité cantonale; elle était en quelque sorte englobée
dans la décision rendue par l’autorité cantonale de taxation (cf. art. 7 al. 5
AZER).
Au regard du système de l’AZER, ne
peut être partagée la conception, défendue par la recourante, selon laquelle l’autorité
cantonale était compétente pour décider seule de l’allègement de l’impôt
fédéral direct, et que la Confédération n’avait aucune compétence décisionnelle dans ce domaine. C’est le contraire qui est vrai.
cc) La procédure d’octroi des
allègements d’impôts régie par la LPR diffère de celle de l’AZER, qu’elle a
remplacée. Le canton décide en premier de l’octroi d’allègements des impôts
cantonaux (art. 19 al. 1, première phrase, LPR, mis en relation avec l’art. 12
al. 1 de la même loi; art. 7 et 8 de l’ordonnance). Il transmet la demande,
accompagnée de ses décisions et propositions au SECO (art. 19 al. 1, deuxième
phrase, LPR; art. 8 de l’ordonnance). Le SECO examine les demandes et les
transmet au Département fédéral de l’économie, de la formation et de la
recherche (DEFR), lequel statue sur l’octroi et l’ampleur des allègements de
l’impôt fédéral direct (art. 19 al. 2 LPR; art. 9 de l’ordonnance). L’art. 19
al. 3 LPR précise que «les allègements de l’impôt fédéral direct sont notifiés
par l’autorité cantonale compétente en fonction de la décision prise par le DEFR
en accord avec le Département fédéral des finances». Cette disposition a le
mérite de clarifier le point que l’autorité cantonale doit notifier séparément
à l’entreprise concernée la décision du DEFR relative à l’allègement de l’impôt
fédéral direct. Cette décision peut faire l’objet d’un recours au Tribunal
administratif fédéral (art. 23 LPR).
c) La décision du 19 février 2003
accorde notamment une exonération totale de l’impôt sur le bénéfice, au niveau
communal, cantonal et fédéral, pour les dix années suivantes. Emanant du
Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel et signée par le Chef
du Service économique du canton de Neuchâtel, elle porte la mention finale
suivante:
«Je confirme les propos ci-dessus»,
avec la signature de
D.________, Chef de l’Office de taxation des personnes morales et de révision
de l’administration fiscale neuchâteloise. Cette décision ne fait aucune
référence à un allègement de l’impôt fédéral direct octroyé par le département
fédéral compétent en cette matière à l’époque. Aucune décision de ce type ne se
trouve dans le dossier des  autorités neuchâteloises. Le Département de
l’économie et de l’action sociale du canton de Neuchâtel a confirmé ce point dans
son courrier adressé le 8 juillet 2015 au juge instructeur. Cela est également
corroboré par d’autres pièces du dossier. Dans un courrier électronique adressé
le 14 septembre 2010 par le SECO à un responsable de la recourante, il est
mentionné que l’allègement de l’impôt fédéral a été «stoppé dès que l’erreur
formelle de l’absence de décision du DFE a été constatée». Dans un courrier
électronique du 5 novembre 2010, le SECO a précisé que l’allègement de l’impôt
fédéral direct dès la période 2002 «n’a fait l’objet d’aucune demande au niveau
fédéral et aucune décision n’a été établie (…). De ce fait, nous serions en
droit de demander le remboursement de l’allègement IFD indûment touché». Dans
sa décision du 6 décembre 2010, le SECO a maintenu sa position selon laquelle
la compétence pour accorder un allègement de l’impôt fédéral direct appartient
exclusivement à la Confédération; que le Département fédéral n’avait jamais «établi de décision d’allègement fiscal en faveur de la société X.________
S.A.» et que la société a bénéficié d’un tel allègement pour les périodes
allant de 2002 à 2006 «sans aucune base juridique». La recourante a
implicitement admis n’avoir pas régulièrement bénéficié de cet allègement. Le 4
avril 2014, elle s’est adressée au SECO pour que l’autorité fédérale se
prononce rétroactivement sur le dossier déposé par la recourante le 31 octobre
2002, en rendant la décision de principe au sens de l’art. 7 al. 4 AZER.
L’explication du défaut de décision fédérale d’allègement tient sans doute au
fait, mentionné dans la demande du 24 mars 2009, que la demande d’allègement de
cet impôt n’avait, par erreur, jamais été communiquée à l’autorité fédérale
compétente, comme l’autorité neuchâteloise l’avait confirmé au mandataire de la
recourante. C’est aussi ce que dit le SECO dans ses écritures.
d) Quoi qu’il en soit, au regard
des dispositions de l’AZER en vigueur à l’époque, les autorités neuchâteloises n’étaient
pas compétentes pour accorder un allègement de l’impôt fédéral direct, comme
elles l’ont fait dans leur décision du 19 février 2003. Cette décision, émanant
d’une autorité fonctionnellement et matériellement incompétente, est en
principe nulle.
5.
Il convient d’examiner s’il existe des motifs de
s’écarter de ce constat, au regard des principes développés par la
jurisprudence (cf. consid. 4a ci-dessus). Cela implique de vérifier si,
lorsqu’il a rendu la décision du 19 février 2003, le Département de l’économie
publique du canton de Neuchâtel
disposait d’un
pouvoir de décision général dans le domaine des allègements fiscaux, si son
incompétence dans le domaine de l’allègement de l’impôt fédéral direct était
évidente ou aisément reconnaissable, et si la constatation de la nullité de la
décision du 19 février 2003 mettrait sérieusement en cause la sécurité du droit.
a) Le Département de l’économie
publique du canton de Neuchâtel ne disposait pas d’un pouvoir de décision
général dans le domaine des allègements fiscaux, puisque, comme on l’a vu, le
pouvoir d’accorder des allègements de l’impôt fédéral direct appartenait, à
l’époque comme maintenant, exclusivement à la Confédération. De même, on ne saurait dire que la constatation de la nullité de l’octroi de
l’allègement litigieux mettrait en péril la sécurité du droit.
b) Pour l’entreprise s’adressant à
l’autorité cantonale compétente pour les mesures de soutien prévues par l’AZER,
sans l’assistance d’un mandataire professionnel, la décision du 19 février 2003
présente tous les traits d’une décision valable. Elle émane de l’autorité
compétente dans la matière, du moins pour ce qui concerne les allègements
fiscaux cantonaux et communaux. Cette décision ne fait aucune réserve,
relativement à l’allègement de l’impôt fédéral, quant au prononcé d’une
décision fédérale favorable. On peut dès lors comprendre que la recourante
n’ait pas insisté auprès du Département cantonal, sur le point de savoir si
l’autorité fédérale avait elle aussi donné son accord à l’allègement obtenu,
pour l’impôt fédéral direct. Pour discerner le défaut affectant la procédure et
s’apercevoir de l’incompétence fonctionnelle et matérielle du Département
cantonal sur ce point, il eût fallu que la recourante non seulement consultât
l’AZER, mais en comprenne le système dual, s’agissant des allègements fiscaux (cf.
consid. 5 ci-dessus). Or la demande du 31 octobre 2002 n’évoquait pas
directement ces allègements, dont on suppute qu’ils sont devenus ultérieurement
un thème de discussion entre la recourante et les autorités neuchâteloises. D’un
autre côté, il ne suffit pas de prétendre ne pas connaître la loi pour s’en
affranchir (ATF 136 V 331 consid. 4.2.3.1 p. 336, et les arrêts cités). Cela
étant, la question du caractère reconnaissable du vice entachant la décision du
19 février 2003 souffre de rester indécise, le recours devant être rejeté de
toute manière pour un autre motif.
6.
Du recours, en particulier de ses conclusions, il
ressort implicitement que la recourante tient l’allègement de l’impôt fédéral
direct, pour les périodes considérées, comme acquis pour elle, dès lors que la
décision du 19 février 2003 est entrée en force. La décision attaquée, rendue
par l’ACI, à la suite du transfert du siège de la recourante dans le canton de
Vaud, devrait être modifiée en ce sens que l’allègement de l’impôt fédéral
direct devrait lui être reconnu pour les périodes litigieuses.
a) Par droits acquis, on entend les
prétentions patrimoniales que le citoyen peut opposer à l’Etat en se fondant
notamment sur le principe de la confiance (cf. ATF 134 I 23 consid. 7.1 p.
35ss; 128 II 112 consid. 10a p. 125 ; 118 Ia 245 consid. 5a p. 245).
Selon ce principe,
une décision erronée de
l'administration peut obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage
contraire à la loi, à condition que le renseignement était univoque; que
l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes
déterminées; qu'elle ait agi dans les limites de sa compétence ou que
l’administré disposait de motifs suffisants pour le croire; que l'administré
n'ait pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement
obtenu; qu'il se soit fondé sur celui-ci pour prendre des dispositions qu'il ne
saurait modifier sans subir de préjudice; que la loi n'ait pas changé depuis le
moment où le renseignement a été donné; que l’intérêt à l’application correcte
du droit ne l’emporte pas sur celui lié à la protection de la confiance (ATF
137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193/194; 129 II 361 consid. 7.1 p. 381; 127 I 31
consid. 3a p. 36, et les arrêts cités).
b) La décision du 19 février 2003 est
erronée au sens de la jurisprudence qui vient d’être rappelée, parce qu’elle
émane d’une autorité incompétente (cf. consid. 4 et 5 ci-dessus). Le principe
de la confiance ne serait opposable à l’ACI que si l’autorité fédérale, seule
compétente en la matière, avait accordé à la recourante un allègement à l’impôt
fédéral direct. Or tel n’est précisément pas le cas: l’autorité fédérale
compétente dans ce domaine n’a pas rendu une décision qui la lierait, que ce
soit sous l’empire de l’AZER ou de la LPR. Faute d’identité des parties en cause, le principe de la confiance ne s’applique pas dans ce contexte. A cela
s’ajoute que seule une exonération fiscale accordée conformément à la loi peut
créer un droit acquis favorable du contribuable (ATF 94 I 446). On ne voit pas
comment l’ACI aurait pu octroyer à la recourante un avantage exorbitant de son
domaine de compétence, en violation du droit fédéral. S’ajoute à cela que dans
sa demande du 16 décembre 2009, la recourante n’a demandé qu’une exonération
partielle, soit de 50%, de l’impôt fédéral direct, pour une nouvelle période de
neuf ans à compter de l’exercice commercial clôturé au 31 décembre 2008. La
recourante a ainsi requis l’autorité d’un autre canton un autre traitement que
celui prévu par la décision du 19 février 2003 dont elle se prévaut.
c) En conclusion, la décision du 19
février 2003 ne confère pas à la recourante un droit, opposable à l’ACI, à ce
que cette autorité lui accorde un allègement de l’impôt fédéral direct pour la
période fiscale 2009.
7.
Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure
de sa recevabilité, et la décision attaquée confirmée. Les frais sont mis à la
charge de la recourante; il n’y a pas lieu d’allouer des dépens (art. 49, 52,
55 et 56 LPA-VD).
Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:
I.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est
recevable.
II.
La décision rendue le 5 mars 2014 par
l’Administration cantonale des impôts est confirmée.
III.
Un émolument de 5'000 (cinq mille) francs est
mis à la charge de la recourante.
IV.
Il n’est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 18 décembre 2015
Le
président:
Le présent arrêt est communiqué aux
destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente
jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en
matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du
17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours
constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF.
Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,
indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.
Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.
Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,
pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la
décision attaquée.