vd_omni · AF.2009.0004 · 2010-10-06 · fr

PRO NATURA, Pro Natura Vaud/Commission de classification du syndicat d'améliorations foncières, Municipalité de Champagne, Service du développement territorial, Service des forêts, de la faune et de la nature, Service Immeubles, Patrimoine et Logistique, Service de l'agriculture | L'arasement d'une butte considérée comme un biotope d'importance régionale ou locale dans le cadre des travaux d'un syndicat d'amélioration foncière implique une autorisation spéciale du DSE en application des art. 4a LPNMS et 22 LFaune, dans le cadre de laquelle devra être effectuée la pesée d'intérêts requise par les art. 18 al. 1ter LPN er 14 al. 6 OPN. Dès lors qu'aucune décision relative à cette autorisation ne figure au dossier, recours admis et dossier retourné au DSE.

Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 06.10.2010 AF.2009.0004

TRIBUNAL CANTONAL
COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du
6 octobre
2010
Composition
M. François Kart,
président
; M. François Gillard et Mme Silvia
Uehlinger, assesseurs; Mme Florence Baillif Métrailler, greffière.
Recourantes
1.
PRO NATURA,
à Basel, représentée par Pro Natura Vaud, à Lausanne,
2.
Pro Natura Vaud,
à Lausanne.
Autorité intimée
Commission de
classification du syndicat d'améliorations foncières,
AR 30.
Autorités concernées
1.
Municipalité de
Champagne,
représentée par Me Jean-Michel HENNY, avocat,
à Lausanne,
2.
Service du
développement territorial,
3.
Service des forêts,
de la faune et de la nature,
4.
Service Immeubles,
Patrimoine et Logistique
.
Objet
Recours PRO NATURA et PRO NATURA Vaud
c/ décision de la Commission de classification du Syndicat AR 30 du 29 juin
2009
(aménagement de la parcelle no 172 de la
Commune de Champagne)
Vu les faits suivants
A.
Par arrêté du 23 juin 1971, le Conseil d’Etat a
ordonné la création de syndicats d’améliorations foncières obligatoires sur le
territoire de 21 communes touchées par le projet d’autoroute N1 et N5 entre
Villars-Ste-Croix et Concise. L’assemblée constitutive du syndicat
d’améliorations foncières AR 30 (ci après : le syndicat) a eu lieu à
Onnens le 30 juillet 1971. Ce dernier a pour but le remaniement parcellaire
(aménagement de la propriété foncière en corrélation avec la construction de
l’autoroute N5 et de ses ouvrages annexes), la construction de chemins et la
pose de canalisations d’assainissement. Son périmètre se situe sur le
territoire des communes de Champagne, Bonvillars, Onnens et Grandson. L’enquête
sur le périmètre général s’est déroulé du 31 janvier au 11 février 1972. Après
avoir procédé à une première estimation des terres et étudié un avant-projet
des travaux collectifs en 1971, le syndicat a été mis en veilleuse compte tenu
des incertitudes relatives au tracé définitif de l’autoroute. Le syndicat a
repris ses activités en 1996, après l’approbation du principe du tracé de
l’autoroute par les autorités fédérales. La mise à l’enquête de l’estimation
des terres s’est déroulée du 9 décembre au 20 décembre 1996.
B.
L’avant-projet des travaux collectifs du syndicat
a été soumis à la consultation des services de l’Etat de mi-février à mi-mars
1998 et mis à l’enquête publique du 28 juin au 28 juillet 1999. L’avant-projet
prévoyait notamment la suppression d’une butte morainique sise sur la parcelle n
o
172 du cadastre de la Commune de
Champagne, ce qui permettait de créer une surface supplémentaire exploitable
pour l’agriculture d’anviron 2'500 m2. La parcelle n
o
172, propriété de la Commune de
Champagne, d’une surface de 14'781 m2 en nature de Pré-champ et colloquée en
zone agricole, se situe entre l’Arnon et l’autoroute, au sud-est du village de
Champagne dans un secteur au relief régulier. Elle s’inscrit dans la plaine
agricole sise entre le lac de Neuchâtel et le pied du jura qui est exploitée
avec des cultures intensives. L’avant-projet des travaux collectifs était
accompagné d’un dossier nature-paysage-environnement (NPE) qui, s’agissant de
la butte sise sur la parcelle n
o
172, disposait ce qui suit :
Liste des
objets à supprimer
Commune de
Champagne
101 Mamelon
au milieu d’une plaine destinée à la construction (exploitation para-agricole).
Cet objet
est porté à l’inventaire des biotopes de Champagne.
Implanté
au milieu de la zone située entre l’autoroute et l’Arnon, il compromet une
bonne distribution des parcelles dans ce secteur, qui voit déjà sa surface
réduite par une emprise le long de l’Arnon pour la végétalisation des rives de
l’Arnon et la création d’une zone-tampon entre la haie et un chemin longeant
l’Arnon (voir mesure de compensation 104).
La suppression de la butte fait
l’objet d’une mesure de compensation qui consiste dans la végétalisation d’une
bande de terrain le long de l’Arnon avec comme objectif de rétablir les
échanges de faune le long du cours d’eau.
Dans le cadre de l’enquête publique
de l’avant-projet des travaux collectifs, le syndicat a déposé un dossier de
modification du périmètre de remaniement parcellaire comprenant d’une part une
extension du périmètre dans le secteur sud (agricole) et d’autre part la
création du secteur d’activité « En Pra » (comprenant la parcelle n
o
172), jusqu’alors compris dans le
périmètre général du syndicat. Ce secteur d’activité a été désigné comme
« secteur B », le « secteur A » désignant le reste du
périmètre du syndicat. L’enquête publique a suscité,  le 27 juillet 1999, une opposition
de Pro Natura Vaud  portant sur des éléments autres que la butte mentionnée
ci-dessus. Cette opposition a été retirée le 17 janvier 2000.
C.
Un  nouvel état parcellaire du syndicat et une
modification de l’avant-projet des travaux collectifs ont été mis à l’enquête
publique en décembre 2005. Ces modifications, qui ne concernaient pas la butte
sise sur la parcelle n
o
172, n’ont pas fait l’objet d’opposition de la part de Pro Natura.
D.
En 2007, le Service du développement territorial
(SDT) a refusé d’approuver  la création de la zone industrielle qui était
envisagée dans le secteur « En Pra » dans le cadre de la révision du
plan général d’affectation (ci après : PGA) de la commune de Champagne. Ce
secteur a par conséquent été maintenu dans la zone agricole. Avec cette
décision, le service cantonal confirmait la position prise dans ses rapports
d’examen préalable du projet de PGA de mars 1997 et avril 1998.
E.
Le projet d’exécution des travaux collectifs et
privés a été mis à l’enquête publique du 21 novembre au 22 décembre 2008. Pro
Natura a formulé une opposition le 19 décembre 2008 dans laquelle elle
demandait l’abandon du projet de drainage de la zone humide « En
Bru » et du projet d’arasement de la butte sise sur la parcelle n
o
172. Pro Natura relevait qu’il s’agissait
d’une butte morainique naturelle constituant un objet marquant et harmonieux
dans le paysage, ainsi qu’un rare îlot de prairie extensive au milieu de
cultures intensives. Dans une prise de position du 26 janvier 2009, le Service
des forêts de la faune et de la nature, Centre de conservation de la faune et
de la nature, a demandé que les travaux de nivellement et de remblayage prévus
sur les parcelles n
o
170 et 172 soient abandonnés vu l’intérêt paysager important de la butte et de
la dépression proche de l’Arnon et compte tenu de l’abandon de la zone
industrielle à cet endroit.  Par lettre du 30 janvier 2009, à la suite d’une
séance entre les parties concernées, Pro Natura a maintenu son opposition au
projet d’arasement de la butte.
F.
Par décision du  29 juin 2009, la Commission de
classification du syndicat AR 30 ( ci après : la Commission de
classification ou l’autorité intimée) a confirmé l’arasement de la butte.
G.
Pro Natura, Ligue suisse pour la protection de
la nature et Pro Natura Vaud, Ligue vaudoise pour la protection de la nature
(ci après : les recourantes) se sont pourvues contre cette décision auprès
de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal par acte du 10
juillet 2009 en concluant à son annulation. Elles alléguaient une violation de leur
droit d’être entendues dans la mesure où la décision attaquée n’est pas
motivée. Au fond, elles invoquaient le fait que la butte était un élément
significatif du paysage et un biotope qu’il convenait de préserver en vue de
maintenir ses fonctions paysagères et biologiques (îlot offrant un habitat à la
flore et à la faune) et son rôle d’élément du réseau des milieux semi naturels
dans le secteur. Elles soutenaient également que le coût de l’arasement de la
butte était disproportionné par rapport à l’intérêt de l’opération sur le plan
agricole.
Le Service des forêts, de la faune
et de la nature (SFFN) a déposé des observations le 4 août 2009. Le SDT en a
fait de même le 15 septembre 2009. La Commission de classification a déposé sa
réponse le 16 septembre 2009 en concluant au rejet du recours et au retrait de
l’effet suspensif en tant qu’il ne concernait pas l’arasement de la butte.
L’autorité intimée rappelait notamment l’existence d’une mesure de compensation,
à savoir la végétalisation d’une bande de terrain le long de l’Arnon prévue
dans le dossier NPE mis à l’enquête en 1999. La Municipalité de Champagne (ci
après : la municipalité) a déposé des observations le 28 septembre 2009 en
concluant au rejet du recours ainsi qu’à la levée partielle de l’effet
suspensif. Le 6 octobre 2009, le juge instructeur a levé partiellement l’effet
suspensif, ce dernier étant maintenu en tant qu’il concernait l’arasement de la
butte.
Les recourantes ont déposé des
observations complémentaires le 15 octobre 2009. A cette occasion, elles ont relevé
que la butte pouvait avoir un intérêt archéologique et ont demandé par
conséquent la production du préavis du service cantonal spécialisé. Interpellé
sur ce point, le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique, division
Monuments et Sites et Archéologie (SIPAL) a déposé des observations le 11
novembre 2009 auxquelles était jointe une décision du service du 17 septembre
2009 délivrant l’autorisation spéciale prévue par l’art. 67 de la loi du 10
décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites
(LPNMS ; RSV 450.11) pour les travaux dans les régions archéologique,
moyennant un certain nombre de conditions. Dans cette décision, le SIPAL
relevait que des sondages archéologiques allaient être requis afin de vérifier
que l’arasement de la butte ne portait pas atteinte à des vestiges répondant à
la notion de l’art. 46 LPNMS et pour définir les fouilles préventives qui
devraient si nécessaires être inclues dans les conditions de l’autorisation
d’entreprendre les travaux.
Le tribunal a tenu audience à
Champagne le 22 décembre 2009 en présence des parties. A cette occasion, il a
procédé à une vision locale. Le 23 décembre 2009, les recourantes ont produit
la réponse du Conseil d’Etat à une interpellation relative au refus d’approuver
la création d’une zone industrielle dans le secteur « En Pra » et un
résumé d’un rapport pédologique montrant que le syndicat avait modifié son
projet en ce qui concerne l’utilisation des matériaux résultant de l’arasement
de la butte. A cette occasion, les recourantes ont également relevé que, en
l’absence d’évaluation de la valeur naturelle et paysagère de la butte, il
n’était pas possible de déterminer si les mesures de compensation prévues étaient
adéquates. Sur requête du juge instructeur, la Ccl a encore produit le dossier
relatif au projet d’exécution des travaux collectifs et la municipalité le
dossier relatif à la modification du PGA communal. Le 15 janvier 2010, la
Commission de classification s’est déterminée sur les observations de la
recourante du 23 décembre 2009. Elle a contesté la nécessité d’effectuer une
expertise écologique de la butte en relevant que, dans cette hypothèse, une
expertise agricole devrait également être effectuée. Interpellé sur la question
de savoir si la butte constituait un biotope et sur les mesures de protection
la concernant, le SFFN a indiqué le 26 mars 2010 qu’on était pas en
présence d’un biotope d’importance régionale ou locale au sens de l’art. 18 b de
la loi fédérale du 1
er
juillet 1966 sur la protection de la nature
(LPN ; RS 451) et qu’il ne s’agissait pas d’un biotope protégé au sens de
l’art. 4a LPNMS. Le SFFN ajoutait que, en raison de son intérêt paysager, la
butte était soumise à la protection générale des art. 1 et 4 LPNMS. Selon lui,
cet intérêt paysager devait prévaloir compte tenu du fait que le maintien de la
butte ne représentait pas une contrainte insupportable pour l’agriculture. Le
SIPAL a déposé des déterminations le 16 avril 2010 en se référant à sa décison
rendue le 17 septembre 2009. La recourante a déposé des déterminations à la même
date dans lesquelles elle contestait l’appréciation du SFFN selon laquelle la
butte ne constituait pas un biotope d’importance régionale ou locale. Etait
annexée une évaluation de la butte fondée sur un relevé de la végétation
effectué le 13 avril 2010. La municipalité et le SIPAL ont déposé des
déterminations les 19, 22 et 27 avril 2010. A la suite d’une demande formulée
par la Commission de classification, le SDT et la municipalité, le Service de
l’agriculture s’est déterminé le 8 juin 2010 sur les conséquences de
l’arasement de la butte sur l’exploitation agricole du fond. Il a relevé que la
butte n’apportait pas de plus value à l’exploitant agricole, qu’elle occasionnait
des moins-values de l’ordre de 2'600 fr. pour ce qui est de la marge brute de
la culture et de 8'700 fr. pour ce qui est des inconvénients d’exploitation et
que la parcelle no 172, classée en surface d’assolement de qualité I, jouait un
rôle producteur prépondérant. Le Service de l’agriculture suggérait également
que les matériaux de la butte soient mis en valeur localement afin d’améliorer
globalement le parchet « En Pra », entre l’Arnon et l’autoroute.
Interpellé sur ce point, le Service de l’agriculture précisait qu’il ne pouvait
pas se prononcer sur la question du coût de l’arasement de la butte. Le 22 juin
2010, la recourante s’est déterminée sur la prise de position du Service de
l’agriculture. Elle a contesté les chiffres allégués s’agissant de la marge
brute des cultures et des inconvénients d’exploitation. Elle a en outre produit
un relevé complémentaire de végétation et un relevé de faune en demandant que
le SFFN procède à une constatation formelle du biotope après une visite locale.
Le 1
er
juillet 2010, la Commission de classification a produit un
détail du coût de l’arasement de la butte indiquant que les travaux avaient été
adjugés pour un montant de 51'600 fr. alors qu’ils étaient devisés à 112'000
fr.. Invité à se prononcer sur la valeur naturelle de la butte en fonction
notamment des nouveaux éléments  fournis par les recourantes les 16 avril et 22
juin 2010, le SFFN a produit le 15 juillet 2010 un rapport établi par un de ses
biologiste dont il ressortait que la butte constituait un biotope d’importance
locale, voire communale, jouant un rôle important dans le réseau écologique.  Le
Service de l’agriculture, les recourantes, la Commission de classification et
la municipalité ont encore déposé de brèves observations finales. L’autorité
intimée s’est notamment déterminée sur la différence entre le devis initial et
le prix mentionné dans la soumission en précisant que les travaux avaient été
très convoités et que les prix mentionnés dans la soumission n’engageaient que
l’entreprise mandataire. Le 6 septembre 2010, le SFFN  a précisé que, en raison
de la rareté, voire de l’absence de milieux semi-naturels secs dans la plaine
agricole intensive située entre le pied du coteau et le lac, la butte en
question revêtait une importance qui allait au-delà de l’échelle locale et
qu’elle pouvait donc être considérée comme d’importance régionale si l’on
entendait par « région » la portion de territoire située entre le
pied du coteau et les rives du lac entre Grandson et Onnens, voire au-delà. Le
SFFN confirmait que, à cette échelle, la butte avait  un rôle important à jouer
comme relais pour les organismes liés aux milieux extensifs et en particulier
aux prairies maigres.
Considérant en droit
1.
La recourante relève que la décision attaquée n’est
pas motivée et invoque une violation de son droit d’être entendu.
a) Le droit d’être entendu, tel
qu’il est garanti à l’art. 29 al. 2 Cst., confère à toute personne le droit d’exiger,
en principe, qu’un jugement ou une décision défavorable à sa cause soit motivé.
Cette garantie tend à éviter que l’autorité ne se laisse guider par des
considérations subjectives ou dépourvues de pertinence ; elle contribue
ainsi à prévenir une décision arbitraire. L’objet et la précision des
indications à fournir dépend de la nature de l’affaire et des circonstances
particulières du cas ; néanmoins, en règle générale, il suffit que
l’autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l’ont guidée (ATF 112
Ia 107 consid. 2b p. 109). L’autorité peut se limiter à l’examen des questions
décisives pour l’issue du litige ; il suffit que le justiciable puisse
apprécier correctement la portée de la décision et l’attaquer à bon escient et
que l’autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 133 I 270 consid.
3.1 p. 277).
b) La décision rendue par la
Commission de classification le 29 juin 2009 ne comporte aucune motivation et
ne respecte par conséquent a priori pas les exigences minimales que la
jurisprudence a déduit de l’art. 29 al. 2 Cst. Cela étant, il résulte du
dossier que, à la suite de l’opposition déposée le 19 décembre 2008, des
représentants de la recourante ont été reçus par la Commission de
classification le 27 janvier 2009 et que, à cette occasion, les motifs pour lesquels
la Commission n’entendait pas renoncer à l’arasement de la butte ont été
donnés. Les reourantes connaissaient par conséquent les raisons pour lesquelles
leur opposition avait été écartée et elles ont pu s’exprimer en connaissance de
cause à ce sujet dans le recours déposé au Tribunal cantonal. On relèvera
également que l’autorité intimée et les différentes autorités concernées se
sont déterminées de manière circonstanciées dans la procédure devant le
Tribunal cantonal et que les recourantes ont pu se déterminer sur ces
différentes prises de position. Dans ces conditions, le grief relatif à une
violation du droit d’être entendu doit être écarté.
2.
Il convient d’examiner si l’arasement de la
butte peut être remis en cause au stade du projet d’exécution des travaux
collectifs alors que cette mesure figurait dans l’avant-projet des travaux
collectifs mis à l’enquête publique en 1999, qui est entré en force.
a)
Selon la jurisprudence, le remaniement
parcellaire est organisé en une succession d'opérations, chacune sanctionnée
par une enquête publique, permettant de sérier les problèmes et d'assurer la
bonne marche de l'entreprise. En conséquence, les résultats d'une enquête, une
fois qu'ils ont acquis force de chose jugée, ne sauraient être remis en cause dans
les phases suivantes (v. Tribunal administratif, arrêts AF 2003.0008 du 24 juin
2004 ; AF 2000/0007 du 5 juin 2001; AF 2000/0017 du 31 mai 2001; AF
1997/0011 du 7 novembre 1997 publié in RDAF 1998, p. 215; RDAF 1982, p. 314; v.
dans le même sens ATF 94 I 602 = JT 1970 I 3, consid. 2).
Le Tribunal administratif a toutefois nuancé quelque peu la portée
de ce principe, en soulignant que la commission de classification disposait
d'une certaine liberté d'appréciation pour réexaminer l'avant-projet des
travaux collectifs lors des enquêtes ultérieures; contrairement aux
propriétaires du syndicat, elle a ainsi la faculté, si un intérêt public le
justifie, de modifier son projet, par exemple lors de l'enquête sur le projet
d'exécution, pour autant que cela ne remette pas en cause le nouvel état, pour
lequel le principe de la sécurité du droit doit prévaloir (AF 1998.0017 consid.
1,  RDAF 1998 I 215, consid. 2 et 3).
Dans
ce domaine, on peut se référer aux principes développés par la jurisprudence en
ce qui concerne la possibilité de remettre en cause un plan d’affectation à
l'occasion d'une procédure ultérieure de permis de construire (cf. AF 2003.0008
précité consid. 1b bb et références). La jurisprudence exclut, de manière
générale, la contestation par les propriétaires privés d'un plan d'affectation
entré en force à l'occasion d'une procédure ultérieure de permis de construire;
elle réserve toutefois l'hypothèse où les personnes touchées par le plan
n’avaient pas pu percevoir clairement, lors de l’adoption du plan, les
restrictions de propriété qui étaient imposées, celle où ces personnes
n’avaient pas été en mesure de défendre leurs intérêts à ce moment là, ainsi
que l’hypothèse où les circonstances de fait ou les conditions légales se sont
modifiées  dans une mesure telle que l’intérêt public au maintien des
restrictions d’utilisation peut avoir disparu, ce grief pouvant être soulevé
par un propriétaire tant pour son propre fonds que pour les fonds voisins
(ATF127 I 103, consid. 6b ; 121 II 317 consid. 12c).
Par ailleurs, les exigences de stabilité du plan d’affectation qui
découlent du principe de la sécurité du droit (ATF 109 Ia 113 ss) s’appliquent
de manière nuancée aux plans spéciaux dont les effets se rapprochent des
décisions préjudicielles en matière d’autorisation de construire. Lorsqu’un
plan spécial définit de façon détaillée le genre et l’implantation des
constructions qu’il autorise, les propriétaires ne peuvent en principe plus
invoquer la stabilité du plan après plus de dix ans lorsque le plan n’a pas
encore connu un début d’exécution (ATF 116 Ib 185 consid. 4b p. 188-189).
b) aa) En l’occurrence, il n’est
pas contesté que le principe de l’arasement de la butte figurait dans l’avant-projet
des travaux collectifs mis à l’enquête publique en 1999. Les recourantes font
cependant valoir qu’elles ne s’étaient pas opposées à cette mesure à ce moment
là dès lors qu’il était prévu que le secteur serait affecté ultérieurement en
zone industrielle, le maintien de la butte dans une zone de ce type étant
difficile à justifier. Selon elles, dès lors que l’affectation en zone à bâtir
a finalement été abandonnée, le maintien de la butte prend tout son sens compte
tenu des impératifs de la protection de la nature et du paysage en zone
agricole. Elle invoquent par conséquent un fait nouveau qui justifierait de
revenir sur la mesure arrêtée lors  de l’avant-projet des travaux collectifs
bb) Il résulte du dossier relatif à
la modification du PGA communal produit par la municipalité que, dès 1997, le
service cantonal en charge de l’aménagement du territoire avait manifesté son
opposition au changement d’affectation du secteur concerné  et qu’il s’en est
tenu constamment à cette position, ce qui abouti en 2007 à un refus de la
légalisation d’une zone industrielle à cet endroit. On relève ainsi que ce
secteur était colloqué en zone agricole au moment de la mise à l’enquête
publique de l’avant-projet des travaux collectifs et l’est resté; une remise en
cause des mesures arrêtées à l’époque ne saurait par conséquent se justifier en
raison d’une modification du droit régissant le secteur.
Cela étant, on relève que, à
l’époque de l’enquête publique de l’avant-projet des travaux collectifs, les
acteurs de cette procédure, y compris les recourantes, n’étaient apparemment
pas informés des réticences de l’autorité cantonale et considéraient comme
acquis que le secteur allait être colloqué en zone industrielle. On en veut
pour preuve le fait que, à l’époque, le syndicat avait mis à l’enquête publique
une modification du périmètre avec la création du secteur d’activité « En
Pra », qui avait été sorti du périmètre général.  Dès lors que, comme on
le verra ci-dessous, le sort de la butte litigieuse implique une pesée des
intérêts, la question de savoir si le périmètre concerné allait être affecté en
zone à bâtir ou demeurer en zone agricole était importante. Si le maintien de
la butte ne pouvait apparemment que très difficilement être concilié avec une
affectation en zone industrielle, il pouvait en revanche entrer en
considération si l’on conservait une utilisation agricole de la parcelle. La
pesée des intérêts différait dès lors sensiblement selon que l’on se trouve
dans l’une ou l’autre de ces hypothèses.
cc) Tout bien considéré, le fait
que le secteur concerné ait été maintenu en zone agricole contrairement à ce
qui était envisagé à l’époque constitue un élément nouveau suffisamment
important pour justifier un réexamen de l’arasement de la butte au stade du projet
d’exécution des travaux collectifs et privés. Cette conclusion s’impose
d’autant plus que ce projet d’exécution a été mis à l’enquête publique plus de
9 ans après l’enquête relative à l’avant-projet. Il convient par conséquent
d’examiner ci-après si l’arasement de la butte peut être maintenu dans le cadre
du projet d’exécution des travaux collectifs et privés.
3.
Les recourantes font valoir que l’arasement de
la butte n’est pas admissible au motif que celle-ci constitue un biotope
protégé par les législation fédérale et cantonale sur la protection de la
nature et qu’il s’agit d’un élément marquant du paysage et un témoin de l’histoire
géologique de la région. L’autorité intimée soutient pour sa part que la
suppression de la butte se justifie compte tenu de l’amélioration que cette
mesure implique pour l’exploitation agricole de la parcelle n
o
172 et du fait que la construction
de l’autoroute a déjà entraîné la suppression de bonnes terres agricoles. Elle
invoque également les mesures de compensation écologique déjà concédées par le
syndicat, dont la végétalisation de l’Arnon prévue pour compenser l’arasement
de la butte.
4.                a) Aux termes de son art.
1
er
al. 2, la loi cantonale du 29 novembre 1961 sur les
améliorations foncières (LAF ; RSV 913.11) vise notamment, en tenant
compte des orientations de la politique agricole, à améliorer la compétitivité
de l’agriculture (let. a), à améliorer les conditions de vie et les conditions
économiques dans l’espace rural, notamment en région de montagne, et à maintenir
l’occupation décentralisée du territoire (let. b), à améliorer les conditions
de production et de travail dans l’agriculture, notamment par la construction,
la transformation ou la reconstruction de bâtiments ruraux (let. c) et à
promouvoir l’exploitation durable et l’entretien des paysages ruraux et à contribuer
à la réalisation d’objectifs écologiques (let. d). Selon l’art. 5 al. 1 LAF,
dans la perspective d’un développement durable, les projets d’améliorations
foncières prennent en compte les intérêts de l’agriculture et de la protection
de l’environnement, de la nature et du paysage. Ces projets doivent prendre en
considération les intérêts de la région, en particulier le maintien des eaux
souterraines et les possibilités qu’elles offrent pour l’alimentation en eau
potable. Selon l’art. 5 al. 2 LAF, les atteintes qui ne peuvent être évitées
doivent faire l’objet de compensations adéquates. Pour le surplus, le Conseil
d’Etat encourage la revalorisation écologique, notamment la création de réseaux
de biotopes et l’amélioration de la biodiversité.
Il résulte des dispositions
précitées que, dans les procédures d’améliorations foncières, il convient d’effectuer
une pesée entre les intérêts agricoles et les intérêts de la protection de la
nature. Comme relevé par le Conseil d’Etat dans l’exposé des motifs relatifs à
la modification de l’art. 5 LAF intervenue en 1997, après une période où les
intérêts agricoles étaient seuls pris en compte (première phase allant du début
des améliorations foncières aux années 1960-1970), on est parvenu à une
situation où il faut assurer la prise en compte des divers intérêts au cours de
la procédure, l’orientation agricole n’étant plus unique ou prépondérante. Le
Conseil d’Etat relevait ainsi qu’on devrait aboutir à des projets intégrés,
prenant en compte au même niveau les aspects agriculture, nature-environnement
et aménagement du territoire (BGC novembre 1997 p. 4038).
b) L’art. 18 LPN dispose que
"la disparition d’espèces animales et végétales
indigènes doit être prévenue par le maintien d’un espace vital suffisamment
étendu (biotopes), ainsi que par d’autres mesures appropriées"
.
Selon l’art. 18 al. 1 bis LPN, il y a lieu de protéger tout particulièrement
les rives, les roselières et les marais, les associations forestières rares,
les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un
rôle dans l’équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement
favorables pour les biocénoses. La LPN distingue les biotopes d’importance
nationale régis par l’art. 18a LPN et les biotopes d’importance régionale et
locale régis par l’art. 18b LPN. Selon l’art. 18b al. 1 LPN, les cantons doivent
veiller à la protection et à l’entretien des biotopes d’importance régionale et
locale. L’art. 18 al. 1ter LPN prévoit que si, tous intérêts pris en compte, il
est impossible d’éviter des atteintes d’ordre technique aux biotopes dignes de
protection, l’auteur de l’atteinte doit veiller à prendre des mesures
particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la
reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L’art. 14 al. 1 de
l’ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage
(LPN ; RS 451. 1) prévoit que la protection des biotopes doit assurer,
notamment de concert avec la compensation écologique (art. 15) et les
dispositions relatives à la protection des espèces (art. 20), la survie de la
flore et de la faune sauvage indigène. Selon l’art. 14 al. 2 OPN, la protection
des biotopes est notamment assurée par des mesures visant à sauvegarder et, si
nécessaire, à reconstituer leurs particularités et leur diversité biologique
(let. a), par un entretien, des soins et une surveillance assurant à long terme
l’objectif de la protection (let. b) et par des mesures d’aménagement
permettant d’atteindre l’objectif visé par la protection, de réparer les dégâts
existants et d’éviter des dégâts futurs (let. c). Selon l’art. 14 al. 3 OPN,
les biotopes sont désignés comme étant dignes de protection sur la base:
a.    de la liste des milieux naturels dignes de protection figurant
à l’annexe 1, caractérisés notamment par des espèces indicatrices;
b.    des espèces de la flore et de la faune protégées en vertu de
l’art. 20;
c.    des poissons et écrevisses menacés, conformément à la
législation sur la pêche;
d.    des espèces végétales et animales rares et menacées, énumérées
avec les Listes rouges publiées ou reconnues par l’OFEV;
e.    d’autres critères, tels que les exigences des espèces
migratrices ou la connexion des sites fréquentés par les espèces.
La jurisprudence fédérale précise
que les cantons sont tenus d'assurer leur devoir de protection des biotopes
d'importance locale et régionale au sens de l'art. 18b LPN et qu'il leur
incombe à cet effet de réglementer la procédure de désignation des biotopes
pour assurer la mise en œuvre du mandat impératif qui leur est assigné (ATF 116
Ib 203 consid. 5e p. 212). L'art. 14 al. 5 OPN prévoit à cet effet
que
les cantons doivent prévoir une procédure de constatation appropriée pour
prévenir toute détérioration de biotopes dignes de protection. En outre, l'art.
14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d’ordre technique qui peut entraîner la
détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si
elle s’impose à l’endroit prévu et qu’elle correspond à un intérêt
prépondérant. Pour l’évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre
le fait qu’il soit digne de protection selon l’al. 3, les caractéristiques
suivantes sont notamment déterminantes : son importance pour les espèces
végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans
l’équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre
eux (let. c) et sa particularité ou son caractère typique (let. d).  L'art. 14
al. 6 OPN a pour effet de soumettre au régime d'une autorisation préalable tous
travaux touchant un biotope digne de protection, procédure qui est régie dans
le canton de Vaud par l'art. 4a LPNMS (TA, arrêt AC.2005.0260 du 18 décembre
2006 consid. 5b p. 18.
L’art. 4a LPNMS prévoit que les
biotopes au sens des art. 18 ss. LPN sont protégés (al. 1) et que toute
construction ou installation portant atteinte à un biotope doit faire l’objet
d’une autorisation spéciale du Département de la sécurité et de l’environnement
(al. 2). L’art. 22 de la loi du 28 février 1989 sur la faune (LFaune ; RSV
922.03) dispose que toute atteinte à un milieu qui risque de porter
préjudice à la faune locale doit faire l'objet d'une autorisation de la
Conservation de la faune ou de la commune au bénéfice d'une délégation, qui
fixe dans chaque cas les mesures conservatoires à prendre. Ces principes posés
aux art. 4a LPNMS et 22 LFaune en font des dispositions cantonales qui assurent
la mise en œuvre da la protection des biotopes au sens des art. 18 al. 1bis et
18b LPN. Elles constituent ainsi des dispositions d’exécution des art. 18 ss.
LPN et 14 OPN (cf. TA,  arrêts AC.2005.0260 précité et AC 1999.0027 du.30
septembre 2005).
5.                a) En l’espèce, le
service cantonal spécialisé en matière de protection de la nature (SFFN) a
estimé dans son préavis du 26 janvier 2009 relatif au projet d’exécution des
travaux collectifs que, dès lors que le projet de zone artisanale/industrielle
avait été abandonné, il ne se justifiait plus de supprimer la butte, ceci
compte tenu de son intérêt paysager. Dans le cadre de la procédure de recours,
le SFFN a dans un premier temps confirmé cette prise de position tout en
relevant que l’on ne se trouvait pas en présence d’un biotope d’importance
régionale ou locale (cf. prises de position des 4 août 2009 et 26 mars 2010). Le
26 mars 2020, le SFFN a précisé que son avis sur ce point était fondé sur sa
« connaissance générale du site » et sur l’inventaire des biotopes de
la Commune de Champagne du Bureau Econat. Par la suite,  le SFFN a finalement
constaté que la butte constituait un biotope d’importance régionale et locale
au sens de l’art. 18 b LPN, ceci apparemment après avoir effectué une visite
sur place (cf. prises de position des 15 juillet et 6 septembre 2010).
L’évaluation effectuée par un biologiste du service annexée à sa nouvelle prise
de position du 15 juillet 2010 mentionne notamment que le site joue un rôle de
relais important dans le réseau écologique au niveau local pour les espèces
(faune et flore) liées aux milieux secs et qu’il constitue un complément très
intéressant aux milieux humides riverains de l’Arnon. En outre, il présente un
potentiel d’amélioration biologique important, moyennant un entretien adéquat.
Le 6 septembre, le SFFN a précisé sa prise de position en indiquant qu’en
raison de la rareté, voire de l’absence de milieux semi-naturels secs dans la
plaine agricole intensive située entre le pied du coteau et le lac, la butte
revêtait une importance allant au-delà de l’échelle locale et qu’elle pouvait
être considérée comme d’importance régionale si l’on entendait par
« région » la portion de territoire située entre le pied du coteau et
les rives du lac, entre Grandson et Onnens, voire au-delà. Le SFFN confirmait
que, à cette échelle, la butte avait un rôle important à jouer comme refuge ou
relais pour les organismes liés aux milieux extensifs, en particulier aux
prairies maigres.
b) Il convient d’examiner en premier
lieu si, comme le soutient la recourante et le SFFN, il doit être renoncé à
l’arasement de la butte en raison de son intérêt paysager. Le SFFN mentionnait
à cet égard les art. 1 et 4 LPNMS.
Selon son article premier, la LPNMS
a notamment pour but d’assurer la protection et le développement de la
diversité du patrimoine naturel et paysager du Canton, en ménageant l’espace
vital nécessaire à la flore et à la faune et en maintenant les milieux naturels
caractéristiques (let a) et de ménager l’aspect caractéristique du paysage et
des localités, les sites évocateurs du passé et les beautés naturelles (let b).
Sous le chapitre « protection générale de la nature et des sites »,
l’art. 4 LPNMS prévoit que sont protégés conformément à la présente loi tous
les objets, soit tous les territoires, paysages, sites, localités, immeubles,
meubles, qui méritent d’être sauvegardés en raison de l’intérêt général,
notamment esthétique, historique, scientifique ou éducatif qu’ils présentent (al.
1). Pour assurer la protection des objets soumis à la protection générale de la
nature et des sites (par opposition à la protection spéciale qui implique la
mise à l’inventaire ou le classement d’objets spécifiquement désignés), la
LPNMS prévoit une procédure conservatoire qui implique que, en présence d’un
danger imminent, le Département de la sécurité et de l’environnement doit
prendre les mesures de sauvegarde nécessaires (art. 10 LPNMS). Une enquête en
vue de classement doit alors être ouverte dans les six mois, prolongeable de 6
mois en cas de nécessité. A défaut, les mesures conservatoires deviennent
caduques (art. 11 LPNMS).
Dans sa prise de position du 26
mars 2010, le SFFN invoquait la protection générale de la LPNMS, tout en
admettant qu’aucune procédure de classement n’avait été mise en œuvre dans le
délai de l’art. 11 LPNMS. Ceci démontre que l’intérêt paysager de la butte doit
être relativisé, ce que confirme le fait que cette dernière ne figure pas à
l’inventaire des monuments naturels et des sites prévu par les art. 12 et suivants
LPNMS dans le cadre de la protection spéciale instaurée par cette loi.
Lors de la vision locale, le
tribunal a pour sa part constaté que l’intérêt paysager de la butte n’était pas
manifeste et que sa suppression n’impliquerait pas une modification
significative du paysage dans lequel cet objet s’inscrit, dont l’intérêt
provient essentiellement de la boucle de l’Arnon et de ses berges. Le tribunal
ne saurait ainsi suivre les recourantes lorsqu’elles soutiennent que la butte
constitue un élément marquant de ce paysage qui doit impérativement être
conservé. On note par ailleurs que le paysage est déjà fortement altéré avec
notamment les infrastructures liées à l’autoroute et que l’intérêt paysager
global du secteur doit par conséquent de toute manière être relativisé. Dans
ces circonstances, c’est à juste titre que l’autorité intimée a considéré que
les seul intérêt paysager de la butte ne justifiait pas de renoncer à sa
suppression dans le cadre de l’exécution des travaux collectifs.
c) Il convient encore d’examiner si
la butte doit être maintenue au motif qu’elle constitue un biotope d’importance
régionale et locale au sens de l’art. 18b LPN.
Le fait que la butte constitue un
biotope au sens des art. 18 ss LPN et 14 OPN ne signifie pas encore que sa suppression
dans le cadre des travaux collectifs du syndicat AR 30 ne serait pas
admissible. La protection des biotopes n’a en effet pas un caractère absolu. A
l’inverse des marais, protégés constitutionnellement, ou des forêts, protégées
de manière impérative dans la loi, les biotopes sont soumis à une pesée des
intérêts qu’ils n’emportent pas aveuglément (cf. Karin Sidi-Ali, La protection
des biotopes en droit suisse, thèse Lausanne 2008 p. 119). Il convient ainsi de
faire une pesée globale de tous les intérêts en jeu.
En l’occurrence, cette pesée
d’intérêts doit s’effectuer dans le cadre de l’autorisation qui doit être
délivrée par le SFFN en application des art. 4a LPNMS et 22 Lfaune. Or, on
constate que le SFFN n’a pas examiné si cette autorisation pouvait être
délivrée, ce qui s’explique probablement par le fait qu’il considérait à
l’époque ou il a examiné le projet d’exécution des travaux collectifs et privés
que la butte ne constituait pas un biotope d’importance régionale et locale au
sens de l’art. 18b LPN mais devait uniquement être préservée pour des motifs
paysagers.
En l’absence de la décision du SFFN
requise par les art. 4a LPNMS et 22 Lfaune, on constate que le dossier n’est
pas complet et que la Commission de classification ne pouvait pas valablement
se prononcer sur la suppression de la butte. Il convient ainsi d’admettre le
recours, d’annuler la décision attaquée du 29 juin 2009 et de transmettre le
dossier au SFFN afin qu’il statue sur une éventuelle autorisation de supprimer
la butte dans le cadre du projet d’exécution des travaux collectifs et privés
du syndicat. Il appartiendra au SFFN d’effectuer la pesée d’intérêts requise
par les art. 18 al. 1 ter LPN et 14 al. 6 OPN en prenant notamment en compte la
moins-value qu’implique le maintien de la butte en ce qui concerne
l’exploitation agricole (cf. prise de position du service de l’agriculture du 8
juin 2010), l’intérêt public à ce qu’une parcelle agricole de qualité comprise
dans les surfaces d’assolement dans un secteur où de nombreuses terres
agricoles ont disparu en relation avec la construction de l’autoroute puisse
être exploitée avec le moins d’entrave possible et les difficultés liés à la
procédure de remaniement parcellaires, notamment en relation avec la mise sur
pied d’un nouvel état et la redistribution adéquate des terrains dans le
secteur  (cf. déterminations du SDT du 15 septembre 2009 p. 4). Il  appartiendra
au SFFN d’examiner ces différents points et de rendre une décision motivée en
prenant également en compte les mesures de compensation proposées en relation
avec l’arasement de la butte.
6.                Les considérants qui
précèdent conduisent à l’admission
du recours et à l’annulation
de la décision entreprise. Compte tenu des circonstances, les frais de la cause
sont laissés à la charge de l’Etat. Il n’y a pas lieu d’allouer de dépens aux
recourantes dès lors qu’elles n’ont pas agi par l’intermédiaire d’un mandataire
professionnel.
Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:
I.
Le recours est  admis.
II.
La décision de la Commission de classification
du syndicat AR 30 du 29 juin 2009  est annulée.
III.
Le présent arrêt est rendu sans frais ni dépens.
Lausanne, le 6 octobre 2010
Le président:                                                                                             La
greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux
destinataires de l'avis d'envoi ci-joint ainsi qu’à l’Office fédéral de
l’environnement.
Il peut faire l'objet, dans les trente
jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en
matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du
17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours
constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF.
Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,
indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.
Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.
Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,
pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la
décision attaquée.