ne_gerichte · CACIV.2024.80 · 2025-08-25 · fr
CACIV.2024.80


A.B.________ est entré au service de la fondation A.________ (ci-après :
lemployeur) en 1995 et, par contrat du 27 septembre 2010, en a été nommé
«directeur général» avec effet au 1eraoût 2010
et pour une durée indéterminée.

B.Par «accord de résiliation dun commun accord du
contrat de travail» du 23 février 2016 (ci-après :
lAccord), les parties sont convenues de mettre fin aux relations
contractuelles qui les liaient, avec effet au 31 août 2016. Le même 23 février
2016, les parties ont signé un «complément à la convention de
résiliation dun commun accord du contrat de travail»
(ci-après : le Complément). Selon leur préambule, ces deux conventions ont
été conclues après que «[] divers problèmes ont été constatés au
niveau de la direction de linstitution», respectivement «[]
dans la gestion de linstitution».Il sera revenu sur leur
contenu plus loin, dans la mesure utile.

C.a) Après avoir obtenu une autorisation de procéder le 2
novembre 2021, B.________ a saisi le Tribunal civil, le 16 février 2022, dune
demande en paiement dirigée contre A.________, en concluant, avec suite de
frais et dépens, à ce que lemployeur soit condamnée à lui verser «la
somme de CHF 13'734.30 brut à titre de son salaire du mois daoût 2016,
plus intérêts moratoires à 5 % lan dès le 26 août 2016», ainsi que
«la somme de CHF 8'576.20 brut à titre de 13èmesalaire de
lannée 2016, plus intérêts moratoires à 5 % lan dès le 26 août 2016».
À lappui, il alléguait que larticle 6 de lAccord stipulait que les parties
avaient réglé les divers points découlant de son contrat de travail, «sous
réserve du paiement de son salaire  y compris 13èmeau prorata 
jusquà la fin du délai de congé» et que A.________ ne lui avait versé ni
son salaire daoût 2016, ni la part au 13èmesalaire pour cette
année-là.

b)
Par réponse du 14 juin 2022, A.________ a conclu au rejet de la demande dans
toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens, y compris ceux de la
conciliation. À lappui, lemployeur alléguait que dans le contexte de la
procédure budgétaire 2016, elle avait fait appel à deux mandataires externes,
soit Me C.________, avocat, et D.________, expert-comptable, lesquels avaient,
le 17 février 2016, analysé et rendu un rapport sur les pratiques des membres
du collège de direction en matière de frais professionnels pour les années 2014
et 2015. Cette analyse avait fait ressortir de graves problèmes de gestion,
dont notamment le fait que B.________ avait utilisé et permis à certains
membres de la direction et à son épouse dutiliser la carte [aa] de lemployeur
pour des achats privés, bénéficiant ainsi de rabais octroyés en faveur de A.________ ;
que B.________ sétait octroyé, ainsi quà dautres directeurs, entre 2011 et
2014 et aux frais de lemployeur, des bonus hors comptabilité des salaires sous
forme de bons dachat ou de prélèvements dessence privés ; quil avait
décidé un remboursement supplémentaire annuel de 2'000 francs pour la direction
au titre de frais de véhicules et avait facturé à A.________ des frais de véhicules
privés, alors quune indemnité censée couvrir ces frais était déjà
perçue ; quil avait acquis, aux frais de A.________ mais pour son compte
personnel et celui dun autre directeur, en compensation dheures
supplémentaires et de vacances, quatre vélos électriques pour un montant de
16'150 francs, sans droit et sans intégrer ce montant dans la comptabilité des
salaires. À la découverte de ces éléments, lemployeur avait confronté B.________,
puis accepté de lui offrir une fin consensuelle des rapports de travail en
signant avec lui lAccord et le Complément. Le premier prévoyait que les
parties résiliaient dun commun accord le contrat les liant, que B.________
était libéré de son obligation de travailler et quil confirmait ne plus avoir
de prétention, échue ou non et à quelque titre que ce soit, à faire valoir
contre lemployeur du fait de la relation de travail, sous réserve du versement
de son salaire jusquà la fin du délai de congé, y compris le 13èmesalaire au prorata. Quant au Complément, il prévoyait notamment que B.________
«garanti[ssait] à A.________ quil ny a[vait] pas dautres éléments
problématiques dans la gestion de lemployeur que ceux mentionnés dans le
rapport ci-annexé», quil avait «déjà remboursé CHF 13'180.-
valeur 22 février 2016, correspondant aux vélos électriques et aux frais
de véhicules supplémentaires 2014 et 2015», quil «sengage[ait]
à rembourser CHF 3'700.- dans les 30 jours, correspondant au bonus 2014» ;
quil« garanti[ssait] quil ny a[vait] aucun autre montant à
rembourser» et que A.________ renonçait à «toute autre
prétention contre son employé», à la condition notamment «quil
ny ait pas de cas autres que ceux relevés par le rapport de D.________ et C.________».
Or, suite à la reddition du rapport daudit, lemployeur avait découvert que B.________
sétait octroyé sans droit dautres avantages que ceux décrits dans le rapport,
notamment le paiement sur le salaire de décembre 2013 dun prétendu solde
dheures supplémentaires et lachat de deux porte-vélos. B.________ navait pas
droit à la rémunération de ses heures supplémentaires et le nombre de celles
qui avaient été indemnisées était en tous cas contesté. Quant aux porte-vélos,
ils ne correspondaient à aucune contre-prestation due par lemployeur. A.________
avait donc subi un dommage  de 17'512.30 francs pour les heures
supplémentaires + 1'459.35 francs à titre de 13èmesalaire sur ces
heures + 1'651.90 francs de cotisations sociales sur les deux montants précités
+ 1'135 francs pour les porte-vélos  et invoquait ces montants en
compensation. B.________ avait violé les conventions, de sorte que lengagement
de A.________ de renoncer à toute autre prétention contre lui était tombé. La
créance de B.________ avait été valablement éteinte par compensation.

c)
Le 20 septembre 2022, B.________ a déposé une réplique et confirmé ses
conclusions. Il contestait les allégués de la réponse et alléguait notamment
que les problèmes de gestion qui lui étaient reprochés concernaient des
montants qui se trouvaient dans son champ de compétence  soit jusquà 4'000
francs par objet  et dans le cadre des budgets validés ; que lemployeur
napportait aucun fait nouveau démontrant la justification des éléments quil
prétendait vouloir compenser ; que les bonus avaient été validés par la
signature du président du conseil de fondation ; que les porte-vélos
avaient été remboursés en même temps que les deux vélos électriques, en février
2016 ; que les heures supplémentaires payées correspondaient à des heures
réellement effectuées, dûment enregistrées par un moyen de contrôle et
justifiées par des «activités supplémentaires».

d)
Le 13 janvier 2023, A.________ a déposé une duplique et confirmé les
conclusions de sa réponse. Selon elle, les porte-vélos et les bonus de 2011 à
2013 que B.________ sétait octroyés sans droit sous forme de bons dachat et
dachats privés navaient jamais été remboursés, lutilisation de ressources de
A.________, notamment pour le compte privé de B.________, avait causé un
dommage à la fondation et, suite aux irrégularités découvertes, elle avait dû
rembourser de largent à lÉtat de Neuchâtel, remboursement opéré par déduction
de subventions.

e)
Conformément à lordonnance de preuves rendue le 11 janvier 2024 par le
Tribunal civil, plusieurs témoins ont été entendus et les parties ont été
interrogées les 19 février et 22 avril 2024. Une troisième audience, consacrée
aux plaidoiries finales, sest tenue le 26 août 2024.

f)
Par jugement du 7 novembre 2024, le Tribunal civil a condamné A.________ à
verser à B.________ la somme brute de 22'310.55 francs, avec intérêt à 5 % lan
dès le 1erseptembre 2016, rejeté toute autre prétention des
parties, statué sans frais judiciaires et condamné A.________ à verser à B.________
une indemnité de dépens de 10'000 francs, débours et TVA compris.

Le
Tribunal civil a dabord analysé la question du versement du salaire daoût
2016 et du 13èmesalaire pour lannée 2016, en se fondant sur les
articles 322 ss CO. À cet égard, il a retenu que sous réserve dune
compensation avec les prétentions que faisait valoir A.________, le salaire
mensuel brut jusquau 31 août 2016  date de fin des relations contractuelles
selon lAccord  était dû, de même que le 13èmesalaire au prorata.
Le montant total brut dû par A.________ à ce titre sélevait à 22'310.55
francs, avec intérêts à 5 % lan dès le 1erseptembre 2016.

Le
Tribunal civil a ensuite examiné les prétentions soulevées en compensation par A.________,
sous langle de larticle 321eal. 1 CO. Retenant que A.________
estimait que B.________ avait violé la garantie donnée par la signature du
Complément  à savoir quil nexistait «pas dautre (sic) éléments
problématiques dans la gestion de la fondation que ceux mentionnés dans le
rapport» annexé au Complément  et quelle faisait donc valoir plusieurs
créances résultant selon elle de comportements problématiques de B.________ en
compensation de la créance de son ancien employé en paiement déléments de son
salaire, le Tribunal civil a examiné chacune des violations invoquées, soit
celles en lien avec les heures supplémentaires de 2013, la part au 13èmesalaire et les cotisations sociales y relatives, les porte-vélos, les bonus
entre 2011 et 2013 et les achats privés effectués auprès de [aa] et [bb]. Au
terme de son analyse, le Tribunal civil est parvenu à la conclusion que A.________
ne pouvait pas invoquer la violation du Complément par B.________, ni,a
fortiori, compenser les prétentions salariales admises. Le raisonnement du
Tribunal civil sera explicité plus loin, dans la mesure utile.

D.a) Le 9 décembre 2024, A.________ appelle de ce jugement en
concluant, sous suite de frais judiciaires et dépens des deux instances, à son
annulation et au rejet de la demande en paiement du 16 février 2022 de B.________.
Ses griefs seront exposés plus loin.

b) Par
ordonnance du 12 décembre 2024, la présidente de la Cour de céans a notifié
lappel à lintimé pour le dépôt dune réponse dans un délai de 30 jours.

c) Le 3
février 2025, le mandataire de lintimé, Me E.________, a informé la Cour,
certificat médical à lappui, quil était subitement tombé malade le 28 janvier
2025, avec une incapacité totale de travail jusquau 9 février 2025., Il
précisait quil entendait solliciter la restitution, au sens de larticle 148
CPC, du délai pour déposer la réponse.

Le
4 février 2025, le juge instructeur a transmis une copie de ce courrier à
lappelante et informé les parties de la suspension de la cause jusquà
réception de la demande de restitution du délai de réponse.

d)
Le 19 février 2025, une requête en restitution de délai a été déposée, ainsi
que la réponse et ses annexes. Par la plume de son mandataire, lintimé conclut
au rejet de lappel, sous suite de frais et dépens.

e)
Lappelante ne sétant pas opposée à la demande de restitution de délai, la
réponse et ses annexes lui ont été transmises le 6 mars 2025 ; le juge
instructeur précisait que rien ne justifiait dordonner la poursuite de
léchange des écritures et quil serait statué sur pièces et sans débats, le
sort des pièces produites au stade de la procédure dappel étant réservé, ce
qui avait pour conséquence que la procédure probatoire était désormais
close ; le cas échéant, le droit inconditionnel de réplique pouvait être
exercé dans les 20 jours.

f)
Après avoir sollicité et obtenu la prolongation du délai pour ce faire,
lappelante a répliqué le 4 avril 2025, confirmant ses conclusions et contestant
la recevabilité des pièces déposées à lappui de la réponse.

g)
Lintimée a dupliqué le 15 mai 2025, confirmant les conclusions de sa réponse.

h)
Lappelante sest déterminée sur la duplique, le 4 juin 2025, confirmant les
conclusions de son appel.

i)
Lintimée nayant pas réagi dans le délai imparti, le juge instructeur a
informé les parties, le 2 juillet 2025, que la cause était gardée pour être
jugée.

C
O N S I DÉ R A N T

I.                      Procédure

1.Interjeté
dans les formes et délai légaux contre une décision de première instance dans
une cause où la valeur litigieuse au dernier état des conclusions dépasse
10'000 francs, lappel est recevable (308 à 318 CPC).

2.Bien
que la recevabilité de la réponse ne soit pas contestée par lappelante, la
question doit être examinée doffice.

2.1.a) Selon larticle 147 CPC, une
partie est défaillante lorsquelle omet daccomplir un acte de procédure dans
le délai prescrit ou ne se présente pas lorsquelle est citée à
comparaître (al. 1) ; la procédure suit alors son cours sans quil soit
tenu compte du défaut, à moins que la loi nen dispose autrement (al. 2). Selon
larticle 148 CPC, le tribunal peut accorder un délai supplémentaire ou citer
les parties à une nouvelle audience lorsque la partie défaillante en fait la
requête et rend vraisemblable que le défaut ne lui est pas imputable ou nest
imputable quà une faute légère (al. 1) ; la requête est présentée dans
les dix jours qui suivent celui où la cause du défaut a disparu (al. 2).

b)Larticle 148 CPC nexclut pas expressément la restitution dun délai
légal. La jurisprudence, rejoignant la doctrine majoritaire, admet que les
délais légaux en général (sous réserve des délais de droit matériel et de ceux
prévus dans la LP), et particulièrement les délais de recours ou dappel,
peuvent être restitués selon larticle 148 CPC (Tappy,in:
CR CPC, 2eéd., n. 8 et 9adart. 148 et les réf. cit.).
Cette disposition soumet une éventuelle restitution à des exigences formelles,
notamment une requête et le respect de délais, et à une seule exigence
matérielle, soit labsence de faute ou une faute seulement légère. Il suffit,
selon le texte légal lui-même, que ces conditions soient rendues vraisemblables.
Le requérant supporte le fardeau de la preuve. La requête de restitution doit
être motivée, c'est-à-dire indiquer l'empêchement, et elle doit être
accompagnée des moyens de preuve disponibles (arrêt du TF du22.12.2015 [5A_927/2015]cons. 5.1 et les réf. cit.). La maladie ou l'accident
peuvent, à titre d'exemples, être considérés comme un empêchement non fautif et
par conséquent permettre la restitution d'un délai de recours, s'ils mettent la
partie recourante ou son représentant légal objectivement ou subjectivement
dans l'impossibilité d'agir par soi-même ou de charger une tierce personne
d'agir en son nom dans le délai (ATF 119 II 86cons. 2,112 V 255;
arrêt du TF du02.06.2017 [9C_54/2017]cons. 2.2 et les réf. cit.).

2.2.En lespèce, compte tenu de la
suspension prévue à larticle 145 al. 1 let. c CPC, le délai pour déposer la
réponse arrivait à échéance le 31 janvier 2025.

Il ressort des explications et des pièces
déposées que le mandataire de lintimé sest trouvé en incapacité de travail
totale depuis lanuit du 27 au 28 janvier, jusquau 9 février 2025. La
demande de restitution du délai de réponse est donc intervenue dans le délai
prescrit à larticle148 al. 2 CPC. Dès lors que
lincapacité est survenue dans les jours précédant léchéance du délai de
réponse (durant lesquels il est usuel que les mandataires se consacrent
assidûment à la cause et à la finalisation de lécriture), que le mémoire
dappel était volumineux (34 pages), que laffaire qui comporte aussi
un volet pénal  dure depuis la fin de lannée 2016 et que Me E.________
représentait lintimé depuis lors, la demande de restitution du délai doit être
admise, ce qui a pour conséquence que la réponse a été déposée en temps utile.

3.a) Dès lors que la réponse a été
déposée en temps utile, il convient dexaminer la recevabilité des pièces
déposées avec cette réponse.

3.1.Selon larticle317 al. 1 CPC,
les faits et moyens de preuve nouveaux sont admissibles en appel pour autant
qu'ils soient invoqués ou produits sans retard (let. a) et qu'ils n'aient
pas pu l'être en première instance, bien que la partie qui s'en prévaut ait
fait preuve de la diligence requise (let. b). Il s'agit de conditions
cumulatives. S'agissant des faits qui préexistaient au jugement de première
instance, il appartient au plaideur qui entend les invoquer devant linstance
dappel de démontrer quil a fait preuve de la diligence requise, ce qui
implique notamment dexposer précisément les raisons pour lesquelles le moyen
de preuve na pas pu être produit en première instance (arrêt du TF du23.01.2017
[5A_792/2016]). Le législateur a opté pour une prise en compte restrictive
des faits et moyens de preuve nouveaux et des conclusions nouvelles en appel,
afin dattirer lattention des parties sur l'importance de la procédure de
première instance ; avec le système mis en place par l'article 317 CPC, la
partie qui aurait été négligente devant le premier juge en subira les
conséquences puisque les allégués, offres de preuve ou conclusions nouveaux
tardivement présentés seront déclarés irrecevables (arrêt de la Cour de céans
du 28.08.2023[CACIV.2023.55]
cons. 5 et les réf. cit.).

3.2.En annexe à sa réponse, lintimé a
déposé sept pièces.

a)Les décisions doctroi dune prime en
faveur de lintimé pour les années 2011, 2013 et 2014 figurent déjà au dossier
pénal qui a été produit en première instance ; il ne sagit donc pas de pièces
nouvelles.

b)
L«attestation des cotisations 2016» datée du 15 février
2017, le tableau de «répartition de la valeur dacquisition des vélos
et porte-vélos» et la confirmation de commande envoyée par courriel
du 22 juin 2024 à F.________ par lintimé ne figurent en revanche pas au
dossier de première instance. Ces pièces ne peuvent toutefois pas être prises
en compte, à mesure que lintimé ne prétend pas quil naurait pas pu, en
faisant preuve de la diligence imposée par les circonstances, les déposer avant
la clôture de linstruction devant le Tribunal civil.

c) Lannexe 3 à la réponse est la copie dune
facture du 8 août 2014 adressée par un magasin de vélos à A.________, avec des
annotations manuscrites. Des copies de cettefacture figurent déjà à
plusieurs reprises au dossier de première instance, mais certaines annotations
manuscrites ne sont pas les mêmes sur tous ces exemplaires. Quoi quil en soit
de la possibilité de produire ces pièces devant le juge civil, les annotations
faites sur ces documents ne sont pas déterminantes pour le sort du litige.

II.                     Interprétation du contrat

4.Lappelante
ne conteste pas devoir à lintimé un montant brut de 22'310.55 francs, avec
intérêts à 5 % lan dès le 1erseptembre 2016, à titre de
salaire daoût 2016 et de 13èmesalaire au prorata pour la même
année. Elle reproche par contre au premier juge de ne pas avoir admis que cette
créance était compensée avec ses propres prétentions contre B.________,
découlant selon elle de la violation du Complément par son ancien employé, en
lien avec les heures supplémentaires de 2013, les porte-vélos, les bonus pour
les années 2011 à 2013 et les achats privés effectués auprès de [aa] et [bb].

4.1.a) Les articles 2
et 3 du Complément sont libellés comme suit :

2.      B.________
garantit à A.________ quil ny a pas dautre (sic) éléments problématiques
dans la gestion de la fondation que ceux mentionnés dans le rapport ci-annexé
(notamment en terme de soustraction fiscale et dassurances sociales).

B.________
indique avoir déjà remboursé CHF 13'180.- valeur 22 février 2016, correspondant
aux vélos éléctrique (sic) et aux frais de véhicules supplémentaires 2014 et
2015. Il sengage à rembourser CHF 3'700.- dans les 30 jours, correspondant au
bonus 2014 (essence prise en 2014 et 2015).

Il
garantit quil ny a aucun autre montant à rembourser.

3.      Sous
réserve (i) quil ny ait pas de cas autres que ceux relevés par le rapport de D.________
et C.________, (ii) que les garanties données par B.________ à larticle 2
soient correctes et (iii) sous réserve de la bonne exécution de laccord de
résiliation conventionnelle signé ce jour, A.________ confirme quelle renonce
à toute autre prétention contre son employé.».

b)
Selon lappelante, il existe d«autre (sic) éléments problématiques
dans la gestion de la fondation que ceux mentionnés dans le rapport ci-annexé[] »,
respectivement des «cas autres que ceux relevés par le rapport de D.________
et C.________».

À cet égard, la Convention
précise, en son préambule :

Les parties
exposent ce qui suit :

-suite à lexamen effectué par D.________ et C.________ courant
janvier et février 2016, divers problèmes ont été constatés dans la gestion de
linstitution ;

-en létat, il sagit des éléments mentionnés dans le rapport
ci-annexé ;

-par convention de ce jour, les parties ont mis fin dun commun accord
au contrat de travail qui les liait, pour le 31 août 2016.

-aux conditions de la présente convention et de celle de résiliation
conventionnelle des rapports de travail, A.________ est disposée à renoncer à
entreprendre des démarches juridiques à lencontre de lemployé».

c)
Les parties ne contestent pas que le «rapport» mentionné
dans ce préambule est, comme retenu par lautorité précédente, le courrier du
17 février 2016, intitulé «projet de Règlement des frais
Professionnels des membres du collège de direction», établi D.________
et Me C.________  (ci-après : le Rapport).

d) Par contre, leurs avis divergent quant au sens
à donner aux articles 2 et 3 du Complément.

Selon lintimé, «il est incontestable
quen signant le Complément susmentionné, les parties entendaient clairement
par"autres éléments problématiques" seulement les
éléments problématiques dont elles navaient pas connaissance à ce moment-là
qui pourraient être découverts par la suite». Concernant les heures
supplémentaires de 2013,«il est donc essentiel pour A.________,
comme lestime à bon droit le tribunal, de démontrer quelle n[en] aurait pas
eu connaissance [] au moment de conclure les accords le 23 février 2016».
Sagissant des bonus, lintimé relève que lappelante a admis «avoir
eu connaissance du versement des bonus 2011 à 2013 lors de la signature des
accords», ce qui rendrait sa prétention compensatrice «demblée
irrecevable». Il en va de même des achats privés effectués auprès de [aa]
et [bb]. Selon lintimé, il sagirait alors de déterminer quels étaient les
éléments dont lappelante avait connaissance au moment de signer les
conventions le 23 février 2016.

Pour lappelante au contraire, «il nest
pas déterminant de savoir si [elle-même] avait effectivement connaissance
[dun] fait au moment où elle a signé la convention de fin des rapports de
travail, mais bel et bien de déterminer si cet élément était"mentionné" ou"relevé" dans le rapport du 17 février 2016 annexé
à la convention du 23 février 2016 (et non dans les annexes dailleurs [])».
Reproduisant une partie du texte de la convention  art. 2 al. 1 et art. 3 ,
elle souligne qu«on parle bien des éléments"mentionnés"
et/ou"relevés" dans le rapport du 17 février 2016».
En outre, selon lappelante, compte tenu du préambule de la convention, «les
parties ont clairement exclu les annexes mentionnées à ce rapport. Seuls sont
ainsi déterminants les faits expressément mentionnés dans le rapport et non pas
ceux pouvant se trouver dans les annexes».

4.2.Daprès
larticle 18 al. 1 CO, pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il
y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans
s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se
servir, soit par erreur, soit pour déguiser la véritable nature de la
convention. Pour déterminer, en particulier, le contenu d'une clause
contractuelle, le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et
commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant
empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non
seulement la teneur des déclarations de volonté  écrites ou orales , mais
encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de
découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations
antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en
particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à
l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes. Ce n'est que si le juge ne
parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties, ni dans le
sens d'un accord, ni dans le sens d'un désaccord, qu'il doit encore rechercher,
par interprétation objective, si le contrat doit néanmoins être considéré comme
conclu selon le principe de la confiance (arrêt du TF du13.06.2024
[4A_308/2023]cons. 2.1). Linterprétation normative (ou objective) vise à
rechercher la volonté objective des parties, en déterminant le sens que,
d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait
raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (ATF 133 III 61;
arrêts du TF du06.11.2023
[4A_496/2022]cons. 4.2 ; du08.04.2019
[4A_469/2017]cons. 3.3).

4.3.En
première instance, les parties nont guère évoqué leur compréhension de
lAccord et du Complément, mais ont principalement discuté le bien-fondé des
prétentions que chacune faisait valoir à lencontre de lautre. En rapport avec
les prétentions soulevées par lappelante, ont notamment été discutées les
questions de savoir si lintimé avait une fonction de cadre dirigeant ou de
simple employé ; sil avait le droit deffectuer des heures
supplémentaires et, le cas échéant, sil avait droit de ce fait à une
rémunération ou à un congé supplémentaire ; sil avait droit à des bonus
et/ou dautres avantages et, le cas échéant, sous quelle forme et à hauteur de
quel montant. La procédure probatoire na ainsi pas porté sur la compréhension
quavaient les parties des clauses mentionnées plus haut, au moment de signer
lAccord et le Complément. Les interrogatoires nont notamment pas porté sur le
contenu de la convention des parties du 23 février 2016, les discussions
layant précédée et la compréhension quen avaient les parties.

Dans
ces conditions et en létat du dossier, la Cour de céans ne dispose pas de
suffisamment déléments et dindices pour reconstruirea posteriorile
processus de la manifestation des volontés des parties et ainsi établir la
réelle et effective intention de chacune. Il sagira donc dinterpréter le
Complément selon la méthode objective, daprès les règles de la bonne foi et le
principe de la confiance.

À cet
égard, il faut rappeler que lemployeur se trouvait aux prises avec un
directeur qui avait admis avoir effectué différents prélèvements qui excédaient
ce que la société lui devait. Au moment des premiers soupçons, lemployeur
sest adjoint les services dun expert-comptable et dun avocat pour tenter de
tirer les choses au clair. Ces experts ont délivré un rapport, accompagné
dannexes. Des discussions ont ensuite eu lieu entre lemployeur et lemployé,
pour mettre fin de manière conventionnelle au contrat de travail et liquider
leurs rapports.

Cela a
conduit à la signature, le 23 février 2016, de deux conventions : un
premier «Accord de résiliation dun commun accord du contrat de
travail» et un deuxième «Accord [] (complément à la
convention de résiliation dun commun accord du contrat de travail».
Ces deux accords doivent se lire en parallèle, ce quon déduit non seulement du
fait quils règlent pour lun lissue du rapport entre parties sous langle des
prétentions traditionnellement issues du contrat de travail et pour lautre les
paiements ou remboursements issus des malversations du directeur, mais aussi du
fait quau chiffre 1 du Complément, celui-ci indique que ce complément «est
une condition essentielle ayant présidé à laccord dA.________ avec la
résiliation amiable de son contrat» et au chiffre 3 «(iii)
sous réserve de la bonne exécution de laccord de résiliation conventionnelle
signée ce jour,  ». Cela assoit linterdépendance des deux
conventions.

Lobjectif
de ces dernières était de régler toutes les prétentions réciproques entre les
parties, les unes liées strictement au contrat de travail et les autres issues
des problèmes de gestion imputables à B.________. Cette deuxième convention
prenait en compte les «éléments mentionnés dans le rapport ci-annexé».
Les parties intégraient ainsi dans leur accord le rapport des experts, qui sy
trouvait (physiquement) annexé, mais sans ses propres pièces annexes. Dans le
Complément, B.________ garantissait à A.________ quil ny avait pas «dautre
(sic) éléments problématiques dans la gestion de la fondation que
ceux mentionnés dans le rapport». Après avoir énuméré ce que le
travailleur avait déjà remboursé et ce quil sengageait à rembourser encore,
il était précisé «quil [lemployé] garantit quil ny a aucun autre
montant à rembourser». Cest dire que les parties soldaient leurs
rapports, sagissant des créances de lemployeur suite aux problèmes de
gestion, en se référant à ce que le rapport avait mis en exergue. Ce sont ces
éléments qui étaient réputés connus de lemployeur et le solde de toute compte
se réfère à ces éléments et eux seuls.

Dans
lhypothèse où des éléments hors du rapport apparaîtraient, en contradiction
avec la garantie donnée par lemployé quil ny avait plus rien dautre à
rembourser, il sagirait en quelque sorte déléments cachés, peu importe si une
analyse nouvelle et plus détaillée (qui ne peut être le fait dun «profane»,
en loccurrence, un employeur qui a dû sadjoindre les services dun
expert-comptable et dun avocat pour tirer la situation au clair) des pièces
annexées au rapport révèlerait les éléments omis dans le rapport. Le complément
à la convention principale vise les éléments mis en exergue dans le rapport et
ne règle pas le sort des éventuelles prétentions qui auraient pu être décelées
par une nouvelle analyse des annexes, mais qui ne figurent pas dans le rapport.
En outre, laccord de résiliation lui-même, sil aborde les heures
supplémentaires du travailleur, le fait seulement sous langle des prétentions
que ce dernier pourrait encore élever au moment de la résiliation
conventionnelle du contrat de travail (voir le libellé du ch. 5 qui précise que
les «vacances et éventuelles heures supplémentaires [seront prises]
durant le délai de congé» et quil ny a «aucune autre
compensation» à cet égard) ; cet accord vise donc les créances
du travailleur contre lex-employeur. Il nenglobe pas une éventuelle créance
de lemployeur contre lemployé qui se serait attribué un paiement rattaché à
des heures supplémentaires qui nauraient pas été à indemniser. De telles
heures supplémentaires, rémunérées par lemployeur, ne sont pas non plus
traitées dans le complément à laccord, sauf si elles sont mentionnées dans le
rapport des experts, vu la nécessité dinterpréter les deux conventions en
parallèle. En dautres termes, le règlement des heures supplémentaires tel que
prévu dans laccord de résiliation visait à solder les prétentions du
travailleur, mais nexcluait pas, si les conditions en étaient par ailleurs
réalisées, que lemployeur qui découvrirait que lemployé, en sa qualité de
directeur, sétait attribué des versements de rémunération attachés à des
heures supplémentaires, soit non effectuées, soit non dues, puisse encore le
faire valoir. Ceci, sauf si le rapport des experts les mettait en évidence, le
complément à la convention les ayant alors appréhendées.

Il
résulte de ce qui précède que lexamen des créances soulevées en compensation
par lemployeur et de la question de savoir sil peut invoquer cette
compensation nonobstant la signature des deux accords du 23 février 2016,
dépend de savoir si les créances concernées ont été expressément indiquées dans
le rapport des experts, auxquels lemployeur pouvait de bonne foi se fier sans
avoir à effectuer un examen technique des pièces annexes (dans le même ordre
didée, lorsquunedue diligencese réfère à une comptabilité, les
parties peuvent de bonne foi partir de lidée quelle intègre complètement les
éléments comptables du journal et que si les éléments de ce journal ont été
sciemment cachés, elles pourraient revenir sur leur accord au titre des défauts
cachés). Les éléments qui ne figurent pas dans le Rapport peuvent donc en soi
être réclamés en compensation, y compris les créances liées à des heures
supplémentaires qui auraient été payées indument à lemployé, puisque laccord
de résiliation, sil règle la question des heures supplémentaires, ne le fait
que sous langle de celles que lemployé peut encore réclamer durant le délai
de congé, mais non sur celles quil se serait rémunérées à tort.

Cest
dire que lexamen auquel doit procéder la Cour est celui de savoir si les
prétentions soulevées en compensation par lemployeur sont rattachées à une
problématique expressément identifiée et mise en exergue dans le Rapport ou
non.

III.Heures supplémentaires
de 2013

5.En
première instance, lappelante a invoqué un montant de 20'623.55 francs
(17'512.30 + 1'459.35 + 1'651.90) en compensation de la prétention  admise 
de lintimé en paiement déléments de son salaire en lien avec la fin des
rapports de travail. Elle alléguait quil correspondait au paiement dheures
supplémentaires, y compris la part au 13esalaire sur ces heures et
les cotisations sociales y relatives, que lintimé sétait indûment accordé.

5.1.La
première juge a considéré que dans le rapport du 17 février 2016, il était
question «des heures supplémentaires des membres de la direction».
En particulier, lanalyse reposait sur les fiches de timbrage (notamment de
lintimé) et il était aussi question «du"détail des
heures supplémentaires" [de lintimé] et de G.________ en relation
avec les manifestations (état au 17 décembre 2015)», selon des notes
de bas de page renvoyant à des annexes. Cependant, le dossier ne permettait ni
de savoir sur quelle période portaient les documents analysés, ni sils
comprenaient lindication dune diminution dheures supplémentaires de lintimé
en 2013. De plus, le dossier ne contenait pas ces pièces. La première juge en a
déduit quelle ne pouvait pas retenir sans aucun doute que lappelante navait
aucune connaissance des heures supplémentaires en question au moment où les
conventions du 23 février 2016 avaient été signées et, ce faisant, que lintimé
les avait violées. Lappelante ne pouvait donc pas opposer la compensation et
cela valait aussi pour les montants relatifs à la part au 13èmesalaire sur ces heures supplémentaires et aux cotisations sociales.

5.2.a)
Lappelante critique le fait que linstance précédente se soit référée aux
annexes au rapport du 17 février 2016, dans la mesure où celles-ci avaient été
exclues. Selon elle, il nest en outre pas déterminant quelle ait eu
connaissance, au moment de la signature des conventions, dheures
supplémentaires payées à lintimé en 2013, contrairement à ce qua retenu la
première juge ; au contraire, seuls étaient déterminants les élémentsmentionnésourelevésdans le Rapport et tel nétait pas le cas de ces heures
supplémentaires. Lintimé navait ni allégué de circonstances qui auraient
permis de sécarter du texte de la convention, ni contesté que ce point nétait
pas mentionné dans le Rapport. Lappelante reproche encore à la première juge
de ne pas avoir analysé sa prétention au fond, soit la question de savoir si
cette créance en lien avec les heures supplémentaires de 2013, y compris la
part au 13èmesalaire et les cotisations sociales y relatives, était
fondée, respectivement si elle était en droit de linvoquer en compensation.

b)
Pour lintimé, en signant le Complément, les parties entendaient par «autres
éléments problématiques» seulement les problématiques dont elles
navaient pas connaissance à ce moment-là et qui pourraient être découvertes
par la suite. Lappelante aurait donc dû démontrer ne pas avoir eu, à ce
moment-là, connaissance du paiement de ces heures supplémentaires en 2013, ce
quelle navait pas fait. Par ailleurs, ces heures supplémentaires avaient été
payées de manière légale et transparente et elles correspondaient à des heures
effectivement réalisées et dûment documentées dans le système de timbrage.

5.3.a)
La première question à résoudre ici est celle de savoir si la problématique
relative aux heures supplémentaires de 2013 est mentionnée/relevée dans le
Rapport, au sens développé ci-dessus (cons. 4.3). Autrement dit, il faut
déterminer si ledit Rapport a mis en exergue le fait que lintimé a obtenu en
2013 le paiement dheures supplémentaires auquel il navait pas droit.

b)
Le Rapport contient un chapitre intitulé «heures supplémentaires»
qui, selon son contenu, vise à déterminer le nombre dheures de travail par
semaine que doivent les membres de la direction, dans quelle mesure des heures
de travail supplémentaires peuvent être comptées et la manière dont celles-ci
peuvent être compensées. Après des considérations juridiques purement
théoriques  notamment concernant larticle 321cCO et la notion de
cadre dirigeant , ce chapitre du Rapport identifie un problème «de
preuve quant aux soldes dheures effectuées par les employés».
Toutefois, il nest nulle part spécifiquement question des heures
supplémentaires de lintimé et encore moins de celles dont il a obtenu le
paiement en 2013. La référence faite aux pièces annexes dont on comprend, selon
les intitulés, quelles concernent des heures supplémentaires notamment de
lintimé  «Annexe 25 : fiches timbrage B.________, G.________ et
H.________» et «Annexe 26 : détail des heures
supplémentaires de B.________ et G.________ lors de manifestations, daté du
17 décembre 2015»  ny change rien. En effet, comme on la vu
plus haut (cons. 4.3), il nest pas raisonnable, sous langle des principes de
la confiance et de la bonne foi, de soutenir quaprès lecture du Rapport, A.________
avait connaissance de tous les comportements problématiques de B.________
possiblement décelables par une analyse des annexes au Rapport, puisque
précisément A.________ a mandaté des spécialistes (un avocat et un
expert-comptable) pour mettre en exergue dans un rapport écrit les
comportements problématiques de la part de son directeur. Les annexes
constituant les documents qui ont été analysés par Me C.________ et D.________
pour établir leur rapport, A.________ pouvait se fier au seul contenu du
Rapport, et il est conforme aux principes de bonne foi et de confiance quelle
se soit engagée à ne pas élever de prétentions contre B.________ pour les
comportements problématiques de lintéressé pointés dans le rapport des experts
(et dont elle a eu connaissance à la lecture de ce rapport), mais pas pour ceux
ayant échappé à lanalyse de lavocat et de lexpert-comptable mandatés.
Contrairement à ce qua retenu la première juge, il nimporte donc pas de
savoir sur quelle période portent ces annexes, ni ce quelles contiennent
exactement, ni même si elles figurent au dossier ou non. Dans ces conditions,
on retiendra que la question des heures supplémentaires de 2013 na pas été
relevée/mentionnée dans le Rapport, de sorte quil sagit bien dun «autre
élément problématique», respectivement d«un cas autre que
ceux relevés par le rapport de D.________ et C.________».

c) Ceci
a pour conséquence, conformément à larticle 3 du Complément et dans la mesure
où il sagit duneautreprétention  cest-à-dire dune prétention
découlant dun «élément problématique» qui nest pas
relevé/mentionné dans le Rapport , que lappelante est en droit de la faire
valoir à lencontre de lintimé. Cela étant, la Cour de céans ne pourra pas
statuer sur le fond de cette prétention puisque, comme la souligné
lappelante, cette question na pas été traitée par la première juge. Il serait
contraire au principe du double degré cantonal de juridiction de statuer sur ce
point en deuxième instance, alors que la première instance ne sest pas du tout
prononcée. En application de larticle 318 al. 1 let. b CPC, la cause doit être
renvoyée à lautorité précédente pour analyse au fond de la prétention de
lappelante en restitution et, le cas échéant, en compensation, relative au
montant versé à lintimé en décembre 2013 à titre dindemnisation pour des
heures supplémentaires, y compris la part au 13èmesalaire et les
cotisations sociales y relatives. Le Tribunal civil devra en particulier
déterminer si, comme le prétend lappelante, lintimé avait une fonction de
cadre dirigeant ; si la convention collective de travail et la directive
invoquées par lappelante sont applicables à lintimé et quelles en sont les
conséquences ; si lintimé avait le droit deffectuer des heures
supplémentaires et, le cas échéant, si et comment ces heures pouvaient être
indemnisées. Si le Tribunal civil parvient à la conclusion que la prétention de
lappelante est bien fondée, il devra encore déterminer si cette dernière peut
linvoquer en compensation au regard des articles 120 et 321eCO.

IV.Porte-vélos

6.En
première instance, lappelante a invoqué un montant de 1'135 francs en
compensation de la prétention  admise  de lintimé en paiement déléments de
son salaire en lien avec la fin des rapports de travail. Elle alléguait quil
sagissait du montant relatif à lachat de deux porte-vélos, acquisition
effectuée sans droit par lintimé pour son compte personnel, mais aux frais de
la fondation. Lintimé objectait quil avait déjà volontairement remboursé ce
montant en février 2016, en même temps que le prix de deux vélos électriques.

6.1.La
première juge a retenu que la question de la facture relative aux porte-vélos,
acquis pour un total de 1'135 francs, ne ressortait pas du Rapport. Cependant,
elle a considéré que lintimé avait remboursé les deux porte-vélos en même
temps quil avait remboursé les deux vélos électriques acquis pour son compte.
Il ressortait de la facture concernant les vélos électriques que ceux de
lintimé, dont les prix étaient respectivement de 4'740 et 4'390 francs,
navaient finalement été facturés que 4'000 francs lunité, montant auquel il
fallait ajouter 25 francs à titre de taxe de recyclage de la batterie. Pour les
deux vélos de lintimé, lappelante avait donc finalement dépensé 8'050 francs
au total (2x [4'000 + 25]). Le 22 février 2016, lintimé avait remboursé un
montant global de 13'180 francs, dont 4'000 francs pour «RBT Frais
forf.VHC 2014/15», 4'415 francs (soit 4'390 + 25 selon une note
manuscrite) pour «Rachat Vélo 28.06.2014» et 4'765 francs
(soit 4'740 + 25 selon une note manuscrite) pour «Rachat vélo 14.08.2014».
Cela correspondait à un total 9'180 francs en lien avec les deux vélos (4'415 +
4'765), lesquels étaient dailleurs mentionnés dans le Complément. Dès lors
quil y avait une différence de 1'130 francs entre le montant remboursé en lien
avec les deux vélos (9'180 francs) et celui effectivement dépensé pour ceux-ci
par lappelante (8'050 francs), il pouvait être considéré que lintimé avait
remboursé les porte-vélos, sous réserve dun montant de cinq francs. Le
Tribunal civil ne sexpliquait pas autrement la différence de 1'130 francs
entre les deux montants précités. Lappelante aurait dû établir un décompte
indiquant quil manquait cinq francs et, à réception du montant global de
13'180 francs, faire le nécessaire pour sassurer de lobjet de celui-ci. Le
remboursement avait été effectué avant la signature du Complément et la
violation de celui-ci par lintimé nétait pas établie. Par ailleurs,
lappelante nétait pas fondée à réclamer le solde de cinq francs, vu le
contenu du Complément.

6.2.a)
Lappelante conteste que B.________ ait remboursé le montant payé par A.________
pour les porte-vélos. Pour elle, le montant de 9'180 francs ne concerne que les
deux vélos. Cest ce qui doit être compris du libellé du remboursement de
lintimé et de larticle 2 al. 2 du Complément, lesquels mentionnent
expressément et uniquement les vélos. Elle reproche encore à la première juge
de navoir pas analysé sa prétention au fond, soit la question de savoir si
cette créance était fondée, respectivement si elle pouvait être invoquée en
compensation.

b)
Lintimé fait valoir quil a remboursé les porte-vélos en même temps que les
deux vélos électriques, le 22 février 2016, de sorte que lappelante ne peut
invoquer aucune prétention compensatrice à ce titre.

6.3.À
linstar de celle des heures supplémentaires de 2013, la question des
porte-vélos nest pas relevée/mentionnée dans le Rapport. Les parties ne
prétendent pas le contraire. Par conséquent, conformément à larticle 3 du
Complément et dans la mesure où il sagit duneautreprétention 
cest-à-dire qui nest pas relevée/mentionnée dans le Rapport , lappelante
est en droit de la faire valoir à lencontre de lintimé et dinvoquer la
compensation.

6.3.1.a)
Sur le fond, il ressort du dossier que I.________ a, le 8 août 2014, adressé à A.________
une facture relative à quatre vélos électriques, pour un montant total de
16'150 francs (4'000 francs par vélo, plus 150 francs correspondant à quatre
taxes de recyclage de batterie à 25 francs lunité et à deux «Permis
45 km/h» à 25 francs lunité). Cette facture, ainsi que le montant de
16'150 francs, sont mentionnés à la page 14 du Rapport, avec la précision
suivante : «Il sagit de la commande de quatre vélos électriques,
dont B.________ nous a confirmé que deux ont été acquis pour lui-même
personnellement et deux pour son collègue G.________
personnellement !» (à noter, en rapport avec le cons. 6.3/a
ci-dessus, quil est question dans le Rapport de vélos, et non de
porte-vélos ; à noter aussi que malgré le montant de 4'000 francs facturé
par vélo, la facture mentionne que les prix des vélos sont respectivement de
4'290, 4'640, 4'740 et 4'390 francs).

b)
Sous D. 11/34, on trouve ensuite une facture («Rechnung») du
26 juin 2024 adressée par F.________ AG à A.________, portant sur un total de
1'135 francs pour deux («Menge 2») porte-vélos («THULE
FAHRRADTRÄGER EASYFOLD 931»).

c)
Il ressort enfin de lextrait de compte déposé sous D. 11/34 quen date du 22
février 2016, lintimé a versé à lappelante un montant total de 13'180 francs,
composé de 4'000 francs au titre de «RBT FRAIS FORF.VHC 2014 /15»,
4'415 francs au titre de «RACHAT VELO 28.6.2014 4415» et
4'765 francs au titre de «RACHAT VELO 14.8.2014».

6.3.2.Du
rapprochement de ces pièces, on déduit que lappelante a payé au total 9'210
francs (4'000 francs par vélo + 25 francs de taxe de recyclage pour chaque
batterie + 25 francs pour un «Permis 45 km/h» + 1'135 francs
pour les deux porte-vélos) pour financer lachat par lintimé de deux porte-vélos
et de deux vélos électriques, y compris les taxes de recyclage des batteries et
le «Permis 45 km/h».

Quant
au montant total de 9'180 francs versé le 22 février 2016 par lintimé à
lappelante, il correspond exactement au prix mentionné du (et non au prix
facturé à lappelante pour le) 4evélo de 4'390 francs, plus le prix
mentionné du (et non au prix facturé à lappelante pour le) 3evélo
de 4'740 francs, plus le prix de deux taxes de recyclage de batterie pour un
total de 50 francs.

Ainsi
de deux choses lune : soit le remboursement de 9'180 francs se rapporte à
lachat par lintimé de deux porte-vélos et de deux vélos électriques, y
compris les taxes de recyclage des batteries et le «Permis 45 km/h»,
sous réserve dun montant de 30 francs (9'210  9180) que lintimé resterait
devoir à lappelante, soit on considère que ce remboursement ne concerne que
lachat par lintimé de deux vélos électriques, y compris les taxes de
recyclage des batteries et le «Permis 45 km/h», auquel cas
il faudrait admettre que lintimé a remboursé 1'105 francs (9'180  4'000 
4'000  25  25  25) de trop à lappelante. Dans le premier cas, lappelante
pourrait faire valoir la prétention en restitution dun montant de 30 francs 
et éventuellement linvoquer en compensation , puisque celui-ci concerne les
porte-vélos, qui constituent uneautreprétention nayant pas été
relevée/mentionnée dans le Rapport ; dans le second cas, cest lintimé
qui pourrait demander la restitution dun montant de 1'105 francs à lappelante,
laquelle pourrait invoquer la compensation avec le montant de 1'135 francs qui
lui resterait dû au titre des porte-vélos, qui nauraient alors pas encore été
remboursés et dont il nest pas question dans le Rapport. Dans les deux cas, la
situation économique des parties est la même : lintimé doit encore 30
francs à lappelante en lien avec les porte-vélos. À supposer que les parties
ne parviennent pas à trouver un accord sur ce point, le Tribunal civil
examinera dans le cadre du renvoi la question de la compensation des 30 francs
restants, au regard des articles 120 et 321eCO.

V.Bonus 2011 à 2013 et
achats privés auprès des magasins [aa] et [bb]

7.a)
En première instance, lappelante a allégué quil ressortait du Rapport que
lintimé sétait octroyé sans droit des bonus sous diverses formes, soit des
bons dachat [dd] dune valeur de 500 francs en 2011, des bons dachat dune
valeur de 3'700 francs en 2012 et des bons dachat [bb] dune valeur de 3'700
francs en 2013, montants quil navait pas restitués. Elle alléguait en outre
que lintimé avait réalisé des achats privés pour 1'156.10 francs auprès de [bb]
et pour 1'305.60 francs auprès de [aa], sans jamais les lui rembourser. Dans la
mesure où elle avait découvert, après la signature des conventions du 23
février 2016, que lintimé sétait octroyé dautres avantages  soit le
paiement des heures supplémentaires en 2013 et les porte-vélos , son engagement
tendant à la renonciation à toute autre prétention contre son ancien employé
tombait et elle pouvait réclamer ces montants.

b)
Pour lintimé, le montant des bonus revendiqué était injustifié, puisque ces
dépenses avaient été validées par le président du Conseil de fondation. Quant
aux achats auprès de [bb] et [aa], ils avaient été traités dans le volet pénal.

7.1.a)
Le Tribunal civil a retenu que, dans le Rapport, il était déjà question de bons
dachat ayant servi au paiement des bonus de lintimé à hauteur de 2'961 francs
en 2011, 3'700 francs en 2012 et 3'700 francs en 2013 et que lappelante avait
déjà connaissance de ces montants au moment de signer le Complément, «si
bien quelle ne peut invoquer compensation vu les termes de cet accord».

b)
Concernant les achats réalisés par lintimé pour 1'156.10 francs auprès de [bb]
et pour 1'305.60 francs auprès de [aa], la juge civile a considéré que la
question de «certains bonus touchés par le demandeur sous forme de
bons» était abordée dans le rapport, quil y était «déjà
question dun montant de CHF 2'961.00 en 2011 perçu à titre de bonus par le
demandeur» et que «lannexe 8 portant le titre"détails
des bonus 2011 à 2014 de G.________, H.________ et B.________"
[étai]t utilisée comme document de référence», si bien quelle
considérait que lappelante avait déjà connaissance de ces montants à la
signature du Complément, et quelle ne pouvait donc pas les invoquer en
compensation.

7.2.Lappelante
admet quau moment de signer le Complément, elle avait effectivement
connaissance du versement  indu selon elle  des bonus 2011 à 2013, que ce
soit au moyen de bons dachat ou dachats privés effectués auprès de [aa] et [bb],
et que ces éléments figuraient dans le Rapport. Elle serait néanmoins fondée à
invoquer les montants y relatifs en compensation, dans la mesure où la question
des heures supplémentaires de 2013 et celle des porte-vélos nétaient pas
mentionnées dans le Rapport. En effet, sa renonciation à faire valoir des
prétentions à lencontre de lintimé «était expressément conditionnée
au fait quaucune autre irrégularité ne soit découverte» et une telle
découverte avait eu lieu. Lappelante reproche au Tribunal civil de ne pas
avoir analysé sa prétention au fond, soit la question de savoir si ses créances
en lien avec les bonus étaient fondées, respectivement si elle pouvait en
invoquer la compensation.

7.3.a)
Pour ce qui est des bonus, lintimé fait valoir que lappelante admet avoir eu
connaissance du versement de ceux-ci de 2011 à 2013 lors de la signature des
accords du 23 février 2016 et quelle na apporté aucune preuve de la
violation des conventions, de sorte que sa prétention compensatrice est
irrecevable. Au surplus, les bonus avaient été accordés par le président du
Conseil de fondation à lintimé, qui les avait donc perçus de plein droit.

b)
Concernant les montants des achats privés effectués auprès de [aa] et [bb],
lintimé se rallie au raisonnement du Tribunal civil.

7.4.a)
Au chapitre du Rapport consacré aux «bonus de fin dannée»,
on peut lire que des bonus ont été remis par lintimé, y compris à lui-même, la
plupart du temps «au moyen de bons dachats [bb], [cc], [aa] et de
chèques [dd], mais aussi à quelques occasions, en payant des achats purement
privés de lemployé concerné par la comptabilité de la Fondation (achats chez [ee],
[ff], [cc], [bb]), voire par des prélèvements dessence privés, aux frais de la
Fondation». Il est précisé que cette pratique avait débuté en 2011 et
quelle ne concernait que trois personnes, dont lintimé. Au chapitre intitulé
«bons dachats» figure un tableau, dont il ressort que
lintimé a perçu de tels bons pour un montant de 3'700 francs en 2014, 2013 et
2012 et pour un montant de 2'961 francs en 2011. Il est admis par les parties que
le bonus de 2014 a déjà été remboursé par lintimé. Il ny a dès lors pas lieu
dy revenir ici. Quant aux bonus de 2013 et 2012, ils sont expressément
relevés/mentionnés dans le Rapport, chacun pour un montant de 3'700 francs.
Pour 2011, le Rapport mentionne un montant de 2'961 francs qui correspond,
selon toute vraisemblance, à laddition des 500 francs de bons dachat [dd] et
des 1'305.60 francs et 1'156.10 francs dachats privés auprès de [aa] et [bb],
à 70 centimes près. Il faut en déduire que les questions relatives aux bonus de
2011 à 2013 et aux achats privés effectués auprès de [aa] et [bb] ont
effectivement été relevées/mentionnées dans le Rapport.

b)
Le grief de lappelante se rapporte à linterprétation de larticle 3 de
lAccord, dont le texte a été reproduit plus haut (cons. 4.1/a). Selon
lappelante, cette disposition signifie que si lexistence de cas non
mentionnés dans le Rapport devait être avérée (ce qui revient à dire que la
garantie donnée par lintimé que de tels cas nexistent pas na pas été
respectée), alors elle-même pourrait faire valoir contre lappelant des
prétentions découlant de faits mentionnés dans le Rapport.

c)
La première juge a donné tort à lappelante sur ce point, sans toutefois
motiver sa conclusion, cest-à-dire sans se livrer à une interprétation
(objective ou subjective) de la disposition contractuelle invoquée. Une telle
manière de faire, qui ne permet pas aux parties de comprendre sur quel
raisonnement la conclusion repose, ne satisfait pas les exigences minimales de
motivation découlant de larticle 29 al. 2 Cst. féd. En effet, le droit
d'être entendu consacré par cette disposition implique pour l'autorité
l'obligation de mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et
sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse
se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de
cause (ATF 143
III 65cons. 5.2 ;142 II 154cons. 4.2
;141 V 557cons.
3.2.1). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision
de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté, même si la
motivation présentée est erronée (ATF 141 V 557cons.
3.2.1) ;a contrario, le droit à une décision motivée nest pas
respecté lorsquon ne discerne pas les motifs sur lesquels repose la décision
de l'autorité. La jurisprudence retient toutefois que le droit dêtre entendu
nest pas une fin en soi et quon peut renoncer au renvoi de la cause à lautorité
précédente lorsque lautorité de recours dispose  comme cest le cas ici 
dun plein pouvoir dexamen et quun renvoi constituerait une vaine formalité
(arrêt du TF du20.02.2019
[5A_904/2018]cons. 3.1 ; du28.01.2019
[5A_967/2018]cons. 3.1.2 et les réf. cit. ; du25.06.2018
[5A_504/2018]cons. 3.2).

d)
En lespèce, dès lors que la réelle intention des parties au moment de signer
laccord nest pas déterminable, cest à une interprétation objective qui
convient de procéder, dune part, et que, dautre part, linterprétation
proposée par lappelante soppose au texte clair de la disposition
conventionnelle invoquée, le renvoi de la cause à lautorité précédente
relèverait de la vaine formalité. En effet, larticle 3 du Complément prévoit
que sous réserve notamment quil ny ait pas de cas (cest-à-dire de
comportements problématiques de lintimé vis-à-vis de lappelante) autres que
ceux relevés dans le Rapport, lintimée«confirme
quelle renonceà touteautreprétention contre son employé.»
(cest nous qui soulignons).Le mot «autre» signifie
sans ambigüité que les seules prétentions susceptibles dêtre soulevées par
lappelante contre lintimé (aux conditions mentionnées) sont cellesautresque celles liées à descas (de comportements problématiques de lintimé
vis-à-vis de lappelante) relevés dans le Rapport. Comme déjà dit (v.supracons. 4.4), «il est conforme aux principes de bonne foi et de
confiance que lappelante se soit engagée à ne pas élever de prétentions contre
B.________ pour les comportements problématiques de lintéressé pointés dans le
rapport des experts».A contrario, lappelante se comporte
contrairement aux principes de bonne foi et de confiance en cherchant à revenir
sur les engagements pris sans ambigüité. Sur ce point également, les principes
précités appellent à sen tenir au texte clair des dispositions écrites
formalisant laccord des parties. Autrement dit, par leur convention du 23
février 2016, formalisée dans lAccord et le Complément, les parties ont
clairement voulu régler de manière définitive les problématiques
relevées/mentionnées dans le Rapport. Ce nest donc que pour déventuels autres
cas (cest-à-dire de cas non mentionnés dans le Rapport) que lappelante se
réservait le droit de soulever des prétentions contre lintimé.
Linterprétation proposée par lappelante ne fait pas sens dans un contexte où
deux parties entendaient mettre un terme aux relations de travail qui les
liaient et régler les conséquences en découlant (v. ég. cons. 4.3 ci-dessus).

VI.Synthèse

8.Vu
ce qui précède, lappel doit être partiellement admis, le jugement entrepris
annulé et la cause renvoyée au Tribunal civil pour une nouvelle décision au
sens des considérants. Il sagira pour le Tribunal civil de déterminer si les
prétentions de lappelante en lien avec les heures supplémentaires de 2013 sont
fondées, respectivement à hauteur de quel montant. Le cas échéant, la première
juge devra décider si lappelante est en droit dinvoquer la compensation du
montant ainsi fixé avec la créance de lintimé quelle a déjà admise  élément
qui na pas été contesté en appel et sur lequel le Tribunal civil na donc pas
à revenir , tout en tenant compte du solde de 30 francs relatif aux
porte-vélos et en écartant les prétentions de lappelante fondées sur les bonus
2011 à 2013 et les achats privés.

VII.Frais et dépens

A.De première
instance

9.Le
dispositif querellé ayant été annulé et la cause renvoyée à lautorité
précédente, cette dernière devra statuer dans ce cadre sur les frais
judiciaires et les dépens de première instance.

B.Pour la procédure
dappel

10.Le présent litige portant sur un
contrat de travail et la valeur litigieuse natteignant pas 30'000 francs, il
ne peut être perçu de frais judiciaires (art. 114 let. c CPC). Se pose en
revanche la question des dépens.

10.1.Selon larticle 106 CPC, ceux-ci doivent êtremis
à la charge de la partie succombante (al. 1) et, lorsquaucune des parties
nobtient entièrement gain de cause, répartis selon le sort de la cause (al.
2).

10.2.En
lespèce, lappelante obtient gain de cause sur la question des heures
supplémentaires de 2013, en cela que la Cour de céans parvient à la conclusion
quelle est en droit de faire valoir la prétention y relative  dans la mesure
décrite dans les considérants qui précèdent  à lencontre de lintimé. En
revanche, elle succombe très largement sur la question des porte-vélos et
entièrement sur celle des bonus 2011 à 2013 et des achats privés effectués
auprès de [aa] et [bb]. Les dépens seront dès lors répartis à hauteur de deux
tiers (2/3) à la charge de lappelante et un tiers (1/3) à celle de lintimé.

Les
parties nayant pas déposé de mémoires dhonoraires, la pleine indemnité de
dépens sera fixée à 3'600 francs, ce qui correspond à environ dix heures
dactivité  chaque partie ayant déployé une activité du même ordre  au tarif
horaire usuel de 300 francs, plus les frais et la TVA.

Lappelante doit donc une indemnité de dépens de 1'200
francs à lintimé, lequel doit à lappelante une indemnité de dépens de 2'400
francs. Après compensation, lappelante reste devoir 1'200 francs à lintimé.

Par ces motifs,LA COUR D'APPEL CIVILE

1.Admet
partiellement lappel.

2.Annule la
décision entreprise et renvoie la cause au Tribunal civil pour nouvelle
décision au sens des considérants.

3.Dit quil nest
pas perçu de frais judiciaires.

4.Condamne
lappelante à verser à lintimé, pour la procédure dappel, une indemnité de
dépens de 1'200 francs, après compensation.

Neuchâtel, le 25 août 2025