ju_gerichte · ADM 2021 136 · 2022-11-15 · de

Droit d'eau immémorial inscrit au registre foncier comme droit distinct et permanent | Environnement

RÉPUBLIQUE ET CANTON DU JURA
TRIBUNAL CANTONAL
COUR ADMINISTRATIVE
 ADM 136 / 2021
Présidente
:
 Sylviane Liniger Odiet
Juges
:
 Daniel Logos, Philippe Guélat, Jean Crevoisier et Pascal Chappuis
Greffière
:
 Carine Guenat
ARRET DU 15 NOVEMBRE 2022
en la cause liée entre
A.________ SA,
- représentée par Me Philippe Frésard, avocat à Berne,
recourante,
et
le Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du Gouvernement, rue de 
l'Hôpital 2, 2800 Delémont,
intimé,
relative à la décision de l’intimé du 29 juin 2021.
______
CONSIDÉRANT
En fait :
A.
A.________ SA (ci-après : la recourante) exploite une centrale hydroélectrique sur le 
Doubs à St-Ursanne depuis le 14 avril 2000, date à laquelle elle a racheté le droit 
d’eau immémorial inscrit au registre foncier en tant que droit distinct et permanent 
(feuillet no 354 ; PJ 5 recourante).
B.
Les éléments suivants ressortent du dossier.
2
B.1
Dans le cadre de la planification stratégique cantonale relative au rétablissement de 
la migration du poisson achevée fin 2014 et validée par l’Office fédéral de 
l’environnement le 20 mai 2015, il est apparu que les installations de la recourante 
comportaient trois obstacles qui nécessitent un assainissement, à savoir le seuil de 
prise d’eau, la prise d’eau avec grille fine et dégrilleur, ainsi que le canal de fuite. Une 
décision d’assainissement du seuil de A.________ SA a été rendue par l’Office de 
l’environnement du canton du Jura (ci-après : l’ENV) aux termes de laquelle la 
recourante devait présenter deux variantes (PJ 14 recourante), puis une décision sur 
opposition le 17 août 2016 rejetant l’opposition (PJ 7 recourante). Le seuil de l’usine 
hydroélectrique représentant un obstacle difficilement franchissable, voire 
infranchissable, pour certaines espèces de poissons présentes dans le Doubs, une 
décision, respectivement décision sur opposition a été rendue par l’ENV le 17 août 
2016 afin de réaliser un projet de ruisseau de contournement et les mesures 
d’assainissement (dossier intimé, p. 701 à 705 ; les pages citées ci-après sans autre 
référence renvoient au dossier de l’intimé). Les discussions ont continué entre la 
recourante, le canton et la Confédération pour assurer la réalisation des mesures, 
son financement et son suivi (p. 465 à 699 ss).
B.2
Le 24 novembre 2017, l’ENV a également rendu une décision visant à garantir un 
débit résiduel (p. 456s.), à laquelle l’Office fédéral de l’environnement (OFEV) a formé 
opposition (p. 453).
B.3
En avril 2018, une étude sommaire concernant les variantes d’assainissement a été 
réalisée. Une desdites variantes prévoit l’abandon de l’exploitation (p. 281 ss). 
B.4
Une convention a été signée entre la recourante, l’ENV et l’OFEV en septembre 2018, 
aux termes de laquelle les parties ont notamment convenu que la République et 
Canton du Jura assumera la construction du ruisseau de contournement (p. 279), 
ruisseau qui est fonctionnel depuis 2019.
C.
C.1
Par courrier du 29 août 2019, faisant suite à l’arrêt du Tribunal fédéral 1C_631/2017 
du 29 mars 2019 (ATF 145 II 140), l’OFEV a informé l’ENV que l’ouvrage de la 
recourante sur le Doubs devrait faire l’objet d’une procédure d’octroi de concession 
qui fixera le débit résiduel. De ce fait, il a suspendu la procédure et les discussions 
en rapport avec la dévalaison du poisson et l’ampleur du dédommagement jusqu’à la 
fin de la procédure d’octroi de la concession (p. 259s.).
C.2
Le 11 novembre 2019, l’ENV a transmis ledit courrier à la recourante et lui a en 
particulier proposé un dédommagement forfaitaire de CHF 250'000.- contre son 
engagement à renoncer définitivement à l’exploitation hydroélectrique de A.________ 
(p. 249s.).
3
C.3
Par courrier du 16 janvier 2020, la recourante a estimé que l’exigence de l’OFEV 
s’agissant de la concession constitue une expropriation pour laquelle il manque une 
base légale et qui doit, quoi qu’il en soit, faire l’objet d’une indemnisation pleine et 
entière, dès lors que son droit d’eau est un droit de propriété qui constitue un droit 
acquis (p. 245 ss).
C.4
Après échanges de courriers avec le canton, l’OFEV a précisé le 27 mai 2020 que 
l’arrêt du Tribunal fédéral imposait une adaptation au droit en vigueur à la première 
occasion, ce qui est le cas de l’assainissement de A.________. Il appartient au canton 
de demander à l’exploitant d’introduire une demande d’autorisation pour la poursuite 
de l’exploitation de la centrale hydroélectrique, respectivement d’ordonner la 
cessation de l’exploitation à une date à fixer si le propriétaire n’introduit pas de 
demande de concession (p. 239).
C.5
L’ENV a écrit dans ce sens à la recourante le 8 octobre 2020 (p. 233s.). Elle lui a 
imparti un délai au 1er avril 2021 pour déposer une demande d’autorisation préalable 
d’établir un projet de concession de force hydraulique si elle entend poursuivre 
l’exploitation des installations du site.
C.6
Le 26 février 2021, la recourante s’est déterminée sur ce courrier et a contesté devoir 
lancer quelque procédure que ce soit, en particulier déposer une demande 
d’autorisation préalable pour établir une concession. Elle conteste que l’arrêt du 
Tribunal fédéral puisse permettre de supprimer le droit d’eau immémorial inscrit au 
registre foncier en tant que droit distinct et permanent (p. 9 ss).
D.
Par décision du 29 juin 2021, le Gouvernement de la République et Canton du Jura 
(ci-après : l’intimé) a supprimé le droit d’eau immémorial de la recourante avec effet 
au 31 décembre 2028, interdit l’exploitation des installations de force hydraulique à 
partir du 1er janvier 2029 et dit que les art. 66 et 69 LFH s’appliquent par analogie au 
sort des installations à la cessation de l’exploitation.
E.
Par mémoire du 16 septembre 2021, la recourante a interjeté recours auprès de la 
Cour administrative contre cette décision. Elle a retenu les conclusions suivantes :
1. Constater la nullité de la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 ;
2. Subsidiairement, annuler la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 et renvoyer 
l’affaire à l’autorité compétente pour nouvelle décision ; ordonner que celle-ci 
tranche la question de l’extinction du droit d’eau immémorial dans une décision 
partielle indépendante sujette à recours ;
3. Sous subsidiairement 1, annuler la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 ;
4. Sous-subsidiairement 2, annuler la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 
dans la mesure où elle supprime le droit d’eau immémorial de la recourante avec 
effet au 31 décembre 2028, où elle interdit l’exploitation des installations de force 
hydraulique à partir du 1er janvier 2029, où elle ordonne l’application par analogie 
des art. 66 et 69 LFH au sort des installations à la cessation de l’exploitation et où 
elle met les frais de la décision à la charge de la recourante ; renvoyer l’affaire 
4
devant l’instance inférieure pour déterminer les modalités de l’extinction du droit 
d’eau immémorial de la recourante en bonne et due forme (par le biais d’un contrat 
de droit administratif ou d’une décision), y compris les questions du sort de 
l’installation de force hydraulique, notamment le seuil, de l’indemnisation ainsi que 
de la décision de l’ENV du 17 août 2016 ;
le tout sous suite de frais et dépens (plus TVA) à charge de la République et 
Canton du Jura.
A titre préjudiciel, elle a sollicité la limitation de la procédure aux questions de la nullité 
de la décision litigieuse et du respect du droit d’être entendu. 
En résumé, elle fait valoir que le Gouvernement n’était pas compétent pour rendre la 
décision litigieuse. Dans la mesure où le droit d’eau constitue lui-même un immeuble 
immatriculé au registre foncier, sa suppression suppose une procédure 
d’expropriation avec indemnisation complète et ensuite sa radiation au registre 
foncier, lesquelles relèvent de la juridiction civile. La recourante invoque également 
la violation de son droit d’être entendue dans la mesure où le Gouvernement ne l’a 
pas entendue avant de rendre sa décision. Elle estime que la suppression du droit 
d’eau et la limitation de la durée de l’exploitation sont illicites, la situation de la 
recourante étant différente de celle de l’ATF 145 II 140. En outre, il n’y a pas lieu de 
supprimer le droit d’eau, car, à l’exclusion du rétablissement du franchissement 
piscicole du seuil, les aspects de l’exploitation sont conformes au droit. La 
suppression du droit d’eau est contraire à la Constitution, notamment à la garantie de 
la propriété, le droit d’eau étant protégé par l’art. 190 Cst. La recourante conteste les 
motifs retenus pour la suppression du droit d’eau et estime que la détermination de 
la date de fin d’exploitation a été fixée de manière arbitraire.
F.
Par courrier du 5 décembre 2021, l’intimé s’est opposé à la limitation de la procédure 
aux questions de la nullité de la décision litigieuse et du respect du droit d’être 
entendu.
G.
Dans sa détermination du 21 décembre 2021, l’intimé a conclu au rejet du recours, 
sous suite de frais et dépens. Il relève que suite à la jurisprudence rendue en 2019 et 
compte tenu du refus de la recourante de déposer un projet préliminaire en vue de 
l’octroi d’une concession, il lui incombait de rendre la décision attaquée. Il conteste 
toute violation du droit d’être entendu, ainsi que l’illicéité de la suppression du droit 
d’eau immémorial et de la limitation de la durée de l’exploitation. Il estime que le calcul 
effectué par la recourante pour la durée d’amortissement de l’exploitation est erroné.
H.
Le 28 février 2022, la juge instructrice a refusé de limiter la procédure tel que requis 
par la recourante. Elle a en outre requis du registre foncier la production des actes 
instituant la force hydraulique en droit distinct et permanent du 29 mars 1933 et l’acte 
du 14 avril 2000 constitutif de la propriété de la recourante.
5
I.
Dans sa réplique du 29 avril 2022, la recourante a confirmé les conclusions de son 
recours et sa motivation. Elle a en outre estimé que l’obligation d’assainissement à la 
charge du titulaire du droit d’usage ou d’utilisation ne peut être exigée que dans la 
mesure où la mesure est économiquement supportable et n’empiète pas sur le droit 
acquis sinon, l’Etat est tenu d’indemniser le justiciable.
J.
Dupliquant le 28 juin 2022, l’intimé a confirmé les conclusions et les motifs de sa 
réponse. Il conteste les allégués de la recourante, précisant s’être fondé sur les 
chiffres de cette dernière pour calculer l’indemnisation.
K.
Il sera revenu ci-après en tant que de besoin sur les autres éléments du dossier.
En droit :
1.
La Cour administrative, dans une composition à cinq juges (art. 24 al. 2 let. a LOJ), 
est compétente en vertu de l'art. 160 let. a Cpa.
Interjeté dans les formes et délai légaux par une personne disposant manifestement 
de la qualité pour recourir, le recours est recevable et il y a lieu d'entrer en matière. 
2.
La recourante se prévaut d’une violation de son droit d’être entendue. Ce grief d’ordre 
formel doit être examiné en premier lieu.
2.1
Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable ancrée à 
l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. aussi art. 6 par. 1 
CEDH ; art. 3 al. 2 let. c CPP et 107 CPP), englobe notamment le droit pour l'intéressé 
de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant 
sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, 
d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à 
l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son 
résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 167 
consid. 4.1 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu se rapporte surtout à la 
constatation des faits. Le droit des parties d'être interpellées sur des questions 
juridiques n'est reconnu que de manière restreinte (TF 4A_525/2017 du 9 août 2018 
consid. 3.1), lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales 
dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, 
lorsque la situation juridique a changé ou lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation 
particulièrement large. L'autorité n'a donc pas à soumettre par avance aux parties, 
pour prise de position, le raisonnement qu'elle entend tenir. Cependant, lorsqu'elle 
envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans 
la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et 
ne pouvait supputer la pertinence, le droit d'être entendu implique de donner au 
justiciable la possibilité de se déterminer à ce sujet (ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les 
références).
6
2.2
En l’espèce, il ressort du dossier qu’une décision d’assainissement du seuil de 
A.________ a été rendue par l’ENV aux termes de laquelle la recourante devait 
présenter deux variantes (PJ 14 recourante), puis une décision sur opposition le 17 
août 2016 rejetant l’opposition (PJ 7 recourante). Dans le cadre de la procédure, a 
également été rendue une décision fixant le débit résiduel à laquelle l’OFEV a formé 
opposition (p 451 à 459). Ces procédures ne sont pas terminées, seul le ruisseau de 
contournement a été réalisé et est en fonction depuis 2019. Dans le cadre de la 
procédure d’assainissement, des discussions ont eu lieu avec l’OFEV. Par courrier 
du 29 août 2019, ce dernier a informé l’ENV des conséquences de l’ATF 145 II 140 
sur les procédures en cours liées aux installations de la recourante (PJ 24 
recourante). Ce courrier a été transmis par l’ENV à la recourante le 11 novembre 
2019 (PJ 23 recourante) avec une proposition de dédommagement forfaitaire de 
CHF 250'000.- pour l’abandon définitif de l’exploitation hydroélectrique. La recourante 
a pris position sur ce courrier le 16 janvier 2020 (PJ 25). Le 8 octobre 2020, l’ENV, 
en accord avec le courrier de l’OFEV du 27 mai 2020 (p. 233 à 238), a imparti un 
délai au 1er avril 2021 à la recourante notamment pour déposer une demande 
d’autorisation préalable d’établir un projet de concession de force hydraulique fondée 
sur l’ATF précité, faute de quoi « l’Etat ordonnera la cessation de l’exploitation des 
installations (…) ». Par courrier du 26 février 2021, la recourante a contesté devoir 
demander une concession, eu égard à son droit d’eau inscrit au registre foncier 
(p. 9 ss).
2.3
Il ressort ainsi du dossier que la recourante connaissait les intentions de l’Etat, suite 
à l’ATF 145 II 140, et a également pu prendre position sur tous les éléments 
pertinents. Certes, la décision a été rendue par l’intimé et non pas par l’ENV. Cela ne 
change toutefois rien au fait qu’elle a pu s’exprimer avant que la décision ne soit 
rendue. Contrairement à ce que semble soutenir la recourante, la procédure 
d’assainissement était toujours en cours, seul le ruisseau de contournement ayant 
été réalisé. Quant au fait que la recourante n’a pas été informée que la décision serait 
rendue par le Gouvernement, il faut relever que la compétence est une question 
juridique qui s’examine d’office (art. 30 ss Cpa) et sur laquelle la Cour de céans 
possède un plein pouvoir d’examen. A supposer qu’il y ait eu une violation du droit 
d’être entendu, celle-ci devrait être considérée comme réparée devant la Cour de 
céans. Quant à l’indemnisation, la recourante s’est également exprimée à ce sujet 
(p. 20 – 21 et PJ 25). Dans ces conditions, le grief de la violation du droit d’être 
entendu doit être rejeté.
3.
La recourante estime que l’intimé n’était pas compétent pour rendre la décision 
litigieuse, estimant qu’il n’est pas fondé à supprimer son droit d’eau immémorial par 
le biais d’une décision, ce droit d’eau étant un droit distinct et permanent. Elle fait 
valoir que la radiation de l’immeuble nécessite au préalable une procédure 
d’expropriation et relève d’un tribunal civil. Il convient évidemment de s’atteler à ce 
grief en premier lieu, en commençant par examiner si la jurisprudence à la base de 
la décision s’applique au cas d’espèce.
7
4.
4.1
A teneur de l’art. 655 CC, la propriété foncière a pour objet les immeubles (al 1). Sont 
immeubles dans le sens de la présente loi : les biens-fonds (ch. 1), les droits distincts 
et permanents, immatriculés au registre foncier (ch. 2), les mines (ch. 3) et les parts 
de copropriété d’un immeuble (ch. 4). Selon l’al. 3 de cette disposition, une servitude 
sur un immeuble peut être immatriculée comme droit distinct et permanent aux 
conditions suivantes : elle n’est établie ni en faveur d’un fonds dominant ni 
exclusivement en faveur d’une personne déterminée (ch.1) ; elle est établie pour 30 
ans au moins ou pour une durée indéterminée (ch. 2).
L’art. 655 al. 2 ch. 2 est applicable à certains droits relevant de la législation 
cantonale, notamment des anciens droits d’eau et de pêche dans les eaux publiques, 
constitués avant 1912, mais considérés comme droits acquis selon l’art. 4 du Titre 
final (STEINAUER, Les droits réels II, 2020, no 2016 p. 61). Les droits distincts et 
permanents constituent des servitudes inscrites dans le feuillet du registre foncier de 
l’immeuble grevé et disposent d’un propre feuillet au registre foncier. Les normes qui 
régissent les servitudes s’appliquent aux relations entre les parties notamment avec 
le propriétaire de l’immeuble grevé (WERMELINGER, Droits réels, 2021, no 299, 
p. 146). Les modes d’extinction des servitudes sont prévus par le Code civil et sont 
limités. Il faut toutefois relever que le droit public peut également prévoir d’autres 
causes d’extinction des servitudes (p. ex. dans le cadre d’améliorations foncières et 
d’expropriation ; WERMELINGER, op. cit. no 451, p. 217 et les références). Tel est 
notamment le cas des art. 64 ss de loi fédérale sur l’utilisation des forces hydrauliques 
(LFH, RS 721.80), selon lesquels la concession prend fin par l’expiration de sa durée 
(let. a) ou par la renonciation expresse du concessionnaire (let. b). Au plan concret, 
l’extinction marque la fin d’utiliser les eaux concédées, ce droit revenant à la 
collectivité concédante. A défaut de dispositions particulières, l’art. 69 LFH s’applique, 
mais il ne fait en somme que rappeler le principe de l’accession (art. 667 CC) : les 
installations établies sur la propriété privée reviennent au propriétaire privé, celles qui 
le sont sur le domaine public deviennent la propriété de l’autorité concédante 
(POLTIER, Droit suisse de l’énergie, 2020, no 277, p. 109).
4.2
La jurisprudence a considéré que les droits immémoriaux sont des droits qui trouvent 
leur origine dans un ordre juridique qui n'existe plus. Ils ne peuvent plus être créés 
selon le nouveau droit, mais peuvent continuer à exister sous le nouvel ordre juridique 
(cf. ATF 127 II 69 consid. 4b p. 74 ; ATF 131 I 321 consid. 5.1.2). En règle générale, 
il s'agit de droits qui étaient autrefois attribués au droit privé, mais qui font aujourd'hui 
partie du droit public, sans pour autant s'y intégrer sans problème (ATF 145 II 140 
consid. 4.3 et les références). Dans l’ATF 127 II 69, la jurisprudence a considéré que 
les concessions de droits d'eau doivent, selon le droit actuel, être impérativement 
limitées dans le temps (art. 54 let. e et art. 58 LFH) selon le principe de l'inaliénabilité 
de la puissance publique (consid. 4). Des concessions de l'ancien droit qui ont encore 
été octroyées sans restriction de temps, doivent être limitées ultérieurement. Est 
déterminant le principe de droit contractuel selon lequel aucun contrat ne peut être 
conclu, respectivement maintenu, de manière « perpétuelle ». Il n'y a aucun droit 
acquis à une concession sans limite de temps (consid. 5).
8
Dans le cas particulier, la concession pouvait, après une durée de 134 ans, être 
supprimée, sous réserve d'une période transitoire appropriée (consid. 6). 
Dans l’ATF 145 II 140 sur lequel la décision litigieuse est basée, le droit d'eau 
immémorial (p. ex. les servitudes personnelles) garantit un droit d'usage privatif sur 
un cours d'eau public (consid. 6.3), dont la durée ne saurait être illimitée, mais qui 
prend fin une fois les investissements engagés amortis et au plus tard 80 ans après 
son octroi (consid. 6.4). Il est soumis aujourd'hui (sans indemnité) au droit actuel. La 
poursuite de l'utilisation des eaux nécessite une concession; les prescriptions 
applicables aux installations nouvelles doivent être respectées, y compris celles 
relatives aux débits résiduels (consid. 6.5). Cet arrêt a un caractère général et 
abstrait. Il s’inscrit dans la droite ligne de l’ATF 127 II 69 relatif à l’obligation de limiter 
dans le temps les concessions octroyées sous l’ancien droit et précise que les droits 
d’eau immémoriaux sont acquis et doivent en principe être traités de la même manière 
que les concessions de l’ancien droit, concessions de durée indéterminée - et ce 
aussi bien en ce qui concerne la protection des investissements que la question de 
la limitation dans le temps (FÖHSE, Commentaire de l’ATF 145 II 140 in ZBl 129/2019, 
p. 436). 
5.
5.1
Il n’est pas contesté que la recourante bénéficie d’un droit d’eau immémorial 
immatriculé au registre foncier en tant que droit distinct et permanent. Il ressort en 
effet des extraits du registre foncier que, par décision du 24 décembre 1908, le 
Conseil-exécutif du canton de Berne a reconnu un droit d’eau existant déjà avant la 
fin du 18e siècle, réservant notamment la législation présente et à venir du canton et 
de la Confédération. Ce droit d’eau a été concédé pour une durée illimitée, la force 
hydraulique étant fixée à 80 CV dans une concession. Il a été transféré à réitérées 
reprises, le transfert de concession ayant été approuvé par le Conseil-exécutif du 
canton de Berne (extrait du p-v du Conseil exécutif du 28 février 1933). Ce droit a été 
inscrit au registre foncier en tant que droit distinct et permanent en 1933 (feuillet 
no 354). La recourante a acquis ledit feuillet le 28 mars 2000, en même temps que 
les feuillets nos 599 et 600 du ban de St-Ursanne, selon acte de vente instrumenté 
par Me B.________, minute no 6771.
5.2
Du point de vue du contenu, il s'agit néanmoins d'un droit d'usage particulier sur un 
cours d'eau public, peu importe qu’il soit inscrit au registre foncier en tant que droit 
distinct et permanent. Dans le cadre de l’ATF 145 II 140 consid. 6.3, le droit d’usage 
a été reconnu sous la forme d’un droit réel limité (servitude personnelle) sur un cours 
d’eau public. Selon le Tribunal fédéral, sa protection se justifie (comme pour les 
concessions) au regard des investissements réalisés (construction d'usines 
hydrauliques). La situation doit donc être évaluée de la même manière que pour les 
concessions accordées pour une durée indéterminée selon l'ancien droit ; une 
protection plus étendue des droits d'eau immémoriaux ne se justifie pas du point de 
vue du droit constitutionnel, sous l'angle de la garantie de la propriété et de la 
protection de la confiance.
9
Les concessions d’utilisation spéciales sans limitation dans le temps sont aujourd’hui 
considérées comme anticonstitutionnelles, car la collectivité doit avoir la possibilité de 
s’assurer de temps en temps que l’utilisation est encore conforme à l’intérêt public, 
sans quoi elle se priverait de sa souveraineté sur les eaux (ATF 145 II 140 consid. 
6.4). Cela s’inscrit notamment dans le fait que la propriété n’est pas illimitée, mais 
peut être limitée par des restrictions qui lui sont imposées dans l’intérêt public. En 
particulier, les exigences de la protection des eaux (art. 76 Cst.), de la protection de 
l'environnement (art. 74 Cst.) et de l'aménagement du territoire (art. 75 Cst.) 
constituent des exigences majeures. Le respect de ces dispositions est en général 
considéré comme une atteinte à la propriété admissible sans indemnisation (dans ce 
sens SÄGESSER, Die ehehaften privaten Wassernutzungsrechte an öffentlichen 
Gewässern, in Jusletter du 25 janvier 2021, p. 18 et les références). La base légale 
permettant de mettre fin aux droits immémoriaux dans le cas de droits d’eau trouve 
ainsi son fondement directement dans la Constitution (cf. ég. FÖHSE, op. cit. p. 436). 
Au considérant 6.5 de l’arrêt précité, la jurisprudence parle en outre des droits 
immémoriaux en citant les servitudes à titre d’exemple. Il sied enfin de préciser que, 
comme pour les droits distincts et permanents (cf. art. 656 CC), l’inscription au 
registre foncier des servitudes est constitutive (art. 731 al. 1 CC). 
C’est le lieu de rappeler que les droits immémoriaux se basent sur un système de 
droit civil et de droit privé, une conception fondamentalement différente de l’Etat, du 
pouvoir et du droit notamment en ce qui concerne la définition de la propriété privée. 
En raison de l’absence de limitation dans le temps, ils ont tendance à empiéter sur le 
droit public, avec comme conséquence qu’ils se retrouvent littéralement hors du 
temps tôt ou tard en raison du renouvellement constant du droit. En tant que droits 
d’usage illimités sur les eaux, ils entrent en conflit avec les droits de propriété et se 
heurtent alors par exemple aux dispositions relatives aux débits résiduels, car ils sont 
considérés comme droits acquis et bénéficient de la protection de l’art. 80 al. 1 LEaux, 
ce qui a pour conséquence que l’art. 31 LEaux, en tant que norme fondamentale sur 
les débits résiduels, ne peut s’appliquer pleinement (FÖHSE, op. cit p. 436-438). Dans 
ces conditions, peu importe que les droits immémoriaux soient inscrits au registre 
foncier en tant que droit distinct et permanent ou en tant que servitude ; si la situation 
perdure à long terme, la collectivité publique risque de se dépouiller de ses droits et 
de sa souveraineté sur les eaux (dans ce sens, FÖHSE, op. cit. p. 436-438).
Dans ces conditions, il y a lieu d’admettre que l’ATF 145 II 140 s’applique mutatis 
mutandis au cas particulier où le droit immémorial est inscrit au registre foncier en 
tant que droit distinct et permanent, étant rappelé que le Doubs, en tant qu’eau 
publique, fait partie du domaine public du canton du Jura (art. 10 al. 1 LGEaux ; RSJU 
814.20), notamment à l’endroit litigieux situé intégralement sur le territoire de la 
République et Canton du Jura. Admettre une autre solution reviendrait à priver l’Etat 
de sa souveraineté sur les eaux et viderait de son sens la souveraineté du canton sur 
les eaux publiques. 
5.3
Enfin, on ne saurait suivre la recourante qui se plaint d’une violation de la garantie de 
la propriété et des droits acquis. 
10
Le Tribunal fédéral admet que la protection des droits acquis peut découler aussi bien 
de la garantie de la propriété que du principe de la bonne foi (ATF 128 II 112 consid. 
10a ; TF 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 7.1 et 2C_507/2011 du 16 janvier 
2012 consid. 9.2). Ancré à l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, 
le principe de la bonne foi confère au citoyen, à certaines conditions, le droit d'exiger 
des autorités qu'elles se conforment aux promesses ou assurances précises qu'elles 
lui ont faites et ne trompent pas la confiance qu'il a légitimement placée dans ces 
dernières (ATF 143 V 95 consid. 3.6.2 ; 141 V 530 consid. 6.2 ; 137 II 182 consid. 
3.6.2 p. 193 et les arrêts cités). Cette protection disparaît, en règle générale, en cas 
de modification de la législation, étant donné que l'ordre juridique suisse peut être 
modifié à tout moment, conformément aux principes régissant la démocratie. Il 
n'existe ainsi pas de droit au maintien d'une certaine législation (ATF 145 II 140 
consid. 4). La garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst., qui protège les 
droits patrimoniaux tels que celui de conserver sa propriété, d'en jouir et de l'aliéner 
(ATF 131 I 333 consid. 3.1), n'est pas absolue. Conformément à l'art. 36 Cst., une 
restriction à ce droit fondamental est admissible à condition de reposer sur une base 
légale, d'être justifiée par un intérêt public et d'être proportionnée au but visé 
(TF 1C_250/201 du 18 octobre 2019 consid. 4.1). 
Au cas particulier, il ressort du considérant qui précède que la protection des droits 
immémoriaux, tout comme celle de la propriété, n’est pas absolue et que les intérêts 
majeurs de la protection de l’environnement, de la nature ou de l’aménagement du 
territoire figurant dans la Constitution fédérale justifient en principe une atteinte à la 
propriété et cela sans indemnité aucune, si ce n’est un délai transitoire pour permettre 
à la recourante d’amortir ses installations. Il existe par conséquent une base légale 
justifiant l’atteinte à la propriété de la recourante. En outre, maintenir de façon illimitée 
le droit d’eau revient à priver l’Etat de sa souveraineté sur les eaux. C’est également 
le lieu de préciser à nouveau que la loi a bien évidemment changé depuis la 
naissance du droit immémorial litigieux, ne serait-ce qu’avec l’entrée en vigueur de la 
loi fédérale sur l’utilisation des forces hydrauliques (LFH) le 1er janvier 1918. Enfin, il 
apparaît proportionné de mettre fin au droit d’eau de la recourante conformément à 
l’ATF 145 II 140 dans un délai lui permettant d’amortir ses investissements. Compte 
tenu de l’enjeu majeur relatif à la protection de la nature, de l’environnement et de 
l’aménagement du territoire, l’atteinte à la propriété de la recourante apparaît d’autant 
moins disproportionnée, que l’intimé, respectivement l’ENV ont, avant de mettre fin 
au droit d’eau, imparti un délai à la recourante qui aurait pu continuer l’exploitation en 
déposant une demande de concession selon le droit actuel, concession dont la durée 
maximale est actuellement de 40 ans selon l’art. 56 LGEaux. La décision litigieuse ne 
porte ainsi pas atteinte de manière inadmissible au droit de propriété ou aux droits 
acquis de la recourante.
6.
Dans la mesure où l’ATF 145 II 140 s’applique également au cas d’espèce, il convient 
ensuite d’examiner si les conditions pour mettre fin au droit immémorial sont données, 
respectivement si l’intimé est compétent pour y mettre fin.
11
6.1
Les anciens droits d’eau prennent fin après 80 ans et la question doit, à la première 
occasion, être réglée selon le droit actuel des concessions sur les eaux publiques 
(ATF 145 II 140 consid. 6.4). Par première occasion, l’arrêt précité admet en tout cas 
une rénovation de l’installation, notamment des modifications nécessitant une 
autorisation de construire (consid. 6.5). Le critère d’une « occasion » de remplacer 
les droits immémoriaux devrait être un événement d’une portée comparable à celle 
d’une décision de justice similaire à une mesure nécessitant une autorisation de 
construire (…). Dans l’ensemble, le seuil semble bas. On serait tenté de dire qu’un 
« tressaillement suffit ». Lors du remplacement et de l’octroi d’une nouvelle 
concession, il faudra tenir compte des circonstances du cas d’espèce, ce qui revient 
à une pesée des intérêts. Il s’agit de prendre en compte d’une part notamment les 
intérêts économiques de l’exploitant de l’installation, qui doit en principe accepter le 
remplacement sans dédommagement, mais doit aussi avoir la possibilité d’amortir 
ses investissements compte tenu de la confiance qu’il doit pouvoir invoquer en tant 
que titulaire d’un droit acquis. D’autre part, il faut prendre en considération l’intérêt 
public au respect de la protection de la nature et de l’environnement (FÖHSE, op. cit., 
p. 437).
6.2
S’agissant de l’autorité compétente pour prendre la décision, il convient de relever 
que les concessions de droits d’eau sont accordées par l’autorité compétente du 
canton dans le territoire duquel se trouve la section de cours d’eau à utiliser (art. 38 
LFH), la procédure étant réglée par les cantons, sous réserve des dispositions 
fédérales (cf. art. 60 LFH). En droit jurassien, l’usage commun accru et l’usage privatif 
des eaux publiques sont subordonnés à une autorisation ou à une concession (art. 12 
al. 1 LGEaux). Il s’agit en particulier de l’utilisation des eaux comme ressource 
énergétique (al. 2). L’utilisation des eaux publiques à titre permanent comme 
ressource énergétique (force hydraulique, eau de refroidissement, pompe à chaleur) 
est subordonnée à l’octroi d’une concession lorsque l’utilisation atteint 60l/min (cf. art. 
42 al. 1 et 2 LGEaux). Le Gouvernement est compétent pour octroyer les concessions 
de force hydraulique supérieure à 50 kilowatt théorique (art. 43 al 1 let a LGEaux).
Au cas particulier, la production de la centrale est manifestement supérieure à 
50 kilowatt (p. ex p. 202 à 204), la puissance de 80 CV (cf. consid. 5.1) équivalent en 
outre à 58.8 kilowatt (80/1.36) de telle sorte que le Gouvernement est compétent pour 
accorder une concession sur la base de la LGEaux. Dans la mesure où la 
jurisprudence exige qu’il soit mis fin à un droit immémorial, respectivement aux 
concessions sans limite de temps à la première occasion, il sied d’admettre que 
l’autorité compétente pour délivrer la concession puisse exiger dans ces 
circonstances que le bénéficiaire du droit immémorial dépose une demande de 
nouvelle concession afin de se conformer aux dispositions légales en matière de 
protection des eaux et de l’environnement notamment, ce qui implique de mettre fin 
au droit immémorial, respectivement à la concession de durée illimitée, de telle sorte 
que la compétence de l’intimé doit être admise en vertu du parallélisme des formes. 
12
6.3
La recourante conteste également qu’il existe un cas justifiant l’application de 
l’ATF 140 II 150, estimant notamment que l’opposition de l’OFEV du 22 janvier 2018 
à la décision d’assainissement du débit résiduel rendue par l’ENV le 24 novembre 
2017 est tardive.
A cet égard, il ressort du dossier que la décision du 24 novembre 2017 n’a pas été 
notifiée à l’OFEV (p. 455 à 459), qui n’en a pris connaissance selon lui que par courriel 
du 6 décembre 2017 (p. 453), de telle sorte que l’opposition du 22 janvier 2018 est 
intervenue dans le délai de 30 jours compte tenu des féries et du report du délai au 
lundi 22 janvier 2018 (art. 44a et 98 al. 1 Cpa). Cette procédure en est toujours au 
stade de l’opposition. Les débits résiduels doivent être fixés conformément aux 
art. 31 ss LEaux (RS 814.20). Ils représentent manifestement un cas justifiant de 
mettre fin au droit immémorial au sens de l’ATF 145 II 150. Cela s’avère d’autant plus 
nécessaire que la fixation du débit résiduel s’inscrit dans l’assainissement global de 
la centrale, où tout n’est pas réglé (voir not. p. 53 à 59, p. 234 et 239) suite à la 
décision de l’ENV du 10 juillet 2014 de demander à la recourante de soumettre une 
proposition d’assainissement (p. 221-222). Ces procédures n’étaient pas terminées 
et étaient toujours pendantes devant l’ENV au moment où le dossier fait référence à 
l’arrêt précité, seul le ruisseau de contournement ayant été réalisé. Enfin, dans la 
mesure où la recourante a refusé de déposer une demande de concession avec effet 
au 1er avril 2021 au plus tard conformément à l’art. 47 LGEaux, donc de se soumettre 
au droit actuel (p. 233-234 et 9 à 231) afin de respecter toutes les prescriptions du 
droit de l’environnement et de la protection des eaux applicables aux nouvelles 
installations, notamment les prescriptions relatives au débit résiduel (ATF 145 II 140 
consid. 6.5), il incombait ainsi à l’intimé de mettre fin à l’exploitation de la centrale.
6.4
Il ressort de ce qui précède que l’intimé était compétent pour mettre fin au droit d’eau 
immémorial de la recourante. La décision litigieuse est également confirmée en tant 
que l’assainissement de la centrale et la nécessité de fixer un débit résiduel 
constituent « l’occasion » au sens de la jurisprudence pour adapter la centrale au droit 
actuel, partant pour mettre fin au droit immémorial. Cela étant, dans la mesure où la 
recourante a refusé de déposer une demande de concession selon le droit actuel, 
c’est à juste titre que l’intimé a mis fin à l’exploitation de la centrale, de telle sorte que 
la décision de l’intimé n’apparaît pas illicite et doit être confirmée sur ces différents 
points.
7.
Il convient encore d’examiner l’échéance fixée au 1er janvier 2029 pour interdire 
l’exploitation de la centrale hydraulique, l’intimé estimant qu’à fin 2028 la recourante 
aura amorti ses investissements, ce que cette dernière conteste.
7.1
Il ressort l’ATF 145 II 140 consid. 6.5 que la protection des investissements ne justifie 
le maintien de droits d’eau immémoriaux que jusqu’à l’amortissement des 
investissements consentis. Ainsi, après 80 ans, lesdits droits peuvent être résiliés 
sans dédommagement moyennant l’octroi d’un délai raisonnable.
13
7.2
Au cas particulier, il est établi que le droit d’eau immémorial remonte à plus de 80 ans 
(consid. 5.1).
7.3
S’agissant 
de 
l’amortissement 
des 
investissements, 
l’intimé 
s’est 
fondé 
essentiellement sur les chiffres de la recourante figurant dans l’étude sommaire des 
variantes d’assainissement du seuil de A.________ d’avril 2018 (p. 281 ss) et en 
particulier sur une production moyenne de 562'000 kWh/an selon les chiffres pris en 
compte jusqu’en 2016 pour un chiffre d’affaires de CHF 84'300.- (p. 291). L’estimation 
de la production et de ce chiffre d’affaires tient compte d’un débit résiduel de 1,5 m3/s 
avec le débit de la passe à poissons pour un bénéfice annuel de l’ordre de 
CHF 30'000.- (décision de l’intimé du 29 juin 2021). La recourante conteste ces 
chiffres dans son recours en produisant un résumé de la production (PJ 30). Il ressort 
de ces éléments que la production moyenne de 2018 à 2021 s’est élevée à 525’633 
kWh pour un revenu annuel moyen de CHF 78’844.91. A cet égard, il apparaît qu’en 
réalité, les projections estimées dans l’étude sommaire sont supérieures à la 
production effectivement réalisée et l’intimé n’a pas actualisé ses chiffres pour 
correspondre à la production effective, alors même que plus de trois ans se sont 
écoulés entre l’étude sommaire faisant état d’estimations et la décision litigieuse. En 
outre, cette dernière ne permet pas de vérifier la manière dont l’intimé a procédé au 
calcul d’amortissement des investissements. On ne trouve pas non plus de trace de 
la comptabilité de la recourante dans le dossier transmis à la Cour. Il s’avère dès lors 
impossible de statuer sur les contestations de la recourante, respectivement de 
vérifier les chiffres retenus par l’intimé.
7.4
Dans ces conditions, comme le permet l’art. 144 al. 1 Cpa, il convient d’annuler la 
décision attaquée en tant qu’elle porte sur le délai mettant fin au droit d’eau 
immémorial au 31 décembre 2022 et de retourner le dossier à l’intimé, pour qu’il 
actualise les chiffres, respectivement qu’il reprenne l’instruction du dossier et examine 
les différents griefs soulevés par la recourante en relation avec l’amortissement des 
installations. Le cas échéant, une expertise pourrait s’avérer utile. Il ne se justifie pas 
que la Cour procède elle-même à l’instruction du dossier compte tenu de la part 
d’appréciation laissée à l’autorité par la jurisprudence pour mettre fin au droit d’eau.
7.5
Dans la mesure où le recours doit être admis sur ce point, il n’y a pas lieu de se 
prononcer sur l’application des art. 66 à 69 LFH par analogie au sort des installations 
à la cession de l’exploitation, ce point devant être repris dans le cadre de la fixation 
de la date retenue pour la fin de l’exploitation des installations de force hydraulique.
8.
Il suit de ce qui précède que le recours doit être admis uniquement sur la date relative 
à la cessation de l’exploitation des installations hydrauliques, respectivement du droit 
d’eau.
9
Les frais de la procédure sont mis à la charge de la recourante qui succombe dans 
une très large mesure à raison des trois quarts, le solde étant laissé à la charge de 
l’Etat (art. 219 al. 1 Cpa). 
14
La recourante qui succombe a droit à une indemnité de dépens réduite à payer par 
l’intimé dans la même proportion que les frais (art. 227 al. 1 Cpa). La rémunération 
est déterminée conformément aux art. 3 à 8 de l’ordonnance fixant le tarif des 
honoraires d’avocat (RSJU 188.61 ; ci-après l’ordonnance). La recourante a déposé 
une note d’honoraires se fondant sur une valeur litigieuse de CHF 250'000.- soit un 
montant d’honoraires de CHF 34'300.- (art. 13 de l’ordonnance). La Cour ne saurait 
se fonder sur ce montant, qui représente 127 heures de travail à CHF 270.-, ce qui 
apparaît disproportionné. En outre, la recourante n’indique pas la manière dont elle 
détermine la valeur litigieuse. Elle ne produit pas non plus de liste des activités avec 
le temps consacré. Il en va de même s’agissant du détail des débours. Sans minimiser 
le temps consacré à la rédaction du recours et de sa duplique et en prenant en compte 
un total d’environ 40 heures pour l’activité devant la Cour administrative, c’est une 
indemnité de dépens de CHF 2'700.- plus CHF 300.- de débours, soit CHF 3'000.- 
plus TVA qu’il convient d’allouer à la recourante, à payer par l’intimé. Il n’est pas 
alloué de dépens à l’intimé.
PAR CES MOTIFS 
LA COUR ADMINISTRATIVE
admet
partiellement le recours ;
annule
la décision de l’intimé en tant qu’elle porte sur la date du 1er janvier 2028 pour la fin de 
l’exploitation des installations hydrauliques de la recourante, respectivement pour la fin du droit 
d’eau ;
retourne
le dossier à l’intimé pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des 
considérants ;
met
les trois quarts des frais de la procédure, par CHF 2'625.-, à charge de la recourante, à prélever 
sur son avance de frais, le solde, par CHF 875,- lui étant restitué ;
laisse
le solde des frais judiciaires à la charge de l’Etat ;
15
alloue
à la recourante une indemnité de dépens réduite de CHF 3'231.- (honoraires : CHF 2'700.- ; 
débours : CHF 300.- ; TVA 7.7 % : CHF 231.-) à payer par l’intimé ;
dit
qu’il n’est pas alloué de dépens à l’intimé ;
informe
les parties des voies et délai de recours selon avis ci-après ;
ordonne
la notification du présent arrêt :
à la recourante, par son mandataire, Me Philippe Frésard, avocat à Berne ;
à l’intimé, Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du Gouvernement, rue 
de l'Hôpital 2, 2800 Delémont,
à l’Office fédéral de l’environnement, 3003 Berne.
Porrentruy, le 15 novembre 2022 
AU NOM DE LA COUR ADMINISTRATIVE
La présidente :
La greffière :
Sylviane Liniger Odiet
Carine Guenat
Communication concernant les moyens de recours :
Le présent arrêt peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le 
recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal 
fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire aux conditions des articles 113 ss LTF. Le 
mémoire de recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14; il doit être rédigé dans une langue 
officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer 
succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que s'il soulève une question 
juridique de principe, il faut exposer en quoi l'affaire remplit cette condition. Les pièces invoquées comme moyens 
de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de 
la décision attaquée.
Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral, soit, à l’attention de 
ce dernier, à la Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF).