ju_gerichte · ADM 2014 18 · 2015-10-26 · de

Arrêté gvnmtal délimitant les zones de prot. des eaux sout. pour le captage du Betteraz et les puits du Pont d'Able. Recours de la Commune d'Alle et d'un agriculteur contestant la classification de leurs parcelles, rejetés.

RÉPUBLIQUE ET CANTON DU JURA
TRIBUNAL CANTONAL
COUR ADMINISTRATIVE
ADM 18 / 2014 + 20 / 2014
Président 
:
 Sylviane Liniger Odiet
Juges
:
 Jean Moritz, Daniel Logos, Philippe Guélat et Carmen Bossart Steulet
Greffière
:
 Gladys Winkler Docourt
ARRET DU 26 OCTOBRE 2015
en la cause liée entre
1.
Commune municipale d'Alle, Rue de l'Eglise 5, 2942 Alle,
- représentée par Me Claude Jeannerat, avocat à Delémont,
2.
A.,
- représenté par Me Pierre Boillat, avocat à Delémont,
recourants,
et
le Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du Gouvernement, Rue de 
l'Hôpital 2, 2800 Delémont,
intimé,
relative à l'arrêté de l'intimé du 14 janvier 2014.
Appelée en cause : 
Commune municipale de Porrentruy, Hôtel de Ville, Rue Pierre-
Péquignat 12, 2900 Porrentruy.
______
CONSIDÉRANT
En fait :
A.
Le plan et le règlement des zones de protection des eaux souterraines pour le 
captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able dans les communes d’Alle, 
Courgenay, Porrentruy et Vendlincourt ont été mis à l’enquête publique du 7 janvier 
au 6 février 2009. 
Diverses oppositions ont été déposées en temps utile, dont celle de la Commune 
d’Alle et celle de A., agriculteur à Alle. 
2
Ceux-ci ont maintenu leur position à l’issue de la séance de conciliation le 23 avril 
2009, en dépit de différentes modifications apportées au plan et au règlement.
Par arrêté du 14 janvier 2014, le Gouvernement a adopté le plan et le règlement des 
zones de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et les puits 
du Pont d’Able exploités par la commune de Porrentruy. 
B.
La Commune municipale d’Alle a recouru contre cet arrêté le 26 février 2014, 
concluant principalement à sa modification, les parcelles n° 3457, 6101 et 6171 du 
ban d’Alle étant déclassées de la zone S2 à la zone S3, à la modification de l’article 
2 let. c) Constructions du règlement en soumettant à autorisation (b) en zone S2 les 
constructions éliminant des eaux usées moyennant des mesures de protection 
adéquates des eaux souterraines ; subsidiairement, au renvoi du dossier à l’intimé 
pour complément d’études et de recherches permettant l’adoption d’un plan et d’un 
règlement adéquats de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz 
et les puits du Pont d’Able exploités par la commune de Porrentruy, sous suite des 
frais et dépens.
En substance, la recourante relève qu’elle est propriétaire des parcelles dont elle 
demande le déclassement. Reprenant le déroulement de la procédure, elle relève 
que les différentes modifications qui sont intervenues au terme des séances de 
conciliation n’ont pas été communiquées aux personnes concernées, ce qui constitue 
une violation du droit d’être entendu. Sur le fond, elle s’appuie essentiellement sur le 
rapport d’expertise privée qu’elle a fait établir par l’Institut suisse de spéléologie et 
karstologie (ISSKA) pour contester le classement des parcelles en question, 
respectivement modifier le règlement litigieux pour permettre une autre affectation.
C.
Le Gouvernement a conclu au rejet du recours le 6 mai 2014. Pour l’essentiel, il 
souligne que la méthode EPIK qui a été utilisée pour établir les zones de protection 
constitue la référence et répond aux exigences légales. Le rapport ISSKA lui-même 
relève que le travail effectué l’a été dans les règles de l’art.
D.
A., agriculteur à Alle, a lui aussi recouru contre cet arrêté le 26 février 2014, 
demandant une réduction de la surface de la zone S2, en particulier en déclassant 
en zone S3 un périmètre autour du rural sis sur la parcelle xxxx dont il est propriétaire. 
Il a complété son recours le 10 juin 2014, en retenant les conclusions suivantes :
1.
Accepter le recours ; partant,
2.
À titre préalable, renvoyer le dossier à l’autorité intimée pour complément de 
motivation de la décision contenue dans l’arrêté du 14 janvier 2014 et dans 
l’annexe audit arrêté traitant de l’opposition formée par le recourant contre le 
plan et le règlement litigieux ;
3.
Principalement, renvoyer le dossier à l’autorité intimée pour complément 
d’études et de recherches permettant l’adoption d’un plan et d’un règlement 
adéquat de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et le 
puits du Pont d’Able exploités par la Commune de Porrentruy ;
3
4.
Subsidiairement :
4.1 modifier le plan des zones de protection des eaux souterraines pour le 
captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able exploités par la commune 
de Porrentruy en déclassant les parcelles xxxx, … et … du ban d’Alle en 
zone S3 (zone de protection éloignée) ;
4.2 en cas de maintien des immeubles propriétés du recourant dans les zones 
de protection S2 et S3, dire et déclarer que celui-ci a droit à une 
indemnisation à fixer, à faire valoir dans le cadre d’une autre procédure ;
5.
Sous suite des frais et dépens.
Il relève que la décision attaquée n’indique pas quelles dispositions de l’ordonnance 
fédérale sur les eaux (OEaux ; RSJU 814.201) ont été appliquées pour opérer les 
choix arrêtés. De même, l’arrêté et son annexe n’indiquent pas pourquoi le traitement 
du dossier ne nécessitait pas d’investigations supplémentaires. La problématique du 
refus d’indemnisation n’est traitée que dans l’annexe destinée à la Commune d’Alle. 
Faute de motivation suffisante, la décision doit être annulée pour que l’intimé remédie 
à cette lacune. Sur le fond, le recourant se fonde lui aussi sur l’expertise de l’ISSKA 
pour demander une réduction du périmètre de sa parcelle xxxx attribué à de la zone 
S2 au profit de la zone S3, considérant en particulier que de nouveaux traçages 
devraient être réalisés. Si la Cour ne devait pas suivre son raisonnement et rejeter 
son recours, elle devrait toutefois déclarer qu’il a droit à une indemnité. 
E.
La Commune de Porrentruy a renoncé le 4 avril 2014 à participer activement aux 
procédures de recours.
F.
La présidente a joint ces deux procédures de recours par ordonnance du 
11 septembre 2014. 
G.
Une visite des lieux suivie d’une audience d’instruction se sont tenues le 6 novembre 
2014. A cette occasion, les parties ont été entendues, ainsi que B., collaborateur à 
l’Office cantonal de l’environnement, comme membre d’un service appelé à fournir 
des renseignements. 
L’Office de l’environnement a produit différentes cartes pédologiques à l’issue de 
l’audience.
H.
Les recourants ont fourni plusieurs documents les 2 et 3 février 2015, notamment en 
lien avec la révision de l’OEaux. Ils ont également requis des moyens de preuve 
complémentaires, en particulier la mise en œuvre d’une expertise.
Le Gouvernement a conclu au rejet de ces différents moyens de preuve le 10 mars 
2015.
Par ordonnance du 19 mars 2015, la présidente a rejeté les compléments de preuve 
requis, sous réserve d’une décision contraire de la Cour.
4
I.
Dans ses remarques finales du 31 mars 2015, le Gouvernement a maintenu ses 
conclusions des 6 mai et 12 août 2014 ainsi que ses remarques du 10 mars 2015.
J.
Le recourant n° 2 a déposé ses remarques finales le 28 mai 2015, modifiant ses 
conclusions :
1.
Accepter le recours ; 
2.
Principalement, renvoyer le dossier à l’autorité intimée pour complément 
d’étude et de recherche permettant l’adoption d’un plan et d’un règlement 
adéquat de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et le 
puits du Pont d’Able exploités par la Commune de Porrentruy ;
3.
Subsidiairement :
3.1 modifier le plan des zones de protection des eaux souterraines pour le 
captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able exploités par la commune 
de Porrentruy en déclassant la parcelle n° xxxx du ban d’Alle en zone S3 
(zone de protection éloignée) ;
3.2 en cas de maintien du rural et de ses alentours sis sur l’immeuble n° xxxx, 
propriété du recourant, dans la zone de protection S2, dire et déclarer que 
celui-ci a droit à une indemnisation à faire valoir dans le cadre d’une autre 
procédure ;
4.
Sous suite de frais et dépens.
K.
La recourante n° 1 a communiqué ses dernières observations le 29 mai 2015, 
confirmant ses prises de position antérieures. 
L.
Il sera revenu ci-après dans la mesure utile sur les différents éléments au dossier.
En droit :
1.
Dès lors que la décision contestée a été prise par le Gouvernement, la Cour 
administrative statue à cinq juges (cf. art. 24 al. 2 let. a LOJ).
Les recours ont été interjetés dans les formes et délai légaux par des personnes 
disposant manifestement de la qualité pour recourir. A cet égard, il y a lieu de 
souligner que la Commune d’Alle, recourante n° 1, est touchée comme un particulier, 
puisqu’elle est propriétaire foncier de plusieurs parcelles englobées dans le périmètre 
contesté (sur la qualité pour recourir des collectivités publiques, cf. BROGLIN/WINKLER 
DOCOURT, Procédure administrative, Principes généraux et procédure jurassienne, 
2015, n° 436ss). Elle n’est toutefois pas légitimée à agir en qualité de collectivité 
publique qui défendrait les intérêts de ses administrés, en l’absence de toute base 
légale lui conférant la qualité pour recourir. Elle ne prétend pas à ce propos que son 
autonomie communale serait remise en cause (cf. toutefois consid. 9).
Le recourant a quant à lui modifié ses conclusions au stade des remarques finales et 
ne conteste pour l’essentiel plus que l’attribution de sa parcelle xxxx à la zone S2. 
5
2.
La recourante se plaint d’une violation du droit d’être entendu, dès lors que les 
modifications intervenues à la suite des séances de conciliation ne lui ont pas été 
communiquées et que le dossier n’a été repris que cinq ans après. 
L’intimé relève – et cela est corroboré par le dossier – que les différentes 
modifications découlant de la procédure de conciliation ont été communiquées au 
mandataire de la recourante par courrier du 7 juillet 2009 (PJ 16 intimé). Celle-ci ne 
le conteste pas. Le cas échéant, il lui appartenait de se manifester et de s’exprimer si 
les changements auxquels il avait été procédé ne correspondaient pas aux résultats 
de la procédure d’opposition. Quoi qu’il en soit, dès lors que les plans ont été déposés 
publiquement et que les intéressés ont pu s’exprimer dans le cadre de la procédure 
d’opposition, il n’y avait pas lieu de donner une fois encore la possibilité aux parties 
concernées de s’exprimer. Au contraire, une fois les oppositions levées, seule la voie 
du recours est ouverte (cf. art. 95 let. b Cpa ; cf. également BROGLIN/WINKLER 
DOCOURT, op. cit., n° 354). Il y a par ailleurs lieu de relever que la recourante n’est 
pas légitimée à se plaindre d’une violation du droit d’être entendu prétendument 
commise au préjudice de ses administrés.
Pour le surplus, si l’on peut effectivement regretter l’écoulement du temps, près de 
cinq ans, entre les séances de conciliation et l’adoption de l’arrêté gouvernemental, 
la loi ne fixe aucun délai impératif et on ne voit pas non plus en quoi la recourante 
s’est trouvée prétéritée par le temps mis à statuer. Elle ne se prévaut d’aucun élément 
à ce propos. 
Le droit d’être entendu de la recourante n’a pas été violé. Ce grief est par conséquent 
mal fondé.
3.
A. invoque une violation de l’obligation de motiver.
3.1
L’article 86 al. 1 Cpa prescrit que la décision doit être motivée de façon suffisante en 
fait et en droit. Cette règle découle des exigences du droit d'être entendu qui confère 
à toute personne le droit d'exiger, en principe, qu'un jugement ou une décision 
défavorable à sa cause soit motivé. L'objet et la précision des indications à fournir 
dépendent de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas ; 
néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement 
les motifs qui l'ont guidée. L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée 
tous les arguments soulevés par les parties ; elle n'est pas davantage astreinte à 
statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se 
limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige ; il suffit que le 
justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon 
escient (BROGLIN/WINKLER DOCOURT, op. cit., n° 74). Le défaut de motivation d’une 
décision peut être réparé dans la procédure de recours pour autant que le recourant 
ait eu la possibilité de répliquer et de répondre aux motifs contenus dans la réponse 
de l’autorité inférieure (BROGLIN/WINKLER DOCOURT, op. cit., n° 76).
6
3.2
Le recourant reproche notamment à l’intimé de ne pas avoir expliqué de manière 
circonstanciée les raisons pour lesquelles il n’avait pas ordonné d’investigations 
supplémentaires. La réponse de l’intimé apporte toutefois des éléments à ce propos 
et le représentant de l’Office de l’environnement a également donné en audience des 
précisions sur ce point (cf. également consid. 4 et 11 ci-dessous).
S’agissant par ailleurs des indemnités réclamées jusqu’ici en vain par le recourant, il 
lui a été précisé lors de la séance de conciliation du 23 avril 2009 que d’éventuelles 
indemnisations ne pouvaient pas être prévues dans le cadre de cette procédure mais 
que des discussions pouvaient avoir lieu en tout temps avec la Commune de 
Porrentruy (PJ 5 recourant). Le Gouvernement a également pris position sur cette 
conclusion dans sa réponse (cf. également consid. 12 ci-dessous). 
Le grief relatif à une éventuelle violation du droit d’être entendu doit par conséquent 
être rejeté et il n’y a pas lieu d’annuler la décision attaquée pour ce motif.
4.
D’une façon générale, les recourants contestent la méthodologie employée.
4.1
La loi fédérale sur la protection des eaux, qui s’applique tant aux eaux superficielles 
que souterraines (cf. art. 2 LEaux ; RS 814.20), a pour but de protéger celles-ci contre 
toute atteinte nuisible. Elle vise en particulier à préserver la santé des êtres humains, 
des animaux et des plantes, à garantir l'approvisionnement en eau potable et en eau 
d'usage industriel et promouvoir un usage ménager de l'eau (cf. art. 1 LEaux). Pour 
ce faire, et conformément à l’article 20 al. 1 LEaux, les cantons délimitent des zones 
de protection autour des captages et des installations d'alimentation artificielle des 
eaux souterraines qui sont d'intérêt public et fixent les restrictions nécessaires du droit 
de propriété. 
4.2
Les mesures d'organisation du territoire relatives aux eaux sont précisées aux articles 
29ss OEAux. Ainsi, conformément à l’article 29 al. 4 OEaux, pour déterminer les 
secteurs de protection des eaux et délimiter les zones et périmètres de protection des 
eaux souterraines, les cantons s'appuient sur les informations hydrogéologiques 
disponibles ; si ces dernières ne suffisent pas, ils veillent à procéder aux 
investigations hydrogéologiques nécessaires. L’article 30 al. 1 OEaux exige des 
cantons qu’ils établissent des cartes de protection des eaux et les adaptent en 
fonction des besoins. Ces dernières comportent au moins les secteurs de protection 
des eaux (let. a) ; les zones de protection des eaux souterraines (let. b) ; les 
périmètres de protection des eaux souterraines (let. c) ; les résurgences, les captages 
et les installations d'alimentation artificielle importants pour l'approvisionnement en 
eau (let. d). 
Il découle des chiffres 121ss de l’annexe 4 OEaux que les zones de protection des 
eaux souterraines se composent de la zone de captage (zone S1), de la zone de 
protection rapprochée (zone S2) et de la zone de protection éloignée (zone S3). Le 
chiffre 121 al. 3 précise que pour les eaux du sous-sol en milieu karstique ou fissuré, 
le dimensionnement des zones de protection des eaux souterraines est déterminé 
7
par la vulnérabilité du bassin d'alimentation du captage ou de l'installation 
d'alimentation artificielle. La vulnérabilité est déterminée selon les critères suivants : 
formation des roches proches de la surface, tel qu'épikarst et zone désagrégée (let. 
a) ; formation des couches de couverture (let. b) ; conditions d'infiltration (let. c) et 
formation du système karstique ou des systèmes de discontinuité (let. d). 
Conformément au chiffre 122, la zone S1 doit empêcher que les captages et les 
installations d'alimentation artificielle ainsi que leur environnement immédiat soient 
endommagés ou pollués. Elle comprend le captage ou l'installation d'alimentation 
artificielle, la zone désagrégée par les travaux de forage ou de construction et, au 
besoin, l'environnement immédiat des installations. Pour les eaux du sous-sol en 
milieu karstique ou fissuré, elle couvre encore d'autres zones si ces dernières 
présentent une vulnérabilité particulièrement forte (p. ex. ponors, dolines, fissures et 
zones tectonisées) (let. a), et si l'existence d'une liaison directe entre ces zones et le 
captage ou l'installation d'alimentation artificielle est prouvée ou doit être présumée 
(let. b). Selon le chiffre 123, la zone S2 doit empêcher que des germes et des virus 
pénètrent dans le captage ou l'installation d'alimentation artificielle (let. a) ; que les 
eaux du sous-sol soient polluées par des excavations et travaux souterrains (let. b), 
et que l'écoulement des eaux du sous-sol soit entravé par des installations en sous-
sol (let. c). L’alinéa 3 précise que pour les eaux du sous-sol en milieu karstique ou 
fissuré, elle couvre les parties du bassin d'alimentation du captage ou de l'installation 
d'alimentation artificielle qui présentent une forte vulnérabilité. En vertu du chiffre 124, 
la zone S3 doit garantir qu'en cas de danger imminent (p. ex. en cas d'accident 
impliquant des substances pouvant polluer les eaux), on dispose de suffisamment de 
temps et d'espace pour prendre les mesures qui s'imposent. Pour les eaux du sous-
sol en milieu karstique ou fissuré, la zone S3 comprend les parties du bassin 
d'alimentation du captage ou de l'installation d'alimentation artificielle qui présentent 
une vulnérabilité moyenne.
4.3
L’Office fédéral de l’environnement a ainsi élaboré en 2004 des Instructions pratiques 
pour la protection des eaux souterraines (document disponible sur internet : 
www.ofev.ch > Thèmes A-Z > Eaux > Mesures pour la protection des eaux > 
Protection des eaux souterraines > Grundwasser als Trinkwasser > Instructions 
pratiques … ; consulté le 23.09.2015). Ce document se réfère (cf. p. 48 des 
Instructions), s’agissant des eaux en milieu karstique, à la Cartographie de la 
vulnérabilité en régions karstiques (EPIK), publiée en 1998, qui recourt à la méthode 
EPIK (document disponible sur internet : www.ofev.ch > Thèmes A-Z > Eaux > 
Mesures pour la protection des eaux > Protection des eaux souterraines > 
Grundwasser als Trinkwasser > Cartographie de la vulnérabilité … ; consulté le 
23.09.2015). Celle-ci se fonde sur quatre critères, à savoir épikarst (facteur E), sol et 
couverture protectrice (facteur P), conditions d’infiltration (facteur I) et développement 
du réseau karstique (facteur K), et divise le bassin d’alimentation du captage en 
surfaces élémentaires, indexées en fonction des quatre critères E, P, I et K. Cette 
opération fait appel à différentes méthodes, directes ou indirectes, locales ou 
régionales, par exemple à des études géomorphologiques, à des analyses des 
hydrogrammes de crues, à l’interprétation de prises de vue aériennes, à des essais 
8
de traçage, à des sondages à la tarière ou à la pelle mécanique, à la géophysique. 
L’index correspondant au critère K est en général évalué pour l’ensemble du bassin 
d’alimentation. 
4.4
Ces instructions constituent des ordonnances administratives, plus particulièrement 
des directives interprétatives qui précisent le sens à donner à des notions juridiques 
indéterminées figurant dans les dispositions légales ou la manière de faire usage du 
pouvoir d’appréciation que la loi laisse à l’administration. Elles visent à garantir la 
sécurité juridique et l’égalité de traitement entre justiciables, à assurer une application 
uniforme du droit et à faciliter la tâche des fonctionnaires chargés de l’exécution de 
la loi, mais elles ne dispensent pas l’administration de se prononcer à la lumière du 
cas d’espèce. Le juge ne doit en tenir compte que dans la mesure où elles permettent 
une application correcte des dispositions légales dans un cas d’espèce. Il doit en 
revanche s’en écarter lorsqu’elles établissent des normes qui ne sont pas conformes 
aux règles légales applicables (TANQUEREL, Manuel de droit administratif 2011, 
n° 331ss, en particulier 335).
4.5
C’est ici le lieu de relever que ni la révision en cours de l’OEaux ni celle de la méthode 
EPIK ne sont en tant que telles propres à modifier déjà la classification à laquelle il a 
été procédé. A titre préalable, on ne saurait affirmer péremptoirement, comme le fait 
le recourant, que la révision de l’OEaux et de la méthode EPIK impliquent qu’elles 
sont inadaptées. Le rapport explicatif reconnaît toutefois qu’il existe des conflits entre 
la protection des eaux et l’utilisation en surface des eaux concernées. La zone S2 
devrait être dimensionnée moins généreusement et la zone S3 abandonnée, au profit 
de zones de protection spécifiques (terrains à vulnérabilité moyenne = Sm ; terrains à 
vulnérabilité haute = Sh). Une distinction sera faite entre aquifères en roches meubles 
et aquifères karstiques ou fissurés faiblement hétérogènes d’une part et aquifères 
karstiques ou fissurés fortement hétérogènes d’autre part. Il appartiendra au Service 
cantonal de la protection des eaux de décider au cas par cas à partir de la situation 
hydrogéologique si l’aquifère doit être qualifié de faiblement hétérogène ou de 
fortement hétérogène (OFEV, Rapport explicatif concernant la modification de 
l’ordonnance sur la protection des eaux, du 22 décembre 2014, p. 6ss). Cela étant, 
ainsi que l’a relevé l’intimé, il n’y a pas lieu d’appliquer de nouvelles dispositions 
légales de manière anticipée (cf. TANQUEREL, op. cit., n° 422ss), d’autant moins que 
d’une part les dispositions transitoires soumises en consultation prévoient qu’il n’est 
en principe pas nécessaire de procéder à une nouvelle délimitation des zones de 
protection établies en fonction de la nouvelle OEaux et que d’autre part le texte 
définitif de celle-ci n’est pas connu. Il n’y a pas davantage lieu de surseoir à la 
délimitation des zones de protection jusqu’à droit connu sur la nouvelle méthode 
EPIK, qui est en consultation, comme semble le demander implicitement la 
recourante dans ses remarques finales. Le cas échéant, il sera possible de procéder 
à une nouvelle délimitation des zones de protection des eaux une fois les textes 
entrés en vigueur. 
9
5.
5.1
En l’espèce, la méthode EPIK est celle préconisée par l’Office fédéral de 
l’environnement dans le cas des zones de protection dans les aquifères karstiques, 
ainsi que cela a été relevé ci-dessus. Elle est également celle retenue par la fiche 
5.04 du plan directeur cantonal, relative à la protection des eaux souterraines (cf. p. 
2). L’expertise ISSKA produite par les recourants ne remet pas en cause cette 
méthode. Au contraire, les experts de l’ISSKA reconnaissent la bonne facture du 
rapport, effectué de manière conforme aux règles de l’art et selon les directives en 
vigueur, et relèvent qu’il ne contient pas de malfaçon, d’erreurs ou omissions 
grossières pouvant mettre en cause de manière radicale les résultats (p. 2 et 8) ; ils 
en concluent que d’un point de vue strictement hydrogéologique, les zones de 
protection telles que décrites dans le rapport sont réalistes et défendables au vu des 
résultats issus des essais de traçage et de l’application de la méthode EPIK, même 
si dans les détails, ils n’auraient pas forcément toujours eu recours aux mêmes 
délimitations. La délimitation proposée par CSD est justifiée (p. 7). 
C’est dès lors sans fondement que la recourante prétend que la méthode EPIK n’est 
pas fiable et contestée. 
5.2
S’agissant de l’ancienneté des traçages et de la nécessité, selon les recourants, de 
procéder à de nouvelles études, il y a lieu de relever que les experts du bureau CSD 
ont établi la liste des principaux traçages réalisés dans la région de Porrentruy, en 
particulier concernant le bassin versant de la source du Betteraz (CSD, p. 8). Les 
traçages concernant le périmètre litigieux ont été réalisés entre 1983 et 1992. Or le 
rapport ISSKA retient que les trois essais de traçage réalisés pour les vallons Champ 
Françon et Vertillat, très concordants au niveau des résultats, semblent suffisants 
pour une interprétation fine des résultats (ISSKA, p. 4). Pour le surplus, ces traçages 
donnent essentiellement des indications sur le critère K de la méthode EPIK 
(développement du réseau karstique ; cf. Méthode EPIK, p. 25), lequel n’a qu’une 
importance moyenne lors de la délimitation du facteur F utilisée pour déterminer les 
zones en question (cf. Méthode EPIK, p. 28). Ils représentent des outils pour la 
délimitation des zones, mais pas les seuls, comme l'a mentionné B., qui a en outre 
précisé que l'étude des structures géologiques est tout aussi importante voire plus, 
même si elle est moins visible. La méthode EPIK mentionne d'ailleurs que les critères 
E (développement de l’épikarst), P (propriétés de la couverture protectrice) et I 
(conditions d’infiltration) sont obtenus par d’autres méthodes, étant précisé que les 
critères E et I sont considérés comme les plus importants. Par ailleurs, de nombreux 
essais ont été réalisés pour le bassin versant du Betteraz en raison notamment de la 
construction de l’autoroute, et ont démontré l’étendue du bassin versant.
En outre, d’une façon générale, la topographie du paysage donne des indications 
précieuses ; ainsi, les vallées sèches correspondent à des secteurs de faille, où la 
roche est fracturée et la circulation des eaux est plus rapide et plus concentrée. Les 
dolines constituent un autre indice d’une activité intense au niveau des eaux, 
délimitant un secteur vulnérable. Finalement, à l’instar de ce qu’a relevé B., les 
10
délimitations retenues, qui se basent notamment sur la topographie, ont été fixées 
pour être aisément appréhendées, dans une optique didactique. 
5.3
Les différents griefs des recourants s’agissant de l’attribution de leurs parcelles à la 
zone S2 devront ainsi être examinés à la lumière de ces principes.
6.
La Commune d’Alle conteste l’attribution à la zone S2 de la parcelle 3457, sur laquelle 
se trouve la forêt Vernes-Vaumacon. 
La recourante fait en particulier valoir qu’il ne sera plus possible d’effectuer des 
traitements chimiques, ce qui constitue un obstacle considérable au développement 
de l’économie forestière. Or, indépendamment de toute classification en zone de 
protection des eaux, il est interdit d’utiliser des traitements phytosanitaires en forêt, 
ainsi que cela découle du chiffre 1.1 al. 1 let. d de l’annexe 2.5 de l’ordonnance sur 
la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim ; RS 814.81). Pour le 
surplus, ainsi que le relève l’intimé dans sa réponse, l’attribution à la zone S2 découle 
des quatre critères de la méthode EPIK (cf. carte C9), le classement en zone E3 étant 
le résultat du seul critère E – morphologie karstique (carte C2). B. a finalement relevé 
qu’on y trouvait de nombreuses dolines, autre morphologie karstique signe d’une 
activité plus intense au niveau des eaux.
Dans ces circonstances, cette conclusion doit être rejetée.
7.
La Commune d’Alle demande que l’intégralité de la parcelle 6171, partiellement 
située en milieu bâti, soit classée en zone S3.
Les investigations auxquelles il a été procédé démontrent que la partie nord doit être 
attribuée à la zone S2, et cela même si la parcelle voisine appartenant à M. C. et 
initialement attribuée à cette même zone a finalement été colloquée en zone S3. B. a 
souligné que la parcelle n° yyyy, propriété de M. C., se trouvait en fin de vallée sèche 
et que les sondages effectués avaient mis en évidence une couverture filtrante de 
plus de 3 m. La partie nord de la parcelle 6171 est totalement située dans la vallée 
sèche et il est manifeste pour B. que la couverture est de peu d’épaisseur. La 
recourante ne parvient pas à convaincre que la situation pourrait être autre. En outre, 
en audience, elle a admis que sa parcelle n’avait pas une épaisseur imperméable 
aussi importante, notamment dans la partie talus. La carte pédologique réalisée dans 
le cadre du remaniement parcellaire et produite par l’Office de l’environnement le 7 
novembre 2014 confirme les propos tenus en audience, puisqu’elle fait état d’un sol 
modérément profond, voire moins au niveau de la parcelle 6171, alors que la parcelle 
yyyy a une profondeur importante. Dans ces circonstances, il n’y avait pas lieu de 
procéder à d’autres investigations pour déterminer la profondeur des sols et il n’y a 
pas de violation de la maxime inquisitoire, contrairement à ce que prétend la 
recourante dans ses remarques finales (cf. également BROGLIN/WINKLER DOCOURT, 
op. cit., n° 247ss). Sur ce point, le rapport ISSKA ne permet pas non plus de remettre 
en cause la classification de la parcelle, dans la mesure où il préconise à la fois une 
augmentation vers l’est de la zone S2, moyennant compensation au sud-est de la 
11
parcelle (p. 7 et annexe 5). En tout état de cause, il ne remet pas en cause l’attribution 
à la zone S2 d’une grande partie de la parcelle.
Tous les éléments concordent pour faire admettre que la parcelle en question doit 
être attribuée à cette zone. 
Il y a par ailleurs lieu de relever que la parcelle 6171 s’étend sur plus de 17'800 m2. 
Si, dans sa partie sud, elle est située à proximité du milieu bâti, elle ne se trouve 
cependant pas en zone constructible au sens de l’article 15 LAT. Une partie est en 
zone de protection du paysage et l’autre dans un périmètre de protection de la nature, 
ce qui rend le bien-fonds inconstructible en l’état actuel de la règlementation et 
influence d’ores et déjà d’autant sa valeur vénale en cas d’échange avec un tiers, 
comme semble l’envisager la recourante. Cela étant, seule sa partie nord est attribuée 
à la zone S2. Le cas échéant, il appartient à la recourante d'examiner la possibilité de 
procéder à un morcellement pour scinder la parcelle et céder la partie affectée en 
zone S3. 
Dans ces circonstances, et au vu des analyses effectuées, il n’y a pas lieu de classer 
l’intégralité de la parcelle en zone S3. Cette conclusion doit être rejetée.
8.
La Commune d’Alle demande que l’intégralité de la parcelle 6101, où se trouve la 
déchetterie, soit classée en zone S3, se prévalant d’engagements donnés lors de la 
séance de conciliation.
Au vu des résultats de la méthode EPIK, il apparaît que la parcelle en question doit 
être attribuée à la zone S2 et la recourante ne remet pas ce principe en cause. Certes, 
l’attribution à la zone S3 permettrait d’autres développements, incompatibles avec le 
régime de protection des eaux. L’affectation actuelle bénéficie toutefois de la garantie 
de la situation acquise, ainsi que cela découle de l’article 3 let. c du règlement. 
L’intimé rappelle à cet égard dans son mémoire de réponse que « la déclaration en 
séance de conciliation du 23 avril 2009 à propos des aménagements possibles de la 
déchetterie est maintenue ». Les engagements en question ne doivent dès lors pas 
déboucher sur un changement de zone de la parcelle 6101 et cette conclusion doit 
être rejetée. 
9.
La Commune d’Alle requiert la modification de l’article 2c du règlement relatif au plan 
de zones afin qu’il soit possible de construire en zone S2, moyennant une autorisation 
de l’Office de l’environnement, les constructions éliminant des eaux usées moyennant 
des mesures de protection adéquates des eaux souterraines. Ce faisant, elle se 
prévaut implicitement d’une violation de son autonomie communale.
Selon la règlementation actuelle, de telles constructions sont possibles en zone S3 
moyennant autorisation. La recourante requiert toutefois davantage de souplesse 
pour ne pas compromettre le développement de la localité dans sa partie nord et 
respecter le principe de proportionnalité. 
12
Il faut souligner que conformément au chiffre 222 al. 1 let. a annexe 4 OEaux, en zone 
S2, la construction d’ouvrage ou d’installation est interdite, quel que soit leur type. 
L’autorité cantonale peut accorder des dérogations pour des motifs importants, si 
toute menace pour la production d’eau potable peut être exclue. Selon les Instructions 
pratiques (cf. p. 59), la nécessité de construire ou de conserver un ouvrage en zone 
S2 doit être à ce point fondée et démontrée qu’elle prenne le pas sur les intérêts de 
la protection des eaux souterraines et de l’approvisionnement en eau potable. Ne 
remplissent ainsi les conditions requises pour une dérogation que les ouvrages ou 
parties d’ouvrages qui doivent impérativement se trouver dans la zone de protection 
S2 en raison de particularités géologiques ou topographiques, ou parce que la 
sécurité publique l’exige (p. ex. ouvrages pare-avalanches). Des motifs économiques 
ou les intérêts des exploitants ne justifient pas une dérogation.
Les éléments invoqués par la recourante sont justement de type économique, 
puisqu’il s’agit de ne pas compromettre le développement du village. Elle ne prétend 
pas qu’il serait impérativement nécessaire de construire dans la zone en question. 
Pour le surplus, en vertu de l’article 3c du règlement, la garantie de la situation 
acquise s’applique et les parcelles actuellement incluses dans le plan de zones à bâtir 
pourront faire l’objet de constructions. 
Dans ces circonstances, il n’est pas possible d’admettre la conclusion de la 
recourante.
10.
A. conteste l’attribution à la zone S2 de sa parcelle xxxx. Il relève que le 
développement de son exploitation s’en trouvera entravé.
B. a souligné que l’effondrement du terrain, constaté du reste lors de la visite des 
lieux, était le résultat de l’activité des eaux souterraines. Le rapport ISSKA (p. 7) ne 
dit pas le contraire, mais expose que l’extrémité nord-ouest de la parcelle xxxx 
pourrait être déclassée si la preuve était rapportée que les sols avaient une épaisseur 
supérieure à un mètre. Entendu en audience, B. a toutefois souligné que tel n’était 
pas le cas et que la preuve en avait été apportée par la carte pédologique réalisée 
dans le cadre du remaniement parcellaire. A cet égard, il sied de rappeler que la carte 
pédologique ne concerne que des sols naturels. La carte fournie laisse dès lors à 
juste titre en blanc la partie de la parcelle où se trouvent le bâtiment et ses alentours, 
où le sol naturel a disparu, ainsi que la forêt. L’argument du recourant selon lequel 
aucune analyse n’aurait été réalisée sur l’intégralité de la parcelle en question n'est 
ainsi pas pertinent. Au contraire, la couverture de la surface de sa parcelle dont il 
requiert le déclassement est manifestement moindre, si bien qu’il n’est pas possible, 
en l’absence de couverture protectrice suffisante, de l’attribuer à la zone S3. Enfin, 
un essai de traçage a été effectué à moins de 300 mètres du bâtiment en question 
comme l’ont rappelé B. à l’audience et l’intimé dans ses remarques finales.
Par ailleurs, il importe peu qu’aucune pollution n’ait encore eu lieu et que le recourant 
agisse toujours au mieux pour éviter toute atteinte aux eaux. Au vu de la configuration 
hydrogéologique, il est nécessaire de prendre certaines précautions, raison pour 
13
laquelle la parcelle en question a été colloquée en zone S2. On peut du reste préciser 
que selon le rapport CSD (p. 33), de manière générale et sans en imputer la 
responsabilité au recourant, la présence continue de bactéries fécales dans la source 
du Betteraz indique une contamination permanente par des eaux usées, des 
déversements de purin ou des exploitations agricoles, mais dans des plus faibles 
proportions depuis la mise en service de la STEP ; l’eau de cette source nécessite de 
ce fait un traitement en permanence. 
Finalement, il n’y a pas lieu de procéder à de nouveaux traçages, les mesures 
réalisées précédemment n’ayant pas perdu leur validité. En effet, ainsi que l’a relevé 
l’intimé dans sa réponse, les essais de traçage réalisés suffisent à démontrer 
l’appartenance des parcelles du recourant au bassin d’alimentation de la source du 
Betteraz. L’arrêt 1C_55/2007 du 27 février 2008, publié in DEP 2008 p. 223 et cité 
par le recourant, ne modifie pas cette appréciation. Si dans ce cas, les investigations 
menées en 1981 n’ont pas été jugées suffisantes et que la cause a été renvoyée pour 
instruction complémentaire, c’est que dans l’intervalle, une ancienne carrière qui s’y 
trouvait a été comblée avec différents matériaux dont ni l’origine ni la composition 
n’étaient claires, mais parmi lesquels il y avait des déchets ménagers et de boucherie. 
Une ancienne décharge avait également été assainie (cf. consid. 2.2.1). Il se justifiait 
ainsi de procéder à de nouveaux traçages, lesquels devaient également permettre de 
déterminer si les eaux de la zone en question pouvaient, compte tenu des 
circonstances, encore être protégées conformément à la législation (consid. 2.2.2). 
Les circonstances sont tout à fait différentes ici.
Il faut encore souligner qu’en l’état, le maintien du rural est autorisé, voire son 
amélioration, ainsi que cela ressort de la réglementation et comme l’a confirmé en 
audience B. L’intéressé, qui prétend être entravé dans le développement de son 
exploitation, est par ailleurs propriétaire de parcelles attribuées à la zone S3, sur 
laquelle la construction d’un nouveau rural est autorisée. 
Cette conclusion doit par conséquent être rejetée.
11.
Au vu des considérants qui précèdent, il apparaît que les compléments de preuve 
requis par les recourants ne sont pas nécessaires et doivent être rejetés (cf. sur la 
problématique de l’appréciation anticipée des preuves : ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; 
138 III 374 consid. 4.3.2).
12.
S’agissant des indemnités, elles doivent être réclamées par le biais d’une action. Les 
conclusions des recourants sont irrecevables dans le cadre d’un recours (cf. 
également TF 8C_686/2014 du 25 août 2015 consid. 2.5). La Cour de céans n’est 
par ailleurs pas compétente pour reconnaître le principe même d’une indemnisation, 
qui est due en règle générale par le propriétaire du captage (cf. art. 20 al. 2 let. c 
LEAux), ce que n’est pas l’intimé, et uniquement en cas d’expropriation matérielle 
(HUBER-WÄLCHLI/KELLER, Dix années de jurisprudence relative à la nouvelle loi sur la 
protection des eaux, DEP 2003, p. 413s et les références).
14
13.
Il suit de ce qui précède que les recours doivent être intégralement rejetés, dans la 
mesure de leur recevabilité.
14.
Les frais de la présente procédure doivent être mis à charge des recourants qui 
succombent. Ils n’ont pas droit à des dépens. Il n’y a pas lieu d’allouer de dépens au 
Gouvernement (art. 230 al. 1 Cpa).
PAR CES MOTIFS 
LA COUR ADMINISTRATIVE
rejette
les recours dans la mesure de leur recevabilité ;
met
les frais de la présente procédure, par CHF 3'700.-, à charge des recourants, à hauteur de 
CHF 1’500.- pour la recourante n° 1, la Commune d’Alle, et CHF 1'200.- pour le recourant n° 2, 
A., à prélever sur leur avance respective ;
n’alloue pas
de dépens ;
informe
les parties des voies et délai de recours, selon avis ci-après ;
ordonne
la notification du présent arrêt :
-
à la recourante n° 1, la Commune municipale d'Alle, agissant par son Conseil 
communal, par son mandataire, Me Claude Jeannerat, avocat à Delémont ;
-
au recourant n° 2, A., par son mandataire, Me Pierre Boillat, avocat à Delémont ;
-
à l’intimé, le Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du 
Gouvernement, Rue de l'Hôpital 2, 2800 Delémont ;
-
à l’appelée en cause, la Commune municipale de Porrentruy, agissant par son Conseil 
communal, Hôtel de Ville, Rue Pierre-Péquignat 12, 2900 Porrentruy ;
-
à l’Office fédéral du développement territorial, Case postale, 3003 Berne ;
-
à l’Office fédéral de l’environnement, Case postale, 3003 Berne ;
15
et l’envoi d’une copie pour information à l’Office cantonal de l’environnement, Chemin du 
Bel’Oiseau 12, 2882 St-Ursanne.
Porrentruy, le 26 octobre 2015
AU NOM DE LA COUR ADMINISTRATIVE
La présidente :
La greffière :
Sylviane Liniger Odiet
Gladys Winkler Docourt
Communication concernant les moyens de recours :
Le présent arrêt peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le 
recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal 
fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire aux conditions des articles 113 ss LTF. Le 
mémoire de recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14; il doit être rédigé dans une langue 
officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer 
succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que s'il soulève une question 
juridique de principe, il faut exposer en quoi l'affaire remplit cette condition. Les pièces invoquées comme moyens 
de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de 
la décision attaquée.