ju_gerichte · ADM 2020 129 · 2021-12-13 · de

Rappel et soustraction d'impôt - prescription ne bis in idem

RÉPUBLIQUE ET CANTON DU JURA
TRIBUNAL CANTONAL
COUR ADMINISTRATIVE
ADM 129 / 2020
Présidente 
:
 Sylviane Liniger Odiet
Juges
:
 Carine Guenat et Lisiane Poupon 
Greffière
:
 Julie Frésard 
ARRET DU 13 DECEMBRE 2021
en la cause liée entre
A.________,
- représenté par Me Philippe Kitsos, avocat à La Chaux-de-Fonds,
recourant,
et
Le Service des contributions de la République et Canton du Jura, Rue de la Justice 2, 
Case postale 272, 2800 Delémont,
intimé,
relative à la décision de la Commission cantonale des recours en matière d’impôts du 
7 septembre 2020.
______
CONSIDÉRANT
En fait :
A.
Il ressort du dossier que A.________ (ci-après : le recourant) et son frère ont été, 
jusqu’à l’année 2003, copropriétaires d’une exploitation agricole dans laquelle ils 
élevaient, abattaient et vendaient du bétail. Le recourant s’occupait plus 
particulièrement de l’élevage, tandis que son frère se consacrait à l’abattage et à la 
vente d’animaux. L’activité de boucherie s’étendait également à l’abattage d’animaux 
acquis auprès de tiers et à la vente de cette viande, à l’abattage d’animaux pour des 
tiers ainsi qu’à la vente de viande achetée auprès de grossistes.
2
Depuis 2004, le recourant était le seul propriétaire de l’exploitation, tandis que son 
frère y travaillait comme salarié. Ce changement est vraisemblablement intervenu, 
après que ce dernier ait appris que son épouse le trompait, par crainte de devoir céder 
à celle-ci tout ou partie de ses biens et revenus ; la procédure de séparation qui a 
suivi a d’ailleurs été conflictuelle. Le frère du recourant a néanmoins continué, malgré 
la réorganisation de 2004, à assurer la gestion administrative de l’exploitation agricole 
(Arrêt de la Cour pénale du Tribunal cantonal du 10 mai 2019 - CP 19/2018 consid. 
C, C.1, F, 5.4.5 ; TF 6B_955/2019, 6B_965/2019 du 11 octobre 2019 consid. B.a, 
3.2). Bien que le recourant ne se soit, quant à lui, pas occupé de la gestion 
administrative de l’exploitation agricole, il disposait d’un CFC d’agriculteur, dans le 
cadre duquel il a reçu une formation comptable et a admis être en mesure de 
comprendre une comptabilité. Il signait les déclarations fiscales (CP 19/2018 consid. 
6.2 ; TF 6B_955/2019 et 6B_965/2019 précités consid. 4.2 ; onglet 6 du dossier de 
l’intimé ; ci-après les onglets cités sans autre indication renvoient au dossier produit 
par l’intimé).
Par arrêt du 10 mai 2019, la Cour pénale du Tribunal cantonal a condamné le 
recourant à une peine pécuniaire de CHF 180 jours-amende, avec sursis durant deux 
ans et à une amende additionnelle de CHF 1'000.- pour usage de faux et escroquerie 
en relation avec les périodes fiscales 2002, 2003, 2005 et 2007. Son frère également 
a été déclaré coupable de ces infractions pour les périodes fiscales 2002 et 2003. Cet 
arrêt a été confirmé par le Tribunal fédéral le 11 octobre 2019 (TF 6B_955/2019 et 
6B_965/2019).
B.
Le 20 novembre 2009, le Service des contributions de la République et Canton du 
Jura, Bureau des personnes morales et autres impôts, (ci-après : l’intimé) a informé 
le recourant de l’ouverture d’une procédure en soustraction d’impôt portant sur les 
périodes fiscales 1999 et suivantes s’agissant de l’impôt d’Etat et l’IFD. Par décision 
du 10 mars 2017, il a procédé au rappel de l’impôt d’Etat pour CHF118’453.35 et 
intérêts pour CHF 65'301.65 ainsi que de l’IFD pour CHF 23'815.10, pour les périodes 
fiscales 2002 à 2007 et a fixé les amendes pour soustraction de l’impôt d’Etat et de 
l’IFD à CHF 31'452.95 respectivement CHF 6'660.95 pour les mêmes périodes. 
Le 6 décembre 2019, sur réclamation, l’intimé a constaté que le droit de procéder au 
rappel d’impôt était prescrit pour les années fiscales 2002 et 2003, il a annulé sa 
décision de rappel d’impôt et de soustraction du 10 mars 2017 s’agissant de ces 
périodes fiscales, il rejeté la réclamation du recourant pour le surplus tant en ce qui 
concernait l’impôt d’Etat que l’IFD, il a confirmé la décision de rappel d’impôt du 10 
mars 2017 relative aux périodes fiscales 2004 à 2007 et il a procédé au rappel de 
l’impôt d’Etat pour CHF 95'114.35 et intérêts pour CHF 50'166.05 ainsi que de l’IFD 
pour CHF 20'649.85 et il a fixé les amendes pour soustraction de l’impôt d’Etat et de 
l’IFD à CHF 34'947.75 respectivement CHF 7'401.05.
3
C.
Le 7 septembre 2020, saisie sur recours contre la décision sur réclamation de l’intimé 
du 6 décembre 2019, la Commission cantonale des recours en matière d’impôts (ci-
après : la CCR) a déclaré le recours irrecevable s’agissant de l’IFD, constaté que la 
décision attaquée était entrée en force s’agissant du rappel d’impôt et de l’amende 
pour soustraction d’impôt pour l’IFD des années 2004 à 2007, constaté que le droit 
de procéder au rappel d’impôt pour l’impôt d’Etat était prescrit s’agissant de l’année 
fiscale 2004, rejeté le recours pour le surplus et confirmé la décision de rappel d’impôt 
et de soustraction d’impôt du 6 décembre 2019 relative aux années 2005 à 2007 pour 
l’impôt d’Etat, les frais de la procédure, par CHF 500.-, étant mis à la charge du 
recourant. 
En substance, elle considère que le recours est irrecevable s’agissant de l’IFD en 
raison de sa tardiveté. Après avoir constaté que le droit de procéder au rappel de 
l’impôt d’Etat s’agissant de l’année fiscale 2004 est prescrit, elle estime que le droit 
d’être entendu du recourant n’a pas été violé par l’intimé. D’une part, il ne peut être 
reproché à ce dernier de s’être référé à l’expertise réalisée par B.________ dans le 
cadre de la procédure pénale. Il ressort, en effet, des considérants du jugement du 
juge pénal du 7 juin 2018 qu’elle est « étoffée, claire et complète par rapport aux 
éléments à disposition dans le dossier, plus particulièrement par rapport aux 
documents qui ont été séquestrés durant l’instruction ». Le caractère probant de 
l’expertise a été confirmé tant par la Cour pénale du Tribunal cantonal que par le 
Tribunal fédéral, lequel a précisé que l’expertise privée n’avait pas la même valeur 
probante qu’une expertise judiciaire, l’expert mandaté par une partie privée n’étant ni 
indépendant ni impartial. D’autre part, la non annexion du tableau des reprises des 
années 2004 à 2007 à la décision sur réclamation est sans pertinence, dès lors que 
ladite décision confirme purement et simplement la taxation initiale concernant les 
mêmes années. Pour ces années, le tableau des reprises n’a pas été modifié, de 
sorte qu’il n’était pas nécessaire de l’annexer à la décision litigieuse ; il était déjà en 
possession du recourant.
D.
Le 12 octobre 2020, le recourant a déposé un recours contre ladite décision auprès 
de la Cour de céans, concluant, principalement à son annulation ainsi qu’à celles de 
l’intimé du 10 mars 2017 et du 6 décembre 2019 et à ce qu’il soit constaté qu’aucune 
procédure en rappel d’impôt n’est possible. Subsidiairement, il conclut à l’annulation 
desdites décisions et au renvoi de la cause à l’intimé pour nouvelle décision au sens 
des considérants et, très subsidiairement, à l’annulation desdites décisions et à la 
suppression du montant d’amende pour l’année fiscale 2004 ainsi qu’à la fixation du 
montant maximum des amendes dues pour les périodes fiscales de 2005 à 2007 à 
hauteur de CHF 8'649.55 pour l’impôt d’Etat et de CHF 1'742.65 pour l’IFD. 
D’après lui, à défaut de faits nouveaux au sens de l’art. 151 LIFD, l’intimé n’avait pas 
le droit de procéder par un rappel d’impôt. En effet, il ne pouvait pas, de bonne foi, lui 
reprocher l’incomplétude de ses déclarations d’impôts, sur la seule base de 
l’expertise approximative du dossier pénal.
4
A défaut d’instruction suffisante (pas d’audition, pas de déplacement à l’exploitation, 
pas de demande de renseignements à lui ou à la fiduciaire, pas d’analyse du bien-
fondé des estimations de l’expertise eu égard à l’activité réelle déployée, soit 
notamment l’abattage et la vente de viande en gros et non l’activité de boucherie au 
détail), l’intimé a violé le principe de la maxime inquisitoire. Il a également violé son 
droit d’être entendu, dès lors qu’aucune suite n’a été donné à ses requêtes (dépôt 
d’attestations sur les prix de vente et la marge obtenue, réalisation d’une expertise 
privée prouvant la réalité de ses revenus et proposition d’une inspection sur les lieux 
de son exploitation, requête d’une nouvelle expertise dans le cadre de la procédure 
administrative). Au demeurant, en cas de condamnation à une amende dans le cadre 
de la procédure de rappel d’impôt et de soustraction, le taux de l’amende doit être 
réduit à 0.33, l’intimé ne pouvant lui reprocher sa propre inaction. Par ailleurs, 
l’amende pour l’année 2004 doit être supprimée en raison de la prescription. Dans le 
cadre de son recours, le recourant requiert, à titre de moyen de preuve, la production, 
par l’intimé, des taxations entrées en force pour l’exploitation agricole entre 1984 et 
2001. 
E.
Dans sa prise de position du 25 février 2021, la CCR conclut au rejet du recours, sous 
suite de frais et dépens.
F.
Dans sa réponse du 3 mars 2021, l’intimé conclut, tant s’agissant de l’IFD que de 
l’impôt d’Etat, au rejet du recours, sous suite des frais. Concernant l’IFD, il constate 
que le recourant n’a pas contesté l’irrecevabilité de son recours auprès de la CCR. 
Concernant l’impôt d’Etat, les conditions pour procéder au rappel d’impôt sont 
réalisées pour les périodes fiscale 2004 à 2007. En effet, l’issue de la procédure 
pénale et, notamment l’expertise réalisée par la fiduciaire B.________ SA, ont permis 
de constater le caractère incomplet et lacunaire de la comptabilité tenue par le 
recourant et son frère. L’activité de boucherie n’était, notamment, pas traitée de 
manière complète et l’expertise aboutit à des montants de revenus imposables bien 
supérieurs à ceux déclarés pour l’ensemble des années fiscales 2002 à 2007. 
L’argument du recourant, selon lequel les déclarations d’impôts n’auraient jamais 
éveillé un quelconque soupçon de la part de l’autorité fiscale, pendant plus de 20 ans, 
n’est pas pertinent, dès lors que les éléments mis à jour dans le cadre de la procédure 
pénale, notamment les revenus non déclarés découlant de l’activité de boucherie, 
constituent des éléments jusque-là inconnus de l’autorité fiscale qui permettent 
d’établir que les taxations entrées en force étaient incomplètes. Au surplus, la 
procédure pénale a abouti à la condamnation pour usage de faux et escroquerie.
L’intimé ajoute que le droit d’être entendu du recourant n’a pas été violé, dès lors que 
ce dernier n’a apporté, dans le cadre de la procédure fiscale, aucun élément nouveau 
permettant de remettre en cause les faits établis par les instances judiciaires pénales. 
Dans cette mesure, il était légitimé à se fonder sur les constatations de faits découlant 
de l’expertise réalisée par la fiduciaire B.________ SA, qui a été considérée comme 
probante, complète et répondant à l’ensemble des conditions d’impartialité tant par la 
Cour pénale du Tribunal cantonal que par le Tribunal fédéral.
5
Par ailleurs, les revenus et la fortune non déclarés retenus par l’expertise B.________ 
SA ont été appréciés par l’autorité fiscale dans le cadre des reprises effectuées. Ces 
dernières ainsi que les amendes projetées ont été présentées aux parties lors de la 
séance du 13 mai 2015 et les parties ont eu l’occasion de se prononcer. Dans ce 
cadre, il est d’ailleurs précisé que, dans le cadre de la procédure pénale, le recourant 
avait eu l’occasion de se prononcer sur l’expertise et que les experts avaient répondu 
aux critiques émises par courrier du 7 février 2014. Par ailleurs, le Tribunal fédéral 
avait relevé qu’une expertise privée n’avait pas la même valeur probante qu’une 
expertise judiciaire, l’expert mandaté n’étant ni indépendant ni impartial. 
Enfin, la durée de la soustraction, l’importance de celle-ci et les procédés employés 
par le recourant justifient une amende de minimum une fois le montant total de l’impôt 
soustrait, le recourant ne disposant, par ailleurs, d’aucune circonstance atténuante. 
G.
Dans sa prise de position du 22 mars 2021, le recourant confirme les conclusions de 
son recours. Il précise que, contrairement à ce que retient l’intimé, les revenus non 
déclarés découlant de l’activité de boucherie ne constituent pas des éléments jusque-
là inconnus, permettant d’établir le caractère incomplet des taxations entrées en 
force. En effet, il ressort du dossier pénal, et plus particulièrement du considérant 
5.4.4 de l’arrêt de la Cour pénale du Tribunal cantonal du 19 mai 2019 qu’« au vu de 
la comptabilité lacunaire des prévenus, il est difficile de retenir qu’une partie 
déterminée de l’activité de boucherie, soit celle résultant de l’achat de viande auprès 
de tiers, aurait été totalement occultée » et que les produits de la vente de viande 
sont bien comptabilisés pour les années 2005 à 2007 qui concernent le cas d’espèce. 
La Cour pénale avait ainsi retenu qu’au vu de la comptabilité et des pièces au dossier, 
il n’était pas possible de dégager le bénéfice réel du recourant (consid. 5.4.7). Les 
experts ont donc tenté d’estimer le revenu réel en compilant les factures des abattoirs 
et des données de la BDTA qui elles étaient complètes en appliquant un taux de 
marge selon les données de l’OFAG. Or, l’application de ces marges ne 
correspondaient aucunement au type d’activité de vente de viande (vente directe, en 
grande quantité et sans local de vente – magasin de boucherie –). L’intimé a donc 
taxé les années 2005 à 2007 sur la base des données livrées quant à la vente de 
viande sans qu’elle n’y trouve rien à y redire. Ce n’est qu’à posteriori, et pour la 
première fois dans la présente procédure, que l’intimé évoque, pour se justifier, une 
activité non déclarée. Le recourant rappelle le défaut d’instruction du dossier sur le 
fond par l’intimé, étant précisé que la Cour pénale avait relevé que son train de vie 
apparaissait simple et que la question pouvait se poser de savoir ce qu’il était advenu 
des revenus non déclarés. Si cette question n’a pas été tranchée sur le plan pénal, 
elle devait en revanche l’être sur le plan administratif. La position de l’intimé peut donc 
être qualifiée de téméraire, ce d’autant plus que les activités d’exploitation ont toujours 
été les mêmes et les revenus dégagés, plus ou moins identiques (à ce titre, les 
taxations de l’exploitation depuis 1984 ont été requises). S’agissant du montant de 
l’amende, il précise que c’est l’acte et non le montant soi-disant soustrait qui est 
déterminant. 
H.
Il sera revenu ci-après, en tant que de besoin, sur les autres éléments du dossier.
6
En droit :
1.
La Cour administrative est compétente pour statuer sur le recours dirigé contre les 
décisions de la Commission cantonale des recours, tant en matière d'impôt d'Etat (art. 
165 ss LI) qu'en matière d'IFD (art. 14 al. 1bis de l'ordonnance d'exécution concernant 
l'impôt fédéral direct ; RSJU 648.11).
Pour le surplus, interjeté dans les formes et délai légaux par le recourant, lequel 
dispose manifestement de la qualité pour recourir, le présent recours est recevable 
et il y a lieu d’entrer en matière (art. 165 et 166 al. 1 LI).
2.
Lorsqu'elle statue sur l'application du droit fédéral et du droit cantonal, la Cour 
administrative doit rendre deux décisions, l'une pour le droit fédéral et l'autre pour le 
droit cantonal, qui formellement peuvent figurer dans le même acte. Les motivations 
doivent être séparées, ce qui n'exclut pas des renvois, et les décisions doivent 
contenir des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distingue expressément 
les deux impôts (ATF 130 II 509 consid. 8.3 ; TF 2A.151/2005 du 1er novembre 2005 
consid. 1.2).
Ad IFD 
3.
Les conclusions au fond du recourant s’agissant de l’IFD sont irrecevables, l’objet du 
litige étant limité, s’agissant de cet impôt, à la recevabilité du recours formé le 
21 janvier 2020 par le recourant auprès de la CCR à l’encontre de la décision sur 
réclamation du 6 décembre 2019 (BROGLIN / WINKLER DOCOURT / MORITZ, Procédure 
administrative et juridiction constitutionnelle – Principes généraux et procédure 
jurassienne, 2021, n°412). Bien que le recourant n’ait pas contesté l’irrecevabilité de 
son recours auprès de la CCR, il se justifie d’examiner cette question d’office (art. 167 
al. 3 LI et 84 Cpa).
4.
4.1
En vertu de l’art. 140 al. 1 LIFD, le contribuable peut s’opposer à la décision sur 
réclamation de l’autorité de taxation en s’adressant, dans les 30 jours à compter de 
la notification de la décision attaquée, à une commission de recours indépendante 
des autorités fiscales. L’art. 133 LIFD, auquel renvoie l’alinéa 4 de cette disposition, 
stipule, à son alinéa 3, que, passé le délai de 30 jours, une réclamation n’est 
recevable que si le contribuable établit que par suite de service militaire, de service 
civil, de maladie, d’absence du pays ou pour d’autres motifs sérieux, il a été empêché 
de présenter sa réclamation en temps utile et qu’il l’a déposée dans les 30 jours après 
la fin de l’empêchement. Selon la jurisprudence, par empêchement non fautif 
d'accomplir un acte de procédure, il faut comprendre non seulement l'impossibilité 
objective ou la force majeure, mais également l'impossibilité subjective due à des 
circonstances personnelles ou une erreur excusable.
7
Une erreur est excusable, en particulier, lorsqu'elle découle d'un renseignement 
erroné sur lequel l'administré pouvait se fonder au regard des circonstances, 
conformément au droit à la protection de la bonne foi (art. 9 Cst.; cf. arrêt 
1C_152/2008 du 17 juin 2008, consid. 2.1 et les références citées; ATF 112 Ia 305 
consid. 3 p. 310, 111 Ia 355 et les références). Ces principes valent également 
lorsque le renseignement erroné ne porte pas sur les voies de droit comme telles 
(autorité de recours, moyen de droit, délai de recours), mais concernent les 
circonstances pertinentes pour l'utilisation de ces voies de droit, notamment la date 
de la notification de la décision attaquable (TF 2C_319/2019 et 2C_321/2009 du 26 
janvier 2010 consid. 4.1). La LIFD ne prévoit pas de féries judiciaires, contrairement 
au droit jurassien pour l'impôt d'Etat (art. 160 al. 2 et 161 LI, 14 et 18 du Décret 
concernant la CCR du 22 novembre 1988 - RSJU 641.611 - et 44a Cpa).
La réglementation de la LIFD relative aux délais de recours est détaillée et complète, 
de sorte qu'il n'y a plus place pour une suspension de ces délais par le droit cantonal 
(dans ce sens, TF 2C_1107/2016 du 5 avril 2017 consid. 3.1 ; 2C_948/2013 du 25 
octobre 2015 consid. 2 ; 2C_628/2010 du 28 juin 2011 consid. 3.3 et les références 
in : RDAF 2011 II 405 ; (BROGLIN / WINKLER DOCOURT / MORITZ, op. cit., n°257 et la 
référence citée : ATF 137 II 353 consid. 3.3). 
En l'occurrence, la décision sur réclamation de l’intimé ayant été notifiée au recourant 
le 7 décembre 2019 et le recours ayant été déposé auprès de la CCR le 
21 janvier 2020, ce dernier paraît tardif s'agissant de l'IFD. Toutefois, au vu de la 
teneur des voies de droit de la décision sur réclamation, relevée par le recourant dans 
son recours auprès de la CCR, il se justifie d’examiner cette question plus 
précisément.
4.2
Le Tribunal fédéral a déjà constaté que l'absence de féries en droit fédéral, lorsque 
le droit cantonal en prévoit, a pour conséquence un défaut d'harmonisation des 
solutions fédérales et cantonales. Dans de telles situations, il a toutefois exclu 
d'appliquer à l'impôt fédéral direct des règles de procédure cantonale concernant la 
suspension des délais pendant les féries, parce que d'une part, cela impliquerait un 
accroissement de la disparité des règles de procédure que le principe d'harmonisation 
cherchait justement à éviter, et que, d'autre part, cela ne correspondait pas au droit 
fédéral. Il a ajouté que si l'harmonisation devait entraîner une modification législative 
pour coordonner les différents délais de recours, celle-ci devait passer par une 
adaptation du délai cantonal au délai fédéral, et non l'inverse (TF 2C_89/2015 et 
2C_90/2015 du 23 octobre 2015 consid. 6.3 et réf. cit.). Le Code procédure 
administrative jurassien n’impose pas à l’autorité de rendre les parties attentives aux 
exceptions à la suspension des délais, contrairement à la procédure civile (cf. art. 145 
al. 3 CPC ; BROGLIN / WINKLER DOCOURT / MORITZ, op. cit., n°259). 
Au cas présent, la décision sur réclamation de l’intimé stipule, dans ses voies de droit, 
que « conformément à l’art. 161 LI, la présente décision sur réclamation peut faire 
l’objet d’un recours, par écrit, adressé à la Commission cantonale des recours, à 
Delémont, dans les 30 jours qui suivent sa notification.
8
Les règles relatives aux féries (art. 44a du Code de procédure administrative ; RSJU 
175.1) sont réservées. Le recours contiendra un exposé concis des faits, des motifs 
et moyens de preuve, ainsi que l’énoncé de conclusions. La décision attaquée et les 
documents servant de moyens de preuve seront joints » (onglet 3). Dans la mesure 
où les voies de droit mentionnent uniquement les dispositions de la loi d’impôt 
cantonale et précisent expressément que les règles relatives aux féries sont 
réservées (art. 44a Cpa), sans aucune mention des dispositions de la LIFD 
applicables à l’impôt fédéral direct, il convient d’admettre que ces indications prêtaient 
effectivement à confusion. Aussi, en déposant son recours dans le délai suspendu 
par l’art. 44a Cpa, relatif aux féries applicables à l’impôt d’Etat (recours du 21 janvier 
2020), le recourant, qui n’était pas représenté par un avocat à ce stade de la 
procédure, n’a pas commis une négligence procédurale grossière et ne doit donc 
subir aucun préjudice en raison de l’indication inexacte des voies de droit, relevée 
dans son recours du 21 janvier 2020. Dès lors, conformément au principe de la bonne 
foi, il se justifiait d’admettre la recevabilité du recours également s’agissant de l’IFD 
(voir TF 2C_1107/2016 du 5 avril 2017 consid. 3.2 a contrario ; MASMEJEAN-FEY / 
BERTHOUD, CR LIFD ad art. 116 n° 10b et la réf. cit. : ATF 138 I 49 consid. 8.3.2 ; 
CASANOVA / DUBEY, CR LIFD, ad art. 133 n° 13 et réf. cit., notamment : TF 
2A.380/2002 consid. 2.2 ainsi que n° 16 à 17b ; OBERSON, Les procédures en droit 
fiscal, 2015, p. 757ss, p. 760 et réf. cit., notamment TF 1C_152/2008 du 17 juin 2008). 
4.3
Dans cette mesure, le présent recours doit être admis s’agissant de l’IFD, la décision 
d’irrecevabilité du recours du 7 septembre 2020 doit être annulée s’agissant de l’IFD 
et le dossier doit être renvoyé à la CCR pour qu’elle entre en matière et statue sur le 
fond de l’affaire, étant précisé que, s’agissant de cet impôt, l’objet du litige est limité 
à l’irrecevabilité du recours du 21 janvier 2020, les conclusions au fond étant 
irrecevables (BROGLIN / WINKLER DOCOURT / MORITZ, op. cit., n°412).
Ad Impôt d’Etat
Ad rappel d’impôt
5.
Au préalable, il sied de constater d’une part que le droit de procéder au rappel d'impôt 
relatif à l’année fiscale 2005 est, à ce jour, périmé (art. 174 al. 3 LI) et, d’autre part, 
que, s’agissant de l’année fiscale 2006, ce droit sera périmé à la date de l’entrée en 
force de la décision de rappel d’impôt, laquelle aura manifestement lieu 
postérieurement au 31 décembre 2021. Dans ce cadre, il est effectivement relevé que 
c’est bien à la date de l’entrée en force de la décision de rappel et non à celle de sa 
notification qu’il faut se référer pour examiner si la prescription absolue est acquise. 
Il convient donc d'annuler la décision attaquée, dans la mesure où elle procède au 
rappel d’impôt pour les années 2005 et 2006 (voir CASANOVA / DUBEY, CR LIFD, 2ème 
éd., 2017, ad art. 152 n°2 ; vu la teneur de l’art. 174 al. 3 LI correspondant exactement 
à celle de l’art. 152 al. 3 LIFD, il se justifie d’appliquer à l’impôt d’Etat les 
considérations développées pour l’IFD), étant rappelé que l’entrée en force d’une 
décision de taxation intervient en particulier le jour à partir duquel celle-ci ne peut plus 
être contestée au moyen d’un recours ordinaire (ATF 139 II 404, consid. 8.1).
9
En outre, la prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le 
tribunal examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 
169 consid. 3.2).
6.
6.1
En vertu de l’art. 173 LI, teneur au 1er janvier 2007, relatif au rappel d’impôt ordinaire, 
lorsque des faits ou des preuves inconnues auparavant de l'autorité fiscale permettent 
d'établir qu'indûment une taxation n'a pas été effectuée ou qu'une taxation entrée en 
force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un 
crime ou un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de 
l'impôt qui n'a pas été perçu et prélève des intérêts (al. 1). Lorsque le contribuable a 
déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune, son 
bénéfice net ou son capital propre, et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, un 
rappel d'impôt est exclu, même si cette évaluation était insuffisante.
Dans la mesure où, concernant les conditions du rappel d’impôt, conformément à 
l’art. 53 LHID, l’art. 173 LI est similaire à l’art. 151 LIFD, il se justifie d’appliquer à 
l’impôt d’Etat les considérations développées pour l’IFD (voir TF 2C_676/2016 et 
2C_677/2016 du 5 décembre 2017 consid. 5). 
Le rappel d'impôt constitue la perception après coup d'impôts qui n'ont, à tort, pas été 
perçus dans le cadre de la procédure de taxation (ATF 121 II 257 consid. 4b). Il 
constitue le pendant, en faveur du fisc, de la procédure de révision et permet à 
l'autorité de revenir sur une décision entrée en force (TF 2C_104/2008 du 
20 juin 2008, consid. 3.3). Le rappel d'impôt n'équivaut pas à un nouvel examen 
complet de la taxation, mais ne porte que sur les points pour lesquels l'autorité fiscale 
dispose de nouveaux éléments (TF 2C_277/2008 du 26 septembre 2008, 
consid. 5.3). Il est de même nature que la créance primitive d'impôt et n'a, dès lors, 
pas de caractère pénal (ATF 121 II 257 consid. 4b). Il n'est soumis qu'à des conditions 
objectives : il suppose qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée 
incomplète, et l'existence d'un motif de rappel. Celui-ci peut être la découverte de faits 
ou de moyens de preuve inconnus jusque-là ou le fait que la taxation, qui n'a pas été 
effectuée ou qui est incomplète, est due à un crime ou un délit commis contre l'autorité 
fiscale. Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute. Le rappel 
consiste en une nouvelle taxation. Les droits et les obligations du contribuable sont 
donc les mêmes que lors de la procédure de taxation (art. 153 al. 3 LIFD). Les 
contribuables doivent notamment faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une 
taxation complète et exacte (art. 126 al. 3 LIFD ; TF 2A.300/2006 du 27 février 2007 
consid. 3.3).
Savoir si des moyens de preuve ou des faits sont nouveaux ou existaient déjà au 
moment de la taxation s'examine selon l'état des pièces du dossier au moment de la 
taxation ; à cet égard, seuls les documents qui peuvent être vus directement par les 
fonctionnaires du fisc sont considérés comme faisant partie de l'état du dossier. Dans 
ce contexte, l'autorité fiscale peut partir de l'idée que la déclaration d'impôt est 
conforme à la vérité et complète.
10
Elle n'a notamment pas l'obligation, en l'absence d'indice particulier, d'effectuer des 
investigations 
supplémentaires, 
à 
moins 
que 
la 
déclaration 
contienne 
indiscutablement des inexactitudes flagrantes (OBERSON, Droit fiscal suisse, 2012, p. 
561). Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet 
ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la 
taxation insuffisante est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à 
un rappel d'impôt font défaut. […]. La rupture du lien de causalité doit être soumise à 
des exigences sévères, à savoir une négligence grave imputable à l'autorité fiscale 
(TF 2C_416/2013, 2C_417/2013, 2C_446/2013, 2C_447/2013 du 5 novembre 2013 
consid. 8.1). Il en découle que le contribuable ne peut pas empêcher un rappel d'impôt 
lorsque sa déclaration ne contient que des inexactitudes qui sont décelables, mais 
non flagrantes (OBERSON, Droit fiscal suisse, 2012, p. 561). 
6.2
En l’occurrence, il ressort clairement du dossier que, par arrêt de la Cour pénale du 
Tribunal cantonal du 10 mai 2019 (CP 19/2018 précité), confirmé par le Tribunal 
fédéral le 11 octobre 2019 (TF 6B_955/2019 et 6B_965/2019 précités), le recourant 
a été déclaré coupable, s’agissant des années fiscales 2002, 2003, 2005 et 2007, 
d’usage de faux et d’escroquerie (art. 186 LIFD et 209 LI – onglet 6), qui sont des 
délits (titre deuxième de la LIFD et de la LI) contre l’autorité fiscale (voir CASANOVA / 
DUBEY, CR LIFD, 2ème éd., 2017, ad art. 151 n°13 et 14 et SANSONETTI / HOSTETTLER, 
CR LIFD, ad art. 186 n°35 et 37). Dans cette mesure, point n’est besoin d’examiner 
la question d’une éventuelle interruption du lien de causalité adéquate entre la 
taxation insuffisante et la déclaration lacunaire. Au demeurant, le caractère incomplet 
de la taxation 2007, entrée en force, ressort également de l’expertise de la fiduciaire 
B.________, sur laquelle se fonde également l’arrêt de la Cour pénale précité. Il 
s’ensuit que, pour l’année 2007, les conditions pour procéder à un rappel d’impôt sont 
remplies, étant précisé d’une part que des soupçons de soustraction d'impôt suffisent 
à justifier la procédure de rappel d'impôt dans son principe et, d’autre part, que les 
motifs permettant l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt ne doivent pas être 
confondus avec le bien-fondé matériel de la reprise d'impôt (TF 2C_760/2017 du 15 
juin 2018 consid. 6.4).
7.
Reste à examiner si les reprises auxquelles a procédé l’intimé dans le cadre du rappel 
d’impôt relatif à l’année fiscale 2007 étaient justifiées. 
7.1
L’art. 175 al. 3 LI, teneur au 1er janvier 2007, stipule que les dispositions concernant 
les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours 
s'appliquent par analogie. Cette disposition étant similaire à l’art. 153 al. 3 LIFD, il se 
justifie d’appliquer à l’impôt d’Etat les considérations développées pour l’IFD. 
D'après l'art. 123 al. 1 LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait 
et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le 
contribuable. La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration 
réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (procédure de taxation mixte). Le 
contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation 
complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD).
11
Il doit en particulier remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et 
complète (art. 124 al. 2 LIFD) et fournir les documents nécessaires (art. 125 LIFD). A 
la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir tout renseignement écrit ou 
oral, spécialement lorsque, au vu de la déclaration d'impôt, des questions surgissent 
à propos des revenus, des frais d'acquisition, de l'évolution de la fortune, etc. (cf. art. 
126 al. 2 LIFD) Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa 
déclaration (TF 2C_574/2009 du 20 avril 2010 consid. 4.2 ; TF 2C_3/2019 du 4 juillet 
2019 consid. 6.2).
La taxation incombe à l'autorité, laquelle contrôle la déclaration d'impôt et procède 
aux investigations nécessaires (art. 130 al. 1 LIFD). En procédure de taxation, la 
maxime inquisitoire prévaut : l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables 
reconnus ou déclarés par le contribuable. L'autorité de taxation doit apprécier les 
preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa 
conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant 
entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette 
liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par 
l'interdiction de l'arbitraire. Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de 
taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit 
qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des 
motifs objectifs (TF 2C_574/2009 précité consid. 4.2).
Conformément aux règles générales sur la répartition du fardeau de la preuve, il 
appartient aux autorités fiscales de prouver que l’imposition est incomplète. La 
jurisprudence n’exige toutefois pas de l’autorité compétente une certitude absolue, 
mais seulement la conviction que les éléments sur lesquels le rappel est fondé ont 
échappé à l’imposition, avec une vraisemblance confinant à la certitude, de sorte qu’il 
se justifie de laisser à la charge du contribuable la preuve du contraire. Si l’autorité 
fiscale doit apporter la preuve des éléments imposables, le contribuable doit établir 
les faits permettant de diminuer ou de supprimer sa dette fiscale. Si les preuves 
recueillies par l’autorité fiscale apportent suffisamment d’informations révélant 
l’existence d’éléments imposables non déclarés, il appartient à nouveau au 
contribuable d’établir l’exactitude de ses allégations ; il doit justifier l’origine des 
montants non déclarés et, le cas échéant, fournir des éléments supplémentaires. Il 
incombe notamment au contribuable de démontrer que l’autorité de taxation aurait, le 
cas échéant, dû connaître l’élément nouveau qu’elle invoque à l’appui du rappel 
(CASANOVA / DUBEY, CR LIFD, ad art. 153 n°6). 
7.2
En l’espèce, pour déterminer le montant des reprises, l’intimé s’est basé sur 
l’expertise réalisée par la fiduciaire B.________ SA, dans le cadre de la procédure 
pénale (décisions de l’intimé du 10 mars 2017 et du 6 décembre 2019). Or, à l’instar 
de ce que fait valoir le recourant, il apparaît que dite expertise n’établit pas de manière 
très précise l’ampleur des dissimulations opérées par ce dernier et son frère.
12
En effet, dans son arrêt du 10 mai 2019, la Cour pénale a indiqué que les revenus 
ressortant de l’expertise de septembre 2013 sont probants et reflètent la réalité, avec 
évidemment une certaine marge d’appréciation qui n’est toutefois pas relevante d’un 
point de vue strictement pénal (CP 19 /2018 consid. 5.4.10). Le 11 octobre 2019, saisi 
sur recours, le Tribunal fédéral a relevé que la Cour cantonale n’avait pas éludé le 
caractère estimatoire des chiffres retenus dans l’expertise judiciaire, puisqu’elle avait 
précisé que l’ampleur des dissimulations opérées par le recourant et son frère n’avait 
pu être établie de manière certaine, même si les chiffres ressortant de l’expertise 
judiciaire de septembre 2013 reflétaient globalement la réalité. […]. Une éventuelle 
prise en compte de marges inférieures à celles retenues par la cour cantonale n’aurait 
nullement permis d’exclure la commission des infractions mises à la charge des 
recourants, mais aurait tout au plus atténué l’importance des montants dissimulés, 
aspect que l’autorité précédente n’a pas considéré comme déterminant en 
l’occurrence (TF 6B_955/2019 et 6B_965/2019 consid. 3.4.3). 
7.3
Toutefois, alors que l’expertise de B.________ SA apportait suffisamment 
d’informations révélant l’existence d’éléments imposables non déclarés, dans le 
cadre de la procédure fiscale, le recourant n’a pas établi l’exactitude de ses 
allégations contraires, tendant à diminuer sa dette fiscale ; il n’a fourni aucun élément 
supplémentaire.
S’agissant des documents produits par le recourant dans le cadre de la procédure 
pénale, dans son arrêt du 11 octobre 2019, le Tribunal fédéral a relevé que, d’après 
la Cour pénale, aucune valeur probante ne pouvait être accordée à l’expertise privée 
puisque l’expert privé avait admis qu’il ne pouvait confirmer s’être fondé sur des 
documents complets. L’expert privé s’était en outre, en l’absence d’une 
documentation complète, fondé sur les déclarations du recourant et de son frère, sauf 
lorsque celles-ci avaient été contredites par des notes manuscrites. La méthodologie 
de cette expertise privée était peu claire et la marge moyenne retenue, de 20%, 
reposait apparemment sur les déclarations du recourant et de son frère. L’expert privé 
avait lui-même indiqué qu’une telle marge était basse. Enfin, ledit expert privé n’avait 
pas eu accès à l’intégralité des carnets de quittances qui lui auraient permis d’établir 
le véritable chiffre d’affaires de l’exploitation. Il n’avait pas tenu compte de la vente de 
bétail sur pied ou de la vente de peaux. Quant aux calculs effectués par une fiduciaire 
à la demande du recourant et de son frère, qui avaient été produits lors des débats 
d’appel, ceux-ci portaient sur la marge réalisée en 2019 sur la base des indications 
fournies par le recourant et son frère. Cela nonobstant, la marge alors affichée était 
encore supérieure à 25%, puisqu’elle atteignait 28% pour le bœuf et 33% pour le porc 
coupé. Ainsi, selon l’autorité précédente, rien ne permettait de remettre en cause les 
résultats de l’expertise de septembre 2013 (TF 6B_955/2019 et 6B_965/2019 consid. 
3.4.1). 
Contrairement à ce que soutient le recourant, la maxime inquisitoire n’imposait pas 
une analyse du bien-fondé des estimations de l’expertise eu égard à l’activité réelle 
déployée (soit notamment l’abattage et la vente de viande en gros et non l’activité de 
boucherie au détail).
13
En effet, les experts de B.________ SA ont relevé que les statistiques existaient tant 
pour la vente au détail que pour la vente aux restaurateurs et la vente directe. Ils ont 
ainsi considéré les statistiques de l’OFAG à l’aune des prix pratiqués par le recourant 
et son frère selon les carnets de quittances, et ont opéré une réduction des marges 
retenues afin de tenir compte du modèle économique de l’exploitation concernée (TF 
6B_955/2019 et 6B_965/2019 consid. 3.4.3). 
7.4
Aussi, au vu de ces considérations, on ne saurait reprocher à l’intimé de s’être basé 
sur l’expertise judiciaire de B.________ pour déterminer le montant des reprises pour 
l’année 2007, étant d’ailleurs précisé que le choix de la procédure ordinaire de 
taxation n'empêche pas que l'autorité fiscale établisse les éléments imposables par 
appréciation, dans le respect des règles relatives au fardeau de la preuve (TF 
2C_74/2021 du 26 juillet 2021 consid. 6.1). Par ailleurs, au vu des investigations déjà 
entreprises (1er rapport d’expertise effectué dans le cadre de la procédure pénale le 
11 février 2011 par C.________ SA et son complément de mai 2012, apparaissant 
incomplets ; 2ème rapport d’expertise déposé le 6 septembre 2013 par la Fiduciaire 
B.________ SA, avec des précisions données le 7 février 2014 ; expertise privée de 
Agriexpert, déposée le 15 novembre 2016 ; calculs de la fiduciaire lors des débats 
d’appel – Jugement de la juge pénale du Tribunal de première instance du 12 mars 
2018 TPI / 17 / 2017 consid. 6.3.1.2 et CP 19 / 2018 consid. E.2 à E.5 et 5.4.5) et de 
l’absence d’éléments supplémentaires fournis par le recourant dans le cadre de la 
procédure administrative, la requête de ce dernier tendant à l’établissement d’une 
nouvelle expertise doit être rejetée. Il en est de même de sa requête, tendant à la 
production, par l’intimé, des taxations entrées en force pour l’exploitation agricole 
entre 1984 et 2001. Dans cette mesure, le recourant ne saurait être suivi lorsqu’il 
prétend que l’intimé aurait violé son droit d’être entendu à défaut d’avoir donné suite 
à ses offres de preuves (nouvelle expertise, visite de l’exploitation, demande de 
renseignements à lui-même ou à la fiduciaire, analyse du bien-fondé des estimations 
de l’expertise eu égard à l’activité réelle déployée, audition personnelle), étant 
d’ailleurs précisé que le recourant a eu l’occasion de se prononcer tant sur l’expertise 
(dans le cadre de la procédure pénale) que sur le tableau des reprises (lequel lui été 
transmis déjà en 2015 - notes de séance du 13 mai 2015). Au demeurant, le droit 
d'être entendu ne comprend pas le droit d'être entendu oralement pendant la 
procédure (TF 9C_581/2012 du 23 novembre 2012 consid. 3 et la référence citée : 
ATF 134 I 140 consid. 5.3). 
Ad soustraction d’impôt
8.
Compte tenu de l'écoulement du temps depuis la commission des faits, il sied 
préalablement au fond, de trancher la question de la prescription de l'action pénale 
qui se pose au cas d'espèce. Avant tout, il convient d'examiner la question de la lex 
mitior (art. 2 et 104 CP ; 78f LHID), étant précisé que la prescription est une question 
de droit matériel (SANSONETTI / HOSTETTLER, CR LIFD, ad art. 184 n°11 ; TF 
2C_173/2015 du 22 avril 2016 consid.5).
14
8.1
Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se 
prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale 
pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, 
ce délai ne pouvant être prolongé (ancien art. 184 al. 1 let. b LIFD [RO 1991 1184] 
cum art. 333 al. 6 let. b CP, en relation avec l'ATF 134 IV 328). La prescription était 
en outre interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du 
contribuable (ancien art. 184 al. 2 LIFD) (TF 2C_3/2019 du 4 juillet 2019 consid. 4.2). 
Depuis le 1er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction 
d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale 
pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 
al. 1 let. b ch. 1 LIFD). Selon l'art. 184 al. 2 LIFD actuellement en vigueur, la 
prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale 
compétente (art. 182 al. 1 LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 
al. 1, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu 
identique à celui de l'art. 184 LIFD ; il est directement applicable si les cantons n'ont 
pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 207 LI) (TF 
2C_2C_875/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.3). D’après le Message relatif à 
l’adaptation de la LIFD et de la LHID au code pénal, pour la soustraction d’impôt, cela 
signifie que le prononcé d’amende de l’administration fiscale cantonale compétente a 
valeur de jugement de première instance, dans la mesure où, dans le cadre de la 
procédure en soustraction d’impôt, cette autorité rend une décision une fois 
l’instruction terminée. Cette nouvelle disposition supprime le risque que l’action 
pénale se prescrive durant la procédure devant le Tribunal fédéral (SANSONETTI / 
HOSTETTLER, op. cit., ad art. 184 n°27 et les réf. cit.). En vertu des art. 205f LIFD et 
78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au 
cours des périodes fiscales précédant le 1er janvier 2017 s'il est plus favorable que le 
droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (TF 2C_875/2018 précité consid. 
5.3 et les références citées ; TF 2C_3/2019 précité consid. 4.2).
8.2
Au vu de ces considérations, conformément au principe de la lex mitior, il sied 
d’appliquer au cas d’espèce le nouveau droit, lequel est plus favorable. Il s’ensuit que 
la poursuite pénale relative aux soustractions d’impôt pour les années fiscales 2005 
et 2006 est prescrite, la décision de rappel et de soustraction d’impôt du 10 mars 2017 
ayant été notifiée plus de 10 ans après la fin desdites périodes fiscales. En revanche, 
la poursuite pénale relative à la soustraction d’impôt pour l’année fiscale 2007 n’est 
pas prescrite, la décision de rappel et de soustraction d’impôt du 10 mars 2017 ayant 
interrompu ladite prescription (art. 58 al. 3 LHID). 
Il ressort de ce qui précède que la décision attaquée doit être annulée, dans la mesure 
où elle confirme la décision de soustraction de l’impôt d’Etat du 6 décembre 2019, 
relative aux années 2005 et 2006. 
9.
9.1
En vertu de l’art. 56 LHID, dans sa teneur au 1er janvier 2007, le contribuable qui, 
intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu’une taxation ne soit pas 
effectuée alors qu’elle aurait dû l’être ou qu’une taxation entrée en force soit 
incomplète, sera puni d’une amende proportionnée à sa faute, allant du tiers au triple 
15
de l’impôt soustrait ; en règle générale, l’amende sera égale au montant simple de 
l’impôt soustrait. L’art. 199 LI, teneur au 1er janvier 2007, est similaire. Dans la mesure 
où ces dispositions correspondent aussi à l’art. 175 LIFD, il se justifie d’appliquer à 
l’impôt d’Etat les considérations développées pour l’IFD. 
Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut qu'il y ait soustraction 
d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable 
et une faute de ce dernier, ainsi qu'un lien de causalité entre le comportement illicite 
et la perte fiscale subie par la collectivité (TF 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 
consid. 9.2).
Sur la base des faits constatés, la condamnation du recourant pour soustraction 
fiscale au sens des art. 56 LHID et 199 LI ne prête pas le flanc à la critique, ce que 
celui-ci ne remet du reste pas en cause (voir dans ce sens : TF 2C_760/2017 du 15 
juin 2018 consid. 8 et réf. cit., notamment TF 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 
consid. 9, renvoyant à TF 2C_223/2011 et 2C_224/2011 du 13 septembre 2011 
consid.3.3), à l’exception du montant de l’amende (voir consid. 9.2 et 9.3 ci-dessous). 
9.2
Reste à examiner si la présente condamnation pour soustraction d’impôt (art. 56 LHID 
et 199 LI) ne viole pas le principe ne bis in idem.
9.2.1
Dans un arrêt de principe du 24 septembre 1996, le Tribunal fédéral a jugé que la 
soustraction d'impôt et l'usage de faux n'étaient pas en concours imparfait, comme le 
retenait jusqu'alors la jurisprudence, mais en concours idéal. Le législateur réservait 
du reste expressément la répression de la soustraction d'impôt en cas de 
condamnation pour usage de faux (cf. art. 186 al. 2 LIFD et art. 59 al. 2 LHID). Le fait 
de sanctionner un contribuable pour usage de faux et pour soustraction d'impôt ne 
constituait donc pas en soi une violation du principe "ne bis in idem". Il fallait en 
revanche considérer que ce principe était violé si le contribuable devait se trouver 
puni plus sévèrement pour la seule raison que ces infractions étaient jugées par des 
autorités différentes. Le Tribunal fédéral en a déduit qu'il fallait s'assurer que 
l'ensemble des peines infligées par des autorités différentes ne constitue pas une 
sanction excessive et que, dans la répression de la soustraction d'impôt, l'usage de 
faux ne soit pas pris en compte pour augmenter ou aggraver la peine (TF 2C_12/2017 
et 2C_13/2017 du 23 mars 2018 consid. 10.3).
La jurisprudence rendue par la CEDH ne justifie pas de revenir sur l'approche 
développée dans la jurisprudence précitée. L'existence d'une même infraction 
("idem") constitue la condition de base du principe "ne bis in idem". Dans l'arrêt 
Zolotoukhine c. Russie du 10 février 2009 (requête n° 14939/03), la Cour a précisé 
ce qu'il fallait entendre par une "même infraction" au sens de l'art. 4 du Protocole n° 
7 CEDH (§ 83 ss de l'arrêt). Il ne s'agit pas uniquement de la qualification juridique 
de deux actes délictueux, mais de l'interdiction de poursuivre une personne pour une 
seconde infraction dans la mesure où celle-ci se fonde sur des faits identiques ou en 
substance les mêmes que ceux qui ont donné lieu à la première infraction.
16
Ce n'est qu'en présence d'une même infraction qu'il convient de se demander s'il y a 
eu répétition des poursuites (volet "bis" du principe) (TF 2C_12/2017 et 2C_13/2017 
précités consid. 10.5). Selon cette jurisprudence, le principe est violé lorsqu'un 
contribuable, après avoir été condamné par un jugement entré en force pour fraude 
fiscale, est en outre poursuivi pour la soustraction d'impôt correspondante (TF 
6B_1053/2017 et 6B_1096/2017consid. 4.1 du 17 mai 2018 consid. 4.1). Sous cet 
angle, la jurisprudence de la CourEDH admet que s'il existe un lien matériel et 
temporel suffisamment étroit entre les procédures concernées visant la même 
constellation de faits, de sorte qu'elles peuvent être considérées comme deux aspects 
d'un système unique, il n'y a pas de dualité de la procédure contraire au principe "ne 
bis in idem" (cf. sur ce point l'arrêt de principe de la Grande Chambre A. et B contre 
Norvège du 15 novembre 2016, requêtes n° 24130/11 et 29758/11, qui fait la 
synthèse de la jurisprudence) (TF 2C_12/2017 et 2C_13/2017 précités consid. 10.5). 
Cela présuppose que les buts poursuivis et les moyens utilisés pour les atteindre 
soient essentiellement complémentaires et liés dans le temps, et que les 
conséquences éventuelles d'un tel ordre procédural soient proportionnées et 
prévisibles pour la personne concernée. Selon cette disposition, des procédures 
pénales fiscales menées parallèlement ou successivement par différentes autorités 
pour les mêmes faits ne violent pas l'interdiction de la double peine si elles 
poursuivent des objectifs complémentaires et concernent, dans le cas concret, des 
aspects différents de la faute sociale, si la dualité des procédures est une 
conséquence prévisible de la même procédure poursuivie, lorsqu'il existe une 
interaction appropriée entre les autorités compétentes afin d'éviter au mieux les 
doublons dans l'administration des preuves et lorsque la sanction prononcée dans la 
première procédure est prise en compte dans la procédure suivante, de sorte qu'il 
n'en résulte pas de charge excessive pour l'intéressé et que les sanctions prononcées 
dans leur ensemble sont proportionnées (TF 6B_1053/2017 et 6B_1096/2017 
consid. 4.1 précités consid. 4.1). 
9.2.2
En l’occurrence, le recourant a été condamné pour usage de faux (art. 186 LIFD) et 
escroquerie (art. 209 LI) par un jugement entré en force et il a été poursuivi pour la 
soustraction d'impôt correspondante (art. 175 LIFD, 56 LHID et 199 LI). La procédure 
pénale a été ouverte suite à une plainte pénale d’octobre 2008 de l’épouse du frère 
du recourant, dans le cadre d’une procédure de séparation conflictuelle, celle-ci 
soutenant que son époux occultait sa véritable situation financière en cachant une 
bonne partie de ses revenus (TPI /17/2017 consid. B.2.1 et dispositif ; CP 19/2018 
consid. C.1.1). Le 7 juin 2018, le recourant a été condamné, par la juge pénale du 
Tribunal de première instance, pour usage de faux (art. 186 LIFD) et escroquerie (art. 
209 LI) (TPI /17/2017 consid. B.2.1 et dispositif ; CP 19/2018 consid. C.1.1), pour le 
fait d’avoir, s’agissant des périodes fiscales 2002, 2003, 2005 et 2007, remis aux 
autorités fiscales des comptes annuels, faisant état de produits nettement inférieurs 
à ceux effectivement obtenus, dans le but de commettre une soustraction fiscale (CP 
19/2018 consid. 6 ; TF 6B_955/2019 et 6B_965/2019 précités consid. B). Ce 
jugement a été confirmé par la Cour pénale du Tribunal cantonal le 10 mai 2019 (CP 
19/2018) et par le Tribunal fédéral le 11 octobre 2019 (6B_955/2019 et 6B_965/2019).
17
En parallèle, le 20 novembre 2009, suite à une perquisition ordonnée en septembre 
2009 par le juge d’instruction, le recourant a été informé de l’ouverture d’une 
procédure en soustraction d’impôt tant pour l’IFD que pour l’impôt d’Etat, pour les 
années 1999 et suivantes. Une séance a eu lieu le 13 mai 2015, en vue d’établir le 
tableau des reprises, suite aux conclusions de la seconde expertise, réalisée dans le 
cadre de la procédure pénale et, le 10 mars 2017, le recourant a été condamné pour 
soustraction d’impôt, décision qui a été confirmée sur réclamation, le 
6 décembre 2019, puis sur recours le 7 septembre 2020. L’arrêt de la Cour de céans 
de ce jour sanctionne le recourant pour avoir agi de manière que la taxation 2007, 
laquelle est entrée en force, eut été incomplète.
Au vu de ce qui précède, il apparaît que les deux procédures susmentionnées ont été 
menées parallèlement par les autorités pénales et fiscales pour les mêmes faits, 
qu’elles poursuivaient des objectifs complémentaires et concernaient des aspects 
différents de la faute sociale. Par ailleurs, il était prévisible qu’en agissant de la sorte, 
le recourant s'exposait à une condamnation pour usage de faux (art. 186 LIFD) et 
escroquerie (art. 209 LI) ainsi que pour la soustraction de l’impôt correspondante 
(art. 175 LIFD, 56 LHID et 199 LI). Toutefois, si l’interaction entre les autorités fiscales 
et pénales est appropriée, dans le cadre de l’administration des preuves (expertise, 
etc.), il n’en n’est pas de même en ce qui concerne les sanctions. En effet, il ressort 
du dossier que le taux de l’amende, fixé à 1, à savoir au montant soustrait, dans le 
cadre de la présente procédure en soustraction d’impôt, est lié, entre autres, aux 
circonstances de l’acte et aux procédés employés (décision du 10 mars 2017 –et 
réponse au recours du 3 mars 2021). Dans cette mesure, bien que la peine n’ait pas 
été aggravée, il apparaît néanmoins que, dans le cadre de la répression de la 
soustraction d’impôt, l'usage de faux ait été pris en compte pour fixer l’amende (TF 
2C_12/2017 et 2C_13/2017 précités consid. 10.3 et les réf. cit., en particulier ATF 
122 I 257 consid. 8). Par ailleurs, dès lors qu’aucune mention n’a été faite, dans la 
décision de soustraction d’impôt, s’agissant de la peine à laquelle le recourant a été 
condamné pour usage de faux et escroquerie (180 jours-amende avec sursis durant 
deux ans, le montant du jour-amende étant fixé à CHF 30.- ainsi qu’une amende 
additionnelle de CHF 1'000.-), il apparaît que, dans le cadre de la fixation de l’amende 
pour soustraction d’impôt (pour les montants, voir consid. B et C ci-dessus), l’intimé 
n’a pas pris en compte la sanction prononcée dans la procédure pénale pour usage 
de faux et escroquerie. Aussi, afin d’éviter que le recourant soit puni plus sévèrement 
pour la seule raison que ces deux infractions ont été jugées par des autorités 
différentes, il se justifie, conformément à la jurisprudence précitée, de réduire le taux 
de l’amende aux 2/3 de celle-ci. 
9.2.3
Dès lors, le montant de l’amende pour soustraction de l’impôt d’Etat pour l’année 
2007 doit être fixé à CHF 12'221.33 [= 2/3 x CHF 18'350.35] (tableau - fixation du 
rappel d’impôt et de la soustraction), arrondi à CHF 12'221.30.
18
Dans cette mesure, il convient d’admettre, conformément à la jurisprudence précitée, 
qu’il existe un lien matériel et temporel suffisamment étroit entre les deux procédures 
visant la même constellation de faits, de sorte qu'elles peuvent être considérées 
comme deux aspects d'un système unique. Il n'y a donc pas de dualité de la 
procédure contraire au principe "ne bis in idem". 
9.3
Au demeurant, sous réserve des considérations ci-dessus, la fixation du taux de 
l’amende par l’intimé ne prête pas flanc à la critique (voir TF 2C_12/2017 et 
2C_13/2017 précités consid. 7.2.2 et 9.2 et et réf. cit. : ATF 143 IV 130 ; 2P.48/2006 
du 10 mai 2006). Contrairement à ce que prétend le recourant, le résultat de 
l’infraction n’est pas sans influence sur la peine. La culpabilité est notamment 
déterminée par la gravité objective de l’acte, laquelle s’apprécie principalement en 
fonction du résultat de l’infraction. En matière d’infraction contre le patrimoine, le 
résultat est pris en compte dans la mesure où il permet d’apprécier la culpabilité 
(SANSONETTI / HOSTETTLER, CR LIFD ad art. 175 n° 41 ; TF 2C_12/2017 et 
2C_13/2017 précités consid. 7.2.1 et 7.2.2).
10.
Au vu des considérants qui précèdent, le présent recours doit être partiellement admis 
tant en ce qui concerne l'IFD que l'impôt d'Etat et la décision attaquée doit être 
annulée dans cette mesure. 
11.
Au vu du résultat auquel il est parvenu, la moitié des frais de procédure doit être mis 
à la charge du recourant, le solde étant laissé à la charge de l’Etat (art. 219 et 223 
Cpa). Une indemnité réduite de dépens, fixée conformément à l'ordonnance fixant le 
tarif des honoraires d'avocat (RSJU 188.61), à payer par l’intimé, est allouée au 
recourant pour la présente procédure. En l'absence de note d'honoraires produite par 
le mandataire du recourant, la Cour fixe l'indemnité allouée à celui-ci, sur la base du 
dossier, à CHF 1’000.- (débours et TVA compris).
PAR CES MOTIFS 
LA COUR ADMINISTRATIVE
Ad IFD et Ad Impôt d’Etat
admet
partiellement le recours ; partant,
annule
la décision de la Commission cantonale des recours en matière d’impôts du 7 septembre 2020, 
dans la mesure où, s’agissant de l’IFD, elle constate que la décision sur réclamation de l’intimé 
du 6 décembre 2019 est entrée en force en ce qui concerne le rappel et la soustraction d’impôt 
relatifs aux années 2004 à 2007, ainsi que dans la mesure où, s’agissant de l’impôt d’Etat, elle 
confirme ladite décision, en ce qui concerne le rappel et la soustraction d’impôt relatifs aux 
années 2005 à 2007 ; 
19
Ad IFD 
renvoie
le dossier à la CCR pour qu’elle entre en matière et statue sur le fond de l’affaire s’agissant du 
rappel et de la soustraction d’impôt relatifs aux années 2004 à 2007 ;
Ad impôt d’Etat 
constate
-
que le droit de procéder au rappel d'impôt relatif à l’année fiscale 2005 est périmé et que, 
s’agissant de l’année fiscale 2006, ce droit sera périmé à la date de l’entrée en force de la 
décision de rappel d’impôt, à savoir postérieurement au 31 décembre 2021 ; 
-
que la procédure pénale relative à la soustraction d’impôt pour les années fiscales 2005 et 
2006 est prescrite ; 
fixe 
le montant relatif au rappel d’impôt pour l’année fiscale 2007 à CHF 18'350.35, plus intérêts à 
CHF 8'650.10 ;
fixe 
le montant de l’amende pour soustraction d’impôt relative à l’année fiscale 2007 à 
CHF 12'221.30 ;
Ad IFD et Ad Impôt d’Etat
met
la moitié des frais de la présente procédure, par CHF 600.-, à charge du recourant et les 
prélève sur son avance, le solde lui étant restitué ;
met
la moitié des frais relatifs à la procédure devant la Commission cantonale des recours, par 
CHF 250.-, à la charge du recourant ;
laisse
le solde des frais de la procédure à la charge de l’Etat ;
alloue
au recourant une indemnité réduite de dépens de CHF 500.- (y compris débours et TVA) à 
payer par l'Etat ;
20
informe
les parties des voie et délai de recours selon avis ci-après ;
ordonne
la notification du présent arrêt :
au recourant, par son mandataire, Me Philippe Kitsos, avocat à La Chaux-de-Fonds ;
à l’intimé, le Service des contributions, Rue de la Justice 2, Case postale 272, 2800 
Delémont,
à la Commission cantonale des recours, chemin du Château 9, 2900 Porrentruy ;
à l'Administration fédérale des contributions, section IFD, 3003 Berne. 
Porrentruy, le 13 décembre 2021 
AU NOM DE LA COUR ADMINISTRATIVE
La présidente :
La greffière :
Sylviane Liniger Odiet
Julie Frésard
Communication concernant les moyens de recours :
Le présent arrêt peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le 
recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal 
fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire aux conditions des articles 113 ss LTF. Le 
mémoire de recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14; il doit être rédigé dans une langue 
officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer 
succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que s'il soulève une question 
juridique de principe, il faut exposer en quoi l'affaire remplit cette condition. Les pièces invoquées comme moyens 
de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de 
la décision attaquée.