ge_gerichte · ATA/138/2026 · 2026-02-03 · fr

Résumé:
 Recours de l’administration fiscale cantonale contre un jugement du TAPI qui a admis une déduction au titre des cotisations de prévoyance professionnelle d’un contribuable. Dès lors que seule une déduction limitée à l’activité salariée du contribuable peut être admise et que l’affiliation à l’AVS constitue un prérequis indispensable à l’octroi de telles déductions, le recours est admis, le montant admissible en déduction étant inférieur à celui retenu par les premiers juges.

RÉPUBLIQUE ET 
 
CANTON DE GENÈVE 
POUVOIR JUDICIAIRE 
A/42/2025-ICCIFD 
ATA/138/2026 
COUR DE JUSTICE 
Chambre administrative 
Arrêt du 3 février 2026 
4ème section 
 
 dans la cause 
 
 
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE 
recourante 
 
contre 
A______ et B______ 
représentés par Me Louise BONADIO, avocate 
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS 
intimés 
 
_________ 
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 
2 juin 2025 (JTAPI/593/2025) 


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A/42/2025 
EN FAIT 
A. a. Le litige concerne l’impôt fédéral direct (ci-après : IFD) et l’impôt cantonal et 
communal (ci-après : ICC) des époux A______ et B______ (ci-après : les 
contribuables) pour la période fiscale 2020. 
B. a. B______ est médecin. Pendant plusieurs années, il a exercé sa profession à son 
compte sous la raison individuelle « B______ » non inscrite au registre du 
commerce (ci-après : RC). 
b. Dans le courant de l’année 2020, il a fondé C______ SA, inscrite au RC le 
7 juillet 2020. La société a repris les actifs et les passifs de la raison individuelle 
selon bilan au 31 décembre 2019. Le contribuable en est l’actionnaire unique. 
C. a. Dans sa déclaration fiscale 2020, le contribuable a déclaré des revenus bruts de 
CHF 250'000.- relatifs à son activité de salarié de la société. Il a notamment fait 
valoir une déduction de CHF 58'642.- au titre de cotisations à la prévoyance 
professionnelle. Il n’a déclaré aucune activité indépendante. 
b. Le 21 septembre 2022, l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE), 
constatant que les cotisations de prévoyance correspondaient à 23.46% de ses 
revenus bruts, a demandé au contribuable de lui transmettre le contrat de 
prévoyance indiquant le montant de cotisations à verser concernant « la part 
employé » auprès du 2e pilier de la société. 
c. Dans sa réponse du 24 octobre 2022, le contribuable a rappelé qu’il avait cessé 
d’exploiter son cabinet médical sous forme de raison individuelle au 31 décembre 
2019 et commencé à l’exploiter sous la forme d’une société anonyme 
(ci-après : SA) dès le 1er janvier 2020. Cette dernière avait été inscrite au RC à la 
suite de la clôture des comptes et de l’établissement du rapport de révision. 
La raison individuelle avait été affiliée auprès d’une fondation de prévoyance sous 
le n° d’entreprise 30'256. La société était affiliée à la même fondation sous le 
n° d’entreprise 90'585. Dès lors que, comme l’indiquaient les attestations jointes, 
pour l’année 2020 des cotisations de CHF 48'055.- avaient été versées dans le cadre 
de son activité indépendante et de CHF 69'229.80 dans le cadre de son activité pour 
la société (soit CHF 34'615.20 à charge de l’employeur et CHF 34'614.60 à sa 
charge), les cotisations à sa charge avaient été calculées de la manière suivante : 
- 
Cotisations 2020 contrat n° 30'256 
 
CHF 48'055.- 
- 
Cotisations 2020 contrat n° 90'585 
 
CHF 69'229.80 
- 
Total 
 
 
 
 
 
CHF 117'284.80 
- 
Cotisations à charge de l’employé 50% 
 
CHF 58'642.40 
- 
Cotisations à charge de l’employeur 50% 
CHF 58'642.40 
d. Le 27 octobre 2022, l’AFC-GE a sollicité notamment les informations suivantes : 


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- la date de la radiation auprès de l’assurance-vieillesse et survivants 
(ci-après : AVS) de sa qualité de cotisant indépendant ; 
- les raisons pour lesquelles une cotisation 2020, à titre d’indépendant, avait été 
effectuée pour un montant de CHF 48'055.-, l’activité indépendante s’étant 
terminée au 31 décembre 2019 ; 
- dans l’hypothèse où l’activité indépendante se serait poursuivie jusqu’au 7 juillet 
2020, la date effective de l’inscription de la restructuration au RC, ainsi que la 
comptabilité jusqu’à cette date. 
e. Le 29 novembre 2022, le contribuable a expliqué que la transformation de la 
raison individuelle en SA par reprise de biens de manière rétroactive était une 
opération prévue par le droit suisse. Comme l’apport en nature s’effectuait sur la 
base de comptes clos et révisés datant de moins de six mois, il existait souvent un 
flou entre la clôture comptable de la raison individuelle et la création de la nouvelle 
société. La reprise des biens intervenait à titre rétroactif au jour suivant la date de 
clôture. 
Pièces à l’appui, il a également exposé avoir adressé un courrier à la caisse 
interprofessionnelle 
AVS 
de 
la 
Fédération 
des 
entreprise 
romandes 
(ci-après : caisse AVS) pour lui indiquer qu’il n’avait plus d’activité indépendante 
en 2020. Ladite caisse avait ramené les cotisations sociales versées de CHF 22'001.- 
à 0.- comme en attestait un courrier de ladite caisse du 20 janvier 2021. Par ailleurs, 
la société n’étant inscrite au RC qu’à partir du 7 juillet 2020, il n’était pas possible 
de souscrire de contrat de prévoyance professionnelle avant cette date. Pour les 
employés de la raison individuelle, il avait conservé l’ancien contrat portant le 
n° 30'256 jusqu’au 31 juillet 2020. Un courrier de la fondation de prévoyance du 
9 mars 2021 confirmait l’affiliation de la société en date du 1er août 2020 et la 
résiliation de l’affiliation de la raison individuelle au 31 juillet 2020. 
f. Le 22 mars 2023, l’AFC-GE a taxé les contribuables. Elle a retenu un salaire brut 
du contribuable de CHF 250'000.- et, au titre des cotisations de prévoyance au 
2e pilier de celui-ci, un montant déductible de CHF 34'615.- en lieu et place des 
CHF 58'642.- déclarés. Elle a indiqué que le contribuable n’était plus indépendant 
depuis le 31 décembre 2019. Le contrat de prévoyance n° 30'256 devait être annulé 
et cas échéant remboursé en présence d’une éventuelle sur-assurance. Dans tous les 
cas, seules les cotisations en tant que salariés pouvaient être déduites. 
g. Le 27 avril 2023, les contribuables ont formé opposition. 
B______ avait déjà détaillé tant les modalités de calcul que l’opération de 
transformation qui avaient mené à l’augmentation de ses cotisations de prévoyance 
au 2e pilier. Les primes et cotisations versées à des institutions de la prévoyance 
professionnelle devaient être déduites du revenu total imposable afin de déterminer 
le revenu net IFD et ICC. Dès lors qu’il avait bien versé des cotisations à une 
institution de prévoyance professionnelle, elles devaient être prises en considération 
en totalité, soit CHF 58'642.-. 


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h. Le 28 novembre 2024, l’AFC-GE a rectifié la taxation sur un point qui n’est 
aujourd’hui plus litigieux. Elle a maintenu la taxation s’agissant des cotisations de 
prévoyance au 2e pilier et donc un montant déductible à ce titre de CHF 34'615.-. 
Dans le cas où la transformation d’une entreprise de personnes en une personne 
morale se faisait avec effet rétroactif, l’assujettissement, la période fiscale et la 
période de calcul débutaient à la date de reprise convenue. Par conséquent, l’activité 
lucrative indépendante cessait à ce moment-là. Sur la base des informations et 
documents remis, les actifs et passifs de l’activité indépendante du contribuable 
avaient été transférés dans la société rétroactivement au 1er janvier 2020, selon bilan 
au 31 décembre 2019. De fait, son activité indépendante avait définitivement cessé 
à cette date. En outre, l’exercice comptable de la société s’étendait du 1er janvier au 
31 décembre 2020 selon la comptabilité remise. Partant, c’était à juste titre que 
fiscalement seules les cotisations liées à son statut d’employé avaient été admises 
en déduction pour l’année 2020. 
D. a. Le 6 janvier 2025, les contribuables ont recouru auprès du Tribunal administratif 
de première instance (ci-après : TAPI) contre cette décision. Ils ont conclu à son 
annulation et à l’admission d’un montant complémentaire de CHF 24'027.- de 
déduction au titre de cotisations au 2e pilier versées par le contribuable 
(CHF 58'642.- déclarés moins CHF 34'615.- retenus par l’AFC-GE). 
Ils ont soulevé les griefs de constatation lacunaire des faits pertinents, de violation 
des normes sur la déductibilité des cotisations sociales et de violation du principe 
de la capacité contributive. Les cotisations non admises en déduction n’étaient pas 
liées à son statut d’indépendant, mais à une situation transitoire liée à un transfert 
d’actifs et de passifs rétroactif. Le droit fiscal devait suivre le droit civil, à savoir la 
reprise à titre rétroactif. Les cotisations payées jusqu’à la date du transfert de 
patrimoine devaient ainsi être considérées comme déductibles, tous autant que 
celles postérieures à la date de transfert de patrimoine. 
b. L’AFC-GE a conclu au rejet du recours. 
Du point de vue fiscal, le contribuable avait commencé à exercer une activité 
lucrative dépendante le 1er janvier 2020. Seules les cotisations de prévoyance 
professionnelle liées à cette activité étaient dès lors déductibles. En outre, son 
employeur avait établi un certificat de salaire le concernant et portant sur toute 
l’année 2020. 
Du fait que la caisse AVS avait annulé de manière rétroactive l’affiliation du 
contribuable à titre indépendant en 2020, les conditions pour une affiliation à la 
caisse de prévoyance en tant qu’indépendant n’étaient plus remplies. Comme cela 
lui avait déjà été suggéré, le contribuable pouvait exiger le remboursement des 
cotisations versées au titre de la prévoyance professionnelle. 
c. Le 2 juin 2025, le TAPI a partiellement admis le recours et renvoyé le dossier à 
l’AFC-GE pour nouvelles décisions. 


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Le contribuable n'avait, durant l'année 2020, réalisé aucun revenu d'une activité 
indépendante soumis aux cotisations AVS. À rigueur de texte, les cotisations qu'il 
avait versées à ce titre à son institution de prévoyance en qualité d'indépendant ne 
devraient pas être admises en déduction. 
Dans un arrêt cité par l'AFC-GE, le Tribunal fédéral avait constaté qu'il existait une 
divergence entre le droit fiscal et celui des assurances sociales en cas de 
transformation rétroactive d'une société de personnes en personne morale, parce 
que cette dernière ne pouvait s'affilier comme employeur qu'à partir du moment où 
elle avait été constituée et inscrite au RC. La rétroactivité n'était ainsi pas reconnue 
même si, en pratique, certaines institutions semblaient se rallier à la pratique des 
autorités fiscales (arrêt du Tribunal fédéral 2C_522/2018 du 15 avril 2020). Dans ce 
même arrêt, et se référant à la circulaire N°18 de l'AFC du 17 juillet 2008 relative 
à l'imposition des cotisations et prestations du pilier 3a, le Tribunal fédéral avait 
admis que le contribuable puisse faire valoir la « grande » déduction de cotisations 
à la prévoyance individuelle liée (pilier 3a) jusqu'au moment où il avait commencé 
à cotiser à l'AVS en tant que salarié. Il ressortait des pièces versées à la procédure 
que, en 2019, le contribuable avait versé en qualité d'indépendant des cotisations à 
la prévoyance professionnelle s'élevant annuellement à CHF 82'380.-. Le montant 
de CHF 48'055.- figurant sur l'attestation remise pour ses cotisations en qualité 
d'indépendant pour l'année 2020 correspondait exactement à sept mois de 
cotisations. Par ailleurs, il ressortait de la fiche d'assurance produite par l’intéressé 
le 24 octobre 2022, que sa société l'avait affilié à la prévoyance professionnelle à 
partir du 1er août 2020. Les cotisations annuelles à charge du salarié de 
CHF 34'614.60 s'élevaient dès lors pour cinq mois à CHF 14'422.75. Aucune pièce 
versée à la procédure, en particulier des factures de cotisations, ne démontrait le 
contraire. Dans la mesure où le contribuable ne demandait que la déduction de la 
moitié des cotisations qu'il avait versées en qualité d'indépendant, soit 
CHF 24'027.50, le montant total de cotisations à la prévoyance professionnelle qui 
devait être admis en déduction s'élevait à CHF 38'450.25. 
E. a. Le 7 juillet 2025, l’AFC-GE a recouru contre ce jugement auprès de la chambre 
administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative). 
Elle a conclu à l’annulation du jugement du TAPI et à la confirmation de sa décision 
sur réclamation. 
a.a. Le jugement du TAPI était erroné dans son état de fait dès lors qu’il y était 
retenu que les cotisations LPP du contribuable en qualité d’indépendant en 2020 
s’étaient élevées à CHF 82'380.- alors que, à teneur du certificat de prévoyance 
2020, ce montant était de CHF 48'055.-. Le TAPI avait en outre laissé entendre à 
tort, à deux reprises, que le contribuable avait payé lui-même ses cotisations de 
prévoyance liées à son affiliation facultative à titre d’indépendant. Il ressortait ainsi 
du jugement que « les cotisations qu’il a versées à ce titre à son institution de 
prévoyance en qualité d’indépendant » (consid. 5) et « Dans la mesure où le 
recourant ne demande que la déduction de la moitié de cotisations qu’il a versées 


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en qualité d’indépendant » (consid. 7). Or, selon la comptabilité de la société, c’était 
elle qui avait procédé au paiement des cotisations à titre d’indépendant en faveur 
de l’institution de prévoyance, à tout le moins pour un montant de CHF 53'193.60 
débité du compte de la société, et non pas le contribuable. 
a.b. Le jugement retenait dans un premier temps que, à rigueur de texte, les 
cotisations de prévoyance professionnelle versées à titre d’indépendant ne devraient 
pas être admises en déduction avant de conclure, de manière contradictoire, que des 
cotisations de CHF 24'027.50 devaient tout de même l’être. Il ressortait des pièces 
du dossier que le contribuable n’avait pas lui-même payé ses cotisations LPP à titre 
d’indépendant. Pour ce motif déjà, le jugement avait à tort retenu que ces cotisations 
devaient être déduites. En outre, le versement de contributions déductibles était 
subordonné au paiement de cotisations AVS. Or, la caisse AVS avait annulé 
l’affiliation du contribuable à titre indépendant avec effet rétroactif au 1er janvier 
2020, de sorte que depuis lors le maintien des cotisations du 2e pilier, a fortiori leur 
déductibilité, n’était pas fondé. En admettant la déductibilité des cotisations LPP à 
titre d’indépendant en l’absence d’affiliation à l’AVS, le TAPI avait enfreint la loi. 
a.c. Le TAPI s’était fondé sur un arrêt du Tribunal fédéral qui avait trait à la 
déductibilité d’une prestation du pilier 3a, dans le contexte d’une transformation 
rétroactive d’une société de personnes en personne morale. Cet arrêt ne permettait 
toutefois pas de trancher par analogie le cas d’espèce, comme semblait l’avoir fait 
le TAPI, sans motiver en quoi cet arrêt lui avait permis de trancher le litige. Cet arrêt 
avait pour utilité d’expliciter les divergences qui pouvaient exister dans le cas de la 
transformation rétroactive d’une société de personnes en personne morale, en 
soulignant l’opposition entre les pratiques fiscales et celles des assurances sociales. 
En effet, selon cet arrêt, en cas de transformation d’une société de personnes en 
une SA effectuée avec effet rétroactif sur le plan fiscal, le rattachement au statut 
AVS pouvait conduire à des divergences entre le statut fiscal et le statut en droit 
des assurances sociales. En droit fiscal, afin d’éviter des clôtures intermédiaires, 
une reprise rétroactive des actifs et des passifs à la dernière date de clôture ordinaire 
du bilan et non la date d’inscription au RC était visée. Du point du droit de l’AVS, 
aucune transformation rétroactive n’était en revanche possible. Les associés en nom 
collectif, par exemple, continuaient d’être considérés comme des indépendants 
jusqu’à la date de leur inscription au RC en tant que SA. Cette jurisprudence 
soulignait, sans le remettre en cause, que les autorités des assurances sociales se 
basaient régulièrement sur la pratique des autorités fiscales concernant la 
transformation rétroactive de sociétés de personnes en personnes morales et 
autorisaient le passage d’une activité lucrative indépendante à une activité 
dépendante déjà au moment de l’effet rétroactif de la restructuration. En l’espèce, 
elle avait à juste titre appliqué l’approche fiscale. La caisse AVS avait procédé de 
la même manière et le contribuable aussi en partie. En effet, ce dernier n’avait pas 
déclaré d’activité indépendante en 2020 et sa société lui avait délivré un certificat 
de salaire portant sur toute l’année. Dans ces circonstances, c’était à bon droit 
qu’elle avait considéré le contribuable comme un salarié sur toute l’année 2020 et 


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qu’elle avait admis une déduction de prévoyance professionnelle à hauteur de 
CHF 34'615.-. 
a.d. Enfin, de manière surprenante, le TAPI avait retenu que « dans la mesure où le 
recourant ne demand[ait] que la déduction de la moitié des cotisations qu’il a[vait] 
versées en qualité d’indépendant », il y avait lieu de les admettre en déduction. 
Or, le fait de réclamer des prétentions peu importantes ne constituait en aucun cas 
une condition pour légitimer leur déductibilité, étant rappelé pour le surplus le 
caractère exceptionnel des déductions générales, telles les cotisations de 
prévoyance professionnelle qui commandait, selon la jurisprudence, de les 
interpréter de manière restrictive. 
b. Le 7 août 2025, l’administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH) 
a conclu à l’admission du recours. 
L’affiliation à l’AVS constituait un prérequis indispensable à l’octroi des 
déductions selon la loi fédérale sur l’impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 
(LIFD - RS 642.11). Ainsi, dès lors que le contribuable n’avait pas été soumis aux 
cotisations AVS sur un revenu provenant de l’exercice d’une profession libérale 
durant la période litigieuse, seule la déduction des cotisations de prévoyance 
professionnelle acquittées à titre de salarié, soit CHF 34'614.60, s’avérait justifiée 
dans le cas d’espèce. Cette manière de procéder était cohérente avec la 
transformation fiscale rétroactive de la raison individuelle de l’intimé en SA et le 
fait qu’il ne s’était pas acquitté des cotisations litigieuses. 
c. Le 8 août 2025, les contribuables ont conclu à l’annulation du jugement du TAPI. 
Il devait être réformé, tant en ICC qu’en IFD, en ce sens, d’une part, qu’un montant 
complémentaire de CHF 20'191.75 devait être admis en déduction au titre de 
cotisations au 2e pilier (CHF 58'642.- déclaré moins les CHF 34'615.- retenus en 
taxation et en décision sur réclamation et les CHF 3'835.25 complémentaires 
acceptés par le TAPI) et, d’autre part, que devaient être admis des revenus 
imposables ICC de CHF 89'880.- et non de CHF 113'907.- ainsi que des revenus 
imposables IFD de CHF 134'773.- et non de CHF 158'800.-. 
La transformation d’une raison individuelle en SA par reprise de biens de manière 
rétroactive était une opération juridique prévue notamment par la loi fédérale du 
30 mars 1911, complétant le Code civil suisse (CO, Code des obligations - RS 220). 
L’apport en nature se faisait par la force des choses à titre rétroactif. Tous les 
engagements, dont les contrats de travail, étaient repris par la SA comme en 
l’espèce. Les cotisations sociales payées par la raison individuelle étaient 
également, à titre rétroactif, reprises par la SA. Les cotisations versées en tant 
qu’employeur à l’institution de prévoyance pour les employés étaient considérées 
comme des charges d’exploitation et pouvaient être intégralement déduites du 
résultat de l’entreprise. Les cotisations versées en tant qu’indépendant pour sa 
propre prévoyance professionnelle ne pouvaient être considérées comme des 
charges d’exploitation qu’à concurrence de la part de l’employeur, à savoir de la 
part versée en tant qu’employeur pour la prévoyance du personnel. Le chiffre de 


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50% était évoqué par la jurisprudence constante en matière fiscale et d’assurances 
sociales selon le mémento 2.09 en matière de cotisations AVS/AI/APG/AC. 
Dès lors, c’était le 50% des primes payées, soit CHF 58'642.40, qu’il avait déduit 
de son revenu et que la société avait déduit de son bénéfice. 
Le fait qu’une partie de l’année avait été, par les circonstances de la transformation, 
« considérée par les charges sociales comme une partie indépendant » ne devait pas 
empêcher la déductibilité pour les raisons suivantes : la transformation devait être 
neutre fiscalement, au sens des art. 19 al. 1 et 2 LIFD, 20 al. 1 et 2 de la loi sur 
l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP - D 3 08) et la 
« circulaire n° 5a » ; le droit fiscal devait suivre le droit civil, en l’occurrence en 
particulier la rétroactivité ; les art. 25 et 33 al. 1 lit. d LIFD et 28 et 31 lit. b LIPP 
permettaient la déduction des cotisations et primes du revenu imposable si elles 
étaient versées à des institutions de prévoyance professionnelle, ce qui était le cas 
en l’espèce. 
Enfin, le raisonnement de la recourante était arbitraire en ce sens qu’elle demandait 
que toutes les cotisations au 2e pilier des mois de janvier à juin 2020 soient écartées. 
Le raisonnement de l’AFC-GE laissait penser qu’il n’aurait pas le droit, en raison 
d’une transformation, de s’assurer au 2e pilier alors même qu’il l’avait été durant la 
vie de la raison individuelle et qu’il l’était encore en tant qu’employé de la société. 
Ce raisonnement était choquant dans son résultat. Il était également choquant dans 
sa motivation consistant à faire fi des règles sur la neutralité fiscale des 
transformations de l’art. 19 LIFD et des règles de droit civil. 
Il avait sollicité la déduction de CHF 58'642.- au titre de la cotisation de prévoyance 
professionnelle dans sa déclaration d’impôt, dans sa réclamation et devant le TAPI. 
L’AFC-GE avait admis une déduction de CHF 34'615.-. Le TAPI avait retenu une 
déduction de CHF 38'450.25. Par gain de paix et compte tenu de la valeur litigieuse 
raisonnable, il n’avait pas interjeté recours contre la décision du TAPI. Cela étant, 
compte tenu de l’effet dévolutif de la procédure de recours, il continuait à conclure 
à l’admissibilité d’une déduction de CHF 58'642.-. 
d. Le 22 août 2025, par écriture spontanée, les intimés ont réagi au courrier de 
l’AFC-CH. 
En 2020, B______ avait versé CHF 117'284.80 au titre de la prévoyance 
professionnelle. Il avait supporté le 50% de cette charge comme cela ressortait de 
son certificat de salaire 2020, « du détail du salaire 2020 » (LPP retenue sur le 
salaire CHF 58'642.- total des déductions = CHF 80'148.-) » et de l’extrait du 
grand-livre de la société qui indiquait une retenue sur salaire pour charges sociales 
de CHF 80'148.- (dont CHF 58'642.- de LPP). Ainsi, les cotisations sociales avaient 
bien été payées à charge de B______ et elles devaient être admises au titre de 
déduction pour ce dernier montant. 
e. Le 8 septembre 2025, la recourante a persisté dans ses conclusions. 


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Les contribuables avaient renoncé à recourir contre le jugement du TAPI. 
Leurs conclusions en annulation et réformation de ce jugement formulées au stade 
de leur réponse au recours constituaient un recours incident ou joint. Or, cette 
possibilité n’était pas offerte par la la loi sur la procédure administrative du 
12 septembre 1985 (LPA - E 5 10). Leurs conclusions devaient être déclarées 
irrecevables. 
f. Après que les intimés ont renoncé à dupliquer, les parties ont été informées, le 
22 septembre 2025, que la cause était gardée à juger. 
EN DROIT 
1. 
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable 
(art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; 
art. 62 al. 1 let. a LPA ; art. 7 al. 2 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 
- LPFisc - D 3 17). 
2. 
L'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours, les conclusions du 
recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'il invoque. L'objet du litige 
correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre 
matériel admissible (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 
2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5). La contestation ne peut excéder l'objet 
de la décision attaquée, c'est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur 
lesquels l'autorité inférieure s'est prononcée ou aurait dû se prononcer. L'objet d'une 
procédure administrative ne peut donc pas s'étendre ou qualitativement se modifier 
au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire dans la mesure où certains 
éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés. Ainsi, si un recourant est 
libre de contester tout ou partie de la décision attaquée, il ne peut pas prendre, dans 
son mémoire de recours, des conclusions qui sortent du cadre des questions traitées 
dans la procédure antérieure (ATA/1334/2025 du 2 décembre 2025 consid. 2.2). 
2.1 En l’espèce, le litige porte sur la conformité au droit du jugement du TAPI en 
ce qu’il a admis une déduction au titre des cotisations de prévoyance 
professionnelle du contribuable pour l’année fiscale 2020 de CHF 38'450.25. 
La recourante conteste ce montant et soutient que seule une déduction limitée à 
l’activité salariée du contribuable de CHF 34'615.- peut être admise pour 2020. 
Pour leur part, les intimés avaient conclu devant le TAPI à une déduction de 
CHF 58'642.-. Ils n’ont pas été suivis par les premiers juges. Devant la chambre de 
céans, dans leur réponse au recours, les intimés ont exposé que, par gain de paix et 
compte tenu de la valeur litigieuse raisonnable, ils avaient renoncé à recourir. 
Ils concluent néanmoins à l’admissibilité d’une déduction de CHF 58'642.-. Dans la 
mesure où les intimés n’ont pas recouru contre le jugement du TAPI et dès lors que 
la procédure administrative genevoise ne connaît pas l’institution du recours joint 
(ATA/716/2025 du 24 juin 2025 consid. 3.5 et les arrêts cités), le jugement en cause 
est entré en force sur ce point. Dans ce cadre, les autres conclusions et griefs 


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A/42/2025 
formulés à l’encontre de celui-ci par les intimés dans leur réponse, notamment en 
lien avec le montant de leurs revenus, et écritures subséquentes sont donc 
irrecevables. 
3. 
De jurisprudence constante, les questions de droit matériel sont résolues en fonction 
du droit en vigueur lors des périodes fiscales litigieuses (ATA/402/2025 du 8 avril 
2025 consid. 2.1 et les arrêts cités). 
Le présent litige concernant la période fiscale 2020, la cause est régie par le droit 
en vigueur durant cette période, à savoir les dispositions de la LIFD et de la LIPP. 
Par ailleurs, la question étant traitée de la même manière en droit fédéral et en droit 
cantonal harmonisé, le présent arrêt traite simultanément des deux impôts, comme 
l'admet la jurisprudence (ATF 135 II 260 ; ATA/402/2025 précité consid. 2.2). 
4. 
La recourante fait tout d’abord grief au TAPI d’avoir à tort, au ch. 2 de la partie en 
fait du jugement, mentionné un montant de CHF 82’380.- au titre des cotisations à 
la 
prévoyance 
professionnelle 
versées 
en 
2020. 
Il 
s’agit 
toutefois 
vraisemblablement d’une erreur de plume dès lors que, dans ce même ch. 2, les 
premiers juges se réfèrent à la déclaration fiscale 2019 et à l’attestation annexée à 
celle-ci, à savoir une attestation établie par l’institution de prévoyance pour l’année 
2019. Or, il ressort dans ladite attestation que, pour 2019, CHF 82’380.- ont été 
versés au titre des cotisations à la prévoyance professionnelle. Cette erreur de 
plume, consistant à indiquer 2020 au lieu de 2019, est quoi qu’il en soit sans 
conséquence sur l’issue du litige. 
5. 
La recourante se plaint ensuite de ce que le TAPI aurait laissé entendre à tort, à 
deux reprises, que le contribuable aurait payé lui-même ses cotisations de 
prévoyance liées à son affiliation facultative à titre d’indépendant. Elle se réfère 
aux consid. 5 et 7 du jugement, dans lesquels les premiers juges font mention, se 
référant au contribuable, aux « cotisations qu’il a versées » en qualité 
d’indépendant. Selon la recourante, il ressortirait de la comptabilité de la société 
que c’est elle qui aurait procédé au paiement des cotisations à titre d’indépendant 
en faveur de l’institution de prévoyance – à tout le moins pour un montant de 
CHF 53’193.60 débité du compte de la société – et non pas le contribuable. 
Il est, à teneur des pièces versées à la procédure, difficile d’être aussi affirmatif. 
En effet, si comme le retient la recourante, il apparaît en page 1 de l’extrait du 
compte 5700 AVS,AI, APG, AC, CAF du 1er janvier au 31 décembre 2020 de la 
société qu’elle a versé des cotisations LPP pour le contribuable en juillet, octobre 
et novembre 2020, il apparaît aussi, en page 2 du même document, qu’elle a, au 
31 décembre 2020, retenu CHF 80'148.40 sur le salaire brut du contribuable. 
Cette somme pourrait correspondre, si l’on en croit un décompte effectué par les 
intimés (pièce 3 de leur chargé) au total des montants retenus sur le salaire brut du 
contribuable et dus aux assurances sociales. La question pourra néanmoins rester 
sans réponse, le recours devant être admis pour les motifs exposés plus loin. 


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6. 
La recourante soutient que le contribuable doit être considéré comme un salarié sur 
toute l’année fiscale 2020 et que, pour cette même année fiscale et conformément 
au contrat de prévoyance n° 90'585 liant la fondation LPP et la société, seule une 
déduction de prévoyance professionnelle de CHF 34'615.- peut être admise. 
6.1 En matière d’impôts directs, le revenu net se calcule en défalquant du total des 
revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés dans les 
dispositions topiques, à savoir les art. 26 à 33a LIFD et les art. 29 à 37 LIPP 
(art. 25 LIFD ; art. 28 LIPP). 
6.2 Selon l’art. 33 al. 1 let. d LIFD, sont déduits du revenu les primes, cotisations 
et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés à l’assurance-vieillesse et 
survivants, à l’assurance-invalidité et à des institutions de la prévoyance 
professionnelle. Sur le plan cantonal, l’art. 31 let. b LIPP prévoit que sont déduits 
du revenu les versements du contribuable à une institution de prévoyance 
professionnelle, au sens et dans les limites du droit fédéral. 
6.3 En l’espèce, dans sa déclaration fiscale, le contribuable a déclaré son activité 
indépendante et précisé l’avoir cessée au 31 décembre 2019. Dans sa déclaration 
fiscale 2020, le contribuable a déclaré des revenus bruts de son activité dépendante 
de CHF 250'000.-. Il a mentionné la société comme son employeur. Il n’a déclaré 
aucune activité indépendante. Ce qui précède est confirmé par la réponse apportée 
par le contribuable à la recourante le 24 octobre 2022, dans laquelle il a confirmé 
avoir cessé d’exploiter son cabinet médical sous forme de raison individuelle au 
31 décembre 2019 et commencé à l’exploiter sous forme d’une SA dès le 1er janvier. 
Sur l’année fiscale 2020, le contribuable était ainsi salarié. 
La recourante et l’AFC-CH insistent à juste titre sur le fait que l’affiliation à l’AVS 
constitue un prérequis indispensable à l’octroi des déductions de l’art. 33 al. 1 let. d 
LIFD. En effet, si à teneur de l’art. 81 al. 2 de la loi fédérale sur la prévoyance 
professionnelle 
vieillesse, 
survivants 
et 
invalidité 
du 
25 
juin 
1982 
(LPP - RS 831.40), les cotisations que les salariés et les indépendants versent à des 
institutions de prévoyance, conformément à la loi ou aux dispositions 
réglementaires, sont déductibles en matière d’impôts directs de la Confédération, 
des cantons et des communes, il ressort de l’art. 5 al. 1 LPP que cette loi ne 
s’applique qu’aux personnes qui sont assurées à l’AVS. La doctrine précise à ce 
propos que, fondée sur l’art. 5 LPP, l’affiliation auprès d’une institution de 
prévoyance professionnelle, et par conséquent, le versement de contributions 
déductibles selon la let. d, est subordonnée au paiement de cotisations AVS, que 
l’assujettissement à l’assurance fédérale soit obligatoire ou facultatif. Le renvoi de 
l’art. 5 al. 1 LPP à l’AVS se justifie en raison du concept constitutionnel selon 
lequel c’est la conjugaison des trois piliers qui doit permettre à l’assuré de maintenir 
de manière appropriée son niveau de vie antérieur. Le champ d’application de la 
LPP se définit donc, de façon générale, par rapport au cercle des personnes 
assujetties à l’AVS (Gladys LAFFELY MAILLARD in Yves NOËL/Florence 


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AUBRY GIRARDIN [éd.], Commentaire romand de la loi fédérale sur l’impôt 
fédéral direct, 2e éd., 2017, n. 53 ad art. 33 LIFD et les références citées). 
6.4 En l’espèce, il ressort de la procédure que, répondant à la recourante le 
29 novembre 2022, les intimés lui ont notamment indiqué, pièces à l’appui, 
qu’après avoir informé la caisse AVS du fait que le contribuable n’avait plus 
d’activité indépendante en 2020, cette caisse avait ramené le montant des 
cotisations personnelles AVS dues en qualité d’une personne assurée exerçant une 
activité indépendante pour cette même année à 0.-. Ainsi, dès lors que le 
contribuable n’a pas été soumis aux cotisations AVS sur un revenu provenant de 
l’exercice d’une activité indépendante en 2020, seule la déduction des cotisations 
LPP acquittées à titre de salarié de la société est justifiée. Dans la mesure où il 
ressort de la procédure, en particulier de la fiche d’assurance établie le 23 décembre 
2020 et jointe à la réponse des intimés du 24 octobre 2022, qu’en sa qualité 
d’employé de la société, le contribuable a versé des cotisations au 2e pilier pour un 
montant de CHF 34'615.-, c’est à juste titre que la recourante a admis ce seul 
montant en déduction de son revenu. Il ressort du certificat de salaire établi le 
9 février 2022 par la société (pièce 14 du chargé de la recourante) que le 
contribuable a versé le même montant au 2e pilier en 2021. 
6.5 Le TAPI a conduit son raisonnement en se référant à l’arrêt du Tribunal fédéral 
2C_522/2018 précité. Cet arrêt met notamment en évidence les divergences qui 
apparaissent entre le droit fiscal et le droit des assurances sociales lors de 
transformation rétroactive d’une société de personnes en une personne morale. 
Il concerne néanmoins le cas d’une société en nom collectif transformée en SA et, 
surtout, il a trait à la déductibilité d’une prestation du pilier 3a – dont il est question 
à l’art. 33 al. let. e LIFD – sans que le TAPI expose en quoi il pourrait permettre de 
trancher le présent litige fondé sur une autre disposition, ni en quoi il remettrait en 
cause les principes rappelés au consid. 6.3 ci-dessus en matière de 2e pilier. Dans le 
cas d’espèce par ailleurs, il a été vu que, comme en atteste un courrier du 20 janvier 
2021, la caisse AVS a ramené au 1er janvier 2020 le montant des cotisations 
personnelles AVS dues en qualité d’une personne assurée exerçant une activité 
indépendante pour l’année 2020 à 0.-. Or, la situation jugée dans l’arrêt du Tribunal 
fédéral 2C_522/2018 précité semble différente, dès lors qu’il ressort de son 
consid. 4.3.2 que les intimés étaient, du point de vue de l’AVS, des travailleurs 
indépendants jusqu’au 1er juin 2014. Dans le cas d’espèce, aucune divergence 
n’apparaît entre la solution choisie tant par la caisse AVS que par la recourante, les 
deux ayant retenu, conformément du reste à ce qu’a déclaré le contribuable, qu’il 
n'avait plus d’activité indépendante dès le 1er janvier 2020. 
Le recours est dès lors bien fondé et sera admis, le jugement attaqué devant être 
annulé et la décision sur réclamation du 28 novembre 2024 rétablie en ce qu’elle 
retient un montant déductible au titre des cotisations de prévoyance au 2e pilier 
versées par l’intimé de CHF 34'615.-. 


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A/42/2025 
7. 
Vu l’issue du litige, un émolument de CHF 800.- sera mis à la charge solidaire des 
intimés (art. 87 al. 1 LPA) et il ne sera pas alloué d’indemnité de procédure (art. 87 
al. 2 LPA). 
 
* * * * * 
PAR CES MOTIFS 
LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE 
à la forme : 
déclare recevable le recours interjeté le 7 juillet 2025 par l’administration fiscale 
cantonale contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 juin 
2025 ; 
au fond : 
l’admet ; 
annule le jugement du Tribunal administratif de première instance ; 
rétablit la décision sur réclamation de l’administration fiscale cantonale du 28 novembre 
2024 en ce qu’elle retient un montant déductible au titre des cotisations de prévoyance au 
2e pilier versées par B______ de CHF 34'615.- ; 
met un émolument de CHF 800.- à la charge solidaire d’A______ et B______ ; 
dit qu’il n’est pas alloué d’indemnité de procédure ; 
dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 
2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent 
sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit 
public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve 
et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal 
fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par voie postale ou par voie électronique aux 
conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, 
invoquées comme moyens de preuve, doivent être jointes à l'envoi ; 
communique le présent arrêt à l’administration fiscale cantonale, à Me Louise 
BONADIO, avocate des intimés, au Tribunal administratif de première instance ainsi qu'à 
l'administration fédérale des contributions. 
Siégeant : Jean-Marc VERNIORY, président, Eleanor McGREGOR, Michèle 
PERNET, juges. 
Au nom de la chambre administrative : 


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le greffier-juriste : 
 
 
M. MAZZA 
 
 
le président siégeant : 
 
 
J.-M. VERNIORY 
 
 
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties. 
 
Genève, le 
 
 
 
 
 
la greffière :