ge_gerichte · ATA/609/2011 · 2011-09-27 · fr


RÉPUBLIQUE ET 
 
CANTON DE GENÈVE
POUVOIR JUDICIAIRE 
A/4916/2008-ICCIFD 
ATA/609/2011 
COUR DE JUSTICE 
Chambre administrative 
Arrêt du 27 septembre 2011 
2ème section 
 
dans la cause 
 
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE 
 
contre 
Madame O______ et Monsieur O______ 
représentés par Me Soizic Mendes De Leon, avocate 
et 
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS 
_________ 
Recours contre la décision de la commission cantonale de recours en matière 
administrative du 4 octobre 2010 (DCCR/1440/2010) 


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EN FAIT 
1. 
 
Madame O______ et Monsieur O______ (ci-après : les contribuables), 
parents de trois enfants, sont domiciliés au chemin______sur la commune de 
Vernier. 
2. 
 
M. O______ exerce une activité de physiothérapeute indépendant depuis 
1982. 
3. 
 
Depuis le 1er janvier 1985, les contribuables ont loué un appartement, à titre 
privé, à l’adresse précitée, situé au premier étage de la villa appartenant à 
Madame S______, tante de M. O______. Cette dernière habitait le rez-de-
chaussée. 
4. 
 
En 1991, le contribuable a aménagé à ses frais le sous-sol de la villa pour y 
installer son cabinet de physiothérapie sis jusque-là rue______. Ces 
aménagements lui ont permis de disposer à cet endroit d’une surface de 75 m2. 
 
 
Entre 1992 et 2002, M. O______ a chaque année inscrit à l’actif du bilan de 
son entreprise, dans la rubrique relative aux immobilisations, la valeur comptable 
des travaux d’aménagement sous déduction du montant du fonds d’amortissement 
représentant le total des amortissements annuels effectués à raison de 10 % de la 
valeur comptable transcrite, ceci selon le tableau suivant : 
 
Valeur comptable 
Fonds 
d’amortissement 
Amortissements 
1992 
256’629.- 
25’663.- 
25’663.- 
1993 
315’052.- 
57’168.- 
31’505.- 
1994 
352’305.- 
92’398.- 
35’230.- 
1995 
352’305.- 
127’629.- 
35’231.- 
1996 
352’305.- 
162’860.- 
35’231.- 
1997 
376’029.- 
200’463.- 
37’603.- 
1998 
367’029.- 
238’066.- 
37’603.- 
1999 
389’530.- 
277’019.- 
38’953.- 
2000 
389’530.- 
315’971.- 
38’953.- 


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2001 
389’530.- 
354’924.- 
38’953.- 
2002 
389’530.- 
389’529.- 
34’604.- 
5. 
 
Le 2 novembre 1995, Mme S______ a fait don à M. O______ de la parcelle 
n°______, commune de Vernier, d’une surface totale de 1321 m2 et de la villa sur 
laquelle elle était sise, moyennant reprise de l’hypothèque de CHF 300’000.- 
grevant le bien-fonds et l’octroi d’un droit d’habitation viager en sa faveur. 
6. 
 
En 1995, le contribuable a effectué des travaux d’isolation et 
d’aménagement dans la villa pour une valeur totale de CHF 532’414.-. Le service 
immobilier de l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) n’ayant 
accepté de prendre en considération que la part de ceux qui avaient été déclarés en 
1988 et 1993, la valeur fiscale de l’immeuble a été arrêtée à CHF 835’000.- dès la 
période relative à l’impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) 1996 et à l’impôt 
fédéral direct (ci-après : IFD) 1997-1998. 
 
 
Les frais d’aménagement précités n’ont pas été reportés dans la comptabilité 
du cabinet de physiothérapie, ni les dettes hypothécaires reprises ou nouvellement 
contractées par M. O______. 
7. 
 
Depuis 1995, les contribuables ont dûment indiqué dans leur déclaration 
fiscale, dans la rubrique 15.10 « immeubles occupés par le propriétaire », les 
valeurs fiscales et locatives dudit immeuble, calculées à partir des chiffres 
précités, aux fins de l’imposition sur le revenu et la fortune. 
 
 
De même, ils ont indiqué dans l’état de leurs dettes privées les hypothèques 
contractées pour un montant total de CHF 500’000.-, par lesquelles ils avaient 
financé les travaux entrepris dans la villa en 1995. 
8. 
 
Dans leur déclaration fiscale 2001-B, les contribuables ont déclaré un 
revenu brut de CHF 173’357.-, dont CHF 10’803.- constituant le bénéfice net 
provenant de l’activité lucrative indépendante de M. O______, ainsi qu’une 
fortune brute de CHF 559’257.-, dont CHF 505’000.- de fortune immobilière. 
Après déduction des différents montants autorisés, le revenu net imposable était 
de CHF 102’857.- pour l’ICC et de CHF 85’235.- pour l’IFD. Quant à leur 
fortune, elle était nulle. 
 
 
Le bilan du cabinet de physiothérapie au 31 décembre 2001, annexé à la 
déclaration, faisait état d’un actif « construction » de CHF 389’529,55 et d’un 
poste « fonds d’amortissement » de CHF 354’924,40, soit CHF 315’971,45 
représentant le report du fond d’amortissement 2000, auquel s’ajoutaient 
CHF 38’952,95 passés par charges au titre d’amortissement dans le compte de 
pertes et profits 2001. 


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9. 
 
Dans leur déclaration fiscale 2002, les contribuables ont déclaré un revenu 
brut de CHF 229’888.-, dont CHF 65’093.- provenant de l’activité lucrative 
indépendante de M. O______, et une fortune brute de CHF 596’436.-, dont 
CHF 501’000.- de fortune immobilière. Après déduction des différents montants 
autorisés, le revenu net imposable était de CHF 150’556.- pour l’ICC et de 
CHF 131’904.- pour l’IFD, tandis que leur fortune était nulle. 
 
 
Le bilan du cabinet de physiothérapie au 31 décembre 2002, annexé à la 
déclaration, faisait état d’un actif « construction » de CHF 389’529,55 sous 
déduction d’un poste « fonds d’amortissement » de CHF 389’529,55 soit 
CHF 354’924.- représentant le report du fond d’amortissement 2000, auquel 
s’ajoutaient CHF 34’604.- passés par charges au titre d’amortissement dans le 
compte de pertes et profits 2002. 
10. 
 
Le 7 avril 2003, l’AFC-GE a adressé aux contribuables un bordereau 
provisoire IFD 2002 d’un montant de CHF 1’089.-, fondé sur un revenu 
imposable de CHF 69’700.-. 
11. 
 
Le 3 mai 2004, l’AFC-GE leur a également fait parvenir un bordereau 
provisoire ICC 2001 d’un montant de CHF 10’103,85, fondé sur un revenu 
imposable de CHF 102’826.- et une fortune nulle. 
12. 
 
Le 15 septembre 2004, la direction de la taxation de l’AFC-GE a écrit aux 
contribuables pour leur demander de remplir et retourner un questionnaire aux fins 
de vérification de certains éléments de leur déclaration « concernant le bien 
immobilier à utilisation professionnelle », dûment complété, daté et signé. 
 
 
La note explicative attachée à celui-ci précisait que, dorénavant, tant en 
matière d’IFD que d’ICC, en cas d’utilisation mixte d’un bien immobilier le 
principe du partage jusque-là appliqué ne serait plus de mise et était remplacé par 
l’application du principe de prépondérance, le bien étant considéré comme faisant 
intégralement partie soit du patrimoine privé, soit du patrimoine commercial. 
13. 
 
Le 27 octobre 2004, le contribuable a retourné ce questionnaire. Le bâtiment 
se trouvant sur le bien-fonds n°______, feuille ______, commune de Vernier, était 
utilisé à 45 % à titre professionnel et à 55% à titre privé. La valeur vénale du tout 
était de CHF 875’000.-. Il avait été donné au contribuable le 2 novembre 1995. 
L’amortissement du prêt de l’emprunt hypothécaire était différé dans le temps, en 
lien avec le paiement de primes d’assurances 3ème pilier de CHF 19’000.- par an. 
Le contribuable répondait par un point d’interrogation à la question relative au 
montant cumulé des amortissements comptables. 
14. 
a. 
Le 29 novembre 2004, l’AFC-GE a écrit aux contribuables. Elle leur 
transmettait un bordereau rectificatif du bordereau provisoire ICC 2001, qui valait 


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notification définitive de la taxation ordinaire. Certains éléments de la taxation 
provisoire avaient été modifiés à leur détriment. 
 
 
Le montant de l’impôt s’élevait à CHF 110’750,40, en fonction d’un revenu 
imposable de CHF 421’453.- au taux de CHF 421’453.-. Elle retenait un bénéfice 
net de l’activité lucrative du contribuable de CHF 330’995.-, venant s’ajouter au 
salaire brut de son épouse et aux autres revenus déclarés. La fortune des époux 
était nulle, compte tenu d’un immeuble dont la valeur était de CHF 529’000.-, 
sous déduction de CHF 474’138.- de dettes hypothécaires. 
 
b. 
Le même jour, elle leur a également notifié : 
 
- 
un bordereau IFD 2001 de CHF 39’748.-, fondé sur un revenu imposable de 
CHF 405’100.- au taux de CHF 405’100.-. Elle se fondait sur les mêmes éléments 
que pour l’ICC 2001. 
 
- 
un bordereau ICC 2002 d’un montant de CHF 37’505.-, fondé sur un revenu 
imposable de CHF 185’024.- au taux de CHF 185’024.-. Le bénéfice net du 
contribuable retenu était de CHF 99’698.-. 
 
- 
un bordereau IFD 2002 de CHF 8’626.-, fondé sur un revenu imposable de 
CHF 165’700.- et sur un bénéfice net du contribuable identique à celui retenu 
pour l’ICC. 
15. 
 
Le 29 novembre 2004 également, la direction de la taxation, service des 
indépendants de l’AFC-GE, a envoyé un courrier aux contribuables « en 
complément des quatre bordereaux [qu’elle leur avait] notifiés » auquel était 
annexé un procès-verbal de taxation. Ce document était libellé de la manière 
suivante : 
 
 
« Transfert du bien immobilier sis ______, commune de Vernier, du 
patrimoine professionnel au patrimoine privé : 
 
 
Comme le précisent les art. 18 al. 2 [de la loi fédérale sur l’impôt fédéral 
direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11] et 3 al. 2 et [de la loi sur 
l’imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de 
l’impôt et rabais d’impôt - Compensation des effets de la progression à froid du 
22 septembre 2000 - aLIPP-V - D 3 16], le transfert d’un élément du patrimoine 
professionnel au patrimoine privé est considéré comme une aliénation. De ce fait, 
les bénéfices en capital réalisés lors de l’aliénation de valeurs immobilières 
viennent s’ajouter aux autres éléments du résultat des cotations et sont en principe 
soumis à l’impôt ordinaire sur le revenu (le bénéfice). 
 
 
De ce fait, nous avons retenu les éléments suivants afin de déterminer le 
bénéfice en capital qui était ajouté à votre résultat d’exploitation : 


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- 
valeur fiscale professionnelle (875’000.- x 45 %) : 393’750.- 
 
- 
valeur comptable : 389’529,55 
 
 
bénéfice sur transfert : 4’220,45 
 
 
+ dissolution de réserves latentes (354’924,40 - 38’952,95) : 315’971,45 
 
 
bénéfice en capital CHF 320’191,90 ». 
 
 
Le courrier du 24 novembre 2004 précité et son annexe ne figuraient pas 
dans le chargé de pièces transmis par l’AFC-GE au Tribunal administratif, devenu 
depuis le 1er janvier 2011 la chambre administrative de la Cour de justice (ci-
après : la chambre administrative) mais ont été produits par les recourants devant 
la première instance de recours. 
16. 
 
Le 30 novembre 2004, les contribuables ont réclamé auprès de l’AFC-GE 
contre les bordereaux rectificatifs 2001 et 2002 ICC et IFD. Ils ne comprenaient 
pas comment le bénéfice net de CHF 8’392,20 déclaré en 2001 passait à 
CHF 330’995.- suite à la rectification de taxation 2001. Il en allait de même pour 
2002, où il passait de CHF 63’436.- à CHF 99’698.-. 
17. 
 
Le 20 décembre 2004, M. O______ a écrit à l’AFC-GE. A la suite d’un 
entretien téléphonique qu’il avait eu avec un taxateur du service des indépendants. 
Il demandait une correction de la répartition de l’utilisation privée-professionnelle 
de son bien immobilier. 
 
 
Il avait commis une erreur dans la communication de cette répartition. La 
répartition 45 % - 55 % ne reprenait pas le rapport réel de surface professionnelle 
et de surface d’habitation privée, mais surtout n’avait pas pris en compte la totalité 
des surfaces du bien-fonds liée à la valeur vénale totale de celui-ci. En réalité, la 
totalité de la surface du bien-fonds et du bâtiment était de 1’575 m2, dont il 
utilisait 75 m2 à titre professionnel, représentant le 4,8 %, le reste, soit 95,2 %, 
correspondant à la part privée. En outre, la valeur fiscale professionnelle figurant 
dans ses états financiers correspondait au montant d’investissement financé par 
une augmentation de l’hypothèque sur la maison, dans laquelle il avait aménagé 
ses locaux professionnels. Cela ne constituait pas un bénéfice en capital mais 
devait être considéré comme une dette contractée en lieu et place d’un loyer 
commercial. Lorsqu’il utilisait les locaux sis ______, son loyer s’élevait à plus de 
CHF 36’000.- par an. En revanche, ses investissements étaient intégrés à la valeur 
du bien immobilier et devaient être considérés comme de la fortune. 
18. 
 
Le 20 octobre 2006, l’AFC-GE a écrit aux contribuables en réponse à la 
réclamation relative aux taxations ICC et IFD 2001. Elle entendait rectifier celles-
ci en leur défaveur par application des art. 43 al. 1 de la loi de procédure fiscale du 
4 octobre 2001 (LPFisc - D 3 17) et 135 LIFD. Ils avaient un délai de vingt jours 


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pour se déterminer et produire leurs moyens de preuve. Passé ce délai, ils étaient 
censés avoir accepté les termes de ce courrier. Un retrait de la réclamation n’aurait 
aucun effet sur la procédure en cours. 
 
 
 Le transfert d’éléments du patrimoine professionnel au patrimoine privé 
était considéré comme une aliénation. De ce fait, les bénéfices en capital réalisés à 
cette occasion venaient s’additionner aux autres éléments du résultat 
d’exploitation et étaient donc soumis à l’impôt ordinaire sur le revenu. En 
l’occurrence, la valeur fiscale professionnelle s’élevait à CHF 583’333.- (2/3 de 
CHF 875’000.-). La valeur comptable à déduire était de CHF 389’530.-. Le 
bénéfice sur transfert s’élevait à CHF 193’803.-. Il y avait lieu d’ajouter à ce 
dernier montant celui des réserves latentes dissoutes qui s’élevait à 
CHF 315’971.- (CHF 354’924.- sous déduction de CHF 38’953.-). Le bénéfice en 
capital était ainsi de CHF 509’774.- (CHF 193’530.- + CHF 315’971.-). 
 
 
Les contribuables ayant un délai de vingt jours pour se déterminer sur ces 
calculs, sans réponse dans le délai imparti ils seraient considérés comme admis. 
19. 
 
Le 14 novembre 2006, les contribuables ont écrit à l’AFC-GE. Les taxations 
rectificatives précitées devaient être annulées. 
 
 
La position de l’AFC-GE exprimée dans son courrier du 20 octobre 2006 
était illégale et la proposition de taxation devait être rejetée pour les raisons 
suivantes : 
 
- 
Selon la notice de l’administration fédérale des contributions (ci-après : 
AFC-CH), l’application du principe de prépondérance devait être effective en 
1995 et non sept ans après. La taxation définitive du 29 novembre 2004 rectifiait 
la taxation 1995, qui était entrée en force. 
 
- 
La rectification proposée le 20 octobre 2006 était tardive, Elle corrigeait une 
erreur d’appréciation commise lors des taxations définitives du 29 novembre 
2004, qui étaient entrées en force. 
 
- 
A l’actif des états financiers 2001, le poste repris correspondait à une valeur 
d’installation professionnelle et non pas à une valeur immobilière proprement dite. 
 
 
L’AFC-GE disposait d’un délai de deux ans après l’introduction de la notice 
fédérale du 12 novembre 1992 pour se déterminer sur la question d’attribution 
entre fortune privée ou commerciale. 
 
 
Au surplus, ils avaient toujours déclarés leur bien immobilier comme faisant 
partie de leur fortune privée et sa prépondérance privée, dès 1992, avait été 
démontrée le 20 décembre 2004. Le montant porté à l’actif du bilan du cabinet 
correspondait à des installations et non pas à une valeur immobilière proprement 
dite. Les travaux en question, notamment la construction en sous-sol d’une piscine 


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pour la rééducation, avaient été effectués entre 1992 et 1993, ainsi qu’ils 
l’établissaient par la liste des factures d’entreprises de l’époque. Le calcul de 
l’AFC-GE était erroné. La part utilisée à titre professionnel était de 75 m2 
représentant 18 % d’une surface brute totale de la maison de 410 m2. Dans 
l’hypothèse où il serait justifié, le bénéfice en capital ne serait que de 
CHF 83’941.-. 
20. 
 
Le 10 novembre 2008, l’AFC-GE a statué sur la réclamation du 
1er décembre 2004 relative à l’ICC 2001. Elle rectifiait et complétait l’imposition 
des contribuables. Elle se référait à ses courriers des 29 novembre 2004 et 
20 octobre 2006. Le bénéfice en capital réalisé lors du transfert d’un élément du 
patrimoine professionnel au patrimoine privé constituait un produit de l’activité 
lucrative indépendante et était soumis à l’impôt ordinaire sur le revenu à teneur de 
l’art. 3 al. 2 aLIPP-IV. Selon les comptes remis les années antérieures, le bien 
immobilier avait toujours été comptabilisé pour deux tiers à titre professionnel et 
c’était ce même rapport qui servait de base pour déterminer la valeur fiscale 
professionnelle prise en considération. Le bénéfice en capital à prendre en compte 
dans le revenu de l’activité indépendante était de CHF 509’774.-. La proportion 
de la prépondérance n’entrait pas en considération dans ce calcul mais ne servait 
qu’à déterminer le loyer professionnel admis en déduction du revenu. 
 
 
Avec cette décision, l’AFC-GE a communiqué aux contribuables un 
bordereau rectificatif ICC 2001 de CHF 177’124,40 fondé sur un revenu 
imposable de CHF 617’843 au taux de CHF 617’343.- et une fortune de CHF 0.-. 
 
 
Pour déterminer le bénéfice net et le capital imposables, elle avait retenu 
une valeur locative après abattement de CHF 20’341.- et des charges et frais 
d’entretien de CHF 3’560.-. Le loyer professionnel admis au titre de charges était 
de CHF 4’021.-, soit 75/313 de la valeur locative nette. 
 
 
Pour l’imposition de la fortune, l’intégralité de la valeur de l’immeuble était 
affectée à la fortune privée même s’il y avait utilisation mixte, ceci en raison des 
éléments immobiliers déclarés. La valeur attribuée à l’immeuble correspondait à 
CHF 529’000.- (465’000.- ./. 40 % + CHF 100’000.- ./. 36 %). 
21. 
 
Le 10 novembre 2008, l’AFC-GE a également statué sur les réclamations 
concernant l’IFD 2001, l’ICC 2002 et l’IFD 2002. A chaque fois, elle a rectifié et 
complété l’imposition des contribuables sur certains points, la maintenant pour le 
surplus. 
 
 
Concernant l’IFD 2001, sa décision reposait sur les mêmes motifs que pour 
l’ICC 2001 si ce n’était qu’elle se fondait sur l’art. 18 al. 3 LIFD. Un bénéfice en 
capital de CHF 509’774.- était à prendre en considération dans le revenu de 
l’activité indépendante. Elle leur communiquait un bordereau rectificatif. L’impôt 


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dû s’élevait à CHF 66’915.-, soit un supplément de CHF 26’078.-, fondé sur un 
revenu de CHF 605’700.- à un taux équivalant. 
 
 
Pour l’ICC 2002 et l’IFD 2002, la modification de la taxation était la 
conséquence de la modification de l’assiette fiscale en 2001. 
 
 
Pour l’ICC 2002, l’imposition était maintenue pour le surplus car 
l’amortissement de CHF 34’604,15 qui avait été opéré dans les comptes du 
cabinet de physiothérapie ne pouvait plus être admis en déduction puisque le bien 
immobilier faisait entièrement partie de la fortune privée. L’impôt dû s’élevait à 
CHF 39’571.- fondé sur un revenu imposable de CHF 191’901.- au taux de 
CHF 191’901.- et sur une fortune de CHF 0.-. 
 
 
Dans le cadre de l’IFD 2002, elle avait retenu une valeur locative de 
CHF 33’901.- et des charges et frais d’entretien de CHF 6’780.-. L’imposition 
était également maintenue pour le surplus car aucun amortissement de l’immeuble 
n’était possible dans les états financiers de l’entreprise de M. O______. L’impôt 
dû s’élevait à CHF 11’145.-, fondé sur un revenu de CHF 176’700.-. 
22. 
 
Le 12 décembre 2008, les contribuables ont interjeté recours auprès de la 
commission cantonale de recours en matière d’impôts, remplacée depuis le 
1er janvier 2009 par la commission cantonale de recours en matière administrative 
(ci-après : la commission), devenue depuis le 1er janvier 2011 le Tribunal 
administratif de première instance (ci-après : TAPI), concluant à l’annulation des 
quatre décisions sur réclamation du 10 novembre 2008. L’autorité de recours 
devait principalement constater que l’immeuble appartenait à la fortune privée 
des contribuables, que le droit de taxer le bénéfice réalisé sur les réserves latentes 
dû au passage de la fortune commerciale à la fortune privée était prescrit, que les 
suppléments d’impôt notifiés le 29 novembre 2004 n’étaient pas dus, que la valeur 
locative de l’immeuble de Châtelaine était de CHF 12’988.-, et les frais et charges 
d’entretien de 20 % de CHF 2’597.- ; en matière d’IFD, que l’amortissement de 
CHF 34’604.- pouvait être admis en déduction de l’activité indépendante ; qu’en 
matière d’ICC 2002 la valeur locative de l’immeuble correspondait à celle 
déclarée par la contribuable, soit CHF 7’793.-, et les charges d’entretien à 
CHF 1’363.-. Subsidiairement, les recourants demandaient l’annulation des quatre 
décisions sur taxation. Il devait être constaté que la surface utilisée à titre 
commercial était de 18,8 %, partant du fait que le gain en capital généré par la 
résiliation des réserves latentes était de CHF 83’941.-. 
 
 
 M. O______ avait toujours fait figurer un poste « aménagement locaux » 
ou « construction » à l’actif des bilans annuels de son cabinet de physiothérapie, 
dont la valeur comptable qui était de CHF 256’629.- en 1992, avait crû par paliers 
pour s’élever à CHF 389’530 en 2001 et 2002. Chaque année, ce poste avait fait 
l’objet d’amortissements équivalents à son 10 %. En 2001, il avait été ainsi amorti 
à raison de CHF 354’924.- et en 2002 à raison de sa totalité, soit CHF 389’529.-. 


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A teneur des avis de taxation produits pour les années 1995 à 2000, ce mode de 
faire n’avait pas été remis en question par l’AFC-GE. 
 
 
Les quatre décisions rendues sur réclamation par l’AFC-GE violaient leur 
droit d’être entendus, dès lors qu’elles n’exposaient pas en quoi elle entendait 
appliquer, pour les exercices fiscaux 2001 et 2002, la méthode de la 
prépondérance, alors que celle-ci avait été introduite en 1995 au moment de 
l’entrée en vigueur de l’art. 18 al. 2 LIFD. L’AFC-GE n’expliquait pas à partir de 
quelle date elle avait considéré qu’une partie de l’immeuble faisait partie de la 
fortune commerciale du contribuable alors qu’ils l’avaient toujours déclarée 
comme faisant partie de leur fortune privée. Elle ne disait rien sur les raisons qui 
faisaient qu’en définitive, elle avait considéré que la surface de l’immeuble 
dévolue à une utilisation commerciale représentait non pas 45 %, comme elle 
l’avait retenu dans un premier temps, mais 66 %. 
 
 
Le droit de taxer un éventuel passage de la fortune commerciale à la fortune 
privée était prescrit et les taxations contestées violaient le principe de périodicité 
et d’étanchéité des exercices fiscaux. En effet, dès l’exercice comptable 1995, 
l’AFC-GE avait été en possession de tous les éléments du revenu de fortune du 
contribuable qui lui auraient permis d’appliquer dès cette année-là la méthode de 
la prépondérance, tout au moins pour l’IFD puisque l’art. 3 al. 2 aLIPP-IV n’était 
entré en vigueur qu’en 2001. En outre, elle avait violé le principe d’égalité de 
traitement entre contribuables dans sa façon d’appliquer de manière non 
systématique, et au cas par cas, la circulaire n° 2 du 12 novembre 1992 « revenus 
provenant de l’activité lucrative indépendante selon l’art. 18 LIFD ; extension de 
l’assujettissement au bénéfice en capital, passage à la méthode de la 
prépondérance et application générale de cette méthode dans le nouveau droit 
publiée par l’Administration fédérale des contributions » (ci-après la circulaire). 
 
 
Dès lors que l’AFC-GE avait toujours traité l’immeuble comme appartenant 
à la fortune privée du contribuable, c’était en violation des art. 18 al. 2 LIFD et 
3 al. 2 aLIPP-IV qu’elle avait considéré qu’il y avait eu un transfert d’un 
patrimoine à l’autre qui avait dégagé un bénéfice qui s’ajoutait au revenu. Il y 
avait lieu de rappeler que seule la valeur de travaux effectués afin de ménager le 
sous-sol de la villa, qui n’appartenait pas encore aux contribuables, avait été 
activée au bilan de l’entreprise dès 1992. La méthode de la prépondérance n’avait 
pas lieu d’être appliquée au cas d’espèce. 
 
 
Subsidiairement, si l’on admettait en définitive qu’il y avait lieu d’activer 
ladite méthode, le bénéfice en capital ne pourrait s’élever à plus de CHF 83’941.- 
compte tenu de ce que seuls 75 m², soit 18 % de la surface brute totale de la 
maison de 410 m², étaient utilisés à titre professionnel. 
 23. 
Le 10 février 2010, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours. Elle avait 
correctement appliqué la loi. Le recours à la méthode de la prépondérance 


- 11/18 - 
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permettait d’attribuer entièrement à la fortune privée des biens utilisés 
partiellement à titre commercial lorsque cette part était inférieure à 50 %. Le 
recours à cette méthode avait été introduit dès 2001 dans le droit cantonal. Dès 
lors que le contribuable avait amorti un bien immobilier dans sa comptabilité 
commerciale, au moins une partie de celui-ci faisait partie de sa fortune 
commerciale. En outre, le droit d’être entendu des recourants n’avait pas été violé. 
24. 
 
Le 6 juillet 2010, la commission a demandé à l’AFC-GE de fournir une 
copie du courrier qu’elle avait adressé aux contribuables pour leur indiquer qu’elle 
envisageait de procéder à une reformatio in pejus en rapport avec la taxation 
ICC et IFD 2002. 
25. 
 
Le 12 août 2010, l’AFC-GE a répondu qu’elle n’avait pas adressé un tel 
courrier aux contribuables. Toutefois, aux termes de l’art. 50 al. 2 LPFisc, la 
commission avait les mêmes compétences que le département dans la procédure 
de taxation et pouvait également s’écarter des conclusions des parties, voire 
réformer la taxation en défaveur des contribuables. 
26. 
 
Le 4 octobre 2010, la commission a admis partiellement le recours. Les 
quatre décisions sur réclamation étaient annulées ainsi que le bordereau de 
taxations relatives aux deux années fiscales. Le dossier était renvoyé à l’AFC-GE 
pour qu’elle notifie de nouveau bordereaux IFD et ICC 2001 et qu’elle instruise la 
réclamation concernant l’IFD et l’ICC 2002, conformément aux considérants. 
 
 
Il était établi qu’en 2001, l’immeuble des recourants était utilisé de manière 
prépondérante à des fins privées et qu’il faisait intégralement partie de ce fait de la 
fortune privée de ceux-ci, en application de la méthode de la prépondérance. 
C’était à tort que l’AFC-GE avait retenu que l’attribution de la part 
professionnelle de l’immeuble à la fortune privée du contribuable constituait un 
acte d’aliénation de l’immeuble dégageant un bénéfice en capital, et que celui-ci 
venait s’additionner au résultat d’exploitation de l’activité professionnelle 
indépendante du contribuable. Cette attribution étant inhérente à un changement 
de méthode et non pas à un acte volontaire et concret de la part du contribuable, il 
n’y avait pas lieu d’en tenir compte dans le calcul de l’impôt sur le bénéfice. Il 
s’agissait d’une opération neutre sur le plan de cet impôt, conformément à la 
circulaire. De ce fait, le bénéfice en capital retenu par l’AFC-GE n’avait pas à être 
pris en considération. 
 
 
 En revanche, dès lors que les travaux d’aménagement du sous-sol de 
l’immeuble mentionnés à l’actif du bilan faisaient partie dès 2001 de la fortune 
privée du recourant, il n’y avait pas lieu d’admettre qu’ils puissent faire l’objet 
d’un amortissement pour l’exercice commercial 2001. De ce fait, le montant de 
cet amortissement devait être ajouté au bénéfice imposable de son activité 
lucrative indépendante de 2001. 


- 12/18 - 
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L’AFC-GE n’avait pas le droit de revenir sur les taxations des années 
fiscales antérieures à 2001. En revanche, elle avait la possibilité, en vertu du 
principe de périodicité et d’étanchéité des exercices, de l’appliquer tant pour 
l’ICC que pour l’IFD dès 2001. 
 
 
Concernant l’ICC et l’IFD 2002, la procédure autorisant l’administration 
à décider d’une reformatio in pejus n’avait pas été respectée, dès lors que l’AFC-
GE admettait elle-même ne pas avoir envoyé une invitation préalable à se 
déterminer sur les éventuelles conséquences défavorables d’une telle décision. Le 
dossier devait lui être renvoyé pour qu’elle procède à l’instruction de la 
réclamation pour cette année fiscale. 
27. 
 
Le 12 novembre 2010, l’AFC-GE a interjeté recours contre la décision 
précitée auprès du Tribunal administratif. Elle a conclu à son annulation partielle. 
Son recours ne portait que sur un aspect de la taxation 2001 relatif à la 
réintégration des amortissements comptabilisés par le débiteur antérieurement. 
 
 
Elle ne contestait pas la conclusion de la commission qui se fondait sur la 
circulaire et considérait que le passage dans la fortune privée des parties 
d’immeuble attribuées jusque-là à la fortune commerciale ne constituait pas un 
acte de réalisation. Elle admettait donc qu’il s’agissait d’une opération neutre sur 
le plan de l’impôt sur le bénéfice. C’était également à juste titre que la 
commission avait retenu que l’amortissement opéré par les contribuables de 
CHF 38’953.- en 2001 devait être ajouté au bénéfice imposable de l’activité 
lucrative réalisée cette année-là. Toutefois, il y avait lieu en sus de cela de 
reprendre les amortissements pratiqués antérieurement sur le montant des travaux 
d’aménagement portés à l’actif du bilan du cabinet de physiothérapie pour les 
imposer, conformément au ch. 3.3 de la circulaire, et à l’art. 18 al. 2 LIFD. Ces 
amortissements qui, jusque-là, avaient eu pour effet de diminuer les bénéfices 
imposables dans les années concernées, devaient être taxés. Il s’agissait de 
réserves latentes imposables au moment de la récupération des amortissements. 
Ces derniers s’élevaient à CHF 315’971.- et il s’agissait de les ajouter au bénéfice 
réalisé en 2001, en sus de l’ajout du montant de CHF 38’953.-. 
 
 
En matière d’ICC, l’AFC-GE n’a pas traité la question directement sous 
l’angle de l’art. 3 al 2 aLIPP IV. Elle s’est cependant référée au commentaire du 
projet de loi de nouvel art. 3A de la loi sur l’imposition des personnes physiques 
du 27 septembre 2009 (LIPP - D 3 08), contenu dans le PL 10247 adopté le 
10 octobre 2008. Celui-ci permettait de justifier sa position au sujet de 
l’imposition des amortissements effectués par le contribuable sur les frais 
d’aménagement de son cabinet. Il y était en effet expliqué qu’avant l’adoption de 
cette nouvelle disposition, il y avait, au moment du passage de la fortune 
commerciale à la fortune privée, imposition tant des amortissements que de la 
plus-value conjoncturelle tandis que le but de cette nouvelle norme était de 


- 13/18 - 
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permettre de différer dans le temps la prise en compte fiscale de cette dernière, 
limitant l’imposition à la prise en compte des seuls amortissements. 
28. 
 
Le 7 décembre 2010, les contribuables ont répondu, concluant au rejet du 
recours. Les reprises sollicitées par l’AFC-GE avaient fait l’objet d’une taxation 
devenue définitive. Un changement de méthode ne pouvait amener à une reprise 
de ces montants en les ajoutant au bénéfice réalisé lors d’une année ultérieure. Les 
conditions pour l’ouverture d’une procédure en rappel d’impôt n’étaient pas 
remplies en l’espèce et l’ouverture d’une telle procédure était prescrite. 
29. 
 
Les parties ont été entendues le 23 mai 2011 lors d’une audience de 
comparution personnelle des parties. 
 
 
Selon les représentants de l’AFC-GE, dans l’application du principe de 
prépondérance, seuls étaient pris en considération les mètres carrés utiles, soit 
dévolus à l’exercice de l’activité commerciale, soit à l’utilisation privée. On ne 
tenait compte ni de la surface du jardin ni de celle des places de parking. Si la 
LIFD avait été modifiée en 1995, l’AFC-GE avait attendu à Genève que ce 
principe soit également introduit en droit cantonal, ce qui fut le cas dès l’exercice 
fiscal 2001. 
 
 
L’AFC-GE avait considéré que les amortissements sur le montant des 
travaux effectués en lien avec le cabinet de physiothérapie constituaient des 
réserves latentes dont l’entier devait pris en considération à titre de bénéfice 2001 
dès lors que l’ensemble du bien immobilier était transféré dans le patrimoine 
privé. Il n’avait pas été tenu compte des éventuelles pertes de valeur liées à une 
dépréciation due au vieillissement de l’objet. Dans l’hypothèse où le contribuable 
était locataire du sous-sol dans lequel il avait son cabinet, il aurait été soumis à 
l’impôt sur les gains de liquidation en cas de remise de celui-ci et imposé sur la 
totalité du bénéfice de liquidation à ce titre. 
 
 
Selon les contribuables, en 2001, le sous-sol de la villa comportait 75 m2 de 
surface utile. Quant à la partie de la villa affectée au logement, elle était composée 
d’un rez-de-chaussée et d’un étage de 90 m2 chacun auxquels s’ajoutaient une 
véranda de 45 m2 et deux pièces dans les combles d’une surface totale de 50 m2. 
 
 
En 2004, M. O______ avait complété le questionnaire de l’AFC-GE sans 
comprendre sa portée, ayant eu un entretien téléphonique avec un collaborateur de 
l’AFC-GE qui lui avait dit qu’il n’avait pas d’importance. 
 
 
En 1991, il avait effectué des travaux pour l’installation de son cabinet dans 
les sous-sols à l’aide de fonds propres ou de fonds provenant de la reprise de son 
ancien cabinet de physiothérapie. Le montant total des travaux effectués s’était 
élevé à environ CHF 380’000.- qu’il avait activé au bilan de son entreprise et qu’il 
avait décidé d’amortir par tranches de 10 % sur dix ans. Il avait terminé de le faire 


- 14/18 - 
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en 2002. Ces travaux n’avaient rien à voir avec d’autres travaux effectués dans la 
partie logement en 1995. 
30. 
 
Le 20 juin 2011, l’AFC-GE a persisté dans les conclusions de son recours. 
31. 
 
Le même jour, les intimés en on fait de même, se référant à leurs 
conclusions du 7 décembre 2010. 
 
 
Le montant des amortissements sur travaux du cabinet de physiothérapie qui 
était litigieux s’élevait à CHF 315’972.- dès lors que la commission n’avait pas 
admis dans la décision querellée les amortissements de CHF 38’953.- effectués en 
2001 et de CHF 34’604,- effectués en 2002. Dans son recours, l’AFC-GE avait 
admis que la plus-value du bien immobilier, qu’elle avait estimée à 
CHF 193’803.-, n’était pas imposable. Cet élément était nouveau dès lors que 
celle-ci avait estimé devant la commission que la totalité des réserves latentes, soit 
la plus-value et les amortissements, devait être imposée. 
 
 
L’AFC-GE ne pouvait être suivie dans le raisonnement consistant à 
admettre que le rattrapage d’amortissement était imposable en raison du point 3.3 
de la circulaire, de la pratique constante des autorités fiscales cantonales et 
fédérales, du raisonnement par analogie qui doit être fait avec le projet de loi 
cantonales PL 10 247 prévoyant un nouvel art. 3A LIPP. En effet, si les intimés ne 
contestent pas que leur bien immobilier faisait partie de leur fortune privée, ils 
contestent le fait qu’il y ait eu passage à la fortune privée en 2001, autorisant une 
reprise des amortissements par application de l’art. 18 al. 2 LIFD ou 3 al. 2 aLIPP 
IV. 
32. 
 
Le 21 juin 2011, les parties ont été informées que la cause était gardée à 
juger. 
EN DROIT 
1. 
 
Depuis le 1er janvier 2011, suite à l’entrée en vigueur de la nouvelle loi sur 
l’organisation judiciaire du 26 septembre 2010 (LOJ - E 2 05), l’ensemble des 
compétences jusqu’alors dévolues au Tribunal administratif a échu à la chambre 
administrative, qui devient autorité supérieure ordinaire de recours en matière 
administrative (art. 131 et 132 LOJ). 
 
 
Les procédures pendantes devant le Tribunal administratif au 1er janvier 
2011 sont reprises par la chambre administrative (art. 143 al. 5 LOJ). Cette 
dernière est ainsi compétente pour statuer. 
2. 
 
Interjeté en temps utile devant la juridiction alors compétente, le recours est 
recevable (art. 56A de la loi sur l’organisation judiciaire du 22 novembre 1941 - 


- 15/18 - 
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LOJ - E 2 05 ; art. 63 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 
12 septembre 1985 - LPA - E 5 10 dans leur teneur au 31 décembre 2010). 
3. 
 
A ce stade de la procédure, le litige ne concerne plus que la taxation de 
l’ICC et de l’IFD 2001. 
 
 
Imposition en matière d’IFD 
4. 
 
A teneur de l’art. 18 LIFD, font l’objet d’une imposition au plan fédéral tous 
les revenus provenant de l’exercice d’une activité lucrative indépendante (art. 18 
al. 1 LIFD). Est assimilé au produit de l’activité lucrative indépendante tout 
bénéfice en capital provenant de l’aliénation, de la réalisation ou de la 
réévaluation comptable d’éléments de la fortune commerciale (art. 18 al. 2 LIFD). 
5. 
 
L’art. 18 al. 2 LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 1995, consacre le recours 
au principe de la prédominance ou de la prépondérance. Depuis lors, en matière 
d’IFD, il n’est plus possible qu’un bien, notamment immobilier, puisse être 
rattaché à la fois à la fortune commerciale et privée. Les biens servant de manière 
prépondérante (plus de 50 %) à l’exercice d’une activité lucrative indépendante 
sont affectés à la fortune commerciale tandis que ceux affectés de manière 
prépondérante à une situation privée sont affectés à la fortune privée (P. AGNER / 
B. JONG / G. STEINMANN, Commentaire de la loi sur l’impôt fédéral direct, 
Schultess 2001, ad art. 18 LIFD, p. 67 ; Y. NOEL in D. YERSIN, Y. NOËL, 
Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l’impôt fédéral direct, 2008, 
ad art. 18 n° 64 p. 256 ; X. OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème éd., § 7, n° 35, 
p. 90). 
6. 
 
Le passage dès 1995 à l’application du principe de prépondérance a fait 
l’objet de la part l’AFC-CH de la circulaire à laquelle est annexée une notice 
(ci-après : la notice), lesquelles en préconisent l’application et le concrétisent. 
7. 
 
Concernant les immeubles à utilisation mixte considérés selon la LIFD 
comme fortune privée par application du principe de prépondérance, la 
notice, sous ch. 2.3, prévoit : 
 
 
« Après l’entrée en vigueur de la LIFD, les immeubles utilisés d’une 
manière prépondérante à des fins privées, doivent être attribués intégralement à la 
fortune privée. Faute d’une base légale, le passage dans la fortune privée, inhérent 
au système, des parties d’immeubles attribuées jusque-là à la fortune 
commerciale, ne représente pas un acte de réalisation. Ce passage reste donc 
neutre du point de vue de l’impôt sur le revenu ». 
 
 
Inhérent à la modification du système, un tel passage aura pour conséquence 
d’interdire tout amortissement futur sur le bien attribué à la fortune privée mais il 
ne constitue pas un cas de réalisation immédiate, ni dans les faits ni sur le plan 
comptable (P. AGNER / B. JONG / G. STEINMANN, op. cit., ad art. 18, n° 6, 


- 16/18 - 
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p. 67). Partant, il ne peut être assimilé à un cas d’aliénation au sens de 
l’art. 18 al. 2 LIFD. 
8. 
 
En règle générale, les instructions, les circulaires et les directives 
administratives – ou, en d’autres termes, les ordonnances administratives – n’ont, 
selon la jurisprudence et la doctrine, pas force de loi et ne constituent pas du droit 
fédéral au sens de l’art. 49 let. a de la loi fédérale sur la procédure administrative 
du 20 décembre 1968 (PA - RS 172.021 ; ATF 121 II 473 consid. 2b p. 478 ; 
ATF 121 IV 64 consid. 3 p. 66 ; ATA/270/2006 du 16 mai 2006, et les références 
citées ; ATA/437/2008 du 27 août 2008). 
 
 
Si elles ne peuvent contenir de règles de droit, elles peuvent cependant 
apporter des précisions quant à certaines notions contenues dans la loi ou quant à 
la mise en pratique de celle-ci. Sans être lié par elles, le juge peut néanmoins les 
prendre en considération en vue d’assurer une application uniforme de la loi 
envers chaque administré. Il ne doit cependant en tenir compte que si elles 
respectent le sens et le but de la norme applicable (ATF 121 II 473 consid. 2b). 
 
 
Lorsqu’elle est émise par l’autorité chargée de l’application concrète, 
l’ordonnance administrative est un mode de gestion : elle rend explicite une ligne 
de conduite, elle permet d’unifier et de rationaliser la pratique, elle assure ce 
faisant aussi l’égalité de traitement et la prévisibilité administrative, et elle facilite 
le contrôle juridictionnel puisqu’elle dote le juge de l’instrument nécessaire pour 
vérifier que l’administration agit selon des critères rationnels, cohérents et 
continus, et non pas selon une politique virevoltante du cas par cas 
(ATA/503/2007 du 9 octobre 2007, et les références citées). 
9. 
 
L’AFC-GE ne remet plus en question la neutralité fiscale à laquelle doit 
obéir l’attribution de la part d’actif commercial dans la fortune privée. Elle 
considère cependant être autorisée à reprendre au titre de bénéfice en capital les 
amortissements comptables auxquels le contribuable a procédé sur la valeur des 
investissements immobiliers effectués dans son cabinet, comptabilisés pour un 
montant de CHF 315’971.- au 31 décembre 2000. 
 
 
L’art. 18 al. 2 LIFD a cependant pour objectif de régler la situation des 
actifs de contribuables qui interrompent l’exercice d’une activité lucrative 
indépendante. En tel cas, il autorise l’imposition des diverses formes de gain en 
capital que le passage d’actifs commerciaux dans la fortune privée peut entraîner. 
Cela implique le droit d’imposer au moment du passage à titre de gain les diverses 
formes de réserves latentes au sens de l’art. 669 de la loi fédérale complétant le 
Code civil suisse du 30 mars 1911 (Livre cinquième : Droit des obligations - CO - 
RS 220), mais aussi les amortissements sur ces actifs comptabilisés 
antérieurement par le contribuable. En revanche, dès lors que la notice rattachée à 
la circulaire prévoit que le passage doit être neutre fiscalement pour l’ensemble 
des contribuables concernés lorsqu’il résulte du changement de système intervenu 


- 17/18 - 
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à Genève en 2001, on ne voit pas quelle raison justifierait la reprise des seuls 
amortissements à l’exclusion d’autres formes de gain en capital. La solution 
retenue par la commission pour cet aspect du contentieux relatif à l’ICC ne peut 
qu’être confirmée. 
 
 
Imposition en matière d’ICC 
10. 
 
Le contentieux concernant l’exercice 2001, il est soumis non pas à la LIPP 
mais doit être tranché au regard des dispositions en vigueur pour cette période, 
notamment celles de l’aLIPP-IV. 
11. 
 
Le litige concernant l’ICC ayant le même objet et l’art. 3 aLIPP-IV, étant de 
contenu similaire à celui de l’art. 18 al. 2 LIFD, une solution identique à celle 
intervenue en matière d’IFD doit être retenue. 
12. 
 
Le recours de l’AFC-GE sera rejeté. Les autres points du dispositif de la 
décision de la commission du 4 octobre 2010 n’étant pas contestés, celle-là sera 
confirmée. 
13. 
 
Aucun émolument ne sera perçu (art. 11 al. 2 du règlement sur les frais, 
émoluments et indemnités en procédure administrative du 30 juillet 1986 - 
RFPA - E 5 10.03). Une indemnité de procédure de CHF 1’500.- sera allouée aux 
contribuables à la charge de l’Etat de Genève (art. 87 al. 2 LPA). 
 
* * * * * 
PAR CES MOTIFS 
LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE 
à la forme : 
déclare recevable le recours interjeté le 12 novembre 2010 par l’administration fiscale 
cantonale contre la décision du 4 octobre 2010 de la commission cantonale de recours 
en matière administrative ; 
 
au fond : 
le rejette ; 
dit qu’il n’est pas perçu d’émolument ; 


- 18/18 - 
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alloue à Madame O______ et Monsieur O______ une indemnité de procédure de 
CHF 1’500.- à la charge de l’Etat de Genève ; 
dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 
2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui 
suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière 
de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens 
de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé 
au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux 
conditions de l’art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, 
invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l’envoi ; 
communique 
le 
présent 
arrêt 
à 
l’administration 
fiscale 
cantonale, 
à 
Me Soizic Mendes De Leon, avocate de Madame O______ et Monsieur O______, à 
l’administration fédérale des contributions, ainsi qu’au Tribunal administratif de 
première instance. 
Siégeants : Mme Hurni, présidente, Mme Junod, M. Dumartheray, juges. 
Au nom de la chambre administrative : 
la greffière de juridiction : 
 
 
M. Tonossi 
 
la présidente siégeant : 
 
 
E. Hurni 
 
 
 
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties. 
 
Genève, le 
 
 
la greffière :