ge_gerichte · A/2741/2024 · 2025-05-13 · fr

AMÉNAGEMENT DU TERRITOIRE ET DROIT PUBLIC DES CONSTRUCTIONS;CONSTRUCTION ET INSTALLATION;PERMIS DE CONSTRUIRE;TRAVAUX SOUMIS À AUTORISATION;RECONSIDÉRATION | Recours du propriétaire d’une parcelle sur laquelle il a notamment construit un biotope pour lequel il n’a jamais obtenu d’autorisation de construire et dont la démolition a été ordonnée. Dès lors que c’est à juste titre que le département du territoire a refusé d’entrer en matière sur la demande en reconsidération du refus de construire le biotope, les circonstances ne s’étant pas notablement modifiées, le recours est rejeté. | LPA.48.al1.letb

Genève Cour de justice (Cour de droit public) Chambre administrative 13.05.2025 A/2741/2024

A/2741/2024
ATA/537/2025
du 13.05.2025
sur JTAPI/1283/2024 ( LCI
)
, REJETE
Recours TF
déposé le 19.06.2025,
1C_352/2025
Descripteurs
:
AMÉNAGEMENT DU TERRITOIRE ET DROIT PUBLIC DES CONSTRUCTIONS;CONSTRUCTION ET INSTALLATION;PERMIS DE CONSTRUIRE;TRAVAUX SOUMIS À AUTORISATION;RECONSIDÉRATION
Normes
:
LPA.48.al1.letb
Résumé
:
Recours du propriétaire d’une parcelle sur laquelle il a notamment construit un biotope pour lequel il n’a jamais obtenu d’autorisation de construire et dont la démolition a été ordonnée. Dès lors que c’est à juste titre que le département du territoire a refusé d’entrer en matière sur la demande en reconsidération du refus de construire le biotope, les circonstances ne s’étant pas notablement modifiées, le recours est rejeté.
En fait
En droit
RÉPUBLIQUE ET CANTON DE GENÈVE
POUVOIR JUDICIAIRE
A/2741/2024
-
LCI
ATA/537/2025
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 13 mai 2025
3
ème
section
dans la cause
A______
recourant
représenté par Me Mattia DEBERTI, avocat
contre
DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE - OAC
intimé
_________
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 20 décembre 2024 (
JTAPI/1283/2024
)
EN FAIT
A. a.
A______ est propriétaire, depuis le 5 août 1999, de la parcelle n° 2'799 de la commune d’B______. D’une surface de 20'015 m
2
, elle se situe en zone agricole.
b.
La construction de divers bâtiments et d’une piscine a été autorisée. La moitié nord de la parcelle se situe en zone « Grandes cultures, prés, pâturages, cultures maraîchères » tandis que la partie sud, sur laquelle sont érigés les bâtiments se situe en zone « Habitations et prolongements : pelouse, jardins », selon le système d'information du territoire à Genève (ci-après : SITG). La parcelle ne se situe plus en zone d’assolement.
B. a.
En juillet 1999, A______ a fait construire, au nord de sa parcelle, une zone naturelle de 950 m
2
environ. Ce biotope a été complété par la plantation d’arbres.
b.
Le 21 juillet 1999, un inspecteur de la police des constructions a constaté de nombreux travaux de terrassement en cours sur la parcelle, raison pour laquelle le département de l’aménagement, de l’équipement et du logement, devenu depuis lors le département du territoire (ci-après : DT ou le département), a ordonné la suspension immédiate des travaux.
c.
En août 1999, A______ a déposé une demande d’autorisation de construire en procédure accélérée concernant le biotope (APA 2______).
d.
Le 7 décembre 1999, un inspecteur du département a constaté que l’ordre d’arrêt de chantier du 22 juillet précédent n’avait pas été respecté et que les travaux avaient été achevés.
e.
Par deux décisions du 10 février 2000, le département a, d’une part, refusé l’autorisation sollicitée et, d’autre part, ordonné à A______ de démolir dans les 60 jours le biotope créé. De plus, une amende de CHF 10'000.- lui était infligée en sa qualité de perturbateur par situation et par comportement (I-2620).
f.
A______ a recouru contre l’ordre de remise en état et contre le refus d’autorisation de construire devant la commission cantonale de recours, laquelle a rejeté son recours le 30 juin 2000. Ce jugement a ensuite été confirmé par le Tribunal administratif, devenu la chambre administrative de la Cour de justice (ci‑après : la chambre administrative), le 23 janvier 2001.
g.
A______ s’est acquitté de l’amende mais n’a pas procédé à la suppression du biotope.
C. a.
En 2000, A______ a fait construire un court de tennis sur le côté est de la parcelle, en gazon, lequel a été remplacé par de la brique pilée en 2004.
b.
Le 23 juillet 2020, le département a indiqué à A______ que lors d’un constat effectué sur la parcelle voisine, il avait été constaté qu’un court de tennis, un conteneur bleu et un biotope avaient été érigés sans autorisation de construire. Un délai de dix jours lui était octroyé pour faire parvenir ses observations et explications éventuelles (I-7323).
c.
Après que A______ s’est déterminé, le département lui a ordonné, le 27 août 2020, de rétablir une situation conforme au droit en procédant à la remise en état du terrain dans un délai de 60 jours, soit la suppression du court de tennis situé du côté est de la parcelle ainsi que de l’importante haie qui l’entourait, l’évacuation d’un conteneur bleu situé à l’est du court et la suppression de l’aménagement paysager situé au nord. Compte tenu de la situation de la parcelle hors zone à bâtir, le dépôt d’une requête en autorisation de construire serait superfétatoire.
La sanction administrative portant sur la réalisation de travaux sans droit ferait l’objet d’une décision séparée et en cas de non-respect de l’ordre ou sans nouvelles dans le délai imparti, l’intéressé s’exposait à de nouvelles mesures/sanctions.
d.
A______ a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre cette décision le 29 septembre 2020, concluant préalablement à ce qu’un transport sur place soit ordonné, principalement ce qu’il lui soit donné acte de ce qu’il avait procédé à l’enlèvement du conteneur et à l’annulation de la décision attaquée pour le surplus et, subsidiairement, à l’annulation de la décision dans la mesure où elle disposait qu’une fois les constructions et installations démolies, leurs emplacements devraient être à nouveau aptes à être exploités pour l’agriculture, le sol devant être reconstitué au niveau du terrain naturel préexistant et des surfaces en pleine terre reconstituées de manière à répondre positivement aux critères d’aptitude fixés pour les surfaces d’assolement.
e.
Le 8 octobre 2021, le TAPI a retenu que, s’agissant du biotope, le recours était irrecevable dans la mesure où l’ordre de remise en état était entré en force à la suite de l’arrêt du Tribunal administratif du 23 janvier 2001 et que le courrier du 27 août 2020 ne constituait donc qu’une mesure d’exécution. Il a par ailleurs rejeté le recours concernant l’ordre de remise en état du court de tennis et de la haie (
JTAPI/1026/2021
). Ce jugement a été confirmé par la chambre administrative le 8 mars 2022 (
ATA/247/2022
).
D. a.
Le 29 juillet 2022, le département a interpelé A______ à la suite de l’arrêt de la chambre administrative, lui ordonnant de fournir d’ici au 19 août 2022 un reportage photographique ou tout autre élément attestant de manière univoque que la mise en conformité ordonnée avait bel et bien été complétement exécutée.
b.
Le 15 septembre 2022, l’intéressé a informé le département que le terrain de tennis était en train d'être recouvert, photographies à l'appui, et qu'un travail allait être réalisé sur la haie. Quant au biotope, son enlèvement nécessitait une coordination avec les services compétents, notamment en matière de faune et de flore. Le département serait tenu informé de l'avancement de ce point au plus tard le 14 octobre 2022.
c.
Le département a interpelé A______ le 25 novembre 2022. Contrairement à ce qu’il avait avancé, aucune entreprise ne semblait avoir été mandatée pour l'enlèvement de la haie. Un ultime délai au 2 décembre 2022 lui était imparti pour fournir la preuve de son enlèvement. À défaut, le département sanctionnerait le non-respect de l'ordre. Le projet de haie naturelle ne l'exemptait pas de devoir procéder au retrait de la haie existante. Un retour relatif au biotope était également demandé dans le même délai.
d.
Par deux courriels séparés du 1
er
décembre 2022, l’intéressé a premièrement informé le département qu’une visite sur place avait été réalisée par un membre de l'office cantonal de l’agriculture et de la nature (ci-après : OCAN) et que ce dernier souhaitait une nouvelle prospection en 2023 axée sur la présence de l'alyte accoucheur (ou crapaud accoucheur) entre mars et mai 2023 : une suspension temporaire de l'exécution de l'ordre de remise en état du biotope était donc demandée. Deuxièmement, il demandait au département si la mise en place d’une haie naturelle en lieu et place de la haie existante pourrait convenir.
e.
Le 16 décembre 2022, le département a procédé à un contrôle sur place et a constaté que la remise en conformité n'avait pas été totalement réalisée. La haie qui entourait le court de tennis et le biotope demeuraient.
f.
Le 5 mai 2023, le département a infligé une amende de CHF 500.- à A______ au motif qu'il n'avait pas entièrement donné suite aux ordres de remise en état. Vu la jurisprudence du Tribunal fédéral dans un cas semblable et l’arrêt de la Cour de justice du 8 mars 2022 mettant un terme à son recours contre la décision du 27 août 2020, les démarches afin de préserver le biotope n’étaient pas justifiées. Un nouveau délai échéant au 30 juin 2023 lui était imparti pour apporter les preuves de la remise en état demandée. Toute nouvelle mesure ou sanction était réservée en cas de non-respect de l'ordre. Il était en outre rappelé qu'il s'agissait d’une mesure d'exécution d'une décision en force et qu'hormis pour l'amende, la décision ne pouvait pas faire l'objet d'un recours.
g.
Le 4 juillet 2023, le département a rappelé à l’intéressé que l'ordre de remise en état était en force et qu'un délai au 19 août 2022 lui avait été imparti pour remettre en état la parcelle. Or, aucun élément attestant de la suppression de la haie ne lui était parvenu. L'amende de CHF 500.- était maintenue et un nouveau délai échéant au 31 juillet 2023 lui était imparti pour lui apporter la preuve de la suppression de la haie et du biotope.
h.
Le 10 juillet 2023, A______ a communiqué de nouvelles photographies prouvant la remise en état du court de tennis. Concernant la haie, il souhaitait convertir celle existante en haie basse et attendait du département une confirmation qu'une telle haie serait assimilée à une remise en état. Une requête en abattage devait en outre être déposée pour retirer la haie. Enfin, s'agissant du biotope, le manque de collaboration était contesté et le délai imposé au 31 juillet 2023 était impossible à tenir. Il était en outre nécessaire d'obtenir une autorisation pour la suppression du biotope. Un délai au 31 août 2023 était donc demandé.
i.
Le 19 octobre 2023, l’intéressé a indiqué au département que la haie était quasiment enlevée. Un reportage photographique prouvant son enlèvement total serait communiqué à fin octobre 2023.
j.
Le 1
er
novembre 2023, le département a constaté que le reportage photographique relatif à la suppression de la haie n'avait pas été communiqué malgré l'engagement pris. Le même jour, A______ a indiqué que la haie avait été enlevée et qu'il ne restait que quelques bribes qui devaient faire l'objet d'une finalisation.
k.
Le 22 décembre 2023, le département a demandé à l’intéressé de lui fournir, au 10 janvier 2024, la copie de la facture de démolition du court de tennis et la preuve de la suppression complète de la haie. S'agissant du biotope, il ne comptait pas revenir sur sa décision de remise en état malgré les échanges intervenus avec l’OCAN. Les termes de son ordre du 5 mai 2023 restaient valables et un nouveau délai au 29 février 2024 lui était imparti pour communiquer la preuve de la suppression. À la demande de l’OCAN, un contact préalable avec l'office cantonal de l’eau (ci-après : OCEau) devait être pris afin de définir les mesures de sauvetage de la faune piscicole.
l.
Dans le délai prolongé par le département, l’intéressé, par courrier du 17 janvier 2024, a transmis un rapport photographique relatif au terrain de tennis et à la haie. Les travaux avaient été réalisés par un de ses employés et donc, mis à part pour la terre ajoutée, aucune facture ne pouvait être produite. Des photographies étaient jointes.
m.
Le dernier jour du délai pour la remise en état du biotope, soit le 29 février 2024, A______ a indiqué au département qu’il peinait à comprendre ce qu'il devait faire.
n.
Par décision du 15 mars 2024, le département a accusé bonne réception du reportage photographique et pris bonne note de la suppression du court de tennis. S'agissant de la haie, celle-ci s'avérait uniquement avoir été taillée et non supprimée. Quant au biotope, il demeurait toujours sur la parcelle. Dès lors, une amende de CHF 5'000.- a été infligée à A______. Un nouveau délai au 30 avril 2024 lui a été imparti pour fournir la preuve de la suppression totale de la haie et du biotope conformément aux ordres des 27 août 2020, 29 juillet 2022, 5 mai 2023, 4 juillet 2023 et 22 décembre 2023. S'agissant d’une mesure d'exécution d'une décision en force, un recours n'était pas possible concernant la remise en état, seule l'amende pouvant être contestée.
o.
Le 30 avril 2024, A______ a relevé que le département n’avait pas répondu à son courriel du 17 janvier 2024 dans lequel il transmettait des photographies de la haie, laquelle avait été coupée à 20 cm de haut : le déracinement avait été réalisé quelques semaines plus tard, après la fonte de la neige. Si le département avait estimé que les souches auraient dû être enlevées alors que le terrain était recouvert de neige, il s’y serait opposé pour des raisons évidentes de proportionnalité. L’amende était dès lors pour ce motif injustifiée, l’ordre ayant été respecté pour la suppression de la haie.
Concernant le biotope, il avait demandé, par courrier du 29 février 2024, de préciser ce que le département entendait par « suppression du biotope » dans la mesure où il s’agissait quasi-exclusivement d’éléments naturels et que toute atteinte à un biotope devait être autorisé selon l’art. 12 al. 1 de la loi sur la faune du 7 octobre 1993 (LFaune - M 5 05). Le département exigeait donc d’exécuter un ordre contraire à d’autres prescriptions légales. Ainsi, avant de procéder à une atteinte, au demeurant illicite, de ces milieux naturels, il souhaitait connaître l’avis des services spécialisés dans le cadre de la demande de régularisation déposée le même jour.
p.
Le 1
er
mai 2024, A______ a recouru contre la décision du 15 mars 2024 auprès du TAPI, concluant à son annulation. Ce recours a été enregistré sous la cause A/1508/2024.
q.
Le 19 septembre 2024, après avoir précisé que l’objet du litige portait sur l’amende de CHF 5'000.- prononcée le 15 mars 2024, le TAPI a rejeté ce recours. Il ne ressort pas de la procédure que A______ aurait recouru contre ce jugement.
E. a.
Le 30 avril 2024, l’intéressé a déposé une demande d'autorisation de construire en vue de régulariser le biotope (DD 1______). En sus des formulaires légaux et des plans, était jointe une synthèse de la campagne de terrain axée sur la recherche de l’alyte accoucheur sur le site du biotope, réalisée le 23 septembre 2023 par l'C______, synthèse concluant que le site n’apparaissait pas à ce stade réellement adapté à l’installation de l’alyte accoucheur. Le site présentait toutefois une importance pour l’expansion de la population des D______ (vallon de l’Aire).
b.
Le 31 mai 2024, l’office des autorisations de construire (ci-après : OAC) a notifié à A______ un refus d'entrer en matière sur la DD 1______. Celle-ci ne répondait pas aux dispositions légales et réglementaires en vigueur et «
ne pourra pas être autorisée
». Était joint le préavis défavorable de la direction des autorisations de construire de l’OAC ArchLCI-1 du 21 mai 2024, retenant une non‑conformité à la zone agricole (art. 27 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 - LaLAT - L 1 30). Au vu de la décision de démolition du biotope et de remise en état du terrain du 15 mars 2024, en force, le département n’instruirait pas le dossier.
c.
Après que l’intéressé a sollicité que « les voies de recours soient ouvertes concernant une décision administrative », le département a, le 19 juin 2024, confirmé son refus d’entrer en matière, la requête en autorisation de construire s’apparentant à une demande de reconsidération de l’ordre du 15 mars 2024 entré en force. Il refusait d’entrer en matière sur cette demande dans la mesure où les conditions n’en étaient pas remplies, aucun motif prévu par la loi n’apparaissant être réalisé.
d.
Le 21 août 2024, A______ a recouru contre cette décision auprès du TAPI, concluant préalablement à la jonction de la procédure avec la cause n° A/1508/2024, principalement à l’annulation de la décision et à la délivrance de l’autorisation de construire DD 1______, subsidiairement à ce que le dossier soit renvoyé au département pour nouvelle instruction au fond.
Le département avait considéré à tort que sa demande d’autorisation serait une demande en reconsidération de son ordre du 15 mars 2024. La demande d’autorisation de construire déposée le 30 avril 2024 était en réalité une demande en reconsidération de l’autorisation de construire d’août 1999 qui avait été refusée le 10 février 2000.
Depuis l’installation de l’étang, un certain nombre de changements législatifs ou jurisprudentiels étaient intervenus, soit notamment la modification de l’art. 14 de l’ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN - RS 451.1) et, sur le plan cantonal, l’entrée en vigueur de la loi sur la biodiversité et son règlement d’application et de la loi visant à promouvoir des mesures en faveur de la biodiversité et de la qualité du paysage en agriculture et son règlement d’application. En un quart de siècle, il était indéniable que la situation avait également évolué. La végétation s’était modifiée, diversifiée pour être dans un état quasi naturel. Les arbres plantés en 1999 avaient pris de l’ampleur et des arbres avaient poussé spontanément. La diversité des espèces animales et la fréquence des animaux sur la parcelle n’avaient pu que s’accroître, elles aussi. Au vu de tous ces changements intervenus depuis la décision du 10 février 2000, il était indéniable qu’il existait un motif de révision. Le département ne pouvait dès lors se contenter de refuser d’entrer en matière sur la demande d’autorisation de construire sans analyser les éléments nouveaux du cas d’espèce.
Par ailleurs, il avait voulu organiser une séance avec les représentants de l’OCAN et de l’OAC, dont les intérêts divergeaient, l’OCAN l’ayant régulièrement mis en garde sur le fait qu’il ne pouvait pas intervenir sans son accord pour supprimer le biotope. Pour éviter de continuer à être mêlé à un conflit opposant deux offices de l’État, il s’était résolu à déposer une autorisation de construire afin que les différents services rendent des préavis sur le maintien ou non du biotope. Le département avait ainsi violé son devoir d’instruction en se contentant du préavis de l’OAC ArchLCI‑1 pour refuser d’entrer en matière.
e.
Le département s’est déterminé sur le recours le 28 octobre 2024, concluant à son rejet. Il a notamment admis que la demande en reconsidération litigieuse portait sur l’ordre de remise en état initial prononcé le 10 février 2000 en parallèle du refus d’octroyer l’APA 2______ et non sur l’ordre du 15 mars 2024 comme le mentionnait par erreur la décision litigieuse.
f.
Le 20 décembre 2024, le TAPI a rejeté le recours.
Il n’était pas contesté que la demande d’autorisation de construire déposée le 30 avril 2024 pour tenter de régulariser le biotope devait être considérée comme une demande en reconsidération du refus d’autorisation du 10 février 2000 en force, voire de l’ordre de remise en état prononcé le même jour – mais cette question pouvait rester ouverte, vu l’issue du litige.
À la lecture du dossier déposé auprès du département le 30 avril 2024 en vue de régulariser le biotope, force était de constater que l’intéressé n’avait fait valoir aucun motif de reconsidération, se contentant de produire, outre les formulaires de demande et des plans exigés par la loi, la synthèse d’C______, sans autre explication.
Le département avait transmis la requête à l’OAC pour préavis, lequel avait rendu un préavis défavorable.
Dans le cadre de son recours, A______ faisait valoir de manière très générale que, depuis l’installation de l’étang, un certain nombre de changements législatifs ou jurisprudentiels étaient intervenus, que la parcelle ne se trouvait plus en surface d’assolement, qu’en un quart de siècle il était indéniable que la situation avait évolué, que la végétation s’était modifiée, que les arbres plantés en 1999 avaient pris de l’ampleur, que des arbres avaient poussé spontanément ou encore que la diversité des espèces animales et la fréquence des animaux sur la parcelle n’avaient pu que s’accroitre. Or, selon la jurisprudence, il appartenait à A______ de prouver l’existence d’une situation entraînant l’entrée en matière sur la demande en reconsidération ; le fait de lister des changements législatifs sans en expliquer les implications et les conséquences sur le cas concret du biotope et intervenus il y avait plus de dix ans n’était clairement pas suffisant pour obliger le département à entrer en matière.
En ce qui concernait la faune présente dans le biotope, force était de constater que la synthèse d’C______ produite ne retenait pas la présence d’espèces animales spécifiques qu’il conviendrait de pouvoir sauvegarder en maintenant le biotope et donc d’un changement de circonstances entraînant l’entrée en matière sur la demande en reconsidération.
Enfin, A______ indiquait se trouver pris dans un conflit opposant deux offices de l’État, soit l’OAC et l’OCAN, sans plus de précision. Le TAPI peinait à comprendre le conflit évoqué par l’intéressé, le dossier ne contenant aucune décision, prise de position ou préavis contradictoire entre l’OCAN et l’OAC. En tout état, il ne faisait pas valoir que cette situation ouvrirait la voie à une entrée en matière. C’était dès lors à juste titre que le département avait refusé d’entrer en matière sur la demande en reconsidération de sa décision du 20 février 2000.
F. a.
Le 23 janvier 2025, A______ a recouru contre ce jugement auprès de la chambre administrative. Il a préalablement conclu à un transport sur place et à l’expertise du biotope pour en décrire les éléments naturels et la contribution à la biodiversité. Principalement, il a conclu à l’annulation du jugement et à la délivrance de l’autorisation de construire DD 1______.
a.a.
Le TAPI avait rejeté son recours dans une argumentation relativement sommaire au motif qu’il n’aurait pas suffisamment motivé l’existence de faits nouveaux. Pourtant, ce qui était qualifié d’un important point d’eau de 900 m² était devenu, 25 ans plus tard, un biotope dont la préservation relevait d’un intérêt public majeur. Son biotope était assimilable à un réservoir biologique car il correspondait à un lieu où, comme le prévoyait l’art. 5 al. 5 (recte : art. 4 al. 5) de la loi sur la biodiversité du 14 septembre 2012 (LBio - M 5 15), les espèces se concentraient au sein des
continuums
pour la reproduction, la nutrition ou d’autres fonctions biologiques. Pour démontrer l’existence de l’intérêt biologique de cet ouvrage, il avait fourni au département la synthèse d’C______ de septembre 2023 qui se concentrait sur une campagne de terrain axée sur la recherche de l’alyte accoucheur, une espèce de crapaud locale en danger d’extinction, dont la population résiduelle était située à un ou deux km du biotope. Bien que cette espèce n’avait pas été identifiée durant les relevés effectués en 2023, les experts avaient retenu que ce biotope devrait être maintenu car d’une importance certaine pour l’expansion de la population des D______ et qu’il pourrait, à terme, être adapté pour accueillir l’alyte accoucheur.
Contrairement à ce que soutenait l’intimé au niveau de l’absence d’espèces animales, ledit rapport retenait également que des têtards et grenouilles vertes avaient été identifiées en nombre important dans l’étang grâce à la présence d’abris qui les protégeaient des poissons. La détermination des différentes espèces qui avaient trouvé refuge dans le biotope, respectivement l’énumération de celles qui étaient en danger ou en voie d’extinction, devrait intervenir dans le cadre de l’instruction de la demande d’autorisation de construire, pour autant qu’elle puisse être ouverte. Or, en violation de son devoir découlant de l’art. 13 OPN, l’OAC empêchait cet examen en refusant d’entrer en matière sur la demande d’autorisation de construire. Il serait censé exécuter un ordre de remise en état rendu 25 ans plus tôt sans que l’on puisse connaître les atteintes qui seraient causées à la biodiversité et lui donner l’occasion de régulariser la situation sur le plan légal. La présence démontrée d’espèces animales dans le biotope – dont on ne pouvait exclure que certaines étaient protégées – était un fait nouveau qui justifiait un réexamen de la situation sous l’angle d’une demande d’autorisation de construire.
L’OAC tentait de justifier son refus en invoquant un arrêt du Tribunal fédéral dans lequel la priorité avait été accordée à l’intérêt à la séparation entre le terrain constructible à celui de la protection de la faune. Cet arrêt ne pouvait pas être transposé au cas d’espèce car il portait sur une construction d’une ampleur non négligeable (notamment pose de gravier ou murs de soutènement) et qui avait été réalisée dans une zone protégée. Dans le cas d’espèce, il s’agissait uniquement d’un étang entouré d’arbres et d’une haie vive qui avaient poussé naturellement. La pesée des intérêts opérée par le Tribunal fédéral devait être réalisée au moment de l’instruction de la demande d’autorisation de construire, après examen de la situation du cas d’espèce et des préavis rendus par les différentes autorités compétentes. Il semblait ainsi difficilement concevable de l’empêcher de pouvoir procéder à l’analyse de la légalité en vue de régularisation d’un biotope qui existait depuis plus de 25 ans au motif qu’une demande d’autorisation de construire avait été refusée en 2000, alors qu’il ne s’agissait que d’un point d’eau exempt de toute espèce animale. Cette démarche de régularisation ne visait pas à cautionner la construction du biotope sans autorisation – il avait déjà été sanctionné pour cela – mais à déterminer si l’intérêt de la protection de la faune et de la flore devait céder le pas à un intérêt opposé. Seule l’instruction d’une demande d’autorisation de construire pouvait répondre à cette question.
b.
Le 26 février 2025, le département a conclu au rejet du recours.
c.
Le recourant n’a pas répliqué dans le délai qui lui avait été imparti et les parties ont été informées, le 7 avril 2025, que la cause était gardée à juger.
d.
Les arguments et écritures des parties seront repris dans la partie en droit en tant que de besoin.
EN DROIT
1.
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ ‑ E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 ‑ LPA ‑ E 5 10 ; art. 149 al. 1 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 - LCI - L 5 05).
1.
Le recourant sollicite un transport sur place et l’expertise du biotope.
1.1
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101) comprend notamment le droit pour l'intéressé d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF
145 I 167
consid. 4.1 et les références citées).
1.2
Une expertise judiciaire représente un moyen de preuve (art. 38 LPA) ordonné lorsque l’établissement ou l’appréciation de faits pertinents requièrent des connaissances et compétences spécialisées – par exemple techniques, médicales, scientifiques, comptables – que l’administration ou le juge ne possèdent pas (
ATA/87/2025
du 21 janvier 2025 consid. 3.2 et l'arrêt cité).
1.3
Dans le cas d’espèce, les parties ont fait valoir leur point de vue par écrit, d’abord devant le TAPI puis devant la chambre de céans. Elles ont également produit toutes les pièces utiles à l’appui de leurs arguments. Par ailleurs, au vu de l’objet du litige et des questions juridiques à trancher, un transport sur place ou une expertise ne seraient pas de nature à modifier l’issue de la procédure. Le dossier étant complet et en état d’être jugé, il ne sera pas donné suite aux mesures d’instruction sollicitées par le recourant.
2.
L'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours, les conclusions du recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'il invoque. En d'autres termes, l'objet du litige correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible (ATF
136 V 362
consid. 3.4 et 4.2 ;
ATA/123/2019
du 5 février 2019 consid. 5).
2.1
En l'espèce, la procédure a pour seul objet la conformité au droit de la décision du département du 19 juin 2024. Si dans cette décision le département a refusé d’entrer en matière sur la DD 1______ au motif qu’elle s’apparentait à une demande en reconsidération de l’ordre de remise en état du 15 mars 2024, il est apparu au fil de la procédure qu’il s’agit d’une demande en reconsidération du refus de construire un biotope notifié le 10 février 2000 au recourant par le département. Les parties sont d’accord sur ce point. Le litige est strictement limité à la question de savoir si c’est à bon droit que le département a refusé d’entrer en matière sur la demande en reconsidération.
3.
Le recourant soutient que le département devait entrer en matière sur sa demande en reconsidération, les circonstances s’étant, selon lui, modifiées depuis 25 ans. Il évoque l’art. 48 al. 1 let. b LPA, disposition qui prévoit que les demandes en reconsidération de décisions prises par les autorités administratives sont recevables lorsque les circonstances se sont modifiées dans une mesure notable depuis la première décision.
3.1
Selon la jurisprudence, l'autorité administrative qui a pris une décision entrée en force n'est obligée de la reconsidérer que si sont réalisées les conditions de l'art. 48 al. 1 LPA. Une telle obligation existe notamment lorsque la situation du destinataire de la décision s'est notablement modifiée depuis la première décision (art. 48 al. 1 let. b LPA). Il faut entendre par là des faits nouveaux « nouveaux », c'est-à-dire survenus après la prise de la décision litigieuse, qui modifient de manière importante l'état de fait ou les bases juridiques sur lesquels l'autorité a fondé sa décision, justifiant par là sa remise en cause (
ATA/1620/2019
du 5 novembre 2019 consid. 3a ;
ATA/159/2018
du 20 février 2018 consid. 3a). Pour qu'une telle condition soit réalisée, il faut que survienne une modification importante de l'état de fait ou des bases juridiques, ayant pour conséquence, malgré l'autorité de la chose jugée rattachée à la décision en force, que cette dernière doit être remise en question (
ATA/539/2020
précité consid. 4b ;
ATA/1244/2019
du 13 août 2019 consid. 5 ;
ATA/830/2016
du 4 octobre 2016 consid. 2a).
Un changement de législation peut fonder le réexamen d'une décision, à condition que l'état de fait déterminant se soit essentiellement modifié après le changement législatif (ATF
136 II 177
consid. 2.2.1).
L'existence d'une modification notable des circonstances au sens de l'art. 48 al. 1 let. b LPA doit être suffisamment motivée, en ce sens que l'intéressé ne peut pas se contenter d'alléguer l'existence d'un changement notable de circonstances, mais doit expliquer en quoi les faits dont il se prévaut représenteraient un changement notable des circonstances depuis la décision entrée en force ; à défaut, l'autorité de première instance n'entre pas en matière et déclare la demande irrecevable (
ATA/573/2013
du 28 août 2013 consid. 4). La charge de la preuve relative à l'existence d'une situation de réexamen obligatoire d'une décision en force incombe à celui qui en fait la demande, ce qui implique qu'il produise d'emblée devant l'autorité qu'il saisit les moyens de preuve destinés à établir les faits qu'il allègue (
ATA/291/2017
du 14 mars 2017 consid. 4).
3.2
Une demande en reconsidération ne doit pas permettre de remettre continuellement en cause des décisions entrées en force et d'éluder les dispositions légales sur les délais de recours (ATF
136 II 177
consid. 2.1 ; Thierry TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2
e
éd., 2018, n. 1417). C'est pourquoi, en principe, l'administré n'a aucun droit à ce que l'autorité entre en matière sur sa demande en reconsidération, sauf si une telle obligation de l'autorité est prévue par la loi ou si les conditions particulières posées par la jurisprudence sont réalisées (ATF
120 Ib 42
consid. 2b). La procédure de reconsidération ne constitue pas un moyen de réparer une erreur de droit ou une omission dans une précédente procédure (ATF
111 Ib 211
).
3.3
Saisie d'une demande de réexamen, l'autorité doit procéder en deux étapes : elle examine d'abord la pertinence du fait nouveau invoqué, sans ouvrir d'instruction sur le fond du litige, et décide ou non d'entrer en matière. Un recours contre cette décision est ouvert, le contentieux étant limité uniquement à la question de savoir si le fait nouveau allégué doit contraindre l'autorité à réexaminer la situation (ATF
117 V 8
consid. 2a ;
109 Ib 246
consid. 4a ; arrêts du Tribunal fédéral
2C_172/2013
du 21 juin 2013 consid. 1.4 ;
2C_504/2013
du 5 juin 2013 consid. 3). Ainsi, dans la mesure où la décision attaquée ne porte que sur la question de la recevabilité de la demande de réexamen, le recourant ne peut que contester le refus d'entrer en matière que l'autorité intimée lui a opposé, mais non invoquer le fond, des conclusions prises à cet égard n'étant pas recevables (ATF
126 II 377
consid. 8d ; arrêts du Tribunal fédéral
2C_115/2016
du 31 mars 2016 consid. 5 ;
2C_172/2013
du 21 juin 2013 consid. 1.4 ;
2C_504/2013
du 5 juin 2013 consid. 3). Si la juridiction de recours retient la survenance d'une modification des circonstances, elle doit renvoyer le dossier à l'autorité intimée, afin que celle-ci le reconsidère (Jacques DUBEY/Jean-Baptiste ZUFFEREY, Droit administratif général, 2014, n. 2148), ce qui n'impliquera pas nécessairement que la décision d'origine sera modifiée (Thierry TANQUEREL,
op. cit.
, n. 1429 p. 493).
3.4
En l’espèce, le recourant soutient tout d’abord que ce qui était qualifié d’un important point d’eau de 900 m² serait devenu, 25 ans plus tard, un biotope dont la préservation relèverait d’un intérêt public majeur. Or, il ressort de l’arrêt du Tribunal administratif du 23 janvier 2001, entré en force, que ce point d’eau était déjà qualifié de biotope à l’époque. La démolition de cette construction, ordre auquel le recourant ne s’est jamais conformé, était d’ailleurs requise par le département. L’existence d’un biotope, déjà constatée il y a 25 ans, ne constitue donc pas un changement notable des circonstances.
3.4.1
Le recourant cite ensuite plusieurs dispositions, à commencer par l’art. 14 al. 1 OPN, dont l’intitulé est « protection des biotopes ». Cette disposition dans sa version actuelle n’est pas nouvelle puisqu’entrée en vigueur le 1
er
août 2000. Elle était donc connue du Tribunal administratif lorsqu’il a rendu son arrêt précité. Au moment où le recourant a déposé l’APA 2______, soit en août 1999, laquelle a été refusée en février 2000, l’OPN dans sa version alors en vigueur (disponible sous 30005087.pdf) contenait déjà un art. 14 dont l’intitulé était le même. Dans sa version en vigueur en août 1999, l’art. 14 al. 1 OPN prévoyait que « la protection de la flore et de la faune indigènes doit si possible être assurée par une exploitation agricole et sylvicole appropriée de leur espace vital (biotope). Cette tâche exige une collaboration entre les organes de l’agriculture et de l’économie forestière et ceux de la protection de la nature et du paysage ». L’art. 14 al. 1 OPN dans sa version en vigueur depuis le 20 août 2000 et applicable au cas d’espèce dispose que « la protection des biotopes doit assurer, notamment de concert avec la compensation écologique (art. 15) et les dispositions relatives à la protection des espèces (art. 20), la survie de la flore et de la faune sauvage indigènes ». Il n’est en conséquence pas possible de soutenir que l’art. 14 al. 1 OPN aurait changé de manière notable depuis que le recourant a déposé l’APA 2______ puisque le département a examiné cette demande avant de la refuser en février 2000. Il faut ajouter que la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1
er
juillet 1966 (LPN - RS 451) contient des dispositions relatives aux biotopes et à leur protection depuis 1988 (art. 18a à 18c), voire depuis 1985 (art.  18), et donc en vigueur lorsque l’APA 2______ a été refusée.
3.4.2
Le recourant se réfère également à la LBio, loi cantonale entrée en vigueur le 10 novembre 2012, soit bien après que le département a refusé l’APA 2______. Bien que cette loi, à la différence des dispositions fédérales précitées, ne contienne aucune référence aux biotopes, le recourant entend démontrer que son biotope serait assimilable à un réservoir biologique au sens de l’art. 4 al. 5 LBio, à savoir un lieu où les espèces se concentrent au sein des
continuums
pour la reproduction, la nutrition ou d'autres fonctions biologiques. Le recourant perd toutefois de vue que la présence d’animaux dans son biotope n’est pas un fait nouveau. Il a en effet versé à la procédure (pièce 7 de son chargé) un rapport d’expertise qualitative établi le 22 septembre 2000 par le bureau de travaux et d’études en environnement duquel il ressort (en page 7) que plusieurs espèces avaient alors été observées sur le site. Dans la mesure où le recourant avait, dans le cadre de son recours, produit ce rapport devant le TAPI, cette instance connaissait la présence d’animaux lorsqu’elle a jugé le litige en janvier 2001. Quant à la synthèse d’C______ de septembre 2023, si elle confirme la présence d’animaux, elle ne révèle pas la présence d’espèces protégées, se contentant de formuler l’hypothèse d’une éventuelle expansion de l’alyte accoucheur du site des D______ vers le biotope.
3.4.3
Selon l’art. 13 OPN, la protection de la flore et de la faune indigènes doit si possible être assurée par une exploitation agricole et sylvicole appropriée de leur espace vital (biotope). Cette tâche exige une collaboration entre les organes de l’agriculture et de la sylviculture, de la protection de la nature et du paysage, de la protection de l’environnement ainsi que de l’aménagement du territoire. Le recourant soutient qu’en refusant d’entrer en matière sur la DD 1______, le département aurait violé son devoir de collaboration découlant de cette disposition, la détermination des différentes espèces qui auraient trouvé refuge dans le biotope, respectivement l’énumération de celles en danger ou en voie d’extinction ayant dû intervenir, selon le recourant, dans le cadre de l’instruction de la demande d’autorisation de construire. Le recourant ne peut être suivi dès lors que la charge de la preuve relative à l’existence d’une situation de réexamen obligatoire n’incombe pas aux autorités mais à celui qui en fait la demande. Conformément à la jurisprudence précitée, le recourant devait fournir d’emblée à l’autorité les moyens de preuve destinés à établir les faits qu’il allègue, démarche dans laquelle il a échoué comme cela vient d’être examiné.
Il découle de ce qui précède que le département était fondé à refuser d’entrer en matière sur la demande en reconsidération déposée le 30 avril 2024. Le recours sera en conséquence rejeté.
4.
Vu l’issue du litige, un émolument de CHF 1'000.- sera mis à la charge du recourant (art. 87 al. 1 LPA). Aucune indemnité de procédure ne sera allouée (art. 87 al. 2 LPA).
* * * * *
PAR CES MOTIFS
LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 23 janvier 2025 par A______ contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 20 décembre 2024 ;
au fond :
le rejette ;
met un émolument de CHF 1'000.- à la charge de A______ ;
dit qu’il n’est pas alloué d’indemnité de procédure ;
dit que conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;
communique le présent arrêt à Me Mattia DEBERTI, avocat du recourant, au département du territoire - OAC aini qu'au Tribunal administratif de première instance.
Siégeant : Francine PAYOT ZEN-RUFFINEN, présidente, Claudio MASCOTTO, Michèle PERNET, juges.
Au nom de la chambre administrative :
le greffier-juriste :
F. SCHEFFRE
la présidente siégeant :
F. PAYOT ZEN-RUFFINEN
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :