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2008-2055 
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ad 07.492 
Initiative parlementaire 
Protection et utilisation des eaux 
Rapport du 12 août 2008 de la Commission de l’environnement, 
de l’aménagement du territoire et de l’énergie du Conseil des Etats 
Avis du Conseil fédéral 
du 19 septembre 2008 
 
Monsieur le Président, 
Mesdames et Messieurs, 
Conformément à l’art. 112, al. 3, de la loi fédérale sur le Parlement (LParl), nous 
nous prononçons ci-après sur le rapport du 12 août 2008 de la Commission de 
l’environnement, de l’aménagement du territoire et de l’énergie du Conseil des Etats 
concernant la protection et l’utilisation des eaux. 
Nous vous prions d’agréer, Monsieur le Président, Mesdames et Messieurs, 
l’assurance de notre haute considération. 
19 septembre 2008 
Au nom du Conseil fédéral suisse: 
 
Le président de la Confédération, Pascal Couchepin 
La chancelière de la Confédération, Corina Casanova

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Avis 
1 
Situation 
Par courrier du 22 août 2008, la Commission de l’environnement, de l’aménagement 
du territoire et de l’énergie du Conseil des Etats (CEATE-E) a soumis pour avis au 
Conseil fédéral l’avant-projet d’initiative parlementaire «Protection et utilisation des 
eaux» (07.492). Cette initiative parlementaire constitue un contre-projet indirect à 
l’initiative populaire «Eaux vivantes». 
L’initiative parlementaire «Eaux vivantes» a été déposée le 3 juillet 2006 avec 
161 836 signatures valables. Le 8 juin 2007, le Conseil fédéral a décidé de proposer 
au Parlement de recommander au peuple de rejeter l’initiative sans lui opposer de 
contre-projet. Considérant l’état des cours d’eau, le gouvernement a certes reconnu 
dans son message que d’importantes interventions s’imposent pour les assainir, mais 
jugea qu’il convenait de remédier aux déficits constatés dans le cadre de la législa-
tion en vigueur. 
Le 6 juin 2007, le conseiller aux Etats Simon Epiney a déposé une motion (07.3311. 
Epiney. Renaturation des cours d’eau. Contre-projet à l’initiative populaire «Eaux 
vivantes»), qui demande au Conseil fédéral d’élaborer un contre-projet à l’initiative 
populaire «Eaux vivantes», dans lequel le financement de la renaturation serait 
assuré par un supplément de 0,1 centime par kilowattheure sur les coûts de transport 
des réseaux à haute tension. Désireux d’opposer un contre-projet à l’initiative popu-
laire, le Conseil des Etats a adopté cette motion. Le Conseil national l’a adoptée à 
son tour le 6 décembre 2007. 
La CEATE-E a ensuite élaboré l’initiative parlementaire Protection et utilisation des 
eaux (07.492), qui constitue un contre-projet indirect à l’initiative populaire «Eaux 
vivantes». Les modifications légales proposées ont rencontré une large approbation 
lors de la consultation. Seuls deux cantons, l’Union démocratique du centre et quel-
ques rares organismes ont estimé qu’il n’était pas nécessaire d’opposer un contre-
projet à l’initiative populaire. Le 12 août 2008, la CEATE-E a revu et corrigé 
l’avant-projet et l’a approuvé par 10 voix contre 0, et 3 abstentions, avant de le 
soumettre au Conseil des Etats. Elle l’a simultanément transmis au Conseil fédéral 
pour avis. 
2 
Avis du Conseil fédéral 
2.1 
Considérations d’ordre général 
Le Conseil fédéral n’a jamais contesté la nécessité d’intervenir pour améliorer l’état 
des eaux, mais a jugé que la législation en vigueur permettait d’atteindre les objec-
tifs poursuivis par les auteurs de l’initiative populaire. La motion Epiney ayant été 
acceptée par le Parlement et les travaux de la CEATE-E ayant rencontré une large 
approbation lors de la consultation, le Conseil fédéral ne rejette plus l’idée d’opposer 
un contre-projet à l’initiative. Il constate que les intérêts de la protection et de 
l’utilisation des eaux sont pris en considération de manière équitable dans le projet 
qui lui est soumis.

7345 
Avis du Conseil fédéral sur le contre-projet considéré dans son ensemble: 
– 
Contrairement à l’initiative populaire, le contre-projet se contente de 
demander la revitalisation de 4000 km de cours d’eau, soit les principaux 
tronçons sur les quelque 15 000 km de cours d’eau qui ont été endigués et 
rétrécis. La définition d’un ordre des priorités permet d’obtenir un excellent 
rapport coût-bénéfices moyennant un investissement global moins élevé. 
– 
L’atténuation des effets nuisibles des éclusées en aval des centrales hydro-
électriques doit être obtenue par des mesures constructives, qui n’affecteront 
pas la production d’électricité, en particulier de courant de pointe et de cou-
rant régulateur, et ne compromettront donc pas la sécurité de l’approvision-
nement du pays. A l’inverse, l’initiative populaire demande un assainisse-
ment rapide et complet des installations utilisant la force hydraulique. Or un 
tel assainissement exige aussi l’application de mesures d’exploitation, qui 
engendreraient de grosses pertes financières et auraient pour conséquence de 
réduire la sécurité de l’approvisionnement. 
– 
Les mesures recommandées pour réactiver le régime de charriage tiennent 
compte aussi bien des préoccupations des auteurs de l’initiative populaire 
que de celles de l’utilisation des eaux et de la protection contre les crues. 
– 
Le projet accroît par ailleurs les possibilités d’exploitation au niveau des 
dispositions sur les débits résiduels, sans pour autant porter gravement 
atteinte aux fonctions écologiques des eaux. 
2.2 
Avis du Conseil fédéral sur les diverses 
modifications proposées 
Le Conseil fédéral salue l’idée de délimiter un espace réservé aux eaux qui s’appli-
quera tant aux revitalisations des eaux et aux mesures de protection contre les crues 
que dans le cas de l’utilisation des eaux. Un tel espace joue non seulement un rôle 
décisif pour la revitalisation des eaux, mais améliore aussi la protection contre les 
crues et revêt ainsi une importance particulière dans la perspective du changement 
climatique. 
L’obligation de revitaliser les eaux se limite aux mesures prioritaires qui présentent 
une grande utilité pour la nature, les loisirs de proximité et le tourisme. 
L’élargissement du lit des cours d’eau requis par les revitalisations absorbera au 
total quelque 2000 ha de terres agricoles (environ 30 ha par an), soit une superficie 
assez modeste. Le Conseil fédéral estime que la perte de terrains faisant partie du 
plan sectoriel des surfaces d’assolement devra être compensée dans le cadre de ce 
plan sectoriel ou, si une telle compensation se révèle impossible, que ces terrains 
devront être retirés du plan sectoriel. Les quelque 20 000 ha de terres agricoles mis à 
contribution pour garantir l’espace réservé aux cours d’eau et où seule une exploi-
tation extensive est admise sont compatibles avec le plan sectoriel des surfaces 
d’assolement, car il est possible, le cas échéant, d’y passer assez rapidement à une 
exploitation intensive. 
Le Conseil fédéral salue également le fait que l’assainissement des effets nuisibles 
des éclusées en aval des centrales hydroélectriques soit assuré par des mesures de 
construction et que leur planification intervienne au niveau du bassin versant et

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exploite ainsi les synergies potentielles. Ces mesures éliminent les inconvénients 
majeurs d’une production de courant sans incidences sur le climat, réduisent les 
atteintes portées aux eaux et à leur paysage et renforcent d’autant l’attrait touristique 
de notre pays. Les investissements consentis pour assainir les installations utilisant 
la force hydraulique augmentent la valeur du courant produit, car il répond ainsi aux 
exigences élevées imposées au courant écologique. 
L’assouplissement des dispositions sur les débits résiduels est également bienvenu, 
car il permet d’accroître la production électrique de 100 à 250 GWh par an sans 
porter gravement atteinte aux fonctions écologiques des eaux. 
Le Conseil fédéral rejette cependant le transfert à l’autorité chargée de la procédure 
principale de la compétence d’approuver les plans de protection et d’utilisation des 
eaux, et ce pour la raison suivante: la réglementation particulière qui régit ces plans 
est formulée de manière très générale et souple et ne comprend notamment pas de 
critère précis en matière de compensation et donc aucune condition concrète pour 
accorder une exception. Grâce à sa compétence d’approbation, le Conseil fédéral a 
jusqu’ici pu veiller au respect de l’obligation constitutionnelle qui vise à maintenir 
des débits résiduels appropriés. Ce maintien risquerait de ne plus être garanti en cas 
de transfert de compétence. L’approbation par le Conseil fédéral garantit par ailleurs 
la sécurité et l’égalité du droit et évite également aux tribunaux de devoir examiner 
la légalité d’un plan de protection et d’utilisation des eaux sans disposer de critères 
clairs et précis. En évitant la procédure juridique, l’approbation du Conseil fédéral 
renforce en outre l’efficacité de la procédure. 
S’agissant du financement des mesures d’assainissement dans les domaines des 
éclusées, du charriage et de la migration des poissons, le Conseil fédéral est d’avis 
que la société nationale d’exploitation du réseau devrait rembourser aux détenteurs 
de centrales hydroélectriques au nom du respect des droits acquis, la totalité des frais 
générés par ces mesures. 
2.3 
Avis du Conseil fédéral sur les conséquences 
financières dans le domaine de la revitalisation 
des eaux 
Le projet propose de financer les revitalisations à hauteur de 65 % en moyenne (soit 
40 millions de francs pas an) par les ressources générales de la Confédération. 
Le Conseil fédéral juge qu’une subvention de 65 % «en moyenne» est trop élevée. 
Un taux de subventionnement élevé lui paraît toutefois justifié lorsque les revitalisa-
tions prioritaires servent plus particulièrement à préserver des intérêts nationaux 
(sauvegarde et mise en valeur de la biodiversité). De plus, nul ne saurait contester 
qu’un taux de subventionnement élevé s’avère plus efficace, car l’obligation d’entre-
prendre des revitalisations est moins pressante que celle d’accomplir d’autres tâches. 
Il convient aussi de se rappeler que la Confédération porte sa part de responsabilité 
dans l’endiguement des cours d’eau, puisqu’elle y a contribué par le passé en 
menant une politique d’aménagement des eaux destinée à gagner des terrains. Le 
Conseil fédéral est néanmoins d’avis que le taux de subventionnement ne doit pas 
dépasser 65 %. Un tel plafonnement garantit d’ailleurs la cohérence avec le domaine 
de la protection contre les crues, où le taux de subventionnement maximal se situe 
aussi à 65 %. Le Conseil fédéral pense en outre que la distinction entre subventions

7347 
destinées à la revitalisation des eaux et subventions destinées à la protection contre 
les crues devra être précisée par voie d’ordonnance. 
Avis du Conseil fédéral quant au montant annuel de 40 millions de francs nécessaire 
pour financer les revitalisations: 
Vu son importance, le Conseil fédéral ne s’oppose pas, sur le principe, à l’adoption 
de la nouvelle tâche. Il rappelle néanmoins que même si la situation financière de la 
Confédération s’améliore, il importe de limiter les dépenses, afin d’assurer l’équi-
libre entre recettes et dépenses à long terme. Le financement de cette nouvelle tâche 
ne pouvant être compensé par l’abandon d’autres dépenses, le projet engendrera des 
dépenses nouvelles de 40 millions de francs par an pour la Confédération. Le projet 
prévoit par ailleurs d’indemniser les cantons pour leurs travaux de planification, 
d’où de nouvelles charges de 5 millions de francs au total pour les finances fédéra-
les. Dans la mesure où ce financement est régi par de nouvelles dispositions relatives 
à des subventions soumises au frein aux dépenses, le Parlement doit, conformément 
à l’art. 159, al. 3, let. b, Cst., adopter ces dépenses à la majorité des membres de 
chaque conseil. 
Le Conseil fédéral souligne également que l’exécution de cette nouvelle tâche aura 
des conséquences sur les effectifs du personnel de la Confédération et des cantons. 
Au niveau fédéral, cinq postes à plein temps seront nécessaires pour assurer l’exa-
men des demandes de subventions et fournir aux cantons les conseils requis sur les 
revitalisations des eaux et l’assainissement des installations utilisant la force hydrau-
lique. 
2.4 
Résumé et proposition 
Le Conseil fédéral estime que le rapport du 12 août 2008 de la Commission de 
l’environnement, de l’aménagement du territoire et de l’énergie du Conseil des Etats 
(CEATE-E) va dans la bonne direction et approuve les propositions légales présen-
tées, à trois exceptions près: 
– 
Le Conseil fédéral propose de ne pas modifier l’art. 32, let. c, LEaux pour ne 
pas transférer la compétence d’approuver les plans de protection et d’utili-
sation des eaux du Conseil fédéral à l’autorité chargée de la procédure prin-
cipale. 
– 
Il propose de modifier l’art. 15abis LEne (proposition de la minorité). En 
accord avec l’Office fédéral de l’environnement et le canton concerné, et 
après consultation du concessionnaire, la société nationale d’exploitation du 
réseau rembourse au concessionnaire la totalité des coûts dus à la perte de 
ses droits acquis liés aux mesures prises dans les domaines des éclusées, du 
charriage et de la migration des poissons. 
– 
Il propose de fixer le montant des subventions fédérales aux revitalisations 
des eaux selon l’art. 62b, al. 2, LEaux non pas à «65 % en moyenne des 
coûts», mais à «65 % au maximum des coûts».

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Initiative parlementaire. Protection et utilisation des eaux. Rapport du 12 août 2008 de la
Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil
des Etats. Avis du Conseil fédéral
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07.10.2008
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