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2004-1855 
259 
Problèmes lors de la mise en fonction de Swissmedic 
et évaluation de la situation actuelle 
Rapport de la Commission de gestion du Conseil des Etats 
du 25 août 2004

260 
Résumé 
Depuis le 1er janvier 2002, Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques, 
est chargé du contrôle des médicaments et des dispositifs médicaux en Suisse. 
Organe d’exécution de la nouvelle loi fédérale sur les produits thérapeutiques 
(LPTh), il est né de la fusion entre l’Office intercantonal de contrôle des médica-
ments (OICM) et une unité de l’Office fédéral de la santé publique (OFSP). 
En octobre 2002, un rapport du Contrôle fédéral des finances (CDF) faisait état de 
différents dysfonctionnements au sein du nouvel institut. Suite à cela, la Commission 
de gestion du Conseil des Etats (CdG-E) s’était donnée pour mandat de clarifier 
l’existence et la portée de ces dysfonctionnements. Le présent rapport présente les 
résultats de cette enquête. Il fait l’état des lieux des problèmes de gestion intervenus 
lors de la mise en fonction du nouvel institut, examine les circonstances qui ont 
conduit à cet état de fait et procède à une évaluation de la situation actuelle. De 
plus, il se penche sur le 3e cercle de l’administration fédérale. 
L’enquête de la commission a montré qu’une grande partie des dysfonctionnements 
constatés trouvent leur origine dans la préparation imparfaite et/ou incomplète du 
nouvel institut Swissmedic. L’une des causes est déjà à trouver dans l’organisation 
et la planification des travaux, ainsi que dans les conditions du passage au nouveau 
système (ch. 4). En outre, un ensemble de difficultés, de carences et de mauvaises 
décisions a mené à des problèmes dans des domaines distincts. En 2003, le change-
ment de direction a permis de reconnaître les difficultés et de mettre en place une 
gestion efficace de la crise. Aujourd’hui, de l’avis de la CdG-E, la situation s’est 
grandement améliorée. Des problèmes subsistent, mais des mesures ont été prises 
ou sont planifiées dans une optique de minimisation des risques. Pour la commis-
sion, il faut maintenant qu’une phase de consolidation ait lieu. 
Les difficultés ont essentiellement trait aux tâches de Swissmedic qui n’étaient 
accomplies auparavant ni par l’OICM ni par l’Unité principale agents thérapeu-
tiques (UP AT), ainsi qu’aux nouveaux instruments de gestion de l’institut. La 
CdG-E a pu notamment faire les constats suivants (ch. 5): 
– 
A la mise en fonction de l’institut, le projet informatique visant à installer 
une plateforme commune était encore loin d’être opérationnel. A l’heure 
actuelle, le projet a été redimensionné, réorganisé et les spécifications ont 
été redéfinies. Des difficultés demeurent, mais l’objectif de Swissmedic est 
de disposer d’un système unique en été 2005. 
– 
Le passage à un système fédéral de contrôle des médicaments ainsi que les 
problèmes de Swissmedic ont conduit à un sérieux mécontentement des par-
tenaires de l’institut – au premier rang desquels les cantons. Aujourd’hui, 
les relations entre l’institut et ses partenaires cantonaux se sont certes gran-
dement détendues, mais la confiance doit être rétablie, les compétences 
clarifiées et la coordination améliorée.

261 
– 
Le mandat et les contrats de prestations présentent de nombreux défauts sur 
le plan de leur contenu et de la définition des indicateurs. Pour la CdG-E, il 
est crucial de les revoir fondamentalement lors de l’élaboration du prochain 
mandat de prestations. Parallèlement, les données de controlling récoltées 
par Swissmedic doivent être améliorées qualitativement et quantitativement. 
– 
Les ressources nécessaires à l’activité de l’institut ont été réévaluées sur la 
base d’une analyse des risques. L’institut a conclu avoir besoin d’un effectif 
global de 280 postes, ce qui représente une augmentation de 30 postes par 
rapport à l’effectif initial. La commission estime que l’institut a développé 
les instruments qui lui manquaient pour une planification stratégique adé-
quate. 
– 
La construction d’une culture d’entreprise commune et, partant, d’une unité 
de doctrine dans les prestations de l’institut s’avère difficile, notamment à 
cause de la dispersion des collaborateurs sur dix sites différents. 
– 
Le droit d’application relatif à la nouvelle LPTh n’était pas complet à 
l’entrée en vigueur de la loi. De nombreux domaines n’ont été que récem-
ment réglés. En outre, une série d’ordonnances doit encore être élaborée et 
édictée par le conseil de l’institut (entrée en vigueur prévue: été 2006). 
– 
Le service juridique, qui avait été fortement fragilisé par le départ de la 
majorité de ses collaborateurs début 2003, a été largement reconstruit et 
renforcé du point de vue de ses effectifs, mais le rétablissement du savoir-
faire et d’une unité de doctrine exigera encore du temps. De plus, il subsiste 
de gros retards dans la poursuite pénale. 
– 
La procédure centralisée d’établissement des autorisations spéciales pour 
les médicaments non autorisés en Suisse s’est révélée peu efficace. La durée 
des procédures s’était allongée et les exigences en matière de comptes ren-
dus n’étaient souvent pas remplies. La disposition légale correspondante a 
été modifiée; la CdG-E en suivra la mise en œuvre. 
L’enquête de la commission aborde également la place de Swissmedic au sein du 
DFI, et en particulier ses rapports avec l’OFSP (ch. 7). Une série de questions se 
pose en relation avec la répartition des tâches (en particulier la préparation et 
l’élaboration des actes normatifs) et la double fonction de coordination et de 
contrôle de l’OFSP. La CdG-E considère qu’il faut clarifier les compétences, exa-
miner la possibilité de confier le contrôle de gestion au secrétariat général du DFI 
et, plus généralement, créer les conditions de droit et de fait pour le rétablissement 
d’une collaboration efficace entre Swissmedic et l’OFSP.

262 
La CdG-E a voulu savoir comment ces problèmes organisationnels étaient résolus 
dans les autres entités du 3e cercle. A cette occasion, elle a pu constater qu’il 
n’existe pas de cadre conceptuel commun détaillé pour le 3e cercle et que les prati-
ques de l’administration en matière de contrôle sont difficilement comparables (ch. 
6). Pour des raisons d’efficacité et de transparence, la commission estime qu’il faut 
harmoniser les modalités d’autonomie et de surveillance des entités du 3e cercle. 
Dans un postulat, elle demande ainsi au Conseil fédéral de remettre un rapport à ce 
sujet, qui devra contenir des solutions concrètes.

263 
Table des matières 
Résumé 
260 
Abréviations 
265 
1 Introduction 
267 
2 Méthode de travail 
269 
2.1 Contexte et motifs de l’examen 
269 
2.2 Objet de l’examen et limites 
270 
2.3 Démarche 
271 
3 Brève présentation de l’Institut suisse des produits thérapeutiques, 
 
Swissmedic 
272 
3.1 Définitions 
272 
3.2 Bases légales et tâches 
273 
3.3 Statut juridique, organisation et finances 
275 
4 Organisation et déroulement de la phase de projet 
279 
4.1 Gestion paritaire du projet et organisation 
279 
4.2 Décisions liées au personnel et retards de la planification 
282 
4.3 Nomination et entrée en fonction du conseil de l’institut 
285 
4.4 Mise en fonction de l’institut au 1er janvier 2002 
286 
5 Principaux problèmes 
287 
5.1 Processus internes 
288 
5.1.1 Systèmes informatiques 
288 
5.1.2 Analyse des tâches, des ressources et des risques 
290 
5.1.3 Instruments de gestion 
291 
5.1.4 Décentralisation et culture d’entreprise 
293 
5.2 Droit d’application 
293 
5.3 Surveillance du marché 
295 
5.3.1 Situation au sein du service juridique et en matière de 
poursuites pénales et administratives 
295 
5.3.2 Coordination et répartition des compétences entre 
Swissmedic et les cantons 
297 
5.3.3 Vigilance 
299 
5.4 Autorisations spéciales 
300 
5.5 Autres problèmes constatés 
301 
5.6 Appréciation générale de la CdG-E 
302 
6 Digression: quelques considérations sur le 3e cercle 
303 
6.1 Définition et composition du 3e cercle 
305 
6.2 Autonomie et contrôle 
307 
6.3 Hétérogénéité et modèles de base 
309

264 
7 Questions organisationnelles 
315 
7.1 Modèle de l’institut autonome 
315 
7.2 Système de contrôle 
317 
7.3 Place et fonction de l’institut 
319 
7.3.1 Tâches et compétences de la section «droit des produits 
 
thérapeutiques et coordination Swissmedic» 
319 
7.3.2 Préparation et élaboration des actes normatifs relatifs aux 
produits thérapeutiques 
321 
7.3.3 Rapports entre Swissmedic et l’OFSP 
323 
7.3.4 Appréciation de la CdG-E 
327 
8 Recommandations et suite des travaux 
328

265 
Abréviations 
al. 
alinéa 
art. 
article 
BPF 
Bonnes pratiques de fabrication 
BPL 
Bonnes pratiques de laboratoire 
BO 
Bulletin officiel 
CASS 
Conseil des académies scientifiques suisses 
CDF 
Contrôle fédéral des finances 
CdG-E 
Commission de gestion du Conseil des Etats 
CDS 
Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé 
ch. 
chiffre 
chap. 
chapitre 
CICM 
Convention intercantonale sur le contrôle des médicaments du 3 juin 
1971; RS 812.101 
CO 
Loi du 30 mars 1911 complétant le code civil suisse (Livre cinquième: 
Droit des obligations); RS 220 
DETEC 
Département fédéral de l’environnement, des transports, de l’énergie 
et de la communication 
DFF 
Département fédéral des finances 
DFI 
Département fédéral de l’intérieur 
EEE 
Espace économique européen 
EMEA 
European Agency for the Evaluation of Medicinal Products 
etc. 
Et cetera 
FF 
Feuille fédérale 
HIS 
Heilmittelinformationssystem (Système d’information sur les produits 
thérapeutiques) 
ICC 
Inspection Coordination Committee 
IPI 
Institut fédéral de la propriété intellectuelle 
ISPT 
Institut suisse des produits thérapeutiques 
let. 
Lettre 
LPTh 
Loi fédérale du 15 décembre 2002 sur les médicaments et les disposi-
tifs médicaux (loi sur les produits thérapeutiques); RS 821.21 
OAMéd 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les autorisations dans le domaine 
des médicaments; RS 812.212.1 
OASMéd 
Ordonnance de l’Institut suisse des produits thérapeutiques du 
9 novembre 2001 sur l’autorisation simplifiée et l’annonce obligatoire 
des médicaments; RS 812.212.23

266 
OBPL 
Ordonnance du 2 février 2000 sur les Bonnes pratiques de laboratoire; 
RS 813.016.5 
OClin 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les essais cliniques de produits 
thérapeutiques; RS 812.214.2 
ODim 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les dispositifs médicaux; 
RS 812.213 
OEMéd 
Ordonnance de l’Institut suisse des produits thérapeutiques du 
9 novembre 2001 sur les exigences relatives à l’autorisation de mise 
sur le marché des médicaments (Ordonnance sur les exigences relati-
ves aux médicaments); RS 812.212.22 
OEPT 
Ordonnance de l’Institut suisse des produits thérapeutiques du 
9 novembre 2001 sur les émoluments de l’Institut suisse des produits 
thérapeutiques (Ordonnance sur les émoluments des produits théra-
peutiques); RS 812.214.5 
OFAS 
Office fédéral des assurances sociales 
OFSP 
Office fédéral de la santé publique 
OICM 
Office intercantonal de contrôle des médicaments 
OMéd 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les médicaments; RS 812.212.21 
OPMéd 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur la publicité pour les médicaments; 
RS 812.212.5 
OPrec 
Ordonnance du 29 mai 1996 sur les précurseurs; RS 812.121.3 
OStup 
Ordonnance 29 mai 1996 sur les stupéfiants; RS 812.121.1 
p. ex. 
par exemple 
RO 
Recueil officiel des lois fédérales 
RS 
Recueil systématique du droit fédéral 
seco 
Secrétariat d’Etat à l’économie 
SG DFI 
Secrétariat général du Département fédéral de l’intérieur 
ss. 
pages suivantes 
UICM 
Union intercantonale pour le contrôle des médicaments 
UP AT 
Unité principale agents thérapeutiques

267 
Rapport 
1 
Introduction 
Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques est l’organe d’exécution du 
nouveau système fédéral de contrôle des produits thérapeutiques en Suisse. Il est 
basé sur la loi fédérale du 15 décembre 2000 sur les médicaments et les dispositifs 
médicaux (loi sur les produits thérapeutiques, LPTh)1. L’institut est né de la fusion 
entre deux services: l’Office intercantonal de contrôle des médicaments (OICM) et 
l’Unité principale agents thérapeutiques (UP AT) de l’Office fédéral de la santé 
publique (OFSP). 
Jusqu’à l’entrée en vigueur de la LPTh en 2002, le contrôle des médicaments reve-
nait pour l’essentiel aux cantons. Il était réglé par un concordat, la Convention 
intercantonale sur le contrôle des médicaments du 3 juin 1971 (CICM)2. L’ensemble 
des cantons et la Principauté du Liechtenstein constituaient l’Union intercantonale 
pour le contrôle des médicaments (UICM), une corporation de droit public. Au 
niveau pratique, l’organe de contrôle des médicaments était l’OICM, établissement 
sans personnalité juridique soumis à la haute surveillance de l’UICM. Lors des 
dernières années de son existence, l’OICM disposait de quelque 155 postes de 
travail pour un budget d’environ 26 millions de francs. Il était financé à raison de 
80 % environ par les émoluments (taxes d’enregistrement et vignettes) et de 20 % 
par les cantons3. 
D’autres tâches, réglées par des traités internationaux et/ou par des dispositions 
fédérales, étaient assumées par la Confédération. L’UP AT était compétente pour 
«édicter la pharmacopée (recueil de normes) et pour contrôler les produits immuno-
logiques (p. ex. les vaccins et les diagnostics in vitro), le sang, les produits sanguins 
et les transplants, les stupéfiants et les dispositifs médicaux»4. En 1997, l’UP AT 
disposait de quelque 70 postes de travail pour un budget d’environ 15 millions de 
francs, financé à plus de 90 % par la Confédération, le reste des recettes provenant 
d’émoluments. De plus, l’Office vétérinaire fédéral était chargé du contrôle des 
produits immunologiques à usage vétérinaire; en 1994, cela représentait 6 postes 
coûtant environ 1.3 million de francs. 
 
1 
RS 812.21 
2 
RS 812.101 
3 
A titre d’exemple, le montant des contributions des cantons pour l’année 1999 s’est élevé 
à 4.7 millions de francs. Cela ne reflète toutefois pas l’ampleur totale des charges assu-
mées par les cantons en matière de médicaments, puisqu’ils assumaient également des 
tâches de manière indépendante: poursuites pénales, inspections, établissement des autori-
sations, etc. En 1993, les charges des cantons étaient évaluées de 9 à 12 millions de francs 
par an. Voir OFSP (1994), «Rapport à l’attention du Conseil fédéral sur la législation 
future applicable aux agents thérapeutiques», p. 6 (ci-après: rapport sur la législation 
future). 
4 
FF 1999 3160

268 
La CICM présentait toutefois plusieurs défauts formels. En particulier, les décisions 
de l’OICM n’avaient pas, juridiquement du moins, force obligatoire5. Bien que 
l’autorisation d’un médicament était subordonnée à l’expertise et à l’enregistrement 
du médicament par l’OICM, les décisions de l’office n’avaient que valeur de 
recommandation à l’adresse des cantons, qui les adoptaient ou s’en écartaient selon 
leurs propres dispositions législatives. La commission de recours compétente consti-
tuait la seule instance de recours et ses décisions n’avaient pas non plus force de loi. 
Le droit européen exigeant que l’enregistrement d’un médicament fasse l’objet d’un 
acte de souveraineté, les prescriptions suisses n’étaient pas compatibles avec celles 
de l’Union européenne. Par ailleurs, un médicament enregistré dans un canton 
pouvait être vendu sur tout le territoire, ce qui était source de litiges entre les cantons 
et avec l’étranger. Enfin, en raison des possibilités limitées dont disposaient les 
cantons en matière de répression, les infractions au droit régissant les produits théra-
peutiques ne pouvaient pas être sanctionnées de manière satisfaisante6. 
En 1973, une initiative cantonale bernoise demande la création d’une loi fédérale sur 
les médicaments. Un groupe de travail est créé au sein de l’administration fédérale, 
mais, parallèlement, l’UICM cherche à mettre sur pied un nouveau concordat inter-
cantonal afin de résoudre les défauts de la CICM et éviter que la compétence en 
matière de médicaments «passe entre les mains de la Confédération»7. Le projet de 
nouvelle convention échoue toutefois en 1993, rejeté par les cantons de Zurich et 
d’Appenzell Rhodes-Extérieures. L’adhésion à l’Espace économique européen 
(EEE) ayant été refusée dans l’intervalle, l’UICM se voit forcée de faire part au 
Conseil fédéral, en janvier 1994, de son intention de collaborer avec lui en vue 
d’élaborer une loi fédérale, mettant un terme à une longue controverse entre parti-
sans de la souveraineté des cantons et tenants d’une solution fédérale8. 
De ce court rappel historique, il faut retenir que Swissmedic n’a pas été créé du 
néant, mais qu’il est le produit d’un mouvement double: d’un côté, des tâches 
accomplies auparavant par les cantons sont centralisées au niveau fédéral; de l’autre 
côté, des tâches accomplies auparavant par une unité de l’administration fédérale 
centrale sont attribuées à une unité décentralisée. L’organisation et le fonctionne-
ment de Swissmedic reflètent à de nombreux égards ce double héritage. Le change-
ment de système a impliqué des transformations difficiles pour les deux parties. La 
réticence envers le nouveau système était toutefois particulièrement importante de la 
part des cantons. Comme l’a dit un interlocuteur de la CdG-E, ces derniers se 
voyaient forcés de céder à la Confédération à contre-cœur – et non sans amertume – 
«l’un des joyaux de la collaboration intercantonale». 
 
5 
Bratschi Peter/Stöckli Eggenberger Ursula (2002), «HMG: Gesetzestext mit Erläuterun-
gen», Bern: Stämpfli, p. 2; Luthy Patricia (1993), «Enregistrement et contrôle des médi-
caments sur les marchés des produits pharmaceutiques suisse et européen», Thèse de 
licence et de doctorat présentée à l’Université de Lausanne, p. 55 à 57 (ci-après: enregis-
trement et contrôle des médicaments). 
6 
Rapport sur la législation future, p. 12; Message concernant une loi fédérale sur les 
médicaments et les dispositifs médicaux (Loi sur les produits thérapeutiques, LPT) du 
1.3.1999; FF 1999 3159 (ci-après: message concernant la loi sur les produits thérapeuti-
ques). 
7 
Enregistrement et contrôle des médicaments, p. 58–59. 
8 
Message concernant la loi sur les produits thérapeutiques, FF 1999 3163 et s.

269 
2 
Méthode de travail 
2.1 
Contexte et motifs de l’examen 
Au cours du premier semestre de l’année 2002, le Contrôle fédéral des finances 
(CDF) a procédé à une enquête dans le but d’établir un premier état des lieux en 
matière de gestion de l’institut. Les constats du CDF, accompagnés de recomman-
dations, ont été consignés dans un rapport adressé à Swissmedic daté du 1er octobre 
20029. Dans ce rapport, le CDF a relevé d’importantes difficultés auxquelles était 
alors confronté le nouvel institut, parmi lesquelles10: 
– 
Le transfert des biens de l’OICM et l’établissement du bilan d’ouverture de 
Swissmedic butent sur des divergences d’opinion quant à l’application de la 
convention de reprise conclue entre la Confédération et les anciens exploi-
tants. 
– 
Swissmedic ne dispose pas d’une analyse fiable de ses tâches et des ressour-
ces qui seraient nécessaires à l’accomplissement de celles-ci. 
– 
Certaines tâches légales de Swissmedic ne sont pas remplies, notamment 
dans le domaine de la surveillance des dispositifs médicaux. 
– 
L’activité de surveillance exercée auprès des différents acteurs du cycle des 
médicaments ne repose pas sur une analyse des risques. 
– 
Les projets informatiques sont dans un état d’avancement insuffisant. 
– 
Le personnel n’est pas regroupé dans des bâtiments fonctionnels. 
– 
Les instruments de controlling ne sont pas encore mis en place. 
Aux mois de décembre 2002 et janvier 2003, la presse a fait état de manière plutôt 
alarmiste de certaines conclusions contenues dans le rapport du CDF. Par la suite, 
une interpellation parlementaire déposée le 13 décembre 2002 s’inquiétait d’éven-
tuels dysfonctionnements chez Swissmedic11. Informée par des personnes con-
cernées par les activités de Swissmedic, la CdG-E a décidé le 17 janvier 2003 de 
clarifier l’existence et la portée des dysfonctionnements supposés au sein de Swiss-
medic. La sous-commission DFI/DETEC a été chargée de mener cet examen12. 
A la fin du mois de janvier 2003, M. Hans Stocker, alors directeur de Swissmedic, a 
donné sa démission. M. Klaus-Jörg Dogwiler, alors pharmacien cantonal argovien et 
bon connaisseur du dossier, a été nommé le 12 février 2003 à sa place avec effet 
immédiat. M. Dogwiler prendra sa retraite en avril 2005 et sera remplacé par 
M. Franz Schneller. 
 
9 
Bericht der Eidg. Finanzkontrolle an die Swissmedic über die Geschäftsführung der 
swissmedic im 1. Semester 2002, vom 1.10.2002 (n’existe qu’en langue allemande, non 
publié). 
10 
Voir le rapport 2002 sur l’activité du Contrôle fédéral des finances, destiné à la Déléga-
tion des finances des Chambres fédérales et au Conseil fédéral, du 14.3.2003; 
FF 2003 6407. 
11 
02.3762 Interpellation – Dysfonctionnements chez Swissmedic? 
12 
La sous-commission DFI/DETEC de la CdG-E est présidée par M. le député au Conseil 
des Etats Hansruedi Stadler. Sont à l’heure actuelle membres de cette sous-commission: 
Mme la députée au Conseil des Etats Françoise Saudan, ainsi que MM. les députés au 
Conseil des Etats Michel Béguelin, Rolf Escher, Hans Hofmann (par ailleurs président de 
la CdG-E) et Alex Kuprecht.

270 
2.2 
Objet de l’examen et limites 
Dans le cadre de l’exercice de son mandat de haute surveillance parlementaire, la 
CdG-E s’est efforcée de tenir compte du statut particulier de Swissmedic, qui relève 
du 3e cercle de l’administration (unité de l’administration fédérale décentralisée). 
Dans ce cadre, l’objectif de la haute surveillance est d’examiner si le Conseil fédéral 
défend correctement les intérêts de la Confédération en sa qualité de propriétaire et 
de mandataire de prestations13. Ce ne sont pas uniquement les compétences dévolues 
au Conseil fédéral en la matière au sens strict (p. ex. nominations, définition et 
contrôle des objectifs) qui sont concernées, mais également la surveillance que la 
Confédération doit exercer. En d’autres termes, la haute surveillance ne prend pas 
prioritairement pour objet les activités opérationnelles des unités décentralisées 
(haute surveillance directe), mais se concentre sur la manière avec laquelle le 
Conseil fédéral et les représentants de la Confédération les gèrent et les surveillent 
(haute surveillance indirecte). Le Conseil fédéral doit en outre rendre compte sur les 
événements qui peuvent entraver la bonne marche de ces unités. Il est à noter que les 
Commissions de gestion disposent des droits habituels en matière d’information et 
de consultation des dossiers (art. 153 LParl). 
Le présent examen consiste en premier lieu à clarifier les circonstances de la créa-
tion de Swissmedic, soit le déroulement des événements et les problèmes survenus 
avant la mise en fonction de l’institut au 1er janvier 2002 (phase de projet). La 
CdG-E s’est demandé dans quelle mesure les dysfonctionnements relevés par le 
CDF dans son rapport d’octobre 2002 trouvent leur origine dans des manquements 
dans la phase de préparation. Cet examen historique fait l’objet du ch. 4. Il doit 
contribuer à établir davantage de transparence dans cette affaire. Il doit aussi permet-
tre d’éclairer les problèmes actuels, de les remettre en perspective et, dans la mesure 
du possible, d’en tirer des conséquences pour des projets similaires dans le futur. 
Swissmedic est le fruit d’un projet d’une très grande complexité. Il se sera passé près 
de six ans entre l’institution de l’organisation de projet et la mise en fonction effec-
tive de l’institut. Les enjeux liés à la surveillance du marché des produits thérapeu-
tiques sont considérables. Outre les organes de la Confédération et des cantons, une 
pléthore d’acteurs aux intérêts souvent contradictoires a été plus ou moins directe-
ment associée au projet: industrie pharmaceutique, hôpitaux, médecins, vétérinaires, 
pharmaciens, droguistes, représentants des patients, etc. La CdG-E n’a pas pour 
ambition de rendre compte de manière exhaustive de la complexité de ce projet. Elle 
se limite à identifier les principales pierres d’achoppement dans la préparation de 
Swissmedic, du point de vue de la conduite du projet par la Confédération. 
La CdG-E s’est également donné pour mission d’examiner les problèmes constatés 
dans le fonctionnement de Swissmedic sous l’angle de la haute surveillance parle-
mentaire. Le ch. 5 présente les principales observations et dresse un état des lieux en 
date de juin 2004. La commission s’est informée des mesures prises pour mettre en 
œuvre les recommandations du CDF et des problèmes rencontrés, afin d’identifier 
d’éventuels points exigeant une intervention politique. La CdG-E entend de cette 
manière contribuer à renforcer le système suisse de contrôle des produits thérapeuti-
ques et à rétablir la confiance. 
 
13 
Rapport des Commissions de gestion des Chambres fédérales sur leurs activités (mai 
1999/mai 2000), du 23.5.2000; FF 2000 4242.

271 
Au cours de son enquête, la commission a été amenée à se pencher sur des questions 
liées au contrôle de Swissmedic, ainsi qu’à sa place et fonction au sein de 
l’administration fédérale (ch. 7). Il s’agissait pour la CdG-E d’apprécier si les dispo-
sitions régissant l’organisation et les compétences de Swissmedic, ainsi que la 
manière avec laquelle le Conseil fédéral organise, dirige et surveille l’activité de 
l’institut sont efficaces et opportunes. Cela a incité la commission à examiner com-
ment ces questions sont résolues dans les autres entités du 3e cercle. Elle s’est 
notamment intéressée à la pratique de l’administration en matière de conduite et de 
surveillance des entités, au degré de participation des entités aux processus législa-
tifs et politiques ou encore aux compétences des organes propres des entités. Dans 
ce cadre, la CdG-E a pu faire des constats généraux liés à la gestion administrative 
décentralisée en général, et au 3e cercle en particulier. Il en est fait état au ch. 6. 
Dans la définition de son objet d’enquête, la CdG-E a veillé, dans la mesure du 
possible, à ce que ses travaux ne fassent double emploi ni avec les travaux du CDF, 
ni avec les mesures engagées par le chef du DFI. 
2.3 
Démarche 
La CdG-E a consacré dix séances de sous-commission à cette enquête. Elle a procé-
dé à plusieurs séries d’auditions au cours desquelles elle a entendu les personnes 
suivantes, pour certaines à plusieurs reprises (par ordre alphabétique): 
– 
Andreas Balsiger Betts, chef du service juridique de Swissmedic 
– 
Klaus-Jörg Dogwiler, directeur de Swissmedic 
– 
Peter Fuchs, président du conseil de l’institut 
– 
Michel Huissoud, vice-directeur du CDF 
– 
Hans-Beat Jenny, vice-directeur de Swissmedic 
– 
Alfred Jost, ancien vice-directeur de l’OICM et ancien chef du service juri-
dique de Swissmedic 
– 
Claudia Kaufmann, ancienne secrétaire générale du DFI 
– 
Kurt Meyer, président de l’UICM 
– 
Jean-Blaise Montandon, pharmacien cantonal neuchâtelois et président de 
l’association suisse des pharmaciens cantonaux 
– 
Werner Pletscher, pharmacien cantonal zurichois 
– 
Jürg Rieben, secrétaire de l’UICM 
– 
Christian Robert, pharmacien cantonal genevois 
– 
Bettina Schulte, cheffe de l’unité biomédecine de l’OFSP 
– 
Hans Stocker, ancien directeur de l’OICM et de Swissmedic 
– 
Pascal Strupler, secrétaire général du DFI 
– 
Niklaus Tüller, président de la commission d’éthique du canton de Berne et 
ancien pharmacien cantonal bernois 
– 
Thomas Zeltner, directeur de l’OFSP.

272 
M. le conseiller fédéral Pascal Couchepin, chef du DFI, s’est exprimé au sujet de 
Swissmedic dans le cadre de l’examen du rapport de gestion 2002 du Conseil fédéral 
par les CdG des deux Chambres. Il a également pris position par écrit à deux repri-
ses sur des questions de la commission. 
La CdG-E a consulté un grand nombre de documents, parmi lesquels: le rapport du 
CDF sur la gestion de Swissmedic lors du 1er semestre 2002, du 1er octobre 2002; le 
rapport d’audit informatique du CDF, du 20 juin 2003; la management letter du CDF 
sur la révision finale de l’exercice annuel 2003, du 7 juin 2004; le rapport sur 
l’exécution du contrat de prestations 2003 de Swissmedic, du 7 avril 2004; l’analyse 
des risques établie par Swissmedic, du 11 juillet 2003; le mandat et les contrats de 
prestations; les conventions entre le DFI et l’UICM de 1996, 1999 et 2000; 
l’ensemble des procès-verbaux de la délégation paritaire et des rapports qui lui 
avaient été adressés; ou encore les interventions parlementaires pertinentes et les 
réponses du Conseil fédéral. 
Dans le cadre de ses investigations sur le 3e cercle, la CdG-E a entendu Karl 
Schwaar et Marianne Weber du service d’état-major et des questions fondamentales 
de l’Administration fédérale des finances (AFF), ainsi qu’Andreas Lienhard, pro-
fesseur et directeur exécutif du Centre de compétences en gestion publique (Kom-
petenzzentrum für Public Management) de l’université de Berne. De plus, la 
commission a transmis un questionnaire à l’ensemble des départements et à la 
Chancellerie fédérale (ChF). Elle a également profité du travail de Mme Stefania 
Izzo, boursière du Conseil des académies scientifiques suisses (CASS) auprès des 
services du Parlement. 
Le 28 juin 2004, la sous-commission compétente a consigné ses constats dans un 
projet de rapport, qui a été transmis aux autorités et services concernés. 
Le 25 août 2004, la CdG-E a décidé à l’unanimité d’adopter le présent rapport final 
et d’en autoriser la publication. 
3 
Brève présentation de l’Institut suisse des produits 
thérapeutiques, Swissmedic 
3.1 
Définitions 
Par «produits thérapeutiques», on entend à la fois les médicaments et les dispositifs 
médicaux. Il ne faut pas confondre ces deux types de produits. Les médicaments 
sont «les produits d’origine chimique ou biologique destinés à agir médicalement sur 
l’organisme humain ou animal, ou présentés comme tels, et servant notamment à 
diagnostiquer, à prévenir ou à traiter des maladies, des blessures et des handicaps; le 
sang et les produits sanguins sont considérés comme des médicaments» (art. 4, al. 1, 
let. a, LPTh). En revanche, les dispositifs médicaux sont «les produits, y compris les 
instruments, les appareils, les diagnostics in vitro, les logiciels et autres objets ou 
substances destinés à un usage médical, ou présentés comme tels, dont l’action 
principale n’est pas obtenue par un médicament» (art. 4, al. 1, let. b, LPTh). Il s’agit, 
par exemple, des verres de contact, des implants (prothèses de la hanche, stimula-
teurs cardiaques), de tests de dépistage, de robots chirurgicaux, etc.

273 
3.2 
Bases légales et tâches 
L’activité de l’institut repose sur les bases légales suivantes: 
– 
loi sur les produits thérapeutiques et ordonnances d’application afférentes; 
– 
loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psycho-
tropes (loi sur les stupéfiants, LStup)14 (art. 1, 2, al. 1bis, 3, 4, al. 1, 5, 7, 9, 
16, 17, 31, al. 1, 32 et 33 LStup); 
– 
arrêté fédéral du 22 mars 1996 et ordonnance du 26 juin 1996 sur le contrôle 
des transplants15; 
– 
loi fédérale du 18 décembre 1970 sur la lutte contre les maladies transmissi-
bles de l’homme (loi sur les épidémies, LEp)16 (art. 5, al. 1bis, 1ter et 2, LEp); 
– 
loi fédérale du 6 octobre 1995 sur les entraves techniques au commerce 
(LETC)17; 
– 
ordonnance sur la distribution de comprimés d’iode à la population18. 
Swissmedic a débuté son activité le 1er janvier 2002. En tant qu’organe fédéral de 
contrôle des produits thérapeutiques, l’institut exerce une tâche de souveraineté en 
matière de police sanitaire. Il se trouve à l’interface entre, d’une part, l’industrie 
pharmaceutique qui développe de nouveaux produits thérapeutiques, et, d’autre part, 
les professionnels de la santé et les consommateurs. Les missions prioritaires de 
Swissmedic sont prescrites par la loi sur les produits thérapeutiques; certaines tâches 
supplémentaires peuvent aussi lui être assignées dans le cadre du mandat de presta-
tions. Enfin, l’institut peut fournir, contre rémunération, des prestations de service à 
des autorités et à des particuliers. Actuellement, le mandat de prestations 2002–2005 
regroupe les activités de l’institut en quatre groupes de produits19: l’accès au mar-
ché, la surveillance, les normes et l’information. 
La fonction principale de l’institut est d’évaluer et d’autoriser la mise sur le marché 
de médicaments à usage humain ou vétérinaire sur la base des critères de qualité, 
d’efficacité et de sécurité, et de garantir ainsi un approvisionnement rapide et suffi-
sant dans toute la Suisse. Il s’agit en premier lieu d’établir des autorisations de mise 
sur le marché de nouveaux médicaments (médicaments intégrant de nouveaux 
principes actifs). Le délai pour le traitement d’une demande d’autorisation est en 
principe de 200 jours, soit environ six mois. La procédure comporte un examen 
formel des documents scientifiques accompagnant la demande d’autorisation, ainsi 
qu’une expertise matérielle (évaluation des essais de laboratoire et des essais clini-
ques préalablement effectués, contrôle de la qualité des médicaments par des analy-
ses d’échantillons dans les laboratoires de Swissmedic). Swissmedic détermine 
ensuite le mode de vente et il contrôle et corrige l’information concernant le médi-
cament (information professionnelle, notice d’emballage, etc.)20. Une précondition 
de l’autorisation est une évaluation favorable du rapport bénéfices-risques des nou-
 
14 
RS 812.121 
15 
RS 818.111 et 818.111.3 
16 
RS 818.101 
17 
RS 946.51 
18 
RS 814.52 
19 
Mandat de prestations du Conseil fédéral à Swissmedic, Institut suisse des produits 
thérapeutiques, pour les années 2002 à 2005, du 28.9.2001. 
20 
Voir le site internet de Swissmedic.

274 
velles préparations. Dans ce cadre, tout en respectant les standards techniques, 
Swissmedic doit prendre en considération les intérêts légitimes des parties concer-
nées. Cette pesée des intérêts est rendue particulièrement difficile par la nature des 
produits et les risques impliqués, les intérêts commerciaux en jeu et la sensibilité 
politique des questions liées à la santé publique21. 
L’institut octroie également des autorisations spéciales pour l’importation et l’utili-
sation de médicaments non autorisés en Suisse pour des patients souffrant d’une 
maladie très invalidante, voire mortelle. De telles autorisations peuvent être 
octroyées au sens d’un accès compassionnel à un médicament, d’un accès élargi à un 
médicament (un patient qui a bien réagi à une préparation lors des essais cliniques 
doit continuer d’être traité avec ce médicament à l’issue des essais) ou dans le cadre 
d’un programme d’essais parallèles (administration de la préparation à un patient 
parallèlement à des essais cliniques notifiés). De plus, l’institut octroie dans des cas 
particuliers des autorisations spéciales à durée déterminée pour assurer la disponi-
bilité de médicaments importants pour lesquels il n’existe aucune alternative 
thérapeutique22. 
Enfin, Swissmedic établit les autorisations d’exploitation pour la fabrication et le 
commerce de gros de médicaments et réalise des inspections dans ce domaine. 
Le deuxième domaine d’activité de Swissmedic est la surveillance du marché des 
médicaments et des dispositifs médicaux23. C’est un domaine très vaste, qui passe 
d’abord par des réexamens périodiques, et ponctuels si nécessaire, des médicaments 
enregistrés sous l’angle de la qualité, de l’utilité et des risques. L’institut vérifie 
également que les dispositifs médicaux satisfont aux exigences légales et il contrôle 
la publicité faite pour les produits thérapeutiques. De plus, Swissmedic récolte et 
évalue les annonces faites par les distributeurs, les fabricants ou le corps médical 
concernant des défauts ou effets indésirables de produits thérapeutiques (vigi-
lance)24. En cas de risque avéré, Swissmedic informe les spécialistes et le public et 
prend les mesures administratives nécessaires. Celles-ci peuvent par exemple consis-
ter à adapter l’information sur le produit thérapeutique, à procéder à des retraits de 
lots, à suspendre ou révoquer des autorisations, à fermer des établissements, etc. 
 
21 
Metcalfe Les (1999), «EMEA: Innovation in European Public Management», in: Majone 
Giandomecino et al., «The Role of Specialised Agencies in Decentralizing EU Govern-
ance. Report Presented to the Commission», http://europa.eu.int/comm/governance/ 
areas/group6/contribution_en.pdf, p. 176 (seulement en langue anglaise). 
22 
«Dès qu’une entreprise retire une préparation du marché, Swissmedic examine la situa-
tion pour savoir si cette mesure entraîne une lacune thérapeutique majeure. S’il s’agit 
d’un produit pour lequel il n’existe aucune alternative […], Swissmedic tente alors de 
trouver une autre société susceptible de déposer une demande d’autorisation pour un mé-
dicament intégrant le même principe actif en vue de sa commercialisation. Et lorsque ces 
médicaments sont d’une importance vitale, l’institut concède, en attendant les nouvelles 
autorisations de mise sur le marché, des autorisations à durée déterminée. Ce sont égale-
ment ces autorisations limitées qui sont délivrées quand l’importation d’une préparation 
de remplacement est requise lorsqu’une entreprise n’est plus en mesure de livrer un médi-
cament.» Swissmedic, Rapport annuel 2003, p. 40. 
23 
Swissmedic surveille aussi le commerce national comme international de stupéfiants, de 
substances psychotropes et de précurseurs chimiques, en étroite collaboration avec les au-
torités et personnes concernées. Voir le site internet de Swissmedic. 
24 
Le système de vigilance comprend la pharmacovigilance, l’hémovigilance et la matério-
vigilance. Pour ce qui concerne la pharmacovigilance, ce sont les divisions de pharmaco-
logie et toxicologie cliniques des cinq centres hospitaliers universitaires (BE, BS, GE, 
VD, ZH) qui réceptionnent toutes les annonces d’effets indésirables et les transmettent 
ensuite à Swissmedic. Voir le site internet de Swissmedic.

275 
Swissmedic est également compétent pour assurer la poursuite pénale dans le 
domaine d’exécution de la Confédération. 
Par ailleurs, Swissmedic surveille les essais cliniques portant sur des produits théra-
peutiques. Il revient aux commissions cantonales d’éthique d’autoriser les essais 
cliniques, mais ceux-ci doivent être annoncés à l’institut, qui peut de facto interdire 
un essai ou poser des conditions à son exécution. En outre, les essais de thérapie 
génique doivent obtenir une autorisation de l’institut. D’autre part, Swissmedic peut 
procéder à des inspections pour contrôler l’exécution de tous les essais cliniques. 
L’institut fournit également un important travail normatif. Il édicte lui-même cer-
taines ordonnances (notamment l’ordonnance fixant les émoluments), participe sur 
mandat du Conseil fédéral à la préparation d’actes législatifs touchant le domaine 
des produits thérapeutiques, élabore des normes techniques (en particulier la phar-
macopée) ou participe à diverses commissions d’experts. 
Swissmedic ne peut pas se contenter d’accomplir ses tâches de manière indépen-
dante; il joue un rôle d’intégration et de coordination dans le système de contrôle des 
produits thérapeutiques en Suisse. En tant que pôle de compétence national, il doit 
tisser différents types de partenariat avec les acteurs du domaine: industrie pharma-
ceutique, médecins, pharmaciens, droguistes, hôpitaux, autorités fédérales et canto-
nales, organismes internationaux, universités et centres de recherche, etc. Cette 
mission se reflète notamment dans les objectifs stratégiques que lui assigne le 
Conseil fédéral. 
3.3 
Statut juridique, organisation et finances 
Swissmedic est un établissement de droit public constitué par la LPTh, doté de la 
personnalité juridique (art. 68 LTPh et s.). Juridiquement indépendant, l’institut fait 
partie de l’administration fédérale décentralisée au sens de l’art. 2, al. 3, de la loi 
fédérale du 21 mars 1997 sur l’organisation du gouvernement et de l’administration 
(LOGA)25. Plus précisément, il peut être classé dans le 3e cercle de responsabilité de 
l’administration (voir ch. 6). L’institut est subordonné au DFI26, mais il est auto-
nome dans son organisation et sa gestion. Tout ce qui n’est pas réglé par la loi ou par 
le mandat et le contrat de prestations est en principe de sa compétence. Toutefois, 
puisque l’institut est intégré dans la hiérarchie administrative, le Conseil fédéral 
dispose dans des cas urgents et importants d’un droit direct d’émettre des directives, 
qui peut restreindre l’autonomie de l’institut (p. ex. menace sanitaire aiguë)27. En 
tant qu’institut indépendant doté de la personnalité juridique, Swissmedic peut 
exercer des droits et contracter des engagements. Il peut par exemple conclure des 
contrats avec des inspectorats intercantonaux ou des laboratoires. 
 
25 
RS 172.010 
26 
Voir art. 16a, al. 1, de l’ordonnance du 28.6.2000 sur l’organisation du DFI (Org DFI; RS 
172.212.1). 
27 
Voir Schedler Kuno, Ösze Daniel, Kurzkommentar der Experten zum Steuerungskonzept 
«Schweizerisches Heilmittelinstitut», p. 4 (non publié; en allemand seulement) (ci-après: 
Steuerungskonzept).

276 
L’institut est soumis à l’art. 19 de la loi du 14 mars 1958 sur la responsabilité de la 
Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (loi sur la 
responsabilité; LRCF)28. Il répond des dommages occasionnés à un tiers ou à la 
Confédération; la responsabilité de la Confédération est engagée à titre subsidiaire. 
Les organes de l’institut sont le conseil de l’institut, le directeur et l’organe de 
révision (voir schéma 1). Le conseil de l’institut est l’organe de surveillance de 
Swissmedic. Composé de sept membres au plus, il est nommé par le Conseil fédéral, 
qui en désigne également le président29. Trois membres peuvent être proposés par 
les cantons. La durée des mandats est de quatre ans. Sauf exception, ils ne peuvent 
rester en fonction plus de douze ans30. 
A l’heure actuelle, le conseil de l’institut est composé des personnes suivantes: 
– 
Président: M. Peter Fuchs, médecin, conseiller économique indépendant 
pour le développement durable et la Corporate Social Responsibility 
– 
Vice-Président: M. Carlo Conti, avocat, conseiller d’Etat, chef du départe-
ment des affaires sanitaires du canton de Bâle-Ville 
– 
M. Michel Burnier, médecin-chef et directeur adjoint de la Policlinique 
Médicale Universitaire de Lausanne 
– 
M. Markus Dürr, vétérinaire, conseiller d’Etat, chef du département de la 
santé et des affaires sociales du canton de Lucerne 
– 
Mme Anne-Sylvie Fontannaz, pharmacienne cantonale vaudoise 
– 
M. Reinhold Hotz, professeur de droit public à l’université de Saint-Gall 
– 
Mme Christiane Roth-Godat, directrice administrative de l’hôpital univer-
sitaire de Zurich 
Le directeur de Swissmedic est nommé par le Conseil fédéral sur la proposition du 
conseil de l’institut. L’organe de révision est désigné par le Conseil fédéral, mais il 
peut être révoqué par le conseil de l’institut. En l’occurrence, il s’agit du CDF. 
Les décisions de l’institut ont force contraignante sur l’ensemble du territoire suisse. 
Elles peuvent être déférées devant la Commission de recours en matière de produits 
thérapeutiques, organe de première instance indépendant dont les membres sont 
nommés par le Conseil fédéral, puis devant le Tribunal fédéral. 
L’institut fonctionne selon les principes de la gestion administrative axée sur 
l’efficacité. Il s’auto-finance et tient une comptabilité propre. Le Conseil fédéral lui 
attribue un mandat de prestations qui fixe les objectifs et le cadre des prestations à 
fournir, ainsi que les ressources financières nécessaire à leur exécution. Le mandat 
de prestations couvre plusieurs années – le mandat actuel est valable pour les années 
2002 à 2005. Sur cette base, le DFI conclut avec Swissmedic chaque année un 
contrat de prestations, qui traduit les objectifs stratégiques du mandat de prestations 
en buts concrets et répartit les ressources financières pour chaque secteur d’activité. 
 
28 
RS 170.32 
29 
Afin de faciliter la lisibilité du rapport, le genre masculin se réfère indifféremment au 
genre masculin et féminin. 
30 
Voir art. 14 et 15 de l’ordonnance du 3.6.1996 sur les commissions (RS 172.31) en 
relation avec art. 4 de l’ordonnance du 28.9.2001 sur l’organisation de l’Institut suisse des 
produits thérapeutiques (RS 812.216).

277 
L’institut se finance notamment (produit total en 2003: 57,7 millions de francs): 
– 
par les indemnités de la Confédération pour les prestations d’intérêt général 
et pour les tâches supplémentaires assignées par le mandat et le contrat de 
prestations (19,4 millions de francs); 
– 
par les recettes provenant de la perception des émoluments suivants: 
– 
Emoluments de procédure pour autorisations, contrôles, prestations de 
services, qui se basent sur un tarif par prestation, ainsi que émoluments 
pour mesures administratives particulières (14,1 millions de francs), 
– 
Emoluments sur la vente de médicaments prêts à l’emploi, qui sont cal-
culés sur la base du nombre d’emballages vendus en Suisse et du prix 
au départ de l’usine (comptes 2003: 23,1 millions de francs); 
– 
par les recettes provenant des prestations de services fournies à des autorités 
ou à des particuliers, qui se basent avant tout sur un tarif par prestation 
(216 000 francs).

278 
Schéma 1 
Les rapports entre les organes de Swissmedic, le Conseil fédéral et l’administration centrale (non exhaustif) 
 
 
Controlling ; gestion 
du processus d’élaboration 
du CP ; etc. 
Surveillance de l’exécution 
des MP/CP; nomination des 
membres de la direction; etc. 
DFI 
Délégation de compétences : 
préparation et élaboration 
des actes normatifs fédéraux ; 
traitement des interventions 
parlementaires et des lettres de 
citoyens ; etc. 
 
Indemnités pour 
prestations d’intérêt 
général = rubrique du 
budget de l’OFSP 
Contrat de 
prestations (CP) 
 
 
Direction 
 
Swissmedic 
Schéma 1 : Les rapports entre les organes de Swissmedic, le Conseil fédéral et l’administration centrale (non exhaustif) 
CONSEIL FEDERAL
 
 
OFSP 
Section 
« droit des produits 
thérapeutiques 
 et coordination 
Swissmedic »
Conseil de l’institut 
Vérification de la comptabilité, 
du rapport sur l’exécution 
des MP/CP, ainsi que des 
systèmes de planification, de 
contrôle de gestion, de pilotage 
et de reporting
Organe 
de révision 
(actuellement: CDF)
Nomination des 
membres et 
désignation du 
président 
Désignation 
Secrétariat 
général 
Attribution du 
mandat de 
prestations (MP); 
nomination du 
directeur 
Peut proposer 
révocation

279 
4 
Organisation et déroulement de la phase de projet 
4.1 
Gestion paritaire du projet et organisation 
La création de Swissmedic a été menée sous la forme d’un projet conjoint entre la 
Confédération et les cantons. Une première convention a été signée en septembre 
1996 par le DFI et l’UICM, dans laquelle les signataires se sont engagés à collaborer 
à la création d’un Institut suisse des produits thérapeutiques (ISPT31) conformément 
aux principes de l’avant-projet de loi. Une annexe, signée par la cheffe du DFI 
uniquement, faisait office d’acte d’institution de l’organisation de projet. 
L’organisation de projet était chargée de l’ensemble des travaux de préparation pour 
la création de l’institut (voir schéma 2). Un comité de projet, composé de deux 
représentants de l’OFSP et de deux représentants de l’OICM, coordonnait les activi-
tés opérationnelles. Il était présidé par une personne indépendante. Des groupes de 
travail étaient chargés d’un domaine particulier du projet32; ils étaient composés 
dans la mesure du possible de manière paritaire, et supervisés par un chef de projet 
neutre. Le projet ISPT a été conduit parallèlement et simultanément au développe-
ment de la nouvelle législation sur les produits thérapeutiques. 
En mars 1999, le DFI et l’UICM signaient une nouvelle convention relative au 
règlement des questions de personnel (la «petite convention»). Il était entre autres 
décidé que Hans Stocker, alors directeur de l’OICM, prendrait la fonction de direc-
teur du futur institut à sa mise en fonction33. Le comité de projet était dissous et la 
responsabilité pour la réalisation du projet transférée au futur directeur ainsi que, dès 
leur désignation, aux membres de la future direction de l’institut. Une troisième et 
dernière convention a été conclue en mars 2000, soit une année plus tard. Cette 
«grande convention» réglait la reprise de l’OICM par le futur institut, conformément 
d’ailleurs à l’art. 91, al. 2, LPTh (transfert de l’ensemble des actifs et des passifs, 
ainsi que des droits et engagements non portés au bilan). 
Le projet ISPT était indéniablement un projet du DFI. Toutefois, conformément à la 
première convention passée entre le DFI et l’UICM, l’organisation de projet se 
basait à tous les niveaux sur le principe de parité entre la Confédération et les 
cantons. Au regard de l’histoire du projet et de l’atmosphère tendue qui régnait dans 
les cantons, il était justifié d’adopter une stratégie intégrative. Le futur système de 
contrôle des produits thérapeutiques prévoyait d’ailleurs un partage des tâches et une 
collaboration étroite entre les cantons et le futur institut. Cette approche participative 
devait aussi permettre d’adjoindre au processus de création de l’institut toutes les 
compétences et le savoir-faire des différentes institutions, de motiver les collabora-
teurs et de créer une atmosphère d’ouverture et de confiance. Swissmedic ne devait 
pas être le résultat de l’addition de deux entités, mais une nouvelle institution à 
laquelle tous les collaborateurs devaient pouvoir s’identifier. Plus pragmatiquement, 
une collaboration très étroite entre les cantons et la Confédération était rendue 
indispensable par la décision de maintenir le courant normal tant à l’OICM qu’à 
l’UP AT jusqu’à la mise en fonction de l’institut. Ainsi, jusqu’au 31 décembre 2001, 
 
31 
La désignation actuelle «Institut suisse des produits thérapeutiques, Swissmedic» ne sera 
adoptée qu’au début de l’année 2001 par la cheffe du DFI. L’institut sera toutefois nom-
mé ci-après indifféremment «ISPT», «institut» ou «Swissmedic». 
32 
Les groupes de travail portaient respectivement sur les domaines suivants: infrastructures, 
finances, informatique, personnel, information, législation, international et organisation. 
33 
Sous réserve de sa nomination par le Conseil fédéral.

280 
trois organisations aux structures hiérarchiques et décisionnelles différentes ont 
coexisté parallèlement. L’UICM est restée compétente pour la gestion courante des 
affaires de l’OICM; l’OFSP pour la gestion de l’UP AT; et le DFI chapeautait la 
structure «virtuelle» du futur institut. Dans l’intervalle, de nombreuses questions 
devaient être réglées de manière conventionnelle, par exemple les dédommagements 
et le transfert des capitaux et des infrastructures ou les conditions d’engagement des 
collaborateurs. Enfin, la parité permettait à la Confédération d’influencer les déci-
sions et les processus pro futuro de l’OICM. 
Schéma 2 
Organigramme de l’organisation du projet (19.9.1996–31.12.2001) 
dès mars 1999 
Délégation paritaire 
- Secrétaire générale du DFI (co-présidente)
- Directeur de l’OFSP 
- Président de l’UICM (co-président) 
- Vice-président de l’UICM 
 Direction du projet ISPT 
 Futur directeur et membres de la
 future direction (dès fév. 2000) 
 Groupe d’accompagnement 
 Ancien prés. du comité de projet 
 et ancien chef de projet 
 
Projet LPTh 
 
OFSP 
Groupe de coordination
sous la conduite du 
directeur de l’OFSP
Chef de projet 
Groupes de travail 
paritaires 
 Comité de projet ISPT 
 Consultant externe (prés.), 
 deux représentants de l’OICM, 
 deux représentants de l’UP AT 
DFI 
 
La délégation paritaire était l’un des éléments centraux de l’organisation de projet. 
Selon la convention de 1996, la délégation «prend position sur le déroulement du 
projet, discute et décide notamment de questions stratégiques importantes» (al. 4)34. 
Elle était composée du président et du vice-président de l’UICM, de la secrétaire 
 
34 
«Eine paritätische Delegation der IKV und des EDI lässt sich mindestens halbjährlich 
über den Stand der Projektorganisation und die anstehenden strategischen Fragen infor-
mieren. Sie nimmt zum Projektverlauf Stellung, berät und beschliesst namentlich über 
strategische Fragen von Bedeutung.»

281 
générale du DFI et du directeur de l’OFSP. La délégation paritaire ne faisait toute-
fois pas partie de l’organisation de projet en tant que telle. C’est la cheffe du DFI, et 
non la délégation, qui chapeautait le projet. De fait, cette dernière n’apparaît pas 
dans l’organigramme de l’organisation du projet. Alors que les cantons aspiraient 
par le biais de la délégation paritaire à participer sur un pied d’égalité à la prise de 
décision au niveau stratégique, la cheffe du DFI interprétait le rôle de la délégation 
paritaire de manière restrictive. Pour elle, la délégation n’avait qu’un rôle consulta-
tif. Sorte d’électron libre située en marge de l’organisation de projet, elle devait 
servir de trait d’union entre la Confédération et les cantons. 
En pratique, la délégation paritaire s’est réunie environ 5 fois par an et a été réguliè-
rement informée de l’avancement du projet. Ses compétences n’ont jamais été 
définies plus précisément que dans la convention de 1996. Son activité a surtout 
consisté à offrir une plateforme de négociation pour les questions qui nécessitaient 
un accord entre les cantons et la Confédération (en particulier la petite et la grande 
convention). Elle a aussi servi à la consultation des cantons pour des questions 
relevant formellement de la compétence de la Confédération (p. ex. nomination des 
futurs membres de la direction), à la coordination et l’information réciproque. En 
même temps, la délégation a aussi mandaté des rapports et pris position sur des 
aspects particuliers du projet. 
Appréciation de la CdG-E 
Le bilan de la gestion paritaire doit être nuancé. D’un côté, la composition paritaire 
de l’organisation de projet au niveau opérationnel (comité de projet, groupes de 
travail) a permis au projet de gagner en acceptabilité de la part des collaborateurs. 
En revanche, la gestion paritaire au niveau stratégique n’était pas satisfaisante. La 
CdG-E considère que le travail de la délégation paritaire a manqué de transparence 
et d’efficacité. D’une part, la représentation des cantons n’était pas optimale. 
L’UICM et son comité se sont graduellement désintéressés de l’affaire. L’UICM se 
composait de membres et d’anciens membres de gouvernements cantonaux en 
charge des affaires sanitaires, parmi lesquels certains, dont le président, n’exerçaient 
plus leur fonction depuis des années. Les représentants des cantons dans la déléga-
tion paritaire n’ont guère manifesté d’intérêt pour la gestion du projet et la réglemen-
tation du contrôle des médicaments et ses processus; les préoccupations ont essen-
tiellement été d’ordre financier et politique (conclusion des conventions). De plus, 
les spécialistes des cantons (p. ex. pharmaciens cantonaux, inspectorats régionaux) 
n’ont pas été suffisamment associés au projet; au final, les acquis des cantons en 
matière de contrôle des produits thérapeutiques n’ont pas suffisamment été pris en 
compte. 
D’autre part, les représentants des cantons et de la Confédération avaient manifes-
tement des conceptions différentes de la parité et des droits et processus qu’elle 
impliquait. Tandis que les cantons ont avant tout dépeint des décisions unilatérales et 
peu transparentes de la Confédération, les représentants du DFI ont souligné les 
concessions qui avaient été faites aux cantons et décrit le souci (excessif) de prendre 
en compte leurs préoccupations. La CdG-E est d’avis que les attentes des uns et des 
autres ne sont jamais entièrement conciliables dans un projet de ce type. La Confé-
dération a un intérêt légitime à ne pas accorder une égalité décisionnelle parfaite aux

282 
cantons s’agissant de futures tâches et compétences fédérales35. Une gestion pari-
taire comporte donc un potentiel de conflit qu’il s’agit d’atténuer par une définition 
préalable précise des compétences et une communication claire des décisions. Cela 
était rendu d’autant plus nécessaire par la coexistence parallèle de trois organisations 
aux structures hiérarchiques et décisionnelles différentes. L’OICM était subordonnée 
à l’UICM, l’UP AT au directeur de l’OFSP et, virtuellement, l’ISPT au DFI. Dans le 
cas présent, la commission estime que le rôle et les compétences de la délégation 
paritaire dans la gestion de ces trois structures n’ont pas été assez clairement définis. 
Par ailleurs, ses décisions ont été mal documentées. 
De manière générale, la CdG-E estime que l’organisation de projet a eu tendance à 
alimenter un certain ressentiment de la part des cantons; selon eux, leurs intérêts 
n’ont pas pu être bien défendus. Cela n’a pas été de nature à encourager un engage-
ment sans faille de la part des différents acteurs cantonaux ou à atténuer un certain 
antagonisme entre la Confédération et les cantons. Cette rivalité peut être illustrée 
par la position bivalente de l’ancien directeur de l’OICM, qui aurait dû, selon cer-
tains représentants des cantons, défendre les intérêts des cantons, mais qui, une fois 
nommé futur directeur de l’institut, s’est vu reprocher d’être «passé de l’autre côté» 
et que «son cœur était déjà chez Swissmedic». 
4.2 
Décisions liées au personnel et retards 
de la planification 
Le projet ISPT a été conduit parallèlement et simultanément au développement de la 
nouvelle législation sur les produits thérapeutiques. Les travaux législatifs ont été 
menés par l’OFSP, sous la conduite du directeur de l’OFSP et du chef de l’UP AT. 
Les deux projets se trouvaient en étroite interdépendance. De la législation sur les 
produits thérapeutiques découlent en effet la mission, les tâches légales et les pro-
cessus de l’institut, ainsi que ses compétences, sa forme juridique, son statut ou 
encore son organisation. Sur le plan matériel, le projet ISPT était donc tributaire des 
développements législatifs. De plus, l’institut étant l’organe d’exécution de la LPTh, 
l’entrée en vigueur de la loi devait coïncider avec la mise en fonction de l’institut. 
Les deux projets devaient donc être coordonnés de telle sorte que l’institut soit prêt à 
débuter ses activités le plus rapidement possible une fois le processus législatif 
arrivé à son terme. 
L’interaction entre le projet ISPT et les travaux législatifs s’est révélée une source de 
difficultés importante du projet. Il était initialement prévu que la LPTh entre en 
vigueur en été 2000. En automne 1999, le bureau du Conseil national décidait 
cependant que la LPTh ne pourrait pas être mise à l’agenda de la session d’hiver. Il 
était dès lors impossible que la loi entre en vigueur durant l’année 2000. L’entrée en 
vigueur était alors repoussée au 1er juillet 2001, puis au 1er septembre 2001, pour 
être définitivement fixée au 1er janvier 2002. 
A l’annonce du premier ajournement, en novembre 1999, le projet ISPT avait débuté 
depuis près de trois ans et de nombreux collaborateurs de l’OICM et de l’UP AT 
avaient été impliqués dans les travaux. La planification du projet se basait toujours 
 
35 
Pour un autre exemple d’élaboration paritaire d’une nouvelle loi, voir Reichenau 
Christoph (2002), «Paritätisch erarbeitet durch Bund und Kantone: das Sprachengesetz», 
LeGes, vol. 3, p. 43–44 (en allemand seulement).

283 
sur une mise en fonction de l’institut au 1er juillet 2000. Des changements organisa-
tionnels avaient été lancés dans certaines unités. Les projets de mandat et de contrat 
de prestations avaient été remis au DFI. De manière générale, le climat était celui 
d’un effort collectif final dans l’optique d’une mise en fonction prochaine. La struc-
ture de direction du futur institut et sa compostition personnelle avaient notamment 
été déterminées. Il s’agissait d’un organigramme nouveau, qui ne correspondait pas 
à l’addition des structures de direction de l’OICM et de l’UP AT. Tant le futur 
directeur, les membres de la future direction que les futurs chefs d’unités de l’institut 
avaient été nommés et leurs nominations communiquées. Ensemble, ils formaient la 
structure de direction «virtuelle» du futur institut. Cette structure a toutefois com-
mencé à fonctionner parallèlement aux structures existantes de l’OICM et de l’UP 
AT. La direction de l’OICM continuait ainsi à se réunir tous les deux mois, alors que 
la direction «virtuelle» se réunissait toutes les deux semaines. 
La restructuration avait signifié des changements dans la situation personnelle de 
nombreux collaborateurs. Certains collaborateurs avaient été promus, alors que 
d’autres n’avaient pas été retenus pour un poste de niveau hiérarchique aussi élevé 
que celui qu’ils occupaient auparavant ou qu’ils souhaitaient occuper. Il existait 
donc à tous les niveaux hiérarchiques des structures doubles et différentes; tous les 
collaborateurs continuaient à exercer leur activité au sein de leur organisation res-
pective, mais les collaborateurs impliqués dans le projet ISPT assumaient, en plus, 
des tâches liées au développement de l’institut. Pour de nombreux collaborateurs, 
cela a signifié assurer simultanément des fonctions et des tâches différentes, à des 
niveaux hiérarchiques différents ou sous l’autorité d’un supérieur hiérarchique 
différent. On imagine sans peine les difficultés qu’engendre une telle situation, tant 
sur le plan des relations interpersonnelles, de la charge de travail que des conflits 
d’intérêts. L’ancien directeur de Swissmedic a ainsi occupé pendant près de trois ans 
le double poste de directeur de l’OICM – en qualité duquel il était subordonné à 
l’UICM – et de chef de projet ISPT et futur directeur de l’institut – en qualité duquel 
il était responsable envers le DFI. 
Il était prévu que cette situation perdure jusqu’en juillet 2000. Ainsi, à l’annonce du 
report de l’examen de la LPTh par les Chambres fédérales, la direction du projet 
ISPT s’était vivement inquiétée des conséquences du report sur la crédibilité du 
projet et sur la motivation des collaborateurs. Elle estimait que les changements qui 
avaient déjà été déclenchés et communiqués n’étaient plus réversibles et que la 
charge causée par la coexistence parallèle de différentes structures était à la limite du 
supportable. Rumeurs et conjectures amplifiaient l’insécurité des collaborateurs, qui 
s’était déjà traduite par plusieurs départs; la future direction en craignait davantage 
et estimait qu’il était essentiel qu’une date et une démarche précise pour la mise en 
fonction de l’institut soient fixées et communiquées au personnel. C’est d’ailleurs ce 
qu’a demandé la commission du personnel de l’OICM dans une lettre en mars 2000. 
La direction du projet a proposé différentes stratégies pour la suite du projet: geler le 
projet, conclure une nouvelle convention permettant de créer l’institut avant que la 
LPTh soit adoptée ou poursuivre la réalisation du projet «par modules». C’est cette 
dernière stratégie qui a été adoptée par la délégation paritaire. Le projet a été scindé 
en projets partiels indépendants et autonomes. Ceux qui pouvaient être réalisés sans 
bases légales ou compétences supplémentaires ont été mis en œuvre le plus rapide-

284 
ment possible36; pour les autres, il s’agissait de s’approcher dans chaque domaine de 
la future organisation de l’institut. 
Appréciation de la CdG-E 
Pour la CdG-E, la planification du processus législatif a pêché par optimisme. Sur le 
plan théorique, il aurait été possible que le Conseil national examine la LPTh à la 
session d’hiver 1999. Toutefois, force est de constater que, même si cela avait été le 
cas, une entrée en vigueur en été 2000 aurait été peu réaliste, compte tenu des délais 
dûs à l’examen de la loi par le Conseil des Etats et sa commission compétente, au 
règlement des probables divergences entre les Chambres et à l’élaboration des 
ordonnances37. La CdG-E fait part de son étonnement par rapport à cette planifica-
tion peu réaliste. 
Au regard de la durée du processus législatif, la CdG-E est d’avis que le projet ISPT 
a été lancé trop tôt. La prolongation du projet a permis une finalisation plus com-
plète et une consolidation de certains éléments, mais elle a conduit à une situation 
très difficile pour le personnel. Paradoxalement, le fait que le projet ISPT ait duré si 
longtemps a contraint à une mise en fonction de l’institut prématurée. L’ensemble 
des processus et de la législation n’était pas prêt. 
Il faut relever que le problème de l’interaction du projet LPTh avec le projet ISPT 
était connu. En 1997 déjà, le comité de projet ISPT avait signalé à la cheffe du DFI 
les problèmes liés à la différence de calendrier entre le projet ISPT et la LPTh. Le 
comité de projet soulignait alors que, selon ses informations, la LPTh pourrait entrer 
en vigueur au plus tôt en 2002. Il estimait que la différence de calendrier avec la 
LPTh constituait le risque principal du projet et proposait deux stratégies pour le cas 
où le processus législatif prendrait du retard. Le comité de projet était allé jusqu’à 
mandater une expertise qui recommandait une mise en fonction de l’institut sur la 
base d’un droit relevant du domaine des arrêtés urgents. La cheffe du DFI et la 
délégation paritaire ont toutefois estimé que cette solution n’aurait pas écourté 
significativement le processus et aurait plutôt accentué l’inquiétude. Il a donc été 
décidé de continuer selon la planification initiale, sans aucune modification. Dans 
l’ensemble, la CdG-E considère donc que les responsables de la gestion stratégique 
du projet n’ont pas su reconnaître l’importance des problèmes liés à la planification 
du projet. 
 
36 
La future direction a proposé quatre modules qui pouvaient être réalisés immédiatement: 
1) la mise en oeuvre opérationnelle de l’organigramme du domaine Synthétiques RX de 
l’OICM; 2) la fusion des laboratoires de l’OICM et de l’UP AT; 3) le remplacement des 
applications informatiques de l’OICM et de l’UP AT par l’application HIS 2000; 4) la ré-
alisation des fonctions d’état-major (coordination, management de la qualité et contrôle 
de la qualité des processus, service juridique, communication, international, pharmaco-
pée, etc.). 
37 
Un premier retard était en fait déjà intervenu lors de l’élaboration du projet de loi et du 
message y afférent. Prévus pour octobre 1998, le Conseil fédéral ne les a adoptée qu’en 
mars 1999. Malgré ce délai de quelque quatre mois, l’objectif d’une entrée en vigueur en 
été 2000 n’avait pas été réexaminé.

285 
4.3 
Nomination et entrée en fonction du conseil 
de l’institut 
Les membres du conseil de l’institut, au nombre de sept, sont nommés par le Conseil 
fédéral, qui en désigne également le président. Les cantons peuvent proposer la 
nomination de trois membres. Il va sans dire que dans un organe de cette taille, et 
compte tenu des multiples intérêts en jeu, le choix des personnes est déterminant. De 
fait, il a été l’objet de longues discussions entre les divers acteurs concernés. Le 
choix du président s’est révélé particulièrement difficile. Parmi les personnes ayant 
manifesté leur intérêt, aucune candidature n’a pu faire l’unanimité. La date d’entrée 
en vigueur s’approchant, il devenait urgent de trouver une solution. Le conseil de 
l’institut devait en effet être constitué avant l’entrée en vigueur de la loi afin notam-
ment d’adopter les ordonnances de l’institut et le contrat de prestations pour l’année 
2002. En automne 2001, il a finalement été décidé de s’adresser à M. Peter Fuchs 
qui, outre ses compétences professionnelles et personnelles, faisait figure de «deus 
ex machina», comme l’a dit une personne entendue par la CdG-E. En d’autres 
termes, il présentait les garanties d’intégrité, d’indépendance et de neutralité par 
rapport aux parties impliquées. Les art. 71 et 72 LPTh relatifs au conseil de l’institut 
sont entrés en vigueur de manière anticipée au 1er octobre 2001, soit trois mois avant 
la mise en fonction de l’institut. Dans cet intervalle de temps, le conseil a pu tenir 
deux séances. 
Lors de sa première séance, le 9 novembre 2001, le conseil a adopté les ordonnances 
de l’institut appartenant au premier train d’ordonnances (voir annexe). A cette 
occasion, les membres du conseil ont formellement estimé ne pas avoir disposé de 
suffisamment de temps pour examiner de manière critique les projets d’ordonnances 
et ils se sont explicitement réservés la possibilité de réviser les ordonnances ultérieu-
rement38. Lors de la séance du 17 décembre 2001, le conseil de l’institut a adopté le 
contrat de prestations pour l’année 2002, le budget 2002 et la planification 2003, là 
aussi, sans bénéficier d’une réelle marge de manœuvre pour modifier ces documents. 
Appréciation de la CdG-E 
De l’avis de la CdG-E, le conseil de l’institut n’a pas disposé de suffisamment de 
temps pour se préparer et se familiariser avec l’institut. Bien que les membres du 
conseil de l’institut aient «joué le jeu» en acceptant de fonctionner de manière très 
souple au début, c’était faire preuve d’une certaine légéreté que de leur demander 
d’adopter dans un délai court des documents tels que l’ordonnance sur les émolu-
ments, le contrat de prestations ou le budget. 
Pour la CdG-E, il est difficilement compréhensible que le conseil de l’institut n’ait 
pas été nommé plus tôt. En admettant que le Conseil fédéral voulait être certain de 
disposer d’une base légale avant de nommer les membres du conseil – c’est-à-dire 
d’attendre jusqu’à la fin du délai référendaire – alors il aurait été possible de 
nommer le conseil de l’institut début avril 2001. La cheffe du DFI avait chargé la 
délégation paritaire en novembre 1998 déjà de lui présenter une proposition pour la 
composition du conseil de l’institut. Elle avait explicitement souhaité que le conseil 
 
38 
«Allgemein wird von den Institutsrat-Mitgliedern bemängelt, dass zuwenig Zeit zur 
Verfügung stehe, um die Verordnungen vor dem Start von Swissmedic zu bearbeiten. Der 
Institutsrat behält sich vor, in einem späteren Zeitpunkt alle Verordnungen zu revidieren.» 
(Extrait du procès-verbal de la séance du conseil de l’institut).

286 
de l’institut soit nommé le plus rapidement possible après l’adoption de la LPTh par 
les Chambres fédérales. Cet objet avait été porté régulièrement à l’ordre du jour de 
la délégation paritaire. Pourtant, ce n’est qu’en septembre 2001, que la composition 
définitive est prête. Pour la CdG-E, ces difficultés laissent à penser que les membres 
du conseil de l’institut n’ont pas été nommés sur la seule base des exigences pré-
définies quant au profil que devaient présenter les membres individuels et le conseil 
comme collège. 
Selon la CdG-E, la nomination plus rapide du conseil de l’institut aurait permis 
d’éviter certaines difficultés au niveau de la gestion, ou du moins, de les identifier et 
de prendre des mesures plus rapidement. Par exemple, la délégation paritaire s’était 
donné pour principe de ne pas prendre de décisions «irréversibles», soit des déci-
sions qui engageraient le futur conseil de l’institut. Au vu de l’entrée en fonction très 
tardive dudit conseil, cela a sans doute freiné des décisions qui auraient pourtant été 
nécessaires à la bonne marche du projet et à une mise en fonction sans heurt de 
l’institut. La CdG-E est ainsi d’avis que le problème du regroupement du personnel 
de l’institut dans des locaux fonctionnels aurait probablement pu être réglé si le 
conseil de l’institut avait été constitué en avril 2001 (voir ch. 5.1.4). De plus, si le 
conseil de l’institut avait été nommé plus tôt, il aurait sans doute pu mieux assumer 
sa fonction de surveillance. De l’avis de son président, le conseil a exercé ses fonc-
tions avec retenue durant les premiers mois de fonctionnement de Swissmedic; c’est 
la raison pour laquelle le conseil ne se serait rendu compte que très tard des diffi-
cultés de gestion. Ce n’est par exemple qu’en mai 2002 que le conseil de l’institut a 
pris connaissance des problèmes liés au projet informatique «Heilmittelinforma-
tionssystem (HIS) 2000». 
4.4 
Mise en fonction de l’institut au 1er janvier 2002 
La mise en fonction de Swissmedic a eu lieu d’un jour à l’autre, le 1er janvier 2002. 
Jusqu’au 31 décembre 2001, l’OICM et l’UP AT fonctionnaient et assumaient leurs 
responsabilités de manière parfaitement normale, malgré la réalisation progressive 
par «modules». Le maintien du courant normal jusqu’au jour J est une décision du 
comité de l’UICM, motivée notamment, selon le président de l’UICM, par 
l’incertitude quant à un éventuel référendum. Il s’agissait d’assurer la sécurité de 
l’entreprise et la sécurité juridique dans toutes les éventualités. Ainsi, plutôt qu’à un 
assouplissement des relations avec l’UP AT, l’UICM a veillé à une stricte continua-
tion des activités de l’OICM. 
Outre la mise en œuvre du projet par modules dès fin mars 2001, il n’y a donc pas eu 
de réelle période de transition; la coexistence de la structure «virtuelle» de l’institut 
et des structures «réelles» des institutions existantes a duré jusqu’au 31 décembre 
2001, soit un peu plus de deux ans. La future direction n’a pas disposé d’une période 
durant laquelle elle se serait consacrée uniquement au futur institut et la possibilité 
d’une mise en fonction échelonnée n’a pas été envisagée. Certains cantons avaient 
pourtant proposé de maintenir le régime des autorisations (p. ex. les autorisations 
pour le commerce de gros) au niveau cantonal pendant une période transitoire avant 
de le transférer à la Confédération, moyennant participation aux émoluments39. Une 
 
39 
Voir le rapport de consultation concernant les ordonnances sur les produits thérapeutiques 
du 17.10.2001, p. 2 (www.bag.admin.ch/heilmitt/gesetz/f/index.htm).

287 
autre proposition évoquée par un interlocuteur de la CdG-E aurait été d’échelonner 
géographiquement le transfert des compétences des cantons à la Confédération, 
c’est-à-dire de débuter avec un groupe de cantons, puis d’intégrer progressivement 
les autres. 
La CdG-E n’a pas évalué la faisabilité ou l’opportunité de ces solutions. Toutefois, 
elle se permet de faire part de son étonnement quant au fait que la possibilité d’une 
période de transition n’ait pas été examinée sérieusement par les responsables du 
projet. Selon la commission, l’absence d’une période de transition n’a guère contri-
bué à une mise en fonction sereine de l’institut. De nombreux travaux ont dû être 
effectués dans les premiers mois sous la pression du temps (p. ex. production du 
papier à en-tête). L’ancien directeur de Swissmedic a ainsi accordé que les trois 
premiers mois de fonctionnement de l’institut ont été un «pur exercice de survie». 
La décision de fixer la date d’entrée en vigueur de la LPTh au 1er janvier 2002 a été 
prise en connaissance du fait que le droit d’application ne serait pas complet, que les 
préparatifs pour la mise en fonction de l’institut ne seraient pas entièrement achevés 
et que le conseil de l’institut disposerait d’au plus trois mois de préparation. C’est 
notamment sur l’insistance de l’ancien directeur de Swissmedic que cette date a été 
arrêtée. Selon lui, il n’était «plus possible de retenir la crue»40; il s’agissait d’un 
«passage en force», mais la situation était devenue intenable. Après deux reports de 
l’entrée en vigueur, la motivation des collaborateurs, d’après l’ancien directeur, 
s’épuisait et la crédibilité de la direction était compromise. La situation du personnel 
pouvait être comparée à celle d’une unité de sapeurs-pompiers en état d’alerte élevée 
qui serait sans cesse appelée à intervenir pour finalement être rappelée à la base. 
On peut également se demander dans quelle mesure des raisons financières ont joué 
un rôle dans le choix de rapidement mettre en fonction l’institut. Il est vraisemblable 
que l’UICM aurait dû augmenter les contributions des cantons si le projet avait duré 
plus longtemps; au vu des tensions d’alors entre la Confédération et les cantons dans 
le domaine de l’assurance-maladie, cela aurait été, selon un interlocuteur de la 
CdG-E, un «scénario catastrophe». L’intérêt de l’UICM avait également beaucoup 
diminué dès lors que la possibilité d’un référendum avait été écartée. 
En principe, il aurait été possible de repousser une nouvelle fois l’entrée en vigueur 
de la LPTh. C’est en effet le 28 septembre 2001 seulement que le Conseil fédéral a 
adopté l’arrêt fixant l’entrée en vigueur au 1er janvier 2002. Un droit d’application 
complet (au niveau des ordonnances fédérales et départementales) aurait toutefois 
signifié un report jusqu’au 1er janvier 2004 au plus tôt. 
5 
Principaux problèmes 
Depuis la création de Swissmedic, différentes analyses ont mis en lumière des pro-
blèmes ou des risques dans la gestion de Swissmedic. Dans le cadre de son mandat 
de haute surveillance, il s’agissait pour la CdG-E d’examiner les problèmes identi-
fiés, puis de suivre et d’apprécier les mesures prises et les éventuelles difficultés 
rencontrées. La commission entend de cette manière contribuer à renforcer le sys-
tème suisse de contrôle des produits thérapeutiques et à rétablir la confiance. 
 
40 
«Es war nicht mehr möglich, den Dammbruch zu verhindern.»

288 
La CdG-E a pris connaissance du rapport du CDF du 1er octobre 2002 concernant la 
gestion de Swissmedic au cours du premier semestre 200241; du rapport d’audit 
informatique du CDF du 20 juin 2003; de l’analyse des risques du 11 juillet 2003 
effectuée par Swissmedic en collaboration avec un bureau de consultants; ainsi que 
de la Management letter du CDF du 7 juin 2004 concernant la révision finale de 
l’exercice annuel 2003 conformément à l’art. 74 LPTh. 
Le chapitre qui suit contient une description des principaux problèmes et une appré-
ciation de la situation actuelle. Il ne s’agit pas d’une liste exhaustive; la CdG-E a 
choisi de traiter les aspects qui lui semblaient pertinents dans le cadre de sa mission 
de haute surveillance. Elle s’est restreinte à aborder les problèmes qui répondaient à 
une ou plusieurs des descriptions suivantes: 
– 
considérés comme étant de 1ère priorité; 
– 
pouvant avoir des conséquences directes sur la sécurité des produits théra-
peutiques; 
– 
liés à des questions organisationnelles; 
– 
dont les causes sont liées à la phase de projet. 
5.1 
Processus internes 
5.1.1 
Systèmes informatiques 
Un des problèmes principaux dont faisait état le rapport du CDF d’octobre 2002 était 
l’avancement insuffisant des projets informatiques. Le sytème informatique HIS 
2000 devait remplacer entièrement la plateforme informatique de l’OICM et unifor-
miser les solutions informatiques particulières de l’OICM et de l’UP AT. L’ancienne 
plateforme, qui datait de 1987, ne pouvait notamment pas couvrir les «nouvelles» 
tâches de Swissmedic. De plus, la banque de données de l’OICM, qui accumulait 
des erreurs, devait être renouvelée. 
Jusqu’à la création de Swissmedic, le projet HIS 2000 a été financé par l’UICM, la 
Confédération prenant en charge les frais du projet dès la mise en fonction de 
l’institut. Suite aux ajournements successifs de l’entrée en vigueur de la LPTh, les 
cantons ont toutefois financé une part plus importante que prévu. L’UICM était 
responsable du projet, mais un collaborateur du DFI a examiné les contrats avant 
leur conclusion et a veillé à la compatibilité des solutions informatiques avec celles 
de l’administration fédérale. Le coût du projet HIS 2000 jusqu’au 31 décembre 2002 
est estimé à environ 10 millions de francs. 
Au 1er janvier 2002, HIS 2000 n’était cependant pas opérationnel pour l’ensemble 
des unités de Swissmedic. Plusieurs solutions informatiques isolées étaient utilisées 
au sein de l’institut, ce qui affectait fortement l’efficacité et la cohérence des proces-
sus. Les interlocuteurs de l’institut n’étaient pas intégrés électroniquement dans les 
processus. Par exemple, certains cantons devaient traduire des documents en fichier 
word, les remplir à la main et les envoyer par la poste à Swissmedic. De plus, des 
instruments efficaces de controlling n’ont pas pu être mis en place; ainsi, jusqu’au 
 
41 
Les constats du CDF se réfèrent à la situation aux mois de juillet et août 2002.

289 
1er juillet 2003, les données liées au controlling ont dû être récoltées et saisies 
manuellement. 
Suite à ces constats, le CDF a effectué un audit informatique. Le rapport constitue 
un document de base pour la suite des travaux. Le CDF y dressait un constat sévère 
de la situation informatique de Swissmedic à fin juin 2003 et relevait que l’institut 
ne disposait pas, ou presque, d’instruments utilisables pour traiter électroniquement 
les données. Le CDF estimait également que le projet HIS 2000 était surdimension-
né et recommandait de redéfinir complètement ses spécifications en partant de la 
réalité pratique. De manière générale, le CDF observait que l’absence d’une plate-
forme informatique uniforme conduisait à des inefficiences et portait atteinte à la 
motivation des collaborateurs. Cela nuisait à la qualité de différents processus de 
production, bloquait des ressources pour du travail administratif et pouvait donc 
indirectement avoir des conséquences sur la satisfaction des clients ou la sécurité des 
produits thérapeutiques. 
Selon le CDF, cette situation résultait en grande partie d’un manque de savoir-faire 
propre à l’institut, d’un management de projet déficient, ainsi que de l’accumulation 
de responsabilités auprès de quelques personnes-clé. En outre, les exigences techni-
ques n’avaient pas été définies de manière suffisamment précise avant la mise en 
fonction de l’institut, ce qui a généré des coûts ultérieurs importants. De plus, le 
manque de savoir-faire interne couplé à une pression au niveau du temps avait 
conduit à choisir des solutions onéreuses avec des consultants externes et engendré 
une dépendance envers eux. En effet, le projet HIS 2000 avait été confié à des 
consultants externes et placé sous la houlette du chef des finances de l’OICM. Une 
fois l’institut crée, le projet HIS 2000 n’a plus été géré comme un projet en soi, mais 
intégré au développement informatique normal de l’institut. Un nouveau chef de 
projet n’a pas été nommé; le projet HIS 2000 relevait, tout comme le reste du secteur 
informatique, de la responsabilité du chef des finances de l’institut (la même per-
sonne que sous l’OICM). 
Les représentants de l’UICM et du DFI entendus par la CdG-E ont déclaré ne pas 
avoir été informés de difficultés en relation avec le projet HIS 2000. Un expert 
engagé pour contrôler l’avancement du projet n’en a pas signalé non plus. Au vu des 
constats sévères à l’encontre du projet, la CdG-E exprime son étonnement quant au 
manque de perception des difficultés pendant la phase de projet. En soi, elles étaient 
sans doute prévisibles au vu de l’ambition technique du projet et de son impact sur 
un personnel très hétérogène. L’importance stratégique de l’informatique dans le 
projet ISPT a certes été reconnue et des sommes importantes ont été investies. La 
commission considère toutefois aussi que, au vu des coûts significatifs engagés, le 
projet HIS 2000 n’a pas été soumis à un suivi suffisamment étroit de la part des 
autorités en charge. Selon la CdG-E, la gestion de l’informatique est une tâche de 
direction essentielle; la délégation à des consultants externes d’un projet informa-
tique doit s’accompagner d’un contrôle critique et d’un soutien au plus haut niveau à 
l’interne. 
Swissmedic s’est montré d’accord avec l’ensemble des recommandations contenues 
dans le rapport d’audit du CDF et s’est déclaré disposé à prendre les mesures néces-
saires pour les mettre en œuvre. Lors de sa révision de l’exercice annuel 2003, le 
CDF a pu constater que la majorité des recommandations faites ont été prises en 
main par Swissmedic et réalisées. Le projet HIS 2000 a été interrompu, partagé en 
24 projets partiels et relancé sous le nouveau nom de MERLIN. Une organisation de 
projet interne, qui dispose des ressources nécessaires, centralise des tâches qui

290 
étaient auparavant dispersées entre plusieurs collaborateurs. Des équipes restreintes 
définissent les fonctionnalités requises pour chaque domaine. Des mesures ont été 
prises pour assurer un meilleur contrôle du projet, en particulier en termes finan-
ciers. Il existe des documents standards pour chaque phase des projets partiels; la 
programmation ne débutera qu’une fois les caractéristiques requises définies par les 
services dans chaque domaine. Il est prévu que l’institut disposera d’une plateforme 
unique à l’été 2005. 
En outre, bien que Swissmedic ait engagé un responsable informatique, le CDF a 
constaté que l’institut est encore pratiquement entièrement dépendant d’entreprises 
externes, notamment en matière de sécurité informatique. Il recommande d’étudier 
l’internalisation de certains services et de la gestion de projet stratégique, et de 
revoir les contrats avec les prestataires de services externes et le contrôle de ceux-ci. 
Appréciation de la CdG-E 
En résumé, bien que d’importantes difficultés subsistent, le CDF estime que le 
nouveau projet MERLIN est sur la bonne voie. Sur la base des informations dont 
elle dispose actuellement, la CdG-E n’a aucun motif d’en douter. La CdG-E conti-
nuera à suivre l’évolution de ce projet lors de contrôles ultérieurs. 
5.1.2 
Analyse des tâches, des ressources et des risques 
Dans son rapport d’octobre 2002, le CDF constatait que Swissmedic ne disposait pas 
à sa mise en fonction d’une analyse fiable de ses tâches et des ressources nécessaires 
à l’accomplissement de celles-ci. Pour un non spécialiste, l’analyse des ressoures 
n’était pas transparente, compréhensible ou plausible. Elle reposait sur une étude 
datée de 1998, soit lorsque la LPTh n’était qu’à l’état de projet. Seules les «ancien-
nes» tâches de l’OICM étaient prises en compte. Ainsi, les ressources nécessaires au 
futur institut ont été déterminées par la simple addition des ressources de l’OICM et 
de celles de l’UP AT. Ce calcul partait du principe que les gains d’efficacité dus à la 
fusion et à une meilleure organisation des processus et des priorités devaient com-
penser le coût des nouvelles tâches attribuées à l’institut par la LPTh. 
Le mandat de prestations, élaboré sur la base de ce calcul, estime les charges totales 
de Swissmedic à 49 millions de francs. Il prévoit une diminution progressive du 
montant de la rémunération de la Confédération. De 21 millions de francs en 2002, 
cette somme doit atteindre 18.5 millions de francs en 2005. Selon la planification 
financière, elle sera réduite à 17,5 millions de francs en 2006 et 2007. Les écono-
mies nécessaires doivent résulter de la rationalisation des processus dans tous les 
secteurs d’activités. 
En automne 2001, le directeur de l’institut considérait que les indemnités de la 
Confédération n’étaient pas suffisantes pour couvrir les nouvelles tâches. Il estimait 
avoir besoin de 65 postes supplémentaires. Dans son rapport d’octobre 2002, le CDF 
recommandait de procéder d’abord à une nouvelle répartition des ressources avant 
d’en requérir davantage. Swissmedic avait à fixer des priorités dans l’exécution de 
ses tâches et se baser pour cela sur une analyse des risques. Cette analyse devait 
également constituer la base pour estimer les risques financiers des activités de 
Swissmedic et l’adéquation de sa couverture d’assurance. Swissmedic peut en effet 
être rendue responsable de ses décisions en cas de dommage occasionné à un tiers

291 
ou à la Confédération (p. ex. dans le cas d’une faute professionnelle lors de 
l’autorisation d’un médicament) (voir ch. 3.3). 
Sous l’impulsion de la nouvelle direction du département, une analyse des riques a 
rapidement été réalisée. Elle constitue un instrument de gestion important, sur la-
quelle doit se baser le nouveau mandat de prestations 2006–2009, ainsi que la straté-
gie de l’institut (notamment sous la forme d’une Balanced Scorecard). En se basant 
sur ce document, daté du 11 juillet 200342, Swissmedic a conclu avoir besoin d’un 
effectif global de 280 postes, ce qui représente une augmentation de 30 postes par 
rapport à début 2003. Une première augmentation du personnel a eu lieu en septem-
bre 2003 (+15.5 postes), le reste des postes a été ou est en train d’être pourvu. Les 
nouveaux postes ont été assignés à des tâches présentant un risque de première 
priorité (ex.: droit pénal, procédure d’admission, vigilance). 
D’éventuelles nouvelles tâches découlant des nouvelles ordonnances fédérales et de 
l’institut n’ont pas été prises en compte dans l’évaluation des ressources nécessaires. 
L’exécution de ces tâches doit être couverte par l’utilisation des marges de manœu-
vres existantes, notamment par la définition de priorités dans l’exécution des tâches. 
Swissmedic part du principe que l’effectif de 280 postes devrait suffire pour les cinq 
années à venir au moins. Dans ce cadre, il est à noter que le conseil de l’institut a 
adopté une modification de l’ordonnance sur les émoluments des produits thérapeu-
tiques43 qui est entrée en vigueur le 1er juillet 2004. Une hausse des émoluments de 
vente doit permettre de dégager quelque 8 millions de francs de recettes supplémen-
taires par an. 
Appréciation de la CdG-E 
D’après la CdG-E, Swissmedic a maintenant développé les instruments adéquats 
pour une planification stratégique des ressources basée sur les risques. Sur cette 
base, la commission estime que l’institut est en mesure de fixer de manière judi-
cieuse des priorités dans l’exécution des prestations. Il est toutefois important que 
ces instruments exigeants continuent à être utilisés et revus régulièrement. 
5.1.3 
Instruments de gestion 
Dans son rapport d’octobre 2002, le CDF constatait que les instruments permettant 
aux différentes instances compétentes d’exercer leur contrôle n’étaient pas encore 
mis en place. Les données permettant de contrôler l’exécution du mandat et des 
contrats de prestations n’ont ainsi commencé à être récoltées qu’au mois de mai 
2002. Les données étaient alors saisies en partie manuellement et de manière non 
systématique (p. ex. il n’existait pas de tableaux de relevé propres à chaque unité). 
Dans son rapport sur l’exécution du contrat de prestations 2002, Swissmedic recon-
naissait que les chiffres de l’année 2002 n’avaient qu’une valeur estimative. Le 
calcul des capacités en personnel par groupe de produits se basait aussi sur une 
estimation. De plus, de nombreuses données exigées par le mandat et le contrat de 
prestations n’avaient pas été saisies. Pour le CDF, il n’était dès lors pas possible 
 
42 
L’analyse dresse la situation au 1er semestre 2003 (en allemand seulement; non publiée). 
43 
Ordonnance du 9.11.2001 sur les émoluments de l’Institut suisse des produits thérapeuti-
ques (OEPT; RS 812.214.5)

292 
d’estimer si Swissmedic était en voie de remplir les exigences du mandat et du 
contrat de prestations. 
Dans sa Management letter relatif à la révision de l’exercice annuel 2003, le CDF 
estime qu’il ne peut toujours pas se prononcer de manière définitive quant à 
l’exécution du mandat et du contrat de prestations. En effet, si Swissmedic dispose 
de données satisfaisantes pour le 2e semestre 2003 suite à l’introduction d’un sys-
tème de saisie informatisée et automatisée des prestations au 1er juillet 2003, les 
données du 1er semestre 2003 sont parfois imprécises, parfois inexistantes. Le CDF 
est toutefois optimiste quant au fait que des données fiables pourront être récoltées 
pour les comptes rendus de l’année 2004. Un des objectifs annuels de Swissmedic 
est d’ailleurs l’introduction de la saisie des prestations dans l’ensemble de l’institut 
et l’établissement d’un système de controlling et de reporting transparent. 
L’utilité de ces données comme instruments de controlling est toutefois limitée par 
le contenu et la structure même du mandat et des contrats de prestations. Après avoir 
examiné le mandat et les contrats de prestations du point de vue des objectifs et des 
indicateurs, le CDF arrive en effet à la conclusion que, dans leur forme actuelle, ces 
instruments ne sont que partiellement adaptés à guider l’exécution des prestations 
par Swissmedic. 
Le CDF émet par exemple les critiques suivantes par rapport à l’un ou l’autre, ou les 
deux, documents: 
– 
tous les objectifs ne sont pas couverts par des indicateurs; 
– 
certains indicateurs ne sont pas définis suffisamment précisément ou ne peu-
vent pas être mesurés, et d’autres ne sont pas opportuns au regard des objec-
tifs qu’ils sont sensés mesurer; 
– 
les valeurs financières ne correspondent pas à l’expérience de Swissmedic; 
– 
le mandat de prestations actuel regroupe l’ensemble de l’activité de Swiss-
medic, c’est-à-dire non seulement les prestations d’intérêt général, mais éga-
lement les prestations d’économie privée; 
Le CDF a émis différentes recommandations pour la correction de ces défauts lors 
de l’élaboration du nouveau mandat de prestations 2006–2009. Il ne s’agit pas de 
mettre en question l’instrument même du mandat et des contrats de prestations, mais 
d’en revoir le contenu et l’articulation. Le président du conseil de l’institut avait 
d’ailleurs déjà reçu le soutien du chef du DFI dans sa volonté de revoir ces docu-
ments. Un expert externe a été chargé d’élaborer des recommandations pour un 
remaniement du nouveau mandat de prestations 2006–2009. 
Appréciation de la CdG-E 
La CdG-E estime qu’il est prioritaire de revoir fondamentalement le mandat de 
prestations afin que le Conseil fédéral dispose d’un instrument de conduite et de 
surveillance crédible et pertinent. Les défauts constatés doivent être résolus et 
l’expérience des années précédentes doit être intégrée dans le nouveau mandat de 
prestations. A l’heure actuelle, le manque et l’imprécision des données, ainsi que les 
manques formels du mandat et des contrats de prestations ne rendent l’exercice ni 
très parlant, ni très efficace. La commission abonde pour cette raison dans le sens du 
CDF, qui recommande au DFI et à Swissmedic de s’entendre sur une solution provi-
soire pour l’année 2004, étant donné que le contrat de prestations n’aura pas encore 
été redéfini.

293 
5.1.4 
Décentralisation et culture d’entreprise 
A l’heure actuelle, les collaborateurs de Swissmedic sont répartis sur dix sites diffé-
rents. Cela n’est certes pas un cas unique au sein de l’administration; la répartition 
des collaborateurs sur plusieurs sites est une situation fréquente (p. ex. OFSP, seco). 
Ce problème prend toutefois une dimension particulière dans le cas de Swissmedic, 
puisqu’il contribue à rendre difficile la construction d’une culture d’entreprise 
commune et, partant, le développement d’une unité de doctrine dans les prestations 
de l’institut. 
Il s’agit notamment d’intégrer les collaborateurs de l’ancienne UP AT, moins nom-
breux, qui ont été transférés pratiquement sans aucun changement de personnel ou 
de structure (mêmes unités, mêmes tâches) dans le nouvel institut. Pendant un cer-
tain temps, certaines unités avaient même continué à travailler dans leurs anciens 
locaux de l’OFSP. 
Du côté de l’ancien OICM, il faut souligner qu’une grande partie des collaborateurs 
s’est vu attribuée une nouvelle fonction au sein de l’institut. La réorganisation a 
permis d’éviter tout licenciement, mais chacun a dû retrouver ses marques dans une 
nouvelle structure, un nouvel environnement et de nouvelles tâches. En outre, il est 
facilement imaginable que la période durant laquelles les structures «réelles» et 
«virtuelles» ont co-existé (voir ch. 4.2) a laissé des traces dans les relations interper-
sonnelles. 
Pour la CdG-E, la dispersion actuelle des collaborateurs n’est pas satisfaisante, 
d’autant plus que des opportunités d’acquérir des locaux permettant le regroupement 
du personnel ont été manquées lors de la phase de projet. Ainsi, il est tout à fait 
possible qu’un contrat de location aurait pu être signé avant la mise en exploitation 
de Swissmedic si le conseil de l’institut avait pris ses fonctions plus tôt44. D’ailleurs, 
le conseil de l’institut a très rapidement fait de la question du regroupement du 
personnel une priorité stratégique et a décidé l’achat et la rénovation d’un bâtiment 
dit «Areal Stämpfli» à la Hallerstrasse. Dès le début de l’année 2005, le personnel 
devrait pouvoir être rassemblé sur deux sites seulement. 
5.2 
Droit d’application 
A l’heure actuelle, le droit d’application relatif à la loi sur les produits thérapeuti-
ques n’est toujours pas complet. Outre les dispositions transitoires prévues à l’art. 95 
LPTh, un premier train d’ordonnances a été adopté fin 2001 contenant les ordonnan-
ces fédérales et les ordonnances de l’institut les plus importantes (voir annexe). Un 
deuxième train d’ordonnances fédérales entrera en vigueur au 1er septembre 2004, 
soit plus de deux ans et demi après l’entrée en vigueur de la loi. Il reste toutefois 
 
44 
La possibilité de louer un bâtiment centralisant les places de travail administratives (sans 
les laboratoires) a été évoquée pour la première fois en mars 2000. La location de ce 
bâtiment aurait toutefois signifié de financer plusieurs mois de loyer en 2001. Etant donné 
que l’institut ne pouvait pas encore agir par lui-même, la compétence revenait à l’OFCL, 
qui devait être mandaté par le DFI. Il avait été convenu que l’immeuble serait loué en 
2001 par l’OFCL et le bail transféré à Swissmedic au 1.1.2002, mais des malentendus au 
sein de l’administration ont fait échouer le projet au dernier moment. Il est fort possible 
que si le conseil de l’institut avait déjà pris ses fonctions en été 2001, le contrat de loca-
tion aurait pu être signé.

294 
encore à élaborer une troisième série d’ordonnances, édictées par l’institut (entrée en 
vigueur prévue: été 2006). 
Les lacunes dans le droit d’application sont dues, d’une part, au retard pris lors de la 
phase de projet. Les ressources étaient insuffisantes au sein de l’OICM et du DFI; de 
plus, le lancement et la clôture de la procédure de consultation ont été ajournés (soit 
qu’il fallait que les Chambres aient fini de débattre de la loi, soit que les cantons 
avaient demandé un report de délai). D’autre part, les difficultés matérielles dans 
certains domaines ont été sous-estimées. Le report de l’entrée en vigueur de la LPTh 
au 1er janvier 2002 devait ménager suffisamment de temps pour préparer l’ensemble 
des ordonnances, mais, dans certains domaines, la recherche d’une solution s’est 
avérée particulièrement complexe. D’ailleurs, certains domaines n’étaient pas réglés 
sous l’OICM (p. ex. la médecine complémentaire). 
Le droit d’application qui manquait à la mise en fonction de Swissmedic inclut tant 
des ordonnances fédérales45 que des ordonnances de l’institut. Au plan fédéral, le 
domaine des médicaments à usage vétérinaire ne faisait l’objet d’aucune ordonnance 
spécifique jusqu’alors46. Les autres domaines concernés touchaient par exemple les 
critères d’attribution du droit pour les droguistes de remettre des médicaments de la 
catégorie C dans les régions manquant de pharmacies; les exigences pour l’utili-
sation de dispositifs médicaux réservés aux professionnels; les conditions relatives à 
la comparaison des prix concernant les médicaments; ou encore les dispositions 
permettant le traitement de données personnelles par Swissmedic. Les ordonnances 
fédérales entreront en vigueur le 1er septembre 2004, à l’exception de l’ordonnance 
relative aux médicaments à usage vétérinaire, qui entrera en vigueur de manière 
échelonnée jusqu’au 1er janvier 2006, parce qu’elle exige certains travaux prépa-
ratifs. 
S’agissant des ordonnances de l’institut, elles devraient, selon la planification 
actuelle, entrer en vigueur en été 2006. Elles doivent permettre de régler, entre 
autres, les domaines de la médecine complémentaire47, des spécialités de comptoir, 
des préparations d’hôpital et de l’armée ou encore de la remise des «médicaments 
orphelins»48. Il s’agit dans chaque cas de dispositions délicates. 
 
45 
Voir le rapport de l’OFSP sur le «droit d’application des produits thérapeutiques train 
d’ordonnances II» du 5.6.2003, http://www.bag.admin.ch/heilmitt/aktuell/f/erl_hmvp.pdf. 
46 
A l’heure actuelle, les risques dans ce domaine se trouvent davantage dans la procédure 
d’admission spéciale ou à durée déterminée que dans la procédure d’autorisation de mise 
sur le marché. La procédure d’autorisation de mise sur le marché des médicaments à 
usage vétérinaire est identique à la procédure pour les médicaments à usage humain. Ce-
pendant, peu de médicaments à usage vétérinaire sont enregistrés en Suisse; le nombre 
restreint d’animaux ne le rend pas rentable. Ainsi, de nombreux médicaments sont impor-
tés à l’aide d’autorisations spéciales, ou parfois, d’autorisations à durée déterminée. 
47 
Il s’agit de définir les exigences pour l’autorisation de mise sur le marché de médicaments 
complémentaires et phytothérapeutiques. Ni les droits cantonaux ni le droit fédéral ne 
demandaient auparavant d’autorisation. Désormais, ces préparations doivent être au béné-
fice d’une autorisation délivrée par Swissmedic. L’institut anticipe environ 5500 deman-
des pour les médicaments asiatiques, ainsi que plusieurs dizaines de milliers de demandes 
pour les médicaments homéopathiques et anthroposophiques. Ce travail est inclus dans la 
planification des ressources de Swissmedic. 
48 
Par médicaments orphelins, on entend les médicaments nécessaires au traitement de 
maladies dites «orphelines», c’est-à-dire de maladies pour lesquelles le développement et 
la vente de médicaments revêtent un intérêt au mieux limité pour l’industrie pharmaceuti-
que.

295 
Les domaines énumérés ci-dessus n’étaient donc pas réglés au 1er janvier 2002; pour 
ceux-ci, la sécurité du droit n’était pas ou n’est toujours pas assurée. Dans certains 
domaines, il n’existe toujours pas de bases légales; Swissmedic se voit obligé 
d’utiliser toutes les possibilités du droit transitoire. Par exemple, il n’existe pas 
d’éléments constitutifs particuliers pour le domaine des anti-allergènes et des test-
allergènes, qui n’étaient auparavant pas considérés comme étant des médicaments. Il 
s’agit de milliers de substances qui ne se différencient que très peu les unes des 
autres; il ne serait pas envisageable de les soumettre à la même procédure que les 
médicaments classiques. Swissmedic serait en train d’élaborer une base légale 
parallèlement au deuxième train d’ordonnances. 
Appréciation de la CdG-E 
Le problème du droit d’application manquant semble également être en voie d’être 
réglé. Il ne reste plus qu’une série d’ordonnances de l’institut. Les difficultés maté-
rielles existent, mais elles sont connues et les travaux semblent avancer selon le 
calendrier prévu. Le chef du DFI a d’ailleurs fait du développement du droit 
d’application une des trois tâches prioritaires de l’institut pour l’année 2004. De 
plus, le service juridique s’est vu accorder des ressources supplémentaires (voir 
ch. 5.3.1). 
La CdG-E doit une nouvelle fois constater que la préparation de la création de 
Swissmedic n’était pas satisfaisante. Bien que les ordonnances les plus importantes 
étaient prêtes pour l’entrée en fonction de Swissmedic, la commission estime qu’il 
était hasardeux de débuter l’activité en laissant un nombre aussi important de ques-
tions d’application ouvertes. Cela a nuit à la crédibilité de l’institut et a affecté la 
confiance de certains partenaires, en particulier les hôpitaux, les cantons et certains 
secteurs de l’industrie pharmaceutique. De plus, le développement des bases légales 
a absorbé de manière continue des ressources importantes au sein de l’institut et au 
sein de l’OFSP. 
5.3 
Surveillance du marché 
5.3.1 
Situation au sein du service juridique et en matière 
de poursuites pénales et administratives 
A la fin de l’année 2002, le service juridique de Swissmedic a enregistré les démis-
sions de quatre de ses huit collaborateurs49. Ces démissions étaient liées au départ de 
l’ancien chef du service, également ancien chef du service juridique et directeur 
suppléant de l’OICM. Avec ces départs, il ne restait plus que trois juristes, dont deux 
n’avaient que quelques années d’expérience dans le domaine. 
Le nouveau chef du service juridique est entré en fonction au 1er avril 2003 et a 
trouvé, selon ses termes, une équipe «en triste état». Les collaborateurs étaient 
désécurisés et les juristes engagés pendant la vacance du poste de chef n’avaient pas 
été bien intégrés. Les départs avaient causé une perte de savoir-faire, mais aussi un 
appauvrissement de la mémoire institutionnelle que le système d’archivage et de 
contrôle des affaires ne permettait pas de compenser. Il s’agissait à la fois de rétablir 
 
49 
Voir la réponse du Conseil fédéral à l’interpellation 02.3762 «Dysfonctionnements chez 
Swissmedic?».

296 
un climat de travail supportable doté d’une direction claire et de planifier la recons-
truction et le développement du service. A l’heure actuelle, l’effectif du service 
juridique est au complet; il compte le chef du service, 15 juristes et 1.5 poste admi-
nistratif. Le chef du service estime qu’une saine ambiance de travail a pu être réta-
blie. 
Le service se consacre principalement à un travail d’ordre législatif (élaboration du 
droit d’application manquant). Il exerce également une fonction de conseil à 
l’externe (p. ex. industrie, presse, cantons) comme à l’interne. L’OICM n’ayant pas 
été soumis à la loi du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative50, il 
s’agissait par exemple d’instruire et de conseiller le personnel sur la manière de 
mener une procédure, de rédiger une décision ou de prendre des mesures administra-
tives. Le service juridique est aussi chargé d’engager les poursuites pénales dans le 
domaine d’exécution de la Confédération (art. 90, al. 1, LPTh). 
Les deux premières tâches ont absorbé la plus grande partie des ressources, ne 
laissant que très peu de capacités pour les poursuites pénales. De fait, le service 
juridique accuse de gros retards dans ce domaine. A la fin de l’année 2002, 100 
dénonciations étaient pendantes; seules 16 procédures avaient pu être liquidées en 
2002. Les autres dénonciations n’avaient pas été traitées, et les dossiers étaient à 
peine constitués. Bien qu’un expert avait été consulté lors de la phase de projet, il 
n’existait pas de concept cohérent pour l’engagement des procédures pénales. De 
plus, aucun juriste spécialisé dans le domaine du droit pénal administratif n’avait été 
recruté. 
A la fin de l’année 2003, la création d’une section de droit pénal dotée de nouveaux 
collaborateurs a permis de prendre en mains des dossiers et d’ouvrir les premières 
procédures. Un concept pour l’engagement de procédures pénales a été élaboré, mais 
le savoir-faire doit encore être consolidé. A la fin de l’année 2003, 26 poursuites 
avaient pu être liquidées,mais 160 dénonciations étaient pendantes. 
Il faut par ailleurs noter que l’interprétation de certaines dispositions législatives 
n’est pas encore arrêtée et empêche une application claire du droit au niveau des 
poursuites. C’est par exemple le cas des dispositions réglant la publicité pour les 
produits thérapeutiques ou l’art. 33 LPTh, qui règle l’octroi d’avantages matériels 
aux personnes qui prescrivent ou remettent des médicaments ainsi qu’aux organisa-
tions qui emploient de telles personnes (article «anti-corruption»). Le Conseil des 
Etats ainsi que la commission compétente du Conseil national ont donné suite à deux 
initiatives cantonales relatives à cet article51. Des travaux dirigés par l’OFAS sont 
actuellement en cours. 
Pour partie, les dénonciations pendantes auprès de Swissmedic sont en fait liées à 
des problèmes de concurrence. Plutôt que de déposer plainte pour concurrence 
déloyale, les entreprises pharmaceutiques dénoncent le cas à l’institut en espérant 
que le cas sera traité au moins aussi rapidement et surtout sans frais. 
Dans un premier temps, le service juridique a décidé de concentrer ses efforts sur les 
délits les plus graves et sur l’établissement de «leading cases», dans le but d’assurer 
une certaine sécurité et prévisibilité du droit. Si les efforts du service juridique se 
 
50 
RS 172.021 
51 
Voir le rapport de la Commission de la sécurité sociale et de la santé publique du Conseil 
des Etats (CSSS-E), du 26.1.2004, relatif aux initiatives cantonales 03.308 et 03.310; 
BO 2004 E 146.

297 
concentrent prioritairement sur les processus internes (consolidation du service et du 
savoir-faire, liquidation des cas), le chef du service est conscient que, une fois cette 
phase de consolidation passée, il s’agira de se tourner vers l’extérieur (p. ex. élabo-
ration de formations et amélioration de l’information). 
Appréciation de la CdG-E 
Pour la CdG-E, il est difficilement défendable d’avoir laissé la situation au sein du 
service juridique évoluer de telle sorte à voir partir la moitié des effectifs par démis-
sion collective, et ce durant la période décisive du lancement de l’institut. Plusieurs 
années seront nécessaires à compenser les pertes qui en ont découlé. 
Par ailleurs, la commission regrette que le service juridique n’ait pas été doté de 
ressources supplémentaires plus tôt. Cela aurait permis de surmonter le travail de 
préparation législative et de conseil, et de recruter des personnes spécialisées en 
droit pénal. 
5.3.2 
Coordination et répartition des compétences 
entre Swissmedic et les cantons 
Il a été relevé ci-dessus que, de l’avis de la CdG-E, les spécialistes des cantons n’ont 
pas suffisamment été impliqués dans la préparation de la nouvelle loi sur les produits 
thérapeutiques (voir ch. 4.1). Une des conséquences a été le fait qu’il manquait, au 
1er janvier 2002, un cadre à la collaboration avec les cantons. La répartition des 
compétences n’avait pas été clairement discutée, ni fixée dans les détails. Cela a 
conduit au développement d’une profonde insatisfaction et d’une perte de confiance 
de la part des cantons envers Swissmedic, alimentées par différents facteurs plus ou 
moins objectifs: un manque de coordination et de communication active de la part de 
l’institut; des processus administratifs rendus laborieux par le défaut d’une plate-
forme informatique uniforme; le sentiment de voir l’institut exécuter de manière 
insatisfaisante d’anciennes tâches cantonales; ou encore le fait de recevoir des in-
formations contradictoires par différents services de l’institut. 
Pour remédier à cette situation, le conseil de l’institut a chargé son vice-président 
d’examiner de manière critique les interfaces entre les cantons et Swissmedic et 
d’identifier les faiblesses du système. Suite à un sondage auprès des services canto-
naux concernés, une séance de travail a eu lieu en novembre 2003 qui a permis 
d’établir un catalogue des problèmes. Les cantons ont pu prendre position sur ce 
catalogue et sur les mesures prévues par Swissmedic. 
Divers problèmes se posent dans le domaine des inspections, pour lesquelles la 
répartition des compétences entre la Confédération et les cantons est complexe. Les 
cantons sont responsables des inspections du commerce de détail (hôpitaux, pharma-
cies, drogueries, vente par correspondance, médecins dispensants, vétérinaires), ainsi 
que des inspections du stockage de sang et de produits sanguins. De son côté, 
Swissmedic est responsable des inspections liées à la fabrication, au commerce de 
gros, ainsi qu’à l’importation, à l’exportation et au commerce à l’étranger. En 
d’autres termes, l’institut est responsable du contrôle de la licéité de la distribution et 
de la conformité des médicaments par rapport à l’autorisation de mise sur le marché, 
alors que les cantons contrôlent la légalité de la remise et de l’utilisation des médi-
caments mis sur le marché.

298 
A quelques exceptions près52, l’institut délègue toutefois l’exécution des inspections 
dont il est responsable aux services d’inspection cantonaux ou régionaux. Les servi-
ces effectuant des inspections sur mandat de l’institut doivent être accrédités et 
disposer d’un système d’assurance-qualité conforme aux normes internationales 
reconnues. Un des problèmes soulevés à deux reprises par le CDF est que le service 
d’inspection de Swissmedic n’est pas accrédité, contrairement aux inspectorats 
régionaux du nord-est et du nord-ouest de la Suisse, qui mènent l’essentiel des 
inspections53. Bien que les dispositions transitoires exigent une accrédition au plus 
tard à fin 2006, la CdG-E estime, comme le CDF, que Swissmedic doit entreprendre 
les démarches en vue d’une accréditation dans les meilleurs délais. Il en va de la 
crédibilité de l’institut sur le plan national et international. D’après les indications 
données par Swissmedic, le nouveau responsable du service d’inspectorat est en 
train de prendre les mesures nécessaires. 
Dans son rapport d’octobre 2002, le CDF constatait par ailleurs que la pratique en 
matière d’inspections n’était ni harmonisée, ni optimale. Alors que certains cantons 
ne menaient pas ou pas suffisamment d’inspections, les compétences prévues par la 
LPTh pouvaient mener dans certains domaines à des doublons entre Swissmedic et 
les inspectorats cantonaux ou régionaux. De plus, les bonnes pratiques de laboratoire 
(BPL) et les bonnes pratiques de fabrication (BPF) étaient interprétées et appliquées 
de manière peu homogène par les différents cantons. Dans sa Management letter 
consacré à l’exercice annuel 2003, le CDF relève qu’il n’existe pas de programme 
d’inspections coordonné au niveau national et que les entreprises à inspecter ne font 
pas l’objet d’une analyse systématique des risques. Pour le CDF, il convient de 
combler ces défauts. Il faut souligner que, de l’avis de Swissmedic, la coordination 
fonctionne dans l’ensemble bien, notamment grâce à un comité de coordination des 
inspections (Inspektorates Coordination Committee, ICC), qui regroupe pharmaciens 
cantonaux et inspectorats régionaux sous la conduite de l’institut. L’institut recon-
naît toutefois que la situation peut encore être améliorée, puisqu’il s’est fixé pour 
objectif lors de l’année 2004 d’uniformiser davantage les pratiques par trois mesu-
res: l’élaboration de directives en matière d’inspections, des contrôles de qualité de 
l’activité d’inspection des cantons et l’optimisation des processus entre les cantons 
(inspections) et l’institut (établissement des autorisations de mise sur le marché). 
La question de la coordination avec les cantons se pose également dans le domaine 
de la surveillance des essais cliniques. Il revient aux commissions cantonales 
d’éthique d’autoriser les essais cliniques, mais Swissmedic peut interdire un essai ou 
lier son exécution à des charges ou à des conditions si les exigences liées aux Bon-
nes pratiques des essais cliniques ne sont pas remplies (art. 53 et 54, al. 4, LPTh). 
Les critères et l’ampleur de l’examen par Swissmedic ne sont toutefois pas claire-
ment fixés par la LPTh ou par l’ordonnance du 17 octobre 2001 sur les essais de 
produits thérapeutiques (OClin)54. D’après le Conseil fédéral, Swissmedic est, en 
règle générale, tenu de se limiter à un contrôle formel de l’exhaustivité des docu-
ments et de se baser, pour ce faire, sur la vérification matérielle effectuée par les 
 
52 
Swissmedic mène les inspections dans les domaines suivants: médicaments immunologi-
ques, sang et produits sanguins (notamment centres de transfusion), procédés rarement 
utilisés qui requièrent des connaissances très spécifiques. 
53 
Les inspectorats régionaux de Suisse romande et du Tessin sont de taille insuffisante et ne 
sont pas encore accrédités. 
54 
RS 812.214.2

299 
commissions d’éthique55. Pour l’heure, Swissmedic est cependant souvent amené à 
réexaminer matériellement les demandes d’essais cliniques et ainsi recommencer en 
partie le travail des commissions cantonales. La CdG-E est consciente que le fonc-
tionnement même des commissions cantonales d’éthique pose encore de nombreux 
problèmes; elle estime toutefois que les efforts de coordination et de clarification des 
compétences doivent être poursuivis. 
Appréciation de la CdG-E 
De manière générale, les différents initiatives de Swissmedic visant à clarifier les 
compétences ont été favorablement accueillies par les cantons. Elles ont contribué à 
grandement détendre les relations. Des pharmaciens cantonaux ont par exemple été 
associés à l’élaboration du deuxième train d’ordonnances fédérales. Pour la CdG-E, 
il faut à tout prix rétablir la confiance pour que Swissmedic puisse jouer pleinement 
son rôle intégratif dans le système de contrôle des produits thérapeutiques. L’institut 
ne peut pas se contenter d’accomplir ses tâches de manière indépendante; il doit 
aussi servir de plaque tournante dans le réseau d’acteurs lié aux produits thérapeuti-
ques et assurer le lien entre les niveaux cantonal, fédéral et international (voir 
ch. 3.2). Pour mener à bien cette tâche intégrative, il convient pour Swissmedic 
d’accorder une grande attention à la coordination avec les différents services canto-
naux et de respecter leur expertise et leur sensibilité propres. Les cantons doivent 
également être invités à participer à la conception des processus qui les concernent. 
Il pourrait également être judicieux d’examiner la possibilité d’instaurer une plate-
forme d’échange et d’information régulière et pour traiter l’ensemble des thèmes 
communs. 
Recommandation 1 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
prendre toutes les mesures nécessaires pour rétablir les relations de confiance 
entre Swissmedic et les autorités cantonales. En particulier, les compétences 
doivent être clarifiées et la collaboration rendue plus efficace dans les domaines 
des inspections et de la surveillance des essais cliniques. 
5.3.3 
Vigilance 
Par système de «vigilance», on entend un système de notification qui permet à 
Swissmedic de relever les effets indésirables des produits thérapeutiques et des 
incidents survenus avec les dispositifs médicaux et, en cas de risque grave, de pren-
dre des mesures immédiates pour la protection de la santé des patients et de la popu-
lation en général. Tant les professionnels de la santé (p. ex. corps médical, pharma-
ciens) que les fabricants et les distributeurs sont tenus d’annoncer à Swissmedic tout 
effet indésirable ou incident (art. 59 LPTh). 
 
55 
Voir 04.3231 Interpellation – Swissmedic. Dépassement de compétences; Réponse du 
Conseil fédéral du 30.6.2004.

300 
En juillet 2003, l’analyse des risques effectuée par Swissmedic mentionnait que ce 
système ne fonctionnait pas encore de manière satisfaisante. Les tiers impliqués 
n’étaient pas suffisamment informés de leur obligation d’informer ou des moyens à 
disposition pour le faire. De plus, le soutien technique au système de notification 
était insuffisant et les ressources en personnel ne permettaient pas de saisir et 
d’analyser l’ensemble des notifications. 
Au vu de l’importance de cet instrument pour la sécurité des produits thérapeutiques, 
le chef du DFI a désigné le produit vigilance comme l’une des tâches prioritaires de 
Swissmedic pour l’année 2004. Un ensemble de mesures a été pris ou est prévu à la 
fois à l’interne (en particulier, création de l’équivalent de deux postes, dont un à la 
matériovigilance) et à l’externe (p. ex. création d’un groupe d’expert pour l’éva-
luation d’événements liés aux produits médicaux, création de forums électroniques 
et formations). Si l’institut reconnaît qu’il existe des marges d’amélioration, il est 
d’avis que le système fonctionne dans l’ensemble bien; il en veut pour preuve la 
gestion efficace de plusieurs événements récents. 
5.4 
Autorisations spéciales 
Jusqu’au 1er janvier 2002, les demandes d’autorisations spéciales pour les médica-
ments non autorisés en Suisse (voir ch. 3.2) étaient octroyées par les pharmaciens 
cantonaux. Les autorisations étaient notifiées à l’OICM, qui avait ainsi une vue 
d’ensemble des autorisations accordées en Suisse. Depuis le 1er janvier 2002, c’est 
Swissmedic qui les délivre. Cependant, de l’avis de l’ensemble des acteurs concer-
nés – y compris Swissmedic – le nouveau système centralisé n’est pas efficace. 
D’une part, la centralisation a entraîné des exigences plus élevées en matière de 
comptes rendus que les médecins ne remplissent souvent pas. D’autre part, les délais 
pour le traitement de demandes d’autorisations spéciales se sont considérablement 
allongés. Dans le système précédent, la proximité entre les services des pharmaciens 
cantonaux et les médecins requérants56 avait permis de nouer des relations de 
confiance. Pour la plupart des préparations, cela permettait aux pharmaciens canto-
naux de délivrer les autorisations en l’espace de quelques heures et d’octroyer régu-
lièrement des autorisations de longue durée. Des vérifications minutieuses étaient 
davantage l’exception que la règle. Cela pourrait expliquer la multiplication des 
demandes d’autorisation auprès de l’institut; alors qu’il en était attendu 1500 par 
année, Swissmedic en a reçu près de 4500 en 2002 et 9500 en 200357. La centralisa-
tion du traitement des demandes a donc signifié une augmentation de la charge de 
travail pour laquelle les ressources n’avaient pas été prévues et, partant, un allonge-
ment des délais de traitement. 
D’après le rapport sur l’exécution du contrat de prestations 2003, le délai pour le 
traitement des demandes, fixé à 48 heures, a pu être respecté. Il n’empêche que, dans 
des cas urgents, c’est un délai trop long qui fait peser un risque aux patients concer-
nés. D’après certains interlocuteurs de la CdG-E, lorsque de tels cas se sont présen-
 
56 
Il s’agit essentiellement des médecins chefs des hôpitaux universitaires, notamment dans 
les domaines du SIDA, de la recherche sur le cancer, de l’infectiologie ou de la pédiatrie. 
57 
D’autres facteurs pouvant expliquer cette augmentation sont une meilleure information du 
personnel médical et le renforcement de contrôles à la douane rendant les importations 
sans autorisation plus difficiles.

301 
tés, il est arrivé que les produits thérapeutiques nécessaires soient remis aux patients 
sans autorisation préalable de Swissmedic (certains hôpitaux auraient p. ex. présenté 
d’anciennes autorisations aux distributeurs). Le risque représenté par les délais dans 
les traitements des demandes ne semble donc pas s’être été concrétisé. 
Dans le but de simplifier les procédures, la disposition relative à l’importation de 
médicaments prêts à l’emploi non autorisés en Suisse58 a été modifiée (entrée en 
vigueur: 1er septembre 2004). Les personnes exerçant une profession médicale et 
étant habilité à faire le commerce de détail pourront importer de tels médicaments 
sans autorisation de Swissmedic. En général, les médicaments devront notamment 
avoir été autorisés dans un Etat disposant d’un système équivalent d’autorisation de 
mise sur le marché (p. ex. les médicaments enregistrés aux Etats-Unis ou dans les 
pays de l’Union européenne). Le personnel médical important ces médicaments 
devront en revanche tenir un registre. La CdG-E suivra attentivement la mise en 
œuvre de ce nouveau système. 
5.5 
Autres problèmes constatés 
Parmi les autres problèmes et risques identifiés par la commission, par Swissmedic 
ou par le CDF et qui n’ont pas été approfondis ci-dessus, il faut notamment citer les 
domaines suivants: 
– 
Les demandes d’autorisation de mise sur le marché de médicaments ne sont 
pas systématiquement évaluées dans le délais admis de 200 jours. 
– 
La surveillance du marché doit être systématisée. 
– 
Les processus comptables présentent différentes faiblesses. 
– 
Le sytème de gestion de la qualité n’est pas encore entièrement élaboré et 
opérationnel. 
– 
Le concept d’exploitation des laboratoires doit être amélioré. 
– 
Le bilan d’ouverture n’a pu être établi que dans le courant de l’année 2003 
suite à un conflit entre les cantons et la Confédération. 
Des mesures ont été prises ou sont prévues par Swissmedic dans tous les domaines. 
La commission n’a pas de remarques particulières à formuler, ces questions n’ayant 
pas été au centre de ses investigations. 
En outre, la CdG-E s’est inquiétée des moyens de contrôle de l’achat par des parti-
culiers de médicaments sur internet (commerce électronique). Il faut distinguer deux 
cas de figure. La vente de médicaments par un site internet domicilié en Suisse (.ch) 
équivaut à un commerce par correspondance. La surveillance relève de la compé-
tence des cantons. Si Swissmedic venait à observer une infraction, il peut dénoncer 
le cas auprès de l’autorité cantonale compétente. 
 
58 
Art. 36 de l’ordonnance du 17.10.2001 sur les autorisations dans le domaine des médica-
ments (OAMéd; RS 812.212.1).

302 
En revanche, l’institut est compétent pour le contrôle des importations, des exporta-
tions et du commerce à l’étranger. Or, à l’exception de certaines substances59, les 
particuliers ont le droit d’importer pour leur usage personnel des médicaments non 
admis en Suisse (art. 36, al. 1, OAMéd), y compris via un site internet. Les person-
nes privées peuvent ainsi importer des médicaments sous réserve de leur responsabi-
lité propre et pour une quantité limitée à trente jours de consommation personnelle. 
Il est souvent fait usage de cette possibilité pour des médicaments non admis en 
Suisse ou remis uniquement sur ordonnance (p. ex. cortisone, Viagra, Xenical). 
Bien qu’elle soit légale, l’importation de médicaments par des particuliers est pro-
blématique. D’une part, le conseil par un professionnel de la santé est inexistant. 
D’autre part, le contrôle de qualité n’étant pas assuré, de nombreux risques existent: 
les médicaments peuvent par exemple être falsifiés (principes actifs falsifiés, mal 
dosés, voire absents), gâchés par un stockage inadéquat, mal étiquetés, etc. Si un tel 
problème est constaté, Swissmedic peut dénoncer le cas auprès des autorités nationa-
les compétentes, mais sans garantie qu’il y soit fait suite. En ce qui concerne les 
substances psychotropes et les stupéfiants, le problème se situe au niveau du nombre 
relativement peu élevé de contrôles des envois à la douane. 
Appréciation de la CdG-E 
Les instruments de répression étant limités, il est important de veiller à la sensibili-
sation des consommateurs. Depuis sa mise en fonction, Swissmedic a publié plu-
sieurs communiqués de presse et a eu l’occasion de renseigner de nombreux journa-
listes au sujet du commerce électronique. La CdG-E salue ce travail, mais elle 
estime qu’il ne doit pas seulement passer par les médias traditionnels. L’institut doit 
être proactif et créatif dans sa politique de communication et collaborer avec diffé-
rents partenaires pour faire passer ce message (p. ex. pourvoyeurs d’accès internet, 
cantons, associations de protection des consommateurs, médecins). La récente 
production d’une brochure destinée au grand public va dans cette direction. 
Recommandation 2 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
veiller à ce que l’information des consommateurs en matière d’achat de médi-
caments sur internet soit renforcée et diversifiée. De plus, la Suisse doit 
s’associer avec toute la détermination nécessaire aux travaux entrepris au niveau 
international dans la réglementation du commerce électronique de médicaments. 
5.6 
Appréciation générale de la CdG-E 
A l’analyse, il apparaît que le projet Swissmedic était d’une très (trop?) grande 
ambition. Les processus et la répartition des compétences ont été fondamentalement 
transformés par la nouvelle loi. Pour plusieurs interlocuteurs de la CdG-E, une 
conception quelque peu perfectionniste du nouveau système de contrôle des produits 
 
59 
Il s’agit des substances psychotropes, des stupéfiants, des médicaments contenant des 
organismes génétiquement modifiés, ainsi que des médicaments immunologiques à usage 
vétérinaire.

303 
thérapeutiques a eu raison d’un certain pragmatisme. D’après eux, il a été procédé à 
un changement de système trop radical et il n’a pas assez été tenu compte de ce qui 
existait et fonctionnait déjà. Pour de telles réformes, il aurait au moins fallu pouvoir 
compter sur l’enthousiasme des collaborateurs des deux institutions, ce qui n’était 
pas le cas. Dans de nombreux domaines, les compétences des cantons ont été centra-
lisées ou un contrôle de l’activité des cantons mis en place. Le fait que ces change-
ments ont eu lieu sans participation des spécialistes cantonaux a eu pour effet de 
diminuer la disposition des cantons à collaborer avec la Confédération et a ébranlé la 
confiance. 
Les problèmes constatés se posent ainsi avant tout en relation avec les nouveaux 
instruments de l’institut (p. ex. mandat et contrat de prestations, système informa-
tique) et les «nouvelles» tâches qui lui ont été attribuées (c’est-à-dire celles qui 
étaient auparavant accomplies par les cantons et celles qui ont été introduites par la 
nouvelle LPTh). Les anciennes tâches de l’OICM et de l’UP AT fonctionnent bien. 
Certaines difficultés peuvent ainsi être mises sur le compte de la nouveauté. La 
CdG-E convient volontiers qu’il est à peu près inévitable que surgissent des «mala-
dies de jeunesse» dans un projet d’une telle complexité. Une période d’adaptation 
est nécessaire tant pour les collaborateurs que pour les partenaires de l’institut. En 
même temps, force est de constater que les travaux effectués lors de la phase de 
projet n’ont pas fourni les conditions optimales pour la création du nouvel institut. 
De nombreux problèmes sont liés à une préparation imparfaite (mauvaise gestion de 
projet) et/ou incomplète (mise en fonction précipitée) du nouvel institut. 
Pendant ses premiers 18 mois de fonctionnement, l’institut a essentiellement été 
occupé à régler ses problèmes internes, ce qui a conduit à un sérieux méconten-
tement de ses partenaires – au premier rang desquels les cantons. En 2003, le 
changement de direction a permis de reconnaître les problèmes et de mettre en place 
une gestion efficace de la crise. Aujourd’hui, de l’avis de la CdG-E, la situation s’est 
grandement améliorée. Les relations entre l’institut et ses partenaires se sont déten-
dues. L’institut a gagné en visibilité sur le plan national et international. Il subsite 
encore de nombreux défauts dans l’exécution de la loi, mais des mesures ont été 
prises ou sont planifiées dans l’ensemble des domaines posant problème. C’est 
également l’avis du CDF qui, dans sa Management letter relative à l’exercice annuel 
2003, constate que, du point de vue organisationnel, des gros progrès ont été 
réalisés. 
Pour la CdG-E, il faut maintenant qu’une phase de consolidation ait lieu. Une grande 
partie des collaborateurs a dû changer de poste ou s’est vue attribuer de nouvelles 
tâches; ces personnes doivent retrouver leurs marques et gagner en expérience. La 
commission estime toutefois que les conditions sont réunies pour qu’une véritable 
unité de doctrine se mette en place. 
6 
Digression: quelques considérations sur le 3e cercle 
Confrontée dans le cas de Swissmedic à des questions relevant du droit d’organi-
sation (voir ch. 7), la CdG-E a voulu savoir comment ces questions étaient réglées 
dans les autres entités qui relèvent du 3e cercle de l’administration fédérale. Encore 
fallait-il savoir quelles sont les unités administratives dont on considère qu’elles 
appartiennent au 3e cercle. L’hétérogénéité des entités qui le compose rend une vue 
d’ensemble difficile. Le 3e cercle a une importance politique et financière substan-

304 
tielle, du fait notamment que la responsabilité de l’Etat peut se trouver engagée à 
titre subsidiaire en cas de dommage causé au sens de l’art. 19 LRCF. 
La CdG-E a décidé de tirer parti de cette enquête pour examiner de manière plus 
approfondie cet ensemble mal connu. Elle a cherché à répondre aux questions sui-
vantes: 
– 
Quelles sont les unités dont on considère qu’elles appartiennent au 3e cercle? 
Quels en sont les éléments communs? 
– 
Comment sont organisées et pratiquées la conduite et la surveillance de ces 
entités par le Conseil fédéral et l’administration fédérale? 
Il convient ici de relever que le modèle des quatre cercles (voir schéma 3) ne consti-
tue pas un cadre normatif, mais un modèle heuristique. Il n’implique ni droits, ni 
devoirs spécifiques et il n’a pas pour fin de rendre compte strictement de la réalité. Il 
reflète davantage une idée directrice, «une approche pragmatique visant à la systé-
matisation des principes de la gestion de l’administration»60: la décentralisation de 
tâches de la Confédération peut s’avérer judicieuse, mais elle doit s’accompagner 
d’instruments de conduite et de surveillance appropriés. 
Les problèmes soulevés dans ce chapitre se posent également aux niveaux commu-
nal, cantonal et international. L’Union européenne mène par exemple une réflexion 
intéressante sur l’encadrement des «agences»61 européennes – parmi lesquelles on 
compte précisément l’Agence européenne pour l’évaluation des médicaments62. Sur 
le plan cantonal, la forme de l’établissement de droit public est appliquée fréquem-
ment dans les domaines de la formation, des banques cantonales, des caisses de 
pensions ou encore des caisses de compensation63. 
 
60 
Rapport du Conseil fédéral sur la gestion par mandat de prestations et enveloppe budgé-
taire – Evaluation et suite de la procédure (Rapport d’évaluation GMEB), du 19.12.2001; 
FF 2002 3351. 
61 
Sur le plan communautaire, on entend par «agences» les services autonomes de 
l’administration centrale dont la mission correspond à des tâches de régulation commu-
nautaire («regulatory agencies» en anglais). 
62 
Voir rapport du groupe de travail 3a, «Etablissement d’un cadre pour des agences de 
régulation à vocation décisionnelle», juin 2001, 
www.europa.eu.int/comm/governance/areas/group6/report_fr.pdf (ci-après: rapport du 
groupe de travail); Communication de la Commission des Communautés européennes, 
«L’encadrement des agences européennes de régulation», du 11.12.2002, 
www.europa.eu.int/comm/governance/docs/comm_agence_fr.pdf (ci-après: communica-
tion de la Commission). 
63 
Bolz Urs/Reitze Thomas / Erzinger Christian, «Der dritte Kreis im Bundesorganisations-
recht, Bericht der PricewaterhouseCoopers AG im Auftrag der Projektleitung FLAG», 
août 2001, p. 6–7 (ci-après: rapport PWC) (non publié; seulement en allemand).

305 
Schéma 3 
Le modèle des quatre cercles 
 
1er cercle 
Administration départementale
ex.: secrétariats généraux, 
 
offices fédéraux 
2ème cercle 
Unités GMEB 
ex.: OFCOM, 
 
Météo suisse
3ème cercle 
Entreprises et établissements 
de droit public 
ex.: Swissmedic, EPF 
 
4ème cercle 
Entreprise d’économie 
mixte avec participation 
de la Confédération 
ex.: CFF, Swisscom 
X 
X 
X 
X 
 
6.1 
Définition et composition du 3e cercle 
Le modèle des quatre cercles ayant un but descriptif et non normatif, les questions 
de définition conceptuelle n’ont pas toujours été étudiées de manière très détaillée, 
en particulier s’agissant du 3e cercle. 
Traditionnellement, le 3e cercle englobe des entreprises et des établissements auto-
nomes de la Confédération. Ces entités sont à 100 % propriété de la Confédération, 
sont régies par des lois spéciales et sont soumises – contrairement aux entreprises du 
4e cercle – au droit public. Elles ne sont pas soumises à la loi du 6 octobre 1989 sur 
les finances de la Confédération (LFC)64, tiennent leurs propres comptes et sont 
exclues du domaine comptable de la Confédération (art. 1 LFC). En règle générale, 
elles disposent de la personnalité juridique (au sens des art. 52, al. 2 et art. 59 du 
Code civil suisse65) et possèdent leurs propres organes (art. 8, al. 3, OLOGA). Elles 
peuvent être appelées à répondre de leurs engagements (art. 19 LRCF), conclure des 
accords de coopération et des alliances et disposer de leur patrimoine66. Le 3e cercle 
est une solution intermédiaire entre l’administration centrale et le 4e cercle; un statut 
garantissant à l’action des unités concernées une certaine indépendance par rapport 
aux autorités politiques sans pour autant que cette action relève du droit privé ou se 
déroule dans un contexte concurrentiel. 
 
64 
RS 611.0 
65 
RS 210 
66 
Rapport d’évaluation GMEB; FF 2002 3324. Voir aussi AFF, «Konzeptbericht FLAG», 
1996, p. 7 (seulement en allemand) ainsi que AFF, «Mit FLAG zeigt die Staatsführung 
Flagge. Theorie und Praxis im Reformprojekt ‹Führen mit Leistungsauftrag und Global-
budget (FLAG)›», 2002, p. 8 (en allemand seulement) (ci-après: Mit FLAG zeigt die 
Staatsführung Flagge).

306 
Selon cette définition, les entités suivantes peuvent à l’heure actuelle être considé-
rées comme faisant partie du 3e cercle: 
– 
Ecoles polytechniques fédérales (EPF) et instituts rattachés: 
– 
Institut fédéral de recherches sur la forêt, la neige et le paysage 
– 
Institut fédéral pour l’aménagement, l’épuration et la protection des 
eaux 
– 
Institut Paul Scherrer 
– 
Laboratoire fédéral d’essai des matériaux et de recherche 
– 
Institut fédéral de la propriété intellectuelle (IPI) 
– 
PUBLICA (ancienne Caisse fédérale de pensions) 
– 
Régie fédérale des alcools (RFA) 
– 
Swissmedic 
Le nombre peu élevé d’entités du 3e cercle atteste la retenue qu’a volontairement 
exercé – et qu’exerce toujours – le Conseil fédéral par rapport à des décentrali-
sations dans le 3e cercle67. Il privilégie plutôt la forme des unités gérées par mandat 
de prestations et enveloppe budgétaire (GMEB, 2e cercle), c’est-à-dire une solution 
qui permet d’accorder une marge de manœuvre accrue aux unités à l’intérieur de 
l’administration centrale. Cette retenue est aussi liée à l’importance des investisse-
ments initiaux, qui sont souvent sous-estimés par les unités désirant passer dans le 
3e cercle. Le Conseil fédéral considère ainsi qu’il est «nécessaire de fixer des garde-
fous et de rappeler que les exigences de la gestion d’entreprise du 3e cercle vont bien 
au-delà de celles de la GMEB.»68 Les instruments de conduite s’avèrent également 
beaucoup plus complexes que dans le 2e cercle, notamment en ce qui concerne les 
interfaces entre le Conseil fédéral et l’organe de surveillance propre de l’entité. 
Si le modèle des quatre cercles n’est pas ancré dans l’ordre juridique, ce n’est pas le 
cas de la différence entre administration centrale (1er et 2e cercles) et administration 
décentralisée (3e cercle et autres unités décentralisées ) arrêtée dans la LOGA. 
L’administration centrale se réfère aux unités administratives chargées de tâches 
requises par les fonctions gouvernementales; elles sont liées par les instructions 
données par la ChF ou par le département, auquel elles sont subordonnées (art. 7, 
al. 1, OLOGA). Les unités administratives décentralisées bénéficient d’une autono-
mie dans la gestion de leurs ressources et/ou dans l’exécution de leurs tâches; elles 
sont rattachées à la ChF ou au département ayant le lien le plus étroit avec leurs 
tâches (art. 8 OLOGA). Il est prévu que le Conseil fédéral les contrôle «conformé-
ment aux dispositions particulières» (art. 8, al. 4, LOGA). L’administration décen-
tralisée se compose notamment des commissions à pouvoir décisionnel (à l’excep-
tion des commissions de recours) et des établissements et entreprises autonomes (art. 
6 OLOGA) (voir l’énumération des principales unités dans l’annexe de l’OLOGA). 
 
67 
Le nombre peu élevé d’entités du 3e cercle s’explique sans doute également par le fait que 
la Confédération n’accomplit véritablement que peu de tâches d’exécution; voir rapport 
PWC, p. 25. 
68 
Rapport d’évaluation GMEB; FF 2002 3350.

307 
Pour le Conseil fédéral, une autonomisation est envisageable lorsqu’une unité est 
économiquement et financièrement largement indépendante et/ou lorsqu’elle n’est 
pas liée aux directives du département ou de la ChF dans l’exécution de ses tâches69. 
La nécessité de coopérer avec ou de participer à des organes tiers, ainsi que la taille 
et la complexité de l’unité sont également des critères qui peuvent peser en faveur 
d’une autonomisation. Dans ce cadre, il est intéressant de mentionner qu’un groupe 
de travail mandaté par la Commission européenne a relevé trois raisons principales 
pour confier l’accomplissement de certaines tâches à des unités autonomes: la néce-
sité dans certains domaines de mobiliser une expertise pointue, le besoin d’assurer la 
crédibilité de l’action publique et le souci d’une visibilité permettant d’identifier un 
sujet particulier à un acteur public précis70. 
6.2 
Autonomie et contrôle 
De l’autonomie qui est accordée aux unités décentralisées découle la nécessité que 
ces unités assument une responsabilité pour les actes qui leur sont imputables. En 
même temps, elles doivent être soumises à un contrôle démocratique effectif. Le 
Conseil fédéral doit être en mesure de les diriger et de veiller à la bonne exécution 
des tâches de la Confédération qui leur sont confiées. Il doit veiller à la défense de 
ses intérêts légitimes de propriétaire, et cela d’autant que la Confédération assume 
différents risques de responsabilité. Il s’agit donc de prévoir un régime de contrôle 
qui concilie l’autonomie de ces unités avec la responsabilité ultime du Conseil 
fédéral. 
Actuellement, les pratiques de l’administration fédérale en matière de conduite et 
de surveillance sont difficilement comparables. Il peut exister un mandat et un 
contrat de prestations ou non. Les procédures selon lesquelles les services concernés 
élaborent le mandat et le contrat de prestations, puis contrôlent le respect des objec-
tifs varient également. Indépendamment de l’existence de mandat et contrat de 
prestations, la surveillance peut être exercée de manière plus ou moins étroite. Par 
exemple, la RFA est traitée de manière similaire à un office fédéral, mais Publica a 
le caractère d’une caisse de pensions «ordinaire»71 et fait donc l’objet d’une surveil-
lance souple. Il arrive que la tâche de surveillance soit accomplie par le chef du 
département avec l’appui du secrétariat général (IPI, RFA, Publica) ou qu’elle soit 
déléguée à une unité subordonnée (EPF, Swissmedic). D’autres différences dans les 
pratiques de contrôle ont trait à la nomination des organes et cadres dirigeants, à la 
procédure d’adoption des émoluments, à la gestion financière, au système de rap-
ports ou encore à l’existence d’un organe de recours. 
Comme le souligne le groupe de travail mandaté par la Commission européenne72, 
«l’équilibre entre autonomie et contrôle constitue le nœud gordien de la bonne 
gouvernance [de telles entités]. [...] Il ne suffit pas de concevoir les organes, les 
instruments et les mécanismes adéquats, il faut aussi que les acteurs institutionnels et 
 
69 
Voir par exemple la lettre du Conseil fédéral à la CSEC-E du 24.3.2004 concernant 
02.3381 motion de la CdG-E et 02.088 loi fédérale sur la fondation Musée national suisse 
(non publiée). 
70 
Rapport du groupe de travail, p. 8–9. 
71 
Message du Conseil fédéral concernant la loi fédérale régissant la Caisse fédérale de 
pensions, du 1.3.1999, FF 1999 4840. 
72 
Rapport du groupe de travail, p. 14.

308 
de la société civile concernés développent une vision et une compréhension com-
mune du rôle des agences dans le système exécutif. Cela requiert un apprentissage 
collectif de longue haleine […].» Les rôles respectifs du gouvernement, de 
l’administration et du parlement sont en effet foncièrement différents dans le cas des 
institutions autonomes. 
Le rôle du Conseil fédéral est avant tout celui du propriétaire73. A ce titre, il est 
responsable pour la formulation d’objectifs stratégiques, pour la surveillance du 
développement institutionnel ainsi que pour le maintien de la valeur (responsabilité 
patrimoniale)74. En règle générale, le Conseil fédéral se fait représenter dans 
l’organe de surveillance – ou du moins en nomme les membres. Le Conseil fédéral 
assume également la responsabilité des prestations75. Cela peut se traduire par 
l’attribution à l’entité du 3e cercle d’un mandat de prestations qui concrétise de 
manière dynamique les dispositions statiques de la loi. Le mandat de prestations est 
édicté unilatéralement par le Conseil fédéral; il est contraignant pour l’entité concer-
née. En comparaison avec les mandats de prestations attribués aux unités GMEB, un 
mandat de prestations adapté au 3e cercle devrait – théoriquement – connaître un 
degré de spécification moindre. 
En pratique, le Conseil fédéral délègue le contrôle au département concerné. Le 
département compétent assume alors une fonction de conduite, qui se déroule en 
étroite collaboration avec l’entité du 3e cercle concernée. S’il existe un mandat de 
prestations, le département peut assumer sa tâche de conduite par l’élaboration d’un 
contrat de prestations annuel, qui traduit les objectifs stratégiques du mandat de 
prestations en buts concrets. Contrairement au mandat de prestations qui est attribué 
unilatéralement par le Conseil fédéral, le contrat de prestations relève – comme son 
nom l’indique – de l’ordre contractuel. Il fait donc l’objet d’une négociation et d’un 
accord réciproque entre les parties. Le département compétent assume également 
une fonction de surveillance. D’une part, il est chargé de la surveillance technique: il 
surveille l’exécution du contrat de prestations, analyse les éventuels écarts et prend 
(ou propose) des mesures de corrections correspondantes. D’autre part, le départe-
ment joue un rôle d’interprète vis-à-vis du Conseil fédéral; il surveille en qualité de 
représentant du Conseil fédéral le respect des directives liées à la responsabilité 
patrimoniale de la Confédération et interprète, le cas échéant, l’exécution des man-
dat et contrat de prestations compte tenu des directives politiques76. 
L’Assemblée fédérale, quant à elle, ne dispose pas d’instruments spécifiques pour le 
3e cercle. Elle exerce son influence par l’intermédiaire des interventions parlemen-
taires, dans le cadre du budget de la Confédération et surtout par de l’édiction de la 
loi spéciale. Demeure réservée la possibilité de prévoir dans la loi des instruments 
spécifiques, comme par exemple un compte rendu spécial au parlement, la consulta-
tion obligatoire des commissions parlementaires avant l’attribution d’un éventuel 
mandat de prestations, voire, pour les entités présentant une importance politique et 
financière majeure, l’approbation de ce mandat de prestations par l’Assemblée 
 
73 
Steuerungskonzept, p. 3. 
74 
Responsabilité qui incombe à l’État de maintenir la valeur de ses entreprises, et de gérer 
les éléments de sa fortune. 
75 
Responsabilité qu’assume celui qui assure la production de prestations visant à obtenir 
des résultats donnés, dans la société ou auprès de clients déterminés. 
76 
Steuerungskonzept, p. 4.

309 
fédérale (c’est le cas pour le domaine des EPF77). La modification principale qui 
intervient dans la haute surveillance parlementaire est que la haute surveillance 
directe est remplacée par un mandat de contrôle indirect (voir ch. 2.2). 
6.3 
Hétérogénéité et modèles de base 
Bien que les entités du 3e cercle aient certaines caractéristiques communes (voir 
définition donnée au ch. 6.1), leurs différences sont tout aussi importantes, voire 
plus importantes que leurs analogies. Elles diffèrent notamment par le mode de 
conduite et de surveillance (voir ch. 6.2), les relations avec l’administration centrale, 
la composition et la taille de l’organe de surveillance, le statut du personnel, les 
structures internes, les relations avec le Parlement, la gestion financière (p. ex. taux 
d’autofinancement, normes comptables) ou encore l’autonomie du point de vue de 
l’immobilier et de l’informatique. Les entités du 3e cercle sont ainsi difficilement 
comparables. Force est de constater qu’il n’existe pour le moment pas de pratique ou 
de cadre conceptuel commun détaillé en matière de droit d’organisation. Le Conseil 
fédéral a ainsi reconnu qu’il existe une relativement grande variété de solutions, et 
cela «sans que l’on puisse avancer de raisons convaincantes.»78 
Cette hétérogénéité est due au fait que des solutions particulières ont été dévelop-
pées pour répondre au cas par cas à des exigences spécifiques, et cela à différents 
moments et par différents services de l’administration. Contrairement aux unités 
GMEB (2e cercle), dont la création a été menée sous la forme d’un projet pilote qui a 
permis de garantir un développement cohérent et des critères de fonctionnement 
uniformes, les entités du 3e cercle n’ont pas connu un développement coordonné. La 
voie a été ouverte par l’Institut fédéral de la propriété intellectuelle (IPI), devenu 
indépendant en 1996. Par la suite, le Conseil fédéral a exercé une certaine réserve; 
les autres entités du 3e cercle ont été crées isolément pour répondre à des circonstan-
ces particulières. 
Le rapport PWC remarque ainsi que «la roue a dû être réinventée» pour chaque 
nouvelle entité du 3e cercle79, résultant, on l’imagine, dans d’importantes pertes 
d’efficacité. Ainsi, lors de la création de Swissmedic, les responsables du projet ont 
dû développer les dispositions en matière d’organisation peu ou prou depuis zéro, 
n’ayant pour comparaison que le cas de l’IPI. Les experts mandatés pour élaborer les 
grandes lignes des processus de conduite du futur institut constataient ainsi qu’ils 
s’étaient souvent retrouvés en terre inconnue. Cela avait eu l’avantage de pouvoir 
créer des solutions nouvelles, taillées sur mesure, mais ils constataient également 
qu’une solution parfaite ne pouvait pas être attendue d’emblée.80 
Cette hétérogénéité des entités du 3e cercle est d’autant à regretter que l’apport 
pratique du modèle des quatre cercles repose précisément sur la cohérence interne et 
la standardisation des instruments au sein d’un même cercle, qui permettent de 
réduire la complexité et d’optimiser la conduite et la surveillance du Conseil fédéral. 
Dans le 3e cercle, le Conseil fédéral et l’administration – sans mentionner la haute 
 
77 
Art. 33, al. 1, de la loi du 4.10.1991 sur les écoles polytechniques fédérales (loi sur les 
EPF; RS 414.110). 
78 
Rapport d’évaluation GMEB; FF 2002 3350. 
79 
Rapport PWC, p. 3. 
80 
Steuerungskonzept, p. 2.

310 
surveillance parlementaire – doivent s’adapter à chaque cas particulier. Or, la diver-
sité des solutions rend une vue d’ensemble très difficile. Cela n’est ni efficace, ni 
transparent81. Lors de son enquête, la CdG-E a pu d’ailleurs constater que 
l’administration fédérale elle-même ne se fait pas toujours une idée très précise et/ou 
correcte de la définition du 3e cercle et des instruments de conduite et de suveillance 
correspondants. 
Il est donc important pour la CdG-E d’éviter une multiplication de solutions isolées 
difficilement contrôlables. Le Conseil fédéral ne dit d’ailleurs pas autre chose lors-
qu’il constate, dans son rapport d’évaluation GMEB de décembre 2001: «Si l’on 
tient compte du fait que des solutions spécifiques sont envisagées pour d’autres 
unités administratives qui font encore partie du 1er cercle à l’heure actuelle, il faut 
être conscient du danger que représenterait un foisonnement de réglementations 
divergentes. Au vu de l’évolution rapide de la nouvelle gestion publique et des 
options de privatisation (partielle; 4e cercle), il importe de faire en sorte que les 
formes d’organisation possibles des unités administratives du 3e cercle, grâce à des 
normes ad hoc, ne dépassent pas certaines limites.» 82 
Tout en reconnaissant l’opportunité de laisser la possibilité ouverte au législateur 
d’adopter des dispositions spécifiques de cas en cas, le rapport PWC préconise ainsi 
d’entreprendre une certaine typification. Ses auteurs recommandent ainsi de créer 
des modèles de base pour le 3e cercle proposant un profil clair et cohérent pour les 
(futures) entités du 3e cercle, ainsi qu’une liste des critères pour un transfert vers le 
3e cercle.83 Dans ce cadre, le rapport PWC incite également à examiner la nécessité 
de créer un cadre légal spécifique au 3e cercle. 
Les auteurs du rapport PWC proposent de créer deux modèles de base (voir tableau 
ci-dessous). Le premier est connu; il s’agit des établissements de droit public. Le 
deuxième modèle implique un élargissement de la définition du 3e cercle pour y 
assimiler les autorités de surveillance84. Ces dernières (p. ex. Commission fédérale 
des banques, Commission de la concurrence, Commission fédérale des maisons de 
jeu, Commission de la communication) font en effet partie de l’administration 
décentralisée du fait qu’elles exécutent leurs tâches sans être liées par des instruc-
tions (art. 8, al. 2, OLOGA). En revanche, en ce qui concerne la gestion de leurs 
ressources, elles sont pour le moment assimilées à des unités de l’administration 
centrale (autonomie de facto). Le Conseil fédéral s’est rallié aux conclusions de cette 
analyse. Dans son rapport d’évaluation GMEB, il a ainsi indiqué avoir chargé le 
groupe de pilotage et la direction du projet GMEB de concrétiser les deux modèles 
de base pour le 3e cercle85. 
D’autres études sont par ailleurs en cours sur mandats du Conseil fédéral. La ChF 
établit l’inventaire des représentants de la Confédération dans des organes tiers. 
Quant à l’AFF, elle examine les besoins en matière réglementaire concernant la 
responsabilité des membres des organes dirigeants, ainsi que le détachement, 
l’information et l’instruction des représentants de la Confédération dans ces organes 
 
81 
Rapport PWC, p. 32. 
82 
Rapport d’évaluation GMEB; FF 2002 3350. 
83 
Rapport PWC, p. 32. 
84 
Voir aussi Bolz Urs/Reitze Thomas, «Welches Organisationsmodell für Marktaufsichts-
behörden? Unter besonderer Berücksichtigung der neuen Eidgenössischen Spielbanken-
kommission. Bericht der PricewaterhouseCoopers AG im Auftrag der Projektleitung 
FLAG», octobre 1999 (non publié; en allemand seulement). 
85 
Rapport d’évaluation GMEB; FF 2002 3350.

311 
dirigeants. Par ailleurs, elle élabore des critères sur la base desquels il serait possible 
de décider si une unité doit appartenir au 2e (administration centralisée) ou au 
3e cercle (administration décentralisée) – décision qui reste, en dernier ressort, de 
nature politique. Selon la planification de l’AFF pour l’année 2004, les résultats de 
ces études devraient être disponibles d’ici la fin de l’année. 
La CdG-E se félicite des différents mandats attribués par le Conseil fédéral. Néan-
moins, pour ce qui concerne le 3e cercle en particulier, force est de constater que, 
depuis décembre 2001, les travaux relatifs aux modèles de base n’ont pas beaucoup 
avancé. Ces modèles sont encore très incomplets et peu détaillés. Les services man-
datés ont dû, au vu de leurs ressources limitées, fixer des priorités. Le Conseil fédé-
ral n’avait d’ailleurs précisé ni les fonctions que devaient remplir ces modèles, ni 
l’échéance pour leur concrétisation. 
Le Conseil fédéral a suivi jusqu’à maintenant une politique prudente à laquelle la 
CdG-E peut se rallier. Or, au vu de l’accroissement et de la complexification des 
tâches de la Confédération, la tendance vers une décentralisation des tâches va sans 
doute s’intensifier. C’est d’ailleurs l’évolution constatée tant sur le plan cantonal que 
sur le plan international. La CdG-E estime qu’il est important d’accompagner ces 
développements par la création d’un cadre commun organisant à la fois 
l’autonomie et le contrôle des entités du 3e cercle. La commission admet certes que 
les entités du 3e cercle doivent pouvoir bénéficier de certains règlements spécifiques 
et qu’il n’est probablement pas possible de créer de modèle unique pour l’ensemble 
des établissements, respectivement des autorités de surveillance. 
Tableau 
Modèles de base pour le 3e cercle86 
Etablissement de droit public 
Commission de surveillance 
– mandat formulé dans une loi spé-
ciale 
– mandat formulé dans une loi spé-
ciale 
– le Conseil fédéral est le destinataire 
des prestations 
 
– propre personnalité juridique 
– rattaché à un département 
– propres organes 
– planification des affaires par les 
organes dirigeants 
– autonomie financière 
– comptabilité analytique restreinte 
aux objectifs de gestion 
– indemnités de la Confédération 
– convention sur les ressources 
– personnel soumis à la LPers ou 
au CO 
– personnel soumis à la LPers 
 
 
 
 
 
86 
Direction de projet GMEB, «Für den dritte Kreis stehen zwei neue Grundmodelle zur 
Debatte», in: Flag Praxis, août 2001 (en allemand seulement). Voir également Mit FLAG 
zeigt die Staatsführung Flagge.

312 
Etablissement de droit public 
Commission de surveillance 
– propre système informatique 
– système informatique basé sur 
l’infrastructure de l’administration 
centrale, éventuellement indépen-
dant 
– surveillance par des organes internes 
– surveillance par des organes internes 
(ne porte que sur la gestion) 
 
 
En revanche, pour assurer davantage de transparence et d’efficacité, les dispositions 
spécifiques doivent s’inscrire dans un cadre de référence commun. La commission 
attache donc de l’importance à ce que les travaux pour clarifier et harmoniser les 
formes d’organisation, de fonctionnement et de contrôle dans le 3e cercle aboutissent 
dans les meilleurs délais. La Délégation des finances s’est d’ailleurs récemment 
exprimée dans le même sens87. La commission considère aussi qu’il faut clarifier les 
critères de création ou de transfert d’unités dans le 3e cercle: conditions cadre (critè-
res «objectifs») et aptitude de l’unité (critères «subjectifs»)88. Dans ce cadre, on peut 
se demander s’il ne serait pas utile de créer, parallèlement au contrôle décentralisé 
exercé par les départements, un service central chargé d’assurer l’homogénéité du 
contrôle et de servir de centre de compétence lors de la création ou du transfert 
d’unités dans le 3e cercle89. 
Pour le moment, l’approche suivie dans les travaux liés aux modèles de base est 
d’ordre conceptuel; si la CdG-E peut y adhérer, elle demande aussi au Conseil 
fédéral d’examiner si de nouvelles bases légales sont nécessaires et, le cas échéant, 
de faire les adaptations nécessaires et de prévoir les conditions d’une application 
rétroactive90. 
A l’heure actuelle, il est envisagé de créer ou de transférer au moins cinq services 
dans le 3e cercle: la nouvelle Surveillance fédérale des marchés financiers (FINMA), 
la Division principale de la sécurité des installations nucléaires, la Garantie contre 
les risques à l’exportation, une nouvelle fondation Musée national suisse ainsi 
qu’une nouvelle autorité de surveillance en matière de révision. Il faut reconnaître 
que les recherches effectuées jusqu’à maintenant sur le 3e cercle ne sont pas restées 
lettre morte. On retrouve en particulier dans le message relatif à la fondation Musée 
national suisse le souci de s’appuyer sur les expériences précédentes et sur les ébau-
 
87 
Rapport de la Délégation des finances aux commissions des finances du Conseil national 
et du Conseil des Etats concernant la haute surveillance sur les finances de la Confédéra-
tion en 2003, du 24.2.2004; FF 2004 2435. 
88 
Rapport PWC, p. 40. 
89 
C’est une idée que le groupe de travail mandaté par la Commission européenne a recom-
mandé d’appliquer au niveau communautaire. Il cite à titre d’exemple l’Office of Mana-
gement and Budget (OMB) de l’administration fédérale américaine. Egalement chargé de 
l’élaboration du budget fédéral, l’OMB conduit une analyse coût-efficacité de toutes les 
propositions régulatrices des agences indépendantes, vérifie la cohérence des propositions 
normatives des agences avec la réglementation existante, analyse la performance et la 
gestion des agences, etc. Voir rapport du groupe de travail, p. 22. 
90 
Par exemple, bien qu’il traite des personnes morales (soit du 4e cercle au niveau fédéral), 
il pourrait s’avérer judicieux de s’inspirer du projet vaudois de «loi sur les participations 
de l’Etat et des communes dans des personnes morales», mis en consultation le 14.5.2004, 
www.dfin.vd.ch.

313 
ches de modèles de base91. Néanmoins, autant que l’on puisse en juger à l’heure 
actuelle, le risque est grand que des solutions isolées soient à nouveau élaborées. La 
commission exhorte donc le Conseil fédéral (et les commissions parlementaires 
concernées) à porter une attention particulière à ce problème lors de l’élaboration 
des projets de loi correspondants. La commission se permet également de noter que 
de nombreuses questions restent ouvertes – notamment en matière de surveillance 
(p. ex. dans le cas de la FINMA). Le cas de Swissmedic montre en effet que la 
réglementation des compétences en matière de conduite et de surveillance doit être 
clarifiée au préalable de manière précise et, dans la mesure du possible, consensuelle 
(voir ch. 7). 
 
Postulat: Gestion administrative dans le 3e cercle 
Le Conseil fédéral est chargé de remettre un rapport présentant la manière avec 
laquelle il compte résoudre les questions et les problèmes en suspens concernant 
la gestion administrative dans le 3e cercle. 
Développement 
Le rapport du Conseil fédéral devra contenir une description détaillée des deux 
modèles de base («établissement de droit public» et «autorités de surveillance»), 
les critères de création ou de transfert d’unités administratives pour chaque mo-
dèle, ainsi qu’un avis quant à la nécessité de créer des bases légales spécifiques. 
Les modèles de base devront présenter des solutions concrètes règlant les moda-
lités d’autonomie et de surveillance des entités du 3e cercle, notamment 
s’agissant des aspects suivants: 
– 
mandat et étendue des pouvoirs de l’entité; 
– 
base légale et personnalité juridique; 
– 
mandat et contrat de prestations (étendue, procédure d’élaboration, 
contrôle, degré de spécificité, etc.); 
– 
nomination, révocation, taille, composition et compétences de l’organe de 
surveillance; 
– 
conditions de participation de représentants de la Confédération dans 
l’organe de surveillance; 
– 
nomination, révocation et compétences du directeur; 
– 
organe de révision et mandat exact de cet organe; 
– 
mode de gestion financière et capital de dotation; 
– 
orientations générales pour la surveillance du Conseil fédéral (critères, 
procédures, service compétent, etc.); 
– 
responsabilité de l’entité et des membres des organes dirigeants; 
– 
statut du personnel; 
 
91 
Message du Conseil fédéral relatif à la loi fédérale sur la fondation Musée national suisse, 
du 29.11.2002, FF 2003 475. Voir aussi le rapport du DFI à la CSEC-E du 17.3.2004 
concernant la comparaison de différentes formes d’organisation pour la fondation Musée 
national suisse (en allemand seulement; non publié).

314 
– 
conditions de participation à des organes tiers; 
– 
système de rapports; 
– 
activités commerciales; 
– 
instance de recours. 
Le rapport devra également examiner la possibilité de créer, parallèlement au 
contrôle décentralisé exercé par les départements, un service central chargé 
d’assurer l’homogénéité de l’action et de servir de centre de compétence lors de 
la création ou du transfert d’unités dans le 3e cercle, respectivement de charger 
un service déjà existant de cette tâche. 
Le modèle des quatre cercles tel qu’il a été présenté jusqu’à présent – y compris la 
définition du 3e cercle donnée ci-dessus – laisse de nombreuses questions ouvertes. 
En particulier, il ne permet pas d’ordonner l’ensemble des unités décentralisées de 
l’administration fédérale. Les «autres unités rattachées administrativement» au sens 
de l’art. 6, al. 1, let. e, OLOGA, telles que, par exemple, l’Institut suisse de droit 
comparé, Présence suisse, le Préposé fédéral à la protection des données, le Contrôle 
fédéral des finances ou les fondations de droit public92 (p. ex. Pro Helvetia) consti-
tuent chacunes des cas particuliers. De l’autre côté, les entreprises du 4e cercle, qui 
ne font pas partie de l’administration fédérale, sont comprises dans le modèle. Là 
aussi, les impératifs de transparence et d’efficacité commandent une certaine clarifi-
cation. 
De plus, le modèle des quatre cercles ne couvre pas l’administration paraétatique, 
c’est-à-dire les institutions qui accomplissent des tâches d’intérêt public, mais dans 
lesquelles la Confédération n’a pas de participation financière: bénéficiaires de 
subventions, concessionaires, etc.93 En pratique, ces institutions revêtent pourtant 
une grande importance. Dans un article récent, le vice-directeur du CDF estimait 
qu’il était urgent d’établir un inventaire complet de ces institutions , dont le nombre 
pourrait dépasser 200, et de vérifier de cas en cas si la responsabilité subsidiaire de 
l’Etat ne devait pas être atténuée, par exemple en obligeant ces organismes à 
contracter une assurance responsabilité civile, voire explicitement exclue94. On a 
ainsi pu entendre parler de l’idée de développer un modèle à six cercles pour englo-
ber l’administration paraétatique, mais elle n’a pas encore trouvé son chemin dans 
les projets concrets du Conseil fédéral ou de l’administration. En décembre 2001, le 
Conseil fédéral a toutefois estimé que «le modèle des quatre cercles doit être déve-
loppé sous sa forme actuelle.»95 
La réflexion sur le 3e cercle s’inscrit donc dans la question plus générale de la ges-
tion de l’administration décentralisée, des entreprises du 4e cercle et des institutions 
paraétatiques. Sur ce point aussi, les problèmes soulevés se posent dans des termes 
similaires au plan international. On peut ainsi paraphraser pour la Suisse le rapport 
du groupe de travail de la Commission européenne, qui constate que «la réflexion 
 
92 
Dans un avis de droit datant de 1999, le prof. Tomas Poledna a toutefois estimé que le 
statut juridique «établissement» comprend les établissements proprement dits et les fon-
dations. Voir message relatif à la fondation Musée national suisse, FF 2003 499. 
93 
Rapport PWC, p. 4. 
94 
Huissoud Michel, «Responsabilité de l’Etat: un risque à ne pas sous-estimer. Réflexion 
sur le périmètre de l’audit des collectivités publiques», in: L’Expert-Comptable Suisse, 
12/2002. 
95 
Rapport d’évaluation GMEB; FF 2002 3351

315 
insuffisante sur la place des agences européennes [entités du 3e cercle] dans 
l’exécutif communautaire [fédéral] n’a pas permis de dégager une approche claire 
sur les modalités de contrôle démocratique à prévoir»96. Avant de pouvoir donner au 
3e cercle des contours plus concrets, il s’agit donc de mener une réflexion globale 
sur le modèle de gestion administrative97. C’est également à travers une telle ré-
flexion que la perception des rôles respectifs du Conseil fédéral, des départements et 
de l’Assemblée fédérale dans la gestion décentralisée pourra être clarifiée et renfor-
cée auprès des différents acteurs impliqués. 
Dans leur avis d’août 2002 sur le rapport d’évaluation GMEB, les commissions de 
surveillance du Conseil national ont demandé au Conseil fédéral de faire un nouveau 
compte rendu au Parlement au terme de quatre ans selon le programme définitif 
GMEB et de lui présenter alors ses idées quant à l’évolution future de la nouvelle 
gestion publique. Ces réflexions devraient aussi contenir une analyse de la nouvelle 
gestion publique dans son environnement international et exposer l’évolution 
concrète dans les cantons et les communes98. La CdG-E propose au Conseil fédéral 
d’intégrer dans ce rapport ses considérations relatives à la gestion de l’administra-
tion décentralisée, des entreprises du 4e cercle et des institutions paraétatiques, et à 
l’avenir du modèle des quatre cercles en particulier. Ce compte rendu devrait inclure 
un inventaire des unités décentralisées et examiner de manière critique la responsa-
bilité de l’Etat pour chacune d’elles. 
Recommandation 3 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral 
d’intégrer dans son prochain rapport d’évaluation GMEB ses idées relatives à la 
gestion de l’administration décentralisée, des entreprises du 4e cercle et des insti-
tutions paraétatiques, et à l’avenir du modèle des quatre cercles en particulier. 
Ce rapport devrait inclure un inventaire des unités décentralisées et examiner de 
manière critique la responsabilité de l’Etat à l’égard de chacune d’elles, en parti-
culier à l’égard des unités susceptibles de présenter des risques financiers impor-
tants pour la Confédération. 
7 
Questions organisationnelles 
7.1 
Modèle de l’institut autonome 
La position actuelle de Swissmedic au sein de l’administration fédérale (établisse-
ment du 3e cercle) et au sein du DFI (rattachement au DFI avec une unité de coordi-
nation à l’OFSP) était une des solutions esquissées en 1994 par le rapport sur la 
future législation fédérale applicable aux produits thérapeutiques99. 
 
96 
Rapport du groupe de travail, p. 15. 
97 
Rapport PWC, p. 5 à 6. 
98 
Rapport de la Commission de gestion et de la Commission des finances du Conseil 
national, «Rapport du Conseil fédéral sur la gestion par mandat de prestations et enve-
loppe budgétaire (Rapport d’évaluation GMEB)», du 21 et 22.8.2002, FF 2002 7262. 
99 
Rapport sur la législation future, p. 33 et s.

316 
Parmi les autres solutions étudiées, la possibilité d’une organisation de droit privé 
(4e cercle de l’administration fédérale) a été rejetée d’emblée. Pour les auteurs du 
rapport, les formes de droit privé ne conviennent pas à l’accomplissement de tâches 
de souveraineté pouvant impliquer des mesures contraignantes à l’égard de privés. 
«Contrôleur» et «contrôlés» seraient sur un pied d’égalité. De plus, le transfert de 
compétences législatives (p. ex. édiction de directives d’exécution) à des privés 
serait constitutionnellement problématique. 
Le rapport a spécialement étudié trois modèles pour l’organisation administrative du 
contrôle des produits thérapeutiques: un modèle «intégration à l’OFSP» (une divi-
sion principale de l’OFSP); un modèle «institut rattaché à l’OFSP» (un établisse-
ment de droit public rattaché à l’OFSP, disposant d’une large autonomie sur les 
plans financier et du personnel, doté d’un conseil de l’institut composé de représen-
tants de la Confédération et des cantons et présidé par le directeur de l’OFSP); et un 
modèle «institut autonome». 
Manifestement, préférence a été donnée au modèle de l’institut autonome. Une des 
considérations principales ayant motivé ce choix était le fait que ce modèle était 
celui qui se rapprochait le plus de l’ancienne structure fédéraliste du contrôle des 
produits thérapeutiques et accordait le plus d’influence aux cantons. Aux yeux de 
l’industrie pharmaceutique, ce modèle était également celui qui garantissait le plus 
d’indépendance à l’égard des autorités politiques. Il était celui qui séparait le plus 
nettement le processus de décision stratégique et les activités opérationnelles liées à 
la fourniture des prestations. En outre, ce modèle se rapprochait de la forme des 
organisations d’autres pays européens reconnues pour leur niveau de qualité. De 
plus, du fait de l’indépendance prévue sur le plan de l’organisation, du personnel et 
des questions financières, les modèles «institut rattaché à l’OFSP» et «institut auto-
nome» offraient davantage de transparence et de flexibilité pour s’adapter aux évolu-
tions du marché des produits thérapeutiques. Enfin, il faut noter que le choix du 
modèle d’institut autonome s’inscrivait dans un élan volontariste plus général en 
faveur des réformes administratives visant une décentralisation des activités de 
l’Etat. 
Il est intéressant de noter que les trois modèles avaient notamment en commun le 
fait que l’OFSP devait être compétent pour la préparation des décisions stratégiques, 
pour la planification et pour la coordination de la politique en matière de produits 
thérapeutiques avec la politique de santé publique de la Confédération. Le modèle 
d’un institut autonome était toutefois le moins efficace dans ce domaine. Le modèle 
«intégration à l’OFSP» aurait permis une meilleure coordination entre les domaines 
apparentés relevant de l’OFSP ou d’autres offices fédéraux. De plus, il aurait permis 
d’éviter la subdivision des compétences dans le domaine législatif et d’utiliser les 
synergies entre législation, application du droit et contrôle. Un rattachement de 
l’institut au 1er ou au 2e cercle aurait souligné son caractère de service public. 
Le rattachement de Swissmedic au 3e cercle de l’administration n’est pas optimal 
s’agissant de certains domaines de l’activité de Swissmedic, tels la poursuite pénale 
ou les mesures administratives. Dans le contexte de création de la LPTh, la solution 
choisie apparaît cependant judicieuse. Il ne s’agit pas pour la CdG-E de remettre en 
question cette forme d’organisation, mais d’identifier les questions ouvertes, les 
faiblesses et les marges d’optimisation.

317 
7.2 
Système de contrôle 
Dès lors que l’institut est autonome dans sa gestion, la Confédération doit mettre en 
place un système de contrôle qui assure que ses intérêts de propriétaire et de manda-
taire de prestations soient bien défendus. Le système de contrôle actuel est composé 
de trois niveaux institutionnels. 
Le premier niveau est formé du conseil de l’institut. Son activité se fonde avant tout 
sur l’art. 72 LPTh, selon lequel le conseil: 
a. 
défend, devant le Conseil fédéral et le département compétent, les intérêts de 
l’institut dans l’élaboration du mandat de prestations et du contrat de presta-
tions; 
b. 
approuve le plan de gestion et le budget, compte tenu du mandat de presta-
tions et du contrat de prestations; 
c. 
surveille l’exécution du mandat de prestations et du contrat de prestations; 
d. 
propose au Conseil fédéral le montant de l’indemnisation versée par la 
Confédération à l’institut pour ses prestations d’intérêt général; 
e. 
approuve le règlement d’organisation de l’institut; 
f. 
établit les tarifs des émoluments pour les prestations de l’institut; 
g. 
approuve le rapport d’activité et les comptes annuels; 
h. 
nomme les autres membres de la direction sur proposition du directeur; 
i. 
approuve les rapports à l’attention du mandant; 
j. 
accomplit les autres tâches que lui assigne le Conseil fédéral. 
Le conseil de l’institut est donc responsable du contrôle de la gestion des affaires et 
de l’administration générale de l’institut. Cela implique avant tout la surveillance 
des prestations fournies selon le mandat et le contrat de prestations, mais aussi la 
surveillance des prestations fournies à des autorités ou des particuliers. Par ailleurs, 
le conseil de l’institut édicte les ordonnances de l’institut (art. 6 ordonnance du 
28 septembre 2001 sur l’organisation de l’Institut suisse des produits thérapeuti-
ques100). Le conseil est autonome en droit; les membres ne peuvent pas être révo-
qués pendant la durée de leur mandat. Le message relatif à la LPTh mentionne que 
les tâches et les fonctions de gestion qui incombent au conseil de l’institut sont 
«comparables à celles du conseil d’administration d’une société anonyme»101; dans 
les faits, elles sont beaucoup plus restreintes102. Les compétences du conseil de 
l’institut semblent être le résultat d’un compromis entre une conception étendue du 
rôle du conseil de l’institut, comme le concevait l’avant-projet de la LPTh de 1994, 
et une conception du rôle du conseil de l’institut comme organe consultatif auxi-
liaire, comme le proposait un groupe de travail de l’OFSP en 1998. 
 
100 RS 812.216 
101 FF 1999 3248 
102 Un conseil d’administration d’une société anonyme peut prendre des décisions sur toutes 
les affaires qui ne sont pas attribuées à l’assemblée générale ou dont il n’a pas délégué la 
gestion (art. 716 CO). Ses tâches principales sont réglées à l’art. 716a, al. 1, CO.

318 
Le deuxième niveau de contrôle comprend l’organe de révision de l’institut, en 
l’occurrence le CDF. Selon l’art. 74 LPTh, l’organe de révision vérifie: 
a. 
la comptabilité; 
b. 
le rapport sur l’exécution du mandat de prestations et du contrat de presta-
tions; 
c. 
le bon fonctionnement des systèmes de planification, de contrôle de gestion, 
de pilotage et de reporting de l’institut. 
Le mandat de révision donné par la LPTh couvre l’ensemble de la gestion de 
l’institut et va donc au-delà des tâches classiques de l’audit externe103. Outre son 
mandat d’organe de révision, le CDF exerce également son mandat légal d’organe 
de contrôle financier fixé par la loi du 28 juin 1967 sur le Contrôle fédéral des 
finances (LCF)104. Le CDF a décidé de n’établir qu’un rapport par année rendant 
compte selon le premier de ces deux mandats, qui est transmis au Conseil fédéral, au 
conseil de l’institut et à la Délégation parlementaire des finances; il a en effet estimé 
que, sur le fond, le mandat légal du CDF concorde avec le mandat de la LPTh105. 
La CdG-E s’est demandé s’il était judicieux que le CDF exerce cette double fonc-
tion. Le CDF travaille de manière complètement différente dans le cas du mandat de 
révision de la LPTh. Pour la CdG-E, il est encore trop tôt pour pouvoir apprécier la 
double fonction du CDF. Elle constate seulement que Swissmedic s’est dit prêt à 
réaliser l’ensemble des recommandations du CDF et que la collaboration entre les 
personnes concernées est décrite comme bonne. Actuellement, la commission est 
d’avis qu’il n’y a pas lieu de revoir hâtivement le mandat du CDF. En revanche, il 
paraît important de veiller à un suivi et un apprentissage continus dans le travail de 
révision (p. ex. en gardant une certaine constance dans les personnes mandatées pour 
mener la révision). 
Le troisième niveau de contrôle est composé des organes du DFI et du Conseil 
fédéral. Le Conseil fédéral définit les objectifs de l’institut dans le mandat de presta-
tions; il nomme les membres du conseil de l’institut, désigne le président et nomme 
le directeur. Le DFI accomplit une double fonction. D’une part, il assume la surveil-
lance générale de l’institut dans le sens de la défense des intérêts de propriétaire de 
la Confédération; dans ce cadre, le président du conseil de l’institut transmet au chef 
du DFI, respectivement à l’OFSP les informations importantes à l’issue des séances 
du conseil de l’institut et informe semestriellement au sujet des aspects stratégiques 
de la gestion de l’institut et des projets d’investissement importants. Des entretiens 
ont également lieu entre le président du conseil, le chef du DFI et le secrétaire géné-
ral du DFI (quatre fois en 2003). D’autre part, le DFI surveille l’institut dans le sens 
de la responsabilité des prestations. La section «droit des produits thérapeutiques et 
coordination Swissmedic» de l’OFSP effectue un contrôle des résultats sur la base 
du rapport sur l’exécution du contrat de prestations (annuel), du rapport d’activité de 
l’institut (annuel), des rapports du CDF et des rapports intermédiaires sur l’exé-
cution du mandat de prestations. Ce faisant, elle se concentre sur les prestations 
d’intérêt général; ce contrôle ne devrait pas affecter la responsabilité des organes de 
 
103 Rapport 2002 sur l’activité du Contrôle fédéral des finances, destiné à la Délégation des 
finances des Chambres fédérales et au Conseil fédéral du 14.3.2003, FF 2003 6407. 
104 RS 614.0 
105 Ces mandats ne diffèreraient que dans un domaine: contrairement au mandat de la LPTh, 
le mandat légal du CDF implique aussi l’examen de la gestion sous l’angle du propriétaire 
(shareholder).

319 
l’institut en matière de gestion des affaires106. L’OFSP et Swissmedic ont tenu 
ensemble six séances en 2003. 
D’après les indications données par le département, la surveillance du DFI se 
concentre sur les prestations d’intérêt général. Les autres activités de Swissmedic ne 
font «en principe» pas l’objet de la surveillance du département; elles ne relèvent a 
priori pas de la compétence de la Confédération. Cette tournure reflète le fait qu’il 
est difficile de définir clairement ce qui relève des intérêts légitimes de propriétaire 
de la Confédération. Comme l’a constaté un représentant du DFI, dès lors que la 
Confédération est propriétaire, toutes les activités de l’institut seront perçues comme 
relevant de la responsabilité de la Confédération. 
7.3 
Place et fonction de l’institut 
Dans son rapport d’octobre 2002, le CDF relevait que la collaboration entre Swiss-
medic et l’OFSP, respectivement la section «droit des produits thérapeutiques et 
coordination Swissmedic» ne fonctionnait pas de manière satisfaisante. D’une part, 
sur le plan technique, la coordination entre l’administration centrale et les organes de 
Swissmedic, ainsi que les procédures administratives ne se déroulent pas de manière 
optimale. Il existe aussi des désaccords quant aux indicateurs utilisés dans le mandat 
et le contrat de prestations et quant au montant des indemnités allouées par la 
Confédération pour les «nouvelles» tâches de l’institut. 
D’autre part, sur le plan politique/stratégique, une série de questions se pose concer-
nant les rôles respectifs de l’institut et de l’OFSP dans le domaine des produits 
thérapeutiques et de la gestion de l’institut. Ces questions ont trait à la répartition des 
compétences, au rôle du conseil de l’institut ou encore au processus d’élaboration du 
contrat de prestations et de contrôle des résulats. 
7.3.1 
Tâches et compétences de la section 
«droit des produits thérapeutiques et coordination 
Swissmedic» 
Les tâches assignées à Swissmedic par la LPTh et par le mandat de prestations ne 
recouvrent pas l’ensemble des tâches liées au domaine des produits thérapeutiques. 
Certaines ont continué à être assumées par l’administration centrale. Il s’agit no-
tamment de tâches sur lesquelles le Conseil fédéral a estimé devoir disposer d’un 
pouvoir d’instruction direct et qui ne pouvaient par conséquent pas être attribuées à 
une unité de l’administration décentralisée. D’après le message relatif à la LPTh, il 
s’agissait des tâches générales touchant le domaine des produits thérapeutiques au 
 
106 FF 1999 3246

320 
sens large, du contrôle de gestion en relation avec l’institut, ainsi que d’activités 
opérationnelles de l’OFSP qui ne pouvaient être transférées à l’institut107. 
Ces tâches sont accomplies par l’Unité principale «biomédecine» de l’OFSP. Au 
sein de l’unité principale, les tâches liées spécifiquement au domaine des produits 
thérapeutiques et à l’institut sont accomplies par la section «droit des produits théra-
peutiques et coordination Swissmedic», qui a été créée fin 1999. Elle assume actuel-
lement les tâches suivantes: 
– 
Elaboration des ordonnances du Conseil fédéral sur les produits thérapeuti-
ques et collaboration à l’élaboration des ordonnances de l’institut; 
– 
Traitement des affaires du Conseil fédéral et du Parlement, des lettres de ci-
toyens; coordination avec Swissmedic et les autres services de l’administra-
tion concernés; 
– 
Contrôle de gestion en relation avec l’institut; 
– 
Gestion du processus d’élaboration du contrat de prestations; 
– 
Elaboration d’un concept relatif à la politique en matière de produits théra-
peutiques pour l’OFSP; 
– 
Traitement de questions relatives à l’accès aux médicaments; 
– 
Participation aux commissions et groupes de travail concernant le domaine 
des produits thérapeutiques; 
– 
Elaboration de l’ordonance relative à la loi fédérale sur l’analyse génétique 
humaine. 
En particulier, la section est donc chargée de gérer l’élaboration du contrat de presta-
tions et d’en vérifier l’exécution. Le conseil de l’institut participe à ce processus en 
tant qu’il doit «défendre les intérêts de l’institut» devant le département (art. 72, 
let. a, LPTh). Les indemnités touchées par l’institut pour ses prestations d’intérêt 
général sont inclues dans le budget de l’OFSP (rubrique 3600.017 Contributions à 
des dépenses courantes). Le mandat de prestations est également préparé par 
l’OFSP. 
La section accomplit ses tâches sur mandat du DFI. Elle dispose actuellement de 
l’équivalent de 2.5 postes à temps complet et d’un budget d’environ 318 000 francs 
couvrant essentiellement les frais de recherche et développement. La section béné-
ficie par ailleurs de l’appui du service juridique et du service des affaires interna-
tionales de l’OFSP. Dans une lettre à la CdG-E du 30 avril 2004, le chef du DFI a 
considéré que les ressources et les compétences de la section sont suffisantes pour 
mener à bien ses tâches. 
 
107 Ces activités opérationnelles sont les suivantes: exécution de la législation sur la méde-
cine de la transplantation, dans la mesure où celle-ci ne touche pas des produits au sens de 
médicaments susceptibles d’être mis sur le marché; gestion de la commission d’éthique 
humaine et traitement de questions d’éthique médicale; traitement de questions liées à 
l’analyse du génome, à la recherche sur l’être humain et à la sécurité biologique, telles 
que la xénotransplantation, les mesures de sécurité concernant le sang, etc. Voir message 
concernant la loi sur les produits thérapeutiques; FF 1999 3175.

321 
7.3.2 
Préparation et élaboration des actes normatifs 
relatifs aux produits thérapeutiques 
Une des compétences que Swissmedic et le conseil de l’institut souhaitent voir 
transférée à l’institut est celle de préparer et d’élaborer les actes normatifs relatifs 
aux produits thérapeutiques. Conformément à l’art. 7 LOGA, le Conseil fédéral 
dirige la phase préliminaire de la procédure législative, le droit d’initiative parle-
mentaire étant réservé. Le Conseil fédéral peut toutefois charger une unité adminis-
trative de la préparation et de l’élaboration des actes normatifs pour le compte du 
gouvernement. Dans le domaine des produits thérapeutiques, c’est l’OFSP qui est 
compétent (art. 9, al. 3, let. a, ch. 4, de l’ordonnance du 28 juin 2000 sur l’organi-
sation du DFI [Org DFI])108. Le Conseil fédéral «peut donner le mandat» à l’institut 
de participer à la préparation de ces actes législatifs (art. 69, al. 3, LPTh). 
Il revient au conseil de l’institut d’édicter les ordonnances de l’institut (art. 6 de 
l’ordonnance sur l’organisation de l’Institut suisse des produits thérapeutiques); il 
s’agit de directives pour l’exécution des normes techniques, ainsi que l’ordonnance 
sur les émoluments. 
De l’avis des responsables de Swissmedic, cette répartition des compétences n’est 
pas satisfaisante. D’une part, l’institut fait valoir que le pilotage du droit devrait être 
attribuée à l’organe qui est confronté directement aux problèmes pratiques et aux 
acteurs du marché, et qui possède les connaissances spécialisées et le savoir-faire 
dans le domaine des produits thérapeutiques. Ce problème avait déjà été soulevé 
pendant la phase de projet, lors de laquelle l’OFSP avait été chargé de l’élaboration 
de la nouvelle loi, alors que c’est davantage l’OICM qui disposait de l’expertise. 
D’autre part, d’après les responsables de l’institut, la situation actuelle nuit au 
rayonnement et à la crédibilité nationale et internationale de Swissmedic. Ainsi, 
l’institut ne serait pas en mesure d’accomplir l’un des objectifs stratégiques qui lui a 
été assigné par le Conseil fédéral, à savoir se positionner en tant que centre de com-
pétences suisse dans le domaine des produits thérapeutiques et s’assurer à ce titre 
une reconnaissance internationale. D’après Swissmedic, si l’institut n’a pas un accès 
direct aux responsables politiques dans un domaine tel que la procédure législative, 
tôt ou tard, c’est l’OFSP qui sera perçu comme le relais principal en matière de 
produits thérapeutiques. 
D’un point de vue juridique, rien ne s’oppose à ce que Swissmedic, établissement 
autonome de droit public, assume la préparation et l’élaboration d’actes normatifs de 
tout niveau hiérarchique (y compris des lois). Réciproquement, rien ne s’oppose non 
plus à ce que cette tâche ne lui soit pas octroyée; la décision de déléguer cette tâche 
à l’OFSP est une décision politique. 
Le DFI a pris position fermement à plusieurs reprises contre un transfert de cette 
compétence à Swissmedic. Les arguments évoqués sont les suivants: 
a. 
La préparation et l’élaboration des actes normatifs implique une responsabi-
lité politique importante. Cette tâche doit relever du pouvoir d’instruction du 
chef du département, qui doit notamment pouvoir décider des modalités des 
travaux (p. ex. constitution des groupes d’experts et des groupes de travail) 
ou procéder à un examen matériel. 
 
108 RS 172.212.1

322 
b. 
Il existe une étroite relation entre la législation sur les produits thérapeuti-
ques et d’autres lois qui relèvent du domaine de compétence de l’OFSP, tel-
les que les lois fédérales sur l’assurance-maladie, les stupéfiants, les denrées 
alimentaires, les épidémies et la transplantation. Par ailleurs, les questions 
liées à la politique des produits thérapeutiques apparaissent dans des domai-
nes pour lesquels Swissmedic n’est pas compétent (p. ex. la détermination 
des prix et la maîtrise des coûts, la prévention des abus et des dépendances, 
l’accès aux médicaments dans les pays en voie de développement ou la pro-
tection de la propriété intellectuelle). Ces tâches sont assumées par différen-
tes unités de l’administration fédérale. L’OFSP, en tant qu’unité de l’admi-
nistration centrale, doit assurer la coordination de ces différents domaines 
dans le sens d’une politique de santé publique cohérente et continue au ni-
veau fédéral. 
c. 
Un transfert de compétences d’élaboration du droit à Swissmedic serait déli-
cat au vu de l’indépendance dont doit bénéficier l’institut dans l’accom-
plissement de ses tâches. Selon le DFI, l’attribution des tâches politiques et 
des tâches opérationnelles à des organes distincts vise à préserver la crédibi-
lité des décisions de Swissmedic. Cette distinction serait également néces-
saire pour des raisons de séparation des pouvoirs, puisque Swissmedic agit, 
dans le domaine de la LPTh, en tant qu’autorité pénale. 
d. 
De par sa composition, le conseil de l’institut défend de manière prononcée 
les intérêts cantonaux. Par conséquent, le transfert de la compétence de 
conduite législative donnerait probablement lieu de façon récurrente à des 
divergences d’opinion entre le département et le conseil de l’institut. 
Parmi les autres entités du 3e cercle, il faut souligner que, dans leur domaine respec-
tif, l’IPI «prépare les actes législatifs»109 et le Conseil des EPF propose «la promul-
gation, la modification ou l’abrogation d’actes»110. Swissmedic se distingue toute-
fois par le fait que son activité a une nature de police sanitaire et économique. La 
CdG-E se demande si la tâche de préparation et d’élaboration des actes normatifs est 
compatible avec l’indépendance requise pour l’exécution de tâches de police, qui 
plus est dans un domaine aux enjeux économiques et sanitaires aussi importants que 
les produits thérapeutiques. L’OFSP est également confronté potentiellement à des 
conflits d’intérêts, en particulier depuis qu’il s’est vu transférer le domaine de 
l’assurance-maladie. Cependant, en tant qu’office fédéral, il est soumis à la surveil-
lance et aux instructions directes du chef du département. 
En réponse à une demande de la CdG-E, le chef du DFI a pris une position claire, en 
estimant qu’il est «impératif» que la responsabilité de la préparation et de l’élabo-
ration des actes normatifs reste auprès de l’OFSP. Si la CdG-E peut comprendre les 
arguments évoqués par le DFI, il ne fait pour elle aucun doute que l’expertise et 
l’expérience liées à ces actes normatifs se trouvent auprès de l’institut. La CdG-E 
estime donc qu’il est indispensable que Swissmedic participe systématiquement à la 
phase préliminaire des procédures législatives. C’est d’ailleurs implicitement égale-
ment l’avis du CDF qui, dans son rapport d’octobre 2002, n’évoquait pas un trans-
fert de compétence, mais recommandait au DFI d’assurer que Swissmedic et le 
 
109 Art. 2, al. 1, let. a, de la loi du 24.3.1995 sur le statut et les tâches de l’Institut fédéral de 
la propriété intellectuelle (LIPI; RS 172.010.31). 
110 Art. 5, let. c, de l’ordonnance du 19.11.2003 sur le domaine des écoles polytechniques 
fédérales (ordonnance sur le domaine des EPF; RS 414.110.3).

323 
conseil de l’institut puissent prendre position sur les buts et la stratégie du futur droit 
des produits thérapeutiques. La CdG-E considère en outre que le conseil de l’institut 
doit pouvoir transmettre des propositions pour la promulgation, la modification ou 
l’abrogation d’actes relatifs au domaine des produits thérapeutiques dans la mesure 
où il ne dispose pas lui-même de la compétence normative (pour reprendre la formu-
lation de l’art. 5, let. c, de l’ordonnance sur le domaine des EPF). 
Dans sa prise de position concernant le rapport du CDF d’octobre 2002, le DFI a 
souligné que Swissmedic était déjà intégré aux projets législatifs, en prenant pour 
exemple la collaboration entre l’OFSP et Swissmedic dans le cadre de l’élaboration 
du deuxième train d’ordonnances relatif à la LPTh111. L’OFAS aurait également 
intégré Swissmedic dans les groupes de travail relatifs aux produits thérapeutiques. 
La CdG-E se félicite de la participation de l’institut dans les projets législatifs ac-
tuels. Elle estime toutefois que, formellement, la participation de l’institut ne doit 
pas uniquement reposer sur la bonne volonté des organes de l’administration cen-
trale concernés; elle doit être prévue par la loi. Ainsi, de l’avis de la commission, la 
formulation de l’art. 69, al. 3, LPTh, selon laquelle le Conseil fédéral «peut donner» 
le mandat à l’institut de participer à la préparation d’actes législatifs touchant le 
domaine des produits thérapeutiques, est insuffisante. Se prononcer sur les projets 
d’actes législatifs et de mesures qui touchent aux produits thérapeutiques devrait 
constituer une tâche à part entière de l’institut. 
Recommandation 4 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
s’assurer que Swissmedic participe systématiquement à la préparation et à 
l’élaboration des actes normatifs ayant trait aux produits thérapeutiques. De plus, 
le conseil de l’institut doit pouvoir soumettre au Département fédéral de 
l’intérieur des propositions pour la promulgation, la modification ou l’abrogation 
d’actes relatifs au domaine des produits thérapeutiques dans la mesure où il ne 
dispose pas lui-même de la compétence normative. La commission demande 
également au Conseil fédéral d’ancrer ces modifications dans la loi à l’occasion 
de la prochaine révision de la loi sur les produits thérapeutiques et de veiller 
entre-temps à une intégration efficace de Swissmedic dans les processus législa-
tifs. 
7.3.3 
Rapports entre Swissmedic et l’OFSP 
L’OFSP ne dispose pas de compétence décisionnelle par rapport à Swissmedic. 
L’institut est formellement subordonné au DFI; il conclut les contrats de prestations 
avec le département et lui fait rapport. En revanche, l’OFSP exerce une influence 
prépondérante sur de nombreux dossiers ayant un lien direct avec l’activité de 
Swissmedic. Dans sa fonction de coordination (coordination avec Swissmedic et 
coordination de la politique des produits thérapeutiques de la Confédération), 
 
111 Le mandat de projet daté du 21.8.2002 prévoit un comité directeur composé des directeurs 
respectifs de l’OFSP et de Swissmedic et les groupes de travail seraient constitués avant 
tout de collaborateurs de l’institut. Le conseil de l’institut serait associé à la procédure de 
consultation.

324 
l’OFSP prépare des concepts liés à la politique des produits thérapeutiques, les 
projets d’actes normatifs ou de réponse à des interventions parlementaires et des 
lettres de citoyens. Dans sa fonction de contrôle, l’office élabore les projets de 
mandat et de contrat de prestations et vérifie sur mandat du DFI l’établissement des 
rapports sur l’exécution des prestations. Les indemnités de la Confédération que 
reçoit Swissmedic pour les prestations d’intérêt général sont d’ailleurs inclues dans 
le budget de l’OFSP. 
La configuration décrite équivaut, de l’avis des responsables de Swissmedic, à une 
double subordination et présente le risque d’un contrôle excessif de l’activité de 
l’institut. Comme l’a remarqué le CDF, les responsables de Swissmedic perçoivent 
la configuration actuelle comme une tutelle. Pour eux, cette configuration doit être 
abolie; les tâches de l’OFSP doivent être attribuées au SG DFI et au conseil de 
l’institut (voir schéma 4). De plus, ils estiment que les indemnités de la Confédéra-
tion doivent faire l’objet d’une budgétisation séparée112. Le rapport du CDF 
d’octobre 2002 allait dans le même sens; le CDF n’excluait d’ailleurs pas des 
conflits d’intérêts entre l’OFSP et Swissmedic, en particulier s’agissant de fixer des 
priorités dans une période où les ressources sont limitées. Dans une lettre datée du 
30 avril 2004, le chef du DFI a indiqué qu’un groupe de travail placé sous la direc-
tion du Département fédéral des finances (DFF) étudie cette question dans le cadre 
des travaux préparatoires à l’introduction du Nouveau modèle comptable de la 
Confédération (NMC) – un changement pourrait donc avoir lieu à l’entrée en vi-
gueur du NMC (date prévue: 1.1.2007). 
Schéma 4 
DFI 
Conseil 
de l’institut
Swissmedic
OFSP 
Conseil 
de l’institut
Swissmedic
OFSP 
DFI 
SG
SG
 
La délégation des tâches de contrôle et de coordination à la section «droit des pro-
duits thérapeutiques et coordination Swissmedic» de l’OFSP reflète la culture et 
l’organisation décentralisée du DFI, née de la volonté de ne pas créer un «départe-
ment de cabinet». Les collaborateurs du secrétariat général ne disposant pas de 
l’expertise nécessaire, il aurait fallu créer une nouvelle unité qui aurait été un «corps 
étranger» au SG DFI, d’après les termes de l’ancienne cheffe du DFI. La décision de 
déléguer le contrôle et la coordination à l’OFSP était donc basée sur des considéra-
tions liées à la fonctionnalité et à l’efficacité. L’actuel chef du DFI a pris position 
dans le même sens. Il est d’avis que la répartition actuelle est appropriée. Pour lui, il 
 
112 A titre de comparaison, le domaine des EPF fait l’objet d’une budgétisation séparée, alors 
que l’indemnisation de l’IPI est une ligne dans le budget du SG DFJP.

325 
ne s’agit pas d’une double subordination, puisque la section de l’OFSP n’a pas de 
compétence décisionnelle propre; elle n’a pour tâche que la préparation des dossiers 
pour le compte du département. De plus, il estime que le transfert de ces tâches au 
SG DFI aurait pour conséquence une mise en place de ressources redondantes. 
Du point de vue de la haute surveillance parlementaire, la fonction de coordination 
et de contrôle peut être attribuée tant à un secrétariat général qu’à un office fédéral 
ou à une autre unité administrative. Aucune configuration ne permet d’exclure les 
risques de tensions, en particulier si l’alchimie personnelle fait défaut. On peut ainsi 
imaginer de confier ces fonctions au secrétariat général – à l’image de l’organisation 
de la surveillance de Publica et de la RFA au DFF ou celle des entreprises du 
4e cercle au DETEC. De l’autre côté, l’exemple des rapports entre le domaine des 
EPF et le Secrétaire d’Etat du Groupement de la science et de la recherche montre 
que ces fonctions peuvent être assumées efficacement et opportunément par une 
unité qui n’est pas dans la ligne de l’entité contrôlée. D’après la CdG-E, ce qui est 
crucial est moins l’identité de l’unité compétente que l’établissement d’un dialogue 
constructif et de relations partenariales basées sur la confiance. 
Il faut cependant reconnaître que la configuration triangulaire Swissmedic – DFI – 
OFSP présente un potentiel élevé de tensions, d’autant plus que l’OFSP agit prati-
quement dans le même secteur d’activité que Swissmedic. Le service avec lequel 
Swissmedic est le plus couramment appelé à collaborer est également le service 
chargé d’effectuer le contrôle des prestations. Alors que la fonction de coordination 
de l’OFSP devrait se baser sur des relations partenariales, sa fonction de contrôle 
instaure de facto une relation de type hiérarchique, et ce bien que l’OFSP n’ait 
qu’une tâche de préparation des dossiers. Les processus actuels ont également ten-
dance à nuire à l’autorité de fait du conseil de l’institut, qui se trouve en quelque 
sorte juxtaposé à l’OFSP. Pour la CdG-E, il faut éviter d’établir une hiérarchie et 
une communication parallèles; le conseil de l’institut doit être l’interlocuteur princi-
pal du DFI s’agissant du contrôle de gestion de Swissmedic. 
Pour ces raisons, la commission estime qu’il est judicieux d’examiner de séparer les 
fonctions de coordination et de contrôle en confiant la responsabilité du contrôle de 
gestion au SG DFI. Le SG DFI pourrait effectuer ce contrôle avec l’appui spécialisé 
de l’OFSP, tout en conduisant du processus et en étant ainsi l’interlocuteur principal 
de l’institut. 
De l’avis de la CdG-E, il faut également limiter les risques de conflits par une défi-
nition claire et concordante des tâches, compétences et responsabilités. Le CDF 
relevait ainsi dans le rapport d’octobre 2002 qu’une définition peu claire des rôles et 
une absence de consensus avait tendance à renforcer les conflits et les reproches 
réciproques plutôt qu’à les réduire. Le CDF recommandait de fixer précisément les 
tâches et les compétences de la section de l’OFSP dans une publication officielle (p. 
ex. dans une ordonnance d’organisation). La CdG-E soutient pleinement cette re-
commandation. 
Dans une prise de position du 28 février 2003, le DFI se déclarait d’ailleurs favora-
ble à une telle mesure; une description détaillée des tâches et des compétences de 
l’OFSP concernant la coordination avec Swissmedic devait être élaborée d’ici 
mi-2003. Le DFI estimait par ailleurs que la coordination devait satisfaire au critère 
de la sécurité du droit. Dans une lettre à la CdG-E datée du 30 juin 2003, le chef du 
DFI affirmait que la fonction de coordination au sein de l’administration centrale 
serait fixée soit dans un cahier des charges, soit dans une ordonnance du DFI sur

326 
l’organisation «d’ici octobre 2003 au plus tard». Depuis, le chef du DFI a manifes-
tement changé d’avis; dans une lettre à la CdG-E du 30 avril 2004, il a expliqué que, 
pour le DFI, la réglementation générale de l’Org DFI113 est suffisante. 
L’Org DFI a été édictée le 28 juin 2000, c’est-à-dire avant l’entrée en vigueur de la 
LPTh. La réglementation se réfère donc davantage à l’activité de l’ancienne UP AT 
qu’à la fonction actuelle de l’OFSP. L’Org DFI ne fait d’ailleurs ni référence à la 
tâche d’élaboration du contrat de prestations, ni au contrôle de sa mise en œuvre, ni 
encore à la tâche de coordination entre le département et l’institut (contrairement p. 
ex. à l’art. 14 relatif aux tâches du Secrétariat d’Etat). Pour ces raisons, la CdG-E 
considère que la disposition de l’Org DFI ne constitue pas, à elle seule, une base 
suffisante pour l’activité de l’OFSP en relation avec les produits thérapeutiques et 
Swissmedic. 
Recommandation 5 
La Commission de gestion du Conseil des Etats recommande au Conseil fédéral 
de fixer de manière détaillée dans une publication officielle la fonction de 
contrôle et de coordination relative à Swissmedic. A cette occasion, l’attribution 
de la tâche de contrôle de gestion au secrétariat général du Département fédéral 
de l’intérieur doit être sérieusement examinée. 
Il convient en outre de procéder à des adaptations pragmatiques des processus en 
tenant compte de l’autonomie et de l’expertise de l’institut. Swissmedic doit être en 
mesure de se forger une position autonome au sein de l’administration; l’OFSP ne 
doit pas devenir un poste de contrôle névralgique, duquel Swissmedic dépendrait 
pour accéder au Conseil fédéral, à l’administration fédérale et au Parlement. 
Il s’agit aussi de veiller à une communication efficace et transparente, qui privilégie 
l’échange d’opinions et d’informations. Les processus impliquant une collaboration 
doivent être réalisés sur une base partenariale et non hiérarchique. Des relations 
basées sur la confiance et le respect mutuel doivent être rétablies. L’OFSP doit se 
fier à l’expertise de Swissmedic et en tirer profit. Quant à Swissmedic, il doit respec-
ter le rôle de coordination de l’OFSP et être ouvert à une stratégie commune, sans 
voir son autonomie remise en cause. 
Dans ce cadre, la CdG-E salue les travaux entamés dans le cadre de deux ateliers 
auxquels ont participé des responsables de Swissmedic, du SG DFI et de l’OFSP. 
Pour lors, les travaux n’ayant pas apporté les résultats escomptés, il a été décidé de 
confier un mandat à un expert externe, qui doit élaborer des recommandations pour 
un remaniement du nouveau mandat de prestations 2006–2009. 
 
113 Art. 9, al. 3, let. a, ch. 4, OrgDFI 
 
3 […] l’OFSP exerce les fonctions suivantes: 
 
a. 
participer à la préparation et à l’élaboration des actes normatifs concernant la santé 
publique et la sécurité sociale pour ce qui est des conséquences de la maladie et des acci-
dents; surveiller et coordonner leur exécution, notamment dans les domaines suivants: 
 
4 les denrées alimentaires, sous réserve de la compétence l’Office vétérinaire fédéral 
(OVF), ainsi que les produits thérapeutiques, les stupéfiants, les organismes, les produits 
chimiques et les objets susceptibles de constituer un danger pour la santé.

327 
Il est trop tôt pour se prononcer sur l’utilité de cette mesure. La commission suivra 
les résultats de cette expertise. Elle souhaite encourager les deux parties à s’engager 
pleinement vers une solution commune. 
7.3.4 
Appréciation de la CdG-E 
Pour la CdG-E, le problème de fond est lié à des conceptions profondément différen-
tes quant au rôle de Swissmedic dans le domaine des produits thérapeutiques. D’un 
côté, la direction et le conseil de l’institut considèrent que Swissmedic ne doit pas 
seulement avoir une fonction d’exécution de la LPTh, mais doit aussi assumer le 
rôle de leader stratégique. De l’autre côté, le DFI estime que, en ce qui concerne la 
politique des produits thérapeutiques, Swissmedic ne détient des compétences que 
dans le cadre de son mandat d’exécution; lorsque les questions liées à la politique 
des produits thérapeutiques surgissent dans d’autres contextes (p. ex. détermination 
des prix des produits thérapeutiques), il revient à l’unité de l’administration centrale 
concernée d’assumer la responsabilité. 
Au regard de l’expertise incontestable de l’institut en matière de contrôle des pro-
duits thérapeutiques, des personnalités formant le conseil de l’institut et du rôle 
précédent de l’OICM, la CdG-E comprend la difficulté pour les responsables de 
Swissmedic de concevoir leur activité comme étant essentiellement d’exécution. La 
CdG-E perçoit également les efforts fournis par Swissmedic pour se positionner sur 
les plans national et international. En même temps, il ne fait aucun doute que le 
domaine du contrôle des produits thérapeutiques doit s’inscrire de manière cohérente 
et coordonnée dans la politique de santé publique de la Confédération et que l’OFSP 
a un rôle important à jouer dans ce domaine. La fonction des unités de l’administra-
tion centrale au sens de l’art. 7 OLOGA est d’ailleurs précisément d’assurer la 
continuité et la cohérence de l’activité administrative. 
C’est ainsi dans cette perspective qu’il faut comprendre la question de l’attribution 
de la compétence d’élaboration des réponses aux interventions parlementaires ou 
aux lettres de citoyens. A l’heure actuelle, les requêtes abordant des questions inter-
disciplinaires sont traitées sous la responsabilité de l’OFSP et coordonnées avec 
d’autres services (dont Swissmedic). Les requêtes ne sont transmises à Swissmedic 
pour réponse que lorsqu’elles concernent des tâches d’exécution uniquement. Dans 
tous les cas, les projets de réponse de Swissmedic sont révisés par l’OFSP avant 
d’être transmis au DFI. 
Du point de vue de la haute surveillance parlementaire, il n’est pas du tout satisfai-
sant que ces divergences conduisent à des tensions et à un manque de confiance 
réciproque qui ont des répercussions négatives sur l’efficacité de la collaboration 
entre l’OFSP et Swissmedic. La commission a pu se rendre compte que le climat de 
travail en est très fortement affecté. Des processus à vide et des doublons sont créés. 
La commission estime qu’il est urgent de clarifier la situation. La performance de 
l’institut ne dépend pas seulement de l’efficacité de son activité évaluée de manière 
indépendante, mais également de l’établissement de bonnes relations avec les autres 
acteurs concernés, et notamment l’OFSP.

328 
Recommandation 6 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
régler de manière claire la répartition des compétences et les procédures entre 
Swissmedic et l’Office fédéral de la santé publique dans le mandat de prestations 
2006–2009 de Swissmedic. 
Recommandation 7 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
créer les conditions, de droit et de fait, pour le rétablissement de relations de 
travail efficaces et d’un climat de confiance entre les collaborateurs de l’Office 
fédéral de la santé publique et de Swissmedic concernés. 
Ces problèmes amènent la CdG-E à réitérer la nécessité de poursuivre la réflexion 
sur le rôle des unités décentralisées – en particulier les entités du 3e cercle – dans le 
système administratif suisse tant sur leur rôle d’exécution que sur leur fonction 
stratégique et politique. Il s’agit de définir clairement les modalités de leur contrôle, 
mais également de respecter leur autonomie et de reconnaître leur expertise et leur 
contribution spécifique à l’activité étatique. Le groupe de travail mandaté par la 
Commission européenne constatait ainsi que «la vision des agences comme une 
anomalie tolérée du système exécutif peut influencer la perception des deux parties 
de la nature de leur relation. Lorsque celle-ci s’exprime sous forme de relation 
hiérarchique plutôt que comme relation partenariale, les relations peuvent devenir 
conflictuelles»114. 
8 
Recommandations et suite des travaux 
Sur la base de ses observations, la Commission de gestion du Conseil des Etats 
propose au Département fédéral de l’intérieur ainsi qu’au Conseil fédéral 
d’examiner les recommandations et le postulat suivants: 
Recommandation 1 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
prendre toutes les mesures nécessaires pour rétablir les relations de confiance 
entre Swissmedic et les autorités cantonales. En particulier, les compétences 
doivent être clarifiées et la collaboration rendue plus efficace dans les domaines 
des inspections et de la surveillance des essais cliniques. 
 
114 Rapport du groupe de travail, p. 15.

329 
Recommandation 2 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
veiller à ce que l’information des consommateurs en matière d’achat de médi-
caments sur internet soit renforcée et diversifiée. De plus, la Suisse doit 
s’associer avec toute la détermination nécessaire aux travaux entrepris au niveau 
international dans la réglementation du commerce électronique de médicaments. 
Postulat: Gestion administrative dans le 3e cercle 
Le Conseil fédéral est chargé de remettre un rapport présentant la manière avec 
laquelle il compte résoudre les questions et les problèmes en suspens concernant 
la gestion administrative dans le 3e cercle. 
Développement 
Le rapport du Conseil fédéral devra contenir une description détaillée des deux 
modèles de base («établissement de droit public» et «autorités de surveillance»), 
les critères de création ou de transfert d’unités administratives pour chaque mo-
dèle, ainsi qu’un avis quant à la nécessité de créer des bases légales spécifiques. 
Les modèles de base devront présenter des solutions concrètes règlant les moda-
lités d’autonomie et de surveillance des entités du 3e cercle, notamment 
s’agissant des aspects suivants: 
– 
mandat et étendue des pouvoirs de l’entité; 
– 
base légale et personnalité juridique; 
– 
mandat et contrat de prestations (étendue, procédure d’élaboration, 
contrôle, degré de spécificité, etc.); 
– 
nomination, révocation, taille, composition et compétences de l’organe de 
surveillance; 
– 
conditions de participation de représentants de la Confédération dans 
l’organe de surveillance; 
– 
nomination, révocation et compétences du directeur; 
– 
organe de révision et mandat précis de cet organe; 
– 
mode de gestion financière et capital de dotation; 
– 
orientations générales pour la surveillance du Conseil fédéral (critères, 
procédures, service compétent, etc.); 
– 
responsabilité de l’entité et des membres des organes dirigeants; 
– 
statut du personnel; 
– 
conditions de participation à des organes tiers; 
– 
système de rapports; 
– 
activités commerciales; 
– 
instance de recours.

330 
Le rapport devra également examiner la possibilité de créer, parallèlement au 
contrôle décentralisé exercé par les départements, un service central chargé 
d’assurer l’homogénéité de l’action et de servir de centre de compétence lors de 
la création ou du transfert d’unités dans le 3e cercle, respectivement de charger 
un service déjà existant de cette tâche. 
Recommandation 3 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral 
d’intégrer dans son prochain rapport d’évaluation GMEB ses idées relatives à la 
gestion de l’administration décentralisée, des entreprises du 4e cercle et des insti-
tutions paraétatiques, et à l’avenir du modèle des quatre cercles en particulier. 
Ce rapport devrait inclure un inventaire des unités décentralisées et examiner de 
manière critique la responsabilité de l’Etat à l’égard de chacune d’elles, en parti-
culier à l’égard des unités susceptibles de présenter des risques financiers impor-
tants pour la Confédération. 
Recommandation 4 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
s’assurer que Swissmedic participe systématiquement à la préparation et à 
l’élaboration des actes normatifs ayant trait aux produits thérapeutiques. De plus, 
le conseil de l’institut doit pouvoir soumettre au Département fédéral de 
l’intérieur des propositions pour la promulgation, la modification ou l’abrogation 
d’actes relatifs au domaine des produits thérapeutiques dans la mesure où il ne 
dispose pas lui-même de la compétence normative. La commission demande 
également au Conseil fédéral d’ancrer ces modifications dans la loi à l’occasion 
de la prochaine révision de la loi sur les produits thérapeutiques et de veiller 
entre-temps à une intégration efficace de Swissmedic dans les processus législa-
tifs. 
Recommandation 5 
La Commission de gestion du Conseil des Etats recommande au Conseil fédéral 
de fixer de manière détaillée dans une publication officielle la fonction de 
contrôle et de coordination relative à Swissmedic. A cette occasion, l’attribution 
de la tâche de contrôle de gestion au secrétariat général du Département fédéral 
de l’intérieur doit être sérieusement examinée.

331 
Recommandation 6 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
régler de manière claire la répartition des compétences et les procédures entre 
Swissmedic et l’Office fédéral de la santé publique dans le mandat de prestations 
2006–2009 de Swissmedic. 
Recommandation 7 
La Commission de gestion du Conseil des Etats demande au Conseil fédéral de 
créer les conditions, de droit et de fait, pour le rétablissement de relations de 
travail efficaces et d’un climat de confiance entre les collaborateurs de l’Office 
fédéral de la santé publique et de Swissmedic concernés. 
La Commission de gestion du Conseil des Etats prie le Conseil fédéral de l’informer, 
d’ici à la fin de l’année 2004, de la suite que ce dernier entend donner au présent 
rapport et à ses recommandations. 
25 août 2004 
Pour la 
Commission de gestion du Conseil des Etats: 
 
Le président de la commission, 
Hans Hofmann, député au Conseil des Etats 
Le président de la sous-commission DFI/DETEC, 
Hansruedi Stadler, député au Conseil des Etats 
Pour le secrétariat, 
Sarah Scholberg

332 
Annexe 
Droit d’application afférent à la LPTh: premier train 
d’ordonnances 
– 
Ordonnance du 28 septembre 2001 sur le personnel de l’Institut suisse des 
produits thérapeutiques (RS 812.215.4) 
– 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les autorisations dans le domaine des 
médicaments (OAMéd; RS 812.212.1) 
– 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les médicaments (OMéd; 
RS 812.212.21) 
– 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur la publicité pour les médicaments (OP-
Méd; RS 812.212.5) 
– 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les dispositifs médicaux (ODim; 
RS 812.213) 
– 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur les essais cliniques de produits théra-
peutiques (OClin; RS 812.214.2) 
– 
Ordonnance du 17 octobre 2001 sur l’abrogation et la modification du droit 
du fait de l’entrée en vigueur de la loi sur les produits thérapeutiques 
(RO 2001 3294) 
– 
Modification du 17 octobre 2001 de l’ordonnance 29 mai 1996 sur les stupé-
fiants (OStup; RS 812.121.1) 
– 
Modification du 17 octobre 2001 de l’ordonnance du 29 mai 1996 sur les 
précurseurs (OPrec; RS 812.121.3) 
– 
Modification du 16 novembre 2001 de l’ordonnance du 2 février 2000 sur 
les Bonnes pratiques de laboratoire (OBPL; RS 813.016.5) 
– 
Ordonnance de l’Institut suisse des produits thérapeutiques du 9 novembre 
2001 sur les exigences relatives à l’autorisation de mise sur le marché des 
médicaments (Ordonnance sur les exigences relatives aux médicaments, 
OEMéd; RS 812.212.22) 
– 
Ordonnance de l’Institut suisse des produits thérapeutiques du 9 novembre 
2001 sur l’autorisation simplifiée et l’annonce obligatoire des médicaments 
(OASMéd; RS 812.212.23) 
– 
Ordonnance de l’Institut suisse des produits thérapeutiques du 9 novembre 
2001 concernant l’édiction de la pharmacopée (RS 812.214.11) 
– 
Ordonnance de l’Institut suisse des produits thérapeutiques du 9 novembre 
2001 sur les émoluments de l’Institut suisse des produits thérapeutiques (Or-
donnance sur les émoluments des produits thérapeutiques, OEPT; 
RS 812.214.5)

Schweizerisches Bundesarchiv, Digitale Amtsdruckschriften
Archives fédérales suisses, Publications officielles numérisées
Archivio federale svizzero, Pubblicazioni ufficiali digitali
Problèmes lors de la mise en fonction de Swissmedic et évaluation de la situation actuelle.
Rapport de la Commission de gestion du Conseil des Etats
In
Bundesblatt
Dans
Feuille fédérale
In
Foglio federale
Jahr
2005
Année
Anno
Band
1
Volume
Volume
Heft
02
Cahier
Numero
Geschäftsnummer
---
Numéro d'affaire
Numero dell'oggetto
Datum
18.01.2005
Date
Data
Seite
259-332
Page
Pagina
Ref. No
10 138 295
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