ch_vb · 06-1336 7351 · 2006-10-03 · de


2006-1336 
7351 
06.068 
Message 
relatif à l’ordonnance de l’Assemblée fédérale concernant l’adaptation 
d’actes législatifs aux dispositions de la loi sur le Tribunal fédéral et de 
la loi sur le Tribunal administratif fédéral 
du 6 septembre 2006 
 
Messieurs les Présidents, 
Mesdames et Messieurs, 
Par le présent message, nous vous soumettons, en vous proposant de l’adopter, un 
projet d’ordonnance de l’Assemblée fédérale concernant l’adaptation d’actes norma-
tifs aux dispositions de la loi sur le Tribunal fédéral et de la loi sur le Tribunal admi-
nistratif fédéral. 
Nous vous prions d’agréer, Messieurs les Présidents, Mesdames et Messieurs, 
l’assurance de notre haute considération. 
6 septembre 2006 
Au nom du Conseil fédéral suisse: 
 
Le président de la Confédération, Moritz Leuenberger 
La chancelière de la Confédération, Annemarie Huber-Hotz

7352 
Condensé 
L’adoption de la loi sur le Tribunal fédéral et de la loi sur le Tribunal administratif 
fédéral a entraîné la révision de 164 autres actes législatifs au total. Or on sait, par 
expérience, que, dans le cadre d’une réforme d’une telle ampleur, il est pratique-
ment impossible de recenser la totalité des dispositions législatives devant être 
modifiées. Aussi le législateur a-t-il habilité l’Assemblée fédérale à adapter par une 
ordonnance les dispositions de lois fédérales contraires aux deux lois susmention-
nées, qui n’ont pas été formellement modifiées par celles-ci. 
Le projet d’ordonnance de l’Assemblée fédérale qui vous est soumis par le présent 
message contient les dernières adaptations indispensables du droit en vigueur aux 
dispositions de la loi sur le Tribunal fédéral et de la loi sur le Tribunal administratif 
fédéral. Ces adaptations peuvent être classées en deux catégories: d’une part, les 
modifications dont la nécessité n’est apparue qu’après l’adoption de ces deux lois et 
d’autre part, les modifications d’actes législatifs nouveaux ou révisés que le Parle-
ment a édicté après ou peu avant l’adoption de la réforme de l’organisation judi-
ciaire fédérale.

7353 
Message 
1 
Objet du présent projet 
Le 17 juin 2005, l’Assemblée fédérale a adopté la loi sur Tribunal fédéral (LTF; 
RO 2006 1205) et la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RO 2006 
2197). Ces deux textes entreront en vigueur le 1er janvier 2007. 
Aux termes de l’art. 131, al. 3, LTF, l’Assemblée fédérale peut adapter par une 
ordonnance les dispositions de lois fédérales contraires à la LTF, qui n’ont pas été 
formellement modifiées par celle-ci. La même délégation de compétences est prévue 
à l’art. 49, al. 2, LTAF. 
Ces deux normes permettent au Parlement de procéder à posteriori à une harmonisa-
tion fine de la législation en vigueur avec le nouveau régime des voies de recours. 
D’emblée, le Parlement savait que dans le cadre d’une réforme d’une telle ampleur – 
les annexes de la LTF et de la LTAF ne contiennent pas moins de 164 modifications 
de lois fédérales – il serait impossible de recenser la totalité des dispositions législa-
tives devant être modifiées. Depuis l’adoption des deux nouvelles lois, on a constaté 
que leurs annexes présentaient des lacunes. Celles-ci tiennent, d’une part, au fait que 
lorsque l’on a passé en revue les dispositions de la législation en vigueur touchant 
les voies de droit, certaines ont été omises. Ces lacunes résultent, d’autre part, du fait 
que simultanément avec la révision totale de l’organisation judiciaire fédérale 
d’autres lois ont été adoptées ou révisées, lois qui, selon le calendrier fixé, n’ont pas 
toutes pu être harmonisées avec le nouveau droit. Il restait donc au législateur à 
adapter les dispositions pertinentes des nouveaux textes adoptés parallèlement à la 
LTF et à la LTAF au régime des voies de recours instauré par ces deux lois. Etant 
donné le caractère récent de ces textes, dans nombre de cas, il n’a plus été possible 
de procéder aux adaptations nécessaires dans le cadre de la révision totale de 
l’organisation judiciaire fédérale. Le faire eût, en effet, induit sans cesse de nouvel-
les divergences qui auraient indûment retardé l’adoption de la LTF et de la LTAF. 
Le mode de procéder pour lequel nous avons opté en l’occurrence (adaptation de lois 
fédérales par le biais d’une ordonnance du Parlement) a déjà été appliqué dans 
d’autres cas, notamment dans le cadre de la loi fédérale sur la partie générale du 
droit des assurances sociales (LPGA; art. 83, al. 2). 
2 
Procédure de consultation 
Le projet a une portée secondaire. Il vise essentiellement à permettre, sous l’angle de 
la légistique, l’harmonisation sans failles du droit en vigueur avec le nouveau régime 
des voies de droit. Il ne revêt donc aucune importance particulière pas plus du point 
de vue politique que sur le plan économique. Cela explique que l’on ait renoncé à le 
mettre en consultation.

7354 
3 
Commentaire 
3.1 
Modification d’actes législatifs 
1. Loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers 
Art. 101 
Le service des recours du Département fédéral de justice et police sera absorbé par 
le nouveau Tribunal administratif fédéral. La compétence du Tribunal administratif 
fédéral de traiter ou de faire traiter des données personnelles si cela est nécessaire à 
l’accomplissement de ses tâches a déjà été établie dans le cadre de la révision totale 
de l’organisation judiciaire fédérale (art. 22b de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur 
le séjour et l’établissement des étrangers [LSEE; RS 142.20] dans la teneur figurant 
dans l’annexe de la LTAF; FF 2005 3891). 
Art. 110 
Le service des recours du DFJP sera absorbé par le Tribunal administratif fédéral. La 
compétence d’exploiter, en collaboration avec l’Office fédéral des migrations, un 
système de gestion électronique des dossiers personnels, de l’information et de la 
documentation, a déjà été conférée au Tribunal administratif fédéral dans le cadre de 
la révision totale de l’organisation judiciaire fédérale (art. 22f LSEE dans la teneur 
figurant dans l’annexe de la LTAF; FF 2005 3891). 
Art. 113 
Les décisions rendues par l’Office fédéral des migrations sont sujettes à recours 
devant le Tribunal administratif fédéral puis devant le Tribunal fédéral, dans les 
limites fixées par la LTF. C’est ce qui découle des dispositions générales de la 
procédure fédérale. L’art. 113 peut donc être abrogé. 
Art. 114 
Les décisions des autorités fédérales en matière de protection des données sont 
attaquables par la voie du recours ordinaire devant le Tribunal administratif fédéral. 
La commission fédérale de la protection des données sera absorbée par le Tribunal 
administratif fédéral (les art. 25 et 33 de la loi fédérale du 19 juin 1992 sur la protec-
tion des données auquel l’art. 114 LEtr fait référence ont déjà été adaptés dans le 
cadre de la révision totale de l’organisation judiciaire fédérale; FF 2005 3915). 
Ch. II.1 de l’annexe: 
Loi du 26 juin 1998 sur l’asile 
Art. 109, al. 3 
La «commission de recours» est remplacée par le «Tribunal administratif fédéral».

7355 
Ch. II.3 de l’annexe: 
Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral 
Art. 83, let. c, ch. 5 et 6 
Le libellé du ch. 5 doit être modifié car l’expression «Exceptions aux nombres 
maximums» renvoie à un point qui est réglé par l’ordonnance du 6 octobre 1968 
limitant le nombre des étrangers, point qui a été repris à l’art. 30 de la nouvelle loi 
sur les étrangers (LEtr) sous le titre «Dérogation aux conditions d’admission». La 
modification proposée n’a aucune incidence du point de vue matériel. 
Au ch. 6, l’énumération des litiges en matière de législation sur les étrangers, dans 
lesquels le recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral n’est pas receva-
ble en vertu de la LTF, doit être adaptée à la nouvelle loi sur les étrangers. Matériel-
lement, le ch. 6 correspond au contenu de l’art 100 de l’organisation judiciaire du 
16 décembre 1943 tel que modifié par le ch. 3 de l’annexe de la LEtr. 
2. Loi du 26 juin 1998 sur l’asile 
Art. 106, al. 2 
Il s’agit de corriger une inadvertance commise dans le cadre de la révision totale de 
l’organisation judiciaire fédérale. Dans sa teneur actuelle, l’art. 106, al. 2, de la loi 
sur l’asile (LAsi) dispose que pour juger de l’inopportunité, la commission de 
recours est tenue de respecter les directives et les instructions particulières du 
Conseil fédéral. Dans le projet de loi sur le Tribunal administratif fédéral, le Conseil 
fédéral avait proposé d’ajouter à cet alinéa, une 2e phrase libellée comme suit: «Il [le 
Conseil fédéral] entend le Tribunal administratif fédéral avant d’adopter, de modifier 
ou de suspendre de telles directives et instructions» (FF 2001 4352). Dans le cadre 
des débats parlementaires, des voix se sont élevées contre le maintien du droit du 
Conseil fédéral de donner des instructions, estimant que le Tribunal administratif 
fédéral, juridiction indépendante, ne pouvait être lié par des instructions de 
l’Exécutif. Sur proposition de l’administration, la Commission des affaires juridi-
ques du Conseil des Etats a donc décidé de biffer purement et simplement l’al. 2 de 
l’art. 106. Par mégarde on a consigné dans le dépliant la décision «biffer», de sorte 
que ce n’est pas l’actuel al. 2 de l’art. 106 qui a été supprimé, mais l’adjonction 
proposée par le Conseil fédéral. Cela explique que l’art. 106 ait été laissé inchangé 
par la LTAF et continue de conférer au Conseil fédéral le pouvoir de donner des 
instructions à la Commission de recours en matière d’asile. 
3. Modification du 16 décembre 2005 de la loi du 26 juin 1998 sur l’asile 
Ch. I: 
Art. 98a 
La «commission de recours» est remplacée par le «Tribunal administratif fédéral».

7356 
Art. 105 
La commission de recours en matière d’asile sera remplacée par le Tribunal admi-
nistratif fédéral. Celui-ci statue définitivement en matière d’asile (cf. art. 83, let. d, 
ch. 1, LTF) L’al. 2 de l’art. 105, dans la teneur figurant dans l’annexe de la LTAF 
(FF 2005 3893) peut être abrogé, car l’art. 44, al. 5, LAsi auquel il fait référence a 
également été abrogé dans le cadre de la révision de la LAsi. 
Art. 108, al. 5 
La «commission de recours» est remplacée par le «Tribunal administratif fédéral». 
Art. 109 
La «commission de recours» est remplacée par le «Tribunal administratif fédéral», 
dans tous les alinéas. 
Art. 110, al. 4 
Cette adaptation est indispensable car l’art. 110, al. 4, de la loi sur l’asile révisée fait 
encore référence à l’art. 105, ce qui n’est plus possible (cf. supra le commentaire 
relatif à l’art. 105). 
Art. 111a, al. 1 
La «commission de recours» est remplacée par le «Tribunal administratif fédéral». 
Ch. IV: 
Coordination avec la loi sur les étrangers 
Art. 105 
La disposition de coordination figurant sous le chiffre IV de la loi sur l’asile révisée 
devra également être harmonisée avec le nouveau régime des voies de droit lorsque 
toutes les lois susmentionnées seront en vigueur. 
Art. 109, al. 3 
La «commission de recours» est remplacée par le «Tribunal administratif fédéral». 
Ch. 1 de l’annexe: 
Loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l’établissement des étrangers 
Disposition transitoire de la modification du 16 décembre 2005, al. 6 
Cette disposition transitoire peut être abrogée car dès l’entrée en vigueur de la loi sur 
le Tribunal administratif fédéral, tant le service des recours du DFJP que la Com-
mission de recours en matière d’asile seront absorbés par la nouvelle juridiction.

7357 
4. Loi fédérale du 24 mars 2000 sur la promotion de l’image 
de la Suisse à l’étranger 
Art. 7 
Les voies de droit étant dorénavant régies par les dispositions générales de la procé-
dure fédérale, l’art. 7 (recours contre les décisions du bureau et de la commission) 
peut être purement et simplement abrogé. 
5. Loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural 
Art. 88, titre et al. 3 
Comme l’art. 89 qui concerne le recours de droit administratif au Tribunal fédéral 
peut être abrogé, le chap. 2 du titre 5 ne contient plus qu’une seule disposition. Le 
titre de l’art. 88 peut donc être abrogé. En ce qui concerne la réglementation des 
voies de droit au niveau fédéral, il suffit de renvoyer aux dispositions générales de la 
procédure fédérale (nouvel al. 3). 
Art. 89 
Les voies de droit étant dorénavant régies par les dispositions générales de la procé-
dure fédérale, l’art. 89 peut être abrogé. 
6. Loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite 
Art. 20a, titre marginal et al. 2, ch. 3 
Comme l’organisation judiciaire du 16 décembre 1943 sera abrogée dès l’entrée en 
vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral et de la loi sur le Tribunal administratif 
fédéral, le renvoi à l’organisation judiciaire doit être biffé. 
Art. 28 
Les cantons sont tenus d’informer l’autorité de surveillance de l’organisation de 
leurs offices de poursuite et de faillite. Le pouvoir de surveillance ayant été transféré 
du Tribunal fédéral au Conseil fédéral dans le cadre de la révision totale de 
l’organisation judiciaire fédérale, il eût fallu adapter l’art 28 en conséquence. Cette 
omission sera réparée grâce à la modification proposée. 
7. Loi fédérale du 7 octobre 1994 sur les Offices centraux de police 
criminelle de la Confédération 
Art. 14, al. 3 
La Commission fédérale de la protection des données et de la transparence sera 
intégrée au sein du Tribunal administratif fédéral. Aussi, l’examen de la communica-
tion du Préposé fédéral à la protection des données et à la transparence doit-il, doré-

7358 
navant, incomber au président de la cour du Tribunal administratif fédéral qui est 
compétente en matière de protection des données. 
8. Loi du 6 octobre 1989 sur les activités de jeunesse 
Titre précédant l’art. 10 et art. 10 
Les voies de droit étant régies par les dispositions générales de la procédure fédé-
rale, il est superflu de les régler dans une disposition spéciale. Comme l’art. 10 sera 
abrogé, il convient de modifier le titre de la section 4. 
9. Ordonnance de l’Assemblée fédérale du 30 mars 1949 
concernant l’administration de l’armée 
Remarque liminaire 
La modification de l’ordonnance concernant l’administration de l’armée n’a pas été 
incluse dans l’annexe à la LTAF, car il s’agit d’un texte du degré réglementaire (non 
sujet au référendum). Or, il convient de combler cette lacune. 
Art. 7, al. 3, 14 et 39, al. 4 
Le recours devant la commission de recours DDPS sera remplacé par le recours 
devant le Tribunal administratif fédéral. 
Art. 40, al. 5 
Les voies de droit applicables aux litiges nés des prétentions du logeur seront réglées 
de manière identique que le logeur fasse valoir ces prétentions envers la commune 
ou envers la Confédération (décision de la Base logistique de l’armée pouvant être 
déférée au Tribunal administratif fédéral). 
10. Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer 
Art. 15, al. 4 
La compétence de trancher définitivement les litiges attribuée au Département 
fédéral de l’environnement, des transports, de l’énergie et de la communication est 
contraire à la loi sur le Tribunal fédéral et à la garantie de l’accès au juge statuée par 
l’art. 29a Cst. Comme le service des recours de ce département sera absorbé par le 
Tribunal administratif fédéral et que les voies de droit sont régies par les dispositions 
générales de la procédure fédérale, la dernière phrase de l’art. 15, al. 4, peut être 
biffée.

7359 
11. Loi du 8 octobre 2004 sur la transplantation 
Art. 68 
La Commission de recours en matière de produits thérapeutiques sera absorbée par 
le Tribunal administratif fédéral. 
12. Loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques 
Art. 84, al. 2 
Sous l’empire du droit actuel, Swissmedic est habilité à interjeter recours tant contre 
les décisions des autorités cantonales que contre celles de la Commission fédérale de 
recours en matière de produits thérapeutiques. Alors que sa qualité pour attaquer les 
décisions cantonales est fondée sur l’art. 84, al. 2, de la loi sur les produits thérapeu-
tiques, celle pour recourir contre les décisions de la commission de recours découle 
de l’art. 28, al. 1, de l’ordonnance du 3 février 1993 concernant l’organisation et la 
procédure des commissions fédérales de recours et d’arbitrage. Aux termes de cette 
disposition, les organes de dernière instance des établissements ou des entreprises 
autonomes de la Confédération sont habilités à former des recours de droit adminis-
tratif contre les décisions des commissions lorsqu’ils ont statué en qualité d’autorité 
inférieure d’une commission de recours. 
Selon le nouveau droit, la qualité pour former recours d’un établissement autonome 
doit être consacrée au niveau de la loi (art. 89, al. 2, let. b, LTF; selon l’art. 89, al. 2, 
let. a, LTF, il en va autrement des unités administratives, par exemple des offices 
fédéraux, qui sont subordonnées aux départements). Il ne suffit donc plus de fonder 
la qualité pour recourir sur une disposition du degré réglementaire (ordonnance). 
Toutefois, le législateur n’a rien voulu changer au principe selon lequel les établis-
sements autonomes doivent pouvoir interjeter recours devant le Tribunal fédéral 
contre les décisions des commissions de recours (ou plus précisément du Tribunal 
administratif fédéral appelé à les remplacer). Dans l’annexe de la loi sur le Tribunal 
administratif fédéral, le législateur a, par exemple, statué une modification de la loi 
sur les banques de manière à habiliter, par une disposition du degré législatif la 
Commission fédérale des banques à recourir contre les décisions du Tribunal admi-
nistratif fédéral (RO 2006 2286). Une telle adaptation a été omise dans le cas de 
Swissmedic. Il s’agit donc de réparer cette omission. 
13. Loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le service civil 
Art. 65 
En l’occurrence, il s’agit de corriger une inadvertance. Le 21 mars 2003, parallèle-
ment aux délibérations parlementaires sur la LTF et la LTAF, l’art. 65 de la loi sur le 
service civil (LSC) avait été complété aux al. 2 et 3 par des règles spéciales concer-
nant l’effet suspensif. Toutefois, comme le message du Conseil fédéral se référait 
encore à la version initiale de l’art. 65 LSC, on a omis, en adaptant cet article au 
nouveau régime des voies de droit de tenir compte des modifications arrêtées paral-
lèlement. Aussi faut-il en revenir au libellé adopté le 21 mars 2003.

7360 
14. Loi fédérale du 25 juin 1982 
sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité 
Art. 53d, al. 6 
L’art 53d est postérieur à l’adoption du message sur la révision totale de 
l’organisation judiciaire fédérale, ce qui explique que l’on ait omis d’adapter cette 
disposition au nouveau régime des voies de recours. La commission de recours 
devant être absorbée par le Tribunal administratif fédéral, il convient de remplacer 
l’expression «président de la commission de recours» par «président de la cour 
compétente du Tribunal administratif fédéral». 
Art. 74 
Dans l’annexe de la LTAF, l’art. 74 a été abrogé sans tenir compte du fait que cette 
disposition a été complétée en 2003 et qu’une partie de cette disposition aurait dû 
être conservée. Il faut maintenir la possibilité de recourir devant le Tribunal adminis-
tratif fédéral contre les décisions de toutes les autorités de surveillance des institu-
tions de prévoyance, y compris lorsqu’il s’agit d’une autorité cantonale (en droit 
actuel l’autorité de recours est la commission fédérale de recours qui sera absorbée 
par le Tribunal administratif fédéral au 1er janvier 2007). Il faut aussi maintenir le 
principe de la gratuité de la procédure de recours pour les assurés. Le projet réintro-
duit donc dans la loi les al. 2 et 3 de l’art. 74, en en adaptant le libellé comme il se 
doit. 
15. Loi du 18 décembre 1998 sur les maisons de jeu 
Art. 48, al. 3, let. e (nouvelle) 
A l’instar de la situation qui prévaut actuellement pour l’Institut Swissmedic (cf. le 
commentaire figurant au ch. 12) la qualité pour recourir de la Commission fédérale 
des maisons de jeu ne repose aujourd’hui que sur une norme du degré réglementaire 
(art. 124, al. 3, de l’ordonnance du 24 septembre 2004 sur les maisons de jeu). Si 
l’on veut que la commission puisse continuer de recourir devant le Tribunal fédéral, 
son droit de recours doit être établi au niveau de la loi. 
16. Loi du 8 novembre 1934 sur les banques 
Art. 24, al. 3 
Dorénavant, les décisions de la Commission fédérale des banques ne pourront plus 
être attaquées directement devant le Tribunal fédéral; elles devront d’abord être 
déférées au Tribunal administratif fédéral. Afin, cependant, que les procédures 
d’assainissement et de liquidation puissent continuer d’être menées à chef sans 
retards, il est essentiel que les recours qui seraient interjetés contre les décisions 
prises dans le cadre de ces procédures n’aient pas d’effet suspensif – comme c’est 
d’ailleurs le cas actuellement – (cf. les considérations émises à ce sujet par le 
Conseil fédéral dans le message du 20 novembre 2002 concernant la modification de

7361 
la loi fédérale sur les banques; FF 2002 7476 ss). Aussi, la disposition de cette loi, 
qui a trait aux voies de droit, doit-elle être complétée de façon ad hoc (aujourd’hui, 
l’absence d’effet suspensif découle de l’art. 111 de l’organisation judiciaire). 
17. Loi du 24 mars 1995 sur les bourses 
Art. 38, al. 5 
Dorénavant, les décisions de l’autorité de surveillance seront sujettes à recours 
devant le Tribunal administratif fédéral. Aussi, dans l’annexe de la LTAF a-t-on 
purement et simplement abrogé l’art. 39 de la loi sur les bourses qui prévoyait en-
core que lesdites décisions pouvaient faire l’objet d’un recours de droit administratif 
devant le Tribunal fédéral (cf. FF 2005 3695). Ce faisant, le législateur a toutefois 
omis qu’à l’art 38, al. 5, subsistait une disposition prévoyant la possibilité 
d’interjeter un recours de droit administratif au sens de l’art 97 ss de l’organisation 
judiciaire. En ce qui concerne l’exclusion des règles sur les féries, on peut doréna-
vant se contenter de déclarer inapplicable la disposition pertinente de la loi fédérale 
du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative. 
3.2 
Entrée en vigueur 
Le 1er mars 2006, le Conseil fédéral a arrêté au 1er janvier 2007 la date de l’entrée en 
vigueur de la loi sur Tribunal fédéral et de la loi sur le Tribunal administratif fédéral 
(RO 2006 1069). Les modifications législatives qui font l’objet du présent message 
doivent donc également entrer en vigueur à cette date. 
4 
Conséquences financières 
Le présent projet n’a aucune conséquence financière ni aucun effet sur les effectifs 
du personnel. 
5 
Programme de la législature 
Les modifications législatives proposées dans le présent message complètent et 
précisent les textes entrant dans la révision totale de l’organisation judiciaire fédé-
rale. Le message relatif à cette révision totale de l’organisation judiciaire fédérale 
remontant à 2001, il ne pouvait être inclus dans le rapport sur le Programme de la 
législature 2003 à 2007 (FF 2004 1035).

7362 
6 
Bases légales 
6.1 
Constitutionnalité 
La constitutionnalité des modifications législatives proposées découle des art. 188 et 
191a Cst. 
6.2 
Légalité 
La LTF et la LTAF ont été édictées le 17 juin 2005 en la forme du loi fédérale au 
sens de l’art. 163, al. 1, Cst. Le délai référendaire est échu le 6 octobre 2005 sans 
avoir été utilisé. Les art. 131, al. 3, LTF et 49, al. 2, LTAF habilitent le parlement à 
modifier par voie d’ordonnance au sens de l’art. 163, al. 1, Cst. les lois qui sont 
contraires à la nouvelle organisation judiciaire fédérale. Cette ordonnance n’est pas 
sujette au référendum (art. 141 Cst.). 
Les art. 131, al. 3, LTF et 49, al. 2, LTAF habilitent le parlement à modifier les lois 
qui sont contraires au nouveau droit sans avoir été formellement modifiées par la 
LTF ou la LTAF. Le motif pour cette délégation était la crainte qu’«il existe un 
certain risque que des dispositions légales actuelles restent inchangées bien qu’elles 
ne soient plus conformes à la nouvelle organisation judiciaire fédérale» (Message, 
FF 2001 4151). L’adaptation d’une loi par une ordonnance du parlement est donc 
possible lorsque cette loi est en conflit avec la nouvelle organisation judiciaire 
fédérale, par exemple lorsque la loi prévoit un recours à une commission de recours 
qui est supprimée par la loi sur le Tribunal administratif fédéral. 
Il y a aussi contradiction lorsque la loi spéciale ne remplit pas l’exigence – nouvel-
lement introduite par la révision totale de l’organisation judiciaire fédérale – d’une 
base légale formelle pour une réglementation procédurale de l’ordonnance 
d’application. Ainsi en va-t-il pour la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral 
de Swissmedic et de la commission des maisons de jeu, car dans de tels cas 
l’exigence d’une base légale formelle est due à l’absence de lien de subordination 
matérielle de ces organismes par rapport aux départements compétents (cf. art. 89, 
al. 2, let. a, LTF). 
Le Conseil fédéral considère également comme une contradiction des cas où 
l’annexe à la LTAF a abrogé à tort une disposition d’une loi alors que cette disposi-
tion avait été modifiée depuis le message du 28 février 2001sur la révision totale de 
l’organisation judiciaire fédérale et avait reçu un contenu qui aurait dû au moins en 
partie être conservé.

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03.10.2006
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