bvger · A-4480/2012 · 2014-02-12 · fr
A-4480/2012

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-4480/2012
Arrêt du 12 février 2014
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Daniel Riedo, Salome Zimmermann, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
X._______ SA,
c/o A._______, ..., ...,
représentée par..., ..., ... ,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure .
Objet
aLTVA; taxation par voie d'estimation; 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2009.
Faits :
A. X._______ SA est une société anonyme, inscrite au registre du commerce du canton de ... depuis le ... et est administrée par A._______. Cette société a pour but l'exploitation d'établissements publics, .... En réalité, celle-ci exploite depuis ..., un restaurant de .... En raison de cette activité, X._______SA (ci-après : la recourante) a été immatriculée au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC), avec effet au ..., en qualité d'assujettie.
B. Les ..., l'AFC a opéré un contrôle auprès de ..., mandataire de la recourante, portant sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2009. Lors de ce contrôle, il est notamment apparu que des manquements dans la tenue de la comptabilité avaient été commis. En effet, des ajustements de caisse auraient été effectués en fin d'année et les recettes provenant du service traiteur n'auraient pas été saisies dans la comptabilité afférente à la période contrôlée.
C. En date du 25 juillet 2011, l'AFC a remis à la recourante, un document détaillant le résultat du contrôle faisant ressortir une correction d'impôt en faveur de l'AFC, d'un montant de Fr. 21'761.--, plus intérêt moratoire. Le 16 août 2011, la recourante a contesté le résultat du contrôle. En substance, elle a allégué que les prélèvements privés concernant les ... de A._______ étaient trop élevés et que la reprise ayant trait à l'estimation était le résultat d'un calcul spéculatif.
D. Par courrier daté du 20 septembre 2011, l'AFC a répondu aux objections de la recourante et a jugé nécessaire d'établir une notification d'estimation .... Cette dernière porte sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2009, fixe la créance fiscale de la recourante, à hauteur de Fr. 119'527.-- et le montant de la correction de l'impôt en faveur de l'AFC à Fr. 21'761.--, plus intérêt moratoire.
E. Par mémoire du 22 septembre 2011, la recourante a formé réclamation contre la décision de l'AFC du 20 septembre 2011. En substance, elle a contesté la reprise opérée en relation avec la subsistance de A._______ et de sa famille ainsi que celle découlant de l'estimation. D'après la recourante, le résultat serait issu d'un calcul spéculatif d'une marge brute de 70%. Ainsi, selon la recourante, l'écart de 2.10% entre la marge réalisée et la marge retenue par l'AFC est infime et devrait être toléré.
F. Par courrier du 28 octobre 2011, la recourante informa l'AFC de sa décision de verser un montant de Fr. 10'000.--, mais que cela ne valait en rien l'approbation de la décision du 20 septembre 2011. En date du 10 mai 2012, A._______ a fait parvenir une procuration en faveur de ..., sis à ....
G. Après examen du dossier, l'AFC est parvenue à la conclusion que les achats destinés à la subsistance de A._______ et de sa famille ne devaient pas être retranchés de la base de calcul sur laquelle l'estimation était fondée. Par conséquent, l'estimation devait être rectifiée. Le 15 mai 2012, l'AFC a fait parvenir au mandataire de la recourante un courrier exposant en détail les corrections envisagées et a accordé à celui-ci un délai jusqu'au 29 mai 2012 pour faire part de ses éventuelles observations.
H.
Le 31 mai 2012, le mandataire de la recourante a confirmé, par courrier, son opposition à la reprise fiscale selon la communication de l'AFC du 15 mai 2012. En substance, en ce qui concerne la marge retenue par l'AFC, la recourante a réitéré les objections formulées dans son courrier du 22 septembre 2011. Pour ce qui est du service traiteur, celle-ci a allégué que ce service restait exceptionnel.
I. Par décision du 5 juillet 2012, l'AFC a rejeté la réclamation de la recourante datant du 22 septembre 2011 et du 31 mai 2012. Compte tenu du paiement survenu le 30 octobre 2011, la créance fiscale de la recourante est portée à Fr. 28'116.--, plus intérêt moratoire. Par mémoire du 27 août 2012, la recourante a formé recours contre la décision de l'AFC du 5 juillet 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, concluant en substance à l'annulation de ladite décision, sous suite de frais et dépens. Par réponse du 4 octobre 2012, l'AFC a conclu au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.
J. Par ordonnance du 31 octobre 2013, le Tribunal a invité l'AFC à déposer des observations. En date du 19 novembre 2013, l'AFC a déposé ses observations, persistant dans ses conclusions. Par ordonnance du 27 novembre 2013, le Tribunal a invité la recourante à se déterminer sur les observations déposées par l'autorité inférieure. En date du 18 décembre 2013, la recourante s'est déterminée sur lesdites observations, persistant dans ses conclusions.
Les autres faits seront repris, pour autant que de besoin, dans la partie en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). L'AFC étant une autorité au sens de l'art. 33 LTAF, et aucune des exceptions de l'art. 32 LTAF n'étant réalisée, le Tribunal administratif fédéral est compétent ratione materiae pour juger de la présente affaire.
1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans, il sied d'observer ce qui suit.
Selon la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les trente jours qui suivent leur notification. Il en résulte que l'assujetti a droit, normalement, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet (la seconde étant soumise à des exigences de forme plus élevées), du moins s'il dépose une réclamation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.1, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 3.3.2, A-1601/2006 du 4 mars 2010 consid. 5.1.2).
En l'occurrence, l'AFC a adressé une notification d'estimation à la recourante le 20 septembre 2011. Elle a qualifié cet acte de décision et elle a indiqué que la recourante bénéficiait de trente jours pour formuler une réclamation. La recourante a ainsi contesté ladite décision par courrier du 22 septembre 2011. L'acte attaqué a été rendu sur cette base le 5 juillet 2012 et l'AFC l'a qualifiée de décision sur réclamation.
Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, une notification d'estimation, en tant que telle, ne constitue pas une décision. En temps normal, le procédé utilisé ici par l'AFC n'est donc pas conforme à la LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4). En matière de fixation de l'impôt après un contrôle, une décision ne peut être rendue qu'à partir du moment où l'assujetti conteste le montant qui lui est réclamé. Toutefois, la loi ne prévoit pas de délai d'attente entre le moment où l'administration établit une notification d'estimation et celui où, à la suite de la contestation de l'assujetti, elle rend une décision. Ainsi, lorsque l'assujetti annonce d'emblée qu'il conteste le résultat du contrôle, alors même qu'il n'a pas encore reçu de notification d'estimation, rien n'empêche l'administration d'établir simultanément ce document et la décision y relative, le cas échéant dans un seul et même acte (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 consid. 4.2.5.3).
En l'occurrence, par courrier du 16 août 2011, la recourante a annoncé qu'elle contestait le résultat du contrôle opéré par l'AFC. Elle n'avait encore pas reçu de notification d'estimation à ce moment-là. Dès lors, c'est à bon droit que l'AFC a joint à sa notification d'estimation une décision au sens formel. Ainsi, la décision subséquente du 5 juillet 2012, contre laquelle la recourante se pourvoit ici, constitue bel et bien une décision sur réclamation. La compétence fonctionnelle du Tribunal administratif fédéral est donc respectée.
1.3 Enfin, posté le 31 août 2012, alors que la décision attaquée, datée du 5 juillet 2012, a été notifiée le lendemain au plus tôt, le mémoire de recours a été déposé dans le délai légal de trente jours (art. 50 al. 1 PA). Signé par ... au bénéfice d'une procuration, muni de conclusions valables et motivées et accompagné d'une copie de la décision attaquée, il répond aux exigences de forme de la procédure administrative (art. 52 al. 1 PA). Par ailleurs, la recourante étant directement touchée par la décision attaquée et ayant participé à la procédure devant l'autorité inférieure, elle a manifestement qualité pour porter l'affaire devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 48 al. 1 PA). Il y a dès lors lieu d'entrer en matière sur le recours du 27 août 2012.
2.
2.1 La loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.
2.1.1 Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA).
Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2009, la présente cause tombe matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures) et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux en vigueur depuis le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. également art. 93 et 94 aLTVA).
Les dispositions en matière d'auto-taxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité, et, à cet égard, l'ancien droit demeure applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6740/2012 du 6 juin 2012 consid. 1.2.3, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1)
2.1.2 Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 1.2, A-4136/2009 du 18 mars 2011 consid. 1.2 et A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable. En outre, la possibilité d'une appréciation anticipée demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 consid. 1.4, A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2 et A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in: Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 157, p. 1126).
En l'occurrence, la présente procédure était pendante lors de l'entrée en vigueur de la LTVA, de sorte que les règles du nouveau droit de procédure doivent s'appliquer.
2.2 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2013, p. 88 n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zürich 2010, ch. 1758 ss).
Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 du 22 décembre 2011 consid. 1.3 et A-4659/2010 du 14 juin 2011 consid. 1.2).
De plus, le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine retenue lorsqu'il examine le résultat d'une taxation par estimation, ne remplaçant l'appréciation de l'autorité inférieure par la sienne qu'en présence d'erreurs manifestes (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1ermai 2012 consid. 2.2, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2; le Tribunal fédéral s'imposant d'ailleurs la même retenue: cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2.4, 2C_426/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2). Par contre, s'agissant de savoir si les conditions d'une taxation par estimation sont remplies, l'examen du Tribunal administratif fédéral est ici illimité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; ATAF 2009/60 consid. 2.9.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 2.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 3.4.1; voir également Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 881 s. ch. 277 s.).
2.3 Dans la présente cause, il appartient au Tribunal de céans d'exposer les règles concernant l'auto-taxation (cf. consid. 3.1 ci-dessous), la nécessité de tenue d'une comptabilité (cf. consid. 3.2 ci-dessous) et enfin la problématique de la taxation par voie d'estimation (cf. consid. 4 ci-dessous).
3.
3.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46 aLTVA; cf., par exemple, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 3.1, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.3). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 2.1, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.1). Autrement dit, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 839 ch. 144 ss).
L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2, 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 2.1, A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.5.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 2.1, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.1).
3.2
3.2.1 Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de manière telle que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre.
3.2.2 L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales sur la manière dont les livres comptables doivent être tenus, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001, rédigées à la suite de l'adoption de l'aLTVA, et des Instructions 2008, qui leur ont succédé (cf. Instructions 2001 ch. 881 ss; Instructions 2008 ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié dans la Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2e partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1ermai 2012 consid. 3.4, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2).
En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte d'exploitation et d'un bilan, sont plus crédibles et constituent de meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan de clôture (cf. Instructions 2001 ch. 881 ss; Instructions 2008 ch. 881 ss). Ainsi, chaque opération commerciale doit pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la base de pièces justificatives, depuis son inscription dans les livres auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan de l'exercice, et vice versa (cf. Instructions 2001 ch. 890; Instructions 2008 ch. 890; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 2.2, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
De plus, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (cf. ch. 892 des Instructions 2001). Au demeurant, l'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (cf. ch. 893 des Instructions 2001; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
3.2.3 L'assujetti doit tenir au moins un livre de caisse, même s'il encaisse et décaisse peu d'argent liquide. Il n'est certes pas tenu, du point de vue de la TVA, de tenir une comptabilité au sens du droit commercial; cela étant, ses livres doivent mentionner tous les chiffres d'affaires et ceux-ci doivent être justifiés par les pièces correspondantes (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 2.3 et les références citées, A-1527/2006 du 6 mars 2008 consid. 2.2). Selon la jurisprudence constante, lorsque l'on se trouve en présence d'un nombre important de transactions effectuées en espèces, la tenue d'un livre de caisse prend une importance centrale. En outre, la tenue détaillée et chronologique d'un livre de caisse répond à des exigences particulièrement élevées (cf. à ce sujet, Hans Gerber, Die Steuerschätzung [Veranlagung nach Ermessen], in Revue fiscale 1980 p. 306; Archives 55 570 ss consid. 2c; JAAC 68.73 consid. 2b).
Si un livre de caisse est censé apporter la preuve de l'exactitude des paiements intervenus, il y a lieu d'exiger que les entrées et les sorties d'argent liquide soient indiquées sans exception, de manière suivie et par ordre chronologique. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, et même tous les jours dans les entreprises recourant intensivement aux paiements en liquide (cf. Instructions 2001 ch. 884; Instructions 2008 ch. 884a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.4.4, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 2.2). C'est ainsi seulement qu'il est possible de garantir que les liquidités encaissées soient enregistrées de manière complète (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2.2.2, 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.2, 2C_302/2009 du 15 octobre 2009 consid. 4.2, 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 2.3, A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid. 2.5.4).
3.2.4 Conformément à l'art. 58 al. 2 aLTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant dix ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 58 al. 2 in fine aLTVA; cf. également les ch. 943 ss des Instructions 2001).
4.
4.1 Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 4.1, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.5.3). Les deux premières conditions sont de nature formelle, la dernière étant de nature matérielle. Lorsqu'une comptabilité contient des lacunes du point de vue formel, l'AFC n'a pas à se demander si elle présente des lacunes d'ordre matériel, l'inverse étant aussi vrai (cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in: Archives de droit fiscal suisse [Archives] 69 511, consid. 3.1.2; Archives 28 343 consid. 1; Archives 35 496 consid. 2 in fine; Archives 33 503 consid. 2 in fine).
4.2 En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations des règles formelles concernant la tenue des comptes apparaissent et qu'elles sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables s'en trouve remise en cause (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2012 du 1ermai 2012 consid. 4.1, A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.2). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes dans la tenue d'une comptabilité. Autrement dit, celle-ci s'impose à chaque fois que sur la base des documents comptables à disposition, il n'est pas possible d'établir une taxation en bonne et due forme (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2 et arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1554/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.6).
De même, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices puissent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit que les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf., par exemple, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1ermai 2012 consid. 4.1; A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 3.1, A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 4.2; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in: Archives de droit fiscal suisse [Archives] 69 511, p. 542 ss).
4.3
4.3.1 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 4.2; A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 3.2, A-5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.4.1; Mollard, in: Archives 69, p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2012 du 1er mai 2012 consid. 4.2, A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 3.2, A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.2). Les parties probantes de la comptabilité et, le cas échéant, les pièces existantes doivent, autant que possible, être prises en compte dans l'estimation. Elles peuvent également servir de base de calcul à cette fin (cf., par exemple, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 4.2, A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 3.2, A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.5.2).
4.3.2 Dans le cadre de l'exécution de l'estimation, l'autorité inférieure se fonde en particulier sur des chiffres d'expérience, que ce soit pour examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont remplies ou pour effectuer cette taxation elle-même. La jurisprudence a déjà relevé que cette manière de faire n'avait en principe rien de critiquable (cf., entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 2.5, A-7083/2008 du 29 novembre 2010 consid. 5.2, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8). Les chiffres d'expérience sont établis sur une base statistique au moyen de relevés effectués auprès d'entreprises dont la comptabilité est tenue de manière fiable. Ils ne constituent pas des règles de droit ni des moyens de preuve semblables à des livres comptables (du moins aussi longtemps qu'ils ne proviennent pas d'une expertise menée par un spécialiste; cf. Martin Zweifel/Silvia Hunziker, Beweis und Beweislast im Steuerverfahren bei der Prüfung von Leistung und Gegenleistung unter dem Gesichtswinkel des Drittvergleichs ["dealing at arm's length"], Archives 77 658, p. 665, 679, et les références citées).
Ces chiffres permettent de savoir ce qui, dans une branche économique donnée, constitue la norme générale en matière de revenus. Cependant, ils ne remplissent cette fonction que dans la mesure où ils reposent sur des bases solides (cf. Zweifel/Hunziker, Archives 77, p. 679). Dès lors que les chiffres d'expérience sont censés fournir des éclaircissements sur le chiffre d'affaires moyen correspondant à un type d'activité donné, ils doivent être largement corroborés et tenir compte de la structure de l'entreprise, de sa taille et des circonstances locales (cf. Mollard, in: Archives 69, p. 553). En d'autres termes, ils doivent résulter d'un large échantillon, qui doit être représentatif, homogène et actuel. Cela signifie qu'ils doivent être établis sur la base d'un nombre de cas suffisant, même s'il n'est pas possible de fixer un chiffre absolu qui serait valable pour toutes les branches. L'échantillon ne doit pas non plus retenir des situations favorables ou défavorables uniquement. Il doit au contraire tenir compte de toutes les circonstances de manière appropriée afin de donner des résultats représentatifs (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 2.7.2, A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 2.5.2, A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.2).
Comme les chiffres d'expérience constituent par principe des valeurs moyennes, ils ne doivent pas être appliqués de manière trop schématique. Dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation, l'autorité doit tenir compte de la dispersion des données (entre la valeur minimale et la valeur maximale) si elle veut établir une estimation correcte qui tienne compte de l'ensemble des circonstances (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 4 mai 1983 publié dans ASA 52 p. 234 consid. 4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 2.7.4; A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 6.3). L'administration doit d'ailleurs expliquer dans ses décisions comment elle a fait usage de son pouvoir d'appréciation (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.8.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 2.7.4; A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid. 2.8.4).
Par ailleurs, il appartient au contribuable de prouver l'existence de conditions particulières devant conduire l'autorité fiscale à s'écarter des données d'expérience. En effet, il convient d'éviter que les cas où le contribuable se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants ou inexistants, ne se soldent par une perte d'impôt (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007, consid. 3.2).
4.4
4.4.1 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle.
4.4.2 Dans un premier temps, il appartient à l'administration de prouver que les conditions d'application de la taxation par estimation sont remplies. Sur ce point, c'est elle qui supporte le fardeau de la preuve et le Tribunal de céans jouit d'un plein pouvoir d'examen (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 2.8.3; A-1527/2006 et A-1528/2006 du 6 mars 2008 consid. 2.4).
Dans un deuxième temps, il sied de se demander si l'AFC a procédé correctement à l'estimation. Là encore, le fardeau de la preuve appartient à l'AFC, le Tribunal administratif fédéral faisant preuve de retenue lors de son analyse de l'exactitude de l'estimation, celui-ci ayant un pouvoir d'appréciation restreint (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4750/2012 du 22 juillet 2013 consid. 2.4.3 et 2.4.4, A-665/2013 du 10 octobre 2013 consid. 2.8.3).
Dans un troisième temps, s'il s'avère que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration, le Tribunal administratif fédéral faisant preuve de retenue lors de son examen (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2, 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 3.3, A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3).
Le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences. Celles-ci ne sont d'ailleurs que le résultat d'une situation incorrecte juridiquement qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 3.3, A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.3, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation vu qu'il a lui-même violé son devoir d'auto-taxation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti prouve que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (cf., entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7752/2009 du 15 mars 2012 consid. 3.3, A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.2, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3; cf. consid. 2.3 ci-dessus).
5.
5.1 En l'espèce, il convient donc de procéder en trois étapes (voir consid. 4.4.2 ci-dessus; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-665/2013 du 12 septembre 2013 consid. 2.8.3, A-825/2013 du 18 septembre 2013 consid. 2.8.3). Tout d'abord, il y aura lieu d'examiner les conditions de la taxation par voie d'estimation (cf. consid. 5.2 ci-dessous), puis de déterminer l'exactitude de l'estimation en elle-même en analysant la méthode utilisée par l'AFC (cf. consid. 5.3 ci-dessous) et enfin, de voir dans quelle mesure la recourante parvient à démontrer le caractère inexact de l'estimation opérée par l'AFC (cf. consid. 5.4 ci-dessous).
5.2
5.2.1 Il convient tout d'abord de vérifier si les conditions d'une taxation par voie d'estimation sont réalisées (première étape). En premier lieu, l'AFC reproche à la recourante de ne pas avoir tenu à jour ses livres de caisses durant toute la période contrôlée, de sorte que la comptabilité du restaurant ne serait pas complète d'un point de vue formel. En effet, il s'avère que la recourante n'a conservé aucune bande de contrôle de la caisse enregistreuse. L'absence de livre de caisse durant les années 2006 à 2009 a d'ailleurs été confirmée par la recourante (cf. recours du 27 août 2012 p. 3). Il est vrai que la recourante a été en mesure de fournir les "Z", à savoir les tickets récapitulatifs mensuels de la caisse enregistreuse, mais pour l'année 2009 exclusivement (cf. annexe au recours du 27 août 2012). Toutefois, d'une part, ces documents n'existent que pour l'année 2009 et non pour les trois autres années faisant l'objet du contrôle opéré par l'AFC. D'autre part, l'AFC a précisé a juste titre que ce type de documents ne permet pas de vérifier la régularité d'une comptabilité, en particulier l'enregistrement chronologique, systématique et complet des transactions effectuées dans le restaurant (cf. observations de l'AFC du 19 novembre 2013 p. 2). On précisera également que dans le domaine de la restauration, une quantité très importante de liquidités circule chaque jour, de sorte que l'absence d'un livre de caisse permettant de justifier toutes les opérations par des pièces écrites constitue un manquement grave, rendant le mouvement des espèces incontrôlable pour l'autorité inférieure, mais également pour l'assujetti lui-même (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 4.1, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4; voir aussi consid. 3.2.2 et 3.2.3 ci-dessus).
Par ailleurs, à ce stade de l'examen, il y a lieu de mentionner le fait que la simple absence d'un livre de caisse dans une entreprise active dans le domaine de la restauration a déjà conduit le Tribunal fédéral à reconnaître un droit à l'AFC de procéder à une estimation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008, consid. 4).
Au vu de ce qui précède, il sied déjà de constater que la comptabilité de la recourante est incomplète et donc peu probante, en ce sens que cette dernière ne possède aucune pièce justificative permettant à l'AFC de déterminer avec précision le chiffre d'affaires réalisé durant la période contrôlée.
5.2.2 Les vices formels concernant la comptabilité de la recourante ne s'arrêtent pourtant pas là. En effet, lors du contrôle opéré les 19 et 23 mai 2011, d'autres graves manquements ont été mis en exergue par l'inspecteur. On citera plus précisément le fait que le compte "caisse" de la recourante a été ajusté, à savoir remis à zéro, à chaque 31 décembre des années 2006, 2008 et 2009, par le compte courant "actionnaire" de A._______. Par nature, le compte "caisse" doit présenter un solde positif (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 4.2), or ici, l'inspecteur a remarqué la présence systématique et régulière de soldes négatifs en fin d'année, balancés par des apports privés non justifiés. En outre, le fait que le compte "caisse" présente un solde négatif en fin d'année est une preuve solide de l'existence de transactions qui n'ont pas été comptabilisées ou l'ont été de manière lacunaire (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1353/2006 du 7 avril 2008 consid. 3.2). Par ailleurs, les apports privés provenaient tous du compte courant "actionnaire" de A._______ et s'élevaient à Fr. 182'263.- au total (cf. décision sur réclamation du 5 juillet 2012 p. 7). On relèvera plus particulièrement le fait que le chiffre d'affaires de l'année 2006 a été ajusté à hauteur de Fr. 55'000.-, ce que la recourante admet d'ailleurs dans son recours (cf. recours du 27 août 2012 p. 3).
Par ailleurs, alors même que les Instructions 2001 édictées par l'AFC (cf. Instructions 2001 ch. 891 ; voir aussi Instructions 2008 ch. 891) prévoient qu'un inventaire détaillé des marchandises en stock doit être établi à la fin de chaque exercice commercial, le contrôle opéré par l'AFC a révélé qu'il n'existe en l'espèce aucun inventaire effectif des marchandises en stock, quelle que soit l'année contrôlée.
Ces éléments, pris ensemble, démontrent bien que la tenue de la comptabilité du restaurant est lacunaire et peu probante d'une manière générale, ce que le mandataire de la recourante admet d'ailleurs (cf. courrier du 30 mai 2012).
5.2.3 En outre, on rappellera que lorsqu'une comptabilité contient des lacunes du point de vue formel, les autorités n'ont en principe pas à se demander si elle présente encore des lacunes d'ordre matériel (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Il sied cependant de relever qu'ici, en sus des lacunes formelles, il existe des lacunes d'ordre matériel, car des chiffres d'affaires provenant du service traiteur n'ont pas été comptabilisés ni déclarés à l'AFC. En effet, cet élément ressort notamment des aveux de la recourante elle-même lors du contrôle des 19 et 23 mai 2011 ainsi que par courrier (cf. courrier du 30 mai 2012). La recourante a effectué des prestations de service traiteur dont les factures n'ont pas été conservées et qui n'apparaissent nulle part dans la comptabilité. Ces prestations de service traiteur ont de toute évidence été réalisées, au vu des éléments du dossier. Selon la recourante, le service traiteur ne serait qu'"exceptionnel", puisque le chiffre d'affaires annuel y relatif, en 2010, s'élèverait à Fr. 5'143.20 (cf. courrier du 30 mai 2012). Il sied ici de constater que la recourante se contredit dans son recours lorsqu'elle prétend à tort qu'elle ne propose aucun service traiteur. Etant donné que ces services n'ont pas été comptabilisés, il paraît manifeste qu'une reprise d'impôts se justifie pleinement. Par ailleurs, la recourante se base sur des recettes datant de 2010, année qui ne fait pas l'objet des périodes contrôlées, de sorte que le montant fourni ne peut être vérifié ou pris comme montant de base pour le service traiteur effectué durant les années 2006 à 2009.
En résumé, la comptabilité de la recourante ne respecte aucune des exigences de forme usuelles ayant notamment trait à la tenue des livres de caisse. Les documents comptables font défaut et les chiffres d'affaires obtenus ne correspondent pas à la réalité économique, au vu du fait que le service traiteur n'a pas été déclaré ni comptabilisé, ce qui constitue une lacune d'ordre matériel. La recourante elle-même reconnaît d'ailleurs que sa comptabilité est lacunaire. Dans ces conditions, l'AFC n'était pas en mesure de déterminer de manière certaine les chiffres d'affaires réellement réalisés par la recourante. Par conséquent, les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies.
5.3
5.3.1 A présent, il y a lieu de vérifier si l'estimation en cause a été faite correctement par l'AFC (deuxième étape). Afin de déterminer le chiffre d'affaires réalisé par la recourante de la manière la plus proche possible de la réalité, l'AFC a procédé de la manière suivante. Elle s'est d'abord distancée de la première estimation opérée par l'inspecteur ayant effectué le contrôle des ... et a, en fait, procédé à une estimation en trois temps que l'on peut expliquer comme suit :
- Dans un premier temps, l'AFC s'est basée sur l'année 2006, a calculé les achats de matières et a ensuite appliqué la marge de 70% pour chaque année jusqu'en 2009, lesdites matières représentant les 30%. Cette marge n'a pas été appliquée de manière théorique, car celle-ci est fondée sur le fait que la recourante a reconnu une marge s'élevant à 67,9%, l'AFC considérant ce chiffre comme étant fiable. Cependant, comme la comptabilité n'était pas correcte et que les prestations de services traiteur n'ont pas été déclarées, il est clairement apparu que l'on ne pouvait se limiter à une telle marge de 67,9%, au risque d'admettre de ne pas avoir exécuté de véritable estimation. Il était donc impératif d'aboutir à un chiffre d'affaires plus élevé, par l'ajout d'une marge brute. En effet, compte tenu du fait que les bandes de contrôle de caisse n'ont pas été conservées et que la comptabilité de manière générale n'est pas tenue en conformité avec les normes en vigueur, il n'est pas possible de quantifier le chiffre d'affaires provenant du service traiteur pour les périodes contrôlées, de sorte qu'une estimation du chiffre d'affaires effectivement réalisé s'avérait nécessaire. L'AFC s'est contentée d'un surplus minime de 2,10%.
- Dans un second temps, par souci d'exactitude, l'AFC a tenu à ce que la marge retenue de 70% ne dépasse pas celle établie par les chiffres d'expérience en la matière. En d'autres termes, l'AFC a repris la marge proposée par la recourante, à savoir une marge de 67.9% et l'a étendue jusqu'à la marge moyenne des restaurants de ... en Suisse, à savoir 70%. A ce titre, l'AFC a produit le détail desdits chiffres d'expérience, établis à partir de restaurants ... de toute la Suisse. Ce qui importait réellement aux yeux de l'AFC est que la marge nationale de 70% ne soit pas dépassée.
- Enfin, l'AFC tient à préciser fermement qu'elle n'a pas opéré de véritable extrapolation, ce qui eût été le cas si elle avait appliqué sans autres les chiffres obtenus par l'analyse de l'année 2006 aux périodes allant jusqu'en 2009 (cf. observations de l'AFC du 19 novembre 2013, p. 4). En réalité, l'AFC a calculé les matières acquises pour chaque année, de 2006 à 2009, opérant ainsi un "double contrôle", fondé à la fois sur l'application des chiffres d'expérience, à la fois sur le contrôle annuel de l'achat des matières.
5.3.2 De manière générale, la façon de procéder de l'AFC doit être confirmée. En effet, l'autorité avait parfaitement le droit de faire appel à une méthode hybride, à même de conduire à une estimation se rapprochant le plus possible de la réalité de l'entreprise. A ce stade l'analyse, il y a lieu de rappeler qu'en matière de taxation par voie d'estimation, la marge d'appréciation dont bénéficie l'AFC est très large. Dans ce cadre, celle-ci peut notamment mélanger les différentes méthodes d'estimation (cf. consid. 4.3.1 ci-dessus) et en l'occurrence, le procédé utilisé par l'AFC, à savoir la méthode composite choisie n'est pas contraire au droit fédéral (cf. consid. 4.3.2 ci-dessus). Au vu de ce qui précède, la façon de faire de l'AFC doit donc être approuvée par le Tribunal de céans. La marge de 70% issue des chiffres d'expérience a été suffisamment établie par l'AFC, notamment au moment de sa réponse complémentaire du 19 novembre 2013. Certes, lesdits chiffres n'ont pas été communiqués à la recourante, mais la jurisprudence en matière de droit d'être entendu a été respectée. En effet, la recourante n'a pas demandé à consulter le dossier tenu secret par l'AFC, de sorte qu'un refus de consulter au sens des art. 27 et 28 PA n'entre pas en ligne de compte, tout comme un éventuel envoi avec caviardage (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_206/2012 du 6 septembre 2012, consid. 5.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4584/2011 du 20 novembre 2012 consid. 2.2). Tout au plus doit-on confirmer à la recourante le bien-fondé de la marge de 70%. Sur le plan national, la marge est effectivement de cet ordre et, même si l'on établit la moyenne à partir des villes de ..., comparables à la ville de ... où se situe la recourante, la marge dépasse légèrement les 69%. Il faut rappeler par ailleurs que l'AFC s'est basée sur cette marge nationale, non pas pour l'appliquer en tant que telle, mais comme limite à ne pas dépasser en l'occurrence, compte tenu d'une marge réelle admise par la recourante elle-même pour l'année 2006. La reprise de la marge nationale ne saurait donc être jugée problématique en l'espèce, pour la seule raison qu'elle ne serait pas assez précise au sens de la jurisprudence. Compte tenu des circonstances, ainsi que du pouvoir d'examen restreint du Tribunal de céans en la matière, il n'y a pas de raison de se fonder sur une marge moins élevée.
Au surplus, rappelons une fois encore que ladite marge obtenue grâce aux chiffres d'expérience n'a été utilisée que de manière complémentaire, à la fois pour tenir compte d'un chiffre d'affaires non déclaré (celui du service traiteur), à la fois pour s'assurer que la marge estimée ne dépasse pas un niveau raisonnable, précisément limité par la marge nationale. Rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante en prenant une marge de 70%.
5.3.3 Il est vrai que l'écart de 2,10% entre la marge réalisée par la recourante et celle retenue par l'AFC est infime. Mais cela représente précisément une raison de plus de la maintenir. En effet, une quelconque tolérance ne saurait être envisagée, compte tenu des nombreux manquements dans la tenue de la comptabilité de la recourante. Comme on l'a dit, accepter la marge de la recourante et renoncer à une estimation ne saurait être admissible, puisque le chiffre d'affaires réalisé qui n'a pas été déclaré ne ferait l'objet d'aucune reprise. L'AFC ne pouvait tolérer une unique marge brute de 67.9% et devait opérer un redressement supplémentaire, au vu des lacunes non seulement formelles mais aussi matérielles de la comptabilité de la recourante. Finalement, le caractère réduit de la marge supplémentaire adoptée par l'AFC constitue plutôt une faveur accordée à la recourante.
Au surplus, comme le soulève la recourante (cf. observations déposées par la recourante le 16 décembre 2013, p. 3), une marge de 68% a été confirmée par le Tribunal fédéral dans une affaire concernant une ... (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008). La recourante estime qu'au vu de cette jurisprudence, une marge de 70% ne se justifie pas, puisque le Tribunal a jugé une marge de 68% suffisante, dans un cas qu'elle estime similaire au sien. On ne saurait suivre cet avis dans l'affaire qui nous concerne et ce, pour deux motifs. D'une part, on l'a vu, les pièces du dossier démontrent que la recourante bénéficie d'une marge brute de 67.9% et que le service traiteur effectué par la recourante durant toute la période contrôlée n'a jamais été déclaré, les revenus tirés de cette activité ne pouvant donc pas être vérifiés de manière certaine par l'AFC. Comme déjà dit, une marge de 68% ne saurait suffire ici, car la marge devrait être indiscutablement supérieure. D'autre part, la jurisprudence précitée traitait du cas d'une ... et non d'un restaurant de ... Cet élément doit être précisé, car les ... sont des établissements ayant été écartés des restaurants pris en compte pour les chiffres d'expériences sélectionnés par l'AFC (cf. observations déposées par l'AFC le 19 novembre 2013 p. 3). Par conséquent, la jurisprudence précitée n'est d'aucun secours à la recourante.
5.4
5.4.1 Il appartient enfin au Tribunal de céans de voir dans quelle mesure la recourante parvient à démontrer le caractère manifestement inexact de l'estimation opérée par l'AFC (troisième étape). La recourante conteste le résultat de cette taxation par estimation. Comme cela a été mentionné dans la partie en droit (cf. consid. 4.4.2 ci-dessus), le contribuable qui entend contester l'exactitude d'une taxation par voie d'estimation opérée à bon droit par l'AFC à son égard doit prouver l'exactitude de celle-ci, en fournissant les moyens de preuve nécessaires afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Dans ce but, la recourante invoque notamment deux arguments.
5.4.2 D'une part, elle estime dans son recours que c'est l'AFC qui a pris le pourcentage de 67.9% comme marge brute de base et que, celle-ci n'intègre pas la réévaluation des prélèvements privés. La position de la recourante ne saurait être suivie sur ce point. En effet, comme le relève à juste titre l'AFC (cf. réponse de l'AFC du 4 octobre 2012; observations déposées par l'AFC le 19 novembre 2013), cette marge ressort expressément des courriers de la recourante (cf. courrier du 30 mai 2012; réclamation du 22 septembre 2011) dans lesquels elle énonce que sa comptabilité fait apparaître et ce, pour toute la période contrôlée, une marge de 67,9%. Par ailleurs, la question relative aux prélèvements en nature n'a plus aucune portée sur l'issue du litige, car rappelons-le, l'AFC s'est écartée de la méthode utilisée par l'inspecteur lors de son contrôle (cf. consid. 5.3.1 ci-dessus). En effet, celle-ci s'est basée sur le prix de revient d'achat des marchandises pour obtenir le coefficient d'expérience, sans y déduire la valeur des marchandises destinées à la subsistance de A._______, des ... ainsi que du .... Dans ces conditions, la recourante a tort lorsqu'elle prétend que l'AFC s'est basée sur une marge de 70% en déduisant les marchandises destinées à la subsistance de ... et du ....
Il faut redire ici que lors d'une estimation en matière de restauration, la part des marchandises consommées à titre privé ne doit pas être déduite du prix de revient d'achat des marchandises achetées, car le coefficient d'expérience dans la branche, qui sert à estimer les achats de marchandises en pourcentage du chiffre d'affaires, comprend toujours les potentiels prélèvements en nature (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_41/2013 du 16 mai 2013 consid. 4.2.4; voir aussi arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1933/2012 du 20 novembre 2012; décision sur réclamation du 5 juillet 2012 p. 9). Afin de tenir compte de la particularité du domaine dans lequel exerce la recourante, l'AFC a recalculé les achats de cette dernière, en admettant finalement que le montant total des achats nets représentait le 30% du chiffre d'affaires net, les 70% correspondant à la marge brute de bénéfice. Dès lors, les prélèvements de marchandises sont inclus dans le chiffre d'affaires estimé.
5.4.3 D'autre part, elle invoque que l'augmentation des revenus privés de A._______ lors de la taxation de 2007 n'est pas liée à la société dont ..., mais que cet argent provient d'une .... Le Tribunal ne peut que constater que la recourante n'a apporté aucune pièce justificative pouvant confirmer ses propos. Dès lors que la recourante n'a pas fourni les preuves nécessaires, le Tribunal n'a pas de moyen de vérifier la thèse avancée. Par ailleurs, les lacunes dans la tenue de la comptabilité de la recourante sont d'une importance telle, que cette affirmation non probante ne saurait influencer le sort de la présente cause. Par conséquent, cette évolution de fortune non justifiée.
5.4.4 Il est vrai que l'estimation de l'AFC pêche sur deux points. D'une part, s'agissant de la prétendue "non-extrapolation", il y a lieu d'objecter que la marge de 70% repose tout de même sur une part de matières aléatoire. En effet, même si la part de matières a été calculée pour chaque année, le coefficient 30/70 repose sur des données plus ou moins abstraites, à savoir la moyenne nationale, ainsi que la marge de 67,9%, dont la recourante n'a pas reconnu qu'elle valait pour toutes les années, de 2006 à 2009 (cf. observations déposées par la recourante, p. 1 et 3). Au surplus, cette même marge de 67,9% a été exprimée en tenant compte d'une déduction des prélèvements privés, alors même que l'AFC estime qu'il n'y a pas lieu de les soustraire. Cependant, de telles imperfections ou erreurs ne conduisent pas encore à une estimation critiquable, tant s'en faut. En définitive, il s'impose de rappeler les circonstances d'ensemble de la présente cause. La recourante a manifestement omis de déclarer certains chiffres d'affaires et l'allégation de leur caractère exceptionnel n'est pas recevable au vu des manquements graves de sa comptabilité. Elle s'est au surplus contredite à plusieurs reprises et les fluctuations des marges alléguées sont avancés après coup, alors même que leur reconstruction réelle ne peut pas avoir de force probante pertinente. L'estimation repose en réalité sur un croisement de données réelles et abstraites, de sorte qu'il y a eu effectivement un double (voire triple) contrôle consolidé de l'AFC, tout à fait admissible au sens de la jurisprudence (cf arrêt du Tribunal administratif fédéral 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 3.3.1).
En fait, la recourante n'est clairement pas parvenue à établir, preuves à l'appui, que l'estimation à laquelle l'AFC a procédé ne correspond manifestement pas à la réalité et cela seul compte en définitive. Au vu de l'incapacité de la recourante à prouver que la marge brute appliquée par l'AFC est manifestement trop élevée, il revient à la recourante de supporter les désavantages de cette situation illégale qu'elle a elle-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2). Par conséquent, il y a lieu de considérer que l'estimation opérée par l'AFC est suffisamment exacte, tant sur le principe que sur le montant. En outre, on mentionnera à titre de rappel, le principe énonçant que l'assujetti doit supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation, vu qu'il a lui-même violé son devoir d'auto-taxation (cf. consid. 4.4.2 ci-dessus).
5.5 La recourante indique encore que son existence serait mise en péril si elle devait payer les montants que l'autorité inférieure lui réclame, car elle n'en aurait pas la capacité financière.
On l'a vu, la déclaration et le paiement de la TVA sont basés sur le principe de l'auto-taxation et la loi fait peser sur les assujettis le poids des erreurs qu'ils peuvent commettre (cf. consid. 3.1 ci-dessus). A cet égard, le fait que la recourante se trouverait, par hypothèse, dans une situation financière difficile ne change rien à la créance fiscale, sur laquelle le Tribunal de céans est appelé à se prononcer. On ne peut que renvoyer la recourante à la faculté de demander à l'AFC des facilités de paiement, ce que cette dernière a d'ores et déjà évoqué et est disposée à examiner (cf. courrier de l'AFC du 20 septembre 2011) (plan de paiement; cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_642/2008 du 12 décembre 2008, consid. 5 in fine; 2C_382/2007 du 23 novembre 2007, consid. 4.2 in fine).
6. Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal de céans à rejeter le recours. En conséquence, conformément à l'art. 63 al. 1 PA et aux art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 3'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante. Il convient d'imputer ce montant sur l'avance de frais déjà fournie. Par ailleurs, vu l'issue de la cause, il n'y pas lieu de procéder à l'allocation de dépens (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure, par Fr. 3'000.--, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ...; Acte judiciaire)
Le président du collège :
Le greffier :
Pascal Mollard
Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :