bvger · A-579/2009 · 2011-08-29 · fr
A-579/2009

Impôt anticipé

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-579/2009
Arrêt du 29 août 2011
Composition
Daniel de Vries Reilingh (président du collège),
Markus Metz, Daniel Riedo, juges,
Celia Clerc, greffière.
Parties
X._______, ***,
représentée par A._______, ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, Eigerstrasse 65, 3003 Berne,
autorité inférieure .
Objet
impôt anticipé ; prestation appréciable en argent.
Faits :
A.
A.a X._______, à ***, (ci-après également la société) a été inscrite au registre du commerce (RC) du canton de *** le 20 février 1990. Elle poursuit le but suivant, selon inscription au RC : services informatiques dans le domaine de la finance, notamment installation de systèmes et location d'espaces informatiques, service de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs. Son administrateur et président avec signature individuelle est Y.A._______, à ***. Y.B._______, également à ***, est administratrice et secrétaire et dispose également du droit de signature individuelle. Y.A._______ et Y.B._______ détiennent ensemble la totalité du capital-actions de X._______.
A.b X.A._______, à ***, a été constituée le 12 mars 1991. Y.A._______ et Y.B._______ font partie du Conseil d'administration de cette société. Y.A._______ en détient plus de 99% du capital-actions.
A.c X.B._______ a été fondée le 8 mars 1999 et a son siège à ***. Le capital-actions de cette société est entièrement détenu par l'Etablissement Z._______, dont Y.A._______ est le propriétaire économique.
B. Le 28 juillet 2003, le Chef du Département fédéral des finances a ordonné à la Division d'enquêtes fiscales spéciales, devenue la Division des affaires pénales et enquêtes, de l'Administration fédérale des contributions (AFC) de mener une enquête au sens des art. 190 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11) en raison de soupçons fondés de graves infractions fiscales, soit soustractions continues de montants importants d'impôts au sens des art. 175 et 176 LIFD et de délits fiscaux au sens des art. 186 et 187 LIFD. Cette enquête a concerné Y.A._______, Y.B._______ et X._______, tous à ***.
C. Le 21 septembre 2006, la Division d'enquêtes fiscales spéciales de l'AFC a rendu son rapport d'enquête contre X._______, Y.A._______ et Y.B._______. Selon les constatations générales de ce rapport, les principales soustractions d'impôt constatées auraient été réalisées selon les trois procédés suivants :
C.a Le premier procédé aurait consisté à intercaler entre X._______ et ses clients X.B._______, chargée de traiter les affaires commerciales avec les clients de X._______ sis en dehors du territoire suisse. L'activité effective de X.B._______ n'aurait cependant jamais été déployée au ***, mais par X._______ en Suisse.
C.b Le second procédé aurait eu trait à des frais de sous-traitance en relation avec des projets de développement informatique. Ces projets auraient notamment été facturés par X.A._______ à X._______. Toutefois, les factures payées par cette dernière n'auraient jamais été encaissées par X.A._______.
C.c Le troisième procédé serait lié à l'utilisation d'un avion dont les frais auraient été facturés à X._______. La plus grande partie des frais ne serait pas justifiée par l'usage commercial, car il s'agirait de frais privés.
D. Le 20 novembre 2006, l'AFC a adressé à la société un décompte d'impôt anticipé pour les années 2000 à 2002 pour un montant total de Fr. 2'396'399.60, représentant 35% de Fr. 6'846'856.--. Elle a estimé que la société précitée avait payé des frais de sous-traitance à X.A._______. Or, si une partie des frais, estimés à un tiers, était justifiée, il ressortait du contrôle effectué que l'autre partie reposait sur des fausses factures et était versée à l'actionnaire. Les montants versés à l'actionnaire étaient qualifiés comme des prestations appréciables en argent soumis à l'impôt anticipé. L'AFC a également considéré que la majorité des frais d'avions pris en charge par X._______ était des frais privés, non justifiés par l'usage commercial. Enfin, l'autorité intimée a jugé que X._______ avait laissé à disposition de X.B._______ tout ou partie du chiffre d'affaires réalisé avec des clients domiciliés hors de la Suisse, alors que les opérations réalisées en dehors du territoire suisse avaient été effectuées par le personnel de X._______. Le chiffre d'affaires correspondant, laissé à disposition de X.B._______, constituait une prestation appréciable en argent soumise à l'impôt anticipé.
X._______, invitée à s'acquitter de la somme précitée dans un délai de 30 jours ou à faire connaître ses arguments pour s'opposer au paiement dans le même délai, n'y a pas donné suite.
E. N'ayant pas non plus donné de suite à la sommation de l'AFC du 11 janvier 2007, l'AFC a requis, le 7 mars 2007, la poursuite de la société. Par commandement de payer du 14 mars 2007, notifié le 16 mars 2007, dans la poursuite n° ***, l'Office des poursuites de *** a requis le paiement de Fr. 2'396'399.60, plus intérêts à 5% dès le 1er mars 2007 et Fr. 577'592.90 (intérêt au 28 février 2007), ainsi que les frais du commandement de payer par Fr. 410.-- plus encaissement de Fr. 500.-- à la société X._______. Cette dernière y a fait totale opposition.
F. Le 11 décembre 2007, l'AFC a décidé que X._______ lui devait Fr. 2'396'399.60 à titre d'impôt anticipé, plus intérêt moratoire de 5% dès l'échéance dudit impôt ainsi que les frais de poursuite par Fr. 410.--. Elle a également levé l'opposition formée par X._______ au commandement de payer précité.
G. Par acte du 28 janvier 2008, la société a formé réclamation contre la décision prise le 11 décembre 2007 précité. Par lettre séparée du même jour, elle a en outre requis la suspension de la procédure en matière d'impôt anticipé jusqu'à droit connu en matière d'impôt fédéral direct. Elle a précisé que la réclamation était formée uniquement pour sauvegarder le délai et qu'elle se réservait le droit de compléter ultérieurement la motivation de la réclamation.
Par courrier du 31 juillet 2008, l'AFC a informé X._______ qu'elle ne voyait pas d'inconvénient à accepter la demande de suspension et qu'elle attendrait « l'issue qui sera donnée au dossier concernant les impôts directs, mais au plus tard jusqu'au mois d'octobre de cette année » avant de notifier une décision sur réclamation.
H. Par décision sur réclamation prise le 5 décembre 2008, l'autorité intimée a rejeté la réclamation formée par X._______ et confirmé que cette société devait payer Fr. 2'396'399.-- d'impôt anticipé ainsi que les frais de Fr. 410.-- de la poursuite n° *** de l'Office des poursuites de ***. Elle a fixé les dates d'échéances de l'intérêt moratoire de 5% l'an comme suit :
- pour le montant de Fr. 328'221.-- dès le 30 novembre 2000 ;
- pour le montant de Fr. 1'048'025.-- dès le 1er février 2001 ; et
- pour le montant de Fr. 1'020'153.-- dès le 1er février 2002.
Elle a justifié sa décision comme suit :
H.a X._______ faisait partie d'un groupe de sociétés auquel appartenait X.A._______, qui employait environ soixante collaborateurs s'occupant du développement de programmes informatiques. L'analyse croisée des documents comptables de X._______ et de X.A._______ permettait de constater qu'une partie des montants versés par X._______ à X.A._______ sur la base de factures émises par cette dernière société n'apparaissait pas dans les comptes de X.A._______. Si l'AFC pouvait admettre, même en l'absence de pièces justificative, qu'une partie des montants ait pu servir à payer notamment des salaires au noir, une autre partie avait été versée directement à l'actionnaire de X._______. Elle a ainsi considéré qu'une partie, estimée à deux tiers, des factures payées par X._______ à X.A._______ était des prestations appréciables en argent, mises à disposition de l'actionnaire de X._______ sans que ce dernier n'offre une contre-prestation à la société.
H.b Les comptes de X._______ enregistraient des charges liées à la location d'un avion Pilatus PC 12. Affrété par la société, l'avion avait volé durant 253 jours pour un total de 475 vols au cours des années 2000 à 2002. Seuls 23 vols avaient servi à rejoindre le siège de X.A._______ alors que le nombre des clients de X._______ situés à l'étranger et qui apparaissaient dans les comptes de la société était de huit. L'avion précité avait en même temps été utilisé pour les vacances de la famille du président de X._______ et pour des rallyes aériens internationaux accomplis par celui-ci en ***, *** ou encore au ***. Selon les informations à disposition, l'avion avait principalement été utilisé à des fins privées. En prenant en compte les voyages en ***, le nombre de clients étrangers de la société ainsi que les besoins de marketing et en les comparant au nombre de vols effectués par l'avion, il était adéquat de considérer que seuls 20% des charges en relation avec les voyages accomplis pouvaient être admises. En revanche, 80% des charges de location de l'avion n'étaient pas justifiées par l'usage commercial et par conséquent qualifiées de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé.
H.c Une partie des affaires conclues par X._______ avait été dirigée sur X.B._______. Il ressortait des documents examinés concernant la période de 2000 à 2002 que X.B._______ n'enregistrait aucun frais de personnel, que la facturation à ses clients était établie depuis la Suisse et que la révision de ses comptes était confiée à B._______à ***. Le serveur mis à disposition pour les besoins de ses clients était celui de X._______. Les éléments précités montraient qu'en réalité les prestations et services offerts par X.B._______ étaient en réalité fournies par X._______. Le bénéfice net réalisé par X.B._______ était par conséquent une prestation appréciable en argent de X._______, soumise à l'impôt anticipé.
H.d En résumé, les prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé étaient les suivantes selon la décision du 5 décembre 2008 entreprise :
Prestations soumises
Année 2000
Année 2001
Année 2002
Total 2000 à 2002
Charges de sous-traitance facturées par X.A._______ non justifiées (2/3 des frais facturés)
289'863.--
580'115.--
472'724.--
1'342'702.--
Frais d'avion non justifiés (80% des frais effectifs)
120'960.--
271'699.--
149'386.--
542'045.--
Chiffre d'affaires de X.B._______ non comptabilisé
526'952.--
2'142'543.--
2'292'614.--
4'962'109.--
Total
937'775.--
2'994'375.--
2'914'724.--
6'846'856.--
Impôt anticipé (35%)
328'221.--
1'048'025.--
1'020'153.--
2'396'399.--
I. Par mémoire du 27 janvier 2009, X._______ (ci-après : la recourante ou la société) a interjeté recours contre la décision sur réclamation précitée. Elle a conclu, sous suite de dépens, à l'admission du recours et à l'annulation de la décision entreprise ainsi qu'à l'annulation du décompte complémentaire d'impôt anticipé établi par l'AFC pour les années 2000 à 2002. Elle a fait valoir que la reprise de deux tiers des charges de sous-traitance était basée sur l'hypothèse que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe X.X._______ appartenaient à X._______. Or, lesdits droits étaient à X.A._______, qui avait accordé une licence de distribution à X.B._______ et à X._______. Une expertise des prix de transfert aurait établi que compte tenu du principe de pleine concurrence, la marge revenant au distributeur devait être de l'ordre de 30%. En appliquant cette marge au chiffre d'affaires « consolidé » de la recourante et de X.B._______, le bénéfice qu'aurait dû réaliser la société durant les années 2000 à 2002 aurait en réalité été inférieur au bénéfice comptabilisé et déclaré par celle-ci. La recourante considère ainsi que même si les bénéfices nets réalisés par X.B._______ devaient être imputés à la recourante, le principe de pleine concurrence aurait pour effet que son bénéfice net « consolidé » ne serait pas supérieur à celui comptabilisé et déclaré. S'agissant des frais de location d'avions, la recourante fait valoir que les avions auraient été utilisés, soit pour transporter du matériel et des employés entre la Suisse, le *** et la ***, soit pour prendre part à des foires professionnelles en Europe, soit pour se déplacer auprès de clients en Suisse et en Europe. Les logiciels développés et commercialisés par le groupe X.X._______ seraient utilisés par les centres de profit d'établissements bancaires. En cas de dysfonctionnement d'un logiciel qui ne puisse pas être traité à distance, le client bancaire exigerait une intervention sur place immédiate. Il était donc indispensable de pouvoir se déplacer très rapidement, si bien que le recours à des avions privés était parfaitement justifié.
J. Dans sa réponse du 26 mars 2009, l'AFC a conclu au rejet du recours sous suite de frais.
K. Le 26 juin 2009, la recourante s'est brièvement exprimée au sujet de la réponse déposée par l'AFC.
L. Par courrier du 12 juillet 2011, la société a requis la suspension de la présente procédure de recours. Elle a motivé sa demande par le fait qu'un recours au Tribunal fédéral serait actuellement pendant « en ce qui concerne les impôts directs ».
M. Par lettre du 17 août 2011, l'AFC s'est opposée à la suspension de procédure sollicitée. Elle a fait valoir que le Tribunal fédéral avait tranché, par arrêt du 27 juillet 2011 (arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011), le litige opposant la recourante à l'Administration cantonale des impôts du canton de *** s'agissant des impôts cantonaux et communaux et de l'impôt fédéral direct. La notification de cet arrêt rendait ainsi sans objet la demande de suspension de procédure formulée par la recourante.
N. Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 de cette loi, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions sur réclamation prises par l'AFC en matière d'impôt anticipé peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral en sa qualité de tribunal administratif ordinaire de la Confédération (art. 1 al. 1, 32 a contrario et 33 lettre d LTAF). La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, la décision sur réclamation prise le 5 décembre 2008 par l'AFC a été notifiée à la recourante le 12 décembre 2008. Compte tenu des féries (art. 22a PA), le recours, adressé au Tribunal administratif fédéral en date du 27 janvier 2009, intervient dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA. Déposé par une personne qui a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA) et selon les formes prescrites (cf. art. 50 al. 1 et art. 52 al. 1 PA), le recours est recevable, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière, sous réserve du consid. 1.3 ci-après.
1.2.
1.2.1. Une suspension de la procédure doit être justifiée par des motifs suffisants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2013/2011 du 31 mai 2011 consid. 1.2.1 et les références citées ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, no 3.14 ss). Elle peut être envisagée lorsqu'il ne se justifie pas, sous l'angle de l'économie de la procédure, de prendre une décision dans l'immédiat, notamment lorsque le jugement prononcé dans un autre litige peut influencer l'issue du procès (cf. art. 6 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273] ; ATF 123 II 1 consid. 2b, 122 II 211 consid. 3e ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2013/2011 du 31 mai 2011 consid. 1.2.1 et A-4379/2007 du 29 août 2007 consid. 4.2). La suspension est également admise lorsqu'elle paraît opportune pour d'autres raisons importantes. Elle ne doit toutefois pas s'opposer à des intérêts publics et privés prépondérants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2013/2011 du 31 mai 2011 consid. 1.2.1 et B-5168/2007 du 18 octobre 2007 consid. 2.2.1 et les références citées, A-7509/2006 du 2 juillet 2007 consid. 5.1 et les références citées). Elle doit même rester l'exception (cf. ATF 130 V 90 consid. 5, 119 II 389 consid. 1b et les références citées ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_982/2009 du 5 juillet 2010 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral B-5482/2009 du 19 avril 2011 consid. 2.2). En particulier, le principe de célérité qui découle de l'art. 29 Cst. pose des limites à la suspension d'une procédure jusqu'à droit connu sur le sort d'une procédure parallèle.
1.2.2. Ainsi que le souligne l'autorité intimée dans son courrier du 17 août 2011, dès lors que le Tribunal fédéral a, par arrêt du 27 juillet 2011 (arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011), tranché le litige opposant la recourante à l'Administration cantonale des impôts du canton de *** s'agissant des impôts cantonaux et communaux et de l'impôt fédéral direct, la demande de suspension de procédure requise par la recourante est devenue sans objet. Un éventuel risque de jugements contradictoires - au demeurant non étayé par la recourante - n'existe plus.
1.3. La recourante demande notamment l'annulation du décompte complémentaire d'impôt anticipé établi le 20 novembre 2006 par l'AFC pour les années 2000 à 2002. Cette conclusion est irrecevable. Le décompte établi le 20 novembre 2006 par l'AFC n'est en effet pas attaquable séparément devant le Tribunal de céans pour les raisons suivantes. Cet acte n'est pas une décision au sens de l'art. 41 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA, RS 642.21), mais une information portée à la connaissance du contribuable en application de l'art. 40 LIA (cf. Hans-Peter Hochreutener, in : Martin Zweifel/Peter Athanas/Maja Bauer-Balmelli [éditeurs], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht II/2, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, Bâle/Genève/Munich 2005, n° 1 ad art. 1 LIA). Par ailleurs, compte tenu de l'effet dévolutif de la réclamation déposée par la société contre la décision prise le 11 décembre 2007 par l'AFC, seule l'annulation ou la modification de la décision sur réclamation du 5 décembre 2008, ici attaquée, peut être demandée. Les conclusions tendant à la modification de toute décision antérieure, remplacée par la décision sur réclamation prise le 5 décembre 2008 par l'AFC, sont irrecevables (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_186/2010 du 18 janvier 2011 consid. 3.4, destiné à publication ; ATF 134 II 142 consid. 1.4 p. 144 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1644/2011 du 20 juin 2011 consid. 5.3.2).
2.
2.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 lettre a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 lettre b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 lettre c PA ; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 2.149 p. 73 ; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/Saint Gall 2010, ch. 1758 ss). Le droit fédéral au sens de l'art. 49 lettre a PA comprend les droits constitutionnels des citoyens (cf. Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 621).
2.2. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c ; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2 ; Kölz/Häner, op. cit., ch. 677).
2.3. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle le Tribunal définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Le devoir de collaborer des parties concerne en particulier le recourant qui adresse un recours au Tribunal dans son propre intérêt. Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (art. 52 PA ; cf. ATF 119 II 70 consid. 1 ; Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 292 ss ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7663/2010 et A-7699/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7020/2010 du 27 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées). Un devoir de collaborer concerne aussi le recourant en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, qui s'écarte de l'ordinaire (cf. Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 294 s. ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_573/2007 du 23 janvier 2008 consid. 2.3 et les références citées).
Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure et de les corriger ou compléter le cas échéant (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-535/2011 du 28 juin 2011 consid. 2.3 et les références citées ; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 1.52).
3.
3.1. La Confédération perçoit un impôt anticipé de 35 % (art. 13 al. 1 lettre a LIA) sur les revenus de capitaux mobiliers (art. 1 al. 1 LIA). L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable, qui doit effectuer celle-ci après en avoir déduit l'impôt anticipé (art. 10 al. 1 en relation avec l'art. 14 al. 1 LIA).
3.2. D'après l'art. 4 al. 1 lettre b LIA, l'impôt a notamment pour objet les participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions. Aux termes de l'art. 20 al. 1 de l'ordonnance d'exécution du 19 novembre 1966 de la loi fédérale sur l'impôt anticipé (OIA, RS 642.211), est un rendement imposable d'actions toute prestation appréciable en argent faite par la société aux possesseurs de droits de participation, ou à des tiers les touchant de près, qui ne se présente pas comme remboursement des parts au capital social versé existant au moment où la prestation est effectuée (dividendes, bonis, actions gratuites, bons de participation gratuits, ou encore d'excédents de liquidation, etc.). Selon une pratique constante, toute attribution aux actionnaires, dont la cause juridique se trouve dans le rapport de participation, constitue une prestation appréciable en argent. L'impôt anticipé est dû sur ces prestations dans la mesure où elles ne seraient pas faites à des tiers dans les mêmes circonstances. Il en va de même des attributions faites à des tiers proches des détenteurs des droits sociaux, dans le sens où il existe entre eux des relations économiques ou personnelles qui, d'après l'ensemble des circonstances, doivent être vues comme la cause véritable des prestations qu'il s'agit d'imposer (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.204/1997 du 26 mai 1999 publié in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2000 II p. 52, Archives de droit fiscal suisse [Archives] 68 p. 746 consid. 2a). L'art. 4 al. 1 lettre b LIA est de manière très générale une norme fiscale se rattachant à des notions économiques et doit ainsi être interprété en tenant compte des aspects économiques. En conséquence, les autorités fiscales ne sont pas strictement liées par les aspects de droit privé ; au contraire, elles doivent apprécier l'état de fait selon sa portée économique (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.537/2005 du 21 décembre 2006 consid. 2.1, 2A.355/2004 du 20 juin 2005 consid. 2.1, 2A.249/2003 du 14 mai 2004 consid. 3.1, 2A.194/1993 du 15 décembre 1994 publié in : Archives 64 p. 493, cité d'après RDAF 1996 p. 423 consid. 2c ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6523/2007 du 4 avril 2011 consid. 2.1, A-674/2008 du 9 septembre 2010 consid. 2, A-5927/2007 du 3 septembre 2010 consid. 2.1).
Selon la jurisprudence, il y a prestation appréciable en argent lorsque : (a) la société ne reçoit aucune contre-prestation ou pas de contre-prestation équivalente ; (b) le bénéficiaire acquiert directement ou indirectement (par exemple par l'intermédiaire d'une personne ou d'une entreprise qui lui est proche) un avantage qui n'aurait pas été accordé à un tiers dans les mêmes conditions, ce qui rend la prestation insolite ; enfin (c) lorsque le caractère de cette prestation était reconnaissable pour les organes de la société (cf. ATF 131 II 593 consid. 5, 119 Ib 431 consid. 2b p. 435 ; 115 Ib 274 consid. 9b p. 279 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.1, 2C_18/2011 du 31 mai 2011 consid. 5.1, 2C_895/2010 du 27 mai 2011 consid. 2.1, 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.1, 2C_421/2009 du 11 janvier 2009 consid. 3.1 et 2A.355/2004 du 20 juin 2005 consid. 2.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6523/2007 du 4 avril 2011 consid. 2.2, A-1594/2006 du 4 octobre 2010 consid 3.4, A-5927/2007 du 3 septembre 2010 consid. 2.2 et les références citées).
Les opérations entre les sociétés d'un groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (principe du « dealing at arm's length »). Cela vaut tant pour le choix des formes juridiques que pour la fixation des montants (cf. ATF 131 I 722 consid. 4.1 p. 727, 119 Ib 116 consid. 2 p. 119 ; arrêts du Tribunal fédéral 2A.346/1992 du 9 mai 1995 publié in : Archives 65 p. 51/57 et in : Der Steuerentscheid [StE] 1995 B 72.11 no 3 consid. 3b). Les sociétés contribuables sont du reste liées par les actes juridiques qu'elles concluent ainsi que par leur comptabilité. En particulier, les transactions internationales entre sociétés du même groupe doivent correspondre à ce qui se ferait entre tiers. Même s'il n'est pas toujours facile de déterminer les prix de transfert pour ces opérations au sein d'un groupe, ceux-ci ne peuvent être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre ou à égaliser les résultats des sociétés (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.1, 2C_788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2).
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, sous certaines conditions, l'autorité peut s'en tenir à la réalité économique et admettre en particulier l'existence d'un seul contribuable en présence de plusieurs entités juridiquement distinctes (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_742/2008 du 11 février 2009 consid. 5.5). Le Tribunal fédéral n'admet ce mode de faire que si la forme juridique à laquelle a recouru le contribuable est insolite, inadéquate ou anormale, qu'elle n'a été choisie qu'aux fins d'éluder l'impôt et qu'elle conduirait effectivement à une économie d'impôt. En d'autres termes, il faut que l'on se trouve en présence d'un cas d'évasion fiscale (cf. ATF 102 Ib 151 consid. 3a p. 154/155; cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.4.1 et 2P.92/2005 du 30 janvier 2006 consid. 7.2).
3.3. Conformément aux règles générales sur le fardeau de la preuve, la preuve que la prestation constitue une charge qui incombe à la société contribuable. En vertu de l'art. 39 al. 1 LIA, celle-ci a l'obligation de renseigner en conscience l'Administration fédérale des contributions sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour déterminer l'assujettissement ou les bases de calcul de l'impôt ; elle doit en particulier tenir ses livres avec soin et les produire, à la requête de l'autorité, avec les pièces justificatives et autres documents. Certes, il ne saurait être question que les autorités fiscales se prononcent sur l'opportunité de tel poste de charges, en substituant leur propre appréciation à celle de la direction de l'entreprise. Néanmoins, la société contribuable doit prouver que les prestations en question sont justifiées par l'usage commercial, afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seuls des motifs commerciaux, et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_18/2011 du 31 mai 2011 consid. 5.2 ; 2C_76/2009 du 23 juillet 2009 consid. 2.2 publié in : Revue fiscale 64/2009 p. 834, 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.1 publié in : RDAF 2009 II 560 et les références citées ; cf. également ATF 119 Ib 431 consid. 2c p. 435). Celui qui effectue un paiement qui n'est pas comptabilisé ni justifié par pièces doit supporter les conséquences de l'absence de preuve, à savoir que ledit paiement sera considéré comme une prestation appréciable en argent (cf. ATF 119 Ib 431 consid. 2c ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_557/2010 du 4 novembre 2010 consid. 2.3, 2C_502/2008 du 18 décembre 2008 consid. 3.3 publié in : Revue fiscale 64/2009 p. 588, 2A.72/2006 du 9 juin 2006 consid. 2.2, 2A.342/2005 du 9 mai 2006 consid. 2.3, 2A.237/2000 du 6 septembre 2000 in : Rivista di diritto amministrativo e tributario ticinese [RDAT] 2001 I p. 421 consid. 3c).
Des exigences particulièrement sévères doivent être posées lorsque des relations juridiques internationales sont en cause, car, dans ce cas, les rapports avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités locales (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.523/1997 du 29 janvier 1999 publié in : Archives 68 p. 246 consid. 3c ; cf. également Archives 65 p. 401 consid. 2b i.f. ; voir aussi arrêts du Tribunal fédéral 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2 et 2e partie du consid. 3.5 sous « Impôts communal et cantonal » et 2C_377/2009 du 9 septembre 2009 consid. 2.3 en matière d'impôt anticipé). S'agissant de paiements opérés à l'étranger, il s'agit non seulement de désigner le nom du destinataire, mais également de démontrer l'ensemble des circonstances qui ont conduit à cette attribution. Doivent être produits les contrats relatifs aux affaires visées ainsi que les éventuelles conventions écrites avec le destinataire du paiement, de même que l'intégralité de la correspondance avec celui-ci et, le cas échéant, les banques impliquées (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_377/2009 du 9 septembre 2009 consid. 2.3 publié in : Revue fiscale 64/2009 p. 588, 2A.523/1997 du 29 janvier 1999 publié in : Archives 68 p. 246 consid. 3c ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6523/2007 du 4 avril 2011 consid. 2.3, A-1594/2006 du 4 octobre 2010 consid. 3.5.3 et A-2605/2008 du 29 avril 2010 consid. 2.6.1).
4. En l'occurrence, selon la décision entreprise, la créance fiscale de l'AFC qui s'élève à Fr. 2'396'399.-- est composée de trois éléments, à savoir :
a) Fr. 1'342'702.-- d'impôt anticipé, calculé sur deux tiers des factures payées par X._______ à X.A._______ durant les années 2000 à 2002 ;
b) Fr. 542'045.-- d'impôt anticipé, calculé sur 80% des frais de location de l'avion Pilatus PC 12 affrété par la société durant les années 2000 à 2002 ;
c) Fr. 4'962'109.-- d'impôt anticipé, calculé sur le bénéfice net de X.B._______, réalisé par cette dernière société durant les années 2000 à 2002.
Il s'agit de déterminer si les reprises ci-dessus constituent des prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé comme l'a décidé l'AFC dans sa décision du 5 décembre 2008 entreprise (consid. 5 ci-après).
5.
5.1. S'agissant tout d'abord du montant d'impôt anticipé de Fr. 1'342'702.--, calculé sur les factures payées par la recourante à X.A._______ durant les années 2000 à 2002, il n'est pas contesté qu'une partie des versements effectués par la recourante n'apparaît pas dans les comptes de X.A._______. Or, un paiement qui n'apparaît pas dans les comptes du créancier ne saurait être déduit à titre de charges auprès de son débiteur, ledit paiement étant ainsi considéré comme une prestation appréciable en argent. Il n'est pas non plus litigieux dans le cas d'espèce que certains versements opérés par la société ont été crédités sur des comptes bancaires n'appartenant pas à X.A._______, mais à son actionnaire. De tels versements sont ainsi sans autre qualifiés de prestations appréciables en argent.
Comme l'indique l'autorité intimée à juste titre dans la décision entreprise et dans sa réponse du 11 juin 2009, l'AFC n'a pas prétendu que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe appartenaient à la recourante. La propriété de ces droits, qui n'est pas contestée, est sans importance pour savoir si les versements effectués par la recourante sur la base des factures établies par X.A._______ sont considérés comme des prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé. En effet, ce qui est déterminant ici c'est le fait que les versements litigieux n'apparaissent pas dans les comptes de X.A._______ et que la recourante n'a pas réussi à démontrer à satisfaction l'ensemble des circonstances des transactions commerciales, ni d'ailleurs les raisons de l'attribution des versements à une autre personne que X.A._______, sa créancière (cf. consid. 3.3 ci-avant). Dans ces conditions, les arguments de la recourante, qui prétend que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe X.X._______ appartenaient à X.A._______, sont sans pertinence.
Par ailleurs, dans son arrêt 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011, le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de ***, qui avait retenu que les factures émanant de la société *** avaient été établies a posteriori et que les deux tiers des sommes versées se rapportaient à des fausses factures et avaient été versés sur des comptes bancaires dont le seul ayant droit économique était Y.A._______. Il a considéré que sur la base de ces éléments, on ne voyait « manifestement pas qu'en considérant que les deux tiers des montants figurant au compte no +++ n'étaient pas justifiés commercialement et devaient être intégrés au bénéfice imposable, les juges cantonaux auraient violé le droit fédéral » (arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.2).
La recourante fait également valoir que compte tenu des risques de dévaluation de la monnaie ***, X.A._______ ne pouvait considérer faire virer les produits de son activité sur des comptes bancaires en ***. En outre, les comptes bancaires auraient dû être ouverts en Suisse par les époux Y._______, en leur nom, mais pour le compte de la X.A._______, car les établissements bancaires avec lesquels traitaient les sociétés du groupe X.X._______ n'auraient pas accepté qu'une société *** ouvre des comptes dans leurs livres. La recourante ne prétend toutefois pas qu'il était impossible à X.A._______ d'ouvrir un compte en devises en Suisse ou dans un autre pays. Par ailleurs, les pièces que fournit la recourante pour prouver ces dires n'indiquent nullement que les établissements bancaires contactés auraient refusé d'ouvrir un compte bancaire au nom de X.A._______. Dans ces conditions, l'estimation des charges de sous-traitance non admises effectuée par l'AFC n'est guère sujette à critique (au sujet de la taxation par estimation en matière d'impôt anticipé, cf. l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6000/2008 du 13 juillet 2010 consid. 3 et les références citées). Les arguments de la recourante doivent ainsi être rejetés et les reprises effectuées par l'AFC dans sa décision sur réclamation du 5 décembre 2008, à laquelle il peut être renvoyé (cf. également les faits lettre H.a ci-avant), sont confirmées.
5.2. En ce qui concerne les frais d'avions privés, dont l'AFC a considérés que le 80% correspondait à des frais privés, non justifiés par l'usage commercial, la recourante se contente d'opposer son propre point de vue sans apporter aucune preuve sérieuse. Le contenu des articles de journal et de revue - relatant les exploits sportifs d'Y.A._______ respectivement sa tentative avortée d'apporter une aide médicale en *** - qu'elle produits tend plutôt à démontrer le caractère privé de l'utilisation de l'avion que son usage commercial. Le Tribunal fédéral a au demeurant également considéré que les frais d'avion précités « doivent à l'évidence être réintégrés dans le bénéfice imposable de la société » (cf. arrêt 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.3).
Dans ces conditions, l'estimation que l'AFC a effectuée n'est guère sujette à critique (au sujet de la taxation par estimation en matière d'impôt anticipé, cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6000/2008 du 13 juillet 2010 consid. 3 et les références citées). Les griefs de la recourante doivent par conséquent être rejetés et les reprises effectuées par l'AFC - qui les a dûment justifiées dans la décision entreprise et à laquelle il est renvoyé (cf. également les faits lettre H.b ci-avant) - sont confirmées.
5.3. Quant au chiffre d'affaires réalisé par X.B._______ et intégré dans le bénéfice de la recourante, cette dernière se borne à affirmer que celui-ci ne lui est pas attribuable. L'expertise au sujet de la marge revenant à un distributeur qu'elle produit ne lui est d'aucun secours. En matière d'impôts directs sur le bénéfice et le capital et également en matière d'impôt anticipé, le droit fiscal suisse ne connaît pas de régime spécial pour les groupes de sociétés. Les opérations entre les sociétés d'un groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (principe du « dealing at arm's length »). Cela vaut tant pour le choix des formes juridiques que pour la fixation des montants (cf. consid. 3.2 ci-avant).
En l'occurrence, selon le rapport de la Division d'enquêtes spéciales de l'AFC du 21 septembre 2006, X.B._______ a servi dès sa création à faire écran entre la recourante et ses clients et à soustraire à l'impôt des éléments qui auraient dû être imposés auprès de la recourante. Son activité effective n'a jamais été déployée au ***, mais en Suisse, depuis les locaux de la recourante. Les seuls frais payés par X.B._______ pour des prestations au *** concernaient sa domiciliation. Cette société ne payait pas de salaires, de commissions ou de loyers au ***. Les comptabilités de X.B._______ et de la recourante étaient établies par le même bureau fiduciaire à *** et l'organe de révision était le même pour les deux sociétés. Le personnel travaillant en Suisse pour la recourante s'occupait indifféremment des deux sociétés sans aucune prise en charge de frais de personnel correspondant par X.B._______. La correspondance destinée à cette dernière société était adressée à la recourante. Selon le rapport précité, la structure mise en place était non seulement insolite, mais également inadaptée aux données économiques.
La recourante ne conteste pas ces éléments.
Le Tribunal fédéral a également jugé que sur la base des indices relevés par le Tribunal cantonal du canton de ***, on ne pouvait reprocher à cette autorité d'avoir confirmé que, sur le plan fiscal, X.B._______ et la recourante pouvaient être considérées comme une seule entité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.4).
Dans ces conditions, les reprises effectuées à ce titre par l'AFC dans sa décision sur réclamation du 5 décembre 2008, à laquelle il peut être renvoyé (cf. les faits lettre H.c ci-avant), sont confirmées.
5.4. Compte tenu de ce qui précède, les griefs de la recourante doivent être rejetés et les reprises effectuées par l'autorité inférieure confirmées.
6. Demeure la question de la mainlevée de l'opposition au commandement de payer n° *** de l'Office des poursuites de *** notifié à la recourante le 16 mars 2007.
6.1. L'AFC doit, dans le dispositif de sa décision, prononcer la levée de l'opposition, en précisant le montant sur lequel elle porte et en se référant à une poursuite en cours. Lorsque l'opposition est écartée sans indication plus précise quant au montant, elle est levée à concurrence de la créance totale pour laquelle la poursuite a été requise (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1898/2009 du 26 août 2010 consid. 8.2 et A-831/2007 du 22 avril 2010 consid. 6.1 et les références citées).
6.2. En l'occurrence, le commandement de payer notifié à la recourante porte sur Fr. 2'396'399.60, plus intérêts à 5% dès le 1er mars 2007 et Fr. 577'592.90, ainsi que les frais du commandement de payer par Fr. 410.-- plus encaissement de Fr. 500.--. Dans sa décision prise le 11 décembre 2007, l'AFC a fixé le montant dû par la recourante à Fr. 2'396'399.60, plus intérêt moratoire de 5% dès l'échéance du montant précité ainsi que les frais de poursuite par Fr. 410.--. Elle a également levé l'opposition formée par la recourante au commandement de payer. Dans sa décision sur réclamation du 5 décembre 2008, l'autorité intimée a rejeté la réclamation formée par la recourante et confirmé que celle-ci lui devait Fr. 2'396'399.-- d'impôt anticipé ainsi que les frais de Fr. 410.-- de la poursuite n° *** de l'Office des poursuites de ***. Elle a fixé les dates d'échéances de l'intérêt moratoire de 5% au 30 novembre 2000 pour le montant de Fr. 328'221.--, au 1er février 2001 pour le montant de Fr. 1'048'025.-- et au 1er février 2002 pour le montant de Fr. 1'020'153.--. Elle n'a rien précisé s'agissant de la levée de l'opposition au commandement de payer.
6.3. Compte tenu de ce qui précède et afin d'éviter tout malentendu, il est précisé que l'opposition au commandement de payer n° *** de l'Office des poursuites de *** est levée en ce qui concerne la totalité des montants en poursuite.
7. Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours dans la mesure où celui-ci est recevable (cf. consid. 1.3). Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, d'un montant de Fr. 23'500.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le dispositif de la décision sur réclamation du 5 décembre 2008 est complété dans ce sens que l'opposition au commandement de payer n° *** de l'Office des poursuites de *** est levée en ce qui concerne la totalité des montants en poursuite.
2. Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 23'500.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 23'500.--.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Daniel de Vries Reilingh
Celia Clerc
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :