bvger · A-5389/2024 · 2026-05-26 · fr
A-5389/2024

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5389/2024
Arrêt du 26 mai 2026
Composition
Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),
Pierre-Emmanuel Ruedin, Iris Widmer, juges,
Valérie Humbert, greffière.
Parties
A._______ Sàrl,
représentée par
Me Justin Brodard,
1003 Lausanne,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (2017-2018) ; prescription ;
déduction de l'impôt préalable.
Faits :
A. A._______ Sàrl (ci-après : aussi l'assujettie) est une société active dans les travaux d'isolation périphérique, de plâtrerie et de rénovation. A._______ en est l'associé gérant avec signature individuelle. Depuis le (...) 2016, cette entreprise est inscrite au registre du commerce du canton de Fribourg (ci-après : RC-FR) et immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après : TVA) de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC)
B.
B.a A l'occasion d'un contrôle interne couvrant les années 2017-2018, l'AFC a constaté des erreurs d'imposition et a annulé la déduction de l'impôt préalable payé au comptant ou faisant l'objet de factures non conformes ou non présentées. Pour l'année 2018, faute de pièces, elle a procédé à une correction par voie d'estimation. Le 3 novembre 2020, l'AFC a établi deux décomptes complémentaires portant sur des montants de 61'624 francs pour 2017 et 100'000 francs pour 2018.
B.b Par pli du 3 octobre 2022, l'assujettie, agissant par une société fiduciaire, a remis de nouvelles pièces à l'AFC, ce qui a conduit cette dernière à corriger partiellement la reprise et à adresser à la recourante en date du 8 novembre 2022 deux notes de crédit d'un montant de 31'783.65 francs pour 2017, respectivement de 65'078.05 pour 2018, tout en maintenant la correction portant sur les factures non conformes ou manquantes tant pour 2017 que pour 2018.
B.c Par courrier du 17 août 2023, l'assujettie, par l'entremise de son avocat, a contesté la reprise résultant des décomptes complémentaires du 3 novembre 2020 ainsi que le montant des deux notes de crédit. Elle a conclu principalement à la réduction de l'impôt dû de 25'721.77 francs pour 2017 et de 12'716.85 francs pour 2018 et subsidiairement à la réduction de 3'173.85 francs pour 2017.
B.d Par décision du 18 janvier 2024, l'AFC a admis la déduction de l'impôt préalable pour deux prestataires et confirmé la reprise pour le surplus. Elle a fixé l'impôt dû au titre de la TVA à 28'316 francs pour 2017 plus intérêt moratoire dès le 16 octobre 2017 et à 31'690 francs pour 2018 plus intérêt moratoire dès le 16 octobre 2018.
C.
C.a Par écriture du 15 février 2024, l'assujettie a formé réclamation à l'encontre de cette décision, concluant à son annulation partielle dans la mesure où elle ne contestait plus la reprise pour deux prestataires et concluait principalement à ce que le reprise soit réduite de 24'697.12 francs pour 2017 et de 9'484.55 francs pour 2018, subsidiairement à des montants à dire par l'AFC.
C.b Par décision sur réclamation du 26 juin 2024, l'AFC a rejeté les griefs de l'assujettie et confirmé les montants de la reprise tels qu'établis dans sa décision du 18 janvier 2024.
D.
D.a Par acte du 28 août 2024, l'assujettie (ci-après : la recourante), dûment représentée, interjette recours à l'encontre de cette décision par-devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF ou le Tribunal) concluant, sous suite de frais et dépens, principalement à son annulation totale, subsidiairement à sa modification dans le sens où la reprise doit être réduite de 24'697.12 francs pour 2017 et de 9'484.55 francs pour 2018 et encore plus subsidiairement au renvoi de la cause à l'AFC (ci-après : aussi autorité inférieure) pour nouvelle décision.
A l'appui de ses conclusions, la recourante se prévaut en premier lieu de la prescription du droit de taxer. Elle prétend également que la décision litigieuse ne tient pas compte des faits, les constate de manière inexacte ou incomplète et que l'autorité inférieure n'aurait pas donné suite à ses offres de preuves. En substance, elle allègue avoir apporté des preuves suffisantes du paiement de la TVA sur un certain nombre de factures.
D.b Dans sa réponse du 30 septembre 2024, l'autorité inférieure soutient que la prescription aurait été interrompue par l'intervention, pour la recourante, de B._______ Sàrl le 3 octobre 2022. Elle conclut à l'admission du recours à hauteur de 2'419.40 francs correspondant à la déduction de l'impôt préalable pour quatre quittances émises par C._______ SA. Pour le surplus, elle maintient sa position en exposant brièvement les raisons pour lesquelles elle ne peut prendre en compte les éléments produits par la recourante.
D.c Par ordonnance du 10 février 2026, complétée le 3 mars suivant (svt), le Tribunal requiert de l'autorité inférieure des précisions sur l'agencement du dossier produit par elle ainsi que toutes informations susceptibles de prouver la qualité de représentante de B._______ Sàrl, et de la recourante, la production de la procuration et/ou le contrat de mandat conclus en faveur de celle-là.
D.d Par pli du 10 mars 2026, l'autorité inférieure livre les informations et les documents demandés. La recourante fait de même le 12 svt.
D.e Dans une prise de position complémentaire du 10 avril 2026, transmise à l'autorité inférieure le 13 svt, la recourante persiste à soutenir que la prescription du droit de taxer est acquise pour les périodes concernées, le courrier du 3 octobre 2022 s'inscrivant selon elle dans un « échange probatoire usuel » et ne remplissant pas les conditions d'un acte interruptif.
Les autres faits et allégations des parties seront, pour autant que besoin, repris dans les considérants en droit qui suivent.
Droit :
1.
1.1 En vertu de l'art. 31 LTAF et sous réserve des exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 de cette loi, le Tribunal connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA. En particulier, les décisions sur réclamation de l'AFC en matière de TVA (cf. art. 83 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [LTVA, RS 641.20]) peuvent être contestées devant le Tribunal, conformément à l'art. 33 let. d LTAF. Le Tribunal est donc compétent pour connaître de la présente cause.
La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF ou la LTVA n'en dispose pas autrement (cf. art. 37 LTAF ; art. 2 al. 4 PA ; art. 81 al. 1 LTVA ; cf. ég. infra consid. 2.2.1).
1.2 Déposé en temps utile et en la forme requise (cf. art. 22a al. 1 let. b, art. 50 al. 1 et art. 52 al. 1 PA) par la destinataire de la décision attaquée, laquelle a participé à la procédure devant l'autorité inférieure et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de dite décision (cf. art. 48 al. 1 PA), le recours est recevable et il peut être entré en matière sur ses mérites.
1.3 La LTVA et son ordonnance d'exécution du 27 novembre 2009 (OTVA, RS 641.201) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2010. Le présent litige portant sur les périodes fiscales 2017 et 2018, seules sont applicables les dispositions de la LTVA et de l'OTVA, tant au fond qu'en ce qui concerne la procédure (cf. art. 112 et 113 LTVA), dans leur teneur en vigueur avant et après la révision partielle de la loi au 1er janvier 2018 (RO 2017 3575), y compris celles concernant la prescription, étant rappelé qu'il s'agit là d'une institution de droit matériel (cf. notamment ATF 144 II 273 consid. 2.2.4). Il y sera fait référence, sauf indication contraire.
Cela étant, la jurisprudence rendue sous l'égide de l'ancienne loi, mais relative à des dispositions matérielles restées inchangés dans le nouveau droit, demeure valable, de sorte qu'il est toujours possible de s'y référer (cf. notamment arrêt du TAF A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 4).
2.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents et l'inopportunité (cf. art. 49 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié, ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. Moor/ Poltier, Droit administratif II, 3e éd. 2011, p. 300 s.), ni par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA).
2.2
2.2.1 Selon la maxime inquisitoire, qui régit la procédure administrative contentieuse et s'applique en matière de TVA (cf. art. 12 ss PA, applicables en vertu de l'art. 81 al. 1 LTVA), l'autorité établit d'office les faits pertinents (cf. art. 81 al. 2 LTVA), dans la mesure qu'exige l'application correcte de la loi (cf. ATF 130 I 258 consid. 5 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.2.1 ; Häfelin et al., Allgemeines Verwaltungsrecht, 8e éd. 2020, nos 1146 ss ; Moor/ Poltier, op. cit., p. 295 ; cf. ég. Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 3e éd. 2022, no 1.52).
Cette maxime doit toutefois être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA ; concernant l'étendue de ce devoir, cf. ATF 148 II 465 consid. 8.3 ; arrêt du Tribunal fédéral [ci-après : TF] 1C_53/2022 du 15 mai 2023 consid. 2.1.3 ; arrêt du TAF A-1782/2023 du 27 janvier 2025 consid. 3.2.1). Cela étant, de jurisprudence constante, l'administré ne doit en principe subir aucun désavantage d'un manquement à ce devoir lorsque sa collaboration n'est pas raisonnablement exigible, soit notamment lorsqu'il est lui impossible de fournir les renseignements requis (cf. arrêts du TAF A-1782/2023 du 27 janvier 2025 [confirmé par arrêt du TF 9C_152/2025 du 6 août 2025] consid. 3.4 et A-481/2021 du 9 août 2021 consid. 5.1.3 ; cf. ég. infra consid. 2.2.3 2e par.).
En outre, conformément à son devoir de collaboration, la recourante doit notamment motiver sa requête, indiquer les moyens de preuve disponibles et les joindre à son mémoire de recours lorsqu'ils se trouvent en ses mains (cf. art. 52 al. 1 PA). Aussi, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; Gregor T. Chatton, in : Bellanger et al. [édit.], Commentaire romand, Loi fédérale sur la procédure administrative, 2024 [ci-après : CR-PA], art. 52 no 27 ; Kölz et al., Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 4e éd. 2025, nos 1135 s.).
2.2.2 La maxime inquisitoire impose au juge d'apprécier d'office l'ensemble des preuves à disposition, selon sa libre conviction (cf. art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273], applicable en vertu du renvoi de l'art. 19 PA, en relation avec l'art. 81 al. 1 LTVA). L'appréciation est libre en ce sens qu'elle n'obéit pas à des règles légales prescrivant à quelles conditions l'autorité devrait admettre que la preuve a abouti et quelle valeur probante elle devrait reconnaître aux différents moyens les uns par rapport aux autres. Le juge forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves présentées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'il a recueillis et en indiquant les motifs de son choix (cf. ATF 130 II 482 consid. 3.2 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.2.2 ; Moser et al., op. cit., no 3.140).
En matière de TVA, le principe de la libre appréciation des preuves est expressément consacré à l'art. 81 al. 3 LTVA, qui précise que l'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis. Néanmoins, malgré l'abolition du formalisme en matière de preuve prévue par la LTVA, les documents écrits, dès lors qu'ils sont les plus à même d'apporter une preuve précise et immédiate, continuent de jouer un rôle considérable, la jurisprudence ayant déjà posé certains jalons en la matière. A l'inverse, les témoignages, en particulier ceux émanant de l'administré ou de ses proches, de même que les preuves établies après coup et les documents non contemporains aux faits sur lesquels porte le litige, ont une valeur probante quasi nulle en droit fiscal (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.2.2 et A-1705/2023 du 24 mai 2024 [confirmé par arrêt du TF 9C_371/2024 du 18 mars 2025] consid. 2.3). Par conséquent, en dépit de l'introduction de la libre appréciation des preuves selon l'art. 81 al. 1 et 3 LTVA, la preuve documentaire « directe » demeure le moyen probatoire principal en matière de TVA. En raison de leur caractère subsidiaire, les autres types de preuves doivent rester l'exception. En particulier, lorsque des documents écrits, comme des factures, existent ou devraient exister, la requête d'audition de témoins ne suffit pas (cf. arrêt du TF 2C_947/2014 du 2 novembre 2015 consid. 7.2.4 ; arrêt du TAF A-6691/2012 du 23 juillet 2014 consid. 4.1 [in fine] ; Martin Kocher, in : Zweifel et al. [édit.], Loi fédérale régissant la TVA, 2e éd. 2025 [ci-après : Commentaire LTVA], art. 81 no 57 ; cf. ég. art. 14 al. 1 let. a PA).
2.2.3 S'agissant du degré de preuve requis en matière fiscale, la jurisprudence s'est toujours montrée stricte : les moyens présentés doivent prouver l'état de fait de manière certaine, la vraisemblance prépondérante n'étant pas suffisante. Un fait est ainsi tenu pour établi lorsque l'autorité n'a plus de doute sérieux quant à son existence. Il n'est cependant pas nécessaire que sa conviction confine à une certitude absolue, qui exclurait toute autre possibilité ; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il revient au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération. La seule allégation ne suffit pas (cf. ATF 150 II 321 consid. 3.6.3, 147 II 338 consid. 3.2 et 146 II 6 consid. 4.2 ; arrêt du TAF A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 2.2.3 ; Moser et al., op. cit., no 3.141 ; Kocher, Commentaire LTVA, art. 81 no 73).
Par exception, le degré de preuve exigé se limitera en règle générale à la vraisemblance prépondérante concernant les faits pour lesquels il ne peut être apporté de preuve absolue. Tel n'est toutefois pas le cas lorsque la difficulté ou l'impossibilité à établir les faits pertinents résulte d'une violation d'un devoir spécial de collaborer qui incombe à l'administré, notamment lorsque, de ce fait, celui-ci ne dispose pas ou plus des moyens de preuve propres à démontrer les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Un défaut de collaboration peut être pris en compte dans le cadre de la libre appréciation des preuves (cf. ATF 148 II 465 consid. 8.3 s. et 148 III 134 consid. 3.4.1 ; arrêt du TAF A-1782/2023 du 27 janvier 2025 consid. 3.4 ; Kocher, Commentaire LTVA, art. 81 nos 43 et 75 ; cf. ég. consid. 5.2 [in fine] ci-après).
2.3
2.3.1 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est en particulier admissible s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire. Une telle manière de procéder n'est pas jugée contraire au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1 ; arrêt du TF 9C_510/2024 du 31 octobre 2024 consid. 4.2.2 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.3 ; Moser et al., op. cit., no 3.144 ; cf. ég. Message du 25 juin 2008 sur la simplification de la TVA, in : FF 2008 6277 [ci-après : FF 2008 6277], 6394 s., ad art. 81 du projet de loi [ci-après : P-LTVA] ; art. 33 al. 1 PA a contrario).
2.3.2 En revanche, lorsque l'autorité reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations nécessaires et raisonnablement exigibles, elle applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, le juge s'inspire de l'art. 8 CC, en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Rapportée au droit fiscal, cette règle suppose que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui créent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujettie assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. ATF 148 II 285 consid. 3.1.3 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.3 ; Rhinow et al., Öffentliches Prozessrecht, 4e éd. 2021, nos 996 ss ; Moor/ Poltier, op. cit., p. 299 s. ; Kocher, Commentaire LTVA, art. 81 no 82 s.).
Les règles sur la répartition du fardeau de la preuve ne s'appliquent que lorsqu'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond à la réalité avec un degré de certitude suffisant pour emporter la conviction du juge. En d'autres termes, si un fait est tenu pour établi, la question du fardeau de la preuve ne se pose pas (cf. ATF 148 II 285 consid. 3.1.3 et 147 II 209 consid. 5.1.3 ; arrêt du TF 2C_532/2021 du 9 mai 2022 consid. 6.1 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.3 et A-5307/2023 du 8 août 2025 consid. 2.3).
3. Le litige porte sur une période allant du 1er trimestre 2017 au 4e trimestre 2018. La première question à trancher avant d'exposer les dispositions topiques qui s'appliquent au litige, dès lors qu'elle peut mettre fin à celui-ci, est celle de la prescription du droit de taxer. En effet, en droit public, et donc également en droit fiscal, la prescription entraîne l'extinction de la créance. Cela contraste avec le droit civil, dans lequel la prescription n'affecte que l'opposabilité d'une créance (ATF 2009/12 consid. 6.3.2.1 ss). Bien que soulevée par la recourante, elle doit de toute manière être examinée d'office lorsqu'elle joue en faveur de la personne contribuable (cf. ATF 142 II 182 consid. 3.2.1 et 138 II 169 consid. 3.2 ; cf. en matière de TVA : notamment arrêts du TF 9C_32/2023 du 12 juillet 2023 consid. 2.2.2 et 2C_853/2021 du 12 mai 2022 consid. 3 ; arrêt du TAF A3394/2023 du 11 décembre 2024 [confirmé par arrêt du TF 9C_50/2025] consid. 5.8.1).
4.
4.1
4.1.1 A teneur de l'art. 42 al. 1 LTVA, le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née (prescription relative). Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78 al. 3 LTVA (cf. art. 42 al. 2 TVA). Cette liste des actes interruptifs est exhaustive (cf. arrêt du TAF A-331/2022 du 7 novembre 2023 consid. 3.7.2.2 ; Marlise Rüegsegger, Commentaire LTVA, art. 42 nos 2a et 9 ; Michael Beusch, in : Geiger/ Schluckebier [édit.], MWSTG Kommentar, 2e éd. 2019 [ci-après : MWSTG Kommentar], art. 42 n° 19). Toutefois, bien que ne figurant pas à l'art. 42 al. 2 LTVA, la notification d'estimation, en tant que succédané de décision (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.5), est considérée comme une déclaration écrite apte à interrompre la prescription (cf. notamment arrêt du TF 2C_781/2021 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.4 ; arrêts du TAF A-331/2022 du 7 novembre 2023 consid. 3.7.2.4, A-4256/2021 du 14 novembre 2022 consid. 2.5.1 et A-2572/2021 du 19 octobre 2022 consid. 2.6.3).
Ce qui est déterminant pour interrompre la prescription, c'est le contenu qualifié de la déclaration écrite (cf. FF 2008 6277, 6374), dans le sens que la période fiscale concernée doit être mentionnée et l'élément imposable défini pour l'essentiel, sans forcément que la créance fiscale ne soit chiffrée (cf. arrêt du TAF A-331/2022 du 7 novembre 2023 consid. 3.7.3 et 3.8.3 par.). Les motifs interruptifs peuvent être invoqués tant par la personne assujettie que par l'AFC. Ces derniers revêtent, par nature, une importance plus grande si bien que la jurisprudence à l'égard des motifs avancés par la personne assujettie est peu développée. Il est néanmoins admis comme un principe général du droit que la prescription peut être interrompue par toute reconnaissance de la part de la personne débitrice (cf. ATF 145 II 130 consid. 2.2.2 qui en déduit que c'est pour cette raison que le législateur ne l'a pas prévue expressément à l'art. 42 LTVA ; Beusch, MWSTG Kommentar, art. 42 n° 14 ; voir cependant Rüegsegger, Commentaire LTVA, art. 42 n° 12a qui est d'avis que la reconnaissance de la créance fiscale ne peut interrompre la prescription de la taxation, car elle ne vise ni la taxation ni la correction de la créance fiscale [on relèvera à cet égard que la créance fiscale entre en force par la reconnaissance écrite du montant figurant dans la notification d'estimation {art. 43 al. 1 let. b LTVA}, ce qui rend caduque la question de la prescription du droit de taxer]). Par reconnaissance, il faut toutefois entendre non seulement une déclaration expresse de la personne débitrice adressée à l'autorité créancière dans le but de reconnaître sa dette, mais aussi tout comportement qui, selon les règles de la bonne foi, peut être interprété comme une confirmation de l'obligation légale de la personne débitrice (cf. Beusch, MWSTG Kommentar, art. 42 n° 14 ; Thomas Meier, Verjährung und Verwirkung öffentlich-rechtlicher Forderungen, 2013, p. 230). Cela comprend par exemple, les paiements partiels, les demandes de report ainsi que les décomptes (pour autant que la prescription ait commencé à courir) et les décomptes correctifs (cf. ATF 145 II 130 consid. 2.2.8 ; Rüegsegger, Commentaire LTVA, art. 42 n° 13 ; Niklaus Honauer et al., Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 4e éd. 2024, n° 2237 ; Beusch, MWSTG Kommentar, art. 42 n° 14 [qui cite aussi les demandes de remise] ; Baumgartner et al., Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, Einführung in die neue Mehrwertsteuerordnung, 2010, § 8 N 45).
4.1.2 Selon l'art. 42 al. 3 LTVA, si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir ; le nouveau délai est de deux ans. Le délai original de prescription relative de cinq ans est donc annulé. L'interruption de la prescription du délai de taxation par la personne assujettie ne raccourcit pas le délai de prescription, lequel reste de cinq ans. Cette réglementation différenciée est nécessaire pour que les assujettis ne puissent pas raccourcir les délais de prescription par une déclaration d'interruption et, ainsi, limiter le droit de contrôle de l'Etat (cf. FF 2008 6277, 6374). Toutefois, le nouveau délai est de deux ans pour chaque acte interruptif qui suit une première interruption par l'AFC, même si c'est la personne assujettie qui interrompt la prescription (cf. Honauer et al., op. cit., n° 2239 ; Beusch, MWSTG Kommentar, art. 42 n° 21 ; Baumgartner et al., op. cit., § 8 N 46). Le délai de prescription relatif peut être interrompu jusqu'à la date de la prescription absolue, lequel est de dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née (cf. art. 42 al. 6 LTVA).
4.1.3 Contrairement à ce que prévoyait l'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), est déterminante non pas la date de l'envoi de l'acte interruptif, mais celle de sa réception par la personne destinataire. Il suffit que dit acte soit parvenu dans la sphère d'influence de celle-ci, sans qu'il soit nécessaire qu'elle ait pris connaissance de son contenu (cf. Rüegsegger, Commentaire LTVA, art. 42 n° 15 ; Honauer et al., op. cit., n° 2235 ; Beusch, MWSTG Kommentar, art. 42 n° 24). De jurisprudence constante, le fardeau de la preuve de la notification d'un acte et de sa date incombe en principe à l'autorité qui entend en tirer une conséquence juridique. Aussi, si la notification ou sa date sont contestées et qu'il existe effectivement un doute à ce sujet, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de l'envoi, dont la bonne foi est présumée (cf. notamment ATF 142 IV 125 consid. 4.3 ; arrêt du TAF A-4217/2021 du 1er mars 2023 consid. 4.2.2), étant souligné que la notification irrégulière ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties (art. 38 PA).
4.2
4.2.1 En l'espèce, pour faire échec à l'exception de prescription invoquée par la recourante, l'autorité inférieure a produit une copie d'un pli non daté portant toutefois copie du numéro d'envoi de la poste et de la date d'expédition (03.10.2022). Rédigé sur le papier à en-tête de B._______ Sàrl à X._______, ce courrier mentionne comme sujet « Révision des comptes 2017/2018 », la société A._______ Sàrl, le n° TVA de cette dernière ainsi que l'adresse de son siège. Il est adressé à Madame D._______ (sans mention de l'AFC) et fait référence à un entretien téléphonique du 29 septembre 2022. La lettre demande de « bien vouloir réexaminer le dossier en prenant en considération les pièces en annexe » (soit la totalité des pièces comptables 2017/2018) et conclut « [...] qu'avec les pièces en annexe et le journal TVA si vous devez émettre un nouveau décompte récapitulatif, il sera d'un montant très inférieur à celui transmis. Nous vous prions de bien vouloir suspendre la facture émise en attendant votre décision. »
4.2.2 La conscience de l'obligation fiscale ressort distinctement de ce document qui révèle que la recourante a connaissance de l'existence de la créance. Même si cette dernière n'est pas chiffrée, elle est déterminable dès lors que la période fiscale est mentionnée. Par cet acte, la recourante entendait clairement demander la diminution de la créance fixée par les décomptes complémentaires du 3 novembre 2020. En conséquence, le caractère interruptif de ce document doit être en principe reconnu. A cet égard, les arguments de la recourante, qui soutient qu'il ne faut pas confondre contestation et fixation de la créance fiscale, tombent à faux. Elle perd en effet de vue que l'acte interruptif peut également avoir pour objectif de corriger la créance (cf. supra consid. 4.1.1), ce qui était manifestement l'objectif de la recourante. Cela étant, encore faut-il que les actes de B._______ Sàrl puissent être valablement imputés à cette dernière pour que celui du 3 octobre 2022 soit retenu comme interrompant la prescription, ce qu'il s'agit à présent d'examiner.
4.3
4.3.1
4.3.1.1 Selon la jurisprudence développée en matière d'impôts directs, le contribuable est présumé n'avoir octroyé aucun pouvoir de représentation (art. 117 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD, RS 642.11]). Cette présomption est renversée lorsqu'il existe une procuration écrite (cf. art. 33 CO) ou encore lorsque les autorités peuvent, de bonne foi, déduire des circonstances une volonté claire et sans ambiguïté du contribuable de se faire représenter. Certes, il ne peut être déduit de la loi une exigence de forme, mais en raison du secret fiscal (art. 110 LIFD), il doit résulter des circonstances une volonté claire et univoque du contribuable de désigner un représentant. Il doit en tous les cas exister un rapport de représentation au sens des art. 32 ss CO entre le contribuable et son représentant. Un des cas typiques dans lesquels une telle procuration est réputée avoir été valablement conférée est celle dans lequel le contribuable désigne textuellement un représentant sur sa déclaration d'impôt (cf. ATF 150 II 26 consid. 3.7.1 et 145 II 201 consid. 5.1 ; arrêts du TF 9C_304/2023 du 21 février 2024 consid. 5.2.1 et 2C_872/2018 du 18 décembre 2018 consid. 2.2). La communication des pouvoirs peut aussi résulter d'actes concluants du représenté, tels qu'ils peuvent être compris par un tiers selon le principe de la confiance. Le TF a toutefois jugé qu'un contribuable qui laissait uniquement à une société fiduciaire le soin de donner des renseignements à l'autorité fiscale ne signifiait pas nécessairement l'avoir désignée comme son représentant (cf. arrêt du TF 9C_304/2023 du 21 février 2024 consid. 5.2.1 avec les réf. citées). Une unique demande de prolongation de délai ne suffit pas non plus (cf. ATF 150 II 26 consid. 3.7.2).
Dans le cas où l'existence d'un pouvoir de représentation est incertaine, l'administration peut (cf. art. 117 al. 2 LIFD) exiger la production d'une procuration ; elle n'y est toutefois pas contrainte (cf. arrêts du TF 9C_304/2023 du 21 février 2024 consid. 5.2.1 et 2C_872/2018 du 18 décembre 2018 consid. 2.2.5). S'il n'est pas possible d'établir que le représentant a été valablement mandaté, le fardeau de la preuve incombe à la partie qui entend en tirer une conséquence juridique (cf. ATF 150 II 26 consid. 3.7.1 ; arrêts du TF 9C_304/2023 du 21 février 2024 consid. 5.2.1 et 2C_872/2018 du 18 décembre 2018 consid. 2.2).
4.3.1.2 Dans une affaire dans laquelle un contribuable n'avait pas fourni de procuration en faveur de sa société fiduciaire, le TF a néanmoins considéré qu'un pouvoir de représentation pouvait être établi sur la base d'actes concluants. En l'occurrence, la société fiduciaire avait échangé toute la correspondance avec l'administration fiscale, avait sollicité à plusieurs reprises des prolongations de délai pour déposer les déclarations d'impôt, avait remis ces dernières pour le compte de sa mandante et avait fourni par la suite divers renseignements. En outre, l'administration fiscale avait procédé au contrôle des comptes dans les locaux de la société fiduciaire et les décisions de taxation lui avaient été notifiées (cf. arrêt du TF 9C_304/2023 du 21 février 2024 consid. 5.2.1 qui cite l'arrêt du TF du 1er octobre 1965 in : Archives de droit fiscal [Archives] 34 p. 297 consid. 5).
4.3.1.3 Il n'y a pas de raison qu'il en aille différemment en matière de TVA. Comme la LTVA ne contient pas de disposition particulière sur la représentation - au contraire de la LIFD -, hormis celles pour les personnes assujetties sans domicile ou siège en Suisse (art. 67 al. 1 LTVA) ou en cas d'imposition de groupe (art. 67 al. 2 LTVA), l'art. 11 PA, dont la teneur est en substance similaire à celle de l'art. 117 al. 1 LIFD, s'applique. Le secret fiscal est consacré à l'art. 74 LTVA. On rappellera également dans ce contexte que le contrat liant une société fiduciaire à une personne contribuable est un contrat de mandat, régi par les art. 394 ss CO. Selon l'art. 396 al. 2 CO, le mandat comprend le pouvoir de faire des actes juridiques nécessités par son exécution ; cette disposition n'exige pas du mandataire qu'il attende une autorisation spéciale expresse de son client avant d'effectuer toute démarche judiciaire nécessaire à l'accomplissement de l'affaire confiée (cf. ATF 145 II 201 consid. 5.1 et les réf. citées). C'est aussi le lieu de préciser que la représentation civile au sens de l'art. 32 CO est à distinguer du messager et de l'auxiliaire. Le messager ne fait que transmettre la volonté de la personne dont il est l'intermédiaire (cf. arrêt du TF 4C.434/2005 du 22 janvier 2007 consid. 4.2 ; Rolf Watter, in : Widmer Lüchinger/Oser [édit.], Basler Kommentar Obligationenrecht I, 8e éd. 2026 [ci-après : BSK-OR I], art. 32 n° 8 ; Christine Chappuis, in : Thévenoz/Werro [édit.], Commentaire romand, Code des obligations I, 3e éd. 2021 [ci-après : CR-CO I], art. 32 n° 5) ; il n'est pas nécessaire qu'il possède la capacité de discernement ni qu'il comprenne la déclaration de volonté qu'il transmet (cf. Annick Fournier, L'imputation de la connaissance, 2021, n° 129 p. 53). Quant à l'auxiliaire (art. 101 CO), il intervient dans l'exécution d'une obligation confiée par le débiteur. Il existe à cet égard un débat sur la nature de l'art. 101 CO, considéré tantôt comme une norme de responsabilité au sens strict - dès lors que, notamment, elle s'inscrit d'un point de vue de la systématique de la loi dans les chapitres consacrés à l'inexécution des obligations et porte le tire marginal « Responsabilité pour des auxiliaires » - tantôt comme une norme d'imputation générale reposant sur le postulat que la personne qui recourt à des personnes tierces pour s'acquitter d'une obligation (contractuelle ou légale) doit répondre de leur comportement comme s'il s'agissait du sien propre, pour autant que ce comportement soit en relation avec l'exécution du contrat ; autrement dit, celle qui a l'avantage de faire exécuter ses obligations par un auxiliaire doit également en supporter les inconvénients (cf. pour un exposé de la controverse : Fournier, op. cit., nos 1172-1198, p. 376 ss, avec les références citées).
Ainsi, dans une jurisprudence récente, le TF a jugé que l'assujettie devait assumer directement la responsabilité du comportement de son ancienne société fiduciaire, considérée comme une auxiliaire au sens de l'art. 101 CO ; le mandant est soumis à une obligation de diligence étendue en ce qui concerne la sélection, l'instruction et la surveillance de ses auxiliaires d'exécution (« cura in eligendo, instruendo und custodiendo » ; cf. arrêt du TF 9C_9/2026 du 2 mars 2026 consid. 2.3.5). Si la première phrase s'inscrit clairement dans la conception de norme d'imputation générale de l'art. 101 CO, la deuxième surprend dès lors que la preuve libératoire est pratiquement impossible à apporter pour s'exonérer de l'art. 101 CO et que la cura in eligendo, instruendo e custodiendo est propre à l'art. 55 CO, soit à la responsabilité délictuelle. La diligence dont il est question dans l'application de l'art. 101 CO est celle que le créancier était en droit d'attendre du débiteur personnellement et à laquelle l'auxiliaire est également tenu (cf. parmi d'autres Luc Thévenoz, CR-CO I, art. 101 nos 25 s).
4.3.2
4.3.2.1 En l'espèce, la recourante a produit devant le Tribunal une procuration datée du 18 janvier 2022 qui institue mandataire la société B._______ Sàrl à X._______ pour toute une série d'affaires tant dans le domaine fiscal que du droit du travail ou des assurances. En particulier, elle est autorisée à entreprendre toutes les démarches nécessaires pour remplir sa déclaration d'impôts, recevoir des copies de toutes les correspondances et faire des oppositions aux taxations. Rien n'indique que cette procuration ait été portée à la connaissance de l'autorité inférieure. De son côté, cette dernière indique que les décomptes TVA de la période sous contrôle ont été remplis sous forme papier par la recourante, hormis le dernier du 4ème trimestre 2018, signé par E._______ Bb._______ à X._______. De plus, une demande de procuration pour l'utilisation de la plateforme « AFC Suisse Tax » en faveur de E._______ (mandataire) avait été adressée à l'autorité inférieure le 28 juin 2019. Cette demande, libellée sur un formulaire pré-imprimé de l'AFC, précise que « [e]n leur qualité de représentants fiscaux, les signataires valident la présente demande de procuration et confirment sa validité » ; elle porte tant la signature de la mandataire que de la recourante (mandant). Il ressort des pièces que l'autorité inférieure a produites à la demande du Tribunal (et qui auraient dû figurer dans le dossier de la cause), qu'avant d'établir les décomptes complémentaires le 3 novembre 2020, l'autorité inférieure a cherché à obtenir de la recourante des documents ; elle s'est adressée pour ce faire à plusieurs reprises à E._______ par courriel, en lui transmettant copie des courriers de rappel envoyés en recommandé à la recourante et par des échanges téléphoniques. S'il est impossible de déterminer à qui a été adressé les décomptes complémentaires du 3 novembre 2020, l'autorité inférieure n'arrivant pas de son propre aveu à remettre la main sur la feuille de transmission, force est de constater que les notes de crédit subséquentes (cf. supra consid. B.b) ont été envoyées directement à la recourante.
4.3.2.2 Dans cette constellation, il est possible d'imputer à la recourante le comportement de la société fiduciaire qui, par pli du 3 octobre 2022 transmettant les documents demandés par l'autorité inférieure, a interrompu valablement la prescription, sans qu'il soit nécessaire de trancher la question de savoir si elle est intervenue en qualité d'auxiliaire (sur la base de l'art. 101 CO comme norme d'imputation générale) ou au titre de représentante active (pour la distinction entre représentation active et passive, cf. notamment Chappuis, CR-CO I, art. 32 n° 5 ; Fournier, op. cit., nos 204 ss p. 74). Et ce, également indépendamment du fait que l'acte précité a été déposé par B._______ Sàrl, société titulaire de la procuration du 18 janvier 2022 (cf. consid. 4.3.2.1), inscrite au registre du commerce du canton de Vaud (ci-après : RC-VD) depuis le (...) 2021 et dont E._______ est la présidente et associée gérante avec signature individuelle, alors que la demande de procuration pour l'utilisation de « AFC Suisse Tax » du 28 juin 2019 était établie au nom de E._______, laquelle est également titulaire avec signature individuelle de l'entreprise individuelle figurant au RC-VD depuis le (...) 2016 sous la raison de commerce Bb._______, E._______. Les deux entités entretiennent la confusion en utilisant le même numéro de téléphone et la même adresse électronique.
4.4 S'agissant des délais, le Tribunal relève que le délai de prescription du droit de taxer a été interrompu une première fois par l'envoi des décomptes complémentaires le 3 novembre 2020, ce qui n'est pas contesté par les parties. La date de réception exacte de ces décomptes n'a pas pu être établie, pas plus que le mode d'envoi, étant rappelé que l'acte interruptif est soumis à réception et qu'en cas de doute sur la date de la notification, il y a lieu de se fier aux déclarations du destinataire de l'envoi (cf. supra consid. 4.1.3). Dès lors que dans sa prise de position du 10 avril 2026, la recourante retient elle-même que la notification est intervenue le lendemain de l'envoi, il faut considérer que les décomptes lui sont parvenus le mercredi 4 novembre 2020 et qu'un nouveau délai de deux ans a commencé à courir à partir de cette date. Dans ces conditions, le deuxième acte interruptif, à savoir l'envoi par la société fiduciaire en date du lundi 3 octobre 2022, est intervenu dans ce nouveau délai de deux ans (qui a commencé à courir le 4 novembre 2020 pour s'achever le 3 novembre 2022 à minuit) et a fait courir un nouveau délai de deux ans, délai durant lequel furent prononcées tant la décision du 18 janvier 2024 que celle sur réclamation du 26 juin 2024. Il s'ensuit que la prescription pour le droit de taxer n'était pas atteinte au moment du dépôt du recours, pas plus qu'elle ne l'est au moment du présent jugement.
5.
5.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (cf. art. 66 al. 1, art. 71 al. 1 et art. 86 al. 1 LTVA). Même si le nouveau droit a assoupli ce principe sur certains aspects (cf. FF 2008 6277, 6304, ch. 1.3.2 s.), il n'en demeure pas moins qu'il appartient à l'administré de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement à la TVA et, le cas échéant, de remettre le décompte de la créance fiscale le concernant et d'acquitter celle-ci ; l'AFC n'a pas à intervenir à cet effet, si ce n'est à des fins de contrôle, et n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.4 ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 5.1 et A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 5.2.1 ; Lysandre Papadopoulos, Commentaire LTVA, art. 71 nos 1 ss ; Felix Geiger, Commentaire LTVA, art. 86 no 1 ; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 5e éd. 2021, p. 518 nos 329 s.).
5.2 Selon l'art. 70 al. 1, 1re phrase, LTVA, la personne assujettie doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents selon les principes du droit commercial, l'AFC pouvant exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt. Cette dernière a notamment fait usage de cette compétence dans le cadre de l'Info TVA no 16 (« Comptabilité et facturation »). La tenue des livres comptables doit notamment permettre de constater aisément et de manière sûre les faits importants pour la détermination de l'assujettissement et le calcul de la créance fiscale (cf. ATF 140 II 495 consid. 3.4.4 ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 5.2 et A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 5.2.1 ; Rohner/ Bobst, Commentaire LTVA, art. 70 no 5), comme le prévoyait explicitement l'art. 58 al. 1 de l'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300). En outre, conformément à l'art. 70 al. 2 LTVA et sous réserve de l'art. 958f CO, la personne assujettie doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale selon l'art. 42 al. 6 LTVA (cf. consid. 4.1.2 [in fine]).
Les cas dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants ou inexistants, ne doivent pas se solder par une perte d'impôt. Il s'agit d'éviter que la personne assujettie qui a rempli son devoir de collaborer ne soit tenue de payer des impôts plus élevés que celui pour lequel le calcul de la créance fiscale est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas être récompensée (cf. arrêts du TF 9C_371/2024 du 18 mars 2025 consid. 5.1 et 2C_998/2021 du 12 mai 2022 consid. 8.2 ; arrêts du TAF A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 5.2.1 et A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 6.2 ; Jürg Steiger, Commentaire LTVA, art. 79 no 3 ; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives 69 511, ch. 3.2.1).
6.
6.1
6.1.1 Conformément à l'art. 28 al. 1 let. a LTVA et sous réserve des art. 29 et 33 LTVA, l'assujetti peut notamment déduire, dans le cadre de son activité entrepreneuriale, l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse qui lui a été facturé. Dès lors que le bien ou le service grevé est affecté à l'activité entrepreneuriale de l'assujetti (cf. notamment ATF 142 II 488 consid. 2.3.5 ; Beat König, Die unternehmerische Tätigkeit als Voraussetzung des Vorsteuerabzuges, 2016, p. 21), la TVA facturée pour autant qu'elle soit effectivement réglée par l'assujetti (cf. infra consid. 6.1.4) est ainsi déductible. Cela vaut en principe également pour le cas où le montant de l'impôt inscrit sur la facture est trop élevé, voire où il n'est pas dû ; le destinataire de la prestation ne doit pas vérifier si l'impôt a été prélevé à juste titre (cf. art. 59 al. 2 OTVA ; FF 2008 6277, 6364, ad art. 29 al. 2 P-LTVA). Le risque que la TVA ne soit pas versée à l'AFC par le prestataire relève du domaine des risques de l'Etat et non de celui du destinataire de la prestation (cf. Commentaire [non daté] de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée de l'administration [disponible sous https://www.newsd.admin.ch/ newsd/ message/ attachments/ 17548.pdf, consulté le 21 avril 2026 ; ci-après : Commentaire OTVA], ad art. 59 al. 2 ; Benno Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 32 ; Beatrice Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 13). Si la facture n'est pas seule décisive (cf. arrêts du TF 2C_734/2019 du 2 juin 2021 consid. 4.3.2 et 2C_1001/2015 du 5 juillet 2016 consid. 4.3.2), elle revêt néanmoins depuis toujours, avec la mention de l'impôt, une importance déterminante en droit de la TVA (cf. art. 28 de l'ancienne ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [aOTVA 1994 ; RO 1994 1464] et art. 37 aLTVA ; arrêt du TF 2C_853/2021 du 12 mai 2022 consid. 5.3 ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.1, A-343/2024 du 16 avril 2025 consid. 2.5.3 et A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 4.1).
6.1.2 Selon l'art. 59 al. 1 OTVA, l'impôt est réputé facturé si le fournisseur de la prestation a réclamé la TVA au destinataire d'une manière reconnaissable pour celui-ci. Cette disposition précise que le droit matériel à la déduction de l'impôt préalable est uniquement lié à la condition que le destinataire de la prestation sache qu'il a payé au fournisseur une prestation avec TVA. Cette connaissance au sujet du paiement de la TVA doit de plus ressortir du comportement du fournisseur et ne doit pas être inférée uniquement de la circonstance que la prestation est en soi imposable en vertu de la loi. La déduction de l'impôt préalable étant un élément qui diminue l'imposition, il appartient à l'assujetti qui s'en prévaut d'apporter la preuve que la TVA lui a été ouvertement transférée, c'est-à-dire de manière reconnaissable pour lui (cf. arrêt du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.1 2e par. ; Commentaire OTVA, ad art. 59 al. 1 [qui précise, à juste titre, que « [la] connaissance au sujet du paiement de la TVA doit de plus ressortir du comportement du fournisseur », contrairement à la jurisprudence et à la doctrine citées ci-après, qui, à tort, indiquent que « [d]ieses Wissen muss sich dabei aus dem Verhalten des Leistungsempfängers ergeben »] ; arrêts du TAF A-343/2024 du 16 avril 2025 consid. 2.5.2 et A-2814/2023 du 19 avril 2024 [confirmé par arrêt du TF 9C_302/2024 du 27 novembre 2024] consid. 2.3.2 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 30).
6.1.3 Pour faciliter la preuve du droit à la déduction de l'impôt préalable, l'art. 26 al. 1 LTVA prévoit que si le destinataire de la prestation en fait la demande, le fournisseur lui délivre une facture répondant aux exigences des al. 2 et 3 (cf. FF 2008 6277, 6362, ad art. 27 P-LTVA [ab initio]). Un document de ce type confère au destinataire une attestation pour la déduction de l'impôt préalable (cf. arrêt du TF 2C_853/2021 du 12 mai 2022 consid. 5.3 ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.1 3e par. et A-3906/2021 du 27 décembre 2022 consid. 6.2.8 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 26 nos 2 s. ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 12 ; Baumgartner et al., op. cit., § 7 no 19) dans la mesure où les autres conditions du droit à la déduction sont remplies. Concernant en particulier la mention de l'impôt, l'art. 26 al. 2 let. f LTVA précise que la facture doit indiquer le taux d'imposition applicable et le montant de l'impôt dû sur la contre-prestation ; si l'impôt est inclus dans la contre-prestation, l'indication du taux applicable suffit. Selon la pratique de l'AFC, il est cependant suffisant que la facture comporte au moins des informations sur le montant de la TVA ou le taux appliqué ; en revanche, la mention « TVA comprise » sur la facture n'est pas une preuve suffisante (cf. Info TVA no 9 [« Déduction de l'impôt préalable »], ch. 1.1). Cette pratique se justifie, dans la mesure où l'indication que la TVA est incluse dans le prix facturé ne permet pas de déterminer à elle seule le montant de l'impôt. L'on ne saurait dès lors considérer que la TVA a été réclamée au destinataire d'une manière reconnaissable pour celui-ci. Cela vaut a fortiori également lorsque la facture comporte uniquement la mention « TTC » (« Toutes taxes comprises »), dont il ne ressort même pas si le prix facturé comprend un montant de TVA (cf. arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.1 3e par. et A-1418/2023 du 30 janvier 2025 consid. 7.2.1 ss ; Beatrice Blum, Commentaire LTVA, art. 26 no 44 ; Baumgartner et al., op. cit, § 7 no 20). Le caractère reconnaissable du transfert de la TVA ne peut non plus être déduit de la seule circonstance que le fournisseur était immatriculé au registre des assujettis à la TVA et qu'il avait une activité et, donc, que ses prestations étaient en soi imposables en vertu de la loi (cf. arrêt du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 8.1.2).
Si la présentation d'une facture conforme aux exigences de l'art. 26 LTVA demeure le moyen le plus simple et adéquat pour prouver le transfert de la TVA, elle n'est toutefois plus une condition matérielle du droit à la déduction de l'impôt préalable - contrairement à ce qui valait sous l'empire de l'ancien droit (cf. art. 38 al. 1 let. a aLTVA) ; en vertu du principe de la liberté de la preuve, le destinataire de la prestation est en effet autorisé à prouver par d'autres moyens que l'impôt lui a été facturé (cf. supra consid. 2.2.2 ; FF 2008 6277, 6325, ch. 1.7.7.2 [« Facturation »], 6362 ad art. 27 P-LTVA et 6364 ad art. 29 P-LTVA ; Commentaire OTVA, ad art. 59 al. 1 ; arrêt du TF 2C_33/2014 du 27 juillet 2015 consid. 2.3.2 ; arrêts du TAF A-343/2024 du 16 avril 2025 consid. 2.5.3 et A-1418/2023 du 30 janvier 2025 consid. 6.1 ; Blum, Commentaire LTVA, art. 26 nos 2 s. ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 31 ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 12 ; Oberson, op. cit., p. 513 n. marg. 307), par exemple par la production de quittances ou de contrats conclus avec les fournisseurs et spécifiant le taux de l'impôt grevant les prestations acquises auprès de ces derniers (cf. arrêt du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.1 4e par.).
6.1.4 Selon l'art. 28 al. 4 LTVA [2009] (actuel art. 28 al. 3 LTVA [2016] suite à l'abrogation de l'ancien al. 3 par le ch. I de la loi fédérale du 30 septembre 2016 avec effet au 1er janvier 2018 [RO 2017 3575] ; ci-après : art. 28 al. 4 LTVA), l'assujetti peut déduire l'impôt selon l'al. 1 pour autant qu'il prouve l'avoir réglé. Le Conseil fédéral relève à ce sujet que, selon l'ancien droit (aLTVA), « il [fallait] nécessairement présenter une facture conforme aux prescriptions formelles pour avoir droit à la déduction de l'impôt préalable » ; désormais, « [l]a personne assujettie doit cependant prouver qu'elle a effectué un paiement dans le cadre de l'une des formes de l'impôt préalable énumérées dans l'al. 2 [de l'art. 29 P-LTVA] » (cf. FF 2008 6277, 6364, ad art. 29 al. 4 P-LTVA).
Selon Suter (Commentaire LTVA, art. 28 no 41), avec l'art. 28 al. 4 LTVA, le législateur a clairement exprimé sa volonté de ne plus faire dépendre le droit à la déduction de la présentation de moyens de preuve précis. La version allemande du Message publié à la Feuille fédérale, selon laquelle le contribuable doit à présent uniquement prouver qu'il a effectué un paiement dans le cadre de l'une des formes de l'impôt préalable prévue par la loi (« Die steuerpflichtige Person hat künftig lediglich nachzuweisen, dass sie für eine in Absatz 2 [von Art. 29 MWSTG-Entwurf] aufgezählte Vorsteuerform eine Zahlung geleistet hat » [BBl 2008 6885, 6975, ad art. 29 al. 4 P-LTVA p. 6975]), et la version italienne, qui précise que cette disposition prévoit expressément qu'aucune exigence formelle stricte ne peut être imposée pour la preuve du droit à la déduction (« Il capoverso 4 stabilisce espressamente che non possono essere poste severe esigenze di forma alla comprova del diritto alla deduzione dell'imposta precedente » [FF {it.} 2008 6033, ad art. 29 al. 4 P-LTVA p. 6122]), sont explicites à ce propos (cf. ég. FF 2008 6277, 6325, ch. 1.7.7.2 [« Facturation »], selon lequel « on se basera uniquement, conformément à l'art. 29, al. 4, P-LTVA, sur le lien entre le droit à la déduction de l'impôt préalable et la preuve du versement correct de l'impôt préalable effectué par le destinataire de la prestation »).
6.1.5 Selon le principe rappelé à l'art. 81 al. 3 LTVA (cf. supra consid. 2.2.2), la preuve du règlement effectif de l'impôt préalable n'est ainsi soumise à aucune forme particulière (cf. arrêt du TF 2C_33/2014 du 27 juillet 2015 consid. 2.3.2 ; arrêts du TAF A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 5.1.2 et A-343/2024 du 16 avril 2025 consid. 2.5.4 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 nos 40 s. ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 38). A cet égard, si la facture constitue un indice important du transfert de la TVA (cf. supra consid. 6.1.3 2e par.), en revanche, elle ne dit pas si le destinataire a bien réglé le montant en question au fournisseur. La preuve de ce fait sera en règle générale apportée au moyen de pièces comptables et de justificatifs de paiement (cf. arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.2 3e par., A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 5.1.2 et A-343/2024 du 16 avril 2025 consid. 2.5.4 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 40 ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 38) ; la personne assujettie demeure néanmoins libre de prouver par tout autre moyen qu'il a réglé l'impôt dont il réclame la déduction. Selon la jurisprudence, la production de factures accompagnées d'attestations de paiement signées par les fournisseurs des prestations n'est pas suffisante à cet effet ; encore faut-il que l'authenticité et la véracité des attestations puissent être vérifiées auprès desdits fournisseurs, le cas échéant par recoupement avec leurs données comptables (cf. arrêt du TF 9C_111/2023 du 16 mai 2023 consid. 4 ss ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.2 3e par. et A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 3.5.4.3 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 40).
6.1.6 En définitive, l'on retiendra que le formalisme en matière de preuve, qui limitait le droit à la déduction de l'impôt préalable dans une mesure jugée trop restrictive au regard de l'objectif de neutralité concurrentielle (cf. art. 1 al. 3 let. a LTVA), a été abandonné et que la présentation d'une facture conforme aux exigences de l'art. 26 al. 2 et 3 LTVA n'est plus une condition nécessaire du droit à déduction ; toutefois, cela ne change rien au principe selon lequel l'assujetti doit prouver les faits qu'il avance pour justifier une baisse de l'impôt (cf. supra consid. 2.3.2 ; FF 2008 6277, 6363, ad art. 29 P-LTVA ; Baumgartner et al., op. cit., § 7 no 19).
En particulier, la déduction de l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse selon l'art. 28 al. 1 let. a LTVA suppose nécessairement, d'une part, que la personne assujettie qui s'en prévaut établisse que cet impôt lui a été facturé, c'est-à-dire qu'il lui a été réclamé d'une manière reconnaissable par le fournisseur de la prestation (cf. supra consid. 6.1.2). D'autre part, il ressort désormais du texte clair de la loi que sous réserve de l'actuel art. 28a LTVA [2016] - la preuve du règlement effectif de l'impôt préalable est une condition du droit à sa déduction (cf. supra consid. 6.1.4 ; ATF 142 II 488 consid. 2.3.3 ; arrêt du TF 2C_356/2020 du 21 octobre 2020 consid. 3.2 ; arrêt du TAF A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 5.1.2).
Savoir si les conditions du droit à la déduction de l'impôt préalable sont remplies doit être apprécié concrètement, dans chaque cas particulier, en se fondant sur l'ensemble des preuves disponibles, conformément à la maxime inquisitoire applicable (cf. supra consid. 2.2.2 ; arrêts du TAF A-4704/2022 du 6 août 2024 consid. 6.1.3 et A-1996/2022 du 19 décembre 2022 consid. 5.1). L'AFC n'est toutefois pas obligée de rechercher les justificatifs du droit à la déduction de l'impôt préalable de l'assujetti ; il appartient bien plutôt à celui-ci, dans le cadre de son devoir de collaborer (cf. supra consid. 2.2.1 et 5), de conserver et de fournir - le cas échéant dans la procédure de recours - les documents et pièces justificatives qui permettent d'établir son droit à cet égard (cf. arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.1.3 3e par., A-1007/2024 du 15 décembre 2025 consid. 5.1.1 et A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 4.3.2).
6.2
6.2.1 Ni la LTVA, ni l'OTVA ne rendent le transfert de l'impôt obligatoire (cf. FF 2008 6277, 6300, ch. 1.2 et 6302 ch. 1.3.2 ; ATF 140 II 80 consid. 2.3.2 ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.2 et A-713/2017 du 2 juillet 2018 consid. 3.4). Le transfert de la TVA est en effet accessoire au rapport de base entre le fournisseur et le bénéficiaire de la prestation (le « rapport de prestations ») et, donc, régi par les mêmes lois et conventions que celui-ci (cf. ATF 144 II 412 consid. 2 et 140 II 480 consid. 2.4 s. ; arrêt du TF 2C_355/2017 du 2 novembre 2018 consid. 4.2).
6.2.2 Lorsque la relation juridique entre le fournisseur et le destinataire de la prestation est de nature privée, le transfert de la TVA est ainsi régi par des conventions de droit privé (cf. art. 6 al. 1 LTVA) et laissé à l'autonomie (privée) des parties (cf. art. 19 al. 1 CO ; FF 2008 6277, 6333, ad art. 6 P-LTVA ; ATF 140 II 80 consid. 2.4.1 ; Geiger, MWSTG Kommentar, art. 6 no 2 ; Raphaël Bagnoud, Commentaire LTVA, art. 6 no 4). L'AFC n'a aucune compétence de décision en la matière ; les autorités compétentes - en règle générale civiles (cf. art. 6 al. 2 LTVA) - pour statuer sur le rapport (principal) de prestation le sont également pour se prononcer sur la question du transfert (accessoire) de l'impôt (cf. ATF 144 II 412 consid. 2.2.3 et 140 II 80 consid. 2.5.4 ; Geiger, MWSTG Kommentar, art. 6 nos 8 s. ; Bagnoud, Commentaire LTVA, art. 6 nos 5 et 24).
Le fournisseur assujetti peut renoncer au transfert de la TVA pour des motifs économiques (à ce sujet, cf. en particulier Blumenstein/ Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 8e éd. 2023, § 6 VI p. 115 s. ; cf. ég. ATF 140 II 80 consid. 2.4.1 et 123 II 385 consid. 8 ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.2 3e par. et A-5288/2018 du 10 septembre 2020 consid. 5.2.1.3 ; Honauer et al., op. cit., no 126 ; Bagnoud, Commentaire LTVA, art. 6 nos 5 ss). L'absence de transfert de l'impôt peut également notamment résulter d'une omission, ou encore du fait que le fournisseur pensait, à tort, ne pas être assujetti et/ou que ses prestations n'étaient pas imposables.
6.2.3 Le principe de la transférabilité de l'impôt (cf. art. 1 al. 3 let. c LTVA), qui s'adresse au législateur, ne confère par ailleurs ni au fournisseur, ni au destinataire de la prestation, de droit subjectif au transfert de la TVA (cf. ATF 140 II 80 consid. 2.3.2 et 123 II 385 consid. 8 ; arrêts du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.2 4e par. et A-565/2014 du 27 août 2014 [confirmé par arrêt du TF 2C_903/2014 du 24 novembre 2014] consid. 2.6 et 4.3 [in fine] ; Geiger, MWSTG Kommentar, art. 6 no 2 ; Bagnoud, Commentaire LTVA, art. 6 no 6). Si l'impôt n'a pas été transféré, le fournisseur assujetti en reste ainsi néanmoins redevable ; cette circonstance ne change en effet rien à l'existence de la dette fiscale et ce n'est qu'aux conditions de l'art. 92 al. 1 let. a LTVA que le prestataire peut, le cas échéant, se voir dispenser du paiement de l'impôt. En outre, en l'absence de transfert effectif de la TVA, le destinataire assujetti de la prestation n'a pas le droit d'en opérer la déduction (cf. supra consid. 6.1.1 et 6.1.6).
6.2.4 Le mode et la manière de documenter le transfert de la TVA sont également laissés à l'autonomie privée des parties, lorsque le rapport de prestations entre celles-ci est soumis au droit privé (cf. Blum, Commentaire LTVA, art. 26 nos 4 ss ; Bagnoud, Commentaire LTVA, art. 6 no 15 ; Regine Schluckebier, MWSTG Kommentar, art. 26 no 6). En particulier, la prétention du destinataire de la prestation à se voir délivrer une facture répondant aux exigences de l'art. 26 al. 2 LTVA est aussi accessoire au rapport de base entre les parties et, partant, de nature privée. L'AFC ne dispose d'aucune compétence en la matière et ne saurait donc obliger l'entreprise assujettie, dans le cadre du rapport de décompte, à délivrer un tel document à ses clients (cf. arrêt du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 6.2 4e par. ; Blum, Commentaire LTVA, art. 26 nos 15 ss ; Bagnoud, Commentaire LTVA, art. 6 nos 5 et 23 s. ; Schluckebier, MWSTG Kommentar, art. 26 no 7 ; cf. ég. ATF 140 II 80 consid. 2.4.1).
Comme cela ressort de la lettre de l'art. 26 al. 1 LTVA, cette disposition s'adresse ainsi au destinataire de la prestation, qu'elle « encourage [...] à demander au fournisseur un justificatif pour la TVA, ce qui améliore ses chances de prouver son droit à la déduction de l'impôt préalable » (cf. FF 2008 6277, ad art. 27 P-LTVA [ab initio] p. 6362).
6.3
6.3.1 Sous certaines conditions, une facture peut être corrigée par son auteur. L'aLTVA ne contenait pas de norme spécifique à cet égard (actuellement art. 27 LTVA), étant rappelé qu'une correction de la facture par le fournisseur était (et est toujours) possible sans autre restriction, tant que celle-ci n'est pas encore acquittée. Les exigences formelles en matière de factures et autres pièces justificatives limitaient le droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. supra consid. 6.1.4). Avec le temps, l'AFC avait cependant assoupli ce formalisme. Lorsqu'il apparaissait à l'occasion d'un contrôle fiscal qu'une facture n'était pas conforme aux exigences de l'art. 37 al. 1 aLTVA et que la facture avait déjà été acquittée, l'AFC donnait la possibilité au destinataire de la prestation de régulariser la situation en lui adressant un formulaire 1310/1550 (intitulé « Attestation du prestataire au destinataire de sa prestation dans le but de permettre ultérieurement la déduction de l'impôt préalable en cas de facture/note de crédit formellement insuffisante ») - à établir par le prestataire - en vue d'obtenir tout de même la déduction de l'impôt préalable. Cette possibilité n'existait toutefois que si la facture était viciée par l'absence d'un ou de plusieurs des éléments suivants, qui étaient considérés comme non essentiels : numéro d'immatriculation du prestataire, date ou période de la livraison ou de la prestation de services, genre, objet et importance de la livraison ou de la prestation de services, taux de l'impôt (à la fois lorsque l'impôt était mentionné à part et lorsqu'il était inclus dans le prix) et, pour les factures établies en monnaie étrangère, le taux de l'impôt ou le montant d'impôt en francs suisses (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3 ; arrêt du TAF A-1418/2023 du 30 janvier 2025 consid. 6.3.1 et les références citées). En revanche, les noms et adresses du prestataire et du destinataire, ainsi que la contre-prestation et le montant de l'impôt dû (sauf lorsque le montant de l'impôt était inclus dans le prix) constituaient des éléments essentiels dont le défaut d'indication sur les factures ne pouvait être régularisé (cf. arrêt du TAF A-1418/2023 du 30 janvier 2025 consid. 6.3.1 avec les références citées). On évitait de cette manière les abus, soit par exemple qu'un tiers, lequel n'était pas le destinataire de la prestation, réclame la déduction de l'impôt préalable sur la base d'une facture qui ne lui était pas adressée ou qu'un assujetti prétende à la déduction d'un impôt dont le montant n'était pas déterminé. Le bien-fondé de cette pratique avait été confirmé par la jurisprudence du Tribunal fédéral (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3 ; arrêt du TAF A-5288/2018 du 10 septembre 2020 consid. 5.2.2.2.2 et les références citées).
Si la TVA facturée s'avérait trop élevée ou trop faible (erreur de calcul, application d'un taux d'impôt erroné, fausse base d'imposition), si elle avait été facturée à tort, ou si elle n'avait pas du tout été facturée (alors qu'elle aurait dû l'être), la correction n'intervenait donc pas au moyen du formulaire 1310/1550. Elle devait être entreprise par le fournisseur, auquel il incombait d'émettre une nouvelle facture ou une note de crédit conformes aux exigences formelles et qui fissent référence à la pièce justificative initiale. Le fournisseur était tenu de comptabiliser la pièce justificative supplémentaire et de la remettre au destinataire de la prestation. Ce dernier devait procéder à la correction de l'impôt préalable (cf. arrêt du TAF A-5288/2018 du 10 septembre 2020 consid. 5.2.2.2.3 et les références citées).
6.3.2 Au 1er juillet 2006 sont ensuite entrés en vigueur les art. 15a et 45a de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aOLTVA, RO 2000 1347 et RO 2006 2353). L'art. 15a aOLTVA concernait les factures dans lesquelles l'indication du fournisseur ou du destinataire était déficiente. L'art. 45a aOLTVA entrait en ligne de compte pour les autres vices formels affectant une facture et disposait qu'un vice de forme n'entraînait pas à lui seul de reprise d'impôt, s'il apparaissait ou si l'assujetti prouvait que la Confédération n'avait subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou cette même ordonnance, sur l'établissement de justificatifs. Les vices formels affectant une facture pouvaient ainsi être corrigés par le biais de l'art. 45a aOLTVA, dans la mesure où les conditions prescrites par cette disposition étaient réunies, à savoir l'absence de préjudice financier subi par l'Etat, sans que le recours au formulaire 1310/1550 soit nécessaire. Les formes prescrites par les normes législatives et/ou par la pratique administrative devaient ainsi être appliquées sans formalisme outrancier, mais avec pragmatisme. Cela étant, il n'était pas concevable de prétendre que l'art. 45a aOLTVA pût primer, voire effacer les termes de la loi elle-même. Il convenait de garder à l'esprit que l'art. 45a aOLTVA concernait uniquement les vices de forme. Il ne protégeait aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation des conditions matérielles (cf. parmi d'autres ATAF 2007/25 consid. 6.1 ; arrêt du TAF A-666/2012 du 28 octobre 2013 consid. 3.3.7.3). Le Tribunal avait admis la pertinence de l'art. 45a aOLTVA dans le cas de vices formels affectant des éléments non essentiels de la facture, comme l'absence du numéro de contribuable du fournisseur (cf. arrêt du TAF A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 3.4 et 4.2.2) ou en cas d'absence du taux de l'impôt (cf. arrêt du TAF A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 5.2.3). En revanche, il était acquis que l'existence même d'une facture (ou d'une pièce justificative équivalente) constituait une condition matérielle (cf. arrêt du TF 2C_263/2007 du 14 août 2007 consid. 5.2 ; arrêts du TAF A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.3.3 et A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 3.3). La faculté de corriger la facture sur la base du formulaire 1310/1550, de même que l'application de l'art. 45a aOLTVA (plus précisément la condition de l'absence de préjudice financier), dépendaient du fait de savoir si le fournisseur avait payé l'impôt dont le destinataire réclamait la déduction au titre d'impôt préalable, alors même que le droit à la déduction de l'impôt préalable n'était normalement pas conditionné au paiement par le fournisseur de la TVA qu'il avait facturée. En effet, la congruence entre l'impôt décompté par le fournisseur et l'impôt préalable à la déduction duquel prétendait le destinataire était inhérente au système de la taxe sur la valeur ajoutée et constituait le fondement de ces différentes dispositions (cf. arrêt du TAF A-1418/2023 du 30 janvier 2025 consid. 6.3.1 avec les références citées).
6.3.3 L'actuel art. 27 al. 4 LTVA dispose que la facture peut être corrigée ultérieurement, dans les limites admises par le droit commercial, par un document qui mentionne et annule la facture d'origine et dont la réception doit être attestée par le destinataire. Le fait que cet alinéa prenne place dans une disposition qui traite de la « Mention inexacte ou indue de l'impôt » et que l'alinéa 2 renvoie à cet alinéa 4 ne signifie pas que la correction d'une facture soit limitée aux situations énumérées à l'alinéa 2. L'art. 27 al. 4 LTVA constitue donc une base légale pour la correction a postiori de toutes les factures initialement erronées (cf. Blum, Commentaire LTVA, art. 27 no 40).
En effet, l'un des objectifs de la réforme de la LTVA était de garantir le droit à la déduction de l'impôt préalable, étant donné que par le passé, le principe de connexité avec le chiffre d'affaires imposable, interprété de manière restrictive, permettait de refuser la déduction de l'impôt préalable dans de nombreux cas et d'imposer ainsi les entreprises au sein de la chaîne de création de valeur par le biais de la taxe occulte (cf. arrêt du TAF A-1418/2023 du 30 janvier 2025 consid. 6.4 avec la référence citée). La nouvelle loi renonce en conséquence à toutes les exigences de forme et prévoit également la liberté de la preuve pour la déduction de l'impôt préalable (cf. supra consid. 6.1.3). Bien qu'une facture demeure le moyen de preuve le plus efficace, ce n'est plus un élément indispensable pour le droit à la déduction de l'impôt préalable. Il s'ensuit que, comme la preuve est libre, l'utilisation du formulaire 1310/1550 n'est plus prescrite pour la correction a postiori, raison pour laquelle il a disparu du site Internet de l'AFC.
7. En l'espèce, quatre groupes de factures restent litigieuses à l'issue de la décision sur réclamation du 26 juin 2024, concernant les entreprises F._______ (C._______ SA), G._______ Sàrl, H._______ Sàrl et I._______ Sàrl.
7.1
7.1.1 Dans sa réponse au recours, l'autorité inférieure a admis sur la base des documents et explications produits par la recourante à l'appui de celui-là, la déduction de l'impôt préalable pour les factures de F._______ (C._______ SA) pour la période fiscale de 2018. La Cour de céans ne voit aucune raison de ne pas suivre la conclusion de l'autorité inférieure d'admettre le recours sur ce point, ce qui conduit à une correction du montant repris à hauteur de 2'419.40 francs, lequel correspond à la TVA de 7,7% du total TTC des quatre quittances produites (12'200 + 5'300 + 11'400 + 4940 = 33'840 francs), auxquelles correspondent des factures conformes mais d'un montant différent en raison de l'allocation d'un escompte.
7.1.2 Il reste donc à déterminer si la recourante a droit, ainsi qu'elle le prétend, à la déduction de l'impôt préalable en lien avec les factures litigieuses émises par les trois autres entreprises, ce qui revient à examiner si les preuves documentaires figurant au dossier sont suffisantes pour établir que les montants litigieux lui ont bien été facturés comme tels au sens de l'art. 28 al. 1 let. a LTVA.
7.2
7.2.1 S'agissant de G._______ Sàrl, l'autorité inférieure prétend qu'aucune facture n'a été produite pour le montant en cause de 80'000 francs pour décembre 2018. Quant à la recourante, elle soutient - ainsi qu'elle l'avait déjà fait dans sa réclamation du 15 février 2024 - qu'il s'agit d'une erreur de la comptable qui aurait saisi la date du 16 décembre 2018 au lieu du 16 février 2018. Elle affirme avoir transmis la pièce en question à l'autorité inférieure qui n'en aurait pas tenu compte. Quant à cette dernière, elle relève que si la pièce n° 20 à laquelle renvoie la recourante figure bien sur le bordereau de pièces produites à l'appui du recours, elle manque dans les documents annexés.
7.2.2 Le Tribunal constate qu'en effet, la pièce auquel se réfère la recourante fait défaut dans le jeu de celles produites ; il renonce toutefois à en demander la production dès lors que dite pièce figure non seulement dans le classeur de pièces comptables mais également dans le dossier, parmi celles que la recourante avait transmises avec sa réclamation (pièce n° 7) à l'autorité inférieure. Celle-ci n'en a pas tenu compte, pas plus qu'elle n'a tenu compte ni dans sa décision sur réclamation ni dans sa réponse au recours des explications de la recourante, lesquelles apparaissent tout à fait plausibles selon l'appréciation du Tribunal.
7.2.3 En effet, il s'agit d'une facture en tout point conforme dès lors qu'elle porte mention du fournisseur et du destinataire, du numéro TVA, du total de 80'000 francs avec TVA 7,7%. Datée du 16.02.2018, elle est assortie du sceau de l'entreprise fournisseuse et d'une signature manuscrite ainsi que de la mention « payé cash 26.02.2018 ». Dans le livre de Caisse de la recourante, on retrouve en date du 16.12.2018 un paiement correspondant à cette somme et à ce fournisseur de même que dans le Journal TVA. Une erreur de saisie est tout à fait concevable si l'on considère qu'il ne s'agit que d'un chiffre (12 au lieu de 02). Certes, pour cette même année et pour la même entreprise, un même montant (soit 80'000 = 74'280.40 + 5'719.60 de TVA) a été comptabilisé en date du 2 décembre 2018. Toutefois, la déduction de l'impôt préalable pour ce dernier montant ne semble pas contestée dans la mesure où l'autorité inférieure reconnaît qu'une facture datée du 14 novembre 2018 lui a été transmise pour cette somme. Le Tribunal ne peut cependant en vérifier l'exactitude, le dossier transmis par l'autorité inférieure étant incomplet, les pièces comptables couvrant la période d'octobre à décembre 2018 faisant défaut.
7.2.4 Le recours doit donc être admis sur ce point. La décision est réformée en ce sens qu'il y a lieu d'accepter la déduction de l'impôt préalable en lien avec la facture du 16 février 2018 émise par G._______ Sàrl, soit pour un montant de 5'719.60 francs
7.3
7.3.1 S'agissant de l'entreprise H._______ Sàrl, le litige porte sur dix factures toutes établies en 2017 qui n'indiquent pas la TVA mais mentionnent uniquement le sigle TTC, ce qui est insuffisant en soi pour en déduire que le fournisseur de la prestation a réclamé la TVA (qui était à l'époque de 8%) à la recourante d'une manière reconnaissable pour elle ; que chacune de ces factures mentionnent le numéro TVA de l'entreprise n'y change rien (cf. supra consid. 6.1.3). Chacune de ces factures est assortie d'un formulaire 1310/1550 daté du 27 juillet 2023 ainsi que d'une attestation signée de la main d'H._______ qui confirme en tant qu'ancien associé gérant avoir reçu en 2017 le paiement intégral de la facture en question ainsi que le montant TVA de 8%.
7.3.2 Ce n'est pas tant le fait que les formulaires et les attestations ne soient pas contemporaines ou encore que H._______ soit le père du gérant de la recourante qui rend inefficace ces preuves, bien que ces aspects en affaiblissent la force probante (cf. supra consid. 2.2.2). C'est plutôt la radiation de l'entreprise H._______ Sàrl du RC-FR en date du (...) 2019 rendant impossible l'obtention de sa part des preuves documentaires relatives aux affirmations de son ancien associé gérant, que celui-ci a sans doute intérêt à soutenir, si l'on considère sa parenté avec l'associé gérant de la recourante. Il appartenait à cette dernière de conserver et de produire les justificatifs conformes de son droit à la déduction de l'impôt préalable, ce qui supposait le cas échéant de les requérir auprès de ses prestataires, par exemple en demandant des extraits de la comptabilité de ceux-ci, étant à cet égard rappelé qu'il n'appartient pas à l'AFC de rechercher de tels justificatifs qui concernent un fait qui réduit l'impôt (cf. supra consid. 2.3.2 et 6.1.2). On rappellera également dans ce contexte que le formulaire 1310/1550 n'est plus spécifiquement exigé mais doit être considéré comme un élément de preuve parmi d'autres (cf. supra consid. 6.3.3), lequel n'est pas propre à lui seul en l'espèce, même accompagné des attestations de H._______, à lever le doute existant au sujet du transfert effectif de l'impôt préalable litigieux.
7.3.3 Pour être complet, le Tribunal relèvera encore que si la comptabilité de la recourante constitue un élément pertinent pour démontrer le paiement de l'impôt qui lui a le cas échéant été facturé par ses fournisseurs, en revanche, elle n'est pas propre à prouver que la TVA a été réclamée à la recourante de manière reconnaissable pour celle-ci. Le caractère identifiable, pour la recourante, du transfert de l'impôt ne peut en effet résulter que du comportement des fournisseurs des prestations (cf. supra consid. 6.1.2). Partant, les extraits de la comptabilité de la recourante versés à la procédure ne permettent de tirer aucune conclusion concernant le point de savoir si un impôt lui a été facturé au sens de l'art. 28 al. 1 let. a LTVA (cf. arrêt du TAF A-3704/2024 du 25 mars 2026 consid. 8.1.1).
7.3.4 Partant pour ces factures, c'est à bon droit que l'autorité inférieure n'a pas admis les déductions de l'impôt préalable. La décision litigieuse doit être confirmée sur ce point.
7.4
7.4.1 S'agissant des factures émises par I._______ Sàrl, il sied tout d'abord d'observer que la décision litigieuse confirmait la reprise pour les quatre factures émises en date des 18 septembre, 6, 13 et 15 novembre 2017, totalisant un montant TVA de 9'260.30 francs. Tout en contestant dans ses conclusions principales, la totalité de la reprise d'impôt, la recourante ne mentionne dans ses motifs que trois factures de cette entreprise, sans admettre pour autant la correction pour la quatrième datée du 6 novembre 2017. En conséquence, se pose la question de savoir si elle a réduit l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation, étant rappelé que ce dernier est déterminé par les rapports juridiques réglés par la décision litigieuse (cf. parmi d'autres, arrêt du TAF A-5783/2020 du 12 avril 2022 consid. 2.4.1.2). Le Tribunal retiendra plutôt une omission involontaire ce d'autant plus que dite facture, d'un montant TTC de 29'014.20 francs est en tout point conforme dès lors qu'elle porte toutes les mentions essentielles (cf. art. 26 al. 2 LTVA), y compris l'indication « TVA 8% CHF 2'149.20 » et celle du montant net de 26'865 francs. Elle est assortie du sceau de l'entreprise et d'une signature manuscrite ainsi que de la mention « payé au comptant le 30.11.2017 ». Dans le livre de Caisse de la recourante, on retrouve à cette même date un paiement correspondant à cette somme et à ce fournisseur de même que dans le Journal TVA.
7.4.2 Il n'en va pas de même pour les trois autres factures des 18 septembre, 13 et 15 novembre 2017. Elles n'indiquent pas la TVA mais mentionnent uniquement le sigle TTC et sont chacune assorties d'un formulaire 1310/1550 daté du 19 juillet 2023 ainsi que d'une attestation signée de la main de J._______ qui confirme, en tant qu'ancien associé gérant entre le 9 mai 2017 et le 9 janvier 2018, avoir reçu en 2017 le paiement intégral de la facture en question ainsi que le montant TVA de 8%. La signature manuscrite figurant sur ces attestations concorde avec celle paraphant les factures et il ressort du RC-VD que J._______ était bien, pendant la période indiquée, associé gérant avec signature individuelle de I._______ Sàrl dont le siège était alors à Payerne. La société ayant transféré son siège à Z._______ sous la nouvelle raison sociale K._______ Sàrl, la raison de commerce (I._______ Sàrl) a été radiée d'office du RC-VD en date du (...) 2018. Cette société (K._______ Sàrl) a été dissoute par décision judiciaire et radiée le (...) 2019. Il n'est dès lors plus possible d'obtenir les preuves documentaires susceptibles de soutenir les allégations de l'ancien associé gérant.
7.4.3 Cela étant, pour la même année fiscale, la comptabilité de la recourante ainsi que les pièces justificatives produites font état de huit factures émises par cette même entreprise, toutes conformes aux exigences légales et expressément admises par l'autorité inférieure au titre de preuves pour la déduction de l'impôt préalable. Il en pourrait résulter que la recourante entretenait des relations commerciales régulières avec ce fournisseur et qu'elle était en mesure de reconnaître, au vu du contexte, que la mention « Total TTC » - bien que formellement insuffisante - correspondait en réalité à un taux de TVA de 8 %. Si la comptabilité, prise isolément, ne suffit pas à établir de manière probante le caractère reconnaissable du transfert de la TVA (cf. supra consid. 7.3.3), il convient de relever que ces factures ont été effectivement réglées et que le montant de TVA de 8 % a été crédité sur le compte dédié. Ces éléments, combinés aux attestations produites - qui, bien que non probantes à elles seules -, forment un faisceau d'indices concordants en faveur de la recourante.
Toutefois, d'un autre côté, il convient de s'interroger sur les raisons pour lesquelles un même fournisseur émet, à destination d'un même client, des factures tantôt conformes aux exigences légales en matière de mention de la TVA (indiquant expressément le taux et le montant de la taxe), tantôt insuffisantes (se bornant à mentionner le sigle « TTC »). Une telle disparité, observée parfois à quelques jours d'intervalle, voire le même jour - comme en attestent deux factures datées du 18 septembre 2017 (l'une d'un montant de 26'000 francs portant la seule mention « TTC », l'autre d'un montant de 41'197.50 francs précisant « Total TVA inclus 8 % ») - rend peu plausible l'hypothèse d'une simple erreur ou négligence. Cette pratique soulève dès lors des questions quant à la régularité et à la sincérité des documents émis, ainsi qu'à l'intention réelle du fournisseur. Ce d'autant plus si l'on considère que, selon le registre d'identification des entreprises (cf. registre IDE tenu par l'Office fédéral de la statistique, accessible sur le site www.uid.admin.ch), ce fournisseur était assujetti à la TVA du 1er février au 30 septembre 2017. A la demande de la recourante, l'AFC a par ailleurs confirmé par courriel du 27 juillet 2023 que cette donnée du registre IDE concordait avec celle du registre des assujettis (cf. pièce 28.1 produite par la recourante à l'appui de sa contestation du 17 août 2023, onglet 4 dossier AFC). Partant, les factures des 13 et 15 novembre 2017, formellement non conformes, ne le sont matériellement pas non plus.
7.4.4 En conséquence et tout bien considéré, le Tribunal ne retiendra en déduction que le montant de 2'149.20 francs relative à la facture du 6 novembre 2017 (cf. supra consid. 7.4.1). Peu importe dans ce contexte, en application du principe « TVA facturée = TVA due » (cf. art. 27 al. 2 LTVA et parmi d'autres ATF 151 II 569 consid. 6.2), les informations résultant du registre IDE. La recourante qui s'est acquittée d'un montant TVA formellement reconnaissable a ainsi obtenu le droit de le déduire. En revanche, la déduction est refusée pour les trois autres factures et la décision litigieuse confirmée sur ce point, la recourante n'ayant pas apporté la preuve suffisante que la TVA avait été facturée de manière reconnaissable par elle.
7.5 En résumé, la recourante a droit à une déduction d'un montant de 10'288.20 francs (2'419.40 + 5'719.60 + 2'149.20), au titre d'impôt préalable pour les années 2017 et 2018 (cf. supra consid. 7.1.1, 7.2.4 et 7.4.4). Ce qui conduit le Tribunal à admettre partiellement le recours et à le rejeter pour le surplus.
8. En conséquence de ce qui précède, le chiffre 3 de la décision litigieuse est réformé en ce sens que la reprise d'impôt en faveur de l'autorité inférieure est réduite à la somme de 26'166 francs pour la période fiscale 2017 (28'316 - 2'149.20) plus intérêts moratoires dès le 16 octobre 2017 et à 23'551 francs pour la période fiscale 2018 (31'690 - 2'419.40 - 5'719.60) plus intérêts moratoires dès le 16 octobre 2018.
9. Reste à examiner la question des frais et des dépens.
9.1
9.1.1 Les frais de procédure, lesquels comprennent en règle générale l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours, sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe ; si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits (art. 63 al. 1 PA). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure déboutée (cf. art. 63 al. 2 PA).
9.1.2 En l'occurrence, le recours est admis à raison de 10'288.20 francs (cf. consid. 7.5), pour une valeur litigieuse initiale de 60'006 francs (cf. consid. B.d et C.b). Ainsi, vu les effets du recours sur la décision entreprise, les frais de procédure, fixés à 4'000 francs, sont mis à la charge de la recourante à hauteur de 3'320 francs. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance de frais déjà versée par celle-ci, la différence de 680 francs lui étant restituée dès que le présent arrêt sera devenu définitif et exécutoire. Le solde de frais de procédure est pris en charge par la caisse du Tribunal.
9.2
9.2.1 Selon l'art. 64 al. 1 PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et particulièrement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. également art. 7 du règlement du 21 février 2008 décembre 2006 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Les parties qui ont droit aux dépens doivent faire parvenir, avant le prononcé, un décompte de leurs prestations au Tribunal (cf. art. 14 al. 1 FITAF). Les autorités fédérales n'ont pas droit aux dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF).
9.2.2 Comme la recourante - représentée par un avocat - n'obtient que partiellement raison et qu'elle doit supporter la majeure partie des frais de procédure, il se justifie de lui allouer une indemnité de dépens réduite, à la charge de l'autorité inférieure. En l'absence de note d'honoraires, celle-ci est fixée ex aequo et bono, sur la base du dossier et selon la pratique du Tribunal, à 1'000 francs (montant arrondi).
(dispositif à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est partiellement admis en ce sens que la recourante doit s'acquitter au titre de la TVA pour la période fiscale 2017 d'un montant de 26'166 francs, plus intérêts moratoires dès le 16 octobre 2017, et de 23'551 francs pour la période fiscale 2018, plus intérêts moratoires dès le 16 octobre 2018 (cf. consid. 8). Il est rejeté pour le surplus.
2. Les frais de procédure de 4'000 francs sont mis à la charge de la recourante à hauteur de 3'320 francs. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 4'000 francs. Le solde de 680 francs lui sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.
3. Un montant de 1'000 francs est alloué à la recourante au titre de dépens, à charge de l'autorité inférieure.
4. Le présent arrêt est adressé à la recourante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
La greffière :
Annie Rochat Pauchard
Valérie Humbert
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)