bvger · A-5818/2015 · 2017-06-19 · fr
A-5818/2015

Mesures de protection contre le bruit

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5818/2015
Arrêt du 19 juin 2017
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Kathrin Dietrich, Jérôme Candrian, juges,
Arnaud Verdon, greffier.
Parties
A._______,
représenté par Maître Oscar Zumsteg,
Etude Philippe Zumsteg,
Rue du Seyon 10, case postale 3272, 2001 Neuchâtel 1,
recourant,
contre
Chemins de fer fédéraux suisse CFF SA,
K-RC-I-BAU, Thierry Vonlanthen, BA 1/420,
case postale 345, 1001 Lausanne,
intimée,
Office fédéral des transports OFT,
Division Infrastructure, 3003 Berne,
autorité précédente.
Objet
Décision concernant l'assainissement phonique des chemins de fer dans la commune du Landeron (NE).
Faits :
A. Le 12 mai 2009, l'OFT a prononcé une décision d'approbation des plans (ci-après : DAP) relatifs au prolongement de la voie de dépassement et de renouvellement de la superstructure de voies et d'appareils de voie dans la commune du Landeron (NE). Cette décision est entrée en force à l'échéance du délai de recours, lequel n'avait pas été utilisé.
B. Par prononcé du 9 décembre 2010, l'Office fédéral des transports (ci-après : OFT) a approuvé les plans relatifs à l'assainissement phonique des chemins de fer dans la commune du Landeron. Cette décision est entrée en force à l'échéance du délai de recours, lequel n'avait pas été utilisé.
C. Par requête du 22 octobre 2013 adressée à l'OFT, A._______ (à son nom, celui de sa compagne et de son entreprise, tous domiciliés à la même adresse et tous copropriétaires de la parcelle n° ... de la commune du Landeron) a requis dite autorité de notamment condamner les Chemins de fer fédéraux suisse CFF SA (ci-après : CFF) à construire des mesures antibruit devant sa parcelle et à lui verser un montant 30'000 francs à titre de tort moral.
A l'appui de sa requête, A._______ a, en substance, allégué que les CFF avaient installé un aiguillage devant sa maison et que les tremblements et le bruit engendrés par les trains en raison des nouveaux travaux lui causaient de graves atteintes à la santé. Une expertise du 7 décembre 2010, dont le mandat avait été conjointement confié à un bureau d'ingénieur par le requérant et les CFF, avait confirmé le dépassement des valeurs limites d'immission (ci-après : VLI) s'agissant de la propriété du requérant.
D. Par pli du 26 mai 2014, les CFF ont conclu au rejet des conclusions, respectivement au renvoi de certaines d'entre elles à la Commission fédérale d'estimation (ci-après : CFE) du 5ème arrondissement. Dite entreprise ferroviaire a également considéré que l'immeuble du recourant existait déjà avant [recte : n'existait pas avant] l'entrée en vigueur de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB, RS 814.41), et que vu les modifications notables exécutées en 2005, le requérant devait prendre les mesures nécessaires pour que les VLI applicables ne soient pas dépassées.
E. Le 18 juin 2014, les CFF ont informé l'OFT que les travaux d'assainissement du bruit avaient été réalisés conformément aux plans approuvés dans la décision du 9 décembre 2010 (cf. let. B supra).
F. Par acte du 7 juillet 2014, le requérant a, en substance, déclaré que les CFF causant les nuisances, il leur incombait de réparer les dommages.
G. Par pli du 31 juillet 2014, les CFF ont déclaré que le requérant devait démontrer que la réalisation de l'ouvrage consécutivement à la décision du 12 mai 2009 excédait les VLI, de même qu'il lui incombait de démontrer que les mesures complémentaires devaient être prises par les CFF. Les CFF ont encore considéré que leur installation du Landeron ne présentait pas de défaut et que les travaux d'assainissement des locaux du requérant incombaient à ce dernier.
H. Par courrier du 13 août 2014, le requérant a déposé ses critiques finales.
I. Par acte du 2 septembre 2014, l'OFT a notamment requis l'édition d'un dossier pénal auprès de la justice neuchâteloise et certaines informations de la part de la commune du Landeron.
J. Le 26 septembre 2014, la commune du Landeron a produit les renseignements requis, notamment le permis de construire de l'immeuble du requérant du 5 mars 1990, de même que l'autorisation de construire du 4 mai 2005 en vue de transformer l'habitation existante et de créer un appartement de 6.5 pièces.
K. Par acte du 4 décembre 2014, l'OFT a demandé aux CFF de modifier la demande d'allègement (approuvée par la DAP du 9 décembre 2010) pour le secteur R1 dans lequel se situe le bâtiment du requérant et requis la commune du Landeron de produire des informations supplémentaires.
Par courrier du 5 décembre 2014, le requérant a réagi à dit courrier de l'OFT.
L. Par pli du 8 décembre 2014, la commune du Landeron a notamment indiqué que la législation communale n'interdisait pas la construction d'un logement de service de 6.5 pièces dans la zone d'activité économique.
M. Le 13 janvier 2015, les CFF ont adressé à l'OFT une demande d'allègement modifiée pour le secteur R1 du dossier d'assainissement du bruit du Landeron.
N. Par acte du 23 janvier 2015, l'OFT a requis les déterminations des services fédéraux et cantonaux spécialisés, du requérant et de la commune du Landeron.
O. Par actes des 3 février 2015, 18 février 2015 et 26 février 2015, le Service de l'énergie et de l'environnement de la république et canton de Neuchâtel (ci-après : SENE), le Conseil communal du Landeron et l'Office fédéral de l'environnement (ci-après : OFEV) ont préavisé positivement la demande d'allègement des CFF du 13 janvier 2015.
P. Invité par l'OFT à se déterminer sur les préavis précités, le requérant a déposé ses observations par courrier du 9 mars 2015.
Q. Par décision du 18 août 2015, l'OFT (ci-après également : autorité précédente) a considéré que l'existence de locaux sensibles au bruit dans le bâtiment du requérant n'avait pas été établie dans le cadre de la décision d'approbation des plans du 9 décembre 2010 (cf. let. B supra). Dès lors l'autorité précédente a considéré la demande du requérant comme étant une demande de révision de la décision précitée. Constatant que les locaux en question étaient en réalité bien à usage d'habitation et non pas de nature ou d'usage purement industriel ou artisanal, l'OFT a estimé qu'il s'agissait d'une erreur sur les faits à laquelle il convenait de remédier au sens de l'art. 66 al. 2 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) et est donc entré en matière.
Ensuite, l'autorité précédente a relevé que l'expertise conjointe du requérant et des CFF (cf. let. C supra) avait démontré que les immissions de bruits provenant du rail s'élevaient à 66.5 dB(A) de jour et 62.7 dB(A) de nuit pour l'immeuble du requérant. Les valeurs d'immissions (ci-après : VLI) pour une zone de degré de sensibilité III (ci-après : zone DS III) étant de 65 dB(A) de jour et de 55 dB(A) de nuit, le dépassement des VLI était dès lors avéré et des mesures d'assainissement devaient en principe être prises. Constatant que les VLI étaient dépassées malgré les mesures prises à la source, l'OFT a examiné si des mesures sur le chemin de propagation du bruit étaient nécessaires. Le rapport coût-utilité (ci-après : RCU), s'élevant à 144 pour le secteur R1 du Landeron, les coûts engendrés par la construction de parois antibruit (ci-après : PAB) devaient être reconnus comme étant largement disproportionnés. En conséquence l'OFT a rejeté la demande de révision du requérant mais donné suite à la requête des CFF et accordé des allégements.
Au surplus, dite autorité a déclaré irrecevables les conclusions du requérant en matière d'indemnisation dérivant de l'obligation de ne pas porter atteinte aux fonds voisins ou d'atteinte à la santé physique, tout en transmettant la cause à la CFE comme objet de sa compétence sur ces points, et rejeté la demande de dépens du requérant.
R. Par acte du 18 septembre 2015, A._______ (ci-après : recourant) a interjeté recours contre la décision précitée du 18 août 2015. A l'appui de son pourvoi, le recourant a reproché à l'autorité précédente de ne pas avoir considéré le bruit provoqué par l'aiguillage et d'avoir refusé l'installation de PAB devant sa propriété, le RCU ne justifiant pas un tel refus. Subsidiairement, l'intéressé a requis du Tribunal qu'il ordonne l'isolation phonique de l'immeuble aux frais de la Confédération. Le recourant a estimé que le calcul du RCU était faux et que le renvoi de ses prétentions, quant à la valeur locative de son immeuble et quant à son atteinte physique, devant la CFE était inopportun.
S. Dans ses observations du 29 octobre 2015, l'autorité précédente a en substance relevé que la faible densité habitative du secteur expliquait pour bonne partie le RCU très défavorable du secteur et que les VLI étaient une moyenne annuelle et non pas une valeur instantanée.
T. Dans sa réponse du 9 novembre 2015, les CFF (ci-après également : intimée) ont notamment décomposé chacun des éléments du calcul du RCU et conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
U. Par pli du 3 mars 2016, le recourant a déposé des observations.
V. Par ordonnance du 17 mai 2017, le Tribunal a invité l'autorité inférieure et l'intimée à produire des informations complémentaires sur les valeurs retenues dans le calcul du RCU.
Par pli du 23 mai 2017, l'intimée a répondu aux questions du Tribunal. L'autorité inférieure n'a pas déposé d'observations dans le délai imparti.
W. Par courrier du 8 juin 2017, le recourant a déposé ses observations finales.
X. Les autres faits pertinents seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions - non pertinentes en l'espèce - prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. L'acte ici entrepris est une décision au sens de l'art. 5 PA. L'OFT est une autorité dont les décisions sont susceptibles de recours (art. 33 let. d LTAF en lien avec le ch. B. VII 1.2 de l'annexe 1 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1] par renvoi de son art. 8 al. 1 let. a).
Le Tribunal administratif fédéral est dès lors compétent pour connaître du recours dirigé contre la décision prise par l'OFT en matière de révision d'une décision d'approbation de plans prise sur la base des art. 18 ss de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101 ; cf. consid. 4.1 infra).
1.2 La procédure est régie par la PA pour autant que la LTAF n'en dispose autrement (art. 37 LTAF).
1.3 Conformément à l'art. 48 al. 1 PA, a qualité pour former recours celui qui a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire (al. 1 let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (al. 1 let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Pour satisfaire aux exigences de l'art. 48 al. 1 let. b et c PA, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation (cf. ATAF 2009/16 consid. 2.1 ; 2007/20 consid. 2.4 ; arrêts du TAF A-321/2016 du 31 janvier 2017 consid. 1.3 et réf. cit). Dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans, un recourant n'a qualité pour recourir que s'il a fait opposition devant l'autorité précédente (art. 18f LCdF).
En l'espèce, la qualité pour recourir du recourant n'est pas contestée par la décision querellée. Le Tribunal parvient à la même conclusion, notamment eu égard au fait que le recourant a introduit une "plainte", laquelle a été rejetée par l'autorité précédente et que les autres titulaires des droits réels sur la parcelle concernée lui ont cédé le droit de les représenter.
1.4 Présenté dans la forme et les délais prescrits par la loi, le recours est recevable (art. 50 et 52 PA).
2.
2.1 La procédure de recours est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA) et motiver leur recours (art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 4).
2.2 Le recourant peut invoquer devant le Tribunal la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ainsi que l'inopportunité de la décision entreprise, sauf lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49 PA). L'autorité de recours n'est pas liée par les motifs invoqués par les parties (art. 62 al. 4 PA), ni par les considérants de la décision attaquée (cf. Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd., Berne 2013, n° 3.197). Aussi peut-elle admettre ou rejeter le pourvoi pour d'autres motifs que ceux invoqués.
2.3 Bien qu'étant au bénéfice d'un plein pouvoir de cognition, le Tribunal ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité de première instance lorsqu'il s'agit d'apprécier - comme c'est en partie le cas en l'espèce - des questions qui requièrent des connaissances techniques (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêts du TAF A-566/2014 du 3 décembre 2015 consid. 2.3 ; A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2). Plus le pouvoir d'appréciation de l'autorité de première instance est important à ce titre, plus le Tribunal de céans devra faire preuve de retenue en exerçant son propre pouvoir d'appréciation. Dans le cadre d'approbations de plans, telles que celle dont il est ici question, le pouvoir d'appréciation de l'OFT est important, spécialement sur des questions techniques, questions pour lesquelles il dispose des connaissances nécessaires (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.2 ; arrêt du TAF A-1524/2015 précité consid. 2).
2.4
2.4.1 L'objet du litige est défini par les conclusions du recours, lesquelles doivent rester dans le cadre de l'acte attaqué. Partant, le recourant ne peut que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation, puisque son élargissement ou sa modification mènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (cf. ATF 136 II 457 consid. 4.2 ; 136 II 165 consid. 5 ; arrêt du TAF A-6810/2015 du 13 septembre 2016 consid. 1.3 ; Moser et al., op. cit., n° 2.7 ss).
A cela s'ajoute qu'en procédure fédérale d'approbation des plans, toutes les objections pouvant être formulées pendant la mise à l'enquête doivent être soulevées dans la procédure d'opposition, en l'espèce conformément à l'art. 18f LCdF. Cela garantit, dans l'intérêt de la concentration des procédures, l'examen en même temps, par la même autorité, de toutes les objections au cours de l'élaboration de la décision d'approbation des plans (cf. Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans [ci-après : Message LCoord], FF 1998 2221, spéc. 2255 et 2266 ; arrêt du TAF A-592/2014 du 9 mars 2015 consid. 2.1.2). L'objet du litige est ainsi limité aux griefs soulevés en procédure d'opposition et il ne peut plus être étendu dans la procédure contentieuse subséquente. En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut quant à elle être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-592/2014 précité consid. 2.1.2 ; A-5200/2013 du 19 novembre 2014 consid. 2.3.2).
2.4.2 En l'espèce l'objet du litige se limite à la question de savoir si c'est à bon droit que l'autorité précédente a rejeté la requête du recourant et prononcé l'allègement demandé par l'intimée.
Les conclusions du recourant en matière d'atteinte à la santé et de perte de valeur locative de son immeuble sont manifestement irrecevables. En effet, dans le cadre de procédures pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération, le législateur formel fédéral a adopté la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711). Dite loi fonde une compétence exclusive des Commissions fédérales d'estimation pour ce qui a trait aux indemnités résultant d'une expropriation. S'agissant d'approbation de plans d'assainissement du bruit ferroviaire, la compétence des CFE se fonde sur l'art. 18a LCdF par renvoi de l'art. 13 al. 1 de la loi fédérale du 24 mars 2000 sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (LBCF, RS 742.144).
2.4.3 L'OFT a été saisi d'une "plainte" du recourant, dit document étant traité sous forme de demande de révision de sa décision d'approbation des plans du 9 décembre 2010 s'agissant de l'assainissement phonique de la commune du Landeron (NE). La décision sur la "plainte" du recourant, respectivement sur la demande d'allègement de l'intimée, a été rendue au terme d'une procédure d'approbation des plans simplifiée au sens de l'art. 18i LCdF.
L'OFT était compétent pour statuer sur une demande de révision dirigée contre une de ses propres décisions (art. 66 PA ; voir également arrêt du TAF A-53/2013 du 3 mai 2013 consid. 2.6.3 ; Rhinow et al, Öffentliches Prozessrecht, 3ème éd. 2014, n° 1396 p. 369). Toutefois, étant donné que le recourant n'avait pas interjeté opposition dans le cadre de la mise à l'enquête publique précédant la DAP du 9 décembre 2010, sans alléguer ni démontrer en avoir été empêché, et que cette inaction est la cause de toute la présente procédure, il y a lieu de douter que l'entrée en matière de l'autorité précédente était fondée. Toutefois, dans la mesure où dite autorité a prononcé un allègement supplémentaire sur la parcelle des recourants, la question de l'entrée en matière relative à la révision peut souffrir de rester ouverte.
2.4.4 Enfin, la demande d'expertise requise (dommage au bâtiment, atteinte à la santé du recourant et perte de valeur du bâtiment) porte sur des prétentions de la compétence de la CFE. Il y a donc lieu d'écarter la demande de moyen de preuve en tant qu'elle est extrinsèque au présent litige.
3.
3.1 La loi fédérale sur la protection de l'environnement, dont le but est notamment de protéger les hommes contre les atteintes nuisibles ou incommodantes (art. 1 al. 1 LPE), prévoit une obligation d'assainir les installations dont les émissions - par exemple sonores - dépassent des valeurs dites d'immission édictées par le Conseil fédéral (art. 13 ss LPE). Pour les lignes de chemin de fer dont le permis de construire a été délivré - comme c'est le cas en l'espèce - avant le 1er janvier 1985 (voies "existantes"), la protection contre le bruit est spécialement réglée par la LBCF, ainsi que par son ordonnance d'application. L'OPB est également applicable, sauf disposition contraire de l'ordonnance du 14 novembre 2001 sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (OBCF, RS 742.144.1 ; art. 4 al. 1 OBCF).
Il y a lieu de relever que l'OBCF a été remplacée le 1er janvier 2016 par l'ordonnance du 4 décembre 2015 sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (OBCF, RS 742.144.1). Cependant, aux termes de l'art. 16 nOBCF, les mesures de réduction du bruit approuvées en première instance avant l'entrée en vigueur de la présente ordonnance sont régies par l'ancien droit. Dès lors, dans la suite du présent arrêt, seule l'OBCF du 14 novembre 2001 sera prise en considération et il sera renoncé à utiliser la dénomination aOBCF.
3.2 Pour les chemins de fer, les valeurs limites d'immission (VLI) et les valeurs d'alarme (VA) sont définies à l'annexe 4 de l'OPB en fonction du degré de sensibilité au bruit (DS) de la zone concernée (DS I à IV ; art. 43 OPB) et de la période de la journée (jour ou nuit). Les VLI des zones DS III s'élèvent à 65 dB(A) le jour et à 55 dB(A) la nuit.
3.3 En l'espèce, il sied de relever que la décision querellée constate que, s'agissant de l'immeuble du recourant, les VLI sont dépassées (cf. décision ch. 4.5.8.6 p. 12). L'intimée ne conteste pas que les VLI sont dépassées (cf. réponse ad A) i al. 9 p. 5). De plus, il ressort de l'expertise du 7 décembre 2010 (ch. 2.3 p. 5), des immissions causées par le rail de 66.5 dB(A) le jour et 61.9 dB(A) la nuit. Enfin, le classement de la parcelle du recourant en zone DS III n'est également pas litigieux. Dès lors, le dépassement des VLI sur la parcelle du recourant est avéré et des mesures d'assainissement doivent en principe être prises.
Dès lors que le dépassement des VLI n'a pas été contesté par l'intimée et l'autorité précédente, les déclarations du recourant sur ce point relèvent d'une témérité certaine. Il peut ainsi également être renoncé à une vision locale comme requis par le recourant dans ses observations des 3 mars 2016 et 8 juin 2017.
4.
4.1 En vertu de l'art. 13 LBCF, les procédures et les compétences sont régies par la LCdF. Les mesures architecturales de construction pour l'assainissement du bruit des chemins de fer doivent être autorisées dans une procédure en approbation des plans et sont réglées par les dispositions procédurales de la législation révisée sur les chemins de fer elle-même, telles que complétées par l'ordonnance du 2 février 2000 sur la procédure d'approbation des plans pour les installations ferroviaires (OPAPIF, RS 742.142.1) et, subsidiairement, par la LEx.
Les art. 18 ss LCdF, dans leur teneur actuelle, ont été modifiés ou introduits par la loi fédérale du 18 juin 1999 sur la coordination et la simplification des procédures (LCoord, RO 1999 3071), dont le but était notamment la concentration des décisions pour les projets de construction d'installations de chemins de fer (cf. Message LCoord, FF 1998 2221, p. 2227 et 2263). Ces projets sont dorénavant soumis à la procédure ordinaire d'approbation des plans, avec ou sans expropriation ; les projets qui n'ont que peu, voire pas d'effets sur l'environnement, sont soumis à la procédure simplifiée (art. 18i LCdF). Dans ce cadre, la décision d'approbation des plans prise par l'OFT est l'unique décision de l'administration fédérale. Cette décision permet en principe la construction de l'installation ferroviaire, sans qu'il soit nécessaire d'obtenir d'autres autorisations fondées sur le droit fédéral (art. 18 al. 3 LCdF) ou sur le droit cantonal (art. 18 al. 4 LCdF). Les divers aspects du projet doivent néanmoins faire auparavant l'objet d'une consultation des autorités cantonales concernées ainsi que des autorités fédérales spécialisées (art. 18d et 18g LCdF ; cf. Message LCoord, p. 2230).
4.2 L'art. 1 al. 2 LBCF prévoit trois types de mesures d'assainissement phonique des installations ferroviaires, à envisager selon un ordre de priorité fixé à l'art. 2 LBCF (cf. arrêt du TAF A-4790/2012 du 23 juillet 2014 consid. 6.1.1). Des mesures visant à limiter, à la source, les émissions sonores des véhicules ferroviaires sont à ordonner en priorité (par ex. pose de freins silencieux ; cf. art. 2 al. 1 LBCF). Si de telles mesures ne suffisent pas pour respecter les valeurs limites d'immission, la construction d'ouvrages destinés à limiter le bruit émis par l'installation ferroviaire (''mesures antibruit'', par ex. paroi antibruit ou pose de rails sur un support élastique et pourvus en partie d'absorbeurs phoniques ; cf. art. 1 al. 2 let. b et 2 al. 2 LBCF) doit être envisagée. En dernier lieu, il s'agira de procéder à l'isolation acoustique des bâtiments concernés (art. 1 al. 2 let. c LBCF).
Selon l'art. 2 al. 3 LBCF, l'objectif d'assainissement fixé par la loi est considéré comme atteint lorsque les mesures prises à la source et les mesures antibruit permettent de respecter les valeurs limites d'immission pour au moins deux tiers de la population exposée au bruit des chemins de fer sur l'ensemble du réseau suisse en service à l'entrée en vigueur de la loi (1er octobre 2000) ; le tiers restant de la population doit être protégé par l'isolation acoustique des bâtiments existants.
4.3 Il convient donc en premier lieu de limiter les émissions sonores à la source. Ce n'est que dans l'hypothèse où de telles mesures ne suffisent pas, qu'il faut envisager la construction d'ouvrages antibruit.
Les émissions répertoriées dans le répertoire des émissions (RE 2015) adopté par le Conseil fédéral en décembre 2001 (consultable sous : www.oft.admin.ch Thèmes de A à Z Assainissement phonique Bases Droit Prévision d'émission Répertoire des émissions sonores 2015, site consulté en mai 2017) servent de base pour le calcul des immissions sonores prévisibles à l'horizon 2015, soit après la mise en oeuvre des mesures d'assainissement à la source (matériel roulant), et donc pour la planification des mesures antibruit éventuelles à prendre (art. 6 al. 1 LBCF).
4.4 En l'occurrence, il ressort du RE 2015 - soit 76.9 dB(A) le jour et 72.3 dB(A) la nuit - que, malgré les mesures d'assainissement prises à la source, les VLI sont dépassées de nuit et de jour pour la parcelle du recourant. Par conséquent, des ouvrages destinés à limiter le bruit sont en principe nécessaires pour compléter les mesures déjà prises à la source.
A l'instar de ce qui précède (cf. consid. 3.3 supra), ce point n'a pas été contesté par l'intimée et l'autorité précédente.
5.
5.1 Selon l'art. 7 al. 1 LBCF, pour les installations ferroviaires fixes existantes, les mesures antibruit doivent garantir le respect des VLI. Aux termes de l'art. 7 al. 3 LBCF, l'OFT accorde cependant des ''allègements'' - ou autorisations exceptionnelles de dépasser les valeurs limites d'immissions - au propriétaire de l'installation lorsque la construction d'un ouvrage antibruit entraînerait des coûts disproportionnés (let. a) ou que des intérêts prépondérants, relevant notamment de la protection des sites, de la nature et du paysage, de la sécurité du trafic ou de l'exploitation, s'y opposent (let. b). Le Conseil fédéral réglemente l'évaluation de la proportionnalité des coûts (art. 7 al. 4 LBCF). L'art. 7 al. 3 et 4 LBCF est complété par l'art. 20 al. 1 OBCF, qui prévoit que le RCU pour la population concernée est déterminé par l'annexe 3 de cette ordonnance. Ce dernier est calculé séparément pour chaque secteur (ch. 1 al. 3), selon les principes suivants : les voies constituent toujours la limite d'un secteur (ch. 1 al. 2 let. a) ; la zone exposée au bruit est, en règle générale, découpée perpendiculairement aux voies de manière à former des secteurs dont la topographie, la structure et la densité de l'habitat, l'attribution aux degrés de sensibilité au bruit et le plan d'affectation soient le plus uniforme possible et qu'ils interagissent le moins possible sur le plan sonore (ch. 1 al. 2 let. b).
5.2 Le calcul du RCU par secteur s'effectue ensuite par le biais d'une formule standard, fixée à l'annexe 3 OBCF précitée (ch. 2.1), qui tient notamment compte de la spécificité des bâtiments à protéger (nombre de personnes concernées, dimensions prévues de la construction, etc.), du coût des parois antibruit (ch. 2.2) et de l'utilité de la construction (ch. 2.3).
5.3 L'art. 20 al. 1 OBCF précise encore que les coûts engendrés par des mesures de construction antibruit sont réputés proportionnés lorsque leur RCU ne dépasse pas 80. Selon la jurisprudence, une telle formulation signifie que des exceptions à la règle du RCU sont en principe possibles lorsque celle-ci, appliquée de manière stricte, ne permet pas d'évaluer correctement la proportionnalité des coûts d'une mesure de construction. Tel est notamment le cas lorsque se présentent des types de bruit qui n'ont pas été pris en compte dans le répertoire des émissions ou qui ne peuvent pas être intégrés dans le calcul SEMIBEL (par ex. situation topographique ou acoustique complexe), alors même qu'ils constituent un élément pertinent de l'évaluation du niveau sonore de l'exploitation ferroviaire (cf. arrêt du TAF A-4790/2012 précité consid. 6.2). La légalité de cette disposition a par ailleurs été confirmée à maintes reprises (cf. arrêt du TAF A-321/2016 précité consid. 6.3 ; Anne-Christine Favre, Chronique du droit de l'environnement - La protection contre le bruit et les rayons non ionisants, RDAF 2010 n° 3 p. 199 ss, ch. 2.5 p. 213).
5.4 En l'espèce, le recourant ne remet pas en cause le découpage des secteurs. Le fait que les VLI soient dépassées malgré les mesures d'assainissement prises à la source est établi (cf. consid. 4.4 supra). Il sied dès lors d'examiner si les coûts de construction de PAB sont proportionnés s'agissant de la parcelle du recourant. Le Tribunal s'impose une certaine retenue quant au calcul du RCU et s'en remet en principe à l'appréciation des autorités spécialisées, lesquelles doivent, de par la loi, procéder aux contrôles techniques nécessaires (cf. consid. 2.3 supra). A cet égard, il se doit d'être ici souligné que tant l'OFEV que le SENE (cf. let. O supra), soit deux autorités spécialisées, de même que la commune du Landeron, ont approuvé le calcul et son résultat. De plus, les détails produits dans la réponse de l'intimée sont convaincants, de même que les observations de l'intimée du 23 mai 2017.
Il peut encore être constaté que si le recourant a allégué que le calcul était contesté (cf. recours ch. 4 p. 10 s), il s'est borné, après avoir reçu le détail du calcul (cf. réponse de l'intimée ad ii. 8. p. 7 s), à déplorer que le calcul soit fait par informatique, relevant cependant lui-même au passage la complexité du calcul à faire. Dès lors, une fois entre ses mains les informations nécessaires pour faire le calcul, il n'a plus contesté sa justesse, mais a contesté le choix politique - dont il n'appartient pas au Tribunal de juger du bien-fondé - de réduire la question de la construction de PAB à un simple rapport coût-utilité. De plus, le recourant n'a nullement fait valoir une situation topographique ou acoustique complexe s'agissant de sa parcelle ou encore l'existence d'une exception à l'art. 20 al. 1 OBCF.
Il se doit donc d'être retenu que la valeur du RCU s'agissant de la construction d'une PAB bordant la parcelle du recourant est de 144 soit largement supérieur au 80 maximum de l'art. 20 OBCF. Dès lors, selon les critères légaux précités, il n'y a pas lieu d'ordonner la construction de PAB et la décision de l'autorité précédente doit être confirmée sur ce point.
5.5 S'agissant de la mesure d'allègement prononcée par l'OFT, au vu de ce qui précède, l'allègement relatif à la parcelle du recourant prononcé en application de l'art. 7 al. 3 let. a LBCF doit également être confirmé.
5.6 En retenant que les VLI étaient dépassées, que la construction de PAB ne répondait pas au principe de proportionnalité, que l'immeuble du recourant avait été construit ultérieurement au 1er janvier 1985 et que le propriétaire devait prendre à sa charge les frais d'isolation phonique (cf. art. 10 LBCF), l'autorité précédente ne s'est en aucune façon comportée de mauvaise foi. Le cadre juridique adopté - par le législateur formel (LBCF) ou par le Conseil fédéral (OPB, OBCF, etc) - régissant de tels assainissements est clair et a été respecté par l'autorité précédente.
Finalement, il se doit d'être souligné que même les autorités communales, dans leur autorisation de construire du 4 mai 2005, avaient imparti au recourant la charge suivante : "les dispositions de l'Ordonnance fédérale sur la protection contre le bruit du 15 décembre 1986 devront être respectées par et aux frais du maître de l'ouvrage" et précisé que "le maître de l'ouvrage renonce à faire valoir tout droit de voisinage à l'encontre des immissions découlant de l'exploitation ordinaire des CFF (bruit, vibrations, trépidations, sons solidiens, fumée, inductions électriques, courants vagabonds, perturbations électrochimiques ou électromagnétiques, etc.)". Dès lors, le recourant savait depuis 2005 que les frais d'isolation phonique et contre les sons solidiens de son immeuble, construit après le 1er janvier 1985, seraient à sa charge. Il semble ainsi d'autant plus téméraire de reprocher à l'intimée et à l'autorité précédente d'avoir été de mauvaise foi.
6. Au vu de ce qui précède et pour les raisons ainsi exposées, le recours est mal fondé et doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
7.
7.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis à la charge de la partie qui succombe. Dans le cas présent, le recourant doit être considéré comme succombant en ses conclusions. Les frais de procédure, par 2'000 francs, seront mis à la charge du recourant, qui en a fait l'avance.
7.2 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 3 du règlement concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral du 21 février 2008 (FITAF, RS 173.320.2).
Aucune indemnité de dépens ne sera donc allouée en l'espèce.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais de procédure, d'un montant de 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant. Ce montant est prélevé sur l'avance de frais - équivalente - versée le 2 octobre 2015.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (acte judiciaire)
- à l'intimée (acte judiciaire)
- à l'autorité précédente (n° de réf. ... ; acte judiciaire)
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Arnaud Verdon
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :