bvger · A-258/2007 · 2009-04-27 · fr
A-258/2007

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-258/2007
Arrêt du 27 avril 2009
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Daniel Riedo, Salome Zimmermann, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
X._______, ***,
représentée par PricewaterhouseCoopers SA, ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et prescription du droit au remboursement de la TVA des organisations internationales.
Faits :
A.
X._______ est une organisation humanitaire internationale fondée en ***.
B.
Se fondant sur un accord de siège conclu le *** avec le Conseil fédéral (CF), X._______, par lettre du 28 décembre 2001, introduisit des demandes de remboursement de l'impôt pour les années 1995 à 1998.
Par courrier du 24 mars 2004, l'AFC refusa le remboursement de la TVA pour les prestations reçues en 1995, au motif que l'acquisition de la prescription du droit au remboursement de l'impôt était survenue le 1er janvier 2001, soit antérieurement au dépôt des demandes en question.
C.
Par lettre du 30 septembre 2004, X._______ contesta ce prononcé et requit l'AFC de reconsidérer sa position et de la fixer dans une décision formelle.
Par décision du 18 octobre 2004 au sens de l'art. 51 de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures), l'AFC confirma le rejet de la demande du 28 décembre 2001.
D.
Par lettre signature du 16 novembre 2004, X._______ forma réclamation contre ce prononcé, concluant à l'annulation de la décision du 18 octobre 2004 et à ce qu'il soit constaté que la demande de remboursement du 28 décembre 2001 est intervenue avant l'échéance du délai de prescription. A l'appui de ses conclusions, X._______ exposa que le droit au remboursement de l'impôt pour les prestations reçues en 1995 est né avec la signature de l'Accord de siège, le ***, et non courant 1995, comme retenu par l'AFC. A titre subsidiaire, X._______ soutint que la prescription du droit au remboursement avait été suspendue jusqu'à la conclusion de l'Accord de siège.
Par décision sur réclamation du 28 novembre 2006, l'AFC rejeta la réclamation formée le 16 novembre 2004 par X._______.
E.
A l'encontre de cette décision, X._______ (ci-après: la recourante) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral, par mémoire du 10 janvier 2007, en reprenant en substance l'argumentation développée devant l'AFC. Par réponse du 20 mars 2007, l'AFC a conclu au rejet du recours.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Depuis le 1er janvier 2007, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF.
Aux termes de l'art. 33 let. d LTAF, le recours est recevable contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
Aux termes des art. 50 al. 1 et 52 al. 1 PA, le mémoire de recours doit en outre être déposé dans les trente jours qui suivent la notification de la décision, indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire.
En l'occurrence, le recours du 10 janvier 2007 contre la décision sur réclamation de l'AFC du 28 novembre 2006 a été interjeté dans le délai légal auprès du Tribunal administratif fédéral, lequel est effectivement compétent. Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 al. 1 PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.2 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 (aCst.), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1999, et à l'art. 196 ch. 14 al. 1 de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté l'OTVA. Le 2 septembre 1999, le Parlement a introduit la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette loi, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), a abrogé l'OTVA. Toutefois, selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables, sous réserve de l'art. 94 LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité.
Dans le cas présent, l'art. 94 LTVA n'entre pas en considération, de sorte que l'OTVA est seule applicable à la présente cause.
1.3 Enfin, il reste à préciser l'objet du litige, tendant au seul examen de la date d'acquisition de la prescription des créances en remboursement de la TVA de la recourante, pour les prestations reçues dans le courant de l'année 1995.
A cette fin, il convient en premier lieu de se pencher sur le statut fiscal, en matière de TVA, de la recourante, tel qu'il résulte de l'Accord de siège (consid. 2). Il sera ensuite question de la réglementation régissant le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie (consid. 3). Il s'agira alors de présenter l'institution de la prescription, en tant qu'institution générale du droit et, en matière de TVA, s'agissant du droit à la déduction de l'impôt préalable (consid. 4). Il y aura finalement lieu d'en tirer les conséquences qui s'imposent au cas d'espèce (consid. 5).
2.
2.1 L'arrêté fédéral du 30 septembre 1955 concernant la conclusion ou la modification d'accords avec des organisations internationales en vue de déterminer leur statut juridique en Suisse (RO 1956 1216), en vigueur jusqu'au 1er janvier 2008, attribuait au CF la compétence de conclure des accords de siège avec les organisations internationales désirant s'établir en Suisse. C'est dans ce cadre que le CF et la recourante ont signé l'Accord de siège du ***, entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. art. 34 de l'Accord).
2.2 Aux termes de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, la recourante est exonérée de la TVA pour toutes les acquisitions destinées à un usage officiel et pour toutes les prestations de services faites pour un tel usage, conformément à la législation suisse. A son art. 12 par. 1, l'Accord de siège étend dans la même mesure ce privilège, en ce qui concerne les biens mobiliers, à toute caisse de pension ou institution de prévoyance exerçant officiellement son activité en faveur des collaborateurs de la recourante. Par voie d'échange de lettres du ***, valant avenant à l'Accord, le CF et la recourante sont en outre convenus d'appliquer l'art. 7 par. 2 à partir du 1er janvier 1995, de sorte que la TVA puisse être remboursée rétroactivement à partir de cette date. L'Accord ne contient au surplus aucun article réglant les conditions, ainsi que la prescription du droit au remboursement de l'impôt.
3.
L'art. 81 let. b OTVA attribue au Département fédéral des finances (DFF) la compétence de réglementer, en accord avec le Département fédéral des affaires étrangères (DFAE), le dégrèvement de la TVA pour les missions diplomatiques, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour les représentants diplomatiques, les fonctionnaires consulaires et les hauts fonctionnaires des organisations internationales.
3.1 Faisant usage de cette compétence, le DFF a édicté l'Ordonnance sur le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie du 14 décembre 1994 (ODFF 1, RO 1994 3159), entrée en vigueur le 1er janvier 1995, ainsi que l'Ordonnance du 26 juin 1995 relative au dégrèvement de la taxe sur la valeur ajoutée pour les missions diplomatiques, les missions permanentes, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour certaines catégories de personnes (ODFF 2, RO 1995 2888), qui est entrée en vigueur le 1er juillet 1995 et a abrogé l'ODFF 1 (cf. art. 9 et 10 ODFF 2).
3.2 Les conditions de remboursement de la TVA des entités et personnes visées sont réglées à l'art. 5 ODFF 2. S'agissant du délai de conservation des documents et pièces justificatives, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie expressément à l'art. 47 al. 2 OTVA. En vertu de cette disposition, l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. En outre, lorsqu'au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les documents en question n'est pas encore prescrite, l'obligation de conservation est prolongée jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2 OTVA i.f.). Le délai de conservation est ainsi manifestement fonction du délai de prescription de cinq ans dès la naissance de la créance fiscale de l'art. 40 al. 1 OTVA. L'ODFF 2 ne contient pour le surplus aucune disposition réglant expressément la prescription du droit au remboursement de l'impôt.
4.
4.1 La prescription libératoire (ou extinctive) constitue une institution générale du droit, qui trouve application tant en droit privé qu'en droit public. Il s'agit d'une institution de droit matériel, prévue par le droit fédéral, et non de procédure. Elle a généralement pour but de favoriser la sécurité du droit et la paix sociale, en limitant la possibilité d'invoquer après un certain délai des créances que l'on a pas fait valoir à temps et en visant à empêcher des contestations juridiques tardives ainsi que les difficultés de preuve qui en découlent. La prescription a pour effet d'éteindre le droit d'action relatif à une créance par suite de l'écoulement du temps. La prescription est ainsi rattachée aux créances qu'elle atteint, et non aux rapports d'obligation sur lesquels ces dernières reposent (PIERRE TERCIER, Le droit des obligations, 3e éd., Genève 2004, n° 1424 ss; PIERRE ENGEL, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd., Berne 1997, p. 796 s. et 799; ROBERT K. DÄPPEN, Basler Kommentar, Obligationenrecht I: Art. 1-529 OR, 4e éd., Bâle 2007, n° 1 ad Vorbemerkungen zu Art. 127-142, n° 3 ad art. 127; PETER GAUCH/WALTER R. SCHLUEP/JÖRG SCHMID/SUSAN EMMENEGGER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 9e éd., Zurich 2008, n °3269 ss et 3278 ss; cf. également ATF 118 II 447 consid. 1b/bb; THEO GUHL, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9e éd., Zurich 2000, § 39 n° 1 p. 316 s.; voir également en droit administratif: MARKUS BINDER, Die Verjährung im schweizerischen Steuerrecht, Dissertation Zürich 1985, p. 5 ss et 14; PIERRE MOOR, Droit administratif, Volume I, 2e éd., Berne 1994 [Vol. I], par. 2.1.3.2 p. 58 s.; MOOR, Droit administratif, Volume II, 2e éd., Berne 2002 [Vol. II], par. 1.3.1.1 p. 82 s.; BLAISE KNAPP, précis de droit administratif, 4e éd., Bâle 1991, n° 743 et 748 ss).
En droit privé, les créances prescrites subsistent. Il appartient dès lors au débiteur de soulever la prescription par voie d'exception, le juge ne pouvant la relever d'office (cf. art. 142 de la loi fédérale complétant le code civil du 30 mars 1911, Livre cinquième: Droit des obligations [CO, RS 220]). Selon le Tribunal fédéral et une partie de la doctrine, la prescription des créances de droit public doit au contraire être examinée d'office lorsque la collectivité publique est créancière, avec pour conséquence, dans ce cas, que la prescription éteint définitivement la créance qu'elle atteint, et non seulement le droit d'action y relatif, ne laissant subsister aucune obligation naturelle (ATF 133 II 366 consid. 3.3 et références citées, 101 Ib 348, 98 Ib 351 consid. 2a; cf. également, en droit fiscal, ATF 73 I 129 consid. 1, l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.441/2000 du 25 juin 2001 consid. 2.4 ainsi que les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1464/2006 du 27 février 2009 consid. 6.3.1, 6.3.2.2, 6.3.2.3 et références citées et A-1402/2006 du 17 juillet 2007 consid. 2.4; d'un avis opposé, cf. notamment Lydia Masmejan-Fey, in: Yersin/Nöel [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Bâle 2008, n° 2 ad art. 120; Niklaus Honauer/Peter Zollinger, Verjährung und Verjährungsunterbrechung in der MWST, in: L'expert comptable 2005 p. 730 s; Binder, op. cit., p. 299 ss, en particulier p. 305 et 310; Moor, Vol. II, p. 82 s.; André Grisel, Traité de droit administratif, Volume II, Neuchâtel 1984, p. 663; cf. également ATF 111 V 135 consid. 3b). La prescription des créances de droit public ne doit en revanche pas être examinée d'office lorsqu'elle joue au détriment du citoyen qui actionne l'état (ATF 111 Ib 269 consid. 3a/bb, 106 Ib 357 consid. 3a, 101 Ib 348 p. 350).
4.2
4.2.1 Aux termes de l'art. 41 al. 1 OTVA, le droit à la déduction de l'impôt préalable se prescrit par cinq ans dès la fin de l'année civile où il a pris naissance. Selon l'art. 29 al. 6 let. a OTVA, le droit à la déduction prend naissance, pour l'impôt transféré par d'autres assujettis, à la fin de la période de décompte au cours de laquelle l'assujetti a reçu la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations convenues, qui constitue la règle (cf. art. 35 al. 1 OTVA), ou payé la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations reçues (voir également les art. 40 al. 1 et 34 let. a OTVA qui prescrivent des solutions comparables concernant la naissance et la prescription de la créance fiscale; cf. les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 4.1 et A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 4.1).
4.2.2 En vertu de l'art. 41 al. 2 OTVA, la prescription du droit à la déduction de l'impôt préalable est interrompue par tout exercice de ce droit devant l'AFC. Selon l'al. 3 de cette disposition, la prescription est en outre suspendue tant qu'est pendante une procédure de décision, de réclamation ou de recours sur le droit prétendu. Compte tenu de la systématique de la loi, il s'impose à cet égard de considérer que les procédures dont cette dernière disposition fait mention se rapportent à celles des art. 51 à 54 OTVA (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.701/2006 du 3 mai 2007 consid. 7, à propos de l'art. 11 al. 3 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif [DPA, RS 313.0] traitant de la suspension de la prescription de l'action pénale).
4.2.3
4.2.3.1 Il convient en outre de rappeler que le Tribunal fédéral a jugé que la prescription constitue une institution générale du droit, visant à assurer la sécurité juridique et, qu'à ce titre, tous les droits et prétentions de droit public y sont soumis, également en l'absence de disposition légale expresse. Si une règle de droit ne contient aucune disposition sur la prescription, sa durée et son mode de calcul, il s'agit en premier lieu de déterminer si des délais prévus dans la même loi peuvent s'appliquer. Si la loi ne contient ni délai de prescription ni délai de péremption, la jurisprudence dispose qu'il y a lieu de se fonder, pour fixer la durée ainsi que le point de départ de la prescription, sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues; à défaut de telles normes, ou en présence de solutions contradictoires ou casuelles, le juge administratif doit fixer le délai qu'il établirait s'il avait à faire acte de législateur (ATF 125 V 396 consid. 3a et références citées, 116 Ia 461 consid. 3a et 3c, 112 Ia 260 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2.2; arrêt du Tribunal fédéral 2P.299/2002 du 3 novembre 2003 consid. 2.2; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contribution (CRC) 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; BINDER, op. cit., p. 14 ss, en particulier p. 32 ss; MOOR, Vol. I, par. 2.1.3.2 p. 58 s. et par. 2.4.4 p. 154 s.; MOOR, Vol. II, par. 1.3.1.1 p. 82 s.; KNAPP, op. cit., n° 745 et 748 ss).
4.2.3.2 En d'autres termes, jurisprudence et doctrine considèrent qu'en droit administratif, l'absence de disposition traitant de la prescription constitue une lacune proprement dite. Ce type de lacune suppose que la loi ne contienne aucune règle sur un point essentiel à son application. Les autorités administratives ou judiciaires peuvent remédier à de telles lacunes en faisant « acte de législateur » (cf. art. 1 al. 2 et 3 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210]). Pour ce faire, elles s'inspireront du but de la loi et des règles adoptées en d'autres matières ou domaines. Tel ne sera en revanche pas le cas si le législateur a renoncé volontairement à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part. Dans ce cas, son inaction correspond à son intention. Il est alors question de silence qualifié.
Il s'agit finalement de distinguer la lacune proprement dite de la lacune improprement dite, qui se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite appelle l'intervention des autorités administratives ou judiciaires, tandis qu'il leur est en principe interdit de corriger les lacunes improprement dites, sous peine de se substituer au législateur et de violer la Constitution (cf. les arrêts du Tribunal fédéral 2A.372/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.1, 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2A.105/2005 du 6 juillet 2005 consid. 3.5 et les références citées; décision de la CRC 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; Binder, op. cit., p. 18 et 25; MOOR, Vol. I, par. 2.4.4 p. 154 s.; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 2ème éd., Bâle 2002, p. 48 et 50; ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, Volume I, 9e éd., Berne 2001, p. 149 s.; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, Zurich 2002, p. 33).
5.
5.1 En l'espèce, les demandes en remboursement litigieuses concernent des prestations reçues courant 1995. Ainsi qu'il a été exposé, l'Accord de siège, signé le ***, est entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. consid. 2.1 ci-avant). Par avenant au contrat du ***, les parties sont toutefois convenues d'appliquer l'art. 7 par. 2 de l'Accord rétroactivement, à partir du 1er janvier 1995, de telle sorte que la TVA puisse être remboursée à la recourante à compter de cette date (cf. consid. 2.2 ci-avant). Il apparaît dès lors clairement que les prestations reçues par la recourante en 1995 entrent dans le champ d'application temporel de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, tel que complété par l'avenant, et que, partant, la recourante dispose, à leur égard, de créances en remboursement envers l'AFC. Ce point n'est par ailleurs pas contesté par les parties à la présente procédure.
Il convient dès lors d'examiner, dans un premier temps, si les créances en remboursement de l'impôt des prestations reçues par la recourante en 1995 étaient sujettes à prescription (consid. 5.2). Dans l'affirmative, il s'agira alors, dans un second temps, de déterminer la date d'acquisition de la prescription des créances en question, afin d'établir si elles étaient prescrites au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001 (consid. 5.3).
5.2 Il ressort en l'occurrence des pièces versées au dossier que l'AFC, par lettre du 17 janvier 1997, a communiqué à la Mission permanente de la Suisse près les Organisations Internationales que l'ODFF 2 était également valable pour la recourante, s'agissant des demandes en remboursement de la TVA (cf. la pièce n° 5 du bordereau des pièces relatif à la réponse de l'AFC au présent recours). Or, cette ordonnance, pas plus que l'Accord de siège, ne contiennent de règles traitant de la prescription du droit au remboursement de l'impôt (cf. consid. 2.2 et 3.2 ci-avant). Tous les droits et prétentions de droit public étant soumis à prescription, conformément au principe susmentionné, il s'impose dès lors de considérer qu'il s'agit, en l'occurrence, d'une lacune proprement dite, qu'il s'impose impérativement de combler en se fondant sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues (cf. consid. 4.2.3.1 et 4.2.3.2 ci-avant).
5.3
5.3.1 A cet égard, il convient de rappeler que, s'agissant du délai de conservation des documents, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie à l'art. 47 al. 2 OTVA, en vertu duquel l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Ainsi qu'il a été exposé, le délai de conservation institué par cette disposition est clairement fonction du délai de prescription de cinq ans de l'art. 40 al. 1 OTVA, repris, concernant le droit à la déduction de l'impôt préalable, par l'art. 41 al. 1 OTVA (cf. consid. 3.2 et 4.2.1 ci-avant). Par conséquent, en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2 OTVA, il convient de retenir que le délai de prescription de cinq ans prévu à l'art. 41 al. 1 OTVA est applicable, par analogie, aux créances en remboursement litigieuses, lesquelles se prescrivent dès lors dans le délai de cinq ans dès l'expiration de l'année civile au cours de laquelle elles ont pris naissance.
Cette solution, qui n'est par ailleurs pas formellement contestée par la recourante, se justifie d'autant plus au vu de l'analogie existant entre la question qui se pose dans le présent cas et celle réglée à l'art. 41 al. 1 OTVA, à savoir le remboursement, respectivement l'abattement, de la TVA transférée par un assujetti.
5.3.2 S'agissant de la naissance du droit au remboursement, point de départ du délai de prescription, l'argument de la recourante, selon lequel le droit n'a pris naissance qu'avec la signature de l'Accord de siège et la prescription n'a commencé à courir qu'à la fin de l'année civile au cours de laquelle l'exonération a été accordée, soit le 1er janvier 1997, ne résiste pas à l'examen. Il y a d'emblée lieu d'observer qu'il existe une confusion manifeste, dans l'esprit de la recourante, entre le droit au remboursement et le rapport d'obligation, découlant de l'Accord de siège, sur lequel ledit droit repose. C'est précisément le lieu de rappeler que la prescription est rattachée à la créance qu'elle atteint, et non au rapport d'obligation sur lequel elle se fonde (cf. consid. 4.1 ci-avant).
Alors que l'Accord de siège a été signé par les parties courant ***, il s'agit, pour déterminer le moment de la naissance du droit au remboursement de l'impôt, de se référer à l'art. 29 al. 6 let. a OTVA, également applicable par analogie pour déterminer le point de départ de la prescription en vertu du renvoi implicite de l'art. 41 al. 1 OTVA à cette disposition (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.3). A défaut d'indications à ce propos, il y a en outre lieu de considérer, s'agissant des prestations faisant l'objet des demandes en remboursement litigieuses, que la recourante a établi ses décomptes de la même façon qu'un assujetti y procède en principe, à savoir selon le système des contre-prestations convenues, qui en constitue le mode habituel (cf. consid. 4.2.1 ci-avant).
Il en découle que les créances en remboursement litigieuses ont pris naissance à la fin de la période de décompte au cours de laquelle la recourante a reçu la facture des prestations auxquelles elles se rapportent. S'agissant du droit au remboursement de la TVA des prestations pour lesquelles la recourante a reçu les factures en 1995, la prescription n'a ainsi pas commencé à courir à la fin de l'année 1996, mais bien, au mieux, si l'on suit l'art. 41 al. 1 OTVA, dès le 1er janvier 1996, ce qui conduit à une acquisition de la prescription fin 2000. En conséquence, et pour autant que la prescription n'ait pas été prolongée entre temps (cf. consid. 5.3.4 et 5.3.5 ci-après), le droit au remboursement de l'impôt ayant frappé les prestations en question était en principe déjà prescrit au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001.
Cette solution se justifie également en considération des buts poursuivis par l'institution de la prescription et au regard du délai de conservation des documents et pièces justificatives, fixé à six ans en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2 OTVA (cf. consid. 4.1 et 3.2 ci-avant). Afin de garantir la sécurité du droit et d'éviter des contestations juridiques tardives et les difficultés de preuve qui en résultent, l'acquisition de la prescription doit survenir avant l'achèvement du délai de conservation, ce que garantit par ailleurs cette dernière disposition en prolongeant le délai de conservation lorsque, à son terme, la créance n'est pas encore prescrite (cf. consid. 3.2 ci-avant). L'obligation faite à l'assujetti de conserver les documents et pièces justificatives relatifs aux prestations reçues en 1995 s'étendait ainsi, en principe, jusque dans le courant de l'année 2001. Il apparaît dès lors judicieux de faire courir le délai de prescription des créances litigieuses dès le 1er janvier 1996, de sorte que la prescription intervienne le 31 décembre 2000, soit avant l'échéance du délai de conservation, sans qu'il soit au surplus nécessaire de prolonger ce dernier.
En conséquence, l'argument de la recourante, tiré du point de départ de la prescription, s'avère sur le principe mal fondé et le recours doit être rejeté sous cet angle, s'agissant des prestations dont les factures ont été reçues en 1995 par la recourante.
5.3.3
5.3.3.1 Cela dit, il convient de relever que, selon le droit exposé ci-dessus (cf. consid. 4.2.1 et 5.3.2 ci-avant), la date de réception de la facture constitue la date déterminante concernant la naissance du droit au remboursement, et non sa date d'émission, comme indiqué, semble-t-il, dans le tableau figurant au verso de la formule de demande exceptionnelle de remboursement de la TVA « usage officiel - C » (pièce n° 7 du bordereau joint au mémoire de réponse de l'AFC) ainsi que dans le courrier de l'AFC du 17 janvier 1997 (pièce n° 5 dudit bordereau, sous rubrique « Période rétroactive du 1.1.1995 à ce jour », 2e §). Or, cette distinction peut avoir une incidence pour les prestations reçues en 1995, notamment concernant celles dont les factures respectives ont été émises à la fin de l'année 1995 et sont susceptibles d'avoir été reçues par la recourante en 1996, auquel cas elles devaient être prises en compte dans le remboursement. Il y a dès lors lieu de calculer à nouveau le montant dont le remboursement doit être refusé, en se fondant, non pas sur la date d'émission, mais sur la date de réception, par la recourante, des factures en question.
5.3.3.2 La date de réception des factures n'étant toutefois pas possible à établir sur la base du dossier en mains de l'autorité de céans, il convient, compte tenu des présentes constatations, de renvoyer la cause à l'AFC, afin qu'elle affine le calcul du montant de l'impôt dont la recourante ne peut obtenir le remboursement en raison de l'acquisition de la prescription, quitte à opérer un nouveau contrôle sur place, s'agissant notamment des prestations acquises en 1995 mais dont les factures sont susceptibles d'avoir été reçues en 1996 seulement, étant à cet égard précisé que le fardeau de la preuve en incombe à la recourante.
5.3.4 S'agissant du moyen invoqué à titre subsidiaire par la recourante, à savoir que la prescription a été suspendue jusqu'à la signature de l'Accord de siège, le Tribunal de céans ne saurait le retenir, et ce pour la raison suivante. Ainsi qu'il a été exposé (cf. consid. 4.2.2 ci-avant), les procédures de décision, de réclamation ou de recours dont il est question à l'art. 41 al. 3 OTVA se rapportent à celles des art. 51 à 54 OTVA, auxquelles la procédure d'adoption de l'Accord de siège ne peut manifestement pas être assimilée. Partant, le recours doit également être rejeté sur ce point.
5.3.5 Quant à une éventuelle interruption de la prescription, qui n'est du reste pas invoquée par la recourante, le Tribunal de céans constate qu'en vertu de l'art. 41 al. 2 OTVA, applicable par analogie, la prescription est interrompue par tout exercice du droit au remboursement (cf. consid. 4.2.2 et 4.2.3 ci-avant). Or, l'Accord de siège, intervenu en ***, a donné naissance, avec effet rétroactif, aux créances en remboursement litigieuses. Il ne pouvait dès lors pas, tout en leur donnant naissance, en interrompre simultanément la prescription. Il aurait plutôt fallu, au sens de l'art. 41 al. 2 OTVA, un exercice de ce droit postérieur à la signature de l'Accord. S'agissant finalement de la demande d'exemption présentée par la recourante le 14 décembre 1994 auprès du CF, elle ne pouvait clairement pas non plus constituer un acte interruptif de la prescription du droit au remboursement, dès lors que ledit droit n'existait pas encore, puisque fixé par l'Accord de siège du *** et étendu rétroactivement pour les prestations reçues à partir du 1er janvier 1995.
6.
6.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 5.3.3 ci-dessus et à renvoyer la cause à l'AFC afin qu'elle établisse le montant d'impôt, concernant les prestation reçues en 1995, dont le remboursement est refusé, sur la base de la date de reception, par la recourante, des factures y relatives.
6.2 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés selon l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Si la partie qui succombe n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits (art. 63 al. 1 PA). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse les surplus éventuels (art. 1 ss, plus particulièrement art. 5 al. 3 de l'ordonnance sur les frais et indemnités en procédure administrative du 10 septembre 1969 [RS 172.041.0]). En outre, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure déboutée (art. 63 al. 2 PA). Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA finalement, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. également art. 7 ss FITAF).
6.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu de réduire les frais de procédure mis à la charge de la recourante, d'un montant de Fr. 5'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, compte tenu du fait que la recourante n'a que très partiellement obtenu gain de cause, sur un point d'importance marginal qu'elle n'a au surplus pas invoqué, mais qui a été examiné d'office par le Tribunal de céans. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure déjà versée de Fr. 5'000.--. Une indemnité à titre de dépens n'est au surcroît pas allouée, pour les mêmes motifs.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 5.3.3.
2.
La décision de l'Administration fédérale des contributions du 28 novembre 2006 est partiellement annulée.
3.
La cause est renvoyée à l'Administration fédérale des contributions afin qu'elle calcule le montant de TVA ayant frappé les prestations reçues par la recourante en 1995 et dont le remboursement est refusé, au sens du considérant 5.3.3.
4.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 5'000.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 5'000.--.
5.
Il n'est pas alloué de dépens.
6.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire);
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire).
Le président du collège : Le greffier :
Pascal Mollard Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :