bvger · A-5414/2012 · 2014-06-19 · fr
A-5414/2012

Imposition des huiles minérales

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée par le TF par arrêt du 23.03.2016 (2C_744/2014)
Cour I
A-5414/2012
Arrêt du 19 juin 2014
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Michael Beusch, Daniel Riedo, juges,
Cédric Ballenegger, greffier.
Parties
X._______,
représentée par Me Tobias Zellweger,
recourante,
contre
Direction générale des douanes (DGD),
Division principale droit et redevances,
Monbijoustrasse 40, 3003 Berne,
autorité inférieure .
Objet
Imposition des huiles minérales (Limpmin; Oimpmin); remboursements en faveur des entreprises de transport concessionnaires (art. 17 Limpmin); délai de remboursement (art. 48 Oimpmin); période du 1er janvier au 31 décembre 2009.
Faits :
A. Les X._______ (ci-après: la recourante) sont constitués sous la forme d'un établissement de droit public et ont pour but, dans le cadre d'un contrat de prestation conclu avec l'Etat de A._______, de mettre à disposition de la population du canton, un réseau de communications pour le transport des voyageurs. Les X._______ sont au bénéfice de concessions fédérales pour le transport de voyageurs professionnels et réguliers.
B. En date du 5 janvier 2012, les X._______ ont rempli et signé une demande de remboursement de l'impôt sur les carburants utilisés dans les entreprises publiques de transport pour les transports effectués dans la commune de B._______, entre le 1er janvier 2009 et le 31 décembre 2009, pour une consommation de 81'442 litres d'huile diesel. Le même jour, les X._______ ont préparé une demande de remboursement de l'impôt sur les carburants utilisés dans les entreprises publiques de transport pour les services assurés par Y._______, pour une consommation de 187'107 litres d'huile diesel entre le 1er janvier 2009 et le 31 décembre 2009.
C. Le 11 janvier 2012, les X._______ ont rempli et signé une demande de remboursement de l'impôt sur les carburants utilisés dans les entreprises publiques de transport pour les services assurés par W._______ SA, correspondant à une consommation de 397'587 litres d'huile diesel entre le 1er janvier 2009 et le 31 décembre 2009.
D. En date du 13 janvier 2012, les X._______ ont rempli et signé une demande de remboursement de l'impôt sur les carburants utilisés dans les entreprises publiques de transport pour la Ligne C._______, pour une consommation de 561'979 litres d'huile diesel entre le 1er janvier 2009 et le 31 décembre 2009.
E. Le 17 janvier 2012, les quatre demandes précitées de remboursement de l'impôt pour les carburants utilisés dans les entreprises publiques de transport pour un montant global de Fr. 570'000.-, ont été transmises par voie postale à la Direction générale des douanes (ci-après: DGD). Ce courrier a été reçu par la DGD le 24 janvier 2012.
F. Par courrier du 13 février 2012, la DGD a rendu une décision de refus du remboursement de l'impôt sur les huiles minérales pour les quatre demandes présentées par les X._______. En substance, la DGD a estimé que les demandes de remboursement de l'impôt avaient été effectuées plus de deux ans après la consommation de carburant, ce qui formellement, ne permettait plus à la recourante de faire valoir un droit au remboursement.
G. Par mémoire du 16 mars 2012, les X._______ ont formé réclamation contre la décision précitée, par l'intermédiaire de leur mandataire, Me Tobias Zellweger. En substance, ils requièrent l'annulation de ladite décision et l'admission des quatre demandes de remboursement de l'impôt pour les carburants utilisés dans les entreprises publiques de transport.
H. Par décision du 21 septembre 2012, la DGD a rejeté la réclamation de la recourante. Par mémoire du 18 octobre 2012, la recourante a formé recours contre la décision de la DGD du 21 septembre 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, concluant en substance à l'annulation de ladite décision, sous suite de frais et dépens.
I. Par réponse du 8 janvier 2013, la DGD a conclu au rejet du recours, sous suite de frais.
Pour autant que besoin, les autres faits seront repris dans la partie en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par la DGD (art. 33 let. d LTAF). La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, le mémoire de recours du 18 octobre 2012 a été déposé en temps utile par le destinataire de la décision attaquée (cf. art. 48 al. 1 et 50 al. 1 PA). En outre, un examen du recours révèle qu'il remplit les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52 PA, de sorte que le recours est recevable.
1.2 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. André Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd., Bâle 2013, p. 88 n. 2.149; Ulrich Häfelin et al., Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zürich 2010, ch. 1758 ss).
Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Moor/Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 11 consid. 1b; 122 V 157 consid. 1a; arrêts du TAF A-4674/2010 du 22 décembre 2011 consid. 1.3 et A-4659/2010 du 14 juin 2011 consid. 1.2).
2.
2.1 Dans la présente cause, il appartient au Tribunal de céans d'exposer les règles concernant l'imposition des huiles minérales (cf. consid. 2.2 ci-dessous), puis de distinguer les différentes catégories d'ordonnances du Conseil fédéral, en abordant en particulier la question de la délégation de compétences législatives (cf. consid. 2.3 ci-dessous). Il y aura ensuite lieu d'exposer les différents contrôles auxquels les ordonnances du Conseil fédéral peuvent être soumises (cf. consid. 2.4 ci-dessous). Puis, il conviendra de traiter le principe de la proportionnalité (cf. consid. 2.5 ci-dessous). Finalement, il sera nécessaire d'aborder la problématique de la péremption et de la prescription (cf. consid. 2.6 ci-dessous).
2.2
2.2.1 La loi fédérale sur l'imposition des huiles minérales du 21 juin 1996 (Limpmin, RS 641.61) et l'ordonnance sur l'imposition des huiles minérales du 20 novembre 1996 (Oimpmin, RS 641.611) sont entrées en vigueur le 1er janvier 1997.
2.2.2 Conformément à l'art. 1 Limpmin, les carburants sont soumis à l'impôt sur les huiles minérales et à la surtaxe sur les huiles minérales. Toutefois, selon l'art. 17 al. 3 Limpmin, les carburants utilisés par les entreprises de transport concessionnaires de la Confédération sont exonérés de l'impôt totalement ou en partie. A teneur de l'art. 18 al. 4 Limpmin, le Conseil fédéral arrête la procédure de remboursement. Il convient de préciser que les montants insignifiants ne sont pas remboursés.
Selon l'art. 48 al. 1 Oimpmin, les demandes de remboursement doivent être présentées dans les trois mois qui suivent la clôture annuelle des comptes, sauf dans les cas mentionnés à l'art. 18 al. 1 de la loi. Enfin, l'art. 48 al. 2 Oimpmin précise qu'il n'existe pas de droit au remboursement de l'impôt pour les marchandises ayant été consommées plus de deux ans avant la présentation de la demande.
2.3
2.3.1 On classe habituellement les ordonnances du Conseil fédéral en plusieurs catégories. Tout d'abord, il existe une distinction opposant les ordonnances indépendantes (selbständige Verordnungen) aux ordonnances dépendantes (unselbständige Verordnungen). Les premières sont basées directement sur la Constitution fédérale, qui autorise, expressément ou implicitement, le Conseil fédéral à adopter un certain nombre d'ordonnances (cf. Andreas Auer et al., Droit constitutionnel suisse, Vol. I L'Etat, 3ème éd., Berne 2013, n. 1597, Ulrich Häfelin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 8ème éd., Zürich/Bâle/Genève 2012, p. 601 n. 1856-1857). Cette différence est exclusive, en ce sens qu'une ordonnance est soit indépendante, auquel cas elle se fonde directement et exclusivement sur la Constitution, soit dépendante, auquel cas elle dépend exclusivement d'un acte infra-constitutionnel (cf. Andreas Auer et al., op. cit., n. 1599).
2.3.2 Une autre catégorie distingue cette fois les ordonnances d'exécution des ordonnances de substitution, même s'il est vrai que les ordonnances présentent le plus souvent un contenu mixte, fait à la fois de simples règles d'exécution et aussi de règles primaires (cf. ATAF 2009/6 consid. 5.1; Pascal Mahon, in: Aubert/Mahon [éd.], Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999, Zurich 2003, p. 1380 ad art. 182 Cst.)
2.3.2.1 Les ordonnances d'exécution concrétisent la loi pour en faciliter la mise en oeuvre. Elles réalisent ainsi la volonté du législateur par des prescriptions détaillées et permettent une meilleure application de la loi, en définissant par exemple les notions légales générales, en précisant les modalités pratiques d'application de la loi ou en fixant, lorsque c'est nécessaire, la procédure applicable. Ces règles dites "secondaires", contenues dans les ordonnances d'exécution, doivent rester dans le cadre établi par la loi qu'elles peuvent préciser mais non compléter. Le Conseil fédéral tient sa compétence d'édicter des ordonnances directement de l'art. 182 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), bien que cette compétence soit aussi souvent prévue dans les dispositions finales de la loi qu'il précise par son ordonnance (cf. Piermarco Zen-Ruffinen, Droit administratif, Partie générale et éléments de procédure, Bâle 2013, n. marg. 54 et les arrêts cités; Auer et al., op. cit., n. 1604, Häfelin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, p. 603 n. 1859). En effet, l'art. 182 al. 2 Cst. peut être considéré comme le fondement constitutionnel du pouvoir normatif d'exécution du Conseil fédéral (cf. Andreas Auer et al., op. cit., n. 1977).
Selon la jurisprudence, les principes de la légalité et de la séparation des pouvoirs limitent le droit du Conseil fédéral d'édicter des ordonnances d'exécution par quatre règles. En premier lieu, l'ordonnance d'exécution doit se rapporter à la même matière que celle qui fait l'objet de la loi qu'elle exécute. Ensuite, elle ne peut ni abroger, ni modifier cette loi. En troisième lieu, elle doit rester dans le cadre tracé et la finalité poursuivie par la loi et se contenter de préciser la réglementation dont celle-ci contient le fondement. Enfin, l'ordonnance d'exécution ne doit pas imposer au citoyen de nouvelles obligations qui ne sont pas prévues par la loi, et ceci même si ces compléments sont conformes au but de la loi (cf. ATF 136 I 29 consid. 3.3; 130 I 140 consid. 5.1; arrêts du TAF A-3479/2012 du 8 janvier 2013 consid. 2.3; A-6331/2010 du 3 février 2012 consid. 7.3.3.1; ATAF 2009/6 consid. 5.1.1; Auer et al., op. cit., n. 1605, Pierre Tschannen, in: Ehrenzeller et al., Die schweizerische Bundesverfassung Kommentar, 2. Auflage, Zürich/Basel/Genf 2008, ad. art. 164 Cst. n. 35).
2.3.2.2 Les ordonnances de substitution, comme leur nom l'indique, se substituent à la loi, car elles contiennent des règles de droit importantes, dites aussi "primaires", qui devraient se trouver en principe dans la loi, en vertu de l'art. 164 al. 1 Cst. Cet article met en oeuvre le principe de la légalité consacré à l'art. 5 al. 1 Cst., en ce qui concerne la législation fédérale. En effet, l'art. 164 al. 1 Cst. exige que soient édictées sous forme d'une loi formelle toutes les dispositions importantes, c'est-à-dire celles qui touchent de manière sensible la situation juridique du justiciable et qui fixent des règles de droit, notamment les restrictions des droits constitutionnels et les principales dispositions fondant les droits et les obligations des personnes (cf. Zen-Ruffinen, op. cit., n. marg. 197 et les arrêts cités; Tschannen, op. cit., ad. art. 164 Cst. n. 4). Si le législateur donnait carte blanche au pouvoir exécutif, il violerait cette norme. Lorsqu'une ordonnance ne repose pas sur une délégation législative suffisante, elle n'est pas conforme à la loi et viole donc le principe de la légalité. L'auteur de l'ordonnance a alors sous-estimé l'importance de la norme qu'il a adoptée (cf. Zen-Ruffinen, op. cit., n. marg. 220 et les arrêts cités).
Ces règles primaires figurant dans les ordonnances de substitution ne précisent plus la loi, mais la complètent. Ce sont des règles de droit dont on ne trouve aucune trace dans la loi de base. Elles étendent ou restreignent le champ d'application de cette loi, confèrent aux particuliers des droits ou leur impose des obligations dont la loi ne fait pas mention (cf. ATAF 2009/6 consid. 5.1.2; Auer et al., op. cit., n. 1604). Pour qu'une ordonnance puisse contenir des règles primaires, il faut que le législateur ait délégué le pouvoir d'adopter ces règles de droit importantes à l'auteur de l'ordonnance. Dans une jurisprudence abondante, le Tribunal fédéral a défini les exigences posées par la Constitution fédérale pour la délégation de compétences législatives (cf. Zen-Ruffinen, op. cit., n. marg. 55 et les arrêts cités). La distinction entre règles primaires et règles secondaires peut prêter à discussion. Elle est néanmoins importante par rapport à l'exigence de la base légale : une délégation législative est indispensable pour que l'auteur de l'ordonnance de substitution puisse adopter des règles primaires (cf. ATF 134 I 322 consid. 2.4; Zen-Ruffinen, op. cit., n. marg. 56).
2.4
2.4.1 L'art. 164 al. 2 Cst. concrétise le principe de la délégation législative, admis en droit fédéral (cf. ATF 134 I 322 consid. 2.4; Zen-Ruffinen, op. cit., n. marg. 218). Le Tribunal fédéral soumet la délégation de compétences législatives horizontale au respect de quatre conditions qui ont elles-mêmes valeur constitutionnelle. De manière générale, une délégation législative est admissible lorsqu'elle :
- n'est pas exclue par la Constitution fédérale (art. 164 al. 2 Cst.) ;
- figure dans une loi formelle fédérale (art. 164 al. 2 Cst.) ou cantonale;
- se limite à une matière déterminée et bien délimitée ;
- énonce elle-même les points essentiels (Grundzügen) sur lesquels doit porter la matière à réglementer (cf. ATF 118 Ia 245 consid. 3, in: SJ 1993 76; Zen-Ruffinen, op. cit., n. marg. 220 et les arrêts cités; Auer et al., op. cit., n. 1982; Häfelin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, p. 608 n. 1872).
2.4.2 Le contrôle préjudiciel des ordonnances du Conseil fédéral appartient à toutes les autorités, fédérales aussi bien que cantonales, chargées de les appliquer. Il ne s'agit d'ailleurs pas d'une faculté, mais d'une obligation : l'autorité qui refuse d'examiner la régularité d'une ordonnance du Conseil fédéral, alors même que le recourant a soulevé valablement un tel grief, commet un déni de justice. En cas d'admission du recours, le juge ne pourra pas annuler l'ordonnance qu'il estime inconstitutionnelle ou non conforme à la loi. Il refusera simplement de l'appliquer et cassera la décision fondée sur elle. Il appartiendra ensuite à l'auteur de l'ordonnance soit au Conseil fédéral, de la modifier ou de l'abroger formellement, pour rétablir une situation conforme à la Constitution ou à la loi (cf. Auer et al., op. cit., n. 1967 et 1968; Häfelin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, p. 686 n. 2096).
2.4.3 Le contrôle des ordonnances d'exécution se fait en deux étapes. Tout d'abord, les ordonnances d'exécution doivent être soumises à un contrôle de légalité. L'autorité chargée de les appliquer examine en premier lieu si elles restent dans le cadre de la loi, se contentent d'en préciser le contenu ou d'en définir les termes. Lorsqu'en revanche une ordonnance d'exécution contient des règles primaires, à savoir des dispositions qui étendent le champ d'application de la loi en restreignant les droits des administrés ou en imposant à ceux-ci des obligations, sans que ces règles puissent se fonder sur une délégation législative spécifique, elle viole le principe constitutionnel de la séparation des pouvoirs, de sorte que le juge refusera de l'appliquer et annulera la décision attaquée (cf. ATF 136 V 146 consid. 3.2; ATF 134 I 313 consid. 5.3, ATF 124 I 127 consid. 3; Auer et al., op. cit., n. 1978; Michael Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, Zürich 2012, p. 17 ss.).
Puis, le contrôle de la légalité est suivi d'un contrôle de constitutionnalité des ordonnances d'exécution. Tout en restant dans le cadre de la loi, il se peut que de telles ordonnances contiennent une violation originaire de la Constitution, auquel cas le juge doit refuser de les appliquer. On peut penser à une ordonnance d'exécution qui consacrerait une inégalité de traitement ou contiendrait une règle contraire à la répartition des compétences entre la Confédération et les cantons (voir ATF 104 Ib 171; Auer et al., op. cit., n. 1979).
2.4.4 En autorisant le législateur fédéral à déléguer au Conseil fédéral la compétence d'édicter des règles de droit, l'art. 164 al. 2 Cst., confère une base constitutionnelle explicite à ce qui, auparavant, n'était qu'une coutume constitutionnelle, à savoir la délégation législative. C'est par une telle délégation que, selon la formule de l'art. 182 al. 1 Cst., la loi permet au Conseil fédéral à édicter des règles de droit sous la forme d'ordonnances. Le contrôle préjudiciel des ordonnances de substitution, à savoir les ordonnances fondées sur une délégation législative comporte trois phases : le contrôle des conditions de la délégation législative, celui de la conformité de l'ordonnance avec cette délégation et enfin celui de la constitutionnalité de l'ordonnance (cf. Auer et al., op. cit., n. 1980-1981).
2.4.5 L'admissibilité de la délégation législative en droit fédéral dépend du respect des conditions auxquelles la Constitution et la jurisprudence du Tribunal fédéral la soumettent (art. 164 al. 2 Cst.; voir consid. 2.4.1 ci-dessus). La particularité de la délégation législative en droit fédéral tient à ce que le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer la loi fédérale dans laquelle elle figure. On précisera ici que l'expression "Tribunal fédéral" vise aussi le Tribunal administratif fédéral (cf. Auer et al., op. cit., n. 1934). Selon la formule jurisprudentielle classique, l'art. 190 Cst. empêcherait le Tribunal fédéral "de contrôler si la délégation elle-même est admissible". Le Tribunal fédéral est en principe habilité à examiner, dans un cas particulier, si le législateur fédéral a respecté les conditions de la délégation législative. S'il arrive à la conclusion que tel n'est pas le cas, il doit cependant s'en tenir à cette délégation, c'est-à-dire l'appliquer (cf. Auer et al., op. cit., n. 1983; Häfelin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, p. 686 n. 2096 ss).
En effet, conformément à l'art. 190 Cst., le juge ne peut examiner la constitutionnalité des lois fédérales et, par voie de conséquence, des normes de délégation qu'elles contiennent. Ainsi, lorsqu'il s'agit, par exemple, d'une ordonnance dépendante de substitution fondée sur une délégation législative prévue dans la loi, le juge examine si les normes issues de la délégation restent dans les limites de la délégation législative (cf. Mahon, op. cit., n° 13 ad art. 190 Cst.; Häfelin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, n° 408a p. 93). Autrement dit, le juge se contente d'examiner si le but fixé par la loi peut être atteint par la réglementation adoptée et si le Conseil fédéral, et/ou son sous-délégataire, a usé de son pouvoir d'appréciation conformément au principe de la proportionnalité (cf. ATF 117 III 44 consid. 2b). Dans le cas où ladite délégation est relativement imprécise et que, par la force des choses, elle donne au Conseil fédéral - voire, en cas de sous-délégation, au département - un large pouvoir d'appréciation qui lie le Tribunal (art. 190 Cst.), celui-ci doit en outre se limiter à examiner si les dispositions incriminées sortent manifestement du cadre de la délégation de compétence donnée par l'autorité exécutive ou si, pour d'autres raisons, elles sont contraires à la loi ou à la Constitution. Dans l'examen auquel il procède à cette occasion, le juge ne doit pas substituer sa propre appréciation à celle de l'autorité dont émane la réglementation en cause. Il doit au contraire se borner à vérifier si la disposition litigieuse est propre à réaliser objectivement le but visé par la loi sans se soucier, en particulier, de savoir si elle constitue le moyen le mieux approprié pour atteindre ce but. Ce contrôle se confond pratiquement avec le contrôle de l'arbitraire de la réglementation ou de la disposition proposée (cf. ATF 131 II 562 consid. 3.2; 129 II 160 consid. 2.3 et réf. cit.; ATAF 2007/43 consid. 4.4.1 et réf.cit.; arrêts du TAF A-416/2013 du 6 août 2013 consid. 4.1.2; A-546/2013 du 12 décembre 2013 consid. 3.4; C 1827/2012 du 1er octobre 2012 consid. 2.4 et réf. cit.; cf. Häfe­lin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, n° 408a p. 93, Auer et al., op. cit., n. 1618 et n. 1985 et les réf. cit.).
Le problème se pose principalement au regard du contenu suffisamment déterminé de la délégation législative. Même lorsque la délégation législative confère au Conseil fédéral, en violation des exigences constitutionnelles, un très large pouvoir d'appréciation, le Tribunal fédéral reste en principe lié, en vertu de la règle de l'art. 190 Cst. Encore faut-il cependant que la délégation soit suffisamment précise et qu'elle habilite effectivement le Conseil fédéral à adopter une règlementation inconstitutionnelle. En d'autres termes, le Tribunal fédéral s'efforce d'interpréter les délégations législatives, même trop larges, de façon conforme à la Constitution (cf. ATF 131 II 271 consid. 2.3; 136 II 337 consid. 5.1; 137 III 217 consid. 2.3; 130 I 26 consid. 5.1; Auer et al., op. cit., n. 1984).
2.4.6 Les ordonnances de substitution sont ensuite soumises à un contrôle de légalité. L'autorité chargée de les appliquer vérifie donc si elles restent dans le cadre et dans les limites de la délégation législative. Lorsque celle-ci - comme c'est souvent le cas - est relativement imprécise et donne au Conseil fédéral un large pouvoir d'appréciation, le Tribunal fédéral estime, dans une jurisprudence constante, qu'il doit se "borner à examiner si les dispositions incriminées sortent manifestement du cadre de la délégation de compétences donnée par le législateur à l'autorité exécutive. Ce n'est donc que lorsque l'ordonnance sort manifestement du cadre de la loi que le juge refuse de l'appliquer" (cf. arrêt du TAF A-3479/2012 du 8 janvier 2013 consid. 2.4; Auer et al., op. cit., n. 1985 et les réf. cit.).
2.4.7 Le contrôle de constitutionnalité des ordonnances dépendantes de substitution forme la dernière étape du contrôle préjudiciel auquel celles-ci sont soumises. Tout en restant dans le cadre de la délégation législative et sans que cette dernière comporte elle-même une irrégularité, il se peut que l'ordonnance du Conseil fédéral porte directement atteinte à la Constitution ou au droit international, auquel cas le juge doit refuser de l'appliquer. Selon la jurisprudence, il lui incombe d'examiner si l'ordonnance se fonde sur des motifs sérieux ou si elle viole l'art. 9 Cst., parce qu'elle n'a ni sens ni but, établit des distinctions qui ne sont pas justifiées par les faits à réglementer ou ignore des distinctions qui auraient dû être prévues (cf. ATF 136 II 337 consid. 5.1; Auer et al., op. cit., n. 1987 et les réf. cit.).
2.5
2.5.1 Le principe de la proportionnalité, prescrit par l'art. 5 al. 2 Cst., exige qu'il y ait un rapport raisonnable entre le but d'intérêt public poursuivi et le moyen choisi pour l'atteindre (cf. arrêts du TAF A 3713/2008 du 15 juin 2011 consid. 9.1, non publié à l'ATAF 2012/23; A-3111/2013 du 6 janvier 2014 consid. 6.3.1).
Le principe de la proportionnalité doit être respecté dans l'ensemble des activités de l'Etat, spécialement lorsque l'activité en cause consiste en une restriction à un droit constitutionnel au sens de l'art. 36 Cst. Ce principe, qui est consacré aux art. 5 al. 2 et 36 al. 3 Cst., impose comme condition nécessaire à toute restriction des droits fondamentaux qu'il y ait un rapport raisonnable entre le but d'intérêt public poursuivi et le moyen choisi pour sa réalisation (cf. Hä­felin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, p. 133 ss).
2.5.2 Ce principe se décompose en trois maximes: celle de l'aptitude, celle de la nécessité, ainsi que celle de la proportion, autrement-dit "la proportionnalité au sens étroit" (cf. ATF 136 I 17 consid. 4.4; 135 I 246 consid. 3.1; 130 II 425 consid. 5.2; 124 I 40 consid. 3e; Moor et al., Droit administratif, vol. I, Berne 2012, n° 5.2.1.3 p. 814 ss).
Selon la maxime d'aptitude, le moyen choisi doit être propre à atteindre le but visé. Cette maxime n'exige cependant pas qu'il soit nécessairement le plus efficace, de sorte qu'il suffit qu'il contribue à atteindre, dans une mesure plus ou moins effective, un résultat appréciable (cf. ATF 128 I 310 consid. 5b/cc; Moor et al., op. cit., vol. I, n° 5.2.1.3 p. 814 s.).
La maxime de la nécessité exige qu'entre plusieurs moyens envisageables soit choisi celui qui, tout en atteignant le but visé, porte l'atteinte la moins grave aux droits et, dans une optique plus large, aux intérêts privés touchés (cf. ATF 130 II 425 consid. 5.2; Moor et al., op. cit., vol. I, n° 5.2.1.3 p. 818).
Enfin, la proportionnalité au sens étroit met en balance la gravité des effets de la mesure choisie sur la situation de l'administré et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (cf. ATF 129 I 12 consid. 6 à 9; Moor et al., op. cit., vol. I, n° 5.2.1.3 p. 819 s.).
2.6
2.6.1 La prescription libératoire (ou extinctive) constitue une institution générale du droit, qui trouve application tant en droit privé qu'en droit public. Il s'agit d'une institution de droit matériel, prévue par le droit fédéral, et non de procédure. Elle a généralement pour but de favoriser la sécurité du droit et la paix sociale, en limitant la possibilité d'invoquer après un certain délai des créances que l'on a pas fait valoir à temps et en visant à empêcher des contestations juridiques tardives ainsi que les difficultés de preuve qui en découlent. La prescription a pour effet d'éteindre le droit d'action relatif à une créance par suite de l'écoulement du temps. La prescription est ainsi rattachée aux créances qu'elle atteint, et non aux rapports d'obligation sur lesquels ces dernières reposent (cf. ATF 118 II 447 consid. 1b/bb; arrêt du TAF A-258/2007 du 27 avril 2009 consid. 4.1; Pierre Tercier, Le droit des obligations, 3e éd., Genève 2004, n° 1424 ss; Pierre Engel, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd., Berne 1997, p. 796 s. et 799; Robert K. Däppen, Basler Kommentar, Obligationenrecht I: Art. 1-529 OR, 4e éd., Bâle 2007, n° 1 ad Vorbemerkungen zu Art. 127-142, n° 3 ad art. 127; Gauch et al., Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 9e éd., Zurich 2008, n° 3269 ss et 3278 ss; Beusch, op. cit., p. 276 ss.; Thomas Meier, Verjährung und Verwirkung öffentlich-rechtlicher Forderungen, Diss., Zürich 2013, p. 19).
2.6.2 Il convient en outre de rappeler que le Tribunal fédéral a jugé que la prescription constitue une institution générale du droit, visant à assurer la sécurité juridique et, qu'à ce titre, tous les droits et prétentions de droit public y sont soumis, également en l'absence de disposition légale expresse. Si une règle de droit ne contient aucune disposition sur la prescription, sa durée et son mode de calcul, il s'agit en premier lieu de déterminer si des délais prévus dans la même loi peuvent s'appliquer. Si la loi ne contient ni délai de prescription ni délai de péremption, la jurisprudence dispose qu'il y a lieu de se fonder, pour fixer la durée ainsi que le point de départ de la prescription, sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues; à défaut de telles normes, ou en présence de solutions contradictoires ou casuelles, le juge administratif doit fixer le délai qu'il établirait s'il avait à faire acte de législateur (cf. ATF 125 V 396 consid. 3a et références citées; 116 Ia 461 consid. 3a et 3c; 112 Ia 260 consid. 5; arrêts du TF 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2.2; 2P.299/2002 du 3 novembre 2003 consid. 2.2; voir également Beusch, op. cit., p. 279 ss.; Meier, op. cit., p. 75 ss.).
En d'autres termes, jurisprudence et doctrine considèrent qu'en droit administratif, l'absence de disposition traitant de la prescription constitue une lacune proprement dite. Ce type de lacune suppose que la loi ne contienne aucune règle sur un point essentiel à son application. Les autorités administratives ou judiciaires peuvent remédier à de telles lacunes en faisant « acte de législateur » (art. 1 al. 2 et 3 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210]). Pour ce faire, elles s'inspireront du but de la loi et des règles adoptées en d'autres matières ou domaines. Tel ne sera en revanche pas le cas si le législateur a renoncé volontairement à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part. Dans ce cas, son inaction correspond à son intention. Il est alors question de silence qualifié. Il s'agit finalement de distinguer la lacune proprement dite de la lacune improprement dite, qui se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite appelle l'intervention des autorités administratives ou judiciaires, tandis qu'il leur est en principe interdit de corriger les lacunes improprement dites, sous peine de se substituer au législateur et de violer la Constitution (cf. les arrêts du TF 2A.372/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.1; 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2A.105/2005 du 6 juillet 2005 consid. 3.5 et les références citées; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-258/2007 du 27 avril 2009 consid. 4.2.3.1). A noter qu'une certaine doctrine exclut toutefois le comblement d'une lacune proprement dite relative à la prescription et à la péremption si, en particulier, la nature du délai et sa durée ne sont pas contenues dans une loi au sens formel (cf. Meier, op. cit., p. 83 ss.; Markus Binder, Die Verjährung im schweizerischen Steuerrecht, Diss., Zürich 1985, p. 17 ss.). Cela dit, il n'est pas nécessaire de se poser la question du comblement d'une telle lacune si le délai prévu par l'acte législatif en question, en particulier une ordonnance, est couvert par une norme de délégation suffisamment large contenue dans une loi au sens formel (cf. consid. 2.5).
3.
En l'espèce, la recourante ne conteste pas le fait que la demande de remboursement de l'impôt sur les huiles minérales a été présentée tardivement, à savoir après l'expiration du délai de deux ans inscrit à l'art. 48 al. 2 Oimpmin. Dès lors, de manière concrète, il appartient au Tribunal de céans d'examiner la nature de la norme de délégation législative en cause (cf. consid. 3.1. ci-dessous), puis de contrôler la légalité de la disposition contestée en rapport avec la norme de délégation législative contenue dans la loi (cf. consid. 3.2. ci-dessous). Enfin, il sera question de contrôler la constitutionnalité de l'art. 48 al. 2 Oimpmin (cf. consid. 3.3. ci-dessous).
3.1
3.1.1 En premier lieu, s'agissant en l'occurrence d'un impôt de consommation spécial, il s'impose de rappeler qu'il faut distinguer entre l'objet de l'impôt et les allégements fiscaux ou exonérations, au sens large du terme. Au surplus, et c'est une autre distinction essentielle à faire, il convient de bien prendre acte que, pour ce type de contribution, l'exonération n'intervient -souvent- qu'après la perception de l'impôt. Ce décalage est rendu nécessaire par le fait que le législateur prélève ce dernier avant toute considération exonérative, dite perception intervenant juste avant l'acte de consommation (spécial) envisagé. Ce terme technique de "consommation" comprend, en résumé, le moment de l'importation, celui de la fabrication, ou encore celui de la sortie des marchandises des entrepôts dits agréés et c'est elle qui engendre la créance fiscale.
L'exonération ne peut donc se réaliser que par le biais d'une procédure de remboursement, qui comprend la reconnaissance de l'exonération (par la demande du bénéficiaire de l'exonération et son examen par l'autorité), puis celle du remboursement au sens étroit. En d'autres termes, le système des impôts de consommation spéciaux est principalement conçu en trois étapes: une imposition première (naissance de la créance fiscale et perception), suivie d'une demande d'exonération (constatation de la réalisation des conditions de l'exonération), puis du remboursement de l'impôt payé.
On retrouve clairement ces trois stades dans le cas de l'imposition des huiles minérales. La naissance de la créance fiscale est traitée à l'art. 4 Limpmin et l'allégement fiscal, divisé en exonérations et remboursement, est traité à la section 4 de la loi. Si l'objet de l'impôt est en principe délimité par le seul législateur, celui-ci a traité différemment les exonérations et les procédures de remboursement. Parfois, elles sont régies dans la loi, parfois elles sont déléguées au Conseil fédéral. On trouve ainsi plusieurs normes délégataires dans la loi sur les huiles minérales (cf. notamment art. 12b al. 2 et 3; 12c al. 2; 15 al. 4; 16; 17 al. 2; art. 18 al. 4; 20 al. 2; 20a al. 3; 22 al. 2 et 3; 28 al. 3 et 33 al. 2 Limpmin).
S'agissant des carburants utilisés par les entreprises de concessionnaires, le législateur a clairement séparé les problématiques d'exonérations et de procédure de remboursement. Le Conseil fédéral n'a pas de compétence pour décider de l'exonération en la matière, car elle a été -finalement- décidée par le législateur (art. 17 al. 3 Limpmin), aucune délégation n'étant faite à l'organe exécutif. Par contre, la procédure de remboursement a été complètement déléguée au Conseil fédéral, l'art. 18 al. 4 Limpmin le disposant clairement.
3.1.2 L'importance des éléments décrits ci-dessus doit, sur un plan systématique, être prise en compte et appréciée pour la résolution du présent litige. Ainsi, les termes de "remboursement" et de "procédure" ne peuvent en aucun cas être appréhendés dans leur sens littéral. Ce qui est ici en jeu est une véritable technique liée à l'imposition indirecte. Cette procédure spéciale nécessite des dispositions importantes. Elle doit non seulement fixer les termes d'une restitution d'argent, mais bien plutôt et d'abord déterminer les conditions matérielles du droit au remboursement. Ces dernières comprennent le contrôle des conditions de base de l'exonération, ainsi que d'autres conditions de fond, comme les contrôles de la consommation, des indications de quantité nécessaires, de la tenue des registres, des entrées et des sorties. Surtout, ce sont les règles sur la procédure de remboursement qui vont résoudre la question de savoir quelle personne a droit au remboursement. En matière d'impôts de consommation spéciaux, il peut s'agir du fournisseur ou du destinataire du bien. Ainsi, la loi détermine en principe elle-même qui est cette personne, mais si elle ne le fait pas -ce qui est le cas pour les huiles minérales utilisés par les entreprises de transport concessionnaires-, et que la procédure est déléguée, la désignation du bénéficiaire en incombe obligatoirement au délégataire.
La première grande conséquence à tirer de l'analyse qui précède est que l'on se trouve en présence d'une procédure fiscale spéciale, nécessitant une réglementation importante et complexe. Complètement confiée à l'exécutif, la délégation d'une telle procédure ne peut être que très large. Dans la mesure, notamment, où elle va jusqu'à concéder au Conseil fédéral le droit de décider qui, du fournisseur ou du destinataire, aura droit au remboursement, force est d'admettre que la marge d'appréciation abandonnée au Conseil fédéral est très étendue et que le Tribunal de céans est manifestement lié par ce parti pris du législateur. Cette délégation n'est d'ailleurs pas seulement considérable, mais est également précise, dès lors que c'est toute la technique de remboursement qui a été déléguée, avec ses règles matérielles propres. En ce sens, il faut conclure que l'Oimpmin est une ordonnance dépendante de substitution, à l'instar de l'ordonnance sur l'imposition du tabac du 14 octobre 2009 (OITab, RS 641.311; cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3454/2010 du 19 août 2011).
3.2
3.2.1 La norme de délégation ayant été ainsi cernée, autant pour son étendue que pour sa précision, il y a lieu d'examiner si l'insertion d'un délai pour la requête de remboursement par le Conseil fédéral s'intègre dans les limites du cadre de la délégation de compétences accordée. A cet égard, et en premier lieu, la comparaison avec la législation sur le tabac s'avère hautement utile. Alors que la délégation conférée par l'art. 24 al. 2 LTab porte sur "les délais pour présenter les demandes et la procédure de remboursement", celle de l'art. 18 al. 4 Limpmin délègue simplement "la procédure de remboursement". On ne saurait y voir une limitation de délégation en matière d'huiles minérales. Au contraire, alors qu'en matière de tabac, le législateur estime qu'il y aura (forcément) des délais, il faut conclure qu'en matière d'huiles minérales, l'insertion éventuelle de délais ne va pas de soi, mais que la décision d'en introduire ou non, quant au principe, fait partie et est le signe d'une plus grande délégation, non d'un manque de précision du législateur. On peut raisonner de la même manière avec la législation en matière de composés organiques volatils. Alors que la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE, RS 814.01), délègue complètement la procédure de remboursement, sans parler de délais, l'ordonnance sur la taxe d'incitation sur les composés organiques volatils du 12 novembre 1997 (OCOV, RS 814.018), définie comme une ordonnance de substitution, introduit un délai similaire à celui existant en matière d'huiles minérales. La première conclusion est donc pour le moins que l'absence d'une délégation expresse en matière de délai n'interdit pas au délégataire d'en introduire un si, comme tel est le cas en l'espèce, la norme de délégation s'avère très large.
3.2.2 Au surplus, l'examen du délai lui-même de l'art. 48 al. 2 Oimpmin est des plus parlants. En premier lieu, comme on l'a vu, c'est toute une procédure technique qui a été déléguée au Conseil fédéral. Il ne s'agit pas ici d'un délai de restitution, mais bien d'un délai d'introduction (Einleitungsfrist) de la procédure de remboursement, ce qui est tout différent. La problématique du remboursement ne se limite pas à l'examen ni à l'existence d'une simple créance en répétition de l'indu. Elle n'a rien à voir non plus avec la seule fixation d'une créance en restitution. Ce délai ne fonde donc pas, à strictement parler, une créance de droit privé contre l'Etat. Il s'agit bien d'un délai de péremption, mais du droit de revendiquer l'exonération. En réalité, le délai de l'art. 48 al. 2 Oimpmin fixe la date à partir de laquelle le destinataire peut actionner l'Etat et précise aussi que les conditions de l'exonération ne pourront plus être apportées à partir d'une certaine limite temporelle. Il s'agit donc d'un délai qui, en réalité, engage toute la procédure de contrôle des conditions de l'exonération, ainsi que des conditions matérielles et formelles du remboursement.
En d'autres termes, tous les arguments de la recourante liés à la notion de simple créance, en référence au seul droit privé, aux notions étroites de prescription ou péremption au sens technique, de règle primaire ou secondaire perdent singulièrement de leur pertinence. En particulier, la créance en remboursement au sens étroit n'est pas encore née au moment de la requête de remboursement, puisque l'autorité doit encore en examiner le bien-fondé. Il ne s'agit donc pas, en l'occurrence, de savoir si le délai litigieux est une règle primaire, mais uniquement de savoir si son existence est couverte par la norme de délégation (cf. consid. 2.6.2). Or à l'analyse, il apparaît tout à fait légitime que le délégataire fixe un délai pour savoir si la perception première de l'impôt va perdre son caractère provisoire et devenir définitive. Cet intérêt n'est pas seulement financier. Un intérêt public évident commande la fin de la procédure de remboursement et exige l'insertion d'un délai péremptoire, lequel procède de la nature sensible du bien consommé (les carburants), des risque d'abus, des résonnances environnementales, de la sécurité du droit et des personnes. Ces considérations révèlent le caractère pour le moins hybride du délai de l'art. 48 al. 2 Oimpmin et le droit, voire le devoir pour le Conseil fédéral de prévoir un délai d'introduction de la demande d'exonération-remboursement et une limite temporelle à l'exercice de l'exonération. A l'évidence, son utilité ne saurait être contestée. Commandé par un intérêt public qui s'avère fondé, voire évident, le principe de son insertion respecte la norme de délégation.
3.2.3 Le caractère hybride du délai litigieux, qui confirme sa nécessité et fonde la légitimité de son existence, est d'ailleurs manifestement renforcé par la teneur de l'art. 18 al. 5 Limpmin, qui dispose qu'il n'est pas versé d'intérêts sur les remboursements. Cette disposition dicte forcément l'attitude du bénéficiaire du remboursement. En l'absence d'un versement d'intérêts, les principes élémentaires d'une gestion de trésorerie correcte postulent que le remboursement soit demandé au plus vite, et non que l'on se préoccupe de la fin du délai de la demande. Ce dernier, dans les conditions normales, veut bénéficier du droit à l'exonération le plus tôt possible et l'ordonnance fixe ce début par le biais de la "consommation" au sens de l'art. 4 de la loi (via l'art. 48 al. 2 Oimpmin). En l'absence d'intérêts, tout destinataire diligent ne s'intéresse donc qu'au début de ce délai et il n'est pas de sens à différer la demande en remboursement. C'est bien la preuve que l'expiration du délai en cause ne cerne pas seulement les contours d'une créance en remboursement en faveur du bénéficiaire, qu'elle ne limite pas le droit au remboursement par chicane, mais qu'elle poursuit d'autres buts, qui consacrent ainsi, définitivement, le droit pour le Conseil fédéral d'introduire un délai. Que son inobservation puisse conduire, suivant les négligences commises, à une perte de la créance en remboursement, n'est qu'une conséquence lointaine des règles d'une procédure technique, qui ne peut pas remettre en cause, sous l'angle de la délégation concédée, l'existence dudit délai.
Il s'ensuit que du point de vue du principe de la légalité, -et sans même examiner si le Tribunal de céans ne devrait pas faire preuve de retenue au vu des composantes politiques liées à la transformation des droits fiscaux en impôts de consommation spéciaux-, le Conseil fédéral avait le droit d'introduire un délai comparable à celui de l'art. 48 al. 2 Oimpmin. Au vu du contrôle concret de la norme en cause, il doit être admis et appliqué en l'espèce quant à son principe, qui répond à des critères objectifs.
3.3
3.3.1 Demeure encore à examiner si la durée du délai de deux ans est admissible, notamment sur le plan des droits et principes constitutionnels. En valeur absolue, une durée de deux ans est un laps de temps important. Il porte sur deux exercices comptables et le bénéficiaire du remboursement a largement le temps de s'organiser pour introduire sa demande, comme pour mettre sur pied des organes de contrôle permettant d'éviter toute négligence. Cette évidence se trouve renforcée lorsque, comme en l'espèce, l'intéressé est organisé en la forme commerciale. Un tel laps de temps donne au bénéficiaire un temps largement suffisant pour déposer sa demande. Au surplus, des précautions importantes ont été mises en place par le législateur en cas d'omission et il est frappant de voir que le recourant n'en requiert aucunement l'application. L'art. 48 al. 3 Limpmin dispose en effet que le remboursement peut être accordé au-delà du délai de deux ans, si le requérant n'a pas observé le délai sans qu'il y ait faute de sa part ou au cas où le paiement de l'impôt constituerait pour lui une rigueur excessive. Non seulement le délai est donc important, mais les cautèles empêchant toute dérive existent. Enfin, la recourante se devait d'en connaître la durée, celle-ci étant inscrite dans une ordonnance fédérale et elle ne peut en aucun cas, le cas échéant, tirer un droit de sa méconnaissance éventuelle des règles applicables.
3.3.2 D'un point de vue relatif, le délai est également conséquent. En premier lieu, à une large échelle de comparaison, il faut relever qu'en matière de composés volatils, domaine où la norme de délégation est très large, le délai est de six mois. La durée réduite de ce délai repose notamment sur des considérations environnementales liées à l'objet de l'impôt lui-même (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7518/2006 du 28 juillet 2009 consid. 3). Mais de telles considérations, traduites sous l'angle de la sécurité, de la fragilité du produit, de la précarité des preuves suite à l'écoulement du temps, ne sont pas absentes en matière d'huiles minérales. Si l'on a pu, avec raison, accepter un délai de six mois en matière de composés volatils, un délai de deux ans en matière d'huiles minérales apparaît tout à fait cohérent et largement admissible. En second lieu, il faut souligner le fait que les entreprises concessionnaires de transport, à l'instar des autres intéressés au remboursement, sont dans une situation spéciale dont ils doivent assumer le caractère. Ce ne sont certes pas des assujettis. Mais ce ne sont pas non plus des consommateurs ordinaires, ni même des consommateurs finaux. En leur qualité de bénéficiaire d'un remboursement et partie à une procédure technique, ils sont censés en connaître la nature exacte et le fonctionnement général. L'existence d'un délai de deux ans ne peut en aucun cas leur paraître insuffisant ni incongru.
Une dernière question mérite d'être posée sous l'angle de la durée du délai. Elle consiste à se demander si celle-ci a été prévue uniquement à l'égard des entreprises concessionnaires de transport, ou si, en d'autres termes, ces dernières ont droit à une durée spéciale de requête en remboursement. Tel n'est manifestement pas le cas. Le Tribunal de céans observe que le délai de deux ans ne s'applique pas seulement aux entreprises concessionnaires de transport. D'un point de vue systématique, il est inscrit dans la partie générale applicable à toutes les procédure de remboursement (art. 46 à 48, resp. 48a Limpmin). A l'évidence, la recourante dispose d'une infrastructure solide lui permettant de gérer ses demandes en remboursement. Elle est manifestement mieux armée pour éviter toute mésaventure, par rapport aux autres bénéficiaires visés par les sections 3 à 6 du Chapitre 5 de la Limpmin. A cet égard, une comparaison avec la situation des agriculteurs et des sylviculteurs, autres ayants droit au remboursement, se passe de commentaire et dissiperait, si besoin était, les derniers doutes. Tout bien pesé, la durée de deux ans ne viole aucun principe constitutionnel et respecte notamment celui de la proportionnalité (cf. consid. 2.5). Elle repose sur des critères objectifs, ne viole pas l'interdiction du formalisme excessif, ni celle de l'arbitraire.
4.
L'analyse qui précède et le contrôle concret de la norme attaquée conduisent le Tribunal de céans à appliquer l'art. 48 al. 2 Limpmin à la présente cause et à rejeter le recours. Vu l'issue du litige, les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 7'500.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss. Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixées par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, les avances sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée (art. 64 al.1 PA a contrario, respectivement art. 7 al.1 FITAF a contrario, et art. 7 al. 3 FITAF).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. La décision du 21 septembre 2012 de l'autorité inférieure est confirmée.
3. Les frais de procédure, d'un montant de 7'500.-, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais, déjà versée, d'un montant équivalent.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ...; Acte judiciaire)
Le président du collège :
Le greffier :
Pascal Mollard
Cédric Ballenegger
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :