bvger · A-1518/2006 · 2008-11-06 · de
A-1518/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1518/2006 und A-1519/2006
Urteil vom 6. November 2008
Besetzung
Richter Markus Metz (Vorsitz), Richter Pascal Mollard, Richterin Claudia Pasqualetto Péquignot,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.
Parteien
X._______ AG, ...,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1997 bis 4. Quartal 2000 und 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002).
Leistungen einer Tochter- an die Muttergesellschaft im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns; Ermittlung des Drittpreises (3 Promill-Pauschale).
Sachverhalt:
A.
Die X. AG ist seit dem 1. Januar 1995 als Steuerpflichtige im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen.
Nach einer Kontrolle machte die ESTV gegenüber der X. AG verschiedene Steuerforderungen geltend. Unter anderem forderte sie für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 mit Ergänzungsabrechnung (EA) vom 28. Februar 2003 Nr. 252'533 Fr. ... und mit EA Nr. 252'535 Fr. .... Weiter machte sie für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002 mit EA Nr. 252'534 Fr. ... und mit EA Nr. 252'536 Fr. ... geltend. Als Nachträge zu den EA Nr. 252'533 und 252'534 erliess die ESTV am 14. August 2003 zwei weitere EA Nr. 252'563 und 252'564 über Steuerforderungen von Fr. ... und Fr. .... In allen EA wurde zudem ein Verzugszins ab 31. Oktober 2000 (mittlerer Verfall) geltend gemacht. Die Steuerforderungen wurden sämtliche unter Vorbehalt beglichen.
Bei allen vorgenannten Nachforderungen ging es um Leistungen zwischen der X. AG und deren Muttergesellschaft, der Y. Holding AG (im Folgenden auch kurz "Holding"). Sie ist im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen ebenfalls eingetragen. Die EA Nr. 252'533 und 252'534 und die zugehörigen Nachträge in EA Nr. 252'563 und 252'564 betrafen Leistungen der X. AG an die Muttergesellschaft im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns, deren Wert anhand einer Pauschale von 2 Promill des durchschnittlichen Holdingvermögens abzüglich von konzernfremden Unternehmen bezogenen Verwaltungsleistungen annäherungsweise ermittelt wurde. Die EA Nr. 252'535 und 252'536 sodann bezogen sich auf die Ermittlung des Werts von Managementdienstleistungen der X. AG an die Muttergesellschaft.
B.
Die ESTV bestätigte mit zwei Entscheiden vom 20. November 2003 die Steuerforderungen im Sinn der vorerwähnten EA (und weitere bereits nicht mehr bestrittene Forderungen). Dagegen liess die X. AG am 5. Januar 2004 zwei Einsprachen erheben mit dem Begehren, die Entscheide in Bezug auf die EA Nr. 252'533, 252'563, 252'535 sowie die EA Nr. 252'534, 252'564 und 252'536 aufzuheben.
C.
Mit zwei Einspracheentscheiden vom 24. Oktober 2004 wies die ESTV die Einsprachen ab, stellte die Rechtskraft der Entscheide im Umfang von Fr. ... und Fr. ... fest und bestätigte die Steuerforderungen für die Zeit vom 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 im Umfang von Fr. ... (EA Nr. 252'533, 252'563, 252'535) und für die Zeit vom 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002 im Umfang von Fr. ... (EA Nr. 252'534, 252'564, 252'536). Zudem wurde der Antrag auf Vereinigung der beiden hängigen Verfahren abgewiesen.
In Bezug auf die Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns legte die ESTV im Wesentlichen dar, jede Holding habe unabhängig von den ihr konkret zugeteilten Aufgaben einen gewissen Minimalaufwand, damit sie existieren könne, wie etwa den Unterhalt eines Büros mit allem was dazu gehöre. Finanzielle Transaktionen seien zu entscheiden, zu veranlassen und zu kontrollieren. Das Rechnungswesen sei zu erledigen, die Generalversammlung zu organisieren und die Veröffentlichungspflichten einschliesslich der Konsolidierung seien zu erfüllen. Weiter seien die "Kosten aus Anteilseignertätigkeit" im Normalfall von der Holding zu tragen und dürften nicht an die Tochtergesellschaften verrechnet werden, was e contrario zum Schluss führe, dass bei einer Holding ohne Personal jemand die diese Kosten verursachenden Leistungen zwingend für die Holding zu erbringen habe (hierzu Verweis auf OECD-Verrechnungspreisgrundsätze). Als Leistungserbringerin all dieser Leistungen habe die X. AG zu gelten, was der Inspektor der ESTV bei seiner Kontrolle vor Ort habe feststellen können. Zudem hätten die beiden Gesellschaften den Sitz an derselben Adresse. Die X. AG gestehe zumindest ein, Buchhaltung, Schreibarbeiten und die Berichterstattung für die Muttergesellschaft zu erledigen. Sie habe diese Leistungen jedoch weder aufgezeichnet noch verbucht und nehme diesbezüglich ebenfalls nur eine (Gegen-)Schätzung vor. Die ESTV habe die Leistungen zu Recht anhand der 3?-Formel gemäss Ziff. 7.6.3 Bst. a der Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 ermittelt, wobei im vorliegenden Fall einer Familienholding, bei denen die Kosten in der Regel geringer ausfielen, der Satz auf 2? gesenkt werden könne. Die ESTV habe sich bei der Festsetzung dieser Pauschale an den Gebühren für Vermögensverwaltungsmandate im Bankensektor orientiert. Sie lägen etwa zwischen 0.25% und 1.5% des verwalteten Vermögens. Auch einige Kantone stützten sich zur Berechnung der Verwaltungskosten für das bewegliche Privatvermögen auf pauschalisierte Werte in Höhe von 2 oder 3 Promill des Vermögens. Ziehe man in Betracht, dass mit der Pauschale der ESTV von 3 Promill des durchschnittlichen Vermögens einer Holdinggesellschaft nicht nur ein beschränkter Umfang von Leistungen (wie z.B. bei Banken etwa nur die reine Depotverwaltung) erfasst werde, sondern sämtliche "Verwaltungsleistungen" der Holding, so sei dieser Ansatz mehr als gerechtfertigt.
Die X. AG behaupte, dass die strategische Führung des Konzerns einzig dem Verwaltungsrat obliege. Unter anderem hob die ESTV hierzu hervor, dass diese Angabe nicht belegt worden sei und eine genaue Aufstellung darüber gemacht werden müsste, wann A. in seiner Funktion als Verwaltungsrat der Holding und wann als Verwaltungsrat der X. AG amte. Unter dem Blickwinkel, dass sich die Holding an ... Tochtergesellschaften beteilige, was wohl einiges an Aufwand verursache, erscheine es nicht sehr wahrscheinlich, dass der Verwaltungsrat alle Aufgaben ohne Hinzunahme weiterer personeller Hilfe erledigen könne. Abzulehnen sei ferner auch der (sinngemäss) verlangte Abzug der Verwaltungsratshonorare von den 2 Promill des Holdingvermögens.
Es folgte die Begründung zur Ermittlung des Werts der Leistungen der Tochtergesellschaft im Zusammenhang mit Managementdienstleistungen bzw. Lizenzen.
Schliesslich korrigierte die ESTV - von Amtes wegen - den in den EA sowie den Entscheiden vom 20. November 2003 auf 31. Oktober 2000 festgesetzten mittleren Verfall für die Berechnung der Verzugszinsen betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 auf den 31. August 1999 und betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002 auf den 28. Februar 2002.
D.
Am 24. November 2005 lässt die X. AG (Beschwerdeführerin) gegen die beiden Einspracheentscheide zwei Beschwerden bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission (SRK) einreichen mit den Begehren, diese seien, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu ihren Gunsten, aufzuheben und es sei festzustellen, dass die noch zu entrichtende Mehrwertsteuer für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 Fr. ... und für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002 Fr. ... betrage. Weiter stellt sie den Antrag, die beiden Verfahren zu vereinigen.
In Bezug auf die Aufrechnung anhand der 3 bzw. 2 Promill-Formel wird im Wesentlichen das Folgende vorgebracht: Es treffe zu, dass die Beschwerdeführerin der Holding bestimmte Leistungen erbracht habe, ohne diese zu verrechnen und auch ohne Aufzeichnungen über den Zeitaufwand vorzunehmen. Die Annahme der ESTV, dass jede Holding einen gewissen Minimalaufwand habe, damit sie existieren könne, stimme zwar, nicht aber, dass dieser Aufwand pro Jahr bei über Fr. ... Mio. liegen solle. Die Übernahme von Domizilfunktionen werde etwa für wenige Tausend Franken offeriert. Nur bescheidener Aufwand bedeute die Buchhaltung der Holding, die Durchführung der pro Jahr zwei bis drei Generalversammlungen, die Veröffentlichungen, genauer die ... Einträge in das Handelsregister in den betroffenen Jahren sowie die Konzernrechnung, denn in der kontrollierten Periode habe die Gruppe nur eine obligationenrechtliche Konsolidierung (und noch keine nach IAS/IFRS-Standards) vorgenommen. Die strategische Führung des Konzerns sodann sei entgegen der Ansicht der ESTV nicht von der Beschwerdeführerin, sondern von A., Verwaltungsrat der Holding, vorgenommen worden. Die dem Verwaltungsrat zustehenden Aufgaben seien nicht an die Beschwerdeführerin delegiert worden. Die ESTV habe sich insgesamt nicht mit den Besonderheiten der Holding auseinandergesetzt und die Bedeutung der von der Beschwerdeführerin erbrachten Leistungen völlig überschätzt. Weiter wird bemängelt, dass die ausgerichteten Verwaltungsratshonorare im Rahmen der Pauschale nicht abgezogen worden seien.
Sodann wird die Schätzungsmethode als solche unter verschiedenen Gesichtspunkten kritisiert. Sowohl die Bemessungsgrundlage (Höhe des verwalteten Vermögens) wie auch der pauschale Ansatz sei als ungeeignet, ja geradezu willkürlich zu betrachten. Die Beschwerdeführerin schätze einen Aufwand von Fr. ... pro Jahr für die Wahrnehmung der Domizilführung (Postfach), der Buchführung und des Reporting und weiteren kleineren Verwaltungsarbeiten bzw. administrativen Tätigkeiten durch die Beschwerdeführerin. Der von der ESTV angenommene Aufwand belaufe sich auf Fr. ... Mio. pro Jahr. Damit könne ein ganzer Stab qualifizierter Mitarbeiter eingestellt werden, was offensichtlich nicht erforderlich sei.
Schliesslich wird in Bezug auf die Verzugszinsen die neue Festsetzung des mittleren Verfalls beanstandet. Bei der Eruierung des mittleren Verfalls seien nicht zwei Zeitabschnitte zu unterscheiden, sondern die ganze Kontrollperiode massgeblich. Es sei somit für die gesamte Steuerschuld auf den 31. Oktober 2000 als Verfalltag abzustellen.
E.
Mit Vernehmlassungen vom 30. Januar 2006 beantragt die ESTV die Abweisung der beiden Beschwerden, soweit darauf eingetreten werden könne. Im Hinblick auf den Streitgegenstand hält die ESTV dafür, die Beträge gemäss EA Nr. 252'533 (Fr. ...) und 252'534 (Fr. ...) seien in der Beschwerde nicht mehr angefochten worden und diese seien nicht mehr strittig. In der Beschwerdebegründung seien jedoch nur Erläuterungen zur 3 Promill-Pauschale erfolgt, also zu den anerkannten EA Nr. 252'533 und 252'534, die gar nicht mehr Streitgegenstand bildeten. Eine Stellungnahme der ESTV würde sich damit im Grunde erübrigen. Die ESTV nimmt (trotzdem) Stellung zu den Ausführungen in der Beschwerde. Was die (gemäss Beschwerdeantrag zwar eigentlich bestrittenen) EA Nr. 252'535 und 252'536 anbelange, so erfolge in der Beschwerde keine Argumentation, womit eine Stellungnahme durch die ESTV nicht notwendig bzw. möglich sei. Auch in Bezug auf die Berechnung des mittleren Verfalls seien die Einspracheentscheide zu bestätigen.
F.
Mit zwei Eingaben vom 22. November 2006 beantragt die Beschwerdeführerin im Hauptantrag die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels. Sie begründet diesen mit dem Inkrafttreten von Art. 45a der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTGV, SR 641.201) sowie der von der ESTV am 31. Oktober 2006 veröffentlichten Praxismitteilung "Behandlung von Formmängeln" (Ziff. 2.7), welche rückwirkend auf sämtliche pendente Fälle anzuwenden seien. Zudem sei der Beschwerdeführerin eine Stellungnahme zu den Vernehmlassungen zu gewähren. Dem wird von der SRK am 24. November 2006 entsprochen und die Beschwerdeführerin zur Einreichung einer Replik aufgefordert.
G.
Am 28. Februar 2007 wird die Replik eingereicht und hauptsächlich beantragt, in Aufhebung der Einspracheentscheide sei festzustellen, dass die zu entrichtende Mehrwertsteuer für die Steuerperioden 1. Quartal 1997 bis 4. Quartal 2000 Fr. ... und für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002 Fr. ... betrage. In Bezug auf den Streitgegenstand präzisiert die Beschwerdeführerin, in ihrer Beschwerde habe sie nur einen Teil der Nachforderungen der ESTV angefochten, nämlich die Aufrechnung im Zusammenhang mit der Verwaltung der Holding (Verwaltungskosten); diese seien somit strittig. Die Aufrechnungen für Managementleistungen sollten in der Beschwerde nicht mehr bestritten werden. Diesbezüglich habe sie sich über Weiterverrechnungen an die Holding - zumindest teilweise - schadlos halten wollen. In der Beschwerde seien jedoch die EA Nr. 252'533 und 252'535 bzw. 252'534 und 252'536 verwechselt und entsprechend die Anträge falsch berechnet worden. Die ESTV gehe in der Vernehmlassung jedoch davon aus, dass die Aufrechnungen des Bereichs Managementleistungen bestritten seien. Aufgrund dieser Situation werde nun in der Replik neu auch dieser Bereich bestritten. Weiter folgen Ausführungen materieller Art zur Aufrechnung aufgrund der Vermögensverwaltungsleistungen. Betreffend die Aufrechnung der Managementdienstleistungen schliesslich sei Art. 45a MWSTGV und die zugehörige Praxismitteilung der ESTV, Ziff. 2.7, auf den vorliegenden pendenten Fall anzuwenden.
H.
Mit zwei Eingaben vom 20. April 2007 erstattet die ESTV Duplik und beantragt insbesondere, soweit die Beschwerdeführerin nebst der Aufrechnung gemäss den EA Nr. 252'563/4 Aufrechnungen gestützt auf mehr als eine EA (Nr. 252'535/6 oder Nr. 252'533/4) zum Streitpunkt erkläre, sei auf die Replik nicht einzutreten. Im Übrigen seien die Anträge der Replik abzuweisen. Am Antrag gemäss Vernehmlassung werde festgehalten. Es folgen Erläuterungen zum Streitgegenstand und eine Stellungnahme zu den materiellen Ausführungen der Beschwerdeführerin. Betreffend Managementleistungen sei die ESTV nach wie vor der Ansicht, dass die Aufrechnungen Streitgegenstand bildeten. Damit würde sich die Frage der Anwendbarkeit von Art. 45a MWSTGV stellen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ändere sich durch die Inkraftsetzung von Art. 45a MWSTGV und Ziff. 2.7 der Praxismitteilung aber nichts an ihrem Fall.
I.
Auf die weiteren Ausführungen in den Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidrelevant - in den nachstehenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten Einspracheentscheide der ESTV nach Art. 65 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31. Dezember 2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 unter Übernahme der bei der SRK hängigen Fälle seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG). Auf die Beschwerden ist einzutreten.
1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1997 bis 2002, so dass auf die vorliegende Beschwerde betreffend den Sachverhalt bis Ende 2000 noch damaliges Recht und für die restliche Zeit neues Recht anwendbar ist (Art. 93 und 94 MWSTG).
1.3 Grundsätzlich bildet jeder vorinstanzliche Entscheid ein selbständiges Anfechtungsobjekt und ist deshalb einzeln anzufechten. Es ist gerechtfertigt, von diesem Grundsatz abzuweichen und die Anfechtung in einem gemeinsamen Verfahren zuzulassen, wenn die einzelnen Sachverhalte in einem engen inhaltlichen Zusammenhang stehen und sich in allen Fällen gleiche oder ähnliche Rechtsfragen stellen (vgl. BGE 123 V 215 E. 1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-1435/2006 und A-1584/2006 vom 8. Februar 2007 E. 1.2; ANDRÉ MOSER, in MOSER/UEBERSAX, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel und Frankfurt am Main 1998, S. 89 f. Rz. 3.12). Diese Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt, ist in beiden Fällen doch dasselbe Steuersubjekt und (abgesehen von den Steuerperioden) der gleiche Sachverhalt betroffen und stellen sich dieselben Rechtsfragen. Die beiden Einspracheentscheide wurden zwar mit zwei separaten Beschwerden angefochten, welche sich aber im Wesentlichen nur in den Anträgen unterscheiden und keine separaten Ausführungen für die Zeit unter dem Geltungsbereich der MWSTV bzw. des MWSTG enthalten. Die Verfahren A-1418/2006 und A-1419/2006 können vereinigt werden.
1.4 Vorab ist der Streitgegenstand im vorliegenden Verfahren zu klären.
1.4.1 Streitgegenstand ist das Rechtsverhältnis, das Gegenstand der angefochtenen Verfügung bildet, soweit es im Streit liegt. Bezieht sich die Beschwerde nur auf einen Teil des durch die Verfügung bestimmten Rechtsverhältnisses, gehören die nicht beanstandeten Teilaspekte nicht zum Streitgegenstand (statt vieler: Entscheid der SRK vom 23. April 2003, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 67.123 E. 2a; Urteil des BVGer A-1391/2006 vom 16. Januar 2008 E. 1.4.2).
1.4.2 Im Einspracheverfahren vor der ESTV waren Steuerforderungen von Fr. ... gestützt auf EA Nr. 252'533, 252'563 und 252'535 betreffend den Geltungsbereich der MWSTV und solche von Fr. ... gestützt auf EA Nr. 252'534, 252'564 und 252'536 betreffend den Geltungsbereich des MWSTG strittig.
Aufgrund der in den Beschwerdeanträgen genannten Beträge und der Ausführungen in den Beschwerden (S. 16 und S. 30), wonach die Aufrechnungen beanstandet würden, welche auf die EA Nr. 252'535 und 252'563 bzw. Nr. 252'536 und 252'564 zurückzuführen seien, wären im Prinzip hauptsächlich die Aufrechnungen wegen Managementdienstleistungen der Beschwerdeführerin (EA Nr. 252'535 und 252'536) angefochten worden. Aufgrund der Beschwerdebegründung, die sich mit keinem Wort zu den Managementleistungen, sondern nur zur Aufrechnung betreffend Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns (3 Promill-Pauschale, EA Nr. 252'533, 252'534 und Nachträge EA Nr. 252'563, Nr. 252'564) äussert, ergibt sich jedoch klar, dass die Beschwerdeführerin Letzteres anfechten wollte. Dies wird in der Replik explizit bestätigt: In den Beschwerden sei nur ein Teil der Nachforderungen der ESTV angefochten worden, nämlich jene betreffend Verwaltung der Holding (3 Promill-Pauschale), die EA seien verwechselt (vgl. S. 16 und 30 Beschwerden) und die Anträge falsch berechnet worden. Der Streitgegenstand muss somit wie folgt festgelegt werden: Die Aufrechnung betreffend Managementleistungen (EA Nr. 252'535 und 252'536) wurde in der Beschwerde nicht mehr angefochten. Streitgegenstand bilden vorliegend aufgrund der Beschwerde lediglich noch die Aufrechnungen im Zusammenhang mit den Leistungen betreffend Konzernführung. In betraglicher Hinsicht sind für die Steuerperioden 1. Quartal 1997 bis 4. Quartal 2000 noch Fr. ... (Fr. ... gemäss EA Nr. 252'533 und Fr. ... gemäss EA Nr. 252'563 abzüglich der von der Beschwerdeführerin anerkannten Forderung von Fr. ...) und für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002 Fr. ... (Fr. ... gemäss EA Nr. 252'534 und Fr. ... gemäss EA Nr. 252'564 abzüglich der von der Beschwerdeführerin anerkannten Fr. ...) strittig.
1.4.3 In der Replik ändert die Beschwerdeführerin nun aber ihre Beschwerdeanträge über die vorstehend behandelte Korrektur blosser Verwechslungs- bzw. Schreib- und Rechenfehler hinaus zusätzlich ab. Neu bestreitet sie auch die Aufrechnung in Bezug auf die Managementleistungen (EA Nr. 252'535 und 252'536) und beantragt eine entsprechende zusätzliche Reduktion der Steuerforderung.
Diese Ausweitung des Streitgegenstandes im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels ist nicht statthaft. Wie vorstehend ausgeführt, wurde in der Beschwerde auf die Anfechtung der Aufrechnung aufgrund der Managementdienstleistungen klar verzichtet und der Streitgegenstand somit eingeengt (vorn E. 1.4.1, 1.4.2). Die Begehren einer Beschwerde können jedoch nach Ablauf der Beschwerdefrist nicht erweitert, sondern höchstens präzisiert werden (MOSER, a.a.O., Rz. 2.88).
Die Beschwerdeführerin beruft sich auf die Rechtsprechung, wonach Antragsänderungen und -erweiterungen, die im Zusammenhang mit dem Streitgegenstand stehen, aus prozessökonomischen Gründen ausnahmsweise zugelassen werden, wenn einerseits ein (sehr) enger Bezug zum bisherigen Streitgegenstand besteht und anderseits die Verwaltung im Laufe des Verfahrens Gelegenheit hatte, sich zu dieser neuen Streitfrage zu äussern (Entscheid der SRK vom 20. Oktober 2000, veröffentlicht in VPB 65.58 E. 1b; BGE 125 V 413 E. 2a). Diese Rechtsprechung bezieht sich primär auf Fälle, wo über eine Frage im angefochtenen Entscheid nicht verfügt wurde, dem Betroffenen aufgrund des Konnexes mit dem verfügten Teil aber ein Interesse an einem Entscheid an dieser Frage zugestanden wird. Die vorliegende Situation verhält sich anders. Die Beschwerdeführerin hat in der Beschwerde bewusst auf die Bestreitung eines Teils des Anfechtungsobjekts (Managementdienstleistungen) verzichtet. Die Ausdehnung des Streitgegenstandes wird in der Replik nur deswegen beantragt, weil mittlerweile (also nach Einreichung der Beschwerde im Jahr 2005) Art. 45a MWSTGV in Kraft getreten ist und nicht etwa, weil die vorherige Nichtanfechtung auf einem Irrtum beruht hätte. Dass der Verzicht auf die Anfechtung in der Beschwerde ein bewusster war, wird auch in der Replik bestätigt (oben E. 1.4.2). An den sich aus der Beschwerde klar ergebenden Anfechtungsumfang ist die Beschwerdeführerin gebunden und der Streitgegenstand darf im Verlauf des Beschwerdeverfahrens nicht mehr ausgedehnt werden. Ferner wäre auch der in der Rechtsprechung mit Bezug auf Erweiterungen des Streitgegenstandes verlangte enge Bezug zum bisherigen Streitgegenstand nicht gegeben, denn die Aufrechnung unter dem Titel Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns und jene unter dem Titel Managementdienstleistungen stehen nicht in einem näheren Konnex, sondern sind unabhängig voneinander. Es bleibt beim vorstehend (E. 1.4.2) festgehaltenen Umfang des Streitgegenstandes.
2.
Ist der Steuerpflichtige seinen aus dem Selbstveranlagungsprinzip fliessenden Pflichten nicht nachgekommen und hat die ESTV demzufolge eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen (Art. 48 MWSTV, Art. 60 MWSTG), hat sie eine Schätzungsmethode zu wählen, die den individuellen Verhältnissen im Betrieb des Steuerpflichtigen soweit als möglich Rechnung trägt, auf plausiblen Angaben beruht und deren Ergebnis der wirklichen Situation möglichst nahe kommt (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.522/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.3). Sind die Voraussetzungen einer Ermessenstaxation erfüllt, obliegt es dem Steuerpflichtigen, den Beweis für die Unrichtigkeit der Schätzung zu erbringen, d.h., dass die Verwaltung dabei Bundesrecht verletzt hat bzw. ihr erhebliche Ermessensfehler unterlaufen sind (statt vieler: Urteil des BVGer A-1379/2006 vom 10. September 2007 E. 2.6.1 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kann eine zu Recht erfolgte Ermessensveranlagung nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden, wofür der Steuerpflichtige die Beweislast trägt (Urteil 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.3 mit Hinweisen und E. 4). Als offensichtlich unrichtig gilt eine Schätzung dann, wenn sie sachlich nicht begründbar ist, sich auf sachwidrige Schätzungsgrundlagen, -methoden oder -hilfsmittel stützt oder sonst mit den aktenkundigen Verhältnissen des Einzelfalles unvereinbar ist (Entscheid der SRK vom 24. Oktober 2005, veröffentlicht in VPB 70.41 E. 4c, 4e/aa mit Hinweisen; zum Ganzen: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 2.1, 2.2 mit Hinweisen). Bei der Überprüfung von Ermessensveranlagungen auferlegt sich das Bundesverwaltungsgericht eine gewisse Zurückhaltung, soweit die Zweckmässigkeit der Entscheidung in Frage steht (Urteile des BVGer A-1398/2006 vom 19. Juli 2007 E. 2.1; A-1535/2006 vom 14. März 2007 E. 2.1). Die Zulässigkeit dieser zurückhaltenden Prüfung wurde vom Bundesgericht bestätigt (Urteil 2C_426/2007 vom 22. November 2007 E. 4.3).
3.
3.1 Gemäss Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV sowie Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG gilt im Fall einer Lieferung oder Dienstleistung an eine nahestehende Person als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Dieser sogenannte Dritt(vergleichs)preis oder auch Fremdpreis entspricht in aller Regel dem Marktwert (ausführlich: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 3.1, 3.3, 4.4.1 mit zahlreichen Hinweisen). Der Drittpreis bzw. Fremdpreis (als Marktwert) ist in den meisten Fällen ein Schätz- bzw. Vergleichswert, der nicht exakt, sondern nur annäherungsweise bestimmt werden kann. Hat die ESTV diesen Wert zu schätzen, sind die für die Ermessensveranlagung im Sinn von Art. 48 MWSTV bzw. Art. 60 MWSTG geltenden Grundsätze zu beachten, namentlich in Bezug auf die Pflichten der ESTV bei der Vornahme der Schätzung, die Möglichkeiten des Steuerpflichtigen, eine solche Schätzung anzufechten und die Zurückhaltung des Bundesverwaltungsgerichts in der Überprüfung der Schätzung (Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.3 mit Hinweisen).
3.2 Steuerbare Umsätze unter Konzerngesellschaften als nahestehende Personen sind zum Drittpreis nach Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG zu fakturieren. In Bezug auf die sachgerechte Verrechnung der steuerbaren Leistungen einer Tochter- an die Holdinggesellschaft hat die ESTV mit Inkrafttreten des MWSTG eine - bereits unter dem Geltungsbereich der MWSTV ohne Publikation geübte - Praxis veröffentlicht (Ziff. 7.6.3 der Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 [SB Kürzung]). Für den Fall, dass über die Leistungserbringung detaillierte Aufzeichnungen fehlen und unter der Voraussetzung, dass die Holding über kein eigenes Personal verfügt oder das eigene Personal die Leistungen nicht selbst erbringt, sind zwei Berechnungsmethoden zur annäherungsweisen Bestimmung der Leistungen vorgesehen:
3.2.1 Bst. a der Ziff. 7.6.3 der SB Kürzung (3 Promill-Pauschale) lautet wie folgt:
Annäherungsweise Ermittlung des Werts der Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns (strategische Führung, Aktionariat, Betreuung und Unterstützung der Tochtergesellschaften, Verwalten der Beteiligungen usw.):
3? des durchschnittlichen Holdingvermögens (Total Aktiven)
- von konzernfremden Unternehmen bezogenen Verwaltungsleistungen *
= Total der von einer Tochtergesellschaft erbrachten Dienstleistungen **.
* nur die regelmässigen, ordentlichen Leistungen von konzernfremden Unternehmen für die Konzernführung, die bei der Holdinggesellschaft direkt angefallen sind,
** Wert, der von der Tochtergesellschaft zu versteuern ist; die Holdinggesellschaft darf andererseits keinen Vorsteuerabzug vornehmen, da die Leistungen für nicht der Steuer unterliegende Zwecke verwendet werden.
Damit werden nur die regelmässigen, ordentlichen Leistungen für die Konzernführung berücksichtigt. Ausserordentliche Leistungen wie z.B. im Zusammenhang mit dem Neuaufbau einer Gesellschaft im Ausland oder mit Umstrukturierungen sind darin nicht enthalten.
Auch mit der neusten, ab 1. Januar 2008 geltenden Version der SB Kürzung (im Folgenden SB Kürzung 2008) wird diese Praxis weitergeführt (Ziff. 7.4.3.1). Zudem wird (was schon zuvor von der ESTV praktiziert wurde) festgehalten, in begründeten Fällen könne betreffend den Prozentsatz von 3 Promill nach oben oder nach unten abgewichen werden, z.B. werde bei Familiengesellschaften eine Pauschale von 2 Promill angewendet, da der Aufwand verglichen mit Publikumsgesellschaften normalerweise wesentlich geringer sei (Fn. 15).
Diese Praxis wurde vom Bundesverwaltungsgericht in Bezug auf einen konkreten Anwendungsfall bereits geschützt (Urteil A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.4).
3.2.2 Die zweite Methode zur Bestimmung des Drittpreises für Leistungen von Tochter- an Holdinggesellschaften ist in Bst. b der Ziff. 7.6.3 SB Kürzung niedergelegt:
Annäherungsweise Ermittlung des Werts der Leistungen im Zusammenhang mit den Managementdienstleistungen resp. Lizenzen (allgemeine Verwaltung sowie Erarbeitung des Know-Hows):
Einnahmen der Holdinggesellschaft für Managementdienstleistungen und Lizenzen (105%)
abzüglich Wertschöpfung der Holdinggesellschaft (5%)
= erbrachte Leistungen der Tochtergesellschaften im Zusammenhang mit den von der Holdinggesellschaft vereinnahmten Entgelten (100%) **.
** Wert, der von der leistungserbringenden Gesellschaft zu versteuern ist (...).
3.3 Im Hinblick auf die je unter die beiden Pauschalen zu subsumierenden Leistungen kann das Folgende festgehalten werden:
3.3.1 Die beiden Praxisfestlegungen definieren die Art der jeweils erfassten Leistungen nicht abschliessend. Ein Abgrenzungsmerkmal ergibt sich aber aus der folgenden Unterscheidung der ESTV: Im Fall der Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns (3 Promill Pauschale) sind Aufwendungen angesprochen, welche die Holdinggesellschaft zu tragen hat und die sie nicht an die Tochtergesellschaften weiterfakturieren darf (Ziff. 7.6.3 Bst. a, Ziff. 7.6.2 mit Bsp. 1 der SB Kürzung; vgl. auch Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5.2). Dies ergibt sich auch explizit aus der seit Januar 2008 geltenden Version der SB Kürzung (Ziff. 7.4.3.1 Fn. 16). Bei der zweiten Methode betreffend Managementleistungen resp. Lizenzen geht es um Aufwendungen der Holding, welche über Management Fees auf die Tochtergesellschaften überwälzt werden können (Bst. b der Ziff. 7.6.3 und Bsp. 2 in Ziff. 7.6.2 SB Kürzung). Die ESTV unterscheidet damit für die Frage, welche der beiden Methoden zur Anwendung gelangt, danach, ob die Muttergesellschaft die von einer Tochter bezogenen Leistungen sodann aufgrund eines weiteren steuerbaren Austauschverhältnisses an die Tochtergesellschaften weiterfakturieren kann (zur Entstehung eines steuerbaren Umsatzes bei Weiterfakturierung vgl. statt vieler: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 7.2 mit Hinweisen).
3.3.2 Zur Beantwortung der Frage, welche Leistungen weiterfakturierbar sind und welche nicht, kann hilfsweise auf die für die direkten Steuern geltenden Abgrenzungen Bezug genommen werden (wenn auch aufgrund der andersartigen Steuersysteme mit der gebotenen Vorsicht, vgl. ausführlich: BVGE 2007/23 E. 2.3.3 mit Hinweisen).
Die Verrechenbarkeit an Tochtergesellschaften wird bei der Gewinnsteuer bejaht, wenn eine entgeltliche Leistung der Muttergesellschaft an jene besteht (Leistungsaustausch), d.h. wenn der empfangenden Tochtergesellschaft ein direkter wirtschaftlicher oder kommerzieller Wert verschafft wird (sog. "Benefit test"). Demgegenüber erfolgen bei den sogenannten Shareholder bzw. Stewardship Activities (auch Aktionärs-/Gesellschafterleistungen) keine entgeltlichen Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften. Die entsprechenden Kosten sind bei der Muttergesellschaft betrieblich veranlasst, von ihr zu tragen und nicht verrechenbar; dies gilt namentlich auch, wenn eine Konzerngesellschaft diese Leistungen an die Muttergesellschaft erbringt (je mit Hinweisen auf die Verrechnungspreisgrundsätze der OECD 1995/1996 für multinationale Unternehmen: Richard Allemann, Die Gestaltung der Konzernspitze unter steuerlichen Aspekten, Bern/Stuttgard/Wien 1997, S. 221-224; Daniel Lehmann/Martin Arzethauser, Bausteine einer steuereffektiven Internationalen Konzernstruktur, Teil 2, Steuer Revue [StR] 2006 S. 603, 605, 621 f.; Urs Brügger/Nicolas Bonvin, Kreisschreiben Nr. 4 der ESTV vom 19. März 2004 zur Besteuerung von Dienstleistungsgesellschaften: Konsequente Anwendung des Arm's Length-Prinzips, StR 2004 S. 340; ebenso betr. Mehrwertsteuer: Willi Leutenegger, Schweizer MWST bei Holdinggesellschaften, Der Schweizer Treuhänder [ST] 2006 S. 460 f.). Als Shareholder Activities bezeichnet werden unter anderem: Tätigkeiten im Zusammenhang mit der juristischen Struktur der Obergesellschaft, z.B. das Abhalten ihrer Generalversammlungen, die Ausgabe ihrer Aktien, die Tätigkeit ihres Verwaltungsrats; die Erfüllung der Veröffentlichungspflichten der Muttergesellschaft einschliesslich Erstellen der konsolidierten Jahresrechnung; die Leitung und Organisation des Konzerns, Konzernstrategie; der Konzernspitze dienende Kontrollen und Revisionen; Verwaltung der Beteiligungen usw. (Allemann, a.a.O., S. 225 und [betr. Konzernleitung] S. 34, 304 f.; Brügger/Bonvin, a.a.O., S. 340; Leutenegger, a.a.O., S. 460, je mit Verweis auf die OECD-Richtlinien; Lehmann/Arzethauser, a.a.O., S. 621 f. und Fn. 170).
Die soeben aufgezählten Leistungen (Shareholder Activities) sind, da es zu keinen keinen mehrwertsteuerlichen Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften kommt, auch in mehrwertsteuerlicher Hinsicht weitgehend nicht an die Tochtergesellschaften (weiter-)fakturierbar (die Prüfung im Einzelfall vorbehalten). Wenn die Muttergesellschaft solche Leistungen durch eine Tochtergesellschaft erbringen lässt, wird die Mutter folglich regelmässig (letzte) Empfängerin sein (zur Bestimmung des Leistungsempfängers nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien vgl. Urteile des Bundesgerichts 2A.202/2006 vom 27. November 2006 E. 3.2, 4.2; 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.6.1; Entscheid der SRK vom 20. März 2006 [CRC 2005-021], E. 3b, 4b). Solche Leistungen im Sinn von Shareholder Activities können - da nicht weiterfakturierbar (E. 3.3.1) - folglich grundsätzlich unter die 3 Promill Pauschale subsumiert werden (so auch Leutenegger, a.a.O., S. 460 f., 462; ebenso offenbar die ESTV: Einspracheentscheide S. 9 f. betr. die sog. "Kosten aus Anteilseignertätigkeit" und mit Verweis auf die OECD-Verrechnungspreisgrundsätze). Sie können denn auch weitgehend den in der Praxis zur 3 Promill Pauschale umschriebenen Leistungen (oben E. 3.2.1) zugeordnet werden. Zu präzisieren ist allerdings zweierlei. Erstens ist bei der Konzernleitung, die auch als Shareholder Activity genannt wird, zu beachten, dass Konzernleitungsaktivitäten auch entgeltliche Leistungen der Muttergesellschaft an die Töchter beinhalten können (vgl. Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 7.2; Allemann, a.a.O., S. 34, 304 f.) und die 3 Promill Pauschale insofern nicht zum Tragen käme (E. 3.3.1). Zweitens können die Leistungen des Verwaltungsrats der Muttergesellschaft nicht unter die - Leistungen einer Tochtergesellschaft erfassende - Pauschale fallen. Die Tätigkeit des Verwaltungsrats ist im Übrigen mehrwertsteuerlich als unselbständige Erwerbstätigkeit zu qualifizieren und der Muttergesellschaft selbst zuzurechnen (siehe Urteil des Bundesgerichts 2A.326/2002 vom 2. Juni 2003, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 74 679 E. 4.3, 5.3.1). Soweit eine Tochtergesellschaft hingegen im Zusammenhang mit der Tätigkeit des Verwaltungsrats Leistungen erbringt, ist eine Subsumtion unter die Pauschale wiederum denkbar (vgl. auch SB Kürzung 2008 Ziff. 7.4.3.1 S. 63).
3.3.3 Daneben ist davon auszugehen, dass von der 3 Promill Formel - soweit sie nicht ohnehin unter die Umschreibung der Shareholder Activities fallen - auch Leistungen erfasst sind, die eine Tochter- der Muttergesellschaft für deren Selbstverwaltung und die Führung ihres eigenen Betriebs erbringt. Entsprechende Kosten kann die Holding ebenfalls nicht weiterfakturieren, weil diesbezüglich keine steuerbaren Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften erfolgen (E. 3.3.1). Genannt werden können für den Betrieb der Holdinggesellschaft nötige administrative Arbeiten, Buchhaltung der Holding (vgl. auch SB Kürzung 2008 Ziff. 7.4.3.1 S. 63) sowie die Verwaltung des (auch über die Beteiligungen hinausgehenden) Vermögens, insbesondere etwa der Wertschriften des Umlaufvermögens (vgl. hierzu auch Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5.2/3). Ferner stellt auch die Vermögensanlage am Kapitalmarkt eine nur der Holding selbst dienende Tätigkeit dar. Unter die 3 Promill Formel kann dabei allerdings nur fallen, was nicht nach Art. 14 Ziff. 15 Bst. e MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 19 Bst. e MWSTG von der Steuer ausgenommen ist.
4.
4.1 In einem Konzern fasst eine Gesellschaft durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise mehrere Gesellschaften unter einheitlicher Leitung zusammen (Art. 663e des Obligationenrechts vom 30. März 1911 [OR, SR 220]).
Einheitliche Leitung (Konzernleitung) bedeutet im Normalfall insbesondere die Oberleitung, d.h. die Festlegung der Konzernpolitik, der Konzernstrategie und der Konzernziele sowie die Überprüfung der von der Konzernleitung gemachten Zielvorgaben, die Übernahme operationeller Aufgaben (Geschäftsführung im Konzern), die Bestimmung der Konzernorganisation und der Konzernstruktur, die Finanzplanung, -führung und das Controlling, die personelle Führung hinsichtlich der obersten Managementebenen und schliesslich die Überwachung des Konzerns im Sinn der Oberaufsicht, d.h. die Aufsicht über die Überwacher und die Verantwortung für das System der Überwachung (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Bern 2004, S. 1169 ff.; Karin Beyeler, Konzernleitung im schweizerischen Privatrecht, Zürich 2004, S. 118 ff.).
4.2 In Bezug auf die Frage, wer die einheitliche Leitung des Konzerns ausübt, ist folgendes zu beachten:
Dem Verwaltungsrat einer Aktiengesellschaft kommen zwingend die unübertragbaren und unentziehbaren Aufgaben nach Art. 716a Abs. 1 OR zu (zu diesen Aufgaben im Einzelnen: Böckli, a.a.O., S. 1533 ff.). Gleichermassen obliegen dem Verwaltungsrat einer konzernleitenden Gesellschaft die nicht delegierbaren Aufgaben nach Art. 716a Abs. 1 OR in Bezug auf den Gesamtkonzern (Böckli, a.a.O., S. 1171, 1534; Allemann, a.a.O., S. 300; Beyeler, a.a.O., S. 129 ff.). Soweit nicht Kernkompetenzen nach Art. 716a Abs. 1 OR betroffen sind, kann der Verwaltungsrat die Geschäftsführung (unter Einhaltung bestimmter Formvorschriften) delegieren (Art. 716b OR). Dies gilt auch im Konzern; so können etwa operationelle Aufgaben an eine "Konzernleitung" innerhalb der Muttergesellschaft oder an Dritte, etwa eine Managementgesellschaft, übertragen werden (Böckli, a.a.O., S. 1169, N. 244 f., S. 1615 f.; Allemann, a.a.O., S. 12 ff., 298). Als nicht delegierbar gelten hauptsächlich die Grundsatzentscheide betreffend die verschiedenen in Art. 716a Abs. 1 Ziff. 1-6 OR genannten Bereiche (Oberleitung) und die Oberaufsicht. Der Verwaltungsrat braucht hingegen nicht selber die Aufsicht auszuüben und die Beschlüsse vorzubereiten; er muss etwa nicht selbst die Entwürfe und Varianten für die Organisation, die Unterlagen für eine strategische Umorientierung, die Ausgestaltung des Rechnungswesens und der Finanzplanung zusammenstellen (Böckli, a.a.O., S. 1574, S. 1533 ff.).
5.
5.1 Vorliegend ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin ihrer Muttergesellschaft bestimmte Leistungen erbracht hat, ohne diese in Rechnung zu stellen. Soweit die Beschwerdeführerin selbst einräumt, Leistungen erbracht zu haben, ist unstrittig, dass die Voraussetzungen eines Leistungsaustauschs gegeben sind (anders noch in der Einsprache S. 14 Ziff. 47), die Leistungen der Mehrwertsteuer unterliegen und zum Drittpreis nach Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG zu versteuern sind. Ferner sind sich die Parteien auch darin einig, dass die Bemessungsgrundlage geschätzt werden muss, weil die erbrachten Leistungen nicht fakturiert wurden und über sie auch sonst keinerlei Aufzeichnungen bestehen.
Dagegen gehen die Meinungen auseinander bezüglich des Umfangs und Werts der Leistungen. Die ESTV hat die Bemessungsgrundlage annäherungsweise anhand der 3 Promill Methode (oben E. 3.2.1) eruiert, wobei sie einen reduzierten Satz von 2 Promill angewendet hat. Aufgrund der Höhe des durchschnittlichen Holdingvermögens (...) und unter Abzug der von konzernfremden Unternehmen bezogenen Verwaltungsleistungen (Revisions-/Rechtskosten) im Umfang von wenigen Tausend Franken ergaben sich als Resultat Beträge zwischen Fr. ... Mio. und Fr. ... Mio., die den Wert der von der Beschwerdeführerin erbrachten Dienstleistungen darstellen sollten und von welchem von ihr die Steuer nachgefordert wurde (EA Nr. 252'533 und 252'534). Der ursprünglich vorgenommene Abzug der Verwaltungsratshonorare wurde mit den beiden Nachträgen in EA Nr. 252'563 und Nr. 252'564 wieder rückgängig gemacht. Die Beschwerdeführerin hingegen veranschlagt den Wert der erbrachten Dienstleistungen nach ihrer eigenen Schätzung auf Fr. ... pro Jahr.
5.2 Zum Sachverhalt ist festzuhalten, dass vorliegend unbestrittenermassen ein Konzern besteht, in welchem die Y. Holding AG konzernleitende Gesellschaft ist. Diese hat weder eigene Räumlichkeiten noch eigenes Personal. Die Beschwerdeführerin ist 100%-ige Tochtergesellschaft der Holding. Zudem hält die Holding auch eine 100%-Beteiligung an der B. und eine grössere Anzahl weiterer Mehrheitseteiligungen. Die Beschwerdeführerin hält ihrerseits mehrere Tochtergesellschaften. Die Holding wird zu 100% von A. gehalten. Dieser ist zudem Präsident des Verwaltungsrats der Holding und einziger Verwaltungsrat sowie Geschäftsleitungsmitglied der Beschwerdeführerin (zum Ganzen vgl. Beschwerde S. 17 f., Beschwerdebeilagen 25, 26).
5.3 Die Zulässigkeit der Schätzung anhand der 3 bzw. 2 Promill-Pauschale bedingt, dass die Beschwerdeführerin der Holding überhaupt Leistungen der von der Pauschale erfassten Art erbracht hat.
5.3.1 Wie erläutert sollen mit der fraglichen Pauschale die umschriebenen sogenannten Shareholder Activities (E. 3.3.2) sowie - falls nicht schon unter Letztere zu subsumieren - die weiteren oben genannten Aktivitäten zur Sicherstellung des Betriebs der Holding und Verwaltung ihres Vermögens (E. 3.3.3) ermittelt werden. Bei diesen Aktivitäten ist - wie die ESTV zu Recht vertritt - typisch, dass sie im Prinzip bei jeder Muttergesellschaft aufgrund ihrer Stellung als Aktiengesellschaft oder als konzernleitende Gesellschaft und zur Erfüllung ihres Zwecks des Haltens und Verwaltens von Beteiligungen zwingend ausgeübt werden müssen. Die von der Pauschale erfassten Leistungen fallen also grundsätzlich, wenn auch - je nach Grösse und Struktur des Konzerns, Höhe des Vermögens, Stabilität oder Veränderungen in den Beteiligungen, Intensität der Konzernleitung - nicht in gleichem Mass, bei jeder konzernleitenden Holdinggesellschaft an. Dies gilt entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin (vgl. Beschwerde S. 25) nicht nur für Publikumsgesellschaften, sondern prinzipiell auch für eine Privatholding.
Zu untersuchen ist im Hinblick auf die 3 Promill-Pauschale hauptsächlich noch, ob die Holding selbst diese für ihren eigenen Zweck unabdinglichen Aufgaben erledigt oder ob sie die Besorgung aussenstehenden Dritten oder einer Tochtergesellschaft überlassen hat. Die Holding verfügt über kein Personal und konnte die Aufgaben - soweit sie nicht durch den Verwaltungsrat erfüllt wurden (hierzu sogleich E. 5.3.3.2) - damit nicht persönlich wahrnehmen. Die ESTV hat bei der Berechnung der Pauschale nur wenige von konzernfremden Dritten bezogene Leistungen abgezogen ("Revisions-/Rechtskosten"). Die Beschwerdeführerin ihrerseits behauptet nicht, dass Leistungen von aussenstehenden Dritten oder von anderen Konzerngesellschaften, etwa einer Managementgesellschaft, erbracht worden seien. Die Annahme der ESTV, dass die von der Pauschale erfassten Leistungen von der Beschwerdeführerin erbracht wurden, ist (wiederum unter Vorbehalt der Leistungen des Verwaltungsrats) nicht zu beanstanden.
5.3.2 Zum grössten Teil räumt die Beschwerdeführerin ohnehin selbst ein, solche unter die 3 Promill Pauschale fallende Leistungen erbracht zu haben (sie bestreitet hauptsächlich die Höhe des von der ESTV angenommenen Aufwands hierfür), nämlich die "Domizilführung", die Buchhaltung im Sinn des "Einzelabschlusses" für die Holding selbst sowie die konsolidierte Konzernrechnung, Leistungen betreffend Durchführung bzw. Organisation der Generalversammlungen, die Erfüllung von Veröffentlichungspflichten, Revisionsleistungen, "kleinere Verwaltungsarbeiten" bzw. "administrative Tätigkeiten", "Reporting" (bzw. "Berichterstattung") (vgl. Beschwerde S. 21-23, 28 f.).
5.3.3 Auch insofern als sie dies nicht explizit anerkennt, ist von der Erbringung der von der Pauschale anvisierten Leistungen (wie in E. 3.3.2 und E. 3.3.3 aufgezählt) durch die Beschwerdeführerin auszugehen. Dies betrifft namentlich noch die folgenden Bereiche:
5.3.3.1 Wie erläutert erfasst die 3 Promill Pauschale auch Leistungen für die Anlage und Verwaltung des Vermögens (vorn E. 3.3.3). Es fällt auf, dass die Beschwerdeführerin solche Leistungen nicht erwähnt (ausser sie subsumiere sie unter den Begriff "kleinere Verwaltungsarbeiten"), obwohl bei ihrer Muttergesellschaft offensichtlich solche anfallen mussten und zwar in nicht bloss untergeordnetem Mass. Neben den Beteiligungen (Anlagevermögen) verfügt die Holding über weitere massgebliche Aktiven, so einen grösseren Wertschriftenbestand (Umlaufvermögen) von rund Fr. ... Mio., welcher Verwaltungs- und Verwahrungsaufwand bedeutet und zudem von einer gewissen Anlagetätigkeit zeugt. Aus den Akten ergibt sich nicht und es wird nicht geltend gemacht, dass die Holding entsprechende Leistungen von aussenstehender Seite, z.B. einer Bank, bezogen hat. Damit liegt nahe, dass die Beschwerdeführerin diese übernahm bzw. ihrerseits eine Bank damit beauftragte, dies aber nicht als direkte Stellvertreterin der Holding (im Sinn von Art. 10 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 11 Abs. 1 MWSTG), andernfalls ja im Rahmen der Pauschale abziehbare Drittleistungen (siehe E. 3.2.1) vorgelegen hätten, was nicht behauptet wird. Folglich muss die Beschwerdeführerin der Holding gegenüber als Leistungserbringerin der fraglichen (wenn auch allenfalls "physisch" von einer Bank erbrachten) von der Pauschale erfassten Dienstleistungen gelten.
5.3.3.2 Zu den Shareholder Activities zählt sodann auch die Konzernleitung, soweit sie unentgeltliche Tätigkeit beinhaltet, die nicht direkt den einzelnen Töchtern, sondern vielmehr der Konzernspitze dient und somit nicht weiterfakturierbar ist (E. 3.3.2). Insofern können Konzernführungsleistungen - falls von einer Tochtergesellschaft erbacht - unter die 3 Promill-Pauschale fallen (E. 3.3.1 f.). Soweit der Verwaltungsrat der Muttergesellschaft selbst die Konzernleitung wahrnimmt, kann aber wiederum keine Leistung einer Tochtergesellschaft vorliegen und die Pauschale nicht zum Tragen kommen (E. 3.3.2). Dies betrifft namentlich die gemäss Art. 716a Abs. 1 OR zwingend vom Verwaltungsrat der Muttergesellschaft auszuübende Konzernoberleitung (E. 4.2). Alles, was der Verwaltungsrat nicht nach Art. 716a Abs. 1 OR selbst vorzukehren hat, kann jedoch delegiert werden (E. 4.2) und unter die Pauschale fallen.
Nach Angaben der Beschwerdeführerin hat A. in seiner Funktion als Verwaltungsrat der Holding die gesamte strategische Führung übernommen. Dies kann nach dem soeben Gesagten nicht angezweifelt werden, soweit die unter Art. 716a OR fallende Konzernoberleitung betroffen ist. In Bezug auf delegierbare Konzernleitungsfunktionen ist die Angabe insofern glaubwürdig, als damit gesagt werden soll, dass A. die wichtigsten Entscheide betreffend die strategische Leitung gefällt hat. Dies spricht aber nicht gegen die Anwendung der Pauschale. Auch wenn der Verwaltungsrat einer Familienholding gegebenenfalls etwas weitergehende Aufgaben im Bereich Konzernleitung übernimmt, wird dies soweit ersichtlich mit der Reduktion des Satzes auf 2 Promill berücksichtigt. Dass A. hingegen in grösserem Rahmen Aufgaben, die über die Fällung der Grundsatzentscheide hinausgehen, selbst erledigt hätte, wurde von der Beschwerdeführerin weder dokumentiert noch nachvollziehbar erläutert und ist angesichts der Grösse des Konzerns mit zahlreichen (direkt und indirekt gehaltenen) Mehrheitsbeteiligungen im In- und Ausland (oben E. 5.2) und unter praktischen Gesichtspunkten (zeitliche Kapazität einer einzigen Person, übliche Arbeitsteilung in Bezug auf administrative Arbeiten) nicht anzunehmen. Es kann mangels Nachweisen sowie plausiblen Ausführungen der Beschwerdeführerin davon ausgegangen werden, dass er zwar die wichtigsten Entscheide fällte, sie aber nicht auch selbst vorbereitete und umsetzte, dass er also für die Wahrnehmung seiner Funktionen in der Holding und im Gesamtkonzern namentlich auf vorbereitende Arbeiten (z.B. Zusammentragen von Grundlagen und Erstellen von Vorschlägen für die Entscheide über die Ausrichtung der Konzernstrategie) und administrative Unterstützung angewiesen war und die Beschwerdeführerin solche unter die 3 Promill Pauschale fallende Leistungen (siehe E. 3.3.2 in fine; vgl. auch Ziff. 7.4.3.1 der SB Kürzung 2008 betr. "Aufbereitungsarbeiten, die der Entscheidungsfindung für den Verwaltungsrat dienen") erbracht hat.
5.3.4 Insgesamt ist zu schliessen, dass die Beschwerdeführerin der Holding Leistungen der von der Pauschale erfassten Art weitestgehend erbracht hat. Die Anwendung der Pauschale ist folglich grundsätzlich zulässig.
5.4 Die Beschwerdeführerin hält die fragliche Pauschale sodann generell für unzulässig, das Abstellen auf die Höhe des Vermögens der Holding und insbesondere der Satz von 2 bzw. 3 Promill sei ungeeignet bzw. gar willkürlich. Vorab ist darauf hinzuweisen, dass diese Parameter vom Bundesverwaltungsgericht - in Bezug auf einen konkreten Fall - bereits geschützt wurden (Urteil A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.4.1, 4.4.2). Es rechtfertigt sich trotzdem, auf einige Kritikpunkte der Beschwerdeführerin einzugehen.
Einerseits wird kritisiert, dass die Pauschale auf die Summe der Aktiven der Holding zurückgreift. Dies sei für die Bewertung der "kleineren Verwaltungsarbeiten" geradezu absurd (Beschwerde S. 28 Rz. 137). Auch die Bemerkung, dass sich die Schwankungen im von der ESTV geschätzten Aufwand für den praktisch gleich bleibenden Konzern nicht erklären liessen (S. 29 Rz. 141), betrifft diesen Aspekt, denn die Schwankungen ergeben sich aus der veränderten Vermögenslage bei der Holding. Die Höhe des Vermögens der Holding kann jedoch unter verschiedenen Gesichtspunkten durchaus Einfluss auf die mit der Pauschale zu eruierenden Aufwände haben. So ist der Aufwand für die Vermögensanlage und die Verwaltung des Wertschriftenvermögens (E. 3.3.3) durchaus (wenn auch nicht unbedingt in allen Fällen direkt proportional) abhängig von dessen Höhe, wie etwa die Preisgestaltung von Banken für Vermögensverwaltungsleistungen zeigt (hierzu Einspracheentscheide S. 10 f.). Soweit der Anstieg des Vermögens der Holding auf die Akquirierung weiterer Beteiligungen zurückzuführen ist, ist ein gewisser Mehraufwand (wenn auch wiederum nicht zwingend proportional) namentlich in Bezug auf die Konzernleitung (und damit für die in diesem Zusammenhang von der Beschwerdeführerin erbrachten Leistungen, oben E. 5.3.3.2) und Verwaltung der Beteiligungen ebenfalls zu erwarten. Dass sich vorliegend der zeitliche Aufwand im Lauf der Jahre nicht geändert habe, bleibt im Übrigen eine unbelegte Behauptung.
Bemängelt wird sodann hauptsächlich die Höhe des Satzes von 3 bzw. vorliegend 2 Promill (Beschwerde S. 26 f.). Der Beschwerdeführerin ist zuzustimmen, dass bei der Vermögensverwaltung von höheren Vermögen durch Banken von geringeren Ansätzen als 3 bzw. 2 Promill auszugehen ist bzw. die Preise allenfalls individuell verhandelt werden können. Ebenfalls trifft zu, dass die bei den direkten Steuern vorgenommene pauschalisierte Berechnung der Verwaltungskosten für das bewegliche Privatvermögen, wo ebenfalls eine Pauschale von 3 Promill des Vermögens verwendet wird, tatsächlich nicht ohne Weiteres vergleichbar ist mit der Verwaltung des Vermögens einer Holding von insgesamt über einer Milliarde. Fehl geht die Beschwerdeführerin in ihrer Argumentation, der Vergleich der ESTV mit Gebühren von Banken für die Vermögensverwaltung und mit der erwähnten Praxis betreffend Gewinnungskosten sei deswegen ungeeignet, weil es hier um Portfoliobeteiligungen oder festverzinsliche Papiere (Obligationen) gehe und somit um Leistungen, welche bei der Betreuung von Beteiligungen nicht anfielen. Entgegen dieser Annahme umfasst die Pauschale sehr wohl unter anderem auch die Verwaltung von Wertschriften des Umlaufvermögens (also eben gerade von Aktien, Obligationen usw.) und Leistungen betreffend die Anlage des Vermögens (E. 3.3.3, 5.3.3.1). Insofern ist die Orientierung der ESTV an diesen Ansätzen nicht abwegig, auch wenn die Pauschale weit mehr Leistungen erfasst als die blosse Verwaltung und Anlage von Vermögen bzw. Wertschriften.
Generell ist daran zu erinnern, dass die Pauschale nur zum Zug kommt, wenn die Leistungen nicht zum Drittpreis fakturiert wurden und über diese genügende Aufzeichnungen fehlen. Die ESTV darf in einer solchen Situation, wenn sie den mutmasslichen Drittpreis (als Schätz- bzw. Vergleichswert, oben E. 3.1) schätzen muss, auf Erfahrungswerte abstellen und eine schematische Formel herausschälen (Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.4, 2.2). Die ESTV musste hierfür auf existierende Vergleichswerte abstellen, weswegen die von ihr gezogenen Vergleiche insgesamt nicht beanstandet werden können. Die Pauschale stellt eine schematische Lösung für die annäherungsweise Ermittlung des Drittpreises für ganz verschiedene Arten von Leistungen dar, die grundsätzlich (abgesehen vom reduzierten Satz namentlich für Familienholdings) für alle Holdinggesellschaften unabhängig von der Grösse des Konzerns und von der Höhe der Aktiven der Holding gleichermassen Geltung beansprucht. Eine solche Methode ist zwangsläufig mit Ungenauigkeiten behaftet (vgl. auch E. 4.4.1, 4.4.2 des zitierten Urteils). Der Satz von 2 oder 3 Promill kann nicht als willkürlich oder für eine Schätzung unzulässig angesehen und vom Bundesverwaltungsgericht (das sich in Schätzungsfragen praxisgemäss zurückhält, vorn E. 2, 3.1) nicht aufgehoben werden. Vorbehalten bleibt allerdings der Einzelfall, in welchem die Pauschale nachgewiesenermassen nicht zu einem sachgerechten Ergebnis führt. Insofern wäre es auch unproblematisch oder vielmehr richtig, wenn die ESTV, wie die Beschwerdeführerin in der Replik (S. 11) geltend macht, in (solchen) Einzelfällen von der Anwendung der Pauschale absehen und eine individuelle Lösung treffen würde.
Die Pauschale ist somit - erneut - zu bestätigen.
5.5 Was den konkreten Fall anbelangt, liegt es an der Beschwerdeführerin, die Unrichtigkeit der - zu Recht vorgenommenen - Schätzung zu beweisen (vorn E. 2, 3.1; Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5).
5.5.1 Der Nachweis des effektiven Werts der erbrachten Leistungen könnte namentlich dadurch erbracht werden, dass anhand genügender Aufzeichnungen der effektive Arbeitsaufwand belegt wird (vgl. Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5.4). Der vom Personal der Beschwerdeführerin für die Holding tatsächlich geleistete Zeitaufwand wurde nicht erfasst. Es existieren auch sonst keinerlei Aufzeichnungen über die tatsächlich erbrachten Leistungen. Namentlich beruht die von der Beschwerdeführerin angestellte eigene Schätzung auf keinerlei konkreten Nachweisen, so dass auf diese nicht abgestellt werden kann. Darüberhinaus ist fraglich, ob in der Schätzung sämtliche von der Beschwerdeführerin erbrachten und unter die Pauschale fallenden Leistungen abgedeckt sind (siehe v.a. E. 5.3.3.1/2).
5.5.2 Die Vorbringen der Beschwerdeführerin vermögen die Unrichtigkeit der Schätzung in ihrem Fall nicht glaubhaft darzutun.
5.5.2.1 Die Beschwerdeführerin verweist auf den speziellen Charakter der Holding als "Privatholding". Die Tatsache, dass A. Alleinaktionär der Holding ist, vermag den Verwaltungsaufwand beispielsweise in Bezug auf die Organisation der Generalversammlung und den Verkehr mit den Aktionären in gewissem Mass zu beeinflussen. Zudem kann wie erläutert (E. 5.3.3.2) davon ausgegangen werden, dass A. als Verwaltungsrat der Holding die Konzernleitung (im Hinblick auf die wichtigsten Entscheide) übernommen hat, ohne diese zu delegieren. Diese Besonderheiten einer Privatholding können jedoch als durch die Reduktion des anwendbaren Satzes auf 2 Promill berücksichtigt gelten. Weitere (gegenüber anderen Holdinggesellschaften) spezielle Auswirkungen der Tatsache, dass eine Familienholding gegeben ist, sind nicht vorgebracht worden und nicht zu sehen, zumal ein grosser Teil der von der Pauschale erfassten Aufwände in keiner Verbindung mit der Aktionärsstruktur der Holding steht und vorliegend eine Holdinggesellschaft mit hohem Vermögen und einer grossen Anzahl von Beteiligungen sowie ein weitreichender Konzern mit zahlreichen Konzerngesellschaften im In- und Ausland besteht.
5.5.2.2 Bei den einzelnen Leistungen, deren Erbringung die Beschwerdeführerin selbst einräumt, betont sie, ohne dies aber zu belegen, sie hätten nur wenig Aufwand erfordert. Es wurde bereits erläutert, dass geringere Aufwände aufgrund der Aktionärsstruktur der Holding durch die Reduktion des Satzes auf 2 Promill berücksichtigt wurde. Ebenfalls kann von einem untergeordneten Aufwand für Veröffentlichungspflichten (Handelsregistereinträge) ausgegangen werden. Dies wird aber auch bei anderen Holdinggesellschaften nicht anders sein. Dass der Aufwand für die Domizilführung, verschiedene administrative Leistungen (welche nicht näher bezeichnet werden), Revisionsleistungen, die Buchhaltung für die Holding selbst ("Einzelabschluss") sowie die konsoliderte Rechnung nur sehr gering gewesen sei, wurde nicht dokumentiert oder plausibel erläutert. Namentlich betreffend die konsolidierte Rechnung ist angesichts der Grösse des Konzerns diese Angabe zweifelhaft. Insgesamt sind jedenfalls keine speziellen Verhältnisse ersichtlich, welche zu einem im Vergleich mit anderen Holdinggesellschaften besonders geringen Aufwand geführt hätten.
Die Versuche der Beschwerdeführerin, mangels Belegen zu den konkreten Gegebenheiten ihre Angaben mit Vergleichen plausibel zu machen, schlagen ebenso fehl. Zur Erläuterung der geringen Kosten für die Domizilführung etwa wird auf die im Internet offerierten Preise einer Firma verwiesen (Beschwerdebeilage 27), die den Interessenten zum Zweck von bestimmten "Transaktionen" die Gründung einer steuerbegünstigten Gesellschaft in der Schweiz, genauer in Zug offeriert, ohne dass die Interessenten selbst in Erscheinung treten müssen. Was dies mit dem vorliegenden Fall zu tun haben soll, ist nicht erkennbar. Dass die Preise - wobei es sich im Übrigen um Mindestpreise handelt - gering sind, ist angesichts der angesprochenen Art von Gesellschaften auch nicht weiter verwunderlich. Auch die weiteren Vergleiche mit einer anderen Gesellschaft vermögen offensichtlich nicht zu belegen, dass die Schätzung im konkreten Fall zu falschen Ergebnissen führt und darauf braucht nicht weiter eingegangen zu werden.
5.5.3 Folglich wurde der Nachweis nicht erbracht, dass die Schätzung der ESTV unter Berücksichtigung der konkreten Verhältnisse offensichtlich falsch ist und die tatsächlichen Aufwände bedeutend unter der Schätzung der ESTV lagen. Die Schätzung anhand der 2 Promill-Formel kann damit nicht als unzulässig gelten.
5.6 Schliesslich bleibt auf den Standpunkt der Beschwerdeführerin einzugehen, die von der Holding ausgerichteten Honorare an die Verwaltungsräte (von insgesamt rund Fr. ... pro Jahr) seien vom anhand der 2 Promill-Pauschale ermittelten Wert abzuziehen, wie dies die ESTV in den ersten EA noch getan, mit den beiden Nachträgen (EA Nr. 252'563 und Nr. 252'564) aber wieder rückgängig gemacht hat.
Aufgrund der Ausgestaltung der Pauschale ist ein solcher Abzug grundsätzlich nicht möglich, die Praxis sieht nur den Abzug von Leistungen von "konzernfremden Unternehmen" vor (Ziff. 7.4.3.1 der SB Kürzung 2008 zählt die Verwaltungsratshonorare im Übrigen explizit als nicht abziehbar auf). Es ist auch davon auszugehen, dass die ESTV die Tatsache, dass der Verwaltungsrat der Holding gewisse Leistungen der von der Pauschale erfassten Art erbringt, bei der Schaffung der Pauschale in Betracht gezogen hat (auch wenn die Angaben der ESTV im vorliegenden Verfahren diesbezüglich nicht schlüssig sind, vgl. Einspracheentscheide Ziff. 5.2 S. 16 f., Vernehmlassungen S. 9). Ein Abzug der Verwaltungsratshonorare im Rahmen der Pauschale wäre wenig sachgerecht, weil, wie auch die ESTV anmerkt, die Höhe der Entschädigungen das Ausmass der vom Verwaltungsrat erbrachten Leistungen nicht unbedingt reflektiert, wie gerade das vorliegende Beispiel zeigt, wo der Verwaltungsrat, der nach Angaben der Beschwerdeführerin die strategische Führung des Konzerns inne hat, keinerlei Entschädigung erhielt. Denkbar sind auch in Relation zu den erbrachten Leistungen zu hohe Honorare. Sollte der Verwaltungsrat einer Holding nachgewiesenermassen in einem über das übliche Mass hinausgehenden Umfang Arbeiten übernehmen, wäre dies anders als durch einen Abzug von der Pauschale zu berücksichtigen. Dem kann etwa durch die Reduktion des Promillsatzes Rechnung getragen werden (schon oben E. 5.3.3.2 und 5.5.2.1). Sollte in einem - hier nicht gegebenen - speziellen Fall (was vorab bei kleineren Verhältnissen denkbar ist) ein Verwaltungsrat einer Holding tatsächlich sämtliche oder zumindest den grössten Teil (etwa abgesehen von der Buchhaltung) der von der Pauschale erfassten Leistungen selbst erbringen, müsste von deren Anwendung ganz abgesehen werden (hierzu auch oben E. 5.4 in fine).
5.7 Die Ermittlung des Drittpreises (Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV, Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG) durch die ESTV ist nicht zu beanstanden, die Nachforderungen der ESTV zu bestätigen und die Beschwerden insoweit abzuweisen.
5.8 Zu erwähnen bleibt schliesslich der - rückwirkend anwendbare (vgl. statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2C_614/2007 vom 17. März 2008 E. 3.5; Urteil des BVGer A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3) - Art. 45a MWSTGV.
Die Anwendung von Art. 45a MWSTGV wurde von der Beschwerdeführerin nur in Bezug auf die Managementdienstleistungen beantragt (vgl. Replik). Da diese vorliegend nicht Streitgegenstand bilden (E. 1.4.3) kann darauf nicht eingegangen werden.
Betreffend die Aufrechnung aufgrund von Konzernführungsleistungen kann Art. 45a MWSTGV (wovon wohl auch die Beschwerdeführerin ausgeht, da sie dessen Anwendung auf diesen Teil der Aufrechnung nicht verlangt) nicht greifen. Diese Bestimmung kommt nur zum Tragen, wenn Nachforderungen der ESTV auf blossen Formfehlern beruhen. Dies ist vorliegend nicht der Fall, denn die Beschwerdeführerin hat die konzerninternen, steuerbaren Leistungen in gesetzeswidriger Weise nicht der Mehrwertsteuer unterstellt, was als materieller Fehler zu qualifizieren ist (dasselbe wäre im Übrigen auch betreffend die Managementleistungen festzustellen). Die zweite Voraussetzung dieser Bestimmung, nämlich das Nichtvorliegen eines Steuerausfalls, braucht damit nicht geprüft zu werden. Immerhin kann angemerkt werden, dass sie soweit ersichtlich ebenfalls nicht erfüllt wäre, weil die Holding mangels Verwendung der fraglichen Eingangsleistungen für steuerbare Ausgangsumsätze (vgl. vorn E. 3.3.1 f.) nicht zum Vorsteuerabzug berechtigt war (siehe Ziff. 7.6.3 Bst. b SB Kürzung). Ebensowenig wie Art. 45a MWSTGV ist bei diesen Gegebenheiten die - sich auf diese Bestimmung stützende - Ziff. 2.7 der Praxismitteilung der ESTV vom 27. Oktober 2006 "Behandlung von Formmängeln" anwendbar (zum Ganzen ausführlich: Urteil des BVGer A-1501/2006 vom heutigen Tag E. 8.6).
6.
6.1 Schliesslich ist die Berechnung der Verzugszinsen umstritten. In den EA sowie den Entscheiden vom 20. November 2003 hat die ESTV für sämtliche vorliegend strittigen Steuerforderungen den für den Beginn der Verzugszinspflicht massgeblichen mittleren Verfall auf den 31. Oktober 2000 festgelegt. Im Einspracheentscheid korrigierte sie - von Amtes wegen - den mittleren Verfall betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 auf den 31. August 1999 und betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2002 auf den 28. Februar 2002. Sie erläuterte diesbezüglich, der mittlere Verfall sei ursprünglich (EA, Entscheide) irrtümlich auf Grund der ganzen kontrollierten Steuerperiode (1. Quartal 1997 bis 3. Quartal 2002) berechnet worden anstatt, was richtig wäre, auf Grund der je von den beiden EA erfassten unterschiedlichen Perioden.
Diese neue Berechnung wird von der Beschwerdeführerin angefochten. Sie hebt dabei hervor, dass sich aufgrund der in den Einspracheentscheiden definierten mittleren Verfällen ein Gesamtbetrag von Fr. ... Verzugszinsen (bis zur Einzahlung) ergäbe, also ein Mehrbetrag gegenüber der Höhe der Zinsen aufgrund der - ihrer Meinung nach richtigen - Festlegung des mittleren Verfalls gemäss EA bzw. den Entscheiden vom 20. November 2003 (Fr. ...).
6.2 Die Zulässigkeit der Berechnung der Verzugszinsen anhand des mittleren Verfalls ist vorliegend nicht prinzipiell umstritten. Die Rechtsprechung hat dieses Vorgehen auch bereits geschützt. In Fällen, in denen mehrere Steuerperioden in Frage stehen, darf der Beginn des Zinsenlaufs für die gesamte Steuerforderung auf das mittlere Verfallsdatum angesetzt werden (Urteile des Bundesgerichts 2C_11/2008 vom 16. Mai 2008 E. 3.5; vom 9. Januar 1987, ASA 58 S. 163; vom 1. Februar 1963, ASA 31 S. 519 E. 4). Nicht zu entscheiden war dabei, wie vorzugehen ist, wenn die ESTV die betroffenen Steuerperioden in zwei Zeitabschnitte (Geltungsbereich MWSTV bzw. MWSTG) unterteilt. Angesichts der Rechtsprechung erscheint die ursprüngliche Berechnungsweise, also die Berechnung anhand sämtlicher in Frage stehender Steuerperioden, jedenfalls nicht als unzulässig.
Mit der Neuberechnung des Verzugszinses hat die ESTV eine reformatio in peius vorgenommen. Nach Art. 62 Abs. 2 VwVG ist eine solche nur zulässig, wenn die vorherige Verfügung Bundesrecht verletzt hat, oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhalts beruht. Dies war nach dem Gesagten vorliegend nicht der Fall, die ursprüngliche Berechnung gemäss den Entscheiden war nicht bundesrechtswidrig. Es braucht damit nicht geprüft zu werden, ob die neue Berechnung gemäss Einspracheentscheid allenfalls die "richtigere" oder "sachgemässere" gewesen wäre. Selbst wenn dies der Fall wäre, hätte die ESTV ihre vorherigen Entscheide zu Ungunsten der Beschwerdeführerin nicht abändern dürfen, denn eine reformatio in peius wegen Unangemessenheit der ersten Verfügung ist nach Art. 62 Abs. 2 VwVG unzulässig. Die Rechtsprechung lässt im Übrigen eine reformatio in peius nur sehr restriktiv zu, wenn der betreffende Entscheid offensichtlich unrichtig und die Korrektur von erheblicher Bedeutung ist (Urteil des Bundesgerichts 2A.19/2002 vom 3. Dezember 2002, E. 4; BGE 119 V 249 f. E. 5; 108 Ib 228 E. 1b; Urteil des BVGer A-1348/2006 vom 30. Mai 2007 E. 6.4). Diese Voraussetzungen sind erst recht nicht gegeben.
Die Beschwerde ist somit in Bezug auf die Festlegung des mittleren Verfalls gutzuheissen und die Sache zur Berechnung der Verzugszinsen unter Berücksichtigung eines mittleren Verfalls vom 31. Oktober 2000 an die ESTV zurückzuweisen.
7.
Dem Gesagten zufolge ist die Beschwerde teilweise (Verzugszinsen, E. 6) gutzuheissen, im Übrigen aber abzuweisen. Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren Anträgen nur zu einem geringen Teil durch (Differenz zwischen der Höhe der Verzugszinsen bei den verschiedenen mittleren Verfällen, vgl. E. 6.1). Die Verfahrenskosten des Beschwerdeverfahrens, die nach Art. 4 des Reglements vom 28. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 12'000.-- festgesetzt werden, werden ihr im Umfang von Fr. 11'500.-- auferlegt (Art. 63 Abs. 1 VwVG) und mit den Kostenvorschüssen von total Fr. 12'000.-- (Fr. 5'000.-- und Fr. 7'000.--) verrechnet. Der Überschuss von Fr. 500.-- ist ihr zurückzuerstatten. Der Beschwerdeführerin als teilweise obsiegende Partei steht eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu (Art. 64 Abs. 1 VwVG bzw. Art. 7 Abs. 1 VGKE e contrario).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Verfahren A-1518/2006 und A-1519/2006 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die Verzugszinsen gutgeheissen und die Sache zur Berechnung der geschuldeten Verzugszinsen an die ESTV zurückgewiesen.
3.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
4.
Die Verfahrenskosten werden der Beschwerdeführerin im Umfang von Fr. 11'500.-- auferlegt. Sie werden mit den geleisteten Kostenvorschüssen von insgesamt Fr. 12'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 500.-- ist ihr nach Rechtskraft des Entscheids zurückzuerstatten.
5.
Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- auszurichten.
6.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Einschreiben)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Einschreiben)
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:
Markus Metz Sonja Bossart
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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