bvger · A-321/2016 · 2017-01-31 · fr
A-321/2016

Infrastructure ferroviaire

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-321/2016
Arrêt du 31 janvier 2017
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Christine Ackermann, Christoph Bandli, juges,
Arnaud Verdon, greffier.
Parties
1. A._______,
2. B._______,
représentées par Nicolas Voide, Avocat et Notaire,
Avenue du Grand-St-Bernard 5,
case postale 919, 1920 Martigny,
recourantes,
contre
CFF SA,
Infrastructure, Assainissement du bruit,
Hilfikerstrasse 3, 3000 Berne 65 SBB,
intimé,
Office fédéral des transports OFT,
Division Infrastructure, 3003 Berne,
autorité précédente.
Objet
Assainissement phonique dans la commune de Martigny.
Faits :
A. Le 24 octobre 2012, les Chemins de fer fédéraux suisses (ci-après : CFF ou l'intimé) ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des transports (ci-après : OFT ou l'autorité précédente) concernant l'assainissement du bruit des chemins de fer dans la commune de Martigny.
B. Le Service des routes, transports et cours d'eau de l'Etat du Valais (ci-après : SRTCE) a mis dit projet à l'enquête publique du 7 janvier 2013 au 5 février 2013.
C. Par acte du 5 février 2013, la Commune de Martigny a formé opposition à l'encontre du projet. Dite commune a notamment requis que l'autorité fédérale reconsidère le dossier sur l'ensemble des secteurs L2, L4 et R6 en tenant compte du nouveau plan de zones et du règlement communal de constructions et de zones homologués par le Conseil d'état valaisan le 23 janvier 2013.
D. Le 25 mars 2013, l'OFT a transmis aux CFF le nouveau plan de zones de la commune de Martigny et du règlement y relatif. L'autorité fédérale a également constaté que, selon ces nouveaux documents, certaines zones aux abords des voies de chemin de fer avaient passé d'une zone de degré de sensibilité (ci-après : zone DS) III à une zone DS II et que cela était de nature à modifier le projet dans certains secteurs. Dès lors, l'autorité fédérale a imparti un délai aux CFF pour examiner le nouveau plan de zones communal et, cas échéant, à adapter en conséquence le projet soumis à approbation.
E. Par acte du 29 janvier 2014, les CFF ont déposé une nouvelle demande d'approbation des plans relative à la modification du projet initial pour les secteurs L2, L3, L4, R4 et R7.
F. Par pli du 14 février 2014, A._______ (ci-après : opposante 1), copropriétaire des parcelles n° (...) et n° (...) de la commune de Martigny a écrit à l'OFT pour informer ce dernier qu'elle s'opposait au projet.
G. Par pli du 10 mars 2014, l'OFT a déclaré avoir été informé par les CFF que l'opposante 1 avait un projet immobilier sur ses parcelles et qu'une partie des emprises initialement prévues dans la demande d'approbation des plans n'était pas compatible avec le projet de l'opposante. L'OFT a ainsi demandé à l'opposante 1 si elle s'opposait également au piquetage sur sa parcelle n° (...).
Par acte du 12 mars 2014, l'opposante 1 a refusé d'autoriser le piquetage sur sa parcelle. Elle a notamment relevé que les CFF s'étaient opposés au projet de l'opposante pendant plus de 2 ans alors que la dérogation demandée dans dit projet était bien moindre que celle qui impliquait les travaux projetés par les CFF.
H. Par pli du 18 mars, l'OFT a requis l'opposante 1 de motiver son opposition au piquetage, plans à l'appui.
Par courrier du 21 mars 2014, l'opposante 1 a estimé avoir déjà motivé son opposition au piquetage et déclaré n'avoir reçu aucun plan des CFF.
Le 25 mars 2014, l'OFT a précisé à l'opposante 1 avoir requis la production des plans de construction du projet immobilier de ladite opposante.
I. Le SRTCE a mis la nouvelle demande d'approbation des plans à l'enquête publique du 28 mars 2014 au 12 mai 2014.
J. Par pli du 24 avril 2014, le SRTCE a transmis à l'OFT les préavis des services cantonaux et ainsi donné son préavis positif, pour autant que les conditions mentionnées dans les préavis figurent comme charges dans la décision d'approbation des plans.
K. Par acte du 12 mai 2014, l'opposante 1 et B._______ (alors encore sous son ancienne raison sociale ; ci-après : l'opposante 2) ont formé opposition contre le projet de parois antibruit (ci-après : PAB). A l'appui de leur opposition, les deux opposantes précitées ont en substance requis une meilleure coordination avec leur propre projet de construction et maintenu leur refus catégorique à l'utilisation de leur parcelle pour accéder au chantier des CFF, tant que la question de la coordination ne serait pas réglée.
L. Par courriel du 28 novembre 2014, l'OFT a informé les opposantes que les PAB prévues seraient d'un effet de protection acoustique important pour les futurs immeubles qui seront construits, allant jusqu'à 15 dB(a) en fonction des étages. De plus, les CFF n'avaient besoin que d'une piste de chantier à proximité de la voie ferrée.
M. Par courriels des 12 février 2015 et 21 avril 2015, l'OFT a transmis aux opposantes 1 et 2 des données techniques sur les PAB ainsi que diverses autres réponses aux questions des opposantes.
N. Le 16 juillet 2015, une séance de coordination s'est tenue à Martigny, regroupant notamment des représentants des CFF, de l'OFT, de la commune de Martigny et les opposantes.
O. Par plis des 17 août 2015 et 1er décembre 2015, les autorités fédérales consultées ont donné leur préavis positif au projet objet de la procédure d'approbation des plans.
P. Par décision du 15 décembre 2015, l'OFT a approuvé les plans précités. Dite autorité a notamment déclaré, d'une part, sans objet les exigences de coordination des opposantes 1 et 2 et, d'autre part, irrecevable la requête desdites opposantes visant à améliorer un passage souterrain (cf. DAP II. ch. 9.4 p. 31). Enfin, l'autorité a partiellement accepté la requête des opposantes précitées relative à la piste de chantier (cf. DAP ibid. p. 32) et imparti à cette fin la charge suivante (cf. DAP III. ch. 5.9 p. 37) :
"Les modalités d'utilisation de l'emprise temporaire B2 ainsi que de la réalisation de la paroi antibruit proprement dite sont à déterminer d'entente entre les CFF et les propriétaires des parcelles (...) et (...).
En cas de conflit, I'OFT tranche."
Q. Par pourvoi du 15 janvier 2016, A._______ (ci-après : la recourante 1) et B._______ (ci-après : la recourante 2) ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou le TAF) contre la décision d'approbation des plans (ci-après : DAP) précitée, concluant à l'admission du recours et à l'annulation de la décision querellée, sous suite de frais et dépens.
A l'appui de leur recours, les recourantes ont estimé que les conditions pour construire des PAB n'étaient pas remplies et que dès lors, seules des mesures d'allègement devaient être envisagées et renforcées dans le cadre de la demande des CFF. Ensuite, l'OFT aurait gravement violé leur droit d'être entendu en ne leur transmettant pas les plans de détails et en les empêchant ainsi de connaître l'essentiel, à savoir l'influence acoustique et visuelle concrète du projet des CFF sur leurs parcelles. S'agissant de la piste de chantier et des modalités y relatives, l'OFT s'était arbitrairement octroyé le pouvoir final de décision en cas de divergence future entre les CFF et les recourantes. L'OFT avait agi de manière contraire à la bonne foi et avait évité aux CFF de traiter de la variante du renforcement des allègements en lieu et place des PAB, car - selon les recourantes - l'OFT devait examiner non seulement le projet actuel des recourantes, mais également tout projet qui pourrait être élaboré sur les parcelles en question. Enfin, l'atteinte à leur droit constitutionnel de la propriété occasionnée par la pose de PAB ne répondait pas à un intérêt public prépondérant.
R. Dans ses observations du 24 février 2016, l'OFT a en substance estimé que les recourantes n'avaient jamais contesté le principe des parois antibruit dans le cadre de la procédure devant l'autorité précédente. Le rapport coût-utilité (ci-après : RCU) pour le secteur concerné était de 52, soit bien en-dessous de 80 et était dès lors proportionné. C'était dès lors à juste titre que les CFF avaient proposé des PAB dans le secteur L4.
Ensuite, selon l'OFT, il était totalement injustifié et inopportun de la part des recourantes de prétendre que leur droit d'être entendu n'aurait pas été respecté. Le dossier mis à l'enquête était amplement suffisant pour se rendre compte de la situation après les travaux et les recourantes avaient pu s'exprimer à de nombreuses reprises. Concernant la piste de chantier, l'OFT a relevé que si les recourantes n'étaient pas d'accord avec sa future décision sur les modalités d'exécution de l'emprise et des parois, elles disposaient des voies de droit légales.
S'agissant de la protection des parcelles des recourantes, elle avait été examinée par les CFF au maximum des possibilités constructibles envisageables sur lesdites parcelles (cf. rapport technique des CFF du 12 décembre 2013, annexes 2 et 3). Au surplus, le grief de la violation de la bonne foi lui semblait complètement hors de propos.
Concernant l'atteinte au droit de propriété, les parois antibruit seraient réalisées sur la propriété des CFF, seule une emprise provisoire étant prévue sur une partie de la parcelle n° (...) des recourantes. Par conséquent, les parois ne limiteraient pas le droit des recourantes de construire ou seulement de manière très limitée (emprise provisoire). Les recourantes ne démontraient d'ailleurs pas en quoi les parois limiteraient leur droit de construire.
Enfin, l'OFT a rappelé que ce n'était pas à l'autorité de démontrer l'existence de l'intérêt public prépondérant, mais bien aux recourants de démontrer que leur intérêt privé primait sur l'intérêt public, ce qu'ils n'avaient pas fait dans leurs écritures.
S. Dans sa réponse du 22 mars 2016, l'intimé a conclu au rejet du recours. En substance, il a estimé qu'il n'y avait pas d'assainissement du bruit "à la carte" et qu'il n'existait pas de choix entre PAB et demandes d'allégement, l'ordre de priorité des mesures d'assainissement du bruit étant imposé par la législation fédérale.
S'agissant d'une violation du droit d'être entendu, l'intimé a relevé avoir suivi la même procédure que dans toutes autres communes de Suisse, selon laquelle les plans de détail n'étaient réalisés qu'une fois la DAP du projet entrée en force.
S'agissant de l'influence concrète, sur la parcelle des recourantes, de la construction des PAB, l'intimé a estimé que sous l'angle visuel, un piquetage avait été réalisé et des gabarits montrant l'emplacement et la hauteur des parois avaient été posés. S'agissant du bruit, les CFF ont renvoyé aux éléments au dossier.
Enfin, l'intimé a relevé que les PAB permettaient d'abaisser les immissions sur les parcelles des recourantes et leur facilitaient donc la tâche pour leur demande de permis de construire pour lequel l'autorité compétente devait exiger le respect des VLI.
T. Par pli du 19 septembre 2016, l'intimé a requis le Tribunal de lever partiellement l'effet suspensif au recours s'agissant de la construction des PAB des tronçons L1 à L3, L4 (km ...÷... exceptés, soit ceux se situant à proximité des parcelles des recourantes), L5 à L7, R1 à R10 pour permettre de poursuivre la planification et la réalisation des mesures antibruit pour les secteurs en question.
U. Invitées à se déterminer sur la demande précitée, les recourantes se sont déclarées, par acte du 5 octobre 2016, d'accord avec la levée partielle de l'effet suspensif.
V. Par décision incidente du 14 octobre 2016, le Tribunal administratif a admis la requête de levée partielle de l'effet suspensif de l'intimé du 19 septembre 2016, en tant qu'elle portait sur les tronçons L1 à L3, L4 (km ...÷... exceptés), L5 à L7, R1 à R10. Dite décision n'a pas été attaquée et est donc entrée en force.
Par cette décision, le Tribunal de céans a également invité les recourantes à déposer leurs observations finales et informé les parties que les frais de procédure relatifs à la décision incidente seraient réglés dans le cadre du jugement de la cause au fond.
W. Dans leurs observations finales, les recourantes ont maintenu que l'OFT avait violé leur droit d'être entendu en ne fournissant pas de plans de détails au cours de la procédure. Elles ont également répété que les questions liées à la piste de chantier et à l'absence de dépôt devaient faire partie intégrante de la DAP. Enfin, les recourantes ont maintenu que c'était à l'autorité de démontrer qu'il existait un intérêt public prépondérant à construire les PAB en raison de l'atteinte à leur droit constitutionnel.
X. Les autres faits pertinents seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions - non pertinentes en l'espèce - prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. L'acte ici entrepris est une décision au sens de l'art. 5 PA. L'OFT est une autorité dont les décisions sont susceptibles de recours (art. 33 let. d LTAF en lien avec le ch. B. VII 1.2 de l'annexe 1 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1] par renvoi de son art. 8 al. 1 let. a).
Le TAF est dès lors compétent pour connaître du recours dirigé contre la décision prise par l'OFT en matière d'approbation de plans sur la base des art. 18 ss de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101 ; cf. consid. 5.1 infra).
1.2 La procédure est régie par la PA pour autant que la LTAF n'en dispose autrement (art. 37 LTAF).
1.3 Conformément à l'art. 48 al. 1 PA, a qualité pour former recours celui qui a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire (al. 1 let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (al. 1 let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Pour satisfaire aux exigences de l'art. 48 al. 1 let. b et c PA, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation (cf. ATAF 2009/16 consid. 2.1 ; 2007/20 consid. 2.4 ; arrêts du TAF A-5411/2012 du 5 mai 2015 consid. 1.3.1 ; A-648/2014 du 16 janvier 2015 consid. 1.3.1). Dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans, un recourant n'a qualité pour recourir que s'il a fait opposition devant l'autorité précédente (art. 18f LCdF).
En l'espèce, la qualité pour recourir des recourantes 1 et 2 n'est pas contestée par la DAP querellée. Le Tribunal parvient à la même conclusion, notamment eu égard au fait que les recourantes ont agi dans la procédure d'opposition et qu'elles sont propriétaires de parcelles directement touchées par la DAP.
1.4 Présenté dans la forme et les délais prescrits par la loi, le recours est recevable (art. 50 et 52 PA).
2.
2.1 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA) et motiver leur recours (art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 4).
2.2 Les recourantes peuvent invoquer devant le Tribunal la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ainsi que l'inopportunité de la décision entreprise, sauf lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49 PA). L'autorité de recours n'est pas liée par les motifs invoqués par les parties (art. 62 al. 4 PA), ni par les considérants de la décision attaquée (cf. Moser / Beusch / Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd., Berne 2013, n° 3.197). Aussi peut-elle admettre ou rejeter le pourvoi pour d'autres motifs que ceux invoqués.
2.3 Bien qu'étant au bénéfice d'un plein pouvoir de cognition, le Tribunal ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité de première instance lorsqu'il s'agit d'apprécier - comme c'est en partie le cas en l'espèce - des questions qui requièrent des connaissances techniques (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêts du TAF A-566/2014 du 3 décembre 2015 consid. 2.3 ; A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2). Plus le pouvoir d'appréciation de l'autorité de première instance est important à ce titre, plus le Tribunal de céans devra faire preuve de retenue en exerçant son propre pouvoir d'appréciation. Dans le cadre d'approbations de plans, telles que celle dont il est ici question, le pouvoir d'appréciation de l'OFT est important, spécialement sur des questions techniques, questions pour lesquelles il dispose des connaissances nécessaires (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.2 ; arrêt du TAF A-1524/2015 précité consid. 2).
2.4
2.4.1 L'objet du litige est défini par les conclusions du recours, lesquelles doivent rester dans le cadre de l'acte attaqué. Partant, les recourantes ne peuvent que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation, puisque son élargissement ou sa modification mènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (cf. ATF 136 II 457 consid. 4.2 ; 136 II 165 consid. 5 ; arrêt du TAF A-6810/2015 du 13 septembre 2016 consid. 1.3 ; Moser et al., op. cit., n° 2.7 ss).
A cela s'ajoute qu'en procédure fédérale d'approbation des plans, toutes les objections pouvant être formulées pendant la mise à l'enquête doivent être soulevées dans la procédure d'opposition, en l'espèce conformément à l'art. 18f de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101). Cela garantit, dans l'intérêt de la concentration des procédures, l'examen en même temps, par la même autorité, de toutes les objections au cours de l'élaboration de la décision d'approbation des plans (cf. Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans [ci-après : Message LCoord], FF 1998 2221, spéc. 2255 et 2266 ; arrêt du TAF A-592/2014 du 9 mars 2015 consid. 2.1.2). L'objet du litige est ainsi limité aux griefs soulevés en procédure d'opposition et il ne peut plus être étendu dans la procédure contentieuse subséquente. En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut quant à elle être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-592/2014 précité consid. 2.1.2 ; A-5200/2013 du 19 novembre 2014 consid. 2.3.2).
2.4.2 En l'espèce l'objet du litige se limite à la question de savoir si c'est à bon droit que l'autorité précédente a approuvé les plans pour la construction des PAB4 (km ...÷...) et PAB5 (km ...÷...) sis dans le tronçon L4 de la commune de Martigny. En effet, si les recourantes ont uniquement conclu à l'annulation de la décision de l'OFT du 15 décembre 2015 (cf. recours du 15 janvier 2016 p. 7), il ressort clairement de la lecture des griefs que les recourantes ne contestent pas le projet d'assainissement phonique dans la commune de Martigny en lui-même, mais uniquement la construction des PAB bordant leurs parcelles, soit les PAB4 (km ...÷...) et PAB5 (km ...÷...). Par ailleurs, force est de constater que suite à la décision incidente du Tribunal de céans du 14 octobre 2016 (cf. let. V supra), la DAP est exécutoire, à l'exception des PAB4 et PAB5 sise entre les km ... et ....
3. Les recourantes 1 et 2 ont estimé que leur droit d'être entendu avait été violé dans la mesure où l'OFT n'avait pas produit les plans de détails au cours de la procédure d'approbation des plans.
3.1 Vu la nature formelle de la garantie constitutionnelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond, ce moyen doit être examiné en premier lieu (cf. Waldmann / Bickel, in : Waldmann / Weissenberg, Praxiskommentar Verwaltungsverfahrengesetz, 2ème éd., Zurich Bâle Genève, 2016, art. 29 n° 28ss p. 630 et n° 106ss p. 658).
3.2
3.2.1 Le droit d'être entendu est inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) et consacré, en procédure administrative fédérale, par les art. 26 à 28 (droit de consulter les pièces), les art. 29 à 33 (droit d'être entendu stricto sensu et administration des preuves) et l'art. 35 PA (droit d'obtenir une décision motivée). L'art. 30 al. 1 PA prévoit en particulier que l'autorité entend les parties avant qu'une décision ne soit prise touchant leur situation juridique, soit le droit d'exposer leurs arguments de droit, de fait ou d'opportunité, de répondre aux objections de l'autorité et de se déterminer sur les autres éléments du dossier (cf. notamment ATF 135 I 279 consid. 2.3 ; 132 II 485 consid. 3).
3.2.2 Le fait que l'octroi du droit d'être entendu ait pu être déterminant pour l'examen matériel de la cause, soit que l'autorité ait pu être amenée de ce fait à une appréciation différente des faits pertinents, ne joue pas de rôle (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.2 ; ATAF 2007/30 consid. 5.5.1 ; 2007/27 consid. 10.1 ; Moser et al., op. cit., n° 3.110).
3.2.3 En cas de violation avérée du droit d'être entendu, l'affaire doit en principe être renvoyée à l'autorité inférieure. Ce principe doit toutefois être relativisé, dès lors qu'une éventuelle violation du droit d'être entendu en première instance peut exceptionnellement être réparée lorsque l'administré a eu la possibilité de s'expliquer librement devant une autorité de recours, dont la cognition est aussi étendue que celle de l'autorité inférieure (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.5 ; 133 I 201 consid. 2.2 ; 130 II 530 consid. 7.3). Le droit d'être entendu n'est par ailleurs pas une fin en soi ; il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure, notamment à l'administration des preuves. Lorsque le renvoi de la cause à l'autorité inférieure en raison de cette seule violation n'aurait pas de sens et conduirait seulement à prolonger la procédure, en faisant fi de l'intérêt des parties à un règlement rapide du litige, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée (cf. ATF 138 I 97 consid. 4.1.6.1).
3.3
3.3.1 En l'espèce, il sied dans un premier temps de relever que les recourantes 1 et 2 n'ont pas allégué - et encore moins démontré - que la prétendue violation de leur droit d'être entendu les aurait empêchées d'être en mesure d'apprécier la portée de la décision querellée et de la déférer à une instance supérieure en pleine connaissance de cause. Leur grief relatif à une violation de leur droit d'être entendu pourrait ainsi déjà à ce stade être écarté en raison de leur défaut de motivation (cf. art. 52 PA ; voir aussi arrêt du TAF A-3713/2008 du 15 juin 2011 consid. 3 [partiellement publié dans l'ATAF 2012/23]).
3.3.2 Dans un second temps, il sied de constater qu'en procédure ordinaire, la publication du projet et des plans sert précisément à garantir le droit d'être entendu. De plus, dans le cadre d'une telle procédure, les plans de détails sont produits ultérieurement à la décision d'approbation des plans (cf. arrêt du TAF A-6364/2015 du 9 septembre 2016 consid. 4.1.4.1). En conséquence, le fait de ne pas les produire en cours de procédure d'approbation des plans n'est pas constitutif d'une violation du droit d'être entendu.
Nonobstant ce qui précède, il peut être souligné que la pose de gabarits a permis aux recourantes de se faire une impression visuelle de la future construction et de sa localisation précise. Elles n'ont par ailleurs pas allégué que les gabarits auraient été posés de manière erronée ou que ceux-ci n'étaient pas de nature à leur indiquer où les PAB seraient construites. De plus, le profil de travers 1 du dossier de l'intimé permettait clairement aux recourantes 1 et 2 de s'imaginer ce qu'il en serait pour leurs parcelles, la configuration des lieux était très similaire (terrain plat avec les voies CFF sur un remblai en bordure de parcelle), il n'était dès lors pas utile de produire d'autres plans de profil afin de respecter le droit d'être entendu des recourantes. Enfin, il n'est guère perceptible en quoi les plans de détails auraient permis aux recourantes de se faire une idée de l'impact acoustique des PAB, celui-ci n'étant pas déterminé de manière graphique.
Finalement, il sied de relever que les PAB approuvées par la décision querellée (cf. DAP III. ch. 2) sont celles qui faisaient l'objet du rapport technique du 12 décembre 2013 (p. 4) et donc l'objet de la mise à l'enquête publique. De la sorte, les recourantes pouvaient non seulement connaître leur hauteur par rapport au plan de roulement (2 m), leur distance depuis l'axe des voies (4 m) mais aussi leur composition (aluminium pour la PAB4 [21 m] et béton pour la PAB5 [174 m]).
3.4 Dès lors, le Tribunal ne perçoit aucun bien-fondé dans ce grief formel et ne saurait reconnaître une quelque violation du droit d'être entendu des recourantes.
4.
4.1 La loi fédérale sur la protection de l'environnement, dont le but est notamment de protéger les hommes contre les atteintes nuisibles ou incommodantes (art. 1 al. 1 LPE), prévoit une obligation d'assainir les installations dont les émissions - par exemple sonores - dépassent des valeurs dites d'immission édictées par le Conseil fédéral (art. 13 ss LPE). Pour les lignes de chemin de fer dont le permis de construire a été délivré - comme c'est le cas en l'espèce - avant le 1er janvier 1985 (voies "existantes"), la protection contre le bruit est spécialement réglée par la loi fédérale du 24 mars 2000 sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (LBCF, RS 742.144), ainsi que par son ordonnance d'application. L'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB, RS 814.41) est également applicable, sauf disposition contraire de l'ordonnance du 14 novembre 2001 sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (OBCF, RS 742.144.1 ; cf. art. 4 al. 1 OBCF).
Il y a lieu de relever que l'OBCF a été remplacée le 1er janvier 2016 par l'ordonnance du 4 décembre 2015 sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (OBCF, RS 742.144.1). Cependant, aux termes de l'art. 16 nOBCF, les mesures de réduction du bruit approuvées en première instance avant l'entrée en vigueur de la présente ordonnance sont régies par l'ancien droit. Dès lors, dans la suite du présent arrêt, seule l'OBCF du 14 novembre 2001 sera prise en considération et il sera renoncé à utiliser la dénomination aOBCF.
4.2 Pour les chemins de fer, les valeurs limites d'immission (VLI) et les valeurs d'alarme (VA) sont définies à l'annexe 4 de l'OPB en fonction du degré de sensibilité au bruit (DS) de la zone concernée (DS I à IV ; art. 43 OPB) et de la période de la journée (jour ou nuit). Les VLI des zones DS II s'élèvent à 60 dB(A) le jour et à 50 dB(A) la nuit.
Les émissions répertoriées dans le répertoire des émissions (RE 2015) adopté par le Conseil fédéral en décembre 2001 (consultable sous : www.oft.admin.ch > Thèmes de A à Z > Assainissement phonique > Bases > Droit > Prévision d'émission > Répertoire des émissions sonores 2015, site consulté en janvier 2017) servent de base pour le calcul des immissions sonores prévisibles à l'horizon 2015, et donc pour la planification des mesures antibruit éventuelles à prendre (art. 6 al. 1 LBCF).
4.3 En l'espèce, les recourantes ne contestent pas les valeurs (entre 67 et 69 dB(A) le jour et entre 57 et 59 dB(A) la nuit) retenues pour leurs parcelles dans le plan d'exposition au bruit du 10 mars 2015. Les recourantes n'allèguent pas non plus que les calculs ou que la méthode de calcul utilisée ne seraient pas correctes et aucun élément au dossier ne laisse penser qu'une erreur aurait été commise. Le classement des parcelles n° (...) et (...) en zone DS II n'est également pas litigieux.
Comme susmentionné (cf. consid. 4.2 supra), le législateur fédéral a fixé les VLI à 60 dB(A) le jour et à 50 dB(A) la nuit pour les zones DS II, lesquelles sont clairement dépassées en l'espèce. Le dépassement des VLI sur les parcelles des recourantes est donc avéré et des mesures d'assainissement doivent en principe être prises.
5.
5.1 En vertu de l'art. 13 LBCF, les procédures et les compétences sont régies par la LCdF. Les mesures architectoniques de construction pour l'assainissement du bruit des chemins de fer doivent être autorisées dans une procédure en approbation des plans et sont réglées par les dispositions procédurales de la législation révisée sur les chemins de fer elle-même, telles que complétées par l'ordonnance du 2 février 2000 sur la procédure d'approbation des plans pour les installations ferroviaires (OPAPIF, RS 742.142.1) et, subsidiairement, par la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711).
Les art. 18 ss LCdF, dans leur teneur actuelle, ont été modifiés ou introduits par la loi fédérale du 18 juin 1999 sur la coordination et la simplification des procédures (LCoord, RO 1999 3071), dont le but était notamment la concentration des décisions pour les projets de construction d'installations de chemins de fer (cf. Message LCoord], FF 1998 2221, p. 2227 et 2263). Ces projets sont dorénavant soumis à la procédure ordinaire d'approbation des plans, avec ou sans expropriation ; les projets qui n'ont que peu, voire pas d'effets sur l'environnement, sont soumis à la procédure simplifiée (art. 18i LCdF). Dans ce cadre, la décision d'approbation des plans prise par l'OFT est l'unique décision de l'administration fédérale. Cette décision permet en principe la construction de l'installation ferroviaire, sans qu'il soit nécessaire d'obtenir d'autres autorisations fondées sur le droit fédéral (art. 18 al. 3 LCdF) ou sur le droit cantonal (art. 18 al. 4 LCdF). Les divers aspects du projet doivent néanmoins faire auparavant l'objet d'une consultation des autorités cantonales concernées ainsi que des autorités fédérales spécialisées (art. 18d et 18g LCdF ; cf. Message LCoord, p. 2230).
5.2 L'art. 1 al. 2 LBCF prévoit trois types de mesures d'assainissement phonique des installations ferroviaires, à envisager selon un ordre de priorité fixé à l'art. 2 LBCF (cf. arrêt du TAF A-4790/2012 du 23 juillet 2014 consid. 6.1.1). Des mesures visant à limiter, à la source, les émissions sonores des véhicules ferroviaires sont à ordonner en priorité (par ex. pose de freins silencieux ; cf. art. 2 al. 1 LBCF). Si de telles mesures ne suffisent pas pour respecter les valeurs limites d'immission, la construction d'ouvrages destinés à limiter le bruit émis par l'installation ferroviaire (''mesures antibruit'', par ex. paroi antibruit ou pose de rails sur un support élastique et pourvus en partie d'absorbeurs phoniques ; cf. art. 1 al. 2 let. b et 2 al. 2 LBCF) doit être envisagée. En dernier lieu, il s'agira de procéder à l'isolation acoustique des bâtiments concernés (art. 1 al. 2 let. c LBCF).
Selon l'art. 2 al. 3 LBCF, l'objectif d'assainissement fixé par la loi est considéré comme atteint lorsque les mesures prises à la source et les mesures antibruit permettent de respecter les valeurs limites d'immission pour au moins deux tiers de la population exposée au bruit des chemins de fer sur l'ensemble du réseau suisse en service à l'entrée en vigueur de la loi (1er octobre 2000) ; le tiers restant de la population doit être protégé par l'isolation acoustique des bâtiments existants.
5.3 Il convient donc en premier lieu de limiter les émissions sonores à la source. Ce n'est que dans l'hypothèse où de telles mesures ne suffisent pas, qu'il faut envisager la construction d'ouvrages antibruit. Pour cela, on doit se référer au RE 2015.
En l'occurrence, il ressort du dossier et du RE 2015 que, malgré les mesures à la source, les VLI sont dépassées de nuit et de jour pour les parcelles des recourantes (cf. consid. 4.3 supra). Par conséquent, des ouvrages destinés à limiter le bruit sont en principe nécessaires pour compléter les mesures déjà prises à la source.
6.
6.1 Selon l'art. 7 al. 1 LBCF, pour les installations ferroviaires fixes existantes, les mesures antibruit doivent garantir le respect des VLI. Aux termes de l'art. 7 al. 3 LBCF, l'OFT accorde cependant des ''allégements'' - ou autorisations exceptionnelles de dépasser les valeurs limites d'immissions - au propriétaire de l'installation (in casu les CFF) lorsque la construction d'un ouvrage antibruit entraînerait des coûts disproportionnés (let. a) ou que des intérêts prépondérants, relevant notamment de la protection des sites, de la nature et du paysage, de la sécurité du trafic ou de l'exploitation, s'y opposent (let. b). Les allègements ne sont pas une mesure en faveur des riverains, mais bien du propriétaire de l'installation puisque ça dispense ce dernier de prendre des mesures constructives plus onéreuses d'isolation phonique. Par ailleurs, cela signifie que quiconque veut construire dans une zone où une mesure d'allègement a été prononcée et donc dans laquelle les VLI sont dépassées, doit isoler sa construction à ses propres frais (cf. art. 31 OPB). Le Conseil fédéral réglemente l'évaluation de la proportionnalité des coûts (art. 7 al. 4 LBCF). L'art. 7 al. 3 et 4 LBCF est complété par l'art. 20 al. 1 OBCF, qui prévoit que le RCU pour la population concernée est déterminé par l'annexe 3 de cette ordonnance. Ce dernier est calculé séparément pour chaque secteur (ch. 1 al. 3), selon les principes suivants : les voies constituent toujours la limite d'un secteur (ch. 1 al. 2 let. a) ; la zone exposée au bruit est, en règle générale, découpée perpendiculairement aux voies de manière à former des secteurs dont la topographie, la structure et la densité de l'habitat, l'attribution aux degrés de sensibilité au bruit et le plan d'affectation soient le plus uniforme possible et qu'ils interagissent le moins possible sur le plan sonore (ch. 1 al. 2 let. b).
6.2 Le calcul du RCU par secteur s'effectue ensuite par le biais d'une formule standard, fixée à l'annexe 3 OBCF précitée (ch. 2.1), qui tient notamment compte de la spécificité des bâtiments à protéger (nombre de personnes concernées, dimensions prévues de la construction, etc.), du coût des parois antibruit (ch. 2.2) et de l'utilité de la construction (ch. 2.3).
6.3 L'art. 20 al. 1 OBCF précise encore que les coûts engendrés par des mesures de construction antibruit sont réputés proportionnés lorsque leur RCU ne dépasse pas 80. Selon la jurisprudence, une telle formulation signifie que des exceptions à la règle du RCU sont en principe possibles lorsque celle-ci, appliquée de manière stricte, ne permet pas d'évaluer correctement la proportionnalité des coûts d'une mesure de construction. Tel est notamment le cas lorsque se présentent des types de bruit qui n'ont pas été pris en compte dans le répertoire des émissions ou qui ne peuvent pas être intégrés dans le calcul SEMIBEL (par ex. situation topographique ou acoustique complexe), alors même qu'ils constituent un élément pertinent de l'évaluation du niveau sonore de l'exploitation ferroviaire (cf. arrêt du TAF A-4790/2012 précité consid. 6.2). La légalité de cette disposition a par ailleurs été confirmée à maintes reprises (cf. arrêt du TAF A-1014/2010 du 30 novembre 2011 consid. 7.2 ; Anne-Christine Favre, Chronique du droit de l'environnement - La protection contre le bruit et les rayons non ionisants, RDAF 2010 n° 3 p. 199 ss, ch. 2.5 p. 213).
6.4 En l'espèce, les recourantes ne remettent pas en cause le découpage des secteurs ni le fait que les VLI sont dépassées malgré les mesures d'assainissement prises à la source. Quant au calcul du RCU, le Tribunal s'impose une certaine retenue et s'en remet en principe à l'appréciation des autorités spécialisées, lesquelles doivent, de par la loi, procéder aux contrôles techniques nécessaires (cf. consid. 2.3 supra). Toutefois, il peut être constaté que les recourantes, se bornant à déclarer que "les parois projetées ne présentent qu'un rapport coût-utilité qualifié de suffisant et laissant encore place à des dépassements de VLI", ne contestent pas le résultat du calcul RCU d'une valeur de 52 pour leurs parcelles, soit une valeur largement inférieure au 80 de l'art. 20 OBCF. De même, elles ne font valoir aucune situation topographique ou acoustique complexe.
Dès lors, selon les critères légaux, la construction de PAB s'impose. Les conditions pour y déroger ne semblent pas être remplies, la question pouvant rester ouverte dans la mesure où les recourantes ne l'ont pas invoquée. Le RCU indique que les coûts de construction de PAB sont proportionnés. Il y a donc lieu d'écarter la conclusion des recourantes visant à ce que l'ensemble du dossier soit dès lors retourné à l'OFT, "pour suppression des PAB et renforcement des allègements dans le secteur en question".
6.5 Enfin, s'agissant des allégements requis par les recourantes, il ressort du dossier que, certes, les VLI seront dépassées sur les parcelles des recourantes malgré la construction de PAB. En effet, selon l'annexe 3 du rapport technique du 12 décembre 2013 "Tableaux des niveaux d'exposition au bruit indiqués par étage et efficacité des mesures de protection contre le bruit" et la demande d'allégement de l'intimé pour le secteur L4 du 12 décembre 2013, le niveau d'évaluation atteint 47 dB(A) le jour et 41 dB(A) la nuit à l'étage 0, 51 dB(A) le jour et 45 dB(A) la nuit à l'étage 1, 56 dB(A) le jour et 51 dB(A) la nuit à l'étage 2 et enfin 62 dB(A) le jour et 56 dB(A) la nuit à l'étage 3 (cf. p. 9 et 10). Cela étant, l'intimé a déposé, jointe à sa demande d'approbation des plans, une demande d'allégement pour le secteur L4 sur la base de l'art. 7 al. 3 LBCF, laquelle a été approuvée par l'autorité précédente (cf. DAP II. ch. 4 p. 18 ss et DAP III. ch. 3 p. 34).
Il peut être constaté que la construction des PAB ayant été approuvée (cf. consid. 6.4 supra), il n'y a pas lieu de prononcer d'autres allègements que ceux approuvés par l'autorité inférieure. Finalement, les recourantes n'ont pas allégué que l'intimé aurait dû requérir la construction de PAB de plus de 2 m de hauteur au sens de l'art. 21 al. 2 OBCF pour parvenir à respecter les VLI sur leurs parcelles avec cette seule mesure. Au contraire, elles ont réclamé la suppression des PAB et leur remplacement par des mesures d'allégement. De même, se plaignant que les PAB restreindraient la vue depuis leurs parcelles, il ne saurait être retenu que les recourantes réclamaient des PAB de plus de 2 m. Dès lors, le Tribunal peut renoncer à examiner si une construction de PAB de plus de 2 m était nécessaire, étant rappelé que le dépassement de dite hauteur répond à des conditions spécifiques eu égard au caractère exceptionnel d'un tel prononcé (cf. art. 21 OBCF ; voir aussi Guide de l'OFT sur la planification de constructions, décembre 2003, p. 19 s, consultable sous : www.oft.admin.ch > Thèmes de A à Z > Assainissement phonique > Bases > Dispositions d'exécution, site consulté en janvier 2017).
6.6 Au vu de ce qui précède, le Tribunal considère que les conditions légales pour la construction des PAB sont réalisées et que le prononcé de mesures d'allégements réduites au minimum nécessaire respecte l'ordre juridique. Il y a en conséquence lieu de confirmer la décision querellée sur ces deux points.
7.
7.1 Dans un grief intitulé "de l'intérêt public prépondérant", les recourantes ont estimé que "le renforcement des allègements et la renonciation aux PAB sont respectueux de la garantie constitutionnelle de la propriété et remplissent l'obligation d'assainissement phonique du bruit ferroviaire, de telle sorte qu'il ne saurait y avoir intérêt public prépondérant à imposer les PAB" (cf. recours ch. 4.5 p. 6). Il n'est pas clair de savoir si les recourantes se prévalent d'une violation du principe de la proportionnalité ou d'une violation de l'art. 7 LBCF, lequel prévoit que pour les installations ferroviaires fixes existantes, les mesures appliquées à la voie et sur le chemin de propagation du son doivent garantir le respect des valeurs limites d'immission (al. 1) ; l'autorité accorde des allégements lorsque des intérêts prépondérants, relevant notamment de la protection des sites, de la nature et du paysage, de la sécurité du trafic ou de l'exploitation, s'opposent aux mesures (al. 3 let. b).
Toutefois, la question peut rester ouverte dans la mesure où il s'agit de procéder à une pesée des intérêts entre l'intérêt public à construire des mesures anti-bruit et l'intérêt des propriétaires des parcelles concernées à ne pas voir les PAB être construites. Dès lors, l'examen sera fait sous l'angle de la proportionnalité, dit raisonnement s'appliquant mutatis mutandis à l'art. 7 LBCF précité.
7.2 Pour satisfaire au principe de la proportionnalité qui détermine la mise en oeuvre de l'action de l'Etat (cf. art. 5 al. 2 Cst.), il faut que la décision prononcée soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude), que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) et qu'il existe un rapport raisonnable entre le but d'intérêt public recherché par cette mesure et les intérêts privés en cause, en particulier la restriction à la liberté personnelle qui en résulte pour la personne concernée (principe de la proportionnalité au sens étroit ; cf. ATF 136 IV 97 consid. 5.2.2 et réf. cit.).
7.2.1 Concernant la règle de l'aptitude, il est indéniable que les PAB sont aptes à produire les résultats escomptés, à savoir diminuer le bruit causé par les chemins de fer afin que les VLI ne soient pas dépassées. Certes, dans le présent projet, les VLI ne seront pas entièrement respectées malgré les PAB (cf. consid. 6.5 supra). Cela, étant ceci ne saurait remettre en cause l'aptitude de telles PAB.
7.2.2 S'agissant de la règle de la nécessité, celle-ci ne saurait non plus être contestée. En effet, la construction des PAB découle d'une obligation légale de l'intimé et dite base légale prévoit un ordre précis des mesures à prendre (cf. art. 2 LBCF). Il a déjà été constaté que malgré les mesures prises à la source (matériel roulant et voies), les VLI sont dépassées pour les parcelles des recourantes (cf. consid. 5.3 supra) et que la loi prévoit alors la construction de PAB (cf. art. 2 al. 2 LBCF). Dès lors, une autre mesure ne saurait entrer en considération, ce d'autant plus que les conditions légales pour construire dites PAB sont remplies (cf. consid. 6.4 supra).
7.2.3 Concernant la règle de la proportionnalité au sens étroit, il sied de procéder à une pesée des intérêts en présence, à savoir d'un côté l'intérêt privé des recourantes à pouvoir jouir pleinement de leur droit de propriété et, d'un autre côté, l'intérêt public à diminuer les immissions acoustiques afin de répondre aux normes légales en matière de protection contre le bruit.
7.2.3.1 Les recourantes font valoir que la décision querellée porte atteinte à "leur droit de construire selon les dispositions applicables à la zone, des locaux d'habitation sensibles au bruit [...] se voyant, au surplus, potentiellement privés de vue et de jour" (cf. recours ch. 4.5 p. 6).
Il s'agit dans un premier temps de constater que les PAB sont construites sur les terrains de l'intimé, de sorte qu'aucune expropriation définitive n'a été ordonnée à l'endroit des recourantes. S'agissant de la piste de chantier, il s'agit d'une emprise provisoire sur le terrain des recourantes pour laquelle celles-ci seront - ou ont été - indemnisées. Au surplus, leurs terrains devront être entièrement remis en état après les travaux.
Dans un deuxième temps, il peut être relevé qu'en cours de procédure devant l'autorité précédente, les recourantes étaient en procédure de recours devant le Conseil d'état valaisan en raison d'opposition de voisins à leur projet immobilier. Dès lors que leur projet avait déjà été approuvé en première instance par les autorités octoduriennes, l'on peine à considérer que le droit à construire selon les dispositions applicables à la zone aurait réellement été limité par la construction de PAB. Au surplus, l'implantation des PAB ne change en rien le plan d'affectation, le plan de quartier ou d'autres plans liant la recourante dans ses projets de construction.
Dans un troisième temps, il y a lieu de souligner que la vue dont se prévalent les recourantes sera en tout état de cause limitée par les PAB sises de l'autre côté de voies de chemin de fer et de part et d'autres des deux parcelles des recourantes, l'autorisation de construire y relative étant entrée en force de chose jugée suite à la décision incidente du Tribunal du 14 octobre 2016 (cf. let. V supra). S'agissant de la lumière, force est de constater que les recourantes n'ont, malgré l'invitation de l'OFT à se prononcer sur cette question dans son courriel du 2 décembre 2014, jamais fait valoir que leur projet de construction requérait des PAB en verre pour assurer de la salubrité de dite construction.
Dans un quatrième temps, il ne semble guère dans l'intérêt des recourantes de s'opposer à la construction de PAB. En effet, l'autorisation de construire leur "immeuble" étant postérieure au 1er janvier 1985, il incomberait aux seules recourantes d'isoler et d'assumer tous les coûts d'isolation de leur nouveau bâtiment (cf. art. 10 LBCF). Par la construction des PAB, l'intimé diminue les immissions et donc les mesures à prendre par les recourantes pour lutter contre le bruit.
Finalement, il ressort du dossier que les recourantes se sont opposées à la construction de PAB pour des motifs extrinsèques avec la notion de nuisance sonores ou encore d'atteinte au droit de la propriété privée. En effet, les recourantes, reprochant à l'OFT d'abuser de sa position octroyée par des "lois staliniennes" (cf. courrier de la recourante 1 du 21 mars 2014), ont fondé leur opposition sur le fait que "ce n'[était] que pour des raisons fallacieuses que les CFF [s'étaient] opposés à [leur] projet" (cf. courriel de la recourante 1 du 1er décembre 2014) ou encore que "les CFF se sont systématiquement opposé à [leur] projet pendant plus de deux ans" (cf. courrier de la recourante 1 du 12 mars 2014). La motivation première de l'opposition ne relève donc pas de la défense d'un intérêt privé en lien avec le droit de la propriété ou avec la protection d'immissions acoustiques, mais bien d'un différend, extrinsèque à la présente procédure, entre les recourantes et l'intimé.
Au vu de ce qui précède, l'intérêt privé des recourantes est ténu.
7.2.3.2 S'agissant de l'intérêt public, "les recourantes [...] admettent que l'assainissement phonique du bruit ferroviaire répond de manière générale à un intérêt public prépondérant" (cf. recours ch. 4.5 p. 6). Selon elles, celui-ci doit toutefois être démontré spécifiquement pour leurs parcelles.
Les nuisances sonores occasionnées par les trains constituent des atteintes au droit de l'environnement, lequel protège notamment la santé des personnes. Le projet national d'assainissement était notamment rendu nécessaire car "quelque 265'000 personnes habitant le long du réseau ferré suisse [étaient] exposées à un bruit supérieur aux valeurs limites d'immission" (cf. Message du Conseil fédéral du 1er mars 1999 sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer [FF 1999 4530]). Le législateur au sens formel a alors adopté une loi spécifique imposant des obligations chiffrées et précises aux propriétaires et exploitants d'infrastructures ferroviaires pour y remédier. Notamment, les diverses mesures devaient permettre qu'au "moins deux tiers de ces personnes [devaient] être protégés hors des bâtiments. Les mesures [devaient] être planifiées au meilleur rapport coût-utilité" (cf. Message précité, FF 1999 4530, 4535 s). S'agissant des PAB, le Message précise encore que "mettre des obstacles entre la source du bruit et le point d'impact constitu[ait] pratiquement la seule mesure pour limiter la propagation des ondes sonores" (cf. Message précité, FF 1999 4530, 4541).
Dès lors, l'intérêt public a été défini par le législateur pour l'ensemble d'un projet d'assainissement, dit projet ayant reçu un budget de 1,854 milliards de francs (cf. Message précité, ibid.). Il ne saurait dès lors être procédé à une différentiation de l'intérêt public au gré des parcelles.
Enfin, la législation en matière de protection contre le bruit a pour but de préserver les personnes qui y sont exposées ; si les mesures de protection telles que des parois semblent être considérées comme de peu d'importance par les recourantes qui entendent promouvoir un projet immobilier, il ne faut pas oublier que rien n'exclut que des tiers vivent à l'avenir dans le ou les immeubles ici en cause.
7.2.4 Comme susmentionné, les VLI pour les parcelles des recourantes sont dépassées malgré les mesures d'assainissement à la source et le droit matériel prévoit dans ce genre de cas la construction de PAB (cf. consid. 4.3 supra). L'intérêt privé ténu des recourantes à s'opposer ne saurait être prépondérant à l'intérêt public poursuivi par la LPE complétée par la LBCF et leurs ordonnances d'exécution (cf. consid. 4.1 supra).
7.3 Au vu de ce qui précède, la construction de PAB est apte, nécessaire et proportionnée au sens étroit. De la sorte, la décision querellée respecte le principe de la proportionnalité.
8.
8.1 Dans leur pourvoi du 15 janvier 2016, les recourantes se sont prévalues d'une violation de leur bonne foi par l'OFT (cf. recours ch. 4.4 p. 5 s).
8.2 Le principe de la bonne foi - énoncé à l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique - confère au citoyen le droit d'être protégé dans la confiance légitime qu'il met dans certaines assurances ou dans un comportement déterminé des autorités (cf. ATF 137 II 182 consid. 3.6.2). Son application n'entre toutefois en ligne de compte que lorsque l'administré a pris des dispositions irréversibles soit sur la base de renseignements ou d'assurances inexacts donnés sans réserve par l'autorité, soit en présence d'un comportement de l'administration intervenu à l'égard de l'administré dans une situation concrète et susceptible d'éveiller chez l'administré une attente ou une espérance légitime (cf. ATF 129 II 361 consid. 7.1 et l'arrêt du TF 1C_341/2013 du 11 septembre 2013 consid. 4). En outre, le principe de la confiance découlant de celui de la bonne foi commande en particulier à l'administration d'adopter un comportement cohérent et dépourvu de contradiction (cf. en ce sens notamment ATF 136 I 254 consid. 5.2 et l'arrêt du TF 9C_653/2013 du 30 décembre 2013 consid. 5.2).
8.3 Les recourantes allèguent que, dans son courriel du 2 décembre 2014, l'OFT aurait violé leur bonne foi en leur demandant : "pourriez-vous en particulier indiquer si des locaux sensibles au bruit, avec fenêtres, ont été prévu sur la façade côté voies ferrées ?". Selon les recourantes, l'OFT aurait agi de "manière contraire à la bonne foi en refusant d'admettre que la question de la protection des parcelles des recourantes doit être examinée non pas exclusivement pour le projet de ces dernières en cours de procédure, mais pour tout projet qui pourrait être élaboré sur les parcelles en question, en respect du droit cantonal et communal des constructions, ainsi que du plan d'affectation des zones de la Commune de Martigny. L'OFT évite ainsi aux CFF de traiter, pour les parcelles en question, de la variante du renforcement des allègements en lieu et place des PAB".
Il ressort du courriel incriminé que l'OFT procédait à l'examen du type (requis par l'intimé) de PAB à installer et informait les recourantes que la pose d'une PAB avec une partie supérieure en verre n'était envisagée qu'en "cas de nécessité de préservation de la salubrité/ensoleillement des locaux à vivre". Il ne saurait être reproché à l'OFT d'avoir instruit la cause, d'avoir procédé à l'examen de la demande d'approbation des plans de l'intimé et de s'être intéressé à une éventuelle réalisation d'un cas de nécessité précité justifiant la pose de parois en verre.
Au surplus, les recourantes n'ont absolument pas motivé en quoi leur bonne foi aurait été violée, en particulier, elles n'ont ni allégué ni démontré avoir pris des dispositions irréversibles suite à ce courriel. Ce grief doit dès lors être déclaré irrecevable (art. 52 PA), à tout le moins infondé.
9. Pour les raisons ainsi exposées, le recours, mal fondé, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
10.
10.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure - incluant les frais relatifs à la décision incidente du 14 octobre 2016 - sont mis à la charge de la partie qui succombe. Dans le cas présent, les recourantes 1 et 2 doivent être considérées comme succombant en leurs conclusions. Les frais de procédure, par 2'000 francs, seront mis solidairement à la charge des recourantes 1 et 2, qui en ont fait l'avance.
10.2 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 3 du règlement concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral du 21 février 2008 (FITAF, RS 173.320.2).
Aucune indemnité de dépens ne sera donc allouée en l'espèce.
(dispositif à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de procédure, d'un montant de 2'000 francs, sont mis à la charge des recourantes. Ce montant est prélevé sur l'avance de frais - équivalente - versée le 28 janvier 2016.
3. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourantes (acte judiciaire)
- à l'intimé (acte judiciaire)
- à l'autorité précédente (n° de réf. (...) ; acte judiciaire)
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Arnaud Verdon
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :