bvger · A-471/2020 · 2021-12-20 · fr
A-471/2020

Infrastructure ferroviaire

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-471/2020
Arrêt du 20 décembre 2021
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Christine Ackermann, Jürg Marcel Tiefenthal, juges,
Johanna Hirsch-Sadik, greffière.
Parties
A._______,
recourant,
contre
Compagnie du Chemin de fer (...) Oberland Bernois SA,
représentée par
Maître Pierre Perritaz et Maître David Millet,
intimée,
Office fédéral des transports OFT,
autorité inférieure.
Objet
Passage à niveau (PN) routier, suppression avec création d'un nouveau chemin d'accès ; décision du 17 décembre 2019.
Faits :
A.
A.a Le 19 décembre 2013, la Compagnie du Chemin de fer (...) Oberland Bernois SA (le MOB ou l'intimée), dont le but est la construction et l'exploitation de chemins de fer et de tout système de transport conformément aux concessions octroyées à cet effet par la Confédération, a déposé auprès de l'Office fédéral des transports (l'OFT) une demande d'approbation des plans du projet de suppression du passage à niveau (PN) « C._______. », considéré dangereux, au km (...) de la ligne du MOB, tronçon (...), sur le territoire de la Commune de (...). Comme nouvel accès à une exploitation agricole (parcelles nos ... et ...) et à deux habitations (parcelles nos ... et ...), le projet prévoit l'utilisation du passage à niveau « B._______ », déjà sécurisé, au km ... de cette même ligne, et d'un chemin déjà existant sur les parcelles nos ... et ... ainsi que la création d'un nouveau chemin sur les parcelles nos ..., ... et ... du Registre foncier (RF) de la Commune de (...). Le 22 janvier 2014, l'OFT a ouvert une procédure ordinaire d'approbation des plans.
A.b Le projet a été mis à l'enquête publique dans la commune de (...) du 8 mars au 7 avril 2014. Durant ce délai, cinq oppositions sont parvenues à l'OFT, dont celle de A._______ (le recourant). Dans son opposition du 10 mars 2014, le recourant fait valoir que le projet limite fortement son exploitation et engendre une perte inutile de terrains agricoles, une diminution de valeur des parcelles et des dépenses supplémentaires annuelles de son exploitation à sa charge. Il soulève également que des possibilités plus rationnelles existent et que, si une nouvelle route devait être construite, une partie de celle-ci devrait l'être directement au bord de la forêt, afin d'épargner les terres agricoles.
A.c Le 12 mai 2014, le canton de Vaud - à l'appui des préavis des services intéressés, soit la Direction générale de l'environnement (la DGE) et la Direction générale de la mobilité et des routes (la DGMR) - a communiqué son préavis favorable au projet, sous réserve du droit des tiers et de la prise en compte des remarques et demandes des services consultés. La DGE a en particulier demandé à ce que le chemin d'accès soit aménagé avec une bande herbeuse centrale (type chemin agricole).
A.d Dans sa prise de position du 12 juin 2014, l'Office fédéral de l'environnement (l'OFEV) a indiqué que, du point de vue de la protection de la nature et du paysage, le projet n'était pas acceptable dans sa forme actuelle, qu'il devait être modifié et que la priorité devait être accordée à la sécurisation du passage à niveau « C._______ » existant.
A.e Par écritures séparées du 12 août 2014, l'intimée a fait part à l'OFT de ses déterminations. De manière générale, elle précise que les motifs du projet ne sont pas uniquement financiers mais surtout sécuritaires, en raison notamment de l'accès au passage à niveau actuel difficile et de la faible visibilité. Elle réfute les motifs avancés par le recourant et l'OFEV. Elle indique avoir tenu compte, dans la mesure du possible, des souhaits et intérêts du recourant pour le tracé de la route. S'agissant de la demande de la DGE, elle explique qu'un chemin sans revêtement se détériorera rapidement, que ses coûts d'entretien seront importants, que le déneigement ne sera pas optimal et que l'accès à l'habitation ne pourra pas être garanti en tout temps.
A.f Le 23 septembre 2014, l'OFEV a maintenu sa position. Il a néanmoins précisé les mesures de compensation des effets négatifs de la nouvelle route, pour le cas où la sécurisation du PN ne pouvait être retenue pour des motifs de sécurité. Le 2 octobre 2014, le recourant a maintenu sa position et a réfuté les arguments invoqués par l'intimée.
A.g Le 8 octobre 2014, les Services du développement territorial et de l'agriculture du canton de Vaud ont préconisé que le tronçon est de l'accès existant soit remis en état, respectivement restitué à l'agriculture. Le Service de l'agriculture a en outre regretté la perte de 1'040 m2 de terrains agricoles. Le 14 octobre 2014, la DGE a maintenu sa demande d'aménagement du chemin avec une bande herbeuse centrale.
A.h Le 20 octobre 2014, l'OFT a demandé à l'intimée de développer des variantes au projet, en raison du contenu des oppositions et de la configuration des lieux.
A.i Le 13 janvier 2015, l'intimée a transmis à l'OFT trois nouvelles variantes - une traversant la forêt (variante 1), une en lisière de forêt (variante 2) et une prévoyant la sécurisation du PN « C._______ » (variante 3) - ainsi qu'un tableau comparatif de celles-ci. Le 3 septembre 2015, elle a produit des informations complémentaires.
A.j Le 7 septembre 2015, l'OFT a invité le recourant, l'OFEV et le canton de Vaud à se déterminer sur les variantes 1 et 2, permettant d'éviter de scinder en deux une parcelle agricole. Le recourant n'a pas donné suite à cette invitation.
A.k Le 17 septembre 2015, l'OFEV a fait valoir que la variante 1, faisant passer le chemin d'accès carrossable en forêt, ne remplissait pas les conditions nécessaires pour une autorisation de défrichement et que la variante 2, longeant la lisière de la forêt, pouvait être autorisée avec une dérogation à la distance par rapport à la forêt.
A.l Le 19 novembre 2015, l'Inspection cantonale des forêts du canton de Vaud a indiqué qu'une visite des lieux avait permis de constater que la variante 1 serait idéalement placée pour l'exploitation du massif forestier par câble grue mobile, sur une place à aménager. Elle précise que ce massif forestier remplit une fonction de protection contre les dangers naturels et qu'aucune desserte ne permet actuellement de le traiter. Sur le vu de son importance pour l'exploitation forestière, la route pourrait alors être considérée comme un ouvrage forestier et ne pas nécessiter de procédure de défrichement. Cette variante est sa favorite et représente une belle opportunité d'améliorer les conditions d'entretien de la forêt protectrice. Elle ajoute que la variante 2 compliquerait quant à elle l'exploitation de la forêt et serait même moins bonne que le projet initialement mis à l'enquête.
B.
B.a Le 24 juillet 2018, l'intimée a déposé une demande de modification du projet portant sur la trajectoire du nouvel accès, lequel utilisera le chemin déjà existant sur les parcelles nos ..., ... et ... et ensuite un nouveau chemin qui sera créé sur les parcelles nos ..., ... et ... du Registre foncier de la Commune de (...). Sur demande de l'OFT, elle lui a fait parvenir le 22 août 2018 des documents complémentaires.
B.b Le 5 septembre 2018, l'OFT a transmis cette demande au canton de Vaud pour mise à l'enquête publique complémentaire. Il a précisé que la demande visait à déplacer le nouveau chemin d'accès plus en aval par rapport au projet de 2014, de façon à limiter les emprises sur les parcelles agricoles. Le 16 octobre 2018, l'OFT a informé les opposants de la modification et de la mise à l'enquête publique.
B.c La modification de projet a été mise à l'enquête publique dans la commune de (...) du 24 octobre au 22 novembre 2018. Durant ce délai, 29 oppositions sont parvenues à l'OFT, dont celle du recourant.
Dans son opposition du 14 novembre 2018, le recourant a demandé le dépôt d'une nouvelle mise à l'enquête tenant compte de ses remarques et, subsidiairement, la réalisation de la barrière de sécurité, afin de préserver ses pâturages, zone libre de constructions, et le principe de la proportionnalité. Reprenant les griefs émis dans son opposition du 10 mars 2014, il critique en outre l'absence de drainage, les difficultés de déneigement ainsi que le budget établi pour la création du chemin. Il s'oppose à la création d'une place de dépôt de bois et ne comprend pas pour quels motifs le financement des travaux est pris en charge entièrement par l'intimée en cas de réalisation de la route et seulement par moitié dans le cas de l'installation de sécurité.
B.d Le 3 décembre 2018, le canton de Vaud - à l'appui des préavis des services intéressés, soit la DGE et la DGMR - a communiqué son préavis favorable au projet, sous réserve du droit des tiers et de la prise en compte des remarques et demandes des services consultés, concernant notamment la protection des sols, des eaux souterraines, de la forêt, de la biodiversité et du paysage.
B.e Dans sa prise de position du 31 janvier 2019, l'OFEV a fait part de ses remarques concernant la protection de la nature et du paysage, de la forêt et des sols. Bien que la structure du chemin en grave-ciment ne remplisse pas entièrement sa demande, il l'accepte vu que ce revêtement entre dans la catégorie des chemins non goudronnés. Il admet que le chemin soit assimilé à la forêt et est d'accord avec la dérogation pour non-respect de la distance minimale par rapport à la forêt. Il demande à ce que l'ancienne route soit complètement déconstruite, sous réserve qu'elle ne soit pas exploitée pour la forêt.
B.f Par détermination du 4 mars 2019, l'intimée s'est engagée à respecter les charges demandées par l'OFEV et le canton de Vaud.
Concernant l'opposition du recourant, elle conteste que le budget établi pour le nouveau chemin est lacunaire et considère que le projet est suffisant s'agissant de la récolte des eaux. Elle indique que le dépôt de bois est nécessaire pour pouvoir réaliser le tracé modifié. Elle informe qu'elle prendra contact avec le recourant pour discuter de son indemnité et qu'à défaut d'un accord, ce point devra être renvoyé devant la Commission fédérale d'estimation (la CFE). Elle indique avoir l'obligation d'assainir les passages à niveau dangereux et que les propriétaires de la route doivent participer à la sécurisation en raison de leurs avantages.
B.g Le 18 mars 2019, l'OFEV a constaté que toutes ses demandes étaient acceptées par l'intimée. Le 29 avril 2019, le canton de Vaud a indiqué n'avoir aucune remarque à formuler.
B.h Par déterminations du 4 et 14 avril 2019, le recourant a maintenu sa position. Il ne comprend pas pourquoi l'intimée choisit l'option de porter atteinte à la forêt, au lieu de sécuriser le PN C._______. Le 11 avril 2019, il a produit un rapport sur l'impact agro-économique du projet modifié de la société I._______ Sàrl, une filiale de J._______, dont le but est le conseil d'entreprises auprès des exploitations agricoles.
B.i Par détermination du 7 août 2019, l'intimée a maintenu sa position.
B.j Par détermination du 20 septembre 2019, le recourant a maintenu sa position. S'agissant de l'indemnité avancée par I._______ Sàrl dans son rapport, il considère que la CFE arrivera à la même conclusion mais qu'à ce moment, il sera trop tard pour faire marche arrière. Il demande une prise de position de la CFE avant la délivrance du permis de construire.
C.
Par décision du 17 décembre 2019, l'OFT a approuvé le projet du 19 décembre 2013, complété ou modifié une ultime fois le 22 août 2018, dans le sens des considérants et avec charges concernant la protection des eaux, des sols, de la forêt, de la nature et du paysage, la gestion des déchets ainsi que les démarches à suivre après la mise en service des installations approuvées. Il a déclaré 23 oppositions irrecevables et a rejeté 6 oppositions, dont celle du recourant. Il a approuvé les servitudes supprimées, modifiées ou nouvelles, telles qu'elles ressortent du dossier modifié, et a mis l'émolument à la charge de l'intimée.
En substance, il retient que le PN « C._______ » est dangereux, que sa sécurisation ne serait pas suffisante et qu'il doit être supprimé. Il considère que le projet améliore la sécurité ferroviaire, rationalise l'utilisation du sol, est proportionné et le plus adéquat par rapport aux intérêts publics touchés. En outre, il remarque que le recourant fait valoir une opposition de principe à l'encontre du projet. Il explique que le tracé du chemin projeté a été modifié par rapport à celui initialement mis à l'enquête afin de limiter les atteintes à ses intérêts. Il précise que sa demande d'indemnité pour expropriation sera au besoin traitée ultérieurement par la CFE.
D.
D.a Par mémoire du 23 janvier 2020, le recourant a saisi le Tribunal administratif fédéral (le Tribunal) d'un recours contre la décision de l'OFT (l'autorité inférieure) du 17 décembre 2019, concluant en substance à son annulation et à la mise en place de barrières pour sécuriser le PN « C._______ », à la place de la création d'un chemin d'accès.
En résumé, le recourant conteste la dangerosité du PN existant et avance que sa sécurisation n'a pas été sérieusement étudiée. Il propose trois alternatives de sécurisation du PN, moins chères que des barrières de sécurité. Il fait valoir que le projet est disproportionné et a un impact négatif pour son exploitation et sur la protection de la nature et de l'environnement. Il conteste les budgets établis pour la sécurisation du PN et pour la création du chemin projeté. Il s'oppose à la surlargeur dans la forêt.
D.b Par mémoire en réponse du 21 février 2020, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, sous suite de frais. Elle maintient sa décision du 17 décembre 2019 et produit le dossier complet de la cause. Elle précise s'être rendue sur place le 10 octobre 2014, en présence du recourant, ce qui lui a permis de se rendre compte de la dangerosité du PN « C._______ ». Suite à cette visite, elle a exigé de l'intimée une étude de variantes complémentaires. Elle note que si le recourant peut avoir un intérêt à s'opposer à la fermeture du PN, il n'en a pas à exclure une variante limitant les impacts sur quatre des parcelles qu'il exploite.
D.c Par mémoire en réponse du 2 avril 2020, l'intimée a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours. Elle estime que le PN « C._______ » est dangereux et que seule une fermeture définitive permet de garantir une sécurité complète pour ses usagers. Elle indique que l'utilisation du PN sécurisé « B._______ » présente moins de risque et que la suppression du PN « C._______ » permet d'économiser au total 500'000 francs sur 25 ans par rapport à l'installation de barrières de sécurité. Elle souligne que la modification du projet a permis de réduire l'emprise sur la surface agricole de près de moitié. Elle produit un rapport relatif à l'évaluation d'une indemnisation pour suppression du PN « C._______ », établi le 28 août 2015 par K._______ Sàrl, une filiale de J._______, dont le but est la réalisation d'études et d'expertises en milieu rural, notamment en matière économique et immobilière.
D.d Par mémoire en réplique du 13 mai 2020, le recourant a maintenu ses conclusions. Au surplus, il souligne que le PN « C._______ » n'est presque pas utilisé et explique les difficultés et dangers que lui causeront le projet litigieux. Il invoque une inégalité de traitement et critique le report sur les propriétaires des responsabilités liées aux nouvelles servitudes.
D.e Par mémoire en duplique du 5 juin 2020, l'autorité inférieure a maintenu ses conclusions.
D.f Par mémoire en duplique du 16 juin 2020, l'intimée a également maintenu ses conclusions. Au surplus, elle précise avoir transmis au recourant le 19 décembre 2019 le devis détaillé pour la création du chemin d'accès ainsi que les bilans financiers finaux pour l'assainissement de deux PN par la mise en place d'installations de sécurité avec feux clignotants et barrières. Elle conteste que le nouveau chemin rendra le travail du recourant plus dangereux.
D.g Invitée à se déterminer, l'OFEV a, par écriture du 8 juillet 2020, indiqué que la décision attaquée respectait le droit fédéral de l'environnement, tenait compte des exigences sécuritaires et que l'OFT avait traité à satisfaction ses demandes.
D.h Le 21 juillet 2020, le Tribunal a pris acte que la DGMR et la Commune de (...) n'avaient pas pris position dans le délai imparti.
D.i Invités à se déterminer, L._______ et M._______ (les copropriétaires de la parcelle no ...) ont, par écriture du 17 août 2020, indiqué qu'ils avaient trouvé une solution avec l'intimée, consignée dans une convention de prise de possession temporaire et de constitution et radiation de servitudes du 22 janvier 2020, et n'avaient pas de déterminations complémentaires. Les deux autres personnes intéressées (soit les propriétaires des parcelles nos ... et ...) n'ont pas souhaité se déterminer en la cause.
D.j Par triplique du 15 novembre 2020, le recourant a maintenu ses conclusions. Il invite toutes les parties concernées, y compris le Tribunal, à venir constater sur place le travail supplémentaire qu'engendrera la réalisation du projet. Il remarque qu'il existe trois autres PN le long de la même voie ferrée, plus dangereux et plus fréquentés, qui sont eux équipés par des feux et des croix de Saint-André.
D.k Par quadruplique du 9 décembre 2020, l'autorité inférieure a indiqué qu'il apparaissait nécessaire que le Tribunal se prononce sur la nécessité de fermer le PN « C._______ ».
D.l Par quadruplique du 22 décembre 2020, l'intimée a maintenu sa position. Au surplus, s'agissant des trois autres PN sécurisés par des croix de Saint-André et des feux, elle a fait valoir que les situations n'étaient pas identiques à celle litigieuse.
D.m Par observations du 23 février 2021, le recourant a maintenu sa position.
E.
E.a Par ordonnances des 24 août et 2 septembre 2021, le Tribunal a instruit le dossier en posant des questions complémentaires concernant les coûts estimés pour la construction et l'entretien du nouveau chemin d'accès et des barrières de sécurité, la répartition de leur financement ainsi que la responsabilité pour l'entretien du chemin projeté. Il a également posé des questions sur la faisabilité et les coûts d'installations de sécurité avec feux clignotants uniquement et avec des barrières à ouverture sur demande. En outre, il a invité l'Office fédéral du développement territorial (l'ARE) et l'Office fédéral des routes (l'OFROU) à se déterminer sur le projet, en fonction de leurs compétences respectives.
E.b Par écriture du 1er septembre 2021, l'autorité inférieure a insisté sur le fait qu'il serait disproportionné et désavantageux en l'espèce de construire deux PN sécurisés à 500 m de distance et que la configuration du PN « C._______ » resterait dangereuse pendant la saison froide. Elle a précisé que le montant de 400'000 francs pour l'installation de barrières de sécurité apparaissait sous-évalué.
E.c Par écriture du 3 septembre 2021, le recourant a indiqué qu'un déneigement du nouveau chemin d'accès ne serait pas nécessaire, un tel déneigement entraînant pour son exploitation agricole un net travail supplémentaire.
E.d Par écritures des 7 septembre et 13 octobre 2021, L._______ et M._______ ont spontanément précisé qu'un déneigement se faisait actuellement régulièrement et qu'il resterait indispensable pour accéder à leur immeuble en hiver. Ils ont produit des photographies attestant de leurs propos.
E.e Par écriture du 9 septembre 2021, l'autorité inférieure a expliqué qu'une sécurisation active avec installations de feux clignotants uniquement présentait une moins-value du point de vue de la sécurité, vu que même un équipement avec des barrières était inadéquat en l'espèce. Elle a indiqué que les critères financiers n'influençaient pas directement le résultat de l'étude de variantes. Elle a précisé que le trafic routier était trop élevé pour l'installation de barrières manuelles à ouverture sur demande. Selon elle, ces deux variantes peuvent être écartées.
E.f Par écriture du 9 septembre 2021, l'intimée a apporté des précisions quant aux coûts estimés pour la construction, l'entretien et le renouvellement du nouveau chemin d'accès ainsi que pour des installations avec barrières de sécurité, avec uniquement des feux clignotants et avec des barrières à ouverture sur demande. Elle estime que ces deux dernières variantes n'offrent pas une sécurité optimale en l'espèce.
E.g Le 13 septembre 2021, l'OFROU a indiqué qu'aucun chemin de randonnée pédestre ou de voies de communication historiques n'étaient concernés et qu'il n'avait pas de remarque à formuler du point de vue de la mobilité douce.
E.h Le 6 octobre 2021, l'ARE a remarqué que le projet aurait principalement pour effet de couper en deux la parcelle n° .... Il estime qu'avec une sécurisation du PN « C._______ » par une barrière de sécurité, les impacts sur le sol et la forêt seraient moins importants qu'avec le nouveau chemin d'accès projeté. Il ajoute que l'usage du sol serait plus mesuré et éviterait un morcellement de la parcelle agricole du recourant.
E.i Par observations du 7 octobre 2021, le recourant a admis que la sécurisation par des feux clignotants apportait une moins-value. Cependant, il ne comprend pas pour quels motifs des barrières de sécurité sont jugées adéquates pour le PN « B._______ » mais non pour celui des « C._______ ». Il remarque, photos à l'appui, que le chemin des C._______ a été récemment refait et les pentes corrigées, ce qui le rend plus sûr. Il souligne qu'en raison de l'installation d'un réseau de conduites d'alimentation et de turbinage, certains éléments doivent être accessibles en tout temps, ce qui compromet sa suppression.
E.j Par écriture spontanée du 12 octobre 2021, l'autorité inférieure a indiqué estimer que l'ARE ne tenait pas correctement compte des pièces au dossier. Elle souligne que c'est principalement les obstacles naturels existants, tels que la déclivité et la forêt, ainsi que les habitations et leurs accès qui compliquent l'accès au bas de la parcelle n° .... Elle rappelle que l'OFEV a jugé le projet compatible avec le droit de l'environnement.
Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1. La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) n'en dispose autrement (art. 37 LTAF). Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (art. 7 PA), ainsi que la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 Sous réserve des exceptions - non pertinentes en l'espèce - prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. L'OFT, en sa qualité d'unité de l'administration fédérale subordonnée à un département fédéral, en l'espèce le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et des communications (DETEC ; art. 8 al. 1 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1] et annexe 1 OLOGA), est une autorité précédente dont les décisions sont susceptibles de recours (art. 33 let. d LTAF). L'acte attaqué du 17 décembre 2019 dans lequel l'autorité inférieure approuve le projet de l'intimée du 19 décembre 2013, complété et modifié une dernière fois le 22 août 2018, et rejette l'opposition du recourant, satisfait aux conditions qui prévalent à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 al. 1 PA si bien que le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du présent recours.
1.2 Le recourant a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure. Étant le destinataire de la décision attaquée, qui rejette son opposition au projet de l'intimée, et touché directement en tant que propriétaire et exploitant agricole de parcelles concernées par le projet, il est particulièrement atteint et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation ou sa modification (art. 48 al. 1 PA, art. 18f al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer [LCdF, RS 742.101]). Il est ici précisé que le recourant conteste l'irrecevabilité des autres oppositions. Cependant, les autres opposants n'ont eux-mêmes pas recouru contre la décision de l'autorité inférieure et le recourant ne prétend pas avoir été mandaté par ceux-ci pour recourir en leur nom. Partant, il n'est pas autorisé à les représenter dans la présente procédure de recours.
1.3 Présenté dans le délai (art. 50 al. 1 PA) et dans les formes (art. 52 al. 1 et al. 2 PA) prévus par la loi, le recours est ainsi recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2.
2.1 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2, arrêt du Tribunal administratif fédéral A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit.).
2.2 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal administratif fédéral dispose d'une pleine cognition (art. 49 PA). En particulier, il examine en principe librement si les mesures d'aménagement du territoire répondent à un intérêt public et respectent le principe de la proportionnalité. Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou techniques que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux. Dans de telles circonstances, il ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité inférieure, laquelle dispose de connaissances spécifiques qu'elle est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2019 II/1 consid. 2.1 non publié, 2012/23 consid. 4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4095/2019 du 19 juin 2020 consid. 2.3). Cela vaut dans tous les cas lorsque celle-ci a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1, 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 7.1.2, 1C_329/2012 du 27 novembre 2012 consid. 5.2 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2587/2018 du 20 février 2019 consid. 2, A-7744/2015 du 29 novembre 2017 consid. 2.2.2, A-4089/2015 du 18 novembre 2016 consid. 6.2.1).
3. Quant à l'objet du présent litige, il y lieu de considérer ce qui suit.
3.1 L'objet de la procédure administrative et, ainsi, l'objet du litige, constitue la relation juridique réglée par la décision, dans la mesure où celle-ci est attaquée. Par conséquent, l'objet du litige est déterminé par deux éléments : d'une part, par la décision attaquée, aussi nommée l'objet de la contestation et, d'autre part, par les conclusions des parties. L'objet du litige, délimité par les conclusions des parties, ne saurait s'étendre au-delà de l'objet de la contestation. Au cours de la procédure de recours, l'objet du litige peut être réduit, mais ne saurait être ni élargi, ni transformé par rapport à ce qu'il était devant l'autorité précédente, qui l'a fixé dans le dispositif de l'arrêt entrepris (cf. ATF 142 I 155 consid. 4.4.2, 136 II 457 consid. 4.2 ; ATAF 2017 V/4 consid. 3 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2569/2018 du 4 juin 2019 consid. 1.5.1). S'il ne ressort pas clairement des conclusions des parties la manière dont la décision attaquée doit être modifiée, il peut être fait appel à la motivation du recours pour les comprendre. Cependant, l'objet du litige est uniquement constitué par les conséquences juridiques demandées et non pas par leur motivation (cf. ATF 131 II 200 consid. 3.3 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_330/2013 du 15 octobre 2013 consid. 2.1, 2C_343/2010 du 11 avril 2011 consid. 2.5, 2C_446/2007 du 22 janvier 2008 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3006/2017 du 4 décembre 2018 consid. 1.3.1 ; Flückiger, in: Praxiskommentar VwVG, 2ème éd. 2016, art. 7 n. 19).
3.1.1 Le recourant ne comprend pas pour quels motifs le financement des travaux est pris en charge entièrement par l'intimée en cas de réalisation de la route et seulement par moitié dans le cas de l'installation de sécurité. Il souligne que l'intimée ne donne aucune indication sur la manière d'estimer les avantages et que la répartition à 50% est arbitraire. En outre, il conteste que l'entretien du nouveau chemin privé et les frais qui en découlent incombent aux propriétaires.
3.1.2 L'intimée indique que les propriétaires de la route doivent participer à la sécurisation des PN dangereux en raison de leurs avantages. Elle estime cette participation à 50% pour les barrières de sécurité et à 0 francs pour le chemin, en raison que leur participation aux avantages est beaucoup plus restreinte. Elle indique que le maintien de l'état actuel d'un PN représente un avantage généralement égal pour les deux parties et qu'en l'espèce, elle a un avantage supérieur à la suppression du PN pour des raisons sécuritaires. Elle précise que la répartition du financement se fonde sur la règlementation en vigueur, soit l'annexe 3 du RTE 25931, et sur des projets similaires. Elle est d'avis que l'entretien du chemin privé incombe aux propriétaires, alors que celui des installations de sécurité doit être assumé par moitié, celles-ci bénéficiant tant à la route qu'au rail. Elle note qu'en cas de différend, l'autorité inférieure peut trancher mais qu'en l'espèce, la question n'est pas pertinente, les riverains n'ayant pas contesté cette répartition.
3.2 En l'espèce, la procédure devant l'autorité inférieure a porté sur l'approbation des plans du projet de l'intimée (cf. art. 18 à 18i et 18m LCdF, par renvoi de l'art. 24 al. 1 LCdF) et non pas sur la répartition des frais entre les parties pour sa réalisation et son entretien (cf. art. 27 LCdF). Et pour cause, la LCdF prévoit une procédure distincte en cas de litiges relatifs à la répartition des frais selon l'art. 27 LCdF (cf. art. 40 al. 2 LCdF). Dans ce cas, l'OFT statue en première instance, après avoir entendu les intéressés. Or, l'intimée et le recourant ne sont pas les seuls intéressés quant aux questions de répartition des frais puisque le projet approuvé concerne également d'autres propriétaires (cf. plan de situation, pièce n° 5.2 ; plan des emprises, pièce n° 6.2, du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017). En outre, une décision sur la répartition des frais avant que le projet ne soit définitif ne ferait pas de sens. En effet, selon le projet définitif, le litige ne serait pas le même, vu que l'intimée est prête à financer entièrement la construction et aucunement l'entretien et le renouvellement de la route, alors qu'elle est d'accord de financer la moitié de la construction, de l'entretien et du renouvellement des barrières de sécurité (cf. pièce n° 2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 4 sv.). Partant, la question de la répartition des frais du projet au sens de l'art. 27 LCdF ne fait pas l'objet du présent litige et les griefs des parties y relatifs sont irrecevables.
3.3 Le présent litige porte ainsi sur la question de savoir si l'autorité inférieure a approuvé à bon droit le projet de l'intimée, prévoyant la suppression du PN « C._______ » au km (...) et la création d'un nouveau chemin d'accès, et rejeté l'opposition du recourant.
Pour ce faire, il sied tout d'abord d'examiner le grief du recourant concernant la constatation inexacte et incomplète des faits pertinents s'agissant des budgets établis par l'intimée pour la sécurisation du PN par des barrières de sécurité et pour le nouveau chemin d'accès (cf. consid. 6). Ensuite, il convient de déterminer si l'autorité inférieure a violé le droit fédéral en retenant que le PN « C._______ » devait être assaini (cf. consid. 7), si elle a correctement procédé à l'examen des variantes (cf. consid. 8) ainsi qu'à la pondération des intérêts publics et privés (cf. consid. 9), si sa décision est proportionnelle (cf. consid.10) et respecte le droit à l'égalité de traitement du recourant (cf. consid. 11). À titre liminaire, il sied de statuer sur la requête de vision locale du recourant (cf. consid. 4) et sur la compétence fonctionnelle de l'autorité inférieure pour l'approbation de la place à bois (cf. consid. 5).
4.
4.1 Le recourant invite toutes les parties concernées, y compris le Tribunal, à venir constater sur place les conséquences du projet de l'intimée sur son travail quotidien.
4.2 Le Tribunal admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits (art. 33 al. 1 PA). Dans le cadre d'une appréciation anticipée des preuves, il peut - comme l'autorité inférieure - renoncer à l'administration d'une preuve offerte, lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence pour la solution du cas ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont il dispose déjà, le juge parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (cf. art. 12 et 33 al. 1 PA ; ATF 136 I 229 consid. 5.3, 131 I 153 consid. 3, arrêts du Tribunal fédéral 8C_159/2018 du 17 décembre 2018 consid. 3.2, 5A_450/2016 du 4 octobre 2016 consid. 3.2, 1C_248/2010 du 7 avril 2011 consid. 2.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3861/2016 du 27 juillet 2017 consid. 2.1.3, A-4319/2015 du 16 mars 2016 consid. 2.3). Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties, garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) et consacré à l'art. 29 PA, que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (cf. arrêts du Tribunal fédéral 8C_159/2018 précité consid. 3.2, 1C_248/2010 précité consid. 2.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7397/2018 du 31 mars 2021 consid. 3.2).
4.3 En l'occurrence, le Tribunal retient que le dossier à sa disposition contient divers rapports notamment techniques et environnementaux, de nombreux plans détaillés du projet, des photographies des lieux ainsi que deux expertises, portant notamment sur l'impact de la réalisation du projet sur le travail du recourant, produits tant par l'intimée que par le recourant. En particulier, il considère que ce dernier a expliqué de manière suffisamment précise et étayée les difficultés supplémentaires pour son travail qui seraient engendrées par la réalisation du projet, tel qu'approuvé par l'autorité inférieure. En outre, il remarque également que l'autorité inférieure, spécialisée en matière de sécurité ferroviaire, ainsi que l'Inspection cantonale des forêts du canton de Vaud se sont déplacées sur les lieux pour examiner la situation. Il estime qu'une vision locale ne permettrait pas de modifier sa conviction. Partant, il rejette la requête de vision locale du recourant.
5.
Le deuxième grief préalable à examiner concerne la compétence fonctionnelle de l'autorité inférieure s'agissant de la construction de la surlargeur dans la forêt.
5.1
5.1.1 L'autorité inférieure remarque que la surlargeur de 20 m de long sur 7 m de large dans le massif forestier ne peut être réalisée sans le nouveau chemin d'accès et que, sans celle-ci, le nouveau chemin ne pourrait être envisagé que sur les zones agricoles. Elle souligne l'opportunité d'évaluer ces deux éléments simultanément et le caractère principalement ferroviaire du projet global. Elle rappelle que le service forestier cantonal, compétent pour la protection de la forêt, soutient la réalisation de la surlargeur. Elle retient que les propriétaires ont un intérêt à ce que le nouvel accès soit réalisé sur une surface non exploitée, non visible pour le reste du village et permettant l'entretien de la forêt protectrice sise sur des parcelles privées, aux frais de l'intimée.
5.1.2 Le recourant s'oppose à la création d'une place de dépôt de bois. Il estime qu'elle n'a pas pour but la sécurité ferroviaire et qu'elle n'a rien à voir avec le projet. Il précise qu'il n'a pas d'intérêt à sa création, qu'elle ne sert qu'à éviter une procédure de défrichement et qu'il n'est pas opportun de prévoir un chemin forestier pour accéder à des maisons d'habitation. Il indique que ni la Commune de (...), ni le canton de Vaud n'ont demandé de route destinée à l'exploitation forestière.
5.1.3 L'intimée indique que la création du dépôt de bois est une condition du canton de Vaud et de l'OFEV pour pouvoir réaliser le tracé modifié, plus avantageux pour le recourant que celui initialement mis à l'enquête. Elle se réfère à la position cantonale du 19 novembre 2015, selon laquelle le projet modifié permet d'améliorer les conditions d'entretien des forêts protectrices. Elle précise que la place à bois est une surlargeur, assimilable à une place de travail hors du gabarit routier, laquelle sera utilisée tous les 10 à 15 ans, et non une zone de stockage de bois.
5.2
5.2.1 Aux termes de l'art. 18 al. 1 LCdF, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente, soit l'OFT (cf. art. 18 al. 2 LCdF). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (art. 18 al. 3 LCdF). De même, aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis, le droit cantonal étant pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (art. 18 al. 4 LCdF). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations qui ne servent pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal ; l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la consultation de l'OFT étant toutefois nécessaire dans certains cas (art. 18m al. 1 et 2 LCdF). Enfin, en cas d'absence de tout lien avec l'exploitation ferroviaire, l'établissement ou la modification de la construction ou de l'installation est régi uniquement par le droit cantonal.
5.2.2 Selon la jurisprudence, est considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer le projet qui présente, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (cf. ATF 127 II 227 consid. 4, 111 Ib 38 consid. 6c). Les carrefours entre chemin de fer et route servent, par nature, simultanément l'exploitation ferroviaire et la circulation routière ; il s'agit de constructions mixtes qui contiennent régulièrement des éléments en lien avec l'exploitation ferroviaire et d'autres étrangers à ce domaine. En principe, une procédure unique d'approbation doit être suivie (cf. ATF 127 II 227 consid. 4a, 122 II 265 consid. 3 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_32/2017 précité consid. 6.1, 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2). Selon l'objectif principal poursuivi par l'installation en cause, celle-ci devra faire l'objet d'une procédure d'approbation relevant du droit ferroviaire ou, au contraire, être autorisée par le biais de la procédure cantonale applicable (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1, 127 II 227 consid. 4). Dans ce cadre, il ne s'agit pas seulement de se fonder sur l'ampleur des modifications projetées, sur le plan respectivement routier ou ferroviaire, mais essentiellement sur l'objectif principal poursuivi par le projet ; en d'autres termes, il convient, dans chaque cas particulier (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_463/2010 précité consid. 2.2), de déterminer si la construction ou l'installation répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à ceux de la circulation routière (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1, 127 II 227 consid. 5 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_221/2019 du 17 avril 2020 consid. 3 et 4.2.4, 1C_32/2017 précité consid. 6.1, 1A.117/2003 du 31 octobre 2003 consid. 2.3 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 4.3).
5.3 En l'espèce, la surlargeur prévue à l'intérieur de la forêt s'inscrit dans le cadre du projet de suppression du PN « C._______ » avec création d'un nouveau chemin d'accès. Comme le relève le recourant, elle n'a pas en soi pour but l'amélioration de la sécurité ferroviaire et routière. Cependant, sa création a été approuvée à cette occasion, d'une part, afin d'améliorer l'entretien de la forêt protectrice et, d'autre part, afin que la voie d'accès de remplacement puisse traverser la forêt, au titre d'une route forestière, et être assimilée à la forêt au sens de l'art. 2 al. 2 let. b de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts (LFo, RS 921.0). En effet, tel qu'indiqué par l'autorité inférieure, sans cette surlargeur, le tracé de la voie d'accès ne pourrait pas emprunter la forêt, vu que les défrichements sont interdits (cf. art. 5 al. 1 LFo) et que le chemin peut être réalisé sur les champs exploités par le recourant, tel que prévu dans le projet mis à l'enquête en 2013 (cf. consid. A.a ; art. 5 al. 2 let. a LFo). Or, c'est justement pour faire suite à la demande du recourant dans son opposition du 10 mars 2014 d'épargner ses terres agricoles que le tracé à travers la forêt a été élaboré (cf. consid. A.b). Par ailleurs, l'autorité cantonale compétente pour la protection de la forêt préconise la réalisation d'une telle place pour des motifs liés à l'entretien de la forêt, ce qui est accepté par l'OFEV (cf. consid. A.l et B.e). Le recourant ne remet pas fondamentalement en cause la compétence de l'autorité inférieure pour autoriser cette place mais s'oppose à sa réalisation afin que la sécurisation du PN « C._______ » soit préférée à la réalisation du chemin projeté. Or, pour des motifs liés à la coordination et à l'économie de procédure, il s'impose de soumettre l'ensemble du projet, y compris cette surlargeur, à une procédure d'approbation unique. En effet, la pesée des intérêts en présence doit inclure tant les questions liées à la sécurité ferroviaire et routière que celles touchant à la protection de l'environnement et aux intérêts privés du recourant.
Sur le vu de ce qui précède, il convient de retenir que l'objectif principal poursuivi par le projet dans son ensemble relève de l'exploitation ferroviaire. Partant, l'autorité inférieure était compétente pour statuer dessus, y compris s'agissant de la construction d'une surlargeur dans la forêt, et sa décision d'approbation couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral. Par ailleurs, aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis en l'espèce.
6.
Il s'agit à présent d'examiner le grief du recourant en constatation inexacte et incomplète des faits pertinents concernant les budgets établis par l'intimée pour la sécurisation du PN et pour le chemin.
6.1
6.1.1 L'autorité inférieure remarque que le recourant a admis dans son opposition du 14 novembre 2018 un forfait de 400'000 francs pour la sécurisation du PN et qu'il ne peut pas le remettre en cause sans autre indication. Elle précise que le montant de 400'000 francs devisé pour l'installation de barrières au PN « C._______ » apparaît sous-évalué en comparaison avec d'autres projets portant sur l'installation de barrières de sécurité. Elle explique qu'une évaluation des coûts d'un projet visant à maintenir le PN existant n'aurait de sens que si l'accès routier était en plus modifié de façon à permettre son utilisation en tout temps, le chemin d'accès ne pouvant pas être maintenu en l'état. Elle estime qu'il faudrait également tenir compte du fait que des coûts d'entretien sont à comptabiliser également par rapport à l'accès routier existant.
6.1.2 Le recourant considère que les budgets pour la sécurisation du PN et pour le chemin sont sommaires. S'agissant du budget pour la sécurisation du PN par des barrières de sécurité, il admet un forfait de 400'000 francs dans son opposition du 14 novembre 2018. Dans son recours du 23 janvier 2020, il conteste le coût estimé de la sécurisation. Il remarque que les 20'000 francs prévus pour l'entretien des barrières de sécurité ne reposent sur aucune étude.
Concernant le budget établi pour la création du chemin projeté, le recourant estime qu'il est lacunaire, en ce sens qu'il manque les postes pour les graves non traitées, le drainage, les installations pour empêcher son bétail d'emprunter la route, pour l'assainissement de la décharge ainsi que plusieurs éléments non pris en compte dans le calcul de son indemnité. Il demande à ce que ce budget soit complété, ce qui permettra de démontrer que le chemin coûte plus cher que la sécurisation du PN existant, notamment par des barrières de sécurité. Il ajoute que les charges demandées par l'autorité inférieure et les dédommagements dus aux propriétaires vont renchérir le budget du chemin d'accès. Il remarque que la grave stabilisée au ciment n'est pas un revêtement et que seuls les enrobés bitumeux sont considérés comme des revêtements. Étant sans revêtement, les coûts d'entretien du nouveau chemin seront très importants.
6.1.3 L'intimée précise que les coûts relatifs à la construction du nouvel accès sont estimés à 300'000 francs et ceux de renouvellement et d'entretien courant à 4'000 francs par an, alors qu'ils sont estimés à 400'000 francs, respectivement à 20'000 par an, pour une installation de sécurité avec feux et barrières. Elle indique que le renouvellement d'une installation consiste à la remplacer intégralement et que le montant est ainsi égal à son coût de construction, alors que pour le renouvellement d'une route, seule la couche du revêtement supérieur doit être renouvelée et non les couches de fondation, raison pour laquelle les coûts de renouvellement équivalent au tiers du montant de la construction. Elle ajoute que les bilans financiers finaux pour l'assainissement des PN « D._______ » et « E._______ », avec mise en place d'installations de sécurité de feux clignotants et de barrières entre 2017 et 2019, font état de coûts réels de 555'713.25 francs, respectivement de 432'245 francs. Elle précise que les coûts de réfection et d'entretien des installations de sécurité se basent sur les nombreux renouvellements de PN qu'elle a effectués ces dernières années et sur leur entretien courant.
Elle conteste que le budget établi pour la construction du nouveau chemin est lacunaire. Elle indique qu'une plus-value de 50'000 francs pour la surépaisseur du chemin induite par le passage d'un trafic lourd (exploitation forestière) ainsi que l'indemnité due au recourant, chiffrée à 10'000 francs par K._______ Sàrl, y sont mentionnées. Elle conteste comme étant disproportionné le montant de 105'650 francs, avancé par I._______ Sàrl pour l'indemnité du recourant. Elle ajoute que, même en tenant compte de ce montant, la suppression demeure plus avantageuse puisque l'économie réalisée serait d'environ 400'000 francs. Elle expose qu'il ressort du devis détaillé du 19 décembre 2019 que le coût estimé pour la création du chemin d'accès est de 275'631.25 francs pour un revêtement en grave-ciment stabilisée. Elle explique que les charges figurant dans le dispositif de la décision querellée ne sont pas prises en compte dans le budget car celui-ci est déposé en même temps que la demande d'approbation des plans et qu'il n'est pas adapté par la suite. Elle remarque qu'un projet de sécurisation du PN aurait également pu entraîner des charges et des coûts y relatifs. Elle indique que la structure en grave-ciment stabilisée occasionne un coût d'entretien négligeable. Elle précise que les coûts de réfection et d'entretien des chemins se basent sur son expérience, sur des projets similaires et sur des études effectuées par des spécialistes.
6.2 En vertu de l'art. 12 PA, l'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves. La constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents se présente comme l'un des motifs de recours (art. 49 let. b PA ; ATF 138 V 218 consid. 6 ; ATAF 2009/50 consid. 5.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-195/2016 du 5 juin 2017 consid. 5.1.2, A-1255/2015 du 28 septembre 2015 consid. 3.2.1).
La constatation des faits se révèle incomplète lorsque toutes les circonstances de fait et les moyens de preuve déterminants pour la décision n'ont pas été pris en compte et lorsque l'autorité a omis d'administrer la preuve d'un fait pertinent ; elle est inexacte lorsque l'autorité a apprécié de manière erronée le résultat de l'administration d'un moyen de preuve, a fondé sa décision sur des faits erronés, par exemple en contradiction avec les pièces, ou que des avis déterminants pour l'issue du litige ne sont pas examinés. Sont déterminants les faits décisifs pour l'issue du litige (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1900/2019 du 19 mai 2021 consid. 5.2.1, F-427/2017 du 30 janvier 2018 consid. 6.1, A-195/2016 du 5 juin 2017 consid. 5.1.2, B-741/2016 du 13 mai 2016 consid. 4.1 et les réf. cit. ; Zibung/Hofstetter, in : Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 2e éd., 2016, art. 49 nos 39 sv.).
6.3
6.3.1 S'agissant des coûts estimés de 400'000 francs pour l'installation de barrières de sécurité avec feux clignotants, il y a lieu tout d'abord de remarquer que l'intimée a produit les bilans financiers finaux récents pour la pose de telles barrières à deux autres PN. Ceux-ci font même état de frais plus élevés que ceux estimés pour le PN « C._______ ». Par ailleurs, l'autorité inférieure dispose de connaissances techniques suffisantes et est capable d'estimer les coûts approximatifs d'une variante d'assainissement en se basant sur son expérience, issue de précédentes procédures d'autorisation (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1182/2017 du 25 mars 2019 consid. 8.5.1). En outre, il ressort de précédents jugements qu'un montant de 400'000 francs pour des barrières de sécurité est plausible et que ces coûts surviennent à nouveau après 25 ans, à la fin de vie de l'installation de sécurité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_221/2019 précité consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1182/2017 précité consid. 8.5.1 et les réf. cit.). Finalement, le recourant a lui-même admis dans son opposition un tel forfait. Partant, il y a lieu de considérer que l'autorité inférieure a correctement retenu un montant de 400'000 francs pour l'installation de barrières de sécurité, de 16'000 francs par an pour le renouvellement de l'installation en fin de vie (16'000 francs X 25 ans) et de 4'000 francs pour l'entretien courant de cette installation.
6.3.2
6.3.2.1 Concernant la suppression du PN « C._______ » et de la création d'un nouveau chemin d'accès, il y a lieu tout d'abord de rappeler que l'autorité inférieure a approuvé un devis avant la réalisation des travaux, lequel donne un ordre de grandeur quant aux coûts mais n'est par définition pas exact. Ensuite, s'agissant des charges imposées par l'autorité inférieure dans sa décision d'approbation, le Tribunal remarque qu'un montant pour les divers et imprévus est pris en compte tant dans le rapport technique (25'000 francs) que dans le devis du 18 décembre 2019 (16'500 francs). En outre, il ressort du devis n° 19.020D du 18 décembre 2019, produit le 16 juin 2020 par l'intimée qu'un montant de 102'470 francs a effectivement été pris en compte pour les graves, les graves stabilisées et la mise en place de ces matériaux dans le montant total de 275'631.25 francs (cf. pièce n° 7 de la duplique, p. 1, 3 et 4). Le rapport technique établit lui aussi un budget de 300'000 francs sur la base d'une structure en grave-ciment stabilisée (cf. pièce n° 2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 1 et 4). Le budget n'est donc pas lacunaire sur ce point.
6.3.2.2 Par ailleurs, il ressort du rapport environnemental que le tracé du futur chemin d'accès traverse un site pollué sur certaines parcelles mais que celui-ci ne nécessite ni surveillance, ni assainissement (cf. pièce n° 4 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 5). La question du drainage nécessite, quant à elle, des connaissances techniques. Or, ni l'OFEV, ni la DGE n'ont émis d'exigences spécifiques sur ces deux points, bien qu'elles aient chacune effectué une analyse détaillée s'agissant de la protection des sols, des eaux, de la nature et du paysage (cf. consid. B.d et B.e), à un moment où le recourant avait déjà soulevé la question du drainage (cf. consid. B.c) et un autre opposant la question de l'assainissement de la décharge (cf. décision d'approbation du 17 décembre 2019, p. 31). Dès lors, il ne peut pas être reproché à l'intimée de ne pas avoir tenu compte de postes pour le drainage et l'assainissement du site pollué, alors que ceux-ci n'étaient pas jugés nécessaires par les autorités compétentes en la matière.
6.3.2.3 S'agissant des indemnités dues aux propriétaires, il ressort de la convention du 22 janvier 2020, p. 3, produite par L._______ et M._______ le 17 août 2020, que l'occupation temporaire est indemnisée à raison de 100 francs et que la radiation ainsi que la constitution de la servitude foncière de passage sont accordées à titre gratuit. Les deux autres personnes intéressées n'ont pas souhaité se déterminer en la cause (cf. consid. D.i). Concernant le montant de l'indemnité due au recourant, la CFE est compétente en première instance pour son calcul, pour autant qu'aucun accord ne soit trouvé entre les parties. Cependant, il est possible d'y réfléchir - de manière non préjudicielle - dans la présente procédure (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1E.10/2004 du 3 décembre 2004 consid. 5.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-314/2016 du 10 août 2016 consid. 7.4.3, A-699/2011 du 9 février 2012 consid. 9.2.2.2).
En l'espèce, l'estimation par l'intimée d'une indemnité de 10'000 francs pour le recourant semble effectivement peu aboutie puisqu'elle se base sur un rapport établi le 28 août 2015, soit près de 3 ans avant que l'intimée ne dépose sa demande de modification du projet (cf. consid. B.a), à un moment où les contours de la variante finalement approuvée n'étaient pas encore clairs. En particulier, il semble que la création de la surlargeur dans la forêt sur la parcelle n° ... du recourant n'ait pas été prise en compte dans le calcul de l'indemnité. Par ailleurs, il ressort du rapport de K._______ Sàrl que le nouveau chemin sera clôturé par l'intimée et que l'entretien de la clôture et du terrain à l'intérieur sera à la charge de celle-ci (cf. rapport de K._______ Sàrl, pièce n° 5 de la réponse de l'intimée du 2 avril 2020, p. 6). Aucun montant n'est donc budgétisé pour l'indemnité du recourant à ce titre, alors que l'intimée indique que la clôture du nouveau chemin sera assumée par le recourant (cf. écriture de l'intimée du 9 septembre 2021, p. 5) et que l'entretien courant du nouveau chemin sera à la charge de tiers (cf. rapport technique, pièce n° 2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 5). Partant, il se peut que l'indemnité due au recourant soit en réalité plus élevée. Le calcul du montant exact de l'indemnité du recourant étant de la compétence de la CFE, il ne ressort pas au Tribunal de trancher définitivement cette question. Cependant, il constate que, même en tenant compte d'un montant plus élevé pour l'indemnité du recourant, la suppression du PN litigieux avec création d'un chemin d'accès demeure plus avantageuse financièrement que des barrières de sécurité avec feux clignotants.
6.3.3 Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de retenir que l'autorité inférieure n'a pas constaté de manière inexacte ni incomplète les faits pertinents en se basant, pour statuer, sur les budgets établis par l'intimée pour la sécurisation du PN « C._______ » et pour sa suppression avec création d'un chemin d'accès.
7.
Dès lors, il convient d'examiner si l'autorité inférieure a violé le droit fédéral en retenant que le PN « C._______ » ne pouvait pas, dans son état actuel, être traversé et emprunté en toute sécurité mais qu'il devait être assaini.
7.1
7.1.1 L'autorité inférieure indique avoir constaté sur place que la visibilité pour une personne se trouvant en aval du PN n'était pas suffisante pour l'équiper seulement d'une croix de Saint-André. Elle estime que même un équipement du PN avec des installations de sécurité ne répondrait pas à tous les risques encourus, notamment en cas de verglas, vu que le projet se situe dans les Préalpes, que le PN n'est pas utilisable toute l'année, son utilisation actuelle (traversé notamment par des véhicules à moteur ou des vaches), sa configuration, la pente dans ce secteur ombragé et la possibilité d'utiliser un PN sécurisé à 500 m. Elle en conclut que le PN « C._______ » est dangereux et doit si possible être supprimé.
7.1.2 Le recourant conteste la dangerosité du PN « C._______ », sis sur un chemin privé et utilisé environ deux fois par jour. Il explique être le seul exploitant agricole des parcelles concernées et qu'hormis lui-même, il n'y a qu'un couple qui utilise régulièrement le PN, l'autre habitation étant inutilisée (cf. consid. A.a). Il souligne que le chemin des C._______ est une impasse et n'est pas un chemin pédestre. Vu le peu de passages, la probabilité d'accident est très faible. Il précise que depuis 40 an, il n'y a eu aucun accident, ni aucun glissement de terrain. Il indique qu'il emprunte ce passage 4 à 5 fois par an avec son bétail depuis 18 ans et qu'il se renseigne par téléphone sur les horaires de passages des trains avant chaque déplacement. Il conteste le calcul de la pente effectué par l'intimée à l'endroit du PN « C._______ » et affirme que le chemin actuel y est pratiquement plat. Il précise, photos à l'appui, qu'à la suite de travaux récents d'installation d'un réseau de conduites d'alimentation et de turbinage d'eau et de services, le chemin des C._______ a été refait et les pentes corrigées. Il ajoute que celui-ci, n'étant pas déneigé, n'est pas utilisé en hiver en voiture. Il en déduit que les voitures ne peuvent pas glisser en cas de gel.
7.1.3 L'intimée estime que le PN « C._______ » est dangereux car la visibilité est insuffisante pour le trafic ferroviaire et routier en raison de la courbe, d'un talus et d'un mur. Elle calcule la distance de visibilité exigée pour les voitures à 58.2 m (km ...), pour les piétons à 87.3 m (km ...) et pour les camions à 126.1 m (km ...), pour un train circulant à 35 km/h, soit la vitesse normale sur cette ligne. Elle produit des photographies, illustrant pour certaines la vision du pilote de locomotive depuis ces trois points, et pour d'autres la vision de piétons ou de conducteurs de véhicules automobiles juste avant de traverser le PN « C._______ » depuis l'amont (cf. pièce n° 3 du bordereau de pièces joint à la réponse de l'intimée). L'intimée ajoute que la route est en pente avant et après le PN, ce qui augmente la distance de freinage ou implique un démarrage en côte, que le croisement n'est pas à angle droit et que le chemin n'est pas asphalté. Elle précise que même une pente légère est suffisante pour provoquer une perte de maîtrise en cas d'enneigement, de pluie ou de verglas. Elle rappelle que le critère déterminant est le manque de visibilité, la pente ne faisant qu'accroître ce risque. Elle indique que ce PN connaît plus de deux passages de train par heure en moyenne. Elle estime que seule une fermeture définitive permet de garantir une sécurité complète pour ses usagers. Elle considère que l'utilisation du PN par le bétail augmente le risque d'accident.
7.2 Il convient de rappeler les obligations des entreprises de chemin de fer en matière de sécurité ferroviaire, en particulier s'agissant de la protection et signalisation des passages à niveau.
7.2.1 Les principes de planification, de construction et d'exploitation des chemins de fer sont définis aux art. 17 ss LCdF. Les entreprises ferroviaires sont responsables de la sécurité de l'exploitation des installations ferroviaires et des véhicules, dans les limites de la réglementation (art. 17 al. 4 LCdF). Elles sont tenues de prendre, conformément aux prescriptions du Conseil fédéral et aux conditions liées à l'approbation des plans, les mesures nécessaires pour assurer la sécurité de la construction et de l'exploitation, ainsi que pour empêcher que des personnes ou des choses ne soient exposées à des dangers (art. 19 al. 1 LCdF). Le Conseil fédéral édicte les prescriptions nécessaires sur la construction et l'exploitation, ainsi que sur l'unité technique et l'admission à la circulation ferroviaire, compte tenu de l'interopérabilité et des normes de sécurité afférentes à chaque tronçon (art. 17 al. 2 LCdF ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_32/2017 précité consid. 7.1.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 du 16 octobre 2020 consid. 5.1, A-4089/2015 précité consid. 6.1, A-314/2016 précité consid. 4).
7.2.2 Les prescriptions en matière de protection et de signalisation des passages à niveaux sont détaillées aux art. 37 ss de l'ordonnance du 23 novembre 1983 sur la construction et l'exploitation des chemins de fer (OCF, RS 742.141.1). Ces dispositions confèrent à l'OFT, en tant qu'autorité d'approbation, un large pouvoir d'appréciation, tout particulièrement s'agissant de savoir si un passage à niveau doit être supprimé ou s'il doit être sécurisé par des signaux et des installations ainsi que s'agissant du choix des mesures de sécurité commandées par la situation concrète (cf. art. 37c al. 3 OAT), notamment en fonction de la charge de trafic et des risques existants (cf. art. 37b al. 1 OCF ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_32/2017 précité consid. 7.1.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 6.2.1 et les réf. cit., A-314/2016 précité consid. 5.1). Le Tribunal fait preuve d'une certaine retenue pour autant que la décision se fonde sur une pesée des intérêts pertinents en présence ainsi qu'apparaît acceptable et proportionnée, compte tenu des autres variantes de sécurisation possibles (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 6, A-5263/2017 du 10 avril 2019 consid. 3.3). L'intensité du trafic ferroviaire doit être prise en compte dans l'appréciation des risques, même si elle n'est pas mentionnée dans l'art. 37c OCF (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1E.10/2004 précité consid. 4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 5.2 avec les réf. cit.).
7.2.3 Les modalités de la signalisation des passages à niveau et les mesures de protection réglementaires prévues figurent à l'art. 37c OCF. En vertu de cet article, des installations de barrières ou de demi-barrières doivent en principe être mises en place aux passages à niveau (art. 37c al. 1 OCF), mais des dérogations sont possibles à certaines conditions (art. 37c al. 3 OCF). En particulier, lorsque les conditions de visibilité sont suffisantes ou si les véhicules ferroviaires émettent des signaux d'avertissement appropriés en cas de conditions de visibilité temporairement insuffisantes, les passages à niveau peuvent être signalés par des croix de Saint-André à titre de signal unique à certaines conditions (art. 37c al. 3 let. c OCF ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 6.1.1, A-314/2016 précité consid. 6.3). En outre, lorsque le PN est situé sur un tronçon à voie unique où le trafic routier est très faible et où les conditions de visibilité sont suffisantes, des installations de signaux lumineux sans barrière qui assurent l'arrêt du trafic routier de façon sûre en cas de défaillance sont admises (art. 37c al. 3 let. bbis OCF). Les passages à niveau qui ne sont pas conformes aux art. 37a à 37d dans leur version du 19 septembre 2014 doivent être supprimés ou adaptés (art. 83f al. 1, 1ère phrase, OCF). En d'autres termes, ils doivent être assainis (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid.5.3, A-314/2016 précité consid. 4). Fondé sur l'art. 81 OCF, le DETEC a en outre édicté des dispositions d'exécution (cf. DE-OCF, RS 742.141.11, non publiées au Recueil officiel, disponibles sur Internet à l'adresse : www.bav.admin.ch > Droit > Autres bases légales et prescriptions > Dispositions d'exécution de l'OCF, consulté le 18 octobre 2021 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_162/2012 précité consid. 3.2.3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 5.2, A-314/2016 précité consid. 4). Il est admis que la fermeture d'un passage à niveau privé peut être ordonnée sur la base de l'ensemble de ces dispositions (cf. ATF 113 Ib 327 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_162/2012 précité consid. 3.2, 1A.144/2004 consid. 1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 6.1.1).
7.2.4 Il résulte de ces dispositions que le législateur accorde un poids important à l'intérêt public à la sécurité de l'exploitation ferroviaire (cf. arrêts du Tribunal fédéral 1C_221/2019 précité consid. 4.1.2, 1C_ 32/2017 précité consid. 7.3, 1C_162/2012 du 14 décembre 2012 consid. 3.2.3). Cet intérêt est sauvegardé par l'assainissement des passages à niveau dangereux, assainissement qui répond à la nécessité d'éviter les accidents ou de réduire le risque d'accidents (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 7.1.1 et les réf. cit.). Chaque intersection sur un même plan entre des voies de chemin de fer et des routes ou des chemins représente une source de danger et une limitation de la sécurité routière. Par conséquent, l'autorité inférieure peut et doit autoriser la suppression de passages à niveau qui satisfont les exigences minimales de l'art. 37c OCF, dans la mesure où cela s'avère nécessaire après pondération de tous les intérêts pertinents (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 5.3, 6 et 12.3, A-314/2016 précité consid. 7.3.5, A-1353/2014 du 30 juillet 2015 consid. 7.1.2 et 8.1). De même, la suppression de passages à niveau, qui pourraient en soi être assainis selon les exigences minimales de l'art. 37c OCF, peut tout de même s'avérer nécessaire (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1A.117/2003 précité consid. 5.4 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-314/2016 précité consid. 7.3.5). Sous l'angle de la sécurité routière, les barrières de sécurité offrent une moins grande sécurité que la suppression d'un passage à niveau et doivent présenter d'autres avantages importants pour être prises en considération (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_221/2019 précité consid. 4.1.1). Par ailleurs, pour évaluer la nécessité d'assainissement d'un PN, il suffit que sa dangerosité soit établie sur la base de circonstances objectives. Des mesures de sécurité doivent être prises pour empêcher des accidents futurs, même si jusqu'à présent aucun ou seulement peu d'accidents ont eu lieu (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1A.117/2003 précité consid. 4.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 7.3, A-699/2011 précité consid. 8.2).
7.3
7.3.1 En l'espèce, les photographies produites par l'intimée (cf. réponse du 2 avril 2020, pièce n° 3 du bordereau de pièces ; cf. rapport technique, pièce n° 2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 7) illustrent le manque frappant de visibilité au PN des C._______. En effet, à cause de la courbe, d'un muret et d'un talus à cet endroit, la visibilité est extrêmement restreinte tant pour les usagers de la route que pour le pilote de locomotive. La dangerosité de ce PN est établie sur la base de ce manque de visibilité, indépendamment du fait qu'aucun accident n'a eu lieu jusqu'à présent. Le recourant ne conteste d'ailleurs pas que la visibilité au PN des « C._______ » est mauvaise, ce qui ressort également des photos qu'il a produites (cf. dossier photos, annexé aux observations du recourant du 7 octobre 2021). Les conditions de visibilité étant insuffisantes et ce, de manière non temporaire, les dérogations prévues par l'art. 37c al. 3 let. c (croix de Saint-André) et let. bbis (signaux lumineux sans barrière) OCF n'entrent pas en considération.
7.3.2 Certes, tant le trafic ferroviaire que celui routier sont faibles, et le nombre de personnes utilisant ce PN privé est très restreint. En outre, le chemin des C._______ a été récemment refait (cf. dossier photos, annexé aux observations du recourant du 7 octobre 2021). Ces éléments relativisent effectivement le risque d'accidents au PN « C._______ ». Celui-ci est cependant également utilisé par le bétail du recourant, ce qui représente tout de même un risque pour la sécurité, vu le déplacement plus lent que pour des piétons. Par ailleurs, il est également utilisé en hiver depuis plus de 15 ans par L._______ et M._______ pour accéder à leur habitation en voiture. Il existe donc un risque de glissades en cas de verglas, de neige ou de pluie. S'il ressort des photographies susmentionnées et des allégués des parties qu'à l'endroit-même de l'intersection, la pente de la route est faible, la route avant et après le PN est elle-même en pente, ce qui n'améliore pas sa configuration d'accès.
7.3.3 Le PN litigieux étant simplement équipé d'une croix de Saint-André, l'autorité inférieure a retenu à juste titre qu'il ne pouvait pas être traversé et emprunté en toute sécurité, vu les conditions de visibilité insuffisantes. Partant, il ne saurait rester en l'état et doit faire l'objet de mesures d'assainissement. Dès lors, il s'agit d'examiner si l'autorité inférieure, en décidant de supprimer ce PN et de créer un nouveau chemin d'accès, a pesé tous les intérêts pertinents en présence (cf. consid. 9) et si cette décision est acceptable et proportionnée pour le recourant (cf. consid. 10), compte tenu d'autres variantes de sécurisation envisageables (cf. consid. 8).
8.
Il sied ainsi d'examiner si l'autorité inférieure a procédé à l'examen de variantes et, le cas échéant, de s'assurer qu'elle n'a pas excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation ce faisant.
8.1
8.1.1 L'autorité inférieure considère qu'une variante visant à maintenir le PN existant avec des barrières de sécurité est désavantageuse pour l'exploitation ferroviaire et n'apporte que peu d'avantages. Elle rappelle qu'il s'agit d'un problème de visibilité. Elle explique que la configuration du PN restera dangereuse en cas de verglas et inutilisable en cas de neige, alors que le nouveau chemin d'accès sera utilisable toute l'année. Le chemin existant ne pouvant pas être maintenu en l'état, la zone occupée devra être augmentée dans la zone forestière et sur les surfaces agricoles exploitées par le recourant, afin de permettre son utilisation en tout temps. Elle ajoute qu'une fois l'installation arrivée en fin de vie après 25 ans, elle devra être remplacée entièrement, alors que pour un simple accès routier la durée de vie du projet est plutôt de 80 ans.
8.1.2 Elle explique encore qu'une variante de sécurisation active par une installation de feux clignotants présente une moins-value au niveau de la sécurité, sans qu'elle ne se justifie par un avantage évident. Elle remarque qu'il n'est pas rare que des PN équipés de cette manière doivent, par la suite, tout de même être sécurisés par des barrières. Elle souligne que même un équipement avec des barrières serait inadéquat vu le risque subsistant lié à la configuration de l'accès routier et la proximité avec un PN sécurisé et mieux situé. Elle rappelle qu'une installation de feux clignotants devrait elle aussi être remplacée tous les 25 ans.
8.1.3 L'autorité inférieure ajoute qu'une variante de sécurisation passive avec installation d'une barrière manuelle à ouverture sur demande n'est envisageable qu'en cas de circulation routière faible, soit au maximum 6 utilisations par semaine en moyenne trimestrielle (cf. RTE 25931, édition 2019, chiffre 6.1.5, tableaux 1 et 5), ce qui n'est pas le cas en l'espèce. Elle explique qu'une telle installation nécessite la mise en place de mesures d'exploitation et d'organisation contraignantes au quotidien et qu'il serait difficile de les imposer aux propriétaires des deux chalets habités à desservir, alors qu'ils ne l'ont pas demandée. Elle souligne qu'une sécurisation passive ne présente pas le même degré de sécurité qu'une sécurisation active.
8.1.4 Concernant ces deux dernières variantes, elle rappelle que toute dérogation au standard de l'art. 37c al. 1 OCF est potestative. Elle souligne qu'en l'occurrence, il existe un franchissement sécurisé avec une configuration moins dangereuse à une distance raisonnable de 500 m, que l'exploitation agricole du recourant s'étend jusqu'à cet accès et que les propriétaires des chalets à desservir ont accepté la configuration du nouvel accès. Selon elle, les conditions pour traverser la ligne de chemin de fer seront améliorées, y compris pour le recourant et d'éventuels promeneurs. Elle estime que ces deux variantes peuvent être écartées, indépendamment de leur faisabilité technique.
8.2
8.2.1 Le recourant estime qu'une sécurisation du PN par des barrières ou par une croix de Saint-André avec feux clignotants ou avec de simples feux tricolores et clignotants serait plus proportionnelle et suffisante pour garantir la sécurité du passage, même s'il accepte que les feux clignotants constituent une moins-value par rapport à des barrières de sécurité.
8.2.2 Le recourant explique ensuite que la sécurisation du PN « C._______ » permettra de préserver ses pâturages, zone libre de constructions, et le principe de la proportionnalité. Il estime que ni l'intimée ni l'autorité inférieure n'ont étudié sérieusement cette variante. Il propose trois alternatives de sécurisation du PN par l'installation de signalisation lumineuse et acoustique, dont il estime les coûts entre 100'000 et 200'000 francs. Il regrette que l'intimée n'ait pas étudié ses propositions de sécurisation du PN dont les coûts de construction et d'entretien sont moindres que ceux du projet modifié. Il indique que si le critère financier ne constitue plus un critère de choix, il préfère l'installation de barrières de sécurité.
8.3
8.3.1 Pour sa part, l'intimée souligne que le critère principal est l'aspect sécuritaire et non les coûts entraînés par la mesure choisie et que, même si la construction de la route avait un coût plus important, la condamnation du PN litigieux aurait été l'option choisie. Elle indique que l'utilisation du PN sécurisé « B._______ » présente moins de risque puisque les conditions de visibilité sont meilleures et la configuration plus avantageuse. Elle souligne que l'exploitation d'un seul PN offre une meilleure sécurité que l'utilisation conjointe de deux PN.
8.3.2 Elle précise en outre que le coût de construction d'une installation de sécurité avec uniquement des feux clignotants est de minimum 400'000 francs, son entretien de 3'500 francs par an et son renouvellement de 350'000 francs au minimum. Elle estime que les prix avancés par le recourant pour les trois installations de sécurité alternatives sont trompeurs car ils reflètent uniquement le prix de l'installation mais ne tiennent pas compte des coûts d'étude, d'établissement des plans, des travaux de génie civil et d'ingénieurs ainsi que de ses propres prestations. Elle estime que des feux clignotants offrent une sécurité moindre que des feux clignotants avec barrières, lesquelles assurent un barrage physique. Elle expose que le PN « D._______ » mentionné par le recourant n'était équipé que de feux clignotants et que, sur demande des habitants pour des motifs sécuritaires, elle a dû rajouter des barrières.
8.3.3 L'intimée explique encore que le coût de construction de barrières à ouverture sur demande est de 1'500 francs, celui de leur entretien quasiment nul et celui de leur renouvellement de 500 francs. Elle indique que des barrières à ouverture sur demande ne peuvent être installées qu'aux PN utilisés une dizaine de fois par an, alors qu'en l'espèce l'utilisation est journalière. Elle ajoute qu'une telle installation ne permet pas d'assurer une parfaite sécurité en l'occurrence. Elle explique que l'ayant droit doit lui annoncer téléphoniquement chaque traversée de voie sur le PN. Elle en conclut que le projet tel qu'adopté est la seule solution assurant une sécurité optimale.
8.4 D'une manière générale, le principe de proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.), qui prévaut pour l'ensemble de l'activité étatique, peut, dans le cas d'infrastructures, commander l'examen de variantes au regard de la pesée des intérêts qui lui est inhérente. Ce principe est notamment concrétisé dans de nombreuses dispositions en matière d'aménagement du territoire, du droit de l'environnement ou de la protection de la nature (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_32/2017 précité consid. 7.1.2 ; Favre, L'examen des variantes d'un projet en droit de l'aménagement du territoire et de l'environnement - entre opportunité et légalité, in : Mélanges Pierre Moor, 2005, p. 690 à 692). Le droit fédéral n'exige cependant pas une analyse des variantes aussi circonstanciée que celle qui est faite pour le projet lui-même. L'autorité doit en particulier n'examiner plus en détail que les variantes entrant sérieusement en considération ; les options présentant des désavantages ou aucun avantage important peuvent en revanche être écartées sur la base d'un examen sommaire (cf. ATF 139 II 499 consid. 7.3.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 7.1.2, 1C_15/2014 du 8 octobre 2014 consid. 5.1, 1C_648/2013 du 4 février 2014 consid. 4.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7192/2018 du 29 octobre 2020 consid. 8.1). L'examen de variantes doit cependant être d'autant plus détaillé que des normes contraignantes protègent expressément des intérêts menacés par le projet (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_15/2014 du 8 octobre 2014 consid. 5.1 ; arrêt A-4089/2015 précité consid. 7.1.2).
8.5
8.5.1 Au cas d'espèce, il s'agit d'examiner si l'autorité inférieure a correctement procédé à l'examen des variantes. Tout d'abord, dite autorité a, notamment suite à l'opposition du recourant, aux déterminations de l'OFEV et à celles des services compétents du canton de Vaud (cf. consid. A.b à A.g), exigé de l'intimée qu'elle élabore des projets alternatifs à celui initialement mis à l'enquête et qu'elle compare leurs avantages et inconvénients (cf. rapport technique, pièce n° 2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 9 ; cf. consid. A.h sv.). La variante initiale et la variante avec le chemin longeant la lisière de forêt (variante 2) ont finalement été abandonnées et aucune des parties ne souhaite leur réalisation. La variante approuvée par l'autorité inférieure et actuellement litigieuse traverse en partie les champs exploités par le recourant ainsi qu'une forêt protectrice, prévoit une place de dépôt de bois de 20 m de long sur 7 m de large (variante 1). Le recourant a suggéré ce tracé dans son opposition du 10 mars 2014, si une nouvelle route devait être construite (cf. consid. A.b). En outre, il n'a pas donné suite à l'invitation de l'autorité inférieure de se prononcer sur cette variante avant la mise à l'enquête complémentaire (cf. consid. A.j).
La variante souhaitée par le recourant est la sécurisation du PN « C._______ », soit par des barrières de sécurité (variante 3) telles que demandées dans son opposition du 14 novembre 2018 (cf. consid. B.c), soit par l'installation de signalisations lumineuses et acoustiques requises pour la première fois dans son recours du 23 janvier 2020 (cf. consid. D.a). Or, l'autorité inférieure et l'intimée ont examiné en détail la variante 3 consistant à sécuriser le PN « C._______ » par des barrières de sécurité (art. 37c al. 1 OCF), avant le dépôt de la demande de modification de projet (cf. consid. A.i-l). En outre, un examen plus avant de la sécurisation dudit PN par des installations de signaux lumineux sans barrière ou par une croix de Saint-André seule (art. 37c al. 3 let. bbis et c OCF) n'était pas requis, les conditions de visibilité n'étant pas suffisantes (cf. consid. 7.3.1). Partant, il ne peut pas être reproché à l'autorité inférieure de ne pas avoir procédé à l'examen de variantes, plus respectueuses de la protection de l'environnement et des intérêts du recourant que la variante initialement mise à l'enquête.
8.5.2 Certes, l'art. 37c al. 3 let. b OCF permet une dérogation par rapport à la suppression du PN ou à sa sécurisation par des barrières de sécurité lorsque le trafic routier est faible. Dans ce cas, des installations à feux clignotants ou des installations de barrières à ouverture sur demande sont admises. En l'espèce, l'autorité inférieure n'a pas examiné si des installations à feux clignotants pouvaient être admises avant de rendre la décision querellée. Cependant, le recourant, il est vrai non représenté, n'a allégué cette possibilité que dans son recours. Or, pour les motifs de sécurité évoqués par l'autorité inférieure et l'intimée - et indépendamment de la question des coûts - cette variante pouvait également être écartée sans qu'il n'y ait besoin de l'analyser de manière aussi circonstanciée que le projet lui-même. La même chose peut être dite pour l'installation de barrières à ouverture sur demande. En outre, le recourant n'a, d'une part, pas explicitement souhaité une telle installation et, d'autre part, le trafic routier est trop important pour ce type d'installation. Finalement, l'autorité inférieure relève à juste titre que les variantes prévues à l'art. 37c al. 3 OCF constituent des dérogations et que la norme est potestative. Dans ces circonstances, elle bénéficie d'un large pouvoir d'appréciation et le Tribunal ne s'écarte pas de la solution retenue par l'autorité administrative de première instance sans nécessité, lorsque celle-ci se distingue par une compétence particulière en la matière, comme c'est le cas en l'espèce, et qu'elle a tenu compte des différents paramètres à considérer.
8.5.3 Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de retenir que l'autorité inférieure a examiné de manière suffisante les variantes entrant sérieusement en compte, ce qui a d'ailleurs abouti à une modification du projet initial en cours de procédure d'approbation. En outre, elle n'avait pas besoin d'examiner plus en détail les autres variantes souhaitées par le recourant, celles-ci pouvant être écartées sur la base d'un examen sommaire, vu leurs désavantages. Partant, l'autorité inférieure n'a pas violé le principe de proportionnalité s'agissant de l'examen de variantes.
9.
Il s'agit dès lors d'examiner si l'autorité inférieure a correctement identifié, évalué et pondéré les intérêts publics et privés en présence.
9.1
9.1.1 L'autorité inférieure souligne que l'intérêt central, fondant le programme d'assainissement des PN dans toute la Suisse, est de réduire le nombre de croisements rail-route et de les concentrer en des points sécurisés. Elle précise que le nouveau chemin sera utilisable toute l'année, contrairement au PN actuel. Elle souligne que les intérêts environnementaux dans le secteur du projet sont particulièrement sensibles mais qu'ils sont déjà fortement atteints à cause de la présence d'habitations au milieu des pâturages et de la zone de protection des eaux S3, respectivement à proximité d'une zone S2, et enclavées par des zones forestières. Elle indique que le système d'évacuation des eaux est correctement projeté et que la zone potentiellement polluée est prise en compte par le projet. Elle remarque que la réalisation du nouvel accès en lisière de forêt, puis dans la forêt, permettra de limiter autant que possible ses impacts sur l'environnement et l'aménagement du territoire, en particulier quant à l'impact visuel - lequel sera faible en comparaison avec l'impact du bâti existant - quant au morcellement des parcelles et à l'utilisation rationnelle du sol. Elle ajoute que la nouvelle configuration de l'accès ne présente une longueur supplémentaire que de 90 m et, qu'à l'instar du chemin existant, celui projeté traversera un massif forestier, ce qui permettra également l'entretien de la forêt. Elle précise que le projet ne nécessite aucun défrichement, au contraire du chemin existant qui empiète sur un cordon boisé sans lui être d'aucune utilité. Elle en conclut que le projet améliore la sécurité ferroviaire, rationalise l'utilisation du sol et du tronçon en zone forestière, est proportionné et le plus adéquat par rapport aux intérêts publics touchés.
9.1.2 Pour sa part, le recourant estime que le chemin projeté viole les intérêts à la protection du milieu naturel et à la prévention du mitage du paysage. Il souligne que la nouvelle route sacrifiera son exploitation agricole biologique. Il considère que les intérêts à la protection de la nature doivent primer sur l'intérêt financier de l'intimée. Il indique qu'actuellement, le terrain n'est pas morcelé. Il spécifie que, suite aux travaux récents sur le chemin des C._______, deux nouvelles chambres en béton armé et des regards de contrôle le long du chemin ont été construits, lesquels doivent être accessibles en tout temps, ce qui compromet la suppression réelle du chemin. Il précise qu'en l'absence de drainage, la pluie ravinera ses parcelles et que le rapport de I._______ Sàrl relève d'ailleurs un risque de transformation en zone marécageuse d'un secteur (cf. pièce n° 44a du dossier de l'autorité inférieure, p. 6). Par ailleurs, il s'oppose à la surlargeur dans la forêt. Il remarque que son entretien sera à sa charge alors qu'il n'en veut pas. Il précise qu'elle sera située sur l'ancienne décharge, sans que celle-ci ne soit assainie. Il considère qu'il est disproportionné de créer une surlargeur pour une utilisation tous les 10 à 15 ans seulement.
9.1.3 L'intimée souligne que le terrain est déjà morcelé et que la modification du projet a permis de réduire l'emprise sur la surface agricole de près de moitié. Elle chiffre la perte de surface agricole à 865 m2 et l'emprise sur l'aire forestière à 325 m2. Elle explique que le projet prévoit, comme mode d'évacuation de l'eau, l'infiltration diffuse dans les bas-côté à travers une couche végétalisée du sol. Elle précise qu'un ravinement ne se fera plus une fois que la végétation aura colonisé les talus. Elle considère que le projet est suffisant s'agissant de la récolte des eaux et conforme aux normes en vigueur. Elle rappelle qu'il a été validé par les autorités compétentes et respecte leurs exigences. Elle souligne que la suppression du PN « C._______ » avec création d'un nouveau chemin à la place de sa sécurisation permet d'économiser au total 500'000 francs sur 25 ans, soit 100'000 francs lors de la construction plus 400'000 francs au niveau de l'entretien et du renouvellement (16'000 X 25 ans). Elle précise que la durée de vie des installations de sécurité est de 25 ans et d'une route de 50 ans et qu'une route est moins onéreuse sur le long terme.
9.2 La situation juridique est la suivante.
9.2.1 Les constructions doivent être équipées, soit notamment bénéficier d'une voie d'accès suffisante (cf. art. 22 al. 2 let. b et 19 al. 1 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire [LAT, RS 700]). Partant, lorsqu'un passage à niveau est supprimé, l'accès aux terrains doit être maintenu, le cas échéant par des mesures de remplacement (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-314/2016 précité consid. 7.2.3 et les réf. cit.). Le raccordement de terrains agricoles pour des machines agricoles, permettant leur exploitation appropriée, est tant dans l'intérêt privé du propriétaire que dans l'intérêt public. Un accès est par exemple nécessaire pour des prairies fauchées ou pâturées (cf. art. 16 al. 1 LAT ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_463/2013 du 14 novembre 2013 consid. 3.2 et 3.3.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-314/2016 précité consid. 7.2.3). En outre, l'art. 24 LAT prévoit que des autorisations de construire peuvent exceptionnellement être délivrées pour de nouvelles installations hors de la zone à bâtir si leur implantation est imposée par leur destination et qu'aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose.
9.2.2 L'art. 3 de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN, RS 451) prévoit que les autorités fédérales doivent, dans l'accomplissement des tâches de la Confédération, prendre soin de ménager notamment l'aspect caractéristique du paysage et des localités, les sites évocateurs du passé et les curiosités naturelles et, lorsque l'intérêt général prévaut, d'en préserver l'intégrité. En outre, la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées (cf. art. 18 al. 1, 1ère phrase, LPN). Par ailleurs, la gestion des forêts est également dans l'intérêt public (cf. art. 20 al. 1 LFo ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-314/2016 précité consid. 7.2.5). En particulier, là où la sauvegarde de la fonction protectrice l'exige, les cantons doivent garantir des soins minimums (art. 20 al. 5 LFo). S'agissant de la protection des eaux souterraines, l'art. 19 al. 1 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux, RS 814.20) prévoit que les cantons subdivisent leur territoire en secteurs de protection en fonction des risques auxquels sont exposées les eaux superficielles et les eaux souterraines. Les zones de protection des eaux souterraines se composent notamment des zones S1 (zone de captage), S2 (zone de protection rapprochée) et S3 (zone de protection éloignée ; cf. art. 121 à 124 de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux [OEaux, RS 814.201]). L'art. 15 du règlement-type d'application des zones de protection des eaux souterraines S1, S2 et S3 de la DGE du 1er novembre 2019 prévoit notamment que les chemins agricoles et les chemins forestiers (let. e) ainsi que les routes, dans la mesure où les précautions définies par les directives fédérales en la matière sont respectées (let. f), sont autorisés en zone S3 de protection éloignée (disponible sur Internet à l'adresse : www.vd.ch Environnement Eaux Eaux souterraines Secteurs et zones de protection des eaux souterraines, consulté le 18 octobre 2021).
9.2.3 Pour finir, il y a lieu de rappeler que les entreprises ferroviaires sont confrontées à une multitude de situations d'assainissement de passages à niveau, de telle sorte que les coûts pour les solutions évitant la suppression d'un passage à niveau pèsent lourd dans la pesée des intérêts (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_221/2019 précité consid. 4.1.1). Tant les sociétés de chemins de fer que le pouvoir public ont un intérêt légitime à l'adoption de mesures d'assainissement financièrement supportables. Compte tenu du grand nombre de PN d'ores et déjà assainis et ceux qui doivent encore l'être, ces sociétés ne peuvent se permettre une variante aux coûts somptuaires (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 7.3, A-4089/2015 précité consid. 7.1.1 et les réf. cit., A-314/2016 précité consid. 7.1).
9.3
9.3.1 En l'espèce, le projet litigieux porte sur la suppression du PN routier privé « C._______ » km (...) de la ligne du MOB. Il permet de garantir l'accès aux parcelles nos ..., ... (exploitation agricole du recourant), no ...(habitation de N._______) et no ... (habitation de L._______ et M._______) par l'utilisation du PN existant et sécurisé « B._______ » km (...), situé plus en amont, et d'un chemin déjà existant sur les parcelles nos ..., ... et ... et par la création d'un nouveau chemin sur les parcelles nos ..., ..., ..., ... (toutes propriété du recourant), ...(propriété de O._______) et ... (propriété de P._______). À tout le moins, l'habitation de L._______ et M._______ est utilisée toute l'année, ce qui est admis par le recourant (cf. consid. 7.1.2). Le PN actuel est utilisé journellement (cf. consid. E.d et 7.3.2), ce qui sera garanti à l'avenir également. L'accès à l'exploitation agricole du recourant, soit des prairies fauchées et pâturées, est lui aussi maintenu par le projet.
9.3.2 Un assainissement du PN actuel, en lieu et place de sa suppression, ne permet pas de garantir une sécurité optimale pour ses utilisateurs, en raison notamment de conditions de visibilité insuffisantes (cf. consid. 7.3.1 et 8.5.1). Or, il a été vu que l'intérêt à l'exploitation de passages à niveau sûrs pèse particulièrement lourd dans la balance (cf. consid. 7.2.4). En outre, la suppression pure et simple du PN ne permettrait pas de garantir l'accès aux deux habitations susmentionnées et à l'exploitation agricole du recourant. Partant, il est inévitable de recourir à des terrains situés hors zone à bâtir pour maintenir l'accès auxdites parcelles. Le projet peut dès lors être considéré comme imposé par sa destination au sens de l'art. 24 let. a LAT, étant donné qu'un emplacement en zone à bâtir n'est pas possible en l'espèce. Il y a lieu de remarquer que la décision attaquée est assortie d'une charge, imposant à l'intimée de soumettre à l'autorité inférieure une modification de projet dans les six mois suivant l'entrée en force de la décision querellée, visant à supprimer autant que possible l'accès existant (cf. dispositif de la décision attaquée, p. 46, charge 2.19). Certes, vu les deux nouvelles chambres en béton et les regards de contrôle construits sur le chemin des C._______ (cf. dossier photos, annexé aux observations du recourant du 7 octobre 2021), il est possible que sa suppression ne puisse pas se faire dans la même mesure qu'avant leur construction. Il ne reste que l'intimée devra respecter ladite charge. La réalisation de cette charge permettra de réduire d'autant l'impact du projet sur la zone agricole, l'accès actuel étant lui aussi situé hors zone à bâtir.
9.3.3 S'agissant des intérêts qui s'opposent à une construction hors zone à bâtir, il y a lieu de rappeler que le nouveau chemin a environ une longueur de 340 m, une largeur de 3 m avec deux accotements de 0.35 m, et une surface de 1'190 m2, dont 325 m2 en forêt (cf. rapport technique, pièce n° 2, p. 1 ; plan de situation, pièce n° 5.2 ; rapport sur les droits réels, pièce n° 6.1, p. 1 sv., du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017). Contrairement à ce qu'allègue l'autorité inférieure, ce n'est pas parce que les intérêts environnementaux dans le secteur sont déjà fortement atteints qu'il est justifié de les atteindre davantage. Au contraire, il convient de peser tous les intérêts pertinents en l'espèce. Le projet ne touche aucun inventaire fédéral des paysages ou des biotopes. Cependant, il est situé dans un corridor à faune d'importance régionale et dans le Parc naturel régional (...). En outre, il porte atteinte à plusieurs parcelles de pâturages, même si celles-ci ne constituent pas des surfaces d'assolement, et a un effet marqué de morcellement du paysage (cf. prise de position de l'OFEV du 31 janvier 2019, pièce n° 38 du dossier de l'autorité inférieure, p. 2 ; prise de position de l'ARE du 6 octobre 2021, p. 2). Malgré cela, ni l'OFEV, ni les Services cantonaux compétents concernés ne s'opposent au projet, pour autant que celui-ci soit assorti de certaines charges, acceptées par l'intimée (cf. prises de position du canton de Vaud des 3 décembre 2018 et 29 avril 2019, pièces nos34 et 45 ; prise de position de l'intimée du 4 mars 2019, pièce n° 40, p. 3 à 9 ; prise de position de l'OFEV du 18 mars 2019, pièces n° 43, p. 2, du dossier de l'autorité inférieure). En particulier, l'OFEV, autorité de la Confédération notamment responsable de la préservation de l'environnement, considère que la décision attaquée respecte le droit fédéral de l'environnement, que la pesée des intérêts effectuée tient compte des exigences sécuritaires et respecte l'art. 3 LPN (cf. consid. D.g). L'Inspection cantonale des forêts du canton de Vaud estime même que le projet représente une belle opportunité d'améliorer les conditions d'entretien d'une forêt protectrice (cf. consid. A.l). Par ailleurs, les chemins agricoles et forestiers ainsi qu'à certaines conditions, les routes, sont autorisés en zone S3 de protection éloignée des eaux souterraines. En outre, ni l'OFEV, ni la DGE n'ont émis d'exigences spécifiques au sujet du drainage, ni concernant le site pollué (cf. consid. 6.3.2.2). Or, ces autorités, disposant de connaissances spécifiques, sont mieux à même que le Tribunal pour apprécier les conséquences du projet par rapport à la protection de l'environnement.
9.3.4
9.3.4.1 Concernant la comparaison des coûts entre la sécurisation du PN « C._______ » et la construction d'un chemin d'accès, il y a lieu de remarquer que le projet litigieux n'est pas le plus avantageux. En effet, l'installation de signaux à feux clignotants serait vraisemblablement moins cher que la construction d'une route, devisée à 300'000 francs (cf. rapport technique, pièce n° 2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 4). Certes, selon l'intimée, la construction d'une installation de signaux à feux clignotants coûterait 400'000 francs (cf. consid. 8.3.2). Toutefois, cette estimation paraît particulièrement élevée par rapport à ce qui a été retenu par le Tribunal de céans dans d'autres affaires où les coûts d'une telle installation étaient estimés de 150'000 à 200'000 francs (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1182/2017 précité consid. 8.5.2 [Blinklichtsignalanlage ; arrêt confirmé par le Tribunal fédéral 1C_221/2019 précité consid. 2.2], A-314/2016 précité consid. 7.4.3 [Blinklichtsignalanlage], A-699/2011 précité consid. 9.2.1.1 [Blinklichtsignalanlage], A-1353/2014 précité consid. 8.1 [akustischen Wechselblinkanlage], A-3341/2013 du 17 mars 2014 consid. 7.4.3 [Wechselblinkanlage]). Cependant, la sécurisation du PN « C._______ » par des signaux à feux clignotants ne serait pas optimale du point de vue de la sécurité (cf. consid. 8.5.2), alors que l'intérêt public lié à une exploitation ferroviaire sûre pèse lourdement dans la balance.
9.3.4.2 Selon l'autorité inférieure, le risque pour la sécurité serait également plus important avec le maintien du PN litigieux et sa sécurisation par des barrières de sécurité que sa suppression et l'utilisation du PN « B._______ ». Or, l'autorité inférieure bénéficie de connaissances spéciales en matière de sécurité ferroviaire et également locales, vu qu'elle s'est rendue sur place avant de rendre sa décision. À cela s'ajoute que la construction, l'entretien et le renouvellement pour des barrières de sécurité coûtent plus chers sur le long terme que pour une route, vu notamment leur durée de vie plus courte, même si l'indemnité à verser au recourant devait être finalement plus élevée que celle budgétisée par l'intimée (cf. consid. 6.3.2.3). Le fait que le projet approuvé coûte sur le long terme moins cher que des barrières de sécurité constitue un argument supplémentaire en sa faveur, dans la mesure où il existe un intérêt légitime à l'adoption de mesures d'assainissement financièrement supportables, pour autant qu'elles soient aptes à garantir la sécurité de l'exploitation ferroviaire.
9.3.5 Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de retenir que l'autorité inférieure a correctement identifié, évalué et pondéré les différents intérêts en présence en retenant que le projet approuvé était le mieux à même de garantir un trafic ferroviaire sûr et la sécurité des usagers du passage à niveau, tout en réduisant l'impact sur la zone agricole par rapport au projet initialement mis à l'enquête et en permettant l'entretien d'une forêt protectrice. Il faut néanmoins souligner l'importance du respect des charges figurant dans la décision attaquée, en particulier de la charge 2.19 susmentionnée, visant à protéger le mieux possible notamment les eaux, les sols, la nature, le paysage et la forêt.
10.
Il s'agit à présent d'examiner si la décision attaquée, retenant la variante préconisée par l'intimée et rejetant celle souhaitée par le recourant, est proportionnelle.
10.1
10.1.1 S'agissant de l'exploitation par le recourant des pâturages, l'autorité inférieure remarque tout d'abord que le projet aura principalement pour effet de séparer en deux la parcelle n° ... du recourant. Elle note que la prairie est toutefois déjà entamée par des habitations, situées sur les parcelles nos ..., ... et ..., et traversée par plusieurs cheminements. Elle estime qu'actuellement déjà, les pâturages en aval de la voie ferroviaire sont difficilement accessibles, également à cause de la déclivité et de la forêt. Elle explique que le nouvel accès a été déplacé autant que possible dans une partie non exploitée des parcelles traversées, afin de limiter les atteintes aux intérêts du recourant. Elle remarque que l'ampleur des aménagements prévus est limitée et qu'aucun ouvrage de soutènement n'est nécessaire. Elle ajoute que l'accès sera déneigeable, que ce point n'était pas litigieux lors de l'opposition et que le canton de Vaud, compétent pour évaluer ce volet, n'a fait aucune remarque à ce sujet lors de la consultation. Elle estime que le rapport de I._______ Sàrl contient uniquement une demande d'indemniser les atteintes économiques. Elle précise qu'en zone de moyenne montagne et en tenant compte de la configuration des zones à desservir en aval de la voie, il serait disproportionné de construire deux PN sécurisés à 500 m de distance.
10.1.2 Le recourant critique l'emprise prévue sur les parcelles agricoles et l'impact négatif pour son exploitation. Il souligne que le nouveau chemin coupe ses parcelles en deux, diminue leur exploitabilité et engendre du travail supplémentaire. Il conteste les avancements forestiers. Le rapport de I._______ Sàrl, p. 5, précise que le nouveau chemin d'accès aura pour conséquence la perte d'environ 2'000 m2 de terres agricoles sur les parcelles nos ..., ... et ..., correspondant à l'emprise du chemin et de ses accotements ainsi qu'aux surfaces prises entre la forêt et le chemin qui n'auront plus d'intérêt agricole de par leur taille et leur difficulté d'accès. Il précise que cette réduction de surface, correspondant à 2% des prairies permanentes de fauche, ne va pas mettre en péril le bilan de fumure de l'exploitation (cf. pièce n° 44a du dossier de l'autorité inférieure).
En outre, le recourant explique que le projet comporte des risques pour lui lors de l'utilisation de machines à cause des talus, lesquels ne sont pas en pente douce. Il précise qu'il y a deux types de talus, les petits à faucher et source de risque et travail supplémentaires, et ceux inexploitables dans la zone de retournement, enlevant de la surface à disposition pour changer de direction avec les machines de fauche et présentant un risque de basculement. Il ajoute que le projet comporte aussi des risques pour les personnes, pesant sur ses épaules, à cause du trajet rallongé à parcourir avec les vaches-mères et leurs veaux en partie dans le village. Il précise qu'il devra également installer, puis enlever, cinq fois par an des barrières temporaires sur 500 m pour éviter que son troupeau ne se disperse. S'agissant de l'incidence économique, le rapport de I._______ Sàrl, p. 5 à 7, indique que le projet porte atteinte aux meilleures terres de l'exploitation et que la perte de fourrage est estimée à 1'500 kg de foin. Il chiffre les coûts supplémentaires annuels pour le recourant à 510 francs pour l'achat de fourrage, à 466 francs pour la réduction des paiements directs et à 3'250 francs pour le travail supplémentaire. Au total, il estime la perte annuelle à 4'226 francs et, capitalisée sur 25 ans, à 105'650 francs, avec possibilité de renouvellement, les frais d'entretien et de déneigement devant être évalués en sus en tant que charges d'exploitation.
Finalement, le recourant critique le report sur les propriétaires des responsabilités liées aux nouvelles servitudes pour l'entretien du chemin, le déneigement, son coût et ses conséquences sur son travail et son exploitation, notamment le dépierrage au printemps. Il précise que le chemin projeté se situe à l'ombre, ce qui pose des problèmes en cas de neige, alors que celui actuel est ensoleillé. Il conteste que son déneigement sera plus facile que pour le chemin actuel. Il souligne que la formation de verglas est certaine sur le chemin projeté et que le risque d'accident sera important, vu les pentes. Il relève que ces questions de responsabilité ainsi que la répartition des frais ne sont pas résolues.
10.1.3 L'intimée estime que la suppression du PN est proportionnelle. Elle explique que, même si le recourant était suivi dans son raisonnement, l'emprise totale serait de 1920 m2, et qu'il ressort du rapport de I._______ Sàrl qu'une perte d'exploitation de 2'000 m2 ne mettrait pas en péril l'entreprise agricole du recourant. En outre, elle conteste que le trajet qu'aura à parcourir le recourant avec son bétail est plus dangereux que celui actuel avec près d'un kilomètre sur une route cantonale (80 km/h). Elle indique que le trajet supplémentaire se fera à l'intérieur du village (50 km/h), sur un chemin peu fréquenté, et que le franchissement de la voie ferrée sera plus sûr. Elle admet que le temps de déplacement du troupeau du recourant sera allongé. Par ailleurs, elle précise qu'une partie des talus et de la bande près de la forêt est déjà inexploitable en raison des avancements forestiers. Elle conteste que la présence d'un talus en pente douce rendra le travail du recourant plus dangereux. Elle note que cet argument contredit celui selon lequel les talus seront inexploitables. Elle admet que la présence de la clôture générera du travail supplémentaire pour l'entretien du pré (cf. rapport de K._______ Sàrl, p. 6, pièce n° 5 de la réponse de l'intimée du 2 avril 2020). Elle confirme que la structure du chemin en grave-ciment stabilisée permet un déneigement. Elle estime que celui-ci sera moins exigeant que pour le chemin actuel, ce qui constitue une économie pour les propriétaires concernés. L'intimée considère que les questions de perte de surface, du parcours des vaches, des pentes des talus et du travail supplémentaire du recourant concernent l'indemnisation du dommage et ne doivent pas être tranchées dans la présente procédure.
10.2
10.2.1 Le principe de la proportionnalité, consacré aux art. 5 al. 2 et 36 al. 3 Cst., exige qu'une mesure soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité). En outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts ; cf. ATF 136 IV 97 consid. 5.2.2, 135 I 176 consid. 8.1, 133 I 110 consid. 7.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6382/2017 du 28 décembre 2018 consid. 5.3, A-4089/2015 précité consid. 7.3.1). Le principe de la proportionnalité doit être respecté dans l'ensemble des activités de l'Etat, spécialement lorsque l'activité en cause consiste en une restriction à un droit constitutionnel au sens de l'art. 36 Cst. (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6434/2018 du 21 décembre 2018 consid. 5.1).
10.2.2 Lors de l'examen d'un détour occasionné par la suppression d'un passage à niveau, il y a lieu de tenir compte du fait qu'un détour est beaucoup moins supportable pour des personnes utilisant un passage à niveau de manière journalière pour atteindre leur habitation, travail ou école que pour des personnes l'utilisant que de manière occasionnelle (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 9.3, A-1353/2014 précité consid. 7.2.2). La jurisprudence ne prévoit pas d'échelle absolue pour juger de ce qui reste acceptable. Un détour de 400 m sur un terrain vallonné a été jugé acceptable pour des riverains utilisant une connexion de manière journalière (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4435/2012 du 26 mars 2013 consid. 5.7). Un détour de 900 m avec une montée marginale a été jugé encore tolérable pour une utilisation occasionnelle (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5941/2011 du 21 juin 2012 consid. 6.5.2). Des détours d'environ 280 m à 450 m, soit entre 3 ½ - 5 ½ minutes à pied, selon les points de départ et les destinations, avec une montée résultant du passage sous voie, pour des passages à niveau utilisés quotidiennement et de manière importante ont été jugés encore tolérables pour les piétons et les cyclistes, bien que nettement perceptibles (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-312/2019 précité consid. 9.3 et 9.6).
10.3
10.3.1 En l'espèce, la suppression du PN « C._______ » et l'utilisation du PN « B._______ » est apte à assurer une sécurité optimale de l'exploitation ferroviaire, en cela que les conditions de visibilité à ce PN déjà sécurisé par des barrières de sécurité et des feux clignotants sont bien meilleures qu'au PN litigieux. En effet, au PN « B._______ », il n'y a ni muret ni talus, ni arbres qui entravent la visibilité, contrairement au PN « C._______ » (cf. rapport technique, pièce n° 2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017, p. 7-8 ; réponse du 2 avril 2020, pièce n° 3 du bordereau de pièces). En outre, le tracé du nouveau chemin d'accès a été modifié de manière à être le moins incisif possible pour l'exploitation agricole du recourant. En effet, au lieu de couper en deux les champs que celui-ci exploite, comme le prévoyait la variante initiale, il a été déplacé vers le bas de ceux-ci et est situé en partie dans la forêt (cf. plan de situation, pièce n° 5.2 du dossier d'approbation des plans du 21 août 2017 ; plan de situation 1-1000, pièce n° 5.2 du dossier d'approbation des plans du 29 novembre 2013 ; cf. consid. 8.5.1).
10.3.2 Il reste à examiner si le projet, tel qu'approuvé, respecte également le principe de la proportionnalité au sens étroit, soit si les désavantages qu'il engendre pour le recourant sont raisonnablement exigibles de celui-ci. En effet, contrairement à ce que l'intimée allègue, les incidences de son projet sur les intérêts privés du recourant doivent également être prises en compte dans la présente procédure, lors de l'examen de la proportionnalité, et non pas seulement lors de la fixation de l'indemnité. Tout d'abord, il y a lieu de remarquer que seul le recourant critique le détour qu'occasionnera la suppression du PN, à l'exclusion des trois autres personnes concernées - dont deux au moins utilisent le PN « C._______ » quotidiennement. Certes, le recourant est impacté de manière importante puisqu'il devra effectuer ce détour avec son troupeau constitué d'une vingtaine de vaches allaitantes, de leurs veaux et de quelques génisses, soit un effectif total entre 24 et 26 d'unité de gros bétail (cf. rapport de I._______ Sàrl, p. 3, pièce n° 44a du dossier de l'autorité inférieure). La longueur du trajet supplémentaire qu'il devra accomplir avec ses vaches pour transiter de (...) à (...) n'est pas négligeable puisqu'elle est de plus d'un kilomètre (cf. rapport de I._______ Sàrl, p. 3, pièce n° 44a du dossier de l'autorité inférieure) mais de deux kilomètres au maximum (cf. réplique du recourant du 13 mai 2020, p. 3). Ce détour comporte également un certain risque supplémentaire, étant donné que le troupeau devra désormais transiter par le village, alors que celui-ci pouvait être évité jusqu'à présent (cf. duplique de l'intimée du 16 juin 2020, pièce n° 9 ; triplique du recourant du 15 novembre 2020, annexe n° 1). Cependant, l'intimée indique l'existence d'un chemin alternatif, à travers le village des (...), moins fréquenté (cf. quadruplique de l'intimée du 22 décembre 2002, p. 2 sv., et pièce n° 10 de son bordereau), ce qui n'est pas contesté par le recourant (cf. observations finales du 23 février 2021, p. 2). Ce chemin alternatif réduit le risque d'accidents entre le bétail et des personnes. Ce risque supplémentaire d'accident et la longueur du détour sont également relativisés par le fait que le recourant n'empruntera ce chemin avec son troupeau que cinq fois par an, soit de manière occasionnelle et non quotidiennement.
10.3.3 Outre le rallongement du parcours que le recourant devra effectuer avec son troupeau, la suppression du PN et la création du nouveau chemin engendrera également un travail supplémentaire pour le recourant, en particulier la mise en place et l'enlèvement de barrières cinq fois par an, des difficultés supplémentaires dans la manoeuvre des machines agricoles et le dépierrage des champs au printemps. Il engendrera également une perte de surface utile à l'agriculture et donc une perte de fourrage pour le troupeau du recourant. L'intimée, si elle conteste que son projet créera un danger supplémentaire, ne conteste pas le travail supplémentaire ni la perte de surface d'exploitation pour le recourant. Ces inconvénients sont importants pour le recourant et engendrent un travail supplémentaire d'environ une semaine par an. Cependant, le rapport de I._______ Sàrl, produit par ce dernier, confirme que le nouveau chemin ne mettra pas en péril l'existence de son entreprise agricole (cf. pièce n° 44a du dossier de l'autorité inférieure, p. 6 sv.). Or, l'absence de mise en danger de la viabilité de l'entreprise agricole du recourant est primordiale pour juger si le sacrifice exigé du recourant reste raisonnable. En effet, le maintien de son entreprise constitue non seulement un intérêt privé mais également un intérêt public important, dans la mesure où elle contribue à garantir l'approvisionnement du pays (cf. art. 1 al. 2 let. d et art. 16 al. 1 LAT).
10.3.4 Les désavantages qu'aura à supporter le recourant par la réalisation du projet sont en partie contrebalancés par le fait que la traversée des voies de chemin de fer sera plus sûre tant pour les riverains utilisant quotidiennement le PN litigieux que pour le recourant et son troupeau grâce à une meilleure visibilité au PN « B._______ ». En outre, il convient de rappeler que le recourant a le droit à une indemnité pleine et entière pour l'expropriation, laquelle sera fixée, à défaut d'entente, par la CFE (cf. art. 16, 19 et 64 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711]). Par ailleurs, comme le chemin actuel, le nouveau chemin est privé. La répartition de son entretien et des frais y relatifs entre les différents propriétaires est réglée par le droit civil, en particulier par l'art. 741 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), tout comme pour le chemin existant. Elle ne fait donc pas l'objet de la présente procédure. Cela étant, L._______ et M._______ ont indiqué que le déneigement était indispensable pour accéder à leur immeuble en voiture et se faisait actuellement par leurs soins ou par ceux de leur voisin P._______. Partant, le rapport entre le but visé, soit l'assainissement du PN « C._______ » afin de garantir une sécurité optimale de l'exploitation ferroviaire, et les intérêts privés et publics compromis par le projet reste raisonnable.
10.3.5 Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de retenir que la décision attaquée, retenant la variante préconisée par l'intimée et rejetant celle souhaitée par le recourant, est proportionnelle.
11.
Finalement, il convient d'examiner si l'autorité inférieure a commis une inégalité de traitement.
11.1
11.1.1 Le recourant invoque une inégalité de traitement, étant donné qu'un autre propriétaire gagne un accès direct et en toute saison à son habitation alors qu'il accuse une perte de possibilité d'exploitation. Il ne comprend pas pour quels motifs des barrières de sécurité sont jugées adéquates pour le PN « B._______ » mais non pour le PN « C._______ », alors que le premier PN ne dessert lui aussi que deux habitations ainsi que le passage occasionnel de bétail, qu'il y a également de la pente et éventuellement du verglas en hiver, et que la visibilité en descente à gauche n'est pas bonne. En outre, il remarque, photos et plans à l'appui, qu'il existe trois autres PN le long de la même voie ferrée, plus dangereux en raison du manque de visibilité et de la pente et plus fréquentés, qui sont eux équipés par des feux et des croix de Saint-André. Il souligne que cette solution coûte moins cher que des barrières de sécurité et constitue une alternative à la construction d'un chemin.
11.1.2 S'agissant des trois autres PN qui ont été sécurisés par des croix de Saint-André et des feux, l'intimée fait valoir que les situations ne sont pas identiques. Elle précise que ces trois PN sont équipés d'une sécurisation active, contrairement au PN litigieux qui n'est équipé que d'une sécurisation passive. Elle indique que pour les PN MOB km (...) « F._______ » et km (...) « G._______ », la sécurisation actuelle est conforme et que pour le PN km (...) « H._______ », la sécurisation actuelle est insatisfaisante et va être modifiée.
11.2 Une décision viole le droit à l'égalité de traitement, ancré à l'art. 8 al. 1 Cst., lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent sur le vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.4, 136 I 297 consid. 6.1, 134 I 23 consid. 9.1 et réf. cit. ; ATAF 2011/19 consid. 49.2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral A-2786/2018 précité consid. 7.3.1). En particulier, la suppression ou la sécurisation d'un passage à niveau et, le cas échéant, le choix des mesures de sécurité dépendent des circonstances concrètes du cas d'espèce et de la pesée des intérêts à effectuer et doit être justifié par des motifs objectifs (cf. art. 37b et 37c OCF).
11.3
11.3.1 Au préalable, il y a lieu de remarquer que la recevabilité du grief de l'inégalité de traitement est douteuse, dans la mesure où le recourant ne l'avait pas formulé ni dans ses oppositions, ni dans son recours (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_466/2009 du 1er juin 2010 consid. 3.2). Cette question peut toutefois demeurer indécise, dès lors que le grief doit être rejeté.
11.3.2 Tout d'abord, la décision attaquée ne traite pas différemment le recourant des autres utilisateurs du PN « C._______ », vu que tous sont concernés par le projet litigieux de la même manière. En effet, la décision n'établit pas entre eux des distinctions juridiques, en ce sens que le PN « C._______ » serait maintenu pour certains et supprimé pour d'autres. Il est vrai que le projet n'a pas les mêmes conséquences pour tous ses utilisateurs, vu que certains s'en servent pour accéder à leur habitation en voiture, alors que le recourant l'emploie pour son exploitation agricole, entre autres, avec son troupeau. Cependant, ces emplois différents du PN ne permettent pas de faire des distinctions entre ses utilisateurs. En effet, le PN « C._______ » doit être assaini et la variante approuvée par l'autorité inférieure tient compte au mieux des différents intérêts en présence et est proportionnelle. Par ailleurs, contrairement à ce qu'allègue le recourant, L._______ et M._______ ne gagneront pas un accès direct à leur habitation en hiver puisqu'ils bénéficient déjà d'un tel accès.
11.3.3 En outre, la sécurisation du PN « B._______ » a été jugée plus adéquate en raison des meilleures conditions de visibilité qu'au PN « C._______ ». Il s'agit également de maintenir un accès aux habitations et à l'exploitation agricole qui se situent à l'aval de la voie de chemin de fer et de diminuer le nombre de croisements rail-route, afin d'améliorer la sécurité ferroviaire. Partant, le traitement différent de ces deux PN, suppression pour l'un et sécurisation pour l'autre, se justifie par des motifs objectifs.
11.3.4 Finalement, la situation n'est pas la même au PN « C._______ », qui sert d'accès à des habitations et à une exploitation agricole qu'au PN « F._______ », lequel n'est pas un accès à des habitations. Elle est également différente au PN « G._______ », pour lequel il n'existe aucune alternative sûre pour desservir des habitations de sorte que sa suppression n'est pas envisageable en l'état. En l'espèce, il existe une alternative sûre et acceptable par l'utilisation du PN « B._______ » déjà sécurisé par des feux et barrières, situé à 505 m plus à l'amont. Partant, les distinctions effectuées entre le PN « C._______ » et les PN « F._______ » et « G._______ » sont fonction des circonstances locales et de la pesée des intérêts effectuée concrètement. S'agissant du PN « H._______ », l'intimée concède que la sécurité actuelle est insatisfaisante et explique que le dossier d'approbation des plans en vue de son assainissement est en cours d'élaboration.
11.3.5 Sur le vu de ce qui précède, il convient de retenir que l'autorité inférieure n'a pas commis d'inégalité de traitement si ce grief devait être recevable.
12.
Pour résumer, le Tribunal retient que l'autorité inférieure était compétente pour approuver la place à bois dans le cadre de la procédure d'approbation des plans (cf. consid. 5.3) et qu'elle a constaté de manière exacte et complète les faits pertinents (cf. consid. 6.3.3). En outre, elle a retenu à juste titre que le PN « C._______ » devait être assaini (cf. consid. 7.3.3), a correctement procédé à l'examen des variantes (cf. consid. 8.5.3) et à la pondération des intérêts en présence (cf. consid. 9.3.5). Finalement, sa décision est proportionnelle (cf. consid. 10.3.5) et respecte le droit à l'égalité de traitement (cf. consid. 11.3.5).
Mal fondé, le recours sera dès lors rejeté dans la limite de sa recevabilité.
13.
Demeure à trancher la question des frais et dépens.
13.1 La présente procédure de recours s'inscrit dans le cadre d'une procédure combinée d'approbation des plans concernant, entre autres, l'expropriation formelle de servitudes sur des parcelles propriété du recourant. Dans ces procédures combinées, les frais de procédure et les dépens sont régis par la LEx (cf. ATF 111 Ib 32 consid. 3 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_141/2020 du 13 novembre 2020 consid. 4.5, 1C_582/2013 de 25 september 2014 consid. 5 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1900/2019 précité consid. 10.2, A-6382/2017 précité consid. 9.1).
13.2 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés (art. 116 al. 1 LEx). Dans les procédures d'expropriation, les frais de procédure ne doivent en général pas être trop élevés (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1E.9/2006 du 20 septembre 2006 consid. 3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 11.2, A-853/2018 du 18 mai 2020 consid. 5.2.1, A-5101/2011 du 5 mars 2012 consid. 8.1). Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais et dépens à la charge de la partie qui succombe ne s'applique donc pas en matière d'expropriation. Les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. C'est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (art. 8 ss FITAF ; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-859/2018 précité consid. 11.2, A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 8.1.2).
13.3 Sur ce vu, et en dépit du rejet intégral du recours dans la mesure de sa recevabilité, l'intimée doit supporter les frais causés par la présente procédure de recours, fixés in casu à 2'000 francs, et n'a pas droit à des dépens. L'avance de frais de 2'000 francs versée par le recourant sera restituée à celui-ci après l'entrée en force du présent arrêt. Le recourant n'est pas représenté et n'a pas conclu à l'octroi de dépens. Partant, aucun dépens ne lui sera alloué.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais de procédure de 2'000 francs sont mis à la charge de l'intimée.
Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
3. L'avance de frais versée de 2'000 francs sera restituée au recourant après l'entrée en force du présent arrêt.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (acte judiciaire)
- à l'intimée (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; recommandé)
- au Secrétariat général du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC ; acte judiciaire)
- à la DGMR
- à la Commune de (...)
- à l'OFEV
- à l'ARE
- à l'OFROU
- à Monsieur P._______
- à Monsieur L._______ et Madame M._______, par leur représentant
- à Madame N._______
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Johanna Hirsch-Sadik
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :