bvger · A-1524/2006 · 2008-01-28 · fr
A-1524/2006

Taxe sur la valeur ajoutée

Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1524/2006
Arrêt du 28 janvier 2008
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Salome Zimmermann, André Moser, juges
Marie-Chantal May Canellas, greffière
Parties
X._______, ***,
représentée par Me Xavier Oberson, Etude Oberson & Associés, ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (OTVA); déduction de l'impôt préalable;
art. 29 OTVA; refacturation; destinataire de la prestation (période du 1er janvier 1995 au 30 septembre 1999).
Faits :
A. X._______ (ci-après : l'assujettie) est une société anonyme ayant pour but l'acquisition, la construction, l'exploitation et la gérance d'hôtels, notamment à *** sous l'enseigne « *** », la location, la vente et la cession de droits hôteliers, ainsi que l'acquisition, la vente, l'exploitation et la gestion de restaurants, brasseries, cafés et tea-rooms. Elle est inscrite au registre des contribuables TVA depuis le 1er janvier 1995.
B. Selon une convention du 23 mars 1994 entre le canton de Y._______, X._______ et la Confédération suisse, il a été convenu que la Confédération réaliserait, en qualité de maître de l'ouvrage, un parking en sous-sol d'une parcelle grevée d'un droit de superficie en faveur de la Confédération et du canton de Y._______. Le canton de Y._______ et X._______ ont en outre convenu que les charges de construction et d'exploitation du parking seraient réparties par moitié entre la Confédération et X._______ que cette dernière s'en acquitterait auprès du canton et qu'elle bénéficierait d'un droit d'usage gratuit portant sur la moitié du parking.
Un contrat d'entreprise générale a été passé par un consortium formé de la Confédération et du canton de Y._______ avec une entreprise de construction, le 30 novembre 1994. Les travaux de construction ont été facturés à la Confédération (i.e. l'Administration fédérale des finances), qui en a payé la moitié et s'est adressée pour le solde au canton de Y._______ (plus précisément, pour les demandes d'acomptes au Département des travaux publics et de l'énergie et pour la facture finale au Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement). Le Département des travaux publics et de l'énergie du canton de Y._______ a refacturé à l'assujettie la part mise à la charge du canton, avec la TVA.
C. A la suite d'un contrôle fiscal auprès de l'assujettie, l'AFC a repris un montant d'impôt de Fr. *** plus intérêt moratoire dès le 28 février 1998, pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 30 septembre 1999 (cf. décompte complémentaire n° *** du 20 janvier 2000). L'essentiel de la reprise (soit Fr. ***) résulte de l'annulation de la mise en compte de l'impôt préalable grevant les frais de construction du parking facturés à l'assujettie par le canton de Y._______; l'AFC a en effet estimé que celle-ci n'avait pas commandé les travaux de construction et qu'elle n'en était donc pas la destinataire, peu importe qu'elle en ait supporté la moitié des coûts. Par courrier du 22 février 2000, l'assujettie a contesté sur ce point le décompte complémentaire et en a acquitté le surplus (soit Fr. ***).
Suite à une communication de l'AFC du 20 janvier 2000, l'assujettie a adressé à l'Office fédéral des constructions et de la logistique un formulaire 1310 intitulé « Attestation du fournisseur de la prestation au bénéficiaire de la prestation afin de faire valoir la déduction ultérieure de l'impôt préalable, malgré une facturation formellement insuffisante ». L'office en question et le canton de Y._______ ont tous deux refusé de compléter et de signer le dit formulaire.
Le 13 février 2001, l'AFC a dénié à l'assujettie le droit de déduire l'impôt préalable sur les factures émanant du canton de Y._______. Le 22 février 2001, l'assujettie a demandé à l'AFC de reconsidérer sa position.
D. Par décision du 27 février 2002, l'AFC a confirmé le bien-fondé de cette reprise fiscale et le montant de Fr. *** de taxe sur la valeur ajoutée, plus intérêt moratoire dès le 28 février 1998. Le 15 avril 2002, l'assujettie a formé réclamation contre ce prononcé.
Par décision sur réclamation du 14 novembre 2005, l'AFC a confirmé son argumentation, basée sur le fait que l'assujettie n'était pas la destinataire des travaux réalisés, seul le maître de l'ouvrage ayant cette qualité. Au surplus, les conditions de la représentation directe n'étaient pas réalisées, la Confédération n'ayant pas conclu le contrat d'entreprise en agissant expressément au nom et pour le compte de l'assujettie. L'AFC a donc rejeté la réclamation.
E. Le 14 décembre 2005, X._______ a déféré ce prononcé à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après : la CRC). Elle conclut à l'annulation de la reprise fiscale querellée, subsidiairement à être libérée de l'obligation d'acquitter un intérêt moratoire en raison de la longueur de la procédure. Dans sa réponse du 18 janvier 2006, l'AFC conclut au rejet du recours.
Dès le 1er janvier 2007, la procédure a été reprise par le Tribunal administratif fédéral. Le 25 juin 2007, le juge instructeur du Tribunal administratif fédéral a demandé aux parties de s'exprimer sur l'application à la présente cause des art. 15a et 45a OLTVA, en relation avec la nouvelle pratique de l'AFC du 30 juin 2006. Le 4 juillet 2007, l'AFC a nié la pertinence de ces dispositions et confirmé ses conclusions. Pour sa part, la recourante s'est prononcée le 13 août 2007 en faveur de l'application de ces mêmes dispositions, qui rendent selon elle superflu le recours au formulaire 1310, respectivement 1550.
Droit :
1.
1.1
1.1.1 Aux termes de l'art. 65 LTVA (RO 2000 1300), en relation avec l'art. 71a al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (RO 1992 288), tous deux en vigueur jusqu'au 1er janvier 2007, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC pouvaient faire l'objet d'un recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions, dans les trente jours suivant leur notification. Ces dispositions ont été abrogées par le ch. 52, respectivement par le ch. 10 de l'annexe à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), avec effet au 1er janvier 2007. Aux termes de l'art. 33 let. d LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît désormais des recours contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Selon l'art. 53 al. 2 LTAF, les recours pendants devant les commissions fédérales de recours à l'entrée en vigueur de cette loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ces recours sont par ailleurs jugés sur la base du nouveau droit de procédure (art. 53 al. 2 in fine LTAF), c'est-à-dire par celle prévue par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.1.2 En l'occurrence, le recours interjeté contre la décision sur réclamation du 14 novembre 2005 auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions en date du 14 décembre 2005, l'a été dans le délai légal de trente jours prescrit par l'art. 50 al. 1 PA. En vertu des nouvelles règles de compétence, il a été transmis d'office au Tribunal administratif fédéral à compter du 1er janvier 2007. A l'issue d'un examen préliminaire, il s'avère que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ou de fond, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
1.2 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de l'ancienne constitution fédérale de 1874 (aCst.), respectivement à l'art. 196 ch. 14 al. 1 de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999, dans sa version antérieure au 1er janvier 2007 (Cst, RO 99 2556), le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté le 22 juin 1994 l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258). Le 2 septembre 1999, le Parlement a accepté la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette dernière étant entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), il en résulte que l'OTVA a été abrogée à partir de cette même date. Selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables, sous réserve de l'art. 94 LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. Aux termes de l'art. 94 al. 1 LTVA, le nouveau droit s'applique aux opérations effectuées dès son entrée en vigueur. Le présent litige concernant exclusivement les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 30 septembre 1999, l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée lui est donc seule applicable.
1.3 L'objet du litige porte sur la question de savoir si la recourante est en droit de déduire l'impôt préalable résultant des factures afférentes à la construction du parking que lui a adressées le canton de Y._______, via l'un de ses départements. Ce droit est subordonné à la réalisation de certaines conditions matérielles (consid. 2) et formelles (consid. 3), dont il conviendra d'examiner si elles sont réalisées dans le cas présent (consid. 4.1 et 4.2).
2.
2.1 L'art. 29 al. 1 OTVA dispose que l'assujetti qui utilise des biens ou des prestations de services pour l'un des buts indiqués au second alinéa peut déduire, dans son décompte, les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 28, pour des livraisons et des prestations de services (let. a), qu'il a déclarés lors de l'acquisition de prestations de services en provenance de l'étranger (let. b) ou que lui-même ou son client ont payés à l'AFD pour l'importation de biens (let. c).
Sur un plan matériel, le droit à la déduction de l'impôt préalable est dès lors subordonné à une série de conditions. Tout d'abord, seul un assujetti peut déduire l'impôt préalable. Il doit au surplus être le destinataire de la prestation en question, ce qui découle d'une interprétation logique de l'art. 29 al. 1 OTVA (cf. ci-après consid. 2.3). L'impôt préalable dont il s'agit doit avoir frappé des livraisons et/ou des prestations de services imposables, fournies par une autre entreprise. Un acte matériel de facturation entre les deux impliqués est requis (art. 29 al. 1 let. a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1476/2006 et A-1492/2006 du 26 avril 2007 consid. 5.3). Les livraisons, respectivement, les prestations de services dont il s'agit, doivent être affectées à l'un des buts limitativement énumérés à l'art. 29 al. 2 et 3 OTVA, étant précisé qu'un lien économique suffisant, direct ou même indirect, doit exister entre les opérations en amont et en aval. Au surplus, elles ne doivent pas être utilisées pour la réalisation de chiffres d'affaires exclus, d'activités qui ne sont pas considérées comme des opérations TVA, d'activités privées ou d'opérations relevant de l'exercice de la puissance publique. Enfin, la déduction de l'impôt préalable ne doit pas avoir été expressément proscrite (art. 30 OTVA; sur les différentes conditions relatives à la déduction de l'impôt préalable, voir entre autres : arrêts du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.2 et 2A.348/2004 du 1er décembre 2004 in Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 75 p. 176 consid. 3.2 et 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1376/2006 du 20 novembre 2007 consid. 5, A-1375/2006 du 27 septembre 2007 consid. 4, A-1476/2006 et A-1492/2006 du 26 avril 2007 consid. 4.3; cf. également pour la LTVA : Diego Clavadetscher / Pierre-Marie Glauser / Gerhard Schafroth, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel-Genf-München 2000, ad art. 38 LTVA, p. 684 ss).
2.2 Ces conditions valent pour toutes les opérations imposables, y compris celle de refacturation. Celle-ci se présente sous la forme suivante : un assujetti acquiert des prestations destinées à des tiers et se borne à les refacturer à ces derniers en son propre nom. A titre d'exemple, si une société acquiert des prestations (location, secrétariat, matériel, etc) destinées à ses associés, assujettis à titre individuel, et les refacture ensuite à ces derniers, en agissant toujours en son propre nom, il y a alors refacturation de frais et donc opération imposable entre la société et les associés. L'assujetti, respectivement la société dans l'exemple cité, apparaît alors vis-à-vis des destinataires comme le fournisseur des prestations considérées. Il n'est pas nécessaire qu'il produise lui-même physiquement les dites prestations ou qu'il facture un supplément, pour que l'on retienne l'existence d'une opération TVA. Il suffit que l'intéressé se soit inséré dans la chaîne des opérations avec les caractéristiques d'un assujetti et qu'il n'agisse pas en qualité de simple intermédiaire ou de représentant direct (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.520/2003 du 29 juin 2004 consid. 7; arrêts du Tribunal administratif fédéral A1375/2006 du 27 septembre 2007 consid. 6 et 7.1.1, A-1494/2006 du 21 septembre 2007 consid. 6.3, A-1462/2006 du 6 septembre 2007 consid. 2.2.1 et A1428/2006 du 29 août 2007 consid. 3.2). La refacturation constitue ainsi en principe une opération TVA autonome, qui n'a rien à voir avec une opération de sous-traitance, dans laquelle l'assujetti charge un tiers de lui fournir tout ou partie de la prestation qu'il est amené à effectuer en son nom et pour son compte, ou avec la représentation indirecte, dans laquelle l'assujetti agit en son nom mais pour le compte d'autrui.
2.3
2.3.1 S'agissant de la qualité de destinataire de la prestation, il faut tout d'abord rappeler la présomption selon laquelle le destinataire de la facture est également le destinataire des opérations fournies (sur l'importance de la facture, cf. ATF 131 II 190 consid. 5; arrêts du Tribunal fédéral 2A.546/2000 du 31 mai 2002 in Archives vol. 72 p. 727 consid. 5a et 2A.642/2004 du 14 juillet 2005 consid. 3.3). Cette présomption ne vaut pas lorsqu'il est prouvé que le destinataire indiqué sur la facture ne correspond pas en réalité au destinataire de la prestation, l'AFC pouvant en ce cas refuser le droit à la déduction pour cause d'abus de droit (cf. décision de la CRC 2005-021 du 20 mars 2006 consid. 2b/bb, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006; Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ?, in Festschrift SRK/Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 71-72, citant la décision de la CRC in Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 67.125 consid. 3b/cc). Il faut cependant que la preuve de l'abus ou de la divergence entre le destinataire de la facture et celui de la prestation soit apportée par l'administration (cf. décision de la CRC 2005-021 du 20 mars 2006 consid. 2b/bb).
2.3.2 Pour déterminer le destinataire matériel de prestations données, il faut d'abord considérer les choses dans une perspective économique (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 23 décembre 2002 in Revue fiscale [RF] 2003 p. 542 s., consid. 3.2 et du 30 avril 2004 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2005 II p. 174 consid. 3.3), les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ayant en principe seulement une valeur d'indice et ne pouvant à eux seuls justifier une classification ayant valeur générale (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les nombreuses références citées; Stephan Kuhn / Peter Spinnler, Mehrwertsteuer, Muri/Berne 1994, p. 38 in fine et 41). La doctrine nuance l'approche économique lorsqu'il s'agit de définir le destinataire d'une opération imposable; toutefois, la CRC a rappelé la prééminence de l'appréciation économique sur l'analyse de droit civil (cf. décision de la CRC 2005-021 du 20 mars 2006 consid. 3b et 4b, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006). Cela étant, ce clivage est parfois simplement apparent, dans la mesure où perspective économique et civile se rejoignent bien souvent en pratique (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1341/2006 du 7 mars 2007 consid. 2.3.1 et 3.3). Sur un plan économique, il est correct d'admettre qu'un locataire puisse être le destinataire d'une prestation de réparation de l'objet loué, indépendamment de toute cession de contrat portant sur les travaux de réparation, ce d'autant lorsque ces derniers s'avèrent indispensables afin que le locataire puisse utiliser l'objet selon ses désirs (cf. décision de la CRC 2005-021 du 20 mars 2006 consid. 4b confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006; cf. également arrêt du Tribunal fédéral 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.3).
Enfin, à titre de corollaire du principe qui veut que l'assujetti doit se laisser opposer les suites fiscales des formes juridiques qu'il a choisies pour organiser ses relations (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.351/2004 du 1er décembre 2004 consid. 5.5 et du 25 août 1998 in Archives vol. 65 p. 671 consid. 2d/bb; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1388/2006 du 11 octobre 2007 consid. 3.2, A-1689/2006 du 13 août 2007 consid. 2.4, A-1424/2006 du 13 juillet 2007 consid. 4.2), l'administration doit elle-même en accepter les conséquences et ne peut intervenir, dans la mesure où l'organisation des relations économiques des parties concernées demeure dans les limites légales (cf. décision non publiée de la CRC 2001-119 du 8 octobre 2002 consid. 4b, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral du 26 mai 2004 in RDAF 2004 II p. 419 ss; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 2ème éd., Bâle et Francfort-sur-le-Main 2002, § 4, note marg. 17; a contrario Archives vol. 65 p. 674 consid. 2d/bb, vol. 55 p. 72 consid. 4c). Ainsi, lorsque le locataire assume des travaux de réparation de la chose louée, même si aucun loyer ne lui est facturé pour cet objet, son droit à la déduction de l'impôt préalable n'en est pas supprimé pour autant. La simple hypothèse théorique d'un abus, soit d'une double déduction qui serait opérée sur la base d'hypothétiques factures (n'existant pas en réalité) portant sur la location de l'objet, ne permet pas de remettre en question le droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. décision de la CRC 2005-021 du 20 mars 2006 consid. 4c confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006).
2.4 Ainsi qu'on l'a vu (consid. 2.2 ci-avant), le droit à la déduction de l'impôt préalable postule que ce dernier ait été facturé à l'assujetti qui s'en réclame. En revanche, il n'est pas nécessaire que la TVA ait été payée à l'AFC par le fournisseur (cf. décision de la CRC 2002-080 du 3 décembre 2003 consid. 4e/bb). Le droit du destinataire à la déduction de l'impôt préalable n'est en effet pas soumis à une telle condition. Ceci vaut a fortiori lorsque l'AFC dispose des informations qui lui permettent de reprendre l'impôt chez le fournisseur en question, lequel ne lui a pas réglé ce montant.
3.
S'agissant des conditions formelles auxquelles la déduction de l'impôt préalable est subordonnée, il convient de les rappeler (consid. 3.1) et d'évoquer l'évolution de ce formalisme (consid. 3.2 à 3.3 ci-après); dans ce contexte, il sera plus particulièrement question de l'omission du numéro d'immatriculation du fournisseur (consid. 3.4).
3.1 Concrétisant l'art. 8 al. 2 let. h disp. trans. aCst (art. 196 ch. 14 Cst. dans sa version antérieure au 1er janvier 2007), l'art. 29 al. 1 let. a OTVA prévoit que le droit à la déduction de l'impôt préalable est ouvert uniquement à celui qui dispose de justificatifs conformes à l'art. 28 al. 1 OTVA, prouvant l'impôt préalable dont il réclame la déduction. Les dits justificatifs doivent ainsi comporter le nom, l'adresse et le numéro d'immatriculation du fournisseur (art. 28 al. 1 let. a OTVA), le nom et l'adresse du destinataire (let. b) ainsi que la date ou la période de la livraison ou de la prestation de services (let. c). En outre, ces justificatifs doivent contenir une description du genre, de l'objet et de l'importance de la livraison ou de la prestation de services (let. d), ainsi que de la contre-prestation à payer à cet effet (let. e) et du montant de l'impôt dû, respectivement du taux d'imposition, dans le cas où la contre-prestation englobe l'impôt (let. f). La jurisprudence a reconnu que les exigences précises s'appliquant aux pièces justificatives qui donnent droit à la déduction de l'impôt préalable sont adéquates et rentrent sans autre dans le cadre de la compétence octroyée au Conseil fédéral par l'art. 8 al. 1 disp. trans. aCst. (art. 196 ch. 14 Cst. dans sa teneur avant le 1er janvier 2007), l'habilitant à fixer des dispositions d'exécution (pour de plus amples développements, voir décision de la CRC 2004-202 du 6 septembre 2006 consid. 4a/bb; JAAC 67.23 consid. 5b, 65.84 consid. 4b).
3.2 Avec le temps, l'AFC a assoupli ce formalisme. Ainsi, en cas de facturation formellement insuffisante, l'AFC a émis en pratique des formulaires officiels (formulaire 1310 [voir aussi 1550]) intitulés « Attestation du fournisseur au bénéficiaire de la prestation, afin de faire valoir la déduction ultérieure de l'impôt préalable, malgré une facturation formellement insuffisante », que les assujettis peuvent après coup faire remplir au fournisseur de la prestation en vue d'obtenir tout de même la déduction de l'impôt préalable. La production ultérieure de telles attestations n'est toutefois autorisée par l'AFC que si les défaillances formelles de la facture concernent des éléments non essentiels. Tel est le cas si font défaut le numéro d'immatriculation du prestataire, la date ou la période de la livraison ou de la prestation de services, le genre, l'objet et l'importance de la livraison ou de la prestation de services, le taux de l'impôt (à la fois lorsque l'impôt est mentionné à part et lorsqu'il est inclus dans le prix) et, pour les factures établies en monnaie étrangère, le taux de l'impôt ou le montant d'impôt en francs suisses (arrêts du Tribunal fédéral 2A.490/2003 du 13 janvier 2005 consid. 3.3 et 7.1, 2A.399/2002 et 2A.406/2002 du 31 mars 2003 respectivement consid. 4.2.2 et 4.3; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2e éd., Berne 2003, n. 1337; Annie Rochat Pauchard, TVA et formalisme : vers un équilibre ? in Revue économique et sociale [RES], vol. 65, n° 3, septembre 2007, La Réforme de la TVA, dossier dirigé par Pierre-Marie Glauser, p. 56 ch. 2.1). Le bien-fondé de la tolérance concrétisée par l'existence de la formule 1310 a été consacré par la jurisprudence du Tribunal fédéral, de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3; arrêts du Tribunal fédéral 2A.399/2002 et 2A.406/2002 du 31 mars 2003 consid. 4.2.2 respectivement 4.3; arrêt du Tribunal fédéral 2A.537/2001 du 1er octobre 2002 consid. 3.2; décisions de la Commission de recours CRC 2000-135 du 25 mars 2002 consid. 4d, publiée dans la JAAC 66.97) et désormais également du Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 4.2).
3.3
3.3.1 Entre-temps, c'est-à-dire le 24 mai 2006, les art. 15a OLTVA et 45a OLTVA ont été adoptés par le Conseil fédéral, dispositions qui atténuent encore davantage, s'agissant des factures donnant le droit à déduction, le formalisme déduit de l'art. 28 OTVA (RO 2006 2353; Annie Rochat Pauchard, op. cit., p. 59 s. ch. 3.2; Tobias Felix Rohner, Der nachträgliche Vorsteuerabzug (Einlageentsteuerung) im schweizerischen MWSTG und nach der 6. MwSt.-Richtlinie der EU, Bern-Stuttgart-Wien 2007, p. 133 s). En effet, aux termes de l'art. 15a OLTVA, l'AFC accepte également les factures et les documents remplaçant les factures (au sens de l'art. 28 al. 1 et 3 OTVA) qui ne remplissent pas entièrement les exigences concernant l'indication du nom et de l'adresse de l'assujetti et de l'acquéreur de la livraison ou de la prestation de services selon l'art. 28 al. 1 let. a et b OTVA, à condition que les indications qui y figurent permettent d'identifier formellement (« eindeutige Identifizierung ») les personnes concernées. De même, et de manière plus générale, l'art. 45a OLTVA dispose qu'un vice de forme n'entraîne pas à lui seul une reprise d'impôt s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou par l'OLTVA sur l'établissement de justificatifs. Le Tribunal administratif fédéral a déjà eu l'occasion de préciser - en relation avec le formalisme de la représentation directe - que l'art. 45a OLTVA est désormais de nature à entamer la rigueur du formalisme de l'AFC, imposant - dans ses Instructions - des documents qui ne sont pas prévus par la loi elle-même (art. 10 OTVA). A l'évidence, ce formalisme outrancier n'est plus de mise (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1494/2006 du 21 septembre 2007 consid. 5.2.1; Christoph M. Meier / Ivo Pollini, Schweiz EU : Unterschiede im MWST- und Zoll-Recht, in Revue fiscale 2007, n° 7-8, p. 559 ch. 4.9 in fine).
3.3.2 En revanche, et comme l'arrêt précité le rappelle, il n'est pas concevable de prétendre que l'art. 45a OLTVA puisse primer, voire effacer la teneur des termes de la loi elle-même. Au surplus, aussi bien l'art. 15a que l'art. 45a OLTVA ne protègent aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation de conditions matérielles. Constitue un semblable vice matériel l'absence de documents écrits (de factures au sens de l'art. 28 al. 1 et 3 OTVA), seul le contenu des dits documents pouvant faire l'objet d'une appréciation moins rigoureuse sur la base des art. 15a et 45a OLTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1476 et A-1492/2006 du 26 avril 2007 consid. 5.2.2, confirmés par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C.263/2007 du 24 août 2007 consid. 5.2, A-1455/2006 du 25 avril 2007 consid. 5.4; voir également, pour la distinction : Jacques Pittet, TVA-Responsabilité du fournisseur pour l'émission de factures, face à l'incertitude, la prudence est de mise, in L'Expert-comptable [EC] 1-2/2007, p. 128 ch. 3.2; Philip Robinson/Corinne Scagnet, Reform der MWST Ein neuer Geist ? Zur Praxismitteilung der ESTV vom 31. Oktober 2006 « Behandlung von Formmängeln », in EC 12/2006 p. 972 ch. 2; et pour un commentaire de la jurisprudence relative à ces dispositions : Robin Luisi/Etienne Junod, Jurisprudence du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, Quelle est la portée pratique de l'art. 45 a OLTVA ? in EC 12/2007 p. 1002 ss [all.] et p. 1009 ss [fr.])
3.3.3 Bien que les articles 15a et 45a OLTVA soient entrés en vigueur le 1er juillet 2006, l'AFC a indiqué - dans sa communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 (Traitement des vices de forme, Introduction, en ligne sur le site internet de l'AFC www. estv.admin.ch / documentation / publications / taxe sur la valeur ajoutée / communications concernant la pratique/publiées en 2006) - qu'elle n'appliquerait pas ces dispositions uniquement pour l'avenir mais également de manière rétroactive pour toutes les contestations pendantes au 1er juillet 2006 (cf. communication concernant la pratique, op. cit., introduction, in fine). Conformément à l'intention du Conseil fédéral (cf. communication du Département fédéral des finances du 24 mai 2006), la jurisprudence a déjà observé que ces nouvelles normes, qui mettent un frein à une application excessivement rigide des prescriptions formelles de la loi, s'appliquent également aux cas pendants, soit aussi bien ceux soumis à la LTVA que ceux régis par l'OTVA (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C.263/2007 du 24 août 2007 consid. 4, plus réservé ATF 133 II 153 consid. 7.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 3.3, A-1352/2006 du 25 avril 2007 consid. 4, A-1365/2006 du 19 mars 2007 consid. 2.3).
3.3.4 La jurisprudence n'a pas tranché définitivement la question des rapports entre l'art. 15a OLTVA et 45a OLTVA; cela étant, elle a précisé que l'art. 15a OLTVA concerne uniquement les exigences relatives à l'indication, dans la facture, du nom et de l'adresse de l'assujetti et de l'acquéreur de la livraison ou de la prestation de services, de sorte qu'il est raisonnable de le considérer comme une lex specialis par rapport à l'art. 45a OLTVA. Cette dernière disposition demeure en revanche pleinement applicable pour les autres prescriptions formelles auxquelles la facture doit se conformer (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 4.3.4.1 et les références citées). Il en va donc ainsi par exemple pour l'indication du numéro d'immatriculation du fournisseur sur la facture.
3.4 S'agissant des factures qui sont dépourvues du numéro d'immatriculation du fournisseur, on notera qu'il s'agit, selon la pratique de l'AFC approuvée par la jurisprudence (consid. 3.2 ci-avant), d'un élément non-essentiel auquel il peut être remédié par le biais de la production du formulaire 1310, respectivement 1550, ce malgré le fait qu'il soit expressément prévu à l'art. 28 al. 1 let. a OTVA. A défaut de pouvoir corriger ce vice formel par ce biais, l'assujetti devait - jusqu'à présent - se tourner vers les juridictions civiles, le problème ne relevant pas du droit de la TVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 4P.166/2006 et 4C.230/2006 du 9 novembre 2006 commentés par Jacques Pittet, op. cit., p. 126 ss). Cela étant, l'introduction de l'art. 45a OLTVA a modifié notablement le système puisqu'il permet désormais la guérison de ce vice formel, indépendamment de la production du formulaire précité, pour autant que la condition relative à l'absence de préjudice financier occasionné à la Confédération du fait du non-respect des prescriptions formelles soit réalisée (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 5.2.3).
Dans la première partie de sa communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 (déjà citée sous consid. 3.3.3), traitant des vices de forme en général sous l'angle de l'art. 45a OLTVA, l'AFC a relevé que - comme d'ailleurs les factures dressées par le fournisseur - les notes de crédit établies par le destinataire, à la place de ce dernier, doivent également contenir le numéro TVA du fournisseur. Si ce numéro n'y figure pas mais que le fournisseur peut être clairement identifié par le nom et l'adresse indiqués, la déduction de l'impôt préalable demeure admise (cf. ch. 2.5.1 de la communication précitée, « Etablissement de notes de crédit »). Il faut rapprocher ceci de la préoccupation de l'AFC d'éviter que le destinataire ne déduise l'impôt préalable sur la base de factures adressées par des non-assujettis, qui comporteraient néanmoins de la TVA (cf. Tobias Felix Rohner, op. cit., p. 136 ch. 3a et la référence citée). L'AFC retient donc que l'absence d'indication du numéro d'immatriculation du fournisseur - simple prescription formelle - ne saurait en principe pas occasionner de préjudice financier à la Confédération, du moment que le dit fournisseur peut être clairement identifié d'après le nom et l'adresse figurant sur la note de crédit, ce qui permet à l'AFC de vérifier s'il est bien immatriculé au registre des assujettis. Ce raisonnement vaut nécessairement aussi pour les factures, soumises à la même règle de forme.
4.
En l'espèce, il sied dans un premier temps de déterminer si la recourante est en droit de déduire l'impôt préalable sur les montants que lui a facturés le canton de Y._______ au regard des conditions matérielles (consid. 4.1). Dans un deuxième temps, on examinera dans quelle mesure les dites factures sont conformes aux exigences formelles (consid. 4.2).
4.1
4.1.1 Il est d'une part établi que la recourante est assujettie. D'autre part, l'impôt préalable dont elle réclame la déduction résulte d'une série de factures que lui a adressées le canton de Y._______ (cf. pièces référencées sous n° 1 du dossier de l'AFC), dont l'assujettissement n'a jamais été mis en doute par les parties en présence. Il est patent que la taxe sur la valeur ajoutée a bien été facturée à l'assujettie, les documents en question comportant la mention expresse et bien distincte de l'impôt avec le taux applicable et le montant correspondant, qui vient s'ajouter à celui réclamé pour la prestation elle-même. Il n'importe que la TVA n'ait pas été payée à l'AFC par le canton de Y._______, rien de tel n'étant exigé (consid. 2.4). L'opération présente les caractéristiques d'une refacturation, soit une opération TVA autonome, puisque le canton de Y._______ s'est contenté de refacturer en son propre nom à la recourante des frais qui lui avaient été préalablement facturés par la Confédération, par le département fédéral des finances, auquel les factures de l'entrepreneur avaient initialement été adressées. Il est indéniable que le canton n'a pas fourni lui-même des travaux immobiliers, ce qui est cependant typique d'une telle opération. Il n'apparaît pas au surplus que celui-ci ait agi expressément au nom et pour le compte d'un tiers, ce qui lui aurait conféré le statut de représentant direct (cf. consid. 2.2 ci-avant). Cette hypothèse n'est d'ailleurs évoquée ni par l'AFC ni par la recourante. Il y a donc bien eu opération TVA entre le canton et la recourante. Quant à l'utilisation des prestations ainsi acquises, il ne ressort pas des éléments à disposition qu'elles devraient être affectées à autre chose que des livraisons de biens ou des prestations de service imposables (cf. rapport de révision du 20 janvier 2000 et décompte complémentaire n° *** sous pièces n° 5 et 9 du dossier de l'AFC). Rien de tel n'est d'ailleurs avancé par l'AFC elle-même.
Partant, les conditions matérielles ouvrant le droit à la déduction de l'impôt préalable sont réunies sous réserve de celle relative à la qualité de destinataire, qu'il convient encore d'examiner (ci-après : consid. 4.1.2).
4.1.2
4.1.2.1 Savoir si la recourante peut être considérée comme destinataire de ces prestations sur un plan matériel doit d'abord être examiné dans une perspective économique, non sans relever que les factures litigieuses la désignent bien comme telle, ce qui a valeur de présomption (consid. 2.3.1 ci-avant). On observe ainsi que la recourante bénéficiait directement et pleinement des travaux de construction du parking, dont les frais lui ont été refacturés, puisque - une fois construit - la moitié en était destinée à son usage exclusif. Les travaux réalisés devaient ainsi lui permettre d'utiliser cette surface pour les besoins des clients de l'hôtel (cf. pièce n° 2, art. 1 et 2, du dossier de l'AFC; pièce n° 10.4 du dossier de l'AFC, p. 13, art. 16 ch. 5). Les dits travaux étaient même la condition sine qua non de l'usage escompté. Sur un plan économique, il est donc clair que la recourante est la destinataire des prestations refacturées par le canton de Y._______.
4.1.2.2 Il n'est pas certain que la recourante dispose d'un droit de superficie sur une partie de la surface concernée par la construction du parking, ainsi qu'elle l'affirme (cf. ch. 3 de la réclamation de la recourante du 15 avril 2002 sous pièce n° 12 du dossier de l'AFC et ch. 3, « En faits », de son recours de droit administratif) en se référant au ch. 5 de l'acte authentique de modification du droit de superficie enregistré le 25 août 1993 (cf. sous pièce n° 10.4 du dossier de l'AFC). En effet, le parking a apparemment été construit en souterrain des parcelles *** et *** de la commune de *** (cf. contrat d'entreprise générale sous pièce n° 3 du dossier de l'AFC) et le droit de superficie dont la recourante bénéficie s'exerce à première vue sur une autre parcelle, à laquelle une portion de la parcelle n° *** semble avoir été rattachée mais uniquement après avoir été détachée de cette dernière (cf. ch. II, art. 1 de l'acte authentique de modification du droit de superficie précité, sous pièce n° 10.4 du dossier de l'AFC). Il n'est toutefois pas nécessaire de lever cette incertitude; en effet, il est établi que la recourante dispose d'un droit d'usage sur la moitié du parking souterrain (cf. art. 1 de la convention du 23 mars 1994 sous pièce n° 2 du dossier de l'AFC) et cet élément suffit pour l'analyse de la qualité de destinataire. Le statut sur le plan des droits réels ne s'avère d'ailleurs pas déterminant à cet égard.
La situation de la recourante s'apparente à celle, déjà évoquée, du locataire qui s'acquitte du montant des travaux de réfection de l'objet loué, lesquels lui sont facturés directement par l'entrepreneur. Dans un tel cas, il est admis que le locataire est bien le destinataire sur un plan matériel des prestations en question, malgré le fait qu'il ne soit pas propriétaire de la chose louée, ce d'autant lorsque les travaux dont il s'agit s'avèrent indispensables pour qu'il puisse l'utiliser selon ses projets (cf. décision de la CRC 2005-021 du 20 mars 2006 consid. 4b confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006 et arrêt du Tribunal fédéral 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.3). D'un point de vue économique, on doit donc considérer que la recourante est bien la destinataire des prestations litigieuses, peu importe les droits réels dont elle dispose ou non.
4.1.2.3 Au surplus, une analyse fondée sur le droit privé conduit au même résultat. En effet, par convention du 23 mars 1994 (cf. pièce n°2 du dossier de l'AFC), le canton de Y._______ et la recourante ont convenu que les charges de construction et d'exploitation du parking seraient réparties par moitié entre la Confédération et la recourante. La recourante s'est donc engagée à prendre en charge la moitié du coût de l'ouvrage (cf. art. 3 ch. 1) et à s'en acquitter envers le canton au fur et à mesure de l'avancement des travaux (cf. art. 3 ch. 2 de la convention précitée). Le comportement de fait des parties en présence, à savoir la refacturation des frais par le canton de Y._______ et la contre-prestation versée par la recourante, est donc conforme aux obligations qu'elles ont assumées aux termes de leur contrat. Cette conclusion entérine celle qui s'impose au terme de l'analyse économique.
4.1.3 Cela dit, il y a lieu d'évoquer les différents arguments de l'AFC.
4.1.3.1 Tout d'abord, l'AFC soutient à tort que la refacturation à la recourante d'une partie des frais de construction du parking est intervenue « en échange d'un droit d'usage gratuit de la moitié du parking » (cf. décision de l'AFC du 27 février 2002 ch. 2.1 sous pièce n° 11 du dossier de l'AFC). Cet avis est entaché d'une contradiction, manifeste, en ce sens que l'on ne peut affirmer à la fois le caractère gratuit d'une prestation et l'existence d'un rapport d'échange avec une contre-prestation. En outre, les montants versés par la recourante au canton de Y._______ représentent (déjà) la contre-partie de la prestation de refacturation de frais du canton précité (cf. consid. 4.1.1 ci-avant). Ils réalisent ainsi pleinement et sans discussion la condition majeure du rapport d'échange nécessaire.
Au surplus, la convention conclue entre la recourante et le canton de Y._______ le 23 mars 1994 (sous pièce n° 2 du dossier de l'AFC) prévoit à son article 1 que l'Etat concède à la recourante un « droit d'usage gratuit sur la moitié du parking souterrain qui doit être construit ». Cette gratuité est rappelée dans le préambule (ch. 2) de la convention, même s'il est également fait mention de la répartition par moitié entre la Confédération et la recourante des charges de construction et d'exploitation du parking. En tant qu'il est spécifié gratuit, il est clair que ce droit d'usage n'a pas été accordé en échange d'un loyer. On ne saurait retenir que la prise en charge de la moitié du coût de l'ouvrage, prévue à l'article 3 ch. 1 de cette même convention, tient lieu de loyer. En effet, les parties à cette convention ne l'ont pas voulu ainsi et rien ne justifie de s'écarter de la forme par laquelle elles ont aménagé leurs relations. On notera d'ailleurs que les factures qui concernent la refacturation des travaux à la recourante n'évoquent ni un droit d'usage ni un quelconque loyer, ce qui est conforme à la convention intervenue.
Enfin, il ne faut pas attacher une importance déterminante à l'art. 16 ch. 5 de l'acte authentique de modification du droit de superficie enregistré le 25 août 1993 (figurant sous pièce n° 10.4 du dossier de l'AFC), qui dispose « Le superficiaire sera associé à la construction du parking de *** places prévu sous ***, dans le cadre d'une servitude de superficie que la Ville de Z._______ doit consentir au profit de l'Etat, soit le canton de Y._______ ou de la Confédération helvétique, et bénéficiera, sans majoration de la rente foncière, de *** places de ce parking à son prix de revient pendant toute la durée du présent droit de superficie. ». Bien qu'elle ne fasse pas mention d'un droit d'usage gratuit et permette d'imaginer qu'un loyer sera ultérieurement spécifié, il faut considérer que cet acte réservait la convention à conclure ultérieurement entre les intéressés, s'agissant de la construction et de l'exploitation du parking. Or cette dernière convention, conclue le 23 mars 1994, est plus précise s'agissant des modalités de la mise à disposition. Elle représente l'accord auquel les parties sont finalement parvenues et son contenu a dès lors une valeur déterminante. Il faut donc s'en tenir à ce que les parties ont finalement conclu, à savoir d'une part un droit d'usage gratuit portant sur la moitié du parking et d'autre part la refacturation à la recourante de la moitié des frais de construction du parking, ces deux opérations étant à considérer chacune pour elle-même du point de vue de la TVA.
Certes les parties auraient pu aménager différemment leurs relations. Toutefois leurs choix, qui s'avèrent clairs, ne peuvent être remis en question simplement par le fait qu'une autre option eût été possible. L'AFC doit en effet tolérer la manière dont l'assujetti a organisé ses relations économiques, dans la mesure où elle demeure dans les limites légales, ce qui est bien le cas en l'occurrence (cf. consid. 2.3.2 ci-avant). En outre, la jurisprudence a déjà tranché le cas du locataire auquel les travaux de réparation de l'objet loué sont facturés directement par l'entrepreneur et qui bénéfice par ailleurs d'une location gratuite; cette situation n'affecte pas le droit à la déduction de l'impôt préalable du locataire, qui demeure intact (cf. consid. 2.3.2 ci-avant).
4.1.3.2 L'AFC explique que les prestations facturées par le canton de Y._______ sont exclues du champ de l'impôt, à mesure que celui-ci n'avait pas opté pour l'imposition des recettes de location (cf. ch. 4 du courrier de l'AFC à la recourante du 13 février 2001, sous pièce n° 10 du dossier de l'AFC). Or, cet argument tombe à faux, puisque le canton de Y._______ n'a précisément pas facturé de loyer, comme déjà vu di-dessus (consid. 4.1.2).
4.1.3.3 L'AFC fait encore valoir que les prestations facturées par le canton de Y._______ ne représentent pas une livraison de biens imposable (cf. ch. 4 du courrier de l'AFC à la recourante du 13 février 2001 sous pièce n° 10 du dossier de l'AFC). En cela, elle fait fausse route. Il est bien évident que le canton de Y._______ n'a pas fourni physiquement lui-même les travaux relatifs à la construction du parking. Sa prestation ne consiste d'ailleurs pas dans des travaux immobiliers mais bien - ainsi qu'on l'a vu - dans une prestation distincte et autonome. Il est également constant que la recourante n'a pas commandé elle-même, en qualité de maître d'ouvrage, les dits travaux. Ces éléments ne sont toutefois pas déterminants, car l'opération dont il s'agit est une refacturation de frais, clairement imposable (cf. consid. 2.2 ci-avant).
Par conséquent, au regard des conditions matérielles, il apparaît que le droit de la recourante à la déduction de l'impôt préalable ne souffre aucune restriction.
4.2
4.2.1 Sur le plan formel, sous réserve de la mention du numéro d'immatriculation du fournisseur dont il sera question ci-après (consid. 4.2.2), les factures adressées à la recourante apparaissent conformes aux exigences de l'art. 28 al. 1 OTVA (consid. 3.1 ci-avant). En particulier, dans la mesure où il s'agit de refacturation, elles contiennent une description suffisante des frais dont il s'agit, par les références faites à la « transformation et aménagement du *** (...) - parking *** », à « la moitié des coûts inhérents à la réalisation du parking » et au bon de paiement pertinent (cf. pièces n° 1 du dossier de l'AFC).
4.2.2
4.2.2.1 Demeure en revanche la problématique de l'absence du numéro d'immatriculation du fournisseur, soit le canton de Y._______, sur l'ensemble des factures adressées à la recourante. S'agissant-là d'une condition formelle jugée non essentielle, il aurait été possible - selon la pratique de l'AFC - de déduire ultérieurement l'impôt préalable, moyennant présentation d'une attestation du fournisseur sur formulaire 1310 ou 1550 (consid. 3.2 ci-avant). En l'occurrence toutefois, le fournisseur en question - à savoir le canton de Y._______ - a refusé de compléter et de signer le dit formulaire. Si l'on s'en tenait à ce qui précède, faute de factures conformes sur un plan formel, il aurait donc fallu refuser la déduction de l'impôt préalable. La procédure en matière de droit public n'offrant dès lors pas l'issue espérée, la recourante aurait dû chercher une solution au niveau du droit privé et, le cas échéant, se tourner vers les juridictions civiles (cf. consid. 3.4 ci-avant).
Cela étant, le problème doit désormais être examiné également sous l'angle de l'art. 45a OLTVA, qui relativise l'impact fiscal des vices de forme. En effet, cette disposition - bien qu'entrée en vigueur le 1er juillet 2006 - a également vocation à s'appliquer aux contestations encore pendantes à cette date, indépendamment de savoir si elles sont régies par l'OTVA ou la LTVA (cf. consid. 3.3 ci-avant). Or, sous cet angle, la jurisprudence reconnaît que l'omission relative au numéro d'immatriculation du fournisseur est guérie, pour autant que la condition posée par l'art. 45a OLTVA soit réalisée, à savoir que la Confédération n'ait subi aucun préjudice financier du fait du non-respect de la prescription formelle en question (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 5.2.3, déjà cité sous consid. 3.4 ci-avant).
4.2.2.2 S'agissant de cette dernière condition, il ne suffit pas d'examiner si la Confédération a subi une perte fiscale, car les facteurs qui en sont la cause peuvent être multiples et n'avoir strictement rien à voir avec le vice formel dont les factures sont entachées. Si par hypothèse une perte fiscale n'est pas consécutive au vice formel considéré, alors il n'y a pas de préjudice financier au sens de l'art. 45a OLTVA. La notion de préjudice financier contenue à l'art. 45a OLTVA et celle de perte fiscale ne sont donc pas équivalentes.
En l'occurrence, le numéro d'immatriculation du fournisseur faisait certes défaut sur les documents litigieux. Toutefois, ainsi que l'AFC l'a elle-même exprimé dans sa communication concernant sa nouvelle pratique relative à l'art. 45a OLTVA (cf. consid. 3.4 ci-avant), ce vice n'entraîne en principe pas de préjudice financier pour la Confédération si l'identité du fournisseur résulte clairement du nom et de l'adresse indiqués sur les factures. Or, en l'occurrence, l'entête des factures litigieuses ne laissait planer aucun doute quant à l'identité du fournisseur, à savoir le canton de Y._______. Il était dès lors aisé pour l'AFC de retrouver au registre des assujettis le numéro TVA manquant et de prendre les mesures afin de préserver ses droits vis-à-vis du fournisseur, quelle que soit l'issue de la procédure l'opposant à la recourante. Dès lors, si par hypothèse l'AFC a effectivement subi perte fiscale du fait que, à tort, elle n'a pas perçu la TVA - respectivement qu'elle ne peut plus la percevoir - auprès du dit fournisseur, ceci n'a de toute manière rien à voir avec le vice formel affectant les factures litigieuses. En d'autres termes, l'omission du numéro d'immatriculation du fournisseur sur les factures litigieuses n'a pas entraîné de préjudice financier pour la Confédération au sens de l'art. 45a OLTVA.
L'art. 45a OLTVA trouve dès lors pleinement application, puisqu'on ne saurait, au regard du but visé par cet article, justifier une reprise fiscale qui s'avère erronée sur un plan matériel par un pur vice formel, lequel n'a pas occasionné de préjudice financier à l'Etat. En décider autrement dans le cas d'espèce reviendrait à vider cette disposition de sa substance.
Par conséquent, c'est à bon droit que la recourante réclame le droit de déduire l'impôt préalable résultant des factures adressées par le canton de Y._______. Le recours, bien fondé, doit donc être admis et la décision sur réclamation du 14 novembre 2005 annulée.
5.
5.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure, lesquels comprennent en règle générale l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours, sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. En outre, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure déboutée (art. 63 al. 2 PA). Finalement, des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant les règles de procédure (art. 63 al. 3 PA).
Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et particulièrement élevés qui lui ont été occasionnés (voir également art. 7 du règlement du 11 décembre 2006 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Il faut entendre par là les frais de quelque importance absolument nécessaires à une défense efficace, eu égard à la nature de l'affaire, à la capacité des parties et au comportement de l'autorité (cf. André Grisel, Traité de droit administratif, vol. II, Neuchâtel 1984, p 848; Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943, vol. V, Berne 1992, ad art. 159, ch. 1).
5.2 En l'espèce, la recourante obtient entièrement gain de cause. Par conséquent, il ne sera pas perçu de frais de procédure, l'avance de frais par Fr. 4'500.- effectuée par la recourante le 22 décembre 2005 lui étant restituée dès l'entrée en force du présent arrêt. La recourante étant au surplus représentée par un avocat, elle obtient des dépens fixés à Fr. 6'000.-, TVA comprise.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et la décision sur réclamation de l'Administration fédérale des contributions du 14 novembre 2005 est annulée.
2.
Il n'est pas perçu de frais de procédure, l'avance de frais de Fr. 4'500.- effectuée par la recourante lui étant remboursée dès l'entrée en force du présent arrêt.
3.
L'Administration fédérale des contributions est tenue de verser à la recourante une indemnité de dépens de Fr. 6'000.-, TVA comprise.
4.
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. AFC ***; acte judiciaire)
Le Président du collège : La Greffière :
Pascal Mollard Marie-Chantal May Canellas
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (voir art. 42 LTF).
Expédition :