bvger · A-6522/2016 · 2018-03-07 · fr
A-6522/2016

Protection des eaux

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-6522/2016, A-4525/2017
Arrêt du 7 mars 2018
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Christoph Bandli, Claudia Pasqualetto Péquignot, juges,
Mathieu Ourny, greffier.
Parties
A._______,
(...),
recourante,
contre
Office fédéral de l'environnement OFEV,
Division droit, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Contentieux relatif à la taxe pour financer l'indemnisation
des mesures destinées à éliminer les composés traces
organiques 2016 et 2017.
Faits :
A.
Dans son Message du 26 juin 2013 concernant la modification de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux, RS 814.20) (cf. FF 2013 4969), le Conseil fédéral a invité le Parlement suisse à adopter une réglementation visant à « financer l'élimination des composés traces organiques des eaux usées conformément au principe du pollueur-payeur ». Le 21 mars 2014, l'Assemblée fédérale a arrêté une modification de la LEaux destinée à financer l'aménagement ciblé de certaines stations d'épuration, en vue de protéger les ressources en eau potable ainsi que la faune et la flore aquatiques. Cette modification de la LEaux a entraîné, le 4 novembre 2015, celle de l'ordonnance sur la protection des eaux du 28 octobre 1998 (OEaux, RS 814.201).
La nouvelle réglementation est entrée en vigueur le 1er janvier 2016. Elle consiste, essentiellement, en l'instauration d'une taxe fédérale sur les eaux usées, perçue par la Confédération auprès des détenteurs de stations centrales d'épuration, dans l'optique de financer l'indemnisation des mesures destinées à éliminer les composés traces organiques (ou micropolluants) dans les installations d'évacuation et d'épuration des eaux (cf. art. 60b et 61a LEaux ; art. 51a à 51d et 52a OEaux).
B.
B.a Quelques mois avant l'entrée en vigueur du nouveau droit, A._______ a, par l'entremise de son président B._______, fait parvenir à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) une note, datée du 3 mars 2015, critiquant la taxe fédérale précitée. L'auteur de la note estimait, en substance, que dite taxe n'était pas conforme au principe du pollueur-payeur et que sa perception risquait de se heurter à des difficultés insurmontables, de sorte qu'il s'imposait de faire modifier la loi avant son application ou de s'opposer à son recouvrement. Il se plaignait, en outre, du fait que l'avis des détenteurs de STEP (stations d'épuration des eaux usées) n'avait pas été sollicité durant la procédure de consultation.
Dans sa réponse du 12 mai 2015, l'OFEV s'est exprimé sur la nécessité, largement acceptée par le monde politique et les différents acteurs du domaine de la protection des eaux, d'un traitement des micropolluants dans les eaux usées. L'office a, par ailleurs, assuré que la nouvelle réglementation était en adéquation avec le principe de causalité (ou du pollueur-payeur) et a répondu à certaines préoccupations de A._______, expliquant notamment que de nombreux détenteurs de STEP avaient été entendus lors de la procédure de consultation.
Par courriers des 14 juin 2015 et 12 août 2015, A._______ et l'OFEV ont poursuivi leur correspondance, campant sur leurs positions.
B.b En date du 6 octobre 2015, A._______, agissant toujours par l'intermédiaire de son président, a réagi à la lettre du C._______ (C._______) du 24 juillet 2015 qui donnait des instructions pour le prélèvement de la taxe sur les micropolluants. Dans son courrier adressé au C._______, l'association intercommunale a indiqué avoir décidé de ne pas inscrire à son budget 2016 le montant correspondant à la taxe en question. Reprenant les termes de sa note du 3 mars 2015, elle a, en outre, critiqué le bien-fondé de la modification législative et s'est dit opposée à la perception de la taxe.
Le 13 octobre 2015, le C._______ a fait savoir à A._______, d'une part qu'il était trop tard pour entreprendre une intervention par la voie politique et parlementaire pour faire modifier la loi appelée à entrer en vigueur et, d'autre part, qu'en tant que service chargé de veiller à l'application des lois fédérales dans le domaine de la protection des eaux, il ne pouvait soutenir la posture de l'association consistant à refuser de s'acquitter de la taxe.
B.c Par courrier du 7 octobre 2015, A._______ a fait part de ses doléances à la Conseillère fédérale en charge du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC). Celle-ci, défendant la position de l'OFEV, lui a répondu par lettre du 13 novembre 2015.
C.
C.a Par facture du 26 mai 2016, l'OFEV a, sur la base de l'art. 60b LEaux, requis de A._______ le paiement de la taxe de financement des mesures d'élimination des composés traces organiques dans les eaux usées, pour l'année 2016. Le montant de la taxe, correspondant à 17'494 habitants raccordés à la STEP de D._______ gérée par l'association, a été fixé à 157'446 francs.
Dans son « recours contre la décision du 26 mai 2016 (...) » du 22 juin 2016, A._______ a contesté la facture susmentionnée, sous prétexte de la non-conformité de la taxe avec le principe du pollueur-payeur.
C.b Le 17 août 2016, l'OFEV a fait savoir à A._______ que la facture du 26 mai 2016 ne constituait pas une décision sujette à recours. Se référant à l'art. 51c al. 1 OEaux, l'office a soumis à l'association un projet de décision fixant la taxe et l'a invitée à présenter ses observations.
Dans son courriel du 30 août 2016, B._______ a attiré l'attention de l'OFEV sur le fait que A._______ ne contestait pas le nombre d'habitants raccordés à sa STEP, mais le principe même de la perception de la taxe.
Par décision du 16 septembre 2016, notifiée le 26 suivant, l'OFEV a fixé le montant de la taxe due par A._______ pour l'année 2016, en vertu de l'art. 60b LEaux et des art. 51a et 51c OEaux, à 157'446 francs
C.c En date du 21 octobre 2016, A._______ (la recourante) a saisi le Tribunal administratif fédéral d'un recours contre la décision précitée, concluant à son annulation en raison de la non-conformité de la taxe contestée au principe du pollueur-payeur.
Reprenant les contenus de sa note du 3 mars 2015 et de sa lettre du 22 juin 2016, l'association est revenue sur ses griefs en lien avec la violation alléguée du principe de causalité. Elle a, par ailleurs, estimé que l'application de la nouvelle réglementation était problématique et a notamment critiqué, à cet égard, les recommandations de l'Association suisse des professionnels de la protection des eaux (VSA) et de l'Organisation Infrastructures Communales (OIC) concernant l'imputation de la taxe sur les eaux usées selon l'art. 60b LEaux (ci-après : les recommandations VSA/OIC).
C.d Par détermination du 13 janvier 2017, l'OFEV (l'autorité inférieure) a maintenu sa décision et proposé le rejet du recours, soulignant, en substance, que le grief relatif à la violation du principe de causalité était mal fondé.
La recourante a, dans ses observations finales du 6 février 2017, confirmé ses conclusions.
D.
D.a Par décision du 24 juillet 2017, notifiée le 28 suivant, l'OFEV a fixé le montant de la taxe due par A._______ pour l'année 2017, en vertu de l'art. 60b LEaux et des art. 51a et 51c OEaux, à 161'046 francs, montant correspondant à 17'894 habitants raccordés à la STEP de D._______.
D.b Par mémoire du 12 août 2017 (date du timbre postal), A._______ a formé recours contre cette décision, reprenant la même motivation et la même conclusion que dans son recours du 21 octobre 2016.
L'autorité intimée a, dans sa réponse du 22 septembre 2017, renvoyé à son argumentaire développé dans sa détermination du 13 janvier 2017.
Par ordonnance du 27 septembre 2017, le juge chargé de l'instruction a prononcé la jonction des deux causes (A-6522/2016 et A-4525/2017) divisant les parties par devant le Tribunal administratif fédéral.
Par écriture du 6 octobre 2017, la recourante a indiqué renoncer à déposer des observations complémentaires.
E.Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), à moins que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) n'en dispose autrement (cf. art. 37 LTAF). Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (cf. art. 7 PA) et la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.2 Conformément à l'art. 31 LTAF, cette juridiction connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA, prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. L'OFEV, qui est subordonné au DETEC, constitue une unité de l'administration fédérale au sens de la let. d de cette disposition. Ses décisions des 16 septembre 2016 et 24 juillet 2017, basées sur 60b al. 1 LEaux et dont sont recours, satisfont en outre aux conditions de l'art. 5 PA et n'entrent pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF.
Le Tribunal est donc compétent pour connaître des présents litiges.
1.3 Destinataire des décisions attaquées qui lui font griefs, A._______ a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA). Les recours des 21 octobre 2016 et 12 août 2017, présentés dans le délai (cf. art. 50 al. 1 PA) et les formes (cf. art. 52 al. 1 PA) prescrits par la loi, sont ainsi recevables.
2. En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation des faits et l'opportunité de la décision attaquée (cf. art. 49 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATAF 2014/24 consid. 2.2).
3.
3.1 Dans ses recours, A._______ ne nie pas être débitrice, sur la base de l'art. 60b al. 1 LEaux, de la taxe dont l'OFEV réclame paiement pour les années 2016 et 2017. Elle ne conteste pas non plus la valeur des montants exigés, établis en fonction du nombre d'habitants raccordés à la STEP de D._______. Elle critique, en revanche, le bien-fondé de la taxe, en postulant que la disposition en question viole le principe de causalité. Dit principe, ancré en droit de l'environnement et plus particulièrement en matière de protection des eaux, à l'art. 2 de loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01), respectivement à l'art. 3a LEaux, est également consacré par l'art. 74 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101).
Dès lors, la recourante met implicitement en cause la conformité des art. 60b et 61a LEaux avec la Constitution fédérale.
3.2 A teneur de l'art. 190 Cst., le Tribunal administratif fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales. Conformément à la jurisprudence, même s'il doit les appliquer, il est habilité à en contrôler la constitutionnalité. Il peut procéder à une interprétation conforme à la Constitution d'une loi fédérale, si les méthodes ordinaires d'interprétation laissent subsister un doute sur son sens. L'interprétation conforme à la Constitution trouve toutefois ses limites lorsque le texte et le sens de la disposition légale sont absolument clairs, quand bien même ils seraient contraires à la Constitution. Lorsqu'une violation de la Constitution est constatée, la loi doit néanmoins être appliquée (cf. ATF 141 II 338 consid. 3.1 et réf. cit. ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4941/2014 du 9 novembre 2016 consid. 6 et A-7010/2015 du 19 mai 2016 consid. 4.3 ; Pascal Mahon, in : Aubert/Mahon [édit.], Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999, Zurich 2003, n. 2, 3 et 15 ad art. 190 ; Giovanni Biaggini, Orell Füssli Kommentar zur Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft, 2e éd. 2017, n. 13 et 15 ad art. 190).
3.3 En l'espèce, le grief de violation du principe de causalité constitue le seul argument juridique invoqué par A._______ dans ses recours. Il convient, dès lors, d'examiner la conformité des art. 60b et 61a LEaux avec la Constitution, plus singulièrement le principe de causalité ancré à son art. 74 al. 2, étant précisé que la loi devra de toute manière être appliquée à la recourante.
4.
4.1 Conformément à l'art. 74 al. 1 Cst., la Confédération légifère sur la protection de l'être humain et de son environnement naturel contre les atteintes nuisibles et incommodantes. Elle veille à prévenir ces atteintes ; les frais de prévention et de réparation sont à la charge de ceux qui les causent (art. 74 al. 2 Cst.). Cette dernière disposition n'a, selon le Tribunal fédéral et la doctrine majoritaire, pas d'application directe ; elle a essentiellement un caractère programmatoire et il appartient ainsi au législateur de la concrétiser (cf. Mahon, op. cit., n. 13 ad art. 74 ; Biaggini, op. cit., n. 10 et 13 ad art. 74 ; Beatrice Wagner Pfeifer, in : Hettich/Jansen/Norer [édit.], Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, Zurich 2016, n. 16 ad art. 3a LEaux et réf. cit.). Cela étant, l'invocabilité de ce principe constitutionnel en justice est admis par la majorité de la doctrine (cf. Reto Morell/Klaus A. Vallender, in : Ehrenzeller/Schindler/Schweizer/Vallender [édit.], Die schweizerische Bundesverfassung - St.Galler Kommentar, 3e éd. 2014, n. 19 ad art. 74 ; Martin Frick, Das Verursacherprinzip in Verfassung und Gesetz, Bern 2004, p. 128 ss et réf. cit. ; Wagner Pfeifer, op. cit., n. 16 ad art. 3a LEaux). Le Tribunal fédéral est, pour sa part, entré à plusieurs reprises en matière sur le grief de violation du principe de causalité, invoqué en relation avec la LEaux ou la LPE dans des cas d'application du droit cantonal (cf. ATF 137 I 257 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_161/2016 du 26 septembre 2016, 2C_160/2014 du 7 octobre 2014 et 2C_816/2009 du 3 octobre 2011).
Dans la mesure notamment où ce principe, tel que défini à l'art. 74 al. 2 Cst., n'a pas une portée plus large que lorsqu'il est exprimé à l'art. 2 LPE (cf. Morell/Vallender, op. cit., n. 28 ad art. 74 et réf. cit.), il y a lieu de considérer que la recourante est légitimée à faire valoir sa violation par devant le Tribunal de céans.
4.2 L'art. 74 al. 2 Cst. stipule que les frais de prévention et de réparation des atteintes à l'environnement nuisibles ou incommodantes sont à la charge de ceux qui les causent. Selon l'art. 3a LEaux, dont le libellé est identique à celui de l'art. 2 LPE, celui qui est à l'origine d'une mesure prescrite par la loi en supporte les frais. Ces dispositions consacrent le principe de causalité, qui a pour objectif l'imputation des coûts (préventifs ou réparateurs) liés à l'utilisation des ressources naturelles et aux atteintes à l'environnement, en les mettant à charge de celui qui utilise ces ressources ou porte atteinte à l'environnement, plutôt qu'à charge de la collectivité. Il met ainsi certains frais en rapport direct avec un usage ou une consommation de biens dans une perspective conforme à l'économie de marché (cf., sur la définition du principe de causalité, Mahon, op. cit., n. 13 ad art. 74 ; Alain Griffel, in : Waldmann/Belser/Epiney [édit.], BS-Kommentar zur Bundesverfassung, Fribourg 2015, n. 34 ss ad art. 74 ; Wagner Pfeifer, op. cit., n. 20 ss ad art. 3a LEaux ; Anne Petitpierre Sauvain, Le principe pollueur-payeur dans la loi sur la protection des eaux, in : Le Droit de l'environnement dans la pratique, 1999, p. 494 ss).
4.3 Bien que tenu de respecter le principe de causalité, de rang constitutionnel, le législateur dispose d'une certaine marge de manoeuvre lorsqu'il est chargé de l'appliquer. Le principe n'a pas une portée absolument claire et peut revêtir des significations diverses. Il n'est ainsi pas applicable tel quel dans tous les cas, ne serait-ce que parce qu'il n'est pas toujours possible, en matière d'environnement, de déterminer et d'isoler l'origine des nuisances. Dans les (rares) cas où le respect de ce principe ne permet pas d'atteindre le but fixé par l'art. 74 al. 1 Cst. (protection de l'être humain et de son environnement naturel contre les atteintes nuisibles ou incommodantes), il doit être sacrifié au profit de la réalisation de ce but. En matière de protection des eaux, l'art. 60a al. 2 LEaux - qui a trait aux taxes cantonales sur les eaux usées - prévoit expressément une réserve au principe du pollueur-payeur, dans les cas où l'application de ce principe compromet l'élimination des eaux usées selon les principes de protection de l'environnement (cf. Frick, op. cit., p. 125 ss et réf. cit. ; Mahon, op. cit., n. 13 ad art. 74 et réf. cit. ; Wagner Pfeifer, op. cit., n. 40 ad art. 3a LEaux ; Luc Jansen, in : Hettich/Jansen/Norer [édit.], Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, Zurich 2016, n. 72 ss ad art. 60a LEaux).
4.4 L'art. 74 al. 2 Cst. consacre également le principe de prévention qui impose que des mesures contre de potentielles atteintes à l'environnement soient prises de manière aussi préventives que possible, pour des motifs autant pratiques qu'économiques (cf. Morell/Vallender, op. cit., n. 20 ss ad art. 74 et réf. cit.). En matière de protection des eaux, il s'agit non seulement de lutter à la source, mais aussi d'empêcher les eaux polluées de parvenir dans les cours d'eaux et de maintenir la qualité de ces derniers grâce à une protection aussi bien quantitative que qualitative. Ce souci de prévention, qui est un objectif de l'application intégrale du principe de causalité, s'avère compatible avec des mesures intervenant uniquement dans le cadre de l'assainissement, du nettoyage ou de la restauration des écosystèmes endommagés (cf. Sauvain, op. cit., p. 503). Tout aussi important en la matière est l'effet incitatif permettant de réduire la quantité d'eaux polluées à traiter (cf. Jansen, op. cit., n. 9 ad art. 60a LEaux).
La perception de taxes de financement d'évacuation et de traitement des eaux doit, en outre, respecter un certain nombre de principes applicables en droit fiscal, en particulier ceux de la légalité, de l'intérêt public, de la proportionnalité et de l'égalité de traitement. En font également partie les principes de la couverture des frais et de l'équivalence qui, en matière d'eaux usées, sont en étroite connexité avec le principe de causalité. Le principe de la couverture des frais signifie que le produit total des taxes ne doit être ni supérieur ni inférieur, à moyen terme, aux coûts totaux de l'évacuation et du traitement des eaux. Quant au principe de l'équivalence, il implique que le montant d'une taxe doit être fixé en proportion raisonnable de la valeur de la prestation fournie par la collectivité publique en faveur de celui qui est soumis à cette taxe. On ne doit toutefois pas déduire de ces deux principes que la taxe facturée à chaque pollueur doit toujours correspondre à la quantité précise d'eaux produites, un certain schématisme étant admis pour chaque taxation individuelle (cf. Jansen, op. cit., n. 33 et 39 ss ad art. 60a LEaux).
5.
5.1 Avec effet au 1er janvier 2016, la LEaux a été modifiée comme suit :
Art. 60a, titreTaxes cantonales sur les eaux usées
Art. 60bTaxe fédérale sur les eaux usées
1 La Confédération perçoit auprès des détenteurs de stations centrales d'épuration des eaux usées une taxe pour financer l'indemnisation des mesures destinées à éliminer les composés traces organiques visés à l'art. 61a, y compris les frais d'exécution de la Confédération.
2 Les détenteurs de stations centrales d'épuration des eaux usées qui ont pris des mesures selon l'art. 61a et présenté, d'ici au 30 septembre de l'année civile, le décompte final des investissements effectués sont exemptés de la taxe à partir de l'année civile suivante.
3 Le montant de la taxe est fixé en fonction du nombre d'habitants raccordés à la station. Il ne peut excéder 9 francs par habitant et par an.
4 Le Conseil fédéral fixe le tarif en fonction des coûts prévisionnels et règle les modalités de perception de la taxe. La taxe est supprimée au plus tard le 31 décembre 2040.
5 Les détenteurs de stations imputent la taxe à ceux qui sont à l'origine de la mesure.
Art. 61, titreElimination de l'azote dans les installations d'évacuation et d'épuration des eaux
Art. 61aElimination des composés traces organiques dans les installations d'évacuation et d'épuration des eaux
1 Dans les limites des crédits accordés et des moyens disponibles, la Confédération alloue aux cantons des indemnités pour la mise en place des installations et équipements suivants :
a.installations et équipements servant à l'élimination de composés traces organiques dans les stations centrales d'épuration des eaux usées, dans la mesure où ils sont nécessaires pour respecter les prescriptions sur le déversement d'eaux usées dans les eaux ;
b.égouts permettant de renoncer aux installations et équipements prévus à la let. a.
2 Les indemnités sont allouées lorsque la mise en place des installations, des équipements et des égouts a commencé après le 1er janvier 2012 et dans un délai de 20 ans à compter de l'entrée en vigueur de la modification du 21 mars 2014 de la présente loi.
3 Les indemnités se montent à 75 % des coûts imputables.
Section 3 (art. 84)
Abrogée.
Selon le Message du Conseil fédéral, cette nouvelle réglementation vise à lutter contre la prolifération des composés traces organiques (micropolluants tels que, par exemple, des médicaments, des hormones et des biocides) dans les cours d'eau, en provenance des eaux traitées. Ces micropolluants ne sont éliminés que partiellement, voire pas du tout, dans les STEP et parviennent dans les eaux avec les eaux usées ayant subi un traitement biologique. Dans les cours d'eau contenant plus de 10% d'eaux traitées, les composés traces organiques atteignent des concentrations qui nuisent à la reproduction et au développement des plantes, des animaux et des microorganismes particulièrement sensibles. Cette charge polluante est particulièrement élevée dans les régions densément peuplées et fortement exploitées du Plateau suisse, où l'on totalise 1400 kilomètres de cours d'eau dont le débit est constitué à plus de 10% d'eaux traitées biologiquement. La loi ne prévoit donc pas d'équiper toutes les STEP de Suisse d'installations d'élimination des micropolluants. L'optimisation ciblée d'environ 100 des 700 stations existantes (à savoir les grandes stations et celles situées sur des rivières à forte proportion d'eaux traitées), financée à 75% par la nouvelle taxe, est privilégiée, dans le but de diminuer de moitié l'apport de composés traces organiques dans les eaux (cf. FF 2013 4972 s.).
Les art. 51a à 51d et 52a OEaux complètent et précisent la loi. L'art. 2 ch. 8 de l'annexe 3.1 de l'OEaux pose les critères permettant de déterminer les STEP appelées à optimiser leurs installation et qui bénéficient, pour ce faire, d'indemnités à hauteur de 75% des coûts imputables (cf. FF 2013 4977 s.).
5.2 Dans son recours, A._______ insiste particulièrement sur le fait que la STEP qu'elle exploite, bien que tenue de s'acquitter de la taxe comme toutes les autres stations de Suisse, n'est pas concernée par les mesures d'élimination des composés traces organiques prévues à l'art. 60b al. 1 LEaux, financées à 75% grâce à la taxe. En effet, la STEP de D._______, à laquelle seuls 17'494 habitants étaient raccordés pour l'année 2016 (17'894 pour l'année 2017), n'entre pas dans l'une des catégories d'installations pour lesquelles un financement des mesures de suppression des micropolluants dans les eaux usées est prévu, selon l'OEaux. Dès lors, la recourante se trouve dans l'obligation de verser une taxe, sans bénéficier d'aucune mesure en contrepartie, puisque son site de D._______ ne sera pas assaini par l'installation d'équipements de traitement des composés traces organiques.
5.3
5.3.1 Dans son Message, le Conseil fédéral relève d'emblée qu'un financement respectueux du principe du pollueur-payeur, principale exigence des cantons et des milieux intéressés, est une priorité (cf. FF 2013 4970 et 4973). Il évoque, en outre, les raisons écologiques et pratiques pour lesquelles il juge nécessaire d'axer les mesures d'assainissement uniquement sur certaines STEP, de manière ciblée (cf. supra consid. 5.1), précisant que cette idée a été largement approuvée lors de la procédure de consultation (cf. FF 2013 4972). A cet égard, le Message précise encore que tous les habitants raccordés à une STEP en Suisse sont responsables de la pollution due aux micropolluants et que dès lors, soumettre au paiement de la taxe uniquement la population des régions concernées par les mesures d'optimisation serait contraire au principe de causalité, de même qu'à celui de l'égalité de traitement (cf. FF 2013 4973, 4974 et 4985). Ainsi, sans subventions fédérales financées par la taxe telle que prévue à l'art. 60b LEaux, les habitants de ces régions devraient supporter les coûts occasionnés par des pollueurs domiciliés hors des zones considérées (cf. FF 2013 4985).
Jansen relève cet aspect particulier dans la relation de causalité entre la taxe de l'art. 60b LEaux et la mesure qu'elle finance indirectement : tous les habitants de Suisse raccordés à une STEP sont soumis à la taxe, même si cette dernière installation n'est pas équipée des mesures de traitement spécifique contre les micropolluants, qui ne touchent que les stations polluant le plus. Il souligne que la justification d'une telle imputation de la taxe réside dans le fait que toute la population nationale profite de la réduction de ces micropolluants, en accord avec le principe de causalité (cf. Jansen, op. cit., n. 8 et 10 ad art. 60b LEaux).
Ainsi, dans l'optique du législateur, le fait que la recourante, comme des centaines d'autres exploitants de STEP en Suisse, est tenue de participer au financement de mesures qui ne la touchent pas directement, sert précisément le principe du pollueur-payeur. A._______ ne nie pas, du reste, que les personnes reliées à sa station de D._______ sont aussi responsables de la prolifération de composés traces organiques dans les eaux suisses. Elle ne prétend pas non plus que l'assainissement ne profitera pas à l'ensemble des habitants du pays, y compris ceux raccordés à sa STEP. Ces derniers étant à l'origine de la pollution et des mesures, prises en conséquence, qui leur seront par ailleurs profitables, le principe de causalité semble, sous l'angle évoqué par la recourante, pleinement respecté. Il y a encore lieu de préciser que si les STEP sont bien les débitrices de la taxe perçue par la Confédération (cf. art. 60b al. 1 LEaux), les stations la répercutent ensuite sur les habitants raccordés (cf. art. 60b al. 5 LEaux), de sorte que la recourante ne saurait se plaindre d'une diminution de son patrimoine induite par la nouvelle taxe. Elle n'est pas la débitrice finale de la taxe qu'elle conteste.
5.3.2 Il convient en outre de préciser que le taxe couvre indirectement des frais d'investissement, soit des coûts fixes et non variables relevant de l'exploitation des STEP. Les exigences découlant du principe de causalité sont ainsi moins fortes, d'autant que le montant de la taxe, qui ne peut excéder 9 francs par habitant et par an (cf. art. 60b al. 3 LEaux), reste modique (cf. Jansen, op. cit., n. 19ss ad art. 60b LEaux). La taxe ayant, par ailleurs, un caractère forfaitaire marqué, les principes de la proportionnalité et l'effet incitatif ne trouvent pas application (cf. ibidem). L'aspect forfaitaire de la taxe peut certes être critiquable sous l'angle du principe du pollueur-payeur. Cela étant, cet aspect peut, d'une part, être tempéré au moment de l'imputation de la taxe aux utilisateurs (cf. recommandations VSA/OIC p. 7s., qui proposent d'augmenter le tarif de la taxe de base et/ou au m3). D'autre part, la provenance exacte des micropolluants reste inconnue (cf. FF 2013 4980). Cette difficulté à déterminer précisément la source de la pollution, évoquée également par A._______ dans ses recours pour contester le bien-fondé de la taxe, a pourtant obligé le législateur à privilégier une taxe forfaitaire qui, par sa nature, modère les impératifs résultant du principe de causalité. Il sied à ce propos de rappeler l'importance du principe de prévention qui légitime l'action du législateur, même en cas de difficultés à isoler l'origine d'une atteinte à l'environnement. En outre, on ne peut soutenir que les habitants reliés au réseau des eaux usées sont étrangers à la pollution de ces eaux, de sorte que ce n'est pas par pure fiction qu'on les a désignés comme débiteurs de la taxe, comme cela a été avancé par la recourante.
5.3.3 A._______ critique également le fait que les micropolluants produits par l'industrie et l'artisanat ne sont pas pris en compte dans le calcul du montant de la taxe due par une STEP.
Dans son Message, le Conseil fédéral indique qu'il n'est pas possible d'inclure l'industrie et l'artisanat dans le calcul de l'assiette au prorata de leur responsabilité, au motif que la provenance de la plupart des micropolluants est inconnue (cf. FF 2013 4980). Le libellé de la loi (cf. l'art. 60b al. 5 LEaux) ne laisse toutefois pas penser que les entreprises évacuant leurs eaux usées dans une station communale peuvent échapper au remboursement de la taxe au détenteur de la station. D'ailleurs, les recommandations VSA/OIC précisent que des entreprises peuvent bien faire partie de « ceux qui sont à l'origine de la mesure » au sens de l'art. 60b al. 5 LEaux. Elles contiennent d'ailleurs des conseils pour l'imputation de la taxe aux entreprises, dans les cas où une station reçoit des eaux usées industrielles (cf. recommandations VSA/OIC p. 5-7). Le Conseil fédéral explique, en outre, que l'OEaux ne fixe pas d'exigences supplémentaires pour ce qui est du déversement d'eaux industrielles dans les eaux ou dans le réseau public de canalisations, car elle exige déjà que les mesures nécessaires et conformes aux techniques actuelles soient prises pour éviter la pollution des eaux. Les principes en vigueur sont jugés suffisants pour assurer une protection efficace des eaux, la Confédération participant, par ailleurs, déjà à la mise au point de procédés novateurs destinés à éliminer les micropolluants provenant des eaux industrielles et artisanales (cf. FF 2013 4978). Dès lors, l'industrie contribue déjà, en amont, à la diminution des micropolluants dans ses eaux usées (cf. notamment l'Annexe 3.2 de l'OEaux, qui réglemente le déversement des eaux industrielles dans les eaux ou dans les égouts publics).
Il semble donc que tant pour des raisons pratiques (difficulté d'évaluation du degré de pollution par déversement de micropolluants dans les eaux usées de la part de l'industrie et de l'artisanat) qu'écologiques (soumission déjà existante de ces secteurs à des normes visant à abaisser les micropolluants dans leurs eaux usées), la fixation du montant de la taxe prévue à l'art. 60b al. 1 LEaux fasse fi des eaux industrielles à traiter (cf. à ce propos : Elimination des composés traces organiques dans les stations d'épuration, Financement des mesures, OFEV 2016, p. 10 ss). Cela ne signifie pas pour autant que les entreprises reliées à des stations communales sont exemptées, au final, de la taxe, de sorte que la solution privilégiée par le législateur paraît en adéquation avec le principe de causalité.
5.3.4 S'agissant de l'exemption de la taxe telle que prévue à l'art. 60b al. 2 LEaux, contestée par A._______, force est de constater qu'elle sert le principe de causalité, de même que celui de l'égalité de traitement, comme le Message l'explique de manière convaincante. En effet, les STEP qui optimisent leurs équipements, et, partant, les habitants raccordés, doivent supporter des coûts supplémentaires en termes d'exploitation, d'entretien et de capital suite aux mesures prises ; leur imposer une taxe fédérale supplémentaire les désavantagerait nettement par rapport aux stations qui n'optimisent pas leur équipement (cf. FF 2013 4977 et 4980 ; cf. aussi Benjamin Märkli, in : Hettich/Jansen/Norer [édit.], Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, Zurich 2016, n. 13 ad art. 61a LEaux). Il y a lieu, ici, de souligner l'importance décisive de l'effet incitatif ; sans exemption de la taxe après réalisation des travaux d'assainissement, les STEP risqueraient fortement de renoncer à entreprendre des mesures pour des motifs économiques.
5.3.5 La recourante estime encore que le cercle des assujettis à la taxe n'est pas clairement défini. Or la loi les définit clairement (cf. art. 61b al. 1 et al. 5 LEaux) et les recommandations VSA/OIC apportent de nombreuses précisions à cet égard, mais aussi à propos du mode de perception défini à l'art. 51c OEaux. Il n'y a donc aucune critique à formuler en lien avec le principe de causalité.
5.3.6 D'autres arguments avancés par la recourante n'apparaissent pas non plus problématiques sous l'angle du principe du pollueur-payeur.
Tel est le cas de l'allocation rétroactive d'indemnités pour l'installation d'équipements antérieurement à l'entrée en vigueur de la loi (cf. art. 61a al. 2 LEaux), rendue possible par l'abrogation de l'art. 84 aLEaux (cf. Märkli, op. cit., n. 19 ad art. 61a LEaux), qui n'est pas critiquable sous l'angle du principe de causalité.
Il en va de même du « subventionnement caché » que constituerait la taxe fédérale sur les eaux usées. En tout état de cause, les soutiens financiers prévus pour les mesures destinées à éliminer les composés traces organiques des eaux usées sont des indemnités selon la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu, RS 616.1) (cf. FF 2013 4985). Il s'agit donc d'une forme de subvention qui n'est nullement dissimulée (cf. aussi Märkli, op. cit., n. 8 ad art. 61a LEaux).
Quant à la question de savoir si la taxe, au moment de sa répercussion auprès des pollueurs effectifs en application de l'art. 60b al. 5 LEaux, est soumise ou non à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA), elle est étrangère à la problématique du principe de causalité, de même que celle consistant à savoir si les STEP sont légitimées ou non à percevoir des contributions publiques. Ces questions peuvent dès lors rester indécises.
5.3.7 En revanche, une hypothèse envisagée par la recourante pourrait, si elle venait à se réaliser, ne pas s'avérer entièrement compatible avec le principe de causalité, ainsi qu'avec celui de l'égalité de traitement. En effet, si A._______, bien que non visée par la nouvelle législation, décidait tout de même d'équiper sa station de D._______ d'équipements d'élimination des micropolluants, elle serait doublement désavantagée. D'une part, elle ne pourrait bénéficier d'aucune indemnité et devrait financer elle-même intégralement les travaux (ou alors trouver une autre source de financement), alors même qu'elle participe au financement du fond servant à subventionner les mesures d'assainissement. L'art. 61a al. 1 let. a LEaux limite explicitement l'octroi d'indemnités à la mise en place d'installations et d'équipements servant à l'élimination de composés traces organiques dans les stations centrales d'épuration des eaux usées, « dans la mesure où ils sont nécessaires pour respecter les prescriptions sur le déversement d'eaux usées dans les eaux ». Cette formulation renvoie aux STEP les plus problématiques du point de vue écologique, sur lesquelles il a été décidé d'axer les mesures d'assainissement et qui sont plus précisément définies à l'Annexe 3.1 de l'OEaux. Celle de D._______ n'en fait effectivement pas partie. D'autre part, une fois la station équipée, la recourante et les habitants raccordés seraient toujours débiteurs de la taxe, potentiellement jusqu'à fin 2040. L'art. 60b al. 2 LEaux, qui fixe les conditions d'exemption de la taxe, réserve expressément la possibilité d'une telle exemption aux détenteurs de stations qui ont pris des mesures « selon l'art. 61a (...) », dont est exclue A._______.
Une telle situation ne constitue toutefois, en l'état, qu'une simple hypothèse en l'absence d'un projet concret de la recourante. De surcroît, celle-ci - à l'image des autres détenteurs de STEP non concernés par les mesures de lutte contre les composés traces organiques - n'est nullement encouragée à assainir ses installations. Premièrement, elle n'est pas censée le faire en vertu de la loi, les efforts devant se concentrer, dans l'intérêt général, sur des stations plus polluantes. Deuxièmement, un assainissement engendrerait une augmentation de ses dépenses globales, après travaux. Il n'y a donc pas lieu, en l'état, de trancher la question d'un éventuel vice constitutionnel qui pourrait résulter d'une situation purement hypothétique, non réalisée en l'espèce.
En tout état de cause, en vertu du principe de l'immunité des lois fédérales, une éventuelle violation de la Constitution fédérale pour les raisons évoquées n'empêcherait pas la loi de s'appliquer telle quelle à A._______. Il sied de préciser, à ce propos, qu'il n'y aurait pas de place non plus pour sanctionner une éventuelle inconstitutionnalité de l'OEaux, laquelle, à son Annexe 3.1, ne fait que reprendre et préciser l'art. 61a al. 1 let. a LEaux et bénéficie donc de l'effet indirect de l'immunité de la loi (cf. à ce propos ATF 143 II 87 consid. 4.4, ATF 139 II 460 consid. 2 ; Mahon, op. cit., n. 12 et 13 ad art. 190 ; Biaggini, op. cit., n. 12 ad art. 190).
5.3.8 Il y a encore lieu de s'intéresser, pour la bonne forme, à la nature de la taxe litigieuse. Dans le Message, il est indiqué qu'il s'agit d'une taxe avec équivalence de groupe qualifiée, car il y a congruence entre le cercle des débiteurs (à savoir, via les exploitants des STEP, l'ensemble des utilisateurs sur qui la taxe est répercutée) et celui des personnes qui bénéficient du produit de la taxe. Une telle taxe n'aurait besoin que d'une base constitutionnelle de par la connexité matérielle, telle qu'elle existe à l'art. 76 al. 3 Cst. (cf. FF 2013 4984). Or d'une part, la question de la constitutionnalité de ce type de taxe est disputée en doctrine et n'a, pour l'heure, pas été tranchée par le Tribunal fédéral (cf. Wagner Pfeifer, op. cit., n. 54 ad art. 3a LEaux et réf. cit.). D'autre part, la réelle nature de la taxe est controversée. Selon Wagner Pfeifer, il s'agit non pas d'une contribution causale (pour la définition de la contribution causale, cf. ATF 143 I 220 consid. 4.2), mais d'un impôt d'attribution des coûts (« Kostenanlastungssteuer » ; pour la définition, cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_655/2015 du 22 juin 2016 consid. 4.1), car il n'y a pas de lien entre la rénovation d'un nombre limité de STEP sélectionnées d'un côté, et l'ensemble des utilisateurs des stations de toute la Suisse de l'autre. Un tel impôt nécessiterait une base constitutionnelle plus spécifique (cf. Wagner Pfeifer, op. cit., n. 55 ad art. 3a LEaux et réf. cit.).
La question débattue de la conformité de la taxe introduite par l'art. 60b LEaux avec le principe constitutionnel de légalité peut toutefois rester indécise, étant entendu que la recourante n'a pas invoqué la violation de ce principe et qu'un tel examen serait vain pour A._______, en raison du principe de l'immunité des lois fédérales.
5.4 En résumé, les art. 60b et 61a LEaux, dans la mesure où ils soumettent, via la recourante, les utilisateurs de la STEP de D._______ à une taxe fédérale sur les eaux usées, apparaissent en adéquation avec le principe de causalité. Cela étant, ce principe, de même que celui de l'égalité de traitement, pourrait être mis à mal dans un certain cas de figure qui n'est, en l'état, qu'hypothétique. Par ailleurs, des incertitudes subsistent quant à la conformité de cette législation avec le principe de légalité.
En tout état de cause, en vertu du principe de l'immunité des lois fédérales, le Tribunal doit appliquer ces dispositions légales. Dans ces conditions, la recourante est tenue de s'acquitter de la taxe pour les années 2016 et 2017, dont elle ne conteste pas les montants en tant que tels.
5.5 Au vu de ce qui précède, les recours des 21 octobre 2016 et 12 août 2017 doivent être rejetés et les décisions des 16 septembre 2016 et 24 juillet 2017 confirmées.
6.
6.1 Vu l'issue de la cause, il y a lieu de mettre les frais de procédure à la charge de la recourante, conformément aux art. 63 al. 1, 4bis et 5 PA et 1, 2 et 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). En l'espèce, ces frais sont arrêtés à 5'000 francs. Il convient de prélever cette somme sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
6.2 La recourante succombant sur l'entier de ses conclusions, il ne sera pas alloué de dépens (cf. art. 64 PA). L'autorité inférieure n'a pas droit non plus à des dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF).
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Les recours sont rejetés.
2. Les frais de procédure d'un montant de 5'000 francs sont mis à la charge de la recourante. Cette somme est prélevée sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (Recommandé)
- au DETEC (Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit est portée à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Jérôme Candrian
Mathieu Ourny
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie du recours en matière de droit public, dans les 30 jours qui suivent la notification (cf. art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (cf. art. 42 LTF).
Expédition :