bvger · A-4867/2023 · 2026-07-16 · fr
A-4867/2023

Infrastructure ferroviaire

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-4867/2023
Arrêt du 16 juillet 2026
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Alexander Misic, Stephan Metzger, juges,
Jérôme Gurtner, greffier.
Parties
1. A._______,
représenté par Maître Damien Hottelier,Kulik Hottelier, Rue du Grand-Verger 9,Case postale 553, 1920 Martigny,
2. B._______,
représentée par Maître Yvan Henzer, Pacta avocats, Avenue de Mon-Repos 14,Case postale 1301, 1001 Lausanne,
3. C._______,
représenté par Maître Jean-Marc Siegrist,
Siegrist & Lazzarotto,
Quai des Bergues 23, 1201 Genève,
4. D._______,
représenté par Maître Eric Hess, Saint-Léger avocats, Rue de Saint-Léger 6, Case postale 444, 1211 Genève 4,
5. L'Hoirie de feue E._______,
6. F._______,
5 - 6 représentées par Maître Eric Hess, Saint-Léger avocats, Rue de Saint-Léger 6, Case postale 444, 1211 Genève 4,
7. G._______ 8. H._______,
9. I._______,
10. J._______,
7 - 10 représentés par Maître Pascal Pétroz,
De Boccard Associés SA, Rue du Mont-Blanc 3, 1201 Genève,
11. K._______,
12. L._______ et 13. M._______,
14. N._______,
15. O._______,
11 - 15 représentées par Maître Timo Sulc,
DuprazSulc, Rue Jean-Jaquet 10, 1201 Genève,
16. P._______,
17. Q._______,
16 - 17 représentés par Maître Jean-Daniel Borgeaud, Borgeaud Avocats, 25, quai des Bergues, 1201 Genève,
recourants,
contre
Transports publics genevois (TPG), Route de la Chapelle 1,Case postale 950, 1212 Grand-Lancy 1,
représentée parMaître Tobias Zellweger, PYXIS LAW, 16, rue de Hesse, Case postale 1970, 1211 Genève 1,
intimée,
Office fédéral des transports OFT,Division Infrastructure, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Transports Publics Genevois (TPG) ; approbation des plans ; ligne de tramways n° 15 ; extension en direction de « St-Julien-en-Genevois » (F) ; secteur suisse.
Faits :
A.
A.a Le 19 octobre 2016, les Transports publics genevois (ci-après : TPG) ont soumis pour approbation à l'Office fédéral des transports (ci-après : l'OFT) les plans du projet global consistant à prolonger la ligne de tramway n° 15 depuis les « Palettes » jusqu'à la frontière française, afin de desservir à terme la commune de « St-Julien-en-Genevois » (France). Le secteur suisse s'étend entre « Palettes » et « Perly-Douane ». Les coûts totaux du projet ont été devisés à près de CHF 300 millions.
A.b Par décision d'approbation des plans du 3 août 2020, l'OFT a approuvé un projet partiel. Il s'agissait du premier tronçon de l'extension s'étendant entre « Palettes » et « Tourbillon (ZIPLO) », soit entre le terminus existant et l'autoroute A2. Son tracé s'étendait sur 2'720 m. Les coûts relatifs à ce tronçon étaient devisés à CHF 147,9 millions.
A.c Le projet final porte sur le deuxième tronçon de l'extension s'étendant entre « Tourbillon (ZIPLO) » et « Perly-Douane », soit entre l'autoroute A2 et la frontière nationale. Son tracé s'étend sur 2'020 m. Les coûts relatifs à ce tronçon sont devisés à CHF 144,3 millions.
B.
B.a Pendant le délai de mise à l'enquête publique dans les communes de Lancy, Plan-les-Ouates, Confignon, Perly-Certoux et Bardonnex, du 23 janvier au 22 février 2017, concernant la réalisation du deuxième tronçon, 248 oppositions sont parvenues à l'OFT, dont celles de A._______, la société B._______, C._______, D._______, E._______, la société F._______, G._______ et H._______, I._______, J._______, K._______, L._______ et M._______, N._______, O._______, P._______ et Q._______.
B.b Le 24 avril 2017, la Direction générale des transports du canton de Genève a transmis à l'OFT les préavis des différents services cantonaux consultés concernant les tronçons 1 et 2.
B.c Du 24 mars au 7 juillet 2017, l'OFT a reçu les prises de position de l'Office fédéral de l'énergie (OFEN), de l'Inspection fédérale des installations à courant fort (ESTI), de l'Office fédéral des routes (OFROU), de l'Office fédéral de la culture (OFC), de l'Office fédéral du développement territorial (ARE), de l'Inspection fédérale des pipelines et de l'Office fédéral de l'environnement (OFEV).
Dans une lettre du 31 mai 2017 adressée à l'OFT, l'ARE a requis de l'OFT qu'il mette à disposition des études permettant au canton d'affirmer que la route conditionnerait le projet d'extension du tramway.
B.d Les TPG se sont prononcés sur les préavis des offices fédéraux et des services cantonaux le 29 janvier 2018. En réponse à la prise de position de l'ARE concernant la route de contournement, les TPG indiquent en conclusion que les motifs justifiant cette nouvelle infrastructure routière figureront dans le dossier du Plan directeur cantonal (PDCn) qui sera mis à jour, puis transmis à l'ARE pour approbation.
B.e Le 20 mars 2018, l'ARE a transmis à l'OFT sa prise de position adaptée. Il maintient sa demande de documentation ad hoc concernant cette route, en expliquant que le tramway Genève-Saint-Julien avait pu être approuvé sans cet élément, dans le cadre de la mise à jour du PDCn en coordination réglée en 2015. L'ARE indiquait que cette route constituait un nouvel élément important du projet, nécessitant un complément d'approbation de la part de la Confédération dans le cadre de la mise à jour du PDCn. A défaut, le projet pourrait faire l'objet d'une réserve dans le cadre de la future procédure d'approbation du PDCn.
B.f Les 25 septembre et 20 octobre 2020, les TPG ont transmis à l'OFT leur détermination sur les préavis des offices fédéraux et des services cantonaux (état au 19 octobre 2020), un addenda au rapport d'impact sur l'environnement et ses annexes concernant les remarques et demandes relatives au tronçon n° 2, ainsi que les dossiers d'ouvrage pour la réalisation de l'ouvrage d'art OA Champs-des-Aulx, de la déviation du gazoduc, du carrefour des Mattines, du Passage inférieur Sauterie et de trois murs de soutènement.
B.g Le 18 novembre 2020, l'ARE a formulé des remarques complémentaires concernant la route de contournement.
B.h Le 13 janvier 2021, l'ARE a publié son rapport d'examen concernant la première mise à jour du plan directeur cantonal du canton de Genève. Le rapport précise notamment que l'ARE a pris bonne note des explications du canton concernant la route de contournement et que, dès lors, le projet pouvait être adopté en coordination réglée. Toutefois, se référant au ch. 4.34 de son rapport, l'ARE émettait des réserves dans la mesure où cette route semblait être le prélude à des extensions d'urbanisation sur le territoire de la commune de Bardonnex.
B.i Le 18 janvier 2021, le Conseil fédéral a approuvé la première mise à jour du Plan Directeur cantonal 2030.
C. Par décision du 10 juillet 2023, l'OFT a approuvé le projet dans le sens des considérants, déclarant irrecevables, sans objet, ou rejetant certaines oppositions. L'approbation des plans est assortie de 4 dérogations et 53 charges.
D. Le 28 août 2023, G._______ et H._______, I._______ et J._______ ont déposé auprès de l'OFT une demande d'indemnité de parties d'un montant de CHF 16'159.50.
E.
E.a Le 11 septembre 2023, C._______ (ci-après : le recourant 3) a interjeté un recours contre la décision de l'OFT (ci-après : l'autorité inférieure) devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou la Cour de céans). Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision attaquée (ch. 1), au renvoi de la cause auprès de l'autorité inférieure « afin qu'[elle] examine sérieusement les variantes possibles de conservation d'un trafic résiduel effectif à double sens sur la route de Saint-Julien dans l'ensemble du village de Perly » (ch. 2), à enjoindre à l'autorité inférieure « d'intégrer aux plans autorisés les schémas de circulation permettant d'accéder à la station-service et aux commerces du recourant 3 en venant depuis la France, en faisant un demi-tour sur la route de Saint-Julien et de ressortir pour ceux qui veulent se diriger vers la ville de Genève en faisant également un demi-tour sur la route de Saint-Julien, comme cela est le cas aujourd'hui » (ch. 4), et à réserver les prétentions en indemnités d'expropriation avancées par le recourant 3 dans les conclusions de son opposition (ch. 5).
En résumé, il se plaint de l'absence d'examen de toute variante durant la planification du projet et l'instruction de la demande d'approbation des plans, de l'absence de coordination du projet et de la violation de son droit d'être entendu. Il considère également que la mise en place de la nouvelle infrastructure entraînera de manière quasi certaine une réduction drastique de ses activités, ce qui pourrait finalement le conduire à la faillite.
E.b Par mémoire du 12 septembre 2023, A._______ (ci-après : le recourant 1) a également interjeté recours contre cette décision, dont il demande l'annulation, avec suite de frais et dépens.
Il invoque en substance que l'autorisation de construire la route ne relève pas de la compétence ferroviaire et que la législation accessoire n'est pas respectée, car la décision attaquée ne répond pas à la question de l'emprise effective de la desserte sud sur les surfaces d'assolement (ci-après également : SDA).
E.c Par mémoire du 12 septembre 2023, la société B._______ (ci-après : la recourante 2) a formé un recours contre cette décision. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de la décision attaquée (ch. II), subsidiairement à la réforme du point 4.4.7 du dispositif de cette décision afin que son opposition soit maintenue et que le dossier soit renvoyé à l'autorité inférieure pour une nouvelle instruction (ch. III), ou, plus subsidiairement, à ce que l'intimée lui verse une indemnité pour expropriation matérielle dont le montant devra être déterminé dans le cadre de la procédure idoine (ch. IV).
Elle invoque notamment une violation de son droit d'être entendue (obligation de motiver) et de sa liberté économique. Elle estime également que le projet envisagé constitue en fait une expropriation matérielle, ce qui lui donne droit à une indemnité.
E.d Par mémoire du 12 septembre 2023, D._______ (ci-après : le recourant 4) a également interjeté recours contre cette décision. Il conclut principalement à l'annulation de la décision attaquée (ch. 2). A titre subsidiaire, il demande l'annulation du point III. 4.4.3 (page 94) de cette décision, et qu'il soit « dit et constaté » que le projet a un impact définitif sur l'ensemble des parcelles nos (...) et (...), sises route de Saint-Julien (...), à 1258 Perly, sur lesquelles un commerce de véhicules automobiles est exploité par le biais d'un bail à loyer. Il demande également, toujours à titre subsidiaire, qu'il soit « dit et constaté » qu'un tel impact constitue une expropriation formelle totale à titre permanent (ch. 6). Enfin, plus subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle prenne une nouvelle décision dans le sens des considérants (ch. 10). Ces diverses conclusions sont toutes prises avec suite de dépens.
Le recourant 4 considère en substance que les conditions de l'expropriation formelle ne sont pas remplies. A titre subsidiaire, il critique la décision attaquée, car l'autorité inférieure considère que l'expropriation de son droit personnel n'est que temporaire. Il estime qu'elle doit être requalifiée en expropriation complète et permanente.
E.e Par acte du 12 septembre 2023, E._______ et la société F._______ (ci-après : les recourants 5 et 6) ont également interjeté recours contre cette décision devant le Tribunal de céans. Ils concluent principalement à l'annulation de la décision attaquée (ch. 2). A titre subsidiaire, ils demandent l'annulation du point III. 4.4.4 (page 94) de cette décision, et qu'il soit « dit et constaté » que le projet a un impact définitif sur l'ensemble des parcelles nos (...) et (...), sises route de Saint-Julien (...), à 1258 Perly, appartenant à E._______, et sur lesquelles est exploitée une station-service et un shop dont la raison sociale est (...) (ch. 6). Ils demandent également, toujours à titre subsidiaire, qu'il soit « dit et constaté » qu'un tel impact constitue une expropriation formelle totale à titre permanent (ch. 7). Par ailleurs, plus subsidiairement, ils demandent l'annulation du point III. 4.4.4 (page 94) de cette décision, et qu'il soit « dit et constaté » que le projet a un impact définitif sur l'ensemble des parcelles nos (...) et (...), sises route de Saint-Julien (...), à 1258 Perly, appartenant à E._______, et sur lesquelles est exploitée une station-service et un shop dont la raison sociale est (...) (ch. 12). Ils demandent encore, toujours à titre plus subsidiaire, qu'il soit « dit et constaté » qu'un tel impact constitue une expropriation matérielle (ch. 13). Enfin, plus subsidiairement encore, ils demandent le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle prenne une nouvelle décision dans le sens des considérants (ch. 17). Ces conclusions sont toutes prises avec suite de dépens.
Les recourants 5 et 6 estiment en substance que les conditions de l'expropriation formelle ne sont pas remplies. A titre subsidiaire, ils critiquent la décision attaquée, car l'autorité inférieure considère que leur expropriation est temporaire et partielle. Ils estiment qu'elle doit être requalifiée en expropriation totale et permanente. Enfin, ils estiment que l'expropriation partielle et temporaire octroyée à l'intimée par l'autorité inférieure doit être requalifiée en expropriation matérielle.
E.f Par mémoire du 12 septembre 2023, G._______ et H._______, I._______ et J._______ (ci-après : les recourants 7 à 10) ont interjeté recours contre cette décision. Ils concluent, préalablement, à ce que le Tribunal ordonne une expertise pluridisciplinaire confiée à un urbaniste et à un ingénieur du trafic reconnu pour ses compétences et son indépendance vis-à-vis des promoteurs du projet, afin d'évaluer la faisabilité et le coût de différentes variantes permettant de maintenir simultanément la ligne de tramway et la circulation automobile sur la route de Saint-Julien (ch. 2). A titre principal, ils demandent au Tribunal de déclarer l'autorité inférieure incompétente pour approuver les plans relatifs à la route de desserte sud du village de Perly (ch. 3), d'annuler la décision attaquée (ch. 4), de condamner l'autorité inférieure à leur verser la somme de CHF 16'159.50 au titre de frais extrajudiciaires de représentation (ch. 5), et de condamner l'autorité inférieure à tous les frais et dépens de la présente procédure (ch. 6). A titre subsidiaire, si le Tribunal devait confirmer la décision attaquée, ils demandent au Tribunal de constater que les recourants 7 à 10 sont expropriés de leurs droits de voisinage (ch. 8), de condamner l'autorité inférieure à leur verser la somme de CHF 16'159.50 au titre de frais extrajudiciaires de représentation (ch. 9), et de condamner l'autorité inférieure à tous les frais et dépens de la présente procédure (ch. 12).
Les recourants 7 à 10 se plaignent de l'incompétence de l'autorité inférieure concernant la route de desserte, de l'absence d'un plan sectoriel, de la violation des prescriptions en matière de protection du patrimoine archéologique et historique, de la violation de la garantie de propriété, ainsi que de l'inopportunité de la décision. Ils demandent également une indemnisation pour les frais de représentation extrajudiciaire.
E.g Par acte du 12 septembre 2023, K._______, L._______ et M._______, N._______ et O._______ (ci-après : les recourants 11 à 15) ont également interjeté recours contre cette décision. Ils concluent principalement à l'annulation de la décision attaquée, avec suite de frais et dépens (ch. 1). Subsidiairement, ils concluent à l'annulation de la décision attaquée (ch. 5) et à ce que le Tribunal ordonne à l'autorité inférieure de rendre une nouvelle décision octroyant aux recourants 11 à 15 leur demande d'extension de l'expropriation à la totalité de la parcelle n° (...) de Perly-Certoux (ch. 6). Ils concluent, plus subsidiairement, à l'annulation de la décision attaquée (ch. 10), à la condamnation de l'autorité inférieure à rendre une nouvelle décision octroyant à K._______ une indemnité comprise entre CHF 274'950.- et CHF 529'412.10 (ch. 11), à la condamnation de l'autorité inférieure à rendre une nouvelle décision octroyant à L._______ et M._______ une indemnité comprise entre CHF 273'000.- et CHF 527'731.35 (ch. 12), à la condamnation de l'autorité inférieure à rendre une nouvelle décision octroyant à N._______ une indemnité comprise entre CHF 267'240.- et CHF 528'851.85 (ch. 13), et à la condamnation de l'autorité inférieure à rendre une nouvelle décision octroyant à O._______ une indemnité comprise entre CHF 364'000.- et CHF 716'519.- (ch. 14).
Les recourants 11 à 15 demandent en substance que l'expropriation totale de la parcelle de base n° (...) soit prononcée, afin qu'ils soient indemnisés en l'état et pour le futur pour les nuisances et atteintes à leurs droits de voisinage. Dans un dernier grief, si le Tribunal devait juger que la demande d'expropriation totale des recourants n° 11 à 15 n'est pas fondée, ils font valoir, sur plusieurs pages, un droit à des dommages et intérêts par le biais de la voie civile.
E.h Par acte du 14 septembre 2023, P._______, Q._______ (ci-après : les recourants 16 et 17), (...) ainsi que l'hoirie (...) ont également interjeté recours contre cette décision. Ils concluent, le tout avec suite de frais et dépens, préalablement, à ce que le Tribunal ordonne à l'autorité inférieure de verser au dossier la concession d'infrastructure relative à ce projet incluant tous les documents relatifs à la desserte sud. Ils demandent principalement à ce que le Tribunal annule la décision attaquée et subsidiairement à ce qu'il refuse l'approbation des plans dans la mesure où ils incluent la réalisation d'une nouvelle desserte routière au sud du village de Perly, refuse l'expropriation pour la réalisation d'une nouvelle desserte routière au sud du village de Perly, refuse l'expropriation et l'approbation des plans pour toute emprise provisoire et définitive sur la parcelle n° (...) propriété de P._______, refuse l'expropriation et l'approbation des plans pour toute emprise provisoire et définitive sur la parcelle n° (...) propriété de (...), et refuse l'expropriation et l'approbation des plans pour toute emprise provisoire et définitive sur la parcelle n° (...) propriété de Q._______.
Les recourants 16 et 17 invoquent une violation de certaines dispositions de la loi fédérale sur les chemins de fer, de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage, ainsi que de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement, au motif que la concession d'infrastructure octroyée à l'intimée ne prévoit pas la réalisation de la desserte routière sud. Ils se plaignent également de la caducité de la concession d'infrastructure octroyée à l'intimée, de la violation du principe de la légalité en raison de l'absence de base légale suffisante pour réaliser la desserte routière sud dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans régie par la loi fédérale sur les chemins de fer, ainsi que de la violation de dispositions de la loi fédérale sur la protection de l'environnement qui exigent une évaluation conjointe des nuisances et imposent de prendre en compte la charge actuelle de nuisances dans la zone considérée et de limiter de manière préventive les émissions.
F. Par décision du 26 septembre 2023, l'OFT a refusé la demande d'indemnité de partie formée par G._______ et H._______, I._______ et J._______.
G. Par acte du 9 octobre 2023, G._______ et H._______, I._______ et J._______ ont interjeté recours contre la décision d'indemnités de partie du 26 septembre 2023 auprès du TAF. Ils concluent, préalablement, à ce que le Tribunal ordonne la jonction de la cause avec la procédure A-4972/2023 (ch. 2), principalement à l'annulation de la décision attaquée (ch. 3) et à la condamnation de l'autorité inférieure à verser aux recourants G._______ et H._______, I._______ et J._______ la somme de CHF 16'159.50 (ch. 4), le tout avec suite de frais et dépens (ch. 5).
H. Le 16 octobre 2023, (...) et l'hoirie (...) ont déclaré se retirer de la procédure.
Par décision de radiation partielle du 19 octobre 2023, le Tribunal administratif fédéral a radié du rôle leur intervention dans la cause A-5009/2023 et dit que la procédure se poursuivait à l'égard des autres recourants.
I. Par ordonnance du 6 novembre 2023, le Tribunal administratif fédéral a joint les causes A-4867/2023, A-4893/2023, A-4920/2023, A-4921/2023, A-4922/2023, A-4972/2023, A-4975/2023 et A-5009/2023, concernant les huit recours formés contre la décision d'approbation des plans du 10 juillet 2023 de l'OFT (cf. Faits, let. E supra), et a dit que la procédure se poursuivrait sous le numéro A-4867/2023. Il a également décidé de joindre à la procédure précitée la cause A-5505/2023 concernant le recours interjeté par G._______ et H._______, I._______ et J._______ contre la décision d'indemnités de partie du 26 septembre 2023 de l'OFT (cf. Faits, let. F et G supra).
J. Le 22 décembre 2023, les TPG ont déposé leur réponse. Ils concluent principalement au rejet des recours, avec suite de frais et dépens.
K. Une séance d'inspection locale, en présence d'une délégation du Tribunal, des recourants, de représentants de l'intimée et de l'autorité inférieure, s'est tenue dans la commune de Perly le 24 février 2025. A l'issue de celle-ci, un procès-verbal de la séance d'instruction a été remis aux parties, qui ont pu se déterminer à son sujet.
L. Invité le 24 avril 2025 par le Tribunal à se déterminer, l'ARE a pris position le 18 juillet 2025.
Concernant la coordination territoriale, il relève que, selon le canton, la route de desserte a pour objectifs d'assurer la bonne exploitation du tramway en site mixte sur la route principale actuelle, et de reporter le trafic résiduel de transit hors du village de Perly-Certoux. Ce report de trafic doit permettre, dans un premier temps, de réaliser l'infrastructure du tramway sans interférence de la part de ce trafic durant la phase de chantier, puis de permettre la requalification urbaine de la route de Saint-Julien. Elle a enfin pour but de structurer les secteurs de Bardonnex qui sont voués à l'urbanisation ultérieure, avec une programmation mixte (extensions urbaines inscrites en coordination en cours dans le plan directeur cantonal).
Concernant les surfaces d'assolement, l'ARE souligne notamment qu'il a constaté que la route de desserte sud, faisant partie du projet en question, a été choisie au terme d'une analyse conduite en 2014 et comprenant trois variantes. Il ajoute que la construction de cette route implique la consommation de trois hectares de SDA, ainsi que de près de quatre hectares de terres agricoles supplémentaires non inscrites à l'inventaire cantonal des SDA.
Concernant la mobilité et les transports, il précise que ce tramway ne peut circuler qu'en site mixte, en raison du gabarit de la voirie. Il ajoute que son attractivité dépend fortement du report des quelque 17'000 véhicules qui circulent quotidiennement sur la route actuelle vers la nouvelle route de desserte sud, et précise que « la réalisation du tramway est donc étroitement liée à celle de la nouvelle route de desserte sud ».
Enfin, sous le titre « Projet d'agglomération 'Grand Genève' », l'ARE note que, lors de l'évaluation des projets d'agglomération, la Confédération ne se prononce ni sur le tracé en soi ni sur les mesures connexes nécessaires à la mise en oeuvre de la mesure cofinancée.
M. Le 17 septembre 2025, le recourant 3 a déposé ses observations finales, confirmant les arguments et conclusions de son mémoire de recours ainsi que de ses observations du 4 avril 2025.
N. Le 19 septembre 2025, le recourant 4 a également déposé ses observations finales, confirmant pour l'essentiel ses arguments et conclusions. Il critique le projet, car celui-ci implique non seulement le détournement complet du trafic vers une zone à vocation strictement agricole, mais aussi la création d'une infrastructure routière en pleine zone cultivée. Cela reviendrait à « balafrer » une zone agricole jusqu'ici préservée, avec pour conséquence directe « l'asphyxie économique des commerces locaux », dont l'activité repose majoritairement sur le passage des véhicules en transit.
O. Le 19 septembre 2025, les recourants 5 et 6 ont déposé leurs observations finales, confirmant pour l'essentiel leurs arguments et conclusions. Ils avancent des arguments similaires à ceux du recourant 4 (cf. Faits, let. N supra).
P. Le 19 septembre 2025, les recourants 7 à 10 ont déposé leurs observations finales, confirmant pour l'essentiel leurs précédentes écritures. Concernant la route de desserte, ils rappellent tout d'abord que la population transfrontalière dispose d'échangeurs autoroutiers sur son territoire, de sorte que ce bassin de population n'a pas à être pris en considération pour évaluer le risque d'embouteillage qui justifierait la construction d'une telle route. Ils rappellent ensuite que la création d'une telle route ne répond en rien à l'objectif de transfert modal : en facilitant et en permettant l'usage du véhicule privé par le biais d'une route de contournement, il est évident qu'aucune incitation n'est faite à la population transfrontalière d'utiliser les transports publics. Par ailleurs, ils estiment qu'une variante « extrême sud » aurait dû être privilégiée, d'autant que la paroi antibruit rendue nécessaire par cette route empiéterait sur une voie IVS (Inventaire des voies de communication historiques) d'importance nationale ainsi que sur une zone archéologique protégée. Ils estiment enfin que la route de desserte constitue à l'évidence un projet ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire, ce qui justifie l'adoption d'un plan sectoriel au sens de la loi fédérale sur les chemins de fer.
Q. Le 19 septembre 2025, les TPG ont déposé leurs observations finales, tout en se référant à leurs précédentes écritures. Ils estiment que le grief de violation du droit d'être entendus des recourants doit être écarté, car ceux-ci ont largement eu la possibilité de s'exprimer dans le cadre de la présente procédure. Concernant le grief tiré de la compétence à raison de la matière de l'autorité inférieure, ils estiment qu'il était nécessaire d'intégrer cette infrastructure routière à leur projet, car cette route de desserte est « indissociable » du projet de tramway. Il n'aurait pas été pertinent de soumettre cette route à une procédure d'autorisation en dehors du projet de tramway. Ils estiment également que la planification du projet est conforme au droit en ce qui concerne les variantes au projet final, la coordination et la problématique du bruit. Concernant les surfaces d'assolement, ils relèvent que la prise de position de l'ARE lors de l'instruction de la présente procédure confirme que l'emprise effective du projet final sur ces surfaces a bien été dûment examinée. La garantie de la propriété est par ailleurs respectée, dans la mesure où les commerces des recourants 4, 5 et 6 pourront être exploités pendant la durée des travaux, la station-service restant accessible en tout temps. Ils estiment que le grief d'une prétendue violation de la liberté économique des recourants doit être rejeté, dans la mesure où le projet final garantit l'accès aux parcelles des recourants. Enfin, ils estiment que la décision attaquée ne repose pas sur une constatation des faits erronée, puisque la vision locale a permis de confirmer que l'accès à la station-service restera possible en tout temps et que l'emprise provisoire n'anéantira pas l'activité de la recourante 2.
R. Le 2 octobre 2025, les recourants 16 et 17 ont déposé leurs observations finales, confirmant pour l'essentiel l'argumentation de leur recours. Concernant la desserte routière sud, ils estiment que la décision d'approbation des plans d'une prétendue installation ferroviaire pour la construction d'une route longue de 1,5 km environ destinée exclusivement au trafic individuel motorisé, traversant une zone agricole, et dont l'un des objectifs est de structurer l'urbanisation ultérieure du secteur, viole la loi fédérale sur les chemins de fer. Selon eux, la construction d'une telle route constituerait un usage abusif des facilités procédurales fédérales d'approbation des plans relatives aux grands projets fédéraux d'infrastructure.
S. Le 10 novembre 2025, les TPG ont déposé des observations spontanées.
T. Le 12 janvier 2026, les recourants 16 et 17 ont déposé des observations complémentaires en réponse aux observations spontanées des TPG.
U. Les autres faits et arguments des parties seront repris, pour autant que nécessaire, dans la partie consacrée au droit.
Droit :
1.
1.1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) n'en dispose autrement (art. 37 LTAF). Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (art. 7 PA), ainsi que la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.2 Sous réserve des exceptions, non pertinentes en l'espèce, prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. L'acte entrepris ici est bien une décision au sens de l'art. 5 PA. L'OFT est une autorité dont les décisions sont susceptibles de recours (art. 33 let. d LTAF en lien avec le ch. B. VII 1.2 de l'annexe 1 de l'ordonnance sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1] par renvoi de son art. 8 al. 1 let. a).
Le TAF est dès lors compétent pour connaître des recours dirigés contre la décision prise par l'OFT en matière d'approbation de plans sur la base de l'art. 18 de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101). Cette matière relève en effet des compétences matérielles du TAF (art. 32 LTAF a contrario).
1.3 La qualité pour recourir doit être reconnue aux recourants (art. 48 al. 1 PA). Les dispositions relatives à la représentation, au délai de recours, à la forme et au contenu du mémoire de recours (art. 11 al. 1, 50 et 52 al. 1 PA) sont en outre respectées.
Les griefs des recourants 2, 3, 5 et 6, qui demandent une indemnité pour expropriation matérielle ou le constat par le Tribunal d'une telle expropriation, sont irrecevables, dans la mesure où ce dernier n'est pas compétent pour examiner ces demandes (cf. consid. 11 infra). Il en va de même pour le recourant 4, qui demande au Tribunal de « dire et constater qu'un tel impact constitue une expropriation formelle totale à titre permanent ». De plus, ces griefs s'écartent de l'objet du litige, dans la mesure où l'OFT ne s'est pas prononcé sur ces questions dans la décision attaquée.
Le Tribunal de céans relève également que le mémoire de recours des recourants 11 à 15 contient quasi exclusivement des développements, des calculs détaillés et des conclusions concernant notamment une demande d'extension d'une expropriation ou la condamnation de l'autorité inférieure à verser aux recourants 11 à 15 des indemnités (cf. Faits, let. E.g supra). Or, le Tribunal de céans n'est pas compétent pour examiner les questions relatives aux indemnités d'expropriation, faute de décision préalable de la Commission fédérale d'expropriation (CFE) compétente. Quant aux demandes d'extension de l'expropriation, elles sont également irrecevables (cf. art. 64 al. 1 let. b de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711] et consid. 12 infra).
Compte tenu des conclusions des recourants, le Tribunal constate qu'une certaine confusion règne quant aux questions d'expropriation. Il exposera ci-après plus en détail les bases légales et les compétences relatives à ces questions (cf. consid. 11 infra).
Sous réserve de ce qui précède, les recours sont recevables.
2.
Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, ainsi que pour inopportunité, sauf si une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49 PA).
2.1 Le Tribunal administratif fédéral fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen, lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3 ; arrêt du TAF A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2). Dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, le pouvoir de l'autorité est important, spécialement sur des questions techniques, pour lesquelles elle dispose des connaissances nécessaires (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.2 ; arrêt du TF 1C_121/2018 du 8 mai 2019 consid. 2.1 ; arrêt du TAF A-7192/2018 du 29 octobre 2020 consid. 2.3.3 ; A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2). Des compléments de preuves, tels que des expertises, ne doivent être ordonnés qu'exceptionnellement, lorsque de tels éclaircissements sont vraiment nécessaires à une correcte application de la loi (cf. arrêt du TF 1E.1/2006 du 2 juillet 2008 consid. 5 ; ATAF 2012/23 consid. 4 ; arrêt du TAF A-5197/2020 du 30 novembre 2021 consid. 2.1). Le Tribunal doit se limiter à examiner si l'autorité n'a pas outrepassé les pouvoirs qui lui étaient délégués par la loi lorsqu'elle a approuvé les plans. Si les réflexions de l'autorité apparaissent pertinentes, si elle a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et si elle a mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée, le Tribunal n'empiétera pas sur son pouvoir d'appréciation (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1 et 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêt du TAF A-4973/2019 du 30 juillet 2021 consid. 2.3). En revanche, le Tribunal vérifiera librement si l'autorité inférieure a établi complètement et exactement les faits pertinents et, sur cette base, correctement appliqué la législation applicable en matière d'approbation de plans, sans se laisser guider par des motifs étrangers aux normes appliquées (cf. ATF 123 V 150 consid. 2 ; ATAF 2008/23 consid. 3.3 ; 2008/18 consid. 4 ; 2007/37 consid. 2.2).
2.2 La procédure fédérale est essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que l'autorité administrative constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens idoines (art. 12 PA). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (cf. arrêt du TF 2C_895/2012 du 5 mai 2015 consid. 5.2.1 ; arrêts du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 1.4.2 ; A-2888/2016 du 16 juin 2017 consid. 2.2 ; A-6691/2012 du 23 juillet 2014 consid. 3.1). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37 LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit, dans ce cas, pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. En ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier d'office les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-957/2019 précité consid. 1.4.2 ; A-2888/2016 précité consid. 2.3 ; A-704/2012 du 27 novembre 2013 consid. 3.3).
2.3 Le TAF n'est ni l'autorité fédérale supérieure chargée de la planification de la construction et de l'aménagement des chemins de fer, ni l'autorité de surveillance compétente en matière de protection de l'environnement. Il doit respecter les compétences et le large pouvoir d'appréciation des autorités chargées de la planification. Sa tâche consiste à évaluer si la loi a été respectée, notamment en examinant si la pondération des intérêts a été effectuée dans le respect du droit fédéral, et en particulier si tous les aspects pertinents de l'affaire ont été pris en compte, ainsi que si les clarifications nécessaires ont été apportées de manière précise et complète (cf. arrêts du TF 1C_104/2017 du 25 juin 2018 consid. 5.1 ; 1E.16/2005 du 14 février 2006 consid. 3 ; arrêts du TAF A-2947/2017 du 20 juin 2019 consid. 5.2 et 5.3 ; A-1251/2012 du 15 janvier 2014 consid. 27.3).
Pour cette raison, il ne saurait donner suite à la requête des recourants 7 à 10 qui voudraient que soit ordonnée une étude pluridisciplinaire afin de réélaborer les aménagements routiers et/ou ferroviaires à Perly (cf. Faits, let. E.f supra).
2.4 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. arrêt du TF 1C_214/2005 du 6 novembre 2015 consid. 2.2.2 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 et 2009/77 consid. 1.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2).
2.5 L'art. 62 PA ne signifie toutefois pas que la partie est déchargée de son devoir de motiver tel que prescrit à l'art. 52 PA. A cet égard, le Tribunal relève d'emblée que l'argumentation des requérants est, sur certains points, purement générique et reprend les critiques déjà formulées lors de l'approbation des plans. En tout état de cause, la répétition d'arguments déjà formulés en première instance, sans véritable confrontation avec la décision attaquée, ne satisfait pas aux exigences de motivation prévues à l'art. 52 PA (cf. arrêt du TF 1C_201/2021 du 10 mars 2022 consid. 3.1.2 ; arrêt du TAF A-5498/2018 du 10 juillet 2019 consid. 1.3). Les recourants doivent au moins démontrer sommairement en quoi la décision attaquée viole les dispositions légales. L'art. 62 PA, comme indiqué ci-dessus (cf. consid. 2.4), n'oblige pas le Tribunal à examiner des points qui n'ont pas fait l'objet de la motivation minimale requise par l'art. 52 PA.
3. L'objet du litige porte sur la décision d'approbation des plans de l'OFT du 10 juillet 2023 concernant le projet du deuxième tronçon sur territoire suisse de l'extension de la ligne de tramway n° 15 en direction de « St-Julien-en-Genevois » (F), s'étendant entre « Tourbillon (ZIPLO) » et « Perly-Douane », soit entre l'autoroute A1 et la frontière nationale. Son tracé s'étend sur 2'020 m.
4. Dans des griefs de nature formelle, les recourants 2 et 3 se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus. La recourante 2 estime que la motivation de l'OFT concernant l'opposition qu'elle a formée serait « extrêmement sommaire », puisqu'elle se limite à « un paragraphe de cinq lignes, renvoyant aux déterminations [de l'intimée], ce qui serait inadmissible ». Le recourant 3 se plaint essentiellement du fait que certains de ses arguments n'ont pas été retenus ou ont été « balayé[s] sans la moindre considération ».
4.1
4.1.1 Garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), le droit d'être entendu comprend notamment le droit, pour le justiciable, de consulter le dossier et de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (cf. notamment ATF 144 II 427 consid. 3.1 ; 142 II 218 consid. 2.3 ; arrêt du TF 2C_426/2020 du 23 juin 2020 consid. 4.1).
4.1.2 Le droit d'être entendu implique également l'obligation, pour l'autorité, de motiver sa décision (art. 35 al. 1 PA). L'administré doit en effet être en mesure de comprendre les motifs ayant fondé la décision de l'autorité, afin de pouvoir juger de l'opportunité d'un recours et, le cas échéant, attaquer utilement la décision. Il en va de même pour l'autorité de recours, afin qu'elle puisse exercer son contrôle en connaissance de cause (cf. arrêt du TAF A-4966/2018 du 26 octobre 2020 consid. 4.1 et les réf. cit.). L'autorité n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties ; il suffit qu'elle mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision (cf. ATF 143 III 65 consid. 5.2), étant précisé que la motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (cf. ATF 141 V 557 consid. 3.2.1). Une motivation par renvoi à une précédente décision ou à un élément du dossier est également admissible, pour autant que les motifs auxquels il est renvoyé soient développés de manière suffisante et demeure d'actualité (cf. ATF 114 Ia 281 consid. 4c ; arrêt du TF 1C_391/2023 du 8 août 2024 consid. 3.1).
4.2
4.2.1 En l'espèce, vu l'admission partielle des recours et l'annulation de la décision attaquée, il est inutile de s'étendre longuement sur ces griefs de nature formelle, d'autant qu'ils sont très sommairement motivés, notamment en ce qui concerne le recourant 3, et que la question de leur recevabilité est douteuse (cf. art. 52 PA, consid. 2.5 supra).
4.2.2 Le Tribunal de céans ne décèle toutefois aucune violation du droit d'être entendu des recourants 2 et 3. En ce qui concerne la recourante 2, même si la motivation de l'autorité inférieure est très succincte, le fait qu'elle renvoie à une réponse de l'intimée est admissible et ne constitue pas un défaut de motivation de la décision attaquée (cf. consid. 4.1.2 supra et les réf. cit.). Il convient également de relever que la décision attaquée précise à la recourante 2 que, selon le plan d'emprise mis à l'enquête, les TPG prévoient une emprise temporaire de 466 m2 sur une surface totale de 1'606 m2 sur la parcelle n° (...). La décision ajoute également que cette emprise temporaire est prévue principalement pour le réaménagement de la parcelle (cf. décision attaquée, p. 54). Quant au recourant 3, il semble surtout se plaindre en raison du fait que certains de ses arguments n'ont pas été retenus par l'autorité inférieure, ce qui ne saurait évidemment constituer une violation de son droit d'être entendu.
4.2.3 Mal fondés, ces griefs sont par conséquent rejetés, dans la mesure de leur recevabilité.
5. Le projet prévoit la continuation de la ligne de tramway n° 15, actuellement existante, depuis « Tourbillon (ZIPLO) » (cf. Faits, let. A.c supra) jusqu'à la frontière française dans la commune de Perly. La nouvelle ligne de tramway devrait donc parcourir la route de Saint-Julien à Perly jusqu'à la frontière.
Une route de contournement au sud du village de Perly est prévue, depuis la douane de Perly jusqu'à la sortie du village. Plus précisément, elle quittera la route de Saint-Julien à hauteur de la douane, passera au sud de l'immeuble des recourants 11 à 15, puis continuera dans les champs existants. Elle croisera ensuite la route des Ravières, puis poursuivra toujours dans les champs pour rejoindre la route de Saint-Julien à hauteur du croisement entre le chemin des Mattines et la route de Saint-Julien. La construction de cette route nécessitera l'utilisation de 3 ha de surfaces d'assolement et de 4 autres ha de terres cultivées.
Par ailleurs, le projet prévoit une zone de rebroussement des tramways entre, d'une part, le carrefour de la route de Saint-Julien et la route de Certoux, et, d'autre part, le carrefour de la route de Saint-Julien et du chemin des Mattines. Cette zone de rebroussement implique que la route de Saint-Julien soit fermée au trafic automobile. Il ne sera donc plus possible de rejoindre le village de Perly par la route de Saint-Julien en arrivant de Genève, ni de sortir de Perly par cette même route en direction de Genève (cf. pièce n° 93.06, annexe 4 au RIE, Direction Générale des Transports, Rapport de circulation, octobre 2016, figure 28f, p. 78). La route de Saint-Julien devient ainsi un cul-de-sac pour tout trafic autre que le tramway (et éventuellement la mobilité douce).
Le projet prévoit deux arrêts de tramway le long de la route de Saint-Julien : l'arrêt « En Louche » (à hauteur de la zone de rebroussement) et l'arrêt « Ravières » (à hauteur du croisement avec la rue des Ravières) (cf. plan 04.0 « plan d'ensemble » du dossier d'approbation).
Le projet est prévu en « site mixte », ce qui signifie que le tramway ne bénéficiera pas d'un site propre, mais que les voies seront intégrées à la chaussée de la route de Saint-Julien.
Ce projet prévoit plusieurs expropriations définitives ainsi que plusieurs occupations temporaires pour les aménagements du tramway le long de la route de Saint-Julien et pour les aménagements de la nouvelle route prévue (cf. plan des emprises 81.B du dossier d'approbation et consid. 10 infra). La France prévoit également de prolonger cette ligne de tramway dans la Commune de Saint-Julien ; cette partie du projet ne fait évidemment pas partie de l'acte attaqué.
Le projet soulève plusieurs types d'objections de la part des recourants, comme le montre l'état de fait. Ceux-ci peuvent être résumés comme suit.
Premièrement, certains recourants invoquent le fait que l'OFT ne pouvait, faute de compétence matérielle, approuver la partie du projet concernant la route de contournement. Deuxièmement, il est invoqué que l'OFT n'a pas exigé de variantes de la part de l'intimée. Ces objections concernent principalement le tracé de la route de contournement et le fait que la route de Saint-Julien soit, à l'avenir, restreinte à la circulation routière. S'agissant de ce dernier point, les recourants concernés (recourants 2 à 6) craignent que leur activité commerciale (stations à essence, vente de véhicules le long de la route de Saint-Julien) ne soit totalement entravée. D'autres estiment encore que d'éventuelles variantes ne mettant pas à contribution des surfaces d'assolement n'ont pas été suffisamment étudiées. Le même raisonnement est également avancé concernant les expropriations nécessitées par le projet.
Le Tribunal examinera en premier lieu la question de la compétence de l'OFT (cf. consid. 6 infra), puis celle de la nécessité d'une route de contournement (cf. consid. 7 infra), suivie de la question des variantes à cette route (s'agissant de son emplacement, cf. consid. 8 infra), de la consommation de surfaces d'assolement due au projet (cf. consid. 9 infra) et, enfin, des questions liées aux expropriations et aux nuisances générées par le projet (cf. consid 10 à 13 infra). Le grief des recourants 7 à 10, qui demandent une indemnisation pour des frais de représentation extrajudiciaire de première instance, sera examiné en dernier lieu (cf. consid. 14 infra).
6. Il convient en premier lieu d'examiner la question de la compétence de l'OFT.
6.1
6.1.1 Les recourants 1, 7 à 10, ainsi que 16 et 17, se plaignent d'une violation du principe de la légalité, plus particulièrement de l'art. 18 al. 1 LCdF. Sur le plan fonctionnel, les recourants 16 et 17 invoquent la jurisprudence du Tribunal fédéral qui exige un lien étroit, exclusif ou principal, entre le projet routier et l'infrastructure ferroviaire. Ils estiment que les objectifs poursuivis par la route et par le tramway sont différents, ce qui s'oppose à la qualification de cette route comme installation ferroviaire. Les recourants 7 à 10 invoquent également l'absence de lien spatial : la route se trouvera en effet à plus de 300 mètres de la voie de tramway, sur une distance de 1,5 km à travers champs. Ils en concluent que la route relève de l'art. 18m al. 1 et 2 LCdF, c'est-à-dire qu'il s'agit d'une installation annexe ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire, soumise en conséquence au droit cantonal. L'OFT devrait dès lors être déclaré incompétent.
6.1.2 Les recourants font également valoir que la desserte routière poursuit d'autres objectifs que ceux de la circulation ferroviaire. Ainsi, le recourant 1 invoque que le tracé de la route n'a pas de lien avec les aménagements du tramway, mais qu'il vise d'autres objectifs. Il en déduit que le caractère d'aménagement urbain est prédominant et que l'approbation ferroviaire revient à accorder à la Confédération une compétence qu'elle n'a pas, en contournant les voies démocratiques cantonales. A ce sujet, il se réfère au plan directeur communal de Perly-Certoux de 2014 dont fait partie la fiche de coordination B3 intitulée « Aménagement d'un axe de report de trafic en boulevard urbain », qui précise notamment ce qui suit : « Penser la route de report comme un axe urbain structurant et non comme une route d'évitement. Son tracé servira de colonne vertébrale pour l'aménagement de la zone de développement de Bardonnex » (cf. recours, p. 4, qui cite le Plan directeur communal de Perly-Certoux de 2014, fiche de coordination B3, ). Concernant les objectifs poursuivis par la route de desserte, les recourants 16 et 17 ajoutent que si l'intérêt de l'infrastructure est également ou principalement de « structurer l'urbanisation d'un nouveau quartier », le rapport étroit avec le ferroviaire doit être nié. Ils qualifient la construction de cette route d'« usage abusif des facilités procédurales fédérales » relatives aux grands projets d'infrastructure.
6.1.3 Pour ces recourants encore, la route de desserte va même littéralement à l'encontre des objectifs du tramway, car selon eux, la présence de cette route n'encouragera en rien le transfert modal. Cet aspect sera examiné plus en détail dans le cadre de l'analyse de la proportionnalité (cf. consid. 7 infra).
Les recourants 16 et 17 exposent que la circulation routière, si elle était aménagée comme prévu, risquerait de provoquer des engorgements du côté français (où le tramway est également prévu en site mixte), rendant ainsi le tramway nettement moins attractif. Ils relèvent par ailleurs qu'il serait inconcevable de qualifier de nécessaire un contournement routier uniquement sur la partie suisse du tracé, alors que les autorités françaises n'ont prévu aucun contournement à Saint-Julien et que le tramway y circulera en site mixte. L'incohérence ainsi soulevée sera examinée dans le cadre de l'analyse de la proportionnalité (cf. consid. 7 infra). Ils ajoutent, enfin, que l'abandon du « Park & Ride » initialement prévu à hauteur de l'arrêt « En Louche » accentue encore l'opposition entre la ligne de tramway et la construction d'une route de contournement. Selon eux, l'abandon de cette partie du projet affaiblit l'objectif de transfert modal voulu par le tramway.
6.1.4 Les recourants 16 et 17 invoquent enfin le fait que la concession d'infrastructure octroyée aux TPG ne prévoit pas la réalisation de la desserte routière sud.
6.2 Dans l'acte attaqué, l'autorité inférieure explique que, d'un point de vue constructif et d'exploitation, cette infrastructure routière est tellement liée au projet des TPG qu'il n'y aurait pas lieu de la soumettre à une procédure d'autorisation séparée. La route constituerait dès lors un prérequis à la construction du tramway lui-même. Elle confirme qu'il était nécessaire pour les TPG d'intégrer cette infrastructure routière à leur projet.
6.3 Dans sa réponse aux recours du 22 décembre 2023, l'intimée estime en substance que la route de desserte sud est une installation servant principalement à la construction et à l'exploitation de l'extension de la ligne de tramway n° 15 en direction de Saint-Julien-en-Genevois, au sens de l'art. 18 al. 4 LCdF (n° 177, p. 46). Dans ses observations finales du 19 septembre 2025, elle estime qu'il était nécessaire d'intégrer cette infrastructure routière à son projet, car cette route de desserte serait « indissociable » du projet de tramway. Il n'aurait pas été « pertinent » de soumettre cette route à une procédure d'autorisation en dehors du projet de tramway.
6.4
6.4.1 Aux termes de l'art. 18 al. 1 LCdF, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente, à savoir l'OFT (cf. art. 18 al. 2 LCdF ; avant le 1er janvier 2016 également le DETEC s'agissant de grands projets ; à ce sujet cf. Message du Conseil fédéral du 4 septembre 2013 relatif à la modification du droit des entreprises de transport routier et du droit pénal des transports, FF [Feuille fédérale] 2013 6466 ch. 2.4). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (art. 18 al. 3 LCdF). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis ; le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (art. 18 al. 4 LCdF). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal ; toutefois, l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la consultation de l'OFT sont nécessaires dans certains cas (art. 18m al. 1 et 2 LCdF).
6.4.2 Selon la jurisprudence, est considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer, le projet qui présente, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1 ; 127 II 227 consid. 4 ; arrêts du TF 1C_593/2019 du 19 août 2020 consid. 4.1 ; 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.1). Servent toutefois simultanément l'exploitation ferroviaire et la circulation routière, notamment les carrefours entre rail et route ; il s'agit de constructions mixtes qui contiennent régulièrement des éléments en lien avec l'exploitation ferroviaire et d'autres étrangers à ce domaine. En principe, une procédure unique d'approbation doit être suivie (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1 ; 127 II 227 consid. 4a ; arrêts du TF 1C_593/2019 précité consid. 4.1 ; 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in : RtiD 2011 II 228). Selon l'objectif principal poursuivi par l'installation en cause, celle-ci devra faire l'objet d'une procédure d'approbation relevant du droit ferroviaire ou, au contraire, être autorisée par le biais de la procédure cantonale applicable (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1 ; 127 II 227 consid. 4). Dans ce cadre, il ne s'agit pas seulement de se fonder sur l'ampleur des modifications projetées, sur le plan respectivement routier ou ferroviaire, mais essentiellement sur l'objectif principal poursuivi par le projet ; en d'autres termes, il convient, dans chaque cas particulier, de déterminer si la construction ou l'installation répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à ceux de la circulation routière (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1 ; 127 II 227 consid. 5 ; arrêts du TF 1C_593/2019 précité consid. 4.1 ; 1C_32/2017 précité consid. 6.1 ; 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in : RtiD 2011 II 228, et les arrêts cités ; 1A.117/2003 du 31 octobre 2003 consid. 2.3, publié in : ZBl 105/2004 p. 497).
6.4.2.1 Dans l'ATF 145 II 218 (ci-après : l'arrêt Vigie-Gonin), le Tribunal fédéral a jugé que l'OFT était compétent pour approuver la liaison routière entre la rue de la Vigie et l'avenue Jules-Gonin, à Lausanne (ci-après : la liaison Vigie-Gonin), qui était englobée dans la décision d'approbation des plans concernant l'axe du tramway « Renens-Gare - Lausanne-Flon » (ci-après : « t1 »).
S'agissant du lien matériel, il a relevé que la réalisation de cette liaison était exclusivement dictée par la mise en site propre des lignes de transports en commun projetées. Dans le cas d'espèce, cette mise en site propre constituait une exigence fixée dans la concession octroyée à la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après : les TL). Il a estimé qu'il ressortait du dossier, sans que cela soit discuté, que le réseau routier actuel n'était pas en mesure d'absorber de manière satisfaisante le report du trafic individuel motorisé entraîné par la fermeture des axes dédiés au « t1 » et à l'axe du trolleybus à haut niveau de service « Prélaz-les-Roses - St-François » (ci-après : BHNS), ce qui risquait de provoquer une saturation, en particulier au niveau du carrefour de Chauderon-Sud. Selon le Tribunal fédéral, la réalisation de la rampe Vigie-Gonin faisait partie des mesures routières d'accompagnement préconisées pour assurer le maintien, en phase d'exploitation du « t1 » et du BHNS, d'un fonctionnement satisfaisant du réseau existant. Il en a ainsi déduit que le viaduc Vigie-Gonin présentait « un lien étroit » avec le projet ferroviaire au sens de l'art. 18 al. 1 LCdF, dans la mesure où il constituait une réponse aux inconvénients générés par la mise en site propre des axes réservés au « t1 » ainsi qu'au BHNS (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.3.1).
Concernant le lien spatial, le Tribunal fédéral a jugé que la liaison litigieuse, située à 150 m du tracé ferroviaire, présentait un lien spatial avec le projet ferroviaire. Il a notamment estimé qu'il n'existait pas d'axe plus proche que l'avenue Jules Gonin pour rediriger le trafic individuel motorisé directement depuis le tronçon de route qui sera réservé au « t1 ». Il a également souligné que les axes concernés, de même que le viaduc litigieux, s'inscrivaient dans un périmètre restreint du centre-ville de Lausanne et présentaient un « lien de proximité évident » (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.3.2).
Enfin, pour des raisons de coordination, il a jugé qu'il était également nécessaire de soumettre l'ensemble du projet, y compris la liaison Vigie-Gonin, à une procédure d'approbation unique (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.3.3).
En résumé, le Tribunal fédéral a considéré que les conditions étaient remplies pour que la liaison Vigie-Gonin, inscrite dans un projet ferroviaire d'envergure, doive être qualifiée d'installation ferroviaire au sens de l'art. 18 al. 1 LCdF.
Il convient également de noter qu'en février 2020, une décision politique a entraîné l'abandon de la liaison Vigie-Gonin afin de préserver la forêt du Flon. Selon un communiqué de presse, il est indiqué que la diminution du trafic ces dix dernières années, ainsi que des modifications du réseau routier, ont permis d'abandonner cette rampe (cf. tl, Mise à l'enquête d'aménagements sur la partie Est du tracé du tramway, le 24 février 2022). Ainsi, malgré le fait que le Tribunal fédéral avait jugé cette liaison nécessaire au trafic ferroviaire, elle n'a jamais été construite.
6.4.2.2 Dans une autre affaire (cf. arrêt du TF 1C_593/2019 du 19 août 2020), le Tribunal fédéral a estimé, contrairement à l'avis des CFF, de l'OFT et du TAF, que des aménagements routiers, notamment un giratoire et une nouvelle rampe d'accès menant à la gare, ne pouvaient pas être inclus dans la procédure d'approbation des plans relatifs à la démolition et à la reconstruction du Passage supérieur (PS) de Beaulieu, sur la commune de Sierre.
Le Tribunal fédéral a reconnu que les ouvrages routiers contestés présentaient un lien matériel et spatial indéniable avec le pont ferroviaire dans lequel ils s'imbriquaient. Cependant, il a retenu que les mesures routières litigieuses modifiaient les accès actuels à la gare de Sierre dans le but d'améliorer la circulation routière au centre-ville de Sierre, sans toutefois être nécessaires et indissociables de la réalisation du projet ferroviaire - un passage supérieur pour trains à deux étages - en tant que tel. Le rehaussement du pont et la fermeture du passage inférieur n'entraînaient pas de report de trafic important que le réseau existant ne pourrait absorber (cf. arrêt du TF 1C_593/2019 précité consid. 4.5.4). Les aménagements routiers ne remplissaient pas le rôle de mesure d'accompagnement nécessaire à la réalisation de l'élément principal du projet, à savoir le rehaussement du pont (cf. arrêt du TF 1C_593/2019 précité consid. 4.5.5). Le Tribunal fédéral a en outre retenu que les questions de coordination et de coûts ne permettaient pas de revenir sur le caractère non ferroviaire des installations contestées et que le principe de coordination imposait que la procédure fédérale d'approbation des plans ferroviaires soit coordonnée avec la procédure cantonale prévue par la législation routière (cf. arrêt du TF 1C_593/2019 précité consid. 4.5.5).
6.5 En l'espèce, il résulte de ce qui précède que, selon la jurisprudence, le lien permettant de considérer que l'OFT est compétent pour approuver un ouvrage tient également à la nécessité dudit ouvrage (cf. consid. 6.4.2 supra, spéc. 6.4.2.2). Cette question est toutefois également pertinente pour examiner les aspects matériels de l'acte attaqué ; afin d'éviter d'inutiles redites, elle sera examinée ci-après (cf. consid. 7). A ce stade, le Tribunal de céans se limitera à examiner les questions du lien spatial et fonctionnel au sens de l'art. 18 al. 1 LCdF et de la jurisprudence décrite ci-dessus.
6.5.1 En premier lieu, il convient de souligner que la route elle-même ne comporte aucun élément de nature ferroviaire et que le lien spatial est ténu. Lors de l'inspection locale, une délégation du Tribunal de céans a pu constater sur place le tracé de la route de contournement tel qu'il est prévu, et a pu constater qu'il n'avait aucun lien de proximité évident avec la route de Saint-Julien, et donc avec le projet ferroviaire (cf. plan 04.0 et procès-verbal de la vision locale). La route de contournement est prévue pour quitter la route de Saint-Julien à hauteur de la Douane de Perly, puis la rejoindre à nouveau après le croisement entre la route de Saint-Julien et le chemin des Mattines (après l'arrêt « En Louche »). Comme relevé précédemment, les recourants 16 et 17 ont précisé que la route se situait par endroits à plus de 300 m de l'infrastructure ferroviaire principale. Cette distance est le double de celle qui séparait la liaison Vigie-Gonin du tracé ferroviaire (150 m), dans un contexte, qui plus est, très différent.
6.5.2 Si l'on veut opérer une comparaison avec l'arrêt Vigie-Gonin (cf. ATF 145 II 218), il convient tout d'abord de noter que l'état de fait à la base de cette jurisprudence n'est pas comparable à celui de la présente affaire, qui présente de nombreuses différences significatives. Sans les mentionner toutes, on peut notamment relever que l'arrêt Vigie-Gonin concernait le centre-ville de Lausanne, alors que la présente affaire concerne un village, Perly, et la construction d'une route au sud de celui-ci, dans les champs, sur des surfaces d'assolement. Il est indéniable que la marge de manoeuvre en matière d'aménagement n'est pas comparable dans ces deux situations. Concernant Lausanne, le tramway passe au fond de la vallée du Flon, un lieu étroit qui ne disposait que d'un axe de circulation : la route de Genève qui allait être mise en site propre pour le tramway. A Perly, hormis justement le côté sud, occupé par l'autoroute, il existe un réseau routier, certes pas extrêmement dense, mais composé de routes et de chemins perpendiculaires et parallèles. Par ailleurs, les infrastructures ferroviaires ne sont pas non plus comparables : l'arrêt Vigie Gonin concernait deux infrastructures ferroviaires en site propre, alors que dans le présent cas, il s'agit d'une ligne de tramway prévue en site mixte.
Les mesures censées accompagner ces infrastructures sont également totalement différentes. Dans le présent cas, les TPG estiment qu'il est nécessaire de construire une route de contournement de 1,5 km sur des surfaces d'assolement, à plusieurs centaines de mètres du tracé ferroviaire. Dans l'arrêt Vigie-Gonin, il s'agissait d'une nouvelle liaison routière entre la rue de la Vigie et l'Avenue Jules-Gonin, à Lausanne.
6.5.3 D'un point de vue fonctionnel, le Tribunal doit bien considérer que l'abandon du Park & Ride initialement prévu à hauteur de l'arrêt « En Louche », affaiblit considérablement le lien avec le tramway. En effet, aménager une telle installation favoriserait le transfert modal des usagers se rendant en direction de Genève ou de Saint-Julien. Le village de Perly-Certoux n'est sans doute pas la destination principale de ceux qui empruntent la route de Saint-Julien dans cette localité. Par ailleurs, l'installation d'un Park & Ride présenterait nécessairement une interface commune (passages pour les usagers).
6.5.4 S'agissant de la nature de cet aménagement routier, les arguments du recourant 1 (repris également par d'autres recourants), qui se réfèrent aux documents de la planification communale, jettent un doute sérieux sur la nature de cette route qui se veut « structurante » en ce qui concerne la création de nouvelles zones d'affectation communales (cf. Faits, let. B.h et L supra). Avec un tel objectif, la route pourrait être construite indépendamment de tous travaux ferroviaires et relève avant tout d'une volonté communale. S'il est loisible à des collectivités locales de profiter d'éventuelles synergies dues à des travaux fédéraux ou cantonaux, cela ne préjuge pas encore de la question des compétences respectives des autorités concernées.
6.5.5 Certes, selon une modification de la loi cantonale genevoise sur le réseau des transports publics du 17 mars 1988 (LRTP, H 1 50), entrée en vigueur le 19 septembre 2020, la traversée de Perly ne peut se faire en partage avec le trafic général (art. 4 al. 1 b.3.c LRTP). De toute évidence, la législation cantonale ne saurait déterminer la compétence des autorités fédérales ni fonder, à elle seule, la qualification d'un ouvrage routier comme installation ferroviaire au sens de l'art. 18 al. 1 LCdF. En d'autres termes, si la législation cantonale prévoit que le tramway ne doit pas être entravé par la circulation routière, cela ne signifie pas encore qu'une route jugée nécessaire par ce même canton constitue une installation ferroviaire au sens du droit fédéral.
6.5.6 Enfin, les recourants 16 et 17 invoquent le fait que, contrairement à l'affaire Vigie-Gonin, la concession d'infrastructure octroyée à l'intimée ne contiendrait justement pas la route de desserte ici en question.
Régie par l'art. 5 LCdF, la concession d'infrastructure doit être attribuée à quiconque veut construire et exploiter une infrastructure ferroviaire. L'entreprise ferroviaire concessionnaire a l'autorisation et l'obligation de construire et d'exploiter l'infrastructure ferroviaire conformément à la législation ferroviaire et à la concession (al. 2). La concession d'infrastructure est attribuée par le Conseil fédéral (art. 6 LCdF) et n'est pas sujette au recours (art. 189 al. 4 Cst. et art. 32 LTAF) (cf. Mirjam Aemisegger, La procédure d'approbation des plans des projets fédéraux d'infrastructures, 2024, p. 217, n° 452, qui mentionne surtout l'exclusion d'un recours direct à l'encontre des plans sectoriels adoptés par le Conseil fédéral ; pour d'autres exemples, cf. Jérôme Gurtner, Commentaire de l'art. 189 Cst., in : Stefan Schlegel/Odile Ammann [édit.], Commentaire en ligne de la Constitution fédérale, version du 6 janvier 2026, , n° 83 et 84).
Du point de vue du Tribunal de céans, par analogie avec un autre acte émis par le Conseil fédéral, à savoir le plan sectoriel (art. 13 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire [LAT, RS 700] et art. 21 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire [OAT, RS 700.1]), la concession d'infrastructure ne saurait « décider » de la construction d'une installation ou non ; cette décision intervient dans le cadre de l'approbation des plans (cf. arrêt du TAF A-2869/2024 et A-2870/2024 du 31 mars 2026 consid. 4.2). Quand bien même cette concession contiendrait la route de contournement en question, il y aurait lieu d'examiner sa conformité au droit dans la procédure topique applicable. Le fait que, selon les recourants, la concession ne contiendrait pas la route de contournement plaide plutôt en faveur d'une incompétence de l'OFT. Hormis ce qui précède et vu l'examen matériel qui suit (cf. consid. 7), cette question ne revêt pas une importance centrale dans la présente cause. Par conséquent, il n'y a pas lieu de donner suite à la requête des recourants 16 et 17 concernant la production de la concession d'infrastructure (cf. Faits, let. E.h supra).
6.6 En définitive, sur la base de la jurisprudence précitée, le lien spatial et fonctionnel étroit entre l'exploitation ferroviaire et cette route n'est pas suffisamment établi, ce qui devrait conduire le Tribunal à nier la compétence de l'OFT. Les aspects liés aux objectifs du projet sont également de nature à jeter un doute sérieux sur la nature d'installation ferroviaire de la route de desserte (cf. notamment consid. 9.3 infra sur les prises de position de l'ARE). La question de la compétence de l'OFT peut toutefois demeurer indécise. En effet, même en admettant par extraordinaire que l'OFT ait été compétent, les recours doivent de toute manière être admis pour un autre motif, comme on le verra dans les considérants suivants.
7. Dans un premier temps, le Tribunal de céans examinera la proportionnalité du projet et plus précisément la nécessité de construire une route de contournement dans le cadre de la réalisation du projet de tramway.
7.1 Il y a lieu, en l'état, de formuler certaines considérations.
7.1.1 L'intérêt public à la réalisation du tramway est indéniable. Le prolongement de la ligne 15 entre Carouge et Saint-Julien-en-Genevois constitue un projet d'importance régionale et transfrontalière. Le Tribunal ne remet pas en cause le principe de cette extension. Compte tenu de l'importance des déplacements transfrontaliers vers le centre d'activités qu'est Genève, le prolongement de la ligne 15 jusqu'en France est une nécessité.
7.1.2 Outre sa fonction de desserte régionale, le tramway doit également desservir le centre du village de Perly afin d'être utile à ses habitants. Un tramway qui ne desservirait que des champs ne remplirait pas sa fonction de desserte locale. La route de Saint-Julien, qui traverse le coeur du village, constitue donc le tracé logique du tramway. Si l'on n'avait pas souhaité desservir le village lui-même, il aurait fallu envisager un autre type d'infrastructure de transport, ce qui n'est pas l'objet du présent projet.
7.1.3 Le gabarit de la route de Saint-Julien pose objectivement un défi en matière d'aménagement. Le Tribunal l'a constaté lors de l'inspection locale : la route présente le gabarit d'une route communale principale, bordée de part et d'autre d'immeubles, n'offrant guère - en particulier à certains endroits - de possibilités d'élargissement. Dans une note explicative du 15 mai 2021, la Direction générale des transports du canton de Genève expliquait que la route de Saint-Julien, qui doit accueillir le tramway, présentait un gabarit insuffisant pour garantir deux voies de circulation pour le trafic motorisé de transit, ainsi que des voies réservées aux modes doux et des voies dédiées au tramway (p. 1 à 2). Le Tribunal comprend que des mesures d'accompagnement doivent être prises pour garantir la vitesse d'exploitation du tramway. Le Tribunal ne méconnaît donc pas cette difficulté.
7.1.4 Le caractère transfrontalier du projet implique des limites inhérentes à la planification. Les autorités suisses n'ont pas de prise sur les choix effectués par les autorités françaises. Les TPG, l'autorité de première instance ainsi que le Tribunal de céans se doivent de respecter la marge de manoeuvre de ces dernières.
7.2 Pour satisfaire au principe de la proportionnalité qui détermine la mise en oeuvre de l'action de l'Etat (cf. art. 5 al. 2 Cst.), il faut que la décision prononcée soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude), que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) et qu'il existe un rapport raisonnable entre le but d'intérêt public recherché par cette mesure et les intérêts privés en cause (principe de la proportionnalité au sens étroit) (cf. arrêts du TAF A-7915/2024 du 1er septembre 2025 consid. 14.1 ; A-321/2016 du 31 janvier 2017 consid. 7.2).
D'une manière générale, le principe de la proportionnalité peut commander l'examen de variantes au regard de la pesée des intérêts qui lui est inhérente (cf. arrêt du TF 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 7.1.2 et les réf. cit.). Le droit fédéral n'exige cependant pas une analyse des variantes aussi circonstanciées que celle qui est faite pour le projet lui-même (cf. arrêt du TF 1C_32/2017 précité consid. 7.1.2). L'autorité doit en particulier n'examiner plus en détail que les variantes entrant sérieusement en considération ; les options présentant des désavantages ou aucun avantage important peuvent en revanche être écartées sur la base d'un examen sommaire (cf. ATF 139 II 499 consid. 7.3.1 ; arrêt du TF 1C_32/2017 précité consid. 7.1.2 ; arrêt du TAF A-7915/2024 précité consid. 14.1). Plus le projet met en jeu des intérêts contraires, plus l'examen de variantes doit être approfondi (cf. arrêts du TAF A-7915/2024 précité consid. 14.1 ; A-7748/2015 du 29 novembre 2017 consid. 4.2.1).
7.3 Une partie des griefs des recourants concerne le trafic prévisible en tant que critère pour évaluer la nécessité d'une route de contournement. Certains estiment d'ailleurs que d'autres tronçons à Genève sont exploités en site mixte conjointement par le tramway et la circulation automobile, sans que cela ne pose de problème. Ils considèrent donc que la route de Saint-Julien pourrait accueillir les deux modes de transport sans qu'il soit nécessaire de prévoir cette route de desserte.
7.3.1 S'agissant de la configuration des lieux telle que prévue par le projet, le Tribunal renvoie notamment au considérant 6 qui précède. Il découle de cette configuration (en particulier de la présence de la plate-forme de rebroussement des trams à la sortie du village de Perly en direction de Genève, et de la fermeture consécutive de la route de Saint-Julien, qui devient ainsi un cul-de-sac sur le territoire de Perly) qu'il est souhaité que la circulation automobile sur la route de Saint-Julien soit fortement réduite. Il n'en demeure pas moins que les automobilistes circulant sur la voie de desserte en direction de la France sont supposés rejoindre la route de Saint-Julien à hauteur de la douane de Perly, et donc de partager la chaussée avec le tramway (cf. également ci-dessous, consid. 7.3.4 in fine). Il est également à prévoir que les automobilistes venant de France devront également emprunter ce même passage pour rejoindre la route de contournement, toujours en partage avec le tramway.
7.3.2 A titre liminaire, la question de savoir quel pourra être le trafic « résiduel » sur la route de Saint-Julien ne trouve pas vraiment de réponse dans le dossier (cf. consid. 7.3.3 infra). Ce qui est certain, et toutes les parties s'accordent sur ce point, c'est que le trafic actuel est de l'ordre de 16'000 véhicules sur cette route, et que la route de desserte est prévue pour accueillir un trafic du même ordre. Il n'est pas non plus possible de connaître le trafic automobile maximal admissible pour que le tramway puisse conserver sa vitesse d'exploitation optimale le long de la route de Saint-Julien.
7.3.3 Les recourants 16 et 17, dans leurs observations complémentaires du 12 janvier 2026, relèvent que la thèse des TPG selon laquelle la réalisation d'un projet permettant de renoncer à une route de contournement serait impossible est fondée sur l'hypothèse erronée que 16'600 véhicules franchiraient la frontière en provenance de Saint-Julien. Selon eux, cela correspond à la situation actuelle, mais ne correspondra pas à la situation une fois le tramway réalisé, conformément au dossier français de déclaration d'utilité publique. Ils relèvent que le dossier français prévoit une fréquentation du tramway de l'ordre de 8'800 voyageurs par jour. En actualisant les projections socio-économiques de ce dossier, plus de 3'600 pendulaires abandonneraient la voiture au profit du tramway (indépendamment du bus), sans compter les reports spatiaux (changements d'itinéraire). Ils en concluent que l'autorité inférieure n'a pas pris en compte les faits pertinents et a abusé de son pouvoir d'appréciation.
Dans ses observations spontanées du 10 novembre 2025, l'intimée conteste l'interprétation du dossier français : il ne s'agirait pas d'une baisse du trafic motorisé de 8'800 véhicules par jour, mais d'une estimation du nombre de personnes qui monteraient dans le futur tramway, incluant les voyageurs actuels de la ligne de bus 80 (p. 8).
Il semble donc y avoir trois chiffres en jeu qui ne mesurent pas la même chose. Les 16'600 véhicules par jour représenteraient le trafic actuel. Le chiffre de 8'800 personnes proviendrait du dossier français et fait l'objet d'interprétations contradictoires (baisse du trafic motorisé selon les recourants, ou total de passagers du tramway incluant les usagers actuels du bus 80 selon les TPG). Enfin, le chiffre de 3'600 représenterait, selon les recourants 16 et 17, les pendulaires réalisant un véritable report modal.
Le Tribunal ne peut rien déduire de sérieux de ce débat de chiffres, celui-ci n'apportant en effet aucune information sur le trafic routier sur la route de desserte de et vers Genève, ni sur le trafic routier dit « résiduel » sur la route de Saint-Julien. Le rôle de la ligne de bus et le nombre de ses usagers actuels sont inconnus.
Concernant le trafic sur la route de desserte et le trafic résiduel, l'OFT renvoyait, dans sa réponse du 23 novembre 2023, à des « considérations politiques » et à des « connaissances spécifiques » de spécialistes et d'autorités locales. C'est problématique, car si l'on devait admettre la compétence de l'OFT pour approuver cette route, il lui incomberait d'instruire ces questions et d'établir les faits pertinents (cf. arrêt du TAF A-1251/2012 du 15 janvier 2014 consid. 6.3, 6.5 et 6.10).
En tout état de cause, l'objectif même du projet de tramway est de provoquer un report modal du trafic individuel motorisé vers les transports en commun. Il peut sembler contradictoire de dimensionner une route de contournement en se basant sur un volume de trafic que le tramway est précisément destiné à réduire.
7.3.4 Dans l'acte attaqué, l'autorité inférieure expliquait que les autorités locales s'attendaient à ce que l'ensemble du village soit desservi par le tramway à terme, avec une fréquence de quatre minutes. Pour conserver cette possibilité, la ligne doit « absolument circuler hors du trafic de transit ». Une exploitation en chaussée partagée serait plus coûteuse, difficilement exploitable et extrêmement limitée en termes de développement. Elle confirme ainsi la nécessité pour les TPG d'intégrer cette infrastructure routière à leur projet.
L'intimée maintient que la coexistence des deux trafics à Perly ne serait pas suffisamment efficace pour rendre le tramway attractif et provoquer le report modal souhaité. Elle reconnaît toutefois qu'une partie du tracé du côté français, au niveau du franchissement de la douane, sera en site mixte (cf. observations du 10 novembre 2025, p. 7).
7.3.5 Du point de vue des recourants, en particulier des recourants 7 à 10 et 16 et 17, la construction d'une route de desserte ne serait pas nécessaire, car la cohabitation du trafic individuel et du trafic en commun serait possible sur la route de Saint-Julien. Ils citent en exemple des lignes de tramway à Genève qui circulent sur les mêmes voies de communication que le trafic motorisé, comme les lignes 12 et 17 sur la route de Chêne, en voie mixte, à travers le « goulot de Chêne ». Sur ce tronçon, la cohabitation serait effective, avec une fréquence doublée par rapport à celle prévue à travers le village de Perly, et avec une charge de trafic comparable. Selon les recourants, une variante sans route n'a jamais été envisagée, comme le montreraient les écritures des TPG, notamment leur note explicative du 15 mai 2021.
Sur ce point également, le Tribunal de céans ne dispose pas de données chiffrées permettant d'opérer une quelconque comparaison. L'intimée, qui a répliqué à propos de ces arguments, ne fournit aucune donnée et indique que les situations ne seraient pas comparables, ce qui est possible, mais non démontré.
Il en découle toutefois que, du point de vue des chiffres, la nécessité de la route de contournement n'est pas établie à ce stade.
7.3.6 L'intimée et l'autorité de première instance ont à plusieurs reprises exposé que la route de desserte était un préalable indispensable, non seulement au tramway, mais également aux travaux. Il résulte des considérations sur la topographie des lieux (cf. consid. 6 supra) que de fortes perturbations de la circulation, mais aussi de l'avancée des travaux, pourraient se produire. Cela ne rend toutefois pas l'ouvrage définitif nécessaire, à supposer que des mesures alternatives à une route provisoire n'existent pas.
7.3.7 Un fait n'est en revanche contesté par personne : indépendamment des mesures prises par les autorités françaises sur le territoire de la commune de Saint-Julien, le trafic automobile et le tramway se rejoignent à la sortie de la route de contournement, au niveau de la douane de Perly (cf. observations de l'intimée du 10 novembre 2025, p. 7). Si cette route de desserte devait réellement supporter le trafic tel qu'il est prévu par le projet, soit environ 16'000 véhicules par jour, le risque d'engorgement des voies de circulation à hauteur de la douane pourrait compromettre la vitesse d'exploitation, et donc également l'attractivité du tramway.
7.3.8 Le Tribunal constate par ailleurs que le dilemme est insoluble sur la base du dossier : si le trafic résiduel demeure important (en raison de l'accès maintenu pour les clients des commerces, comme semblent l'avoir garanti les pouvoirs publics), la cohabitation avec le tramway en site mixte est envisageable et la route de contournement serait disproportionnée. A l'inverse, si la route de contournement est dimensionnée pour absorber la quasi-totalité du trafic actuel (16'600 véhicules par jour), cela signifie que le tramway n'aura provoqué aucun report modal significatif, ce qui contredit la raison d'être même de cet investissement de 144 millions de francs. Dans les deux cas, la nécessité de la route telle qu'elle est projetée n'est pas démontrée en tant qu'aménagement ferroviaire.
Ces questions ne permettent pas au Tribunal de céans de considérer que les faits sont suffisamment établis pour justifier la nécessité de construire une route de contournement.
8. Les recourants se plaignent ensuite du fait que la variante de la route de desserte choisie, située au sud de Perly, en plein champ, n'ait pas été confrontée à d'autres solutions.
8.1 Dans la décision attaquée, au chapitre « Etude de variantes - variantes à la route de desserte Sud », l'autorité inférieure expose brièvement ce qui suit. La déviation du trafic au nord de la route de Saint-Julien a été écartée, car il existe des zones habitées et les capacités du réseau routier existant ainsi que l'espace disponible sont limités pour gérer les reports de trafic. Elle poursuit en expliquant que, pour cette raison, « une variante 'Sud' s'est rapidement imposée » (cf. ch. 6.1.3.4, p. 47 de l'acte attaqué). L'autorité inférieure en conclut qu'il est « établi, au niveau de toutes les autorités concernées, que la nouvelle route de desserte est un prérequis au projet ferroviaire ». Selon elle, au vu des mesures retenues par le plan directeur cantonal et de l'absence d'autres mesures d'accompagnement ou de schémas de circulation viables, l'étude des variantes au dossier est suffisante pour ne retenir que le projet soumis pour approbation.
8.2
8.2.1 Le recourant 1 souligne qu'une tranchée couverte n'a jamais fait l'objet d'une étude sérieuse, alors qu'elle aurait permis de ne conserver qu'une emprise provisoire. Selon lui, cette variante a été écartée uniquement parce que le canton souhaitait réellement créer une zone industrielle à cet endroit (recours, p. 6). Il fait valoir par ailleurs qu'une desserte au nord de la route de Saint-Julien, à la route de Base, qui est largement éloignée de toute construction sur l'essentiel de son tracé, existe largement dans les faits. Selon lui, elle a été écartée pour des motifs incompréhensibles, voire arbitraires. Un tracé sud a été retenu pour des raisons avant tout politiques, alors que le tracé nord, déjà existant, n'empiète pas sur des surfaces d'assolement et permet de rejoindre le réseau français. Il ajoute que la commune de Bardonnex, sur le territoire de laquelle se trouve son bien-fonds, s'oppose à la construction de la route telle qu'elle est projetée. Enfin, le recourant 1 rappelle que la desserte sud impacte des surfaces d'assolement.
8.2.2 Les recourants 7 à 10 soulignent que la desserte sud aura un impact important sur le paysage. Selon un courrier de l'Office cantonal des transports du 24 mai 2022, la paroi antibruit située aux abords de cette desserte empiète sur une voie IVS d'importance nationale ainsi que sur une zone archéologique. Ils estiment que l'OFT a écarté de manière surprenante une variante sur la route de Base, qui était éloignée du site archéologique et sujette à moins de nuisances, pour se focaliser sur un site devant à l'évidence être protégé. Ils relèvent également que la variante « extrême sud » a été écartée sans motif.
8.2.3 Les recourants 16 et 17 invoquent d'autres variantes et ajoutent également que l'autorité de première instance n'a pas évalué l'impact d'un changement d'itinéraire de la part des frontaliers qui pourraient tenter de rejoindre Genève par l'autoroute depuis la France déjà, ou de choisir d'autres itinéraires.
8.3 Dans sa réponse du 23 novembre 2023, l'autorité inférieure indique que les enjeux liés au schéma de circulation relèvent avant tout de « considérations politiques » dont la mise en oeuvre est de la responsabilité des autorités, et que cette thématique requiert des connaissances spécifiques. Un recourant ne peut se limiter à substituer son opinion au contenu des études produites par des spécialistes. Elle souligne que, pour les spécialistes et les autorités locales, une variante à la route de Base est « inenvisageable » : cet axe fait partie du réseau routier primaire avec environ 16'000 véhicules par jour prévus ; dévier les 17'000 (recte : 16'000) véhicules de la route de Saint-Julien reviendrait à doubler la charge de trafic (p. 3). Concernant les SDA, l'OFT relève que le projet nécessite 2,273 ha pour l'insertion de la ligne de tramway et 4,24 ha pour la réalisation de la desserte sud (p. 4).
8.4 En résumé, l'intimée considère que l'étude de variantes a été suffisamment approfondie et que la configuration retenue résulte d'une pondération entre les intérêts concernés. Les autres variantes envisageables sont irréalistes, présentent de lourds désavantages ou ne présentent pas d'avantages significatifs.
8.5 Le Tribunal considère ce qui suit.
8.5.1 S'agissant d'une variante de la route au sud de Perly sous forme de tranchée couverte évoquée par le recourant 1, et sans entrer davantage dans les détails, elle ne paraîtrait guère proportionnée. Une tranchée couverte est un ouvrage onéreux, d'autant plus s'il fallait l'aménager de manière à préserver les surfaces d'assolement.
8.5.2 Pour le surplus, s'agissant d'une variante à la route de Base, la problématique est la même que celle concernant la nécessité d'une route de contournement (cf. consid. 7 supra) : rien au dossier ne permet de connaître le trafic actuel sur cette route de Base (l'OFT considère que 16'000 véhicules transitent quotidiennement sur cette voie de communication) ni d'évaluer l'influence potentielle du tramway sur l'affluence et dans quelle mesure. Le Tribunal ignore par ailleurs d'où proviendraient les usagers de cette route. L'argumentation de l'autorité de première instance concernant les examens effectués par les autorités spécialisées et de la dimension politique des choix opérés ne permet pas au Tribunal de céans d'examiner la proportionnalité du projet, même en admettant que le Tribunal ne substitue pas en principe son appréciation à celle de l'autorité spécialisée (cf. consid. 2.1 et 2.3 supra).
8.5.3 S'agissant de la violation de la législation en matière de protection du paysage (présence d'une voie historique protégée à l'IVS) évoquée par les recourants 7 à 10 concernant l'éventualité d'une route de desserte telle que prévue et de la paroi antibruit qui devrait y être installée, cette question peut souffrir de demeurer ouverte en l'état au vu de ce qui précède et de ce qui suit.
8.5.4 Il est un fait, en tous les cas, que l'examen des variantes, tel qu'il a été effectué par les TPG et repris dans la décision attaquée, interpelle le Tribunal.
Les TPG se réfèrent à leur note explicative du 15 mai 2021 (cf. pièce n° 12A). Or, après examen de ce document et de son annexe intitulée « Contournement de Perly - Desserte Sud, Analyse multicritères - Liste des contraintes », il apparaît qu'aucune autre variante qu'une route de contournement au sud du village de Perly n'a été envisagée ni étudiée. Les trois variantes examinées portent en effet sur une route de desserte au sud du village. Sous la rubrique « Description de la variante », ce document se contente d'indiquer que, lors de « la génération des variantes pour la route de Desserte (2013-2014), différents positionnements de route ont été évalués » et que « certaines variantes ont été écartées rapidement compte tenu de leur impact ou du fait qu'elles ne répondaient pas aux objectifs du projet » (p. 7). Par ailleurs, l'examen de l'annexe à ce document ne permet pas d'aboutir à une autre conclusion : les variantes examinées concernent toutes des routes au sud du village de Perly. Cette situation ressort d'ailleurs très clairement de la décision attaquée (cf. décision attaquée, ch. 6.1.3.4, p. 47) :
« Au Nord de la route de Saint-Julien, il se trouve des zones habitées. Les capacités du réseau routier existant et l'espace à disposition sont limités pour gérer les reports de trafic. Pour cette raison, une variante 'Sud' s'est rapidement imposée. »
Il en découle que les seules variantes de la route de contournement figurant au dossier sont toutes des variantes « sud », chacune étant positionnée plus ou moins proche du village.
En conclusion, même si l'on admet qu'une route de contournement est nécessaire à la réalisation du tramway - question qui a été laissée ouverte, comme on l'a vu (cf. consid. 7 supra) -, les éléments au dossier ne permettent pas au Tribunal de céans de considérer que l'examen des trois variantes dites « Sud » et de la variante finalement retenue, en particulier en raison de son emplacement sur des surfaces d'assolement (cf. le considérant suivant), respecte le principe de la proportionnalité. De plus, en raison des explications lapidaires fournies, le Tribunal de céans n'est pas en mesure de comprendre pour quelles raisons, hormis d'éventuelles considérations politiques, les variantes sud se seraient « rapidement » imposées sans qu'un examen sérieux d'autres alternatives n'ait été effectué.
9. Certains des recourants invoquent ensuite la consommation de surfaces d'assolement due au projet (recourants 1, 7 à 10 et 16 et 17).
Le projet nécessite 2,273 ha pour l'insertion de la ligne de tramway et 4,24 ha pour la réalisation de la desserte sud. De surcroît, près de quatre hectares de terres agricoles supplémentaires non inscrites à l'inventaire cantonal des SDA sont également concernés (cf. réponse aux recours de l'OFT du 23 novembre 2023, p. 4, qui se réfère au rapport d'impact sur l'environnement, pièce n° 72, ch. 4.2.1.2, p. 39 ss).
9.1 Dans sa réponse aux recours, l'OFT indique que la thématique des surfaces d'assolement a été prise en compte par le projet et que cette perte a été préalablement approuvée par le Conseil fédéral dans le cadre du processus de planification.
9.2 Dans leur réponse du 22 décembre 2023, les TPG estiment que la question de la préservation des SDA a « dûment été étudiée dans le cadre du Projet final [...] ».
9.3 Le Tribunal, pour sa part, a spécifiquement interpellé l'ARE en tant qu'autorité spécialisée pour ces questions, après lui avoir spécifiquement communiqué les actes principaux de la présente procédure. La prise de position susmentionnée n'est toutefois pas très éclairante (cf. prise de position de l'ARE du 18 juillet 2025, cf. Faits, let. L supra). Le Tribunal a dès lors examiné les différentes prises de position de l'ARE intervenues depuis le début de la planification.
9.3.1 Le 31 mai 2017, l'ARE demandait à l'OFT « des études permettant au canton d'affirmer que cette route conditionne le projet d'extension de tram ».
9.3.2 Le 20 mars 2018, l'ARE précisait ne pas avoir formulé de demande concernant cette route dans le cadre de l'examen du plan directeur cantonal, car « la nécessité d'une telle route n'était mentionnée nulle part dans les documents de base ». Le tramway avait pu être approuvé sans cette route lors de l'examen du PDCn en 2015. La route constituait un « nouvel élément important du projet » (cf. également Faits, let. B.e supra).
Cette prise de position, de même que celle du 31 mai 2017 mentionnée ci-dessus, contredisent l'un des documents - non datés - livrés en même temps que le préavis du 24 avril 2017 de la Direction générale des transports du canton de Genève (cf. Fais, let. B.b supra). Concernant l'étape 2 (ZIPLO à Saint-Julien), l'Office de l'urbanisme du canton de Genève, Direction de la planification cantonale et régionale, Direction du développement urbain, région rive gauche, exposait ce qui suit :
« La réalisation de la route de contournement de Perly conditionne la réalisation des travaux du tramway, et permettra de desservir les futurs développements urbains du secteur. L'ensemble des surfaces de SDA impactées par la réalisation de cette route et les développements urbains ultérieurs ont été validés par la Confédération en avril 2015 lors de l'approbation du PDCN 2030. L'impact global de ces projets reste donc identique ».
Ainsi ce dernier document laisse à penser que l'ARE était au fait de l'entité du projet, alors que les avis déposés par ce dernier semblent infirmer cette thèse.
9.3.3 Le 11 novembre 2020, un courriel interne de l'ARE relevait que « la nécessité d'une route de contournement semble davantage provenir d'une volonté politique genevoise en lien avec des 'impératifs' de réalisation et d'exploitation du tram que de la volonté de l'OFT » (pièce n° 10).
9.3.4 Le 13 janvier 2021, dans son rapport d'examen concernant la mise à jour du PDCn, l'ARE approuvait le projet en coordination réglée avec la réserve que les extensions de zone à bâtir soient approuvées « pour autant que la part minimale de surfaces d'assolement de 8'400 ha dévolue au canton de Genève soit garantie en tout temps ». L'ARE mentionnait que la route avait été « choisie au terme d'une analyse conduite en 2014 entre trois variantes ». Concernant ce dernier point, il convient de se référer à ce qui a déjà été dit plus haut (cf. consid. 8.5.4).
La fiche B02 du schéma directeur cantonal, intitulée « Renforcer le réseau TC structurant », prévoit la construction d'un axe de tramway entre Genève et St-Julien-en-Genevois, ainsi que la requalification de l'espace-rue, y compris la desserte et le contournement sud de Perly (projet n° 4). La fiche B03, intitulée « Optimiser et compléter le réseau routier et autoroutier », indique également que la « construction d'une route contournant Perly, au sud de la route de Saint-Julien, accompagnera l'arrivée du tramway, d'une part, et permettra la desserte du quartier d'activités qui se développera sur Bardonnex, d'autre part ».
9.3.5 Le 18 juillet 2025 enfin, en réponse à la demande expresse du Tribunal, l'ARE s'est limité à relever que la construction de la route impliquerait la consommation de trois hectares de SDA et de près de quatre hectares de terres agricoles supplémentaires. L'ARE n'a fourni aucune indication sur le solde actuel de SDA du canton de Genève ni sur d'éventuelles mesures de compensation.
9.3.6 Cette succession de prises de position, sans qu'il ne soit possible de reconstituer les motifs à la base de l'avis de l'ARE, laisse le présent Tribunal dans l'incertitude, malgré tout le crédit que les Tribunaux accordent en principe aux avis des autorités spécialisées (cf. consid. 2.1 et 2.3 supra). Même si la planification directrice, à l'instar de la planification sectorielle fédérale, est un processus politique soumis à une évolution et à des adaptations constantes, il n'en demeure pas moins qu'il s'agit d'instruments d'aménagement du territoire dont les autorités qu'ils lient devraient pouvoir comprendre les fondements (sur la planification sectorielle et directrice, cf. art. 15 OAT). En l'espèce, aucune pièce au dossier n'indique comment le plan directeur susmentionné a abouti à cette route qui « accompagnera l'arrivée du tramway », et encore moins si les prémisses nécessaires ont été fournies aux autorités compétentes. Et l'acte ici attaqué, qui devrait concrétiser la planification de niveau supérieur, doit néanmoins examiner dans le détail le respect de la loi, même si un aménagement est prévu dans un plan sectoriel ou directeur en coordination réglée.
9.4 Les surfaces d'assolement sont des parties du territoire qui se prêtent à l'agriculture (art. 6 al. 2 let. a LAT) et qui doivent être préservées en vertu de l'art. 3 al. 2 let. a LAT. Aux termes de l'art. 26 al. 3 OAT, une surface totale minimale d'assolement a pour but d'assurer au pays une base d'approvisionnement suffisante, comme l'exige le plan alimentaire, dans l'hypothèse où le ravitaillement serait perturbé, cela conformément à l'art. 1 al. 2 let. d LAT. Sur la base des surfaces minimales arrêtées dans le plan sectoriel des surfaces d'assolement de la Confédération (art. 29 OAT ; ci-après : PS-SDA), les cantons définissent les surfaces d'assolement dans leur plan directeur, dans le cadre de la délimitation des autres parties du territoire qui se prêtent à l'agriculture (art. 28 OAT). L'art. 30 al. 1 OAT précise que les cantons veillent à ce que les surfaces d'assolement soient classées en zones agricoles ; ils indiquent dans leur plan directeur les mesures nécessaires à cet effet. Les cantons doivent s'assurer que leur part de la surface totale minimale d'assolement (art. 29 OAT) soit garantie de façon durable ; si cette part ne peut être garantie hors des zones à bâtir, ils prévoient des zones réservées (art. 27 LAT) pour des territoires non équipés sis dans des zones à bâtir (art. 30 al. 2 OAT).
L'objectif de conservation du contingent des surfaces d'assolement s'impose à la Confédération à travers les art. 75, 102, 104 et 104a Cst., l'art. 3 al. 2 let. a LAT ou encore l'art. 26 OAT (cf. arrêt du TAF A-3366/2020 du 28 septembre 2023 consid. 8.4 ; ARE, Plan sectoriel des surfaces d'assolement - Rapport explicatif, mai 2020, disponible sur [consulté le 11 mars 2026], p. 21). Les modalités de protection des SDA en présence de projets d'infrastructure fédéraux ressortent des plans sectoriels de la Confédération, en particulier du plan sectoriel des surfaces d'assolement (art. 29 OAT).
9.4.1 La protection des SDA représente un intérêt public important (art. 1 al. 2 let. a et 3 al. 2 let. a LAT). Les SDA ne sont toutefois pas protégées de manière absolue. La jurisprudence du Tribunal fédéral n'exclut pas que des SDA soient employées à d'autres fins que l'agriculture. Cela présuppose toutefois une pesée des intérêts complète (art. 3 OAT) qui tienne compte en particulier du fait que les SDA doivent être préservées et que la part cantonale de surface d'assolement doit être garantie de façon durable (art. 30 al. 2 OAT) (cf. arrêt du TF 1C_94/2012 du 29 mars 2012 consid. 4.1 ; arrêt du TAF A-807/2022 du 19 août 2024 consid. 7.3.2).
9.4.2 L'atteinte portée aux SDA doit en outre apparaître nécessaire, ce qui n'est pas le cas si une ou plusieurs variantes permettaient d'atteindre les buts d'intérêt public visés par le projet sans recourir à des SDA et sans porter atteinte à d'autres intérêts légitimes (art. 2 al. 1 let. b OAT ; arrêt du TAF A-3366/2020 du 28 septembre 2023 consid. 8.4 ; ARE, Rapport explicatif PS-SDA, p. 20). Il y a lieu d'évaluer dans quelle mesure le terrain concerné pourrait à nouveau être cultivé et, lorsque le canton se situe au-dessous de son contingent minimal de SDA ou ne le remplit que de peu, une compensation doit être opérée (cf. arrêt du TF 1C_656/2024 du 5 août 2025 consid. 4.1).
9.4.3 La jurisprudence a retenu qu'une compensation ne s'imposait pas au canton sur la base de l'art. 30 al. 2 OAT si le canton disposait d'une marge sur son contingent d'une centaine d'hectares (cf. arrêt du TF 1C_656/2024 précité consid. 4.2.3 : marge de 147 ha). Le Tribunal fédéral a déjà considéré qu'une emprise sur les SDA de 0,46 ha, non compensée, était fort modeste (« geringfügig » ; arrêt du TF 1C_556/2013 du 21 septembre 2016 consid. 15.3) et le Tribunal de céans, qu'une emprise compensée de 0,8 ha l'était également (cf. arrêt du TAF A-486/2021 du 17 juillet 2023 consid. 4.10.3).
9.5 Selon les données publiquement accessibles sur le site Internet de l'ARE, l'inventaire des SDA du canton de Genève s'élevait à 8'491 ha au 1er janvier 2023 (cf. ARE, Statistique des surfaces d'assolement en Suisse, https://www.are.admin.ch/fr/statistique-sda ). Le canton disposait donc, à cette date, d'un solde de 91 ha au-dessus du minimum fédéral de 8'400 ha. Cette réserve est déjà très faible et a pu diminuer depuis. Ni l'OFT, ni les TPG, ni l'ARE n'ont indiqué au Tribunal si le canton dispose encore d'une réserve suffisante, ni si les SDA consommées seront compensées.
Au sens de la jurisprudence précitée et dès lors que la surface disponible, à tout le moins à la connaissance du Tribunal, est inférieure à 100 ha, une compensation eût été nécessaire. Le projet n'en prévoit pas.
Le Tribunal ne dispose pas non plus de précédent permettant de qualifier de « fort modeste » une emprise de plus de 3 ha, ni s'il faut mettre en parallèle les surfaces restantes - que l'on ne connaît pas à l'heure actuelle - avec les surfaces nécessitées par un projet.
9.6 Au vu de ce qui précède, et compte tenu des doutes déjà soulevés quant à la nécessité d'une route de desserte (cf. consid. 7 supra), puis quant à la nécessité de la solution précisément retenue (cf. consid. 8 supra), la question des surfaces d'assolement pose également problème. Sur la base du dossier, le Tribunal n'est pas en mesure de déterminer si le sacrifice de ces surfaces d'assolement est nécessaire au sens des dispositions légales et de la jurisprudence susmentionnées. Compte tenu de l'absence de compensation prévue, la proportionnalité au sens étroit de l'utilisation de ces surfaces d'assolement n'est pas démontrée non plus.
9.7 Il découle de ce qui précède que le principe de la proportionnalité a été violé. Il n'apparaît en effet pas que la construction de cette route soit nécessaire à celle du tramway, ni qu'il n'existe pas d'autres mesures moins incisives. Il manque en effet au dossier une étude sérieuse des alternatives qui n'impliqueraient pas la construction de cette route en pleine campagne et la consommation de plusieurs hectares de surfaces d'assolement.
Il n'apparaît pas non plus, sous cet angle, que les expropriations prononcées en raison de la construction de la route de contournement soient proportionnées. L'expropriation constitue en effet toujours une ultima ratio.
En résumé, il apparaît que la compétence de l'OFT pour approuver cette route de desserte était douteuse (cf. consid. 6 supra) et que, même s'il en avait eu la compétence, la nécessité de construire une route de contournement dans le cadre de ce projet ferroviaire ne ressort pas des éléments au dossier (cf. consid. 7 supra). Par ailleurs, même en admettant une telle nécessité, les éléments au dossier ne permettent pas au Tribunal de céans de considérer que l'examen des trois variantes dites « Sud », tel qu'il a été effectué, et de la variante finalement retenue, qui sacrifie des surfaces d'assolement, respecte le principe de la proportionnalité (cf. consid. 8 et 9 supra). Par conséquent, les autres griefs des recourants 1, 7 à 10, 11 à 15 et 16 à 17, en lien avec cette route de desserte, ne seront pas examinés dans les considérants qui suivent. Seuls les griefs des recourants concernant le projet de tramway à la route de Saint-Julien seront examinés. Ces griefs concernent principalement les expropriations et la mise en danger des activités économiques de ces recourants.
10. L'acte attaqué octroie à l'intimée des titres d'expropriation sur les parcelles des recourants sises le long de la route de Saint-Julien à Perly. Dans les considérants qui suivent, seule la situation de ces recourants sera examinée sous l'angle de l'expropriation, la route de contournement ne pouvant pas être approuvée en l'état.
10.1 Les recourants concernés sont les recourants 2, 3, 4, et 5 et 6. Toutes les parcelles touchées sont, comme déjà constaté, sises le long de la route de Saint-Julien à Perly. Les droits touchés sont les suivants :
- La recourante 2 dispose d'une servitude annotée lui permettant d'exploiter une station à essence sur une superficie de 1'606 m2 de la parcelle (...) du registre foncier de Perly. La décision attaquée a prononcé une expropriation temporaire de ladite servitude pour une superficie de 466 m2. Il s'agit d'une bande de terrain le long de la chaussée. L'occupation temporaire est nécessitée par les besoins des travaux et d'aménagement ultérieur des accès à cette parcelle (cf. dossier de plans, plan des emprises 80.B et tableau des droits 73.A, fiche 130 ; voir également le procès-verbal de la vision locale du 24 février 2025 et les plans reportés dans cette pièce).
- Le recourant 3 est propriétaire de la parcelle (...) du registre foncier de Perly d'une surface de 2'018 m2, également sise le long de la chaussée et sur laquelle il exploite une station à essence, un shop, et une station de lavage. L'immeuble comprend également un appartement au premier étage. La décision prononce l'expropriation de 1 m2 à titre définitif et l'expropriation temporaire de 481 m2. L'expropriation définitive est nécessitée par l'aménagement d'un arrêt à proximité immédiate et l'expropriation temporaire par les besoins des travaux et d'aménagement des accès à cette parcelle (cf. dossier de plans, plan des emprises 81.B, et tableau des droits 73.A, fiche 172 ; voir également le procès-verbal de la vision locale du 24 février 2025 et les plans reportés dans cette pièce).
- Les recourants 5 et 6 sont propriétaires des parcelles (...) et (...) du registre foncier de Perly, d'une surface respective de 1'086 m2 et de 200 m2, toutes deux sises le long de la chaussée de la route de Saint-Julien. Ils y exploitent une station à essence, un shop et un bureau de change. La parcelle (...) et une partie de la parcelle (...) sont louées par le recourant 4 qui y expose les voitures qu'il vend (cf. ci-dessous). La parcelle (...) n'est plus constructible. La décision prononce l'expropriation temporaire de la totalité de la parcelle (...) et de 652 m2 de la parcelle (...) ; il s'agit dans ce cas également d'une bande de terrain sise le long de la chaussée. L'expropriation temporaire est nécessitée par les travaux et les aménagements des accès à cette parcelle (cf. dossier de plans, plan des emprises 81.B, et tableau des droits 73.A, fiche 113 ; voir également le procès-verbal de la vision locale du 24 février 2025 et les plans reportés dans cette pièce).
- Le recourant 4 est locataire de la parcelle (...) et d'une partie de la parcelle (...) du registre foncier de Perly, soit les deux parcelles susmentionnées. Il y exploite un commerce de véhicules d'occasion et utilise donc ces surfaces en exposant lesdits véhicules directement aux abords de la route de Saint-Julien ; il a également installé une construction mobilière (« container ») dans laquelle il a son bureau. La décision attaquée prononce l'expropriation temporaire des surfaces susmentionnées pour les motifs exposés ci-dessus (cf. procès-verbal de la vision locale du 24 février 2025).
10.2 Tous les recourants ci-dessus s'opposent aux expropriations. Compte tenu de leurs activités, qui se déroulent par définition aux abords d'une route et supposent l'accès de véhicules automobiles à leurs commerces, à l'exception du recourant 4, ils craignent que ledit accès soit fortement compromis par les occupations temporaires, au point de les conduire à la faillite. Ils invoquent dès lors une violation de la garantie de propriété consacrée à l'art. 26 Cst. Quant au recourant 4, l'intérêt de pouvoir exposer des véhicules d'occasion le long d'une voie à fort passage est également évident, même si cette activité pourrait intrinsèquement être exercée à plus grande distance de la chaussée de Saint-Julien.
10.3 L'intimée, pour sa part, assure que les accès seront possibles en tout temps et que les surfaces d'emprises provisoires octroyées seront utilisées de manière à permettre l'exploitation de leurs commerces.
10.4 L'autorité de première instance, quant à elle, se réfère à la décision entreprise. Lors de la vision locale, elle a en outre exposé que l'étendue des expropriations temporaires avait été calculée largement afin de permettre le meilleur aménagement possible des parcelles. S'agissant de l'expropriation définitive de 1 m2 de la parcelle du recourant 3, elle considère que la surface expropriée n'est pas de nature à remettre en cause l'entité de la parcelle.
10.5 La garantie de la propriété est ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst. Dans sa fonction individuelle, elle protège les droits patrimoniaux concrets du propriétaire, tel que celui de conserver sa propriété, d'en jouir et de l'aliéner (cf. ATF 145 I 73 consid. 6.1; ATF 131 I 333 consid. 3.1). L'art. 26 al. 1 Cst. garantit en outre le libre accès à la propriété (cf. ATF 114 Ia 14 consid. 1b ; arrêt 1C_223/2014 du 15 janvier 2015 consid. 4.3). La garantie de la propriété n'est toutefois pas absolue. Comme tout droit fondamental, elle peut être restreinte moyennant le respect des conditions fixées à l'art. 36 Cst. La restriction doit ainsi reposer sur une base légale, plus particulièrement une loi au sens formel si la restriction est grave (al. 1), être justifiée par un intérêt public (al. 2) et respecter le principe de la proportionnalité (al. 3). L'art. 26 al. 2 Cst. pose le principe de la pleine indemnisation en cas d'expropriation ou de mesure équivalente (cf. arrêt 1C_37/2022 du 23 mars 2023 consid. 3.1, non publié in ATF 149 I 49). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (cf. ATF 140 I 168 consid. 4).
10.5.1 L'exigence de la base légale est réalisée en l'espèce : en matière fédérale, l'expropriation est régie par la LEx et en matière d'approbation des plans ferroviaires, par l'art. 3 LCdF qui prévoit que l'autorité d'approbation prononce également l'approbation des plans d'expropriation. A teneur de l'art. 1 LEx, qui reprend le contenu et la portée de l'art. 26 Cst., le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale (al. 1). Il ne peut s'exercer que dans la mesure nécessaire pour atteindre le but poursuivi (al. 2). De plus, pour être compatible avec la garantie constitutionnelle de la propriété (art. 26 al. 1 Cst.), l'expropriation doit encore être proportionnée au but visé (art. 36 al. 3 Cst.), c'est-à-dire qu'elle doit être propre à atteindre ce but et ne pas aller au-delà de ce qu'exige l'intérêt public (cf. ATF 125 II 129 consid. 8 ; 121 I 117 consid. 3b ; 120 Ia 227 consid. 2c ; arrêt du TF 1C_342/2011 du 15 mars 2012 consid. 2.1).
S'agissant des expropriations temporaires, l'art. 6 al. 1 LEx prévoit que l'expropriation à titre temporaire est limitée dans sa durée à dix ans au maximum, à moins que la loi, l'arrêté du Conseil fédéral ou une convention n'en disposent autrement. En vertu du principe de la proportionnalité, une expropriation ne sera pas prononcée pour une mesure supérieure à ce qui est nécessaire à la réalisation du but d'intérêt public poursuivi (cf. arrêt du TF 1C_342/2011 précité consid. 3.2).
10.5.2 L'intérêt public du projet, qui n'est au demeurant pas contesté, est également réalisé. Comme cela a déjà été considéré, au vu de la situation de l'agglomération genevoise, l'aménagement d'un tramway reliant Saint-Julien à la métropole genevoise est dans l'intérêt commun de la région et de ses habitants. Il est également dans la nature d'un tramway que de desservir des lieux facilement accessibles par les usagers visés, ce qui suppose une proximité avec les habitations et les commerces.
10.5.3 Quant au principe de la proportionnalité, il exige que la mesure prise par l'autorité soit apte et nécessaire pour atteindre l'objectif visé et qu'il existe un rapport raisonnable entre cet objectif et les moyens mis en oeuvre, respectivement les intérêts en jeu (art. 36, al. 3, Cst. ; cf. ATF 151 I 3 consid. 7.7 ; 150 I 154 consid. 7.5.1). Il exige que la mesure soit susceptible de produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ces derniers ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité). Ce principe interdit en outre toute limitation allant au-delà du but poursuivi et exige un rapport raisonnable entre ce dernier et les intérêts publics ou privés en jeu (principe de proportionnalité au sens strict), critère qui implique une mise en balance des intérêts (cf. ATF 151 I 337 consid. 7.1 ; 150 I 120 consid. 4.1.1).
10.5.3.1 A cet égard, il résulte des plans des emprises temporaires cités ci-dessus que celles-ci consistent en des bandes de terrain continues le long de la route de Saint-Julien et qui, sur la base des plans, à tout le moins, sont susceptibles de prétériter l'accès aux commerces des recourants. Au stade actuel de la planification, toutefois, il est normal et conforme à la loi que ces plans ne soient pas plus détaillés : les plans requis pour une approbation des plans telle que celle ici querellée ne sont pas des plans de détail (cf. art. 3 de l'ordonnance du 2 février 2000 sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires, OPAPIF, RS 742.142.1). C'est dans le cadre de la planification détaillée que les aménagements peuvent être réalisés, singulièrement pour permettre l'accès aux parcelles en question.
10.5.3.2 Quant à la règle de l'aptitude, il est assez évident aussi que la présence d'un tramway en site mixte sur cette route de Saint-Julien suppose l'aménagement de la chaussée, et que les travaux y relatifs impliquent des machines de chantier et des dépôts de matériel à proximité. Dès lors et sur le principe, les occupations temporaires sont aptes à atteindre le but visé.
10.5.3.3 S'agissant de la règle de la nécessité, le Tribunal doit toutefois rappeler que le projet présuppose, sur la base des explications fournies par l'intimée et par l'autorité de première instance, que la route de contournement soit réalisée avant même le début des travaux, afin que ceux-ci puissent être entrepris (cf. Faits, let. B.b et B.i et consid. 6.5.5 supra). La question de la nécessité de ces emprises dans le projet tel qu'il est prévu est donc plus délicate, car la route de contournement était supposée absorber le trafic journalier et les travaux auraient pu être organisés de manière à nécessiter moins d'espace le long du tracé de la route de Saint-Julien.
Compte tenu de ce qui précède, le sort de la route de contournement semble toutefois compromis, du moins en tant qu'ouvrage définitif. Dans ce cas, les emprises provisoires telles que prononcées dans l'acte attaqué devraient peut-être être modifiées. En effet, le gabarit de la route de Saint-Julien, ne permet sans doute pas de réaliser les travaux de construction du tramway sans empiéter sur les propriétés adjacentes, dont celles des recourants. Ces emprises sont donc nécessaires en principe.
10.5.3.4 Concernant enfin la règle de proportionnalité au sens strict, le Tribunal prend acte du fait que l'intimée et l'autorité de première instance assurent que l'accessibilité aux commerces des recourants sera assurée. Il convient également de rappeler, comme indiqué précédemment, que ces aménagements doivent être prévus dans le cadre de la planification de détail (cf. consid. 10.5.3.1 supra). Toutefois, de l'aveu même de l'autorité de première instance, les surfaces ont été calculées « largement » précisément afin de permettre au maître d'ouvrage d'aménager l'accès dans le meilleur intérêt des expropriés (cf. procès-verbal de la séance d'instruction du 24 février 2025, p. 16, à propos de la recourante 2). Elle a également précisé que « les emprises provisoires sont surtout dans l'intérêt du propriétaire, afin qu'il puisse anticiper à quoi correspondront les travaux ».
Le Tribunal ne saurait suivre cette justification. Dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, c'est le piquetage (art. 18c LCdF) qui permet aux tiers d'appréhender l'entité d'une mesure d'expropriation, de sorte que les recourants ont pu se rendre compte, avant la mise à l'enquête, de ce qui était demandé. Les plans de piquetage figurent d'ailleurs au dossier et définissent les mêmes périmètres que ceux ayant fait l'objet de l'expropriation (cf. dossier de plans, plans 89.A et 90.A).
Une fois approuvés, les plans d'emprise et le tableau des droits définissent précisément le droit exproprié et la surface concernée. Cette approbation est contraignante pour l'exproprié qui doit tolérer cette mesure. Même si l'autorité de première instance se veut rassurante, les plans tels qu'approuvés montrent une occupation temporaire relativement importante des parcelles des recourants (cf. consid. 10.1 supra), puisqu'elle se monte à 29 % de la parcelle de la recourante 2, 24 % de la parcelle des recourants 3, 100 % du droit de location du recourant 4, ainsi que 66 % des parcelles (considérées ensemble) des recourants 5 et 6. L'inquiétude de ces derniers concernant leur activité professionnelle et commerciale est donc compréhensible.
10.5.3.5 Même si l'état ne saurait garantir à tout un chacun qu'il puisse exercer l'activité économique de son choix et en subsister (cf. consid. 13 infra), la situation de ces recourants est tout de même particulière. Dans ce cadre, la justification des emprises temporaires ne paraît guère tenir compte de la proportionnalité au sens étroit. Sinon, l'OFT aurait au moins pu imposer certaines précautions par le biais de charges, en imposant des plans de détail permettant aux expropriés de s'exprimer sur l'accessibilité à leurs commerces, et en exposant également ce qu'il adviendrait de celle-ci après la mise en service du tramway. Faute de connaître ces éléments, le Tribunal ne peut pas confirmer que ces mesures sont conformes au principe de proportionnalité au sens strict.
Compte tenu de ce qui précède concernant la route de contournement, il apparaît toutefois que le projet devra être revu pour cette partie. Il n'est pas exclu que cela entraîne des répercussions sur le reste du projet, en particulier sur la phase des travaux et, par conséquent, sur les occupations temporaires.
10.5.3.6 Enfin, comme constaté ci-dessus, la parcelle du recourant 3 a été l'objet d'une expropriation formelle définitive pour une surface de 1 m2. L'intimée a expliqué que cette expropriation était nécessaire à la réalisation des travaux et que l'ouvrage projeté nécessitait cette expropriation, dans la mesure où une partie de l'ouvrage se trouverait ensuite sur la parcelle en question. Dans ce cadre, il était dans l'intérêt même du recourant que le régime juridique soit clairement établi.
Ce motif est en soi justifié. Toutefois, compte tenu de ce qui précède et pour les mêmes motifs, le Tribunal n'est pas en mesure d'en apprécier la proportionnalité au sens strict.
11. Les recourants 2 à 6 concluent à ce que le Tribunal de céans constate une expropriation matérielle totale de leurs biens et commerces.
11.1 Ces recourants expriment ici leur crainte de ne plus disposer de clientèle à mesure que la route de Saint-Julien connaîtra un passage extrêmement réduit de véhicules. Pour tous ces recourants, l'avenir de leur commerce est compromis par ce projet, qui risque de provoquer des pertes considérables et une faillite certaine. Ils considèrent en résumé que les effets du projet sont tels qu'ils les privent totalement des attributs essentiels de leurs droits (propriété, servitude ou bail).
11.2 Dans sa réponse du 23 novembre 2023, l'OFT souligne que l'exploitation des recourants restera accessible selon le schéma de circulation projeté et que le projet n'implique aucune interdiction d'exploiter. Il s'agit plutôt d'examiner si la loi prévoit une compensation en cas de perte de chiffre d'affaires, respectivement si elle prévoit une indemnisation pour un dommage économique. Néanmoins, conformément à l'art. 18k LCdF, de telles prétentions financières ne pouvaient pas être examinées dans le cadre de la procédure d'opposition. La décision d'approbation des plans doit au moins être exécutoire avant que ce volet de l'opposition ne puisse être instruit par la Commission fédérale d'estimation (CFE).
Pour sa part, l'OFT n'est ainsi pas entrée en matière sur lesdites prétentions et a indiqué que celles-ci devraient, le cas échéant, être produites devant la CFE.
11.3 Du point de vue du Tribunal, le risque de perte économique invoqué par les recourants existe. Il existerait même dès la phase des travaux, puisque la route de contournement était un prérequis nécessaire pour commencer les travaux sur la route de Saint-Julien (cf. Faits, let. B.b et B.i et consid. 6.5.5 supra). De ce fait, il y a de grandes probabilités pour que la route de Saint-Julien connaisse un trafic fortement réduit dès le début des travaux relatifs au tramway. Il paraît assez vraisemblable qu'une station essence qui est éloignée du trafic automobile réalise moins de chiffre d'affaires qu'une autre située en bordure d'un axe fréquenté.
11.4 La distinction fondamentale entre l'expropriation formelle et l'expropriation matérielle réside dans le but de l'intervention étatique et ses effets sur la titularité des droits réels. L'expropriation formelle constitue un acte de puissance publique unilatéral visant à transférer la propriété ou un droit réel à l'État ou à un tiers délégataire pour l'accomplissement d'une tâche publique (cf. consid. 10.5 ss supra). Dans cette configuration, l'entité expropriante s'enrichit à hauteur de l'appauvrissement subi par l'exproprié, le transfert de titre étant l'objectif premier de la mesure. Comme vu précédemment, l'expropriation formelle est l'aboutissement d'une procédure complexe par laquelle l'autorité décide un transfert de droits en faveur de l'expropriant. L'expropriation formelle se prononce par décision.
A l'inverse, l'expropriation matérielle ne comporte aucun transfert de propriété ; l'Etat agit ici en tant que législateur ou régulateur qui restreint les prérogatives du propriétaire (usage, jouissance, disposition) sans acquérir de droit sur le bien. Elle se caractérise ainsi comme une conséquence accessoire d'une mesure étatique orientée vers d'autres objectifs, tels que la protection de l'environnement ou l'aménagement du territoire, dont les effets économiques équivalent néanmoins à une dépossession. L'expropriation matérielle ne se prononce pas ; elle peut toutefois faire l'objet d'une indemnisation selon les conditions mentionnées ci-dessous, ce qui suppose une constatation de son existence par l'autorité compétente pour les questions d'indemnisation.
11.5 Le régime de l'expropriation matérielle, de nature essentiellement jurisprudentielle, remonte à un arrêt de principe de 1965 (cf. ATF 91 I 329). Il y a expropriation matérielle au sens de l'art. 26 al. 2 Cst. et de l'art. 5 al. 2 LAT, lorsque l'usage actuel d'une chose ou son usage futur prévisible est interdit ou restreint de manière particulièrement grave, de sorte que l'intéressé se trouve privé d'un attribut essentiel de son droit de propriété. Le terme « expropriation » matérielle est en soi inapproprié, car il n'y a justement aucun transfert de propriété. Pour qu'une restriction à la propriété soit qualifiée d'expropriation matérielle ouvrant droit à une indemnisation, l'atteinte doit être particulièrement grave, privant le propriétaire d'un attribut essentiel de son droit ou lui imposant un sacrifice spécial incompatible avec le principe de l'égalité de traitement. Une condition impérative et cumulative exige que le propriétaire démontre un usage actuel ou un usage futur hautement prévisible dans un proche avenir du bien concerné. Cette protection de l'usage futur ne s'applique que si cet usage apparaît comme très probable au moment déterminant, généralement la date d'entrée en vigueur de la mesure restrictive. A la différence de l'expropriation formelle, l'expropriation matérielle n'est pas l'issue d'une procédure visant précisément à transférer un droit, mais la conséquence d'actes législatifs ou « quasi législatifs », comme des plans d'aménagement du territoire, qui transformeraient la nature du bien-fonds de telle manière qu'il perdrait presque tout intérêt pour son propriétaire.
Une atteinte de moindre importance peut également constituer une expropriation matérielle si elle frappe un ou plusieurs propriétaires de telle manière qu'ils devraient supporter un sacrifice par trop considérable en faveur de la collectivité, incompatible avec le principe de l'égalité de traitement s'ils n'étaient pas indemnisés. Dans les deux cas, la protection ne s'étend à l'usage futur prévisible que s'il apparaît, au moment déterminant, comme très probable dans un proche avenir (cf. sur ces questions ATF 149 II 368 consid. 3.2 ; 131 II 151 consid. 2.1 et les références citées).
11.6 Ceci posé, dès lors qu'une éventuelle expropriation matérielle suppose une indemnisation (cf. consid. 11.4 supra), l'autorité compétente pour ce faire n'est en tout cas ni l'OFT ni le Tribunal de céans, à qui certains des recourants demandent de constater une expropriation matérielle.
S'il est clair qu'en cas d'expropriation formelle, l'autorité compétente pour statuer sur une demande d'indemnité est la Commission fédérale d'estimation (CFE) (art. 18k LCdF et 64 al. 1 let. a LEx), la question de la compétence en cas d'expropriation matérielle est plus délicate à trancher.
11.6.1 La CFE est en effet compétente en cas d'expropriation, laquelle, si l'on considère ce terme dans son sens premier, ne peut être que celle qui est régie par la LEx et les législations sectorielles d'approbation des plans, comme la LCdF. Il s'agit donc en principe de l'expropriation formelle, c'est-à-dire celle qui a été prononcée par décision. La révision de la LEx a entraîné l'insertion d'une disposition qui attribue une compétence pour « expropriation » matérielle à la CFE : il s'agit des cas d'indemnisation pour le bruit des avions pour lequel la loi fédérale du 21 décembre 1948 sur l'aviation (LA, RS 748.0) a été spécialement modifiée (cf. message du Conseil fédéral du 21 juin 2018 concernant la modification de la loi fédérale sur l'expropriation, FF 2018 p. 4817, p. 4843, p. 4867 à 4869). En effet, en cas de bruit excessif, les propriétaires sont touchés dans leurs droits et devraient pouvoir exercer leurs droits de défense (droits de voisinage au sens des art. 679 et 684 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210]). Lorsqu'une infrastructure dépasse les valeurs au-delà desquelles le bruit peut être considéré comme excessif, les droits de voisinage, c'est-à-dire la faculté d'agir par la voie civile pour faire cesser le trouble, devraient être expropriés. La condition pour exercer de telles actions est celle d'un dépassement des valeurs limites d'immission au sens de la loi fédérale sur 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01) et de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB, RS 814.41) après la mise en service de l'exploitation, c'est-à-dire à un moment bien postérieur au moment de l'approbation des plans (sur ces questions, cf. arrêt du TAF A-3983/2021 du 12 février 2026 consid. 3.3). Dans la pratique, ces droits de voisinage ne sont jamais objet d'une expropriation formelle (leur expropriation n'est jamais prononcée dans le cadre d'une approbation des plans) dès lors que, au moment de l'approbation des plans, les autorités ne disposent que d'une étude d'impact, laquelle surévalue en général le bruit de manière que l'ouvrage ne se révèle pas contraire à la loi au moment de sa mise en service. C'est pourquoi, dans le domaine de l'aviation, le législateur a prévu la possibilité, pour les riverains touchés par un bruit excessif, de pouvoir agir devant la CFE (art. 36e LA qui instaure ainsi une compétence qui n'est pas mentionnée à l'art. 64 LEx).
11.6.2 Il n'existe rien de tel pour le dommage dont pourraient se prévaloir les recourants, car il ne s'agit en aucun cas de bruit ou d'aviation. La LCdF ne contient aucune disposition analogue à celle de l'art. 36e LA (l'art. 18u LCdF ne concerne que les cas de création de zones réservées ou d'alignement).
11.6.3 Il ne resterait éventuellement que la procédure autonome d'expropriation au sens des art. 36 ss LEx. Celle-ci s'applique toutefois dans les cas où l'un des droits visés à l'art. 5 LEx aurait dû être exproprié, mais ne l'a pas été (art. 36 al. 1 LEx) ou qu'un « dommage survient ». Il résulte de la loi et des explications fournies par le message à l'appui de la modification de la LEx (FF 2018 p. 4841 et ss) que ces cas concernent des hypothèses assez éloignées de la situation des recourants. En outre, ces nouvelles dispositions, introduites bien après la demande d'approbation des plans, ne seraient même pas applicables dans le temps.
11.6.4 Si les atteintes invoquées par les recourants étaient la conséquence directe de la mise en oeuvre d'une mesure arrêtée dans les plans d'aménagement locaux afin de garantir une vitesse commerciale suffisante au tramway, cette question serait alors éventuellement de la compétence de la Commission cantonale d'expropriation (cf. loi cantonale genevoise du 10 juin 1933 sur l'expropriation pour cause d'utilité publique, LEx-GE, L 7 05).
Il faut dès lors constater que la CFE ne semble pas compétente a priori pour statuer sur d'éventuelles demandes d'indemnisation des recourants. Et comme cela a été considéré précédemment, l'OFT n'est pas compétent non plus. C'est donc à juste titre qu'il n'est pas entré en matière sur les requêtes des recourants. Ces conclusions ayant également été présentées devant le Tribunal de céans, il y a lieu de constater qu'il n'est pas davantage compétent, car il est appelé, en sa qualité d'autorité de recours, à examiner l'acte attaqué (selon que l'autorité ait décidé quelque chose ou, à tort, ne l'ait pas fait), et non pas les questions que l'autorité de première instance ne pouvait pas examiner.
12. Le recourant 4 et les recourants 11 à 15, quant à eux, demandent une extension de l'expropriation. Cette demande repose également sur un raisonnement relatif à une expropriation matérielle. Dès lors, pour les motifs exposés ci-dessus, l'OFT n'était pas compétent. Par ailleurs, selon l'art. 64 al. 1 let. b LEx (dans sa version en vigueur au moment de la demande d'approbation des plans), c'est la CFE qui est compétente pour étendre une expropriation au sens de l'art. 12 LEx. Conformément à l'art. 18k LCdF, ce n'est que dans une phase successive à l'approbation des plans que la CFE peut intervenir.
Pour les mêmes motifs qu'indiqués précédemment, les conclusions en extension de l'expropriation présentées par ces recourants sont également irrecevables devant le Tribunal de céans.
13. Les recourants 2 à 6 se plaignent d'une violation de leur liberté économique.
13.1 En résumé, ces recourants estiment que le projet, tel qu'il a été autorisé, porterait atteinte à leur liberté économique, car il entraînerait une diminution du nombre de véhicules - et donc de clients - transitant par la route de Saint-Julien. Ils estiment que cette atteinte à leur liberté économique serait disproportionnée par rapport au but visé par le projet.
13.2 Les TPG rappellent que le projet n'implique aucune interdiction d'exploiter les commerces des recourants 2 à 6. Selon eux, la clientèle pourra toujours, de facto, fréquenter ces commerces. Ils relèvent par ailleurs que les atteintes invoquées par ces derniers sont la conséquence directe de la mise en oeuvre d'une mesure arrêtée dans les plans d'aménagement locaux afin de garantir une vitesse commerciale suffisante au tramway. Il s'agit d'une mesure imposée par la réalisation d'intérêts publics.
Les TPG soulignent par ailleurs que les emprises sur les parcelles de ces recourants sont nécessaires pour des raisons de sécurité et pour la réalisation rationnelle du projet final, intérêts qui priment sur les intérêts privés des recourants. Ces emprises sont par ailleurs partielles et/ou temporaires.
Enfin, les TPG précisent que l'Etat n'a aucune obligation de garantir une clientèle constante et suffisante aux commerces situés à proximité du domaine public. Selon eux, la nouvelle installation ferroviaire pourrait offrir de nouvelles opportunités économiques aux riverains, n'en déplaise aux commerces dont la clientèle est aujourd'hui principalement composée de conducteurs de véhicules motorisés. Si le report de trafic résultant d'un projet d'intérêt public peut avoir un impact sur le chiffre d'affaires de certains commerces, cela ne constitue pas pour autant une atteinte à la liberté économique de leurs exploitants (cf. réponse, n° 413, p. 113).
13.3 Selon l'art. 27 Cst., la liberté économique est garantie (al. 1). Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (al. 2). Cette liberté protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (cf. ATF 145 I 183 consid. 4.1.2 ; 143 II 598 consid. 5.1 ; 143 I 403 consid. 5.6.1).
L'art. 94 Cst. proscrit l'usage de politiques économiques qui auraient pour effet de restreindre directement la liberté économique, sauf exceptions prévues à l'al. 4 de cette disposition.
Dans le cas d'espèce, le projet litigieux n'a pas pour but de réguler l'activité des recourants. Il est certain qu'une forte réduction du trafic aurait pour effet de restreindre leur activité. La distinction fondamentale pour qualifier une atteinte à la liberté économique réside dans le but poursuivi par la mesure étatique et non uniquement dans ses effets factuels. L'art. 94 al. 1 Cst. impose à la Confédération et aux cantons de respecter le principe de la liberté économique, interdisant les mesures dites de « politique économique » qui visent à diriger la vie économique ou à favoriser certaines branches au détriment de la libre concurrence (cf. ATF 151 I 113 consid. 7.2.1). En revanche, les mesures étatiques qui restreignent de fait l'exercice d'une activité lucrative, mais qui poursuivent des motifs d'ordre public, de politique sociale, d'aménagement du territoire ou de protection de l'environnement, sortent du champ de protection de l'art. 94 Cst. (cf. ATF 151 I 113 consid. 7.2.1). Dans l'hypothèse d'une fermeture de route pour des raisons de sécurité ou d'infrastructure, bien que l'effet indirect soit préjudiciable aux stations-service riveraines, une telle mesure ne constitue pas une violation du principe systémique de la liberté économique, dès lors qu'elle ne sert pas, en premier lieu, des intérêts économiques dirigistes.
Dans un tel cas, l'admissibilité de la restriction indirecte à la liberté économique s'analyse au regard des conditions générales de l'art. 36 Cst. : la restriction doit reposer sur une base légale, être conforme à l'intérêt public et proportionnelle (cf. consid. 10.5 supra) (cf. ATF 151 I 113 consid. 7.2.1). Comme indiqué précédemment, le projet, en ce qui concerne le tramway lui-même, dispose d'une base légale, répond à un intérêt public et est apte à atteindre le but poursuivi (transport public entre les agglomérations de Genève et Saint-Julien). La nécessité de la route de contournement, telle qu'elle a été prévue, n'est en revanche pas établie. Il ne peut pas non plus être retenu qu'il serait impossible de prendre d'autres mesures d'aménagement pour garantir la cadence horaire du tramway, tout en ménageant les intérêts opposés.
Dans le contexte de cette cause, il n'est donc pas nécessaire, en l'état, de trancher la question de savoir si la liberté économique des recourants est violée en procédant à un examen de la proportionnalité au sens étroit.
En l'état, il serait même prématuré de se prononcer définitivement sur cette question.
14. Dans leur recours du 12 septembre 2023, les recourants 7 à 10 vont valoir une prétention en indemnisation pour des frais de représentation extrajudiciaires de première instance.
14.1 Le 28 août 2023, les recourants 7 à 10 ont demandé à l'OFT une indemnité de partie d'un montant de CHF 16'159.50 (cf. Faits, let. D). Cette demande a été rejetée par l'OFT par décision du 26 septembre 2023 (cf. Faits, let. F), puis attaquée par acte du 9 octobre 2023 par les recourants 7 à 10 devant le Tribunal de céans (cf. Faits, let. G). Les conclusions portent au demeurant sur une condamnation de l'autorité de première instance et non de l'intimée.
Cette procédure du 9 octobre 2023 a été jointe à celle concernant les recours déposés contre la décision d'approbation des plans attaquée (cf. Faits, let. I). Il convient également de noter que ces recourants ont pris une conclusion similaire dans leur mémoire de recours du 12 septembre 2023, demandant de condamner l'autorité inférieure à leur verser la somme de CHF 16'159.50 au titre de frais extrajudiciaires de représentation (cf. Faits, let. E.f, conclusions, ch. 5).
A l'appui de leur recours, les recourants 7 à 10 indiquent que l'OFT ne peut limiter arbitrairement les nuisances du projet aux seules nuisances sonores, lesquelles ont été jugées admissibles au sens de l'OPB. Ils ajoutent qu'il ne fait aucun doute que le projet tel qu'il est prévu entraînera une perte de quiétude importante et des nuisances excessives, tant lors de la phase de chantier que d'exploitation, pour un trafic de 16'000 ou 25'000 unités-véhicule par jour sur la route de desserte située à moins de 50 m de leur immeuble. Dès lors et selon eux, ils sont expropriés de leurs droits de voisinage (art. 684 CC) et considèrent avoir droit à une pleine indemnité de dépens au sens de la LEx.
14.2 Dans sa décision du 26 septembre 2023, l'OFT a considéré, en substance, que selon le dossier de plans les conditions pour faire valoir une indemnité pour violation des droits de voisinage sur la base de la LEx ne sont pas remplies en l'état (cf. ATF 145 I 250 consid. 5.1 à 5.4). Dans ces conditions, les recourants 7 à 10 ne peuvent pas demander d'indemnité de partie.
14.3 Selon l'art. 115 al. 1 LEx, l'expropriant est tenu de verser une indemnité convenable à l'exproprié à raison des frais extrajudiciaires occasionnés par les procédures d'expropriation, de conciliation et d'estimation. La disposition ajoute que dans la procédure combinée, les parties à la procédure d'approbation des plans qui sont menacées par une expropriation peuvent prétendre à une telle indemnité.
14.3.1 Ainsi, selon la disposition précitée et la jurisprudence, l'applicabilité des conséquences en matière de frais et d'indemnisation prévues par le droit de l'expropriation dépend du fait qu'un propriétaire foncier soit menacé d'expropriation (cf. arrêt du TF 1C_141/2020 du 13 novembre 2020 consid. 4.5 ; arrêt du TAF A-2088/2021 du 27 mai 2024 consid. 8.3.1).
14.3.2 En l'espèce, le Tribunal considère que la position de l'OFT doit être confirmée. Il ressort en effet clairement de la décision d'approbation des plans attaquée que la parcelle n° (...) des recourants 7 à 10 n'est pas menacée par une expropriation au sens de l'art. 115 al. 1, deuxième phrase, LEx. Aucun avis personnel ne leur a été adressé et aucun plan d'expropriation ou tableau des droits n'a été inséré dans le dossier mis à l'enquête. Dans ces conditions, aucune indemnité n'est due à ces recourants.
14.3.3 Il convient enfin de préciser que, selon la LEx, c'est l'expropriant et non l'autorité d'approbation des plans qui peut être tenu de verser une indemnité de partie aux tiers menacés d'une expropriation. Cette conclusion doit donc être rejetée pour ce motif également.
Le grief des recourants 7 à 10 est rejeté sur ce point.
15. Il découle de ce qui précède que les recours doivent être partiellement admis au sens des considérants 7, 8 et 9, dans la mesure où ils sont recevables (cf. consid. 1.3 supra), et sous réserve de la compétence de l'OFT concernant la route de contournement (cf. consid. 6 supra), et que la décision attaquée doit être annulée.
Selon les éléments figurant au dossier, et sous réserve de la compétence de l'OFT concernant cette route de contournement (cf. consid. 6 supra), sa nécessité dans le cadre du projet ferroviaire n'a pas été démontrée (cf. consid. 7 supra). Par ailleurs, même en admettant une telle nécessité, les éléments au dossier ne permettent pas au Tribunal de céans de considérer que l'examen des trois variantes dites « Sud », tel qu'il a été effectué, et de la variante finalement retenue, qui sacrifie des surfaces d'assolement, respecte le principe de la proportionnalité (cf. consid. 8 et 9 supra).
16.
16.1 Il reste à se prononcer sur les frais et dépens de la cause. En règle générale, les frais de procédure sont à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 PA) et celle qui obtient gain de cause a droit à une indemnité de dépens (art. 64 al. 1 PA). L'art. 116 al. 1 LEx dispose toutefois que les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Cette règle s'applique dans la procédure combinée d'approbation des plans dès lors que l'expropriation menace, sans égard au fait que les expropriés soulèvent des griefs relatifs au droit de l'expropriation ou au droit régissant spécifiquement l'ouvrage d'intérêt public nécessitant une expropriation (cf. arrêt du TF 1C_141/2020 du 13 novembre 2020 consid. 4.5).
16.2 En l'espèce, il convient de rappeler à titre liminaire que l'art. 116 al. 1 LEx s'applique à titre de lex specialis aux recourants 1, 2, 3, 4, 5 et 6, 11 à 15, et 16 à 17, qui sont expropriés. Les règles générales des art. 63 et 64 PA s'appliquent en revanche aux recourants 7 à 10.
Aucun frais de procédure n'est par conséquent mis à la charge des recourants 1, 2, 3, 4, 5 et 6, 11 à 15, et 16 à 17. Le montant des avances de frais versé par ces recourants leur sera restitué à raison de CHF 2'000.- au recourant 1, CHF 2'000 au recourant 2, CHF 2'000.- au recourants 3, CHF 2'000.- au recourant 4, CHF 2'000.- aux recourants 5 et 6, CHF 2'000.- aux recourants 11 à 15, et CHF 2'000.- aux recourants 16 à 17.
Concernant les recourants 7 à 10, auxquels les règles de la PA s'appliquent, il convient de noter que leur demande d'indemnisation pour des frais de représentation extrajudiciaires de première instance a été rejetée (cf. consid. 14 supra). Les frais de procédure relatifs à ce volet de la procédure (cause A-5505/2023, jointe à la présente procédure, cf. Faits, let. I supra) s'élèvent à CHF 1'000.- et sont couverts par l'avance de frais déjà versée d'un montant équivalent. En ce qui concerne la procédure d'approbation des plans, ces recourants ont globalement obtenu gain de cause, de sorte qu'aucun frais de procédure n'est mis à leur charge concernant ce volet de la procédure. Le montant de CHF 2'000.- de leur avance de frais leur sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt.
Compte tenu de ce qui précède, les frais de procédure d'un montant de CHF 16'000.- sont mis à la charge des TPG.
16.3 Les dépens sont répartis comme suit, en tenant toujours compte des règles de répartition prévues dans la LEx ou la PA mentionnées précédemment (cf. consid. 16.2 supra).
Le recourant 1, qui obtient globalement gain de cause et qui est menacé d'expropriation, a droit à des dépens d'un montant de CHF 2'000.- à la charge des TPG.
La recourante 2, qui obtient gain de cause dans une moindre mesure, dont un grief était irrecevable et qui est menacée d'expropriation, a droit à des dépens réduits d'un montant de CHF 500.- à la charge des TPG.
Le recourant 3, qui obtient gain de cause dans une moindre mesure, dont un grief était irrecevable et qui est également menacé d'expropriation, a droit à des dépens réduits d'un montant de CHF 500.- à la charge des TPG.
Le recourant 4, qui n'obtient pas gain de cause, dont un grief était irrecevable et qui est également menacé d'expropriation, a droit à des dépens réduits d'un montant de CHF 500.- à la charge des TPG.
Les recourants 5 et 6, qui n'obtiennent pas gain de cause, dont un ou plusieurs griefs étaient irrecevables et qui sont également menacés d'expropriation, ont droit à des dépens réduits d'un montant de CHF 500.- à la charge des TPG.
Les recourants 7 à 10, qui ont globalement obtenu gain de cause et qui ne sont pas expropriés, ont droit à des dépens d'un montant de CHF 2'000.- à la charge de l'intimée.
Les recourants 11 à 15, qui n'obtiennent pas gain de cause, dont plusieurs griefs étaient irrecevables et qui sont également menacés d'expropriation, ont droit à des dépens réduits d'un montant de CHF 500.- à la charge des TPG.
Enfin, les recourants 16 et 17, qui obtiennent globalement gain de cause et qui sont également menacés d'expropriation, ont droit à des dépens d'un montant de CHF 4'000.- à la charge des TPG.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Les recours sont admis au sens des considérants 7, 8 et 9, dans la mesure de leur recevabilité.
2. Les frais de procédure de 16'000 francs sont mis à la charge des TPG. Les avances de frais versées par les recourants leur seront restituées à raison de 2'000 francs au recourant 1, 2'000 francs au recourant 2, 2'000 francs au recourants 3, 2'000 francs au recourant 4, 2'000 francs aux recourants 5 et 6, 2'000 francs aux recourants 7 à 10, 2'000 francs aux recourants 11 à 15, et 2'000 francs aux recourants 16 à 17.
3. Concernant la cause A-5505/2023, jointe à la présente procédure, les frais de procédure de 1'000 francs sont mis à la charge des recourants 7 à 10. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
4. Un montant de 2'000 francs est alloué au recourant 1 à titre de dépens, à charge de l'intimée.
5. Un montant de 500 francs est alloué à la recourante 2 à titre de dépens réduits, à charge de l'intimée.
6. Un montant de 500 francs est alloué au recourant 3 à titre de dépens réduits, à charge de l'intimée.
7. Un montant de 500 francs est alloué au recourant 4 à titre de dépens réduits, à charge de l'intimée.
8. Un montant de 500 francs est alloué aux recourants 5 et 6 à titre de dépens réduits, à charge de l'intimée.
9. Un montant de 2'000 francs est alloué aux recourants 7 à 10 à titre de dépens réduits, à charge de l'intimée.
10. Un montant de 500 francs est alloué aux recourants 11 à 15 à titre de dépens réduits, à charge de l'intimée.
11. Un montant de 4'000 francs est alloué aux recourants 16 et 17 à titre de dépens réduits, à charge de l'intimée.
12. Le présent arrêt est adressé aux recourants, à l'intimée et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Jérôme Gurtner
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (Actes judiciaires)
- à l'intimée (Actes judiciaires)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Actes judiciaires)