bvger · A-5682/2011 · 2012-04-03 · fr
A-5682/2011

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5682/2011
Arrêt du 3 avril 2012
Composition
Salome Zimmermann (présidente du collège),
Daniel Riedo, Markus Metz, juges,
Daniel de Vries Reilingh, greffier.
Parties
X._______, ...,
représenté par ....,
recourant,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA, taxation par voie d'estimation.
Faits :
A. X._______ exerce l'activité de chauffeur de taxi. Il est titulaire d'une concession A (taxis ayant droit de stationner sur le domaine public) avec un véhicule.
Lors d'un contrôle sur place, il est apparu que la comptabilité présentée par X._______ ne répondait pas aux exigences légales, ce qui a amené l'Administration fédérale des contributions (AFC) à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par X._______ au cours des périodes allant du 1er semestre 1999 au 1er semestre 2003. Compte tenu des résultats de l'estimation effectuée, X._______ a été inscrit au registre des contribuables de l'AFC en tant qu'assujetti obligatoire, avec effet rétroactif au 1er janvier 1999. Par la même occasion, l'AFC lui a accordé l'autorisation de remettre ses décomptes selon la méthode du taux de la dette fiscale nette (TDFN).
B. L'AFC a scindé sa créance en deux parties. Pour la période allant du 1er semestre 1999 au 2ème semestre 2000, à savoir celle régie par l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures), un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de CHF 10'688.-, plus intérêt moratoire dès le 31 mai 2000 (décompte complémentaire [DC] n° 1 du 9 septembre 2003) lui a été réclamé et, pour la période allant du 1er semestre 2001 au 1er semestre 2003, à savoir celle régie par la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures), un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de CHF 14'776.-, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2002 (DC n° 2 du 9 septembre 2003) a été revendiqué par l'AFC.
Par deux décisions séparées prises le 20 février 2008, l'AFC a rejeté les réclamations interjetées par X._______ et confirmé les sommes réclamés pour les périodes allant du 1er semestre 1999 au 1er semestre 2003, plus intérêt moratoire.
C.
Par arrêt A-2184/2008 et A-2185/2008 du 3 juin 2010, le Tribunal administratif fédéral a notamment admis le recours en la cause A-2184/2008 (concernant la période allant du 1er semestre 2001 au 1er semestre 2003 ayant fait l'objet du DC n° 2 du 9 septembre 2003) interjeté par X._______ au sens des considérants, a annulé le chiffre 2 de la décision de l'AFC du 20 février 2008 et a renvoyé la cause à cette dernière pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a en revanche rejeté la demande d'enquête ou d'expertise ainsi que le recours interjeté en la cause A-2185/2008 (concernant la période allant du 1er semestre 1999 au 2ème semestre 2000 et ayant fait l'objet du DC n° 1 du 9 septembre 2003).
Le Tribunal de céans a estimé que l'autorité fiscale avait procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité de X._______, puisque la comptabilité de celui-ci n'avait pas été tenue régulièrement. S'agissant de l'estimation elle-même, il a jugé qu'en principe, l'estimation de l'AFC s'avérait tout à fait plausible et X._______ n'avait aucunement prouvé qu'elle était manifestement mal fondée. Ce dernier bénéficiait par ailleurs du TDFN, qui lui était favorable. Le Tribunal administratif fédéral a cependant jugé que l'AFC n'avait pas tenu compte du certificat médical produit par X._______ attestant d'une incapacité de travail de celui-ci à 100% du 17 septembre 2001 au 31 janvier 2002, puis de 75% du 1er février 2002 au 12 mai 2002 et enfin de 50% du 13 mai 2002 au 1er juillet 2002 lors de l'estimation du chiffre d'affaires de X._______ concernant les périodes fiscales allant du 1er janvier 2001 au 30 juin 2003 - du moins l'AFC ne s'était pas déterminée sur ce certificat médical dans sa réponse. Il ressortait dudit certificat que l'activité de X._______ avait été suspendue, puis réduite, ce qui devait assurément entraîner une nette diminution de son chiffre d'affaires durant la période concernée, ce d'autant plus qu'il n'avait pas d'employé. Le Tribunal de céans a par conséquent renvoyé la cause A-2184/2008 à l'autorité inférieure afin qu'elle procède à une nouvelle estimation du chiffre d'affaire en tenant compte de ce qui précède et qu'elle rendre une nouvelle décision.
D. Suite à une requête dans ce sens de X._______, l'AFC lui a imparti un délai au 30 septembre 2010, prolongé au 31 octobre 2010, afin de se déterminer. X._______ n'a pas réagi dans le délai imparti.
Par courrier du 15 février 2011, X._______ a remis le règlement intercommunal sur le service des taxis de l'arrondissement de B._______. Il a également fait valoir que le rendement kilométrique de CHF 2.70 n'était pas conforme à la réalité et qu'il avait effectué plus de déplacements à titre privé que ceux pris en compte.
E. Par décision sur réclamation prise le 13 septembre 2011, l'AFC a partiellement admis la réclamation et a corrigé le montant dû selon DC n° 2 en accordant un crédit de CHF 558.--. En résumé, l'AFC a recalculé les kilomètres parcourus à titre professionnel en tenant compte des périodes d'incapacité de travail totales ou partielles telles que mentionnées au considérant 7.2 de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2148/2008 du 3 juin 2010. Elle a également considéré que dès lors que X._______ ne pouvait clairement établir les éléments comptables sur lesquels doit être calculé l'impôt, il lui appartenait de supporter les désavantages qui découlaient pour lui d'une situation illégale qu'il avait lui-même créée.
F. Par acte du 13 octobre 2011, X._______ (ci-après : le recourant) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation prise le 13 septembre 2011 par l'AFC. Il conclut à l'admission de son recours et à ce que le Tribunal administratif fédéral prononce que la dette fiscale ne soit pas due et qu'elle soit « nulle et non avenue ». Il se plaint de ne pas comprendre le calcul de l'AFC et les explications données par cette dernière. Il prétend en outre que l'autorité inférieure n'aurait pas tenu compte de son incapacité de travail. L'AFC aurait également dû tenir compte de ses nombreux déplacements privés pour suivre les traitements médicaux en milieu hospitalier. Elle aurait ainsi abusé de son pouvoir d'appréciation et n'aurait pas suffisamment tenu compte de ses déplacements privés.
G. Dans sa réponse du 3 janvier 2012, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours dans la mesure où celui-ci était recevable, avec suite de frais.
H.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). Déposé par une personne qui a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA), ainsi que dans le délai et selon les formes prescrits (cf. art. 50 al. 1 et art. 52 al. 1 PA), le recours interjeté le 13 octobre 2011 contre la décision sur réclamation prise le 13 septembre 2011 est recevable et il y a dès lors lieu d'entrer en matière, sous réserve de ce qui suit (cf. consid. 1.2 ci-après).
1.2.
1.2.1. En vertu de l'art. 25 al. 2 PA, une demande en constatation est recevable si le requérant prouve qu'il a un intérêt digne de protection. Selon la jurisprudence, une autorité ne peut rendre une décision de constatation, au sens des art. 5 al. 1 lettre b et 25 PA, que lorsque la constatation immédiate de l'existence ou de l'inexistence d'un rapport de droit est commandée par un intérêt digne de protection, à savoir un intérêt actuel de droit ou de fait, auquel ne s'opposent pas de notables intérêts publics ou privés, et à condition que cet intérêt digne de protection ne puisse pas être préservé au moyen d'une décision formatrice, c'est-à-dire constitutive de droits ou d'obligations (ATF 129 V 289 consid. 2.1, 126 II 300 consid. 2c, ATF 121 V 311 consid. 4a et les références citées; cf. également ATAF 2010/12 consid. 2.3 et les réf. citées). Il s'ensuit que l'intérêt digne de protection requis fait défaut, en règle générale, lorsque la partie peut obtenir en sa faveur un jugement condamnatoire; en ce sens, le droit d'obtenir une décision en constatation est subsidiaire (ATF 129 V 289 consid. 2.1, ATF 125 V 21 consid. 1b; ATAF 2010/12 consid. 2.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3549/2011 du 12 janvier 2012 consid. 1.3.1 et les références citées ; cf. également André Grisel, Traité de droit administratif, Vol. II, Neuchâtel 1984, p. 867).
1.2.2. Selon un principe général, la nullité d'un acte commis en violation de la loi doit résulter ou bien d'une disposition légale expresse, ou bien du sens et du but de la norme en question (cf. ATF 119 II 147 consid. 4a et les références citées). En d'autres termes, il n'y a lieu d'admettre la nullité, hormis les cas expressément prévus par la loi, qu'à titre exceptionnel, lorsque les circonstances sont telles que le système d'annulabilité n'offre manifestement pas la protection nécessaire (cf. ATF 121 III 156 consid. 1). Ainsi, d'après la jurisprudence, la nullité d'une décision n'est admise que si le vice dont elle est entachée est particulièrement grave, est manifeste ou du moins facilement décelable et si, en outre, la constatation de la nullité ne met pas sérieusement en danger la sécurité du droit. Des vices de fond n'entraînent qu'à de rares exceptions la nullité d'une décision. En revanche, de graves vices de procédure, ainsi que l'incompétence qualifiée de l'autorité qui a rendu la décision sont des motifs de nullité (cf. ATF 133 II 366 consid. 3.2, 132 II 21 consid. 3.2, 129 I 361 consid. 2; arrêt du Tribunal fédéral 1C_280/2010 du 16 septembre 2010 consid. 3.1; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6302/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5.2, A-6830/2010 du 23 février 2011 consid. 1.4.2, A-7710/ 2010 du 11 février 2011 consid. 1.6.1 et les références citées, A-6556/2010 du 7 janvier 2011 consid. 1.6.2).
1.2.3. En l'occurrence, la conclusion prise par le recourante tendant à ce qu'il soit prononcé que la dette fiscale de CHF 10'373.15 n'est pas due et « qu'elle est dès lors nulle et non avenue » est irrecevable, du moment que l'autorité intimée a rendu une décision formatrice et que le recourant peut obtenir, devant l'autorité de céans, une décision constitutive de droits et d'obligations et que le système d'annulabilité offre en l'occurrence la protection nécessaire (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_202/2010 du 12 avril 2011 [publié partiellement aux ATF 137 II 383] consid. 3.3, 2C_176/2008 du 26 août 2008 publié in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II 247 consid. 1.3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3549/2011 du 12 janvier 2012 consid. 1.3.2 et A-6302/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5.3 et les références citées).
1.3.
1.3.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er semestre 2001 au 1er semestre 2003, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de l'aLTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346 ; cf. également arrêts du Tribunal fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.1 et les références citées).
1.3.2. Sur le plan de la procédure, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les causes pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.1, A-6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2).
1.3.3. L'art. 81 LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3 LTVA, qui sont applicables immédiatement (cf. consid. 1.3.2 ci- avant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3 et les références citées). Les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. 81 LTVA n'ont toutefois a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est - était, même avant l'entrée en vigueur de la LTVA, - applicable sans autre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3 et les références citées).
1.3.4. Les dispositions en matière d'auto-taxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité; à cet égard, l'ancien droit reste applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.4, A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4 et A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1 et les références citées; au sujet du principe d'auto-taxation cf. le consid. 5.1 ci-après). Il en va de même des règles en matière de taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.4, A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid.1.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.4, et les références citées; au sujet de la taxation par estimation cf. les consid. 4.1 et 4.2 ci-après).
2.
2.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; cf. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, n. 2.149; Ulrich Häfelin/GeorgMüller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6ème éd., Zurich/St-Gall 2010, ch. 1758 ss).
2.2. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3ème éd., Berne 2011, p. 300s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, ch. 677).
2.3. Le Tribunal administratif fédéral s'impose toutefois une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 3.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 3.4.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2).
2.4.
2.4.1. Lorsque l'autorité de recours renvoie exceptionnellement l'affaire avec des instructions impératives à l'autorité inférieure (art. 61 al. 1 PA), la procédure est close en ce qui concerne les points sur lesquels l'autorité de recours a statué dans les considérants de son arrêt.
2.4.2. Le principe de l'autorité (matérielle) de chose jugée d'une décision formellement entrée en force signifie que les parties ne peuvent plus remettre en cause, devant quelque juridiction que ce soit, sur la base des mêmes faits et des mêmes règles de droit, une prétention déjà jugée par l'autorité compétente (ATF 121 III 474). Le principe de l'autorité (matérielle) de chose jugée ne s'étend en principe qu'au dispositif d'une décision, à l'exclusion de sa motivation. La jurisprudence prévoit cependant une exception en cas de jugement de renvoi.
2.4.3. Lorsque le dispositif d'un arrêt de renvoi renvoie expressément aux considérants en droit, ces derniers en font partie et participent, dans la mesure où ils font partie de l'objet du litige, à l'autorité de chose jugée au sens formel (ATF 120 V 233 consid. 1a, 113 V 159 consid. 1c; arrêt du Tribunal fédéral 8C_272/2011 du 11 novembre 2011 consid. 1.3 et les références citées). Lorsque tel est le cas, l'autorité à laquelle la cause est renvoyée, de même que celle qui a rendu la décision sur recours, sont alors tenues de se conformer aux instructions de l'arrêt de renvoi. Ainsi, l'autorité inférieure doit fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit du jugement de renvoi. Ce principe, exprimé à l'art. 61 al. 1 PA, est applicable même en l'absence de texte et vaut, partant, dans la procédure administrative en général (ATF 135 III 334 consid. 2, 122 I 250 consid. 2, 117 V 237 consid. 2a p. 241, 113 V 159 consid. 1; arrêt du Tribunal fédéral 9C_522/2007 du 17 juin 2008 consid. 3.1, 4A_71/2007 du 19 octobre 2007 consid. 2.1 et 2.2). L'autorité inférieure voit ainsi sa latitude de jugement limitée par les motifs du jugement de renvoi, en ce sens qu'elle est liée par ce qui a été déjà définitivement tranché par l'autorité de recours (cf. ATF 131 III 91 consid. 5.2 p. 94; 120 V 233 consid. 1a p. 237), laquelle ne saurait, de son côté, revenir sur sa décision à l'occasion d'un recours subséquent (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335 s.; arrêts du Tribunal fédéral 2C_465/2011 du 10 février 2012 consid. 1.4, 8C_629/2010 du 29 mars 2010 consid. 5, 9C_703/2009 du 30 octobre 2010 consid. 2.2 et les références citées ; arrêts du Tribunal administratif fédéral C-540/2009 du 6 décembre 2010 consid. 6.2, C-122/2008 du 30 septembre 2010 consid. 8.1 ; Ulrich Meyer/Isabel von Zwehl, L'objet du litige en procédure de droit administratif fédéral, in : Mélanges Pierre Moor, Berne 2005, n. 30.4 p. 448).
3.
3.1. Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1 et les références citées). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.3, Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 69, p. 542 ss).
3.2. Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.6.2. et les nombreuses références citées; voir également Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2 et les références citées ; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève/Zurich/Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). Les parties utiles et fiables de la comptabilité et les pièces justificatives disponibles doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre de l'estimation. Elles peuvent même servir de base pour la taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2 et les références citées).
3.3. Lorsque les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3 et les références citées). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3, A- 4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'auto-taxation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (cf. entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3 et les références citées).
4. Le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu, motifs pris que l'AFC aurait enfreint son obligation de motiver et l'aurait ainsi privé de la possibilité de se prononcer en toute connaissance de cause. Il considère que le calcul opéré par l'AFC serait nébuleux et le résultat insoutenable. Les explications données par l'autorité intimée seraient incompréhensibles et ne lui permettraient pas de procéder à quelque vérification que ce soit.
4.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. est de nature formelle, de sorte que sa violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment de l'incidence de cette violation sur le fond (cf. ATF 134 V 97, 127 V 431 consid. 3d/aa ; Andreas Auer/Giogio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. II : Les droits fondamentaux, 2ème éd., Berne 2006, ch. 1346). Le motif relatif à ce moyen de droit donc être examiné en priorité (ATF 124 I 49 consid. 1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 2 et les références citées).
La jurisprudence déduit du droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. et concrétisé à l'art. 35 PA, le devoir pour l'autorité de motiver sa décision. Le but est que le destinataire puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu, et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (cf. ATF 136 I 220 consid. 5.2, 126 I 97 consid. 2b, 124 V 180 consid. 1a, 123 I 31 consid. 2c). Elle n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuves et griefs invoqués par les parties. Elle peut au contraire se limiter à ceux qui peuvent être tenus comme pertinents (cf. ATF 135 V 65 consid. 2.6, 134 I 83 consid. 4.1, 133 III 439 consid. 3.3 et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral 9C_699/2009 du 24 février 2010 consid. 3.1 et les références citées; ATAF 2009/35 consid. 6.4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-8330/2010 du 8 avril 2011 consid. 4.1.1 et les références citées, A-7025/2010 du 4 avril 2011 consid. 4.1.1, A-6258/2010 du 14 février 2011 consid. 5.2.2 et les références citées).
4.2. En l'espèce, la décision entreprise énonce les raisons pour lesquelles le recours est rejeté. L'autorité inférieure y explique en particulier que le Tribunal administratif fédéral s'était prononcé sur la détermination des kilomètres parcourus et le rendement kilométrique moyen, à savoir CHF 2.50 jusqu'au 31 décembre 2001, puis CHF 2.70, si bien qu'elle ne revenait pas sur ces points. La seule question qui restait ainsi à trancher était celle de la prise en compte du certificat médical attestant de l'incapacité de travail du recourant. L'autorité intimée a considéré que les kilomètres non facturés, c'est-à-dire l'élément encore à déterminer pour effectuer l'estimation du chiffre d'affaires non déclaré et non comptabilisé, s'étendaient de manière égale sur toute l'année. Elle a expliqué qu'elle avait donc recalculé les kilomètres parcourus à titre professionnel en tenant compte des périodes d'incapacité de travail totales ou partielles telles que mentionnées dans l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2184/2008 du 3 juin 2010 au considérant 7.2. Elle a également expliqué que compte tenu du fait que la reprise fiscale portait essentiellement sur le chiffre d'affaires facturé, mais non déclaré - mais qui demeurait inchangé -, la nouvelle estimation effectuée ne conduisait qu'à un montant légèrement inférieur à l'estimation initialement effectuée. Pour plus de détails, l'autorité inférieure a renvoyé à l'avis de crédit joint à sa décision sur réclamation du 13 septembre 2011. Il ressort de la feuille excel annexé audit avis de crédit que l'autorité inférieure n'a effectivement recalculé que les kilomètres parcourus non facturés en tenant compte des périodes d'incapacité de travail du recourant. Il ressort des chiffres qui y figurent que l'AFC a procédé aux calculs suivant :
Pour l'année 2001, elle a tenu compte des kilomètres parcourus non facturés de 9'720,18 km, correspondant aux 255 jours de 2001 (du 1er janvier au 16 septembre 2001) durant laquelle le recourant n'a pas été incapable de travail (l'incapacité de travail totale du recourant attestée concerne la période du 17 septembre 2001 au 31 janvier 2002). Pour arriver à ce chiffre, elle a multiplié le nombre de kilomètres parcourus non facturés par jour - de 37,97 km - par le nombre de jour durant lesquels X._______ a été capable de travailler (255 jours x 37,97 km = 9'720,18 km). Elle a procédé de la même manière pour 2002. Concrètement, elle a multiplié le nombre de kilomètres parcourus non facturés par jour (de 6,41 km) par le nombre de jours concernés, c'est-à-dire:
- pour la période du 1er février au 12 mai 2002 (incapacité à 75%) : 6,41 km x 105 jours x 0.25 = 163,41 km ;
- pour la période du 13 mai au 1er juillet 2002 (incapacité à 50%) : 6,41 km x 49 jours x 0.5 = 157 km ; et
- pour la période du 2 juillet au 31 décembre 2002 (pas d'incapacité de travailler) : 6.41 km x 179 jours = 1'147 km.
Dans ces conditions, il y lieu d'admettre que la décision attaquée satisfait aux exigences de motivation découlant du droit d'être entendu. Les griefs des recourants doivent par conséquent être écartés.
5.
5.1. Dans son arrêt A-2184/2008 du 3 juin 2010, le Tribunal administratif fédéral a estimé que l'autorité fiscale avait procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité du recourant, puisque la comptabilité de celui-ci n'avait pas été tenue régulièrement. S'agissant de l'estimation elle-même, il a jugé qu'en principe l'estimation de l'AFC s'avérait tout à fait plausible et le recourant n'avait aucunement prouvé qu'elle était manifestement mal fondée. Concrètement le Tribunal administratif fédéral a jugé que ce qui suit :
« ... l'AFC s'est basée sur les disques tachygraphes de 2001 à 2003, sur les factures de garages ayant effectué l'entretien sur le véhicule (avec mention de l'état des kilomètres à chaque service), sur les factures "client" des périodes 2001 et 2002, ainsi que sur la comptabilité "fournisseur" de Y._______ de 1999 à 2003. L'AFC a alors déterminé le chiffre d'affaires réalisé avec les clients professionnels sur la base des factures établies. De ce montant, elle a déduit le chiffre d'affaires réalisé par des sous-traitants, afin d'obtenir celui effectivement réalisé par le recourant avec des clients professionnels. Ce chiffre d'affaires a été ensuite divisé par le rendement kilométrique indiqué par le recourant sur ses factures, soit Fr. 1.65 au kilomètre, afin d'obtenir le total des kilomètres parcourus pour des clients professionnels. L'autorité fiscale a alors, pour les périodes allant du 1er semestre 1999 au 2ème semestre 2000, relevé les kilomètres ressortant des factures établies par les garages lors des services du véhicule. Et pour les périodes allant du 1er semestre 2001 au 1er semestre 2003, l'AFC a relevé les kilomètres ressortant des disques tachygraphes et des factures établies par les garages lors des services.
De ces kilomètres, l'administration a ensuite déduit les kilomètres pendulaires entre A._______ et B._______ sur 220 jours de travail et les kilomètres privés à raison de 100 kilomètres par semaine, pour 52 semaines au total. Elle a également déduit les kilomètres réalisés avec les clients professionnels selon la détermination exposée ci-dessus. Elle a ainsi obtenu le total des kilomètres parcourus non facturés. Afin d'obtenir le chiffre d'affaires non facturé, l'AFC a valorisé les kilomètres parcourus non facturés au rendement usuel de la branche dans la région de B._______, soit 2.50 par kilomètre, respectivement 2.70 dès 2002. Le total du chiffre d'affaires estimé a enfin été obtenu en additionnant le chiffre d'affaires non facturé à celui réalisé avec les clients professionnels.
Il est nécessaire de rappeler ici que les disques tachygraphes ont une valeur comptable reconnue, puisqu'ils doivent répondre aux critères de l'art. 15 OTR 2. Le tachygraphe devant notamment être maintenu continuellement en fonction pendant l'activité professionnelle et les courses privées, le Tribunal fédéral a confirmé que les données résultant des disques tachygraphes, couvrant une période plus longue que des factures de garage, sont plus représentatives de l'activité de taxi, de telles données jouissant d'une présomption de précision plus importante, puisqu'elles proviennent de tachygraphes homologués dont doivent être munis les véhicules servant au transport professionnel de personnes conformément à l'art. 100 al. 1 de l'ordonnance du 19 juin 1995 concernant les exigences techniques requises pour les véhicules routiers (OETV, RS 741.41) (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2). »
En ce qui concerne plus particulièrement les kilomètres privés parcourus par le recourant, le Tribunal de céans a jugé que la pratique de l'administration fixant ces kilomètres à 100 km par semaine n'était pas sujette à critique et qu'il convenait d'écarter les documents produits par le recourant à cet égard (cf. consid. 6.2.2.1 et consid. 6.2.2.2). Il a également confirmé le rendement kilométrique moyen retenu par l'AFC de CHF 2.50 jusqu'au 31 décembre 2002 et de CHF 2.70 dès le 1er janvier 2002 (cf. consid. 6.2.3.1 et 6.3.2.2).
5.2.
5.2.1. Dans son mémoire de recours du 13 octobre 2011, le recourant prétend notamment que le nombre de kilomètres privés retenus par l'AFC seraient en deçà de la réalité. Or, comme indiqué ci-avant, cet élément de l'estimation effectuée par l'AFC ayant été jugé fondé par le Tribunal de céans dans son arrêt A-2184/2008 du 3 juin 2010, il bénéficie de l'autorité de chose jugée, si bien qu'il n'y a pas de raison de l'examiner à nouveau. C'est dès lors à juste titre que l'autorité intimée, dans sa décision sur réclamation du 13 septembre 2011, a estimé qu'elle ne pouvait pas se prononcer sur les griefs du recourant portant sur cet élément. Le recours du recourant, dans la mesure où il est recevable sur ce point, doit dès lors être rejeté.
5.2.2. Il en va de même du rendement kilométrique dont le recourant prétend qu'il serait trop élevé. Cet élément ayant déjà fait l'objet de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2184/2008 du 3 juin 2010, il ne saurait être examiné à nouveau, ni par l'autorité intimée, ni par le Tribunal de céans. Les griefs invoqués par le recourant à cet égard, dans la mesure où ils sont recevables, doivent dès lors également être rejetés.
5.2.3. Comme il l'a déjà fait dans le cadre de son recours ayant donné lieu à l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2184/2008 du 3 juin 2010, le recourant requiert, en tant que mesure probatoire, une enquête ou une expertise afin de déterminer le rendement kilométrique moyen des chauffeurs de taxis indépendants par rapport aux chauffeurs avec statut de salarié. Ce point ayant déjà été jugé par le Tribunal de céans, la mesure probatoire requise porte sur un point déjà jugé par le Tribunal de céans et qui ne peut dès lors plus être remise en cause, si bien qu'elle doit être rejetée pour autant qu'elle soit recevable. En effet, le Tribunal administratif fédéral a déjà statué sur cette requête - qu'il a rejetée - dans le cadre de son arrêt A-2184/2008 du 3 juin 2010 au considérant 6.2.4.1, si bien qu'elle ne serait de toute manière pas admissible.
6.
6.1. En ce qui concerne l'influence des incapacités de travail attestées sur l'estimation elle-même, telle qu'elle est ressort de la décision entreprise (cf. le consid. 5.2 ci-avant), le recourant se contente de critiques d'ordre général et considère qu'il n'est « tout simplement pas possible, sachant que le recourant a dû suspendre son activité indépendante pour raisons de santé à 100% pendant près de cinq mois, puis à 75% pendant plus de trois mois et enfin à 50% pendant un mois et demi, de ne retenir qu'une différence de 558 fr sur le solde de TVA réclamé ».
6.2. Cette critique, qui n'est pas ciblée, ne permet pas de remettre en cause l'estimation effectuée par l'AFC, qui a procédé à un calcul minutieux, tenant compte des incapacités de travail attestées. En outre, les différents documents produits par le recourant ne sont pas non plus propres à établir la diminution effective de son chiffre d'affaires, subie en raison des incapacités de travail, seul point encore à trancher. L'estimation de l'AFC s'avère tout à fait plausible et le recourant n'a aucunement prouvé qu'elle était manifestement mal fondée. Son recours doit par conséquent être rejeté.
7. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours dans la mesure où celui-ci est recevable. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par CHF 2'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge du recourant qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée au recourant (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de procédure, d'un montant de CHF 2'000.--, sont mis à la charge du recourant et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° __________; Acte judiciaire)
La présidente du collège:
Le greffier :
Salome Zimmermann
Daniel de Vries Reilingh
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :