bvger · A-1368/2021 · 2022-03-14 · fr
A-1368/2021

Impôt anticipé

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1368/2021
Arrêt du 14 mars 2022
Composition
Raphaël Gani (président du collège),
Jürg Steiger, Keita Mutombo, juges,
Jérôme Gurtner, greffier.
Parties
A.________,
représentée parMaître David Minder,Metropole Avocats,Rue des Terreaux 10,Case postale 530, 1001 Lausanne,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,Division principale de l'impôt fédéral direct,de l'impôt anticipé, des droits de timbre,
autorité inférieure.
Objet
Impôt anticipé ; procédure de déclaration ; prestations appréciables en argent.
Faits :
A. A.________ (IDE : *** ; ci-après : la Société) est une société anonyme ayant son siège à ***, inscrite au registre du commerce du canton de *** depuis le *** 1969. Selon les indications figurant au registre du commerce, son but est le suivant : « commerce, soit achat, vente, importation ainsi que commercialisation de tous produits, notamment dans le domaine de la parfumerie et des cosmétiques ; achat, vente, détention, gestion, prise de participations et administration de tous biens, notamment dans le domaine de l'immobilier, à l'exclusion de toutes opérations assujetties à la LFAIE ». Le capital-actions de la société est de CHF 50'000.-, entièrement libéré et composé de 50 actions nominatives à CHF 1'000.-.
B. Le 11 mai 2009, l'Administration fiscale de la République et canton de Genève (ci-après : l'AFC-GE) a requis de la Société de préciser les modalités du prêt octroyé à B.________, qui était l'actionnaire principal de la Société, à hauteur de CHF 147'932.- au 31 décembre 2008, de démontrer la solvabilité et la capacité de remboursement de l'actionnaire précité, et d'établir que le prêt en question respectait le principe de pleine concurrence.
C. Le 4 juin 2009, la Société, par l'intermédiaire d'une fiduciaire, a répondu pour l'essentiel ce qui suit :
« [...]
a) Le montant de frs 147'932.- ne concerne pas un compte de prêt à proprement parlé, mais le compte courant de l'actionnaire principal (49 actions/50 actions) B.________, demeurant ***, sur lequel figure différents mouvements, tels que prélèvements - sa part à différents frais - les honoraires qui lui sont reversés, etc. La plupart de ces écritures ont d'ailleurs pour valeur le 31.12.2008.
Un capital moyen de frs 100'000.- a été calculé et un intérêt de frs 2'500.-, calculé à 2.5 % lui a été facturé.
Cette dette et les intérêts engendrés figurent dans sa déclaration personnelle à laquelle nous vous renvoyons.
Compte tenu des fonds propres de A.________, dont il est le principal actionnaire, et de la situation personnelle de B.________ le remboursement de cette somme ne pose pas de problème.
b) Le montant de frs 50'000.- concerne un prêt accordé à C.________ en date du 19.12.2008 qu'il a remboursé immédiatement en date du 06.01.2009 (soit 17 jours après). Compte tenu d'un taux d'intérêt de 2.5% un intérêt de frs 60.- sera facturé en 2009 au moment du remboursement.
[...] ».
D. Le 10 novembre 2011, l'AFC-GE a pour l'essentiel demandé à la Société les mêmes renseignements que dans sa lettre du 11 mai 2009 (cf. let. B supra) en ce qui concerne le prêt octroyé à l'actionnaire principal, B.________, d'un montant de CHF 197'661.- au 31 décembre 2009.
E. Le 28 novembre 2011, la Société, par l'intermédiaire d'une fiduciaire, s'est déterminée en ce qui concerne les modalités du prêt précité. Elle indique, entre autres, que B.________, actionnaire unique de la Société, est le débiteur du montant de CHF 197'661.-, que le montant du prêt s'élève à CHF 246'000.- à fin 2010, qu'il est remboursable pour le 31 décembre 2016 et qu'un intérêt de 2,25 % est calculé. Le plan de remboursement du prêt serait en outre prévu comme suit : CHF 46'000.- en 2011 et cinq versements de CHF 40'000.- de 2012 à 2016. La seule clause de résiliation serait la liquidation de la Société. S'agissant des garanties données par l'emprunteur, la Société explique ce qui suit : « B.________ détient les exclusivités avec les fournisseurs et clients. Il garantit le transfert de ses clients et fournisseurs en exclusivité à A.________ tant qu'ils existeront et que son prêt ne sera pas remboursé. Si ce lien avec les clients et fournisseurs venait à disparaître cela entraînerait la liquidation de A.________ et par conséquent la liquidation du compte courant actionnaire ». En ce qui concerne la preuve de la solvabilité des emprunteurs ainsi que de leur capacité de remboursement, la Société précise que B.________ et son épouse ont déclaré en 2009, de leur activité commerciale, des revenus nets (avant déduction des cotisations de l'assurance-vieillesse et survivants [AVS]) de CHF 88'662.- et CHF 40'815.-.
F. Le 14 juin 2012, pour la période fiscale 2009, l'AFC-GE a requalifié le prêt à l'actionnaire principal en prêt simulé. Elle a par conséquent déduit du bénéfice imposable l'intérêt dû à hauteur de CHF 5'000.- sur le prêt (intérêts sur prêt simulé) et déduit du capital propre imposable une réserve latente négative à hauteur du solde du prêt au 31 décembre 2009 de CHF 197'661.-.
Le même jour et pour la période fiscale 2010, l'AFC-GE a aussi requalifié le prêt à l'actionnaire principal en prêt simulé et a imposé l'augmentation de ce prêt au titre de prestation appréciable en argent auprès de l'actionnaire. Elle a par conséquent déduit du bénéfice imposable l'intérêt dû à hauteur de CHF 5'600.- sur le prêt (intérêts sur le prêt simulé) et déduit du capital propre imposable une réserve latente négative à hauteur du solde du prêt au 31 décembre 2010 de CHF 246'625.-.
G. Par acte du 31 juillet 2012, la Société, toujours par l'intermédiaire d'une fiduciaire, a formé réclamation contre les décisions de taxation définitives pour les périodes fiscales 2009 et 2010. Elle contestait en substance la requalification du prêt accordé à l'actionnaire principal en prestation appréciable en argent.
H. Le 24 août 2012, par deux décisions sur réclamation distinctes, l'une portant sur la période fiscale 2009, l'autre sur celle de 2010, l'AFC-GE a rejeté la réclamation de la Société et confirmé la requalification du prêt à l'actionnaire principal en prêt simulé, soit en une distribution dissimulée de bénéfice (ou une prestation appréciable en argent). En substance, en ce qui concerne la période fiscale 2009, l'AFC-GE a considéré que le prêt consenti par la Société est simulé, dès lors que son montant représente une part importante des actifs de la Société (23.81 %) au 31 décembre 2009, qu'il n'existe pas de garanties probantes sur le prêt en question, que la durée de son remboursement dépasse largement cinq ans, que la solvabilité et la capacité de remboursement de l'emprunteur sont insuffisantes, et que les intérêts sur le prêt n'ont vraisemblablement pas été payés, mais portés en augmentation de celui-ci. En ce qui concerne la période fiscale 2010, l'AFC-GE a estimé que l'augmentation du prêt de CHF 48'964 au cours de l'exercice 2010 devait également être considérée comme un prêt simulé et donc comme une distribution dissimulée de bénéfice (ou une prestation appréciable en argent). Elle s'est pour le surplus référée à ses explications ressortant de sa décision concernant la période fiscale 2009. Les décisions sur réclamation précitées sont entrées en force sans avoir été contestées.
I. Le 18 février 2013, en ce qui concerne la période fiscale 2010, l'AFC-GE a repris au titre de l'impôt sur le revenu de l'actionnaire principal un montant de CHF 48'964.-, correspondant à l'augmentation du prêt simulé entre 2009 (CHF 197'661.-) et 2010 (CHF 246'625.-).
J. Le 6 novembre 2013, l'AFC-GE a informé B.________ de l'ouverture, pour la période fiscale 2009, d'une procédure en rappel d'impôt et soustraction en raison du fait qu'il avait bénéficié d'une prestation appréciable en argent sous forme d'un prêt simulé d'un montant de CHF 197'661.- octroyé par la Société en 2009.
K. Le 11 juin 2014, la Société, par l'intermédiaire d'une fiduciaire, a spontanément déclaré une prestation appréciable en argent et a sollicité de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC ou l'autorité inférieure) la mise en oeuvre de la procédure de déclaration d'impôt anticipé.
L. Le 31 octobre 2014, l'AFC a informé la Société que les conditions pour l'application de la procédure de déclaration au sens de l'art. 24 de l'ordonnance sur l'impôt anticipé (OIA, RS 642.211) n'étaient pas remplies. Elle ajoutait ce qui suit :
« [...]
En effet, par deux fois (arrêts 2C_95/2011 du 11 octobre 2011 et 2C_80/2012 du 16 janvier 2013), le Tribunal fédéral a précisé les conditions de la déchéance du droit au remboursement des personnes physiques au sens de l'article 23 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA). A ce sujet, nous vous invitons également à bien vouloir consulter notre circulaire no 40 du 11 mars 2014 relative à la « Déchéance du droit au remboursement de l'impôt anticipé des personnes physiques selon l'article 23 LIA » et plus précisément le point 3.2.
Dès lors, notre décompte se présente de la manière suivante :
Bénéficiaire ne remplissant pas les conditions selon l'article 24 OIAEchéance au 31 décembre 2009Fr. 304'093.85
Bénéficiaire ne remplissant pas les conditions selon l'article 24 OIAÉchéance au 31 décembre 2010Fr. 75'329.25
Fr. 379'423.10
Soumis à 35 % d'impôt anticipéFr. 132'798.10
[...] ».
M. Par acte du 28 novembre 2014, la Société, par l'intermédiaire de son nouveau mandataire, a formé réclamation contre la décision du 31 octobre 2014 de l'AFC.
N. Le 5 juin 2015, la Société, par l'intermédiaire de son conseil, a transmis à l'AFC, à sa demande, le journal de ses écritures comptables des exercices 2010 à 2013 concernant le compte courant actionnaire. Elle précise en outre que les remboursements opérés par l'actionnaire principal auraient été effectués par compensation d'honoraires et de loyers qui étaient dus en sa faveur.
O. Le 30 septembre 2015, la Société, par l'intermédiaire de son conseil, a répondu à une demande de renseignements de l'AFC du 10 août 2015 en ce qui concerne les honoraires et les loyers auxquels elle se référait dans sa lettre du 5 juin 2015. Elle indique que son actionnaire unique, B.________, s'acquitte d'un loyer mensuel de CHF 3'126.- pour une maison de six pièces à ***, en joignant à son envoi un contrat de bail à loyer du 21 décembre 1979 mentionnant un loyer mensuel total de CHF 1'740.- ainsi qu'un récépissé de paiement d'un montant de CHF 3'126.- du 6 juillet 2015. Elle explique par ailleurs qu'une partie de la maison précitée serait occupée par la Société qui y a son siège et dont il s'agit des seuls locaux administratifs et commerciaux. Pour cette raison, l'actionnaire principal se serait fait créditer son compte courant à hauteur de CHF 1'000.- mensuellement durant les années 2010 à 2012, période durant laquelle la Société était en activité, sans toutefois que les montants précités ne ressortent des déclarations fiscales personnelles de l'actionnaire. Enfin, s'agissant des honoraires perçus par l'actionnaire principal, ceux-ci se seraient élevés à CHF 149'564.- en 2010, CHF 140'400.- en 2011, CHF 172'800.- en 2012 et CHF 18'000.- en 2013. La Société précise encore à ce sujet que ces honoraires, perçus à titre d'activité indépendante dans le cadre d'une raison individuelle, n'ont pas été formalisés par une convention écrite.
P. Le 2 octobre 2015, la Société, par l'intermédiaire de son conseil, a transmis à l'AFC son grand livre pour la période sous revue. Elle ajoute encore que l'actionnaire principal est locataire de la maison qu'il occupe à *** et que la dette hypothécaire mentionnée dans les déclarations d'impôt transmises par courrier du 30 septembre 2015 est une dette à sa charge, mais grevant l'immeuble d'un proche.
Q. Le 25 juillet 2016, l'AFC a confirmé sa position ainsi que son décompte initialement communiqué par lettre du 31 octobre 2014 (cf. let. L supra).
R. Le 26 août 2016, la Société, par l'entremise de son conseil, a interjeté recours devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF ou le Tribunal) contre la décision de l'AFC du 25 juillet 2016.
S. Par arrêt du 25 avril 2017 (A-5228/2016), le TAF a admis le recours de la Société au motif que son droit d'être entendu avait été violé. Il a partant annulé la décision de l'AFC du 25 juillet 2016 et lui a renvoyé la cause pour nouvelle décision.
T. Le 27 mai 2019, l'AFC a rendu une nouvelle décision notifiée à la Société. Son dispositif était le suivant :
1. L'administration fédérale des contributions (ci-après : AFC) n'entre pas en matière sur les demandes de remplacer le paiement de l'impôt anticipé par des déclarations (deux formules 112) relatives aux prestations appréciables en argent pour un montant total de CHF 379'423.10 (CHF 304'093.85 + CHF 75'329.25) concédées à B.________, ***, échues le 31 décembre 2009 (CHF 304'093.85) et le 31 décembre 2010 (CHF 75'329.25).
2. L'impôt anticipé total de CHF 132'798.10 (35 % de CHF 304'093.85 + 35 % de CHF 75'329.25) est dû à l'AFC. Cet impôt doit être payé immédiatement à l'AFC.
3. A.________ (ci-après : la société) doit un intérêt moratoire de 5 % du 30 janvier 2010 (échéance de l'impôt pour la prestation imposable de CHF 304'093.85) et du 30 janvier 2011 (échéance de l'impôt pour la prestation imposable de CHF 75'329.25) au jour du paiement de l'impôt anticipé.
U. Par acte du 26 juin 2019, la Société, par l'intermédiaire de son conseil, a formé réclamation contre la décision du 27 mai 2019 de l'AFC. Elle demande, préalablement, d'annuler la décision précitée (ch. 1), principalement, de constater que l'impôt anticipé n'est pas dû par la Société pour les périodes fiscales 2009 et 2010 (ch. 2), subsidiairement, au cas où il serait dû pour les périodes fiscales précitées, de dire que la Société est au bénéfice de la procédure de déclaration, et l'autoriser en conséquence à déclarer l'impôt anticipé selon les art. 20 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA, RS 642.21) et 24 OIA (ch. 3), plus subsidiairement, de constater que la Société (sic !) a droit au remboursement de l'impôt anticipé qui serait dû pour les périodes fiscales 2009 et 2010, le sort des intérêts moratoires demeurant alors réservé (ch. 4), le tout sous suite de frais et dépens (ch. 5).
V. Par décision sur réclamation du 22 février 2021 (notifiée le lendemain), l'AFC a rejeté la réclamation du 26 juin 2019 de la Société, respectivement déclaré irrecevable le chiffre n° 4 de ses conclusions (ch. 1), rejeté sa demande d'exécuter son obligation fiscale au moyen de la procédure de déclaration (ch. 2), et condamné la Société à payer à l'AFC un montant d'impôt anticipé de CHF 132'798.- (ch. 3), ainsi qu'un intérêt moratoire de 5 % l'an à partir du 30 janvier 2010 sur le montant d'impôt anticipé de CHF 106'432.85 et à partir du 30 janvier 2011 sur le montant d'impôt anticipé de CHF 26'365.15 et, ce, jusqu'à la date du paiement (ch. 4).
W. Le 18 mars 2021, la Société a versé à l'AFC le montant d'impôt anticipé réclamé de CHF 132'798.-, en précisant que ce paiement était fait sous réserve, ce qui a encore été rappelé à l'AFC par la Société par lettre du 22 mars 2021.
X. Par acte du 24 mars 2021, la Société (ci-après : la recourante), par l'intermédiaire de son conseil, a déposé auprès du TAF un recours à l'encontre de la décision sur réclamation de l'AFC du 22 février 2021. Elle demande, principalement, d'annuler la décision sur réclamation rendue le 22 février 2021 par l'AFC (ch. 2), de constater que l'impôt anticipé n'est pas dû par la recourante pour les périodes fiscales 2009 et 2010 (ch. 3), subsidiairement, au cas où l'impôt anticipé serait dû par la recourante pour les périodes fiscales 2009 et 2010, de dire qu'elle est au bénéfice de la procédure de déclaration et l'autoriser en conséquence à déclarer l'impôt anticipé selon les art. 20 LIA et 24 OIA (ch. 4), le tout sous suite de frais et dépens (ch. 5). Elle a déposé à l'appui de son recours un bordereau comprenant plusieurs pièces.
Y. Par écriture du 22 juin 2021, l'AFC a déposé sa réponse et a produit le dossier de la cause accompagné des pièces réunies en un bordereau et numérotées. Elle conclut, dans la mesure de sa recevabilité, au rejet du recours déposé par la recourante et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 22 février 2021, le tout sous suite de frais.
Les autres faits et arguments des parties seront repris, pour autant que nécessaire, dans la partie en droit.
Droit :
1.
1.1 En vertu de l'art. 31 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) et sous réserve des exceptions non réalisées en l'espèce prévues à l'art. 32 de cette loi, le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC en matière d'impôt anticipé peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF.
La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2 La recourante, qui est directement touchée par la décision attaquée, dont elle est la destinataire, et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, a manifestement qualité pour porter l'affaire devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 48 al. 1 PA). La décision attaquée, datée du 22 février 2021, a été notifiée au plus tôt le lendemain. Le recours, déposé le 24 mars 2021, est par conséquent intervenu dans le délai légal de trente jours (art. 50 al. 1 PA). Le recours répond en outre aux exigences de forme de la procédure administrative (cf. art. 52 al. 1 PA). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49 PA ; cf. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd., 2016, n. marg. 1146 ss ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd., 2013, n. marg. 2.149). Le Tribunal de céans applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, ch. 2.2.6.5).
2.2 Les procédures fiscales sont régies par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits d'office et librement (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 ; arrêts du TF 2C_544/2018 du 21 décembre 2018 consid. 3.2 ; 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5 ; arrêts du TAF A-479/2021 du 8 septembre 2021 consid. 1.4.1 ; A-416/2017 du 2 juillet 2018 consid. 2.3). Ainsi, bien que les art. 12 ss PA ne soient pas applicables (art. 2 al. 1 PA) « dans la mesure où la procédure administrative normale n'est pas appropriée aux affaires fiscales et où le droit fiscal a instauré une procédure dérogatoire, mieux adaptée aux besoins » (Message du Conseil fédéral à l'appui d'un projet de loi sur la procédure administrative du 24 septembre 1965, FF 1965 II 1383 ss, p. 1397), le Tribunal administratif fédéral tient néanmoins largement compte des principes constitutionnels qui y ont trouvé leur expression (concernant l'interprétation historique de l'art. 2 al. 1 PA, cf. arrêts du TAF A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 3.1 et A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.2).
La maxime inquisitoire impose au juge d'apprécier d'office l'ensemble des preuves à disposition (cf. arrêts du TAF A-956/2019 du 3 mai 2019 consid. 6.1.1 et A-2800/2016 du 27 juin 2017 consid. 1.3.3.1). La procédure administrative est régie par le principe de la libre appréciation des preuves (cf. art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédéral du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273], applicable en vertu du renvoi de l'art. 19 PA ; ATF 130 II 482 consid. 3.2 ; arrêt du TAF A-2888/2016 du 16 juin 2017 consid. 3.1.1 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3e éd., 2013, p. 52 ; Moor/Poltier, op. cit., p. 298 s. ; Rhinow et Al., Öffentliches Prozessrecht, 3e éd., 2014, n. marg. 330 et 1001 ; voir aussi Benoit Bovay, Procédure administrative, 2e éd., 2015, p. 240 s.), qui vaut également devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 37 LTAF).
2.3 La maxime inquisitoire doit être toutefois relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties, respectivement des contribuables en matière fiscale, de collaborer à l'établissement des faits (art. 52 PA ; pour l'impôt anticipé, l'art. 39 LIA ; cf. ATF 144 II 427 consid. 8.3.1 ; arrêts du TAF A-479/2021 du 8 septembre 2021 consid. 1.4.1 ; A-2479/2019 du 14 juillet 2021 consid. 2.2.1). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; Kölz/Häner/Bertschi, op. cit., ch. 1135 s.).
2.4 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité (administrative ou judiciaire) se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; 137 III 208 consid. 2.2 ; arrêt du TF 2C_806/2017 du 19 octobre 2017 consid. 4.1 ; arrêts du TAF A-479/2021 du 8 septembre 2021 consid. 2.2 ; A-5865/2017 du 11 juillet 2019 consid. 1.3.2 et A-2826/2017 du 12 février 2019 consid. 1.4 ; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., n. marg. 3.140 ss, en particulier 3.144). Une telle manière de procéder n'est pas jugée contraire au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101 ; cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; 124 V 90 consid. 4b ; 122 V 157 consid. 1d ; arrêt du TF 9C_272/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.1). Par ailleurs, il n'est pas nécessaire que la conviction de l'autorité confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité. Il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (cf. ATF 130 III 321 consid. 3.2 et 128 III 271 consid. 2b/aa ; arrêt du TF 2C_1201/2012 précité consid. 4.5 ; arrêts du TAF A-704/2012 du 27 novembre 2013 consid. 3.5.3 ; A-629/2010 du 29 avril 2011 consid. 3.2 [non publié in ATAF 2011/45] ; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.141).
En revanche, si elle reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêt du TF 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 8.3 ; René Rhinow et Al., op. cit., n. marg. 996 ss ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd., 2018, n. marg. 1563). Rapportée au droit fiscal, cette règle suppose que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui créent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujetti assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition. Elle ne s'applique toutefois que s'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond avec un degré de vraisemblance suffisant à la réalité (cf. ATF 144 II 427 consid. 8.3.1 ; 140 II 248 consid. 3.5 ; 133 II 153 consid. 4.3 ; arrêt du TF 2C_1201/2012 précité consid. 4.6 ; arrêts du TAF A-2786/2017 précité consid. 1.3.2 et A-2826/2017 précité consid. 1.3.2).
2.5 L'appréciation des preuves est libre en ce sens qu'elle n'obéit pas à des règles de preuve légales prescrivant à quelles conditions l'autorité devrait admettre que la preuve a abouti et quelle valeur probante elle devrait reconnaître aux différents moyens de preuve les uns par rapport aux autres. Le Tribunal de céans forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'il a recueillis et en indiquant les motifs de son choix (cf. ATF 130 II 482 consid. 3.2 ; arrêts du TF 2C_709/2017 du 25 octobre 2018 consid. 3.3 et 9C_55/2016 du 14 juillet 2016 consid. 3.2 ; arrêts du TAF A-2888/2016 précité consid. 3.1.2 et A-1679/2015 du 24 mai 2016 consid. 2.3 ; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 7e éd., 2016, p. 502 s.).
En droit fiscal, les documents écrits revêtent une importance considérable, dès lors qu'ils sont les plus à même d'apporter une preuve précise et immédiate (cf. arrêts du TF 2C_709/2017 précité consid. 3.3 et 2C_947/2014 du 2 novembre 2015 consid. 7.2.4 ; arrêt du TAF A-2286/2017 du 8 mai 2020 consid. 2.2.2). A contrario, les témoignages, en particulier lorsqu'ils émanent de personnes proches de l'administré, ont une valeur probante quasi nulle en droit fiscal (cf. not. arrêts du TAF A-1679/2015 du 24 mai 2016 consid. 5.1.2 i.f. ; A-5519/2012 du 31 mars 2014 consid. 7.4.2 et A-1360/2006 du 1er mars 2007 consid. 3.2.2). Il en va de même des preuves établies après coup et des documents non contemporains aux faits sur lesquels porte le litige (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2 ; arrêts du TF 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4 et 2C_470/2007 du 19 février 2008 consid. 3.4 ; arrêts du TAF A-2286/2017 précité consid. 2.2.2 ; A-1679/2015 du 24 mai 2016 consid. 2.3 et A-4388/2014 du 26 novembre 2015 consid. 1.6).
3. En l'espèce, la présente affaire porte sur la créance fiscale de CHF 132'798.10, intérêt en sus, dont la recourante a été reconnue débitrice par l'AFC, en raison de l'existence de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé pour les périodes fiscales 2009 et 2010. Compte tenu de l'écoulement du temps, il convient, avant de traiter les griefs soulevés par la recourante à l'encontre de la décision sur réclamation attaquée, de vérifier la question de la prescription de la créance fiscale, qui doit être examinée d'office (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 ; arrêts du TF 2C_382/2017 du 13 décembre 2018 consid. 2 ; 2C_910/2014 du 17 mars 2016 consid. 4.1, non publié in : ATF 142 II 197, et 2C_651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 3).
3.1 La Confédération perçoit un impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers (cf. art. 1 al. 1 LIA). Pour ces revenus, la créance fiscale prend naissance au moment où échoit la prestation imposable (art. 12 al. 1 LIA) et se prescrit par cinq ans dès la fin de l'année civile où elle a pris naissance (art. 17 al. 1 LIA). La prescription est interrompue chaque fois qu'une personne tenue au paiement reconnaît la créance fiscale et chaque fois qu'un acte officiel tendant à recouvrer la créance est porté à la connaissance d'une personne tenue au paiement. A chaque interruption, un nouveau délai de prescription commence à courir (art. 17 al. 3 LIA). La LIA ne connaît pas de prescription absolue, ce qui constitue un silence qualifié du législateur qui ne peut être comblé par la voie prétorienne (ATF 126 II 49 consid. 2d ; confirmé par l'arrêt du TF 2C_188/2010 du 24 janvier 2011, traduit in : Revue de droit administratif et fiscal [RDAF] 2011 450 consid. 5.3-5.4).
Cependant, en présence d'infractions à la législation administrative fédérale, la prescription de l'assujettissement à une prestation ou à une restitution n'est pas réglée par les dispositions correspondantes contenues dans chaque loi administrative, mais doit être calculée d'après la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif (DPA, RS 313.0 ; cf. ATF 143 IV 228 consid. 4.2 et les arrêts cités), ce qui est d'ailleurs conforme au renvoi général prévu à l'art. 67 al. 1 LIA (ATF 139 IV 246 consid. 1.1). Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, il suffit pour que la prescription de la créance fiscale soit examinée d'après le DPA (cf. art. 12 DPA ; consid. 3.2 ci-dessous) et non pas sur la base de la loi administrative topique, que les conditions objectives d'une infraction à la législation administrative fédérale soient réalisées (cf. arrêts du TF 2C_415/2013 du 2 février 2014 consid. 8.1 ; 2C_456/2010 du 7 mars 2011 consid. 4.2 ; 2C_112/2010 du 30 septembre 2010 consid. 2.1 ; voir aussi [sur l'application, plus en général, de l'art. 12 DPA à la perception après coup d'une contribution] ATF 141 II 447 consid. 8.4 ; 129 II 160 consid. 3.2 ; 115 Ib 358 consid. 3a ; arrêts du TF 2C_912/2015 du 20 septembre 2016 consid. 5.1 ; 2C_201/2013 du 24 janvier 2014 consid. 7.4, non publié in : ATF 140 II 194 ; 2A.452/2002 du 6 décembre 2002 consid. 4.1 ; 2A.215/1998 du 4 août 1999 consid. 2b ; Henri Torrione, Les infractions fiscales en matière d'impôts directs et dans le domaine de l'impôt anticipé, des droits de timbre et de la TVA, in : Les procédures en droit fiscal, 4e éd., 2021, p. 1019 ss, p. 1053). En matière d'impôt anticipé, tel est notamment le cas en présence d'une soustraction d'un montant d'impôt anticipé, à son propre avantage ou à celui d'un tiers (cf. art. 61 let. a LIA), soit en particulier lorsqu'une prestation appréciable en argent soumise à l'impôt anticipé n'est pas déclarée par le contribuable (Stefan Oesterhelt, Verjährung der Verrechnungssteuer, in : Expert focus 8/2017, p. 533 ss, p. 534 [pour une critique, cf. p. 537 ss]). En l'espèce, en admettant que ce soit à bon droit que l'autorité inférieure a retenu l'existence de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé pour les périodes fiscales 2009 et 2010, la question de savoir si la prescription doit être analysée sous l'angle de la DPA, respectivement des art. 12 et 17 LIA, peut être laissée ouverte, dès lors que, comme on le verra ci-dessous, la prescription ne serait quoi qu'il en soit acquise ni sous l'angle des dispositions de la DPA ni sous celui de la LIA.
3.2 Aux termes de l'art. 12 al. 1 let. a DPA, lorsqu'à la suite d'une infraction à la législation administrative fédérale, c'est à tort qu'une contribution n'est pas perçue, la contribution non réclamée, ainsi que les intérêts, seront perçus après coup, alors même qu'aucune personne déterminée n'est punissable. L'art. 12 al. 2 DPA précise qu'est assujetti à la prestation celui qui a obtenu la jouissance de l'avantage illicite, en particulier celui qui est tenu au paiement de la contribution. Selon l'art. 12 al. 4 DPA, tant que l'action pénale et l'exécution de la peine ne sont pas prescrites, l'assujettissement à la prestation ou à la restitution ne se prescrit pas.
3.3 La prescription de l'action pénale est réglée à l'art. 11 DPA. En particulier, d'après l'art. 11 al. 2 DPA, « si la contravention consiste en une soustraction ou une mise en péril de contributions ou en l'obtention illicite d'un remboursement, d'une réduction ou d'une remise de contributions, le délai de prescription est de cinq ans ; si la prescription est interrompue, elle sera en tout cas acquise lorsque le délai sera dépassé de moitié ». En outre, selon l'art. 333 al. 6 let. b CP, « jusqu'à l'adaptation des autres lois fédérales [...] les délais de prescription de l'action pénale pour les contraventions qui dépassent un an sont augmentés de la durée ordinaire ». Compte tenu du délai de prescription de cinq ans prévu par l'art. 11 al. 2 DPA, on parviendrait ainsi à un délai de prescription de dix ans. Le Tribunal fédéral a toutefois jugé que la durée du délai de prescription relatif aux contraventions selon la DPA ne pouvait pas excéder celle du délai de prescription applicable aux délits punissables selon cette même loi et a ainsi limité la durée du délai en question à sept ans (ATF 143 IV 228 consid. 4.4 et les arrêts cités).
3.4 Le point de départ du délai de prescription de l'action pénale est le jour où l'auteur « a exercé son activité coupable » (art. 98 let. a CP, ainsi que, pour 2009 et 2010, art. 71 let. a aCP). Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, ce jour n'est toutefois pas compté, de sorte que le premier jour du délai est le jour qui suit celui où l'auteur a agi (ATF 143 IV 228 consid. 4.5). Le point de départ de la prescription étant expressément fixé par la loi au jour où l'auteur a agi, la jurisprudence estime que c'est toujours le moment auquel l'auteur a exercé son activité coupable, et non celui auquel se produit le résultat de cette dernière, qui détermine le point de départ de la prescription. Il est ainsi possible que des actes pénalement répréhensibles soient atteints par la prescription avant qu'en survienne le résultat (ATF 134 IV 297 consid. 4).
3.5 En l'espèce, « l'activité coupable » qui est reprochée à la recourante est l'existence de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé non déclarées pour les périodes fiscales 2009 et 2010, qui seraient constitutives d'une soustraction d'impôt. Il en découle que, pour ce qui est des années fiscales 2009 et 2010, le délai de prescription de sept ans (cf. supra consid. 3.3) a commencé à courir en 2010 et en 2011, de sorte que l'action pénale, et donc aussi les créances fiscales litigieuses pour 2009 et 2010 (art. 12 al. 4 DPA, cf. supra consid. 3.2), auraient dû se prescrire en 2017 et en 2018. Conformément à l'art. 11 al. 3 DPA, tel qu'interprété par la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 143 IV 228 consid. 5), la prescription en question a toutefois été suspendue à la suite de la décision de l'AFC du 31 octobre 2014 et ne court plus depuis lors. La question de savoir si la prescription n'a pas déjà été interrompue le 11 juin 2014, à la suite du courrier de la recourante adressé à l'AFC et sollicitant auprès de cette dernière la mise en oeuvre de la procédure de déclaration de l'impôt anticipé (cf. Faits, let. K supra), peut demeurer indécise.
On relèvera, par surabondance, que la créance fiscale ne serait pas non plus prescrite en application des art. 12 et 17 LIA. En effet, la créance fiscale en cause a pris naissance en 2009 et en 2010 et, le 31 octobre 2014, l'AFC a invité la recourante à lui faire parvenir le montant de CHF 132'798.10, intérêt en sus, à titre d'impôt anticipé, ce qui a interrompu valablement la prescription. Depuis lors, la prescription a été régulièrement interrompue par différents actes de procédure, de sorte que le délai de cinq ans n'est jamais arrivé à expiration.
3.6 La créance fiscale n'est donc prescrite pour aucune des années en cause (2009 à 2010).
4.
4.1 A l'appui de son recours, la recourante a requis l'audition de représentants de l'AFC-GE, afin de confirmer les pratiques de cette dernière relative à l'art. 23 aLIA (en vigueur jusqu'au 31 décembre 2018 ; RO 1966 385), concernant la déchéance du droit au remboursement de l'impôt anticipé lors d'une taxation d'office.
4.2 Pour sa part, l'autorité inférieure indique ne pas être favorable à ladite audition. Elle explique pour l'essentiel que l'examen du droit au remboursement dans le cadre de la procédure en déclaration est effectué de manière sommaire, en ce sens que l'autorité inférieure et, par la suite, l'autorité judiciaire saisie d'un recours n'ont pas à se déterminer sur l'existence du droit au remboursement de façon définitive, comme elles le feraient dans le cadre d'une demande de remboursement introduite par le bénéficiaire de la prestation imposable. Elle estime dès lors que la nature même de la procédure s'oppose à toute preuve qui ne serait pas liquide. Elle relève encore que l'audition de témoins en matière d'impôt anticipé est soumise à une extrême réserve et revêt donc un caractère tout à fait exceptionnel.
4.3 En l'espèce, le Tribunal estime, par appréciation anticipée des preuves (cf. consid. 2.4 supra), que l'audition requise par la recourante n'est pas nécessaire, dès lors que le dossier est suffisamment complet pour lui permettre de statuer en toute connaissance, au vu des considérants qui suivent et de l'issue du litige. Dès lors qu'il sera constaté que la recourante n'est pas la débitrice des créances d'impôt anticipé établies par l'autorité inférieure, la question du remboursement, respectivement celle de la procédure de déclaration, ne sont pas pertinentes.
4.4 Par conséquent, la réquisition d'audition de représentants de l'AFC-GE formulée par la recourante est rejetée.
5. Sur le fond, la recourante invoque une violation des art. 4 al. 1 let. b LIA et 20 al. 1 OIA. Elle soutient que les conditions pour retenir l'existence de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé au sens de ces dispositions ne seraient pas remplies.
5.1 Conformément à l'art. 1 al. 1 LIA, la Confédération perçoit un impôt anticipé sur, entre autres, les revenus de capitaux mobiliers (cf. ég. art. 132 al. 2 Cst.). Aux termes de l'art. 4 al. 1 let. b LIA, l'impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers a notamment pour objet les participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions émises par une société anonyme suisse. L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (art. 10 al. 1 LIA). Celui-ci est sujet fiscal et contribuable. Pour les revenus de capitaux mobiliers et les gains faits dans les loteries, l'impôt s'élève à 35 % de la prestation imposable (art. 13 al. 1 let. a LIA).
Selon l'art. 20 al. 1 OIA, est un rendement imposable d'actions toute prestation appréciable en argent faite par la société aux possesseurs de droits de participation, ou à des tiers les touchant de près, qui ne se présente pas comme le remboursement des parts au capital social versé existant au moment où la prestation est effectuée (dividendes, bonis, actions gratuites, bons de participation gratuits, excédents de liquidation, etc.). Le Tribunal fédéral a eu l'occasion d'exprimer que dans l'application de cette disposition, les autorités fiscales n'étaient pas strictement liées par la qualification de droit privé de l'opération juridique, mais devaient plutôt apprécier l'état de fait conformément à la réalité économique (cf. not. arrêts du TF 2C_898/2015 du 12 octobre 2016 consid. 3.2 ; 2C_695/2009 du 3 février 2010 consid. 2.2 et 2A.537/2005 du 21 décembre 2006 consid. 2.1 ; cf. ég. arrêts du TAF A-4642/2020 du 5 octobre 2021 consid. 3.1, A-1427/2016 du 9 août 2017 consid. 2.2.2.2 et A-5433/2015 du 2 mars 2017 [confirmé par l'arrêt du TF 2C_382/2017 précité] consid. 3.2).
5.2
5.2.1 Selon la jurisprudence, il y a prestation appréciable en argent lorsque : 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation équivalente ; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près ; 3) elle n'aurait pas été accordée à de telles conditions à un tiers ; et 4) les organes de la société savaient ou auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. ATF 143 IV 228 consid. 4.1 et 140 II 88 consid. 4.1 ; arrêts du TF 2C_498/2020 du 14 janvier 2021 consid. 6.1, 2C_382/2017 précité consid. 5.1 et 2C_263/2014 du 21 janvier 2015 consid. 5.2 ; arrêts du TAF A-4642/2020 précité consid. 3.2.1, A-2286/2017 précité consid. 3.2.1, A-1427/2016 précité consid. 2.2.3 ; Marcus Duss/Andreas Helbing/Fabian Duss, in : Zweifel/Beusch/Bauer-Balmelli [édit.], Kommentar zum Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer [VStG], 2e éd., 2012 [ci-après cité: VStG-Kommentar], n° 132 ad art. 4 LIA et n° 41 ad art. 12 LIA; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 5e éd., 2021, § 14 n° 20-22 p. 314).
5.2.2 Sont considérées comme personnes proches les personnes physiques ou morales avec lesquelles l'actionnaire, le détenteur de participations ou les organes de la société entretiennent des rapports économiques ou personnels (p. ex. des liens de parentés ou amicaux) qui sont le véritable motif de la prestation imposable, selon l'ensemble des circonstances. Selon la jurisprudence, lorsque la comparaison « at arm's length » (Drittvergleich), entre un cas d'espèce et des opérations usuelles semblables, démontre que la prestation est à ce point inhabituelle - disproportionnée - qu'elle n'aurait pas été fournie de cette manière si le bénéficiaire n'avait pas été un proche du détenteur de parts, cela constitue un indice dans ce sens (cf. ATF 138 II 57 consid. 4.2, 131 II 593 consid. 5 et 119 Ib 431 consid. 2 ; arrêts du TF 2A.72/2006 du 9 juin 2006 consid. 2.1, 2A.457/2002 du 19 mars 2003 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-4642/2020 précité consid. 3.2.2, A-2286/2017 précité consid. 3.2.1, A-5433/2015 précité consid. 3.3.2, A-6523/2007 précité consid. 2.2 ; Oberson, op. cit., § 14 n° 23 p. 314).
5.2.3 Pour que l'impôt soit dû, la société doit subir un désavantage économique, lequel doit trouver son fondement dans les rapports de participation. Du fait de la distribution dissimulée de bénéfice, la société est appauvrie (perte ou manque à gagner ; cf. ATF 143 IV 228 consid. 4.1, 115 Ib 111 consid. 5 ; arrêt du TF du 30 octobre 1987, in : Archives de droit fiscal suisse [ASA] 58 p. 427 ss consid. 1b ; arrêts du TAF A-4642/2020 précité consid. 3.2.3, A-2286/2017 précité consid. 3.2.1, A-1427/2016 précité consid. 2.3.1 et A-5433/2015 précité consid. 3.3.1 ; Duss/Helbing/Duss, VStG-Kommentar, n° 132 ad art. 4 LIA ; Oberson, op. cit., § 14 n° 25 p. 315). Ne sont en revanche pas soumises à l'impôt les prestations que la société effectue en faveur de ses actionnaires ou de proches et qui reposent sur une autre base juridique que les rapports de participation, par exemple un contrat de droit privé qui aurait également pu être conclu avec un tiers extérieur (cf. ATF 119 Ib 431 consid. 2b ; arrêts du TAF A-4642/2020 précité consid. 3.2.3, A-1427/2016 précité consid. 2.3.1 et A-5433/2015 précité consid. 3.3.1).
5.2.4 Du point de vue de l'impôt anticipé, le caractère justifié par l'usage commercial d'une charge n'est pas un élément constitutif de la prestation appréciable en argent. La notion provient des impôts directs (cf. ATAF 2011/45 consid. 4.3.2.2). Toutefois, si une charge en faveur d'un actionnaire ou l'un de ses proches n'est pas justifiée par l'usage commercial, l'entreprise ne reçoit pas de contre-prestation servant à son but et il existe ainsi une prestation sans contre-prestation correspondante, pertinente pour l'impôt anticipé (cf. arrêts du TAF A-4642/2020 précité consid. 3.2.4, A-7956/2015 du 30 juin 2016 consid. 2.3.2.3, A-5006/2014 du 2 avril 2015 consid. 2.7.1).
5.3 Dans un arrêt récent du 16 novembre 2021, le Tribunal fédéral a apporté des précisions concernant la question de savoir si un prêt accordé par une société de capitaux à son actionnaire représente une prestation appréciable en argent (arrêt du TF 2C_678/2020 du 16 novembre 2021).
5.3.1 Une société de capitaux est libre d'accorder un prêt à son actionnaire, dans la mesure et aux conditions auxquelles un tiers pourrait accéder dans les mêmes circonstances (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.1). Le prêt représente toutefois une prestation appréciable en argent dans la mesure où l'opération s'écarte des conditions qui auraient été offertes à un tiers, respectivement s'écarte des usages et des affaires habituelles conformes au marché (ATF 138 II 57 consid. 3.1 ; arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.1). Tel est notamment le cas si le prêt n'est pas couvert par le but social ou qu'il s'avère inhabituel au regard de la structure du bilan (autrement dit, lorsque le prêt n'est pas couvert par les moyens existants de la société ou qu'il apparaît excessivement élevé par rapport aux autres actifs et qu'il génère ainsi un gros risque), en cas de doutes sérieux sur la solvabilité du débiteur ou lorsqu'aucune garantie n'est prévue et qu'il n'existe aucune obligation de remboursement, si les intérêts ne sont pas payés mais qu'ils sont portés en augmentation du compte d'emprunt et qu'il n'existe pas de convention écrite (ATF 138 II 57 consid. 3.2 ; arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.1). La prestation appréciable en argent peut consister soit dans la mise à disposition d'un montant sans que son remboursement ne soit envisagé, soit dans la renonciation par la société prêteuse à une contreprestation adaptée au risque encouru. Dans le premier cas, la prestation appréciable en argent correspond au montant remis à l'actionnaire, dans le second à la différence entre le taux d'intérêt appliqué et le taux d'intérêt qu'elle aurait exigé d'un tiers (cf. ATF 138 II 57 consid. 3.2, 6.1, 6.2, 7.4.1 et 7.5 ; arrêt du TF 2C_872/2021 du 2 mars 2021 consid. 3.2). Pour simplifier la mise en oeuvre du principe de pleine concurrence dans ce deuxième cas de figure, l'Administration fédérale publie chaque année une lettre-circulaire sur les taux d'intérêts admis fiscalement sur les avances ou les prêts aux actionnaires en francs suisses. Cette directive indique les taux d'intérêts minima qui, s'ils sont appliqués aux prêts accordés aux actionnaires, excluent en principe toute reprise fiscale pour intérêts insuffisants (« safe harbour rules » ; sur cette directive et sa validation par le Tribunal fédéral, cf. ATF 140 II 88 consid. 5 à 7).
5.3.2 En ce qui concerne la dette de prêt elle-même, il n'y a pas de prestation appréciable en argent si l'actionnaire à qui la société a prêté est tenu, comme tout emprunteur tiers, au remboursement (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2). Il en va différemment s'il n'y a pas lieu de compter avec le remboursement du prêt, parce que les parties ne l'ont pas envisagé ou que l'on ne doit pas compter sur un remboursement (ATF 138 II 57 consid. 5 ; arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2). La jurisprudence parle, pour qualifier ces situations, de prêts « simulés » (ATF 138 II 57 consid. 5 et 5.1), mais il n'est pas nécessaire pour autant de prouver que les conditions strictes d'une simulation au sens du droit civil (art. 18 al. 1 CO ; sur la notion, cf. arrêt du TF 4A_484/2018 du 10 décembre 2019 consid. 4.1 ; cf. aussi arrêt du TF 2C_42/2014 du 17 octobre 2014 consid. 3.3) soit remplies (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2). Le Tribunal fédéral indique que c'est dans ce sens qu'il faut comprendre ses arrêts qui soulignent qu'une reprise du capital mis à disposition au titre de prêt peut être qualifiée de prestation appréciable en argent indépendamment du point de savoir si on est en présence d'une simulation, aux conditions strictes de l'art. 18 CO (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2 citant les arrêts du TF 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.7.2, 2C_896/2018 du 29 août 2019 consid. 5.4.1 et 2C_98/2019 du 23 septembre 2019 consid. 6.2). Ces arrêts ne doivent donc pas être compris comme s'écartant de l'arrêt de principe en la matière, publié dans l'ATF 138 II 57. Ce qui compte, c'est la volonté des parties que le montant remis par la société à l'actionnaire (ou à un proche) soit remboursé (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2).
5.3.2.1 Savoir si un remboursement est ou non envisagé par les parties relève de la volonté interne qui, par sa nature, ne peut pas être prouvée directement, mais qui ne peut qu'être déduite des circonstances extérieures. Pour être admise, une simulation doit reposer sur des indices clairs (ATF 138 II 57 consid. 5.2.2 et 7.4.4 ; arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.1). En tant que fait générateur d'imposition, la charge de la preuve en incombe à l'autorité fiscale (ATF 138 II 57 consid. 7.1 ; arrêts du TF 2C_872/2020 du 2 mars 2021 consid. 3.4 et 2C_678/2020 précité consid. 7.2.1).
5.3.2.2 Le Tribunal fédéral a rappelé que dans l'ATF 138 II 57, il a synthétisé les indices qui entrent en ligne de compte à cet égard (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.2). La manière dont le prêt est traité au plan comptable dans le bilan de la société prêteuse et celle dont le débiteur le fait figurer dans sa déclaration d'impôt sont des éléments relevants pour juger si on est en présence d'un véritable prêt. En effet, le défaut de comptabilisation de la créance au bilan de la société créancière et l'absence de mention de la dette et de la déduction d'intérêts passifs dans la déclaration fiscale du débiteur sont des éléments qui peuvent signifier que les intéressés eux-mêmes considèrent que le prêt n'existe pas (ATF 138 II 57 consid. 5.1.1 et les références ; arrêts du TF 2C_872/2020 précité consid. 3.4.1 et 2C_678/2020 précité consid. 7.2.2). Il y a un indice clair de simulation si une société accorde un prêt à son actionnaire alors que celui-ci se trouve dans une situation financière très difficile, de sorte qu'il n'est pas en mesure d'assumer les obligations résultant du prêt, à savoir le paiement d'intérêts et d'amortissements (ATF 138 II 57 consid. 5.1.3 ; arrêt 2C_872/2020 précité consid. 3.4.1). Le fait que le bénéficiaire du prêt utilise les fonds mis à disposition pour maintenir son train de vie ou rééchelonner des dettes privées est un indice de simulation (cf. ATF 138 II 57 consid. 5.1.2 ; arrêt 2C_872/2020 précité consid. 3.4.1). D'autres indices plaident aussi en faveur d'un prêt simulé, même si, isolément, ils ne sont pas décisifs. A elle seule, l'absence d'une convention écrite ne s'avère ainsi que peu concluante, puisqu'elle peut reposer sur d'autres raisons qu'une intention de simulation (ATF 138 II 57 consid. 5.1.1 ; arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.2). Le fait que le but statutaire de la prêteuse ne comprenne pas l'octroi de crédits ne permet pas non plus de conclure nécessairement à une simulation (ATF 138 II 57 consid. 5.1.2 et 7.4.2). Le fait que le prêt représente un montant inhabituel au regard de la structure du bilan, par exemple lorsque le prêt constitue le seul actif notable de la société ou qu'il dépasse les fonds propres, est aussi un indice de simulation possible (ATF 138 II 57 consid. 5.1.3 ; cf. les exemples suivants cités dans l'arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.2 : arrêt du TF 2C_322/2017 du 3 juillet 2018 consid. 4.1 : prêt représentant 82 % des actifs ; arrêt du TF 2C_443/2016 du 11 juillet 2017 consid. 4.4 : prêt représentant 88 % des actifs ; arrêt du TF 2C_481/2016 du 16 février 2017 consid. 7.1 : prêt représentant 64 % des actifs ; arrêt du TF 2C_927/2013 précité : prêt représentant 88 % des actifs), étant précisé que, pour évaluer la part que représente le prêt au bilan de la société prêteuse, les réserves latentes constatées sur les actifs doivent être prises en compte (cf. arrêts du TF 2C_481/2016 précité consid. 7.1, 2C_927/2013 précité consid. 5.7.1 et 2C_678/2020 précité consid. 7.2.2).
5.3.2.3 Le Tribunal fédéral distingue par ailleurs selon que la volonté de rembourser fait d'emblée défaut ou qu'elle n'est constatée qu'ultérieurement, parce que l'actionnaire et la société conviennent, expressément ou pactes concluants, d'un abandon de créance. On parle de « simulation originelle » (« ursprüngliche Simulation ») dans le premier cas et de simulation ultérieure (« nachträgliche Simulation ») dans le second (cf. ATF 138 II 57 consid. 5.2 ; cf. aussi notamment arrêts du TF 2C_872/2020 précité consid. 3.4.1, 2C_252/2014 du 12 février 2016 consid. 4.1, traduit in : RDAF 2018 II 285, et 2C_678/2020 précité consid. 7.2.3). Ces concepts démontrent bien que le terme de simulation utilisé en ce sens est plus large que le concept du droit civil (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.3).
Pour juger si un prêt a été d'emblée simulé (simulation originelle), ce sont les circonstances qui prévalent au moment de l'octroi du montant litigieux qui doivent être examinées (arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.3). C'est cette idée qu'exprime la jurisprudence lorsqu'elle souligne que, pour juger si un prêt octroyé est (originellement) simulé, il ne faut tenir compte des développements ultérieurs que dans la mesure où ils étaient déjà connus ou du moins prévisibles (ATF 138 II 57 consid. 5.2.1 et les références ; arrêts du TF 2C_98/2019 précité consid. 6.2, 2C_927/2013 précité consid. 5.2 et les références, 2A.584/2000 du 16 mai 2001 consid. 3e). Le Tribunal fédéral rappelle que dans l'ATF 138 II 57, il a toutefois admis que le remboursement ultérieur du prêt excluait en principe l'admission d'une simulation originelle, à moins que ce remboursement ne soit intervenu de manière abusive, c'est-à-dire après que l'autorité fiscale a estimé que le prêt a été simulé et pour tenter de faire échec à cette appréciation (cf. au surplus ATF 138 II 57 consid. 7.3.2 ; arrêt du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.3).
Si aucune image claire de simulation ne ressort des circonstances qui prévalent au moment de l'octroi des montants examinés, il faut attendre. En effet, l'admission d'une simulation n'est possible que sur la base d'indices clairs, faute de quoi l'autorité doit attendre que les indices s'intensifient jusqu'à constituer une preuve indiscutable (cf. ATF 138 II 57 consid. 5.2.2 et 7.4.4 ; arrêts du TF 2C_678/2020 précité consid. 7.2.3 et 2C_927/2013 précité consid. 5.3 in fine). Le constat que la dette n'a pas au moins partiellement diminué avec le temps est un indice de simulation ultérieure (ATF 138 II 57 consid. 5.2.2 et les références), de même que le constat selon lequel le prêt a considérablement augmenté, malgré la situation financière difficile du débiteur (ATF 138 II 57 consid. 5.2.2 et les références). Le fait que les intérêts passifs soient rajoutés à la dette principale et non pas payés est aussi un indice de simulation (arrêt du TF 2C_843/2012 du 20 décembre 2012 consid. 3.2). Une simulation ultérieure peut être admise s'il ressort des circonstances que l'actionnaire a clairement la volonté de soustraire des moyens à la société. Tel peut être le cas si des mesures sont prises au niveau de la société, par exemple si la créance est amortie (ATF 138 II 57 consid. 5.2.3 ; arrêts du TF 2C_872/2020 précité consid. 3.5.2, 2C_678/2020 précité consid. 7.2.3 et 2C_461/2008 du 23 décembre 2008 consid. 2.2).
Si l'autorité fiscale constate qu'un prêt initialement convenu par les parties est devenu simulé ultérieurement, la reprise intervient pour la période fiscale pour laquelle le constat de simulation est opéré (arrêts du TF 2C_872/2020 précité consid. 3.5.2, 2C_842/2012 du 20 décembre 2012 consid. 3.3 et 3.4, publié in : Revue fiscale [RF] 68/2013 p. 227, et 2C_461/2008 précité consid. 3.2, publié in : RF 64/2009 p. 308, traduit in : RDAF 2009 II 482 ; cf. aussi arrêt du TF 2C_252/2014 précité consid. 4.1, traduit in : RDAF 2018 II 285, qui précise que l'admission d'une simulation ultérieure n'a pas d'effet « ex tunc »).
5.4 Dans le domaine des prestations appréciables en argent, l'autorité fiscale doit en principe apporter la preuve de l'existence d'une telle prestation. Si elle y échoue, c'est à elle qu'il revient de supporter l'échec de la preuve (cf. arrêts du TF 2C_263/2014 précité consid. 5.2 et 2C_272/2011 du 5 décembre 2011, in : RF 67/2012 p. 127 ss consid. 3.4 ; arrêts du TAF A-2286/2017 précité consid. 3.1, A-1427/2016 précité consid. 2.2.2.2 et A-5433/2015 précité consid. 3.2). Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (arrêts du TF 2C_11/2018 du 10 décembre 2018 consid. 6.2, 2C_605/2014 du 25 février 2015 consid. 6 et références ; Michael Pfeifer, Der Untersuchungsgrundsatz und die Offizialmaxime im Verwaltungsverfahren, 1981, p. 128). A l'inverse, si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une prestation appréciable en argent, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (arrêts du TF 2C_207/2019 du 16 juillet 2019 consid. 4.2, 2C_11/2018 précité consid. 6.2 ; arrêts du TAF A-1623/2018 du 16 mai 2019 consid. 3.7.3, A-4091/2016 du 24 janvier 2018 consid. 2.6.3). En particulier, lorsqu'une prestation en argent présente un caractère insolite, le contribuable est tenu de prouver l'exactitude de ses allégations contraires, notamment en établissant que la prestation en cause est justifiée par l'usage commercial (arrêt du TF 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.1).
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, en l'absence de lacune matérielle ou d'irrégularité formelle permettant de mettre en doute la force probante d'une comptabilité, celle-ci bénéficie, en principe, d'une présomption d'exactitude à l'égard du fisc (cf. ATF 134 II 207 consid. 3.3, 106 Ib 311 consid. 3c et 3d ; arrêt du TF 2C_497/2018 du 4 juillet 2019 consid. 3.3). Ce principe dit de déterminance remplit ainsi également une fonction de preuve. Même si le principe de déterminance provient de l'impôt sur le bénéfice, le bénéfice déterminé selon les principes du droit commercial est également déterminant pour établir la participation au bénéfice soumise à l'impôt anticipé (art. 4 al. 1 LIA). En effet, la LIA ne définit pas la notion de bénéfice et se base directement sur le bénéfice commercial (ATAF 2015/25 consid. 3.3 ; arrêts du TAF A-5444/2017 du 22 mars 2018 consid. 2.10 et A-4934/2013 du 4 septembre 2014 consid. 2.8).
En cas d'absence de contrats et de relevés détaillés des prestations fournies, il existe des indices qui plaident en faveur d'une inexactitude matérielle de la comptabilité faisant tomber la présomption précitée. Par conséquent, il incombe au contribuable d'apporter la preuve que les prestations en cause ont effectivement été fournies. A cet égard, l'établissement d'une liste des services rendus et apparemment facturés n'est pas suffisant pour prouver une charge justifiée par l'usage commercial (cf. arrêt du TF 2C_497/2018 précité consid. 4.2).
5.5 En vertu de l'art. 39 LIA, toute société astreinte à tenir une comptabilité est tenue de renseigner en conscience l'AFC sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour déterminer l'assujettissement ou les bases de calcul de l'impôt et, en particulier, de tenir et de produire ses livres, à la requête de l'autorité, avec les pièces justificatives et les autres documents - qui ne se limitent pas à des avis de virement bancaires - permettant de déterminer la nature exacte des opérations dans lesquelles elle est intervenue et la part qu'elle a prise à leur déroulement. La société ne peut se soustraire à son obligation légale de fournir des pièces et documents requis en invoquant un usage d'un certain type de commerce ou le caractère particulier de certaines prestations (cf. ATF 103 Ib 192 consid. 3b). Certes, il n'est pas du ressort des autorités fiscales de décider, à la place des organes dirigeants de la société, de la justification commerciale de dépenses et de leur ampleur. Cela étant, l'autorité fiscale doit s'assurer que ce sont des motifs exclusivement commerciaux, et non pas les relations personnelles ou économiques étroites entre la société et le récipiendaire de la prestation, qui ont déterminé les versements en question. En outre, quiconque effectue des paiements qui ne sont pas justifiés par des documents doit en supporter les conséquences, c'est-à-dire s'attendre à ce que ses versements soient qualifiés de prestations appréciables en argent (cf. ATF 140 II 88 consid. 7 ; arrêts du TF 2C_106/2018 du 28 mai 2018 consid. 5.2, 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 4.3 ; ATAF 2011/45 consid. 4.3.2.1 ; arrêts du TAF A-2286/2017 précité consid. 3.2.4, A-5433/2015 précité consid. 3.3.5 et A-6523/2007 précité consid. 2.3 ; Markus Küpfer, VStG-Kommentar, n° 7 ad art. 39 LIA).
6. Il convient dans un premier temps de rappeler la position des parties en ce qui concerne la qualification de prestation appréciable en argent pour le prêt octroyé par la recourante à son actionnaire au cours des périodes fiscales 2009 et 2010 (cf. consid. 6.1 et 6.2 infra), puis de présenter la solution retenue par le Tribunal (cf. consid. 6.3 et 6.4 infra).
6.1 La recourante relève d'abord que les modalités du prêt auraient été « formalisées par écrit », en reprenant pour le surplus les explications qu'elle avait déjà transmises à l'AFC-GE le 28 novembre 2011 (cf. Faits, let. E supra). Sur cette base, elle estime que le prêt en question respecte le principe de pleine concurrence et que l'appréciation de l'autorité inférieure est erronée à ce sujet, la qualification retenue au titre des impôts directs par l'autorité fiscale cantonale n'étant quoi qu'il en soit ni relevante ni contraignante pour l'autorité inférieure au titre de l'impôt anticipé.
Elle fait par ailleurs valoir que la qualité d'actionnaire de B.________ n'aurait pas été l'élément déterminant dans la décision de lui octroyer un prêt, précisant qu'un prêt similaire aurait été accordé à un dénommé D.________, directeur d'une société dénommée E.________, sans fournir plus de détails, ni joindre un quelconque document à l'appui de ses allégués.
De son point de vue, il n'y aurait aucune disproportion entre prestation et contre-prestation, de telle sorte que les organes de la recourante n'auraient pas pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient. Elle se réfère à cet égard au compte courant de l'actionnaire pour les périodes fiscales 2010 à 2013, qui démontrerait que B.________ disposait « d'une situation tout à fait compatible avec le prêt qui lui a été octroyé par la recourante, aussi bien en termes de fortunes (fortune nette de plus de CHF 100'000.- hors prévoyance professionnelle et/ou individuelle) qu'en termes de revenus (revenus bruts de l'ordre de CHF 150'000.- par année en 2010) ». Ainsi, les organes de la recourante ne pouvaient constater l'existence d'aucune disproportion, dès lors qu'ils avaient « pris la peine de formaliser le prêt, d'obtenir des garanties de l'actionnaire, de prévoir des modalités de remboursement ainsi qu'une rémunération adéquate » et que l'actionnaire avait « respecté les modalités de remboursement convenues des prêts consentis en 2009 et 2010, par le remboursement, notamment, de la tranche de remboursement prévue en 2011 (avec intérêts en sus) ». Ainsi, la recourante en conclut que si prestation appréciable en argent il y avait eu, cette dernière ne saurait avoir été échue en 2009 ou 2010, puisqu'elle n'était « pas reconnaissable par les organes avant les reprises de l'AFC Genève en 2012/2013 ».
Elle relève encore que lorsque l'autorité inférieure indique que la recourante aurait admis les prestations appréciables en argent, en transmettant en juin 2014 les formules 112 à l'AFC (cf. Faits, let. K supra), cette dernière oublierait « que ces formules ont été déposées par un mandataire non autorisé à engager la société au registre du commerce et ne bénéficiant pas d'une élection de domicile au titre de l'impôt anticipé ».
La recourante explique enfin qu'elle n'avait « que le choix de renoncer à recourir » contre les avis de taxation en ce qui concerne les impôts cantonaux et communaux et l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2009 et 2010, « puisque les taxations de la société retenant un prêt simulé au bénéfice de son actionnaire entraînent des déductions au titre de l'impôt sur le bénéfice et de l'impôt sur le capital ».
6.2 De son côté, l'autorité inférieure considère que l'existence des prestations appréciables en argent est claire et admise ab initio par la recourante.
Elle relève d'abord que la recourante a, le 11 juin 2014, par le biais d'une fiduciaire dûment mandatée, spontanément annoncé à l'AFC les prestations appréciables en argent litigieuses et effectuées à l'attention de son actionnaire principal. Elle insiste en particulier sur le fait que les deux formulaires signés et envoyés par la recourante indiquent spécifiquement que « la Société A.________ a concédé les prestations appréciables en argent suivantes au sens de l'article 4, alinéa 1, lettre b LIA ».
Pour le reste, elle fait siennes les considérations figurant dans les décisions sur réclamation du 24 août 2012 de l'AFC-GE, qui confirment l'existence de prestations appréciables en argent en faveur de l'actionnaire principal de la recourante, étant précisé que les décisions en question n'ont pas été contestées par la recourante et sont entrées en force. Elle rappelle les éléments que l'AFC-GE a retenus, à savoir que le montant des prêts constituaient une partie importante des actifs de la recourante (en l'occurrence, 23,81 % du total des actifs de CHF 830'291.- au 31 décembre 2009 de la recourante), que leur octroi ne correspondait pas à la réalisation d'un but statutaire, qu'il n'existait pas de garanties probantes sur les prêts, que la durée du crédit octroyé dépassait largement la durée usuelle du marché, que la fortune nette de l'actionnaire principal, sans sa participation dans la recourante, était négative, et que les annuités à rembourser annuellement excédaient largement le tiers de ses revenus totaux.
Elle estime enfin que le fait que la recourante ait accepté que l'actionnaire principal rembourse sa dette par le biais de compensation d'honoraires, lesquels ne faisaient pas l'objet de convention écrite, est « un indice supplémentaire qui démontre tant l'absence de liquidités de l'actionnaire que le caractère particulier du prêt qui n'aurait pas été conclu avec un tiers ». En résumé, elle considère que les modalités de remboursement du prêt s'avèrent insolites et sont directement liées à la qualité d'actionnaire de B.________.
6.3 En l'espèce, les explications de l'autorité inférieure dans la décision attaquée ne permettent pas de justifier la créance fiscale d'un montant de CHF 132'798.10, intérêt en sus, dont la recourante a été reconnue débitrice par l'AFC, en raison de l'existence de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé pour les périodes fiscales 2009 et 2010, pour les motifs suivants.
6.3.1 Il faut rappeler au préalable que le montant de la créance fiscale précité a été calculé sur la base des reprises effectuées par l'AFC-GE, qui avait considéré que le prêt à l'actionnaire principal était simulé en ce qui concerne les périodes fiscales précitées. En effet, l'AFC-GE avait estimé que l'actionnaire principal de la recourante avait bénéficié d'une prestation appréciable en argent sous la forme d'un prêt simulé d'un montant de CHF 197'661.- octroyé par la recourante pour la période fiscale 2009 (cf. Faits, let. F supra). En ce qui concerne la période fiscale 2010, l'AFC-GE avait repris au titre de l'impôt sur le revenu de l'actionnaire principal un montant de CHF 48'964.-, correspondant à l'augmentation du prêt simulé entre 2009 (CHF 197'661.-) et 2010 (CHF 246'625.-) (cf. Faits, let. I supra). C'est sur cette base que l'autorité inférieure a, le 31 octobre 2014, fixé le montant de l'impôt anticipé dû par la recourante (cf. Faits, let. L supra).
Or, l'autorité inférieure ne saurait, pour fixer une nouvelle créance - ici d'impôt anticipé - uniquement se fonder sur la constatation d'une autre autorité administrative, constatation qui n'a par ailleurs fait l'objet d'aucun contrôle judiciaire. Ainsi, pour justifier la créance fiscale litigieuse, l'autorité inférieure devait, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral présentée plus haut (cf. consid. 5.3), faire apparaître clairement que les montants précités octroyés à l'actionnaire l'ont été sans que les parties aient envisagé leur remboursement, en ce qui concerne les périodes fiscales 2009 et 2010. Comme le relève le Tribunal fédéral (cf. consid. 5.3.2.1 supra), pour être admise, « une simulation doit reposer sur des indices clairs » et, en tant que fait générateur d'imposition, la charge de la preuve en incombe à l'autorité fiscale.
Il ne saurait ainsi être question de fonder directement l'existence d'une prestation appréciable en argent pour l'impôt anticipé au motif que la décision sur réclamation de l'AFC-GE, qui en reconnait le pendant pour les impôts directs est entrée en force. Il y a lieu au contraire de déterminer ab ovo dans la procédure fédérale si tel est bien le cas en l'espèce.
Dans ce cadre, le fait que la recourante a, le 11 juin 2014, par l'intermédiaire d'une fiduciaire, sollicité de l'AFC la mise en oeuvre de la procédure de déclaration de l'impôt anticipé et annoncé les prestations appréciables en argent litigieuses (cf. Faits, let. K supra), avant de se rétracter par la suite en ce qui concerne dite qualification, n'est pas décisif, contrairement à ce que l'autorité inférieure indique. Cette annonce ne dispensait pas l'autorité inférieure, pour justifier la créance fiscale litigieuse, d'examiner si le prêt était clairement simulé ou non.
6.3.2 Or, en procédant à cet examen à la lumière des critères établis par le Tribunal fédéral (cf. consid. 5.3 supra), la Cour de céans considère que les indices conduisant à l'admission d'une simulation au sens de la jurisprudence précitée et non nécessairement sous l'angle de l'art. 18 CO, pour les périodes fiscales 2009 et 2010, ne sont pas suffisants pour constituer une preuve indiscutable d'une telle simulation et ainsi considérer que la recourante a effectué une prestation appréciation en argent à hauteur de la dette de capital du prêt, pour les motifs qui suivent.
Le Tribunal reconnaît, certes, que certains indices penchent en faveur d'une telle simulation. Il s'agit avant tout de l'absence de convention écrite entre les parties, du fait que le but statutaire de la recourante ne comprend pas formellement l'octroi de crédits et de ce que les intérêts passifs sur le prêt ont été portés en augmentation de la dette. Il sied cependant de constater que la jurisprudence a précisé que les éléments précités, pris isolément, ne sont pas décisifs (cf. consid. 5.3.2.2 supra). En outre, et surtout, ces éléments doivent être mis dans le contexte d'octroi du prêt en l'espèce. Il s'agissait en effet non d'un prêt formel pour une dette d'un montant fixe, mais d'un compte courant actionnaire. Bien entendu, le compte-courant actionnaire, présent à l'actif du bilan de la recourante, représente une dette de celui-là envers elle. Toutefois, il est caractérisé par sa variation en fonction des prélèvements et des remboursements effectués par l'actionnaire. Dans le cadre d'un tel compte courant actionnaire, il est plus rare qu'un contrat écrit soit établi. En l'espèce, si un tel contrat ne figure pas au dossier, il sied cependant de constater que l'AFC-GE dans sa demande de renseignement initiale du 11 mai 2009 (supra, Faits, let. B), tout en demandant la production du contrat, indiquait qu'à défaut de contrat, la recourante pouvait indiquer les modalités conclues pour le prêt. Or, c'est bien ce qu'a fait la recourante en indiquant à quelles conditions le compte courant actionnaire avait été admis par elle et quelles modalités de remboursement avaient été conclues. Compte tenu de ce qui précède, il y a lieu de relativiser en l'espèce l'absence de contrat écrit.
Ensuite, le fait que le but statutaire ne prévoie pas l'octroi de prêt à l'actionnaire, qui est certes un indice selon la jurisprudence, doit être relativisé en l'espèce compte tenu de la nature du prêt en cause. C'est en effet d'après la jurisprudence bien plus l'incompatibilité d'un prêt octroyé avec le but social de l'entreprise qui constitue un indice. Or, en l'espèce, il s'agit d'un compte courant actionnaire qui est répandu en pratique sans qu'il doive être nécessairement et formellement couvert par le but social. A tout le moins en l'espèce, il n'apparaît pas comme incohérent avec celui-ci.
L'autorité inférieure a également pris comme indice de la simulation le fait que les intérêts sur le compte courant actionnaire n'ont pas été effectivement versés par ce dernier mais uniquement porté en compte. Certes, à cet égard également, il y a lieu d'admettre que la transformation d'un intérêt en dette constitue un indice de simulation du prêt. Cependant, et encore une fois, dans le cadre d'un compte courant actionnaire, il y a lieu de relativiser cet indice. En pratique, il n'est pas rare que l'intérêt, qui respecte en l'espèce incontestablement la lettre-circulaire de l'AFC sur les taux d'intérêts admis fiscalement sur les avances ou les prêts aux actionnaires en francs suisses (supra consid. 5.3.2.), soit porté en compte dès lors qu'il est calculé en fin d'exercice par une écriture de bouclement, en fonction de l'endettement moyen durant l'exercice. Il ne s'agit cependant pas d'ignorer cet indice en faveur d'une simulation, mais bien plus d'en relativiser la portée en l'espèce.
6.3.3 Outre le fait que les indices en faveur d'une simulation du prêt doivent en l'espèce être fortement relativisés, la Cour constate l'existence de plusieurs autres indices qui penchent en défaveur de l'admission d'une simulation ou, à tout le moins, ne sont pas suffisamment clairs pour pouvoir admettre une telle simulation.
Il n'est d'abord pas établi que l'actionnaire principal se serait retrouvé dans une situation financière très difficile au sens de la jurisprudence du Tribunal fédéral mentionnée plus haut (cf. consid. 5.3.2.2). En effet, selon l'avis de taxation de l'AFC-GE du 18 février 2013 pour la période fiscale 2010, le revenu total du couple s'élevait à CHF 152'451.-. Pour la période fiscale 2011, le couple a déclaré un compte bancaire auprès de F.________ d'un montant de CHF 100'000.- et un second compte bancaire auprès de G.________ d'un montant de CHF 115'115.- au 31 décembre 2011. Pour la période fiscale 2012, l'AFC-GE a retenu un revenu total du couple de CHF 108'608.- et une fortune totale de CHF 64'267.-. Pour la même période fiscale, le couple a déclaré un compte bancaire auprès de F.________ d'un montant de CHF 100'000.-, un second compte auprès de H.________ d'un montant de CHF 5'397.- et un dernier compte auprès de la même banque d'un montant de CHF 143'742.-. Enfin, pour la période fiscale 2013, le couple a déclaré un compte bancaire auprès de H.________ d'un montant de CHF 153'352.-.
Il sied aussi de souligner qu'en l'espèce le prêt - sous forme de compte courant - n'a pas été octroyé en raison du manque de liquidités de l'actionnaire en vue du financement d'un bien immobilier (p. ex. arrêt du Tribunal fédéral du 3 février 1995, in : Archives 64, p. 641) ou pour être affecté au remboursement d'une dette vis-à-vis de tiers. Les éléments mentionnés ci-dessus, même si certains ne concernent pas les périodes fiscales litigieuses, montrent que la situation financière de l'actionnaire principal était bonne, à tout le moins qu'il ne se trouvait pas dans une situation financière très difficile au sens de la jurisprudence du Tribunal fédéral. De même, l'autorité intimée n'a pas montré ni allégué que l'actionnaire de la recourante aurait été dans une situation d'insolvabilité. L'ensemble de ces éléments constituent déjà à ce stade des indices penchant clairement en défaveur de l'admission d'une simulation.
Par ailleurs, le prêt qui correspondait à un montant de CHF 197'661.- en 2009 et à un montant de CHF 246'625.- en 2010, n'apparaît pas non plus particulièrement inhabituel ou insolite au regard de la structure du bilan de la recourante, à plus forte raison dans la mesure où l'intéressé était l'actionnaire principal de la Société. L'autorité inférieure relève à ce sujet que le prêt constituait 23,81 % du total des actifs de la recourante de CHF 830'291.- au 31 décembre 2009. Cependant, à titre de comparaison, dans les arrêts cités par le Tribunal fédéral retenant un indice de simulation possible, les prêts représentaient entre 64 % et 88 % des actifs de la société prêteuse (cf. consid. 5.3.2.2 supra), ce qui correspond à un pourcentage nettement plus élevé qu'en ce qui concerne la recourante. Ainsi, le fait que le prêt constituait 23,81 % du total des actifs de la recourante est un indice qui penche plutôt en défaveur de l'admission d'une simulation. De même, à bien regarder la structure du bilan de la recourante, on ne saurait considérer que l'octroi du prêt en question est excessif. En effet, pour l'exercice 2009, la recourante disposait de fonds propres à hauteur de CHF 116'217.82 et de liquidités pour près de CHF 500'000.-. Dans ce sens, le solde en fin d'exercice du compte courant actionnaire ne faisait pas courir un risque excessif à la recourante, ce qui plaide contre l'admission d'un prêt simulé.
Le Tribunal constate également qu'entre 2009 et 2010 le prêt a augmenté de CHF 48'964.-. Cette augmentation, qui à elle seule ne permet pas de retenir une simulation, demeure encore raisonnable et doit être mise en relation avec les diminutions ultérieures. En effet, le prêt est passé de CHF 246'625.36 en 2010 à CHF 197'336.31 en 2011, ce qui correspond à un remboursement de CHF 49'289.05. On constate ainsi que l'indication de la recourante selon laquelle le prêt actionnaire devait commencer à être remboursé en 2011 se trouve confirmée. Certes, le remboursement sur l'exercice suivant en 2012 est clairement plus limité puisque le prêt est passé de CHF 197'936.31 en 2011 à CHF 196'369.67 en 2012, ce qui correspond à un nouveau remboursement de CHF 1'566.64. Certes encore, le solde du compte courant sera finalement comptablement remboursé en 2013 par deux écritures des 29 octobre et 3 décembre 2013 libellées « Dividendes selon décision de taxation *** », prenant en considération l'imposition au titre de distributions dissimulées de bénéfices faisant l'objet des décisions de taxations cantonales.
De l'avis du Tribunal, la question de savoir si la recourante a respecté, en tout ou en partie, les modalités de remboursement du prêt comme elle l'allègue, et comme cela semble partiellement résulter du dossier, peut demeurer au final indécise, pour les raisons suivantes. D'une part, le non-respect des modalités précitées permettrait certes d'envisager une éventuelle simulation pour les périodes fiscales 2012 et suivantes, mais ne signifierait pas encore qu'une volonté de simulation existait pour les périodes fiscales 2009 et 2010. A l'inverse, le remboursement ultérieur du prêt exclurait en principe l'admission d'une simulation originelle, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (cf. consid. 5.3.2.3 supra), et viendrait ainsi confirmer la solution du Tribunal. Quoi qu'il en soit, il ne faut pas perdre de vue qu'en requalifiant le prêt à l'actionnaire principal en prêt simulé en 2012, les décisions de l'AFC-GE, une fois entrées en force, ont incontestablement modifié la volonté interne des parties en ce qui concerne le respect et l'exécution des modalités du prêt, ce qui réduit considérablement l'intérêt d'un tel examen. Le Tribunal pouvait ainsi se prononcer en l'état du dossier et laisser ces questions indécises, étant rappelé que la charge de la preuve pour retenir l'existence de prestations appréciables en argent incombe à l'autorité fiscale.
Le Tribunal observe encore que le prêt a été traité au plan comptable dans le bilan de la société recourante où il apparaît dans les actifs mobilisés de la société. Interpellée par l'AFC-GE à ce sujet, la recourante avait expliqué qu'il s'agit d'un « compte courant de l'actionnaire principal (49 actions/50 actions) » (cf. Faits, let. C supra) et donc bien d'une dette de l'actionnaire envers la société recourante, ce qui démontre que la recourante n'avait aucune volonté de simulation à ce sujet. De son côté, il est vrai que l'actionnaire principal, comme cela a été évoqué plus haut, n'a semble-t-il pas indiqué le montant du prêt et les intérêts dans sa déclaration d'impôt, ce qui n'est cependant pas suffisant pour admettre une simulation, dès lors qu'il pourrait s'agir d'un simple oubli de sa part, l'indication des déductions en question étant à son avantage.
6.4 En résumé, l'examen de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce met certes au jour des indices d'une possible simulation pour les périodes fiscales 2009 et 2010, mais ne permet pas de faire apparaître clairement que l'on se trouve dans un tel cas, comme l'exige la jurisprudence. En effet, comme on l'a vu, plusieurs autres indices penchent en défaveur de l'admission d'une telle simulation. Les conditions pour retenir l'existence de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé au sens des art. 4 al. 1 let. b LIA et 20 al. 1 OIA ne sont donc pas réalisées. Par conséquent, l'autorité inférieure a violé le droit fédéral, en arrêtant la créance fiscale de la recourante à CHF 132'798.10.
Le recours doit par conséquent être admis pour ce motif et la décision de l'autorité inférieure annulée.
7. Le Tribunal arrivant à la conclusion qu'aucun impôt anticipé n'est dû par la recourante (cf. consid. 6.4 supra), il n'est pas nécessaire d'examiner le grief relatif à la procédure de déclaration.
8. Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre le recours et à annuler la décision sur réclamation de l'autorité inférieure. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure sont laissés à la charge de l'Etat (art. 63 al. 1 et 2 PA). L'avance de frais de CHF 6'000.- versée par la recourante lui sera restituée dès que le présent arrêt sera devenu définitif et exécutoire, à charge pour cette dernière de communiquer un numéro de compte sur lequel le remboursement pourra être effectué.
Selon l'art. 64 al. 1 PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés par le litige (cf. ég. art. 7 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). A défaut d'un éventuel décompte remis par la partie concernée, l'indemnité est fixée sur la base du dossier (art. 14 al. 2 FITAF). En l'occurrence, compte tenu du degré de complexité de la cause, du travail effectivement nécessaire et du tarif horaire retenu par le Tribunal de céans (cf. art. 10 al. 1 et 2 FITAF), l'indemnité de dépens allouée à la recourante est arrêtée, conformément à la pratique, à CHF 9'000.-, à charge de l'autorité inférieure.
(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante.)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis.
2. La décision sur réclamation du 22 février 2021 est annulée.
3. Il n'est pas perçu de frais de procédure. Le montant de l'avance de frais de Fr. 6'000.- (six mille francs) déjà versé par la recourante lui sera restitué, une fois le présent arrêt devenu définitif et exécutoire.
4. L'autorité inférieure doit verser Fr. 9'000.- (neuf mille francs) à la recourante à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé à la recourante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Raphaël Gani
Jérôme Gurtner
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)