bvger · A-2222/2012 · 2014-03-10 · de
A-2222/2012

Energie (Übriges)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Entscheid bestätigt durch BGer mit Urteil vom 24.05.2016 (2C_309/2015)
Abteilung I
A-2222/2012
Urteil vom 10. März 2014
Besetzung
Richter André Moser (Vorsitz),
Richterin Kathrin Dietrich, Richter Christoph Bandli,
Gerichtsschreiber Bernhard Keller.
Parteien
1. Übertragungsnetz Basel/Laufenburg AG,
c/o Swissgrid AG, Werkstrasse 12, 5080 Laufenburg,
2. IWB Industrielle Werke Basel, Margarethenstrasse 40, Postfach, 4002 Basel,
beide vertreten durch Rechtsanwalt Dr. Stefan Rechsteiner und Rechtsanwältin lic. iur. Azra Dizdarevic, VISCHER AG, Schützengasse 1, Postfach 1230, 8021 Zürich,
Beschwerdeführerinnen,
gegen
Swissgrid AG, Dammstrasse 3, Postfach 22, 5070 Frick,
Beschwerdegegnerin,
Eidgenössische Elektrizitätskommission ElCom, 3003 Bern,
Vorinstanz .
Gegenstand
Kosten und Tarife 2012 für die Netznutzung Netzebene 1;Teilweise Wiedererwägung der Verfügung der ElCom vom 12. März 2012 betreffend Kosten und Tarife 2012 für die Netznutzung Netzebene 1; Anpassung Leistungstarif.
Sachverhalt:
A. Am 29. April 2011 veröffentlichte die nationale Netzgesellschaft Swissgrid AG (Swissgrid) die Tarife 2012 für das Übertragungsnetz (Netzebene 1). Diese waren rund 12 Prozent höher als die von der Eidgenössischen Elektrizitätskommission (ElCom) am 11. November 2010 verfügten Tarife 2011 und umfassten einen Arbeitstarif von Rp. 0.18 pro Kilowatt­stunde (kWh), einen Leistungstarif von Fr. 29'100.- pro Megawatt (MW) sowie einen Grundtarif pro gewichteten Ausspeisepunkt von Fr. 269'000.-.
B. In der Folge eröffnete die ElCom von Amtes wegen ein Verfahren betreffend die Kosten und Tarife 2012 der Netzebene 1 und zog neben der Swissgrid auch die Eigentümerinnen des Übertragungsnetzes in das Verfahren ein.
C. Am 9. Juni 2011 verfügte die ElCom vorsorglich eine Absenkung der Ta­rife ab 1. Januar 2012 auf das Niveau der verfügten Tarife 2011, d.h. den Arbeitstarif auf 0.15 Rp./kWh, den Leistungstarif auf 23'500.- Fr./MW und den Grundtarif pro gewichteten Ausspeisepunkt auf Fr. 225'000.-.
D. Am 12. März 2012 legte die ElCom die Tarife für die Nutzung des Über­tragungsnetzes ab 1. Januar 2012 fest und verfügte einen Arbeitstarif von 0.15 Rp./kWh, einen Leistungstarif von 24'700.- Fr./MW und einen Grundtarif pro gewichteten Ausspeisepunkt von Fr. 229'700.- (Dispositiv-Ziffer 1). Weiter ordnete sie die Anwendung der am 9. Juni 2011 vorsorglich verfügten Tarife für das ganze Jahr 2012 an (Dispositiv-Ziffer 2) und bestimmte, dass die Differenz zwischen den beiden Tarifen nach ihrer Weisung 1/2012 betreffend Deckungs­differenzen aus den Vorjahren zu kompensieren sei (Dispositiv-Ziffer 3). Neben weiteren Anordnungen setzte die ElCom die Gebühr für das Tarifprüfungsverfahren fest, wobei sie Fr. 26'930.- der Swissgrid AG auferlegte, jeder Eigentümerin des Übertragungsnetzes für die Prüfung der Deckungs­differenzen Fr. 865.- und die restlichen Fr. 222'480.- gemäss einer Tabelle auf 17 Eigentümerinnen des Übertragungsnetzes verteilte.
E. Nach einem Hinweis auf einen Rechnungsfehler eröffnete die ElCom am 16. April 2012 eine teilweise Wiedererwägung ihrer Verfügung vom 12. März 2012 und setzte den Leistungstarif auf 24'900.- Fr./MW fest.
F. Gegen die Verfügung einschliesslich der Wiedererwägung erheben am 7. Mai 2012 die Übertragungsnetz Basel AG und die IWB Industrielle Werke Basel (Beschwerdeführerinnen) Beschwerde beim Bundesverwal­tungsgericht. Sie beantragen die Aufhebung der Dispositiv-Ziffer 1 einschliesslich der die Beschwerdeführerinnen betreffenden Zeilen der Tabellen 2, 3, 4, 6 und 8 (Rechtsbegehren 1) und die Neufestsetzung der Tarife, eventuell eine entsprechende Anweisung an die Vorinstanz (Rechtsbegehren 2), dies unter Berücksichtigung neuer konkret beziff­erter Anlagerestwerte, kalkulatorischer Abschreibungen, kalkulatorischer Zinsen (Rechtsbegehren 2.1) und eines höheren Nettoumlaufvermögens inkl. dessen Verzinsung (Rechtsbegehren 2.3). Des weiteren sei eine bezifferte Unterdeckung im Jahr 2010 anzuerkennen und in der Tariffestsetzung zu berücksichtigen (Rechtsbegehren 2.2). Zudem beantragen sie eine gerichtliche Fest­stellung, dass der Beschwerde­führerin 2 keine Mindererlöse aus dem Internationalen Transitkosten­ausgleich (ITC-Mechanismus) in Rechnung gestellt werden dürfen, eventualiter seien die Netznutzungstarife 2012 der Netzebene 1 unter Verzicht auf einen Abzug von ITC-Mindererlösen im Umfang von insgesamt 7.2 Millionen Franken neu festzulegen (Rechtsbegehren 2.4). In Aufhebung von Dispositiv-Ziffer 3 sei die Swissgrid AG (Beschwerdegegnerin) zu verpflichten, die Differenz zwischen den ausbezahlten Beträgen und denjenigen gemäss ihren Anträgen unverzüglich nach der rechtskräftigen Beurteilung des vorliegenden Beschwerdeverfahrens in einem Betrag der Beschwerde­führerin 2 auszubezahlen zuzüglich 5 % Zins seit Beschwerdeerhebung (Rechtsbegehren 3). Zudem beantragen sie die Aufhebung der Dispositiv-Ziffer 5, mit der der Beschwerdeführerin 1 von der Vorinstanz Verfahrenskosten auferlegt worden sind.
Zur Begründung machen sie im Wesentlichen geltend, die Vorinstanz habe die mittels Baukostenabrechnungen belegten ursprünglichen Anschaffungs- und Herstellkosten der Beschwerdeführerin 1 ignoriert und dadurch zugleich das rechtliche Gehör verletzt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei eine allfällige Aktivierung dieser Kosten nicht massgebend. Auch die Berechnung des Nettoumlaufvermögens sei realitätsfremd und widerrechtlich. Es bestehe auch keine gesetzliche Grundlage zur Anlastung von ITC-Mindererlösen an die Vertragsparteien von internationalen Lieferungs- oder Bezugsverträgen für elektrische Energie.
G. Die Beschwerdegegnerin verzichtet in ihrer Beschwerdeantwort vom 15. Oktober 2012 auf Anträge zur Festsetzung der Kapitalkosten. In Bezug auf die Zinszahlungspflicht beantragt sie jedenfalls die Abweisung der Beschwerde, soweit auf den entsprechenden Beschwerdeantrag überhaupt einzutreten sei. Zudem verlangt sie, ihr unabhängig vom Ausgang des Verfahrens keine Kosten- oder Entschädigungsfolgen aufzuerlegen.
H. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Stellungnahme vom 31. Oktober 2012 die Abweisung der Beschwerde. Sie betont insbesondere, sich in der angefochtenen Verfügung mit den von den Beschwerdeführerinnen geltend gemachten Baukosten auseinandergesetzt, also das rechtliche Gehör nicht verletzt zu haben. Da die Baukosten nicht aktiviert worden seien und auch sonst kein Nachweis bestehe, dass diese Kosten nicht bereits den Endverbrauchern in Rechnung gestellt worden sind, habe sie diese nicht anerkennen können.
I. In ihrer Replik vom 21. Januar 2013 halten die Beschwerdeführerinnen an ihren Rechtsbegehren und Vorbringen fest.
J. Die Beschwerdegegnerin weist in ihrer Duplik vom 20. Februar 2013 darauf hin, dass im Sacheinlagevertrag zwischen der Beschwerdeführerin 2 und ihr vereinbart worden sei, allfällige höhere Kosten, die über höhere Tarife eingezogen werden können, seien gemäss der Weisung 1/2012 der Vorinstanz an die Sacheinlegerin weiterzuleiten. Sie erachtet es als sachgerecht, eine allfällige Rückzahlung im Sinne des Rechtsbegehrens 3 der Beschwerdeführerinnen nach demselben Modus vorzunehmen.
K. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Stellungnahme zur Replik vom 25. Februar 2013 die Gutheissung des Rechtsbegehrens 1 in Bezug auf die Beschwerdeführerin 1 (Antrag Ziff. 1) und die gerichtliche Fest­stellung, dass die anrechenbaren Kosten der Beschwerdeführerin 1 für die Tarife 2012 Fr. X'XXX'XXX.- betragen (Antrag Ziff. 2) und dass die Differenz zwischen den anrechenbaren Kosten gemäss angefochtener Verfügung und ihrem neuen Antrag Fr. XXX'XXX.- betrage (Antrag Ziff. 3). Die übrigen Anträge seien abzuweisen (Antrag Ziff. 4). Sie bringt vor, die in Nutzungsrechtsverträgen ausgewiesenen Baukostenbeiträge könnten unter Berücksichtigung der bundesgerichtlichen Rechtsprechung als ursprüngliche Anschaffungs- und Herstellkosten akzeptiert werden, soweit eine Zahlung nachgewiesen wird. Ob der Nachweis mit den eingereichten Unterlagen erbracht sei, müsse das Gericht entscheiden.
L. In ihrer Stellungnahme vom 11. März 2013 beantragen die Beschwerde­führerinnen die Gutheissung der Anträge Ziff. 1 bis 3 der Vorinstanz gemäss deren Stellungnahme vom 25. Februar 2013. Der Antrag Ziff. 4 sei abzuweisen und ihre eigenen Rechtsbegehren 2.4, 4 und 5 seien gutzuheissen. Sie führen aus, die vorinstanzlichen Anträge 1 und 2 würden im Wesentlichen ihren eigenen entsprechen, auch wenn sie nicht alle Berechnungen genau nachvollziehen könnten. Im Sinne der Effizienz sei jedoch der vorinstanzliche Antrag gutzuheissen. Sie betonen, die Kosten bereits hinreichend nachgewiesen zu haben, reichen aber zusätzlich Rechnungs- und Zahlungsbelege zu den von der Vorinstanz erwähnten Anlagen ein. Ferner erklären sie sich mit dem von der Vorinstanz in deren Antrag 3 vorgeschlagenen Auszahlungsmodus und der Verzinsung einverstanden, bestehen jedoch auf einer Auszahlung an die Beschwerdeführerin 2. Im Übrigen halten sie an ihren bisherigen Vorbringen fest.
M. Nach Einsichtnahme in die von den Beschwerdeführerinnen am 11. März 2013 eingereichten Beweismittel passt die Vorinstanz mit Eingabe vom 2. April 2013 ihre Anträge an und verlangt neu die Abweisung der Beschwerde. Die Baukostenerhöhungen seien nicht nachvollziehbar und die nachgewiesenen Zahlungen stünden in keinem ersichtlichen Zusammenhang zu den geltend gemachten Baukostenbeiträgen. Sie könnten daher nicht als Nachweis für die ursprünglichen Anschaffungs- bzw. Herstellkosten akzeptiert werden.
N. Mit Stellungnahme vom 12. April 2013 bestreiten die Beschwerde­führerinnen die Aussagen der Vorinstanz. Indem sie die Zahlung aus dem Jahr 2006 erst in der Aufstellung der Baukostenbeiträge vom 1. Januar 2010 ausgewiesen hätten, werde gewährleistet, dass nur Anlagen berücksichtigt würden, die im Betrieb sind. Die Vorinstanz anerkenne in ihrer Praxis keine Kosten für Anlagen im Bau bis zu deren Inbetriebnahme. Indem nicht bestritten worden sei, dass eine Zahlung in der Höhe von etwas mehr als 200'000 Franken für die Unterstation Bassecourt erfolgt sei, sei der geltend gemachte Wertzuwachs in den Jahren 2008 und 2010 belegt. Zudem führe auch eine synthetische Bewertung der umstrittenen Anlagen zu vergleichbaren Werten. Sollten die eingereichten Belege nicht ausreichen, beantragen die Beschwerde­führerinnen die Edition der Belege für Baukostenabrechnungen von der Bernischen Kraftwerke AG bzw. deren Teil-Rechtsnachfolgerin BKW-Übertragungsnetz AG.
O. Die Vorinstanz betont in einer weiteren Stellungnahme vom 29. April 2013, sie anerkenne durchaus Kosten von Anlagen im Bau, sofern diese im Basisjahr bereits buchhalterisch erfasst worden seien. Einzig die Kosten von geplanten Anlagen anerkenne sie nie, weil diese weder bestehende Anlagen seien, noch deren Realisierung gesichert sei.
P. Die vorgenannte Stellungnahme veranlasst die Beschwerdeführerinnen am 13. Mai 2013 klarzustellen, dass sie selbst keine Anlagen bauten, sondern sich finanziell an Projekten ihrer Partner beteiligten. Die Rechnung aus dem Jahr 2006 sei unstrittig bezahlt worden und beziehe sich auf eine Anlage, die seit Ende 2009 fertiggebaut und im Betrieb sei.
Q. Mit Stellungnahme vom 10. September 2013 erläutern die Beschwerde­führerinnen die Umstrukturierungen der Beschwerdeführerin 1 vom 25. Juni 2013 und der dabei übertragenen Vermögenswerte und bestätigen, an der Beschwerde festzuhalten.
R. Am 28. November 2013 hat die Vorinstanz über die ITC-Mindererlöse in den Jahren 2010, 2011 und 2012 in teilweiser Wiedererwägung erneut verfügt und insbesondere festgestellt, dass der Beschwerdeführerin 2 für das Jahr 2012 keine ITC-Mindererlöse angelastet werden dürfen.
S. In ihrer Eingabe vom 15. Januar 2014 erklären die Beschwerde­führerinnen, dass durch die vorinstanzliche Wiedererwägung ihr Rechts­begehren 2.4 gegenstandslos geworden ist. Auch die Beschwerde­gegnerin vertritt in ihrer Stellungnahme 14. Januar 2004 die Ansicht, dass das Verfahren insofern gegenstandslos geworden ist. Im Hinblick auf die Kostenverlegung weist sie darauf hin, dass sie die Gegenstandslosigkeit nicht verursacht habe und in Bezug auf die übrigen Rechtsbegehren der Beschwerdeführerinnen gleichläufige Interessen habe.
T. Auf weitere Parteivorbringen und Dokumente, die sich in den Akten befinden, wird - sofern entscheidrelevant - in den nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Gemäss Art. 31 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (VGG, SR 173.32) beurteilt das Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968 (VwVG, SR 172.021). Die ElCom gehört zu den Behörden nach Art. 33 Bst. f VGG und ist daher eine Vorinstanz des Bundesverwaltungsgerichts. Eine Ausnahme nach Art. 32 VGG, was das Sachgebiet angeht, ist nicht gegeben. Demnach ist das Bundesverwal­tungsgericht für die Beurteilung der erhobenen Beschwerde zuständig (vgl. auch Art. 23 des Stromversorgungsgesetzes vom 23. März 2007 [StromVG, SR 734.7]).
1.2 Die angefochtene Verfügung vom 12. März 2012 (inkl. der Wiedererwägung vom 16. April 2012) enthält unterschiedliche Teile: In Dispositiv-Ziffer 1 werden die Arbeits-, Leistungs- und Grundtarife für die Netznutzung der Netzebene 1 auf bestimmte Beträge abgesenkt; das Bundesgericht hatte eine für das Jahr 2009 verfügte Absenkung (still­schweigend) als Endentscheid qualifiziert (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.1 und E. 1.5, nicht publiziert in: BGE 138 II 465 und Urteile des Bundesgerichts 2C_450/2012 vom 27. März 2013 E. 1.4 und 2C_412/2012 vom 27. März 2013 E. 1.4 je mit Hinweis). Nach den Anordnungen über die Anwendung des vorsorglich verfügten Tarifs (Dispositiv-Ziffer 2) und zur Behandlung der daraus entstehenden Differenzen (Dispositiv-Ziffer 3) hat die Vorinstanz ferner über die Einnahmen aus marktorientierten Zuteilungs­verfahren verfügt (Dispositiv-Ziffer 4), wobei die Aufstellung der tatsächlichen Einnahmen und Kosten von der Beschwerdegegnerin bis am 30. Juni 2013 zur Genehmigung einzureichen war, ebenso ein Antrag betreffend Deckung allfälliger weiterer Kosten.
1.2.1 Verfügungen, mit denen Tarife (soweit es sich nicht um Erlasse im Sinne von Art. 82 Bst. b des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110] handelt) festgelegt bzw. genehmigt oder allenfalls abgeändert werden, gelten grundsätzlich als Endverfügungen (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2C_450/2012 vom 27. März 2013 E. 1.4.2, 2C_412/2012 vom 27. März 2013 E. 1.4.2 und 2C_572/2012 vom 27. März 2013 E. 3.4.2, je mit Hinweisen). Indessen hatte das Bundes­gericht die Verfügungen betreffend die Kosten und Tarife für die Nutzung der Netzebene 1 in den Jahren 2009 und 2010 insofern als Zwischenentscheide eingestuft, als die Vorinstanz die Kosten für System­dienstleistungen erst provisorisch festgelegt hatte und die tatsächlichen Kosten zu einem späteren Zeitpunkt genehmigen und den definitiven Tarif festlegen wollte (vgl. hierzu Urteil des Bundes­verwaltungsgerichts A 2876/2010 vom 20. Juni 2013 E. 1.2.2).
1.2.2 Im Gegensatz zur Kosten- und Tarifverfügung aus dem Jahr 2009 enthält der verfügte Tarif 2012 keinen derartigen Vorbehalt und stellt daher - jedenfalls in Bezug auf die angefochtenen Dispositiv-Ziffern 1, 3 und 5 und insbesondere in Bezug auf die strittigen anrechenbaren Vermögenswerte und Kosten der Beschwerdeführerinnen - einen definitiven Entscheid dar. Die einzelnen Zahlungen bzw. Vergütungen gestützt auf den Tarif sind daher keine blossen Akontozahlungen. Die Vorinstanz wird demnach auch nicht mehr von sich aus in einem späteren Verfahren auf diesen Teil der Verfügung, d.h. die Kosten und Tarife 2012, die Auszahlungsmodalitäten und ihre eigenen Verfahrenskosten zurückkommen, weshalb eine Endverfügung vorliegt. Die vorliegende Beschwerde richtet sich demzufolge gegen eine Endverfügung und braucht nicht die besonderen Voraussetzungen für die Anfechtung einer Zwischenverfügung nach Art. 45 f. VwVG zu erfüllen.
1.3 Zur Beschwerde ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat, durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat (Art. 48 Abs. 1 VwVG).
1.3.1 Die ursprüngliche Beschwerdeführerin 1 hatte als beteiligte Partei am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Als Eigentümerin von Anlagen des Übertragungsnetzes war sie durch die angefochtene Verfügung besonders betroffen und durch die Nichtanerkennung gewisser Kosten und durch die ihr auferlegten Verfahrenskosten materiell beschwert. Sie existiert heute jedoch nicht mehr. Mit Eintrag ins Tagesregister des Handelsregisters vom 15. Januar 2013 verlegte sie ihren Sitz nach Laufenburg mit Domiziladresse bei der Beschwerde­gegnerin und änderte ihre Firma auf Übertragungsnetz Basel/Laufenburg AG (vgl. Schweizerisches Handelsamtsblatt [SHAB] vom 18. Januar 2013). Mit Eintrag ins Tagesregister vom 25. Juni 2013 änderte sie ihre Firma in IWB NE1 AG und spaltete einen Teil ihrer Aktiven im Betrag von Fr. 154'000.- in die gleichentags gegründete neue Gesellschaft Übertragungsnetz Basel/Laufenburg AG; Passiven wurden dabei keine übernommen (SHAB vom 28. Juni 2013). Übertragen wurde der neu gegründeten Übertragungsnetz Basel/Laufenburg AG unter dem Titel Eventualforderungen insbesondere eine nicht bewertbare Forderung im Verfahren A 2222/2012 vor dem Bundesverwaltungsgericht, bei dem die übertragende Gesellschaft Anspruchstellerin für die Forderung auf bezifferte höhere anrechenbare Kosten für das Tarifjahr 2012 zuzüglich Zins sowie für die Forderung auf höhere Deckungsdifferenzen für das Jahr 2010 für den noch nicht ausbezahlten Teil eines bezifferten Betrages zuzüglich Zinsen sowie ElCom-Gebühren von Fr. X'XXX.- ist. Mit Tagesregistereintrag vom 28. Juni 2013 gingen die der IWB NE 1 AG verbleibenden Aktiven und Passiven mittels Fusion auf die Beschwerdegegnerin über, womit die Beschwerdeführerin unter­gegangen ist (SHAB vom 3. Juli 2013).
1.3.2 Die Rechtsnachfolge infolge Umstrukturierung wie Abspaltung oder Fusion, die eine Universalsukzession bewirkt, gilt nicht als Parteiwechsel, der nur unter bestimmten Voraussetzungen zulässig ist (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2C_895/2008 vom 9. Juni 2009 E. 1.1 und 4C.385/2005 vom 31. Januar 2006 E. 1.2.1 f. mit Hinweisen; vgl. auch BVGE 2012/23 E. 2.4.2.1). Dabei findet Art. 17 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess (BZP, SR 273) i.V.m. Art. 4 VwVG gemäss ständiger bundesverwaltungsgerichtlicher Recht­sprechung Anwendung (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts B 4818/2010 vom 23. Mai 2011 E. 1.2, B-1611/2007 vom 7. Oktober 2008 E. 1, Zwischenentscheid des Bundesverwaltungsgerichts B-6135/2007 vom 30. Januar 2008 E. 2.1 mit Hinweis und auch VPB 68 (2004) Nr. 21 E. 1c). Demgemäss gilt neben der Rechtsnachfolge auf Grund einer Gesamtnachfolge auch die Rechtsnachfolge kraft besonderer gesetz­licher Bestimmungen nicht als Parteiwechsel. Art. 33 Abs. 4 StromVG, welcher festhält, dass die Elektrizitätsversorgungsunternehmen bis spä­testens fünf Jahre nach Inkrafttreten des StromVG das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene auf die nationale Netzgesellschaft überführen, stellt eine solche besondere gesetzliche Bestimmung dar, die eine Rechtsnachfolge regelt; zudem wurde vorliegend eine Abspaltung nach dem Fusionsgesetz vorgenommen. Somit kann die neue Gesellschaft Übertragungsnetz Basel/Laufenburg AG, die die hier strittigen Forderungen übernommen hat, das Verfahren weiterführen und wird nachfolgend, der Einfachheit halber, als Beschwerdeführerin 1 bezeichnet.
Als Eigentümerin von Anlagen des Übertragungsnetzes ist die Beschwerde­führerin 1 durch die angefochtene Verfügung besonders betroffen bzw. materiell beschwert.
1.3.3 Die Beschwerdeführerin 2 - deren Legitimation die Vorinstanz bezüglich der anrechenbaren Kosten des Übertragungsnetzes bestreitet - macht geltend, als Vertragspartei mehrerer sog. long term contracts (LTC) beschwert zu sein, weil sich aus der Begründung ergebe, dass die Vorinstanz ihr - entgegen ihrem Antrag - angebliche Mindererlöse aus dem Internationalen Transit Kostenausgleich (ITC) in Rechnung stelle. Sie sieht zudem ihre eigenen Rechte beeinträchtigt, weil die Vorinstanz die "regluatorischen Werte", fortgeführt per 31. Dezember 2012 auch für die Überführung des Übertragungsnetzes auf die Beschwerdegegnerin angewandt wissen wolle. Gemäss Rechtsprechung genügt es für die Bejahung der Zulässigkeit einer Beschwerde, wenn zumindest ein Beteiligter legitimiert ist, insbesondere wenn die Beschwerdeführenden gemeinsam auftreten (vgl. Urteil des Bundes­gerichts vom 7. September 1998 E. 2, publiziert in: Schweizerisches Zentralblatt für Staats- und Verwaltungsrecht [ZBl] 101/2000 S. 83 ff.; Urteile des Bundesverwal­tungsgerichts A 2836/2012 vom 17. Juni 2013 E. 2 und A-1156/2011 vom 22. Dezember 2011 E. 1.1). Es kann daher offen bleiben, ob die Beschwerdeführerin 2 alle Voraussetzungen zur Beschwerdeführung erfüllt.
1.4 Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 50 und 52 VwVG).
2. Mit dem Rechtsbegehren 2.4 beantragen die Beschwerdeführerinnen die Feststellung, dass der Beschwerdeführerin 2 keine Mindererlöse aus dem ITC-Mechanismus in Rechnung gestellt werden dürfen. Am 28. November 2013 hat die Vorinstanz eine Endverfügung zur Kostentragungspflicht für ITC-Mindererlöse in den Jahren 2010, 2011 und 2012 erlassen und in deren Dispositiv-Ziffer 2 ausdrücklich festgehalten, dass der Beschwerde­führerin 2 für das Jahr 2012 keine ITC-Mindererlöse angelastet werden dürfen. Dadurch ist das Rechtsbegehren 2.4 der Beschwerdeführerinnen gegenstandslos geworden, was im Übrigen von den Beschwerdeführe­rinnen und der Beschwerdegegnerin bestätigt worden ist. Das Verfahren ist daher insoweit abzuschreiben (vgl. Art. 58 Abs. 3 VwVG; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungs­gericht, 2. Aufl. Basel 2013, Rz. 3.207, 3.211 und 3.224). Über die Auswirkungen auf die Kostenverlegung und Parteientschädigung ist in den entsprechenden Erwägungen zu befinden.
3. Das Bundesverwaltungsgericht überprüft die bei ihm angefochtenen Verfügungen und Entscheide grundsätzlich mit uneingeschränkter Kognition, das heisst auch auf eine allfällig unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts hin, ebenso auf Angemessenheit (Art. 49 VwVG). Die Vorinstanz ist keine gewöhnliche Vollzugsbehörde, sondern eine verwaltungsunabhängige Kollegialbehörde mit besonderen Kompe­tenzen (Art. 21 und 22 StromVG). Als Fachorgan ist sie Regulierungs­instanz mit besonderer Verantwortung. Dies rechtfertigt eine gewisse Zurückhaltung des Bundesverwaltungsgerichts bei der Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides. Es befreit das Bundesverwaltungsgericht aber nicht davon, die Rechtsanwendung auf ihre Vereinbarkeit mit Bundesrecht zu überprüfen. Sodann amtet die Vorinstanz in einem höchst technischen Bereich, in dem Fachfragen sowohl im Bereich der Stromversorgung als auch ökonomischer Ausrichtung zu beantworten sind. Ihr steht dabei - wie anderen Behördenkommissionen auch - ein eigentliches "technisches Ermessen" zu. In diesem Rahmen darf der verfügenden Behörde bei der Beurteilung von ausgesprochenen Fachfragen ein gewisser Ermessens- und Beurteilungsspielraum belassen werden, soweit sie die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte geprüft und die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend durchgeführt hat (vgl. BGE 133 II 35 E. 3, BGE 132 II 257 E. 3.2, BGE 131 II 13 E. 3.4, BGE 131 II 680 E. 2.3.2 mit Hinweisen; Urteil des Bundesverwaltungs­gerichts A-2606/2009 vom 11. November 2010 E. 4 mit Hinweisen; Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 2.155a).
4. Die Beschwerdeführerinnen rügen in verfahrensrechtlicher Hinsicht, die Vorinstanz habe gewisse von ihnen geltend gemachte und nachgewiese­ne Baukosten nicht als ursprüngliche Anschaffungs- bzw. Herstellkosten anerkannt und dadurch nicht nur das einschlägige Recht falsch angewandt, sondern zusätzlich das rechtliche Gehör verletzt, indem ihre Parteivorbringen nicht berücksichtigt worden seien.
4.1 Die Vorinstanz entgegnet, sie habe sich mit den geltend gemachten Kosten auseinander gesetzt und dargelegt, weshalb sie nicht alle anerkannt habe. Demnach habe sie das rechtliche Gehör nicht verletzt. Sie habe nur Kapitalkosten in der Form von kalkulatorischen Abschrei­bungen und Zinsen akzeptiert, wenn die entsprechende Anlage aktiviert worden sei. Andernfalls seien diese bereits über die Betriebskosten in Rechnung gestellt worden. Ein Anhang zu einem Vertrag mit Gültigkeit ab 1. Januar 2010 sei zudem kein genügender Nachweis von Baukosten, vielmehr müssten Originalverträge aus den Erstellungsjahren der Anlagen oder originale Rechnungsbelege der Baukosten als Nachweis vorgelegt werden.
4.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist in Art. 29 Abs. 2 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101) als selbständiges Grundrecht verankert. Für das Bundesverwaltungsverfahren ist der Grundsatz in Art. 29 ff. VwVG präzisiert und umfasst unter anderem das Recht der Parteien auf vorgängige Anhörung und Äusserung (Art. 30 Abs. 1 VwVG) sowie das Recht, dass die verfügende Behörde von diesen Äusserungen auch Kenntnis nimmt und sich damit auseinandersetzt (Art. 32 VwVG). Ob im konkreten Fall die Äusserung einer Partei zur Kenntnis genommen worden ist, lässt sich regelmässig nur anhand der Verfügungsbegründung beurteilen, weshalb sich eine allfällige Missachtung von Art. 32 VwVG häufig in einer Verletzung der Begründungspflicht gemäss Art. 35 VwVG äussert (Bernhard Waldmann/Jürg Bickel, in: Praxiskommentar VwVG, Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Zürich 2009, Art. 32 N 21). Die Begründungspflicht ist in Art. 35 VwVG festgehalten, wobei nicht näher definiert wird, welchen Anforderungen eine Begründung im Einzelnen zu genügen hat. Die Anforderungen sind vielmehr unter Berücksichtigung aller Umstände des Einzelfalles sowie der Interessen der Betroffenen festzulegen. Die Begründung muss jedenfalls so abge­fasst sein, dass die Betroffenen den Entscheid sachgerecht anfechten können. Dies ist nur möglich, wenn sich die Parteien über dessen Tragweite ein Bild machen können. Die Gerichtspraxis verlangt nicht, dass sich eine verfügende Behörde ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzt. Sie kann sich vielmehr auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichts­punkte beschränken. Erforderlich ist aber stets eine Auseinandersetzung mit dem konkret zu beurteilenden Sachverhalt. Erwägungen allgemeiner Art ohne Bezugnahme auf den Einzelfall genügen nicht. Im konkreten Fall sind jeweils insbesondere folgende Kriterien zu berücksichtigen: Eingriffsschwere, Stellung der verfügenden Behörde innerhalb des Instanzenzugs, Komplexität, Ent­scheidungsspielräume der Behörde, gesellschaftliche Relevanz, Vor­bringen der Verfahrensbeteiligten, Geheimhaltungsinteressen, gewisse Richtigkeitsvermutung und Massenverwaltung (BGE 134 I 83 E. 4.1, BGE 133 III 439 E. 3.3, Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 2606/2009 vom 11. No­vember E. 5.5; Lorenz Kneubühler, in: Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [Kommentar VwVG], Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], Zürich/St. Gallen 2008, Rz. 6 ff. zu Art. 35 mit weiteren Hinweisen).
4.3 Die Vorinstanz hat einerseits in ihrer Verfügung vom 12. März 2012 dargelegt, aus welchen Gründen sie gewisse Werte nicht anerkennt, insbesondere ab Randziffer 108. Anderseits hat sie im individuellen Anhang gegenüber der Beschwerdeführerin 1 auf vier Seiten ausgeführt, welche konkreten Kürzungen sie bei ihr vorgenommen, bzw. was sie nicht anerkannt hat und führte zu einer Anlage aus, dass sie ein diesbezügliches Vorbringen aus der Stellungnahme berücksichtige. Angesichts dieser Begründung bestehen keine Hinweise, dass die Vorinstanz die Äusserungen der Beschwerdeführerinnen nicht zur Kenntnis genommen hat. Die Verfügung ist ferner hinsichtlich Aufbau und Begründungsdichte vergleichbar mit derjenigen aus dem Tarif­prüfungsverfahren 2009; jene wurde vom Bundesverwaltungsgericht u.a. im Urteil A 2606/2009 vom 11. November 2010 E. 5.5.7 als ausreichend begründet eingestuft. Es ist daher nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz das rechtliches Gehör der Beschwerde­führerinnen verletzt hat, weshalb sich diese Rüge als unbegründet erweist.
5. In materieller Hinsicht bringen die Beschwerdeführerinnen vor, die Vorinstanz habe die Bestimmungen zu den anrechenbaren Kosten, Art. 15 StromVG und Art. 13 StromVV falsch angewandt. Ob die Bau­kosten aktiviert worden seien oder nicht, spiele für deren Anerkennung keine Rolle und weder das StromVG noch die StromVV verlangten eine Aktivierung der Kosten. Es müsse genügen, dass die ursprünglichen Anschaffungs- bzw. Herstellkosten nachgewiesen werden, Buchwerte seien nicht massgebend. Dies gehe im Übrigen auch aus der Ent­stehungsgeschichte der Regelung der Netzbewertung hervor. Die Beschwerdeführerinnen beantragen daher die Aufhebung der Dispositiv-Ziffer 1 sowie die sie betreffenden Zeilen der Tabellen Nr. 2, 3, 4, 6 und 8 der angefochtenen Verfügung und die Neuverfügung der Tarife 2012 für die Netznutzung der Netzebene 1 unter Beachtung der anbegehrten Feststellungen, eventuell eine Anweisung an die Vorinstanz, die Tarife entsprechend neu zu verfügen.
5.1 In der Verfügung begründet die Vorinstanz ihre Haltung damit, dass sie Kapitalkosten nur anerkannt habe, wenn die Investitionen nicht bereits systematisch in Rechnung gestellt worden seien. Nicht aktivierte Kosten seien über die Betriebskosten finanziert worden. Das Bundesgericht sei in seinem Urteil 2C_222/2011 vom 3. Juli 2012 (E. 4.5.2) davon ausgegan­gen, dass Art. 13 Abs. 4 StromVV, wonach bereits in Rechnung gestellte Kosten abzuziehen sind, nur auf synthetisch ermittelte Werte anzuwenden sei. Art. 15 StromVG kenne nur zwei Arten von anrechen­baren Kosten, und zwar Betriebs- und Kapitalkosten; eine Position könne nur zu den einen oder anderen zählen. Nicht aktivierte Investitionen seien über die Betriebskosten finanziert worden. Zudem sei ein Netz nicht effizient betrieben, wenn den Endverbrauchern gewisse Kosten zweimal in Rechnung gestellt werden könnten. Nach den Regeln der Buchhaltung würden nicht aktivierte Kosten denn auch nicht abgeschrieben oder verzinst, weshalb nicht aktivierte Kosten keine Kapitalkosten verursachten.
5.2 Gemäss Art. 15 Abs. 3 StromVG müssen die Kapitalkosten auf der Basis der ursprünglichen Anschaffungs- beziehungsweise Herstellkosten der bestehenden Anlagen ermittelt werden. Der Bundesrat legt die Grundlagen zu deren Berechnung fest (Art. 15 Abs. 4 Bst. a StromVG); dies hat er mit dem Erlass von Art. 13 StromVV umgesetzt. Als Anschaffungs- bzw. Herstellkosten gelten nur die Baukosten der entsprechenden Anlage (Art. 13 Abs. 2 Satz 2). Art. 13 Abs. 4 StromVV regelt die Berechnung der Kapitalkosten, wenn die Baukosten ausnahmsweise nicht mehr festgestellt werden können (sog. synthetische Bewertung). Im Streit stehen historische belegte Kosten, nicht solche, die nach der synthetischen Methode im Sinne von Art. 13 Abs. 4 StromVV ermittelt worden sind. Wie das Bundesgericht im Urteil 2C_222/2011 vom 3. Juli 2012 in E. 4.5.2 festgehalten hat, können bereits in Rechnung gestellte Kosten gemäss Art. 13 Abs. 4 StromVV höchstens dann abgezogen werden, wenn es sich hierbei um synthetisch ermittelte Kos­ten im Sinne dieser Bestimmung handelt. Weiter hat das Bundesgericht entschieden, dass das StromVG Aufwertungen zulässt und die (bisherige) buchhalterische Behandlung von Anlagen für die Ermittlung der Anlagerestwerte und damit für die anrechenbaren Kapitalkosten nicht massgebend ist. Mit dem StromVG wurde erstmals eine Regelung einge­führt, die die Trennung von Netzbetrieb und Strom­erzeugung bzw. handel (Art. 10 und 33 Abs. 1 StromVG) und damit auch der Netz- und Energiekosten vorsieht. Zuvor hatten die Elektrizitätswerke die Netz­nutzung zumeist nicht gesondert ausgewiesen, sondern einen Tarif angewandt, der sämtliche Kosten umfasste (vgl. BGE 138 II 465 E. 4.1). Mit dieser Neuerung hatte der Gesetzgeber auch zu bestimmen, wie das Übertragungsnetz zu bewerten, wie die Kosten zu ermitteln und wie darüber Rechnung zu stellen ist. Dies hat er mit Art. 15 Abs. 3 StromVG getan und sich ausdrücklich für die ursprünglichen Anschaffungs- bzw. Herstellkosten als Berechnungsgrundlage entschieden und sich damit sowohl gegen die Buchwerte als auch gegen die Verkehrswerte ausgesprochen (vgl. BGE 138 II 465 E. 4.6.2 mit Hinweisen). Vermag eine Netzeigentümerin demnach historische Baukosten zu belegen, sind diese anzuerkennen, unabhängig davon, wie diese früher in der Buchhaltung behandelt worden sind.
5.3 Demzufolge kann die Vorinstanz die von den Beschwerdeführerinnen geltend gemachten Kosten nicht mit dem Hinweis auf eine unterbliebene Aktivierung aberkennen. Zu prüfen bleibt daher, ob die Kosten genügend nachgewiesen sind.
6. Die Vorinstanz hat nur die Kosten von Anlagen, die seinerzeit von der damaligen Bernischen Kraftwerke AG erstellt worden sind, nicht vollum­fänglich anerkannt. An diesen Anlagen hat die Beschwerdeführerin 1 anteils­mässige Eigentums- oder Nutzungsrechte inne. Die Beschwerde­führerinnen machten geltend, deren Baukosten mittels des Anhanges 1 zu einem Nutzungsrechtsvertrag, der ab 1. Januar 2010 gültig ist, nachzuweisen. Es bestünden keine separaten Verträge aus den Erstellungsjahren, vielmehr seien Aktualisierungen der Beilage zum Vertrag zwischen den Partnern vorgenommen worden, die jeweils die bekannten Gesamtbaukosten festhielten. Diese seien bei der letzten Vertragsanpassung, die das neue StromVG erforderlich machte, erneut nachgeführt und als Anhang I dem Vertrag beigefügt worden. Die so dokumentierten Baukostenabrechnungen gäben ein umfassendes Bild über die Investitionen der Vergangenheit und damit über die ursprünglichen Anschaffungs- und Herstellkosten der betreffenden Anlagen.
6.1 Die Vorinstanz stellt in Frage, ob mit diesem Anhang Baukosten für Anlagen aus den Jahren 1952 bis 2010 genügend nachgewiesen werden können. Nach ihrer Auffassung müssten Originalverträge aus den Erstellungsjahren der Anlagen oder originale Rechnungsbelege der Baukosten eingereicht werden. Im Übrigen seien die von den Beschwer­deführerinnen zusätzlich eingereichten Abrechnungen nicht nachvoll­ziehbar; diese ergäben insbesondere nicht die geltend gemachten Kosten oder könnten nicht dem betreffenden Anlagenteil zugeordnet werden. Ferner stünden die geltend gemachten Baukostenbeiträge in keinem ersichtlichen Zusammenhang mit den tatsächlich erfolgten Zahlungen.
6.2 Die Beschwerdeführerinnen hatten der Vorinstanz zusätzlich zum "Bericht zu den Fragen des Fachsekretariats der Vorinstanz vom 14. November 2011" und dem "Erhebungsbogen K-1" noch ein Dokument mit geschwärzten Stellen eingereicht, das den Titel "Anhang 1 zum Nutzungsrechtvertrag [gefolgt von einer geschwärzten Stelle]" trägt (act. NN 166 bzw. Beschwerdebeilage 24). Aus dem letztgenannten Dokument geht hervor, dass es ab 01.01.2010 gültig ist, die "Ausgabe gültig ab 01.01.2007 ersetzt" und "Baukostenbeiträge und jährliche Nutzungsrecht­entschädigungen gemäss Art. 4 und Art. 6" auflistet. Es werden die von IW Basel mitbenützten Anlagen aufgeführt und bezeichnet mitsamt Angabe des Anteils von IWB sowie des Baukostenbeitrags, der Länge der Leitung und die pauschale Entschädigung, aufgeschlüsselt auf "Steuern (Versich.)", "Betriebs­kosten", "Pauschale Unterstat" sowie das auf Fr. 100.- gerundete Total. Wer ausser IW Basel Vertragspartei ist und wer das Dokument erstellt hat, geht aus dem eingereichten Dokument nicht hervor, bzw. ist abgedeckt. Zusammen mit der Replik vom 11. März 2013 reichten die Beschwerdeführerinnen als Beilage 63 den Vertag mitsamt Anhang 1 ungeschwärzt ein, sowie als Beilage 66 Rechnungs- und Zahlungsbelege für Baukostenbeiträge für die 220 kV Leitung Innertkirchen-Bickingen und das 220 kV-Feld Pieterlen der Unterstation Bassecourt. Der im Anhang 1 in der Spalte "Baukostenbeiträge" aufgeführte Betrag für die Leitung Innertkirchen-Bickingen entspricht bis auf eine Differenz von Fr. 4.90 dem Total aller im Erhebungsbogen K-1 in der Spalte 5b "Nennwert Neubewertung" mit dieser Anlagenbezeichnung ausgewiesenen Beträge, für die Leitung Innertkirchen-Wimmis stimmt das Total aller so bezeichneten Anlagen im Erhebungsbogen K-1 in der Spalte 5b mit dem in Anhang 1 ausgewiesenen Betrag überein.
6.3 Die Beschwerdeführerinnen wollen insbesondere mit diesem Anhang die ursprünglichen Anschaffungs- bzw. Herstellkosten nachweisen. Weder das StromVG noch die StromVV äussern sich dazu, mit welchen Beweismitteln diese nachgewiesen werden können. Obwohl es keine gesetzliche Aufbewahrungspflicht von mehr als 10 Jahren für Belege gibt, gehen sowohl der Gesetz- wie auch der Verordnungsgeber davon aus, dass sich die ursprünglichen Anschaffungs- bzw. Herstellkosten in der Regel nachweisen lassen. Das Bundesgericht hatte in BGE 138 II 465 E. 6.2 festgehalten, es liege grundsätzlich nahe, den Anschaffungswert anhand historischer Belege (Bauabrechnungen usw.) zu ermitteln. Andere Nachweismöglichkeiten der Baukosten wurden jedoch nicht ausge­schlossen. Da eine sog. synthetische Bewertung im Sinne von Art. 13 Abs. 4 StromVV nur in Frage kommt, wenn sich die ursprünglichen Anschaffungs- bzw. Herstellkosten ausnahmsweise nicht mehr nachwei­sen lassen, muss es den Netzeigentümern möglich sein, die historischen Baukosten auch anderweitig als mit Bauabrechnungen nachzuweisen. Als solcher Nachweis kommt ein Nutzungsrechtsvertrag, mit dem sich die beteiligten Unternehmen die Baukosten nach einem bestimmten Schlüssel aufteilen, in Frage. Die Rechnungen für die Baukostenanteile, die das projektleitende Unternehmen den übrigen Beteiligten stellt, sind ebenso glaubwürdig, wie diejenigen der Bauunternehmen, die die Anlage erstellen. Da diese Rechnungen für die Buchhaltung der beteiligten Unternehmen bestimmt sind, kommt ihnen insbesondere Urkunden­qualität im strafrechtlichen Sinn zu; sie sind von Gesetzes wegen bestimmt und geeignet, rechtlich relevante Tatsachen zu beweisen (vgl. BGE 138 IV 130 E. 2.2.1 mit Hinweisen). Die Beschwerde­führerinnen hatten der Vorinstanz jedoch nicht diese Rechnungen vorgelegt, sondern einen Vertragsanhang aus dem Jahr 2012, der die Summe der Baukosten bis 2010 ausweisen soll. Aus dem der Vorinstanz eingereichten Anhang 1 ist nicht ersichtlich, wie diese berechnet sind, insbesondere, ob es sich um Anteile an den tatsächlich angefallenen ursprünglichen Baukosten, um wertberichtigte Angaben oder gar um pauschale Beiträge handelt. Aus dem von den Beschwerdeführerinnen zusammen mit der Replik als Beilage 59 eingereichten Vertrag vom 1. Oktober 1977 geht jedoch hervor, dass die in der Beilage 2 ausgewiesenen Baukostenbeträge "Anteile an den seinerzeitigen, bei Neuerstellung an den effektiven Erstellungskosten der Anlagen" umfassen und aufgrund der definitiven Bauabrechnungen erfolgen (Art. 8 und 12 des Vertrages). Weiter wird im Vertrag ausgeführt, dass die in der Beilage aufgeführten Baukosten bei Anlagever­änderungen, unter Berück­sichtigung möglicher Wertunter­gänge, jeweils dem neuesten Kostenstand angepasst werden. Diese Regelung wurde im Wesentlichen auch im Vertrag vom 31. Mai 2012 übernommen und die aktualisierten Baukosten im Anhang 1 ausgewie­sen, der die zuvor nachgeführte Beilage 2 ablöste. Zu beachten ist ferner, dass die Bauabrechnungen gemäss Vertrag der Beschwerdeführerin 2 zu übergeben waren (vgl. Beilage Nr. 59 der Beschwerdeführerin Art. 12 Ziffern 5 und 6), von ihr also kontrolliert werden konnten. Überdies bilden die Baukosten die Berechnungsgrundlage für die Entschädigung gewisser Betriebs- und Unterhaltskosten (vgl. Beilage Nr. 59 der Beschwerdeführerin Art. 9), weshalb anzunehmen ist, dass diese jeweils geprüft, allfällige Unstimmigkeiten erkannt, gerügt und korrigiert worden sind. Unter Würdigung all dieser Umstände kann der Anhang 1 grundsätzlich als Nachweis für die ursprünglichen Baukosten herangezogen werden.
6.4 Die Vorinstanz macht geltend, sie könne die in Nutzungsrechts­verträgen ausgewiesenen Kosten nur anerkennen, wenn die Zahlungen tatsächlich getätigt worden seien, es sich also nicht um Aufwertungen handle. Die von der Beschwerdeführerin 1 eingereichten Zahlungsbelege (Beilage 66) seien nicht nachvollziehbar und könnten die Differenzen in Bezug auf die Leitung Innertkirchen - Bickingen und auf die Unterstation Bassecourt zwischen der Beilage 2 zum Vertrag aus dem Jahr 1977 und dem Anhang 1 (Beilage 63) nicht erklären. Es bestehe kein ersichtlicher Zusammenhang zwischen den Zahlungen und den geltend gemachten Baukostenbeiträgen. So seien für die erwähnte Leitung in den Jahren 2008 bis 2010 Rechnungen in der Höhe von Fr. XX'XXX.- vorgelegt worden, während ein Wertzuwachs von Fr. 1XX'XXX.- geltend gemacht werde. Die Beschwerdeführerinnen entgegnen, in der Aufstellung der Baukosten­beiträge würden im Bau befindliche Anlagen - die von ihnen laufend mitfinanziert würden - nicht berücksichtigt, sondern erst wenn die Anlage im Betrieb sei. Aus diesem Grund sei auch eine Zahlung aus dem Jahr 2006 erst im Anhang 1 in der Fassung gültig ab 01.01.2010 berücksichtigt worden.
Aus den eingereichten Rechnungen (Beilage der Beschwerdeführerinnen Nr. 66) geht hervor, dass die Rechnung vom 14. Dezember 2006 eine Akontorechnung von Kosten für die Leitung Innertkirchen - Bickingen war, was auch auf der Schlussrechnung vom 14. April 2008 so ausgewiesen wird. Es erscheint nachvollziehbar und sachgerecht, erst die Schluss­rechnung, also erst die gesicherten anstelle provisorischer Zahlen, in die Zusammenstellung der Baukostenbeiträge, d.h. in den Anhang 1 zum Vertrag aufzunehmen. Demnach haben die Beschwerde­führerinnen Rechnungen in der Höhe von fast Fr. XXX'XXX.- für die strittige Leitung nachgewiesen. Aus den ebenfalls ins Recht gelegten Kontierungsbelegen ergibt sich ferner, dass diese Rechnungen nicht als pro-Forma-Rechnungen oder dergleichen behandelt, sondern als Urkunden in die Buchhaltung aufgenommen worden sind. Demnach besteht kein Hinweis für die Vermutung der Vorinstanz, dass es sich um Aufwertungen handeln könnte, vielmehr ist von zusätzlichen, bezahlten Kosten auszugehen.
6.5 Gemäss Art. 61 Abs. 1 VwVG entscheidet das Bundesverwaltungs­gericht in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück. Eine Rückweisung ist als Ausnahme insbesondere dann angezeigt, wenn die Vorinstanz infolge ihrer Kenntnisse als Fachbehörde zur Beurteilung besser geeignet erscheint (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 8233/2010 vom 27. Dezember 2011 E. 7.3; Philippe Weissenberger, Praxiskommentar VwVG, Art. 61 N 11 ff.). Die Vorinstanz hatte die Anlagewerte und die Abschreibungen nicht anerkannt und damit auch nicht im Detail geprüft. Aus dem eingereichten Anhang 1 zum Vertrag ist beispielsweise das Erstellungsjahr der betreffenden Anlagen nicht ersichtlich, dieses ist aber für die Berechnung und Prüfung der massgebenden Zeitwerte und der Abschreibungen bedeutsam. Ferner ist zu berücksichtigen, dass die Beschwerdeführerinnen zwar Rechnungen und Zahlungen nachgewiesen haben, diese Beträge jedoch höher sind als die geltend gemachten zusätzlichen Baukostenanteile. Es wird daher auch zu prüfen sein, ob die Baukostenanteile für die Leitung Innertkirchen - Bickingen und die Unterstation Bassecourt im geltend gemachten Umfang als ursprüngliche Anschaffungs- bzw. Herstellkosten anerkannt werden können. Diese Prüfungen erfordern Fachkenntnisse, die dem Bundes­verwaltungsgericht nicht in gleichem Masse zur Verfügung stehen wie der Vorinstanz. Es rechtfertigt sich daher, die Dispositiv-Ziffer 1 der angefochtenen Ver­fügung in Bezug auf die Beschwerdeführerin 1 aufzuheben und die Angelegenheit zur Prüfung der von ihr geltend gemachten zusätzlichen Anlagerestwerte, der daraus abgeleiteten Kapitalkosten sowie zur allfälligen Ergänzung der Sachverhaltsfeststellung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7. Mit den Rechtsbegehren 2.2 und 2.3 verlangen die Beschwerde­führerinnen die Anerkennung einer bezifferten Unterdeckung im Jahr 2010 und die Anrechnung eines Drittels davon an die anrechenbaren Netzkosten sowie eines höheren Nettoumlaufvermögens und höherer diesbezüglicher Verzinsungskosten. Die Unterdeckung ergebe sich aus den beantragten höheren Anlagerestwerten bzw. den höheren Kapital­kosten. Zum Nettoumlaufvermögen machen die Beschwerdeführerinnen geltend, auch dieses beruhe auf den Anlagenwerten und sei daher zu erhöhen. Überdies rügen sie, dass die Praxis der Vorinstanz, die als betriebsnotwendiges Nettoumlaufvermögen 1/24 des Jahresumsatzes definiert und dieses zu einem Zinssatz von 4,14 % verzinst, realitäts- und systemfremd sei und die Vorfinanzierung von Investitionen aber auch die jederzeitige sofortige Deckung ungeplanter Kosten verunmögliche.
7.1 Die Vorinstanz bestätigt, dass die Anlagenrestwerte per 31. Dezember 2010 sowohl für die Tarife 2012 als auch für die Deckungsdifferenzen 2010 massgebend sind. Sofern die für die Tarife 2012 massgebenden Anlagerestwerte zu korrigieren sind, seien auch die Deckungsdifferenzen aus dem Jahr 2010 entsprechend anzupassen. Zur Berechnung des Nettoumlaufvermögens weist die Vorinstanz auf Erwägung 9 des Urteils des Bundesgerichts 2C_25/2011 vom 3. Juli 2012 hin, wonach es nicht rechtswidrig sei, dass sie das Nettoumlaufvermögen präzisiere und nur einen halben Monatsumsatz als betriebsnotwendig erachte.
7.2 Nachdem das Rechtsbegehren zu den Anlagenrestwerten und Kapitalkosten insofern gutzuheissen ist, als die Angelegenheit zu neuer Prüfung und Neuberechnung der anrechenbaren Kosten an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind auch die Deckungsdifferenzen sowie das Nettoumlaufvermögen nochmals auf der Basis der neu festzusetzenden Anlagenrestwerte zu berechnen. Insofern sind die beiden Rechtsbegehren der Beschwerdeführerinnen ebenfalls gutzu­heissen und ist die Angelegenheit zur Neuberechnung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Soweit die Beschwerdeführerinnen überhaupt an ihrem Vorbringen zur grundsätzlichen Bemessung des betriebsnotwendigen Nettoumlaufvermögens festhalten und dieses höher festgesetzt haben möchten, erweist sich dieses als unbegründet: Gemäss Urteil des Bundesgerichts 2C_25/2011 vom 3. Juli 2012 ist es nämlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz dieses präzisiert und nur dasjenige eines halben Monatsumsatzes als betriebsnotwendig erachtet. Es darf berücksichtigt werden, dass die Beschwerdegegnerin ihre Zahlungs­pflichten gegenüber den Übertragungsnetzeigentümerinnen jeweils sofort nach Rechnungsstellung erfüllt, ohne die sonst häufige 30 tägige Zahlungsfrist abzuwarten. Dies umso mehr, als die Übertragungsnetz­eigentümerinnen kaum weitere wesentliche kurzfristige Forderungen ausstehend haben und daher auch die Liquidität der Beschwerdeführerin 1 gewahrt wird. Die Rügen zum Nettoumlaufvermögen erweisen sich daher in Bezug auf die Berechnungsgrundlage als berechtigt, hingegen sind sie unbegründet, soweit sie sich gegen die Praxis der Vorinstanz richtet, nur einen halben Monatsumsatz als betriebsnotwendig anzuerkennen.
8. Die Beschwerdeführerinnen beantragen ferner die Aufhebung der Dispositiv-Ziffer 3 mit Bezug auf die vorliegend strittigen anrechenbaren Kosten und verlangen die Auszahlung des Differenzbetrages unverzüglich nach rechtskräftiger Beurteilung des vorliegenden Beschwerdeverfahrens zuzüglich Zins zum im Zeitpunkt der Urteilsfällung geltenden Zinssatz gemäss Art. 13 Abs. 3 StromVV ab 1. Januar 2012. Sie betonen, dass sie eine Auszahlung der Differenz verteilt auf 3 Jahre, wie dies für die Deckungsdifferenzen vorgesehen sei, und den damit verbundenen Fälligkeitsaufschub nicht akzeptierten. Mit der rechtskräftigen Beurteilung würde die im Streit liegende Forderung sofort und im ganzen Betrag fällig. Die Forderung komme wirtschaftlich der Beschwerdeführerin 2 zu und sei deshalb an sie auszuzahlen.
8.1 Die Vorinstanz entgegnet, im Bereich der Tarife der Netzebene 1 könnten sehr grosse Deckungsdifferenzen entstehen, diese seien in der Regel über drei aufeinander folgende Kalkulationsperioden zu verteilen. Sofern die Beschwerdegegnerin mehreren Übertragungsnetzeigentümern grosse Deckungsdifferenzen auf einmal zurückzahlen müsste, könne es zu Tarifschwankungen kommen. Grundsätzlich sei aber nichts gegen eine Ausbezahlung der gesamten Deckungsdifferenz eines Tarifjahres an einen Übertragungsnetzeigentümer einzuwenden, wenn dies explizit beantragt werde. Für die Verzinsung sei der Zinssatz gemäss Art. 13 Abs. 3 StromVV massgebend.
8.2 Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung des Rechts­begehrens 3 jedenfalls in Bezug auf die Zinspflicht. Einerseits bezweifelt sie, dass dieses Rechtsbegehren vom Streitgegenstand der angefoch­tenen Verfügung erfasst werde, handle es sich doch um eine Verfügung betreffend Kosten und Tarife; es würden einzig die Tarife gestützt auf die von der Vorinstanz anerkannten anrechenbaren Betriebs- und Kapital­kosten festgelegt. Sie könne durch die Beschwerdeerhebung nicht in Verzug gesetzt werden; sie könne und dürfe nämlich frühestens nach dem Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids höhere Vergütungen an die Netzeigentümer ausrichten als sie in Anhang 8 der angefochtenen Verfügung festgelegt worden seien. Vor dem Eintritt einer Zahlungspflicht könne kein Verzug eintreten, zumal die Höhe der anrechenbaren Kosten behördlich festgelegt worden sei.
8.3 Streitgegenstand eines Beschwerdeverfahrens kann nur sein, was Gegenstand der vorinstanzlichen Verfügung war oder nach richtiger Gesetzesauslegung hätte sein sollen (Anfechtungsobjekt). Gegenstände, über die die Vorinstanz nicht entschieden hat und über die sie nicht zu entscheiden hatte, sind aus Gründen der funktionellen Zuständigkeit durch die zweite Instanz nicht zu beurteilen (Urteile des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 2.1, 2C_642/2007 vom 3. März 2008 E. 2.2; statt vieler: BVGE 2010/12 E. 1.2.1). Der Streitgegenstand wird zudem durch die Parteianträge definiert und braucht mit dem Anfech­tungsobjekt nicht übereinzustimmen. Er darf sich im Laufe des Beschwerdeverfahrens nur verengen; er kann nicht erweitert oder qualitativ verändert werden (Urteil des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 2.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 1626/2010 vom 28. Januar 2011 E. 1.2.1). Was Streitgegenstand ist, bestimmt sich nach dem angefochtenen Entscheid und den Parteibegehren (BGE 133 II 35 E. 2).
8.4 Die Vorinstanz hat in Dispositiv-Ziffer 3 eine Regelung verfügt über den Umgang mit den Differenzen, die sich aus dem Unterschied zwischen dem vorsorglich verfügten Tarif, gestützt auf den die Beschwerdegegnerin im Jahr 2012 Zahlungen an die Übertragungsnetzeigentümerinnen geleistet hat (nicht angefochtene Dispositiv-Ziffer 2), und dem nach durchgeführtem Tarifprüfungsverfahren festgelegten Tarif ergeben. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern das Rechtsbegehren 3 der Beschwerde­führerinnen ausserhalb des Gegenstandes der Verfügung liegen sollte, verlangen sie doch die sofortige Auszahlung des Betrages an die Beschwerdeführerin 2, nachdem die im Streit liegende Forderung rechtskräftig beurteilt ist. Dies anstelle der verfügten Kompensation nach der Weisung über die Deckungsdifferenzen, was eine gestaffelte Auszahlung über drei Jahre bedeuten würde. Mithin beantragen die Beschwerdeführerinnen andere Modalitäten für die Auszahlung der Differenz zwischen den für das Tarifjahr 2012 tatsächlich geschuldeten und den ausbezahlten Beträgen. Es ist daher auch auf dieses Rechtsbegehren und die damit verbundenen Rügen einzutreten.
8.5 Die von der Vorinstanz festgestellten Anlagerestwerte bzw. ihre Kürzungen erweisen sich als rechtsfehlerhaft, weshalb die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen ist (vorne, E. 6). Die im Jahr 2012 erfolgten Zahlungen an die Beschwerdeführerin 1 beruhen gemäss Dispositiv-Ziffer 2 der angefochtenen Verfügung auf dem provisorischen Tarif, der am 9. Juni 2011 vorsorglich verfügt worden war. Diesem Tarif wiederum liegen die in der Tarifverfügung 2011 vom 11. November 2010 (Ref.: 952-10-017) anerkannten Kosten der Übertragungsnetzeigentümer zu Grunde (vgl. Rz. 55 der Verfügung vom 9. Juni 2011), wobei der Beschwerdeführerin 1 anrechenbare Netzkosten von insgesamt Fr. X'XXX'XXX.- anerkannt worden sind, während in der angefochtenen Verfügung unter Berücksichtigung der Deckungsdifferenzen 2009 und 2010 Fr. X'XXX'XXX.- anerkannt worden sind. Die anrechenbaren Kosten der Beschwerdeführerin 1 werden sich also im Rahmen der Neu­beurteilung erhöhen, wodurch auch die Differenz zunimmt. Demnach hat die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin zu wenig vergütet.
8.5.1 Das Entgelt für die Netznutzung darf gemäss Art. 14 Abs. 1 StromVG die anrechenbaren Kosten sowie die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen nicht übersteigen. In der Botschaft StromVG wird zu den anrechenbaren Kosten zunächst der Grundsatz festgehalten, dass das Netznutzungsentgelt von den stromverbrauchenden Endverbrau­chern zu zahlen ist (sog. Ausspeiseprinzip [BBl 2005 1652]). Weiter wird ausgeführt, dass vom Kostendeckungsprinzip ausgegangen wird. Sollte zum Ende einer Kalkulationsperiode festgestellt werden, dass die erhobenen Netznutzungsentgelte über den anrechenbaren Netzkosten sowie den Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen liegen, sei die entsprechende Differenz in der nachfolgenden Kalkulationsperiode kostenmindernd zu berücksichtigen (BBl 2005 1653). Dies wurde schliesslich mit Art. 19 Abs. 2 StromVV auf Verordnungsstufe geregelt. Art. 14 Abs. 3 Bst. a StromVG betont ferner, dass die Netznutzungstarife die von den Endverbrauchern verursachten Kosten widerspiegeln sollen.
8.5.2 Die Vorinstanz wendet Art. 19 Abs. 2 StromVV analog auch auf den Fall an, dass in einem Jahr die Netznutzungsentgelte unter den anrechenbaren Kosten lagen (vgl. Weisung 1/2012 der ElCom vom 19. Januar 2012/13. Juni 2013). Wie die Vorinstanz vorbringt, können sehr grosse Deckungsdifferenzen entstehen. Müsste die Beschwerde­gegnerin diese sofort begleichen, könnte deren Liquidität und damit die sichere Elektrizitätsversorgung gefährdet sein und damit gegen den Hauptzweck des Stromversorgungsgesetzes (Art. 1 Abs. 1 StromVG) verstossen. Aus diesen Gründen ist es sachgerecht und im Einklang mit dem Stromversorgungsgesetz, dass Deckungsdifferenzen in den kommenden Tarifperioden berück­sichtigt und auf diese Weise von den kostenpflichtigen Endverbrauchern getragen werden.
8.5.3 Durch den im Jahr 2012 anzuwendenden (provisorischen) Tarif werden nicht sämtliche anrechenbaren und von der Vorinstanz anerkannten Kosten der Beschwerde­führerin 1 gedeckt, was den Beteiligten spätestens ab dem Erlass der angefochtenen Verfügung bekannt war. Die Vorinstanz wendet nichts ein gegen die sofortige Auszahlung der gesamten Differenz an einen Eigentümer, der dies ausdrücklich beantragt. Indessen erscheint eine sofortige Auszahlung der Unterdeckung an einen einzigen Eigentümer unter dem verfassungs­rechtlichen Gleichbehandlungsgebot (Art. 8 Abs. 1 BV) als heikel. Gemäss diesem Grundsatz ist Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich zu behandeln, umgekehrt aber auch bestehenden Ungleichheiten durch rechtlich differenzierte Behandlung Rechnung zu tragen (vgl. Jörg Paul Müller/Markus Schefer, Grundrechte in der Schweiz: im Rahmen der Bundesver­fassung, der EMRK und der UNO-Pakte, 4. Aufl., Bern 2008, S. 654 mit Hinweisen). Darüber hinaus haben direkte Konkurrenten einen besonderen Anspruch auf Gleichbehandlung, der sich aus der Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 Abs. 1 BV) ergibt; das Gemeinwesen hat sich gegenüber den am freien Markt direkt Konkurrierenden neutral zu verhalten. Selbst wenn eine Differenzierung sachlich begründet und damit nach Art. 8 Abs. 1 BV gerechtfertigt wäre, kann dies die Wirtschaftsfreiheit verletzen (Müller/Schefer, a.a.O., S. 1056). Die verschiedenen Eigen­tümer des Übertragungsnetzes sind offensichtlich direkte Konkurrenten, weshalb hoheitlich angeordnete, unterschiedliche Auszahlungsfristen eine verfassungswidrige Ungleichbehandlung dar­stellen würden. Die Differenz zwischen dem provisorischen Tarif und demjenigen gemäss Verfügung vom 12. März 2012 einschliesslich der Wiedererwägung vom 16. April 2012 beträgt insgesamt Fr. 10'861'400.- (Differenz beim Leistungstarif: Fr./MW 24'900 - Fr./MW 23'500 = Fr./MW 1'400 x Leistung von 7'315 MW = Fr. 10'241'000 [vgl. Verfügung Erwägung 3.2 und 4 sowie Wiederer­wägungsverfügung Erwägung 4]; Differenz Grundtarif: Fr./Ausspeise­punkt 229'700 - Fr./Ausspeisepunkt 225'000 = Fr./Ausspeisepunkt 4'700 x 132 Ausspeisepunkte = Fr. 620'400; insgesamt Fr. 10'861'400 [vgl. Verfügung Erwägung 3.3 und 4]). Durch die zusätzliche Anerkennung weiterer Netzkosten für das Jahr 2012 durch die Gerichte erhöht sich diese Differenz. Eine Verpflichtung der Beschwerdegegnerin zur sofortigen Auszahlung all dieser Differenzen wäre gesetzwidrig, würde sie doch deren Liquidität offensichtlich gefährden und damit auch die zuverlässige und nachhaltige Versorgung mit Elektrizität, die mit dem Stromversorgungsgesetz bezweckt wird. Der Antrag auf unverzügliche Auszahlung der Unterdeckung ist daher abzuweisen. Es bleibt der Beschwerdegegnerin selbstverständlich unbenommen, den Betrag vorzeitig, d.h. nach Rechtskraft dieses Urteils, auszuzahlen, soweit sie dies als wirtschaftlich sinnvoll und tragbar erachtet. Nachdem bereits im Zusammenhang mit der Beschwerdelegitimation festgestellt worden ist, dass die hier strittige Forderung an die (neue) Beschwerdeführerin 1 mittels Universalsukzession übergegangen ist (vgl. vorne, E. 1.3.2), ist diese an sie auszuzahlen.
8.6 Damit bleibt noch die Frage der Verzinsung zu klären. Die Beschwerdeführerinnen verlangen die Verzinsung ihres Guthabens ab 1. Januar 2012, während die Beschwerdegegnerin eine Zinszahlungs­pflicht auf dem Differenzbetrag bestreitet. Die Vorinstanz hat sich in ihrer Verfügung nicht ausdrücklich dazu geäussert. Sie hat jedoch in Dispositiv-Ziffer 3 angeordnet, dass die Differenz nach ihrer Weisung 1/2012 zu behandeln sei; diese wiederum sieht die Verzinsung des Saldos mit dem jeweils gültigen Zinssatz vor. Auch wenn sich das Dispositiv nicht zur Verzinsung äussert, ist somit implizit davon auszugehen, dass der Betrag verzinst wird. Da es sich bei der Differenz um anerkannte notwendige Vermögenswerte handelt, sind diese gemäss Art. 15 Abs. 3 Bst. b StromVG kalkulatorisch zu verzinsen, d.h. mit dem in Art. 13 Abs. 3 Bst. b StromVV definierten Zinssatz. Die von der Vorinstanz in ihrer Eingabe vom 25. Februar 2013, Rz. 25 hierzu geäusserte Auf­fassung lässt, zusammen mit der dortigen Tabelle, auf eine Verzinsung ab 1. Januar 2012 schliessen, wird doch für das Tarifjahr 2012 ein ganzer Jahreszins anerkannt. Die Beschwerde­führerinnen haben sich im Übrigen in ihrer Stellungnahme vom 11. März 2013 mit der dargelegten Verzinsung einverstanden erklärt. Demnach ist im Ergebnis weder die Auffassung der Vorinstanz zur Verzinsungsfrage noch die Dispositiv-Ziffer 3 der angefochtenen Verfügung zu beanstanden.
8.7 Zusammenfassend ist die Anordnung, wonach die Differenz zwischen den Zahlungen, die gestützt auf den provisorischen Tarif 2012 an die Beschwerdeführerin 1 geleistet worden sind, und dem neu zu berechnen­den tatsächlich geschuldeten Betrag grundsätzlich im Verfahren betreffend die Deckungsdifferenzen auszugleichen ist, nicht zu bean­standen.
9. Schliesslich rügen die Beschwerdeführerinnen die von der Vorinstanz auferlegten Kosten in der Höhe von Fr. X'XXX.- als überhöht. Der Hauptaufwand sei durch deren abrupte Praxisänderung zu den Deckungsdifferenzen entstanden. Es sei daher von einer Kosten­auferlegung an die Beschwerdeführerin 1 abzusehen.
Die Vorinstanz hatte die Gesamtgebühr anhand des angefallenen Aufwandes ermittelt und stützte sich dabei auf Art. 3 Abs. 2 der Verordnung vom 22. November 2006 über Gebühren und Aufsichts­abgaben im Energiebereich (GebV-En, SR 730.05). Die Gesamtgebühr setzte sie auf Fr. 269'300.- fest und auferlegte davon 10 % der Beschwerdegegnerin. Weiter hat sie allen Übertragungsnetzeigentümern je Fr. 865.- für die Prüfung der Deckungsdifferenzen auferlegt und den Rest den einzelnen Netzeigentümern im Verhältnis der Reduktion der anrechenbaren Netzkosten. Dabei hat sie der Beschwerdeführerin 1 zusätzlich zu den Fr. 865.- noch weitere Fr. X'XXX.- als Verfahrens­kosten auferlegt.
Bereits im Kosten- und Tarifprüfungsverfahren für das Jahr 2009 hatte die Vorinstanz den auf die Übertragungsnetzeigentümer entfallenden Anteil der Verfahrenskosten im Verhältnis der Reduktion der anrechenbaren Netzkosten zu den bei der Beschwerdegegnerin eingereichten Netz­kosten auferlegt. An den von der ElCom für die reine Gebühren­berechnung angewendeten Grundsätzen und Berechnungsschritten hatte das Bundesverwaltungsgericht nichts auszusetzen, dieses Vorgehen vielmehr als sinnvoll und sachgerecht eingestuft (Urteile des Bundes­verwaltungsgerichts A 2606/2009 vom 11. November 2010 E. 18.3 f. und A 2654/2009 vom 7. Mai 2013 E. 11.1). Gleiches gilt auch für die Kostenverlegung im vorliegenden Verfahren.
Es ist kein Grund ersichtlich und wird auch nicht begründet, weshalb der Gebührenanteil für die Prüfung der Deckungsdifferenzen von Fr. 865.-, der allen Übertragungsnetzeigentümern auferlegt worden ist, wider­rechtlich, bzw. unangemessen sein soll. Die Regelung zur Erhebung von Verwaltungsgebühren durch die Vorinstanz findet sich in Art. 21 Abs. 5 StromVG. Diese Gebühren haben insbesondere die im Abgaberecht geltenden Grundsätze zu wahren, nämlich das Kostendeckungs- und das Äquivalenzprinzip (Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 2638 und 2641 f.). Indem der zeitliche Aufwand für die Prüfung der Deckungsdifferenzen erfasst und in Rechnung gestellt wird, ist das Kostendeckungsprinzip offensichtlich respektiert. Nach dem Äquivalenz­prinzip, das eine Konkretisierung des Verhältnismässigkeitsprinzips ist, muss die Höhe der Gebühr im Einzelfall in einem vernünftigen Verhältnis zum Wert der staatlichen Leistung bzw. deren Nutzen stehen (Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 2641 f.). Die festgestellten Deckungsdifferenzen der Beschwerdeführerin 1 umfassen mehrere zehntausend Franken. Es ist daher kein Missverhältnis zwischen dem Wert bzw. dem Nutzen dieser Feststellung und einer Gebühr von Fr. 865.- zu erkennen. Demnach ist dieser Gebührenanteil, d.h. Dispositiv-Ziffer 5 Satz 3, zu bestätigen.
Zu berücksichtigen ist jedoch, dass sich die Beschwerde gegen die vorinstanzliche Tariffestsetzung als berechtigt erweist, die Nicht­anerkennung der Werte gewisser Anlagen der Beschwerde­führerin 1 aufgehoben und die Angelegenheit an die Vorinstanz zu neuer Prüfung und Entscheidung zurückzuweisen ist (vgl. E. 3.7). Damit entfällt auch die Berechnungsgrundlage für diesen Teil der Gebühren. Im wieder von der Vorinstanz aufzunehmenden Verfahren wird sich ergeben, ob eine Kürzung gegenüber den Werten, die die Beschwerdeführerin gegenüber der Beschwerdegegnerin geltend gemacht hatte, vorzu­nehmen sein wird oder nicht. Gegebenenfalls wird daher die Vorinstanz auch über diesen Gebührenanteil neu zu verfügen haben, weshalb auch die Dispositiv-Ziffer 5 Satz 4 einschliesslich der Tabelle der ange­fochtenen Verfügung, soweit sie die Beschwerdeführerin 1 betrifft, aufzuheben und die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen ist.
10. Die Verfahrenskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (Art. 63 Abs. 1 VwVG). Keine Verfahrenskosten werden Vorin­stanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt (Art. 63 Abs. 2 VwVG). Wird ein Verfahren gegenstandslos, so werden die Verfahrenskosten in der Regel jener Partei auferlegt, deren Verhalten die Gegenstandslosigkeit bewirkt hat (Art. 5 Satz 1 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungs­gericht [VGKE, SR 173.320.2]). Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt bei einer Streitigkeit mit Vermögensinteresse Fr. 100.- bis Fr. 50'000.- (Art. 63 Abs. 4bis Bst. b VwVG und Art. 2 Abs. 1 sowie Art. 4 VGKE). Vorliegend handelt es sich um eine Streitigkeit mit Vermögensinteresse. Mit ihren Rechtsbegehren und Vorbringen machte die Beschwerdeführerin 1 für das Tarifjahr 2012 zusätzliche Kosten von etwas mehr als Fr. XXX'XXX.- geltend, die gesamten ITC-Mindererlöse schätzt die Vorinstanz in Rz. 231 ihrer Verfügung auf 7,2 Millionen Franken, wobei diese von 10 Unternehmen angeblich verursacht werden. Insgesamt ist daher davon auszugehen, dass vorliegend der Streitwert zwischen einer halben und einer Million Franken beträgt, womit gemäss Art. 4 VGKE ein Gebührenrahmen von Fr. 5'000.- bis Fr. 20'000.- zur Anwendung kommt. Sowohl der Umfang als auch die Komplexität des Falles sind im mittleren Bereich anzusiedeln. In Anwendung der erwähnten Kriterien werden die Verfahrenskosten daher auf Fr. 12'000.- festgesetzt.
Das für die Kostenverlegung massgebende Ausmass des Unterliegens hängt von den in der konkreten Beschwerde gestellten Rechtsbegehren ab. Abzustellen ist auf das materiell wirklich Gewollte. Zu berücksichtigen ist auch die Entwicklung der Rechtsbegehren während des Beschwerde­verfahrens (Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 4.43 f.). Die Rückweisung einer Sache an die Verwaltung zur erneuten Abklärung mit noch offenem Ausgang gilt in Bezug auf die Gerichtskosten und Parteientschädigung gemäss bundesgerichtlicher Praxis als Obsiegen (BGE 137 V 57). Soweit das Verfahren gegenstandslos geworden ist, wurde dies durch die Vorinstanz bewirkt, denn sie hat aus besserer Erkenntnis bzw. unter Berück­sichtigung der seit dem Erlass ihrer Verfügung ergangenen einschlägigen Rechtsprechung ihren Entscheid in Wiedererwägung gezogen (vgl. Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 4.56). Für diesen Teil des Verfahrens sind Fr. 3'000.- auszuscheiden. In Bezug auf die grundsätzliche Berechnung des betriebsnotwendigen Nettoumlaufvermö­gens und bezüglich eines Teils der vorinstanzlichen Verfahrenskosten unterliegen die Beschwerdeführerinnen, ebenso teilweise in Bezug auf die Auszahlungsmodalitäten der Differenzen. Es sind ihnen daher Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 2'000.- aufzuerlegen. Dieser Betrag ist mit dem geleisteten Kostenvorschuss zu verrechnen, die Differenz von Fr. 8'000.- ist den Beschwerdeführerinnen nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils zurückzuerstatten.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, ihr seien unabhängig vom Verfah­rensausgang keine Kosten aufzuerlegen und macht geltend, in Bezug auf die Rechtsbegehren 1 und 2.1 bis 2.3 gleichläufige Interessen wie die Beschwerdeführerinnen zu haben. Sie hat im vorliegenden Verfahren zu den anrechenbaren Kosten keine Anträge gestellt. In materieller Hinsicht ist sie als Partei einzustufen, deren Rechte und Pflichten vom Verfahrensgegenstand direkt betroffen sind. Auch wenn die Beschwerde­gegnerin ab 2013 Eigentümerin des Übertragungsnetzes wird und ab diesem Zeitpunkt ihre Kosten anerkannt haben will, ist nicht ersichtlich, inwiefern sie in Bezug auf die Kosten 2012 gleichgerichtete Interessen haben soll wie die Beschwerdeführerin 1. Vielmehr wird sie der Beschwerdeführerin zusätzliche Kosten zu vergüten haben, die sie bisher nicht den Netznutzern in Rechnung stellen konnte. Daran ändert auch nichts, dass sie eine gesetzlich festgelegte Aufgabe erfüllt und letztlich die Mehrausgaben nicht selbst tragen wird (vgl. ausführlich Urteil des Bundesgerichts 2C_435/2013 vom 18. Oktober 2013). Demnach sind ihr die restlichen Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 7'000.- aufzuerlegen. Dieser Betrag ist ihr nach Eintritt der Rechtskraft in Rechnung zu stellen.
11. Der ganz oder teilweise obsiegenden Partei ist von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zuzusprechen (Art. 64 Abs. 1 VwVG i.V.m. Art. 7 ff. VGKE). Bei nur teilweisem Obsiegen ist die Entschädigung ent­sprechend zu kürzen (Art. 7 Abs. 2 VGKE). Wird keine Kostennote eingereicht, so setzt das Gericht die Entschädigung aufgrund der Akten fest (Art. 14 Abs. 2 VGKE), wobei der Stundenansatz für Anwältinnen und Anwälte mindestens 200 und höchstens 400 Franken beträgt (Art. 10 Abs. 2 VGKE). Aus unerfindlichen Gründen haben die Beschwerde­führerinnen ihren Eingaben stets die zugehörigen Verfügungen des Bundesverwaltungsgerichts und teilweise Eingaben der übrigen Parteien als Beilage eingereicht. Diese Dokumente dürfen ohne weiteres als bei den Akten liegend und dem Gericht bekannt vorausgesetzt werden, weshalb insbesondere die Erstellung dieser Kopien nicht als notwendiger Aufwand anerkannt werden kann. Unter Berücksichtigung der verschiedenen Rechtsschriften, die im Verfahren einzureichen waren, des nur teilweisen Obsiegens und eines teilweise unnötigen Aufwandes wird die Parteientschädigung für die Beschwerdeführerinnen auf Fr. 18'000.- inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer festgesetzt. Die Beschwerdegegnerin ist nicht durch einen aussen­stehenden Anwalt vertreten, sie hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung. Auch die Vorinstanz hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 7 Abs. 3 VGKE).
Gemäss Art. 64 Abs. 2 und 3 VwVG ist die Parteientschädigung in erster Linie einer unterliegenden Gegenpartei aufzuerlegen, wenn sie sich mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat und leistungsfähig ist. Hat die Partei auf selbständige Anträge verzichtet, ist gemäss Rechtsprechung weiter zu berücksichtigen, ob dieser Verzicht auf das fehlende oder geringe Interesse an der Mitwirkung am Beschwerde­verfahren oder nur auf die Absicht zurückzuführen ist, sich der Entschädigungspflicht zu entschlagen. Liegt das Interesse der Gegen­partei am Verfahrensausgang auf der Hand, so darf bei der Entschä­digungsregelung von der Voraussetzung, dass diese ausdrücklich Antrag gestellt habe, abgesehen werden (BGE 128 II 90 E. 2c; Marcel Maillard, in: Praxiskommentar VwVG, Waldmann/Weissenberger (Hrsg.), Zürich 2009, Art. 64 N 49). Die Beschwerdegegnerin hat offen­sichtlich ein eigenes und erhebliches Interesse an der Klärung der aufgeworfenen Rechtsfragen und am Verfahrensausgang. Dieser beeinflusst insbesondere die Grundlagen ihrer künftigen Netznutzungs­tarife. Zudem ist sie mit ihrem Antrag zur Verzinsung unterlegen. Die Beschwerdegegnerin hat daher grundsätzlich für die der Beschwerde­führerin zuzusprechende Parteientschädigung aufzukommen. Davon auszunehmen ist der Anteil, der auf die Rüge zu den ITC-Mindererlösen entfällt: Gemäss Art. 15 VGKE gilt im Falle der Gegenstandslosigkeit für die Festsetzung der Parteientschädigung Art. 5 VGKE sinngemäss, ist also die Vorinstanz zu einer Parteientschädigung zu verpflichten, wenn sie aus besserer eigener Erkenntnis ihren Entscheid abgeändert hat (Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., S. 267 Rz. 4.72). Dies trifft hier zu, weshalb sie nicht nur die Gegenstands­losigkeit bewirkt hat, sondern insofern auch für die Parteientschädigung aufzukommen hat. Daher hat die Vorinstanz den Beschwerdeführerinnen Fr. 6'000.- als Partei­entschädigung auszurichten; die restlichen Fr. 12'000.- sind ihnen von der Beschwerdegegnerin zu vergüten.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Das Beschwerdeverfahren wird, soweit eine Feststellung beantragt wird, dass der Beschwerdeführerin 2 für das Jahr 2012 keine Mindererlöse aus dem ITC-Mechanismus in Rechnung gestellt werden dürfen, als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen und die Dispositiv-Ziffer 1 der angefochtenen Verfügung, soweit die Beschwerdeführerin 1 betreffend, aufgehoben und die Angelegenheit zur Prüfung und Neufestsetzung der anrechenbaren Kosten, der Unterdeckung sowie des betriebsnotwendigen Netto-Umlaufvermögens der Beschwerdeführerin 1 an die Vorinstanz zurückgewiesen. Dispositiv-Ziffer 5 Satz 4 einschliesslich der zugehörigen Tabelle wird aufgehoben, soweit sie die Beschwerdeführerin 1 betrifft und die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
3. Den Beschwerdeführerinnen werden Verfahrenskosten im Betrag von Fr. 2'000.- auferlegt. Diese werden mit dem geleistete Kostenvorschuss von Fr. 10'000.- verrechnet, der Rest von Fr. 8'000.- ist ihnen nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils zurückzuerstatten; hierzu haben sie dem Bundesverwaltungsgericht ihre Postkonto- oder Bankverbindung bekannt zu geben. Der Beschwerdegegnerin werden Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 7'000.- auferlegt. Dieser Betrag ist innert 30 Tagen nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils zugunsten der Gerichtskasse zu überweisen. Die Zustellung des Einzahlungsscheins erfolgt mit separater Post.
4. Die gemeinsame Parteientschädigung an die Beschwerdeführerinnen wird auf Fr. 18'000.- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) festgesetzt. Die Beschwerdegegnerin hat davon Fr. 12'000.-, die Vorinstanz Fr. 6'000.- zu leisten.
5. Dieses Urteil geht an:
- die Beschwerdeführerinnen (Gerichtsurkunde)
- die Beschwerdegegnerin (Gerichtsurkunde)
- die Vorinstanz (Ref-Nr. 952-11-018; Gerichtsurkunde)
- dem Generalsekretariat UVEK (Gerichtsurkunde)
Für die Rechtsmittelbelehrung wird auf die nächste Seite verwiesen.
Der vorsitzende Richter:
Der Gerichtsschreiber:
André Moser
Bernhard Keller
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden, sofern die Voraussetzungen gemäss den Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) gegeben sind. Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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