bvger · A-6331/2010 · 2012-02-03 · fr
A-6331/2010

Rapports de services de droit public de la Confédération (divers)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-6331/2010
Arrêt du 3 février 2012
Composition
Alain Chablais (président du collège),
André Moser, Kathrin Dietrich, juges,
Virginie Fragnière Charrière, greffière.
Parties
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), 1015 Lausanne,
représentée par Maître Alain Thévenaz, rue du Grand-Chêne 5, case postale 6852, 1002 Lausanne ,
recourante,
contre
A._______,
représenté par Maître Jean-Michel Dolivo, avocat, rue de Bourg 47/49, case postale 5927, 1002 Lausanne,
intimé,
Commission de recours interne des EPF, Gutenbergstrasse 31, case postale 6061, 3001 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Compensation du renchérissement 2009.
Faits :
A. Le 17 juillet 2005, l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) a engagé A._______ comme assistant-doctorant à l'Institut de (...) du 1er octobre 2005 au 30 septembre 2006. Elle a renouvelé le contrat de travail du précité d'année en année, à quatre reprises, jusqu'au 31 mars 2010 (selon l'attestation de l'EPFL du 27 mai 2010, pièce 13.1 du bordereau de pièces de la Commission de recours interne des EPF [CRIEPF]).
B. En date des 13/14 décembre 2005, le Conseil des Ecoles polytechniques fédérales (CEPF) a décidé de rémunérer de manière forfaitaire certaines catégories de collaborateurs exclues du nouveau système salarial (NSS) qu'il souhaitait appliquer au domaine des EPF. Cette exclusion concernait notamment les assistants-doctorants et les autres assistants scientifiques.
C. Le NSS est entré en vigueur à l'EPFL le 1er janvier 2007.
D. Dans ce contexte, la direction de l'EPFL a décidé le 4 juin 2007 de rémunérer les assistants-doctorants engagés après le 1er janvier 2008 de manière forfaitaire. Elle a ainsi fixé un salaire forfaitaire de base, qui devait évoluer en fonction de l'expérience et auquel pouvait s'ajouter une rémunération complémentaire dès la 2ème année. Ces assistants-doctorants - dits de la nouvelle génération - étaient en outre engagés à un pourcentage correspondant à celui auquel ils travailleraient effectivement. En parallèle, la direction de l'EPFL a décidé de traiter autrement les assistants-doctorants de l'ancienne génération, engagés avant le 1er janvier 2008. Ceux-ci restaient rémunérés selon les règles de l'ancien système salarial. Ils touchaient un revenu arrêté en fonction du taux d'activité prévu dans le contrat de travail, qui pouvait être inférieur au pourcentage auquel ils travaillaient réellement, ainsi que sur la base de l'ancienne classe de traitement 15.
E. En date des 10/11 décembre 2008, le CEPF a prévu d'accorder en 2009 aux collaborateurs du domaine des EPF une allocation de renchérissement de 1.1% du salaire annuel brut.
F. Le 5 janvier 2009, la direction de l'EPFL a décidé qu'elle n'appliquerait pas cette décision aux catégories de personnel qui n'étaient pas soumises au NSS, soit notamment celle des assistants-doctorants de l'ancienne génération. Elle ne prévoyait pour eux qu'une augmentation ordinaire du salaire. Cette décision faisait référence à la décision du CEPF des 13/14 décembre 2005.
G. Le 27 février 2009, A._______ a recouru à la CRIEPF contre le décompte de son salaire du mois de janvier 2009, dans la mesure où celui-ci n'était pas adapté au coût de la vie.
H. Par décision du 19 mars 2009, la CRIEPF a invité le précité à requérir auprès de l'EPFL une décision pouvant être attaquée.
I. A la demande d'A._______, l'EPFL l'a informé, en date du 4 juin 2009, qu'elle ne pouvait prendre aucune décision tant que le CEPF ne s'était pas prononcé sur la question du salaire des assistants-doctorants. Elle a souligné qu'une fois la position du CEPF connue, elle rendrait une décision si nécessaire.
J. En date des 8/9 juillet 2009, le CEPF a précisé la décision des 10/11 décembre 2008 en indiquant notamment que l'allocation de renchérissement ne serait versée qu'au personnel rémunéré selon les art. 25 à 28 de l'ordonnance du Conseil des EPF sur le personnel du domaine des écoles polytechniques fédérales du 15 mars 2001 (OPers-EPF, RS 172.220.113). Il a ajouté que les négociations salariales seraient menées également à l'avenir uniquement pour ces collaborateurs et que l'art. 35 OPers-EPF devrait être précisé lors d'une prochaine révision.
K. Le 11 juillet 2009, A._______ a formé un recours pour déni de justice formel à la CRIEPF, l'EPFL ayant refusé de rendre une décision. Le 16 juillet 2009, la CRIEPF a fixé à l'EPFL un délai au 15 septembre 2009 pour fournir la réponse au recours d'A._______. L'EPFL avait la possibilité, dans ce cadre et dans le même délai, de rendre la décision requise, une fois la prise de position du CEPF connue.
L. En date du 13 octobre 2009, l'EPFL a transmis à la CRIEPF la décision du CEPF des 8/9 juillet 2009. Elle a souligné qu'au vu de ce document les négociations salariales auraient lieu uniquement pour les catégories de personnel rémunéré selon les art. 25 à 28 OPers-EPF, à l'exclusion des catégories de personnel rémunérées de manière forfaitaire, dont les assistants-doctorants. Elle a ajouté qu'il appartenait aux institutions du domaine des EPF de traiter de la progression salariale des catégories de personnel hors NSS, en vertu de la délégation de compétences du CEPF des 13/14 décembre 2005.
M. Le 26 octobre 2009, la CRIEPF a radié la cause du rôle s'agissant du recours pour déni de justice. Elle a en outre considéré le courrier de l'EPFL du 13 octobre 2009 comme une décision susceptible d'être attaquée.
N. Le 1er décembre 2009, A._______ a déposé un recours à la CRIEPF contre la décision de l'EPFL du 13 octobre 2009.
O. Le 29 juin 2010, la CRIEPF a admis le recours d'A._______, en condamnant l'EPFL à verser à celui-ci une compensation du renchérissement de 1,1% du salaire pour l'année 2009, avec intérêts à 5% l'an.
P. Le 6 septembre 2010, l'EPFL (ci-après : la recourante) a recouru contre cette décision au Tribunal administratif fédéral. Elle a conclu, avec suite de frais et dépens, à ce que la décision attaquée soit réformée, en ce sens que la décision de l'EPFL soit confirmée et qu'A._______ n'ait droit à aucune allocation de renchérissement en 2009.
Q. Appelée à se déterminer, la CRIEPF (ci-après : l'autorité inférieure) a conclu au rejet du recours en date du 25 octobre 2010. A._______ (ci-après : l'intimé) en a fait de même en date du 12 novembre 2010.
R. Le 15 avril 2011, la recourante a répliqué. La CRIEPF et l'intimé ont dupliqué, respectivement en date du 3 mai et 20 juin 2011.
S. Les autres faits et arguments des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1. Sous réserve de l'exception prévue à l'art. 32 al. 1 let. c de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal administratif fédéral est compétent, en vertu de l'art. 36 de la loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers, RS 172.220.1), pour connaître des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises en matière de personnel fédéral par l'organe interne mentionné à l'art. 35 al. 1 LPers.
Dans le cas présent, l'organe interne est la CRIEPF (cf. art. 37 al. 3 let. a de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales [Loi sur les EPF, RS 414.110]), qui constitue une autorité inférieure au Tribunal administratif fédéral (art. 33 let. f LTAF). La procédure de recours est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). La décision ici attaquée répond aux critères de l'art. 5 al. 1 PA. Le Tribunal administratif fédéral est dès lors compétent pour connaître du recours.
1.2. La recourante, ayant statué dans cette affaire en tant qu'autorité de première instance, dispose de la qualité pour recourir en vertu de l'art. 37 al. 2 de la loi sur les EPF en relation avec l'art. 48 al. 2 PA. Le recours, déposé en temps utile (art. 22 ss PA) répond par ailleurs aux exigences de forme et de contenu prévues aux art. 50 et 52 PA, de sorte qu'il est recevable.
2.
2.1. La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (art. 12 PA). En outre, le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, n. 2.165; Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II : Les actes administratifs et leur contrôle, 3ème éd., Berne 2011, n. 2.2.6.5 p. 300 s.).
2.2. Le Tribunal administratif fédéral examine les décisions qui lui sont soumises avec un plein pouvoir de cognition (cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, Feuille fédérale [FF] 2001 4000, p. 4056). La recourante peut donc soulever les griefs de violation du droit fédéral et de la constatation inexacte ou incomplète des faits, ainsi que le moyen de l'inopportunité (art. 49 PA).
Le Tribunal fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (ATF 131 II 680 consid. 2.3.2, ATF 130 II 449 consid. 4.1, ATF 125 II 591 consid. 8a; ATAF 2007/27 consid. 3.1) ou encore lorsqu'interviennent des considérations ayant trait à l'orientation d'une politique publique, à la planification (ATAF 2008/31 consid. 6 et les réf. citées). La planification de la politique budgétaire et salariale de l'EPFL entre dans cette dernière hypothèse (cf. consid. 9.7.2 ci-après).
En revanche, le Tribunal vérifiera librement si l'autorité inférieure a établi complètement et exactement les faits pertinents et, sur cette base, correctement appliqué le droit, sans se laisser guider par des motifs étrangers aux normes appliquées (ATAF 2008/23 consid. 3.3, ATAF 2008/18 consid. 4, ATAF 2007/37 consid. 2.2, ATF 123 V 150 consid. 2; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.154 ss). De même, si la recourante conteste l'interprétation ou l'application de prescriptions légales ou si elle se plaint de vices de procédure, l'autorité de recours examinera les griefs soulevés avec un plein pouvoir de cognition, sous peine de déni de justice formel.
3.
3.1. Tout d'abord, il convient de déterminer l'objet du litige. Celui-ci est défini par le contenu de la décision attaquée - plus particulièrement son dispositif -, en tant qu'il est effectivement contesté par le recourant (ATF 133 II 135 consid. 2, ATF 125 V 413 consid. 1; ATAF 2009/54 consid. 1.3.3, arrêt du TAF A-807/2011 du 1er novembre 2011 consid. 2; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.7 ss). Il est fixé par les conclusions du recours, qui doivent rester dans le cadre de l'acte attaqué (l'objet de la contestation ; cf. arrêt du TAF A-1818/2006 du 16 août 2007 consid. 2.2).
3.2. En l'espèce, selon le dispositif de la décision attaquée, l'autorité inférieure a admis le recours d'A._______ et condamné l'EPFL à lui verser une allocation de renchérissement de 1,1% du salaire pour l'année 2009, avec intérêts à 5% l'an. Dans son recours, l'EPFL a conclu à ce que sa décision du 13 octobre 2009 soit confirmée et à ce qu'A._______ n'ait pas droit à l'allocation de renchérissement pour l'année 2009. L'acte de l'EPFL du 13 octobre 2009 précité se réfère à la décision du CEPF des 8/9 juillet 2009 qui s'intitule « mise en oeuvre des mesures salariales 2009 dans le domaine des EPF ». A._______ a conclu de son côté au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée.
Il découle de ces éléments que l'objet du litige porte uniquement sur la question de savoir si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a accordé à l'intimé l'allocation de renchérissement en 2009. Il ne s'agit donc pas de déterminer si l'intimé peut prétendre à la compensation du renchérissement à compter du 1er janvier 2009 jusqu'à la fin de son contrat de travail, le 31 mars 2010.
4. Ceci posé, il faut d'abord examiner si la CRIEPF a violé le droit d'être entendue de la recourante.
4.1. Celle-ci se plaint en effet de ne pas avoir pu se déterminer sur un document interne du CEPF, sur lequel l'autorité inférieure se serait basée pour rendre sa décision et qui n'aurait jamais été versé au dossier. Le document interne en question est le procès-verbal de la séance du CEPF des 8/9 juillet 2009.
La CRIEPF considère à cet égard ne pas avoir violé le droit d'être entendue de l'EPFL puisque celle-ci pouvait parfaitement avoir accès au document en cause par le biais de son Président.
L'intimé conclut également implicitement au rejet de ce grief.
4.2.
4.2.1. Le droit d'être entendu est de nature formelle, ce qui signifie que sa violation suffit en principe à entraîner l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 127 V 431 consid. 3d/aa). Le motif relatif à ce moyen de droit doit donc être examiné en priorité (cf. ATF 124 I 49 consid. 1).
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu - découlant de l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) - en particulier le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision (ATF 125 V 332 consid. 3a), celui d'avoir accès au dossier (ATF 131 V 3 consid. 4.2, 129 I 249 consid. 4.1) ainsi que celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (ATF 129 I 249 consid. 3, ATF 127 I 54 consid. 2b, ATF 126 I 15 consid. 2a/aa).
En particulier, le droit de consulter le dossier s'étend à tous les actes essentiels de la procédure, à savoir ceux qui ont servi de base à la décision litigieuse (ATF 121 I 225 consid. 2a). Il suffit que les parties connaissent les preuves apportées et que ces éléments soient à leur disposition si elles le requièrent (ATF 128 V 271 consid. 5b/bb in fine, ATF 112 Ia 202 consid. 2a).
4.2.2. En l'espèce, dans la décision attaquée, la CRIEPF s'est bel et bien référée au procès-verbal de la séance du CEPF des 8/9 juillet 2009. Elle en a déduit que le CEPF ne s'était pas prononcé lors de cette séance sur la question de la compensation du renchérissement à l'égard des assistants-doctorants de l'ancienne génération. Selon elle, l'EPFL ne pouvait donc se baser sur cet acte pour refuser d'octroyer à l'intimé l'allocation de renchérissement en 2009. Il résulte de ces éléments que le procès-verbal de la séance des 8/9 juillet 2009, qui a servi de base à la décision attaquée, constitue à priori un acte essentiel de la procédure. La question de savoir si l'EPFL connaissait ce moyen de preuve et était en mesure de le consulter, de sorte que son droit d'être entendue n'a pas été violé, peut toutefois être laissée ouverte pour les raisons suivantes.
4.2.3. Selon une jurisprudence constante, qui se fonde sur des motifs d'économie de procédure, la violation du droit d'être entendu peut, à titre exceptionnel et pour autant que ladite violation ne soit pas particulièrement grave, être réparée par l'autorité de recours. Pour ce faire, le pouvoir d'examen en fait et en droit de cette dernière ne doit d'aucune façon être limité par rapport à celui de l'autorité inférieure et il ne doit en résulter aucun préjudice pour l'intéressé (ATF 137 I 195 consid. 2.3.2; 133 I 201 consid. 2.2, ATF 132 V 387 consid. 5.1, ATF 127 V 431 consid. 3d/aa, ATF 116 V 182 consid. 3d; arrêts du TAF A-4353/2010 du 28 septembre 2010 consid. 3.1.2, A-102/2010 du 20 avril 2010 consid. 3.3 et A-7391/2008 du 19 octobre 2009 consid. 4.1.3; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 3.112 s.).
4.2.4. En l'occurrence, le Tribunal a transmis à la recourante le procès-verbal de la séance des 8/9 juillet 2009 en lui donnant expressément la possibilité de s'exprimer sur ce document. La recourante a fait usage de cette possibilité. Peu importe à cet égard que le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine réserve quant à son pouvoir d'examen pour statuer sur la question du versement en 2009 de l'allocation de renchérissement à A._______ et qu'il subsiste, ainsi, un certain doute quant à la possibilité de remédier à une éventuelle violation du droit d'être entendu: le recours de l'EPFL doit de toute manière être admis pour d'autres raisons exposées aux considérants qui suivent.
5. Il convient dès lors d'examiner si le versement en 2009 de l'allocation de renchérissement pouvait être refusé à l'intimé (cf. infra consid. 9) et, préalablement, qui était compétent pour prendre une telle décision (cf. infra consid. 7).
6. Au préalable, il faut rappeler que l'EPFL a adopté un nouveau système salarial (NSS) qui est entré en vigueur le 1er janvier 2007. A l'occasion de ce changement, la direction de l'EPFL a décidé, en date du 4 juin 2007, que les assistants-doctorants engagés après le 1er janvier 2008 recevraient un salaire forfaitaire de base. Les assistants-doctorants engagés avant le 1er janvier 2008 - dits de l'ancienne génération - restaient rémunérés selon les principes de l'ancien système salarial. Leur salaire n'était pas forfaitaire. Il continuait à être fixé en fonction du taux d'activité prévu dans le contrat de travail - même s'il était inférieur au taux réel - et des montants figurant dans l'ancienne classe de salaire 15. Le contrat de travail d'A._______ prévoyait un taux d'activité de 75% et une rémunération fixée en classe de salaire 15. Il ressort en substance du dossier que le précité a bénéficié chaque année de la compensation du renchérissement jusqu'en 2008.
7.
7.1. Les rapports de travail des collaborateurs du domaine des EPF, dont l'EPFL fait partie (art. 1 al. 1 let. b de la loi sur les EPF), sont régis par la LPers, pour autant que la loi sur les EPF n'en dispose pas autrement (art. 17 al. 2 de la loi sur les EPF). L'ordonnance sur le personnel de la Confédération du 3 juillet 2001 (OPers, RS 172.220.111.3) n'est quant à elle pas applicable au personnel de l'EPFL (art. 1 al. 2 let. c OPers).
La question de la compensation du renchérissement est traitée à l'art. 16 LPers. Son alinéa 1 prévoit: « Une allocation compensant raisonnablement le renchérissement est versée sur le salaire ou sur certaines de ses composantes et sur d'autres prestations de l'employeur. Celui-ci tient compte de sa situation économique et financière ainsi que du marché de l'emploi. » Selon l'alinéa 2 de cet article, ce sont les dispositions d'exécution qui fixent les principes régissant la compensation du renchérissement. Le Conseil fédéral édicte en principe les dispositions d'exécution (art. 37 al. 1 LPers). Il a toutefois la possibilité de déléguer ce pouvoir de réglementation à l'employeur en application de l'art. 37 al. 3 LPers.
Faisant usage de ces prérogatives, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance-cadre du 20 décembre 2000 relative à la loi sur le personnel de la Confédération (ordonnance-cadre LPers, RS 172.220.11) et délégué, à cette occasion, au Conseil des EPF, en sa qualité d'employeur, le pouvoir d'édicter pour son personnel les dispositions d'exécution fixant les exigences minimales à remplir en matière de règles sociales et de droit du travail (cf. art. 2 al. 1 et 2 de l'ordonnance-cadre LPers). Le Conseil fédéral a aussi prévu que le Conseil des EPF pouvait de son côté confier aux directions des EPF le soin de fixer les modalités (art. 2 al. 2 précité, dernière phrase).
Faisant application de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre LPers, le Conseil des EPF a édicté l'OPers-EPF. Cette ordonnance est ici applicable, dans la mesure où les exceptions prévues à l'art. 1 al. 2 OPers-EPF n'entrent pas en ligne de compte.
7.2. La recourante fait valoir en substance qu'il appartient à la direction de l'EPFL de fixer le traitement de l'intimé, plus particulièrement de déterminer si celui-ci a droit en 2009 à la compensation du renchérissement. Le CEPF aurait délégué cette compétence à la direction des écoles lors de sa séance des 13/14 décembre 2005, en excluant, en application de l'art 27 al. 5 let. b OPers-EPF, les assistants-doctorants de l'application des échelles de salaires ordinaires. Le CEPF aurait confirmé sa décision des 13/14 décembre 2005 en date des 8/9 juillet 2009. La direction des écoles était donc compétente pour renoncer à verser la compensation du renchérissement aux assistants-doctorants de l'ancienne génération par décision du 5 janvier 2009.
La CRIEPF avance qu'il revient au CEPF de décider d'adapter ou non les salaires des assistants-doctorants de l'ancienne génération au coût de la vie. La décision du CEPF des 13/14 décembre 2005 n'attribue nullement cette compétence à la direction de l'EPFL.
L'intimé soutient la position de la CRIEPF.
7.3.
7.3.1. Il convient d'examiner si, en se fondant sur l'art. 2 al. 3 OPers-EPF, la direction de l'EPFL était compétente pour supprimer aux assistants-doctorants de l'ancienne génération l'allocation de renchérissement pour l'année 2009. Il sied donc d'interpréter les art. 16 al. 2 et 37 al. 1 LPers, ainsi qu'en particulier l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre LPers et l'art. 2 al. 1 et 3 OPers-EPF. Dans un premier temps, on rappellera les méthodes d'interprétation usuelles (cf. infra consid. 7.3.2). Dans cette démarche, il s'agira aussi de déterminer si les deux normes susmentionnées se fondent sur une base légale suffisante. On rappellera à cet égard la distinction qui existe entre l'ordonnance de substitution et l'ordonnance d'exécution (cf. infra consid. 7.3.3).
7.3.2. Selon la jurisprudence, la loi - ou l'ordonnance - s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, respectivement si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles ou qu'il comporte des notions juridiques indéterminées, il faut rechercher la véritable portée de la norme. Pour ce faire, il convient de la dégager de tous les éléments à considérer, soit notamment de sa relation avec d'autres dispositions et de son contexte (interprétation systématique), du but et de l'esprit de la règle - respectivement de la délégation législative pour une ordonnance dépendante -, des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) et de la volonté du législateur, respectivement du Conseil fédéral (interprétation historique). Cette volonté ressort notamment des travaux préparatoires. Lors de cet examen, il sied de privilégier une approche pragmatique s'inspirant d'une pluralité de méthodes, étant précisé que les différentes méthodes ne sont soumises à aucun ordre de priorité (cf. parmi beaucoup d'autres ATF 132 III 226 consid. 3.3.5; ATAF 2007/48 consid. 6.1, arrêt du TAF B-7126/2008 du 20 juillet 2010 consid. 5.1; Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. I, Berne 2006, p. 505 ss).
7.3.3. Il est habituellement fait une distinction entre les ordonnances d'exécution et les ordonnances de substitution. Ceci dit, les ordonnances présentent le plus souvent un contenu mixte, fait à la fois de simples règles d'exécution et aussi de règles primaires (cf. Pascal Mahon in: Jean-François Aubert/Pascal Mahon, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999, Neuchâtel 2003, p. 1380 s., ad art. 182 Cst.).
7.3.3.1 Selon la jurisprudence, les principes de la légalité et de la séparation des pouvoirs limitent le droit du Conseil fédéral - ou en l'occurrence de l'employeur - d'édicter des ordonnances d'exécution par quatre règles. En premier lieu, l'ordonnance d'exécution doit se rapporter à la même matière que celle qui fait l'objet de la loi qu'elle exécute. Ensuite, elle ne peut ni abroger, ni modifier cette loi. En troisième lieu, elle doit rester dans le cadre tracé et la finalité poursuivie par la loi et se contenter de préciser la réglementation dont celle-ci contient le fondement. Enfin, l'ordonnance d'exécution ne doit pas imposer au citoyen de nouvelles obligations qui ne sont pas prévues par la loi, et ceci même si ces compléments sont conformes au but de la loi (cf. Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., Berne 2006, n. 1553 p. 565). Les ordonnances dites d'exécution se bornent à poser de simples règles d'exécution, des règles qualifiées de secondaires, destinées (uniquement) à concrétiser la loi, à en préciser le sens, à en définir les termes ou à en combler les lacunes, mais tout en demeurant dans le cadre posé par celle-ci (cf. Mahon, op. cit., p. 1380 s., ad art. 182 Cst.). Ainsi, lorsque le législateur emploie des termes vagues et imprécis, c'est l'ordonnance d'exécution qui les définit. De même, lorsque la loi soulève des questions d'organisation et de procédure, c'est l'ordonnance d'exécution qui les tranche (cf. Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., n. 1550 s. p. 545). Lorsqu'en revanche, une ordonnance d'exécution contient des règles primaires, à savoir des dispositions qui étendent le champ d'application de la loi en restreignant les droits des administrés ou en imposant à ceux-ci des obligations, sans que ces règles puissent se fonder sur une délégation législative spécifique, elle viole le principe constitutionnel de la séparation des pouvoirs (cf. Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., n. 1917 p. 678).
7.3.3.2 Ces ordonnances se distinguent des ordonnances de substitution, qui introduisent - avec l'accord du législateur, c'est-à-dire sur la base d'une délégation législative - de nouvelles règles, qui devraient normalement figurer dans la loi, à savoir des règles primaires qui imposent de nouvelles obligations ou confèrent de nouveaux droits (cf. Mahon, op. cit., p. 1380 s., ad art. 182 Cst.). Les ordonnances de substitution ne se contentent donc pas d'exécuter la loi mais la complètent et se substituent à celle-ci (cf. Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., n. 1544 p. 543). La délégation législative doit figurer dans une loi fédérale. Elle est inadmissible lorsque la Constitution fédérale l'exclut, en prescrivant la forme de la loi fédérale. Elle doit définir au moins dans les grandes lignes le but, l'objet et l'étendue des pouvoirs délégués (cf. ATF 128 I 113, ATF 118 Ia 245; Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., n. 1919 ss p. 679). Enfin, le législateur doit édicter lui-même toutes les dispositions importantes qui fixent des règles de droit (cf. art. 164 al. 1 Cst.; Mahon, op. cit., p. 1241 ss ad art. 164 Cst., Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., n. 1556). S'agissant des ordonnances fondées sur semblable délégation législative, le Tribunal examine si le délégataire s'en est tenu aux limites prescrites par la norme de délégation, étant précisé que si celle-ci lui confère une grande liberté d'appréciation, le Tribunal doit en tenir compte conformément à l'art. 190 Cst. et ne pas substituer sa propre appréciation à celle du délégataire; il se borne alors à examiner si l'ordonnance franchit manifestement le cadre de la compétence octroyée par la loi ou si elle s'avère contraire à la loi ou à la Constitution pour d'autres motifs (cf. ATF 137 V 373 consid. 5.2 et les réf. citées, ATF 131 II 13 consid. 6.1; arrêt du Tribunal fédéral 2A.705/2006 du 24 avril 2007 consid. 3.2; ATAF 2009/32 consid. 4.1).
7.4.
7.4.1. Ceci posé, il convient de déterminer si le Conseil fédéral et le CEPF sont restés dans les limites des pouvoirs qui leur étaient conférés. Entre deux interprétations possibles de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre LPers, respectivement de l'art. 2 al. 1 et 3 OPers-EPF, dont l'une aboutirait à la conséquence que la cadre légal a été outrepassé, il faudrait choisir le sens qui s'accorde le mieux avec la loi (ATF 137 V 373 consid. 5.2 et les réf. citées).
7.4.2. Le texte légal des art. 16 al. 2 et 37 al. 1 et 3 LPers déjà cités est parfaitement clair. Il ressort de ces normes qu'il existe une délégation législative en faveur du Conseil fédéral et une subdélégation en faveur de l'employeur dans une loi fédérale. La Constitution fédérale ne les exclut pas. En outre, cette délégation et cette subdélégation définissent l'objet des pouvoirs délégués. Il s'agit de la compensation du renchérissement. L'étendue des pouvoirs délégués ressort, dans les grandes lignes, de l'art. 16 al. 2 et de l'art. 37 al. 4 LPers. Le Conseil fédéral et l'employeur sont en effet autorisés à adopter les principes régissant la compensation du renchérissement qui peuvent former une réglementation différente pour certaines catégories d'employés, si des raisons objectives l'exigent. Enfin, les délégation et subdélégation des pouvoirs telles qu'énoncées ci-dessus ont pour but de leur permettre de tenir compte du marché de l'emploi et de la situation économique et financière en matière de compensation du renchérissement. Il découle de ces éléments que la délégation législative et la subdélégation en cause sont valables. L'ordonnance-cadre LPers et l'OPers-EPF peuvent ainsi introduire des règles de substitution.
7.4.3. Sur cette base, le Conseil fédéral a édicté l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre LPers déjà cité (cf. consid. 7.1).
La lettre de la dernière phrase de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre LPers est très vague. Il n'est pas inutile pour une meilleure compréhension de cet article de se référer aux versions allemande et italienne. La première prévoit: "er kann die Regelung von Einzelheiten den Leitungen der ETH und der Forschungsanstalten übertragen". Selon la version italienne: "Può delegare il disciplinamento delle questioni di dettaglio alle direzioni dei PF e alle stazioni di ricerche". Le Larousse définit la notion de « modalités » comme une condition, particularité qui accompagne un fait, un acte juridique. Les termes "Einzelheiten" et "dettaglio" peuvent se traduire en français par le terme de "détails". Il découle d'une interprétation littérale de l'art. 2 al. 2 dernière phrase de l'ordonnance-cadre LPers que le CEPF peut confier certaines compétences en matière de droit du travail aux directions des EPF pour des questions particulières, de détails. A contrario, il faut en déduire que les directions des EPF ne peuvent pas traiter des questions générales, de principe. Ainsi compris, l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre est une simple disposition d'exécution qui tranche une question d'organisation.
Les interprétations systématique, historique et téléologique n'apportent aucun éclaircissement sur cette question.
7.4.4. Selon l'art. 2 al. 1 OPers-EPF: "Le Conseil des EPF est responsable de la naissance, de la modification et de la résiliation des rapports de travail ainsi que de toutes les décisions qui en découlent concernant les membres des directions des établissements (let. a), les collaborateurs du Conseil des EPF (let. b), les collaborateurs du Secrétariat de la Commission de recours interne des EPF ; les décisions sont prises d'entente avec le Président de la Commission." L'alinéa 3 prévoit de son côté: « les directions des EPF et les directeurs des établissements de recherche sont responsables de la naissance, de la modification et de la résiliation des rapports de travail de leur collaborateurs, ainsi que de toutes les décisions qui en découlent ».
Le sens littéral de l'art. 2 al. 3 OPers-EPF est imprécis. Il ne permet pas de dire avec certitude s'il faut comprendre que la direction de l'EPFL est habilitée à décider de l'octroi ou non de l'allocation de renchérissement aux assistants-doctorants de l'ancienne génération pour l'année 2009. Entre deux interprétations possibles, dont l'une aboutirait à la conséquence que le cadre légal a été outrepassé, il faut cependant choisir le sens qui s'accorde le mieux avec les art. 16 al. 2 et 37 al. 3 LPers et, en outre, avec l'art. 2 al. 2 dernière phrase de l'ordonnance-cadre LPers, qui est une norme de rang supérieur. Ainsi, l'art. 2 al. 3 OPers-EPF doit plutôt être compris en ce sens que la direction de l'EPFL est responsable de la modification des rapports de travail des assistants-doctorants de l'ancienne génération lorsque des questions particulières, de détails et non des questions de principe se posent. Il s'agit donc d'une simple disposition d'exécution.
7.5. En l'espèce, la question de savoir si les employés du domaine des EPF en général peuvent être privés du versement de l'allocation de renchérissement en 2009 doit être considérée comme une question de principe et non de détail. En revanche, lorsque la question de la compensation du renchérissement se pose à l'égard d'une catégorie spécifique du personnel, il sied de retenir qu'il ne s'agit que d'une question particulière, de détail.
Il s'ensuit qu'il appartient au CEPF de décider de l'octroi ou de la suppression de l'allocation de renchérissement, pour une année donnée, à l'ensemble du personnel des EPF. En revanche, la direction de l'EPFL est légitimée, sur la base de l'art. 2 al. 3 OPers-EPF, à supprimer l'allocation de renchérissement aux assistants-doctorants de l'ancienne génération. La question de savoir si la décision du CEPF des 13/14 décembre 2005 était nécessaire pour conférer effectivement à la direction de l'EPFL un tel pouvoir peut donc être laissée ouverte.
La direction de l'EPFL était donc compétente pour décider, en date du 5 janvier 2009, de ne pas appliquer à la catégorie des assistants-doctorants de l'ancienne génération la décision du CEPF des 10/11 décembre 2008, qui accorde en 2009 la compensation du renchérissement aux collaborateurs du domaine des EPF.
8. Au demeurant, même s'il fallait retenir que seul le CEPF était compétent pour prendre une telle décision, il conviendrait d'admettre que celui-ci a également souhaité ne verser en 2009 aucune allocation de renchérissement aux assistants-doctorants de l'ancienne génération pour les raisons qui suivent.
8.1. Le CEPF a rendu deux décisions en la matière. Il s'agit de la décision des 10/11 décembre 2008 et de celle des 8/9 juillet 2009. La seconde prévoit en particulier que l'augmentation de 2.2%, qui comprend notamment la compensation du renchérissement, s'applique au personnel rémunéré selon les art. 25 à 28 OPers-EPF. Elle ajoute que les négociations salariales seront menées à l'avenir uniquement pour ces collaborateurs et que l'art. 35 OPers-EPF doit être précisé lors d'une prochaine révision.
8.2. Il découle de la teneur de la décision du CEPF des 8/9 juillet 2009 que les assistants-doctorants de la nouvelle et de l'ancienne génération ne bénéficieront pas de la compensation du renchérissement en 2009. En effet, les art. 25 à 28 OPers-EPF ne s'appliquent pas à ces deux catégories d'employés. Suite à la décision du CEPF des 13/14 décembre 2005, les assistants-doctorants de la nouvelle génération sont rémunérés de manière forfaitaire, conformément à l'art. 35 OPers-EPF. Le salaire initial de ces employés n'est pas fixé sur la base de l'échelle des traitements figurant à l'annexe 2 de l'OPers-EPF (cf. art. 26 OPers-EPF). L'art. 27 OPers-EPF ne régit pas sa progression, ni l'art. 28 OPers-EPF son adaptation, notamment au renchérissement. Quant aux salaires des assistants-doctorants de l'ancienne génération, ils restent soumis à l'ancien système de rémunération et sont fixés selon l'ancienne classe 15 et non selon l'échelle de salaire figurant à l'annexe 2.
8.3. L'autorité inférieure considère néanmoins en substance que la décision du CEPF des 8/9 juillet 2009 ne traite pas de la question d'un éventuel versement de l'allocation de renchérissement aux assistants-doctorants de l'ancienne génération. Il ressort du procès-verbal relatif à cette décision que le CEPF n'a pas tenu compte de cette catégorie d'employés.
L'intimé défend la même position.
La recourante la conteste. A son avis, le CEPF avait tout à fait conscience de l'existence des assistants-doctorants de l'ancienne génération lors du prononcé de la décision des 8/9 juillet 2009 et a décidé ne pas leur accorder la compensation du renchérissement en 2009.
8.4. Selon la jurisprudence, la décision d'une autorité ne doit pas être interprétée uniquement de manière littérale. En effet, la règle d'interprétation selon le principe de la confiance s'applique non seulement aux déclarations de personnes privées, mais également aux décisions administratives (Pierre Moor, Droit administratif, vol II, 2e éd., Berne 2002, n. 2.1.2.8; Béatrice Weber-Dürler, Vertrauensschutz im öffentlichen Recht, Bâle 1983, p. 40 s. et 79 s.; ATF 115 II 415 consid. 3a, arrêt du Tribunal fédéral B 59/02 du 27 février 2004 consid. 4). D'après cette règle, une décision doit être comprise dans le sens que son destinataire pouvait et devait lui attribuer selon les règles de la bonne foi, compte tenu de l'ensemble des circonstances qu'il connaissait ou qu'il aurait dû connaître (ATF 121 III 118 consid. 4b/aa, ATF 120 V 496 consid. 1 et la réf. citée, ATF 118 Ia 294 consid. 2a, ATF 118 II 365, arrêt du Tribunal fédéral 2A.453/2002 consid. 3.1). Il convient d'appliquer ces principes à la décision du CEPF des 8/9 juillet 2009 et d'examiner si celle-ci peut être comprise, malgré le sens qui se dégage de sa lettre, de la façon décrite par l'autorité inférieure et l'intimé.
8.5. Il ressort du dossier que le secrétaire général de l'Association du personnel de la Confédération a adressé un courrier daté du 20 février 2009 au Président du Conseil des EPF. Dans cette lettre, il y exposait en substance ce qui suit. Suite à la décision du CEPF des 10/11 décembre 2008, les partenaires sociaux partaient du principe que l'allocation de renchérissement serait versée en 2009 à tous les employés du domaine des EPF. A sa connaissance, l'EPFL n'avait pas accordé cette allocation notamment aux assistants-doctorants (« bei rund 600 Assistants Doctorants, Post-doc/Collaborateurs scientifiques »), contrairement à la pratique des autres institutions. Il demandait ainsi que les salaires de ces derniers soient adaptés au renchérissement en 2009. Dans ce document, le secrétaire général a mentionné la catégorie des assistants-doctorants sans distinguer la nouvelle de l'ancienne génération.
A la suite de ce courrier, afin de préciser la décision prise en date des 10/11 décembre 2008, le CEPF a entamé des discussions qui ont abouti à la décision des 8/9 juillet 2009. Il découle du procès-verbal y relatif que le CEPF entendait supprimer l'allocation en cause aux assistants-doctorants. Il ressort d'un document en annexe du procès-verbal précité (cf. document « Sitzung des ETH-Rates vom 11./12. März 2009 », Trakt. 14bis, ch. 3) que le CEPF savait qu'un collaborateur avait déposé le 27 février 2009 un recours devant la CRIEPF s'agissant de l'application de la décision des 10/11 décembre 2008 à l'EPFL. Il est question du recours d'A._______ (pièce 41 du bordereau de pièces de l'intimé daté du 1er décembre 2009). Selon ce même document, le Président du CEPF en avait du reste reçu copie. Le CEPF disposait dès lors de tous les éléments nécessaires pour statuer en connaissance de cause, y compris à l'égard des assistants-doctorants de l'ancienne génération.
Dans ce contexte, l'on ne saurait reprocher à l'EPFL d'avoir interprété la décision du CEPF des 8/9 juillet 2009 dans le sens d'une suppression en 2009 de l'allocation de renchérissement aux assistants-doctorants, y compris de l'ancienne génération.
Par ailleurs, l'intimé ne pouvait de bonne foi interpréter autrement cette décision, dans la mesure où il savait pertinemment que la direction de l'EPFL refusait de lui verser en 2009 l'allocation de renchérissement.
9.
9.1. Il sied ensuite de déterminer si la direction de l'EPFL - ou le CEPF - pouvait valablement renoncer à octroyer en 2009 l'allocation de renchérissement aux assistants-doctorants de l'ancienne génération.
9.2. L'autorité inférieure soutient en substance qu'aucune disposition n'exclut du droit au renchérissement les employés, comme l'intimé, qui ne sont pas inclus dans le NSS. L'art. 16 LPers reste donc seul applicable et ne donne pas à l'employeur la possibilité de prévoir des exceptions à son application. Seuls la situation économique et financière, ainsi que le marché de l'emploi, peuvent limiter le droit d'obtenir l'allocation de renchérissement.
La recourante fait valoir de son côté que l'art. 16 LPers et l'art. 28 OPers-EPF permettent à l'autorité compétente de ne pas adapter les salaires des assistants-doctorants de l'ancienne génération au coût de la vie.
L'intimé invoque que l'art. 16 LPers permet à l'employeur de tenir compte de sa situation financière afin de déterminer l'étendue de la compensation du renchérissement. En revanche, il ne lui permet pas de prévoir des règles différentes en la matière pour diverses catégories de personnel, ni d'exclure tout bonnement une partie du personnel de la compensation du renchérissement. Par ailleurs, l'art. 28 OPers-EPF ne s'applique pas à sa situation. Aucune norme d'exécution ne peut ainsi valablement restreindre le droit au renchérissement découlant de l'art. 16 LPers.
9.3. On l'a vu, la LPers traite de la question du renchérissement à son art. 16, dont la teneur a déjà été citée (cf. supra consid. 7.1).
Dans un arrêt du 16 juin 2011, le Tribunal administratif fédéral a déjà retenu que le texte de l'art. 16 al. 1 LPers était clair (arrêt du TAF A-6086/2010 consid. 4.2). Il en ressortait que la Confédération devait en principe accorder à son personnel une compensation complète du renchérissement. Les autres méthodes d'interprétation confirmaient cette conclusion. Il résultait des délibérations parlementaires qu'il existait en principe un droit à la compensation du renchérissement, afin de maintenir le pouvoir d'achat des employés de la Confédération (interprétation historique). Cependant, ce droit n'était pas absolu, dans la mesure où l'allocation devait compenser « raisonnablement » le renchérissement et où l'employeur devait tenir compte « de sa situation économique et financière et du marché de l'emploi » (arrêt précité du TAF A-6086/2010 consid. 4.2). L'interprétation téléologique de l'art. 16 al. 1 LPers allait dans le même sens. Le versement d'une allocation compensant raisonnablement le renchérissement avait pour but de conserver le pouvoir d'achat du personnel et constituait un facteur important de la politique salariale. Enfin, le droit de l'obtenir en principe découlait aussi de l'interprétation systématique de l'art. 16 al. 1 LPers. Selon l'art. 44 al. 1 OPers, qui n'est pas applicable en l'espèce : « Le Conseil fédéral décide de l'ampleur de la compensation du renchérissement après avoir négocié avec les associations du personnel. » Le fait de ne devoir déterminer que son étendue impliquait qu'il existait bel et bien, en principe, un droit de l'obtenir.
En résumé, il ressort ainsi de cet arrêt que le personnel de la Confédération a droit, en principe, à la compensation du renchérissement. L'employeur peut toutefois le supprimer, après avoir considéré le marché de l'emploi, ainsi que sa situation économique et financière.
9.4.
9.4.1. L'art. 37 al. 4 LPers, dont il n'est pas question dans l'arrêt du Tribunal administratif fédéral précité du 16 juin 2011, prévoit que « si des raisons objectives, l'exigent les dispositions d'exécution peuvent fixer des réglementations différentes pour le personnel de certains employeurs ou pour certaines catégories de personnel ». Selon sa version allemande : "Soweit sachliche Gründe es erfordern, können die Ausführungsbestimmungen für das Personal einzelner Arbeitgeber oder für bestimmte Personalkategorien voneinander abweichende Regelungen vorsehen." La version italienne dispose: "Se motivi oggettivi lo esigono, le disposizioni d'esecuzione possono prevedere regolamentazioni derogatorie per il personale di alcuni datori di lavoro oppure per determinate categorie di personale."
La lettre de cette disposition, dans ces différentes versions, n'est pas claire (interprétation grammaticale). On ne sait pas en particulier s'il faut en déduire que l'employeur est habilité à arrêter des dispositions différentes en matière de compensation du renchérissement pour une certaine partie de son personnel qui vont à l'encontre des principes posés à l'art. 16 al. 1 LPers. Il s'impose donc de dégager son sens des autres méthodes d'interprétation.
9.4.2. Dans le message du 14 décembre 1998 relatif à la LPers (FF 1999 1454), le Conseil fédéral a commenté le fait que les dispositions d'exécution peuvent fixer des réglementations différentes pour le personnel de certains employeurs. Selon le message, l'actuel art. 37 al. 4 LPers prévoit que la compétence de réglementer inclut toujours la faculté d'adopter des dispositions dont le contenu varie par rapport aux autres organes disposant du même pouvoir réglementaire (...). Dans un même domaine, un département pourrait adopter d'autres règles qu'un autre département. Cette réglementation des compétences se trouve en rupture avec le principe de l'égalité de traitement. La réglementation du même pouvoir de réglementer à plusieurs organes permet d'introduire une compétition à l'intérieur de l'administration. Elle peut entraîner plusieurs réglementations différentes qui traitent de la même question. Le principe de l'égalité de traitement n'est pas violé par cette approche, tant que des raisons objectives, p. ex. des particularités spécifiques dans une entreprise, exigent une réglementation différente.
Le message ne traite pas expressément de la deuxième possibilité offerte par l'art. 37 al. 4 LPers, selon laquelle les dispositions d'exécution peuvent fixer des réglementations différentes pour certaines catégories de personnel. Le Tribunal administratif fédéral retient à cet égard qu'un même employeur peut régler de façon différente une question de droit du travail à l'égard d'une certaine catégorie d'employés. Cette possibilité doit se comprendre en regard du message du Conseil fédéral tel qu'évoqué ci-dessus. Le principe de l'égalité n'est donc pas violé par cette approche, tant que des raisons objectives l'exigent, par ex. des particularités spécifiques dans une entreprise liées à une certaine catégorie de travailleurs.
On ne saurait toutefois déduire du message que les dispositions d'exécution dont fait mention l'art. 37 al. 4 LPers peuvent déroger au système prévu par l'art. 16 al. 1 LPers. Quant aux débats parlementaires, ils n'ont pas porté sur l'art. 37 al. 4 LPers (interprétation historique).
9.4.3. Selon une interprétation systématique, l'art. 37 al. 4 LPers ne doit pas être compris en ce sens que l'employeur est autorisé à adopter des dispositions dérogeant au régime prévu à l'art. 16 al. 1 LPers. Il signifie seulement que l'employeur est en droit de prévoir des règles différentes - qui traitent en particulier de la compensation du renchérissement - à l'égard d'une partie de son personnel, et ce si des raisons objectives l'exigent. Mais l'employeur ne peut lui supprimer l'allocation de renchérissement pour une année déterminée qu'après avoir pris en compte le marché de l'emploi, ainsi que sa situation économique et financière.
En effet, l'art. 9 al. 2 LPers prévoit : « Le contrat de durée déterminée est conclu pour cinq ans au plus; au-delà de cinq ans, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. Les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré cinq ans. Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions. » Cette disposition pose comme principe que la durée d'un contrat de durée déterminée est de 5 ans au maximum. Elle prévoit toutefois expressément que des exceptions pour certaines catégories de professions peuvent être prévues par le Conseil fédéral. Autrement dit, le contrat de durée déterminée peut, exceptionnellement, dépasser 5 ans pour certaines catégories de professions, ce qui doit être fixé par le Conseil fédéral. De même, l'art. 7 LPers prévoit explicitement que les postes vacants font l'objet d'une mise au concours publique, mais que les dispositions d'exécution règlent les exceptions. Le même schéma se retrouve à l'art. 12 al. 2, 3 et 4 LPers s'agissant des délais minimaux de résiliation du contrat de durée indéterminée.
Contrairement aux normes que l'on vient de citer, l'art. 16 al. 2 LPers ne prévoit pas que le Conseil fédéral - ou en l'espèce l'employeur - est autorisé à adopter une réglementation pour certaines catégories d'employés qui déroge aux principes qu'il fixe. Si le législateur l'avait voulu, il l'aurait sans doute formulé de façon explicite, comme il l'a fait à aux art. 7, 9 al. 2 et 12 al. 4 LPers.
9.4.4. Enfin, l'interprétation téléologique de l'art. 37 al. 4 LPers ne va pas à l'encontre de ce résultat. L'employeur est habilité à arrêter une réglementation différente pour une certaine catégorie d'employés afin d'adapter rapidement les conditions de travail aux exigences liées à l'exploitation et à l'économie (cf. FF 1999 1454). Le but de l'art. 37 al. 4 LPers, et de façon plus générale de la délégation prévue à l'art. 37 al. 3 LPers, ressort également de l'art. 16 al. 1 LPers, sous une autre formulation. En effet, il découle de celui-ci que les dispositions d'exécution doivent être adoptées en matière de compensation du renchérissement afin de tenir compte du marché de l'emploi, ainsi que de la situation économique et financière de l'employeur.
9.5. Sur la base de l'art. 37 al. 4 LPers, le CEPF a édicté en particulier les art. 26 à 28 OPers-EPF.
9.5.1. L'art. 28 OPers-EPF traite de l'examen et de l'ajustement des salaires de l'annexe 2. Selon l'alinéa 1 de cet article, le CEPF examine chaque année avec ses partenaires sociaux les montants et l'échelonnement des salaires de l'annexe 2, et les ajuste au besoin dans les limites des ressources disponibles. Les ajustements tiennent notamment compte du marché de l'emploi et du renchérissement (art. 28 al. 2 OPers-EPF).
Le texte de cette disposition n'est pas clair. Selon sa lettre, cette norme ne traite expressément que de l'examen et de l'ajustement des salaires de l'annexe 2. Elle ne vise donc pas les salaires des assistants-doctorants de l'ancienne génération, dans la mesure où ils ne figurent pas dans cette annexe. Elle ne porte pas non plus sur les salaires des assistants-doctorants de la nouvelle génération. On ignore cependant à la lecture de l'art. 28 OPers-EPF si cette disposition entend exclure les assistants-doctorants - en particulier ceux de l'ancienne génération - du droit à la compensation du renchérissement tel qu'il découle de l'art. 16 LPers.
Cette incertitude doit être résolue par le biais d'une interprétation de l'art. 28 OPers-EPF. Ce faisant, il s'agit également d'examiner si cette norme se fonde sur une base légale suffisante (sur la distinction entre ordonnance d'exécution et de substitution cf. supra consid. 7.3.3). Autrement dit, il faut déterminer si le CEPF est demeuré dans les limites des pouvoirs qui lui étaient conférés. Entre deux interprétations possibles de l'art. 28 OPers-EPF, dont l'une aboutirait à la conséquence que le cadre légal a été outrepassé, il faudrait choisir le sens qui s'accorde le mieux avec la loi.
9.5.2. On l'a vu, l'art. 16 al. 2 LPers en relation avec l'art. 37 al. 3 LPers octroie à l'employeur - en l'espèce le CEPF - la compétence d'édicter les dispositions d'exécution fixant les principes qui régissent la compensation du renchérissement. Il existe donc une subdélégation législative en faveur de l'employeur dans une loi fédérale qui est valable et qui permet à l'OPers-EPF d'introduire des règles de substitution (cf. supra consid. 7.4.2). L'art. 28 OPers-EPF peut donc être considéré comme tel.
En tout état de cause, il sied de rappeler que l'art. 37 al. 4 LPers donne la possibilité à l'employeur de fixer des règles différentes pour certaines catégories d'employés, mais qu'il ne lui permet pas de leur refuser le versement de l'allocation de renchérissement sans tenir compte du marché de l'emploi et de sa situation économique et financière (cf. supra consid. 9.4). On l'a vu, entre deux interprétations possibles de l'art. 28 OPers-EPF, il faut choisir celle qui s'accorde le mieux avec la loi. L'art. 28 OPers-EPF doit donc être compris en ce sens qu'il permet au CEPF - ou à la direction de l'EPFL - d'examiner et d'ajuster les salaires ne figurant pas dans l'annexe 2 de façon différente. Il lui permet en tout cas de décider, pour une année donnée, de ne verser aucune allocation de renchérissement à une certaine catégorie d'employés, sans devoir se concerter avec les partenaires sociaux, en prenant en considération sa situation économique et financière, ainsi que le marché de l'emploi.
9.5.3. Une telle démarche ne viole pas le principe de l'égalité de traitement, contrairement à ce que soutient l'intimé. Il n'est pas inutile à ce propos de mentionner l'art. 38 LPers qui charge la Poste et les CFF de conclure des conventions collectives de travail (CCT). Le message du Conseil fédéral déjà cité relatif à la LPers traite de leur champ d'application, en soulignant ce qui suit. L'art. 34 al. 2 LPers (l'actuel art. 38 al. 2 LPers) précise que la CCT s'applique non seulement au personnel organisé (soit aux membres des associations de personnel qui sont signataires de la CTT) mais, en règle générale, également au reste du personnel. "En règle générale" signifie que le champ d'application de la CCT peut se limiter aux catégories de personnel les plus importantes et exclure certains employés. Il incombera aux partenaires sociaux d'exclure du champ d'application de la CCT des petits groupes d'employés, par exemple des aides engagés pour une courte durée ou des stagiaires. L'art. 34 al. 3 du projet LPers attribue la réglementation de la compensation du renchérissement et l'élaboration des plans sociaux aux partenaires sociaux, dans les domaines où la CCT est admise.
Il découle de ces éléments que des règles différentes peuvent s'appliquer à certaines catégories d'employés. En particulier, il est possible d'appliquer à celles-ci une réglementation de la compensation du renchérissement qui diffère de celle adoptée pour le reste du personnel. Le message n'indique pas les critères sur lesquels l'on pourra se baser pour créer différentes catégories d'employés, mais cite comme exemple de catégorie les petits groupes d'employés, notamment des aides engagés pour une courte durée ou des stagiaires. Il faut en déduire que le fait de regrouper des travailleurs employés pour une courte durée et qui passent une partie de leur temps à se former dans une même catégorie, et de leur appliquer un régime différent, est conforme à l'art. 38 LPers.
Il sied dès lors de considérer qu'une telle façon de faire ne va pas non plus à l'encontre de l'art. 37 al. 4 LPers.
9.6.
9.6.1. En l'espèce, la direction de l'EPFL a décidé, en date du 5 janvier 2009, de ne pas appliquer la décision du CEPF des 10/11 décembre 2008 notamment à la catégorie des assistants-doctorants de l'ancienne génération. En date des 8/9 juillet 2009, le CEPF a confirmé cette décision.
9.6.2. Il faut considérer que la direction de l'EPFL était en droit, en application de l'art. 28 OPers-EPF, de traiter les assistants-doctorants de l'ancienne génération de façon différente, et ce conformément à l'art. 37 al. 4 LPers.
En effet, les assistants-doctorants de l'ancienne génération forment un groupe de travailleurs qui sont encore en formation. Ils ne sont engagés que par contrat de durée déterminée. Leur engagement ne devrait pas excéder quatre ou cinq ans, ce qui correspond au temps requis, en principe, pour rédiger une thèse de doctorat. Ces circonstances doivent être considérées comme des raisons objectives au sens de l'art. 37 al. 4 LPers. On l'a vu, le fait de créer une telle catégorie d'employés est du reste conforme à l'art. 38 LPers. L'intimé invoque être avant tout un salarié et non un étudiant. Selon son cahier des charges, il devait néanmoins consacrer 50% de son temps à la recherche et 5% à sa formation. Une telle approche ne viole donc pas le principe de l'égalité de traitement au sein de l'EPFL, contrairement à ce que soutient l'intimé.
Au demeurant, le Tribunal administratif fédéral relève qu'étant donné la formulation imprécise de l'art. 37 al. 4 LPers, il est conféré une grande liberté d'appréciation à l'employeur pour former différentes catégories de personnel. Le Tribunal administratif fédéral doit en tenir compte dans son examen en ne substituant pas sa propre appréciation à celle de l'employeur.
9.7. Il faut ensuite examiner si la direction de l'EPFL ou le CEPF a tenu compte des critères posés à l'art. 16 al. 1 LPers pour refuser le versement en 2009 de l'allocation de renchérissement aux personnes concernées.
9.7.1. Selon les pièces figurant au dossier, tel est bien le cas. En effet, il ressort du communiqué de presse de décembre 2008 que le CEPF a procédé à une pesée des différents intérêts en présence. Il a considéré d'une part que les ressources financières étaient limitées et, d'autre part, que les institutions des EPF étaient confrontées à une augmentation du nombre d'étudiants et, partant, à des exigences croissantes. Afin de récompenser les prestations des collaborateurs sans pour autant perdre de vue les impératifs financiers, le CEPF a décidé d'accorder à tous les salariés du domaine une compensation du renchérissement de 1,1 %.
Par décision du 5 janvier 2009, la direction de l'EPFL a toutefois précisé que les assistants-doctorants de l'ancienne génération ne toucheraient aucune allocation de renchérissement en 2009. Pour ce faire, elle s'est basée notamment sur la décision du CEPF. Il faut en déduire que la direction a tenu compte des différents intérêts dont fait mention cette décision, en particulier des impératifs financiers. Il ressort en outre de la lettre circulaire de janvier 2009 informant le personnel de l'EPFL de ses conditions salariales que cette catégorie d'employés bénéficierait d'un salaire au bénéfice d'augmentations ordinaires; les différentes progressions intégreraient en particulier la compensation du renchérissement. Elle y a en outre souligné que le personnel - dont les assistants-doctorants de l'ancienne génération - avait bénéficié d'une adaptation de 3.7% au renchérissement des années précédentes, dans le cadre du passage à la primauté des cotisations en juillet 2008. Il s'ensuit que la direction de l'EPFL a également pris en considération, outre sa situation financière et économique, les augmentations ordinaires dont bénéficieraient les assistants-doctorants de l'ancienne génération en 2009, ainsi que l'allocation de renchérissement perçue en 2008.
En date des 8/9 juillet 2009, le CEPF a confirmé la décision de la direction de l'EPFL du 5 janvier 2009. Il ressort du procès-verbal de la séance relative à la décision du CEPF que celui-ci a relevé ne pouvoir accorder l'allocation de renchérissement en 2009 que si ses ressources le lui permettaient. Il a donc également tenu compte de ce critère avant de prendre sa décision.
9.7.2. On ne saurait reprocher à la direction de l'EPFL et au CEPF d'avoir pondéré ces différents intérêts avant de renoncer à octroyer la compensation du renchérissement en 2009. En effet, le Tribunal administratif fédéral fait preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige. Tel est le cas en matière de politique salariale et budgétaire où le Tribunal administratif fédéral ne doit pas s'écarter sans nécessité de l'appréciation de l'autorité de première instance (cf. sur cette question arrêt précité du TAF A-6086/2010 du 16 juin 2011 consid. 6.3). La direction de l'EPFL et le CEPF sont mieux placés que le Tribunal administratif fédéral à cet égard pour décider de leur politique salariale (cf. consid. 2.2 ci-avant). En particulier, il sont davantage en mesure de déterminer si les assistants-doctorants de l'ancienne génération doivent bénéficier de la compensation du renchérissement en 2009, en pondérant les différents intérêts en présence.
10.
10.1. L'intimé fait ensuite valoir que la décision de l'EPFL du 13 octobre 2009 viole le principe de l'égalité de traitement, dans la mesure où les assistants-doctorants de l'EPFL doivent être traités comme les assistants-doctorants de l'EPFZ, qui ont tous reçu en 2009 l'allocation de renchérissement.
L'autorité inférieure n'a pas examiné cette question, étant donné qu'elle a admis le recours d'A._______ pour d'autres motifs.
L'EPFL conteste de son côté que la situation de ses assistants-doctorants soit semblable à celle des assistants-doctorants de l'EPFZ.
10.2. Selon la jurisprudence, le principe de l'égalité de traitement ancré à l'art. 8 al. 1 Cst. est violé lorsqu'une décision ou un acte législatif établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (voir parmi beaucoup d'autres ATF 134 I 23 consid. 9.1, ATF 131 V 107 consid. 3.4.2, voir aussi arrêt du Tribunal fédéral 2A.631/2006 du 8 décembre 2006 consid. 4.1, 1C_80/2007 du 6 septembre 2007 consid. 3.1; Ulrich Häfelin/Georg Müller /Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/Saint-Gall 2010, n. 489 et 495).
Un changement de la pratique administrative là où l'autorité dispose d'un pouvoir d'appréciation ne signifie pas en soi-même une inégalité de traitement: ce serait exclure la faculté de s'adapter à la modification des circonstances. Peu importe alors que les cas antérieurs puissent paraître privilégiés, dès lors qu'une application plus restrictive, est motivée par des raisons pertinentes, et que la sécurité du droit n'est pas lésée (Moor, op. cit., volume I, n. 6.2.4, p. 463).
10.3. En l'occurrence, l'on ne saurait considérer que la situation des assistants-doctorants de l'EPFL soit identique à celle des assistants-doctorants de l'EPFZ.
Il ressort du dossier que le contenu des contrats de travail des assistants-doctorants de l'EPFL et de l'EPFZ n'est pas identique à plusieurs égards. Chaque direction des écoles est compétente pour conclure le contrat de travail de cette catégorie d'employés. Elle est donc habilitée, en particulier, à déterminer le cahier des charges des assistants-doctorants de l'ancienne génération, plus précisément à fixer le pourcentage du temps de travail qui sera consacré à l'enseignement, respectivement à la thèse. Par ailleurs, selon le dossier, le système de rémunération de cette catégorie d'employés n'est pas le même à l'EPFL et l'EPFZ. Le budget dont dispose chacune des directions pour rétribuer ses collaborateurs est également variable. C'est sur la base de ces éléments, qui diffèrent d'une école à l'autre, que la direction de l'EPFL a décidé de n'accorder aucune allocation de renchérissement en 2009 à la catégorie d'employés à laquelle fait partie l'intimé.
10.4. Dans ces circonstances, l'intimé ne peut se prévaloir d'une violation du principe de l'égalité de traitement pour obtenir l'allocation de renchérissement pour l'année 2009. Il convient en outre de retenir que la direction de l'EPFL, qui dispose en cette matière d'un large pouvoir d'appréciation, a changé sa pratique - à supposer qu'on puisse conclure qu'il y en avait une - pour des motifs pertinents (cf. supra consid. 9.7) et que ce changement ne lèse pas la sécurité du droit.
11.
11.1. L'intimé soutient encore qu'il serait au bénéfice de droits acquis, ce que conteste la recourante. Selon l'intimé, l'EPFL a mentionné dans de nombreux courriers que les assistants-doctorants de l'ancienne génération devaient continuer à être rémunérés selon les anciennes règles, en application du « principe des droits acquis ».
11.2. Selon la jurisprudence, les prétentions pécuniaires ne deviennent des droits acquis que si la loi ou le règlement fixe une fois pour toutes les situations particulières et les soustrait aux effets des modifications légales ou réglementaires ou lorsqu'ont été données des assurances précises à l'occasion d'un engagement individuel. Les simples expectatives ne sont que rarement protégées, précisément parce qu'il n'existe pas de titre juridique qui permette de s'opposer à leur modification en cas de changement des règles légales (ATF 117 V 229 consid. 5b, arrêt du Tribunal fédéral 9C 140/2009 du 2 novembre 2009 consid. 4.3 et les réf. citées; arrêt du TAF C-516/2010 du 6 avril 2011 consid. 6.2; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, Bâle 1991, n. 1359 p. 284).
11.3. En l'occurrence, on ne saurait retenir l'existence de droits acquis en matière de compensation du renchérissement à l'égard d'A._______. En effet, ni son contrat de travail, ni la LPers, ni l'ordonnance-cadre LPers, ni l'OPers-EPF ne prévoient de façon définitive que le précité bénéficiera de la compensation du renchérissement en 2009 ou jusqu'à la fin de son contrat de travail en mars 2010. L'EPFL se méprend lorsqu'elle fait mention, dans différents documents, des « droits acquis » qu'auraient les assistants-doctorants de l'ancienne génération.
12.
12.1. Enfin, l'intimé invoque que l'EPFL a violé le principe de la bonne foi, en substance pour les raisons qui suivent. L'EPFL aurait en effet créé un statut particulier pour les assistants-doctorants de l'ancienne génération en leur donnant des assurances précises quant au maintien des droits acquis. Elle leur aurait en outre toujours versé la compensation du renchérissement y compris en 2008, soit après l'introduction du NSS, et ce jusqu'en 2009. Cette attitude justifie d'accorder à A._______ l'allocation de renchérissement pour l'année 2009.
La recourante insiste sur le fait que la décision d'adapter les salaires au coût de la vie résulte chaque année d'une appréciation de la situation concrète. Elle n'aurait donc jamais promis aux assistants-doctorants de l'ancienne génération qu'ils toucheraient une compensation du renchérissement en 2009.
12.2. Le principe du droit à la protection de la bonne foi, valant pour l'ensemble de l'activité étatique, donc aussi pour la justice administrative, est consacré aux art. 5 al. 3 et 9 Cst. Il se subdivise en trois sous-principes: l'interdiction du comportement contradictoire, l'interdiction de l'abus de droit et la protection de la confiance (arrêt du TAF A-5453/2009 du 6 avril 2010 consid. 7.1). L'interdiction de l'abus de droit n'entre pas en ligne de compte dans le cas présent. L'intimé se plaint plutôt d'une violation du principe de la protection de la confiance et de celui de l'interdiction du comportement contradictoire.
12.2.1. Le sous-principe de la protection de la confiance vise à préserver la confiance légitime que le citoyen met dans les assurances précises reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (ATF 131 II 627 consid. 6.1, ATF 129 I 161 consid. 4.1, ATF 128 II 112 consid. 10b/aa, ATF 126 II 377 consid. 3a et les arrêts cités, arrêt du Tribunal fédéral 2A.561/2002 du 11 juillet 2003 consid. 3.2; arrêt du TAF A-5453/2009 du 6 avril 2010 consid. 7.1, arrêt du TAF C-663/2007 du 17 mars 2008 consid. 7.2).
Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire au droit en vigueur, le cas échéant une indemnisation (arrêt du TAF A-5453/2009 du 6 avril 2010 consid. 7.2 et les réf. citées, arrêt du TAF C-2320/2007 du 16 novembre 2009 consid. 6.1 et les réf. citées). Il faut pour ce faire au moins que les conditions suivantes soient remplies cumulativement: l'autorité doit être intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées (1). Elle doit avoir agi ou est censée avoir agi dans les limites de ses compétences (2). L'administré ne doit pas s'être rendu compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu (3). Il doit s'être fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice (4). Enfin, la réglementation ne doit pas avoir changé depuis le moment où l'assurance a été donnée et l'intérêt au respect du droit objectif ne doit pas être prépondérant (5) (ATF 137 I 182 consid. 3.6.2, ATF 131 II 627 consid. 6.1, ATF 129 I 161 consid. 4.1, ATF 122 II 113 consid. 3b/cc et les réf. citées).
Quant aux conséquences juridiques attachées à la protection de la confiance, elles visent à empêcher qu'un administré ne subisse un préjudice, ce qui peut signifier que l'autorité se retrouve liée par ses renseignements malgré leur inexactitude, que des délais manqués doivent être restitués quand bien même la prétention juridique matérielle est d'ores et déjà périmée, voire que l'autorité doive indemniser l'administré pour le dommage qu'il subit (arrêt du TAF A-6749/2010 du 3 octobre 2011 consid. 7.2.2 et les réf. citées).
12.2.2. Le sous-principe de l'interdiction du comportement contradictoire postule que l'autorité ne doit pas, par rapport à une même personne, exprimer des opinions divergentes ou se comporter de manière différente dans des affaires semblables (décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 26 septembre 1995 in: Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 60.81 consid. 3bb). Le comportement contradictoire d'une autorité ne peut être admis qu'aux cinq conditions déjà exposées ci-dessus. La jurisprudence en ajoute une sixième: un comportement clairement contradictoire doit exister (6). Elle précise en outre que ce dernier doit en principe émaner de la même autorité (arrêt du Tribunal fédéral 2C 879/2008 du 20 avril 2009 consid. 7.2, ATF 111 V 81 consid. 6; décision du Conseil fédéral du 19 janvier 2005, in: JAAC 69.119 consid. 6).
12.2.3. De la jurisprudence rappelée ci-dessus, il ressort que l'application du principe de la bonne foi ne permet guère de dégager des solutions absolues, valables dans tous les cas. C'est au contraire au vu des circonstances concrètes de chaque cas d'espèce qu'il y a lieu de déterminer, sur la base de critères objectifs, si les conditions d'application de ce principe sont remplies (arrêt du TAF B-764/2007 du 8 octobre 2008 consid. 4.2 et les réf. citées).
12.3. En l'espèce, on ne saurait retenir une violation du principe de la bonne foi.
12.3.1. En effet, de manière générale, il ressort des pièces du dossier que ni le CEPF, ni la direction de l'EPFL n'ont expressément promis au personnel de l'EPFL, en particulier aux assistants-doctorants de l'ancienne génération, qu'ils bénéficieraient chaque année de la compensation du renchérissement.
Ainsi, la lettre circulaire portant sur les conditions salariales de 2006 mentionne uniquement que le renchérissement sera alloué sous la forme d'une prime unique de 1.9% du salaire annuel brut. Elle précise que cette prime sera payée au mois de mars 2006 et qu'elle se compose de la prime payée en mai 2005 de 1.4% et de la compensation du renchérissement de 0.5% pour 2005 accordée par le Conseil fédéral à la fin de l'année 2004. En 2007, l'EPFL a à nouveau adressé à son personnel une lettre circulaire traitant des conditions de rémunération. Ce document les informe du versement en 2007 d'une allocation de renchérissement, dont le contenu ne diffère pas de celui de 2006. La lettre circulaire de janvier 2008 prévoit aussi que les salaires des assistants-doctorants seront adaptés au coût de la vie. La compensation du renchérissement sera de l'ordre de 3.7%. Elle intégrera les compensations par prime unique octroyées en 2004 et 2005, ainsi qu'une indexation au coût de la vie de 1.8% pour 2007.
Ces documents traduisent uniquement la volonté de l'EPFL d'accorder au personnel une allocation de renchérissement pour l'année en cours. Cette volonté résulte d'une appréciation annuelle de la situation concrète, où différents critères sont pris en compte. On ne peut en aucun cas en déduire une promesse du CEPF ou de la direction de l'EPFL d'adapter chaque année les salaires des assistants-doctorants de l'ancienne génération au renchérissement.
12.3.2. Par ailleurs, par décision des 10/11 décembre 2008, le CEPF a certes décidé d'accorder en 2009 au personnel du domaine des EPF une compensation du renchérissement. Le communiqué de presse publié sur le site du CEPF informe en effet le personnel de cette décision notamment en ces termes: "Afin de récompenser les prestations des collaborateurs sans pour autant perdre de vue les impératifs financiers, le Conseil des EPF a décidé d'accorder à tous les salariés du Domaine une compensation du renchérissement de 1,1% (...)." Cependant, on ne saurait retenir que ce communiqué donne de façon précise aux assistants-doctorants de l'ancienne génération travaillant à l'EPFL l'assurance qu'ils recevront une allocation de renchérissement en 2009. Ce communiqué doit être considéré comme un renseignement général qui s'adresse à l'ensemble du personnel du domaine des EPF, qui comprend l'EPFL, l'EPFZ et les quatre instituts fédéraux de recherche appliquée (PSI, WSL, Empa et Eawag). Il s'adresse ainsi à des milliers d'employés et en aucun cas spécifiquement à la catégorie des assistants-doctorants de l'ancienne génération de l'EPFL. L'autorité n'est donc pas intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées. On peut du reste en dire de même s'agissant des différentes lettres circulaires de 2006, 2007 et 2008 évoquées ci-dessus (consid. 12.3.1).
Ni le CEPF, ni la direction de l'EPFL ne sont dès lors intervenus dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées. La première condition posée à l'application du principe de la bonne foi n'est ainsi pas réalisée.
12.3.3. Enfin, on ne voit pas quelles dispositions l'intimé aurait prises sur la base du communiqué de presse susmentionné, auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice. Cela est d'autant plus vrai qu'un court laps de temps s'est écoulé entre le moment où l'intimé a pris connaissance du communiqué et où il a appris que son salaire ne serait pas adapté au renchérissement en 2009 (décision de la direction de l'EPFL du 5 janvier 2009). L'intimé n'allègue du reste pas avoir pris de telles dispositions durant cette courte période. La troisième condition qu'impose l'application du principe de la bonne foi n'est donc pas remplie non plus.
Les conditions énoncées ci-dessus devant être réalisées cumulativement, il n'est pas nécessaire d'examiner si les autres le sont.
13. Au vu de ce qui précède, le recours déposé le 6 septembre 2010 par l'EPFL doit être admis en ce sens que la décision attaquée est annulée.
14. En l'espèce, conformément à l'art. 34 al. 2 LPers, la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est gratuite. Il ne sera dès lors pas perçu de frais de procédure.
Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit à des dépens (cf. art. 7 al. 3 du règlement concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Aucune indemnité de dépens ne sera donc allouée à l'EPFL, bien que celle-ci soit représentée par un mandataire professionnel (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_245/2008 du 2 mars 2009 consid. 6; arrêt du TAF du 13 janvier 2010 A-7976/2008 consid. 4.3).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis et la décision de l'autorité inférieure du 29 juin 2010 est annulée.
2. Il n'est pas perçu de frais de procédure.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'intimé (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (Acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Alain Chablais
Virginie Fragnière Charrière
Indication des voies de droit :
Les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les rapports de travail de droit public peuvent être contestées auprès du Tribunal fédéral, pourvu qu'il s'agisse d'une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse s'élève à Fr. 15'000.- au minimum ou qui soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 1 let. b et al. 2 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). S'il s'agit d'une contestation non pécuniaire, le recours n'est recevable que si celle-ci touche à la question de l'égalité des sexes (art. 83 let. g LTF).
Si le recours en matière de droit public est ouvert, il doit être déposé dans un délai de 30 jours dès la notification de la décision contestée. Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Il doit être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral (Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne), soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 42, 48, 54 et 100 LTF).
Expédition :