bvger · A-1668/2006 · 2009-11-16 · de
A-1668/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1668/2006
Urteil vom 16. November 2009
Besetzung
Richter Thomas Stadelmann (Vorsitz), Richter Pascal Mollard, Richter Markus Metz,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.
Parteien
X._______ AG, ...
vertreten durch .....
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1996 bis 4. Quartal 1998).
Subvention; verhältnismässige Vorsteuerkürzung (Art. 30 Abs. 6 MWSTV); Rückerstattung der Mineralölsteuer.
Sachverhalt:
A.
Die X. AG ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Nach einer Kontrolle stellte die ESTV verschiedene Ergänzungsabrechnungen (EA) aus, so die EA Nr. 227'414 betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 1998 über eine Steuerforderung von Fr. .... Die Forderung wurde unter Vorbehalt bezahlt. Unter anderem betraf die EA eine Nachbelastung von Fr. ... aufgrund einer Vorsteuerkürzung wegen in den Jahren 1996 bis 1998 erhaltener Treibstoffzollrückerstattungen von insgesamt Fr. ..., die nach Dafürhalten der ESTV als Beitrag der öffentlichen Hand anzusehen seien. Mit Entscheid vom 23. Mai 2002 bestätigte die ESTV die Forderung gemäss EA Nr. 227'414. Am 24. Juni 2002 wurde Einsprache gegen den Entscheid erhoben, soweit er die Kürzung der Vorsteuern infolge Rückerstattung der Treibstoffzuschläge bzw. der Mineralölsteuer stütze.
B.
Mit Einspracheentscheid vom 24. Oktober 2006 wies die ESTV die Einsprache ab und stellte (neben der Rechtskraft des Entscheids im Umfang von Fr. ...) fest, die Einsprecherin schulde für die Steuerperioden 1. Quartal 1996 bis 4. Quartal 1998 Fr. .... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins. Die Zahlungen im Umfang der genannten Steuerbeträge und der Verzugszinsen würden angerechnet. Die ESTV legte im Wesentlichen dar, die Einsprecherin erhalte die Rückerstattungen von Treibstoffzöllen, Mineralölsteuern und Mineralölsteuerzuschlägen nicht schon weil sie eine konzessionierte Transportunternehmung (kurz KTU) sei, sondern nur dann, wenn sie den Nachweis der steuerbegünstigten Verwendung des Treibstoffs, also der Verwendung im öffentlichen Verkehr, erbringe. Die Einsprecherin müsse also diese für eine Subvention typische Zweck- bzw. Verhaltensbindung beachten. Die Rückerstattung sei zur Minderung oder zum Ausgleich finanzieller Lasten aus der Erfüllung öffentlicher Aufgaben gedacht, womit es sich um eine Abgeltung und um eine Subvention im mehrwertsteuerlichen Sinn handle, welche eine verhältnismässige Vorsteuerkürzung gemäss Art. 30 Abs. 6 Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) nach sich ziehe. Ebenfalls abzuweisen sei das Eventualbegehren, die Vorsteuerkürzung sei anhand des Pauschalsatzes von 2,2% zu berechnen.
C.
Mit Beschwerde vom 23. November 2006 an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) beantragt die X. AG (Beschwerdeführerin) unter Kosten- und Entschädigungsfolgen, Ziff. 2, 3 und 4 des Dispositivs des Einspracheentscheids und die darin aufgeführte Nachforderung über Fr. ... zuzüglich Verzugszins seien aufzuheben, die Steuerschuld sei auf Fr. ... zuzüglich Verzugszinsen festzusetzen und der Überschuss von Fr. ... sei zuzüglich Vergütungszins gutzuschreiben. Eventualiter sei die Steuerschuld auf Fr. ... zuzüglich Verzugszinsen festzusetzen und der Überschuss von Fr. ... zuzüglich Vergütungszins gutzuschreiben. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Rückerstattung der Mineralölsteuer könne nicht als Subvention qualifiziert werden und falle nicht unter Art. 30 Abs. 6 MWSTV. Die Nichterhebung einer Steuer bzw. deren Erhebung zu einem ermässigten Satz könne man eindeutig nicht als Subvention qualifizieren. Mit dem System der Rückerstattung eines Teils der Steuer würde den Bedürfnissen der Praxis Rechnung getragen. Für den Steuerpflichtigen bzw. für die Zollverwaltung sei es im Zeitpunkt der Entstehung der Steuerforderung unmöglich festzustellen, welche Menge Mineralöl steuerbegünstigten Zwecken dienen werde. Dies könne erst später nachgewiesen werden, was zur nachträglichen Anwendung des ermässigten Steuersatzes führe. Das System der Rückerstattung beruhe ausschliesslich auf Praktikabilitätsgründen und habe mit der Gewährung einer Subvention nichts zu tun. Die Anwendung des reduzierten Steuersatzes bzw. die daraus entstehende Rückerstattung sei nicht eine Subvention sondern eine Berichtigung bzw. Richtigstellung der zuviel bezahlten Mineralölsteuerbeträge. Das Gesagte gelte auch für das Jahr 1996, als das Mineralölsteuergesetz vom 21. Juni 1996 (MinöStG, SR 641.41) noch nicht in Kraft war und die Beschwerdeführerin Treibstoffzollrückerstattungen erhielt. Es handle sich ebenfalls um die Rückvergütung zuviel bezahlter Abgaben und nicht um Subventionen. Eventualiter sei die Vorsteuerkürzung zu berichtigen. Gemäss einer im Jahr 1995 zwischen dem Bundesamt für Verkehr (BAV) und der ESTV getroffenen Abmachung würden die Vorsteuerkürzungen infolge Subventionen für den Betrieb von KTU anhand eines Pauschalsatzes von 2,2% berechnet. Folglich betrage die Vorsteuerkürzung nur Fr. ....
D.
Mit Eingabe vom 18. April 2007 beantragt die ESTV die Abweisung der Beschwerde.
E.
Auf die weiteren Begründungen in den Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidrelevant - im Rahmen der Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten Einspracheentscheide der ESTV nach Art. 65 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53 MWSTV mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31. Dezember 2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1996 bis 1998, so dass vorliegend noch die MWSTV anwendbar ist (Art. 93 Abs. 1 MWSTG).
2.
Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes (Art. 49 Bst. b VwVG) kann auch die Rüge der Unangemessenheit erhoben werden (Art. 49 Bst. c VwVG). Im Beschwerdeverfahren gelten die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (Art. 12 VwVG), und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 62 Abs. 4 VwVG). Das Bundesverwaltungsgericht ist verpflichtet, auf den - unter Mitwirkung der Verfahrensbeteiligten - festgestellten Sachverhalt die richtige Rechtsnorm anzuwenden (BGE 132 II 112 E. 3.2, 131 II 205 E. 4.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-2036/2008 vom 19. August 2009 E. 1.2; A-4072/2007 vom 11. März 2009 E. 1.2). Dies bedeutet, dass es eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (sog. Motivsubstitution, vgl. statt vieler: BVGE 2007/41 E. 2 mit weiteren Hinweisen; Entscheid der SRK vom 12. Oktober 1998, Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 63.29 E. 4a). Die Rechtsmittelinstanz ist jedoch nicht gehalten, allen denkbaren Rechtsfehlern von sich aus auf den Grund zu gehen; für entsprechende Fehler müssen sich immerhin mindestens Anhaltspunkte aus den Parteivorbringen oder den Akten ergeben (BGE 121 III 274 E. 2b; 119 V 349 E. 1a; 117 V 263 E. 3b; 117 Ib 117 E. 4a; 110 V 53 E. 4a; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, S. 73 Rz. 1.54 f.; vgl. zum Ganzen auch Urteil des BVGer A-1359/2006 vom 26. Juli 2007 E. 1.3).
3.
3.1 Nach Art. 4 MWSTV unterliegen Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden. Die Entgeltlichkeit erfordert einen Leistungsaustausch zwischen dem steuerpflichtigen Leistungserbringer und dem Empfänger. Besteht kein solches Austauschverhältnis, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: BVGE 2008/63 E. 2.3; Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.1 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 18. November 2002, VPB 67.49 E. 2a/cc). Die Annahme eines solchen Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung bzw. ein direkter ursächlicher Zusammenhang gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1; 126 II 443 E. 6a, mit Hinweisen; Urteile des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.1; vom 30. April 2004, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 75 241 E. 3.3; BVGE 2007/39 E. 2.1).
3.2 Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand gehören gemäss Art. 26 Abs. 6 Bst. b MWSTV nicht zum Entgelt. Diese fliessen nicht in die Bemessungsgrundlage ein und unterliegen der Steuer nicht (gleiche Regelung in Art. 33 Abs. 6 Bst. b MWSTG).
3.2.1 Nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV ist der Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, wenn ein Steuerpflichtiger Subventionen oder andere Beiträge der öffentlichen Hand erhält. Das Bundesgericht hat die Verfassungsmässigkeit dieser Bestimmung bestätigt (BGE 126 II 443 E. 6b und c mit Hinweisen; s.a. BGE 132 II 353 E. 4.3, 7.1, Urteil des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.2, 7.1). Ebenfalls wurde sie mit Art. 38 Abs. 8 MWSTG ins Gesetz aufgenommen. Dies trotz der Kritik an dieser Regelung, welche als systemwidrig betrachtet wird, weil ein Vorgang, der mangels Entgeltlichkeit nicht im Geltungsbereich der Mehrwertsteuer liegt, aus verfassungsrechtlichen und steuertechnischen Gründen keine verhältnismässige Vorsteuerabzugskürzung zur Folge haben dürfte (ausführlich: Entscheid der SRK vom 14. Juni 2001 [SRK 2000-142] E. 2; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 247 ff.; Diego Clavadetscher, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 5 ff. zu Art. 38 Abs. 8 mit Hinweisen; vgl. auch Botschaft des Bundesrats zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer vom 26. Juni 2008, BBl 2008 S. 6979; ferner Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.4.2).
3.2.2 Die MWSTV (und das MWSTG) definieren den Begriff Subvention nicht. Das Bundesgericht umschreibt Subventionen (im Sinn von Art. 26 Abs. 6 Bst. b MWSTV wie auch Art. 30 Abs. 6 MWSTV) allgemein als Leistungen kraft öffentlichen Rechts, die anderen Rechtspersonen für bestimmte Zwecke zukommen, ohne dass dies zu einer unmittelbaren Gegenleistung an den Subventionsgebenden führe. Zur Beantwortung der Frage, ob eine Subvention vorliegt, ist zu prüfen, ob das Tatbestandsmerkmal der Entgeltlichkeit im vorn (E. 3.1) umschriebenen Sinn gegeben ist. Subventionen sind Beiträge der öffentlichen Hand, die ohne entsprechende marktwirtschaftliche Gegenleistung ausgerichtet werden. Der Subventionsgeber will damit beim Subventionsempfänger ein bestimmtes Verhalten hervorrufen oder unterstützen, das zur Erreichung eines bestimmten Zieles als geeignet erscheint; diese Zielsetzung muss im öffentlichen Interesse liegen und wird mit der Subventionierung zu verwirklichen versucht. Abgesehen von dieser Verhaltensbindung erfolgt die Subventionierung aber ohne Gegenleistung (BGE 126 II 443 E. 6; Urteile des Bundesgerichts vom 30. September 2003, ASA 74 523 E. 2.2; vom 11. Februar 2002, ASA 73 147 E. 1.2; vom 1. September 2005, ASA 76 248 E. 2.3; vom 25. August 2000, ASA 71 157 E. 6; 2C_105/2008 vom 25. Juni 2008 E. 3.2, 3.3; vom 7. Mai 2008, ASA 78 174 E. 3.1; ausführlich und statt vieler: Urteile des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.2; A-6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.4; vgl. auch Art. 8 Abs. 1 und 2 der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer [MWSTGV, SR 641.201]).
3.2.3 Eine Subvention kann in verschiedenen Formen ausgerichtet werden: Geldleistung, unverzinsliches Darlehen, Erlass einer Forderung (Schuldnachlass), unentgeltliche oder verbilligte Dienstleistungen oder Sachleistungen, Defizitdeckung (Deckungsbeiträge), Verrechnung, Rabatt usw. Eine Subvention kann insbesondere im ganzen oder teilweisen Verzicht des Subventionsgebers auf eine ihm vom Subventionsempfänger geschuldete Leistung liegen (Urteil des Bundesgerichts 2A.547/2002 vom 26. Mai 2004 E. 2.3; Entscheide der SRK vom 8. Oktober 2002 [CRC 2001-119] E. 3b/ee [bestätigt durch genanntes Urteil des Bundesgerichts]; vom 28. Oktober 2004, VPB 69.41 E. 3; vgl. auch Urteil des BVGer A-1483/2006 vom 16. Oktober 2007 E. 3.1.2; Urteil des Bundesgerichts 2C_647/2007 vom 7. Mai 2008, ASA 78 174 E. 5; Merkblatt Nr. 15 zum MWSTG Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand [MB Subventionen] Ziff. 2; vgl. ferner auch die Aufzählung in Art. 3 Abs. 1 Satz 2 des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen [Subventionsgesetz, SuG, SR 616.1]). Gemeinsam ist diesen Vorgängen, dass damit dem Subventionsempfänger ein geldwerter Vorteil zugewendet wird, was Voraussetzung einer Subvention ist (vgl. etwa zum allgemeinen, verwaltungsrechtlichen Subventionsbegriff: Art. 3 Abs. 1 SuG und Fabian Humbel, Subventionsbetrug, Zürich 2008, S. 14 mit Hinweisen).
3.2.4 Gemäss einer Praxismitteilung vom 11. März 2003 der ESTV können grundsätzlich auch "Vergünstigungen" im Sinn von subjektiven Steuerbefreiungen oder erleichterter bzw. privilegierter Besteuerung Subventionen nach Art. 38 Abs. 8 MWSTG darstellen. In Bezug auf Privilegien bei den direkten Steuern sieht die ESTV laut dieser Praxismitteilung aber davon ab, von den Unternehmen eine Vorsteuerkürzung zu verlangen. Es sei nämlich in diesen Fällen oft äussert schwierig, die Steuervorteile betragsmässig zu bestimmen (vgl. hierzu auch das seit Anfang 2008 geltende MB Subventionen Ziff. 7). Demnach qualifiziert die ESTV Steuererleichterungen im Prinzip als Subventionen nach Art. 38 Abs. 8 MWSTG, nimmt aber betreffend die direkten Steuern aus Praktikabilitätsgründen keine Vorsteuerkürzung vor (s.a. Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Bern 2003, 2. Aufl., Rz. 345). Auch die Mineralölsteuerrückerstattung im Speziellen wird explizit als Subvention mit der Folge der Vorsteuerkürzung bezeichnet (Branchenbroschüre Nr. 10 KTU zum MWSTG [im Folgenden BB KTU] Ziff. 8.15 [Fassung gültig bis Ende 2007] bzw. Ziff. 8.16 [Fassung ab 2008]).
4.
4.1 Der Anspruch auf Gleichbehandlung (Art. 4 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874 (aBV] und Art. 8 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 [BV, SR 101]) verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich, Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Das Gebot der Rechtsgleichheit in der Rechtsanwendung verlangt von den rechtsanwendenden Behörden, zwei tatsächlich gleiche bzw. gleichgelagerte Situationen in gleicher Weise zu behandeln, es sei denn, ein sachlicher Grund rechtfertige eine unterschiedliche Behandlung (BGE 125 I 161 E. 3a; 123 I 1 E. 6a mit Hinweis; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 2A.756/2006 vom 22. Oktober 2007 E. 4.2). Sofern ein Rechtssatz durch das Verwenden unbestimmter Rechtsbegriffe oder das Einräumen von Ermessen einen Spielraum offen lässt (und damit nicht schon der Rechtssatz die Rechtsgleichheit gewährleistet), hat die rechtsanwendende Behörde davon in allen gleich gelagerten Fällen gleichen Gebrauch zu machen und eine einheitliche Praxis zu bilden (hierzu und zum Ganzen: Giovanni Biaggini, Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft, Kommentar, Zürich 2007, N. 12 zu Art. 8 mit Hinweis; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2006, Rz. 507 mit Hinweisen).
4.2 Spezifisch für das Mehrwertsteuerrecht wird sodann aus dem Gleichbehandlungsprinzip sowie dem Grundsatz der Wettbewerbs- bzw. der Steuerneutralität gefolgert, dass die Steuer Unternehmungen, die vergleichbare Leistungen erbringen, gleich zu behandeln bzw. Endverbraucher für vergleichbare Leistungen bei gleichen Preisen mit einer gleich hohen Mehrwertsteuer zu belasten hat (Riedo, a.a.O., S. 50 ff., 94 mit Hinweis; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, S. 20; Xavier Oberson, mwst.com, a.a.O., Rz. 21 zu Art. 1; ferner Camenzind/ Honauer/Vallender, a.a.O., Rz. 63, 67). Der verfassungsmässige Anspruch auf Wettbewerbsneutralität, auf welchen sich die Steuerpflichtigen berufen können und welcher sich aus den verfassungsmässigen Rechten der Rechtsgleichheit (Art. 4 aBV resp. Art. 8 BV) und der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen (Art. 31 aBV resp. Art. 27 und 94 BV) ergibt, beschränkt sich allerdings nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts auf direkte Konkurrenten (siehe statt vieler: BGE 125 I 431 E. 4b/aa; 123 II 401 E. 11; 123 II 35 E. 10; ausführlich: Entscheid der SRK vom 6. Januar 2005 [SRK 2004-001] E. 3f mit Hinweisen; zum Ganzen: BVGE 2007/23 E. 2.2).
5.
5.1 Gestützt auf Art. 131 BV sieht Art. 1 MinöStG die Erhebung der Mineralölsteuer und des Mineralölsteuerzuschlags unter anderem auf Treibstoffen vor. Steuerobjekt bildet die Herstellung oder Gewinnung von der Steuer unterstellten Waren im Inland und deren Einfuhr ins Inland (Art. 3 Abs. 1 MinöStG). Steuerpflichtige Personen sind die Importeure, die zugelassenen Lagerinhaber, Personen, die versteuerte Waren zu Zwecken abgeben, verwenden oder verwenden lassen, die einem höheren Steuersatz unterliegen, sowie Personen, die unversteuerte Waren abgeben, verwenden oder verwenden lassen (Art. 9 Bst. a-d MinöStG). Die Steuerforderung entsteht mit der Überführung der Waren in den freien Verkehr, bei der Einfuhr etwa mit Überführung in den zollrechtlich freien Verkehr, bei Herstellung/Gewinnung im Inland mit der Herstellung oder bei Waren in zugelassenen Lagern, wenn sie dieses verlassen (Art. 4 Abs. 1 MinöStG).
Art. 17 Abs. 3 MinöStG hält unter dem Titel "Steuerbegünstigungen" fest, dass die Treibstoffe, die durch KTU verwendet werden, ganz oder teilweise von der Steuer zu befreien sind. Alles Weitere wird nicht im Gesetz, sondern in Art. 49 ff. der Mineralölsteuerverordnung vom 20. November 1996 (MinöStV, SR 641.611) sowie in Art. 10b der Verordnung des EFD vom 28. November 1996 über die Steuerbegünstigungen und den Verzugszins bei der Mineralölsteuer (SR 641.612; "VO EFD") geregelt. Art. 49 Abs. 1 MinöStV bestimmt, dass den KTU die Steuer zurückerstattet wird, wobei der Rückerstattungsbetrag aufgrund des Unterschiedes zwischen dem normalen und dem ermässigten Steuersatz sowie aufgrund der verbrauchten Mengen berechnet wird. Gemäss Art. 50 MinöStV müssen die KTU die Verwendung des Treibstoffs für steuerbegünstigte Zwecke nachweisen (vgl. auch Art. 46 Abs. 2 MinöStV). Gestützt auf Art. 49 Abs. 2 MinöStV wird im Anhang I der VO EFD der Umfang der Steuerbefreiung für den öffentlichen Verkehr festgelegt, nämlich ein ermässigter Steuersatz für die Mineralölsteuer und die Befreiung vom Mineralölsteuerzuschlag. In Art. 10a VO EFD wird zudem präzisiert, dass Waren, deren Verwendung im Zeitpunkt der Entstehung der Steuerforderung nicht bekannt ist, zum höheren Satz zu versteuern sind (Abs. 1) und bei Nachweis der steuerbegünstigten Verwendung die Differenz zwischen höherem und tieferem Satz zurückerstattet wird (Abs. 2).
Die teilweise Steuerbefreiung des von den KTU verwendeten Treibstoffs erfolgt also in jedem Fall über den Weg der Rückerstattung. Die Steuer ist von den nach Art. 9 MinöStG Steuerpflichtigen zum normalen Steuersatz zu entrichten, dies bei Entstehung der Steuerforderung, etwa anlässlich der Einfuhr. Die KTU sind in der Regel nicht steuerpflichtig, sondern ihnen wird die Steuer von den steuerpflichtigen Treibstofflieferanten überwälzt. Wenn die KTU nun die Treibstoffe für steuerbegünstigte Zwecke verwenden, erhalten sie die Differenz zwischen der ihnen überwälzten Steuer (also der Steuer zum ordentlichen Satz) und dem für sie geltenden, günstigeren Satz zurück.
5.2 Für die Zeit vor Inkrafttreten des MinöStG am 1. Januar 1997 bestand eine entsprechende Regelung: Gestützt auf Art. 28 und 36ter Abs. 2 aBV ist der Bund befugt, Einfuhr- und Ausfuhrzölle, insbesondere Treibstoffzölle und einen Zuschlag auf den Treibstoffzöllen zu erheben. Für die Verwendung von Treibstoffen durch KTU war ebenfalls eine Abgabebefreiung vorgesehen: Diese waren vom Treibstoffzoll teilweise und vom Treibstoffzollzuschlag ganz befreit. Die Befreiung erfolgte zudem gleichfalls über eine Rückerstattung (Art. 2 Abs. 2 des Treibstoffzollgesetzes vom 22. März 1985 [SR 725.116.2; Fassung gemäss AS 1994 1634; ursprüngliche Fassung: AS 1985 834] und Anmerkung 3a zu Kapitel 27 des Zolltarifs [am 1. Januar 1995 in Kraft getretene Änderung: AS 1994 1634]; ausführlich hierzu auch Entscheid der Eidgenössischen Zollrekurskommission [ZRK] vom 1. September 1995 [ZRK 1995-035] E. 3 und 4; Botschaft des Bundesrats zum MinöStG, BBl 1995 S. 137 ff., S. 154).
6.
Vorliegend steht der in den Jahren 1995 und 1996 erhobene Treibstoffzoll bzw. die ab 1. Januar 1997 erhobene Mineralölsteuer (je plus Zuschlag) zur Debatte, welche steuerpflichtige Lieferanten der Beschwerdeführerin überwälzt haben und für welche sie bei der Zollverwaltung eine (teilweise) Rückerstattung im soeben in E. 5 umschriebenen Sinn geltend gemacht und erhalten hat (vgl. Ziff. 2.1 EA Nr. 227'414 sowie Beiblatt Treibstoffzollrückerstattungen). Für die Rückerstattung von Treibstoffzöllen bzw. -zuschlägen und der Mineralölsteuer bzw. -zuschlägen gilt für die im Folgenden zu prüfenden Fragen das selbe; das System der Abgabebefreiung im Weg der Rückerstattung stimmt überein (E. 5.1 f.). Art. 17 Abs. 3 MinöStG hat die bereits früher existierende Befreiung vom Treibstoffzoll übernommen (Botschaft zum MinöStG, a.a.O., S. 154). Der Einfachheit halber wird im Folgenden lediglich von der Rückerstattung der Mineralölsteuer die Rede sein, womit auch die Treibstoffzollrückerstattungen gemeint sind.
Die ESTV ist der Ansicht, in der Rückerstattung der Mineralölsteuer sei eine Subvention zu sehen, die eine verhältnismässige Vorsteuerkürzung nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV nach sich ziehe. Dies wird von der Beschwerdeführerin bestritten.
6.1 Offenkundig und unter den Parteien auch unbestritten ist, dass die Steuerbefreiung bzw. die Zahlung des zurückerstatteten Betrags auf keinem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch beruht; diese wird nicht als Gegenleistung für eine mehrwertsteuerliche Leistung der Beschwerdeführerin gewährt. Es handelt sich mangels Leistungsaustauschs grundsätzlich um einen ausserhalb des Geltungsbereichs der Steuer liegenden Vorgang (E. 3.1). Zu entscheiden ist vorliegend einzig, ob eine Subvention oder ein Beitrag der öffentlichen Hand (im Folgenden wird nur von Subvention gesprochen, was beide Fälle umfasst) nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV gegeben ist und sich damit eine verhältnismässige Vorsteuerkürzung rechtfertigt (vgl. E. 3.2.1).
Zu präzisieren ist vorgängig auch, dass eine allfällige Subvention genaugenommen nicht in der Rückerstattung der Steuern liegen würde, sondern vielmehr (bereits) in der Tatsache der Steuerbefreiung selbst. Bedingung einer Subvention ist die Zuwendung irgendeines geldwerten Vorteils (oben E. 3.2.3), was bei der Rückerstattung nicht gegeben ist; sie bewirkt (worauf auch die Beschwerdeführerin - insofern zu Recht - hinweist) keinen Zufluss bzw. keinen geldwerten Vorteil, weil nur bereits Geleistetes zurückgezahlt wird. Zu prüfen ist also, ob die teilweise Steuerbefreiung als solches eine Subvention nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV darstellt.
6.2 Da dem Wortlaut von Art. 30 Abs. 6 MWSTV (wie auch von Art. 38 Abs. 8 MWSTG) diesbezüglich nichts Spezielles zu entnehmen ist, ist die Frage anhand der bundesgerichtlichen Begriffsumschreibung zu beantworten. Danach ist neben der hier erfüllten Bedingung des fehlenden Leistungsaustauschs (soeben E. 6.1) Voraussetzung einer Subvention, dass damit beim Subventionsempfänger ein bestimmtes, im öffentlichen Interesse liegendes Verhalten oder eine entsprechende Tätigkeit hervorgerufen, unterstützt oder gefördert wird (E. 3.2.2). Dies kann hier bejaht werden. Die KTU nehmen im Bereich des öffentlichen Verkehrs eine Aufgabe im öffentlichen Interesse wahr und die Steuerbefreiung wird zweifellos zur Förderung derselben gewährt. Der Wille zur Förderung einer im öffentlichen Interesse liegenden Tätigkeit ist auch den Materialien zur Steuerbefreiung nach Art. 17 Abs. 3 MinöStG zu entnehmen (amtliches Bulletin [AB] SR 4. Juni 1996, S. 319 f.; AB NR 12. Juni 1996 S. 880 ff.). Darauf weist auch die Tatsache hin, dass die Steuerrückerstattung in verschiedenen Voten als Subvention bezeichnet wurde (vgl. AB SR S. 319 f. Votum Simmen, Küchler, Villiger; AB NR S. 882 Votum Villiger). Ferner wurde hervorgehoben, dass die KTU als städtische und regionale Unternehmungen des öffentlichen Verkehrs auf diese "Zuschüsse bzw. Vergünstigungen" angewiesen seien (AB SR S. 319 f., Votum Küchler) und ein Verzicht auf die Rückerstattung (also die Steuerbefreiung) durch den Bund nur zu steigenden Defiziten der KTU und zu einer Verlagerung der Belastung auf die Trägergemeinden oder -kantone führen würde (zitiertes Votum Küchler, AB NR S. 880 f. Votum Hämmerle und Couchepin). Weiter wird auch im Subventionsbericht 2008 des Bundesrats vom 30. Mai 2008 (BBl 2008 6229) festgehalten, bei den Steuervergünstigungen im Bereich der Mineralölsteuer (insbesondere den Rückerstattungen) stehe unter anderem die Förderung des öffentlichen Verkehrs im Vordergrund (S. 6323). Die vorliegende Steuerbefreiung fällt damit unter die höchstrichterliche Definition der mehrwertsteuerlichen Subvention.
6.3 Die Beschwerdeführerin hält nun aber dafür, die Nichterhebung einer Steuer bzw. eine Steuerbefreiung könne man ganz allgemein nicht als Subvention bezeichnen. Dem steht die Ansicht der ESTV im vorliegenden Verfahren sowie deren publizierte Praxis zum MWSTG gegenüber, wonach Steuererleichterungen generell und die Mineralölsteuerrückerstattung im Besonderen als Subventionen unter Art. 30 Abs. 6 MWSTV (bzw. Art. 38 Abs. 8 MWSTG) fielen (vorn E. 3.2.4).
Zu prüfen ist damit, ob es sich, obwohl die vorliegende Steuerbefreiung wie erläutert grundsätzlich unter den mehrwertsteuerlichen Subventionsbegriff subsumiert werden kann, aus irgendeinem Grund rechtfertigt, diese dennoch nicht als Subvention nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV zu betrachten.
6.3.1 Zur Frage, ob Steuererleichterungen als Subventionen nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV (oder Art. 38 Abs. 8 MWSTG) qualifiziert werden können, hat sich soweit ersichtlich bisher weder die Rechtsprechung noch die Lehre geäussert. Einzig in Camenzind/Honauer/Vallender (a.a.O., Rz. 345) wird die Frage aufgeworfen, aber nicht beantwortet, sondern nur auf die Praxis der ESTV verwiesen.
6.3.2 Sodann kann nicht entscheidend sein, ob eine Subvention direkt in Form einer Geldleistung oder - wie im Fall einer Steuererleichterung - indirekt in Form eines Verzichts bzw. Erlasses gewährt wird. Massgeblich ist, dass ein geldwerter Vorteil zugewendet wird (vorn E. 3.2.3), was auch in der zweiten, und hier vorliegenden Konstellation gegeben ist: Ohne die Befreiungsvorschrift hätten die KTU die (ihnen überwälzte) Steuer zu tragen. Durch die Befreiung werden sie von dieser finanziellen Last befreit und mithin im Sinn eines geldwerten Vorteils begünstigt. Unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten ist folglich kein Grund ersichtlich, wieso (direkte) Subventionen im Sinn einer Geldzahlung und (indirekte) Subventionen über Steuerbefreiungen nicht die gleichen steuerlichen Konsequenzen zeitigen sollten.
6.3.3 Es rechtfertigt sich sodann ein Blick auf den Begriff der Subvention im allgemeinen öffentlichen Verwaltungsrecht:
In der Lehre wird die Einräumung von Steuererleichterungen (Verzicht des Staates auf Steuereinnahmen) im Allgemeinen als Subvention, genauer als Finanzhilfe, betrachtet (vgl. etwa René A. Rhinow/Gerhard Schmid/Giovanni Biaggini, Öffentliches Wirtschaftsrecht, Basel 1998, § 16 Rz. 60 mit Hinweis auf § 30 Rz. 32 ff.; Humbel, a.a.O., S. 19 f.; Barbara Schaerer, Subventionen des Bundes zwischen Legalitätsprinzip und Finanzrecht, Chur/Zürich 1992, S. 50). Zu erwähnen ist auch Art. 7 Bst. g SuG, wonach auf Finanzhilfen in Form von steuerlichen Vergünstigungen in der Regel zu verzichten sei, was impliziert, dass nach Ansicht des Gesetzgebers Steuererleichterungen Finanzhilfen sein können. Auch im Subventionsbericht 2008 des Bundesrats (a.a.O., S. 6232, 6242, 6317 f.) wird festgestellt, der Bund könne Subventionen ausgabenseitig (Zahlungen an Dritte) oder einnahmenseitig, insbesondere in Form der Gewährung von Steuervergünstigungen, ausrichten. Im Anhang 3 des Subventionsberichts mit dem Titel "wichtigste Steuervergünstigungen im Überblick" ist die Befreiung von der Mineralölsteuer nach Art. 17 Abs. 3 MinöStG explizit erwähnt und wird also auch unter die Subventionen subsumiert. Schliesslich wurde auch in verschiedenen Voten im Parlament diese Steuerrückerstattung als Subvention bezeichnet (vorn E. 6.2; vgl. ferner die Bezeichnung der Rückerstattung des Treibstoffzolls als "indirekte Finanzhilfe" in BBl 1993 IV 316 und Hinweis darauf im Entscheid der ZRK vom 1. September 1995 [ZRK 1995-035] E. 4a).
Diese Qualifikation von Steuererleichterungen und insbesondere der fraglichen teilweisen Befreiung der KTU von der Mineralölsteuer im allgemeinen Verwaltungsrecht ist zwar für das Mehrwertsteuerrecht nicht allein entscheidend, stützt aber das - gleichlautende - vorstehende Ergebnis.
6.4 Zusammenfassend ist aufgrund der bestehenden - offen und umfassend formulierten - gesetzlichen Regelung und der zugehörigen Rechtsprechung (E. 3.2.2) die fragliche teilweise Steuerbefreiung unter Art. 30 Abs. 6 MWSTV zu subsumieren und es besteht kein Grund, diese anders als andere (insbesondere direkte) Subventionen zu behandeln. Dass solche Steuererleichterungen zu Vorsteuerkürzungen führen, mag störend sein, liegt aber genaugenommen nicht an der vorgenommenen Qualifikation als Subvention, sondern an der Regelung in Art. 30 Abs. 6 MWSTV, an welche sich das Bundesverwaltungsgericht angesichts der Rechtsprechung (E. 3.2.1) zu halten hat. Die ESTV geht demnach zu Recht von der Anwendbarkeit von Art. 30 Abs. 6 MWSTV aus.
6.5 Sodann ist zu zwei Argumenten der ESTV Stellung zu nehmen:
Nicht entschieden werden muss hier, ob die fragliche Steuerbefreiung eine Finanzhilfe oder (wie die ESTV annimmt) eine Abgeltung im Sinn des SuG darstellt. Massgeblich ist, dass sie unter den Begriff der Subventionen nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV fällt (betreffend die Abgeltungen vgl. Urteile des Bundesgerichts vom 1. September 2005, ASA 76 248 E. 2.3; 2C_105/2008 vom 25. Juni 2008 E. 3.2; vgl. auch Urteil des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.2.2).
Für die Qualifikation als Subvention kann es auch nicht darauf ankommen, ob Art. 17 Abs. 3 MinöStG eine vollumfängliche oder, wie die ESTV betont, eine nur teilweise Steuerbefreiung gewährt. So geht die ESTV selbst gemäss publizierter Praxis bei Steuerbefreiungen wie auch -erleichterungen ganz allgemein von Subventionen aus und unterscheidet - zu Recht - nicht etwa in vollumfängliche und teilweise Befreiungen (vgl. E. 3.2.4 und die in der Praxismitteilung vom 11. März 2003 als Beispiel genannten Fälle).
6.6 Obwohl dies von der Beschwerdeführerin nicht thematisiert wird, rechtfertigt sich schliesslich ein Eingehen auf die in E. 3.2.4 dargestellte Praxis der ESTV und die damit einhergehende Gleichbehandlungsproblematik (vgl. E. 2). Nach dieser Praxis betrachtet die ESTV zwar grundsätzlich alle Steuerbefreiungen als Subventionen, verzichtet aber aus Praktikabilitätsgründen bei Steuerbefreiungen im Rahmen der direkten Steuern - und folglich nicht in anderen Fällen - auf die Vorsteuerkürzung. Kein solcher Verzicht erfolgt insbesondere bei der Mineralölsteuer, welche im Übrigen eine indirekte Steuer ist (vgl. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 211; Klaus A. Vallender, Schweizerisches Steuer-Lexikon, Band 2, 1999 S. 314).
6.6.1 Vorab ist zu erwähnen, dass nicht bekannt ist, ob die ESTV - wie e contrario aus der Verwaltungspraxis zu schliessen wäre - alle Steuervergünstigungen bei indirekten Steuern einer Vorsteuerkürzung unterwirft. Die ESTV rechtfertigt den Verzicht auf Vorsteuerkürzungen bei den direkten Steuern damit, dass es bei diesen schwierig sei, die Steuervorteile betragsmässig zu bestimmen (siehe E. 3.2.4). Dies kann aber auch bei indirekten Steuern zutreffen. Die Bestimmung des Steuerbetrags, der aufgrund der Steuererleichterung nicht bezahlt zu werden braucht, ist primär dann einfach, wenn diese - was längst nicht bei allen Steuerbegünstigungen bei den direkten Steuern der Fall ist - über eine Rückerstattung erfolgt. Denkbar ist demnach, dass die ESTV betreffend die Frage der Vorsteuerkürzung nicht auf die Qualifikation als indirekte Steuer, sondern darauf abstellt, ob die Befreiung über eine Rückerstattung abgewickelt wird.
6.6.2 Die Ungleichbehandlung verschiedener Arten von Steuerbefreiungen bei der Vorsteuerkürzung je nach Art der Steuer oder nach dem soeben Gesagten je nach System, welches bei der Befreiung angewendet wird, könnte Art. 8 BV (hierzu E. 4.1) tangieren.
Fraglich ist allerdings schon, ob eine Ungleichbehandlung von "Gleichem" gegeben ist, wenn ganz unterschiedliche Steuerbefreiungen von verschiedenen Steuern in Bezug auf die Vorsteuerkürzung nicht identisch behandelt werden. Entscheidend ist aber ohnehin, dass die unterschiedliche Behandlung auf sachlichen Gründen beruht. Wenn die Befreiung wie vorliegend über eine Rückerstattung erfolgt, kann die Höhe des Vermögensvorteils aus der steuerlichen Vergünstigung ohne Weiteres beziffert werden. Bei Befreiungen ohne Rückerstattungssystem hingegen wären hierzu komplizierte und aufwändige Berechnungen erforderlich. In dieser von der ESTV (siehe oben E. 3.2.4) angeführten Begründung liegt - insbesondere vor dem Hintergrund der Erhebungswirtschaftlichkeit der Steuer (vgl. Art. 1 Abs. 2 MWSTG) - ein sachlicher Grund, um von einer Vorsteuerkürzung abzusehen. Eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots ist damit nicht erkennbar (vorn E. 4.1). Ferner ist, da die Ungleichbehandlung verschiedene Arten von Steuern bzw. Steuerbefreiungen betrifft, auch nicht ersichtlich, dass die Voraussetzungen für eine Verletzung der Wettbewerbsneutralität erfüllt wären (ungleiche Behandlung gleichartiger Leistungen bzw. direkter Konkurrenten, vgl. vorn E. 4.2).
Insgesamt ist, jedenfalls im vorliegenden Fall, kein durch die Praxis der ESTV bewirkter Verstoss gegen ein verfassungsmässiges Recht, auf welches sich die Beschwerdeführerin mit Erfolg berufen könnte, zu sehen. Gewisse Zweifel bestehen zwar in Bezug auf das Abgrenzungskriterium, welches die ESTV genau anwendet (E. 6.6.1). Nachdem aber keine Anhaltspunkte auf allfällige Ungleichbehandlungen bestehen und sich die Beschwerdeführerin auf das Rechtsgleichheitsgebot gar nicht beruft, sind weitere Abklärungen diesbezüglich nicht erforderlich (vorn E. 2).
7.
Die Beschwerdeführerin verlangt eventualiter die Berichtigung der Vorsteuerkürzung. Gemäss einer im Jahr 1995 zwischen dem BAV und der ESTV getroffenen Abmachung und einem entsprechenden Schreiben des BAV an die KTU würden die Vorsteuerkürzungen infolge Subventionen für den Betrieb von KTU anhand eines Pauschalsatzes von 2,2% berechnet. Dieser sei auch auf die Rückerstattung der Mineralölsteuer bzw. des Treibstoffzolls anwendbar; von einer Ausklammerung derselben sei in der fraglichen Abmachung bzw. im Rundschreiben des BAV keine Rede gewesen. Dies sei erst im Nachhinein mit der BB KTU zum MWSTG, gültig ab 2001, erfolgt. Folglich würde die Vorsteuerkürzung nur Fr. ... betragen, nämlich 2,2% vom Betrag aller Rückerstattungen von Fr. .... Die ESTV verneint die Anwendbarkeit des Pauschalsatzes von 2,2%. Ihrer Ansicht nach beträgt die Vorsteuerkürzung 6.5% der Rückerstattungen von Fr. ... (entspricht 106.5%), also Fr. ... (vgl. zur Berechnung EA Ziff. 2.1).
7.1
7.1.1 Verwaltungsverordnungen (Weisungen, Richtlinien etc.) dienen einer einheitlichen und rechtsgleichen Rechtsanwendung durch die Verwaltung. Sie sind Meinungsäusserungen der Verwaltung über die Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen (BGE 128 I 167 E. 4.3; 121 II 473 E. 2b). Sie können keine vom höherrangigen Recht abweichenden Bestimmungen enthalten (BGE 123 II 16 E. 7; 121 II 473 E. 2b; 120 Ia 343 E. 2a; BVGE 2007/41 E. 7.4.2) und dürfen die gesetzlichen Vorschriften bloss konkretisieren (BGE 109 Ib 205 E. 2; 106 Ib 252 E. 1). Gerichte sind an Verwaltungsverordnungen nicht gebunden. Im Fall der Anfechtung einer Verfügung prüft das Gericht im Prinzip nur, ob die Verfügung mit dem übergeordneten Recht übereinstimmt. Allerdings soll das Gericht auch eine Verwaltungsverordnung bei seiner Entscheidung mitberücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulässt und nicht über eine blosse Konkretisierung des übergeordneten Rechts hinausgeht (BGE 109 Ib 205 E. 2; 121 II 473 E. 2b; Urteil des Bundesgerichts vom 26. Juli 2001, ASA 71 496 E. 2a; BVGE 2007/41 E. 3.3; 2008/22 E. 3.1.1 mit Hinweisen; Urteil der SRK vom 28. Juni 2005, VPB 69.125 E. 3b).
7.1.2 Der zeitliche Geltungsbereich von Verwaltungsverordnungen der ESTV stimmt grundsätzlich mit dem zeitlichen Geltungsbereich der Norm überein, die durch die Praxis ausgelegt bzw. präzisiert wird (Urteil des BGer vom 15. Mai 2000, ASA 70 S. 589 E. 5b und c; BVGE 2007/25 E. 3.2, 5.2 mit Hinweis; Urteil des BVGer A-6120/2007 vom 19. Oktober 2009 Ziff. 29 mit Hinweisen).
7.2 Im von der Beschwerdeführerin angerufenen Rundschreiben "Subventionen und Mehrwertsteuer" des BAV vom Dezember 1995 an alle KTU (vgl. Beschwerdebeilage 7) wird erläutert, es habe mit der ESTV ein Weg gefunden werden können, wie die durch Subventionen bedingten Vorsteuerkürzungen einheitlich und pauschal, und gemäss Art. 47 Abs. 3 MWSTV im Sinn einer annäherungsweisen Ermittlung erfolgen könne: Die Vorsteuerkürzung infolge Subventionen betrage für KTU 2,2% der Betriebssubventionen. Diese Abrechnungsmethode sei verbindlich; eine andere Variante stehe den KTU nicht offen. Ferner gelte die Berechnungsart für sämtliche Subventionen von Bund, Kantonen und Gemeinden (vgl. zu dieser Praxis auch Urteil des Bundesgerichts 2A.616/2005 vom 20. Juni 2006 E. 2.2).
7.3 Für den hier strittigen Zeitraum (1996 bis 1998) kann die von der Beschwerdeführerin angerufene Verwaltungspraxis grundsätzlich herangezogen werden. In der BB KTU zur MWSTV (anders als in der späteren zum MWSTG, hierzu unten E. 7.4.1) war eine besondere Berechnung der Vorsteuerkürzung bei Subventionen noch nicht vorgesehen (Ziff. 2.20).
Zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführerin Recht zu geben ist, und der Pauschalsatz von 2,2% nicht nur für die anderen Betriebssubventionen, wie die ESTV vertritt, sondern auch für die Mineralölsteuerrückerstattungen angewendet werden kann. Das Rundschreiben des BAV präzisiert explizit, die fragliche Berechnungsart gelte für sämtliche Subventionen. Sodann wurde darin nicht vorgesehen, dass die Mineralölsteuerrückerstattungen von der fraglichen Ermittlungsart ausgeschlossen wären. Wie die Beschwerdeführerin - von der ESTV im Übrigen unwidersprochen - geltend macht, war ein solcher Ausschluss auch in der (nicht aktenkundigen) Vereinbarung zwischen der ESTV und dem BAV nicht enthalten. Zudem ist vorliegend von einem Betriebsbeitrag auszugehen; dies wird auch im Einspracheentscheid nicht verneint. Gilt der Pauschalsatz damit uneingeschränkt für alle Subventionen für den Betrieb von KTU, hat dies auch für die Befreiung von der Mineralölsteuer zu gelten, welche nach vorstehenden Ausführungen (E. 6) unter den Begriff der Subvention fällt. Ein Auslegung der fraglichen Praxis ergibt, dass die Vorsteuerkürzung infolge Mineralölsteuerrückerstattungen ebenfalls anhand der Pauschale vorgenommen werden kann. Diese in der strittigen Periode in Kraft stehende Praxis ist vom Bundesverwaltungsgericht anzuwenden, soweit sie nicht als rechtswidrig anzusehen ist (E. 7.1.1). Die Praxis und deren soeben vorgenommene Auslegung, also die Anwendung der Pauschale auch für die Steuerrückerstattungen, kann nicht als rechtswidrig (oder auch nur nicht sachgerecht) bezeichnet werden, und solches vermochte auch die ESTV nicht zu begründen. Ein Grund für eine spezielle, von derjenigen anderer Subventionen abweichende, Behandlung der Mineralölsteuerrückerstattungen ist insgesamt nicht ersichtlich und der Beschwerdeführerin ist die Anwendung der Pauschalmethode zuzugestehen.
Folglich sind die erhaltenen Subventionen, inklusive die Mineralölsteuerrückerstattungen, mit dem Satz von 2,2% zu multiplizieren, was den totalen Kürzungsbetrag aufgrund aller Subventionen ergibt. Bei isolierter Berechnung der Vorsteuerkürzung infolge Befreiung von der Mineralölsteuer ist der Rückerstattungsbetrag von Fr. ...- mit 2,2% zu multiplizieren. Die Vorsteuerkürzung beläuft sich damit - wie die Beschwerdeführerin geltend macht - auf Fr. ....
7.4 Es bleibt auf die Argumente der ESTV einzugehen:
7.4.1 Die ESTV erwähnt unter anderem Ziff. 8.15 (zweiter Abschnitt) der BB KTU zum MWSTG und sieht darin den Beleg dafür, dass die Pauschale für die Mineralölsteuerrückerstattung nicht angewendet werden dürfe.
Ziff. 4.2 BB KTU zum MWSTG sah für Betriebsbeiträge darstellende Subventionen die Vorsteuerkürzung anhand des Pauschalsatzes vor. In der von der ESTV angerufenen Ziff. 8.15 (2. Absatz) war sodann festgehalten, dass die Vorsteuerkürzung aufgrund von Mineralölsteuer-Rückerstattungen bei KTU, welche eine Vorsteuerkürzung wegen Subventionen vornehmen müssen, mit dem anzuwendenden Pauschalsatz (Ziff. 4.2) nicht abgegolten sei. Vorgesehen war eine besondere, separate Berechnung der Vorsteuerkürzung aufgrund der Steuerrückerstattungen. Der Hinweis der ESTV auf den fraglichen 2. Absatz von Ziff. 8.15 geht insofern fehl, als diese Praxis erst Anfang 2001 in Kraft trat und nur für den Geltungsbereich des MWSTG angewendet werden kann (E. 7.1.2), also für den vorliegenden, dem Regime der MWSTV unterstehenden Sachverhalt nicht gilt. Für die hier strittige Zeit existierte vielmehr eine andere Praxis (vorn E. 7.3). Eine rückwirkende Anwendung der späteren Praxis rechtfertigt sich auch nicht etwa deswegen, weil diese als die (einzig) richtige und zulässige Vorgehensweise anzusehen wäre. Vielmehr ist die im Sinn der vorstehenden Auslegung (E. 7.3) verstandene alte Praxis durchaus als zulässig anzusehen und vom Bundesverwaltungsgericht deswegen anzuwenden (E. 7.3, 7.1.1). Ferner ist darauf hinzuweisen, dass die von der ESTV angerufene Praxis zum MWSTG im Jahr 2004 erneut geändert worden ist und die Befreiung von der Mineralölsteuer neu (wiederum) im Rahmen der Pauschale berücksichtigt werden kann (wenn auch in etwas anderer Weise als unter der Praxis zur MWSTV, hierzu sogleich E. 7.4.2). Nicht geprüft zu werden braucht bei diesen Gegebenheiten, ob die seit 2001 geltende Praxis ihrerseits (wie auch die alte Praxis) rechtmässig bzw. sachgerecht war. So oder so ist der Beschwerdeführerin aufgrund der zum hier strittigen Zeitraum geltenden Praxis die Anwendung der Pauschale zu gewähren.
7.4.2 Weiter beruft sich die ESTV im Einspracheentscheid auf eine Praxismitteilung vom 30. Januar 2004. Danach sind die Vorsteuerkürzungen infolge Mineralölsteuerrückerstattungen nun bei Anwendung der Pauschale ebenfalls (mit-)abgegolten. Für die Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung sind dabei nur die erhaltenen Betriebssubventionen (nicht aber die Steuerrückerstattungen) mit dem Pauschalsatz zu multiplizieren, weil die Mineralölsteuerrückerstattungen bereits im Pauschalsatz, der deswegen auf 3,5% erhöht wurde, berücksichtigt sind (vgl. auch neueste Fassung der BB Nr. 10 von 2008, Ziff. 8.16).
Die ESTV hält nun dafür, aus dieser Praxismitteilung werde ersichtlich, dass sich die Beschwerdeführerin in zwei Punkten irre. Erstens seien die als Subvention geltenden Mineralölsteuerrückerstattungen erst mit der Pauschalsatzerhöhung auf 3,5% in den Prozentsatz integriert worden. E contrario sei dies vorher nicht der Fall gewesen. Hinzu komme, dass die Bezugsgrösse für die Berechnung eine völlig andere wäre. Die Mineralsteuerrückerstattungen wären gerade nicht miteinzubeziehen. Die Berechnung der Beschwerdeführerin führe somit zu keinem sachgerechten Resultat.
Diese Argumentation ist nicht stichhaltig. Betreffend den ersten Punkt kann auf die vorstehende E. 7.4.1 verwiesen werden; dass die Pauschale nach der vor der Praxismitteilung geltenden Praxis zum MWSTG für die Mineralölsteuerrückerstattungen nicht angewendet werden durfte, ist vorliegend - da diese Praxis nicht anwendbar ist - nicht entscheidend. Was das zweite Argument anbelangt, so ist zwar die Berechnungsweise gemäss dieser neuesten Praxis tatsächlich eine ganz andere als jene, die die Beschwerdeführerin verlangt und die vorstehend als zulässig bezeichnet wurde (E. 7.3). Im unter dem Geltungsbereich der MWSTV geltenden Pauschalsatz von 2,2% war die Mineralölsteuerrückerstattung, anders als gemäss neuester Praxis mit dem Satz von 3,5%, im Pauschalsatz nicht integriert und die Berechnung erfolgt deswegen anhand einer Multiplikation der Betriebsbeiträge inklusive der Steuerrückerstattung mit dem Pauschalsatz (vorn E. 7.3). Dass dies nicht zu einer sachgerechten Kürzung führen würde, ergibt sich aus der abweichenden Ermittlung anhand der neuesten Praxis, die sich damit erklärt, dass die Rückerstattung eben neu im erhöhten Pauschalsatz schon berücksichtigt ist, entgegen der Ansicht der ESTV also keineswegs.
7.5 Zusammenfassend ist der Beschwerdeführerin eine Kürzung anhand des Pauschalsatzes zu gewähren. Die Vorsteuerkürzung beläuft sich wie erläutert (E. 7.3) auf lediglich Fr. ... statt Fr. ... gemäss Entscheid der ESTV, womit die Beschwerde im Umfang von Fr. ... (Fr. ... minus Fr. ...) teilweise gutzuheissen ist. Der von der Beschwerdeführerin bereits einbezahlte Betrag ist von der ESTV zurückzubezahlen bzw. gutzuschreiben. Die ESTV hat für die Zeit ab der Zahlung der zu Unrecht eingeforderten Steuer bis zur Auszahlung zudem einen Vergütungszins zu 5% auszurichten (Art. 48 Abs. 4 MWSTG bzw. Art. 39 Abs. 4 MWSTV i.V.m. Art. 1 Abs. 3 der Verordnung des EFD vom 20. Juni 2000 über die Verzugs- und Vergütungszinssätze [SR 641.201.49]).
8.
Die Beschwerde ist im Sinn der Erwägungen teilweise gutzuheissen (E. 7), im Übrigen aber abzuweisen. Angesichts der teilweisen Gutheissung werden die Verfahrenskosten von Fr. 4'000.-- der Beschwerdeführerin im reduzierten Umfang von Fr. 1'300.-- auferlegt (Art. 63 Abs. 1 VwVG). Die ESTV hat zudem der teilweise obsiegenden und vertretenen Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG). Diese wird in Anwendung von Art. 14 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 4'000.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) festgesetzt.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Die ESTV hat der Beschwerdeführerin den Betrag von Fr. .... inklusive eines Vergütungszinses von 5% zurückzuerstatten bzw. gutzuschreiben. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
2.
Die Verfahrenskosten werden in reduziertem Umfang von Fr. 1'300.--der Beschwerdeführerin auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 4'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 2'700.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft zurückerstattet.
3.
Die ESTV hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu entrichten.
4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ESTV ...; Gerichtsurkunde)
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:
Thomas Stadelmann Sonja Bossart
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
Versand: