bvger · A-1575/2006 · 2009-10-05 · de
A-1575/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1575/2006
Urteil vom 5. Oktober 2009
Besetzung
Richterin Salome Zimmermann (Vorsitz), Richter Daniel Riedo, Richter Markus Metz,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.
Parteien
X._______, ....,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV),
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 2000 bis 4. Quartal 2002); Vorsteuerabzug,
Sachverhalt:
A.
Die X. mit Sitz in ..., ist seit dem 20. März 2000 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Im Eintragungsgesuch wurde als Art der Tätigkeit in der Schweiz "Vercharterung eines in der Schweiz verzollten Flugzeugs an die Firma Y. " ... angegeben.
B.
Am 14. April 2000 importierte die X. das Flugzeug ... in die Schweiz und bezahlte Einfuhrsteuern in der Höhe von Fr. .... Das Flugzeug wurde in der Folge ... in der Schweiz immatrikuliert.
C.
Für das Jahr 2000 deklarierte die X. einen Vorsteuerüberschuss von mehr als Fr. ..., welcher ihr von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) erstattet wurde. Mit Schreiben vom 27. Januar 2001 teilte die X. der ESTV mit, sie gehe zwar davon aus, dass sie auch im Jahr 2001 aufgrund der erzielten Umsätze steuerpflichtig sei, dass sie aber rein vorsorglich rückwirkend auf den 1. Januar 2001 für die freiwillige Steuerpflicht optiere. Für die Jahre 2001 und 2002 deklarierte die X. lediglich steuerbefreite Umsätze sowie jeweils im 4. Quartal eine Eigenverbrauchssteuer von Fr. ... und machte im übrigen Vorsteuerüberschüsse geltend. Diese wurden ihr vorerst noch ausbezahlt, für das 2. bis 4. Quartal 2002 jedoch nicht mehr. In der Folge verlangte die ESTV die Einreichung diverser Unterlagen, insbesondere des mit der Y. abgeschlossenen Vercharterungsvertrags und der Rechnungen, für welche der Vorsteuerabzug geltend gemacht wurde.
D.
Die X. reichte am 20. September 2002 ein "Operation Management Agreement" vom 21. Dezember 1983 ... sowie einen undatierten Nachtrag zu diesem Vertrag ein, welcher als "operator" die Y. aufführte. Ferner wurden zwei nicht gegengezeichnete inhaltlich identische Schreiben an die Y. vom 13. Januar 1986 bzw. 14. Dezember 1992 vorgelegt, welche sich mit den Preisen und Auslagen der Vercharterung des Flugzeugs an Dritte befassen, wobei das eine von ... und das andere von der X. stammt. Gemäss dem Vertrag übertrug der Eigentümer das Betreiben des Flugzeugs vollständig dem Operator. Dieser hatte das Flugzeug auf Rechnung des Eigentümers und für dessen Gebrauch zu betreiben (Ziffer 1.1). Der Eigentümer hatte dem Operator mitzuteilen, welche Angestellten befugt seien, Flüge in Auftrag zu geben (Ziffer 2.1). Der Operator erhielt eine monatliche Entschädigung von US$ ... und stellte dem Eigentümer die Betriebskosten in Rechnung. Über Vercharterungen an Dritte musste der Operator abrechnen. Mit dem erwähnten Nachtrag und den Schreiben wurden die Konditionen für solche Vercharterungen an Dritte abgeändert.
Weiter überliess die X. der ESTV die Abrechnungen der Y. für das 2. und 3. Quartal 2002. Die ESTV verlangte in der Folge weitere Belege, die jedoch nicht eingereicht wurden.
E.
Am 3. Juni 2003 erliess die ESTV einen Entscheid, in welchem sie die X. mit Wirkung vom 31. Dezember 2000 aus dem Register der Mehrwertsteuerpflichtigen strich, weil nach dem 1. Januar 2001 sämtliche Flüge, auch die im Eigenverbrauch abgerechneten, im Ausland erfolgten, weshalb keine Umsätze vorlägen, die die schweizerische Mehrwertsteuer tangierten. Sie forderte einen Grossteil der ausbezahlten Vorsteuerüberschüsse samt Zinsen zurück.
F.
Gegen diesen Entscheid erhob die X. am 4. Juli 2003 Einsprache und verlangte dessen Aufhebung sowie die Auszahlung der Vorsteuerüberschüsse. Sie bestritt, dass das Flugzeug im Jahr 2000 hauptsächlich für die X. selbst und ab 2001 lediglich im Ausland verwendet worden sei. Die Vorsteuerabzüge seien deshalb gerechtfertigt, und die Gesellschaft sei weiter steuerpflichtig. Die ESTV verlangte weitere Unterlagen, welche die X. am 18. Juni 2004 einreichte. Ebenso wurden die einverlangten Erfolgsrechnungen und Bilanzen für die Jahre 2000 - 2003 der ESTV zugestellt, wobei diese eigens für die ESTV erstellt worden waren, weil die X. auf den Bahamas nicht buchführungspflichtig sei.
G.
Mit Einspracheentscheid vom 28. Februar 2006 hiess die ESTV die Einsprache teilweise gut. Sie entschied wie folgt:
1. (hier nicht massgebend)
2. Die Einsprache der X. vom 4. Juli 2003 wird in Bezug auf die Steuerpflicht und im Umfang von CHF ... teilweise gutgeheissen, im Übrigen jedoch abgewiesen.
3. Es wird festgestellt, dass die X. nicht mit Wirkung per 31. Dezember 2002 aus dem Register der Mehrwertsteuerpflichtigen zu löschen ist.
4. Die X. schuldet und hat der ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 2000 bis 4. Quartal 2000 (Zeit vom 20. März 2000 bis 31. Dezember 2000) den Betrag von CHF ... zuzüglich Verzugszins zu 5% seit dem 31. Dezember 2001 (mittlerer Verfall) zu bezahlen.
5. Die X. schuldet und hat der ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2001 (Zeit vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2001) den Betrag von CHF ... zuzüglich Verzugszins zu 5% seit dem 31. Dezember 2001 (mittlerer Verfall) zu bezahlen.
6. Die X. schuldet und hat der ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 2002 (Zeit vom 1. Januar 2002 bis 31. März 2002) den Betrag von CHF ... zuzüglich Verzugszins zu 5% seit dem 31. Dezember 2001 (mittlerer Verfall) zu bezahlen.
7. Die Vorsteuern von CHF ..., die von der X. in den Steuerperioden vom 2. Quartal 2002 bis 4. Quartal 2002 geltend gemacht wurden, sind auf CHF 330'300.70 herabzusetzen.
8. Das Guthaben über CHF ... für die Steuerperioden vom 2. Quartal 2002 bis 4. Quartal 2002 wird von der ESTV zur Verrechnung der offenen Steuerschulden gemäss Ziff. 4 bis Ziff. 6 herangezogen.
9. und 10. (hier nicht massgebend)
Dabei stellte sich die ESTV bezüglich des Jahres 2000 weiterhin auf den Standpunkt, aus den Flugplänen und dem Fehlen von Gutschriften seitens der Y. für diverse Flüge ergebe sich, dass die X. das Flugzeug zu 85.72% selber verwendet habe, was eine entsprechende Vorsteuerabzugskürzung nach sich ziehe. Diese Kürzung nahm sie - wie bereits im angefochtenen Entscheid - im Verhältnis der deklarierten Umsätze zu den gesamten vorsteuerbelasteten Bezügen vor, wobei sie letztere auf der Basis der in Abzug gebrachten Vorsteuern hoch rechnete. Die Steuerpflicht ab 1. Januar 2001 bestehe hingegen weiter, weil es sich bei einem Teil der Flüge doch um Inlandflüge handle und die X. mit dem aus diesen Flügen erzielten Umsatz die entsprechenden Umsatzgrenzen erreiche. Aber auch für diese Jahre sei eine Vorsteuerabzugskürzung wegen privater Verwendung vorzunehmen. Diese berechnete die ESTV für das Jahr 2001 auf 58.15% und für das Jahr 2002 auf 38.15%, wobei sie für die Kürzung die gleiche Methode wie für das Jahr 2000 verwendete.
H.
Dagegen liess die X. (Beschwerdeführerin) am 31. März 2006 Beschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) führen mit den nachfolgenden Anträgen:
1. Der Entscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 28. Februar 2006 sei aufzuheben.
2. Auf die für die Steuerperioden 1. Quartal 2000 bis 4. Quartal 2002 geltend gemachte Steuernachforderung sei zu verzichten und der nachgeforderte Steuerbetrag sei wieder gutzuschreiben.
3. Die von der Beschwerdeführerin für das 2. Quartal 2002 bis 4. Quartal 2002 deklarierten Vorsteuerüberschüsse seien zuzüglich 5% Zins seit wann rechtens innert 10 Tagen seit Rechtskraft des Beschwerdeentscheides auszuzahlen.
Unter Kosten- und Entschädigungsfolge.
Zum einen bringt die Beschwerdeführerin vor, die Berechnungen, welche die ESTV im angefochtenen Entscheid vorgenommen hat, seien nicht richtig, zum andern sei die Vorsteuerabzugskürzung im Jahr 2000 unzulässig, weil der gesamte Eingangsumsatz einem steuerbaren Ausgangsumsatz zuordenbar sei. Diverse Flüge seien in den Flugplänen zu Unrecht als Flüge für die Beschwerdeführerin ("Privatflüge") aufgezeichnet worden. Effektiv habe es sich jedoch um Flüge für Dritte, Positionierungsflüge, Flüge zum Unterhalt und Demonstrationsflüge für einen allfälligen Verkauf gehandelt. Für das Jahr 2001 seien lediglich 5.18% der Flüge für nicht steuerbare Zwecke durchgeführt worden, weshalb der Vorsteuerabzug ungekürzt habe erfolgen dürfen und die darauf entfallende Eigenverbrauchssteuer nach Art. 41 Abs. 2 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) einmal im Jahr versteuert worden sei. Bei gewissen als "Privatflüge" bezeichneten Flügen des Jahres 2002 habe es sich um Positionierungsflüge bzw. solche im Zusammenhang mit Wartungsarbeiten gehandelt. Der Anteil an Privatflügen im Jahr 2002 habe lediglich 5.13% betragen, was ebenfalls die Versteuerung nach Art. 41 Abs. 2 MWSTG rechtfertige. Für die Jahre 2001 und 2002 werden in der Beschwerde Eigenverbrauchssteuern von Fr. ... bzw. Fr. ... nachdeklariert, auf der Basis der sich aus dem Flugplan ergebenden Flugstunden sowie den jeweils den Dritten in Rechnung gestellten Ansätzen.
I.
In ihrer Vernehmlassung vom 21. Juni 2006 hielt die ESTV am angefochtenen Entscheid fest und beantragte die vollumfängliche Abweisung der Beschwerde. Sie widersprach der Behauptung der Beschwerdeführerin, die Steuerberechnung sei falsch. Was die Flüge im Jahr 2000 anbelange, sei die Argumentation der Beschwerdeführerin, es habe sich nicht um "Privatflüge" gehandelt, aufgrund der eingereichten Unterlagen nicht nachgewiesen. Demnach sei die vorgenommene Vorsteuerkürzung korrekt. Auch für die Jahre 2001 und 2002 werden die Ausführungen der Beschwerdeführerin, dass es sich bei gewissen im Flugplan mit "privat" bezeichneten Flügen um "geschäftliche" gehandelt habe, bestritten. Damit seien die entsprechenden Vorsteuerkürzungen korrekt. Die ESTV begründet die vorgenommene Vorsteuerabzugskürzung weiter mit dem Argument, die vorsteuerbelasteten Aufwendungen seien mit Zuwendungen finanziert worden, nicht durch Entgelte, und eine Vorsteuerabzugskürzung sei aus diesem Grund erforderlich. Die Beschwerdeführerin habe die Defizite aus dem Flugbetrieb mit Mitteln gedeckt, welche sie nicht durch steuerbare Tätigkeit generiert habe. Die ESTV verweist dabei auf Art. 38 Abs. 8 MWSTG und hält dafür, es seien Spenden gegeben.
J.
Per 1. Januar 2007 wurde das Verfahren vom Bundesverwaltungsgericht übernommen. Die Instruktionsrichterin ersuchte die Beschwerdeführerin mit Verfügung vom 8. Januar 2009, zur Anwendbarkeit von Art. 38 Abs. 8 MWSTG und den entsprechenden neueren Gerichtsentscheiden Stellung zu nehmen. In ihrer Replik vom 30. Januar 2009 führte die Vertreterin der Beschwerdeführerin aus, dass es sich bei dieser um eine Single Purpose Company handle, welche die mit dem Flugbetrieb verbundenen Haftungsrisiken auffangen soll. Für die Aufrechterhaltung der Beschwerdeführerin sei somit ein rein wirtschaftliches Interesse massgebend, so dass es sich bei den Zuwendungen nicht um Spenden, sondern um Kapitaleinlagen handle, welche nicht zu einer Vorsteuerabzugskürzung führten. Weiter wird bemängelt, die ESTV übersehe, dass das Flugzeug im Zeitpunkt des Imports in die Schweiz bereits bezahlt gewesen sei und dass es nicht nur durch Fremd- und Eigenkapital der Aktionäre, sondern auch durch Dritte hätte finanziert gewesen sein können; Drittfinanzierungen seien jedoch weder Spenden noch Kapitaleinlagen und führten nie zu einer Vorsteuerkürzung. In ihrer Duplik vom 25. März 2009 fasst die ESTV die seit Einreichen der Vernehmlassung ergangene Rechtsprechung zusammen und hält fest, dass der Vorsteuerabzug gestützt auf Art. 38 Abs. 4 MWSTG wegen privater Verwendung - und nicht wie in der Vernehmlassung ausgeführt gestützt auf Art. 38 Abs. 8 MWSTG - zu kürzen sei. Die Beschwerdeführerin sei den Nachweis schuldig geblieben, dass die Flüge, welche die Y. für sie durchgeführt habe, für einen steuerbaren Zweck innerhalb des Konzernverbundes verwendet worden seien. Somit fehle es an einem echten Leistungsaustausch und folglich an einem Umsatz.
K.
Auf die einzelnen Argumente in den Rechtsschriften wird - soweit erforderlich - in den nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Bis zum 31. Dezember 2006 unterlagen Einspracheentscheide der ESTV der Beschwerde an die SRK. Das Bundesverwaltungsgericht übernahm, sofern es zuständig ist, die Ende 2006 bei der SRK hängigen Rechtsmittel. Die Beurteilung erfolgt nach neuem Verfahrensrecht (Art. 53 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht [VGG, SR 173.32]). Soweit das VGG nichts anderes bestimmt, richtet sich gemäss Art. 37 VGG das Verfahren nach dem Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021). Das Bundesverwaltungsgericht ist zur Behandlung der Beschwerde sachlich wie funktionell zuständig (Art. 31 und 33 Bst. d VGG). Die Beschwerdeführerin hat den Einspracheentscheid vom 28. Februar 2006 frist- und auch formgerecht angefochten (Art. 50 und 52 VwVG). Sie ist durch diesen beschwert und grundsätzlich zur Anfechtung berechtigt (Art. 48 VwVG). Somit ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung (Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer [MWSTGV, SR 641.201]) in Kraft getreten. Die Beurteilung des vorliegenden Sachverhalts richtet sich nach dieser Gesetzgebung, soweit er sich in deren zeitlichem Geltungsbereich ereignet hat (1. Januar 2001 bis 30. September 2003). Soweit sich hingegen der Sachverhalt vor Inkrafttreten des MWSTG zugetragen hat (20. März 2000 bis 31. Dezember 2000), ist auf die vorliegende Beschwerde grundsätzlich noch die Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) anwendbar (Art. 93 und 94 MWSTG).
1.3 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Einspracheentscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Rüge der Unangemessenheit erheben (Art. 49 Bst. c VwVG; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, S. 73 Rz. 2.149 2.; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich Basel Genf 2006, Rz. 1632 ff.). Das Bundesverwaltungsgericht hat den Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen und ist dabei nicht ausschliesslich an die Parteibegehren gebunden. Die Beschwerdeinstanz hat das Recht von Amtes wegen anzuwenden; sie ist an die vorgebrachten rechtlichen Überlegungen der Parteien nicht gebunden (vgl. Art. 62 Abs. 4 VwVG; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, S. 39 Rz. 112).
1.4 Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat.
1.5 Nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sind die Rückbehaltung der Solidarbürgschaft und die Steuerpflicht der Beschwerdeführerin (Ziffern 1 und erster Teilsatz von Ziffer 2 sowie Ziffer 3 des angefochtenen Entscheids). Strittig sind lediglich die Zulässigkeit und die Berechnung der Kürzung der Vorsteuerabzüge.
2.
2.1 Nach Art. 4 MWSTV bzw. Art. 5 MWSTG unterliegen die nachfolgenden durch Steuerpflichtige getätigten Umsätze der Mehrwertsteuer, sofern sie nicht ausdrücklich gemäss Art. 14 MWSTV bzw. Art. 18 MWSTG von der Steuer ausgenommen sind: Die im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen, die im Inland gegen Entgelt erbrachten Dienstleistungen, der Eigenverbrauch sowie der Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland.
Eigenverbrauch liegt vor, wenn die steuerpflichtige Person aus ihrem Unternehmen Gegenstände dauernd oder vorübergehend entnimmt, die oder deren Bestandteile sie zum vollen oder teilweisen Vorsteuerabzug berechtigt haben (dazu E. 2.2), und die sie u.a. für unternehmensfremde Zwecke, insbesondere für ihren privaten Bedarf oder für den Bedarf ihres Personals verwendet (Art. 8 Abs. 1 Bst. a MWSTV bzw. Art. 9 Abs. 1 Bst. a MWSTG).
2.2 Verwendet der Steuerpflichtige Gegenstände oder Dienstleistungen für steuerbare Ausgangsleistungen, so kann er in seiner Steuerabrechnung die ihm von anderen Steuerpflichtigen in Rechnung gestellte Steuer für Lieferungen und Dienstleistungen abziehen (Vorsteuerabzug, Art. 29 Abs. 1 und 2 MWSTV bzw. Art. 38 Abs. 1 und 2 MWSTG).
2.2.1 Für den Vorsteuerabzug ist unter anderem erforderlich, dass die mit der Vorsteuer belasteten Gegenstände oder Dienstleistungen für einen geschäftlich begründeten Zweck verwendet werden. Das schweizerische Mehrwertsteuerrecht schreibt vor, dass der Steuerpflichtige die Eingangsleistung für steuerbare Lieferungen oder Dienstleistungen verwenden muss, damit er die auf der Eingangsleistung lastende Steuer als Vorsteuer abziehen kann. Gemäss konstanter Rechtsprechung bedarf es denn auch eines "objektiven wirtschaftlichen Zusammenhangs zwischen steuerbarer Eingangs- und Ausgangsleistung", mithin, "dass die Eingangsleistung in eine Ausgangsleistung mündet" (statt vieler: BGE 132 II 353 E. 8.3, 8.4, 10; Urteil des Bundesgerichts 2A.650/2005 vom 16. August 2006 E. 3.4; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1479/2006 vom 10. September 2008 E. 2.2.1 mit Hinweisen). Werden bezogene Leistungen nicht für einen geschäftlich begründeten Zweck verwendet bzw. fliesst die Eingangsleistung nicht im eben beschriebenen Sinn in steuerbare Ausgangsleistungen ein, liegt Endverbrauch beim Steuerpflichtigen vor, welcher nicht zum Vorsteuerabzug berechtigt. Solcher Endverbrauch ist nicht zwingend privat. Auch juristische Personen als Steuerpflichtige können ein Nebeneinander von unternehmerischer und nichtunternehmerischer Betätigung aufweisen und im Umfang, in dem sie die Eingangsleistungen nicht für steuerbare Zwecke verwenden, findet Endverbrauch statt (sog. "Endverbrauch in der Unternehmenssphäre"), womit der Vorsteuerabzug zu verweigern ist (BGE 132 II 353 E. 8.2, 123 II 295 E. 7a; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-6971/2008 vom 8. Juni 2009 E. 2.2.2.2, A-12/2007 vom 28. Januar 2009 E. 2.5.4; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 141 f.).
2.2.2 Übersteigen die abziehbaren Vorsteuern die geschuldete Steuer, so wird der Überschuss nach Art. 39 Abs. 1 MWSTV bzw. 48 Abs. 1 MWSTG der steuerpflichtigen Person ausbezahlt. Die Rechtsprechung hat bestätigt, dass Vorsteuerüberhänge zulässig sind (BGE 132 II 353 E. 8.4, Urteil des Bundesgerichts 2C_632/2007 vom 7. April 2008 E. 3; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1538/2006 vom 28. Mai 2008 E. 2.5.1).
2.3
2.3.1 Verwendet der Steuerpflichtige Gegenstände oder Dienstleistungen sowohl für Zwecke, die zum Vorsteuerabzug berechtigen, als auch für andere Zwecke, so ist der Vorsteuerabzug gemäss Art. 32 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 41 Abs. 1 MWSTG nach dem Verhältnis der Verwendung zu kürzen.
Art. 32 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 41 Abs. 1 MWSTG schreibt einzig vor, dass die Kürzung des Vorsteuerabzugs im Verhältnis der Verwendung erfolgen soll, und es wurde somit auf eine detaillierte Regelung zum Vorgehen bei der Kürzung verzichtet. Die Aufteilung muss jedenfalls sachgerecht erfolgen, d.h. den tatsächlichen Verhältnissen des Einzelfalls soweit als möglich entsprechen (vgl. Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 28. August 1996 zur Parlamentarischen Initiative Dettling "Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer" BBl 1996 V S. 713 ff. [nachfolgend Bericht WAK], S. 777; Diego Clavadetscher, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, Rz. 37 f., 57 ff. zu Art. 41; ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Bern 2003, 2. Aufl., Rz. 1520; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 8.3).
2.3.2 Die Kürzung der Vorsteuern bei gemischter Verwendung hat primär nach dem Verhältnis der effektiven Verwendung zu erfolgen. Nach der von der ESTV als gesetzliche bzw. effektive Methode bezeichneten Vorgehensweise sind sämtliche Aufwendungen und Investitionen aufgrund ihrer Verwendung entweder den steuerbaren oder den von der Mehrwertsteuer ausgenommenen Tätigkeiten zuzuordnen. Soweit die direkte Zuordnung nicht möglich ist, muss sie mit Hilfe von Schlüsseln erfolgen, welche auf betrieblich-objektiven Kriterien beruhen (z.B. Fläche, Volumen, Umsätze, Arbeitszeit des Personals, Lohnsumme, Bruttogewinne, usw.; für die MWSTV Spezialbroschüre Nr. 19 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom Dezember 1995 [nachfolgend SB Kürzung MWSTV], Ziff. 1.2.1, 2.1, 2.3; für das MWSTG Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 [SB Kürzung MWSTG 2000] Ziff. 2.4).
2.3.3 Wird der mit der Vorsteuer belastete Gegenstand oder die Dienstleistung zu einem überwiegenden Teil für steuerbare Umsätze verwendet, so kann die Vorsteuer ungekürzt abgezogen und der Eigenverbrauch einmal jährlich versteuert werden (Art. 32 Abs. 2 MWSTV bzw. Art. 41 Abs. 2 MWSTG). Die Bestimmung bezweckt eine Korrektur eines vorgängigen (im selben Jahr deklarierten) Vorsteuerabzugs (Entscheid der SRK vom 16. Februar 2000, veröffentlicht in VPB 64.81 E. 4f) und dient der Vereinfachung des Abrechnungswesens (Bericht WAK, a.a.O., S. 779; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1512; STEPHAN KUHN/PETER SPINNLER, Mehrwertsteuer, Muri/Bern 1994, S. 105; RIEDO, a.a.O., S. 268). Die Besonderheit liegt darin, dass die Vorsteuerabzüge vollumfänglich geltend gemacht werden können und dafür der Eigenverbrauch zu deklarieren ist. Dies aber nicht in jedem Quartal, sondern die Abrechnung nach Art. 32 Abs. 2 MWSTV bzw. Art. 41 Abs. 2 MWSTG hat - anders als bei der laufenden Vornahme der Vorsteuerkürzung nach Abs. 1 der Bestimmungen - jeweils im 4. Quartal zu erfolgen (s.a. Bericht WAK S. 779).
Die Bemessung des "Eigenverbrauchs" nach Art. 32 Abs. 2 MWSTV bzw. Art. 41 Abs. 2 MWSTG ist nicht explizit geregelt. In der Lehre wird vertreten, es sei - entsprechend dem Vorgehen nach Abs. 1 der Bestimmungen - der Totalbetrag der aufgrund der gemischten Verwendung zu kürzenden Vorsteuer zu ermitteln und dieser Betrag als Eigenverbrauchssteuer zu deklarieren (CLAVADETSCHER, a.a.O., N 65 zu Art. 41; siehe auch RIEDO, a.a.O., S. 269). Die Praxis stellt bei der gemischten Verwendung von Gegenständen auf einen Dritt-Mietpreis ab (SB Kürzung MWSTV Ziff. 3.1 sowie SB Kürzung MWSTG Ziff. 3.1; vgl. auch soeben zitierte Autoren mit Kritik). Für die gemischte Verwendung von bezogenen Dienstleistungen besteht keine Praxis. Klar ist, dass das Vorgehen nicht zu einer Steuerverkürzung führen darf (BBl 1996 V 779; vgl. auch RIEDO, a.a.O., S. 268) und dass eine sachgerechte Methode gewählt werden muss.
2.3.4 Hat die ESTV eine Vorsteuerkürzung vorzunehmen, weil der Steuerpflichtige eine solche unterlassen oder in einer nicht zulässigen Weise vorgenommen hat, steht der ESTV bei der Wahl der anzuwendenden Methode ein weiter Ermessensspielraum zu. Vom Gericht ist nur zu prüfen, ob die von der ESTV gewählte Methode sachgerecht ist (E. 2.3.1) und ob sie sich bei der vorgenommenen Vorsteuerkürzung innerhalb ihres Ermessensspielraums bewegt hat. Schlägt der Steuerpflichtige eine andere Methode vor, ist zu prüfen, ob diese den Verhältnissen bei ihm besser gerecht würde. Dass die Ermittlung der Vorsteuerkürzung durch die ESTV den konkreten Gegebenheiten beim Beschwerdeführer nicht gerecht wird, hätte er selbst nachzuweisen (vgl. Entscheid der SRK vom 14. Januar 2005, veröffentlicht in VPB 69.88 E. 3c/bb; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1394/2006 vom 3. Juni 2008 E. 4.4.1, A-1547/2006 vom 30. Januar 2008 E. 3.3 sowie A-1373/2006 vom 16. November 2007 E. 3.7).
2.4 Kapitaleinlagen von Gesellschaftern haben - wie deren Darlehen - nach der Rechtsprechung als reine Finanzierungsmittel der Gesellschaft grundsätzlich keine Kürzung des Vorsteuerabzugs zur Folge (und anders als Subventionen und Spenden schon gar keine verhältnismässige). Allein entscheidend für eine Vorsteuerabzugskürzung ist, ob die ordentlichen Voraussetzungen des Vorsteuerabzugs gemäss Art. 38 Abs. 1 und 2 MWSTG erfüllt sind. Nur wenn vorsteuerbelastete Eingangsumsätze für die Realisierung solcher Kapitaleinlagen (welche zu den Nichtumsätzen zählen) verwendet wurden, kann der Vorsteuerabzug verweigert oder gekürzt werden (BGE 132 II 353 E. 7 und 9; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1648/2006 vom 27. April 2009 E. 2.4.3.2; allgemein betreffend Nichtumsätze: BVGE 2008/63 E. 4.2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.4.2).
Ein Gesellschafterbeitrag stellt ferner auch dann keine Spende dar, wenn er nicht geschäftsmässig/kaufmännisch begründet ist. Das Bundesgericht verwarf die entsprechende Auffassung der ESTV, das Vorliegen eines Gesellschafterbeitrags bedinge, dass "im Zeitpunkt der Beitragsgewährung anzunehmen ist, dass ein Unternehmen unter Berücksichtigung betriebswirtschaftlicher Grundsätze eine angemessene Rentabilität erzielen kann". Dieser Begriff der angemessenen Rentabilität provoziere - so das Bundesgericht - eine Rechtsunsicherheit und sei überdies dem Mehrwertsteuerrecht fremd, denn die Verfolgung einer gewinnorientierten Tätigkeit sei nicht Voraussetzung der Steuerpflicht (BGE 132 II 359 f. E. 9.2). Einlagen von Gesellschaftern würden sich unabhängig von ihrer Höhe oder den Ergebnissen der Unternehmung nicht in Spenden umwandeln (BGE 132 II 359 f. E. 9.3).
3.
3.1 Strittig ist im vorliegenden Fall die Abziehbarkeit der Vorsteuern, welche auf verschiedenen Eingangsleistungen der Beschwerdeführerin lasteten. Im Einzeln handelte es sich bei den vorsteuerbelasteten Bezügen um den Kauf (Import) des fraglichen Flugzeugs und daneben um die von der Y. in Rechnung gestellten Kosten für Flugzeugunterhalt, Treibstoff, Catering, Löhne usw.
Die ESTV führt im Wesentlichen aus, nur soweit die Beschwerdeführerin betreffend Flüge für Dritte Gutschriften der Y. erhalten habe, habe sie steuerbare Umsätze erzielt, die zum Vorsteuerabzug berechtigten. Bezüglich der für die Beschwerdeführerin durchgeführten Flüge hingegen liege keine zum Vorsteuerabzug berechtigende Verwendung vor. Es sei folglich eine Kürzung der Vorsteuern nach Art. 32 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 41 Abs. 1 MWSTG vorzunehmen.
Im Folgenden gilt es zu klären, welche Flüge als solche für Drittpersonen gelten und welche der "privaten" Verwendung zuzurechnen sind, mit anderen Worten, ob die mit den Flügen zusammenhängenden Aufwendungen für zum Vorsteuerabzug berechtigende oder aber nicht berechtigende Zwecke verwendet wurden (E. 3.2). Sollte mit der ESTV von einer gemischten Verwendung auszugehen sein, wäre als Nächstes zu prüfen, ob der von der ESTV verwendete Schlüssel zur Vorsteuerkürzung sachgerecht ist oder ob eine andere Methode anzuwenden ist (E. 3.3).
3.2
3.2.1 Der Zweck der Verwendung des Flugzeugs kann dem Operation Management Agreement entnommen werden, das bei den Akten liegt. Obwohl die Parteibezeichnungen weder mit der Firma der Beschwerdeführerin (X.) noch mit jener der Y., die das Flugzeug betrieb, übereinstimmen, kann davon ausgegangen werden, dass der eingereichte Vertrag die Rechtsbeziehungen zwischen diesen Parteien regelte, insbesondere da das Flugzeug, um dessen Betrieb es geht, das gleiche ist und die Y. Partei des Nachtrags vom 14. Dezember 1992 ist. Zudem bestreitet die ESTV nicht, dass der Vertrag relevant ist.
3.2.2 Der Vertrag bestimmt einerseits in Ziff. 1.1 unter dem Titel "Objective of Agreement" (Vertragsgegenstand), dass der "operator" das Flugzeug auf Rechnung und für den Gebrauch durch die Eigentümerin betreiben soll, somit für deren eigene Verwendung. Die Leistungen andererseits, die zu steuerbaren Ausgangsleistung führen, sind in Ziffer 4 geregelt, wonach die Y. das Flugzeug an Dritte verchartern kann und dafür der Beschwerdeführerin ein auf einem Stundenansatz beruhendes Entgelt (welches dann mit den Nachträgen abgeändert wurde) zu zahlen hat. Dieses ist mit der Vermietungsleistung wirtschaftlich verknüpft, so dass es einen mehrwertsteuerlichen Umsatz bildet. Dass die Entgelte aus diesen Flügen, welche die Y. der Beschwerdeführerin weitergeleitet hat, bei jener Gegenleistung für der Steuer unterliegende Ausgangsleistungen bilden, ist nicht umstritten.
Dass das Flugzeug sowohl für steuerbare Leistungen als auch für die Beschwerdeführerin selber verwendet werden sollte, ergibt sich somit bereits aus dem Vertrag. Soweit das Flugzeug für die Durchführung von Drittflügen verwendet wurde, dienten die Flüge steuerbaren Umsätzen und die damit zusammenhängenden Vorsteuern sind abzugsberechtigt (E. 2.2.1). Hingegen dienten die Flüge für die Beschwerdeführerin selbst nicht steuerbaren Umsätzen und Vorsteuern auf Aufwendungen, die für diese Flüge anfielen, sind nicht abzugsberechtigt. Nicht massgeblich ist dabei, ob eigentliche "private" Flüge, etwa für einen Aktionär, durchgeführt wurden, oder ob die Flüge dem geschäftlichen Bereich der Beschwerdeführerin zuzurechnen sind, welcher aber nicht zu steuerbaren Umsätzen führte (sog. Endverbrauch in der Unternehmenssphäre); so oder so ist der Vorsteuerabzug ausgeschlossen (vgl. zum Ganzen E. 2.2.1). Damit ist eine gemischte Verwendung nach Art. 32 MWSTV bzw. Art. 41 MWSTG grundsätzlich gegeben; es ist jedoch für die verschiedenen strittigen Jahre noch einzeln zu prüfen, ob dies der Fall war.
3.2.3 Sämtliche Flüge, welche die Y. durchgeführt hat, sind im von dieser erstellten und von der Beschwerdeführerin eingereichten Auszug aus dem "Flight Information System" aufgezeichnet. Mit einem Code wird in den Aufzeichnungen der Zweck des Fluges festgehalten:
REV
revenue
Flug für Dritte, der von der Y. diesen in Rechnung gestellt wird
FER
ferry
Positionierungsflug, Leerflug
MXX
maintenance
Wartungsflug
TNG
Training
Trainingsflug
CKI
Checking
Testflug
Die Parteien sind sich über die Bedeutung der Codes grundsätzlich einig. Einzig für die Bezeichnung PVT führt die Beschwerdeführerin aus, dies sei eine Sammelbezeichnung für Flüge, die der Sachbearbeiter der Y. aus welchen Gründen auch immer keiner anderen Kategorie zugeordnet habe. Die ESTV versteht unter dieser Bezeichnung jene Flüge, die für die Beschwerdeführerin selber oder für dieser nahestehende Dritte ausgeführt werden.
Die Interpretation der ESTV liegt nahe. Zudem deckt sich diese Bedeutung mit derjenigen, welche dem Bundesverwaltungsgericht aus anderen Fällen bekannt ist, in denen es um Aufzeichnungen durch die Y. ging (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1373/2006 vom 16. November 2007 E. 3.2). Die mit PVT bezeichneten Flüge sind also grundsätzlich als "Privatflüge" anzusehen. Dass dem im Einzelfall nicht so ist, hätte die Beschwerdeführerin zu beweisen (hierzu im Einzelnen sogleich).
3.2.4 Bei den PVT-Flügen handelt es sich also - soweit nichts anderes beweisen wurde - um eine Verwendung für nicht zum Vorsteuerabzug berechtigende Zwecke. Die REV-Flüge bewirkten hingegen steuerbare Ausgangsumsätze. FER-Flüge sodann sind als Positionierungsflüge dem nachfolgenden Flug zuzuordnen. D.h. es handelt sich um private Verwendung, wenn der Flug, für den die Positionierung erfolgt, ein PVT-Flug ist. Wenn es sich dabei um einen REV-Flug handelt, ist der Positionierungsflug den steuerbaren Ausgangsumsätzen zuzuordnen. MXX-, TNG- und CKI-Flüge müssen, da Wartungs-, Trainings- und Testflüge sowohl für Privat- als auch für Drittflüge erforderlich sind, verhältnismässig beiden Kategorien (steuerbare und nicht steuerbare Umsätze) zugeteilt werden.
3.2.5 Im Folgenden ist in Bezug auf die drei Steuerperioden (2000 - 2002) zu prüfen, ob der Beschwerdeführerin der Beweis, dass es sich trotz der Bezeichnung "PVT" nicht um Privatflüge handelte, gelungen ist.
3.2.5.1 Bezüglich des Jahres 2000 erscheinen im Auszug aus dem "Flight Information System" sämtliche Flüge bis und mit dem 2. August 2000 als PVT-Flüge.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass die Bezeichnung als PVT nicht den Gegebenheiten entsprochen habe. Dies sei durch die Gutschriften der Y. belegt. Teilweise handle es sich um Postitionierungsflüge. In der Zeit vom 16. April bis 10. Mai und vom 13. bis 21. Juli sodann seien Demonstrationsflüge für einen geplanten Verkauf des Flugzeugs durchgeführt worden. Für letztere Behauptung hat die Beschwerdeführerin keinerlei Beweismittel (z.B. entsprechende Korrespondenz oder Terminabsprachen) eingereicht. Es ist somit davon auszugehen, dass die Flüge entsprechend den Aufzeichnungen im Auszug aus dem "Flight Information System" ("PVT") Privatflüge waren, soweit dafür keine Gutschriften bestanden (hierzu sogleich).
Hingegen wurden für die Zeit von Mai bis Anfang Juli 2000 und vom Oktober bis Ende Jahr verschiedene Flüge mit PVT bezeichnet, obwohl Gutschriften aufgrund von an diesen Daten erfolgten Charterflügen bei den Akten liegen (Beschwerdebeilage 11). Damit ist nachgewiesen, dass es sich um Drittflüge, d.h. um steuerbare Ausgangsleistungen handelt.
Umstritten ist weiter der Flug vom 2. August 2000 von Basel nach .... Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, es handle sich um einen falsch verbuchten Wartungsflug. Die Argumentation überzeugt auch ohne weitere Beweismittel, ist doch nicht einzusehen, weshalb das Flugzeug sonst über einen Monat in Nîmes gestanden hätte. Wurden für mehrere Tage keine Flüge ausgeführt, stand das Flugzeug jeweils in seinem Heimatflughafen Basel, wo keine Stationierungsgebühren anfallen.
3.2.5.2 Für das Jahr 2001 anerkennt die Beschwerdeführerin, dass das Flugzeug auf sieben Flügen insgesamt 15,50 Stunden privat verwendet wurde. Hingegen führt sie aus, dass die Flüge zwischen dem 15. August 2001 und dem 15. November 2001, die im Auszug aus dem "Flight Information System" mit "PVT" bezeichnet werden, im Zusammenhang mit der Wartung (Grossrevisionen) des Flugzeugs standen; bei den Passagieren habe es sich um Mechaniker der Y. gehandelt. Es ist der ESTV beizupflichten, dass diese Behauptung in keiner Weise belegt ist. Insbesondere ergeben sich solche Grossrevisionen auch nicht aus den zur Geltendmachung des Vorsteuerabzugs eingereichten Rechnungen. Damit konnte die Beschwerdeführerin nicht nachweisen, dass die Flüge für steuerbare Ausgangsleistungen verwendet wurden. Es gilt die sich aus dem Auszug aus dem "Flight Information System" ergebende Qualifikation als Privatflug.
3.2.5.3 Was das Jahr 2002 anbelangt, anerkennt die Beschwerdeführerin die Flüge vom 2. und 3. Juni 2002 als private Flüge. Umstritten ist der Flug vom 5. Juni 2002 .... (PVT). Weil der Flug vom 6. Juni 2002 ein Drittflug ist, kann der vorangehende Flug entsprechend der Angaben der Beschwerdeführerin als Positionierungsflug für diesen gewertet werden (E. 3.2.4). Für die Flugbewegungen zwischen dem 3. September und dem 5. Dezember 2002 sodann führt die Beschwerdeführerin aus, diese hätten im Zusammenhang mit Wartungsarbeiten gestanden. Diese Behauptungen sind jedoch wiederum durch nichts belegt.
3.2.6 Zusammenfassend ergibt sich, dass die Y. in allen drei Jahren Flüge auch für die Beschwerdeführerin selber ausführte und die ESTV grundsätzlich zu Recht eine Vorsteuerkürzung aufgrund gemischter Verwendung vornimmt, weil die vorsteuerbelasteten Eingangsleistungen teilweise für nicht abzugsberechtigte Zwecke verwendet wurden.
Ebenfalls ist festzuhalten, dass für die Zuordnung zu den Privatflügen auf die Bezeichnung im Auszug aus dem "Flight Information System" abgestellt werden kann, dies mit Ausnahme der Flüge vom 22. Mai bis 7. Juli 2000, bei denen es sich um Drittflüge handelte, und vom 2. August 2000, welcher den Wartungsarbeiten zuzurechnen ist.
3.2.7 Die Beschwerdeführerin verlangt im Zusammenhang mit der Bedeutung der Abkürzungen im Auszug aus dem "Flight Information System" die Einvernahme von zwei Angestellten der Y. als Zeugen. Nach Art. 2 Abs. 1 VwVG findet unter anderem Art. 12 VwVG im Steuerverfahren keine Anwendung; der Zeugenbeweis nach Art. 12 Bst. c VwVG ist deshalb grundsätzlich ausgeschlossen, soweit nicht die allgemeinen Verfahrensgarantien betreffend das rechtliche Gehör nach Art. 29 Abs. 2 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101) zur Anwendung gelangen (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1386/2006 vom 3. April 2007 E. 1.3.2). Falls eine antizipierte Beweiswürdigung ergibt, dass die angebotenen Beweise unerheblich sind oder sich der Sachverhalt auch sonst genügend ermitteln lässt, darf das Bundesverwaltungsgericht auf angebotene Beweismittel - so auch Auskünfte von Zeugen - verzichten (vgl. betr. SRK: Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3b und c; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., S. 165, Rz. 3.144 ff.). Die Beschwerdeführerin behauptet jedoch weitgehend gar keine eigenständige, über "Privatflüge" hinausgehende Bedeutung von "PVT", sondern legt vielmehr hauptsächlich dar, dass die Flüge falsch bezeichnet worden seien und welcher anderen Kategorie sie zuzuordnen seien (wozu in E. 3.2 ausführlich Stellung genommen worden ist). Nachdem die Bedeutung von PVT genaugenommen gar nicht umstritten ist, ist nicht einsichtig, inwiefern die angebotenen Beweismittel eine erhebliche Tatsache beweisen sollten. Es ist in antizipierter Beweiswürdigung von einem nicht erheblichen Beweis auszugehen.
3.3 Nachdem feststeht, dass das Flugzeug auch privat verwendet wurde und welche Flüge eine solche private Verwendung darstellten und welche nicht (E. 3.2), gilt es abzuklären, ob der Umfang der vorgenommen Vorsteuerkürzung korrekt ist bzw. eine zulässige Methode der Vorsteuerkürzung verwendet wurde.
3.3.1 Die ESTV hat jeweils den von der Beschwerdeführerin in der Abrechnung deklarierten steuerbaren Umsatz (Gutschriften der Y.) in Relation gestellt zu den gesamten vorsteuerbelasteten Bezügen. Letztere wurden damit einem angenommenen Gesamtumsatz gleichgestellt. Der so eruierte prozentuale Anteil des Ausgangsumsatzes an den vorsteuerbelasteten Bezügen ergab den Prozentsatz der Vorsteuern, den die ESTV zum Abzug zuliess. Beispielsweise betrug im Jahr 2002 der deklarierte Umsatz Fr. ... und der Betrag der eingekauften Leistungen Fr. .... Der Anteil des ersten Betrags am zweiten entsprach 61.85% und die ESTV akzeptierte den Abzug der Vorsteuern in diesem Umfang. Die Höhe der Vorsteuerkürzung setzte die ESTV entsprechend für das Jahr 2000 auf 85.72%, für 2001 auf 58.15% und für 2002 auf 38.15% fest.
Die Beschwerdeführerin rügt diese Vorgehensweise als nicht sachgerecht. Auch im vorliegenden Fall seien die Eingangsumsätze für die Berechnung der Vorsteuer danach zu beurteilen, ob diese tatsächlich, sei dies mittelbar oder unmittelbar für vorsteuerabzugsberechtigte Ausgangsumsätze, d.h. für steuerbare Lieferungen oder Dienstleistungen verwendet werden. Während die Beschwerdeführerin für das Jahr 2000 - wie in E. 3.2.5.1 dargelegt zu Unrecht - davon ausgeht, dass keine private Verwendung stattgefunden habe und sie sich deshalb nicht zur für die Kürzung anwendbaren Methode im einzelnen äussert, wählt sie für die Jahre 2001 und 2002 das Vorgehen nach Art. 41 Abs. 2 MWSTG und nimmt eine Nachdeklaration im Betrag von Fr. ... für das Jahr 2001 und eine solche im Betrag von Fr. ... für das Jahr 2002 vor.
Das Bundesverwaltungsgericht ist berechtigt nachzuprüfen, ob die von der ESTV verwendete Kürzungsmethode sachgerecht ist. Sachgerecht ist eine Kürzung, wenn sie den tatsächlichen Verhältnissen des Einzelfalls so weit als möglich entspricht (E. 2.3.1). Die Vorsteuerkürzung hat zudem, wie sich schon aus Art. 32 Abs. 1 MWSTV und Art. 41 Abs. 1 MWSTG ergibt, soweit möglich nach dem Verhältnis der Verwendung zu erfolgen, welche aufgrund der konkreten Umstände zu eruieren ist (E. 2.3.1). Die Methode der ESTV respektiert diesen Grundsatz nicht oder nur mangelhaft. Trotzdem kann sie nicht ohne Weiteres als unzulässig bezeichnet werden, jedenfalls dann, wenn eine sachgerechtere Methode mangels genügender Berechnungsgrundlagen nicht möglich ist (vgl. etwa Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1373/2006 vom 16. November 2007 E. 3.7). Es obliegt denn auch der Beschwerdeführerin, darzutun, dass die ESTV mit ihrer Methode ihren Ermessensspielraum überschritten hat oder zumindest, dass eine andere Methode für den konkreten Einzelfall sachgerechter wäre (E. 2.3.4).
3.3.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet, es sei nicht sachgerecht, dass die angefallenen Aufwendungen wie der Import des Flugzeuges, aber auch der Flugzeugunterhalt, Treibstoff, Catering, Löhne etc. "beinahe vollumfänglich" als nicht zum Vorsteuerabzug berechtigend qualifiziert werden und dass so ein systemimmanenter Vorsteuerüberhang gar nie entstehen könnte. Ferner rügt sie, es sei nicht darauf abgestellt worden, ob und in welchem Mass die Eingangsleistungen in Ausgangsleistungen geflossen sind.
Vorstehenden Überlegungen kann zwar in quantitativer Hinsicht ("beinahe vollumfänglich") nicht zugestimmt werden, hat doch die ESTV beispielsweise für das Jahr 2002 61,85% der Vorsteuern auf den genannten Aufwendungen zum Abzug zugelassen. Ansonsten hat diese Argumentation durchaus ihre Berechtigung. Vor allem bei Geschäftsaufnahme fallen bekanntlich viele Kosten an, die zu einem Vorsteuerüberhang führen können. Dies zeigt sich beispielsweise bei der Abrechnung der Beschwerdeführerin für das 2. Quartal 2000, wo ein - steuerbarer - Umsatz von Fr. ... deklariert wurde, was zu einer Steuer im Betrag von Fr. ... führte, welcher ein Vorsteuerabzug von Fr. ... an Importsteuern gegenüber stand. Die von der ESTV angewendete Kürzungsmethode fingiert in solchen Situationen rechtlich in dieser Höhe nicht haltbare Gesamtumsätze (der Gesamtaufwand wird bei dieser Methode wie in E. 3.3.1 erläutert dem Gesamtumsatz gleichgestellt), führt zu einer zu hohen Kürzung und negiert zu Unrecht (E. 2.2.2) die Möglichkeit von Vorsteuerüberhängen. Die von der ESTV verwendete Methode ist damit nicht unproblematisch. Es ist zu prüfen, ob eine andere Berechnungsweise in Betracht kommt.
3.3.3 Indem die Beschwerdeführerin sich auf die Art. 32 Abs. 2 MWSTV und 41 Abs. 2 MWSTG beruft und die Versteuerung der Privatflüge im Eigenverbrauch anhand eines auf den Flugstunden basierenden Entgelts vornimmt, schlägt sie (zumindest implizit) auch ein Abstellen auf die Flugstunden als Grundlage für die Festlegung eines Kürzungsschlüssels vor. Das Bundesverwaltungsgericht hat deshalb zu prüfen, ob diese Methode den Verhältnissen bei der Beschwerdeführerin besser gerecht wird als die von der ESTV verwendete (E. 2.3.4).
Die vorliegend zur Diskussion stehenden Eingangsleistungen (Import des Flugzeuges sowie Flugzeugunterhalt, Treibstoff, Catering, Löhne usw.) sind in genau gleicher Weise Voraussetzung dafür, dass das Flugzeug für Privatflüge verwendet werden kann, wie auch dass damit für Dritte geflogen werden kann. Es muss also ein Schlüssel verwendet werden, der diese betrieblichen Gegebenheit berücksichtigt. Dies ist mit einem Abstellen auf die Flugstunden möglich.
Bei den Flugstunden handelt es sich um ein betrieblich-objektives Kriterium. Die ESTV bezeichnet denn auch in den einschlägigen Publikationen beispielsweise Betriebszeiten von Anlagen als mögliches Kriterium für die Festlegung eines Kürzungsschlüssels (für die MWSTV SB Kürzung Ziff. 2.3; für das MWSTG SB Kürzung Ziff. 2.4 und oben E. 2.3.2). Zudem sind die Flugstunden einfach zu ermitteln, ergeben sich diese doch aus dem Auszug aus dem "Flight Information System", wobei wohl auf die Rubrik "Block Time Total" abzustellen ist, zeigt diese doch die Gesamtzeit an, die das Flugzeug jeweils für einen bestimmten Flug verwendet wurde. Die Zuordnung zu steuerbaren Ausgangsleistungen bzw. privater Verwendung hat wie in E. 3.2.4-3.2.6 dargestellt zu erfolgen.
Die Beanstandung des verwendeten Schlüssels zur Kürzung der Vorsteuer ist somit grundsätzlich begründet, weil eine Kürzung anhand der Flugstunden sachgerechter ist (zum weiteren Vorgehen vgl. E. 3.3.5 ff.).
3.3.4 Der Einwand der ESTV, das Bundesverwaltungsgericht habe im Entscheid A-1373/2006 vom 16. November 2007 den von ihr verwendeten Kürzungsschlüssel ausdrücklich geschützt, geht fehl. In jenem Entscheid hat sich die Beschwerdeführerin zur Art der Schätzung bzw. der Vorsteuerkürzung gar nicht geäussert, keine eigene Berechnungsweise vorgeschlagen und das Vorgehen der ESTV mit keinem Wort beanstandet (siehe dort E. 3.7 Abs. 2). Das Bundesverwaltungsgericht ist zum Schluss gelangt, dass die vorgenommene Vorsteuerkorrektur "angesichts der spärlichen Berechnungsgrundlagen" korrekt sei.
Auch auf das Urteil des Bundesgerichts 2C_463/2008 vom 27. Januar 2009 kann sich die ESTV nicht mit Erfolg berufen. Das Bundesgericht hat sich zwar mit der von der ESTV gewählten Kürzungsmethode befasst und festgestellt, dass eine sich aus dieser Methode ergebende Kürzung den gesetzlichen Vorgaben entspreche. Es hielt jedoch zum einen fest, die Beschwerdeführerin habe es unterlassen, überzeugend darzustellen, dass das Abstellen auf die Flugstunden zu einer sachgerechteren Lösung führe (E. 2.4.2). Im Gegensatz dazu hat die Beschwerdeführerin in vorliegenden Fall Argumente für die Berechnung nach Flugstunden vorgebracht (vorn E. 3.3.1 f.). Zum andern hat das Bundesgericht im zitierten Entscheid gerügt, dass eine Kürzung aufgrund der geflogenen Stunden eine Zusammenstellung über die geflogenen Flugstunden voraussetze; derartige Unterlagen hätten sich weder bei den Akten befunden noch seien sie eingereicht worden. In casu kann - wie in E. 3.2 gezeigt - auf den Auszug aus dem "Flight Information System" abgestellt werden.
3.3.5 Die Sache ist nach dem Gesagten zur neuen Berechnung der zum Abzug zuzulassenden Vorsteuern an die ESTV zurückzuweisen und die Kürzung soll gestützt auf die Flugstunden vorgenommen werden. Für die Frage, welche Flüge den steuerbaren Umsätzen und welche den nicht steuerbaren Umsätzen, die nicht zum Vorsteuerabzug berechtigen, zuzuordnen sind, ist auf das Gesagte zu verweisen (E. 3.2.4-3.2.6). MXX-, TNG- und CKI-Flüge, die ihrerseits nicht der einen oder anderen Kategorie zugeordnet werden können (E. 3.2.4), können entweder aufgrund des Schlüssels für die übrigen Flüge zugeteilt werden oder für die Eruierung des Schlüssels unberücksichtigt bleiben. Bei der neuerlichen Berechnung hat die ESTV Folgendes zu beachten:
Für das Jahr 2000 ist nach Art. 32 Abs. 1 MWSTV vorzugehen, da die Beschwerdeführerin sich hier nicht auf dessen Abs. 2 beruft. Die Vorsteuerkürzung hat nach dem Verhältnis der Dauer der Drittflüge zur Dauer der Flüge für die Beschwerdeführerin zu erfolgen (E. 3.2.4-3.2.6).
Im Jahr 2001 und 2002 hat die Beschwerdeführerin das Vorgehen nach Art. 41 Abs. 2 MWSTG gewählt (wobei sie den zu deklarierenden Eigenverbrauch nicht richtig berechnet hat). Der Anwendung dieses Vorgehens steht grundsätzlich nichts entgegen. Die ESTV hat aber noch abzuklären, ob das Flugzeug in jedem Jahr zu mehr als 50% für steuerbare Zwecke verwendet worden ist (E. 2.3.3), wobei die Zuordnung gemäss E. 3.2.4-3.2.6 zu erfolgen hat.
Sollte Art. 41 Abs. 2 MWSTG anwendbar sein, ist zu beachten, dass betreffend Bemessung des zu deklarierenden "Eigenverbrauchs" nach Art. 41 Abs. 2 MWSTG unterschiedliche Ansichten bestehen (E. 2.3.3). Es ist nicht am Bundesverwaltungsgericht, eine bestimmte Methode als (einzig) richtige zu bezeichnen. Das sachgerechte Vorgehen ist im Einzelfall zu bestimmen und auch vorliegend der ESTV zu überlassen, welche der Beschwerdeführerin dabei das rechtliche Gehör zu gewähren hat. Wie erläutert ist aber ein Vorgehen zu wählen, das auf die Flugstunden abstellt.
Immerhin kann angefügt werden, dass sowohl (wie in der Lehre vertreten: oben E. 2.3.3) die Berechnung des Eigenverbrauchs analog einer für die Kürzung nach Art. 41 Abs. 1 MWSTG zur Verfügung stehenden Methode (mit einem Kürzungsschlüssel basierend auf den Flugstunden, E. 3.3.3) als auch die Anwendung der Praxis der ESTV für "gemischt verwendete Gegenstände" (vgl. E. 2.3.3) denkbar ist. Obwohl vorliegend verschiedene Arten von Eingangsleistungen (auch Dienstleistungen) gemischt verwendet wurden, kann der zu deklarierende "Eigenverbrauch" allenfalls auch aufgrund des Mietpreises für Dritte bestimmt werden, wie die Beschwerdeführerin vorschlägt (Abstellen auf den Mietpreis, der ihr durch die Y. vergütet wird). Für das Jahr 2001 stellt die Beschwerdeführerin auf einen Preis pro Flugstunde von US$ ... und für das Jahr 2002 auf einen solchen von US$ ... ab, ohne diesen genauer zu begründen. Dies ist von der ESTV im Rahmen der Neufestsetzung (sollte sie die Angaben verwenden) zu überprüfen. Die Flugstunden ergeben sich aus dem Auszug aus dem "Flight Information System", wobei hier nur auf die PVT-Stunden abzustellen ist, da die FER-, MXX-, TNG- und CKI-Flüge im Drittpreis enthalten sind.
3.4 Für die weiteren von den Parteien vorgebrachten Argumente gilt folgendes:
3.4.1 Die ESTV hat in der Replik zu Recht die in der Vernehmlassung eingenommene Auffassung widerrufen, die Vorsteuerkürzung sei gestützt auf Art. 38 Abs. 8 MWSTG wegen Spenden vorzunehmen (dazu vorn E. 2.4 sowie Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1630/2006 und A-1631/2006 vom 13. Mai 2008 E. 3.2).
Der Argumentation der ESTV sodann, das Halten und der Betrieb des Flugzeugs bzw. die eingekauften vorsteuerbelasteten Aufwendungen seien durch Zuwendungen der Beschwerdeführerin finanziert worden, weswegen eine Vorsteuerkürzung vorzunehmen sei, ist Folgendes entgegenzuhalten: Diese Argumentation setzt am falschen Ende, nämlich bei der Ausgangsseite an. Bei der Prüfung der Vorsteuerabzugsberechtigung ist jedoch von der Eingangsseite her zu überlegen und es gilt zu eruieren, ob und in welchem Mass die vorsteuerbelasteten Eingangsumsätze für die Realisierung von steuerbaren Ausgangsumsätzen oder aber für nicht steuerbare Umsätze bzw. nicht abzugsberechtigte Vorgänge (wie ausgenommene Umsätze oder Nichtumsätze) verwendet werden (vorn E. 2.2.1, 2.4; ausführlich: BVGE 2008/63 E. 4.2; Urteil des Bundesverwaltungsgericht A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.4.2 mit Hinweis; ferner BGE 132 II 353 E. 7.1).
3.4.2 Nach dem soeben Gesagten ist es demnach zwar richtig, wenn die Beschwerdeführerin vertritt, Gesellschafterbeiträge führten nicht (generell) zu einer Vorsteuerkürzung. Abgesehen davon, dass noch zu klären wäre, ob es sich hier effektiv um Gesellschafterbeiträge handelt, kann die Beschwerdeführerin aus dem Ausgeführten aber ohnehin nichts für sich ableiten. Die Vorsteuerkürzung beruht im vorliegenden Fall darauf, dass die Gesellschaft vorsteuerbelastete Eingangsleistungen nicht nur für den geschäftlichen Zweck der Vermietung des Flugzeugs an die Y. für Flüge für Dritte verwendete, sondern auch nicht vorsteuerabzugsberechtigten Zwecken zuführte und die Eingangsleistungen endverbrauchte (vorstehend E. 3.2).
3.4.3 Was die von der Beschwerdeführerin beanstandeten Berechnungsfehler anbelangt, sind die Ausführungen hinfällig, weil ohnehin eine Rückweisung an die ESTV zur Neuberechnung der Vorsteuerkürzung erfolgt. Zudem hat die ESTV in der Replik aufgezeigt, dass es sich lediglich um einen Verschrieb gehandelt hat, der auf den nach geforderten Betrag keinen Einfluss hatte.
4.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Beschwerde im Sinn der Erwägungen teilweise gutzuheissen ist, dass die Ziff. 2 sowie 4 - 8 des angefochtenen Entscheids aufgehoben werden, Ziff. 2 jedoch nur, soweit sie nicht die Steuerpflicht der Beschwerdeführerin betrifft. Die Sache wird an die ESTV zurückgewiesen zur Festlegung der Vorsteuerkürzung im Sinne der Erwägungen und zur Festlegung der Steuerschulden bzw. Guthaben.
5.
Die Beschwerdeführerin obsiegt zwar insoweit, als der Entscheid der Vorinstanz in den umstrittenen Ziffern aufgehoben wird. Hingegen dringt sie mit den Rechtsbegehren 2 und 3 nicht (vollumfänglich) durch, da das Bundesverwaltungsgericht zum Ergebnis kommt, eine Vorsteuerkürzung wegen privater Verwendung sei im Grundsatz richtig und einzig die verwendete Methode nicht für sachgerecht hält. Zudem hat die Beschwerdeführerin selber in der Beschwerde bereits Nachdeklarationen vorgenommen. Dies rechtfertigt, ihr nach Art. 63 Abs. 1 VwVG entsprechend ermässigte Verfahrenskosten aufzuerlegen. Diese werden auf Fr. 8'000.-- festgesetzt, der Beschwerdeführerin im Betrag von Fr. 4'000.-- auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 8'000.-- in diesem Teilbetrag verrechnet. Der Überschuss von Fr. 4'000.-- wird ihr nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils erstattet. Der ESTV werden keine Verfahrenskosten auferlegt (Art. 63 Abs. 2 VwVG). Die gemäss Art. 64 Abs. 1 VwVG an die Beschwerdeführerin zu leistende ebenfalls reduzierte Parteientschädigung wird in Anwendung der Art. 7 Abs. 1, 8, 9 und 14 Abs. 2 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 6'000.-- (einschliesslich Auslagen und Mehrwertsteuer) festgesetzt und der Vorinstanz zur Bezahlung auferlegt (Art. 64 Abs. 2 VwVG).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und die Ziffern 2 sowie 4 - 8 des Einspracheentscheids der ESTV vom 28. Februar 2006 aufgehoben, Ziff. 2 jedoch nur soweit sie nicht die Steuerpflicht der Beschwerdeführerin betrifft.
2.
Die Sache wird zur Festlegung der Vorsteuerkürzung im Sinne der Erwägungen und zur Festlegung der Steuerschulden bzw. Guthaben an die ESTV zurückgewiesen.
3.
Die Verfahrenskosten werden auf Fr. 8'000.-- festgelegt, im Umfang von Fr. 4'000.-- der Beschwerdeführerin auferlegt und in diesem Betrag mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 8'000.-- verrechnet. Der Restbetrag von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils zurückerstattet.
4.
Die ESTV hat die Beschwerdeführerin mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ESTV ...; Gerichtsurkunde)
Für die Rechtsmittelbelehrung wird auf die nächste Seite verwiesen.
Die vorsitzende Richterin: Die Gerichtsschreiberin:
Salome Zimmermann Sonja Bossart
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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