bvger · A-5571/2017 · 2019-09-25 · fr
A-5571/2017

Infrastructure ferroviaire

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée partiellement par le TF par arrêt du 19.08.2020 (1C_593/2019)
Cour I
A-5571/2017
Arrêt du 25 septembre 2019
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Maurizio Greppi, Jürg Steiger, juges,
Mathieu Ourny, greffier.
Parties
1. A._______,
2. B._______,
3. C._______,
4. (...),
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28. (...),
29. (...),
30. (...),
31. (...),
tous représentés par Maître Philippe Pont,
recourants,
contre
Les Chemins de fer fédéraux suisses (CFF),
Service juridique infrastructure,
Avenue de la Gare 43, 1001 Lausanne,
intimée,
Office fédéral des transports OFT,
Division Infrastructure, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Approbation des plans (passage des trains à deux étages en gare de D._______) : démolition et reconstruction du Passage supérieur de E._______ avec adaptations routières et réalisation d'une route menant à la gare.
Faits :
A. En date du 18 décembre 2015, les Chemins de fer fédéraux suisses (CFF) ont, sur la base des art. 18ss de la loi fédérale sur les chemins de fer du 20 décembre 1957 (LCdF, RS 742.101), soumis à l'Office fédéral des transports (OFT), pour approbation, les plans relatifs à la démolition et la reconstruction du Passage supérieur (PS) de E._______, sis sur la commune de D._______. Les CFF précisaient que ces travaux étaient nécessaires en vue de permettre le passage des trains à deux étages entre F._______ et G._______. L'OFT a ouvert une procédure ordinaire d'approbation des plans, en date du 24 février 2016.
B.
B.a Par parution dans le Bulletin officiel du canton H._______ du 18 mars 2016, le projet précité a été mis à l'enquête publique, sous l'intitulé « Démolition et reconstruction du passage supérieur de E._______ ». Durant le délai de mise à l'enquête, A._______, B._______ et les copropriétaires de la PPE C._______ (tous représentés par Me Philippe Pont), notamment, se sont opposés au projet.
Dans leurs oppositions du 27 avril 2016, ils ont, en substance, fait valoir que la mise à l'enquête publique ne faisait aucunement référence aux adaptations routières prévues dans le projet, en particulier la création d'une nouvelle voie de circulation conduisant à la gare (I._______), la construction d'un giratoire et le réaménagement d'une rue (à savoir la rue J._______), qui devaient permettre l'agencement d'un nouvel accès routier à la gare par l'ouest et le sud. Ils ont, en outre, estimé que la réalisation de ces aménagements routiers - qui ne présentaient aucun lien avec la démolition et la construction du PS de E._______ - ne pouvait être intégrée à la procédure d'approbation des plans au sens de l'art. 18 al. 1 LCdF, mais devait être mise en oeuvre en conformité avec la législation routière cantonale.
B.b Le 29 avril 2016, le canton H._______ - pour lui le (...) - s'est référé aux préavis positifs des services cantonaux concernés (à savoir le service précité ainsi que le [...]) et a émis un préavis positif au projet, sous réserve de certaines charges et conditions.
B.c Les 21 et 23 juin 2016, l'Office fédéral de la culture (OFC) et l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) ont transmis à l'OFT leurs prises de position.
B.d Dans leur détermination du 20 septembre 2016, les CFF se sont notamment prononcés sur les arguments des opposants susmentionnés. Ils ont relevé que les aménagements routiers - en particulier le giratoire et la nouvelle rampe d'accès menant à la gare (I._______) - étaient nécessaires d'un point de vue technique en raison du rehaussement du PS de E._______. Ils ont, notamment, précisé que la reconstruction du PS devait condamner son passage inférieur (zone Cargo CFF), utilisé par les piétons et les cyclistes pour rejoindre la gare par son côté ouest, ainsi que par les automobilistes en cas de fermeture au trafic routier de l'Avenue K._______. Ce passage était voué à être remplacé par la rampe I._______. Ils ont également indiqué que la proportion du budget alloué aux aspects ferroviaires du projet (à savoir la démolition du pont routier de E._______ enjambant les voies de chemins de fer et sa reconstruction plus élevée afin de permettre le passage des trains à deux étages) était d'environ 75%, contre 25% pour les aspects routiers (autres aménagements routiers).
Le 3 novembre 2016, l'OFEV s'est déterminé sur cette prise de position des CFF. Les opposants A._______, B._______ et les copropriétaires de la PPE C._______ en ont fait de même, le 4 novembre 2016, maintenant leurs oppositions. Le 16 décembre 2016, les CFF ont une nouvelle fois pris position.
C.
C.a Le 7 novembre 2016, l'OFT a demandé au canton H._______ de procéder à une nouvelle mise à l'enquête avec un intitulé complet, à savoir « Démolition et reconstruction du passage supérieur de E._______, construction d'une nouvelle route menant à la gare et différentes adaptations routières ». L'OFT priait, par ailleurs, les autorités cantonales de mentionner également dans le descriptif du projet les aménagements routiers prévus de manière plus précise.
C.b En date du 6 janvier 2017, le projet a été remis à l'enquête dans le Bulletin officiel, avec les corrections et précisions requises par l'OFT. Le 7 février 2017, A._______, B._______ et les copropriétaires de la PPE C._______ ont confirmé leurs oppositions. Renvoyant à leurs contenus, ils ont ajouté que le plan d'aménagement de la commune de D._______ n'avait jamais prévu la création de la nouvelle route que se proposait de réaliser les CFF, mais qu'en revanche, le plan de zone de cette même commune fixait comme objectif d'aménagement un projet de création d'une artère sud.
C.c Le 15 février 2017, le canton H._______ - pour lui (...) - a préavisé positivement le projet, en émettant certaines recommandations. Il a, notamment, demandé que l'annexe 2 du rapport sur l'environnement d'octobre 2015 (rapport de synthèse sur le trafic et le bruit) soit complété par une étude de l'impact sonore généré par les réaménagements envisagés sur les axes plus éloignés, et non directement adjacents au projet.
C.d Dans leur détermination du 20 mars 2017, les CFF se sont référés à leur prise de position du 20 septembre 2016, émise dans le cadre de la procédure relative à la première mise à l'enquête. S'exprimant sur la variante « artère sud » citée par les opposants, ils ont souligné que ce projet figurait uniquement au rang des règles dispositives et que son financement avait été refusé en votation populaire en (...). Ils ont relevé, en outre, que le plan directeur d'aménagement de la ville de D._______ prévoyait la création d'une liaison ouest de la gare au réseau routier, matérialisée par la rampe I._______ projetée.
C.e Le 23 mars 2017, l'OFEV a pris position sur le projet. Renvoyant à ses observations faites durant la première mise à l'enquête, l'office a, par ailleurs, soutenu la recommandation du canton H._______ concernant le complément à l'annexe 2 du rapport sur l'environnement, et posé la même exigence.
C.f En date du 28 avril 2017, les opposants A._______, B._______ et les copropriétaires de la PPE C._______ se sont déterminés sur la réponse des CFF du 20 mars 2017. Ils ont, en substance, expliqué que les plans établissant le tracé des routes constituaient des plans d'affectation spéciaux au sens de l'art. 14 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT, RS 700), que le volet routier du projet devait garantir la protection juridique prévue à l'art. 33 LAT et qu'il était soumis à la législation cantonale applicable.
C.g Dans sa détermination du 1er mai 2017, les CFF se sont se dits prêts à faire compléter le rapport de synthèse sur le trafic et le bruit, comme requis par le canton H._______. A cet égard, ils ont demandé au canton de fournir des éclaircissements concernant les compléments concrets souhaités.
Le 19 juillet 2017, l'OFEV a, après avoir pris connaissance de la prise de position précitée des CFF, retiré sa demande formulée le 23 mars 2017. Le 20 juillet 2017, le canton H._______ - pour lui (...) - a maintenu sa recommandation concernant le complément du rapport de synthèse sur le trafic et le bruit. Il a, à ce titre, dressé une liste de questions précises à l'attention des CFF. Dans un rapport complémentaire d'août 2017, le bureau d'ingénieurs L._______, auteur du rapport de synthèse d'octobre 2015, a répondu aux préoccupations du canton H._______. Il a, notamment, présenté l'état actuel de la circulation sur la Place de la Gare, ainsi que l'état futur avec la nouvelle rampe d'accès projetée. Le 22 août 2017, le canton H._______ s'est dit satisfait de ces explications.
D. Par décision du 30 août 2017, l'OFT a approuvé la demande d'approbation des plans des CFF du 18 décembre 2015, avec charges. S'agissant des oppositions, il a, en particulier, rejeté celles de A._______, de B._______ et des copropriétaires de la PPE C._______, dans la mesure où elles n'étaient pas sans objet.
L'OFT a notamment relevé que les CFF - par l'intermédiaire de L._______ - avaient examiné et répondu de manière exhaustive aux questions du canton H._______ portant sur la thématique du bruit routier, eu égard aux aménagements prévus. Il a estimé qu'à ce titre, il était attesté que le projet respectait les prescriptions de l'ordonnance sur la protection contre le bruit du 15 décembre 1986 (OPB, RS 814.41), y compris auprès des récepteurs les plus exposés. Partant, il a déclaré sans objet et rayé du rôle la recommandation du canton H._______ concernant le complément du rapport de synthèse d'octobre 2015.
Sur l'argument principal des opposants susmentionnés, consistant à remettre en cause sa compétence pour approuver le projet litigieux au vu de la prétendue prévalence des aménagements routiers sur les aspects ferroviaires, l'OFT a souligné que la démolition et la reconstruction du pont constituaient bien les éléments principaux du projet, et que les agencements routiers étaient accessoires. Il a expliqué que le projet devait tenir compte du passage en canalisation - à l'intérieur du pont - du cours d'eau M._______, et que sur le plan technique, complexe au demeurant, il était impératif de réaliser d'un seul tenant le pont, le giratoire et les adaptations routières, le tout étant « intrinsèquement lié et imbriqué ». Concernant les coûts, il a indiqué que ceux liés à la construction de la rampe I._______ étaient inférieurs à 10% des coûts totaux. Insistant encore sur lien constructif « évident » entre le pont et les « éléments environnants », il a exposé la nécessité de réaliser le pont et le giratoire dans le cadre d'un chantier unique, également en raison du passage occasionnel de convois exceptionnels sur le PS de E._______, mentionnant à ce propos le fait que le demi-cercle du giratoire « côté (...) » reposait entièrement sur la culée du pont « côté (...) ». Il a, par ailleurs, évoqué le fait que les segments routiers concernés par le projet étaient de longueur minimale. En conclusion, l'OFT a retenu que le projet litigieux respectait la loi et qu'il pouvait être approuvé par ses soins, en application de la législation en matière de construction et d'exploitation des chemins de fer. Il a précisé que scinder la reconstruction du pont et l'aménagement des routes annexes en deux procédures aurait entraîné une augmentation de la durée des travaux et donc des nuisances engendrées, de même que des coûts plus élevés.
E. Par mémoire du 29 septembre 2017, A._______, B._______ et les copropriétaires de la PPE C._______ (les recourants) ont saisi le Tribunal administratif fédéral (aussi : le Tribunal) d'un recours contre la décision de l'OFT (l'autorité inférieure) précitée, concluant à son annulation, avec ordre aux CFF de présenter un nouveau projet portant exclusivement sur la démolition et la reconstruction du PS de E._______, « à l'exclusion de l'aménagement d'une nouvelle voie routière et d'un rond-point ».
Les recourants se plaignent tout d'abord d'une violation de leur droit d'être entendus. Ils relèvent que l'autorité inférieure ne leur a pas transmis le rapport complémentaire d'août 2017 de L._______, contenant les réponses des CFF aux interrogations du canton H._______. Or ce rapport aurait trait à des questions importantes en lien avec le trafic journalier prévu sur les voies touchées par le projet litigieux, et l'autorité inférieure leur aurait laissé une large place dans la décision querellée.
Invoquant, ensuite, une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents, les recourants estiment que l'aménagement des routes et du giratoire n'est pas accessoire à la réalisation du PS de E._______, mais qu'il s'agit d'un agencement indépendant d'importance, engendrant de nouvelles nuisances environnementales, sans lien avec le rehaussement du pont et voué à créer une nouvelle voie de contournement de l'Avenue K._______. Ils exposent, à cet effet, que le Chemin N._______ - en l'état actuel uniquement empruntable par les piétons - sera remplacé par une voie autorisant la circulation routière à double sens. En outre, la rue J._______ - interdite en l'état à la circulation routière - sera transformée en une voie de circulation à double sens, elle aussi. Les recourants soulignent, par ailleurs, que ces travaux routiers ne s'avèrent pas nécessaires, le rehaussement du pont pouvant être facilement entrepris sans la création de nouvelles routes de desserte du centre-ville. Dès lors, se référant à la jurisprudence en la matière, ils mettent en exergue l'absence de lien fonctionnel entre la reconstruction du pont et les aménagements routiers, et soutiennent que l'approbation des plans du projet litigieux par l'autorité inférieure est intervenue en violation de l'art. 18 LCdF. Ils relèvent, par ailleurs, la violation des articles 22 et 33ss LAT, ainsi que de l'art. 47 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT, RS 700.1), applicables à la planification et à la construction des routes. Ces dispositions protègeraient de manière plus étendue les droits des voisins concernés et prévoiraient l'étude de variantes. Ils relèvent encore que le plan d'aménagement de la commune de D._______ - qui, au demeurant, ne serait pas conforme aux exigences du droit fédéral et donc non valable - n'a jamais prévu la création de la nouvelle voie routière que se proposent d'aménager les CFF. Enfin, ils allèguent une violation de la législation fédérale en matière de protection de l'environnement, en prétendant qu'une étude d'impact aurait été nécessaire en raison du transfert du trafic routier, de l'Avenue K._______ sur le nouvel axe envisagé.
F. Dans leur réponse du 16 novembre 2017, les CFF (l'intimée) ont conclu au rejet du recours, ainsi qu'au retrait partiel de l'effet suspensif du recours du 29 septembre 2017, en ce qu'il porte sur la démolition du PS de E._______.
Pour l'essentiel, l'intimée estime que les bâtiments occupés par A._______ et B._______ sont trop éloignés des ouvrages prévus par le projet litigieux, de sorte que la qualité pour agir et recourir doit leur être niée. Elle explique, en outre, que la violation alléguée du droit d'être entendu peut, en tout état de cause, être guérie en procédure de recours, et qu'il n'y a pas lieu d'annuler la décision entreprise pour ce seul motif.
S'agissant de la compétence de l'autorité inférieure pour approuver le projet, l'intimée soutient qu'il serait aberrant de réaliser les travaux du pont et ceux des aménagements routiers de manière indépendante. Le souhait du législateur serait, au contraire, de favoriser l'approbation de projets mixtes - comprenant des installations ferroviaires et non ferroviaires - dans le cadre d'un seule et même procédure d'approbation des plans. En l'occurrence, la procédure à suivre serait bien celle visée aux art. 18ss LCdF, les adaptations routières s'apparentant à des travaux secondaires, par rapport aux travaux principaux consistant en la surélévation du pont. Par ailleurs, le lien constructif entre ces différents éléments serait indéniable, de même que lien fonctionnel entre le rehaussement du pont et la construction de I._______, censée se substituer au N._______ et à la zone Cargo CFF située sous le pont, utilisée comme déviation en cas de fermeture de l'Avenue K._______. L'intimée rejette, enfin, toute violation des dispositions fédérales en matière d'aménagement du territoire et de protection de l'environnement.
G. L'autorité inférieure a également conclu au rejet du recours, par pli du 17 novembre 2017.
H. Par réplique du 16 janvier 2018, les recourants ont, pour l'essentiel, persisté dans leur argumentation et confirmé leurs conclusions au recours. Ils ont, en sus, conclu principalement au rejet de la demande de retrait partiel de l'effet suspensif, subsidiairement à son admission à certaines conditions, en particulier à celle que seuls les travaux relatifs à la démolition et au rehaussement du PS de E._______ soient autorisés.
Ils défendent, en substance, leur qualité pour agir et recourir - en ce qui concerne A._______ et B._______ - et insistent sur le caractère non nécessaire des travaux de construction du giratoire et de la rampe I._______ qui serviraient prioritairement, en réalité, au développement des infrastructures routières voulues par la commune de D._______.
I.
I.a Invitée par le Tribunal à se déterminer sur les conditions posées par les recourants quant à la requête de retrait partiel de l'effet suspensif, l'intimée a, par prise de position du 6 février 2018, précisé que dite requête portait uniquement sur les travaux de démolition du PS de E._______, et non sur ceux de reconstruction du pont. Elle a, également, répondu aux arguments des recourants concernant la qualité pour agir et recourir d'A._______ et de B._______, et a requis à ce titre, à toutes fins utiles, une inspection des lieux.
I.b Le même jour, l'autorité inférieure a également rappelé que la demande tendant au retrait partiel de l'effet suspensif concernait uniquement et exclusivement la démolition du pont.
I.c Sollicités par le Tribunal, les recourants ont, le 22 février 2018, communiqué ne pas être opposés au retrait partiel de l'effet suspensif dans le sens d'une démolition du PS de E._______. Ils ont, en outre, produit des extraits du Registre foncier de leurs immeubles, défendant encore leur qualité pour agir et recourir.
J. Par décision incidente du 8 mars 2018, le Tribunal a admis la demande de levée partielle de l'effet suspensif du recours du 29 septembre 2017, en ce sens que les travaux de démolition du PS de E._______ pouvaient être entrepris sans attendre l'arrêt sur le fond, afin de permettre le passage des trains à deux étages sur la ligne F._______-O._______, à compter du changement d'horaire de décembre 2018.
K.
K.a Le 13 avril 2018, l'intimée a déposé sa duplique. Elle admet - au vu des arguments des recourants - la qualité pour agir et recourir de B._______, mais continue de nier celle d'A._______, au motif que la charge de trafic devrait diminuer à hauteur de l'immeuble occupé par cette entreprise. Sur le fond, elle souligne que le PS de E._______ est un ouvrage de croisement entre le rail et la route, et que l'autorité inférieure a admis sa proposition d'ouvrir une procédure fédérale d'approbation des plans conformément à la législation ferroviaire, laquelle garantirait une vérification plus large de la conformité du projet aux exigences légales qu'une procédure cantonale.
K.b En date du 16 avril 2018, l'autorité inférieure a également dupliqué. Elle argue, en substance, que le projet litigieux sert de manière prépondérante à l'exploitation des chemins de fer, et que les autorités cantonales comme communales lui ont donné leur aval sans soulever un quelconque empiètement de leurs compétences par rapport à la législation cantonale et/ou communale sur les routes.
K.c Le 9 mai 2018, les recourants se sont déterminés sur les dupliques précitées. S'agissant de la qualité pour recourir d'A._______, ils contestent l'analyse de l'intimée et maintiennent que le trafic routier va augmenter à hauteur de la propriété de la société en question. Ils relèvent, en outre, qu'une procédure cantonale d'approbation selon la législation sur les routes obéit à certaines règles qu'une procédure fédérale d'approbation des plans ferroviaire ignore, en particulier la possibilité pour les opposants de requérir l'examen de variantes.
L. Par ordonnance du 16 mai 2018, le Tribunal a invité l'OFEV, le canton H._______ et la commune de D._______ à déposer leurs éventuelles observations.
L.a Par pli du 4 juin 2018, la commune de D._______ a conclu au rejet du recours. Pour l'essentiel, elle reproche aux recourants de mêler à la présente procédure des questions sans rapport avec elle, à l'image des développements relatifs au plan d'aménagement et d'urbanisation du centre-ville. Plus concrètement, elle soutient que I._______ ne constitue pas une nouvelle route, étant entendu qu'elle est destinée à remplacer le passage existant sous le pont, que l'avancée de la culée nord du futur pont vers les voies obstruera.
L.b Le 6 juin 2018, le canton H._______ a indiqué renoncer à se déterminer sur le recours et les différentes écritures, renvoyant aux argumentations de l'autorité inférieure et de l'intimée.
L.c Par détermination du 6 juillet 2018, l'OFEV a implicitement conclu au rejet du recours. L'office souligne, en substance, que le nombre estimé de véhicules-heure sur la rampe I._______ projetée est inférieur au minimum requis pour rendre nécessaire une étude d'impact. Il rejette, pour le surplus, les griefs des recourants en lien avec la violation des dispositions fédérales sur la protection de l'environnement, en particulier en matière de bruit.
L.d En date du 12 juillet 2018, les recourants se sont spontanément déterminés sur la prise de position de la commune de D._______ du 4 juin 2018. Revenant sur le plan directeur d'aménagement de la ville, ils soutiennent que celui-ci doit être annulé, faute d'avoir été adopté selon la procédure idoine. Ils contestent, par ailleurs, l'existence d'un axe routier sous le PS de E._______, de sorte que la rampe envisagée serait une nouvelle route, soumise à la législation routière cantonale.
L.e Le 30 juillet 2018, les recourants ont pris position sur la détermination de l'OFEV du 6 juillet 2018. Ils persistent à soutenir que la création de la nouvelle voie routière reliant la gare depuis E._______ ne peut être assimilée à une construction servant exclusivement ou principalement à l'exploitation des chemins de fer. Ils précisent, à cet égard, que la commune de D._______ ambitionne, dans un avenir proche, de faire d'une partie de l'Avenue K._______ une zone piétonne, ce qui engendrerait encore plus de trafic sur la nouvelle route. De ce fait, l'estimation du report de circulation de cette avenue sur la future I._______, contenue dans le rapport de synthèse, serait faussée.
L.f Dans leurs déterminations suivantes, les parties ont campé sur leurs positions. La commune de D._______, le 30 août 2018, et l'intimée, le 12 septembre 2018, ont défendu l'usage routier du passage passant sous le PS de E._______, voué à être remplacé par I._______. Les recourants ont, par écritures des 19 septembre et 31 octobre 2018, répliqué que la voie en question ne présentait pas les aménagements d'une route, qu'elle n'était pas cadastrée et qu'elle ne constituait pas une route au sens de la législation routière.
M. En date du 3 octobre 2018, l'autorité inférieure a complété sa décision du 30 août 2017 par des charges portant essentiellement sur la protection des eaux.
N. Le 31 octobre 2018, les recourants ont déposé leurs observations finales en l'état de la procédure. Ils réitèrent certains de leurs arguments et maintiennent que l'autorité inférieure n'est pas compétente pour approuver l'aménagement d'une nouvelle voie de circulation routière, à savoir I._______.
Le Tribunal a ensuite réservé des mesures d'instruction complémentaires.
O. Dans le cadre de son instruction complémentaire et par ordonnance du 26 novembre 2018, le Tribunal a invité la commune de D._______, d'une part à préciser l'état préexistant du trafic routier sur les voies menant au PS de E._______ et à l'endroit où doit se tenir le futur giratoire, et d'autre part à indiquer si, en l'absence d'une possibilité de report du trafic routier sous le passage supérieur ou via I._______, une alternative était envisageable pour relier le trafic routier à la gare, en cas de fermeture de l'Avenue K._______. Le Tribunal a, en outre, invité l'autorité inférieure à donner des précisions quant à la proportion du budget alloué aux aspects ferroviaires du projet litigieux.
O.a Par écriture du 14 février 2019, la commune de D._______ a - plans à l'appui - détaillé la gestion et l'organisation du trafic routier sur les axes se situant dans le périmètre proche du PS de E._______ avant sa démolition, en temps normal et lors de manifestations engendrant une déviation par-dessous le pont en question, via la zone Cargo CFF. La commune de D._______ a, par ailleurs, présenté la déviation à mettre en place, lors de manifestations, dans le cas où I._______ n'était pas réalisée. Cette variante - qui couperait en deux toute manifestation - passerait par le sud de la ville et rallongerait le parcours d'environ dix minutes et cinq kilomètres.
O.b Dans son écriture du 21 février 2019, l'autorité inférieure a donné certaines précisions sur le budget, sans toutefois se prononcer sur la proportion de dit budget allouée aux aspects ferroviaires.
O.c Sur invitation du Tribunal, la commune de D._______ a produit, le 5 mars 2019, la liste complète des autorisations octroyées par l'intimée, en 2016 (5 manifestations sur 7 jours), 2017 (4 manifestations sur 6 jours) et 2018 (3 manifestations sur 5 jours), pour emprunter la zone Cargo CFF et le P+Rail Ouest CFF lors de déviations dues à des manifestations.
O.d Par écriture du 29 mars 2019, l'intimée s'est déterminée sur les écritures précitées. Elle indique notamment que la clé de répartition du budget est de 73% pour les travaux ferroviaires (travaux routiers déclenchés par les besoins des CFF de bénéficier d'un espace plus important sous le pont) et de 27% pour les travaux routiers (travaux routiers qui ne sont pas en relation avec les besoins des CFF). Elle explique, par ailleurs, que la création de la rampe I._______ est un projet de la ville de D._______ ayant pour but d'améliorer, de manière permanente, les flux routiers, et que cette réalisation est indépendante de ses propres besoins de surélever le PS de E._______ pour permettre le passage des trains à deux étages. Cela étant, les synergies existantes entre son projet et celui de la ville justifieraient de greffer le second au premier, la rampe ne constituant au reste qu'un des éléments routiers qui, tous ensemble, comptent pour environ un quart du devis total des travaux.
O.e Dans ses courriers des 2 et 15 avril 2019, l'autorité inférieure a indiqué renoncer à de plus amples déterminations.
O.f Dans leurs déterminations conclusives du 14 mai 2019, les recourants ont, en substance, mis l'accent sur le fait, confirmé par la commune de D._______, que la zone Cargo CFF n'avait été ouverte à la circulation qu'à douze reprises, entre 2016 et 2018. Ils soulignent, en outre, que selon les aveux mêmes de l'intimée, la création de I._______ ne peut être qualifié de projet connexe au rehaussement du PS de E._______. Ils relèvent encore que les riverains susceptibles de s'opposer au projet litigieux forment un cercle plus restreint que celui constitué par les personnes potentiellement touchées par la réalisation de nouvelles voies de circulation.
P. Le 21 juin 2019, dans le cadre d'un ultime acte d'instruction, le Tribunal a donné la possibilité aux parties de compléter leurs déterminations au regard de l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_125/2018 du 8 mai 2019, traitant d'une cause relative à l'approbation de plans ferroviaires et touchant à des questions d'intérêt pour la procédure pendante.
P.a En date du 8 juillet 2019, les recourants ont déposé leur ultime prise de position. Ils y relèvent, en substance, que l'arrêt susmentionné confirme leurs conclusions au recours.
P.b Dans sa détermination du 8 juillet 2019, l'intimée réitère certains de ses arguments militant pour un rejet du recours. Elle estime que l'intégration, dans le projet litigieux, de la nouvelle voie routière I._______ et du giratoire est opportune pour des raisons de coordination des travaux, d'unité constructive, de cohérence procédurale et d'optimisation des coûts. Par ailleurs, elle considère que, si l'incompétence de l'OFT devait être admise, les conditions de nullité de la décision querellée ne seraient pas pour autant réunies. Elle précise qu'il n'y aurait pas non plus lieu de l'annuler, par souci d'économie de procédure et pour éviter une sanction disproportionnée, mais plutôt de tenir le vice de forme pour guéri devant l'autorité de recours.
P.c La commune de D._______ s'est également exprimée, par écriture du 8 juillet 2019. Elle voit de nombreuses similitudes entre le projet litigieux et celui ayant fait l'objet de l'arrêt du Tribunal fédéral. Elle insiste sur l'unité constructive de l'ouvrage projeté, ainsi que sur la nécessité d'y inclure I._______, qui permet d'aménager une liaison routière à l'ouest de la gare.
P.d Par ordonnance de céans du 18 juillet 2019 la cause a été annoncée comme gardée à juger.
Q. Les autres faits et arguments des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit.
Droit :
1. La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) n'en dispose pas autrement (cf. art. 37 LTAF). Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (cf. art. 7 PA), ainsi que la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF - non pertinentes en l'espèce -, le Tribunal administratif fédéral connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées peuvent être portées devant le Tribunal en application de l'art. 33 let. d LTAF.
L'OFT est une unité de l'administration fédérale centrale (cf. annexe 1 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1] par renvoi de l'art. 8 al. 1 let. a). L'acte attaqué a été pris sur la base des art. 18ss LCdF et satisfait aux conditions prévalant à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 PA, de sorte que le Tribunal est compétent pour connaître du litige.
1.2
1.2.1 Conformément à l'art. 48 al. 1 PA, a qualité pour former recours celui qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Pour satisfaire aux exigences de l'art. 48 al. 1 let. b et c PA, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. Il doit, en outre, retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée, de manière à exclure l'action populaire (cf. ATF 143 II 506 consid. 5.1, 137 II 30 consid. 2.2.3 ; ATAF 2012/9 consid. 4.1.1). Cet intérêt pratique - de nature économique, idéale, matérielle ou autre - n'est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, mais peut être un intérêt de fait (cf. ATF 144 I 43 consid. 2.1, 143 II 506 consid. 5.1 ; ATAF 2012/13 consid. 3.2.2, 2009/16 consid. 2.1). Il peut être de nature pécuniaire ou morale et un voisin qui s'oppose à une autorisation de construire pour des raisons d'esthétique fait valoir un intérêt digne de protection, même si la valeur de son bien n'est pas menacée par la construction litigieuse (cf. Laurent Pfeiffer, La qualité pour recourir en droit de l'aménagement du territoire et de l'environnement, Etude de droit fédéral et vaudois, 2013, p. 64 et réf. cit.). Il n'a, enfin, pas besoin de correspondre à l'intérêt protégé par les normes invoquées (cf. ATF 127 I 44 consid. 2c ; ATAF 2012/13 consid. 3.2.2).
1.2.2 En matière de droit des constructions, le voisin direct de la construction ou de l'installation litigieuse a, en principe, la qualité pour recourir. La proximité avec l'objet du litige ne suffit néanmoins pas, à elle seule, à conférer au voisin la qualité pour recourir. Le critère de la distance constitue certes un indice essentiel, mais il n'est pas à lui seul déterminant ; s'il est certain ou très vraisemblable que l'installation ou la construction litigieuse sera à l'origine d'immissions - bruit, poussières, vibrations, lumière, fumée - atteignant spécialement les voisins, même situés à une certaine distance, ceux-ci peuvent avoir la qualité pour recourir. En bref, le voisin est admis à recourir lorsqu'il est atteint de manière certaine ou du moins avec une probabilité suffisante par la gêne que la décision peut occasionner (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_609/2017 du 4 décembre 2018 consid. 2.1.1 et jurisp. cit.). Lorsque, comme en l'espèce, le projet de construction se situe dans un secteur déjà exposé au bruit, la qualité pour agir du voisin dépend du point de savoir s'il faut s'attendre avec une forte vraisemblance à des nuisances accrues et clairement perceptibles pour l'intéressé en cas de réalisation du projet. S'agissant du trafic routier, les effets clairement perceptibles doivent pouvoir être déterminés sans expertises coûteuses et se démarquer des immissions générales engendrées par la circulation. Il appartient au recourant d'alléguer les éléments de fait précis permettant de juger si la construction litigieuse est susceptible de lui causer un réel préjudice lorsque celui-ci ne résulte pas d'emblée du dossier (cf. ATF 113 Ib 225 consid. 1c ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_76/2007 du 20 juin 2007 consid. 3 et jurisp. cit. ; Laurent Pfeiffer, op. cit., p. 99 s.).
Enfin, dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans, un recourant n'a qualité pour recourir que s'il a fait opposition devant l'autorité précédente (cf. art. 18f LCdF).
1.2.3 Au cas d'espèce, l'intimée conteste la qualité pour agir et recourir d'A._______ (ci-après : recourante 1). L'immeuble dont cette société est propriétaire - sis à (...), parcelle n° (...) de la commune de D._______ - se situerait à 160 mètres par la route et à 140 mètres à vol d'oiseau du futur giratoire et de I._______. Par ailleurs, la charge de trafic devrait diminuer à hauteur de ce bâtiment, en raison du transfert de charge du trafic de l'Avenue K._______ sur la rue J._______ et I._______. Les recourants estiment, à l'inverse, que le trafic routier va augmenter sur l'Avenue K._______ et sur la Place E._______, situées à proximité du bâtiment occupé par la recourante 1. Ils expliquent également qu'actuellement, la recourante 1 n'est touchée que par un trafic à sens unique, alors qu'à l'avenir, la circulation entre la Place E._______ et la gare, via le giratoire et I._______, se fera à double sens. S'agissant de la distance séparant le bien-fonds n° (...) du projet litigieux, les recourants produisent un extrait de plan du registre foncier relatif à cette parcelle, qui fait état d'un éloignement de 126,56 mètres du bien-fonds n° 730, lequel fait l'angle entre la rue « Place E._______ » et l'actuel N._______.
Le Tribunal retient ce qui suit au vu du dossier.
1.2.3.1 L'immeuble dont la recourante 1 est propriétaire se situe à l'angle de l'Avenue P._______ et de l'Avenue K._______, qui se rejoignent à la Place E._______. Au départ de cette place, la rue « Place E._______ », en direction du sud-est, mène au PS de E._______. D'emblée, il convient de préciser que la circulation entre la Place E._______ et le PS E._______ s'opère déjà, en l'état initial, à double sens. Une nouvelle circulation à double sens sera introduite uniquement sur I._______. Il ressort du dossier des plans (cf. en particulier le rapport sur l'environnement, pièce 6) que, selon les prévisions des ingénieurs, le trafic routier passera, sur l'Avenue K._______, de 8'300 véhicules/jour (« état actuel ») à 5'500 véhicules/jour (« état avec projet »). En revanche, le trafic augmentera sur la rue « Place E._______ », passant de 4'600 véhicules/jour à 7'400 véhicules/jour. Ce report du trafic s'explique, selon l'intimée, par le fait que l'accès du trafic motorisé à la gare depuis l'ouest et le sud se fera principalement par la nouvelle liaison prévue via le giratoire et I._______, alors qu'en l'état actuel, le transit vers la gare passe par l'Avenue K._______.
Les recourants mettent bien en doute la précision des estimations du trafic actuel et futur (cf. en particulier le mémoire de recours du 29 septembre 2017, p. 17). Cela étant, leurs griefs restent très généraux et ils ne fournissent aucun élément concret permettant de remettre en cause ces estimations. S'agissant de l'« état actuel » du trafic, aucun élément au dossier ne laisse penser qu'il faille s'écarter des estimations faites dans le rapport sur l'environnement, établi en octobre 2015. D'ailleurs, aucune partie ne fait état d'une modification de la densité du trafic qui serait intervenue depuis lors. Ainsi, force est de constater que, selon les projections, la circulation diminuera (de 8'300 à 5'500 véhicules/jour) sur la route directement adjacente à l'immeuble de la recourante 1. Elle augmentera (de 4'600 à 7'400 véhicules/jour) toutefois sur la rue « Place E._______ ». Au vu des pièces du dossier (cf. notamment le rapport sur l'environnement précité, ainsi que le rapport complémentaire de L._______ d'août 2017 [pièce 25 du bordereau de l'autorité inférieure]), cette augmentation semble bien résulter d'un report du trafic de l'Avenue K._______ sur la rue « Place E._______ ». Arrivés Place E._______, les véhicules emprunteront de manière plus soutenue la rue « Place E._______ » pour rejoindre la gare, au détriment de l'Avenue K._______. Globalement, la circulation transitant par la Place E._______ devrait donc être à peu près stable.
Dans la mesure où le bâtiment sis sur la parcelle n° (...) se trouve plus proche de l'Avenue K._______ que de la rue « Place E._______ », le transfert de trafic s'avère - à tout le moins sous l'angle du nombre de véhicules en transit - favorable à la recourante 1. En ce qui concerne le bruit, le rapport sur l'environnement prédit un accroissement des immissions sonores au niveau des bâtiments se situant de part et d'autre de la rue « Place E._______ » (récepteurs R10 et R11). Le récepteur R10 présente une augmentation de 1.9 dB(A) de jour et de 3.4 à 3.7 dB(A) de nuit. Quant au récepteur R11, il affiche une amplification de 1.8 à 1.9 dB(A) de jour. Il s'agit du seul récepteur sur lequel les valeurs limites d'immissions sont dépassées, mais tel est déjà le cas dans la situation actuelle. L'immeuble sur lequel il se trouve n'est toutefois pas occupé de nuit, ce qui explique l'absence de relevés nocturnes. Les récepteurs installés en bordure de l'Avenue K._______ (récepteurs R9 et R8) - sur laquelle la vitesse sera limitée à 30 km/h - prévoient, en revanche, une diminution des immissions ; entre -5.8 et -8.5 dB(A) de jour et entre -5.2 et -6.7 dB(A) de nuit pour le récepteur R8 ; entre -5.8 et -8.8 dB(A) de jour et entre -5.2 et -6.8 dB(A) de nuit pour le récepteur R9. En conséquence, le report du trafic routier induit par le projet litigieux ne devrait pas conduire à une augmentation des immissions sonores à hauteur de l'immeuble de la recourante 1. A l'inverse, les nuisances devraient diminuer. A tout le moins, l'augmentation des immissions en provenance de la rue « Place E._______ » est-elle compensée par la diminution des immissions de l'Avenue K._______. Par ailleurs, le giratoire et I._______ sont trop éloignés de l'immeuble de la recourante 1 pour que les véhicules qui y transitent - à une vitesse réduite - puissent occasionner un accroissement sensible des nuisances pour les occupants du bâtiment en question. Au demeurant, dit bâtiment se situe déjà au centre-ville, dans un secteur exposé à la circulation.
1.2.3.2 Eu égard à ce qui précède, on ne saurait conclure, avec une forte probabilité, à la survenance de nuisances sonores distinctes, accrues et clairement perceptibles pour les occupants du bâtiment en question, en cas de réalisation du projet. Les recourants ne se plaignent nullement d'autres types de nuisance et ne font valoir aucun argument d'ordre esthétique. En corollaire, la qualité pour recourir ne peut que malaisément être reconnue à la recourante 1, sans qu'il soit toutefois besoin de trancher ici la question au vu de ce qui suit.
1.2.4 La qualité pour recourir de B._______ (ci-après : recourant 2), initialement contestée par l'intimée, a finalement été admise, à raison, par celle-ci. La parcelle n° (...) de la commune de D._______, propriété du recourant 2, se situe, en effet, à une faible distance de la rue « Place E._______ » (25,27 mètres selon l'extrait de plan du registre foncier produit par les recourants) et du giratoire projeté. Comme déjà indiqué, une augmentation du trafic routier est prévue sur la rue en question (de 4'600 à 7'400 véhicules/jour). Il n'y a pas non plus lieu de douter de la qualité pour recourir de la PPE C._______ et de ses occupants, dont l'immeuble est directement adjacent à la rue « Place E._______ ».
1.2.5 En conséquence et dans le cadre de l'appréciation anticipée des preuves (cf. art. 33 al. 1 PA), il convient de ne pas donner suite à la requête de l'intimée tendant à une inspection des lieux, en vue de déterminer la qualité pour recourir des recourants. Les pièces au dossier sont suffisantes à cet égard.
1.3 Présenté au surplus dans le délai (cf. art. 50 al. 1 PA) et les formes (cf. art. 52 al. 1 PA) prévus par la loi, le recours est ainsi recevable s'agissant des recourants 2 à 31.
2.
2.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd., Bâle 2013, ch. 2.149, p. 73; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/St-Gall 2010, ch. 1758 ss).
2.2 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation des faits et l'opportunité de la décision attaquée (cf. art. 49 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2).
Cela étant, le Tribunal s'astreint, dans le cadre de sa pleine cognition, à une certaine retenue dans le contrôle de l'appréciation à laquelle l'autorité inférieure a procédé, lorsqu'il s'agit d'apprécier des questions qui requièrent des connaissances techniques, scientifiques ou économiques spéciales propres à dite autorité. Il ne s'écarte des éléments techniques retenus par les instances spécialisées que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela, en cas de contradictions manifestes ou de constatations manifestement erronées (cf. ATF 139 II 185 consid. 9.3, 136 I 184 consid. 2.2.1, 135 II 296 consid. 4.4.3 ; ATAF 2013/9 consid. 3.9, 2012/18 consid. 5.3, 2008/18 consid. 4).
2.3 L'objet du litige est défini par les conclusions du recours, qui doivent rester dans le cadre de l'acte attaqué. Partant, le recourant ne peut que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation, puisque son élargissement ou sa modification mènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (cf. ATF 142 I 155 consid. 4.4.2, 136 II 457 consid. 4.2, 136 II 165 consid. 5 ; ATAF 2014/24 consid. 1.4.1 ; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.7 ss ; Jérôme Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale : la procédure devant les autorités administratives fédérales et le Tribunal administratif fédéral, Bâle 2013, n. 182 p. 108 s.).
2.3.1 En matière d'approbation des plans, l'exigence formelle d'avoir participé à la procédure de première instance, énoncée à l'art. 18f al. 1 in fine LCdF, ne se limite pas au simple fait d'avoir interjeté opposition dans le cadre de la procédure de première instance. Elle porte également sur les griefs soulevés qui définiront l'objet du litige. Ainsi, toutes les objections qui peuvent être formulées pendant la mise à l'enquête doivent être soulevées dans la procédure d'opposition et ne peuvent l'être dans la procédure contentieuse subséquente. Cela garantit, dans l'intérêt de la concentration des procédures, l'examen en même temps, par la même autorité, de toutes les objections au cours de l'élaboration de la décision d'approbation des plans. L'objet du litige ne peut plus être étendu une fois écoulé le délai pour faire opposition. En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut, quant à elle, être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 2.1 ; arrêt de céans A-2465/2016 du 2 février 2018 consid. 1.6 et réf. cit.).
2.3.2 En l'espèce, l'objet du litige pose la question de savoir si l'autorité inférieure a, à bon droit, rejeté les oppositions des recourants. Au vu des arguments de ces derniers, l'objet du litige consiste, plus particulièrement et principalement, à déterminer si les travaux routiers (à savoir la création d'un giratoire et de la rampe routière I._______, ainsi que l'aménagement des rues menant au dit giratoire) qui accompagnent le rehaussement du PS E._______ servent - ou non - exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation des chemins de fer. Partant, il convient de déterminer si l'autorité inférieure était compétente pour approuver le projet litigieux, en application de la législation en matière de construction et d'exploitation des chemins de fer (en particulier les articles 1, 18 et 18m LCdF).
2.4 Avant d'examiner cette question (cf. infra consid. 4 à 6) et les autres griefs de fond (cf. infra consid. 7), le Tribunal examinera le grief des recourants ayant trait à une violation de leur droit d'être entendus (cf. infra consid. 3).
3. La nature formelle du grief pris de la violation du droit d'être entendu conduit, en effet, à ce qu'il doive être examiné en préalable.
3.1 Les recourants relèvent que l'autorité inférieure ne leur a pas transmis le rapport complémentaire d'août 2017 de L._______, lequel répond aux éclaircissements requis par le canton H._______, à propos du rapport de synthèse sur le trafic et le bruit d'octobre 2015. Selon les recourants, ce rapport aurait trait à des questions importantes, en lien avec le trafic journalier prévu sur les voies touchées par le projet litigieux, et l'autorité inférieure leur aurait laissé une large place dans la décision querellée.
L'intimée reconnaît implicitement que ce rapport complémentaire n'a pas été communiqué aux recourants, mais elle estime que le vice peut être guéri en procédure de recours, et qu'il n'y a pas lieu d'annuler la décision entreprise pour ce seul motif.
3.2 Le droit d'être entendu est inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 28 avril 1999 (Cst., RS 101) et consacré, en procédure administrative fédérale, par les articles 26 à 28 PA (droit de consulter les pièces), les articles 29 à 33 PA (droit d'être entendu stricto sensu) et l'art. 35 PA (droit d'obtenir une décision motivée). Il comprend, en particulier, le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d'avoir accès au dossier, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.3, 142 III 48 consid. 4.1.1, 141 V 557 consid. 3 et 135 I 279 consid. 2.3 ; ATAF 2010/53 consid. 13.1).
3.2.1 Le droit de consulter le dossier s'étend à toutes les pièces décisives et garantit que les parties puissent prendre connaissance des éléments fondant la décision et s'exprimer à leur sujet (cf. ATF 132 II 485 consid. 3.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_131/2017 du 20 février 2018 consid. 2.1). Aux termes de l'art. 27 PA, le droit à la consultation des pièces peut notamment être limité lorsque des intérêts publics ou privés importants exigent que le secret soit gardé. Les intérêts opposés à la consultation du dossier, d'une part, et au maintien du secret, d'autre part, doivent être pondérés et le principe de la proportionnalité doit être respecté. Selon l'art. 28 PA, une pièce dont la consultation a été refusée à la partie ne peut être utilisée à son désavantage que si l'autorité lui en a communiqué, oralement ou par écrit, le contenu essentiel se rapportant à l'affaire et lui a donné en outre l'occasion de s'exprimer et de fournir des contre-preuves (cf. arrêt de céans A-5541/2014 du 31 mai 2016 et jurisp. cit.).
3.2.2 En cas de violation avérée du droit d'être entendu, l'affaire doit en principe être renvoyée à l'autorité inférieure. Ce principe doit toutefois être relativisé, dès lors qu'une éventuelle violation du droit d'être entendu en première instance peut exceptionnellement être réparée lorsque l'administré a eu la possibilité de s'expliquer librement devant une autorité de recours dont la cognition est aussi étendue que celle de l'autorité inférieure (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 134 I 140 consid. 5.5 et 133 I 201 consid. 2.2). Toutefois, une telle réparation doit rester l'exception et n'est admissible, en principe, que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée ; cela étant, une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 137 I 195 consid. 2.3.2 et 136 V 117 consid. 4.2.2.2).
3.2.3 La procédure d'approbation des plans en matière ferroviaire connaît toutefois une réglementation spéciale pour entendre les parties, comme cela est le cas pour la plupart des lois spéciales réglant les domaines relevant de l'administration de masse. Le droit des parties de s'exprimer est garanti par l'opposition au sens de l'art. 18f LCdF, dans une procédure formalisée prévue à l'art. 30a PA (cf. Waldmann/Bickel, in: Waldmann/Weissenberger [éd.], VwVG Praxiskommentar, 2ème éd. 2016, n. 7 ss ad art. 30a PA ; Patrick Sutter, in: Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Auer/Müller/Schindler [éd.], Zurich 2008, n. 7 s. ad art. 30a PA). Cela signifie que les opposants ne peuvent s'exprimer dans la procédure administrative de première instance que sur le projet tel qu'il ressort des plans et du dossier. Jusqu'à la décision d'approbation, ils n'acquièrent cependant ni entre eux, ni à l'égard de la partie requérante le statut de partie adverse au sens de l'art. 31 PA, si bien qu'il n'est pas nécessaire de leur donner la possibilité de prendre position sur les arguments soulevés par les autres parties (cf. arrêt de céans A-6775/2016 du 28 juin 2018 consid. 5.2 et réf. cit.).
3.3 Au cas d'espèce, il n'est pas contesté que les recourants n'ont pas eu accès au rapport complémentaire d'août 2017 de L._______, avant le prononcé du 30 août 2017. Dit rapport aborde, en substance, l'état actuel de la circulation sur la Place de la Gare, et l'état futur tel qu'attendu avec la nouvelle rampe d'accès prévue dans le projet litigieux. Il porte, ainsi, sur des faits pertinents pour l'issue du litige, étant entendu que les conséquences du projet sur la circulation routière constituent la pierre angulaire des motifs du recours. En outre, il ne s'agit pas de simples arguments de partie, mais d'une pièce technique faisant partie intégrante du dossier. Dès lors qu'il ne ressort pas du dossier que le contenu essentiel du rapport ait été communiqué d'une quelconque manière aux recourants, il convient de retenir que le grief relatif à la violation du droit de consulter le dossier est justifié.
Cela étant, le vice peut être considéré comme guéri. Tel est en effet le cas, conformément à la jurisprudence rappelée, lorsque l'administré a eu la possibilité de s'expliquer librement devant une autorité de recours dont la cognition est aussi étendue que celle de l'autorité inférieure, comme tel est le cas quand l'autorité de recours vérifie d'office les faits, applique le droit d'office et que le recourant n'est pas limité quant aux motifs de recours qu'il peut invoquer. Or les possibilités offertes aux recourants dans le cadre du présent recours remplissent entièrement ces conditions. Ils ont finalement eu accès au rapport complémentaire - qui figure au bordereau de pièces produit par l'autorité inférieure - et ont pu s'exprimer à ce propos au cours de l'échange d'écritures. En outre, un renvoi provoquerait un rallongement inutile de la procédure.
3.4 En définitive, il y a donc lieu de retenir que le droit d'être entendu des recourants a certes été violé, mais qu'il a été réparé en la présente instance de recours. En conséquence, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée, ni de renvoyer la cause à l'autorité inférieure de ce fait.
4. Il convient, à ce stade, de déterminer si l'autorité inférieure était compétente pour approuver le projet litigieux. Cette question doit être abordée en ses deux branches. A savoir, déterminer d'abord si les conditions sont réunies pour qu'une procédure unique d'approbation des plans ait été décidée et, ensuite, si la procédure d'ensemble pouvait être considérée comme fédérale.
4.1
4.1.1 A ce titre, les recourants estiment que les voies routières - plus singulièrement I._______ - et le giratoire ne sont pas accessoires au rehaussement du PS de E._______, mais qu'il s'agit d'aménagements indépendants d'importance, engendrant de nouvelles nuisances environnementales et voués à créer une nouvelle voie de contournement de l'Avenue K._______. Ils exposent, à cet effet, que N._______ permettant de descendre depuis le pont de E._______ jusqu'à la gare - en l'état actuel uniquement empruntable par les piétons - est remplacé par une voie autorisant la circulation routière à double sens, à savoir la rampe I._______. En outre, la rue J._______ qui borde la voie de chemin de fer - interdite en l'état à la circulation routière - est transformée en une voie de circulation à double sens, elle aussi. Les recourants soulignent, par ailleurs, que ces travaux routiers ne s'avèrent pas nécessaires, le rehaussement du pont pouvant être facilement entrepris sans la création de nouvelles routes de desserte du centre-ville. Ils expliquent que le développement des infrastructures routières est une volonté de la commune de D._______, et non des CFF. Ils précisent, à cet égard, que la commune de D._______ ambitionne, dans un avenir proche, de faire d'une partie de l'Avenue K._______ une zone piétonne, ce qui engendrerait encore plus de trafic sur les nouvelles voies routières. De ce fait, l'estimation du report de circulation de cette avenue sur la future I._______, contenue dans le rapport sur l'environnement, serait faussée. Se référant à la jurisprudence en la matière, ils mettent en exergue l'absence de lien fonctionnel entre la reconstruction du pont et les aménagements routiers, et soutiennent que l'approbation des plans du projet litigieux, par l'autorité inférieure, est intervenue en violation de l'art. 18 LCdF.
4.1.2 L'intimée soutient, pour sa part, qu'il serait aberrant de réaliser les travaux du pont et ceux des aménagements routiers de manière indépendante. Le souhait du législateur serait, au contraire, de favoriser l'approbation de projets mixtes - comprenant des installations ferroviaires et non ferroviaires - dans le cadre d'une seule et même procédure d'approbation des plans. En l'occurrence, la procédure à suivre serait bien celle visée aux art. 18ss LCdF, les aménagements routiers s'avérant des travaux secondaires, par rapport aux travaux principaux consistant en la surélévation du pont. Par ailleurs, le lien constructif entre ces différents éléments serait indéniable, de même que le lien fonctionnel entre le rehaussement du pont et la construction de I._______, censée se substituer au N._______ et à la route située sous le pont (zone Cargo CFF), utilisée comme déviation en cas de fermeture de l'Avenue K._______. L'intimée souligne encore que le PS de E._______ est un ouvrage de croisement entre le rail et la route, et qu'une procédure fédérale d'approbation des plans garantit une vérification plus large de la conformité du projet aux exigences légales qu'une procédure cantonale.
4.1.3 Quant à l'autorité inférieure, elle soutient la position de l'intimée, arguant que le projet litigieux sert de manière prépondérante à l'exploitation des chemins de fer, et que les autorités cantonales, comme communales, lui ont donné leur aval sans soulever un quelconque empiètement de leurs compétences par rapport à la législation cantonale et/ou communale sur les routes.
4.1.4 Enfin, la commune de D._______ est du même avis. Elle explique notamment que I._______ ne constitue pas une nouvelle route, étant entendu qu'elle est destinée à remplacer le passage existant sous le pont, que l'avancée de la culée nord du futur pont, vers les voies, obstruera.
4.2 Le cadre juridique pris par le litige est le suivant.
4.2.1 Aux termes de l'art. 18 al. 1 LCdF, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente, à savoir l'OFT (cf. art. 18 al. 2 LCdF ; avant le 1er janvier 2016 également le DETEC s'agissant de grands projets ; à ce sujet cf. Message du Conseil fédéral du 4 septembre 2013 relatif à la modification du droit des entreprises de transport routier et du droit pénal des transports, in FF 2013 6466 ch. 2.4). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (cf. art. 18 al. 3 LCdF). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis ; le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (cf. art. 18 al. 4 LCdF). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal ; l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la consultation de l'OFT sont toutefois nécessaires dans certains cas (cf. art. 18m al. 1 et 2 LCdF).
4.2.2 Selon la jurisprudence, est considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer le projet qui présente, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (cf. ATF 127 II 227 consid. 4 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_125/2018 du 8 mai 2019 consid. 4.1 et 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.1). Les carrefours entre chemin de fer et route servent, par nature, simultanément l'exploitation ferroviaire et la circulation routière ; il s'agit de constructions mixtes qui contiennent régulièrement des éléments en lien avec l'exploitation ferroviaire et d'autres étrangers à ce domaine. En principe, une procédure unique d'approbation doit être suivie. Tel doit être le cas, à tout le moins, si les différents ouvrages de l'installation présentent, entre eux, une unité constructive et fonctionnelle (cf. ATF 127 II 227 consid. 4, 122 II 265 consid. 3 ; arrêts du Tribunal fédéral précités 1C_125/2018 consid. 4.1 et 1C_32/2017 consid. 6.1 ; arrêt de céans A-3837/2018 du 20 mai 2019 consid. 3.4.3). Selon l'objectif principal poursuivi par l'installation en cause, celle-ci devra faire l'objet d'une procédure d'approbation relevant du droit ferroviaire ou, au contraire, être autorisée par le biais de la procédure cantonale applicable. Dans ce cadre, il ne s'agit pas seulement de se fonder sur l'ampleur des modifications projetées, sur le plan respectivement routier ou ferroviaire, mais essentiellement sur l'objectif principal poursuivi par le projet ; en d'autres termes, il convient, dans chaque cas particulier, de déterminer si la construction ou l'installation répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à ceux de la circulation routière (cf. ATF 127 II 227 consid. 5 ; arrêts du Tribunal fédéral précités 1C_125/2018 consid. 4.1 et 1C_32/2017 consid. 6.1). De jurisprudence constante, un litige relatif à la délimitation des compétences entre la Confédération et les cantons en matière ferroviaire doit être tranché par la juridiction fédérale (cf. ATF 121 II 8 consid. 1 ; arrêt de céans A-1353/2011 du 20 février 2012 consid. 1.1). En toutes hypothèses, dans le cadre d'une procédure fédérale d'approbation des plans, les cantons et les communes peuvent faire valoir leurs revendications. De même, les intérêts des chemins de fer fédéraux sont pris en considération quand la procédure est cantonale (cf. ATF 127 II 227 consid. 4b).
5. Aux fins de déterminer d'abord si c'est à raison qu'une procédure unique d'approbation des plans a été suivie pour le projet litigieux, il s'agit de déterminer si, au vu de la jurisprudence précitée, les ouvrages projetés présentent une unité constructive et fonctionnelle.
5.1 Dans ses différentes prises de position (cf. notamment ses déterminations des 20 septembre 2016, 16 décembre 2016 et 16 novembre 2017), l'intimée explique que, consécutivement à la réalisation du nouveau pont rehaussé, rendue nécessaire par des impératifs ferroviaires, les éléments routiers en amont ont dû être ajoutés au projet, en raison de multiples impératifs techniques. Il s'imposerait, notamment, de raccorder la chaussée du pont à la route existante, en amont comme en aval. Pour ce faire, il serait nécessaire d'adapter les routes existantes, de part et d'autre du pont, en fonction de son rehaussement. Par ailleurs, la création d'un giratoire, en tant qu'« élément biais », serait indispensable, afin de garantir une couverture suffisante en amont du pont.
L'autorité inférieure relève, pour sa part, qu'une partie du giratoire repose sur la culée nord du pont.
5.2
5.2.1 Au vu du dossier des plans, on ne saurait mettre en cause les explications techniques avancées par l'intimée et l'autorité inférieure. Il en ressort (cf. notamment les plans 3.1 et 4), en effet et en toute logique, que les routes attenantes au PS de E._______ doivent être adaptées à son nécessaire rehaussement. L'aménagement d'un giratoire en amont, en partie sur la culée nord du pont, ainsi que l'adaptation des routes existantes reliées au giratoire, sont des conséquences techniques inévitables de la construction du nouveau pont. De surcroît, toutes ces installations sont, du point de vue constructif et spatial, unies les unes aux autres.
I._______, bien que non existante en l'état antérieur, est également matériellement reliée au giratoire. L'unité constructive entre l'ensemble des installations projetées apparaît, ainsi, patente.
5.2.2 L'unité fonctionnelle doit également être admise. A l'origine du rehaussement du PS de E._______, se trouve la nécessité de laisser circuler les trains à deux étages, et donc de favoriser l'exploitation ferroviaire. Or, dès l'instant où les éléments routiers du projet s'avèrent, sous l'angle technique, nécessaires en raison du rehaussement du pont, ils servent aussi l'exploitation ferroviaire. Tel est le cas, en tout état de cause, de la création du giratoire, ainsi que des travaux d'adaptation de la rue J._______ et de la rue « Place E._______ » y menant.
Certes, l'ensemble des ouvrages concernés par le projet litigieux - dont le pont lui-même - ont également pour fonction d'assurer la circulation routière. Ils poursuivent, ainsi, un but double mais néanmoins commun : réaliser le rehaussement du pont pour permettre le passage des trains, tout en garantissant la circulation routière sur les routes attenantes. I._______ est également liée, sous un angle fonctionnel, au reste de l'ouvrage. Sa construction s'inscrit aussi dans l'optique de maintenir l'exploitation du rail et celle de la route, dans le cadre de la modification d'un carrefour entre le chemin de fer et la route. A ce titre, il ressort du dossier que la rampe est vouée à remplacer la zone Cargo CFF - utilisée par les piétons et les cyclistes et, exceptionnellement, par les véhicules motorisés en cas de fermeture de l'Avenue K._______ - qui s'avère condamnée par la reconstruction du PS de E._______. Le lien avec l'exploitation ferroviaire est donc donné.
5.3 En outre, pour des motifs de coordination et d'optimisation des coûts, il n'apparaît pas souhaitable de répartir les différents éléments du projet en deux procédures distinctes. Il n'est, en particulier, pas envisageable d'aménager I._______ - sur laquelle les principaux griefs des recourants se concentrent - séparément des autres ouvrages, étant entendu que la rampe descendant en direction de la gare est attenante au giratoire, et qu'il convient d'édifier ces deux ouvrages de manière coordonnée, d'un seul tenant. Certes, la décision d'approbation des plans autorise l'intimée à instaurer un trafic routier bidirectionnel permanent, sur I._______. Cet aspect du projet fait également l'objet de critiques de la part des recourants, qui estiment que l'ouverture de la rampe à la circulation est sans lien avec l'exploitation ferroviaire. Sans trancher cette question à ce stade, il y a toutefois lieu de retenir qu'il n'est pas non plus concevable de statuer, en deux procédure distinctes, sur le principe de la construction de la rampe, d'une part, et sur l'utilisation qui en sera faite, d'autre part. Le mode de construction d'une route dépend, cela va de soi, de sa fonction et de l'utilisation qui en sera faite.
5.4 Sur le vu de ce qui précède, on ne saurait faire grief à l'autorité inférieure d'avoir suivi une procédure d'approbation unique pour l'ensemble du projet et des plans qui lui ont été soumis par l'intimée.
6. A ce stade, il sied d'examiner si le projet litigieux relèved'une procédure d'approbation relevant du droit ferroviaire fédéral, comme le défendent l'intimée et l'autorité inférieure, ou d'une procédure routière cantonale, comme soutenu par les recourants. A cet égard, il s'agit de déterminer si la construction mixte, dans son ensemble, répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à ceux de la circulation routière, étant entendu que la question de l'attribution à l'une ou l'autre procédure est, en règle générale, difficile à trancher, ce qui conduit à reconnaître un pouvoir d'appréciation propre aux autorités fédérales et cantonales appelées à se coordonner quant à savoir si l'ensemble de la construction mixte peut être soumise à une procédure d'approbation des plans fédérale ou cantonale (cf. ATF 127 II 227 consid. 4 et 5).
6.1 Au cas d'espèce, il ne peut être contesté que la nécessité de surélever le PS de E._______, en vue de permettre le passage des trains à deux étages, est à l'origine du projet. Les recourants n'ont, du reste, pas la prétention d'affirmer que tel n'est pas le cas. Ils ne soutiennent pas non plus - à juste titre - que cet objectif n'est pas dicté par les besoins de l'exploitation ferroviaire. En revanche, ils sont d'avis que les aménagements routiers inclus dans le projet servent, avant tout, la circulation routière et doivent ainsi l'emporter.
A ce titre, force est de rappeler que, sur les plans techniques et constructifs, la création du giratoire et l'adaptation des routes attenantes existantes, au nord du pont, sont des conséquences inévitables de la construction du nouveau PS de E._______, rendue elle-même nécessaire par le passage des trains à deux étages. Les routes attenantes en question sont la rue « Place E._______ », ainsi que la rue J._______, sur laquelle la circulation bidirectionnelle est déjà autorisée, contrairement aux affirmations des recourants (cf. notamment planches 2 à 4 des plans remis par la commune de D._______, le 14 février 2019). Dès lors, l'aménagement du giratoire et de ces routes répond également aux besoins ferroviaires dans cette mesure. A défaut de tels travaux, la surélévation du pont - qui constitue l'objectif même du projet au service des besoins de l'exploitation ferroviaire - ne saurait être menée à bien. A ce propos, les recourants n'expliquent pas comment ce projet pourrait être réalisé, en l'absence des ajustements routiers susmentionnés.
6.2 Cela étant, les recourants dirigent leurs critiques, essentiellement, à l'encontre de la rampe routière bidirectionnelle I._______, vouée à remplacer le N._______, qui assure un simple accès pour piétons en direction de la gare, et à compenser le fait qu'une déviation routière sous le nouveau PS de E._______ ne sera plus possible alors qu'elle l'était sous le pont qui a dû être détruit pour permettre le passage des trains à deux étages. Il y a donc lieu de déterminer si l'agencement de cette rampe, telle qu'elle se présente dans le projet soumis à l'appréciation du Tribunal, ou, plus précisément, si l'usage étendu qui en sera fait, à savoir une ouverture à la circulation routière quotidienne et bidirectionnelle, aboutit à pouvoir toujours considérer que ce projet mixte répond essentiellement à des impératifs découlant de l'exploitation ferroviaire.
6.2.1 En préambule, il convient de préciser qu'en raison d'impératifs techniques, en particulier l'avancement de la culée nord du PS de E._______, sa construction condamne la voie « zone Cargo CFF ». Cette voie est utilisée au titre de déviation routière pour mener à la gare, lorsqu'une manifestation interdit la circulation sur l'Avenue K._______, ainsi que, aux dires de l'intimée, par les piétons et les cyclistes, en tout temps. Le Tribunal ne voit aucun motif - qu'il résulte des arguments des recourants ou plus généralement du dossier - de mettre en doute la nécessité de la technique de construction retenue. Du fait de l'impossibilité d'utiliser ce contournement routier une fois le pont édifié, l'intimée, soutenue par l'autorité inférieure, considère qu'il est nécessaire d'autoriser le passage des véhicules motorisés sur I._______ pour maintenir un accès à la gare. Comme l'a démontré - à satisfaction - la commune de D._______ (cf. son écriture du 14 février 2019 et la planche 9 des pièces déposées), le tracé alternatif à celui passant par la rampe n'entre pas en ligne de compte. D'une part, le parcours constitue un important détour de cinq kilomètres par le sud de la ville. D'autre part, le tracé devrait tout de même passer par une portion de route fermée, habituellement, en cas de manifestation, coupant celle-ci en deux parties.
Dès lors, aménager I._______, de telle manière à ce que les véhicules motorisés puissent accéder au quartier de la gare en cas de manifestation au centre-ville, apparaît effectivement nécessaire au maintien de la situation routière prévalant avant travaux et relève d'un intérêt public. Ainsi, bien que le besoin de déviation routière soit limité à quelques jours par année (sept en 2016, six en 2017 et cinq en 2018 ; cf. l'écriture de la commune de D._______ du 5 mars 2019 et son annexe), la nécessité d'ouvrir la rampe à la circulation routière - à tout le moins les jours en question - découle des travaux de surélévation du PS de E._______. L'argument des recourants selon lequel la zone Cargo CFF ne constituerait pas une route officielle, au sens de la législation en la matière, et que l'on ne saurait donc lui substituer une autre, n'est à ce titre pas pertinent. Dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans, même ferroviaire, la création de nouvelles voies routières n'est nullement prohibée. On rappellera encore, s'agissant des piétons, que le projet condamne également le N._______ conduisant de l'ancien pont à la zone de la gare. I._______ est, ainsi, aussi vouée à se substituer au N._______ qui disparaît en raison des besoins de l'exploitation ferroviaire.
6.2.2 Certes, l'intimée admet elle-même que la réalisation de la rampe est un projet de la ville de D._______ pour l'amélioration permanente des flux routiers par rapport à la situation antérieure à la démolition du pont, et qu'elle est en soi indépendante de ses propres besoins de rehausser le PS de E._______ (cf. notamment son écriture du 29 mars 2019). L'ouverture au trafic motorisé permanent sur la rampe ne découle, en effet, pas principalement des besoins de l'exploitation ferroviaire. Plus précisément, les ajustements routiers inévitables, induits par le rehaussement du pont, ne comprennent pas nécessairement la réalisation de la rampe telle que prévue dans le projet litigieux. En l'état actuel, aucune voie n'est ouverte à la circulation routière, entre le carrefour au nord du pont et la zone située à l'ouest de la gare, en dehors des quelques jours par an qui voient les véhicules emprunter la zone Cargo CFF. A l'exception des jours de manifestation, la mise à disposition de I._______ au trafic motorisé ne vise pas à absorber ou compenser un quelconque problème de circulation routière engendré par la réalisation du nouveau PS de E._______, dont la construction et les ajustements routiers techniquement indispensables n'impactent le trafic routier que de manière limitée. De manière générale, à savoir environ 360 jours par an, l'ouverture de la rampe à la circulation ne vise donc pas à pallier une impossibilité de circuler - en véhicule motorisé - sur une voie condamnée par le projet ferroviaire. En corollaire, I._______ sert bien, prioritairement, les besoins de l'exploitation routière, et répond plus particulièrement aux attentes de la ville de D._______, dans le cadre de son programme d'amélioration du trafic routier au centre-ville.
Cela étant, il convient de garder à l'esprit que la rampe n'est qu'une partie du projet soumis à l'approbation de l'autorité inférieure et que, dans la mesure où elle est ouverte à la circulation des piétons et des cycles, elle vient bien compenser la disparition de la zone Cargo CFF provoquée par le rehaussement du pont, ainsi que celle du N._______. Par ailleurs, vu le projet parallèle de la ville de D._______ de réaménager la circulation au centre-ville, il faisait pleinement sens non seulement d'y intégrer les aménagements routiers rendus nécessaires par la destruction du PS de E._______, mais aussi d'en tirer profit en aménageant la nouvelle rampe routière descendant du nouveau pont de telle sorte qu'elle soit bidirectionnelle. La volonté commune (des CFF et de la commune de D._______) de greffer la rampe au projet de l'intimée ressort, par ailleurs, de plusieurs écritures et pièces du dossier (cf. détermination de l'intimée du 20 septembre 2016, p. 7 in fine ; détermination de l'intimée du 20 mars 2017, p. 4 ; pièces 21 à 24 du bordereau des recourants).
6.2.3 Certes encore, il ne peut être nié que l'ensemble des travaux prévus par le projet litigieux portent sur des axes routiers. Le PS de E._______ constitue lui-même une voie routière, empruntée prioritairement par les véhicules motorisés. Il répond toutefois exclusivement à un besoin ferroviaire et est à l'origine des aménagements routiers qui viennent s'y greffer. Le giratoire et les routes attenantes doivent ainsi assurer la circulation routière. Cela étant, le projet a des conséquences non négligeables sur des axes routiers qui ne sont pas concernés par les travaux. En effet, la création de la rampe routière de I._______ entraîne une redistribution des charges de trafic dans le centre-ville. Cette nouvelle répartition se caractérise, notamment, par un report du trafic, de l'Avenue K._______ et de la rue Q._______, sur la rue « Place E._______ » et la rampe, pour les véhicules circulant en direction de la gare ou en repartant (cf. le rapport de synthèse du rapport sur l'environnement, pièce 6 du dossier de plans ; cf. aussi les planches 2 et 6 déposées par la commune de D._______, le 14 février 2019). Ce report aura des impacts sur d'autres rues dans le centre-ville, avec une réorganisation du trafic sur la Place de la Gare, provoquée par le nouvel accès offert par la rampe (cf. ibidem). En outre, la redistribution du trafic induira, dans plusieurs rues, une nouvelle donne sur le plan des immissions sonores (cf. le rapport de synthèse précité, p. 5 à 8). A cet égard, I._______ - voie routière et non ferroviaire - constitue la seule installation, de l'ensemble du projet, considérée comme nouvelle au sens de la législation en matière de protection contre le bruit (cf. ibidem, p. 5). En outre, la rue « Place E._______ » et la rue Q._______ nécessiteront un assainissement sonore (cf. ibidem, p. 7).
Ces éléments ne sauraient toutefois impliquer nécessairement que l'ensemble du projet ne puisse plus être considéré comme répondant essentiellement aux besoins de l'exploitation ferroviaire, comme il a été décidé en coordination par l'autorité inférieure, bien qu'il s'agisse d'une construction mixte. Ainsi, force est de constater que les installations litigieuses visent bien à assurer l'exploitation ferroviaire, mais qu'elles impactent également - de manière non négligeable - la circulation routière, en particulier à travers la création de I._______. Dans ces conditions, et au vu de toutes les particularités du cas d'espèce, il s'avère difficile de déterminer si le projet répond principalement aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou routière. Aux fins de trancher cette question, il convient d'insister sur le fait que le rehaussement du pont - en vue de permettre le passage des trains à deux étages - constitue l'objectif originaire et prioritaire du projet. Le nouveau pont rend lui-même nécessaire le réaménagement de ses voies d'accès routiers, dont la nouvelle rampe de I._______ participe, tout en allant au-delà. En effet, cette nouvelle rampe n'est pas en soi nécessaire pour maintenir l'état de fait préexistant, à tout le moins pas en tout temps en ce qui touche à la circulation des véhicules motorisés. Telle qu'elle se présente, elle n'est donc pas une conséquence nécessaire du rehaussement du PS de E._______. Elle vient toutefois se greffer au projet afin que la construction du nouveau pont soit intégrée au nouveau concept de circulation du centre-ville de D._______. Ce projet est en soi indépendant, mais il ne peut se mettre en place sans tenir compte de cette nouvelle donne, afin d'en tirer le meilleur parti possible. Au vu du dossier, c'est ce qui a précisément conduit à l'intégrer au projet. Certes, I._______ répond au premier chef aux besoins de la circulation routière. Elle demeure toutefois nécessairement liée au rehaussement du PS de E._______ qui, quant à lui, sert bien l'exploitation ferroviaire. Or il paraît artificiel de considérer que l'adjonction de la rampe - qui, au demeurant doit bien permettre de remplacer l'usage, même occasionnel concernant les véhicules motorisés, qui était fait de la zone Cargo CFF - conduise à considérer que l'ensemble du projet servirait au premier chef, en raison de cette nouvelle rampe, les besoins de la circulation routière. En sus, et bien que cet argument ne soit pas à lui seul décisif, les trois-quarts du budget financent les aspects ferroviaires du projet.
En tout état de cause, les autorités locales (à savoir le canton H._______ et la commune de D._______) se sont, dès la genèse du projet, déclarés favorables à la conduite par l'autorité inférieure d'une procédure fédérale d'approbation des plans, en application de la législation ferroviaire. Au cours de dite procédure, leurs intérêts et leurs griefs ont été dûment pris en compte (cf. décision du 30 août 2017, notamment p. 13 [protection des eaux], 17 à 25 [bruit], 26 [sol], 27 et 28 [sites pollués], 29 et 30 [déchets], 31 [routes] et 32 [patrimoine culturel et monuments historiques]). Les intérêts des recourants ont également été pris en considération. Ils ont pu, dès l'origine du projet, faire valoir leur motifs d'opposition, lesquels ont été traités par l'autorité inférieure. A cet égard, on ne discerne guère quels avantages ils tireraient de l'ouverture d'une procédure routière cantonale, unique ou parallèle (cf. aussi infra consid. 7), hormis le report sine die des travaux ou une multiplication des procédures, que le législateur a précisément entendu éviter par l'adoption de l'art. 18 LCdF (cf. Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, FF 1998 2224 ch. 11 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_32/2017 précité consid. 6.3.3).
En tenant compte, enfin, de la difficulté à définir la procédure applicable - et donc l'autorité compétente - en cas de projet mixte, il serait contraire au principe de l'économie de la procédure de soumettre, au présent stade du recours, l'ensemble du projet litigieux à une procédure routière cantonale. Ce serait, en outre, faire preuve de formalisme excessif et faire fi du pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure, spécialisée en la matière. Il y a lieu de rappeler, à ce dernier propos, qu'en matière d'aménagement du territoire, l'autorité judiciaire de recours doit certes rectifier une décision erronée, mais peut s'en remettre au choix de l'autorité inférieure lorsque se présentent plusieurs solutions appropriées (cf. ATF 136 I 184 consid. 2.2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_32/2017 précité consid. 7.1.2). En d'autres termes, le fait qu'une autre solution ait été possible ne peut conduire à ce que la solution retenue, dès lors qu'elle s'inscrit dans une analyse cohérente de la situation de fait et de droit, et se fonde sur une coordination avec les autorités locales concernées, comme il a été relevé précédemment, puisse être considéré comme excédant le pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure à ce titre.
6.3 Pour toutes les raisons qui précèdent, il est conforme au droit de considérer que le projet litigieux demeure dans son ensemble répondre au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire. Dès lors, c'est à raison que l'autorité inférieure a correctement usé de son pouvoir d'appréciation à ce titre en se disant compétente pour l'approuver.
7. Les autres griefs invoqués par les recourants doivent également être rejetés, pour les raisons suivantes.
7.1 Ces derniers estiment, tout d'abord, qu'en approuvant le projet litigieux, l'autorité inférieure a violé les art. 33ss LAT et l'art. 47 OAT. Ces dispositions protégeraient de manière plus étendue les droits du voisinage, en prévoyant notamment l'étude de variantes. A ce titre, ils se plaignent du fait que la variante « artère sud » - laquelle éviterait la construction de la rampe I._______, du giratoire ainsi que le réaménagement de la rue J._______ - n'ait pas été prise en considération par l'autorité inférieure.
7.1.1 Pour sa part, l'intimée soutient que la protection octroyée par la procédure d'approbation des plans fédérale n'est pas moins étendue que celle offerte par la procédure cantonale. Elle relève, en outre, que la variante « artère sud » a été refusée en votation populaire, et qu'elle n'est, au demeurant, pas réalisable tant que sont exploitées les voies marchandises de la gare.
7.1.2 Il sied d'emblée de relever que les art. 33ss LAT et l'art. 47 OAT, dans la mesure où ils portent sur des plans soumis à une approbation cantonale, ne trouvent pas application au cas d'espèce. Par ailleurs, la procédure d'approbation ici en cause a pour seul objet un plan relatif à une construction servant à l'exploitation du chemin de fer, conformément à l'art. 18 al. 1 LCdF et à l'art. 6 de l'ordonnance du 23 novembre 1983 sur la construction et l'exploitation des chemins de fer (OCF, RS 742.141.1). L'approbation des plans sert à vérifier que les prescriptions de l'OCF et des dispositions d'exécution pertinentes sont respectées (cf. art. 6 al. 2 OCF). La décision d'approbation des plans a valeur d'autorisation de construire (cf. art. 6 al. 6 OCF). Elle constitue une autorisation de police qui a uniquement pour objectif de constater qu'aucun intérêt public ne s'oppose à la construction du projet tel qu'il ressort des plans. Il en découle que seul le projet mis à l'enquête fait l'objet de la procédure d'approbation des plans et que les autorités ne peuvent pas refuser de l'approuver lorsque l'ouvrage projeté respecte les dispositions du droit fédéral (cf. ATF 124 II 146 consid. 3a ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_76/2008 du 5 septembre 2008 consid. 4.1 ; arrêt de céans A-1353/2011 précité consid. 4.4).
L'art. 2 al. 1 let. b OAT impose certes à l'autorité d'examiner les possibilités et variantes de solution entrant en ligne de compte, mais cela ne vaut que pour la planification d'activités ayant des effets sur l'organisation du territoire, ce qui n'est pas le cas avec le simple rehaussement du PS de E._______ et les ajustements routiers qui en découlent. Aucune autre norme applicable au cas particulier ne commande l'examen de variantes. Par conséquent, il suffit que le projet présenté respecte les dispositions pertinentes et prenne suffisamment en compte le droit cantonal pour qu'il puisse être approuvé, sans qu'il soit encore besoin d'examiner d'éventuelles variantes, telle que celle proposée par les recourants. Au demeurant, les contours de cette variante restent particulièrement flous.
Au reste, en dehors de cette question de variante, les recourants n'expliquent pas concrètement en quoi la conduite d'une procédure d'approbation cantonale leur aurait conféré des droits qui ne leur ont pas été reconnus au cours de la procédure fédérale.
7.2 Les recourants - invoquant une violation de l'art. 22 LAT - relèvent encore que le plan d'aménagement de la commune de D._______ n'est pas conforme aux exigences du droit fédéral. Il ne serait donc pas valable. En outre, il ne prévoirait pas la création de la nouvelle route que veut réaliser l'intimée. Celle-ci estime simplement que la décision querellée ne viole pas la disposition précitée.
7.2.1 En tout état de cause, on ne saurait retenir une violation de l'art. 22 LAT, qui dispose qu'aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente (al. 1). Comme déjà souligné (cf. supra consid. 7.1), la décision d'approbation des plans a valeur d'autorisation de construire. S'agissant du plan d'aménagement de la ville de D._______, le Tribunal n'est pas habilité à examiner sa conformité au droit en vigueur dans le cadre de la présente procédure de recours. L'objet du litige n'englobe pas cette problématique.
7.2.2 Quant à la rampe I._______, la question de savoir si le plan d'aménagement prévoit une telle voie routière peut rester indécise ; il n'est, en effet, pas nécessaire qu'elle y figure pour pouvoir être incluse dans le projet litigieux. Rien n'empêche l'autorité inférieure, lorsqu'elle examine des plans afférents à des constructions mixtes, de donner son approbation pour la création de nouvelles routes, pour autant que les conditions des art. 18ss LCdF soient réunies.
7.3 Les recourants font valoir, enfin, une violation des art. 10 et 11 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01). Ils expliquent, plus particulièrement, qu'une étude d'impact sur l'environnement (EIE) aurait été nécessaire, au vu du transfert de la charge de trafic routier de l'Avenue K._______ sur le nouvel axe matérialisé par la rue « Place E._______ » et la rampe I._______. L'intimée objecte que l'autorité inférieure a vérifié le respect des règles régissant la protection de l'environnement, notamment en matière de bruit, qu'il soit ferroviaire ou routier.
7.3.1 Aux termes de l'art. 10a al. 2 LPE, doivent faire l'objet d'une EIE les installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement, au point que le respect des dispositions en matière d'environnement ne pourra probablement être garanti que par des mesures spécifiques au projet ou au site. Concrètement, sont soumis à l'EIE tous les types d'installations énumérés dans l'annexe de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE, RS 814.011; cf. art. 10a al. 3 LPE en relation avec l'art. 1 OEIE). L'obligation de réaliser une EIE concerne aussi bien de nouvelles installations (cf. art. 1 OEIE) que des modifications d'installations existantes (cf. art. 2 OEIE). Selon l'art. 2 al. 1 OEIE, la modification d'une installation mentionnée dans l'annexe de l'OEIE est soumise à une étude d'impact si elle consiste en une transformation ou un agrandissement considérables de l'installation, ou si elle change notablement son mode d'exploitation (let. a), et si elle doit être autorisée dans le cadre de la procédure qui serait décisive s'il s'agissait de construire l'installation (let. b). La modification d'une installation existante qui ne figure pas dans l'annexe de l'OEIE est soumise à l'EIE si, après la réalisation de ladite modification, l'installation est assimilable à une installation soumise à l'EIE et si elle doit être autorisée dans le cadre de la procédure qui serait décisive s'il s'agissait de construire l'installation (art. 2. al. 2 let. a et b OEIE). Aux termes de la directive de la Confédération sur l'étude de l'impact sur l'environnement, édictée par l'OFEV, pour apprécier si une modification est considérable, il faut s'intéresser aux variations potentiellement importantes des atteintes à l'environnement. L'obligation de procéder à une étude d'impact est avérée lorsque la modification multiplie les nuisances, en engendre de nouvelles qui ne sont pas des atteintes négligeables ou induit un changement sensible dans la répartition de ces nuisances, auxquelles il n'est pas possible de répondre par des mesures standard (cf. Manuel EIE, module 2, 2009, p. 12, disponible sous www.bafu.admin.ch>documentation>publications étude de l'impact sur l'environnement).
7.3.2 L'Avenue K._______ et la rue « Place E._______ » sont déjà existantes, de sorte qu'en ce qui les concerne, il ne peut s'agir que de la modification d'installations existantes, au sens de l'art. 2 OEIE. Or le seul transfert de charge du trafic d'une rue à l'autre, engendrant une augmentation maximale de 3.7 dB(A) sur la rue « Place E._______ » sans que cela n'induise un nouveau dépassement des valeurs limites d'immissions, ne peut être assimilé à une transformation ou un agrandissement considérables de l'installation. Il ne s'agit pas non plus d'un changement notable du mode d'exploitation, et il n'y a pas non plus de modification - en raison des changements projetés - de la catégorie ou du type de route à laquelle ces rues appartiennent. Dès lors, il importe peu de savoir si les rues en question sont visées par l'annexe de l'OEIE. Si tel devait être le cas, les modifications - qui n'ont pas d'incidence sur le mode d'exploitation - ne sont pas assez importantes pour justifier une EIE (cf. art. 2 al.1 let. a et b OEIE). Si tel ne devait pas être le cas, les modifications ne provoquent pas un changement du type d'installation de nature à faire assimiler l'une ou l'autre rue à une installation définie dans l'annexe susmentionnée (cf. art. 2 al. 2 let. a OEIE).
I._______ constitue, en revanche, une nouvelle installation, susceptible d'être touchée par l'art. 1 OEIE. Il convient donc de déterminer si, conformément à cette disposition, la rampe projetée est assimilable à une installation mentionnée dans l'annexe. Celle-ci mentionne notamment les « autres installations destinées exclusivement ou essentiellement au trafic ferroviaire, lorsque le devis excède 40 millions de francs (sauf installations de sécurité), ou lorsqu'elles sont assimilables à l'un des types d'installation mentionnés dans la présente annexe » (cf. ch. 12.2). Elle comprend aussi les « routes nationales » (cf. ch. 11.1), les « routes principales aménagées avec l'aide de la Confédération » (cf. ch. 11.2), ainsi que les « autres routes à grand débit et autres routes principales » (cf. ch. 11.3). Selon le Manuel EIE (module 2, p. 5 et 6), les routes nationales sont les voies de communication les plus importantes présentant un intérêt pour la Suisse en général (cf. art. 1 al. 1 de la loi fédérale du 8 mars 1960 sur les routes nationales [LRN, RS 725.11]), qui sont énumérées dans l'annexe de l'arrêté fédéral sur le réseau des routes nationales. Le réseau des routes principales comprend les autres voies de communication importantes pour le trafic suisse ou international, qui ont été financées par des fonds issus de la législation fédérale concernant l'utilisation de l'impôt sur les huiles minérales à affectation obligatoire (cf. art. 12 al. 2 de la loi fédérale du 22 mars 1985 concernant l'utilisation de l'impôt sur les huiles minérales à affectation obligatoire et des autres moyens affectés à la circulation routière et au trafic aérien [LUMin, RS 725.116.2]) ; les routes correspondantes sont citées dans l'annexe 2 de l'ordonnance du 7 novembre 2007 concernant l'utilisation de l'impôt sur les huiles minérales à affectation obligatoire et des autres moyens affectés à la circulation routière (OUMin, RS 725.116.21 ; cf. art. 16). Les autres routes à grand débit et autres routes principales sont des axes à grandes capacités de trafic, réalisés sans fonds fédéraux de ce type. In casu, la rampe que se propose de réaliser l'intimée n'est, sur le vu des dispositions topiques précitées, ni une « route nationale » ni une « route principale aménagée avec l'aide de la Confédération ». Au vu du dossier, il ne semble pas s'agir non plus d'une « autre route à grand débit ou d'une autre route principale », étant entendu qu'elle consiste en une simple voie de liaison très courte, reliant un giratoire à une zone se situant à l'ouest de la gare de D._______. Il y a encore lieu de préciser que l'OFEV, autorité spécialisée en la matière, considère que le projet n'implique pas une EIE.
7.3.3 En conséquence, c'est à tort que les recourants revendiquent la mise en place d'une EIE. Pour le surplus, ils n'expliquent pas en quoi la législation en matière de protection de l'environnement - en particulier l'art. 11 LPE - serait violée.
8. En résumé, l'autorité inférieure a agi dans le respect du droit fédéral en rejetant les oppositions des recourants et en approuvant le projet litigieux.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, et la décision du 30 août 2017 confirmée.
9.
9.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 1ère phrase PA, les recourants - qui succombent - doivent prendre à leur charge les frais de procédure, qui s'élèvent en l'espèce à 6'000 francs. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
9.2 Le Tribunal peut allouer d'office ou sur requête à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. art. 64 al. 1 PA et art. 7 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Si l'intimée obtient ici gain de cause, aucune indemnité de dépens ne lui sera allouée, dans la mesure où elle n'a pas recouru aux services d'un mandataire professionnel (cf. art. 8 al. 1 FITAF). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF). Aucune indemnité de dépens ne sera donc allouée en l'espèce.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais de procédure, d'un montant de 6'000 francs, sont mis à la charge des recourants. Ils sont prélevés sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (Acte judiciaire)
- à l'intimée (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. OFT / [...] ; Recommandé)
- au DETEC (Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Jérôme Candrian
Mathieu Ourny
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :