bvger · A-365/2026 · 2026-05-26 · fr
A-365/2026

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-365/2026
Arrêt du 26 mai 2026
Composition
Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),
Pierre-Emmanuel Ruedin, Iris Widmer, juges,
Lorianne Bovey, greffière.
Parties
A._______SA,
représentée par
FIDAG Genève SA,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
autorité inférieure.
Objet
TVA (1er trimestre 2019 au 4e trimestre 2023) ; prestations fournies aux membres du personnel.
Faits :
A. A._______SA (ci-après : la société ou l'assujettie), dont le siège se trouve à (... [en Suisse]), a pour but principal l'exploitation d'un hôtel et d'un centre thermal ainsi que toutes prestations accessoires sur le plan des activités annexes, sportives ou de santé. La société est inscrite au registre du commerce depuis *** et est immatriculée depuis *** au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC ou l'autorité inférieure) en qualité d'assujettie au sens de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20).
B.
B.a A la suite d'un contrôle effectué entre les 25 et 27 septembre 2024 et concernant la période fiscale allant du 1er janvier 2019 au 31 décembre 2023, l'autorité inférieure rendit une notification d'estimation n° *** le 22 octobre 2024, arrêtant le montant de la correction de l'impôt à *** fr., plus intérêts moratoires, à charge de la société.
B.b Le 30 septembre 2024, sur la base du résultat du contrôle, l'assujettie avait déjà acquitté le montant de la correction de l'impôt à hauteur de *** fr., précisant payer ce montant sous réserve, afin d'interrompre le cours des intérêts moratoires.
B.c Par courrier du 7 novembre 2024, l'assujettie contesta partiellement la notification d'estimation, à savoir le point n° 1 de celle-ci, intitulé « Prestations fournies aux membres du personnel non comptabilisées et non décomptées à la TVA ». Sous ce point, l'autorité inférieure avait considéré que les entrées gratuites de 2019 à 2023, auxquelles le personnel de la société avait eu droit en vertu du règlement du personnel, n'avaient été, à tort, ni comptabilisées, ni décomptées à la TVA.
B.d Le 8 novembre 2024, l'assujettie paya les intérêts moratoires de *** fr. *** relatifs au montant de la correction de l'impôt.
C.
C.a Par correspondance du 14 octobre 2025, l'autorité inférieure invita l'assujettie à produire différents moyens de preuves et lui demanda de lui fournir diverses informations en répondant à ses questions.
C.b Par courrier du 24 octobre 2025, l'assujettie fournit des documents et des renseignements.
C.c Par décision du 2 décembre 2025, l'autorité inférieure confirma la correction de l'impôt de *** fr. et les intérêts moratoires dus. Dans cette décision, elle traita de la question de savoir si les entrées gratuites aux bains thermaux doivent être considérées comme un salaire en nature devant être déclaré dans le certificat de salaire ou s'il s'agit de cadeaux de l'employeur - la société - ne devant pas être déclarés dans le certificat de salaire pour autant que leur valeur ne dépasse pas 500 fr. par personne et par événement. L'autorité inférieure conclut que les entrées gratuites aux bains thermaux auxquelles avait eu droit le personnel de la société sont des prestations salariales accessoires, qu'elles sont donc réputées fournies à titre onéreux et doivent par conséquent être soumises à la TVA.
C.d Par acte du 16 janvier 2026, l'assujettie (ci-après : la recourante) a interjeté recours omisso medio contre la décision du 2 décembre 2025, directement par-devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal, la Cour de céans ou le TAF), accompagné d'un bordereau de pièces. Elle demande que la décision du 2 décembre 2025 soit annulée et que la Cour de céans dise que les entrées gratuites litigieuses ne doivent pas être mentionnées dans le certificat de salaire et ne conduisent à aucune correction de la TVA due.
C.e Par décision incidente du 20 janvier 2026, la Cour de céans a accusé réception du recours omisso medio, requis une avance de frais de la recourante et invité l'autorité inférieure à se déterminer sur la recevabilité du recours omisso medio.
C.f Par réponse du 27 janvier 2026, l'autorité inférieure conclut à l'irrecevabilité du recours omisso medio. A titre liminaire, elle relève que celui-ci aurait dû lui être adressé afin qu'elle le transmette au Tribunal de céans, conformément à l'art. 83 al. 4 LTVA. L'autorité inférieure explique ensuite qu'elle n'a pas pu motiver sa décision du 2 décembre 2025 en détail en raison de l'absence de certains documents, informations et explications de la recourante, ainsi qu'en raison des nouveaux arguments de la recourante. Ces nouveaux éléments nécessiteraient une, voire deux mesures d'instruction supplémentaires, auxquelles l'AFC devrait procéder avant de pouvoir se prononcer à nouveau.
C.g Par acte du 13 février 2026, la recourante a maintenu son recours omisso medio, contestant les arguments de l'autorité inférieure. La recourante soutient avoir produit les documents requis et, selon elle, l'autorité a procédé aux mesures d'instruction nécessaires. La recourante reproche à l'autorité inférieure un comportement abusif, à savoir de ne pas avoir sollicité les détails dont elle dit avoir besoin, avant de prononcer la décision du 2 décembre 2025, alors que cela était possible. Elle souligne aussi que la décision du 2 décembre 2025 traite d'une seule question juridique sur douze pages - et que pour ce motif elle est motivée en détail. Pour terminer, la recourante allègue devoir être protégée dans sa bonne foi à voir sa situation tranchée de façon complète au stade de la décision de l'autorité inférieure, ceci également par souci d'économie de procédure et respect de la sécurité juridique.
Les autres faits et arguments des parties seront repris, pour autant que nécessaire, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1. En vertu de l'art. 31 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de cette loi, le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF ; cf. art. 81 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'AFC est une autorité au sens de l'art. 33 let. d LTAF et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 32 de cette loi n'est réalisée en l'espèce, le Tribunal de céans est matériellement compétent pour statuer sur le présent recours.
2.
2.1 Selon la LTVA, les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les trente jours qui suivent leur notification (art. 83 al. 1 LTVA). Il en résulte que l'assujetti a droit, normalement, à ce que l'AFC examine deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet - la seconde étant soumise à des exigences de forme plus élevées - , du moins s'il dépose une réclamation (arrêts du TAF A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 1.4, A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 1.2.2).
2.2 En l'occurrence, la recourante a interjeté un recours par-devant le Tribunal de céans contre la décision du 2 décembre 2025 de l'AFC, au lieu de déposer devant l'AFC une réclamation contre cette décision (tout en demandant à l'AFC qu'elle la transmette au TAF à titre de recours omisso medio) comme cela est prévu par l'art. 83 al. 4 LTVA, en lien avec l'art. 83 al. 2 in limine LTVA (cf. arrêt du TAF A-3493/2015 du 23 juillet 2015 consid. E et 1.7 ; Papadopoulos/Siegrist, Le recours omisso medio en matière de TVA : un saut vers l'économie de procédure ?, Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2019 II 479, p. 490 [ch. 2.1], 494 s. et 498). La recourante a ainsi voulu que sa contestation soit traitée en tant que recours omisso medio directement par le Tribunal de céans, sans que l'autorité inférieure examine son cas une deuxième fois. Cela ressort de la conclusion n° 1 du recours et des observations de la recourante du 13 février 2026.
Comme déjà évoqué par la Cour de céans dans sa décision incidente du 20 janvier 2026, à ce stade, transmettre (au sens de l'art. 8 al. 1 PA, éventuellement en lien avec l'art. 9 al. 2 PA [cf. consid. 5]) à l'AFC le présent recours omisso medio (à titre de réclamation de la recourante) afin qu'elle le lui transmette à son tour (tout en se prononçant sur sa recevabilité [cf. arrêts du TAF A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. B.b et 2.5.2, A-654/2019 du 20 mars 2019 consid. F, A-3493/2015 du 23 juillet 2015 consid. 1.7 ; Papadopoulos/Siegrist, op. cit., p. 491 s.]) et que la procédure prescrite à l'art. 83 al. 4 LTVA soit ainsi respectée n'aurait pas de sens (cf. arrêt du TAF A-6436/2018 du 28 novembre 2018 consid. C ; Papadopoulos/Siegrist, op. cit., p. 494). De plus, le Tribunal a invité l'autorité inférieure à se déterminer sur la question de savoir si les conditions d'un recours omisso medio sont remplies, notamment sur celle de l'existence d'une décision motivée en détail (cf. ég. arrêt du TAF A-4511/2025 du 27 octobre 2025 consid. 1.1 et 1.1.1.1 in fine).
Dans ces circonstances, le (simple) fait que le recours omisso medio ait été déposé directement devant le Tribunal de céans ne constitue pas un obstacle à sa compétence (fonctionnelle).
3.
Dans le cas présent, la question de la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans se pose au surplus en lien avec les conditions de l'art. 83 al. 4 LTVA relatives à un recours omisso medio.
3.1 Le droit d'obtenir une décision motivée est un aspect du droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101 ; arrêts du TAF A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 2.3.1, A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 2.3.1; Kneubühler/Pedretti, in : Christoph Auer et al. [édit.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], 2e éd. 2019, art. 35 n° 5). Son corollaire est l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision. L'administré doit en effet savoir pourquoi l'autorité lui a donné tort, afin de pouvoir juger de l'opportunité d'un recours et, cas échéant, attaquer la décision utilement. L'autorité de recours doit également le savoir, afin de pouvoir exercer son contrôle (cf. Uhlmann/Schilling-Schwank, in : Waldmann/Krauskopf [édit.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 3e éd. 2023, art. 35 n° 10).
3.2 A teneur de l'art. 82 al. 2 LTVA, les décisions de l'AFC doivent indiquer les voies de droit et être adéquatement motivées. L'art. 83 al. 1 LTVA prévoit que les décisions de l'AFC doivent être attaquées par le moyen de droit non dévolutif de la réclamation. Dans la mesure où l'AFC doit prendre d'innombrables décisions de taxation, il ne serait pas avisé, par souci de célérité, de lui imposer dans le cadre de la première décision déjà, de devoir respecter toutes les garanties de procédure. Par ailleurs, ouvrir immédiatement la procédure de recours devant l'instance supérieure surchargerait inutilement cette dernière, alors que le contentieux peut souvent se régler facilement à l'échelon inférieur. Ces raisons ont amené le législateur à instaurer la procédure de réclamation, notamment en matière de TVA. Lors de cette procédure, l'AFC instruit l'affaire conformément aux principes généraux de procédure et prend une nouvelle décision, laquelle ouvre à ce moment le recours devant l'instance supérieure. En d'autres termes, la procédure de réclamation est une voie permettant de régler de nombreuses questions essentiellement techniques ou de compléter l'état de fait (cf. entre autres les arrêts du TAF A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 2.1, A-5429/2016 du 14 février 2017 consid. 2.1 ; Martin Kocher, in : Martin Zweifel et al. [édit.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht - Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, 2e éd. 2025, art. 83 nos 9 ss ; Moor/Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd. 2011, p. 629 s.).
L'exigence de motivation au sens de l'art. 82 al. 2 LTVA doit aller au-delà de la simple confirmation des résultats du contrôle. Cependant, les exigences de motivation issues de l'art. 82 al. 2 LTVA doivent être mises sur un même plan que les exigences minimales de motivation, telles qu'elles résultent en particulier du droit d'être entendu prévu par la Constitution (arrêt du TAF A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 2.3.1 avec les références citées).
3.3
3.3.1 En vertu de l'art. 83 al. 4 LTVA, si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de son auteur ou avec son assentiment, au TAF (recours omisso medio ou « recours sautant » ou encore « Sprungbeschwerde »).
3.3.2 Les règles sur le recours de l'art. 83 al. 4 LTVA constituent une lex specialis par rapport à l'art. 47 al. 2 PA (arrêt du TF 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 5.4 ; arrêt du TAF A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 2.2). Le recours omisso medio est admis de manière restrictive, à deux conditions cumulatives : l'une formelle - la volonté de l'assujetti - et l'autre matérielle - une décision « motivée en détail » (cf. arrêts du TF 2C_543/2017 du 1er février 2018 consid. 3.1, 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 5.4 ; arrêts du TAF A-3359/2024 du 20 mars 2026 consid. 1.1.2.1, A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.2.1, A-1763/2020 du 22 septembre 2021 consid. 1.2.1, A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 2.2, A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 2.2 ; Felix Geiger, in : Geiger/Schluckebier [édit.], MWSTG Kommentar, 2e éd. 2019, art. 83 nos 18 s. ; Papadopoulos/Siegrist, op. cit., p. 486 ss).
3.3.3 Toute décision de l'AFC ne saurait ainsi faire d'emblée l'objet d'un tel recours. Seules les décisions présentant une motivation qualifiée sont susceptibles d'être directement portées devant le TAF (arrêt du TF 2C_543/2017 du 1er février 2018 consid. 3.2 ; arrêt du TAF A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.2.1).
3.3.3.1 La possibilité de déposer un recours omisso medio suit un but d'économie de procédure, mais uniquement dans les cas où la procédure de réclamation constituerait un allongement inutile de la procédure (« Verfahrensleerlauf »). Un tel risque d'allongement inutile de la procédure n'existe que lorsque l'autorité décisionnelle, c'est-à-dire l'AFC, a déjà traité exhaustivement la cause dans une décision « motivée en détail » (« einlässlich begründete Verfügung » ; « decisione già esaustivamente motivata »), prenant en particulier position sur les arguments juridiques de l'assujetti et excluant de ce fait la nécessité d'explications supplémentaires. Cela a pour corollaire l'intérêt de l'autorité de recours qui, sur la base de la décision entreprise et portée devant elle au moyen d'un recours omisso medio, doit pouvoir aisément déterminer l'objet du litige et comprendre l'argumentation de l'autorité décisionnelle. S'il s'avère nécessaire, pour l'autorité de recours, de requérir une prise de position détaillée auprès de l'autorité administrative, il ne saurait être question d'une accélération significative de la procédure (arrêt du TF 2C_543/2017 du 1er février 2018 consid. 3.2 ; arrêts du TAF A-3359/2024 du 20 mars 2026 consid. 1.1.2.1, A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.2.1, A-1763/2020 du 22 septembre 2021 consid. 1.2.1, A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 2.4).
3.3.3.2 L'art. 83 al. 4 LTVA pose des exigences de motivation accrues par rapport à celles prévues à l'art. 82 al. 2 LTVA (arrêt du TF 2C_543/2017 du 1er février 2018 consid. 3.2 avec les références citées ; arrêts du TAF A-3359/2024 du 20 mars 2026 consid. 1.1.2.1, A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.2.1, A-1763/2020 du 22 septembre 2021 consid. 1.2.1).
La motivation « en détail » au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA correspond à une forme de motivation qualifiée et circonstanciée. La frontière entre l'exigence d'une motivation adéquate au sens de l'art. 82 al. 2 LTVA et celle d'une motivation « en détail » au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA ne peut pas être déterminée de façon abstraite. Les exigences plus élevées posées par l'art. 83 al. 4 LTVA ont notamment une portée dans les cas complexes, dans lesquels l'autorité de recours ne pourrait comprendre les motifs de l'autorité inférieure que si la motivation présente une certaine densité et, en particulier, expose l'état de fait juridiquement pertinent ainsi que la subsomption de manière suffisante, tout en intégrant les arguments des parties. En revanche, lorsque l'état de fait est simple ou lorsque les questions juridiques à traiter sont claires, il n'est a priori pas exclu que les exigences de motivation de l'art. 82 al. 2 LTVA et celles de l'art. 83 al. 4 LTVA ne se différencient pas ou peu et que la motivation puisse être courte ou sommaire. Ainsi, plus un cas est complexe, plus les exigences de motivation sont élevées (cf. entre autres les arrêts du TAF A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 2.3.3, A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 2.3.2).
4.
En l'espèce, il s'agit de déterminer si les conditions du recours omisso medio sont remplies.
4.1 S'agissant de la condition formelle, à savoir la volonté de l'assujetti d'interjeter un tel recours, elle est remplie, comme en atteste le recours du 16 janvier 2026 et les observations du 13 février 2026 de la recourante.
4.2 Quant à la condition matérielle, il ressort de la décision entreprise, sans que cela soit contesté par les parties, qu'il s'agit manifestement d'une décision au sens de l'art. 5 PA. Il reste à analyser la question de savoir si la décision attaquée est « motivée en détail » au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA. On rappelle à cet égard que la notion de motivation « en détail » suppose, selon la jurisprudence (cf. notamment arrêt du TF 2C_543/2017 du 1er février 2018 consid. 3.2), non seulement que la motivation de la décision soit détaillée mais également que l'autorité inférieure ait traité la cause de manière exhaustive (cf. Papadopoulos/Siegrist, op. cit., p. 489). Ces deux éléments - une motivation détaillée et un traitement exhaustif de la cause - seront donc examinés ci-après.
4.2.1 Pour ce qui concerne l'exigence de motivation détaillée, le Tribunal de céans observe ce qui suit.
La décision attaquée compte douze pages et porte sur un seul point de la notification d'estimation, à savoir les entrées gratuites remises aux employés de la recourante, non déclarées dans les certificats de salaire des employés et non décomptées à la TVA. La Cour de céans relève que la décision est relativement longue. Dans sa subsomption, l'autorité inférieure s'est tout d'abord penchée sur le contrat de travail entre la recourante et ses employés, ainsi que sur le règlement interne du personnel. Elle a ensuite exposé la question juridique litigieuse puis a considéré que les prestations litigieuses étaient un droit supplémentaire par rapport au salaire, un complément de salaire et non un cadeau occasionnel. Elle a également relevé l'existence de rabais en faveur du personnel qu'elle a qualifiés de cadeaux. Au vu des éléments traités dans la motivation, celle-ci apparaît détaillée.
4.2.2 Toutefois, une motivation détaillée ne suffit pas pour remplir les conditions d'un recours omisso medio au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA. Il faut encore que l'autorité inférieure ait traité la cause de manière exhaustive.
A ce propos, d'après l'autorité inférieure, une, voire deux mesures d'instruction supplémentaires sont nécessaires. En effet, l'autorité inférieure dit vouloir requérir des renseignements auprès de B._______ (ci-après : [B._______]) concernant le tax ruling entre cette dernière et la recourante afin de « comprendre ce qui a été décidé et sur quelle base ». Elle explique que cette mesure d'instruction supplémentaire est nécessaire au vu de l'argumentation de la recourante se concentrant nouvellement, soit depuis le dépôt du présent recours, sur ce tax ruling et que dite mesure pourrait changer l'issue de la cause. Le Tribunal de céans relève que cette mesure d'instruction permettrait à l'autorité inférieure d'obtenir de plus amples informations concernant le tax ruling et, par conséquent, de traiter la cause de façon plus approfondie.
En outre, l'autorité inférieure estime qu'elle doit éventuellement prendre une seconde mesure d'instruction complémentaire avant de pouvoir se déterminer sur l'argument nouvellement invoqué par la recourante devant le Tribunal. Celle-ci soutient en effet qu'un grand nombre de ses employés n'auraient pas utilisé leur avantage (les entrées offertes aux bains). L'autorité inférieure se méprendrait dès lors en imputant un revenu supplémentaire, à savoir cet avantage, à tout le personnel.
Dans ce contexte, compte tenu des questions que se pose l'autorité inférieure au sujet du tax ruling et des mesures d'instruction supplémentaires qu'elle juge nécessaires, notamment pour répondre aux nouveaux arguments soulevés par la recourante devant le Tribunal, force est de constater que la cause n'a pas pu être traitée de façon exhaustive par l'autorité inférieure (cf. arrêt du TF 2C_543/2017 du 1er février 2018 consid. 3.3-3.5 ; Papadopoulos/Siegrist, op. cit., p. 488). Déjà pour cette raison, le recours ne satisfait pas aux conditions de l'art. 83 al. 4 LTVA et doit donc être déclaré irrecevable.
Ceci exposé, les arguments dont se prévaut la recourante pour soutenir que la décision attaquée est motivée en détail au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA ne changent rien aux constatations qui précèdent. En effet, la recourante ne peut être suivie lorsqu'elle soutient que l'autorité inférieure a procédé à un examen approfondi du dossier au vu de sa demande d'informations et de pièces du 14 octobre 2025, comportant dix points, et au vu des réponses et pièces fournies par la recourante. Dans la mesure où l'autorité inférieure dit avoir besoin des informations complémentaires, elle doit pouvoir prendre les mesures qu'elle estime utiles, étant précisé que cette étape doit prioritairement être réalisée dans le cadre d'une procédure de réclamation et non d'une procédure de recours - qui plus est de recours omisso medio. La recourante se méprend également lorsqu'elle invoque la protection de sa bonne foi à voir sa situation tranchée de manière exhaustive dans la décision rendue par l'autorité inférieure. De même, l'argument de la sécurité juridique dont se prévaut encore la recourante ne lui est d'aucun secours. En effet, conformément à la jurisprudence citée plus haut (cf. consid. 3.2), l'autorité inférieure n'a pas l'obligation de traiter les affaires de façon exhaustive au stade de la décision. On rappelle que la procédure de réclamation est justement prévue pour pallier un traitement non exhaustif des causes et est à disposition de l'assujetti. La réclamation est un outil du droit d'être entendu de l'assujetti. Contrairement à ce que prétend la recourante, l'autorité inférieure ne se comporte pas de manière abusive en considérant qu'elle doit prendre une, voire deux mesures d'instruction complémentaires après avoir prononcé la décision attaquée. Dans ce cadre, on relève en outre que la mesure d'instruction concernant le tax ruling que l'autorité inférieure estime nécessaire et celle relative au nouvel argument de la recourante (la non-utilisation de l'avantage par un grand nombre de ses employés), participeraient au respect du droit d'être entendu de la recourante et du principe de la double instance. Il est donc malvenu de la part de la recourante de s'en plaindre.
Au vu de ce qui précède, les arguments avancés par la recourante tombent à faux.
En définitive, il ressort des interrogations de l'autorité inférieure et de sa volonté de prendre une, voire deux mesures d'instruction supplémentaires, ainsi que de l'argument dont se prévaut nouvellement la recourante (la non-utilisation de l'avantage par un grand nombre de ses employés), que la cause n'a pas été traitée de façon exhaustive par l'autorité inférieure (cf. arrêt du TF 2C_543/2017 du 1er février 2018 consid. 3.3-3.5). C'est donc à tort que la recourante soutient que la décision attaquée serait « motivée en détail » au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA.
La cause n'ayant pas été traitée de façon exhaustive par l'autorité inférieure - ce qui ne saurait lui être reproché, comme on l'a vu plus haut - il appartenait à la recourante de former réclamation par-devant l'autorité inférieure afin que cette dernière prenne les mesures d'instruction nécessaires et traite la cause de façon exhaustive.
5.
Compte tenu de ce qui précède, les conditions de l'art. 83 al. 4 LTVA ne sont pas remplies. Le Tribunal n'est donc fonctionnellement pas compétent et ne peut entrer en matière sur le recours omisso medio.
Le recours omisso medio doit donc être déclaré irrecevable (cf. art. 9 al. 2 PA [vu sa demande de traiter sa réclamation comme un recours omisso medio {cf. consid. 2.2}, la recourante prétend en effet que le TAF est compétent] ; cf. ég. Laurent Butticaz, in : Bellanger et al. [éd.], Loi fédérale sur la procédure administrative, Commentaire romand, 2024 [ci-après : CR PA], art. 9 no 7) et l'affaire (c'est-à-dire la réclamation que la recourante entendait voir traitée comme un recours omisso medio) doit, après l'entrée en force du présent arrêt, être transmise à l'autorité inférieure (cf. art. 8 al. 1 PA ; cf. ég. Butticaz, in : CR PA, art. 8 no 10, art. 9 no 11) afin qu'elle rende une décision sur réclamation au sens de l'art. 83 al. 1 LTVA (cf. arrêts du TAF A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 2.5.4, A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 4, A-3493/2015 du 23 juillet 2015 consid. 2 ; Papadopoulos/Siegrist, op. cit., p. 492 s. [ch. 2.3]). Au demeurant, il convient de rappeler qu'il n'appartient pas au Tribunal de céans d'indiquer à l'autorité inférieure la manière dont elle doit procéder. Cette dernière est libre de poursuivre la présente procédure en appliquant les normes juridiques pertinentes au cas d'espèce (cf. arrêts du TAF A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 2.5.4, A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 4).
6.
Au vu de l'issue de la cause, les frais de procédure par 1'000 fr. sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 63 al. 1 PA ; art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2] ; cf. arrêts du TAF A-1912/2021 du 10 juin 2021 consid. 3, A-654/2019 du 20 mars 2019 consid. 3.1 ; Papadopoulos/Siegrist, op. cit., p. 495 in fine). Ce montant est compensé par l'avance de frais de 2'200 fr. déjà versée par la recourante, le solde de 1'200 fr. lui sera restitué une fois le présent arrêt devenu définitif et exécutoire. Une indemnité à titre de dépens n'est allouée ni à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario), ni à l'autorité inférieure (art. 7 al. 3 FITAF).
(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante.)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Il n'est pas entré en matière sur le recours omisso medio.
2. Après l'entrée en force du présent arrêt, l'affaire est transmise à l'autorité inférieure en tant qu'objet de sa compétence fonctionnelle.
3. Les frais de procédure sont arrêtés à 1'000 fr. et sont mis entièrement à la charge de la recourante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée de 2'200 fr. Le solde de 1'200 fr. sera restitué à la recourante lorsque le présent arrêt sera entré en force.
4.
Il n'est pas alloué de dépens.
5.
Le présent arrêt est adressé à la recourante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
La greffière :
Annie Rochat Pauchard
Lorianne Bovey
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire) ;
- à l'autorité inférieure (n° de réf. (...) ; acte judiciaire).