bvger · A-4908/2022 · 2023-10-03 · fr
A-4908/2022

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-4908/2022
Arrêt du 3 octobre 2023
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Claudia Pasqualetto Péquignot, Christine Ackermann, juges,
Johanna Hirsch-Sadik, greffière.
Parties
1. A._______,
2. B._______,
3. C._______,
4. D._______,
tous représentés par
Maître François Bellanger,
PONCET TURRETTINI AVOCATS,
recourants 1 / intimés 2,
contre
Chemins de fer fédéraux suisses CFF Infrastructure,
représentée par
Maître Benoît Carron,
Bonnard Lawson,
intimée 1 / recourante 2,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Expropriation ; indemnité pour expropriation (constitution de servitudes souterraines).
Faits :
A.
A._______, B._______, C._______ et D._______ (ci-après, les recourants 1 et intimés 2 ou les expropriés) sont propriétaires de la parcelle n° 1.______ du Registre foncier de la Commune de Genève (ci-après, le RF), à l'avenue (...). D'une surface totale de 853 m2, elle est sise en zone d'affectation 2 de construction. Elle supporte une habitation à plusieurs logements d'une surface au sol de 465 m2 avec neuf niveaux, soit un sous-sol, un rez-de-chaussée, six étages et des combles, comprenant 14 appartements, et un jardin d'une surface de 388 m2. Elle n'a pas de places de parking autres que la rue et un local à vélos au sous-sol.
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après, les CFF, l'intimée 1 et recourante 2 ou l'expropriante) et l'Etat de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des transports (l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (le CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.
B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans du projet CEVA, accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figurent les recourants 1 et intimés 2 pour la parcelle susmentionnée, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier, et prescrit que les demandes en indemnités déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (également la CFE ou l'autorité inférieure). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal de céans (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3713/2008 du 15 juin 2011, in : ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (cf. arrêts du Tribunal fédéral [TF] 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
B.c Par décision du 16 octobre 2013, la CFE a autorisé les CFF à prendre possession anticipée des droits sur l'immeuble n° 1.______ RF. Le CEVA a été mis en service fin 2019.
C.
C.a Le 24 mai 2019, aucun accord n'ayant été trouvé, les CFF ont saisi la CFE d'une requête en estimation du montant de l'indemnité à verser pour la constitution d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle n° 1.______ RF ainsi que d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et d'une servitude de restriction du droit de bâtir sur une surface de 24 m2, sous le jardin à l'extrême angle sud-ouest de la parcelle, à une profondeur de 4.66 m à 4.87 m sous la surface du terrain.
C.b Le 9 octobre 2019, les parties ont comparu devant la CFE pour une audience de conciliation. Les expropriés ont demandé à être indemnisés du fait des inscriptions requises par les CFF. La CFE a réservé la suite de la procédure.
C.c Par détermination du 31 juillet 2020 adressée à la CFE, les expropriés ont requis une expertise afin de déterminer la perte de la valeur de leur parcelle suite à l'inscription des trois servitudes et ont conclu au fond à l'octroi d'une indemnité de 4'870'000 francs, sous réserve de modification en fonction de l'expertise, le tout sous suite de frais et dépens à la charge des CFF. En substance, ils remarquent que l'inscription des trois servitudes revient à un abandon forcé de constructions souterraines, comme des sous-sols supplémentaires ou l'installation de sources d'énergie vertes, et d'une surélévation qui aurait des conséquences sur la structure porteuse du bâtiment. L'expertise devra tenir compte de la faisabilité de ces constructions, de la statique et de la géologie.
C.d Par ordonnance du 12 février 2021, la CFE a demandé aux parties de lui transmettre des documents afin de déterminer la valeur vénale de la parcelle n° 1.______ RF. Elle les a informées qu'après réception, elle délèguerait l'un de ses membres pour effectuer une inspection locale, à laquelle les parties pourront assister.
C.e Par écriture du 31 mars 2021, les expropriés ont produit à la CFE les pièces requises. Celles-ci n'ont pas été transmises aux CFF.
C.f Le 27 juillet 2021, l'architecte D._______ (ci-après, l'expert interne), membre de la CFE, a visité l'immeuble seul, sans entrer dans les appartements. Les parties n'ont pas été invitées à cette vision locale.
C.g Le 3 septembre 2021, l'expert interne a établi une expertise sur délégation de la CFE, déterminant la valeur vénale de la parcelle n° 1.______ RF. Il a précisé que la situation du terrain était très bonne, proche du centre de Genève, avec vue sur le parc (...), les commodités à proximité (transports publics, commerces, écoles, etc.), un ensoleillement bon à moyen et de très légères nuisances sonores dues au passage des voitures dans l'avenue (...). Il a remarqué que les diverses servitudes en droit et en charge n'influençaient pas la valeur du bien. Il a estimé la cubature de l'immeuble à 13'700 m3 et l'année de construction au début du vingtième siècle. Il a remarqué que l'immeuble était régulièrement entretenu et en bon état et a estimé le taux de vétusté à 20%. Il a retenu une densité de 3.82 (3'255/853). Il a admis un rendement brut annuel de 992'072 francs, capitalisé à 7.5% pour arriver à une valeur de rendement arrondie de 13'225'000 francs. Il a également calculé la valeur intrinsèque de l'immeuble, soit 3'850 francs par m2 pour les 853 m2 de terrain (3'284'050 francs), 250 francs par m2 pour les 388 m2 d'aménagements extérieurs, plantations et chemin d'accès (97'000 francs) et 680 francs par m3 pour les 13'700 m3 de la construction (9'316'000 francs). Il a rajouté 25'000 francs pour l'équipement du terrain et a arrondi pour arriver à une valeur intrinsèque de 12'720'000 francs. Il a pondéré la valeur de rendement deux fois et la valeur intrinsèque une fois et est arrivé à une valeur vénale de 13'055'000 francs. S'agissant de la possibilité de valorisation, il a remarqué que le bien faisait partie d'un ensemble du vingtième siècle et que la démolition pour reconstruction était en principe exclue. Cette expertise n'a pas été transmise aux parties.
D.
Par décision du 15 septembre 2022, la CFE a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° 1.______ RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire à 4'620 francs (chiffre 1). Elle a mis les frais de procédure à la charge des CFF (chiffre 2) et a renoncé à l'allocation de dépens (chiffre 3). L'expert interne siégeait également au sein de la CFE. En résumé, elle retient que la valeur vénale globale du bien avant inscription des servitudes s'élève à 13'055'000 francs, que le niveau de densité est de 3.82 et que la valeur du terrain s'élève à 3'850 francs le m2, calculée sur la base de la densité retenue (3'255 m2 de droits à bâtir / 853 m2 de surface). Elle retient également que la construction d'un potentiel second sous-sol sous le bâtiment n'est pas entravée par les servitudes imposées. Tenant compte des contraintes dont est affectée la parcelle (copropriétaires, bâtiment protégé, rentabilité aléatoire, servitudes de droit privé, etc.), elle estime que l'entrave à la construction en limite de propriété de plus d'un niveau de sous-sol justifie une indemnité de 5%, calculée sur la partie de 24 m2 affectée par les servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir, soit 4'620 francs (24 X 3'850 X 5%).
E.
E.a Par mémoire du 26 octobre 2022, les expropriés ont saisi le Tribunal administratif fédéral (le Tribunal) d'un recours contre la décision de la CFE du 15 septembre 2022. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de la décision attaquée et à la condamnation des CFF à leur payer une indemnité de 4'870'000 francs relative à la perte de valeur de leur immeuble et, subsidiairement, à ce que le Tribunal les achemine à prouver les faits énoncés dans leur recours.
En résumé, les expropriés avancent une violation de leur droit d'être entendu par la CFE. En outre, ils considèrent que la valeur vénale retenue est trop basse, que son calcul n'a pas été justifié, que sa dépréciation ne reflète pas la réalité et que l'indemnité de 4'620 francs est insuffisante. Ils justifient le montant de l'indemnité requise par une perte de valeur liée à l'impossibilité de construction d'un sous-sol pour 360'000 francs, et une perte de valeur liée à l'impossibilité de créer un étage de surélévation pour 4'510'000 francs, soit au total 4'870'000 francs.
E.b Par mémoire du 14 novembre 2022, les CFF ont saisi le Tribunal d'un recours joint contre la décision de la CFE du 15 septembre 2022. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation du chiffre 1 de la décision attaquée et, principalement, à ce que la constitution par expropriation sur la parcelle n° 1.______ RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire ne donne droit à aucune indemnisation des expropriés et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la CFE pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Ils expliquent que la décision attaquée leur donne très largement raison. Cependant, la CFE n'a pas procédé au calcul de rendement du deuxième étage de sous-sol, tel que préconisé dans ses « Principes d'indemnisation sur la partie restante en cas de construction souterraine » du 1er octobre 2019. Or, ils souhaitent que le Tribunal confirme que ces principes sont généralisables. En effet, d'autres projets ferroviaires avec des tunnels passant sous des zones urbanisées sont actuellement à l'étude et ils ont besoin d'une ligne claire concernant le calcul de l'indemnité d'expropriation, ce qui permettrait d'éviter l'accumulation de litiges.
E.c Par écriture du 21 novembre 2022, l'autorité inférieure a renoncé à répondre au recours et s'est référée à sa décision du 15 septembre 2022. Elle a produit le dossier de la cause.
E.d Par mémoire en réponse du 5 décembre 2022, les CFF ont confirmé les conclusions prises dans leur recours joint. Ils ont également conclu à ce que les frais de procédure soient mis à leur charge et à ce qu'aucune indemnité ne soit allouée aux expropriés.
E.e Par ordonnance du 22 décembre 2022, le Tribunal a joint le recours des expropriés et le recours joint des CFF.
E.f Par écriture du 16 janvier 2023, les expropriés ont remarqué n'avoir jamais reçu l'expertise interne du 3 septembre 2021 et en ont requis une copie.
E.g Par ordonnance du 18 janvier 2023, le Tribunal a transmis aux parties un exemplaire de l'expertise du 3 septembre 2021.
E.h Par mémoire en réplique et en réponse du 31 janvier 2023, les expropriés ont conclu au rejet du recours joint des CFF, sous suite de frais et dépens. Ils ont maintenu la motivation et les conclusions de leur recours. Au surplus, ils ont produit une expertise de leur immeuble effectuée par la société E._______. Celle-ci retient une valeur vénale de leur parcelle de 47'880'000 francs au 31 décembre 2022.
E.i Par mémoire en duplique du 18 avril 2023, les CFF ont maintenu la motivation et les conclusions de leur réponse. En outre, ils contestent que l'expertise des expropriés soit pertinente en l'espèce.
E.j Par observations finales du 5 mai 2023, les expropriés ont confirmé leurs précédentes écritures.
E.k Le Tribunal a ensuite signalé aux parties que l'échange d'écritures était clos, sous réserve de mesures d'instruction complémentaires.
Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF, RS 173.32). Le Tribunal administratif fédéral examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 Conformément à l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), les décisions de la Commission d'estimation peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral (cf. aussi les art. 31 et 33 let. f LTAF). Le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige.
1.2
1.2.1 Selon l'art. 78 al. 1 LEx, ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la Commission d'estimation leur fait subir une perte. Pour le surplus, sont applicables les exigences générales de l'art. 48 al. 1 PA, selon lesquelles peut interjeter recours quiconque a participé à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. arrêts du TAF A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 1.2, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.2.1, A-3465/2015 du 15 septembre 2016 consid. 1.2). Dès lors qu'il s'agit d'une condition procédurale, la licéité d'un changement de partie doit être analysée d'office par l'autorité saisie (cf. arrêt du TAF A-3524/2008 du 19 février 2010 consid. 4 ; Marantelli-Sonanini/Huber, in: Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz [VwVG], 3e éd. 2023, art. 6 PA no 52). En particulier, la succession universelle ne constitue pas un changement de partie, étant donné que la succession s'effectue de plein droit (cf. art. 17 al. 3 de la loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale [PCF, RS 273] en lien avec l'art. 4 PA ; arrêt du TF 2C_479/2016 du 12 janvier 2017 consid. 1.2 ; arrêt du TAF A-7041/2015 précité consid. 6.2.4.1).
1.2.2 En l'espèce, les recourants 1 et intimés 2 sont propriétaires de la parcelle n° 1.______ RF, sur laquelle la constitution des servitudes a été autorisée. Ils ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, sont spécialement atteints par la décision attaquée et ont un intérêt digne de protection à sa modification, en cela qu'ils requièrent l'octroi d'une indemnité plus élevée que celle accordée par l'autorité inférieure. Il est précisé que A._______, B._______ et C._______ ont hérité de la part de copropriété de F.______. Ils lui ont succédé de plein droit. Les expropriés ont donc qualité pour recourir.
1.3 Déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable quant à la forme. Il convient d'entrer en matière sur celui-ci.
1.4
1.4.1 Conformément à l'art. 78 al. 2 LEx, la partie adverse peut, dans le délai de dix jours à compter de la réception du recours par le Tribunal administratif fédéral, se joindre à ce recours et prendre des conclusions comme si elle avait formé un recours indépendant. Ces conclusions doivent être motivées. Lorsque le recours principal est retiré ou qu'il est déclaré irrecevable, le recours joint devient caduc.
1.4.2 En l'espèce, les CFF ont déposé leur recours joint dans le délai et les formes prescrits par la loi. Ils ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, sont spécialement atteints par la décision attaquée et ont un intérêt digne de protection à sa modification, en cela qu'ils demandent que la constitution des servitudes ne donne droit à aucune indemnisation des expropriés. Ils ont donc qualité pour recourir. Il convient d'entrer en matière sur leur recours joint.
2.
2.1 L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a fixé à juste titre l'indemnité à 4'620 francs pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° 1.______ RF des expropriés d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
Pour répondre à cette question, il conviendra d'examiner si l'autorité inférieure a correctement retenu que la valeur vénale du terrain avant inscription des servitudes s'élevait à 3'850 francs le m2 (cf. consid. 5), que la partie de 24 m2 affectée par les servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir subissait une dépréciation de 5%, que le solde de la parcelle n'était pas impacté par la constitution de ces servitudes et qu'aucun préjudice ne résultait de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. consid. 6). À titre liminaire, il s'agira de déterminer le droit applicable ratione temporis (cf. consid. 3) et d'examiner si l'autorité inférieure a violé le droit d'être entendu des expropriés (cf. consid. 4).
2.2 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2, arrêt du TAF A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du TF 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit. ; arrêt du TAF A-471/2020 du 20 décembre 2021 consid. 2.1).
2.3 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition (cf. art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2012/23 consid. 4, 2008/23 consid. 3.3). En principe, les éléments techniques retenus par les instances spécialisées ne sont vérifiés quant à leur contenu - et l'autorité judiciaire ne s'en écarte - que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela (cf. arrêts du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 3, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.6.2).
En l'occurrence, on se trouve bien dans un tel cas de figure. L'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité d'expropriation. Elle est d'ailleurs composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaires à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 LEx ; ATF 138 II 77 consid. 3.1 ; arrêt du TF 1C_606/2013 du 27 novembre 2013 consid. 3.2, arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 3). La loi part du principe que la Commission d'estimation consulte en premier lieu ses propres membres spécialisés pour comprendre les questions techniques et locales. Une expertise externe n'est nécessaire que si la commission ne dispose pas elle-même d'experts dans ses membres (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-3816/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3820/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 7.2, A-5498/2018 du 10 juillet 2019 consid. 4).
3.
La révision de la LEx du 19 juin 2020 est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Conformément à l'al. 1 des dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020, les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de cette modification sont terminées sous le régime de l'ancien droit, sous réserve de modifications du règlement des émoluments pour la période suivant l'entrée en vigueur de la modification. La présente procédure a été ouverte avant le 1er janvier 2021, de sorte que la LEx dans sa version avant l'entrée en vigueur de la modification du 19 juin 2020 est applicable en l'espèce (cf. arrêt du TF 1C_103/2022 du 20 octobre 2022 consid. 4.1).
4.
4.1 Les expropriés font valoir une violation de leur droit d'être entendus. Ils sont choqués de n'avoir pas eu la possibilité de se prononcer sur une l'expertise commandée par la CFE, en particulier sur la valeur vénale retenue, la manière de réaliser l'expertise et la méthode utilisée, avant que celle-ci ne rende sa décision. En outre, ils avancent que le fait que la CFE soit une autorité spécialisée ne la dispense pas de motiver les éléments sur lesquels elle se base pour prendre ses décisions. Dans la décision attaquée, la CFE n'ayant motivé ni la valeur vénale retenue, ni le pourcentage de 5% pour la dépréciation, ils n'ont pas pu motiver leur recours en connaissance de cause. Ils concluent, dans leurs allégués et subsidiairement, à ce que le Tribunal annule la décision de la CFE pour violation de leur droit d'être entendu et lui renvoie la cause pour nouvelle décision.
4.2 Les CFF remarquent, eux aussi, que la CFE n'a pas expliqué comment elle a arrêté la valeur du terrain à 3'850 francs le m2, ni sur quelle méthode elle s'est fondée. Ils estiment que la décision attaquée doit être annulée et l'affaire renvoyée à la CFE pour qu'elle détermine, en la motivant, la valeur vénale de la parcelle n° 1.______ RF.
4.3
4.3.1 Le droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) et de l'art. 29 PA est une garantie de caractère formel, dont la violation doit en principe entraîner l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond. Le droit d'être entendu n'est toutefois pas une fin en soi ; il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure, notamment à l'administration des preuves. Lorsqu'on ne voit pas quelle influence la violation du droit d'être entendu a pu avoir sur la procédure, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée (cf. ATF 143 IV 380 consid. 1.4.1 ; arrêts du TF 6B_259/2016 du 21 mars 2017 consid. 5.1.1, 4A_153/2009 du 1er mai 2009 consid. 4.1).
4.3.2 Si l'autorité de recours constate la violation du droit d'être entendu, elle renvoie la cause à l'instance inférieure, qui devra entendre la personne concernée et adopter une nouvelle décision, quand bien même sur le fond celle-ci ne s'écarterait pas de la solution qu'elle avait retenue lors de la décision annulée (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.2, 135 I 279 consid. 2 ; arrêt du TF 1B_347/2017 du 1er septembre 2017 consid. 2.2 ; ATAF 2013/23 consid. 6.1.3 ; arrêts du TAF A-6859/2015 du 8 septembre 2016 consid. 3.5.2, A-1323/2014 du 20 janvier 2015 consid. 4). Pour autant qu'elle ne soit pas d'une gravité particulière, la violation du droit d'être entendu peut exceptionnellement être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 137 I 195 consid. 2.3.2, 135 I 279 consid. 2.6.1 ; arrêt du TAF A-4343/2018 du 1er février 2021 consid. 3.2). Une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 137 I 195 consid. 2.3.2).
4.3.3 En particulier, l'art. 26 al. 1 let. b PA prévoit que la partie ou son mandataire a le droit de consulter tous les actes servant de moyen de preuve au siège de l'autorité appelée à statuer. En outre, l'autorité entend les parties avant de prendre une décision (art. 30 al. 1 PA). C'est le droit pour le justiciable de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, soit le droit d'exposer ses arguments de droit, de fait ou d'opportunité, de répondre aux objections de l'autorité et de se déterminer sur les autres éléments du dossier (cf. ATF 141 V 557 consid. 3.1, 135 I 279 consid. 2.3 ; ATAF 2010/53 consid. 13.1, 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du TAF A-6775/2016 du 28 juin 2018 consid. 5.1). Selon l'art. 35 al. 1 PA, les décisions écrites sont désignées comme telles, motivées et indiquent les voies de droit. L'autorité est tenue de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer son droit de recours à bon escient. L'autorité doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Elle n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (cf. ATF 146 IV 297 consid. 2.2.7, 139 IV 179 consid. 2.2, 138 IV 81 consid. 2.2).
4.4
4.4.1 En l'espèce, le Tribunal remarque que l'autorité inférieure n'a pas tenu sa parole en n'informant pas les parties au préalable de la date et de l'heure de la visite locale, contrairement à ce qu'elle avait annoncé dans son ordonnance du 12 février 2021. Les parties n'ont donc pas eu la possibilité d'assister et de participer à l'administration d'une preuve centrale à la procédure. En outre, l'autorité inférieure ne les a pas non plus informées de l'existence de l'expertise du 3 septembre 2021 et ne leur en a pas remis une copie avant de rendre sa décision. Les parties n'étaient donc pas au courant qu'un expert interne à la CFE avait visité leur immeuble ni même qu'une expertise avait été effectuée. Elles n'ont pas pu en prendre connaissance ni se déterminer dessus avant que la CFE ne rende sa décision. Au surplus, les CFF n'ont pas reçu les pièces produites par les expropriés le 31 mars 2021 (cf. consid. C.e). Or, ces pièces et l'expertise interne ont constitué des moyens de preuve centraux, dans la mesure où l'autorité inférieure s'est basée dessus pour arrêter la valeur vénale du terrain. Ce n'est qu'en procédure de recours que les parties ont eu connaissance de leur existence, lors de l'envoi par le Tribunal du bordereau de pièces de l'autorité inférieure aux parties. En n'invitant pas les parties à la visite locale de leur parcelle et en ne leur transmettant pas l'expertise du 3 septembre 2021 ni les pièces produites par les expropriés avant de rendre sa décision, la Commission fédérale d'estimation a violé de manière crasse le droit d'être entendu des parties (cf. art. 26 al. 1 let. b et 30 al. 1 PA). Le Tribunal considère que la violation du droit d'être entendu des parties est particulièrement grave.
4.4.2 En outre, si l'autorité inférieure a brièvement indiqué pour quelles raisons elle a arrêté la valeur vénale du terrain à 3'850 francs le m2 (cf. décision attaquée, considérant F), ses explications sont obscures. En effet, il ne ressort pas de la décision attaquée sur quelle méthode elle s'est basée pour retenir ce prix, ni comment elle arrive à 3'255 m2 de droits à bâtir et à une valeur vénale de 3'850 francs en partant de ces droits à bâtir en relation avec les 853 m2 de surface de la parcelle (3'255 m2 / 853 m2 = 3.82). L'autorité inférieure n'explique pas non plus l'influence de la densité retenue de 3.82 sur la valeur vénale. À l'instar de ce que soutiennent les parties, le fait que la CFE soit une autorité spécialisée et bénéficie d'un important pouvoir d'appréciation ne la dispense pas de motiver les éléments sur lesquels elle se base pour prendre ses décisions. Bien au contraire, pour se prémunir de tout arbitraire, le devoir de motivation doit être proportionnel à la marge de manoeuvre conférée à l'autorité administrative (cf. arrêts du TAF A-3820/2022 précité consid. 4.8 et 6.1.2, A-4923/2017 précité consid. 7.2.2). En l'occurrence, l'absence de motivation suffisante viole également le droit d'être entendu des parties (cf. art. 35 al. 1 PA).
4.4.3 Il y a lieu d'examiner si ce vice de caractère formel peut néanmoins être réparé. En l'espèce, les parties ont reçu l'expertise du 3 septembre 2021 au cours de la présente procédure de recours (cf. consid. E.g). Elles ont eu la possibilité de s'exprimer dessus et d'apporter des contre-preuves. Les expropriés l'ont d'ailleurs fait en produisant leur propre expertise (cf. consid. E.h). En outre, le Tribunal de céans jouit d'un plein pouvoir d'examen. Cependant, il fait preuve d'une certaine retenue, vu les connaissances spécialisées de l'autorité inférieure (cf. consid. 2.3). En l'occurrence, la décision doit de toute façon être annulée et la cause renvoyée à l'autorité inférieure pour instruction et motivation complémentaire dans le sens des considérants (cf. consid. 5.5 et 6.5). Partant, le Tribunal retient que la violation du droit d'être entendu des parties ne peut pas être réparée en l'espèce.
5.
Cela étant, il s'agit d'abord d'examiner si l'autorité inférieure a déterminé correctement la valeur vénale de la parcelle n° 1.______ RF.
5.1
5.1.1 Les expropriés avancent que le calcul de la CFE présenté dans sa décision est laconique. Les quelques critères pris en considération sont avancés en vrac, sans indication de pondération ni explication quant à la méthode d'évaluation employée. Or, l'estimation d'un bien immobilier nécessite une étude approfondie de celui-ci. Ils estiment que la CFE a retenu de manière erronée que leur parcelle ne pouvait pas être optimisée. Ils rappellent qu'elle est située en zone ordinaire à bâtir 2, destinée aux grandes maisons affectées à l'habitation, au commerce et aux autres activités du secteur tertiaire (cf. art. 19 al. 1 de la loi cantonale genevoise du 4 juin 1987 d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire [LaLAT, RS GE L 1 30]). Le quartier est fortement urbanisé. Les expropriés indiquent avoir demandé une étude concernant un projet futur. Ils souhaitent qu'une expertise soit ordonnée par le Tribunal afin de déterminer la perte de valeur due à l'impossibilité d'une meilleure utilisation de la parcelle en raison des servitudes inscrites. Subsidiairement, ils requièrent que le Tribunal ordonne une expertise afin d'estimer la valeur vénale de l'immeuble, celle-ci étant indispensable pour calculer la dépréciation causée par les servitudes. Plus subsidiairement, la cause devra être renvoyée à la CFE pour nouvelle estimation de la valeur de l'immeuble et nouvelle fixation de l'indemnité.
5.1.2 S'agissant de l'expertise du 3 septembre 2021, les expropriés font valoir que la valeur vénale retenue ne correspond pas à la réalité. La méthode utilisée n'est pas adéquate. En effet, elle n'applique pas la méthode comparative, sans explications ni justification, alors que la jurisprudence préconise son utilisation lorsque cela est possible. Pourtant, les données nécessaires pour la méthode comparative sont disponibles, grâce à leur publication dans la Feuille d'avis officielle (la FAO). Même si la méthode retenue dans l'expertise devait être admise, celle-ci n'explique pas pour quelle raison un taux de capitalisation de 7.5% a été utilisé pour le calcul de rendement. Ce taux paraît extrêmement élevé pour un canton comme Genève et pour ce quartier. Partant, la CFE ne pouvait pas se fonder sur son expertise interne ni sur le prix de 3'850 francs le m2. L'indemnité allouée de 4'620 francs n'est pas admissible.
5.1.3 Les expropriés produisent eux-mêmes une estimation de la valeur vénale de leur immeuble de 47'880'000 francs. Celle-ci se base sur les transactions comparables observées dans le secteur, grâce à un relevé systématique des publications immobilières de la FAO avec un prix moyen quatre fois supérieur à celui retenu par la CFE. Cette estimation respecte les conditions d'application de la méthode comparative, tout en tenant compte des caractéristiques propres du bien étudié, telles que la surface, le niveau de vétusté, l'étage et la vue des appartements. Pour déterminer l'état de ceux-ci, l'expert privé les a soit visités, soit a reçu des photos, soit a estimé leur état d'entretien sur la base du niveau de loyer et du début du bail. En conséquence, l'indemnité allouée aux expropriés doit être calculée sur la base du prix retenu de 15'990 francs le m2. Le fait qu'il s'agisse d'un prix PPE n'y change rien. La loi et la jurisprudence ne distinguent pas entre la valeur du terrain et celle des bâtiments et installations se trouvant dessus. Pour calculer l'indemnité, il convient de prendre en compte la valeur de la parcelle, y compris celle des constructions s'y trouvant.
5.2
5.2.1 Les CFF font valoir que la détermination de la valeur de la parcelle n° 1.______ RF par la CFE ne découle pas d'une méthode objective et clairement exposée. La CFE n'explique pas quelle méthode (comparative, fondée sur la valeur de rendement, régressive, fondée sur la situation de l'immeuble) elle a suivi. Ils regrettent que la valeur du terrain a été arrêtée à 3'850 francs le m2 et la valeur vénale globale de la parcelle à 13'055'000 francs sans exposer la méthode retenue. Ils remarquent que le Tribunal administratif fédéral a déjà utilisé la méthode comparative dans une affaire concernant une parcelle située également dans le quartier de (...) en se basant sur les statistiques de l'Office cantonal de la statistique OCSTAT pour les terrains non bâtis situés en zone 1 à 3. Le Tribunal en avait conclu que la valeur du terrain non bâti des expropriés, situé en zone 3 et dans une zone urbaine dense, pouvait raisonnablement s'estimer dans la médiane supérieure (cf. arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.3.1). L'expertise de la CFE n'expose pas non plus clairement comment elle arrive à une valeur de terrain de 3'850 francs. Ils estiment que la décision attaquée doit être annulée et l'affaire renvoyée à la CFE pour qu'elle détermine, en la motivant, la valeur vénale de la parcelle n° 1.______ RF. Par contre, ils considèrent que la CFE est une autorité spécialisée en la matière et qu'il n'y a pas besoin de recourir à un expert externe.
5.2.2 Les CFF remarquent encore que l'expertise des expropriés se base sur des ventes intervenues entre 2018 et 2022 et détermine la valeur vénale actuelle de leur parcelle, non pertinente en l'espèce. En effet, la valeur déterminante est celle au jour de l'audience de conciliation. Par ailleurs, le prix moyen de 15'019 francs au m2 définit le prix des lots PPE mais ne donne pas une valeur du terrain. Or, la valeur d'un terrain constructible est directement proportionnelle à son potentiel de construction. Plus il est possible de construire densément sur un terrain, plus il vaudra cher. A l'inverse, sur une parcelle déjà bâtie où une future extension n'est plus possible, le terrain est quasiment sans valeur. Dans un projet immobilier, l'estimation de la valeur du terrain correspond au montant potentiel des ventes sous déduction de la valeur du bâti. L'expertise des expropriés n'est donc d'aucune utilité.
5.3 La CFE, quant à elle, considère qu'elle est suffisamment spécialisée pour ne pas avoir besoin de recourir à un expert externe. En tenant compte de la situation de la parcelle en ville, du quartier historiquement recherché, esthétiquement abouti et constitué de bâtiments élégants et de belle facture, à l'abri des nuisances, à proximité d'un vaste parc, des commerces et des transports publics, dont la nouvelle gare CFF de (...), elle estime la valeur vénale du terrain avant inscription des servitudes à 3'850 francs le m2. Elle calcule cette valeur sur la base de la densité retenue de 3.82, soit 3'255 m2 de droits à bâtir dans la 2ème zone de construction pour 853 m2 de surface. Elle retient qu'il n'y a pas lieu de prendre en compte la possibilité d'une meilleure utilisation de la parcelle, trop théorique et pas hautement vraisemblable dans un proche avenir, le bâtiment faisant partie d'un ensemble protégé.
5.4
5.4.1 La valeur vénale d'un bien est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (cf. arrêt du TF 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). Pour déterminer la valeur vénale d'un immeuble, les circonstances objectives au dies aestimandi sont déterminantes, telles que le lieu de situation, l'utilisation, l'état de la parcelle et l'existence de servitudes ou d'autres droits de tiers (cf. arrêt du TF 1C_322/2017 du 25 avril 2018 consid. 3.3). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation. Les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1169). Pour ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (cf. Moor, Droit administratif, Vol. III, Berne, 2ème éd., 2018, n° 9.2.5.1).
5.4.2 Plusieurs méthodes sont possibles, telles que la méthode comparative (ou statistique) qui fixe la valeur des immeubles sur la base des prix effectivement payés pour des fonds semblables ; la méthode fondée sur la valeur de rendement qui détermine le capital correspondant au revenu actuel de l'objet exproprié ; la méthode régressive (ou rétrospective ou déductive) qui détermine la valeur d'un terrain en fonction du rendement qui pourra être obtenu après que des bâtiments auront été édifiés ou encore la méthode fondée sur la situation de l'immeuble (méthode hédoniste).
L'utilisation de la méthode statistique est prescrite lorsqu'elle peut être pratiquée car elle permet d'établir le plus sûrement le prix que serait prêt à payer un nombre indéterminé d'acheteurs intéressés sur le marché libre, dans des conditions ordinaires, pour le bien-fonds en question (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.4, A-6928/2015 du 20 décembre 2017 consid. 3.6.2, A-6674/2014 du 7 décembre 2015 consid. 6.5.1 ; Raphaël Eggs, Les "autres préjudices" de l'expropriation, thèse, Fribourg 2013, p. 139 n° 272). Cela étant, cette méthode donne un résultat correct pour autant que l'on dispose d'un nombre suffisant d'objets, sans qu'il ne soit nécessaire que ce nombre soit important (cf. arrêt du TAF du 19 décembre 2017 A-6947/2015 du 19 décembre 2017 consid. 3.1.5.2), présentant des caractéristiques analogues, même si la comparaison n'exige pas que les objets soient complètement identiques quant à leur situation, leur surface, l'état des équipements et les possibilités d'utilisation. En effet, ces différences peuvent être pondérées, cas échéant, par des réductions ou des majorations (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a). A défaut, les autres méthodes seront utilisées. Le résultat de l'application d'une méthode peut aussi être vérifié par une autre méthode. Dans certains cas particuliers, il n'est pas rare d'en combiner plusieurs pour arriver au résultat final (cf. ATF 134 II 49 consid. 15.1). La CFE - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale et qui se révèle adéquat par rapport à l'objet en question (cf. arrêts du TAF A-3820/2022 précité consid. 4.8, A-4923/2017 précité consid. 5.1.4 ; Eggs, op. cit., n° 373 p. 140). La latitude de jugement dont jouit l'autorité ne la dispense pas de motiver son appréciation. Bien au contraire, pour se prémunir de tout arbitraire, le devoir de motivation doit être proportionnel à la marge de manoeuvre conférée à l'autorité administrative (cf. arrêts du TAF A-3820/2022 précité consid. 4.8, A-4923/2017 précité consid. 7.2.2).
5.4.3 L'estimation de la valeur vénale doit tenir compte dans une juste mesure de la possibilité de mieux utiliser l'immeuble (art. 20 al. 1 LEx). La possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié que celle qui en est faite par l'exproprié doit être retenue, lorsqu'elle parait non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir ; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (cf. ATF 134 II 49 consid. 13.3, 113 Ib 39 consid. 4b, 112 Ib 531 consid. 3 ; arrêts du TF 1C_195/2022 du 20 février 2023 consid. 4.2.2, 1C_71/2018 du 3 juin 2019 consid. 2.1). D'hypothétiques projets suffisent pour reconnaître la propriété jusqu'à une certaine profondeur en sous-sol, mais pas pour augmenter la valeur vénale lors de l'estimation d'un bien exproprié (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 7.1.1). Cependant, cela ne signifie pas encore que les expropriés n'ont droit à aucune indemnisation pour constitution des servitudes sur leur parcelle (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 7.1.2).
5.4.4 Dans l'affaire objet de l'ATF 122 II 246, le bien-fonds, supportant une église et une annexe, était presque rectangulaire et classé en zone d'habitation B (quatre étages, surface habitable de 75%). Dans la fixation du prix, que n'importe quel acheteur aurait payé, il a été tenu compte du fait que toute transformation rentable de l'église et de ses annexes, conforme au droit des constructions, était exclue. D'un point de vue économique, les bâtiments utilisés comme lieu de culte - indépendamment de leur architecture remarquable et de leur exécution coûteuse - ont par conséquent été assimilés à des biens de démolition pour l'acquisition desquels un preneur n'aurait payé qu'un prix symbolique. Dans ces circonstances, la valeur du bien-fonds s'est résumée au prix du sol en tant que terrain à bâtir et fixée à 4'000 francs / m2.
5.5
5.5.1 En l'espèce, tant les expropriés que l'expropriante critiquent la décision attaquée pour son manque de motivation. Avec elles, le Tribunal remarque que l'autorité inférieure n'explique pas, dans sa décision, sur quelle méthode (statistique, fondée sur la valeur de rendement, régressive ou hédoniste) elle se base pour arrêter la valeur du terrain à 3'850 par m2. Certes, il ressort de l'expertise du 3 septembre 2021, que l'expert interne à la CFE a pondéré la valeur intrinsèque de la parcelle (12'720'000 francs avec le coefficient un) et la valeur de rendement (13'225'000 francs avec le coefficient deux) pour arriver à une valeur vénale de l'objet de 13'055'000 francs. Cependant, cette valeur vénale de l'objet n'est pas pertinente dans le cas concret. En effet, l'assiette des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir est souterraine et se situe à l'extrême angle sud-ouest de la parcelle, dans un coin du jardin. Ces servitudes ne sont pas situées sous l'immeuble d'habitation déjà construit et ne grèvent pas un appartement. Partant, la valeur de rendement, se basant sur l'état locatif des appartements, et la valeur intrinsèque de la construction, telles que prises en compte par l'expertise interne du 3 septembre 2021, ne sont pas pertinentes en l'espèce. À l'instar de l'affaire objet de l'ATF 122 II 246 consid. 4a, la valeur vénale du bien-fonds se résume, pour le calcul de l'indemnité d'expropriation du cas d'espèce, au prix du sol en tant que terrain à bâtir. D'ailleurs, la CFE ne s'est elle-même pas basée sur la valeur vénale totale de l'objet pour calculer l'indemnité mais uniquement sur la valeur intrinsèque du terrain en tant que terrain à bâtir (cf. décision attaquée consid. 2b, p. 5). L'estimation effectuée par l'expert interne basée sur la valeur de rendement et sur un taux de capitalisation de 7.5% que les expropriés critiquent n'a, à juste titre, joué aucun rôle dans l'estimation de la valeur vénale du terrain retenue par la CFE pour calculer l'indemnité.
5.5.2 La CFE a arrêté la valeur du terrain à 3'850 francs par m2 sur la base de la densité retenue de 3.82, soit 3'255 m2 de droits à bâtir dans la 2ème zone de construction / 853 m2 de surface. L'expert interne retient cette valeur dans le cadre de l'estimation intrinsèque de l'objet.
5.5.2.1 Or, ni la CFE ni l'expert interne n'expliquent comment et sur quelle base ils arrivent à 3'255 m2 de droits à bâtir pour la parcelle n° 1.______ RF, ni pourquoi ils divisent cette surface (3'255 m2) par la surface de la parcelle de 853 m2 pour arriver à une densité de 3.82, ni l'impact de cette densité sur la valeur du terrain au m2, ni pour quels motifs et sur quelle base ils valorisent un point de densité à environ 1'000 francs par m2 pour arriver au prix du terrain de 3'850 le m2 (3.82 X 1'000 francs, arrondi). Il est aussi particulier que, dans sa décision du 12 octobre 2022 concernant la parcelle voisine (cf. arrêt du TAF A-5285/2022, A-5363/2022 du 3 octobre 2023), la CFE calcule la densité en divisant la surface brute de plancher - et non les droits à bâtir dans la 2ème zone de construction - par la surface totale du terrain. Or, il est essentiel que la CFE explique clairement et de manière détaillée comment, et pour quels motifs, elle détermine la valeur vénale des m2 de terrain. C'est seulement par ces explications que les parties sont capables de comprendre la décision et, le cas échéant, de l'attaquer en connaissance de cause.
5.5.2.2 Il est ici rappelé que l'indice de densité a été introduit dans la loi générale cantonale genevoise du 29 juin 1957 sur les zones de développement (LGZD, RS GE L 1 35) dans le but de garantir une utilisation rationnelle du sol et d'éviter un gaspillage du territoire. Il sert à déterminer la densité des surfaces constructibles pour le logement et les activités. Il est le rapport entre la surface brute de plancher, destinée aux logements et aux activités, et la surface nette de terrain à bâtir, soit la surface totale du périmètre concerné, dont sont déduites les surfaces projetées vouées à la circulation externe et au raccordement et les surfaces vouées aux espaces et équipements publics d'une certaine importance (cf. art. 2a al. 1 LGZD ; Indices de densité et d'utilisation du sol - définitions et pratique administrative du 18 juin 2014, Office de l'urbanisme et du Département du territoire, Directive départementale, publiée sur www.ge.ch > Accueil > Publications, page consultée le 3 octobre 2023).
5.5.2.3 Pour calculer la surface brute de plancher, seules les surfaces de plancher comprises dans l'enveloppe du bâtiment qui sont économiquement exploitables et directement utiles à l'habitation ou au travail sont retenues. Les surfaces des espaces communs - à savoir : les halls d'entrée, ainsi que les couloirs et cages d'escaliers - sont répartis au prorata des surfaces des différentes catégories de logements et d'activités hors espaces communs eux-mêmes. Les éléments à déduire sont : les locaux communs (les locaux vélos, poussettes, poubelles, buanderie, etc.), les dépôts, les autres locaux communs non rentabilisés (salle polyvalente, atelier, etc. sans état locatif propre), les caves, les abris PC, les parkings, les locaux techniques, les distributions (halls, couloirs, paliers, ascenseurs, escaliers, etc.) liés à ces types de locaux (cf. Calcul de surface brute de plancher [SBP] - Pratique administrative de l'Office cantonal du logement et de la planification foncière - PA/SI/038.01 du 13 février 2019, publiée sur www.ge.ch > Accueil > Publications, page consultée le 3 octobre 2023). Les droits à bâtir correspondent à une surface potentiellement constructible sur une parcelle selon un ratio, un taux, un rapport de surface défini par la loi (cf. Directive relative à la gestion des droits à bâtir lors de mutation parcellaire en zone 5 de l'Office des autorisations de construire du 31 mars 2023 - 034-v1, publiée sur www.ge.ch > Accueil > Publications, page consultée le 3 octobre 2023).
5.5.3 En outre, l'expertise de la CFE a été effectuée le 3 septembre 2021. L'expert interne a réservé en particulier que son estimation n'était valable qu'à la date de son édition. Or, le jour déterminant pour la valeur vénale n'est pas celui de l'édition de l'expertise mais celui de l'audience de conciliation (cf. anc. art. 19bis LEx). Celle-ci s'est déroulée le 9 octobre 2019, soit deux ans auparavant (cf. consid. C.b). Cela étant, à la suite de l'autorité inférieure (cf. décision attaquée, consid. 2b, p. 4), il n'y a pas lieu de retenir la possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié (cf. art. 20 al. 1 LEx). En effet, au jour de l'audience de conciliation, une telle utilisation ne paraissait ni plausible ni hautement vraisemblable dans un proche avenir. Les expropriés ne se prévalaient d'ailleurs d'aucun projet concret, ni actuel ni dans un proche avenir sur leur parcelle. Or, des possibilités théoriques ne suffisent pas pour augmenter la valeur vénale de leur bien lors de son estimation.
5.5.4 L'expertise produite par les expropriés ne peut pas non plus être utilisée pour déterminer la valeur vénale du terrain. Elle a certes l'avantage de se fonder sur la méthode statistique puisqu'elle se base sur des transactions comparables observées dans le même quartier de (...), grâce à un relevé systématique des publications immobilières de la FAO, pondéré selon les caractéristiques propres au bien étudié. Elle retient un prix moyen de 15'019 francs par m2 d'appartement dans le quartier. Elle pondère cette valeur pour chacun des 14 appartements de la parcelle n° 1.______ RF en fonction de leur état respectif. Elle arrive à un prix moyen de 15'990 francs par m2 d'appartement sis sur cette parcelle. Cependant, la date de l'évaluation est le 31 décembre 2022, soit plus de trois ans après l'audience de conciliation (cf. anc. art. 19bis al. 1 LEx). Les 15 transactions qu'elle utilise comme base de comparaison ont eu lieu en majorité après l'audience de conciliation : une en 2018, quatre en 2020, quatre en 2021 et six en 2022. En outre, ces transactions portent sur le prix au m2 d'appartements. Or, en l'espèce, l'assiette des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir n'est pas située sur un appartement mais sous un coin du jardin non construit. Il s'agit dès lors de déterminer le prix au m2 du terrain et non pas des appartements.
5.5.5 Pour ces motifs, le Tribunal ne peut pas contrôler si le prix de 3'850 francs par m2 de terrain de la parcelle n° 1.______ RF a été fixé correctement par la CFE. Sur le vu du dossier de la cause, il ne peut pas non plus fixer lui-même la valeur vénale de ce terrain. En outre, sa fixation directement par le Tribunal, même sur la base d'une expertise externe, ferait perdre tant aux expropriés qu'à l'expropriante une instance de recours. Partant, il y a lieu de rejeter la requête d'expertise des expropriés et d'admettre la conclusion des parties en renvoi de l'affaire à l'autorité inférieure, spécialisée en la matière (cf. consid. 2.3). La CFE devra déterminer le prix au m2 du terrain à bâtir, dans la mesure du possible, à l'aide de la méthode statistique. Il est ici précisé que l'Office cantonal de la statistique OCSTAT du canton de Genève publie des statistiques sur les transactions immobilières sur son site Internet (cf. https://statistique.ge.ch > Tableaux > 05Prix > Transactions et prix de l'immobilier, page consultée le 3 octobre 2023 ; cf. arrêts du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.3.1, A-4923/2017 précité consid. 8.2). Le prix devra être celui du terrain à bâtir lui-même, non pas celui des appartements. Il devra être pondéré en fonction des différences de la parcelle n° 1.______ RF par rapport aux parcelles utilisées, le cas échéant, pour la comparaison. Qu'elle que soit la méthode finalement retenue par l'autorité spécialisée, elle devra la mentionner dans sa décision et expliquer clairement et en détails comment elle arrive au prix au m2 du terrain qu'elle retient (cf. également consid. 5.5.2).
6.
Il s'agit ensuite d'examiner si l'autorité inférieure a retenu à juste titre que la partie de 24 m2 affectée par les servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir subissait une dépréciation de 5%, que le solde de la parcelle n'était pas impacté par la constitution de ces servitudes et qu'aucun préjudice ne résultait de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
6.1 Les expropriés remarquent que les assiettes des servitudes de restriction du droit à bâtir et de superficie sont conséquentes. L'emprise des servitudes est dans une zone, non encore construite, située sous les jardins de la parcelle et sous un mur de soutènement en limite. Dès lors, une construction est possible à cet endroit. Or, les servitudes restreignent leur utilisation du sol en profondeur. Elles rendent impossible la construction d'un bâtiment, d'un puits canadien, d'un puits d'infiltration des eaux pluviales et d'un garage avec une entrée depuis l'avenue (...) dans cette zone. Des travaux de reprise des fondations du mur de soutènement pourraient aussi être entravés, ce qui rendrait la conservation de ces éléments de patrimoine historique plus difficile. La CFE n'a à tort pas pris en considération la perte de valeur causée par l'impossibilité de surélévation en raison de la gare du CEVA qui passera dessous et qui risquerait d'empêcher tout renforcement des fondations. Leur expertise relève l'absence de parking comme un inconvénient de l'immeuble, de sorte que la construction d'un ou plusieurs sous-sols se justifie d'autant plus.
En outre, les expropriés font valoir que la CFE ne justifie pas non plus pour quelle raison elle retient un montant de 5% de dépréciation. Elle se contente d'alléguer que l'impossibilité de construire un second sous-sol revient à une telle dépréciation. Cette motivation est lapidaire. Ils évaluent la perte de valeur pour la construction d'un second sous-sol à 20% de l'assiette des servitudes et le montant de leur indemnité à 76'752 francs (24 X 15'990 X 20%). Si, par impossible, le taux de 5% devait être confirmé par le Tribunal, le montant de leur indemnité serait de 19'764 francs (24 X 16'470 X 5%). Ils requièrent une expertise afin de déterminer le taux de dépréciation de la valeur vénale de leur bien.
6.2 Selon les CFF, les expropriés n'ont pas prouvé que la construction d'un second sous-sol sur leur parcelle était possible techniquement et juridiquement et rentable économiquement. En outre, les expropriés n'ont pas non plus présenté d'étude de faisabilité de la surélévation de leur immeuble. Par ailleurs, le bâtiment situé sur la parcelle n° 1.______ RF ne figure pas parmi les immeubles susceptibles d'être surélevés selon la carte indicative des surélévations du secteur (...), établie par la République et le canton de Genève. Il n'est pas non plus connu si le bâtiment, tel que construit, est susceptible de supporter une surélévation sans frais disproportionnés. En effet, le bâtiment fait partie d'un ensemble protégé du début du vingtième siècle. Sa démolition est en principe exclue et sa surélévation improbable. Ils rappellent que la gare du CEVA est construite depuis quelques années déjà et ne passe pas sous la parcelle des expropriés. Ils relèvent que l'emprise des servitudes ne se trouve pas au droit du bâtiment que les expropriés disent envisager de surélever. Ils remarquent qu'aucune demande de surélévation ne leur est parvenue et qu'à chaque fois qu'une telle demande leur a été faite, ils ont donné leur accord.
Les CFF regrettent que la décision attaquée ne contienne aucun calcul permettant de vérifier si la construction d'un deuxième étage de sous-sols sur la parcelle des expropriés est rentable économiquement. Ils estiment qu'un tel calcul est indispensable car, si la construction d'un deuxième sous-sol n'est pas rentable ou pas faisable, les expropriés ne subissent pas de dommage indemnisable du fait de la constitution des servitudes ferroviaires. En l'absence d'une étude de faisabilité concrète ou d'une appréciation motivée de la CFE, il n'est pas possible de conclure que la création d'un second sous-sol en dehors de l'emprise du bâtiment existant est rentable économiquement. Il en résulte que la décision attaquée aurait dû nier toute rentabilité économique d'un tel projet et refuser d'accorder une indemnité du fait de la constitution des servitudes ferroviaires.
Finalement, les CFF avancent qu'en l'absence de préjudice d'un éventuel dépassement des valeurs limites, aucune indemnité n'est due du chef de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire. Ils en concluent que la valeur de la construction érigée sur la parcelle n° 1.______ RF n'est pas impactée par la constitution des trois servitudes en sous-sol.
6.3 La CFE rappelle avoir déjà jugé qu'il n'y a plus d'intérêt digne de protection, sous réserve de preuve du contraire, à l'utilisation du sous-sol au-delà de 6.50 m de profondeur, soit deux niveaux de sous-sols, et donc pas de possibilité d'indemnisation. Elle remarque qu'en l'espèce, la parcelle est bâtie en hauteur, dispose d'un niveau de sous-sol et que la surface du terrain naturel de la parcelle à la hauteur de la servitude se trouve en moyenne à 4.77 m au-dessus de l'assiette des servitudes litigieuses. Elle précise que le sous-sol existant est limité à l'assiette du bâtiment et ne dépasse pas celui-ci sur le solde libre de la parcelle. Elle retient que la construction d'un potentiel second sous-sol sous le bâtiment n'est pas entravée par les servitudes imposées. Par contre, l'éventuelle construction souterraine en limite de propriété sur la parcelle de plus d'un niveau de sous-sol est entravée. Elle considère que le solde de la parcelle n'est pas impacté par la constitution des servitudes et que la dépréciation de la partie impactée n'est constituée que par l'impossibilité d'utiliser cette partie pour y construire un éventuel second sous-sol. Tenant compte des contraintes de la parcelle (copropriétaires, bâtiment protégé, rentabilité aléatoire, servitudes de droit privé, etc.), elle juge que l'entrave à la possibilité de construire un second sous-sol sous un coin du jardin justifie une indemnisation de 5% pour la dépréciation de la partie de 24 m2 affectée, soit moins de 3% de la surface de la parcelle. Elle calcule l'indemnisation à 4'620 francs.
S'agissant de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle n° 1.______ RF, elle estime qu'en l'absence de dépassement des valeurs limites, toute expropriation est exclue. Elle nie tout préjudice et n'alloue aucune d'indemnité à ce titre.
6.4
6.4.1 L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). Le versement d'une indemnité est soumis à trois conditions cumulatives : l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (cf. arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.1, A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.1 ; Zen-Ruffinen/ Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, n° 1129). L'imposition forcée d'une servitude sur un fonds constitue une expropriation partielle (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2, 129 II 420 consid. 3.1.1 ; arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023 consid. 3.2). Selon l'art. 19 LEx, pour la fixation de l'indemnité, doivent être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits. L'indemnité comprend la pleine valeur vénale du droit exproprié lui-même (cf. let. a) ; en outre, en cas d'expropriation partielle d'un immeuble, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante de la parcelle (cf. let. b) ; et le montant de tous les autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation (let. c). Selon les cas, l'indemnité peut donc se décomposer en trois postes de dommage distincts (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2 ; Eggs, Les « autres préjudices » de l'expropriation, 2013, n° 324).
6.4.2 En cas de constitution d'une servitude, l'indemnité se calcule selon la méthode dite de la différence, laquelle consiste à déduire de la valeur vénale du fonds libre de servitude celle du fonds grevé de la servitude (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1, 129 II 420 consid. 3.1.1, 122 II 337 consid. 4c). L'indemnité à verser au propriétaire du fonds grevé correspond à la dépréciation de la parcelle, soit au montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1). L'indemnité couvre ainsi la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a ; arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.2.3 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, no 1183). Cette méthode, dite de la différence, est valable même s'il est peu imaginable que le propriétaire actuel exploite effectivement le sous-sol dont il est privé par la constitution d'un droit de superficie souterrain (cf. ATF 122 II 246 consid. 4c ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.2.1, A-552/2016 précité consid. 6.1).
6.4.3 De plus, en cas d'expropriation partielle, l'expropriant doit réparer le dommage dû à la perte d'avantages de fait lorsque, selon toute vraisemblance, la partie restante en aurait profité de manière durable sans l'expropriation (cf. art. 22 al. 2 LEx). Dans ce contexte, la jurisprudence prend notamment en considération la perte d'avantages valorisant ou protégeant l'immeuble touché (perte d'un « écran protecteur » [Schutzschild]) : protection contre les nuisances provenant du voisinage, garantie d'une vue dégagée sur le paysage, interdiction de construire grevant le fonds voisin en vertu d'une servitude, etc. Cette dépréciation doit être indemnisée (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1, 129 II 420 consid. 3.1.2, 106 Ib 381 consid. 2b et 2c ; arrêt du TAF A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 6.2.4).
6.4.4 Il ressort de la jurisprudence qu'une atteinte au droit de construire jusqu'à une profondeur atteignant deux niveaux de sous-sol donne en principe droit à indemnisation, même si l'exproprié ne peut faire état d'un projet concret de meilleure utilisation de son bien (cf. ATF 122 II 246 consid. 4b et 4c ; arrêts du TAF A-3816/2022 précité consid. 4.7, A-3199/2017 précité consid. 6.3.3, A-552/2016 et A-648/2016 du 3 juillet 2018 consid. 6.2.2 et 6.3 et A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.1, confirmé par l'arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023 consid. 4.2). En revanche, une entrave à la construction d'un troisième niveau de sous-sol sur une parcelle déjà bâtie ne donne en principe pas droit à une indemnité lorsque l'exproprié ne peut démontrer l'existence d'un projet concret et avancé de meilleure exploitation de sa parcelle (cf. arrêts du TAF A-3199/2017 précité consid. 6.3.3, A-2600/2018 et A-2698/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.4.1). Dans tous les cas, un examen individualisé tenant compte de l'ensemble des particularités du cas d'espèce est nécessaire.
6.4.5 Les effets indirects d'une construction souterraine sur l'usage de la surface doivent être pris en considération dans le calcul de l'indemnité. Il pourrait s'agir de la réduction potentielle de la faculté de construire en surface pour des questions de structures, des immissions et vibrations ou encore de l'atteinte à la fertilité du sol (cf. Carrel, Le régime du sous-sol en droit suisse : planification, exploitation, construction, 2015, n° 214). C'est par ailleurs la raison pour laquelle les CFF prévoient, dans le groupe de servitudes imposées, une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. arrêts du TAF A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 6.2.5, A-2600/2018 et A-2698/2018 précités consid. 5.2.5, A-552/2016 et A-648/2016 précités consid. 6.1).
6.5
6.5.1 En l'espèce, l'assiette horizontale des servitudes de superficie et de restriction du droit de bâtir a une surface de 24 m2, soit moins de 3% de la surface de la parcelle de 853 m2. L'assiette verticale de ces servitudes est formée, en coupe, d'un rectangle de 14 m de côté (du km 69.383 au km 69.397) sur 30 m de profondeur, dont la base se trouve à une altitude de 376.11 m et le sommet à une altitude de 406.11 m. La surface du terrain naturel de la parcelle évolue, dans l'emprise, à une altitude entre 410.77 m à l'ouest et 410.98 m à l'est, selon les plans produits (cf. annexe 1, jointe à la requête du 24 mai 2019 des CFF, pièce n° 3 du recours). Les droits demandés sont donc situés à une profondeur de 4.66 m à 4.87 m sous la surface du terrain. L'emprise de ces deux servitudes sur la parcelle n'est pas située sous le bâtiment lui-même mais dans un coin du jardin. Les expropriés ne sont donc pas empêchés de construire un second sous-sol sous leur bâtiment. Actuellement, le sous-sol existant sous le bâtiment n'est pas utilisé pour des places de parc.
6.5.2 La dépréciation causée par la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir n'est constituée que par l'impossibilité de construire un éventuel second sous-sol sous leur assiette. En effet, sans la constitution de ces deux servitudes, la construction d'un second sous-sol à cet endroit serait possible juridiquement. La police des constructions ne limite pas l'exploitation souterraine de la parcelle en limite de propriété. Le règlement d'application de la loi cantonale genevoise sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI, RS GE L 5 05.01) précise qu'en deuxième zone de construction, des constructions en sous-sol peuvent être édifiées à la limite de deux propriétés privées (cf. art. 231 al. 1 let. c RCI ; cf. arrêts du TAF A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.1). D'un point de vue technique, en tenant compte d'une dalle initiale sur sous-sol de 50 cm, puis d'un vide d'étage de 2.5 m et d'une dalle de 50 cm entre chaque sous-sol, c'est à-dire 3.5 m pour le 1er sous-sol, puis 3 m par sous-sol supplémentaire (cf. arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.3.4.1, A-6912/2017 du 18 mars 2021 consid. 5.3.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 6.3.3), seul un étage en sous-sol est réalisable à cet endroit. Ce sont donc les servitudes qui limitent la construction d'un second sous-sol dans une petite partie du jardin.
6.5.3
6.5.3.1 Dans l'affaire objet de l'arrêt ATF 122 II 246, traduit au JdT 1998 I 409 et confirmé par les arrêts du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023 consid. 4.2 et 1C_322/2017 du 25 avril 2018 consid. 2.1 et 3.2, deux tunnels ferroviaires, espacés d'environ 17 m, traversaient une parcelle à une profondeur de 7 à 8 m depuis la surface du terrain jusqu'au sommet des tunnels. La servitude prévoyait une interdiction de construire sur un cube de 6 m de large à partir de l'axe du tunnel et sur 3.55 m de hauteur à partir du sommet du tunnel. Au-dessus de ces cubes, la charge de construction ne devait pas dépasser 1.5 kg/cm2. Entre les deux tubes, il ne restait plus qu'un espace libre de construction d'environ 12 m de large (cf. ATF 122 II 246 consid. en faits et consid. 4). La profondeur exploitable variait entre 3.45 m et 4.45 m. La police des constructions ne limitait pas l'exploitation souterraine de la parcelle. C'est la constitution des servitudes, nécessaires à la réalisation et à la mise en service des installations ferroviaires, qui limitait l'utilisation souterraine à un seul sous-sol. En raison de la limitation imposée à la charge (1,5 kg/cm2), les fondations d'un nouveau bâtiment auraient entraîné d'importants frais supplémentaires. Vu ces frais de construction supplémentaires et la limitation à un seul sous-sol pour l'entier de la parcelle, le Tribunal fédéral a fixé la moins-value à 15% de la valeur vénale de l'ensemble de la parcelle.
6.5.3.2 En l'espèce, les expropriés ne font pas valoir une limitation imposée à la charge ni ne prouvent des frais de construction supplémentaires. Il est vrai que la carte indicative mentionnée par les CFF n'a pas de portée juridique propre, mais seulement une portée indicative. Elle prévient que le potentiel de surélévation ne peut être déterminé que sur la base d'un projet faisant l'objet d'une demande d'autorisation de construire soumise aux dispositions légales applicables et aux instances compétentes. Il n'est donc pas possible d'en déduire que l'immeuble des expropriés ne peut pas être surélevé, indépendamment des deux servitudes requises. Cependant, les expropriés n'expliquent pas ni ne prouvent en quoi les servitudes empêcheraient la surélévation de leur immeuble, alors qu'elles ne sont pas situées sous celui-ci. En l'absence de preuve, il n'y a pas lieu de retenir que la surélévation du bâtiment existant ou les fondations d'un nouveau bâtiment entraîneraient d'importants frais supplémentaires en l'espèce. Par ailleurs, les servitudes de superficie et de restriction du droit de bâtir n'impactent qu'une petite partie de la parcelle. Partant, l'autorité inférieure a retenu à juste titre que le préjudice subi par les expropriés du fait de la constitution de ces deux servitudes se résumait à l'impossibilité de construire un second sous-sol sous l'assiette des servitudes. Les expropriés doivent donc uniquement être indemnisés pour la pleine valeur vénale du droit exproprié (cf. art. 19 let. a LEx). La valeur vénale de la partie restante de la parcelle n'est pas affectée par la constitution de ces deux servitudes (cf. art. 19 let. b LEx) et les expropriés ne font pas non plus valoir d'autres préjudices consécutifs à l'expropriation (cf. art. 19 let. c LEx).
6.5.3.3 Tout comme dans l'ATF 122 II 246 consid. 2b, les CFF font valoir que la construction d'un second sous-sol ne serait pas rentable économiquement et serait une opération à perte. Or, le Tribunal fédéral a déjà tranché que, même si l'effort financier nécessaire à la construction rend tout rendement illusoire, cela ne signifie pas que les expropriés n'ont pas droit à une indemnisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 3 ; arrêt du TF 1C_662/2021 précité consid. 4.2, confirmant l'arrêt du TAF A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.2). Il a jugé déterminant qu'aucune valeur économique n'était retenue pour les bâtiments actuels, que la valeur de la parcelle se concentrait dans sa qualité comme terrain à bâtir (cf. consid. 5.4.4 et 5.5.1) et que cette valeur était altérée par l'installation des CFF. Dans cette mesure, l'expropriée subissait bien un dommage patrimonial du fait de la constitution des servitudes, lequel devait être indemnisé (cf. ATF 122 II 246 consid. 4c). À la suite des expropriés, le Tribunal retient ainsi que même une éventuelle rentabilité aléatoire de la construction d'un second sous-sol n'empêche pas, en l'espèce, l'allocation d'une indemnité, vu que les deux servitudes diminuent la valeur vénale de leur parcelle.
6.5.4 Dans l'affaire objet de l'arrêt du TAF A-4111/2020 du 16 septembre 2021 et confirmé par l'arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023, trois servitudes souterraines, à savoir d'interdiction de bâtir, de tolérance d'exploitation ferroviaire et de superficie pour tunnel ferroviaire, étaient prévues sous trois parcelles suite à l'approbation des plans et la construction du CEVA. Ces trois parcelles, situées à environ 1 km de la parcelle litigieuse en l'espèce, abritaient et étaient destinées à des garages à voitures et à une station-service, loués. Les servitudes de superficie et de restriction du droit de bâtir impactaient 79% de la surface totale des parcelles (assiette de 3'372 m2 sur 4'271 m2 de surface totale) et non seulement 3% (cf. consid. A et B). Comme en l'espèce, il n'y avait pas de limite de la charge constructible et la rentabilité de l'exploitation du sous-sol était aléatoire. Là où l'assiette des servitudes limitait l'utilisation du sous-sol à la construction d'un seul niveau de sous-sol, une moins-value de 10%, calculée sur l'assiette des servitudes, a été retenue. Là où l'assiette des servitudes ne laissait subsister aucune profondeur exploitable, une moins-value de 20%, calculée sur l'assiette des servitudes, a été retenue. Aucune indemnité n'a été octroyée pour la partie restante, non impactée par les servitudes (cf. arrêt du TF 1C_662/2021 précité consid. 4.2 ; arrêt du TAF A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.2, 7.2.5.3 et 7.2.7). Partant, contrairement à ce que les expropriés soutiennent, la dépréciation n'est pas d'au moins 20% en cas d'impossibilité de construire un second sous-sol. Le pourcentage de dépréciation dépend des circonstances du cas concret.
6.5.5 Dans les affaires objet des arrêts du TAF A-3816/2022, A-3820/2022 et A-3823/2022 du 18 avril 2023, trois servitudes souterraines, à savoir d'interdiction de bâtir, de tolérance d'exploitation ferroviaire et de superficie pour tunnel ferroviaire, étaient prévues sous trois parcelles, suite à l'approbation des plans et la construction du CEVA. Les parcelles, situées à environ 750 m de la parcelle litigieuse en l'espèce, abritaient deux immeubles d'habitation de sept étages sur rez plus attique avec deux niveaux de sous-sol, un parking en surface, l'entrée d'un garage souterrain et deux niveaux de sous-sol. Les servitudes de superficie et de restriction au droit de construire les grevaient pour 3%, 13% et 40% de leur surface (consid. A et 6.1). Dans ces affaires, l'autorité inférieure avait retenu que l'entrave à la construction d'un deuxième sous-sol sur les dépendances de ces parcelles occasionnait une dépréciation de 5% de la valeur des surfaces impactées par l'assiette des servitudes. Le Tribunal de céans a considéré que l'autorité n'avait pas suffisamment motivé ce pourcentage. Il a estimé que, dès lors que la cause était renvoyée à l'autorité inférieure pour qu'elle explique selon quelle méthode elle avait arrêté le prix du terrain et, au besoin, pour qu'elle procède à une nouvelle estimation, elle aurait également l'occasion de motiver davantage le pourcentage de dépréciation retenu. Il a admis qu'un certain schématisme paraissait inévitable. Cependant, il a enjoint l'autorité inférieure d'expliciter son raisonnement, d'indiquer tous les critères retenus pour fixer le pourcentage de dépréciation et d'expliquer la manière dont elle en a tenu compte (consid. 6.1.2 à 6.1.4). Les arrêts n'ont pas fait l'objet d'un recours au Tribunal fédéral, de sorte qu'ils sont entrés en force.
6.5.6 À l'instar des affaires objet des arrêts du TAF A-3816/2022, A-3820/2022 et A-3823/2022 précités, le Tribunal retient, en l'espèce, que l'autorité inférieure n'a pas suffisamment motivé le pourcentage de dépréciation de 5% retenu. Dès lors que la cause doit lui être renvoyée pour qu'elle détermine à nouveau la valeur vénale du terrain à bâtir (cf. consid. 5.5), elle devra également expliquer et motiver davantage ce point, en tenant compte des circonstances du cas concret (cf. consid. 6.5.1 et 6.5.2) et de la jurisprudence déjà rendue en la matière (cf. consid. 6.5.3, 6.5.4 et 6.5.5).
6.5.7 S'agissant enfin de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire, les expropriés ne prétendent pas que les normes liées à l'exploitation ferroviaire, telles que les valeurs limites d'immission pour le bruit, les sons solidiens et les vibrations, seraient violées. Il est ainsi permis de douter de l'existence d'effets indésirables et de nuisances sur le bien-fonds des expropriés, ce d'autant plus que le tunnel ferroviaire ne passe pas directement sous leur parcelle, mais à côté de celle-ci. Tant que les normes d'exploitation ferroviaire sont respectées, cette servitude n'a donc pas d'impact sur la valeur vénale du bien-fonds des expropriés. Les expropriés n'ont pas non plus prouvé une éventuelle réduction de la faculté de construire en surface pour des questions de structures. En l'absence de dommage, une des trois conditions cumulatives pour admettre le versement d'une indemnité fait défaut. Partant, l'autorité inférieure a retenu à juste titre que l'imposition d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle des expropriés ne diminuait pas sa valeur. Aucune indemnité n'est due à ce titre.
7.
Pour résumer, le Tribunal retient que l'autorité inférieure a violé le droit d'être entendu des parties et que cette violation ne peut pas être réparée en l'espèce (cf. consid. 4.4). Quant au fond, il considère que la cause doit être renvoyée à l'autorité inférieure pour qu'elle détermine à nouveau la valeur vénale du terrain de la parcelle n° 1.______ RF, avant inscription des servitudes, en expliquant clairement et de manière détaillée le prix qu'elle retient et comment elle le calcule (cf. consid. 5.5). L'autorité inférieure devra également motiver davantage le pourcentage de dépréciation de 5% retenu, en tenant compte des circonstances du cas concret et de la jurisprudence rendue (cf. consid. 6.5.6). Par contre, le Tribunal estime que l'autorité inférieure a retenu à juste titre que les expropriés devaient être indemnisés pour la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir (cf. consid. 6.5.3.3), que cette indemnité se limitait à la pleine valeur vénale du droit exproprié, que le solde de la parcelle n'était pas impacté, que les expropriés ne subissaient pas d'autres préjudices consécutifs à l'expropriation (cf. consid. 6.5.3.2) et qu'aucun préjudice ne résultait de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. consid. 6.5.7).
Il s'ensuit que le recours des expropriés et le recours joint des CFF sont partiellement admis, dans le sens des considérants. Le chiffre 1 du dispositif de la décision du 15 septembre 2022 de la CFE est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
8.
Demeure à trancher la question des frais et dépens.
8.1
8.1.1 Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais à la charge de la partie qui succombe ne s'applique pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. Tel est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (cf. art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (cf. art. 8 ss FITAF ; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 9.1.2).
8.1.2 Aux termes de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie lorsque l'exproprié succombe intégralement ou en majeure partie (cf. arrêts du TF 1A.269/2006 du 28 février 2007 consid. 5, 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 non publié à l'ATF 133 II 30 ; arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 8.1). Dans les procédures d'expropriation, les frais de procédure ne doivent en général pas être trop élevés (cf. arrêt du TF 1E.9/2006 du 20 septembre 2006 consid. 3 ; arrêts du TAF A-471/2020 précité consid. 13.2 A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 11.2).
8.2
8.2.1 En l'espèce, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel il appartient à l'expropriante de supporter les frais de procédure. Ils sont in casu fixés à 1'500 francs et mis à la charge des CFF. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée par les CFF du même montant.
8.2.2 Les expropriés obtiennent partiellement gain de cause. Ils ont choisi de se faire représenter et ont conclu à l'octroi de dépens mais n'ont pas soumis de note d'honoraires. Une indemnité de dépens, fixée ex aequo et bono à 1'500 francs, et tenant compte du fait que leurs écritures sont dans une large mesure les mêmes que dans la cause A-5285/2022 et A-5363/2022 concernant une parcelle voisine avec en partie les mêmes expropriés, leur est allouée et mise à la charge de l'expropriante. Bien qu'ayant obtenu partiellement gain de cause, il n'est pas alloué de dépens à l'expropriante, conformément à l'art. 116 al. 1 LEx.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours des expropriés et le recours joint de l'expropriante sont partiellement admis, dans le sens des considérants.
2. Le chiffre 1 du dispositif de la décision du 15 septembre 2022 de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement est annulé.
3. L'affaire est renvoyée à l'autorité inférieure pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. Les frais de procédure de 1'500 francs sont mis à la charge de l'expropriante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée par elle du même montant.
5. Une indemnité de dépens de 1'500 francs est allouée aux expropriés, à la charge de l'expropriante.
6. Le présent arrêt est adressé aux expropriés, à l'expropriante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Johanna Hirsch-Sadik
Indication des voies de droit :
Pour autant que les conditions au sens des art. 82 ss, 90 ss et 100 ss LTF soient remplies, la présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- aux expropriés (acte judiciaire)
- à l'expropriante (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (acte judiciaire)