bvger · A-2961/2026 · 2026-08-06 · de
A-2961/2026

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-2961/2026
Urteil vom 6. August 2026
Besetzung
Richter Jürg Steiger (Vorsitz),
Richterin Annie Rochat Pauchard,
Richterin Iris Widmer,
Gerichtsschreiberin Aisha Rutishauser.
Parteien
X._______ GmbH,
(...),
vertreten durch
MLaw LL.M. Sandro Scheidegger und
Pierre Scheuner, Fürsprecher,
Von Graffenried AG Treuhand,
(...),
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Steuerperioden 2016 bis 2020;
Leistungen an eng verbundene Personen,
Vorsteuerkorrektur.
Sachverhalt:
A.
Die X._______ GmbH (nachfolgend: Steuerpflichtige) bezweckt gemäss Handelsregisterauszug hauptsächlich die berufliche und gesellschaftliche Integration von benachteiligten Menschen. Zur Erreichung ihres Zweckes kann sie (...). Weiter kann sie zur Unterstützung der Stiftung Y._______ (...). Sie übernimmt (...) mit dem Ziel, die Absicht der Stiftung Y._______ (nachfolgend: Stiftung) zu unterstützen.
Die Steuerpflichtige war vom 1. Januar 2012 bis zum 31. Dezember 2021 im Register der Steuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Sie rechnete die Mehrwertsteuer nach der effektiven Methode und nach vereinnahmten Entgelten ab. Seit dem 1. Januar 2022 ist die Steuerpflichtige Mitglied der MWST-Gruppe (...) und unter deren Mehrwertsteuernummer vermerkt.
B.
B.a Am 10. März 2021 wandte sich die Steuerpflichtige an die ESTV und bat um steuerliche Beurteilung der Entschädigungen, welche sie vom Kanton für die Beschäftigung von ausgesteuerten Personen erhalte. Die Entschädigungen seien bisher nicht als Subventionen deklariert worden. Konkret fragte sie, ob die Entschädigungen als Nicht-Entgelt (Subvention nach Art. 18 Abs. 2 Bst. a des Bundesgesetzes vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer [MWSTG, SR 641.20]) oder als Entgelt für eine ausgenommene Leistung zu deklarieren seien. Auf Ersuchen der ESTV reichte die Steuerpflichtige Unterlagen ein.
B.b Die ESTV teilte der Steuerpflichtigen mit Mail vom 19. Juli 2021 mit, dass die Zahlungen der Stadt (...) keine Subventionen, sondern Leistungsentgelt seien. Leistungserbringerin gemäss eingereichtem Vertrag sei nicht die Steuerpflichtige - welche die Stiftung gegenüber der Stadt (...) bloss vertrete -, sondern die Stiftung. Aus dem Leistungsvertrag ergebe sich, dass die Stiftung 2020 diverse Leistungen im Bereich der Sozialhilfe an die Stadt (...) erbracht habe, welche die Kosten übernommen habe. Es liege eine Auslagerung der Betreuung von Sozialhilfeempfängern zur Wiedereingliederung in den Arbeitsmarkt vor, die nach Art. 21 Abs. 2 Ziff. 8 MWSTG von der Steuer ausgenommen sei.
Da jedoch die Steuerpflichtige - nicht die Stiftung - die vereinbarten Entschädigungen im eigenen Namen der Stadt (...) in Rechnung stelle, sei davon auszugehen, dass die Stiftung die im Leistungsvertrag vereinbarten Leistungen vollumfänglich an die Steuerpflichtige weiterübertragen habe. Die von der Steuerpflichtigen in diesem Subverhältnis an die Stiftung erbrachten Leistungen seien daher ebenfalls nach Art. 21 Abs. 2 Ziff. 8 MWSTG von der MWST ausgenommen. Als Subunternehmerin der Stiftung habe die Steuerpflichtige dieser den Drittpreis in Rechnung zu stellen, da beide als eng verbundene Personen gelten.
Gemäss Praxis der ESTV sowie der Rechtsprechung sei bei der Bestimmung des Drittpreises bei Leistungen unter eng verbundenen Personen ein Gemeinkosten- und Gewinnzuschlag von 10% zu berücksichtigen. Die Stiftung habe in der MWST-Abrechnung die von der Stadt (...) bezahlten, von der MWST ausgenommenen Entschädigungen für die Zurverfügungstellung der (...)-Plätze zu deklarieren. Die Steuerpflichtige müsse als Subunternehmerin der Stiftung gegenüber den Gemeinkosten- und Gewinnzuschlag von 10% berücksichtigenden Preis in Rechnung stellen und dieses Entgelt der ESTV gegenüber deklarieren.
C.
C.a Bei der Steuerpflichtigen wurde am 17. und 18. November 2021 sowie am 26. Januar 2022 vor Ort eine Kontrolle nach Art. 78 MWSTG der Steuerperioden 2016 bis 2020 (Zeitraum vom 1. Januar 2016 bis 31. Dezember 2020) durchgeführt. Insgesamt forderte die ESTV gemäss der EM Nr. (...) vom 22. März 2022 Fr. 46'003.-- zuzüglich Verzugszins bei der Steuerpflichtigen nach. Die Steuernachforderung erfolgte aufgrund von Umsatzdifferenzen (Ziff. 1 des Beiblatts der Einschätzungsmitteilung [nachfolgend: EM]), Vorsteuergutschriften (Ziff. 2 des Beiblatts der EM) sowie Vorsteuerkorrekturen infolge gemischter Verwendung (Ziff. 3 des Beiblatts der EM).
C.b Mit Schreiben vom 19. April 2022 teilte die Steuerpflichtige betreffend die EM mit, dass sie Fr. 46'003.-- unter Vorbehalt überweisen werde. Die Zahlung erfolgte am 22. April 2022.
C.c Die Steuerpflichtige bestritt die Ziffern 2 und 3 der vorgenannten EM mit Schreiben vom 12. Mai 2022. Daraufhin ersuchte die ESTV die Steuerpflichtige mit Schreiben vom 5. Dezember 2023 um Einreichung zusätzlicher Unterlagen. Die Steuerpflichtige kam diesem Ersuchen mit Schreiben vom 31. Januar 2024 innert erstreckter Frist nach. In Bezug auf die Vorsteuerkorrektur gemäss Ziffer 3 der EM machte sie zusätzliche Korrekturen im Zusammenhang mit «Vorsteuer Ziffer Material (1170)» geltend.
C.d Mit Verfügung vom 15. März 2024 bestätigte die ESTV ihre Feststellungen der EM und erhob eine zusätzliche Steuernachforderung im Betrag von Fr. 13'109.-- mit der Begründung, dass die Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug auf dem Mietzins (Drittpreis) und den Nebenkosten bei der Steuerpflichtigen nicht erfüllt seien, da diese ihr weder in Rechnung gestellt noch von ihr bezahlt worden seien. Die ESTV setzte die Steuerforderung für die Steuerperioden 2016 bis 2020 insgesamt auf Fr. 59'113.-- fest.
D.
D.a Mit Schreiben vom 30. April 2024 liess die Steuerpflichtige Einsprache gegen die Verfügung der ESTV vom 15. März 2024 erheben. Zugleich reichte die Steuerpflichtige diverse Beweismittel ein.
D.b Mit Schreiben vom 10. Oktober 2025 ersuchte die ESTV die Steuerpflichtige, die Einsprache in Bezug auf die strittigen Leistungen der Steuerpflichtigen gegenüber der Stiftung beziehungsweise gegenüber der Stadt (...) sowie bezüglich steuerbarer Einnahmen von Dritten, welche bei der Erfüllung des Auftrages der Stadt (...) angefallen sind, zu ergänzen und zusätzliche Unterlagen einzureichen. Sie ersuchte die Steuerpflichtige insbesondere, eine Aufstellung über die Kosten für die Leistungserbringung mit buchmässigem Nachweis sowie Angaben zu den Leistungen, welche gegenüber Dritten erbracht werden, mit Rechnungen und buchmässigem Nachweis einzureichen. Mit Eingabe vom 7. November 2025 kam die Steuerpflichtige dieser Aufforderung nach.
D.c Mit Einspracheentscheid vom 11. März 2026 hiess die ESTV die Einsprache der Steuerpflichtigen in Höhe von Fr. 3'557.25 teilweise gut, im Übrigen wies sie die Einsprache ab (Dispositiv-Ziff. 1; E. 2.2.5 des Einspracheentscheids). Sie setzte die Steuernachforderung für die Steuerperioden 2016 bis 2020 (Zeitraum vom 1. Januar 2016 bis 31. Dezember 2020) gemäss Ziffer 3 der Erwägungen fest (Dispositiv-Ziff. 2). Sie hielt weiter fest, dass die Steuerforderung für die Steuerperioden 2016 bis 2020 im Betrag von Fr. 26'137.-- (2016: Fr. 6'916.--; 2017: Fr. 7'699.--; 2018: Fr. 8'130.--; 2019: Fr. 4'899.--; 2020: Fr. -1'507.--) in Rechtskraft erwachsen sei (Dispositiv-Ziff. 3). Die Steuerpflichtige schulde der ESTV für die Steuerperioden 2016 bis 2020 die rechtskräftige Steuernachforderung von Fr. 26'137.-- zuzüglich Verzugszins (Dispositiv-Ziff. 4). Die ESTV verfügte weiter, die Steuerpflichtige schulde ihr zusätzlich für die Steuerperioden 2016 bis 2020 eine Steuernachforderung von Fr. 29'419.-- zuzüglich Verzugszins (Dispositiv-Ziff. 5). Die Zahlung im Betrag von Fr. 46'003.-- vom 22. April 2022 werde an die Steuer- und Verzugszinsforderung angerechnet (Dispositiv-Ziff. 6). Es wurden keine Verfahrenskosten erhoben und keine Parteientschädigung ausgerichtet (Dispositiv-Ziff. 7).
E.
E.a Gegen diesen Einspracheentscheid der ESTV vom 11. März 2026 lässt die Steuerpflichtige (nachfolgend: Beschwerdeführerin) am 27. April 2026 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht erheben und folgende Rechtsbegehren stellen:
«1.Der Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) vom 11. März 2026 sei aufzuheben.
2. Die Sache sei zur neuen Beurteilung an die ESTV zurückzuweisen.
3. Unter Kosten und Entschädigungsfolge zu Lasten der ESTV.
Eventualiter
1.Der Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) vom 11. März 2026 sei aufzuheben.
2.Die Steuerforderung sei für die Steuerperiode
2016 auf CHF 64'494
2017 auf CHF 62'906
2018 auf CHF 77'547
2019 auf CHF 87'990
2020 auf CHF 80'834
festzusetzen.
3.Unter Kosten und Entschädigungsfolge zu Lasten der ESTV.»
E.b Mit Vernehmlassung vom 12. Juni 2026 beantragt die ESTV (nachfolgend auch: Vorinstanz) die Beschwerde vom 27. April 2026 sei unter Kostenfolge zu Lasten der Beschwerdeführerin vollumfänglich abzuweisen.
Auf die übrigen Vorbringen der Parteien und die Akten, wird sofern und soweit erforderlich, in den nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32) beurteilt das Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG, SR 172.021). Vorliegend stellt der angefochtene Einspracheentscheid eine solche Verfügung dar. Eine Ausnahme nach Art. 32 VGG liegt nicht vor. Die Vorinstanz ist zudem eine Behörde im Sinne von Art. 33 VGG. Das Bundesverwaltungsgericht ist demnach für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig.
1.2 Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG soweit das VGG nichts anderes bestimmt (Art. 37 VGG; vgl. Art. 81 Abs. 1 MWSTG, wonach die in Art. 2 Abs. 1 VwVG genannten Ausnahmen im Mehrwertsteuerverfahren nicht gelten).
1.3 Die Beschwerdeführerin ist als Adressatin des angefochtenen Einspracheentscheids zur Beschwerde legitimiert (vgl. Art. 48 Abs. 1 VwVG).
1.4
1.4.1 Streitgegenstand im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht ist das durch die Verfügung geregelte Rechtsverhältnis, soweit dieses angefochten wird. Er wird einerseits bestimmt durch den Gegenstand der angefochtenen Verfügung (Anfechtungsgegenstand), andererseits durch die Parteibegehren. Das Anfechtungsobjekt bildet den Rahmen, welcher den möglichen Umfang des Streitgegenstandes begrenzt. Gegenstand des Beschwerdeverfahrens kann nur sein, was Gegenstand des erstinstanzlichen Verfahrens war oder nach richtiger Gesetzesauslegung hätte sein sollen. Der Streitgegenstand wird gemäss der Dispositionsmaxime durch die Parteibegehren definiert (André Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 3. Aufl. 2022, Rz. 2.8, 2.208 und 2.213). Die unbestrittenen Punkte des angefochtenen Entscheids erlangen ihrerseits formelle Rechtskraft (vgl. Urteil des BGer 1C_357/2020 vom 18. März 2021 E. 7.2; BVGE 2014/24 E. 1.4.1; Urteil des BVGer A-3704/2024 vom 25. März 2026 E. 3.1.1 m.w.H.).
1.4.2
1.4.2.1 Die Beschwerdeführerin hat schon im Verfahren vor der Vorinstanz Steuerkorrekturen und damit verbundene Steuernachforderungen der Vor-instanz betreffend Umsatzdifferenzen im Betrag von insgesamt Fr. 2'785.-- (gerundet) nicht bestritten.
Mit den Urteilen des BGer 2C_563/2022 vom 31. Oktober 2022 Erwägung 1.2 und 2C_392/2022 vom 15. November 2022 Erwägungen 3.6 ff. wurde die seitens des Bundesverwaltungsgerichts angestossene Rechtsprechung (vgl. Urteil des BVGer A-4848/2021 vom 1. April 2022 E. 5.2) insoweit fortentwickelt, als dass die Steuerforderung nicht bloss bei teilweiser schriftlicher Anerkennung oder teilweiser vorbehaltloser Bezahlung einer EM teilweise in Rechtskraft erwächst (Art. 43 Abs. 1 Bst. b MWSTG). Vielmehr erwachsen nach der genannten Rechtsprechung auch Verfügungen, Einspracheentscheide oder Urteile im Sinne von Art. 43 Abs. 1 Bst. a MWSTG - insoweit sie nicht oder nicht mehr bestritten sind - partiell in Rechtskraft und bewirken damit die partielle Rechtskraft der ihnen zugrundeliegenden Steuerforderung (vgl. Urteil des BGer 8C_281/2022 vom 24. Oktober 2022 E. 4.1; Urteile des BVGer A-6772/2024 vom 23. Februar 2026 E. 1.4.2.3 m.w.H., A-7188/2023 vom 29. Oktober 2025 E. 1.3.2). In diesem Sinne ist festzuhalten, dass der angefochtene Entscheid im oben bezifferten Umfang (d.h. in Höhe von Fr. 2'785.-- [gerundet]) auch im vorliegenden Beschwerdeverfahren nicht Streitgegenstand bilden kann. Soweit die Beschwerdeführerin diesbezüglich in ihrer Beschwerde die Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheids beantragt (vgl. Ziff. 1 der Eventualanträge; Sachverhalt Bst. E.a), ist darauf nicht einzutreten.
1.4.2.2 Unter den Parteien ist strittig, ob die Steuernachforderung im Betrag von Fr. 23'352.-- für die Steuerperioden 2016 bis 2018 im Zusammenhang mit Vorsteuerkorrekturen in Teilrechtskraft erwachsen ist.
Streitgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens bildete gemäss Verfügung der Vorinstanz vom 15. März 2024 unter anderem eine Steuernachforderung für die Steuerperioden 2016-2020 von Fr. 56'328.-- im Zusammenhang mit Vorsteuerkorrekturen. Mit der Einsprache vom 30. April 2024 beantragte die Beschwerdeführerin die Aufhebung dieser Verfügung und die Festsetzung einer tieferen Steuerforderung für die gesamte Periode 2016 bis 2020 - ein Antrag, der sich rechnerisch nur erklärt, wenn sämtliche Vorsteuerkorrekturen dieser Jahre bestritten werden. Sowohl die Verfügung als auch die Einsprache nahmen ausschliesslich auf die (...)-Angebote Bezug. Erst mit E-Mail vom 7. November 2025 führte die Beschwerdeführerin aus, dass die Leistungen an die Stiftung respektive die Stadt (...) nicht nur die (...)-Angebote - die es erst ab 2019 gebe - umfassten, sondern auch weitere Angebote, welche die Jahre 2016 bis 2018 beträfen.
Die Vorinstanz macht geltend, weder die Einsprache vom 30. April 2024 noch die Eingabe vom 7. November 2025 enthielten eine ausdrückliche Anfechtung der Nachforderungen aus diesen weiteren, in den Jahren 2016 bis 2018 erbrachten Leistungen. Die Einsprache beziehe sich mithin ausschliesslich auf die (...)-bezogenen Nachbelastungen; die übrigen Aufrechnungen seien daher mangels Anfechtung in Rechtskraft erwachsen.
Diesen Ausführungen der Vorinstanz kann aus zwei Gründen nicht gefolgt werden: Erstens ergibt sich bereits aus dem Rechtsbegehren der Einsprache, dass die Höhe der Vorsteuerkorrektur für sämtliche Steuerperioden 2016 bis 2020 bestritten wird: Die beantragte Aufhebung der Verfügung und die verlangte tiefere Steuerforderung lassen sich nur so verstehen, dass alle vorgenommenen Korrekturen angefochten sind. Zweitens richtet sich die materielle Rüge in der Einsprache gegen die von der ESTV vorgenommene Drittpreisermittlung als solche, nicht spezifisch gegen deren Anwendung auf die (...)-Angebote. Da diese Rüge das Verhältnis zwischen steuerbarem und ausgenommenem Umsatz und damit die Höhe der Vorsteuerkorrektur insgesamt betrifft, erfasst sie auch die in den Jahren 2016 bis 2018 erbrachten Leistungen. Die Verfügung vom 15. März 2024 ist demnach im Umfang der gesamten unter der dortigen Ziffer 2.2 vorgenommenen Vorsteuerkorrekturen in Höhe von Fr. 56'328.-- für die Steuerperioden 2016 bis 2020 nicht in Rechtskraft erwachsen.
Da sich die Vorinstanz zur materiellen Frage des Drittpreises bereits klar geäussert hat, rechtfertigt es sich nicht, allein wegen der zu Unrecht angenommenen Teilrechtskraft von einer materiellen Prüfung abzusehen und die Sache zur Wahrung der Instanzenfolge zurückzuweisen.
1.5 Auf die im Übrigen frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 20 i.V.m. Art. 50 Abs. 1 VwVG; Art. 52 Abs. 1 VwVG) ist - unter Vorbehalt des in Erwägung 1.4.2.1 Ausgeführten - einzutreten.
1.6 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Unangemessenheit rügen (Art. 49 Bst. c VwVG).
1.7
1.7.1 Im Beschwerdeverfahren gilt die Untersuchungsmaxime, wonach die entscheidende Behörde den rechtlich relevanten Sachverhalt von sich aus abklären und darüber ordnungsgemäss Beweis führen muss (vgl. Art. 12 VwVG; vgl. auch Art. 81 Abs. 1 MWSTG; für den Bereich der Mehrwertsteuer ausdrücklich: Art. 81 Abs. 2 MWSTG). Dazu gehören nicht nur die steuerbegründenden beziehungsweise die steuererhöhenden, sondern auch die steuermindernden Tatsachen (Urteil des BGer 9C_154/2023 vom 3. Januar 2024 E. 2.3.3; Ralf Imstepf et al., Mehrwertsteuer in a nutshell, 2. Aufl. 2025, S. 175). Die Beschwerdeinstanz nimmt jedoch nicht von sich aus zusätzliche Sachverhaltsabklärungen vor oder untersucht weitere Rechtsstandpunkte, für die sich aus den vorgebrachten Rügen oder den Akten nicht zumindest Anhaltspunkte ergeben (BVGE 2010/64 E. 1.4.1; Urteil des BVGer A-5551/2019 vom 14. Januar 2021 E. 1.4). Allerdings ist vorauszuschicken, dass der Steuerpflichtige aufgrund des Prinzips der modifizierten Selbstveranlagung für die Veranlagung und Entrichtung der MWST grundsätzlich selbst verantwortlich ist (zum Selbstveranlagungsprinzip vgl. hinten E. 4.2.1) und in diesem Zusammenhang bereits die Faktenbasis für die Besteuerung liefern muss. Zwar schliessen die Kontrolle und Prüfung (der Selbstveranlagung) und die behördliche Sachverhaltsermittlung an die Selbstveranlagung an. Allerdings ist die Steuerbehörde bei der Ermittlung der materiellen Wahrheit auf die Mitwirkung des Steuerpflichtigen angewiesen, welcher die Geschäftsvorfälle aus erster Hand kennt und meist über die relevanten Beweismittel verfügt. Ihn trifft deshalb eine entsprechende Mitwirkungspflicht (Art. 13 VwVG; vgl. Imstepf/Seiler, Untersuchung, Mitwirkung und Beweislast in Steuerverfahren der ESTV, in: IFF-Forum für Steuerrecht 2019/3, S. 232 f.). Gerade im Hinblick auf die Beweislastverteilung gemäss Art. 8 des Schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 10. Dezember 1907 (ZGB, SR 210) im Falle der Beweislosigkeit (vgl. hierzu hinten E. 1.7.4) ist zudem vom Steuerpflichtigen zu erwarten, dass er aufgrund seiner Mitwirkungspflicht für ihn günstige Sachverhaltselemente, welche zu einer Minderung der Steuerlast führen, von sich aus vorbringt. Die Mitwirkungspflicht dient in diesem Sinne der Verwirklichung des Untersuchungsgrundsatzes und relativiert diesen gleichzeitig (Urteile des BGer 2C_562/2020 vom 21. Mai 2021 E. 5.2.4.1, 2C_265/2018 vom 19. August 2019 E. 4.1; vgl. Martin Zweifel et al., Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, 3. Aufl. 2024, § 5 N. 11 f.).
1.7.2 Im Mehrwertsteuerrecht gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung (Art. 81 Abs. 3 MWSTG). Demnach ist es unzulässig, Nachweise ausschliesslich vom Vorliegen bestimmter Beweismittel abhängig zu machen. Die Beweiswürdigung endet mit dem Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn die Behörde gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 140 III 610 E. 4.1; Urteil des BVGer A-1450/2021 vom 3. Mai 2022 E. 1.4). Sie ist dabei nicht an förmliche Beweisregeln gebunden, die genau vorschreiben, wie ein gültiger Beweis zu Stande kommt und welchen Beweiswert die einzelnen Beweismittel im Verhältnis zueinander haben (vgl. Urteil des BVGer A-1872/2021 vom 22. November 2022 E. 3.2.3 m.w.H.).
1.7.3 Beim Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht, ist die Frage des Beweismasses (bzw. des Beweisgrades) zu berücksichtigen. Als Regelbeweismass gilt der volle (strikte) Beweis. Dieser ist erbracht, wenn das Gericht am Vorliegen der behaupteten Tatsache keine ernsthaften Zweifel mehr hat oder allenfalls verbleibende Zweifel als leicht erscheinen (BGE 130 III 321 E. 3.2). Verlangt wird ein so hoher Grad der Wahrscheinlichkeit, dass vernünftigerweise mit der Möglichkeit des Gegenteils nicht mehr zu rechnen ist (Urteil des BVGer A-245/2022 vom 14. November 2022 E. 1.4.3). Nicht ausreichend ist dagegen, wenn bloss eine überwiegende Wahrscheinlichkeit besteht, dass sich die behauptete Tatsache verwirklicht hat (BGE 128 III 271 E. 2b/aa; Urteil des BVGer A-5422/2024 vom 4. Februar 2026 E. 1.5.3).
1.7.4 Gelangt das Gericht trotz genügender Abklärung des Sachverhalts unter Respektierung des Untersuchungsgrundsatzes (vorne E. 1.7.1; Urteile des BVGer A-1996/2022 vom 19. Dezember 2022 E. 3.3.2 m.w.H. [bestätigt durch Urteil des BGer 9C_111/2023 vom 16. Mai 2023], A-2572/2010 und A-2574/2010 vom 26. August 2011 E. 1.5) und aufgrund der (freien) Beweiswürdigung (vorne E. 1.7.2) nicht zur Überzeugung, eine rechtserhebliche Tatsache habe sich verwirklicht, so stellt sich die Frage, wer die Folgen der Beweislosigkeit trägt (Art. 8 ZGB; BGE 142 V 389 E. 2.2). Im Steuerrecht gilt grundsätzlich, dass die Steuerbehörde die (objektive) Beweislast für Tatsachen trägt, welche die Steuerpflicht als solche begründen oder die Steuerforderung erhöhen (steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen). Demgegenüber ist die steuerpflichtige Person für die steueraufhebenden und steuermindernden Tatsachen beweisbelastet, das heisst für solche Tatsachen, welche eine Steuerbefreiung oder Steuerbegünstigung bewirken. Die für eine Tatsache beweisbelastete Partei trägt die Folgen der diesbezüglichen Beweislosigkeit (Urteil des BVGer A-1996/2022 vom 19. Dezember 2022 E. 3.3.2 [bestätigt durch Urteil des BGer 9C_111/2023 vom 16. Mai 2023]).
1.8 Der hier zu beurteilende Sachverhalt betrifft die Steuerperioden 2016 bis 2020. Damit kommt das am 1. Januar 2010 in Kraft getretene MWSTG beziehungsweise die dazugehörige Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV, SR 641.201) zur Anwendung. In materieller Hinsicht ist dabei die in den zu beurteilenden Steuerperioden geltende Fassung massgebend (vgl. Art. 112 MWSTG).
2.
2.1 Aus Art. 29 Abs. 1 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101) ergibt sich ein Anspruch auf unbefangene Entscheidträger der Verwaltung (BGE 140 I 326 E. 5.2; Urteil des BGer 1C_309/2024 vom 1. April 2025 E. 3.1 m.w.H.; BVGE 2015/16 E. 3.3.1; Benjamin Schindler, Die Befangenheit der Verwaltung, 2002, S. 237). Anwendbar sind die Ausstandsvorschriften nicht nur auf Personen, welche eine Verfügung zu treffen oder vorzubereiten haben, sondern auf alle Amtsträger, welche an einem Entscheid in irgendeiner Form mitwirken und dabei auf den Ausgang des Verfahrens Einfluss nehmen können, sei es beratend oder instruierend (Breitenmoser/Weyeneth, in: Waldmann/Krauskopf [Hrsg.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 3. Aufl. 2023 [nachfolgend: Praxiskommentar VwVG], Art. 10 N. 29).
2.2 Art. 10 VwVG konkretisiert die allgemeinen Verfahrensvoraussetzungen von Art. 29 Abs. 1 BV, indem er den Ausstand in Verwaltungsverfahren des Bundes regelt (vgl. BGE 132 II 485 E. 4.2). Gemäss Art. 10 VwVG muss eine Person, die eine Verfügung zu treffen oder diese vorzubereiten hat, in den Ausstand treten, wenn sie in der Sache befangen sein könnte. Neben verschiedenen - vorliegend nicht einschlägigen - speziellen Ausstandsgründen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a-c VwVG) statuiert Art. 10 Abs. 1 Bst. d VwVG einen Auffangtatbestand, wonach eine Person in den Ausstand zu treten hat, wenn sie aus anderen Gründen in der Sache befangen sein könnte. Die Generalklausel von Art. 10 Abs. 1 Bst. d VwVG gilt als erfüllt, wenn Tatsachen vorliegen, die das Misstrauen in die Unbefangenheit und damit in die Unparteilichkeit des Amtswalters objektiv rechtfertigen. Auf das subjektive Empfinden der Partei, welche die Befangenheit behauptet, kommt es dabei ebenso wenig an wie darauf, ob tatsächlich eine Befangenheit besteht. Es genügt, dass der Anschein einer solchen durch objektive Umstände und vernünftige Gründe glaubhaft dargetan erscheint. Für verwaltungsinterne Verfahren gilt dabei nicht der gleich strenge Massstab wie gemäss Art. 30 BV und Art. 6 Ziff. 1 der Konvention vom 4. November 1950 zum Schutze der Menschenrechte und Grundfreiheiten (EMRK, SR 0.101) für unabhängige richterliche Behörden (BGE 141 IV 178 E. 3.2.1, 137 II 431 E. 5.2; Urteile des BVGer A-3584/2020 vom 12. April 2021 E. 3.3 m.w.H.).
Unter «andere Gründe» im Sinne von Art. 10 Abs. 1 Bst. d VwVG werden insbesondere die Tatbestände der Vorbefassung subsumiert. Unter Vorbefassung - auch Mehrfachbefassung genannt - versteht man den Umstand, dass sich eine Amtsperson in einem früheren Abschnitt des Verfahrens oder in einem früheren Verfahren mit derselben Streitsache befasst hat und dabei eine ähnliche Frage zu beurteilen hatte (zum Ganzen statt vieler: Urteil des BVGer A-4025/201 vom 3. August 2023 E. 7.4.8; Breitenmoser/Weyeneth, Praxiskommentar VwVG, Art. 10 N. 74). Eine zulässige Mehrfachbefassung liegt vor, wenn das Gesetz vorsieht, dass die verfügende Behörde auch als Einspracheinstanz fungiert (vgl. Urteil des BGer 8C_636/2013 vom 20. Februar 2014 E. 3).
2.3 Gemäss Art. 59 VwVG hat die Zugehörigkeit zur vorinstanzlichen Verwaltungseinheit die Ausstandspflicht im Rechtsmittelverfahren zur Folge. Personen im Dienste der Vorinstanz haben damit in den Ausstand zu treten, und zwar unabhängig davon, ob sie sich persönlich bereits mit dem angefochtenen Entscheid befasst haben und damit vorbefasst im engeren Sinne sind oder nicht (Breitenmoser/Weyeneth, Praxiskommentar VWVG, Art. 59 N. 8).
Art. 59 VwVG hat die Ausstandspflicht im verwaltungsinternen Beschwerdeverfahren zum Gegenstand. Ein solches findet indessen nur noch in spezialgesetzlich vorgesehenen Fällen und Rechtsgebieten statt; im Übrigen ist es im Zuge der Totalrevision der Bundesrechtspflege weitgehend weggefallen. Verfügungen von Bundesbehörden unterliegen heute im Normalfall direkt der Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht (Urteil des BVGer B-143/2015 vom 23. Februar 2015 E. 2.1; Breitenmoser/Weyeneth, Praxiskommentar VWVG, Art. 59 N. 3). Damit bezieht sich Art. 59 VwVG nur noch auf verwaltungsinterne oder -externe Beschwerdeinstanzen im Sinne von Art. 47 Abs. 1 Bst. c und d VwVG (für den vorliegenden Fall ist lediglich Bst. c relevant, welcher festhält, dass ein Bundesgesetz eine andere Instanz als Beschwerdeinstanz vorsehen kann; René Wiederkehr et al., VwVG Kommentar, Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren mit weiteren Erlassen, 2022, Art. 59 N. 2).
2.4 Die Praxis hält fest, dass ein Ausstandsbegehren zwar grundsätzlich in jedem Verfahrensabschnitt zulässig, jedoch unverzüglich nach Kenntnis des entsprechenden Grundes einzureichen ist. Eine verspätete Geltendmachung von Ausstandsgründen verstösst gegen den Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 BV) und führt zur Verwirkung des Anspruchs (vgl. BGE 147 I 173 E. 5.1, 143 V 66 E. 4.3, 136 I 207 E. 3.4 m.w.H.; Urteil des BGer 1B_13/2021 vom 1. Juli 2021 E. 2, in welchem eine Geltendmachung des Ausstandsgrundes nach 20 Tagen als verspätet erachtet wurde; Urteile des BVGer B-913/2025 vom 28. Januar 2026 E. 5.3.3 m.w.H., A-5235/2018 vom 22. April 2020 E. 4.3; Breitenmoser/Weyeneth, Praxiskommentar VwVG, Art. 10 N. 109).
3. Vorab ist die formelle Rüge der Beschwerdeführerin zu behandeln, wonach die Vorinstanz ihre Ausstandspflicht verletzt habe.
3.1 Zunächst ist darauf einzugehen, ob vorliegend die Regelung zum Ausstand gemäss Art. 59 VwVG anwendbar ist. Diese setzt voraus, dass die Vorinstanz im Einspracheverfahren als Beschwerdeinstanz im Sinne von Art. 47 Abs. 1 Bst. c VwVG entscheidet, mithin als einer der verfügenden Behörde übergeordnete Instanz.
Die Einsprache ist gemäss Art. 83 MWSTG bei der gleichen Instanz - der ESTV - einzureichen, die gemäss Art. 82 MWSTG auch die Verfügung erlassen hat. Sie richtet sich damit nicht an eine übergeordnete Behörde, sondern führt zu einer erneuten Prüfung durch die verfügende Behörde selbst. Demnach ist die Einsprache nach Art. 83 MWSTG kein devolutives Rechtsmittel (vgl. statt vieler: Urteil des BVGer A-553/2021 vom 8. Februar 2022 E. 1.1); der Einspracheentscheid ersetzt die Verfügung gemäss Art. 82 MWSTG und schliesst das Verwaltungsverfahren ab. Mangels devolutiver Wirkung entscheidet die Vorinstanz im Einspracheverfahren gemäss Art. 83 MWSTG nicht als Beschwerdeinstanz im Sinne von Art. 47 Abs. 1 Bst. c VwVG. Vor diesem Hintergrund ist der Vorinstanz zuzustimmen, dass Art. 59 VwVG auf das Einspracheverfahren der ESTV gemäss Art. 83 MWSTG keine Anwendung findet (vorne E. 2.3).
3.2 Damit ist zu prüfen, ob die Vorinstanz Art. 10 Abs. 1 Bst. d VwVG verletzt hat, indem die Verfahrensführung sowohl bei der Verfügung vom 15. März 2024 als auch beim Einspracheentscheid vom 11. März 2026 den gleichen Personen oblag.
Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zählen Einspracheverfahren, in denen die Einsprache von der Behörde beurteilt wird, die bereits die Verfügung erlassen hat, zum originären Verwaltungsverfahren. Innerhalb des originären Verwaltungsverfahrens lässt sich kein allgemeiner Ausstandsgrund begründen, nur weil eine bestimmte Person sich bereits mit der Sache befasst hat. Es ist daher gemäss Bundesgericht nicht nur zulässig, sondern kommt häufig vor, dass dieselbe Person, welche die Verfügung erlassen hat, diese auf Einsprache hin erneut überprüft (Urteil des BGer 8C_636/2013 vom 20. Februar 2014 E. 3; vorne E. 2.2). Vor dem Hintergrund dieser Rechtsprechung stellt die vorliegende Mehrfachbefassung keine Verletzung der Ausstandspflicht dar.
Es ist ausserdem bereits fraglich, ob die Beschwerdeführerin die Rüge der Befangenheit nach der geschilderten Praxis (vorne E. 2.4) verspätet vorgebracht hat und damit gegen Treu und Glauben verstösst. Die Beschwerdeführerin hatte am 10. Oktober 2025 Kenntnis davon, dass derselbe Sachbearbeiter auch im Einspracheverfahren die Streitsache betreut. Die Beschwerdeführerin brachte ihre Bedenken jedoch nicht sogleich nach Kenntnisnahme dieses Schreibens vom 10. Oktober 2025 zum Ausdruck, sondern rügte die Befangenheit erst mehr als 6 Monate später im Rahmen ihrer Beschwerde vom 27. April 2026 gegen den Einspracheentscheid der Vorinstanz vom 11. März 2026.
Der Hauptantrag der Beschwerdeführerin auf Aufhebung des Einspracheentscheids wegen Befangenheit und Rückweisung der Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz ist somit abzuweisen (vgl. Sachverhalt Bst. E.a).
4.
4.1 Der Bund erhebt eine allgemeine Verbrauchssteuer nach dem System der Netto-Allphasensteuer mit Vorsteuerabzug (Mehrwertsteuer; Art. 130 BV; Art. 1 Abs. 1 MWSTG). Die Steuer wird auf den im Inland von steuerpflichtigen Personen gegen Entgelt erbrachten Leistungen (Inlandsteuer), auf dem Bezug von Leistungen von Unternehmen mit Sitz im Ausland durch Empfänger und Empfängerinnen im Inland (Bezugsteuer) und auf Einfuhren von Gegenständen (Einfuhrsteuer) erhoben (Art. 1 Abs. 2 MWSTG). Die Erhebung erfolgt nach den Grundsätzen der Wettbewerbsneutralität, der Wirtschaftlichkeit der Entrichtung und der Erhebung und der Überwälzbarkeit (Art. 1 Abs. 3 MWSTG; zum Ganzen statt vieler: Urteil des BVGer A-2668/2019 vom 6. April 2021 E. 2.1 m.w.H.).
4.2
4.2.1 Die Veranlagung und Entrichtung der Inlandsteuer erfolgt nach dem Selbstveranlagungsprinzip. Die steuerpflichtige Person stellt dabei eigenständig fest, ob sie die Voraussetzungen der subjektiven Steuerpflicht (Art. 10 und 66 MWSTG) erfüllt, ermittelt die Steuerforderung selber (Art. 71 MWSTG) und begleicht diese innerhalb von 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode (Art. 86 Abs. 1 MWSTG). Das Selbstveranlagungsprinzip bedeutet somit, dass der Leistungserbringer selbst für die Feststellung der Mehrwertsteuerpflicht bzw. -forderung verantwortlich ist (vgl. BGE 140 II 202 E. 5.4; Urteile des BVGer A-1418/2018 vom 24. April 2019 E. 2.2, A-2788/2018 vom 27. September 2018 E. 2.6; nichts daran ändert, dass neuere deutschsprachige Bundesgerichtsentscheide von «modifizierter Selbstveranlagung» sprechen [BGE 144 I 340 E. 2.2.1 m.w.H.]).
4.2.2 Die ESTV kann bei steuerpflichtigen Personen Kontrollen durchführen (Art. 78 MWSTG; Urteil des BGer 2C_326/2015 vom 24. November 2016 E. 3.2). Diese werden mit einer Einschätzungsmitteilung abgeschlossen, welche den Umfang der Steuerforderung in der kontrollierten Steuerperiode und die steuerliche Nachbelastung beziehungsweise Steuergutschrift festhält (Art. 78 Abs. 5 MWSTG; vgl. Béatrice Blum, in: Geiger/Schluckebier [Hrsg.], MWSTG Kommentar, 2. Aufl. 2019 [nachfolgend: MWSTG Kommentar 2019], Art. 78 N. 46). Die ESTV hat die Steuerforderung für die betreffende Steuerperiode im Rahmen ihrer Einschätzungsmitteilung umfassend zu prüfen (Urteil des BGer 2C_190/2015 vom 27. Juli 2015 E. 2.2).
4.3
4.3.1 Eine Leistung, die von der Steuer ausgenommen ist und für deren Versteuerung nicht nach Art. 22 MWSTG optiert wird, ist nicht steuerbar (Art. 21 Abs. 1 MWSTG).
4.3.2 Gemäss Art. 21 Abs. 2 Ziff. 8 MWSTG (in der bis zum 31. Dezember 2017 geltenden Fassung [AS 2009 5203]) waren Leistungen, die von Einrichtungen der Sozialhilfe und der sozialen Sicherheit erzielt werden, Leistungen von gemeinnützigen Organisationen der Krankenpflege und der Hilfe zu Hause (Spitex) und von Alters-, Wohn- und Pflegeheimen von der Steuer ausgenommen. Gemäss Art. 21 Abs. 2 Ziff. 8 MWSTG (in der vom 1. Januar 2018 bis zum 31. Dezember 2024 geltenden Fassung [AS 2017 3575]) waren Leistungen von Einrichtungen der Sozialhilfe und der sozialen Sicherheit, von gemeinnützigen Organisationen der Krankenpflege und der Hilfe zu Hause (Spitex) und von Alters-, Wohn- und Pflegeheimen von der Steuer ausgenommen.
4.4
4.4.1 Die Steuer wird vom tatsächlich empfangenen Entgelt berechnet (Art. 24 Abs. 1 MWSTG). Das Entgelt stellt nicht nur Tatbestandselement des Steuerobjekts dar, sondern bildet auch die Bemessungsgrundlage der Mehrwertsteuer (statt vieler: Urteil des BVGer A-620/2024 vom 13. August 2025 [zur Publikation vorgesehen] E. 2.4 m.w.H.). Die Bemessungsgrundlage richtet sich nach dem tatsächlich, aufgrund der subjektiven Bewertung geleisteten und empfangenen Entgelt und nicht etwa nach dem objektiven Marktwert der Leistung (Urteil des BGer 2C_1021/2020 vom 28. Juli 2021 E. 5.2; Diego Clavadetscher, in: Martin Zweifel et al [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2. Aufl. 2025 [nachfolgend: MWSTG Kommentar 2025], Art. 24 N. 7).
4.4.2 Der Grundsatz gemäss Abs. 1 wird durch Art. 24 Abs. 2 MWSTG eingeschränkt. Danach gilt im Fall einer Lieferung oder Dienstleistung an eine eng verbundene Person (sogleich E. 4.4.3) als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Diese Bestimmung entspricht dem im Steuerrecht bekannten Grundsatz des Drittvergleichs (sog. «dealing at arm's length»; vgl. BGE 142 II 488 E. 3.5.2; Urteile des BVGer A-3493/2023 vom 27. Februar 2024 E. 2.2.2, A-4155/2021 vom 31. Mai 2022 E. 2.4.2, A-2490/2020 vom 18. November 2020 E. 2.2.2; Felix Geiger, MWSTG Kommentar 2019, Art. 24 N. 12).
4.4.3 Gemäss Art. 3 Bst. h MWSTG (in der bis zum 31. Dezember 2017 geltenden Fassung [AS 2009 5203]) galten als «eng verbundene Personen» die Inhaber und Inhaberinnen von massgebenden Beteiligungen an einem Unternehmen oder ihnen nahe stehende Personen. Eine massgebende Beteiligung lag vor, wenn die Schwellenwerte im Sinne von Art. 69 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) überschritten wurden oder wenn eine entsprechende Beteiligung an einer Personengesellschaft vorlag (Urteil des BVGer A-4155/2021 vom 31. Mai 2022 E. 2.4.1 m.w.H.). Seit dem 1. Januar 2018 gelten die Inhaber und Inhaberinnen von mindestens 20 % des Stamm- oder Grundkapitals eines Unternehmens oder von einer entsprechenden Beteiligung an einer Personengesellschaft oder ihnen nahestehende Personen als eng verbundene Personen (Art. 3 Bst. h Ziff. 1 MWSTG [in der ab 1. Januar 2018 geltenden Fassung]). Als eng verbundene Personen gelten auch Stiftungen und Vereine, zu denen eine besonders enge wirtschaftliche, vertragliche oder personelle Beziehung besteht; nicht als eng verbundene Personen gelten Vorsorgeeinrichtungen (Art. 3 Bst. h Ziff. 2 MWSTG [in der ab 1. Januar 2018 geltenden Fassung]). Als nahe stehende Personen gelten etwa verwandtschaftlich verbundene natürliche Personen (Familienmitglieder und Verwandte), aber auch Schwesterngesellschaften oder Grossmuttergesellschaften. Von Schwesterngesellschaften ist die Rede, wenn zwei Unternehmen vom gleichen Beteiligungsinhaber (meist eine Muttergesellschaft) beherrscht werden (Clavadetscher, MWSTG Kommentar 2025, Art. 3 N. 156, N. 158 und N. 179).
4.4.4 Die Anwendbarkeit dieses Drittvergleichs bedingt eine Leistung zu einem Vorzugspreis, also zu einem Entgelt, welches nicht mit dem Preis übereinstimmt, den ein unabhängiger Dritter zu bezahlen hätte (sog. «Drittpreis»; vgl. Urteile des BVGer A-3493/2023 vom 27. Februar 2024 E. 2.2.4, A-2304/2019 vom 20. April 2020 E. 2.2.4.3). Im Weiteren muss es sich beim Empfänger der Leistung um eine eng verbundene Person im Sinne von Art. 3 Bst. h MWSTG (vorne E. 4.4.3) handeln (Urteil des BVGer A-4190/2020 und A-4195/2020 vom 15. Dezember 2021 E. 3.2.3).
4.4.5 Rechtsfolge einer solchen Leistung zu einem Vorzugspreis an eine eng verbundene Person ist, dass für die Bemessung der Mehrwertsteuer eine besondere (fiktive) Bemessungsgrundlage herangezogen wird. Die Leistung wird auf den Wert korrigiert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Massgebend ist der Drittpreis, das heisst der Preis, den ein Dritter der gleichen Abnehmerkategorie auf dem Markt üblicherweise für dieselbe Leistung zu bezahlen hätte («le principe de pleine concurrence», «dealing at arm's length»; BGE 140 II 88 E. 4.1, 138 II 545 E. 3.2; Urteile des BGer 2C_343/2019 vom 27. September 2019 E. 4.3, 2C_970/2012 vom 1. April 2013 E. 3.1, 2C_778/2008 vom 8. April 2009 E. 3.1; zum Ganzen auch: Urteile des BVGer A-3493/2023 vom 27. Februar 2024 E. 2.2.5, A-2490/2020 vom 18. November 2020 E. 2.2.4, A-2137/2018 vom 15. Januar 2020 E. 3). Um diesen sogenannten Drittpreis zu bestimmen, können die Methoden, die auch bei den direkten Steuern Anwendung finden, herangezogen werden. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung erweisen sich hierzu etwa die Kostenaufschlags- («Cost Plus Method»), die Preisvergleichs- («Comparable Uncontrolled Price Method») und die Wiederverkaufspreismethode («Resale Price Method») als zulässig (Urteile des BGer 2C_403/2022 vom 12. Dezember 2022 E. 6.2, 2C_443/2020 vom 8. Oktober 2020 E. 3.2.2; Urteil des BVGer A-4155/2021 vom 31. Mai 2022 E. 2.4.3 m.w.H.; vgl. Clavadetscher, MWSTG Kommentar 2025, Art. 24 N. 61 m.w.H.). Dieser Drittpreis ist in den meisten Fällen kein exakter Wert, sondern kann nur annäherungsweise bestimmt werden (Urteil des BGer 2C_403/2022 vom 12. Dezember 2022 E. 6.2.1; Urteil des BVGer A-2137/2018 vom 15. Januar 2020 E. 3 m.w.H.).
4.4.6 Die ESTV hat zur Ermittlung des Drittpreises grundsätzlich eine Schätzung des Werts durchzuführen und sich dabei an die im Zusammenhang mit der Ermessenseinschätzung von Art. 79 Abs. 1 MWSTG entwickelten Prinzipien und Kriterien zu halten. Dies gilt insbesondere für die Rechte und Pflichten der ESTV bei einer Veranlagung, für die Möglichkeit der steuerpflichtigen Person, die Veranlagung anzufechten, sowie für die Zurückhaltung, die das Bundesverwaltungsgericht bei der Überprüfung der Richtigkeit der Veranlagung an den Tag legt (Urteil des BGer 2C_403/2022 vom 12. Dezember 2022 E. 6.2.1; Urteil des BVGer A-2490/2020 vom 18. November 2020 E. 2.2.5 [bestätigt durch Urteil des BGer 2C_27/2021 vom 5. Oktober 2021] m.w.H.; zur [eingeschränkten] Prüfungsdichte bei Ermessensveranlagungen vgl. BGE 151 II 289 E. 3.3 f.). Letzteres bedeutet namentlich, dass das Bundesverwaltungsgericht grundsätzlich nur dann sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen der Vorinstanz setzt, wenn dieser bei der Schätzung erhebliche Ermessensfehler unterlaufen sind. Aus den bei der Ermessenseinschätzung geltenden Grundsätzen ist ferner abzuleiten, dass die ESTV für das Vorliegen der Voraussetzungen einer Schätzung des Drittpreises nach der allgemeinen Beweislastregel beweisbelastet ist (vorne E. 1.7.2 f.). Sind die Voraussetzungen für eine Schätzung des Werts erfüllt («erste Stufe») und erscheint die vorinstanzliche Schätzung nicht bereits im Rahmen der durch das Bundesverwaltungsgericht mit der gebotenen Zurückhaltung vorzunehmenden Prüfung als pflichtwidrig («zweite Stufe»), obliegt es in Umkehr der allgemeinen Beweislast der Steuerpflichtigen, den Nachweis für die Unrichtigkeit der Schätzung zu erbringen («dritte Stufe»; zum Ganzen: Urteile des BVGer A-4347/2022 vom 26. April 2024 E. 2.3.6, A-3493/2023 vom 27. Februar 2024 E. 2.2.5 m.w.H.).
4.5
4.5.1 Gemäss Art. 28 Abs. 1 Bst. a MWSTG kann die steuerpflichtige Person im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt von Art. 29 und Art. 33 MWSTG, die ihr in Rechnung gestellte Inlandsteuer als Vorsteuer abziehen.
4.5.2 Die Inlandsteuer gilt gemäss Art. 59 Abs. 1 MWSTV als in Rechnung gestellt, wenn der Leistungserbringer oder die Leistungserbringerin für den Leistungsempfänger oder die Leistungsempfängerin von diesem oder dieser erkennbar die Mehrwertsteuer eingefordert hat. Die Leistungsempfängerin muss nicht prüfen, ob die Mehrwertsteuer von ihr zu Recht eingefordert wurde. Weiss sie aber, dass die Person, die ihr die Mehrwertsteuer überwälzt hat, nicht als steuerpflichtige Person im MWST-Register eingetragen ist, so ist der Vorsteuerabzug ausgeschlossen (Art. 59 Abs. 2 MWSTV). Auch bezüglich der Eintragung als steuerpflichtige Person besteht keine Prüfpflicht für die Leistungsempfängerin, da ein positives Wissen gefordert ist. Der Ausschluss des Vorsteuerabzugs nach Art. 59 Abs. 2 MWSTV letzter Satz dürfte sich gemäss Lehre auf Verhältnisse zwischen eng verbundenen Personen im Sinne von Art. 3 Bst. h MWSTG (vorne E. 4.4.3) fokussieren und ist als kodifizierte Missbrauchsbestimmung zu werten (Ivo P. Baumgartner et al., Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 7 Rz. 21, Baumgartner, Der Vorsteuerabzug im neuen Mehrwertsteuerrecht, in: Der Schweizer Treuhänder [ST] 5/2010, S. 258 ff., S. 261).
Das Risiko, dass die eingeforderte Steuer nicht abgeliefert wurde, liegt jedoch in der Risikosphäre des Staates, welcher die Steuer erhebt und nicht in der Risikosphäre desjenigen, welcher die Steuer bezahlt und auf seinen Anspruch auf Vorsteuerabzug vertraut (Urteil des BGer 2C_208/2013 vom 28. April 2014 E. 3.2.9; Urteil des BVGer A-3704/2024 vom 25. März 2026 E. 6.1.1; Erläuterungen des Bundesrates zur Mehrwertsteuerverordnung, Art. 59 Abs. 2 MWSTV, S. 24; Blum, MWSTG-Kommentar 2019, Art. 28 N. 13). Eine Rechnung, in der die Mehrwertsteuer ausgewiesen ist, berechtigt daher zum Vorsteuerabzug, auch wenn die Steuer nicht abgeliefert wird oder zu hoch ausgewiesen ist (Blum, MWSTG-Kommentar 2025, Art. 27 N. 1). Dem Nachweis der Bezahlung durch die Leistungsempfängerin als materielle Voraussetzung für den Vorsteuerabzug nach Art. 28 Abs. 3 (in der ab 1. Januar 2018 geltenden Fassung) beziehungsweise 4 (in der bis zum 31. Dezember 2017 geltenden Fassung [AS 2009 5203]) MWSTG kommt hingegen erhöhte Bedeutung zu (vgl. hinten E. 4.5.4; Benno Suter, MWSTG-Kommentar 2025, Art. 28 N. 32).
4.5.3 Das Vorhandensein einer Rechnung, die den gesetzlichen Anforderungen entspricht, ist im Gegensatz zum alten Mehrwertsteuergesetz (Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer [aMWSTG, AS 2000 1300]; vgl. Art. 38 Abs. 1 Bst. a aMWSTG) keine zwingende materiellrechtliche Voraussetzung mehr für den Vorsteuerabzug. Der Grundsatz der Beweisfreiheit erlaubt es der steuerpflichtigen Person, mit anderen Mitteln zu beweisen, dass ihr die Steuer in Rechnung gestellt wurde (Urteil des BGer 2C_33/2014 vom 27. Juli 2015 E. 2.3.2; Botschaft vom 25. Juni 2008 zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer, BBl 2008 6885 ff. [nachfolgend: Botschaft zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer], 6934 f. und 6974 f.; Suter, MWSTG-Kommentar 2025, Art. 28 N. 31 und 40), beispielsweise durch die Vorlage von Quittungen oder Verträgen mit den Leistungserbringern, in denen der Steuersatz für die von diesen bezogenen Leistungen angegeben ist (vgl. Urteil des BVGer A-3704/2024 vom 25. März 2026 E. 6.1.1). Dies ändert jedoch nichts am beweisrechtlichen Grundsatz, wonach die Steuerpflichtige behauptete steuermindernde Tatsachen beweisen muss (vorne E. 1.7.4; Botschaft zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer, 6975).
Der Rechnung kommt im Mehrwertsteuerrecht aber weiterhin eine über den reinen Buchungsbeleg hinausgehende Bedeutung zu. Sie stellt ein wichtiges Indiz dafür dar, dass die Ausstellerin auch Leistungserbringerin ist und die mehrwertsteuerlich relevante Handlung tatsächlich stattgefunden hat (Urteil des BVGer A-1996/2022 vom 19. Dezember 2022 E. 5.1 m.w.H. [bestätigt durch Urteil des BGer 9C_111/2023 vom 16. Mai 2023 E. 6]). Bei der Leistungsempfängerin bildet der Rechnungsbeleg regelmässig die Basis, jedoch nicht die Voraussetzung, für den Vorsteuerabzug und damit für die Rückforderung der auf der bezogenen Leistung lastenden Mehrwertsteuer (Urteil des BVGer A-5186/2019 vom 28. August 2020 E. 3.2.2; vgl. Baumgartner et al., a.a.O., § 7 Rz. 3 ff.). Wie nach altem Recht berechtigt nicht jede Rechnung, die die gesetzlich vorgeschriebenen Angaben enthält, zwangsläufig zum Vorsteuerabzug (vgl. Urteil des BVGer A-279/2014 vom 17. November 2014 E 3.2). Der Beweiswert eines solchen Dokuments muss konkret und unter Berücksichtigung aller Umstände des Einzelfalls nach dem Grundsatz der freien Beweiswürdigung (vorne E. 1.7.2) beurteilt werden. Im Zweifelsfall ist es Sache der Behörde, festzustellen, ob der Nachweis der Überwälzung der Vorsteuer durch andere Dokumente und Belege erbracht wurde (Urteil des BVGer A-1996/2022 vom 19. Dezember 2022 E. 5.1 [bestätigt durch Urteil des BGer 9C_111/2023 vom 16. Mai 2023 E. 6]).
4.5.4 Der Abzug der Vorsteuer nach Art. 28 Abs. 1 MWSTG ist nur zulässig, wenn die steuerpflichtige Person nachweist, dass sie die Vorsteuer tatsächlich bezahlt beziehungsweise wirtschaftlich tatsächlich getragen hat (Art. 28 Abs. 3 [in der ab 1. Januar 2018 geltenden Fassung] bzw. 4 [in der bis zum 31. Dezember 2017 geltenden Fassung {AS 2009 5203} MWSTG). Dieser Nachweis ist an keine besondere Form gebunden (Blum, MWSTG-Kommentar 2019, Art. 28 N. 38). Eine Rechnung ist zwar ein wichtiges Indiz dafür, dass die Leistungserbringerin die Mehrwertsteuer an die Leistungsempfängerin überwälzt hat (vorne E. 4.5.3), sie sagt jedoch grundsätzlich nichts darüber aus, ob die Leistungsempfängerin die Vorsteuern an die Leistungserbringerin bezahlt hat. Der Nachweis hierfür wird in der Regel durch Buchungs- und Zahlungsbelege erbracht. In diesem Zusammenhang obliegt es dem Steuerpflichtigen im Rahmen seiner Mitwirkungspflicht (vorne E. 1.7.1), die ihm zur Verfügung stehenden Unterlagen einzureichen, gegebenenfalls auch im Beschwerdeverfahren. Die ESTV ist nicht verpflichtet, die Belege für das Recht auf Vorsteuerabzug zu suchen (vgl. Urteile des BVGer A-3704/2024 vom 25. März 2026 E. 6.1.3, A-1007/2024 vom 15. Dezember 2025 E. 5.1.1, A-1705/2023 vom 24. Mai 2024 E. 4.3.2).
Kann die steuerpflichtige Person nicht nachweisen, dass sie die ihr in Rechnung gestellte Mehrwertsteuer bezahlt hat oder kommt es gar nie zur Entrichtung der Vorsteuer, ist der Abzug der entsprechenden Beträge als Vorsteuer zu verweigern beziehungsweise wieder rückgängig zu machen (Urteile des BVGer A-343/2024 vom 16. April 2025 E. 2.5.4, A-1996/2022 vom 19. Dezember 2022 E. 5.2 [bestätigt durch Urteil des BGer 9C_111/2023 vom 16. Mai 2023 E. 6]).
4.5.5 Gemäss Art. 29 Abs. 1 MWSTG besteht kein Anspruch auf Vorsteuerabzug bei Leistungen und bei der Einfuhr von Gegenständen, die für die Erbringung von Leistungen, die von der Steuer ausgenommen sind und für deren Versteuerung nicht optiert wurde, verwendet werden.
4.5.6
4.5.6.1 Verwendet die steuerpflichtige Person vorsteuerbelastete Leistungen sowohl für Zwecke, die zum Vorsteuerabzug berechtigen, als auch für andere Zwecke (sog. gemischte Verwendung), so hat sie den Vorsteuerabzug nach dem Verhältnis der Verwendung zu korrigieren (vgl. Art. 30 Abs. 1 MWSTG). Das MWSTG enthält keine detaillierte Regelung zum Vorgehen bei der Vorsteuerabzugskorrektur infolge gemischter Verwendung. Die Vorsteuerabzugskorrektur hat jedenfalls im Einzelfall «sachgerecht» zu sein (Art. 68 Abs. 1 und 2 MWSTV). Als sachgerecht erachtet wird «jede Anwendung einer oder mehrerer Methoden, die den Grundsatz der Erhebungswirtschaftlichkeit berücksichtigt, betriebswirtschaftlich nachvollziehbar ist und die Vorsteuern nach Massgabe der Verwendung für eine bestimmte Tätigkeit zuteilt» (Art. 68 Abs. 2 MWSTV).
4.5.6.2 Die Korrektur des Vorsteuerabzuges kann gemäss Art. 65 MWSTV berechnet werden nach dem effektiven Verwendungszweck (Bst. a), anhand von Pauschalmethoden mit von der ESTV festgelegten Pauschalen (Bst. b) oder gestützt auf eigene Berechnungen (Bst. c) (vgl. [noch zum aMWSTG] Urteil des BGer 2C_1095/2018 vom 19. September 2019 E. 7.3; ausführlich zu den einzelnen Methoden ferner: Urteile des BVGer A-6050/2024 vom 5. November 2025 E. 2.6.2, A-6253/2018 vom 10. Dezember 2019 E. 2.4.1 und 2.4.2 ff.).
4.5.6.3 Bei der effektiven Methode (Art. 65 Bst. a MWSTV) wird die Korrektur entsprechend dem Verhältnis der effektiven Verwendung vorgenommen. Die ESTV versteht hierunter gemäss ihrer Praxis namentlich die sogenannte 3-Topf-Methode. Demnach werden die Vorsteuern soweit wie möglich direkt zugeordnet; die nicht direkt zuordenbaren Aufwendungen werden nach betrieblich motivierten Schlüsseln umgelegt (Urteil des BVGer A-5126/2020 vom 1. September 2021 E. 3.4.5.3).
4.5.6.4 Bei den eigenen Berechnungen (Art. 65 Bst. c MWSTV) kommt nach Praxis der ESTV namentlich die 3-Topf-Methode in verschiedenen Varianten oder die Anwendung der Methode Umsatzschlüssel in Frage. Nach der bereits in Erwägung 4.5.6.3 erwähnten 3-Topf-Methode sind sämtliche Vorsteuern in drei Töpfe aufzuteilen. Vorsteuern, die Tätigkeiten zugeordnet werden können, die vollumfänglich zum Vorsteuerabzug berechtigen, gehören in den Topf A, während Vorsteuern, die nicht zum Vorsteuerabzug berechtigenden Tätigkeiten zuordenbar sind, dem Topf B zuzuweisen sind. Vorsteuern, die weder Topf A noch Topf B zugeordnet werden können, sondern gemischt verwendet werden, sind dem Topf C zuzuordnen. Die sich in Topf C befindlichen Vorsteuern werden sodann nach einem oder mehreren Schlüsseln korrigiert, welche auf betrieblich-objektiven Kriterien beruhen (z.B. Fläche, Volumen, Umsätze, Arbeitszeit des Personals, Lohnsumme, Bruttogewinne). Bei der Methode Umsatzschlüssel wird hingegen auf eine Direktzuteilung der Vorsteuern (in die Töpfe A und B) verzichtet und die Vorsteuerabzugskorrektur auf sämtlichen Aufwendungen und Investitionen entsprechend der Zusammensetzung des massgebenden Gesamtumsatzes vorgenommen (Ziff. 4.5.2 in der hier anwendbaren seit 1. Januar 2010 geltenden Fassung bzw. Ziff. 3.3.3 in der heute geltenden Fassung [publiziert am 31. Oktober 2025] der MWST-Info 09 «Vorsteuerabzug und Vorsteuerkorrekturen»; Clavadetscher/Imstepf, MWSTG Kommentar 2025, Art. 30 N. 25a).
4.5.6.5 Hat die ESTV eine Vorsteuerabzugskorrektur vorzunehmen, beispielsweise weil die steuerpflichtige Person eine solche unterlassen hat, steht ihr bei der Wahl der anzuwendenden Methode ein weiter Ermessensspielraum zu. Vom Gericht ist dann nur zu prüfen, ob die gewählte Methode sachgerecht ist und ob sich die Verwaltung bei der vorgenommenen Vorsteuerabzugskorrektur innerhalb ihres Ermessensspielraums bewegt hat (vgl. Urteil des BVGer A-6253/2018 vom 10. Dezember 2019 E. 2.4.3; Clavadetscher/Imstepf, MWSTG Kommentar 2025, Art. 31 N. 57 f.). Insbesondere setzt das Gericht nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle des Ermessens der ESTV. Ist eine Vorsteuerabzugskorrektur durch die ESTV zu Recht erfolgt und erscheint diese nicht bereits im Rahmen der durch das Bundesverwaltungsgericht mit der gebotenen Zurückhaltung vorzunehmenden Prüfung als pflichtwidrig, obliegt es der steuerpflichtigen Person, darzutun und nachzuweisen, dass die vorgenommene Korrektur offensichtlich nicht sachgerecht ist (vgl. statt vieler: Urteil des BVGer A-2740/2018 vom 15. April 2019 E. 4.1).
5. Im vorliegenden Fall ist die Zulässigkeit des Vorsteuerabzugs auf dem Marktmietzins und den Nebenkosten (sogleich E. 5.1), die Höhe der Vorsteuerkorrektur infolge gemischter Verwendung (hinten E. 5.2) sowie die Zulässigkeit des Vorsteuerabzugs auf dem Materialaufwand für steuerbare Leistungen (hinten E. 5.3) strittig.
Vorab ist festzuhalten, dass unbestritten ist, dass es sich bei der Stiftung und der Beschwerdeführerin um eng verbundene Personen im Sinne von Art. 3 Bst. h MWSTG (beide vorliegend anwendbare Fassungen) handelt (vgl. vorne E. 4.4.3).
5.1
5.1.1 Im Zusammenhang mit dem nicht gewährten Vorsteuerabzug auf dem Marktmietzins und den Nebenkosten hat sich unbestrittenermassen folgender Sachverhalt zugetragen: Die Stiftung vermietete der Beschwerdeführerin in den Steuerperioden 2019 und 2020 Büroräumlichkeiten und optierte für die erzielten Mieteinnahmen. Sie unterliess es jedoch, der Beschwerdeführerin für die Marktmiete den Drittpreis in Rechnung zu stellen und zu deklarieren; die Nebenkosten wurden der Beschwerdeführerin zwar ohne Mehrwertsteuer in Rechnung gestellt, von der Stiftung jedoch nicht als steuerbare Einnahmen deklariert. Aufgrund dieser Differenz zwischen den deklarierten und effektiv erzielten Einnahmen erhob die Vorinstanz bei der Stiftung eine Steuernachforderung von Fr. 13'109.-- (Ziff. 1 und 2 der EM Nr. [...] betr. die Stiftung [Beschwerdebeilage {BB} 10]). Im Rahmen der Kontrolle bei der Beschwerdeführerin schrieb die Vorinstanz der Beschwerdeführerin diesen Betrag gut (vgl. Ziff. 2 des Beiblatts der EM). Sowohl in der Verfügung als auch im Einspracheentscheid verweigerte die Vorinstanz der Beschwerdeführerin diesen Vorsteuerabzug in Höhe von Fr. 13'109.-- jedoch gestützt auf Art. 28 Abs. 3 (in der ab 1. Januar 2018 geltenden Fassung) bzw. Abs. 4 MWSTG (in der bis 31. Dezember 2017 geltenden Fassung), weil die Vorsteuer weder überwälzt (in Rechnung gestellt) noch bezahlt worden sei.
5.1.2 Es ist unbestritten, dass für den Marktmietzins keine Rechnungen oder anderweitige Dokumente - wie Quittungen oder Verträge mit der Stiftung, in denen der Steuersatz für die von dieser bezogenen Leistung angegeben ist - vorliegen. Was die Nebenkosten betrifft, wurden diese der Beschwerdeführerin zwar durch die Stiftung in Rechnung gestellt, jedoch ohne die Mehrwertsteuer zu überwälzen. Daran ändert nichts, dass bei der Steuernachforderung im Rahmen der EM Nr. (...) betreffend die Stiftung (BB 10) der für die Nebenkosten in Rechnung gestellten Betrag als inklusive MWST betrachtet worden ist: Diese blosse Berechnungsgrundlage für die Nachbelastung im Verhältnis zwischen der Vorinstanz und der Stiftung sagt nichts darüber aus, ob die Mehrwertsteuer der Beschwerdeführerin als Leistungsempfängerin auch erkennbar überwälzt worden ist. Die Beschwerdeführerin scheitert somit an dem Nachweis, dass die Stiftung als Leistungserbringerin die Mehrwertsteuer gemäss Art. 59 Abs. 1 MWSTV für sie als Leistungsempfängerin erkennbar eingefordert hat (vgl. für ähnliche Fälle: Urteile des BVGer A-3704/2024 vom 25. März 2026 E. 8.1.3, A-2814/2023 vom 19. April 2024 E. 7.1.2 [bestätigt durch Urteil des BGer 9C_302/2024 vom 27. November 2024], A-5186/2019 vom 28. August 2020 E. 5.3.2). Bereits deshalb steht ihr im Zusammenhang mit den strittigen Vorsteuern in Höhe von Fr. 13'109.-- nach Art. 28 Abs. 1 Bst. a MWSTG keinen Anspruch auf Vorsteuerabzug zu (vorne E. 4.5.2 f.). Es ist damit nicht weiter zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin die Vorsteuern - als weitere Voraussetzung für den Vorsteuerabzug (vorne E. 4.5.4) - auch tatsächlich bezahlt hat. Ergänzend ist anzumerken, dass die Beschwerdeführerin zumindest in Bezug auf den Marktmietzins selbst ausgeführt hat, diesen nicht bezahlt zu haben (Beschwerde, S. 12, Rz. 49). Im Zusammenhang mit den Nebenkosten ist sodann nicht klar, ob mit der Bezahlung des ohne Mehrwertsteuer fakturierten Betrags überhaupt eine Vorsteuer bezahlt worden ist.
Die fehlende Überwälzung sowie die Nichtbezahlung der Vorsteuern stellen sodann - entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin (Beschwerde, S. 13, Rz. 50) - keine rein formellen Gründe für die Verweigerung des Vorsteuerabzugs dar. Vielmehr handelt es sich hierbei um materielle Voraussetzungen, die sich aus Art. 28 Abs. 1 Bst. a MWSTG und Art. 28 Abs. 3 beziehungsweise 4 MWSTG ergeben (vorne E. 4.5.2 ff.).
Schliesslich hätte es der Beschwerdeführerin, wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, offen gestanden, sich die Steuer nachträglich von der Stiftung überwälzen zu lassen und nach deren Bezahlung den Vorsteuerabzug vorzunehmen.
5.1.3 Die Vorinstanz hat im Einspracheentscheid erkannt, dass ihr bei der Verfügung vom 15. März 2024 hinsichtlich der Vorsteuer auf dem Marktmietzins und den Nebenkosten ein Fehler unterlaufen war: Sie hatte übersehen, dass die entsprechende Vorsteuer bereits anlässlich der Kontrolle infolge gemischter Verwendung anteilsmässig korrigiert worden war (Anhang 2 der EM), und der Beschwerdeführerin bei der Steuernachforderung fälschlicherweise der gesamte statt nur der bereits gekürzte Vorsteuerbetrag zurückbelastet wurde. Die Vorinstanz hat zudem festgestellt, dass ihr diesbezüglich ein weiterer Fehler unterlaufen ist, der sich auf die Berechnung der Vorsteuer - zumindest gesamthaft - jedoch nicht auswirkt: Sie hat im Jahr 2019 die Steuer auf den Nebenkosten für beide Jahre 2019 und 2020 sowie im Jahr 2020 die Steuer auf der Marktmiete für beide Jahre 2019 und 2020 gutgeschrieben, statt - wie korrekt gewesen wäre - jeweils die im betreffenden Jahr der Stiftung nachbelastete Steuer auf dem Marktmietzins und den Nebenkosten zu berücksichtigen. Dies ergibt sich nachvollziehbar aus den Akten.
Die Vorinstanz korrigierte die Steuernachforderung im Zusammenhang mit den Vorsteuern auf den Mietzinsen und Nebenkosten deshalb entsprechend, was für die Steuerperiode 2019 zu einer Erhöhung um Fr. 1'647.95 und für die Steuerperiode 2020 zu einer Reduktion um Fr. 5'205.20 führte; per Saldo resultierte daraus eine Korrektur zugunsten der Beschwerdeführerin von Fr. 3'557.25. Diese Korrektur ist nachvollziehbar und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht bestritten; sie hat daher zu bestehen.
5.2
5.2.1 Betreffend die Höhe der Vorsteuerkorrektur aufgrund gemischter Verwendung ergibt sich der folgende Sachverhalt: Die Beschwerdeführerin hat in den Steuerperioden 2016 bis 2020 unbestrittenermassen von der Steuer ausgenommene Leistungen gemäss Art. 21 Abs. 2 Ziff. 8 MWSTG (beide vorliegend anwendbare Fassungen) erbracht, jedoch keine Vorsteuerkorrektur nach Art. 30 Abs. 1 MWSTG vorgenommen. Die von der Steuer ausgenommenen Leistungen in den Steuerperioden 2016 bis 2018 umfassen den Einsatz der Sozialhilfebeziehenden in den (...) ([...]-Angebote) im Bereich der entgeltlichen Bereitstellung von Abklärungsplätzen ([...]) und Plätzen für die berufliche Integration mit Perspektive ([...]) sowie seit dem 1. Januar 2019 die entgeltliche Bereitstellung eines (...)-Angebotes mit 7 Programmplätzen (im Nachfolgenden allgemein: «Leistungen im Bereich Arbeitsintegration»). Es ist weiter unbestritten, dass die besagten Leistungen und auch der Anspruch auf das zwischen der Stiftung und der Stadt (...) vereinbarte Entgelt von der Stiftung auf die Beschwerdeführerin übertragen wurden. Aufgrund dieser Konstellation erbrachte die Beschwerdeführerin als Subunternehmerin von der Steuer ausgenommene Leistungen an die eng verbundene Stiftung. Strittig ist die Berechnung des Drittpreises zwischen der Stiftung und der Beschwerdeführerin als eng verbundene Personen gemäss Art. 24 Abs. 2 MWSTG und die nach Massgabe dieses Umsatzes mit einem Umsatzschlüssel berechnete Vorsteuerkorrektur. Die ESTV nahm die Berechnung des Drittpreises nach der Kostenaufschlagsmethode ermessensweise vor, wobei als Grundlage für die Berechnung die zwischen der Stiftung und der Stadt (...) vereinbarte Entschädigung für die «Leistungen im Bereich Arbeitsintegration» beziehungsweise die im Konto 3630 verbuchten Einnahmen aus «Leistungen an den Kanton/Behörden» dienten und hierzu ein Gemeinkosten- und Gewinnzuschlag von 10% addiert wurde.
5.2.2
5.2.2.1 Zunächst ist zu klären, ob die Beschwerdeführerin der Stiftung Leistungen zu einem Vorzugspreis erbracht hat (vgl. vorne E. 4.4.4).
Die Vorinstanz geht davon aus, dass die von der Stiftung an die Beschwerdeführerin ausgerichtete Entschädigung nicht dem Drittpreis entspreche. Sie begründet dies im Wesentlichen damit, dass die zwischen der Stiftung und der Stadt (...) vereinbarte Entschädigung nicht kostendeckend sei, und ermittelt den Drittpreis stattdessen anhand der Kostenaufschlagsmethode. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden.
Als Drittpreis gilt nach Art. 24 Abs. 2 MWSTG der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde (vgl. vorne E. 4.4.2). Die Stadt (...) und die Stiftung sind unbestrittenermassen keine eng verbundenen Personen im Sinne von Art. 3 Bst. h MWSTG (vgl. vorne E. 4.4.3). Die zwischen ihnen vereinbarte Entschädigung beruht somit auf einer Preisabrede zwischen unabhängigen Dritten. Da die Stiftung die von ihr gegenüber der Stadt (...) geschuldeten Leistungen unverändert auf die Beschwerdeführerin übertragen und dieser die hierfür zugesprochene Entschädigung überlassen hat, entsprechen die von der Beschwerdeführerin erbrachten Leistungen den von der Stiftung gegenüber der Stadt (...) geschuldeten Leistungen. Damit liegt ein unmittelbar vergleichbarer Preis vor, der tatsächlich zwischen unabhängigen Dritten vereinbart wurde und daher als Drittpreis im Sinne von Art. 24 Abs. 2 MWSTG heranzuziehen ist. Daran ändert nichts, dass die zwischen der Stadt (...) und der Stiftung vereinbarte Entschädigung nach Auffassung der Vorinstanz nicht kostendeckend sei. Ob ein zwischen unabhängigen Dritten vereinbarter Preis die Kosten der Leistungserbringerin deckt oder betriebswirtschaftlich angemessen erscheint, ist nicht zu prüfen (vgl. Urteil des BGer 2C_1021/2020 vom 28. Juli 2021 E. 5.2).
Die von der Stiftung an die Beschwerdeführerin weitergeleitete Entschädigung hält demnach einem Drittvergleich stand. Die Beschwerdeführerin hat der Stiftung ihre Leistungen folglich nicht zu einem Vorzugspreis erbracht. Die Vorinstanz hat somit zu Unrecht den Drittpreis anhand der Kostenaufschlagsmethode ermittelt.
5.2.2.2 Der vorliegend zu berücksichtigende tiefere Drittpreis führt zu einem tieferen Umsatz aus den von der Steuer ausgenommenen Leistungen gegenüber dem Kanton. Dies wirkt sich auf die Berechnung des Vorsteuerkorrekturschlüssels aus, weshalb dieser neu zu ermitteln ist. Wie bereits festgehalten (vorne E. 4.5.6.4) entspricht der Vorsteuerkorrekturschlüssel dem Anteil der von der Steuer ausgenommenen Umsätze am Gesamtumsatz:
Steuerperiode
Umsatz Total (Fr.)
Umsatz steuerbar zum normalen und reduzierten Satz (Fr.)
Umsatz ausgenommen: Leistungen für Kanton (Fr.)
Umsatz ausgenommen: Mahlzeitendienst (Fr.)
Schlüssel (%)
2016
1'660'889
1'410'185
250'704
0
15,1
2017
1'615'872
1'367'521
248'351
0
15,37
2018
1'889'428
1'525'852
363'576
0
19,24
2019
2'280'483
1'694'045
586'438
0
25,72
2020
2'479'597
1'858'437
557'032
64'128
25,05
Demnach ist die Beschwerde mit Bezug auf die Vorsteuerabzugskorrektur insoweit gutzuheissen, als dass aufgrund der Berücksichtigung eines tieferen Drittpreises die Umsatzschlüssel gemäss vorstehender Tabelle anzupassen sind. In diesem Sinne ist die Sache zur erneuten Berechnung der Vorsteuerabzugskorrektur gestützt auf die vorgenannten neuen Umsatzschlüsseln zurückzuweisen. Insofern die Vorinstanz infolge des neu zu berechnenden Vorsteueranspruchs einen Teil des bereits geleisteten Betrages von Fr. 46'003.-- (vgl. Sachverhalt Bst. C.b) wieder an die Beschwerdeführerin auszahlen muss, so hat sie ebenfalls die Vergütungszinsen gemäss Art. 88 Abs. 4 MWSTG zu berechnen und auszurichten.
5.3
5.3.1 Zur Vorsteuerkorrektur infolge gemischter Verwendung beim Materialaufwand ist von folgendem Sachverhalt auszugehen: Die von der Steuer ausgenommenen Leistungen umfassen die Betreuung der Sozialhilfeempfänger und -empfängerinnen im Rahmen der Arbeitsintegration. Vorgenannte Personen werden eingesetzt in Arbeitsprogrammen, mit welchen steuerbare Leistungen gegenüber Dritten erbracht werden. Zu diesen steuerbaren Leistungen gehören Reinigungs- und Gartenarbeiten, Hoch- und Tiefbauarbeiten, Maler- und Gipserarbeiten, Catering und andere gastgewerbliche Leistungen. Es ist strittig, ob die Beschwerdeführerin den vollen Vorsteuerabzug auf den Materialaufwand geltend machen kann, da wie sie behauptet, die vorsteuerbelasteten Materialaufwendungen ausschliesslich für steuerbare Leistungen verwendet wurden oder ob der Ansicht der Vor-instanz zu folgen ist, wonach die vorsteuerbelasteten Materialaufwendungen auch für die von der Steuer ausgenommenen Leistungen im Sozialbereich verwendet wurden und es deshalb einer Vorsteuerkorrektur infolge gemischter Verwendung bedarf.
5.3.2 Der von der Steuer ausgenommene Auftrag der öffentlichen Hand besteht unbestrittenermassen darin, Sozialhilfebeziehenden einen Arbeitsplatz zur Verfügung zu stellen und sie in der entsprechenden Tätigkeit zu betreuen. Diese Betreuung erschöpft sich nicht in einer allgemeinen, von der eigentlichen Arbeit losgelösten Begleitung, sondern findet gerade im Vollzug der konkreten Arbeitseinsätze statt - also bei den Reinigungs-, Garten-, Bau-, Maler- und Gastronomiearbeiten, mit denen gleichzeitig die steuerbaren Leistungen gegenüber Dritten erbracht werden. Der Einsatz von Reinigungsmitteln, Farben, Lebensmitteln und übrigem Material ist notwendige Voraussetzung dafür, dass die Programmteilnehmenden überhaupt beschäftigt und angeleitet werden können; ohne diesen Materialeinsatz liesse sich weder die Integrationsleistung gegenüber der öffentlichen Hand noch die Leistung gegenüber den privaten Auftraggebern erbringen. Der Materialaufwand dient somit ein und derselben Verrichtung, mit welcher zugleich beide Zwecke - die steuerbare Leistung an Dritte und die ausgenommene Integrations- beziehungsweise Betreuungsleistung - realisiert werden.
Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, lässt sich bei dieser Ausgangslage der Materialaufwand nicht anteilsmässig einer der beiden Tätigkeiten direkt zuordnen; eine Aufteilung im Sinne von Topf A (voller Abzug) und Topf B (kein Abzug) scheidet aus. Daran vermag auch der von der Beschwerdeführerin eingereichte (...)-Jahresabschluss 2019 (BB 19) nichts zu ändern. Diesem lässt sich lediglich entnehmen, welche Kosten in die Betriebsabrechnung des betreffenden (...)-Angebots eingeflossen sind. Eine Aussage darüber, wofür der hier streitbetroffene Materialaufwand im Einzelnen tatsächlich verwendet wurde, lässt sich der Aufstellung nicht entnehmen. Der Umstand, dass ein bestimmter Aufwandposten in einer betriebsinternen Abrechnung nicht gesondert ausgewiesen wird, belegt nicht, dass das entsprechende Material nicht auch im Rahmen der Betreuung und Beschäftigung der Programmteilnehmenden zum Einsatz kam; die Betreuungsleistung realisiert sich - wie dargelegt - gerade im Vollzug der einzelnen Arbeitseinsätze, unabhängig davon, wie die Kosten dafür verbucht werden. Der Jahresabschluss vermag daher nicht aufzuzeigen, dass eine ausschliessliche Verwendung für steuerbare Leistungen vorläge. Auch die «Anleitung zur Schlussabrechnung (...)» vom Juli 2018 sowie die (...)-Kostenrechnungen der Jahre 2016 (nicht nummerierte Beilagen der Eingabe der Beschwerdeführerin vom 7. November 2025) sind insoweit nicht sachdienlich: Sie enthalten zwar eine Aufstellung der Kosten (Sach- und Personalaufwand) für die betreffenden Plätze, lassen jedoch ebenfalls keine Zuteilung dieser Kosten zu den strittigen steuerbaren einerseits und den von der Steuer ausgenommenen Leistungen andererseits erkennen. Es liegt damit eine gemischte Verwendung im Sinne von Art. 30 Abs. 1 MWSTG vor, welche eine Korrektur des Vorsteuerabzugs nach Art. 65 ff. MWSTV erfordert.
Dass die Beschwerdeführerin ihre Vorsteuerabzüge im Zusammenhang mit den Materialaufwendungen zu korrigieren hat, wenn es sich - was vorliegend wie gezeigt der Fall ist - um eine gemischte Verwendung nach Art. 30 Abs. 1 MWSTG handelt, ist nicht strittig. Die Beschwerdeführerin macht insbesondere nicht geltend, die gewählte Berechnungsmethode für die Vorsteuerabzugskorrektur (vorliegend gemäss einem Umsatzschlüssel, vgl. vorne E. 4.5.6.4) sei nicht sachgerecht. Für das Bundesverwaltungsgericht sind diesbezüglich keine offensichtlichen Mängel ersichtlich. Die von der Vorinstanz angewandte Methode der Vorsteuerkorrektur ist unter Berücksichtigung der gebotenen Zurückhaltung bei der diesbezüglichen Prüfung vorliegend nicht zu beanstanden (vgl. vorne E. 4.5.6.5).
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt somit als unbegründet und ist abzuweisen.
6.
Nach dem Gesagten ist die vorliegende Beschwerde teilweise gutzuheissen. Die Dispositiv-Ziffern 3 und 4 des angefochtenen Einspracheentscheids sind insofern aufzuheben, als damit die Rechtskraft der Steuerforderung in Höhe von Fr. 23'352.-- im Zusammenhang mit den Vorsteuerkorrekturen für die Steuerperioden 2016 bis 2018 festgestellt wurde (vorne E. 1.4.2.2). Ferner ist die Streitsache im Sinne der Erwägungen (vorne E. 5.2.2.2) zur Neuberechnung der Höhe der in den streitbetroffenen Steuerperioden geschuldeten Mehrwertsteuern an die ESTV zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist (vorne E. 1.4.2.1).
7. Abschliessend bleibt über die Verfahrenskosten und eine allfällige Parteientschädigung zu befinden.
7.1 Das Bundesverwaltungsgericht auferlegt die Verfahrenskosten in der Regel der unterliegenden Partei (Art. 63 Abs. 1 VwVG), wobei sie bei nur teilweisem Unterliegen zu ermässigen sind. Obsiegen und Unterliegen im Prozess ist grundsätzlich nach den Rechtsbegehren der Beschwerde führenden Partei, gemessen am Ergebnis der Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids, zu beurteilen (BGE 123 V 156 E. 3c, 123 V 159 E. 4b). In der Verwaltungsrechtspflege des Bundes gilt die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu weiteren Abklärungen und neuem Entscheid (mit noch offenem Ausgang) praxisgemäss als volles Obsiegen der Beschwerde führenden Partei (BGE 137 V 2010 E. 7.1; Urteil des BVGer A-978/2020 vom 31. März 2020 E. 4.1).
In der vorliegenden Sache erfolgt eine Rückweisung zur Neuberechnung des der Beschwerdeführerin zustehenden Vorsteuerabzugs im Sinne der Erwägungen (vorne E. 5.2.2.2). Der Verfahrensausgang ist indes nicht mehr offen, weil die Berechnungsgrundlagen vorgegeben sind. Bei einer überschlagsmässigen Neuberechnung des der Beschwerdeführerin zustehenden Vorsteuerabzugs ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin rund 95 % der von der Vorinstanz festgesetzten noch strittigen Mehrwertsteuern zu tragen haben wird. Des Weiteren obsiegt die Beschwerdeführerin teilweise hinsichtlich der teilweisen Aufhebung der Dispositiv-Ziffern 3 und 4 (vgl. vorne E. 1.4.2.2). Bei dieser Sachlage ist es sachgerecht, die Verfahrenskosten in Höhe von Fr. 4'000.-- im Umfange von Fr. 3'600.-- der Beschwerdeführerin aufzuerlegen und mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 4'000.-- zu verrechnen. Der Überschuss von Fr. 400.-- ist ihr nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils zurückzuerstatten. Der unterliegenden Vorinstanz sind keine Verfahrenskosten aufzuerlegen (Art. 63 Abs. 2 VwVG).
7.2 Im Rahmen ihres Obsiegens hat die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG in Verbindung mit Art. 7 ff. des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) Anspruch auf eine Parteientschädigung zulasten der Vorinstanz.
Die Parteientschädigung ist aufgrund der eingereichten detaillierten Kostennote festzusetzen (Art. 14 Abs. 1VGKE). Bei Fehlen einer (detaillierten) Kostennote wird die Entschädigung aufgrund der Akten festgesetzt (Art. 14 Abs. 2 VGKE). Angesichts dieser klaren reglementarischen Grundlagen kann nach der Rechtsprechung namentlich bei anwaltlicher Vertretung auf eine Aufforderung zur Einreichung einer Kostennote verzichtet werden (vgl. zum Ganzen: Urteil des BGer 2C_422/2011 vom 9. Januar 2012 E. 2). Die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin hat keine Kostennote eingereicht. In Anbetracht des Verfahrensausgangs ist die Parteientschädigung für das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht praxisgemäss auf Fr. 600.-- festzusetzen. Die Vorinstanz hat als Bundesbehörde keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 7 Abs. 3 VGKE).
Das Dispositiv befindet sich auf der nächsten Seite.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Dispositiv-Ziffern 3 und 4 des angefochtenen Einspracheentscheids werden insofern aufgehoben, als dass die Rechtskraft der Steuerforderung in Höhe von Fr. 23'352.-- im Zusammenhang mit den Vorsteuerkorrekturen für die Steuerperioden 2016 bis 2018 festgestellt wurde (vorne E. 1.4.2.2).
3. Die Streitsache wird im Sinne der Erwägungen (vorne E. 5.2.2.2) zur Neuberechnung der Höhe der in den streitbetroffenen Steuerperioden geschuldeten Mehrwertsteuern zurückgewiesen. Allenfalls zu Unrecht bezahlte Steuern inklusive Vergütungszinsen sind der Beschwerdeführerin zurückzuerstatten.
4. Die Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin im Umfang von Fr. 3'600.-- auferlegt. Dieser Betrag wird dem einbezahlten Kostenvorschuss in Höhe von Fr. 4'000.-- entnommen. Der Restbetrag von Fr. 400.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückerstattet.
5. Die Vorinstanz wird verpflichtet, der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 600.-- zu bezahlen.
6. Dieses Urteil geht an die Beschwerdeführerin und die Vorinstanz.
Für die Rechtsmittelbelehrung wird auf die nächste Seite verwiesen.
Der vorsitzende Richter:Die Gerichtsschreiberin:
Jürg SteigerAisha Rutishauser
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, Schweizerhofquai 6, 6004 Luzern, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 BGG). Die Frist ist gewahrt, wenn die Beschwerde spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben worden ist (Art. 48 Abs. 1 BGG). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
Versand:
Zustellung erfolgt an:
- die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
- die Vorinstanz (Ref-Nr. [...]; Gerichtsurkunde)