bvger · A-1625/2006 · 2008-12-15 · de
A-1625/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1625/2006
Urteil vom 15. Dezember 2008
Besetzung
Richter Thomas Stadelmann (Vorsitz), Richterin Salome Zimmermann, Richter Markus Metz,
Gerichtsschreiber Jürg Steiger.
Parteien
A._______,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
MWSTG; Nichteintreten auf Revisionsgesuch; Sprungrekurs.
Sachverhalt:
A.
Die A._______, eine öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit, ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Sie betreibt in der Hauptsache das Versicherungsgeschäft. Daneben erstellt und unterhält sie Liegenschaften, die entweder dem eigenen Betrieb dienen oder zu Anlagezwecke an Dritte vermietet oder allenfalls verkauft werden.
B.
Auf Anfrage der ESTV teilte die A._______ mit ihrem Schreiben vom 28. Mai 1997 mit, dass ihre "Eigenleistungen Bau" im Jahr 1995 Fr. 1'960'711.-- und im 1996 Fr. 1'906'807.--, insgesamt somit Fr. 3'867'518.--, betragen hätten. Basierend auf diesen Angaben erliess die ESTV am 15. Dezember 1998 einen anfechtbaren Entscheid, mit dem sie von der A._______ für das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 1996 Fr. 236'046.-- Mehrwertsteuer (6.5% von Fr. 3'867'518.-- inkl. Steuer) zuzüglich Verzugszins für Arbeiten an eigenen Bauwerken nachforderte. Eine Berichtigung der Forderung aufgrund einer Kontrolle behielt sich die ESTV vor. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, die A._______ habe ihre Eigenleistungen an Gebäuden, soweit sie für einen von der Steuer ausgenommenen Zweck verwendet worden seien (Versicherungswesen, Miete, Verkauf), vollumfänglich als Eigenverbrauch zu versteuern.
C.
Dagegen erhob die A._______ am 29. Januar 1999 Einsprache mit dem Antrag, den Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998 aufzuheben und den geschuldeten Steuerbetrag im Sinn ihrer Ausführungen neu festzusetzen. Sie brachte insbesondere vor, die ESTV habe nicht berücksichtigt, dass die A._______ eine grosse Anzahl von Liegenschaften besitze, die sie ganz oder teilweise selber nutze. Insoweit sei für die Berechnung der Eigenverbrauchsteuer eine andere Bemessungsgrundlage massgebend. Im Übrigen wies die A._______ darauf hin, dass sie gewillt sei, den gesamten Problembereich zu bereinigen.
D.
Die ESTV führte in der Folge an diversen Tagen im Juni und Juli 2001 bei der A._______ eine Kontrolle durch. Sie überprüfte dabei die Steuerperioden vom 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 2001. Unter Berücksichtigung der bereits nachbelasteten Steuerforderung von Fr. 236'046.-- stellte sie mit der Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 260'518 vom 12. Oktober 2001 für das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 zusätzlich Fr. 1'946'527.-- Mehrwertsteuer für nicht abgerechneten baugewerblichen Eigenverbrauch zuzüglich Verzugszins in Rechnung. Aus dem gleichen Grund forderte sie mit der EA Nr. 260'522 vom 12. Oktober 2001 für das 1. und 2. Quartal 2001 Fr. 102'451.-- Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins nach. In der EA Nr. 260'518 führte die ESTV aus, dass die Steuerforderung auf den von der A._______ gemachten Angaben basierten. Bei der Berechnung habe sie - wie von der A._______ gemäss ihrer Einsprache vom 29. Januar 1999 verlangt - eine Aufteilung hinsichtlich der zwei Eigenverbrauchstatbestände nach Art. 8 Abs. 2 Bst. a bzw. Bst. b der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464-1500) vorgenommen. Im Weiteren forderte die ESTV mit der EA Nr. 260'519 vom 12. Oktober 2001 für das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 Fr. 25'317'216.-- Mehrwertsteuer aus diversen anderen Gründen nach.
E.
Als Vorbereitung für eine Besprechung mit der ESTV machte die A._______ mit ihrem Schreiben vom 26. Oktober 2001 u.a. Ausführungen zum baugewerblichen Eigenverbrauch. Sie legte insbesondere dar, dass die Berücksichtigung von Kapitalzinsen bei dessen Ermittlung nicht nur von ihr in Frage gestellt werden würde. Es sei deshalb von Interesse, den Stand allfälliger paralleler Rechtsmittelverfahren zu erfahren. Die Besprechung fand in der Folge am 2. November 2001 statt. Sodann liess die A._______ der ESTV am 7. November 2001 eine Zusammenfassung der Besprechung zukommen. Darin hielt sie u.a. fest, dass sie für die Bereinigung des hängigen Rechtsmittelsverfahrens den baugewerblichen Eigenverbrauch berechnen und der ESTV einen Vorschlag unterbreiten werde. Bei der Berechnung werde sie gemäss der Praxis der ESTV auch die Verzinsung des Kapitals mitberücksichtigen. Sie behalte sich allerdings vor, zu dieser Praxis einen Vorbehalt anzubringen.
F.
Am 21. Dezember 2001 führte die A._______ hinsichtlich der Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs durch die ESTV aus, dass sie diese geprüft habe und der Methode und den vorgenommenen Schätzungen zustimme. Damit sei auch ihre Einsprache vom 29. Januar 1999 gegenstandslos. Der mit der Einsprache geltend gemachte Antrag, den Steuerbetrag neu festzusetzen, sei mit den von der ESTV vorgenommenen Berechnungen erfüllt worden. Sie müsse einzig zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage einen Vorbehalt anbringen. Die Frage, ob Eigenkapitalzinsen bei der Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs in die Bemessungsgrundlage einbezogen werden dürfen, sei bisher noch nicht entschieden worden. Sie beantrage deshalb, diese Frage zu sistieren, bis in einem Parallelverfahren ein Entscheid der ESTV ergangen sei.
G.
Mit Schreiben vom 31. Januar und 15. Februar 2002 antwortete die ESTV und nahm ihrerseits Stellung. Betreffend den baugewerblichen Eigenverbrauch verwies sie auf Ziffer 7 ihrer Spezialbroschüre Nr. 04, Eigenverbrauch, vom Juli 2000, und auf eine Praxispräzisierung vom 6. Dezember 2001 zum Eigenverbrauchstatbestand nach Art. 9 Abs. 2 Bst. a des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20). Im Weiteren führte die ESTV aus, sie erwarte eine definitive Antwort, ob zu den Punkten "Führungsprovisionen", "Rückerstattung Aufwand ZMT", "Leistungen RKB/CRR", "Leistungen an die Vorsorgeeinrichtung" sowie "baugewerblicher Eigenverbrauch" die Ausstellung eines Entscheids gewünscht werde.
H.
Am 15. April und 18. Juni 2002 fanden weitere Gespräche zwischen der A._______ und der ESTV statt. In einer internen Kurznotiz vom 19. Juni 2002 hielt die ESTV betreffend den baugewerblichen Eigenverbrauch folgendes fest: "akzeptiert, Rechtsverfahren einstellen". Am 12. Juli 2002 ersuchte die A._______ unter Bezugnahme auf die EA Nr. 260'519 um Erlass von einsprachefähigen Verfügungen betreffend: "Rückerstattung Aufwand UVG-Statistik", "Rückerstattung Aufwand ZMT", "Vorleistungen für SWICA". In der Folge schrieb die ESTV mit Beschluss vom 27. Februar 2003 die Einsprache der A._______ gegen den Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998 vom Protokoll ab.
I.
Am 13. April 2005 ersuchte die A._______ unter Bezugnahme auf ihr Schreiben vom 21. Dezember 2001, in welchem sie hinsichtlich der Bemessungsgrundlage für den baugewerblichen Eigenverbrauch einen Vorbehalt angebracht habe, und die Praxisänderung der ESTV betreffend die Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs per 1. Januar 2005 um Rückerstattung von Fr. 2'780'933.49 zuzüglich 5% Vergütungszins. Dieser Betrag entspreche der bezahlten Mehrwertsteuer auf den vorsteuerunbelasteten Baukosten der Jahre 1995 bis und mit 2004. Die ESTV teilte darauf am 30. Mai 2005 mit, sie könne auf das Begehren um Rückerstattung nicht mehr eintreten, da das betreffende Einspracheverfahren infolge Rückzugs abgeschrieben worden sei. Am 11. Juli 2005 wiederholte die A._______ ihr Begehren. Die ESTV bestätigte darauf ihren Standpunkt noch einmal mit Schreiben vom 17. August 2005. Am 23. August 2005 verlangte die A._______ einen anfechtbaren Entscheid.
J.
Am 29. November 2005 erliess die ESTV einen Entscheid in Anwendung von Art. 63 und 67 MWSTG. Sie trat auf das Revsionsgesuch der A._______ nicht ein. Zur Begründung legte sie im Wesentlichen dar, die A._______ habe am 12. Juli 2002 implizit auf die Weiterführung des Einspracheverfahrens verzichtet und sie habe deshalb einen Abschreibungsbeschluss gefällt. Da die A._______ den Beschluss innert der Rechtsmittelfrist nicht angefochten habe, sei der erste Entscheid vom 15. Dezember 1998 in Rechtskraft erwachsen. Dieser sei nach der damals geltenden Praxis erstellt worden. Die Frage des Einbezugs der Eigenkapitalzinsen in die Bemessungsgrundlage des Eigenverbrauchs sei deshalb vorliegend rechtskräftig entschieden worden. Auf das Gesuch um erneute Beurteilung dieser Angelegenheit könne infolge "res iudicata" nicht eingetreten werden. Revisionsgründe seien keine geltend gemacht worden und lägen auch keine vor. Im Weiteren bleibe festzuhalten, dass der vollumfängliche Rückzug der Einsprache respektive der in Rechtskraft erwachsene Abschreibungsbeschluss bewirke, dass die A._______ sich auch nicht auf den seinerzeit von der X._______AG im Schreiben vom 21. Dezember 2001 verfassten Vorbehalt für die vom Entscheid vom 15. Dezember 1998 grundsätzlich nicht erfasste nachfolgende Zeit berufen könne. Auch unter der Annahme, dass sich die A._______ den Vorbehalt allenfalls am Anfang noch habe zurechnen lassen wollen, habe sie auf ihn mit der Mitteilung im Schreiben vom 12. Juli 2002, dass die X._______AG von ihr nicht formell bevollmächtigt worden sei, und dem Nichtaufrechterhalten der Einsprache definitiv verzichtet. Sie sei in den Folgejahren auch nie wieder auf den Vorbehalt zurückgekommen.
K.
Am 13. Januar 2006 erhob die A._______ Einsprache gegen den Entscheid der ESTV vom 29. November 2005 mit den folgenden Rechts-begehren: "Es sei der Entscheid vom 29. November 2005 vollumfänglich aufzuheben; es sei die bezahlte Mehrwertsteuer auf den vorsteuerunbelasteten Baukosten für die Jahre 1995 bis und mit 2004 in der Höhe von Fr. 2'091'560.-- zuzüglich 5% Verzugszins seit mittlerem Verfall zurückzuerstatten." Im Weiteren stellte sie die prozessualen Anträge: "Es sei die Einsprache im Sinne eines Sprungrekurses zur Beurteilung direkt an die Steuerrekurskommission weiterzuleiten; im Falle der Behandlung als Sprungrekurs alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Eidgenössischen Steuerverwaltung".
Zur Begründung führte sie insbesondere aus, die Praxisänderung per 1. Januar 2005, wonach bei der Berechnung der Eigenverbrauchsteuer im Sinn von Art. 9 Abs. 2 Bst. a und Art. 34 Abs. 4 MWSTG die Baukredit- und andere Kreditzinsen nicht mehr in die Anlagekosten miteinzubeziehen seien, könne auch auf den vorliegenden Fall (rückwirkend) zur Anwendung gelangen. Der Abschreibungsbeschluss vom 27. Februar 2003 sei kein rechtskräftiger Entscheid zur Frage des Einbezugs der Bauzinsen. In ihrem Schreiben vom 12. Juli 2002 habe sie nur die Themen ausdrücklich erwähnt, zu denen Entscheide der ESTV notwendig gewesen seien. Die Frage des Eigenverbrauchs sei mit ihrer Einsprache vom 29. Januar 1999 weiterhin hängig gewesen und der Antrag auf Sistierung bereits gestellt. Sie habe deshalb keine Veranlassung gehabt, auf den Abschreibungsbeschluss zu reagieren. Dem Abschreibungsbeschluss komme keine andere Bedeutung zu, als dass die Einsprache und die dabei aufgeworfenen Grundsatzfragen zur Bemessung des baugewerblichen Eigenverbrauchs gegenstandslos geworden seien. Offen geblieben sei jedoch der Vorbehalt zur Frage des Einbezugs der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage. Wenn die ESTV in ihrem Entscheid vom 29. November 2005 ausführe, mit dem Abschreibungsbeschluss sei die erste Verfügung wieder "aufgelebt", so habe sie sich in diesem Fall in ihrer EA Nr. 260'518 nicht so verhalten. Sie habe nämlich auch für die Periode, die Gegenstand des abgeschriebenen Einspracheverfahrens gewesen sei, die Bemessungsgrundlage neu ermittelt und für die Jahre 1995 und 1996 auf total Fr. 833'204.-- festgelegt. Die im Abschreibungsbeschluss nach Auffassung der ESTV wieder "aufgelebte" Forderung habe nur Fr. 236'046.--, also knapp Fr. 600'000.-- weniger, betragen. Die A._______ habe bereits mit Schreiben vom 21. Dezember 2001 zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage einen Vorbehalt angebracht. Zudem habe sie später in ihrer Eingabe vom 28. Februar 2002 nochmals darauf hingewiesen, dass die Steuerschuld nur unter den im Schreiben vom 21. Dezember 2001 gemachten Vorbehalten entrichtet werde. Das Schreiben vom 12. Juli 2002 habe lediglich dazu gedient, in den anderen noch offenen Punkten einsprachefähige Verfügungen zu erhalten und habe zu keinem Zeitpunkt einen vollständigen Rückzug der Einsprache zum baugewerblichen Eigenverbrauch dargestellt.
L.
Mit ihrem Schreiben vom 14. August 2006 teilte die ESTV mit, sie stimme einem Sprungrekurs zu und leite deshalb die Einsprache als Beschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) im Sinn von Art. 64 Abs. 2 MWSTG weiter. In ihrer Vernehmlassung vom 26. September 2006 schloss die ESTV auf vollumfängliche Abweisung der Beschwerde unter Kostenfolge zu Lasten der A._______ (Beschwerdeführerin). Sie legte insbesondere erneut dar, dass mit dem Abschreibungsbeschluss infolge Rückzugs der Einsprache der erste Entscheid wieder "aufgelebt" und mit Ablauf der Rechtsmittelfrist rechtskräftig geworden sei. Rechtskräftig sei somit ein Steuerbetrag von Fr. 236'034.--. Die Beschwerdeführerin habe einerseits durch den Abschreibungsbeschluss und andererseits durch die vorbehaltlose Bezahlung der in Bezug auf den baugewerblichen Eigenverbrauch erstellten EA sowie ihrer eigenen Abrechnungen die damals geltende Praxis vollumfänglich anerkannt.
M.
Am 3. Oktober 2006 beantragte die Beschwerdeführerin die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels und reichte zugleich ihre Replik ein. Sie wies darin nochmals auf den von ihr im Schreiben vom 21. Dezember 2001 gemachten ausdrücklichen Vorbehalt gegen den Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage des Eigenverbrauchs hin. Ihr Schreiben vom 12. Juli 2002 habe sich auf alle anderen noch strittigen Verfahren bezogen. Die Bemessung des baugewerblichen Eigenverbrauchs sei dort mit keinem Wort erwähnt worden, weil dazu aufgrund des laufenden Verfahrens kein Handlungsbedarf bestanden habe. Aus diesem Stillschweigen nun eine explizite Anerkennung und ein Verzicht auf den Vorbehalt abzuleiten, entspreche klar nicht den Tatsachen. Sie habe zu keinem Zeitpunkt auf den Vorbehalt verzichtet und die ESTV habe ihn mit dem Abschreibungsbeschluss auch nicht beseitigen können. Es sei schwer verständlich, dass die ESTV in allen Revisionen ab Ende 2004 die Praxisänderung von sich aus rückwirkend anwende, im vorliegenden Fall dem explizit angebrachten Vorbehalt nun aber einen Abschreibungsbeschluss entgegenhalte.
Mit Schreiben vom 27. Oktober 2006 hielt die ESTV an ihrer Auffassung vollumfänglich fest. Am 5. Februar 2007 teilte das Bundesverwaltungsgericht den Parteien mit, es habe das vorliegende Verfahren zuständigkeitshalber übernommen.
Auf die Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidwesentlich - im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32) beurteilt das Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche liegt nicht vor und die Vorinstanz ist eine Behörde im Sinne von Art. 33 VGG. Entscheide der ESTV auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer können mit Einsprache angefochten werden (Art. 64 Abs. 1 MWSTG). Nach Art. 64 Abs. 2 MWSTG kann eine Einsprache gegen einen einlässlich begründeten Entscheid der ESTV insbesondere auf Antrag des Einsprechers als Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht weitergeleitet werden (sog. Sprungbeschwerde). Diese Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt. Das Bundesverwaltungsgericht ist daher für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es übernimmt die Beurteilung der Ende 2006 bei der SRK hängigen Rechtsmittel und wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG).
1.2
1.2.1 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Im Beschwerdeverfahren gelten die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (Art. 12 VwVG) und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 62 Abs. 4 VwVG). Das Bundesverwaltungsgericht ist demzufolge verpflichtet, auf den festgestellten Sachverhalt die richtige Rechtsnorm anzuwenden, d.h. jenen Rechtssatz anzuwenden, den es als den zutreffenden erachtet, und ihm jene Auslegung zu geben, von der es überzeugt ist. Dies bedeutet, dass es eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend gemachten Gründen (teilweise) gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (vgl. BVGE 2007/41 E. 2 mit Hinweisen).
1.2.2 Die ESTV hat in ihrem Entscheid vom 29. November 2005 auf Nichteintreten erkannt. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist derjenige, auf dessen Begehren bzw. Rechtsmittel nicht eingetreten worden ist, befugt, durch die ordentliche Beschwerdeinstanz überprüfen zu lassen, ob dieser Nichteintretensentscheid zu Recht ergangen ist (anstelle vieler: BGE 124 II 499 E. 1, mit weiteren Hinweisen). Allerdings kann in einer Beschwerde gegen einen Nichteintretensentscheid nur geltend gemacht werden, die Vorinstanz habe zu Unrecht das Bestehen der Eintretensvoraussetzungen verneint. Damit wird das Anfechtungsobjekt auf die Eintretensfrage beschränkt, deren Verneinung als Verletzung von Bundesrecht mit Beschwerde gerügt werden kann (BGE 132 V 74 E. 1.1; vgl. statt vieler Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1471/2006 und A-1472/2006 vom 3. März 2008 E. 1.2).
1.2.3 Beim vorliegenden Verfahren hat sich das Bundesverwaltungsgericht somit auf die Frage zu beschränken, ob die Vorinstanz zu Recht einen Nichteintretensentscheid gefällt hat. Soweit die Beschwerdeführerin mit ihrem Begehren auf Rückerstattung von Fr. 2'091'560.-- einen materiellen Antrag stellt, kann demnach auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.
2.1 Eine Verfügung wird formell rechtskräftig, wenn sie endgültig ist; wenn die Frist für die Einlegung eines ordentlichen Rechtsmittels unbenutzt abgelaufen ist; wenn die Parteien rechtsgültig darauf verzichtet haben, ein solches einzulegen; oder wenn sie das Rechtsmittel zurückgezogen haben. Mit der formellen Rechtskraft wird der Entscheid vollstreckbar (Art. 39 VwVG; ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, Rz. 387, 714 ff.; PIERRE MOOR, Droit administratif, Bd. II, 2. Aufl., Bern 2002, S. 160). Die materielle Rechtskraft einer Verfügung bedeutet, dass die Verfügung unabänderlich ist, also auch von Seiten der Verwaltungsbehörden nicht mehr widerrufen werden kann. Die materielle Rechtskraft setzt voraus, dass die Verfügung in formelle Rechtskraft erwachsen ist. Im Übrigen sind jedoch formelle und materielle Rechtskraft streng auseinanderzuhalten. Die materielle Rechtskraft beschlägt die Frage der Bindung der Behörden an eine Verfügung, d.h. die Frage der Widerrufbarkeit einer Verfügung. Bei der formellen Rechtskraft hingegen geht es um die Anfechtbarkeit der Verfügung seitens der Betroffenen. Die Verwaltungsbehörden können Verfügungen, selbst wenn sie in formelle Rechtskraft erwachsen sind, unter bestimmten Voraussetzungen ändern. In diesem Sinne werden die Verfügungen in der Regel nicht materiell rechtskräftig (ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2006, Rz. 993 f.).
Im Gegensatz zu Verfügungen werden Rechtsmittelentscheide, auch wenn sie von einer Verwaltungsbehörde erlassen wurden, materiell rechtskräftig. Dem Abschreibungsbeschluss infolge Gegenstandslosigkeit indessen kommt keine materielle Rechtskraft zu. Beim Beschwerderückzug durch die beschwerdeführende Person "lebt" der angefochtene Verwaltungsakt (bzw. die Verfügung) "wieder auf" und wird dieser rechtskräftig (KÖLZ/HÄNER, a.a.O., Rz. 683, 715). Ob und inwieweit Abschreibungsbeschlüsse - vom Entscheid im Kostenpunkt abgesehen - als (negative) Verfügungen zu gelten haben, ist nicht völlig geklärt. Jedenfalls ist der Abschreibungsbeschluss mit den ordentlichen Rechtsmitteln anfechtbar (KÖLZ/HÄNER, a.a.O., Rz. 484, mit weiteren Hinweisen). Die formelle Rechtskraft des "wiederaufgelebten" Verwaltungsakts tritt also mit Ablauf der Rechtsmittelfrist nach Abschreibung des Rechtsmittelverfahrens ein (Urteile des Bundesverwaltunsgerichts A-1766/2006 und A-55/2007 vom 25. September 2008 E. 2.1.2, A-1699/2006 vom 13. September 2007 E. 1.3.3; vgl. ebenso betreffend das kantonal-bernische Verwaltungsverfahren THOMAS MERKLI/ARTHUR AESCHLIMANN/RUTH HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, N. 5 zu Art. 114, S. 800 f.).
2.2 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung muss der Rückzug eines eingelegten Rechtsmittels klar, ausdrücklich und unbedingt erfolgen (BGE 111 V 58 E. 1, 119 V 36 E. 1b; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts C-2468/2006 vom 23. April 2007 E. 3.2). Insbesondere kann es nicht stillschweigend zurückgezogen werden (BGE 111 V 156 E. 3b). Wie sich aus dem Grundsatz der Schriftlichkeit des Verfahrens ergibt, hat der Rückzug eines Rechtsmittels schriftlich oder anlässlich einer Parteiverhandlung mündlich zu Protokoll zu erfolgen; eine blosse telefonische Mitteilung ist dagegen ungültig (ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 3.212). Eine Begleichung der Forderung heisst nicht, das dagegen eingelegte Rechtsmittel werde zurückgezogen (BGE 119 V 36 E. 1b; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1589/2006 und A-1590/2006 vom 22. September 2008). Die Rückzugserklärung ist unwiderruflich, wobei Willensmängel vorbehalten bleiben (BGE 111 V 158 E. 3a).
3.
3.1 Mit dem ausserordentlichen Rechtsmittel der Revision wird die Unabänderlichkeit und Massgeblichkeit eines rechtskräftigen Entscheides angefochten, damit in der Sache neu entschieden werden kann (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.339/2003 vom 18. Februar 2004 E. 4.3; PIERRE TSCHANNEN/ULRICH ZIMMERLI, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Aufl., Bern 2005, S. 269). Zuständige Instanz für die Einreichung eines Revisionsgesuchs ist die Behörde, die den zu revidierenden Entscheid gefällt hat (PETER A. MÜLLER-STOFFEL, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 3 zu Art. 67). Der Revisionsentscheid unterliegt dabei den gleichen Rechtsmitteln wie der vom Revisionsgesuch betroffene Entscheid (Entscheid der SRK vom 28. Mai 1998, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 64.49 E. 2b; KÖLZ/HÄNER, a.a.O., Rz. 751). Auf die Revision von Entscheiden und Einspracheentscheiden der ESTV sind gemäss Art. 67 Abs. 1 MWSTG die Art. 66-68 VwVG anwendbar.
3.2
3.2.1 Die Revisionsgründe nach Art. 66 Abs. 1 und 2 VwVG sind abschliessend (KÖLZ/HÄNER, a.a.O., Rz. 737). Danach zieht die Beschwerdeinstanz ihren Beschwerdeentscheid von Amtes wegen oder auf Begehren einer Partei in Revision, wenn ihn ein Verbrechen oder ein Vergehen beinflusst hat (Art. 66 Abs. 1 VwVG). Nach Art. 66 Abs. 2 VwVG ist der Revision auf Begehren einer Partei ausserdem stattzugeben, wenn der Gesuchsteller neue erhebliche Tatsachen oder Beweismittel vorbringt (Art. 66 Abs. 2 Bst. a VwVG), nachweist, dass die Beschwerdeinstanz aktenkundige erhebliche Tatsachen oder bestimmte Begehren übersehen hat (Art. 66 Abs. 2 Bst. b VwVG; vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.182/2004 vom 29. Oktober 2004 E. 4.1) oder dass die Beschwerdeinstanz die Bestimmungen über den Ausstand, die Akteneinsicht oder das rechtliche Gehör verletzt hat (Art. 66 Abs. 2 Bst. c VwVG). Im Übrigen kann gemäss Art. 66 Abs. 2 Bst. d VwVG unter besonderen Voraussetzungen eine Revision erfolgen, wenn der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte in einem endgültigen Urteil festgestellt hat, dass die Europäische Menschenrechtskonvention vom 4. November 1950 oder die Protokolle dazu verletzt worden sind (vgl. zum Ganzen: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1670/2006 vom 23. Oktober 2008 E. 3.2).
3.2.2 Eine Änderung der Verwaltungspraxis oder der Rechtsprechung entspricht einer rechtlichen Neubeurteilung (Urteil des Bundesgerichts 9F_7/2008 vom 9. September 2008 E. 2.2). Eine geänderte Praxis stellt somit keine Tatsache im Sinn von Art. 66 Abs. 2 Bst. a VwVG dar. Sie bildet keinen Grund, revisionsweise auf eine formell rechtskräftige Verwaltungsverfügung zurückzukommen (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2A.710/2006 vom 23. Mai 2007 E. 3.2, 2P.18/2005 vom 14. Februar 2005 E. 3; BGE 120 V 128 E. 3b, 115 V 308 E. 4a/bb). Im Übrigen wäre die Geltendmachung echter Noven, das heisst von Tatsachen, die sich erst nach Abschluss des zu revidierenden Urteils zugetragen haben, ohnehin ausgeschlossen (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 5.50).
3.3 Wird ein unzulässiger Revisionsgrund geltend gemacht oder fehlt es an den übrigen Zulässigkeitsvoraussetzungen, erledigt die Revisionsinstanz das Verfahren durch Nichteintreten. Erweisen sich die vorgebrachten Revisionsgründe als nicht rechtserheblich oder hätten sie bereits im vorangehenden Verfahren vorgebracht werden können, wird das Revisionsgesuch abgewiesen. Sind sie rechtserheblich, wird der angefochtene (rechtskräftige) Entscheid aufgehoben und in der Sache neu entschieden (Art. 68 Abs. 1 VwVG, KÖLZ/HÄNER, a.a.O., Rz. 750).
4.
4.1 In der Regel bewirkt die Fehlerhaftigkeit einer Verfügung nur deren Anfechtbarkeit. Die Anfechtbarkeit bedeutet, dass die fehlerhafte Verfügung an sich gültig ist, aber vom Betroffenen innerhalb der Frist des ordentlichen Rechtsmittels angefochten werden kann. Erfolgt dies nicht, so erwächst die Verfügung in formelle Rechtskraft. Nichtigkeit einer Verfügung ist dann anzunehmen, wenn der ihr anhaftende Mangel besonders schwer und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird (Urteil des Bundesgerichts 2A.124/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 3.1; BGE 132 II 21 E. 3.1). Nichtigkeit eines staatlichen Aktes ist somit nicht leichthin anzunehmen (BGE 130 III 430 E. 3.3). Im Übrigen sind rechtsfehlerhafte Verfügungen, die auf dem ordentlichen Rechtsmittelweg angefochten werden können, grundsätzlich nicht nichtig (Urteil des Bundesgerichts 2A.710/2006 vom 23. Mai 2007 E. 3.4). Die Nichtigkeit von Verfügungen ist durch jede Behörde, die mit der Sache befasst ist, jederzeit und von Amtes wegen zu beachten. Ein ausdrücklicher Antrag wird dafür nicht vorausgesetzt (Urteil des Bundesgerichts 2C_522/2007 vom 28. April 2008 E. 3.1; BGE 132 II 342 E. 2.1 mit Hinweisen). Liegt eine nichtige Verfügung vor, geht ihr jede Verbindlichkeit und Rechtswirksamkeit ab (Urteil des Bundesgerichts 1P.581/2004 vom 3. Februar 2005 E. 4.1).
4.2 Ein Nichtigkeitsgrund bildet insbesondere die sachliche Unzuständigkeit, es sei denn, der verfügenden Behörde komme auf dem betreffenden Gebiet allgemeine Entscheidungsgewalt zu (BGE 129 V 485 E. 2.3). Schwer wiegende Verfahrensfehler können ebenfalls einen Nichtigkeitsgrund bilden. Die Praxis ist jedoch zurückhaltend. Nichtigkeit wird nur bei ganz gewichtigen Verfahrensfehlern, die ohne Weiteres erkennbar sind, angenommen (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 965). So hat das Bundesgericht z.B. entschieden, dass die unrichtige Zusammensetzung der entscheidenden Kollegialbehörde grundsätzlich keinen Nichtigkeitsgrund bilde (BGE 98 Ia 467 E. 6). Schwer wiegende inhaltliche Mängel haben in der Regel nur die Anfechtbarkeit der Verfügung zur Folge (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 951 ff. mit Hinweisen). Schwer wiegende Eröffnungsfehler können unter Umständen die Nichtigkeit einer Verfügung nach sich ziehen. Das Fehlen der Rechtsmittelbelehrung ist kein Nichtigkeitsgrund (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 976). Eine fehlende oder unrichtige Rechtsmittelbelehrung stellt aber eine mangelhafte Eröffnung der betreffenden Verfügung dar. Daraus darf den Parteien kein Nachteil erwachsen (vgl. Art. 38 VwVG), wenn sie sich in guten Treuen darauf verlassen durften (BGE 129 II 125 E. 3.3, 124 I 255 E. 1a/aa, 121 II 72 E. 2a; vgl. auch nachfolgend E. 5.1). Die Berufung auf Art. 38 VwVG bleibt somit dann verwehrt, wenn sich der Rechtssuchende treuwidrig verhalten hat. Bei fehlender Rechtsmittelbelehrung wird verlangt, dass er sich innert nützlicher Frist nach den in Frage kommenden Beschwerdemöglichkeiten erkundigt und den Entscheid dann innert der massgeblichen Rechtsmittelfrist anficht (LORENZ KNEUBÜHLER, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], Kommentar zum VwVG, Zürich/St. Gallen 2008, ad Art. 38 Rz. 17). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann sich zudem ein Beschwerdeführer, der anwaltlich vertreten ist, nicht auf eine unrichtige Rechtsmittelbelehrung berufen, wenn sein Anwalt bei sorgfältiger Prüfung in der Lage gewesen wäre, den Fehler zu erkennen und rechtzeitig zu handeln (BGE 117 Ia 421 E. 2a, 106 Ia 13 E. 3).
5.
5.1 Aus Art. 5 Abs. 3 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101) geht hervor, dass sowohl staatliche Organe als auch Private nach Treu und Glauben zu handeln haben. Der Grundsatz von Treu und Glauben gebietet ein loyales und vertrauenswürdiges Verhalten im Rechtsverkehr und hat als solcher nicht nur im Rechtsverkehr zwischen Privaten oder bezüglich des gebotenen Verhaltens des Staates gegenüber Privaten Geltung, er bindet auch die Privaten in ihrem Verhalten gegenüber dem Staat. Widersprüchliches Verhalten der Privaten findet deshalb keinen Rechtsschutz (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1670/2006 vom 23. Oktober 2008 E. 5.1; Entscheid der Eidg. Zollrekurskommission [ZRK] vom 29. Juli 2004, veröffentlicht in VPB 69.16 E. 2a; vgl. HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 622 ff., insbesondere Rz. 712-714; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, Zürich/Basel/Genf 2008, § 5 Rz. 24).
5.2 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Äusserungen im Verkehr zwischen Behörden und Privaten so zu interpretieren, wie die jeweils andere Seite sie nach Treu und Glauben verstehen durfte und musste (Urteile des Bundesgerichts 1P.551/2004 vom 10. Februar 2005 E. 3.1; BGE 124 II 265 E. 4a, 113 Ia 225 E. 1b/bb; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-4284/2007 vom 4. November 2007 E. 3.2). Diese Auslegung nach dem Vertrauensprinzip hat aus der Sicht eines vernünftig und redlich urteilenden Empfängers der Willensäusserung zu erfolgen, wobei die Gesamtheit aller Umstände zu berücksichtigen ist (Urteil des Bundesgerichtes 2P.170/2004 vom 14. Oktober 2004 E. 2.2.1; BGE 116 II 431 E. 3a, 111 II 279 E. 2b mit Hinweisen).
6.
Liegt Eigenverbrauch nach Artikel 9 Absatz 2 Buchstabe a MWSTG vor, so lässt die ESTV für die Berechnung der nach Artikel 34 Absatz 4 MWSTG geschuldeten Eigenverbrauchssteuer im Sinne einer annäherungsweisen Ermittlung zu, dass diese von den Anlagekosten (ohne die auf den Boden entfallenden Kosten) berechnet wird. Per 1. Januar 2005 hat die ESTV ihre Praxis insoweit geändert, dass neu nicht mehr in die Anlagekosten einzubeziehen sind:
Baukredit- und andere Kreditzinsen, Kreditkommissionen (Bauzin- sen);
Baubewilligungs- und Baupolizeigebühren;
die in der Regel einmalig zu zahlenden Anschlussgebühren für Strom, Gas, Wasser, Kanalisation, Telekommunikation;
Prämien für die Bauherrenhaftpflicht- und Bauwesenversicherung;
Prämien für die Gebäudeversicherung während der Bauphase;
Ersatzabgaben an die öffentliche Hand (z.B. für Schutzräume und Parkplätze);
Schätzungskosten der kantonalen Gebäudeversicherung oder von andern Dritten.
(Broschüre Praxisänderungen ab 1. Januar 2005 [610-526-01], ESTV, Ziff. 2.2.2).
7.
Im vorliegenden Fall erliess die ESTV am 15. Dezember 1998 einen Entscheid für die Jahre 1995 und 1996, mit dem sie Fr. 236'046.-- zuzüglich Verzugszins aufgrund nicht versteuerten baugewerblichen Eigenverbrauchs nachforderte. Diesen Entscheid focht die Beschwerdeführerin mit Einsprache vom 29. Januar 1999 an. Mit Abschreibungsbeschluss vom 27. Februar 2003 schrieb die ESTV die Einsprache vom Protokoll ab. Nach der Praxisänderung der ESTV per 1. Januar 2005 betreffend die Ermittlung des baugewerblichen Eigenverbrauchs (vgl. E. 6) forderte die Beschwerdeführerin mit verschiedenen Eingaben die nach der neuen Praxis weniger zu entrichtende Mehrwertsteuer für die Jahre 1995-2004 zurück. Die ESTV nahm das Rückerstattungsbegehren der Beschwerdeführerin vom 23. August 2005 als Revisionsgesuch entgegen, da ihr Entscheid vom 15. Dezember 1998 infolge Rückzugs der Einsprache in Rechtkraft erwachsen sei. Auf das Revisionsgesuch trat sie schliesslich nicht ein, da weder Revisionsgründe geltend gemacht noch gegeben seien. Die Beschwerdeführerin ist hingegen der Ansicht, dass sie den u.a. im Schreiben vom 21. Dezember 2001 gemachten Vorbehalt hinsichtlich des Einbezugs der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage des baugewerblichen Eigenverbrauchs nie zurück genommen habe. Sie habe ihre Einsprache diesbezüglich nicht zurückgezogen. Der Vorbehalt sei auch durch den Abschreibungsbeschluss vom 27. Februar 2003 nicht beseitigt worden.
Die vom Bundesverwaltungsgericht vorliegend zu beantwortende Frage lautet, ob die ESTV zu Recht einen Nichteintretensentscheid gefällt hat (E. 1.2.3). Dafür hat das Bundesverwaltungsgericht zunächst zu prüfen, ob ein (vollumfänglicher) Rückzug der Einsprache erfolgte (E. 7.1). Im Weiteren sind die Folgen des Abschreibungsbeschlusses vom 27. Februar 2003 zu untersuchen (E. 7.2). Schliesslich ist zu klären, ob die ESTV das Rückerstattungsbegehren der Beschwerdeführerin zu Recht als Revisionsgesuch entgegengenommen hat (E. 7.3) und darauf nicht eingetreten ist (E. 7.4).
7.1 Für die Annahme eines Rückzugs hat die ESTV nachzuweisen, dass die Beschwerdeführerin ihre Einsprache vom 29. Januar 1999 klar, ausdrücklich und unbedingt zurückgezogen hat (E. 2.2). Von einem ausdrücklichen Rückzug geht jedoch offensichtlich auch die ESTV nicht aus. Wie sie in ihrem Entscheid vom 29. November 2005 ausführte, habe die Beschwerdeführerin mit ihrem Schreiben vom 12. Juli 2002 - indem sie Verfügungen nur noch in anderen Angelegenheiten forderte - "implizit" auf die Weiterführung des Einspracheverfahrens verzichtet. Ein rechtsgenügender Rückzug im Sinn der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann somit von vornherein nicht gegeben sein. Im Weiteren ist auch die Annahme eines "impliziten Rückzugs" fraglich. In ihrem Schreiben vom 12. Juli 2002 bezieht sich die Beschwerdeführerin auf die EA Nr. 260'519 und folglich nicht auf die vorliegend relevanten Nachbelastungen. Zudem spricht sie von gewünschten "einsprachefähigen Verfügungen", somit einzig von Erstentscheiden. Auf das Einspracheverfahren nimmt sie überhaupt keinen Bezug. Die Frage kann aber letztlich offen bleiben, da - wie bereits gesehen - ein "impliziter Rückzug" ohnehin nicht ausreichend für die Abschreibung des Verfahrens wäre. Im Übrigen kann auch das Schreiben der Beschwerdeführerin vom 21. Dezember 2001 nicht als Rückzugserklärung im Sinn der Rechtsprechung betrachtet werden, da die Beschwerdeführerin darin zwar ausführte, die Einsprache sei gegenstandslos geworden, aber ebenso einen klaren Vorbehalt bezüglich des Einbezugs der Bauzinsen anbrachte, womit zumindest kein bedingungsloser Rückzug erfolgt ist. Ebenfalls offen bleiben kann, ob die Beschwerdeführerin in den Gesprächen mit der ESTV vom 15. April und 18. Juni 2002 ihre Einsprache allenfalls mündlich zurückgezogen hat (vgl. Kurznotiz für interne Zwecke der ESTV vom 19. Juni 2002), da der Rückzug eines Rechtsmittels schriftlich oder anlässlich einer Parteiverhandlung mündlich zu Protokoll zu erfolgen hat (E. 2.2). Im Weiteren stellt auch die unbestrittenermassen erfolgte Bezahlung der Steuerforderung keinen Rückzug der Einsprache dar (E. 2.2).
7.2
7.2.1 Die ESTV schrieb somit trotz Fehlens einer ausdrücklichen und bedingungslosen Rückzugserklärung das Einspracheverfahren ab. Zu prüfen ist, ob der Abschreibungsbeschluss vom 27. Februar 2003 deshalb als nichtig zu betrachten ist. Im Lichte der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist dies zu verneinen (vgl. E. 4). Der Mangel bzw. der ungenügende Rückzug ist nicht offensichtlich oder leicht zu erkennen. Zudem war der Abschreibungsbeschluss mit einem ordentlichen Rechtsmittel (Einsprache) anfechtbar und auch deshalb grundsätzlich nicht nichtig (E. 4.1). Im Übrigen ist auch das Bundesgericht in seinem Urteil vom 6. Mai 1985, in dem es die Möglichkeit eines stillschweigenden Beschwerderückzugs verneinte, nicht von der Nichtigkeit der Verfahrensabschreibung ausgegangen (vgl. BGE 111 V 156). Ebenso kein Nichtigkeitsgrund ist die fehlende Rechtsmittelbelehrung im Abschreibungsbeschluss. Die Beschwerdeführerin war bei dessen Eröffnung anwaltlich vertreten, wodurch sie in der Lage gewesen sein musste, den Fehler zu erkennen und rechtzeitig zu handeln (E. 4.2 in fine). Die Beschwerdeführerin macht im Übrigen auch nicht geltend, sie habe aufgrund der fehlenden Rechtsmittelbelehrung keine Einsprache gegen den Abschreibungsbeschluss erhoben.
7.2.2 Strittig bleibt, ob die ESTV mit dem Abschreibungsbeschluss das Einspracheverfahren vollständig abschrieb. Die Beschwerdeführerin bringt vor, der Abschreibungsbeschluss halte selber fest, dass sie unter Vorbehalt des Einbezugs der Bauzinsen den Nachbelastungen zugestimmt habe. Diese Ausführungen der Beschwerdeführerin sind zwar zutreffend, ihr Einwand ist aber dennoch nicht stichhaltig. Zum einen führt die ESTV in den Erwägungen des Abschreibungsbeschlusses weiter unten explizit aus, dass die Beschwerdeführerin in der Folge "mit Schreiben vom 12. Juli 2002 ihre Einsprache betreffend Eigenverbrauchsbesteuerung insgesamt zurückzog" und andererseits ist das Dispositiv massgebend, sofern dieses aus sich selbst verständlich ist. Das ist vorliegend der Fall, lautet es doch wie folgt: "Die Einsprache der A._______ gegen den Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998 i.S. Arbeiten an eigenen Bauwerken wird vom Protokoll abgeschrieben". Nach dem Vertrauensprinzip (E. 5.2) musste die Beschwerdeführerin den Abschreibungsbeschluss folglich so interpretieren, dass das hängige Einspracheverfahren vollständig abgeschrieben wurde.
7.2.3 Zusammenfassend war der Abschreibungsbeschluss somit nicht nichtig, sondern bloss anfechtbar. Mit ihm schrieb die ESTV das hängige Einspracheverfahren vollständig ab und der Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998 betreffend das 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 1996 erwuchs nach Ablauf der 30-tägigen Rechtmittelfrist des Abschreibungsbeschlusses in Rechtskraft (E. 2.1). Wie die ESTV selber in ihrer Vernehmlassung vom 26. September 2006 ausführte, ist eine Steuerschuld von Fr. 236'046.-- aufgrund nicht versteuerten baugewerblichen Eigenverbrauchs in Rechtskraft erwachsen (und nicht etwa Fr. 833'204.-- gemäss der EA Nr. 260'518 für 1995 und 1996).
7.3 Soweit die Beschwerdeführerin mit ihrer Forderung um Rückerstattung der MWST für die Jahre 1995-2004, in der Höhe von insgesamt Fr. 2'780'933.49, die Nachforderung gemäss dem (in Rechtskraft erwachsenen) Entscheid vom 15. Dezember 1998 betreffend die Jahre 1995-1996 bestritt, nahm die ESTV dieses Rückerstattungsbegehren demnach zu Recht als Revisionsgesuch entgegen. Für die Jahre 1997 bis 2004 lag dagegen noch kein rechtskräftiger Entscheid vor. Betreffend diese Zeit hätte die ESTV deshalb einen Erstentscheid (und keinen Revisionsentscheid) fällen müssen. Im Weiteren hätte die ESTV auch insofern einen Erstentscheid treffen müssen, als die Beschwerdeführerin betreffend die Jahre 1995-1996 nicht die Steuernachbelastung gemäss dem Entscheid vom 15. Dezember 1998, sondern nach der weitergehenden EA Nr. 260'518 bestritt. Es kann somit festgehalten werden, dass soweit die Beschwerdeführerin mit ihrer Rückerstattungsforderung nicht den Entscheid der ESTV vom 15. Dezember 1998 angefochten hat, die ESTV keinen Revisionsentscheid hätte treffen dürfen. Dieser ist deshalb insoweit aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zur Fällung eines Erstentscheides zurückzuweisen. Die ESTV hat sich im zu treffenden Erstentscheid (erneut) mit der Frage zu befassen, ob die Beschwerdeführerin die MWST aufgrund des baugewerblichen Eigenverbrauchs vorbehaltslos bezahlt hat. Das Bundesverwaltungsgericht kann sich vorliegend dazu nicht äussern, da es sich in diesem Verfahren auf die Prüfung zu beschränken hat, ob die ESTV zu Recht einen Revisionsentscheid gefällt und auf Nichteintreten erkannt hat (E. 1.2.3). Der Rechtsmittelweg an das Bundesverwaltungsgericht gegen einen allenfalls abweisenden (Einsprache-)Entscheid der ESTV steht der Beschwerdeführerin natürlich erneut offen. Insofern ist die Beschwerde somit gutzuheissen. Zu prüfen bleibt damit, ob die ESTV - soweit die Beschwerdeführerin mit ihrer Forderung um Rückerstattung den in Rechtskraft erwachsenen Entscheid vom 15. Dezember 1998 angefochten hat - zu Recht das Vorhandensein von Revisionsgründen verneinte und auf auf das Revisionsgesuch nicht eintrat.
7.4 Die Beschwerdeführerin forderte die Rückerstattung aufgrund der von der ESTV per 1. Januar 2005 geänderten Praxis zur Ermittlung des baugewerblichen Eigenverbrauchs (vgl. E. 6). Eine Praxisänderung stellt keine neue Tatsache im Sinn von Art. 66 Abs. 2 Bst. a VwVG (E. 3.2.1), sondern eine rechtliche Neubeurteilung dar und bildet folglich keinen Revisionsgrund (E. 3.2.2). Im Weiteren kann die Beschwerdeführerin mit ihrer Behauptung, dass die ESTV die neue Praxis im Rahmen von anderen Kontrollen auch rückwirkend angewandt habe, nichts zu ihren Gunsten ableiten. Hier geht es um die Frage der Handhabung der neuen Praxis, d.h. ebenfalls um die rechtliche Beurteilung eines Sachverhaltes. Auch sonst bringt die Beschwerdeführerin keine Revisionsgründe vor. Die ESTV trat demnach - soweit der Entscheid vom 15. Dezember 1998 angefochten wurde - zu Recht auf das Revisionsgesuch nicht ein. Insofern ist die Beschwerde abzuweisen.
8.
Dem Gesagten zufolge ist die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Verfahrenskosten, die auf Fr. 7'000.-- festgelegt werden (Art. 4 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]), der nur teilweise unterlegenen Beschwerdeführerin gemäss Art. 63 Abs. 1 VwVG hälftig (Fr. 3'500.--) auferlegt. Der Vorinstanz können keine Verfahrenskosten auferlegt werden (Art. 63 Abs. 2 VwVG). Auf Aufforderung des Bundesverwaltungsgerichts reichte die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 10. Dezember 2008 die Kostennote für das vorliegende Beschwerdeverfahren in der Höhe von Fr. 33'926.30 (inkl. MWST) ein. Die ESTV hat der teilweise obsiegenden Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung auzurichten (Art. 64 Abs. 1 VwVG i.V.m. Art. 7 bis 9 VGKE). Angesichts der bloss teilweisen Gutheissung der Beschwerde, der Schwierigkeit der rechtlichen Fragestellungen und dem Umfang der Ausführungen der Beschwerdeführerin zu den vorliegend relevanten Fragen wird die Parteientschädigung ermessensweise auf Fr. 16'963.-- (inkl. MWST) festgesetzt.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Soweit darauf einzutreten ist, wird die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen und die Sache an die ESTV zur Fällung eines Erstentscheids zurückgewiesen.
2.
Die Verfahrenskosten im Betrag von Fr. 7'000.-- werden der teilweise obsiegenden Beschwerdeführerin im Umfang von Fr. 3'500.-- auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 7'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 3'500.-- wird nach Rechtskraft des vorliegenden Entscheides zurückerstattet. Der Vorinstanz werden keine Kosten auferlegt.
3.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung wird verpflichtet, der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 16'963.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Der vorsitzende Richter: Der Gerichtsschreiber:
Thomas Stadelmann Jürg Steiger
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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