bvger · A-1444/2018 · 2021-03-25 · fr
A-1444/2018

Impôt fédéral direct

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1444/2018
Arrêt du 25 mars 2021
Composition
Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),
Raphaël Gani, Daniel Riedo, juges,
John Romand, greffier.
Parties
Steuerverwaltung des Kantons Zug,
recourante,
contre
1. A._______,
représentée par
Maître Antoine Berthoud,
Bruderlein Berthoud & Martin-Du Pan,
2. Administration fiscale du canton de Genève,
intimées,
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre,
autorité inférieure.
Objet
For fiscal ; cantons de Genève et Zoug ; IFD 2005 à 2012.
Faits :
A.
A.a A._______ (ci-après : société contribuable), société anonyme de droit suisse, a été inscrite au registre du commerce (ci-après : RC ; IDE : [...]) du canton de Zoug du (...) au (...), ce avec les but et siège suivants : "(...)" ; (...).
Depuis lors, à savoir dès le (...), la société contribuable est inscrite au RC de la République et canton de Genève avec comme but et siège : "(...)" ; "(...)" puis, dès le (...) : "(...), c/o B._______ [ci-après : société fiduciaire 3 ; IDE : {...}], (...)".
A.b C._______ (ci-après : société fiduciaire 1 ; IDE : [...]) et D._______ (ci-après : société fiduciaire 2 ; IDE : [...]), toutes deux situées à la même adresse dans le canton (...), se sont succédées en tant qu'organe de révision de la société contribuable : la première, du (...) au (...) ; la seconde, dès cette dernière date jusqu'au (...). Selon déclaration du (...), la société contribuable a renoncé à un contrôle restreint.
B.
B.a Dans ses formules déposées pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable a fait valoir, tant auprès de l'administration fiscale zougoise (ci-après : recourante) que celle genevoise (ci-après : intimée 2), un for fiscal, principal, dans le canton de Zoug et, spécial, dans le canton de Genève.
B.b Par huit décisions des 4 septembre 2007, 17 juillet 2009, 28 juillet 2010, 31 mai 2012 et 28 novembre 2013, le canton de Zoug a effectué la taxation de l'impôt sur le bénéfice de la société contribuable, au titre de l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD), pour les périodes fiscales 2005 à 2012.
C. Le 17 novembre 2014, la société contribuable a, par l'intermédiaire de la société fiduciaire 3, déposé auprès de l'intimée 2 une dénonciation spontanée, formulée ainsi :
[la société contribuable] est une société anonyme domiciliée dans le canton de [Zoug]. Cette société est taxée à Zoug pour le bénéfice provenant de ces revenus mobiliers et à Genève pour celui provenant de ses revenus immobiliers.
[La société contribuable] ne possède à Zoug aucun locaux ni personnel chargé de l'administration de la société. L'administration effective a lieu [dans le canton de Genève], au domicile de l'administrateur et actionnaire.
Compte tenu de ce qui précède, les résultats des exercices 2004 à 2013 auraient dû être taxés en totalité dans le canton de Genève.
D.
D.a Le 9 mars 2015, la recourante a communiqué un avis de taxation en matière d'IFD pour la période fiscale 2013 à la société contribuable, contre lequel cette dernière a, le 30 mars 2015, élevé une réclamation. Celle-ci a été rejetée le 13 mai 2015.
D.b Par pli du 19 mai 2015 adressé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après : autorité inférieure ou AFC), la société contribuable a demandé la désignation de son for fiscal et l'annulation du bordereau IFD 2013.
Dans le cadre de la procédure qui s'en est suivie, la recourante s'est prononcé, le 25 août 2015, sur la compétence de procéder à la taxation de l'IFD pour la période fiscale 2013, qu'elle a considéré attribuée au canton de Genève. L'intimée 2 a, par courrier du 16 septembre 2015, pris position en faveur d'un assujettissement illimité de la société contribuable dans le canton de Genève depuis l'origine.
D.c Par une nouvelle décision sur réclamation du 10 mars 2016, la recourante a admis la réclamation de la société contribuable du 30 mars 2015, annulé le bordereau litigieux et arrêté le montant de l'IFD pour la période fiscale 2013 à zéro franc.
D.d Considérant que la procédure de détermination du for fiscal alors pendante devant elle n'avait plus d'objet, l'autorité inférieure a, le 26 avril 2016, décidé de rayer la cause du rôle.
E.
E.a Le 23 octobre 2015, l'intimée 2 a informé la société contribuable de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et soustraction pour les années 2005 à 2013, se fondant notamment sur les art. 151 ss et 175 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11).
E.b Le canton de Genève a, par neuf bordereaux du 6 décembre 2016 adressés à la société contribuable, procédé à un rappel d'impôt concernant l'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2013 et, par décisions semble-t-il du même jour, renoncé à la poursuite pénale.
F. Après un échange de correspondances entre les administrations fiscales concernées et la société contribuable, cette dernière a, par pli du 27 décembre 2016, demandé à l'AFC une décision en détermination de son for fiscal en matière d'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2012.
G. Des échanges d'écritures ont suivi, portant essentiellement sur les droits alors contestés du canton de Genève de procéder à un rappel d'impôt et de la société contribuable de recourir à l'art. 108 LIFD.
H. L'instruction terminée, l'autorité inférieure a, le 6 février 2018, rendu une décision avec le dispositif suivant :
- [l]e for fiscal de [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012 est attribué, en matière d'impôt fédéral direct, au canton de Genève.
- [L'intimée 2] est ainsi compétente pour assujettir de manière illimitée [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012.
- En conséquence, les actes liés à l'assujettissement illimité [de la société contribuable] en matière d'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2005 à 2012 effectués par le canton de Zoug doivent être annulés.
I.
Dans son mémoire de recours du 8 mars 2019, déposé (en langue allemande) auprès du Tribunal administratif fédéral, la recourante requiert, sous suite de frais et dépens, que le for fiscal de la société contribuable en matière d'IFD 2005 à 2012 soit attribué conjointement à l'intimée 2 et à elle-même, contrairement à ce que prévoient les chiffres 1 et 2 du dispositif de la décision entreprise, et que soit constatée la déchéance du droit de recours en matière de double imposition, notamment sous l'angle de l'art. 108 LIFD, de la société contribuable, de sorte que cette dernière doive supporter une double imposition effective. Subsidiairement, elle demande l'annulation de l'acte attaqué et le renvoi de la cause à l'AFC pour nouvel examen. Pour cette conclusion subsidiaire, elle invoque le caractère vague du chiffre 3 du dispositif de la décision précitée.
A l'appui de ses conclusions, la recourante fait en substance grief à l'autorité inférieure de ne pas avoir retenu contre la société contribuable la déchéance du droit de se plaindre d'une double imposition, voire l'abus de droit, et partant la perte de la saisine prévue à l'art. 108 LIFD.
J. Par réponse du 26 avril 2018, la société contribuable conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la recourante soit déboutée de ses conclusions et, subsidiairement, à l'annulation des bordereaux de rappels d'IFD 2005 à 2012 émis par l'intimée 2.
K. Par déterminations du 27 avril 2018, l'intimée 2 se prononce contre une double imposition de la société contribuable et conclut à la confirmation de la décision attaquée.
L. Par déterminations du 25 mai 2018, l'AFC confirme que le chiffre 3 du dispositif de sa décision litigieuse doit être compris comme impliquant l'annulation des décisions de taxation en matière d'IFD rendues par la recourante pour les années 2005 à 2012. Elle indique au surplus s'en remettre à la justice pour ce qui est des autres griefs de la recourante.
M. Par réplique du 11 juin 2018, la recourante maintient sa position.
Les autres faits et arguments seront repris ci-après dans la mesure utile à la résolution du litige.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues par l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32], le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 let. d LTAF. En l'occurrence, l'AFC est une autorité au sens de cette disposition et la présente affaire porte sur un recours contre une décision, en cas de for incertain ou litigieux (art. 108 LIFD), ne remplissant pas une des exceptions de l'art. 32 LTAF. Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent.
1.2 Le recours a au surplus été formé en temps utile (art. 50 al. 1 PA), avec le contenu et la forme prescrits à l'art. 52 al. 1 PA. La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et qui est touchée dans ses intérêts financiers, à tout le moins pour la part de l'IFD qui lui reviendrait et dans le cadre de la péréquation intercantonale, doit se voir octroyer la qualité pour recourir (art. 48 al. 1 PA ; dans le même sens, cf. arrêt du TAF A-162/2013 du 29 octobre 2013 consid. 1.2). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours.
1.3 La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF ; voir aussi, art. 108 al. 1 2ème phrase LIFD).
2.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49 PA).
2.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. L'autorité saisie s'en tient toutefois en général aux griefs soulevés et n'examine les autres points de droit que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATAF 2014/24 consid. 2.2, 2009/57 consid. 1.2).
2.3 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal de céans définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement. Le principe inquisitoire doit être toutefois tempéré par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits, en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur recours (cf. art. 52 al. 1 PA ; ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c ; entre autres, arrêt du TAF A-2491/2018 du 18 mars 2019 consid. 1.4.1 [confirmé par arrêt du TF 2C_384/2019 du 18 novembre 2019]).
3.
Le litige porte sur le for fiscal de la société contribuable, fixé dans le canton de Genève par l'AFC, pour l'IFD 2005 à 2012. Seront traitées ci-après, les questions d'une péremption du droit de procéder au rappel de l'impôt (consid. 4), de l'attribution du for fiscal (consid. 5) et d'une déchéance du droit de recourir à l'art. 108 LIFD (consid. 6).
4.
4.1 L'exception de la péremption du droit d'imposer, qui ne peut être élevée que par un canton, à l'exclusion du contribuable lui-même (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 132 I 29 consid. 3.1), doit être traitée en premier lieu puisque si elle s'avère fondée, le recours doit d'emblée être admis (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.1).
4.2 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, dans un rapport de double imposition intercantonale, un canton est déchu de son droit d'imposer un contribuable lorsque, connaissant ou pouvant connaître les faits déterminants pour l'imposition, il tarde néanmoins outre mesure à faire valoir sa prétention fiscale et que, si cette dernière était admise, un autre canton pourrait être tenu de restituer un impôt perçu dans les formes voulues, de bonne foi et dans l'ignorance de la prétention fiscale concurrente (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 137 I 273 consid. 3.3.4 ; 132 I 29 consid. 3.2 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2).
L'exception de péremption du droit d'imposer soulevée par un canton vis-à-vis d'un autre canton n'entre pas en ligne de compte, dans le système de taxation postnumerando annuel, lorsque cet autre canton a été actif dans le délai de deux ans après la fin de la période fiscale ("n+2" ; cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2). Il est sans importance que la procédure de taxation n'ait pas été terminée dans l'année suivant la période fiscale, du moment que cette procédure suivait son cours et que l'autre canton en cause connaissait les prétentions du canton désirant également imposer le contribuable. Les actes interruptifs de la prescription (au sens de l'art. 120 LIFD notamment) valent également comme actes de sauvegarde de la péremption du droit d'imposer. Ainsi, la nécessité de rendre une décision de taxation définitive susceptible d'être attaquée a été exclue (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.4 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2 et les réf. cit.). Il a en outre été jugé qu'il y avait lieu de se montrer plus strict en matière de procédure de rappel d'impôt (au sens de l'art. 151 al. 1 LIFD notamment) et que le canton devait faire valoir sa prétention dès qu'il avait connaissance des faits déterminants pour l'imposition (cf. arrêt du TF 2C_604/2013, 2C_605/2013 du 10 février 2014 consid. 4.2).
4.3 La recourante a, par-devant le Tribunal administratif fédéral, renoncé (mémoire de recours [ci-après : recours], ch. 4.4, p. 7) à maintenir l'exception, soulevée préalablement par elle vis-à-vis du canton de Genève, de péremption du droit d'imposer, de sorte que ce point n'est plus contesté et ne fait plus partie de l'objet du litige.
5.
5.1 La taxation et la perception de l'IFD sont effectuées par les cantons, sous la surveillance de la Confédération (art. 2 LIFD). Les autorités cantonales perçoivent l'impôt auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement (art. 105 al. 3 LIFD). Conformément à l'art. 108 al. 1 LIFD, le for fiscal d'un contribuable est, lorsqu'il ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux et si plusieurs cantons sont en cause, fixé par l'AFC.
5.2 Selon le principe de l'unicité du lieu de l'imposition, dont le but est d'éviter un morcellement de la taxation, le contribuable n'est imposé sur l'ensemble de ses éléments qu'au lieu de son domicile (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.4, 142 II 182 consid. 2.2.6, 137 I 273 consid. 3.3.1 publié in RDAF 2013 II p. 71 s.).
5.3 Dans une ancienne jurisprudence, le Tribunal fédéral avait jugé que, en matière d'IFD, le for de taxation des personnes morales se détermine dans les rapports internes à la Suisse en principe en fonction du siège, même si la société est administrée d'un autre lieu ; que c'est seulement lorsque le siège statutaire ne constitue qu'une simple "boîte aux lettres" que le lieu de la direction effective est reconnu comme domicile fiscal (arrêt du TF 2A.196/2001 du 13 mai 2002, in Archives 72 p. 304 s. et RDAF 2002 II p. 452 s.). Cela a été précisé, plus récemment, en ce sens qu'il a été jugé que, bien que dans les relations intercantonales le domicile fiscal principal se trouve au lieu de l'administration effective, celui-ci, dans le cadre de l'art. 105 al. 3 LIFD, ne prévaut pas automatiquement sur le lieu du siège (pour un exemple où le lieu de l'administration effective a été déterminant, dans un cas d'application de l'art. 108 LIFD, cf. arrêts précités du TF 2C_384/2019 et du TAF A-2491/2018). Il a en outre été rappelé que les cantons concernés doivent plutôt s'entendre sur le lieu d'imposition pour l'IFD (cf. art. 111 LIFD) et, le cas échéant, en appeler à l'AFC (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.1 à 2.3.7).
5.4 En l'espèce, il n'est pas contesté que pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable ne disposait dans le canton de Zoug d'aucune infrastructure propre et exerçait son administration effective dans le canton de Genève. La recourante ne conteste pas la fixation du for principal de la société contribuable dans le canton de Genève pour les périodes précitées. Dans son recours, elle indique en tant que conclusion principale : "Der Veranlagungsort der direkten Bundessteuer 2005 - 2012 sei entgegen den Dispositivziffern 1 und 2 der Vorinstanz sowohl der Beschwerdeführerin [soit le canton de Zoug] wie auch der Beschwerdegegnerin 2 [soit le canton de Genève] zuzuweisen. Ergänzend sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin 1 [soit la société contribuable] ihr Recht zur Erhebung von Doppelbesteuerungsbeschwerden, namentlich zur Anrufung von Art. 108 DBG, verwirkt und damit eine aktuelle Doppelbesteuerung hinzunehmen habe". On comprend à la lecture de la suite du recours (en particulier ch. 3.2, p. 5) qu'elle en appelle à la déchéance du droit de la société contribuable d'invoquer la double imposition intercantonale, de même que celle de solliciter une décision de fixation de for, avec pour résultat qu'une double imposition effective subsisterait et qu'ainsi l'IFD serait payé à double.
La recourante ne conteste toutefois pas directement l'attribution du for principal au canton de Genève, au lieu de l'administration effective de la société contribuable, de telle sorte que ce point ne fait pas partie de l'objet du litige.
6.
6.1 Il reste ainsi à déterminer si, comme le soutient la recourante, la société contribuable doit être déchue de son droit d'invoquer la double imposition intercantonale et par conséquent de remettre en cause les décisions de taxation zougoises entrées en force.
Pour mémoire, au ch. 3 de la décision entreprise tel qu'explicité par détermination du 25 mai 2018, l'autorité inférieure a fixé que les décisions de taxation en matière d'IFD, rendues par la recourante, pour les périodes fiscales 2005 à 2012, devaient être annulées, en raison de l'attribution du for principal au canton de Genève. Cette conclusion du dispositif est conforme à la jurisprudence du Tribunal fédéral qui admet que l'AFC, dans le cadre de la procédure de l'art. 108 LIFD, puisse annuler des opérations de taxations effectuées à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc], in RDAF 2002 II p. 227 s. et Archives 70 p. 529 s. ; Andrea Pedroli, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, art. 108 n° 9 ; voir aussi, infra consid. 7).
La recourante semble tirer de la déchéance du droit invoquée par elle, une déchéance corollaire du droit de solliciter la fixation du for au sens de l'art. 108 LIFD (recours, ch. 14, p. 11). La décision attaquée (au considérant 4) traite d'ailleurs l'argumentaire de la recourante sous un tel angle (cf. à cet égard aussi l'arrêt du TF 2C_396/2011 du 26 avril 2012 consid. 3.2.2 ayant trait cependant à la procédure cantonale préjudicielle de fixation du for et pas à la procédure fédérale de l'art. 108 LIFD). Il n'est pas nécessaire en l'espèce de déterminer si la déchéance du droit à invoquer le droit constitutionnel d'interdiction de la double imposition intercantonale doit conduire à une déchéance du droit de demander la fixation du for au sens de l'art. 108 LIFD, compte tenu de l'issue du litige. Comme on le verra, il n'y a en l'occurrence pas de motif de considérer que la société contribuable ait abusé de son droit (voir ci-après consid. 6.2 ss). Il n'est par conséquent pas déterminant de savoir si c'est le droit de demander une décision préjudicielle ou celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition qui devrait être touché.
6.2 Le principe de l'interdiction de la double imposition au sens de l'art. 127 al. 3 de Constitution fédérale du 18 avril 1999 de la Confédération suisse (Cst., RS 101) s'oppose notamment à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet et pendant la même période à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle ; cf. ATF 134 I 303 consid. 2.1, 133 I 308 consid. 2.1 ; 132 I 29 consid. 2.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 4 ; en matière d'impôts cantonaux et communaux). Cela exposé, l'art. 127 al. 3 Cst. ne concerne en principe que les doubles impositions résultant de la concurrence de deux (ou plusieurs) souverainetés cantonales et ne devrait par conséquent pas trouver application en matière d'IFD (dans ce sens, Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, 2e éd. 2013, n° 33).
6.3
6.3.1 La déchéance du droit d'invoquer la double imposition intercantonale est une particularité propre au recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral. Elle existait déjà sous l'égide de l'ancienne loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (OJ ; RS 3 521). Une partie de la doctrine estime qu'elle n'est plus conforme aux principes de procédure valables dans un Etat de droit et qu'elle n'a plus de raison de subsister sous le nouveau droit de procédure (Michael Beusch, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 42 n° 9 s. ; voir arrêt du TF 2C_655/2016 du 17 juillet 2017 consid. 2.3.3). Une autre partie est d'avis qu'elle continue à exister sous la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral ([LTF, RS 173.110 ;] Daniel de Vries Reilingh, op. cit., n° 1382 ; voir toutefois, Daniel de Vries Reilingh, Brennpunkte im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, in Aktuelle Fragen des schweizerischen Steuerrechts, Festgabe für Prof. em. Dr. Urs R. Behnisch, 2020, p. 40 s., 41).
6.3.2 Selon l'ancienne jurisprudence du Tribunal fédéral, le contribuable perdait le droit de contester la taxation d'un canton, en particulier, lorsque, bien qu'ayant connaissance de la prétention fiscale concurrente d'un autre canton (in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines andern Kantons), il reconnaissait sans réserve son assujettissement, par exemple en acceptant expressément ou tacitement la taxation, i.e. en remettant la déclaration d'impôt, en renonçant à former réclamation ou un recours ultérieur et en payant le montant de l'impôt taxé (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité c. 2.3.2 avec renvois aux ATF 137 I 273 c. 3.3.3 et 123 I 264 c. 2d).
6.3.3 Dans sa jurisprudence plus récente en matière d'impôts cantonaux et communaux (arrêt du TF 2C_522/2019 du 20 août 2020, prévu à la publication), le Tribunal fédéral a postulé qu'une déchéance du droit à contester une double imposition ne peut être admise qu'avec retenue, ceci conformément à la reconnaissance du caractère de droit constitutionnel de l'interdiction de la double imposition. Un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation est propre à entraîner à lui seul la péremption du droit d'invoquer la double imposition par voie de recours (à cet égard, cf. arrêts du TF 2C_592/2018 du 1er octobre 2019, 2C_655/2016 précité). Tel n'est pas le cas en revanche d'une demande de ruling qui ne peut être qualifiée de transparente et complète à tous égards mais qui ne contient pas non plus de véritables contrevérités. Ce serait aussi aller trop loin que de toujours conclure à un comportement contraire à la bonne foi si une personne assujettie doit s'attendre à une prétention fiscale contradictoire d'un autre canton, et qu'elle ne le signale pas au premier canton (cf. arrêt du TF 2C_522/2019 précité consid. 4.2 s., in StR 75/2020 p. 918 s.).
6.3.4 Jusqu'à présent, le Tribunal fédéral n'a pas eu à trancher la question de savoir si cette jurisprudence au sujet de la déchéance du droit de recourir était applicable également à l'IFD, en particulier dans le cadre d'une procédure en désignation du for fiscal au sens de l'art. 108 LIFD. Il est cependant permis de douter que cela soit effectivement le cas. En effet, faire application d'une telle règle de déchéance entrainerait de fait une double imposition difficilement justifiée voire injustifiée (cf. l'arrêt récent du TF 2C_974/2019 du 17 décembre 2020 consid. 15, suivant lequel il n'y a pas de motif que la Confédération perçoive un montant d'impôt supérieur à l'impôt légalement dû), en tant qu'elle contreviendrait au système de l'IFD, en particulier aux règles régissant la compétence territoriale pour effectuer la taxation et la perception de l'IFD (cf. section 2 LIFD, art. 105 s.), et se distancerait de la finalité de l'impôt, attendu que la part de la Confédération à celui-ci (cf. art. 196 al. 1 LIFD) est en principe assurée qu'elle soit versée par l'un ou l'autre des cantons en cause et que celle cantonale doit être répartie entre ces derniers selon les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition (cf. art. 197 al. 1 LIFD). Cette question souffre cependant de demeurer ouverte dans le cas d'espèce puisqu'il apparaît que, même si la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 6.3.3) devait trouver à s'appliquer sous l'angle de l'art. 108 LIFD, les conditions pour admettre une péremption du droit de recourir de la société contribuable n'en seraient pas remplies pour autant en ce qui la concerne.
6.3.5 Il y a lieu de rappeler d'abord que, pendant les périodes considérées, la société contribuable disposait principalement d'un patrimoine immobilier sis dans le canton de Genève, auquel s'ajoutait des liquidités et un portefeuille de titres. Considérant initialement qu'elle avait un for fiscal, spécial, dans le canton de Genève et, principal, dans le canton de Zoug, la société contribuable a déclaré aux autorités fiscales des deux cantons les éléments précités pour les périodes fiscales 2005 à 2013, répartissant les éléments imposables entre les deux cantons.
Il est vrai que la société contribuable a remis des formules de déclaration d'impôt qui se sont, après coup, avérées (en partie) erronées, en tout cas clairement au moment du dépôt de la dénonciation spontanée. Certes aussi, il était renvoyé dans ces formules aux sociétés fiduciaires 1 ([...] à [...]) et 3 ([...] à [...]) pour toute question fiscale. Il n'apparaît pas cependant que la société contribuable ait manqué à son obligation de collaboration, que des informations auraient été délibérément omises (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité consid. 2.4.2) ou transmises de manière volontairement erronée (cf. arrêt du TF 2C_592/2018 précité consid. 6.4 et 6.6) dans la procédure de taxation dans le canton de Zoug, ni du reste dans celle du canton de Genève. A cet égard, la société contribuable a, sans doute depuis sa constitution, déposé auprès de la recourante et de l'intimée 2 des pièces qui comprenaient des indications du même type, sans que leur contrôle n'ait révélé d'erreur manifeste et, ou, amené à une demande de renseignements.
Il ne peut ainsi être reproché à la société contribuable un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation de l'IFD. Dans ce sens, la recourante elle-même n'a pas considéré que la société contribuable était déchue de son droit de former une réclamation contre la taxation de l'IFD 2013 effectuée par le canton de Zoug. Or les éléments fournis pour celle-ci par la société contribuable étaient analogues à ceux transmis par elle pour les périodes fiscales précédentes. Ils n'ont au demeurant pas fait obstacle à une admission de la réclamation et partant à l'annulation de l'imposition contestée.
On rappellera ici que les éléments de fait, tels qu'ils figurent dans la dénonciation spontanée, s'ils ne sont pas constitutifs en soi d'un comportement contraire à la bonne foi, ont en revanche été pris en compte dans le cadre de la fixation du for fiscal pour l'IFD. Or une telle manière de procéder apparaît proportionnée au but visé par les règles de la dénonciation spontanée.
6.3.6 Sur le vu de ce qui précède, le motif d'une déchéance du droit de la société contribuable de recourir à l'art. 108 LIFD, de même que celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition intercantonale, doit en l'occurrence être rejeté.
Il n'est, compte tenu de cette solution, pas nécessaire d'examiner l'argument de la société contribuable selon lequel si une déchéance de son droit était admise, cela contreviendrait à l'absence de punissabilité de sa dénonciation spontanée.
7.
7.1 La recourante demande, comme conclusion subsidiaire, que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure en raison de l'incertitude provoquée par la formulation du ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. La recourante estime que le texte de ce chiffre serait vague, de telle sorte qu'on ne pourrait pas déterminer si les décisions de taxation qu'elle a rendues en matière d'IFD sont nulles, si elles ont été annulées, ou si elles devront l'être par un acte ultérieur.
7.2
7.2.1 Aux termes de l'art. 108 al. 3 LIFD, l'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente. Cette disposition n'a de sens que si les actes de taxation déjà effectués ne déploient aucun effet de leur côté. De surcroît, la décision en constatation de l'AFC fixant le for fiscal et l'injonction donnée à l'un des cantons impliqués de procéder désormais à l'imposition en conséquence entraîne nécessairement l'annulation de fait des actes effectués à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc] in RDAF 2002 II p. 227, 232).
Cela étant, en règle générale, les actes administratifs ne sont pas nuls, mais seulement annulables, et à défaut de contestation ils produisent des effets juridiques. La nullité, respectivement l'absence totale d'effets d'une décision rendue, n'est admise que lorsque le vice dont la décision est entachée est particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable et si, en outre, la constatation de la nullité ne met pas sérieusement en danger la sécurité du droit (voir parmi d'autres ATF 137 I 273 consid. 3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 73). A titre d'exemple, si un canton assujettit à l'IFD un contribuable en raison d'un rattachement économique, nonobstant un rattachement personnel dans un autre canton, il y a atteinte au principe de droit fédéral de la territorialité ; cette atteinte peut le cas échéant entraîner la nullité de la décision de taxation litigieuse (ATF 137 I 273 consid. 3.3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 75). La sécurité du droit implique par ailleurs de ne pas appliquer dans tous les cas de fixation du for fiscal la nullité de la taxation effectuée à tort en raison d'une incompétence à raison du lieu (dans ce sens, cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] bb] ; voir cependant l'arrêt du TF 2C_806/2019 du 8 juin 2020).
7.2.2 Dans le cas d'espèce, la compétence de la recourante de taxer l'IFD 2005 à 2012 n'était pas contestée et son incompétence à raison du lieu n'était pas évidente, avant la dénonciation spontanée. On ne peut dès lors qualifier sa faute de particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable. Dans ces conditions, les décisions de taxation de l'IFD 2005 à 2012 rendues dans le canton de Zoug ne sont pas nulles mais doivent être annulées, en ce sens qu'il est donné instruction à la recourante de les annuler formellement. C'est ainsi à juste titre que l'autorité inférieure a décidé que sa décision de fixation de for devait emporter l'annulation des décisions rendues antérieurement à tort par la recourante, comme elle en avait par ailleurs la compétence (cf. ci-avant consid. 6.1). Ce point du dispositif de la décision attaquée ayant ainsi été précisé, un renvoi à l'autorité inférieure ne s'impose pas.
8.
8.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 7.2.2 et à le rejeter pour le surplus. Vu l'issue de la cause - en application des art. 63 al. 1 et 2 PA et 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) - les frais de procédure, fixés à 7 500 francs, sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs, étant précisé que le litige porte sur des intérêts pécuniaires du canton de Zoug (cf. entre autres, l'arrêt du TAF A-5044/2011 du 29 mars 2012 consid. 5.1) et que la réduction partielle des frais supportés par la recourante se justifie par la précision apportée (cf. ci-avant consid. 7.2.2) au ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. Le montant de 5 000 francs sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs sera restitué à la recourante une fois le présent arrêt entré en force.
8.2 Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (cf. art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1 FITAF, a contrario) ni à l'intimée 2 (cf. art. 7 al. 3 et 4 FITAF). La société contribuable doit, en revanche, recevoir des dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (cf. art. 7 al. 1, 8 s. FITAF). A défaut d'un éventuel décompte remis par la partie concernée, l'indemnité est fixée sur la base du dossier (art. 14 al. 2 FITAF). En l'occurrence, au vu de la nature de la cause et de son degré de complexité, ainsi que de l'écriture brève de réponse du mandataire de la société contribuable, l'indemnité de dépens allouée à la précitée est arrêtée à 1 000 francs, à charge de la recourante.
(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante.)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 7.2.2 et rejeté pour le surplus.
2. Les frais de procédure de 7 500 francs sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs lui sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.
3. Une indemnité de 1 000 francs est allouée à la société contribuable à titre de dépens, à charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- aux intimées (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
Le greffier :
Annie Rochat Pauchard
John Romand
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :