bvger · A-4385/2009 · 2011-12-19 · fr
A-4385/2009

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-4385/2009
Arrêt du 19 décembre 2011
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Daniel Riedo, Salome Zimmermann, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.
Parties
X._______ Sàrl,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA; déduction de l'impôt préalable, fardeau de la preuve, transfert de la TVA, intérêt moratoire.
Faits :
A. X._______ Sàrl est une société à responsabilité limitée au sens des art. 772 ss du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), qui a pour but l'exploitation d'un bureau d'architecture. Elle est inscrite au registre du commerce du canton de Genève depuis le 8 février 2002.
X._______ Sàrl (ci-après: l'assujettie) a été immatriculée au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (AFC) du 1er janvier 2002 au 31 décembre 2006, en qualité d'assujettie au sens de l'art. 21 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures).
B. Considérant que, malgré plusieurs rappels, l'assujettie n'avait pas remis ses décomptes d'impôt pour les périodes fiscales allant du 1er juillet au 30 septembre 2004, l'AFC fixa par voie d'estimation la TVA due pour un montant de Fr. 11'000.-, plus intérêt moratoire dès le 15 janvier 2005 (échéance moyenne). L'autorité inférieure établit ainsi, en date du 10 mai 2005, le décompte complémentaire (DC) n° _______.
Faisant suite à la production par l'assujettie du décompte du 3ème trimestre de 2004 portant sur les périodes fiscales allant du 1er juillet au 31 décembre 2004, l'AFC établit le DC n° _______ du 19 septembre 2005 pour Fr. 19'933.15 (dette fiscale de Fr. 30'933.15, dont à déduire Fr. 11'000.- [DC n° _______ du 10 mai 2005]).
C. A la suite d'un contrôle portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2002 au 4ème trimestre de 2005 opéré le 1er décembre 2005, ainsi que les 26 janvier, 2 février et 2 mars 2006, l'autorité inférieure constata que des déductions de l'impôt préalable avaient été effectuées alors que les factures des fournisseurs n'étaient pas conformes aux exigences de l'art. 37 al. 1 aLTVA ou n'avaient pas été produites. En date du 2 mars 2006, l'AFC établit le DC n°_______ d'un montant de Fr. 17'817.- plus intérêt moratoire à 5% dès le 31 août 2004 (échéance moyenne), à titre notamment de réduction de la déduction de l'impôt préalable.
Par courrier du 7 juin 2006, l'assujettie contesta en totalité les montants réclamés par l'AFC, plus spécifiquement le bien-fondé de la reprise fiscale faisant l'objet du décompte complémentaire du 2 mars 2006 n° _______ susmentionné pour les périodes allant du 1er trimestre de 2002 au 4ème trimestre de 2005.
D. L'assujettie ne s'étant pas acquittée de ses dettes fiscales, à savoir de Fr. 11'000.- plus intérêt moratoire dès le 15 janvier 2005 - conformément au DC n° _______ du 10 mai 2005 - et de Fr. 1'692.91 plus intérêt moratoire dès le 1er juin 2005 - selon son propre décompte d'impôt pour la période fiscale du 1er trimestre de 2005 -, l'autorité inférieure a engagé deux poursuites à son encontre. L'Office des poursuites de Genève notifia ainsi à l'assujettie les commandements de payer du 24 octobre 2005 et du 10 juillet 2006, auxquels elle fit opposition.
E. Par deux décisions séparées du 22 août 2006, l'AFC condamna l'assujettie - pour les périodes fiscales des 3ème et 4ème trimestres de 2004 - à lui verser, en plus des DC n° _______ du 2 mars 2006 et n° _______ du 19 septembre 2005, Fr. 11'000.- plus intérêt moratoire et - pour la période du 1er trimestre de 2005 - à s'acquitter de Fr. 1'692.91 plus intérêt moratoire. L'autorité inférieure leva également les oppositions formées aux commandements de payer susmentionnés.
En date du 17 septembre 2006, l'assujettie contesta à nouveau les décomptes complémentaires établis par l'AFC, dans leur totalité. Elle forma réclamation, par actes séparés du 27 septembre 2006, contre les deux décisions du 22 août 2006 précitées.
F. Le 21 février 2007, l'autorité inférieure rendit une décision, aux termes de laquelle elle annula les deux décisions du 22 août 2006 portant sur les périodes fiscales des 3ème et 4ème trimestres de 2004, ainsi que du 1er trimestre de 2005. L'avis de crédit n° _______, portant sur un montant de Fr. 19'337.-, fut ainsi établi le 21 février 2007 et annexé à la décision susdite datée du même jour. L'AFC fixa également la créance fiscale pour les périodes allant du 1er trimestre de 2002 au 4ème trimestre de 2005 pour un montant de Fr. 30'698.32 de solde de TVA, plus intérêt moratoire.
G. Contre cette décision, l'assujettie forma réclamation par courrier du 20 mars 2007. En substance, elle contesta l'étendue de la créance fiscale pour un montant de Fr. 8'759.80, qu'elle fait valoir à titre d'impôt préalable déductible y compris un impôt préalable de 3.8 % sur les frais d'affranchissement de « La Poste Suisse ». En outre, l'assujettie soutint que l'année 2005 ne pouvait pas être prise en compte, puisqu'elle n'était plus assujettie à la TVA. Enfin, elle reconnut devoir un solde en faveur de l'AFC de Fr. 21'938.52 mais demanda l'annulation de cette créance en guise de dédommagement d'un « incident » survenu en 2004 avec la société Y._______ SA. Une liste des dépenses de l'assujettie, pour les années 2002 à 2004, fut jointe audit envoi.
Par courrier du 19 mars 2009, l'assujettie régularisa sa réclamation précitée et déposa, en particulier, les décomptes TVA pour les années 2002 à 2004.
H. Par décision sur réclamation du 2 juin 2009, l'autorité inférieure rejeta la réclamation formée par l'assujettie et confirma qu'elle devait acquitter - pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2002 au 4ème trimestre de 2005 - Fr. 30'698.32 de solde de TVA, plus intérêt moratoire. L'AFC considéra qu'aucune pièce justificative permettant la déduction de l'impôt préalable n'avait été produite. De plus, l'autorité inférieure retint que - même si on admettait que les montants déterminants l'assujettissement n'avaient pas été dépassés en 2005 - l'assujettie n'en resterait pas moins assujettie durant ladite année, puisque dans cette hypothèse ce serait l'assujettissement subjectif pour l'année 2006 qui serait, le cas échéant, concerné et non déjà celui de l'année 2005. S'agissant de la demande de l'assujettie tendant à annuler sa créance envers l'AFC d'un montant de Fr. 21'938.52 en guise de dédommagement d'un « incident » survenu avec la société Y._______ SA, l'autorité inférieure indiqua que - dans la mesure où seuls les tribunaux civils connaissaient des contestations portant sur le transfert de l'impôt - l'assujettie ne pouvait opposer en compensation aucune créance à l'encontre de l'administration.
I. Par courrier du 2 juillet 2009 adressé à l'AFC, l'assujettie (ci-après : la recourante) a contesté la décision sur réclamation du 2 juin 2009. En substance, elle soutient que l'intérêt moratoire n'est pas dû, que le dédommagement qu'elle demandait se justifie compte tenu de l'« incident » survenu avec Y._______ SA et que - s'agissant des frais d'affranchissement de « La Poste Suisse » - un impôt préalable de 3.8 % devrait être admis. La recourante prétend également que le jugement du 6 juillet 2007 de la Cour de justice du canton de Genève, portant sur l'impôt cantonal et communal direct, devrait être pris en considération quant à la détermination de la TVA due pour l'année 2002.
J. En date du 7 juillet 2009, l'autorité inférieure - admettant que ledit envoi devait être considéré comme un recours au sens des art. 44 ss de la loi fédéral du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) et 31 ss de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) - l'a fait parvenir au Tribunal administratif fédéral (TAF) comme objet de sa compétence.
K. Par ordonnance du 24 août 2009, le Tribunal de céans a invité la recourante à préciser les conclusions et les motifs de son recours du 2 juillet 2009, en particulier à indiquer précisément les points de la décision sur réclamation du 2 juin 2009 qu'elle contestait.
L. Par lettre du 31 août 2009, la recourante a repris les termes de son recours du 2 juillet 2009 en les précisant sommairement. Elle réitère ses griefs et fait notamment valoir une déduction de l'impôt préalable sur la base des décomptes de dépenses produits pour les années 2002 à 2004, ainsi qu'un impôt préalable de 3.8 % sur les frais d'affranchissement de « La Poste Suisse ».
M. Invitée à déposer une réponse, l'AFC y a renoncé en se référant à sa décision sur réclamation du 2 juin 2009 et en concluant au rejet du recours sous suite de frais.
Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le TAF, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (cf. art. 37 LTAF).
Le mémoire de recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision (cf. art. 50 al. 1 PA). Le délai de recours est réputé observé si les écrits sont remis à l'autorité ou, à son adresse, à un bureau de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse le dernier jour du délai au plus tard (cf. art. 21 al. 1 PA). Lorsque la partie s'adresse en temps utile à une autorité incompétente, le délai est réputé observé (cf. art. 21 al. 2 PA). L'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente (cf. art. 8 al. 1 PA).
En l'occurrence, le mémoire de recours daté du 2 juillet 2009 contre la décision sur réclamation de l'AFC du 2 juin 2009 a été remis dans le délai légal (art. 50 al. 1 PA) à l'adresse de ladite autorité fiscale, laquelle l'a - à juste titre - transmis au TAF comme objet de sa compétence. Un examen préliminaire du recours révèle que cet acte ayant été déposé par une personne qui a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA) et selon les formes prescrites (cf. art. 52 al. 1 PA), il est recevable, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
1.2.
1.2.1. Le TAF constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] du 5 décembre 1996, in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 677).
La procédure devant le TAF est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle le Tribunal définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Le devoir de collaborer des parties concerne en particulier le recourant qui adresse un recours au Tribunal dans son propre intérêt. Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (cf. art. 52 PA; cf. également ATF 119 II 70 consid. 1; Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 292 ss; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7663/2010 et A-7699/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7020/2010 du 27 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées). Un devoir de collaborer concerne aussi le recourant en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, qui s'écarte de l'ordinaire (cf. Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 294 s.; arrêt du Tribunal fédéral 2C_573/2007 du 23 janvier 2008 consid. 2.3 et les références citées).
Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure et de les corriger ou compléter le cas échéant (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-535/2011 du 28 juin 2011 consid. 2.3 et les références citées; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 1.52).
1.2.2. Une fois les investigations requises terminées, et après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité saisie se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. En revanche, si la conviction de l'autorité compétente n'est pas acquise, elle doit appliquer les règles sur la répartition du fardeau de la preuve et résoudre le litige à l'aide de ces règles (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5927/2007 du 3 septembre 2010 consid. 3.1, A-6120/2008 du 14 mai 2010 consid. 1.3.2 et 1.3.3 et les références citées; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.149 ss).
Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, l'autorité saisie s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3994/2009 du 19 mai 2011 consid. 1.3.2 et les références citées, A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A-7046/2010 du 1er avril 2011 consid. 2.4.2 et A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5; Moor/Poltier, op. cit., p. 299 s.). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3994/2009 du 19 mai 2011 consid. 1.3.2, A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A-1687/2006 du 18 juin 2007 consid. 2.4). Le principe inquisitoire n'a donc aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.2 et les références citées, A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3), car il intervient à un stade antérieur.
1.2.3. Appliquées au droit fiscal, les règles sur la répartition du fardeau de la preuve susmentionnées supposent que l'administration fiscale supporte la charge de la preuve des faits qui déterminent l'imposition ou le montant de la créance fiscale, à savoir les faits fondant ou augmentant l'imposition. En revanche, l'assujetti assume la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition, à savoir les faits qui l'exonèrent ou réduisent le montant de l'impôt (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 2A.642/2004 14 juillet 2005, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 75 p. 495 ss consid. 5.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2 et les références citées, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.8, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 5.1, A-1373/2006 du 16 novembre 2007 consid. 2.1). S'agissant plus spécifiquement de l'impôt préalable, la preuve en incombe au contribuable, puisqu'il s'agit d'un fait qui aboutit à une diminution de l'impôt. Il lui est possible d'apporter cette preuve encore dans le cadre du recours au Tribunal de céans (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.4, A-1389/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.2, A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.4.3 et les références citées).
1.3. Le 1er janvier 2010, la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.
Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (cf. art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre de 2002 au 4ème trimestre de 2005, la présente cause tombe donc matériellement sous le coup de l'aLTVA et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347). En revanche, les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) ne trouvent pas application (cf. art. 93 et 94 aLTVA).
Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4136/2009 du 18 mars 2011 consid. 1.2, A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2, A-6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2 et A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2, A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2 et les références citées, A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2, A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in : Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 157, p. 1126).
2. Le litige concerne pour l'essentiel le droit à la déduction de l'impôt préalable.
2.1. Selon l'art. 38 aLTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour l'une des affectations justifiées par l'usage commercial indiquées à l'al. 2 (parmi lesquelles figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire dans son décompte les montants d'impôt préalable qu'en particulier d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 37 aLTVA, pour des livraisons et des prestations de services (art. 38 al. 1 let. a aLTVA). Ancrée dans cette disposition, la déduction de l'impôt préalable constitue un droit subjectif. Cela étant, elle représente également une technique au service du principe de la neutralité, selon lequel la TVA doit être la même pour tous les consommateurs, quel que soit le circuit emprunté par le bien (cf. Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in Mélanges CRC, Lausanne 2004, ch. 3.1.1). Elle a pour effet que l'entrepreneur ne doit imposer que son chiffre d'affaires net, même s'il doit soumettre à la TVA l'intégralité de son chiffre d'affaires, sans l'impôt lui-même (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 6.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2 et A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Berne 2003, 2e éd., ch. 1360). Du fait de la distinction entre l'impôt grevant les prestations en aval et celui frappant les prestations en amont, les deux domaines doivent être soigneusement distingués par l'assujetti et communiqués séparément (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2, A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2, A-5620/2008 du 11 novembre 2009 consid. 2.2; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 1362).
2.2. La déduction de l'impôt préalable est subordonnée à certaines conditions matérielles.
2.2.1. A ce titre, il est constant que, premièrement, seul un assujetti peut prétendre déduire l'impôt préalable (cf. art. 38 al. 1 aLTVA); deuxièmement, cette déduction est possible uniquement pour les livraisons et prestations de services grevées de TVA qui lui ont été facturées par un autre assujetti (cf. art. 38 al. 1 let. a aLTVA; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.1, A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.4, A-1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 5.1.2, A-1476/2006 et A-1492/2006 du 26 avril 2007 consid. 5.3); troisièmement, les prestations doivent être affectées - ne serait-ce que de manière médiate - à un des buts limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 aLTVA, étant encore précisé que l'assujetti peut également déduire les montants d'impôt préalable mentionnés à l'al. 1, lorsqu'il utilise des biens ou des services mentionnés à l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour des activités qui seraient imposables s'il les effectuait sur le territoire suisse (cf. art. 38 al. 3 aLTVA; cf. également arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 310/2009 du 1er février 2010 consid. 7.2, 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.1 et A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.5.1).
Enfin, la déduction de l'impôt préalable ne doit pas avoir été expressément proscrite (cf. art. 39 aLTVA; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.3; cf. sur les différentes conditions relatives à la déduction de l'impôt préalable, arrêts du Tribunal fédéral 2C_45/2008 du 16 décembre 2008 consid. 3.2, 2A.34/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3 et 4 et les références citées, A-2967/2008 du 11 août 2010 consid. 2 et A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.4; Diego Clavadetscher/Pierre-Marie Glauser/Gerhard Schafroth, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, ad art. 38 p. 684 ss).
2.2.2. Le système présuppose donc une relation étroite entre la prestation acquise et celle effectuée. L'« input » (« Eingangleistung »), soit l'acquisition de prestations en amont, doit être - en tant qu'élément de coût - affecté de manière directe ou indirecte à l'« output » (« Ausgangsleistung »), soit à la prestation en aval. La jurisprudence l'exprime en parlant d'un lien économique objectif (ou nécessaire) entre l'« input » et l'« output », qui peut être direct ou indirect, c'est-à-dire lorsque les prestations imposables sont simplement exécutées à l'aide des prestations acquises (cf. ATF 132 II 352 consid. 8.2, 8.3 et 10; arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 7.2, 2C_45/2008 du 16 décembre 2008 consid. 3.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.2 et les références citées, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.5.1, A-2967/2008 du 11 août 2010 consid. 2.2.2 et A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2.2). Dès lors, si une prestation acquise sert à produire une prestation imposable, la déduction de l'impôt préalable est possible intégralement, alors que si elle est affectée à un autre but, cette déduction n'est pas envisageable.
2.2.3.
2.2.3.1 Le principe de transférabilité de l'impôt découle du caractère d'impôt sur la consommation de la TVA. Le législateur doit assurer que l'entreprise assujettie puisse répercuter l'impôt sans difficulté et, en principe, dans sa totalité. Bien qu'inscrit dans la loi (cf. art. 1 al. 2 aLTVA), ce principe ne représente pas un droit subjectif (cf. ATF 123 II 385; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2008 et 2C_432/2008 du 18 février 2009 consid. 4.5, 2C_518/2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008 consid. 3.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.3.1 et les références citées, A-3198/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.4.2). En fin de compte, c'est le marché qui décide si un transfert est possible (cf. Xavier Oberson, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, p. 1149). La question du transfert de la TVA ne relève donc pas du droit public, conclusion entérinée par l'art. 37 al. 6 aLTVA, aux termes duquel les tribunaux civils connaissent des contestations portant sur le transfert de l'impôt. Cette question est en définitive régie exclusivement par le droit civil (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.3.1 et les références citées, A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.3 et A-1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 4.4.4).
2.2.3.2 Le transfert de la TVA n'étant pas automatique, mais relevant de l'autonomie des parties, les fondements de cet impôt seraient altérés si l'assujetti pouvait déduire une TVA qui ne lui a pas été effectivement transférée. C'est dès lors à juste titre que l'art. 38 al. 1 let. a aLTVA impose à l'assujetti de ne déduire que la TVA que d'autres assujettis lui ont facturée. Il s'agit là d'une exigence légale incontournable (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.3.2).
2.3. La faculté de déduire l'impôt préalable est, en outre, subordonnée à certaines conditions formelles.
2.3.1. L'art. 38 al. 1 let. a aLTVA prévoit que seul peut prétendre à la déduction de l'impôt préalable celui qui peut prouver les montants dont il réclame la déduction au moyen des pièces visées à l'art. 37 al. 1 et 3 aLTVA. La facture du fournisseur doit comprendre : son nom et son adresse, de même que son numéro d'immatriculation au registre des contribuables; le nom et l'adresse du destinataire; la date ou la période de la prestation; le genre, l'objet et le volume de celle-ci; le montant de la contre-prestation; le taux et le montant de l'impôt sur la contre-prestation, étant précisé que si l'impôt est inclus dans la contre-prestation, l'indication du taux suffit (art. 37 al. 1 aLTVA). La jurisprudence a reconnu que l'administration et les tribunaux étaient liés par ce formalisme légal. Lorsqu'une facture ne remplit pas les conditions cumulatives spécifiées dans l'aLTVA, l'AFC est tenue de refuser la déduction de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.1, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.2, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.1, A-1476/2006 du 26 avril 2007 consid. 4.2.1 et les références citées).
2.3.2. Les art. 113 al. 3 et 81 LTVA ne changent rien à ce qui précède. D'une part, l'art. 113 al. 3 LTVA, concernant exclusivement le droit de procédure, doit être appliqué de manière restrictive et ne peut conduire à une application rétroactive du droit matériel (cf. consid. 1.3. ci-avant). D'autre part, l'art. 81 LTVA ne contient aucune règle de droit transitoire. Ces dispositions n'ont dès lors aucun impact sur les conditions matérielles du droit à la déduction de l'impôt préalable. Elles n'ont pas non plus d'incidence sur les prescriptions de forme contenues à l'art. 37 aLTVA, qui sont étroitement liées au droit matériel et ne peuvent être qualifiées de pures dispositions de procédure au sens de l'art. 113 al. 3 LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.5, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.7, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7 et A-1113/2006 du 23 février 2010 consid. 3.4.3). Il s'ensuit que l'ancien droit demeure applicable à cet égard, s'agissant des états de fait révolus sous son empire.
Cela étant, les mêmes réflexions s'imposent pour l'art. 28 al. 4 LTVA et le fait que, selon la nouvelle LTVA, la facture ne représente plus une condition matérielle pour la déduction de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.5, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.7 et A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7; Message sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008, in : FF 2008 p. 3975 et 6973). Il ne s'agit manifestement pas là de droit de procédure. Appliquer cette nouvelle conception, relative à la preuve de l'impôt préalable déductible, à des états de fait révolus sous l'ancien droit, irait à l'encontre de l'art. 112 LTVA, du principe général relatif à l'entrée en vigueur du droit matériel et de l'interdiction de la rétroactivité (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.5, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7, A-1113/2006 du 23 février 2010 consid. 1.3.3).
Enfin, la jurisprudence a déjà eu l'occasion de préciser qu'un raisonnement identique conduisait à écarter l'application de l'art. 59 al. 2 de l'ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RS 641.201) à des états de fait révolus sous l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.5 et A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.7).
3.
3.1. En l'espèce, la recourante se prévaut pour l'essentiel d'une déduction de l'impôt préalable sur la base des décomptes de dépenses produits pour les années 2002 à 2004, ainsi que d'un impôt préalable de 3.8 % sur les frais d'affranchissement de « La Poste Suisse ».
3.1.1. Comme relevé à juste titre par l'AFC dans sa décision sur réclamation du 2 juin 2009, les documents au dossier ne permettent pas de déterminer les opérations pour lesquelles la recourante entend faire valoir une déduction de l'impôt préalable. La recourante s'est en effet contentée - afin de contester l'étendue de la créance fiscale - de déposer les décomptes de dépenses relatifs aux années 2002 à 2004, sans produire aucune facture ou autre pièce qui en tient lieu.
Concernant plus spécifiquement l'impôt préalable de 3.8 % sur les frais d'affranchissement de « La Poste Suisse », on rappellera qu'en vertu de l'art. 18 ch. 1 aLTVA, est exclu du champ de l'impôt le transport de biens qui est soumis aux services réservés au sens de la législation sur la poste, le transport de colis postaux étant en revanche imposable. A cet égard, la pratique administrative - valable durant les périodes fiscales litigieuses - a précisé que le transport des envois adressés de la poste aux lettres pesant jusqu'à 1 kg était exclu du champ de l'impôt et, partant, n'ouvrait pas droit à la déduction de l'impôt préalable, alors que les transports d'envois postaux en courrier accéléré, de colis et d'envois de la poste aux lettres expédiés dans le trafic international ainsi que de personnes étaient imposables (cf. Instructions 2001 sur la TVA, ch. 581, ci-après : instructions 2001). Les instructions 2008 sur la TVA (ci-après : instructions 2008), valable à partir du 1er janvier 2008, reprennent dans une certaine mesure les instructions 2001. Elles indiquent que le transport des envois adressés de la poste aux lettres pesant jusqu'à 100 grammes est exclu du champ de l'impôt, alors que les transports d'envois adressés de la poste aux lettres, postés en Suisse ou en provenance de l'étranger, dont le poids est supérieur à 100 grammes, ainsi que les transports d'envois postaux en courrier accéléré, de colis et d'envois de la poste aux lettres expédiés dans le trafic ainsi que de personnes sont imposables (cf. ch. 581 des instructions 2008). Comme admis à bon droit par l'AFC dans sa décision sur réclamation du 2 juin 2009, la recourante n'a - s'agissant des frais d'affranchissement postaux - produit aucun document permettant de déterminer si les frais d'affranchissement, pour lesquels elle entend faire valoir une déduction de l'impôt préalable, étaient exonérés en vertu de l'art. 18 ch. 1 aLTVA ou s'ils étaient imposables. La recourante n'a en effet fourni aucune facture ou autre pièce qui en tient lieu, qui permettrait d'établir l'imposition des transports des envois de la poste aux lettres en cause et, partant, le droit à la déduction de l'impôt préalable au sens de l'art. 38 al. 1 let. a aLTVA.
C'est le lieu de rappeler que la déduction de l'impôt préalable est uniquement possible sur la base d'un justificatif, soit une facture remplissant certaines exigences formelles (cf. art. 38 al. 1 let. a aLTVA en lien avec l'art. 37 aLTVA; cf. également consid. 2.3.1. ci-avant). Notons à cet égard que - dans la mesure où la recourante n'a déposé aucune facture ou autre pièce qui en tient lieu - l'art. 15a aOLTVA, concernant les factures dans lesquelles l'indication du fournisseur ou du destinataire est déficiente, ainsi que l'art. 45a aOLTVA, portant sur les autres vices formels pouvant affecter une facture, ne sauraient trouver application, puisque les documents justificatifs requis par l'art. 38 al. 1 let. a aLTVA pour revendiquer le droit à la déduction de l'impôt préalable font ici totalement défaut.
3.1.2. Dans ces conditions, il convient de constater que la recourante a échoué dans son offre de preuve. Elle n'a en effet pas prouvé ses allégations, à savoir que des prestations acquises en amont (« input »; « Eingangleistung ») auprès d'autres assujettis lui auraient servi à produire des prestations imposables en aval (« output »; « Ausgangsleistung ») et que, partant, d'autres assujettis lui auraient facturé des montants de l'impôt préalable déductibles (cf. consid. 2.2. ci-avant). Elle n'a pas non plus démontré que les frais d'affranchissement pour lesquels elle entend faire valoir une déduction de l'impôt préalable seraient imposables (cf. consid. 3.1.1. ci-avant). Aussi - en application des règles sur le fardeau de la preuve, selon lesquelles, s'agissant de la preuve d'un fait diminuant l'imposition (preuve de l'impôt préalable), la charge en incombe au contribuable (cf. consid. 1.2.3. ci-avant) - la recourante doit supporter les conséquences du défaut de preuve, de sorte qu'il ne lui est pas possible - sur la seule base des décomptes de dépenses produits pour les années 2002 à 2004 - de se prévaloir du droit à la déduction de l'impôt préalable. Les griefs soulevés à cet égard par la recourante sont dès lors mal fondés.
3.2. De plus, même si la recourante ne soutient pas expressément dans son mémoire de recours - contrairement à ce qu'elle a fait dans sa réclamation du 20 mars 2007 - que l'année 2005 ne devrait pas être prise en compte dans le calcul de l'impôt, car elle ne serait plus assujettie à la TVA, elle se fonde toutefois sur les décomptes de dépenses relatifs uniquement aux années 2002 à 2004 - afin de justifier son droit à la déduction de l'impôt préalable - ce qui peut laisser supposer que la recourante entend continuer à se prévaloir de l'argumentation susdite.
3.2.1. Conformément à l'art. 29 aLTVA, l'assujettissement obligatoire prend fin avec la cessation de l'activité imposable; en cas de liquidation d'un patrimoine, notamment lors d'une liquidation volontaire ou forcée ou d'un concordat par abandon d'actifs, à la clôture de la procédure de liquidation (let. a); à la fin de l'année civile au cours de laquelle les montants déterminant l'assujettissement n'ont plus été dépassés, si l'on peut s'attendre à ce qu'ils ne le soient pas non plus pendant l'année civile suivante (let. b). Dans le cas précis, la recourante n'a ni cessé son activité soumise à l'impôt ni été mise en liquidation, de sorte que la fin de l'assujettissement obligatoire dont elle entend se prévaloir ne pourrait cas échéant se fonder que sur l'art. 29 let. b aLTVA. Lorsque l'assujettissement prend fin conformément à cette disposition - soit faute de chiffre d'affaires atteignant le seuil prévu - l'AFC doit être immédiatement prévenue par écrit (cf. art. 56 al. 2 aLTVA). Ainsi, toute personne qui ne réalise plus le chiffre d'affaires minimum déterminant l'assujettissement et omet de l'annoncer est censée avoir opté pour l'assujettissement (cf. art. 56 al. 2 aLTVA; cf. également Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 148 ss, p. 459 ss).
3.2.2. Par conséquent et au vu de ce qui précède, il convient de constater que - même si le chiffre d'affaires annuel avait été, en 2005, inférieur à la limite déterminante - la recourante restait assujettie durant ladite année. En effet, le chiffre d'affaires de l'année civile précédente étant déterminant pour l'examen de la fin de l'assujettissement ensuite d'un chiffre d'affaires insuffisant, c'est ici l'assujettissement pour l'année 2006 qui était cas échéant concerné et non déjà celui de l'année 2005 (cf. consid. 3.2.1. ci-avant; cf. également la décision de la CRC du 10 mars 1999, in : JAAC 63.92 consid. 4). Les griefs soulevés indirectement à cet égard, par la recourante, sont ainsi infondés.
3.3. En outre, bien que ne requérant plus expressément l'annulation de sa créance envers l'AFC - d'un montant reconnu, dans la réclamation du 20 mars 2007, de Fr. 21'938.52 - en guise de dédommagement d'un « incident » survenu avec Y._______ SA, la recourante continue à demander une indemnité en raison dudit « incident ».
3.3.1. Comme relevé à juste titre par l'autorité inférieure, l'« incident » dont entend se prévaloir la recourante réside dans le fait que Y._______ SA - qui se serait vu refuser la déduction, à titre d'impôt préalable, de la TVA facturée en 2000 par Z._______ (en raison individuelle, puis associé gérant de la recourante du 8 février 2002 au 8 juillet 2003), motif pris de l'absence d'indication du numéro TVA du prénommé - aurait exigé de Z._______ le remboursement du montant de TVA payé. On relèvera ici que la recourante n'a déposé aucun document attestant dudit remboursement, de sorte que - après une appréciation libre des preuves et compte tenu de la répartition du fardeau de la preuve (cf. consid. 1.2.3. et 2.2.3.2 ci-avant) - force est d'admettre que la preuve d'un transfert de la TVA n'a pas été apportée par la recourante. D'ailleurs, même si un tel transfert avait été prouvé, il est douteux que la recourante aurait pu s'en prévaloir, puisque - dans la mesure où celui-ci aurait été effectué en raison du remboursement du montant de TVA due pour les prestations fournies par Z._______ en tant qu'architecte indépendant - le transfert de la TVA ne se serait pas fait à la recourante, mais à Z._______ en tant que raison individuelle. Cela étant dit, la problématique du transfert de la TVA ne ressort pas au droit public, mais au droit civil, de sorte que - se trouvant de la compétence du juge civil - elle doit nécessairement être résolue par celui-ci, à titre préjudiciel, ce qui n'a pas été le cas ici (cf. consid. 2.2.3.1 ci-avant; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.3.1, 6.2.3.4 et 6.2.4).
3.3.2. Dans ce contexte, la recourante ne saurait opposer en compensation aucune créance à l'encontre de l'autorité inférieure, pas plus qu'elle ne saurait revendiquer une quelconque indemnité pour le dommage - par ailleurs non prouvé - que lui aurait occasionné le refus à l'égard de Y._______ SA de déduire, à titre d'impôt préalable, la TVA facturée en 2000 par Z._______ pour son activité d'architecte indépendant. Les griefs soulevés par la recourante sont ainsi mal fondés.
3.4. La recourante prétend encore que le jugement du 6 juillet 2007 de la Cour de justice du canton de Genève, portant sur l'impôt cantonal et communal direct, devrait être pris en considération quant à la détermination de la TVA due pour l'année 2002.
3.4.1. La jurisprudence a admis que - même si la notion de frais « à caractère commercial » donnant droit à la déduction de l'impôt préalable et celle de « dépenses justifiées par l'usage commercial » pertinentes en matière d'impôts directs - se recoupaient partiellement, elles ne pouvaient être considérées comme équivalentes car elle étaient intimement liées aux buts différents assignés à ces deux contributions, soit l'imposition du revenu net pour les impôts directs, respectivement celle de la consommation finale pour la TVA (cf. ATF 123 II 295, traduit en français dans la Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 1997 II 743 consid. 6b et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral 2A.468/1999 du 27 octobre 2000 consid. 4b/bb). Ainsi - dans la mesure où les impôts directs se basaient sur le degré de capacité contributive économique de l'entreprise concernée - les frais qui n'étaient pas destinés à l'acquisition de biens économiques à porter à l'actif du bilan ou au paiement de dettes et qui ne représentaient pas des prélèvements privés ou des distributions dissimulées (et ouvertes) de bénéfices, ainsi que les amortissement et les réserves, appartenaient à la catégorie des frais d'acquisition du revenu de l'entreprise considérée. En revanche, la TVA n'étant pas dirigée sur l'acquisition du revenu, mais frappant la consommation, ce n'était pas seulement l'utilisation du revenu qui était visée, mais toute utilisation intermédiaire sans tenir compte de son origine, soit également la consommation financée par des fonds étrangers (cf. RDAF 1997 II 743 consid. 6b et les références citées). Par conséquent, les dépenses « à caractère commercial » donnant droit à la déduction de l'impôt préalable ne se laissaient - compte tenu d'une systématique différentes - pas définir selon des critères issus de l'impôt sur le revenu (cf. RDAF 1997 II 743 consid. 6b et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral 2A.468/1999 du 27 octobre 2000 consid. 4b/bb).
De manière plus générale, la jurisprudence a retenu que les impôts directs n'étant pas des contributions du même genre que la TVA, les règles régissant ces deux types d'impôts ne coïncidaient pas nécessairement (cf. Archives 64 p. 727 consid. 3d).
3.4.2. La recourante ne remet pas en cause la jurisprudence citée - qu'il convient au demeurant de confirmer - si bien que ses griefs, consistant à soutenir de manière générale que le jugement rendu en matière d'impôt cantonal et communal direct devrait être pris en considération quant à la détermination de la TVA due pour l'année 2002, sont mal fondés. La recourante se contente d'ailleurs d'opposer son propre point de vue sans préciser de manière circonstanciée pourquoi et en quoi la TVA relative à la période fiscale de 2002 aurait été fixée de manière erronée. En outre - comme on vient de le voir (cf. consid. 3.4.1. ci-avant) - c'est à bon droit que l'autorité inférieure n'a pas tenu compte - dans le calcul de la TVA due pour l'année 2002, plus spécifiquement dans la détermination du droit à la déduction de l'impôt préalable - de l'arrêt de la Cour de justice du canton de Genève, portant sur l'impôt cantonal et communal direct. Notons encore que non seulement la recourante ne semble en soi pas contester le chiffre d'affaires retenu par l'AFC, mais que de plus, la déduction de l'impôt préalable n'est possible que sur la base d'un justificatif, soit une facture remplissant certaines exigences formelles (cf. consid. 2.3.1. ci-avant), ce qui - comme déjà dit (cf. consid. 3.1.1. et 3.1.2.) - fait ici défaut.
3.5. Enfin, la recourante prétend que l'intérêt moratoire ne serait pas dû. Elle soutient en substance que la décision entreprise aurait été rendue relativement tardivement, sans que l'inaction de l'administration fédérale ne puisse lui être imputée, de sorte qu'elle ne saurait en subir les conséquences.
3.5.1. Le Département fédéral des finances a fixé le taux de l'intérêt moratoire à 5% (cf. art. 1 al. 1 et 3 de l'ordonnance du DFF du 20 juin 2000 sur les taux de l'intérêt moratoire et de l'intérêt rémunératoire [RO 2000 2146; en vigueur du 1er janvier 2001 au 30 avril 2007]).
Selon l'art. 47 al. 1 aLTVA, intitulé « Paiement de l'impôt », l'assujetti doit verser l'impôt dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte, laquelle correspond en règle générale à un trimestre civil (cf. art. 45 al. 1 aLTVA). En cas de retard dans le paiement, un intérêt moratoire est dû sans sommation préalable (cf. art. 47 al. 2 aLTVA). L'art. 47 aLTVA ne prévoit pas d'exception à la règle selon laquelle un intérêt moratoire est calculé dès lors que l'impôt n'est pas payé dans les 60 jours suivant l'expiration de la période de décompte. En particulier, l'intérêt moratoire est dû indépendamment de toute faute du contribuable ("quelle que soit la raison du retard" selon le ch. 970 des instructions 2001; cf. également ch. 970 des instructions 2008; arrêts du Tribunal fédéral 2C_594/2009 du 5 mai 2010 consid. 5.1, 2C_641/2008 du 12 décembre 2008 consid. 5 et 2C_642/2008 du 12 décembre 2008 consid. 5; décision de la CRC du 23 septembre 1998, in : JAAC 63.51 consid. 3c). Autrement dit, l'intérêt moratoire est dû, en vertu du principe de l'auto-taxation, dès l'échéance du paiement de l'impôt et court pendant la durée de la procédure de réclamation et de recours, indépendamment de toute faute du contribuable et sans avertissement ou sommation préalable de l'administration. Lorsque plusieurs périodes entrent en considération, l'intérêt dû sur la totalité de la créance est calculé à partir d'une échéance moyenne (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_641/2008 du 12 décembre 2008 consid. 5 et 2C_642/2008 du 12 décembre 2008 consid. 5; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Zurich 2005, no 2 ad art. 47 aLTVA, p. 237; Jean-marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse : la taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 163). Rappelons encore que l'aLTVA ne prévoit aucune possibilité de suspendre ou de reporter l'intérêt moratoire (cf. JAAC 63.51 consid. 3c).
3.5.2. Dans le cas précis, il n'y a pas de raison de s'écarter des principes susdits et d'exempter la recourante à verser des intérêts moratoires pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2002 au 4ème trimestre de 2005. La longueur de la procédure ne justifie pas que l'autorité fiscale renonce à percevoir des intérêts moratoires, la recourante ayant notamment eu la possibilité de payer sous réserve les montants d'impôts contestés et d'éviter ainsi de devoir des intérêts moratoires. La recourante ne doit en outre pas perdre de vue que, durant toute la procédure, elle a conservé la libre disposition des montants dus au titre de la TVA et qu'elle a ainsi pu, le cas échéant, disposer de leur rendement. Par conséquent, il n'y a pas de motif de renoncer à la perception des intérêts moratoires.
4. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause - en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) - les frais de procédure, par Fr. 3'000. -, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (cf. art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 3'000. -, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. _______ ; Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit figure à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Pascal Mollard
Chantal Schiesser-Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :