bvger · B-1374/2012 · 2012-12-19 · de
B-1374/2012

Direktzahlungen und Ökobeiträge

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung II
B-1374/2012
Urteil vom 19. Dezember 2012
Besetzung
Richter Stephan Breitenmoser (Vorsitz),
Ronald Flury und Jean-Luc Baechler,
Gerichtsschreiberin Kinga Jonas;
Parteien
A._______,
vertreten durch Rechtsanwalt Markus Heer,
Beschwerdeführer,
gegen
Departement für Inneres und Volkswirtschaft des Kantons Thurgau,
Vorinstanz,
Landwirtschaftsamt des Kantons Thurgau,
Erstinstanz;
Gegenstand
landwirtschaftliche Direktzahlungen für das Jahr 2008.
Sachverhalt:
A. Der Beschwerdeführer führt einen Landwirtschaftsbetrieb im Weiler X._______. Mit Verfügung vom 24. November 2008 verweigerte ihm die Erstinstanz die Ausrichtung von Direktzahlungen für das Jahr 2008.
Mit Entscheid vom 16. April 2009 bzw. Urteil B-3350/2009 vom 14. Mai 2010 stützten die Vorinstanz und das Bundesverwaltungsgericht den Entscheid der Erstinstanz. Mit Urteil 2C_560/2010 vom 18. Juni 2011 (publ. in: BGE 137 II 366) hiess das Bundesgericht die gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts erhobene Beschwerde teilweise gut und hob dieses insoweit auf, als dem Beschwerdeführer damit Flächenbeiträge und ökologische Ausgleichsbeiträge für das Jahr 2008 verweigert wurden.
Mit Entscheid vom 2. September 2011 sprach die Erstinstanz dem Beschwerdeführer für das Jahr 2008 Beiträge nach der Öko-Qualitätsverordnung (ÖQV-Beiträge) in der Höhe von Fr. 10'520.- und Direktzahlungen von brutto Fr. 50'683.30 zu und kürzte diese wegen Nichteinhaltung von Gewässerschutzbestimmungen um Fr. 4'000.- auf netto Fr. 46'683.30. Zudem verrechnete die Erstinstanz ausstehende Beiträge des Beschwerdeführers an den Tierseuchen- und Pflanzenschutzfonds von insgesamt Fr. 1'244.05 sowie Forderungen des Veterinäramts in der Höhe von Fr. 3'893.- mit den Direktzahlungen. Mit Entscheid vom 7. Februar 2012 hiess die Vorinstanz den gegen den erstinstanzlichen Entscheid erhobenen Rekurs des Beschwerdeführers insoweit teilweise gut, als sie die Verrechnung des beim Veterinäramt ausstehenden Betrags von insgesamt Fr. 3'893.- mit den Direktzahlungen lediglich im Umfang von Fr. 1'296.- als rechtmässig beurteilte. Im Übrigen wies die Vorinstanz den Rekurs ab.
B. Gegen diesen Entscheid erhob der Beschwerdeführer am 9. März 2012 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei unter Kosten- und Entschädigungsfolge aufzuheben. Die Flächenbeiträge und Beiträge für den ökologischen Ausgleich seien ihm nach Abzug der Beiträge für den Tierseuchen- und Pflanzenschutzfonds zuzüglich einem Verzugszins von 5% ab dem 31. Dezember 2008 auszurichten. Ferner sei auf die Verrechnung der Forderung des Veterinäramts sowie auf "die Kürzungen" der Direktzahlungen zu verzichten. Schliesslich seien ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und der unterzeichnende Rechtsanwalt als sein Rechtsbeistand zu ernennen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vor- bzw. an die Erstinstanz zurückzuweisen. Zur Begründung bringt der Beschwerdeführer vor, für die Kürzung seines Direktzahlungsanspruchs um Fr. 4'000.- wegen Verletzung von Gewässerschutzvorschriften fehle es einerseits an einer rechtlichen Grundlage und andererseits bestehe für die Kürzungsrichtlinie keine genügende gesetzliche Grundlage. Mit der Verrechnung der Beiträge für den Pflanzenschutz- und Tierseuchenfonds sei er zwar einverstanden, nicht jedoch mit der Verrechnung der Forderung des Veterinäramts von Fr. 1'296.-. Diese stehe in keinem Zusammenhang mit den gesetzlich vorgesehenen Verrechnungstatbeständen. Zudem sei der Entscheid des Veterinäramts vom 4. April 2007 nicht in Rechtskraft erwachsen. Schliesslich habe er Anspruch auf einen Verzugszins, da das Subventionsgesetz 60 Tage nach Fälligkeit einer Forderung, die für Direktzahlungen am Ende des Beitragsjahres eintrete, einen Verzugszins vorsehe.
C. Mit Vernehmlassungen vom 4. bzw. 6. April 2012 beantragen die Vorinstanz und die Erstinstanz die Abweisung der Beschwerde. Die Erstinstanz legte ihrer Vernehmlassung eine Stellungnahme des Amts für Umwelt des Kantons Thurgau vom 2. April 2012 bei.
Mit Eingabe vom 30. April 2012 reichte der Beschwerdeführer verschiedene Unterlagen zum Nachweis seiner prozessualen Bedürftigkeit ein.
Mit Zwischenverfügung vom 8. Mai 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ab.
Mit Stellungnahme vom 1. Juni 2012 erklärt das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW), die Fälligkeit von Forderungen trete bei Finanzhilfen des Bundes mit der Rechtskraft des entsprechenden Entscheids ein, weshalb dem Beschwerdeführer kein Verzugszins geschuldet sei. Die Beitragskürzung wegen Verletzung von Gewässerschutzvorschriften sei, wie das Amt für Umwelt festhalte, gestützt auf einen rechtskräftigen Entscheid aus dem Jahr 2005 nicht zu beanstanden.
Auf Anfrage des Bundesverwaltungsgerichts führt das BLW mit Eingabe vom 16. Oktober 2012 zu der Frage der Beitragskürzung wegen Verletzung von Gewässerschutzvorschriften aus, mit dem Entscheid des Regierungsrats vom 31. März 2009 sei (rückwirkend) rechtskräftig festgestellt worden, dass der Beschwerdeführer die Gewässerschutzbestimmungen im Jahr 2008 verletzt habe. Da darüber hinaus lediglich ein rechtskräftiger Entscheid aus dem Jahr 2005 vorliege und in den Jahren 2006 bis 2007 keine weitere diesbezügliche Verfügung ergangen sei, könne gemäss Direktzahlungskürzungsrichtlinie nicht von einem wiederholten Verstoss ausgegangen werden.
Auf Aufforderung des Bundesverwaltungsgerichts hin nahm der Beschwerdeführer mit Eingabe vom 30. Oktober 2012 zum Schreiben des Amts für Umwelt des Kantons Thurgau vom 2. April 2012 Stellung. Zudem erklärt er, der Entscheid des Regierungsrats des Kantons Thurgau vom 31. März 2009 betreffend Durchführung einer Ersatzvornahme auf seinem Betrieb, um dessen Einreichung er vom Gericht ersucht wurde, liege ihm nicht vor.
Am 13. November 2012 reichte das Amt für Umwelt des Kantons Thurgau den Entscheid des Regierungsrats des Kantons Thurgau vom 31. März 2009 ein.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesverwaltungsgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob die Prozessvoraussetzungen vorliegen und auf eine Beschwerde einzutreten ist.
1.1. Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt gemäss Art. 31 i.V.m. Art. 33 Bst. i des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (VGG, SR 173.32) Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968 (VwVG, SR 172.021).
Gemäss Art. 33 Bst. i VGG i.V.m. Art. 166 Abs. 2 des Landwirtschaftsgesetzes vom 29. April 1998 (LwG, SR 910.1) kann gegen Verfügungen letzter kantonaler Instanzen in Anwendung des LwG und seiner Ausführungsbestimmungen beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde geführt werden, sofern keine Ausnahme gemäss Art. 166 Abs. 2 LwG vorliegt.
Beim angefochtenen Beschwerdeentscheid der Vorinstanz vom 7. Februar 2012 handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid, der sich auf die Landwirtschaftsgesetzgebung und damit auf öffentliches Recht des Bundes stützt und eine Verfügung i.S.v. Art. 5 Abs. 2 VwVG darstellt (§ 54 Abs. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Thurgau vom 23. Februar 1981 [VRG-TG; RB-Nr. 170.1]).
Das Bundesverwaltungsgericht ist damit zur Behandlung der vorliegenden Streitsache zuständig.
1.2. Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilge-nommen, ist vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat als Verfügungsadressat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhe-bung oder Änderung (Art. 48 Abs. 1 VwVG).
Er ist somit zur Beschwerdeführung legitimiert.
1.3. Die Eingabefrist sowie die Anforderungen an Form und Inhalt der Beschwerdeschrift sind gewahrt (Art. 50 und 52 Abs. 1 VwVG), der Kostenvorschuss wurde fristgemäss bezahlt und auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen liegen vor.
1.4. Auf die Beschwerde ist damit einzutreten.
2. Der vorliegend zu beurteilende Sachverhalt hat sich im Jahr 2008 ereignet, weshalb grundsätzlich diejenigen Rechtssätze Anwendung finden, die bei der Erfüllung des rechtlich zu ordnenden oder zu Rechtsfolgen führenden Tatbestands Geltung hatten (vgl. Pierre Tschannen/Ulrich Zimmerli/Markus Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., Bern 2009, § 24 N. 9). Der Gesetzgeber kann zwar eine davon abweichende Regelung treffen, was er indessen vorliegend - soweit hier interessierend - nicht getan hat (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-5182/2010 vom 26. April 2011 E. 3, m.w.H.). Die im vorliegenden Fall anzuwendenden Bestimmungen wurden von keinen entscheidrelevanten Rechtsänderungen betroffen.
3. In formeller Hinsicht beantragt der Beschwerdeführer, ihm sei für die Verfahren vor der Erstinstanz und der Vorinstanz unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Soweit dieser Antrag des Beschwerdeführers das Verfahren vor der Erstinstanz betrifft, ist darauf nicht einzutreten, da er ihn bereits im vorinstanzlichen Verfahren hätte stellen müssen, was er unterlassen hat. Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass für das erstinstanzliche Verfahren keine Verfahrenskosten auferlegt wurden.
Was das vorinstanzliche Verfahren betrifft, so ist auf den Antrag des Beschwerdeführers ebenfalls nicht einzutreten, da er nicht darlegt, dass und inwiefern die Abweisung seines Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit im (End-)Entscheid vom 7. Februar 2012 offensichtlich unrichtig sein soll.
4. Grundlage für die Ausrichtung von Direktzahlungen bilden - gestützt auf Art. 104 Abs. 2 BV - die Art. 70 ff. LwG sowie die gestützt darauf vom Bundesrat erlassene Direktzahlungsverordnung vom 7. Dezember 1998 (DZV, SR 910.13). Demnach richtet der Bund Bewirtschaftern von bodenbewirtschaftenden bäuerlichen Betrieben zwecks Förderung der Landwirtschaft bei Erfüllung bestimmter Voraussetzungen, insbesondere unter der Voraussetzung des ökologischen Leistungsnachweises (ÖLN), Direktzahlungen in Form von Beiträgen aus (Art. 70 Abs. 1 LwG).
Direktzahlungen umfassen allgemeine Direktzahlungen, Ökobeiträge und Ethobeiträge (Art. 1 Abs. 1 DZV). Als allgemeine Direktzahlungen gelten auch Flächenbeiträge (Art. 1 Abs. 2 Bst. a DZV) und Beiträge für die Haltung Raufutter verzehrender Nutztiere (Art. 1 Abs. 2 Bst. b DZV). Beiträge für besonders tierfreundliche Stallhaltungssysteme (BTS) und Beiträge für regelmässigen Auslauf im Freien (RAUS) zählen zu den Ethobeiträgen (Art. 1 Abs. 4 Bst. a und b DZV).
5. Der Beschwerdeführer beanstandet die von der Erstinstanz berechneten Direktzahlungsbeiträge für das Jahr 2008 hinsichtlich Bestand und Höhe nicht. Ebenso erklärt er sich mit der Verrechnung der Beiträge für den Pflanzenschutz- und Tierseuchenfonds von insgesamt Fr. 1'244.05 mit den Direktzahlungen einverstanden.
Streitgegenstand bilden vorliegend damit nur noch die Kürzung der für das Jahr 2008 gesprochenen Beiträge wegen Verletzung von Gewässerschutzbestimmungen, die Verrechnung einer Forderung des Veterinäramts mit den Direktzahlungen sowie die Ausrichtung eines Verzugszinses.
6. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanzen hätten seinen Direktzahlungsanspruch für das Jahr 2008 nicht wegen Verletzung von Gewässerschutzvorschriften kürzen dürfen. Im Jahr 2005 sei zwar eine angebliche Nichteinhaltung des baulichen Gewässerschutzes auf seinem Betrieb festgestellt und im Oktober 2008 die Ersatzvornahme der im Juni 2005 verfügten Massnahme angeordnet worden. Die Ersatzvornahme sei in der Folge jedoch nicht umgesetzt worden, was einem formlosen Widerruf des Entscheids aus dem Jahr 2005 gleichkomme. Damit fehle es an einer Grundlage für eine Kürzung. Zudem habe die Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie keine formalgesetzliche Grundlage.
6.1. Voraussetzung für die Ausrichtung von Direktzahlungen ist die Einhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgeblichen Bestimmungen der Gewässer-, Umwelt- und Tierschutzgesetzgebung (Art. 70 Abs. 4 LwG, Art. 5 DZV). Nach Art. 170 Abs. 1 LwG können die Beiträge gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller das LwG, seine Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt. Die Kürzung oder Verweigerung gilt mindestens für die Jahre, in denen der Gesuchsteller die Bestimmungen verletzt hat (Art. 170 Abs. 2 LwG). Art. 170 Abs. 3 LwG ermächtigt den Bundesrat, die notwendigen Verordnungsbestimmungen für Kürzungen der Direktzahlungen zu erlassen. In Ausübung dieser Ermächtigung bestimmt Art. 70 Abs. 1 Bst. e DZV, dass die Kantone Beiträge gemäss der Richtlinie der Landwirtschaftsdirektorenkonferenz zur Kürzung der Direktzahlungen vom 27. Januar 2005 (Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie) kürzen oder verweigern, wenn ein Gesuchsteller landwirtschaftsrelevante Vorschriften des Gewässerschutz-, des Umweltschutz- oder des Natur- und Heimatschutzgesetzes nicht einhält. Die Nichteinhaltung solcher Vorschriften muss mit einem rechtskräftigen Entscheid festgestellt werden (Art. 70 Abs. 2 DZV).
6.2. Mit der Verfügung "Sanierung Liegenschaftsentwässerung" vom 23. Juni 2005 stellte das Amt für Umwelt fest, dass die Auflagen des baulichen Gewässerschutzes auf dem Betrieb des Beschwerdeführers nicht eingehalten seien. Der Beschwerdeführer habe verschmutztes Abwasser von Umschlag- und Verkehrsflächen sowie der Tierhaltung in die Meteorwasserleitung abgeleitet und damit gegen Art. 6 des Gewässerschutzgesetzes vom 24. Januar 1991 (GSchG, SR 814.20) verstossen. Der Beschwerdeführer wurde aufgefordert, durch Sofortmassnahmen sicherzustellen, dass kein verschmutztes Abwasser in die Sauberwasserkanalisation gelangen könne, einen Sanierungsplan für die Entwässerung der Liegenschaft vorzulegen und im Bereich der Ökonomiegebäude eine Gesamtabwassersanierung vorzunehmen. Mit Entscheid vom 22. Oktober 2008 ordnete das Amt für Umwelt zur Verhinderung von Gewässerverschmutzungen die Ersatzvornahme der im Juni 2005 angeordneten Sofortmassnahmen an.
6.3. Art. 70 Abs. 1 Bst. e DZV setzt für eine Kürzung der Direktzahlungsbeiträge zunächst voraus, dass die Nichteinhaltung des Gewässerschutzgesetzes landwirtschaftsrelevante Vorschriften betrifft. Dies ergibt sich ebenfalls aus Art. 70 Abs. 4 LwG, wonach nur die Einhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgeblichen Bestimmungen als Voraussetzung für die Ausrichtung von Direktzahlungen gilt. Damit wollte der Gesetzgeber einen Zusammenhang zwischen Gesetzesverstoss und betrieblicher Tätigkeit statuieren (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_560/2010 vom 18. Juni 2011 E. 3.2 und 4.7).
Vorliegend bestehen keine Zweifel am Zusammenhang zwischen der Bewirtschaftung des Betriebs des Beschwerdeführers und der durch das Amt für Umwelt in den Jahren 2005 und 2008 festgestellten Verletzung der Gewässerschutzbestimmungen. Der Beschwerdeführer macht denn auch nichts Gegenteiliges geltend.
6.4. Des Weiteren setzt eine Beitragskürzung gemäss Art. 70 Abs. 2 DZV voraus, dass die Nichteinhaltung der Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes mit einem rechtskräftigen Entscheid festgestellt wurde.
Der Beschwerdeführer macht diesbezüglich geltend, für eine Kürzung der Beiträge für das Jahr 2008 könne nicht auf eine Verfügung aus dem Jahr 2005 abgestellt werden, deren Vollstreckung nicht erfolgt sei und die im massgeblichen Zeitpunkt drei Jahre zurückgelegen habe. Diese Umstände deuteten darauf hin, dass die Beanstandungen im Bereich des Gewässerschutzes überhaupt nie bestanden hätten.
6.4.1. Nach Art. 170 Abs. 2 LwG gilt die Kürzung oder Verweigerung von Beiträgen mindestens für die Jahre, in denen ein Gesuchsteller die Bestimmungen verletzt hat. In Übereinstimmung mit dieser Bestimmung ist davon auszugehen, dass sich die in Art. 70 Abs. 2 DZV geforderte rechtskräftige Feststellung der Nichteinhaltung der Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes jeweils auf das in Frage stehende Beitragsjahr beziehen muss, d.h. es muss mit Bezug auf jedes Direktzahlungsjahr, für welches Beiträge gekürzt werden sollen, rechtskräftig festgestellt sein, dass der Gesuchsteller gegen die Gewässerschutzbestimmungen verstossen hat. Dies bedeutet jedoch nicht, dass der fragliche Entscheid auch aus dem jeweiligen Beitragsjahr datieren muss. Es genügt vielmehr, wenn die Gewässerschutzverletzung gestützt auf einen (zu einem späteren Zeitpunkt ergangenen) Entscheid rückwirkend mit Bezug auf ein bestimmtes Beitragsjahr festgestellt ist. Ebenso versteht es sich von selbst, dass der Entscheid i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV von jeder Behörde getroffen worden sein kann, in deren Zuständigkeitsbereich die Einhaltung der Gewässerschutzbestimmungen fällt, also beispielsweise auch von einer Strafbehörde.
6.4.2. Mit Verfügung vom 23. Juni 2005 forderte das Amt für Umwelt den Beschwerdeführer auf, durch Sofortmassnahmen sicherzustellen, dass kein verschmutztes Abwasser in die Sauberwasserkanalisation gelangen könne. Dieser Entscheid erwuchs in Rechtskraft.
Mit Entscheid vom 22. Oktober 2008 hielt das Amt für Umwelt fest, ein am 10. September 2008 durchgeführter Augenschein habe ergeben, dass die Sauberwasserleitungen auf dem Hof des Beschwerdeführers (immer noch) durch Abgänge aus der Tierhaltung verschmutztes Abwasser enthielten, da die Schachtdeckel nicht durch dichte, verschlossene Deckel ersetzt worden seien. Aus diesem Grund ordnete das Amt zur Verhinderung von Gewässerverschmutzungen die Ersatzvornahme der im Juni 2005 verfügten Sofortmassnahmen an: Absaugen von 7 Schächten und Abführen der Flüssigkeit; Ersatz von 7 Schachtdeckeln durch verschraubte Vollgussdeckel.
Der Entscheid vom Oktober 2008 ist ein Vollstreckungsentscheid, der der Durchsetzung der - vollstreckbaren - Sachverfügung vom 23. Juni 2005 dient. Gleichwohl genügt dieser Entscheid den Voraussetzungen von Art. 70 Abs. 2 DZV: Mit der Anordnung einer Ersatzvornahme wird zwar nicht explizit im Dispositiv des Entscheids, aber implizit bestätigt, dass die in der Sachverfügung getroffenen Feststellungen zum Zeitpunkt des Vollstreckungsentscheids (immer noch) Bestand haben bzw. dass der Adressat den ihm in der Sachverfügung auferlegten Pflichten nicht nachgekommen ist, weshalb der unrechtmässige Zustand andauert. Andernfalls wäre die Anordnung einer Ersatzvornahme nicht zulässig. Demgegenüber kann die materielle Rechtmässigkeit der Sachverfügung wegen deren Rechtskraft nicht mehr Gegenstand des Vollstreckungsentscheids oder einer Beschwerde gegen diesen sein (vgl. TOBIAS JAAG/RETO HÄGGI, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar VwVG, Zürich/Basel/Genf 2009, Art. 41 N 11 ff., m.w.H.). Für den vorliegenden Fall bedeutet dies, dass mit dem Entscheid des Amts für Umwelt vom 22. Oktober 2008 für das Direktzahlungsjahr 2008 festgestellt ist, dass die Schächte auf dem Hof des Beschwerdeführers den Auflagen des baulichen Gewässerschutzes nicht entsprachen. Der Beschwerdeführer hat gegen den Vollstreckungsentscheid vom Oktober 2008 zwar Rekurs eingelegt. Dieser wurde vom Regierungsrat des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 31. März 2009 aber abgewiesen. Letzterer ist in der Folge in Rechtskraft erwachsen.
Was die Behauptung des Beschwerdeführers angeht, die im Jahr 2005 festgestellten Beanstandungen seien nie vorhanden gewesen, so wird diese durch die Feststellungen am Augenschein vom 10. September 2008 und die Anordnungen im Entscheid vom Oktober 2008 klar widerlegt. Vor diesem Hintergrund kann auch nicht davon ausgegangen werden, dass das Amt für Umwelt mit dem Verzicht auf die angeordnete Ersatzvornahme Zweifel an der Richtigkeit seiner Entscheide vom Juni 2005 oder Oktober 2008 hätte zum Ausdruck bringen oder auf diese hätte zurückkommen wollen. Ohne Wirkung bleibt der Verzicht auf die Ersatzvornahme auch auf den Beschwerdeentscheid des Regierungsrats, da ein diesbezügliches Zurückkommen nur durch den Regierungsrat selbst hätte erfolgen können, was jedoch nicht der Fall war.
6.4.3. Auf Grund dieser Erwägungen ist im Sinne eines Zwischenergebnisses festzuhalten, dass die Nichteinhaltung der Gewässerschutzbestimmungen durch den Beschwerdeführer im Direktzahlungsjahr 2008 mit dem Entscheid des Amts für Umwelt vom 22. Oktober 2008 bzw. dem Entscheid des Regierungsrats vom 31. März 2009 (rückwirkend) festgestellt wurde, womit eine i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV rechtsgenügliche Grundlage für eine Beitragskürzung für das Jahr 2008 vorliegt.
6.5. Der Beschwerdeführer macht mit Bezug auf die Beitragskürzung wegen Verletzung von Gewässerschutzbestimmungen des Weiteren geltend, die Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie entbehre der erforderlichen formalgesetzlichen Grundlage und verstosse damit gegen das Legalitätsprinzip.
6.5.1. Art. 170 Abs. 3 LwG bestimmt, dass der Bundesrat die Kürzungen bei Verletzung von Vorschriften im Bereich der Direktzahlungen regelt. In Ausübung dieser Ermächtigung bestimmt der Bundesrat in Art. 70 Abs. 1 DZV, dass die Kantone Beiträge gemäss der Richtlinie der Landwirtschaftsdirektorenkonferenz kürzen oder verweigern. Damit hat die Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers eine genügende gesetzliche Grundlage.
6.5.2. Die Höhe der Beitragskürzung (Fr. 4'000.-) beanstandet der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer nicht. Dennoch gilt es, diese von Amtes wegen zu überprüfen.
Die Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie (massgebliche Fassung vom 27. Januar 2005) unterscheidet bei Verstössen gegen landwirtschaftsrelevante Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes - je nach Vorgeschichte und Wirkung der Widerhandlung im Einzelfall - zwischen erstmaligen Verstössen mit oder ohne Dauerwirkung sowie wiederholten Verstössen, d.h. Widerhandlungen von Bewirtschaftern gegen die gleichen landwirtschaftsrelevanten Bestimmungen innerhalb von 3 Jahren. Innerhalb jeder dieser Kategorie wird zudem zwischen fahrlässigen, eventualvorsätzlichen und vorsätzlichen Verstössen unterschieden. Daraus ergeben sich insgesamt neun Kategorien, innerhalb welcher die kantonalen Behörden die Direktzahlungen (allgemeine Direktzahlungen, Öko- und Ethobeiträge) prozentual kürzen können (Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie, Bst. A Ziff. 5).
Die Vorinstanzen gehen davon aus, dass die auf dem Betrieb des Beschwerdeführers festgestellte Nichteinhaltung der Gewässerschutzvorschriften einen wiederholten, eventualvorsätzlichen Verstoss mit Dauerwirkung innerhalb von 3 Jahren darstellt, weshalb sie die im Vorjahr vorgenommene Kürzung von Fr. 2'000.- für das Jahr 2008 - entsprechend der Vorgabe der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie - auf Fr. 4'000.- verdoppelt haben. In den Jahren 2006 bis 2007 ist jedoch keine rechtskräftige Verfügung betreffend Nichteinhaltung von Gewässerschutzbestimmungen durch den Beschwerdeführer ergangen. Damit stellt die Verfügung des Amts für Umwelt vom 23. Juni 2005 den diesbezüglich zuletzt getroffenen, rechtskräftigen Entscheid dar. Da dieser Entscheid (vom Direktzahlungsjahr 2008 aus betrachtet) jedoch nicht innerhalb der letzten 3 Jahre ergangen ist, kann die Verletzung der Gewässerschutzvorschriften durch den Beschwerdeführer im Jahr 2008 (vgl. E. 6.4.2 hiervor) nicht als wiederholter Verstoss i.S. der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie qualifiziert werden, weshalb die durch die Vorinstanzen vorgenommene Beitragskürzung aufzuheben ist.
Selbst wenn die Gewässerschutzverletzung durch den Beschwerdeführer im Jahr 2008 als einmaliger Verstoss qualifiziert würde, wäre die von den Vorinstanzen vorgenommene Kürzung von Fr. 4'000.- aufzuheben, da sie über den von der Kürzungsrichtlinie für einen einmaligen, eventualvorsätzlichen Verstoss mit Dauerwirkung vorgegebenen Rahmen von 25%, mindestens Fr. 200.-, maximal jedoch Fr. 2'500.- hinausgeht. Wie eine Kürzung innerhalb dieses von der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie vorgegebenen Rahmens zu bemessen ist bzw. wie ein bestimmter Verstoss zu gewichten ist, ist in das pflichtgemässe Ermessen der zuständigen kantonalen Behörden gestellt. Dabei stellt die Kürzungsrichtlinie bloss - aber immerhin - eine einheitliche Verwaltungspraxis bezüglich des Höchstmasses einer Beitragskürzung sicher (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-2730/2011 vom 22. Mai 2012 E. 6.3, m.w.H.). Der Ermessensspielraum der kantonalen Behörde ist vom Bundesverwaltungsgericht zu respektieren, weshalb es Sache der Erstinstanz ist, die genaue Höhe der Kürzung des Direktzahlungsanspruchs des Beschwerdeführers für das Jahr 2008 wegen eines einmaligen Verstosses festzulegen. Dabei ist sie an die Verfassung gebunden, hat das Rechtsgleichheitsgebot und das Verhältnismässigkeitsprinzip zu befolgen, die öffentlichen Interessen zu wahren sowie Sinn und Zweck der gesetzlichen Ordnung zu beachten (vgl. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Zürich/St. Gallen 2010, Rz. 441, 473 ff., m.w.H.).
7. Des Weiteren bringt der Beschwerdeführer vor, die Kosten, die ihm das Veterinäramt mit Entscheid vom 4. April 2007 auferlegt habe, könnten nicht mit seinem Direktzahlungsanspruch für das Jahr 2008 verrechnet werden, da sie nicht unter die gesetzlich vorgesehenen Verrechnungstatbestände fielen. Es handle sich weder um Beiträge für den Pflanzenschutzfonds noch um solche für den Tierseuchenfonds. Ferner handle es sich auch nicht um Kontrollkosten und Verfahrensgebühren im Zusammenhang mit der Ausrichtung von Direktzahlungen. Entsprechend erwähne der Kantonstierarzt die Bestimmungen der Direktzahlungsverordnung nicht, sondern stütze seine Kritik auf die Tierschutzgesetzgebung, die nichts mit der Ausrichtung von Direktzahlungen zu tun habe. Die Ausführungen des Kantonstierarztes zeigten, dass dieser nicht im Auftrag des Landwirtschaftsamts, sondern auf Grund von Beanstandungen von Drittpersonen geamtet habe. Schliesslich seien die in Frage stehenden Kosten auch nicht rechtskräftig ausgewiesen.
Mit Entscheid vom 4. April 2007 betreffend "Überprüfung der gesetzlichen Vorschriften, Widerhandlung gegen Tierschutzbestimmungen" verpflichtete das Veterinäramt des Kantons Thurgau den Beschwerdeführer, seine Tiere gemäss den Tierschutzbestimmungen zu halten und auferlegte ihm die Kosten für ein Fachgutachten von Fr. 896.- sowie Verfahrenskosten von Fr. 400.-. Der Beschwerdeführer beanstandet die Verrechnung dieser beiden Kostenpunkte mit den Direktzahlungen.
7.1. Der Vollzug des LwG obliegt weitgehend den Kantonen. Diese erlassen die notwendigen Ausführungsbestimmungen und bringen sie dem Departement zur Kenntnis (Art. 178 LwG). Insbesondere überträgt der Bund den Kantonen gewisse Kontrollmassnahmen (Art. 181 Abs. 3 LwG).
Gemäss § 1 Abs. 2 des Landwirtschaftsgesetzes des Kantons Thurgau vom 25. Oktober 2000 (TG LwG, RB-Nr. 910.1) ergänzt dieses kantonale Landwirtschaftsgesetz das Bundesgesetz über die Landwirtschaft. § 17 Abs. 3 Bst. 3 TG LwG bestimmt, dass das zuständige Amt mit den Direktzahlungen Kontrollkosten und Verfahrensgebühren, die im Zusammenhang mit der Ausrichtung von Direktzahlungen stehen, verrechnen kann.
7.2. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Rechtskraft des Entscheids des Veterinäramts vom 4. April 2007 sei nicht rechtsgenüglich nachgewiesen.
Die Vorinstanz hat den Entscheid vom 4. April 2007 dem Bundesverwaltungsgericht im Rahmen ihrer Vernehmlassung mit einer durch sie selbst ausgestellten Rechtskraftbescheinigung vom 4. April 2012 versehen eingereicht. Die Frage, ob die Vorinstanz - als für Beschwerden gegen Entscheide des Veterinäramts zuständige Rekursinstanz - berechtigt war, für den Entscheid des Veterinäramts eine Rechtskraftbescheinigung auszustellen, braucht vorliegend nicht beurteilt zu werden. Die Feststellung der Vorinstanz, dass gegen den Entscheid des Veterinäramts vom 4. April 2007 innert Frist kein Rechtsmittel ergriffen worden sei, stellt ein taugliches Beweismittel für die formelle Rechtskraft dieses Entscheids dar, auf welches das Bundesverwaltungsgericht bei seiner Sachverhaltsfeststellung und -würdigung abstellt. Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer vorliegend ohne jeglichen Beweis erklärt, dass er die Rechtskraft des Entscheids des Veterinäramts bestreite, obwohl ihm als Adressaten dieses Entscheids ohne Weiteres ein Beweismittel zur Verfügung stünde, mit dem er den Eintritt der Rechtskraft widerlegen könnte. Damit besteht für das Bundesverwaltungsgericht vorliegend keine Veranlassung, die Rechtskraft des Entscheids des Veterinäramts vom 4. April 2007 in Zweifel zu ziehen. Damit kann der Vorinstanz gefolgt werden, dass die in Frage stehenden Forderungen für eine Verrechnung rechtsgenüglich ausgewiesen sind.
7.3. Als nächstes stellt sich die Frage, ob es sich bei den Kosten für das Fachgutachten von Fr. 896.- und den Verfahrenskosten von Fr. 400.- um Kontrollkosten und Verfahrensgebühren i.S.v. § 17 Abs. 3 Bst. 3 TG LwG handelt, die im Zusammenhang mit der Ausrichtung von Direktzahlungen stehen.
Die Vorinstanz erklärt, es treffe zu, dass es sich bei der dem Entscheid des Veterinäramts vom 4. April 2007 zu Grunde liegenden Kontrolle vom 6. März 2007 um eine Tierschutzkontrolle gehandelt habe. Die Kontrollen des Veterinäramts erfolgten in der Regel zwar nicht im Auftrag der Erstinstanz. Die an einer Tierschutzkontrolle gemachten Feststellungen führten unter anderem aber auch zu Kürzungen der Direktzahlungen. Voraussetzung für den ökologischen Leistungsnachweis und damit für die Ausrichtung von Direktzahlungen sei nämlich insbesondere die Einhaltung der Tierschutzvorschriften, weshalb die Erstinstanz diesbezüglich auf Meldungen, Mitteilungen und Entscheide des Veterinäramts abstelle. § 17 Abs. 3 Bst. 3 TG LwG erfasse auch Verfahrensgebühren anderer Ämter, da diese Bestimmung andernfalls nie zum Tragen käme, da die Erstinstanz für seine Direktzahlungsentscheide und die Kontrollstelle für Ökomassnahmen und Labelproduktion für seine ÖLN-Kontrollen bei normalem Kontrollaufwand praxisgemäss nie Verfahrensgebühren erheben würden. Diese Sicht der Vorinstanz verletzt Bundesrecht nicht.
Es kann vielmehr im Einklang mit der Vorinstanz festgestellt werden, dass § 17 TG LwG lediglich bestimmt, dass eine Verrechnung durch das für den Direktzahlungsentscheid zuständige Amt verfügt wird; dem Wortlaut der Bestimmung ist jedoch nicht zu entnehmen, dass nur Kontrollkosten und Verfahrensgebühren des für den Direktzahlungsentscheid zuständigen Amts, der Erstinstanz, mit den Direktzahlungen verrechnet werden könnten. Die Kosten und Gebühren müssen jedoch mit der Ausrichtung von Direktzahlungen im Zusammenhang stehen. Auch in diesem Punkt ist den Vorinstanzen zu folgen:
Am 6. März 2007 führten der Kantonstierarzt des Kantons Thurgau und der Tierschutzbeauftragte auf dem Betrieb des Beschwerdeführers eine unangemeldete Kontrolle durch. Gestützt auf das Ergebnis dieser Kontrolle und ein Fachgutachten hat das Veterinäramt den Beschwerdeführer mit Entscheid vom 4. April 2007 betreffend "Überprüfung der gesetzlichen Vorschriften, Widerhandlung gegen Tierschutzbestimmungen" verpflichtet, seine Tiere gemäss den Tierschutzbestimmungen zu halten. Zudem auferlegte das Veterinäramt dem Beschwerdeführer die Kosten für das seinem Entscheid zugrunde liegende Fachgutachten von Fr. 896.- und die Verfahrenskosten von Fr. 400.-.
Gemäss Art. 70 Abs. 4 LwG ist die Einhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgeblichen Bestimmungen der Gewässer-, Umwelt- und Tierschutzgesetzgebung Voraussetzung und Auflage für die Ausrichtung von Direktzahlungen. Direktzahlungsbeiträge können gekürzt oder verweigert werden, wenn ein Gesuchsteller das Landwirtschaftsgesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf ergangenen Verfügungen verletzt (Art. 170 Abs. 1 LwG). Art. 5 DZV bestimmt, dass die für die landwirtschaftliche Produktion massgebenden Vorschriften der Tierschutzgesetzgebung eingehalten werden müssen. Da ein Bewirtschafter somit nur dann beitragsberechtigt ist, wenn er die Tierschutzgesetzgebung einhält, steht die Überprüfung der Tierschutzkonformität eines Landwirtschaftsbetriebs in direktem Zusammenhang mit der Ausrichtung der Direktzahlungen. Hieran ändert auch der Umstand nichts, dass die Kontrolle vom 6. März 2007 auf dem Betrieb des Beschwerdeführers durch Beanstandungen von Drittpersonen ausgelöst wurde und nicht im Auftrag der Erstinstanz erfolgt ist.
Die Höhe der Kosten für das Fachgutachten und die Höhe der Verfahrenskosten beanstandet der Beschwerdeführer nicht.
Zusammenfassend ergibt sich aus dem Gesagten, dass die Kosten für das Fachgutachten von Fr. 896.- und die Verfahrenskosten von Fr. 400.-, die das Veterinäramt dem Beschwerdeführer mit Entscheid vom 4. April 2007 auferlegt hat, mit dessen Direktzahlungsanspruch für das Jahr 2008 verrechnet werden können. Die diesbezügliche Rüge des Beschwerdeführers erweist sich deshalb als unbegründet.
8. Schliesslich beantragt der Beschwerdeführer, ihm sei auf die Direktzahlungen für das Jahr 2008 ab dem 31. Dezember 2008 ein Verzugszins von 5% auszurichten.
Zur Begründung bringt er vor, die Vorinstanzen hätten sich mit seinem Anspruch auf Verzugszins überhaupt nicht auseinandergesetzt und sich damit über die Weisungen des Bundesgerichts hinweggesetzt. Das Subventionsgesetz vom 5. Oktober 1990 (SuG, SR 616.1) sehe in Art. 24 60 Tage nach Fälligkeit einer Forderung, die gemäss Direktzahlungsverordnung am 31. Dezember des Beitragsjahrs eintrete, die Ausrichtung eines Verzugszinses vor. Zudem führe eine analoge Anwendung von Art. 30 Abs. 3 SuG zum selben Schluss. Damit sei ihm für die ihm zu Unrecht vorenthaltenen Beiträge ab dem 31. Dezember 2008 ein Verzugszins auszurichten.
8.1. Gemäss Art. 24 SuG schuldet die Behörde einem Empfänger, dem sie eine Finanzhilfe oder Abgeltung nicht innert 60 Tage nach deren Fälligkeit bezahlt, von diesem Zeitpunkt an einen Verzugszins von jährlich 5%.
Das Bundesverwaltungsgericht hat sich mit Bezug auf die Frage der Fälligkeit von Direktzahlungen bereits mehrfach geäussert und festgestellt, dass diese grundsätzlich mit der Rechtskraft des massgeblichen Direktzahlungsentscheids eintritt. Ein Verzugszins ist ausnahmsweise dann auszurichten, wenn die Verzögerung eines Direktzahlungsentscheids auf widerrechtlichem oder trölerischem Verhalten der Verwaltung beruht (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts B-3704/2009 vom 3. Februar 2010 E. 2.3 ff. und B-7208/2009 vom 13. April 2010 E. 8.2, m.w.H.).
Art. 30 Abs. 3 SuG sieht für die Rückforderung zu Unrecht ausgerichteter Leistungen vor, dass die Behörde bei schuldhaftem Handeln des Empfängers einen jährlichen Zins von 5% seit der Auszahlung erhebt. Diesbezüglich hat das Bundesverwaltungsgericht festgestellt, dass die oben erwähnte Praxis betreffend Fälligkeit und Verzinsungspflicht nicht nur für die Auszahlung, sondern auch für die Rückforderung von Leistungen gilt. Deshalb vermag der Hinweis des Beschwerdeführers auf Art. 30 SuG nichts daran zu ändern, dass die Fälligkeit der Direktzahlungen erst mit der Rechtskraft des massgeblichen Entscheids eintritt (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-3704/2009 vom 3. Februar 2010 E. 4.3, m.w.H.).
8.2. Seit dem Erlass der erwähnten Urteile hat sich die massgebliche Rechtslage nicht geändert und es besteht im vorliegenden Fall kein Anlass, von der bisherigen, überzeugenden Rechtsprechung abzuweichen. Damit kann dem Beschwerdeführer nicht gefolgt werden, wenn er davon ausgeht, dass die Fälligkeit seines Direktzahlungsanspruchs für das Jahr 2008 am Ende des Beitragsjahrs eingetreten sei.
Mit Urteil 2C_560/2010 vom 18. Juni 2011 kam das Bundesgericht zum Schluss, dass dem Beschwerdeführer für das Jahr 2008 zwar die tierbezogenen Beiträge, nicht jedoch die Flächenbeiträge und ökologischen Ausgleichsbeiträge zu verweigern seien, weshalb die Sache zum erneuten Entscheid über diese Beiträge an die Erstinstanz zurückzuweisen sei. In seinem Rückweisungsentscheid hat das Bundesgericht zwar erstmals einen rechtskräftigen Entscheid betreffend den Direktzahlungsanspruch des Beschwerdeführers für das Jahr 2008 gefällt. Das Gericht hat aber lediglich über den Bestand des Anspruchs auf Flächenbeiträge und ökologische Ausgleichsbeiträge entschieden, nicht jedoch über die Höhe des Anspruchs. Die Erstinstanz legte in der Folge am 2. September 2011 die Höhe der Beiträge für das Jahr 2008 erneut fest und überwies den Betrag per Valuta 8. September 2011 gemäss Pfändungsanzeige des Friedensrichter- und Betreibungsamts ohne Verzugszinsen zugunsten des Beschwerdeführers. Da der Beschwerdeführer gegen den Entscheid der Erstinstanz und den dazugehörigen Entscheid der Vorinstanz Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht erhoben hat, wird die Fälligkeit des im vorliegenden Verfahren strittigen Teils der Beiträge für das Jahr 2008 erst mit der Rechtskraft des vorliegenden Urteils eintreten, weshalb ihm darauf keine Verzugszinsen geschuldet sind.
Was den vorliegend nicht mehr umstrittenen Teil der Beiträge betrifft, so hat der Beschwerdeführer darauf ebenfalls keinen Anspruch auf Verzugszins, da die Erstinstanz ihm diese innert 60 Tage ab Erhalt des Urteils des Bundesgerichts vom 18. Juni 2011 überwiesen und damit den Anforderungen von Art. 24 SuG Genüge getan hat.
Schliesslich ist festzustellen, dass auf Grund der Akten vorliegend auch keine Hinweise dafür vorliegen, dass die lange Verfahrensdauer bzw. die Verzögerung des Direktzahlungsentscheids betreffend das Jahr 2008 auf widerrechtlichem oder trölerischem Verhalten der Verwaltung beruhten. Ein Ausnahmetatbestand liegt damit ebenfalls nicht vor.
Damit erweist sich das Begehren des Beschwerdeführers um Ausrichtung eines Verzugszinses auf seinen Anspruch auf Direktzahlungen für das Jahr 2008 als unbegründet und ist abzuweisen.
9. Mit Bezug auf die Kostenverlegung im vorinstanzlichen Verfahren beantragt der Beschwerdeführer "eine angepasste Kostenverlegung mit Parteientschädigung". Zur Begründung bringt er lediglich vor, dass ihm die Vorinstanz sämtliche Verfahrenskosten auferlegt und eine Parteientschädigung verweigert habe, obwohl er nur teilweise unterlegen sei.
Die Vorinstanz erklärt, der Beschwerdeführer unterliege in der Hauptsache und obsiege nur in einem Nebenpunkt. Darin werde lediglich festgestellt, dass ein Teil der vom Veterinäramt in Rechnung gestellten Kosten nicht mit den Direktzahlungen verrechnet werden könne, nicht aber, dass der Beschwerdeführer den in Frage stehenden Betrag nicht schulde. Da der Beschwerdeführer diese Kosten zu einem späteren Zeitpunkt allenfalls noch begleichen müsse, gelte er im Rekursverfahren als unterliegend.
Die Verlegung der Verfahrenskosten nach Massgabe des Obsiegens und Unterliegens auf die Verfahrensparteien entspricht einem allgemeinen prozessualen Grundsatz, der sich nicht nur aus dem für das vorliegende Beschwerdeverfahren geltenden Art. 63 VwVG ergibt, sondern für zahlreiche kostenpflichtige staatliche Verfahren gilt (vgl. BGE 132 II 55 E. 3.3; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 4.39). Entsprechend sieht § 77 VRG-TG für das Verfahren vor der Vorinstanz vor, dass in der Regel der Unterliegende die Kosten trägt. Unterliegt ein Beteiligter nur teilweise, wird ihm ein entsprechender Teil der Kosten auferlegt.
Das Obsiegen bzw. Unterliegen beurteilt sich auf Grund der gestellten Rechtsbegehren. Massgebend ist dabei, ob und in welchem Umfang eine Partei eine Änderung des vorinstanzlichen Entscheids zu bewirken vermag (vgl. Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 4.43).
In seinem Rekurs vom 24. September 2011 hatte der Beschwerdeführer vor der Vorinstanz geltend gemacht, es bestehe keine Rechtsgrundlage für die Verrechnung der Ausstände beim Veterinäramt in der Höhe von insgesamt Fr. 3'893.- mit den Direktzahlungen. Mit dem angefochtenen Entscheid hiess die Vorinstanz den Rekurs des Beschwerdeführers insoweit teilweise gut, als sie die von der Erstinstanz verfügte Verrechnung von insgesamt Fr. 3'893.- lediglich im Umfang von Fr. 1'296.- als rechtmässig beurteilte. Mit Bezug auf eine Rechnung für eine Tierschutzkontrolle (Fr. 2'500.-) und die Kosten für einen Amtsbericht (Fr. 97.-) kam die Vorinstanz zum Schluss, dass diese (noch) nicht rechtskräftig ausgewiesen seien und deshalb nicht mit den Direktzahlungen verrechnet werden könnten. Im Übrigen wies die Vorinstanz den Rekurs ab.
Die von der Vorinstanz vorgenommene Änderung der Ziffern 4 und 5 des Dispositivs des erstinstanzlichen Entscheids entspricht damit zwar teilweise einem der Rechtsbegehren des Beschwerdeführers und hat insoweit formell zu einer teilweisen Gutheissung des Rekurses geführt. Der Vorinstanz kann jedoch darin beigepflichtet werden, dass dieser Verfahrensausgang eine Änderung des erstinstanzlichen Entscheids lediglich in untergeordnetem Umfang bewirkt hat: Das Rechtsbegehren des Beschwerdeführers betreffend Verrechnung der Ausstände beim Veterinäramt war nämlich nur eines von mehreren Begehren des Beschwerdeführers (vgl. angefochtener Entscheid Bst. C und Rekursschrift vom 24. September 2011), wobei die übrigen Anträge vollumfänglich abgewiesen wurden. Deshalb ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz den Beschwerdeführer als unterliegend eingestuft und ihm die Verfahrenskosten in vollem Umfang auferlegt hat. Damit erweist sich auch der Verzicht auf eine Parteientschädigung als richtig, weshalb die diesbezüglichen Anträge des Beschwerdeführers abzuweisen sind.
10. Zusammenfassend erweist sich die Beschwerde damit als teilweise begründet und ist teilweise gutzuheissen.
Der angefochtene Entscheid und damit auch der Entscheid der Erstinstanz sind insoweit aufzuheben, als damit die Kürzung des Anspruchs des Beschwerdeführers auf Direktzahlungen für das Jahr 2008 um Fr. 4'000.- wegen Nichteinhaltung von Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes gekürzt wird.
Soweit weitergehend, erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
11. Die Verfahrenskosten sind in der Regel von der unterliegenden Partei zu tragen bzw. im Verhältnis des jeweiligen Unterliegens den Parteien aufzuerlegen (Art. 63 Abs. 1 VwVG).
Die Verfahrenskosten von Fr. 1'500.- werden im Umfang von Fr. 1000.- dem zu etwa einem Drittel obsiegenden Beschwerdeführer auferlegt.
Vorinstanzen werden keine Verfahrenskosten auferlegt, auch wenn sie unterliegen (Art. 63 Abs. 2 VwVG).
12. Die Beschwerdeinstanz kann der teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Parteientschädigung für die ihr erwachsenen notwendigen und verhältnismässig hohen Kosten zusprechen (Art. 64 Abs. 1 VwVG und Art. 7 Abs. 2 des Reglements über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht vom 21. Februar 2008 [VGKE, SR 173.320.2]). Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere notwendige Auslagen der Partei, inklusive Mehrwertsteuer (Art. 8 VGKE). Dabei sind die Aufwendungen eines vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens zu berücksichtigen (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-6101/2011 vom 11. Juni 2012 E. 6.2; Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 4.87). Das Gericht setzt die Parteientschädigung aufgrund der eingereichten Kostennote oder, mangels Einreichung einer solchen, auf Grund der Akten fest. Das Anwaltshonorar wird dabei nach dem notwendigen Zeitaufwand bemessen, wobei der Stundenansatz mindestens Fr. 200.- und höchstens Fr. 400.- beträgt (Art. 7 ff. VGKE).
Nachdem der Beschwerdeführer keine Kostennote eingereicht hat, ist die Parteientschädigung auf Grund der Akten festzusetzen. Da der Anspruch des Beschwerdeführers auf Direktzahlungen für das Jahr 2008 den Instanzenzug bis zum Bundesgericht bereits einmal durchlaufen hat, ist davon auszugehen, dass der bedeutende Aufwand für juristische Recherchen bereits in den vorangegangenen Verfahren erfolgt ist und die massgebliche rechtliche Argumentation in wesentlichen Teilen übernommen werden konnte. Deshalb ist dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.- zuzusprechen.
13. Die Vorinstanz hat über die Kosten- und Entschädigungsfrage für das vor­instanzliche Rekursverfahren entsprechend dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens neu zu entscheiden.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Die Beschwerde wird, soweit darauf eingetreten wird, teilweise gutgeheissen und der angefochtene Entscheid vom 7. Februar 2012 sowie der Entscheid der Erstinstanz vom 2. September 2011 werden insoweit aufgehoben, als damit der Anspruch des Beschwerdeführers auf Direktzahlungen für das Jahr 2008 um Fr. 4'000.- wegen Nichteinhaltung von Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes gekürzt wird.
Soweit weitergehend wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die reduzierten Verfahrenskosten von Fr. 1'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt. Sie werden nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 1'500.- verrechnet, und dem Beschwerdeführer wird der Restbetrag von Fr. 500.-zurückerstattet.
3. Der Kanton Thurgau hat dem Beschwerdeführer für das vorliegende Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 1'000.- (inkl. MwSt.) auszurichten.
4. Die Sache wird zur Regelung der Kostenfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil geht an:
- den Beschwerdeführer (Gerichtsurkunde);
- die Vorinstanz (Gerichtsurkunde);
- die Erstinstanz(Gerichtsurkunde);
- das Bundesamt für Landwirtschaft;
- das Amt für Umwelt des Kantons Thurgau;
- das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement (Gerichtsurkunde).
Für die Rechtsmittelbelehrung verweisen wir auf die nächste Seite.
Der vorsitzende Richter:
Die Gerichtsschreiberin:
Stephan Breitenmoser
Kinga Jonas
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tage nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
Versand: 20. Dezember 2012