bvger · A-7083/2008 · 2010-11-29 · fr
A-7083/2008

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-7083/2008 et A-7084/2008
Arrêt du 29 novembre 2010
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Markus Metz, Daniel Riedo, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.
Parties
X._______,
représenté par Maître Marc Zürcher, place Pury 3, case postale 2271, 2001 Neuchâtel 1,
recourant,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA; 1er trimestre 2000 au 2ème trimestre 2006; taxation par estimation (menuiserie); marge brute.
Faits :
A.
L'entreprise individuelle X._______ à A._______ a pour but l'exploitation d'une entreprise de menuiserie. En raison de cette activité, X._______ (ci-après: l'assujetti) est immatriculé au registre des contribuables de l'AFC depuis le 1er janvier 1995 en tant qu'assujetti TVA.
B.
L'AFC effectua un contrôle sur place auprès de la fiduciaire de l'assujetti en date des 1er et 2 décembre 2005. Par courrier du 2 décembre 2005, l'administration demanda des renseignements à l'assujetti à propos de certaines factures. Par lettre du 14 décembre 2005, réceptionnée par l'assujetti le lendemain, l'AFC avertit l'assujetti que le contrôle fiscal continuerait en 2006 et lui communiqua par dite lettre qu'elle faisait valoir toutes créances fiscales pour les années 2000 et suivantes. En janvier 2006, la fiduciaire de l'assujetti remis un tableau "excel" en guise de réponse au courrier du 2 décembre 2005. L'AFC reprit le contrôle sur place en date des 26 octobre et 30 novembre 2006. Lors de celui-ci, l'AFC constata diverses erreurs d'application de la TVA, des manquements dans la comptabilité, ainsi que l'insuffisance des marges par rapport à celles constatées dans d'autres entreprises de la même branche, ce qui amena l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par l'assujetti au cours des périodes allant du 1er trimestre 2000 au 2ème trimestre 2006.
Afin de respecter le changement de régime fiscal intervenu au 1er janvier 2001, l'AFC scinda sa créance en deux parties. Pour la période allant du 1er trimestre au 4ème trimestre 2000, à savoir celle régie par l'aOTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 12'494.-, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2004 (décompte complémentaire [DC] n° XXXXXX du 12 février 2007), lui fut réclamé et, pour la période allant du 1er trimestre 2001 au 2ème trimestre 2006, à savoir celle régie par l'aLTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 20'974.-, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2004 (DC n° YYYYYY du 12 février 2007), fut également revendiqué par l'AFC.
C.
Par courriers du 23 mars 2007, l'assujetti, par l'intermédiaire de sa fiduciaire, contesta les reprises TVA susmentionnées. L'AFC rendit, par actes du 22 juin 2007, deux décisions formelles dans lesquelles elle confirma ses rappels d'impôt de Fr. 12'494.- et de Fr. 20'974.-.
D.
Par lettres du 4 juillet 2007, l'assujetti déposa deux réclamations contre les décisions précitées, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires non comptabilisés et en estimant qu'il n'existait pas de raisons valables de recourir à la méthode d'estimation, puisque la comptabilité était suffisante.
E.
Par communication du 30 mai 2008, la division Droit de l'AFC précisa qu'elle allait réexaminer le résultat du contrôle sur place et demanda des compléments à la division Contrôle externe de l'AFC, car en l'état du dossier, il n'était pas possible de démontrer que les éléments ayant conduit à la taxation par estimation se retrouvaient sur l'ensemble de la période contrôlée en détail.
Par note interne du 12 août 2008 - figurant au dossier officiel de l'AFC -, la division Droit de l'AFC constata, après nouvel examen du dossier, que pour chaque année (2000, 2001, 2002, 2003 et 2004), certains paiements n'étaient pas dûment comptabilisé et le chiffre d'affaires y relatif n'était pas déclaré. De plus, les chiffres d'affaires réalisés (tels que déclarés) étaient nettement insuffisants compte tenu des bénéfices bruts constatés dans la branche et l'AFC confirma le caractère non probant de la comptabilité.
F.
L'AFC rendit deux décisions sur réclamation le 6 octobre 2008, par lesquelles elle persista à réclamer les sommes de Fr. 12'494.- et Fr. 20'974.-, pour les périodes allant du 1er trimestre 2000 au 2e trimestre 2006, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2004 (échéance moyenne).
G.
Par envoi recommandé du 7 novembre 2008, l'assujetti (ci-après: le recourant), par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté deux recours auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF) contre les décisions sur réclamation de l'AFC du 6 octobre 2008. Il conteste le calcul du chiffre d'affaires par estimation, en apportant des justifications pour chaque élément non comptabilisé et en estimant que sa comptabilité était régulièrement tenue. Toutefois, le recourant limite l'objet de son recours au montant de la marge brute telle que retenue par l'AFC, la considérant trop élevée et en apportant des explications à propos de ses faibles marges.
H.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a répondu par courriers du 2 février 2009. Renonçant à déposer une réponse proprement dite, elle se réfère à ses décisions sur réclamation du 6 octobre 2008 et estime que les explications du recourant quant à ses faibles marges ne sont pas convaincantes, les pièces qui pourraient justifier ses dires faisant notamment défaut. L'AFC confirme avoir agi dans les limites de son pouvoir d'appréciation en prenant pour base de calcul une marge de 23% et conclut au rejet des recours, avec suite de frais.
I.
Par ordonnance du 31 août 2010, le TAF a imparti un délai à l'autorité inférieure afin qu'elle produise la lettre signature avec avis de réception du 14 décembre 2005. L'AFC a remis dit document par courrier du 2 septembre 2010.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le TAF (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC peuvent être contestées devant le TAF conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues le 6 octobre 2008 et ont été notifiées le 8 octobre 2008 à la fiduciaire du recourant. Les recours ont été adressés au TAF le 7 novembre 2008. Les recours sont ainsi intervenus dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA. En outre, ils satisfont aux exigences posées à l'art. 52 PA. Ils sont par conséquent recevables et il convient d'entrer en matière.
1.2 La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre 2001 au 2ème trimestre 2006, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de la loi sur la TVA du 2 septembre 1999 (aLTVA de 1999, RS 2000 1300 et les modifications ultérieures). S'agissant des périodes allant du 1er au 4ème trimestre 2000, ce sont les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) qui trouvent application (art. 93 et 94 aLTVA).
Sur le plan de la procédure, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2 et A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 dans la Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).
1.3 D'après l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 131 V 224 consid. 1, 128 V 126 consid. 1 et les références citées, 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 1.3, ainsi que A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2).
En l'occurrence, le recourant a déposé deux recours, contestant formellement les deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, dans la mesure où elles concernent toutes deux la question de la taxation par estimation du chiffre d'affaires du recourant. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'aOTVA et la seconde réglant la même question mais cette fois sous l'angle de l'aLTVA, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de rendre une seule et même décision en la matière, de procéder à une jonction de cause, sans qu'il ne se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-7083/2008 et A-7084/2008 et de rendre un seul arrêt en la matière.
2.
2.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/Bâle/Genève 2006, n. marg. 1758 ss). Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA) et motiver leur recours (cf. art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y invitent clairement (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, no 677).
2.2 Le Tribunal administratif fédéral s'impose toutefois une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation et reprend ainsi la jurisprudence en la matière de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC) (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1546/2006 du 30 avril 2008 consid. 2.5.4, A-1397/2006 et A-1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, A-1535/2006 du 14 mars 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 24 octobre 2005, publiée dans la JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée dans la JAAC 67.122 consid. 2c/cc). Par contre, pour voir si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du Tribunal administratif fédéral - à l'instar de la CRC - est illimité (arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée dans la JAAC 68.73 consid. 1c; voir également MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 881 s. ch. 277 s.).
2.3 Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises en vertu du principe inquisitoire, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (arrêt du Tribunal fédéral 9C_267/2007 du 4 septembre 2007 consid. 1.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2682/2007 du 7 octobre 2010 consid. 2.5.1, A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5, A-1557/2006 du 3 décembre 2009 consid. 1.6, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5, A-1596/2006 du 2 avril 2009 consid. 1.4; Moor, op. cit., p. 263 ; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991, n° 2021, p. 419; Patrick L. Krauskopf/Katrin Emmenegger, in : Waldmann/Weissenberger [éd.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich/Bâle/Genève 2009, ad art. 12 n. 208).
3.
3.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37 aOTVA et 46 aLTVA; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4, A-6642/2008 du 8 novembre 2010 consid. 2, avec renvois; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4, A-5460/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.5.1). En d'autres mots, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 ?Commentaire DFF?, p. 37; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2, 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1, A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).
3.2 Selon l'art. 47 al. 1 aOTVA, respectivement 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des "Instructions à l'usage des assujettis TVA" de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870 ss), respectivement avec la brochure "TVA Organisation comptable" de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 aOTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure "TVA Organisation comptable", p. 11; Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 66 p. 67 consid. 2a; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). Les Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ont repris les mêmes principes (ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié dans la Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2ème partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.5.3, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5).
En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte d'exploitation et d'un bilan, sont plus crédibles et constituent de meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan de clôture (ch. 872 ss des Instructions, ch. 881 ss des Instructions 2001). De plus, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, ch. 892 des Instructions 2001).
3.3 Conformément à l'art. 47 al. 2 aOTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2 in fine aOTVA; cf. également les ch. 938 ss des Instructions). Sous l'angle de l'aLTVA, l'art. 58 al. 2 aLTVA reprend pour l'essentiel les termes de l'aOTVA mais la durée de conservation des pièces a été portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss des Instructions 2001; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA).
4.
4.1 Aux termes de l'art. 48 aOTVA, respectivement 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4, 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.1, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.4, A-5460/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.5.3, A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3, A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.2, A-705/2008 du 12 avril 2010 consid. 2.4 et 4.1, A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 4.3). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.3, A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 4.2; JAAC 68.73 consid. 2b; PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, dans : Archives vol. 69, p. 542 ss).
4.2 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.4.1, A-2682/2007 du 7 octobre 2010 consid. 2.4.2, A-1857/2007 et A-1911/2007 du 6 avril 2010 consid. 5.1, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 4.1 et les nombreuses références citées; voir également JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; MOLLARD, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.7.2; NICOLAS SCHALLER/YVES SUDAN/PIERRE SCHEUNER/PASCAL HUGUENOT, TVA annotée, Genève Zurich Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées).
4.3 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration (arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.7 et 6.2, A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4, A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b dans la RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2, A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 7.3.2; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'auto-taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.5, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2).
5.
En l'espèce, sans remettre en cause son assujettissement ni les corrections touchant l'impôt préalable (voir lettre du 23 mars 2007, pièce n° 4 du dossier de l'AFC), le recourant conteste la marge bénéficiaire brute telle qu'elle a été fixée par l'AFC. Dès lors, avant d'examiner la pertinence de la marge retenue par l'administration dans l'estimation du chiffre d'affaires du recourant (consid. 5.2 ci-dessous), il sied au Tribunal de céans de rappeler le cadre dans lequel la taxation par estimation est intervenue (consid. 5.1 ci-dessous).
5.1 L'autorité fiscale a procédé à une estimation du chiffre d'affaires du recourant en raison de la comptabilité incomplète de l'activité de ce dernier, une partie du chiffre d'affaires réalisé n'étant pas déclaré, ce que le recourant confirme d'ailleurs en partie. De plus, l'AFC a constaté que les marges de bénéfice présentées ne correspondaient manifestement pas à la réalité, celles-ci étant très faibles par rapport à celles d'autres entreprises de la même branche. Dès lors, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient manifestement réalisées sur le principe, quelles que soient les conditions (alternatives) considérées pour la mise en oeuvre d'une estimation (voir consid. 4.1 ci-dessus).
5.2 A propos de l'estimation elle-même, le recourant conteste l'utilisation par l'AFC des coefficients d'expérience, soutenant qu'ils ne peuvent lui être appliqués dans le calcul de sa marge bénéficiaire brute.
5.2.1 Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base en effet sur des coefficients expérimentaux, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité de la branche concernée (sur la notion de ces chiffres d'expérience, voir les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.1 et A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.8, publié in ATAF 2009/60). Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les entrepreneurs concernés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est néanmoins nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. Comme vu ci-dessus (consid. 4.1), la jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2184/2008 et A-2185/2008 du 3 juin 2010 consid. 6.2.3, A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 873, ch. 257, Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in Archives vol. 69 p. 544 et les nombreuses références de jurisprudence citées).
5.2.2 L'assujetti a - conformément à une demande en ce sens (voir les art. 26 à 28 PA) - un droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience. Il découle de ce droit, la possibilité pour le recourant de consulter le dossier spécial y afférent (ATF 122 I 109 consid. 2a, 131 V 35 consid. 4.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9 et les références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.5, A-1857/2007 et A-1911/2007 du 6 avril 2010 consid. 6.2.3; voir également les décisions CRC 2002-158 du 8 juin 2004 consid. 4d et CRC 2002-117 du 18 juillet 2003 consid. 1d, ainsi que la décision incidente CRC 2003-054 du 19 septembre 2003). Eu égard au secret fiscal (concernant la TVA, voir l'art. 44 aOTVA, respectivement l'art. 55 aLTVA), la personne sollicitant un droit à la consultation dudit dossier ne doit cependant se voir accorder le droit de consulter les données et les chiffres invoqués à titre comparatif que dans la mesure où ceux-ci ne peuvent pas ensuite être mis en relation avec certains assujettis identifiables (ATF 105 Ib 181 consid. 4b). La communication des chiffres est ainsi admissible, pour autant que l'identification des entreprises de comparaison ne soit pas possible (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.5, publié dans la RDAF 2007 II p. 140 ss, ainsi que le commentaire de Xavier Oberson et Jacques Pittet dans les Archives vol. 77 p. 45 ss). En outre, l'octroi du droit de consulter les pièces ne doit pas conduire à dévoiler des secrets d'affaires ou d'entreprise d'autres assujettis, même lorsque ces pièces sont anonymisées (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.9.1; ATAF 2009/60 consid. 2.8.5). La question de savoir dans quelle mesure les données contenues dans le dossier concerné peuvent être utiles à l'assujetti pour attaquer la procédure de taxation par estimation n'est pas décisive. Il n'est pas non plus déterminant de savoir si elle a informé l'assujetti au sujet des fondements de sa reprise fiscale, si elle lui a démontré de manière détaillée quels aspects ont été pris en considération pour le calcul du chiffre d'affaires et comment les valeurs comparatives compilées ont été utilisées (arrêt du Tribunal fédéral précité du 21 novembre 2006 consid. 2.9.3; voir également Martin Kocher, Einsichtnahme auch in ein vertrauliches "Spezialdossier" der ESTV - Neue Rechtspraxis erlaubt vertiefte Akteneinsicht - noch ungeklärte Aufdeckungspflicht, dans: l'Expert comptable 2007 n° 3 p. 201 ss, en particulier le consid. 3.2.3).
En la présente cause, il suffit d'observer que le recourant n'a pas requis la production du dossier spécial et que ce dernier ne devait donc pas, au vu de ce qui précède, lui être spontanément présenté, dès lors que les chiffres d'expérience établis ne sont pas, en soi, contestés (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.2.1).
5.2.3 En l'occurrence, pour calculer la marge bénéficiaire brute telle qu'elle ressort du chiffre d'affaires réalisé compte tenu des matières utilisées et des salaires, l'AFC s'est référée aux chiffres déclarés par le recourant pour chaque année (voir le tableau en p. 7 de la décision sur réclamation du 6 octobre 2008). L'autorité fiscale a alors constaté que les marges présentées ne correspondent manifestement pas à la réalité. Des chiffres déclarés, une disproportion manifeste et importante existe entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, sans que le recourant puisse expliquer cette divergence de manière plausible. Le recourant fait valoir que la marge retenue par l'autorité fiscale ne correspond pas à sa situation. Néanmoins, le fait que l'AFC se base sur la marge en vigueur dans la branche (marge bénéficiaire brute de 30%) ne signifie pas que tous les entrepreneurs de la branche menuiserie et vitrerie soient obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. L'AFC a d'ailleurs, au vu de la situation du recourant, revu à la baisse la marge en vigueur dans le domaine d'activité concerné, à savoir en prenant une marge bénéficiaire brute de 23%, ceci afin de se rapprocher le plus possible de la réalité de l'activité du recourant. A cet effet, l'AFC précise que la marge retenue de 23% est légèrement inférieure à la limite du quartile inférieur (25,8%) dans lequel se trouvent un quart des données les plus faibles de l'échantillon.
Concernant la situation du recourant, il est nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. Lors de son recours, le recourant a fourni des explications relatives à la modicité de sa marge brute, mais celles-ci ne se basent que sur les chiffres qui ressortent de ses comptes pertes et profits des périodes litigieuses et qui ont déjà été repris par l'AFC dans le calcul de la marge brute. Par ailleurs, la planification financière interne à laquelle le recourant se réfère dans son recours ne ressort d'aucune pièce justificative permettant d'étayer les chiffres retenus. Même si ces indications justifient partiellement la structure du chiffre d'affaires du recourant, ce que confirme l'AFC, le recourant ne fait que contester la marge retenue, sans apporter d'autres explications (pièces à l'appui) confirmant les marges qu'il prétend réaliser.
Conformément à la situation juridique exposée ci-dessus, on rappellera que c'est au recourant de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Or, en l'occurrence, les recours ne contiennent que des allégations et ne sont pas assortis de documents justificatifs aptes à démontrer leur bien-fondé aussi bien qu'à annuler l'estimation de l'AFC. Le recourant étant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, il lui revient d'en supporter les désavantages. De plus, le recourant doit s'accommoder de l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne, puisqu'il est lui-même responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation (voir consid. 4.3 ci-dessus; voir également l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5).
En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation, lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires du recourant et ce dernier n'a pas réussi à établir à l'évidence que le résultat auquel est parvenu l'autorité fiscale serait manifestement contraire à la réalité. En effet, les griefs eux-mêmes ne représentent finalement que de pures allégations sans preuves et s'avèrent donc sans fondement.
6.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter les recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 5'250.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge du recourant qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée au recourant (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Les causes A-7083/2008 et A-7084/2008 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés.
3.
Les frais de procédure, par Fr. 5'250.-, sont mis à la charge du recourant et imputés sur les avances de frais déjà versées de Fr. 2'250.- et Fr. 3'000.-.
4.
Il n'est pas alloué de dépens.
5.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. _______; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :