bvger · A-2572/2010 · 2011-08-26 · de
A-2572/2010

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-2572/2010 und A-2574/2010
Urteil vom 26. August 2011
Besetzung
Richterin Salome Zimmermann (Vorsitz),
Richter Daniel Riedo, Richter Pascal Mollard,
Gerichtsschreiberin Ursula Spörri.
Parteien
X._______ AG, ...,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
MWST (1. Quartal 1995 - 4. Quartal 2000 sowie
1. - 2. Quartal 2001).
Sachverhalt:
A. Die X._______ AG (vormals "..." bzw. "...") ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Ende 2001 bzw. Anfang 2002 führte die ESTV bei ihr eine Kontrolle durch. In diesem Zeitraum fanden auch Besprechungen mit der Steuerpflichtigen statt. Daraus resultierten die Ergänzungsabrechnungen (EA) Nr. 110'573 betreffend erstes Quartal 1995 bis viertes Quartal 2000 und Nr. 110'574 betreffend erstes und zweites Quartal 2001, beide vom 21. Januar 2002. Nach weiteren Besprechungen und Korrespondenzen erfolgten zwei Gutschriftsanzeigen Nr. 110'276 und Nr. 110'277. Mit Schreiben vom 7. April 2006 verlangte die Steuerpflichtige, es sei über fünf Bereiche, nämlich "medizinisches Zentrum", "Aktionärsrabatt", "Konzessionsgebühren", "Golfmitgliedschaftsbeiträge" und "Planergemeinschaft A._______", zu verfügen. Die entsprechenden Entscheide datieren vom 16. Juni 2006 und bestätigen die Steuerforderungen gemäss den EA.
B. Mit zwei Einsprachen vom 18. August 2006 wurden vier der vorstehend erwähnten Punkte und mit zwei Einspracheergänzungen vom 19. Januar 2007 der fünfte Punkt ("medizinisches Zentrum") angefochten, womit die Entscheide insgesamt vollumfänglich angefochten wurden. Mit zwei Einspracheentscheiden vom 4. März 2010 wurden die Einsprachen teilweise gutgeheissen, betreffend die Punkte "medizinisches Zentrum", "Aktionärsrabatt" und "Konzessionsgebühren" aber vollumfänglich abgewiesen.
C. Nachdem die X._______ AG (Beschwerdeführerin) am 15. April 2010 zwei Fristerstreckungsgesuche zur Einreichung bzw. Begründung der Beschwerde einreichen liess, hat das Bundesverwaltungsgericht mit Zwischenverfügung vom 20. April 2010 die unter zwei Prozessnummern geführten Verfahren vereinigt, die Gesuche um Fristerstreckung bzw. Möglichkeit zur Ergänzung der Beschwerde abgewiesen und eine kurze Nachfrist zur Verbesserung der Beschwerde gewährt. Am 19. April 2010 reichte die Beschwerdeführerin (trotz Vereinigung der beiden Verfahren) zwei Beschwerden ein. Es wird beantragt, die Einspracheentscheide seien abzuändern und es sei festzustellen, dass bezüglich folgender Punkte keine Mehrwertsteuer geschuldet sei: "Aktionärs- und Verwaltungsratsrabatte", "medizinisches Zentrum", "Gegenleistungen im Zusammenhang mit Konzessionsvertrag". Zu den drei genannten strittigen Punkte erfolgen Begründungen.
D. Am 8. Juli 2010 reicht die ESTV ihre Vernehmlassung ein, beantragt Abweisung der Beschwerden und nimmt zu allen drei Streitthemen Stellung. Am 6. Oktober 2010 legt die Beschwerdeführerin eine Replik ins Recht mit ergänzenden Ausführungen zum Punkt "medizinisches Zentrum". Dazu nimmt die ESTV mit Duplik vom 9. November 2010 Stellung.
E. Die Ausführungen und Begründungen der Parteien werden, soweit entscheidrelevant, in den folgenden Erwägungen, je unter den drei betroffenen Streitthemen, wiedergegeben.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1. Angefochten sind zwei Einspracheentscheide der ESTV und damit Ver­fü­gungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021). Das Bun­des­ver­wal­tungsgericht ist zuständige Beschwerdeinstanz (Art. 31, Art. 32 e con­trario und Art. 33 Bst. d des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht [VGG, SR 173.32]). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20) in Kraft getreten. Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben grundsätzlich weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechts­ver­hält­nisse an­wendbar (Art. 112 Abs. 1 MWSTG). Da sich der massgebliche Sachverhalt in den Jahren 1995 bis 2001 zugetragen hat, untersteht das vorliegende Verfahren in materieller Hinsicht der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (aMWSTV, AS 1994 1464) (für die Jahre bis 2000) bzw. dem Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (aMWSTG, AS 2000 1300) (für das Jahr 2001).
Demgegenüber ist das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht im Sinn von Art. 113 Abs. 3 MWSTG auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängige Verfahren anwendbar. Dies tangiert das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht sowie das Verfahren vor der ESTV, soweit Handlungen betroffen sind, die nach Inkrafttreten des MWSTG stattgefunden haben, so etwa die Einspracheentscheide vom 4. März 2010 (vgl. hierzu ausführlich: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 6299/2009 vom 21. April 2011 E. 2.2, A-2998/2009 vom 11. November 2010 E. 1.2, A-5078/2008 vom 26. Mai 2010 E. 2.1). Allerdings ist Art. 113 Abs. 3 MWSTG insofern restriktiv auszulegen, als nur eigentliche Verfahrensnormen sofort auf hängige Verfahren anzuwenden sind, und es dabei nicht zu einer Anwendung von neuem materiellen Recht auf altrechtliche Sachverhalte kommen darf (ausführlich: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1113/2009 vom 23. Februar 2010 E. 1.3; s.a. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-4360/2008 und A-4415/2008 vom 4. März 2010 E. 1.2). Kein Verfahrensrecht in diesem engen Sinn stellen im vorliegenden Entscheid etwa die nachfolgend abgehandelten Themen wie die Buchführungspflicht und das Selbstveranlagungsprinzip dar, so dass vorliegend diesbezüglich noch altes Recht anwendbar ist. Keine Anwendung finden deshalb beispielsweise Art. 70 und 79 MWSTG, obwohl sie unter dem Titel "Verfahrensrecht für die Inland- und die Bezugsteuer" stehen ([anstelle zahlreicher] Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 2998/2009 vom 11. November 2010 E. 1.2). Unter die von Art. 113 Abs. 3 MWSTG anvisierten Verfahrensbestimmungen ist unter anderem Art. 81 MWSTG zu subsumieren (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 2998/2009 vom 11. November 2010 E. 1.2, A-6299/2009 vom 21. April 2011 E. 2.2.3 und nachfolgend E. 2.1).
Am 1. Juli 2006 ist Art 45a der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (aMWSTGV, AS 2000 1347) in Kraft getreten. Diese Bestimmung wurde von den Gerichten als rückwirkend anwendbar erachtet, und zwar selbst auf den zeitlichen Anwendungsbereich der aMWSTV (Urteil des Bundesgerichts 2C_614/2007 vom 17. März 2008 E. 3.5; ausführlich: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1437/2006 und A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3, A-6555/2007 vom 30. März 2010 E. 2.3). Das Inkrafttreten des MWSTG hat keinen Einfluss auf die Anwendbarkeit von Art. 45a aMWSTGV; diese Bestimmung gilt für am 1. Januar 2010 hängige Verfahren, wenn diese der aMWSTV oder dem aMWSTG unterstehen bzw. abgeschlossene Sachverhalte be­treffen (unter vielen: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-3603/2009 vom 16. März 2011 E. 4.3, A-2512/2008 vom 8. September 2010 E. 3.1). Dies hat zur Konsequenz, dass allfällige diese Bestimmung nach Auffassung der Beschwerdeführerin "ablösende" Artikel des MWSTG auf solche Verfahren bzw. die dort zu beurteilenden abgeschlossenen Sachverhalte auch aus diesem Grund nicht anwendbar sind. Dies ist insbesondere für Art. 79 MWSTG der Fall. Die entsprechenden Ausführungen der Beschwerdeführerin sind somit nicht zu hören.
1.3. Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid prinzipiell in vollem Umfang überprüfen. Gerügt werden kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens (Art. 49 Bst. a VwVG), die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) sowie die Unangemessenheit (Art. 49 Bst. c VwVG). Im Beschwerdeverfahren gilt die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (vgl. auch E. 2.1) und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. statt vieler: BGE 132 II 112 E. 3.2, 131 II 205 E. 4). Dies bedeutet, dass das Gericht eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen, auf sie nicht eintreten oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (sog. Motivsubstitution, vgl. BGE 131 II 200, 205 E. 4.2; BVGE 2007/41 E. 2). Das Gericht nimmt jedoch nicht von sich aus zusätzliche Sachverhaltsabklärungen vor oder untersucht weitere Rechtsstandpunkte, für die sich aus den vorgebrachten Rügen oder den Akten nicht zumindest Anhaltspunkte ergeben (vgl. BGE 121 III 274 E. 2b; zum Ganzen statt vieler: BVGE 2007/41 E. 2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1370/2006 vom 8. Juli 2008 E. 1.3; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 1.49, 1.54 f., 3.119 ff.). Sofern sich der Entscheid auf Rechtsnormen stützt, mit deren Anwendung die Parteien nicht rechnen mussten, so ist ihnen Gelegenheit zu geben, sich hierzu vorgängig zu äussern (BGE 124 I 49 E. 3c). E contrario brauchen die Parteien nicht angehört zu werden, wenn sie mit der Anwendung der fraglichen Rechtsnormen rechnen mussten (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-3469/2010 vom 15. April 2011 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.4. Gemäss Art. 61 Abs. 1 VwVG entscheidet die Beschwerdeinstanz in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück. Ein solcher Rückweisungsentscheid rechtfertigt sich vor allem dann, wenn weitere Tatsachen festgestellt werden müssen und ein umfassendes Beweisverfahren durchzuführen ist (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1362/2006 vom 30. Mai 2007 E. 1.3; Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission [SRK] vom 31. August 2004, veröffentlicht in: Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 69.6 E. 7, mit Hinweisen; Moser/Beusch/Kneu­büh­ler, a.a.O., Rz. 3.194 f.). Eine Rückweisung rechtfertigt sich zudem bei Gehörsverletzungen, sofern sie nicht geheilt werden können, etwa bei mangelhafter Begründung durch die Vorinstanz (Bernhard Waldmann/Phi­lippe Weissenberger, Praxiskommentar VwVG, Zürich 2009 [Praxis­komm. VwVG], N 19 zu Art. 19, N 18 zu Art. 61).
1.5. Am Schluss der Beweiswürdigung steht der Entscheid, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Gelangt die Entscheidinstanz nicht zum Ergebnis, dass sich der in Frage stehende Umstand verwirklicht hat, so fragt sich, wer die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (Fritz Gygi, Verwaltungsrecht, Bern 1986, S. 279 f.; Martin Zweifel, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Diese Beweislastregel greift jedoch erst dann, wenn der Sachverhalt genügend abgeklärt ist, also wenn die ESTV dem Untersuchungs­grundsatz und ihrer daraus fliessenden Beweisführungslast Genüge getan hat (hierzu sogleich E. 2.1). Die Beweislastverteilung kommt zudem auch zum Tragen, wenn es sich unter Berücksichtigung des Untersuchungsgrundsatzes und des Grundsatzes der freien Beweiswürdigung als unmöglich erweist, den Sachverhalt zu ermitteln (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-629/2010 vom 29. April 2011 E. 3.3; s.a. B-6287/2007 vom 10. November 2008 E. 4.2; Waldmann/Weissen­berger, Praxis­komm. VwVG, a.a.O., N 19 zu Art. 19; Daniel Schär, Grundsätze der Be­weislastverteilung im Steuerrecht, 1998, S. 193).
Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für die steuer­begründenden und steuererhöhenden Tatsachen und der Steuer­pflich­tige für die steueraufhe­benden und -mindernden Tatsachen (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.642/2004 vom 14. Juli 2005, in: Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 75 495 E. 5.4; statt vieler: BVGE 2009/60 E. 2.1.3, mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 8. Juni 2006, veröffentlicht in: VPB 70.85 E. 2e). Die Beweislast für das Bestehen eines Steuerobjekts und namentlich eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs hat damit - als steuerbegründende Tatsache - die ESTV zu tragen (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 4.1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.2, A 1354/2006 vom 24. August 2007 E. 7.2.4, 8.2.2 in fine, A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 5.1).
2.
2.1. Im Steuerveranlagungsverfahren herrscht - wie erwähnt - grundsätzlich die Untersuchungsmaxime (Urteil des Bundesgerichts vom 28. Februar 1986, in: ASA 55 627 E. 3a; BVGE 2009/60 E. 2.1.2, mit Hinweisen). Seit dem 1. Januar 2010 gilt dies für das Mehrwertsteuerrecht explizit nach Art. 81 Abs. 2 MWSTG (zur sofortigen Anwendbarkeit vgl. oben E. 1.3). Ferner ist im Mehrwertsteuerrecht aufgrund von Art. 81 Abs. 1 MWSTG seither auch Art. 12 VwVG anwendbar. Danach muss die entscheidende Behörde den Sachverhalt von sich aus abklären. Sie muss die für das Verfahren notwendigen Sachverhaltsunterlagen beschaffen und die rechtlich relevanten Umstände ermitteln sowie darüber ordnungs­gemäss Beweis führen (vgl. BVGE 2009/60 E. 2.1.1, mit Hinweis; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-3409/2010 vom 4. April 2011 E. 4.1). Der Untersuchungsgrundsatz wird allerdings relativiert durch die Mitwirkungspflicht des Steuerpflichtigen sowie - im Mehrwertsteuerrecht - das Selbstveranlagungsprinzip (BVGE 2009/60 E. 2.1.1 f.). Letzteres entbindet die Behörde aber nicht von ihren Untersuchungspflichten (soeben zitiertes Urteil E. 4.2).
2.2. Die Veranlagung und Entrichtung der Mehrwertsteuer erfolgt nach dem Selbstveranlagungsprinzip. Zu den Obliegenheiten der steuerpflichti­gen Person gehört ins­be­sonde­re die Buchführungspflicht (vgl. Urteile des Bun­des­ge­richts 2A.552/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.1, 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.1 f.). Der Steuerpflichtige hat seine Geschäftsbücher so einzurichten, dass sich aus ihnen die für die Berechnung der Steuer und der abziehbaren Vorsteuern massgebenden Tatsachen leicht und zuverlässig ermitteln lassen. Die ESTV kann hierüber nähere Bestimmungen aufstellen (Art. 47 Abs. 1 aMWSTV bzw. Art. 58 Abs. 1 aMWSTG). Soweit es sich um Unternehmen handelt, die eine gemischte Tätigkeit ausüben, die teilweise unecht befreit und teilweise steuerpflichtig ist, wird eine Aufteilung dieser Leistungsarten verlangt (Entscheid der SRK vom 25. September 1998, veröffentlicht in: VPB 63.75 E. 6a/aa).
Liegen keine oder nur unvollständige Aufzeichnungen vor oder stimmen die ausgewiesenen Ergebnisse mit dem wirklichen Sachver­halt offensichtlich nicht überein, so nimmt die ESTV gemäss Art. 48 aMWSTV bzw. Art. 60 aMWSTG eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vor (ausführlich: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-705/2008 vom 12. April 2010 E. 2.4, A-3678/2007 vom 18. Au­gust 2009 E. 3.1; ferner: Ur­teile des Bundesgerichts 2A.552/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.2, 2A.552/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.2).
2.3. Nach Art. 45a aMWSTGV wird allein aufgrund von Formmängeln kei­ne Steuernachforderung erhoben, wenn erkennbar ist oder die steuerpflichtige Person nachweist, dass durch die Nichteinhaltung einer Formvorschrift des Gesetzes oder dieser Verordnung für die Erstellung von Belegen für den Bund kein Steuerausfall entstanden ist. Diese Bestimmung wurde von den Gerichten als rechtmässig beurteilt (Urteil des Bundesgerichts 2C_614/2007 vom 17. März 2008 E. 3.5; ausführlich: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1437/2006 und A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3, A-6555/2007 vom 30. März 2010 E. 2.3). Art. 45a aMWSTGV betrifft einzig Formmängel. Formvorschriften in Gesetz, Verordnungen und Verwaltungspraxis sollen nicht überspitzt formalistisch, sondern pragmatisch angewendet werden. Es soll vermieden werden, dass das Nichteinhalten von Formvorschriften zu Steuernachbelastungen führt. Gesetzmässige Vorschriften werden dadurch nicht aufgehoben. Sie bleiben vielmehr gültig und sind von den Steuerpflichtigen zu beachten. Materiellrechtliche Vorschriften oder materiellrechtliche Mängel bleiben vom neuen Verordnungsrecht folglich unberührt (statt vieler: BVGE 2007/25 E. 6.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1437/2006 und A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3).
3.
3.1. Nach Art. 4 Bst. a und b aMWSTV und Art. 5 Bst. a und b aMWSTG unterliegen Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden.
3.1.1. Die Entgeltlichkeit erfordert einen Leistungsaustausch zwischen dem steuerpflichtigen Leistungserbringer und dem Empfänger. Die Annahme eines solchen setzt voraus, dass zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung beziehungsweise ein direkter ursächlicher Zusammenhang gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1, BGE 126 II 443 E. 6a, mit Hinweisen; Urteile des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.1, 2A.334/2003 vom 30. April 2004, in: ASA 75 241 E. 3.3; BVGE 2007/39 E. 2.1, BVGE 2010/6 E. 3.1). Besteht kein Austauschverhältnis im umschriebenen Sinn zwi­schen Leistungserbringer und -empfänger, ist die Aktivität mehr­wert­steuerlich irrele­vant und fällt nicht in den Geltungsbereich der Steuer. Es handelt sich dann um einen sog. "Nichtumsatz" und es fehlt an einem Steuerobjekt (statt vieler: BVGE 2008/63 E. 2.3; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.1, mit Hinweisen; Ent­scheid der SRK vom 18. November 2002, veröffentlicht in: VPB 67.49 E. 2a/cc).
Bei der Beurteilung der Frage nach dem wirtschaftlichen Zusammenhang zwischen Leistung und Gegenleistung ist primär auf die Sicht des Leistungsempfängers abzustellen, was namentlich der Konzeption der Mehrwertsteuer als Verbrauchsteuer entspricht (BVGE 2009/34 E. 2.2.1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1567/2006 vom 28. Dezember 2007 E. 2.2.3, A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.1; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 230 ff.).
Die Beurteilung, ob ein Leistungsaustausch besteht, hat in erster Linie nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien zu erfolgen (sog. wirtschaftliche Betrachtungsweise). Die zivil- bzw. vertragsrechtliche Sicht ist nicht entscheidend, hat aber immerhin Indizwirkung (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.6.1; BVGE 2007/23 E. 2.3.2, mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 5. Juli 2005, veröffentlicht in: VPB 70.7 E. 2a).
Eine mehrwertsteuerliche Leistung als Tatbestandselement des Leistungsaustauschs bedingt, dass dem Leistungsempfänger zumindest irgendein (wirtschaftlicher bzw. geldwerter) Vorteil bzw. Nutzen zugewendet wird (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_506/2007 vom 13. Februar 2008, in: ASA 77 191 E. 3.1; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, S. 36; Christoph Schärer/Roman Brunner, Der Begriff der Leistung im schweizerischen Mehrwertsteuerrecht, Steuer Revue [StR] 2008 S. 154 ff., S. 163; Ivo P. Baumgartner, Die Entgeltlichkeit bei der schweizerischen Mehrwertsteuer, StR 1996 S. 262).
3.1.2. Im Fall von Leistungen zwischen Gesellschaftern und der Gesellschaft ist nach den allgemeinen Grundsätzen zu prüfen, ob ein Leistungsaustausch vorliegt. Bei Gesellschafterbeiträgen, die nicht gegen spezielle Entschädigungen bzw. Gegenleistungen der Gesellschaft erfolgen, ist von nicht steuerbaren Leistungen auszugehen; namentlich kommt kein Leistungsaustausch zustande, wenn die Leistung durch Beteiligung an Gewinn und Verlust abgegolten wird (Urteil des Bundesgerichts 2A.369/2005 vom 24. August 2007 E. 4.3; BVGE 2007/39 E. 2.3; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1439/2006 vom 18. Juni 2007 E. 2.5, A-1563/2006 vom 26. September 2007 E. 3.7.1, je mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 12. Oktober 2001, veröffentlicht in: VPB 66.42 E. 5c/cc, ferner E. 7).
3.2.
3.2.1. Nach Art. 26 Abs. 1 aMWSTV bzw. Art. 33 Abs. 1 aMWSTG wird die Steuer vom Entgelt berechnet, dieses stellt die Bemessungsgrundlage dar. Zum Entgelt gehört alles, was der Empfänger oder an seiner Stelle ein Dritter als Gegenleistung für die Lieferung oder Dienstleistung aufwendet (Art. 26 Abs. 2 aMWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 aMWSTG). Nicht zum Entgelt gehören diejenigen Zuwendungen, die nicht in einem ursächlichen Zusammenhang mit der steuerbaren Leistung stehen. Was zum Entgelt zu zählen ist, beurteilt sich aus der Sicht des Abnehmers (Empfängers) und nicht des Leistungserbringers. Berechnungsgrundlage ist letztlich, was der Leistungsempfänger, um die Leistung zu erhalten, aufzuwenden bereit oder verpflichtet ist (Urteile des Bundesgerichts 2A.369/2005 vom 24. August 2007 E. 6.1, vom 9. April 2002, in: ASA 72 483 E. 5 S. 492, 2A.43/2002 vom 8. Januar 2003 E. 3.3; BGE 126 II 443 E. 6a S. 451, je mit Hinweisen).
3.2.2. Die Form des Entgelts spielt keine Rolle. Massgeblich ist nach dem Gesagten ein Aufwand durch den Leistungsempfänger. Mehrwertsteuerlich kann ein Entgelt für eine Leistung nicht nur in einer Geldleistung bestehen, sondern in irgendeiner geldwerten Leistung bzw. in jedem Vermö­gensvorteil oder Vermögenswert, den der Leistungsempfänger aufwendet (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1579/2006 vom 19. November 2009 E. 3.3.2 und E. 4.4.1, mit Hinweisen; Riedo, a.a.O., S. 227).
3.2.3. Gemäss Art. 26 Abs. 2 Satz 3 aMWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 aMWSTG gilt im Fall einer Lieferung oder Dienstleistung an eine naheste­hende Person als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Diese Bestimmung entspricht dem im Steuerrecht bekannten Grundsatz des Drittvergleichs ("dealing at arm's length") (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.11/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 2.3.2).
Die Anwendbarkeit dieses Artikels bedingt zunächst, dass überhaupt ein steuerbarer Leistungsaustausch besteht (s.a. E. 3.1.1; Urteil des Bundes­gerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 3.3; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 3.1, A 3409/2010 vom 4. April 2011 E. 2.2; Entscheid der SRK vom 16. Februar 2000, veröffentlicht in: VPB 64.81 E. 5). Weiter wird eine Leistung zu einem Vorzugspreis verlangt, also ein nicht mit dem Preis, den ein unabhängiger Dritter zu bezahlen hätte (Drittpreis), übereinstimmendes Entgelt (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-680/2007 vom 8. Juni 2009 E. 3.2, A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 3.3, A-1563/2006 vom 26. September 2007 E. 3.7.2, je mit Hinweisen). Schliesslich muss eine nahestehende Person gegeben sein. Als solche gelten jedenfalls die Teilhaber einer juristischen Person, bei einer Aktiengesellschaft also die Aktionäre (zur weiteren Umschreibung des Begriffs vgl. Urteil des Bundesver­waltungsgerichts A-1356/2006 vom 21. Mai 2007 E. 2.3; Entscheide der SRK vom 4. Juli 2005, veröffentlicht in: VPB 70.10 E. 3b/bb f., vom 16. Februar 2000, veröffentlicht in: VPB 64.81 E. 5e). Anders als für den Bereich der direkten Steuern und der Verrechnungssteuer unterscheiden die mehrwertsteuerlichen Bestimmungen nicht zwischen den Anteilsinhabern einerseits und den nahestehenden Personen andererseits; vielmehr werden beide Kategorien als nahestehende Personen erfasst (vgl. Entscheid der SRK vom 4. Juli 2005, veröffentlicht in: VPB 70.10 E. 3b/bb f.).
Rechtsfolge einer solchen Leistung zu einem Vorzugspreis an eine nahestehende Person ist, dass eine besondere (fiktive) Bemessungsgrundlage herangezogen wird. Die Leistung wird auf den Wert korrigiert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Massgebend ist der Preis, den ein Dritter der gleichen Abnehmerkategorie zu bezahlen hätte (Urteile des Bundesgerichts 2C_778/2008 vom 8. April 2009 E. 3.1, 2A.11/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 2.3.2, 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 3.4; zum Ganzen auch: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1425/2006 vom 6. November 2008 E. 3.1; Entscheide der SRK vom 1. Juni 2004, veröffentlicht in: VPB 68.158 E. 4a/cc, vom 22. Mai 2001, veröffentlicht in: VPB 65.103 E. 7d).
3.3. In den zwei Konstellationen der einheitlichen Leistung und der Hauptleistung mit akzessorischer Nebenleistung erfolgt eine einheitliche steuerliche Behandlung des Ganzen (vgl. Art. 36 Abs. 4 aMWSTG).
3.3.1. Einerseits liegt eine einheitliche Leistung (Gesamtleistung) vor, wel­che als einheitlicher wirtschaftlicher Vorgang behandelt wird, wenn die Leistungen wirtschaftlich derart eng zusammengehören und ineinandergreifen, dass sie ein unteilbares Ganzes bilden. Sie müssen sachlich, zeitlich und vom wirtschaftlichen Gehalt her in einer derart engen Verbundenheit stehen, dass sie untrennbare Komponenten eines Vorgangs verkörpern, der das gesamte Handeln umfasst. Liegt eine Leistungseinheit vor, erfolgt die mehrwertsteuerliche Behandlung nach der für diese wesentlichen Eigenschaft, d.h. nach der Leistung, welche wirtschaftlich betrachtet im Vordergrund steht (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2A.567/2006 vom 25. April 2007 E. 4.3, 2A.452/2003 vom 4. März 2004 E. 4; BVGE 2007/14 E. 2.3; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 1536/2006 vom 16. Juni 2008 E. 2.3; Entscheid der SRK vom 22. April 2002, veröffentlicht in: VPB 66.95 E. 2c).
3.3.2. Andererseits sind Leistungen einheitlich zu beurteilen, wenn sie zu­einander im Verhältnis von Haupt- und untergeordneter (akzessorischer) Nebenleistung stehen (ausführlich und statt vieler: Urteile des Bundesgerichts 2A.40/2007 vom 14. November 2007 E. 2.1, 2A.452/2003 vom 4. März 2004 E. 3.2, 2A.520/2003 vom 29. Juni 2004 E. 10.1; BVGE 2007/14 E. 2.3).
3.3.3. Liegt weder eine Gesamtleistung noch eine Haupt- mit Nebenleistung vor, so handelt es sich um mehrere selbständige Leistungen, die mehrwertsteuerrechtlich getrennt zu behandeln sind (Urteile des Bundesgerichts 2A.40/2007 vom 14. November 2007 E. 2.1, 2A.567/2006 vom 25. April 2007 E. 4.3, 2A.452/2003 vom 4. März 2004 E. 3.1, je mit Hinweisen; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1443/2006 vom 25. September 2007 E. 2.3).
3.3.4. Welche Konstellation im konkreten Einzelfall anzunehmen ist, beurteilt sich in Anwendung der wirtschaftlichen Betrachtungsweise, welche der zivilrechtlichen Beurteilung vorgeht (Urteile des Bundesgerichts 2A.567/2006 vom 25. April 2007 E. 4.3, 2A.756/2006 vom 22. Oktober 2007 E. 2.4, 2A.452/2003 vom 4. März 2004 E. 3.2 E. 6.1). Zudem ist diese Frage primär aus der Sicht des Verbrauchers, d.h. des Leistungsempfängers, zu beantworten (Urteil des Bundesgerichts 2A.452/2003 vom 4. März 2003 E. 3.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 1536/2006 vom 16. Juni 2008 E. 2.3, A-1431/2006 vom 25. Mai 2007 E. 2.3, A 1561/2006 vom 4. Juli 2008 E. 3.2.4).
3.4. Zu den ausgenommenen Leistungen im Bereich des Gesundheitswe­sens zählen Spitalbehandlungen und ärztliche Behandlungen in Spitälern bzw. Zentren für ärztliche Heilbehandlung (Art. 14 Ziff. 2 aMWSTV und Art. 18 Ziff. 2 aMWSTG) sowie Leistungen der Humanmedizin (Ziff. 3 dieser Bestimmungen).
3.4.1. Eine (unechte) Steuerbefreiung nach Art. 18 Ziff. 3 aMWSTG in Verbindung mit Art. 2 und 3 aMWSTGV erfolgt, wenn kumulativ die folgenden drei Voraussetzungen erfüllt sind: a) Die Tätigkeit muss von einem unter jene Bestimmung fallenden Leistungserbringer ausgeführt werden; b) es muss eine Heilbehandlung im Sinn der Gesetzgebung ausgeführt werden; c) der Leistungserbringer muss im Besitz der nach kantonalem Recht erforderlichen Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung oder zur Ausübung der Heilbehandlung nach der kantonalen Gesetzgebung zugelassen sein (Urteil des Bundesgerichts 2A.331/2005 vom 9. Mai 2006, in: ASA 76 323 E. 2.3; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-310/2009 vom 7. Mai 2010 E. 3.2.2; Entscheid der SRK 2003-126 vom 19. April 2005 E. 3b/cc). Die gleichen Voraussetzungen galten schon unter dem Regime der aMWSTV (gemäss der Praxis in der Branchenbroschüre Nr. 24 der ESTV über die Heilbehandlung im Bereich der Humanmedizin [...] [im Folgenden BB 24], Ziff. 2 ff.), wobei hier noch zusätzliche Erfordernisse betreffend die "Heilbehandlung" bestanden (unten E. 3.4.2).
3.4.2. Als Heilbehandlung nach Art. 18 Ziff. 3 aMWSTG gelten gemäss Art. 2 Abs. 1 aMWSTGV die Feststellung und Behandlung von Krankheiten, Verletzungen und anderen Störungen der körperlichen und seelischen Gesundheit des Menschen sowie Tätigkeiten, die der Vorbeugung von Krankheiten und Gesundheitsstörungen des Menschen dienen. Nicht als Heilbehandlungen gelten namentlich: Untersuchungen, Beratungen und Behandlungen, die lediglich der Hebung des Wohlbefindens oder der Leistungsfähigkeit dienen [...], ausser die Untersuchung, Beratung oder Behandlung erfolge durch einen Arzt, eine Ärztin, einen Zahnarzt oder eine Zahnärztin, die im Inland zur Ausübung der ärztlichen oder zahnärztlichen Tätigkeit berechtigt sind (Art. 2 Abs. 3 Bst. a aMWSTGV). Bei Behandlungen direkt von Ärzten ist der Begriff der Heilbehandlung also weiter gefasst, indem die vorerwähnten, eigentlich nicht als Heilbehandlungen geltenden Leistungen trotzdem ausgenommen sind (s.a. Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Basel 2009, S. 270 f. N 371). Dies gilt aber erst seit Inkrafttreten des aMWSTG (vgl. Isabelle Homberger Gut, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, N 10 zu Art. 18 Ziff. 2 und N 6 zu Art. 18 Ziff. 3).
Im zeitlichen Geltungsbereich der aMWSTV galt (abgesehen von der soeben erwähnten Einschränkung gemäss Art. 2 Abs. 3 Bst. a 2. Teil aMWSTGV) dieselbe Definition der Heilbehandlung (vgl. Wegleitung 1997 der ESTV Rz. 592; Ziff. 2.2 BB 24). Diese Umschreibung wurde vom Bundesgericht bestätigt, welches präzisierte, ausgenommen seien nur die eigentlichen Heilbehandlungen, nicht aber Leistungen bloss kosmetischer Art oder die bloss dem Wohlbefinden oder der körperlichen Leistungssteigerung dienten, wie u.a. Sportmassagen von Physiotherapeuten oder medizinischen Masseuren (Urteile des Bundesgerichts vom 7. März 2000, in: ASA 70 223 E. 4a, 2A.25/2000 vom 26. Juli 2001, in: ASA 71 496 E. 2b/dd; so auch Homberger Gut, mwst.com, a.a.O., N 6 zu Art. 18 Ziff. 3, wo etwa Sportmassagen, Entspannungs- und Anti-Stress-Massa­gen genannt werden).
Gemäss der Praxis zur aMWSTV war als Nachweis der Heilbehandlung bzw. medizinischen Notwendigkeit einer Behandlung eine ärztliche Verordnung erforderlich (Ziff. 2.2 BB 24, Wegleitung 1997 Ziff. 592; ausführlich: Entscheid der SRK 2003-126 vom 19. April 2005 E. 3b/aa; Homberger Gut, mwst.com, a.a.O., N 15 zu Art. 18 Ziff. 3). Diese Voraussetzung wurde vom Bundesgericht geschützt (Urteile des Bundesgerichts 2A.25/2000 vom 26. Juli 2001, in: ASA 71 496 E. 2b/dd, vom 7. März 2000, in: ASA 70 223 E. 7, vom 1. Juli 1999, in: ASA 69 804 E. 3 ff.). Im zeitlichen Geltungsbereich des aMWSTG wurde eine solche ärztliche Verordnung nicht mehr verlangt (vgl. etwa Urteil des Bundesgerichts 2A.25/2000 vom 26. Juli 2001, in: ASA 71 496 E. 2e in fine).
3.4.3. Auch im Zusammenhang mit der Ausnahme nach Ziff. 2 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG ist eine eigentliche Heilbehandlung im vorn umschriebenen Sinn erforderlich (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.25/2000 vom 26. Juli 2001, in: ASA 71 496 E. 2e in fine). Als ausgenommen gelten im Rahmen dieser Ziff. 2 zudem (anders als bei Ziff. 3 der Ausnahmebestimmungen) die "damit eng verbundenen Umsätze". Nach der Praxis gehören hierzu Pflegeleistungen sowie Verpflegung und Unterkunft (zum aMWSTG: Branchenbroschüre Nr. 20 "Gesundheitswesen" [BB 20] Ziff. 8.2 und 8.3.1 in fine; zur aMWSTV: BB 24 Ziff. 5.1.3).
Was die im zeitlichen Geltungsbereich der aMWSTV grundsätzlich verlangte ärztliche Verordnung anbelangt, so war eine solche nicht nötig, wenn die Behandlung im Rahmen eines Aufenthalts in einem Spital erbracht wurde (BB 24 Ziff. 2.2 und 5.1). Beim Aufenthalt in einem Zentrum für ärztliche Heilbehandlung (siehe BB 24 Ziff. 5.2) galten hingegen nur die aufgrund eines ärztlichen Einweisungszeugnisses oder einer ärztlichen Verordnung vorgenommenen Behandlungen als Heilbehandlungen (Ziff. 2.2 BB 24 zur aMWSTV).
3.4.4. Die Lieferung von Medikamenten ist grundsätzlich eine steuerbare Leistung, wenn auch zu einem reduzierten Satz (Art. 27 Abs. 1 Bst. a Ziff. 8 aMWSTV bzw. Art. 36 Abs. 1 Bst. a Ziff. 8 aMWSTG). Die Abgabe von Medikamenten gilt nicht als Heilbehandlung im Sinn von Art. 14 Ziff. 2 und 3 aMWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 2 und 3 aMWSTG, es sei denn, jene werde von den behandelnden Personen im Rahmen einer Heilbehandlung verwendet. Entsprechend gilt, dass die den Patientinnen direkt von der Ärztin oder von einer anderen Angehörigen von Heilberufen während der Heilbehandlung verabreichten Medikamente von der Steuer ausgenommen sind (BGE 124 II 193 E. 7a/aa; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-301/2009 vom 7. Mai 2010 E. 4.3, A-2999/2007 vom 12. Februar 2010 E. 3.4.2; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, a.a.O., S. 275 N 389). Werden hingegen im Rahmen einer Heilbehandlung der Patientin Medikamente zur Verwendung zu Hause abgegeben, liegt kein ausgenommener, sondern ein steuerpflichtiger Umsatz vor (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-301/2009 vom 7. Mai 2010 E. 4.3, A-2999/2007 vom 12. Februar 2010 E. 3.4.2 und 3.5).
4. Streitgegenstand im Beschwerdeverfahren bildet, was einerseits Gegen­stand der angefochtenen Verfügung ist und andererseits noch im Streit liegt (Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 2.8). Gemäss Beschwerdeantrag (vgl. Sachverhalt Bst. C) sind vorliegend noch die Punkte "medizinisches Zentrum", "Aktionärs- und Verwaltungsratsrabatte" sowie "Konzessionsvertrag" Streitgegenstand. Die weiteren im Verfahren vor der ESTV noch strittigen Punkte ("Mitgliederbeiträge Golfclub" und "Bau A._______", vgl. S. 2 Einspracheentscheide) stehen hingegen nicht mehr zur Diskussion.
5. "Medizinisches Zentrum"
5.1. Unter diesem Titel hat die ESTV in Ziff. 4 der beiden EA (vgl. Sachverhalt Bst. A) verschiedenste Aufrechnungen vorgenommen, woraus insgesamt eine Steuerforderung von Fr. ... (aMWSTV) und Fr. ... (aMWSTG) resultierte, wobei in den beiden Gutschriftsanzeigen (Sachverhalt Bst. A) gewisse Korrekturen erfolgten, was zu Gutschriften von Fr. ... bzw. Fr. ... führte (vgl. hierzu die Aufstellungen in Ziff. 5.1.2 f. der Vernehmlassung).
5.2. Alle erwähnten Aufrechnungen unter dem Titel "medizinisches Zentrum" sind Gegenstand der angefochtenen Einspracheentscheide, nämlich betragsmässig in dessen Dispositiv enthalten (vgl. auch S. 2 der Einspracheentscheide), bildeten also Streitgegenstand im Verfahren vor der ESTV. Was im Beschwerdeverfahren noch im Streit liegt, beurteilt sich primär nach Massgabe der Begehren (vgl. soeben E. 4). Da in den Beschwerdebegehren (vgl. Sachverhalt Bst. C) sämtliche Aufrechnungen unter dem Titel "medizinisches Zentrum" angefochten worden sind, bilden diese alle den Streitgegenstand.
Streitgegenstand sind damit auch die Punkte "Vorsteuern" bzw. "gemischte Verwendung" (Ziff. 4.5 und 4.6 der EA). Davon war jedoch im gesamten Verfahren nie ausdrücklich die Rede. In der Replik wird verlangt, die Position "gemischte Verwendung" sei zu korrigieren, da die Mehrwert­steuerpflicht überhaupt nicht bestehe. Es versteht sich von selbst, dass bei einer allfälligen Gutheissung in Bezug auf die zu prüfenden Punkte auch die Konsequenzen für die Vorsteuern noch zu berücksichtigen und die entsprechen­den Aufrechnungen allenfalls zu korrigieren wären. Ansonsten ist auf die Punkte 4.5 und 4.6 der EA im Folgenden nicht weiter einzugehen.
Die Vernehmlassung (Ziff. 5.1.2 f.) enthält zwei Aufstellungen über die Aufrechnungen betreffend "medizinisches Zentrum". Unter Bezugnahme auf drei darin enthaltene Positionen macht die Beschwerdeführerin in der Replik geltend, diese seien nicht "Gegenstand des vorliegenden Verfahrens", weil sich in den Erstentscheiden vom 16. Juni 2006 zu jenen nichts finde (Replik Ziff. 5, 6 und 9). Wie sich aus der Vernehmlassung aber klar ergibt, handelt es sich um Positionen, die in den beiden EA unter dem Titel "medizinisches Zentrum" enthalten waren und nach dem soeben Gesagten vorliegend Streitgegenstand bilden.
5.3. Wie in der Vernehmlassung (Ziff. 5.1.1 ff.) dargelegt, können die Aufrechnungen unter dem Titel "medizinisches Zentrum" in drei Bereiche (A, B und C) aufgeteilt werden, welche im Folgenden separat behandelt werden (E. 6, 7 und 8). Vorgängig ist aber auf eine grundsätzliche Frage (E. 5.4) sowie auf ein sich auf alle Aufrechnungen beziehendes "Hauptargument" der Beschwerdeführerin (E. 5.5) einzugehen.
5.4. Zunächst ist abzuklären, unter welche Ziffer von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG das "medizinische Zentrum" der Beschwerdeführerin fällt und welche Praxisbestimmungen anwendbar sind. Diese Frage betrifft hauptsächlich den später zu behandelnden Punkt C (E. 8), kann aber vorangestellt werden.
Vorauszuschicken ist, dass es vorliegend (namentlich bei der Aufrechnung unter Punkt C) nicht um von Therapeuten in eigenem Namen erbrachte Leistungen geht. Insbesondere hat die ESTV generell auch keine Steuer für Leistungen von Ärzten, die am medizinischen Zentrum zumindest zum Teil in eigenem Namen Leistungen erbracht haben (vgl. unten E. 6.3.1), nachbelastet (vgl. Vernehmlassung Ziff. 5.2). Die hier strittigen Leistungen (insbesondere unter Punkt C) wurden im Namen des medizinischen Zentrums, d.h. der Beschwerdeführerin, erbracht. Mehrwertsteuerliche Leistungserbringerin war also die Beschwerdeführerin und nicht etwa die einzelnen Therapeuten oder Ärzte. Anzumerken ist auch, dass das medizinische Zentrum kein eigenes Rechtssubjekt ist und von der ESTV auch nicht als Steuersubjekt behandelt wird, was vorliegend nicht überprüft zu werden braucht. Zur Diskussion stehen, da die Beschwerdeführerin Leistungser­bringerin ist, ein Zentrum für ärztliche Heilbehandlung oder ein ambulantes Behandlungszentrum. Im Übrigen sind vorliegend für die gesamte strittige Zeit kantonale Institutsbewilligungen vorhanden (act. 60).
5.4.1. Die ESTV hat in Ziff. 4.1 der beiden EA zunächst festgehalten, das medizinische Zentrum könne nicht als ambulantes Behandlungszentrum behandelt werden, da die Institutsbewilligung nicht vorhanden sei. In der Folge ging sie (soweit ersichtlich sowohl für den Geltungsbereich der aMWSTV als auch des aMWSTG) im Wesentlichen von einem ambulanten Behandlungszentrum aus (so schon im Schreiben vom 19. Juni 2002, act. 55, weiter in der Vernehmlassung und Duplik). Die Qualifikation als Zentrum für ärztliche Heilbehandlung war hingegen verworfen worden.
In der Beschwerde wird dargelegt, das medizinische Zentrum verfüge über mehrere Ärzte, fest angestellte und Belegärzte, und 30 Therapeuten für die Physiotherapie und die physikalische Therapie. Weiter stehe jeder­zeit ein Arzt zur Verfügung. Die Patienten wohnten im Hotel und würden im medizinischen Zentrum medizinisch betreut und versorgt. Betreffend die Zeit unter der aMWSTV wird ausgeführt, das medizinische Zentrum sei als spitalähnlicher Betrieb bzw. als Zentrum für ärztliche Heilbehandlung zu qualifizieren und Art. 14 Ziff. 2 aMWSTV wie auch die Voraussetzungen von Ziff. 5.2 der BB 24 (aMWSTV) seien erfüllt, dies ausser der Voraussetzung des Einweisungszeugnisses, welche aber nicht aus Art. 14 Ziff. 2 aMWSTV hervorgehe und unzulässig sei. An anderer Stelle wird ferner ausgeführt, beim medizinischen Zentrum handle es sich um ein ambulantes Behandlungszentrum. Es beherberge keine Patienten. Zum Geltungsbereich aMWSTG wird vorgebracht, die Voraussetzungen von Ziff. 5 BB 20 für das ambulante Behandlungszentrum seien erfüllt. Zudem sei auch ein Zentrum für ärztliche Heilbehandlung nach Ziff. 7.1.1 BB 20 gegeben. Ein Indiz dafür sei gemäss Ziff. 7.1.2 BB 20, dass die Beschwerdeführerin gemäss der Liste der SantéSuisse ein Kurhaus A sei.
5.4.2. Die Kategorie des "ambulanten Behandlungszentrums" figuriert (gegenüber der BB 24 zur aMWSTV neu) in der BB Nr. 20 "Gesundheitswesen" zum aMWSTG. Die ESTV subsumiert jenes unter Ziff. 3 der Ausnahmebestimmungen (Vernehmlassung Ziff. 5.4.1 f.). Entsprechendes hat auch das Bundesverwaltungsgericht festgehalten (Urteile A-310/2009 vom 7. Mai 2010 E. 3.1.2, A-2999/2007 vom 12. Februar 2010 E. 3.2, A 1515/2006 vom 25. Juni 2008 E. 3.3). Beim ambulanten Behandlungszentrum ist besonders, dass das Zentrum als Leistungserbringer für Heilbehandlungen gilt (vgl. Ziff. 5.1.2 BB 20) und folglich durch dieses fakturierte Leistungen ausgenommen sein können (Ziff. 5.2.1) sowie dass nicht die einzelnen behandelnden Personen eine Berufsausübungsbewilligung vorweisen müssen, sondern eine Institutsbewilligung vorzulegen ist (Ziff. 5.1.2). Diese Praxis wurde vom Bundesverwaltungsgericht geschützt (vgl. Urteile A-310/2009 vom 7. Mai 2010 E. 5.1, A-1515/2006 vom 25. Juni 2008 E. 2.3.3 und E. 3.3).
Für die Zeit unter dem aMWSTG gehen beide Parteien im Wesentlichen von einem ambulanten Behandlungszentrum aus. Diese Qualifikation ist nicht zu beanstanden. Die Voraussetzungen der Praxis (Ziff. 5.1.2 BB 20, vgl. auch Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-310/2009 vom 7. Mai 2010 E. 5.1) sind erfüllt, es liegt etwa eine Institutsbewilligung vor und auch das Erfordernis der ärztlichen Leitung ist gegeben (vgl. hierzu die Institutsbewilligungen, act. 60).
Dasselbe kann für den Geltungsbereich der aMWSTV gesagt werden. In der BB 24 zur aMWSTV figurierte die Kategorie des ambulanten Behandlungszentrums noch nicht. Trotzdem hat die ESTV auch für die Zeit unter der aMWSTV ein solches angenommen (act. 55, Vernehmlassung und Duplik). In den Einspracheentscheiden erfolgte zwar keine Qualifizierung des medizinischen Zentrums, allerdings wurde die Beschwerdeführerin ebenfalls als Leistungserbringerin anerkannt und die Institutsbewilligung als genügend angesehen. Offenbar existierte denn auch bereits für die Zeit unter der aMWSTV eine (soweit ersichtlich nicht publizierte) Praxis betreffend ambulante Behandlungszentren (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1515/2006 vom 25. Juni 2008 E. 2.3.3 und E. 3.3). Selbst ohne gefestigte Praxis der ESTV spräche nichts dagegen, die Beschwerdeführerin - entsprechend einem ambulanten Behandlungszentrum - als Leistungserbringerin nach Art. 14 Ziff. 3 aMWSTV anzuerkennen und die Institutsbewilligung zu akzeptieren. Dies steht jedenfalls dem Wortlaut von Art. 14 Ziff. 3 aMWSTV nicht entgegen und erfüllt den Zweck dieser Bestimmung auf praktikable Weise.
Die Beschwerdeführerin fällt damit grundsätzlich unter Ziff. 3 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG und erfüllt die entsprechenden subjektiven Voraussetzungen als Leistungserbringerin von Heilbehandlungen.
5.4.3. Was das Zentrum für ärztliche Heilbehandlung nach Ziff. 2 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG anbelangt, geht die ESTV davon aus, dass ein solches nur vorliege, wenn zusätzlich Beherbergungs- oder Verpflegungsleistungen angeboten werden bzw. die Heilbehandlungen in einem stationären Betrieb durchgeführt werden, und nicht bei bloss ambulanten Behandlungen (Vernehmlassung und Duplik; Ziff. 7.1.1 SB 20 zum aMWSTG; so wohl auch Ziff. 5.2.1 i.V.m. 5.1.2 BB 24 zur aMWSTV; vgl. auch Homberger Gut, mwst.com, a.a.O., N 3 zu Art. 18 Ziff. 2). Ein solches zusätzliches Kriterium ist hier nicht erfüllt: Das "medizinische Zentrum" ist nur im ambulanten Bereich tätig, wie die Beschwerdeführerin selbst ausführt (Beschwerde Ziff. 43 bzw. 32). Ohnehin kann sie nach dem Gesagten grundsätzlich unter Ziff. 3 der Ausnahmebestimmungen subsumiert werden und es ist nicht nötig, weiter zu prüfen, ob sie auch unter Ziff. 2 fallen könnte. Die (ausschliessliche) Einordnung unter Ziff. 3 fällt auch nicht zu ihren Ungunsten aus. Sowohl im Rahmen von Ziff. 2 als auch von Ziff. 3 müssen als weitere Voraussetzung für die Ausnahme eigentliche "Heilbehandlungen" gegeben sein (E. 3.4.2, 3.4.3). Die zusätzlich von Ziff. 2 (nicht aber Ziff. 3) erfassten "eng damit verbundenen Umsätze" (E. 3.4.3) stehen hier nicht zur Debatte.
Folglich braucht weder die soeben erwähnte Praxis noch jene, wonach unter dem Geltungsbereich der aMWSTV ein ärztliches Einweisungszeugnis erforderlich war (Ziff. 5.2 BB 24), überprüft zu werden. Gleichermassen braucht auf die Argumente der Beschwerdeführerin, wonach sie als Zentrum für ärztliche Heilbehandlung anzusehen sei, namentlich ihre Ausführung, sie sei gemäss einer Liste der SantéSuisse ein Kurhaus A (soweit ersichtlich aber erst seit ..., vgl. Beschwerdebeilage 20), nicht eingegangen zu werden. Da einen nicht entscheiderheblichen Punkt be­treffend, müssen auch die dazu offerierten Beweise (vgl. Beschwerde zum aMWSTG S. 28-37) nicht abgenommen werden (vgl. hierzu die Hinweise in E. 8.4.5).
5.5. Als Zweites ist auf folgendes "Hauptargument" der Beschwerdeführerin einzugehen: Sie geht gemäss ihren Äusserungen in der Replik (ähnlich schon in der Beschwerde) davon aus, es seien sämtliche Leistungen ausgenommen, weil sie ein spitalähnlicher Betrieb bzw. ein "Kurhaus" sei und unter Ziff. 2 bzw. 3 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG falle. Sie folgert daraus also offenbar für sämtliche unter dem Titel "medizinisches Zentrum" aufgerechneten Positionen, dass die zugrundeliegenden Leistungen nach Art. 2 bzw. 3 der fraglichen Bestimmungen ausgenommen seien (vgl. etwa Replik Ziff. 8 und 9, 10, 11, 14, 15, 16, 18). Dies trifft nicht zu. Die fraglichen Ausnahmen sind keine Ausnahmen von der subjektiven Steuerpflicht (vgl. Homberger Gut, mwst.com, a.a.O., N 6 zu Art. 18 Ziff. 2). Die hier anwendbare Ziff. 3 erfasst nur eigentliche "Heilbehandlungen" im Sinn dieser Bestimmung (oben E. 3.4.2). Selbst wenn die Beschwerdeführerin unter Ziff. 2 zu subsumieren wäre, wären nur "Heilbehandlungen" und - hier nicht zur Diskussion stehende - damit eng verbundene Umsätze (z.B. Beherbergungs- und Verpflegungsleistungen) ausgenommen (E. 3.4.3). Folglich muss für alle Leistungen im Einzelnen nachgewiesen sein, dass es sich um eine Heilbehandlung gemäss den fraglichen Bestimmungen handelt. Andernfalls ist die Leistung steuerbar. Die Beweislast für eine ausgenommene Leistung trägt im Übrigen die Beschwerdeführerin (E. 1.5).
6. Punkt A: Infrastrukturabgaben Ärzte
6.1. Hier geht es um "nicht deklarierte Entgelte für Infrastrukturabgaben, Personalkosten, Managementkosten usw. von Belegärzten" und "nicht deklarierte Zurverfügungstellung von Arbeitskräften". Diese Aufrechnung war in der EA 110'573 zur aMWSTV enthalten in Ziff. 4.2 Bst. b (Non-Inhouse-Ärzte), Bst. c (Inhouse-Ärzte) und Bst. d (Personal), sowie in Ziff. 4.4 Bst. a (Jahr 1995, "Personal"), wobei diese Position in der GS 110'277 Ziff. 4.4 Bst. a (Jahr 1995, "Personal") reduziert wurde. Für die Zeit unter dem aMWSTG gab es eine entsprechende Aufrechnung unter Ziff. 4.2 Bst. b (Non-Inhouse-Ärzte) der EA 110'574 (vgl. auch Aufstellung in Vernehmlassung Ziff. 5.1.2 f.).
Eine Begründung zu dieser Aufrechnung findet sich in den Erstentscheiden und im Kontrollbericht (Beiblatt 3 f. und 6 mit Details zu Ziff. 4.2 Bst. b, c, d der EA): Das medizinische Zentrum sei ein Dienstleistungszentrum für Ärzte und biete allen Beteiligten die Infrastruktur an. Man unterscheide zwei Arten von Verträgen mit Ärzten: Inhouse-Ärzte: Belegärzte, welche im medizinischen Zentrum eine eigene Praxis betreiben, d.h. sie verfügen für ihre Räume über das alleinige Benützungsrecht. Diesen Ärzten würden Infrastrukturabgaben fakturiert (Maschinen, Apparate, EDV, Personal und Parkplätze). Die Mieteinnahmen hätten als ausgenommene Umsätze ausgesondert werden können. Weil aber eine solche Aufteilung mangels Aufzeichnungen nicht immer möglich gewesen sei, seien solche Umsätze teilweise belastet worden. Non-Inhouse-Ärzte: Auch hier handle es sich um Belegärzte. Diese hätten aber nicht über das alleinige Benützungsrecht an fixen Räumlichkeiten verfügt. Die Rechnungsstellung erfolge in der Regel mit 30 % des erzielten Umsatzes. Diese Abgaben enthielten Raumkosten, Personal, Fakturierung und Inkasso, Managementdienstleistungen usw. Bei den Raumkosten handle es sich nicht um eine Miete, sondern - mangels ausschliesslicher Zuordnung - um ein Benützungsrecht. Näher detailliert wurde die Aufrechnung in MED8. Darin wurde auch erwähnt, dass bei der Kontrolle nicht alle Verträge mit Ärzten vorhanden gewesen seien.
Weiter ergibt sich aus den Akten, dass die Beschwerdeführerin an der Sitzung vom 18. Februar 2002 (vgl. Protokoll in act. 45) sowie an jener vom 7. Juni 2002 (Protokoll in act. 54) geltend machte, dass in der Abgeltung der Ärzte für die Infrastruktur auch Miete enthalten sei, die nicht steuerpflichtig sei, und beantragte, die EA sei um diesen Mietanteil zu reduzieren. Dies lehnte die ESTV gemäss Schreiben vom 19. Juni 2002 (act. 55) ab, da dies als Benützungsrecht und nicht als ausgenommene Vermietung angeschaut werde. Bei den Inhouse-Ärzten allerdings könne der Anteil Miete aufgrund der (offenbar anlässlich der zweiten Sitzung) vorgelegten Aufzeichnungen für das erste bis dritte Quartal 1995 gutgeschrieben werden, was mit GS 110'277 Ziff. 4.4 Bst. a geschehen ist (act. 51).
Die Einspracheentscheide (Schluss von E. 4.3) enthalten keine nähere Begründung zu diesem Punkt. Es wird nur ausgeführt, es handle sich offensichtlich nicht um eine Heilbehandlung, wenn die Beschwerdeführerin den eingemieteten Ärzten Infrastruktur einschliesslich Personal überlassen habe. In der Vernehmlassung erfolgt nur eine kurze Stellungnahme zu dieser Aufrechnung (Ziff. 5.1.1 ff.).
In der Beschwerde wie auch in der Einsprache findet sich einzig eine Bemerkung, wonach der "Personalverleih" eine logische Konsequenz aus dem Betrieb eines medizinischen Zentrums mit Belegärzten sei, weshalb die Zurverfügungstellung von Personal ebenfalls mehrwertsteuerfrei sein müsse. In der Replik wird - wie schon zuvor im Verfahren vor der ESTV - argumentiert, es handle sich um Miete, die von der Steuer "befreit" sei (Ziff. 4 und 7). In der Duplik wird dem entgegnet, die ESTV habe in den Erstentscheiden nicht auf eine von der Steuer ausgenommene Miete erkennen können, weil die Non-Inhouse-Ärzte "keine fixen Räumlichkeiten im Zentrum hätten". In diesem Entscheid sei zudem auf Ziff. 5.8 der Branchenbroschüre Nr. 16, Liegenschaftsverwaltung/Immobilien 2001 [BB 16] verwiesen worden.
6.2. Vorab ist zur erwähnten Bemerkung in Einsprache und Beschwerde betreffend "Personalverleih" zu wiederholen, dass das generelle Argument der Beschwerdeführerin, aufgrund ihrer Qualifikation als Zentrum für ärztliche Heilbehandlung seien alle Leistungen des MED von der Mehrwertsteuer ausgenommen, offensichtlich nicht zutrifft, sondern lediglich die eigentlichen Heilbehandlungen ausgenommen sind (E. 5.5, 3.4.2 f.). Solche sind beim Personalverleih wie auch bei der Zurverfügungstellung von Infrastruktur nicht gegeben.
6.3. Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, es liege "befreite" Miete vor. Es geht ihr offenkundig um die Ausnahme nach Art. 14 Ziff. 17 aMWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 21 aMWSTG, also die Überlassung von Grundstücken und Grundstücksteilen zum Gebrauch oder zur Nutzung. Auf dieses Argument wird im Folgenden eingegangen.
6.3.1. Zunächst ist der Sachverhalt, wie er sich aus den Akten ergibt, zu schildern.
Aktenkundig sind einerseits verschiedene "Partnerverträge" (u.a. act. 8, 12, in act. 20): Die Verträge bezwecken eine Zusammenarbeit zwischen dem medizinischen Zentrum und den Ärzten sowie ein gemeinsames Engagement im Hinblick darauf, dass das Zentrum ein führendes interdisziplinäres Kompetenzzentrum sein soll (vgl. Ziff. 1.1-1.4). Zwischen der Beschwerdeführerin und dem Arzt besteht kein Arbeitsverhältnis, sondern dieser übt seine Tätigkeit selbständig aus und rechnet seine Leistungen mit den Patienten bzw. Versicherungen selbständig ab. Das medizinische Zentrum zahlt ihm entsprechend keinen Lohn (Ziff. 1.3, 4.4, 4.8). Der Arzt verpflichtet sich zu verschiedenen Leistungen zur Sicherstellung der fachärztlichen Betreuung der Patienten des medizinischen Zentrums (Ziff. 4.6). Das medizinische Zentrum stellt dem Arzt Personal, Anlagen, Apparate usw. zur Verfügung, und der Arzt zahlt dafür eine Abgabe. Gemäss Beilage 3 zu act. 20 erbringt das medizinische Zentrum noch weitere Leistungen, nämlich die operative und administrative Führung des Zentrums, Infrastrukturunterhalt, Personalwesen, Kundenmanagement, Marketing usw. Auch diese werden mit der Abgabe abgegolten. Zudem werden die Rechnungsstellung und das Inkasso vom medizinischen Zentrum erledigt und die entsprechenden Kosten ebenfalls mit dieser Abgabe belastet (zum Ganzen v.a. act. 8 und act. 20 inkl. Anhang 4). Die Abgabe wird konkret, nach den effektiven Kosten berechnet (Anhang 4 der verschiedenen Verträge). Über die Praxisräume soll gemäss den Verträgen ein separater Vertrag (Mietvertrag) abgeschlossen werden (vgl. Beilage in act. 20).
Weiter finden sich in act. 27 zwei Belegarztverträge, der eine gilt ab 1. Januar 2001 und der andere ab 1. Juli 2001. Diese Verträge entsprechen im Grossen und Ganzen den obigen Partnerverträgen, dies insbesondere in Bezug auf den Zweck der Verträge und die Pflichten der Parteien. Die Ärzte sind auch selbständig tätig und erhalten keinen Lohn vom medizinischen Zentrum. Betreffend die Leistungen des medizinischen Zentrums wird festgehalten, dass dieses dem Arzt die Infrastruktur wie folgt zur Verfügung stellt: Praxisräumlichkeit, Praxisassistentin/Sekre­ta­ri-at, Fakturation/Inkasso, Terminplanung. Der Arzt zahlt für diese Leistungen sowie für Standort und Exklusivität eine Abgabe. Die Abgabe entspricht (anders als bei obigen Verträgen) 30 % des erwirtschafteten Honorarumsatzes. Weiter sind die beiden Ärzte verpflichtet, einen bzw. einen halben Tag pro Woche als Belegarzt am medizinischen Zentrum tätig zu sein. Anders als in den erstgenannten Verträgen wird kein separater Mietvertrag abgeschlossen.
Aus den Ausführungen im Kontrollbericht und in den Erstentscheiden (E. 6.1) lässt sich schliessen, dass es bei den "Partnerverträgen" um die "Inhouse-Ärzte" geht, die eine eigene Praxis im medizinischen Zentrum betreiben, und bei den Verträgen in act. 27 um die "Non-Inhouse-Ärzte", die nur teilweise im Zentrum tätig sind und bei denen die fragliche Abgabe 30 % des Umsatzes beträgt.
6.3.2. Die ESTV hat bei den Inhouse-Ärzten einen Mietanteil ausgeschieden und diesen unter Anwendung ihrer Praxis in Ziff. 5.8 der BB 16 als von der Steuer ausgenommen betrachtet (vgl. oben E. 6.1 in fine). Bei den Non-Inhouse-Ärzten hingegen hat sie den Mietanteil gestützt auf dieselbe Praxis besteuert (vgl. E. 6.1). Folglich hat sie die Leistungen betreffend Raumbenützung unabhängig von den anderen Leistungen aus den Verträgen separat qualifiziert, ist also von selbständigen Leistungen ausgegangen (zu dieser Konstellation E. 3.3.3). Im Hinblick auf die Frage, ob eine ausgenommene Miete in Betracht kommen könnte, drängt sich angesichts der aktenkundigen Verträge jedoch zunächst die Vorfrage auf, ob mit Bezug auf den in E. 6.3.1 geschilderten Sachverhalt die Konstellation der Leistungseinheit oder der Haupt-/Nebenleistung (vgl. E. 3.3.1 f.) vorliegt. Nachdem keine der Parteien Ausführungen hierzu gemacht hat, erfolgt die Prüfung gestützt auf das Untersuchungsprinzip und den Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (E. 1.4). Die Rechtslage bei den Non-Inhouse-Ärzten (E. 6.3.3) und bei den Inhouse-Ärzten (E. 6.3.4) wird separat behandelt.
6.3.3. Betreffend Non-Inhouse-Ärzte sind nur die beiden Verträge in act. 27 vorhanden (E. 6.3.1), welche überdies nur den Zeitraum ab Januar bzw. Juli 2001 betreffen. Es besteht aber kein Grund zur Annahme, dass die nicht in den Akten vorhandenen Verträge mit den weiteren Ärzten massgeblich von diesen abweichen.
Gemäss den Verträgen in act. 27 stellt die Beschwerdeführerin den Ärzten die Infrastruktur, und dabei u.a. Praxisräume und Personal zur Verfügung und erbringt organisatorische und administrative Leistungen wie Fakturierung und Inkasso sowie Terminplanung (Ziff. 2.1 der Verträge). Die Abgabe von 30 % des Honorarumsatzes soll aber auch "Standort und Exklusivität" abgelten (Ziff. 3 der Verträge). Es geht also auch um ein Recht des Arztes, im Rahmen des medizinischen Zentrums tätig zu sein. Er hat sodann ein Recht, aber auch die Pflicht, die Patienten des medizinischen Zentrums zu behandeln (vgl. Ziff. 4.6 Verträge in act. 27 bzw. Ziff. 4.7 Verträge in act. 20). Die Verträge (in act. 8, 20 wie auch 27) regeln denn auch ganz allgemein die Zusammenarbeit zwischen Arzt und medizinischem Zentrum. Der Arzt ist in die Organisation des medizinischen Zentrums integriert und arbeitet mit den anderen Ärzten zusammen (etwa Ziff. 1.2 und 1.4 der Verträge in act. 27). Es geht also in den Verträgen im Wesentlichen um eine umfassende Zusammenarbeit zwischen dem medizinischen Zentrum und den Ärzten und um deren Tätigkeit im Rahmen des medizinischen Zentrums. Sämtliche erwähnten Leistungskomponenten sind auf diese Ziele gerichtet. Sie bilden ein zusammengehörendes Ganzes, das nicht auseinander genommen werden kann, und damit eine Leistungseinheit (vorn E. 3.3.1; vgl. auch ähnliche Konstellationen betreffend Infrastrukturleistungen inklusive Mietkomponente: Urteil des Bundesgerichts 2A.520/2003 vom 29. Juni 2004 E. 10.2, Entscheid der SRK 2004-080 vom 23. August 2006 E. 3b/aa).
Teil dieses unteilbaren Ganzen ist auch, dass der Arzt die Infrastruktur und im Besonderen Räume des medizinischen Zentrums gebrauchen kann. Bei den Non-Inhouse-Ärzten wurde im Übrigen - anders als bei den Inhouse-Ärzten - die Zurverfügungstellung der Praxisräume nicht in einem separaten Vertrag geregelt. Ebenso wenig wurde das Entgelt für Personal, Miete, Verwaltung und (sonstige) Infrastruktur separat berechnet, dies ebenfalls in Abweichung von der Regelung bei den Inhouse-Ärzten (vgl. Beilage 4 zu den Verträgen in act. 20). Vielmehr mussten die Non-Inhouse-Ärzte als Entgelt für die gesamten Leistungen der Beschwerdeführerin (inkl. Zurverfügungstellung des Raums) 30 % des Umsatzes abliefern (vgl. Verträge in act. 27 und gemäss Angaben der ESTV). Dass die einzelnen Leistungen auf einem einheitlichen Vertrag beruhen und für sie ein Gesamtentgelt entrichtet wird, reicht zwar alleine nicht aus, um sie als Einheit zu behandeln (BVGE 2007/14 E. 2.4.2; Rivier/Rochat, a.a.O., S. 37; ebenso Praxis der ESTV in Wegleitung 2001 Rz. 364), ist aber zumindest ein weiteres Indiz hierfür (vgl. etwa Urteil des Bundesgerichts 2A.520/2003 vom 29. Juni 2004 E. 10.2).
Sämtliche Leistungen aus den Verträgen mit den Non-Inhouse-Ärzten sind also als Gesamtleistung zu qualifizieren und damit mehrwertsteuerlich einheitlich zu beurteilen. Vorauszuschicken ist, dass abgesehen vom Recht zur Benützung der Praxisräume Leistungen zur Debatte stehen, die - würden sie einzeln qualifiziert - klar steuerbar wären, so die Einräu­mung des Rechts, im Rahmen des medizinischen Zentrums tätig zu sein, die Zurverfügung­stellung der übrigen Infrastruktur und des Personals, die administrativen und organisatorischen Leistungen usw. Diesbezüglich bringt die Beschwerdeführerin auch nichts vor, sie beruft sich nur auf die "befreite Miete". Bei einer einheitlichen Leistung mit Komponenten, die für sich betrachtet zum Teil klar steuerbar wären, zum Teil aber allenfalls auch ausgenommen sein könnten, hat sich die Besteuerung danach zu richten, welches die charakterbestimmenden Elemente sind bzw., was das Wesen der Leistung ausmacht (E. 3.3.1). Dass Praxisräume zur Verfügung stehen, ist zwar durchaus ein wesentliches und unabdingbares Element. Damit das Ganze nach Art. 14 Ziff. 17 aMWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 20 aMWSTG ausgenommen wäre, müsste dieses Element aber geradezu im Vordergrund stehen und das Wesen der Leistungsbeziehung ausmachen, was vorliegend nicht der Fall ist. Die (allenfalls ausgenommene) Raumbenutzung ist im Gesamtgefüge nur ein Element, das nicht dominiert. Die Gesamtleistung ist insgesamt als steuerbar zu qualifizieren. Die Beschwerdeführerin dringt mit ihrem Vorbringen der ausgenommenen Vermietung nicht durch.
6.3.4. Was die Inhouse-Ärzte anbelangt, ist die ESTV betreffend das Entgelt, das auf die Raummiete entfällt (Mietanteil an den Infrastrukturabgaben), selbst von ausgenommener Vermietung ausgegangen und hat den Mietanteil von vornherein gar nicht aufgerechnet (vgl. Ausführungen in Ziff. 4.1 der EA) bzw. - soweit zunächst doch aufgerechnet (EA Ziff. 4.4 Bst. a betreffend das Jahr 1995 Posten "Personal") - aufgrund weiterer Angaben bzw. Aufzeichnungen der Beschwerdeführerin in der GS korrigiert (vgl. GS 110'277 Ziff. 4.4 Bst. a [Jahr 1995, "Personal"]; s.a. Vernehmlassung Ziff. 5.1.2 f., sowie Schreiben in act. 55, ebenso Erstentscheide). Damit ist es betreffend diesen "Mietanteil" in der Infrastrukturabgabe der Inhouse-Ärzte im Resultat zu keiner Aufrechnung gekommen. Dieser war damit nicht Gegenstand des Erstentscheids und des Einspracheentscheids und ist demzufolge auch vorliegend nicht mehr Streitgegenstand. Folglich ist - da nicht Streitgegenstand - nicht zu prüfen, ob die ESTV den Mietanteil zu Recht als ausgenommen behandelt hat (womit sie diese als selbständige Leistungen behandelt hat), oder ob die Mietkomponente nicht vielmehr auch als Teil der Gesamtleistung hätte angesehen werden müssen.
Was den im Endeffekt besteuerten (und noch Streitgegenstand bildenden) Anteil der Infrastrukturabgabe der Inhouse-Ärzte anbelangt, handelt es sich unter Annahme von selbständigen Leistungen - also einzeln betrachtet - nach dem Gesagten offenkundig um steuerbare Leistungen (E. 6.3.3). Wäre hingegen auch bei diesen Verträgen eine Gesamtleistung anzunehmen, ergäbe sich ebenfalls das vorstehende Ergebnis, dass das Ganze steuerbar wäre (E. 6.3.3). So oder so sind diese Leistungen damit steuerbar. Die Aufrechnung betreffend die Inhouse-Ärzte kann (soweit noch Streitgegenstand) ebenfalls bestätigt werden.
6.4. Nach diesem Ergebnis muss nicht geprüft werden, ob die Zurverfügungstellung der Räume überhaupt als ausgenommene Vermietung nach Art. 14 Ziff. 17 aMWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 20 aMWSTG qualifiziert werden könnte, und insbesondere muss nicht auf die Praxis der ESTV zur Abgrenzung zwischen Vermietung und Nutzungsrecht (Ziff. 5.8 BB 16, vgl. E. 6.1 in fine) eingegangen werden.
6.5. Die ESTV erwähnt in der Vernehmlassung (Ziff. 5.4.2) eine Praxis in Ziff. 8.3.2 BB 20 zum aMWSTG, wonach sie das Zurverfügungstellen von Infrastruktur durch Spitäler an Chef- und Belegärzte als nach Ziff. 2 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG ausgenommen betrachte. Die Beschwerdeführerin beruft sich im Übrigen nicht auf diese Praxis und hat auch in der Replik zu den Ausführungen der ESTV nicht Stellung genommen.
Zunächst gilt diese Praxis offenbar (so auch gemäss Vernehmlassung) nur für die unter Ziff. 2 zu subsumierenden Institute (zur Unterordnung der Beschwerdeführerin unter diese Bestimmung: vorn E. 5.4). Hinzu kommt, dass nicht ersichtlich ist, gestützt auf welche Rechtsgrundlage die ESTV solche Leistungen ausnehmen dürfte, nachdem solche Leistungen kaum als "Heilbehandlungen" oder eng damit verbundene Umsätze qualifiziert werden können (zur Kritik s.a. Homberger Gut, mwst.com, a.a.O., N 22 zu Art. 18 Ziff. 2). Zumindest ist in Bezug auf den vorliegenden Fall zu wiederholen, dass die hier strittigen Leistungen der Beschwerdeführerin aus den Arztverträgen klar weder unter Ziff. 2 oder Ziff. 3 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG (E. 6.3), noch unter Art. 14 Ziff. 17 aMWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 20 aMWSTG (E. 6.2) fallen. Vorliegend kann damit eine Verwaltungspraxis, die nicht vom übergeordneten Recht abweichen darf (statt vieler: BVGE 2010/33 E. 3.3.1, BVGE 2007/41 E. 3.3) und auch nicht eine neue Ausnahmebestimmung kreieren darf, nicht dazu führen, dass die Leistungen der Beschwerdeführerin ausgenommen sind. Ob die Praxis in anderen Fällen zulässig sein kann, braucht hier nicht untersucht zu werden.
7. Punkt B: "Radiologie"
7.1. Hier geht es um zwei Aufrechnungen in der EA 110'573 zur aMWSTV: Ziff. 4.2 Bst. a (Umsätze aus Leistungen der Beschwerdeführerin an die einfache Gesellschaft Radiologie) und Ziff. 4.3 (Betriebsmittelverkauf) (vgl. hierzu Vernehmlassung Ziff. 5.1.2 f.). Sie sind im Folgenden separat zu behandeln.
7.2. Zunächst will die Beschwerdeführerin ihr "allgemeines" Argument (vgl. E. 5.5) offenbar auch in Bezug auf diese beiden Aufrechnungen anbringen. So seien gemäss Einsprache unter den Begriff "medizinisches Zentrum" auch sämtliche Dienstleistungen im Bereich Radiologie zu rechnen und gemäss Replik (Ziff. 9 und 10) seien auch diese Leistungen ausgenommen, weil die Beschwerdeführerin eine Institutsbewilligung habe bzw. ein Kurhaus sei. Dies ist nicht stichhaltig, da es bei diesen beiden Aufrechnungen offenkundig nicht um "Heilbehandlungen" geht (dazu vorn E. 5.5, 3.4.2 f.).
7.3. Punkt B Teil 1: Leistungen an die einfache Gesellschaft Radiologie
7.3.1. Zu Ziff. 4.2 Bst. a der EA zur aMWSTV (s.a. Anhänge MED 8 und 10) wird im Kontrollbericht (Beiblatt 6) ausgeführt, mit der B._______ habe eine einfache Gesellschaft bestanden, welche ein Röntgeninstitut betrieben habe, das beim medizinischen Zentrum eingemietet gewesen sei. Sämtliche Aufwendungen wie Maschinen, Unterhalt, Infrastruktur, Personal usw. seien von der Beschwerdeführerin jährlich an die einfache Gesellschaft verrechnet worden. Dies sei jedoch nicht verbucht, sondern direkt mit dem Gewinnanteil der einfachen Gesellschaft verrechnet worden. Diese nicht verbuchte und nicht deklarierte Verrechnung an Zahlungs statt habe aufgrund der Kostenstellenrechnung eruiert werden müssen. Im Erstentscheid findet sich keine Begründung, die explizit diese Aufrechnung betrifft, und im Einspracheentscheid nur die Bemerkung, soweit die Beschwerdeführerin der einfachen Gesellschaft Geräte zur Verfügung gestellt habe, handle es sich offensichtlich nicht um eine Heilbehandlung (Schluss von E. 4.3). In der Vernehmlassung wird im Wesentlichen ausgeführt, die Beschwerdeführerin habe der einfachen Gesellschaft Räumlichkeiten samt Geräten und Mobiliar zur Verfügung gestellt (Verweis auf den Vertrag in act. 6). Das Eigentum sei demnach nicht auf die einfache Gesellschaft übertragen worden (Ziff. 5.1.1).
7.3.2. Die Beschwerdeführerin hat im Verfahren vor der ESTV als einziges Argument vorgebracht, es liege eine stille Gesellschaft vor (act. 60 und 63). In Einsprache und Beschwerde wie auch Replik erfolgen keine Ausführungen zu dieser Aufrechnung ausser dem "allgemeinen" Argument (vorn E. 7.2) und der Annahme in der Replik (Ziff. 9), diese Position sei nicht Gegenstand des Verfahrens (hierzu vorn E. 5.2). Folglich ist - nur, aber immerhin - insoweit auf die Begründetheit der Aufrechnung einzugehen, als sich aufgrund der Akten oder der Ausführungen der ESTV Fragen aufdrängen (vorn E. 1.4).
7.3.3. Eine solche Frage ist, ob die Beschwerdeführerin der einfachen Gesellschaft tatsächlich die von der ESTV behaupteten Leistungen erbracht hat und ob jene hierfür ein Entgelt entrichtet hat, also ob ein steuerbarer Leistungsaustausch überhaupt gegeben ist (zu den Grundsätzen E. 3.1.1). Diesbezüglich ist im Übrigen die ESTV beweisbelastet (E. 1.5).
7.3.3.1 Als Beleg für die Aufrechnung ist in den Akten einzig der Vertrag vom 9. Juni 1995 (act. 6) vorhanden, in welchem die Beschwerdeführerin mit der B._______ eine Zusammenarbeit in Form einer einfachen Gesellschaft vereinbart hat. Es sollte in den Räumen des medizinischen Zentrums gemeinsam ein Radiologie-Institut betrieben werden (Präambel). Art. 1 regelt unter dem Titel "Beiträge/Beteiligungsverhältnisse", dass Gewinn- und Verlustbeteiligung auf dem Verhältnis der eingebrachten Aktiven (Überlassung zum Gebrauch) basierten, wobei ein Beteiligungsverhältnis von 50:50 angestrebt werde. Für beide Parteien sind in Art. 1 bestimmte Aktiven aufgeführt, die in den Beilagen I und II präzisiert werden. Die eingebrachten Aktiven der B._______ sind in der Beilage I aufgezählt. Für die Beschwerdeführerin werden als "Beiträge" in Beilage II die Räumlichkeiten, Mobiliar, Maschinen/Geräte usw. einzeln aufgeführt. Ge­mäss Beilage III werde sodann Folgendes der gemeinsamen Erfolgsrech­nung belastet: Unter Punkt A "Abschreibungen" werden die (mobilen) Aktiven der beiden Parteien aufgeführt und bestimmte Abschreibungsbeträge fixiert (jährlich 1/6 bzw. 1/10 des Werts). Unter Punkt B "Miete" wird die Raummiete betreffend die Räumlichkeiten der Beschwerdeführerin mit einem bestimmten Betrag genannt.
7.3.3.2 Bezüglich der erbrachten Leistungen wird in der Vernehmlassung gesagt, die Beschwerdeführerin habe der einfachen Gesellschaft Räumlichkeiten samt Geräten und Mobiliar "zur Verfügung gestellt". Im Kontrollbericht ist dann die Rede von Aufwendungen für Maschinen, Unterhalt, Infrastruktur, Personal usw., die der einfachen Gesellschaft verrechnet worden seien. Diese Leistungen sind jedoch durch den Vertrag nicht zweifelsfrei dokumentiert.
Zunächst ergibt sich nicht aus dem Vertrag - und auch nicht aus einem anderen Aktenstück (abgesehen von der Skizze in Beilage zu act. 6, von der aber nicht bekannt ist, wer sie erstellt hat) -, dass von der Beschwerdeführerin der einfachen Gesellschaft auch Personal zur Verfügung gestellt worden wäre, wie dies die ESTV gemäss Kontrollbericht annimmt. Eine solche Leistung ist unbewiesen.
Was die "Zurverfügungstellung von Räumlichkeiten und Mobiliar" anbelangt, so ergibt sich aus dem Vertrag, dass verschiedene Aktiven in die einfache Gesellschaft eingebracht werden sollten. Die ESTV geht dabei von einer Gebrauchsüberlassung (Lieferung nach Art. 5 Abs. 2 Bst. b aMWSTV) aus. Betreffend die Räumlichkeiten ist dieser Schluss nachvoll­ziehbar, da im Vertrag von "Miete" die Rede ist (Beilage III). Diesbezüglich müsste aber, wäre auch die Entgeltlichkeit erstellt (hierzu sogleich), noch die Frage der Ausnahme von Art. 14 Ziff. 17 aMWSTV geprüft werden. Hingegen lässt sich betreffend die mobilen Aktiven, die in Beilage II unter dem Titel "Maschinen, Geräte, Mobiliar" erscheinen, die Annahme einer "Vermietung" dem Vertrag nicht eindeutig entnehmen. Worauf sich etwa die Klammerbemerkung "Überlassung zum Gebrauch" in Art. 1 des Vertrags bezieht, ist nicht klar. Es ist gemäss dem Vertrag auch möglich, dass eine Lieferung nach Art. 5 Abs. 1 aMWSTV stattfand, nachdem in Ziff. 1 von "eingebrachten Aktiven" die Rede war und gemäss Beilage III diese Aktiven in der gemeinsamen Erfolgsrechnung abgeschrieben worden waren. In der Vernehmlassung wird zur Begründung der Annahme, eine Eigentumsübertragung habe nicht stattgefunden, erwähnt, dass die Beschwerdeführerin und die B._______ die Mobilien bei sich bilanziert und abgeschrieben hätten (Verweis auf eine Notiz eines Mitarbeiters in act. 23). Es wäre allerdings noch zu untersuchen, ob diese Verbuchung nicht auch bei einer "Eigentumsübertragung" auf die einfache Gesellschaft, was zivilrechtlich die Bildung von Gesamteigentum bedeutete (vgl. Art. 544 Abs. 1 des Obligationenrechts vom 30. März 1911 [OR, SR 220]), richtig wäre.
7.3.3.3 Gänzlich ungeklärt ist jedoch die Frage des Entgelts (zu den Grundlagen: E. 3.1.1). Dem Vertrag und auch den sonstigen Akten ist nicht zu entnehmen, dass für die eingebrachten Aktiven ein Entgelt vereinbart worden ist. Es ist auch nicht ersichtlich, dass die in Beilage III auf­geführten Beträge den Gesellschaftern ausbezahlt oder gutgeschrieben werden sollten. Schon gar nicht auszumachen ist, dass das Entgelt effektiv geleistet worden ist. Die Annahme im Kontrollbericht, es sei eine Verrechnung mit dem Gewinnanteil erfolgt, ist nicht dokumentiert, und die ESTV unterlässt jegliche Erläuterung dazu. Die Entgeltlichkeit und damit ein steuerbarer Leistungsaustausch sind also nicht erstellt. Es drängt sich angesichts des Vertrags denn auch die Frage auf, ob die Einbringung der Aktiven nicht im Sinn eines Gesellschafterbeitrags erfolgte, was keinen steuerbaren Vorgang darstellte (E. 3.1.2). Dafür spricht, dass Art. 1 mit "Beiträge/Beteiligungsverhältnis" betitelt ist, von "eingebrachten Aktiven" die Rede ist, und die Gewinn- und Verlustbeteiligung auf dem Verhältnis dieser eingebrachten Aktiven basieren soll (vorn E. 7.3.3.1). Ein Gesellschafterbeitrag könnte im Übrigen unabhängig davon vorliegen, ob die Aktiven in Form einer "Eigentumsübertragung" oder einer Ge­brauchs­überlassung eingebracht worden sind (vgl. etwa Entscheid der SRK vom 12. Oktober 2001, veröffentlicht in: VPB 66.42 E. 5a; Arthur Meier-Hayoz/Peter Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, Bern 2007, 10. Aufl., S. 318 N 40), was nach dem oben Gesagten nicht klar ist (E. 7.3.3.2).
7.3.4. Ein steuerbarer Leistungsaustausch zwischen der Beschwerdeführerin und der B._______ ist demnach nicht bewiesen. Vorliegend hat die ESTV ihrer Untersuchungspflicht (E. 2.1) nicht Genüge getan und den Sachverhalt ungenügend abgeklärt bzw. dargelegt (Art. 49 Bst. b VwVG), indem sie es versäumt hat, für ihre Annahme, dass ein steuerbarer Vorgang gegeben sei, genügend Beweismaterial zu beschaffen bzw. vorzule­gen. Zudem kann angenommen werden, dass dieser Sachverhalt noch eruiert werden kann, insbesondere indem die ESTV die Beschwerdeführerin auffordert, zu den aufgeworfenen Fragen Stellung zu nehmen (was sie bisher nicht getan hat) und allenfalls weitere Unterlagen einzureichen. Eine Verletzung der Mitwirkungspflicht durch die Beschwerdeführerin (vorn E. 2.1) ist nicht ersichtlich. Unter diesen Umständen kann die Beweislastregel, die zu Ungunsten der ESTV wirken würde, noch nicht angewendet werden (E. 1.5). Da somit noch ein Beweisverfahren durchgeführt werden muss und weil im Erst- und im Einspracheentscheid eine Begründung weitgehend fehlt, rechtfertigt es sich, das Verfahren an die ESTV zu neuem Entscheid zurückzuweisen (vorn E. 1.5). Im zweiten Rechtsgang muss die ESTV den Sachverhalt genügend abklären, wobei insbesondere die aufgeworfenen Fragen geprüft werden müssen. Im Rahmen der Abklärungen ist die Beschwerdeführerin zur Stellungnahme und gegebenenfalls zur Einbringung von Belegen aufzufordern. Sollte die ESTV wiederum von einem steuerbaren Vorgang ausgehen, müsste sie diesen genügend darstellen und belegen.
Auf das im Verlauf des Verfahrens vor der ESTV erhobene Argument der Beschwerdeführerin, es liege eine stille Gesellschaft vor, braucht nicht eingegangen zu werden. Käme die ESTV im neuen Entscheid zum Schluss, dass es sich um Gesellschafterbeiträge handle, wäre die Qualifi­kation als stille Gesellschaft irrelevant. Auch dann läge im Zusammenhang mit den eingebrachten Aktiven ein nicht steuerbarer Vorgang vor.
Da in diesem Punkt eine Rückweisung an die Vorinstanz erfolgt, braucht nicht entschieden zu werden, ob eine Verletzung des rechtlichen Gehörs durch ungenügende Begründung stattgefunden hat bzw. ob die (allfällige) Verletzung der Begründungspflicht in der Vernehmlassung geheilt worden ist (vgl. etwa Urteil des Bundesgerichts 1A.54/2001 vom 14. Februar 2002 E. 7; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B 4484/2009 vom 23. März 2010 E. 4.2, 9, mit Hinweis).
7.4. Punkt B Teil 2: "Betriebsmittelverkauf"
7.4.1. Zu Ziff. 4.3 der EA zur aMWSTV wurde im Kontrollbericht (Beiblatt Nr. 7) ausgeführt, der hier eingesetzte Wert entspreche dem Marktwert der Geräte der Beschwerdeführerin, welche sie jeweils an die Radiologie vermietet habe. "Die Radiologie" habe die gesamten Geräte an die Radiologie C._______ AG verkauft. Der entstandene Gewinn (Anteil 50 %) sei mit der Lieferung der Beschwerdeführerin verrechnet worden. Im Erst­entscheid wird lediglich erwähnt, die Beschwerdeführerin habe der Radiologie C._______ AG Betriebsmittel verkauft und nicht abgerechnet. Im Einspracheentscheid findet sich dazu nur die Bemerkung, soweit die Beschwerdeführerin der einfachen Gesellschaft Geräte zur Verfügung gestellt und schliesslich verkauft habe, handle es sich offensichtlich nicht um eine Heilbehandlung (Schluss von E. 4.3). In der Vernehmlassung wird ausgeführt, die Beschwerdeführerin habe der einfachen Gesellschaft Räumlichkeiten samt Geräten und Mobiliar zur Verfügung gestellt (hierzu oben E. 7.3) und am 25. Oktober 2000 habe sodann die einfache Gesellschaft das Radiologie-Institut an die Radiologie C._______ AG (act. 25) verkauft. Letzteres habe bedingt, dass die Beschwerdeführerin ihre Geräte und Vorrichtungen, welche sie der einfachen Gesellschaft zur Nutzung überlassen habe, jener nunmehr zu Eigentum übertragen habe. Dafür sei sie in Form eines Gewinnanteils entschädigt worden.
7.4.2. Abgesehen von den vorn in E. 7.2 und E. 7.3.2 erwähnten Argumenten hat die Beschwerdeführerin hierzu lediglich in der Replik Stellung genommen: Es könne nicht von einem eigentlichen Verkauf die Rede sein. Der Betrieb der Radiologie sei neu strukturiert worden und im Betrieb des medizinischen Zentrums verblieben. Der "Verkauf" sei lediglich erfolgt, um neue Abrechnungssysteme einführen zu können. Die Beschwerdeführerin macht also keine substantiierten Einwendungen, wobei zu berücksichtigen ist, dass zumindest bis zur Vernehmlassung die Begründungen der ESTV klar ungenügend waren. Wiederum sind durch das Bundesverwaltungsgericht aber ohnehin von Amtes wegen Fragen zu prüfen, die sich aufgrund der Akten und der Ausführungen der ESTV aufdrängen (vorn E. 1.4).
7.4.3. Eine solche sich aufdrängende Frage ist erneut, ob überhaupt ein Leistungsaustausch besteht, insbesondere ob eine Leistung vorhanden ist.
Die ESTV stützt sich gemäss Vernehmlassung auf einen Kaufvertrag vom 25. Oktober 2000 zwischen der Beschwerdeführerin und der B._______ einerseits ("Verkäuferin") und der Radiologie C._______ AG andererseits (Käuferin) (act. 25, vgl. auch Schreiben in act. 23). Gegenstand des Kaufvertrags sind insbesondere die Aktiven des Radiologie-Instituts, so Mobilien und Einrichtungen (Maschinen, Geräte, Apparate, Einrichtungsgegenstände, Möbel) (Ziff. 2.2) sowie das Warenlager (Ziff. 2.3). Eine Beilage 1 sollte die Mobilien näher bezeichnen; eine solche ist aber in den Akten nicht vorhanden. Bekannt ist demnach, dass es zu einem Verkauf sämtlicher Aktiven des Radiologie-Instituts von der Beschwerdeführerin und der B._______ an die Radiologie C._______ AG gekommen ist.
Die ESTV folgert daraus in ihren Ausführungen in der Vernehmlassung, dass zuvor ein Verkauf von der Beschwerdeführerin an die einfache Gesellschaft stattgefunden haben müsse. Gegenstand dieses (von der ESTV vermuteten) Verkaufs seien die Mobilien der Beschwerdeführerin gewesen, welche sie (nach Ansicht der ESTV, hierzu vorn E. 7.3) zuvor an die einfache Gesellschaft vermietet gehabt habe (zum Ganzen E. 7.4.1). Diese Annahmen der ESTV finden in den Akten keine Stütze.
So ist, wie vorstehend (E. 7.3.3) ausgeführt, nicht klar und von der ESTV noch abzuklären, ob die im Gesellschaftsvertrag vom 9. Juni 1995 (act. 6) aufgeführten Aktiven, wie die ESTV annimmt, "vermietet" oder schon dazumal (also im Jahr 1995) im Sinn von Art. 5 Abs. 1 aMWSTV übertragen worden sind, und ob dies gegen Entgelt erfolgt ist. Je nach Ergebnis ergeben sich unterschiedliche Konsequenzen betreffend die hier strittige Aufrechnung.
Wäre mit dem Gesellschaftsvertrag (act. 6) eine Vermietung, also eine Lieferung nach Art. 5 Abs. 2 Bst. b aMWSTV erfolgt, wäre (unabhängig davon, ob die Vermietung entgeltlich erfolgte oder nicht) eine spätere Eigentumsübertragung von der Beschwerdeführerin auf die einfache Gesellschaft denkbar. Für eine Besteuerung fehlt es aber nach der aktuellen Aktenlage an den nötigen Beweisen. Eine Übertragung von der Beschwerdeführerin auf die einfache Gesellschaft, und dies zudem gegen Entgelt, ist durch keinen Vertrag und auch sonst durch kein Aktenstück dokumentiert. Der Schluss der ESTV, dass die laut Kaufvertrag (act. 25; Beschwerdeführerin und B._______ mit der Radiologie C._______ AG) verkauften Aktiven zuvor von der Beschwerdeführerin an die einfache Ge­sellschaft verkauft worden sein müssen, ist mangels Belegen oder zumin­dest weiterer Indizien nicht zulässig. So sind insbesondere die vom genannten Kaufvertrag (act. 25) im Einzelnen betroffenen Aktiven gar nicht bekannt, womit auch nicht erstellt sein kann, dass Aktiven verkauft worden sind, die ursprünglich der Beschwerdeführerin gehörten, bzw. wie die ESTV annimmt, zuvor an die einfache Gesellschaft vermietet worden sind. Daneben müsste auch die Entgeltlichkeit noch nachgewiesen werden. Die ESTV gibt an, die Beschwerdeführerin sei "in Form eines Gewinnanteils entschädigt worden", was weder dokumentiert noch näher erläutert wird.
Hätte hingegen bereits mit dem Gesellschaftsvertrag im Jahr 1995 eine Eigentumsübertragung stattgefunden (hierzu E. 7.3.3.2), wäre weiter relevant, ob diese gegen Entgelt erfolgte oder nicht. Im Fall der unentgeltlichen Übertragung (insbesondere als Ge­sellschaftereinlage) bestünde kein steuerbarer Vorgang (vorn E. 7.3.3.3). Vermöchte die ESTV doch noch ein Entgelt nachzuweisen, käme eine Besteuerung in Betracht, allerdings aufgrund des bereits im Jahr 1995 erfolgten Verkaufs und nicht, wie die ESTV annimmt, aufgrund einer Transaktion im Jahr 2000. Ob die Voraussetzungen einer Besteuerung tatsächlich gegeben wären, wäre, wie auch die Bemessungsgrundlage, von der ESTV noch zu untersuchen.
7.4.4. Die Sache ist mit der gleichen Begründung wie in E. 7.3.4 (Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes, fehlende Darstellung des Sachverhalts, fehlende Begrün­dung) an die ESTV zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Eine Stellungnahme zur Frage einer allfälligen Begründungspflichtverletzung bzw. zu deren allfälliger Heilung in der Vernehmlassung erübrigt sich wiederum (wie vorn E. 7.3.4).
Aufgrund der beschriebenen Unklarheit, ob überhaupt ein Leistungsaustausch stattgefunden hat, kann schliesslich auch das Argument der Beschwerdeführerin, es bestehe (beim vermuteten Leistungsempfänger) eine stille Gesellschaft (vgl. oben E. 7.3.2), nicht behandelt werden. Sollte die ESTV im zweiten Rechtsgang wiederum von einem steuerbaren Vorgang ausgehen, wird sie zu begründen haben, inwiefern es zu einem Leistungsaustausch zwischen zwei mehrwertsteuerlich zu unterscheidenden Beteiligten kam bzw. wer dabei Leistungsempfänger war.
7.5. Die Beschwerde ist damit in Bezug auf Punkt B Teil 1 und Teil 2 gutzuheissen und zu neuerlichem Entscheid an die ESTV zurückzuweisen. Die betroffenen Steuerbeträge belaufen sich auf Fr. ... bzw. Fr. ... . Je nach Ausgang des zweiten Rechtsgangs können sich zu­dem Auswirkungen auf die Vorsteuern bzw. Vorsteuerkürzungen ergeben. Darüber hat die ESTV gegebenenfalls auch zu befinden.
8. Punkt C: "Leistungen der Beschwerdeführerin an die eigene Kundschaft"
8.1. Unter diesem Titel wird in der Vernehmlassung (Ziff. 5.1.2 f.) auf Ziff. 4.4 der beiden EA verwiesen. Sie enthalten die Positionen "Massagen", "Therapien", "Hotelschwestern", "..." (Fitness) und "Diver­se" (Ziff. 4.4 Bst. a), "Medikamentenabgabe" (Ziff. 4.4 Bst. b), "Benützungsrechte der OP-Räume" (Bst. c), "Benützungsrechte an Patientenparkplätzen" (Ziff. 4.4 Bst. d) sowie "Gutachten" (Bst. e). Die ESTV hat sich für die Aufrechnungen auf die Buchhaltung der Beschwerdeführerin gestützt, in welcher diese Posten enthalten waren (vgl. Anhang zu den EA MED 1-7).
In EA Ziff. 4.1 erläutert die ESTV, im Buchhaltungssystem des medizinischen Zentrums sei keine Aufteilung nach mehrwertsteuerlichen Kriterien vorgenommen worden. Eine stichprobeweise Überprüfung von anlässlich der Kontrolle vorgelegten Rechnungskopien (Monat Oktober 1999) habe ergeben, dass (betreffend "Therapien", "Massagen" und "Hotelschwestern") die ärztlichen Verordnungen (zum Teil) gefehlt hätten und die Art der Leistung aus keinen Aufzeichnungen hervorgehe. In den Weisungen vom 1. Februar 2002 (act. 48 Ziff. 14) wird präzisiert, mit der Erwähnung der fehlenden ärztlichen Verordnungen (in den EA) habe die ESTV den fehlenden Leistungsbeschrieb und die fehlende Unterscheidung in steuer­bare und ausgenommene Umsätze gemeint.
In den Einspracheentscheiden wie auch in der Vernehmlassung wird aus­geführt, Unternehmen, die eine gemischte Tätigkeit ausübten, die teilweise ausgenommen sei, müssten geeignete Aufzeichnungen führen. Die Beschwerdeführerin habe jedoch im Buchhaltungssystem des medizinischen Zentrums keine Aufteilung nach mehrwertsteuerlichen Kriterien vorgenommen. In der Vernehmlassung wird ergänzt, die Steuerausnahme nach Art. 14 Ziff. 3 aMWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 3 aMWSTG müsse von der Beschwerdeführerin bewiesen werden. Die Beschwerdeführerin habe (auch) Leistungen erbracht, die keine Heilbehandlungen seien, wie Sport-, Entspannungs- und Anti-Stress-Massagen und Leistungen eines Fitnesscenters. Bei den Aufzeichnungen über ausgenommene Leistungen im Gesundheitsbereich genüge es nicht, nur die Behandlung zu bezeichnen, vielmehr müsse daraus die Art der behandelten Krankheit, Verletzung oder anderen Störung hervorgehen. In vielen Fällen liessen sich Diagnose und Indikation der durchgeführten Behandlung weder den Rechnungen noch sonstigen Aufzeichnungen entnehmen.
Aufgrund dieser Ausgangslage hat die ESTV Schätzungen vorgenommen. Betreffend den steuerbaren bzw. ausgenommenen Teil der "Massagen/Therapien" wird in den Einspracheentscheiden (Ziff. 4.3) ausgeführt, dieser sei aufgrund "gemeinsamer Erhebungen der Beschwerdeführerin und der ESTV" festgelegt worden (vgl. genauere Angaben in MED 1 ff.). Weiter erfolgte aufgrund von nachgelieferten Angaben der Beschwerdeführerin eine Gutschrift (vgl. Protokoll Sitzung vom 7. Juni 2002, act. 54; vgl. GS 110'277 und 110'276 Ziff. 4.4 und Anhänge MED 1 ff., s.a. Vernehmlassung S. 8 f.). Der Anteil der Medikamente, welche aufgrund einer Heilbehandlung abgegeben worden sind, ist auf 5 % des Medikamentenumsatzes geschätzt worden (vgl. Ziff. 4.1 EA und Anhang MED 1 ff.). Die weiteren Positionen ("Krankenschwestern", "Fitness", "Gutachten" usw.) wurden gänzlich als steuerbar aufgerechnet.
In den Beschwerdeausführungen zur aMWSTV wird im Wesentlichen vor­gebracht, die Voraussetzung einer ärztlichen Verordnung bzw. eines ärztlichen Überweisungszeugnisses sei unzulässig. Zudem seien alle Leistungen eines Arztes von der Mehrwertsteuer ausgenommen, auch wenn sie lediglich der Hebung des Wohlbefindens, der Verbesserung der Leistungsfähigkeit oder aus ästhetischen Gründen vorgenommen würden. In der Beschwerdebegründung in Bezug auf das aMWSTG wird hauptsächlich ausgeführt, bei einem ambulanten Behandlungszentrum seien alle Heilbehandlungen ausgenommen, die unter Aufsicht der Leitung durch Angestellte durchgeführt und in dessen Namen fakturiert würden. Die medizinisch indizierte Diagnose könne auch von Ärzten, die im medizinischen Zentrum tätig seien, vorgenommen werden. In der Replik wird wiederum darauf hingewiesen, dass die Beschwerdeführerin ein Kurhaus A sei, welches generell von der Mehrwertsteuer ausgenommen sei. In Bezug auf die "Therapien" wird zudem bemerkt, Leistungen gegenüber Ausländern seien von der Steuer befreit. Weiter würden alle Patienten des medizinischen Zentrums einer ärztlichen Untersuchung unterzogen. Die Ärzte würden dann Therapien anordnen. Sämtliche Therapien seien damit medizinisch indiziert und verordnet. Weiter gebe die ESTV an, dass auch Wellnessgäste zu den Kunden der Beschwerdeführerin ge­hörten. Dies treffe zu, diese Gästen seien aber nicht unter dem Titel "medizinisches Zentrum" geführt worden.
8.2. Die Beschwerdeführerin hält diesen Aufrechnungen also zunächst ihr "allgemeines" Argument entgegen, dass sie nach Ziff. 2 bzw. 3 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG ausgenommen bzw. ein Kurhaus A sei, womit sie generell von der Mehrwertsteuer ausgenommen sei. Wie bereits mehrfach dargelegt, ist das "medizinische Zentrum" nicht für alle Leistungen, und auch nicht für alle Leistungen, die im weitesten Sinn im Gesundheitsbereich liegen, sondern nur für die eigentlichen Heilbehandlungen ausgenommen (zum Ganzen schon E. 5.5, ferner E. 3.4.2 f.). Im vorliegenden Zusammenhang ist nun (anders als bei den Punkten A und B) im Folgenden einlässlicher zu prüfen, ob Heilbehandlungen vorliegen. Was den Medikamentenverkauf anbelangt, ist mangels weiterer Ausführungen der Beschwerdeführerin lediglich festzuhalten, dass der Verkauf bzw. die Mitgabe von Medikamenten an Patienten steuerbar ist und die Beschwerdeführerin nicht geltend macht und nicht belegt, bei den aufgerechneten Leistungen handle es sich um Medikamente, die im Rahmen von ausgenommenen Heilbehandlungen verwendet worden wären (zum Ganzen ausführlich mit Hinweisen: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-2999/2007 vom 12. Februar 2010 E. 2.2 und 3).
8.3. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin beziehen sich auf die Punkte "Therapien" bzw. "Massagen" (EA Ziff. 4.4 Bst. a). Betreffend die übrigen Aufrechnungen in EA Ziff. 4.4 Bst. a-e (im Einzelnen vorn E. 8.1) hat sie (abgesehen vom soeben abgehandelten "allgemeinen" Argument) weder im Verfahren vor der ESTV noch im Beschwerdeverfahren je etwas vorgebracht. Nachdem sich auch aus den Akten keine Hinweise auf eine Unzulässigkeit der Aufrechnungen ergeben, ist es aufgrund des Untersuchungsgrundsatzes und des Grundsatzes der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht geboten, auf diese Aufrechnungspositionen einzugehen (E. 1.4). Die Beschwerde ist diesbezüglich abzuweisen.
8.4. Hingegen ist auf die Aufrechnung in Ziff. 4.4 Bst. a "Massagen" und "Therapien" einzugehen.
8.4.1. Die Beschwerdeführerin macht in der Beschwerde geltend, dass alle Leistungen eines Arztes ausgenommen seien, auch wenn sie lediglich der Hebung des Wohlbefindens, der Verbesserung der Leistungsfähigkeit oder aus ästhetischen Gründen vorgenommen würden. Diese Regelung in Art. 3 Abs. 3 Bst. a aMWSTGV, welche erst seit dem Inkrafttreten des aMWSTG gilt, betrifft nur durch Ärzte vorgenommene Leistungen; Leistungen von Nichtärzten müssen den Begriff der Heilbehandlung erfüllen (oben E. 3.5.2). Da vorliegend keine Leistungen von Ärzten in Frage stehen (schon E. 5.4.1, Vernehmlassung Ziff. 5.2), ist dieses Argument nicht stichhaltig.
8.4.2. Weiter wird in der Beschwerde argumentiert, die ESTV verlange zu Unrecht eine Verordnung bzw. ein Einweisungszeugnis eines externen Arztes. Die nötige ärztliche Diagnose könne auch von internen Ärzten vorgenommen werden.
Allerdings hat die ESTV, wie sich aus ihren Ausführungen ergibt (E. 8.1), eine ärztliche Verordnung gar nicht als zwingende Voraussetzung für die Qualifikation als ausgenommene Leistung angesehen, sondern bemängelt, es fehlten ganz generell Nachweise bzw. Aufzeichnungen über die Art der Leistung. Dass solche (irgendwie gearteten) Belege über die Art der Leistung nötig wären, nimmt die ESTV zu Recht an. Es ist zu wiederholen, dass die Ausnahme von Ziff. 2 oder 3 von Art. 14 aMWSTV bzw. Art. 18 aMWSTG nur bei eigentlichen Heilbehandlungen im in E. 3.5.2 f. umschriebenen Sinn greift. Dass eine solche vorliegt, hat schon nach den allgemeinen Grundsätzen zur Beweislast der Steuerpflichtige zu beweisen (E. 1.5). Unter der aMWSTV war dieser Beweis zudem anhand einer ärztlichen Verordnung zu führen (E. 3.5.2). Unter dem aMWSTG kann eine ärztliche Verordnung nicht mehr zwingend verlangt werden. Dies ändert aber nichts daran, dass der Beweis einer Heilbehandlung erbracht werden muss. Eine solche kann nach wie vor nur bejaht werden, wenn konkrete Angaben über die Art der Behandlung geliefert werden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.25/2000 vom 26. Juli 2001, in: ASA 71 496 E. 2e in fine; ferner BB 20 zum aMWSTG Ziff. 5.2.1 sowie 2.6.2a). Eine ärztliche Verordnung wäre dabei nur ein möglicher Beleg, denkbar wären auch genügend detaillierte Rechnungen mit genauem Leistungsbeschrieb (s.a. Art. 4 aMWSTGV) oder andere Belege.
8.4.3. Damit ist zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin entsprechende Nachweise erbracht hat.
Generell ist nicht bekannt, worum es bei den in der Buchhaltung des medizinischen Zentrums verbuchten Therapien geht. In den aktenkundigen Rechnungen stehen nur allgemeine Begriffe wie "Massage", "Herz-Kreis­lauf Check-up", "Bewegungstherapie", "Lymphdrainage" usw. (act. 30 ff.). Dies genügt nicht, um eine Subsumption unter den Begriff Heilbehandlung vorzunehmen. Zudem handelt es sich nur um einige wenige Rechnungen. Ansonsten sind die erbrachten Leistungen in den aktenkundigen Unterlagen nirgends näher bezeichnet. Es existieren also in den eingereichten Unterlagen keinerlei Beweise, welche die fraglichen Umsätze als Heilbehandlungen ausweisen würden. Immerhin geht die ESTV davon aus, dass ein Teil der hier strittigen Leistungen ausgenommen sei. Offenbar waren anlässlich der Kontrolle denn auch gewisse ärztliche Verordnungen vorhanden (vgl. E. 8.1).
Die Beschwerdeführerin macht im Prinzip geltend, dass sämtliche "Massagen/Therapien" ausgenommen und in der Buchhaltung des medizinischen Zentrums einzig eigentliche Heilbehandlungen verbucht worden seien. Unter anderem argumentiert sie, alle Patienten des medizinischen Zentrums würden einer ärztlichen Untersuchung unterzogen, und die Ärzte würden dann die Therapien anordnen, womit diese medizinisch indiziert und verordnet seien (vorn E. 8.1). Diese Angaben sind nach dem Gesagten nicht belegt. Es existieren keine Beweise, dass die fraglichen Leistungen von den Ärzten als medizinisch indiziert angeordnet worden wären und es sich um Heilbehandlungen im Sinn der Ausnahmebestimmungen handeln würde. Wenn die Beschwerdeführerin behauptet, alle fraglichen Leistungen stellten Heilbehandlungen dar, widerspricht sie zudem ihren eigenen Angaben an einer Sitzung vom 7. Juni 2002, ein Teil der "Therapien/Massagen" sei nicht medizinisch indiziert (vgl. Protokoll in act. 54). Zudem erfolgte gemäss Angaben in den Einspracheentscheiden (Ziff. 4.3) die Schätzung gestützt auf Angaben der Beschwerdeführerin zum Anteil der medizinisch indizierten bzw. nicht indizierten Therapien (oben E. 8.1).
Festgehalten werden kann somit, dass ein Teil der als Therapieleistungen verbuchten Leistungen steuerbar und ein Teil ausgenommen ist.
8.4.4. Weiter ist aufgrund der beschriebenen Aktenlage der Anteil der steuerbaren bzw. der ausgenommenen Leistungen nicht belegt. In den Einspracheentscheiden und in der Vernehmlassung wird bemängelt (und von der Beschwerdeführerin im Übrigen nicht bestritten), dass auch in der Buchhaltung des medizinischen Zentrums keine Aufteilung nach mehrwertsteuerlichen Kriterien und keine Abgrenzung zwischen steuerbaren und ausgenommenen Umsätzen vorhanden gewesen sei. Wie die ESTV zu Recht festhält, wäre dies gestützt auf das Selbstveranlagungsprinzip und namentlich auf die Buchführungsgrundsätze von Art. 47 Abs. 1 aMWSTV bzw. Art. 58 Abs. 1 aMWSTG erforderlich (hierzu vorn E. 2.2). Damit genügen die Aufzeichnungen der Beschwerdeführerin den gesetzlichen Anforderungen nicht und die ESTV war zur Schätzung der Anteile der steuerbaren und ausgenommenen Leistungen befugt (E. 2.2). Bei dieser Aufzeichnungspflicht handelt es sich auch nicht um eine Formvorschrift, deren Anwendung durch den Pragmatismusartikel von Art. 45a aMWSTGV relativiert würde (dazu E. 2.3); die Beschwerdeführerin kann sich nicht auf diesen Artikel berufen. Gegen das Vorgehen der ESTV bei der Schätzung (hierzu E. 8.1) wendet sich die Beschwerdeführerin nicht. Dieses ist jedenfalls auch nicht offensichtlich unzulässig. Insbesondere beruht die Schätzung unter anderem auf Angaben der Beschwerdeführerin (vorn E. 8.1).
8.4.5. In der Beschwerde wird (namentlich zu den Ausführungen auf S. 26, vgl. vorn E. 8.4.3, 3. Absatz) die Befragung von Zeugen (bzw. genauer Auskunftspersonen) offeriert. Diese Beweise sind nicht abzunehmen. Selbst wenn die fraglichen Personen die Behauptungen der Beschwerdeführerin bestätigen würden, wären es nichts anderes als Parteibehauptungen, die ansonsten nicht belegt sind. Sie vermöchten damit am vorliegenden Ergebnis nichts zu ändern (vgl. zur antizipierten Beweiswürdigung im Allgemeinen: BGE 131 I 153 E. 3, 124 I 208 E. 4a, 122 II 464 E. 4a, je mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 2C_115/2007 vom 11. Februar 2008 E. 2.2; und im Zusammenhang mit Parteibefragungen: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-710/2007 vom 24. September 2009 E. 2.2, A-1599/2006 vom 10. März 2008 E. 2.4, mit Hinweis).
8.4.6. In der Replik wird betreffend die "Therapien" erwähnt, Leistungen gegenüber Ausländern seien "von der Steuer befreit" (Ziff. 12 Replik). Sollte damit vorgebracht werden, der Ort der Leistung befinde sich im Ausland, wäre Folgendes zu entgegnen: Unter dem Geltungsbereich der aMWSTV fielen die Therapieleistungen und Massagen unabhängig von der Qualifikation als ausgenommene Heilbehandlungen oder nicht ausgenommene Leistungen unter Art. 12 Abs. 1 aMWSTV, womit Ort der Leistung in der Schweiz (am Erbringerort) ist. Das gleiche gilt für die Zeit unter dem aMWSTG, in der die Leistungen unter Art. 14 Abs. 1 aMWSTG (Erbringer­ort, Auffangtatbestand) fielen, nachdem sie unter keine der in Art. 14 Abs. 2 und 3 aMWSTG aufgeführten Kategorien subsumiert werden können. Demnach unterliegen diese Leistungen der schweizerischen Mehrwertsteuer.
9. "Aktionärs- und Verwaltungsratsrabatte"
9.1. In Ziff. 2.2a der beiden EA erfolgten unter diesem Titel und unter Hinweis auf Art. 26 Abs. 2 letzter Satz aMWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 letzter Satz aMWSTG Aufrechnungen von Fr. ... (Zeitraum aMWSTV) bzw. Fr. ... (aMWSTG). In einem Anhang GR1 wurden die zu versteuernden "Aktionärsrabatte 10 %" sowie "Verwaltungsratsentschädigung" aufgelistet. In den Einspracheentscheiden wird im Wesentlichen auf die Grundsätze betreffend Leistungen an nahestehende Personen verwiesen und ausgeführt, die Aufrechnung sei zu Recht erfolgt, da vorliegend die Aktionäre eine Vergünstigung erhielten, die unmittelbar mit dem Aktienbesitz zusammenhänge. In der Vernehmlassung wird präzisiert, die Beschwerdeführerin habe nicht nur den Aktionären auf ihren Leistungen eine Ermässigung gewährt, sondern auch den Verwaltungsräten, nämlich eine solche von 23.33 %, und im Übrigen nimmt die ESTV zu den Vorbringen der Beschwerdeführerin Stellung.
In den Einsprachen wird im Wesentlichen vorgebracht, relevant seien im vorliegenden Zusammenhang nur solche Vergünstigungen, die ein anderer Personenkreis nicht erhalte. Stammgäste und Aktionäre erhielten aber dieselben Rabatte, sofern die Aufenthaltsdauer identisch sei bzw. sofern sie ähnliche Leistungen bezögen. Die Rabatte seien gekoppelt an die Aufenthaltsdauer bzw. die Frequenz der Besuche im Hotel. Die Beschwerdeführerin empfehle Stammkunden den Kauf einer Aktie, da damit die allgemein üblich gewährten Rabatte für Stammgäste leichter belegt werden bzw. sie sich damit einfacher als Stammkunden legitimieren könnten. Weiter handle es sich auch um ein wichtiges Instrument für die Kundenbindung. Schliesslich verweist die Beschwerdeführerin auf die Spezialbroschüre Nr. 04 der ESTV "Eigenverbrauch" Ziff. 4.1 (Fn. 1) zum aMWSTG, wonach als Person mit massgeblicher Beteiligung nur zu verstehen sei, wer über mehr als 20 % der Stimmanteile verfüge. Ferner wird erwähnt, dass es aus aktienrechtlichen Gründen (Gebot der Gleichbehandlung der Aktionäre) nur möglich sei, Aktionären den üblichen Stamm­gästerabatt zu gewähren, wenn sie auch tatsächlich Leistungen der Beschwerdeführerin wie Stammgäste in Anspruch nähmen, was bei ihr der Fall sei. In der Beschwerde wird weitgehend dasselbe ausgeführt und im Wesentlichen betont, dass die Aktionärseigenschaft nicht per se zu günstigeren Konditionen führe und nicht kausal sei für die Rabatte. Stammgäste und Aktionäre erhielten dieselben Rabatte, sofern die Aufenthaltsdauer im Betrieb identisch sei. Zudem handle es sich nicht um eine Naturaldividende, und es wäre auch nicht zulässig, Naturaldividenden über Rabatte zu gewähren, weil alle Aktionäre gleich behandelt werden müssten. In der Replik wird zu diesen Punkt auf eine Stellungnahme verzichtet.
9.2. Was die Aufrechnung unter dem Titel "Verwaltungsratsrabatte" anbelangt, so ist einziger Anhaltspunkt dazu Anhang GR1 mit der Auflistung der "Verwaltungsratsentschädigungen" verschiedener Jahre. Ansonsten ist nichts aktenkundig, und es finden sich in den Erst- und Einspracheentscheiden wie auch in Einsprache und Beschwerde keinerlei Stellungnahmen dazu. In der Vernehmlassung wird einzig bemerkt, die Beschwerdeführerin habe nicht nur den Aktionären auf ihren Leistungen eine Ermässigung gewährt, sondern auch den Verwaltungsräten, nämlich eine solche von 23.33 %.
Betragsgemäss ist diese Aufrechnung in den Erst- wie auch in den Einspracheentscheiden enthalten (vgl. hierzu S. 2 f. der Einspracheentscheide), und die Beschwerdeführerin ihrerseits hat gemäss ihren Anträgen in der Beschwerde die Position "Aktionärs- und Verwaltungsratsrabatte" als Ganzes angefochten (vorn Sachverhalt Bst. C). Der Punkt "Verwaltungsratsrabatte" gehört damit zum Streitgegenstand (vgl. E. 4).
Nachdem die ESTV, wie erwähnt, in der Begründung ihrer Entscheide die "Verwaltungsratsrabatte" nicht erwähnt hatte und hierzu auch in den eingereichten Verfahrensakten keine Unterlagen vorhanden waren, hat sie den zugrundeliegenden Sachverhalt nicht dargelegt und schon gar nicht bewiesen, worin eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes und von Art. 49 Bst. b VwVG zu sehen ist (vgl. E. 2.1). Weiter hat sie die Begründungspflicht verletzt (vgl. hierzu BGE 134 I 83 E. 4.1, 129 I 232 E. 3.2, 126 I 97 E. 2b; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1765/2006 vom 30. März 2009 E. 3.4.2, A-1681/2006 vom 13. März 2008 E. 2.3). Beides wird auch durch die knappe Bemerkung in der Vernehmlassung nicht nachgeholt. Ist auch aus den Akten der zugrundeliegende Sachverhalt nicht ersichtlich, kann über die Frage vorliegend nicht befunden werden. Die Sache muss diesbezüglich an die ESTV zurückgewiesen werden zur genügenden Sachverhaltsermittlung bzw. -darstellung sowie Begründung und zu neuem Entscheid (E. 1.5).
9.3. Es bleibt betreffend die Aktionärsrabatte zu prüfen, ob ein Anwendungsfall von Art. 26 Abs. 2 Satz 3 aMWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 aMWSTG (hierzu E. 3.2.3) bejaht werden kann.
9.3.1. Die Leistungsempfänger sind Aktionäre und damit nahestehende Personen nach den soeben erwähnten Bestimmungen (E. 3.2.3). Dass sie - wie die Beschwerdeführerin geltend macht - keine massgeblichen Beteiligungen halten, ist in Bezug auf die Voraussetzung der nahestehenden Person nicht relevant. Nahestehende Personen sind bei der Mehrwertsteuer alle Aktionäre unabhängig von der Höhe der Beteiligung (so auch explizit Entscheid der SRK 2004-004 vom 30. August 2004 E. 4a betreffend eine Genossenschaft). Der Verweis in der Einsprache auf eine Praxis der ESTV (vorn E. 9.1) ist irrelevant, da jene für Leistungen an das Personal gilt (s.a. Wegleitung 2001 Rz. 433). Die weitere Voraussetzung eines Leistungsaustauschs (hierzu E. 3.2.3) ist nicht strittig und offenkundig gegeben; die Beschwerdeführerin erbringt Leistungen (Hotelübernachtungen) und die Aktionäre zahlen ein Entgelt.
9.3.2. Art. 26 Abs. 2 Satz 3 aMWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 aMWSTG sind sodann nur anwendbar, wenn die Beschwerdeführerin den Aktionären Leistungen zu einem Vorzugspreis erbracht hat, also einem Preis, den sie unabhängigen Dritten nicht gewährt (E. 3.2.3).
Die fraglichen Rabatte wurden in den verschiedenen aktenkundigen Rechnungen, die gemäss Angaben in der Einsprache Aktionäre betreffen (Beilagen zur Einsprache [zur aMWSTV] 10, 12, 16, 24, 25), als "Aktionärsrabatte" bezeichnet (dies mit einer Ausnahme in Beilage 20). Schon aufgrund dieser Bezeichnung kann angenommen werden, dass es sich um einen besonderen Rabatt für Aktionäre handelt, den andere Gäste nicht erhielten, und ebenso, dass den Aktionären dieser Rabatt ohne weitere Bedingungen gewährt wurde. Den Belegen ist auch nicht zu entnehmen, dass für den Erhalt des Aktionärsrabatts - neben der Aktionärseigenschaft - jeweils weitere Bedingungen erfüllt sein mussten. Insbesondere lässt sich die Behauptung der Beschwerdeführerin, dass auch die Aktionäre nur Rabatt erhielten, wenn sie Stammgäste gewesen seien bzw. bestimmte Voraussetzungen (Aufenthaltsdauer u.ä.) erfüllten, daraus nicht ersehen. Es kann also aus den Belegen gefolgert werden, dass die Aktionärsrabatte nur den Aktionären und ohne zusätzliche Bedingungen einzig aufgrund ihrer Aktionärseigenschaft gewährt wurden.
Die Gewährung von Rabatten an Nichtaktionäre demgegenüber war offenkundig von gewissen Voraussetzungen abhängig. Dies ist schon deswegen anzunehmen, weil ansonsten ausnahmslos alle Gäste einen Rabatt hätten erhalten müssen, was gemäss den Journalen in den Einsprachebeilagen 9 ff. nicht der Fall ist und auch die Beschwerdeführerin nicht behauptet. Gemäss den Einsprachebeilagen, die nach Angaben in der Einsprache Nichtaktionäre betreffen (Rechnungen in Beilage 14, 18, 21, 26, 27), waren die Rabatte unterschiedlich hoch, in der Regel 10 oder 20 %, in zwei Fällen nur 8 % (Beilage 11), sowie unterschiedlich bezeichnet (z.B. "Rabatt letzte Nacht", "auf Logement", "Hotelierrabatt"). Auch diesen Belegen kann also entnommen werden, dass die Rabatte sich auf bestimmte Voraussetzungen stützten. Auch die Beschwerdeführerin gibt unterschiedliche Gründe für die Rabatte an, wie Aufenthaltsdauer, Stammgastqualität, Saison, Auslastung (vgl. Beschwerde und Einsprache). Dass die Bedingungen für den Erhalt der Rabatte nicht im Einzelnen bekannt sind, ist nicht relevant. Es käme auch nicht darauf an, wenn, wie in der Einsprache noch ausgeführt wurde, "keine rigide und konsequente Rabattpolitik verfolgt" worden wäre und die Rabatte mehr oder weniger willkürlich gewährt worden wären. Massgeblich ist, dass die Rabatte an Nichtaktionäre nicht voraussetzungslos gewährt wurden.
Zusammenfassend kann aufgrund der Akten angenommen werden, dass die Aktionäre für den Erhalt der Aktionärsrabatte keinerlei Voraussetzungen zu erfüllen und allein aufgrund ihrer Aktionärseigenschaft Anspruch auf Rabatte hatten, während dies bei den Nichtaktionären nicht der Fall war. Diese hatten nicht ohne jegliche Bedingungen Anspruch auf Rabatte. Es ist nicht nachgewiesen, dass, wie die Beschwerdeführerin behauptet, Aktionäre und andere Gäste unter den gleichen Bedingungen Rabatte erhielten. Damit wurde den Aktionären ein Vorzugspreis gewährt, der nicht dem Preis entsprach, den ein Dritter zu bezahlen hatte. Der (nach den Grundsätzen zur Beweislast der ESTV obliegende, vgl. E. 1.5) Beweis für das Vorliegen eines Anwendungsfalls von Art. 26 Abs. 2 Satz 3 aMWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 aMWSTG ist erbracht.
9.4. In Einsprache und Beschwerde wird ferner argumentiert, dass die von der ESTV angenommenen Rabatte an Aktionäre aus aktienrechtlichen Gründen gar nicht zulässig wären (ausführlich vorn E. 9.1). Die zivil- bzw. aktienrechtliche Zulässigkeit der fraglichen Rabatte ist jedoch vorliegend nicht massgeblich, sondern was unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten tatsächlich geschah. Selbst wenn die zivilrechtliche Zulässigkeit zu verneinen wäre, änderte dies nichts am vorstehenden Ergebnis.
9.5. Bemessungsgrundlage dieser Leistungen der Beschwerdeführerin ist folglich der Preis wie für unabhängige Dritte (E. 3.2.3), also der normale Übernachtungspreis ohne Rabatt. Die Differenz zwischen diesem Drittpreis und den von den Aktionären zu bezahlenden Preisen (also der Rabatt von 10 %) ist Teil der Bemessungsgrundlage (ähnlich auch die Steuerbemessung bei Personalrabatten: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-6243/2007 vom 6. Januar 2009 E. 3.2, A-3247/2007 vom 22. September 2008 E. 3.2, bestätigt durch Urteil des Bundesgerichts 2C_778/2008 vom 8. April 2009). Damit hat die ESTV zu Recht auf den Aktionärsrabatten von 10 % die Steuer aufgerechnet. Zur Steuerberechnung macht die Beschwerdeführerin im Übrigen keine Bemerkungen und diese ist zu bestätigen.
9.6. Damit ist die Beschwerde in Bezug auf die "Verwaltungsratsrabatte" gutzuheissen und zu neuem Entscheid an die ESTV zurückzuweisen (E. 9.2), die den betroffenen Betrag zu eruieren hat. Betreffend die Aktionärsrabatte ist die Beschwerde abzuweisen.
10. "Konzessionsvertrag"
10.1. In Ziff. 6.5 der beiden EA wurden unter diesem Titel Steuern von Fr. ... und Fr. ... nachgefordert. In den Erstentscheiden wurde ausgeführt, im Konzessionsvertrag werde festgehalten, dass die Beschwerdeführerin verschiedene Verpflichtungen wie den Unterhalt der [...]strasse und des [...]weges, das Defizit der Y._______ und des Z._______ [Bades] usw. übernehme. Es liege ein Verrechnungsgeschäft vor (wobei auf Ziff. 924 der Wegleitung 1997 bzw. Ziff. 788 der Wegleitung 2001 verwiesen wurde), da der Wasserzins durch die Erbringung von Leistungen der Beschwerdeführerin niedriger werde. Als Entgelt bei einem Verrechnungsgeschäft gelte der Wert jeder Lieferung. Das bedeute, dass beide Vertragspartner den vollen Wert der eigenen Lieferung bzw. Dienstleistung verbuchen und versteuern müssten (Verweis auf Ziff. 936 der Wegleitung 2001). Da die Beschwerdeführerin die Gegenleistungen nicht versteuert habe, habe die Steuer darauf nachbelastet werden müssen. Als Bemessungsgrundlage seien nur die "grossen Verpflichtungen" der Gegenleistung einbezogen worden. In den Einspracheentscheiden wird im Wesentlichen begründet, die Beschwerdeführerin erbringe gegenüber dem Kanton jedes Jahr Leistungen, welche der Kanton durch den Erlass des Wasserzinses abgegolten habe. Darin liege ein steuerbarer Umsatz. In der Vernehmlassung wird präzisiert, exakt diese Leistungen der Beschwerdeführerin an den Kanton gehörten zum Verfahrensgegenstand. Strittig seien nicht Leistungen, welche der Kanton der Beschwerdeführerin erbringe und dafür von jener Konzessionsgebühren vereinnahme. Ein Austauschverhältnis (Erfüllung diverser Verpflichtungen gegen Erlass der Wasserzinsen) werde von der Beschwerdeführerin im Übrigen nicht be­stritten. Zudem wird in den Einspracheentscheiden wie auch in der Vernehmlassung zum Vorbringen der Beschwerdeführerin, es lägen hoheitliche Leistungen vor, Stellung genommen.
In den Einsprachen wie auch in der Beschwerde wird ausführlich begründet, dass hier hoheitliche Leistungen im Sinn von Art. 23 aMWSTG bzw. Art. 17 Abs. 4 aMWSTV gegeben seien.
10.2. Die ESTV geht also von steuerbaren Leistungen der Beschwerdeführerin an den Kanton aus, wobei sie als Entgelt dafür den "Erlass des Wasserzinses" bezeichnet. Im Folgenden ist zu prüfen, ob dieser Standpunkt der ESTV zutrifft, nämlich ob die Verpflichtungen der Beschwerdeführerin aus der Konzession mehrwertsteuerliche Leistungen darstellen, die einen steuerbaren Leistungsaustausch begründen. Die Beschwerdeführerin wirft diese Frage zwar nicht auf, deren Prüfung drängt sich aber aufgrund der Ausgestaltung der Konzession auf und ist von Amtes wegen vorzunehmen (vorn E. 1.4).
10.3. Zum Sachverhalt ist Folgendes vorauszuschicken:
Am ... hat der Regierungsrat des Kantons D._______ der Beschwerdeführerin (bzw. deren Vorgängerin) eine "Konzession zur Nutzung der Thermalquellen E._______" erteilt. Unter Punkt A sind das Konzessionsobjekt und die Nebenrechte geregelt. Konzessionsobjekt ist das Recht zur alleinigen Nutzung der Thermalquellen E._______ als Bad- und Trink­wasser. Schon unter dem Titel "Konzessionsobjekt" (Art. 1-7) sind sodann neben Rechten auch Pflichten der Beschwerdeführerin genannt, so muss etwa ein Teil des Wasseranfalls abgegeben werden (Art. 4), das Wasser muss an verschiedene Anstalten geleitet werden und der ordentli­che Unterhalt der Leitungen ist von ihr voll und der ausserordentliche hälftig zu übernehmen (Art. 5). Unter "Nebenrechte" (Art. 8-11) findet sich in Art. 8 das Recht, das Z._______ [Bad] zu nutzen. Der ordentliche Unterhalt obliegt der Beschwerdeführerin, der ausserordentliche je hälftig der Beschwerdeführerin und dem Kanton. Nach Art. 10 steht der Beschwerdeführerin das Recht zur Nutzung der [...]strasse und des [...]weges zu. Auch dabei hat sie den ordentlichen Unterhalt voll und den ausserordentlichen hälftig zu übernehmen. Art. 11 gewährt das Recht zur Bewirtschaftung und Nutzung von Waldstücken.
Punkt B (Art. 12-20) enthält die allgemeinen Konzessionsbedingungen. Dabei interessieren hier nur Art. 12 und 13. Danach ist die Beschwerdeführerin verpflichtet, über den Sommer folgende Anlagen in Betrieb zu halten: [...], Y._______ und Z._______. Gemäss Art. 13 sind die dazu benötigten Bauten und Einrichtungen zu unterhalten.
Art. 18 ("Wasserzins und Konzessionsgebühr") bestimmt in Abs. 1: In Berücksichtigung der Tatsache, dass die Gegenleistung der Konzessionärin zum Teil durch die in den vorstehenden Artikeln übernommenen Verpflichtungen abgegolten ist, wird der Wasserzins auf einen Rappen (gemäss Nachtrag vom 2. Dezember 1969 sechs Rappen) pro Kubikmeter des für die Kuranstalten bezogenen Wassers festgesetzt. Gemäss Abs. 2 ist dieser Wasserzins nur für die Jahre zu bezahlen, in denen mindestens eine Dividende in der Höhe von 7 % zur Ausrichtung gelangt. Abs. 3: Die einmalige Konzessionsgebühr beträgt Fr. 1'000.--.
10.4. Es ist zunächst festzustellen, dass nicht ganz klar ist, welche Leistungen die ESTV eigentlich besteuern will. Während in den Einspracheentscheiden und in der Vernehmlassung solche gar nicht benannt werden, werden in den EA und in den Erstentscheiden die folgenden Leistungen aufgezählt: Unterhalt der [...]strasse und des [...]weges, ausserordentlicher Unterhalt an diesen Strassen, Defizit der Y._______ und des Z._______. Die ESTV geht aber offenkundig noch von weiteren Leistungen aus, ohne sie einzeln zu benennen. So wird in den EA und den Erstentscheiden gesagt, es handle sich bei den genannten um die "grössten Verpflichtungen" und in der Vernehmlassung wird unter Hinweis auf Art. 5 und 8 bis 10 der Konzession von "einer Reihe von Leistungen" gesprochen.
Die Pflicht zur Tragung des Strassenunterhalts ergibt sich aus Art. 10 der Konzession (soeben E. 10.3). Die von der ESTV erwähnte, aber nicht näher begründete "Defizitübernahme Y._______ und Z._______" wird in der Konzession nicht explizit so statuiert. Aufgrund der Regelung in Art. 8, 12 und 13 der Konzession (soeben E. 10.3) kann aber angenommen werden, dass die Beschwerdeführerin ein (allfälliges) Defizit aus dem von ihr übernommenen Betrieb von Y._______ und Z._______ trägt (vgl. zu einer ähnlichen Konstellation auch Urteil des Bundesgerichts 2A.547/2002 vom 26. Mai 2004 E. 4). Es ist zudem bekannt, dass der Betrieb des Z._______ effektiv defizitär war, wenn auch nicht sicher ist, ob dies alle hier strittigen Jahre betrifft (vgl. S. 2 und 7 der Verfügung vom 30. April 2003 in Beschwerdebeilage 5). Im Übrigen hat die ESTV soweit ersichtlich den Posten "Defizitübernahme" den Büchern bzw. der Kostenrechnung der Beschwerdeführerin entnommen (vgl. EA Ziff. 6.5).
10.5. Gestützt auf die Konzession (welche hier einziges relevantes Beweismittel ist) ergibt sich Folgendes in Bezug auf die Existenz eines von der Beschwerdeführerin zu versteuernden Leistungsaustauschs (Grundlagen: E. 3.1.1): In den Beziehungen zwischen dem Kanton und der Beschwerdeführerin sind als eigentliche mehrwertsteuerliche und einen Leistungsaustausch bewirkende Leistungen die Leistungen des Kantons anzusehen, insbesondere die unter dem Titel "Konzessionsobjekt" geregelte Einräumung des Rechts zur Nutzung der Thermalquellen (wobei - soweit ersichtlich - eine hoheitliche Tätigkeit vorliegt), sowie allenfalls die unter "Nebenrechte" fixierten weiteren Leistungen des Kantons (Nutzungsüberlassung betreffend [...]strasse und [...]weg, Z._______ sowie bestimmte Waldstücke) (vgl. E. 10.3). Hingegen können die verschieden­en in der Konzession vorgesehenen Verpflichtungen der Beschwerdeführerin nicht als eigenständige Leistungen, die einen zusätzlichen, eigenständigen Leistungsaustausch begründen würden, angesehen werden. Es kann nicht angenommen werden, die Beschwerdeführerin habe diesbezüglich den Willen, selbständige Leistungen gegen Entgelt zu er­brin­gen, oder der Kanton (dessen Sicht hier besonders interessiert, vorn E. 3.1.1) wolle solche empfangen und dafür ein Entgelt aufwenden. Dies gilt insbesondere für die (einzigen) von der ESTV konkret genannten Verpflichtungen. Weder mit der Statuierung der Pflicht zur Übernahme des Strassenunterhalts noch mit der "Vereinbarung" einer Defizitübernahme wurde ein zusätzlicher, eigenständiger Leistungsaustausch begründet. Nichts anderes ist betreffend die übrigen, von der ESTV nicht genannten Verpflichtungen der Beschwerdeführerin aus der Konzession ersichtlich. Bestätigt wird das Gesagte im Übrigen durch Art. 18 Abs. 1 der Konzession, aus welchem ebenfalls hervorgeht, dass die Parteien den Verpflichtungen der Beschwerdeführerin nicht die Bedeutung von eigenständigen Leistungen beigemessen haben: die im Konzessionsvertrag erwähnten Pflichten der Beschwerdeführerin werden dort ausdrücklich als Teil der "Gegenleistung der Konzessionärin" bezeichnet.
Damit kommt insbesondere die von der ESTV in den Erstentscheiden (vgl. vorn E. 10.1) angenommene Konstellation des "Verrechnungsgeschäfts" bzw. eines Tauschs bzw. tauschähnlichen Vorgangs nicht in Betracht. Bei einem solchen bestehen zwei mehrwertsteuerliche Leistungsaustausche, indem zwei mehrwertsteuerliche Leistungen (je gegen Entgelt) erbracht werden, wobei die Entgelte verrechnet werden. Dies ist nach dem Gesagten nicht der Fall. Es besteht nur ein einziger Leistungsaustausch, nämlich betreffend die Leistungen des Kantons auf Übertragung des Wassernutzungsrechts. Auf die Praxis, auf welche die ESTV im Zusammenhang mit dem "Verrechnungsgeschäft" verweist (Rz. 788 und 936 Wegleitung 2001 und Rz. 924 Wegleitung 1997), braucht damit nicht eingegangen zu werden. Handelt es sich bei den Verpflichtungen der Beschwerdeführerin nicht um Leistungen, die als solche einen eigenständigen Leistungsaustausch bewirken würden, besteht bei ihr kein zu besteu­ernder Vorgang.
10.6. Zusammenfassend besteht vorliegend aufgrund der Konzession nur ein einziger mehrwertsteuerlich relevanter Leistungsaustausch zwischen dem Kanton und der Beschwerdeführerin, in welchem der Kanton der Beschwerdeführerin die Leistung - allenfalls mehrere - erbringt. Die Verpflichtungen der Beschwerdeführerin aus der Konzession begründen hingegen keinen (zweiten) eigenständigen, steuerbaren Leistungsaustausch. Die Beschwerde ist somit mit Bezug auf den Punkt "Konzessionsvertrag" gutzuheissen (betroffene Steuerbeträge: Fr. ... und Fr. ...), weil es an einem steuerbaren Umsatz bei der Beschwerdeführerin fehlt. Es braucht nach diesem Ergebnis nicht mehr auf die weitschweifigen Äusserungen der Beschwerdeführerin eingegangen zu werden, sie er­bringe hoheitliche Leistungen. Ebenso erübrigt sich das Einholen der beantragten Expertise und amtlichen Auskünfte.
11. Zusammenfassung des Ergebnisses sowie Verfahrenskosten und Parteientschädigung
11.1. In Bezug auf den Teil "medizinisches Zentrum" ist die Beschwerde betreffend Punkt B Teil 1 und 2 ("Radiologie") gutzuheissen und die Sache zu neuem Entscheid an die ESTV zurückzuweisen. Betroffen sind Steuerbeträge von Fr. ... bzw. Fr. ... . Zudem hat die ESTV auch über allfällige Konsequenzen betreffend die Vorsteuern bzw. Vorsteuerkürzungen zu befinden. Ansonsten ist die Beschwerde in Bezug auf das "medizinische Zentrum" (Punkt A und C) abzuweisen (zum Ganzen E. 7.5).
Betreffend die Aufrechnung unter dem Titel "Aktionärs- und Verwaltungsratsrabatte" ist die Beschwerde in Bezug auf die "Verwaltungsratsrabatte" gutzuheissen und zu neuem Entscheid an die ESTV zurückzuweisen. Der betroffene Betrag wird von der ESTV zu eruieren sein. Betreffend die Aktionärsrabatte ist die Beschwerde abzuweisen (E. 9.2, 9.6).
Die Beschwerde ist sodann in Bezug auf den Punkt "Konzessionsvertrag" gutzuheissen. Die Steuerbeträge belaufen sich auf Fr. ... und Fr. ... (E. 10.8).
11.2. Bezüglich der Verfahrenskosten und der Parteientschädigung ergibt sich das Folgende:
11.2.1. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung gilt die Rückweisung (mit offenem Ausgang) für die Auferlegung der Verfahrenskosten bzw. die Zusprechung einer Parteientschädigung grundsätzlich als vollständiges Obsiegen der beschwerdeführenden Partei (BGE 132 V 215 E. 6.1, 127 V 234 E. 2b/bb; unter vielen: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 6830/2010 vom 23. Februar 2011 E. 5.2, A-3786/2910 vom 15. Juli 2010; Marcel Maillard, in: Praxiskommentar VwVG, Waldmann/Weis­senberger [Hrsg.], Zürich 2009, N 14 zu Art. 63). In einem Urteil wurde er­gänzt, dies gälte jedenfalls dann, wenn die Rückweisung aufgrund eines Verfahrensfehlers der Vorinstanz erfolge (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6523/2008 vom 12. Mai 2009 E. 17.1 f.).
Der Ausgang des Verfahrens ist bezüglich der Begehren, für die eine Rückweisung erfolgt, nach wie vor offen. Vorliegend kommt hinzu, dass betreffend die Teile "medizinisches Zentrum" (Punkt B "Radiologie") und "Verwaltungsratsentschädigungen" Verfahrensfehler der ESTV festzustellen sind (E. 7.3.4, 7.4.4 und 9.2). Folglich sind in Bezug auf die Punkte, bei welchen eine Rückweisung erfolgt, keine Verfahrenskosten aufzuerlegen, und es ist grundsätzlich eine Parteientschädigung zuzusprechen.
11.2.2. Die Verfahrenskosten sind demnach verhältnismässig zu reduzieren (Art. 63 Abs. 1 und 2 VwVG). Die Gutheissungen bzw. Rückweisungen betreffen Beträge von Fr. ... und Fr. ... ("medizinisches Zentrum" Punkt B Teil 1 und 2) sowie Fr. ... und Fr. ... ("Konzessionsvertrag"). Der unter dem Titel "Verwaltungsratsentschädigungen" aufgerechnete Steuerbetrag wird von der ESTV noch zu beziffern sein. Da er jedenfalls relativ gering ausfällt (vgl. Anhang GR1), ist er bei den folgenden Berechnungen nicht zu berücksichtigen. Alle Gutheissungen bzw. Rückweisungen zusammen betreffen einen Betrag von Fr. ... . Der gesamte aufgerechnete Betrag aus allen streitigen Aufrechnungen beläuft sich auf Fr. ... (vgl. S. 2 der Einspracheentscheide mit einem Total von Fr. ..., wobei die Gut­schriftsanzeigen noch berücksichtigt werden müssen, die gemäss S. 9 f. der Vernehmlassung total Fr. ... betragen). Damit macht der auf die Gutheissungen entfallende Betrag rund die Hälfte des strittigen Betrags aus. Die Verfahrenskosten von Fr. ... sind damit nur zur Hälfte, im Betrag von Fr. ..., aufzuerlegen. Der einbezahlte Kostenvorschuss von Fr. ... ist im Umfang von Fr. ... zurückzuerstatten.
11.2.3. Ebenso ist, wie erläutert, in Bezug auf die eben erwähnten Punkte grundsätzlich eine Parteientschädigung zuzusprechen.
In Bezug auf die Rückweisung betreffend Punkt B "Radiologie" im Teil "medizinisches Zentrum" ist Folgendes festzuhalten: Die Parteientschädigung umfasst neben Auslagen (solche werden nicht geltend gemacht) die Kosten der Vertretung. Nach Art. 10 Abs. 1 des Reglements vom 21. Feb­ruar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) wird das Anwaltshonorar nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters bemessen. Dass die Gutheissung bzw. Rückweisung betreffend diesen Teilaspekt nicht gestützt auf Argumente der Beschwerdeführerin erfolgt (vgl. E. 7.3.2 und E. 7.4.2), rechtfertigt noch keine Verweigerung der Parteientschädigung. Auch dass sich in der Beschwerde keinerlei Ausführungen zu diesem Punkt "Radiologie" finden, könnte allenfalls noch nicht zu einer Verweigerung führen, da die ESTV ihrerseits erst in der Vernehmlassung genügende Erläuterungen lieferte (ausführlich E. 7.3.1 und E. 7.4.1). Da aber auch in der Replik nur eine sehr kurze Stellungnahme vorhanden ist, die zum einen Teil (in Bezug auf das "allgemeine" Argument, vgl. E. 7.2 und 7.3.2) offensichtlich unzutreffend und zum anderen (E. 7.4.2) unsubstantiiert und unverständlich ist, muss festgehalten werden, dass erstens kaum Aufwand betrieben worden ist und zweitens dieser als unnötig zu werten ist, womit bezüglich dieses Teilaspekts keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (vgl. hierzu auch Maillard, Praxiskomm. VwVG, a.a.O., Rz. 26 f. zu Art. 64).
Eine Parteientschädigung rechtfertigt sich damit nur aufgrund der Gutheissung im den "Konzessionsvertrag" betreffenden Punkt - dass diese aufgrund anderer Argumente als jenen der Beschwerdeführerin erfolgte, ist, wie bereits erwähnt, nicht von Belang - sowie betreffend den Punkt "Verwaltungsratsentschädigungen", wobei hier der Betrag, wie erläutert, nicht ins Gewicht fällt. Insgesamt geht es um rund 5 % des gesamten strittigen Betrags. Es rechtfertigt sich damit die Zusprechung einer Parteientschädigung von Fr. ... (Mehrwertsteuer inbegriffen) (vgl. Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG; Art. 7 ff. VGKE).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Betreffend den Punkt "medizinisches Zentrum" wird die Beschwerde in Bezug auf den Punkt B Teil 1 und 2 ("Radiologie") im Sinn der Erwägungen gutgeheissen und die Sache zu neuem Entscheid an die ESTV zurückgewiesen, ansonsten aber abgewiesen.
2. Die Beschwerde wird in Bezug auf den Punkt "Aktionärs- und Verwaltungsratsrabatte" teilweise, nämlich betreffend die "Verwaltungsratsrabatte", im Sinn der Erwägungen gutgeheissen und die Sache zu neuem Entscheid an die ESTV zurückgewiesen. Betreffend die "Aktionärsrabatte" wird die Beschwerde abgewiesen.
3. Betreffend den Punkt "Konzessionsvertrag" wird die Beschwerde gutgeheissen.
4. Die Verfahrenskosten von Fr. ... sind der Beschwerdeführerin im Betrag von Fr. ... aufzuerlegen. Der einbezahlte Kostenvorschuss von Fr. ... wird nach Rechtskraft dieses Urteils im Umfang von Fr. ... zurückerstattet.
Die Beschwerdeführerin wird ersucht, dem Bundesverwaltungsgericht eine Auszahlungsstelle bekanntzugeben.
5. Es wird eine Parteientschädigung von Fr. ... zugesprochen.
6. Dieses Urteil geht an:
- die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
- die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Die vorsitzende Richterin:
Die Gerichtsschreiberin:
Salome Zimmermann
Ursula Spörri
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Be­schwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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