bvger · A-1007/2024 · 2025-12-15 · fr
A-1007/2024

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1007/2024
Arrêt du 15 décembre 2025
Composition
Pierre-Emmanuel Ruedin (président du collège),
Jürg Steiger, Iris Widmer, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
A._______,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (2014-2017), déduction de l'impôt préalable.
Faits :
A. La société A._______ (ci-après également : la recourante), notamment active dans la location, l'achat et la vente de véhicules, ainsi que dans la location immobilière, est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC ou l'autorité inférieure).
B.
B.a A la suite d'un contrôle portant sur les périodes fiscales 2014 à 2017, à l'occasion duquel ont notamment été constatés des différences de concordance entre les chiffres d'affaires comptabilisés et déclarés, ainsi que des erreurs dans la détermination du droit à la déduction de l'impôt préalable, l'AFC a procédé à une correction d'impôt en sa faveur de 136'502.- francs, plus intérêt moratoire, par notification d'estimation du 27 mars 2020.
B.b Par courrier du 1er avril 2020, la recourante a informé l'AFC de son intention de contester la notification d'estimation du 27 mars 2020. Par courrier du 9 juillet 2020, complété par écriture du 15 décembre 2020, elle a en substance objecté, d'une part, que des « remboursements » opérés en 2016 et 2017 par X._______ à titre de « rabais "major-deal" » en lien avec l'achat de voitures en leasing auprès de cette société avaient été imposés à double. D'autre part, la recourante a fait valoir que des montants reçus en cash en 2016 et 2017 concernaient des loyers d'appartements encaissés en avance.
B.c Par décision du 1er février 2022, datée par erreur du 1er février 2020, l'AFC a confirmé le montant de la créance fiscale en sa faveur tel qu'arrêté par notification d'estimation du 27 mars 2020. Elle a à cet égard considéré, en substance, que les sommes versées par X._______ étaient imposables et que les montants reçus en espèce ne correspondraient pas à des loyers d'habitation encaissées d'avance.
B.d Par réclamation du 3 mars 2022, la recourante a contesté le montant réclamé par l'AFC, produit divers factures et requis un délai supplémentaire pour compléter son dossier de pièces justificatives. Après que l'AFC a informé la recourante de la possibilité de payer l'impôt sous réserve par courrier du 15 mars 2022, cette dernière a produit un lot complémentaire de 13 factures par envoi du 10 mars 2022.
B.e A la suite de plusieurs échanges d'écritures, dans le cadre desquels la recourante a produit divers pièces justificatives, l'AFC, par deux courriers recommandés du 21 juillet 2023 respectivement adressés aux agences de X._______ à *** et à ***, a requis de celles-ci divers documents pour les années 2014 à 2017, à savoir : (1) les copies des factures de ventes de véhicules, y compris ceux pris en leasing, en faveur de la recourante ; (2) les copies des factures de services d'entretien et de réparation des véhicules adressées à la recourante ; (3) les copies de toutes les notes de crédit adressées à la recourante ; (4) les extraits de la comptabilité desdites agences concernant le compte courant de la recourante auprès de leur succursale.
B.f Par courriers électroniques des 22 et 25 septembre 2023, X._______ a remis à l'AFC la liste des opérations réalisées avec la recourante au cours des années 2014 à 2017, sous forme de tableaux Excel, ainsi que des copies de factures et notes de crédit et des extraits de sa comptabilité. Par courrier électronique du 2 octobre 2023, l'AFC a requis de X._______ des explications complémentaires concernant les documents remis, que cette société a apportées par courrier électronique du même jour.
B.g Après plusieurs échanges d'écritures et de documents, la recourante a apporté des précisions concernant sa relation commerciale avec X._______ par courrier du 26 décembre 2023. Elle a notamment indiqué que certaines voitures achetées à X._______ avaient été financées par Y._______. La recourante a en outre exposé que Y._______, qui avait refusé de vendre ces voitures directement à X._______, les lui avait facturées et qu'elle les avait elle-même revendues à X._______. Selon la recourante, seules trois de ces factures avaient été prises en compte dans sa comptabilité et la TVA correspondante n'avait pas été récupérée.
B.h Les 27 et 28 décembre 2023, la recourante a adressé à l'AFC divers explications complémentaires et pièces justificatives et a soulevé des doutes quant à l'exhaustivité du décompte remis par X._______. Par courrier électronique du 28 décembre 2023, l'AFC a indiqué que, compte tenu de la survenance prochaine de la prescription relative du droit de taxation, d'autres explications ou documents ne pourraient plus être pris en compte.
B.i Le 11 janvier 2024, X._______ a informé l'AFC qu'elle avait retrouvé six opérations concernant des achats de voitures à la recourante qui n'avaient pas été comptabilisées et a joint à son message les justificatifs y relatifs.
B.j Par décision sur réclamation du 15 janvier 2024 (ci-après : la décision entreprise), l'AFC, après avoir constaté l'entrée en force de la créance fiscale pour les périodes 2014 à 2017 à hauteur de 19'732.35 francs, plus intérêts moratoires, a partiellement admis la réclamation en lien avec les produits de recettes de location immobilière et nouvellement arrêté la correction de l'impôt pour ces périodes à 104'681 francs, plus intérêts moratoires.
C.
C.a Par recours du 15 février 2024 devant le Tribunal, la recourante a conclu, avec suite de frais et dépens, à ce que la décision sur réclamation du 15 janvier 2024 soit réformée comme suit :
Aucune créance fiscale n'est entrée en force ;
La créance de l'Administration fédérale des contributions à l'encontre de [la recourante] est de Fr. 0.- ;
L'Administration fédérale des contributions doit à [la recourante] la somme de Fr. 15'017.86, plus intérêt rémunératoire pour les périodes fiscales du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2017.
La recourante a en outre requis que le Tribunal invite X._______ à confirmer que les factures qu'elle a produites ont été acquittées.
C.b Par réponse du 12 avril 2024, l'autorité inférieure a conclu, avec suite de frais et sans octroi de dépens, au rejet du recours du 15 février 2024.
C.c Par réplique du 24 juillet 2024, la recourante a conclu, avec suite de dépens, au maintien des conclusions prises dans son recours (cf. réplique, ch. III p. 10). Dans l'exposé de ses motifs, elle déclare cependant « retire[r] sa contestation pour les véhicules des factures 7, 8, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26 et 27 ».
C.d Par duplique du 9 octobre 2024, l'AFC a conclu à l'admission partielle du recours du 15 février 2024 « à hauteur de CHF 4'670.90 en lien avec la compensation de notes de crédit de X._______ pour les périodes fiscales 2016 et 2017 », dans la mesure où le Tribunal entrerait en matière sur les conclusions et moyens de preuve produits au stade de la réplique, et au rejet du recours pour le surplus, « sous suite de frais et sans octroi de dépens » (cf. duplique p. 2 [ab initio], consid. 6 p. 16 ss et consid. 7 p. 19).
C.e Par courrier du 5 novembre 2024, la recourante a sollicité un délai au 6 décembre 2024 pour se déterminer sur la duplique de l'AFC et produit une pièce complémentaire. Par triplique du 4 décembre 2024, elle a conclu au maintien des conclusions prises dans son recours du 15 février 2024. Concernant en outre la « prescription de l'année 2014 », elle a requis « la scission des années 2014 puis 2015 à 2017 » et déclaré « accepte[r] (...) la taxation émise uniquement pour l'année 2014 ».
C.f Par quadruplique du 27 décembre 2024, l'autorité inférieure a conclu à la constatation de la prescription absolue de la période fiscale 2014, à l'admission partielle du recours à hauteur de 4'670.90 francs en lien avec la compensation de notes de crédit de X._______ pour les périodes fiscales 2016 et 2017 et au rejet du recours pour le surplus.
C.g Par quintuplique datée du 6 janvier 2025 et adressée au Tribunal le 13 janvier 2025, la recourante a conclu à « la cession des années 2014-2017 », à l'admission du recours « en lien avec la double imposition des notes de crédit de X._______ pour les périodes fiscales 2016 et 2017 » et à l'admission de « la récupération de la TVA sur toutes les voitures achetées à Y._______ avant d'être vendues à X._______ ». La recourante a en outre versé de nouvelles pièces au dossier.
C.h Par sextuplique du 28 janvier 2025, l'autorité inférieure a réitéré les conclusions prise au pied de sa quadruplique du 27 décembre 2024.
Les autres faits et les arguments des parties seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 En vertu de l'art. 31 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) et sous réserve des exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 de cette loi, le Tribunal connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021). En particulier, les décisions sur réclamation de l'AFC en matière de TVA (cf. art. 83 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [LTVA, RS 641.20]) peuvent être contestées devant le Tribunal, conformément à l'art. 33 let. d LTAF. Le Tribunal est donc compétent pour connaître de la présente cause.
La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF ou la LTVA n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF ; art. 2 al. 4 PA ; art. 81 al. 1 LTVA ; cf. ég. consid. 2.2.1 ci-après).
1.2 Déposé en temps utile et en la forme requise (cf. art. 50 al. 1 et art. 52 PA) par le destinataire de la décision attaquée, lequel a participé à la procédure devant l'autorité inférieure et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de dite décision (cf. art. 48 al. 1 PA), le recours du 15 février 2024 est recevable.
2.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents et l'inopportunité (cf. art. 49 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié, ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. Moor/ Poltier, Droit administra-tif II, 3e éd. 2011, p. 300 s.), ni par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA).
2.2
2.2.1 Selon la maxime inquisitoire qui régit la procédure administrative contentieuse et s'applique en matière de TVA (cf. art. 12 ss PA, applicables en vertu de l'art. 81 al. 1 LTVA), l'autorité établit d'office les faits pertinents (cf. art. 81 al. 2 LTVA), dans la mesure qu'exige l'application correcte de la loi, sans être limitée par les allégués et les offres de preuves des parties (cf. ATF 130 I 258 consid. 5 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.2.1; Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 3e éd. 2022, no 1.52 ; Häfelin et al., Allgemeines Verwaltungs-recht, 8e éd. 2020, nos 1146 ss ; Moor/ Poltier, op. cit., p. 295).
Cette maxime doit toutefois être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA), conformément auquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur requête (cf. art. 52 PA). Aussi, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; Kölz et al., Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 4e éd. 2025, nos 1135 s.).
2.2.2 La maxime inquisitoire impose au juge d'apprécier d'office l'ensemble des preuves à disposition, selon sa libre conviction (cf. art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273], applicable en vertu du renvoi de l'art. 19 PA, en relation avec l'art. 81 al. 1 LTVA ; à ce propos, cf. not. arrêt du TF 2C_709/2017 du 25 octobre 2018 consid. 3.3 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.2.2 ; Blumenstein/ Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 8e éd. 2023, p. 620 ; Moser et al., op. cit., no 3.140).
En matière de TVA, le principe de la libre appréciation des preuves est expressément consacré à l'art. 81 al. 3 LTVA, qui précise que l'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis. Néanmoins, malgré l'abolition du formalisme en matière de preuve prévue par la LTVA, les documents écrits, dès lors qu'ils sont les plus à même d'apporter une preuve précise et immédiate, continuent de jouer un rôle considérable, la jurisprudence récente ayant déjà posé certains jalons en la matière. A l'inverse, les témoignages, en particulier ceux émanant de l'administré ou de ses proches, de même que les preuves établies après coup et les documents non contemporains aux faits sur lesquels porte le litige, ont une valeur probante quasi nulle en droit fiscal (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.2.2 et A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 2.3).
2.2.3 S'agissant du degré de preuve requis en matière fiscale, la jurisprudence s'est toujours montrée stricte : les moyens présentés doivent prouver l'état de fait de manière certaine, la vraisemblance prépondérante n'étant pas suffisante. Un fait est ainsi tenu pour établi lorsque l'autorité n'a plus de doute sérieux quant à son existence. Il n'est cependant pas nécessaire que sa conviction confine à une certitude absolue, qui exclurait toute autre possibilité ; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il revient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération. La seule allégation ne suffit pas (cf. ATF 147 II 338 consid. 3.2 et 146 II 6 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.2.2 et A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 2.4 ; Moser et al., op. cit., no 3.141).
2.3
2.3.1 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire. Une telle manière de procéder n'est pas jugée contraire au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101 ; cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1 ; arrêt du TF 1C_350/2022 du 19 janvier 2023 consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.3 et A-1782/2023 du 27 janvier 2025 consid. 3.3 ; Moser et al., op. cit., no 3.144 ; cf. ég. Message du Conseil fédéral du 25 juin 2008 sur la simplification de la TVA, in : FF 2008 6277 [ci-après : FF 2008 6277], ad art. 81 p. 6394 s. ; art. 33 al. 1 PA a contrario).
2.3.2 En revanche, lorsque l'autorité reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Rapportée au droit fiscal, cette règle suppose que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui créent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujetti assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. ATF 148 II 285 consid. 3.1.3 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.3 ; Rhinow et al., Öffentliches Prozessrecht, 4e éd. 2021, nos 996 ss ; Moor/Poltier, op. cit., p. 299 s.).
Les règles sur la répartition du fardeau de la preuve ne s'appliquent toutefois que lorsqu'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond à la réalité avec un degré de certitude suffisant pour emporter la conviction du juge. En d'autres termes, une fois qu'un fait est tenu pour établi, la question du fardeau de la preuve ne se pose plus (cf. ATF 148 II 285 consid. 3.1.3 ; arrêt du TF 2C_532/2021 du 9 mai 2022 consid. 6.1 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 2.3 et A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 2.4).
3.
3.1
3.1.1 En procédure juridictionnelle administrative, seuls peuvent être examinés et jugés, en principe, les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée - ou aurait dû se prononcer - préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par la voie d'un recours est déterminé par la décision attaquée, plus précisément son dispositif. En effet, l'autorité de la chose jugée ne s'attache qu'à celui-ci, à l'exclusion des constatations factuelles et des motifs de la décision ; en principe, seul le dispositif peut donc avoir effet contraignant et, par conséquent, être susceptible de recours (cf. ATF 140 I 114 consid. 2.4.2 ; Madeleine Hirsig-Vouilloz, in : Bellanger et al. [édit.], Commentaire romand, Loi fédérale sur la procédure administrative, 2024, [ci-après : CR-PA], art. 61 no 59; Zibung/ Hofstetter, in : Waldmann/ Krauskopf [édit.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 3e éd. 2023 [ci-après : Praxiskommentar VwVG], art. 49 no 51 ; Müller/ Bieri, in : Auer et al. [édit.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2e éd. 2019 [ci-après: Kommentar zum VwVG], art. 44 no 14 ; Martin Kocher, in : Zweifel et al. [édit.], Loi fédérale régissant la TVA, 2e éd. 2025 [ci-après : Commentaire LTVA], art. 81 nos 14 s.). Cela étant, si le dispositif renvoie expressément aux considérants de la décision, ceux-ci en font dans cette mesure partie et participent à la force de chose jugée dès lors qu'ils servent à compléter ou à expliquer le dispositif (cf. ATF 144 V 418 consid. 4.2 ; ATAF 2014/24 consid. 1.4.1 ; Astrid Hirzel, Praxiskommentar VwVG, art. 61 no 43).
En règle générale, l'autorité de recours n'entre pas en matière sur les conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation. L'objet du litige dans la procédure de recours est le rapport juridique réglé dans la décision entreprise, dans la mesure où - d'après les conclusions du recours (à ce propos, cf. consid. 3.1.2.1 ci-après) - il est remis en question par la partie recourante. L'objet de la contestation (« Anfechtungsgegenstand ») et l'objet du litige (« Streitgegenstand ») sont dès lors identiques lorsqu'une décision est attaquée dans son ensemble. En revanche, les rapports juridiques non litigieux sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais non dans l'objet du litige. Celui-ci peut donc être réduit par rapport à l'objet de la contestation ; par contre, il ne peut en principe pas s'étendre au-delà de celui-ci ou être transformé par rapport à ce qu'il était devant l'autorité inférieure (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.3 et réf. cit. ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 1.3.1.1 ; Gregor T. Chatton, CR-PA, art. 52 no 21 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 no 38 ; Müller/ Bieri, Kommentar zum VwVG, art. 44 no 14). En outre, les points non contestés d'une décision attaquée acquièrent force exécutoire formelle (cf. arrêts du TF 1C_357/2020 du 18 mars 2021 consid. 7.2 ; ATAF 2014/24 consid. 1.4.1 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 1.3.1.1 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 no 42).
Toutefois, à titre exceptionnel, des conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation peuvent être admises, pour des raisons d'économie de procédure, lorsqu'elles sont en rapport très étroit avec celui-ci et que l'autorité qui a rendu la décision attaquée a eu la possibilité de s'exprimer sur cette nouvelle question litigieuse au cours de la procédure (cf. ATAF 2009/37 consid. 1.3.1 ; arrêts du TAF A-3114/2022 du 23 mars 2023 consid. 2.4 et A-3763/2011 du 3 juillet 2012 consid. 1.4 ; Chatton, CR-PA, art. 52 no 21 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 no 38 [in fine] ; Zibung/ Hofstetter, Praxiskommentar VwVG, art. 49 no 51 ; Moser et al., op. cit., no 2.210 ; Müller/ Bieri, Kommentar zum VwVG, art. 44 no 14 [in fine] ; Felix Geiger, in : Geiger/ Schluckebier [édit.], MWSTG Kommentar, 2e éd. 2019 [ci-après : MWSTG Kommentar], art. 83 no 6).
3.1.2 Conformément à l'art. 52 al. 1 PA, le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
3.1.2.1 Les conclusions doivent être formulées de façon claire et précise, de manière à permettre à l'autorité de recours de cerner sur quels points la décision est attaquée et quelles sont les modifications demandées. Pour cela, il ne suffit pas que le recourant s'attaque à certains points de la motivation, encore faut-il qu'il s'en prenne au dispositif de la décision attaquée (cf. consid. 3.1.1 ci-avant). L'interdiction du formalisme excessif vient toutefois tempérer l'exigence de clarté et de précision dans la formulation des conclusions et suppose qu'elles soient interprétées à la lumière de la motivation, voire, lorsqu'elles sont manquantes, qu'elles puissent résulter implicitement des motifs invoqués (cf. ATF 137 II 313 consid. 1.3 ; arrêt du TF 1C_159/2025 du 18 juillet 2025 consid. 5.2 ; arrêt du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 1.3.1.2 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 nos 34, 45 s. et 48 ; Chatton, CR-PA, art. 52 nos 18 et 20). Cela vaut en particulier lorsqu'il s'agit de parties non-juristes qui agissent en personne, sans l'aide d'un conseil juridique (cf. ATF 141 I 49 consid. 3.2 ; arrêt du TF 1C_159/2025 du 18 juillet 2025 consid. 5.2 ; arrêt du TAF A-1053/2014 du 1er décembre 2014 consid. 1.3.2 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 no 49).
Sous réserve des conclusions procédurales, l'ensemble des conclusions principales et subsidiaires doivent être formulées dans le délai non prolongeable de recours, sous peine d'irrecevabilité (cf. ATF 136 II 165 consid. 4 ; ATAF 2013/45 consid. 4.2.3 ; arrêt du TAF A-2661/2019 du 27 mai 2020 consid. 1.5 ; Chatton, CR-PA, art. 52 no 22 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 nos 39 s.). En conséquence, si les conclusions peuvent être précisées, réduites ou abandonnées après l'expiration du délai de recours, elles ne peuvent en revanche plus être étendues, ni modifiées sur le plan qualitatif (cf. ATF 133 II 30 consid. 2 ; ATAF 2013/45 consid. 4.2.3 ; arrêt du TAF A-3360/2024 du 11 décembre 2024 consid. 1.3.2 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 no 39) - ce même à titre exceptionnel, s'agissant d'un point qui serait étroitement lié à l'objet du litige (définitivement) déterminé par les conclusions prises au terme du délai de recours et sur lequel l'autorité qui a rendu la décision attaquée aurait eu l'occasion de se prononcer (cf. consid. 3.1.1 [in fine] ci-avant).
Il s'ensuit que les différentes écritures subséquentes ne sauraient être utilisées aux fins de présenter de nouvelles conclusions ou de nouveaux griefs, qui auraient déjà pu figurer dans l'acte de recours. Cela étant, les parties conservent la possibilité de présenter une argumentation de fait et de droit complémentaire, destinée à répondre aux arguments nouveaux développés par les autres participants à la procédure, dans le cadre de l'objet du litige défini par les conclusions déposées dans le mémoire de recours (cf. ATF 135 I 19 consid. 2.2 ; arrêt du TF 2C_216/2024 du 2 octobre 2024 consid. 2.2 ; ATAF 2014/44 consid. 5.1 ; arrêt du TAF A-2661/2019 du 27 mai 2020 consid. 1.5). En outre, les parties disposent toujours de la possibilité de présenter de nouveaux moyens de droit ou de preuve ou de nouveaux éléments de motivation, voire de modifier leur position juridique durant la procédure (cf. Chatton, CR-PA, art. 53 no 30 ; Kocher, Commentaire LTVA, art. 83 nos 141 s.).
La maxime inquisitoire, qui est applicable en procédure administrative contentieuse (cf. consid. 2.2.1 ci-avant), commande en effet de prendre en considération l'ensemble des éléments pertinents, ce même s'ils ont été allégués ou produits tardivement (cf. art. 32 PA ; arrêt du TF 2C_95/2019 du 13 mai 2019 consid. 3.2 ; arrêt du TAF A-2661/2019 du 27 mai 2020 consid. 1.5 ; Patrick Sutter, Kommentar zum VwVG, art. 32 nos 8 ss ; Waldmann/ Bickel, Praxiskommentar VwVG, art. 32 nos 12 ss ; cf. ég. Chatton, CR-PA, art. 53 nos 18 s., à propos du lien entre les art. 32 al. 2 et 53 PA et de l'exclusion prévue par cette dernière disposition). Toutefois, dans le cadre d'une procédure de recours, il est admis que l'autorité peut ne pas prendre en considération les éléments qui ont été produits tardivement à des fins dilatoires, voire en raison de la négligence du recourant (cf. ATF 136 II 165 consid. 4.3 ; arrêt du TF 8C_216/2018 du 3 octobre 2018 consid. 4.2.2 ; Bovay, CR-PA, art. 32 no 9 ; Waldmann/ Bickel, Praxiskommentar VwVG, art. 32 no 17 [in fine]). En tout état de cause, la production tardive d'éléments pertinents doit le cas échéant être prise en considération dans le cadre de la répartition des frais et dépens (cf. Sutter, Kommentar zum VwVG, art. 32 no 11).
3.1.2.2 La motivation du mémoire doit permettre à l'autorité de recours de saisir sur quels points et pour quelles raisons la décision administrative est attaquée (cf. ATF 131 II 470 consid 1.3 ; arrêt du TF 1C_159/2025 du 18 juillet 2025 consid. 5.2 ; Chatton, CR-PA, art. 53 no 24 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 no 62). En ce sens, elle doit être pertinente, c'est-à-dire se référer quant à son contenu à l'argumentaire de l'autorité inférieure dans la décision entreprise, afin que l'autorité puisse en déduire un motif concret de recours (cf. ATF 140 V 22 consid. 7.1 ; arrêt du TF 1C_159/2025 du 18 juillet 2025 consid. 5.2 ; Chatton, CR-PA, art. 53 no 28). Une motivation sommaire est généralement suffisante, en particulier si elle émane d'un non-juriste ; il convient en effet de ne pas se montrer trop formaliste, s'agissant d'un recours déposé par un profane non assisté d'un conseil juridique (cf. ATF 141 I 49 consid. 3.2 ; arrêt du TF 1C_159/2025 du 18 juillet 2025 consid. 5.2 ; Chatton, CR-PA, art. 53 no 25 ; Seethaler/ Portmann, Praxiskommentar VwVG, art. 52 no 73).
3.1.3
3.1.3.1 En matière de TVA, les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification (cf. art. 83 LTVA). L'assujetti a ainsi droit, en principe, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet, dont la seconde est soumise à des exigences de forme plus élevées (cf. arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 1.3.1.3 et A-5288/2018 du 10 septembre 2020 [confirmé par arrêt du TF 2C_859/2020 du 3 mars 2021] consid. 1.2.1).
Dans un premier temps, la créance fiscale pour la période sous contrôle est déterminée par une notification d'estimation (cf. art. 78 al. 5 et art. 79 al. 2 LTVA), laquelle ne constitue pas une décision au sens de l'art. 82 LTVA, respectivement au sens de l'art. 5 PA, mais un document par lequel l'administration donne à connaître ses prétentions ; dans ce sens, elle permet aussi l'exercice du droit d'être entendu et réserve à l'assujetti le soin de déclencher lui-même l'ouverture d'une procédure administrative, en contestant à cet effet la notification d'estimation (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.1 à 5.6 ; arrêt du TF 2C_326/2015 consid. 3.3 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 1.3.1.3 et A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4.2.3 ; Kocher, Commentaire LTVA, art. 82 nos 16 ss et art. 83 nos 42 ss). Lorsque tel est le cas, l'AFC va alors s'exprimer dans une décision formelle sur un état de fait concret, pour la première fois de manière contraignante (cf. art. 82 LTVA). C'est dès lors la procédure de réclamation ultérieure qui va déterminer les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'AFC doit se prononcer et fixer l'objet du litige, lequel ne pourra par la suite plus être élargi (cf. arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 1.3.1.3 et A-3945/2013 du 2 avril 2014 consid. 2.1 ; Geiger, MWSTG Kommentar, art. 83 nos 4 ss).
Pour cette raison notamment, contrairement à la contestation de la créance fiscale, respectivement de l'assujettissement, la réclamation est soumise à des exigences strictes de forme et de contenu ; de plus, à ce stade, le mandataire doit impérativement justifier de ses pouvoirs de représentation par le dépôt d'une procuration écrite (cf. art. 83 al. 2 LTVA) et ce, quand bien même il assistait et représentait déjà l'assujetti dans les phases antérieures de la procédure (cf. arrêt du TAF A-3945/2013 du 2 avril 2014 consid. 2.1). L'on observera du reste que, lorsqu'elle est dirigée contre une décision motivée en détail, la réclamation peut être transmise à titre de recours au Tribunal administratif fédéral, à la demande de son auteur ou avec son assentiment (cf. art. 83 al. 4 LTVA), et fixer définitivement l'objet du litige de la procédure de recours. Cela étant, dans la mesure où la décision attaquée est simplement « adéquatement motivée » au sens de l'art. 82 al. 2 LTVA, une motivation concise de la réclamation est suffisante au regard des exigences de l'art. 83 al. 2 LTVA (cf. Kocher, Commentaire LTVA, art. 83 no 69).
3.1.3.2 En matière de TVA, les procédures de décision et de réclamation devant l'AFC sont régies par la PA, qui est pleinement applicable (cf. art. 1 al. 1 et al. 2 let. a PA et art. 81 al. 1 LTVA). Si elle n'a certes pas d'effet dévolutif, la réclamation, qui est dirigée contre une décision au sens de l'art. 5 PA, constitue en outre un recours ordinaire au sens des art. 44 ss PA, avec effets réformatoire et suspensif (cf. art. 55 al. 1 PA ; Kocher, Commentaire LTVA, art. 83 nos 11 s). Partant, ce qui a été exposé ci-avant (cf. consid. 3.1.1 et 3.1.2) vaut également dans le cadre de ces procédures. En particulier, la « première » décision rendue par l'AFC en application de l'art. 82 LTVA définit l'objet de la contestation qui peut être attaqué par la voie de la réclamation ; en outre, les conclusions prises dans le cadre de celle-ci délimitent l'objet du litige, qui ne peut par la suite plus être élargi ; les points non contestés de la (« première ») décision acquièrent par ailleurs force exécutoire formelle (cf. consid. 3.1.1 et 3.1.2.1 ci-avant ; cf. ég. Kocher, Commentaire LTVA, art. 83 nos 50 s.). Toutefois, l'AFC demeure libre, au cours de la procédure de réclamation, de même que durant la procédure de recours devant le Tribunal, de révoquer sa « première » décision, partiellement ou dans son ensemble, et ce, également en ce qu'elle portait sur des points non contestés dans la réclamation (cf. art. 83 al. 5 LTVA ; Kocher, Commentaire LTVA, art. 83 no 51 ; cf. ég. art. 58 al. 1 PA, dont l'application a été étendue à toute la durée de la procédure de recours par la pratique du Tribunal [cf. à ce sujet, parmi d'autres, arrêt du TAF A-4345/2019 du 8 avril 2021 consid. 2.2.1 {in fine} ; Richard/Delaye, CR-PA, art. 58 nos 31 ss ; Andrea Pfleiderer, Praxiskommentar VwVG, art. 58 no 36]).
3.2
3.2.1 En l'espèce, dans le cadre de la procédure de réclamation, ainsi que dans la présente procédure de recours, la recourante demande qu'il soit tenu compte, pour les années 2014 à 2017, de l'impôt préalable ayant grevé l'acquisition de véhicules auprès de Y._______ ; elle produit en outre de nouvelles pièces à ce sujet devant le Tribunal.
Dans la décision entreprise, l'AFC a considéré que la réclamation devait à cet égard être déclarée irrecevable, en raison du caractère tardif de cette conclusion, mais s'est néanmoins déterminée succinctement sur celle-ci (cf. décision entreprise consid. 3 p. 9, consid. 9.5 p. 25 s. et consid. 9.8 p. 27 ss) ; elle n'a par ailleurs pas prononcé, dans le dispositif de sa décision, l'irrecevabilité de la réclamation sur ce point. Dans le cadre de la présente procédure, l'AFC indique en outre « s'en remet[tre] à justice » à ce propos (cf. duplique consid. 2, 4 et 5 ; cf. ég. réponse consid. 1 et 2 p. 2 ss).
Il convient donc d'examiner la recevabilité de la réclamation sur ce point.
3.2.2 La recourante fait à ce propos valoir, en substance, que s'il a été considéré que la réclamation devait être déclarée irrecevable en ce qu'elle portait sur la déduction de la TVA prétendument acquittée à Y._______, l'AFC s'est tout de même prononcée sur ce point dans la décision sur réclamation et ses écritures devant le Tribunal. Elle met aussi en avant avoir « déposé une réclamation très générale en contestant notamment le montant des reprises sur le chiffre d'affaires concernant les ventes de véhicules ». En outre, la réclamation ne ferait pas partie de la procédure contentieuse proprement dite, de sorte que l'AFC ne pourrait « limiter son examen au motif qu'un grief n'aurait pas été invoqué dans la réclamation, (...) alors même que l'assujetti, profane en matière juridique et fiscale, conteste manifestement le montant d'impôt dû » ; en tout état de cause, l'AFC serait tenue de prendre également en considération des allégués tardifs, lorsqu'ils sont décisifs. La recourante soulève au surplus que la déduction de l'impôt préalable en lien avec les achats de voitures auprès de Y._______ se trouverait dans un rapport très étroit avec l'objet du litige et qu'en pareil cas, les modifications et extensions des conclusions sont admises. Enfin, elle invoque la difficulté à obtenir les factures de la part de Y._______ (cf. recours ch. III no 1 p. 3, ch. III no 2 p. 3 ss et ch. III no 4 p. 6, réplique ch. II no 1 p. 2, triplique ch. II no 1 p. 2, courrier du 5 novembre 2024, quintuplique p. 1 et pièces annexées à ses différentes écritures).
L'AFC rappelle que « [l]a question de la déductibilité de l'impôt préalable sur les factures de Y._______ n'a jamais été abordée avant le 26 décembre 2023 » et, de ce fait, « dépasse le cadre de la notification d'estimation » ; elle relève en outre que les factures de Y._______ produites à l'appui du recours sont des pièces nouvelles. Au surplus, l'AFC souligne que c'est en raison de « l'absence de preuve du fait que les conditions de la déduction de l'impôt préalable auraient été remplies » qu'elle « n'était pas en mesure de donner droit » aux prétentions de la recourante à ce sujet (cf. réponse consid. 1 p. 2 s et consid. 2 p. 3 s.). En outre, dans chacune des écritures qu'elle a adressées au Tribunal, l'autorité inférieure a pris soin d'analyser en détail les pièces et arguments de la recourante sur ce point (cf. réponse consid. 3 p. 4 ss ; duplique consid. 2 p. 4 ss et consid. 5 let. e p. 15 ; quadruplique p. 1).
3.2.3 Il ressort du dossier, et cela n'est pas contesté, que la question de la déduction de l'impôt préalable en lien avec l'acquisition de voitures auprès de Y._______ n'a pas été soulevée par la recourante avant le 26 décembre 2023, comme le relève l'autorité inférieure. En particulier, il n'est fait état de cette question, ni au stade de la contestation de la notification d'estimation, ni, partant, dans la décision de l'AFC du 1er février 2022, et ni, enfin, dans la réclamation que la recourante a déposée contre cette décision. Or, comme on l'a vu (cf. consid. 3.1.3.2), la réclamation constitue une voie de recours ordinaire et fixe définitivement l'objet du litige ; partant, une extension de celui-ci n'est plus possible, passé le délai de 30 jours prévu pour contester la décision de l'AFC du 1er février 2022, ce même à titre exceptionnel (cf. consid. 3.1.2.1 et 3.1.3.2 ci-avant). Il s'agit dès lors de déterminer si l'invocation par la recourante, dans son écriture du 26 décembre 2023, du droit à la déduction de l'impôt préalable qui aurait grevé l'acquisition de véhicules de Y._______ constitue une nouvelle conclusion ou un nouveau grief, dont la prise en compte aurait pour effet d'étendre l'objet du litige de la procédure de réclamation, de manière non admissible à ce stade.
A cet égard, il est vrai - comme l'observe l'autorité inférieure (cf. réponse consid. B p. 2 et consid. 2 p. 3) - qu'en ce qu'elle demande qu'il soit tenu compte de ce point, « la recourante ne conteste pas directement les éléments fixés dans la notification d'estimation », la déduction de l'impôt préalable sur les factures de Y._______ n'ayant pas fait l'objet d'une correction d'impôt. En ce sens, il est possible de considérer que « cette question dépasse le cadre de la notification d'estimation ». Cela étant, l'objet de ce document - qui, il faut le rappeler, sert uniquement à faire connaître les prétentions de l'autorité fiscale, mais ne déclenche pas la procédure administrative (cf. consid. 3.1.3.1 ci-avant) - est d'arrêter la créance TVA de la recourante et la correction de l'impôt pour les périodes 2014 à 2017. La question de l'impôt préalable prétendument acquitté à Y._______ n'a certes pas non plus été soulevée dans le cadre de la contestation et, en toute logique, n'a donc pas été traitée dans la première décision de l'AFC. Toutefois, le dispositif de celle-ci, qui est seul susceptible de réclamation (cf. consid. 3.1.1 ci-avant), se limite à constater que « [la recourante] doit encore acquitter, pour les périodes fiscales s'étendant du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2017, CHF 136'502 de taxe sur la valeur ajoutée, plus intérêts moratoires dès le 9 novembre 2016 » (cf. ch. 1). Dans le cadre de la procédure de réclamation, l'objet de la contestation, ainsi délimité de manière très large, consiste dès lors en l'entier de la correction de l'impôt.
Dans sa réclamation du 3 mars 2022, laquelle ne contient pas de partie spécifiquement consacrée aux conclusions, la recourante indique en outre clairement, en toute fin d'écriture, contester le montant réclamé par l'AFC. Si à la lecture des motifs, rédigée par un profane, il apparaît certes que l'on ne saurait en conclure que l'objet de la contestation - à savoir la décision du 1er février 2022 - et l'objet du litige de la procédure de réclamation se confondent (à ce sujet, cf. consid. 3.4 ci-après), il en ressort néanmoins clairement que - outre le ch. 1.1 (« Différence de concordance CA »), déjà expressément remis en cause au stade de la contestation du 9 juillet 2020 - la recourante, en ce qu'elle invoque, certes dans le cadre de ses relations avec X._______, que les faits retenus par l'AFC ne tiennent pas entièrement compte de ses relations commerciales et de l'impôt préalable supporté dans ce cadre, conteste également le ch. 3 de la notification d'estimation (« Différence de concordance IP »). L'autorité inférieure ne soutient du reste pas autre chose (cf. décision entreprise ch. I consid. 4 p. 9 s.). Aussi, il s'agit dans ces circonstances de considérer qu'entre également dans le cadre de l'objet du litige de la procédure de réclamation tout élément susceptible de fonder en faveur de la recourante le droit de déduire un montant d'impôt préalable supérieur à celui fixé dans la décision du 1er février 2022. Or, pour autant qu'établi, tel serait bien le cas de la TVA acquittée durant les périodes 2014 à 2017 sur l'achat de véhicules à Y._______.
Partant, de l'avis du Tribunal, l'on ne saurait considérer que le fait de soulever cette question dans le cadre de l'écriture du 26 décembre 2023 a entrainé une extension non admissible de l'objet du litige de la procédure de réclamation ; les considérations ci-dessus inclinent à penser qu'il s'agit plutôt d'un nouvel élément de fait et de motivation, certes allégué tardivement, mais que la recourante, qui n'était à ce stade pas assistée d'un conseil professionnel, doit se voir reconnaître la possibilité d'invoquer en cours de procédure, dès lors que ce point apparaît potentiellement décisif (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant). Sur ce point, la question de la recevabilité de la réclamation peut toutefois souffrir de ne pas être définitivement tranchée, compte tenu de l'issue au fond du litige sur cette question, sur laquelle le Tribunal se prononcera dans la suite du présent arrêt (cf. consid. 6.3 ci-après).
3.3
3.3.1 Dans sa duplique, l'AFC déclare également s'en remettre à justice s'agissant de l'entrée en matière sur les griefs, soulevés uniquement au stade de la réplique, « concernant la déduction de l'impôt préalable pour deux nouveaux véhicules (...), ainsi que la double imposition de notes de crédit de X._______ » (cf. duplique, consid. 1 p. 3).
3.3.2 Concernant d'abord les deux « nouveaux véhicules » pour lesquels la recourante fait valoir un droit (supplémentaire) à la déduction de l'impôt préalable, il ressort des pièces produites à l'appui de la réplique qu'il s'agit, pour l'un, d'un véhicule acquis auprès de Y._______ (voiture 209'555 ; cf. pièce recourante no 7 [3e p.]). La question de savoir si la recourante a élargi de manière inadmissible l'objet du litige en demandant la déduction de l'impôt préalable pour ce dernier véhicule peut toutefois souffrir de ne pas être définitivement tranchée, compte tenu de l'issue au fond du litige sur cette question, sur laquelle le Tribunal se prononcera dans la suite du présent arrêt (cf. consid. 3.5.3 [5e par.] ci-après).
Quant au second véhicule, il apparaît, selon la facture y relative (cf. pièce recourante no 10 [facture no 30]), qu'il a été acquis auprès de X._______. Or, comme on l'a vu (cf. consid. 3.2.3 ci-avant), la recourante a fait valoir la prise en compte de montants d'impôt préalable additionnels prétendument acquittés à cette société déjà dans sa réclamation du 3 mars 2022 et l'AFC s'est prononcée sur cette question dans la décision entreprise. Le fait de revendiquer, pour la première fois dans la présente procédure de recours, la déduction de l'impôt préalable en lien avec ce véhicule ne saurait donc être considéré comme une nouvelle conclusion ou un nouveau grief ; il s'agit bien plutôt d'un nouvel élément de fait et de motivation, sur lequel il y a lieu d'entrer en matière, malgré son caractère tardif, dans la mesure où il apparait potentiellement décisif (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant ; à ce propos, cf. consid. 6.2.4 ci-après).
3.4
3.4.1 Alors que dans sa décision sur réclamation du 15 janvier 2024, l'AFC a constaté l'entrée en force de la créance fiscale pour les périodes 2014 à 2017 à hauteur de 19'732.35 francs, dans son mémoire de recours du 15 février 2024 au Tribunal, la recourante conclut à la réformation de dite décision, en ce sens qu'aucune créance fiscale n'est entrée en force.
3.4.2 A ce propos, il s'agit d'observer que l'entrée en force de la créance fiscale constatée par l'AFC dans la décision entreprise porte sur les ch. 2 (« Parts privées aux frais de véhicules »), 4 (« IP non déductible ») et 5 (« Correction déduction de l'impôt préalable sur frais administratifs ») de la notification d'estimation. Il ressort en outre du dossier - et la recourante ne soutient pas le contraire - que ces points n'ont pas été attaqués, que ce soit au stade de la contestation de la notification d'estimation ou au cours de la procédure de réclamation, les griefs de la recourante se rapportant exclusivement au ch. 1.1 (« Différence de concordance CA ») et au ch. 3 (« Différence de concordance IP ») de cette notification. Aussi et bien que, dans sa réclamation, la recourante ait indiqué de manière générale contester le montant réclamé par l'AFC, cette dernière pouvait partir du principe que les montants réclamés au titre des ch. 2, 4 et 5 de la notification d'estimation n'étaient pas litigieux (cf. consid. 3.1.2.1 et 3.1.2.2 ci-avant), qu'elle n'avait dès lors pas à se prononcer à ce sujet dans sa décision sur réclamation et pouvait donc constater l'entrée en force de la créance fiscale à concurrence desdits montants, à savoir à hauteur de 19'732.35 francs (cf. consid. 3.1.1 [2e par. in fine] ci-avant).
En effet, selon la jurisprudence, la créance fiscale devient partiellement exécutoire, non seulement en cas de reconnaissance écrite partielle ou de paiement partiel sans réserve du montant figurant dans la notification d'estimation (cf. art. 43 al. 1 let. b LTVA), mais également lorsqu'une décision, une décision sur réclamation ou un jugement au sens de l'art. 43 al. 1 let. a LTVA entre partiellement en force, dans la mesure où il n'est pas ou plus contesté (cf. arrêts du TF 2C_392/2022 du 15 novembre 2022 consid. 3.6 ss et 2C_563/2022 du 31 octobre 2022 consid. 1.2 ; arrêt du TAF A-4848/2021 du 1er avril 2022 consid. 5.2 ; cf. ég. arrêt du TF 8C_281/2022 du 24 octobre 2022 consid. 4.1 ; arrêt du TAF A-7188/2023 du 25 octobre 2025 consid. 1.3.2).
Il s'ensuit que la conclusion tendant à ce qu'il soit dit qu'aucune créance fiscale n'est entrée en force doit être rejetée. Au surplus, la recourante ne saurait être admise à contester - pour la première fois - dans le cadre de son recours devant Tribunal les points susmentionnés, qui excèdent l'objet de la contestation (cf. consid. 3.1.1 ci-avant). En d'autres termes, la décision entreprise ne peut plus faire l'objet d'un recours dans la mesure indiquée ci-dessus - à savoir à hauteur de 19'732.35 francs. Le recours devrait donc être déclaré irrecevable dans la mesure où il tendrait à ce que le Tribunal examine le bien-fondé de la créance fiscale à cet égard.
3.5 Il convient désormais d'examiner l'objet du litige (cf. consid. 3.1.1 ci-avant) de la présente procédure de recours.
3.5.1 Il apparaît à la lecture des moyens du recours du 15 février 2024 (cf. ch. II et III) que l'objet du litige porte uniquement sur la déduction de l'impôt préalable. Il en va en outre de même au vu des conclusions dudit mémoire, dans la mesure où celles-ci tendent à ce qu'il soit dit que l'AFC doit à la recourante la somme de Fr. 15'017.86, plus intérêt rémunératoire, pour les années 2014 à 2017. En effet, ce montant correspond à la différence entre celui de 104'681 francs réclamé par l'AFC selon la décision entreprise et la somme de Fr. 119'698.86 dont la recourante requiert la déduction à titre d'impôt préalable dans son recours (cf. ch. III no 1 p. 3 et no 6 p. 7). Aussi, il s'agit de constater que le litige, dont l'objet ne peut plus être étendu ou modifié après l'expiration du délai (non prolongeable) de recours (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant), ne porte plus devant le Tribunal sur les écarts de concordance de chiffres d'affaires qui étaient contestés dans le cadre de la réclamation. Il convient dès lors d'observer ce qui suit.
3.5.2 Dans la décision entreprise, l'AFC a considéré que des recettes de location immobilière avaient été soumises à tort à la TVA et a admis très partiellement la réclamation sur ce point (cf. ch. II consid. 6 à 6.3). Si cette question n'a pas été évoquée dans la réclamation du 3 mars 2022, mais seulement ultérieurement, par courrier du 10 mars 2023, l'AFC a toutefois retenu qu'elle était liée au défaut de concordance de chiffre d'affaires examiné dans le cadre du contrôle et contesté par la recourante dans sa réclamation ; le grief concernant les recettes de location immobilière avait en outre été soulevé par la recourante dans sa contestation du 9 juillet 2020 et, partant, examiné dans la « première » décision du 1er février 2022 (cf. consid. 6 p. 11 s. ; cf. ég. décision entreprise ch. I consid. 3 p. 9).
Dès lors que la question des loyers d'habitation prétendument imposés à tort par l'AFC se rapporte au ch. 1.1 de la notification d'estimation, dûment contesté par la recourante également dans le cadre de sa réclamation, le Tribunal est d'avis que l'on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure de s'être prononcée à ce sujet dans sa décision sur réclamation - étant au surplus rappelé que la recourante n'était à ce stade pas représentée par un conseil et qu'il convient dès lors de ne pas se montrer trop formaliste dans l'examen des exigences de motivation du recours (cf. consid. 3.1.2.2 ci-avant). Cela étant, ce point - qui a fait l'objet d'une correction dans le cadre de la décision entreprise (cf. consid. 6 à 6.3 p. 14 ss) - n'est plus soulevé devant le Tribunal, pas plus dans le recours du 15 février 2024 que dans les écritures ultérieures de la recourante, qui était au demeurant assistée d'un avocat jusqu'à la production de sa réplique. Partant, il s'agit de constater qu'à ce stade, ce point n'est plus litigieux et ne fait donc pas partie de l'objet du litige dans la procédure de recours (cf. consid. 3.1.1 ci-avant). Dans la mesure en outre où rien au dossier ne laisse à penser que la décision de l'AFC serait à cet égard erronée, cette question ne sera pas examinée plus avant dans le présent arrêt (cf. consid. 2.2.1 ci-avant).
3.5.3 Dans sa réplique du 24 juillet 2024, la recourante, par l'intermédiaire de son mandataire, déclare « retire[r] sa contestation pour les véhicules des factures [de Y._______] 7, 8, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26 et 27 », ce « [a]près analyse des factures effectuée par l'autorité intimée et les explications données dans sa réponse au recours » (cf. réplique ch. II no 3 p. 5). Cela étant, dans le même temps, la recourante « conteste que la TVA payée pour tous [mise en évidence par le Tribunal] les véhicules achetés à Y._______ ne puisse faire l'objet de la déduction d'impôt préalable » et conclut « au maintien des conclusions prises dans son recours » (cf. réplique ch. II no 1 p. 2 et ch. III p. 10). Elle invoque et produit en outre de nouveaux éléments en lien avec la facture no 20 mentionnée ci-dessus.
A ce propos, il sied d'abord de rappeler qu'il convient d'interpréter les conclusions de la réplique au regard de sa motivation (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant). En outre et conformément au principe de la bonne foi (cf. art. 2 CC ; art. 5 al. 3 et art. 9 Cst.), les déclarations de la recourante doivent être interprétées dans le sens que le Tribunal doit raisonnablement leur donner, compte tenu de l'ensemble des circonstances (cf. arrêt du TF 2C_486/2014 du 25 février 2015 consid. 4.3.1 ; arrêts du TAF A-208/2024 du 19 mars 2024 consid. 4.2 et A-4848/2021 du 1er avril 2022 consid. 4.1).
A cet égard, le Tribunal considère ensuite que le fait que la recourante « a l'honneur de conclure, avec dépens, au maintien des conclusions prises dans son recours » ne saurait être interprété comme l'expression de son intention de revenir sur le retrait de celui-ci, en ce que celui-ci portait sur la déduction de l'impôt préalable en lien avec les factures en question. En effet, il s'agit là d'une formule d'usage, dont il convient de relativiser la portée. Aussi, Le Tribunal est d'avis que l'emploi de cette formule, toute générale, ne permet pas de remettre en cause la volonté de la recourante, clairement exprimée dans la même écriture, de restreindre l'objet du litige à cet égard.
Il en va par ailleurs de même du fait que la recourante « conteste que la TVA payée pour tous [mise en évidence par le Tribunal] les véhicules achetés à Y._______ ne puisse faire l'objet de la déduction d'impôt préalable ». Dès lors qu'elle déclare, plus avant dans la même écriture, « retire[r] sa contestation pour les véhicules des factures 7, 8, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26 et 27 », il s'agit d'interpréter cette déclaration en ce sens que la recourante - comme elle le précise au demeurant - « persiste à invoquer la déduction de l'impôt préalable sur les factures [25, 28 et 29] » (cf. réplique ch. II no 3 p. 5), autrement dit toutes les factures de Y._______ pour lesquelles elle n'a pas déclaré retirer son recours ; ce n'est du reste qu'en lien avec celles-ci - et la facture no 20 (à ce sujet, cf. immédiatement ci-dessous) - qu'elle présente des arguments et produit une nouvelle pièce à l'appui de sa réplique.
En outre, sous un chiffre distinct, la recourante requiert « la déduction de l'impôt préalable pour la facture finale mentionnée sous pièce 7, 3ème page sous voiture *** à concurrence de Fr. 20'100.85 » ; elle allègue à cet égard qu'il s'agit « d'une pénalité due en raison de la rupture anticipée d'un contrat de leasing » et que la TVA y afférente se monte à 1'488.95 francs (cf. réplique ch. II no 5 p. 6). On observera à cet égard que ni le numéro du véhicule (***), ni le montant de la facture (20'100.85 francs) et de l'impôt préalable (1'488.5 francs) indiqués dans la réplique ne se retrouvent dans ladite pièce. Ce n'est que grâce à un examen diligent du dossier que l'AFC a été en mesure d'établir que cet allégué se rapportait en fait à la facture no 20, pour laquelle la recourante a expressément déclaré « retire[r] sa contestation ». Il s'agit dès lors de constater l'existence d'une certaine confusion de la part de la recourante à ce propos. L'on observera encore que cette dernière ne remet au demeurant nullement en cause l'analyse et les explications de l'autorité inférieure au sujet de cette facture (cf. réponse p. 18 s). Dans ces conditions, on ne saurait considérer que la recourante entendait en fin de compte continuer de contester ce point.
En définitive, conformément au principe de la bonne foi (cf. ci-dessus) et aux principes guidant l'interprétation des conclusions (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant), il y a lieu de considérer, au vu de ce qui précède, que la recourante s'est ralliée à la position exprimée par l'AFC dans sa réponse du 12 avril 2024 (cf. consid. 3 p. 10 ss) concernant les factures nos 7, 8, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26 et 27 (selon bordereau des pièces annexées à la réponse de l'autorité inférieure), de sorte que le litige ne porte plus sur ces factures devant le Tribunal (à ce propos, cf. ég. consid. 6.3.2.4 ci-après). Le recours est donc devenu sans objet à cet égard. Rien au dossier ne permettant en outre de douter de l'analyse détaillée de l'autorité inférieure à ce sujet, il peut être renoncé à examiner ce point plus en détail dans la suite du présent arrêt (cf. consid. 2.2.1 ci-avant). Les factures encore litigieuses de Y._______ (nos 25, 28 et 29) seront examinées dans la suite du présent arrêt (cf. consid. 6.3 ci-après).
3.5.4
3.5.4.1 Dans son recours du 15 février 2024, la recourante requiert qu'« il soit tenu compte (...) de l'impôt préalable qu'elle a dû payer lors de l'acquisition de différents véhicules (achat sous pièce [...] 5), ainsi que sur la somme résiduelle payée à l'occasion de la fin d'un contrat de leasing (pièce 6) » ; elle demande à ce titre « qu'il soit déduit de la créance d'impôt résultant de la décision entreprise (...) Fr. 45'227.- sur l'achat de véhicules à X._______ selon le lot de [13] factures produit sous pièce 5 et Fr. 296.30 pour la facture sous pièce 6 » (cf. recours, ch. III no 1 p. 3 et no 6 p. 7).
Dans sa réponse, l'AFC a procédé à l'analyse comptable de l'ensemble des 14 factures en question (cf. réponse consid. 3 p. 4 ss), numérotées de 1 à 6 et de 9 à 16 selon le bordereau des pièces annexées à sa réponse. S'agissant des factures nos 11 à 15, l'AFC a considéré, sur la base des pièces au dossier, que les véhicules en question n'avaient pas été achetés par la recourante, mais « leasés » auprès de la société W._______ ; constatant que la recourante avait en outre bénéficié, lors du paiement des mensualités de leasing, de la mise en compte de l'impôt préalable y afférent, elle a retenu qu'aucun montant supplémentaire ne pouvait être déduit en lien avec ces véhicules.
Dans sa réplique du 24 juillet 2024, la recourante soutient, concernant « les véhicules achetés [mise en évidence par le Tribunal] à X._______ », avoir démontré que « l'intégralité du prix a été acquitté puisqu'elle a payé tout son dû à cette société (ch. 6 ci-dessous) » et avoir « donc droit à la déduction de l'intégralité de l'impôt préalable ». Au ch. 6 en question, elle indique que « [r]este litigieux l'impôt préalable des factures [nos 1 à 6, 9, 10 et 16] concernant les véhicules acquis [mise en évidence par le Tribunal] de X._______ » ; la recourante ne revendique en revanche plus - à tout le moins explicitement - de droit à la déduction en lien avec les factures nos 11 à 15, pour lesquelles l'AFC a considéré qu'aucune vente n'était intervenue.
3.5.4.2 Compte tenu de ce qui précède, l'on peut se demander si, au vu des principes guidant l'interprétation des conclusions (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant) et du principe de la bonne foi (cf. consid. 3.5.3 ci-avant), il convient d'interpréter l'écriture de la recourante du 24 juillet 2024 en ce sens que cette dernière a décidé de restreindre les conclusions de son recours en ce que celui-ci porte sur les factures nos 11 à 15. Quoi qu'il en soit, il ressort à ce sujet du dossier que les véhicules en cause ont été pris en leasing par la recourante auprès de W._______, à laquelle ces voitures ont été vendues par X._______, et que la recourante a déjà bénéficié de la mise en compte de la TVA lors du paiement des acomptes du leasing (cf. lots de pièces réunies sous pièces nos 11 à 15 annexées à la réponse), comme l'autorité inférieure l'a constaté ; dans la mesure, en outre, où la recourante n'apporte aucune preuve de l'achat ultérieur et du paiement effectif desdits véhicules, elle ne saurait en tout état de cause revendiquer un droit à la déduction d'un impôt préalable supplémentaire sur les factures nos 11 à 15 pour les périodes 2014 à 2017 (cf. consid. 5.1.1 et 5.1.2 ci-après), comme l'AFC l'a à juste titre retenu sur la base de son analyse (cf. réponse consid. 3 p. 13 ss). Rien au dossier ne permettant par ailleurs de douter de l'exactitude de cette analyse, que la recourante ne remet du reste pas en question, il peut être renoncé à examiner ce point plus en détail dans la suite du présent arrêt (cf. ég. consid. 2.2.1 ci-avant).
Aussi, dans la mesure où la décision entreprise est toujours contestée en lien avec les factures nos 11 à 15, il convient de considérer que le recours apparait de toute façon mal fondé et doit donc être rejeté sur ce point. Les (autres) factures de X._______ (nos 1 à 6, 9, 10 et 16) seront traitées dans la suite du présent arrêt (cf. consid. 6.2 ci-après).
3.5.4.3 En outre, dans ces conditions, la mesure d'instruction requise par la recourante et consistant à inviter X._______ à confirmer, par la production d'une attestation, que les factures nos 1 à 6 et 9 à 16 ont été acquittées (cf. recours ch. III no 5 p. 6 et ch. IV p. 7 [in fine] ; cf. ég. réplique ch. II no 6 p. 7), n'apparaît pas utile. En effet, il n'est pas litigieux, d'une part, que les factures nos 1 à 6, 9, 10 et 16 ont été payées par la recourante durant les périodes sous contrôle (cf. à ce propos consid. 6.2.3 ci-après). A cet égard, la mesure requise est donc sans objet.
D'autre part, le paiement effectif au cours des périodes contrôlées des (autres) factures nos 11 à 15 et, partant, de la TVA qui y est mentionnée - qui constitue une condition du droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. consid. 5.1.1 et 5.1.2 ci-après) - ne ressort, ni de la comptabilité de la recourante, ni du compte courant A._______ tenu par X._______ et communiqué à l'AFC sous forme de tableau Excel. L'arrêt A-3318/2019 du 9 septembre 2020 que la recourante invoque à ce propos à l'appui de sa réplique (cf. ch. II no 6 p. 7) ne lui est dès lors d'aucun secours. Dans cet arrêt, le paiement (en cash) des factures et de la TVA y afférente était en effet expressément attesté par les entreprises prestataires, parfois directement sur les factures en cause, et pouvait être vérifié par l'AFC auprès de ces dernières, le cas échéant par recoupement avec leurs données comptables. Or, dans notre cas, les démarches effectuées auprès de X._______ n'ont pas permis d'établir le paiement effectif des factures en question et de l'impôt préalable y relatif.
Dans ces circonstances, une simple attestation écrite de cette société confirmant que les factures nos 11 à 15 ont été acquittées par la recourante ne saurait de toute façon être considérée comme suffisante à cet effet : d'une part, on ne saurait exclure que les paiements de la recourante, qui établit ses décomptes sur la base des contre-prestations reçues (à ce propos, cf. art. 39 al. 2 et art. 40 al. 2 LTVA ; rapport de révision du 4 mars 2020 ch. 2.3.6 [pièce du dossier AFC no 4]), soient intervenus postérieurement aux périodes fiscales en cause ; d'autre part, un tel moyen de preuve serait en tout état de cause impropre à entamer la conviction que le Tribunal s'est forgé sur la base de la comptabilité de la recourante et du compte courant A._______ tenu par X._______, qui ont une plus grande valeur probatoire (cf. consid. 2.2.2 ci-avant et consid. 5.1.2 [5e par.] ci-après).
Partant, le Tribunal renonce à la mise en oeuvre de la mesure d'instruction requise, par appréciation anticipée de celle-ci (cf. consid. 2.3.1 ci-avant).
3.5.5
3.5.5.1 Concernant l'imposition des notes de crédit de X._______, l'AFC a retenu, dans la décision entreprise (cf. consid. 8.4), que ces notes ne constituent pas une diminution de la contre-prestation de la recourante pour l'acquisition des véhicules auprès de cette société, mais bien la contre-prestation versée par cette dernière pour la prestation - imposable - d'apporteur d'affaires fournie par la recourante. Celle-ci ne conteste pas que ces notes de crédit constituent un chiffre d'affaires imposable. Il y a donc lieu de constater que cette question ne fait pas partie de l'objet du présent litige. Rien ne permettant par ailleurs de douter du bien-fondé de l'analyse de l'AFC sur ce point, Il ne sera pas revenu sur celui-ci dans cet arrêt (cf. consid. 2.2.1 ci-avant).
3.5.5.2 Dans sa réplique du 24 juillet 2024 (cf. ch. II no 1 p. 2), de même que dans ses écritures ultérieures (cf. triplique ch. II no 2 ; quintuplique ch. 3), la recourante « conteste la prise en compte (compensation et/ou taxation à double) des notes de crédit de X._______ » ; elle fait à cet égard valoir, en substance, que lesdites notes auraient été imposées à double, « à tout le moins partiellement, une fois lors de l'émission de ces notes de crédit dans la notification d'estimation, soumission à la TVA non contestée, et une seconde fois par la non-prise en compte de la déduction de l'impôt préalable lors de I'« utilisation » de ces crédits », c'est-à-dire du fait de la compensation opérée par l'AFC dans le cadre de son calcul global. La recourante soutient qu'il en aurait résulté une réduction de l'impôt préalable déductible (cf. réplique, ch. II no 8 p. 10)
A ce propos, le Tribunal constate que le grief lié à la double imposition de notes de X._______, s'il portait certes sur des montants inférieurs, a déjà été soulevé dans la contestation de la notification d'estimation, ainsi que dans la réclamation du 3 mars 2022 (cf. p. 2). En outre, l'AFC s'est prononcée sur ce point dans sa décision sur réclamation (cf. consid. 10 p. 29). Dans cette mesure, celui-ci fait donc bien partie de l'objet de la contestation (cf. consid. 3.1.1 ci-avant). La recourante ne fait cependant pas valoir ce grief dans son mémoire de recours. Comme exposé (cf. consid. 3.5.1 ci-avant), selon l'acte de recours, dans le cadre de la présente procédure, le litige - dont l'objet ne peut plus être étendu après l'expiration du délai de recours (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant) - ne porte en outre plus que sur la déduction de l'impôt préalable. Or, en ce qu'elle soutient que ces notes de crédit auraient été imposées à double, la recourante soulève a priori un grief en lien avec la reprise opérée au titre de l'écart constaté entre les chiffres d'affaires déclarés et ceux ressortant de sa comptabilité (ch. 1.1 de la notification d'estimation), soit un point excédant l'objet du litige défini par les conclusions et les motifs du mémoire de recours du 15 février 2024 (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant).
Cela étant, dès lors que la recourante fait valoir que cette double imposition résulterait de la compensation que l'AFC a opérée entre la TVA due et l'impôt préalable déductible et aurait entrainé une réduction de celui-ci, le Tribunal considère que cette question se trouve comprise dans l'objet du litige. Etant donné, en outre, que l'autorité inférieure conclut à « l'admission partielle du recours à concurrence de CHF 4'670.92 » dans la mesure où le Tribunal entrerait en matière sur ces allégués et moyens de preuve nouveaux (cf. duplique, consid. 6 p. 16 ss et consid. 7 p. 19), il n'est pas douteux que ceux-ci apparaissent décisifs au sens de l'art. 32 al. 2 PA (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant). Partant, il convient de se prononcer sur ce point (cf. consid. 6.4 ci-après).
3.5.6
3.5.6.1 Dans sa triplique du 4 décembre 2024, la recourante déclare accepter « la taxation émise uniquement pour l'année 2014 » ; de plus, elle « propose au Tribunal (...) la scission des années 2014 puis 2015 à 2017 », afin de traiter la période fiscale 2014 avant la survenance de la prescription absolue du droit de taxation au 31 décembre 2024 (cf. triplique ch. II no 3). Il convient d'observer ici que, pour les mêmes raisons qu'exposées plus haut (cf. consid. 3.5.3 [2e et 3e par.] ci-avant), le fait que la recourante a conclu, au pied de dite écriture, « au maintien des conclusions prises dans son recours du 15 février 2024 » (cf. triplique ch. III) ne saurait dans ces conditions être interprété en ce sens qu'elle entendrait finalement persister à contester la créance fiscale - en sa faveur - pour l'année 2014.
Sur ce point, l'autorité inférieure fait valoir, dans sa duplique du 9 octobre 2024, à laquelle elle renvoie dans sa quadruplique du 27 décembre 2024, que « [l]'intervention de la prescription absolue entraînera l'entrée en force de la créance résultant de l'auto-taxation de l'assujetti qui ne peut plus être corrigée et ce également pour les montants acquittés par l'assujetti ou remboursés par l'AFC en cas de décomptes créditeurs » (cf. duplique p. 2 ; quadruplique p. 2).
3.5.6.2 L'art. 42 al. 6 LTVA prévoit un délai de prescription absolue du droit de taxation de dix ans à compter de la fin de la période au cours de laquelle la créance fiscale est née. Par conséquent, à partir du 1er janvier 2025, aucune TVA supplémentaire ne peut plus être prélevée pour l'année 2014 (cf. entre autres arrêt du TF 2C_1021/2020 du 28 juillet 2021 consid. 4.1 ; arrêt du TAF A-7188/2023 du 25 octobre 2025 consid. 3.1.1).
L'on relèvera en outre à cet égard que, lorsque l'on est en présence de décomptes TVA remis par l'assujetti et d'un décompte complémentaire de l'AFC et que celui-ci est contesté, la survenance de la prescription absolue de l'art. 42 al. 6 LTVA entraine l'entrée en force de la créance fiscale telle qu'établie par l'assujetti, en application de l'art. 43 al. 1 let. c LTVA. Pour sa part, la créance fiscale complémentaire, qui ne se substitue pas à la créance fixée dans le décompte de l'assujetti, s'éteint avec la prescription du droit de taxation et le montant contesté de la reprise d'impôt n'entre pas en force (cf. arrêt du TF 9C _32/2023 du 12 juillet 2023 consid. 2.4.3 ; arrêts du TAF A-5783/2020 du 12 avril 2022 consid. 3.2 et A-4848/2021 du 1er avril 2022 consid. 5.2.2 ; Gani/ Rochat Pauchard, Commentaire LTVA, art. 43 nos 28 et 29a).
Cela étant, il convient de rappeler - comme cela découle déjà de ce qui précède (cf. consid. 3.4.2 ci-avant) - que l'assujetti a la possibilité de ne contester la correction de l'impôt qu'en partie et de la reconnaître pour le reste, ce également en cours de procédure. Or, dans ce cas, c'est bien la créance complémentaire de l'AFC qui entre partiellement en force sur les points qui ne sont pas ou plus contestés, conformément à l'art. 43 al. 1 let. a LTVA et ce, même en cas de survenance ultérieure de la prescription absolue du droit de taxation (cf. arrêts du TF 2C_392/2022 du 15 novembre 2022 consid. 3.7.1 et 3.8 et 2C_563/2022 du 31 octobre 2022 consid. 1.2 ; arrêts du TAF A-4347/2022 du 26 avril 2024 consid. 3 ; Gani/ Rochat Pauchard, Commentaire LTVA, art. 43 no 24). Ainsi, en l'occurrence, le retrait du recours en date du 4 décembre 2024, en tant qu'il concernait les points encore litigieux (cf. consid. 3.4 ci-avant) de la créance fiscale 2014, a rendu le recours sans objet à cet égard et entrainé l'entrée en force partielle de la décision entreprise en ce qu'elle portait sur cette période ; partant, c'est bien la créance fiscale 2014 telle qu'arrêtée au consid. 11 de la décision entreprise - et non celle déclarée par la recourante, contrairement à ce que soutient l'AFC (cf. duplique, p. 2) - qui est déterminante.
Dès lors, la demande de la recourante tendant à ce que la période fiscale 2014 soit disjointe des autres périodes sous contrôle et traitée en priorité, avant fin 2024 (cf. consid. 3.5.6.1 ci-avant), apparaît sans objet.
4. La LTVA et son ordonnance d'exécution du 27 novembre 2009 (OTVA, RS 641.201) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2010. Le présent litige portant sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2017, les dispositions topiques de la LTVA et de l'OTVA dans leur teneur en vigueur avant la révision partielle de la loi au 1er janvier 2018 (RO 2017 3575 ; FF 2015 2467) sont applicables (cf. art. 112 s. LTVA). Cela étant, l'on observera que la jurisprudence rendue sous l'ancien droit, mais relative à des dispositions matérielles restées inchangées dans le nouveau droit, demeure valable, de sorte qu'il est toujours possible de s'y référer (cf. arrêt du TAF A-5307/2023 du 8 août 2025 consid. 3).
5.
5.1
5.1.1 Sous réserve des art. 29 et 33 LTVA, l'assujetti peut déduire, dans le cadre de son activité entrepreneuriale, l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse qui lui a été facturé (cf. art. 28 al. 1 let. a LTVA) - c'est-à-dire que le fournisseur de la prestation lui a réclamé d'une manière reconnaissable (cf. art. 59 al. 1 OTVA) - pour autant qu'il prouve l'avoir réglé (cf. art. 28 al. 4 LTVA [dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017]). A cet égard, il appartient à l'assujetti, dans le cadre de son devoir de collaborer (cf. consid. 2.2.1 ci-avant ; consid. 5.2 ci-après), de fournir les documents à sa disposition, le cas échéant dans le cadre de la procédure de recours ; l'AFC n'est pas obligée de rechercher les justificatifs du droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. arrêts du TAF A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 4.3.2 et A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 6.2.2).
5.1.2 Selon l'art. 28 al. 4 LTVA (actuel art. 28 al. 3 LTVA suite à l'abrogation de l'ancien al. 3 par le ch. I de la loi fédérale du 30 septembre 2016 avec effet au 1er janvier 2018 [RO 2017 3575]), l'assujetti peut déduire l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse qui lui a été facturé, pour autant qu'il prouve l'avoir réglé.
On observera ici que sous l'ancien droit, la déduction de l'impôt préalable n'était pas subordonnée à son transfert effectif au destinataire, ni, partant, au paiement effectif par ce dernier de l'impôt préalable ; seul importait outre l'utilisation des biens ou des services grevés d'impôt pour l'une des affectations donnant droit à déduction que la TVA ait été correctement facturée, dans le respect des exigences formelles posées par l'art. 37 de l'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300 ; cf. art. 38 aLTVA et art. 26 de l'ordon-nance du 29 mars 2000 relative à la LTVA [aOLTVA, RO 2000 1347] ; arrêt du TF 2A.461/2002 du 2 juin 2003 consid. 3.3). Schaller et al. (TVA annotée, 2005, art. 1 no 30) considéraient à ce sujet que dès lors que l'AFC n'avait pas de compétence décisionnelle en matière de transfert de l'impôt (cf. art. 37 al. 6 aLTVA ; cf. ég. décision de la CRC du 7 mai 1995, in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 62.45, consid. 5b/bb), elle ne pouvait lier le droit à déduction à la condition que le destinataire ait effectivement acquitté l'impôt préalable.
Désormais, en revanche, il ressort du texte clair de la loi que le règlement effectif de l'impôt est une condition (supplémentaire) du droit à déduction de l'assujetti sous réserve de l'actuel art. 28a LTVA. Bien qu'il n'expose pas les raisons de ce changement, le message du Conseil fédéral, qui indique que la personne assujettie doit prouver qu'elle a effectué un paiement dans le cadre de l'une des formes de l'impôt énumérées à l'art. 28 al. 1 LTVA, est également explicite sur ce point (cf. FF 2008 6277, p. 6364 et p. 6325). La jurisprudence, qui retient que l'assujetti peut déduire dans le cadre de son activité l'impôt qu'il a effectivement supporté économiquement (« wirtschaftlich tatsächlich getragenen Vorsteuer »), ne laisse pas non plus de doute à ce sujet (cf. ATF 142 II 488 consid. 2.3.3 ; arrêt du TF 2C_356/2020 du 21 octobre 2020 consid. 3.2 ; arrêt du TAF A-1996/2022 du 19 décembre 2022 consid. 5.2). Cet avis est largement partagé dans la doctrine, qui considère que si le destinataire ne parvient pas à prouver avoir réglé l'impôt préalable qui lui a été facturé, la déduction des montants en cause doit être refusée (cf. Suter, Commentaire LTVA, art. 28 nos 40 et 42 ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 nos 37 et 42).
Il s'agit ainsi en définitive de constater que si le formalisme en matière de preuve a été abandonné et que la présentation d'une facture conforme aux exigences de l'art. 26 al. 2 et 3 LTVA n'est plus une condition nécessaire du droit à déduction (cf. à ce propos FF 2008 6277, p. 6325 ; arrêt du TF 2C_33/2014 du 27 juillet 2015 consid. 2.3.2 ; Benno Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 31 ; Beatrice Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 12 et art. 81 no 11), contrairement à ce qui valait sous l'ancien droit (cf. art. 38 al. 1 let. a aLTVA ; FF 2008 6277, p. 6364), elle n'est également plus suffisante à cet égard (cf. arrêts du TAF A-1996/2022 du 19 décembre 2022 consid. 5.1 et A-279/2014 du 17 novembre 2014 consid. 3.2 ; Mollard/ Oberson/ Tissot Benedetto, op. cit., annexe 3 ch. 476 ; cf. ég. arrêt du TF 2C_734/2019 du 2 juin 2021 consid. 4.3.2).
En effet, si la facture constitue un indice important de l'existence d'une prestation imposable et que la TVA y relative a bien été transférée au destinataire (cf. arrêt du TF 2C_853/2021 du 12 mai 2022 consid. 5.3 ; arrêt du TAF A-1996/2022 du 19 décembre 2022 consid. 5.1 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 31 ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 12), en revanche, elle ne dit pas si celui-ci a bien réglé le montant en question au prestataire. La preuve de ce fait sera en règle générale apportée au moyen de pièces comptables et de justificatifs de paiement, qui revêtent à cet égard une valeur probante accrue (cf. consid. 2.2.2 ci-avant) ; suivant le principe rappelé à l'art. 81 al. 3 LTVA, l'assujetti reste cependant libre de prouver par tout autre moyen qu'il a effectivement acquitté l'impôt (cf. consid. 2.2.2 ci-avant ; arrêt du TF 2C_33/2014 du 27 juillet 2015 consid. 2.3.2 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 nos 40 s. ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 38). Cela ne change cependant rien au principe selon lequel l'assujetti doit prouver les faits qu'il allègue pour justifier une diminution de la charge fiscale (cf. consid. 2.3.2 ci-avant ; FF 2008 6277, p. 6364 ; ATF 140 II 248 consid. 3.5 ; Suter, Commentaire LTVA, art. 28 no 30 ; Blum, MWSTG Kommentar, art. 28 no 11).
5.2
5.2.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (cf. art. 66 al. 1, art. 71 al. 1 et art. 86 al. 1 LTVA). Même si le nouveau droit a assoupli ce principe sur certains aspects (cf. à ce propos ATF 140 II 202 consid. 5.4), il n'en demeure pas moins qu'il appartient à l'administré de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement à la TVA et, le cas échéant, d'établir la créance fiscale le concernant. L'AFC n'a pas à intervenir à cet effet, si ce n'est à des fins de contrôle, et n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.4 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 5.1 et A-5307/2023 du 8 août 2025 consid. 4.1 ; Felix Geiger, Commentaire LTVA, art. 86 no 1 ; Lysandre Papadopoulos, Commentaire LTVA, art. 71 nos 1 ss ; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 5e éd. 2021, p. 518 nos 329 s.).
5.2.2 Selon l'art. 70 al. 1 [1re phrase] LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents selon les principes du droit commercial ; il en résulte en particulier que la compensation entre les actifs et les passifs et entre les charges et les produits est interdite (art. 958c al. 1 ch. 7 du code des obligations du 30 mars 1911 [CO, RS 220]). En outre, l'administration peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà de ces principes si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt (art. 70 al. 1 [2e phrase] LTVA). L'AFC a fait usage de cette compétence dans le cadre de l'Info TVA no 16 (« Comptabilité et facturation » [ci-après : Info TVA no 16]). Conformément à l'art. 70 al. 2 LTVA et sous réserve de l'art. 958f CO, l'assujetti doit par ailleurs conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale.
Comme le prévoyait explicitement l'art. 58 al. 1 aLTVA, la tenue des livres comptables doit notamment permettre de constater aisément et de manière sûre les faits importants pour la détermination de l'assujettissement et le calcul de la créance fiscale (cf. ATF 140 II 495 consid. 3.4.4 ; arrêts du TAF A-5286/2024 du 21 octobre 2025 consid. 5.2 et A-5307/2023 du 8 août 2025 consid. 4.2 ; Rohner/ Bobst, Commentaire LTVA, art. 70 no 5). Les cas dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants ou inexistants, ne doivent pas se solder par une perte d'impôt : il s'agit d'éviter que l'assujetti qui a rempli son devoir de collaborer ne soit tenu de payer des impôts plus élevés que celui dont un contrôle ultérieur de la comptabilité est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas en effet être récompensée (cf. arrêt du TF 9C_371/2024 du 18 mars 2025 consid. 5.1 ; arrêts du TAF A-5307/2023 du 8 août 2025 consid. 5.2.1 et A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 6.3 ; Steiger, Commentaire LTVA, art. 79 no 3 ; Mollard, op. cit., ch. 3.2.1).
6.
6.1 En l'espèce, on l'a vu (cf. consid. 3 ci-avant, en particulier consid. 3.5), le litige, qui ne porte plus que sur les périodes fiscales 2015 à 2017, a pour unique objet, d'une part, de déterminer si la recourante peut se prévaloir d'un droit à la déduction de l'impôt préalable en lien avec l'acquisition de véhicules auprès de X._______ (consid. 6.2 ci-après) et de Y._______ (consid. 6.3 ci-après) ; d'autre part, il s'agit d'examiner si la façon de procéder de l'AFC pour déterminer la créance fiscale a conduit à une double imposition des notes de crédit de X._______, respectivement à une diminution de l'impôt préalable déductible (consid. 6.4 ci-après).
6.2
6.2.1 En ce qui concerne la déduction de l'impôt préalable acquitté en lien avec les véhicules acquis de X._______, le recours a déjà été examiné et rejeté en ce qu'il portait sur les factures nos 11 à 15 - pour autant qu'il faille considérer que la décision entreprise est toujours contestée à cet égard (cf. consid. 3.5.4.2 ci-avant). Il convient dès lors de se prononcer encore sur les factures nos 1 à 6, 9, 10 et 16 produites à l'appui du recours, ainsi que sur la facture no 30 produite au stade de la réplique (à propos de cette dernière facture, cf. consid. 3.3.2 [in fine] ci-avant et consid. 6.2.4 ci-après).
Il sied de rappeler ici que selon les explications fournies par la recourante à l'appui de sa réclamation, une « compensation entre charges et produits provenant de la société X._______ a été réalisée » par ses fiduciaires successives. A ce propos, la recourante expose en substance qu'elle « recevait des notes de crédit de X._______ pour la différence entre le prix leasé et la facture d'achat après rabais "major deal" du véhicule » ; ce montant « était comptabilisé sur le compte courant de X._______ » et, « lorsque le compte courant était assez fourni », la recourante « achetait des voitures à X._______ pour son propre compte ». En outre, « X._______ était le prestataire des entretiens et réparations des véhicules de [la recourante] » et, « achetait, parfois, les voitures » à la recourante au terme des leasing. Or, selon cette dernière, son « ancienne fiduciaire a compensé ces factures de charges et recettes car le résultat était neutre d'un point de vue récupération et paiement de la TVA » ; « par conséquent, la TVA n'a pas été récupérée ni déclarée ». Aussi, d'après la recourante, si le « contrôle [de l'AFC] permet de corriger les montants des voitures vendues à X._______ », en revanche, il « ne tient pas compte des factures d'entretien et d'achat à X._______ (...) sur lesquelles [la recourante pourrait] récupérer la TVA ».
6.2.2 Il ressort en l'occurrence du dossier - et il n'est pas contesté - que la comptabilité de la recourante présentait d'importantes lacunes et que de nombreuses pièces justificatives, telles que contrats de leasing ou factures d'achat, étaient manquantes. En particulier, il apparait que les fiduciaires successives de la recourante ont procédé, dans une large mesure, à une compensation entre les montants facturés par X._______ et les notes de crédit de cette société en faveur de la recourante, malgré l'interdiction prévue par le droit commercial de procéder de la sorte (cf. consid. 5.2.2 ci-avant).
En l'absence de données comptables fiables disponibles auprès de la recourante, l'AFC, par deux courriers recommandés datés du 21 juillet 2023, a dès lors requis des agences de X._______ à *** et à ***, pour les années 2014 à 2017, les copies des factures de ventes de véhicules, y compris pour les véhicules pris en leasing, en faveur de la recourante, les copies des factures de services d'entretien et de réparation des véhicules achetés ou « leasés », les copies de toutes les notes de crédit adressées à la recourante et les extraits de la comptabilité desdites agences concernant le compte courant de la recourante auprès de leur succursale. Par courrier électronique du 22 septembre 2023 et pli postal du 25 septembre 2023, X._______ a remis à l'AFC la liste des opérations réalisées avec la recourante au cours des années susmentionnées, sous forme de tableaux Excel, les copies des factures et des notes de crédit, ainsi que des extraits de sa comptabilité. Le fichier Excel regroupe les transactions comptabilisées par X._______ sur les périodes fiscales 2014 à 2017, avec indication du numéro de la pièce, de la date, du montant brut et de la nature de la transaction (facture, note de crédit, encaissement en lien avec la première mensualité de leasing). Pour chaque opération, une pièce comptable, à savoir une note de crédit ou une facture, est en outre disponible.
Par courrier électronique du 2 octobre 2023, l'AFC a en outre requis de X._______ des explications complémentaires concernant les documents remis par celle-ci, que cette société a apportées par courrier électronique du même jour. Enfin, le 11 janvier 2024, X._______ a informé l'AFC par courrier électronique qu'elle avait retrouvé six opérations concernant des achats de véhicules à la recourante qui n'avaient pas été comptabilisées dans le compte courant de cette dernière, en joignant à son message les justificatifs permettant de constater les paiements effectués et d'identifier les opérations concernées. En tant qu'il s'agit ici de six ventes opérées par la recourante, ces opérations ont trait à la TVA due par cette dernière, et non à l'impôt préalable non déclaré qu'elle revendique pouvoir déduire. Elles ne sont donc pas pertinentes dans le cadre de la présente analyse. L'on précisera au surplus que ces six ventes ont été dûment comptabilisées et déclarées par la recourante elle-même, de sorte que les montants de TVA concernés n'entrent pas dans le calcul de la correction d'impôt qui constitue l'objet de la décision entreprise, comme l'autorité inférieure l'observe à raison (cf. décision entreprise consid. 9.7).
Sur la base des informations obtenues de X._______, qui étaient plus complètes que celles résultant de la comptabilité de la recourante et celles - parfois contradictoires - que cette dernière a communiquées en cours de procédure, l'AFC a ensuite reconstitué ce qui avait été déclaré, à la fois concernant la TVA due et l'impôt préalable déductible, en lien avec X._______. A cet effet, elle a en substance repris le compte courant A._______ tenu par X._______, transmis sous la forme d'un fichier Excel, et a réparti les données par période fiscale, les montants d'impôt préalable ayant été déterminés sur la base des montants de transaction au brut ; l'AFC a ensuite effectué une comparaison entre le fichier obtenu de X._______ et la comptabilité de la recourante, afin de neutraliser les transactions figurant déjà dans les livres de cette dernière, puis a corrigé l'écart entre les deux, en partant du principe que le fichier transmis par X._______ était la source d'informations la plus fiable (cf. décision entreprise consid. 9.4. et les 4 tableaux Excel y annexés, qui en font partie intégrante [pièce no 48 du dossier de l'AFC]). L'absence de libellés clairs dans les livres comptables de la recourante, ainsi que le fait que des montants de transactions étaient groupés, ont toutefois eu pour conséquence que des transactions déjà comptabilisées ont été omises dans le tableau Excel de l'AFC. Cela étant, lorsque la recourante a produit les informations pertinentes au cours de la présente procédure, au stade de la réplique, l'AFC a pu corriger les erreurs qui sont apparues et affiner le calcul de la créance fiscale (cf. duplique consid. 6a p. 17 ; pièces nos 33 et 35 annexées à la duplique ; cf. ég. consid. 6.4 ci-après).
6.2.3 Il convient d'abord de relever ici que la recourante ne saurait exciper du fait que ses fiduciaires ont procédé, à tort, à une compensation entre ses charges et ses produits. Le mandant doit en effet se voir opposer les actes de son mandataire (cf. entre autres arrêts du TF 2C_696/2019 du 11 septembre 2019 consid. 2.1 et 2C_933/2011 du 7 juin 2012 consid. 3.1).
Il convient ensuite d'observer que la manière de procéder de l'autorité inférieure n'apparait pas critiquable. En effet, les données comptables de la recourante n'étant pas fiables, on ne saurait reprocher à l'AFC de s'être basées sur les informations et documents comptables - amplement plus exhaustifs - qu'elle a obtenus de X._______. En outre, la méthode utilisée, consistant à recouper les documents comptables de cette dernière société avec la comptabilité et les décomptes de la recourante pour déterminer la TVA due et l'impôt préalable déductible pour chaque période contrôlée, ne prête pas le flanc à la critique. Le calcul global de l'AFC étant de la sorte fondé tant sur les transactions comptabilisées par la recourante et/ou par X._______ que sur les opérations non comptabilisées mais attestées par pièces, il permet en particulier de tenir compte - dans la mesure des informations disponibles - de l'impôt préalable qui n'avait été ni déclaré, ni comptabilisé par la recourante, et d'aboutir ainsi à un résultat s'approchant autant que possible de la réalité.
Concernant ensuite les factures - non déjà examinées (cf. consid. 3.5.4.2 ci-avant) - nos 1 à 6, 9, 10 et 16, il sied de constater qu'il n'y pas trace des montants correspondants dans la comptabilité de la recourante. Certes, comme l'AFC l'a constaté sur la base de son analyse soigneuse du dossier, certaines écritures pourraient correspondre à des paiements partiels pour l'achat des véhicules en question, ce qui laisserait à penser que l'impôt préalable y afférent a bien été comptabilisé et, partant, déclaré. En outre, certaines pièces produites au stade de la réplique ont certes permis à l'AFC de constater que, contrairement à ce qui figurait dans ses tableaux, le paiement de certains véhicules était intervenu par compensation ; cela ne change toutefois rien sur le plan du droit à la déduction de l'impôt préalable. En effet, les factures en cause ont bien été enregistrées dans le compte courant A._______ provenant de la comptabilité de X._______, sur lequel l'autorité inférieure s'est notamment fondée pour arrêter la créance fiscale. Il s'ensuit qu'il en a été dûment tenu compte, ainsi que de l'impôt préalable y afférent, dans le cadre du calcul global de l'AFC, comme cela résulte clairement de l'analyse détaillée de cette autorité et des explications qu'elle a fournies à ce propos (cf. décision entreprise consid. 9.4 ss p. 22 ss, réponse consid. 3 p. 5 ss, 12 s. et 16, duplique consid. 5a p. 10 ss et 5c-d p. 12 ss, et les pièces du dossier auxquelles il est renvoyé).
On observera du reste ici que la recourante se contente de revendiquer un droit à la déduction de montants d'impôt préalable supplémentaires en lien avec les factures en cause, sans jamais démontrer en quoi l'analyse et le calcul effectués par l'AFC seraient à cet égard erronés. Aucune déduction complémentaire sur les factures litigieuses ne saurait en conséquence lui être accordée (cf. consid. 2.2.3 et 5.1 ci-avant). Le recours est sur ce point mal fondé et doit donc être rejeté.
6.2.4 Au stade de la réplique, la recourante revendique la déduction de l'impôt préalable en lien avec l'acquisition d'un nouveau véhicule à X._______ (cf. consid. 3.3.2 [in fine] ci-avant). Elle produit à cet égard la photo d'une facture du 7 décembre 2015 de W._______ portant sur un montant total de 28'998.20 francs (pièce recourante no 10 [facture no 30]).
Cette facture concerne un véhicule de la marque Bentley, comme cela peut être inféré du nom du modèle qui y figure. En revanche, le nom de son destinataire est masqué par le récépissé de W._______ qui y est agrafé. Comme l'autorité inférieure le souligne à juste titre, les seules écritures comptables que la recourante a saisies en lien avec un véhicule de cette marque concernent un véhicule pris en leasing, et non acheté. En outre, il n'y a aucune trace de la facture en cause ou d'un paiement correspondant dans la comptabilité et les extraits de compte de la recourante. Enfin, il apparait qu'en date du 7 juin 2015, la recourante présentait un solde caisse de 9'457.99 francs, largement inférieur au montant de la facture. Dans la mesure où, selon le registre des automobiles et de la navigation du canton de Vaud, ce véhicule a au surplus cessé d'être immatriculé au nom de la recourante dès le 17 décembre 2015, on peut s'interroger, à la suite de l'autorité inférieure, sur l'identité de son (véritable) acquéreur (cf. duplique consid. 3 p. 9 s.). L'on observera que dans ses écritures ultérieures, la recourante n'est pas revenue sur les éléments mis en avant par l'AFC, ni n'a jugé utile de produire une nouvelle photo de la facture en question, permettant d'identifier le destinataire de celle-ci.
Dans ces conditions, il s'agit de constater que la recourante n'a pas apporté une preuve suffisante du paiement du montant dont elle réclame la déduction à titre d'impôt préalable ; aucun droit (supplémentaire) ne saurait dès lors lui être accordé à ce titre (cf. consid. 2.2.2, 5.1.1 et 5.1.2 ci-avant). Il s'agit en effet d'éviter que la violation par la recourante de ses obligations comptables ne se solde par une perte d'impôt (cf. consid. 5.2.2 ci-avant). Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
6.3
6.3.1 Concernant ensuite la déduction de l'impôt préalable revendiqué en lien avec les factures encore litigieuses émises par Y._______, à savoir les factures nos 25, 28 et 29 (cf. consid. 3.5.3 ci-avant), la recourante fait valoir qu'il serait établi par pièce, pour ces deux premières factures, que « le solde de l'achat du véhicule n'avait pas encore été payé directement au 14 décembre 2017, mais qu'il faisait l'objet de l'octroi d'un crédit de Z._______ remboursé par tranches mensuelles de Fr. 10'000.- sur la base de plans de paiement ». Elle précise au surplus que « ce prêt est intervenu lorsque les leasings ont été terminés et que les véhicules ont été définitivement achetés par la recourante ». Pour la troisième facture, la recourante soutient « que la facture était encore ouverte à concurrence de Fr. 79'230.- en date du 14 décembre 2017 auprès de Z._______ », ce qui démontrerait « que la déduction de l'impôt préalable n'avait pas été encore été requise à ce moment-là » (cf. réplique ch. II no 2 p. 3 s. et no 3 p. 5 s.).
Par courrier du 5 novembre 2024, la recourante a en outre produit une pièce complémentaire, désignée comme « l'accord concernant le prêt auprès de Z._______ (...), avec un intérêt annuel de 5 % sur la somme de prêt ». A l'appui de sa quintuplique, la recourante a encore versé au dossier un courriel du 13 février 2024 de M._______, Directeur de Y._______, ainsi que diverses factures. Selon la recourante, ces documents confirmeraient, d'une part, qu'elle avait bien acquis les voitures en question en 2017, ouvrant droit à la déduction de l'impôt préalable, respectivement que la société Y._______ les lui avait bien vendues et que l'accord conclu était un prêt portant intérêts de 5 %.
6.3.2
6.3.2.1 A ce propos, il sied d'abord de rappeler que si les factures en cause constituent un indice important de l'existence d'une opération TVA, elles ne sont en soi pas déterminantes, la recourante devant en outre établir qu'elle a effectivement réglé l'impôt préalable y relatif (cf. consid. 5.1.2 ci-avant). A cet égard, l'analyse détaillée des comptes de la recourante par l'autorité inférieure a permis de constater la comptabilisation des mensualités de leasing pour les véhicules correspondants, ce au demeurant également postérieurement à la date d'émission desdites factures, et un paiement de 66'363.- francs en lien avec la facture no 29, ainsi que la mise en compte de l'impôt préalable afférent à ces versements ; en revanche, elle n'a pas permis d'établir le paiement (du solde) de ces factures durant les périodes fiscales litigieuses (cf. à ce propos réponse consid. 3 p. 22 s. et p. 25 s., duplique consid. 2c p. 5 ss, ainsi que les pièces auxquelles il est renvoyé).
En outre, la recourante a produit avec sa réplique un relevé des postes ouverts auprès de W._______ au 14 décembre 2017 (pièce recourante no 7). Pour certains véhicules qui y sont listés - qui ont été payés selon la comptabilité de la recourante et pour lesquels l'AFC a démontré la mise en compte de l'impôt préalable (cf. réponse consid. 3 p. 10 s. [ad facture no 7], p. 16 ss [ad facture nos 17 à 19], p. 24 [ad facture no 27] et les pièces auxquelles il est renvoyé), entrainant le retrait du recours en ce qu'il portait sur les factures correspondantes (cf. consid. 3.5.3 ci-avant) - ce relevé contient la mention « voiture vendue » ; en revanche, tel n'est pas le cas des véhicules relatifs aux factures nos 25, 28 et 29 (cf. ledit relevé annoté par l'autorité inférieure et produit en annexe 31 de la duplique), ce dont il est possible d'inférer qu'ils n'avaient pas été acquis par la recourante à la fin de l'année 2017.
6.3.2.2 De plus et contrairement à ce que soutient la recourante, les pièces produites en cours de procédure devant le Tribunal ne permettent pas de démontrer l'existence d'un prêt global de W._______ ayant servi à financer l'acquisition des véhicules en cause. D'une part, la recourante n'a pas été en mesure de fournir le moindre contrat de prêt ; or, vu l'importance des montants en jeu, il apparaît peu vraisemblable qu'aucun accord écrit n'ait été conclu entre les parties à ce sujet. D'autre part, comme l'autorité inférieure le relève (cf. duplique consid. 3b p. 5), le fait que les véhicules étaient prétendument achetés au terme du contrat de leasing, comme la recourante l'affirme, apparaît en contradiction avec la thèse d'un prêt global, dès lors que les leasings n'ont pas tous pris fin en même temps.
Concernant par ailleurs le relevé des postes ouverts auprès de W._______ au 14 décembre 2017, produit par la recourante à l'appui de sa réplique (pièce recourante no 7), les informations qui y figurent ne sont pas sans poser certaines questions, à juste titre soulevées par l'autorité inférieure. Il en va d'abord ainsi du fait que ce relevé présente des différences avec celui des postes ouverts auprès de W._______ au 16 mai 2017 (pièce no 46.6 du dossier de l'AFC), concernant les frais mensuels facturés pour certains véhicules, ce qui n'accrédite pas l'hypothèse d'un prêt (cf. à ce propos duplique consid. 2b p. 4).
S'agissant de la facture no 29 du 11 mai 2017, il apparaît sur la base du dossier de la cause que celle-ci a été partiellement acquittée à hauteur de 75'334.20 francs - par un paiement unique de 66'363.- francs effectué le 15 mai 2017 depuis le compte BCV de la recourante et par le versement de neuf mensualités de leasing de 996.80 francs (TVA incluse) effectués du 11 janvier au 26 juin 2017 - et que l'impôt préalable y afférent a été décompté par la recourante, comme l'AFC l'a dûment établi (cf. réponse consid. 3 p. 25 s. [ad facture no 29] et les pièces auxquelles il est renvoyé). L'on peut au surplus observer, comme l'AFC l'a constaté à juste titre sur la base du dossier (cf. duplique consid. 2c p. 7 s. ad facture 29; pièce no 29. 2 du bordereau annexé à la réponse), que ce même véhicule a été facturé le 17 mai 2016 par X._______ à Y._______ pour le montant de 86'828 francs ; dans la comptabilité de la recourante, il existe en outre pour ce véhicule un compte « 2524 Dette Leasing S350 Mobility », dont le solde initial est égal au montant de cette facture (86'828 francs). Compte tenu des paiements effectués par la recourante (cf. immédiatement ci-dessus), le solde de cette facture ne devrait pas excéder 11'493.80 francs (86'828 - 66'363 - 8'971.20) ; aussi, l'on peut s'interroger, à la suite de l'AFC, sur le montant de 79'230.50 francs dont fait état le relevé des postes ouverts au 14 décembre 2017 pour ce véhicule (cf. à ce propos duplique consid. 2c p. 8 [ad facture no 29]). En outre, la recourante n'est pas revenue, dans ses écritures ultérieures, sur ces différents éléments mis en avant par l'autorité inférieure.
Quoi qu'il en soit, et comme l'autorité inférieure le considère à juste titre (cf. à ce propos duplique consid. 2b à 2d p. 4 ss), le relevé des postes ouverts au 14 décembre 2017, qui peut attester de l'existence de n'importe quel plan de paiement, ne permet nullement d'établir l'existence d'un prêt, pas plus que l'achat des véhicules en cause au terme du contrat de leasing. Cela ne ressort pas plus des pièces nos 8 et 9 transmises avec la réplique. On remarquera au surplus, concernant la pièce no 8, que l'on ignore l'auteur et la date d'établissement de cette annexe, la recourante n'ayant pas jugé utile de le préciser malgré l'observation formulée à ce sujet par l'AFC, et qu'elle présente en outre des différences inexpliquées avec le relevé des postes ouverts au 14 décembre 2017 (pièce recourante no 7 ; à ce propos, cf. duplique consid. 2b p. 4 s.).
Concernant enfin la pièce no 9, il s'agit, selon son intitulé, d'un relevé des « intérêts moratoires de l'arrangement de paiement ». Outre le fait que les intérêts en question soient qualifiés de « moratoires » tend à indiquer qu'ils ne se rapportent pas à un prêt, mais bien plutôt à des paiements tardifs (cf. art. 104 CO), cette annexe concerne la période du 1er novembre 2020 au 31 décembre 2021 et n'est donc de toute façon pas relevante pour celles sous contrôles (2014-2017), comme l'autorité inférieure l'observe avec raison (cf. duplique consid. 2b p. 5).
6.3.2.3 Concernant ensuite les documents transmis le 5 novembre 2024, le premier, désigné par la recourante comme « l'accord concernant le prêt auprès de W._______ (...) avec un intérêt annuel de 5 % sur la somme de prêt » et intitulé « Arrangement de payement », il prévoit notamment ce qui suit : « 1. Le client reconnaît, au sens de l'article 82 LP, devoir la somme de CHF 423'838.15 en date du 14 décembre 2017 » ; « 3. Les parties conviennent qu'en cas de retard dans le paiement des traites, le solde de la dette (créance totale) est immédiatement exigible et que W._______ peut faire valoir ses droits par la voie juridique » ; « 4. Le client s'oblige de payer les futures factures de manière ponctuelle et selon échéances » ; « 5. Dès réception du dernier versement, les intérêts moratoires de 5% selon les conditions générales seront facturés ». Ce document, signé en date du 14 décembre 2017 par la recourante et Y._______, prévoit en outre, sous son ch. 2, que la recourante s'engage à rembourser sa dette par paiements mensuels de 20'000.- francs s'échelonnant du 31 décembre 2017 au 31 août 2019.
Contrairement à ce que soutient la recourante, ce document ne constitue clairement pas un contrat de prêt, mais bien plutôt une reconnaissance de dette couplée à un plan de paiement s'agissant de factures qui n'ont pas été payées par la recourante dans les termes convenus. L'intitulé de ce document, sa date d'établissement, la référence à l'art. 82 LP et l'emploi de la locution intérêts « moratoires », notamment, ne laissent planer aucun doute à ce sujet. A l'exception d'un versement prévu le 31 décembre 2017, dont la recourante n'a pas apporté la preuve qu'il avait été effectué dans le délai fixé, l'ensemble des échéances prévues sont par ailleurs postérieures aux périodes litigieuses. Ce document plaide donc manifestement contre l'hypothèse de l'existence d'un contrat de prêt et du paiement des factures en cause avant la fin de l'année 2017.
Le second document produit avec le courrier du 5 novembre 2024 est une facture de Y._______ du 28 décembre 2018, payable sous « 30 jours nets », avec « Intérêts moratoires [mise en évidence par le Tribunal] de 5% selon arrangement de paiement/ reconnaissance de dette du 23.11.2018 ». Il ne semble ainsi pas concerner les périodes fiscales 2014 à 2017, ni ne se réfère au plan de paiement du 14 décembre 2017. La recourante n'apporte au surplus pas la preuve que le montant facturé a bien été acquitté et que l'impôt préalable y afférent n'a pas déjà été déduit au cours des périodes fiscale ultérieures à celles sous contrôle.
Quant au troisième document annexé au courrier du 5 novembre 2024, il ne s'agit pas non plus d'un contrat de prêt, mais d'un nouveau plan de paiement couplé à une reconnaissance de dette, établi le 22 octobre 2018, soit postérieurement aux périodes fiscales litigieuses, qui vient « modifier et remplacer l'arrangement du 14 décembre 2017 ». Il en ressort que les factures nos 25 (véhicule 211999), 28 (véhicule 212000) et 29 (véhicule 212001) n'avaient pas encore été acquittées à la date de signature de ce nouvel arrangement de paiement. La recourante ne saurait donc prétendre à la mise en compte de l'impôt préalable y relatif en 2017 (cf. consid. 5.1.1 et 5.1.2 ci-avant).
6.3.2.4 Dans sa réplique, la recourante observe au surplus qu'il « est au demeurant piquant de constater que les trois véhicules dont l'autorité intimée refuse la déduction de l'impôt préalable à l'achat ont été soumis, lors de leur revente à X._______, à la TVA sans que cela ne pose aucun problème à l'AFC » (cf. réplique, ch. II no 3 p. 7).
A ce sujet, il s'agit tout d'abord de constater, concernant les factures nos 28 et 29, qu'il n'existe aucune preuve de vente à X._______ des véhicules en question par la recourante, à tout le moins au cours des périodes fiscales 2014 à 2017, comme l'autorité inférieure le relève justement (cf. duplique consid. 3c p. 7 [ad facture no 28] et p. 8 [ad facture no 29] et les pièces auxquelles il est renvoyé) - et, dès lors, qu'aucune TVA n'a été prélevée à cet égard. S'agissant ensuite de la facture no 25, qui est datée du 28 avril 2017, il sied d'observer que le véhicule y relatif n'est plus immatriculé au nom de la recourante depuis le 1er avril 2017 et que la vente de ce véhicule à X._______ s'est matérialisée par un paiement de 92'000.- francs à la recourante (note de crédit du 4 avril 2017). En outre, des mensualités de leasing ont continué à être versées par la recourante jusqu'au mois d'octobre 2017, soit plus de six mois après la vente du véhicule à X._______ (cf. à ce propos duplique consid. 3c p. 6 [ad facture no 25] et les pièces auxquelles il est renvoyé). Il apparaît ainsi que la vente du véhicule à cette dernière société a précédé son (éventuel) achat à Y._______. Aussi, et dans la mesure où, comme on l'a vu (cf. consid. 6.3.2.3 [in fine] ci-avant), cette facture n'avait pas été réglée au 22 octobre 2018, il n'est pas anormal que la TVA relative à la vente de ce véhicule, opérée en 2017, soit due, alors que l'impôt préalable ayant grevé son (hypothétique) futur achat n'est pas encore déductible, à défaut d'avoir été effectivement payé (cf. consid. 5.1.1 et 5.1.2 ci-avant).
6.3.2.5 La recourante joint encore à l'appui de sa quintuplique un courrier électronique du directeur des ventes et marché de Y._______, lui transmettant « les contrats d'achat du véhicule que vous avez acheté à partir de 2017 », ainsi que 6 factures datées de 2016 et 2017.
A ce propos, il convient de relever, à la suite de l'autorité inférieure, que les factures en question - à savoir les factures no 4833237 du 27 avril 2017 (produites en 3 exemplaires), no 4833263 du 28 avril 2017, no 4833276 du 28 avril 2017 et no 4800993 du 4 novembre 2016 - correspondent aux factures nos 23, 26, 27 et 7 du bordereau annexé à la réponse de l'AFC, qui ne sont plus litigieuses (cf. consid. 3.5.3 ci-avant). A cet égard, l'objet du litige a ainsi été réduit ; or, celui-ci ne peut en principe plus être étendu en cours de procédure (cf. consid. 3.1.2.1 ci-avant). L'on peut dès lors s'interroger sur la validité du revirement opéré par la recourante en lien avec les factures susmentionnées. Cette question peut cependant souffrir de demeurer ici ouverte. En effet, comme cela ressort du dossier et de l'analyse soigneuse de l'AFC (cf. réponse consid. 3 p. 10 s [ad facture no 7], p. 21 [ad facture no 23] et p. 23 s [ad facture nos 26 et 27] et les pièces auxquelles il est renvoyé), le paiement des mensualités de leasing et du solde des factures en question a été comptabilisé par la recourante et l'impôt préalable y afférent a été dûment décompté. Partant, celle-ci ne saurait prétendre une seconde fois à la déduction des montants TVA en cause.
6.3.3 En définitive, il résulte de ce qui précède que la recourante n'a pas démontré le paiement effectif de l'impôt dont elle réclame la déduction en lien avec les factures nos 25, 28 et 29 (cf. consid. 6.3.1 ci-avant) et n'a pas rendu vraisemblable l'existence d'un contrat de prêt qui aurait servi à financer les véhicules correspondants sur les périodes fiscales en cause. Par surabondance, l'on observera que, quand bien même il y aurait lieu de retenir l'existence d'un ou de plusieurs contrats de prêt, l'on ne pourrait pour autant exclure que la recourante ait bénéficié de la déduction de l'impôt préalable sur les éventuels versements opérés en remboursement de ses emprunts au cours des périodes ultérieures à celles contrôlées. L'arrêt A-3318/2019 du 9 septembre 2020 que la recourante invoque à l'appui de sa réplique (cf. ch. II no 2 p. 4) ne lui est ainsi d'aucun secours, dès lors que, contrairement à ce qui vaut dans le cas présent, l'assujetti avait dans cette affaire apporté une preuve suffisante du paiement de l'impôt au cours des périodes sous contrôle (cf. ég. consid. 2.2.2, 5.1.1 et 5.1.2 ci-avant). Enfin, pour autant qu'il faille considérer que les factures nos 7, 23, 26 et 27 sont encore litigieuses, il ressort du dossier qu'à cet égard, la recourante a déjà bénéficié de la déduction de l'impôt préalable (cf. consid. 6.3.2.5 ci-avant).
En conclusion, les prétentions de la recourante concernant la déduction de l'impôt en lien avec les factures encore litigieuses de Y._______ apparaissent mal fondées et aucun droit supplémentaire ne saurait donc lui être accordé à cet égard. Il s'agit en effet d'éviter qu'en raison de la violation de ses obligations comptables, la recourante puisse bénéficier de la déduction de montants dont le paiement n'est pas démontré, voire qu'elle puisse bénéficier deux fois de la déduction des mêmes montants d'impôt, (cf. consid. 5.2.2 ci-avant). Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
6.4
6.4.1 Enfin, dans sa réplique, la recourante se plaint d'une double imposition en lien avec des paiements de X._______, dont il aurait résulté une diminution de l'impôt préalable déductible du fait de la compensation opérée par l'AFC, et produit des pièces complémentaires à cet égard. Elle considère en substance « avoir été économiquement imposée à double à tout le moins partiellement, une fois lors de l'émission [des] notes de crédit dans la notification d'estimation, soumission à la TVA non contestée, et une seconde fois par la non-prise en compte de la déduction de l'impôt préalable lors de I'«utilisation» de ces crédits » ; elle fait en outre valoir « [qu']en vérifiant la bonne utilisation des notes de crédit, [elle] a constaté également que l'autorité intimée, à plusieurs reprises, a taxé ces notes de crédit à double ». La recourante revendique des corrections de l'impôt en sa faveur, à concurrence de 6'544,83 francs (37'250.08 - 30'705.25) et de 21'466.30 francs en lien avec deux notes de crédit d'un montant respectif de 112'174.53 francs et de 290'159.50 francs, ainsi qu'à concurrence de 4'287.80 francs et de 5'657.56 francs en lien avec deux payements de X._______ de 57'885.- francs et 76'377.- francs (cf. réplique ch. II no 7 p. 8 ss et les pièces auxquelles il est renvoyé ; cf. ég. triplique ch. II no 2 et quintuplique point 3).
Dans sa duplique, l'autorité inférieure s'est prononcée sur ce point et les nouveaux éléments de preuve communiqués par la recourante, concluant à une admission partielle du recours à hauteur de 4'670.91 francs pour les années 2016 et 2017, « dans la mesure où le [Tribunal] devrait entrer en matière sur les conclusions et moyens de preuve apportés au stade de la réplique uniquement » (cf. à ce propos consid. 3.5.5.2 ci-avant) ; compte tenu de la production tardive des nouveaux moyens de preuve par la recourante, elle s'oppose cependant à ce que des « frais de procédure » soient mis à sa charge (cf. duplique, ch. II no 6 p. 16 ss et no 7 p. 19).
6.4.2 En tenant compte des nouveaux éléments mentionnés ci-dessus, l'AFC a repris le compte courant A._______ tenu par X._______ et transmis sous forme de tableau Excel, qu'elle a divisé par année fiscale, puis a recherché si les transactions indiquées avaient été comptabilisées dans les livres de l'assujettie.
6.4.2.1 Concernant d'abord la période fiscale 2016, sur la base du détail du montant de 112'174.53 francs que la recourante a produit au stade de la réplique (pièce recourante no 14) - ce malgré la demande d'informations à ce sujet de l'AFC du 18 novembre 2020 déjà (cf. pièce no 14 du dossier de l'AFC) -, l'autorité inférieure a pu affiner son analyse des pièces du dossier et comprendre les compensations opérées par la recourante en lien avec le montant susmentionné, qui comprenait non seulement des notes de crédit, mais également des postes en lien avec d'autres transactions. Il est ainsi apparu que certaines transactions avaient déjà été comptabilisées et décomptées parmi la totalité des postes composants ce versement. L'AFC a dès lors pu procéder à un nouveau calcul de la créance fiscale pour la période 2016.
A cet effet, elle a défini le type de transactions (vente, achat, major deal, note de crédit, entretien), puis a vérifié si celles-ci avaient été ou non comptabilisées dans les livres de la recourante, a intégré les factures non comptabilisées et identifié séparément les transactions comptabilisées, les transactions non comptabilisées, les factures et les notes de crédit. Elle a ensuite calculé la TVA due et l'impôt préalable déductible par compensation entre les montants totaux annuels ressortant des fichiers Excel (notes de crédit soustraites des factures), afin d'obtenir le montant total de créance fiscale en faveur de l'AFC ou de la recourante qui aurait dû être décompté. Cette manière de procéder n'apparaît pas critiquable (cf. ég. consid. 6.2.2 et 6.2.3 ci-avant). Le montant de la créance fiscale a enfin été comparé à celui comptabilisé. Il en résulte, pour la période fiscale 2016, un droit à déduction de l'impôt préalable complémentaire de 49.99 francs (pour le détail du calcul, cf. duplique consid. 6a p. 17 ; pièces nos 33.1 à 33.7 et 35.1 annexées à la duplique). Le recours doit donc être admis à hauteur de ce montant.
S'agissant en outre du montant de 290'159.50 francs composé de diverses notes de crédit, la recourante fait valoir, en substance, qu'il est « proche du montant de la pièce comptable au 30 juin 2016 » et que « l'autorité intimée a intégré des notes de crédit faisant partie de la note de crédit globale susmentionnée », avec pour conséquence que ces notes de crédit auraient été imposées à double (cf. réplique ch. II no 6 let. b p. 9). A cet égard, on relèvera que, si les montants comptabilisés par la recourante dans le compte courant X._______ au 30 juin 2016, qui s'élèvent à 289'795.15 francs (brut) au total (268'328.85 + 21'466.30), et le montant susmentionné de 290'159.50 francs ne sont certes pas très éloignés, ils ne correspondent toutefois pas. En outre et malgré la remarque formulée à cet égard par l'autorité inférieure dans sa duplique, la recourante n'a produit aucune pièce permettant d'établir le détail du montant de 289'795.15 francs et de vérifier sa correspondance avec les notes de crédit composant le montant de 290'159.50 francs. Aussi, en l'absence de preuve claire d'une double imposition des notes de crédit en cause, la recourante ne saurait prétendre à une correction de l'impôt en sa faveur. Elle ne saurait en effet tirer avantage du manque de clarté et d'exhaustivité de sa comptabilité pour obtenir la restitution de montants de TVA dont il n'est pas établi qu'ils ne sont pas dus (cf. consid. 5.2.2 ci-avant). Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
6.4.2.2 Concernant ensuite la période 2017, l'AFC a pu déterminer la nature des montants constitués de plusieurs notes de crédit et comprendre quelles opérations avaient été compensées entre elles, sur la base des nouveaux éléments produits à l'appui de la réplique seulement - ce malgré les demandes répétées de l'AFC à ce sujet (cf. pièces nos 14 et 20 du dossier de l'AFC). Elle a dès lors procédé d'une manière similaire que pour l'année 2016. L'AFC est ainsi d'abord partie du compte courant A._______ tenu par X._______, en prenant en considération les opérations ayant engendré une note de crédit déjà comptabilisée par la recourante. Elle a calculé les montants des factures et notes de crédit comptabilisées et non comptabilisées. Sur cette base, l'AFC a par la suite déterminé, pour l'année 2017, le solde de TVA due, dont elle a ensuite soustrait l'impôt préalable déductible. Cette manière de procéder ne souffre une nouvelle fois aucune critique (cf. ég. consid. 6.2.2 et 6.2.3 ci-avant). Il en résulte, selon le calcul de l'AFC, qui n'apparait pas non plus critiquable, que la recourante a droit à une déduction d'impôt préalable supplémentaire de 4'620.92 francs pour la période 2017 (pour le détail, cf. duplique consid. 6c et 6d p. 18 s. ; pièces nos 34.1 à 34.6 et 35.2 annexées à la duplique). Le recours doit donc être également admis à concurrence de ce montant.
6.4.2.3 Pour le surplus, on observera que, bien que l'AFC ait expliqué de manière claire et détaillée, s'agissant des opérations avec X._______, la façon dont elle a recoupé les données comptables à disposition et calculé la créance fiscale afin d'arrêter la correction de l'impôt (cf. décision entreprise consid. 9.4 ss ; réponse consid. 3 p. 4 ss ; duplique consid. 6 p. 16 ss), la recourante indique ne pas comprendre « dans quelle mesure [l'AFC] a tenu compte des compensations avec les notes de crédit imposées » et se limite à invoquer que lesdites notes ont été soumises à une double imposition ; elle n'explique en revanche pas en quoi la manière de procéder de l'AFC serait erronée, ni ne démontre que le résultat auquel cette dernière a abouti serait inexact. Partant, la recourante ne saurait prétendre à une correction supérieure au montant susmentionné de 4'620.92 francs (cf. consid. 2.2.3 ci-avant). Sur ce point, le recours doit donc être rejeté pour le reste.
7. En résumé, il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté en ce qu'il tend à l'annulation du ch. 1 du dispositif de la décision entreprise prononçant l'entrée en force de la créance fiscale à hauteur de 19'732.35 francs, plus intérêt moratoire (cf. consid. 3.4 ci-avant). En outre, le recours est devenu sans objet en ce qu'il concernait les factures en lien avec lesquelles la recourante a retiré son recours (cf. consid. 3.5.3 ci-avant ; cf. ég. consid. 6.3.2.5 ci-avant). Quant au retrait du recours en ce qu'il portait sur la période 2014, il a rendu la présente procédure sans objet à cet égard et entrainé l'entrée en force partielle de la décision entreprise, c'est-à-dire de la créance fiscale pour l'année 2014 telle qu'arrêtée au consid. 11 de dite décision (cf. consid. 3.5.6.1 et 3.5.6.2 ci-avant). Au surplus, le recours doit être partiellement admis, pour les périodes 2016 et 2017, à hauteur du montant (total) de 4'670.91 francs (49.99 + 4'620.92), comme le propose l'AFC, dans sa duplique du 9 octobre 2024, sur la base des éléments produits au stade de la réplique (cf. consid. 6.4.2.1-6.4.2.3 ci-avant). Pour le reste, le recours doit être rejeté (cf. consid. 6.2, 6.3 et 6.4.2.1-6.4.2.3 ci-avant).
Compte tenu de l'admission partielle du recours, il convient finalement de renvoyer la cause à l'autorité inférieure, pour nouveau calcul de la créance fiscale et des intérêts moratoires.
8. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure de 6'000.- francs doivent être supportés par la recourante ; en effet, compte tenu de la production tardive des éléments qui ont conduit à ce que le recours soit très partiellement admis, il ne se justifie pas de lui accorder une quelconque réduction des frais de procédure (cf. art. 63 al. 1 PA ; art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2] ; consid. 3.1.2.1 [in fine] ci-avant). Ces frais de procédure seront prélevés sur l'avance de frais déjà versée par la recourante, d'un montant équivalent. Pour les mêmes raisons que celles évoquées ci-dessus, il n'est pas octroyé de dépens (cf. art. 64 al. 1 PA ; art. 7 ss FITAF ; consid. 3.1.2.1 [in fine] ci-avant).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Dans la mesure où il n'est pas devenu sans objet, le recours est partiellement admis dans le sens du considérant 7. Il est rejeté pour le surplus. La décision sur réclamation du 15 janvier 2024 est partiellement annulée et la cause renvoyée à l'autorité inférieure pour nouveau calcul de la créance fiscale et des intérêts moratoires.
2. La créance fiscale pour la période allant du 1er janvier au 31 décembre 2014 est entrée en force.
3. Les frais de procédure d'un montant de 6'000.- francs sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais de 6'000.- francs versée par la recourante.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé à la recourante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Pierre-Emmanuel Ruedin
Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; acte judiciaire)