bvger · A-6148/2007 · 2009-12-07 · fr
A-6148/2007

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-6148/2007
Arrêt du 7 décembre 2009
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Michael Beusch, Thomas Stadelmann, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.
Parties
X._______ Sàrl,
représentée par TVA Conseils Stéphane Gmünder, boulevard de Pérolles 8, case postale 72, 1702 Fribourg,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (LTVA); comptabilité insuffisante; taxation par estimation (1er trimestre 2001 au 2ème trimestre 2006).
Faits :
A.
X._______ Sàrl à A._______ est une entreprise active dans la gypserie et la peinture. Elle est immatriculée au registre des contribuables de l'AFC depuis le 1er janvier 1998 en tant qu'assujettie TVA.
B.
Lors d'un contrôle sur place opéré par l'AFC en date des 2 octobre, 22 novembre, 11 et 12 décembre 2006 auprès de la fiduciaire de X._______ Sàrl (ci-après: l'assujettie ou la réclamante), il est apparu que la comptabilité présentée par cette dernière était lacunaire, ce qui a amené l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par l'assujettie au cours de la période allant du 1er trimestre 2001 au 2e trimestre 2006. Pour la période contrôlée, il en est résulté un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 78'157.-, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2004 (décompte complémentaire [DC] n° _______ du 12 décembre 2006).
C.
L'assujettie accusa réception du décompte complémentaire et ne s'acquitta pas de la dette fiscale en résultant. L'AFC rendit, par acte du 21 mars 2007, une décision formelle dans laquelle elle confirma son rappel d'impôt de Fr. 78'157.-, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2004.
D.
En date du 7 mai 2007, l'assujettie déposa une réclamation contre la décision précitée, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires effectuée par l'AFC. Elle allégua que la reprise d'impôt était faite sur la base d'un chiffre d'affaires théorique pour les années 2004 et 2005 et que la marge de certains chantiers effectués en 2005 était mauvaise. La réclamante joignit à ses dires une analyse chiffrée par chantier réalisé en 2005, sur la base des chiffres ressortant de sa comptabilité, qui faisait ressortir une marge brute de 66,5%.
E.
L'AFC rendit une décision sur réclamation le 16 août 2007, par laquelle elle rejeta la réclamation, en confirmant la somme de Fr. 78'157.- pour les périodes allant du 1er trimestre 2001 au 2e trimestre 2006, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2004.
F.
Par envoi recommandé du 14 septembre 2007, l'assujettie (ci-après: la recourante), par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté un recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation de l'AFC du 16 août 2007. Elle conclut à l'annulation partielle du décompte complémentaire du 12 décembre 2006, pour le montant de Fr. 59'938.15.
G.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a répondu par courrier du 31 octobre 2007. Elle estime que la recourante étant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'AFC ne correspond manifestement pas à la réalité, il lui revient dès lors d'en supporter les désavantages. L'autorité inférieure conclut au rejet du recours, avec suite de frais.
H.
La recourante s'est spontanément déterminée sur la réponse de l'AFC par réplique du 12 décembre 2007. Elle considère que l'AFC n'a pas démontré d'une part que des recettes n'avaient pas été déclarées durant la période de 2003 à 2005 et, d'autre part, que du personnel avait été employé sur les chantiers sans être déclaré auprès des autorités compétentes.
I.
L'AFC a répondu par duplique du 18 janvier 2008 en réitérant ses conclusions tendant au rejet du recours avec suite de frais et en renonçant à déposer une duplique proprement dite. Elle relève que les contrôles effectués par la Commission professionnelle paritaire de la branche plâtrerie et peinture à T._______ sont sporadiques et que le résultat de ses contrôles ne saurait dès lors constituer la preuve irréfragable de l'absence de "personnel au noir". Elle souligne également que les salaires n'étant ici pas pris en considération lors de l'estimation, elle ne s'est dès lors pas prononcée sur la marge de 35% retenue par l'assujettie, son silence ne devant pas être interprété comme un assentiment.
J.
Par ordonnance du 26 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral a accordé à l'autorité inférieure un délai pour se déterminer quant à l'application du TDFN en matière d'assujettissement. L'autorité inférieure a répondu en date du 15 juin 2009.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Le Tribunal administratif fédéral considère :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'administration fédérale des contributions peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral, conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2 En l'occurrence, la décision de l'autorité inférieure a été rendue le 16 août 2007 et a été notifiée le lendemain à la recourante. Le recours a été adressé au Tribunal administratif fédéral le 14 septembre 2007. Il est ainsi intervenu dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA. En outre, le recours satisfait aux exigences posées à l'art. 52 PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.
2.
En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46 de la loi sur la TVA du 2 septembre 1999 [LTVA, RS 641.20]; cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 ?Commentaire DFF?, p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).
3.
3.1 Selon l'art. 58 al. 1 LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de la LTVA (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 dans la Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2ème partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). Elles reprennent les mêmes principes que ceux établis lors de l'adoption de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) et contenus dans les « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870 ss), respectivement de la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 OTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 66 p. 67 consid. 2a ; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, repris au ch. 892 des Instructions 2001).
3.2 Conformément à l'art. 58 al. 2 LTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant dix ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 58 al. 2 in fine LTVA ; cf. également les ch. 943 ss. des Instructions 2001; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 LTVA).
4.
4.1 Aux termes de l'art. 60 LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3). La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. La taxation par estimation peut être soit interne, soit externe. La taxation interne, sans et sous réserve d'un contrôle sur place, survient à la suite d'une non-remise de décomptes, tandis que la taxation externe est exécutée à la suite d'un contrôle sur place (sur cette distinction, cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives vol. 69, p. 520 ss ; concernant la LTVA, cf. JAAC 68.23 consid. 2b).
4.2 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. les arrêts récents du Tribunal administratif fédéral A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 4.1 et A-6552/2007 du 19 mai 2009 consid. 5.2.4; JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, ad art. 60 LTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées).
4.3 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Rappelons que le Tribunal administratif fédéral examine librement si les conditions de l'estimation sont remplies, alors qu'il s'impose une certaine retenue s'agissant du bien-fondé de l'estimation elle-même (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 6.1 et 6.2 ainsi que A-3678/2007 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 5). Cela dit, le recourant a la possibilité de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4 et A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.
5.
En l'espèce, la recourante attaque l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC, considérant que ses données comptables doivent être reconnues et que les recettes soumises à la TVA ont bien été déclarées dans leur intégralité dans les décomptes TVA remis à l'AFC. Elle estime que sa politique des prix est inférieure à celles de ses concurrents et que les salaires productifs de son activité doivent être pris en considération, à côté des achats de matière. En l'état, il y a d'abord lieu d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 5.1). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC (consid. 5.2).
5.1 Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité de la recourante dans les limites de son pouvoir d'appréciation, puisque la comptabilité de celle-ci n'avait pas été tenue régulièrement dès le début de son activité. Le Tribunal administratif fédéral constate en effet que la comptabilité de la recourante est incomplète. Précisément, bien que les bilans, les comptes de pertes et profits, ainsi que les comptes de caisse des exercices 2003, 2004 et 2005 aient été produits par la recourante, de même que deux tableaux comparatifs des soumissions de l'entreprise S._______ SA et ses certificats de salaire de 2003 à 2005, la majeure partie des pièces justificatives manquent, à savoir les livres de caisse, les relevés des espèces en caisse, l'inventaire des marchandises en stock, les créances ouvertes, les factures fournisseurs, ainsi que les relevés des travaux en cours (voir le consid. 3.1 ci-dessus). Dans le cadre de son recours, l'occasion a pourtant été donnée à la recourante d'apporter les preuves et pièces comptables nécessaires, afin d'établir au plus près de la réalité l'estimation de ses chiffres d'affaires. Toutefois, elle ne l'a pas saisie, les documents comptables n'étant produit qu'en partie. Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 2) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir la créance fiscale le concernant et qu'il est ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations. Seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49 s.).
En raison des importantes lacunes constatées dans la comptabilité de la recourante, précisément en l'absence des documents comptables ou pièces permettant de justifier les chiffres d'affaires et mouvements de comptes déclarés par la recourante, l'AFC a ainsi été contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par celle-ci au cours de la période contrôlée, afin de pouvoir calculer l'impôt total dû pour la période litigieuse. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation, lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut ou lorsque les résultats qui ont été annoncés par le déclarant ne correspondent manifestement pas aux faits (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 [dont les nombreuses références citées] et 3.3). Par conséquent, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient dès lors réalisées sur le principe.
5.2
5.2.1 Dans le cadre de la détermination des chiffres d'affaires de l'activité de la recourante pour les périodes fiscales concernées par la décision sur réclamation, la recourante conteste la méthode des chiffres expérimentaux telle qu'appliquée par l'administration, en refutant la marge brute retenue par l'autorité fiscale (consid. 5.2.1.1). La recourante déplore également que l'AFC ne se réfère qu'aux achats de matières et non aux salaires productifs (consid. 5.2.1.2) et invoque sa situation en matière d'impôts directs (consid. 5.2.1.3).
5.2.1.1 Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC peut en effet se baser sur des coefficients expérimentaux ou chiffres d'expérience, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité. Le fait que l'AFC se base sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les intéressés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est toutefois nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. La jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (voir l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; voir également MOLLARD, op. cit., p. 544 et les nombreuses références de jurisprudence citées).
En l'occurrence, l'AFC a retenu que les achats représentaient le 25% du chiffre d'affaires estimé, pour une marge brute de 75%. Pour sa part, la recourante estime que sa politique des prix est inférieure à celle de ses concurrents. Elle explique en effet qu'elle a réalisé, durant l'année 2005, d'une part des travaux de plâtrerie et de peinture pour deux bâtiments à M._______ en pratiquant un prix inférieur de 8.10% à celui du deuxième soumissionnaire et de 24.79% à celui du troisième soumissionnaire et, d'autre part, des travaux d'isolation périphérique pour un prix pratiqué inférieur de 6.10% à celui du deuxième soumissionaire et de 34.05% inférieure à celui du troisième soumissionnaire. Ces chiffres font ressortir une marge brute de 66.5%. Néanmoins, ces affirmations ne sont pas vérifiables, la recourante ne faisant qu'argumenter qu'elle pratique une politique de prix agressive, ayant pour corollaire une faible marge de bénéfice. Une seule ou simple allégation n'est en effet pas suffisante pour expliquer de manière générale les différences constatées avec les chiffres d'expérience de l'AFC (arrêt du Tribunal fédéral 2C_582/2007 du 1er septembre 2008 consid. 3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1546/2006 du 30 avril 2008 consid. 4.2.2 et A-1391/2006 du 16 janvier 2008 consid. 3.1). D'une manière générale, le Tribunal de céans constate que les arguments que la recourante développent quant à l'établissement des chiffres d'affaires de son activité ne sont confirmés par aucune pièce justificative, si ce n'est des tableaux récapitulatifs. En effet, il faut constater que les pièces comptables à disposition sont formellement insuffisantes et ne permettent pas d'établir de manière fiable les opérations déterminantes pour le calcul de la TVA.
5.2.1.2 La recourante déplore également que ses salaires productifs ne soient pas pris en considération en tant que masse salariale comme base de calcul de ses chiffres d'affaires, à côté des achats de matière, ce qui correspondrait alors aux données usuelles de la branche en question. Il convient néanmoins de se rallier au point de vue de l'autorité inférieure. En effet, pour retrouver les chiffres d'affaires imposables, l'autorité fiscale peut très bien ne se référer qu'aux achats de matières comme base unique (Archives vol. 48 p. 434 consid. 4c; vol. 40 p. 269 consid. 3; MOLLARD, op. cit., p. 554s). Les salaires productifs étant fixés à partir des données jugées plausibles de l'entreprise, l'AFC peut s'en écarter si les données en question manquent, sont lacunaires ou encore incertaines, ce qui est clairement le cas en l'espèce. En l'occurrence, le Tribunal de céans n'examinera donc pas si les données de la Commission professionnelle paritaire de la branche plâtrerie et peinture à T._______ sont effectivement sporadiques ou non, l'autorité inférieure ne s'étant fondée que sur les achats de matière, écartant purement et simplement les salaires productifs de la recourante pour des motifs parfaitement fondés.
5.2.1.3 Par ailleurs, la recourante se réfère en vain à sa situation en matière d'impôt fédéral direct. En effet, selon la jurisprudence, l'appréciation en matière d'impôts directs ne peut en effet revêtir qu'une valeur d'indice. Ceci est dû au fait que même si elles se recoupent partiellement, les notions d'impôt direct et de TVA ne peuvent être considérées comme équivalentes, car elles sont intimement liées aux buts différents assignés à ces deux contributions, soit l'imposition du revenu net, respectivement celle de la consommation finale (cf. l'arrêt du Tribunal fédéral du 27 octobre 2000 in RDAF 2001, 2e partie, p. 56 consid. 4b/bb et 2A.222/2002 du 4 septembre 2002 consid. 3.4; voir également les arrêts du Tribunal fédéral 2A.47/2006 du 6 juillet 2006 consid. 3.2 et 2C_220/2008 du 9 septembre 2008 consid. 5.1, ainsi que les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3822/2007 du 3 juin 2008 consid. 2.1.4, A-1353/2006 du 7 avril 2008 consid. 2.8 et 3.7.1 et A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 3.1.3).
Les arguments de la recourante sont dès lors dénués de pertinence. Par ailleurs, il est certain qu'une estimation effectuée par l'AFC demeure approximative, incertaine et ne reflète pas précisément la situation de la recourante (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1518/2006 + A-1519/2006 du 6 novembre 2008 consid. 5.4). Néanmoins, en omettant de tenir ses livres conformément aux exigences légales, la recourante est elle-même responsable des quelques incertitudes qui peuvent encore subsister (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1425/2006 + A-1426/2006 du 6 novembre 2008 consid. 5.4).
Enfin, il importe de rappeler que la taxation par estimation ne doit pas être considérée comme une sanction visant un comportement répréhensible, mais comme une mesure qui intervient lorsque le fisc ne parvient pas à élucider tous les faits pertinents pour établir la créance fiscale (Mollard, op. cit., p. 524 ; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pochard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 169).
5.2.2 En définitive, l'AFC a clairement exposé les différentes étapes de son calcul du chiffre d'affaires brut estimé, ainsi que de l'impôt dû correspondant, calculé en appliquant la méthode effective, nécessaire pour fixer l'impôt préalable à valoir sur les dépenses de marchandises et de matériel, ainsi que sur les investissements et les frais généraux qui sont ainsi pris en compte de manière forfaitaire. Le Tribunal de céans n'a pas de raison de remettre en cause, en l'occurrence, l'estimation des chiffres d'affaires. Enfin, il y a lieu de rappeler qu'il n'y a pas place, en la présente cause, pour une application rétroactive du taux de dette fiscale nette, dès lors que la recourante a clairement choisi de décompter selon la méthode effective pour les périodes fiscales litigieuses et que l'on ne se trouve pas en présence d'une immatriculation rétroactive (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1403/2006 du 5 juillet 2007 consid. 2.1; voir aussi la détermination de l'AFC du 15 juin 2009, pièce n° 16, qui se réfère a contrario à la cause A-281/2009 pendante auprès du Tribunal de céans). Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral confirme l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC.
6.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 3'300.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de procédure, par Fr. 3'300.-, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. _______ ; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :