bvger · A-5758/2012 · 2013-10-15 · fr
A-5758/2012

Récusation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5758/2012
Arrêt du 15 octobre 2013
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Claudia Pasqualetto Péquignot, Maurizio Greppi, juges,
Deborah D'Aveni, greffière.
Parties
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL),
(...), 1015 Lausanne,
représentée par Me Alain Thévenaz, avocat, rue du
Grand-Chêne 5, case postale 6852, 1002 Lausanne ,
recourante,
contre
Conseil des écoles polytechniques fédérales,
Häldeliweg 17, ETH Zentrum, 8092 Zurich,
autorité inférieure .
Objet
Requête de récusation et transmission de pièces.
Faits :
A. Le 10 mars 2011, l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich (l'EPFZ) a dénoncé l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (l'EPFL) auprès du Conseil des EPF, autorité de surveillance du domaine des EPF. L'EPFZ a invoqué un manque de diligence de la part de l'EPFL dans l'examen de cinq cas de manquements scientifiques reprochés par A._______ (EPFZ, [...]) à B._______ (EPFL, [...]).
B. Le 21 juin 2011, le Conseil des EPF a chargé C._______ (ci-après: le mandataire), (...), d'examiner, en qualité d'expert externe, les faits dénoncés.
B.a Le 6 juillet 2011, le mandataire a communiqué à l'EPFL que, dans le cadre de l'établissement des faits, l'EPFZ aurait inévitablement accès à certaines pièces de l'EPFL, et l'a invitée à communiquer celles pour lesquelles elle faisait valoir un intérêt essentiel à ce qu'elles soient tenues secrètes. Le 25 juillet 2011, l'EPFL a qualifié de documents à tenir secrets à l'égard de A._______ les demandes de subvention formulées par B._______.
B.b Le mandataire a entendu A._______ le 20 juillet 2011, puis D._______ ([...]) le 25 juillet 2011, et a établi des mémorandums (mémos) de ces entretiens, qu'il leur a soumis. De même, il a auditionné B._______ le 19 septembre 2011, puis E._______ (assistant de B._______) le 12 mars 2012. Par courriel du 8 février 2012, il a soumis une série de questions à F._______, (...).
B.c Le 17 novembre 2011, D._______, considérant que la présentation des propos de A._______ de façon affirmative, alors que les siens et ceux de B._______ étaient mis au conditionnel, constituait une preuve de partialité du mandataire en faveur de l'EPFZ, a demandé la correction du mémo de l'audition du 25 juillet 2011 sur les points critiqués. Le 23 mars 2012, le mandataire a contesté le grief de partialité soulevé par D._______ dans le cadre des correctifs demandés à son mémo, et n'a pas accepté de le reformuler.
C. Le 23 mars 2012, l'EPFL, se plaignant auprès du Conseil des EPF que le mandataire n'avait pas encore déposé son rapport et avait mené l'enquête de manière insatisfaisante, a demandé sa récusation, en lui reprochant en particulier de faire preuve de partialité à son égard.
C.a Le 30 mars 2012, l'EPFL a requis une décision formelle sur sa demande de récusation. Elle a en outre requis de pouvoir consulter l'intégralité du dossier de l'enquête externe avant la décision formelle.
C.b Dans sa prise de position du 30 avril 2012 à l'attention du Conseil des EPF, le mandataire a contesté de manière détaillée les reproches élevés à son encontre. Il a dit être très étonné que la demande de récusation ait été déposée après la conclusion de l'état de fait.
C.c Le 16 mai 2012, le Conseil des EPF a transmis toutes les pièces du dossier de la procédure de surveillance à l'EPFL. Parmi ces pièces se trouvait également le projet de rapport du mandataire du 14 mai 2012.
C.d Le 1er juillet 2012, l'EPFL a dit maintenir sa demande de récusation et a confirmé ses griefs formulés le 30 mars 2012. En outre, en invoquant qu'aucune pièce ne devait être communiquée à l'EPFZ, elle a requis d'une part que le mandataire soit invité à confirmer qu'il n'avait pas remis ou soumis de pièces à l'EPFZ, à A._______ ou à d'autres tiers, et, d'autre part, qu'une décision formelle soit rendue en ce sens par le Conseil des EPF.
C.e Le 11 juillet 2012, le Conseil des EPF a suspendu la procédure de surveillance jusqu'à la décision sur la demande de récusation. Le 18 juillet 2012, le mandataire a pris position sur les griefs formulés par l'EPFL le 1er juillet 2012, en les contestant, tout en confirmant ne pas avoir transmis de pièces à l'EPFZ, hormis celle pour laquelle l'EPFL avait expressément donné son accord.
D. Par décision du 26 septembre 2012, le Conseil des EPF a rejeté la demande de récusation formulée par l'EPFL à l'encontre du mandataire, levé la suspension de la procédure de surveillance prononcée le 11 juillet 2012, et rejeté la demande de l'EPFL tendant à exiger du mandataire la confirmation qu'il n'avait pas remis ou soumis des pièces de la procédure à l'EPFZ, à A._______ ou à d'autres tiers.
E. Le 5 novembre 2012, l'EPFL a formé recours devant le Tribunal administratif fédéral contre la décision du 26 septembre 2012 précitée. L'EPFL (la recourante) conclut à ce que la demande de récusation à l'encontre du mandataire soit admise et à ce que l'EPFZ, A._______ ou d'autres tiers n'aient pas accès aux pièces du dossier, sauf et dans la mesure où l'établissement de faits pertinents le nécessite et à la condition qu'il n'existe pas d'intérêts publics ou privés prépondérants qui s'opposent à une telle consultation. La recourante requiert en outre l'audition de E._______ afin qu'il confirme les mauvaises conditions de son interrogatoire par le mandataire.
En substance, la recourante considère que la récusation du mandataire s'impose pour des motifs liés à son manque de compétence en matière d'enquêtes administratives, à sa partialité, aux vices de procédure commis et à son manque de maîtrise de la langue française. Elle retient en outre que l'EPFZ, qui n'est pas partie à la procédure en tant que dénonciatrice, ne saurait accéder aux pièces du dossier, d'autant qu'elles sont confidentielles car elles concernent des recherches pouvant déboucher sur d'importants mandats externes pour lesquels B._______ et A._______ sont concurrents ([...]).
F. F.a Par réponse du 28 novembre 2012, le Conseil des EPF (l'autorité inférieure) a conclu à l'irrecevabilité du recours à un double titre, et subsidiairement à son rejet, sous suite de frais et dépens. Sur le fond, elle retient, quant à la question de la récusation, que la recourante, représentée par un avocat, a été informée promptement de toutes les étapes de l'établissement des faits, qu'elle a été accompagnée par son avocat aux auditions et qu'il a n'a alors jamais élevé le reproche de manque d'impartialité ou d'inaptitude. Au surplus, l'argument du manque d'impartialité, qui n'a été invoqué qu'au terme de toutes les auditions, soit à un moment où l'enquête était quasiment terminée, n'est ni corroboré ni fondé sur des préjudices concrets.
F.b Par écriture du 10 décembre 2012, l'EPFZ a conclu au rejet du recours. Elle considère en outre que la recourante ne saurait, en tant qu'autorité fédérale, prétendre à des dépens. En substance, l'EPFZ relève que, déposée neuf mois après la désignation du mandataire, la demande de récusation aurait dû être déclarée irrecevable par l'autorité inférieure. Au surplus, les reproches tendant à la récusation du mandataire ne sont pertinents ni quant à ses compétences, ni quant aux prétendues erreurs de procédure commises. S'agissant de l'accès au dossier, elle retient que le fait qu'il s'agit d'une procédure de surveillance ne conduit nullement à l'en priver, d'autant que la recourante n'invoque aucun intérêt concret au maintien du secret.
G.G.a Par réplique du 11 janvier 2013, la recourante a contesté les exceptions d'irrecevabilité soulevées par l'autorité inférieure en invoquant que la procédure de surveillance pourrait la contraindre à rouvrir la procédure qu'elle a diligentée, ce qui aurait pour effet de toucher les droits et les obligations des collaborateurs concernés. Elle plaide ensuite que l'EPFZ n'était pas partie à la procédure, en sa seule qualité de dénonciatrice, et qu'elle ne pouvait donc se voir reconnaître le droit de consulter le dossier. Au surplus, la quasi-totalité du dossier serait confidentielle, dans la mesure où il contiendrait pour l'essentiel des recherches ou projets scientifiques de B._______.
G.b Par écriture du 27 février 2013, l'EPFZ a exposé qu'elle avait choisi la voie de la plainte auprès de l'autorité de surveillance afin de préserver la réputation du domaine des EPF. Quoique ayant été victime à deux reprises au moins de plagiat, A._______ a en effet renoncé librement à défendre ses intérêts par la voie civile ou pénale.
L'autorité inférieure a renoncé à déposer une écriture en duplique.
La cause a ensuite été gardée à juger, sous réserve de mesures d'instruction complémentaires.
H.Les autres faits et arguments des parties seront repris si nécessaire dans les considérants en droit qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Conformément à l'art. 31 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, et pour autant qu'il n'y ait pas de motif d'irrecevabilité au sens de l'art. 32 LTAF. La procédure de recours est régie par la PA, à moins que la LTAF n'en dispose autrement (art. 37 LTAF).
Le Tribunal administratif fédéral examine d'office et librement sa compétence (art. 7 PA) et la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.2 La décision attaquée en l'espèce a été rendue par le Conseil des EPF en tant qu'autorité de surveillance du domaine des EPF (cf. art. 25 al. 1 let. f de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales [Loi sur les EPF, RS 414.110]). L'EPFZ et l'EPFL sont des établissements de la Confédération juridiquement autonomes (art. 1 al. 2 let. c PA; art. 1 al. 1 et art. 5 al. 1 de la Loi sur les EPF; ch. 2.1.5 et 2.1.6 de l'Annexe à l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1]). Le domaine des EPF, qui comprend l'EPFZ, l'EPFL et des établissements de recherche (art. 1 al. 1 de la Loi sur les EPF), est lui-même une unité administrative autonome sur le plan organisationnel sans personnalité juridique, rattachée au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (DEFR) (art. 4 al. 1 de la Loi sur les EPF; ch. 2.1.1 de l'Annexe à l'OLOGA). Quant au Conseil des EPF, dont les membres sont nommés par le Conseil fédéral pour une période de quatre ans (art. 24 al. 1 de la Loi sur les EPF), il est l'organe stratégique de direction du domaine des EPF (art. 4 al. 2 de la Loi sur les EPF). Il constitue une autorité précédente au Tribunal en application de l'art. 33 let. e LTAF (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4685/2007 du 24 juin 2009 consid. 1.2), lequel est donc compétent pour connaître du recours.
1.3 Le recours est présenté dans le délai (art. 50 al. 1 PA) et les formes (art. 52 PA) prescrits par la loi.
2.L'autorité inférieure soulève deux exceptions d'irrecevabilité à l'égard du recours.
2.1 En premier lieu, en se référant au principe selon lequel une décision incidente ne peut être attaquée que si la décision finale peut l'être, l'autorité inférieure conteste, s'agissant de la récusation du mandataire (art. 45 PA), que tel soit le cas en l'espèce.
2.1.1 En substance, l'autorité inférieure retient que les mesures de surveillance ne peuvent être qualifiées de décisions susceptibles de faire l'objet d'un recours, dès lors qu'elles concernent l'unité organisationnelle elle-même et ne règlent par principe pas les relations entre particuliers et collectivités publiques. Ainsi, l'enquête pour l'établissement des faits dans une procédure de surveillance sert, comme en l'espèce, à déterminer si des mesures sont nécessaires afin de rétablir ou de garantir le bon fonctionnement d'une unité organisationnelle, et non de clarifier des positions de droit individuelles.
La recourante s'oppose à cette exception d'irrecevabilité, en invoquant que son autonomie est concrètement atteinte par la procédure de contrôle hiérarchique actuellement en cours. Or, il appartiendrait à elle - et non au Conseil des EPF - de décider librement de la manière dont elle va traiter les cas de plagiat. Elle se dit touchée dans ses droits par cette procédure, dès lors que sont en jeu à la fois son organisation pour le traitement des cas de plagiat et les droits et obligations des collaborateurs concernés. Il ne s'agit ainsi pas d'un simple contrôle abstrait, mais d'une intervention concrète, mettant en cause son autonomie et les droits de certains collaborateurs.
2.1.2 A cet égard, il convient de retenir que, en tant qu'autorité de surveillance, le Conseil des EPF avait manifestement qualité pour recevoir la dénonciation déposée par l'EPFZ à l'encontre de l'EPFL. En effet, conformément à l'art. 71 al. 1 PA, chacun peut dénoncer en tout temps à l'autorité de surveillance les faits qui appellent dans l'intérêt public une intervention d'office contre une autorité, et ce droit appartient également aux autorités (cf. Olivier Zibung, in: Waldmann/Weissen­berger [éd.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwal­tungsver­fa­hren [Praxis­kommentar VwVG], Zurich 2009, ad art. 71 n. 19 p. 1335 et réf. cit.; Stefan Vogel, in: Auer/Müller/Schindler [éd.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], Zurich 2008, ad art. 71 n. 24 p. 898). La notion d'autorité est celle de l'art. 1 al. 2 PA (Vogel, VwVG, ad art. 71 n. 9 p. 893).
Il n'existe pas de loi de procédure contraignante applicable à la procédure de surveillance (Vogel, VwVG, ad art. 71 n. 25 p. 898; Zibung, Praxis­kom­mentar VwVG, ad art. 71 n. 24 p. 1337). En l'occurrence, afin de mener à bien la procédure de surveillance, le président du Conseil des EPF a, par décision du 21 juin 2011 prise en vertu de l'art. 15 al. 1 let. f du règlement interne du Conseil des Ecoles polytechniques fédérales du 17 décembre 2003 (Règlement du Conseil des EPF, RS 414.110.2), chargé C._______ (le mandataire) d'examiner, en qualité d'expert externe, les faits dénoncés par l'EPFZ à l'encontre de l'EPFL. Il a précisé dans sa lettre de mandat que les art. 27a à 27j OLOGA seraient applicables par analogie à la procédure menée par le mandataire. A cet égard, l'art. 27a OLOGA prévoit que l'enquête administrative est une procédure qui, visant à établir si un état de fait exige une intervention d'office pour sauvegarder l'intérêt public, n'est pas dirigée contre des personnes déterminées. L'organe chargé de l'enquête peut, dans les limites de son mandat, édicter des directives, mais il ne peut pas édicter de décision (art. 27d al. 3 OLOGA). Et, selon l'art. 27d al. 4 OLOGA, les dispositions sur la récusation de l'art. 10 PA sont elles mêmes applicables par analogie aux enquêtes administratives.
2.1.3 Conformément à l'art. 45 al. 1 PA, les décisions incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent - et le cas échéant doivent - faire l'objet d'un recours distinct (art. 45 al. 2 PA). La décision incidente sur récusation ne peut toutefois faire l'objet d'un recours séparé que si la décision finale est elle-même susceptible de recours (cf. Felix Uhl­mann/Simone Wälle-Baer, Praxis­kommentar VwVG, ad art. 45 n. 18 p. 910). Il s'agit là d'une manifestation du principe de l'unité de la procédure (cf. Martin Kayser, VwVG, ad art. 45 n. 4 p. 598 s.), sur lequel l'autorité inférieure étaye son exception d'irrecevabilité. Pour ce faire, la décision finale doit remplir les conditions de l'art. 5 al. 1 PA, en tant que mesure prise par une autorité dans un cas d'espèce, fondée sur le droit public fédéral et ayant pour objet: de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations (let. a); de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations (let. b); ou de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations (let. c).
De manière générale, la décision de l'autorité de surveillance de savoir si et comment elle va mettre en oeuvre concrètement son pouvoir de surveillance dans un cas donné ne constitue pas une décision au sens de l'art. 5 PA (Vogel, VwVG, ad art. 71 n. 32, p. 900). En revanche, la mesure qu'elle pourra prendre à l'issue de la procédure de surveillance qu'elle aura ouverte sera, selon son objet, susceptible de constituer une décision (cf. ATF 102 Ib 81 consid. 3; Zibung, Praxis­kommentar VwVG, op. cit., ad art. 71 n. 32, p. 1341). Tel ne sera toutefois pas le cas si elle donne des instructions à suivre pour l'avenir, sous forme d'ordonnance administrative (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, Berne 2011, ch. 5.2.2.2 p. 619; Vogel, VwVG, ad art. 71 n. 30 p. 899).
En l'espèce, la mesure que pourra prendre l'autorité inférieure à l'égard de la recourante pourra en particulier constater ou imposer des obligations à l'EPFL quant à la manière d'examiner les accusations dont B._______ fait l'objet. Une telle mesure la visera en tant que sujet de droit public (art. 5 al. 1 de la Loi sur les EPF), autonome mais soumis à une autorité de surveillance (art. 25 al. 1 let. f de la Loi sur les EPF; cf. Vogel, VwVG, ad art. 71 n. 12 p. 894). Il ne s'agira pas, le cas échéant, d'un simple acte interne ou d'organisation générale à l'égard de l'EPFL, mais bien d'une décision relative à ses obligations publiques dans un cas d'espèce (cf. ATF 102 Ib 81 consid. 3), au titre en particulier de l'assurance de la qualité de la recherche qui lui est imposée par la loi (art. 10a de la Loi sur les EPF).
2.1.4 L'art. 48 al. 1 PA prévoit que la qualité pour recourir contre une décision - finale (art. 5 al. 1 PA) ou incidente (art. 5 al. 2 PA) - appartient à quiconque, ayant pris part à la procédure devant l'autorité inférieure (let. a), est spécialement atteint par ladite décision (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c) (cf. Vera Marantelli Sonani/Said Huber, Praxiskommentar VwVG, ad art. 48 n. 10 p. 948 s.). Compte tenu de ce qui précède, il convient de reconnaître ici que la recourante est susceptible d'être touchée de manière directe, concrète et contraignante dans l'exécution de ses tâches publiques (cf. art. 5 al. 2 de la Loi EPF) par la décision que pourra prendre en l'espèce, sur dénonciation, son organe de surveillance. Elle a ainsi un intérêt digne de protection au sens de l'art. 48 al. 1 let. c PA à contester, séparément, la décision incidente de son autorité de surveillance refusant de récuser l'expert désigné aux fins de diligenter l'enquête administrative dont elle fait l'objet.
2.1.5 Dès lors, le recours s'avère recevable en vertu de l'art. 45 PA, et l'exception d'irrecevabilité de l'autorité inférieure doit être écartée.
2.2 La recevabilité contestée du recours porte ensuite sur la question de l'accès aux pièces du dossier par l'EPFZ. Selon l'autorité inférieure, la recourante n'invoque aucun préjudice irréparable qui, conditionnant la recevabilité du recours au titre de l'art. 46 al. 1 let. a PA, résulterait d'un tel accès par l'EPFZ.
2.2.1 Dans le dispositif de la décision attaquée, l'autorité inférieure a rejeté la demande de la recourante visant à exiger du mandataire la confirmation qu'il n'avait pas remis de pièces de la procédure à l'EPFZ, à A._______ ou à d'autres tiers, en retenant en particulier que le mandataire avait précisé n'avoir remis ni montré aucun document de l'EPFL à l'EPFZ, à A._______ ou à des tiers (hormis une pièce avec l'accord de l'EPFL). Sans pour autant que cela ne figure dans le dispositif de la décision attaquée, l'autorité inférieure a également indiqué, dans ses considérants, que l'EPFZ devait avoir la possibilité de prendre position sur le projet de rapport du mandataire et que, dans un tel contexte, il pouvait être indispensable de pouvoir consulter les pièces liées à la procédure. Elle a précisé en outre que, s'agissant des demandes de subvention de B._______ dont l'EPFL avait requis qu'elles restent secrètes, il n'existe en réalité pas d'intérêt justifié à garder le secret à l'égard de l'EPFZ et de A._______, puisqu'il ressort des documents joints à la plainte que ces derniers avaient connaissance desdites demandes de B._______.
De son côté, la recourante a formé recours en concluant à ce que l'EPFZ, A._______ ou d'autres tiers n'aient pas accès aux pièces du dossier, sauf et seulement dans la mesure où l'établissement de faits pertinents le nécessite et à la condition qu'il n'existe pas d'intérêt public ou privé prépondérant qui s'oppose à une telle consultation de pièces. Se référant à l'art. 71 al. 2 PA, elle conteste en particulier le droit de l'EPFZ à consulter le dossier, dans la mesure où elle lui conteste la qualité de partie en tant que dénonciatrice.
Il résulte ensuite des écritures des parties devant le Tribunal que, d'une part, la recourante affirme que la quasi-totalité du dossier est confidentielle, dans la mesure où il comprend pour l'essentiel des recherches ou projets scientifiques de B._______, alors que, d'autre part, l'autorité inférieure retient en substance que la recourante n'a désigné concrètement aucune pièce en particulier qui serait à tenir secrète et n'a fait valoir aucun intérêt dûment motivé à garder le secret.
2.2.2 Conformément à l'art. 46 PA, les décisions incidentes notifiées séparément, et qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation au sens de l'art. 45 PA, ne peuvent faire l'objet d'un recours que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (art. 46 al. 1 let. a PA), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 46 al. 1 let. b PA) (cf. ATAF 2009/42 consid. 1.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 6299/2011 du 22 avril 2013 consid. 1.3.2 et A 372/2012 du 25 mai 2012 consid. 1.2 ; René Rhinow/Heinrich Koller/Christina Kiss/Daniela thurnherr/Denise Brühl-Moser, Öffentliches Prozessrecht, 2ème éd., Bâle 2010, n. 1535 p. 414).
La teneur de l'art. 46 PA correspond à celle de l'art. 93 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110). Le préjudice irréparable s'apprécie ainsi eu égard à la décision de première instance (cf. ATF 137 III 380 consid. 1.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral précité A 6299/2011 consid. 1.3.2 et réf. cit.). Toutefois, à la différence de ce qui prévaut en principe pour l'art. 93 LTF (cf. ATF 135 II 30 consid. 1.3.4 et les réf. cit. ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 2160/2010 du 3 janvier 2011 consid. 2.2.3), un dommage de fait, notamment économique, peut constituer déjà un dommage irréparable au sens de l'art. 46 PA (ATAF 2009/42 consid. 1.1). Il ne suffit cependant pas que le recourant veuille seulement éviter la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral C 3077/2012 du 28 septembre 2012 consid. 2.1, A 372/2012 du 25 mai 2012 consid. 1.2 et les réf. cit.).
L'art. 46 al. 1 let. a PA ne définit pas la notion de préjudice irréparable. Selon la jurisprudence, le préjudice doit être qualifié d'irréparable lorsqu'il ne peut entièrement être réparé par une décision finale ultérieure hypothétiquement favorable au recourant (cf. arrêts du Tribunal admi­nistratif fédéral A 6299/2011 précité consid. 1.3.2, C-124/2012 du 23 avril 2012 consid. 3.2.1, A 3121/2011 du 25 octobre 2011 consid. 1.4 et les réf. cit.). Tel est le cas, par exemple, lorsque la décision incidente contestée ne peut plus être attaquée avec la décision finale, rendant ainsi impossible son contrôle par une autorité judiciaire (ATF 133 III 629 consid. 2.3.1). Si la question qui a fait l'objet de la décision incidente de première instance peut être soulevée à l'appui d'un recours contre la décision finale, il n'y a pas de préjudice irréparable (arrêt du Tribunal fédéral 5D_72/2009 du 9 juillet 2009 consid. 1.1; ATAF 2009/20 consid. 3.4). Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir les raisons pour lesquelles la décision attaquée lui cause - ou menace de lui causer - un préjudice au sens de l'art. 46 al. 1 let. a ou b PA, à moins que celui ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 134 III 426 consid. 1.2 et les réf. cit.; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 6299/2011 précité consid. 1.3.2, C 2574/2012 du 29 août 2012 consid. 5.1 et les réf. cit.).
2.2.3 2.2.3.1 A titre préalable, il sied de relever que tant la recourante que l'autorité inférieure s'accordent pour dire que l'EPFZ revêt la qualité de dénonciatrice au sens de l'art. 71 PA. Il en découle que l'EPFZ n'a aucun des droits de partie (art. 71 al. 2 PA), notamment pas le droit de consulter les pièces du dossier (cf. art. 26 à 28 PA) ni le droit d'être entendu (cf. art. 29 à 33 PA). Le fait que l'EPFZ ne soit pas un tiers quelconque mais soit, au contraire, d'une certaine manière visée par le comportement de l'EPFL qu'elle dénonce - et puisse ainsi se voir qualifier de "plaignant" selon certains auteurs - n'a pas pour conséquence qu'elle bénéficie d'un régime plus favorable que celui de l'art. 71 PA (Moor/Poltier, vol. II, op. cit., n. 5.2.2.2 p. 616 et réf. cit.; Vogel, VwVG, ad art. 71 n. 38, p. 901; Zibung, Praxiskom­men­tar VwVG, ad art. 71 n. 33 p. 1342). En effet, la dénonciation n'ouvre pas une procédure administrative proprement dite, mais constitue simplement une démarche visant à ce que l'autorité saisie fasse usage de pouvoirs qu'elle peut exercer d'office (Moor/Poltier, vol. II, op. cit., n. 5.2.2.2 p. 616 s.; Müller, VwVG, ad art. 44 n. 12 p. 595).
2.2.3.2 S'agissant de l'enquête confiée au mandataire, l'autorité inférieure a spécialement indiqué que les art. 27a à 27j OLOGA trouvaient application par analogie à l'enquête qu'il aurait à mener. En matière d'exécution de l'enquête, il ressort de l'art. 27g al. 1 OLOGA que, pour constater les faits, l'organe chargé de l'enquête procède à l'administration des preuves conformément à l'art. 12 PA et que l'audition de témoins n'est pas reconnue dans les enquêtes administratives. Les autorités et personnes touchées par une enquête administrative peuvent consulter toutes les pièces qui les concernent et s'exprimer (art. 26 à 28 PA) (art. 27a al. 4 OLOGA), et elles ont le droit d'être entendues (art. 27a al. 5 OLOGA). Pour sa part, l'art. 27j al. 3 OLOGA prévoit notamment que l'autorité ayant ordonné l'ouverture de l'enquête informe les autorités et personnes touchées par l'enquête des résultats de cette dernière.
2.2.3.3 Les art. 27a à 27j OLOGA n'ont pas donné lieu à des dévelop-pements jurisprudentiels ou doctrinaux et les anciennes lignes directrices en matière d'enquête administrative (cf. FF 1981 III 1014) ne définissaient pas la notion de personne ou autorité touchée. Cette notion n'est pas inconnue pour autant. A cet égard, même s'il est malaisé d'en donner une définition concrète, il ressort du rapport de la Commission des institutions politiques du Conseil national concernant la procédure des commissions d'enquêtes parlementaires (CEP) et la protection juridique des intéressés que les personnes touchées directement dans leurs intérêts sont celles qui éveillent le soupçon d'avoir, dans le domaine couvert par l'enquête parlementaire, commis une erreur qui peut leur être reprochée (FF 1995 I 1098 ss, spéc. 1102). Pour sa part, la doctrine retient que l'enquête administrative et l'enquête parlementaire sont similaires, notamment en qui concerne le cercle des personnes touchées (cf. Daniel Vischer, Rechtsstellung der von einer Untersuchung Betroffenen in der Administrativuntersuchung und in der parlamenta­rischen Untersu­chungskom­mission, in: Ehrenzeller [éd.], Administrativ­unter­suchungen in der öffentlichen Verwaltung, St Gall 1999, p. 47 ss). En conséquence, rien ne porte à penser que la notion de personne touchée soit différente si l'enquête est administrative plutôt que parlementaire.
La dénonciation faite par l'EPFZ a en l'espèce entraîné l'ouverture d'une procédure de surveillance visant à établir si la recourante s'est rendue coupable d'un manquement dans l'enquête interne qu'elle a conduite. Dans ce contexte, seuls les intérêts de l'EPFL (la recourante) sont directement touchés, puisque c'est par son comportement qu'elle a éveillé le soupçon d'avoir commis une erreur qui peut lui être reprochée. Il en découle que seule cette dernière bénéficie du droit de consulter toutes les pièces qui la concernent dans le cadre de l'enquête par le mandataire (art. 27a al. 5 OLOGA précité), à défaut de l'EPFZ, de A._______ ou de tout autre tiers.
2.2.3.4 Dans le cadre de l'instruction ayant pour but l'établissement des faits, l'autorité est libre d'inviter toute personne dont l'information lui est utile (Moor/Poltier, vol. II, op. cit., n. 2.2.5.6 p. 287; cf. ég. Christoph Auer, VwVG, op. cit., ad art. 12 n. 35 ss p. 207 ss). En un tel contexte, bien que l'EPFZ et A._______ ne bénéficient d'un droit à consulter le dossier ni dans l'enquête menée par le mandataire externe, où ils ne sont ni autorité ni personne touchée, ni dans la procédure de surveillance, puisqu'ils n'ont pas la qualité de partie, il est toutefois possible qu'il apparaisse nécessaire de leur soumettre certaines pièces afin d'établir les faits. Or, en l'absence de tout droit à la consultation du dossier, la transmission est limitée par les conditions strictes de la proportionnalité (art. 5 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101]). Aussi appartient il au mandataire ou à l'autorité inférieure - estimant que la soumission de la ou des pièces en question est nécessaire à l'établissement des faits - de désigner préalablement, de manière concrète et précise, de quelles pièces il ou elle entend permettre la consultation au tiers, puis d'inviter l'EPFL à se déterminer en faisant valoir, le cas échéant, les intérêts qui, de manière similaire à ceux prévus par l'art. 27 al. 1 PA, s'opposeraient à la consultation par des tiers. Il s'agit d'ailleurs de la marche à suivre que le mandataire semble avoir adopté avant de remettre à l'EPFZ la seule pièce qu'il lui ait été transmise dans le cadre de l'enquête. A défaut d'un accord de l'EPFL, l'autorité inférieure - à l'exclusion du mandataire en raison de l'absence de compétences décisionnelles (cf. art. 27d al. 3 OLOGA) - peut alors rendre une décision incidente relative à cette soumission de pièce(s), contre laquelle les voies de recours sont ouvertes.
2.2.4 En l'occurrence, s'il est vrai que l'autorité inférieure aborde dans les considérants de la décision attaquée la problématique de l'accès aux pièces du dossier par l'EPFZ, elle ne prend aucune décision à cet égard. Bien plutôt, elle s'est contentée de formuler un obiter dictum. Ainsi, si elle estime que l'EPFL n'a pas d'intérêt à garder les demandes de subvention de B._______ secrètes, on ne peut pas encore en déduire qu'elle souhaite remettre des pièces du dossier ou le projet du rapport du mandataire à l'EPFZ, sans au préalable adopter la marche à suivre décrite plus avant (cf. consid. 2.2.3.4). D'ailleurs, la question de savoir si l'éventuelle soumission de ce projet de rapport à l'EPFZ est réellement de son ressort - plutôt que de celui du mandataire - pourrait se poser. Quoi qu'il en soit, en indiquant qu'il peut être indispensable de consulter les pièces liées à la procédure, l'autorité inférieure se contente d'énoncer un principe, mais ne détermine pas encore avec précision les pièces dont elle souhaite donner accès à l'EPFZ. Elle n'a pas non plus rendu une décision incidente concernant la transmission de pièces à l'EPFZ, contre laquelle les voies de recours seraient le cas échéant ouvertes. Aussi, force est de constater que la recourante ne subit pas, à ce stade, un dommage irréparable au sens de l'art. 46 al. 1 let. a PA.
Il s'ensuit l'irrecevabilité du recours sur ce point.
2.3 Compte tenu des développements qui précèdent, il convient d'entrer en matière sur le seul grief formulé par la recourante portant sur la récusation du mandataire désigné par l'autorité inférieure.
3. 3.1 De manière générale, le Tribunal administratif fédéral examine les décisions qui lui sont soumises avec une pleine cognition. L'analyse porte non seulement sur l'application du droit (y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation) et sur les faits (constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents), mais également sur l'opportunité de la décision attaquée (art. 49 PA).
3.2 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (ATAF 2009/57 consid. 1.2; cf. Moor/Poltier, vol. II, op. cit., n. 5.8.3.5 p. 819 ss; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneu­bühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, n. 2.165). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 135 I 91 consid. 2.1; ATAF 2007/27 consid. 3.3).
4.Il convient d'examiner si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a rejeté la demande de récusation formée par l'EPFL contre le mandataire externe.
4.14.1.1 L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement. Selon la jurisprudence, ce droit permet notamment d'exiger la récusation des membres d'une autorité administrative dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur leur indépendance ou leur impartialité; il tend à éviter que les circonstances extérieures à l'affaire ne puissent influencer une décision en faveur ou au détriment de la personne concernée.
Cette garantie constitutionnelle est d'une portée comparable à ce que prévoit l'art. 30 al. 1 Cst. pour les autorités judiciaires, à la différence qu'elle n'impose pas l'indépendance et l'impartialité comme maximes d'organisation des autorités (administratives) auxquelles elle s'applique (ATF 127 I 196 consid. 2b, ATF 125 I 119 consid. 3b; plus récent: arrêt du Tribunal fédéral 1B_685/2012 du 10 janvier 2013; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 6258/2010 du 14 février 2011 consid. 3.2.1). Ainsi, les fonctions légalement attribuées à l'autorité administrative doivent être prises en considération, en particulier pour apprécier la portée de déclarations ou de prises de position antérieures dans l'affaire. En règle générale, les prises de position qui s'inscrivent dans l'exercice normal de fonctions gouvernementale, administrative ou de gestion, ou dans les attributions normales de l'autorité partie à la procédure, ne permettent pas de conclure à l'apparence de la partialité et ne justifient pas la récusation. A cet égard, une appréciation spécifique est nécessaire dans chaque situation particulière (ATF 125 I 119 consid. 3f, ATF 125 I 209 consid. 8a, arrêt du Tribunal fédéral 2C_643/2010 du 1er février 2011 consid. 5.5.1).
4.1.2 En procédure administrative fédérale, la clause générale de l'art. 29 al. 1 Cst. est concrétisée par l'art. 10 PA (cf. Stephan Breitenmoser/Ma­rion Spori Fedail, Praxiskom­mentar VwVG, ad art. 10 n. 17 p. 191). Bien que l'enquête administrative en cause ici ne soit pas régie par la PA mais par les art. 27a ss OLOGA, l'art. 10 PA est applicable par analogie en vertu de l'art. 27d al. 4 OLOGA (cf. consid. ci-avant 2.1.2). Il s'applique aux experts externes qui, à l'instar des experts judiciaires, sont appelés à se prononcer sur les faits de la cause et à influencer la décision à prendre (cf. Breitenmoser/Spori Fedail, Praxiskommentar VwVG, ad art. 10 n. 36 p. 196). Les causes de récusation sont déterminées exclusivement par l'art. 10 PA.
Aux termes de l'art. 10 al. 1 PA, les personnes appelées à rendre ou à préparer une décision administrative doivent se récuser, soit, si elles ont un intérêt personnel dans l'affaire (let. a), sont le conjoint ou le partenaire enregistré d'une partie ou mènent de fait une vie de couple avec elle (let. b), sont parentes ou alliées d'une partie en ligne directe ou jusqu'au troisième degré en ligne collatérale (let. b/bis), ou représentent une partie ou ont agi dans la même affaire pour une partie (let. c); soit, si, pour d'autres raisons, elles pourraient avoir une opinion préconçue dans l'affaire (let. d). En présence de l'un des motifs de récusation de l'art. 10 al. 1 PA, la personne concernée est tenue de se récuser. Sa récusation peut être demandée par toute personne participant à la procédure. Si elle conteste devoir se récuser, le principe veut qu'elle ne tranche pas elle même la question (ATF 122 II 471 consid. 3a; cf. ég. Reto Feller, VwVG, ad art. 10 n. 37 p. 157). Selon l'art. 10 al. 2 PA, la décision à ce sujet doit être prise par l'autorité de surveillance.
4.1.3 De ces motifs de récusation, il convient de distinguer les conditions de qualification de l'expert qui peut être mandaté. Ainsi, selon l'art. 27d al. 1 OLOGA, toute enquête administrative doit être confiée à des personnes qui répondent aux critères quant à leur personne, à leurs aptitudes professionnelles et à leurs compétences techniques (let. a); qui n'exercent pas d'activité dans l'unité à contrôler (let. b); et qui ne mènent pas, en parallèle, dans la même affaire, une enquête disciplinaire ou une autre enquête relevant du droit du personnel (let. c).
4.2 Selon la recourante, le mandataire désigné a fait preuve de partialité depuis le début de cette affaire et "semble" (sic) avoir une opinion préconçue au sens de l'art. 10 al. 1 let. d PA.
4.2.1 A l'instar de l'art. 34 al. 1 let. e LTF, applicable à la récusation des juges fédéraux et des juges administratifs fédéraux (art. 38 LTAF), l'art. 10 al. 1 let. d PA permet de demander la récusation d'un expert dont la situation ou le comportement est de nature à susciter des doutes quant à son impartialité. Il vise à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire puissent influencer la décision en faveur ou au détriment d'une partie. Il n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, car une disposition interne de la part de l'expert ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence d'une prévention et fassent redouter une activité partiale de l'expert; seules des circonstances objectivement constatées doivent être prises en compte, et non pas les impressions subjectives d'une partie (cf. aussi ATF 134 I 20 consid. 4.2, ATF 134 I 238 consid. 2.1, ATF 133 I 1 consid. 5.2 et réf. cit.). En particulier, même lorsqu'elles sont établies, des erreurs de procédure ou d'appréciation ne suffisent pas à fonder objectivement un soupçon de partialité; seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées, qui doivent être considérées comme des violations graves des devoirs de l'expert, peuvent avoir cette conséquence; les erreurs éventuellement commises doivent être constatées et redressées dans le cadre des procédures de recours prévues par la loi; il n'appartient pas au juge de la récusation d'examiner la conduite du procès à la façon d'un organe de surveillance (cf. ATF 138 IV 142 consid. 2.3, ATF 116 Ia 135 consid. 3a).
4.2.2 4.2.2.1 En substance, la recourante fonde sa demande de récusation en retenant que le mandataire n'est pas apte à mener l'enquête qui lui a été confiée. Elle lui reproche de ne pas maîtriser suffisamment le français, dans la mesure où il vient systématiquement faire traduire ses écrits par des collaborateurs de l'autorité inférieure et préciser que seul le texte allemand fait foi. Elle invoque également que le mandataire, (...), a davantage le profil d'un pénaliste que d'un publiciste, et manque de connaissances suffisantes et actuelles pour pouvoir instruire efficacement sur la manière dont des cas de plagiat doivent être traités dans le cadre d'une grande administration publique moderne. Ce manque de connaissances des règles de droit public se serait manifesté par plusieurs mesures d'instruction illicites ou inadéquates; ainsi, le mandataire a procédé à l'audition de A._______ en présence d'un représentant de l'EPFZ, mais en l'absence d'un représentant de l'EPFL; il aurait violé l'art. 27h OLOGA en n'informant pas les personnes interrogées (en particulier B._______ et E._______) qu'elles pouvaient refuser de déposer si la révélation des faits dont elles avaient connaissance étaient susceptibles de les exposer à une enquête pénale ou disciplinaire; il aurait également violé l'art. 27g al. 3 OLOGA en ne demandant pas la levée du secret de fonction des personnes entendues.
La recourante retient encore que les mémos des auditions établis par le mandataire présentent les déclarations de A._______ toujours de manière affirmative, alors que le conditionnel est utilisé pour celles des représentants de l'EPFL (mémo de l'audition de D._______ et questionnaire préparé à l'attention de F._______), ce qui revient à les mettre en doute. En outre, les mémos n'ont pas de nature juridique claire, sont établis postérieurement et ne reproduisent pas les propos réellement tenus.
Enfin, la recourante conteste que sa requête de récusation soit tardive, étant donné qu'elle n'a pu se rendre compte de la partialité du mandataire que peu à peu en cours d'enquête.
4.2.2.2 Pour sa part, l'autorité inférieure - qui indique avoir fait appel au mandataire car elle l'estime indépendant à l'égard de l'EPFZ et de la recourante et connaître les us et coutumes académiques - considère que les griefs soulevés par la recourante ne sont pas de nature à éveiller objectivement une apparence de prévention à la charge du mandataire. Ils sont formulés de manière sommaire et ne sont pas étayés par des données suffisamment approfondies. Ainsi, l'autorité inférieure retient que, pour un lecteur non averti, la consultation des documents évoqués par la recourante ne fait apparaître, dans la façon dont les propos sont rendus, aucune tendance à l'acceptation ou à la mise en doute de ceux de l'une ou l'autre partie. Par ailleurs, tous les autres points critiqués par la recourante concernent non pas le droit à une appréciation impartiale dans une cause, mais contestent la qualité de l'établissement des faits en tant que telle, ce qui doit être jugé dans le cadre de l'appréciation du rapport du mandataire, en tenant compte des prises de position des personnes concernées, et non dans la présente procédure vouée uniquement à vérifier si l'impartialité de l'appréciation est garantie ou si le mandataire doit se récuser.
L'autorité inférieure retient encore que l'argument du manque d'impartialité du mandataire, qui a été désigné le 21 juin 2011, n'a été invoqué qu'au terme de toutes les auditions orales, le 23 mars 2012, soit à un moment où l'enquête était quasiment terminée. Elle relève que le représentant légal de la recourante était présent aux auditions de D._______ et de B._______ en 2011, et qu'il avait donc connaissance dès ce moment-là de la manière de procéder du mandataire pour les auditions mentionnées ainsi que du contenu des mémos relatifs à celles ci, sans pour autant émettre de critique quant à son objectivité et à sa manière de procéder.
4.2.2.3 Quant à l'EPFZ, elle retient que le mémo du 20 juillet 2011 reproduit les propos mêmes de A._______ la plupart du temps de manière indirecte, et que, même rapportés en discours direct, ils ne peuvent être considérés comme représentant la position du mandataire. Aucun vice de procédure ne peut être reproché à ce dernier, et, quand bien même tel serait le cas, qu'ils ne constitueraient pas un motif de récusation.
4.2.3 L'on mentionnera encore que, dans ses prises de position devant l'autorité inférieure sur la requête de récusation, le mandataire a relevé que, de manière générale, hormis des affirmations non étayées, aucun grief objectif de nature à mettre en doute son impartialité n'avait été élevé; l'EPFL n'a jamais invoqué ces motifs de récusation au cours de la procédure, et il est manifestement abusif de le faire après coup et sans démontrer concrètement, sur la base de son projet de rapport final, dans quelle mesure ses capacités ou connaissances prétendument insuffisantes auraient conduit à un résultat inexploitable. S'agissant du mode de déroulement des auditions, le mandataire a précisé qu'il avait entendu A._______, B._______ et D._______ ainsi que E._______ selon la langue de ceux-ci, en allemand, français ou anglais (dans ce cas avec un interprète); immédiatement après ces auditions, il a rédigé un mémo basé sur ses notes et sa mémoire; il a ensuite envoyé ces mémos aux différents interlocuteurs dans leur langue maternelle respective en les priant de lui communiquer d'éventuels compléments et/ou corrections ainsi que de répondre aux questions ponctuelles posées a posteriori; il a chaque fois informé de cette procédure les personnes interrogées dès le moment de l'audition, et aucune d'entre elles, en particulier pas le mandataire de la recourante, ne l'a contestée; il a reçu par la suite de brèves prises de position, sans divergence importante avec son texte, le représentant légal de la recourante qui avait participé aux trois auditions ayant réagi en communiquant quatre détails pour l'audition de D._______ et en indiquant n'avoir aucune remarque à propos de l'audition de B._______. Le mandataire a également expliqué que l'audition de D._______ constituait un cas particulier; plus de trois mois après que le mémo le concernant lui eût été communiqué, celui-ci avait manifesté son désaccord avec cette manière de procéder, en estimant qu'il aurait fallu établir un rapport d'audition de ses (seuls) propos; or, ces reproches sont irrelevants dans la mesure où une dénonciation à l'autorité de surveillance n'est pas une procédure pénale.
Quant au reproche relatif à l'usage du conditionnel pour relater les affirmations de B._______ et de D._______, le mandataire a expliqué avoir choisi en partie le discours direct (qui reprend les propos de la personne auditionnée) et en partie le discours indirect, comme cela est tout à fait courant lorsque l'on reproduit des propos d'un tiers; ainsi, l'emploi du discours direct ou indirect n'autorise aucune conclusion sur sa position à l'égard de la personne citée, parce que, dans les deux modes de présentation, il a chaque fois fait le choix qui lui paraissait le plus opportun au moment de la rédaction.
Le mandataire a enfin expliqué pourquoi les manquements allégués aux règles de procédure ne sont pas avérés, et ajouté que, de toute façon, ils ne constitueraient pas un motif de récusation.
4.3 Il appert que seul le motif de récusation visé par l'art. 10 al. 1 let. d PA entre en ligne de compte en l'occurrence. Il s'agit donc de déterminer si les reproches faits au mandataire conduisent à retenir un doute objectif quant à son impartialité.
4.3.1 En ce qui concerne les mémos établis par le mandataire après les auditions, et le reproche de partialité qui est opposé à leur contenu, l'on retiendra d'abord que ce mode de faire a été accepté par les personnes concernées. Ensuite, les contestations relatives à la manière dont les propos tenus ont été présentés portent essentiellement sur ceux de D._______ (utilisation du conditionnel), en tant qu'ils sont comparés en particulier à ceux de A._______. Or, la recourante soulève ce grief sans indiquer de manière précise de quels propos rapportés il s'agit. Par ailleurs, le mémo de l'entretien avec D._______ du 25 juillet 2011, qui figure au dossier de l'autorité inférieure (dossier 29/1) avec sa traduction en allemand (dossier 29/2), a été soumis à D._______ par courriel du 8 août 2011, en le priant de faire part de ses éventuelles remarques jusqu'au 26 août 2011. Ce dernier y a répondu seulement par courriel du 17 novembre 2011, avec ses demandes de modification (dossier 29/3).
Cela étant, il ressort de la lecture du mémo en cause comme de la réponse du mandataire du 23 mars 2012 indiquant ce qu'il a accepté de prendre en compte (dossier 61/1) que l'emploi du conditionnel en protocole des propos de D._______ est une formule de style indirect, et non une manière de mettre en doute ces propos de la part du mandataire. Le fait que le mandataire n'ai pas accepté toutes les corrections demandées ne suffit pas non plus à rendre vraisemblable une prévention de sa part. De même, le questionnaire soumis à F._______ ([...]) le 23 décembre 2011 porte des mentions au conditionnel afin de signifier que les cas de plagiat dénoncés sont précisément sous enquête et non encore établis.
4.3.2 L'on relèvera encore que c'est uniquement suite au refus du mandataire d'apporter les modifications requises que la recourante a demandé sa récusation. Or, un motif de récusation touchant à la prévention est à ce point grave que l'on peut raisonnablement se demander s'il n'aurait pas dû conduire la recourante, qui l'invoque, à agir en ce sens dès réception du mémo et des formulations y contenues. Cela d'autant plus que, de jurisprudence constante, un motif de récusation doit être invoqué sans délai dès la connaissance des motifs de récusation (ATF 121 I 225 consid. 3, ATF 120 Ia 19 consid. 2c; plus récent: arrêt du Tribunal fédéral 5A_709/2012 du 15 février 2013 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 327/2012 du 25 mars 2013 consid. 1.5.1). Par ailleurs, le rejet par le mandataire des corrections demandées est un acte de procédure qui ne saurait en soi être propre - qu'il soit ou non fondé - à justifier une demande de récusation. La question de savoir si l'EPFL a formulé sa demande de récusation en temps utile - qui se pose également au vu de la présence du représentant légal de la recourante à l'audition de D._______ le 25 juillet 2011 - peut toutefois demeurer ouverte.
En effet, les autres motifs invoqués à l'appui de la demande de récusation ne permettent pas non plus de la justifier. Le recourant invoque à ce titre que le mandataire ne maîtriserait pas suffisamment le français. Or, s'il résulte du dossier que le mandataire est de langue maternelle allemande, il ressort de même qu'il maîtrise très bien le français. Les parties et les personnes auditionnées par le mandataire avaient d'ailleurs connaissance de cette situation et n'ont jamais soulevé ce point au préalable. De même, elles n'ont pas contesté qu'une partie de l'enquête puisse être menée en allemand, puis traduite en français. Surtout, le recourant n'invoque aucun exemple précis d'incompréhension liée à cette situation. Il en va de même de la critique portant sur le manque de connaissances par le mandataire des règles de droit public. Outre que ce dernier dispose d'une grande expérience établie de la procédure, les mesures d'instruction "illicites ou inadéquates" qui lui sont opposées ne sont pas avérées en droit, et seraient en soi impropres à fonder une récusation du mandataire. Enfin, l'audition requise de E._______ par le Tribunal - afin qu'il confirme que son audition par le mandataire s'est déroulée de manière chaotique - n'est pas non plus propre à soutenir le grief de prévention, et peut être ainsi écartée par appréciation anticipée des preuves (cf. art. 33 al. 1 PA).
4.4 En conclusion, il s'avère qu'il n'y a aucun indice propre à faire naître un doute objectif au sens de l'art. 10 al. 1 let. d PA quant à l'impartialité du mandataire dans le traitement de l'enquête administrative dont il a été chargé. Le grief en récusation porte bien plutôt sur les aptitudes professionnelles du mandataire au sens de l'art. 27d al. 1 let. b OLOGA, et n'est au surplus nullement établi. C'est pourquoi, ce grief doit en l'espèce être rejeté.
5. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
6.6.1 Quoique succombant, la recourante n'est pas assujettie aux frais judiciaires, en tant qu'autorité fédérale (art. 63 al. 2 PA).
6.2 Vu l'issue de la cause, aucune indemnité de dépens n'est due (art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 3 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]).
(dispositif à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Il n'est pas prélevé de frais judiciaires.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (Acte judiciaire)
- à l'EPFZ (Recommandé)
- au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (Recommandé)
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Deborah D'Aveni
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :