bvger · A-5031/2024 · 2025-10-02 · fr
A-5031/2024

Fin des rapports de travail

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5031/2024
Arrêt du 2 octobre 2025
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Jürg Marcel Tiefenthal, Alexander Misic, juges,
Tobias Sievert, greffier.
Parties
X._______,
représenté par Maître Mirko Giorgini, avocat,
Giorgini Avocats,
Rue des Terreaux 10, 1003 Lausanne,
recourant,
contre
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL),
EPFL P-SG AJ, CE 3 307, Station 1, 1015 Lausanne,
intimée,
Commission de recours interne des EPF, Effingerstrasse 6a, Case postale, 3001 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Droit du personnel ; licenciement avec effet immédiat.
Faits :
A. X._______ (ci-après également : l'employé), né le (...), a été engagé par l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après : l'EPFL ou l'employeur) en qualité d'assistant-doctorant, par contrat renouvelable de durée déterminée d'une année, du 15 février 2020 au 14 février 2021, à un taux d'activité de 100%. Le contrat prévoyait un rattachement au Laboratoire de la science et de l'ingénierie de l'énergie renouvelable (ci-après : le Laboratoire). Le contrat de travail a été renouvelé à trois reprises. A la suite du dernier renouvellement, l'échéance du contrat était fixée au 14 février 2024.
B.
B.a Les rapports entre l'employé et sa supérieure hiérarchique, la professeure Y._______, laquelle assurait également la direction de son doctorat, se sont progressivement dégradés.
B.b Lors d'un échange de courriels entre le 1er et le 6 mars 2023, Y._______ a reproché à X._______ la mauvaise gestion d'un projet scientifique. Elle a en particulier remis en cause le choix des paramètres d'une étude en lien avec des données cinétiques. Elle lui a également reproché d'avoir trop tardé dans le compte rendu de l'étude. Elle l'a en outre invité à tenir compte, dans l'exécution de son travail, des remarques et instructions qui lui avaient été communiquées. Des échanges relatifs à ces questions se sont ensuite poursuivis par l'intermédiaire de la messagerie WhatsApp.
Lors d'un entretien du 24 avril 2023 et par courriel du même jour, Y._______ a fait part à X._______ de quatre points qui devaient être améliorés. Par courriel du 26 avril 2023, X._______ a répondu aux remarques émises par sa supérieure. Il a affirmé qu'il n'était pas disposé à accepter des exigences qui ne seraient pas utiles pour le travail futur. Il a par ailleurs sollicité des clarifications au sujet de la politique de remboursement des frais au sein de l'EPFL, tout en relevant dans ce contexte le comportement non professionnel et irrespectueux d'une collaboratrice administrative du Laboratoire. Dans l'hypothèse où les difficultés devaient persister, il a indiqué qu'il pourrait envisager une co-supervision de thèse, afin de bénéficier d'un soutien supplémentaire.
Par courriel du 5 mai 2023, Y._______ a convoqué X._______ à un entretien en présence des ressources humaines de l'EPFL au motif qu'il continuait à ignorer les instructions données. Par courriel du 20 mai 2023, X._______ a, en vue de l'entretien prévu le 22 mai 2023, transféré à Z._______, responsable des ressources humaines de l'EPFL, les courriels échangés avec Y._______. A cet égard, il a notamment fait part de son inquiétude à propos de la manière dont Y._______ supervisait son projet de recherche.
B.c Le 22 mai 2023 s'est tenu un entretien entre X._______, Y._______ et Z._______. A cette occasion, l'EPFL a signifié à l'employé un avertissement sous la menace d'un licenciement. L'avertissement reproche en substance à l'employé d'ignorer les instructions et les demandes de sa supérieure, tendant notamment au rendu de rapports hebdomadaires concernant l'avancement de sa thèse ou à la conduite d'autres projets. Il lui est également reproché d'interagir de façon problématique avec l'équipe administrative du Laboratoire et d'avoir adopté un comportement non éthique en soumettant un résumé pour une conférence sans l'approbation de sa supérieure.
A cet égard, plusieurs objectifs ont été fixés à l'employé, à savoir notamment d'informer sa supérieure sur l'avancement de son travail à l'aide de comptes-rendus hebdomadaires, de mener son doctorat selon un calendrier strict, de suivre les processus administratifs, d'interagir avec le personnel administratif sans pression ni insistance et de respecter le pouvoir décisionnel de sa supérieure. Ces objectifs devaient être atteints dans un délai d'un mois. A l'échéance de ce délai, il était prévu de réévaluer la situation.
Par courriel du même jour à 21h45, donnant suite aux courriels échangés entre le 1er et le 6 mars 2023 (cf. supra let. B.b), X._______ a en particulier manifesté son désaccord avec certains éléments figurant dans l'avertissement.
B.d A la suite d'un échange de courriels du 27 juin au 3 juillet 2023 avec sa supérieure, X._______ a transféré le 13 juillet 2023 un planning « Gantt chart » sur le déroulement de sa thèse au professeur A._______, directeur du programme doctoral.
B.e Lors d'un échange de courriels entre le 29 août et le 6 septembre 2023, des dissensions ont eu lieu entre X._______ et B._______, une assistante administrative de l'EPFL, sur des questions relatives à la prise en charge des frais liés à un déplacement. De telles dissensions avaient déjà eu lieu lors d'un échange de courriels entre le 21 septembre et le 3 octobre 2022.
Par courriel du 7 septembre 2023, Y._______ a demandé à X._______ de s'abstenir de menacer les membres du Laboratoire. A cet égard, elle a rappelé les objectifs fixés dans l'avertissement du 22 mai 2023 en termes de communication et de respect dans les interactions avec les collègues. Par réponse du même jour, X._______ a indiqué que sa demande de remboursement des frais de déplacement était conforme aux directives de l'EPFL et qu'il exigeait de B._______ un respect mutuel.
B.f Lors d'un échange de courriels du 30 octobre 2023, Y._______ a rappelé à X._______ de lui faire parvenir les rapports hebdomadaires manquants et un calendrier des échéances de sa thèse. Par réponse du même jour, X._______ a notamment indiqué qu'il n'avait pas connaissance du calendrier de sa supérieure pour établir l'échéancier de sa thèse et qu'il allait dorénavant supposer qu'elle s'adapte à son propre calendrier. Il a également indiqué qu'il n'avait toujours pas eu de retour sur le résumé de sa thèse transmis le 6 septembre 2023, respectivement sur l'invitation du jury pour sa défense de thèse. Dans un second courriel du 30 octobre 2023 à 23h32, X._______ a notamment indiqué qu'il convenait, pour la semaine en cours, de finaliser en priorité le résumé de sa thèse et de déterminer conjointement les membres du jury pour sa défense de thèse.
Par courriel du 31 octobre 2023 à 09h00, Y._______ a rappelé une nouvelle fois à X._______ de lui faire parvenir les rapports hebdomadaires manquants. Elle lui a également fait part que le calendrier de sa thèse devait être complet, et non pas porter sur le court terme uniquement. Les rapports et le calendrier concernés devaient encore être remis pour le même jour. Dans ce contexte, elle lui a également indiqué que le résumé de sa thèse devait être mis à jour au vu des développements intervenus les derniers mois. En ce qui concerne le jury pour la défense de thèse, il ne lui appartenait pas de décider de sa composition. Enfin, elle lui a également rappelé qu'il ne remplissait pas les objectifs définis dans l'avertissement du 22 mai 2023.
Par courriel du même jour à 21h00, X._______ a indiqué à Y._______ qu'il n'avait pas eu de retour de sa part en ce qui concerne le résumé et la lettre d'accompagnement de sa thèse.
B.g Le 1er novembre 2023, X._______ s'est présenté sans rendez-vous au bureau de sa supérieure afin de parler de sa thèse. Y._______ était déjà en visio-conférence. Selon l'EPFL, X._______ aurait refusé de sortir du bureau avant d'avoir obtenu un rendez-vous, ce qui obligea Y._______ de mettre un terme prématuré à sa visio-conférence. Un entretien a alors été fixé au lendemain, le 2 novembre 2023. Sur demande de Y._______, Z._______ a sollicité que la sécurité de l'EPFL prenne les mesures nécessaires en vue de l'entretien du lendemain.
Lors de l'entretien du 2 novembre 2023, qui a eu lieu dans une salle de conférence de l'EPFL, des tensions sont apparues entre X._______ et Y._______. A l'issue de l'entretien, Y._______ est allée dans son bureau afin d'appeler le service de sécurité de l'EPFL.
Le Domaine Sécurité et Exploitation de l'EPFL, composé de C._______, D._______ et E._______, a entendu Y._______ à l'issue de l'entretien du 2 novembre 2023. Selon le procès-verbal correspondant du même jour, Y._______ indique notamment que la tension lors de l'entretien serait très vite montée. Elle mentionne également que X._______ aurait indiqué suivre un traitement contre l'agressivité. Lors de l'entretien, il aurait proféré des menaces de mort à son encontre. Il aurait aussi affirmé que s'il n'obtenait pas la publication de sa thèse et son doctorat, il allait « tout détruire ». Il se serait emporté, en se levant plusieurs fois et en avançant en sa direction. Elle lui aurait demandé s'il avait besoin d'aide, ce à quoi il aurait répondu par la négative.
Par courriel du même jour, à savoir du 2 novembre 2023, adressé aux membres du Laboratoire, Y._______ a indiqué que X._______ avait menacé sa vie, le groupe du Laboratoire ainsi que l'EPFL. Elle a également indiqué que X._______ coopérait avec les équipes de santé et de sécurité de l'EPFL et qu'elle allait tenir les collaborateurs au courant de l'évolution de la situation.
Le 2 novembre 2023 également, Y._______ a déposé une plainte pénale à l'encontre de X._______.
A la suite de l'entretien du 2 novembre 2023, X._______ a rencontré le même jour Z._______ des ressources humaines afin de lui présenter sa version de la séance. A l'issue de la discussion, Z._______ a accompagné X._______ au point de santé de l'EPFL, où une ambulance l'a emmené aux urgences médicales du Centre hospitalier universitaire vaudois (ci-après : le CHUV).
B.h Le 6 novembre 2023, X._______ a été entendu par le Domaine Sécurité et Exploitation de l'EPFL, composé de D._______ et E._______, en la présence également de Z._______, à propos de l'entretien qui s'est tenu le 2 novembre 2023 avec Y._______. A cet égard, X._______ a notamment affirmé que des désaccords seraient survenus concernant la finalisation de sa thèse et de son travail. Il a admis qu'il s'était levé durant l'entretien et que sa voix avait pu être plus forte, tout en contestant avoir menacé sa supérieure. Il a également indiqué avoir suivi une consultation psychologique au CHUV ainsi qu'à l'EPFL en lien avec ces événements. Enfin, il a soutenu qu'il ne bénéficiait pas d'un soutien académique suffisant de la part de sa supérieure.
Lors de cet entretien, il a été demandé à l'employé de ne plus contacter ses collègues ni de se rendre sur le site de l'EPFL.
B.i X._______ a présenté pour des raisons médicales une incapacité de travail de 50% du 8 au 30 novembre 2023. Il se plaignait notamment de souffrir de troubles du sommeil, de fatigue, d'une inappétence, d'une sensation de tension et de difficultés de concentration, et ce à la suite de l'entretien du 2 novembre 2023 au sujet de son doctorat. A ce propos, X._______ a été en consultation médicale au Département de psychiatrie du CHUV les 8 novembre, 16 novembre et 6 décembre 2023.
C.
C.a Par correspondance du 14 novembre 2023 remise en mains propres, X._______ a été informé par Z._______ que l'EPFL entendait rendre une décision de résiliation des rapports de travail pour justes motifs et qu'un délai au 24 novembre 2024 lui était imparti pour faire valoir son droit d'être entendu. A cette occasion, il a été demandé une nouvelle fois à l'employé de ne plus accéder au site de l'EPFL.
C.b Par courriel du 24 novembre 2023 adressé à Z._______, X._______ s'est opposé à son licenciement. Il conteste avoir eu un comportement agressif envers sa supérieure. Il indique également que sa supérieure ne lui aurait pas apporté un soutien suffisant durant ses études doctorales et qu'elle le mettait sous pression.
C.c Par décision du 27 novembre 2023, l'EPFL a signifié à X._______ la résiliation immédiate des rapports de travail pour justes motifs, en invoquant une rupture définitive du rapport de confiance. L'EPFL a en substance considéré que le comportement menaçant et belliqueux de l'employé ainsi que son refus de suivre les directives n'étaient pas tolérables, ce d'autant plus après l'avertissement formel du 22 mai 2023.
C.d Contre cette décision, l'employé a, par l'intermédiaire de son conseil Me Mirko Giorgini, recouru le 21 décembre 2023 auprès de la Commission de recours interne des EPF (ci-après : CRIEPF).
D.
Par décision du 13 juin 2024, la CRIEPF a rejeté le recours formé par X._______, confirmant ainsi la décision rendue le 27 novembre 2023 par l'EPFL.
A l'appui de sa décision, la CRIEPF a en substance considéré que le comportement de l'employé justifiait un licenciement immédiat. A cet égard, il n'était pas décisif qu'il ait ou non véritablement proféré des menaces à l'égard de sa supérieure et de l'EPFL lors de l'entretien du 2 novembre 2023. Au regard du déroulement des événements ayant mené jusqu'à l'entretien du 2 novembre 2023, il apparaissait que l'employé avait fait preuve d'une insubordination et d'une grave violation de son devoir de loyauté. Dans ces circonstances, il ne pouvait pas être reproché à l'EPFL de considérer que le lien de confiance avec l'employé était définitivement et irrémédiablement rompu. Ce faisant, l'EPFL pouvait mettre fin aux rapports de travail avec effet immédiat.
E.
E.a Par mémoire du 12 août 2024, X._______ (ci-après : le recourant) a formé, par l'intermédiaire de son avocat, un recours au Tribunal administratif fédéral (ci-après également : le Tribunal) contre la décision de la CRIEPF (ci-après également : l'autorité inférieure) du 13 juin 2024.
Le recourant conclut principalement à l'admission de son recours et à l'annulation de la décision entreprise. Il demande le paiement de son salaire brut jusqu'à l'expiration de son contrat de travail, soit un montant total de 12'733.15 francs, 13e salaire compris, plus droit aux vacances jusqu'à l'échéance ordinaire du contrat sous réserve des jours de congé déjà pris, le tout avec intérêt à 5% l'an dès le 10 janvier 2024. Par ailleurs, il demande le paiement d'une indemnité pour résiliation immédiate en l'absence de justes motifs d'au minimum 28'489.50 francs, correspondant à 6 mois de salaire, avec intérêt à 5% l'an dès le 27 novembre 2023. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure.
A l'appui de son recours, il fait valoir que l'autorité inférieure a procédé à une constatation inexacte des faits pertinents et a, de ce fait, violé le droit fédéral. En particulier, la résiliation des rapports de travail ne reposerait sur aucun juste motif. A cet égard, il allègue notamment avoir effectué son travail à satisfaction de sa supérieure hiérarchique et avoir entretenu de bonnes relations avec ses collègues à l'EFPL. Il indique également qu'il aurait constamment cherché à apaiser les tensions avec sa supérieure hiérarchique afin de terminer sans encombre sa thèse ainsi que sa fonction d'assistant. A l'inverse, sa supérieure hiérarchique n'aurait pas fait preuve de la même volonté. Enfin, au vu de l'échéance proche de son contrat de travail au 14 février 2024, l'EPFL aurait dû trouver une solution afin de lui permettre de mener son activité jusque-là, par exemple en collaborant avec un autre professeur.
E.b Par correspondance du 23 août 2024, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours, tout en renvoyant aux considérants de sa décision du 13 juin 2024.
E.c Par réponse du 12 septembre 2024, l'EPFL (ci-après également : l'intimée) a conclu au rejet du recours. Elle a notamment relevé que les éléments du dossier démontraient une insubordination du recourant et une incompréhension de son rôle ainsi que de celui de sa supérieure hiérarchique. Son comportement de plus en plus subversif, irrespectueux et agressif à l'égard de sa supérieure était inadmissible et intolérable, et ce en particulier lors des événements des 1er et 2 novembre 2023. Il se justifiait dès lors de mettre fin aux rapports de travail avec effet immédiat.
E.d Par réplique du 24 octobre 2024, le recourant a notamment fait valoir qu'il n'avait pas bénéficié d'un soutien suffisant durant son doctorat, alors même qu'il respectait les instructions et les délais convenus avec l'école doctorale. Il a en outre indiqué avoir entretenu de bonnes relations avec ses collègues, à l'exception d'une personne de l'équipe administrative de l'EPFL. Enfin, selon lui, son transfert au CHUV après l'entretien du 2 novembre 2023 donnait suite à l'appel d'un spécialiste de la santé au travail et visait à prévenir un risque de suicide.
L'autorité inférieure a renoncé à déposer une duplique. L'intimée a dupliqué par écriture du 14 novembre 2024 en maintenant ses conclusions.
E.e Par écriture du 19 décembre 2024, le recourant a déposé des observations finales, en persistant également dans ses conclusions.
E.f Par correspondance du 28 mai 2025, le recourant a communiqué au Tribunal une ordonnance de classement du 9 mai 2025 rendue par le Ministère public de l'arrondissement de La Côte. En substance, cette dernière autorité a retenu que les faits reprochés au recourant n'étaient pas suffisamment intenses pour constituer une infraction pénale. En ce qui concerne les allégations de menaces de mort lors de l'entretien du 2 novembre 2023, le Ministère public a, au vu des déclarations contradictoires des parties s'agissant du déroulement des faits, respectivement du fait qu'aucune mesure d'instruction ne pouvait corroborer les accusations formulées par Y._______, classé la procédure.
En tant que besoin, les autres faits et arguments pertinents des parties seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.
Droit :
1.
1.1 La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) ou la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales (loi sur les EPF, RS 414.110) n'en disposent pas autrement (art. 37 LTAF et art. 37 al. 1 loi sur les EPF).
1.2 Le Tribunal examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.3
1.3.1 Sous réserve des exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours interjetés contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les commissions fédérales (cf. art. 33 let. f LTAF). En l'occurrence, la CRIEPF est une telle commission fédérale (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3931/2022 du 23 mai 2023 consid. 1.1, A-2689/2015 du 10 novembre 2015 consid. 1.1).
1.3.2 La décision du 13 juin 2024 rendue par cette autorité, dont il est recours, satisfait aux conditions prévalant à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 PA. Il en résulte que le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du présent litige.
1.4 Le recours a été déposé en temps utile (cf. art. 50 al. 1 PA) et en la forme requise (cf. art. 52 al. 1 PA) par le destinataire de la décision attaquée, qui dispose de la qualité pour recourir (cf. art. 48 PA). Il convient d'entrer en matière.
2.
2.1 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation des faits et l'opportunité de la décision attaquée (cf. art. 49 PA).
En matière de droit du personnel, le Tribunal examine toutefois avec retenue les questions ayant trait à l'appréciation des prestations des employés, à l'organisation administrative, aux problèmes liés à la collaboration au sein d'un service ou aux relations de confiance. Dans le doute, il ne substitue pas son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité administrative qui a rendu la décision, laquelle connaît mieux les circonstances de l'espèce (cf. ATAF 2010/53 consid. 9, 2007/34 consid. 5 ; arrêts du TAF A-2946/2021 du 31 janvier 2022 consid. 2.1, A-3238/2020 du 21 décembre 2020 consid. 2, A-3861/2016 du 27 juillet 2017 consid. 2.1.1, A-2689/2015 du 10 novembre 2015 consid. 2.1). Cette réserve n'empêche pas le Tribunal d'intervenir sur ces points lorsque la décision attaquée semble objectivement inopportune (cf. ATAF 2007/34 consid. 5 ; arrêts du TAF A-2946/2021 du 31 janvier 2022 consid. 2.1, A-2689/2015 du 10 novembre 2015 consid. 2.1).
2.2 Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2).
2.3 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens idoines (art. 12 PA ; cf. arrêts du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 1.4.2, A-1107/2018 du 17 septembre 2018 consid. 1.3.2). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 13 PA ; cf. ATF 143 II 425 consid. 5.1, 140 II 65 consid. 3.4.2 ; ATAF 2013/32 consid. 3.4.2). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37 LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit, dans ce cas, pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. Dans ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-2946/2021 du 31 janvier 2022 consid. 2.2, A-1843/2021 du 6 décembre 2021 consid. 2.2, A-5373/2020 du 13 octobre 2021 consid. 2.2).
3.
L'objet du litige porte en l'occurrence sur le point de savoir si la résiliation immédiate des rapports de travail du recourant est intervenue valablement.
A ce titre, le Tribunal présentera brièvement le droit applicable (cf. infra consid. 4), puis les arguments des parties (cf. infra consid. 5), avant d'examiner les griefs relatifs à l'établissement des faits (cf. infra consid. 6), aux motifs de résiliation immédiate invoqués (cf. infra consid. 7) et au respect du principe de la proportionnalité (cf. infra consid. 8).
4.
4.1 La loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers, RS 172.220.1) régit les rapports de travail entre la Confédération et son personnel (art. 1 LPers). Elle s'applique au personnel des écoles polytechniques fédérales, à moins que la loi sur les EPF n'en dispose autrement (art. 17 al. 1 loi sur les EPF). Ces rapports sont également régis par les dispositions d'exécution de l'ordonnance du Conseil des EPF du 15 mars 2001 sur le personnel du domaine des écoles polytechniques fédérales ([OPers-EPF, RS 172.220.113] ; cf. art. 1 al. 1 OPers-EPF en relation avec l'art. 37 al. 3 LPers et l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre du 20 décembre 2000 relative à la loi sur le personnel de la Confédération [ordonnance-cadre LPers, RS 172.220.11]). A moins que la LPers ou une autre loi fédérale n'en disposent autrement, les dispositions pertinentes de la loi fédérale du 30 mars 1911 complétant le Code civil suisse (Livre cinquième : Droit des obligations ; CO, RS 220) sont applicables par analogie (cf. art. 6 al. 2 LPers).
En l'espèce, les rapports de travail conclus par les parties pour la période allant du 15 février 2020 jusqu'au 14 février 2021, puis prolongés jusqu'au 14 février 2024, sont de durée déterminée. Comme le prévoit l'art. 334 al. 1 CO, qui s'applique par analogie conformément à l'art. 6 al. 2 LPers, le contrat de durée déterminée prend fin sans qu'il soit nécessaire de donner congé. Il faut comprendre par là qu'il n'est pas possible de résilier un tel contrat de manière ordinaire, pour des motifs objectivement suffisants au sens de l'art. 10 al. 3 LPers. L'existence de justes motifs peut cependant justifier une résiliation immédiate de ce type de contrat (cf. art. 10 al. 4 LPers). Il s'agit du seul moyen dont l'employeur dispose pour mettre - contre la volonté de l'employé - un terme anticipé au contrat de durée déterminée conclu (cf. arrêts du TAF A-2689/2015 du 10 novembre 2015 consid. 3.1, A-841/2007 du 20 août 2007 consid. 8.5 ; Peter Helbling, in : Portmann/Uhlmann [éd.], Bundespersonalgesetz [BPG], Berne 2013, art. 9 LPers no 52 ss et 62).
4.2 L'intimée a en l'occurrence prononcé la résiliation des rapports de travail en se fondant sur l'art. 10 al. 4 LPers, lequel prévoit que les parties peuvent, pour de justes motifs, résilier avec effet immédiat les contrats de durée déterminée et indéterminée.
4.2.1 La LPers ne définit pas la notion de justes motifs figurant dans cette disposition. Les justes motifs prévus par la LPers sont cependant les mêmes que ceux du droit privé du travail, raison pour laquelle, dans l'examen de la question de savoir si la résiliation immédiate est justifiée, le Tribunal peut se fonder sur la pratique développée en lien avec l'art. 337 CO (cf. ATF 143 II 443 consid. 7.3 ; arrêts du TAF A-5703/2018 du 24 mai 2019 consid. 4.1, A-4312/2016 du 23 février 2017 consid. 5.1).
4.2.2 La résiliation immédiate doit permettre de mettre fin sans délai à une situation qui n'est objectivement plus supportable. Au même sens que l'art. 337 al. 2 CO, sont considérées comme de justes motifs, toutes les circonstances qui, selon les règles de la bonne foi, ne permettent pas d'exiger de celui qui a donné le congé la continuation des rapports de travail ; le juge apprécie librement s'il existe de justes motifs (cf. art. 337 al. 3 CO). Selon la jurisprudence, la résiliation avec effet immédiat pour justes motifs est une mesure exceptionnelle qui ne doit être admise que de manière restrictive (cf. ATF 137 III 303 consid. 2.1.1, 130 III 28 consid. 4.1 ; arrêt du Tribunal fédéral [TF] 1C_10/2025 du 18 juillet 2025 consid. 2.1). L'auteur du congé doit pouvoir justifier de circonstances propres à détruire la confiance qu'impliquent dans leur essence les rapports de travail, ou à l'ébranler de façon si sérieuse que la poursuite du contrat ne peut plus être exigée (cf. ATF 142 III 579 consid. 4.2 ; arrêt du TF 1C_10/2025 du 18 juillet 2025 consid. 2.1 ; arrêt du TAF A-5703/2018 du 24 mai 2019 consid. 4.2).
Dans le cas où le rapport de confiance existant entre les parties au contrat est à ce point perturbé ou détruit qu'il faut inférer des circonstances concrètes que la continuation des rapports de travail jusqu'au prochain terme de résiliation ou à l'expiration de ceux-ci n'est pas tolérable, il se justifie de résilier avec effet immédiat le contrat en tant qu'unique échappatoire à la situation insupportable survenue, qui met en péril le rapport de collaboration. Un manquement particulièrement grave doit pouvoir être reproché à l'une des parties et doit en outre avoir conduit objectivement à la destruction du lien de confiance mutuel. Il ne suffit donc pas que la continuation du contrat soit simplement insupportable pour la partie qui le résilie. Bien plutôt, ce ressenti doit également apparaître insoutenable d'un point de vue objectif, de nature à avoir rompu le lien de confiance à la base du contrat de travail (cf. ATF 129 III 380 consid. 2.1 ; arrêt du TF 4A_153/2016 du 27 septembre 2016 consid. 2.1 ; arrêt du TAF A-2689/2015 du 10 novembre 2015 consid. 3.2.2 ; Guiseppe Donatiello, in : Thévenoz/Werro [éd.], Commentaire Romand, Code des obligations I, 3e éd., Bâle 2021, art. 337 CO no 6 s. ; Wolfgang Portmann/Roger Rudolph, in : Widmer/Lüchinger/Oser [éd.], Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 7e éd., Bâle 2020, art. 337 CO no 1 ss).
4.2.3 L'existence de justes motifs de résiliation immédiate s'examine au regard des circonstances du cas d'espèce (cf. ATF 142 III 579 consid. 4.2 ; arrêt du TF 4A_467/2019 du 23 mars 2022 consid. 4.1 ; Rémy Wyler/Boris Heinzer/Aurélien Witzig, Droit du travail, 5e éd., Berne 2024, p. 780 et 783). Il est à cet égard difficile d'établir un catalogue de comportements susceptibles de justifier un congé immédiat. Dans son appréciation, le juge doit notamment prendre en compte la position et la responsabilité du travailleur, le type et la durée des rapports contractuels, ainsi que la nature et l'importance des manquements invoqués ou encore le temps restant jusqu'à l'échéance ordinaire du contrat (cf. ATF 142 III 579 consid. 4.2, 137 III 303 consid. 2.1.1, 130 III 28 consid. 4.1 ; arrêts du TF 1C_10/2025 du 18 juillet 2025 consid. 2.1, 4A_467/2019 du 23 mars 2022 consid. 4.1). A cet égard, l'importance du manquement doit être d'autant plus grande que ce laps de temps est court (cf. arrêt du TF 4A_467/2019 du 23 mars 2022 consid. 4.1 et les réf. cit.).
4.2.4 Seul un manquement particulièrement grave du travailleur justifie son licenciement immédiat ; si le manquement est moins grave, il ne peut entraîner une résiliation immédiate que s'il a été répété malgré un avertissement (cf. ATF 142 III 579 consid. 4.2, 130 III 28 consid. 4.1 ; arrêts du TF 1C_10/2025 du 18 juillet 2025 consid. 2.1, 4A_153/2016 du 27 septembre 2016 consid. 2.1 ; Donatiello, op. cit., art. 337 CO no 7 s.). Par manquement du travailleur, on entend en règle générale la violation d'une obligation découlant du contrat de travail ou d'une obligation légale - à l'instar de son obligation de fidélité et de diligence au sens de l'art. 20 LPers (cf. arrêt du TAF A-4586/2014 du 24 mars 2015 consid. 3.3.1) -, mais d'autres incidents peuvent également justifier une résiliation immédiate (cf. ATF 137 III 303 consid. 2.1.1, 130 III 28 consid. 4.1 ; arrêts du TF 1C_10/2025 du 18 juillet 2025 consid. 2.1, 4A_153/2016 du 27 septembre 2016 consid. 2.1). L'avertissement ne constitue jamais le motif du licenciement, mais bien la gravité de l'acte reproché qui ne permet pas, selon les règles de la bonne foi, la continuation des rapports de travail jusqu'à l'expiration du délai de congé (cf. Wyler/Heinzer/Witzig, op. cit., p. 782). Cette gravité peut être absolue ou relative. Elle est absolue lorsqu'elle résulte d'un acte isolé. A l'inverse, elle est relative lorsqu'elle résulte du fait que le travailleur persiste à violer ses obligations contractuelles ; la gravité requise ne résulte ainsi pas de l'acte lui-même, mais de la réitération des manquements (cf. arrêt du TAF A-6805/2015 du 2 mai 2016 consid. 4.1.1).
De manière générale, la violation persistante et délibérée des instructions de l'employeur, le refus d'obtempérer et le manque de respect envers son supérieur peuvent, après avertissement, justifier une résiliation avec effet immédiat (cf. arrêt du TAF A-6805/2015 du 2 mai 2016 consid. 4.1.2.1 ; Wyler/Heinzer/Witzig, op. cit., p. 800). A cet égard, le fait qu'un travailleur persiste de manière délibérée à ne pas respecter les instructions données par l'employeur, nonobstant un avertissement comportant la menace claire d'un licenciement avec effet immédiat, constitue un juste motif de résiliation (en ce sens, cf. arrêt du TF 4C.119/2006 du 29 août 2006 consid. 3 ; arrêt du TAF A-6805/2015 du 2 mai 2016 consid. 4.1.2.1).
4.2.5 Tant l'employeur privé que l'employeur public bénéficient d'un pouvoir d'appréciation important dans l'examen de l'existence d'un juste motif de résiliation immédiate. Le principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101]) doit toutefois être respecté en droit public, de sorte que l'employeur optera pour la mesure la plus adaptée, respectivement celle qui est suffisante. La résiliation immédiate constitue la mesure la plus sévère que l'employeur peut prononcer, si bien qu'elle doit être l'exception (ultima ratio) et, ainsi, faire l'objet d'une utilisation restrictive (cf. ATF 130 III 28 consid. 4.1 ; arrêt du TAF A-4586/2014 du 24 mars 2015 consid. 3.2).
La charge de la preuve de l'existence d'un juste motif au sens de l'art. 10 al. 4 LPers incombe à la personne qui s'en prévaut soit, au cas d'espèce, à l'autorité inférieure (cf. art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210] ; Wyler/Heinzer/Witzig, op. cit., p. 780).
4.3
4.3.1 Parmi ses obligations professionnelles les plus importantes, l'employé doit exécuter le travail qui lui est confié avec soin, fidèlement et dans l'intérêt de l'employeur. Elle se traduit par le devoir général de diligence et de fidélité, à la base du lien de confiance entre les parties (cf. Thomas Geiser/Roland Müller/Kurt Pärli, Arbeitsrecht in der Schweiz, 5e éd., Berne 2024, n° 348 ss).
4.3.2 Le devoir général de diligence et de fidélité des employés de la Confédération est réglé à l'art. 20 al. 1 LPers. En vertu de cette disposition, l'employé est tenu d'exécuter avec soin le travail qui lui est confié et de défendre les intérêts légitimes de la Confédération et de son employeur. Le devoir de fidélité et de sauvegarde des intérêts se rapporte en première ligne à l'obligation principale de l'employé, à savoir aux prestations de travail qu'il doit fournir. Ainsi, l'employé a l'obligation d'accomplir son travail fidèlement et consciencieusement, mais également d'éviter et d'annoncer les risques ou de veiller sur les affaires confiées. En particulier, il viole son devoir de fidélité et de sauvegarde des intérêts lorsqu'il n'observe pas les règles de droit, les accords contractuels, les directives ou les instructions données (cf. Helbling, op. cit., art. 20 LPers n° 41). Le devoir de diligence lui impose d'accomplir ses tâches avec soin, au mieux des intérêts de son employeur, et de s'abstenir de tout comportement inadapté ou malhonnête (cf. arrêts du TAF A-4047/2018 du 23 décembre 2019 consid. 7.3, A-3148/2017 du 3 août 2018 consid. 7.1.3). Si l'étendue du devoir de diligence et de fidélité s'inspire de l'art. 321a CO, il contient « une double obligation de loyauté » en droit public, dans la mesure où l'employé soumis à la LPers doit être loyal non seulement à son employeur mais également envers l'Etat (cf. arrêt du TAF A-2578/2016 du 17 octobre 2017 consid. 6.2.2 et 6.3.5 ; Jérôme Candrian, La double pertinence du principe de la bonne foi dans l'exécution des contrats de travail conclus par la Confédération, in : Boillet/Favre/Largey/Martenet [éd.], Zurich 2021, p. 123 s.).
4.3.3 Pour sa part, l'art. 53 OPers-EPF, qui est propre au personnel du domaine des EPF, prévoit que les collaborateurs sont tenus d'accomplir les tâches spécifiées dans leur contrat de travail de manière compétente et responsable, de se conformer aux directives de l'entreprise et à celles de leurs supérieurs hiérarchiques et de se montrer loyaux et coopératifs avec leurs collègues. Cette disposition doit être lue comme une explicitation des composantes du devoir de fidélité et de sauvegarde des intérêts de l'art. 20 al. 1 LPers, puisque, de la même manière que cette dernière, elle définit les devoirs de l'employé (cf. arrêts du TAF A-2689/2015 du 10 novembre 2015 consid. 3.3.2, A-3517/2008 du 29 septembre 2008 consid. 6.3.2).
5. Les arguments divisant les parties sont les suivants.
5.1 L'intimée motive pour l'essentiel le licenciement avec effet immédiat du recourant par le fait qu'il aurait adopté, à plusieurs reprises, un comportement subversif, irrespectueux et agressif envers sa supérieure hiérarchique et les collaborateurs du Laboratoire. Elle reproche également au recourant d'avoir refusé de se conformer aux règles et aux directives de l'EPFL ainsi qu'aux instructions de sa supérieure hiérarchique, en dépit de l'avertissement formel du 22 mai 2023 assorti d'une menace de licenciement.
L'intimée fait en particulier grief au recourant d'avoir adopté un comportement menaçant et agressif lorsqu'il s'est présenté le 1er novembre 2023 dans le bureau de sa supérieure en refusant de le quitter avant d'avoir obtenu un entretien pour le lendemain, puis le 2 novembre 2023 lors de cet entretien en proférant des menaces de mort. A cela s'ajoute que le recourant a réitéré des manquements - notamment en refusant à maintes reprises de se conformer aux instructions de sa supérieure - malgré l'avertissement qui lui avait été adressé à ce propos. Dans ces circonstances, la collaboration avec le recourant était devenue impossible de sorte que les rapports de confiance étaient définitivement rompus. Enfin, l'intimée a estimé qu'aucun élément ne permettait de retenir que la supérieure du recourant ne lui avait pas apporté un soutien suffisant dans le cadre de son doctorat.
5.2 Dans la décision attaquée, l'autorité inférieure a considéré que la résiliation immédiate était fondée. A son sens, il ressort du contexte des événements que le recourant avait adopté une attitude de plus en plus transgressive. Lors des événements des 1er et 2 novembre 2023, les relations entre le recourant et sa supérieure hiérarchique n'étaient pas bonnes. Malgré l'avertissement formel et les différentes remises à l'ordre de la part de sa supérieure, le comportement du recourant dénotait clairement une difficulté à accepter son lien de subordination. Lors des échanges de courriels des 30 et 31 octobre 2023 notamment, le recourant avait défié l'autorité de sa supérieure en ignorant la demande de cette dernière et en lui opposant sa propre demande. Par la suite, le 1er novembre 2023, il avait fait preuve d'un comportement irrespectueux et transgressif en faisant irruption dans le bureau de sa supérieure tout en refusant de le quitter sans avoir obtenu de rendez-vous. Lors de l'entretien du 2 novembre 2023, il avait une nouvelle fois fait preuve d'un comportement irrespectueux en haussant le ton et en se levant après que sa supérieure lui eut rappelé qu'elle était la cheffe. Dans ces circonstances, l'autorité inférieure a retenu qu'il était objectivement compréhensible que la supérieure du recourant se soit sentie menacée, et ce indépendamment de la question de savoir si le recourant avait effectivement proféré des menaces de mort à l'égard celle-ci. Dès lors, l'autorité inférieure a considéré que le recourant avait gravement violé son devoir de loyauté, si bien que lien de confiance était définitivement et irrémédiablement rompu.
5.3 Pour sa part, le recourant affirme contester les motifs retenus par l'autorité inférieure à l'appui de la résiliation immédiate des rapports de travail. A cet égard, il soutient que l'autorité inférieure s'est fondée sur une constatation incomplète des faits pertinents, conduisant à une violation du droit fédéral. S'il ne nie pas avoir rencontré des difficultés relationnelles avec sa supérieure hiérarchique et une collaboratrice administrative du Laboratoire, il affirme avoir eu de bonnes relations avec l'ensemble de ses collègues. Depuis que les différends avec sa supérieure ont pris une plus grande ampleur, le recourant allègue avoir tenté d'arrondir les angles en cherchant un terrain d'entente. Or, il s'est retrouvé confronté à l'absence de volonté de sa supérieure d'apaiser au mieux leurs relations. Le recourant aurait également tenté de saisir le directeur du programme doctoral de l'EPFL afin de faciliter les échanges avec sa supérieure. Quant à l'entretien du 2 novembre 2023 lors duquel il lui est reproché d'avoir adopté un comportement menaçant, le recourant affirme que sa supérieure a également parlé d'une voix forte sous le coup de colère. Il aurait ainsi imité son comportement. Dans ces circonstances, il considère que la résiliation avec effet immédiat de son contrat de travail ne repose sur aucun juste motif.
6. Il convient en premier lieu de se pencher sur le grief du recourant selon lequel l'autorité inférieure aurait procédé à une constatation inexacte des faits.
6.1 A titre liminaire, le Tribunal relève que le recourant n'explique pas précisément quels éléments factuels retenus par l'autorité inférieure sont erronés ou inexacts. En effet, la motivation du recours ne comporte aucune partie critiquant la constatation des faits effectuée par l'autorité inférieure. Il est à cet égard douteux que le moyen tiré de la constatation inexacte des faits satisfasse aux exigences de motivation de l'art. 52 al. 1 PA. Cela étant, le recourant semble avant tout se plaindre d'une constatation inexacte des faits en soulevant que la résiliation des rapports de travail ne repose sur aucun juste motif (cf. mémoire de recours, p. 9 ss). En ce sens, il se plaint davantage de l'appréciation et de la qualification juridique des faits sous l'angle des justes motifs de la résiliation, ce qui relève du droit (cf. art. 49 let. a PA en lien avec l'art. 10 al. 4 LPers), plutôt que d'une constatation inexacte des faits (cf. art. 49 let. b PA). En d'autres termes, le moyen tiré de la constatation inexacte des faits se confond en l'occurrence avec l'examen des motifs de la résiliation immédiate.
6.2 Dès lors, s'il y a lieu, le Tribunal se penchera sur les critiques relatives à l'appréciation des faits dans l'analyse de la question de savoir si les faits reprochés au recourant constituent des justes motifs susceptibles de fonder une résiliation immédiate des rapports de travail au sens de l'art. 10 al. 4 LPers.
7.
Sur ce vu, il appartient d'examiner si la résiliation immédiate du contrat de travail est intervenue valablement, à savoir si elle reposait sur de justes motifs.
7.1 Le Tribunal observe d'abord que, avant le déroulement des événements du 1er et du 2 novembre 2023 ayant conduit à la résiliation des rapports de travail par l'intimée le 27 novembre 2023, la relation entre le recourant et sa supérieure hiérarchique n'était pas bonne.
7.2 Dans le contexte d'un projet de recherche, la supérieure du recourant lui a reproché, lors d'un courriel du 3 mars 2023, le choix des paramètres d'une étude et le fait d'ignorer ses nombreux rappels pour mener ladite étude. Elle lui a indiqué qu'il s'agissait là d'une mauvaise gestion du projet, ce qui était inacceptable pour un étudiant en troisième année de doctorat. Elle lui a également clairement demandé de tenir compte des différentes instructions dans le rendu de son travail. Ces instructions et commentaires étaient destinés à l'aider dans son activité et à améliorer la qualité du résultat final.
Par la suite, à l'occasion d'un entretien et d'un courriel du 24 avril 2023, la supérieure du recourant lui a fait part de quatre points qui devaient être améliorés. Il a en substance été demandé à l'employé de rendre un rapport hebdomadaire concernant l'avancement de son travail, de ne pas fournir de résumé lors de conférences sans l'approbation de l'ensemble des coauteurs, d'avoir un comportement respectueux et professionnel envers ses collègues du Laboratoire, et de respecter la structure hiérarchique en place.
7.3 Le recourant, quant à lui, a exprimé son désaccord avec les remarques de sa supérieure. Dans son courriel du 26 avril 2023 en réponse au courriel de sa supérieure du 24 avril 2023, il a contesté chaque point et formulé ses attentes à l'égard de celle-ci. Avant cela, le recourant a fait part à sa supérieure qu'il ne cherchait pas à la défier mais qu'il n'était pas non plus disposé à accepter des exigences qui ne seraient pas utiles pour la suite de son travail (« Notice that this discussion is not that I am challeging you, and meanwhile, I am not willing to accept any requirement that is unhelpful for the future work »). Par ailleurs, en lien avec le travail scientifique, le recourant a ouvertement critiqué les commentaires de sa supérieure, en les qualifiant de trompeurs et d'inutiles (« misleading and non-useful comments »). Il a ajouté qu'il n'était pas satisfait de la supervision de son travail. A cet égard, le recourant a demandé à sa supérieure de prendre conscience de ce qui n'allait pas dans le précédent projet et de lui confirmer qu'elle allait donner des instructions claires et objectives dans le futur. Lorsqu'elle devait lui faire un retour sur son travail, et seulement si un tel retour s'avérait nécessaire, le recourant a exigé de sa supérieure qu'elle raisonne clairement et qu'elle se justifie avec des références adéquates. Le recourant a indiqué qu'il s'agissait là d'une condition à la fourniture des rapports hebdomadaires de sa part (« [t]his is the precondition of sending you the weekly report ») et qu'il n'accepterait pas des commentaires ou des instructions déraisonnables, respectivement une évaluation inappropriée de son travail (« [i]t is not acceptable to me to receive unreasonable comments or instructions nor improper evaluation on my work »).
Toujours dans ce même courriel du 26 avril 2023, le recourant a mentionné qu'il ne tolérait pas le traitement différencié entre lui et l'assistante administrative avec laquelle il avait eu un différend au sujet des frais de voyage. Il a également estimé que le rappel de sa supérieure relatif à la structure hiérarchique de l'EPFL était inutile pour résoudre les problèmes, notamment quant à la politique de remboursement des frais de voyage. A cet égard, le recourant a indiqué qu'il n'avait pas de temps à perdre avec des discussions inutiles et qu'il attendait une réponse adaptée au regard de ses attentes. Le recourant a également signalé, concernant le différend académique, qu'il était d'accord que sa supérieure suggère un co-superviseur en tant qu'appui supplémentaire. Pour le différend non-académique, il a indiqué que l'administration de l'EPFL pouvait être sollicitée.
7.4 Le Tribunal observe qu'une telle opposition du recourant envers sa supérieure s'avère inappropriée dans un contexte hiérarchique. Comme le relève l'autorité inférieure, le ton et le contenu du courriel du recourant adressé à sa supérieure témoignent d'une difficulté de sa part à accepter son lien de subordination. Le comportement du recourant dénote une insubordination, en ce sens qu'il s'exprime comme s'il était lui-même en mesure de donner des instructions à sa supérieure, respectivement de fixer des conditions préalables au respect des instructions données par elle. A cela s'ajoute que, dans ce même courriel du 26 avril 2024 et à propos du résumé soumis à une conférence sans l'approbation de sa supérieure, le recourant indique qu'il ne souhaitait pas suivre les commentaires de sa supérieure au vu de ses préoccupations quant à la supervision. A cet égard, le recourant indique avoir anticipé les commentaires de sa supérieure, et qu'il allait être en désaccord avec ceux-ci (« [a]ctually before sending the abstract, I could imagine what kind of feedback you may give, while I don't agree on that »).
Le Tribunal retient que ce comportement du recourant procède d'une confusion des rôles et témoigne d'une violation de son devoir de loyauté envers sa supérieure au sens de l'art. 20 al. 1 LPers et de l'art. 53 OPers-EPF. En effet, il apparaît que le recourant n'a, de manière intentionnelle, pas soumis le résumé à sa supérieure pour l'approbation avant la soumission à la conférence, car il anticipait un retour négatif de sa part. Le recourant admet explicitement à ce propos avoir soumis le résumé sans l'accord de sa supérieure. De l'avis du Tribunal, une telle démarche, qui consiste à ignorer sa hiérarchie, porte une atteinte sérieuse au rapport de confiance nécessaire dans une relation de travail, et ce même si le recourant admet devoir discuter des soumissions futures avec sa supérieure à l'avance.
Le Tribunal relève encore que les différends d'ordre scientifique entre les parties ne sauraient en aucun cas justifier que le recourant méconnaisse le lien de subordination qui le lie à sa supérieure. Dans le même sens, l'insatisfaction du recourant quant à la supervision de sa thèse ou quant à la gestion de l'équipe du Laboratoire par sa supérieure ne lui permettait pas d'imposer ses propres conditions et de soumettre unilatéralement ses propres exigences. Les explications que le recourant apporte pour justifier son insubordination sont à cet égard insuffisantes.
7.5 Après que la supérieure du recourant ait constaté le 5 mai 2023 qu'il persistait à ignorer ses demandes quant aux comptes-rendus hebdomadaires ainsi que les décisions en matière de remboursement des frais, le recourant a fait l'objet d'un avertissement formel avec menace de licenciement le 22 mai 2023 (cf. supra let. B.c).
7.5.1 A cet égard, il lui a été en particulier demandé de respecter les instructions de sa supérieure, de l'informer de l'avancement de son travail par des rapports hebdomadaires et d'établir un calendrier strict et contraignant pour le reste de ses études doctorales. Il lui a également été demandé d'interagir avec le personnel administratif sans pression ni insistance. Le recourant devait aussi discuter des projets de soumission de résumés aux conférences, aux écoles doctorales et aux événements en avance avec sa supérieure et ne soumettre de tels résumés qu'avec son autorisation. Enfin, il a été demandé au recourant de dépenser les fonds du Laboratoire lors de voyages conformément aux directives de l'EPFL et de soumettre un budget détaillé à sa supérieure pour approbation avant chaque nouvelle demande de voyage.
7.5.2 Au vu des pièces du dossier, et en particulier de l'échange de courriels intervenu les 24 et 26 avril 2023 entre le recourant et sa supérieure hiérarchique, le Tribunal considère, à l'instar de l'autorité inférieure, que l'avertissement signifié au recourant le 22 mai 2023, notamment en tant qu'il lui enjoignait de se conformer au pouvoir hiérarchique de sa supérieure, se justifiait. Le recourant ne fait au demeurant valoir aucun élément propre à remettre en cause cette appréciation.
Par ailleurs, le Tribunal observe que, après avoir reçu l'avertissement le 22 mai 2023, le recourant s'est adressé le même jour par courriel à sa supérieure en lui demandant ce qu'elle pensait de sa supervision concernant un projet scientifique et s'il était selon elle encore possible d'améliorer sa façon de superviser. A cette occasion, il a donné suite aux courriels échangés entre le 1er et le 6 mars 2023 (cf. supra let. B.c) afin qu'ils puissent déterminer ce qui n'allait pas de part et d'autre. Il a également exprimé son désaccord avec certains éléments figurant dans l'avertissement. Tout en constatant les divergences d'opinions sur le contenu de l'avertissement, le recourant a suggéré de les laisser de côté et d'en discuter plus tard. Il a demandé de régler dans un premier temps les questions académiques, lesquelles étaient à son sens les plus importantes à ce moment (« Though we have different attitude on the statement in this letter, we may lay it aside at this moment and talk about it later whenever you want. Firstly let us figure out the academic related issue. To me, the academic related is much more essential now »).
A cet égard, le Tribunal relève que le recourant exprime une nouvelle fois son insatisfaction de la supervision faite par sa supérieure. Par ailleurs, le fait que le recourant, juste après avoir reçu l'avertissement, suggère à sa supérieure de laisser de côté leur différend relatif au contenu de l'avertissement afin de se focaliser sur les aspects qu'il estime lui-même pertinents témoigne d'une incompréhension manifeste de son rôle ainsi que de celui de sa supérieure hiérarchique. En effet, il n'appartient pas au recourant, en tant que subordonné, de déterminer lui-même l'ordre de priorité des discussions à mener avec sa supérieure hiérarchique, et ce d'autant plus après avoir reçu un avertissement formel assorti d'une menace de licenciement. Il apparaît une nouvelle fois que le recourant peine à reconnaître et à accepter le rapport de subordination qui le lie à sa supérieure hiérarchique.
7.6 Comme le relève ensuite l'autorité inférieure, les échanges de courriels intervenus le 30 et le 31 octobre 2023 entre le recourant et sa supérieure (cf. supra let. B.f) témoignent également des difficultés du recourant à accepter son lien de subordination à l'égard de sa supérieure.
7.6.1 En effet, alors que la supérieure du recourant lui a rappelé le 30 octobre 2023 de lui faire parvenir les rapports hebdomadaires manquants et le calendrier des échéances de son doctorat, le recourant a répondu en sollicitant d'elle notamment un retour sur le résumé de sa thèse soumis auparavant et sur l'invitation des membres du jury. Par la suite, le recourant a lui-même fixé le calendrier de la semaine en le faisant concorder avec ses propres requêtes, à savoir de finaliser le résumé de sa thèse et de déterminer conjointement les membres du jury. Tout en répondant aux différentes questions du recourant, sa supérieure lui a rappelé le 31 octobre 2023 une nouvelle fois la nécessité de fournir les rapports hebdomadaires manquants. Elle a lui également répondu en ce sens que le calendrier des échéances de la thèse devait porter sur le long terme, et non pas uniquement sur la semaine en cours. Dans ce contexte, le résumé de sa thèse devait être mis à jour au regard des derniers développements. Elle lui a aussi indiqué qu'il ne lui appartenait pas de décider de la composition de son jury de thèse. Enfin, elle a rappelé au recourant qu'il ne remplissait pas les objectifs définis dans l'avertissement du 22 mai 2023. En guise de réponse du même jour, à savoir également du 31 octobre 2023, le recourant a rappelé (aimablement selon ses termes) à sa supérieure qu'il n'avait toujours pas reçu de réponse concernant le résumé de sa thèse (« [t]his is a kind reminder that I haven't received your response on the abstract and cover letter »).
7.6.2 Le Tribunal observe, compte tenu du climat conflictuel entre les parties, que le recourant a adopté un comportement objectivement susceptible d'être qualifié de défiant à l'égard de l'autorité de sa supérieure hiérarchique. En effet, alors que sa supérieure lui a notamment demandé de lui fournir les rapports hebdomadaires manquants, le recourant a opposé sa vision des choses en formulant ses propres demandes. Dans son courriel du 31 octobre 2023 en particulier, le recourant a adopté un comportement provocateur et irrespectueux envers sa supérieure, en ce sens qu'il a tout simplement ignoré la demande de sa supérieure en lui reprochant implicitement le fait de ne pas avoir reçu de retour quant au résumé de sa thèse. En tous les cas, comme le relève l'autorité inférieure, même si le recourant n'avait pas reçu de retour quant au résumé de sa thèse, cela ne l'autorisait pas à ignorer la demande de sa supérieure en lui opposant sa propre demande, ce d'autant plus après l'avertissement à ce propos du 22 mai 2023. Enfin, au vu de ce qui précède, il n'apparaît pas que le recourant ait tenté, comme il le prétend dans son recours, de faciliter les échanges avec sa supérieure ou « d'arrondir les angles » (cf. mémoire de recours, p. 10).
7.6.3 Dans ce contexte, le Tribunal constate que l'opposition et le comportement provocateur du recourant envers sa supérieure attestent de son insubordination. Il est patent que, en agissant ainsi, le recourant ne s'est pas conformé aux instructions de sa supérieure hiérarchique et ne s'est pas montré loyal et coopératif comme l'art. 20 al. 1 LPers et l'art. 53 OPers-EPF l'exigent pourtant. A ce stade déjà, le Tribunal retient que la répétition des manquements du recourant, en tant notamment qu'il refusait délibérément de donner suite aux instructions de sa supérieure, nonobstant l'avertissement et les différentes remises à l'ordre, constitue un juste motif de résiliation avec effet immédiat des rapports de travail.
7.7
7.7.1 A cela s'ajoute que, le 1er novembre 2023, le recourant a fait irruption dans le bureau de sa supérieure alors que cette dernière était déjà en visio-conférence. Le recourant a alors fait preuve d'un comportement insistant et transgressif en refusant de quitter le bureau avant d'avoir obtenu un rendez-vous pour le lendemain, ce qu'il ne conteste pas.
7.7.2 Lors de l'entretien du 2 novembre 2023 et quand bien même les déclarations des parties sont à cet égard contradictoires, le recourant admet avoir eu des « échanges houleux » avec sa supérieure. Il admet également avoir haussé le ton et s'être levé après que sa supérieure lui eut rappelé qu'elle était la cheffe. Avec l'autorité inférieure, le Tribunal retient que le fait de se lever et de hausser la voix peut apparaître comme objectivement menaçant, et ce indépendamment des menaces effectivement proférées. Par ailleurs, il ressort des pièces au dossier que les échanges étaient conflictuels, ce d'autant plus que la supérieure du recourant a déposé, à l'issue de l'entretien, une plainte pénale et adressé un courriel aux membres du Laboratoire faisant état de menaces. Par ailleurs, l'enchainement des événements entre le 30 octobre et le 2 novembre 2023 témoigne d'une attitude défiante et irrespectueuse du recourant à l'égard de sa supérieure. Dans ces circonstances et compte tenu de la réserve que le Tribunal s'impose dans l'appréciation des relations de confiance, il n'apparait pas critiquable que l'intimée ait considéré que le rapport de confiance avec le recourant était définitivement rompu après l'entretien du 2 novembre 2023. Cette conclusion s'impose d'autant plus dans la mesure où le recourant a persisté dans son insubordination après cet entretien en déclarant, lors de son audition du 6 novembre 2023, que les demandes de sa supérieure quant aux rapports hebdomadaires étaient inutiles.
Dans ce contexte, quand bien même le recourant aurait, ainsi qu'il l'allègue dans son recours, simplement imité le comportement de sa supérieure lors de l'entretien du 2 novembre 2023, cela ne changerait rien à l'issue du litige. D'une part, cette affirmation n'est corroborée par aucune pièce du dossier. En particulier, le recourant n'a pas indiqué que sa supérieure aurait haussé le ton à son égard lors de son audition par le Domaine Sécurité et Exploitation de l'EPFL le 6 novembre 2023. A cet égard, le Tribunal constate au demeurant qu'il ne ressort pas du dossier que la supérieure du recourant lui aurait manqué de respect dans le cadre des échanges ayant eu lieu entre les intéressés depuis le début du litige. D'autre part, le Tribunal relève que l'affirmation du recourant ne remet pas en cause le caractère intolérable de la poursuite des rapports de travail, au vu de la destruction du lien de confiance à la suite de ses différents manquements déjà évoqués ci-avant (cf. supra consid. 7.1 ss).
7.8 Au vu de l'ensemble des éléments qui précèdent, le Tribunal retient que le cumul des manquements du recourant conduit à reconnaître que la poursuite des rapports de travail était devenue objectivement intolérable pour l'intimée. C'est en effet une cascade d'événements, ayant donné lieu à une violation répétée de l'art. 20 al. 1 LPers et de l'art. 53 OPers-EPF par le recourant, qui a conduit l'intimée à résilier son contrat de travail avec effet immédiat. A cet égard, malgré les nombreuses mises en garde reçues - notamment le 3 mars, le 24 avril, le 5 mai, le 7 septembre, le 30 octobre ainsi que le 31 octobre 2023 - et l'avertissement formel du 22 mai 2023, le comportement adopté par le recourant n'était objectivement pas propre à permettre le rétablissement d'un rapport de confiance suffisant. Il faut ainsi admettre que l'intimée était légitimée à considérer que le rapport de confiance était définitivement rompu par les récalcitrances, les refus et les violations des instructions reçues par le recourant. Dans ce cadre, le Tribunal relève encore que, même si aucune infraction pénale n'a été avérée à la suite du dépôt de la plainte pénale, le licenciement immédiat est justifié au vu de l'insubordination répétée du recourant, respectivement de son refus de suivre les instructions claires de son employeur (en ce sens, cf. arrêt du TF 4C.51/2006 du 27 juin 2006 consid. 2.2). Le Tribunal relève également que le recourant a persisté dans son attitude récalcitrante, et ce malgré les différentes remarques et injonctions formulées à son encontre. La solution retenue dans le présent litige est au demeurant conforme à la jurisprudence (cf. supra consid. 4.2.4).
7.9 Enfin, le Tribunal considère que les éléments avancés par le recourant ne sont pas de nature à changer l'issue du litige. En particulier, le fait que le recourant ait entretenu de bonnes relations avec ses collègues, notamment F._______, ne change rien au fait qu'il a gravement violé son devoir de loyauté envers son employeur. Il en va de même lorsque le recourant allègue qu'il a entretenu de bonnes relations avec ses collègues dans un programme de volontariat du Comité international paralympique pour les jeux de Paris 2024.
Par ailleurs, bien que le recourant se plaigne de la manière dont sa supérieure encadrait sa thèse, aucun élément du dossier ne permet de retenir qu'il n'aurait pas bénéficié d'un soutien suffisant. A ce propos, le Tribunal rappelle que les divergences scientifiques entre les parties ne permettaient pas au recourant de refuser l'autorité de sa supérieure ou de lui manquer d'égards. Il s'avère en outre que la supérieure du recourant a, à plusieurs reprises, sollicité la remise de rapports hebdomadaires sur l'avancement de la thèse afin d'assurer une supervision adéquate, sans que le recourant y donne suite. Enfin, le recourant ne saurait être suivi lorsqu'il déclare avoir saisi le directeur du programme doctoral afin de mener à bien son projet de thèse et d'éliminer les divergences avec sa supérieure conformément à l'art. 12 al. 1 de l'ordonnance du 26 janvier 1998 sur le doctorat délivré par l'EPFL (ordonnance sur le doctorat à l'EPFL ; RS 414.133.2). En effet, le courriel du 13 juillet 2023 adressé au directeur du programme doctoral auquel le recourant fait allusion se limite à transmettre un calendrier sur le déroulement de sa thèse (cf. supra let. B.d).
Au surplus, toute violation par l'intimée de la protection de la personnalité du recourant doit être exclue. Ce dernier ne l'allègue d'ailleurs pas.
7.10 En conclusion, il y a lieu de retenir qu'en refusant de suivre à réitérées reprises les instructions de sa supérieure et en faisant preuve d'un comportement provocateur, transgressif et défiant l'autorité, le recourant a gravement violé son devoir de loyauté, de manière que le rapport de confiance s'est irrémédiablement rompu de son chef. Les justes motifs au sens de l'art. 10 al. 4 LPers sont réalisés, si bien que la continuation des rapports de travail ne pouvait plus être tolérée par l'intimée pour la fin de la période déterminée du contrat de travail.
8. A ce stade, il demeure à examiner si, eu égard à toutes les circonstances du cas d'espèce, la résiliation immédiate des rapports de travail du recourant était justifiée, en ce sens qu'elle respecte le principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.).
8.1 Le recourant soutient en particulier que, au vu de l'échéance proche de son contrat de travail au 14 février 2024 lors de la résiliation des rapports de travail, l'EPFL aurait dû trouver une solution alternative afin de lui permettre de poursuivre son activité jusque-là.
8.2
8.2.1 Le Tribunal constate que la résiliation est survenue un peu moins de trois mois avant l'échéance du contrat de durée déterminée du recourant, à savoir un temps relativement court. Cela étant, il ressort des pièces au dossier que, nonobstant son licenciement, le recourant n'a pas fait l'objet d'une exclusion des études doctorales et qu'il a été autorisé par l'EPFL à poursuivre sa thèse à domicile.
8.2.2 Ensuite, le Tribunal observe, avec l'autorité inférieure, que le recourant a fait preuve d'un comportement de plus en plus transgressif, et ce malgré les injonctions de sa supérieure ainsi que les possibilités qui lui ont été offertes d'y remédier.
Dès lors, il apparaît que l'intimée ne disposait, en date du 27 novembre 2023, d'aucune autre mesure moins incisive que la résiliation immédiate des rapports de travail. En effet, aucun autre moyen approprié au vu des circonstances du cas particulier ne permettait d'empêcher la perte définitive du rapport de confiance.
Pour rappel enfin, l'employeur ne disposait pas non plus de la possibilité de mettre un terme aux rapports de travail par une résiliation ordinaire au sens de l'art. 10 al. 3 LPers, dans la mesure où les parties étaient liées par un contrat de travail de durée déterminée. Enfin, s'il ne saurait être considéré que le recourant, en sa qualité d'assistant-doctorant, assumait des responsabilités équivalentes à celles d'un cadre, sa fonction de chercheur scientifique, de même que les enjeux économiques et institutionnels propres au domaine, accroissent l'importance de l'existence d'un rapport de confiance mutuelle inaltéré, comme le comportement irréprochable attendu d'un employé de l'Etat.
8.3 De là, il suit que la résiliation des rapports de travail s'avère conforme au principe de proportionnalité.
9. Au vu de de ce qui précède, il y a lieu de retenir que l'autorité inférieure n'a pas violé le droit fédéral en considérant que des justes motifs de résiliation étaient réalisés et que l'ensemble des circonstances justifiaient la résiliation immédiate des rapports de travail. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté.
10.
10.1 Conformément à l'art. 34 al. 2 LPers, la procédure de recours en matière de litiges liés aux rapports de travail est gratuite, de sorte qu'il n'est pas perçu de frais de procédure.
10.2 Le Tribunal peut allouer d'office ou sur requête à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables ou relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA ; art. 7 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (art. 7 al. 3 FITAF). Aucune indemnité à titre de dépens ne sera allouée en l'espèce.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais de procédure.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé au recourant, à l'intimée et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Jérôme Candrian
Tobias Sievert
Indication des voies de droit :
Les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les rapports de travail de droit public peuvent être contestées auprès du Tribunal fédéral, pourvu qu'il s'agisse d'une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse s'élève à 15'000 francs au minimum ou qui soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 1 let. b et al. 2 LTF). S'il s'agit d'une contestation non pécuniaire, le recours n'est recevable que si celle-ci touche à la question de l'égalité des sexes (art. 83 let. g LTF). Si le recours en matière de droit public est ouvert, il doit être déposé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, dans un délai de 30 jours dès la notification de la décision contestée (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (Acte judiciaire)
- à l'intimée (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (Acte judiciaire)