bvger · B-5203/2012 · 2013-03-27 · de
B-5203/2012

Direktzahlungen und Ökobeiträge

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung II
B-5203/2012
Urteil vom 27. März 2013
Besetzung
Richter Stephan Breitenmoser (Vorsitz),
Ronald Flury und Jean-Luc Baechler,
Gerichtsschreiberin Kinga Jonas;
Parteien
X._______,
vertreten durch Rechtsanwalt Markus Heer,
Beschwerdeführer,
gegen
Departement für Inneres und Volkswirtschaft
des Kantons Thurgau,
Vorinstanz,
Landwirtschaftsamt des Kantons Thurgau,
Erstinstanz;
Gegenstand
landwirtschaftliche Direktzahlungen 2009.
Sachverhalt:
A. Der Beschwerdeführer führt einen Landwirtschaftsbetrieb im Weiler A._______. Mit Verfügung vom 18. Dezember 2009 verweigerte ihm die Erstinstanz die Ausrichtung von Direktzahlungen für das Jahr 2009 mit der Begründung, dass auf seinem Betrieb die Anforderungen an den ökologischen Leistungsnachweis, insbesondere mit Bezug auf die Tierschutzbestimmungen, nicht erfüllt seien.
Mit Entscheid vom 11. Juni 2010 und Urteil vom 26. April 2011 stützten die Vorinstanz und das Bundesverwaltungsgericht den Entscheid der Erstinstanz. Mit Urteil vom 24. Januar 2012 hiess das Bundesgericht die gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts erhobene Beschwerde teilweise gut und hob dieses insoweit auf, als damit Flächenbeiträge und ökologische Ausgleichsbeiträge für das Jahr 2009 verweigert wurden. Das Bundesgericht wies die Sache an die Erstinstanz zurück, damit diese darüber befinde, ob rechtskräftige Entscheide betreffend die Missachtung von Gewässerschutzvorschriften bzw. die Erschwerung von Kontrollen zu einer Kürzung bzw. Verweigerung der Direktzahlungen führen könnten.
Mit Entscheid vom 26. März 2012 verweigerte die Erstinstanz dem Beschwerdeführer die Ausrichtung von Direktzahlungen für das Jahr 2009 erneut vollumfänglich. Zur Begründung brachte sie im Wesentlichen vor, dem Beschwerdeführer seien sämtliche flächenbezogenen Beiträge wegen Erschwerung von Kontrollen zu verweigern. Da die Ausrichtung von Beiträgen nach der Öko-Qualitätsverordnung (ÖQV-Beiträge) einen Anspruch auf Direktzahlungen nach der Direktzahlungsverordnung voraussetze, habe der Beschwerdeführer auch keinen Anspruch auf ÖQV-Beiträge.
Mit Entscheid vom 3. September 2012 wies die Vorinstanz den gegen den erstinstanzlichen Entscheid erhobenen Rekurs des Beschwerdeführers ab. Sie stellte zudem fest, dass der Rekurs, soweit er sich gegen Dispositivziffer 4 des erstinstanzlichen Entscheids richte, gegenstandslos sei. Schliesslich wies die Vorinstanz das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ab.
B. Gegen diesen Entscheid erhob der Beschwerdeführer am 4. Oktober 2012 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei unter Kosten- und Entschädigungsfolge aufzuheben. Ihm seien für das Jahr 2009 ungekürzte Flächenbeiträge von mindestens Fr. 50'466.40 und ÖQV-Beiträge von mindestens Fr. 10'520.- zuzüglich einem Verzugszins von 5% ab dem 1. Januar 2010 auszurichten. Zudem sei ihm für das laufende sowie das vor- und erstinstanzliche Verfahren unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren, und der unterzeichnende Rechtsanwalt sei als sein Rechtsbeistand zu ernennen. Die vor- und erstinstanzlichen Verfahrenskosten seien zu Lasten der Erstinstanz neu zu verlegen und letztere zu verpflichten, ihm eine Parteientschädigung für das erst- und vorinstanzliche Verfahren zu entrichten. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vor- bzw. an die Erstinstanz zurückzuweisen. Zudem sei ihm Einsicht in die Verfahrensakten "zu den verfügten Mehraufwendungen" zu geben und eine angemessene Frist zur Beschwerdeergänzung zu setzen.
C. Mit Zwischenverfügung vom 18. Oktober 2012 hiess das Bundesverwaltungsgericht das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege gut. Zudem ersuchte das Gericht den Beschwerdeführer, sein Akteneinsichtsgesuch betreffend Dispositiv Ziffer 4 des angefochtenen Entscheids verständlich zu formulieren.
Mit Eingabe vom 2. November 2012 erläuterte der Beschwerdeführer sein Akteneinsichtsgesuch.
Mit Vernehmlassungen vom 3. bzw. 10. Dezember 2012 beantragen die Erstinstanz und die Vorinstanz die Abweisung der Beschwerde. Zudem beantragt die Erstinstanz, das Amt für Umwelt des Kantons Thurgau sei zu einer Stellungnahme zu der Frage einzuladen, ob der Beschwerdeführer im Beitragsjahr 2009 die Gewässerschutzbestimmungen eingehalten habe.
Am 10. Dezember 2012 nahm das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) zur Streitsache Stellung. Es führt aus, da dem Beschwerdeführer die tierbezogenen Direktzahlungen wegen Verletzung von Tierschutzvorschriften verweigert worden seien, könne auch bei mehrmaliger Erschwerung von Kontrollen betreffend den Tierschutz keine zusätzliche Kürzung weiterer Beiträge vorgenommen werden. Gemäss Rechtsprechung seien einzig die direkt betroffenen Beiträge zu kürzen oder zu verweigern. Erschwerte Kontrollen, die im Rahmen des Gewässerschutzes durch das Amt für Umwelt durchgeführt würden, könnten nach Ansicht des BLW nicht zu einer Kürzung von Direktzahlungen führen, sondern müssten über Sanktionsmöglichkeiten, die in der Gewässerschutzgesetzgebung allenfalls vorgesehen seien, geahndet werden. Dies insbesondere deshalb, weil nur eine rechtskräftige Verfügung über die Verletzung von Gewässerschutzbestimmungen zu einer Beitragskürzung bzw. -verweigerung führen könne. Inwiefern eine Erschwerung der Kontrolle der Kontrollstelle für Ökomassnahmen und Labelproduktion vom 2. Oktober 2009 zu einer Beitragsverweigerung führen könne, könne das BLW nicht abschliessend beantworten, da die diesbezügliche Aktennotiz vom 24. November 2009 nicht Bestandteil des dem BLW zugestellten Dossiers sei.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesverwaltungsgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob die Prozessvoraussetzungen vorliegen und auf eine Beschwerde einzutreten ist.
1.1 Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt gemäss Art. 31 i.V.m. Art. 33 Bst. i des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (VGG, SR 173.32) Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968 (VwVG, SR 172.021).
Gemäss Art. 33 Bst. i VGG i.V.m. Art. 166 Abs. 2 des Landwirtschaftsgesetzes vom 29. April 1998 (LwG, SR 910.1) kann gegen Verfügungen letzter kantonaler Instanzen in Anwendung des LwG und seiner Ausführungsbestimmungen beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde geführt werden, sofern keine Ausnahme gemäss Art. 166 Abs. 2 LwG vorliegt.
Beim angefochtenen Beschwerdeentscheid der Vorinstanz vom 3. September 2012 handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid, der sich auf die Landwirtschaftsgesetzgebung und damit auf öffentliches Recht des Bundes stützt und eine Verfügung i.S.v. Art. 5 Abs. 2 VwVG darstellt (§ 54 Abs. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Thurgau vom 23. Februar 1981 [VRG-TG; RB-Nr. 170.1]).
Das Bundesverwaltungsgericht ist damit zur Behandlung der vorliegenden Streitsache zuständig.
1.2 Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilge-nommen, ist vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat als Verfügungsadressat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhe-bung oder Änderung (Art. 48 Abs. 1 VwVG).
Er ist somit zur Beschwerdeführung legitimiert.
1.3 Die Eingabefrist sowie die Anforderungen an Form und Inhalt der Beschwerdeschrift sind gewahrt (Art. 50 und 52 Abs. 1 VwVG) und auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen liegen vor.
1.4 Auf die Beschwerde ist damit einzutreten.
2. Der vorliegend zu beurteilende Sachverhalt hat sich im Jahr 2009 ereignet, weshalb grundsätzlich diejenigen Rechtssätze Anwendung finden, die bei der Erfüllung des rechtlich zu ordnenden oder zu Rechtsfolgen führenden Tatbestands Geltung hatten (vgl. Pierre Tschannen/Ulrich Zimmerli/Markus Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., Bern 2009, § 24 N. 9). Der Gesetzgeber kann zwar eine davon abweichende Regelung treffen, was er indessen vorliegend - soweit hier interessierend - nicht getan hat (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-5182/2010 vom 26. April 2011 E. 3, m.w.H.). Die im vorliegenden Fall anzuwendenden Bestimmungen wurden von keinen entscheidrelevanten Rechtsänderungen betroffen.
3.
3.1 In formeller Hinsicht beantragt der Beschwerdeführer, ihm sei für die Verfahren vor der Erstinstanz und der Vorinstanz die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Soweit dieser Antrag das Verfahren vor der Erstinstanz betrifft, ist darauf nicht einzutreten, da der Beschwerdeführer ihn bereits im vorinstanzlichen Verfahren hätte stellen müssen. Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass für das erstinstanzliche Verfahren keine Verfahrenskosten auferlegt wurden.
Was das vorinstanzliche Verfahren betrifft, so ist auf den Antrag des Beschwerdeführers ebenfalls nicht einzutreten, da er nicht darlegt, dass und inwiefern die Abweisung seines Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit im (End-)Entscheid vom 3. September 2012 offensichtlich unrichtig sein soll.
3.2 Des Weiteren beantragt der Beschwerdeführer in formeller Hinsicht Einsicht in die Verfahrensakten "zu den verfügten Mehraufwendungen" sowie die Ansetzung einer Nachfrist zur Beschwerdeergänzung. Der auf Aufforderung des Bundesverwaltungsgerichts erfolgten Erläuterung dieses Akteneinsichtsgesuchs durch den Beschwerdeführer ist zu entnehmen, dass das Gesuch den im Zusammenhang mit den Betriebskontrollen 2009 entstandenen Mehraufwand betrifft. Der Beschwerdeführer ersucht diesbezüglich um Einsicht in "umfassende, detaillierte Zeit-aufschriebe mit Angabe von Datum, Dauer, Namen der befassten Personen und Tätigkeitsbeschrieb".
Die Erstinstanz hat in Ziffer 4 des Dispositivs ihres Entscheids vom 26. März 2012 festgehalten, dass im Zusammenhang mit den Betriebskontrollen 2009 Mehraufwände von insgesamt Fr. 6'692.80 entstanden seien. Sie hat jedoch weder angeordnet, dass der fragliche Betrag vom Beschwerdeführer geschuldet, noch dass er mit allfälligen zukünftigen Direktzahlungen zu verrechnen sei.
Da nur das im Dispositiv eines Entscheids Festgehaltene in formelle Rechtskraft erwachsen und vollstreckt werden kann, wurden dem Beschwerdeführer die Kosten von Fr. 6'692.80 im erstinstanzlichen Entscheid nicht rechtsverbindlich auferlegt (vgl. PHILIPPE WEISSENBERGER, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar VwVG, Zürich/Basel/Genf 2009, Art. 61 N 43, m.w.H.). Infolgedessen hat es dem Beschwerdeführer (bereits) im vorinstanzlichen Verfahren am schutzwürdigen Anfechtungsinteresse i.S.v. Art. 48 Bst. b und c VwVG gefehlt. Richtigerweise hätte die Vorinstanz in diesem Punkt deshalb auf den Rekurs des Beschwerdeführers nicht eintreten dürfen (§ 44 Abs. 1 Ziff. 1 VRG-TG). Stattdessen hat sie aber in Ziffer 2 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids festgestellt, dass der Rekurs, soweit er sich gegen Dispositivziffer 4 des Entscheids der Erstinstanz richte, gegenstandslos sei. Aus diesem Grund ist Dispositivziffer 2 des angefochtenen Entscheids aufzuheben. Es ist anzumerken, dass diese teilweise Aufhebung des angefochtenen Entscheids formell nicht als teilweises Obsiegen zu bewerten ist, da sie dem Rechtsbegehren des Beschwerdeführers nicht entspricht. Mit Bezug auf die Auferlegung der Kosten für den Mehraufwand beantragt der Beschwerdeführer vorliegend nur Akteneinsicht und die Ansetzung einer Nachfrist zur Beschwerdeergänzung. Auf diese Rechtsbegehren ist vorliegend jedoch - wie bereits mit Bezug auf das vorinstanzliche Verfahren dargelegt - mangels schutzwürdigen Anfechtungsinteresses (Art. 48 Bst. b u. c VwVG) nicht einzutreten.
4. Grundlage für die Ausrichtung von Direktzahlungen bilden - gestützt auf Art. 104 Abs. 2 BV - die Art. 70 ff. LwG sowie die gestützt darauf vom Bundesrat erlassene Direktzahlungsverordnung vom 7. Dezember 1998 (DZV, SR 910.13). Demnach richtet der Bund Bewirtschaftern von bodenbewirtschaftenden bäuerlichen Betrieben zwecks Förderung der Landwirtschaft bei Erfüllung bestimmter Voraussetzungen, insbesondere unter der Voraussetzung des ökologischen Leistungsnachweises (ÖLN), Direktzahlungen in Form von Beiträgen aus (Art. 70 Abs. 1 LwG).
Direktzahlungen umfassen allgemeine Direktzahlungen, Ökobeiträge und Ethobeiträge (Art. 1 Abs. 1 DZV). Als allgemeine Direktzahlungen gelten auch Flächenbeiträge (Art. 1 Abs. 2 Bst. a DZV) und Beiträge für die Haltung Raufutter verzehrender Nutztiere (Art. 1 Abs. 2 Bst. b DZV). Beiträge für besonders tierfreundliche Stallhaltungssysteme (BTS) und Beiträge für regelmässigen Auslauf im Freien (RAUS) zählen zu den Ethobeiträgen (Art. 1 Abs. 4 Bst. a und b DZV).
4.1 Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, die Verweigerung der Direktzahlungen wegen Erschwerung von Kontrollen sei rechtsmissbräuchlich, da sie im zweiten Rechtsgang aufgrund der bundesgerichtlichen Rückweisungsbegründung nachgeschoben worden sei. Im ersten Rechtsgang hätten die Vorinstanzen die nun vorgebrachte Erschwerung von Kontrollen nicht als Kürzungsgrund betrachtet, sondern sich ausschliesslich auf nicht eingehaltene Bestimmungen der Tierschutzgesetzgebung sowie auf (begrenzte) Verstösse im Gewässerschutzbereich berufen. Die behauptete Erschwerung von Kontrollen sei von der Erstinstanz im Entscheid vom 18. Dezember 2009 nur mit einem Mehraufwand von Fr. 3'795.- geahndet worden. Da sich der massgebliche Sachverhalt seit diesem erstinstanzlichen Entscheid nicht geändert habe, argumentierten die Vorinstanzen sachlich nicht haltbar, wenn sie nun Kontrollerschwernisse, die als bestritten gälten, für eine vollständige Beitragsverweigerung heranzögen.
4.1.1 Der vorliegend umstrittene Anspruch des Beschwerdeführers auf Direktzahlungen für das Jahr 2009 hat den Instanzenzug bis zum Bundesgericht bereits einmal durchlaufen. Das Bundesgericht hat die Sache mit Urteil 2C_451/2011 vom 24. Januar 2012 zum erneuten Entscheid an die Erstinstanz zurückgewiesen. Es hielt unter anderem fest, die Erstinstanz werde darüber zu befinden haben, ob die festgestellte Erschwerung von Kontrollen bzw. die für den massgeblichen Zeitraum vorliegenden rechtskräftigen Entscheide betreffend Missachtung von Gewässerschutzvorschriften durch den Beschwerdeführer zu einer Kürzung bzw. Verweigerung der Direktzahlungsbeiträge (Flächenbeiträge, Beiträge für den ökologischen Ausgleich und Öko-Qualitätsbeiträge) führen könnten.
Mit Entscheid vom 26. März 2012 verweigerte die Erstinstanz dem Beschwerdeführer die Direktzahlungen für das Jahr 2009 erneut. Zur Begründung brachte sie vor, dem Beschwerdeführer seien sämtliche flächenbezogenen Beiträge wegen Erschwerung von Kontrollen zu verweigern, da er die Kontrollen bereits im Vorjahr bereits stark erschwert habe, womit es sich um einen Wiederholungsfall handle. Da die Ausrichtung von ÖQV-Beiträgen einen Anspruch auf Direktzahlungen nach der DZV voraussetze, habe der Beschwerdeführer auch keinen Anspruch auf ÖQV-Beiträge. Mit dem angefochtenen Entscheid vom 3. September 2012 hat die Vorinstanz diesen Entscheid geschützt.
4.1.2 Dem Beschwerdeführer kann zwar darin beigepflichtet werden, dass sich der massgebliche Sachverhalt seit dem ursprünglichen Entscheid der Erstinstanz vom 18. Dezember 2009 über seinen Direktzahlungsanspruch für das Jahr 2009 nicht geändert hat. Im genannten Entscheid hat die Erstinstanz in Ziffer 5 des Dispositivs festgestellt, dass die Kosten für den Mehraufwand für die durch den Beschwerdeführer erschwerten ÖLN-Kontrollen im Jahr 2009 insgesamt Fr. 3'795.- betragen würden und diesem aufzuerlegen seien. Begründet wird die Auferlegung dieser Kosten in E. 7 des Entscheids vom 18. Dezember 2009 mit Art. 70 Abs. 1 Bst. 2 DZV sowie der dazugehörigen Bestimmung in Bst. B Ziff. 3 der Richtlinie der Landwirtschaftsdirektorenkonferenz zur Kürzung der Direktzahlungen vom 27. Januar 2005 (Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie, massgebliche Fassung vom 27. Januar 2005 mit den Änderungen vom 12. September 2008). Diese lautet wie folgt:
"Erschwerung der Kontrollen (Art. 70 Abs. 1 Bst. b DZV)
Führt die Erschwerung der Kontrollen aufgrund mangelhafter Mitwirkung der Betriebsleitung zu einem Mehraufwand, so haben die Kontrolldienste und Amtsstellen ihren Mehraufwand in Rechnung zu stellen. Können Kontrollen nicht ordnungsgemäss durchgeführt werden, sind die betroffenen Direktzahlungen zu verweigern."
Entsprechend dem ersten Satz von Bst. B Ziff. 3 der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie wurde dem Beschwerdeführer im ersten Rechtsgang betreffend die Direktzahlungen für das Jahr 2009 zwar nur der Mehraufwand auf Grund der Erschwerung von Kontrollen auferlegt. Zu der Frage der Beitragsverweigerung wegen Erschwerung von Kontrollen hat sich die Erstinstanz deshalb nicht geäussert, weil sie dem Beschwerdeführer die Ausrichtung sämtlicher Direktzahlungen bereits wegen Verletzung von Tierschutzbestimmungen verweigert hat, womit im ersten Rechtsgang kein Anlass mehr bestand, zu prüfen, ob allenfalls auch die Erschwerung von Kontrollen eine Beitragsverweigerung zur Folge hätte haben können. Nachdem das Bundesgericht mit Urteil 2C_451/2011 vom 24. Januar 2012 die Verweigerung der Flächenbeiträge und ökologischen Ausgleichsbeiträge wegen Verletzung von Tierschutzbestimmungen als unzulässig beurteilt und die Sache zur erneuten Prüfung an die Erstinstanz zurückgewiesen hat, ist es jedoch nicht zu beanstanden, wenn die Erstinstanz im zweiten Rechtsgang geprüft hat, ob die Erschwerung von Kontrollen zu einer Verweigerung der Direktzahlungen führen kann. Diese Weisung hat das Bundesgericht der Erstinstanz im Übrigen auch erteilt.
Damit ist Rüge des Beschwerdeführers, es sei nachgeschoben bzw. rechtsmissbräuchlich, wenn die Erschwerung von Kontrollen im zweiten Rechtsgang als Begründung für eine Beitragsverweigerung herangezogen werde, abzuweisen.
4.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe keine Kontrolle i.S.v. Art. 70 Abs. 1 Bst. b DZV erschwert oder verhindert. Es verstosse gegen Art. 66 DZV bzw. das Legalitätsprinzip, wenn die Erschwerung von Kontrollen des Amts für Umwelt und des Veterinäramts zu einer Verweigerung der Direktzahlungen führe. Der Kanton Thurgau habe für direktzahlungsrelevante Kontrollen die Kontrollstelle für Ökomassnahmen und Labelproduktion (KOL) eingesetzt, die nicht nur für den ökologischen Leistungsnachweis, sondern auch für die Einhaltung der Ethoprogramme gemäss DZV und die Labelprüfung zuständig sei. Art. 70 Abs. 1 Bst. b DZV könne nicht als Sanktionsgrundlage für jegliche Kontrolltätigkeit auf einem Landwirtschaftsbetrieb herangezogen werden. Gemäss regierungsrätlicher Verordnung des Kantons Thurgau zum kantonalen Landwirtschaftsgesetz führten das BBZ Arenenberg mit seiner KOL sowie andere akkreditierte Kontroll- und lnspektionsstellen im Auftrag der Erstinstanz die vom Bund vorgeschriebenen Kontrollen durch. Weder das Veterinäramt noch das Amt für Umwelt seien von diesem Kontrollauftrag erfasst. Im Übrigen habe die Erstinstanz für seinen Betrieb selbst für unproblematische Kontrollen wie der Inspektion der KOL am 2. Oktober 2009 überflüssige, zeitlich aufwendige Polizeischutzmassnahmen angeordnet. Zu dieser Inspektion sei die KOL in seinem Auftrag durch seinen Rechtsvertreter aufgefordert worden. Der Rechtsvertreter habe an der erwähnten Kontrolle auch teilgenommen, und diese sei ohne jegliche Zwischenfälle verlaufen. Bezeichnenderweise habe die Erstinstanz denn auch nie geltend gemacht, dass er ÖLN-Kontrollen der KOL jemals erschwert habe.
4.3 Gemäss Art. 70 Abs. 1 Bst. b DZV kürzen oder verweigern die Kantone Direktzahlungsbeiträge gemäss der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie, wenn ein Gesuchsteller Kontrollen erschwert. Bei vorsätzlicher oder wiederholter Verletzung von Vorschriften können die Kantone die Gewährung von Beiträgen bis höchstens fünf Jahre verweigern (Art. 70 Abs. 3 DZV).
Die Vorinstanzen haben dem Beschwerdeführer für das Beitragsjahr 2009 die Flächenbeiträge (Art. 72 LwG; Art. 27 DZV) und die Beiträge für den ökologischen Ausgleich (Art. 76 LwG; Art. 40 ff. DZV) wegen Erschwerung von Kontrollen verweigert.
Zunächst ist diesbezüglich die Frage zu beantworten, welche Kontrollen ein Gesuchsteller erschwert haben muss, damit ihm, wie vorliegend, Flächenbeiträge und Beiträge für den ökologischen Ausgleich verweigert werden können.
4.3.1 Wie das Bundesgericht in seiner Rechtsprechung betont, liegen Sinn und Zweck der Direktzahlungen darin, die ökologischen und gemeinwirtschaftlichen Leistungen bodenbewirtschaftender bäuerlicher Betriebe abzugelten, um damit namentlich die natürlichen Lebensgrundlagen zu erhalten und die Kulturlandschaft zu pflegen (Art. 1 Bst. b u. c sowie Art. 2 Abs. 1 Bst. b LwG). Voraussetzung für die Ausrichtung von Beiträgen ist damit, dass die ökologischen und gemeinwirtschaftlichen Leistungen tatsächlich erbracht werden. Ist dies nicht der Fall, sind die Beiträge zu verweigern. Die Verweigerung der Beiträge hat keinen pönalen Charakter vielmehr hat sie ihren Grund darin, dass die Leistungen, die mit Zahlungen abgegolten werden sollen, nicht erbracht werden. Es muss mit anderen Worten ein Zusammenhang zwischen der Sanktion (Beitragskürzung oder -verweigerung) und der verletzten Bestimmung bestehen (vgl. BGE 137 II 366 E. 3.1 bis 3.3).
Des Weiteren führt das Bundesgericht aus, dass die vom Bewirtschafter zu erbringenden Leistungen je nach Art der Direktzahlung unterschiedlicher Natur sind. Flächenbeiträge werden für die blosse Bewirtschaftung von Flächen ausgerichtet (Art. 72 und Art. 27 DZV) und damit unabhängig von einer Tierhaltung (abgesehen von der Einhaltung der Höchstbestände gemäss Art. 2 Abs. 2 Bst. c DZV). Wenn es für die Beitragsberechtigung unerheblich ist, ob überhaupt Tiere gehalten werden, kann es auch keine Rolle spielen, ob die Tiere vorschriftskonform gehalten werden. Deshalb fehlt es an einem sachlichen Zusammenhang zwischen der Verletzung von Tierschutzvorschriften und Flächenbeiträgen, weshalb diese nicht mit der Begründung verweigert werden können, Tierschutzvorschriften seien verletzt worden. Dasselbe gilt für die Beiträge für den ökologischen Ausgleich und Öko-Qualitätsbeiträge: Auch diese werden unter Voraussetzungen gewährt, die keinen Zusammenhang mit der Nutztierhaltung aufweisen (Art. 40 ff. DZV sowie Art. 2 ff. der Verordnung über die regionale Förderung der Qualität und der Vernetzung von ökologischen Ausgleichsflächen in der Landwirtschaft vom 4. April 2001 [Öko-Qualitätsverordnung, ÖQV], SR 910.14). Sie können damit ebenfalls nicht mit der Begründung verweigert werden, Tierschutzvorschriften seien verletzt worden (vgl. BGE 137 II 366 E. 3.3 und 3.3.2).
4.3.2 Diese im Zusammenhang mit der Beitragsverweigerung wegen Verletzung von Tierschutzbestimmungen entwickelte bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach ein Zusammenhang zwischen einer Beitragskürzung bzw. -verweigerung und der verletzten Bestimmung bestehen muss, hat auch für Beitragsverweigerungen wegen Erschwerung von Kontrollen i.S.v. Art. 70 Abs. 1 Bst. b zu gelten. Dies gilt umso mehr, als auch der Wortlaut von Bst. B Ziff. 3 der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie bestimmt, dass die "betroffenen" Direktzahlungen zu verweigern sind, wenn Kontrollen nicht ordnungsgemäss durchgeführt werden können.
Für den vorliegend zu beurteilenden Fall bedeutet dies, dass im Folgenden für jede für die Beitragsverweigerung i.S.v. Art. 70 Abs. 1 Bst. b herangezogene Kontrolle zu prüfen ist, ob sie einen Zusammenhang mit den strittigen Flächenbeiträgen und Beiträgen für den ökologischen Ausgleich aufweist. Nur dann kann die Erschwerung einer Kontrolle Grundlage für eine Verweigerung der in Frage stehenden flächenbezogenen Beiträge bilden.
4.4 Die Vorinstanzen ziehen für die Beitragsverweigerung für das Jahr 2009 die Kontrolle vom 2. Oktober 2009 durch die KOL und die Kontrolle des Veterinäramts vom 27. Oktober 2009 heran (vgl. angefochtener Entscheid E. 4).
4.4.1 Die am 2. Oktober 2009 auf dem Betrieb des Beschwerdeführers durch die KOL durchgeführte Kontrolle hat zwar unbestritten der Überprüfung des ökologischen Leistungsnachweises (ÖLN) gedient. Da Direktzahlungen unter der Voraussetzung des ÖLN ausgerichtet werden (Art. 70 Abs. 1 LwG i.V.m. Art. 1 Abs. 1 DZV), können bei der Erschwerung einer solchen Kontrolle flächenbezogene Beiträge grundsätzlich verweigert werden.
Die Vorinstanzen machen diesbezüglich zu Recht nicht geltend, dass der Beschwerdeführer diese ÖLN-Kontrolle erschwert habe: Sie geben lediglich an, dass die Kontrolle von zwei Kontrolleuren durchgeführt worden sei und dass die Feststellungen mit dem Beschwerdeführer vor Ort mündlich besprochen und von der KOL in einer Aktennotiz vom 24. November 2009 festgehalten worden seien. Der Beschwerdeführer habe weder eine Nachkontrolle verlangt, noch habe er die gemachten Feststellungen im ersten Rechtsgang betreffend die Direktzahlungen 2009 bestritten.
Auf Grund der Aktennotiz vom 24. November 2009 kann der Vorinstanz zwar darin beigepflichtet werden, dass die KOL an ihrer Kontrolle vom 2. Oktober 2009 für sämtliche Tierkategorien einen Vorbehalt bezüglich Feststellungen des Veterinäramts betreffend Einhaltung der Tierschutzgesetzgebung gemacht hat. Dies ändert jedoch nichts daran, dass der Beschwerdeführer die ÖLN-Kontrolle der KOL nicht erschwert hat. Die Kontrolle vom 2. Oktober 2009 hat nicht wegen einer Erschwerung durch den Beschwerdeführer, sondern wegen des erwähnten Tierschutzvorbehalts wiederholt werden müssen, weshalb dieser Umstand nicht als Grundlage für eine Beitragsverweigerung i.S.v. Art. 70 Abs. 1 Bst. b herangezogen werden kann.
4.4.2 Mit Bezug auf die in der Folge vom Veterinäramt am 27. Oktober 2009 durchgeführte Kontrolle hält die Vorinstanz Folgendes fest: Bei dieser Kontrolle sei es einerseits um die Überprüfung der Einhaltung der Tierschutzvorschriften und andererseits als Ergänzung der ÖLN-Kontrolle durch die KOL am 2. Oktober 2009 um die abschliessende Prüfung des ÖLN gegangen. Damit sei die Kontrolle im Interesse des Beschwerdeführers erfolgt, weshalb das Veterinäramt davon ausgegangen sei, dass es keine Schwierigkeiten geben würde. Aus diesem Grund habe es entgegen den verwaltungsinternen Vorgaben keine Polizeibeamten beigezogen. Zudem habe auch die Anwesenheit des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers einen reibungslosen Ablauf der Kontrolle versprochen, was sich nachträglich als Irrtum herausgestellt habe. Die Kontrolle habe abgebrochen werden müssen, nachdem der Beschwerdeführer den Kantonstierarzt gleich zu Beginn mit einer Pistole bedroht habe. Der Beschwerdeführer sei vom Bundesgericht unter anderem wegen dieses Vorfalls der mehrfachen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte schuldig gesprochen worden.
Auf Grund dieser Aktenlage kann zwar ohne Weiteres festgestellt werden, dass der Beschwerdeführer die Kontrolle des Veterinäramts vom 27. Oktober 2009 nicht nur erschwert, sondern verhindert hat. Der Vorinstanz kann jedoch nicht gefolgt werden, wenn sie erklärt, eine verwaltungsrechtliche Sanktion wegen Verhinderung dieser Kontrolle des Veterinäramts sei nicht auf tierbezogene Beiträge zu beschränken, da es unter anderem um eine ergänzende Prüfung des ÖLN gegangen wäre und die Bereiche BTS und RAUS geprüft worden wären, was üblicherweise die KOL selbst abschliessend prüfe:
Wie dargelegt, geht aus der Aktennotiz vom 24. November 2009 hervor, dass der von der KOL an der Kontrolle vom 2. Oktober 2009 gemachte Vorbehalt ausschliesslich die Einhaltung der Tierschutzgesetzgebung auf dem Betrieb des Beschwerdeführers betrifft. Der ÖLN umfasst zwar insbesondere auch eine tiergerechte Haltung der Nutztiere (Art. 70 Abs. 2 Bst. a LwG); wie jedoch ebenfalls dargelegt (vgl. E. 4.3.1. und 4.3.2 hiervor), ist ein Tierschutzvorbehalt für die Ausrichtung der vorliegend in Frage stehenden Flächenbeiträge und ökologischen Ausgleichsbeiträge nicht von Bedeutung, da diese unabhängig von einer Tierhaltung ausgerichtet werden. Dies hat das Bundesgericht mit Bezug auf den Direktzahlungsanspruch des Beschwerdeführers für das Jahr 2009 im Übrigen auch ausdrücklich wiederholt (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_451/2011 vom 24. Januar 2012 E. 3.4.1). Damit fehlt es aber an dem gemäss Rechtsprechung geforderten sachlichen Zusammenhang zwischen der durch den Beschwerdeführer erschwerten Kontrolle des Veterinäramts vom 27. Oktober 2009 und den vorliegend in Frage stehenden flächenbezogenen Beiträgen. Damit kann die Erschwerung dieser Kontrolle nicht als Grundlage für eine Beitragsverweigerung i.S.v. Art. 70 Abs. 1 Bst. b herangezogen werden.
4.4.3 Auf Grund der vorangehenden Erwägungen ergibt sich, dass die durch die Vorinstanzen vorgenommene Verweigerung der Flächenbeiträge und ökologischen Ausgleichsbeiträge für das Jahr 2009 - mangels Erschwerung der Kontrolle vom 2. Oktober 2009 sowie mangels Zusammenhangs zwischen der durch den Beschwerdeführer erschwerten Kontrolle vom 27. Oktober 2009 und der in Frage stehenden Beiträge - aufzuheben ist.
4.5 Die Vorinstanzen haben dem Beschwerdeführer auf Grund der (unzulässigen) Verweigerung sämtlicher flächenbezogenen Beiträge wegen Erschwerung von Kontrollen auch die Ausrichtung von ÖQV-Beiträgen verweigert, da diese einen Anspruch auf Direktzahlungen nach der Direktzahlungsverordnung voraussetzen (Art. 2 ÖQV).
Infolge der Aufhebung der Beitragsverweigerung für Flächenbeiträge und ökologische Ausgleichsbeiträge ist die Verweigerung der ÖQV-Beiträge vorliegend jedoch auch zu Unrecht erfolgt, weshalb diese von Amtes wegen ebenfalls aufzuheben ist.
5. Der Beschwerdeführer macht des Weiteren geltend, es sei nicht zulässig, seinen Direktzahlungsanspruch für das Jahr 2009 wegen Nichteinhaltung von Gewässerschutzbestimmungen um Fr. 8'000.- zu kürzen.
Zur Begründung bringt er im Wesentlichen vor, mit dem Abnahmeprotokoll des Amts für Umwelt des Kantons Thurgau vom 21. Oktober 2009 stehe zweifelsfrei fest, dass auf seinem Betrieb spätestens ab jenem Zeitpunkt keinerlei Beanstandungen im Bereich Gewässerschutz mehr bestanden hätten. Damit seien die im Jahr 2005 beanstandeten Mängel abgenommen und die entsprechende Verfügung unterschriftlich ausser Kraft gesetzt worden. Aus diesem Grund habe er darauf vertrauen können, dass auf seinem Betrieb keine direktzahlungsrelevante Mängel mehr bestanden hätten. Des Weiteren fehle es an einem rechtskräftigen Feststellungsentscheid betreffend Gewässerschutzverletzung i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV. Zudem habe die Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie keine formalgesetzliche Grundlage. Schliesslich verstosse es gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip, wenn er für Gewässerschutzverletzungen, die als bestritten gälten, während fünf Jahren mit Kürzungen bestraft werde.
5.1 Voraussetzung für die Ausrichtung von Direktzahlungen ist die Einhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgeblichen Bestimmungen der Gewässer-, Umwelt- und Tierschutzgesetzgebung (Art. 70 Abs. 4 LwG, Art. 5 DZV). Nach Art. 170 Abs. 1 LwG können die Beiträge gekürzt oder verweigert werden, wenn ein Gesuchsteller gegen das LwG, seine Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verstösst. Gemäss Art. 70 Abs. 1 Bst. e DZV kürzen oder verweigern die Kantone Beiträge unter anderem dann gemäss der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie, wenn ein Gesuchsteller landwirtschaftsrelevante Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes nicht einhält.
Gemäss Art. 70 Abs. 2 DZV muss die Nichteinhaltung der Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes mit einem rechtskräftigen Entscheid festgestellt worden sein. Nach Art. 170 Abs. 2 LwG gilt die Kürzung oder Verweigerung von Beiträgen mindestens für die Jahre, in denen ein Gesuchsteller die Bestimmungen verletzt hat. In Übereinstimmung mit dieser Bestimmung ist davon auszugehen, dass sich die in Art. 70 Abs. 2 DZV geforderte rechtskräftige Feststellung der Nichteinhaltung der Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes jeweils auf das in Frage stehende Beitragsjahr beziehen muss, d.h. es muss mit Bezug auf jedes Direktzahlungsjahr, für welches Beiträge gekürzt werden sollen, rechtskräftig festgestellt sein, dass der Gesuchsteller gegen die Gewässerschutzbestimmungen verstossen hat. Dies bedeutet jedoch nicht, dass der fragliche Entscheid auch aus dem jeweiligen Beitragsjahr datieren muss. Es genügt vielmehr, wenn die Gewässerschutzverletzung gestützt auf einen (späteren) Entscheid rückwirkend mit Bezug auf ein bestimmtes Beitragsjahr festgestellt ist. Ebenso versteht es sich von selbst, dass der Entscheid i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV von jeder Behörde getroffen worden sein kann, in deren Zuständigkeitsbereich die Einhaltung der Gewässerschutzbestimmungen fällt, also beispielsweise auch von einer Strafbehörde (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-1374/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 6.4.1).
5.1.1 Die Vorinstanzen gehen davon aus, dass der Beschwerdeführer zwischen den Jahren 2005 und 2009 landwirtschaftsrelevante Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes nicht eingehalten habe, weshalb sein Anspruch auf Direktzahlungen zu kürzen sei:
Die Erstinstanz erklärt, das Amt für Umwelt habe mit Schreiben vom 3. Dezember 2009 mitgeteilt, dass gemäss Kontrolle vom 21. Oktober 2009 bestimmte, bereits mit Verfügung vom 23. Juni 2005 beanstandete Mängel im Bereich des Gewässerschutzes auf dem Betrieb des Beschwerdeführers noch nicht behoben gewesen seien. Diese Feststellung habe das Amt für Umwelt in seinem Entscheid vom 9. März 2011 wiederholt. Des Weiteren sei der Beschwerdeführer vom kantonalen Obergericht wegen Widerhandlung gegen das Gewässerschutzgesetz verurteilt worden, was das Bundesgericht mit Urteil vom 5. Dezember 2011 bestätigt habe.
Die Vorinstanz führt im angefochtenen Entscheid aus, das Amt für Umwelt weise in seinem Entscheid vom 9. März 2011 ausdrücklich darauf hin, dass dieser Entscheid den Entscheid vom Juni 2005 ergänze, womit der Entscheid aus dem Jahr 2005 seine Gültigkeit behalte und vollziehbar sei. Ausserdem gehe aus dem Entscheid des Amts für Umwelt vom 9. März 2011 hervor, dass an einer vom 9. bis 14. Juni 2010 auf Anordnung des Bezirksamts Z._______ erfolgten Leerung von Güllegruben auf dem Betrieb des Beschwerdeführer festgestellt worden sei, dass die Liegenschaftsentwässerung, die im Jahr 2005 beanstandet worden sei, im Jahr 2010 immer noch nicht vollumfänglich den Gewässerschutzvorschriften entsprochen habe.
5.1.2 Als Grundlage für die Beitragskürzung für das Jahr 2009 kommt vorliegend der Entscheid der Bezirksgerichtlichen Kommission Z._______ vom 4. November bzw. 21. Dezember 2010 in Frage: Mit diesem Entscheid, dessen Gegenstand die Inkaufnahme der konkreten Gefahr einer Verunreinigung des Wassers war, wurde der Beschwerdeführer wegen Widerhandlung gegen das Gewässerschutzgesetz schuldig gesprochen. Dieser Schuldspruch wurde vom Obergericht des Kantons Thurgau am 27. April 2011 und vom Bundesgericht mit Urteil 6B_592/2011 vom 5. Dezember 2011 bestätigt. Damit liegt ein rechtskräftiger Entscheid betreffend Widerhandlung des Beschwerdeführers gegen das Gewässerschutzgesetz vor. Aus E. 4 bb) des Entscheids des Obergerichts vom 27. April 2011 geht hervor, dass der Beschwerdeführer die Gefahr der Verunreinigung des Wassers im Zeitraum zwischen der Verfügung des Amts für Umwelt vom 23. Juni 2005 und der am 9. April bzw. 21. Oktober 2009 abgenommenen Sanierung der Liegenschaftsentwässerung in Kauf genommen habe. Damit betrifft der rechtskräftige Schuldspruch wegen Widerhandlung gegen das Gewässerschutzgesetz das Beitragsjahr 2009 und stellt damit auch in zeitlicher Hinsicht eine Feststellung i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV dar.
Damit ist auf die Ausführungen der Parteien zum Schreiben des Amts für Umwelt vom 3. Dezember 2009 und zum Abnahmeprotokoll vom 21. Oktober 2009 nicht näher einzugehen. Diese sind im Übrigen ohnehin keine Verfügungen i.S.v. Art. 5 VwVG, weshalb sie keine Grundlage i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV für eine Beitragskürzung bilden könnten.
5.1.3 Art. 70 Abs. 1 Bst. e DZV setzt für eine Beitragskürzung des Weiteren voraus, dass die Nichteinhaltung des Gewässerschutzgesetzes landwirtschaftsrelevante Vorschriften betrifft. Dies ergibt sich ebenfalls aus Art. 70 Abs. 4 LwG, wonach nur die Einhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgeblichen Bestimmungen als Voraussetzung für die Ausrichtung von Direktzahlungen gilt. Damit wollte der Gesetzgeber einen Zusammenhang zwischen Gesetzesverstoss und betrieblicher Tätigkeit statuieren (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_560/2010 vom 18. Juni 2011 E. 3.2 und 4.7).
Wie das Bundesgericht in E. 3.4.2 seines Urteils 2C_45112011 vom 24. Januar 2012 ausdrücklich festhält, betrifft der in Frage stehende Schuldspruch, insbesondere was die Abführung von Schmutzwasser vom Hof direkt auf das Feld anbelangt, landwirtschaftlich relevante Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes i.S.v. Art. 70 Abs. 1 Bst. e DZV.
5.1.4 Auf Grund dieser Erwägungen ist - im Sinne eines Zwischenergebnisses - festzuhalten, dass die Nichteinhaltung der Gewässerschutzbestimmungen durch den Beschwerdeführer im Direktzahlungsjahr 2009 mit dem Entscheid der Bezirksgerichtlichen Kommission Z._______ vom 4. November bzw. 21. Dezember 2010 bzw. dem Urteil des Bundesgerichts 6B_592/2011 vom 5. Dezember 2011 (rückwirkend) festgestellt wurde, womit eine i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV rechtsgenügliche Grundlage für eine Beitragskürzung für das Jahr 2009 vorliegt.
Damit ist es vorliegend nicht erforderlich, wie die Erstinstanz in ihrer Vernehmlassung beantragt, das Amt für Umwelt des Kantons Thurgau zu einer Stellungnahme zu der Frage der Verletzung von Gewässerschutzbestimmungen durch den Beschwerdeführer einzuladen.
5.2 Der Beschwerdeführer macht mit Bezug auf die Beitragskürzung wegen Verletzung von Gewässerschutzbestimmungen des Weiteren geltend, die Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie entbehre der erforderlichen formalgesetzlichen Grundlage und verstosse damit gegen das Legalitätsprinzip.
Art. 170 Abs. 3 LwG bestimmt, dass der Bundesrat die Kürzungen bei Verletzung von Vorschriften im Bereich der Direktzahlungen regelt. In Ausübung dieser Ermächtigung bestimmt der Bundesrat in Art. 70 Abs. 1 DZV, dass die Kantone Beiträge gemäss der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie kürzen oder verweigern. Damit hat diese Richtlinie entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers eine genügende gesetzliche Grundlage.
5.3 Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, es verstosse gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip, wenn er für Gewässerschutzverletzungen während fünf Jahren mit Kürzungen bestraft werde.
Die Vorinstanzen gehen davon aus, dass die Höhe der Kürzung für das Jahr 2009 Fr. 8'000.- betragen müsse, da der Beschwerdeführer seit dem Jahr 2005 gegen das Gewässerschutzgesetz verstossen habe. Deshalb sei die im Jahr 2005 vorgenommene Kürzung von Fr. 500.- jeweils jährlich zu verdoppeln, was für das Jahr 2006 Fr. 1000.--, für das Jahr 2007 Fr. 2'000.-, für das Jahr 2008 Fr. 4'000.- und für das Jahr schliesslich Fr. 8'000.- zur Folge habe. Die Erstinstanz weise zutreffend darauf hin, dass sie den im Jahr 2005 erstmalig festgestellten Verstoss höher hätte sanktionieren können als nur mit Fr. 500.-, womit die Kürzungen in den Folgejahren ebenfalls höher ausgefallen wären. Damit sei das Verhältnismässigkeitsprinzip, entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers, gewahrt worden.
5.3.1 Die Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie (massgebliche Fassung vom 27. Januar 2005 mit den Änderungen vom 12. September 2008) unterscheidet bei Verstössen gegen landwirtschaftsrelevante Vorschriften des Gewässerschutzgesetzes zwischen erstmaligen Verstössen mit oder ohne Dauerwirkung sowie wiederholten Verstössen, d.h. Widerhandlungen von Bewirtschaftern gegen die gleichen landwirtschaftsrelevanten Bestimmungen innerhalb von vier Jahren. Innerhalb jeder dieser Kategorie wird zudem zwischen fahrlässigen, eventualvorsätzlichen und vorsätzlichen Verstössen unterschieden. Daraus ergeben sich insgesamt neun Kategorien, innerhalb welcher die kantonalen Behörden die Direktzahlungen (allgemeine Direktzahlungen, Öko- und Ethobeiträge) prozentual kürzen können. Bei fahrlässigen und eventualvorsätzlichen zweiten, dritten oder vierten Verstössen innerhalb von vier Jahren ist die Kürzung zu verdoppeln (vgl. Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie, Bst. F).
5.3.2 Wie das Bundesverwaltungsgericht festgestellt hat, ist in den Jahren 2006 bis 2007 keine rechtskräftige Verfügung betreffend die Nichteinhaltung von Gewässerschutzbestimmungen durch den Beschwerdeführer ergangen (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-1374/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 6.5.2). Damit können allfällige, während dieser Jahre durch den Beschwerdeführer begangene Verstösse den Gewässerschutz nicht als i.S.v. Art. 70 Abs. 2 DZV rechtsgenügliche Grundlage für eine Beitragskürzung herangezogen werden.
Mit Bezug auf das Jahr 2008 hat das Bundesverwaltungsgericht ausgeführt, dass mit dem Entscheid des Regierungsrats des Kantons Thurgau vom 31. März 2009 eine rechtsgenügliche Grundlage für eine Beitragskürzung nach Art. 70 Abs. 1 Bst. e DZV vorliegt (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-1374/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 6.4.2). Infolgedessen ist der vorliegend für das Jahr 2009 festgestellte Verstoss (vgl. E. 5.1.2 und 5.1.4 hiervor) mit den Vorinstanzen als wiederholter Verstoss i.S. der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie zu qualifizieren. Entgegen der Ansicht der Vorinstanzen handelt es sich dabei (vom Direktzahlungsjahr 2008 aus betrachtet) i.S. der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie jedoch nur um den zweiten Verstoss, der eine Beitragskürzung zur Folge haben kann. Deshalb ist die Höhe der Kürzung mittels Verdoppelung der für das Jahr 2008 vorgenommenen Kürzung zu berechnen. Die Beitragskürzung für das Jahr 2008 wurde vom Bundesverwaltungsgericht jedoch als fehlerhaft beurteilt und aufgehoben (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-1374/2012 vom 19. Dezember 2012 Dispositiv Ziff. 1), weshalb die Höhe der Kürzung für das Jahr 2009 im vorliegenden Verfahren nicht abschliessend beurteilt werden kann.
5.3.3 Wie eine Kürzung innerhalb des von der Direktzahlungs-Kürzungsrichtlinie vorgegebenen Rahmens zu bemessen ist bzw. wie ein bestimmter Verstoss zu gewichten ist, ist in das pflichtgemässe Ermessen der zuständigen kantonalen Behörden gestellt. Dabei stellt die Kürzungsrichtlinie bloss - aber immerhin - eine einheitliche Verwaltungspraxis bezüglich des Höchstmasses einer Beitragskürzung sicher (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-2730/2011 vom 22. Mai 2012 E. 6.3, m.w.H.).
Der Ermessensspielraum der kantonalen Behörde ist vom Bundesverwaltungsgericht zu respektieren, weshalb es Sache der Erstinstanz ist, die genaue Höhe der Kürzung des Direktzahlungsanspruchs des Beschwerdeführers für das Jahr 2009 wegen des vorliegend festgestellten, zweiten Verstosses gegen die Gewässerschutzbestimmungen festzulegen. Dabei ist sie an die Verfassung gebunden, hat das Rechtsgleichheitsgebot und das Verhältnismässigkeitsprinzip zu befolgen, die öffentlichen Interessen zu wahren sowie Sinn und Zweck der gesetzlichen Ordnung zu beachten (vgl. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Zürich/St. Gallen 2010, Rz. 441, 473 ff., m.w.H.).
6. Schliesslich beantragt der Beschwerdeführer, ihm sei auf die nachzuzahlenden Beiträge für das Jahr 2009 ein Verzugszins von 5% ab dem 1. Januar 2010 auszurichten. Da die Beschwerdeschrift lediglich dieses Rechtsbegehren, jedoch überhaupt keine dazugehörige Begründung enthält, ist auf diesen Antrag nicht einzutreten.
Im Übrigen ist der Beschwerdeführer darauf hinzuweisen, dass das Bundesverwaltungsgericht bereits mehrfach festgestellt hat, dass die Fälligkeit von Direktzahlungen grundsätzlich erst mit Eintritt der Rechtskraft des massgeblichen Direktzahlungsentscheids eintritt (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-1374/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 8, m.w.H.).
7. Die Beschwerde ist im Sinne der vorangehenden Erwägungen teilweise gutzuheissen.
Dispositiv Ziffer 2 des Entscheids der Vorinstanz ist aufzuheben.
Der angefochtene Entscheid und damit auch der Entscheid der Erstinstanz sind insoweit aufzuheben, als dem Beschwerdeführer damit für das Beitragsjahr 2009 Direktzahlungen sowie ÖQV-Beiträge vollumfänglich verweigert werden.
Die Sache ist an die Erstinstanz zurückzuweisen, damit diese über die Höhe der Beitragskürzung wegen Nichteinhaltung von Gewässerschutzbestimmungen im Sinne der Erwägungen neu entscheidet.
Soweit weitergehend, erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
8. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens hätte der teilweise unterliegende Beschwerdeführer anteilsmässig Verfahrenskosten zu tragen (Art. 63 Abs. 1 VwVG sowie Art. 1 ff. des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]). Ihm wurde jedoch mit Zwischenverfügung vom 18. Oktober 2012 die unentgeltliche Rechtspflege gewährt, weshalb auf die Erhebung von Verfahrenskosten zu verzichten ist.
9. Dem Beschwerdeführer wurde im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege ein amtlicher Rechtsbeistand bestellt (Art. 65 Abs. 1 und 2 VwVG). Mangels Kostennote ist die Entschädigung des Rechtsvertreters vorliegend nach Ermessen, unter Berücksichtigung des gebotenen und aktenkundigen Anwaltsaufwandes festzusetzen (Art. 65 Abs. 5 VwVG i.V.m. Art. 14 Abs. 2 VGKE). Für amtlich bestellte Anwälte gelten die gleichen Ansätze wie für die vertragliche Vertretung (Art. 12 VGKE). Das Anwaltshonorar ist nach Art. 10 VGKE zu bemessen.
Das Bundesverwaltungsgericht erachtet eine Entschädigung von pauschal Fr. 1'500.- (inkl. MwSt.) als angemessen. Da der Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren teilweise obsiegt, ist diese Entschädigung im Umfang von Fr. 1'000.- vom Kanton Thurgau und im Umfang von Fr. 500.- aus der Gerichtskasse zu leisten (Art. 64 Abs. 2 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110] in analoger Anwendung; Marcel Maillard, in: Praxiskommentar VwVG, Waldmann/Weissen­berger [Hrsg.], Zürich 2009, Art. 65 N 48). Es ist schliesslich ausdrücklich auf Art. 65 Abs. 4 VwVG hinzuweisen, wonach eine begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später zu hinreichenden Mitteln gelangt.
10. Die Vorinstanz hat über die Kosten- und Entschädigungsfrage für das vorinstanzliche Rekursverfahren entsprechend dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens neu zu entscheiden.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Die Beschwerde wird, soweit darauf eingetreten wird, teilweise gutgeheissen.
Der angefochtene Entscheid vom 3. September 2012 sowie der Entscheid der Erstinstanz vom 26. März 2012 werden insoweit aufgehoben, als dem Beschwerdeführer damit Direktzahlungen und ÖQV-Beiträge verweigert werden. Dispositiv Ziffer 2 des angefochtenen Entscheids wird aufgehoben. Die Sache wird an die Erstinstanz zurückgewiesen, damit diese über die Höhe der Beitragskürzung wegen Nichteinhaltung von Gewässerschutzbestimmungen im Sinne der Erwägungen neu entscheidet.
Soweit weitergehend, wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Verfahrenskosten erhoben.
3. Der Kanton Thurgau hat Rechtsanwalt Markus Heer für die amtliche Vertretung des Beschwerdeführers im vorliegenden Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.- (inkl. MwSt.) auszurichten.
4. Rechtsanwalt Markus Heer wird für die amtliche Vertretung des Beschwerdeführers eine Entschädigung von Fr. 500.- (inkl. MwSt.) aus der Gerichtskasse ausgerichtet.
5. Die Sache wird zur Regelung der Kostenfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
6. Dieses Urteil geht an:
- den Beschwerdeführer (Gerichtsurkunde; Beilage: Formular Zahl-adresse);
- die Vorinstanz (Gerichtsurkunde);
- die Erstinstanz (Gerichtsurkunde);
- das Bundesamt für Landwirtschaft;
- das Amt für Umwelt des Kantons Thurgau;
- das Departement für Wirtschaft, Bildung und Forschung (Gerichtsurkunde).
Für die Rechtsmittelbelehrung wird auf die nächste Seite verwiesen.
Der vorsitzende Richter:
Die Gerichtsschreiberin:
Stephan Breitenmoser
Kinga Jonas
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tage nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
Versand: 2. April 2013