bvger · A-5861/2007 · 2009-09-29 · fr
A-5861/2007

Responsabilité de l'Etat (Confédération)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5861/2007
Arrêt du 29 septembre 2009
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Pascal Mollard, Daniel Riedo, juges,
Marie-Chantal May Canellas, greffière.
Parties
X._______,
***,
représentée par Maître Jean-Samuel Leuba, avocat, ***,
recourante,
contre
La Confédération Suisse,
représentée par le Département fédéral des finances,
Service juridique, Bundesgasse 3, 3003 Berne,
intimée.
Objet
Responsabilité de la Confédération ; art. 55 al. 4 PA (caractère arbitraire du retrait de l'effet suspensif).
Faits :
A.
X._______ est une *** ayant son siège à *** (canton de ***), dont le but est ***.
Le 21 novembre 2000, elle a déposé une demande d'octroi d'un permis général pour l'importation de semence de taureaux. Celui-ci lui a été octroyé le 10 janvier 2001 par l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG).
B.
Le 21 mars 2001, l'OFAG s'est adressé à X._______ pour lui faire savoir que - suite à des dénonciations de tiers - il avait acquis la conviction qu'elle avait commercialisé dès le 1er janvier 1999 de la semence de taureaux sans être au bénéfice de l'autorisation requise. L'OFAG a dès lors reproché à X._______ une violation de l'art. 15 al. 1 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage (OE, Recueil officiel [RO] 1999 95 et les modifications ultérieures), lequel prévoit l'obligation pour celui qui prélève, stocke et commercialise de la semence de taureaux, d'être au bénéfice d'une autorisation de l'Office. L'OFAG a donné à X._______ la possibilité de s'exprimer à ce sujet.
C.
Le 23 mai 2001, X._______ a fait savoir à l'OFAG que son activité consistait à importer pour l'essentiel de la semence de taureaux et à la vendre ensuite soit à certaines organisations d'insémination artificielle (OIA) reconnues par l'OFAG, soit directement à des éleveurs de bétail. Elle bénéficiait d'un permis général d'importation (PGI ***), mais se voyait contrainte d'importer la semence hors contingent tarifaire, puisque seules les organisations d'insémination artificielle autorisées, les éleveurs inséminant leurs propres animaux, ainsi que les organisations d'élevage et associations d'éleveurs reconnues qui distribuaient la semence importée par l'intermédiaire d'une organisation d'insémination artificielle autorisée, avaient droit à un tel contingent. Elle respectait par ailleurs en tous points les exigences sanitaires requises dans le cadre du stockage et de la commercialisation de la semence en question. Finalement elle ne procédait pas et n'avait jamais procédé à l'insémination (mise en place de la semence), qu'elle laissait à la responsabilité des éleveurs et des OIA clients. Elle a ainsi souligné qu'elle n'était pas un centre d'insémination, en ce sens que son activité se limitait au stockage et à la commercialisation de la semence de taureaux. Les dispositions légales relatives aux centres d'insémination, ainsi qu'au prélèvement et à la mise en place de la semence, ne lui étaient dès lors pas applicables. X._______ a conclu à ce que l'OFAG constate que l'activité de stockage et de commercialisation de semence importée n'était pas soumise à autorisation et subsidiairement, s'il devait être jugé qu'une autorisation était nécessaire, à ce que celle-ci lui soit délivrée.
Le 15 octobre 2002, X._______ a pour l'essentiel réitéré ses arguments visant à démontrer qu'elle n'était pas soumise au système de l'autorisation et confirmé ses conclusions tant principale que subsidiaire.
D.
Par décision du 4 décembre 2002, l'OFAG a retiré à X._______ son permis général pour l'importation (PGI) de semence de taureaux et l'a fait bloquer auprès de la Direction générale des douanes. Elle lui a également fait interdiction avec effet immédiat de commercialiser directement de la semence de taureaux. Le retrait, respectivement le blocage du PGI, étaient applicables jusqu'à ce qu'elle ait prouvé qu'elle commercialisait de la semence de taureaux uniquement par l'intermédiaire d'une organisation d'insémination artificielle autorisée par l'OFAG. Enfin, l'OFAG a prononcé le retrait de l'effet suspensif à un éventuel recours contre cette décision.
E.
Par courrier du 13 janvier 2003, X._______ a informé l'OFAG qu'elle entendait recourir contre la décision précitée. Elle a sollicité le réexamen et l'annulation de celle-ci en urgence, compte tenu du dommage qu'elle lui occasionnait. Elle a manifesté son intention d'invoquer l'art. 55 al. 4 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) pour en obtenir le cas échéant réparation. En tout état de cause, elle a souligné que l'OFAG se devait d'annuler le retrait de l'effet suspensif prononcé en prévision d'un éventuel recours. Finalement, à titre subsidiaire, elle a requis l'annulation des mesures de retrait et de blocage du PGI, en faisant valoir qu'elle commercialisait de la semence de taureaux par l'intermédiaire d'une organisation d'insémination artificielle autorisée (OIA). Elle a produit une attestation de l'organisation en question, datée du 8 janvier 2003, corroborant ses affirmations.
F.
Le 20 janvier 2003, X._______ a recouru contre la décision du 4 décembre 2002 auprès de la Commission de recours DFE (Département fédéral de l'économie), en concluant principalement à son annulation et à ce qu'il soit prononcé que son activité commerciale n'était soumise à aucune autorisation. Subsidiairement, elle a conclu à ce que l'autorisation querellée lui soit octroyée, étant donné qu'elle remplissait toutes les conditions de l'art. 15 de l'ordonnance sur l'élevage précitée. Certes elle ne pouvait se prévaloir de disposer des bâtiments et installations nécessaires pour la garde des taureaux et le prélèvement de semence - condition spécifiée à l'art. 15 al. 2 let. c de cette ordonnance -, toutefois cette exigence n'avait guère de sens dans son cas, dès lors qu'elle n'entendait procéder ni à la garde d'animaux ni au prélèvement de semence. Elle a requis à titre préjudiciel que l'effet suspensif soit restitué à son recours.
G.
Invitée par la Commission de recours DFE à déposer sa réponse sur la demande de restitution de l'effet suspensif, l'OFAG a fait savoir qu'elle y renonçait, compte tenu d'une décision incidente de la Commission saisie dans une cause parallèle présentant les mêmes caractéristiques.
Par décision incidente du 4 février 2003, la Commission de recours DFE a restitué l'effet suspensif au recours.
H.
Le 15 juin 2004, la Commission de recours DFE a admis le recours de X._______ et annulé la décision attaquée. Elle a retenu en substance que l'activité exercée par la recourante, à savoir le stockage et la commercialisation de semence de taureaux sans qu'elle ne prélève ou mette en place cette semence, ne nécessitait pas d'autorisation. En effet, cette exigence de l'OFAG était dépourvue de base légale claire. Certes, l'art. 145 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (Loi sur l'agriculture, LAgr, RS 910.1) octroyait au Conseil fédéral la faculté de soumettre cette activité à autorisation. Toutefois, le Conseil fédéral n'en avait pas fait usage; en particulier, l'art. 15 al. 1 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage n'imposait le régime de l'autorisation qu'aux requérants qui, cumulativement, prélevaient, stockaient et commercialisaient de la semence de taureaux, ce qui n'était pas le cas de X._______. En outre, l'interdiction signifiée à cette dernière ne pouvait pas se fonder sur l'application analogique de l'art. 25 al. 2 de l'ordonnance sur l'élevage précitée, relatif à l'attribution de parts de contingent tarifaire. Cette disposition se bornait en effet à fixer le cercle des ayants droit à une part de contingent tarifaire et s'avérait ainsi sans lien avec le régime de l'autorisation. C'est pareillement à tort que l'OFAG avait retiré à l'intéressée son permis général d'importation (PGI), dès lors qu'aucune violation ne pouvait être reprochée à cette dernière.
I.
Le 17 août 2004, le Département fédéral de l'économie (DFE) a formé un recours de droit administratif contre ce prononcé auprès du Tribunal fédéral, en concluant à son annulation.
J.
Par arrêt 2A.452/2004 du 23 mars 2005, le Tribunal fédéral a rejeté le recours en question. Il a confirmé que le régime de l'autorisation ne concernait que les organisations d'insémination artificielle, dont X._______ ne faisait pas partie, étant donné qu'elle ne prélevait pas de semence de taureaux ni la mettait en place. Aucune disposition légale ne permettait de soumettre à autorisation le stockage et la commercialisation de semence de taureaux et de contraindre les distributeurs à se ravitailler exclusivement auprès des organisations d'insémination artificielle reconnues. Par ailleurs, l'art. 25 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage, intitulé « attribution de parts de contingent tarifaire », n'empêchait pas un importateur de commercialiser la semence de taureaux sans passer par le biais d'une organisation d'insémination artificielle autorisée, auquel cas il devait toutefois acquitter un tarif plein, faute de bénéficier d'une part de contingent tarifaire. Dans la mesure où aucun reproche ne pouvait au surplus être formulé à l'encontre de X._______ quant au respect des normes d'hygiène sanitaires et vétérinaires, l'interdiction de commercialisation qui lui était signifiée apparaissait comme une mesure de politique économique dépourvue de base légale suffisante, et donc prohibée au regard de la garantie de la liberté économique déduite de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst., RS 101).
K.
Le 28 mars 2006, X._______ a adressé au Département fédéral des finances (DFF) une demande en dommages-intérêts, concluant au paiement par la Confédération de Fr. 87'784.48 avec intérêt à 5 % dès le 31 janvier 2003. Elle a fait valoir que l'OFAG avait retiré de manière arbitraire tout effet suspensif à un éventuel recours contre la décision du 4 décembre 2002, et l'avait ainsi empêchée de poursuivre son activité à compter du jour de la notification de cette décision jusqu'à ce que l'effet suspensif lui soit restitué par l'autorité de recours saisie. Du 4 décembre 2002 au 5 février 2003, elle avait ainsi subi une perte de gain évaluée à CHF 67'784.48, à laquelle s'ajoutait une atteinte à l'image chiffrée à CHF 20'000.-. X._______ a demandé la mise en oeuvre d'une expertise financière afin de confirmer le dommage subi et a au surplus requis l'audition de témoins, dont un représentant de sa fiduciaire.
L'OFAG s'est déterminé le 7 juillet 2006 sur cette requête, concluant à son rejet et à la mise des frais à la charge de la demanderesse. Le même jour, le Département fédéral de l'économie (DFE) s'est rallié à la prise de position de l'OFAG.
X._______ s'est adressée au DFF le 20 mars 2007, en déclarant maintenir sa demande en dommages-intérêts. Elle a produit une liasse de pièces, parmi lesquelles des extraits de revues publiées par les fédérations d'élevage, censées démontrer que son image avait effectivement été salie par les informations données par l'OFAG et reproduites par les fédérations précitées. S'agissant des éléments du dommage, elle a étayé les chiffres qu'elle avait précédemment présentés.
L.
Par décision du 2 juillet 2007, le DFF a rejeté la demande en dommages-intérêts et en réparation du tort moral, et a mis à la charge de la demanderesse les frais de procédure par Fr. 3'000.-. Il a estimé que le retrait de l'effet suspensif par l'OFAG ne pouvait être qualifié d'arbitraire, de sorte que la responsabilité de la Confédération n'était pas engagée. Il s'est dès lors dispensé d'examiner le dommage prétendu ainsi que le lien de causalité. S'agissant de l'atteinte à l'image de la demanderesse, il s'agissait en réalité selon lui d'une atteinte illicite à sa personnalité, laquelle n'était en rien démontrée.
M.
Par recours du 3 septembre 2007, X._______ (la recourante) a déféré ce prononcé au Tribunal administratif fédéral en reprenant pour l'essentiel l'argumentation déjà exposée dans le cadre de sa demande. Elle a fait valoir une violation du droit d'être entendu, en raison du fait que le DFF (l'autorité inférieure) avait renoncé à requérir une expertise, respectivement à auditionner des témoins, s'agissant du dommage allégué. Elle a au surplus renouvelé sa requête tendant à la mise en oeuvre des mesures d'instruction précitées. S'agissant par ailleurs de l'atteinte à l'image, elle a fait valoir que le DFF n'avait pas correctement apprécié ce poste du dommage. Elle a également renouvelé son offre de preuve à ce sujet. Finalement, elle a contesté les frais mis à sa charge par l'autorité inférieure, faisant valoir que le montant de CHF 3'000.- constituait un maximum peu justifié dans son cas, vu l'absence de mesures d'instruction mises en oeuvre.
N.
Dans sa réponse du 3 décembre 2007, le DFF a réfuté les griefs de la recourante et conclu au rejet du recours. S'agissant du dommage et du lien de causalité, le DFF a fait valoir que ces questions n'étaient pas en état d'être jugées en procédure de première instance, étant donné qu'il avait nié l'illicéité de même que l'arbitraire. Il a dès lors sollicité un délai afin qu'il puisse compléter sa réponse sur ces deux thèmes, pour le cas où le Tribunal admettrait le principe de la responsabilité de l'Etat et ne procéderait pas au renvoi de la cause.
O.
La recourante a déposé une réplique le 3 mars 2008. Elle a produit en annexe une attestation de sa fiduciaire, confirmant la perte de chiffre d'affaires alléguée de CHF 67'884.48 et attestant que la presque totalité du chiffre d'affaires réalisé par la recourante durant la période d'octobre 2002 à mars 2003 concernait la vente de semences de taureaux ou était en lien direct avec les commandes de semences.
Le 18 avril 2008, le DFF a déclaré maintenir sa décision du 2 juillet 2007 et confirmer les conclusions de sa réponse. La cause a ensuite été gardée à juger, sous réserve de mesures d'instruction complémentaires.
P.
Les autres faits seront évoqués ci-après, dans la mesure où ils se révèlent pertinents.
Droit :
1.
1.1 Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître des recours contre les décisions des départements fédéraux et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées (art. 33 let. d de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32]). Il en va ainsi notamment des décisions prises par le Département fédéral des finances (DFF) sur le sort d'une demande en dommages-intérêts dirigée à l'encontre de la Confédération, en application de la loi du 14 mars 1958 sur la responsabilité de la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (Loi sur la responsabilité, LRCF, RS 170.32). En l'occurrence, la décision entreprise concerne bien ce domaine et émane du DFF, ce qui fonde la compétence du Tribunal de céans pour connaître du recours. Par ailleurs, déposé en temps utile (art. 50 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021]) et dans les formes prescrites (art. 52 al. 1 PA), par le destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, ce recours s'avère recevable.
1.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. PIERRE MOOR, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral constate les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA) et motiver leur recours (art. 52 PA). Les principes de la maxime inquisitoire et de l'application d'office du droit sont ainsi limités, dans la mesure où l'autorité compétente ne procède pas spontanément à des constatations de fait complémentaires ou n'examine d'autres points de droit que si les indices correspondants ressortent des griefs présentés ou des pièces du dossier (cf. ATF 119 V 349 consid. 1a, ATF 117 V 263 consid. 3b, ATF 117 Ib 117 consid. 4a, ATF 110 V 53 consid. 4a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 1.5, A-1790/2006 du 17 janvier 2008 consid. 1.4; ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, vol. II, Neuchâtel 1984, p. 927).
1.3 Les actions en dommages-intérêts, respectivement en réparation du tort moral, dirigées à l'encontre de l'Etat ont un caractère patrimonial et tombent pour ce motif sous la protection de l'art. 6 al. 1 de la Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH, RS 0.101). Dans le domaine de la responsabilité de l'Etat, l'application de cette disposition a été expressément approuvée (cf. ATF 134 I 331 consid. 2, ATF 130 I 388 consid. 5.1 et 5.3, ATF 126 I 144 consid. 3a et les réf. citées; voir également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 1.3, A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 1.6 et A-1790/2006 du 17 janvier 2008 consid. 1.5; JOST GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, 2ème éd., Berne 2001, p. 371). In casu, la recourante n'a pas sollicité de débats publics, de sorte qu'il faut considérer qu'elle y a renoncé.
1.4 S'agissant de l'objet du litige, il convient de relever que l'affaire comporte trois volets, même si cela n'est pas très clair à l'examen de la demande adressée par la recourante au DFF et du recours déféré au Tribunal de céans.
Tout d'abord, il s'agit de déterminer la responsabilité encourue par la Confédération du fait du retrait par l'OFAG de l'effet suspensif à un éventuel recours contre sa décision du 4 décembre 2002 (consid. 4 et 5 ci-après). Il ne s'agit dès lors pas d'établir les conséquences sur le plan de la responsabilité publique résultant du fait que la décision en question était erronée sur le fond, ce que les instances de recours saisies (Commission de recours DFE et Tribunal fédéral) ont confirmé en leur temps. Il ne s'agit pas non plus de déceler si une responsabilité pourrait éventuellement découler du fait que l'OFAG n'a pas reconsidéré sa décision et annulé le retrait et le blocage du PGI, à la lecture du courrier de la recourante du 13 janvier 2003, dans lequel celle-ci expliquait qu'elle commercialisait de la semence de taureaux par l'intermédiaire d'une OIA, comme prescrit par l'OFAG.
Ensuite, se pose un problème d'atteinte à l'image de la recourante. A vrai dire, il est difficile de déceler à la lecture des écritures de la recourante si ce dommage est lié - d'après elle - au retrait de l'effet suspensif ou à un autre fait susceptible d'être générateur de responsabilité. A priori, il ne paraît pas s'agir d'un dommage que la recourante invoque en lien avec le retrait de l'effet suspensif; toutefois il règne dans ses explications une certaine confusion à ce sujet (cf. requête en dommages-intérêts adressée au DFF le 28 mars 2006 p. 4 ch. 2). Ainsi que l'a considéré l'intimée, il y aura lieu de considérer les deux options. Par conséquent, le Tribunal de céans examinera un second fait susceptible de générer une atteinte à l'image de la recourante, outre le retrait de l'effet suspensif, à savoir le fait suivant. La recourante prétend que l'OFAG aurait fait circuler auprès des éleveurs l'information selon laquelle elle n'était plus en droit d'exercer son activité et selon laquelle, par le passé, son activité était illégale (cf. détermination adressée au DFF le 20 mars 2007 p. 6 in fine). Il en sera question sous consid. 6 ci-après.
S'y ajoute finalement un problème de frais mis à la charge de la recourante par le DFF, qui ne donnera matière à examen que pour autant que la décision entreprise se révèle correcte sur le fond. C'est d'ailleurs dans ce sens que la recourante le définit comme subsidiaire. Il conviendra dès lors de s'y pencher en dernier lieu, après examen des deux autres volets de cette affaire (consid. 7 ci-après).
2.
Il apparaît utile dans un premier temps de procéder à un rappel général des conditions déterminant la responsabilité de la Confédération (consid. 2.1 ss ci-après). Dans une seconde étape, il sera question plus spécifiquement de l'art. 55 al. 4 PA, lequel conduit à un examen quelque peu distinct de la condition générale de l'illicéité dans la situation topique qu'il concerne (consid. 3 ci-après).
2.1 En vertu de l'art. 3 al. 1 LRCF, la Confédération répond du dommage causé sans droit à un tiers par un fonctionnaire dans l'exercice de ses fonctions, sans égard à la faute du fonctionnaire. Cette disposition consacre une responsabilité primaire, exclusive et causale de l'Etat, en ce sens que le tiers lésé ne peut rechercher que celui-ci, à l'exclusion du fonctionnaire ou de l'agent responsable, et qu'il n'a pas à établir l'existence d'une faute; il lui suffit de faire la preuve d'un acte illicite, d'un dommage, ainsi que d'un rapport de causalité entre ces deux éléments, ces conditions devant être comprises cumulativement (cf. ATF 106 Ib 357 consid. 2b; arrêts du Tribunal fédéral 2C_518/2008 du 15 octobre 2008 consid. 2.1 et 2A.321/2004 du 11 avril 2006 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 2.1, A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.1, A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 2.2 et A-1791/2006 du 29 mars 2007 consid. 3.1; décision de la Commission fédérale de recours en matière de responsabilité de l'Etat [CRR] 2002-007 du 29 avril 2004 consid. 3a).
2.2 L'acte - ou l'omission - doit au surplus ressortir à l'exercice de l'autorité publique, c'est-à-dire se rattacher au service et à l'accomplissement d'une tâche publique, comme le précise l'art. 3 al. 1 LRCF en se référant à « l'exercice des fonctions » (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 2.1, A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 2.2 et A-1791/2006 du 29 mars 2007 consid. 3.1). Il ne doit donc s'agir ni d'une activité privée de l'Etat ni d'actes que l'agent public fait en sa qualité de simple particulier (cf. FRANZ WERRO in Commentaire romand, Code des obligations I, Bâle 2003, p. 418 ch. 10 ss ad art. 61 CO; BLAISE KNAPP, Précis de droit administratif, 4ème éd., Bâle 1991, p. 504 ch. marg. 2427). Cela étant, le droit public est nécessairement applicable dans le domaine de l'administration souveraine, c'est-à-dire lorsque l'Etat est investi de la puissance publique, soit du pouvoir de prendre des décisions unilatérales obligatoires et de les exécuter d'office (cf. ATF 121 II 473 consid. 2a, ATF 117 Ia 107 consid. 5c; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1219/2007 du 1er octobre 2008 consid. 2.3.2 et A-1540/2008 du 8 janvier 2008 consid. 3.5; Knapp, op. cit., p. 17 ch. marg. 72).
2.3
2.3.1 Ainsi qu'on l'a vu (consid. 2.1 ci-avant), comme toute action en responsabilité, la demande en dommages-intérêts ou en tort moral dirigée contre la Confédération suppose l'existence d'un acte illicite (cf. JOST GROSS, Staats- und Beamtenhaftung, in Peter Münch/Thomas Geiser [éd.], Schaden-Haftung-Versicherung, Handbücher für die Anwaltspraxis, vol. V, Bâle 1999, ch. 3.47 ss). Tant la doctrine que la jurisprudence admettent que cette notion, qui découle de l'art. 3 al. 1 LRCF, correspond à celle de l'art. 41 du Code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220) (cf. ATF 123 II 577 consid. 4d/bb; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1788/2006 du 27 juillet 2007 consid. 3.3 et A-1790/2006 du 17 janvier 2008 consid. 4.3.1; TOBIAS JAAG, Staats- und Beamtenhaftung, vol. I/3, 2ème éd., Bâle 2006, n. 97).
2.3.2 L'acte illicite déterminant sous l'angle du droit de la responsabilité présuppose une atteinte à un bien juridiquement protégé, qu'il s'agisse de la violation d'un droit absolu du lésé (Erfolgsunrecht) ou d'un pur dommage patrimonial causé par une infraction à une règle de droit dont le but est de protéger le bien juridique en cause contre ce genre de dommage (Verhaltens- ou Handlungsunrecht). Il faut ainsi noter que la simple lésion d'un droit patrimonial d'un tiers n'emporte pas encore réalisation d'un acte illicite (cf. ATF 133 V 14 consid. 8.1, ATF 132 II 449 consid. 3.3, ATF 132 II 305 consid. 4.1, ATF 118 Ib 163 consid. 2 et les réf. citées; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 3.1.1).
2.3.3 L'illicéité est envisagée de manière restrictive, lorsqu'elle est invoquée en relation avec la décision d'un magistrat ou d'un fonctionnaire.
D'une part, selon l'art. 12 LRCF, la légalité des décisions, d'arrêtés ou de jugements ayant force de chose jugée ne peut pas être revue dans une procédure en responsabilité. L'idée à la base de cette disposition est d'éviter que le destinataire d'une décision qui lui est défavorable, mais qui est entrée en force, utilise la voie d'une action en responsabilité pour l'attaquer à nouveau. Celui qui a recouru sans succès contre une décision jusque devant les instances supérieures ou qui n'a pas recouru ou alors qui a déposé un moyen irrecevable, ne peut la contester une nouvelle fois et faire vérifier le bien-fondé de cette décision dans un procès en responsabilité (cf. ATF 126 I 144 consid. 2a, ATF 119 Ib 208 consid. 3c et les réf. citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 4.2.1 et A-1829/2007 du 28 novembre 2007 consid. 3.3; décision de la CRR 2004-005 du 6 avril 2005 in Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 69.77 consid. 3a; NADINE MAYHALL, Aufsicht und Staatshaftung, Zurich/Bâle/Genève 2008, p. 229 let. b/bb).
D'autre part, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, toute illégalité ne peut être qualifiée d'acte illicite lorsque l'on a affaire non pas à une action matérielle illégale mais à une décision administrative. Comme en matière de responsabilité du juge (cf. ATF 107 Ib 160 consid. 3; arrêt du Tribunal fédéral du 18 janvier 1980 in Semaine judiciaire [SJ] 1981 p. 230 ss consid. 3), on doit considérer que si l'autorité ou le magistrat a interprété la loi, fait usage de son pouvoir d'appréciation ou de la latitude que lui laisse une notion juridique imprécise, d'une manière conforme à ses devoirs, son activité ne peut pas être tenue pour illicite du seul fait que son appréciation ou son interprétation n'est pas retenue par une autorité supérieure ou de recours saisie du cas par la suite.
Pour qu'une décision puisse être qualifiée d'illicite, il faut une violation grave du droit, réalisée par exemple lorsque le magistrat ou l'autorité abuse de son pouvoir d'appréciation ou l'excède, lorsqu'il viole un texte clair, méconnaît un principe général du droit, n'instruit pas un dossier correctement ou agit par malveillance (cf. ATF 112 II 231 consid. 4; BLAISE KNAPP, La responsabilité de l'Etat et de ses agents, Mémoires publiés par la Faculté de droit de Genève, XVIIIe Journée juridique, p. 36 ss). Est ainsi en cause la violation d'un devoir essentiel à l'exercice de sa fonction (cf. ATF 123 II 577 consid. 4d/dd « wesentliche Amtspflichtverletzung »; ATF 120 Ib 248 consid. 2, ATF 118 Ib 163 consid. 2). Dans d'autres arrêts, le Tribunal fédéral a exprimé qu'il n'y a pas illicéité par le simple fait qu'une autorité excède ou abuse de son pouvoir d'appréciation; il a précisé que cet excès doit encore être qualifié (« im Sinne eines qualifizierten Ermessensfehlers »; cf. ATF 132 II 449 consid. 3.2; ATF 132 II 305 consid. 4.1 « violation d'une prescription importante des devoirs de fonction »; également : arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 3.1.1).
En définitive, l'illicéité du comportement d'un fonctionnaire ou d'un juge dans l'exercice du pouvoir décisionnel, respectivement juridictionnel, suppose un manquement caractérisé (une faute particulière; « einen besonderen Fehler »), qui n'est pas réalisé du seul fait déjà qu'une décision se révèle après coup dénuée de fondement ou contraire à la loi (cf. ATF 120 Ib 248 consid. 2b, ATF 118 Ib 163 consid. 2, ATF 112 Ib 446 consid. 3b; arrêt non publié du Tribunal fédéral 2C.4/2000 du 3 juillet 2003 consid. 5; décision de la CRR 2002-007 du 29 avril 2004 consid. 3b; Jean-François EGLI, L'activité illicite du juge, cause de responsabilité pécuniaire à l'égard des tiers, in Hommage à Raymond Jeanprêtre, Neuchâtel 1982, p. 15 ss; MAYHALL, op. cit., p. 228 let. b/aa).
2.4 La notion de dommage, telle que prévue à l'art. 3 al. 1 LRCF, est identique à celle qui prévaut en droit privé (cf. Jaag, op. cit., n° 164; GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, op. cit., p. 238 n. 5.4.1.1). Le dommage reconnu sur un plan juridique résulte de la diminution involontaire du patrimoine net; il peut s'agir d'une diminution des actifs, d'une augmentation des passifs, d'une perte de gain; il correspond en définitive à la différence entre le montant actuel du patrimoine de la personne lésée et celui qui aurait été le sien si l'événement dommageable ne s'était pas produit (cf. ATF 132 III 186 consid. 8, ATF 129 III 331 consid. 2.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1788/2006 du 27 juillet 2007 consid. 3.4).
2.5 Enfin, comme en droit privé, la responsabilité de la Confédération postule l'existence d'un lien de causalité naturelle entre l'acte illicite et le dommage, en ce sens que le dommage ne serait pas survenu sans l'acte, ou l'omission, reproché aux personnes qui engagent l'Etat (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_518/2008 du 15 octobre 2008 consid. 2.1, 2A.362/2000 du 10 décembre 2001 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.2; GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, op. cit., p. 193/194 n. 5.2.1,). Un comportement est la cause naturelle d'un résultat lorsqu'il ne peut être fait abstraction de la cause sans que le résultat ne s'efface également, c'est-à-dire lorsqu'il s'agit d'une condition nécessaire de la survenance du préjudice (« conditio sine qua non »; cf. ATF 132 III 715 consid. 2.2; ATF 129 V 402 consid. 4.3.1; ATF 128 III 177 consid. 2d; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 3.1, A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.2 et A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 4.1.1; ROLAND BREHM in Berner Kommentar, Das Obligationenrecht, VI/I, Berne 1990, ch. 106 ad art. 41 CO; GROSS, op. cit., p. 193; ERNST KRAMER, Die Kausalität im Haftpflichtrecht in Revue de la société des juristes bernois [RJB] 123/1987 p. 291; THOMAS PROBST, La causalité aujourd'hui in Journées de la responsabilité civile 2006, Les causes du dommage, Genève/Bâle/Zurich 2007, p. 17 ch. III/A). La causalité naturelle cesse dès que le lien logique entre la survenance d'un préjudice et une circonstance déterminée fait défaut (cf. WERRO, op. cit., p. 47 ch. marg. 181).
Cela étant, un rapport de causalité naturel ne suffit pas sur un plan juridique; encore faut-il qu'il soit adéquat, ce qui implique d'établir si la cause en question était propre, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (cf. ATF 123 III 110 consid. 3a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 3.1, A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.2 et A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 4.1.1; décision de la CRR 2005-008 du 7 mars 2006 consid. 4b/aa; BREHM, op. cit., ch. 121; JAAG, op. cit., ch. 134). Ceci prévaut également en matière de responsabilité de l'Etat (GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, op. cit., p. 212 n. 5.2.5.1).
3.
Ceci étant rappelé, il s'agit de voir quelles spécificités résultent de l'art. 55 al. 4 PA.
3.1 Selon l'art. 3 al. 2 LRCF, lorsque la responsabilité pour des faits déterminés est prévue dans des actes législatifs spéciaux, la responsabilité de la Confédération est régie par ces dispositions. Précisément, la responsabilité éventuelle à raison du retrait de l'effet suspensif à un recours fait l'objet d'une disposition topique, à savoir l'art. 55 al. 4 PA. Aux termes de cette disposition, si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte. L'art. 55 al. 4 PA représente ainsi une lex specialis par rapport aux dispositions de la LRCF (cf. ATF 100 Ib 496 consid. 1; arrêt du Tribunal fédéral du 17 septembre 1985 in JAAC 50.31 consid. 3b; arrêt du Tribunal fédéral 2A.443/1995 du 6 novembre 1995 consid. 1e; HANSJÖRG SEILER in VwVG, Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich/Bâle/Genève 2009, p. 1100 ch. marg. 157; GRISEL, vol. II, op. cit., p. 925).
L'art. 12 LRCF ne s'applique pas dans le contexte de l'art. 55 al. 4 PA. Il s'ensuit que la responsabilité de la Confédération peut être déduite de l'art. 55 al. 4 PA également lorsque la décision portant retrait de l'effet suspensif n'a pas été attaquée, que le recours déposé à cet encontre a été rejeté ou qu'il n'est pas entré en matière sur cet objet (cf. ATF 100 Ib 11, ATF 91 I 451; arrêt du Tribunal fédéral 2A.443/1995 du 6 novembre 1995 consid. 1e; arrêt du Tribunal fédéral du 17 septembre 1985 in JAAC 50.31 consid. 3b; SEILER, op. cit., p. 1103 ch. marg. 174 et les réf. citées).
3.2 Alors que la loi sur la responsabilité exige l'illicéité (voir l'expression « sans droit » de l'art. 3 al. 1 LRCF), l'art. 55 al. 4 PA postule - comme on l'a dit - l'arbitraire. Cette spécificité est cohérente avec la notion plus restrictive de l'illicéité qui prévaut lorsqu'il s'agit de décisions administratives et non d'actions matérielles illégales (voir ci-avant consid. 2.3.3), sans qu'il soit nécessaire de trancher si ces deux conditions se recoupent parfaitement. En tous cas, les différences - s'il en est - seraient minimes (cf. KÖLZ/HÄNER, op. cit., p. 234 ch. marg. 654).
3.3 Une décision est arbitraire lorsqu'elle méconnaît gravement une règle de droit ou un principe juridique clair et indiscuté, ou qu'elle contredit de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité (cf. notamment : ATF 129 I 8, ATF 128 I 177, ATF 128 II 259, ATF 127 I 54, ATF 109 Ia 22 et ATF 108 III 42; ANDREAS AUER / GIORGIO MALINVERNI / MICHEL HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, vol. II, 2ème éd., Berne 2006, ch. 1140).
Dans le premier cas, il y a illégalité qualifiée; la décision se révèle ainsi insoutenable, manifestement contraire aux dispositions légales qu'elle prétend appliquer (cf. ATF 129 I 65, ATF 128 I 177, ATF 128 III 156, ATF 126 I 50, ATF 125 III 65). Arbitraire et violation de la loi ne sauraient donc être confondus; une violation doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Pour qu'une décision soit arbitraire, il ne suffit pas qu'une autre solution eût été possible, ni même préférable. Il n'y a donc pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution pourrait aussi se défendre et sembler même plus correcte. En définitive, le Tribunal, en tant qu'il est saisi de la question, doit uniquement dire si la décision prise est défendable (cf. ATF 129 I 8, ATF 127 I 54, ATF 127 I 60; AUER/MALINVERNI/HOTTELIER, op. cit., ch. 1142). En revanche, une décision est arbitraire lorsqu'elle s'écarte du texte clair de la loi (sous réserve du cas où ce texte ne traduit pas le sens véritable de la norme, tel qu'il se dégage des travaux préparatoires, du but de la norme ou de ses liens avec d'autres dispositions). Dans le second cas, une décision peut aussi être considérée comme arbitraire, non pas parce qu'elle viole gravement la loi sur laquelle elle se fonde, mais parce qu'elle va à l'encontre d'un principe fondamental (cf. ATF 129 I 410, ATF 124 IV 86; voir, au sujet des principes fondamentaux dont il est question, MOOR, Droit administratif, vol. I, op. cit, p. 480 ch. 6.3.2.2). Enfin, dans le dernier cas, l'arbitraire peut être retenu lorsqu'une décision heurte le sentiment de justice et d'équité (ATF 123 II 241).
Lorsque la loi laisse une décision à l'appréciation d'une autorité, comme c'est le cas de la décision de retrait de l'effet suspensif (GRISEL, op. cit., p. 924 let. b), la prohibition de l'arbitraire sanctionne l'abus du pouvoir d'appréciation (MOOR, vol. I, op. cit., p. 484 ch. 6.3.2.4). Sont visées par là les situations dans lesquelles l'exercice du pouvoir d'appréciation se révèle insoutenable, non seulement erroné mais encore de manière qualifiée, lorsque la décision se révèle à l'évidence inconciliable avec les règles du droit et de l'équité, que l'autorité a tenu compte d'éléments qui n'avaient aucune importance ou a écarté des éléments décisifs (cf. ATF 100 Ib 494 consid. 2a; arrêt du Tribunal fédéral du 17 septembre 1985 in JAAC 50.31 consid. 3c; SEILER, op. cit., p. 1103 ch. marg. 171). Pour éviter un tel abus, l'autorité doit exercer sa liberté conformément au droit; elle doit respecter le but dans lequel un tel pouvoir lui a été conféré, ne pas le détourner de sa finalité (cf. ATF 103 Ib 23, ATF 98 I 465, ATF 94 I 425). Les critères employés doivent être transparents et objectifs, ou plutôt raisonnables, faute de quoi l'autorité se rend coupable d'arbitraire (MOOR, vol. I, op. cit., p. 377 ch. 4.3.2.3).
3.4 Cela étant, il faut encore rappeler à quelles conditions l'effet suspensif peut être octroyé, respectivement retiré.
3.4.1 A teneur de l'art. 55 al. 1 PA, le recours est en principe pourvu d'un effet suspensif. Aux termes de l'alinéa 2, l'autorité inférieure peut prévoir qu'un recours éventuel contre sa décision n'aura pas d'effet suspensif, à moins que sa décision ne porte sur une prestation pécuniaire. Le texte légal ne précise pas quels motifs conduisent l'autorité à retirer l'effet suspensif qui est attaché au recours de par la loi. La question est laissée à l'appréciation de l'autorité compétente, qui dispose d'une liberté appréciable à ce propos (cf. ATF 129 II 286 consid. 3, ATF 124 V 82 consid. 6a, ATF 117 V 185 consid. 2b, ATF 99 Ib 215 consid. 5). Selon doctrine et pratique, plusieurs critères entrent à cet égard en ligne de compte (voir Regina Kiener, VwVG, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Christoph Auer / Markus Müller / Benjamin Schindler (éd.), Zurich/St-Gall 2008, p. 719 ss ch. marg. 14 et 15).
3.4.2 Ainsi, le retrait doit être justifié par un intérêt public ou privé prépondérant. L'intérêt fiscal de l'Etat en revanche n'en fait pas partie. Hormis l'intérêt public, il peut être tenu compte de l'intérêt de particuliers qui prennent part directement ou indirectement à la procédure (voir - dans le domaine des marchés publics - la décision de la Commission fédérale de recours en matière de marchés publics du 4 mai 2004 in JAAC 68.89 consid. 2a; KIENER, op. cit., p. 720 ch. marg. 15). A contrario, les intérêts privés de personnes totalement extérieures à la procédure n'interfèrent pas dans le cadre de la décision relative à un éventuel retrait de l'effet suspensif.
Le retrait de l'effet suspensif peut être prononcé par l'autorité d'office ou sur requête. Il n'est dès lors pas strictement nécessaire qu'une requête ait été déposée à cette fin, possibilité qui est offerte non seulement aux destinataires matériels de la décision mais également à des tiers habilités à recourir (cf. KIENER, op. cit., p. 718 ch. marg. 12 et les réf. citées). A noter qu'en présence d'une telle requête, la responsabilité du requérant - corollaire de son droit - se déduira le cas échéant du droit privé (voir ATF 112 II 32 consid. 1a; SEILER, op. cit., p. 1102 ch. marg. 166 et les réf. citées sous note de bas de page 188).
3.4.3 La pesée des intérêts qui détermine l'éventuel retrait de l'effet suspensif vise à préserver deux intérêts antagonistes. D'une part, il est souhaitable que le but assigné par la loi ou poursuivi par la décision puisse être atteint et ne soit pas contrecarré par une longue procédure, laquelle serait assortie de l'effet suspensif (cf. ATF 129 II 286 consid. 3.2, ATF 99 Ib 215 consid. 6b; SEILER, op. cit., p. 1087 ch. marg. 91). Dans cette perspective, il faut également examiner quelle est la probabilité que le désavantage redouté arrive effectivement et quel laps de temps la réglementation provisoire devrait durer en perspective. L'issue probable de la procédure doit entrer en ligne de compte uniquement lorsqu'il n'existe aucun doute à ce sujet (cf. ATF 130 II 149 consid. 2.2, ATF 129 II 286 consid. 3, ATF 127 II 132 consid. 3, ATF 110 Ib 494 consid. 1, ATF 110 V 40 consid. 5b; KIENER, op. cit., p. 720 ch. marg. 16). D'un autre côté, le destinataire de la décision doit être protégé des suites dommageables qui peuvent découler d'une décision, laquelle - dûment attaquée - se révélerait par la suite erronée, à défaut de quoi la protection juridictionnelle se révélerait illusoire (SEILER, op. cit., p. 1087 ch. marg. 91 et les réf. citées). Il y a donc lieu de procéder à une pesée des intérêts en présence (cf. ATF 129 II 286 consid. 3.3, ATF 110 V 40 consid. 5a; JAAC 59.3 consid. 2a), à savoir d'une part l'intérêt à l'exécution immédiate de la décision et d'autre part au maintien du régime antérieur jusqu'à droit connu (cf. ATF 117 V 185 consid. 2b, ATF 110 V 40 consid. 5b). Cela étant, il faut concrètement que des motifs convaincants plaident pour une entrée en force immédiate de la décision (cf. ATF 129 II 286 consid. 3.2, ATF 124 V 82 consid. 6a, ATF 110 V 40 consid. 5b; JAAC 59.3 consid. 2a).
3.4.4 Le retrait de l'effet suspensif doit respecter le principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.; JAAC 66.102 consid. 5c; ATF 130 II 149 consid. 2.2, ATF 127 II 132 consid. 3); il doit donc répondre aux maximes de l'aptitude, de la nécessité et de la proportionnalité au sens étroit. La maxime de l'aptitude conduit à analyser le moyen investi par l'Etat afin d'examiner s'il était propre à atteindre pleinement le but visé (et non pas seulement s'il existerait une solution plus adéquate). En vertu de la maxime de la nécessité, l'autorité ne doit pas retenir un moyen qui restreigne l'autonomie des particuliers plus qu'il n'est nécessaire, en comparaison d'autres moyens également appropriés : il s'agit en d'autres termes pour l'autorité de choisir la mesure la moins grave parmi celles qui sont propres à atteindre le but visé. Quant à la maxime de proportionnalité au sens étroit, elle impose de respecter un rapport raisonnable entre la gravité des effets sur la situation des particuliers et le résultat escompté quant à l'intérêt public poursuivi (cf. PIERRE MOOR, Principes de l'activité étatique et responsabilité de l'Etat in Daniel Thürer/Jean-François Aubert/Jörg Paul Müller [éd.], Droit constitutionnel suisse, Zurich 2001, § 16, n° 69-76 p. 279-280).
4.
En l'espèce, il s'agit d'analyser en premier lieu le fait susceptible d'être générateur de responsabilité, à savoir le retrait par l'OFAG de l'effet suspensif à tout éventuel recours contre sa décision du 4 décembre 2002.
4.1 La décision de l'OFAG du 4 décembre 2002 ne porte pas sur une prestation pécuniaire, ce qui laisse la possibilité à l'autorité de prévoir qu'un éventuel recours n'aura pas d'effet suspensif. Encore faut-il qu'elle ait fait usage de son pouvoir d'appréciation d'une manière non arbitraire, à défaut de quoi la responsabilité de la Confédération peut se trouver engagée sur la base de l'art. 55 al. 4 PA, moyennant réalisation des autres conditions pertinentes. La décision incidente de la Commission de recours DFE du 4 février 2003, aux termes de laquelle l'effet suspensif a été restitué, n'apporte pas la réponse désirée puisqu'elle ne se prononce pas sur ce critère. C'est dès lors librement que le Tribunal de céans peut en juger.
4.2
4.2.1 S'agissant des motifs qui ont conduit l'OFAG à décider du retrait de l'effet suspensif, il faut se reporter à ceux qui sont évoqués dans le cadre de la décision en question, plus précisément au ch. II/4. Il y est relevé que la recourante a expressément manifesté qu'elle entendait poursuivre son activité, vu qu'elle estimait ne pas être soumise au système de l'autorisation (cf. décision du 4 décembre 2002 p. 4 ch. II/4). Or, selon l'OFAG, « par cette activité illégale, l'entreprise se procur(ait) notamment un avantage financier injustifié par rapport aux organisations d'insémination artificielle autorisées. C'est pourquoi, dans le cas présent, l'intérêt public à rétablir immédiatement l'état conforme au droit et à réaliser les objectifs généraux visés par les prescriptions sur l'insémination artificielle prim(ait) l'intérêt purement financier de X._______. » (cf. décision du 4 décembre 2002 p. 5, ch. II/4). L'OFAG avait ainsi en vue les OIA autorisées qui, pour obtenir l'autorisation en cause, étaient contraintes d'effectuer des investissements importants et de disposer de certaines ressources en terme de personnel. Ce sont donc des motifs tirés de l'égalité de traitement entre acteurs économiques, plus précisément la volonté d'éviter des distorsions de concurrence au sens de l'art. 94 Cst., qui ont guidé le retrait de l'effet suspensif par l'OFAG. Ceci se déduit également de la lecture de la détermination de l'OFAG au DFF du 7 juillet 2006 (p. 2 ch. 3.2.1).
4.2.2 Il ne s'agit dès lors pas simplement de l'intérêt abstrait au respect de la loi, qui n'a pas systématiquement le pas, puisque l'art. 55 al. 1 PA prévoit que le recours a un effet suspensif. Concrètement, il s'est agi pour l'autorité saisie d'éviter de consacrer, pendant toute la durée de la procédure de recours, une situation de fait qui, selon la vision qu'elle en avait à cette époque, aurait placé les OIA autorisées dans une situation concurrentielle préjudiciable par rapport à la recourante, et octroyé à cette dernière un avantage majeur sur le marché. L'OFAG a en effet considéré qu'il y avait un intérêt public, et non seulement privé, à éviter de telles distorsions de concurrence. Certes, la vision de l'OFAG s'est avérée erronée, comme l'a jugé par la suite la Commission de recours DFE, qui a restitué au recourant l'effet suspensif. Il n'empêche qu'au moment où il a rendu sa décision, l'OFAG pouvait soutenir cette position, sans pour autant tomber dans l'arbitraire, au sens que lui reconnaît la jurisprudence au titre de l'art. 55 al. 4 PA. Dans la mesure où l'interprétation de la situation juridique faite par l'OFAG était soutenable au moment où elle a statué, et même si a posteriori son appréciation n'est pas apparue des plus opportunes, il demeurait dans son pouvoir d'appréciation de considérer que le respect de l'intérêt public ainsi défini imposait un rétablissement immédiat d'une situation qui lui soit conforme, dont « l'illégalité » n'avait que trop duré et qui générait des distorsions de concurrence.
4.2.3 Par conséquent, que l'on abonde ou non a posteriori dans le sens de l'OFAG est indifférent. La seule question qui se pose est de savoir si le retrait de l'effet suspensif a été décidé de manière arbitraire, et celle-ci doit recevoir une réponse négative. Il n'est pas possible de retenir que la décision de l'OFAG, privant le recourant du bénéfice de l'effet suspensif, méconnaît gravement une règle de droit ou un principe juridique clair et indiscuté, pas plus qu'il ne peut être affirmé qu'elle contredit de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il y a un pas décisif entre l'illégalité du retrait de l'effet suspensif et l'arbitraire, qui n'est pas franchi en l'occurrence. L'OFAG s'est laissé convaincre par certains arguments, qui n'ont pas trouvé grâce aux yeux de la Commission de recours DFE, mais qui pouvaient se concevoir.
Par ailleurs, la justesse de l'opinion soutenue sur le fond par la recourante - à savoir qu'elle n'était pas soumise au régime de l'autorisation - n'apparaissait pas flagrante. Même à la lecture des considérants de l'arrêt du Tribunal fédéral du 23 mars 2005, cette solution ne se dégage pas telle une évidence absolue, qui aurait pu être prise en compte par l'OFAG au stade du retrait de l'effet suspensif. La Haute Cour relève certes que l'art. 15 al. 2 let. c de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage concernait « clairement les seules organisations d'insémination artificielle » (voir l'arrêt 2A.452/2004 du 23 mars 2005 consid. 3.2). Mais l'utilisation du seul adjectif « clairement », noyé dans la motivation de l'arrêt en question, ne peut pas être perçue comme la reconnaissance d'une situation parfaitement limpide, qui aurait dû s'imposer comme telle à l'OFAG. Cet élément intervient dans le cadre du processus visant à dégager le sens de la disposition précitée, et ne permet pas de retenir que le texte de celle-ci était clair au point de se passer de toute interprétation.
Il n'y a dès lors pas arbitraire dans la décision de l'OFAG de priver d'effet suspensif un éventuel recours à l'encontre de sa décision.
4.2.4 Certes, la recourante exploitait depuis plusieurs années son activité prétendument illégale, au vu et au su de l'autorité. L'OFAG l'avait déjà interpellée à ce sujet en mars 2001, tout en relevant de prétendues violations, lesquelles remonteraient à 1999. Toutefois, cette tolérance de l'autorité vis-à-vis de la recourante ne saurait permettre à cette dernière de combler l'écart séparant l'illégalité d'une décision de l'arbitraire. Dès lors que l'autorité était, au contraire, convaincue qu'il s'agissait d'une tolérance et qu'elle désirait y mettre fin, le retrait de l'effet suspensif à tout éventuel recours s'inscrivait dans une logique de bon sens éloignée - manifestement - de tout arbitraire.
4.2.5 L'argument de la recourante, selon lequel l'OFAG aurait dû choisir le cas échéant une mesure moins incisive, à savoir la confiscation d'un éventuel bénéfice obtenu en violation de la loi (art. 169 let. g LAgr) en lieu et place de l'interdiction, respectivement du retrait et du blocage du PGI querellés (cf. recours, p. 10), n'est pas non plus propre à établir l'arbitraire du retrait de l'effet suspensif contesté. Ce grief a trait à la proportionnalité de la mesure entreprise (voir le consid. 3.4.4 ci-avant). Plus précisément, la recourante estime que l'autorité saisie n'a pas retenu la mesure la moins grave, parmi celles qui étaient propres à atteindre le but visé. Cela étant, à supposer que l'argument de la recourante puisse être suivi (ce qui n'est pas tranché), il ne signifierait pas pour autant que l'OFAG ait exercé son pouvoir d'appréciation de manière insoutenable. Or, c'est bien cela qu'il s'agit d'établir et la démonstration en fait défaut.
Même a posteriori, on ne peut en effet affirmer que la confiscation du bénéfice, si tant est qu'elle fût possible, apparaissait à tel point préférable au retrait et au blocage du PGI de la recourante que le bon sens commandait d'opter pour cette mesure plutôt que l'autre, son choix apparaissant ainsi comme une évidence.
4.2.6 A défaut d'arbitraire et par économie de procédure, il s'avère inutile de trancher les autres conditions déterminant la responsabilité de la Confédération, à savoir le dommage et le lien de causalité. L'intimée s'en était d'ailleurs également abstenue, pour les mêmes raisons (cf. décision entreprise p. 8 ch. 5). Les réquisitions de la recourante dans ce contexte, à savoir celles tendant à l'audition de témoins et à la mise en oeuvre d'une expertise comptable, doivent donc être rejetées, à mesure qu'elles ne permettraient de toute manière pas d'aboutir à une solution différente du litige.
Il s'ensuit que le recours se révèle également mal fondé à cet égard.
5.
Se pose ensuite la question d'un fait générateur de responsabilité distinct, à savoir le fait que l'OFAG ait divulgué à des tiers non autorisés des informations relatives à cette affaire.
5.1 Il s'agit là également, avant tout autre débat, de déterminer si l'on peut retenir un comportement illicite dont la Confédération serait susceptible de répondre. Cet examen prime celui des autres conditions, à savoir notamment celui du lien de causalité et de l'existence d'un dommage, tel que prétendu par la recourante. Il n'est donc pas nécessaire à ce stade de déterminer si les conditions supplémentaires prévues à l'art. 6 al. 2 LRCF seraient applicables.
5.2 Or force est ici de relever que la recourante elle-même n'est pas tranchée dans ses affirmations. Tout d'abord, dans le cadre de la demande en dommages-intérêts soumise au DFF, elle a fait valoir que « pourraient être ajoutées les atteintes à l'image subies par X._______ SA à cause de la décision du 4 décembre 2002 qui a inévitablement été connue par les clients existants et les clients potentiels de X._______ SA » (cf. demande précitée, p. 10, 4ème §). Puis, dans sa détermination du 20 mars 2007 au DFF, elle a prétendu que « l'OFAG a bien évidemment veillé à faire circuler auprès des éleveurs l'information selon laquelle X._______ SA n'était plus en droit d'exercer son activité et que par le passé son activité était illégale » (cf. détermination précitée, p. 6 in fine). Dans le recours déposé devant le Tribunal de céans, il est simplement indiqué : « Comme second poste du dommage, la recourante invoquait l'atteinte à l'image dont a souffert la société X._______ SA du fait de la décision incriminée » (cf. recours p. 11 let. b). Le Tribunal est ainsi amené à s'interroger sur la cause ayant entraîné le dommage prétendu. A lire le recours, à savoir l'ultime version présentée par la recourante, il s'agirait bien de la décision du 4 décembre 2002 de l'OFAG.
Ces thèses sont bien distinctes, puisqu'il s'agit dans un cas du prononcé d'une décision qui s'est révélée par la suite erronée, alors que, dans l'autre, il est question d'une divulgation aux éleveurs de faits confidentiels relatifs à la recourante. Cela étant, les documents produits par la recourante ne suffisent pas à convaincre le Tribunal de céans de la réalité de ses affirmations. D'une part, rien n'indique que la décision de l'OFAG du 4 décembre 2002 ait été rendue publique. D'autre part, les extraits de revues produites ne font pas référence à la recourante. Sa raison sociale ne s'y trouve citée nulle part. Le feraient-elles qu'elles engageraient éventuellement la responsabilité de cette presse, non celle de l'OFAG, respectivement de la Confédération. De surcroît, il semble bien, à lire une communication aux éleveurs donnée par la *** de mai 2005 (cf. ***), que l'article dont il s'agit soit fondé sur la lecture de l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.452/2004 - voire un autre arrêt dans une cause connexe - et non sur une quelconque information directe donnée par l'OFAG. La thèse d'une telle divulgation apparaît dès lors sujette à caution.
Au surplus, il est tout à fait envisageable, selon l'expérience générale de la vie, que les éleveurs ou les fédérations d'élevage aient appris les circonstances qui frappaient la recourante par un autre biais que celui de l'OFAG. On pense en particulier aux questions probablement adressées par les éleveurs à la recourante elle-même et aux supputations que tant les réponses que l'absence de réponses ont pu susciter. Quant à l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.452/2004 précité, il est accessible à tout un chacun sur le site internet du Tribunal fédéral sous une forme anonymisée. Il ne permet dès lors pas d'identifier la recourante. Par ailleurs, une atteinte à l'image ne saurait résulter de la décision du 4 décembre 2002, dès lors que son prononcé ne résultait pas d'une interprétation arbitraire de la loi et d'un usage arbitraire de son pouvoir d'appréciation par l'OFAG.
Ce fait générateur de responsabilité étant nié, les autres conditions en lien avec celui-ci n'ont pas à être examinées par économie de procédure. Il en va ainsi de l'atteinte à l'image prétendue et du montant auquel celle-ci pourrait être chiffrée. Pour ce motif, il n'y a pas lieu d'ordonner une expertise comptable, telle que requise par la recourante (cf. recours p. 13 ch. IV let. c) ni de procéder à l'audition de témoins, censés confirmer que ce dommage existe (cf. recours p. 12, 1er §). Les mêmes considérations ont prévalu aux yeux de l'intimée qui y a pareillement renoncé, sans violer pour autant le droit d'être entendu de la recourante.
5.3 Par conséquent, il n'y a pas lieu à réparation d'une atteinte à l'image de la recourante consécutive à la divulgation par l'OFAG d'informations en relation avec cette affaire, respectivement résultant de la procédure ayant mené à l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.452/2004 du 23 mars 2005. Sur ce point également, la décision entreprise s'avère correcte et doit être confirmée.
6.
Partant, le recours se révèle jusqu'ici mal fondé, ce qui fait que la décision entreprise s'avère correcte sur le fond. Compte tenu de cette conclusion, il demeure encore à examiner, dernier volet du litige, si c'est à juste titre que l'intimée a mis à la charge de la recourante les frais de procédure par Fr. 3'000.-, somme que cette dernière estime exagérée. Il sied ainsi d'emblée de relever que la recourante ne conteste pas, sur le principe, être redevable des frais de procédure, dans la mesure où elle a succombé sur le fond. Elle en critique en revanche le montant.
Le montant des frais de procédure afférents aux décisions du DFF en matière de responsabilité de la Confédération se déduit de l'art. 13 de l'ordonnance du 10 septembre 1969 sur les frais et indemnités en procédure administrative (RS 172.041.0). Aux termes de son alinéa 2 let. a ch. 1, l'émolument de décision oscille de Fr. 100.- à Fr. 3'000.-. Selon le ch. 2, si l'affaire met en cause des intérêts financiers importants, est d'une ampleur extraordinaire ou présente des difficultés particulières, si elle implique plusieurs parties ou si une partie a agi de manière téméraire, il peut se monter de Fr. 200.- à Fr. 7'000.-. En l'occurrence, les frais de procédure ont été fixés à Fr. 3'000.-. Ils respectent ainsi le plafond de l'émolument de décision prévu à l'art. 13 al. 2 let. a ch. 1 de l'ordonnance précitée, sans qu'il faille au surplus trancher si le ch. 2 doit trouver application. Compte tenu de la somme réclamée au DFF par la recourante (Fr. 87'784.48) et du temps probablement consacré à cette affaire, lequel est notamment fonction de sa difficulté, ces frais de procédure ne paraissent pas exagérés. Le recours se révèle ainsi également mal fondé à cet égard.
7.
Le recours doit donc être intégralement rejeté et la décision entreprise confirmée.
8.
Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés conformément à l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). S'agissant des dépens, l'art. 64 al. 1 PA et l'art. 7 al. 1 FITAF prévoient qu'ils sont alloués, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause. Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'y ont pas droit (art. 7 al. 3 FITAF).
En l'occurrence, la recourante se voit déboutée, de sorte que les frais de procédure, fixés à Fr. 3'000.-, doivent être mis à sa charge. Ceux-ci sont compensés par l'avance de frais, d'un montant équivalent, effectuée par la recourante. Il n'y a lieu d'octroyer des dépens ni à la recourante, dans la mesure où elle succombe, ni à l'intimée.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de procédure par Fr. 3'000.- sont mis à la charge de la recourante. Ils sont compensés avec l'avance de frais d'un montant équivalent versée par la recourante.
3.
Aucune indemnité n'est allouée à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'intimée (n° de réf. ***; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Jérôme Candrian Marie-Chantal May Canellas
Indication des voies de droit :
Les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de responsabilité étatique peuvent être contestées auprès du Tribunal fédéral, pourvu qu'il s'agisse d'une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse s'élève à 30'000.- francs au minimum ou qui soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 1 let. a et al. 2 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Si le recours en matière de droit public est ouvert, il doit être déposé dans un délai de 30 jours dès la notification de la décision contestée. Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Il doit être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à la Poste Suisse ou à une Représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 42, 48, 54 et 100 LTF).
Expédition :