bvger · A-1857/2007 · 2010-04-06 · fr
A-1857/2007

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1857/2007 et A-1911/2007
Arrêt du 6 avril 2010
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Markus Metz, Marianne Ryter Sauvant, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.
Parties
X._______,
représentée par Maître Freddy Rumo, _______,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (aOTVA-aLTVA); assujettissement rétroactif; taxation par estimation (1er semestre 1999 au 2e semestre 2003).
Faits :
A.
X._______ exploite un café-restaurant à A._______, dans une métairie. Pour vérifier l'exactitude des renseignements fournis par X._______ dans le questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA qu'elle a signé le 28 avril 2003, l'AFC procéda à un contrôle sur place le 13 janvier 2004. Il est apparu que la comptabilité présentée par X._______ ne répondait pas aux exigences légales, ce qui a amené l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par X._______ au cours de la période allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2003.
B.
Compte tenu des résultats de l'estimation effectuée, X._______ fut inscrite au registre des contribuables de l'AFC en tant qu'assujettie obligatoire, avec effet rétroactif au 1er janvier 1999. Par la même occasion, elle lui accorda l'autorisation de remettre ses décomptes selon la méthode du taux de la dette fiscale nette (ci-après: TDFN).
Afin de respecter le changement de régime fiscal intervenu au 1er janvier 2001, l'AFC scinda sa créance en deux parties. Pour la période allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000, à savoir celle régie par l'aOTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 15'579.-, plus intérêt moratoire dès le 31 mai 2000 (décomptes complémentaires [DC] du 5 février 2004 et du 25 mars 2004), lui fut réclamé et, pour la période allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, à savoir celle régie par l'aLTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 24'891.-, plus intérêt moratoire dès le 31 décembre 2002 (DC du 5 février 2004), fut également revendiqué par l'AFC.
C.
L'AFC rendit, par actes du 10 juin 2004, deux décisions formelles dans lesquelles elle confirma ses rappels d'impôt de Fr. 15'579.- et de Fr. 24'891.-.
D.
Par lettre du 9 juillet 2004, X._______ déposa une réclamation contre les décisions précitées, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires effectuée par l'AFC et estimant en substance que le redressement conduisait à un résultat qui ne correspondait pas à la réalité économique de son exploitation.
E.
Par courrier du 27 juillet 2004, l'AFC accorda un délai à X._______, afin qu'elle régularise sa réclamation en produisant l'ensemble des documents comptables attestant des chiffres d'affaires réalisés. X._______ répondit par envoi du 13 août 2004.
F.
L'AFC rendit deux décisions sur réclamation le 12 février 2007, par lesquelles elle confirma l'inscription de X._______ au registre des assujettis TVA et persista à réclamer les sommes de Fr. 15'579.- et Fr. 24'891.-, pour les périodes allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2003, plus intérêt moratoire.
G.
Par envoi recommandé du 14 mars 2007, X._______ (ci-après: la recourante), par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté deux recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions sur réclamation de l'AFC du 12 février 2007. Elle conteste le calcul du chiffre d'affaires par estimation, en alléguant que le résultat est sans lien avec la réalité économique et considère ainsi que l'AFC n'a pas respecté les limites de son pouvoir d'appréciation, lorsqu'elle a procédé à l'estimation.
H.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a répondu par courriers du 23 mai 2007. Elle estime que la recourante étant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'AFC ne correspond pas à la réalité, il lui revient dès lors d'en supporter les désavantages. L'autorité inférieure conclut au rejet des recours, avec suite de frais.
I.
Par ordonnance du 26 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral a accordé à l'autorité inférieure un délai pour se déterminer quant à l'application du TDFN en matière d'assujettissement. L'autorité inférieure a répondu en date du 15 juin 2009.
J.
Par ordonnance du 15 septembre 2009, le Tribunal administratif fédéral a, dans le cadre du droit d'être entendu de la recourante et plus précisément le droit à la consultation du dossier, imparti un délai à l'autorité inférieure afin qu'elle produise le dossier spécial des chiffres d'expérience appliqué à la présente cause, puisque la taxation par estimation repose entièrement sur les chiffres d'expérience relatifs aux restaurants de montagne.
K.
Par envoi du 25 septembre 2009, l'autorité inférieure a produit le dossier spécial précité, ainsi qu'un exemplaire supplémentaire caviardé, afin qu'il puisse être transmis directement à la recourante.
L.
Après avoir été informée du changement de représentant de la recourante, le Tribunal administratif fédéral a reçu, en date du 11 décembre 2009, les observations de la recourante, lesquelles ont été transmises à l'autorité inférieure afin qu'elle se prononce valablement, ce qu'elle fit par courrier du 22 décembre 2009.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'administration fédérale des contributions peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues le 12 février 2007 et ont été notifiées au plus tôt le lendemain à la recourante. Les recours ont été adressés au Tribunal administratif fédéral le 14 mars 2007. Ils sont ainsi intervenus dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA. En outre, les recours satisfont aux exigences posées à l'art. 52 PA. Ils sont par conséquent recevables et il convient d'entrer en matière.
1.2 La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne la période du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300). S'agissant de la période du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000, ce sont les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) qui trouvent application (art. 93 et 94 aLTVA).
Le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA, comme le prescrit l'art. 113 al. 3 LTVA. Cette disposition doit être interprétée restrictivement, étant donné que, selon la jurisprudence du Tribunal de céans, seules les nouvelles règles qui traitent effectivement de la procédure doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3 LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de faits révolus sous l'ancien droit (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). Dans l'arrêt précité, il a ainsi été jugé que les thèmes suivants, notamment, ne relevaient pas du droit de procédure, à savoir l'obligation de tenir une comptabilité, le principe de l'auto-taxation, la taxation par estimation et les intérêts moratoires. S'agissant de ces matières, les juges ont donc fait application de l'ancien droit. Dans la présente affaire, les art. 70, 71, 72, 79 ou 87 LTVA ne sont dès lors pas applicables, malgré le fait qu'ils figurent sous le titre "Procédure applicable à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et à l'impôt sur les acquisitions" (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2).
La question de l'application des règles procédurales du nouveau droit serait également susceptible de se poser, s'agissant de l'art. 81 LTVA, qui dispose désormais que (al. 1) la PA est applicable, à l'exclusion de son art. 2 al. 1 et que (al. 3) le principe de la libre appréciation des preuves est applicable, l'acceptation d'une preuve ne devant, par ailleurs, pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuve précis. Cela étant, dans la mesure où l'interprétation de l'art. 113 al. 3 LTVA n'admet que le nouveau droit de procédure au sens étroit, il prime l'application de l'art. 81 LTVA qui ne contient, lui, aucune règle de droit transitoire. D'une part, l'art 81 al. 3 LTVA n'entre donc pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel (et les règles de procédure y relatives) demeure applicable en application de l'art. 113 al. 3 LTVA. Par ailleurs, l'art. 81 al. 1 LTVA n'a, pour les cas pendants, aucune portée propre. En effet, il convient de rappeler que l'application de la PA est déjà largement la règle devant le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-710/2007 du 24 septembre 2009 consid. 2.2) et que la non-application des art. 12 ss PA ne signifie pas l'exclusion des mesures d'instruction qui y sont énumérees (voir l'interprétation historique de l'art. 2 al. 1 PA dans les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 3.1 et A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 dans la Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).
1.3 D'après l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 131 V 224 consid. 1, 128 V 126 consid. 1 et les références citées, 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 1.3, ainsi que A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2).
En l'occurrence, la recourante a déposé deux recours, contestant formellement les deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, dans la mesure où elles concernent toutes deux la question du bien-fondé de créances fiscales réclamées à la recourante. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'aOTVA pour les périodes fiscales allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000 et la seconde réglant la même question, mais cette fois sous l'angle de l'aLTVA pour les périodes allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de rendre une seule et même décision en la matière, de procéder à une jonction de cause, sans qu'il ne se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-1857/2007 et A-1911/2007 et de rendre un seul arrêt en la matière.
2.
2.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/Bâle/Genève 2006, n. marg. 1758 ss). Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA) et motiver leur recours (cf. art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y invitent clairement (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, no 677).
2.2 Le Tribunal administratif fédéral s'impose toutefois une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation et reprend ainsi la jurisprudence en la matière de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC) (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1397 et A-1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, A-1535/2006 du 14 mars 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 10 mai 2005 [CRC 2004-023] consid. 1b, du 24 octobre 2005, publiée dans la JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée dans la JAAC 67.122 consid. 2c/cc). Par contre, pour voir si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du Tribunal administratif fédéral - à l'instar de la CRC - est illimité (arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, ainsi que A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée dans la JAAC 68.73 consid. 1c; voir également PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, p. 881 s. n. 277 s.).
2.3 Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5, A-1557/2006 du 3 décembre 2009 consid. 1.6, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5, ainsi que A-1596/2006 du 2 avril 2009 consid. 1.4; Moor, op. cit., p. 263 ; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991, n° 2021, p. 419).
3.
3.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37 aOTVA et 46 aLTVA ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.4 avec renvois; cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC, et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 ?Commentaire DFF?, p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).
3.2 Aux termes de l'art. 17 al. 1 aOTVA, respectivement 21 aLTVA, est assujetti subjectivement, celui qui exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, même s'il manque l'intention de faire des bénéfices, pour autant que le montant des livraisons, des prestations de services et des prestations à soi-même dépassent annuellement Fr. 75'000.- (arrêt du Tribunal fédéral du 10 février 1999, publié dans les Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 68 p. 669; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.1, A-1652/2006 du 22 juin 2009 consid. 2.1, ainsi que A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 2.2). Demeure réservée la limitation de l'art. 19 al. 1 let. a aOTVA, respectivement 25 al. 1 let. a aLTVA, selon laquelle ne sont pas assujettis les entrepreneurs dont la dette fiscale nette s'élève à moins de Fr. 4'000.-, en présence d'un chiffre d'affaires entre Fr. 75'000.- et Fr. 250'000.-.
3.3 Selon l'art. 21 al. 1 aOTVA, respectivement 28 al. 1 aLTVA, le début matériel de l'assujettissement commence à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant, c'est-à-dire Fr. 75'000.-, a été atteint (JEAN-MARC RIVIER/ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 108 ss). Cette règle est en soi contraire au principe de la neutralité TVA et de l'égalité de traitement, mais il est ainsi tenu compte du principe du transfert et du principe de la sécurité du droit (JAAC 63.76 consid. 3b/bb).
4.
4.1 Selon l'art. 47 al. 1 aOTVA, respectivement 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable, puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870ss), respectivement avec la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 aOTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; Archives vol. 66 p. 67 consid. 2a ; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). Les Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ont repris les mêmes principes (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2ème partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, repris au ch. 892 des Instructions 2001).
4.2 Conformément à l'art. 47 al. 2 aOTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2 in fine aOTVA ; cf. également les ch. 938 ss. des Instructions). Sous l'angle de l'aLTVA, l'art. 58 al. 2 aLTVA reprend pour l'essentiel les termes de l'aOTVA mais la durée de conservation des pièces a été portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss. des Instructions 2001 ; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA).
5.
5.1 Aux termes de l'art. 48 aOTVA, respectivement 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3). La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. La taxation par estimation peut être soit interne, soit externe. La taxation interne, sans et sous réserve d'un contrôle sur place, survient à la suite d'une non-remise de décomptes, tandis que la taxation externe est exécutée à la suite d'un contrôle sur place (sur cette distinction, cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives vol. 69, p. 520ss ; concernant l'aLTVA, cf. JAAC 68.23 consid. 2b). Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. les arrêts récents du Tribunal administratif fédéral A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 4.1 et A-6552/2007 du 19 mai 2009 consid. 5.2.4; JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève Zurich Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées).
5.2 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Il a la possibilité de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1636/2006 et A-1637/2006 du 2 juillet 2008 consid. 2.5, A-1550/2006 du 16 mai 2008 consid. 5.2, A-1527/2006 et A-1528/2006 du 6 mars 2008 consid. 2.4, A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4 et A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.
6.
En l'espèce, sans contester en tant que tel son assujettissement à la TVA à partir du 1er janvier 1999, la recourante refuse l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC, considérant que cette dernière n'a pas respecté les limites de son pouvoir d'appréciation. Elle fait valoir que l'utilisation des divers coefficients aboutit à un résultat sans lien avec sa réalité économique. En l'état, il y a d'abord lieu d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 6.1). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC, notamment au regard des chiffres d'expérience qu'elle a utilisé (consid. 6.2), avant de contrôler l'exactitude du moment du début de l'assujettissement de la recourante ayant conduit à une immatriculation rétroactive (consid. 6.3).
6.1 Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité de la recourante dans les limites de son pouvoir d'appréciation, puisque la comptabilité de celle-ci n'a pas été tenue régulièrement dès le début de son activité. Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 3.1) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir la créance fiscale le concernant et qu'il est ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations. Le Tribunal de céans rappelle que seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49s) et que même si l'activité de l'assujetti génère une faible circulation d'argent liquide, celui-ci doit tenir au moins un livre de caisse en bonne et due forme (JAAC 68.73 consid. 2b).
En raison d'importantes lacunes constatées dans la comptabilité de la recourante, plus précisément en l'absence totale de documents comptables ou pièces permettant de justifier les chiffres d'affaires déclarés dans le questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA, l'AFC a été contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par celle-ci au cours de la période contrôlée, afin de pouvoir vérifier si son assujettissement et les créances fiscales en découlant étaient fondés. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation, lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut ou lorsque les résultats qui ont été annoncés par le déclarant ne correspondent manifestement pas aux faits (voir ci-dessus, consid. 5.1; arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 [dont les nombreuses références citées] et 3.3). Par conséquent, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient dès lors réalisées sur le principe.
6.2
6.2.1 S'agissant de l'estimation elle-même, il faut d'abord constater qu'en l'occurrence, la recourante n'a produit, pour seules pièces justificatives, que des documents en lien avec les prêts qui lui ont été accordés et des documents concernant la patente de son établissement. Dans le cadre de son recours, l'occasion lui a pourtant été donnée d'apporter les preuves et pièces comptables nécessaires, afin d'établir au plus près la réalité de l'estimation de ses chiffres d'affaires. Toutefois, elle ne l'a pas saisie, les documents comptables faisant entièrement défaut.
En fait, dans le cadre de la détermination des chiffres d'affaires de l'activité de la recourante pour les périodes fiscales concernées par les décisions sur réclamation, la recourante ne conteste que les coefficients expérimentaux utilisés par l'administration.
6.2.2 La recourante conteste en effet l'utilisation par l'AFC de coefficients d'expérience, soutenant que les statistiques utilisées, relatives à l'exploitation de restaurants de montagne, ne lui ont pas été communiquées.
Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base en effet sur des coefficients expérimentaux, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité. Le fait que l'AFC se base sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les restaurateurs - en l'occurrence de montagne - sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est toutefois nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. La jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (voir l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; voir également MOLLARD, op. cit., p. 544 et les nombreuses références de jurisprudence citées).
6.2.3 L'assujetti a - conformément à une demande en ce sens (voir les art. 26 à 28 PA) - un droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience. Il découle de ce droit, la possibilité pour le recourant de consulter le dossier spécial y afférent (ATF 122 I 109 consid. 2a, 131 V 35 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9; cf. également les décisions de la Commission de recours CRC 2002-158 du 8 juin 2004 consid. 4d et CRC 2002-117 du 18 juillet 2003 consid. 1d, ainsi que la décision incidente CRC 2003-054 du 19 septembre 2003). Eu égard au secret fiscal (concernant la TVA, voir l'art. 44 aOTVA, respectivement l'art. 55 aLTVA), la personne sollicitant un droit à la consultation dudit dossier ne doit se voir accorder le droit de consulter les données et les chiffres invoqués à titre comparatif que dans la mesure où ceux-ci ne peuvent ensuite pas être mis en relation avec certains assujettis identifiables (ATF 105 Ib 181 consid. 4b). La communication des chiffres est ainsi admissible, pour autant que l'identification des entreprises de comparaison ne soit pas possible (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.5, publié dans la RDAF 2007 II p. 140 ss, ainsi que le commentaire de Xavier Oberson et Jacques Pittet dans les Archives vol. 77 p. 45ss). En outre, l'octroi du droit de consulter les pièces ne doit pas conduire à dévoiler des secrets d'affaires ou d'entreprise d'autres assujettis, même lorsque ces pièces sont anonymisées (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.9.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.8.5). La question de savoir dans quelle mesure les données contenues dans le dossier concerné peuvent être utiles à l'assujetti pour attaquer la procédure de taxation par estimation n'est pas décisive. Il n'est pas non plus déterminant de savoir si elle a informé l'assujetti au sujet des fondements de sa reprise fiscale, si elle lui a démontré de manière détaillée quels aspects ont été pris en considération pour le calcul du chiffre d'affaires et comment les valeurs comparatives compilées ont été utilisées (arrêt du Tribunal fédéral précité du 21 novembre 2006 consid. 2.9.3; voir également Martin Kocher, Einsichtnahme auch in ein vertrauliches "Spezialdossier" der ESTV - Neue Rechtspraxis erlaubt vertiefte Akteneinsicht - noch ungeklärte Aufdeckungspflicht, dans: l'Expert comptable 2007 n° 3 p. 201 ss, en particulier le consid. 3.2.3).
6.2.4 En l'occurrence et la recourante déplorant que les coefficients d'expérience ne lui ont pas été communiqués, le Tribunal administratif fédéral lui a accordé le droit à la consultation du dossier spécial de l'AFC relatif aux chiffres d'expérience, dans les conditions précitées. Un exemplaire caviardé a dès lors été remis à la recourante, à savoir sans le numéro de TVA des restaurants et l'adresse de ces derniers ayant été remplacée par la région concernée - Suisse allemande, Romandie ou Tessin.
Au vu du dossier spécial produit par l'autorité inférieure et relatif aux restaurants de montagne, la recourante estime que les marges brutes moyennes de ces restaurateurs ne peuvent être mises en comparaison avec son exploitation, ceux-ci n'ayant aucune commune mesure avec la modeste métairie qu'elle exploite. Certes, certains restaurants recensés ne sont pas du même volume que la recourante et n'ont pas la même accessibilité ou même attraction, ayant même un débit sensiblement plus élevé. Néanmoins, il est également recensé des établissements de moindre gabarit, telles que buvettes ou restaurants d'alpage manifestement de plus ou moins même envergure que la recourante. A ce propos, la recourante a fourni quelques explications relatives à la modicité de sa marge brute: la métairie qu'elle exploite a des périodes d'ouverture restreintes et ne peut être comparée à un restaurant de montagne d'un haut lieu touristique. Elle estime également que les différents prêts qui lui ont été accordés n'ont pas été pris en compte par l'AFC.
Même si ces indications pourraient justifier partiellement la structure du chiffre d'affaires de la recourante, les affirmations de celle-ci ne sont pourtant pas vérifiables. En effet, il faut constater que les pièces comptables à disposition sont insuffisantes et ne permettent pas, comme on l'a vu, d'établir de manière fiable les opérations déterminantes pour le calcul de la TVA, comme le ferait un livre de caisse ou autre document comptable qui pourrait justifier les chiffres d'affaires déclarés au service du commerce et des patentes. De plus, il convient de rappeler qu'une estimation effectuée par l'AFC sert à déterminer le chiffre d'affaires de l'entreprise, le financement de celle-ci, notamment par des prêts, ne jouant aucun rôle dans la détermination du chiffre d'affaires.
Au surplus, il faut constater que la marge brute litigieuse est une moyenne qui tient manifestement compte des circonstances particulières de la situation de la recourante et permet ainsi une approximation suffisamment précise de son chiffre d'affaires réel. En effet, le Tribunal de céans constate que selon le dossier spécial de l'AFC relatif aux restaurants de montagne, la moyenne des marges brutes des restaurants avec ouverture saisonnière, à savoir de ceux qui ont des périodes d'ouverture restreintes, soit en l'occurrence au moins 17 des 87 établissements recensés, s'élève à 65% du chiffre d'affaires réalisé - les matières utilisées représentant ici, à partir du minimum vital, le 35% du chiffre d'affaires -, moyenne qui fut dûment prise en compte par l'AFC pour la situation de la recourante, alors que la marge brute moyenne de tous les établissements de montagne recensés dans l'échantillon de l'AFC, soit 87 au total, s'élève à 67%. L'AFC a donc pris en compte la situation particulière de la recourante, précisément à l'aide des coefficients expérimentaux à disposition et soigneusement répertoriés.
Les arguments de la recourante sont ainsi dénués de pertinence, celle-ci n'apportant rien qui puisse mettre en doute l'estimation contestée et le droit d'être entendu de la recourante ayant été respecté, précisément réparé par-devant le Tribunal administratif fédéral (TAF). Par ailleurs, il est certain qu'une estimation effectuée par l'AFC ne reflète pas exactement la situation de la recourante. Néanmoins, en omettant de tenir ses livres conformément aux exigences légales et étant responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation, la recourante est elle-même également responsable des quelques incertitudes qui peuvent encore subsister, telle que l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne (arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5.2, dernière phrase).
Enfin, il importe de rappeler que la taxation par estimation ne doit pas être considérée comme une sanction visant un comportement répréhensible, mais comme une mesure qui intervient lorsque le fisc ne parvient pas à élucider tous les faits pertinents pour établir la créance fiscale (Mollard, op. cit., p. 524 ; Rivier/Rochat, op. cit., p. 169).
6.2.5 En outre, l'AFC a clairement exposé les différentes étapes de son calcul du chiffre d'affaires brut estimé (calcul du minimum vital, détermination des matières utilisées et application des coefficients expérimentaux), ainsi que de l'impôt dû correspondant, calculé en appliquant la méthode du taux de la dette fiscale nette, nécessaire pour fixer l'impôt préalable à valoir sur les dépenses de marchandise et de matériel, ainsi que sur les investissements et les frais généraux qui est ainsi pris en compte de manière forfaitaire. Le Tribunal de céans n'a pas de raison de remettre en cause, en l'occurrence, l'estimation des chiffres d'affaires, ni l'application du TDFN, même si cette manière de faire ne va pas sans poser certains problèmes de légalité et de rétroactivité, constituant une quasi-tolérance en faveur de la recourante (voir la brochure spéciale n° 02 de l'AFC, ch. 2.4.1, appliquée dès le 1er janvier 2008; voir aussi l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1614/2006 du 1er octobre 2008). Par ailleurs, la recourante n'a, à l'évidence, pas prouvé que l'estimation de l'AFC était manifestement inexacte. Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral confirme l'estimation, telle qu'effectuée par l'AFC.
6.3 S'agissant, enfin, de la date de l'immatriculation rétroactive, il sied de la confirmer à la lumière de l'estimation effectuée. D'ailleurs, la recourante ne s'en prend finalement qu'à l'estimation elle-même et non à la réalisation des conditions d'assujettissement ni davantage à la date de son début. En tout cas, sa motivation ne se fonde pas directement sur une application prétendument erronée de l'art. 21 al. 1 aOTVA respectivement 28 al. 1 aLTVA (cf. consid. 3.3 ci-dessus). Aucun indice résultant du dossier n'infirme à première vue la pertinence du moment de la rétroactivité décidée par l'autorité fiscale. Un contrôle plus approfondi du Tribunal de céans ne s'impose donc pas.
7.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter les recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 5'500.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Les causes A-1857/2007 et A-1911/2007 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-1857/2007.
2.
Les recours sont rejetés.
3.
Les frais de procédure, par Fr. 5'500.-, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur les avances de frais déjà versées de Fr. 2'500.- et Fr. 3'000.-.
4.
Il n'est pas alloué de dépens.
5.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit figure à la page suivante.
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :