bvger · A-1632/2006 · 2009-11-16 · de
A-1632/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1632/2006
Urteil vom 16. November 2009
Besetzung
Richter Thomas Stadelmann (Vorsitz), Richter Pascal Mollard, Richter Markus Metz,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.
Parteien
X._______ AG, ...,
vertreten durch .....,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 2000).
Subvention; verhältnismässige Vorsteuerkürzung (Art. 30 Abs. 6 MWSTV); Rückerstattung der Mineralölsteuer; Zinserträge aus angelegten Subventionszahlungen.
Sachverhalt:
A.
Die X. AG (....) ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Nach einer Kontrolle stellte die ESTV verschiedene Ergänzungsabrechnungen (EA) aus, so unter anderem die EA Nr. 211'119 betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 2000 über eine Steuerforderung von Fr. ..... Für die selben Steuerperioden erfolgte zudem ein Gutschrift von Fr. .... (womit die Steuerforderung sich noch auf Fr. .... belief). Mit Schreiben vom 13. März 2001 ersuchte die X. AG um Erlass eines Entscheids betreffend die Versteuerung von Zinserträgen auf Subventionen. Zudem wurde in der Abrechnung für das 4. Quartal 2000 ein Vorbehalt betreffend die Besteuerung der Treibstoffzollrückerstattung angebracht. Die ESTV erliess am 13. Dezember 2002 einen Entscheid und erkannte unter anderem, sie habe zu Recht Fr. .... zuzüglich Verzugszins gefordert. Mit Einsprache vom 28. Januar 2003 wurde die Aufhebung des Entscheids, soweit Zinserträge auf Subventionen und Rückerstattungen von Mineralölsteuern für die Vorsteuerkürzung berücksichtigt worden seien, beantragt.
B.
Mit Einspracheentscheid vom 29. Juni 2006 wies die ESTV die Einsprache ab und stellte fest, die X. AG schulde der ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 2000 und habe zu Recht bezahlt Fr. ... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins. Zudem sei der Entscheid vom 13. Dezember 2002 im Umfang von Fr. .... in Rechtskraft erwachsen, womit vom Betrag von Fr. ... im Einspracheverfahren noch Fr. .... strittig sei.
Ihre Qualifikation der Zinserträge der X. aus der Anlage von Subventionszahlungen des Bundesamts für Verkehr (BAV) als Subventionen begründete die ESTV wie folgt: Abklärungen beim BAV hätten ergeben, dass die Zinsen zwingend als Finanzierungsbestandteil für die vorgesehene Investition, für welche auch die Subvention ausgerichtet wurde, verwendet werden müssten, selbst wenn dies nirgends explizit erwähnt sei. Diese Verwendungspflicht sei laut BAV bisher von keinem Subventionsempfänger bestritten worden. Entsprechend würden die erwirtschafteten Zinsen in der jeweiligen Schlussabrechnung berücksichtigt. Damit seien die Zinsen wie die Subventionszahlungen selbst zweckgebunden. Die Einsprecherin habe, anders als sie glaubhaft machen wolle, nicht völlig frei über die Verwendung bzw. die Anlage der Subventionszahlungen entscheiden können. Es stehe ihr nicht zu, die erzielten Zinserträge anders als zweckgebunden zu verwenden. Weiter sei auf die Verordnung des EVED vom 18. Dezember 1995 über das Rechnungswesen der konzessionierten Transportunternehmungen (REVO, SR 742.221) und insbesondere deren Art. 3 Abs. 2 Bst. h und Art. 7 Abs. 7 zu verweisen, welche bestätigten, dass die Einsprecherin nicht frei über die Zinserträge verfügen könne, sondern über deren Verwendung Rechenschaft ablegen müsse. Die Zinserträge teilten rechtlich das Schicksal der Subventionen und folgten deren Zweckbestimmung. Sie führten ebenfalls gestützt auf Art. 30 Abs. 6 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) zu einer verhältnismässigen Vorsteuerkürzung. Ferner verneinte die ESTV die Anwendbarkeit der Verwaltungspraxis gemäss Ziff. 2 des Merkblatts über Vereinfachungen für die Vorsteuerkorrektur bei ausgenommenen Umsätzen aus Nebentätigkeiten.
Zum andern sei die steuerliche Behandlung der von der X. bezahlten und von der Zollverwaltung zurückerstatteten Mineralsteuerbeträge strittig. Bei den Mineralsteuerrückerstattungen nach Art. 17 Abs. 3 des Mineralölsteuergesetzes vom 21. Juni 1996 (MinöStG, SR 641.41) handle es sich um Zahlungen der öffentlichen Hand, denen kein Leistungsaustausch zugrunde liege und worauf der Empfänger einen gesetzlichen Anspruch habe, womit eine Subvention gegeben sei. Die Rückerstattung werde nur gewährt, wenn die konzessionierte Transportunternehmung (kurz KTU) den Treibstoff für steuerbegünstigte Zwecke verwende. Damit liege auch die für eine Subvention typische Zweck- und Verhaltensbindung vor. Weiter nehme die X. eine im öffentlichen Interesse liegende Aufgabe wahr. Die Rückerstattung diene als Minderung oder Ausgleich finanzieller Lasten aus der Erfüllung einer im öffentlichen Interesse liegenden Aufgabe; es handle sich um eine Abgeltung, welche mehrwertsteuerlich als Subventionen zu betrachten sei und nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV zu einer verhältnismässigen Kürzung des Vorsteuerabzugs führe.
C.
Mit Beschwerde vom 29. August 2006 an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) beantragt die X. AG (Beschwerdeführerin), der Einspracheentscheid sei aufzuheben, auf die Steuernachforderung sei zu verzichten und die Steuerbeträge seien wieder gutzuschreiben, soweit Zinserträge auf Subventionen und Rückerstattungen von Mineralölsteuern für die Berechnung der Vorsteuerkürzung berücksichtigt worden seien. Vorab wird zur Höhe des Streitwerts eingewendet, die Berechnungen der ESTV stimmten nicht. Die Vorsteuerkürzung aufgrund der Zinserträge auf Subventionen betrage Fr. .... und jene gestützt auf die Mineralölsteuerrückerstattung Fr. ..... Der Streitwert belaufe sich also total auf Fr. .....
Als Erstes macht die Beschwerdeführerin geltend, es handle sich bei den Zinserträgen aus der Anlage der vereinnahmten Subventionen nicht auch um Subventionen und eine verhältnismässige Vorsteuerkürzung sei nicht korrekt. Zum Sachverhalt erläutert sie, die Subventionen des BAV seien zuerst auf ein Sperrkonto überwiesen worden. Die Freigabe ab dem Sperrkonto sei sodann aufgrund von Zahlungsaufträgen erfolgt. Sofern nun von den abgerufenen Mitteln Teilbeträge nicht unmittelbar zur Zahlung gelangten, habe die Beschwerdeführerin diese kurzfristig und auf eigene Initiative in Festgeld angelegt. Eine Pflicht zur Anlage oder eine Verpflichtung betreffend Art der Anlage habe es nicht gegeben. Da die Beschwerdeführerin in ihrem Entscheid zur Anlage völlig frei gewesen sei, könne es sich nicht um Subventionen im Sinn der mehrwertsteuerlichen Rechtsprechung handeln. Daran ändere nichts, wenn diese Zinserträge schliesslich dem gleichen Bauvorhaben zugeflossen seien wie die Subventionen. Entscheidend sei, dass der Entscheid zur Tätigung der Anlage nicht von der für die Subvention typischen Zweck- und Verhaltensbindung mitumfasst werde. Weiter könne nur Subvention sein, was vom Subventionsgeber zugewendet werde, nicht aber damit erzielte Zinserträge. Entgegen der Annahme der ESTV weise die Beschwerdeführerin in ihrem Geschäftsbericht die fraglichen Zinserträge nicht gesondert, sondern global mit den übrigen Zinserträgen aus. Sodann könne die blosse Wiedergabe von Gesprächen der ESTV mit dem BAV kein geeignetes Beweismittel sein. Handle es sich bei den Zinserträgen demnach nicht um Subventionen, sondern um Zinseinnahmen nach Art. 14 Ziff. 15 MWSTV, könne das Merkblatt über Vereinfachungen für die Vorsteuerkorrektur bei von der Steuer ausgenommenen Umsätzen (Ziff. 2) angewendet werden.
Betreffend die Qualifikation der Mineralölsteuerrückerstattungen könne es nicht sein, dass die Nichterhebung einer Steuer eine Subvention darstellen und zu einer Vorsteuerkürzung führen soll. Weiter handle es sich hier um eine Steuerbefreiung auf Stufe Steuersubjekt. Da die Beschwerdeführerin eine KTU sei, sei sie allein gestützt auf diese Eigenschaft als Steuersubjekt von der Steuer befreit. Dass die Befreiung auf dem Weg der Rückerstattung erfolge und dafür gewisse formelle und materielle Nachweise erbracht werden müssten, ändere daran nichts. Weiter erfolge eigentlich keine Ausrichtung von Geldern an die Beschwerdeführerin. Der - aus Gründen der Erhebungswirtschaftlichkeit gewählte - Erhebungsmechanismus dieser Abgabe sei so konzipiert, dass vorerst jeder die Abgabe bezahlen müsse und anschliessend die subjektiv nicht Abgabepflichtigen die Rückerstattung erhielten. Im Grunde müsse die Beschwerdeführerin die Abgabe aber gar nicht zahlen und sie erhalte im eigentlichen Sinn auch nichts zurück.
Bei den Zinsen und der Mineralölsteuerrückerstattung handle es sich demnach nicht um Subventionen, sondern um Nichtumsätze. Solche führten aber nicht zu einer Kürzung der Vorsteuern. Auf der Leistungseingangsseite im Zusammenhang mit Nichtumsätzen angefallene Vorsteuern seien (zwar) nicht zum Abzug zuzulassen. Gleichzeitig dürften Nichtumsätze der Leistungsausgangsseite nie zu einer Kürzung der Vorsteuern führen.
D.
Mit Vernehmlassung vom 20. November 2006 beantragt die ESTV neben der Feststellung der Rechtskraft von Ziff. 1 und 2 und im Umfang von Fr. ... von Ziff. 4 des Einspracheentscheids die Abweisung der Beschwerde. In Bezug auf den von der Beschwerdeführerin genannten Streitwert von Fr. ... sei zwar dessen Berechnung nicht nachvollziehbar (v.a. der Teilbetrag von Fr. .... betreffend die Zinserträge), aber jedenfalls habe die Beschwerdeführerin damit den Streitgegenstand auf den fraglichen Betrag eingeengt. In materieller Hinsicht wiederholt die ESTV weitgehend ihre im Einspracheentscheid vertretenen Standpunkte und bringt einige Ergänzungen an.
E.
Auf die weiteren Begründungen in den Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidrelevant - im Rahmen der Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten Einspracheentscheide der ESTV nach Art. 65 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53 MWSTV mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31. Dezember 2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1995 bis 2000, so dass vorliegend noch die MWSTV anwendbar ist (Art. 93 Abs. 1 MWSTG).
2.
Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes (Art. 49 Bst. b VwVG) kann auch die Rüge der Unangemessenheit erhoben werden (Art. 49 Bst. c VwVG). Im Beschwerdeverfahren gelten die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (Art. 12 VwVG), und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 62 Abs. 4 VwVG). Das Bundesverwaltungsgericht ist verpflichtet, auf den - unter Mitwirkung der Verfahrensbeteiligten - festgestellten Sachverhalt die richtige Rechtsnorm anzuwenden (BGE 132 II 112 E. 3.2; 131 II 205 E. 4.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-2036/2008 vom 19. August 2009 E. 1.2; A-4072/2007 vom 11. März 2009 E. 1.2). Dies bedeutet, dass es eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (sog. Motivsubstitution, vgl. statt vieler: BVGE 2007/41 E. 2 mit weiteren Hinweisen; Entscheid der SRK vom 12. Oktober 1998, Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 63.29 E. 4a). Die Rechtsmittelinstanz ist jedoch nicht gehalten, allen denkbaren Rechtsfehlern von sich aus auf den Grund zu gehen; für entsprechende Fehler müssen sich immerhin mindestens Anhaltspunkte aus den Parteivorbringen oder den Akten ergeben (BGE 121 III 274 E. 2b; 119 V 349 E. 1a; 117 V 263 E. 3b; 117 Ib 117 E. 4a; 110 V 53 E. 4a; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, S. 73 Rz. 1.54 f.; vgl. zum Ganzen auch Urteil des BVGer A-1359/2006 vom 26. Juli 2007 E. 1.3).
3.
3.1 Nach Art. 4 MWSTV unterliegen Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden. Die Entgeltlichkeit erfordert einen Leistungsaustausch zwischen dem steuerpflichtigen Leistungserbringer und dem Empfänger. Besteht kein solches Austauschverhältnis, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: BVGE 2008/63 E. 2.3; Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.1 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 18. November 2002, VPB 67.49 E. 2a/cc). Die Annahme eines solchen Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung bzw. ein direkter ursächlicher Zusammenhang gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1; 126 II 443 E. 6a, mit Hinweisen; Urteile des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.1; vom 30. April 2004, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 75 241 E. 3.3; BVGE 2007/39 E. 2.1).
3.2 Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand gehören gemäss Art. 26 Abs. 6 Bst. b MWSTV nicht zum Entgelt. Diese fliessen nicht in die Bemessungsgrundlage ein und unterliegen der Steuer nicht (gleiche Regelung in Art. 33 Abs. 6 Bst. b MWSTG).
3.2.1 Nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV ist der Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, wenn ein Steuerpflichtiger Subventionen oder andere Beiträge der öffentlichen Hand erhält. Das Bundesgericht hat die Verfassungsmässigkeit dieser Bestimmung bestätigt (BGE 126 II 443 E. 6b und c mit Hinweisen; s.a. BGE 132 II 353 E. 4.3, 7.1, Urteil des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.2, 7.1). Ebenfalls wurde sie mit Art. 38 Abs. 8 MWSTG ins Gesetz aufgenommen. Dies trotz der Kritik an dieser Regelung, welche als systemwidrig betrachtet wird, weil ein Vorgang, der mangels Entgeltlichkeit nicht im Geltungsbereich der Mehrwertsteuer liegt, aus verfassungsrechtlichen und steuertechnischen Gründen keine verhältnismässige Vorsteuerabzugskürzung zur Folge haben dürfte (ausführlich: Entscheid der SRK vom 14. Juni 2001 [SRK 2000-142] E. 2; DANIEL RIEDO, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 247 ff.; DIEGO CLAVADETSCHER, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 5 ff. zu Art. 38 Abs. 8 mit Hinweisen; vgl. auch Botschaft des Bundesrats zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer vom 26. Juni 2008, BBl 2008 S. 6979; ferner Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.4.2).
3.2.2 Die MWSTV (und das MWSTG) definieren den Begriff Subvention nicht. Das Bundesgericht umschreibt Subventionen (im Sinn von Art. 26 Abs. 6 Bst. b MWSTV wie auch Art. 30 Abs. 6 MWSTV) allgemein als Leistungen kraft öffentlichen Rechts, die anderen Rechtspersonen für bestimmte Zwecke zukommen, ohne dass dies zu einer unmittelbaren Gegenleistung an den Subventionsgebenden führe. Zur Beantwortung der Frage, ob eine Subvention vorliegt, ist zu prüfen, ob das Tatbestandsmerkmal der Entgeltlichkeit im vorn (E. 3.1) umschriebenen Sinn gegeben ist. Subventionen sind Beiträge der öffentlichen Hand, die ohne entsprechende marktwirtschaftliche Gegenleistung ausgerichtet werden. Der Subventionsgeber will damit beim Subventionsempfänger ein bestimmtes Verhalten hervorrufen oder unterstützen, das zur Erreichung eines bestimmten Zieles als geeignet erscheint; diese Zielsetzung muss im öffentlichen Interesse liegen und wird mit der Subventionierung zu verwirklichen versucht. Abgesehen von dieser Verhaltensbindung erfolgt die Subventionierung aber ohne Gegenleistung (BGE 126 II 443 E. 6; Urteile des Bundesgerichts vom 30. September 2003, ASA 74 523 E. 2.2; vom 11. Februar 2002, ASA 73 147 E. 1.2; vom 1. September 2005, ASA 76 248 E. 2.3; vom 25. August 2000, ASA 71 157 E. 6; 2C_105/2008 vom 25. Juni 2008 E. 3.2, 3.3; vom 7. Mai 2008, ASA 78 174 E. 3.1; ausführlich und statt vieler: Urteile des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.2; A-6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.4; vgl. auch Art. 8 Abs. 1 und 2 der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer [MWSTGV, SR 641.201]).
3.2.3 Eine Subvention kann in verschiedenen Formen ausgerichtet werden: Geldleistung, unverzinsliches Darlehen, Erlass einer Forderung (Schuldnachlass), unentgeltliche oder verbilligte Dienstleistungen oder Sachleistungen, Defizitdeckung (Deckungsbeiträge), Verrechnung, Rabatt usw. Eine Subvention kann insbesondere im ganzen oder teilweisen Verzicht des Subventionsgebers auf eine ihm vom Subventionsempfänger geschuldete Leistung liegen (Urteil des Bundesgerichts 2A.547/2002 vom 26. Mai 2004 E. 2.3; Entscheide der SRK vom 8. Oktober 2002 [CRC 2001-119] E. 3b/ee [bestätigt durch genanntes Urteil des Bundesgerichts]; vom 28. Oktober 2004, VPB 69.41 E. 3; vgl. auch Urteil des BVGer A-1483/2006 vom 16. Oktober 2007 E. 3.1.2, Urteil des Bundesgerichts 2C_647/2007 vom 7. Mai 2008, ASA 78 174 E. 5; Merkblatt Nr. 15 zum MWSTG Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand [MB Subventionen] Ziff. 2; vgl. ferner auch die Aufzählung in Art. 3 Abs. 1 Satz 2 des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen [Subventionsgesetz, SuG, SR 616.1]). Gemeinsam ist diesen Vorgängen, dass damit dem Subventionsempfänger ein geldwerter Vorteil zugewendet wird, was Voraussetzung einer Subvention ist (vgl. etwa zum allgemeinen, verwaltungsrechtlichen Subventionsbegriff: Art. 3 Abs. 1 SuG und Fabian Humbel, Subventionsbetrug, Zürich 2008, S. 14 mit Hinweisen).
3.2.4 Gemäss einer Praxismitteilung vom 11. März 2003 der ESTV können grundsätzlich auch "Vergünstigungen" im Sinn von subjektiven Steuerbefreiungen oder erleichterter bzw. privilegierter Besteuerung Subventionen nach Art. 38 Abs. 8 MWSTG darstellen. In Bezug auf Privilegien bei den direkten Steuern sieht die ESTV laut dieser Praxismitteilung aber davon ab, von den Unternehmen eine Vorsteuerkürzung zu verlangen. Es sei nämlich in diesen Fällen oft äussert schwierig, die Steuervorteile betragsmässig zu bestimmen (vgl. hierzu auch das seit Anfang 2008 geltende MB Subventionen Ziff. 7). Demnach qualifiziert die ESTV Steuererleichterungen im Prinzip als Subventionen nach Art. 38 Abs. 8 MWSTG, nimmt aber betreffend die direkten Steuern aus Praktikabilitätsgründen keine Vorsteuerkürzung vor (s.a. Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Bern 2003, 2. Aufl., Rz. 345). Auch die Mineralölsteuerrückerstattung im Speziellen wird explizit als Subvention mit der Folge der Vorsteuerkürzung bezeichnet (Branchenbroschüre Nr. 10 KTU zum MWSTG [im Folgenden BB KTU] Ziff. 8.15 [Fassung gültig bis Ende 2007] bzw. Ziff. 8.16 [Fassung ab 2008]).
4.
4.1 Der Anspruch auf Gleichbehandlung (Art. 4 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874 (aBV] und Art. 8 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 [BV, SR 101]) verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich, Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Das Gebot der Rechtsgleichheit in der Rechtsanwendung verlangt von den rechtsanwendenden Behörden, zwei tatsächlich gleiche bzw. gleichgelagerte Situationen in gleicher Weise zu behandeln, es sei denn, ein sachlicher Grund rechtfertige eine unterschiedliche Behandlung (BGE 125 I 161 E. 3a; 123 I 1 E. 6a mit Hinweis; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 2A.756/2006 vom 22. Oktober 2007 E. 4.2). Sofern ein Rechtssatz durch das Verwenden unbestimmter Rechtsbegriffe oder das Einräumen von Ermessen einen Spielraum offen lässt (und damit nicht schon der Rechtssatz die Rechtsgleichheit gewährleistet), hat die rechtsanwendende Behörde davon in allen gleich gelagerten Fällen gleichen Gebrauch zu machen und eine einheitliche Praxis zu bilden (hierzu und zum Ganzen: Giovanni Biaggini, Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft, Kommentar, Zürich 2007, N. 12 zu Art. 8 mit Hinweis; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2006, Rz. 507 mit Hinweisen).
4.2 Spezifisch für das Mehrwertsteuerrecht wird sodann aus dem Gleichbehandlungsprinzip sowie dem Grundsatz der Wettbewerbs- bzw. der Steuerneutralität gefolgert, dass die Steuer Unternehmungen, die vergleichbare Leistungen erbringen, gleich zu behandeln bzw. Endverbraucher für vergleichbare Leistungen bei gleichen Preisen mit einer gleich hohen Mehrwertsteuer zu belasten hat (Riedo, a.a.O., S. 50 ff., 94 mit Hinweis; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, S. 20; Xavier Oberson, mwst.com, a.a.O., Rz. 21 zu Art. 1; ferner Camenzind/ Honauer/Vallender, a.a.O., Rz. 63, 67). Der verfassungsmässige Anspruch auf Wettbewerbsneutralität, auf welchen sich die Steuerpflichtigen berufen können und welcher sich aus den verfassungsmässigen Rechten der Rechtsgleichheit (Art. 4 aBV resp. Art. 8 BV) und der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen (Art. 31 aBV resp. Art. 27 und 94 BV) ergibt, beschränkt sich allerdings nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts auf direkte Konkurrenten (siehe statt vieler: BGE 125 I 431 E. 4b/aa; 123 II 401 E. 11; 123 II 35 E. 10; ausführlich: Entscheid der SRK vom 6. Januar 2005 [SRK 2004-001] E. 3f mit Hinweisen; zum Ganzen: BVGE 2007/23 E. 2.2).
5.
5.1 Gestützt auf Art. 131 BV sieht Art. 1 MinöStG die Erhebung der Mineralölsteuer und des Mineralölsteuerzuschlags unter anderem auf Treibstoffen vor. Steuerobjekt bildet die Herstellung oder Gewinnung von der Steuer unterstellten Waren im Inland und deren Einfuhr ins Inland (Art. 3 Abs. 1 MinöStG). Steuerpflichtige Personen sind die Importeure, die zugelassenen Lagerinhaber, Personen, die versteuerte Waren zu Zwecken abgeben, verwenden oder verwenden lassen, die einem höheren Steuersatz unterliegen, sowie Personen, die unversteuerte Waren abgeben, verwenden oder verwenden lassen (Art. 9 Bst. a-d MinöStG). Die Steuerforderung entsteht mit der Überführung der Waren in den freien Verkehr, bei der Einfuhr etwa mit Überführung in den zollrechtlich freien Verkehr, bei Herstellung/Gewinnung im Inland mit der Herstellung oder bei Waren in zugelassenen Lagern, wenn sie dieses verlassen (Art. 4 Abs. 1 MinöStG).
Art. 17 Abs. 3 MinöStG hält unter dem Titel "Steuerbegünstigungen" fest, dass die Treibstoffe, die durch KTU verwendet werden, ganz oder teilweise von der Steuer zu befreien sind. Alles Weitere wird nicht im Gesetz, sondern in Art. 49 ff. der Mineralölsteuerverordnung vom 20. November 1996 (MinöStV, SR 641.611) sowie in Art. 10b der Verordnung des EFD vom 28. November 1996 über die Steuerbegünstigungen und den Verzugszins bei der Mineralölsteuer (SR 641.612; "VO EFD") geregelt. Art. 49 Abs. 1 MinöStV bestimmt, dass den KTU die Steuer zurückerstattet wird, wobei der Rückerstattungsbetrag aufgrund des Unterschiedes zwischen dem normalen und dem ermässigten Steuersatz sowie aufgrund der verbrauchten Mengen berechnet wird. Gemäss Art. 50 MinöStV müssen die KTU die Verwendung des Treibstoffs für steuerbegünstigte Zwecke nachweisen (vgl. auch Art. 46 Abs. 2 MinöStV). Gestützt auf Art. 49 Abs. 2 MinöStV wird im Anhang I der VO EFD der Umfang der Steuerbefreiung für den öffentlichen Verkehr festgelegt, nämlich ein ermässigter Steuersatz für die Mineralölsteuer und die Befreiung vom Mineralölsteuerzuschlag. In Art. 10a VO EFD wird zudem präzisiert, dass Waren, deren Verwendung im Zeitpunkt der Entstehung der Steuerforderung nicht bekannt ist, zum höheren Satz zu versteuern sind (Abs. 1) und bei Nachweis der steuerbegünstigten Verwendung die Differenz zwischen höherem und tieferem Satz zurückerstattet wird (Abs. 2).
Die teilweise Steuerbefreiung des von den KTU verwendeten Treibstoffs erfolgt also in jedem Fall über den Weg der Rückerstattung. Die Steuer ist von den nach Art. 9 MinöStG Steuerpflichtigen zum normalen Steuersatz zu entrichten, dies bei Entstehung der Steuerforderung, etwa anlässlich der Einfuhr. Die KTU sind in der Regel nicht steuerpflichtig, sondern ihnen wird die Steuer von den steuerpflichtigen Treibstofflieferanten überwälzt. Wenn die KTU nun die Treibstoffe für steuerbegünstigte Zwecke verwenden, erhalten sie die Differenz zwischen der ihnen überwälzten Steuer (also der Steuer zum ordentlichen Satz) und dem für sie geltenden, günstigeren Satz zurück.
5.2 Für die Zeit vor Inkrafttreten des MinöStG am 1. Januar 1997 bestand eine entsprechende Regelung: Gestützt auf Art. 28 und 36ter Abs. 2 aBV ist der Bund befugt, Einfuhr- und Ausfuhrzölle, insbesondere Treibstoffzölle und einen Zuschlag auf den Treibstoffzöllen zu erheben. Für die Verwendung von Treibstoffen durch KTU war ebenfalls eine Abgabebefreiung vorgesehen: Diese waren vom Treibstoffzoll teilweise und vom Treibstoffzollzuschlag ganz befreit. Die Befreiung erfolgte zudem gleichfalls über eine Rückerstattung (Art. 2 Abs. 2 des Treibstoffzollgesetzes vom 22. März 1985 [SR 725.116.2; Fassung gemäss AS 1994 1634; ursprüngliche Fassung: AS 1985 834] und Anmerkung 3a zu Kapitel 27 des Zolltarifs [am 1. Januar 1995 in Kraft getretene Änderung: AS 1994 1634]; ausführlich hierzu auch Entscheid der Eidgenössischen Zollrekurskommission [ZRK] vom 1. September 1995 [ZRK 1995-035] E. 3 und 4; Botschaft des Bundesrats zum MinöStG, BBl 1995 S. 137 ff., S. 154).
6.
Vorliegend steht der in den Jahren 1995 und 1996 erhobene Treibstoffzoll bzw. die ab 1. Januar 1997 erhobene Mineralölsteuer (je plus Zuschlag) zur Debatte, welche steuerpflichtige Lieferanten der Beschwerdeführerin überwälzt haben und für welche sie bei der Zollverwaltung eine (teilweise) Rückerstattung im soeben in E. 5 umschriebenen Sinn geltend gemacht und erhalten hat (vgl. Ziff. 5.2 EA Nr. 211'199 sowie Beiblatt "OZD Rückverg"). Für die Rückerstattung von Treibstoffzöllen bzw. -zuschlägen und der Mineralölsteuer bzw. -zuschlägen gilt für die im Folgenden zu prüfenden Fragen das selbe; das System der Abgabebefreiung im Weg der Rückerstattung stimmt überein (E. 5.1 f.). Art. 17 Abs. 3 MinöStG hat die bereits früher existierende Befreiung vom Treibstoffzoll übernommen (Botschaft zum MinöStG, a.a.O., S. 154). Der Einfachheit halber wird im Folgenden lediglich von der Rückerstattung der Mineralölsteuer die Rede sein, womit auch die Treibstoffzollrückerstattungen gemeint sind.
Die ESTV ist der Ansicht, in der Rückerstattung der Mineralölsteuer sei eine Subvention zu sehen, die eine verhältnismässige Vorsteuerkürzung nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV nach sich ziehe. Dies wird von der Beschwerdeführerin bestritten.
6.1 Offenkundig und unter den Parteien auch unbestritten ist, dass die Steuerbefreiung bzw. die Zahlung des zurückerstatteten Betrags auf keinem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch beruht; diese wird nicht als Gegenleistung für eine mehrwertsteuerliche Leistung der Beschwerdeführerin gewährt. Es handelt sich mangels Leistungsaustauschs grundsätzlich um einen ausserhalb des Geltungsbereichs der Steuer liegenden Vorgang (E. 3.1). Zu entscheiden ist vorliegend einzig, ob eine Subvention oder ein Beitrag der öffentlichen Hand (im Folgenden wird nur von Subvention gesprochen, was beide Fälle umfasst) nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV gegeben ist und sich damit eine verhältnismässige Vorsteuerkürzung rechtfertigt (vgl. E. 3.2.1).
Zu präzisieren ist vorgängig auch, dass eine allfällige Subvention genaugenommen nicht in der Rückerstattung der Steuern liegen würde, sondern vielmehr (bereits) in der Tatsache der Steuerbefreiung selbst. Bedingung einer Subvention ist die Zuwendung irgendeines geldwerten Vorteils (oben E. 3.2.3), was bei der Rückerstattung nicht gegeben ist; sie bewirkt (worauf auch die Beschwerdeführerin - insofern zu Recht - hinweist) keinen Zufluss bzw. keinen geldwerten Vorteil, weil nur bereits Geleistetes zurückgezahlt wird. Zu prüfen ist also, ob die teilweise Steuerbefreiung als solches eine Subvention nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV darstellt.
6.2 Da dem Wortlaut von Art. 30 Abs. 6 MWSTV (wie auch von Art. 38 Abs. 8 MWSTG) diesbezüglich nichts Spezielles zu entnehmen ist, ist die Frage anhand der bundesgerichtlichen Begriffsumschreibung zu beantworten. Danach ist neben der hier erfüllten Bedingung des fehlenden Leistungsaustauschs (soeben E. 6.1) Voraussetzung einer Subvention, dass damit beim Subventionsempfänger ein bestimmtes, im öffentlichen Interesse liegendes Verhalten oder eine entsprechende Tätigkeit hervorgerufen, unterstützt oder gefördert wird (E. 3.2.2). Dies kann hier bejaht werden. Die KTU nehmen im Bereich des öffentlichen Verkehrs eine Aufgabe im öffentlichen Interesse wahr und die Steuerbefreiung wird zweifellos zur Förderung derselben gewährt. Der Wille zur Förderung einer im öffentlichen Interesse liegenden Tätigkeit ist auch den Materialien zur Steuerbefreiung nach Art. 17 Abs. 3 MinöStG zu entnehmen (amtliches Bulletin [AB] SR 4. Juni 1996, S. 319 f.; AB NR 12. Juni 1996 S. 880 ff.). Darauf weist auch die Tatsache hin, dass die Steuerrückerstattung in verschiedenen Voten als Subvention bezeichnet wurde (vgl. AB SR S. 319 f. Votum Simmen, Küchler, Villiger; AB NR S. 882 Votum Villiger). Ferner wurde hervorgehoben, dass die KTU als städtische und regionale Unternehmungen des öffentlichen Verkehrs auf diese "Zuschüsse bzw. Vergünstigungen" angewiesen seien (AB SR S. 319 f., Votum Küchler) und ein Verzicht auf die Rückerstattung (also die Steuerbefreiung) durch den Bund nur zu steigenden Defiziten der KTU und zu einer Verlagerung der Belastung auf die Trägergemeinden oder -kantone führen würde (zitiertes Votum Küchler, AB NR S. 880 f. Votum Hämmerle und Couchepin). Weiter wird auch im Subventionsbericht 2008 des Bundesrats vom 30. Mai 2008 (BBl 2008 6229) festgehalten, bei den Steuervergünstigungen im Bereich der Mineralölsteuer (insbesondere den Rückerstattungen) stehe unter anderem die Förderung des öffentlichen Verkehrs im Vordergrund (S. 6323). Die vorliegende Steuerbefreiung fällt damit unter die höchstrichterliche Definition der mehrwertsteuerlichen Subvention.
6.3 Die Beschwerdeführerin hält nun aber dafür, die Nichterhebung einer Steuer bzw. eine Steuerbefreiung könne man ganz allgemein nicht als Subvention bezeichnen. Dem steht die Ansicht der ESTV im vorliegenden Verfahren sowie deren publizierte Praxis zum MWSTG gegenüber, wonach Steuererleichterungen generell und die Mineralölsteuerrückerstattung im Besonderen als Subventionen unter Art. 30 Abs. 6 MWSTV (bzw. Art. 38 Abs. 8 MWSTG) fielen (vorn E. 3.2.4).
Zu prüfen ist damit, ob es sich, obwohl die vorliegende Steuerbefreiung wie erläutert grundsätzlich unter den mehrwertsteuerlichen Subventionsbegriff subsumiert werden kann, aus irgendeinem Grund rechtfertigt, diese dennoch nicht als Subvention nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV zu betrachten.
6.3.1 Zur Frage, ob Steuererleichterungen als Subventionen nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV (oder Art. 38 Abs. 8 MWSTG) qualifiziert werden können, hat sich soweit ersichtlich bisher weder die Rechtsprechung noch die Lehre geäussert. Einzig in Camenzind/Honauer/Vallender (a.a.O., Rz. 345) wird die Frage aufgeworfen, aber nicht beantwortet, sondern nur auf die Praxis der ESTV verwiesen.
6.3.2 Sodann kann nicht entscheidend sein, ob eine Subvention direkt in Form einer Geldleistung oder - wie im Fall einer Steuererleichterung - indirekt in Form eines Verzichts bzw. Erlasses gewährt wird. Massgeblich ist, dass ein geldwerter Vorteil zugewendet wird (vorn E. 3.2.3), was auch in der zweiten, und hier vorliegenden Konstellation gegeben ist: Ohne die Befreiungsvorschrift hätten die KTU die (ihnen überwälzte) Steuer zu tragen. Durch die Befreiung werden sie von dieser finanziellen Last befreit und mithin im Sinn eines geldwerten Vorteils begünstigt. Unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten ist folglich kein Grund ersichtlich, wieso (direkte) Subventionen im Sinn einer Geldzahlung und (indirekte) Subventionen über Steuerbefreiungen nicht die gleichen steuerlichen Konsequenzen zeitigen sollten.
6.3.3 Es rechtfertigt sich sodann ein Blick auf den Begriff der Subvention im allgemeinen öffentlichen Verwaltungsrecht:
In der Lehre wird die Einräumung von Steuererleichterungen (Verzicht des Staates auf Steuereinnahmen) im Allgemeinen als Subvention, genauer als Finanzhilfe, betrachtet (vgl. etwa René A. Rhinow/Gerhard Schmid/Giovanni Biaggini, Öffentliches Wirtschaftsrecht, Basel 1998, § 16 Rz. 60 mit Hinweis auf § 30 Rz. 32 ff.; Humbel, a.a.O., S. 19 f.; Barbara Schaerer, Subventionen des Bundes zwischen Legalitätsprinzip und Finanzrecht, Chur/Zürich 1992, S. 50). Zu erwähnen ist auch Art. 7 Bst. g SuG, wonach auf Finanzhilfen in Form von steuerlichen Vergünstigungen in der Regel zu verzichten sei, was impliziert, dass nach Ansicht des Gesetzgebers Steuererleichterungen Finanzhilfen sein können. Auch im Subventionsbericht 2008 des Bundesrats (a.a.O., S. 6232, 6242, 6317 f.) wird festgestellt, der Bund könne Subventionen ausgabenseitig (Zahlungen an Dritte) oder einnahmenseitig, insbesondere in Form der Gewährung von Steuervergünstigungen, ausrichten. Im Anhang 3 des Subventionsberichts mit dem Titel "wichtigste Steuervergünstigungen im Überblick" ist die Befreiung von der Mineralölsteuer nach Art. 17 Abs. 3 MinöStG explizit erwähnt und wird also auch unter die Subventionen subsumiert. Schliesslich wurde auch in verschiedenen Voten im Parlament diese Steuerrückerstattung als Subvention bezeichnet (vorn E. 6.2; vgl. ferner die Bezeichnung der Rückerstattung des Treibstoffzolls als "indirekte Finanzhilfe" in BBl 1993 IV 316 und Hinweis darauf im Entscheid der ZRK vom 1. September 1995 [ZRK 1995-035] E. 4a).
Diese Qualifikation von Steuererleichterungen und insbesondere der fraglichen teilweisen Befreiung der KTU von der Mineralölsteuer im allgemeinen Verwaltungsrecht ist zwar für das Mehrwertsteuerrecht nicht allein entscheidend, stützt aber das - gleichlautende - vorstehende Ergebnis.
6.4 Zusammenfassend ist aufgrund der bestehenden - offen und umfassend formulierten - gesetzlichen Regelung und der zugehörigen Rechtsprechung (E. 3.2.2) die fragliche teilweise Steuerbefreiung unter Art. 30 Abs. 6 MWSTV zu subsumieren und es besteht kein Grund, diese anders als andere (insbesondere direkte) Subventionen zu behandeln. Dass solche Steuererleichterungen zu Vorsteuerkürzungen führen, mag störend sein, liegt aber genaugenommen nicht an der vorgenommenen Qualifikation als Subvention, sondern an der Regelung in Art. 30 Abs. 6 MWSTV, an welche sich das Bundesverwaltungsgericht angesichts der Rechtsprechung (E. 3.2.1) zu halten hat. Die ESTV geht demnach zu Recht von der Anwendbarkeit von Art. 30 Abs. 6 MWSTV aus.
6.5 Zu den (weiteren) Vorbringen und Argumenten der Parteien ist wie folgt Stellung zu nehmen:
Nicht entschieden werden muss hier, ob die fragliche Steuerbefreiung eine Finanzhilfe oder (wie die ESTV annimmt) eine Abgeltung im Sinn des SuG darstellt. Massgeblich ist, dass sie unter den Begriff der Subventionen nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV fällt (betreffend die Abgeltungen vgl. Urteile des Bundesgerichts vom 1. September 2005, ASA 76 248 E. 2.3; 2C_105/2008 vom 25. Juni 2008 E. 3.2; vgl. auch Urteil des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.2.2).
Sodann ist nicht ersichtlich, was die Beschwerdeführerin mit ihrer Argumentation, es handle sich hier um eine Steuerbefreiung auf Stufe Steuersubjekt, bezweckt. Für die Frage, ob eine Subvention vorliegt oder nicht, kann daraus nichts gewonnen werden, die vorstehenden Überlegungen gälten auch bei einer subjektiven Steuerbefreiung. Auch die ESTV unterscheidet in ihrer Praxis nicht etwa zwischen objektiven und subjektiven Befreiungen. Ohnehin ist eine Befreiung "des Steuersubjekts" nicht gegeben, da die Beschwerdeführerin gar nicht Steuersubjekt der Mineralölsteuer ist (oben E. 5.1).
Für die Qualifikation als Subvention kann es weiter auch nicht darauf ankommen, ob Art. 17 Abs. 3 MinöStG eine vollumfängliche oder, wie die ESTV betont, eine nur teilweise Steuerbefreiung gewährt. So geht die ESTV selbst gemäss publizierter Praxis bei Steuerbefreiungen wie auch -erleichterungen ganz allgemein von Subventionen aus und unterscheidet - zu Recht - nicht etwa in vollumfängliche und teilweise Befreiungen (vgl. E. 3.2.4 und die in der Praxismitteilung vom 11. März 2003 als Beispiel genannten Fälle).
6.6 Obwohl dies von der Beschwerdeführerin nicht thematisiert wird, rechtfertigt sich schliesslich ein Eingehen auf die in E. 3.2.4 dargestellte Praxis der ESTV und die damit einhergehende Gleichbehandlungsproblematik (vgl. E. 2). Nach dieser Praxis betrachtet die ESTV zwar grundsätzlich alle Steuerbefreiungen als Subventionen, verzichtet aber aus Praktikabilitätsgründen bei Steuerbefreiungen im Rahmen der direkten Steuern - und folglich nicht in anderen Fällen - auf die Vorsteuerkürzung. Kein solcher Verzicht erfolgt insbesondere bei der Mineralölsteuer, welche im Übrigen eine indirekte Steuer ist (vgl. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 211; Klaus A. Vallender, Schweizerisches Steuer-Lexikon, Band 2, 1999 S. 314).
6.6.1 Vorab ist zu erwähnen, dass nicht bekannt ist, ob die ESTV - wie e contrario aus der Verwaltungspraxis zu schliessen wäre - alle Steuervergünstigungen bei indirekten Steuern einer Vorsteuerkürzung unterwirft. Die ESTV rechtfertigt den Verzicht auf Vorsteuerkürzungen bei den direkten Steuern damit, dass es bei diesen schwierig sei, die Steuervorteile betragsmässig zu bestimmen (siehe E. 3.2.4). Dies kann aber auch bei indirekten Steuern zutreffen. Die Bestimmung des Steuerbetrags, der aufgrund der Steuererleichterung nicht bezahlt zu werden braucht, ist primär dann einfach, wenn diese - was längst nicht bei allen Steuerbegünstigungen bei den direkten Steuern der Fall ist - über eine Rückerstattung erfolgt. Denkbar ist demnach, dass die ESTV betreffend die Frage der Vorsteuerkürzung nicht auf die Qualifikation als indirekte Steuer, sondern darauf abstellt, ob die Befreiung über eine Rückerstattung abgewickelt wird.
6.6.2 Die Ungleichbehandlung verschiedener Arten von Steuerbefreiungen bei der Vorsteuerkürzung je nach Art der Steuer oder nach dem soeben Gesagten je nach System, welches bei der Befreiung angewendet wird, könnte Art. 8 BV (hierzu E. 4.1) tangieren.
Fraglich ist allerdings schon, ob eine Ungleichbehandlung von "Gleichem" gegeben ist, wenn ganz unterschiedliche Steuerbefreiungen von verschiedenen Steuern in Bezug auf die Vorsteuerkürzung nicht identisch behandelt werden. Entscheidend ist aber ohnehin, dass die unterschiedliche Behandlung auf sachlichen Gründen beruht. Wenn die Befreiung wie vorliegend über eine Rückerstattung erfolgt, kann die Höhe des Vermögensvorteils aus der steuerlichen Vergünstigung ohne Weiteres beziffert werden. Bei Befreiungen ohne Rückerstattungssystem hingegen wären hierzu komplizierte und aufwändige Berechnungen erforderlich. In dieser von der ESTV (siehe oben E. 3.2.4) angeführten Begründung liegt - insbesondere vor dem Hintergrund der Erhebungswirtschaftlichkeit der Steuer (vgl. Art. 1 Abs. 2 MWSTG) - ein sachlicher Grund, um von einer Vorsteuerkürzung abzusehen. Eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots ist damit nicht erkennbar (vorn E. 4.1). Ferner ist, da die Ungleichbehandlung verschiedene Arten von Steuern bzw. Steuerbefreiungen betrifft, auch nicht ersichtlich, dass die Voraussetzungen für eine Verletzung der Wettbewerbsneutralität erfüllt wären (ungleiche Behandlung gleichartiger Leistungen bzw. direkter Konkurrenten, vgl. vorn E. 4.2).
Insgesamt ist, jedenfalls im vorliegenden Fall, kein durch die Praxis der ESTV bewirkter Verstoss gegen ein verfassungsmässiges Recht, auf welches sich die Beschwerdeführerin mit Erfolg berufen könnte, zu sehen. Gewisse Zweifel bestehen zwar in Bezug auf das Abgrenzungskriterium, welches die ESTV genau anwendet (E. 6.6.1). Nachdem aber keine Anhaltspunkte auf allfällige Ungleichbehandlungen bestehen und sich die Beschwerdeführerin auf das Rechtsgleichheitsgebot gar nicht beruft, sind weitere Abklärungen diesbezüglich nicht erforderlich (vorn E. 2).
7.
Zum andern ist strittig, ob gewisse Zinserträge der Beschwerdeführerin aus der Anlage von Zahlungen des BAV - welche ihrerseits unbestrittenermassen Subventionen darstellten - entsprechend dem Standpunkt der ESTV ebenfalls als Subventionen anzusehen sind und somit Vorsteuerkürzungen nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV zur Folge haben (vgl. E. 3.2). Die Beschwerdeführerin erhielt die Subventionen des BAV jeweils auf ein Sperrkonto ausbezahlt und das BAV gab die Auszahlung ab diesem Sperrkonto erst nach Vorlage von Zahlungsaufträgen frei (s.a. Verträge in act. 29 und Beilagen zur Einsprache in act. 22). Nach den Angaben der Beschwerdeführerin hat sie nun solche vom Sperrkonto bereits freigegebene Mittel, welche nicht unmittelbar zur Zahlung gelangten (also für bestimmte Investitionen verwendet wurden), kurzfristig in Festgeld angelegt, woraus die hier strittigen Zinserträge resultierten (Einsprache S. 5, Beschwerde S. 8).
7.1 Die Beschwerdeführerin thematisiert also nur die Zinsen aus der Anlage von bereits vom Sperrkonto freigegebenen Mitteln, nicht aber allfällige Zinserträge aus dem Sperrkonto. Aufgrund der EA Nr. 211'119 (Ziff. 5.3 Bst. b), der zugehörigen Beilage (vgl. Erwähnung von Zinsen in Ziff. 9 und 12 der Beilage) und den weiteren Akten lässt sich allerdings nicht eruieren, welche Art von Zinserträgen von der Aufrechnung der ESTV betroffen sind. Auch in den Entscheiden der ESTV findet sich keine Präzisierung hierzu. Diesbezüglich besteht eine gewisse Unsicherheit, da in zwei Schreiben der Beschwerdeführerin (act. 12, 14) und einem solchen der ESTV (act. 13) von Zinsen auf dem Sperrkonto die Rede ist. Nachdem die Beschwerdeführerin jedoch sowohl in der Einsprache als auch in der Beschwerde nur auf die Zinserträge aus der Anlage von Mitteln, die das Sperrkonto verlassen haben, Bezug nimmt, bilden vorliegend einzig diese Streitgegenstand. Sollte die ESTV mit der fraglichen Vorsteuerkürzung auch Zinsen vom Sperrkonto erfasst haben, gehörte dieser Teil der Nachforderung nicht zum Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens.
7.2 Klar ist vorab, dass die Zinserträge nicht Entgelt des BAV für eine mehrwertsteuerliche Leistung der Beschwerdeführerin darstellten, mithin nicht auf einem Leistungsaustausch zwischen diesen Parteien beruhten. Dies macht auch die ESTV nicht geltend, zumal sie vielmehr vertritt, dass die Zinserträge als Subventionen nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV zu qualifizieren seien.
7.3 Die strittigen Beträge wurden nicht vom BAV, der nach Ansicht der ESTV angeblichen Subventionsgeberin, sondern als Zinsen von den Dritten, bei welchen das Geld angelegt worden war, ausgezahlt. Bei den vorliegenden Gegebenheiten ist grundsätzlich von einem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch zwischen der Beschwerdeführerin und diesen Dritten auszugehen, in welchem die Zinserträge Entgelt der Dritten bilden für die Leistung der Beschwerdeführerin, die in der Zurverfügungstellung des Geldes liegt. Woher das angelegte Geld stammt, nämlich aus den Subventionen, ist dabei an sich irrelevant. Die Zinserträge beruhen folglich auf mehrwertsteuerlich relevanten Umsätzen der Beschwerdeführerin, wenn diese auch - was vorläufig noch nicht relevant ist (vgl. aber unten E. 7.6) - gegebenenfalls nach Art. 14 Ziff. 15 MWSTV ausgenommen sind. Bilden die Zinserträge Entgelt im Rahmen eines Leistungsaustauschs mit Dritten, können sie nicht gleichzeitig Subventionen des BAV darstellen.
7.4 Die von der ESTV vorgenommene Qualifikation als Subvention hingegen ist angesichts der aktenkundigen Umstände nicht zutreffend. Es existieren - wie im Folgenden noch im Detail zu zeigen sein wird - keine Hinweise auf eine andere als die vorstehend (E. 7.3) festgestellte Gestaltung und keine Vereinbarung oder gesetzliche Regelung, welche eine Qualifikation der Zinserträge als Subventionen auch auch nur nahe legen würden.
In grundsätzlicher Hinsicht ist Folgendes vorauszuschicken: Die Annahme einer Subvention bedingte, dass die Zahlungen der Dritten an die Beschwerdeführerin (anders als in E. 7.3 festgestellt) nicht auf einem Leistungsaustausch zwischen diesen beruhten, sondern - nachgewiesenermassen - einen anderen Grund hatten. Denkbar wäre etwa eine Situation, in der die Zinszahlungen der Dritten auf einem Austauschverhältnis zwischen dem BAV und den Dritten beruhten, indem das BAV ihnen das Geld überlassen hätte und im Gegenzug die Zinserträge als Entgelt von diesen erhalten hätte, und das BAV sodann diese Zinsen als Subvention der Beschwerdeführerin ausgerichtet hätte. Für diese Konstellation bestehen jedoch keinerlei Anhaltspunkte, namentlich keine entsprechende Übereinkunft zwischen dem BAV und der Beschwerdeführerin (oder gar zwischen dem BAV und den Dritten) oder einseitige Regelung des Gemeinwesens (hierzu auch sogleich E. 7.5.1). Es kann davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführerin, wie sie angibt, die Anlage auf eigene Initiative (und nicht quasi für das BAV) vorgenommen hat, und die Zinserträge wie vorstehend (E. 7.3) festgestellt Entgelt aus dem Leistungsaustausch zwischen der Beschwerdeführerin und den Dritten bilden.
7.5 Es bleibt auf die verschiedenen Argumente der ESTV, womit sie das Vorliegen von Subventionen begründen will, einzugehen.
7.5.1 Die ESTV bringt vor, es habe gemäss einer Auskunft des BAV eine Verpflichtung dahingehend bestanden, wie die Zinsen zu verwenden seien, nämlich dass sie als Finanzierungsbestandteil für die vorgesehene Investition hätten verwendet werden müssen.
Den Akten und namentlich den Verträgen können keine Vorgaben, wie mit den aus der Anlage resultierenden Zinsen zu verfahren sei, entnommen werden. Die ESTV stützt sich denn auch nicht auf die Verträge, sondern einzig auf angebliche Auskünfte des BAV. Diese Auskünfte sind jedoch nicht belegt und auch eine (blosse) Akten- bzw. Telefonnotiz der ESTV ist nicht aktenkundig. Ferner wäre die Auskunft des BAV, wäre sie so gemacht worden, ebenfalls nur eine unbelegte Darstellung einer am Subventionsverhältnis beteiligten Vertragspartei, die - wie die ESTV einräumt - nicht in die Verträge Eingang fand. Die Behauptung der ESTV ist damit nicht belegt. Wenn die Beschwerdeführerin die Zinserträge in tatsächlicher Hinsicht für die gleichen Zwecke verwendet haben sollte wie die Subventionen, wäre dies also freiwillig geschehen und änderte nichts am vorstehenden Ergebnis (E. 7.3).
7.5.2 Weiter verweist die ESTV auf bundesrechtliche Vorgaben zur Rechnungslegung, nämlich Art. 3 Abs. 2 Bst. h und Art. 7 Abs. 7 REVO, welche (was nicht bestritten ist) auf die Beschwerdeführerin anwendbar sind (vgl. Art. 1 Abs. 1 Bst. b REVO). Nach Art. 3 Abs. 2 Bst. h REVO müsse die Beschwerdeführerin ihrem Geschäftsbericht eine Zusammenstellung über die Verwendung der gewährten Beiträge und Darlehen beilegen. Darin seien auch durch eine allfällige Anlage erwirtschaftete Zinserträge und deren Verwendung aufzuführen. Weiter gälten bei der Anlagerechnung nach Art. 7 Abs. 7 REVO unter anderem die einer Rücklage zugewiesenen Zinsen auf solchen Subventionen des BAV als à-fonds-perdu-Beiträge. Dies bestätige, dass die Beschwerdeführerin nicht frei über die Zinserträge verfügen könne, sondern über deren Verwendung Rechenschaft ablegen müsse.
Die Verweise auf Art. 3 Abs. 2 Bst. h und Art. 7 Abs. 7 REVO gehen jedoch fehl: Diese Bestimmungen haben zum Einen, wie die REVO ganz allgemein, lediglich die Rechnungslegung zum Gegenstand. Es ist zwar davon auszugehen, dass die REVO auch dazu dient, die Verwendung der Subventionen nachverfolgen zu können (siehe hierzu etwa Art. 1 Abs. 1 Bst. b REVO). Sie vermag aber nicht zu definieren, was eine Subvention - namentlich eine solche nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV - ist und was nicht. Dies gilt insbesondere für die reine Rechnungslegungsregel in Art. 7 Abs. 7 REVO. Ob vorliegend überhaupt von "einer Rücklage zugewiesenen Zinsen" im Sinn dieser Bestimmung auszugehen wäre, braucht damit nicht geprüft zu werden. Zum Andern wäre eine in Art. 3 Abs. 2 Bst. h REVO allenfalls enthaltene Rechenschaftspflicht über die Zinserträge bei den gegebenen Umständen nicht entscheidend. Eine solche allein vermöchte noch längst kein Subventionsverhältnis zu belegen und an der Feststellung, dass die Zinserträge Entgelt aus einem anderen Leistungsaustausch bilden (E. 7.3), nichts zu ändern. Ob die Zinserträge von der Auskunftspflicht in Art. 3 Abs. 2 Bst. h REVO überhaupt erfasst sind, kann damit offen bleiben.
7.5.3 Aus dem selben Grund ist der Verweis der ESTV (Vernehmlassung S. 7 f.) auf gewisse Passagen in den Verträgen, wonach der Zinsertrag gegenüber dem BAV ausgewiesen bzw. gemeldet werden müsse, nicht stichhaltig. Ebensowenig wie eine gesetzliche (E. 7.5.2) führte vorliegend eine vertragliche Rechenschaftspflicht zur Qualifikation der Zinsen als Subventionen. Die von der ESTV erwähnten Art. 4 Abs. 1 Punkt 1 und Art. 5 Abs. 1 Punkt 5 der Subventionsvereinbarung vom Januar 1999 sowie Art. 3 Abs. 2 Punkt 1 und Art. 5 Abs. 1 Punkt 5 der Vereinbarung vom März/Mai 1997 (je act. 29) scheinen im Übrigen ohnehin eher die hier gar nicht strittigen (vgl. E. 7.1) Zinsen aus dem Sperrkonto zu betreffen.
7.5.4 Schliesslich beruft sich die ESTV in der Vernehmlassung (S. 8 ff.) auf die Art und Weise der Verbuchung durch die Beschwerdeführerin und macht geltend, sie habe die Zinserträge nicht der allgemeinen Rechnung, sondern den einzelnen Bauobjekten zugeordnet, und sie als "Rücklagen Art. 56" oder nicht rückzahlbare Subventionen behandelt (mit Verweis auf act. 30). Den Saldo der Zinserträge habe die Beschwerdeführerin sodann in die konsolidierte Jahresrechnung, nämlich in die Konten Rücklagen Art. 56 bzw. bedingt/nicht rückzahlbare Investitionen, einfliessen lassen (Verweis auf act. 31).
Der Hinweis der ESTV auf die Verbuchung geht aus verschiedenen Gründen fehl:
Vorab ist nicht bekannt, ob es sich bei den in den Aufstellungen in act. 30 erwähnten Zinserträgen um solche aus dem Sperrkonto oder um die hier strittigen (E. 7.1) aus der zusätzlichen Anlage handelt. Nicht klar ist auch, ob diese Abrechnungen über die einzelnen Projekte bzw. die zugehörigen Subventionen überhaupt als Teil der "Buchhaltung" bzw. "Geschäftsbücher" zu qualifizieren wären. Schliesslich behauptet die ESTV, die Zinserträge fänden sich in der konsolidierten Jahresrechnung (act. 31) in den Konten Rücklagen Art. 56 oder nicht/bedingt rückzahlbare Investitionen. Die Zusammensetzung dieser Konten und namentlich, ob und inwiefern darin Zinserträge enthalten sind, ist aus dem Auszug aus der Jahresrechnung in act. 31 aber nicht ersichtlich. Sofern gewisse Zinserträge enthalten wären, wäre wiederum nicht klar, ob dies überhaupt die hier fraglichen Zinserträge (E. 7.1) beträfe. Der Behauptung der ESTV, die hier strittigen Zinsen seien als Rücklagen bzw. Subventionen verbucht worden, steht weiter die Angabe der Beschwerdeführerin gegenüber, sie weise die (hier strittigen) Zinserträge in ihrem Geschäftsbericht global mit den übrigen Zinserträgen aus (vgl. Beschwerde S. 14). Insgesamt bestehen also verschiedene Unklarheiten darüber, wie die Beschwerdeführerin die Zinserträge effektiv verbucht hat.
Weitere Abklärungen diesbezüglich sind aber aus folgenden Gründen nicht erforderlich: Nicht entscheidend wäre von vornherein, wenn die Zinserträge - wie die ESTV behauptet - statt der allgemeinen Rechnung den einzelnen Bauobjekten zugeordnet worden wären. Wie erwähnt, wäre die - allfällige - Verwendung der Zinserträge für die gleichen Bauobjekte wie die Subventionen vorliegend freiwillig erfolgt und diese Tatsache hätte keine Qualifikation als Subvention zur Folge (vorn E. 7.5.1 in fine). Ebensowenig entscheidend wäre damit auch, wenn die Zinserträge in die entsprechenden Aufstellungen über die einzelnen Bauprojekte (act. 30) Eingang gefunden hätten. Schliesslich kommt der (korrekt geführten) Buchhaltung zwar ein hoher Beweiswert zu und auf die Art und Weise der Verbuchung könnte die Beschwerdeführerin gegebenenfalls behaftet werden (vgl. etwa Urteil des Bundesgerichts 2A.219/2003 vom 11. Februar 2004 E. 2.5.4.2; Entscheid der SRK vom 10. Juni 2005 [CRC 2003-141] E. 5). Die buchhalterische Erfassung bleibt jedoch ein blosses Indiz für eine mehrwertsteuerliche Qualifikation (Urteil des BVGer A-680/2007 vom 8. Juni 2009 E. 2.3.2 mit Hinweisen). Selbst eine - hier nicht erstellte - Verbuchung als "Subvention" wäre also höchstens ein Indiz, welches aber allein nicht zur Annahme einer Subvention führen würde, wenn wie vorliegend aufgrund der übrigen Umstände von einem Leistungsaustausch mit Dritten auszugehen ist.
7.6 Zusammenfassend handelt es sich bei den Zinserträgen nicht um Subventionen, sondern um Entgelt aus einem Leistungsaustauschverhältnis der Beschwerdeführerin mit den Dritten, bei welchen das Geld angelegt wurde. Die Beschwerde ist diesbezüglich gutzuheissen. Die Sache ist an die ESTV zurückzuweisen (Art. 61 Abs. 1 VwVG), was sich aus folgenden Gründen rechtfertigt:
Die Zinserträge beruhen zwar auf mehrwertsteuerlich relevanten, soweit ersichtlich aber nach Art. 14 Ziff. 15 MWSTV ausgenommenen Umsätzen (vgl. schon E. 7.3). Ob die Voraussetzungen von Art. 14 Ziff. 15 MWSTV im Einzelnen gegeben sind, ist im vorliegenden Verfahren nicht Entscheidthema. Die ESTV hat dies - nach Gewährung des rechtlichen Gehörs - im zweiten Rechtsgang zu entscheiden und die entsprechenden Steuerfolgen zu bestimmen. Dabei hat sie sich auch zur in der Beschwerde aufgeworfenen Frage der Anwendbarkeit der Verwaltungspraxis gemäss Ziff. 2 des Merkblatts über Vereinfachungen für die Vorsteuerkorrektur bei ausgenommenen Umsätzen aus Nebentätigkeiten zu äussern.
Eine Rückweisung ist sodann nötig, weil der Streitgegenstand betragsmässig unklar ist, und zwar in zweierlei Hinsicht: Erstens stellten Zinserträge aus dem Sperrkonto, sollte die Aufrechnung der ESTV auch solche enthalten, vorliegend nicht Streitgegenstand dar (vorn E. 7.1), und wären von der Gutheissung entsprechend nicht betroffen. Die Frage, welche Art von Zinserträgen in die Vorsteuerkürzung einbezogen wurde, hat die ESTV im neuerlichen Entscheid noch zu klären und die Steuerfolgen zu bestimmen. Zweitens sind sich die Parteien über den Streitwert ohnehin uneinig. Der Entscheid vom 13. Dezember 2002 (über Fr. ...) wuchs nach Ansicht der ESTV im Umfang von Fr. ... in Rechtskraft, womit im Einspracheverfahren noch Fr. ... strittig gewesen wären. Die Beschwerdeführerin hingegen beziffert den im Einspracheverfahren (und auch vorliegend) noch strittigen Betrag auf Fr. ..., wovon Fr. ... auf die Vorsteuerkürzung aufgrund der Mineralölsteuerrückerstattung entfalle und Fr. ...- auf jene aufgrund der Zinserträge (Beschwerde S. 7). Nicht einig sind sich die Parteien insbesondere über letztere Summe. In der Vernehmlassung (S. 4) vertritt die ESTV weiter, die Beschwerdeführerin müsse sich die ausdrückliche Einschränkung des Streitwerts auf Fr. ..., obwohl dieser Betrag nicht nachvollziehbar sei, entgegenhalten lassen. Dem ist nicht zuzustimmen, zumal nicht gesagt werden kann, der hier strittige Betrag liesse sich aus den Akten ohne Weiteres zu eruieren. Die ESTV hat demnach auch insofern im zweiten Rechtsgang für Klarheit zu sorgen. Sie hat den Betrag der Vorsteuerkürzung aufgrund der hier strittigen Zinserträge (E. 7.1) zu beziffern und der Beschwerdeführerin auch hierzu noch Gelegenheit zur Stellungnahme zu geben.
8.
Die Beschwerde ist im Sinn der Erwägungen teilweise gutzuheissen (E. 7), im Übrigen aber abzuweisen. Angesichts der teilweisen Gutheissung werden die Verfahrenskosten von Fr. 7'000.-- der Beschwerdeführerin im reduzierten Umfang von Fr. 3'500.-- auferlegt (Art. 63 Abs. 1 VwVG). Die ESTV hat zudem der teilweise obsiegenden und vertretenen Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG). Diese wird in Anwendung von Art. 14 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 5'000.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) festgesetzt.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Beschwerde wird im Sinn der Erwägungen teilweise gutgeheissen und die Sache diesbezüglich an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Verfahrenskosten werden in reduziertem Umfang von Fr. 3'500.--der Beschwerdeführerin auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 7'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 3'500.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft zurückerstattet.
3.
Die ESTV hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 5'000.-- zu entrichten.
4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ESTV ....; Gerichtsurkunde)
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:
Thomas Stadelmann Sonja Bossart
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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