bvger · A-646/2020 · 2021-12-02 · fr
A-646/2020

Infrastructure ferroviaire

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision annulée par le TF par arrêt du 08.03.2022 (1C_69/2022)
Cour I
A-646/2020
Arrêt du 2 décembre 2021
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Maurizio Greppi, Jürg Marcel Tiefenthal, juges,
Julien Delaye, greffier.
Parties
1._______, 2._______,
3._______,
4._______,
5._______,
6._______,
7._______,
8._______,
1-8 représentés par Maître David Ecoffey, avocat,
Ecoffey & Weber-Braune,
9._______,
10._______,
11._______,
12._______,
13._______,
14._______,
15._______,
16._______,
10-16 agissant par (...),
17._______,
18._______,
19._______,
20._______,
17-20 agissant par (...),
recourants,
contre
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA, Droit & Compliance, Infrastructure, RC-I-BAU,
intimée,
Office fédéral des transports OFT, Division Infrastructure, autorité inférieure.
Objet
Approbation des plans ; nouvelle halte d'Avry et fermeture de deux points d'arrêt (gare de Rosé et gare de Matran).
Faits :
A. Le 24 juillet 2018, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : les CFF) ont soumis pour approbation à l'Office fédéral des transports OFT (ci-après : l'OFT) les plans portant, d'une part, sur le projet de renouvellement de la voie 936 selon le FbE20 Rosé - Matran (ci-après : le sous-dossier 1) et, d'autre part, sur le projet de nouvelle halte d'Avry et de fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran (ci-après : le sous-dossier 2).
B.
B.a En date du 3 septembre 2018, l'OFT a ouvert la procédure et a transmis la demande des CFF avec le dossier de plans pour la procédure de consultation cantonale et la mise à l'enquête publique. Il a également transmis pour consultation la demande aux divers offices fédéraux concernés.
B.b Du 16 novembre 2018 au 17 décembre 2018, le projet a été mis à l'enquête dans les communes de Matran, Avry et Corminboeuf. Dix-huit oppositions ont été interjetées par des particuliers, des communes et diverses sociétés.
B.c Le canton de Fribourg a transmis son préavis en date du 3 décembre 2018.
B.d Du 4 janvier 2019 au 20 mai 2019, diverses autorités fédérales ont déposé leurs préavis au projet. Tous les opposants ont eu la faculté de consulter les divers préavis et la réponse des CFF, ainsi que celle de formuler d'éventuelles observations à leur propos.
C. En date du 22 mai 2019, les CFF ont demandé à ce que l'OFT rende une décision partielle d'approbation des plans pour le sous-dossier 1 (renouvellement de la voie). Après que tous les opposants et le canton de Fribourg se sont déterminés sur cette demande, l'OFT a approuvé, par décision partielle du 21 août 2019, les plans concernant le projet de renouvellement de la voie 936 selon le FbE20 Rosé - Matran. La décision n'a pas été entreprise et est entrée en force.
D. Du 28 mai 2019 au 14 décembre 2019, les opposants ont pu encore formuler des observations sur l'approbation des plans pour le sous-dossier 2 (nouvelle halte d'Avry et fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran).
E. Par décision du 17 décembre 2019, l'OFT a approuvé les plans concernant le projet du sous-dossier 2 « nouvelle halte d'Avry-Matran et fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran », prenant acte du retrait de certaines oppositions, admettant partiellement ou en rejetant d'autres. La décision accorde aux CFF les titres d'expropriation correspondant selon les plans d'acquisition des fonds et droits. L'OFT a également assorti son approbation de nombreuses charges, réserves et recommandations.
F. Le 3 février 2020, (...) (recourant 1), l'Hoirie de feu (...) - composée des hoirs (...) (recourant 2), (...) (recourante 3), (...) (recourant 4), (...) (recourante 5) et (...) (recourante 6) -, ainsi que (...) (recourante 7) et la société (...) SA (recourante 8) ont formé conjointement recours, contre cette décision, devant le Tribunal administratif fédéral.
Les recourants 1 à 8 concluent, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision attaquée soit annulée, à ce que leurs oppositions soient admises et à ce que la demande d'approbation des plans concernant le sous-dossier 2 soit rejetée. Subsidiairement, ils requièrent que la cause soit renvoyée à l'OFT pour nouvelle décision, avec pour instruction de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procédures de révision générale du plan d'aménagement local de la Commune d'Avry, de révision partielle du plan d'aménagement local de la Commune d'Avry et d'adoption du plan d'aménagement de détail Avry-Centre, d'admettre leurs oppositions et de rejeter entièrement la demande d'approbation des plans concernant le projet du sous-dossier 2.
G. Le même jour, (...) (recourant 9), les hoiries de feus (...) et (...) - formées par (...) (recourant 10), (...) (recourant 11), (...) (recourante 12), (...) (recourant 13), (...) (recourante 14), (...) (recourante 15) et (...) (recourante 16) -, ainsi que les hoiries de feus (...) et (...) - formées par (...) (recourante 17), (...) (recourant 18), (...) (recourant 19) et (...) (recourant 20) - ont formé trois recours contre cette décision, devant le Tribunal administratif fédéral.
Le contenu de ces trois recours est matériellement identique. Les recourants 9 à 20 concluent, en substance, à l'annulation de la décision attaquée, et à ce que la décision attaquée soit réformée ou que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision.
H. Par mémoire de réponse du 31 août 2020, les CFF (ci-après également : l'intimée) ont conclu à l'irrecevabilité des quatre recours et, pour le surplus, à leur rejet.
I. Dans sa prise de position du 11 septembre 2020, l'OFT (ci-après également : l'autorité inférieure) a conclu à l'irrecevabilité du recours des recourants 1 à 8 et, subsidiairement, à son rejet. S'agissant des recours formés respectivement par les recourants 9, 10 à 16, et 17 à 20, l'autorité inférieure a conclu à leur rejet, sans contester toutefois leur recevabilité.
J. Le 4 avril 2021, à la suite du décès de (...) (recourant 10) survenu le (...) 2020, son hoirie, formée de (...) (recourante 10a), (...) (recourant 10b) et (...) (recourante 10c), a informé le Tribunal qu'elle lui succédait dans le cadre de la présente procédure.
K.
K.a Le 1er septembre 2021, le Tribunal a tenu une séance d'instruction sur place en présence des parties, à l'exception du recourant 9 qui n'était pas présent ou représenté. Il s'est rendu sur le quai de la gare de Rosé, à l'emplacement des parcelles des recourants 1 à 8, à celui de l'endroit prévu pour le projet de nouvelle halte ainsi que sur le parking d'Avry-Centre. Les parties ont eu l'occasion de s'exprimer sur les constats de faits, de présenter leur point de vue et de poser des questions.
K.b Entre le 27 septembre 2021 et le 12 octobre 2021, les parties ont fait part de leurs observations sur le procès-verbal de la séance d'instruction.
L.
L.a Dans ses déterminations finales du 22 novembre 2021, l'intimée a maintenu l'ensemble des griefs et conclusions formés dans le cadre de sa réponse aux quatre recours.
L.b Le 29 novembre 2021, les recourants 1 à 8 ont maintenu et rappelé l'ensemble des griefs et conclusions formés dans leur recours. Ils ont réitéré, au surplus, leurs réquisitions de preuve.
L.c Le même jour, les recourants 9 à 20 ont également confirmé les griefs et conclusions pris dans leur recours.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
Droit :
1.
Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32, 33 let. d de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021)], en lien avec l'art. 18 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer [LCdF, RS 742.101]). Il examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 7 PA ; cf. infra consid. 5 s.).
2. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, ainsi que pour inopportunité, sauf si une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49 PA).
2.1 Le Tribunal administratif fédéral fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen, lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3 ; arrêt du TAF A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2). Dans le cadre d'approbations de plans, le pouvoir d'appréciation de l'autorité d'approbation est important, spécialement sur des questions techniques, pour lesquelles elle dispose des connaissances nécessaires (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.2 ; arrêt du TF 1C_121/2018 du 8 mai 2019 consid. 2.1 ; arrêt du TAF A-7192/2018 du 29 octobre 2020 consid. 2.3.3 et A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2). Il découle également de ce qui précède que des compléments de preuves, tels que des expertises, ne doivent être ordonnés qu'exceptionnellement, lorsque de tels éclaircissements sont vraiment nécessaires à une correcte application de la loi (cf. arrêt du TF 1E.1/2006 du 2 juillet 2008 consid. 5 ; ATAF 2012/23 consid. 4 ; arrêt A-7192/2018 précité consid. 2.3.3). Le Tribunal doit donc se limiter à examiner si l'autorité n'a pas outrepassé les pouvoirs qui lui étaient délégués par la loi lorsqu'elle a approuvé les plans. Si les réflexions de l'autorité apparaissent pertinentes, si elle a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et si elle a mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée, le Tribunal n'empiétera pas sur son pouvoir d'appréciation (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1 et 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêt du TAF A-4973/2019 du 30 juillet 2021 consid. 2.3). En revanche, le Tribunal vérifiera librement si l'autorité inférieure a établi complètement et exactement les faits pertinents et, sur cette base, correctement appliqué la législation applicable en matière d'approbation de plans, sans se laisser guider par des motifs étrangers aux normes appliquées (cf. ATF 123 V 150 consid. 2 ; ATAF 2008/23 consid. 3.3, 2008/18 consid. 4 et 2007/37 consid. 2.2 ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, no 2.154 ss).
2.2 La procédure fédérale est essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que l'autorité administrative constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens idoines (art. 12 PA). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 13 PA ; cf. Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, 2008, no 142). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37 LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit, dans ce cas, pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. En ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier d'office les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.1 et A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.2).
2.3 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., no 2.165). Il se limite, en principe, aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2.).
3. La loi fédérale sur les chemins de fer régit la construction et l'exploitation des chemins de fer (art. 1 al. 1 LCdF).
3.1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente (art. 18 al. 1 LCdF). L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer (art. 18 al. 1bis LCdF).
3.2 L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT (art. 18 al. 2 LCdF). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (art. 18 al. 3 LCdF). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (art. 18 al. 4 LCdF). Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction (art. 18 al. 6 LCdF).
3.3 La demande d'approbation des plans doit être adressée avec les documents requis à l'autorité compétente. Cette dernière vérifie si le dossier est complet et, au besoin, le fait compléter (art. 18b LCdF). L'autorité chargée de l'approbation des plans transmet la demande aux cantons concernés et les invite à se prononcer dans les trois mois. Si la situation le justifie, elle peut exceptionnellement prolonger ce délai (art. 18d al. 1 LCdF). La demande doit être publiée dans les organes officiels des cantons et des communes concernés et mise à l'enquête pendant 30 jours (art. 18d al. 2 LCdF).
3.4 Quiconque a qualité de partie en vertu de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative peut faire opposition auprès de l'autorité chargée de l'approbation des plans pendant le délai de mise à l'enquête. Toute personne qui n'a pas fait opposition est exclue de la suite de la procédure (art. 18f al. 1 LCdF). L'autorité chargée de l'approbation des plans peut approuver des projets par étapes pour autant que l'évaluation globale n'en soit pas affectée (art. 18h al. 2 LCdF).
3.5 Enfin, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal (art. 18m LCdF).
4. L'objet de la décision attaquée porte sur la décision partielle d'approbation des plans du 17 décembre 2019 concernant la nouvelle halte d'Avry et la fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran.
4.1 En procédure fédérale d'approbation des plans, toutes les objections pouvant être formulées pendant la mise à l'enquête doivent être soulevées dans la procédure d'opposition, en l'espèce conformément à l'art. 18f LCdF, sous peine d'être exclu de la suite de la procédure. Cela garantit, dans l'intérêt de la concentration des procédures, l'examen en même temps, par la même autorité, de toutes les objections au cours de l'élaboration de la décision d'approbation des plans (cf. arrêt A-7192/2018 précité consid. 2.3.1). L'objet du litige est ainsi limité aux griefs soulevés en procédure d'opposition et il ne peut plus être étendu dans la procédure contentieuse subséquente. En revanche, la motivation des griefs peut quant à elle être modifiée, à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 2.1 ; arrêt du TAF A-592/2014 du 9 mars 2015 consid. 2.1.2).
4.2 L'objet du litige ne porte ainsi que sur les griefs soulevés par les recourants 1 à 20 dans leurs oppositions contre le sous-projet 2 (nouvelle halte d'Avry et fermeture des points d'arrêts de Rosé et de Matran), à l'exclusion des prétentions et griefs formés par les recourants contre le sous-projet 1 de renouvellement de la voie 936, dont la décision partielle d'approbation est entrée en force (cf. supra consid. C).
5. Ceci étant, l'autorité inférieure estime d'abord, en substance, que le recours des recourants 1 à 8 est irrecevable. Il sied dès lors d'examiner cette question avant toute considération au fond.
5.1 L'autorité inférieure prétend que le recours ne contiendrait aucun grief contre la nouvelle halte d'Avry, mais serait exclusivement dirigé contre le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre. Elle soutient que les recourants 1 à 8 ne sont pas spécialement atteints par la décision attaquée et qu'ils n'ont pas un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte que leur recours relèverait davantage de l'action populaire.
Les recourants 1 à 8 rappellent avoir pris part à la procédure devant l'autorité inférieure et qu'ils disposent, par conséquent, d'un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. Ils soulignent qu'ils sont propriétaires de parcelles dans la commune et considèrent que le projet litigieux atteindrait spécialement tous les habitants des communes concernées, au vu de son impact sur l'aménagement et le développement de la région. Ils soutiennent que la nouvelle halte entretiendrait un lien de connexité matériel étroit avec le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre.
5.2 Dans le cadre de l'examen de la recevabilité, il convient d'analyser en particulier la qualité pour recourir des recourants, dès lors que son défaut entraîne l'irrecevabilité du recours (cf. Benoît Bovay, Procédure administrative, 2e éd., p. 481 ; Isabelle Häner, in : VwVG-Kommentar, 2e éd., art. 48 PA no 4).
5.2.1 Conformément à l'art. 48 PA, est légitimé au recours quiconque a pris part à la procédure de première instance ou a été privé de cette possibilité (al. 1 let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (al. 1 let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (al. 1 let. c). Ces conditions doivent être remplies cumulativement (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.3 ; arrêt du TF 1C_41/2013 du 24 avril 2013 consid. 2.3).
Le recourant doit donc se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation (cf. ATAF 2009/16 consid. 2.1 et 2007/20 consid. 2.4 ; arrêts du TAF A-5411/2012 du 5 mai 2015 consid. 1.3.1 et A-648/2014 du 16 janvier 2015 consid. 1.3.1). Il doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée, de manière à exclure l'action populaire (cf. ATF 137 II 30 consid. 2.2.3 ; ATAF 2012/9 consid. 4.1.1 ; arrêts du TAF A-1053/2020 du 3 août 2020 consid. 2.5.1 et A-3825/2015 du 16 mars 2016 consid. 1.3.1). Cet intérêt pratique - de nature économique, idéale, matérielle ou autre - n'est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, mais peut être un intérêt de fait (cf. ATAF 2012/13 consid. 3.2.2 et 2009/16 consid. 2.1). Il n'a enfin pas besoin de correspondre à l'intérêt protégé par les normes invoquées (cf. ATF 127 I 44 consid. 2c ; ATAF 2012/13 consid. 3.2.2).
Le Tribunal administratif fédéral n'est pas lié par l'appréciation de l'autorité inférieure. L'intérêt du recourant peut, en effet, évoluer dans le temps et être plus ou moins important en procédure de recours (cf. décision incidente du TAF B-2798/2018 du 29 juillet 2019 consid. 4.13). L'objet du recours ne correspond, par exemple, pas toujours à l'objet de la décision attaquée (cf. ATF 136 II 165 consid. 5 et 125 V 413 consid. 1b). De même, les circonstances peuvent avoir évolué (cf. ATF 131 II 497 consid. 5.1).
5.2.2 Dans le cadre de l'approbation de projets ferroviaires ou de routes nationales, un recourant ne peut entreprendre une décision d'approbation de plans que si l'issue des griefs qu'il formule aura un effet, juridique ou de fait, sur sa situation concrète. Ainsi, est irrecevable, faute de légitimation, un recours interjeté par un particulier qui n'invoquerait que des intérêts généraux et publics à la bonne application de la loi, sans que l'admission éventuelle du recours ne représente un quelconque avantage pratique (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 et 1.3.2 ; ATAF 2007/1 consid. 3.4; arrêt du TAF A-3014/2010 du 31 janvier 2011 consid. 3.2 ; Isabelle Häner, in : VwVG-Kommentar, 2e éd., art. 48 PA no 14 ss). Ainsi, la jurisprudence a déjà eu l'occasion de considérer que le recourant n'est pas admis à formuler des critiques générales sur le tracé ou le projet lui-même ; il doit, au contraire, démontrer en quoi la décision entreprise, dans le cadre de son fonds, viole le droit fédéral (cf. ATF 120 Ib 59 consid. 1c et 118 Ib 206 consid. 8b ; arrêt du TF 1E.1/2006 du 6 juillet 2006 consid. 1.4 ; ATAF 2012/23 consid. 2.3 ; arrêt du TAF A-438/2009 du 8 mars 2011 consid. 3.2). Les recours populaires ne sont en effet pas recevables.
Ainsi, même le voisin direct de la construction ou de l'installation litigieuse doit retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est spécialement touché par la décision entreprise (cf. ATF 139 II 499 consid. 2.2 et 137 II 30 consid. 2.2.3). Le critère de la distance n'est pas le seul déterminant ; l'application de l'art. 48 al. 1 PA nécessite une appréciation de l'ensemble des circonstances pertinentes. S'il est certain ou très vraisemblable que la construction ou l'installation litigieuse serait à l'origine d'immissions touchant spécialement les voisins, même situés à quelque distance, ces derniers peuvent avoir qualité pour recourir (cf. ATF 124 II 293 consid. 3a et 120 Ib 379 consid. 4c). Il ne s'agit, en revanche, pas, dans l'examen de la qualité pour recourir, de se prononcer sur le respect des exigences de la législation fédérale en matière de constructions ou de protection de l'environnement, car cette question relève du fond (cf. arrêt du TF 1A.47/2002 du 16 avril 2002 consid. 3.3).
5.2.3 Le recourant supporte le fardeau de la preuve de sa qualité pour recourir (cf. ATF 134 II 45 consid. 2.2.2). Lorsqu'elle n'est pas évidente, il lui appartient, à l'appui de son recours, de présenter une argumentation topique, de donner des indications précises sur son intérêt pratique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée et d'expliquer en quoi il est particulièrement touché par cette dernière (cf. ATF 134 II 120 consid. 1 et 133 V 239 consid. 9.2). Si la qualité pour recourir fait défaut ou que, en cas de doute, elle n'est pas suffisamment étayée, le recours doit être déclaré irrecevable (cf. ATF 134 II 45 consid. 2.2.3).
5.3 Comme considéré, les recourants 1 à 8 ne peuvent pas faire dépendre leur qualité pour recourir de leur seule participation à la procédure devant l'autorité inférieure (cf. supra consid. 5.2.1). De même, ils ne peuvent se prévaloir de ce que l'autorité inférieure est entrée en matière sur leur opposition (cf. ég. supra consid. 5.2.1). Il s'agit bien plus d'examiner, au stade de la présente procédure de recours, si les recourants 1 à 8 sont spécialement atteints par la décision attaquée et s'ils ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
5.3.1 En l'occurrence, les recourants 1 à 8 s'efforcent de démontrer les raisons pour lesquelles le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre serait étroitement lié à la présente procédure fédérale et pour lesquelles ils doivent être habilités à recourir contre le projet litigieux. Ils estiment que si le Tribunal administratif fédéral rejetait leur recours ou le déclarerait irrecevable, sa décision porterait atteinte à leurs droits dans les procédures cantonales liées au projet de développement de la zone d'Avry-Centre. A l'inverse, si le Tribunal administratif fédéral venait à refuser le projet fédéral litigieux, ils estiment que le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre serait abandonné. Ils fondent ainsi exclusivement leur qualité pour recourir sur l'existence d'une coordination matérielle et procédurale nécessaire entre le projet fédéral litigieux et le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre. Ceci étant, ils n'expliquent pas en quoi la suppression des points d'arrêt de Rosé et de Matran, ainsi que la construction d'une nouvelle halte à Avry, les toucheraient plus que n'importe quel autre citoyen. Bien au contraire, ils plaident que tous les citoyens des communes concernées ont qualité pour recourir. Implicitement, il doit être compris de là que leur situation ne se distingue pas nettement de l'intérêt général des autres habitants des collectivités concernées et que leur action relève, a priori, bien de l'action populaire. De même, ils n'expliquent pas en quoi l'issue de la présente procédure aurait une influence sur leurs droits dans le cadre du projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre. En réalité, aucun grief soulevé par les recourants 1 à 8 dans leur acte de recours ne permet de comprendre vraiment les raisons pour lesquelles ils s'opposent au projet litigieux. A première vue, leur recours consiste davantage en un plaidoyer contre le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre qu'à un véritable recours contre le projet fédéral litigieux.
5.3.2 Le Tribunal a ainsi cherché à comprendre si un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée pouvait transparaitre des actes produits par les recourants 1 à 8 à l'appui de la procédure de première instance. Force est toutefois de constater que l'opposition formulée par les recourants 1 à 8 n'est pas d'une plus grande aide. Elle porte essentiellement sur des critiques générales, mais n'explique pas précisément en quoi l'issue des griefs soulevés aurait un effet sur la situation concrète des recourants. Le Tribunal a, par conséquent, procédé à une séance d'instruction sur place le 1er septembre 2021. D'emblée, il a informé les parties de ce que leur qualité pour recourir n'était pas suffisamment étayée et que la séance d'instruction devait également permettre de mieux comprendre la situation concrète des recourants 1 à 8 et de saisir en quoi consistait leur intérêt à recourir.
Il ressort des déclarations des recourants 1 à 8 que leurs parcelles font l'objet d'une procédure depuis 17 ans, ayant pour but de les transférer de la zone agricole à la zone de moyenne densité. A l'issue de ce transfert, les parcelles des recourants 1 à 8 deviendraient ainsi constructibles. Ils ont expliqué craindre toutefois que les autorités cantonales et communales utilisent ces parcelles comme mesure de compensation et demeurent en zone agricole si le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre devait être approuvé. Il suit de là que le sort de leurs parcelles est lié à l'issue de la procédure cantonale, quoi qu'en disent les recourants 1 à 8. Dans leurs observations du 12 octobre 2021 et leurs observations finales du 29 novembre 2021, ils reviennent sur le caractère manifeste du lien de connexité matériel et procédural entre le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre et le projet fédéral litigieux. Ainsi, il serait, à leurs yeux, évident qu'ils sont spécialement touchés par la décision attaquée. Ils s'appuient, à cet effet, sur certaines constatations du Tribunal cantonal fribourgeois. Implicitement, ils estiment que le Tribunal administratif fédéral ne pourrait s'éloigner de ces constats.
5.3.3 En réalité, il y a lieu de retenir des explications des recourants 1 à 8 que ces derniers craignent uniquement de ne pas pouvoir, à l'avenir, construire leurs parcelles si le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre se réalisait. En revanche, ils ne démontrent pas en quoi l'admission de leur recours contre le projet fédéral litigieux aurait une influence quelconque sur l'issue du projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre. On peine, en tout état de cause, à saisir le caractère manifeste et évident d'un tel lien. Rien n'indique, en effet, que le refus du projet fédéral litigieux mettrait un coup d'arrêt définitif à un projet cantonal de développement qui prévoit la création d'un centre commercial et de nouveaux lotissements résidentiels. Il ne fait aucun doute qu'un accès par le biais des transports publics est un élément politique et économique important dans le cadre du développement de n'importe quelle zone. Toutefois, comme l'ont d'ailleurs relevé les recourants 1 à 8, d'autres moyens de transports publics existent et on voit mal comment le projet de développement de la zone d'Avry-Centre déprendrait impérativement de la construction de la nouvelle halte d'Avry. Rien au dossier ne permet en tout cas de parvenir à cette conclusion. Bien au contraire, tout porte à croire que les deux projets évoluent de façon indépendante.
5.3.4 Un tel constat n'a rien de choquant et ne viole pas le principe de coordination. En effet, comme considéré (cf. supra consid. 3.2), aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis (art. 18 al. 4 LCdF) et le droit cantonal n'est pris en compte que dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire. Cette disposition concrétise notamment, au niveau législatif, le principe de primauté du droit fédéral ancré à l'art. 49 al. 1 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101). Ce principe fait obstacle à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par le but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur a réglementées de façon exhaustive (cf. ATF 145 I 183 consid. 5.1.1, 143 I 109 consid. 4.2.2, 143 I 403 consid. 7.1, 138 I 435 consid. 3.1, 137 I 167 consid. 3.4 et 135 I 106 consid. 2.1). L'art. 18 al. 4 LCdF concrétisent également en matière ferroviaire le principe défini à l'art. 25a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT, RS 700). Ce principe vise en premier lieu à assurer, d'un point de vue matériel, une application cohérente des normes sur la base desquelles des décisions administratives doivent être prises (cf. ATF 120 Ib 400 consid. 5). Le moyen d'y parvenir, lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités, relève de la coordination formelle. A ce titre, l'art. 25a LAT prévoit qu'une autorité chargée de la coordination doit en particulier veiller à ce que toutes les pièces du dossier de demande d'autorisations soient mises simultanément à l'enquête publique et à ce qu'il y ait une concordance matérielle des décisions ainsi que, en règle générale, une notification commune ou simultanée ; ces décisions ne doivent pas être contradictoires. Ainsi, lorsqu'un projet se compose de parties soumises au droit cantonal, respectivement fédéral, et qu'un élargissement de la compétence cantonale ou fédérale n'entre pas en ligne de compte, la coordination se limite à une application cohérente du droit matériel (cf. arrêt 1A.141/2006 du 27 septembre 2006 consid. 5.1 et 6). En revanche, en cas d'élargissement de la compétence cantonale ou fédérale, c'est-à-dire de coordination formelle, l'autorité porteuse du projet est désignée comme autorité unique et elle est, à ce titre, chargée de rendre une décision globale (cf. ATF 127 II 227 consid. 4a ; arrêt du TF 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2 ; arrêt du TAF A-3462/2019 du 6 novembre 2020 consid. 4.2.2), après avoir entendu les autres autorités spécialisées concernées et le canton du lieu d'implantation. Cette décision remplace tous les autres plans et autorisation (cf. Marti Arnold, Commentaire pratique LAT : autorisation de construire, protection juridique et procédure, 2020, art. 25a LAT p. 200). Cet impératif émane également du Message du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans (FF 1998 III 2221, p. 2227).
En l'occurrence, les plans relatifs au projet litigieux doivent être approuvés par l'OFT (art. 18 al. 2 LCdF). D'éventuels projets concrets d'installations annexes devraient recevoir l'approbation des autorités cantonales (art. 18m al. 1 LCdF). Comme les compétences respectives de l'OFT et des autorités cantonales ne peuvent empiéter l'une sur l'autre, seule l'inexistence ou l'insuffisance d'une coordination matérielle portant sur la planification et l'évaluation du projet litigieux peut être critiquée. En l'occurrence, le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre consiste notamment en la construction d'un centre commercial, certes à proximité de la future halte, mais qui n'est pas nécessaire à la réalisation du projet fédéral litigieux. Il ne s'agit pas d'une infrastructure servant à l'exploitation de la nouvelle halte. Il en va de même d'éventuelles places de parc. C'est ainsi en toute logique que l'intimée et l'autorité inférieure ont rappelé que le projet fédéral litigieux n'était pas dépendant de la réalisation du projet de développement de la zone d'Avry-Centre et que la nouvelle halte serait réalisée quelle que soit l'issue de la procédure cantonale.
A ce titre, il y a lieu de préciser que les haltes de Rosé et de Matran font l'objet d'une autorisation d'exploiter exceptionnelle en raison de la procédure pendante. Cette autorisation ne peut, par définition, pas être octroyée indéfiniment et les points d'arrêts de Matran et de Rosé sont destinés, à terme, à ne plus être exploités. La présente procédure ne porte d'ailleurs pas sur l'autorisation d'exploiter ces haltes, mais bien sur leur suppression, c'est-à-dire leur démolition. Il n'appartient pas au Tribunal de céans de remettre en cause l'opportunité politique et économique de cesser d'exploiter ces points d'arrêts de les remplacer par une seule halte au niveau d'Avry.
Ainsi, si une coordination entre le projet fédéral litigieux et le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre devait avoir lieu, elle relèverait bien plus de l'organisation pratique des travaux et de la volonté des maîtres d'ouvrage de limiter au maximum les nuisances liées aux différents chantiers. Le fait que l'intimée ait racheté le tunnel réalisé dans le cadre des travaux de terrassement du centre commercial afin d'y réaliser le passage sous voies qu'emprunteront les voyageurs ne dépasse pas ce cadre. Il s'agit ainsi davantage d'une coordination factuelle et pratique qu'une coordination matérielle juridique au sens des art. 18 LCdF et 25a LAT.
Enfin, les recourants 1 à 8 ne démontrent pas en quoi l'autorité inférieure n'aurait pas tenu compte du droit cantonal et n'expliquent pas en quoi celui-ci aurait été violé. En réalité, ils soutiennent uniquement que le projet fédéral litigieux devrait céder le pas devant le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre et que c'est pour ce motif qu'ils devraient avoir qualité pour recourir dans le cadre de la présente procédure. Un tel raisonnement ne saurait être suivi.
5.3.5 En réalité, le Tribunal comprend des explications fournies par les recourants que leur seul intérêt est que leurs parcelles soient classées en zone de moyenne densité, afin qu'ils puissent continuer le développement résidentiel de leur quartier. Le Tribunal ne se permettra pas de juger du bien-fondé de cet intérêt. Toutefois, force est bien d'admettre que celui-ci est étranger au projet fédéral litigieux. Les recourants 1 à 8 n'allèguent ni ne rendent vraisemblable que celui-ci serait à l'origine d'immissions ou de nuisances perceptibles depuis leurs parcelles.
S'ils ont allégué, dans le cadre de l'instruction locale, que l'emplacement prévu ne garantit pas la sécurité des voyageurs ou ne respecterait pas les normes LHand, ils n'ont aucunement indiqué être usagers des transports publics ou du train, ou être touchés eux-mêmes par une situation de handicap. Ce faisant, ils font valoir uniquement un intérêt général, mais n'indiquent pas en quoi l'issue de ces griefs auraient un effet sur leur situation concrète. Ils ne démontrent, en réalité, aucun intérêt particulier qui se distinguerait de celui de l'ensemble de la population, de sorte qu'ils ne formulent que des critiques générales sur le projet lui-même. Ils ne présentent pas d'argumentation topique, ne donnent pas d'indications précises sur leur intérêt pratique et n'expliquent pas en quoi ils seraient particulièrement touchés par la décision attaquée, de sorte que leur recours relève tout au plus de l'action populaire ou d'un acte destiné à exercer une forme de pression sur les autorités cantonales en vue d'obtenir le classement de leurs parcelles en zone de moyenne densité. Le Tribunal est, en effet, convaincu que, si les recourants étaient autorisés à construire leurs parcelles, ils ne s'opposeraient pas au projet fédéral litigieux. C'est en tout cas ce que laissent entendre leurs explications. Une telle façon de procéder ne relève pas d'un intérêt digne de protection et constitue, tout au plus, une forme d'abus de droit.
Quoi qu'il en soit, si les recourants 1 à 8 veulent obtenir que leurs parcelles soient constructibles ou, à tout le moins, qu'elles ne servent pas de mesure de compensation dans le projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre, la voie du recours au Tribunal administratif fédéral contre le projet fédéral litigieux n'est pas celle à suivre ; le Tribunal administratif fédéral ne pourra, en tout état de cause, pas leur octroyer de telles garanties, et ce indépendamment de l'issue de la présente procédure au fond. En effet, même si le projet fédéral litigieux devait être refusé, leur situation dans le cadre des procédures cantonales ne changerait en rien.
5.3.6 Enfin, il ne peut être reproché au Tribunal ne pas avoir essayé de chercher à comprendre l'intérêt des recourants 1 à 8 à l'annulation de la décision attaquée. Il les a invités, à plusieurs reprises, à préciser leurs griefs et à lui fournir des explications. Les recourants 1 à 8 - qui plus est représenté par un mandataire professionnel - n'ont en réalité fait que répéter les explications vagues déjà présentes dans leur acte de recours. Ils ont rappelé que leur intérêt était « évident » et paraissaient surpris que le Tribunal ne constate pas cette évidence. Ils considèrent que la séance d'instruction locale n'aurait eu que pour seul but de remettre en cause leur qualité pour recourir. Une telle attitude ne satisfait manifestement pas au devoir de collaborer des parties en procédure (art. 13 PA). En effet, si le Tribunal a convoqué une séance d'inspection locale dans le but également de comprendre quel intérêt de fait ou de droit les recourants 1 à 8 avaient au recours, c'est bien afin d'accomplir son devoir avec diligence, et non pas dans le but déguisé de servir de prétexte pour remettre en cause la qualité pour recourir des recourants 1 à 8. L'insinuation de leur mandataire selon laquelle le Tribunal se serait rendu sur place uniquement dans le but de trouver un prétexte pour remettre en cause la qualité pour recourir de ses mandants témoigne tout au plus d'une méconnaissance des principes qui régissent la procédure (cf. supra consid. 1, 2.2 et 5.3.2).
5.4 Force est ainsi de constater que, malgré les sollicitations répétées du Tribunal, les recourants 1 à 8 n'ont pas établi à satisfaction leur qualité pour recourir. Ils succombent et, comme considéré (cf. supra consid. 5.2.3), leur recours doit, partant, être déclaré irrecevable et il y a lieu de rejeter formellement leurs réquisitions de preuve.
6. S'agissant de la recevabilité des recours formés par les recourants 9 à 20, il y a lieu de relever, à titre liminaire, que les trois mémoires déposés respectivement par le recourant 9, les recourants 10 à 16 et les recourants 17 à 20 sont identiques et reprennent les mêmes griefs, de sorte qu'il convient de les traiter ensemble.
6.1 Cela étant, les recourants 9 à 20 estiment que le projet litigieux porterait atteinte à d'anciens droits d'eaux non-inscrits au registre foncier, situés dans le périmètre de la nouvelle halte d'Avry sur le secteur des communes de Matran, Corminboeuf et Avry. Le recourant 9, plus spécifiquement, utiliserait un captage d'eau à proximité dans le cadre de son exploitation agricole.
6.2 Toutefois, les recourants 9 à 20 n'ont produit aucun élément attestant de l'existence de ces droits d'eaux. S'ils ont allégué qu'une procédure était pendante en vue de leur inscription au registre foncier, ils n'ont produit - malgré la demande expresse du Tribunal - aucun élément en ce sens. Il ressort néanmoins de la décision attaquée qu'il s'agirait d'un captage se trouvant sur le domaine de (...), exploité par le recourant 9, et que la source se situerait à proximité de la limite communale Avry-Corminboeuf sur l'une des parcelles faisant l'objet du plan cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre, non touchée par le projet fédéral litigieux. Lors de la séance d'inspection locale, les recourants 13 et 20 ont précisé que des canalisations étaient présentes sur leurs parcelles, mais qu'elles n'étaient pas utilisées et devaient être rénovées avant de pouvoir l'être. Le recourant 13 estime toutefois que la présence d'eau est avérée et que, si les sondages effectués lors de l'élaboration du projet litigieux ne mentionnent pas la présence d'eau, c'est « parce qu'on veut nous le faire croire ». Il a encore déclaré que les autorités cantonales et communales refusent que ses parcelles au nord du centre commercial - et non concernées par le projet fédéral litigieux - soient construites et qu'il ne comprend pas pourquoi d'autres secteurs seraient développés dans le cadre du projet de développement d'Avry-Centre.
6.3 En matière de protection des eaux, le particulier ou la collectivité qui est propriétaire de la source ou qui exploite le captage a, en principe, la qualité pour recourir (cf. ATF 121 II 39 consid. 2c/bb, 118 Ib 614 consid. 1b et 117 Ib 406 consid. 1a). En revanche, la situation du propriétaire raccordé au réseau est différente. Le Tribunal fédéral a notamment considéré que le particulier raccordé aux conduites n'avait pas un intérêt digne de protection à obtenir l'annulation d'une décision relative à la construction d'une voie de chemin de fer, lorsqu'il invoque simplement, à l'encontre de cette nouvelle installation, les risques qu'elle présenterait pour l'alimentation en eau dans la région ; ce particulier, qui ne se trouve pas dans une relation suffisamment étroite avec l'objet de la contestation, n'a pas qualité pour recourir (cf. consid. 1 non publié de l'ATF 120 Ia 270 [arrêt antérieur à 2000], mais repris à l'ATF 121 II 39 consid. 2c/bb).
6.4 Vu la jurisprudence précitée, seule la recevabilité du recours du recourant 9 - qui exploite directement le captage dans le cadre de son exploitation agricole - n'appelle aucune critique. Il n'en va pas de même des recourants 10 à 20 qui ne sont pas propriétaires de la source et n'exploitent le captage. Ils allèguent être uniquement raccordé à ces eaux par des canalisations qui, par ailleurs, ne peuvent en l'état pas être utilisées.
Ainsi, la recevabilité des actes des recourants 10 à 20 paraît douteuse, ce d'autant plus après que le recourant 13 a déclaré qu'il ne comprenait pas pourquoi le secteur d'Avry-Centre se développait, alors que les autorités cantonales et communales ont refusé que ses parcelles puissent être construites. Le Tribunal administratif fédéral voit davantage dans son recours un acte destiné à exercer une pression sur les autorités locales. En effet, comme considéré, si les recourants 10 à 20 veulent obtenir que leurs parcelles soient constructibles, la voie du recours au Tribunal administratif fédéral contre le projet litigieux n'est pas celle à suivre et le Tribunal ne serait, en tout état de cause, pas en mesure de leur octroyer les garanties qu'ils espèrent (cf. supra consid. 5.3.5).
Cela étant, vu l'issue du recours, la question de savoir si les recourants 10 à 20 disposent d'un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée peut souffrir de demeurer ouverte ; pour le reste, les recours formés par les recourants 9 à 20 respectent les dispositions relatives au délai de recours, à la forme du mémoire, ainsi qu'à l'avance de frais (art. 50 al. 1, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA).
7. En effet, les recourants 9 à 20 font d'abord valoir que le projet ne respecterait pas les dispositions de la loi sur la protection des eaux et porterait atteinte à la source privée située à proximité de la limite communale Avry-Corminboeuf et au captage se trouvant sur le domaine du recourant 9. Ils estiment que l'autorité inférieure n'a pas tenu compte de la présence de ces eaux, dès lors qu'elle aurait renoncé à ordonner des mesures de protection en ce sens, et qu'elle n'aurait pas réalisé une évaluation globale du projet sous l'angle de la protection des eaux.
7.1 Les mesures « d'organisation du territoire » nécessaires à la protection des eaux souterraines ou à la sauvegarde de la qualité des eaux ont été placées par le législateur fédéral dans la compétence des cantons ; ces mesures sont régies par les art. 19 ss de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux, RS 814.20). Le droit fédéral prévoit, en particulier, la création de secteurs de protection des eaux en fonction des risques auxquels elles sont exposées (art. 19 al. 1 LEaux), ainsi que la création de zones de protection des eaux souterraines autour des captages d'intérêt public (art. 20 al. 1 1re phrase LEaux). Les cantons doivent délimiter ces zones et fixer les restrictions nécessaires au droit de propriété (art. 20 al. 1 2e phrase LEaux). Ces secteurs et zones sont définis plus précisément à l'art. 29 de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux (OEaux, 814.201) et à l'annexe 4 de dite ordonnance. Il s'agit notamment du secteur Au, destiné à protéger les eaux souterraines exploitables, du secteur Ao, destiné à protéger la qualité des eaux superficielles, si cela est nécessaire pour garantir une utilisation particulière des eaux, de l'aire d'alimentation Zu, destinée à protéger la qualité des eaux qui alimentent des captages d'intérêt public existants et prévus, ainsi que de l'aire d'alimentation Zo, destinée à protéger la qualité des eaux superficielles (art. 29 al. 1 OEaux et ch. 111 à 114 de l'annexe 4). Les zones de protection des eaux souterraines se composent des zones S1 à S3, de la zone Sh et, le cas échéant, de la zone Sm (ch. 121 de l'annexe 4).
En droit cantonal, il appartient à l'Etat d'établir les plans des périmètres de protection des eaux souterraines (art. 20 al. 1 de la loi cantonale fribourgeoise du 18 décembre 2009 sur les eaux [LCEaux, RSF 812.1]). Sur cette base, le canton a délimité les secteurs particulièrement menacés, les zones et périmètres de protection des eaux souterraines et les a fait figurer dans la carte de protection des eaux sur le portail cartographique du canton de Fribourg (cf. map.geo.fr.ch Thème : Environnement Carte de protection des eaux). On y retrouve les zones de protection des eaux souterraines, les aires d'alimentation Zu et Zo, les secteurs Au et Ao, ainsi que les autres secteurs üB. Ces derniers ne comprennent pas de mesures particulières pour la protection des eaux (cf. www.fr.ch > énergie, agriculture et environnement > eau > eaux souterraines > protection des eaux souterraines, consulté le 1er décembre 2021).
7.2 Dans la décision attaquée, l'autorité inférieure a fait intégralement siennes les explications de l'Office fédéral de l'environnement OFEV (ci-après : l'OFEV). Celui-ci a retenu, dans sa prise de position du 8 février 2019, que le projet se situe dans un secteur üB, qu'il n'y a pas d'eau souterraine en quantité et qualité suffisante pour être exploitée et que le projet peut être autorisé. En ce qui concerne l'opposition des recourants 9 à 20, l'OFEV relève qu'il est question de zones aquifères et de sources privées, que de nombreuses sources captées ou non sont connues de Rosé à Villars-sur-Glâne de part et d'autre de la voie CFF et que toutes ne sont pas recensées au portail cantonal. Après discussion avec le service cantonal spécialisé et sur la base des informations et des études disponibles à ce jour, il constate que le secteur en question ne présente pas d'eau souterraine en quantité et qualité suffisante pour être exploitée pour l'eau potable et que, selon le service cantonal spécialisé, les sources recensées dans le secteur ont des débits faibles et ne sont pas d'intérêt public. Elles ne doivent donc pas être protégées par des zones de protection des eaux souterraines. L'autorité inférieure a également relevé que l'intimée s'était engagée à réaliser un suivi hydrogéologique du captage privé, avant, pendant et après les travaux, et s'était également engagée à prendre, en cas de problèmes, des mesures immédiates pour rétablir la situation avant travaux. Elle relève que ces engagements sont adéquats, proportionnés et conformes aux dispositions du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), que les recourants 9 à 20 les avaient déjà acceptés, à titre de garantie dans le cadre de la décision d'approbation partielle portant sur le sous-dossier 1 et qu'il convenait donc de les reprendre également comme charges dans le cadre de la décision d'approbation partielle portant sur le sous-dossier 2. Elle précise ainsi que les concernés seront étroitement associés et régulièrement tenus informés, avant, pendant et après les travaux.
7.3 Le Tribunal constate ainsi que la source privée située à proximité de la limite communale Avry-Corminboeuf et le captage sur le domaine de (...) se trouvent en zone üB. Il s'ensuit que ces eaux ne présentent pas un intérêt public. Contrairement à ce que soutient le recourant 13 notamment, cela ne signifie pas encore qu'il n'y a pas d'eau, seulement qu'elle n'est pas présente en quantité et qualité suffisante pour être utilisée comme eau potable et avoir un intérêt public pour l'approvisionnement en eau de la population. En effet, l'intimée et l'autorité inférieure ne contestent pas la présence d'une source privée à proximité de la limite communale Avry-Corminboeuf et d'un captage sur le domaine de (...). Toutefois, dès lors que ces eaux ne présentent pas un intérêt public, elles n'entrent pas dans le champ d'application de la loi sur la protection des eaux. Aucune violation du droit fédéral ne peut ainsi être retenue à ce titre.
Par surabondance, il y a lieu de préciser que la mise en zone des eaux souterraines relève de la compétence exclusive des autorités cantonales. Elle ne fait pas l'objet de la décision attaquée et échappe à la compétence des autorités fédérales. Le Tribunal ne saurait ainsi, à l'instar de l'autorité inférieure, s'écarter de l'avis du service cantonal spécialisé, selon lequel les eaux dans le secteur ne présentent pas un intérêt public. En procédant de la sorte, il violerait le droit fédéral et l'autonomie cantonale voulue par le législateur fédéral. C'est donc à bon droit que l'autorité inférieure a retenu que les eaux mentionnées par les recourants 9 à 20 ne devaient faire l'objet d'aucune mesure relevant de la loi sur la protection des eaux.
7.4 Enfin, rien n'indique que l'autorité inférieure ait constaté les faits de manière inexacte ou incomplète. Bien au contraire, elle retient que l'intimée a pris l'engagement d'assurer un suivi hydrogéologique du captage privé, avant, pendant et après les travaux, et celui de prendre des mesures immédiates pour rétablir la situation avant travaux en cas de problèmes engendrés par ceux-ci. Elle élève d'ailleurs ces engagements au rang de charges, afin de protéger les droits privés dont disposeraient les recourants 9 à 20 sur les eaux émanant de la source située à proximité de la limite communale Avry-Corminboeuf et du captage se trouvant sur le domaine de (...). Elle se fonde, à cet effet, sur l'avis circonstancié de l'OFEV, lequel a notamment tenu compte de l'existence de la source privée dans le secteur et du captage situé sur le domaine de (...).
Le Tribunal constate ainsi que l'autorité inférieure a pleinement tenu compte des craintes exprimés par les recourants dans le cadre de leur opposition et on peine à saisir concrètement ce que les recourants 9 à 20 attendent de plus.
7.5 Ainsi, les griefs des recourants 9 à 20 en lien avec la protection des eaux doivent être rejetés.
8. Les recourants 9 à 20 font ensuite valoir d'autres griefs, développés, pour certains en cours de procédure de recours, de sorte que leur recevabilité est douteuse (cf. supra consid. 4.1).
8.1 Ils estiment d'abord que l'autorité inférieure a violé le principe de coordination, en tant que le projet s'inscrirait dans le cadre du projet cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre.
Comme considéré (cf. supra consid. 5.3.4), le projet d'Avry-Centre consiste en la construction d'un centre commercial, lequel ne s'inscrit pas dans le projet de nouvelle halte. Au surplus, rien au dossier ne permet d'étayer la thèse des recourants 9 à 20 et il peut sans autres être renvoyé aux développements précités.
8.2 Ils font enfin état de manquements dans le déroulement de la procédure. Ils considèrent que les mesures de sécurité en gare de Rosé ne sont pas justifiées et qu'il s'agit, en réalité, d'une décision préalable visant une autorisation anticipée du projet de nouvelle halte d'Avry. Ils estiment que l'utilité d'un train avec une cadence aux quarts d'heure n'est pas nécessaire et considèrent que « les réunions secrètes et discrètes » entre l'Etat de Fribourg et Avry-Centre, la Commune d'Avry et d'autres intervenants démontreraient une situation « chaotique ».
Là encore, rien au dossier ne permet d'appuyer les thèses des recourants 9 à 20. Le Tribunal constate que la procédure a été correctement menée, dans les formes et selon les modalités prescrites par la LCdF. La présente procédure n'a, au surplus, manifestement pas pour objet la planification cantonale ou communale et la planification des cadences horaires. Il s'agit là d'une question qui échappe à la compétence de ce Tribunal. Enfin, s'agissant des griefs selon lesquels l'Etat de Fribourg et Avry-Centre auraient tenu des « réunions secrètes », de tels griefs ne sont pas établis et ne concernent guère la présente procédure. Quant au reproche sous-jacent d'éventuels contacts entre l'intimée et les autorités locales, ils sont pour le moins incongrus. Si l'on considère que l'intimée, en tant qu'entreprise de transports publics, est tenue de mettre à disposition des usagers des gardes et des haltes là où ils se trouvent et non pas au milieu de nulle part, il est assez logique que l'intimée s'informe des projets de développement démographique de la région. Cela ne crée pas pour autant des liens suspects entre les procédures (cf. également supra consid. 5.3.3 et 5.3.4).
9. Il suit de là que les trois recours des recourants 9 à 20 sont mal fondés, pour autant, s'agissant des recourants 10 à 20, qu'ils soient recevables. Partant, il y a lieu de rejeter les réquisitions de preuve des recourants.
10. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, doivent être fixés à 6'000 francs et mis à la charge des recourants qui succombent. Ils sont supportés à hauteur de 1'500 francs respectivement par les recourants 1 à 8, par le recourant 9, par les recourants 10 à 16, et enfin par les recourants 17 à 20. Ils sont compensés par les avances de frais respectives, de même montant, déjà prestées.
11. Compte tenu de l'issue de la procédure, les recourants n'ont pas droit à des dépens (art. 64 al. 1 PA a contrario et art. 7 al. 1 FITAF a contrario). L'intimée n'est pas représentée. Elle n'y a, par conséquent, pas droit non plus.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours des recourants 1 à 8 est irrecevable.
2. Le recours du recourant 9 est rejeté.
3. Le recours des recourants 10 à 16 et celui des recourants 17 à 20 sont rejetés dans la mesure de leur recevabilité.
4. Les frais de procédure, d'un montant de 6'000 francs, sont mis à la charge des recourants. Ils sont supportés à hauteur de 1'500 francs respectivement par les recourants 1 à 8, par le recourant 9, par les recourants 10 à 16, et enfin par les recourants 17 à 20. Ils sont compensés par les avances de frais respectives, de même montant, déjà prestées.
5. Il n'est pas alloué de dépens.
6. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants 1 à 8, 9, 10 à 16, et 17 à 20 (acte judiciaire)
- à l'intimée (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)
- au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication DETEC (acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Julien Delaye
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le délai ne court notamment pas du 18 décembre au 2 janvier inclus (art 46 al. 1 let. c LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :