bvger · A-1359/2013 · 2014-06-05 · fr
A-1359/2013

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1359/2013, A-1609/2013
Arrêt du 5 juin 2014
Composition
Marie-Chantal May Canellas (présidente du collège),
Kathrin Dietrich, Jérôme Candrian, juges,
Valérie Humbert, greffière.
Parties
Chemins de fer fédéraux suisses CFF,
acquisitions et ventes-région ouest, avenue de la Gare 43, case postale 345, 1001 Lausanne,
représentée par Dr. Benoît Carron, Bonnard Lawson, Rue du Général-Dufour 11, 1204 Genève,
recourants et intimés 1,
contre
A._______, et
B._______,
représentés par Maître Jean-Marc Siegrist,
intimés et recourants 2,
et
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement, par son vice-président M. Cédric-Laurent Michel, c/o Tribunal civil, case postale 3736, 1211 Genève 3,
autorité inférieure .
Objet
expropriation.
Faits :
A. A._______ et B._______ ont acquis par succession en 1988 les trois parcelles n° 956, 967 et 968 du cadastre de la commune de Genève, section C._______, sises entre le chemin X._______, l'avenue Y._______, la rue W.______ et la route de Z._______, au droit du futur tunnel de Champel (projet CEVA).
La parcelle n° 956, d'une surface de 678 m2, supporte trois bâtiments à destination de garages à voitures actuellement loués. Située en zone 3 de construction, elle est grevée d'une servitude de restriction au droit de bâtir, d'une servitude de hauteur de construction et d'une servitude de restriction d'affectation au profit des fonds n° 954, 955 et 963 et d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de hauteur de construction, au profit du fonds n° 962.
La parcelle n° 967, d'une surface de 3'490 m2 supporte cinq garages à voitures et une station service, loués. S'y trouvait également un atelier de mécanique qui a été détruit afin de pouvoir démarrer le chantier ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA). L'aménagement sur cette parcelle d'un parking de 42 places avait été autorisé le 4 août 1976 par le Département des travaux publics du canton de Genève "à titre précaire" "vu l'emplacement du tracé de raccordement ferroviaire". Ce caractère précaire a été mentionné au registre foncier (RF) qui précise qu'il "devra être supprimé à la première réquisition des pouvoirs publics, sans indemnité quelconque de la part de ceux-ci".
La parcelle n° 968, d'une surface de 100 m2, supporte deux garages à véhicules, loués.
Ces deux dernières parcelles ont été classées en zone ferroviaire à une date qui n'a pas été précisément établie, au cours des années 70. Aucune indemnité n'a été versée aux propriétaires suite à ce déclassement. Auparavant, elles se trouvaient en zone à bâtir ordinaire et avaient fait l'objet, en 1928, d'inscription de plusieurs servitudes de restriction au droit de bâtir temporaires, prolongées en 1959, en faveur des CFF et de l'Etat de Genève, avant d'être radiées en 1973.
B. Le 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports (OFT) a approuvé les plans du projet CEVA. La décision d'approbation accorde aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figurent A._______ et B._______ pour les parcelles susmentionnées, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier. Elle prévoit en outre que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation. Par arrêt du 15 juin 2011, le Tribunal administratif fédéral a rejeté tous les recours dirigés contre la décision d'approbation précitée (arrêt A-3713/2008 in: ATAF 2012/23). Quelques opposants déboutés ont déféré cet arrêt au Tribunal fédéral et requis l'effet suspensif lequel n'a été octroyé par ordonnance du 22 septembre 2011 qu'en ce qu'il concerne les travaux de gros oeuvre du tunnel de Champel. Les autres travaux pouvaient par conséquent être lancés et ont débuté le 15 novembre 2011. Par quatre arrêts rendus le 15 mars 2012 (1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011), le Tribunal fédéral a finalement rejeté tous les recours interjetés contre l'arrêt précité du Tribunal administratif fédéral du 15 juin 2011.
C. Le 9 août 2010, A._______ et B._______ ont obtenu l'autorisation de détruire les garages sis sur la parcelle n° 956 et d'y construire un bâtiment de cinq étages, moyennant notamment le respect des conditions posées par les CFF dans leur préavis du 11 février 2010, requis par le département genevois des constructions. Ce projet n'a pas encore abouti, en raison de servitudes de droit privé qui limitent le gabarit et le nombre de logements admissibles sur cette parcelle.
D.
D.a Par ordonnance du 28 février 2012, le président de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (CFE) a ouvert, sur requête des CFF du 13 janvier 2012, une procédure en estimation des indemnités à verser à A._______ et B._______ pour l'expropriation de leurs parcelles. Les parties étaient parvenues à un accord sur la mise en possession des surfaces nécessaires à la réalisation des travaux du CEVA, mais divergeaient quant à la valeur des biens. L'expropriation portait sur la constitution de servitudes personnelles de non bâtir, de tolérance d'exploitation ferroviaire et de superficie pour tunnel ferroviaire à raison d'une assiette de 3'090 m2 sur la parcelle n° 967, de 60 m2 sur la parcelle 968 et de 222 m2 sur la parcelle n° 956, ainsi que d'une emprise définitive d'une surface de 663 m2 sur la parcelle n° 967. Les CFF ont proposé d'indemniser les propriétaires à hauteur de 175'257 francs.
D.b Par observations du 7 mai 2012, les propriétaires expropriés ont conclu au paiement d'une indemnité de 2'730'453 francs, somme à laquelle ils ajoutaient le montant de 27'233 francs par an au titre d'indemnité pour expropriation des droits de voisinage durant le chantier.
D.c L'audience de conciliation s'est tenue, sans succès, le 20 juin 2012. Les parties ont rappelé à cette occasion que l'envoi en possession anticipée de la surface de l'emprise définitive n'avait pas été contesté et que les travaux avaient pu commencer. Elles ont également renoncé à solliciter une expertise et n'ont pas demandé de vision locale.
D.d Par détermination du 12 juillet 2012, les CFF ont conclu au rejet des demandes des expropriés en ce qu'elles excèdent les montants proposés par eux sur la base de leurs propres calculs.
Les expropriés ont persisté dans leurs conclusions, sollicitant la désignation d'un expert malgré la renonciation lors de l'audience de conciliation.
D.e Par décision du 7 janvier 2013, notifiée le 11 février 2013, la CFE a condamné les CFF à verser à A._______ et B._______, la somme de 208'407 francs à titre d'indemnité d'expropriation, dont 66'300 francs pour l'emprise définitive sur une partie (663 m2) de la parcelle 967 et 142'107 francs pour le bâtiment démoli qui abritait l'atelier. S'y ajoutent 53'700 francs pour les servitudes de non bâtir. Elle a refusé toute indemnisation pour les deux autres servitudes ainsi que pour l'expropriation des droits de voisinage, la décision d'approbation des plans de l'OFT excluant expressément ce dernier chef d'indemnité. Les frais de la procédure et les dépens ont été mis à la charge de l'expropriant.
E.
E.a Par acte du 13 mars 2013, les CFF (recourants/intimés 1), dûment représentés, interjettent recours par devant le Tribunal administratif fédéral à l'encontre de cette décision, concluant à sa réforme dans le sens que l'indemnité à laquelle ils sont condamnés soit réduite à 175'257 francs et qu'aucune indemnité de procédure ne soit allouée à A._______ et B._______. En substance, les CFF reprochent à la décision attaquée d'avoir arrêté le prix du m2 de la parcelle n. 967, dont une partie (663 m 2) fait l'objet d'une emprise définitive, à 100 francs au lieu des 50 francs qu'ils avaient proposés. Ils font également grief à l'autorité inférieure d'avoir octroyé 53'700 francs au titre de compensation pour la moins-value moyenne de 10% du fait de la constitution de servitudes personnelles de non-bâtir sur 222 m2 de la parcelle n° 956 et 3'150 m2 de la parcelle 967 (recte: 3'090 m2 de la parcelle n° 967 et 60 m2 de la parcelle n° 968), alors qu'à leur sens aucune indemnité n'est due à ce titre.
E.b Par recours joint du 26 mars 2013, A._______ et B._______ (intimés/recourants 2), agissant par l'entremise de leur avocat, déposent également recours par devant le Tribunal administratif fédéral à l'encontre de cette décision, concluant principalement à son annulation et à ce qu'il leur soit alloué 1'066'335 francs pour l'emprise définitive sur la parcelle n° 967, auxquels s'ajoutent les montants suivants pour la constitution des servitudes sur les parcelles n° 956, 967 et 968 : 542'217 francs pour les servitudes de non-bâtir, 542'217 francs pour les servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et 579'684 francs pour les servitudes de tolérance d'exploitation ferroviaire. S'agissant de l'expropriation des droits de voisinage durant le chantier, ils demandent principalement que les CFF soient condamnés à leur verser la somme de 27'233 francs par an, au titre de réparation des nuisances subies, pendant toute la durée du chantier, sous réserve de montants supérieurs qui seraient fixés par les tribunaux en faveur de leurs locataires et, subsidiairement, à les relever de toute condamnation qui serait prononcée à leur encontre par les autorités judiciaires compétentes si leurs locataires devaient ouvrir action ensuite des nuisances résultant du chantier. Ils concluent encore à ce que leur droit à la réparation des dommages matériels ou imprévisibles, que l'exploitation du CEVA est susceptible d'occasionner, soit réservé et à ce que les frais et dépens soient mis à la charge des CFF.
F. Par ordonnance du 4 avril 2013, la Juge instructeur informe les parties de la jonction des deux causes qui concernent des recours contre le même prononcé.
G. Par courrier du 12 avril 2013, l'autorité inférieure déclare ne pas souhaiter déposer de réponse aux recours et renvoie à la décision attaquée.
H.
H.a Dans leur réponse du 29 avril 2013, les intimés 2 concluent au rejet, sous suite de frais et dépens, du recours des recourants 1 et demandent qu'il soit fait droit aux conclusions prises dans leur recours joint. Ils joignent à leur prise de position la copie d'un prospectus "Mobile Monte-voiture" destinée à contrer l'argument des recourants 1, lesquels prétendent qu'il serait impossible de construire un deuxième sous-sol sur la parcelle n° 956.
H.b Dans leur réponse du 6 mai 2013, les intimés 1 concluent au rejet du recours joint, sous suite de frais, des recourants 2 et demandent qu'il soit fait droit aux conclusions prises dans leur propre recours du 13 mars 2013.
I.
I.a Les recourants 1 livrent leurs observations sur la réponse des intimés 2 le 17 juin 2013 et maintiennent leurs conclusions des 13 mars et 6 mai 2013.
I.b Les intimés/recourants 2, persistant intégralement dans leurs écritures des 26 mars et 29 avril 2013, interviennent par courrier du 10 juillet 2012 (lapsus calami: comprendre 2013), lequel sera transmis aux recourants/intimés 2 ainsi qu'à l'autorité inférieure par ordonnance du 17 juillet 2013.
J.
J.a Par ordonnance du 6 février 2014, le Tribunal invite l'autorité inférieure à compléter le dossier par la production d'une détermination qui semblait manquer.
J.b Par téléphone du 24 février 2014, l'autorité inférieure informe qu'elle n'est pas en possession du document requis.
K. Les autres faits et arguments déterminants seront repris, en tant que besoin, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1.
1.1 Conformément à l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), les décisions de la CFE peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral (cf. aussi les art. 31 et 33 let. f de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32]); le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige. La procédure est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), à moins que la LEx et la LTAF n'en disposent autrement (art. 37 LTAF et art. 77 al. 2 LEx).
1.2 Selon l'art. 78 al. 1 LEx, ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la commission leur fait subir une perte. Pour le surplus, sont applicables les exigences générales de l'art. 48 PA selon lesquelles peut interjeter recours quiconque a participé à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5101/2011 du 5 mars 2012 consid. 1.2 et les réf. citées).
Les CFF, qui ont obtenu le droit d'exproprier par décision d'approbation des plans de l'OFT du 18 mai 2008, confirmée par le Tribunal administratif fédéral puis par le Tribunal fédéral, en qualité d'expropriants, sont partie principale à la procédure et ont donc qualité pour recourir.
Déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours des CFF du 13 mars 2013 est donc recevable quant à la forme.
2. Le recours des expropriants porte uniquement sur le prix au m2 retenu pour les 663 m2 de la parcelle n° 967 qui font l'objet d'une emprise définitive et sur la compensation pour la moins-value moyenne de 10% du fait de la constitution de servitudes personnelles de non-bâtir sur 222 m2 de la parcelle n° 956, 3'090 m2 de la parcelle 967 et 60 m2 de la parcelle n° 968. Dans leur recours, les expropriants prennent soin de spécifier qu'ils n'attaquent pas les autres éléments de la décision de la CFE. En revanche, par recours joint, les expropriés ne se limitent pas à contester ces deux points pour lesquels ils requièrent des montants plus élevés. Ils reprochent également à l'autorité inférieure, d'une part, son refus de reconnaître une dévaluation de leurs parcelles en raison de l'inscription de servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de tolérance ferroviaire et, d'autre part, de n'avoir pas alloué d'indemnité pour l'expropriation des droits de voisinage durant le chantier. Les expropriés persistent encore à réserver leur droit de demander une indemnisation pour le cas où l'exploitation du CEVA devait causer des dommages à leurs parcelles ou aux bâtiments qui y sont érigés. L'objet du litige ne se recoupant pas nécessairement, suivant les conclusions des recourants 1 ou 2, il convient donc d'examiner si le recours joint est recevable.
2.1 Selon l'art. 78 al. 2 LEx, la partie adverse peut, dans le délai de dix jours à compter de la réception du recours par le Tribunal administratif fédéral, se joindre à ce recours et prendre des conclusions comme si elle avait formé un recours indépendant; ces conclusions doivent être motivées. Lorsque le recours principal est retiré ou déclaré irrecevable, le recours joint devient caduc. Le recours joint permet à la partie qui n'a pas elle-même formulé recours non seulement de s'opposer aux conclusions du recours principal, mais encore de demander une modification de la décision attaquée en sa faveur (Heinz Hess / Heinrich Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Band I, Berne 1986, n. 6 ad art. 78).
2.2 Cette possibilité est directement inspirée des règles de la procédure civile (cf. notamment Message du Conseil fédéral du 20 mai 1970 concernant la révision de la LEx, in : Feuille fédérale [FF] 1970 I 1022, p. 1027). En effet, tant que la loi fédérale sur l'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (RS 3 521 avec diverses modifications) était en vigueur, à savoir jusqu'au 31 décembre 2006, les décisions en matière civile pouvaient être attaquées devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en réforme auquel la partie intimée pouvait se joindre. Ce recours en réforme joint pouvait porter sur tous les points du jugement sur lesquels la partie intimée n'avait pas obtenu gain de cause, même si ces points ou prétentions n'avaient pas été attaqués dans le recours en réforme principal (Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Volume II, Berne 1990, n. 2.3 ad art. 59/61).
En matière d'expropriation, le Tribunal fédéral a toutefois considéré que, lorsque des indemnités sont allouées par une seule décision pour plusieurs parcelles, celle qui n'est pas contestée dans le recours principal ne peut faire l'objet d'un recours joint, au motif qu'elle ne constitue pas une unité économique avec les autres parcelles dont l'indemnité fait l'objet du recours principal (cf. ATF 97 I 766 consid. 4 confirmé à l'ATF 101 Ib 217 consid. 3, dans lequel le Tribunal fédéral, saisi de deux recours [principaux] relatifs à des fonds distincts, déclare recevable le recours joint, bien qu'il porte sur un autre fonds, dans la mesure où il fait l'objet du recours principal de la partie adverse). Hess und Weibel en déduisent que "die Anschlussbeschwerde beschränke sich auf den Gegenstand der Hauptbeschwerde" (Hess/Weibel, op. cit., n. 9a ad art. 78). Zen-Ruffinen affirme également, en se référant à la même jurisprudence, qu'"il [le recours joint] ne peut porter en principe que sur l'objet du recours principal" (Piermarco Zen-Ruffinen/Christine Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, n. marg. 3161).
2.3 En l'espèce, la question de la recevabilité du recours joint ne se pose pas sous l'angle des parcelles concernées, puisque les recourants 1 n'ont pas limité l'objet du litige à l'une ou l'autre d'entre elles. Il s'agit bien plutôt de savoir si le recours joint peut porter sur des éléments de la décision litigieuse qui ne sont pas contestés par le recourant principal, autrement dit sur des éléments que les recourants 2 avaient dans un premier temps acceptés (en renonçant à faire recours dans le délai légal), avant de les remettre en cause par le biais du recours joint (suite au recours principal des recourants 1).
2.3.1 Le Tribunal de céans a déjà eu l'occasion de s'exprimer à ce sujet. Il a déclaré irrecevables les conclusions d'un recours joint visant une augmentation de l'indemnité d'expropriation, alors que le recourant principal ne contestait que le calcul de l'intérêt d'un montant à restituer et avait accepté les autres points de la décision entreprise (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-8536/2010 du 14 novembre 2013 consid. 7.1.5)
Dans deux arrêts récents, le Tribunal a en revanche admis que soient contestées, par le biais du recours joint, non seulement l'indemnité d'expropriation, objet du recours principal, mais également l'indemnité de partie, au motif qu'il s'agissait là en principe d'un point habituellement accessoire du sort de l'indemnité d'expropriation (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2551/2012 du 1er avril 2014 consid. 2.4 et A-4836/2012 du 13 mars 2014 consid. 2.4). Ces arrêts précisent que, à l'inverse, si le recours principal avait uniquement porté sur le montant de l'indemnité de partie, il n'aurait pas été possible d'étendre la procédure, par le biais du recours joint, à l'examen de l'indemnité d'expropriation proprement dite.
2.3.2 Pour trancher le cas d'espèce, il convient de rechercher la nature de l'indemnité d'expropriation et considérer les modalités de son octroi en général.
L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). Aux termes de l'art. 19 LEx, doivent être pris en considération, pour la fixation de l'indemnité, tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits. Cette disposition énumère ensuite les différents éléments qui composent l'indemnité d'expropriation laquelle doit être demandée en principe en une fois et fixée par une seule décision de la CFE (cf. ATF 111 Ib 15 consid. 5c; Raphaël Eggs, Les "autres préjudices" de l'expropriation, thèse, Fribourg 2013, p. 92 n. marg. 252). En effet, même formée de différents éléments, l'indemnité d'expropriation constitue une unité et seule une appréciation globale permet de déterminer si le principe de la pleine indemnité est satisfait (ATF 129 II 420 consid. 3.2.1 et les réf. citées; cf. ég. Maryse Pradervand-Kernen, La valeur des servitudes foncières et du droit de superficie, thèse, Fribourg 2007, n. marg 155). Les différents postes de l'indemnité sont interdépendants (ATF 121 II 350 consid. 5d) et permettent de distinguer entre la "valeur objective du fonds à exproprier ou la valeur du droit exproprié en soi" et le "dommage personnel que subit l'exproprié en sus" (Message du Conseil fédéral du 21 juin 1926 relatif au projet de loi fédérale sur l'expropriation, FF 1926 II 1, 27); en d'autres termes, ils délimitent deux catégories: le dommage lié à l'objet exproprié (soit au bien directement visé par l'expropriation) et les préjudices qui se produisent dans le patrimoine résiduel (ou ordinaire) de l'exproprié (soit tous ses biens à l'exception de l'objet visé par l'expropriation; Eggs, op. cit, p. 118 n. marg. 321).
Les trois postes qui composent l'indemnité, à savoir: la valeur vénale du droit exproprié (cf. art. 19 let. a LEx); l'indemnité pour la moins-value lors d'une imposition forcée d'une servitude respectivement lors de la perte des droits de défense (cf. art. 19 let. b LEx) et l'indemnité pour les autres préjudices (cf. art. 19 let. c LEx) ne recouvrent donc pas trois situations d'expropriation distinctes, mais forment les différents éléments du dommage et sont appelés à être cumulés quand bien même leur combinaison n'est pas possible dans tous les cas (cf. Peter Wiederkehr, Die Expropriationsentschädigung dargestellt nach schweizerischem und zürcherischem Recht, thèse, Zurich 1966, p. 22 s).
Selon la jurisprudence, malgré la teneur de l'art. 19bis LEx, en raison du principe de l'unité de l'indemnité d'expropriation, tous les montants versés selon les lettres a, b et c de l'art. 19 LEx doivent être appréciés en même temps (ATF 121 II 350 consid. 5d et 6c, ATF 134 II 49 consid. 13.1, ég. ATF 105 Ib 327 consid. 1, ATF 83 I 72 consid. 3). L'expropriant acquiert ensuite son droit par l'effet du paiement de l'indemnité complète; reste toutefois réservé le droit de produire après coup une demande d'indemnité, conformément à l'art. 41 LEx (cf. art. 91 al. 1 LEx), lequel prévoit la possibilité de produire une telle demande postérieurement à la procédure d'estimation, en cas de faits nouveaux.
Il s'ensuit qu'en vertu du principe de l'unité de l'indemnité d'expropriation, le recours joint est recevable également lorsqu'il porte sur des postes de l'indemnité litigieuse qui ne sont pas l'objet du recours principal.
2.3.3
2.3.3.1 Dans le cas d'espèce, l'expropriation porte sur la constitution d'une servitude personnelle de non bâtir, d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire, les trois sur une assiette de 3'090 m2 de la parcelle n° 967, 60 m2 de la parcelle n° 968 et 222 m2 de la parcelle n° 956 ainsi que sur une emprise définitive d'une surface de 663 m2 de la parcelle n° 967. Seule la constitution de la servitude de non-bâtir a donné lieu à l'octroi d'une indemnité, au motif que, selon la CFE, il n'y a qu'une cause (l'existence du tunnel) qui provoque un seul dommage, lequel est indemnisé par le montant alloué. Ainsi, il faut admettre que les différentes servitudes sont liées par la même cause et qu'en conséquence, l'indemnité due au titre de leur expropriation forme une unité composée de différents postes qui doivent appréciés concomitamment. Partant, le recours joint est recevable sur ce point.
2.3.3.2 S'agissant de la conclusion des expropriés au sujet de l'expropriation des droits de voisinage durant le chantier, autrement dit des éventuelles nuisances pendant les travaux, il faut remarquer que celles-ci ne sont pas la conséquence directe de l'expropriation approuvée par l'autorité compétente, mais du chantier. Ces nuisances - dont les recourants 2 ne prouvent au demeurant pas le dommage qu'elles causent - ne sont ainsi pas dans un lien de causalité suffisant avec l'emprise définitive et la constitution des servitudes (cf. Eggs, op. cit., p. 79 n. marg. 219; pour un cas d'expropriation formelle et définitive des droits de voisinage, ATF 131 II 458 c. 4). Elles constituent un cas d'expropriation temporaire dont l'éventuelle indemnisation ne forme pas une unité avec les autres postes de l'indemnité dont il est recours. Partant, du moment qu'elles ne font pas l'objet du recours principal, le recours joint est irrecevable sur ce point.
On remarquera de surcroît que la CFE ne peut être saisie pour d'éventuelles prétentions basées sur l'art. 684 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210) que si les effets préjudiciables subis par les fonds voisins à cause des travaux de construction sont particulièrement intenses, durables et causent un dommage considérable; dans la règle, les inconvénients temporaires ne peuvent pas faire l'objet d'une indemnisation (ATF 132 II 427 consid. 3). Il s'agirait donc d'examiner si les immissions excèdent les limites de la tolérance que se doivent les voisins et, pour ce faire, de procéder à un pesée des intérêts en présence entre ceux du propriétaire auteur des immissions et ceux du voisin (cf. Jean-Baptiste Zufferey, Le chantier: ses nuisances, ses risques et ses déchets, in: Journées suisses du droit de la construction [JDC], Fribourg 2011, p. 21 s, 29). Or, en l'espèce, cette opération semble prématurée compte tenu de l'avancée du chantier (l'atteinte aux droits de voisinage est constatée lorsqu'elle est déjà réalisée). On renverra pour le surplus à l'art. 41 LEx (cf. consid. 2.3.2).
2.3.3.3 Les conclusions du recours joint ayant trait aux éventuels dommages futurs n'ont pas non plus à être examinées. Des dommages involontaires ou accidentels sont envisageables dans le contexte d'un chantier de construction et leur réparation doit en principe se fonder sur les règles de l'expropriation à moins qu'ils ne résultent d'actes manifestement fautifs (cf. arrêt de principe ATF 96 II 337). Toutefois, il reviendra, le cas échéant, aux lésés de formuler des prétentions précises le moment voulu.
2.4 Sous ces réserves, le recours joint, déposé dans le délai de l'art. 78 al. 2 LEx et selon les exigences de forme et de contenu de l'art. 52 PA est recevable en ce qu'il concerne l'indemnité relative à l'emprise définitive et à la constitution des servitudes sur les trois parcelles concernées.
3. Selon l'art. 49 PA, le Tribunal administratif fédéral contrôle les décisions qui lui sont soumises sous l'angle de la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), de la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b) et de l'inopportunité (let. c). Pour ce faire, il dispose d'un plein pouvoir d'examen, ce qui signifie notamment qu'il revoit sans s'imposer aucune restriction si les faits pertinents ont été constatés de manière exacte. Toutefois, le Tribunal de céans s'impose une certaine retenue dans l'exercice de son contrôle lorsque la résolution du litige exige des connaissances spécifiques, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (ATF 135 II 296 consid 4.4.3, ATF 133 II 35 consid. 3; ATAF 2012/23 consid. 4, ATAF 2008/23 consid. 3.3; ATAF 2008/18 consid. 4; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2013, n. 2.154 ss; Benjamin Schindler, in: Auer/Müller/Schindler [éd.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [Kommentar VwVG], Zurich/St-Gall 2008, n. 3 ss, 6 et 12 ad art. 49 PA). On se trouve bien dans un tel cas de figure en l'occurrence. Comme on le verra ci-après, l'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité, en particulier sur les questions techniques. Elle est d'ailleurs exclusivement composée - hormis son président et ses suppléants - de membres spécialisés en matière d'estimation et devant appartenir à différents groupes professionnels déterminés par la loi (art. 59 al. 2 LEx).
4. Il sied de rappeler que le droit d'exproprier a été conféré aux recourants 1 dans le cadre de l'approbation des plans (cf. consid. B) et que, partant, seule l'indemnité à verser à ce titre est litigieuse. Dans un premier temps, il convient d'énoncer les principes régissant l'estimation de l'indemnité d'expropriation (consid. 4). Ensuite, la Cour de céans vérifiera si l'autorité inférieure était en droit de condamner les recourants 1 au versement d'une indemnité de 66'300 francs au titre de l'emprise définitive de 663 m2 de la parcelle 967 (cf. consid. 5) et de 53'700 francs pour la constitution de servitudes de non-bâtir sur la part restante de la parcelle 967, ainsi que sur les parcelles 956 et 968 (cf. consid. 6).
4.1 Comme déjà évoqué (cf. consid. 2.3.2), à teneur de l'art. 16 LEx, l'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière. Selon l'art. 19 LEx, pour la fixation de l'indemnité, doivent être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits; l'indemnité comprend a) la pleine valeur vénale du droit exproprié, b) en cas d'expropriation partielle d'un immeuble - ou de plusieurs immeubles dépendant économiquement les uns des autres -, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (y compris la perte ou la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale de ladite partie, cf. art. 22 al. 2 LEx) et c) le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation. En résumé, le versement d'une indemnité est soumis à trois conditions cumulatives: l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (Zen-Ruffinen / Guy-Ecabert, op. cit., n. 1129).
4.2
4.2.1 La valeur vénale d'un bien est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (arrêt du Tribunal fédéral 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). La pleine valeur vénale du droit exproprié correspond au prix de vente qui pourrait être obtenu en cas d'aliénation sur le marché, dans des conditions ordinaires (ATF 122 II 246 consid. 4a, ATF 106 Ib 223 c. 3a, ATF 102 Ib 353 c. 2 ; Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 5ème éd., Berne 2008, p. 633 ; Hess/Weibel, op. cit. n. 50 ad art. 19 LEx; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n. 1169). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation, étant précisé que les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n. 1169). Pour ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (Pierre Moor, Droit administratif, Vol. III, Berne, 1992, n° 8.2.5.1). La possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié que celle qui en est faite par l'exproprié doit également être retenue, lorsqu'elle parait non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir (ATF 114 Ib 321 consid. 3, ATF 113 Ib 39 consid. 4b, ATF 112 Ib 531 consid. 3).
4.2.2 En revanche, sont sans influence le prix payé par l'exproprié pour l'acquisition de son immeuble ou celui qu'il doit payer pour acquérir un objet de remplacement, les charges hypothécaires, les investissements effectués ou encore l'estimation fiscale (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n. 1169; Pradervand-Kernen, op. cit., n. marg 157). En effet, l'estimation fiscale ne reflète pas forcément le prix sur le marché au jour déterminant (voir arrêt du Tribunal fédéral 1C_589/2012 du 30 septembre 2013 consid. 6.3.3; également arrêt du Tribunal fédéral du 23 mars 1977 in : ZentralBlatt [Zbl] 78/1977 p. 553. 557). De plus, l'estimation fiscale surestime souvent les possibilités futures de classement et d'équipement, en particulier dans les zones dont l'affectation est réservée (Hess/Weibel, op. cit., n 53 ad art. 19). Selon Hänni, la valeur du marché peut correspondre à la valeur de rendement et à la valeur réelle, tandis que la valeur fiscale et la valeur d'assurance ne constituent en principe qu'un indice de la valeur du marché (Hänni, op. cit., p. 634).
La date déterminante pour l'estimation de la valeur vénale et des perspectives d'une meilleure utilisation possible opération qui requiert la prise en considération tant de la situation de fait et des caractéristiques physiques des fonds en question que de leur statut juridique (ATF 112 Ib 531 consid. 3) est celle de l'audience de conciliation (art. 19bis LEx).
4.2.3 Pour déterminer la valeur vénale, plusieurs méthodes sont possibles, telles que la méthode comparative (ou statistique) qui fixe la valeur des immeubles sur la base des prix effectivement payés pour des fonds semblables; la méthode fondée sur la valeur de rendement qui détermine le capital correspondant au revenu actuel de l'objet exproprié; la méthode régressive (ou rétrospective ou déductive) qui détermine la valeur d'un terrain en fonction du rendement qui pourra être obtenu après que des bâtiments auront été édifiés ou encore la méthode fondée sur la situation de l'immeuble (méthode hédoniste) (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n. 1172 ss).
4.3
4.3.1 La loi prévoit qu'en cas d'expropriation physiquement partielle d'un bien-fonds, en plus de la valeur vénale versée selon l'art. 19 let. a LEx (soit la valeur des mètres carrés enlevés au bien-fonds par l'expropriation), l'indemnité doit comprendre un supplément si la partie restante que conserve l'exproprié subit une diminution de valeur (art. 19 let. b LEx; cf. Eggs, op. cit., p. 214 n. marg. 542 et 550). Ce supplément est calculé en comparant les valeurs vénales de la partie restante avant et après l'expropriation. Conformément à l'art. 22 al. 2 LEx, il faut tenir compte du dommage résultant de la perte ou de la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale et que la partie restante aurait, selon toute vraisemblance, conservés s'il n'y avait pas eu d'expropriation. D'après la jurisprudence, il peut s'agir d'avantages de fait ou d'éléments concrets ayant une influence sur la valeur vénale. Un lien de causalité adéquate doit en tout état de cause exister entre l'expropriation elle-même à distinguer des effets de l'ouvrage de l'expropriant sur les biens-fonds voisins et une telle perte (ATF 114 Ib 321 consid. 3; ATF 106 Ib 381 consid. 2b et 3a et les arrêts cités; Hess/Weibel, op. cit., n. 20 ad art. 19 et n. 8-9 ad art. 22). La jurisprudence prend notamment en considération la perte d'avantages valorisant ou protégeant l'immeuble touché: protection contre les nuisances provenant du voisinage, garantie d'une vue dégagée sur le paysage, interdiction de construire grevant le fonds voisin en vertu d'une servitude, etc. (perte d'un "écran protecteur"); cette dépréciation doit être indemnisée (cf. ATF 106 Ib 381 consid. 4b, ATF 104 Ib 79 consid. 1b, ATF 100 Ib 190 consid. 8, ATF 94 I 286 consid. 2-4, cf. aussi Hess/Weibel, op. cit., n. 23 ad art. 19).
4.3.2 En revanche, l'imposition forcée d'une servitude sur un fonds n'est pas réglée par la loi. La jurisprudence l'assimile juridiquement à une expropriation partielle. Comme les servitudes ne sont pas des objets de commerce dans le sens qu'elles n'ont pas de valeur en soi (cf. Pradervand-Kernen, op. cit, n. mar. 130 à 132 et Eggs, op. cit., n. marg. 128) l'indemnité pleine et entière à verser au propriétaire du fonds grevé (art. 16 LEx) correspond à la dépréciation de la parcelle (ATF 129 II 420 consid. 3.1.1 et les réf. citées). Il s'agit donc d'appliquer non pas l'art. 19 let. a LEx, en vertu duquel l'indemnité comprend "la pleine valeur vénale du droit exproprié", mais l'art. 19 let. b LEx.
L'indemnité due à ce titre se calcule donc selon la méthode dite de la différence, laquelle consiste à déduire de la valeur vénale du fonds libre de servitude celle du fonds grevé de la servitude (cf. ATF 122 II 337 consid. 4c, ATF 114 Ib 321 consid. 3, ATF 111 Ib 287 consid. 1 et les arrêts cités). On calcule ainsi la différence entre la valeur du bien-fonds complet avant l'expropriation et la valeur du bien-fonds restant après l'expropriation (cf. Eggs, op. cit., n. marg. 550). Toutefois le calcul classique de la différence - utilisé pour toutes les expropriations partielles - peut donner lieu à des difficultés en cas d'expropriation par le biais de la constitution d'une servitude, particulièrement lorsque le bien-fonds grevé comporte des constructions. Dans ces cas, l'estimation est limitée à la part du fonds sur laquelle s'exercera concrètement la servitude (art. 19 let. a LEx). S'y ajoute ensuite, s'il y a lieu, une indemnité pour la dépréciation de la partie restante (art. 19 let. b LEx) et pour d'éventuels autres préjudices (art. 19 let. c LEx) (cf. ATF 120 II 423 consid. 7a, voir également Pradervand-Kernen, op. cit, n. mar. 246 et Eggs, op. cit., n. marg. 551).
5. En l'espèce, s'agissant tout d'abord de la question de l'indemnité liée à l'emprise définitive sur une partie (663 m2) de la parcelle 967, laquelle totalise 3'490 m2, il s'agit d'observer ce qui suit.
5.1 L'autorité inférieure a calculé cette indemnité de la manière suivante: elle a retenu le nombre de m2 expropriés (663 m2) qu'elle a multiplié par une valeur vénale unitaire de 100 francs, ce qui donne une indemnité de 66'300 francs. Pour déterminer cette valeur vénale, la CFE a retenu que la parcelle susdite se trouve en zone ferroviaire laquelle, selon l'art. 19 al. 5 de la loi genevoise d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LaLAT, RS-GE L 1 30) est une zone à bâtir destinée aux installations, voies de chemin de fer, gares et activités liées à l'exploitation ferroviaire. La construction de bâtiments et d'installations qui ne sont pas liés à l'exploitation ferroviaire, notamment ceux situés en dessus des voies de chemin de fer, est subordonnée à l'adoption préalable d'un plan localisé de quartier. Toutefois, l'autorité inférieure assimile cette parcelle, sur proposition des recourants 1, à un terrain inconstructible similaire à une "zone agricole en attente majoré" valant 50 francs le m2, montant qu'elle double au motif que la parcelle est située en plein centre ville. Ce montant de 100 francs est contesté tant par les recourants 1, qui exigent sa réduction à 50 francs, que par les recourants 2, ces derniers faisant valoir le déclassement non indemnisé de la parcelle dans les années septante, l'impôt successoral exigé à l'époque et le fait qu'il ne s'agit pas d'une parcelle inconstructible, pour réclamer une indemnité correspondant à 1'608 francs le m2.
5.2 Il n'est pas contesté qu'à l'origine la parcelle était située en zone à bâtir ordinaire et que, lors de la modification de zone adoptée dans les années septante (passage en zone ferroviaire), aucune indemnité pour expropriation matérielle n'a été octroyée. Toutefois, c'est à juste titre que l'autorité inférieure a estimé qu'elle n'était pas l'autorité compétente en matière d'expropriation matérielle et que, de surcroît, il n'y avait pas d'identité entre l'expropriant actuel (les CFF) et la collectivité publique qui a pris, à l'époque, la mesure de déclassement et qui serait l'éventuelle débitrice de l'indemnité d'expropriation matérielle. Peu importe à ce sujet que ce soient les CFF qui aient indemnisé le père des recourants 2 pour la servitude de non-bâtir constituée pendant une longue période précédant le déclassement. Peu importe également le motif invoqué alors par la collectivité publique concernée pour refuser une indemnité. L'autorité inférieure n'avait pas à s'en préoccuper, pas plus que la Cour de céans, étant rappelé que la valeur vénale doit être déterminée à une certaine date (cf. consid. 4.2.2), sans que soient prises en considération des transactions intervenues des années avant ce dies aestimandi. Ce qui est déterminant, c'est la valeur vénale au moment de l'audience de conciliation et cette valeur ne saurait être augmentée au motif d'un déclassement prononcé des années plus tôt par une collectivité publique non partie à la présente procédure. Peu importe encore l'impôt successoral dont se sont acquittés les recourants 2 à l'époque du décès de leur père (cf. à ce sujet consid. 4.2.2).
On remarquera par ailleurs également - et ceci n'est pas contesté par les parties - qu'il est correct de ne pas tenir compte, dans le calcul de l'indemnité, des places de parc aménagées sur la partie de la parcelle soumise à emprise définitive, puisqu'elles avaient été autorisées à titre précaire et devaient être "supprimées à la première réquisition des pouvoirs publics, sans indemnité quelconque de la part de ceux-ci".
5.3 En revanche, le Tribunal ne peut suivre sans réserve le raisonnement de l'autorité inférieure conduisant à fixer à 100 francs le m2 de la dite parcelle.
5.3.1 La CFE s'écarte de la méthode statistique, ce qu'on ne saurait en soi lui reprocher au vue de l'insuffisance des données concernant les transactions relatives à des parcelles sises en zone ferroviaire. Elle applique ensuite tout de même une méthode comparative, en opérant une analogie avec des terrains inconstructibles, ce qui peut éventuellement se défendre. En effet, l'estimation ne doit tenir compte de la possibilité de mieux utiliser l'immeuble que si celle-là apparaît hautement vraisemblable dans un avenir proche (cf. consid 4.2.2; cf. ATF 129 II 470 consid. 5; ATF 114 Ib 321 consid. 3; ATF 113 Ib 39; ATF 112 Ib 531 consid. 3). Autrement dit, il faut qu'une meilleure utilisation de l'immeuble exproprié ait déjà été possible juridiquement et dans les faits au moment de l'expropriation, ou que tel aurait été le cas dans un futur proche sans l'expropriation; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (cf. ATF 129 II 470 consid. 6). Or, en l'espèce, aucun plan localisé de quartier (cf. consid. 5.1) englobant cette parcelle n'a été adopté ou est en cours d'adoption. Un tel plan peut être élaboré soit par le département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, soit par la commune (cf. art. 1 de la loi genevoise sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités [LExt, RS-GE L 1 40] en relation avec l'art. 19 al. 5 LaLAT). Ainsi, au jour déterminant pour l'estimation, force est de constater que la parcelle présente peu de perspective de construction, malgré sa situation en zone à bâtir.
5.3.2 Cela étant, quand bien même le rapprochement avec un terrain inconstructible n'est pas complètement inconcevable, il reste encore à estimer la valeur de la parcelle, laquelle doit être pondérée par le fait que celle-ci est située en zone ferroviaire. Cette zone est malgré tout constructible (art. 19 al. 5 LaLAT) moyennant l'adoption d'un plan localisé de quartier pour accueillir des bâtiments ou installations autres que ferroviaires (pour la portée de l'exigence de l'établissement préalable d'un plan de quartier dans une zone à bâtir cf. ATF 131 II 151 consid. 2.4.2 [cas d'expropriation matérielle]). La détermination de la valeur vénale d'une parcelle constructible - et visiblement équipée - par simple analogie avec le prix de parcelles en "zone agricole en attente" majoré, est donc plus critiquable, l'autorité inférieure ne fournissant de surcroît par la base statistique qu'elle utilise pour la fixer. La CFE se contente de reprendre les chiffres produits par l'expropriant sans motiver plus avant pourquoi elle les fait siens, si ce n'est en tirant argument de la "situation juridique" de la parcelle, ce qui n'explique pas encore d'où sortent les chiffres retenus. Par ailleurs, la notion de "zone agricole en attente" n'est pas consacrée en aménagement du territoire, tant en droit fédéral qu'en droit genevois. La loi sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT, RS 700) donne certes la possibilité aux cantons de prévoir d'autres zones d'affectation que celles qu'elle énumère (cf. art. 18 al. 1 LAT). En particulier, elle leur permet de réglementer les territoires non affectés et ceux dont l'affectation est réservée (cf. art. 18 al. 2 LAT). Cependant, ces zones dites de réserves (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n. 386 ss), si elles ne sont pas considérées comme constructibles (cf. ATF 132 II 401 consid. 2.2.1), n'appartiennent néanmoins à aucune des zones dites primaires (soit ni à la zone à bâtir, ni à la zone agricole et ni à la zone à protéger, cf. art. 14 al. 2 LAT), si bien qu'on ne voit pas à quel type de zone précise la CFE fait référence, la LaLAT ne contenant pas non plus cette notion.
Il est vrai que l'utilisation de forfaits destinés à tenir compte de la situation de la parcelle n'est pas exclue. Encore faut-il qu'ils soient clairement énoncés et argumentés. L'on rappelle à cet égard que la CFE - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose certes d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode d'évaluation. Il n'est par ailleurs pas rare qu'elle en combine plusieurs pour arriver au résultat final. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale. Or, les bases de calcul utilisées par la CFE (50 francs qu'elle porte à 100 francs) apparaissent in casu lacunaires; à tout le moins ne sont-elles pas expliquées, ce qui laisse libre cours à toutes sortes de supputations et n'apparaît pas compatible avec les exigences auxquelles elle est soumise.
Partant, déjà pour ces motifs, la décision litigieuse doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité inférieure, laquelle aura soin de calculer la valeur vénale de la surface de la parcelle n° 967 sujette à emprise définitive en fonction de son utilisation possible au dies aestimendi. Elle justifiera pleinement son appréciation en expliquant notamment le choix des bases statistiques utilisées et produira celles-ci.
6.
6.1 S'agissant de la constitution des trois servitudes sur une partie de chacune des trois parcelles, la CFE a octroyé une indemnité uniquement pour la servitude de non-bâtir en sous-sol, estimant que les deux autres servitudes - de tolérance d'exploitation ferroviaire et de superficie pour tunnel ferroviaire - n'avaient pas d'autre impact que celui ressortant de la restriction au droit de bâtir. Elle a retenu une moyenne de dévaluation des trois parcelles correspondant à 10% de la valeur du terrain. Elle a estimé cette valeur à 1'000 francs le m2 pour la parcelle n° 956 et, reprenant le chiffre retenu pour le calcul de l'indemnité due pour l'emprise définitive, à 100 francs le m2 pour les parcelles n° 967 et 968.
Les recourants 1 contestent que la valeur du terrain ait diminué du simple fait de la constitution des servitudes de non-bâtir, les intimés 2 ne faisant pas valoir que l'utilisation de leurs biens-fonds serait empêchée par celles-ci. Ils observent que l'existence de la servitude de non-bâtir n'affecte pas les possibilités de bâtir en surface et que, sur la parcelle n° 956, les intimés 2 ont obtenu une autorisation de construire; en outre, les limitations des possibilités de construction sur la parcelle n° 967 ne proviendraient pas de la servitude en question, mais de l'étroitesse du bien-fonds (18 m.). S'agissant des possibilités de bâtir en sous-sol, les recourants 1 remarquent que les constructions sur les parcelles n° 967 et 968, de par leur situation en zone ferroviaire, sont de toute façon soumises à autorisation dans le cadre d'un plan localisé de quartier, ne seraient autorisées que si elles sont compatibles avec l'exploitation ferroviaire, de sorte la servitude n'apporterait aucune restriction supplémentaire. Le bâtiment autorisé sur la parcelle n° 956 prévoit un étage en sous-sol auquel les recourants 1 ne se sont pas opposés. Ceux-ci constatent que, même sans la servitude de non-bâtir, l'aménagement d'un sous-sol supplémentaire, par rapport à celui prévu et déjà autorisé, ne serait pas envisageable en raison de l'absence de droit de passage nécessaire et de la difficulté de construire la rampe d'accès à ce sous-sol qui empêcherait l'accès aux bâtiments de la parcelle n° 967.
Les recourants/intimés 2 sont d'avis que chacun des trois types de servitudes entraîne son propre ensemble de contraintes et que les dévaluations doivent s'additionner pour atteindre au total 30% de la valeur des parcelles. Ils demandent une indemnité correspondant à 1'608 francs le m2 pour les parcelles n° 967 et 968 et au moins l'équivalent pour la parcelle n° 956 sise en zone 3 de construction. S'agissant plus spécifiquement des possibilités de construction en sous-sol de la parcelle n° 956, les intimés 2 font savoir que des solutions techniques existent, avec une emprise moindre au sol, telle un monte-voiture.
6.2 Il convient donc de déterminer tout d'abord quels étaient le statut juridique et les perspectives de développement futur des terrains à la date déterminante du 20 juin 2012.
6.2.1 La parcelle n°956 est sise en troisième zone à bâtir ordinaire 3. Or, selon l'art. 19 al. 1 LaLAT, les trois premières zones à bâtir sont destinées aux grandes maisons affectées à l'habitation, au commerce et aux autres activités du secteur tertiaire. D'autres activités peuvent y être admises lorsqu'elles ne sont pas susceptibles de provoquer des nuisances ou des inconvénients graves pour le voisinage ou le public. La troisième zone comprend les régions dont la transformation en quartiers urbains est fortement avancée. Cette parcelle est grevée de servitudes de restriction au droit de bâtir qui limitent la possibilité de construire à une maison d'habitation de trois étages, de servitudes de hauteur (maximum 13,5 mètres) et de servitudes de restriction d'affectation au profit de quatre parcelles voisines. L'autorisation de construire un bâtiment de cinq étages avec un sous-sol, assortie d'une autorisation de démolition, délivrée le 9 août 2010, a reçu l'approbation des CFF qui n'y ont pas mis de condition. Cette autorisation ne tient compte, à juste titre, que des contraintes relevant de la police des constructions, les droits des tiers restant réservés (cf. art. 3 al. 6 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses [LCI, RS-GE L 5 05]). Il revient aux propriétaires d'obtenir l'accord des titulaires des servitudes en question pour construire le bâtiment prévu, lequel accord pourrait hypothétiquement aussi être exigé par l'Etat dans une perspective de densification urbaine. Si les servitudes souterraines n'empêchent pas la construction d'un tel immeuble en surface, elles en affectent le sous-sol. Il faut rappeler à ce sujet que les droits réels limités ne sont pas des objets de commerce et qu'en conséquence il n'est pas possible de leur attribuer une valeur intrinsèque (cf. consid 4.3.2). La valeur d'une servitude correspond donc à la dépréciation de la parcelle occasionnée par sa constitution.
Or, en l'espèce, le calcul auquel s'est livrée l'autorité inférieure ne convainc pas la Cour de céans. En effet, le raisonnement de la CFE, selon lequel seule la servitude de non-bâtir aurait un impact sur le terrain en question, n'est pas correct. Cependant, il ne serait pas plus juste de procéder, comme les recourants 2 le proposent, en additionnant simplement les soi-disant moins-values des parcelles en question. Sans nul doute les trois servitudes sont étroitement liées. Il faut donc apprécier globalement la situation, étant entendu que, dans l'absolu, un terrain constructible ne trouvera pas acquéreur au même prix s'il est grevé de servitude ou non et qu'une servitude de superficie n'englobe pas - toujours dans l'absolu - les nuisances que pourrait générer la construction prévue. Les conséquences sur le prix de vente peuvent être différentes au centre d'une ville dont le manque de terrains constructibles est notoire. Cela étant, procéder comme l'a fait la CFE revient à octroyer une valeur à la servitude de non-bâtir elle-même, alors qu'il s'agit d'évaluer la valeur vénale du terrain grevé de l'ensemble des servitudes. Dans sa décision, l'autorité inférieure reprend la proposition des expropriés de fixer la moins value de la parcelle n° 956 à 10% de la surface concernée, pourcentage qu'elle applique uniquement à l'assiette de la servitude (222 m2), sans examiner si le reste du terrain non grevé subit une diminution de sa valeur de ce fait et sans expliquer pourquoi elle retient ce taux de dépréciation. De surcroît, pour calculer la valeur vénale de la parcelle, l'autorité inférieure l'assimile à un terrain situé en zone 3 de développement, alors qu'elle est située en zone ordinaire 3, motif pris des contraintes existant déjà sur la parcelle. Or, dans les zones de développement, la loi définit très précisément les types de logements devant être réalisés, notamment le pourcentage de logements d'utilité publique. Les prix et les loyers des bâtiments sont soumis au contrôle de l'Etat pendant une durée de dix ans dès la date d'entrée moyenne dans les logements ou locaux en question (cf. loi genevoise du 29 juin 1957 sur les zones de développement [LGZD], RS L 1 35). Si les servitudes restreignant le droit de construire, toujours existantes au dies aestimendi, ont forcément une incidence sur la valeur vénale du terrain, elles n'empêchent pas toute construction mais limitent la capacité du bâtiment et la hauteur de celui-ci. L'autorité n'explique pas en quoi ces restrictions sont identiques à celles, sévères, que pose la légis-lation en zone de développement. A ce sujet, la démonstration des recourants 1 tombe également à faux. En effet, s'il faut effectivement prendre en compte les perspectives de développements futures du terrain, il ne suffit pas de constater que celles-ci ne sont pas ou que peu entravées pour conclure que la valeur vénale ne subit pas de moins-value.
Finalement, la Cour de céans doit constater qu'elle n'est pas en mesure de contrôler les calculs effectués par l'autorité inférieure, faute pour elle d'avoir utilisé une méthode d'évaluation claire dont on peut retracer le raisonnement.
6.2.2 Il en va de même pour les parcelles n° 967 et 968 situées en zone ferroviaire auxquelles l'autorité inférieure a appliqué le même procédé. Là aussi, il s'agit d'évaluer l'impact global des servitudes sur des parcelles classées dans une zone certes constructible mais soumises à restriction. En zone ferroviaire, la constitution de servitudes ayant pour but la réalisation d'une installation ferroviaire ne se mesure pas de la même manière qu'en zone à bâtir ordinaire. Or, l'autorité n'a établi aucune distinction entre ces terrains et la parcelle précédente. L'éventuelle indemnité due à ce titre équivaut à la valeur vénale du terrain libre de servitudes déduite de la valeur vénale du terrain une fois grevé. S'agissant de la valeur vénale des biens-fonds, il est renvoyé aux remarques formulées sous le considérant développé au sujet de l'emprise définitive (cf. consid 5.3.2).
7.
7.1 Au vu de qui précède, tant le recours principal que le recours joint - qui concluent tous deux à l'annulation de la décision de la CFE - doivent être partiellement admis (en tant que recevables), la décision annulée et l'affaire retournée à l'autorité inférieure afin qu'elle procède dans le sens des considérants. Dans sa nouvelle décision, l'autorité inférieure exposera précisément les méthodes qu'elle entend appliquer au calcul de l'indemnité d'expropriation. S'il y a lieu de procéder par analogie, elle motivera les éléments qui gouvernent ses choix. Elle diligentera également, si nécessaire, une expertise pour évaluer les prix des parcelles.
7.2 C'est le lieu de rappeler qu'en principe le recours devant le Tribunal administratif fédéral est de nature réformatoire, c'est-à-dire qu'en principe le Tribunal statue lui-même sur la cause et ne renvoie celle-ci qu'exceptionnellement à l'autorité inférieure avec des instructions impératives (art. 61 al. 1 PA). Il est toutefois admis que le juge dispose d'une grande latitude, pour décider s'il entend procéder lui-même aux mesures à prendre ou s'il renvoie l'affaire à l'administration. Un renvoi peut néanmoins se justifier par les tâches différentes et les fonctions et moyens respectifs dont disposent les diverses instances appelées à se succéder au cours de la procédure (cf. ATF 131 V 407 consid. 2.1.1; Madeleine Camprubi, in: Kommentar VwVG, n. 12 ad art. 61) ou encore lorsque l'autorité inférieure a constaté les faits de façon sommaire, en renonçant à pousser plus loin ses recherches ou dans l'idée que le Tribunal éclaircirait l'état de fait comme il convient en cas de recours (cf. arrêt du Tribunal fédéral 9C_162/2007 du 3 avril 2008 consid. 2.3 avec les réf. cit.). Ainsi, la cause est entre autre renvoyée lorsqu'il s'agit de clarifier un état de fait déficient et que ce manquement ne peut être comblé sans mesures d'instruction complémentaires, l'autorité inférieure étant en principe mieux à même d'effectuer les investigations nécessaires (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2150/2012 du 1er avril 2014 consid. 23.2; Moser/ Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.194).
8.
8.1 Conformément à l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque le recourant succombe intégralement ou en majeure partie, les frais et les dépens peuvent être répartis autrement. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie (arrêts du Tribunal fédéral 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 et 1E.16/2005 du 14 février 2006 consid. 6; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5101/2011 du 5 mars 2012 consid. 8.1 et A-8047/2010 du 25 août 2011 consid.12.5). Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
8.2 Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais et dépens à la charge de la partie qui succombe ne s'applique donc pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. C'est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (art. 8ss FITAF).
8.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel - en dérogation à l'art. 63 PA - il appartient à l'expropriant de supporter les frais de procédure, lesquels seront in casu fixés à 2'000 francs et mis à la charge des recourants et intimés 1. Les recourants 2 obtenant en partie gain de cause, dans la mesure où ils requéraient l'annulation de la décision entreprise (et dans la mesure de la recevabilité de leur recours), ils ont droit à une indemnité de dépens, qui vise à les défrayer pour les frais de représentation qui étaient objectivement nécessaires, leur recours n'étant au demeurant nullement téméraire (cf. Hess/Weibel, op. cit., n. 3 ad art. 116 LEx). Cette indemnité sera réduite d'un tiers pour tenir compte du fait que certaines de leurs conclusions sont irrecevables. L'indemnité de dépens sera donc fixée sur la base du dossier et en équité à 5'000 francs, TVA comprise, et mise à la charge des recourants et intimés 1.
Quant aux recourants et intimés 1, et pour tenir compte de la règle générale exprimée à l'art. 116 LEx, des dépens ne leur seront pas alloués bien qu'ils aient eu gain de cause sur le point de l'annulation de la décision attaquée.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours principal, ainsi que, pour autant que recevable, le recours joint sont partiellement admis au sens des considérants.
2. La décision de la Commission fédérale d'estimation du 7 janvier 2013 est annulée et l'affaire renvoyée à cette autorité pour instruction complémentaire et nouveau prononcé au sens des considérants.
3. Les frais de procédure d'un montant de 2'000 francs sont mis à la charge des recourants et intimés 1. Ils s'en acquitteront dans les 30 jours après l'entrée en force du présent arrêt. Un bulletin de versement leur sera envoyé ultérieurement à cet effet.
4. Une indemnité de dépens de 5'000 francs est allouée aux intimés et recourants 2 à la charge des recourants et intimés 1.
5. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants et intimés 1 (Acte judiciaire)
- aux intimés et recourants 2 (Acte judicaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. Cause [...]; Recommandé)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
La greffière :
Marie-Chantal May Canellas
Valérie Humbert
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :