bvger · A-1107/2008 · 2010-06-15 · fr
A-1107/2008

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1107/2008 et A-1108/2008
Arrêt du 15 juin 2010
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Daniel Riedo, Claudia Pasqualetto Péquignot, juges,
Celia Clerc, greffière.
Parties
X._______, ***,
représentée par ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (OTVA et aLTVA); périodes du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000 et périodes du 1er trimestre 2001 au 1er trimestre 2002; exportation de prestations de services; lieu des prestations de services; principe de la bonne foi.
Faits :
A.
X._______ était une société anonyme au sens des art. 620 ss du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), qui avait pour but d'exercer toutes activités dans tous les domaines de l'informatique (création et développement de logiciels, de matériels), y compris une activité de conseils. Elle avait été inscrite au registre du commerce de A._______ le 21 novembre 1994 et immatriculée au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (AFC) le 1er janvier 1995 en qualité d'assujettie au sens des art. 17 de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258 et les modifications ultérieures) et 21 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures).
Le 17 juillet 2001 (date de la Feuille officielle suisse du commerce [FOSC]), X._______ avait modifié sa raison sociale en X1._______ et transféré tous ses actifs et passifs à une nouvelle société (X._______). Son but avait dès lors été d'acquérir, gérer et vendre des participations, majoritaires ou non, au capital-actions de sociétés diverses, notamment dans tous les domaines de l'informatique, ainsi que d'exercer des mandats de gestion et d'administration liés aux participations et fournir tous services s'y rapportant, notamment une assistance administrative, financière et commerciale. X1._______ avait été radiée du registre des contribuables de l'AFC avec effet au 30 juin 2001.
La nouvelle X._______ est une société anonyme, ayant pour but d'exercer toutes activités dans les domaines de l'informatique (création et développement de logiciels, de matériels, etc.), y compris des activités de conseils, de locations de service et de placement de personnel fixe. Elle est inscrite au registre du commerce de A._______ depuis le 17 juillet 2001 (date de la FOSC) et immatriculée au registre des contribuables de l'AFC depuis le 27 juin 2001.
B.
A la suite d'un contrôle effectué, dans le courant du mois de janvier 2001, auprès de X1._______ (dont la raison sociale était à l'époque encore X._______), l'AFC a établi le décompte complémentaire no 1* du 24 janvier 2001, portant sur un montant de Fr. 8'574.-- plus intérêt moratoire, à titre de TVA pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1996 au 3ème trimestre 2000. Ce décompte n'a pas été contesté et a été acquitté sans réserve.
C.
Constatant ultérieurement que X1._______ et la nouvelle X._______ n'avaient pas imposé les services rendus à Y._______ - société à responsabilité limitée sise à A._______ - l'AFC a, d'une part, adressé le 18 novembre 2004 à X1._______ les décomptes complémentaires no 2* et 3*, portant respectivement sur une somme de Fr. 88'779.-- plus intérêt moratoire, à titre de TVA pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000, et sur un montant de Fr. 48'672.-- plus intérêt moratoire, à titre de TVA pour les périodes fiscales des 1er et 2ème trimestres 2001. D'autre part, l'AFC a établi, également en date du 18 novembre 2004 - à l'attention de X._______ - le décompte complémentaire no 4*, portant sur une somme de Fr. 44'875.-- plus intérêt moratoire, à titre de TVA pour les périodes fiscales allant du 3ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2002.
D.
Par courrier du 15 décembre 2004, X1._______ et X._______, représentées par ***, ont contesté le bien-fondé de la reprise fiscale ressortant des décomptes complémentaires no 2*, 3* et 4*, se prévalant du principe de l'imposition dans le pays de destination.
E.
Par deux décisions formelles datées du 5 avril 2005, l'AFC a confirmé les décomptes complémentaires précités ainsi que la reprise d'impôt en découlant. Elle a également enjoint X._______ - en sa qualité de successeur fiscal de X1._______ concernant les décomptes complémentaires no 2* et 3* et à titre personnel s'agissant du décompte complémentaire no 4* - d'acquitter les dettes fiscales résultant de ces décomptes. L'AFC a exposé, en particulier, que les prestations litigieuses, consistant prétendument en des mises à disposition de personnel, avaient été fournies à un destinataire sis en Suisse.
F.
Par deux réclamations du 29 avril 2005, X._______, agissant par son mandataire, a contesté les deux décisions susdites et conclu à leur annulation. En substance, elle a invoqué une violation du principe de la protection de la bonne foi et de celui de la territorialité. Elle a, en particulier, allégué que ses prestations et celle de X1._______ n'étaient pas destinées à une entreprise suisse. Par courrier du 7 janvier 2008, l'AFC a invité X._______ à lui faire parvenir les justificatifs permettant d'établir la nature des prestations litigieuses. En date du 15 janvier 2008, ladite société a communiqué avoir déjà envoyé l'ensemble des documents à disposition et a réitéré qu'elle-même ainsi que X1._______ n'avaient pas mis de personnel à disposition d'une entreprise suisse.
G.
Par deux décisions du 29 janvier 2008, l'AFC a rejeté les réclamations et confirmé la reprise d'impôt découlant des décomptes complémentaires no 2*, 3* et 4*. S'agissant du premier décompte susdit relatif aux périodes fiscales allant du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000, elle a exposé que les opérations litigieuses étaient constitutives de prestations de services réalisées sur territoire suisse au sens de l'art. 12 al. 1 OTVA. En outre, constatant que celles-ci avaient été fournies à un destinataire en Suisse et utilisées dans ce même pays, l'AFC a considéré qu'elles ne pouvaient bénéficier de l'exonération prévue à l'art. 15 al. 2 let. l OTVA, de sorte qu'elles étaient soumises à l'impôt. En ce qui concerne les deux autres décomptes complémentaires susmentionnés, portant sur les périodes fiscales respectivement des 1er et 2ème trimestres 2001 ainsi que du 3ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2002, l'AFC a estimé que les prestations en cause avaient été fournies sur le territoire suisse conformément à l'art. 14 aLTVA - ce indépendamment de la nature de celles-ci - de sorte qu'elles étaient aussi soumises à l'impôt. Enfin, relevant n'avoir communiqué - à l'occasion du contrôle de janvier 2001- aucun renseignement en relation avec les prestations fournies à Y._______, l'AFC a exposé que le grief de violation du principe de la protection de la bonne foi était dénué de toute pertinence. Son silence ne pouvait, en effet, être interprété comme une acceptation de la non-imposition.
H.
Agissant par son mandataire, X._______ (ci-après : la recourante) interjette un recours contre chacune des deux décisions sur réclamation précitées auprès du Tribunal administratif fédéral. Elle reprend en substance l'argumentation qu'elle avait déjà développée devant l'AFC.
Dans ses deux réponses du 6 mai 2008, l'autorité inférieure conclut au rejet des deux recours, sous suite de frais.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'Administration fédérale des contributions (AFC) peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, les deux mémoires de recours datés du 21 février 2008 contre les décisions sur réclamation de l'AFC du 29 janvier 2008 ont été remis, à l'adresse du Tribunal administratif fédéral - lequel est effectivement compétent - dans le délai légal (art. 50 al. 1 PA). Un examen préliminaire des deux recours révèle en outre que ces actes remplissent les exigences posées à l'art. 52 PA et qu'ils ne présentent aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.2
1.2.1 Le 1er janvier 2010, la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur. Selon l'art. 112 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables, sous réserve de l'art. 113 LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. Aux termes de l'art. 112 al. 2 LTVA, l'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la nouvelle loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant son entrée en vigueur. Ainsi, les opérations effectuées avant le 1er janvier 2010, mais après l'entrée en vigueur le 1er janvier 2001 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 (aLTVA, RO 2000 1300), restent soumises à l'aLTVA. S'agissant des faits et rapports juridiques, ayant pris naissance avant le 1er janvier 2001, c'est l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258), adoptée par le Conseil fédéral le 22 juin 1994, qui est applicable (cf. art. 93 al. 1 et 94 al. 1 aLTVA).
L'OTVA s'applique dès lors au présent litige, en tant qu'il porte sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000. Au surplus, l'aLTVA est applicable pour ce qui est des périodes fiscales respectivement des 1er et 2ème trimestres 2001 ainsi que du 3ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2002.
1.2.2 On rappellera néanmoins que le nouveau droit de procédure relatif à la TVA est applicable, au sens de l'art. 113 al. 3 LTVA, à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de cette loi. Cela étant, l'art. 113 al. 3 LTVA doit être interprété restrictivement, dans la mesure où - conformément à la jurisprudence - seules les normes de procédure au sens étroit doivent être appliquées immédiatement aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3 LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de fait révolus sous l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.2.1, A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 1.2.2, A-617/2008 du 31 mars 2010 consid. 2, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2.2, A-1113/2009 du 23 février 2010 consid. 1.3 et les références citées). Il a ainsi été jugé que les thèmes suivants, notamment, ne relevaient pas du droit de procédure, à savoir l'obligation de tenir une comptabilité, le principe de l'auto-taxation, la taxation par estimation et les intérêts moratoires. S'agissant de ces matières, les juges ont donc fait application de l'ancien droit.
La question de l'application des règles procédurales du nouveau droit serait également susceptible de se poser, s'agissant de l'art. 81 LTVA, qui dispose désormais que (al. 1) la PA est applicable, à l'exclusion de son art. 2 al. 1 et que (al. 3) le principe de la libre appréciation des preuves est applicable, l'acceptation d'une preuve ne devant, par ailleurs, pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuve précis. Cela étant, dans la mesure où l'interprétation de l'art. 113 al. 3 LTVA n'admet que le nouveau droit de procédure au sens étroit, il prime l'application de l'art. 81 LTVA qui ne contient, lui, aucune règle de droit transitoire. D'une part, s'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre donc pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel (et les règles de procédure y relatives) demeure applicable en application de l'art. 113 al. 3 LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.2.1, A-617/2008 du 31 mars 3010 consid. 3.3, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2.3 et A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Par ailleurs, pour les cas pendants, l'art. 81 al. 1 LTVA n'a pas véritablement de portée propre. En effet, il convient de rappeler que l'application de la PA, c'est-à-dire des principes constitutionnels qui y ont trouvé leur expression, est déjà largement la règle devant le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-710/2007 du 24 septembre 2009 consid. 2.2) et que la non-application des art. 12 ss PA ne signifie pas l'exclusion des mesures d'instruction qui y sont énumérées (cf. interprétation historique de l'art. 2 al. 1 PA in : arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5078/2008 du 26 mai 2010 consid. 2.1 in fine, A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 3.1 et A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in : Feuille fédérale [FF] 2008 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 157 p. 1126).
1.3 D'après l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (cf. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (cf. ATF 131 V 224 consid. 1, 128 V 126 consid. 1 et les références citées, 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.3, A-1857/2007 et A-1911/2007 du 6 avril 2010 consid. 1.3 et les références citées).
En l'occurrence, la recourante a déposé deux recours à l'encontre de deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, dans la mesure où elles concernent toutes deux la problématique de la nature et du traitement, sur le plan TVA, des prestations fournies par la recourante à Y._______. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes - l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'OTVA pour les périodes du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000 et la seconde réglant la même question mais cette fois sous l'angle de l'aLTVA pour les périodes fiscales respectivement des 1er et 2ème trimestres 2001 ainsi que du 3ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2002 - ne modifie en rien ce qui précède (cf. décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] 2005-074 et 2005-075 du 10 octobre 2006 consid. 1c). Il convient ainsi de procéder à une jonction de causes, sans qu'il se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-1107/2008 et A-1108/2008 et de rendre un seul arrêt en la matière.
1.4 Le litige concerne la reprise d'impôt découlant des décomptes complémentaires no 2*, 3* et 4* et portant sur des montants respectivement de Fr. 88'779.--, Fr. 48'672.-- et Fr. 44'875.-- plus intérêts moratoires, dus à titre de TVA pour les périodes fiscales du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000, des 1er et 2ème trimestres 2001 ainsi que du 3ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2002. Plus précisément, la question est de savoir quelle est la localisation des opérations fournies par la recourante à Y._______.
Pour y répondre, il apparaît nécessaire d'aborder, dans un premier temps, la notion de prestations de services (consid. 2.1), le rôle de la facture en matière de TVA (consid. 2.2), ainsi que la qualité de destinataire de l'opération (consid. 2.3). Dans un deuxième temps, il y aura lieu de rappeler les conditions régissant la représentation en matière de TVA (consid. 3). Il conviendra, dans un troisième temps, de définir le lieu de la prestation de services, d'une part, sous l'angle de l'OTVA - non sans évoquer les opérations exonérées de l'impôt au sens de l'art. 15 OTVA (consid. 4) - et, d'autre part, sous l'angle de l'aLTVA (consid. 5). Il s'agira enfin d'examiner l'évolution intervenue au niveau du formalisme dans le domaine de la TVA (consid. 6).
2.
2.1 Aux termes des art. 4 let. a et b OTVA et 5 let. a et b aLTVA, sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues de son champ en vertu des art. 14 OTVA et 18 aLTVA, les livraisons de biens et les prestations de services fournies à titre onéreux sur le territoire suisse. Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation, entre lesquelles doit exister un rapport économique étroit. Pour qu'une opération entre dans le champ de la TVA, l'existence d'une contre-prestation est donc nécessaire (cf. ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a et 6a; arrêts du Tribunal fédéral 2C_442/2009 du 5 février 2010 consid. 3.3 in fine et 2A.499/2004 du 1er novembre 2005 consid. 3.1; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2e éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, ch. 159 ss p. 76 ss; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 35 ss; Daniel Riedo, Von Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6 p. 223 ss spéc. ch. 6.4.2 p. 239 ss).
En outre et conformément aux art. 6 al. 1 OTVA et 7 al. 1 aLTVA, est réputée prestation de services toute prestation qui ne constitue pas la livraison d'un bien (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.499/2004 du 1er novembre 2005 consid. 3.1; Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 71 p. 564 et vol. 69 p. 892; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 217 p. 228). Selon les art. 5 OTVA et 6 aLTVA, il y a livraison d'un bien lorsque le pouvoir de disposer économiquement d'un bien est accordé à une personne en son propre nom, lorsqu'un bien sur lequel des travaux ont été effectués est remis, même si ce bien n'a pas été modifié, mais simplement examiné, étalonné, réglé, contrôlé dans son fonctionnement ou traité d'une autre manière, ou lorsqu'un bien est mis à la disposition d'un tiers à des fins d'usage ou de jouissance (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6743/2009 du 3 mai 2010 consid. 2.2.1, A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 2.2, A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.1).
S'agissant plus spécifiquement de la mise à disposition de personnel, la jurisprudence a admis la qualification de cette opération comme une prestation de services en principe imposable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 et 2A.502/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1).
2.2 Pour déterminer l'existence et l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il s'agit avant tout de considérer les choses d'un point de vue économique. Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe seulement un caractère d'indice et ne peuvent à eux seuls justifier une classification ayant valeur décisive (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_510/2007 du 15 avril 2008 consid. 2.3 et 2A.47/2006 du 6 juillet 2006 consid. 3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5460/2010 du 12 mai 2010 consid. 2.4 et les références citées, A-1656/2006 à A-1659/2006 du 19 mars 2009 consid. 2.1.3 et les références citées; Daniel Riedo, op. cit., p. 112).
Il convient également de relever ici l'importance déterminante que revêt la facturation en matière de TVA. Selon un principe admis, elle constitue un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3 et 5; arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 6.7, 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.2, 4P.166/2006 et 4C.230/2006 du 9 novembre 2006 consid. 5.2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 5.2, A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 3.4 et les références citées; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 459 p. 144; Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 220 s.). En outre, et suivant la « théorie des stades », la facture crée un stade distinct dans la chaîne des opérations TVA, son rôle dépassant donc celui du simple titre (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 6.5; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.2 confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2008 du 13 octobre 2009).
2.3
2.3.1 S'agissant de la qualité de destinataire de la prestation, il faut tout d'abord rappeler la présomption selon laquelle le destinataire de la facture est également le destinataire des opérations fournies (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006 consid. 1.1 et 3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.1 et les références citées; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 194 p. 221). Autrement dit, le destinataire est celui qui s'est fait promettre la prestation, même si celle-ci entre finalement dans le patrimoine d'un tiers. Le destinataire n'est donc pas nécessairement le bénéficiaire de la prestation. Il arrive fréquemment que le destinataire se fasse promettre une prestation pour autrui. En outre, il n'importe pas de savoir qui effectue la contre-prestation : ce peut être le destinataire de la prestation ou un tiers qui le fait à sa place (cf. arrêt du Tribunal fédéral A.202/2006 du 27 novembre 2006 consid. 3.2; Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 88; Ivo P. Baumgartner, in : mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, ch. 15 ad art. 38 aLTVA; cf. également art. 26 al. 2, 1re phrase OTVA et 33 al. 2, 1re phrase aLTVA).
2.3.2 Cela étant, on notera que l'AFC peut - tout particulièrement, en matière d'exportation d'opérations TVA - refuser le droit à la déduction pour cause d'abus de droit lorsqu'il est prouvé que le destinataire, sis à l'étranger, indiqué sur la facture ne correspond pas en réalité au destinataire de la prestation (cf. Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in : Festschrift SRK - Mélanges CRC [ci-après : Mélange CRC], Lausanne 2004, p. 71-72 et les références citées). Il faut cependant que la preuve de l'abus ou de la divergence entre le destinataire de la facture et celui de la prestation soit apportée par l'administration (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.1; décision de la CRC 2005-021 du 20 mars 2006 consid. 2b/b, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006).
Pour déterminer - dans une telle hypothèse - le destinataire matériel des prestations, il faut d'abord considérer les choses dans une perspective économique (cf. Revue fiscale [RF] 2003 p. 542 consid. 3.2; Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2005 II 174 consid. 3.3), les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ayant - comme déjà dit - en principe seulement une valeur d'indice et ne pouvant à eux seuls justifier une classification ayant valeur générale (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les références citées; Stephan Kuhn/Peter Spinnler, Mehrwertsteuer, Muri/Berne 1994, p. 38 in fine et 41; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2 et les références citées).
3.
Il y a lieu, par ailleurs, de rappeler la distinction fondamentale entre représentation directe et indirecte. En effet, le système de la taxe sur la valeur ajoutée distingue représentation directe (art. 10 al. 1 OTVA et 11 al. 1 aLTVA) et indirecte (art. 10 al. 2 OTVA et 11 al. 2 aLTVA).
3.1
3.1.1 Si le représentant agit comme simple intermédiaire de prestations, de manière à ce que l'opération se réalise directement entre le représenté et le tiers, il n'y a de chiffre d'affaires imposable qu'entre ces deux derniers (art. 10 al. 1 OTVA et 11 al. 1 aLTVA). Plus précisément, seule la commission prélevée par le représentant direct est alors imposée au sens de la TVA. Pour qu'il s'agisse d'un rapport de représentation directe, il est toutefois nécessaire que le représentant agisse expressément au nom et pour le compte du représenté. Ceci résulte clairement du texte des art. 10 al. 1 OTVA et 11 al. 1 aLTVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_442/2009 du 5 février 2010 consid. 2.4.2, 2C_229/2008 du 13 octobre 2008 consid. 4.3, 2A.290/2004 du 24 mai 2004 consid. 2 et 2A.272/2002 du 13 janvier 2003 consid. 2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5876/2008 du 24 mars 2010 consid. 2.2 in fine et A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.4). La simple intermédiarité au sens technique suppose dès lors, pour tous les types de livraisons ou de prestations de services, que le représentant ait agi expressément au nom et pour le compte d'un représenté, lequel a été désigné, en tant que tel, nommément et en temps utile, au tiers en question (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 6.7 et 2A.272/2002 du 13 janvier 2003 consid. 3.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 2.3).
Il ne suffit donc pas que le représentant indique simplement qu'il agit pour le compte d'un tiers, sans indiquer l'identité du tiers en question (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_359/2008 du 23 février 2009 consid. 6.3; JAAC 70.7 consid. 5b et 64.110 consid. 4b; Pierre-Marie Glauser, in : mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, ch. 14 ad art. 11 aLTVA; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.3 et A-1462/2006 du 6 septembre 2007 consid. 2.2.2). Il ne suffit pas non plus que l'identité des représentés soit portée à la connaissance des tiers. Il faut encore que cette communication mentionne expressément l'existence du rapport de représentation directe, ainsi que les opérations concernées (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 6.7; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 2.3). En effet, selon une jurisprudence constante, il y a lieu de se fonder sur la manière dont le représentant a agi vis-à-vis des tiers (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.6.1 in Archive vol. 76 p. 627 ss), un chiffre d'affaires étant attribué du point de vue de la TVA à celui qui agit en son propre nom par rapport aux tiers (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5460/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.2 in fine, A-5876/2008 du 24 mars 2010 consid. 2.2 et A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 2.1; JAAC 68.71 consid. 2b). La manière dont l'assujetti se présente vis-à-vis des tiers revêt ainsi une importance cruciale, indépendamment du fait de savoir comment s'analysent les relations des parties sur le plan du droit civil (cf. Glauser, op. cit., ch. 3 et 17 ad art. 11 aLTVA).
3.2 Il y a en revanche représentation indirecte lorsque le représentant agit certes pour le compte d'un tiers - qui profitera en définitive de l'effet économique de l'acte - mais non pas expressément au nom de celui-ci (art. 10 al. 2 OTVA et 11 al. 2 aLTVA). Dans un tel cas, il y a alors livraison aussi bien entre le représenté et le représentant qu'entre le représentant et le tiers (cf. décision de la CRC in : TVA-Journal 4/00 p. 186 consid. 2b [confirmée par le Tribunal fédéral et publiée dans la RDAF 2001 II 362]; JAAC 64.80 consid. 5a/aa et 63.24 consid. 3a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 2.4 et A-1374/2006 du 21 janvier 2008 consid. 2.2). Dans le cadre d'une prestation de services également, l'intervention d'un représentant indirect entraîne, selon l'OTVA et l'aLTVA, une double prestation : une première du prestataire de services au représentant et une seconde du représentant au destinataire de la prestation. Dans cette situation, l'OTVA et l'aLTVA introduisent une fiction totale, puisque la même prestation de services ne peut, en principe, pas être fournie deux fois, contrairement à un bien qui peut être livré à deux reprises (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 2.4 et A-1428/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4; Mollard, Mélanges CRC, ch. 4.2.4.2 p. 70).
4.
4.1 En tant qu'impôt ayant pour objet la dépense de consommation des particuliers, la TVA doit être prélevée au moment et au lieu où la prestation est consommée. C'est pourquoi, lorsque la prestation est fournie dans un pays (pays d'origine) et consommée dans un autre (pays de destination), la TVA doit être prélevée dans ce dernier (principe du pays de destination, aussi appelé « principe de l'imposition dans le pays de destination »). Ce principe peut être mis en oeuvre de deux manières. Selon la première méthode, les biens et les services sont assujettis à la taxe, mais font l'objet d'une exonération proprement dite (détaxation), soit d'une imposition au taux zéro, dans le pays d'origine; leur exportation donne droit à la déduction de la charge fiscale préalable. Les biens et services sont imposés dans le pays de destination. L'autre méthode consiste à définir le lieu de l'opération imposable de telle manière que celle-ci soit soumise à la souveraineté fiscale du pays de destination. L'opération n'est alors passible de la TVA que dans ce pays, qui est également celui de la consommation des biens et services; l'impôt préalable peut néanmoins être déduit dans le pays d'origine (cf. ATF 133 II 153 consid. 3; Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 3, 22 et 259).
4.2 Comme déjà dit, l'art. 4 let. b OTVA soumet à l'impôt notamment les prestations de services fournies à titre onéreux sur territoire suisse. La condition que l'opération soit effectuée sur le territoire suisse soulève la question du lieu des prestations de services imposables, qui est réglée à l'art. 12 OTVA. Selon son al. 1 est réputé, en principe, lieu d'une prestation de services l'endroit où le prestataire a son siège social ou un établissement stable à partir duquel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement stable, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité. L'art. 12 al. 2 OTVA contient des règles spéciales pour certaines prestations de services, à savoir celles tendant à préparer ou à coordonner des travaux immobiliers, les prestations de transports ainsi que les activités accessoires aux transports, dont le lieu est fixé respectivement à l'endroit de la construction, dans le pays où le parcours est effectué et au lieu où l'activité est à chaque fois effectivement exercée. En vertu des art. 4 et 12 al. 1 OTVA, les prestations de services qu'un prestataire suisse fournit à un destinataire ayant son siège ou son domicile à l'étranger sont, en principe, localisées en Suisse et, partant - dans un premier temps et sous réserve du considérant ci-dessous - techniquement imposables (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.1; arrêt du Tribunal fédéral 2C_458/2009 du 26 mars 2010 consid. 2.2.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 4.1; JAAC 68.53 consid. 5b et les références citées).
4.3
4.3.1 Cela dit, en effet, parmi les opérations qui sont exonérées de l'impôt, avec droit à la déduction de l'impôt préalable, l'art. 15 OTVA mentionne « d'autres prestations de services [que celles énumérées aux lettres précédentes] imposables qui sont fournies à un destinataire ayant son siège social ou son domicile à l'étranger, à condition qu'elles soient utilisées ou exploitées à l'étranger » (al. 2 let. l). Cette disposition réalise le principe du pays de destination en suivant la première des deux méthodes décrites ci-dessus (cf. consid. 4.1; cf. également ATF 133 II 153 consid. 4.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_458/2009 du 26 mars 2010 consid. 2.2.1 et 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 4.2 et les références citées, A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 3.1 et 3.2 et les références citées; JAAC 68.53 consid. 5c).
4.3.2 Au sens de l'art. 15 al. 2 let. l OTVA, les conditions permettant de bénéficier de l'exonération sont donc au nombre de deux (cumulatives et non alternatives) : premièrement, que le destinataire ait son siège social ou domicile à l'étranger et, deuxièmement, que la prestation soit utilisée ou exploitée à l'étranger. Il ressort d'une analyse logique de la construction de cette disposition que la condition du siège social, respectivement du domicile, est la condition essentielle. La condition supplémentaire de l'usage à l'étranger a été introduite pour éviter d'éventuels abus, et non pas assurément pour élargir l'exonération à tout ce qui est consommé à l'étranger, indépendamment des caractéristiques du destinataire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 4.2 et les références citées, ou acquises de l'étranger, A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 3.2 et les références citées; décision de la CRC 2005-074 et 2005-075 du 10 octobre 2006 consid. 3a/cc; JAAC 68.53 consid. 5c).
4.3.3 Le lieu d'utilisation ou d'exploitation des prestations de services visées par l'art. 15 al. 2 let. l OTVA est réglé par les Instructions à l'usage des assujettis TVA (ch. 557a ss des Instructions 1997) et, de manière plus détaillée, par la notice no 13 de l'AFC concernant l'exonération de certaines prestations de services fournies à l'étranger ou acquises de l'étranger (ci-après : notice no 13 dans sa teneur au 31 janvier 1997, ch. 2; cf. ATF 133 I 153 consid. 4.2).
Selon la pratique administrative, il y a utilisation ou exploitation de prestations de services à l'endroit où le destinataire à son siège sociale ou son domicile. Il ne peut y avoir exonération avec droit à la déduction de l'impôt préalable que si l'on peut prouver que la prestation est consommée à l'étranger. Dans le cas d'exportation de biens, ceci n'est guère problématique. Il y a passage de la frontière par les biens, qui est attesté par l'autorité douanière et les papiers douaniers correspondants. Ceux-ci fournissent en même temps la preuve du fait que le bien est consommé à l'étranger (art. 16 al. 1 OTVA). Il en va autrement des prestations de services. En l'absence d'un mouvement physique de marchandises, le droit en vigueur doit se rattacher au siège social, respectivement au domicile du destinataire de la prestation. Si le destinataire de la prestation à son siège social, respectivement son domicile à l'étranger, on admet - du moins en relation avec d'autres indications ressortant de copies de factures, de pièces justificatives du paiement, de contrat, etc. - que la prestation de services est consommée à l'étranger, respectivement qu'elle y est utilisée ou exploitée. Aussi, en l'absence d'une alternative et dans l'idée de mettre en pratique le principe du pays de destination, respectivement le principe du domicile, l'exigence de l'indication du siège social, respectivement du domicile du destinataire par le prestataire est indispensable et, par voie de conséquence, justifiée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.541/2006 du 21 février 2007 consid. 2.3 et 2A.247/2000 du 20 avril 2001 consid. 2e; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 4.2 et A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 3.2; JAAC 64.112 consid. 3e). A ce sujet, il s'impose encore de relever que la présomption, selon laquelle il y a utilisation ou exploitation de prestations de services à l'endroit où le destinataire à son siège social ou son domicile présuppose que l'on ait affaire de manière prouvée à des prestations immatérielles (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2). Cette présomption est, en outre, réfragable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 4.2 et A-15511/2006 du 3 septembre 2007 consid. 2.2.3; décision de la CRC 2002.051 du 30 juin 2003 consid. 2c et 3b; JAAC 70.103 consid. 2c/bb).
4.4
4.4.1 Selon l'art. 16 al. 1, 2e phrase OTVA, le droit à l'exonération des prestations de services fournies à l'étranger doit être prouvé par des documents comptables et des pièces justificatives. Le Département fédéral des finances (DFF) décide de quelle manière l'assujetti doit fournir la preuve (art. 16 al. 2, 1re phrase OTVA). A ce propos, il sied de relever que l'art. 81 LTVA n'a aucune incidence sur l'application de l'art. 16 OTVA, cette disposition continuant à être pertinente pour les procédures pendantes au 1er janvier 2010 et portant sur des faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant le 1er janvier 2001 (cf. consid. 1.2.2 ci-avant; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-617/2008 du 31 mars 2010 consid. 3.3 et 3.4 et les références citées). Cela étant précisé, on notera que - dans la mesure où elle met le fardeau de la preuve à la charge de l'assujetti - la règle prescrite par l'art. 16 OTVA correspond au principe général selon lequel il appartient au fisc de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3; arrêt du Tribunal fédéral 2A.507/2002 du 31 mars 2004 consid. 3.3 et les références citées; Xavier Oberson/Annie Rochat Pauchard, La jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de TVA rendue en 200, in : Archives 72 p. 27 ss spéc. p. 33).
4.4.2 Les exigences en matière de preuve sont précisées dans les Instructions, qui prescrivent les pièces à produire, ainsi que les indications que celles-ci doivent comporter. Au chapitre 6, intitulé « Opérations exonérées de la TVA, avec droit à la déduction de l'impôt préalable; preuve », les Instructions 1997 (cf. ch. 567) disposent que sont réclamés à titre de preuves des copies de factures et des pièces justificatives du paiement, ainsi que des procurations écrites (fiduciaires, avocats, notaires, etc.), des contrats et mandats, pour autant que ceux-ci aient été établis ou conclus. Il doit ressortir clairement des documents précités le nom/la raison sociale, l'adresse et le lieu de domicile/du siège de l'acquéreur ou du client, ainsi que des indications détaillées sur le genre et l'utilisation des prestations fournies. Les Instructions 1994 à l'usage des assujettis TVA (cf. ch. 567) réclamaient en tant que preuves des mandats écrits, des contrats écrits ou une procuration écrite (fiduciaires, avocats, notaires, etc.), des copies de factures, ainsi que des documents prouvant le paiement, desquels devaient ressortir avec clarté le nom/la maison, l'adresse et le lieu de domicile/siège de l'acquéreur ou du client, ainsi que des indications détaillées sur le genre et l'utilisation des prestations fournies (cf. sur la question des preuves, ATF 133 II 153 consid. 4.3; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2007 consid. 3.3, 2A.546/2003 du 14 mars 2005 consid. 2.5 et les références citées, 2A.507/2002 du 31 mars 2004 consid. 3.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 4.2 JAAC 64.112 consid. 3c et 68.53 consid. 5e).
Matériellement, ces prescriptions sont donc sensiblement les mêmes qu'il s'agisse des éditions 1994 ou 1997 : de manière générale, l'assujetti doit fournir des factures (en copies), des pièces attestant le paiement ainsi que des contrats, pour autant que ceux-ci aient été établis par écrit. Les documents en question doivent permettre d'identifier clairement le destinataire des prestations (nom ou raison sociale, domicile ou siège, adresse) et de connaître de manière détaillée la nature et l'utilisation de celles-ci. L'indication précise de la nature des prestations revêt une importance particulière compte tenu du fait que la détermination du lieu d'utilisation ou d'exploitation des prestations (cf. consid. 4.3 ci-avant) et, partant, leur exonération en dépendent (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.3 et 2A.507/2002 du 31 mars 2004 consid. 3.4.
5.
L'art. 5 aLTVA soumet à l'impôt notamment les prestations de services fournies à titre onéreux sur territoire suisse (let. b).
5.1
5.1.1 Intitulé « Lieu de la prestation de services », l'art. 14 aLTVA dispose à son al. 1 que - sous réserve des al. 2 et 3 - est réputé lieu de la prestation de services l'endroit où le prestataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable à partir duquel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité (cf. ATF 133 II 153 consid. 5.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1558/2006 du 3 décembre 2009 consid. 4.1, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.2 et A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 142 p. 207).
5.1.2 L'al. 2 de cette disposition règle d'abord, d'une manière analogue à l'art. 12 al. 2 OTVA, le lieu des prestations de services qui se rapportent à un bien immobilier, des prestations de transport ainsi que des activités accessoires aux transports. Il définit ensuite le lieu des prestations artistiques, scientifiques, didactiques, sportives, récréatives et des prestations analogues (let. d) ainsi que des prestations dans le domaine de la coopération internationale au développement et de l'aide humanitaire (let. e; cf. ATF 133 II 153 consid. 5.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1558/2006 du 3 décembre 2009 consid. 4.2, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.2 et A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 146 p. 209; Alois Camenzind, in : mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, ch. 17 ss ad art. 14 aLTVA).
5.1.3 Pour sa part, l'al. 3 de l'art. 14 aLTVA établit une liste exhaustive de prestations de services - dites immatérielles (cf. Xavier Oberson, Qualification et localisation des services internationaux en matière de TVA, in : Archives vol. 69 p. 403 ss spéc. p. 414 [ci-après : Archives vol. 69 p. 403 ss]) - qui sont localisées à l'endroit où le destinataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable pour lequel les prestations de services sont fournies ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1558/2006 du 3 décembre 2009 consid. 4.3 et les références citées, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.2 et 3.1.3, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3 et 4.4 et les références citées; Camenzind, op. cit., ch. 20 et 90 ad art. 14 aLTVA). L'art. 14 al. 3 aLTVA fait ainsi exception à la règle générale, le lieu de la prestation se déterminant en fonction du destinataire et non du prestataire. Dès le moment où leur destinataire se trouve à l'étranger, les prestations visées à l'art. 14 al. 3 aLTVA sont localisées à l'étranger et, partant, ne sont pas imposables en Suisse, conformément au principe du pays de destination qui est ici mis en oeuvre à l'aide de la seconde des méthodes décrites ci-dessus (cf. consid. 4.1; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-617/2008 du 31 mars 2010 consid. 3.1, A-1558/2006 du 3 décembre 2009 consid. 4.3, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.2 et 3.1.3, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3 et 4.4).
5.2
5.2.1 S'agissant des exigences de preuve, l'art. 20 al. 1, 3e phrase aLTVA dispose que pour les prestations de services fournies à l'étranger, le droit à l'exonération doit être prouvé par des documents comptables et des pièces justificatives. Le DFF règle les modalités de la preuve que l'assujetti doit rapporter pour obtenir la reconnaissance de la fourniture de prestations de services à l'étranger (art. 20 al. 2 aLTVA). A cet égard, il s'impose de rappeler que l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2010, de la LTVA n'a aucune incidence sur l'application de l'art. 20 aLTVA, cette disposition continuant à être pertinente pour les procédures pendantes au 1er janvier 2010 (cf. consid. 1.2.2 et 4.4.1 ci-avant; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-617/2008 du 31 mars 2010 consid. 3.3 et 3.4 et les références citées). Il sied encore de relever que - dans la mesure où elle met le fardeau de la preuve à la charge de l'assujetti - la règle de l'art. 20 aLTVA correspond, tout comme l'art. 16 al. 1 OTVA, au principe général, déjà énoncé au consid. 4.4.1 ci-avant, selon lequel il appartient au fisc de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.534/2004 du 18 février 2005 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.4.1, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 5.2 et A-1416/2006 du 27 septembre 2007 consid. 3.2).
5.2.2 Les Instructions 2001 contiennent des précisions (ch. 388) qui sont en substance identiques à celles des Instructions 1997. Les documents doivent notamment renseigner de manière détaillée sur le genre des prestations fournies, ce qui revêt une importance particulière dans la mesure où cela détermine leur rattachement local et, partant, leur soumission à la TVA suisse : leur localisation dépend du point de savoir si elles entrent dans l'une des catégories des al. 2 et 3 de l'art. 14 aLTVA ou si elles tombent sous le coup de la règle générale de l'al. 1. On peut affirmer ainsi que le passage du système de l'OTVA à celui de l'aLTVA n'a pas apporté de modification du point de vue des exigences de preuve. En particulier, l'indication de la nature des prestations de services dans les factures et autres documents, qui était nécessaire pour déterminer leur lieu d'utilisation - critère dont l'ordonnance faisait dépendre leur exonération - demeure indispensable sous l'empire de l'ancienne loi, puisqu'elle permet de les localiser et de déterminer par là si elles sont, ou non, imposables en Suisse (cf. ATF 133 II 153 consid. 5.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.3; 2A.478/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.4 et 2A.546/2003 du 14 mars 2005 consid. 2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-617/2008 du 31 mars 2010 consid. 3.2, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.4.1, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 5.3 et les références citées, A-1416/2006 du 27 septembre 2007 consid. 3.3 et 3.4; JAAC 69.64 consid. 2d et les références citées).
5.2.3 Il sied encore de souligner que la preuve de l'exportation de biens et de prestations de services est soumise à des exigences particulièrement rigoureuses, compte tenu du fait qu'il n'est en général pas possible d'effectuer un contrôle auprès du destinataire sis à l'étranger. En Europe, les cas où des exportations de biens ou de prestations de services ont été exonérées indûment - parfois à la suite de manoeuvres frauduleuses - sont nombreux. Pour ces raisons, des pièces établies après coup, à la suite d'un contrôle fiscal, ne peuvent être prises en considération. A ce propos, la jurisprudence a eu l'occasion de préciser que pour éviter tout abus, il ne saurait être question de tenir compte de documents non contemporains aux opérations concernées (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2 in fine; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4, 2C_470/2007 du 19 février 2008 consid. 3.4 et 2A.546/2003 du 14 mars 2005 consid. 2.6 et 3.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 4.2.2 et A-1416/2006 du 27 septembre 2007 consid. 3.4; décision de la CRC 2005-074 et 2005-075 du 10 octobre 2006 consid. 4c).
6.
6.1 La novelle du 24 mai 2006 (RO 2006 2353) de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aOLTVA, RO 2000 1347) a introduit une section 14a intitulée « Traitement des vices de forme » qui comporte le seul art. 45a, ainsi qu'une section 7a intitulée « Facturation », dont l'unique disposition est l'art. 15a.
Cette novelle est entrée en vigueur le 1er juillet 2006. Toutefois, dans sa communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 (cf. Traitement des vices de forme, Introduction, en ligne sur le site internet de l'AFC www.estv.admin.ch / documentation / publications / taxe sur la valeur ajoutée / LTVA jusqu'à 2009 / communications concernant la pratique / publiées en 2006), l'AFC a indiqué qu'elle n'appliquerait pas ces dispositions uniquement pour l'avenir, mais également de manière rétroactive, pour toutes les contestations pendantes au 1er juillet 2006 (cf. communication concernant la pratique, op. cit., Introduction in fine). Conformément à l'intention du Conseil fédéral (cf. communication du DFF du 24 mai 2006), la jurisprudence a déjà observé que ces normes, qui mettent un frein à une application excessivement rigide des prescriptions formelles de la loi, s'appliquent également aux cas encore pendants, soit aussi bien ceux soumis à l'aLTVA que ceux régis par l'OTVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2007 consid. 3.5 et 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 4; plus réservé, ATF 133 II 153 consid. 7.4; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 5.1, A-1416/2006 du 27 septembre 2007 consid. 4.1 et les références citées). A cet égard, il s'impose encore de relever que l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2010, de la LTVA n'a aucune incidence sur l'application de l'art. 45a aOLTVA, cette disposition continuant à être pertinente pour les procédures pendantes au 1er janvier 2010 (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5876/2008 du 24 mars 2010 consid. 3.2.2 et les références citées).
6.2 De manière générale, l'art. 45a aOLTVA dispose qu'un vice de forme n'entraîne pas à lui seul une reprise d'impôt s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou cette même ordonnance, sur l'établissement de justificatifs. Les formes prescrites par les normes législatives ou/et par la pratique administrative doivent donc être appliquées sans formalisme outrancier, mais avec pragmatisme. Cela étant, il n'est pas concevable de prétendre que l'art. 45a aOLTVA puisse primer, voire effacer la teneur des termes de la loi elle-même. Il convient de garder à l'esprit que l'art. 45a aOLTVA concerne uniquement les vices de forme. Il ne protège aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation des conditions matérielles (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6048 du 10 décembre 2009 consid. 3.3 et les références citées, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.2.2 et les références citées, A-1418/2008 du 14 mai 2008 consid. 7.2, A-1416/2006 du 27 septembre 2007 consid. 4.2, A-1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 3.3 et A-1352/2006 du 25 avril 2007 consid. 6).
6.3 S'agissant de la preuve en cas de fourniture de prestations de services à l'étranger notamment au sens de l'art. 14 al. 3 aLTVA, l'AFC a assoupli le formalisme résultant de sa pratique ainsi que cela ressort de la communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 (p. 6, ch. 2.3.1), déjà citée sous consid. 6.1 ci-avant. Elle admet que désormais si, compte tenu de l'ensemble des circonstances (p. ex. correspondance, contrats, mandats, décomptes, procurations, etc.), on peut tenir pour vraisemblable que la prestation facturée à l'étranger constitue une prestation de services au sens de l'art. 14 al. 3 aLTVA, l'exonération de l'impôt est possible même si la désignation de la prestation est imprécise dans la facture (cf. ATF 133 II 153 consid. 6.2).
Quoi qu'il en soit, ainsi qu'on l'a déjà rappelé ci-dessus (cf. consid. 6.2), l'art. 45a aOLTVA vise uniquement les vices de forme et n'a aucun effet sur les vices matériels ou l'absence de réalisation des conditions matérielles. Dès lors, cette disposition ne change rien au fait que la nature des prestations doit être établie et que la preuve en incombe à l'assujetti qui soutient qu'elles sont exonérées (au sens notamment de l'art. 15 al. 2 let. l OTVA) ou ne sont pas imposables en raison de leur localisation à l'étranger (en vertu notamment de l'art. 14 al. 3 aLTVA). La règle selon laquelle la preuve de l'exportation de prestations de services ne peut être rapportée à l'aide de documents établis après coup, à la suite d'un contrôle fiscal, ne s'en trouve pas affectée non plus. En ce sens, il y a lieu de considérer que l'assouplissement adopté par l'AFC, décrit au ch. 2.3.1 de la communication du 27 octobre 2006, s'inscrit en marge de la loi et ne respecte pas le principe de la légalité, dans la mesure en tout cas où l'AFC en arriverait à nier la nécessité de prouver par des documents comptables et des pièces justificatives le droit à l'exonération ou la localisation à l'étranger des prestations de services (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2 et 7.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.2.3 et les références citées, A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 5.3, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 7.3, A-27 septembre 2007 du 27 septembre 2007 consid. 4.4 et A-1344/2006 du 11 septembre 2007 consid. 3.3.4).
6.4 Ainsi que cela ressort de la communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 (p. 3, ch. 2.1), déjà citée ci-avant, l'AFC a également assoupli le formalisme résultant de sa pratique en matière de représentation directe, compte tenu de l'introduction de l'art. 45a aOLTVA. Elle admet que, même si les conditions figurant dans les Instructions sur la TVA ne sont pas remplies, il y a tout de même représentation directe, pour autant (a) qu'il ressorte clairement de l'ensemble des documents pertinents que le contrat a été réalisé directement entre le prestataire et le destinataire, (b) que le représentant ne fournisse aucune prestation à l'acquéreur final ou qu'il n'ait pas à se porter garant de la prestation de l'une ou l'autre des parties au contrat (le représentant ne supporte pas le risque de ducroire ni aucune garantie etc.), (c) que l'opération commerciale ait été correctement comptabilisée, en particulier que seule la commission ait été enregistrée chez le représentant, (d) que le représenté soit reconnaissable par le tiers et que l'ensemble des documents permettent de l'identifier clairement et (e) que le représentant fournisse un décompte au représenté (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6048 du 10 décembre 2009 consid. 3.4).
Cela étant - comme rappelé ci-dessus (cf. consid. 6.2) - l'art. 45a aOLTVA vise uniquement les vices de forme et n'a aucun effet sur les vices matériels ou l'absence de réalisation des conditions matérielles. Or, l'exigence d'agir expressément au nom et pour le compte du représenté (cf. consid. 3.1.1 ci-avant) constitue précisément une condition matérielle du rapport de représentation directe. Il s'ensuit que l'application de l'art. 45a aOLTVA est exclue lorsque le représentant n'agit pas expressément au nom et pour le compte du représenté (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6048 du 10 décembre 2009 consid. 3.4, A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.5.4, A-1379/2006 du 10 septembre 2007 consid. 2.3, A-1462/2006 du 6 septembre 2007 consid. 2.2.4). L'assouplissement adopté par l'AFC, décrit au ch. 2.1 de la communication du 27 octobre 2006, s'inscrit également en marge de la loi et ne respecte pas le principe de la légalité, dans la mesure en tout cas où l'AFC en arriverait à nier la nécessité d'agir expressément au nom et pour le compte du représenté (cf. consid. 6.3 ci-avant; cf. également A-6048 du 10 décembre 2009 consid. 3.4).
7.
En l'espèce, il incombe au Tribunal de céans de se déterminer sur la reprise d'impôt découlant des décomptes complémentaires no 2*, 3* et 4* et portant sur des montants respectivement de Fr. 88'779.--, Fr. 48'672.-- et Fr. 44'875.-- plus intérêts moratoires, dus à titre de TVA pour les périodes fiscales du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000, des 1er et 2ème trimestres 2001 ainsi que du 3ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2002. Dans un premier temps, il s'agira de vérifier, dans cet ordre, si les opérations en cause répondent bien à la notion de prestations de services (consid. 8.1), si Y._______ est bien le destinataire des opérations litigieuses (consid. 8.2) et, cas échéant, si les conditions légales posées en matière de représentation directe sont réalisées, soit si ladite société à responsabilité limitée a agi en qualité de simple intermédiaire de sociétés du groupe ayant leur siège à l'étranger (consid. 8.3). Il y aura ensuite lieu de tirer les conséquences qui s'imposent dans le cas présent (consid. 8.4). Dans un deuxième temps, il conviendra de se prononcer sur les exigences de preuve au sens des art. 16 OTVA et 20 aLTVA (consid. 9.1) et d'examiner si l'introduction de l'art. 45a aOLTVA concernant le traitement des vices de forme conduit à une appréciation différente de la situation (consid. 9.2).
8.
8.1 Dans le cas précis, il n'est pas contesté par la recourante que les opérations en question sont des prestations de services. L'ensemble des pièces tend d'ailleurs à démontrer que ces opérations ne constituent nullement des livraisons de biens, de sorte qu'il s'agit de prestations de services conformément aux art. 6 al. 1 OTVA et 7 al. 1 aLTVA (cf. consid. 2.1 ci-avant). Dans ces conditions, il y a lieu de se rallier à la qualification du rapport de droit donnée par l'AFC - non remise en cause par la recourante - selon laquelle on se trouve bien en présence de prestations de services.
8.2
8.2.1 Dans le cadre de la procédure devant l'AFC, la recourante a notamment produit une série de factures émises entre le 4ème trimestre 1999 et le 1er trimestre 2002 (cf. pièce no 4 du dossier de l'AFC). A teneur de ces pièces - qui sont, en particulier, établies sur le papier à en-tête de la recourante - il apparaît que cette dernière en est l'auteure et qu'elle a agi en son propre nom. La recourante ne conteste d'ailleurs pas ce point. Il s'impose de relever que lesdites factures sont toutes adressées à Y._______, dont le siège se situait et se situe toujours à A._______. C'est le lieu de rappeler l'importance déterminante que revêt la facturation en matière de TVA. D'une part, elle constitue un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. consid. 2.2 ci-avant). D'autre part, elle crée la présomption selon laquelle le destinataire de la facture est également le destinataire des opérations fournies (cf. consid. 2.3.1 ci-avant).
Il s'ensuit que - dans la mesure où les factures relatives aux prestations de services en question ont été établies à l'attention de Y._______ - cette société doit en être considérée comme la destinataire. C'est notamment elle qui s'est fait promettre les opérations querellée. Ici, il importe peu que lesdites prestations de services soient finalement entrées dans le patrimoine d'un tiers. En effet, le destinataire ne doit pas nécessairement être le bénéficiaire de l'opération TVA. Aussi, les termes « Work carried out outside of Switzerland [...] » ou « Work carried outside of Switzerland [...] » utilisés dans certaines factures émises durant les périodes fiscales concernées ne permettent pas de renverser la présomption, selon laquelle Y._______ - en tant destinataire des factures - est également la destinataire des prestations de services litigieuses. Il n'est également pas déterminant de savoir qui de la société à responsabilité limitée susdite ou d'un éventuel tiers a effectué la contre-prestation.
8.2.2 Par ailleurs, cette présomption ne saurait être renversée, ni par le récapitulatif des factures établi par la recourante le 4 octobre 2004 et mentionnant le lieu où les prestations auraient été effectuées (cf. pièce no 4 du dossier de l'AFC), ni par le courriel du 10 février 2008 de l'un de ses employés (cf. pièce no 5 du dossier du recourant). En effet, lesdits documents, déposés respectivement devant l'autorité inférieure et le Tribunal administratif fédéral, ne sont pas contemporains aux opérations concernées, mais ont été établis à la suite d'un contrôle fiscal. Or, les pièces établies après coup ont, sur le plan fiscal, une valeur probante quasi nulle (cf. consid. 5.2.3 ci-avant; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral du A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 6.1.1). Selon une appréciation rigoureuse des preuves, le récapitulatif des factures du 4 octobre 2004 et le courriel du 10 février 2008 susmentionnés ne sauraient donc être pris en considération dans l'établissement de l'identité du destinataire des prestations de services en cause.
8.3
8.3.1 Comme déjà dit, les pièces au dossier, soit les factures émises entre le 4ème trimestre 1999 et le 1er trimestre 2002 par la recourante (cf. pièce no 4 du dossier de l'AFC) - qui sont ainsi les seules à revêtir une valeur probante suffisante - sont établies à l'adresse de Y._______. Aucun autre tiers n'est mentionné sur les pièces dont il s'agit et la mention d'un éventuel rapport de représentation entre ladite société à responsabilité limitée et d'autres sociétés du groupe ayant leur siège à l'étranger fait totalement défaut. Il s'impose à ce propos de rappeler que pour qu'un rapport de représentation directe soit admis, il est nécessaire que le représentant ait agi expressément au nom et pour le compte d'un représenté, lequel a été désigné, en tant que tel, nommément et en temps utile, au tiers en question. Notons encore que, selon une jurisprudence constante, il y a lieu de se fonder sur la manière dont le représentant a agi vis-à-vis des tiers (cf. consid. 3.1.1 ci-avant).
Or, dans le cas présent, il est incontestable - sur la base tant des factures précitées (cf. pièces no 4 du dossier de l'AFC) que de l'analyse de l'ensemble des documents à disposition - que Y._______ a agi en son propre nom vis-à-vis de la recourante ainsi que des tiers. Ladite société à responsabilité limitée n'a en effet pas indiqué expressément qu'elle agissait au nom et pour le compte de tiers - soit de sociétés du groupe ayant leur siège à l'étranger - dont elle aurait dûment indiqué l'identité, ce qui seul aurait permis d'admettre l'existence d'un rapport de représentation directe au sens des art. 10 al. 1 OTVA et 11 al. 1 aLTVA (cf. consid. 3.1.1 ci-avant).
8.3.2 Demeure encore, à ce sujet, à déterminer si l'introduction de l'art. 45a aOLTVA concernant le traitement des vices de forme conduit à une appréciation différente de la situation. Le Tribunal de céans a souligné que l'art. 45a aOLTVA concernait uniquement les vices de forme et ne protégeait aucunement le contribuable contre l'absence de réalisation des conditions matérielles (cf. consid. 6.2 ci-avant). En matière de représentation directe, il a précisé que l'exigence d'agir expressément au nom et pour le compte du représenté constituait non pas un vice formel mais une condition matérielle du rapport de représentation directe (cf. consid. 6.4 ci-avant). Or, c'est précisément de cela qu'il s'agit en l'occurrence, de sorte que l'art. 45a aOLTVA ne saurait trouver application.
Dans ces circonstances, même si on admettait que Y._______ a agi pour le compte de sociétés du groupe sises à l'étranger - qui ont profité en définitive de l'effet économique des prestations de services - ce qui n'est toutefois pas tranché, seul un rapport de représentation indirecte (art. 10 al. 2 OTVA et 11 al. 2 aLTVA) pourrait, tout au plus, être admis. Or, lorsque le représentant a certes agi pour le compte d'un tiers, mais non pas expressément au nom de celui-ci, il intervient en tant que représentant indirect, ce qui implique une double prestation : une première du prestataire de services au représentant et une seconde du représentant au destinataire de la prestation (cf. consid. 3.2 ci-avant). Dans une telle hypothèse, il existerait donc du point de vue de la TVA deux prestations distinctes, l'une entre la recourante et Y._______, et l'autre entre cette société à responsabilité limitée et les tiers - soit d'autres sociétés du groupe sises à l'étranger - qu'elle aurait représentés. De même, il y aurait deux chiffres d'affaires correspondants, dont l'un - celui ici querellé - serait de toute façon imposable auprès de la recourante. En effet, tant cette dernière que Y._______ - destinataire des prestations de services en cause, faute d'être intervenue en tant que simple intermédiaire - avaient et ont toujours leur siège en Suisse.
8.4 En conclusion, le Tribunal de céans constate que - au vu de l'importance primordiale que revêt la facturation dans le système de la TVA (cf. consid. 2.2, 2.3.1 et 8.2.1 ci-avant) - il faut clairement admettre l'existence d'un stade TVA, s'agissant des prestations de services fournies par la recourante à Y._______, stade qui est imposable auprès de la recourante, dès lors notamment que Y._______ - destinataire de ces opérations - avait son siège sur territoire suisse. En effet, la condition essentielle pour l'exonération (au sens notamment de l'art. 15 al. 2 let. l OTVA) ou la non-imposition (en vertu notamment de l'art. 14 al. 3 aLTVA) d'une prestation de services est que le siège social, respectivement le domicile du destinataire se situe à l'étranger (cf. notamment consid. 4.3.2 et 5.1.3 ci-avant). Cette condition n'étant manifestement pas réalisée dans le cas précis, les prestations de services litigieuses sont imposables en Suisse auprès de la recourante indépendamment de leur nature exacte. On soulignera encore qu'une exonération au sens impropre n'entre pas en ligne de compte (cf. art. 4 let. b en lien avec art. 14 OTVA et art. 5 let. b en lien avec art. 18 aLTVA), la recourante ne le prétendant d'ailleurs pas. Pour ces motifs déjà, le recours doit être rejeté.
9.
Au surplus et par abondance d'argumentation - même si on admettait qu'il n'y a pas eu de stade TVA en Suisse et que, par voie de conséquence, il y a eu exportation de prestations de services auprès d'un destinataire sis à l'étranger, ce qui n'est nullement le cas au vu de ce qui précède - le recours devrait de toute façon être rejeté pour les raisons qui suivent.
9.1
9.1.1 S'agissant de la preuve du genre, voire de l'utilisation des prestations en cause - éléments, qui sont essentiels dans la détermination du lieu de la prestation de services au sens des art. 15 al. 2 let. l OTVA et 14 aLTVA (cf. consid. 4.4.2 et 5.2.2 ci-avant) - la recourante a produit un lot de factures périodiques adressées à Y._______, à A._______, émises entre le 4ème trimestre 1999 et le 1er trimestre 2002 (cf. pièce no 4 du dossier de l'AFC). La recourante a en outre transmis, à l'appui de sa demande formelle de décision du 15 décembre 2004, un récapitulatif des factures établi le 4 octobre 2004 et mentionnant le lieu où les prestations auraient été effectuées (cf. pièce no 4 du dossier de l'AFC), puis devant le Tribunal de céans un courriel du 10 février 2008 de l'un de ses employés (cf. pièce no 5 du dossier du recourant), certifiant que le travail avait été effectué en dehors du territoire suisse.
9.1.2 Au regard de ce qui précède, le Tribunal administratif fédéral constate que la recourante n'a pas été en mesure de produire quelque document que ce soit, tel par exemple un contrat conclu entre elle et Y._______, voire entre elle et une quelconque société du groupe Y._______ sise à l'étranger, de nature à donner des indications précises sur le genre et l'utilisation des prestations en cause.
9.1.2.1 Rien ne peut en effet être déduit des factures périodiques établies entre le 15 novembre 1999 et le 15 mars 2002 par la recourante et adressées à Y._______. Ces factures font état des frais qui ont été facturés par la recourante dans le cadre des prestations fournies par celle-ci pour le compte de la société à responsabilité limitée susdite, sans renvoyer à des contrats ou des mandats que la recourante aurait conclus, ni même à d'autres pièces justificatives.
A ce propos, il convient de relever les termes utilisés dans les factures susdites (cf. pièces no 4 du dossier de l'AFC), à savoir « hours for [X] », « hours for the services of [X] », « expenses for the services of [X] » ou « days for the services of [X] ». Si cette terminologie pourrait certes laisser supposer que les opérations en cause correspondent à des locations de services - soit plus spécifiquement à des mises à disposition de personnel - elle ne suffit cependant pas à déterminer la nature exacte des prestations fournies, aucun autre élément en relation avec les prestations de services concernées et aucun détail n'étant mentionnés. En effet - comme relevé à juste titre par l'AFC dans ses deux décisions sur réclamation du 29 janvier 2008 - il ne peut notamment pas être exclu que Y._______ ait sous-traité certains travaux informatiques à X1._______ puis à la recourante, les trois sociétés étant actives dans le domaine de l'informatique. Il s'ensuit que les renseignements fournis par les factures susdites ne permettent ni de catégoriser le genre des travaux confiés à la recourante par Y._______, ni de clarifier les prestations accomplies. Aussi, ces pièces ne sauraient en soi suffire au regard des exigences de preuve au sens de l'art. 16 OTVA (cf. consid. 4.4 ci-avant), respectivement de l'art. 20 aLTVA (cf. consid. 5.2 ci-avant) et de la pratique administrative y afférente (cf. notice no 13 dans sa teneur au 31 janvier 1997 et notice no 6).
9.1.2.2 En outre - comme déjà dit - les autres documents déposés par la recourante, à savoir le récapitulatif des factures et le courriel de l'un de ses employés, sont datés respectivement des 4 octobre 2004 et 10 février 2008, soit postérieurement aux exercices 1999-2002. Il est ainsi avéré que ces pièces ont été établies a posteriori au vu des exigences posées par la jurisprudence et la pratique administrative de l'AFC. Or, par ce mode de faire, de tels documents perdent nécessairement toute valeur probante. D'ailleurs, s'agissant ici de simples confirmations émanant respectivement de la société concernée et de l'un de ses employés, on ne peut les prendre en considération.
Le Tribunal de céans a déjà précisé que pour éviter tout abus, il ne saurait être question de tenir compte de documents non contemporains aux opérations concernées (cf. consid. 5.2.3 et 8.2.2 ci-avant). Il est intéressant de rappeler sur ce point que le Tribunal fédéral à confirmer les exigences posées par l'AFC en matière de preuve de la mise à disposition de main d'½uvre franche d'impôt, celle-ci devant être attestée par divers documents dont la déclaration écrite du locataire remise avant même la mise à disposition (cf. sous l'angle de l'impôt sur le chiffre d'affaires [IChA], Archives vol. 67 p. 314 s. consid. 2c et vol. 62 p. 419 consid. 3a). Il s'agit bien évidemment d'éviter que des confirmations de complaisance soient rédigées après coup, mais également de permettre à l'autorité fiscale de pouvoir constater aisément et avec sûreté les faits importants pour la détermination de l'existence et de l'étendue de l'assujettissement, ce qui ne peut plus être garanti par des documents établis a posteriori. Le Tribunal fédéral a considéré que de telles exigences sont certes sévères, mais matériellement nécessaires (cf. art. 47 al. 1 OTVA et 58 al. 1 aLTVA; cf. également Archives vol. 62 p. 419 consid. 3a). Ainsi, des documents établis postérieurement aux faits en cause ne peuvent en soi conserver la même valeur probante que d'autres documents établis au moment où les prestations sont fournies et ne sauraient lier l'autorité fiscale.
Aussi, comme exposé ci-dessus (cf. consid. 8.2.2), les pièces litigieuses ne peuvent être retenues, de sorte que la question de leur valeur probante peut demeurer ouverte. Cela étant, le récapitulatif des factures du 4 octobre 2004 et le courriel du 10 février 2008 précités ne mentionnent, de toute façon, pas le genre d'activité que la recourante a accompli du 4ème trimestre 1999 au 1er trimestre 2002.
9.1.3 En résumé, vu ce qui précède, l'ensemble des documents remis ne remplissent manifestement pas les conditions de preuve exigées tant par la loi que par la pratique administrative, laquelle ne s'est d'ailleurs pas modifiée sous cet angle lors de l'entrée en vigueur de l'aLTVA. En effet, la série de factures émises entre le 15 novembre 1999 et le 15 mars 2002 n'atteste aucunement de la nature exacte des prestations de services confiées à la recourante par Y._______ et ne sauraient remplacer les pièces exigées en matière de preuve. Quant aux autres documents, soit le récapitulatif des factures et le courriel de l'un des employés, ils ont été établis postérieurement aux opérations concernées, de sorte qu'ils ont perdu leur valeur probante par leur seule émission tardive et ne sauraient être retenues. En conséquence, force est de constater que la recourante a échoué dans son offre de preuve, de sorte qu'elle doit en supporter les conséquences. Rappelons que conformément aux règles sur la répartition du fardeau de la preuve, il incombe effectivement à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage, le défaut de preuve allant à son détriment (cf. consid. 4.4.1 et 5.2.1 ci-avant; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5 et les références citées, A-1557/2006 du 3 décembre 2009 consid. 1.6, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5 et A-1596/2006 du 2 avril 2009 consid. 1.4).
9.2 Au surplus, l'art. 45a aOLTVA n'est d'aucun secours pour la recourante. Comme déjà dit (cf. consid. 6.3 ci-avant), s'agissant de l'exportation de prestations de services, l'art. 45a aOLTVA ne change rien au fait que la nature des prestations doit être établie et que la preuve en incombe à l'assujetti qui soutient qu'elles sont exonérées (au sens notamment de l'art. 15 al. 2 let. l OTVA) ou ne sont pas imposables en raison de leur localisation à l'étranger (en vertu notamment de l'art. 14 al. 3 aLTVA). En effet, l'apport de la preuve du genre de la prestation de services constitue, non pas un vice formel, mais une condition matérielle, respectivement de l'exonération et de la non-imposition en Suisse.
Le Tribunal de céans constate dès lors qu'à la lumière de l'ensemble des pièces du dossier, il n'est pas possible de déterminer clairement la nature des prestation de services que la recourante a fournies à Y._______. Dans ces conditions, les chiffres d'affaires correspondants ne sauraient être exonérés (sous le régime de l'OTVA) ni échapper à l'imposition en Suisse (sous l'empire de l'aLTVA), ce même si les prestations avaient effectivement été fournies à un destinataire sis à l'étranger - ce qui n'est manifestement pas le cas en l'occurrence (cf. consid. 8 ci-avant) - cet élément ne suffisant pas à cet égard (cf. notamment consid. 4.3.3 in fine et 5.2.2 ci-avant). En effet, le fait que des prestations sont fournies à un destinataire à l'étranger n'exclut pas qu'elles soient localisées en Suisse et, partant, imposables dans ce pays. Il est donc essentiel que la nature des prestations de services soit clairement établie (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2), ce qui n'est pas le cas en l'espèce. Pour ce motif également le recours doit être rejeté.
10.
Dans la mesure où il s'avère pertinent, l'autre grief que la recourante fait valoir - soit la violation du principe de la protection de la bonne foi - doit encore être examiné.
10.1
10.1.1 Le principe de la protection de la bonne foi, inscrit à l'art. 2 du code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210) est un principe général du droit valable également en droit public, découlant à ce titre directement de l'art. 4 al. 1 de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 (aCst.), respectivement de l'art. 9 constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 ([Cst., RS 101]; cf. Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. II, Les droits fondamentaux, Berne 2000, ch. 1115 ss; Pierre Moor, Droit administratif, vol. I, 2e éd., Berne 1994, p. 428 ss). Le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (cf. ATF 129 I 170 consid. 4.1, 128 II 125 consid. 10b/aa; arrêts du Tribunal fédéral 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 6.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.1 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1).
10.1.2 Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (i) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (ii) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (iii) que l'administré n'ait pas pu se rendre immédiatement compte de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (iv) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, et (v) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (cf. ATF 131 V 480 consid. 5, 131 II 636 consid. 6.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_830/2008 du 11 novembre 2009 consid. 5.2 et 1C_242/2007 du 11 juin 2008 consid. 3.3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.2 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 4e éd., Zurich 2002, p. 128 ss, spéc. p. 138 ss ch. 668 ss).
En outre, l'intérêt privé à la protection de la confiance doit être supérieur à l'intérêt public à une correcte application du droit, afin que le principe de la bonne foi puisse trouver application (cf. ATF 131 V 480 consid. 5, 131 II 636 consid. 6.1; arrêt du Tribunal fédéral 1C_242/2007 du 11 juin 2008 consid. 3.3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.2 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/ Bâle/Genève 2006, ch. 626 ss et 668 ss; Beatrice Weber-Dürler, Neuere Entwicklungen des Vertrauensschutzes, in : Zentralblatt für Schweizerisches Staats- und Verwaltungsrecht [ZBl] 2002 p. 301 s.).
10.1.3 Selon dite jurisprudence du Tribunal fédéral, qui n'est pas unanimement approuvée par la doctrine, la protection de la confiance serait d'une étendue moindre en droit fiscal par rapport aux autres domaines du droit, en raison de l'importance que revêt le principe de la légalité dans ce domaine. Dès lors, un assujetti pourrait prétendre à un traitement différent de celui prévu par la loi uniquement dans la mesure où les conditions précitées sont réunies de manière claire et sans équivoque; l'appréciation devrait ainsi en être stricte (cf. ATF 131 II 636 consid. 6.1, 118 Ib 316 consid. 3b; arrêts du Tribunal fédéral 2C_830/2008 du 11 novembre 2009 consid. 5.2 et 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3; Archives vol. 70 p. 771 consid. 6a; arrêts du Tribunal administratif A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.3 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1; Ernst Blumenstein/ Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 28; contra : JAAC 60.16 consid. 3c/bb; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3e éd., Bâle 2007, § 3 ch. 68 ss; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 95; Oberson/Rochat Pauchard, op. cit., p. 49).
10.1.4 Cela étant, il convient de se pencher plus avant sur la problématique du contrôle sur place effectué par l'AFC. Selon la jurisprudence, le contrôle sur place ne constitue pas une base de confiance susceptible d'être invoquée comme telle par le contribuable. Ni le principe de la bonne foi ni celui de l'égalité de traitement n'interdisent en principe aux autorités d'apprécier différemment, dans le cadre d'un nouveau contrôle, une question juridique discutée et tranchée précédemment de manière favorable à l'assujetti. Il découle de l'essence même d'un contrôle périodique, tel que prévu par les art. 50 OTVA et 62 aLTVA, que l'autorité fiscale a la possibilité de procéder à chaque fois à une nouvelle appréciation de la situation et également de corriger d'éventuelles erreurs commises par le passé, respectivement de ne plus les répéter, ce qui ne constitue certainement pas un comportement contradictoire ni une violation du droit à l'égalité dans l'illégalité (cf. JAAC 67.21 consid. 6, 66.43 consid. 4c et les références citées).
L'idée qui sous-tend cette jurisprudence est qu'il ne faut pas se méprendre sur le rôle du contrôle prévu par les art. 50 OTVA et 62 aLTVA : son but n'est pas d'éviter à l'assujetti de commettre des erreurs, mais de garantir la créance fiscale de la Confédération (cf. JAAC 66.43 consid. 4c; Archives vol. 36 p. 102 consid. 5). L'assujetti ne dispose pas du droit d'être contrôlé ni d'être, sur cette base, assuré de l'exactitude de sa manière de procéder. Le contrôle n'a pas pour fonction de donner une décharge à l'assujetti, d'autant moins que celui-ci reste le mieux placé pour apprécier la nature, du point de vue de la TVA, des chiffres d'affaires qu'il réalise, en raison de la connaissance concrète qu'il a du fonctionnement de son entreprise et du domaine dans lequel elle est active. De la même manière, l'assujetti ne saurait se prévaloir du fait qu'il n'a pas été contrôlé pour justifier des erreurs de taxation qu'il aurait commises. Il a le devoir de s'informer et de prendre les mesures nécessaires à la correcte imposition de son chiffre d'affaires (cf. JAAC 66.43 consid. 4c; Archives vol. 34 p. 376 consid. 4). Cette jurisprudence peut paraître sévère pour le contribuable, mais se comprend aisément au regard du principe de l'auto-taxation prévalant en matière de TVA. Elle a toutefois été tempéré en ce sens que l'on devrait, selon les circonstances, pouvoir admettre l'existence d'un renseignement liant l'autorité si, à l'occasion d'un contrôle, l'assujetti a reçu des instructions se rapportant directement à une situation particulière (cf. JAAC 66.43 consid. 4c in fine; sur l'ensemble de la question, Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 360 p. 106 et les références citées).
10.2 A ce stade, il s'agit donc de déterminer si les deux décisions sur réclamation de l'AFC sont admissibles au regard du principe de la protection de la bonne foi.
10.2.1 Il convient à cet égard à titre préliminaire de constater que le principe de la bonne foi ne pourrait concerner tout au plus que les périodes du 1er trimestre 2001 au 1er trimestre 2002. En effet, avant la date du 16 janvier 2001, c'est-à-dire avant le contrôle - lors duquel, aux dires de la recourante, l'inspecteur de l'AFC aurait admis que les opérations ressortant des factures adressées par la recourante à Y._______ n'étaient pas soumises à la TVA, tant au regard de l'OTVA que de l'aLTVA - aucun renseignement susceptible de créer une apparence à laquelle la recourante pouvait se fier n'a été fourni. Il s'ensuit que la décision sur réclamation du 29 janvier 2008 rendue sous l'empire de l'OTVA et relative aux périodes du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000 ne viole nullement le principe de la protection de la bonne foi.
10.2.2 S'agissant des périodes fiscales allant du 1er trimestre 2001 au 1er trimestre 2002, il s'impose de souligner que s'il est certes établi que l'administration a effectué un contrôle auprès de l'assujettie le 16 janvier 2001, il n'apparaît pas que ce contrôle ait été accompagné de renseignements explicites. En effet, au regard notamment du rapport établi par son inspecteur (cf. pièce no 1 du dossier de l'AFC), l'AFC n'a pas indiqué expressément à l'assujettie la manière dont elle devait imposer le chiffre d'affaires résultant des activités querellées. L'autorité fiscale a relevé un certain nombre d'autres points, mais elle est restée silencieuse sur la question ici litigieuse. A cet égard, il faut rappeler, d'une part, que le contrôle sur place ne crée en principe aucune base de confiance et, d'autre part, il convient de remarquer que la recourante n'a pas apporté la preuve d'une quelconque instruction donnée par l'inspecteur lors du contrôle de janvier 2001 et se rapportant directement à la question en cause. Or, conformément aux règles sur la répartition du fardeau - en vertu desquelles quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit - une simple allégation ne suffit pas (cf consid. 4.4.1, 5.2.1 et 9.1.3 ci-avant; cf. également arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées et 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1687/2006 du 18 juin 2007 consid. 2.4; décisions de la CRC 2005-105 du 6 mars 2006 consid. 5c et les références citées et 2005-031 du 12 juin 2006 consid. 3c/cc).
En outre, au vu de l'ensemble du dossier, le Tribunal administratif fédéral arrive à la conviction qu'aucun renseignement en relation avec les prestations fournies à Y._______ n'a pu être donné. Non seulement aucun document n'atteste d'une telle promesse, mais de plus - comme relevé à juste titre par l'AFC dans ses deux décisions sur réclamation du 29 janvier 2008 - l'erreur commise dans ce domaine était tellement flagrante (non-imposition d'opérations fournies à une société en Suisse), qu'elle n'aurait pu échapper à l'administration fiscale si elle avait analysé les factures en question. Il convient dès lors de constater que l'AFC n'a pas remarqué l'erreur lors du contrôle sur place - en raison notamment du fait que X1._______ avait réalisé un chiffre d'affaires s'élevant entre 10 et 48 millions de francs pour chacune des années du contrôle - de sorte que ladite autorité fiscale n'a pas pu examiner l'ensemble des factures émises durant les périodes en cause. Aussi, il y a lieu d'admettre que le silence de l'AFC ne pouvait être interprété comme une acceptation de la non-imposition. On rappellera ici encore que, conformément au principe de l'auto-taxation (art. 37 OTVA et art. 46 aLTVA), la recourante en tant qu'assujettie à la TVA avait la pleine et entière responsabilité de veiller à ce que sont chiffre d'affaires soit correctement imposé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.3; cf. également commentaire du DFF sur l'OTVA p. 38).
Dans ces conditions, l'argument tiré d'une violation du principe de la protection de la bonne foi apparaît mal fondé et doit être rejeté, également en ce qui concerne la décision sur réclamation du 29 janvier 2008 rendue sous le régime de l'aLTVA et portant sur les périodes du 1er trimestre 2001 au 1er trimestre 2002.
11.
11.1 En conclusion, l'administration des preuves à la disposition du Tribunal administratif fédéral permet d'établir, d'une part, que les prestations de services litigieuses fournies par la recourante à Y._______ durant les périodes fiscales allant du du 1er trimestre 1999 au 1er trimestre 2002 sont imposables en Suisse auprès de la recourante et, d'autre part, que les deux décisions sur réclamation querellées ne violent pas le principe de la protection de la bonne foi.
11.2 A cet égard, on rappellera que le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend entre autres le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à celles-ci, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 129 II 497 consid. 2.2). Cela dit, en ce qui concerne la partie elle-même, il y a lieu de préciser qu'en matière fiscale, son droit d'être entendue est respecté si elle a pu s'exprimer par écrit sur les questions de fait et de droit qui la concernent (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1360/2006 du 1er mars 2007 consid. 3.2.2 et les références citées). Quant aux mesures d'instruction - telles que l'audition de témoins - elles ne peuvent, certes, pas être d'emblée exclues en raison de l'art. 29 Cst. Toutefois, elles sont soumises a une certaine réserve et revêtent donc un caractère exceptionnel (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 2, 2C_118/2009 du 11 septembre 2009 consid. 3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 8.2, A-1360/2006 du 1er mars 2007 consid. 3.2.2 et les références citées), l'art. 81 al. 1 LTVA, applicable immédiatement en l'occurrence, n'ayant pas d'incidence propre sur la jurisprudence relative à l'art. 29 Cst. (cf arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5078/2008 du 26 mai 2010 consid. 2.1 in fine).
Quoiqu'il en soit, le droit d'être entendu n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 133 II 391 consid. 4.2.3 et les références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3, A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 2.4 et les références citées, A-1504/2006 du 25 septembre 2008 consid. 2 et A-3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 2.1; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.144), ce qui est le cas en l'espèce. Le Tribunal de céans renonce donc à l'audition de témoins requise par la recourante.
12.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter les deux recours. A teneur des art. 23 al. 2 OTVA et 30 al. 2 aLTVA, quiconque reprend une entreprise avec actifs et passifs en reprend les droits et les obligations fiscales. Vu l'issue de la cause - en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) - les frais de procédure par Fr. 9'000.-- au total (soit Fr. 4'700.-- relatifs à la cause A-1107/2008 et Fr. 4'300.-- relatifs à la cause A-1108/2008), comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (cf. art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Les causes A-1107/2008 et A-1108/2008 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-1107/2008.
2.
Le recours est rejeté.
3.
Les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 9'000.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais, déjà versée, d'un montant équivalent.
4.
Il n'est pas alloué de dépens.
5.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Celia Clerc
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :