bvger · A-1933/2011 · 2012-05-29 · fr
A-1933/2011

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1933/2011
Arrêt du 29 mai 2012
Composition
Marie-Chantal May Canellas (présidente du collège),
Salome Zimmermann, Daniel Riedo, juges,
Daniel de Vries Reilingh, greffier.
Parties
X._______ SA,
représentée par ...,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
taxe sur la valeur ajoutée : travaux de construction entrepris par le locataire, diminution de loyer, échange de prestations ; chiffre d'affaires comptabilisé non déclaré; période du 1er janvier 2004 au 30 juin 2009.
Faits :
A. La société anonyme X._______ SA, gestion financière privée (ci-après : l'assujettie ou la contribuable) est inscrite au registre du commerce (RC) du canton de Genève depuis le 4 mai 1982. Elle poursuit le but suivant (selon son inscription au RC du canton de Genève) : « gestion de biens mobiliers et immobiliers confiés par la clientèle auprès de banques ou d'autres établissements financiers; conseils en matière de gestion financière, commerciale, fiscale et juridique ». Elle fait partie d'un groupe d'entreprises dont la société-mère, Y._______ AG, est inscrite au RC du canton d'Obwald. Elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (AFC) en qualité d'assujettie à la TVA depuis le 1er janvier 1995.
B.
B.a A l'occasion d'un contrôle portant sur la période du 1er janvier 2004 au 30 juin 2009 (1er trimestre 2004 au 2ème trimestre 2009) effectué à différentes dates aux mois de juillet, octobre et novembre 2009 ainsi qu'en mars 2010, l'AFC a constaté notamment que les concordances entre la comptabilité et les décomptes TVA n'étaient pas disponibles si bien qu'elle ne parvenait pas à expliquer une différence entre le chiffre d'affaires comptabilisé et le chiffre d'affaires déclaré. Par décompte complémentaire (DC) n° ... du 6 novembre 2009, elle a réclamé à la contribuable, sous point 1, intitulé « vente de matériel d'exploitation », CHF 2'964.45.--, plus intérêts moratoires, à titre d'impôt dû sur les ventes de matériel informatique et de deux tableaux, ventes qui n'auraient pas été imposées. Sous point 3 du même décompte, elle a en outre demandé à l'assujettie un montant d'impôt (TVA) de CHF 6'334.--, plus intérêts moratoires, à titre d'impôt dû sur le « chiffre d'affaires imposable comptabilisé, non déclaré ». Ce dernier montant a été payé par la contribuable et n'est pas litigieux.
B.b L'AFC a également constaté que l'immeuble dont la contribuable était locataire avait été en grande partie rénové par celle-ci à ses propres frais, dont une partie avait été facturée au propriétaire de l'immeuble (avec TVA). Compte tenu des travaux de rénovation effectués par l'assujettie, la propriétaire de l'immeuble, la société Z._______ Inc., au Panama, qui faisait partie du même groupe économique que la contribuable, avait en outre accordé une ristourne sur la location de CHF 225.-- par mètre carré par an sur dix ans. La contribuable n'avait cependant pas tenu compte, dans ses décomptes TVA, de cette compensation de prestations. Par DC n° ... du 6 novembre 2009, l'AFC a par conséquent demandé à l'assujettie CHF 63'568.80 de TVA, plus intérêts moratoires, en raison de ladite compensation (réduction de loyers pour tenir compte des aménagements importants faits par la locataire de l'immeuble).
C. La contribuable ayant contesté le DC n° ... du 6 novembre 2009 (cf. les faits lettre B.b ci-avant) - estimant qu'il n'y avait pas de compensation de prestation - ainsi que la reprise figurant sous le point 1 du DC n° ... du 6 novembre 2009 (cf. les faits lettre B.a ci-avant) - considérant que les ventes de matériel informatique et de deux tableaux avaient été imposées, joignant par ailleurs les pièces justificatives correspondantes -, l'autorité inférieure a pris une décision, le 2 décembre 2010, confirmant les reprises fiscales contestées résultant desdits décomptes.
D. Par courrier du 14 janvier 2011, la contribuable a élevé réclamation que l'AFC a rejetée par décision sur réclamation prise le 1er mars 2011.
S'agissant de l'imposition de la baisse de loyer dont bénéficiait la contribuable (cf. les faits lettre B.b ci-avant), l'AFC a estimé, dans sa décision sur réclamation du 1er mars 2011, que selon le contrat de bail du 7 septembre 2005, le loyer pour l'immeuble sis rue ... mis à la disposition de la contribuable pour une durée de dix ans (dès le 1er juillet 2005) était réduit de CHF 225'000.-- par année pour toute la durée du bail pour tenir compte des importants aménagements faits par l'assujettie. Dès lors que les aménagements réalisés devenaient propriété à Z._______ Inc. à l'échéance du bail, la contribuable avait fait exécuter des travaux sur un immeuble appartenant à un tiers. Les travaux en cause étant remis à la propriétaire, l'assujettie effectuait de la sorte une livraison. De son côté, la propriétaire avait consenti une baisse de loyer mensuelle de CHF 18'750.--, accordée sous forme de compensation, la propriétaire renonçant à une part de la contrepartie de la location immobilière. Il existait un lien économique étroit entre la remise des travaux de rénovation de l'immeuble et les contreparties octroyées par la propriétaire. Il y avait ainsi échange de prestations entre la remise des travaux (livraison) et la baisse de loyer de sorte que cette dernière constituait une contre-prestation sur la base de laquelle la contribuable était redevable de la TVA. Cette TVA était due lorsque la baisse était effective, soit chaque mois. Il importait peu à cet égard que l'on considérait que la remise intervenait au fur et à mesure de l'exécution des aménagements, respectivement de la prise en charge financière ou à l'échéance du bail. L'AFC a en outre répondu aux arguments invoqués par la contribuable.
En ce qui concerne les ventes de matériel informatique et de deux tableaux, l'AFC a estimé que lors du contrôle, la contribuable n'avait présenté aucune concordance entre les chiffres d'affaires comptabilisés et ceux déclarés. Il résultait de la vérification effectuée par l'AFC une différence de chiffre d'affaires comptabilisé, mais non déclaré de CHF 125'312.-- dont une partie, s'élevant à CHF 83'342.--, était totalement inexpliquée et qui avait fait l'objet du point 3 du DC n° ... (cf. lettre B.a ci-avant). Une seconde partie, se montant à CHF 41'970.-- selon le point 1 du DC n° ... précité, paraissait, selon l'autorité intimée, comme explicable et aurait pu correspondre aux ventes de matériel informatique et de deux tableaux pour un montant total de CHF 41'970.--. Or, il s'était avéré que ces ventes avaient bel et bien été imposées, si bien que la différence de CHF 41'970.-- était en définitive inexpliquée, au même titre que la différence de CHF 83'342.--. Le montant CHF 41'970.-- représentait ainsi du chiffre d'affaires comptabilisé et non déclaré que la contribuable était tenue d'imposer.
E. Par acte du 30 mars 2011, l'assujettie (ci-après : la recourante) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral, concluant, sous suite de dépens, à l'annulation des reprises « de CHF 63'568.-- selon DC ... du 6 novembre 2009 » et « de CHF 2'964.45 selon chiffre 1 DC ... du 6 novembre 2009 ». Elle a considéré en substance que, s'agissant de la première reprise, elle n'avait pas agi pour le compte de la propriétaire et celle-ci n'avait pas pris les travaux à sa charge. Elle n'aurait pas été remboursée pour les travaux par la propriétaire comme en témoignait sa comptabilité, les travaux figurant à l'actif de son bilan. Considérer que la propriété des travaux passait mois après mois au propriétaire n'était qu'une fiction. En ce qui concerne la seconde reprise, la recourante a prétendu que la différence entre le chiffre d'affaires comptabilisé et celui décompté n'était que de CHF 83'342.-- et non pas de CHF 125'312.-- et a fourni un tableau à titre de preuve. Elle a été de l'avis que si la taxatrice avait considéré séparément les ventes du matériel informatique et des tableaux pour un montant de CHF 41'970.--, c'était uniquement parce qu'elle n'avait pas pu, lors du contrôle, s'assurer du fait que la TVA avait bien été facturée. La preuve de l'imposition ayant été apportée par les pièces jointes à son courrier du 8 décembre 2009, la reprise correspondante ne serait pas justifiée.
F. Dans sa réponse du 15 février 2010, l'autorité intimée a conclu au rejet du recours sous suite de frais. Elle a également demandé qu'aucun dépens ne soit mis à sa charge.
G. Invitée à justifier la différence entre le chiffre d'affaires comptabilité et celui déclaré par la recourante, l'AFC a expliqué dans son courrier du 6 février 2012 qu'en résumé, elle avait constaté lors du contrôle des différences entre les chiffres d'affaires comptabilisés et ceux déclarés. Le tableau remis par la recourante ne faisait état que d'une différence de chiffre d'affaires net de CHF 83'342.-- et concernait exclusivement le chiffre d'affaires ordinaire non déclaré, résultant des produits. Il ne tenait pas compte du chiffre d'affaire extraordinaire non déclaré, résultant du prix de vente net de moyens d'exploitation (montant net de CHF 39'006.-- et montant brut de CHF 41'970.--). En tenant compte de ce dernier chiffre d'affaires - qui s'élevait à un montant net de CHF 39'006.-- -, la différence entre le chiffre d'affaires déclaré et le chiffre d'affaires comptabilisé s'élevait à CHF 122'348.--, montant qui correspondait à la somme des montants nets figurant aux chiffres 1 et 3 du DC n°....
H. Les arguments des parties et les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). Déposé par une personne qui a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA), ainsi que dans le délai et selon les formes prescrits (cf. art. 50 al. 1 et art. 52 al. 1 PA), le recours interjeté le 30 mars 2011 contre la décision sur réclamation prise le 1er mars 2011 est recevable et il y a dès lors lieu d'entrer en matière, sous réserve de ce qui suit (cf. consid. 1.2 ci-après).
1.2. La recourante conclut à l'annulation des reprises « de CHF 63'568.-- selon DC ... du 6 novembre 2009 » et « de CHF 2'964.45 selon chiffre 1 DC ... du 6 novembre 2009 ». Or les DC précités ont fait l'objet de la décision formelle du 2 décembre 2010 qui, elle, a été remplacée par la décision sur réclamation prise le 1er mars 2011. Les conclusions de la recourante tendant à la modification d'actes antérieurs à la décision entreprise sont dès lors irrecevables (ATF 134 II 142 consid. 1.4 p. 144).
2.
2.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquence que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1 LTVA). Dès lors que les faits déterminants se sont déroulés entre le 1er janvier 2004 et le 30 juin 2009 (périodes fiscales allant du 1er trimestre 2004 au 2ème trimestre 2009), la présente affaire est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.1, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.1).
2.2. Sur le plan procédural, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA).
2.2.1. L'art. 113 al. 3 LTVA doit cependant être interprété de manière restrictive dans ce sens que seules les règles de procédure doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le nouveau droit matériel ne doit pas trouver application aux périodes fiscales régies par l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.1 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.1 et les références citées).
2.2.2. S'agissant toujours des dispositions de procédure, le droit de procédure applicable est celui en vigueur au moment où l'acte de procédure concerné est accompli. Lorsque le Tribunal administratif fédéral doit vérifier la mise en oeuvre du droit de procédure par l'instance inférieure, le droit déterminant est celui en vigueur au moment où l'acte en question a été accompli et qui a été appliqué par l'instance inférieure, peu importe si entre-temps le nouveau droit est entré en vigueur (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.2 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.2 et les références citées).
2.2.3. L'art. 81 LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3 LTVA, qui sont applicables immédiatement (cf. consid. 2.2 ci-avant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3 et les références citées). Les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. 81 LTVA n'ont toutefois a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est - était, même avant l'entrée en vigueur de la LTVA, - applicable sans autre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 1.2 et les références citées).
2.2.4. Les dispositions en matière d'auto-taxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité; à cet égard, l'ancien droit reste applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.4, A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4 et A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1 les références citées; au sujet du principe d'auto-taxation cf. le consid. 5.1 ci-après).
3.
3.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 lettre a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 lettre b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 lettre c PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 2.149 p. 73; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/Saint Gall 2010, ch. 1758 ss).
3.2. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, ch. 677).
La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle le Tribunal définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure et de les corriger ou compléter le cas échéant (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-535/2011 du 28 juin 2011 consid. 2.3 et les références citées ; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 1.52).
4.
4.1. Aux termes de l'art. 5 al. 1 let. a et b aLTVA, sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues de son champ, les livraisons de biens et les prestations de services fournies à titre onéreux sur le territoire suisse.
4.2.
4.2.1. Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation, entre lesquelles doit exister un rapport économique étroit. Pour qu'une opération entre dans le champ de la TVA, l'existence d'une contre-prestation est donc nécessaire (ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a, 443 consid. 6a; cf. également arrêt du Tribunal fédéral 2C_892/2010 du 26 avril 2011 consid. 2.2 ; Daniel Riedo, Von Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss; cf. également la note de bas de page n° 211 p. 62).
4.2.2. Seul l'échange de prestations permet de conclure à une opération imposable. Un tel échange suppose l'existence d'un lien économique (et pas nécessairement juridique) entre la prestation et la contre-prestation. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_928/2010 du 28 juin 2011 consid. 2.1, 2A.264/2006 du 3 septembre 2008 consid. 3.2, 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.1, ATF 126 II 443 consid. 6a, 126 II 249 consid. 4a; ATAF 2008/63 consid. 2.1, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1459/2006 du 29 mai 2007 consid. 2.1 et A-1430/2006 du 25 mai 2007 consid. 2.1 s.; Ivo P. Baumgartner, in : mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000 [ci-après : mwst.com], n° 6 et 8 ad art. 33 al. 1 et 2 aLTVA).
4.2.3. En outre et conformément à l'art. 7 al. 1 aLTVA, est réputée prestation de services toute prestation qui ne constitue pas la livraison d'un bien. Aux termes de l'art. 6 aLTVA, il y a livraison d'un bien lorsque le pouvoir de disposer économiquement d'un bien est accordé à une personne en son propre nom (art. 6 al. 1), lorsqu'un bien sur lequel des travaux ont été effectués est remis, même si ce bien n'a pas été modifié, mais simplement examiné, étalonné, réglé, contrôlé dans son fonctionnement ou traité d'une autre manière (art. 6 al. 2 let. a), ou lorsqu'un bien est mis à la disposition d'un tiers à des fins d'usage ou de jouissance (art. 6 al. 2 let. b). L'art. 6 al. 2 lettre a aLTVA vise tout travail pour le compte d'autrui sur un bien ou en relation avec un bien mobilier ou immobilier. Il ne suppose pas une modification de la substance du bien ni l'utilisation du matériel ; peu importe au surplus le fondement du travail à façon, qui résulte cependant généralement d'un contrat d'entreprise ou d'un mandat (Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse - La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 41 ; Patrick Imgrüth, in : mwst.com, n° 2 ad art. 6 aLTVA). Constitue en particulier une livraison au sens de la disposition précitée la remise au propriétaire d'un immeuble de travaux d'aménagement réalisés à l'initiative du locataire (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2ème éd., Berne 2003, ch. 226 ; Brochure n° 16 de l'AFC, intitulée « Régies immobilières et courtiers en immeubles », valable du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2007, ch. 6.10).
4.3.
4.3.1. Pour déterminer l'existence, ainsi que l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il s'agit de considérer les choses d'un point de vue économique. Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe seulement une valeur d'indices et ne peuvent à eux seuls justifier une qualification fiscale ayant valeur décisive (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les nombreuses références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.1, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2 ; Stephan Kuhn/Peter Spinnler, Mehrwertsteuer, Muri/Berne 1994, p. 38 in fine et 41). Il convient également de relever ici l'importance déterminante que revêt la facturation en matière de TVA. Selon un principe admis, elle constitue un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] du 11 octobre 2000 in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 65.59 consid. 3d). En outre, et suivant la « théorie des stades », la facture crée un stade distinct dans la chaîne des opérations TVA, sa valeur dépassant celle du simple titre (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 6.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.2 ; Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in : Festschrift SRK-Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 47 ss, ch. 4.2.2).
4.3.2. Lorsqu'il s'agit d'évaluer l'existence du lien économique entre la prestation et la contre-prestation (comme d'ailleurs lors de la détermination de la base imposable, cf. consid. 4.3.1 ci-avant ainsi que le consid. 4.4.2 ci-après), il faut en priorité se baser sur le point de vue du destinataire de la prestation imposable, ce qui correspond à la conception de la TVA comme impôt de consommation. Il convient de vérifier si la dépense est effectuée par le destinataire pour obtenir la prestation imposable par le fournisseur (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7385/2008 et A-957/2011 du 7 décembre 2011 consid. 2.2.1, A-1579/2006 du 19 novembre 2009 consid. 3.1.2., A-6152/2007 du 21 août 2009 consid. 2.2.1 et les références citées; décision de la CRC du 14 juin 2005, JAAC 69.126 E. 2a/dd; Riedo, op. cit., p. 230 ss).
4.3.3. Pour être en présence d'un échange de prestation, l'existence d'un rapport contractuel n'est pas requise. Il faut, mais il suffit que la prestation et la contre-prestation soient liées d'une telle façon que la prestation déclenche la contre-prestation (ATF 126 II 249 consid. 4a ; arrêt du Tribunal fédéral 2A.175/2020 du 23 décembre 2002 consid. 3.2). On est par conséquent en présence d'un échange de prestation lorsque les éléments de fait suivants sont cumulativement remplis (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-648/2009 du 15 décembre 2011 consid. 5.2, A-647/2009 du 13 décembre 2011 consid. 3.2, A-1408/2006 du 13 mars 2008 consid. 3.3, A-1442/2006 du 11 décembre 2007 consid. 2.3 et A-1346/2006 du 4 mai 2007 consid. 2.2; Pascal Mollard / Xavier Oberson / Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 173 ch. 20) :
a) un fournisseur et un destinataire doivent exister ;
b) la prestation doit être fournie en échange d'une contre-prestation ;
c) la prestation et la contre-prestation doivent être liées par un lien économique direct ("innerlich wirtschaftlich verknüpft").
4.4.
4.4.1. Selon l'art. 33 al. 1 aLTVA, l'impôt se calcule sur la contre-prestation. Est réputé contre-prestation, tout ce que le destinataire, ou un tiers à sa place, dépense en contrepartie de la livraison de biens ou de la prestation de services.
4.4.2. L'existence et l'ampleur de la contre-prestation se détermine du point de vue du destinataire de la prestation et non pas du point de vue du fournisseur. Est considéré comme contre-prestation tout ce que le destinataire est obligé ou disposé à verser en contrepartie de la prestation (entre autres : arrêt du Tribunal fédéral du 2 avril 2002 in Archives de droit fiscal suisse [Archives] 72 p. 483 consid. 5.1, traduit in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2002 II p. 347 ; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2474/2010 du 8 octobre 2010 consid. 2.5, A-8794/2007 du 8 octobre 2010 consid. 3.1, A-1593/2006 du 25 janvier 2008 consid. 2.3, A-1354/2006 du 24 août 2007 consid. 3.4 ; décision de la CRC du 31 mars 2004, JAAC 68.126 consid. 3d ; Riedo, op. cit., p. 226 ss; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 571 ch. 18 s.).
4.4.3. La forme de la contre-prestation ne joue pas de rôle ; la contrepartie peut consister non seulement en un montant en espèces mais également en une marchandise, en un service ou être la compensation d'une créance. Elle doit cependant être exprimée en argent, c'est-à-dire être « appréciable en argent » (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1579/2006 du 19 novembre 2009 consid. 3.3.2, A-1420/2006 du 10 avril 2008 consid. 4.1.1 ; Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 116 et les références citées ; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n° 1176; Riedo, op. cit., p. 227).
4.5. La naissance de la créance fiscale dépend du mode de décompte, lequel est en principe établi d'après les contre-prestations convenues (art. 44 al. 1 aLTVA), à moins d'une autorisation de l'AFC permettant à l'assujetti, à certaines conditions, d'établir ses décomptes selon les contre-prestations reçues (art. 44 al. 4 aLTVA). En cas d'établissement du décompte d'après les contre-prestations convenues, la créance fiscale prend naissance au moment de la facturation qui doit être faite au plus tard trois mois après l'exécution de la livraison de biens ou de la prestation de services (art. 43 al. 1 let. a ch. 1 aLTVA). Pour les opérations qui donnent lieu à des factures ou à des paiements partiels et successifs, la créance fiscale prend naissance au moment de la facturation partielle ou de l'encaissement du paiement partiel (art. 43 al. 1 let. a ch. 2 aLTVA). Enfin, en cas de paiement anticipé et de livraison de biens ou de prestation de services non facturés ou facturés tardivement, elle prend naissance à l'encaissement de la contre-prestation (art. 43 al. 1 lettre a ch. 3 aLTVA). En revanche, en cas d'établissement du décompte d'après les contre-prestations reçues, la créance fiscale naît au moment de l'encaissement de la contre-prestation, ce qui vaut aussi pour les paiements anticipés (art. 43 al. 1 let. b aLTVA).
5.
5.1. En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 5.1, A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.1, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.1, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4, A-5460/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.5.1). En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations. L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.1, A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.1, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4).
5.2. Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001, rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA (ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié in : RDAF 2008 II p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 5.2, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.2, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.2., A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.5.3, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.2.2). Selon lesdites Instructions 2001, l'assujetti est invité à vérifier périodiquement (au moins une fois par exercice commercial), la concordance des chiffres d'affaires déclarés, ainsi que des montants d'impôt préalable déduits avec les chiffres d'affaires qui ressortent de la comptabilité (Instructions 2001, ch. 968 ; cf. également les Instructions 2008 sur la TVA, valables à partir du 1er janvier 2008 jusqu'au 31 décembre 2009, ch. 968).
6. En l'espèce, la recourante conteste en premier lieu la TVA calculée sur la baisse de son loyer octroyée par la propriétaire de l'immeuble dans lequel elle a ses locaux, du 1er juillet 2005 - soit le début du bail - au 30 juin 2009, correspondant au terme de la période fiscale contrôlée.
6.1. Dans sa décision sur réclamation du 1er mars 2011, l'autorité inférieure a estimé que la recourante avait entrepris, entre 2003 et 2005, d'importants travaux de rénovation sur l'immeuble pour un coût total de CHF 5'232'575.-- (sans TVA), dont elle avait facturé CHF 2'000'000.-- (TVA incluse) à Z._______ Inc. Selon le contrat de bail du 7 septembre 2005, Z._______ Inc. mettait l'immeuble sis rue ... à la disposition de la recourante pour une durée de dix ans (dès le 1er juillet 2005) et pour un loyer annuel de CHF 825'000.--. Ce loyer était cependant réduit de CHF 225'000.-- par année pendant toute la durée du bail pour tenir compte des importants aménagements faits par la recourante, lesdits aménagements devenant propriété de Z._______ Inc. à l'échéance du bail. Dès lors que ces aménagements étaient transférés à Z._______ Inc., la recourante avait fait exécuter des travaux sur un immeuble appartenant à un tiers et ainsi agi pour le compte de la propriétaire. Les travaux en cause étant remis à la propriétaire, il importait peu de savoir si la remise intervenait dès l'exécution des aménagements (s'agissant des parties intégrantes qui étaient de par la loi acquises au propriétaire foncier en vertu de l'art. 642 al. 2 CC) ou au fur et à mesure de la prise en charge financière ou encore à l'échéance du bail (date de transfert de propriété prévue par le contrat). La recourante effectuait de la sorte une livraison. De son côté, la propriétaire avait acquitté CHF 2'000'000.-- (TVA incluse) et consenti une baisse de loyer mensuelle de CHF 18'750.--, accordée sous forme de compensation, la propriétaire renonçant à une part de la contrepartie de la location immobilière. Il existait un lien économique étroit entre la remise des travaux de rénovation de l'immeuble et les contreparties octroyées par la propriétaire, tant pour le montant de CHF 2'000'000.-- que pour la baisse de loyer, cette dernière ayant été expressément prévue pour tenir compte des aménagements réalisés par la recourante. Il y avait ainsi bien échange de prestations entre la remise des travaux (livraison) et la baisse de loyer de sorte que celle-ci était soumise à la TVA. La créance fiscale naissait lorsque la baisse était effective, soit chaque mois. Il importait peu à cet égard que l'on considérait que la remise intervenait au fur et à mesure de l'exécution des aménagements, respectivement au moment de la prise en charge financière ou à l'échéance du bail. S'agissant des arguments soulevés par la recourante, l'AFC a considéré ce qui suit :
- Un cas de changement de locataire (reprise du bail) ne s'était pas présenté et on ne saurait exiger de la propriétaire qu'elle octroie à un tiers une baisse de loyer obtenue par la recourante en raison de travaux d'aménagements qu'elle avait effectués. Il convenait par ailleurs d'admettre, en cas de changement de locataire avant l'échéance du bail, que la propriétaire devrait selon toute vraisemblance exiger du reprenant le versement du loyer commercial (soit sans baisse) et payer à la recourante la part des aménagements réalisés par cette dernière correspondant aux baisses de loyers non effectives.
- L'AFC ne faisait qu'appliquer à la solution choisie par les parties au contrat de bail le traitement fiscal prévu par la loi et ceux-ci disposaient de plusieurs alternatives - que l'autorité inférieure avait expliquées en détail dans la décision entreprise.
- Il résultait de la refacturation des travaux par la recourante qu'une partie desdits travaux restait en fin de compte à sa charge. Certains aménagements subsistaient ainsi à son bilan. L'AFC ignorait au demeurant les règles en matière de comptabilisation et d'amortissements appliquées par la recourante.
- L'autorité intimée appliquait le même traitement aux situations identiques ; sa pratique en matière de travaux entrepris par le locataire résultait de la Brochure n° 16 intitulée « Administration, location et vente d'immeubles ».
6.2. Dans son recours du 30 mars 2011, la recourante fait valoir en substance qu'elle n'avait pas agi pour le compte de la propriétaire et que celle-ci n'avait pas pris les travaux à sa charge. La recourante n'aurait pas été remboursée par le propriétaire comme en témoignait sa comptabilité, les travaux figurant à l'actif de son bilan. Considérer que la propriété des travaux passait mois après mois au propriétaire n'était qu'une fiction.
6.3. Il sied de bien distinguer trois éléments dans la suite du raisonnement. Tout d'abord, il s'agit de déterminer s'il y a opération imposable, ce qui implique l'existence d'une prestation, d'une contre-prestation et d'un rapport d'échange entre les deux (consid. 6.3.1). Ensuite, il y a lieu de circonscrire la base imposable; plus précisément, il s'agit de savoir si la baisse de loyer consentie à la recourante en fait partie (consid. 6.3.2). Enfin, et pour autant qu'il y ait opération et que la base imposable englobe la baisse de loyer litigieuse, il importe de déterminer le moment de la naissance de la créance fiscale correspondante (consid. 6.3.3).
6.3.1. En l'occurrence, l'existence d'une opération au sens de la TVA ne fait guère de doute au regard des considérations suivantes. Il est incontesté que la recourante a, entre 2003 et 2005, entrepris des travaux de construction pour un montant total de CHF 5'232'575 et qu'elle en a refacturé une partie, soit précisément un montant de CHF 2'000'000.-- (TVA incluse) à Z._______ Inc., propriétaire de l'immeuble. Cela étant, force est de constater que la recourante a bien effectué une prestation en entreprenant des travaux de construction sur un immeuble dont elle n'était pas propriétaire et qui bénéficient à Z._______ Inc. en sa qualité de propriétaire d'immeuble, dès lors que les aménagements réalisés deviennent propriété de cette dernière au plus tard à l'échéance du bail. Les travaux en cause étant à terme remis à la propriétaire, la recourante effectue indéniablement une livraison dont la destinataire est Z._______ Inc. L'existence d'une contre-prestation est pareillement avérée, sachant que la recourante a refacturé Fr. 2'000'000.- à Z._______ Inc. Il faut d'ailleurs relever que la recourante a facturé de la TVA à Z._______ Inc. (CHF 141'263.94) et l'a déclarée à l'AFC. Il est enfin évident qu'il existe un lien direct entre cette prestation, respectivement cette contre-prestation, de sorte que tous les éléments caractéristiques d'une opération au sens de la TVA sont réalisés. Cela étant, la question de l'opération en elle-même - si elle précède nécessairement celle de la base imposable - n'est pas litigieuse. La recourante, bien loin d'émettre une objection à l'encontre de la TVA due sur les montants facturés à Z._______ Inc., a déclaré le chiffre d'affaires correspondant à l'AFC comme imposable. La recourante serait dès lors malvenue à prétendre qu'il n'y avait pas là opération imposable, ce qui ne semble d'ailleurs pas être le cas, à suivre ses observations. Elle a en effet relevé « la part des travaux qui a été refacturée au propriétaire a dûment été décomptée à la TVA, ce qui est logique puisque ces travaux lui appartiennent maintenant, c'est-à-dire font partie intégrante de l'immeuble » (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 7 décembre 2009).
6.3.2. Une autre question est celle de la base imposable, c'est-à-dire de l'ampleur de la contre-prestation formant le pendant de la prestation susmentionnée et sur laquelle la TVA sera calculée. Il a déjà été relevé ci-avant que la contre-prestation incluait le montant de CHF 2'000'000.- refacturé à Z._______ Inc. Cela étant, il s'agit de savoir si la baisse de loyer concédée par Z._______ Inc. à la recourante doit elle-aussi être englobée dans la contre-prestation. La base imposable de l'opération, déjà formée des CHF 2'000'000.- facturés à la propriétaire de l'immeuble, serait accrue d'autant. Il faut relever à cet égard que la recourante ne nie pas que le contrat de bail signé le 7 septembre 2005, conclu pour une durée de dix ans, c'est-à-dire du 1er juillet 2005 au 30 juin 2015, prévoit que le loyer annuel - qui est de CHF 825'000.-- - est « réduit de CHF 225'000.--- par an pour toute la durée du bail pour tenir compte des importants aménagements faits par le locataire dans l'immeuble, ces aménagements devant la propriété de Coraline à l'échéance du bail » (cf. contrat de bail à loyer, ch. 1.2). La recourante ne met au demeurant pas non plus en doute la baisse de loyer consentie par la propriétaire de l'immeuble. Elle ne semble pas non plus contester la cause de cette baisse de loyer accordée, c'est-à-dire les importants aménagements qu'elle a effectués à ses frais. Elle affirme en effet « notre société (...) a choisi la situation d'un loyer moindre contre l'exécution et prise en charge partielle des travaux que nous avons effectué » (cf. observations de la recourante à l'AFC du 7 décembre 2009). Cela étant, le Tribunal relève que, du point de vue du destinataire, qui s'avère déterminant (consid. 4.4.2), la baisse de loyer est consentie en échange des travaux effectués par la recourante dans les locaux loués. Il existe ainsi en ce sens un lien économique étroit entre la remise des travaux de rénovation de l'immeuble et la baisse de loyer en question. La formulation précitée du contrat de bail est à cet égard parfaitement révélatrice. Aucune autre raison n'est au demeurant réellement avancée par la recourante. Que le loyer « résulte exclusivement des négociations entre les parties, dans le cadre légal du droit du bail », comme le fait valoir la recourante, n'y change rien. Il faut donc en déduire que la baisse de loyer représente bien une partie de la contre-prestation versée en contrepartie de la prestation effectuée. Le laps de temps séparant le versement de cette contrepartie de la remise des travaux à la destinataire, soit la propriétaire de l'immeuble, ne joue à cet égard aucun rôle. Il importe surtout d'établir un lien économique direct entre prestation et contre-prestation, réalisé en l'occurrence. Le concept évoqué par la recourante d'un échange de prestation « mensuel » n'existe donc pas, respectivement n'a aucune incidence. Finalement, il importe peu de savoir si la remise des travaux intervient dès l'exécution des aménagements (s'agissant des parties intégrantes qui sont de par la loi acquises au propriétaire foncier en vertu de l'art. 642 al. 2 CC) ou au fur et à mesure de la prise en charge financière ou encore à l'échéance du bail (date de transfert de propriété prévue par le contrat), cet élément n'ayant aucune influence sur la base imposable.
A cela s'ajoute que la diminution de loyer consentie à la recourante représente, de par sa nature, une contre-prestation. Plus précisément, il s'agit de la créance de Z._______ Inc. contre la recourante en versement d'une partie du loyer, ainsi compensée avec la dette que Z._______ Inc. a envers la recourante, pour l'exécution des aménagements dans l'immeuble loué. Cette constellation est d'ailleurs expressément visée à l'art. 33 al. 4, 2ème phrase, aLTVA, selon lequel si une prestation est effectuée en paiement d'une dette, le montant de la dette ainsi éteinte vaut alors contre-prestation (cf. également : arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4516/2008 du 5 janvier 2011 consid. 7.2 in fine, A-8794/2007 du 18 octobre 2010 consid. 3.2.2).
La contre-prestation englobant la baisse de loyer concédée à la recourante, la TVA doit également être calculée sur celle-ci.
6.3.3. L'unique point qui demeure litigieux est ainsi la naissance de la créance fiscale correspondante. A ce sujet, il s'agit d'observer que la recourante décompte selon les contre-prestations convenues, ce qui fait que, en vertu de l'art. 43 al. 1 aLTVA, la créance fiscale prend naissance au moment de la facturation, le cas échéant partielle, à moins qu'une facture fasse défaut ou qu'il s'agisse de paiements anticipés, auquel cas elle naît au moment de l'encaissement du paiement en question (cf. consid. 4.5 ci-avant).
6.3.3.1 En l'occurrence, une facturation fait défaut. Selon l'art. 43 al. 1 let. a ch. 3 aLTVA, en cas de livraison ou de prestation de services non facturée, la créance fiscale prend naissance à l'encaissement de la contre-prestation. Il faut donc s'en référer ici au moment de l'encaissement de la contre-prestation. Certes, il n'y a pas de montant encaissé à proprement parler, puisque les parties ont convenu d'une compensation. Cela étant, cette compensation intervient au moment de l'échéance du loyer, soit chaque mois. Ce terme est dès lors déterminant pour la naissance de la créance fiscale. En expliquant que la créance fiscale naissait au moment où la baisse de loyer devenait effective, à savoir chaque mois, l'AFC est en définitive parvenue à la même conclusion.
6.3.3.2 Il est ainsi inutile de résoudre la problématique de savoir si les baisses de loyer en question représentent des paiements anticipés, par rapport à une prestation qui interviendrait par hypothèse plus tard. En effet, cette thèse aboutirait à un résultat identique, l'encaissement de la contre-prestation étant également déterminant dans ce cas de figure (consid. 6.3.3.1). Il est également superflu de savoir si la remise des travaux a lieu uniquement à l'échéance du contrat de bail ou chaque mois, seule la facturation - respectivement l'encaissement de la contre-prestation à défaut de facturation ou en cas de paiement anticipé - déclenchant la naissance de la créance fiscale. A supposer même qu'une facturation doive avoir lieu à l'échéance du contrat de bail, ce qui n'est nullement allégué, il faudrait sans nul doute considérer les baisses de loyer concédées auparavant comme des paiements anticipés, avec les conséquences déjà décrites au niveau de la naissance de la créance fiscale de sorte qu'une semblable hypothèse n'irait pas dans le sens voulu par la recourante.
C'est dès lors à bon droit que l'AFC a calculé la créance fiscale, pour les périodes allant du 1er janvier 2005 au 30 juin 2009, à hauteur de CHF 15'892.20 par année (2006-2008), respectivement de CHF 7'946.10 par demi-année (du 1er juillet 2005 au 31 décembre 2005 et du 1er janvier 2009 au 30 juin 2009), sur la base des baisses de loyer concédées durant ces mêmes périodes, représentant CHF 225'000.- par année. Ladite créance, totalisant CHF 63'568.80, doit donc être confirmée.
6.3.4. Il reste à répondre aux autres griefs de la recourante.
6.3.4.1 Celle-ci fait valoir que l'imposition de la baisse de loyer chaque mois conduirait à une double imposition en cas de cession du bail à un tiers qui reprendrait, par hypothèse, les travaux qu'elle a effectués. Or, d'une part, il s'agit d'un raisonnement purement hypothétique de la recourante. D'autre part, il ne saurait y avoir double imposition si deux opérations TVA distinctes, impliquant au surplus un destinataire distinct, comme ce serait le cas en cas de cession de bail à un tiers, sont en cause.
6.3.4.2 La manière dont les travaux sont comptabilisés dans les comptes de la recourante n'est pas déterminante pour le traitement fiscal en matière de TVA de l'opération ici concernée. Le grief invoqué à cet égard est ainsi mal fondé.
6.3.4.3 La recourante prétend que l'AFC ne respecterait pas sa propre pratique telle qu'elle est publiée dans la Brochure n° 16, intitulée « Administration, location et vente d'immeubles », valables à partir du 1er janvier 2008 et jusqu'au 31 décembre 2009. D'après la recourante, cette brochure confirmerait « l'imposition de la vente des aménagements par le locataire en tant que livraison et la non-imposition du retour gratuit de la propriété des aménagements au propriétaire ». Cela étant, que l'on se réfère à cette brochure ou à la précédente, soit la Brochure n° 16 de l'AFC, intitulée « Régies immobilières et courtiers en immeubles », valable du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2007, ch. 6.10, la recourante ne peut rien en déduire en sa faveur. Ces publications confirment au contraire que la vente des aménagements faits par le locataire est imposable, au contraire de la remise à titre gratuit. Or, en l'espèce, la recourante ne se trouve pas dans le cas d'une remise à titre gratuit à la propriétaire de l'immeuble, comme déjà développé ci-avant.
7.
7.1. En second lieu, la recourante conteste la reprise de TVA de CHF 2'964,45 due pour les ventes de matériel d'exploitation et de tableaux, calculée sur la base du différentiel entre le chiffre d'affaires comptabilisé et le chiffre d'affaires déclaré.
7.2.
7.2.1. Selon la décision sur réclamation du 1er mars 2011, la recourante n'a présenté aucune concordance entre les chiffres d'affaires comptabilisés et les chiffres d'affaires déclarés. Ayant dû procéder à la vérification de cette concordance lors du contrôle sur place, l'AFC a constaté une différence entre le chiffre d'affaires comptabilisé et le chiffre d'affaires déclaré par la recourante. Invitée à justifier cette différence, l'AFC a remis un nouveau tableau. De ce tableau ressort notamment le chiffre d'affaires total soumis à la TVA (pour chacune des années de toute la période ayant fait l'objet du contrôle). Les montants qui y figurent comprennent notamment le chiffre d'affaires « ordinaire », c'est-à-dire le chiffre d'affaires résultant d'opérations imposables selon la balance des comptes. Ce chiffre d'affaires est en tous points identiques à celui figurant dans le tableau fourni par la recourante à l'appui de son recours (cf. pièce n°13 des annexes au recours de la recourante). S'agissant donc de ce chiffre d'affaires « ordinaire » (le chiffre d'affaires imposable selon la balance des comptes), il n'y pas de litige entre les parties.
7.2.2. Il en va de même des chiffres figurant sur les deux tableaux précités correspondant au chiffre d'affaires déclaré dans les décomptes TVA remis par la recourante. Il sied ainsi de constater que le chiffre d'affaires déclaré n'est pas non plus contesté.
7.2.3. Les avis divergent en revanche en ce qui concerne le chiffre d'affaires résultant des ventes de matériel d'exploitation et de tableaux. La recourante soutient, preuves à l'appui, que ces ventes ont été imposées, ce que l'AFC semble contester. Les parties sont en revanche d'accord que ces ventes constituent des opérations imposables et que le chiffre d'affaires correspondant ne figure pas parmi le chiffre d'affaires selon la balance des comptes, appelé chiffre d'affaires « ordinaire » par l'AFC (cf. consid. 7.2.1 ci-avant). En effet, les ventes de matériel d'exploitation et de tableaux ne sont pas comptabilisées comme produits, mais donnent lieu à une écriture de bilan à bilan. Il s'agit néanmoins d'un chiffre d'affaires résultant d'opérations imposables - ce qui n'est au demeurant pas litigieux. C'est dès lors à juste titre que l'AFC a considéré que ces ventes devaient être prises en compte pour déterminer le chiffre d'affaires total sur lequel la TVA est calculée. La question de savoir si la recourante a effectivement imposé ces ventes et décompté la TVA est ainsi sans importance. Il suffit de constater que la différence entre le chiffre d'affaires résultant d'opérations soumises à TVA et le chiffre d'affaires déclaré - qui n'est pas litigieux - s'élève effectivement à CHF 122'348.-- (net) (CHF 83'342.- [net] plus CHF 39'006.-- [net]) et non pas à CHF 83'342.--, comme le prétend la recourante, pour arriver à la conclusion que la reprise opérée par l'AFC est justifiée. Les griefs de la recourante étant mal fondés, le recours doit également être rejeté sur ce point.
8. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours dans la mesure où il est recevable (cf. consid. 1.2). Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par CHF 3'300.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas alloué à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de procédure, d'un montant de CHF 3'300.--, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ... ; Acte judiciaire)
La présidente du collège :
Le greffier :
Marie-Chantal May Canellas
Daniel de Vries Reilingh
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :