bvger · A-3821/2017 · 2019-04-24 · fr
A-3821/2017

Taxe sur la valeur ajoutée

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Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée par le TF par arrêt du 23.01.2020 (2C_530/2019)
Cour I
A-3821/2017
Arrêt du 24 avril 2019
Composition
Raphaël Gani (président du collège),
Marianne Ryter, Jürg Steiger, juges,
Alice Fadda, greffière.
Parties
A._______ SA,
représentée par
Maître Pascal Pétroz, avocat, Perréard de Boccard SA,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
autorité inférieure.
Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (1er trimestre 2011 au 4e trimestre 2015) ; taxation par voie d'estimation, restaurant (art. 79 al.1 LTVA).
Faits :
A. A. _______ SA (ci-après : l'assujettie), dont le siège est à [...] a notamment pour but l'acquisition et exploitation d'établissements publics et de commerces. Elle exploite un restaurant au sein d'un complexe sportif à [...]. Elle fut immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : AFC) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) à compter du 26 mars 1999.
B. A l'occasion d'un contrôle opéré chez l'assujettie durant l'année 2016 et portant sur les périodes de décompte allant du 1er trimestre 2011 au 4ème trimestre 2015, l'AFC constata que des manquements dans la comptabilité de l'assujettie avaient conduit à des omissions dans l'imposition de son chiffre d'affaires. Plus précisément, il fut constaté qu'aucun livre de caisse n'était tenu et que le compte caisse présentait des soldes négatifs et ajustements par le biais d'apports. Par conséquent, l'AFC indiqua ne pas être en mesure de contrôler l'exhaustivité des recettes inscrites dans la comptabilité et dénia à celle-ci toute valeur probante. Partant, elle reconstitua les chiffres d'affaires par estimation.
C. L'AFC arrêta le montant de la créance fiscale et la correction de l'impôt pour les périodes contrôlées par notification d'estimation du 12 janvier 2017. Dite notification d'estimation porta sur un montant total d'impôt de CHF 80'366.--, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2014. Par pli du 10 février 2017, l'assujettie, agissant par l'entremise de son conseil, demanda à ce qu'une décision formelle lui soit notifiée. Par décision du 21 février 2017, l'AFC confirma le montant total de la correction d'impôt tel que déterminé par la notification d'estimation. Le 27 février 2017, l'assujettie indiqua à l'AFC sa volonté de former réclamation à l'encontre de la décision susdite et réclama des précisions sur la marge brute retenue par l'AFC. Elle indiqua avoir sollicité des précisions quant à la justification de la marge brute retenue pour l'estimation du chiffre d'affaires en date du 21 septembre 2016, sans qu'une réponse ne lui soit parvenue. Par pli recommandé du 15 mars 2017, l'AFC expliqua les raisons l'ayant poussée à retenir une marge de bénéfice brute de 65% afin d'effectuer le redressement et octroya un délai de 20 jours à l'assujettie afin qu'elle puisse régulariser sa réclamation du 27 février 2017 par l'envoi d'une motivation et d'une conclusion. Par courrier recommandé du 5 avril 2017, l'assujettie compléta sa réclamation par la transmission d'explications permettant selon elle de justifier une marge inférieure à celle retenue par l'AFC.
D. Par décision sur réclamation du 2 juin 2017, l'AFC rejeta la réclamation de l'assujettie et prononça que cette dernière devait encore verser à titre de TVA pour les périodes fiscales correspondant aux années 2011 à 2015 le montant de CHF 80'366.--, plus intérêts moratoires dès le 30 avril 2014.
E. Par recours du 6 juillet 2017, l'assujettie (ci-après : la recourante) a déféré cette décision au Tribunal administratif fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, entre autres, à l'annulation de la décision du 21 février 2017 ainsi que de la décision sur réclamation du 2 juin 2017.
Par réponse du 13 septembre 2017, l'AFC (ci-après : autorité inférieure) a conclu au rejet du recours.
Les autres faits et les arguments des parties seront repris, pour autant que besoin, dans la partie en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA ; RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues sur réclamation par l'AFC en matière de TVA peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF (cf. également art. 83 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [LTVA, RS 641.20]). L'autorité de céans est donc compétente pour connaître du présent litige. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2 En sa qualité de destinataire de la décision sur réclamation du 2 juin 2017, notifiée le 6 juin 2017, la recourante est spécialement touchée par celle-ci et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a dès lors qualité pour recourir (art. 48 al. 1 PA). Déposé le 6 juillet 2017, le recours a en outre été interjeté dans le délai légal de trente jours (cf. art. 50 al. 1 PA) et répond au surplus aux exigences de contenu et de forme de la procédure administrative (cf. art. 52 al. 1 PA). Il convient donc d'entrer en matière, sous réserve de ce qui suit.
L'objet du litige est délimité par l'objet de la décision attaquée et ne peut l'excéder, en vertu des règles sur la compétence fonctionnelle du Tribunal (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_642/2007 du 3 mars 2008 consid. 2.2; ATAF 2010/12 consid. 1.2.1). En l'occurrence, il ne peut être entré en matière sur la décision du 21 février 2017. En effet, la Cour de céans n'est fonctionnellement pas compétente ici. Les règles de compétence fonctionnelle déterminent l'ordre dans lequel se succèdent les différentes instances de recours. Au surplus, l'on constatera que la décision du 21 février 2017 a fait l'objet d'une réclamation et que cette dernière a conduit à la décision sur réclamation dont est recours ici.
1.3 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49 PA ; cf. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd., 2016, n. marg. 1146 ss ; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 2.149).
Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, ch. 2.2.6.5 p. 300 s. ; arrêt du TAF A-2720/2016 du 31 mai 2018 consid. 1.3.2). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits d'office et librement ; cette maxime doit toutefois être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 12 et 13 PA, applicables en vertu de l'art. 83 al. 1 LTVA), en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur requête (art. 52 PA).
En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 et 2012/23 consid. 4 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2013, ch. 1135 s.). Le Tribunal administratif fédéral s'impose en outre une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation justifiée (cf. arrêts du TAF A-2826/2017 du 12 février 2019 consid.1.3, A-3156/2017du 30 janvier 2019 consid. 1.4.3).
1.4 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité (administrative ou judiciaire) se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci (cf. ATF 137 III 208 consid. 2.2 et 133 II 384 consid. 4.2.3 ; arrêt du TF 2C_806/2017 du 19 octobre 2017 consid. 4.1 ; arrêts du TAF A-2826/2017 du 12 février 2019 consid. 1.4 et A-3018/2016 du 30 avril 2018 consid. 1.4 ; Moser/Beusch/ Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.140 ss, en particulier 3.144).
En revanche, lorsque l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. René Rhinow/Heinrich Koller/Christina Kiss/Daniela Thurnherr/Denise Brühl-Moser, Öffentliches Prozessrecht, 3e éd., 2014, n. marg. 996 ss ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2010, n. marg. 1563).
Rapportée au droit fiscal, cette règle suppose que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui créent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujetti assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3 ; arrêt du TF 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 8.3 ; arrêts du TAF A-2786/2017 du 28 février 2019 consid. 1.3.2, A-2826/2017 du 12 février 2019 consid. 1.4). Elle ne s'applique toutefois que s'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond avec un degré de vraisemblance suffisant à la réalité (cf. ATF 139 V 176 consid. 5.2 ; arrêts du TAF A-6029/2017 du 7 septembre 2018 consid. 1.4 et A-3945/2013 du 2 avril 2014 consid. 1.5). Pour ce qui a trait à la taxation par voie d'estimation dans le domaine de la TVA, la jurisprudence a précisé la répartition spécifique du fardeau de la preuve, qui sera présentée ci-dessous (consid. 2.5).
1.5
1.5.1 Le droit d'être entendu est de nature formelle, ce qui signifie que sa violation suffit, si elle est particulièrement grave, à entraîner l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF134 V 97, 127 V 431 consid. 3d/aa p. 437 ; ATAF 2013/23 consid. 6.1.3 ; Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, volume II, Les droits fondamentaux, 2ème éd., Berne 2006, n. 1346). Le motif relatif à ce moyen de droit doit donc être examiné en priorité (cf. ATF 124 I 49 consid. 1). En effet, si l'autorité de recours constate la violation du droit d'être entendu, elle renvoie la cause à l'instance inférieure, qui devra entendre la personne concernée et adopter une nouvelle décision, quand bien même sur le fond celle-ci ne s'écartera pas de la solution qu'elle avait retenue lors de la décision annulée (cf. ATF 125 I 113 consid. 3).
1.5.2 Le droit d'être entendu sert non seulement à établir correctement les faits, mais constitue également un droit indissociable de la personnalité garantissant à un particulier de participer à la prise d'une décision qui touche sa position juridique. La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu - découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. - en particulier le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision (cf. ATF 125 V 332 consid. 3a), celui d'avoir accès au dossier (cf. ATF 131 V 35 consid. 4.2, 129 I 249 consid. 4.1) ainsi que celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (cf. ATF 129 I 249 consid. 3, 127 I 54 consid. 2b, 126 I 15 consid. 2a/aa). En tant que droit de participation, le droit d'être entendu englobe donc tous les droits qui doivent être attribués à une partie pour qu'elle puisse faire valoir efficacement son point de vue dans une procédure (cf. ATF 132 II 485 consid. 3.2, 129 II 497 consid. 2.2). Le droit de s'exprimer signifie que l'intéressé a le droit de faire valoir son point de vue, c'est-à-dire d'exposer ses arguments de fait et de droit, de prendre position sur les éléments du dossier, de répondre aux arguments de la partie adverse ou de l'auteur de la décision attaquée
1.5.3 La possibilité de faire valoir ses arguments dans une procédure suppose la connaissance préalable des éléments dont l'autorité dispose (cf. ATF 132 V 387 consid. 3.1, 126 I 7 consid. 2b). L'art. 26 al. 1 PA prévoit que la partie ou son mandataire a le droit de consulter tous les actes servant de moyens de preuve au siège de l'autorité appelée à statuer (ATF 133 V 196 consid. 1.2 ; arrêts du TAF A-1744/2006 du 12 juin 2007 consid. 6, A-1621/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.2.1). Le droit de consulter le dossier s'étend à toutes les pièces relatives à la procédure, sur lesquelles la décision est susceptible de se fonder. Il suffit que les parties connaissent les preuves apportées et que ces éléments soient à leur disposition si elles le requièrent (ATF 128 V 263 consid. 5b/bb in fine, ATF 112 Ia 198 consid. 2a). Le droit de consulter une pièce ne peut pas être refusé au motif que la pièce en question n'est pas décisive pour l'issue de la procédure. Il appartient en effet d'abord aux parties de décider si une pièce contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part (cf. ATF 132 V 387 consid. 3.2, 133 I 100 consid. 4.3 ss ; voir également Bernhard Waldmann, Das rechtliche Gehör im Verwaltungsverfahren, in : Isabelle Häner/Bernhard Waldmann [éds], Das erstinstanzliche Verwaltungsverfahren, Institut Droit et Economie, Zürich 2008, p. 74 ss). Le droit de consulter le dossier n'est pas absolu et peut être limité pour la sauvegarde d'un intérêt public ou privé important au maintien du secret (cf. art. 27 al. et al. 2 PA ; voir également ATF 122 I 153 consid. 6a). En outre, la consultation de certaines pièces du dossier peut être refusée s'il s'agit des pièces internes, sans incidence sur la procédure en cours (cf. ATF 115 V 297 consid. 2g). Lorsque des intérêts divergents sont en cause, il appartient à l'autorité de pondérer celui d'une partie à consulter le dossier et celui de l'autre à garder le secret. L'autorité ne peut utiliser une pièce dont la consultation a été refusée au désavantage de la partie concernée que si elle lui a communiqué, oralement ou par écrit, le contenu essentiel de la pièce et lui a donné en outre l'occasion de s'exprimer et de fournir des contre-preuves (art. 28 PA). Cela étant, le refus de consulter une pièce constitue une atteinte grave au droit d'être entendu que les garanties découlant de l'art. 28 PA ne peuvent combler que partiellement. Cette pratique doit donc rester exceptionnelle et le refus de consulter une pièce s'apprécie d'une manière restrictive.
1.5.4 Une violation du droit d'être entendu peut, pour autant qu'elle ne soit pas d'une gravité particulière, être considérée comme guérie lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours, à condition que la cognition de l'instance de recours ne soit pas limitée par rapport à celle de l'instance inférieure et qu'il n'en résulte aucun préjudice pour le recourant (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3.2 ; 133 I 201 consid. 2.2, 132 V 387 consid. 5.1, 127 V 431 consid. 3d/aa ; arrêts du TAF A-4353/2010 du 28 septembre 2010 consid. 3.1.2, A-102/2010 du 20 avril 2010 consid. 3.3 ; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., ch. 3.112 s.). Toutefois, la réparation de la violation du droit d'être entendu doit rester l'exception et n'est admissible que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée. Si par contre l'atteinte est importante, il n'est pas possible de remédier à la violation (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 et les arrêts cités).
1.5.5 En l'occurrence, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendu, dans la mesure où l'autorité inférieure ne lui aurait pas communiqué les documents lui ayant permis d'appliquer la marge brute retenue, ni même les détails de l'« échantillon [...] » ayant servi à établir le coefficient d'expérience employé. A cet égard, il s'agit d'observer ce qui suit.
Le droit de consulter le dossier s'étend à toutes les pièces relatives à la procédure, sur lesquelles la décision est susceptible de se fonder. Il suffit que les parties connaissent les preuves apportées et que ces éléments soient à leur disposition si elles le requièrent (cf. consid. 1.5.3 ci-avant). Or, après examen des pièces du dossier, force est ici de constater que c'est à juste titre que l'autorité inférieure expose dans sa réponse que la recourante n'a à aucun moment requis la production des coefficients d'expérience dans le détail. Certes, par courrier du 21 septembre 2016, la recourante avait demandé si la marge brute de 65% était fondée sur des statistiques nationales ou cantonales et si la spécificité de la recourante avait été prise en compte. En raison d'un problème de classement de ce courrier - semble-t-il - l'autorité inférieure a rendu sa décision initiale du 21 février 2017 sans répondre à cette demande de justification. Elle a cependant expliqué de manière détaillée, dans son courrier ultérieur du 15 mars 2017 la justification de la marge retenue. La recourante a ainsi pu se déterminer et prendre connaissance de ces éléments dans le cadre de la procédure de recours administrative avant que ne soit rendue la décision sur réclamation du 2 juin 2017. En outre, en raison du caractère confidentiel évident desdits coefficients, la pratique de l'autorité inférieure consistant à ne pas les remettre systématiquement et spontanément ne saurait en effet être critiquable. Il s'avère ainsi que, même s'il fallait reconnaître une violation du droit d'être entendu de manière initiale, cette violation mineure devrait de toute façon être considérée comme guérie par l'envoi du 15 mars 2017 et le pouvoir d'examen complet que conserve l'autorité inférieure lorsqu'elle rend une décision sur réclamation. Dans ces conditions, ce grief étant mal fondé, il convient donc de le rejeter.
2.
2.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation, en vertu duquel l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément à l'AFC la créance fiscale et de verser l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (cf. art. 71 et 86 al. 1 LTVA ; ATF 140 II 202 consid. 5.4 ; arrêt du TF 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 [traduit in : Revue de droit fiscal et de droit administratif {RDAF} 2015 II 171] consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.1 et A-1662/2014 du 28 juillet 2015 [confirmé par arrêt du TF 2C_797/2015 du 2 septembre 2016] consid. 4.1 ; Pierre Scheuner, in : Zweifel et al. [édit.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht : Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2015 [ci-après cité : MWSTG-Kommentar], ch. 1 ss ad art. 71). Autrement dit, l'AFC n'a pas à intervenir à cet effet, si ce n'est à des fins de contrôle (cf. art. 78 LTVA), et n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.1 et A-2657/2014 du 1er juin 2015 consid. 3.3 ; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, chap. 6 ch. 144 ss).
Même si le nouveau droit a, sur certains aspects, assoupli ce principe (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.4 ; arrêt du TF 2C_678/2012 du 17 mai 2013 consid. 2.1 ; cf. également à cet égard le Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA, in : Feuille fédérale [FF] 2008 6277), il n'en reste ainsi pas moins qu'il appartient à l'administré d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement à la TVA et, le cas échéant, d'établir lui-même la créance fiscale le concernant. L'assujetti demeure en effet seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, ainsi que du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du TF 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2 et 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.5 ; ATAF 2009/60 consid. 2.5.1 ; arrêts du TAF A-1133/2018 du 26 septembre 2018 consid. 2.4.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.1).
2.2 Parmi les obligations incombant à l'assujetti figurent en particulier celles liées à la comptabilité. Selon l'art. 70 al. 1 LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial, l'AFC pouvant exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2.2.1 Les opérations commerciales doivent être enregistrées dans l'ordre chronologique, sans discontinuité et de manière actuelle, c'est-à-dire sans délai suite à leur réalisation. L'assujetti est tenu d'enregistrer les recettes et les dépenses intégralement et en toute sincérité, sous une forme non modifiable (cf. Info TVA 16, « Comptabilité et facturation », ch. 1.3). Le suivi des opérations commerciales à partir de la pièce justificative individuelle jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité, et vice-versa, doit pouvoir être garanti en tout temps et sans perte de temps, y compris par sondage. Ceci suppose en particulier une organisation claire des livres comptables, ainsi que des libellés compréhensibles dans les écritures comptables et dans les journaux, des pièces justificatives avec mention des imputations et des paiements, de même qu'un classement et une conservation en bon ordre et de manière systématique des livres comptables et des pièces justificatives (cf. Info TVA 16, ch. 1.5 ; arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.2 et A-1331/2013 du 2 octobre 2014 consid. 5.2.2 et 5.2.3).
Conformément à l'art. 70 al. 2 LTVA, l'assujetti doit en outre conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (cf. art. 42 al. 6 LTVA), l'art. 958f du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220) étant réservé. Selon la pratique de l'AFC, confirmée par la jurisprudence, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence des comptes annuels, de documents et de justificatifs, peuvent entraîner une détermination par estimation de la TVA, fondée sur l'art. 79 LTVA (cf. Info TVA 16, ch. 1.4 qui parle « d'approximation » ; arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.2 et A-1662/2014 précité consid. 4.2.3 ; cf. également Britta Rehfisch/Roger Rohner, in : MWSTG-Kommentar, ch. 9 ss ad art. 70).
2.2.2 L'assujetti doit tenir au moins un livre de caisse, même s'il encaisse et décaisse peu d'argent liquide. Ses livres doivent mentionner tous les chiffres d'affaires et ceux-ci doivent être justifiés par les pièces correspondantes (arrêts du TF 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.2, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-5743/2015 du 7 novembre 2016 consid. 3.2.4, A-351/2014 du 10 juillet 2014 consid. 4.2.4, A-4480/2012 du 12 février 2014 consid. 3.2.3, A-4922/2012 du 14 juin 2013 consid. 2.4.4). Selon la jurisprudence constante précitée, lorsque l'on se trouve en présence d'un nombre important de transactions effectuées en espèces, la tenue d'un livre de caisse prend une importance centrale. En outre, la tenue détaillée et chronologique d'un livre de caisse répond à des exigences particulièrement élevées (voir également Rehfisch/Rohner, op. cit., n. 9 ss ad art. 70 LTVA).
Si un livre de caisse est censé apporter la preuve de l'exactitude des paiements intervenus, il y a lieu d'exiger que les entrées et les sorties d'argent liquide soient indiquées sans exception, de manière suivie et par ordre chronologique. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, et même tous les jours dans les entreprises recourant intensivement aux paiements en liquide (cf. Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ch. 884 ; Instructions 2008 ch. 884a, qui leur ont succédé ; arrêts du TAF A-4922/2012 du 14 juin 2013 consid. 2.4.4, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.4.4). C'est ainsi seulement qu'il est possible de garantir que les liquidités encaissées soient enregistrées de manière complète (arrêt du TF 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.2 ; arrêts du TAF A-351/2014 du 10 juillet 2014 consid. 4.2.4, A-4480/2012 du 12 février 2014 consid. 3.2.3 ; Rehfisch/Rohner, op. cit., n. 9 ss ad art. 70 LTVA). En outre, l'utilisation d'une caisse enregistreuse ne libère en rien de l'obligation d'inscrire dans un livre de caisse les enregistrements provenant des bandes de la caisse enregistreuse dans un délai convenable (arrêt du TAF A-6390/2016 du 14 septembre 2017 consid. 2.3.3 et 3.1.2.1).
Ces principes - dégagés pour la plupart par la jurisprudence sous l'ancien droit - demeurent valables sous l'empire de la LTVA, le nouveau droit n'ayant pas opéré de réforme à cet égard (Jürg Steiger, in : Zweifel/Beusch/Glauser/Robinson, op. cit., n. 1 ad art. 79 LTVA).
2.2.3 Le compte caisse fait partie du grand-livre et doit être le reflet du livre de caisse. Il constitue un compte d'actif (circulant) qui mesure les variations de liquidités en cours d'exercice et leur montant à la fin de l'exercice. Il enregistre ainsi les mouvements d'espèces d'une entreprise et présente nécessairement un solde débiteur, c'est-à-dire positif (ou nul). Chaque écriture du compte caisse doit être justifiée par une pièce comptable correspondante (Michel Calderara, Comptabilité générale, 2000, p. 242). La comptabilité de caisse saisit l'intégralité des transactions dont le paiement est réglé au comptant. En d'autres termes, ce compte représente les espèces que l'entreprise possède. Les transactions de caisse revêtent une importance particulière en matière de commerce de détail, dont fait partie le secteur de la restauration, étant donné qu'une large partie des transactions se règlent au comptant. Les flux monétaires sont répertoriés par le biais de la caisse-enregistreuse et au moment de la clôture quotidienne de l'entreprise, un décompte est établi afin de comparer les espèces en caisse avec le chiffre d'affaires journalier (Jean-Pierre Chardonnens, Comptabilité générale, 2012, 8è éd., p. 70).
2.3
2.3.1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation (art. 79 al. 1 LTVA ; cf. arrêts du TF 2C_576/2015 du 29 février 2016 consid. 3.4 et 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.3 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.5.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.1). Les deux premières conditions sont de nature formelle, la dernière étant de nature matérielle. Lorsqu'une comptabilité contient des lacunes du point de vue formel, l'AFC n'a pas à se demander si elle présente des lacunes d'ordre matériel, l'inverse étant aussi vrai (cf. arrêts du TAF A-3141/2015 du 18 janvier 2017 consid. 8.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.1 ; Jürg Steiger, in : MWSTG-Kommentar, ch. 7 ss ad art. 79 ; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 69 511, ch. 3.1.2).
2.3.2 L'art. 79 al. 1 LTVA distingue deux cas de figure. D'une part, une taxation par estimation a lieu lorsque des violations des règles formelles concernant la tenue des comptes apparaissent et qu'elles sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables s'en trouve remise en cause (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4a ; arrêts du TF 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3 et 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.5.2 et A-1331/2013 précité consid. 5.3.2). La taxation par estimation est ainsi une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes dans la tenue d'une comptabilité. Autrement dit, celle-ci s'impose à chaque fois qu'il n'est pas possible d'établir une taxation en bonne et due forme sur la base des documents comptables à disposition (cf. arrêt du TF 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2 ; arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.3.1 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.2).
Une estimation intervient par ailleurs également lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit que les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.5.2, A-1331/2013 précité consid. 5.3.2 et A-704/2012 précité consid. 5.2.2 ; Mollard, op. cit., ch. 3.1.1).
2.4
2.4.1 Si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'AFC n'est pas seulement autorisée, mais bien tenue de procéder à une telle taxation. Les cas dans lesquels l'assujetti se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants ou inexistants, ne doivent pas se solder par une perte d'impôt. La violation des devoirs de procédure ne saurait en effet profiter à l'assujetti (cf. arrêts du TF 2C_82/2014 du 6 juin 2014 consid. 3.1, 2C_1077/2012 précité consid. 2.3 et 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 2.2 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.6.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.1 ; Mollard, op. cit., ch. 3.2.1).
2.4.2 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause et aboutit à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité (cf. arrêts du TF 2C_950/2015 du 11 mars 2016 consid. 4.5 et 2C_576/2015 précité consid. 3.4 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.6.2 et A-3141/2015 précité consid. 8.2 ; Steiger, op. cit., ch. 23 ad art. 79). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou à reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres (ou coefficients) d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêt du TF 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-3141/2015 précité consid. 8.2 et A-1331/2013 précité consid. 5.3.4 ; Mollard, op. cit., ch. 3.2.2). Les parties probantes de la comptabilité et, le cas échéant, les pièces existantes doivent, autant que possible, être prises en compte dans l'estimation. Elles peuvent également servir de base de calcul à cette fin (cf. arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.6.2, A-1331/2013 précité consid. 5.3.4 et A-704/2012 précité consid. 5.3.2).
2.4.3 Dans le cadre de l'exécution de l'estimation, l'autorité inférieure se fonde en particulier sur des chiffres d'expérience, que ce soit pour examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont remplies (cf. consid. 2.4.2 in fine ci-avant) ou pour effectuer cette taxation elle-même. La jurisprudence a déjà relevé que cette manière de faire n'avait en principe rien de critiquable (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.8 ; arrêts du TAF A-1331/2013 précité consid. 5.3.5 et A-4480/2012 précité consid. 4.3.2). Les coefficients d'expérience sont établis sur une base statistique au moyen de relevés effectués auprès d'entreprises dont la comptabilité est tenue de manière fiable. Ils ne constituent pas des règles de droit ni des moyens de preuve semblables à des livres comptables (du moins aussi longtemps qu'ils ne proviennent pas d'une expertise menée par un spécialiste ; cf. arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.7.1, A-1331/2013 précité consid. 5.3.5 et A-6188/2012 du 3 septembre 2013 consid. 2.10.1 ; Martin Zweifel/Silvia Hunziker, Beweis und Beweislast im Steuerverfahren bei der Prüfung von Leistung und Gegenleistung unter dem Gesichtswinkel des Drittvergleichs [« dealing at arm's length »] in : Archives 77 658, p. 665 et 679 et les références citées).
Ces chiffres permettent de savoir ce qui, dans une branche économique donnée, constitue la norme générale en matière de revenus. Cependant, ils ne remplissent cette fonction que dans la mesure où ils reposent sur des bases solides (cf. Zweifel/Hunziker, op. cit., p. 679). Les chiffres d'expérience étant censés fournir des éclaircissements sur le chiffre d'affaires moyen correspondant à un type d'activité, ils doivent être largement corroborés et tenir compte de la structure de l'entreprise, de sa taille et des circonstances locales (cf. Mollard, op. cit., ch. 3.2.2.3.1). En d'autres termes, ils doivent résulter d'un large échantillon qui doit être représentatif, homogène et actuel. Cela signifie qu'ils doivent être établis sur la base d'un nombre de cas suffisant, même s'il n'est pas possible de fixer un chiffre absolu qui serait valable pour toutes les branches. L'échantillon ne doit pas non plus retenir des situations favorables ou défavorables uniquement. Il doit au contraire tenir compte de toutes les circonstances de manière appropriée afin de donner des résultats représentatifs (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.8.2 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.7.2, A-7215/2014 du 2 septembre 2015 consid. 2.9.2 et A-1331/2013 précité consid. 5.3.5).
Comme les chiffres d'expérience constituent par principe des valeurs moyennes, ils ne doivent pas être appliqués de manière trop schématique. Dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation, l'autorité doit tenir compte de la dispersion des données (entre la valeur minimale et la valeur maximale) si elle veut établir une estimation correcte qui tienne compte de l'ensemble des circonstances. L'administration doit d'ailleurs expliquer dans ses décisions comment elle a fait usage de son pouvoir d'appréciation. Ainsi, il ne suffit pas que l'autorité cite les coefficients d'expérience, elle doit encore expliquer les critères ainsi que la base statistique de ces chiffres pour remplir son devoir de motiver sa décision (cf. arrêt du TF 2C_370/2013 du 19 juillet 2014 consid. 1.4.2 ; ATAF 2009/60 consid. 2.8.4 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.7.3 et 2.7.4, A-1331/2013 précité consid. 5.3.6 et A-4480/2012 précité consid. 4.3.2 ; Martin Kocher, Die bundesgerichtliche Kontrolle von Steuernormen, 2018, p. 143). L'assujetti a en outre le droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience (cf. art. 29 ss PA et art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst. ; RS 101] ; ATF 141 V 557 consid. 3.1 et les références citées ; arrêt du TF 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9). De ce droit découle la possibilité de consulter sur demande (cf. art. 26 à 28 PA) le dossier spécial y afférent (cf. arrêt du TAF A-5798/2011 du 29 mai 2012 consid. 5.2.2).
Par ailleurs, il appartient au contribuable de prouver l'existence de conditions particulières devant conduire l'autorité fiscale à s'écarter des données d'expérience (cf. arrêt du TAF A-5743/2015 du 7 novembre 2016 consid. 3.3.5).
2.5 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Dans un premier temps, il appartient à l'administration de prouver que les conditions d'application de la taxation par estimation sont remplies. Sur ce point, c'est elle qui supporte le fardeau de la preuve et le tribunal de céans jouit d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.9.2 ; arrêts du TAF A-3141/2015 précité consid. 8.31 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.2 ; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 881 s. n. marg. 277 s. ; consid. 1.3 ci-avant).
Dans un deuxième temps, il sied de se demander si l'AFC a procédé correctement à l'estimation. Là encore, le fardeau de la preuve incombe à l'autorité. En particulier, le Tribunal examine l'estimation sous l'angle du choix des méthodes par l'AFC et sur le point de savoir s'il a été tenu compte des particularités de l'entreprise (arrêts du TAF A-3141/2015 précité consid. 8.3.2.2 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.4 et 5.2.2.1). Cela étant, le Tribunal administratif fédéral - lors même que sa cognition n'est pas restreinte par la loi (cf. consid. 1.3 ci-avant) - fait preuve de retenue lors de son analyse de l'exactitude de l'estimation, ne remplaçant l'appréciation de l'autorité inférieure par la sienne qu'en présence d'erreurs manifestes, c'est-à-dire si l'autorité a excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêt du TF 2C_950/2015 précité consid. 4.5 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3141/2015 précité consid. 8.3.2.3 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.2 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.6). Toutefois, de jurisprudence constante, l'autorité de recours se doit de contrôler si l'AFC a satisfait aux obligations de motiver qui lui incombe (cf. arrêt du TF 2C_370/2013 précité consid. 1.4.2 ; arrêts du TAF A-1331/2013 précité consid. 5.3.7 et A-4876/2012 précité consid. 3.2.2).
Dans un troisième temps, s'il s'avère que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration, le Tribunal administratif fédéral faisant preuve de retenue lors de son examen (arrêt du Tribunal fédéral 2C_1010/2018 du 21 décembre 2018, consid. 2.3 [cas d'un chauffeur de taxi], 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3, in RDAF 2008 II 20, RF 63/2008 p. 289, Archives 77 p. 343). Cette retenue découle de la marge d'appréciation que l'art. 79 al. 1 LTVA attribue à l'autorité fiscale (Kocher, op. cit., p. 143). Ce n'est ainsi que si l'autorité, dans le cadre des pouvoirs conférés par l'art. 79 LTVA, viole les principes juridiques qui les restreignent et qu'ainsi elle abuse de son pouvoir (cf. Pierre Moor/Alexandre Flückiger/Vincent Martenet, Droit administratif, vol. I, 3e éd., 2012, p. 743), que le Tribunal fédéral administratif intervient. Il appartient par ailleurs également au contribuable, le cas échéant, de prouver l'existence de conditions particulières devant conduire l'autorité fiscale à s'écarter des données d'expérience ; l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne doit pouvoir l'expliquer par des pièces justificatives (cf. arrêts du TF 2C_970/2012 du 1er avril 2013 consid. 4.2 et 2C_429/2009 précité consid. 3 ; arrêts du TAF A-3141/2015 précité consid. 8.3.3, A-1679/2015 précité consid. 4.3.2 et A-5798/2011 précité consid. 5.2.1).
Le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences. Celles-ci ne sont d'ailleurs que le résultat d'une situation incorrecte juridiquement qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c ; arrêts du TF 2C_1010/2018 précité, 2C_429/2009 précité consid. 3 et 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.8.2 et A-3141/2015 précité consid. 8.3.3). L'assujetti doit en effet tolérer l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de la violation de ses devoirs. Ce n'est que s'il prouve que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation que le tribunal de céans remplace l'appréciation de cette dernière par la sienne (cf. arrêts du TF 2C_576/2015 précité consid. 3.4 et 4.4.1 et 2C_812/2013 du 28 mai 2014 consid. 2.4.3 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.8.2 et A-3141/2015 précité consid. 8.3.3).
3. En l'espèce, la recourante conteste la décision entreprise. Il s'agira ici pour le Tribunal d'examiner si les conditions d'application de la taxation par estimation sont remplies (consid. 3.1 ci-après), puis, le cas échéant, de procéder au contrôle de l'estimation en elle-même (consid. 3.2 ci-après), ainsi que de se pencher sur les arguments et les moyens de preuve de la recourante (consid. 3.3 ci-après).
3.1 Concernant les conditions d'une taxation par estimation (première étape), il y a lieu d'exposer ce qui suit.
3.1.1 Il ressort de la décision entreprise que la tenue de la comptabilité de la recourante présente d'importantes lacunes pour les périodes fiscales ici en cause. Or, la recourante reproche à l'autorité inférieure de ne pas expliquer en quoi il existerait une violation des règles formelles d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables devrait être remise en cause. Selon elle, les lacunes constatées ne correspondraient manifestement pas à la réalité.
L'analyse du dossier révèle premièrement, malgré l'importance des transactions au comptant, l'absence du livre de caisse. En outre, il ressort des constatations de l'autorité inférieure qu'aucune comparaison des soldes avec les espèces en caisse n'a été effectuée, l'assujettie n'ayant réussi à fournir aucune documentation attestant d'un contrôle régulier du fond de caisse. Or, ce type de contrôle doit, selon la jurisprudence, être effectué régulièrement, voir même tous les jours dans les entreprises recourant intensivement aux paiements en liquide dont font partie, entre autres, les restaurants (cf. consid. 2.2.2 ci-avant). La recourante soutient qu'il est manifestement inexact de considérer qu'il n'existe pas de livre de caisse. Ce dernier serait en effet tenu par le biais de la caisse enregistreuse, laquelle servirait à comptabiliser les enregistrements quotidiens de manière chronologique et à établir des feuilles récapitulatives.
En l'occurrence, il sied de rappeler ici qu'il suffit que les pièces justificatives ne soient pas disponibles, alors qu'elles devraient l'être au regard de l'art. 70 al. 2 LTVA, pour conclure que la recourante n'a pas respecté les règles formelles ; il n'est en revanche pas nécessaire d'en rechercher la cause, respectivement de déterminer si cela est ou non imputable à une faute de l'intéressée pour juger si, sur le principe, la taxation par estimation est justifiée. Par abondance de motivation, il sera encore rappelé ici qu'il ressort en outre de la jurisprudence de la Cour de céans que l'utilisation d'une caisse enregistreuse ne libère aucunement de l'obligation d'inscrire dans un livre de caisse les enregistrements provenant des bandes de la caisse enregistreuse dans un délai convenable (cf. consid. 2.2.2 ci-avant).
Il s'avère ainsi que la recourante n'a pas respecté les règles formelles régissant la tenue de la comptabilité et la conservation des pièces justificatives (cf. consid. 2.2.1 ci-avant). Il s'en suit donc que l'autorité inférieure a correctement conclu à l'absence de livre de caisse. De surcroît, dans le secteur de la restauration, une quantité très importante de liquidités circule quotidiennement, de sorte que l'absence d'un livre de caisse permettant de justifier toutes les opérations par des pièces écrites constitue un grave manquement, rendant le mouvement des espèces incontrôlable, non seulement pour l'autorité inférieure mais également pour l'assujettie elle-même (cf. arrêt du TAF A-5743/2015 du 7 novembre 2016 consid. 4.2.2 et réf. cit.). Il n'est en conséquence pas possible de vérifier si tous les encaissements ont été introduits en comptabilité et si l'assujettie a procédé à l'enregistrement systématique et complet des transactions effectuées. Cela dit, l'absence du livre de caisse pourrait être quelque peu relativisée si la tenue du compte caisse était irréprochable (cf. infra).
3.1.2 S'agissant de la tenue du compte caisse, la recourante affirme tenir un relevé des dépenses, mensuel, détaillé et exhaustif, cela ressortirait notamment des relevés des dépenses pour les périodes 2011 à 2015 fournis par elle (pièce 6 au recours). On relèvera cependant, contrairement aux allégations de cette dernière, que la tenue du compte caisse n'est en rien irréprochable. En effet, le dossier révèle que les écritures passées par le compte caisse ne sont pas saisies de manière chronologique, certaines étant enregistrées une fois par mois sur la base d'indications données par le gérant.
En outre, il sera rappelé que le compte caisse enregistre les mouvements d'espèces de l'entreprise et présente toujours un solde débiteur (ou nul) (cf. consid. 2.2.3 ci-avant). En l'occurrence, dit compte caisse présente de nombreux soldes négatifs et parfois des soldes positifs exorbitants pour une entreprise de cette taille. S'agissant de ces soldes, la recourante soutient que l'AFC aurait omis de tenir compte du fait que « la caisse servait également de compte courant pour les actionnaires et que lorsque le compte caisse présentait des soldes négatifs, c'est que l'argent se trouvait auprès des actionnaires qui le prélevait pour la bonne marche de la société. Une partie des liquidités étaient donc en mains des actionnaires en guise de prêt actionnaire. Ces prêts étaient ensuite comptabilisés ultérieurement et une écriture globale était passée en fin d'année » (sic). Ces soldes s'expliqueraient ainsi simplement par une « différence d'écriture d'ordre temporelle » (sic).
Une telle argumentation n'est manifestement pas propre à démontrer la bonne tenue du compte caisse. Bien au contraire, par ces derniers aveux, la recourante admet explicitement ne pas tenir correctement sa comptabilité et contrevenir au principe de régularité ancré à l'art. 957 al. 2 CO étant donné que les comptes n'ont pas la clarté et l'intelligibilité requise. La Cour relève encore que la recourante, n'explique aucunement comment l'argent pouvait se trouver auprès des actionnaires. Or, pour obtenir un solde négatif, il est nécessaire de puiser d'avantage que les espèces disponibles en caisse, ce qui est impossible à moins d'avoir omis de comptabiliser des recettes. La Cour demande également comment un contrôle du solde de caisse aurait pu être établi lorsque la caisse présentait des soldes négatifs (cf. consid. 3.1.2 ci-avant). Par ailleurs, la jurisprudence a déjà eu l'occasion de dire que le fait que le compte caisse d'une entreprise présente un solde négatif - alors que, par nature, son solde est nécessairement débiteur - constitue un indice important de l'existence de chiffres d'affaires non comptabilisés ou n'ayant pas été comptabilisés correctement (cf. entre autres ; arrêt du TAF A-2826/2017 consid. 3.1 et réf. cit.). S'agissant des soldes positifs mentionnés ci-avant, il ressort des documents comptables que le compte caisse présente parfois des soldes positifs colossaux et démesurés pour une entreprise de cette taille. Par exemple, CHF 21'574.79 au 31 mars 2012, CHF 55'013.50 au 31 août 2014, CHF 152'494.59 au 30 novembre 2014, CHF 131'492.29 au 31 décembre 2014. Ceci, conjugué aux manquements comptables, permet de remettre fortement en doute la gestion régulière des liquidités.
Enfin, par surabondance de motivation, le dossier révèle encore que certains paiements de factures fournisseurs effectués au guichet de la poste n'ont pas été comptabilisés au crédit du compte de caisse (sortie de caisse) mais comme paiement par compte postal, respectivement par compte bancaire. Les écarts de concordance entre ces deux comptes ont été corrigés par une écriture intitulée « liquidité à chiffre d'affaires » indiquant des clients inexistants (Mission du Liban, cuisine scolaire). Ces recettes sont de surcroît traitées comme du chiffre d'affaires exonéré de TVA, et cela sans qu'aucune preuve ne puisse être produite. A cet égard, la recourante soutient qu'il conviendrait de garder à l'esprit que le fait qu'elle n'ait pas rempli le formulaire TVA correspondant ne constitue en rien une lacune dans la tenue de sa comptabilité. Or, cette argumentation ne lui est d'aucun secours. En effet, c'est encore à raison que l'autorité inférieure explique dans la décision entreprise que suivant les circonstances, les écarts de concordance sont susceptibles de fausser l'information comptable quand bien même elles ne constitueraient pas systématiquement des lacunes comptables proprement dites.
Ces éléments pris ensemble démontrent bien que d'une manière générale, la comptabilité de la recourante n'est manifestement pas probante. En effet, celle-ci est gravement lacunaire et les éléments existants sont en outre peu fiables. Or, la taxation par voie d'estimation s'impose à chaque fois que sur la base des documents comptables à disposition, il n'est pas possible d'établir une taxation en bonne et due forme (cf. consid. 2.3.1 ci-avant), ce qui est bien le cas ici. Il sera encore relevé ici que point n'est besoin de se poser la question de savoir si les marges réalisées durant la période sous enquête justifieraient à elles-seules une reprise. En effet, lorsqu'une comptabilité contient des lacunes formelles, il n'est pas nécessaire de se demander si elle présente également des lacunes d'ordre matériel, l'inverse étant aussi vrai (cf. consid. 2.3 ci-avant).
Par conséquent, il y a lieu de constater que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont ici réunies.
3.2 Il convient à présent d'examiner l'estimation réalisée par l'autorité inférieure, en particulier sous l'angle du choix de la méthode et de son application au cas particulier, étant à cet égard rappelé que le Tribunal s'impose une certaine retenue et n'intervient qu'en cas d'abus ou d'excès du pouvoir d'appréciation, ainsi que sous l'angle de la motivation suffisante (deuxième étape ; cf. consid. 2.5 ci-avant).
3.2.1 Il ressort de la décision du 2 juin 2017, ainsi que du rapport de révision du 5 décembre 2016 et de la notification d'estimation du 12 janvier 2017 qu'afin de déterminer le chiffre d'affaires réalisé par la recourante de la manière la plus proche possible de la réalité, l'autorité inférieure a procédé de la manière suivante.
L'AFC a procédé sur place selon la méthode des coefficients d'expérience et a par la suite comparé la marge obtenue avec celle réalisée par la recourante. Afin d'estimer le chiffre d'affaires non comptabilisé, elle a commencé par déterminer, pour les années 2011 à 2015 le prix de revient d'achat des marchandises vendues sur la base des informations à sa disposition (ramené au net, soit sans impôt). A cette fin, elle a déduit aux charges directes selon la comptabilité (achats à 8% et 2.5%) les ristournes et les achats destinés à la fabrication de pizzas (déterminés à raison de 30% du chiffre d'affaires « pizzas »). De la sorte, les produits et les charges relatifs à la vente de pizzas ont été neutralisés. En tenant compte des particularités de l'entreprise en cause, l'AFC a ensuite admis que ce montant représentait, pour lesdites années, le 35% du chiffre d'affaires net, en corollaire à une marge de bénéfice brut de 65%.
L'autorité inférieure a ensuite retranché des chiffres d'affaires nets (soit sans TVA) calculés pour les années 2011 à 2013 les chiffres d'affaires ressortant de la comptabilité, sans tenir compte de ceux relatifs à la vente de pizzas. Enfin, l'autorité inférieure est arrivée à la conclusion qu'il résulte de la différence nette (soit sans TVA) entre le chiffre d'affaires estimé et comptabilisé, pour la période allant du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2013, un montant total d'impôt de CHF 67'020.--. Ce montant a été calculé au taux de 8%.
3.2.2 De manière générale, la façon de procéder de l'autorité inférieure n'apparaît pas critiquable. A ce stade de l'analyse, il y a lieu de rappeler qu'en matière de taxation par voie d'estimation, la marge d'appréciation dont bénéficie l'autorité inférieure est très large et que dans ce cadre, elle doit en particulier se fonder sur les parties probantes de la comptabilité, ainsi que sur des chiffres d'expérience (cf. consid. 2.4.2 et 2.4.3 ci-avant). Partant, le procédé utilisé par l'AFC dans le cas présent n'apparaît pas contraire au droit fédéral et doit donc être confirmé.
En effet, le choix de l'autorité inférieure de procéder à l'estimation du chiffre d'affaires de la recourante en utilisant la méthode des chiffres d'expérience n'apparaît pas critiquable au vu des éléments du dossier. Conformément à son obligation de motivation, l'AFC a en outre bien exposé les raisons qui l'ont conduit à opérer de la sorte. Dite autorité s'est premièrement basée sur le coefficient issu de l'ensemble des données nationales applicables aux « restaurants de quartiers, bistrots de campagne » qui est supérieur à 65%. Puis, suite aux reproches de la recourante relatifs à l'inadéquation de la marge aux circonstances du cas d'espèce, l'AFC décida de tirer un échantillon plus précis. A cette fin, elle ne pris en compte que les établissements sis dans le Canton [...], sans tenir compte de ceux établis à la campagne. Sur la base des explications contenues dans la décision entreprise, la Cour relève que cet échantillon apparait suffisamment représentatif. Comme exposé par l'AFC dans sa décision, il ressort de cet échantillon que le nombre de données est suffisant et l'écart-type faible afin d'obtenir un résultat fiable, soit encore une fois, une marge brute moyenne supérieure à 65%.
La marge brute de 65 % sur laquelle l'AFC s'est en l'occurrence fondée pour estimer le chiffre d'affaires de la recourante n'apparait dès lors pas excessive au regard des chiffres d'expérience de l'AFC. La décision de l'autorité inférieure apparaît même à cet égard plutôt clémente, dans la mesure où la marge appliquée est inférieure à la marge brute moyenne cantonale pour les établissements de même catégorie que celui de la recourante. L'autorité inférieure n'a donc à cet égard pas outrepassé son pouvoir d'appréciation. C'est également le lieu de rappeler qu'il appartient à la recourante de supporter l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de ses manquements (cf. consid. 2.5 ci-avant). On notera également que si l'autorité fiscale doit certes procéder à une estimation prudente, elle n'est cependant pas tenue, en cas de doute, de retenir l'hypothèse la plus favorable à l'assujetti, la violation de devoirs de procédure ne devant en effet pas être récompensée (cf. consid. 2.4. ci-avant). Enfin, en tant que l'autorité de céans n'a aucune raison de douter des chiffres en question, il est au surplus renoncé à requérir la production de ces données dans le cadre de la présente procédure de recours (cf. également consid. 1.3 et 1.4 ci-avant).
En définitive, il suit de l'examen qui précède, d'une part, que rien n'indique que l'autorité inférieure aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante, de sorte que le tribunal de céans n'a aucune raison de s'écarter de l'appréciation de celle-ci. D'autre part, il apparaît que l'autorité a dûment motivé son estimation, tant concernant les méthodes qu'elle a choisi d'appliquer que les critères retenus dans ce cadre.
3.3 Il convient finalement de se pencher sur les arguments de la recourante (troisième étape).
3.3.1 La recourante estime que l'application des coefficients d'expérience ne tiendrait pas compte des circonstances particulières du cas d'espèce. Dans la décision entreprise, l'autorité inférieure se bornerait à ignorer le caractère associatif et sportif de l'établissement exploité. L'AFC aurait également omis de prendre en compte l'activité de sponsoring déployée par la recourante, notamment du fait qu'elle aurait offert pour plus de CHF 100'000.-- sous forme de repas aux membres des différents clubs sportifs fréquentant son établissement. Or, une telle activité de sponsoring serait de nature à faire baisser sa marge brute. En outre, l'autorité inférieure n'aurait pris en compte ni la hausse des prix des boissons intervenue depuis 2011, ni sa politique de « l'assiette généreuse » et de prix d'appel faisant partie de sa stratégie marketing. Selon la recourante, le coefficient d'expérience aurait ici été appliqué de manière trop schématique par l'AFC. Par ailleurs, l'AFC n'indiquerait pas comment elle aurait fait usage de son pouvoir d'appréciation.
La marge brute effectivement réalisée par la recourante ne serait pas consécutive d'une tricherie ou de manquement au principe d'auto-taxation mais relèverait uniquement des caractéristiques particulières de l'entreprise. Cette marge serait inférieure à celle retenue par l'estimation et l'application de cette dernière serait arbitraire et violerait le droit. L'estimation établie ne serait dès lors pas correcte car il serait évident qu'elle ne tient pas compte de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce et ne correspondrait manifestement pas à la réalité.
3.3.2 En l'occurrence, aucun argument ne permet de justifier l'application d'une marge inférieure à 65%.
A titre liminaire, la Cour rappellera ici qu'elle s'impose une certaine retenue s'agissant de l'examen d'une taxation par estimation justifiée et qu'il appartient en conséquence au contribuable d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de celle-ci. En effet, le Tribunal n'intervient que si l'autorité inférieure, dans le cadre des pouvoirs conférés par l'art. 79 LTVA, viole les principes juridiques qui les restreignent et qu'elle abuse ainsi de son pouvoir. Il appartient par ailleurs également au contribuable, le cas échéant, de prouver l'existence de conditions particulières devant conduire l'autorité fiscale à s'écarter des données d'expérience ; l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne doit pouvoir l'expliquer par des pièces justificatives. En d'autres termes, ce n'est que si le recourant prouve que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation que le tribunal de céans remplacera l'appréciation de cette dernière par la sienne (cf. consid. 2.5 ci-avant).
En l'occurrence, la Cour de céans constate que la recourante ne produit aucune preuve relative tant au caractère associatif et sportif de son établissement, qu'à l'augmentation alléguée de ses prix de vente, ainsi qu'à sa prétendue stratégie marketing (« assiette généreuse » et pratique de prix d'appel). S'agissant de l'activité de sponsoring alléguée, le recourant joint à son recours une attestation du 9 août 2016 émise par B. _______. Par ce document, le club sportif atteste avoir reçu, durant l'année 2015, 1'116 repas de la part de la recourante. La recourante estime que le prix total de ces 1'116 repas équivaut à CHF 20'088 pour l'année en question (pièce 5 au recours).
A cet égard, la Cour constate que dite activité de sponsoring, pour autant qu'elle existe - la question pouvant souffrir de demeurer ouverte ici - ne permet pas de prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité. Premièrement, aucun élément du dossier ne permet de justifier les montants retenus dans la pièce 5 susmentionné ainsi que le prix de revient des repas offerts par la recourante. En effet, il est notamment impossible de savoir si cette annexe mentionne le prix de vente auquel il est renoncé ou le coût de revient des repas offerts. Certes, le niveau de prix peut constituer un élément déterminant dans le cadre de l'estimation (cf., Jürg Steiger, in : MWSTG-Kommentar, ch. 22 ss ad art. 79 ). Toutefois, le dossier ne contient aucune autre attestation que celle du 9 août 2016 émise par B. _______.(i.e. des attestations permettant d'éventuellement compléter l'année 2015 ainsi que de prouver que la recourante aurait offert des prestations de restauration au cours des autres années objet de la présente procédure). Enfin, cette attestation, à elle seule et au vu, entre autres, des autres manquements constatés, ne permet en aucun cas de prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité. Ainsi, la pièce 5 susdite ne peut convaincre et ne saurait avoir la force probante requise. En effet, force est de constater que, hormis l'attestation susdite, les divers documents produits dans la pièce 5 dont il est question ici représentent une simple déclaration - certes écrite - de la recourante elle-même. Il est vrai, que la simple allégation est soumise au principe de la libre appréciation des preuves et qu'il n'est pas possible de l'écarter sans fournir d'explications à ce sujet. Or il a été suffisamment démontré ci-dessus que cette pièce ne constitue pas un moyen de preuve suffisant.
Au surplus, l'argument de la recourante selon lequel la marge brute de 65% serait trop élevée entre 2011 et 2013 en raison de sa politique générale en matière de tarifs paraît directement contredit par le fait qu'à partir de 2014 cette marge est atteinte alors même que l'activité de sponsoring est maintenue. Il ressort en effet de la pièce 5 annexée au recours que la politique de sponsoring et de marketing a été poursuivie sur l'ensemble de la période 2011 à 2015. Or, la recourante ne conteste pas que sa marge brute ait été de 66% entre 2004 et 2008, ni que les exercices 2014 et 2015 présentent des marges brutes supérieures à 65%. Les activités de sponsoring et d' « assiette généreuse » ne sauraient dans ces circonstances permettre de contester l'estimation effectuée par l'autorité inférieure.
Finalement, l'autorité inférieure indique que le coefficient de 65% de marge brute retenu par elle dans le cas d'espèce prend déjà en considération la situation particulière de la recourante. En effet, la marge brute I s'élève en moyenne à 67,80%, la valeur médiane étant à 67,60%. En retenant une valeur inférieure, force est d'admettre que l'autorité inférieure a pris en considération les spécifiés qu'allègue sans les prouver totalement la recourante.
3.3.3 Dans un dernier grief, la recourante estime encore que le fardeau de la preuve relative au caractère particulier de l'établissement, notamment de sa vocation associative et sportive incombait à l'AFC puisque cela lui permettait d'appliquer le coefficient d'expérience mentionné ci-avant et de l'imposer en conséquence. Elle poursuit en considérant qu'en n'ordonnant aucune mesure probatoire propre à élucider ces faits, l'autorité inférieure aurait violé la maxime inquisitoire.
A cet égard, la recourante semble perdre de vue encore une fois, que le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat d'une estimation justifiée ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences (cf. consid. 2.5 ci-avant). Or, il ressort des considérants qui précèdent que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont ici réunies, que rien n'indique que l'autorité inférieure aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante et qu'elle a dûment motivé son estimation.
Finalement, par appréciation anticipée des preuves (cf. consid. 1.4 ci-avant), dans la mesure où le dossier est complet, l'état de fait suffisamment établi et la conviction du Tribunal de céans acquise, la demande d'audition de témoins de la recourante devient sans objet (mémoire de recours, p. 3 à 8). Compte tenu de l'absence de doute, les développements des deux parties relatifs au fardeau de la preuve n'ont en outre plus à être examinés (consid. 1.4).
Il suit de ce qui précède que l'estimation de l'autorité inférieure n'est critiquable, ni dans son principe, ni quant à son résultat. Dans ces circonstances, la décision entreprise doit être confirmée. En effet, le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences. Celles-ci ne sont d'ailleurs que le résultat d'une situation incorrecte juridiquement qu'il a lui-même créée. L'assujetti doit en effet tolérer l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de la violation de ses devoirs (cf. consid. 2.5 ci-avant).
4. Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours, dans la mesure de sa recevabilité. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, par CHF. 4'250.--, sont mis à la charge de la recourante, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance de frais déjà versée par la recourante, d'un montant équivalent. Une indemnité à titre de dépens n'est allouée ni à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario et art. 7 al. 1 FITAF a contrario), ni à l'autorité inférieure (art. 7 al. 3 FITAF).
(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, pour autant que recevable.
2. Les frais de procédure, d'un montant de CHF. 4'250.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée.
3. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] / PTN 6640 ; Acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Raphaël Gani
Alice Fadda
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :