bvger · A-4111/2020 · 2021-09-16 · fr
A-4111/2020

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée par le TF par arrêt du 17.02.2023 (1C_662/2021)
Cour I
A-4111/2020
Arrêt du 16 septembre 2021
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Claudia Pasqualetto Péquignot, Alexander Misic, juges,
Johanna Hirsch-Sadik, greffière.
Parties
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA,
représentés par Maître Benoît Carron,
Bonnard Lawson,
recourants,
contre
1. A._______,
2. B._______,
tous deux représentés par Maître Jean-Marc Siegrist, Siegrist & Lazzarotto, avocats,
intimés,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Indemnité d'expropriation,
recours contre la décision de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement du 12 juin 2020.
Faits :
A. En 1988, A._______ et B._______ (ci-après : les expropriés) ont acquis par succession les parcelles nos (1), (2) et (3) du Registre foncier de la commune de Genève, section (...), sises entre le chemin (...), l'avenue (...), la rue (...) et la route (...).
La parcelle no (1), d'une surface de 681 m2, supporte trois bâtiments à destination de garages à voitures, actuellement loués. Située en 3ème zone à bâtir, elle est grevée d'une servitude de restriction au droit de bâtir, d'une servitude de hauteur des constructions et d'une servitude de restriction d'affectation au bénéfice des fonds nos (...).
La parcelle no (2), d'une surface de 3'490 m2, supporte cinq garages à voitures et une station-service, actuellement loués. S'y trouvait également un atelier de mécanique (bâtiment F100) qui a été détruit afin de pouvoir démarrer le chantier du raccordement ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (ci-après : le CEVA). L'aménagement sur cette parcelle d'un parking de 42 places avait été autorisé le 4 août 1976 par le Département des travaux publics du canton de Genève « à titre précaire » en raison de « l'emplacement du tracé du raccordement ferroviaire ». Ce caractère précaire a été mentionné au registre foncier (ci-après : le RF) qui précise que l'aménagement « devra être supprimé à la première réquisition des pouvoirs publics, sans indemnité de la part de ceux-ci ». La parcelle no (2) est grevée d'une servitude de canalisations souterraines (électricité) au bénéfice des (...), d'une servitude de restriction au droit de bâtir au bénéfice des fonds nos (...), de servitudes de dérogation à la distance légale des constructions et de servitudes de jours au bénéfice des fonds nos (...), d'une servitude de jour et vue droite au bénéfice du fonds no (...) ainsi que de servitudes de restriction d'affectation et de restriction au droit de bâtir au bénéfice des fonds nos (...).
La parcelle no (3), d'une surface de 100 m2, supporte deux garages à véhicules, actuellement loués.
Ces deux dernières parcelles se trouvaient à l'origine en zone à bâtir ordinaire et avaient fait l'objet, en 1928, d'inscription de plusieurs servitudes de restriction au droit de bâtir temporaires, prolongées en 1959, en faveur des Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : les CFF ou les expropriants) et de l'Etat de Genève, avant que celles-ci ne soient radiées en 1973. Auparavant, en 1961, ces parcelles avaient été classées en zone ferroviaire et aucune indemnité n'aurait été versée aux propriétaires suite à ce déclassement.
B.
Par décision du 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports (ci-après : l'OFT) a approuvé les plans du CEVA et a accordé aux expropriants et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figurent les expropriés pour les parcelles susmentionnées, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier. Il a également prescrit que les demandes d'indemnité déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après : la CFE). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3713/2008 du 15 juin 2011, publié partiellement aux ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (cf. arrêt du Tribunal fédéral [TF] 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
S'agissant des parcelles des expropriés, les plans prévoyaient une emprise définitive de 663 m2 sur la parcelle no (2) ainsi que la constitution de trois servitudes souterraines, à savoir une servitude personnelle d'interdiction de bâtir, une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire et une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, sur chacune des trois parcelles concernées, dont l'assiette était de 222 m2 sur la parcelle no (1), de 3'090 m2 sur la parcelle no (2) et de 60 m2 sur la parcelle no (3).
C.
C.a Au terme d'une procédure en estimation ouverte le 28 février 2012, la CFE, par décision du 7 janvier 2013, a condamné les expropriants à verser aux expropriés la somme de 208'407 francs, à savoir 66'300 francs pour l'emprise définitive de 663 m2 sur la parcelle no (2) - soit 100 francs par m2 - et 142'107 francs pour le bâtiment démoli qui abritait l'atelier, ainsi qu'un montant de 53'700 francs pour la constitution des servitudes d'interdiction de bâtir sur les parcelles nos (1), (2) et (3). En revanche, la CFE a refusé toute indemnisation, d'une part, pour la constitution des servitudes de tolérance d'exploitation ferroviaire et de superficie pour tunnel ferroviaire, au motif qu'elles n'avaient pas d'autre impact que celui relatif à l'interdiction de bâtir, et, d'autre part, pour l'expropriation des droits de voisinage, la décision d'approbation des plans de l'OFT excluant expressément ce dernier chef d'indemnité. Enfin, les frais de la procédure et les dépens ont été mis à la charge des expropriants.
C.b Tant les expropriants, par écriture du 13 mars 2013, que les expropriés, par recours joint du 26 mars 2013, ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal) à l'encontre de la décision précitée. Par arrêt du 5 juin 2014, la Cour de céans a partiellement admis le recours des expropriants et le recours joint des expropriés, dans la mesure où elle a annulé la décision litigieuse et renvoyé la cause à la CFE (cf. arrêt du TAF A-1359/2013 du 5 juin 2014, publié très partiellement [consid. 2] aux ATAF 2014/35).
Le Tribunal a constaté qu'il n'était pas en mesure de contrôler les calculs effectués par la CFE, faute pour elle d'avoir utilisé une méthode d'évaluation claire dont il était possible de retracer le raisonnement. Il l'a donc enjointe à exposer précisément, dans sa nouvelle décision, les méthodes qu'elle appliquerait au calcul de l'indemnité d'expropriation et, s'il y avait lieu de procéder par analogie, de motiver les éléments qui gouverneraient ses choix ; au besoin, elle diligenterait également une expertise pour évaluer le prix des parcelles. Le Tribunal a également précisé que les trois servitudes avaient un impact sur le terrain concerné et qu'il fallait apprécier la situation globalement. Enfin, il n'est pas entré en matière sur les conclusions des expropriés ayant trait à une indemnisation pour les nuisances liées au chantier et pour les éventuels dommages futurs.
D.
D.a Reprenant l'examen de la cause, la CFE a ordonné l'expertise de la valeur des parcelles des expropriés. Dans leur expertise datée du 20 août 2015, les experts ont relevé qu'il n'existait pas de statistique permettant une estimation comparative pertinente de la valeur des parcelles concernées. Appliquant une approche méthodologique basée sur la détermination de la valeur du terrain à partir de l'état locatif, ils ont estimé la valeur de la parcelle no (1) à 2'775 francs le m2 et celle des parcelles nos (2) et (3) à 642 francs le m2. Les experts ont également exprimé l'avis que l'inscription des trois servitudes n'affectait pas les valeurs vénales des biens-fonds considérés.
D.b Par décision du 15 décembre 2015, la CFE a condamné les expropriants à verser aux expropriés la somme de 512'724 francs à titre d'indemnité d'expropriation et a mis les frais de la procédure et les dépens à la charge des expropriants.
Retenant la méthode de la valeur locative appliquée par les experts, la CFE l'a corrigée en excluant du calcul les loyers issus des places de stationnement situées sur la partie de la parcelle no (2) soumise à l'emprise définitive. Rappelant que ces places de stationnement avaient été autorisées à titre précaire et devaient être supprimées à la première réquisition sans indemnité, la CFE, après avoir soustrait la valeur locative de ces places de stationnement, a fixé la valeur vénale à 559 francs par m2 pour l'ensemble de la parcelle et a octroyé une indemnité de 370'617 francs pour l'emprise définitive de 663 m2, somme à laquelle s'ajoutait l'indemnité non contestée de 142'107 francs pour le bâtiment déjà démoli qui abritait l'atelier. Pour le surplus, la CFE a fait sien le point de vue des experts, selon lequel le solde de la parcelle no (2) ne subissait pas de moins-value du fait de l'amputation d'une surface de 663 m2 et selon lequel l'imposition des trois servitudes ne provoquait aucune moins-value des parcelles concernées.
D.c Tant les expropriants, par recours du 28 janvier 2016, que les expropriés, par écriture du 1er février 2016, ont saisi le Tribunal d'un recours à l'encontre de la décision de la CFE du 15 décembre 2015. Par arrêt du 3 juillet 2018, la Cour de céans a partiellement admis le recours des expropriants ainsi que le recours des expropriés, dans la mesure de sa recevabilité, et elle a annulé la décision litigieuse et renvoyé la cause à la CFE (cf. arrêt du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018).
S'agissant de l'indemnité pour l'emprise définitive de 663 m2, le Tribunal a indiqué qu'il fallait distinguer le rendement que procure la partie de la surface expropriée de l'indemnité à verser pour la suppression des places de stationnement qui procurent ce rendement, de sorte que la mention figurant au RF ne s'opposait nullement à la prise en compte du rendement actuel des places de stationnement existantes pour estimer la valeur vénale de la parcelle. En ce qui concerne l'imposition des trois servitudes, le Tribunal a retenu que le fait de ne plus pouvoir construire en sous-sol à l'endroit de l'assiette des servitudes devait être considéré comme un dommage indemnisable. Il a prescrit que la CFE détermine le prix au m2 de la parcelle no (1) en application de la méthode statistique et en tenant compte des particularités de la parcelle en cause, l'ampleur de la dépréciation devant également prendre en considération la situation concrète, notamment la profondeur des droits demandés. S'agissant des parcelles nos (2) et (3), le prix au m2 devait être arrêté selon le calcul prescrit pour l'évaluation de l'indemnité pour l'emprise définitive, étant précisé que, pour fixer la dépréciation, il fallait tenir compte des spécificités de ces bien-fonds, en particulier de la profondeur des droits demandés ainsi que des restrictions de droit public pesant sur ces parcelles.
E.
E.a Reprenant l'examen de la cause, la CFE a tenu audience en date du 31 octobre 2018. Il a alors été convenu de suspendre la procédure pour permettre des pourparlers transactionnels entre les parties. A la demande de ces dernières, la CFE a, par ordonnance du 9 avril 2019, annoncé la reprise de la procédure et demandé aux parties de se déterminer sur l'opportunité d'un complément d'expertise. Le 24 mai 2019, celles-ci ont fait part de leurs positions divergentes à ce sujet, les expropriants considérant que le dossier était complet et en état d'être jugé, alors que les expropriés sollicitaient un complément d'expertise.
E.b Par décision du 12 juin 2020, notifiée aux parties par plis recommandés du 16 juin 2020, la CFE a condamné les expropriants à payer aux expropriés la somme de 567'753 francs, plus intérêts à 2.25% à compter du 30 novembre 2011, sous déduction, si cette somme a déjà été versée, d'un montant de 142'107 francs, plus les intérêts y afférant, ainsi qu'à verser aux expropriés les sommes de 423'830 francs et 16'650 francs. Elle a également mis les frais de la procédure à la charge des expropriants et condamné ces derniers au versement d'une indemnité de procédure de 13'000 francs aux expropriés.
S'agissant de l'indemnité due au titre de l'emprise définitive de 663 m2, la CFE a repris le prix de 642 francs par m2 retenu par les experts, cette valeur étant basée sur l'état locatif total de la parcelle concernée, et elle a fixé l'indemnité due pour cette emprise à 425'646 francs (642 francs x 663 m2), montant auquel s'ajoute la somme de 142'107 francs pour la démolition du bâtiment qui abritait l'atelier. En ce qui concerne l'indemnité due pour la constitution des trois servitudes, la CFE a considéré que celles-ci empêchaient toute construction hors-sol sur une surface de 150 m2 sur la parcelle no (2) et elle a estimé la dépréciation de cette partie de la parcelle à 20%, de sorte qu'une indemnité de 19'260 francs (642 francs x 150 m2 x 20%) était due à ce titre. En outre, l'utilisation des sous-sols des parcelles nos (2) et (3) étant entravée par les servitudes, la CFE a estimé la dévalorisation de la surface concernée à 20% globalement et a fixé l'indemnité due pour cette moins-value à 404'460 francs ([3'090 m2 + 60 m2] x 642 francs x 20%). Enfin, en application de la méthode statistique, la CFE a fixé la valeur de la parcelle no (1) à 1'500 francs par m2 et a considéré que les servitudes empêchaient la construction d'un éventuel second sous-sol sur une surface de 222 m2. Elle a ainsi retenu une dépréciation de cette partie de la parcelle de l'ordre de 5%, de sorte que l'indemnité due à ce titre s'élevait à 16'650 francs (1'500 francs x 222 m2 x 5%).
F.
F.a Par écriture du 17 août 2020, les CFF (ci-après : les recourants), agissant par l'intermédiaire de leur mandataire, ont interjeté recours auprès du Tribunal à l'encontre de la décision du 12 juin 2020 de la CFE (ci-après : l'autorité inférieure), concluant à son annulation et à ce qu'ils soient condamnés à verser aux expropriés la somme de 175'257 francs, à savoir 142'107 francs pour l'expropriation concernant le bâtiment qui abritait l'atelier et 33'150 francs au maximum pour l'expropriation concernant l'emprise définitive de 663 m2 sur la parcelle no (2), ces sommes étant dues avec intérêts dès le 30 novembre 2011 au taux de référence applicable aux contrats de bail. Ils ont également conclu à ce que les frais de la procédure soient mis à leur charge, à ce qu'aucune indemnité de procédure ne soit allouée aux expropriés et à ce que ceux-ci soient déboutés de toute autre conclusion.
A l'appui de leur recours, ils ont fait valoir en substance qu'ils agissaient comme représentants de l'Etat de Genève dans la présente procédure et qu'ils étaient eux-mêmes des pouvoirs publics au sens de la mention figurant au RF. Celle-ci excluant le versement d'une indemnité pour la suppression des places de stationnement, il fallait retenir que la partie de la parcelle no (2) sujette à emprise définitive n'avait aucun rendement indemnisable, de sorte que seule une indemnité de 50 francs par m2 pouvait être octroyée à ce titre. Les recourants ont également estimé que le taux d'intérêt applicable en l'espèce était le taux d'intérêt de référence applicable aux contrats de bail, actuellement de 1.5%, et que les servitudes ne restreignaient pas les possibilités d'utilisation des parcelles nos (2) et (3), la décision attaquée ne tenant pas compte des spécificités de ces parcelles et des restrictions de droit public qui en limitent l'exploitation. Partant, aucune indemnité ne saurait être allouée aux intimés pour la constitution des servitudes.
F.b Le 12 septembre 2020, l'autorité inférieure a indiqué qu'elle ne déposerait pas de réponse au recours et qu'elle se référait à sa décision du 12 juin 2020. Elle a également produit le dossier de la cause.
F.c En date du 16 septembre 2020, A._______ et B._______ (ci-après : les intimés), agissant par l'intermédiaire de leur mandataire, ont déposé leur réponse au recours, concluant principalement à son rejet, sous suite de frais et dépens, et, subsidiairement, à ce qu'ils soient acheminés à prouver par toute voie de droit les faits allégués dans leurs écritures.
Ils ont fait valoir en substance que les recourants n'agissaient nullement comme représentants de l'Etat de Genève et ne sauraient être considérés comme des pouvoirs publics au sens de la mention figurant au RF. En toute hypothèse, celle-ci excluait uniquement la possibilité pour les intimés de solliciter une compensation financière pour la suppression des places de stationnement et non leur droit à être indemnisés en raison de l'expropriation subie. S'agissant de la moins-value engendrée par la constitution des servitudes sur les parcelles nos (2) et (3), les intimés ont fait valoir que l'autorité inférieure avait pris en compte l'ensemble des caractéristiques des parcelles concernées et que la dépréciation de 20% qu'elle avait retenue n'apparaissait pas disproportionnée.
F.d Dans leur réplique du 14 octobre 2020, les recourants ont fait valoir en substance que la décision d'approbation des plans du 5 mai 2008 leur avait accordé, conjointement à l'Etat de Genève, le droit d'exproprier les propriétaires concernés et qu'au moment où la mention litigieuse avait été inscrite au RF, ils n'étaient pas encore une société anonyme de droit public mais uniquement une régie fédérale sans personnalité juridique propre. Ils ont également indiqué qu'il ressortait de la convention concernant le financement de la ligne de chemin de fer du CEVA passée le 14 novembre 2001 entre la Confédération suisse, la République et Canton de Genève et eux-mêmes que les deux-tiers des dépenses d'établissement de la ligne de raccordement du CEVA étaient assumés par la Confédération. Pour toutes ces raisons, il fallait retenir qu'ils agissaient comme représentants des pouvoirs publics et ils devaient eux-mêmes être considérés comme des pouvoirs publics au sens de la mention figurant au RF.
F.e Par courrier du 11 novembre 2020, les intimés ont fait parvenir leur duplique, dans laquelle ils ont essentiellement repris les arguments déjà exposés dans leur réponse au recours.
F.f Dans leurs observations finales du 11 décembre 2020, les recourants se sont contentés de renvoyer à leurs précédentes écritures.
En tant que de besoin, les autres faits et arguments pertinents des parties seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.
Droit :
1.
Dans son premier arrêt de renvoi du 5 juin 2014 concernant les mêmes parties et la même autorité dans la même cause, le Tribunal s'est déjà prononcé sur sa compétence et a établi la qualité pour recourir des recourants, de sorte qu'il suffit de s'y reporter (cf. arrêt du TAF A-1359/2013 précité consid. 1), le délai (cf. art. 50 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021]) et les formes (cf. art. 52 al. 1 PA) prescrits par la loi étant pour le surplus respectés. Le recours du 17 août 2020 est ainsi recevable quant à la forme.
2.
Cela étant, s'agissant de la recevabilité des griefs formulés par les recourants à l'encontre de la décision de l'autorité inférieure du 12 juin 2020, le Tribunal relève ce qui suit.
2.1
2.1.1 L'autorité inférieure a statué à la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal du 3 juillet 2018. Lorsqu'elle statue à la suite d'une décision de renvoi émanant de l'instance supérieure, l'autorité est liée par l'arrêt de renvoi, qui définit l'objet litigieux, sous réserve d'une modification de l'état de fait. De même, lorsqu'un recours est formé contre une nouvelle décision rendue par l'autorité inférieure à la suite d'un arrêt de renvoi, l'autorité de recours ne revoit en principe pas les questions qui ont déjà été définitivement tranchées (cf. art. 61 al. 1 PA ; ATF 143 III 290 consid. 1.5 ; 133 III 201 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.5.1 ; A-3465/2015 du 15 septembre 2016 consid. 3 ; A-5870/2014 du 22 février 2016 consid. 1.3.4 ; Weissenberger/Hirzel, in : Waldmann/Weissenberger [édit.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 2ème éd. 2016, art. 61 PA no 28). Ce principe découle de la constatation que l'autorité de recours - en l'espèce le Tribunal - n'est pas autorité de recours contre ses propres décisions et, logiquement, de la hiérarchie des juridictions (cf. ATF 140 III 466 consid. 4.2.1). Une exception à ce principe peut être admise lorsqu'un changement de jurisprudence a eu lieu dans des affaires présentant un état de fait semblable - ce qui n'est pas le cas en l'espèce -, les motifs de révision demeurant réservés (cf. arrêts du TAF A-853/2018 du 18 mai 2020 consid. 1.4.1 ; A-552/2016 précité consid. 2.1.1 ; A-973/2015 du 14 décembre 2016 consid. 3.3.4 et les références citées ; Weissenberger/Hirzel, op. cit., art. 61 PA no 28).
2.1.2 Il découle de ce qui précède que les parties ne peuvent plus faire valoir, dans le cadre d'un nouveau recours, les moyens de droit que le Tribunal de céans avait expressément rejetés dans ses arrêts de renvoi ou qu'il n'avait pas eu à connaître, les parties ayant omis de les invoquer dans les procédures de recours précédentes, alors qu'elles pouvaient - et devaient - le faire (cf. ATF 143 IV 214 consid. 5.3.3 ; 135 III 334 consid. 2 ; 133 III 201 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-853/2018 précité consid. 1.4.2 ; A-552/2016 précité consid. 2.1.2).
2.2
2.2.1 En l'espèce, les recourants reprochent non pas à l'autorité inférieure mais au Tribunal d'avoir méconnu le fait qu'ils n'agissaient pas seuls dans la présente procédure mais également comme représentants de l'Etat de Genève et de la Confédération et qu'ils étaient eux-mêmes des pouvoirs publics au sens de la mention figurant au RF, de sorte qu'il aurait fallu retenir que la partie de la parcelle no (2) sujette à emprise définitive n'avait aucun rendement indemnisable. Ce faisant, ils remettent en cause l'arrêt de renvoi du Tribunal du 3 juillet 2018, dans la mesure où cette argumentation revient à considérer qu'en raison de la mention figurant au RF, le rendement procuré par les places de stationnement autorisées à titre précaire ne devrait pas être pris en compte dans le calcul de l'indemnité due au titre de l'emprise définitive. Dans leur recours du 28 janvier 2016 contre la décision de l'autorité inférieure du 15 décembre 2015, les recourants avaient d'ailleurs déjà fait valoir que la surface sujette à emprise définitive n'avait aucun rendement indemnisable, dès lors que les places de stationnement n'avaient été autorisées qu'à titre précaire (cf. recours du 28 janvier 2016, p. 6). Or, dans son arrêt de renvoi du 3 juillet 2018, la Cour de céans a jugé qu'il fallait distinguer le rendement que procure la partie de la surface expropriée, utile au calcul de la valeur du terrain exproprié, de l'indemnité à verser pour la suppression des places de stationnement qui procurent ce rendement, seul le versement de cette dernière indemnité étant concerné par l'exclusion figurant dans la mention au RF (cf. arrêt du TAF A-552/2016 précité consid. 5.7.1). En d'autres termes, le Tribunal a retenu que cette mention ne s'opposait pas à la prise en compte du rendement procuré par les places de stationnement autorisées à titre précaire dans le calcul de la valeur de la surface sujette à emprise définitive.
2.2.2 Il découle de ce qui précède que la question de la prise en compte du rendement procuré par les places de stationnement autorisées à titre précaire dans le calcul de la valeur vénale de la surface sujette à emprise définitive a déjà été tranchée par le Tribunal (cf. arrêt du TAF A-552/2016 précité consid. 5.7.2). L'arrêt du 3 juillet 2018 est entré en force sans être entrepris devant le Tribunal fédéral. Par conséquent, l'autorité inférieure a pleinement respecté l'injonction de l'arrêt de renvoi précité en reprenant les conclusions de l'expertise du 20 août 2015, laquelle retient une valeur de 642 francs par m2, dès lors que cette valeur a été déterminée sur la base de l'état locatif total de la parcelle. Partant, le grief des recourants, en tant qu'il vise à ce qu'il soit constaté que la partie de la parcelle no (2) sujette à emprise définitive n'a aucun rendement indemnisable, doit être déclaré irrecevable, cette question ayant déjà été tranchée par le Tribunal.
2.2.3 Par surabondance de motifs, dans la mesure où le Tribunal a retenu que la mention figurant au RF ne s'opposait pas à ce que le rendement procuré par les places de stationnement soit pris en compte dans le calcul de la valeur vénale de la surface sujette à emprise définitive (cf. arrêt du TAF A-552/2016 précité consid. 5.7.1), il est sans importance de savoir si les recourants peuvent se prévaloir de l'exclusion figurant dans la mention au RF. En d'autres termes, la question de savoir si les recourants sont des pouvoirs publics au sens de la mention figurant au RF et/ou s'ils agissent comme représentants de tels pouvoirs publics n'est pas pertinente.
3.
3.1 Conformément à la maxime inquisitoire, le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (cf. art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (cf. art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Benoît Bovay, Procédure administrative, 2ème éd. 2015, p. 243). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 et les références citées ; arrêt du TAF A-4998/2015 précité consid. 1.6.1).
3.2 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition (cf. art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3 ; 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2012/23 consid. 4 ; 2008/23 consid. 3.3 ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd. 2013, no 2.154 ss ; Benjamin Schindler, in : Auer/Müller/Schindler [édit.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2ème éd. 2019, art. 49 PA nos 3 ss et 9). En principe, les éléments techniques retenus par les instances spécialisées ne sont vérifiés quant à leur contenu - et l'autorité judiciaire ne s'en écarte - que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela (cf. arrêts du TAF A-552/2016 précité consid. 3 ; A-4998/2015 précité consid. 1.6.2). En l'occurrence, on se trouve bien dans un tel cas de figure. L'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité, en particulier sur les questions techniques. Elle est d'ailleurs composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaire à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711]).
4.
L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a fait une correcte application du droit en fixant le taux de l'intérêt moratoire applicable à l'indemnité de 567'753 francs due au titre de l'emprise définitive à 2.25% et en arrêtant l'indemnité pour la moins-value des parcelles nos (2) et (3) en raison de la constitution des trois servitudes ferroviaires à 423'820 francs. En effet, les recourants ne remettent pas en cause la décision attaquée en tant qu'elle arrête à 16'650 francs l'indemnité due pour la dépréciation subie par la parcelle no (1) en raison de l'imposition des servitudes, de sorte que cette indemnité est acquise. Il en va de même de l'indemnité de 567'753 francs due au titre de l'emprise définitive de 663 m2 sur la parcelle no (2), dès lors que le grief des recourants à cet égard est irrecevable (cf. supra consid. 2.2).
Dans un premier temps, il convient de déterminer le droit applicable (cf. infra consid. 5). Dans un second temps, il s'agira de vérifier si l'autorité inférieure était en droit de retenir que l'indemnité due au titre de l'emprise définitive portait intérêt au taux fixe de 2.25% (cf. infra consid. 6) et que la moins-value pour la constitution des trois servitudes équivalait à 20% de la valeur vénale des parcelles nos (2) et (3) (cf. infra consid. 7). Dans ses arrêts de renvoi du 5 juin 2014 et du 3 juillet 2018, le Tribunal a exposé en détail les dispositions légales applicables et les critères qui gouvernent le calcul d'une indemnité d'expropriation pour la constitution de servitudes. Il peut ainsi y être renvoyé dans la mesure où ils ne sont pas repris dans les considérants suivants.
5.
La révision de la LEx du 19 juin 2020 est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Conformément à l'al. 1 des dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020, les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de cette révision sont terminées sous le régime de l'ancien droit, sous réserve de modifications du règlement des émoluments pour la période suivant l'entrée en vigueur de la révision. La présente procédure a été ouverte avant le 1er janvier 2021, de sorte que la LEx dans sa version avant l'entrée en vigueur de la modification du 19 juin 2020 est applicable en l'espèce.
6.
6.1 L'autorité inférieure a retenu que l'indemnité globale due au titre de l'emprise définitive de 663 m2 sur la parcelle no (2), fixée à 567'753 francs, portait intérêt à 2.25% - soit le taux de référence à la date de l'audience de conciliation du 20 juin 2012 - à compter du 30 novembre 2011.
6.2 Les recourants contestent le taux d'intérêt moratoire de 2.25% retenu dans la décision attaquée et font valoir que le taux d'intérêt applicable correspond au taux d'intérêt de référence applicable aux contrats de bail, lequel n'était que de 1.5% au moment du dépôt du recours.
6.3 Les intimés, pour leur part, estiment que le taux d'intérêt fixé par l'autorité inférieure est justifié, dans la mesure où il correspond non seulement à ce que prévoit la loi mais également aux recommandations du Tribunal.
6.4 Aux termes de l'art. 76 anc. al. 5 LEx, l'indemnité définitive porte intérêt au taux usuel dès le jour de la prise de possession. Conformément à la décision du 9 novembre 2009 de la Cour I, 1ère chambre du Tribunal (cf. www.bvger.ch/?lang=fr, Le Tribunal > Les missions du Tribunal administratif fédéral > Surveillance > Intérêt au taux usuel, consulté le 16 septembre 2021), le taux d'intérêt usuel prévu aux art. 19bis anc. al. 4, 76 anc. al. 5 et 88 anc. al. 1 LEx correspond, à compter du 1er janvier 2010, au taux d'intérêt de référence applicable aux contrats de bail, publié sur le site internet de l'Office fédéral du logement (cf. arrêts du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 8.2 ; A-4998/2015 précité consid. 5.1).
6.5 En l'espèce, l'indemnité d'expropriation de 567'753 francs due au titre de l'emprise définitive de 663 m2 sur la parcelle no (2) doit porter intérêt à compter du 30 novembre 2011, date de la prise de possession anticipée, comme suit :
- 2.75% l'an du 30 novembre 2011 au 1er décembre 2011 ;
- 2.5% l'an du 2 décembre 2011 au 1er juin 2012 ;
- 2.25% l'an du 2 juin 2012 au 2 septembre 2013 ;
- 2% l'an du 3 septembre 2013 au 1er juin 2015 ;
- 1.75% l'an du 2 juin 2015 au 1er juin 2017 ;
- 1.5% l'an du 2 juin 2017 au 2 mars 2020 ;
- 1.25% l'an à compter du 3 mars 2020.
L'intérêt est dû jusqu'au moment où l'indemnité d'expropriation est payée aux intimés.
7.
En ce qui concerne l'indemnité due pour la constitution des trois servitudes ferroviaires sur les parcelles nos (2) et (3), l'autorité inférieure a octroyé aux intimés une indemnité de 19'260 francs en raison des limitations du potentiel de construction hors-sol de la parcelle no (2) engendrées par les servitudes et une indemnité de 404'460 francs pour les entraves à l'utilisation du sous-sol des deux parcelles provoquées par l'imposition des servitudes. Dans la mesure où les recourants font valoir qu'en raison des spécificités des parcelles et des restrictions de droit public qui en limitent l'exploitation, les intimés n'ont droit à aucune indemnité du fait de la constitution des servitudes ferroviaires, il convient d'analyser successivement les restrictions du potentiel de construction hors-sol de la parcelle no (2) et les entraves à l'utilisation du sous-sol des parcelles nos (2) et (3) qu'entraîne l'imposition des servitudes.
7.1
7.1.1 S'agissant des limitations du potentiel de construction hors-sol de la parcelle no (2) provoquées par les servitudes souterraines, l'autorité inférieure a estimé, en tenant compte des distances aux limites de propriété prévues par le droit public et des servitudes de droit privé qui affectent dite parcelle, qu'il existait une impossibilité préexistante de construire hors-sol sur l'ensemble de la parcelle, à l'exception d'une partie de 150 m2 (6 m x 25 m) au droit de la parcelle no (1). Elle a considéré qu'une construction aurait pu être envisagée à cet endroit mais ne pouvait plus l'être, dès lors que l'assiette des servitudes, dont le plafond se confond avec la surface du terrain, était susceptible d'empêcher la construction de fondations. L'autorité inférieure a estimé la dépréciation subie par cette portion de la parcelle à 20% et a ainsi octroyé aux intimés une indemnité de 19'260 francs à ce titre (150 m2 x 642 francs par m2 x 20%).
7.1.2 Les recourants ne contestent pas spécifiquement l'indemnité octroyée au titre de la limitation des possibilités de construction hors-sol de la parcelle no (2) mais ils reprochent à l'autorité inférieure, de manière générale, de ne pas avoir respecté l'injonction de renvoi du Tribunal lui demandant de tenir compte des spécificités de la parcelle et des restrictions de droit public applicables pour calculer la dépréciation subie par la parcelle no (2) en raison de la constitution des servitudes ferroviaires. Ils considèrent ainsi que les intimés n'ont droit à aucune indemnité à ce titre.
7.1.3 Les intimés estiment en revanche que l'autorité inférieure a pris en compte l'ensemble des caractéristiques de la parcelle concernée, en particulier son étroitesse et les servitudes de droit privé préexistantes, pour retenir que la constitution des servitudes ferroviaires empêchait uniquement une construction hors-sol sur une surface de 150 m2 et que cela entraînait une dépréciation de l'ordre de 20% de cette surface, de sorte que l'indemnité de 19'260 francs que leur octroie la décision attaquée à ce titre est pleinement justifiée.
7.1.4 Force est de constater que la décision attaquée est contradictoire en tant qu'elle retient, d'une part, une impossibilité préexistante de construire hors-sol, dès lors que le potentiel de construction se résumerait à un bâtiment d'une largeur de 4.5 m à 6 m, une telle largeur étant difficilement compatible avec une utilisation de la parcelle différente de celle qui en est fait à l'heure actuelle (station-service et garages à voitures loués), et octroie, d'autre part, une indemnité pour une bande de terrain de 6 m x 25 m au droit de la parcelle no (1). En considérant qu'en l'absence des servitudes, il aurait été possible d'ériger une construction hors-sol sur une surface de 150 m2 sur la parcelle no (2) au droit de la parcelle no (1) ainsi qu'en se référant à une servitude de hauteur des constructions qui limite la hauteur de gabarit à 13.5 m et dont seule cette dernière parcelle est grevée, il semble que l'autorité inférieure ait envisagé la construction d'un bâtiment à cheval sur les parcelles nos (1), (2) et (3) (cf. pièce no 1 annexe 1 produite par les recourants le 24 mai 2019 dans le cadre de la procédure devant l'autorité inférieure). Or, dans cette hypothèse, la surface de la parcelle no (2) sur laquelle les servitudes empêcheraient la construction d'un bâtiment hors-sol s'étendrait jusqu'à la limite entre cette parcelle et la parcelle no (3), de sorte qu'elle aurait une largeur supérieure à 6 m. Par conséquent, de deux choses l'une : soit les restrictions de droit public ne permettent pas d'ériger un bâtiment d'une largeur supérieure à 6 m et l'imposition des servitudes ne réduit pas les possibilités de construire, de sorte qu'aucune indemnité n'est due, soit la construction d'un bâtiment d'une largeur supérieure à 6 m aurait été envisageable mais ne l'est plus en raison de l'imposition des servitudes et une indemnité doit être octroyée pour une surface d'une largeur supérieure à 6 m.
Cela étant, afin de fixer l'indemnité due pour l'imposition des servitudes sur la parcelle no (1), laquelle n'est pas contestée, l'autorité inférieure a retenu que, bien que l'assiette des servitudes souterraines se confonde avec la surface du terrain, ces servitudes n'empêchaient pas la construction d'un sous-sol sur la surface concernée, dès lors que les recourants avaient donné leur accord de principe à la construction d'un sous-sol dans le cadre du projet antérieurement autorisé par le département cantonal compétent. On peut déduire de ce qui précède qu'a fortiori, les servitudes souterraines n'empêchent pas la construction de fondations pour un bâtiment hors-sol. Or, ce raisonnement peut être transposé à la partie de la parcelle no (2) située au niveau de la parcelle no (1), dans la mesure où la profondeur des droits demandés y est identique, l'assiette des servitudes diminuant rapidement pour finalement se confondre avec la surface naturelle du terrain. Dans ces circonstances, l'autorité inférieure ne pouvait considérer que les servitudes souterraines empêchaient la construction de fondations pour un bâtiment hors-sol sur la partie de la parcelle no (2) située au droit de la parcelle no (1). Par conséquent, il y a lieu de retenir que l'imposition des servitudes ferroviaires ne limite aucunement le potentiel de construction hors-sol de la parcelle no (2), de sorte que la décision attaquée doit être annulée en tant qu'elle alloue aux expropriés une indemnité de 19'260 francs à ce titre.
7.2
7.2.1 S'agissant des entraves à l'utilisation du sous-sol des parcelles nos (2) et (3) provoquées par l'imposition des servitudes, l'autorité inférieure a relevé que le droit genevois autorisait les constructions en sous-sol jusqu'en limite de propriété. Elle a ensuite constaté que les servitudes empêchaient la construction de plus d'un sous-sol sur la moitié supérieure de la parcelle no (2), la profondeur utilisable étant de l'ordre de 5 m à cet endroit, et supprimaient toute possibilité de construction en sous-sol sur la moitié inférieure de la parcelle no (2) et sur la parcelle no (3), dès lors que la profondeur de l'assiette des servitudes diminue pour atteindre finalement la surface du terrain. Se référant à l'ATF 122 II 246, l'autorité inférieure a estimé que la suppression de toute possibilité de construction en sous-sol entraînait une moins-value de l'ordre de 25%, alors que la limitation à un niveau de sous-sol provoquait une dépréciation de l'ordre de 15%, et elle a retenu une dévalorisation des parcelles nos (2) et (3) de 20% globalement. La parcelle no (3) bordant la parcelle no (2) sur son tiers inférieur, étant située dans la même zone et ayant la même affectation que cette dernière, l'autorité inférieure a considéré que ces deux parcelles formaient un tout et elle a également retenu la valeur vénale de 642 francs par m2 pour la parcelle no (3). Constatant qu'après détachement de l'emprise définitive, la surface restante de la parcelle no (2) était de 3'090 m2 et celle de la parcelle no (3) de 60 m2, l'autorité inférieure a ainsi octroyé aux intimés une indemnité de 404'460 francs (3'150 m2 x 642 francs par m2 x 20%) pour la moins-value subie en raison de l'entrave à l'utilisation des sous-sols.
7.2.2 Les recourants font grief à l'autorité inférieure de ne pas avoir intégré dans son raisonnement les spécificités des parcelles nos (2) et (3) ainsi que les restrictions de droit public qui en limitent l'exploitation. Ils font valoir que les intimés n'ont pas démontré que la construction de deux étages de parking en sous-sol à cet endroit était possible techniquement et rentable économiquement. Ils estiment en outre que l'état de fait de l'arrêt du Tribunal fédéral auquel s'est référée l'autorité inférieure est sensiblement différent du cas d'espèce et que le pourcentage de dépréciation retenu dans cet arrêt reposait sur un calcul de rendement des surfaces en sous-sol non exploitables, lequel fait défaut en l'occurrence. S'agissant en particulier de la parcelle no (3), les recourants reprochent à l'autorité inférieure d'avoir fixé la valeur vénale à 642 francs par m2 et considèrent que la décision attaquée ne fournit pas d'explication concernant la méthode d'évaluation retenue. Pour toutes ces raisons, ils font valoir que la décision entreprise doit être réformée en ce sens que, sur la base des spécificités des parcelles et des restrictions de droit public qui en limitent l'exploitation, les intimés n'ont droit à aucune indemnité du fait de la constitution des servitudes ferroviaires.
7.2.3 Les intimés, quant à eux, font valoir que la moins-value de 20% retenue par l'autorité inférieure n'apparaît aucunement disproportionnée en comparaison avec l'arrêt du Tribunal fédéral auquel elle s'est référée et que la décision attaquée tient compte des spécificités des parcelles concernées dans le calcul de l'indemnité. Ils rappellent également que, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, une indemnité est due même s'il est peu envisageable que le sous-sol soit effectivement exploité. S'agissant du grief des recourants selon lequel on ignorerait la méthode d'évaluation retenue par l'autorité inférieure pour fixer la valeur vénale de la parcelle no (3), les intimés considèrent que la décision attaquée indique clairement les raisons pour lesquelles il ne se justifiait pas de s'éloigner du prix de 642 francs par m2 retenu pour la parcelle no (2).
7.2.4 L'imposition forcée d'une servitude sur un fonds n'est pas réglée par la loi. La jurisprudence l'assimile juridiquement à une expropriation partielle. En effet, les servitudes n'étant pas des objets de commerce et n'ayant pas de valeur vénale en soi au sens de l'art. 19 let. a LEx (cf. Maryse Pradervand-Kernen, La valeur des servitudes foncières et du droit de superficie, 2007, nos 130 à 132 ; Raphaël Eggs, Les « autres préjudices » de l'expropriation - L'indemnisation au-delà du modèle fondé sur la valeur vénale, 2013, no 128), l'indemnité d'expropriation doit être déterminée selon les règles de l'expropriation partielle de l'art. 19 let. b LEx. L'indemnité pleine et entière à verser au propriétaire du fonds grevé (cf. art. 16 LEx) correspond alors à la dépréciation de la partie restante. Il s'agit de compenser la différence entre la valeur vénale du bien-fonds sans les servitudes et celle du fonds grevé des servitudes (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1 ; 131 II 458 consid. 3.3 ; 129 II 420 consid. 3.1.1 ; Eggs, op. cit., no 548). L'indemnité couvre ainsi la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a ; arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.2.3 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, no 1183). Cette méthode, dite de la différence, est valable même s'il est peu imaginable que le propriétaire actuel exploite effectivement le sous-sol dont il est privé par la constitution d'un droit de superficie souterrain (cf. ATF 122 II 246 consid. 4c ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.2.1 ; A-552/2016 précité consid. 6.1).
7.2.5
7.2.5.1 La loi cantonale genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et installations diverses (LCI-GE, L 5 05) fixe les distances aux limites de propriété. Cependant, conformément à l'art. 236 al. 1 let. c du règlement d'application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI-GE, L 5 05.01), applicable en vertu de l'art. 80 al. 1 LCI-GE, des constructions en sous-sol peuvent être édifiées à la limite de deux propriétés privées en dérogation aux dispositions sur les distances entre bâtiments. Par conséquent, l'autorité inférieure a retenu à juste titre que des constructions en sous-sol pouvaient être réalisées jusqu'en limite de propriété, de sorte que l'éventuelle moins-value concerne l'intégralité de l'assiette des servitudes sur les parcelles nos (2) et (3), soit 3'090 m2 pour la première et 60 m2 pour la seconde.
Se référant à l'ATF 122 II 246, l'autorité inférieure a estimé que l'imposition des servitudes souterraines engendrait une dévalorisation des parcelles considérées de l'ordre de 20% globalement, à savoir de 25% sur la moitié inférieure de celles-ci, où les servitudes rendent impossible toute utilisation du sous-sol, et de 15% sur la moitié supérieure des parcelles considérées, où les servitudes ferroviaires empêchent la construction de plus d'un niveau de sous-sol. Dans cet arrêt du Tribunal fédéral, les tunnels ferroviaires traversaient la parcelle concernée à une profondeur de 7 à 8 m depuis la surface du terrain jusqu'à la voûte des tunnels et la servitude prévoyait une interdiction de bâtir dans les limites d'un volume de 3.55 m de haut depuis la voûte des tunnels (cf. ATF 122 II 246, p. 247). En d'autres termes, la profondeur exploitable variait entre 3.45 m et 4.45 m. Le Tribunal fédéral a considéré que la servitude imposée avait pour effet de limiter l'utilisation du sous-sol de la parcelle concernée à la construction d'un seul niveau de sous-sol. En outre, la charge constructible ne pouvait excéder 1.5 kg/cm2 sur la surface correspondant à l'assiette de la servitude, ce qui signifiait qu'une nouvelle construction aurait dû reposer sur une dalle, dont la construction aurait entraîné des coûts supplémentaires importants. La combinaison de ces deux éléments, à savoir la limitation de l'utilisation à un niveau de sous-sol et la nécessité de construire une dalle, ont ainsi conduit le Tribunal fédéral à retenir une moins-value de 15% de la surface concernée (cf. ATF 122 II 246 consid. 4b).
7.2.5.2 Si l'arrêt du Tribunal fédéral sur lequel se fonde la décision attaquée présente quelques similitudes avec le cas d'espèce, force est de constater qu'il existe également des différences non négligeables. En l'occurrence, il ressort de l'extrait du plan d'emprise qu'au point le plus élevé de la parcelle no (2), l'assiette des servitudes ferroviaires laisse subsister une profondeur exploitable d'environ 4.9 m et qu'au milieu de la parcelle considérée, la profondeur exploitable est d'environ 3.65 m. Par conséquent, l'autorité inférieure a retenu à juste titre que l'imposition des servitudes limitait l'utilisation du sous-sol de la moitié supérieure de la parcelle no (2) à la construction d'un seul niveau de sous-sol, comme le Tribunal fédéral l'avait admis dans l'ATF 122 II 246. Néanmoins, contrairement à l'état de fait de cet arrêt, rien n'indique qu'il existerait, dans le cas présent, une limite de la charge constructible nécessitant la construction de fondations particulièrement coûteuses. A cela s'ajoute que, s'agissant de la parcelle no (1), pour laquelle l'autorité inférieure a retenu que les servitudes limitaient également l'utilisation du sous-sol à la construction d'un seul niveau de sous-sol, la décision attaquée fixe la moins-value provoquée par l'imposition des servitudes à 5% de la surface correspondant à l'assiette des servitudes, compte tenu des servitudes de droit privé, des difficultés d'accès et de la rentabilité aléatoire d'un éventuel second sous-sol. Dans ces circonstances, la moins-value de 15% retenue par l'autorité inférieure pour la moitié supérieure de la parcelle no (2) apparaît excessive. Dès lors qu'en l'occurrence il n'existe pas de limite de la charge constructible nécessitant la construction de fondations particulièrement coûteuses, que la parcelle considérée est également grevée de servitudes de droit privé et que la rentabilité d'un éventuel second sous-sol sur cette parcelle est également aléatoire, le Tribunal retiendra que l'imposition des servitudes entraîne une moins-value de l'ordre de 10% de la moitié supérieure de la parcelle no (2).
S'agissant de la moitié inférieure de la parcelle no (2), il ressort de l'extrait du plan d'emprise que la profondeur exploitable du sous-sol diminue rapidement jusqu'à ce que l'assiette des servitudes se confonde avec la surface naturelle du terrain, ne laissant subsister aucune profondeur exploitable. Dans son arrêt de renvoi du 3 juillet 2018, le Tribunal avait indiqué que les spécificités des parcelles nos (2) et (3) menaient au constat que la moins-value induite par la constitution des servitudes souterraines était faible et ne représentait qu'un petit pourcentage de la valeur vénale des biens-fonds (cf. arrêt du TAF A-552/2016 précité consid. 6.5). On relèvera que, de manière à fixer l'indemnité due pour l'imposition des servitudes sur la parcelle no (1), laquelle n'est pas contestée, l'autorité inférieure a retenu que les servitudes ferroviaires empêchaient uniquement la construction d'un éventuel second sous-sol, dès lors que les recourants avaient donné leur accord de principe à la construction d'un sous-sol dans le cadre du projet antérieurement autorisé par le département cantonal compétent. L'autorité inférieure a ainsi considéré qu'en tenant compte des servitudes de droit privé, des difficultés d'accès et de la rentabilité aléatoire d'un éventuel second sous-sol, l'imposition des servitudes ferroviaires entraînait une moins-value de l'ordre de 5% de la surface correspondant à l'assiette des servitudes. Or, la profondeur des droits demandés est similaire sur la parcelle no (1) et sur la moitié inférieure de la parcelle no (2), dès lors que l'assiette des servitudes diminue rapidement pour finalement se confondre avec la surface naturelle du terrain. Par conséquent, la fixation de la moins-value de la moitié inférieure de la parcelle no (2) à 25% apparaît excessivement élevée. Toutefois, étant donné que la profondeur exploitable est presque nulle sur cette portion de la parcelle considérée et que le Tribunal fédéral avait retenu une moins-value de 15% alors que les servitudes empêchaient uniquement la construction de plus d'un niveau de sous-sol (cf. ATF 122 II 246 consid. 4b), la dépréciation de la moitié inférieure de la parcelle no (2) est supérieure à 15%. Dans ces circonstances, en raison des servitudes de droit privé qui grèvent cette parcelle et qui en limitent l'exploitation et du fait que la rentabilité d'un sous-sol sur cette parcelle est aléatoire, le Tribunal retiendra que les entraves à l'utilisation du sous-sol provoquent une moins-value de l'ordre de 20% de la moitié inférieure de la parcelle no (2).
Dans la mesure où la moins-value de la moitié supérieure de la parcelle no (2) est de l'ordre de 10% et celle de la moitié inférieure de l'ordre de 20%, la moins-value provoquée par les entraves à l'utilisation du sous-sol de l'ensemble de la parcelle considérée qui découlent de l'imposition des servitudes ferroviaires sera fixée à 15% globalement.
7.2.5.3 Dans son second arrêt de renvoi, la Cour de céans avait déjà relevé que toute construction en sous-sol semblait exclue sur la parcelle no (3) (cf. arrêt du TAF A-552/2016 précité consid. 6.5). En effet, les extraits du plan d'emprise laissent apparaître que l'assiette des servitudes se confond avec la surface du terrain sur pratiquement l'intégralité de cette parcelle et qu'elle laisse au maximum une profondeur exploitable d'environ 2 m. Dès lors que la parcelle considérée constitue une mince bande de terrain qui borde la parcelle no (2) sur son tiers inférieur et que la moins-value de la moitié inférieure de cette dernière a été fixée à 20% (cf. supra consid. 7.2.5.2), il convient de retenir que l'imposition des servitudes ferroviaires provoque une moins-value de la parcelle no (3) de l'ordre de 20%.
7.2.6 En ce qui concerne la valeur vénale de la parcelle no (3) retenue par l'autorité inférieure, on ne saurait suivre les recourants lorsqu'ils prétendent que la décision attaquée ne fournit pas d'explication concernant la méthode d'évaluation utilisée. En effet, l'autorité inférieure a clairement indiqué qu'elle considérait que les parcelles nos (2) et (3) formaient un tout, dès lors que la seconde constituait une bande de terrain bordant la première sur son tiers inférieur et qu'elles étaient toutes deux situées dans la même zone et avaient ou avaient eu la même affectation. Cette manière de procéder apparaît convaincante aux yeux du Tribunal. Les recourants perdent également de vue qu'en retenant une valeur vénale identique pour ces deux parcelles, l'autorité inférieure a pleinement respecté l'injonction de l'arrêt de renvoi du Tribunal du 3 juillet 2018, dans lequel celui-ci indiquait que le prix au m2 des parcelles nos (2) et (3) devait être arrêté selon le calcul prescrit pour l'évaluation de l'indemnité pour l'emprise définitive (cf. arrêt du TAF A-552/2016 précité consid. 6.5). Le grief des recourants relatif à la valeur vénale de la parcelle no (3) retenue par l'autorité inférieure est ainsi mal fondé et doit être écarté, de sorte que la valeur vénale des parcelles nos (2) et (3) sera fixée à 642 francs par m2.
7.2.7 Il découle de ce qui précède que l'indemnité due par les recourants aux intimés pour les entraves à l'utilisation du sous-sol provoquées par les servitudes ferroviaires s'élève à 297'567 francs pour la parcelle no (2) (3'090 m2 x 642 francs par m2 x 15%) et à 7'704 francs pour la parcelle no (3) (60 m2 x 642 francs par m2 x 20%), soit à 305'271 francs au total.
7.3 En définitive, la décision attaquée doit être annulée en tant qu'elle condamne les recourants à payer aux intimés une indemnité de 423'820 francs pour la moins-value subie par les parcelles nos (2) et (3) en raison de l'imposition des servitudes ferroviaires et réformée en ce sens que les recourants sont condamnés à verser aux intimés une indemnité de 305'271 francs à ce titre.
8. Demeure à trancher la question des frais et dépens.
8.1
8.1.1 Aux termes de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie lorsque l'exproprié succombe intégralement ou en majeure partie (cf. arrêts du TF 1A.269/2006 du 28 février 2007 consid. 5 ; 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 non publié aux ATF 133 II 30 ; arrêts du TAF A-2600/2018 précité consid. 8.1 ; A-6933/2017 du 18 mars 2021 consid. 8.1 ; A-4923/2017 précité consid. 9.1.1).
8.1.2 Ainsi, contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais à la charge de la partie qui succombe ne s'applique pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. Tel est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (cf. art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (cf. art. 8 ss FITAF).
8.2
8.2.1 En l'espèce, même si les conclusions des recourants sont partiellement admises, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel - en dérogation à l'art. 63 PA - il appartient à l'expropriant de supporter les frais de procédure, dans la mesure où les recourants concluent à ce que les frais de procédure soient mis à leur charge. Ceux-ci sont fixés à 5'000 francs en l'occurrence et ils seront prélevés sur l'avance de frais d'un montant correspondant déjà versée par les recourants.
8.2.2 Dès lors que la présente procédure a été introduite suite à un recours formé par les expropriants et que celui-ci n'est que partiellement admis, les intimés ont droit à une indemnité de dépens, qui vise à les défrayer pour les frais de représentation qui étaient objectivement nécessaires (cf. art. 8 al. 2 et art. 9 FITAF). En l'absence de décompte relatif aux frais engendrés par la présente procédure de recours, il appartient au Tribunal de fixer l'indemnité due à titre de dépens selon sa libre appréciation et sur la base du dossier (cf. art. 14 al. 2 FITAF), une motivation sommaire à ce sujet étant suffisante (cf. arrêts du TAF A-1900/2019 du 19 mai 2021 consid. 10.1 ; A-7744/2015 du 29 novembre 2017 consid. 10.2.1). Le travail accompli par le mandataire des intimés a consisté principalement dans la rédaction d'une réponse au recours de dix pages ainsi que d'une duplique de deux pages. L'indemnité de dépens est ainsi fixée ex aequo et bono à 2'500 francs et sera mise à la charge des recourants.
Quant aux expropriants, conformément à la règle générale de l'art. 116 LEx, il ne leur sera pas alloué de dépens bien que leur recours ait été partiellement admis.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours du 17 août 2020, dans la mesure où il est recevable, est partiellement admis au sens des considérants.
2.
La décision de l'autorité inférieure du 12 juin 2020 est partiellement annulée.
3.
Le ch. 1 du dispositif de la décision du 12 juin 2020 est réformé en ce sens que les CFF sont condamnés à payer à A._______ et B._______ une indemnité de 567'753 francs, sous déduction, si celle-ci a déjà été versée, de la somme de 142'107 francs, plus les intérêts y afférant. Cette indemnité porte intérêt dès le 30 novembre 2011 comme suit :
- 2.75% l'an du 30 novembre 2011 au 1er décembre 2011 ;
- 2.5% l'an du 2 décembre 2011 au 1er juin 2012 ;
- 2.25% l'an du 2 juin 2012 au 2 septembre 2013 ;
- 2% l'an du 3 septembre 2013 au 1er juin 2015 ;
- 1.75% l'an du 2 juin 2015 au 1er juin 2017 ;
- 1.5% l'an du 2 juin 2017 au 2 mars 2020 ;
- 1.25% l'an à compter du 3 mars 2020.
4.
Le ch. 2 du dispositif de la décision du 12 juin 2020 est réformé en ce sens que les CFF sont condamnés à payer à A._______ et B._______ les sommes de 305'271 francs et 16'650 francs.
5. Les frais de procédure de 5'000 francs sont mis à la charge des recourants. Ils seront prélevés sur l'avance de frais d'un montant correspondant qu'ils ont déjà versée.
6.
Une indemnité de dépens de 2'500 francs est allouée aux intimés, à la charge des recourants.
7. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (acte judiciaire)
- aux intimés (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (no de réf. [...] ; acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Johanna Hirsch-Sadik
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :