bvger · A-5798/2011 · 2012-05-29 · fr
A-5798/2011

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5798/2011
Arrêt du 29 mai 2012
Composition
Daniel Riedo (président du collège),
Michael Beusch, Markus Metz, juges,
Daniel de Vries Reilingh, greffier.
Parties
X._______, ...,
représentée par Me ... et Me ...,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Taxe sur la valeur ajoutée, taxation par estimation.
Faits :
A. X._______, à Genève (ci-après : l'assujettie ou la société), est une société à responsabilité limitée inscrite au registre du commerce du canton de Genève (ci-après : RC) depuis le 23 janvier 2006. Elle poursuit le but suivant, selon son inscription au RC : « exploitation de la buvette [...] ; organisation de diverses activités sportives, culturelles et sociales ». Depuis le 1er janvier 2006, elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (AFC) en qualité d'assujettie à la TVA en raison de l'activité précitée (exploitation de la buvette [...]). Avant la constitution de la société, la buvette ... était exploitée par Y._______ et Z._______, agissant en société simple, qui était également assujettie à la TVA sous le n° 278'981.
B.
B.a A l'occasion d'un contrôle portant sur la période du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2008, l'AFC a constaté que la comptabilité n'était pas probante, car comportant des lacunes du point de vue matériel.
B.b Selon un document intitulé « résultat du contrôle » daté du 16 février 2010, l'AFC a réclamé un montant d'impôt (TVA) de CHF 92'752.-- pour la période du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2008 à la société.
B.c Par notification d'estimation n° ... du 9 septembre 2010, valant selon l'AFC décision de taxation (cf. les faits lettre D ci-après), l'AFC a demandé à l'assujettie un montant d'impôt de CHF 92'752.--, plus intérêts moratoires, pour la période fiscale allant du 1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2008 (période du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2008). Au point 3 de l'annexe à cette notification, l'AFC a réclamé un montant de TVA de CHF 26'760.65, inclus dans le montant total précité de CHF 92'752.--, à la société en raison des chiffres d'affaires non comptabilisés et non décomptes pour les années 2006, 2007 et 2008. L'autorité inférieure a corrigé les recettes comptabilisées sur la base des marges suivantes, tenant compte de l'évolution des achats : 56% pour 2006 et 2007 et 52% pour 2008.
C. Le 11 octobre 2010, la société a interjeté réclamation, contestant uniquement la reprise précitée de CHF 26'760.65 relative au chiffre d'affaires non comptabilisé et non décompté à la TVA. Plus précisément, elle a fait valoir que les marges appliquées pour les années 2006 à 2008 telles qu'elles ressortaient de la décision du 9 septembre 2010 susmentionnée ne tenaient pas compte de tous les éléments exposés et a demandé à ce que des marges de 52.88% (2006), 54.84% (2007) et 48.78% (2008), conduisant ainsi à un montant d'impôt (TVA) en faveur de la société de CHF 14'494.--, soient retenues.
D. Par décision sur réclamation prise le 16 septembre 2011, l'AFC a décidé que sa décision du 9 septembre 2010 était entrée en forcée pour le montant de TVA de CHF 65'992.10, plus intérêts moratoires, a rejeté la réclamation et fixée le solde de l'impôt qui lui était encore dû, compte tenu des paiements déjà effectués par l'assujettie. Elle a considéré que lors du contrôle sur place, l'inspecteur avait constaté que les marges avaient baissé année après année, avec une baisse significative en 2008. La société avait reconnu ne pas être en mesure d'expliquer la marge de l'année 2008. Pour pouvoir évaluer le chiffre d'affaires réalisé par l'assujettie, l'AFC avait, dans une première étape, déterminé le prix de revient d'achat des marchandises vendues sur la base des informations à sa disposition. Tenant compte de la particularité de l'entreprise, elle avait ensuite admis que ce montant représentait, pour 2006 et 2007, le 44% du chiffre d'affaires net, ce qui aboutissait ainsi à une marge de bénéfice brut de 56%. L'AFC a estimé avoir suffisamment tenu compte de l'augmentation du prix d'achat des marchandises puisqu'elle avait retenu une marge de bénéfice brut de 52% pour 2008. Une augmentation du prix d'achat des marchandises de 7% entre 2005 et 2008 n'entraînait en effet qu'une diminution de la marge de 5.5%, ce qui avait pour conséquence une réduction de la marge à 52.92% en 2008 ou, sur la base de chiffres avancés par la société - qui préconisait une marge de 54.84% en 2007 (cf. les faits lettre E in fine ci-avant) -, une marge de 51.83% pour 2008.
E. Par acte du 19 octobre 2011, la société (ci-après : la recourante) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation prise le 16 septembre 2011 par l'AFC. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de la décision précitée et, subsidiairement, à l'annulation de cette décision et au renvoi de la cause à l'AFC pour complément d'instruction. Ne s'opposant pas au principe même de la taxation par estimation, la recourante conteste uniquement la méthode de ladite taxation, plus particulièrement les chiffres d'expérience que l'AFC aurait utilisés. Elle considère que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation « en écartant systématiquement tous les éléments et pièces » produits pour expliquer la divergence entre ses marges et celles utilisées par l'AFC dans le cadre de sa taxation par estimation basée sur les coefficients d'expérience.
F. Dans sa réponse du 13 décembre 2011, l'autorité inférieure conclut au rejet du recours sous suite de frais.
G. Dans ses observations du 30 avril 2012, la recourante a persisté dans ses conclusions.
H. Les arguments des parties et les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2. S'agissant de la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans, il sied de remarquer qu'en l'occurrence, un acte intitulé « décision sur réclamation » prise le 16 septembre 2011 par l'AFC est attaqué devant le Tribunal administratif fédéral.
1.2.1. La réclamation est la voie de droit formelle ordinaire prévue par le législateur permettant à l'autorité administrative d'examiner à nouveau une décision qu'elle a prise. La réclamation n'a pas d'effet dévolutif. La même autorité reste ainsi compétente pour la traiter. La compétence ne passe pas à une instance de recours (cf. ATF 132 V 368 consid. 6.1, 131 V 407 consid. 2.1.2.1 ; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6ème éd., Zurich/St-Gall 2010, n° 1815). La procédure de réclamation permet à l'administration de procéder à des investigations s'agissant de situations de fait et/ou de droit complexes et d'effectuer une pesée des intérêts touchés par la décision (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.1.1. ; Häfelin/ Müller/Uhlmann, op. cit., n° 1816). Emprunter cette voie de droit est en principe une condition préalable au dépôt ultérieur d'un recours contre une décision attaquée (Benoît Bovay, Procédure administrative, Berne 2000, p. 319).
1.2.2. En matière de TVA, la voie de la réclamation est instaurée par l'art. 83 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Une exception à ce principe figure à l'art. 83 al. 4 LTVA qui prévoit que si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral (« recours sautant » ; ou recours omisso medio).
Conformément à ce qui précède, pour qu'une décision sur réclamation puisse être rendue, une décision doit au préalable avoir été prise. L'AFC considère que la notification d'estimation n° ... du 9 septembre 2010 (cf. les faits lettre B.c) constitue une telle décision. D'après les pièces en mains du Tribunal de céans, cette notification ne contient toutefois pas d'indication des voies de droit comme le veut l'art. 82 al. 2 LTVA.
La notification d'estimation est notamment mentionnée en relation avec le contrôle que l'AFC peut effectuer auprès de l'assujetti. Le contrôle est en effet clos par une notification d'estimation (art. 78 al. 5 LTVA). L'avis selon lequel la notification d'estimation constitue une décision a été critiqué par la doctrine (cf. Ivo P. Baumgartner/Diego Clavadetscher/Martin Kocher, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, Einführung in die neue Mehrwertsteuerordnung, Langenthal 2010, § 8 n° 39, § 10 n° 83 ss, ces auteurs désignent la notification d'estimation comme un « succédané de décision » [« Verfügungssurrogat »] ; Michael Beusch, in: MWSTG Kommentar, Schweizerisches Mehrwertsteuergesetz mit den Ausführungserlassen sowie Erlasse zum Zollwesen, Regine Schluckebier/Felix Geiger [édit.], Zurich 2012 [ci-après: Commentaire LTVA], n° 18 ad art. 42 ; Michael Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, Zurich/Bâle/Genève 2012, p. 122 et 306 s., Beatrice Blum, Auswirkungen des neuen Verfahrensrechts für die steuerpflichtigen Personen, in: L'expert-comptable suisse [EC] 2010, p. 289, 291 s.; Beatrice Blum, in: zsis) 2010 Best Case n° 7, chiffre 3.3; Beatrice Blum, in: Commentaire LTVA, n° 35 ad art. 78; Felix Geiger, in: Commentaire LTVA, n° 5 ad art. 82 ; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.2).
1.3. La question de savoir si la notification d'estimation constitue une décision ou non n'a pas besoin d'être tranchée de manière définitive. Il est en effet incontesté que la « décision sur réclamation » prise le 16 septembre 2011 par l'AFC est une décision au sens de l'art. 5 PA. En interjetant recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre cette « décision sur réclamation », le recourant a pris en compte une éventuelle perte de la procédure de réclamation. En procédant ainsi, sans émettre de réserve à l'égard de la voie de droit empruntée, le recourant a donné son « assentiment », du moins implicite, au recours sautant, la « décision sur réclamation » entreprise étant pour le surplus motivée en détail (art. 83 al. 4 LTVA ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.3).
1.4. Pour le surplus, déposé par une personne qui a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA), ainsi que dans le délai et selon les formes prescrits (cf. art. 50 al. 1 et art. 52 al. 1 PA), le recours interjeté le 19 octobre 2011 contre la « décision sur réclamation » prise le 16 septembre 2011 est recevable et il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
2.
2.1. La LTVA est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2008 (période du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2008), la présente cause est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.1 et les références citées).
2.2. Sur le plan de la procédure, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les causes pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA).
2.2.1. L'art. 113 al. 3 LTVA doit cependant être interprété de manière restrictive dans ce sens que seules les règles de procédure doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le nouveau droit matériel ne doit pas trouver application aux périodes fiscales régies par l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.1, A-6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2).
2.2.2. S'agissant toujours des dispositions de procédure, le droit de procédure applicable est celui en vigueur au moment où l'acte de procédure concerné est accompli. Lorsque le Tribunal administratif fédéral doit vérifier la mise en oeuvre du droit de procédure par l'instance inférieure, le droit déterminant est celui en vigueur au moment où l'acte en question a été accompli et qui a été appliqué par l'instance inférieure, peu importe si entre-temps le nouveau droit est entré en vigueur (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.2 et les références citées).
2.2.3. L'art. 81 LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3 LTVA, qui sont applicables immédiatement (cf. consid. 2.2 ci- avant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3 et les références citées). Les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. 81 LTVA n'ont toutefois a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est - était, même avant l'entrée en vigueur de la LTVA, - applicable sans autre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3 et les références citées).
2.2.4. Les dispositions en matière d'auto-taxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité; à cet égard, l'ancien droit reste applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.4, A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4 et A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1 et les références citées; au sujet du principe d'auto-taxation cf. p.ex. l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 5.1 et les références citées). Il en va de même des règles en matière de taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.4, A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid.1.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.4, et les références citées; au sujet de la taxation par estimation cf. le consid. 5.1 ci-après).
3.
3.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; cf. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, n. 2.149; Häfelin/Müller/Uhlmann, op. cit., ch. 1758 ss).
3.2. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3ème éd., Berne 2011, p. 300s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, ch. 677).
3.3. Le Tribunal administratif fédéral s'impose toutefois une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation justifiée (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 3.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 3.4.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2).
4.
4.1. La recourante requière toute une série de mesures d'instructions. Elle demande en particulier :
1) la production du dossier de l'AFC ;
2) qu'il soit ordonné à l'autorité inférieure de produire les chiffres d'expérience relatifs aux restaurants de quartier ;
3) qu'il soit ordonné à l'autorité inférieure de produire « le dossier spécial préparé par l'inspecteur TVA, Monsieur Bovay, ou par toute autre personne de cette administration » ;
4) que l'AFC soit invitée de répondre à cinq questions au sujet des chiffres d'expérience ; et
5) « d'offrir la possibilité à la recourante d'exercer son droit d'être entendue (i) sur les chiffres d'expérience relatifs aux restaurants de quartier, (ii) sur le dossier spécial ainsi que (iii) sur les réponses de l'AFC aux cinq questions posées (...), dans le cadre d'un second échange d'écritures fondé sur l'art. 57 al. 2 PA ».
4.2. L'autorité intimée a produit le dossier officiel le 13 décembre 2011 dont le bordereau a été transmis à la recourante. Il a ainsi été donné suite à la requête de mesures d'instructions figurant sous le n° 1 du consid. 4.1 ci-avant.
La recourante a par ailleurs eu l'occasion de s'exprimer sur la réponse de l'AFC du 13 décembre 2011, si bien que son droit d'être entendue a été garanti. Il a ainsi été donné suite, du moins partiellement, à la requête de la recourante figurant sous le n° 5 du consid. 4.1 ci-avant.
L'AFC a également produit les chiffres d'expérience (document non caviardé) au sujet des buvettes situées aux abords de piscines. Ce document, caviardé, figurait déjà en annexe à la décision sur réclamation prise le 16 septembre 2011. Force est ainsi de constater que les chiffres d'expérience relevant ont été portés à la connaissance de la recourante.
4.3.
4.3.1. Le droit d'administrer des preuves suppose que le fait à prouver soit pertinent et que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2014/2011 du 4 août 2011 consid. 3.6 et A-7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 3.2 et les références citées). Si l'administration ou le juge, se fondant sur une appréciation consciencieuse des preuves fournies par les investigations auxquelles ils doivent procéder d'office, sont convaincus que certains faits présentent un degré de vraisemblance prépondérante et que d'autres mesures probatoires ne pourraient plus modifier cette appréciation, il est superflu d'administrer d'autres preuves (appréciation anticipée des preuves; cf. ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 125 I 127 consid. 6c/cc p. 135). Une telle manière de procéder ne viole pas le droit d'être entendu selon l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst., RS 101 ; arrêt du Tribunal fédéral 9C_272/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.1 ; cf. ATF 124 V 90 consid. 4b p. 94; 122 V 157 consid. 1d p. 162 et l'arrêt cité).
4.3.2. Il ressort de la décision sur réclamation du 16 septembre 2011 ainsi que de la réponse de l'autorité inférieure du 13 décembre 2011 que l'AFC a tenu compte des marges brutes réalisées par la buvette ... avant 2006 pour les adapter aux circonstances des années 2006 à 2008. Elle a ensuite comparé les marges ainsi obtenues à celles d'autres buvettes situées aux abords de piscines. Son procédé n'a donc pas consisté, contrairement à ce que prétend la recourante, à utiliser (directement) les chiffres d'expérience pour fixer la marge brute de la recourante. Dans ces conditions, les mesures d'instructions requises en relation avec les chiffres d'expérience ne paraissent pas pertinentes pour juger si l'autorité inférieure a excédé son pouvoir d'appréciation en fixant les marges brutes des années 2006, 2007 et 2008. Pour le surplus, le Tribunal de céans estime que l'état de fait est suffisamment complet pour qu'il puisse statuer en toute connaissance de cause. Il renonce par conséquent à ordonner les autres mesures d'instructions sollicitées par la recourante.
5.
5.1. Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1 et les références citées). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.3, Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 69, p. 542 ss).
5.2. Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.6.2. et les nombreuses références citées; voir également Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2 et les références citées ; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève/Zurich/Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). Les parties utiles et fiables de la comptabilité et les pièces justificatives disponibles doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre de l'estimation. Elles peuvent même servir de base pour la taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2 et les références citées).
5.2.1. Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base en effet sur des coefficients expérimentaux, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité de la branche concernée (sur la notion de ces chiffres d'expérience, voir les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.1 et A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.8, publié in : ATAF 2009/60). Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les entrepreneurs concernés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est néanmoins nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. Comme vu ci-dessus (consid. 5.1), la jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.1, A-2184/2008 et A-2185/2008 du 3 juin 2010 consid. 6.2.3, A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 873, ch. 257).
5.2.2. L'assujetti a - conformément à une demande en ce sens (voir les art. 26 à 28 PA) - un droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience. De ce droit découle la possibilité pour le recourant de consulter le dossier spécial y afférent (cf. ATF 122 I 109 consid. 2a, 131 V 35 consid. 4.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9 et les références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2.2, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.2, A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.5 et les références citées). Eu égard au secret fiscal (concernant la TVA, voir l'art. 55 aLTVA), la personne sollicitant un droit à la consultation dudit dossier ne doit cependant se voir accorder le droit de consulter les données et les chiffres invoqués à titre comparatif que dans la mesure où ceux-ci ne peuvent pas ensuite être mis en relation avec certains assujettis identifiables (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4b). La communication des chiffres est ainsi admissible, pour autant que l'identification des entreprises de comparaison ne soit pas possible (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.5, publié dans la Revue de droit administratif et de droit fiscal 2007 II p. 140 ss, ainsi que le commentaire de Xavier Oberson et Jacques Pittet in : Archives 77 p. 45 ss). En outre, l'octroi du droit de consulter les pièces ne doit pas conduire à dévoiler des secrets d'affaires ou d'entreprise d'autres assujettis, même lorsque ces pièces sont anonymisées (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.9.1; ATAF 2009/60 consid. 2.8.5). La question de savoir dans quelle mesure les données du dossier spécial peuvent être utiles à l'assujetti pour contester la taxation par estimation n'est pas décisive. Il n'est pas non plus déterminant de savoir si l'AFC a informé l'assujetti au sujet des chiffres sur lesquels elle a basé sa reprise fiscale, si elle lui a démontré de manière détaillée quels aspects ont été pris en considération pour le calcul du chiffre d'affaires et si elle lui a indiqué comment les valeurs comparatives compilées ont été utilisées (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2.2, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.2 et A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.5; voir également Martin Kocher, Einsichtnahme auch in ein vertrauliches "Spezialdossier" der ESTV - Neue Rechtspraxis erlaubt vertiefte Akteneinsicht - noch ungeklärte Aufdeckungspflicht, in : EC 2007 n° 3 p. 201 ss, en particulier le titre 3.2.3).
Lorsque les chiffres d'expérience et le matériel statistique à disposition sont utilisés par l'autorité fiscale à des fins de contrôle, c'est-à-dire lorsque le fisc effectue l'estimation sur la base des données comptables de l'entreprise et non pas sur la base des chiffres d'expérience d'autres entreprises semblables, les données (statistiques) utilisées à des fins de contrôle peuvent être exclues du droit de consultation de l'assujetti (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.7.2 ; Willy Huber, Das Recht des Bürgers auf Akteneinsicht im Verwaltungsverfahren, thèse St-Gall 1980, p. 107).
5.3. Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Lorsque les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3 et les références citées). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'auto-taxation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (cf. entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3 et les références citées).
6. En l'occurrence, la recourante reconnaît le principe même de la taxation par estimation fondée sur l'art. 60 aLTVA. Elle conteste uniquement la méthode de ladite taxation, plus particulièrement les chiffres d'expérience que l'AFC aurait utilisés. Elle considère que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation.
6.1. Dans sa décision sur réclamation du 16 septembre 2011 (cf. les faits lettre D ci-avant), l'AFC a considéré que lors du contrôle sur place, l'inspecteur avait constaté que les marges avaient baissées année après année, avec une baisse significative en 2008. Les marges s'élevaient à 57% en 2004 et 2005, 54% en 2006, 55% en 2007 et 50% en 2008. La société avait reconnu ne pas être en mesure d'expliquer la marge de l'année 2008. Pour pouvoir évaluer le chiffre d'affaires réalisé par l'assujettie, l'AFC avait, dans une première étape, déterminé le prix de revient d'achat des marchandises vendues sur la base des informations à sa disposition. Tenant compte de la particularité de l'entreprise, elle avait ensuite admis que ce montant représentait, pour 2006 et 2007, le 44% du chiffre d'affaires net, ce qui aboutissait ainsi à une marge de bénéfice brut de 56%. Afin de tenir compte de l'augmentation des prix d'achat, l'inspecteur avait considéré, pour 2008, que le montant des achats représentait le 48% du chiffre d'affaires net, ce qui aboutissait à une marge de bénéfice brut de 52%. Ces marges de bénéfice brut étaient inférieures à celles constatées dans des entreprises du même genre et bien inférieure aux marges bénéficiaires brutes constatées pour les restaurants de quartier, qui s'élevait à 65% du chiffre d'affaires. L'AFC a estimé avoir suffisamment tenu compte de l'augmentation du prix d'achat des marchandises puisqu'elle avait retenu une marge de bénéfice brut de 52% pour 2008. Une augmentation du prix d'achat des marchandises de 7% entre 2005 et 2008 n'entraînait en effet qu'une diminution de la marge de 5.5%, ce qui avait pour conséquence une réduction de la marge à 52.92% en 2008 ou, sur la base de chiffres avancés par la société - qui préconisait une marge de 54.84% en 2007 - , une marge de 51.83% pour 2008.
6.2.
6.2.1. La recourante conteste les chiffres d'expérience « tant au niveau de leur composition que de leur application ». Elle invoque le fait que dans la décision sur réclamation du 16 septembre 2011 entreprise, l'AFC avait fait référence aux chiffres d'expérience dans la branche des restaurants de quartier dont la marge moyenne brute s'élevait à 65%. N'ayant pas eu accès précédemment à ces chiffres d'expérience et n'ayant dès lors pas pu les examiner et s'exprimer à leur égard, la recourante demande à y avoir accès, afin que son droit d'être entendue puisse être valablement exercé. Elle a formulé une requête identique « à l'égard de l'éventuel dossier spécial qu'aurait constitué Monsieur Pascal Bovay, inspecteur TVA en charge du contrôle externe de la recourante ». Elle fait également valoir que la décision du 9 septembre 2010 (notification d'estimation n° ... du 9 septembre 2010 ; cf. les faits lettre B.c ci-avant), ne faisait aucunement référence aux chiffres d'expérience que l'AFC aurait utilisés pour établir sa taxation par estimation. Cette décision n'avait pas non plus fait référence aux chiffres d'expérience des restaurants de quartier, si bien qu'il ne saurait être reproché à la recourante de discuter et critiquer les chiffres d'expérience ainsi que de ne demander la production des coefficients expérimentaux que devant le Tribunal de céans.
6.2.2. Dans sa réponse du 13 décembre 2011, l'AFC explique qu'elle ne s'était pas basée sur les coefficients d'expérience relatifs aux buvettes. Elle avait retenu comme point de départ le coût de revient d'achat des marchandises et pris en considération, comme critère d'estimation, les marges de bénéfice brut réalisées par la recourante avant 2006. Elle avait ensuite tenu compte de l'augmentation du prix d'achat en réduisant la marge bénéficiaire. Elle indique également que l'échantillon relatif aux buvettes de piscines ne constituait pas des coefficients d'expérience en raison de la taille de l'échantillon.
6.2.3.
6.2.3.1 Comme relevé par les parties, l'AFC n'a pas retenu, dans sa décision de taxation initiale du 9 septembre 2010, les coefficients d'expérience, qu'elle n'y a pas du tout mentionnés. Elle s'est uniquement basée sur les marges de 57% des années 2004 et 2005 - mentionnant également que lors du précédent contrôle effectué en avril 2004, une marge de 58% avait été admise - pour retenir une marge de 56% pour les années 2006 et 2007 et de 52% pour l'année 2008. Force est dès lors de constater que l'autorité inférieure n'a pas (directement) utilisé les coefficients d'expérience pour fixer les marges brutes pour les années en cause, si bien que c'est à tort que la recourante se plaint de l'utilisation desdits coefficients à son égard. Ses griefs tombent dès lors à faux.
6.2.3.2 Dans sa décision sur réclamation du 16 septembre 2011, l'autorité inférieure mentionne certes les coefficients d'expérience - sans toutefois les appliquer à la recourante -, mais elle en a tenu compte à titre de comparaison ou de contrôle uniquement, c'est-à-dire pour s'assurer que les marges retenues n'étaient pas plus élevées que celles d'entreprises similaires. L'AFC a au demeurant communiqué à la recourante les chiffres d'expérience des entreprises similaires dont elle a tenu compte à titre de comparaison. Le Tribunal de céans constate à cet égard que les marges qui en ressortent s'élèvent en moyenne à 61.21% - la marge la plus faible s'élève à 55.45% et la marge la plus élevée à 70.89% - alors que les marges appliquées à la recourante s'élèvent à 56% pour 2006 et 2007 et à 52% pour 2008, c'est-à-dire des taux qui se situent à la limite inférieure des marges d'entreprises comparables, voire en-dessous. Par surabondance, le Tribunal de céans remarque que certaines buvettes de piscines situées dans des régions périphériques réalisent des marges brutes bien plus élevées que celles appliquées à la recourante. Cette dernière est donc particulièrement mal venue de se plaindre de la comparaison effectuée par l'AFC.
Force est dès lors de constater que dans la mesure - très limitée - où l'autorité inférieure s'est appuyée sur les coefficients d'expérience, elle les a communiqués à la recourante. Les critiques formulées par cette dernière au sujet du nombre de contribuables composant les coefficients d'expérience, des périodes fiscales concernées et de l'activité exacte des contribuables TVA pris en considération doivent être rejetées dès lors que ces coefficients n'ont pas été utilisés pour fixer la créance d'impôt de la recourante.
Le Tribunal de céans estime en outre - dans le cadre de son pouvoir d'examen restreint en matière de taxation par estimation (cf. consid. 3.3 ci-avant) - que compte tenu de la situation géographique des buvettes de piscines figurant sur le document non caviardé produit par l'AFC en annexe à sa réponse du 13 décembre 2011 et de leur activité, l'échantillon pris en considération est représentatif de l'activité de la recourante.
6.3. Il reste à répondre aux autres griefs de la recourante.
6.3.1. S'agissant de coefficients d'expérience des restaurants de quartier - dont la marge brute s'éleverait à 65% selon la décision entreprise -, ce type de restaurant ne saurait être (directement) comparé aux buvettes telle que celle exploitée par la recourante. C'est d'ailleurs à juste titre que l'AFC n'a pas appliqué les coefficients d'expérience des restaurants de quartier à la recourante. Cette dernière ne saurait dès lors avoir accès aux données y relatives et sa requête tendant à ce qu'elle puisse consulter les données statistiques des restaurants de quartier doit par conséquent être rejetée (cf. le consid 5.2.2 in fine ci-avant).
6.3.2. Dans le but de démontrer que l'estimation effectuée par l'autorité inférieure serait manifestement inexacte, la recourante produit la liste de prix pratiqués par d'autres buvettes. Ces documents sont inaptes à remettre en cause la marge fixée par l'AFC puisqu'ils concernent d'autres contribuables, alors que l'autorité inférieure s'est basée sur les chiffres des autres années de la buvette ... - qu'elle a adaptés aux circonstances particulières des années 2006 à 2008 - pour effectuer son estimation. Les critiques formulées par recourante - qui n'apporte aucune preuve démontrant que l'autorité inférieure aurait commis de très importantes erreurs d'appréciation (cf. consid. 5.3 ci-avant) - ne permettent pas de mettre en doute l'estimation effectuée par l'AFC.
6.4. Etant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, la recourante doit en supporter les conséquences. De plus, la recourante doit s'accommoder de l'imprécision qui résulte nécessairement d'une estimation, puisqu'elle est elle-même responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation (cf. consid. 5.3 ci-dessus; voir également l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5). En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante. Cette dernière n'a pas réussi à établir que le résultat auquel est parvenu l'autorité fiscale serait manifestement contraire à la réalité.
7. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par CHF 3'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. Le montant précité est compensé avec l'avance de frais déjà versée de CHF 5'000.--, le solde de CHF 2'000.-- étant restitué à la recourante après l'entrée en vigueur du présent arrêt. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure, d'un montant de CHF 3'000.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est imputé sur l'avance de frais totale de CHF 5'000.--, le surplus par CHF 2'000.-- lui étant remboursé après l'entrée en vigueur du présent arrêt.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. 638733 / PTN 6621 ; Acte judiciaire)
Le président du collège :
Le greffier :
Daniel Riedo
Daniel de Vries Reilingh
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :