bvger · B-4545/2010 · 2020-05-14 · fr
B-4545/2010

Assurance-chômage

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée par le TF par arrêt du 9.03.2021 (8C_417/2020)
Cour II
B-4545/2010
Jugement du 14 mai 2020
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (président du collège),
Pascal Richard, Jean-Luc Baechler, juges,
Julien Delaye, greffier.
Parties
MFC 2000 SA,
représentée par Maître Séverine Berger, avocate,
demanderesse,
contre
État de Vaud,
Service de l'emploi,
représenté par Maître Alexandre Bernel, avocat,
défendeur 1,
Confédération suisse,
Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR / Secrétariat d'Etat à l'économie SECO,
défenderesse 2,
Objet
Assurance-chômage - action en paiement dans le cadre de mesures de marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle de type « formation ».
Faits :
A.
A.a MFC 2000 SA (ci-après : la demanderesse) est une société anonyme ayant son siège à A._______, dont le but est notamment le management, la formation et le conseil d'entreprises. Elle appartient et est administrée exclusivement par X._______, qui dispose de la signature individuelle.
A.b X._______ est également actionnaire et administrateur unique de M._______ Formation Conseils SA. Ayant son siège à la même adresse que la demanderesse, celle-ci a notamment pour but la formation professionnelle, la formation continue, l'organisation de cours, conférences et séminaires, pour des entreprises, collectivités publiques ou privées, ainsi que des particuliers dans le domaine de l'informatique et de la communication.
A.c Entre 2006 et 2008, la demanderesse a collaboré avec le service de l'emploi de l'État de Vaud (ci-après : le défendeur 1), en dispensant des cours de formation dans le cadre de mesures relatives au marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle dans le domaine de l'informatique. En raison d'un plafonnement des coûts mis en place par la Confédération et de la baisse du taux de chômage, le défendeur 1 a, par la suite, cessé sa collaboration avec la demanderesse.
B.
B.a Dès septembre 2005, la demanderesse et le défendeur 1 ont entamé des discussions concernant le développement et la mise à disposition de mesures relatives au marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle de type « formation » durant l'année 2006. La demanderesse et le défendeur 1 ont ainsi conclu, le 30 novembre 2005, un accord de prestations pour le développement et la mise à disposition de mesures de marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle de type « formation », fondé notamment sur la loi et l'ordonnance sur l'assurance-chômage, sur l'ordonnance sur le financement des mesures relatives au marché du travail et sur la loi vaudoise sur l'emploi. Cet accord est entré en vigueur le 1er janvier 2006. Les parties ont fixé dans une annexe le type et le nombre de cours organisés durant l'année 2006.
B.b Durant l'année 2006, la demanderesse a adressé au défendeur 1 plusieurs factures pour l'organisation des mesures relatives au marché du travail. Le défendeur 1 a ainsi rendu plusieurs décisions de versement partiel d'un montant total de [...] francs. Ce montant a été entièrement versé à la demanderesse. Au surplus, la demanderesse a été entièrement rémunérée pour les prestations relevant des mesures d'insertion professionnelle.
B.c L'organe de révision de la demanderesse a remis au défendeur 1 un rapport pour l'exercice 2006 en date du 23 mai 2007. Ce rapport présentait, sous la forme d'un tableau analytique, les charges et recettes de la demanderesse, liées à l'organisation des mesures relatives au marché du travail et aux mesures d'insertion professionnelle.
B.d Par courrier du 14 juin 2007, le défendeur 1 a informé la demanderesse qu'un organe d'audit contrôlerait ses comptes pour l'exercice 2006. L'organe d'audit a constaté, dans son rapport du 25 septembre 2007, que certaines dépenses ne semblaient pas indispensables à l'organisation des mesures relatives au marché du travail et que certains justificatifs manquaient.
B.e Le défendeur 1 a requis, par courrier du 27 septembre 2007, que la demanderesse lui produise les justificatifs manquants, l'informant au surplus qu'elle exigerait la restitution des subventions qui dépasseraient le montant des frais reconnus. Le défendeur 1 et la demanderesse ont ensuite entretenu de longues discussions, par écrit et par oral, portant sur le caractère indispensable des frais engagés par la demanderesse. Dans ce cadre, le défendeur 1 a requis à plusieurs reprises la production de justificatifs.
B.f Par décision du 19 décembre 2008, le défendeur 1 a constaté que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure s'élevait, pour l'année 2006, à 1'175'238.55 francs, que les subventions versées se montaient à 1'804'821 francs et que la demanderesse avait donc perçu indûment un montant de 629'582.45 francs qu'elle était tenue de restituer. Cette décision était accompagnée d'un nouveau tableau analytique ajusté. L'exécution de cette décision, respectivement la compensation éventuelle avec les décisions relatives aux exercices 2007 et 2008, feraient l'objet de décomptes et de décisions séparés.
B.g Par mémoire du 19 janvier 2009, la demanderesse a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral, conformément à l'indication des voies de droit. Ce dernier a admis le recours par arrêt du 8 septembre 2009, annulé la décision attaquée et renvoyé la demanderesse et le défendeur 1 à la voie de l'action.
C.
C.a [...] La demanderesse et le défendeur 1 ont conclu le 20 novembre 2006 un nouvel accord de prestation. Cet accord est entré en vigueur le 1er janvier 2007 et a remplacé l'accord de prestations du 30 novembre 2005. Les parties ont fixé dans une annexe le type et le nombre de cours organisés durant l'année 2007.
C.b La demanderesse a adressé au défendeur 1 plusieurs factures pour l'organisation des mesures relatives au marché du travail. Le défendeur 1 a rendu plusieurs décisions de versement partiel d'un montant total de [...] francs. Ce montant a été entièrement versé à la demanderesse. La demanderesse a également été rémunérée par le défendeur 1 pour les prestations réalisées dans le cadre de mesures d'insertion professionnelle.
C.c L'organe de révision de la demanderesse a remis au défendeur 1 un rapport pour l'exercice 2007 en date du 24 juin 2008. Ce rapport présentait, sous la forme d'un tableau analytique, les charges et recettes de la demanderesse, liées à l'organisation des mesures relatives au marché du travail et aux mesures d'insertion professionnelle.
C.d Le défendeur 1 a ensuite confié à un organe d'audit l'analyse de la comptabilité de la demanderesse et la vérification du caractère attesté et nécessaire des charges d'exploitation comptabilisées en 2007.
C.e Par décision du 25 mai 2009, le défendeur 1 a constaté que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure s'élevait, pour l'année 2007, à 1'059'398 francs, que les subventions versées se montaient à 832'288 francs, que le solde dû à la demanderesse s'élevait encore par conséquent à 227'110 francs, que ce montant devait être compensé par la somme de 629'582.45 francs dont le remboursement avait été demandé pour l'année 2006 par décision du 19 décembre 2008, que la somme désormais due par la demanderesse pour les exercices 2006 et 2007 était de 402'472.45 francs et que la somme précitée ferait à son tour l'objet d'une compensation avec le montant dû à la demanderesse pour l'exercice 2008, dès que celui-ci aurait pu être arrêté. Cette décision était accompagnée d'un nouveau tableau analytique ajusté.
C.f Par mémoire du 25 juin 2009, la demanderesse a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral, conformément à l'indication des voies de droit. Ce dernier a admis le recours par arrêt du 8 septembre 2009, annulé la décision attaquée et renvoyé la demanderesse et le défendeur 1 à la voie de l'action.
D.
D.a Pour le premier semestre 2008, la demanderesse et le défendeur 1 ont conclu, le 19 novembre 2007, une annexe à l'accord de prestations du 20 novembre 2006. Celle-ci précisait le type et le nombre de cours donnés du 1er janvier au 30 juin 2008. Des cours ont toutefois encore été organisés durant le 2e semestre 2008.
D.b La demanderesse a adressé au défendeur 1 plusieurs factures d'un montant total de [...] francs pour l'organisation des mesures relatives au marché du travail. Ces factures n'ont toutefois pas été payées par le défendeur 1. La demanderesse a cependant perçu une somme de [...] francs pour l'organisation de mesures d'insertion professionnelle.
D.c L'organe de révision de la demanderesse a remis au défendeur 1 un rapport pour l'exercice 2008 en date du 17 juillet 2009. Le défendeur 1 a ensuite confié à un organe d'audit l'analyse de la comptabilité de la demanderesse et la vérification du caractère attesté et nécessaire des charges d'exploitation comptabilisées en 2008.
D.d Par décompte du 16 octobre 2009, le défendeur 1 a constaté que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure s'élevait, pour l'année 2008, à 939'522.65 francs, que ce montant devait être compensé par la somme de 629'582.45 francs que la demanderesse devait rembourser suite à l'exercice 2006, que le solde dû à la demanderesse pour l'année 2007 s'élevait à 227'110 francs et que, par conséquent, la somme encore due à la demanderesse pour les exercices cumulés de 2006 à 2008 s'élevait à 537'050.20 francs et que la somme précitée serait versée à la demanderesse par l'organe de compensation dans les meilleurs délais. Ce décompte était accompagné d'un tableau analytique pour l'année 2008 présentant les frais allégués par la demanderesse et les frais attestés et nécessaires retenus par le défendeur 1. Le défendeur 1 a versé la somme de 537'050.20 francs à la demanderesse en date du 27 octobre 2009.
E.
E.a Par courrier du 26 juin 2008, le défendeur 1 a résilié l'accord de prestations du 20 novembre 2006 pour le 31 décembre 2008 en raison du recul du taux de chômage et de la nécessité, par conséquent, d'ajuster l'offre des mesures mises à disposition des demandeurs d'emploi.
E.b L'envoi a été déposé à la Poste Suisse, en courrier recommandé, le 26 juin 2008. Une première tentative de distribution infructueuse a été effectuée le 30 juin 2008. A la suite de quoi, la Poste Suisse a invité la demanderesse à retirer l'envoi au guichet postal entre le 1er juillet 2008 et le 7 juillet 2008.
E.c Par mémoire du 30 octobre 2008, la demanderesse a déposé une demande en paiement contre le défendeur 1 auprès de la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois, concluant, en substance, à ce que le défendeur 1 soit condamné à lui verser la différence entre les montants facturés et les subventions effectivement versées. Par jugement incident du 10 novembre 2009, le juge instructeur l'a déclarée irrecevable, considérant que la compétence impérative fixée par la loi sur l'assurance-chômage en faveur du Tribunal administratif fédéral l'emportait sur l'accord des parties.
E.d Par déclaration du 23 juillet 2009, la demanderesse a renoncé à se prévaloir de la prescription vis-à-vis du défendeur 1, s'agissant des prétentions en restitution du montant de 629'582.05 francs pour l'année 2006, plus accessoires légaux, dans la mesure où ladite prescription n'était pas déjà acquise à cette date, et sans reconnaissance d'une quelconque responsabilité.
F. Par mémoire du 22 juin 2010, la demanderesse a intenté une action auprès du Tribunal administratif fédéral dirigée contre, d'une part, le défendeur 1 et, d'autre part, la Confédération suisse (ci-après : la défenderesse 2).
F.a Elle conclut d'abord, sous suite de frais et dépens, à ce qu'il soit prononcé que le défendeur 1 et la défenderesse 2 sont les débiteurs, solidairement entre eux, respectivement chacun, de la somme de 1'969'309 francs avec intérêts à 5 % l'an dès le 10 janvier 2008 sur la somme de 765'324 francs, dès le 10 avril 2008 sur la somme de 435'965 francs, dès le 7 octobre 2008 sur la somme de 465'120 francs et dès le 5 janvier 2009 sur la somme de 302'900 francs, sous déduction d'un montant de 537'050.20 francs versé le 26 octobre 2009.
Elle conclut, ensuite, à ce qu'il soit prononcé que le défendeur 1 et la défenderesse 2 sont les débiteurs, solidairement entre eux, respectivement chacun, de la somme de 500'000 francs avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er juillet 2008.
Elle conclut enfin à ce qu'il soit prononcé que la demanderesse n'est pas la débitrice ni du défendeur 1, ni de la défenderesse 2, à quelque titre que ce soit.
F.b À titre liminaire, elle rappelle que le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître de la présente action, dès lors que celle-ci repose sur un contrat de droit administratif signé par le défendeur 1, lequel doit être assimilé à une autorité fédérale dans le contexte des mesures relatives au marché du travail et des mesures d'insertion professionnelle. Elle soutient ensuite que la défenderesse 2 a qualité pour défendre, dès lors que, dans la mesure où elle a délégué aux cantons une tâche fédérale, elle en répond solidairement.
F.c Elle fait principalement grief au défendeur 1 de ne pas avoir respecté les obligations contractuelles prévues dans les accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006. Elle souligne qu'il n'existe aucun motif justifiant le refus du défendeur 1 de payer les factures qu'elle lui a adressées. De même, ce dernier ne pouvait pas exiger la restitution des montants déjà versés en 2006. Elle précise que, depuis le début de sa collaboration avec le défendeur 1 en 1994, elle a régulièrement facturé ses prestations, que ses factures n'ont jamais été remises en question et que le défendeur 1 les a toujours payées dans leur intégralité, ce jusqu'en 2006. Elle rappelle qu'en 2007, le défendeur 1 n'a effectué qu'un versement partiel, de sorte qu'il resterait redevable d'une somme de [...] francs, et qu'en 2008, aucune de ses factures n'a été payée.
Elle précise avoir dispensé tous les cours qu'elle a facturés, qu'elle a déduit des montants budgétés les cours qui n'avaient pas pu avoir lieu en raison du nombre trop faible de participants et qu'elle n'avait facturé en plus que les cours supplémentaires commandés par le défendeur 1 en cours d'année. Elle fait valoir que les prix budgétés dans les annexes correspondraient à des montants convenus entre les parties, de sorte que le paiement était assuré sous réserve que le nombre minimum de participants ait été atteint. Elle soutient ainsi que le défendeur 1 ne pouvait plus revenir sur le prix des prestations fournies. Elle met à cet effet en exergue la mauvaise foi du défendeur 1, puisqu'il n'aurait pas modifié l'enveloppe budgétaire de la mesure pour les exercices 2007 et 2008. Cela tendrait à démontrer, selon elle, que lesdits montants sont dus. Elle affirme au surplus que la qualité de ses prestations n'a jamais été remise en question, qu'elle a été un centre de référence pour les nouveaux cours et qu'elle a été chargée de plusieurs validations et autres examens pour le compte du défendeur 1.
F.d Subsidiairement, elle conteste que certains frais facturés n'étaient pas indispensables à l'organisation des cours au sens de la loi sur l'assurance-chômage et qu'elle aurait perçu, sur cette base, des subventions indues pour l'année 2006. Elle rappelle que le législateur a modifié l'ancien art. 62 - devenu l'art. 61 - de la loi sur l'assurance-chômage pour retirer l'interdiction faite aux organisateurs de mesures relatives au marché du travail d'exercer un but lucratif. Elle soutient que, à la lumière de l'art. 88 de l'ordonnance sur l'assurance-chômage et de la circulaire du Secrétariat d'Etat à l'économie SECO (ci-après : le SECO) relative au remboursement des mesures relatives au marché du travail, les prestations fournies étaient justifiées. Il en va ainsi en particulier des heures effectuées par les intervenants externes et des frais de déplacement. Elle reproche au défendeur 1 de s'être fondé sur les rapports de l'organe d'audit, lesquels n'évalueraient pas la situation de manière objective. Elle se plaint de l'irrégularité de l'attitude du défendeur 1 à son égard. Alors que ce dernier aurait confié un mandat similaire à une société étrangère, il ne pourra manifestement pas exercer de contrôle. Elle estime que ses tarifs ne sont pas plus élevés que ceux pratiqués par d'autres organisateurs de mesures et fait valoir que ces derniers ont été entièrement payés, de sorte que le défendeur 1 aurait violé le principe de l'égalité de traitement. Dans tous les cas, elle rappelle que la prétention en restitution du défendeur 1 était prescrite, de sorte qu'il ne pouvait valablement invoquer l'exception de compensation.
F.e Elle fait valoir ensuite que le défendeur 1 n'a pas examiné s'il convenait de renoncer à exiger la restitution des subventions, conformément à l'art. 30 de la loi sur les subventions. Elle rappelle qu'elle a pris toutes les mesures nécessaires pour assurer les prestations convenues dans de bonnes conditions et pour maintenir son niveau de qualité. Elle aurait de plus été contrainte de financer diverses certifications. Elle soutient ainsi qu'une restitution des prestations versées en 2006 la mettrait dans une situation financière insupportable, ce d'autant plus que le défendeur 1 n'aurait plus voulu lui attribuer de cours en 2009. Elle rappelle qu'elle a toujours été parfaitement transparente dans le cadre de sa collaboration avec le défendeur 1, de sorte qu'elle ne pouvait raisonnablement imaginer que seuls les frais nécessaires seraient pris en compte. Elle rappelle que le défendeur 1 n'a jamais contesté ses factures avant 2006 et que cet élément nouveau lui ferait supporter un risque financier considérable.
F.f Elle soutient enfin que la résiliation de l'accord de prestations pour le 31 décembre 2008 ne lui serait parvenue qu'en juillet 2008, de sorte que, conformément à l'article 22 de l'accord de prestations du 20 novembre 2006, celle-ci n'aurait déployé d'effet qu'au 31 décembre 2009. Le refus du défendeur 1 de lui confier des cours en 2009 lui aurait causé un dommage qu'elle estime à 500'000 francs.
F.g A l'appui de ses griefs, elle requiert que soit produit l'entier de son dossier relatif aux mesures qui lui ont été confiées depuis 1994 ainsi que l'ensemble des accords de prestations - avec toutes leurs annexes - conclus par le défendeur 1 avec d'autres organisateurs de mesures pour les années 2006 à 2009. Elle sollicite la mise en place d'une expertise tendant à déterminer si les montants facturés entre 2006 et 2008 étaient justifiés et nécessaires à l'organisation de la mesure. Dite expertise devrait également porter sur une comparaison avec les prestations similaires fournies par d'autres organisateurs de mesures, ainsi que sur les conséquences économiques de la position adoptée par le défendeur 1 et sur le dommage subi par la demanderesse suite à la résiliation de l'accord. Enfin, elle sollicite l'audition de son administrateur et de son directeur, ainsi que celle de deux collaboratrices du défendeur 1.
G. Par mémoire de réponse du 26 octobre 2010, la défenderesse 2 a conclu au rejet de la demande à son égard. Elle rappelle n'être pas engagée par les contrats conclus entre les cantons et les organisateurs de mesures. Elle précise que, depuis l'entrée en vigueur de la révision de la loi sur l'assurance-chômage en juillet 2003, le législateur a souhaité différencier les compétences des cantons de celles de l'organe de compensation. Ainsi, il ressort des art. 59c al. 5 et 85 al. 1 let. h de la loi sur l'assurance-chômage et de l'art. 81e al. 4 de l'ordonnance sur l'assurance-chômage que, si les cantons ont la compétence de statuer sur les demandes de subventions relatives aux mesures, dite compétence inclut non seulement la possibilité d'octroyer des subventions que d'en demander la restitution. Il suit de là que la défenderesse 2 ne déciderait plus de l'octroi, du refus ou de la restitution des subventions à l'attention des organisateurs de mesures inférieures à 5'000'000 francs, sa compétence se limitant à surveiller le travail des cantons et à intervenir en cas de faute ou de négligence grave par des mises à charge cantonales.
H. Par mémoire de réponse du 23 décembre 2010, le défendeur 1 a conclu au rejet de l'action.
H.a Il conteste tout d'abord l'existence d'un engagement ferme de payer les sommes budgétées dans les annexes aux accords de prestations. Ainsi, l'hypothèse selon laquelle les parties se seraient mises d'accord préalablement à chaque exercice sur un certain montant garanti à la demanderesse serait erronée. Il rappelle que, jusqu'en 2002, les paiements intervenaient sur la base d'une facturation individuelle pour chaque participant effectif. Ce n'est qu'en 2003 qu'un système de paiement d'acomptes par session a été mis en place. La demanderesse a alors facturé des acomptes, qui ont été contrôlés par le défendeur 1, puis en 2005, par le SECO. Ce dernier a constaté que la méthode de rémunération ne correspondait pas aux critères fixés par la loi, notamment en raison du caractère non-subventionnable de certaines charges de la demanderesse. Suite à cela, la demanderesse et le défendeur 1 ont conclu un nouvel accord de prestations, faisant passer la demanderesse d'un régime où elle se voyait garantir le paiement de montants prédéfinis à un régime où seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure seraient remboursés.
Ainsi, la demanderesse ne pouvait ignorer la modification du système de financement de ses prestations et ne pouvait ignorer que le montant figurant dans les annexes ne constituait pas un montant forfaitaire, mais un budget maximal soumis à condition. Le défendeur 1 soutient ainsi que les montants versés sur la base des factures établies par la demanderesse constituaient des avances à faire valoir sur la fixation définitive du montant de la subvention, laquelle ne pouvait intervenir qu'a posteriori, sur la base d'une analyse des frais engagés par la demanderesse. Il ne s'agirait donc, en aucun cas, d'un engagement ferme de paiement.
H.b Le défendeur 1 rappelle que l'objet du litige porte avant tout sur la question du caractère attesté et nécessaire des frais engagés par la demanderesse dans le cadre de l'organisation de la mesure. Il souligne que le fardeau de la preuve du caractère subventionnable de ces frais appartiendrait à la demanderesse et ne s'oppose donc pas à la mise en place d'une expertise, précisant que la demanderesse devrait exposer de manière détaillée les points qu'elle conteste dans les différents tableaux analytiques établis par l'organe d'audit. Pour le reste, le défendeur 1 s'oppose à la production de l'intégralité du dossier relatif aux mesures confiées à la demanderesse avant 2006, dès lors que ces anciens exercices ne sont pas litigieux.
H.c Il précise que les autres organisateurs de mesures ayant organisé des cours pour les demandeurs d'emploi durant la période considérée ont été soumis aux mêmes conditions que la demanderesse, y compris à l'examen du caractère attesté et nécessaire des frais engagés. Il serait toutefois disproportionné de produire l'ensemble du dossier relatif à ces mesures, ce d'autant plus que seule la situation particulière de la demanderesse est litigieuse.
H.d Le défendeur 1 fait valoir ensuite qu'une renonciation à la restitution des prestations sur la base de l'art. 30 de la loi sur les subventions ne serait pas possible, dès lors qu'aucune des conditions prévues ne serait remplie. En effet, la comptabilité de la demanderesse ne révélerait aucun investissement non amorti, mais serait constituée au contraire de provisions de plusieurs centaines de milliers de francs en vue de l'arrêt de l'organisation de mesures pour le compte du défendeur 1. De plus, la demanderesse disposait de tous les éléments pour mesurer le caractère indispensable ou non des dépenses qu'elle invoquait. À l'inverse, le défendeur 1 ne pouvait apprécier ce caractère qu'au vu des comptes et justificatifs produits a posteriori.
H.e Le défendeur 1 conteste encore le dommage invoqué, dans la mesure où il n'aurait jamais garanti à la demanderesse la réalisation d'un chiffre d'affaires minimum réalisé sur la base de la mesure. Il précise que les parties ne se sont pas entendues sur le principe d'une subvention maximale pour l'année 2009. Au contraire, il n'a même jamais été question de confier des cours à la demanderesse. Au surplus, le défendeur 1 n'aurait pas procédé à une communication spécifique concernant la fin de la collaboration avec la demanderesse, de sorte qu'elle ne subirait aucun dégât d'image.
H.f Le défendeur 1 requiert, enfin, de la demanderesse qu'elle produise toute pièce démontrant qu'elle aurait déployé une activité autre que l'organisation de mesures relatives au marché du travail ou de mesures d'insertion professionnelle entre 2006 et 2008, ainsi que toute pièce démontrant que l'attestation de conformité de l'organe de révision, pour l'exercice 2007, lui aurait été adressée, toute pièce démontrant qu'il lui aurait annoncé une subvention pour l'année 2009, ses polices d'assurances correspondant aux valeurs de rachat comptabilisées de l'actif des exercices 2005 et suivants, ainsi que toutes pièces démontrant les valeurs de rachat des assurances comptabilisées à ce titre pour les exercices 2005 et suivants. Il sollicite qu'un délai lui soit imparti pour annoncer les coordonnées des témoins qu'il a l'intention de faire entendre.
I. Par mémoire de réplique du 10 mars 2011, la demanderesse a maintenu l'ensemble de ses conclusions. Elle rappelle que, jusqu'en 2002, le défendeur 1 fixait un prix par participant et par jour pour les cours dispensés. La demanderesse estimait alors son chiffre d'affaires annuel à environ [...] francs. Elle soutient que, entre 2003 et 2005, le défendeur 1 lui aurait formellement garanti le paiement des sessions de cours commandés à l'avance. Dès 2006, le défendeur 1 aurait modifié la rédaction des contrats soumis à la demanderesse, en ce sens que seul le paiement des sessions de cours qui avaient effectivement eu lieu était garanti. Elle fait donc valoir que, en matière d'assurance-chômage, le défendeur 1 agirait en dérogation des règles fédérales sur les subventions, permettant à des sociétés privées de faire du bénéfice et de capitaliser des réserves. Il y aurait ainsi lieu de tenir compte, dans le cadre d'une telle approche, non pas de la loi sur l'assurance-chômage, mais des accords explicites et implicites entre les parties.
Elle rappelle ensuite que, depuis le début de sa relation contractuelle avec le défendeur 1, les prix des prestations auraient été régulièrement adaptés à la baisse et fixés de manière unilatérale par le défendeur 1. De même, le nombre de cours confiés n'aurait cessé de diminuer durant les dernières années de leur collaboration. Elle souligne que le défendeur 1 a clairement pris l'engagement de payer les montants budgétés pour autant que les cours prévus aient été donnés. Dans tous les cas, elle estime que l'accord de prestations ne mentionne pas clairement que les montants budgétés pourraient être revus à la baisse. À cet effet, elle met en avant les nombreuses erreurs réalisées par le défendeur 1 dans la rédaction de l'accord, telles que la clause de prorogation de for ou celle prévoyant que le défendeur 1 exigerait la restitution des prestations par voie de décision, et non d'action. Au surplus, elle se plaint de ce que ses interlocuteurs au sein de l'organisation du défendeur 1 n'ont pas cessé de se succéder et que la compensation effectuée par le défendeur 1 serait « choquante ».
Elle estime ainsi que l'attitude générale du défendeur 1 l'aurait privé de revenus très importants alors qu'elle devait assumer ses propres charges. Le bénéfice réalisé par le biais des prestations financées dans le cadre des mesures ne serait par ailleurs pas pertinent dans le cadre du présent litige. Elle fait valoir que seul le prix payé par le défendeur 1 serait déterminant, de sorte qu'il y aurait lieu de connaître les conditions des contrats passés avec d'autres organisateurs de mesures. En effet, elle soutient que le défendeur 1 ne pourrait prévoir un prix différent selon les instituts.
Elle rappelle enfin que la résiliation de l'accord de prestations aurait été donnée par complaisance et serait tout aussi révélatrice des « manières » du défendeur 1. Elle rappelle en effet que, si le défendeur 1 lui a confié des cours pour l'exercice 2008, c'est qu'il était satisfait de sa prestation.
Elle maintient donc l'ensemble de ses réquisitions de preuve et requiert en outre que soit produit le contrat conclu le 7 décembre 2009 entre le défendeur 1 et une société australienne.
J. Par écritures du 9 juin 2011, la défenderesse 2 a transmis sa duplique. Elle maintient intégralement ses conclusions et constate que la demanderesse admet que son contrôle porte exclusivement sur l'activité des cantons et la gestion par ceux-ci des subventions fédérales. Partant, il appartiendrait uniquement aux cantons de surveiller la bonne gestion des subventions fédérales qu'ils reçoivent.
K. Par duplique du 15 juin 2011, le défendeur 1 a maintenu les conclusions déposées dans sa réponse et a demandé, à titre reconventionnel, le paiement par la demanderesse d'un montant de 26'700 francs, avec intérêts à 5 % l'an dès le 28 octobre 2009. A l'appui de cette demande reconventionnelle, il fait valoir que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure, pour l'année 2007, s'élèverait à [...] francs, contrairement au montant de [...] francs retenu dans le tableau analytique annexé à la décision du 25 mai 2009 et dans le décompte du 16 octobre 2009. Cette différence de 24'000 francs porterait sur les honoraires d'administrateur de X._______, lesquels auraient été admis par inadvertance. Enfin, il y aurait lieu de tenir compte d'une somme de 2'700 francs qui aurait encore été versée par le défendeur 1 pour l'année 2007 et qui n'aurait pas non plus été comptabilisée dans le tableau analytique annexé à la décision du 25 mai 2009 et dans le décompte du 16 octobre 2009. Ces deux corrections conduiraient ainsi à un montant de 26'700 francs versés à tort à la demanderesse pour l'année 2007. Au surplus, le défendeur 1 maintient, en substance, les griefs formulés dans son mémoire de réponse.
L. Invitée à se déterminer sur la demande reconventionnelle, la demanderesse a conclu, par courrier du 15 août 2011, à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet. Elle soutient que la loi sur la procédure civile fédérale ne permettrait pas au défendeur de déposer une demande reconventionnelle au stade de la duplique. Celle-ci ne pourrait intervenir qu'au plus tard au stade de la réponse.
M. Le 14 novembre 2011, le tribunal a tenu des débats préparatoires en présence des parties. Il en ressort que, outre la question de la résiliation du contrat, l'objet de la procédure ne porte que sur la question du paiement du subventionnement de mesures relatives au marché du travail. L'ensemble des factures concernant des mesures d'insertion professionnelle ont été payées par le défendeur 1. Au surplus, les parties ont pu éclaircir certains points de l'état de faits et s'exprimer sur chacune des rubriques des tableaux analytiques concernant les exercices 2006, 2007 et 2008. La demanderesse a notamment précisé que tous ses intervenants externes étaient, en fait, employés de M._______ Formation Conseils SA.
N.
N.a Par la suite, de très nombreux échanges d'écritures ont eu lieu entre le tribunal et les parties du 19 décembre 2011 au 19 novembre 2012, en vue de la désignation de l'expert, de la fixation de son mandat et de la répartition de l'avance sur les frais d'expertise.
Les divergences de vue entre les parties, notamment sur la question de la répartition de l'avance sur les frais d'expertise, ainsi que les nombreuses questions que les parties - et plus particulièrement la demanderesse - souhaitaient poser à l'expert, ont conduit le tribunal à tenir, le 19 novembre 2012, une séance à Lausanne, en présence des parties et de l'expert, dans les locaux de ce dernier. Les parties ont notamment pu discuter et modifier, le cas échéant, les questions qu'elles souhaitaient poser à l'expert.
N.b Par décision incidente du 19 décembre 2012, le tribunal a confirmé la désignation de l'expert, fixé l'objet principal de l'expertise, ainsi que la répartition de l'avance sur les frais d'expertise.
N.c Par mémoire du 23 janvier 2013, la demanderesse a formulé un recours auprès du Tribunal fédéral contre la décision incidente du 19 décembre 2012, lequel l'a rejeté par arrêt du 4 mars 2013.
N.d L'expert a remis son rapport d'expertise le 29 novembre 2013. Le contenu de ce dernier sera repris dans les considérants qui suivent dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
N.e La demanderesse et le défendeur 1 se sont déterminés sur le rapport d'expertise le 31 mars 2014, estimant en substance que l'expert n'avait pas répondu à certaines questions ou que le résultat de l'expertise appelait d'autres questions.
N.f Par ordonnance du 3 juillet 2014, le tribunal a invité l'expert à répondre aux questions des parties figurant dans leurs courriers du 31 mars 2014. L'expert a précisé, en date du 17 juillet 2014, certains points de son rapport d'expertise et indiqué que les nouvelles questions posées nécessiteraient un complément d'expertise, ce qui engendrerait d'importants frais supplémentaires.
N.g En date du 29 janvier 2018, le tribunal a tenu une audience d'instruction en présence des parties. Il a relevé que certaines analyses de l'expert allaient déjà au-delà de ce qu'un expert devait déterminer, le moyen de preuve de l'expertise servant à l'établissement des faits et non à une appréciation juridique de ceux-ci. Ces analyses reposaient en effet sur de simples allégués des parties et jugeaient déjà du bien-fondé de certaines prétentions. Le tribunal a rappelé que tel n'était pas le rôle d'une expertise. Au surplus, il a attiré l'attention des parties sur le fait que l'expertise avait déjà été onéreuse - la demanderesse ayant du reste et pour ce motif présenté un recours au Tribunal fédéral - et que des questions complémentaires ne feraient qu'augmenter les coûts de la procédure. Invitées à confirmer si elles entendaient requérir un complément d'expertise, les parties ont, en substance, admis que la production de pièces devrait suffire.
Au surplus, sur une question du juge délégué, la demanderesse a indiqué avoir fait appel à des employés de M._______ Formation Conseils SA, dans la mesure où une société anonyme poursuit un but lucratif et que le défendeur 1 était d'accord de procéder de la sorte. Ce dernier a précisé avoir pris conscience des marges importantes faites par la demanderesse lors du contrôle de 2005 opéré par le SECO. Quant à la cession de matériel informatique pour un montant d'un franc à M._______ Formation Conseils SA et la location subséquente de matériel informatique à cette dernière, la demanderesse ne fournit aucune réponse à la question de savoir s'il s'agissait du même matériel.
L'audience a été suspendue pour permettre aux parties de trouver un accord à l'amiable. Cela n'a toutefois pas été le cas.
O.
O.a Par courrier du 31 juillet 2018, le tribunal a estimé nécessaire de faire le point sur les différentes prétentions soulevées par les parties dans le cadre du présent litige. Procédant à un examen prima facie, il estime qu'il n'y a plus lieu de prolonger l'administration des moyens de preuve.
O.b Par courrier du 1er octobre 2018, le défendeur 1 ne s'oppose pas à ce que l'instruction soit close.
O.c En date du 7 février 2019, la demanderesse a rappelé sa position sur les différentes prétentions élevées dans le cadre de la procédure et a confirmé, en substance, les principaux griefs déjà développés dans ses précédentes écritures.
P. Le tribunal a tenu, en date du 24 octobre 2019, des débats publics en présence de la demanderesse et du défendeur 1, la défenderesse 2 ayant renoncé à y participer. Les parties ont maintenu leurs conclusions et plaidé la cause, la demanderesse réitérant en particulier dans ses réquisitions de preuves et versant notamment au dossier de nouvelles pièces. Elles ont, par la suite, déposé leurs notes de plaidoiries en date du 9 décembre 2019.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
Droit :
1.
1.1 Le Tribunal administratif fédéral connaît, par voie d'action en première instance, des contestations qui reposent sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements, ses entreprises ou par des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles agissent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées (art. 35 let. a et 33 let. h LTAF). L'action est irrecevable si une autorité précédente au sens de l'art. 33 LTAF est chargée par une autre loi de connaître de la contestation (art. 36 LTAF).
Lorsque le Tribunal administratif fédéral statue en tant que première instance, la procédure est régie par les art. 3 à 73 et 79 à 85 de la loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale (PCF, RS 273) (art. 44 al. 1 LTAF). Le Tribunal administratif fédéral examine ainsi d'office la recevabilité des actions qui lui sont soumises (art. 3 al. 1 PCF).
Selon une jurisprudence constante, les accords passés entre un canton et une entreprise privée, ayant pour objet la mise en oeuvre de mesures relatives au marché du travail, doivent être qualifiés de contrats de droit public au sens de l'art. 35 let. a LTAF (cf. ATF 128 III 250 consid. 2 ; ATAF 2009/49 consid. 4.2 ; arrêt du TAF B-8031/2015 du 4 novembre 2019 consid. 1.1). Les droits découlant de ces contrats doivent donc être revendiqués par la voie de l'action, à moins qu'une loi fédérale ne prévoie le contraire (cf. ATAF 2009/49 consid. 10 et 2008/51 consid. 2.4.2 ; arrêt du TAF B-7957/2007 du 4 novembre 2008 consid. 4.2).
En l'espèce, une partie du litige repose sur les accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006, conclus entre la demanderesse et le défendeur 1, dont l'objet est le développement et la mise à disposition de mesures de marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle de type « formation », fondés notamment sur la loi fédérale du 25 juin 1982 sur l'assurance-chômage obligatoire et l'indemnité en cas d'insolvabilité (loi sur l'assurance-chômage, LACI, RS 837.0).
D'emblée, il y a lieu de relever que, si les mesures relatives au marché du travail ressortent du droit fédéral, les mesures d'insertion professionnelle ressortent du droit cantonal. Toutefois, le litige ne porte que sur le financement de mesures relatives au marché du travail, les parties ne le contestent pas. Point n'est donc besoin d'examiner la question de la nature mixte de ces accords et son impact sur la compétence du tribunal de céans.
Il suit de là que le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du présent litige dans le cadre d'une action directe.
1.2 Les autres conditions de recevabilité de l'action sont en outre respectées (cf. art. 18 al. 1 et 23 PCF et art. 63 al. 4 PA en lien avec art. 44 al. 3 LTAF).
L'action est ainsi recevable.
2. Le défendeur 1 conclut, à titre reconventionnel, à la restitution de subventions versées à la demanderesse. La demanderesse conclut à l'irrecevabilité de cette demande reconventionnelle, au motif qu'elle aurait été déposée au stade de la duplique. Or, l'art. 29 PCF limiterait le dépôt d'une demande reconventionnelle au stade de la réponse.
2.1 Selon l'art. 29 let. c PCF, la réponse à la demande doit contenir, le cas échéant, la demande reconventionnelle du défendeur. Le défendeur peut former une demande reconventionnelle pour des prétentions dont le Tribunal fédéral - ou, par analogie, le Tribunal administratif fédéral - connaît par voie d'action. Sa prétention doit avoir une connexité juridique avec la demande principale ou les deux prétentions doivent être compensables (art. 31 PCF). La réponse est notifiée au demandeur, le cas échéant avec fixation d'un délai pour répondre à la demande reconventionnelle. Les art. 28 et 29, let. a, b, d à g, s'appliquent par analogie à l'échange ultérieur d'écritures (art. 32 al. 1 PCF), à l'exclusion de l'art. 29 let. c PCF. Ainsi, la demande reconventionnelle doit être formée dans la réponse (cf. Message du 14 mars 1947 du Conseil fédéral à l'Assemblée fédérale à l'appui d'une nouvelle loi de procédure civile fédérale, FF 1947 I 1001, p. 1023). Cette exigence découle du principe de simultanéité des moyens d'attaque et de défense qui impose aux parties de présenter leurs moyens en une seule fois et à un stade donné de la procédure (cf. arrêt du TF 4A_370/2013 du 6 janvier 2014 consid. 2.1). Elle est reprise à l'art. 224 du Code de procédure civile du 19 décembre 2008 (CPC, RS 272) (cf. ég. Fabienne Hohl, Procédure civile, vol. 1, 2e éd. 2016, p. 122 no 664 ; Daniel Willisegger, Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 3e éd., art. 224 p. 1241 no 33). Ainsi, contrairement à d'anciens codes de procédure civile cantonaux (p. ex. en droit zurichois, § 117 aZPO/ZH), aucune disposition expresse de la PCF ne permet au défendeur d'intenter une action reconventionnelle après le délai de la réponse.
2.2 En l'espèce, le défendeur 1 a formé une demande reconventionnelle dans sa duplique du 15 juin 2011 portant sur des prétentions de 26'700 francs. Aucun élément figurant dans sa réponse du 23 décembre 2010 ne s'y réfère. Au surplus, lesdites prétentions se fondent sur un montant de frais de 24'000 francs admis par inadvertance dans la décision du 25 mai 2009 et dans le décompte du 16 octobre 2009, ainsi que sur un ajustement de 2'700 francs par rapport au montant des subventions versées en 2007. Elles ne se fondent ainsi pas sur des éléments nouveaux apportés par la demanderesse au stade de la réplique, de sorte que l'on ne saisit pas pourquoi le défendeur 1 n'a pas formulé sa demande reconventionnelle déjà au stade de la réponse. Il disposait - ou aurait pu disposer - de tous les éléments nécessaires pour le faire.
Il suit de là que, formulée tardivement après le dépôt de la réponse, la demande reconventionnelle du défendeur 1 est irrecevable. Autre est la question de savoir si, dans le cadre de ses conclusions libératoires, le défendeur 1 peut faire valoir les ajustements de 26'700 francs invoqués dans sa duplique, ce qui sera examiné ci-après.
3. La défenderesse 2 fait valoir que seuls les cantons ont la compétence de statuer sur les demandes de subvention relatives aux mesures collectives relatives au marché du travail, inférieures à 5'000'000 francs. Partant, elle n'aurait pas la qualité pour défendre.
La qualité pour agir (légitimation active) et la qualité pour défendre (légitimation passive) sont des questions de droit matériel, de sorte qu'elles ressortissent au droit privé fédéral s'agissant des actions soumises à ce droit (cf. ATF 139 III 504 consid. 1.2 et 133 III 180 consid. 3.4 ; arrêt du TF 4A_1/2014 du 26 mars 2014 consid. 2.3). Elles se déterminent selon le droit au fond et leur défaut conduit au rejet de l'action qui intervient indépendamment de la réalisation des éléments objectifs de la prétention litigieuse (cf. ATF 126 III 59 consid. 1a ; arrêt du TF 4C_353/2004 du 29 décembre 2004 consid. 2.1).
La compétence et la procédure en matière de mesures relatives au marché du travail sont réglées à l'art. 59c LACI. Cette disposition prévoit notamment que le Conseil fédéral peut autoriser l'organe de compensation à déléguer la compétence de statuer sur les demandes de subventionnement des mesures collectives de formation ou d'emploi jusqu'à un montant maximum qu'il fixe lui-même ; à cet effet, il peut édicter des directives sur le contrôle de qualité des mesures de formation. Le Conseil fédéral a fait usage de cette délégation de compétence à l'art. 81e al. 4 de l'ordonnance sur l'assurance-chômage obligatoire et l'indemnité en cas d'insolvabilité (ordonnance sur l'assurance-chômage, OACI, RS 837.02). A teneur de cette disposition, l'organe de compensation peut déléguer à l'autorité cantonale la compétence de statuer sur les demandes de subventionnement des mesures de marché du travail collectives pour lesquelles les frais de projet à prendre en compte sont inférieurs à cinq millions de francs, ce qu'il a en l'occurrence fait dans le cadre d'une directive du 19 juin 2003 (ch. marginal A12 de la circulaire du Secrétariat d'Etat à l'économie SECO d'octobre 2004 relative aux mesures du marché du travail). Cette délégation repose sur l'idée que les cantons disposent des structures nécessaires pour opérer eux-mêmes la sélection des organisateurs et allouer les subventions. Elle laisse aussi à l'organe de compensation plus de champ pour assumer ses tâches de surveillance et de contrôle, en particulier pour effectuer des contrôles plus nombreux et approfondis (cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision de la loi sur l'assurance-chômage du 28 février 2001, FF 2001 2123, 2166 s. ; ég. ATF 133 V 536 consid. 4.4 ; ATAF 2009/49 consid. 8). La délégation de compétence à l'autorité cantonale comprend ainsi, outre la compétence de statuer sur les demandes de subventions inférieures à cinq millions de francs, également la compétence de solliciter la restitution de telles subventions, précédemment octroyées par cette même autorité cantonale (cf. ATAF 2009/49 consid. 8).
En l'espèce, les accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 s'avèrent en deçà de la valeur seuil de cinq millions de francs, la demanderesse ne prétend d'ailleurs pas le contraire. Il suit de là que seul le défendeur 1 a la compétence d'octroyer des subventions ou des indemnités sur la base de ces accords. Force est ainsi de constater que la défenderesse 2 n'a pas la qualité pour défendre. Du reste, la demanderesse concentre l'entier de son argumentation sur le comportement du défendeur 1.
Il suit de là que l'action doit être rejetée en tant qu'elle est dirigée contre la défenderesse 2.
4. La loi sur l'assurance-chômage vise notamment à prévenir le chômage imminent, à combattre le chômage existant et à favoriser l'intégration rapide et durable des assurés dans le marché du travail (art. 1a al. 2 LACI). Pour prévenir et combattre le chômage, l'assurance alloue ainsi des prestations financières au titre des mesures relatives au marché du travail en faveur des assurés et des personnes menacées de chômage (art. 59 al. 1 LACI).
4.1 L'assurance peut subventionner les organisations d'employeurs ou de travailleurs, les institutions créées en commun par les partenaires sociaux, les cantons et les communes, ainsi que d'autres institutions publiques ou privées qui mettent sur pied des mesures relatives au marché du travail (art. 59cbis al. 1 LACI). Elle rembourse aux organisateurs les frais attestés nécessités par l'organisation de mesures relatives au marché du travail (al. 2). La caisse demande la restitution des subventions qui ont été versées à tort au titre des mesures collectives relatives au marché du travail (al. 4).
4.2 L'autorité compétente octroie des subventions aux organisateurs de mesures relatives au marché du travail par voie de décision ou par accord de prestations. Elle peut assortir l'octroi de subventions de conditions (art. 81d OACI). L'organe de compensation peut contrôler les mesures relatives au marché du travail visées dans la LACI (art. 84 OACI).
Selon l'art. 88 al. 1 OACI, sont réputés frais à prendre en compte pour l'organisation d'une mesure de formation la rémunération des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant (let. a), les frais d'acquisition du matériel didactique et autre nécessaire (let. b), les primes de l'assurance-accidents professionnels et de l'assurance-chose (let. c), les frais nécessaires de logement et de repas (let. d), les frais de transport du matériel et des équipements nécessaires à la mesure de formation ainsi que les frais de voyage des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant jusqu'à l'endroit où celle-ci a lieu (let. e), ainsi que les frais nécessaires de projet, de capital investi et de locaux (let. f).
L'organisation responsable de la mesure de formation dresse un inventaire du matériel didactique et autre acheté à l'aide des contributions de l'assurance-chômage. Ce matériel ne peut être aliéné qu'avec l'accord de l'organe de compensation. Le produit de la vente correspondant à la part de la subvention versée est restitué au fonds de compensation (art. 88 al. 2 OACI).
5. L'objet principal du litige consiste à déterminer si la demanderesse a droit à des subventions complémentaires pour les sessions de cours données entre 2006 et 2008, ayant fait l'objet de la mesure relative au marché du travail.
5.1 La demanderesse et le défendeur 1 ont conclu, le 30 novembre 2005, un accord de prestations pour le développement et la mise à disposition - pour l'année 2006 - de mesures de marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle de type « formation », lequel a été remplacé par un accord similaire conclu le 20 novembre 2006, valable dès le 1er janvier 2007 et renouvelé pour l'année 2008.
5.2 La demanderesse prétend d'abord au paiement par le défendeur 1 d'un montant de 1'432'258.80 francs avec intérêts. Elle estime cette somme due en contrepartie des sessions de cours organisées entre 2006 et 2008 sur la base des accords de prestations passés avec le défendeur 1. Elle soutient qu'en 2007, le défendeur 1 n'a pas payé la totalité de ses factures, de sorte qu'il reste redevable d'un montant de 765'324 francs, et qu'en 2008, le défendeur 1 ne s'est acquitté d'aucune des factures que lui a envoyé la demanderesse. Il reste donc redevable d'un montant de 1'203'985 francs pour l'année 2008, duquel il faut toutefois déduire la somme de 537'050.20 francs versée le 26 octobre 2009.
5.3 Le défendeur 1 soutient qu'en 2006, le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation des mesures relatives au marché du travail s'élevait à 1'175'238.55 francs, que les subventions versées se montaient à 1'804'821 francs et que la demanderesse avait donc perçu indûment un montant de 629'582.45 francs qu'elle devait restituer. En 2007, le défendeur 1 soutient que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation des mesures relatives au marché du travail s'élevait à 1'059'398 francs et que les subventions versées se montaient à 832'288 francs. Par conséquent, il a compensé le solde encore dû à la demanderesse - à savoir 227'110 francs - par la somme de 629'582.45 francs dont le remboursement avait été demandé, portant la somme encore due par la demanderesse à 402'472.45 francs. En 2008, le défendeur 1 souligne que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation des mesures s'élevait à 939'522.65 francs. Il a compensé le solde de 402'472.45 francs encore dû par la demanderesse, de sorte que la somme encore due à la demanderesse pour l'exercice 2008 s'élevait à 537'050.20 francs. Ce montant lui ayant été versé le 26 octobre 2009, le défendeur 1 estime ne plus être le débiteur de la demanderesse.
6. Les subventions aux organisateurs de mesures collectives du marché du travail sont des prestations versées pour compenser les charges financières découlant de l'exécution d'une tâche confiée à l'organisateur par la Confédération ou par un canton auquel la Confédération a délégué la tâche correspondante. Lorsqu'elles reposent sur un accord de prestations, comme c'est le cas en l'espèce, leur versement repose sur un fondement contractuel.
6.1 La responsabilité pour inexécution d'un contrat de droit administratif est régie par application analogique des art. 97 ss CO (cf. arrêt du TF 2C_1101/2016 du 24 juillet 2007 consid. 3.3 ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2011, no 1021 ; Jacques Dubey/Jean-Baptiste Zufferey, Droit administratif général, 2014, no 1125), ce qui suppose la réunion de quatre conditions cumulatives : une violation d'une obligation contractuelle, une faute, un dommage et une relation de causalité (naturelle et adéquate) entre la violation fautive de l'obligation contractuelle et le dommage survenu. Il appartient au demandeur d'apporter la preuve des faits permettant de constater que chacune de ces conditions est remplie (art. 8 CC), sauf pour la faute qui est présumée (art. 97 al. 1 CO).
6.2 Dans un premier grief, la demanderesse rappelle qu'elle organise des mesures relatives au marché du travail pour le compte du défendeur 1 depuis 1994. Elle fait valoir que, jusqu'en 2006, les montants budgétés et facturés ont toujours été payés intégralement par le défendeur 1. Ce n'est qu'à partir de 2007 que le défendeur 1 aurait modifié unilatéralement sa pratique en ne payant que partiellement, voire pas du tout, les montants budgétés et facturés par la demanderesse. Même si elle ne le formule pas explicitement, la demanderesse se prévaut, dans un certain sens, de l'existence de droits acquis.
Le défendeur 1 rappelle que, jusqu'en 2002, les paiements intervenaient sur la base d'une facturation individuelle. Ce n'est qu'en 2003 qu'un système de paiement d'acomptes par session a été mis en place. La demanderesse a alors facturé des acomptes pour des sessions de cours et le paiement de ces acomptes était garanti. Ces facturations ont, en 2005, été contrôlées par le SECO et ne correspondaient pas entièrement aux conditions fixées par les directives financières et par la loi, notamment en raison du caractère non-subventionnable de certains frais réclamés par la demanderesse. Suite à cela, les parties ont conclu un nouvel accord de prestations le 30 novembre 2005, lequel est entré en vigueur le 1er janvier 2006 et faisait passer la demanderesse d'un régime où elle se voyait garantir le paiement des acomptes à un régime où le caractère attesté et nécessaire des frais engagés allait être concrètement vérifié et où sa marge bénéficiaire serait limitée.
6.3 Le principe pacta sunt servanda s'applique aux contrats de droit public (cf. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd. 2016, no 1366 ; Erika Diane Frey, Der Leistungsvertrag und dessen Anwendung auf dem Gebiet des Straf- und Massnahmenvollzugs, 2019, p. 217). Ainsi, un contrat de droit public, à l'instar de tout contrat, a pour objectif de lier durablement les parties et d'exclure une renonciation unilatérale à certaines prestations. La réglementation choisie ne devrait ainsi pas pouvoir être modifiée par un changement législatif (cf. ATF 103 Ia 31 consid. 2c). En ce sens, le contrat de droit public engendre des droits acquis (cf. ATF 122 I 328 consid. 7a ; Häfelin/Müller/Uhlmann, op. cit., no 1315). Ce n'est que dans des circonstances exceptionnelles qu'un contrat valablement conclu peut-être modifié contre la volonté d'une partie (Häfelin/Müller/Uhlmann, op. cit., no 1366).
6.4 En l'occurrence, les changements intervenus en 2003, puis en 2006, dans le système de facturation des prestations effectuées par la demanderesse résultent de la conclusion de nouveaux accords de prestations entre la demanderesse et le défendeur 1 et non pas d'un changement législatif. Au surplus, la demanderesse ne formule aucun grief quant à un éventuel vice de son consentement. Il suit de là qu'on ne saisit pas en quoi la demanderesse pourrait se prévaloir d'un quelconque droit acquis sur la base des accords de prestations antérieurs à l'accord du 30 novembre 2005.
Point n'est donc besoin d'examiner plus en détail le système de facturation des prestations de la demanderesse en vigueur jusqu'en 2005 dès lors qu'il n'a aucune influence sur les obligations du défendeur 1 découlant des accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006.
7. Il y a ainsi lieu de s'intéresser au mécanisme contractuel prévu par les parties pour la rémunération des prestations de la demanderesse dans l'accord du 30 novembre 2005 et dans l'accord du 20 novembre 2006.
7.1 Le défendeur 1 a interprété les clauses contractuelles en ce sens que les budgets établis en début d'année constituaient uniquement un montant prévisionnel et que les factures établies par la demanderesse et les versements opérés en cours d'année ne constituaient que des acomptes à faire valoir sur le décompte final établi en fin d'année, dès lors que seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure pouvaient faire l'objet d'une subvention.
La demanderesse conteste cette interprétation. En substance, elle soutient que les budgets établis en début d'année faisaient l'objet d'un accord et que le paiement de ce montant était garanti, sous réserve que le nombre de participants minimum soit atteint et de la commande de sessions de cours supplémentaires, ce qui aurait - évidemment - majoré la somme due.
7.2 En tant que la demanderesse conteste avoir voulu que seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure fassent l'objet d'une subvention, il y a lieu déterminer si un tel système de subventionnement peut être déduit de la volonté des parties.
7.2.1 A titre liminaire, il convient, comme pour toute disposition contractuelle, de déterminer la volonté des parties. Le juge doit recourir en premier lieu à l'interprétation subjective, c'est-à-dire qu'il doit rechercher la réelle et commune intention des parties, le cas échéant empiriquement sur la base d'indices, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la véritable nature de la convention (art. 18 CO ; cf. ATF 133 III 675 consid. 3.3, 132 III 268 consid. 2.3.2, 132 III 626 consid. 3.1 et 131 III 606 consid. 4.1). Ce n'est que si le juge ne parvient pas à déterminer cette volonté réelle des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (cf. ATF 131 III 280 consid. 3.1) - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves (cf. arrêt du TF 5A_198/2008 du 26 septembre 2008 consid. 4.1) - qu'il doit recourir à l'interprétation objective, à savoir rechercher la volonté objective des parties, en déterminant le sens que chacune d'elles pouvait et devait, d'après les règles de la bonne foi, raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (principe de la confiance) (cf. ATF 133 III 675 consid. 3.3, 132 III 268 consid. 2.3.2 et 132 III 626 consid. 3.1). Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (cf. ATF 133 III 675 consid. 3.3, 130 III 417 consid. 3.2, 129 III 118 consid. 2.5 et 128 III 419 consid. 2.2). En présence d'une ambiguïté du contrat, le juge l'interprète donc telle que les parties l'auraient raisonnablement fait si elles avaient reconnu l'ambiguïté (cf. Frey, op. cit., p. 217). Ainsi, les contrats de droit public doivent être interprétés à la lumière de l'intérêt public que le contrat est censé servir. De même, le principe de la légalité exige que le texte du contrat soit interprété également de manière conforme à la loi (cf. ATF 139 V 82 consid. 3.1.2, 135 V 237 consid. 3.6, 122 I 328 consid. 4e ; Häfelin/Müller/Uhlmann, op. cit., n° 1343).
7.2.2 En l'espèce, il ressort du dossier qu'à la suite du contrôle opéré par le SECO en 2005, le défendeur 1 a approché la demanderesse en vue de modifier l'accord de prestations afin de tenir compte de ce que seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure pouvaient faire l'objet d'une subvention. En revanche, la demanderesse a, dès réception du rapport du SECO, contesté celui-ci et rappelé, en substance qu'elle pouvait réaliser un bénéfice et que les frais engagés en 2005 pouvaient faire l'objet d'une subvention. Les parties ont, à la suite de cela, engagé des discussions, notamment orales, ayant abouti à la conclusion, le 30 novembre 2005 d'un nouvel accord de prestations et à l'établissement d'une annexe mentionnant le détail des cours commandés par la demanderesse et un prix par session ou par participant. Il suit de là que la volonté réelle des parties quant au sort des montants figurant dans cette annexe ne peut être déterminée avec certitude.
7.2.3 Il y a donc lieu de rechercher la volonté objective des parties, en présentant d'abord le contenu des accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006.
7.2.3.1 L'accord de prestations du 30 novembre 2005, en vigueur du 1er janvier au 31 décembre 2006, prévoyait notamment que le défendeur 1 planifiait avec la demanderesse des sessions de cours dont il précisait la quantité dans une annexe et la qualité attendue dans des descriptifs de cours. A cet effet, le défendeur 1 octroyait à la demanderesse une subvention, laquelle lui permettait de financer « les frais effectifs indispensables » à l'organisation et à l'animation des sessions planifiées (article 4). L'accord du 20 novembre 2006, valable dès le 1er janvier 2007, est formulé de manière similaire.
7.2.3.2 Le financement était prévu comme suit : le défendeur 1 se prononçait sur les demandes de subvention concernant les mesures de marché du travail et les mesures d'insertion professionnelle. Il garantissait à la demanderesse le financement « des frais subventionnables, au sens de l'article 18 de l'accord », pour l'organisation des sessions planifiées, sous réserve que le nombre minimum de participants fixé par le descriptif du cours soit atteint au jour de référence (article 7 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006).
7.2.3.3 Le « montant maximum » de la subvention relative aux mesures planifiées était fixé dans l'annexe à l'accord. Sans accord écrit préalable du défendeur 1, aucun frais supplémentaire, même subventionnable au sens de l'article 18 de l'accord, ne serait pris en charge (article 17 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006).
7.2.3.4 Les prestations financières versées par les autorités fédérales et cantonales devaient être affectées exclusivement à la formation et à l'encadrement des demandeurs d'emploi définis à l'article 6 de l'accord. Le défendeur 1 remboursait à la demanderesse « les frais attestés indispensables à l'organisation de la mesure ». Etaient réputés frais indispensables à l'organisation de la mesure au sens de l'art. 88 al. 1 OACI : la rémunération des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant, les frais d'acquisition des équipements et du matériel didactique, les primes de l'assurance-accidents professionnels et de l'assurance-chose, les frais nécessaires de logement et de repas, les frais de transport du matériel et des équipements nécessaires à la mesure de formation, ainsi que les frais de voyage des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant jusqu'à l'endroit où celle-ci a lieu, les frais nécessaires de projet et de capital investi, ainsi que les locaux (article 18 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006).
7.2.3.5 L'article 20 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 réglait les modalités de la facturation pour les cours collectifs et individuels et prévoyait que, à la clôture de l'exercice comptable, mais au plus tard le 31 mai de l'année suivante, la demanderesse devait remettre au défendeur 1 un décompte des frais effectivement engagés, accompagné du rapport de l'organe de révision et du rapport d'activité et que le défendeur 1 pouvait exiger toute pièce permettant de justifier les frais engagés.
7.2.3.6 Enfin, l'article 21 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 prévoyait que si, à la clôture de l'exercice comptable, il s'avérait que les frais effectivement engagés et indispensables à l'organisation de la mesure au sens de l'art. 88 al. 1 OACI étaient inférieurs aux montants versés par le défendeur 1, le solde était restitué au fonds de compensation et que le défendeur 1 en réclamerait le remboursement. S'il s'avérait, après examen du décompte remis conformément à l'article 20, que la demanderesse avait perçu des subventions de façon indue, le défendeur 1 en réclamerait le remboursement.
7.2.4 Ceci étant, il s'agit à ce stade de rechercher ce que les parties ont objectivement voulu en prévoyant notamment que le défendeur 1 « garantissait » à la demanderesse le financement des frais subventionnables pour l'organisation des sessions planifiées, que « le montant maximum de la subvention relative aux sessions planifiées » était fixé dans l'annexe à l'accord de prestations et que, sans accord écrit du défendeur 1, aucun frais supplémentaire, même subventionnable, ne serait pris en charge.
Selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, la notion de « frais subventionnables » de l'article 7 et la notion de « subvention » de l'article 17 peuvent être comprises comme étant des synonymes. Il peut ainsi être retenu que les « prix par session » et les « prix par participant » indiqués dans les annexes aux deux accords de prestations constituaient en réalité le montant maximum des frais subventionnables pour la session de cours ou le participant correspondant. L'obligation pour la demanderesse d'obtenir l'accord écrit du défendeur 1 en cas de dépassement de ce montant maximum va dans ce sens.
7.2.5 Il s'agit ensuite de déterminer ce que les parties ont voulu inclure dans la notion de frais subventionnables.
S'agissant des articles 4 et 18 des accords de prestation, ils prévoient l'engagement pour le défendeur 1 de verser une subvention permettant à la demanderesse de financer « les frais effectifs indispensables » à l'organisation des mesures effectivement réalisées (article 4) et de rembourser à la demanderesse « les frais attestés et indispensables » au sens de l'art. 88 al. 1 OACI (article 18).
Il y a lieu de relever que la formulation, quoique différente entre l'article 4 et l'article 18, couvre en réalité la même notion et prévoit donc deux conditions au versement de la subvention.
D'une part, la subvention ne couvre que les frais « attestés » ou « effectifs » engagés pour l'organisation de la mesure, ce qui exclut, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, la prise en charge de frais forfaitaires ou de frais non justifiés. La notion de « frais attestés » ou de « frais effectifs » est alors identique. Cette conclusion est renforcée par l'obligation de la demanderesse de remettre au défendeur 1 les pièces justificatives des frais engagés pour l'organisation des sessions de cours faisant l'objet de la mesure.
D'autre part, la subvention ne porte que sur les frais « indispensables » à l'organisation de la mesure. Il suit de là que le défendeur 1 ne peut verser que ce qui est « nécessaire », excluant notamment la réalisation par la demanderesse d'un bénéfice sur l'organisation de la mesure. Une telle interprétation est renforcée par l'obligation de la demanderesse de restituer le solde, lorsque les frais effectivement engagés et indispensables à l'organisation de la mesure sont inférieurs au montant versé par le défendeur 1. Elle est au surplus conforme à la loi et plus précisément à l'art. 88 al. 1 OACI et à l'intérêt public poursuivi par le défendeur 1 dans l'accomplissement des tâches que lui a confiées la Confédération, contrairement à l'interprétation faite par la demanderesse, laquelle ne vise - au final - que son seul intérêt privé.
7.2.6 En résumé, il y a lieu de retenir que les montants indiqués dans les annexes aux accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 constituent uniquement le plafond des frais subventionnables durant l'exercice concerné. Ils ne constituent pas un prix fixe, dû à la demanderesse, quel que soient les frais effectivement engagés et nécessaires pour l'organisation de la mesure.
7.3 Sur le vu de ce qui précède, les factures établies par la demanderesse et les montants versés par le défendeur 1 en cours d'exercice ne pouvaient constituer que des acomptes à faire valoir sur le décompte final réalisé en fin d'exercice.
Contrairement à ce que soutient la demanderesse, une interprétation objective des accords de prestations du 30 novembre 2006 et du 20 novembre 2005 conduit donc le tribunal à retenir que le montant des subventions n'était pas fixé par session de cours, mais uniquement calculé a posteriori en fonction des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure.
8. Reste à déterminer si les frais allégués par la demanderesse à l'appui de ses prétentions sont attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure.
8.1 L'article 18 des accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 renvoie, à cet effet, principalement à l'art. 62 aLACI - lequel a été abrogé le 19 mars 2010 et remplacé par l'art. 59cbis LACI - et à l'art. 88 al.1 OACI. Dans ce contexte, les parties ont également précisé dans des directives financières - lesquelles font parties intégralement de leurs accords - ce qu'elles entendaient par frais nécessaires à l'organisation de la mesure.
8.2 La demanderesse rappelle que, sous l'angle de l'art. 62 al. 2 let. b aLACI, en vigueur du 1er janvier 1983 au 30 juin 2003, l'octroi de subventions à titre de participation aux frais d'organisation de mesures relatives au marché du travail de type « formation » était soumis à la condition que l'organisateur de la mesure ne poursuive pas un but lucratif. Cette exigence ne figurant après la révision de la loi sur l'assurance-chômage entrée en vigueur le 1er juillet 2003, la demanderesse en tire la conséquence qu'elle aurait le droit de réaliser un bénéfice sur l'organisation de la mesure, de sorte que la notion de frais indispensables devrait être interprétée largement.
Le défendeur 1 conteste cette interprétation. Il rappelle que seuls les frais nécessaires à l'organisation de la mesure - lesquels sont énumérés à l'art. 88 al. 1 OACI, qui lui n'a pas été modifié - peuvent faire l'objet d'une subvention.
8.3 Il y a ainsi lieu de déterminer si la notion de frais attestés et nécessaires permet à l'organisateur de la mesure de réaliser ou non un bénéfice.
A cet effet, force est de constater que les directives financières convenues entre les parties ne traitent pas de la question. Il sied donc d'interpréter les dispositions légales auxquelles renvoient principalement les parties.
8.3.1 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique ; cf. ATF 135 II 416 consid. 2.2 et 134 I 184 consid. 5.1). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme. Il ne s'écarte de la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (cf. ATF 143 II 202 consid. 8.5, 142 II 80 consid. 4.1, 140 II 289 consid. 3.2 et 139 II 49 consid. 5.3.1).
8.3.2 Il y a lieu de relever, à l'instar de la demanderesse, que la phrase « [i]l ne doit pas avoir de but lucratif » a été supprimée de l'al. 2 let. b de l'art. 61 aLACI, dans sa version du 1er juillet 2003. Le Conseil fédéral justifie cette suppression par le fait que « cette exigence ne [pouvait] jamais être remplie. En effet, les grandes organisations proposant des cours, les entreprises d'entraînement et leurs animateurs de cours vivent de ces mesures. Les salaires qu'ils touchent pour faire ce travail constituent leur revenu principal » (cf. message du 28 février 2001 concernant la révision de la loi sur l'assurance-chômage, FF 2001 2123, p. 2167), ce qui tend à soutenir la thèse de la demanderesse.
Toutefois, il ressort clairement de l'art. 62a LACI que l'assurance ne rembourse à l'organisateur que « les frais attestés indispensables » à l'organisation de la mesure.
Selon le texte de l'art. 88 OACI, en vigueur à partir du 1er janvier 2000, sont réputés frais à prendre en charge pour l'organisation d'une mesure de formation la rémunération des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant, les frais d'acquisition du matériel didactique et autre nécessaire, les primes de l'assurance-accidents professionnels et de l'assurance-chose, les frais nécessaires de logement et de repas, les frais de transport du matériel et des équipements nécessaires à la mesure de formation ainsi que les frais de voyage des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant jusqu'à l'endroit où celle-ci a lieu, et les frais nécessaires de projet, de capital investi et de locaux.
Il suit de là que, contrairement à ce qu'affirme la demanderesse, ces dispositions n'impliquent nullement l'autorisation de réaliser un bénéfice de l'organisation de mesures collectives relatives au marché du travail de type « formation », la notion de but lucratif ne devant être confondue avec celle de bénéfice. En effet, le fait que, depuis la révision de la LACI en 2003, l'organisateur de mesures relatives au marché du travail de type « formation » puisse avoir un but lucratif ne signifie pas encore qu'un bénéfice puisse être réalisé (cf. arrêt du TAF B-478/2015 du 11 novembre 2015 consid. 4.3).
8.3.3 Une interprétation historique ne conduit pas à un résultat différent. En effet, le Conseil fédéral rappelle que « [l'art. 62] al. 1 pose la base légale du remboursement aux organisateurs des frais attestés indispensables » (cf. message du 28 février 2001 concernant la révision de la loi sur l'assurance-chômage, FF 2001 2123, p. 2167).
Au surplus, depuis le 1er août 2011, le subventionnement des mesures collectives relatives au marché du travail est régi par les art. 59cbis LACI, à la suite de l'abrogation de l'art. 62 al. 1 aLACI. Ces dispositions sont identiques en substance (cf. arrêt B-478/2015 précité consid. 4.2). Dans son message du 3 septembre 2008 relatif à la modification de la loi sur l'assurance-chômage, le Conseil fédéral relève que « [c]onformément à la loi sur les subventions, l'assurance-chômage indemnise les organisateurs de [mesures relatives au marché du travail] collectives pour leurs prestations. Le nouvel art. 59cbis, al. 1 reprend la base légale de l'octroi direct de prestations aux organisateurs de [mesures relatives au marché du travail] collectives, inscrite jusqu'ici aux art. 61, 62 et 64b, al. 1. L'al. 2 inscrit dans la loi la base de financement des [mesures relatives au marché du travail] : l'assurance-chômage ne finance les mesures définies à l'art. 59, al. 1bis, que si leurs coûts sont attestés et indispensables » (cf. message du 3 septembre 2008 relatif à la modification de la loi sur l'assurance-chômage, FF 2008 7029, p. 7053).
8.3.4 La demanderesse souligne que l'art. 64 al. 1 let. a LACI limiterait l'organisation de mesures relatives au marché du travail de type « emploi » aux seules institutions à but non lucratif, ce qui signifierait à l'inverse que les mesures de type « formation » peuvent conduire l'organisateur à réaliser un bénéfice. D'un point de vue systématique, la demanderesse relève à juste titre que l'art. 64a al. 1 let. a LACI porte sur les mesures de type « emploi ». Une telle distinction avec les mesures de type « formation » ne concerne toutefois que le groupe de personnes ayant droit à des subventions. Les institutions privées à but lucratif peuvent prétendre à des subventions pour l'organisation de mesures de type « formation », mais pas pour les mesures de type « emploi » (cf. arrêt B-478/2015 précité consid. 4.4). Elle ne dit encore rien du mode de calcul des subventions.
8.3.5 La demanderesse allègue que le défendeur 1 aurait mandaté en 2009 une société australienne et aurait permis à celle-ci de réaliser un bénéfice sur l'organisation de mesures relatives au marché du travail.
Il y a lieu de relever que la situation précitée a fait l'objet, en date du 15 juin 2011, d'une interpellation de la Conseillère nationale Aubert. Cette dernière souligne que la particularité de la mesure concédée consistait à ce que la société australienne en question puisse bénéficier d'une prime si elle parvenait à placer les participants (prime proportionnelle à la durée du placement sur un espace-temps de deux à six mois). Dans sa réponse du 7 septembre 2011, le Conseil fédéral rappelle que, au vu des termes utilisés à l'article 59cbis al. 1 LACI, les sociétés à but lucratif ne sont pas exclues en tant qu'organisateurs potentiels de mesures du marché du travail. Afin de respecter le but visé par l'article 59cbis alinéa 2 LACI, il importe avant tout que la subvention versée à l'organisateur à but lucratif, n'excède pas celles versées à un partenaire associatif pour le même type de prestations. Des acteurs privés peuvent mettre en place des offres de formation taillées sur mesure ainsi qu'un suivi intensif de sans-emplois difficiles à placer. Dans ce cadre, le mandat octroyé permet à l'autorité cantonale d'étudier sur une période déterminée, une stratégie de rémunération incitative en cas de placement des sans-emplois. Au surplus, le Conseil fédéral note que, si la société ne parvient pas à placer les assurés ou en cas d'abandons de la part des participants, elle subit un malus au lieu du versement des frais restants. (cf. https://www.parlament.ch/fr/ratsbetrieb/suche-curia- vista/ geschaeft? Af fair Id= 20113570, consulté le 25 février 2020).
Il suit de là qu'une stratégie consistant à octroyer une prime en fonction du résultat n'est a priori pas illicite, le Conseil fédéral rappelant lui-même que « [si] le remboursement était uniquement fonction des frais attestés indispensables, [l'art. 62] al. 1 inciterait à maximiser le nombre de jours de cours. Afin d'orienter l'incitation sur les effets (amélioration de l'aptitude au placement) d'une mesure de formation, le taux de remboursement des frais attestés indispensables dépend en outre des résultats de la mesure » (cf. message du 28 février 2001 concernant la révision de la loi sur l'assurance-chômage, FF 2001 2123, p. 2168).
En raison du caractère potestatif de la formulation choisie, la demanderesse ne saurait toutefois en tirer un droit à une prime, ce d'autant plus que celle-ci n'était pas prévue contractuellement.
8.3.6 Il suit de là que l'organisateur de mesures relatives au marché du travail ne peut prétendre qu'au subventionnement des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure. Il ne peut en tirer un bénéfice, quand bien même il s'agirait d'une société à but lucratif. Ce n'est que dans des cas particuliers, qui relèvent de la stratégie cantonale, que le canton et l'organisateur peuvent convenir que le résultat positif ou négatif de la mesure pourra influencer sur le montant de la subvention sous la forme d'une prime ou d'un malus.
En l'espèce, il a d'ores et déjà été constaté que les accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 prévoient que seuls les frais attestés indispensables à l'organisation de la mesure au sens de l'art. 88 al. 1 OACI sont subventionnés (cf. supra consid. 7.3). Rien n'indique que le résultat de la mesure serait pris en compte dans le calcul de la subvention.
Il suit de là que la demanderesse ne peut pas non plus se prévaloir d'une qualité supposée de ses formations pour justifier le versement de subventions.
8.4 A plusieurs reprises, la demanderesse se plaint d'une violation du principe de l'égalité de traitement dans la méthode de la subvention. Elle fait valoir que d'autres instituts organisant des mesures de formation similaires n'auraient pas fait l'objet de contrôles et que l'ensemble de leurs frais engagés auraient été subventionnés, sans qu'ils aient eu à en attester le caractère nécessaire, de sorte qu'ils auraient - en réalité - réalisé un bénéfice sur l'organisation de la mesure.
8.4.1 De manière générale, un acte viole le principe de l'égalité de traitement garanti par l'art. 8 Cst., lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et lorsque ce qui est dissemblable n'est pas traité de manière différente (cf. ATF 141 I 235 consid. 7.1). Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (cf. ATF 142 I 195 consid. 6.1). Le principe de l'égalité (art. 8 Cst.) et celui de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) sont étroitement liés (cf. ATF 132 I 157 consid. 4.1). Un acte viole le principe de l'interdiction de l'arbitraire lorsqu'il ne repose pas sur des motifs sérieux et objectifs ou s'il est dépourvu de sens et de but. L'inégalité de traitement apparaît ainsi comme une forme particulière d'arbitraire, consistant à traiter de manière inégale ce qui devrait l'être de manière semblable ou inversement (cf. ATF 132 I 157 consid. 4.1 et 129 I 1 consid. 3).
Le principe de la légalité prévaut en principe sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas (cf. ATF 139 II 49 consid. 7.1). Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'autorité persévérera dans l'inobservation de la loi. Il faut encore que celle-ci n'ait pas respecté la loi selon une pratique constante, et non pas dans un ou quelques cas isolés, et qu'aucun intérêt public ou privé prépondérant n'impose de donner la préférence au respect de la légalité (cf. ATF 136 I 65 consid. 5.6).
8.4.2 En l'espèce, il ressort du dossier - et en particulier du rapport de l'expert - que, sur les six instituts évoqués par la demanderesse, cinq ont fait l'objet d'un contrôle entre 2006 et 2008 par le même organe d'audit que la demanderesse. Le défendeur 1 a, suite à ces contrôles, refusé d'admettre certaines dépenses et réduit les montants facturés par les organisateurs de mesures. Sans qu'il ne soit au demeurant nécessaire de détailler davantage, on ne saisit déjà pas en quoi le défendeur 1 aurait violé le principe de l'égalité de traitement.
Par surabondance, les amendements successifs de l'accord de prestations démontrent une volonté du défendeur 1 de se conformer aux exigences légales quant à la rémunération des mesures relatives au marché du travail. S'agissant des contrôles récurrents dont a fait l'objet la demanderesse, ils ne sont pas de nature à modifier une telle conclusion. Ils peuvent se justifier en raison de la particularité des éléments figurant dans les décomptes annuels, des doutes quant aux informations communiquées et de la réticence de la demanderesse à fournir des justifications détaillées.
Il suit de là qu'il n'y a pas lieu de traiter plus en détail ce grief.
9. Avant de s'intéresser en détail au caractère attesté et nécessaire des frais engagés par la demanderesse, il y a lieu de rappeler quelques principes procéduraux.
9.1 Selon l'art. 44 al. 1 LTAF, lorsque le Tribunal administratif statue en première instance, la procédure est régie par les art. 3 à 73 et 79 à 85 PCF. Toutefois, contrairement à ce que prévoit l'art. 3 al. 2 PCF, selon lequel le jugement ne peut se fonder sur d'autres faits que ceux allégués dans l'instance, le Tribunal administratif fédéral, en vertu de la règle spéciale de l'art. 44 al. 2 LTAF, établit les faits d'office (cf. ATAF 2013/40 consid. 2). La procédure est donc essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le juge constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens idoines. Il définit ainsi les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés. Partant, le juge n'est lié ni par les faits allégués, ni par les faits admis, ni par les moyens de preuve invoqués par les parties (cf. ATF 128 III 411 consid. 3.2.1 ; Oscar Vogel, Der Richter erforscht den Sachverhalt von Amtes wegen, in : recht 3/1985 64, p. 69 ss).
La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 19 PCF ; cf. Nadine Mayhall, in : Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, art. 2 no 32). Selon l'art. 19 PCF, les parties articulent à la fois tous leurs moyens de demande ou de défense (al. 1). L'état de fait et les moyens de preuves peuvent encore être complétés au cours de l'échange ultérieur d'écritures, s'il a lieu, et oralement pendant les débats préparatoires jusqu'au début de l'administration des preuves. Ils ne peuvent l'être subséquemment que si le retard est excusable ou si de nouveaux moyens peuvent être pris d'office (al. 2).
Ainsi, la maxime inquisitoire ne dispense pas les parties d'une collaboration active à la procédure afin d'étayer leurs propres thèses. Il leur incombe donc de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles (cf. ATF 128 III 411 consid. 3.2.1 ss). De même, selon les principes généraux tirés des règles de la bonne foi, la partie qui ne supporte pas le fardeau et la charge de la preuve doit, dans certains cas, collaborer loyalement à l'administration des preuves en fournissant tous les éléments en sa possession (cf. arrêt du TF 4A_491/2012 du 6 décembre 2012 consid. 3.2).
9.2 Les art. 42 à 65 PCF prévoient, de manière exhaustive, cinq moyens de preuves : le témoignage, la production de titres, l'inspection oculaire, l'expertise et l'interrogatoire des parties. Lorsque le juge doit être éclairé sur des circonstances de la cause qui exigent des connaissances spéciales, il se fait assister par un ou plusieurs experts. Ceux-ci participent à l'instruction de la cause dans la mesure fixée par le juge et donnent leur avis sur les questions qu'il leur soumet (art. 57 al. 1 PCF). Seules des questions de fait, à l'exclusion des questions de droit, peuvent être soumises à un expert judiciaire (cf. ATF 130 I 337 consid. 5.4.1 ; arrêt du TF 4A_288/2018 du 29 janvier 2019 consid. 4.1).
9.3 La procédure est en outre régie par le principe de la libre appréciation des preuves (art. 40 PCF). L'appréciation des preuves est libre, en ce sens qu'elle n'obéit pas à des règles de preuve légales, prescrivant à quelles conditions le juge devrait admettre que la preuve a abouti et quelle valeur probante il devrait reconnaître aux différents moyens de preuve les uns par rapport aux autres (cf. arrêt du TF 5A.12/2006 du 23 août 2006 consid. 2.3). En particulier, déterminer si une expertise est convaincante ou non sur des points précis relève alors de l'appréciation des preuves (cf. arrêt 4A_288/2018 précité consid. 4.1).
Il suit de là que le juge n'est, en principe, pas lié par le résultat d'une expertise judiciaire. S'il en apprécie librement la force probante, il ne peut toutefois s'écarter des conclusions de fait de l'expert sur des éléments relevant de sa compétence professionnelle que pour des motifs importants qui doivent être indiqués (cf. arrêt du TF 4A_501/2017 du 31 juillet 2018 consid. 2.2). Il lui appartient dès lors d'examiner, au regard des autres preuves et des observations des parties, si des objections sérieuses mettent en doute le caractère concluant de l'expertise sur des points essentiels.
Un fait est en principe tenu pour établi lorsque le juge a pu se convaincre de la véracité d'une allégation (certitude ; volle Überzeugung, certezza). Toutefois, il suffit parfois, selon la loi ou la jurisprudence, que le fait en question soit rendu vraisemblable, le degré de la preuve exigé étant celui de la vraisemblance prépondérante (überwiegende Wahrscheinlichkeit, verosimiglianza preponderante). Le juge retiendra alors, parmi plusieurs présentations des faits, celle qui lui apparaît comme la plus vraisemblable. Le Tribunal fédéral a ainsi admis que, pour établir l'existence d'un lien de causalité (naturelle, adéquate ou naturelle hypothétique), le juge était en droit de forger sa conviction sur la vraisemblance prépondérante du processus causal (voire sur la simple vraisemblance s'agissant de la causalité adéquate), dès lors que, par la nature des choses, une preuve directe ne pouvait être apportée (cf. ATF 133 III 153 consid. 3.3 et 133 III 81 consid. 4.2.2 ; Hohl, op. cit., vol. 1, p. 315 ss no 1905 ss). Le Tribunal fédéral a également admis une preuve facilitée lorsque les conditions de la règle légale constituent des faits négatifs (déterminés ou indéterminés) (cf. ATF 139 II 451 consid. 2.4 ; Hohl, op. cit., vol. 1, p. 327 s. no 1971 ss). De même, en raison du devoir de collaborer des parties, il tient compte de leur comportement, lorsque notamment, comme en l'espèce, des justificatifs ou des pièces requises n'ont pas été fournis.
9.4 Il convient encore de rappeler que la maxime inquisitoire n'a aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve. Ainsi, si la conviction du tribunal n'est pas acquise sur la base des preuves à disposition, la partie à qui incombe le fardeau de la preuve supporte les conséquences d'un échec de la preuve (cf. arrêts du TAF A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5, A-1557/2006 du 3 décembre 2009 consid. 1.6 et A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5).
9.5 Enfin, le juge ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties (art. 3 al. 2 PCF). Ainsi, la maxime de disposition revêt une grande importance dans la procédure par voie d'action devant le Tribunal administratif fédéral : l'objet du litige est uniquement défini par les conclusions des parties (cf. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, no 5.14). Le Tribunal administratif fédéral ne peut accorder à une partie ni plus, ni autre chose, que ce qui est demandé (cf. ATAF 2008/16 consid. 2.2). Dans ce cadre, il applique toutefois le droit d'office et n'est pas lié par les motifs invoqués par les parties à l'appui de leurs conclusions.
10. Dans le cadre de l'administration des preuves, la demanderesse a sollicité qu'une expertise soit ordonnée, afin de déterminer notamment si les montants facturés pour ses prestations étaient justifiés à la lumière des accords passés avec le défendeur 1 et de la loi sur l'assurance-chômage. Elle a ajouté que l'expertise devrait également examiner les conséquences économiques et le dommage subi en raison de la résiliation de l'accord de prestation. Le défendeur 1 s'étant déclaré favorable à cette requête, le tribunal a jugé nécessaire d'ordonner une telle expertise.
10.1 L'objet de l'expertise a été fixé avec l'accord des parties et portait ainsi notamment sur l'examen des comptes de la demanderesse pour les années 2006, 2007 et 2008, afin de déterminer si les montants facturés pour les cours dispensés entre 2006 et 2008 étaient justifiés au regard des contrats et de leurs annexes, en particulier sous l'angle des frais indispensables à prendre en considération et l'évaluation du dommage subi par la demanderesse, en raison de la résiliation par le défendeur 1 du contrat qui le liait à la demanderesse, et ce notamment sous l'angle des frais consécutifs à la fin de la mesure du marché du travail dont la demanderesse avait la charge. Sur cette base, le tribunal a posé, avec l'accord des parties, une série de questions à l'expert. Ce dernier a remis son rapport en date du 29 novembre 2013, après avoir entendu les parties.
10.2 Il ressort toutefois que certaines analyses de l'expert jugent déjà du bien-fondé de certaines prétentions, puisqu'il se prononce sur le caractère indispensable eu égard à l'art. 88 al. 1 OACI, de certains frais engagés par la demanderesse. De même, il admet que certains frais reposant sur des montants forfaitaires ou sur des estimations puissent faire l'objet d'une subvention, admettant par là-même le caractère attesté et nécessaire desdits frais.
Il s'agit là de questions de droit, auquel l'expert ne devait et ne pouvait pas répondre. Ces analyses doivent ainsi être écartées de l'expertise, le tribunal devant apprécier lui-même ces questions (cf. supra consid. 9.2).
11. Dans le cadre de sa demande, la demanderesse n'a pas précisé le détail des frais allégués à l'appui de ses conclusions. Il ressort toutefois du dossier que cette dernière établissait chaque année un tableau analytique à l'attention du défendeur 1, dans lequel elle répartissait ses frais dans plusieurs rubriques. Ces tableaux ont été produits dans le cadre de la présente procédure et les parties s'y sont par la suite référées à plusieurs reprises. L'expert fonde d'ailleurs son rapport en grande partie sur ces tableaux. Le tribunal reprendra donc, une à une, les différentes rubriques des tableaux analytiques utilisés par les parties. Rien ne justifie, en effet, de s'éloigner de la méthode de classification des frais employée par les parties.
Pour chacune de ces rubriques, le tribunal évaluera sur la base des justificatifs remis par la demanderesse dans le cadre du contrôle de ses comptes, des pièces produites dans le cadre de la présente procédure et du résultat de l'administration des preuves, en particulier de l'examen effectué par l'expert, si les frais allégués et/ou retenus dans chaque rubrique sont bien attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure, conformément aux principes convenus entre les parties et prévus par la loi.
11.1 Il y a lieu de s'intéresser, dans un premier temps, à l'exercice 2006.
- Rubrique A1 (salaires de directions) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant au salaire de X._______. A ce stade, il y a lieu de tenir compte uniquement dans la rubrique A1 de son salaire net effectif ([...] francs), tel qu'il ressort des déclarations AVS remises à l'expert. Les charges sociales totales seront comptabilisées dans la rubrique correspondante.
- Rubrique A2 (salaires enseignants et externes) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs. Elle tient compte toutefois dans cette rubrique des honoraires d'intervenants externes. A ce stade, il n'y a pas lieu d'en tenir compte. Au surplus, il y a lieu de relever que les déclarations AVS remises à l'expert font état d'un montant de [...] francs correspondant aux salaires nets et aux frais forfaitaires de la direction, des employés et du personnel auxiliaire. Il y a lieu de déduire de ce montant le salaire net de X._______ ([...] francs), dont il a été tenu compte ci-dessus, et d'un montant de [...] francs de frais forfaitaires, dans la mesure où il ne s'agit pas de frais effectifs. Il suit de là que le montant des frais attestés et nécessaires attribués à la rubrique A2 s'élève à [...] francs.
- Rubrique A3 (salaires administratifs) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique A4 (charges sociales effectives) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant aux charges sociales effectives. Le défendeur 1 arrive quant à lui à un montant de [...] francs. A cet effet, il peut être constaté que le total des charges sociales (salarié et employeur) pour la direction, les employés et le personnel auxiliaire s'élève à [...] francs selon les déclarations AVS remises à l'expert. Ce montant comprend notamment des primes d'assurances selon l'art. 339b CO de [...] francs. Les indemnités à raison de longs rapports de travail ne constituent toutefois pas des frais d'encadrement nécessaires à l'organisation de la mesure, de sorte que les primes d'assurances y relatives non plus. Il suit de là que le montant des frais attestés et nécessaires attribués à la rubrique A4 s'élève à [...] francs.
- Rubrique A5 (intervenants externes) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant à [...] heures à [...] francs.
Il ressort du dossier que l'ensemble de ces prestations ont été réalisées par M._______ Formation Conseils SA.
La demanderesse soutient qu'elle constitue une société indépendante juridiquement de M._______ Formation Conseils SA et que le défendeur 1 n'a pas à contrôler les frais engagés par M._______ Formation Conseils SA, celle-ci n'étant pas contractuellement liée au défendeur 1 et pouvant, de ce fait, réaliser un bénéfice sur les prestations effectuées pour le compte de la demanderesse.
En principe, la demanderesse et M._______ Formation Conseils SA peuvent certes se prévaloir de leur indépendance juridique. Toutefois, le voile social entre deux entités peut être levé et leur identité économique invoquée lorsque le fait d'opposer l'indépendance juridique constitue un abus de droit (art. 2 CC ; cf. ATF 132 III 489 consid. 3.2). Il existe notamment une confusion lorsqu'extérieurement, l'identité d'une société ne peut plus être distinguée de celle de l'autre, en d'autres termes lorsqu'une apparence d'unité est créée par des signes extérieurs tels que des raisons sociales identiques ou très semblables, des sièges sociaux, des locaux, des organes, du personnel ou des coordonnées téléphoniques identiques (cf. ATF 137 III 550 consid. 2.3.2). De même, selon le principe de la transparence déduit de l'art. 2 CC, on ne peut pas s'en tenir sans réserve à l'existence formelle de deux personnes juridiquement distinctes lorsque tout l'actif ou la quasi-totalité de l'actif d'une société anonyme appartient soit directement, soit par personnes interposées, à une même personne, physique ou morale ; malgré la dualité de personnes à la forme, il n'existe pas des entités indépendantes, la société étant un simple instrument dans la main de son auteur, lequel, économiquement, ne fait qu'un avec elle. On doit dès lors admettre, à certains égards, que, conformément à la réalité économique, il y a identité de personnes et que les rapports de droit liant la première lient également la seconde. Ce sera le cas chaque fois que le fait d'invoquer la dualité des sujets constitue un abus de droit ou a pour effet une atteinte manifeste à des intérêts légitimes. Ainsi, l'indépendance juridique ne peut pas être invoquée dans un but qui ne mérite pas la protection de la loi, comme par exemple pour éluder un contrat, une prohibition de concurrence ou encore contourner une interdiction (ATF 132 III 489 consid. 3.2 et 112 II 503 consid. 3b).
En l'occurrence, il ressort du dossier que X._______ est le seul actionnaire et administrateur de la demanderesse et de M._______ Formation Conseils SA. Les deux sociétés ont leur siège au même endroit et présentent une raison sociale similaire, le sigle MFC dans la raison sociale « MFC 2000 SA » de la demanderesse étant la contraction de M._______ Formation Conseils. Tant la demanderesse que le défendeur 1 appellent d'ailleurs cette dernière par ladite abréviation dans toutes leurs écritures, de sorte qu'il n'est pas toujours aisé de savoir si elles se réfèrent à M._______ Formation Conseils SA ou à la demanderesse lorsqu'elles parlent de MFC.
Au surplus, la demanderesse estime n'avoir d'autres choix que de recourir à M._______ Formation Conseils SA dans la mesure où l'enveloppe budgétaire pour l'organisation de la mesure n'était plus garantie et seuls les cours effectivement organisés étaient facturés. Elle devait donc pouvoir recourir à des intervenants externes pour pallier les divers cours supprimés ou organisés en plus selon le nombre de participants inscrits. Il ressort toutefois du dossier qu'en 2007, 90 % du chiffre d'affaires réalisé par M._______ Formation Conseils SA a été réalisé par le biais des cours organisés dans le cadre de la mesure litigieuse. Celle-ci employant majoritairement des salariés. Il ressort aussi du dossier que certains salariés sont passés d'une année à l'autre de la demanderesse à M._______ Formation Conseils SA, renforçant le sentiment de confusion entre les deux sociétés. On peine en effet à saisir en l'espèce en quoi le transfert d'un employé d'une société à l'autre aurait impliqué un changement dans le cahier des tâches de ses employés, un changement de supérieur hiérarchique ou de lieu de travail.
De plus, le défendeur 1 a sollicité à plusieurs reprises d'avoir accès aux pièces comptables de M._______ Formation Conseils SA, ce que la demanderesse a partiellement refusé, invoquant l'indépendance juridique de M._______ Formation Conseils SA et son droit de réaliser un bénéfice sur les prestations effectuées.
Sur le vu de ce qui précède, il ne fait aucun doute que l'intention principale de X._______ derrière ces opérations n'était autre que celle de réaliser un bénéfice dans le cadre de la mesure. Son argumentation le démontre (cf. supra consid. en fait F.d, I et N.g). Compte tenu du contrôle effectué en 2005 et des amendements subséquents à leurs accords, il ne pouvait ignorer que la demanderesse ne pouvait réaliser un bénéfice et que seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure seraient subventionnés. Partant, il a mis en place un mécanisme visant à contourner cette interdiction, confiant un nombre important de cours à M._______ Formation Conseils SA et transférant certains employés de la demanderesse à cette dernière.
Une telle façon de faire ne correspond manifestement pas à la notion d'intervenants externes telle qu'elle ressort objectivement des accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006. Le procédé utilisé par la demanderesse constitue ainsi un abus de droit au sens de l'art. 2 CC, de sorte qu'il y a lieu de confondre les deux sociétés et de n'admettre les frais engagés par M._______ Formation Conseils SA que s'ils sont attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure relative au marché du travail.
En l'espèce, il ressort du dossier que la comptabilité de M._______ Formation Conseils SA fait état de salaires bruts totaux de [...] francs, dont celui versé à X._______ d'un montant de [...] francs, de frais forfaitaires de [...] francs et d'honoraires d'intervenants externes de [...] francs.
De même, il ressort des déclarations AVS remises à l'expert que le taux de charges sociales (part employeur) des employés de M._______ Formation Conseils SA est d'environ 15 %.
Il y a donc lieu de tenir compte des salaires bruts totaux, à l'exception du salaire de X._______ - l'équivalent d'un poste à 100 % ayant déjà été comptabilisé pour lui dans le cadre de la rubrique A1 -, ce qui représente un montant de [...] francs. De même, il y a lieu de tenir compte des charges sociales (part employeur) payées sur ce montant, au taux de 15 %, soit [...] francs, ainsi que des honoraires des intervenants externes - lesquels sont cette fois bien indépendants -, ce qui représente un total de [...] francs. Les frais forfaitaires, dès lors qu'il ne s'agit pas de frais effectifs, n'ont pas à être retenus.
Il y a lieu de rappeler qu'en 2007, seuls 90 % du chiffre d'affaires réalisé par M._______ Formation Conseils SA a été réalisé sur la base des prestations confiées par la demanderesse. A défaut de chiffres remis par la demanderesse, le tribunal part du principe que ce taux de 90 % vaut aussi pour l'exercice 2006. Il peut ainsi être admis, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, que seuls 90 % des frais engagés par M._______ Formation Conseils SA ont été nécessaires à l'organisation de la mesure. Il suit de là qu'il y a lieu de réduire proportionnellement le montant des frais retenus dans la rubrique A5. Celui-ci se monte ainsi à [...] francs (90 % de [...] francs).
- Rubrique A6 (formation continue) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de formation continue à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique A7 (frais de déplacement) :
Il ressort de l'expertise que seuls des frais de déplacement à hauteur de [...] francs sont justifiés. Dès lors que seuls les frais effectifs peuvent être pris en compte, la facturation par M._______ Formation Conseils SA d'un forfait de [...] francs ne peut pas être prise en compte.
- Rubrique A8 (frais de repas) :
Il ressort de l'expertise que la somme de [...] francs allégués par la demanderesse correspond à la facturation par M._______ Formation Conseils SA d'un forfait de [...] francs et de dépenses effectives de [...] francs pour l'inscription d'un nouvel organe de révision au registre du commerce. Seules les dépenses effectives pouvant être prises en compte, il n'y a pas lieu de tenir compte du forfait. Quant aux frais d'inscription au registre du commerce, ils n'ont pas leur place dans cette rubrique et seront pris en compte ailleurs. Aucuns frais de repas ne peuvent donc être reconnus.
- Rubrique A9 (frais de représentation) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de représentation à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure, ce que les parties ne contestent pas.
- Rubrique A10 (autres frais de personnel) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique B1 à B3 (locaux) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de loyers et charges, d'électricité et d'entretien des locaux à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C1 (téléphone, fax, internet) :
La demanderesse a produit des justificatifs pour un montant de [...] francs. Il ressort de l'expertise qu'un montant de [...] francs correspond à l'utilisation du téléphone mobile à l'étranger. Il ressort des directives financières, lesquelles font intégralement partie de l'accord, que les frais de téléphone à l'étranger ne font pas partie des frais subventionnables. Il n'y a donc pas lieu d'en tenir compte. Au surplus, la demanderesse admet qu'un montant de [...] francs correspond à une utilisation privée du téléphone mobile. Il suit de là qu'il y a lieu de déduire seulement ce montant des frais nécessaires à l'organisation de la mesure. Il suit de là que le montant des frais attestés et nécessaires attribués à la rubrique C1 s'élève à [...] francs.
- Rubrique C2 (frais de port) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de port à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C3 (fournitures de bureau) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de matériel de bureau à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C4 (supports de cours) :
La demanderesse a produit une facture de [...] francs de M._______ Formation Conseils SA correspondant à la réalisation de [...] supports de cours à [...] francs. Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs, soit un montant de [...] francs par support de cours. Il rappelle à cet effet que le travail intellectuel effectué dans ce cadre a déjà été rémunéré et que seul le matériel nécessaire à la production desdits supports peut être subventionné.
En l'espèce, il ressort du dossier que les supports de cours ont été réalisés par X._______ ainsi qu'un autre employé de M._______ Formation Conseils SA. Le tribunal a déjà tenu compte des salaires de X._______ et de l'employé de M._______ Formation Conseils SA. Les prestations rémunérées sur la base de ces salaires incluent manifestement l'activité intellectuelle nécessaire à la production de supports de cours dès lors que l'entier des salaires a été pris en compte et pas uniquement la part afférente aux heures de cours données. Il y a ainsi lieu de tenir compte dans le cadre de cette rubrique uniquement du matériel utilisé pour la production des supports de cours. A cet effet, l'expert met en avant l'existence de frais de toner, d'imprimante, de papiers et d'autres petits matériels et estime le montant des frais à [...] francs par support de cours. En l'état, la demanderesse n'a toutefois pas produit de justificatifs pour les frais de matériels effectifs, au-delà du montant de [...] francs retenu par le défendeur 1. Il suit de là qu'il n'y a pas lieu de s'en écarter.
- Rubrique C5 (examens) :
La demanderesse a produit une facture de [...] francs de M._______ Formation Conseils SA correspondant à la préparation, au temps d'examen, aux corrections et à la remise des attestations de réussite. Le défendeur 1 estime que le travail intellectuel effectué dans ce cadre a déjà été rémunéré avec la prise en charge des salaires des employés concernés et que seuls les frais effectifs supplémentaires, par exemple de certification, peuvent être admis dans le cadre de cette rubrique.
Le tribunal a déjà tenu compte des salaires des employés de M._______ Formation Conseils SA. Les prestations rémunérées sur la base de ces salaires incluent manifestement l'activité intellectuelle nécessaire à la préparation, au temps d'examen, aux corrections et aux remises des attestations de réussite dès lors que l'entier des salaires a été pris en compte et pas uniquement la part afférente aux heures de cours données.
Au surplus, la demanderesse a produit des justificatifs d'un montant de [...] francs correspondant à l'octroi d'attestations Microsoft. Il y a lieu de retenir que ces frais sont nécessaires, dès lors que l'objectif de la mesure est de former les bénéficiaires et de valoriser cette formation par une certification.
- Rubrique C6 (certification) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de certification à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure, dès lors que le défendeur 1 exige de la demanderesse qu'elle soit certifiée.
- Rubrique C7 (assurances) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme primes d'assurances à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure, ce que les parties ne contestent pas.
- Rubrique C8 (frais de projet) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse pour cette rubrique.
- Rubrique C9 (honoraires de tiers) :
La demanderesse n'a pas contesté la reprise de [...] francs effectuée par le défendeur 1, dès lors qu'il s'agit effectivement de frais non-nécessaires à l'organisation de la mesure, liés au redressement fiscal dont a fait l'objet la demanderesse. Le défendeur 1 a en revanche reconnu un montant de [...] francs pour les prestations de l'organe de révision liées au contrôle annuel des comptes de la demanderesse. Il s'agit de frais indispensables, ce que les parties ne contestent pas.
- Rubrique C10 (amortissements) :
La demanderesse fait d'abord valoir un amortissement de [...] francs en raison du transfert, pour la somme d'un franc, de matériel et de programmes informatiques à M._______ Formation Conseils SA. Il ressort du dossier que, au moment du transfert, le matériel et les programmes informatiques présentaient une valeur d'usage résiduelle. Le transfert pour un montant d'un franc a ainsi conduit au transfert à M._______ Formation Conseils SA de réserves latentes résultant de l'amortissement immédiat des investissements opérés par la demanderesse. Ledit amortissement n'est donc pas nécessaire à l'organisation de la mesure et ne peut dès lors pas être pris en compte dans les frais subventionnables.
Au surplus, la demanderesse fait valoir un amortissement de [...] francs sur le mobilier utilisé dans le cadre de l'organisation des cours. Force est d'admettre qu'un tel amortissement est nécessaire à l'organisation de la mesure et doit, par conséquent, être pris en compte dans les frais subventionnables.
- Rubrique C11 (leasings) :
La demanderesse prétend à des frais de [...] francs en raison du contrat de leasing portant sur du matériel et des programmes informatiques. Ledit contrat porte toutefois sur un loyer de [...] francs. Il y a ainsi lieu de réduire le montant admis en conséquence.
- Rubrique C12 (frais informatiques) :
La demanderesse prétend à des frais de [...] francs en raison d'un contrat de maintenance informatique. Elle produit toutefois des justificatifs pour un montant de [...] francs. Il y a ainsi lieu de réduire le montant admis en conséquence.
- Rubrique C13 (frais de véhicules) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse pour cette rubrique.
- Rubrique C14 (secrétariat et services administratifs) :
La demanderesse a produit une facture de [...] francs de M._______ Formation Conseils SA correspondant à divers travaux administratifs et de secrétariat. Le défendeur 1 estime que le travail intellectuel effectué dans ce cadre a déjà été rémunéré.
Le tribunal a déjà tenu compte des salaires des employés de M._______ Formation Conseils SA. Les prestations rémunérées sur la base de ces salaires incluent manifestement l'activité intellectuelle nécessaire à des travaux de secrétariat et de nature administrative. Les frais engagés par la demanderesse à ce titre ne sont dès lors pas nécessaires à l'organisation de la mesure litigieuse.
- Rubrique C15 (honoraires du conseil d'administration) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs pour la rémunération du mandat d'administrateur de X._______, au motif qu'il s'agit d'une exigence légale et qu'elle ne peut se passer d'un administrateur. Le défendeur 1 estime que le travail intellectuel effectué dans ce cadre a déjà été rémunéré, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'en tenir compte.
En l'espèce, il ressort du dossier que X._______ est l'actionnaire et administrateur unique de la demanderesse et de M._______ Formation Conseils SA. A cet effet, il perçoit un salaire de directeur, tant de la part de la demanderesse que de M._______ Formation Conseils SA. On ne saisit pas en quoi un montant supplémentaire de [...] francs serait nécessaire pour financer l'activité intellectuelle déployée par X._______.
- Rubrique C16 (impôts) :
La demanderesse fait valoir une somme de [...] francs à titre d'impôts, en majeure partie sur le bénéfice, dus en raison d'une reprise d'impôts effectuée par l'administration fiscale.
A cet effet, il y a lieu de rappeler que la demanderesse ne peut réaliser un bénéfice sur les prestations versées par le défendeur 1, de sorte qu'aucun impôt sur le bénéfice ne doit être pris en compte. Il serait en tout état de cause exclu qu'un tel impôt puisse faire l'objet d'une subvention fédérale.
Au surplus, le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme impôt sur le capital à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il n'y a donc pas lieu de s'éloigner de ce montant.
- Rubrique C17 (charges financières) :
La demanderesse fait valoir une somme de [...] francs en lien notamment avec la gestion, l'administration et le placement de titres. Ces charges ne sont manifestement pas indispensables à l'organisation de la mesure litigieuse, de sorte qu'elles ne doivent pas être prises en compte.
- Rubrique C18 (autres charges) :
La demanderesse a enfin produit un justificatif pour une facture de [...] francs relative à l'inscription d'un nouvel organe de révision au registre du commerce, qu'elle a comptabilisé dans la rubrique consacrée aux frais de repas. Dès lors que la demanderesse a l'obligation de faire contrôler ces comptes, l'inscription d'un nouvel organe de révision au registre du commerce s'inscrit dans le cadre des frais nécessaires à l'organisation de la mesure, de sorte qu'il y a lieu d'en tenir compte.
- Rubrique E (recettes) :
La demanderesse fait état d'un montant de [...] francs correspondant aux subventions reçues. Il ressort du dossier que cette somme inclut un montant de [...] francs, lequel correspond à des prestations effectuées en 2005 dont il n'y a pas lieu de tenir compte dans l'exercice 2006. De même, l'analyse de la comptabilité de la demanderesse fait état de la constitution avant le 31 décembre 2004 d'une provision de [...] francs pour risques. Celle-ci a été partiellement dissoute au profit du compte de résultat de l'exercice 2005 pour un montant de [...] francs et au profit du compte de résultat de l'exercice 2006 pour un montant de [...] francs. Le solde de [...] francs a été viré aux capitaux propres (bénéfice reporté) au 31 décembre 2006, sans passer par le compte de résultat, en raison d'une reprise fiscale. Ainsi, la dissolution de la provision en 2006 a amélioré le résultat de l'exercice 2006 de [...] francs. Ce montant a été inclu par la demanderesse dans le montant des subventions reçues de [...] francs. Il n'y avait toutefois pas lieu d'en tenir compte. Il suit de là que le montant des subventions perçues par la demanderesse pour les prestations effectuées en 2006 s'élève à 1'804'821 francs.
Au surplus, la demanderesse fait état de recettes d'un montant de [...] francs, composées d'intérêts créanciers sur les comptes bancaires, les dépôts loyers et le compte-courant actionnaire. Il n'y a pas lieu de tenir compte de ces recettes.
- Résultat :
Sur le vu de ce qui précède, le tableau analytique de l'exercice 2006 se présente comme suit :
[...]
Résultat 2006
E
Recettes
1'804'821.00
A
Encadrement
-754'048.35
B
Locaux
-132'423.85
C
Charges d'exploitation
-250'378.20
Total
667'970.60
Il suit de là que le défendeur 1 a versé à la demanderesse des subventions indues d'un montant de 667'970.60 francs en raison de frais non attestés et/ou non-nécessaires à l'organisation de la mesure.
La question de la restitution de ce montant et de sa compensation sera examinée ultérieurement.
11.2 Il y a maintenant lieu de s'intéresser à l'exercice 2007.
- Rubrique A1 (salaires de directions) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant au salaire de X._______. Il ressort toutefois des déclarations AVS remises à l'expert que son salaire net s'élève à [...] francs. Les charges sociales totales seront comptabilisées dans la rubrique correspondante.
- Rubrique A2 (salaires enseignants et externes) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs. Les déclarations AVS remises à l'expert font toutefois état d'un montant de [...] francs correspondant aux salaires nets et aux frais forfaitaires de la direction, des employés et du personnel auxiliaire. Il y a lieu de déduire de ce montant le salaire net de X._______ ([...] francs) et un montant de [...] francs correspondant aux frais forfaitaires, et ce, pour les mêmes raisons qu'en 2006. Il suit de là que le montant des frais attestés et nécessaires attribués à la rubrique A2 s'élève à [...] francs.
- Rubrique A3 (salaires administratifs) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique A4 (charges sociales effectives) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant aux charges sociales effectives. Le défendeur 1 arrive quant à lui à un montant de [...] francs. Selon les déclarations AVS remises à l'expert, le total des charges sociales (salarié et employeur) pour la direction, les employés et le personnel auxiliaire s'élève à [...] francs. Ce montant comprend notamment des primes d'assurances selon l'art. 339b CO de [...] francs. Pour les mêmes raisons qu'en 2006, il n'y a pas lieu d'en tenir compte. Il suit de là que le montant des frais attestés et nécessaires attribués à la rubrique A4 s'élève à [...] francs.
- Rubrique A5 (intervenants externes) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs, correspondant à [...] heures à [...] francs. Il ressort du dossier que l'ensemble de ces prestations a été réalisé par M._______ Formation Conseils SA.
Pour rappel, en raison de la confusion entre la demanderesse et M._______ Formation Conseils SA (levée du voile social ; cf. supra consid. 11.1 ad rubrique A5), il y a lieu de tenir compte uniquement des frais engagés par M._______ Formation Conseils SA, en tant qu'ils sont attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure relative au marché du travail.
En l'occurrence, la comptabilité de M._______ Formation Conseils SA fait état de salaires bruts totaux de [...] francs, dont celui versé à X._______ d'un montant de [...] francs, de frais forfaitaires de 500 francs et d'honoraires d'intervenants externes de [...] francs. De même, il ressort des déclarations AVS remises à l'expert que le taux de charges sociales (part employeur) des employés de M._______ Formation Conseils SA est d'environ 15 %.
Il y a lieu de tenir compte des salaires bruts totaux, à l'exception de celui de X._______, soit un montant de [...] francs, des charges sociales (part employeur) payées sur ce montant (taux de 15 %), soit [...] francs, ainsi que des honoraires des intervenants externes, ce qui représente un total de [...] francs. Il ressort toutefois du dossier qu'en 2007, seul 90 % du chiffre d'affaires de M._______ Formation Conseils SA a été réalisé avec la demanderesse. Il suit de là qu'il y a lieu de réduire proportionnellement le montant des frais retenus dans la rubrique A5. Celui-ci se monte ainsi à [...] francs (90 % de [...] francs).
- Rubrique A6 (salaires intérimaires) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs pour le salaire du personnel auxiliaire. Ce montant ayant déjà été pris en compte dans la rubrique A2, il n'y a pas lieu d'en tenir compte une nouvelle fois.
- Rubrique A7 (formation continue) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de formation continue à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique A8 (frais de déplacement) :
La demanderesse a produit une facture de [...] francs de M._______ Formation Conseils SA correspondant à un forfait prévu pour ses frais de déplacement. Dès lors que seuls les frais effectifs peuvent être pris en compte, il y a lieu d'écarter cette facture.
- Rubrique A9 (frais de repas) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique A10 (frais de représentation) :
La demanderesse fait état de frais de représentation d'un montant de [...] francs. Il ressort toutefois de l'expertise que seul un montant de [...] francs a pu être justifié par la demanderesse. Partant, il y a lieu de tenir compte uniquement de celui-ci.
- Rubrique A11 (autres frais de personnel) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique B1 (loyers y.c. charges) :
La demanderesse fait état de frais de loyers et de charges à hauteur de [...] francs. Il ressort toutefois de l'analyse de la comptabilité de la demanderesse que celle-ci a constitué une provision de [...] francs pour risque de loyers, à charge du compte de résultat de l'exercice 2007. Cette provision a été dissoute au profit du résultat de l'exercice 2009. Elle a par conséquent pénalisé le résultat de l'exercice 2007 et amélioré celui de l'exercice 2009. Cette provision a été enregistrée à double dans la rubrique loyers du tableau analytique de l'exercice 2007. Il y a lieu de corriger cette erreur et de retenir un montant de [...] francs pour la rubrique B1.
- Rubrique B2 (électricité) :
La demanderesse fait état d'un montant de [...] francs pour ses frais d'électricité. Il ressort toutefois de l'analyse de ses comptes qu'une facture de [...] francs a été comptabilisée deux fois. Il y a lieu de corriger cette erreur et de retenir un montant de [...] francs pour la rubrique B2.
- Rubrique B3 (entretien des locaux) :
La demanderesse fait état de frais d'entretien des locaux de [...] francs. Le défendeur 1 n'a reconnu qu'un montant de [...] francs sur la base des justificatifs remis par la demanderesse. Cette dernière a toutefois produit les justificatifs manquants dans le cadre de la présente procédure. Il s'agit de frais indispensables à l'organisation de la mesure, de sorte qu'ils doivent être pris en compte.
- Rubrique C1 (téléphone, fax, internet) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de téléphone, fax et internet à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C2 (frais de port) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de port à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C3 (fournitures de bureau) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de matériel de bureau à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C4 (supports de cours) :
La demanderesse a produit une facture de [...] francs de M._______ Formation Conseils SA correspondant à un forfait pour la réalisation de supports de cours. Le défendeur 1 a reconnu un montant total de [...] francs, correspondant à un forfait de [...] francs pour la production des supports de cours et à une somme de [...] francs pour le matériel utilisé dans ce cadre.
En l'occurrence, il ressort du dossier que M._______ Formation Conseils SA a réalisé un total de [...] supports de cours durant l'exercice 2007. De plus, la réalisation de ces supports a été confiée exclusivement à X._______ ainsi qu'à d'autres employés de la société. Le tribunal a déjà tenu compte des salaires de X._______ et des employés de M._______ Formation Conseils SA. Les prestations rémunérées sur la base de ces salaires incluant l'activité intellectuelle nécessaire à la production des supports de cours, il n'y a pas lieu d'en tenir compte une deuxième fois à ce stade. Il suit de là que le montant forfaitaire de [...] francs retenu par le défendeur 1, en plus de ne pas être attesté, n'est pas nécessaire à l'organisation de la mesure. Au surplus, à l'instar de l'exercice 2006, il y a lieu de se limiter au montant de [...] francs reconnu par le défendeur 1 pour les frais de matériel utilisé dans la production des supports de cours.
- Rubrique C5 (examens) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant, d'une part, à la facturation par M._______ Formation Conseils SA du temps nécessaire à la préparation, à la tenue et aux corrections des examens, ainsi qu'à la remise des attestations de réussite, et d'autre part, aux certifications Microsoft.
A l'instar de l'exercice 2006, il y a lieu de retenir que les frais correspondant à la préparation, à la tenue et aux corrections des examens, ainsi qu'à la remise des attestations de réussite ont déjà été pris en compte dans les salaires versés respectivement par la demanderesse et M._______ Formation Conseils SA. Il suit de là qu'il n'y a pas lieu d'en tenir compte.
La demanderesse a produit des justificatifs d'un montant de [...] francs correspondant aux certifications Microsoft. Il y a lieu de tenir compte de ce montant.
- Rubrique C6 (certification) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique C7 (assurances) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme primes d'assurances à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure, ce que les parties ne contestent pas.
- Rubrique C8 (frais de projet) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique C9 (honoraires de tiers) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs pour les prestations effectuées par l'organe de révision de la demanderesse, à la suite de la remise de justificatifs par cette dernière. Il s'agit de frais indispensables à l'organisation de la mesure, ce que les parties ne contestent pas.
- Rubrique C10 (amortissements) :
La demanderesse n'a procédé à aucun amortissement pour l'exercice 2007.
- Rubrique C11 (leasings) :
La demanderesse prétend à des frais de [...] francs en raison du contrat de leasing portant sur du matériel et des programmes informatiques. Ledit contrat porte toutefois sur un loyer de [...] francs. Il y a ainsi lieu de réduire le montant admis en conséquence.
- Rubrique C12 (frais informatiques) :
La demanderesse prétend à des frais de [...] francs en raison d'un contrat de maintenance informatique. Ledit contrat porte toutefois sur une rémunération de [...] francs. Il y a ainsi lieu de réduire le montant admis en conséquence.
- Rubrique C13 (frais de véhicules) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique C14 (secrétariat et services administratifs) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant à la facturation par M._______ Formation Conseils SA de divers travaux administratifs et de secrétariat.
Il y a lieu de retenir, comme pour l'exercice 2006, que les prestations rémunérées par les salaires - dont le tribunal a déjà tenu compte -incluent notamment l'activité intellectuelle nécessaire à des travaux de secrétariat et de nature administrative. Il suit de là que les frais engagés par la demanderesse à ce titre ne sont dès lors pas nécessaires à l'organisation de la mesure litigieuse.
- Rubrique C15 (honoraires du conseil d'administration) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs pour la rémunération du mandat d'administrateur de X._______, au motif qu'il s'agit d'une exigence légale et qu'elle ne peut se passer d'un administrateur. Le défendeur 1 estime, dans sa duplique, que le travail intellectuel effectué dans ce cadre a déjà été rémunéré, de sorte que c'est à tort qu'il a tenu compte de ce montant préalablement.
Au même titre que pour l'exercice 2006, on ne saisit pas en quoi ce montant serait nécessaire pour l'activité déployée par X._______. Le fait que le défendeur 1 ait invoqué ce motif au stade de la duplique ne change rien.
- Rubrique C16 (impôts) :
La demanderesse fait valoir une somme de [...] à titre d'impôts, en majeure partie sur le bénéfice.
Il y a lieu de ne retenir qu'un montant de [...] francs correspondant à l'impôt sur le capital.
- Rubrique C17 (charges financières) :
La demanderesse fait valoir une somme de [...] francs en lien notamment avec la gestion, l'administration et le placement de titres. Ces charges ne sont manifestement pas indispensables à l'organisation de la mesure litigieuse, de sorte qu'elles ne doivent pas être prises en compte.
- Rubrique E (recettes) :
La demanderesse fait état d'un montant de [...] francs correspondant aux subventions reçues. Il ressort du dossier que ce montant n'inclut pas une somme de [...] francs liée à un ajustement effectué dans le tableau analytique annexé à la décision du 25 mai 2009. Compte tenu des principes procéduraux applicables, il y a lieu de tenir compte des subventions effectivement versées d'un montant total de 834'988 francs.
- Résultat :
Sur le vu de ce qui précède, le tableau analytique de l'exercice 2007 se présente comme suit :
[...]
Résultat 2007
E
Recettes
834'988.00
A
Encadrement
-696'816.64
B
Locaux
-123'160.25
C
Charges d'exploitation
-220'109.60
Total
-205'098.49
Il suit de là que, en tenant compte de ce que des subventions à hauteur de 834'988 francs ont déjà été versées par le défendeur 1, la demanderesse pouvait prétendre encore à des frais subventionnables d'un montant de 205'098.49 francs.
La question de la compensation de ce montant sera examinée ultérieurement.
11.3 Il y a enfin lieu de s'intéresser à l'exercice 2008
- Rubrique A1 (salaires de directions) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant au salaire de X._______. Il ressort toutefois des déclarations AVS remises à l'expert que son salaire net s'élève à [...] francs. Il y a lieu de tenir compte de ce montant.
- Rubrique A2 (salaires enseignants et externes) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs. Il ressort toutefois des déclarations AVS remises à l'expert un montant de [...] francs correspondant aux salaires nets, aux frais forfaitaires, ainsi qu'à une provision pour licenciement.
Il y a lieu de déduire de ce montant, dans un premier temps, le salaire net de X._______ ([...] francs) et les frais forfaitaires de [...] francs pour les mêmes raisons qu'avancées précédemment. Dans un second temps, il y a lieu d'écarter la provision de [...] francs constituée par la demanderesse à charge des comptes « salaires employés » et « salaires direction », dès lors que ces montants ont été extournés sur l'exercice suivant en couverture des charges 2009 et qu'ils ne peuvent donc être retenus pour l'exercice 2008. Il suit de là qu'il y a lieu de retenir un montant de [...] francs pour la rubrique A2.
- Rubrique A3 (salaires administratifs) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique A4 (charges sociales effectives) :
La demanderesse fait état d'un montant de [...] francs. Le défendeur 1 reconnaît, quant à lui, un montant de [...] francs. Il y a lieu de relever que, selon le rapport de l'expert, le total des charges sociales effectives (part employeur et salarié) s'élève à [...] francs. Cette somme comprend toutefois une provision de [...] francs pour les charges sociales à verser sur la provision pour licenciement de [...] francs constituée à charge des comptes « salaires employés » et « salaires direction ». Pour les raisons exposées ci-dessus, il n'y a pas lieu de tenir compte de la provision de [...] francs. Un montant de [...] francs peut ainsi être retenu dans la rubrique A4.
- Rubrique A5 (intervenants externes) :
A l'instar de l'exercice 2006 et 2007, il y a lieu de tenir compte des frais engagés par M._______ Formation Conseils SA, en tant qu'ils sont attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure. Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs pour les prestations effectuées par cette dernière sur la base des justificatifs remis par la demanderesse.
Il ressort toutefois de la comptabilité de M._______ Formation Conseils SA l'existence de salaires bruts totaux d'un montant de [...] francs, dont celui versé à X._______ de [...] francs et d'honoraires d'intervenants externes de [...] francs. De même, il ressort de l'expertise que le taux de charges sociales (part employeur) des employés de M._______ Formation Conseils SA était d'environ 15 %.
Il y a lieu de tenir compte des salaires bruts, à l'exception de celui de X._______, soit un montant de [...] francs, des charges sociales (part employeur) payées sur ce montant (taux de 15 %), soit [...] francs, ainsi que des honoraires des intervenants externes, ce qui représente un total de [...] francs.
Il ressort toutefois du dossier qu'en 2007, seul 90 % du chiffre d'affaires de M._______ Formation Conseils SA a été réalisé avec la demanderesse. Dans la mesure où la demanderesse n'a pas fourni d'informations plus précises, il peut être retenu que ce taux était identique en 2008. Ainsi, il y a lieu de réduire proportionnellement le montant des frais retenus dans la rubrique, lequel se monte donc à [...] francs (90 % de [...] francs).
- Rubrique A6 (formation continue) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de formation continue à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique A7 (frais de déplacement) :
La demanderesse a produit une facture de [...] francs de M._______ Formation Conseils SA correspondant à un forfait prévu pour ses frais de déplacement. Dès lors que seuls les frais effectifs peuvent être pris en compte, il y a lieu d'écarter cette facture.
Au surplus, la demanderesse a produit des justificatifs correspondants à des frais de déplacement effectifs de [...] francs. Il s'agit de frais indispensables à l'organisation de la mesure, ce que les parties ne contestent pas.
- Rubrique A8 (frais de repas) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique A9 (frais de représentation) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique A10 (autres frais de personnel) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme autres frais de personnel sur la base des justificatifs remis par la demanderesse. Il n'y a pas lieu de les remettre en cause.
- Rubrique B1 à B3 (locaux) :
Se fondant sur les justificatifs remis par la demanderesse, le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs correspondant aux loyers, aux charges, aux frais d'électricité et aux frais d'entretien des locaux. Il s'agit manifestement de frais nécessaires à l'organisation de la mesure.
- Rubrique C1 (téléphone, fax, internet) :
La demanderesse a produit des justificatifs pour un montant de [...] francs. Il ressort toutefois de l'expertise qu'un montant de [...] francs correspond à l'utilisation du téléphone mobile à l'étranger. Il ressort des directives financières, lesquelles font intégralement partie de l'accord, que les frais de téléphone à l'étranger ne font pas partie des frais subventionnables. Il n'y a donc pas lieu d'en tenir compte. Le montant de frais pouvant être retenus dans la rubrique C1 s'élève à [...] francs.
- Rubrique C2 (frais de port) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de port à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C3 (fournitures de bureau) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme frais de matériel de bureau à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit en outre de frais indispensables à l'organisation de la mesure ; les parties ne le contestent pas.
- Rubrique C4 (supports de cours) :
La demanderesse fait état d'un montant de [...] francs correspondant à la facturation par M._______ Formation Conseils SA de [...] supports de cours à [...] francs. Considérant que le travail intellectuel avait déjà été rémunéré, le défendeur 1 a retenu uniquement un montant de [...] francs pour le matériel nécessaire à la réalisation des supports, sur la base des éléments remis par la demanderesse.
En l'occurrence, le tribunal a déjà tenu compte des salaires des employés de X._______ et de M._______ Formation Conseils SA. Les prestations rémunérées sur la base de ces salaires incluant l'activité intellectuelle nécessaire à la production des supports de cours, il n'y a pas lieu d'en tenir compte une deuxième fois à ce stade. Au surplus, la demanderesse n'a produit des justificatifs que pour un montant de [...] francs s'agissant des frais de matériels nécessaires à la réalisation des supports de cours. Il suit de là que seul ce montant peut être reconnu.
- Rubrique C5 (examens) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant aux frais d'examen. Elle ne produit toutefois aucun justificatif, de sorte qu'il n'y a pas lieu de tenir compte de ce montant.
- Rubrique C6 (certification) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique C7 (assurances) :
Le défendeur 1 a reconnu un montant de [...] francs comme primes d'assurances à la suite de la remise de justificatifs par la demanderesse. Il s'agit de frais indispensables à l'organisation de la mesure, ce que les parties ne contestent pas.
- Rubrique C8 (frais de projet) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique C9 (honoraires de tiers) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs correspondant notamment aux honoraires de son mandataire s'agissant de la présente procédure. De tels frais ne sont manifestement pas nécessaires à l'organisation de la mesure de sorte qu'ils ne peuvent être pris en compte.
Le défendeur 1 n'a ainsi reconnu qu'un montant de [...] francs pour les prestations effectuées par l'organe de révision de la demanderesse sur la base des éléments fournis. Il s'agit de frais indispensables à l'organisation de la mesure. Personne ne le conteste.
Au surplus, la demanderesse produit une facture d'un montant de [...] francs correspondant à des honoraires d'avocat liés à un litige avec un ancien employé. Il y a lieu de reconnaître qu'il s'agit de frais nécessaires à l'organisation de la mesure, le défendeur 1 ne le conteste pas. Un montant total de [...] francs peut ainsi être reconnu dans la rubrique C9.
- Rubrique C10 (amortissements) :
La demanderesse n'a procédé à aucun amortissement pour l'exercice 2007.
- Rubrique C11 (leasings) :
La demanderesse prétend à des frais de [...] francs en raison du contrat de leasing portant sur du matériel et des programmes informatiques. Ledit contrat porte toutefois sur un loyer de [...] francs. Il y a ainsi lieu de réduire le montant admis en conséquence.
- Rubrique C12 (frais informatiques) :
La demanderesse prétend à des frais de [...] francs en raison d'un contrat de maintenance informatique. Ledit contrat porte toutefois sur une rémunération de [...] francs. Il y a ainsi lieu de réduire le montant admis en conséquence.
- Rubrique C13 (frais de véhicules) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique C14 (secrétariat et services administratifs) :
Aucuns frais n'ont été engagés par la demanderesse dans cette rubrique.
- Rubrique C15 (honoraires du conseil d'administration) :
La demanderesse fait valoir un montant de [...] francs pour la rémunération du mandat d'administrateur de X._______, au motif qu'il s'agit d'une exigence légale et qu'elle ne peut se passer d'un administrateur. Le défendeur 1 estime que le travail intellectuel effectué dans ce cadre a déjà été rémunéré, de sorte que c'est à tort qu'il a tenu compte de ce montant préalablement.
Au même titre que pour les exercices précédents, on ne saisit pas en quoi ce montant serait nécessaire pour l'activité déployée par X._______. Le fait que son mandat d'administrateur découle d'une exigence légale ne dit encore rien de son éventuel subventionnement dans le cadre de l'organisation de mesures relatives au marché du travail.
- Rubrique C16 (impôts) :
La demanderesse fait valoir une somme de [...] francs à titre d'impôts, en partie sur le bénéfice.
Il y a lieu de ne retenir qu'un montant de [...] francs correspondant à l'impôt sur le capital.
- Rubrique C17 (charges financières) :
La demanderesse fait valoir une somme de [...] francs en lien notamment avec la gestion, l'administration et le placement de titres. Ces charges ne sont manifestement pas indispensables à l'organisation de la mesure litigieuse, de sorte qu'elles ne doivent pas être prises en compte.
- Rubrique E (recettes) :
La demanderesse fait état de subventions reçues d'un montant de [...] francs et de produits sur titres d'un montant de [...] francs. Elle tient toutefois compte, dans cette rubrique, de charges exceptionnelles de [...] francs en raison d'un produit de [...] francs se rapportant à la dissolution de la provision pour frais de développement et d'une charge de [...] francs correspondant à une part de la constitution de la provision pour licenciement.
En l'espèce, il y a lieu de ne pas tenir compte des produits sur titres, dès lors que ceux-ci n'ont pas vocation à financer la réalisation de la mesure litigieuse. Il en va de même du produit exceptionnel se rapportant à la dissolution de la provision pour frais de développement. Enfin, le tribunal a d'ores et déjà examiné pourquoi il y avait lieu d'écarter les provisions pour licenciement. Seules les subventions effectivement reçues peuvent être prises en compte dans le cadre de cette rubrique.
Le montant des subventions indiqué par les parties ne tient pas encore compte de la somme de 537'050.20 francs versée par le défendeur 1 le 27 octobre 2009. Intervenant après le contrôle des comptes de la demanderesse, effectué par le défendeur 1, ladite somme couvre en partie les frais engagés par la demanderesse pour l'année 2008 et doit donc être comptabilisée à ce stade. Partant, le montant des recettes de la demanderesse pour l'exercice 2008 s'élève à 546'575.20 francs.
- Résultat :
Sur le vu de ce qui précède, le tableau analytique de l'exercice 2008 se présente comme suit :
[...]
Résultat 2008
E
Recettes
546'575.20
A
Encadrement
-746'533.34
B
Locaux
- 101'523.00
C
Charges d'exploitation
- 175'810.96
Total
-477'292.10
Il suit de là que, compte tenu de la somme de 546'575.20 francs déjà versée par le défendeur 1, la demanderesse pouvait prétendre encore, pour l'exercice 2008, à des frais subventionnables d'un montant de 477'292.10 francs. La question de la compensation de ce montant sera examinée ultérieurement.
12. La demanderesse se plaint d'une violation de l'art. 30 al. 2 de la loi fédérale sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions, LSu, RS 616.1). Elle soutient que le défendeur 1 ne pouvait valablement exiger la restitution des subventions versées à tort en 2006, dès lors qu'elle aurait pris des mesures qui ne sauraient être annulées sans entraîner des pertes financières difficilement supportables. Elle rappelle que, dans tous les cas, la prétention en restitution était prescrite, de sorte que le défendeur 1 ne pouvait valablement compenser le solde dû pour l'exercice 2007 et pour l'exercice 2008 par le montant des subventions versées à tort.
12.1 Il s'agit de déterminer quel régime juridique - légal ou contractuel - s'applique à la restitution des subventions versées à tort en 2006 et si le défendeur 1 devait - comme l'affirme la demanderesse - renoncer à l'exiger au motif que la demanderesse aurait pris des mesures qui ne sauraient être annulées sans entraîner des pertes financières difficilement supportables.
12.1.1 Les contributions versées aux organisateurs de mesures relatives au marché du travail sont des prestations destinées à atténuer ou à compenser les charges financières découlant de l'accomplissement d'une tâche de droit public déléguée par la Confédération ou par un canton auquel la Confédération a délégué cette tâche. Elles constituent ainsi une indemnité au sens de l'art. 3 al. 2 let. b de la loi fédérale sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions, LSu, RS 616.1) (cf. arrêts du TAF B-8031/2015 du 4 novembre 2019 consid. 2.1 et B-4581/2010 du 11 octobre 2011 consid. 2).
L'autorité compétente révoque la décision ouvrant le droit à l'aide ou à l'indemnité lorsque la prestation a été allouée indûment en violation de dispositions légales ou sur la base d'un état de fait inexact ou incomplet (art. 30 al. 1 LSu). Elle renonce à la révocation si l'allocataire a pris, au vu de la décision, des mesures qui ne sauraient être annulées sans entraîner des pertes financières difficilement supportables, s'il apparaît qu'il lui était difficile de déceler la violation du droit et si la présentation inexacte ou incomplète des faits n'est pas imputable à l'allocataire (art. 30 al. 2 LSu). Cette disposition s'applique par analogie aux contrats portant sur une aide ou une indemnité. Au lieu de révoquer une décision, l'autorité compétente résilie le contrat (art. 31 LSu). Le droit au remboursement d'aides ou d'indemnités se prescrit par trois ans - un an sous l'ancien droit de la prescription - à compter du jour où l'autorité de décision ou l'autorité partie au contrat a eu connaissance de ce droit, mais au plus tard par dix ans à compter du jour où il a pris naissance (art. 32 al. 2 LSu). L'autorité peut résilier le contrat au sens de l'art. 31 LSu par le biais d'une décision (cf. arrêt B-8031/2015 précité consid. 2.3) ou par le biais d'une manifestation de volonté expresse soumise à réception, dans le délai de prescription applicable.
Lorsqu'elle révoque la décision ou résilie le contrat, l'autorité exige la restitution des prestations déjà versées (art. 30 al. 3 LSu). Ainsi, l'art. 30 al. 2 LSu ne fait qu'énoncer les conditions dans lesquelles l'autorité peut renoncer à la révocation d'une décision ou à la résiliation du contrat. La restitution des prestations déjà versées n'étant que la conséquence de cette révocation ou résiliation.
12.1.2 En l'occurrence, force est de constater que l'accord de prestations du 30 novembre 2005 n'a pas été résilié, mais a simplement pris fin le 31 décembre 2006, lorsqu'il a été remplacé par l'accord de prestations du 20 novembre 2006, valable dès le 1er janvier 2007.
On ne saisit pas en quoi le défendeur 1 aurait violé l'art. 30 al. 2 LSu, dite disposition ne faisant qu'énoncer les conditions dans lesquelles l'autorité peut renoncer à la révocation d'une décision ou à la résiliation du contrat. Un tel acte n'ayant, de toute évidence, pas eu lieu.
Il importe ainsi peu que la demanderesse ait pris ou non des mesures qui ne sauraient être annulées sans entraîner des pertes financières, difficilement supportables.
12.2 Il convient donc d'examiner si, et dans quelles conditions, le défendeur 1 a droit à la restitution des indemnités qu'il a versées dans le cadre de ce contrat valable, mais qui ont été induites par des frais facturés par la demanderesse qui se sont révélés n'être ni attestés ni nécessaires à l'organisation de la mesure et qui ne pouvaient dès lors pas être subventionnés.
12.2.1 Force est de constater que la loi sur les subventions ne contient pas de dispositions à ce sujet (cf. arrêt B-8031/2015 précité consid. 2.4).
La restitution de paiements effectués dans le cadre d'une relation contractuelle qui s'avèrent par la suite erronés ne trouve pas toujours son fondement dans une obligation contractuelle. Elle peut également découler d'un acte illicite ou des règles sur l'enrichissement illégitime. En effet, celui qui, sans aucune réserve dans l'exécution du contrat, paie plus que le montant contractuellement prévu ne peut en réclamer la restitution que sur la base des règles sur l'enrichissement illégitime (cf. ATF 137 III 243 consid. 4.4.1 et 133 III 356 consid. 3.2.1). La situation est différente lorsque le contrat prévoit des acomptes et réserve un règlement final ultérieur, avec une obligation de remboursement (cf. ATF 126 III 119 consid. 3).
Il s'agit donc de vérifier si les paiements effectués par le défendeur 1 reposaient sur une obligation contractuelle et si c'est également en vertu d'une obligation contractuelle qu'il peut prétendre à leur restitution.
12.2.2 L'art. 20 de l'accord de prestations du 30 novembre 2005 précise que « [p]our les cours collectifs, l'institut facture au [s]ervice de l'emploi les sessions effectivement organisées, sur la base du prix par session défini dans l'annexe à l'accord de prestations [...]. Les sessions de cours sont payées par le [s]ervice de l'emploi après déduction de la participation RI ». Au surplus, le tribunal est déjà parvenu à la conclusion que les montants facturés par la demanderesse en cours d'exercice ne constituaient que des acomptes (cf. supra consid. 7.3). Il suit de là que le paiement des factures adressées par la demanderesse en 2006 repose bel et bien sur une obligation contractuelle.
L'art. 21 de l'accord de prestations du 30 novembre 2005 précise, quant à lui, que « [à] la clôture de l'exercice comptable, s'il s'avère que les frais effectivement engagés et indispensables à l'organisation de la mesure, au sens de l'article 88 alinéa 1 OACI, sont inférieures aux montants versés par le [s]ervice de l'emploi, le solde est restitué au fonds de compensation. Le [s]ervice de l'emploi réclame, par voie de décision, le remboursement de l'excédent de la subvention » (al. 1) et que « [...] s'il s'avère, après examen du décompte remis conformément à l'article 20 du présent accord, que l'institut a perçu des subventions de façon indue, le [s]ervice de l'emploi en réclame, par voie de décision, le remboursement » (al. 2).
Il y a ainsi lieu de retenir que l'obligation pour la demanderesse de restituer les subventions qui dépasseraient le montant des frais déclarés dans le rapport remis au défendeur 1 ou qui ne s'avéreraient pas attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure après examen dudit rapport repose, elle aussi, sur un fondement contractuel. L'emploi de l'expression « par voie de décision » ne change rien au principe dès lors qu'il ne s'agissait que de l'indication d'un moyen par lequel le remboursement serait demandé.
12.2.3 En l'espèce, il ressort du dossier qu'en 2006, toutes les factures établies par la demanderesse ont été payées, conformément à l'art. 20 de l'accord de prestations du 30 novembre 2005 ; la demanderesse ne le conteste pas. De même, rien n'indique que le défendeur ait versé, sans réserve, un montant supérieur au montant des factures établies par la demanderesse. Au surplus, la demanderesse a remis au défendeur 1 son rapport de révision pour l'exercice 2006 en date du 23 mai 2007. Le défendeur 1 a alors sollicité un organe d'audit le 14 juin 2007, lequel a remis son rapport le 25 septembre 2007. En date du 19 décembre 2008, le défendeur 1 a constaté, dans une décision, que la demanderesse avait perçu des subventions indues d'un montant de 629'582.45 francs et l'a informée que ce montant devait être restitué.
Ce faisant, les parties ont agi selon ce qu'elles avaient convenu dans l'accord de prestations du 30 novembre 2005. Elles ont ainsi agi, l'une comme l'autre, en exécution de leurs obligations contractuelles.
12.2.4 Il suit de là que la restitution des paiements effectués par le défendeur 1 dans le cadre de l'accord de prestations du 30 novembre 2005 et qui se sont avérés par la suite erronés repose bien sur une obligation contractuelle. La prétention en restitution se prescrit donc par dix ans selon l'art. 127 CO.
12.3 Il s'agit donc de vérifier si le défendeur 1 pouvait valablement compenser sa prétention en restitution des subventions versées à tort en 2006 par le solde dû à la demanderesse pour les exercices 2007 et 2008.
12.3.1 Lorsque deux personnes sont débitrices l'une envers l'autre de sommes d'argent, chacune des parties peut compenser sa dette avec sa créance, si les deux dettes sont exigibles (art. 120 al. 1 CO). Pour qu'il y ait compensation, la loi exige donc un rapport de réciprocité entre deux personnes, qui sont chacune titulaires d'une prétention contre l'autre. La compensation éteint alors les deux dettes qui sont opposées, à concurrence de celle qui est la plus faible en valeur (cf. ATF 134 III 643 consid. 5.5.1). La créance compensante doit être exigible pour être invoquée à titre d'exception de compensation. Ainsi, le débiteur peut compenser sa dette uniquement avec une créance dont il est en droit de réclamer le paiement (cf. Nicolas Jeandin, Commentaire romand CO I, 2e éd. 2012, art. 120 CO no 8). En d'autres termes, la créance compensante doit nécessairement pouvoir être déduite en justice, ce qui présuppose que l'exercice du droit ne soit pas paralysé par telle ou telle exception, ou encore qu'il ne s'agisse pas d'une obligation naturelle (Jeandin, op. cit., art. 120 CO no 9).
La compensation peut être opposée même si la créance est contestée (art. 120 al. 2 CO). Cela signifie que le débiteur peut compenser sa prestation même si celle-ci n'est pas déterminée avec certitude dans son principe et son montant (cf. ATF 136 III 624 consid. 4.2.3). La loi n'exige donc pas que l'existence et la quotité de la créance compensante soient établies par jugement ou tout autre titre exécutoire (Jeandin, op. cit., art. 120 CO no 18).
La compensation d'une créance prescrite peut être invoquée, si la créance n'était pas éteinte par la prescription au moment où elle pouvait être compensée (art. 120 al. 3 CO).
Le principe de la compensation prévu à l'art. 120 CO est une institution reconnue pour être générale, mais qui peut être exclue par le législateur (cf. ATF 139 IV 243 consid. 5.1 p. 245). Les dispositions des art. 120 ss CO sur la compensation sont applicables en droit public, en cas de silence de celui-ci et sous réserve d'incompatibilité (cf. arrêt 2C_432/2010 du 9 novembre 2010 consid. 4.2). En l'occurrence, les restitutions et les prestations dues en vertu de la loi sur l'assurance-chômage peuvent être compensées les unes par les autres ainsi que par des restitutions et des rentes ou indemnités journalières dues au titre de l'AVS, de l'assurance-invalidité, de la prévoyance professionnelle, de la loi du 25 septembre 1952 sur les allocations pour perte de gain, de l'assurance-militaire, de l'assurance-accidents obligatoire, de l'assurance-maladie, ainsi que des prestations complémentaires de l'AVS/AI et des allocations familiales légales (art. 94 LACI).
12.3.2 En l'espèce, le défendeur 1 a constaté, en date du 19 décembre 2008, que la demanderesse avait perçu indûment des subventions pour l'exercice 2006 et en a exigé la restitution. En date du 25 mai 2009, il a constaté l'existence d'un solde en faveur de la demanderesse pour l'année 2007 et l'a donc compensé partiellement par la somme dont le remboursement avait été demandé pour l'année 2006. Enfin, en date du 16 octobre 2009, le défendeur 1 a constaté l'existence d'un solde en faveur de la demanderesse pour l'année 2008 et l'a lui aussi compensé partiellement avec le reste de la somme encore due par la demanderesse.
Rien au dossier n'indique que les deux compensations effectuées par le défendeur 1 en date du 25 mai 2009 et du 16 octobre 2009 ne seraient pas valables. Au contraire, il ressort que la demanderesse et le défendeur 1 étaient débiteurs et créanciers l'un de l'autre de sommes d'argent, que leurs créances respectives étaient exigibles et échues au moment de la compensation et que la demanderesse ne pouvait pas se prévaloir de la prescription.
12.3.3 Il suit de là que le défendeur 1 a exigé la restitution des subventions versées à tort en 2006 conformément à l'art. 21 de l'accord de prestations du 30 novembre 2005 et qu'il a valablement compensé celles-ci par le solde dû à la demanderesse pour les exercices 2007 et 2008.
12.4 Sur le vu de ce qui précède et des tableaux analytiques établis par le tribunal, il y a lieu de retenir que le défendeur 1 a versé à la demanderesse, pour l'exercice 2006, des subventions indues d'un montant de 667'970.60 francs et qu'il peut valablement prétendre à leur restitution, que cette somme a été partiellement compensée par le solde de 205'098.49 francs dû à la demanderesse pour l'exercice 2007 et que le montant encore dû par la demanderesse se monte ainsi à 462'872.11 francs, que cette somme a ensuite été compensée par le solde de 477'292.10 francs dû à la demanderesse pour l'exercice 2008 et que, par conséquent, la demanderesse peut encore prétendre au paiement de la somme de 14'419.99 francs pour l'exercice 2008.
13. La demanderesse conclut encore au paiement d'un montant de 500'000 francs consécutif à la résiliation de l'accord de prestation.
13.1 Elle invoque à cet effet le refus du défendeur 1 de lui confier des cours pour l'année 2009. Elle avance en effet que la résiliation de l'accord de prestations pour le 31 décembre 2008 ne lui serait parvenue qu'en juillet 2008, de sorte que l'accord aurait été reconduit pour l'année 2009. Ses frais engagés en 2009 n'auraient ainsi pas été pris en compte. Elle estime au surplus avoir perdu des clients dans la mesure où le défendeur 1 aurait communiqué ouvertement sur la fin de sa collaboration avec la demanderesse. Enfin, elle fait valoir que M._______ Formation Conseils SA aurait subi une perte fiscale en raison du non-recouvrement des prestations facturées à la demanderesse.
13.2 La demanderesse se plaint ainsi d'abord d'une violation par le défendeur 1 de ses obligations contractuelles, dans la mesure où il ne lui aurait pas confié de cours pour l'année 2009 et où ses frais n'auraient pas été pris en compte.
13.2.1 Il y a lieu dans un premier temps de déterminer si l'accord de prestations du 20 novembre 2006 a été valablement résilié le 31 décembre 2008, comme le soutient le défendeur, ou s'il a été prolongé tacitement jusqu'au 31 décembre 2009, comme le soutient la demanderesse.
13.2.1.1 L'art. 5 de l'accord de prestations du 20 novembre 2006, entré en vigueur le 1er janvier 2007, stipule que l'accord « est conclu pour une année. Il est automatiquement renouvelé pour une année à son échéance, sous réserve d'une résiliation par l'une des parties ».
L'accord peut être résilié par l'une des parties par lettre-signature, notifiée à l'autre partie dans un délai de six mois précédant son échéance (art. 22). Si l'une des parties ne respecte pas les obligations découlant de l'accord, l'autre partie lui adresse une mise en demeure écrite lui impartissant un délai raisonnable pour remédier à la situation. Celle-ci précise les points sur lesquels le présent accord n'est pas respecté. Si, à l'échéance du délai imparti, la partie mise en demeure persiste à ne pas s'acquitter de ses obligations, l'autre partie est en droit de résilier le présent accord dans un délai d'un mois (art. 23). Les parties peuvent résilier immédiatement l'accord en tout temps pour faute grave. La partie qui résilie immédiatement l'accord doit motiver sa décision par écrit. Est notamment considérée comme faute grave tout manquement entraînant la rupture définitive du lien de confiance entre les parties (art. 24).
13.2.1.2 La résiliation d'un contrat est une déclaration unilatérale de volonté de l'une des parties, soumise à réception. Lorsque la communication d'une manifestation de volonté constitue le moment à partir duquel court un délai, il faut appliquer la théorie de la réception dite absolue (cf. ATF 118 II 42 consid. 3 et 107 II 189 consid. 2 ; Christoph Müller, Berner Kommentar, 2018, Art. 1-18 OR, art. 1 no 96 p. 149). Le point de départ du délai correspond alors au moment où la manifestation de volonté est parvenue dans la sphère d'influence du destinataire ou de son représentant, de telle sorte qu'en organisant normalement ses affaires celui-ci soit à même d'en prendre connaissance.
En ce qui concerne une lettre recommandée, si l'agent postal n'a pas pu la remettre effectivement au destinataire ou à un tiers autorisé à prendre livraison de l'envoi et qu'il laisse un avis de retrait dans sa boîte aux lettres ou sa case postale, le pli est reçu dès que le destinataire est en mesure d'en prendre connaissance au bureau de la poste selon l'avis de retrait ; il s'agit soit du jour même où l'avis de retrait est déposé dans la boîte aux lettres si l'on peut attendre du destinataire qu'il le retire aussitôt, sinon en règle générale le lendemain de ce jour (cf. ATF 137 III 208 consid. 3.1.2 et 107 II 189 consid. 2).
13.2.1.3 Dans le cadre de la présente procédure, le défendeur 1 souligne qu'il importerait peu que la notification soit tardive, dans la mesure où il aurait pu résilier l'accord avec effet immédiat en raison des fautes graves commises par la demanderesse.
Un tel raisonnement ne peut être suivi. En effet, le défendeur 1 ne peut se prévaloir en cours de procédure de ce qu'il aurait pu à l'époque résilier l'accord avec effet immédiat : soit le défendeur 1 a procédé à une résiliation avec effet immédiat, soit il a procédé à une résiliation ordinaire de l'accord.
En l'occurrence, le défendeur 1 a résilié l'accord de prestations, par courrier du 26 juin 2008, pour le 31 décembre 2008. Il fait valoir que le taux de chômage a fortement reculé et que, dans ce contexte, il doit ajuster l'offre des mesures qu'il mettait à disposition des demandeurs d'emploi.
Ce faisant, il n'a ainsi manifestement pas résilié l'accord avec effet immédiat et il convient donc de vérifier si, en procédant à une résiliation ordinaire, le défendeur 1 a respecté les délais et termes contractuellement prévus pour ce faire.
13.2.1.4 En l'espèce, l'envoi a été déposé à la Poste Suisse, en courrier recommandé le 26 juin 2008. Une première tentative de distribution infructueuse a été effectuée le 30 juin 2008. A la suite de quoi, la Poste Suisse a invité la demanderesse a retiré l'envoi au guichet postal entre le 1er juillet 2008 et le 7 juillet 2008.
Il suit de là que le courrier du 26 juin 2008 n'a, dans tous les cas, pas pu être notifié valablement avant le 1er juillet 2008. Ces considérations conduisent le tribunal à retenir qu'en l'occurrence le délai de résiliation de six mois pour l'échéance du 31 décembre 2008 n'a pas été respecté par le défendeur 1. L'accord de prestations du 20 novembre 2006 a donc été prolongé d'une année et la résiliation a pris fin à son échéance suivante, soit le 31 décembre 2009 ; la demanderesse ne le conteste pas.
13.2.2 L'art. 4 de l'accord de prestations du 20 novembre 2006 prévoit que « [le défendeur 1] commande à l'institut des mesures dont il précise la quantité et/ou le prix dans l'annexe à l'accord de prestations et la qualité attendue dans des descriptifs de mesure ». Au surplus, les dispositions relatives à la subvention sont renégociées chaque année (art. 5).
13.2.2.1 Il ressort du dossier que les parties ont régulièrement discuté des modalités, du prix et du nombre des sessions de cours organisées. Ces informations figuraient notamment dans deux annexes à l'accord de prestations, l'une valable du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2007 et l'autre valable du 1er janvier 2008 jusqu'au 30 juin 2008. De plus d'autres cours ont régulièrement été commandés par le défendeur 1, selon le nombre de participants, entre le 1er juillet 2008 et le 31 décembre 2008. Il suit de là que l'accord de prestations du 20 novembre 2006 ne garantit pas à la demanderesse l'organisation d'un nombre de cours minimum ou la réalisation d'un chiffre d'affaire minimum en lien avec l'organisation de la mesure. Au surplus, rien n'indique que le défendeur 1 ait approché la demanderesse pour qu'elle organise des sessions de cours tout au long de l'année 2009 ou qu'il ait discuté d'une enveloppe budgétaire avec elle. Au contraire, le défendeur 1 a indiqué, dans son courrier du 26 juin 2008, que le taux de chômage avait baissé et qu'il devait adapter son offre de cours. Dans la présente situation, on peine à déceler en quoi le défendeur 1 aurait violé une obligation contractuelle en renonçant à confier des cours à la demanderesse pour l'année 2009, quand bien même l'accord n'aurait pas été résilié.
13.2.2.2 Il sied toutefois de rappeler que, selon l'art. 18 de l'accord de prestations, la demanderesse a droit au remboursement des frais attestés nécessaires à l'organisation de la mesure. Ils incluent également les frais nécessaires à la liquidation de la mesure, lorsque l'autorité cantonale compétente renonce à octroyer de nouveaux mandats à l'organisateur (cf. Circulaire du SECO relative au financement des mesures du marché du travail, janvier 2012 ; Directive du service de l'emploi du canton de Vaud sur les subventions MMT/MIP du 10 décembre 2015).
En l'espèce, il ressort du dossier que certaines activités en lien avec l'organisation et la liquidation de la mesure se sont poursuivies en début d'année 2009. Un premier employé de la demanderesse a donné notamment un cours pour le défendeur 1 en janvier 2009. Un autre employé a, quant à lui, poursuivi les travaux administratifs - notamment de reddition des comptes finaux - à réaliser pour les cours commandés par le défendeur 1 lors de l'exercice 2008.
Partant, il s'agit de déterminer quels sont les frais attestés et nécessaires qui ont été engagés par la demanderesse, notamment en lien avec la liquidation des derniers cours organisés pour le défendeur 1 et la reddition des comptes finaux.
13.2.2.3 Il ressort de l'analyse de la comptabilité de la demanderesse pour l'exercice 2009, réalisée par l'expert, que les salaires suivants ont été versés :
- Le salaire annuel net de X._______ de [...] francs ;
- Un salaire net de [...] francs pour un employé ayant donné des cours uniquement à des clients tiers ;
- Un salaire net de [...] francs, correspondant à trois mois de travail, pour un employé ayant donné un cours pour le défendeur 1 durant le mois de janvier 2009 ;
- Un salaire annuel net de [...] francs pour un employé ayant poursuivi des travaux administratifs - notamment de reddition des comptes finaux - en lien avec la liquidation de la mesure.
Il ressort aussi que la demanderesse a perçu un montant de [...] francs d'indemnités de pertes de gain en raison de l'incapacité de travail de X._______ durant une partie de l'année 2009, ce qui ne l'a d'ailleurs pas empêché de prétendre au subventionnement de l'entier de son salaire.
L'organisation d'un cours faisant l'objet de la mesure s'étant poursuivie encore durant le mois de janvier 2009, le salaire de l'employé ayant conduit ce cours fait partie des frais nécessaires subventionnables. Cet employé ayant été rémunéré pendant trois mois pour un salaire total net de [...] francs, il y a donc lieu de ne retenir qu'un tiers de ce montant ([...] francs).
Quant au salaire du personnel administratif, force est de constater que les activités nécessaires à la reddition des comptes finaux se sont poursuivies, à tout le moins jusqu'au 17 juillet 2009, date à laquelle la demanderesse a remis au défendeur 1 son rapport final.
Cette activité n'ayant manifestement pas été exercée à plein temps, l'expert relève que le personnel administratif a été occupé au maximum pendant l'équivalent de deux mois à temps plein à la reddition des comptes liés à l'organisation de la mesure. Il suit de là qu'un montant de [...] francs peut être pris en compte (un sixième de [...] francs).
Quant au salaire de X._______, il y a lieu de tenir compte des indemnités versées en raison de l'incapacité de travail de X._______. Il résulte une différence de [...] francs, laquelle peut être prise en compte.
De même, il y a lieu de tenir compte des charges sociales versées sur ces montants (employeur et employés ; environ 15 % chacune), correspondant - à défaut de chiffres plus précis remis par la demanderesse - à un taux moyen.
Il en résulte un montant des frais subventionnables afférents aux salaires de [...] francs et aux charges sociales de [...] francs, soit une somme de 10'716.26 francs.
13.2.2.4 Les frais de location pour l'ensemble de l'année 2009 de la demanderesse s'élèvent à [...] francs. La grande majorité des baux ayant pu être résiliée pour la fin 2008, on peut considérer que seuls les frais liés au mois de janvier 2009 - dans la mesure où la demanderesse a encore organisé un cours durant cette période - peuvent être subventionnés. Il y a donc lieu de retenir la somme de [...] francs. De même, la demanderesse fait état d'un décompte de chauffage de locaux résiliés fin 2008, enregistré en janvier 2009, d'un montant de [...] francs. Ce montant fait lui aussi partie des frais nécessaires à l'organisation de la mesure. Il résulte donc une somme de 4'215 francs qui peut être prise en compte dans le calcul des frais subventionnables.
13.2.2.5 Au surplus, l'examen des comptes relatifs aux charges d'exploitation ne fait état d'aucune charge directement liée à l'organisation ou la liquidation de la mesure, l'ensemble des frais engagés relevant de l'organisation de cours pour le compte de tiers.
13.2.2.6 De même, la demanderesse n'a perçu aucune subvention pour l'exercice 2009, la somme de 537'050.20 francs versées par le défendeur 1 en date du 27 octobre 2009 ayant servi à couvrir le solde dû pour l'exercice 2008.
13.2.3 Il suit de là que la demanderesse pouvait prétendre au versement d'un montant de 14'931.26 francs pour le cours organisé en janvier 2009 et pour les frais liés à la reddition de comptes et à la liquidation de la mesure. Il suit de là que le défendeur 1 n'a pas exécuté sur ce point ses obligations contractuelles.
13.3 La demanderesse prétend au surplus avoir subi un dommage en raison de l'influence négative sur son chiffre d'affaires qu'aurait causé la rupture de la relation avec le défendeur 1. A cet égard, il a déjà été constaté que la demanderesse ne pouvait se prévaloir d'un droit à réaliser un chiffre d'affaires minimum de l'organisation de la mesure. Au surplus, il ressort du dossier que le chiffre d'affaires réalisé par la demanderesse avec des tiers était nul en 2008 et se montait à [...] francs (dont [...] francs pour le compte de l'office de l'assurance-invalidité) en 2009. On ne saisit dès lors pas en quoi elle aurait subi un dommage. Point n'est donc besoin d'examiner plus en avant la nature de cette prétention.
13.4 De même, elle allègue que M._______ Formation Conseils SA aurait subi une perte fiscale en raison du non-recouvrement des prestations qu'elle a facturées à la demanderesse. Il y a lieu de rappeler que seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure ont été pris en considération. Il suit de là que ladite perte ne résulte pas de la résiliation de l'accord, mais de la non-reconnaissance de ces charges en tant que frais subventionnables. Au surplus, de tels griefs purement appellatoires n'ont pas à être examinés davantage.
14. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, il y a lieu de retenir que le défendeur 1 doit encore à la demanderesse la somme de 14'419.99 francs pour les frais engagés par la demanderesse durant l'exercice 2008 dans le cadre de l'organisation de la mesure litigieuse, ainsi que la somme de 14'931.26 francs pour les frais liés aux cours organisés en janvier 2009 et à la reddition des comptes liés à l'organisation de la mesure.
14.1 Selon l'art. 104 al. 1 CO, le débiteur qui est en demeure pour le paiement d'une somme d'argent doit l'intérêt moratoire à 5 % l'an, même si un taux inférieur avait été fixé pour l'intérêt conventionnel. Le débiteur d'une obligation exigible est mis en demeure par l'interpellation du créancier (art. 102 al. 1 CO). Lorsque le jour de l'exécution a été déterminé d'un commun accord, ou fixé par l'une des parties en vertu d'un droit à elle réservé et au moyen d'un avertissement régulier, le débiteur est mis en demeure par la seule expiration de ce jour (art. 102 al. 2 CO).
La seule exigibilité de la créance ne suffit donc pas. La demeure suppose l'interpellation du débiteur par le créancier (art. 102 al. 1 CO) ou un fait équivalent (art. 102 al. 2 CO). La loi entend ainsi épargner au débiteur un traitement trop rigoureux, lorsqu'il ignore l'époque de l'exécution ou que cette époque est indéterminée. L'interpellation est la déclaration expresse ou par acte concluant, adressée par le créancier au débiteur pour lui faire comprendre qu'il réclame l'exécution de la prestation due. Le débiteur doit pouvoir comprendre que le retard sera désormais considéré comme une violation de son obligation (cf. Luc Thévenoz, in : Commentaire romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, art. 102 no 16 s.).
A défaut d'interpellation, l'intérêt moratoire n'est dû, en cas d'ouverture d'une action en justice, que dès le lendemain du jour où la demande en justice a été notifiée au débiteur (cf. ATF 98 II 23 consid. 7 ; arrêt du TF 5C.177/2005 du 25 février 2006 consid. 1).
14.2 L'accord de prestations liant les parties ne prévoit pas le délai dans lequel les paiements du défendeur 1 doivent être effectués. Il ne ressort pas non plus que ledit accord fixerait un terme comminatoire pour l'exécution. Dès lors, le défendeur 1 ne doit des intérêts moratoires qu'à partir du moment où il a été interpellé par la demanderesse.
En l'espèce, la demanderesse a adressé au défendeur 1 plusieurs factures pour les prestations effectuées durant l'exercice 2008, en date du 10 avril et du 7 octobre 2008, ainsi qu'en date du 5 janvier 2009. Ces factures n'indiquent aucun délai de paiement, ni aucun terme comminatoire. Elles ne valent donc pas interpellation au sens de l'art. 102 CO.
La demanderesse a toutefois déposé, en date du 30 octobre 2008, une demande devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois, dans laquelle elle formulait déjà ses prétentions à l'encontre du défendeur 1. Le Tribunal cantonal s'est déclaré incompétent par jugement incident du 10 novembre 2009. Dès lors toutefois que l'action en justice vaut interpellation et que l'interpellation n'est, au surplus, pas soumise à exigence de forme, il y a lieu de retenir que, par là-même, la demanderesse a valablement interpellé le défendeur 1 et lui a fait comprendre qu'elle réclamait l'exécution de la prestation due. Il suit de là que des intérêts moratoires à 5 % l'an sur la somme de 14'419.99 francs sont dus à partir du 1er novembre 2008.
S'agissant de la somme de 14'931.26 francs correspondant aux frais liés au cours organisé en janvier 2009 pour le compte du défendeur 1 et à la reddition des comptes liés à l'organisation de la mesure pour l'exercice 2008, il y a lieu de constater que la demanderesse a formulé une telle prétention pour la première fois dans le cadre du dépôt de sa demande le 22 juin 2010. Il s'ensuit que des intérêts moratoires à 5 % l'an sur cette somme sont dus à partir du 23 juin 2010.
15. La demanderesse a au surplus sollicité la production de l'ensemble de son dossier relatif aux mesures qui lui ont été confiées depuis 1994, ainsi que l'ensemble des accords de prestations avec toutes leurs annexes, conclus par le défendeur 1 avec d'autres intervenants pour les années 2006 à 2009 et portant sur les mêmes mesures que celles dispensées par la demanderesse, ainsi que les preuves des montants payés à ces intervenants sur la base de ces accords. A cet effet, elle requiert l'accès aux archives du défendeur 1 et l'audition de plusieurs témoins.
15.1 Selon l'art. 37 PCF, le juge n'est pas lié par les offres de preuves des parties ; il ne retient que les preuves nécessaires. Par ailleurs, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (cf. ATF 136 I 265 consid. 3.2, 135 II 286 consid. 5.1 et 129 II 497 consid. 2.2). Le juge peut cependant renoncer à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.3, 130 II 425 consid. 2.1, 125 I 127 consid. 6c/cc et 124 I 208 consid. 4a).
15.2 En l'espèce, il convient de relever que la demanderesse a largement pu s'exprimer par écrit et par oral au cours de la présente procédure. Par ailleurs, l'expert a pu obtenir l'accès à de nombreux documents concernant d'autres instituts ayant organisé des mesures relatives au marché du travail pour le compte du défendeur 1. Elle n'avance ainsi pas ce que l'accès aux archives du défendeur 1 apporterait de plus dans la présente affaire.
Au surplus, le tribunal relève que, de manière générale, le défendeur 1 a requis de la demanderesse, à de très nombreuses reprises depuis septembre 2007, qu'elle produise les documents nécessaires pour justifier le montant des frais engagés. Il en va de même de l'organe d'audit, puis de l'expert. Ce dernier a notamment dû solliciter plusieurs prolongations de délai pour rendre son rapport, au motif principal que la demanderesse ne lui remettait pas - ou pas entièrement - les documents nécessaires à la réalisation de son mandat.
15.3 Compte tenu du devoir de collaborer des parties et de la durée de l'instruction, le tribunal est fondé à statuer en l'état du dossier, sur la base notamment des pièces et des justificatifs produits par les parties dans le cadre de la présente procédure. Celles-ci sont, en effet, suffisantes pour établir les faits pertinents de la cause, de sorte que des mesures d'instruction complémentaires ne s'avèrent pas nécessaires. Il est par ailleurs permis de douter que près de 15 ans après les faits, les témoins en question soient en mesure d'amener des éléments pertinents à la cause.
15.4 Aussi, le tribunal, procédant par appréciation anticipée des preuves, renonce à requérir l'accès aux archives du défendeur 1 et à l'audition des témoins proposés.
Il y a donc lieu de rejeter les réquisitions de preuves déposées par la demanderesse.
16. Lorsque le Tribunal administratif fédéral statue en tant que première instance, les émoluments judiciaires et les dépens sont régis par les art. 63 à 65 PA (art. 44 al. 3 LTAF). Le règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) s'applique ainsi par analogie (cf. arrêts du TAF B-8031/2015 précité consid. 10 et A-5225/2015 du 12 avril 2017 consid. 7.1).
16.1 S'agissant des frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral, comprenant l'émolument judiciaire et les débours (art. 1 al. 1 FITAF), ils sont, en règle générale, mis à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 PA). Aucuns frais de procédure ne sont toutefois mis à la charge des autorités inférieures déboutées (art. 63 al. 2 PA).
16.1.1 L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie (art. 1 al. 2 FITAF). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (art. 2 al. 1 FITAF). Si la valeur litigieuse se situe entre 1'000'000 et 5'000'000 francs, l'émolument judiciaire se monte généralement entre 7'000 et 40'000 francs.
En l'occurrence, il y a lieu de relever que l'instruction de la cause a duré près de 10 ans et qu'elle s'est poursuivie jusqu'à l'audience de plaidoirie du 24 octobre 2019, la demanderesse ayant ce jour-là persisté dans ses réquisitions de preuves et produit de nouvelles pièces au dossier. Au surplus, l'instruction a nécessité un nombre important d'audiences et d'échange d'écritures en raison de la complexité de l'état de fait et de l'attitude générale des parties en cours de procédure. A cet effet, le tribunal souligne les nombreuses écritures déposées en vue de déterminer le mandat de l'expert et l'attitude contradictoire de la demanderesse, celle-ci ayant sollicité d'abord que soit posé un grand nombre de questions à l'expert et que son examen ne porte sur pas moins de huit instituts. Elle a ensuite accepté le nom de l'expert proposé par le tribunal, tout en ayant conscience qu'il appartenait à l'une des plus importantes sociétés d'audit actives en Suisse. Elle s'est toutefois finalement plainte que le devis de l'expert était trop élevé et a requis qu'un autre expert soit approché. Le tribunal a dû ordonner la tenue d'audiences en présence des parties et de l'expert afin de déterminer dans quelle mesure elles acceptaient de redimensionner le mandat de l'expert. Une telle attitude de la demanderesse n'a manifestement pas conduit à l'économie de la procédure. Il y a ainsi lieu de fixer l'émolument judiciaire à 25'000 francs.
16.1.2 Quant aux débours, ils comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves (art. 1 al. 3 FITAF). En l'occurrence, l'expert a produit une première note d'honoraires de 5'475.60 francs (TVA comprise) pour les travaux en lien avec la préparation du mandat et les audiences auxquelles il a dû participer, suite à l'attitude de la demanderesse décrite ci-dessus (cf. supra consid. 16.1.1). Quant aux frais liés à la réalisation de l'expertise proprement dite (honoraires de l'expert, frais de secrétariat et débours), ils s'élèvent à 100'429.20 francs (TVA comprise). Enfin, l'expert a produit une note de 5'400 francs (TVA comprise) pour les travaux complémentaires résultant des précisions sollicitées par les parties à la suite de la remise de son rapport, ce qui représente des frais d'expertise totaux de 111'304.80 francs (TVA comprise).
16.1.3 Sur le vu de ce qui précède, les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, s'élèvent à 136'304.80 francs.
La demanderesse formulant des conclusions à hauteur de 1'932'258.80 francs et le défendeur 1 à hauteur de 26'700 francs, la valeur litigieuse s'élève à 1'958'958.80 francs. Vu l'issue de la cause, la demanderesse succombe dans plus de 95 % de ses conclusions. Il y a ainsi lieu de mettre les frais de procédure à la charge de la demanderesse à concurrence de 129'489.55 francs. Ce montant est imputé sur l'avance de frais de 12'000 francs versée le 5 juillet 2010 et sur l'avance de frais de 69'000 francs versée le 28 mars 2013. Le solde de 48'489.55 francs devra être versé à la caisse du Tribunal une fois le présent jugement entré en force.
Quant au défendeur 1, celui-ci ayant fait valoir ses propres intérêts pécuniaires dans le cadre de sa demande reconventionnelle, il n'a pas la qualité d'autorité inférieure dans une procédure de recours (art. 63 al. 1 et 2 PA ; cf. ATF 134 I 331 consid. 3.2 et 133 V 637 consid. 4.6 ; arrêt B-8031/2015 précité consid. 10 ; Bernard Corboz, in : Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, art. 66 no 29 p. 559 s.). Il y a ainsi lieu de mettre à sa charge les frais de procédure à concurrence de 6'815.25 francs. Ce montant est imputé sur l'avance de frais de 20'000 francs versée le 24 avril 2013. Le solde de 13'184.75 francs lui sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt.
16.2 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA en relation avec l'art. 7 al. 1 FITAF). Les dépens comprennent notamment les frais de représentation (art. 8 al. 1 FITAF), lesquels englobent en particulier les honoraires d'avocat (art. 9 al. 1 let. a FITAF). Ils sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée (art. 10 al. 1 FITAF) ; le tarif horaire des avocats est de 200 francs au moins et de 400 francs au plus (art. 10 al. 2 FITAF). Les parties qui ont droit aux dépens doivent faire parvenir au tribunal, avant le prononcé de la décision, un décompte de leurs prestations ; à défaut, le tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier (art. 14 FITAF). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (art. 7 al. 3 FITAF). L'autorité ne peut ainsi en principe pas obtenir de dépens, peu importe que ses intérêts patrimoniaux soient ou non en jeu (cf. arrêt du TF 2C_212/2007 du 11 décembre 2007 consid. 5). Il suit de là qu'une autorité ne peut se prévaloir du fait qu'elle n'est pas dispensée des frais judiciaires parce que ses intérêts patrimoniaux sont en jeu pour obtenir des dépens (cf. arrêt du TF 8C_151/2010 du 31 août 2010 consid. 6.2). Il résulte toutefois du texte de l'art. 7 al. 3 FITAF que, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens. Des dépens peuvent ainsi exceptionnellement être alloués à une autorité lorsqu'il apparaît que la partie adverse a procédé de façon téméraire, abusive ou quérulente (cf. sur l'art. 68 LTF, Corboz, op. cit., art. 68, no 30 p. 581). En matière d'assurances sociales, le Tribunal fédéral a ainsi admis dans certains cas que les assureurs sociaux ont droit à des dépens lorsque la partie adverse agit de façon légère ou téméraire (cf. ATF 128 V 124 consid. 5b et 126 V 143 consid. 4b) ou lorsque la spécificité ou la difficulté de la cause rend nécessaire le recours à un avocat indépendant (cf. ATF 119 V 448 consid. 6b ; arrêt du TF 9C_15/2009 du 28 mai 2009 consid. 4).
En l'occurrence, il y a lieu de relever que, en cours de procédure, la demanderesse a adopté une attitude récalcitrante, n'a pas contribué à l'économie de la procédure et a adopté une attitude qui constitue en réalité un abus de droit. Au surplus, l'état de fait est complexe et les difficultés qu'ont rencontrées le défendeur 1, l'organe d'audit, puis l'expert, pour obtenir les justificatifs requis n'ont pas contribué à le simplifier. Il suit de là que compte tenu de l'attitude de la demanderesse et de la spécificité de la cause, il se justifie d'octroyer exceptionnellement au défendeur 1 des dépens.
En date du 9 décembre 2019, le mandataire du défendeur 1 a produit un décompte d'heures faisant état de 148.43 heures à 350 francs, soit un montant total de 51'950.50 francs. Le nombre d'heures indiqué et le tarif horaire pratiqué correspondent au surplus à l'ampleur et à la difficulté de la cause. Le défendeur 1 obtenant gain de cause dans la grande partie de ses conclusions, mais succombant notamment dans sa demande reconventionnelle, il y a donc lieu de réduire ce montant et d'octroyer au défendeur 1 une indemnité à titre de dépens réduits de 49'500 francs, ces dépens ne comprenant aucun supplément TVA au sens de l'art. 9 al 1 let. c FITAF, et de mettre celle-ci à la charge de la demanderesse.
La demanderesse obtenant gain de cause dans une petite partie de ses conclusions, elle a également droit à des dépens réduits. Faute de décompte remis par son mandataire, il y a lieu de lui octroyer, ex aequo et bono, une indemnité de 2'500 francs à titre de dépens et de mettre celle-ci à la charge du défendeur 1.
Enfin, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à la défenderesse 2.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. La demande principale de la demanderesse est partiellement admise à l'égard du défendeur 1.
2. La demande principale de la demanderesse est rejetée à l'égard de la défenderesse 2.
3. La demande reconventionnelle du défendeur 1 est irrecevable.
4. Le défendeur 1 doit payer à la demanderesse la somme de 14'419.99 francs, avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er novembre 2008, ainsi que la somme de 14'931.26 francs, avec intérêts à 5 % l'an dès le 23 juin 2010.
5. Des frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours, d'un montant de 129'489.55 francs, sont mis à la charge de la demanderesse. Ceux-ci sont imputés sur les avances de 12'000 francs et de 69'000 francs déjà prestées. Le solde de 48'489.55 francs doit être versé à la caisse du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de la facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
6. Des frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours, d'un montant de 6'815.25 francs, sont mis à la charge du défendeur 1. Ceux-ci sont prélevés sur l'avance de 20'000 francs déjà prestée. Le solde de 13'184.75 francs sera restitué au défendeur 1 dès l'entrée en force du présent arrêt.
7. Un montant de 49'500 francs est alloué au défendeur 1 à titre de dépens et mis à la charge de la demanderesse.
8. Un montant de 2'500 francs est alloué à la demanderesse à titre de dépens et mis à la charge du défendeur 1.
9. Il n'est pas alloué de dépens à la défenderesse 2.
10. Le présent jugement est adressé :
- à la demanderesse (acte judiciaire)
- au défendeur 1 (acte judiciaire ; annexe : formulaire « adresse de paiement »)
- à la défenderesse 2 (acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Julien Delaye
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :