bvger · B-177/2024 · 2025-12-09 · fr
B-177/2024

Encouragement de la recherche en général

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour II
B-177/2024
Arrêt du 9 décembre 2025
Composition
Pietro Angeli-Busi (président du collège),
David Aschmann, Christian Winiger, juges,
Sébastien Gaeschlin, greffier.
Parties
A._______,
recourant,
contre
Fonds National Suisse FNS, Wildhainweg 3, Case postale, 3001 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Encouragement de la recherche (décision de non-entrée en matière).
Faits :
A.
A.a En date du 26 mai 2023, A._______ (ci-après : le requérant ou le recourant), a présenté, avec un autre chercheur, une déclaration d'intention (letter of intent) dans l'instrument d'encouragement Investigator Initiated Clinical Trials (IICT) 2023 du Fonds National Suisse (ci-après le FNS ou l'autorité inférieure). Le recourant a également déposé, le même jour, une demande de subside préparatoire « implication des patient-es et du public (IPP) » dans l'instrument d'encouragement IICT 2023.
A.b Le 2 octobre 2023, le recourant a déposé, avec la Dre B._______, une demande de subsides auprès du FNS pour un projet intitulé « C._______» dans l'instrument « Encouragement de projets » (requête n°[...]). Il s'agissait d'une demande de financement pour un montant total de 937'418 francs.
A.c Plusieurs échanges entre le recourant et le FNS ont eu lieu au sujet de l'éligibilité de la Fondation D._______ (ci-après aussi : la fondation) pour le dépôt de requêtes de subventions.
B.
B.a Par décision du 27 novembre 2023, le FNS a rendu une décision par laquelle il n'est pas entré en matière sur la requête n°[...] du 2 octobre 2023. Pour l'essentiel, l'autorité inférieure a retenu que le recourant ne pouvait pas être considéré comme engagé auprès d'un établissement habilité à déposer une requête auprès d'elle. En effet, la Fondation D._______ ne remplissait pas les critères y relatifs fixés par la loi et ce, pour plusieurs raisons. Premièrement, le but d'effectuer de la recherche n'était pas explicitement ancré dans ses statuts. Deuxièmement, l'autorité inférieure a indiqué ne pas avoir reçu les informations permettant d'établir que la fondation employait elle-même suffisamment de personnel de recherche et disposait d'infrastructures propres pour effectuer durablement de la recherche. Troisièmement, le budget dédié au financement de la recherche effectuée par la fondation D._______ n'avait pas pu être déterminé, ni d'ailleurs son financement. Finalement, aucune publication scientifique n'était mentionnée sur le site internet de la fondation.
Les autres emplois indiqués par le recourant, à savoir un poste à 20% auprès de l'Université de E._______ et un 80% auprès de l'Hôpital F._______ ne lui permettaient pas non plus de se prévaloir d'un engagement d'au moins 50% auprès d'un établissement de recherche des hautes écoles ou auprès d'un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles.
B.b Par courrier du 28 novembre 2023, le FNS a indiqué au recourant qu'il considérait - vu l'absence de soumission d'une requête de recherche déposée dans le délai prévu par la mise au concours, à savoir le 1er novembre 2023, dans l'instrument d'encouragement IICT - que sa déclaration d'intention était classée et sa demande de subside préparatoire IPP était retirée.
C.
C.a Par acte du 5 janvier 2024, le requérant a formé recours contre la décision de non-entrée en matière du 27 novembre 2023 auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal). Il a conclu, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision attaquée, à ce qu'il soit constaté que la Fondation D._______ puisse être considérée comme une institution éligible pour le dépôt de requêtes de subventions auprès du FNS et à ce qu'il soit dit que la requête n°[...] déposée remplit les critères pour l'octroi du subside demandé, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision.
En substance, il a fait valoir que l'autorité inférieure avait violé le droit fédéral en interprétant mal les conditions posées à l'art. 5 de la loi fédérale du 14 décembre 2012 sur l'encouragement de la recherche et de l'innovation [LERI, RS 420.1] et en y ajoutant d'autres critères ne résultant pas de la loi. Il a également reproché au FNS un excès et un abus du pouvoir d'appréciation, ainsi qu'un formalisme excessif et un examen biaisé par un préavis négatif. Aussi, l'intéressé s'est plaint d'une violation de son droit d'être entendu, dans la mesure où il estimait qu'il aurait dû être interpellé s'agissant de certains critères afin d'être en mesure de compléter ses explications et fournir des documents complémentaires. À son sens, la Fondation D._______ remplissait les exigences permettant de la considérer comme un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles. Le recourant a rappelé être le président de la Fondation D._______, laquelle était une fondation à but non lucratif, qui ne générait pas d'avantages pécuniers pour ses responsables, qui avait été reconnue comme fondation d'utilité publique ayant pour but de mener des projets de recherches en médecine. De fait, ladite fondation effectuerait elle-même plusieurs dizaines de projets de recherche en médecine par année, depuis plus de cinq ans. Le recourant a argué avoir démontré que la Fondation D._______ employait suffisamment de personnel de recherche et disposait d'infrastructures importantes afin d'effectuer durablement de la recherche de qualité. Dans le même sens, il a soutenu avoir fourni les explications et les justificatifs nécessaires concernant le financement et le budget de la fondation dédié à la recherche. Au demeurant, l'autorité inférieure ne serait pas fondée à évaluer les publications de la Fondation D._______ sur la base des affiliations de ses auteurs. Il s'est encore plaint d'un traitement discriminatoire vis-à vis du système universitaire. Le recourant a fait valoir être personnellement éligible à déposer des requêtes de subventions auprès du FNS. En dernier lieu, il a reproché au FNS de ne pas s'être prononcé sur sa requête du 16 juin 2023 dans le cadre du partenariat européen Transforming Health and Care Systems (THCS).
À l'appui de son recours, l'intéressé a produit un classeur de pièces (pièces n° 1 à 50).
C.b Dans sa réponse du 6 mai 2024, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours. Tout en soulignant avoir respecté le droit d'être entendu du recourant, le FNS a précisé que sa pratique concernant les établissements de recherche au sens de l'art. 5 LERI s'appuyait sur une jurisprudence du Tribunal de céans. Seuls les établissements de recherche ayant un véritable ancrage juridique et institutionnel permettant d'attester d'une certaine pérennité étaient éligibles à déposer des requêtes de subventions. L'autorité inférieure a rappelé qu'il s'agissait de s'assurer que l'argent pour l'encouragement de la recherche, lequel provient principalement de fonds étatiques, soit un investissement sur le long terme. Or, à plus d'un titre, l'autorité inférieure a estimé que la Fondation D._______ ne pouvait manifestement pas se prévaloir d'un ancrage juridique et institutionnel suffisant. S'agissant de la question de savoir si le recourant - qui avait indiqué dans sa requête être directeur à 50% de la fondation puis, dans son recours, être président du Conseil de fondation - disposait d'un contrat de travail avec un taux d'emploi d'au minimum 50% avec ladite fondation pouvait rester ouverte, puisque cette dernière ne pouvait être considérée comme un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles au sens de l'art. 5 LERI.
C.c Par réplique du 24 juin 2024, le recourant s'est plaint d'une interprétation restrictive et arbitraire de l'art. 5 LERI, ainsi que des règlements édictés par l'autorité inférieure, contraire à la volonté du législateur qui était de promouvoir la diversité et l'innovation en recherche. Selon lui, l'interprétation donnée par le FNS limitait injustement l'accès aux subsides aux chercheurs disposant d'un contrat de travail, ignorant ainsi les autres formes d'engagement juridique. De surcroît, l'exigence d'un contrat de travail entre le requérant et l'établissement de recherche, laquelle entrerait en contradiction avec les dispositions légales prévoyant que les responsables et les propriétaires d'établissement ne peuvent obtenir aucun avantage lucratif issu des activités de recherche soutenues, entrainerait une discrimination interdite, dans la mesure où elle exclurait les responsables et les propriétaires d'établissements de recherche de la possibilité de requérir des subsides de la part du FNS. L'intéressé a fait valoir une inégalité de traitement injustifiée entre chercheurs privés et ceux affiliés aux universités et aux écoles polytechniques fédérales, violant la liberté économique protégée par la Constitution fédérale. La décision de l'autorité inférieure relèverait en outre du formalisme excessif. Le recourant a indiqué que la Fondation D._______ avait décidé de modifier son but social afin d'ajouter formellement le fait « d'effectuer de la recherche ». Par ailleurs, le recourant a relevé que, depuis janvier 2024, quatre articles scientifiques indiquant la Fondation D._______ comme institut de recherche avaient été publiés. Il a ensuite argué que son activité scientifique correspondait au minimum à un volume de travail correspondant à un taux d'emploi à 50%.
Le recourant a déposé, à l'appui de son écriture, des pièces complémentaires concernant notamment de nouvelles publications et de nouveaux projets (pièces n° 51 à 58).
C.d Le 13 septembre 2024, l'autorité inférieure a, dans le cadre de sa duplique, maintenu et développé son argumentation. Elle a en particulier relevé que les publications produites ne démontraient pas que la Fondation D._______ avait en son sein une véritable équipe de recherche. Finalement, compte tenu de la nécessité de prouver la pérennité des activités de recherche durant tout le projet de recherche, il n'était, à son sens, nullement arbitraire d'exiger un contrat de travail auprès d'une institution éligible. Elle a maintenu que la question de savoir si le recourant avait effectivement un contrat de travail pour un taux d'emploi d'au moins 50% auprès de la Fondation D._______ pouvait in casu demeurer ouverte, dans la mesure où cette institution n'était, quoiqu'il en soit, pas éligible. Finalement, l'autorité inférieure a soutenu que la décision attaquée respectait le principe de l'interdiction de la discrimination et celui de l'égalité de traitement entre concurrents économiques.
C.e Le 21 octobre 2024, le recourant a fait parvenir au Tribunal une détermination complémentaire en arguant en particulier que l'autorité inférieure n'avait jamais analysé la capacité de la Fondation D._______ à initier et à diriger des projets de recherche d'un niveau scientifique élevé. Or, tel était le cas, les projets de la fondation dans le domaine musculosquelettique rivalisant, voire surpassant, ceux des institutions académiques les plus prestigieuses. Selon l'intéressé, le FNS confondrait le lieu où la recherche est menée et les affiliations du chercheur, ce qui nuirait gravement à l'évaluation des travaux de recherche de la Fondation D._______. Le recourant a fait encore remarquer que la circulaire de l'autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance à Genève (ci-après aussi : ASFIP) interdisait aux membres du Conseil de fondation d'assumer des fonctions salariées au sein de la direction de la fondation. Cette contradiction flagrante mettrait en exergue l'incohérence du raisonnement de l'autorité inférieure, laquelle méconnaîtrait les contraintes légales et réglementaires auxquelles sont soumises les fondations. Il en a conclu que l'autorité inférieure devait ainsi revoir son interprétation des critères d'éligibilité afin de garantir un traitement équitable et non discriminatoire à toutes les institutions de recherche, qu'elles soient universitaires ou privées.
À l'appui de cette écriture, le recourant a également produit au dossier des pièces complémentaires, dont les nouveaux statuts de la Fondation D._______ (pièces n°59 à 69).
C.f Le 8 novembre 2024, l'autorité inférieure a déposé des observations spontanées. Elle a souligné que ses exigences concernant l'engagement auprès d'une institution éligible ne visaient nullement à évincer les petites institutions ou les chercheuses et chercheurs indépendants au profit des hautes écoles mais à garantir une utilisation efficiente des fonds publics. L'autorité inférieure a précisé que la Fondation D._______ disposait toujours de la possibilité de faire valoir son éligibilité dans le cadre d'une nouvelle demande de subside, auquel cas elle vérifiera à nouveau la satisfaction des critères pertinents.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1. Le Tribunal administratif fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATAF 2007/6 consid. 1).
1.1 Le Tribunal est compétent pour statuer sur les décisions rendues par le FNS (art. 33 let. h LTAF, art. 5 PA, art. 7 et 13 al. 5 de la loi fédérale du 14 décembre 2012 sur l'encouragement de la recherche et de l'innovation [LERI, RS 420.1] ; art. 31 du règlement du Fonds national suisse relatif aux octrois de subsides du 27 février 2015 approuvé par le Conseil fédéral le 27 mai 2015 [ci-après : règlement des subsides], publié à l'adresse : https ://www.snf.ch/media/fr/lCCrvpOHZ38Hbg5Y/allg_reglement_16_f.pdf).
La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (cf. art. 37 LTAF).
1.2 La qualité pour recourir doit être reconnue au recourant (cf. art. 48 al. 1 PA ; art. 13 al. 3 LERI ; entre autres : arrêts du TAF B-2933/2020 du 1er mars 2022 consid. 2.2 et B-5356/2016 du 12 mars 2018 consid. 1.3.1).
1.3 Les dispositions relatives au délai de recours (art. 50 al. 1 et 22a al. 1 let. c PA), au contenu et à la forme du mémoire de recours (art. 52 al. 1 PA) et à l'avance de frais (art. 63 al. 4 PA) sont par ailleurs respectées.
1.4 Le présent recours est ainsi recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière, sous réserve de ce qui suit.
2.
2.1 En procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par la voie d'un recours. Le juge n'entre donc pas en matière, sauf exception, sur des conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation. L'objet du litige dans la procédure de recours est le rapport juridique réglé dans la décision attaquée, dans la mesure où - d'après les conclusions du recours - il est remis en question par la partie recourante. L'objet de la contestation (« Anfechtungsgegenstand ») et l'objet du litige (« Streitgegenstand ») sont identiques lorsque la décision administrative est attaquée dans son ensemble. En revanche, les rapports juridiques non litigieux sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais pas dans l'objet du litige. L'objet du litige peut donc être réduit par rapport à l'objet de la contestation. Il ne peut en revanche, sauf exceptions non pertinentes en l'espèce, s'étendre au-delà de celui-ci ou être transformé par rapport à ce qu'il était devant l'autorité inférieure (cf. pour toutes ces questions : ATF 144 II 359 consid. 4.3 et les réf. citées ; Gregor T. Chatton, in : Bellanger/Candrian/Hirsig-Vouilloz [éd.], Commentaire romand, Loi fédérale sur la procédure administrative, 2024, art. 52 n° 21).
2.2 Lorsque le recours porte sur une décision d'irrecevabilité ou, comme en l'espèce, de non-entrée en matière, l'objet du litige est limité à la question de savoir si c'est à bon droit que l'autorité inférieure n'est pas entrée en matière. S'il admet le recours, le Tribunal annule la décision et renvoie le dossier à l'autorité inférieure pour qu'elle entre en matière et se prononce sur le fond de l'affaire (cf. ATF 138 III 46 consid. 1.2 ; Weissenberger/Hirzel, in : Praxiskommentar VwVG, 2e éd. 2016, art. 61 PA no 19).
2.3
2.3.1 Le Tribunal se limitera donc à examiner si, au cas d'espèce, l'autorité inférieure était fondée à ne pas entrer en matière sur la requête de subsides n°[...] déposée par le recourant. Dès lors que l'autorité inférieure n'a pas procédé à un examen de la qualité scientifique du projet de recherche présenté, lequel ne fait donc pas partie de l'objet de la contestation, le Tribunal de céans ne peut l'examiner. En ce sens, la conclusion du recours tendant à l'admission de la demande de subsides doit, dans cette mesure, être déclarée irrecevable à ce stade, étant considéré qu'en cas d'admission du recours, la cause devrait être renvoyée à l'autorité inférieure afin qu'elle entre en matière sur la requête d'encouragement et examine la réalisation des conditions matérielles pour l'octroi du subside.
2.3.2 Dans ce contexte, c'est à juste titre que l'autorité inférieure a relevé que la critique du recourant relative à la possibilité de rendre des décisions de non-entrée en matière sans qu'un examen scientifique du projet de recherche ne soit réalisé était infondée. Les conditions d'entrée en matière permettent notamment d'assurer que le FNS n'examine et n'encourage que des requêtes portant sur des projets de recherche qui répondent aux conditions légales et, ainsi, d'utiliser les deniers publics de manière efficiente (cf. art. 22 du Règlement des subsides).
Comme l'a rappelé l'autorité inférieure, il peut ici également être précisé que la décision querellée ne porte nullement sur les qualifications scientifiques du recourant, lesquelles font parties des autres conditions d'entrée en matière personnelles (cf. art. 10 al. 5 et 6 du Règlement des subsides ; chiffre 1.10 du Règlement d'exécution ; art. 4 du Règlement relatif à l'encouragement de projets du 4 novembre 2014 [pièce n°6 du dossier de l'autorité inférieure]), mais aussi des critères d'évaluation déterminants pour l'octroi de subsides de l'encouragement de projets (cf. not. art. 24 du Règlement des subsides, art. 15 du Règlement relatif à l'encouragement de projets du 4 novembre 2014 [pièce n°6 du dossier de l'autorité inférieure]).
2.3.3 Dans une remarque au pied de son mémoire de recours, le recourant fait grief, sans autre précision, à l'autorité inférieure de ne pas avoir encore statué sur sa requête [...] du 16 juin 2023 dans le cadre du partenariat européen Transforming Health and Care Systems (THCS). Il produit, à cet égard, en pièce n°2 une Full Proposal - Attachment ([...]) portant sur le même projet de recherche que celui objet de la requête n°[...]. Dans la mesure où la décision attaquée a pour objet exclusivement la non-entrée en matière sur la requête de subsides n°[...], le Tribunal ne s'attardera pas davantage sur cet appel à projets commun dans le cadre du programme Horizon Europe. Tout au plus, peut-il être mentionné que l'autorité inférieure a indiqué, dans sa réponse, que le recourant n'avait pas déposé de requête pour l'instrument d'encouragement THCS auprès du FNS en 2023. En effet, il ressort des indications figurant sur le site internet de l'autorité inférieure que les requérant-e-s suisses doivent, en plus de la requête à déposer sur le système de soumission en ligne du partenariat THCS, soumettre une requête administrative au FNS via mySNF (cf. https://www.snf.ch/fr/euJIUpeqriyuwq0I/news/transforming-health-and -care-systems-thcs-appel-a -projets-europeen), ce qui ne semble pas avoir été le cas en l'espèce.
3. L'art. 13 al. 3 LERI prévoit que le requérant peut former un recours pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), et pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b). Le requérant ne peut en revanche pas recourir pour inopportunité de la décision attaquée. Contrairement à la retenue que s'impose le Tribunal à l'égard de l'évaluation de la qualité scientifique d'un projet présenté ou de la qualification scientifique du requérant, il examine les griefs soulevés avec un plein pouvoir d'examen, dans la mesure où - comme en l'espèce - le recourant conteste l'interprétation et l'application de prescriptions légales ou se plaint de vices de procédure (cf. ATAF 2007/37 consid. 2.1 s. ; parmi d'autres : arrêts du TAF B-2881/2022 du 22 avril 2024 consid. 2 et les réf. cit. et B-5027/2019 du 5 octobre 2020 consid. 3 et la réf. cit.).
4. L'objet du litige consiste à déterminer si la Fondation D._______, dont le recourant est le fondateur et le président du Conseil de fondation, constitue un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles au sens notamment de l'art. 10 al. 2 du Règlement des subsides. Il n'est pas contesté que la Fondation D._______ n'est pas un établissement de recherche du domaine des hautes écoles au sens de cette disposition, comme le sont, par exemple, notamment les universités cantonales, les écoles polytechniques fédérales (EPF) et les hautes écoles spécialisées (HES ; cf. art. 4 let. c LERI).
À cet égard, il s'agira tout d'abord d'examiner si le droit d'être entendu du recourant a été respecté (cf. infra consid. 5), puis, après avoir rappelé le cadre légal applicable (cf. infra consid. 6), de se pencher sur les griefs soulevés à l'encontre de la décision querellée (cf. infra consid. 7 et 8).
5. Le recourant dénonce une violation de son droit d'être entendu. Dès lors qu'il est de nature à entraîner l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès au fond, il y a lieu d'examiner ce grief de nature formelle en priorité (cf. ATF 142 III 48 consid. 2.2 et réf. cit. ; arrêts du TAF B-2257/2023 du 22 juillet 2024 consid. 4, B-4500/2022 du 22 juin 2023 consid. 3.3).
5.1 Le recourant soutient que l'autorité inférieure aurait dû lui exposer les critères que doit remplir une institution pour être considérée comme un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles au sens de l'art. 5 LERI et, le cas échéant, l'interpeller afin qu'il puisse compléter sa demande de subside. En particulier, il allègue avoir fourni des documents permettant de démontrer que la Fondation D._______ emploie suffisamment de personnel de recherche et qu'elle dispose d'un budget dédié au financement de la recherche. En ne donnant pas l'occasion au recourant de fournir des précisions et des explications complémentaires sur ces points avant de rendre sa décision, l'autorité inférieure aurait violé son droit d'être entendu.
5.2 Le droit d'être entendu, inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst. ; RS 101), comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents du dossier avant qu'une décision ne soit prise concernant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles, ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (cf. ATF 148 II 73 consid. 7.3.1, 145 I 167 consid. 4.1, 142 III 48 consid. 4.1.1; 140 I 285 consid. 6.3.1 et les arrêts cités). En procédure administrative fédérale, cette garantie constitutionnelle est concrétisée en particulier par les art. 12 ss et 29 ss PA (cf. arrêt du TF 2C_790/2019 du 14 septembre 2020 consid. 4.1 et l'arrêt cité). De jurisprudence constante, l'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1, 144 II 427 consid. 3.1.3).
5.3 La procédure administrative fédérale exige donc de l'autorité qu'elle entende les parties avant de prendre une décision (cf. art. 30 al. 1 PA).
Ce droit se rapporte surtout à la constatation des faits. Le droit des parties d'être interpellées sur des questions juridiques n'est reconnu que de manière restreinte, lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, lorsque la situation juridique a changé ou lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large (cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les réf. cit. ; parmi d'autres : arrêt du TF 4A_525/2017 du 9 août 2018 consid. 3.1).
Le droit d'être entendu ne porte en principe pas sur la décision projetée. L'autorité n'a donc pas à soumettre par avance aux parties, pour prise de position, le raisonnement qu'elle entend tenir (cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les réf. cit. ; cf. Wiederkehr/Meyer/Böhme, VwVG Kommentar Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren und weitere Erlasse, 2022, art. 30 n° 6). Toutefois, lorsqu'elle envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, le droit d'être entendu implique de donner au justiciable la possibilité de se déterminer à ce sujet (cf. ATF 145 IV 99 consid. 3.1, 145 I 167 consid. 4.1 ; not. arrêts du TF 6B_1029/2020 du 5 octobre 2021 consid. 2.1, 1B_507/2020 du 8 février 2021 consid. 3.3.2, 6B_196/2020 du 14 octobre 2020 consid. 2.1).
5.4 Au cas d'espèce, force est de constater que les critiques du recourant en lien avec l'exercice de son droit d'être entendu sont mal fondées. Premièrement, il ressort du dossier que le FNS a interpellé, à de nombreuses reprises, le recourant, par courriels et par téléphone, concernant l'éligibilité de la Fondation D._______. Il lui a posé des questions concernant les éléments qui nécessitaient, à son avis, un complément d'informations, notamment s'agissant du personnel et du budget de recherche de la fondation (cf. pièces n° 1.3 [échanges avec le FNS dans le cadre de la demande IICT] et 2.6 [échanges avec le FNS dans le cadre de la requête n°[...]] du dossier de l'autorité inférieure). L'autorité inférieure s'est montrée également transparente sur les doutes qu'elle nourrissait à l'égard de la question de savoir si la Fondation D._______ était légitimée à déposer une requête de subside (cf. not. pièces n° 1.3.4). Le recourant a eu la possibilité de prendre position, de fournir des documents complémentaires et ainsi de compléter sa requête, ce qu'il a fait à plusieurs reprises. Et ce, quand bien même l'art. 23 du Règlement des subsides prévoit que le FNS statue sur la base des documents qui lui sont parvenus avec la requête, sans que les requérant-e-s n'aient un droit à compléter leur requête après sa remise, sous réserve de la correction de lacunes ou d'irrégularités pouvant être corrigées « sans autre ». Par conséquent, l'autorité inférieure a instruit la demande avec le soin et la diligence requise, dans le respect du droit d'être entendu du recourant.
5.5 Partant, le grief tiré d'une violation du droit d'être entendu doit être rejeté.
6. Il convient désormais d'exposer, dans les grandes lignes, les règles qui régissent l'octroi de subsides par le FNS, en particulier les conditions relatives à la personne du requérant.
6.1
6.1.1 Le Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS) est l'organe de la Confédération, organisé sous la forme d'une fondation au sens des art. 80 ss du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), chargé d'encourager la recherche scientifique dans toutes les disciplines représentées dans les établissements de recherche du domaine des hautes écoles (cf. art. 4 let. a ch. 1 et art. 10 al. 1 LERI ; art. 1 al. 1 des Statuts du Fonds national suisse de la recherche scientifique du 30 mars 2007, approuvés par le Conseil fédéral le 4 juillet 2007, le 27 juin 2012 et le 27 mars 2015 [ci-après : Statuts du FNS]). Le FNS utilise les contributions qui lui sont allouées par la Confédération pour encourager principalement les projets de recherche d'excellence et une relève scientifique hautement qualifiée (cf. art. 10 al. 2 let. a et. b LERI).
Dans le cadre de ses activités d'encouragement, le FNS alloue des contributions aux établissements de recherche du domaine des hautes écoles et à des établissements de recherche à but non lucratif situés en dehors du domaine des hautes écoles afin de compenser les coûts de recherche indirects qu'ils encourent (cf. art. 10 al. 4 LERI).
6.1.2 Selon l'art. 3 et l'art. 4 let. a ch. 1 LERI, le FNS est soumis à la LERI dans la mesure où il utilise des moyens fournis par la Confédération pour ses activités de recherche et d'innovation. L'art. 6 al. 1 let. a LERI prescrit que, dans la planification des activités financées par la Confédération, les organes de recherche veillent au respect des principes suivants : la liberté de la recherche, la qualité scientifique de la recherche et de l'innovation et la diversité des opinions et des méthodes scientifiques.
6.2
6.2.1 Conformément à l'art. 13 al. 1 LERI, les institutions chargées d'encourager la recherche fixent la procédure régissant les décisions relatives aux subsides ; cette procédure doit répondre aux exigences des art. 10 et 26 à 38 PA (également : art. 10 al. 1 du Règlement des subsides). Les statuts et les règlements du FNS - qui, conformément à l'art. 9 al. 3 LERI, doivent être approuvés par le Conseil fédéral lorsqu'ils règlent des tâches pour lesquelles des moyens de la Confédération sont utilisés - arrêtent de manière détaillée les conditions d'octroi de subsides. Il convient de se référer au Règlement des subsides, ainsi qu'au règlement d'exécution général relatif au règlement des subsides du 9 décembre 2015 (ci-après : règlement d'exécution).
6.2.2 Dans tous les cas, l'autorité administrative est tenue, lorsqu'elle octroie des subventions, de se conformer aux principes généraux régissant toute activité administrative, soit notamment le respect de la légalité, de l'égalité de traitement, de la proportionnalité et de la bonne foi, ainsi que l'interdiction de l'arbitraire (cf. ATF 136 II 43 consid. 3.2, 131 II 306 consid. 3.1.2, cf. aussi : Häner/Lienhard/Uhlmann/Vogel/Kern/Acher- mann, Besonderes Bundesverwaltungsrecht, 9e éd., 2021, p. 105).
6.2.3 Le FNS alloue des subsides pour la promotion de la recherche scientifique, notamment la recherche fondamentale ; nul ne peut se prévaloir d'un droit à un subside (cf. art. 1 du Règlement des subsides). Dans le cadre de l'encouragement de projets - comme c'est le cas en l'espèce - le FNS octroie des subsides à des scientifiques qualifiés pour l'exécution autonome et responsable de projets de recherche. ll prend en charge notamment les coûts et les mesures relatifs à l'exécution des projets de recherche (cf. art. 3 du Règlement des subsides).
6.3
6.3.1 Conformément à l'art. 10 du Règlement des subsides, lequel porte sur les conditions fixées pour les requérant-e-s et la soumission des requêtes, les personnes physiques qui exercent une activité de recherche scientifique en Suisse ou étroitement liée à la Suisse sont habilitées à déposer une requête (al. 1). Une activité de recherche scientifique en Suisse ou étroitement liée à la Suisse existe lorsque la ou le requérant-e est engagé, selon le droit suisse pour la durée du projet de recherche concerné, auprès d'un établissement de recherche du domaine des hautes écoles ou d'un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles dont le siège est situé en Suisse et dont le financement de base est majoritairement suisse, ou qu'un tel engagement lui a été confirmé par écrit. Le lieu de recherche peut se situer à l'étranger (al. 2). L'activité de recherche scientifique, y compris une éventuelle activité d'enseignement, doit correspondre au moins à un volume de travail de 50 %. Les chercheuses et chercheurs dont le taux d'activité scientifique est plus bas sont autorisés à déposer une requête si leur activité de recherche scientifique et d'enseignement s'exerce habituellement dans le cadre d'une autre activité professionnelle. Le Conseil de la recherche définit des modalités d'application dans les dispositions d'exécution (al. 3).
Il s'agit des conditions formelles que les personnes ainsi que les projets doivent remplir avant que le FNS ne procède à l'évaluation scientifique. Partant, le FNS n'entre pas en matière sur les requêtes si ces conditions ne sont pas réunies (cf. art. 22 du Règlement des subsides).
6.3.2 La LERI contient une définition des établissements de recherche à but non lucratif situés en dehors du domaine des hautes écoles. Aux termes de l'art. 5 LERI, les établissements de recherche à but non lucratif situés en dehors du domaine des hautes écoles sont les institutions de droit privé ou public qui ne sont pas des organes de recherche au sens de l'art. 4, dont le but est de faire de la recherche et qui remplissent les conditions suivantes : a. leur activité de recherche ne génère aucun avantage lucratif pour leurs responsables ou leurs propriétaires ; b. leur recherche est comparable en niveau et en qualité à celle des établissements de recherche du domaine des hautes écoles. Ces conditions strictes, cumulées à celles ancrées à l'art. 9 al. 5 LERI, doivent être remplies cumulativement (cf. arrêt du TAF B-695/2017 du 8 novembre 2017 consid. 5.2.1 ; Markus Schott, Die schweizerische Bundesverfassung, St.Galler Kommentar, 4ème éd. 2023, art. 64 N 25).
Conformément au Message, dans la mesure où ils remplissent les conditions requises, sont considérés comme tels par exemple les établissements de recherche juridiquement indépendants et financés par le secteur privé, les bureaux privés d'études, ou encore les établissements publics tels que des établissements de recherche cantonaux ou des établissements de recherche du domaine hospitalier (cf. Message du 9 novembre 2011 relatif à la révision totale de la loi sur l'encouragement de la recherche et de l'innovation, FF 2011 8089, p. 8133).
6.3.3 Le législateur a ainsi voulu tenir compte dans la LERI en particulier des institutions de recherche dans le domaine hospitalier, lesquelles sont expressément mentionnées. Le Tribunal de céans a déjà eu l'occasion de rappeler qu'il est nécessaire que, compte tenu de leur orientation et de leur organisation, ces institutions puissent effectivement être qualifiées d'établissements de recherche, c'est-à-dire qu'elles disposent en particulier de leurs propres infrastructures, de leurs appareils, de leurs laboratoires et de leurs ressources humaines dédiés à la recherche et qu'elles servent institutionnellement un but de recherche. En conséquence, l'institution doit présenter les caractéristiques d'un établissement de recherche pour satisfaire aux conditions de l'art. 5 LERI. Ainsi, dans l'application de cette disposition, il peut être exigé que celles-ci mentionnent un objectif de recherche dans leurs bases juridiques et qu'elles disposent de leur propre département de recherche avec les installations correspondantes et du personnel spécialement engagé à cet effet. Dans le cadre de cette disposition légale, le législateur n'a pas souhaité autoriser le financement public de toutes les institutions du secteur hospitalier dans lesquelles travaillent des chercheurs (cf. arrêt du TAF B-695/2017 du 8 novembre 2017 consid. 5.2.3).
6.3.4 Fondée notamment sur cette jurisprudence, l'autorité inférieure a développé une pratique dans l'application de l'art. 5 LERI (cf. réponse de l'autorité inférieure, p. 5 s. ; observations spontanées du 8 novembre 2024). Cette pratique est fondée sur trois critères : 1) le but de l'institution est de faire de la recherche ; 2) les responsables et les propriétaires de l'institution ne retirent aucun avantage lucratif de l'activité de recherche ; 3) la recherche est comparable en niveau et en qualité à celles des établissements de recherche du domaine des hautes écoles. Ces critères sont, à leur tour, concrétisés à l'aide de sous-critères d'évaluation résumés dans un tableau établi par l'autorité inférieure (cf. pièce 4 du dossier de l'autorité inférieure).
6.4
6.4.1 Conformément au chiffre 1.3 al. 2 du Règlement d'exécution, un engagement auprès d'un établissement de recherche du domaine des hautes écoles ou d'un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles au sens de la LERI doit exister. L'institution doit nommément afficher la poursuite d'un objectif de recherche et il est nécessaire que, en cas d'engagement auprès d'institutions de droit public et/ou privé, les responsables ou propriétaires ne tirent aucun avantage lucratif des activités de recherche.
6.4.2 Selon le ch. 1.5 du Règlement d'exécution, une requête ne peut être déposée que lorsqu'il existe un engagement au sens juridique du terme, dans un établissement de recherche autorisé, à raison d'un taux d'activité d'au moins 50% (al. 1). Les autres relations entretenues avec un établissement de recherche, qu'il s'agisse de personnes engagées avec un taux d'occupation inférieur à 50%, de chargés de cours, de professeurs titulaires ou d'autres titres, de relations entretenues dans le cadre de coopérations ou d'invitations ne permettent pas en tant que telles le dépôt d'une requête lorsqu'il n'existe pas simultanément d'engagement au sens de l'alinéa 1 (al. 2).
L'alinéa 2 du chiffre 1.5 du Règlement d'exécution exclut ainsi expressément les coopérations avec des établissements de recherche. De telles relations de coopération ne permettent pas de justifier le droit à déposer une requête de subsides, dès lors qu'elles ne permettent pas de satisfaire les conditions posées par le LERI, à savoir l'objectif de recherche de l'institution et l'activité de recherche de l'institution. Il en va de même pour d'autres formes de collaboration, telles que les mandats d'enseignement ou les chaires de professeur titulaire mentionnés au même alinéa 2, qui sont également considérés comme insuffisants pour fonder le droit de déposer une requête. Conformément au ch. 1.5 du Règlement d'exécution, un emploi au sens juridique, c'est-à-dire un contrat de travail, avec un taux d'occupation d'au moins 50% dans un établissement de recherche est nécessaire pour justifier le droit de déposer une requête de subsides auprès du FNS (cf. arrêt du TAF B-695/2017 précité consid. 5.3.2). Conformément au point 1.1 du Règlement d'exécution, l'engagement doit être démontré par le requérant ou la requérante. Il doit exister dans une institution qui, au sens des articles 4 et 5 LERI, est qualifiée pour bénéficier d'une aide à la recherche (Ibidem).
7. Au cas d'espèce, il convient de relever ce qui suit.
7.1 Est premièrement litigieuse la question de savoir si la Fondation D._______ poursuit le but de faire de la recherche.
7.1.1 Dans son mémoire de recours, A._______ soutient que le but de la fondation, tel qu'il ressortait de ses statuts avant leur modification du 1er octobre 2024, comprenait déjà la recherche fondamentale et clinique. Selon lui, l'autorité inférieure ferait preuve de formalisme excessif en exigeant une modification des statuts de la Fondation D._______, d'autant plus qu'un autre établissement, G._______, qui avait des statuts similaires, était pourtant considéré comme éligible au dépôt de requêtes auprès du FNS. Du reste, l'autorité inférieure aurait, à son sens, pu accepter la Fondation D._______ comme établissement éligible, sous la condition qu'elle explicite ses statuts. Dans le cadre de sa réplique, le recourant précise que la Fondation D._______ a décidé de modifier son but social afin d'ajouter formellement « la fondation a pour but d'initier et de faire de la recherche ». Cette modification du but statutaire, intervenue le 1er octobre 2024, soulignerait l'engagement du recourant à se conformer aux exigences du FNS et ne ferait que formaliser une réalité existante depuis des années. En effet, la Fondation D._______ mènerait activement des recherches depuis sa création, en 2013, comme en témoignerait ses nombreuses publications et projets scientifiques. Le fait que ce critère ne puisse être satisfait par une simple modification administrative démontrerait son caractère excessivement formaliste, ainsi qu'une approche trop rigide et bureaucratique de la part de l'autorité inférieure.
7.1.2 Au premier chef, le Tribunal constate que l'art. 3 des statuts de la fondation D._______ avant leur modification, le 1er octobre 2024, avait le libellé suivant : « la fondation a pour but de promouvoir et de soutenir la recherche fondamentale et clinique, et l'enseignement dans le domaine de la chirurgie orthopédique, la médecine du sport, la traumatologie et l'imagerie de l'appareil moteur, de soutenir les investigations concernant les blessures dans le sport et de promouvoir et de soutenir les campagnes et les actions visant à prévenir les blessures survenant dans la pratique d'une activité sportive ou professionnelle. Elle peut effectuer toute opération se rapportant directement ou indirectement à son but. » (cf. pièce n°13 déposée à l'appui du recours). Quoiqu'en dise le recourant, les statuts originaires de la fondation ne prévoyaient pas explicitement que la fondation avait pour but de faire de la recherche et de réaliser, sous sa direction, ses propres projets de recherche. Aucun autre document juridique relatif à la Fondation D._______ ne mentionnait expressément qu'elle avait pour but de mener une activité de recherche. Or, comme le souligne à juste titre l'autorité inférieure, les critères doivent être remplis au moment du dépôt de la requête ou au plus tard au moment de la prise de décision de l'autorité inférieure (cf. arrêt du TAF B-695/2017 précité consid. 5.4.2). La modification des statuts de la fondation étant intervenue le 1er octobre 2024 (cf. pièces n° 59 et 60 produites à l'appui des observations complémentaires du 21 octobre 2024), soit près d'une année après le rendu de la décision attaquée, le 27 novembre 2023, elle ne peut ainsi pas être prise en compte. Contrairement à ce que fait valoir le recourant, on ne discerne pas en quoi cette exigence tendant à ce que le but de faire de la recherche trouve un ancrage juridique relèverait du formalisme excessif. Pour rappel, il y a formalisme excessif lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (cf. ATF 149 IV 9 consid. 7.2). Or, cette condition, laquelle ressort directement du texte légal (cf. art. 5 LERI) vise précisément à ce que seules les institutions qui peuvent être qualifiées d'établissement de recherche au sens de la loi, à savoir celles qui font de la recherche elles-mêmes, puissent bénéficier des fonds fédéraux alloués à la recherche. Aussi, les établissements de recherche doivent bénéficier d'une certaine pérennité, ce qui implique a minima que le but de faire de la recherche ressorte explicitement des normes juridiques les régissant. L'autorité inférieure est d'autant moins tombée dans le formalisme excessif que, comme on le verra plus en détail ci-après (cf. infra consid. 7.2), il ne ressort pas du dossier de la cause que le but de faire de la recherche se traduise suffisamment dans l'organisation et l'activité de la Fondation D._______, à tout le moins au moment auquel la décision attaquée a été rendue. Le recourant admet d'ailleurs lui-même, quand bien même il fait valoir ladite fondation serait l'un des organes de recherches les plus actifs en Suisse, que sa mission est avant tout de soutenir la recherche par le biais de subventions accordées à des chercheurs auxquels elle n'est pas affiliée, « voire d'effectuer elle-même de la recherche » (cf. mémoire de recours, p. 22 s.). En outre, les rapports d'activités de la Fondation D._______ en 2021 et 2022 indiquaient qu'elle « avait pour mission de promouvoir et de soutenir la recherche médicale, fondamentale et clinique, ainsi que l'enseignement » et que plus de 50 projets de recherche avaient été soutenus au cours de ces années (cf. pièces n°15 à l'appui du recours). Au demeurant, le recourant est mal fondé à se réclamer des statuts prétendument similaires d'une autre institution, laquelle serait éligible, pour en conclure que le FNS ne devrait pas se « formaliser sur des mots ou des tournures » ou aurait dû accepter sa requête de subsides sous « la condition d'une mise en conformité » (cf. mémoire de recours, p. 16). En effet, si l'autorité inférieure a certes indiqué au recourant, dans un courriel et en guise d'explications, qu'une autre institution remplissait les critères de l'art. 5 LERI (cf. pièce n° 2.6.3 du dossier de l'autorité inférieure ; pièce n° 41 à l'appui du recours), le recourant produit les statuts (cf. pièces n° 45 et 46 à l'appui du recours) d'entités juridiques distinctes de celle mentionnée par l'autorité inférieure (cf. réponse, p. 7). Le dossier de la cause ne laisse apparaître aucune inégalité de traitement à cet égard.
7.2 Ensuite, étant constaté que le critère relatif au but non lucratif de l'institution n'est pas litigieux, il sied d'examiner plus avant si la recherche menée par la Fondation D._______ est comparable en niveau et en qualité à celle des établissements de recherche du domaine des hautes écoles.
7.2.1 Le recourant précise à cet égard que la Fondation D._______ emploie, directement ou indirectement, des secrétaires scientifiques, de même que des personnes bénéficiant du Master of Engineering et qu'elle s'associait également du personnel sous forme de mandats de consulting, notamment au travers de la société H._______ SA, et ce, afin de limiter ses charges fixes. À ce sujet, le recourant reproche à l'autorité inférieure de se contredire lorsqu'elle relève le fait que certaines activités de la fondation seraient sous-traitées, dans la mesure où le FNS aurait admis qu'il était parfois nécessaire de réaliser des expériences scientifiques en différents lieux. Selon le recourant, la collaboration de la Fondation D._______ avec des entités externes ne remettrait pas en cause le caractère institutionnel de la recherche menée par ladite fondation. Au demeurant, la personne travaillant auparavant auprès de H._______ aurait été engagée auprès de la fondation D._______. D'ailleurs, le recourant soutient que ni la réglementation, ni la jurisprudence pertinente n'exigerait une taille critique spécifique s'agissant du groupe de recherche de la fondation D._______ et des infrastructures à sa disposition. L'interprétation de l'autorité inférieure portant sur l'exigence d'un personnel suffisant serait axée sur une approche quantitative de la recherche, laquelle tendrait à pousser la fondation à embaucher des chercheurs superflus et à un gaspillage de ressources. Or, cette approche pourrait conduire à des décisions arbitraires et discriminatoires. Le recourant argue encore que l'autorité inférieure ne serait pas légitimée à reprocher à la Fondation D._______ de ne pas disposer de sa propre infrastructure, dans la mesure où les institutions qui louerait les locaux qu'elles occupent seraient, elles-aussi, soumises au bon vouloir de leur bailleur qui pourrait résilier le contrat de bail. Du reste, la liste d'infrastructures dont dispose la fondation serait impressionnante et ne cesserait de croitre avec l'acquisition de casques de réalité virtuelle. Certes, certaines infrastructures (bureaux, imagerie) étaient mises à disposition de la fondation par l'Hôpital F._______. Il n'en demeurait pas moins que la fondation était à même de disposer effectivement des structures lui permettant de remplir ses buts statutaires. De l'avis du recourant, le FNS ne saurait imposer à la Fondation D._______ l'achat d'infrastructures alors même qu'elle a obtenu des garanties lui assurant de disposer des infrastructures nécessaires sans coûts additionnels. L'interprétation que l'autorité inférieure fait de ce critère serait contraire au droit fédéral. Finalement, une limitation du soutien aux seuls instituts déjà bien dotés en moyens et en personnel irait à l'encontre de l'esprit de la loi, en excluant de fait les petits groupes de recherche dynamique.
7.2.2 L'autorité inférieure est en substance d'avis que les ressources humaines engagées par la Fondation D._______ sont insuffisantes pour prétendre avoir à sa disposition une équipe de recherche suffisamment qualifiée pour mener durablement des projets de recherche de qualité. Aussi, le recourant n'aurait pas démontré que la fondation disposait, de manière pérenne, d'un minimum d'infrastructures de recherche propres.
7.2.3 Le Tribunal retient ce qui suit.
7.2.3.1 L'autorité inférieure a constaté, sans que cela ne soit remis en question par le recourant, qu'il ressortait des pièces au dossier que le personnel de recherche de la Fondation D._______ était uniquement composé de deux personnes titulaires d'un Master in Engineering à temps plein et d'une secrétaire scientifique, également à temps plein (cf. pièces n° 1.3.18 [courrier du recourant du 28 septembre 2023 en réponse à des questions de l'autorité inférieure], n°2.6.8 - 2.6.11 [échange de courriels du 9 novembre 2023 entre le recourant et l'autorité inférieure] du dossier de l'autorité inférieure ; mémoire de recours, p. 17 et pièce n°12 à l'appui du recours). Le Tribunal considère que c'est à juste titre que l'autorité inférieure rappelle que la taille de l'équipe de recherche doit permettre à l'établissement d'initier et de diriger durablement des projets de recherche d'un niveau scientifique élevé. Il estime que l'autorité inférieure peut être suivie lorsqu'elle indique que le personnel de la Fondation D._______, sans se prononcer sur ses qualifications, est insuffisant pour retenir que l'on est en présence d'un groupe de chercheurs permettant de se livrer durablement à des activités de recherche de qualité comparable à celle menées au sein des établissements de recherche du domaine des hautes écoles. Certes, le recourant invoque, dans son recours, que l'activité de recherche est sous-traitée à des sociétés tierces, en particulier H._______ SA, avec laquelle la fondation serait liée par un mandat de consulting. Or, l'appréciation de l'autorité inférieure selon laquelle le personnel sous-traitant de la fondation ne peut pas être considéré comme personnel de la Fondation D._______, dans la mesure où l'activité de recherche n'est pas institutionnalisée mais, au contraire, externalisée, ne prête pas le flanc à la critique. Aussi, le recourant précise que la Fondation D._______, qui se doit de rester légalement indépendante, soutient de nombreux projets de recherche menés par des chercheurs qui ne lui sont pas affiliés. Selon lui, il semblerait inopportun, voire illégal et contraire aux règles de l'éthique, que les chercheurs qui publient des recherches soient employés d'une institution (cf. mémoire de recours, p. 23 ; pièce n° 1.3.18 du dossier de l'autorité inférieure). Le Tribunal prend acte de cette argumentation du recourant qui résulte d'une mauvaise compréhension de sa part en ce qui concerne les règles relatives à l'encouragement de projets par le FNS. Au demeurant, le Tribunal ne discerne pas ce que l'intéressé entend tirer de l'argument selon lequel l'une des personnes travaillant auparavant auprès de H._______ aurait été engagée auprès de la fondation D._______ en 2001, d'autant moins qu'il s'est contredit à ce sujet en indiquant que l'intéressé effectuait un mandat de consulting externe pour la fondation (cf. mémoire de recours, p. 24).
7.2.3.2 Contrairement à ce que laisse entendre le recourant, l'autorité inférieure n'a pas exigé que la Fondation D._______ soit propriétaire de toute son infrastructure dédiée à la recherche. Cela étant, elle a retenu que la fondation devait posséder de manière pérenne un minimum d'équipements de recherche et de locaux dédiés. La base juridique fondant cette possession (contrat d'achat, de bail ou de prêt) n'est pas décisive en soi, tant qu'elle s'inscrit dans la durée et revêt une certaine stabilité. En effet, il est nécessaire de s'assurer que l'établissement de recherche ne dépende pas du bon vouloir d'une personne tierce, qui pourrait révoquer à tout moment l'accès à l'infrastructure et ainsi mettre en péril les activités de recherche. Le recourant, qui a été amené par l'autorité inférieure à préciser à plusieurs reprises les infrastructures à disposition de la Fondation D._______ avant le rendu de la décision attaquée, a indiqué, pour l'essentiel, que la fondation partageait des laboratoires et les locaux avec l'Hôpital F._______ et que la première disposerait ainsi des infrastructures d'imagerie par résonance magnétique (IRM), d'imagerie par tomodensitométrie (TMD), de chirurgie du système musco-squelettique, d'imagerie médicale, de cryothérapie et d'hypoxie du second. Par ailleurs, de la littérature et des logiciels scientifiques, tels que Endnote, appartiendraient uniquement à la Fondation D._______ (cf. not. pièces n° 1.3.18 [courrier du recourant du 28 septembre 2023 en réponse à des questions de l'autorité inférieure et ses annexes] et n° 1.3.21 [courrier du recourant du 15 octobre 2023 en réponse aux questions de l'autorité inférieure] du dossier de l'autorité inférieure ; pièces n° 16 et 30 à l'appui du recours). En outre, la fondation disposerait d'appareils dans le domaine de l'analyse de mouvement, de l'analyse de la force et de l'analyse des tissus mous et de la rééducation (cf. mémoire de recours, p. 19).
Sur le vu de ses explications, le Tribunal retient, avec l'autorité inférieure, que le fait que la Fondation D._______ puisse utiliser les infrastructures de recherche de l'Hôpital F._______ et bénéficie d'un accès exclusif à des publications et à des logiciels scientifiques ne permet pas de considérer qu'elle bénéficie, elle-même, d'infrastructures propres suffisantes permettant d'initier et de diriger des projets de recherche de haute qualité sur le long terme. Du reste, bien que le recourant allègue que la mise à disposition de l'infrastructure et des équipements de l'Hôpital F._______ soit effective, nonobstant sa gratuité, il ne produit aucun document signé par la fondation et ledit hôpital portant sur la mise à disposition des locaux et des équipements.
7.2.3.3 Les critiques du recourant quant au fait que ni la règlementation, ni la jurisprudence n'exigerait une taille critique s'agissant du groupe de recherche, ni un seuil quant aux infrastructures à disposition et que ces critères iraient à l'encontre de l'esprit de la loi sont, elles aussi, mal fondées. Premièrement, l'autorité inférieure n'a nullement fixé un seuil déterminant dans l'application de ces critères mais a uniquement constaté que le personnel et les infrastructures de la Fondation D._______ étaient insuffisants pour permettre à cette institution de se prévaloir d'un ancrage institutionnel. Ensuite, il peut être rappelé que l'autorité inférieure bénéficie d'une marge d'appréciation dans la fixation du contenu des critères d'évaluation des requêtes. Dans la mesure où l'exigence de personnel et d'infrastructures suffisants trouve un ancrage suffisant dans la loi (cf. art. 5 LERI ; en lien avec les exigences moins strictes relatives au principe de la légalité dans le domaine des subventions : cf. ATF 138 I 378 consid. 7.2 ; arrêts du TAF B-2257/2023 du 22 juillet 2024 consid. 7.3, B-4357/2022 du 24 avril 2023 consid. 7.2), l'on ne saisit pas en quoi l'autorité inférieure aurait abusé de son pouvoir d'appréciation en retenant que ces critères étaient pertinents et appropriés pour déterminer si l'institution en question peut être qualifiée d'établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles. De fait, comme le fait remarquer l'autorité inférieure, ces exigences, qui visent à assurer une stabilité institutionnelle et une pérennité de la recherche, garantissent in fine une utilisation efficiente des fonds publics. Un excès ou un abus du pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure apparaît d'autant moins que la jurisprudence du Tribunal de céans, dont il n'y a pas de raison de s'écarter, retient ces critères comme pertinents dans l'application de l'art. 5 LERI (cf. arrêt du TAF B-695/2017 précité consid. 5.2.3 et 5.5).
7.2.4
7.2.4.1 Aussi, le recourant soutient avoir fourni les explications et les justificatifs nécessaires concernant le budget de la fondation dédié à la recherche. Soulignant que les comptes de cette dernière étaient révisés par un cabinet d'expertise comptable indépendant, l'intéressé a produit une projection de budget de la fiduciaire de la fondation pour les cinq prochaines années. Il en conclu que la fondation aura la capacité de financer ses recherches et son fonctionnement. En outre, les documents fournis à l'autorité inférieure, notamment le grand livre, seraient suffisants pour déterminer le montant alloué annuellement à la recherche par la fondation. Les doutes de l'autorité inférieure quant à la pérennité du budget de la Fondation D._______ pour la recherche seraient ainsi infondés. De fait, le recourant soutient que la fondation a toujours été financièrement stable et dispose de fonds propres suffisants, au contraire des universités suisses, régulièrement soutenues par le FNS, lesquelles étaient systématiquement déficitaires.
7.2.4.2 L'autorité inférieure, quant à elle, soutient que le budget de la fondation dédié au financement de la recherche n'a pas pu être établi, malgré ses demandes d'explications.
7.2.4.3 Le Tribunal considère que l'autorité inférieure doit être suivie lorsqu'elle indique que même si le financement d'un établissement de recherche est assuré, il est nécessaire que l'établissement prévoie un budget alloué à la recherche basé (principalement) sur ses fonds propres. À défaut, les activités de recherche au sein de l'établissement ne peuvent être garanties durablement. En effet, il n'est, d'une part, pas certain que l'établissement de recherche va allouer suffisamment de fonds pour son activité de recherche. D'autre part, si les activités de recherche sont financées uniquement ou principalement par des fonds de tiers (dons, subsides), le maintien de celles-ci dépend totalement ou majoritairement de tierces personnes. Il en résulte que si une source de financement tierce décide de mettre fin à son soutien financier à court terme, les activités de recherche au sein de l'établissement peuvent être mises en danger. Au cas d'espèce, force est de constater que les indications données par le recourant ne permettaient pas de parvenir au constat que la fondation D._______, dont le financement semble certes assuré (cf. pièce n° 44 à l'appui du recours [comptes de résultats prévisionnels 2023-2028]), disposait, de manière pérenne, d'un budget pour ses activités de recherche basé principalement sur ses fonds propres. Le recourant avait, en substance, expliqué à l'autorité inférieure que la fondation s'était engagée les services d'une équipe de collecte de fonds professionnelle et qu'elle avait le soutien de contributeurs majeurs, tels que I._______SA et de l'Hôpital F._______, pour les prochaines années (cf. voir not. pièces n°38 et 39 à l'appui du recours). Il a ajouté que n'étant pas une université bénéficiant d'importants subsides étatiques, la fondation ne pouvait pas produire un plan financier sur les cinq prochaines années. Ces explications sont - au regard du but légitime poursuivi par la règlementation - insuffisantes. Les critiques du recourant sur la situation financière des universités suisses n'y changent rien.
7.2.5
7.2.5.1 Le recourant allègue encore que la Fondation D._______ mènerait plusieurs dizaines de projets de recherche par année, depuis plus de cinq ans, dont le niveau était comparable en qualité à celle des établissements de recherche du domaine des hautes écoles. Il en veut pour preuve la liste des études en cours en son sein. Aussi, la Fondation D._______ disposerait d'un nombre significatif de publications scientifiques attestant de ses activités de recherche, tel que cela ressortait des plateformes PubMed et H-Index. Toujours selon le recourant, pour déterminer la qualité de la recherche et la capacité d'une institution à réaliser des activités de recherche, il conviendrait de s'intéresser, non pas au nombre de publications, mais au ratio entre le nombre de publications et le personnel engagé. Si l'autorité inférieure appliquait ce critère, elle pourrait constater que la Fondation D._______, tout en effectuant de la recherche à un niveau scientifique élevé, est nettement plus efficiente que les universités auxquelles elle fait régulièrement référence.
7.2.5.2 En substance, l'autorité inférieure soutient que bien que le recourant se prévale de projets prétendument réalisés sous la direction de la Fondation D._______, l'on ne trouvait, au moment où la décision attaquée a été rendue, aucune publication scientifique sous l'adresse de l'institution. Les allégations du recourant selon lesquelles la Fondation D._______ a effectué de la recherche ces dernières années mais n'a pas été mentionnée dans les affiliations sont, à son avis, contradictoires et ne méritent aucune protection.
7.2.5.3 Le Tribunal observe tout d'abord que, comme le souligne l'autorité inférieure, afin d'examiner si la recherche menée au sein de l'établissement en question est comparable en niveau et en qualité à celle des établissements de recherche du domaine des hautes écoles, il faut notamment qu'il existe suffisamment de publications scientifiques publiées sous l'adresse dudit établissement par des auteurs responsables. Or, comme le FNS l'a constaté, aucune publication n'est mentionnée sur la page internet de la Fondation D._______ (www. https://www.la-tour.ch/fr/fondation) et les publications scientifiques fournies par le recourant au cours de l'examen de sa demande de subsides ont notamment pour adresse l'Hôpital F._______, les Hôpitaux J._______ ou l'Université de E._______ (cf. pièces n°1.3.18 [List of publications only for A._______ of D._______] ; pièces n° 11 et 12 à l'appui du recours), mais non celle de la fondation. Pourtant, le recourant a été interpellé à ce sujet (cf. not. pièce n° 1.3.17 [courriel du 20 septembre 2023 du FNS au recourant] du dossier de l'autorité inférieure) mais n'a pas été en mesure fournir des documents permettant d'attester que des études scientifiques ont été publiées, avant le rendu de la décision attaquée, par des chercheurs affiliés à la Fondation D._______. Les publications mentionnées sur les plateformes PubMed et H-Index ne sont ainsi, en l'espèce, pas pertinentes, dans la mesure où elles ne peuvent, comme le fait remarquer l'autorité inférieure, être mises en lien qu'avec la personne du recourant et non avec la Fondation D._______ en tant que telle (cf. aussi à ce sujet infra consid. 8). La pièce n°50 produite à l'appui de son recours concernant une étude, réalisée en 2022, dans laquelle il est indiqué que le recourant est, en tant que l'un de ses auteurs, le « président et le fondateur de la Fondation D._______ » n'est manifestement pas suffisante pour conclure que la recherche a été menée par ladite fondation. Il en va de même concernant l'étude produite sous pièce n°49 qui ne mentionne pas la Fondation D._______ dans ses affiliations, mais uniquement comme l'ayant soutenue financièrement. Certes, le recourant a produit, dans le cadre de l'échange d'écritures mené dans la présente procédure de recours, quelques publications scientifiques dans lesquelles la Fondation D._______ était désormais mentionnée comme institut d'affiliation (cf. pièces 52 à l'appui de sa réplique ; pièces 62 à 64 à l'appui de ses observations complémentaires du 21 octobre 2024). Il précise, à cet égard, avoir modifié la manière dont il publie afin de s'adapter aux exigences relevant du formalisme excessif de l'autorité inférieure (cf. observations complémentaires du 21 octobre 2024, p. 3). Toutefois, ces publications datent de l'année 2024 et sont donc postérieures à l'examen de sa requête de subsides, de sorte qu'elles ne peuvent être prises en compte (cf. art. 23 du Règlement des subsides). Quoiqu'il en soit, elles sont, à elles seules, insuffisantes pour attester d'une activité de recherche sur une longue durée, d'autant que le sous-critère relatif aux publications scientifiques n'est qu'un critère parmi d'autres. Par ailleurs, l'autorité inférieure fait remarquer, à raison, que l'affiliation avec la Fondation D._______ mentionnée sur ces publications est toujours en lien avec le même chercheur, soit le recourant, et que ladite fondation n'est jamais la seule affiliation indiquée. Ces éléments rendent le lien entre la recherche effectuée et la fondation D._______ plus ténu (cf. duplique, p. 4).
7.2.6 Vu l'ensemble de ce qui précède, c'est à juste titre que l'autorité inférieure a considéré qu'il n'était pas établi que la recherche menée par la Fondation D._______ était comparable en niveau et en qualité à celle des établissements de recherche du domaine des hautes écoles.
8. Dès lors qu'il est établi que la Fondation D._______ ne pouvait être considérée, au moment de la décision attaquée, comme un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles au sens de l'art. 5 LERI, l'autorité inférieure a laissé ouverte la question de savoir si le recourant disposait, avec la fondation, d'un contrat de travail avec un taux d'emploi d'au minimum 50%. Dès lors que le recourant conteste la légalité même de cette condition et fait grand cas de cette question, les remarques suivantes s'imposent, au-delà de celles résultant déjà du considérant 6.4.
8.1 Le recourant se plaint d'une interprétation arbitraire de l'art. 10 al. 2 du Règlement des subsides et des articles du règlement d'exécution y relatifs. Selon lui, le fait d'exiger un contrat de travail auprès d'un établissement de recherche au sens de l'art. 5 LERI viole l'égalité de traitement et du principe de non-discrimination, car, à son sens, les responsables et propriétaires de ces établissements de recherche ne peuvent pas percevoir de salaire lié à l'activité de recherche soutenue par le FNS et sont donc de facto exclus du cercle des requérants et des requérantes. Le recourant invoque par ailleurs une violation du principe de la liberté économique, dans la mesure où, en substance, les critères du FNS favoriseraient les chercheurs et chercheuses affiliés aux universités et aux écoles polytechniques fédérales au détriment de chercheurs oeuvrant pour des institutions privées. Selon lui, l'attribution de fonds à des institutions publiques déjà subventionnées par l'État serait du reste un parfait exemple de subvention croisées, que la jurisprudence et le législateur voulaient éviter. L'intéressé fait valoir qu'il se livre à une activité scientifique intense qui correspond au minimum à un volume de travail de 50%, avec de nombreuses publications, sa présence dans de nombreux conseils de sociétés scientifiques et l'organisation de nombreux congrès dont le but est l'enseignement. De plus, il effectue une activité d'enseignement notamment dans le cadre de son activité de médecin associé aux Hôpitaux J._______, auprès d'étudiants de l'Université de E._______ mais surtout dans le cadre de sa start-up K._______ SA, qui est active dans l'enseignement de la médecine en ligne.
8.2 Comme on l'a vu (cf. supra consid. 6.3.1), le Règlement des subsides exige, pour l'encouragement d'un projet de recherche scientifique, un engagement auprès d'un établissement de recherche du domaine des hautes écoles ou d'un établissement de recherche à but non lucratif situé en dehors du domaine des hautes écoles (cf. art. 10 al. 2 et 3 Règlement des subsides). L'exigence d'un engagement du chercheur ou de la chercheuse auprès d'un établissement éligible s'explique avant tout par la nécessité de prouver la pérennité des activités de recherche durant tout le projet de recherche. Par ailleurs, s'agissant des établissements de recherche à but non lucratif situés en dehors du domaine des hautes écoles, cette exigence vise également à éviter des situations de « subventions croisées », situations dans lesquelles les subventions étatiques peuvent servir - au moins partiellement - à financer d'autres activités commerciales de l'établissement sur un marché concurrentiel (cf. arrêt du TAF B-695/2017 précité consid. 4.2 et 4.3).
À teneur du chiffre 1.2 du Règlement d'exécution « les chercheuses et les chercheurs qui exercent habituellement leur activité de recherche scientifique et d'enseignement dans le cadre d'une autre activité professionnelle doivent être employés ou exercer une activité professionnelle à un taux d'occupation de 50% au moins. Pour ces personnes, la partie consacrée à l'activité scientifique peut atteindre moins de 50% (calculé sur un taux d'occupation de 100%). Le volume de l'activité scientifique doit dans tous les cas permettre la réalisation de projets de recherche ». Le texte allemand de la disposition est le suivant : « Forschende, die ihre wissenschaftliche Forschungs- und Lehrtätigkeit üblicherweise im Rahmen einer anderen beruflichen Tätigkeit ausüben, müssen mindestens zu 50% angestellt bzw. beruflich tätig sein ». Comme l'explique l'autorité inférieure, le règlement des subsides ne prévoit que deux « types » de chercheur ou chercheuse : des chercheurs et chercheuses engagé-es (« angestellt » ; art. 10 al. 2 du règlement d'exécution) et des chercheurs et chercheuses indépendant-es (« selbständig erwerbende Forschende » ; art. 10 al. 4 du Règlement des subsides). Dans le premier cas, il s'agit d'une relation impliquant nécessairement un contrat de travail. Dans le second cas, il s'agit de chercheurs ou chercheuses ayant une activité de recherche indépendante (pour les conditions : voir ch.1.3 du Règlement d'exécution). Aucun autre type de relation juridique n'est prévu. Comme le rappelle à juste titre l'autorité inférieure, les parties mises en italique supposent une alternative, laquelle ne vise toutefois pas à accepter des types de relations juridiques autre que le contrat de travail, mais à permettre aux chercheuses et chercheurs indépendants au sens des règlements du FNS de déposer des requêtes. Compte tenu de la nécessité de prouver la pérennité des activités de recherche durant tout le projet de recherche, ces dispositions règlementaires exigeant un contrat de travail auprès d'une institution éligible sont justifiées et pleinement en adéquation avec les objectifs poursuivis par la LERI (cf. supra consid. 6.4). Le grief tiré de l'interdiction de l'arbitraire tombe manifestement à faux.
8.3 Contrairement à la thèse soutenue par le recourant, aucune disposition n'interdit aux responsables et aux propriétaires d'un établissement de recherche au sens de l'art. 5 LERI de percevoir un salaire pour leurs activités de recherche scientifique et ainsi d'être employés auprès dudit établissement. Le recourant se méprend lorsqu'il entend déduire ce constat de l'art. 13 al. 3 LERI, lequel prévoit que « les responsables et les propriétaires d'établissements de recherche à but non lucratif situés en dehors du domaine des hautes écoles ne peuvent se voir attribuer aucun avantage lucratif découlant de l'activité de recherche soutenue ». Comme l'explique l'autorité inférieure, cette disposition vise à ce que, d'un point de vue institutionnel, les institutions éligibles au dépôt de requêtes soient des établissements de recherche indépendants et d'empêcher que la recherche puisse amener des avantages financiers aux responsables et aux propriétaires de l'institution via la structure de l'établissement ou ses liens avec d'autres entreprises commerciales. Dans ce cadre, le FNS exige, notamment et en principe, que toute distribution de bénéfices soit exclue par voie statutaire ou que l'institut soit au bénéfice d'une exonération fiscale (cf. réponse, p. 6 ; pièce n° 4 du dossier de l'autorité inférieure).
Le recourant se prévaut encore de la circulaire de l'ASFIP de Genève à cet égard. Ladite circulaire prévoit, à son chiffre 8, que « le principe de la rémunération des membres du Conseil de fondation doit être prévu dans un acte soumis à l'examen juridique de l'Autorité de surveillance. [...]. Les membres du Conseil de fondation ne peuvent pas assumer des fonctions salariées (contrat de travail) au sein de la direction de la fondation ». Quoiqu'en dise le recourant, il n'est pas démontré que l'engagement du recourant en tant que chercheur au sein de la Fondation D._______ serait incompatible avec les règles régissant les fondations relevant de la surveillance cantonale.
8.4 Au cas d'espèce, le recourant a indiqué, dans le cadre de sa requête de subvention, être employé, au bénéfice de contrats de durée indéterminée, comme médecin chef de clinique à l'Hôpital F._______ pour un taux d'activité de 80% et comme professeur associé à l'Université de E._______ à un taux de 20%. Par ailleurs, il avait indiqué être le directeur de la Fondation D._______, au bénéfice d'un contrat de travail de durée indéterminée également, pour un taux d'activité contractuel de 50 % (cf. pièces n° 2.3.1 et 2.3.2 du dossier de l'autorité inférieure). Le recourant n'a toutefois jamais produit de document permettant d'attester qu'il était engagé, sous la forme d'un contrat de travail, avec la Fondation D._______ (cf. ch. 1 du Règlement d'exécution ; art. 5 du Règlement relatif à l'encouragement de projets du 4 novembre 2014 [pièce n°6 du dossier de l'autorité inférieure]). Au contraire, il ressort de ses explications données pendant la procédure de recours que tel n'est pas le cas, de sorte que cette condition pouvait également être considérée comme non réalisée. Le fait que le recourant déploie une importante activité scientifique n'est pas de nature à infirmer ce constat.
C'est également à bon droit que l'autorité inférieure a précisé, au sein de la décision attaquée, que les emplois indiqués par le recourant auprès de l'Université de E._______ et auprès de l'Hôpital F._______ ne lui permettaient pas non plus de se prévaloir d'un engagement d'au moins 50% auprès d'un établissement de recherche agréé pour l'encouragement de la recherche du FNS.
8.5
8.5.1 Finalement, dans la mesure où il n'est pas entravé dans le libre exercice d'une activité économique privée, le recourant ne peut se prévaloir utilement d'une atteinte à sa liberté économique protégée par l'art. 27 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101]), en particulier dans la mesure où la liberté économique ne confère aucun droit à une subvention de la part de l'État (cf. ATF 147 V 423 consid. 5.1.3, 138 II 191 consid. 4.4.1, 124 I 107 consid. 3c, 121 I 230 consid. 3h ; Felix Uhlmann, in: Basler Kommentar zur Bundesverfassung, 2015, art. 27 N 69 ; Giovanni Biaggini, in: BV Kommentar, Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft, 2ème éd., 2017, art. 27 N 17), d'autant moins lorsque les conditions formelles posées par la loi au dépôt d'une requête ne sont pas réunies.
8.5.2 Cela étant, selon l'art. 94 al. 1er Cst., la Confédération et les cantons respectent le principe de la liberté économique. Alors que l'art. 27 Cst. protège le droit individuel à la liberté économique, l'art. 94 Cst., à titre de maxime fondamentale d'un ordre économique fondé sur l'économie de marché, protège la dimension institutionnelle ou systémique de la liberté économique ; ces deux aspects sont étroitement liés et ne sauraient être abordés séparément (cf. ATF 148 II 121 consid. 7.2, 145 I 183 consid. 4.1.1, 143 I 388 consid. 2.1 et les réf. cit.). La liberté économique englobe aussi le principe de l'égalité de traitement entre personnes appartenant à la même branche économique. Selon ce principe, déduit des art. 27 et 94 Cst., sont prohibées les mesures étatiques qui ne sont pas neutres sur le plan de la concurrence entre les personnes exerçant la même activité économique. On entend par concurrents directs les membres de la même branche économique qui s'adressent avec les mêmes offres au même public pour satisfaire les mêmes besoins (cf. ATF 148 II 121 consid. 7.1, 145 I 183 consid. 4.1.1, 143 II 598 consid. 5.1). À cet égard, les art. 27 et 94 Cst. offrent une protection plus étendue que le principe général d'égalité de traitement de l'art. 8 Cst. (cf. ATF 130 I 26 consid. 6.3.3.1 ; arrêt du TF 2C_763/2009 du 28 avril 2010 consid. 6.1). L'égalité de traitement entre concurrents directs n'est toutefois pas absolue et autorise des différences, à condition que celles-ci reposent sur une base légale, qu'elles répondent à des critères objectifs, soient proportionnées et résultent du système lui-même (cf. ATF 143 II 598 consid. 5.1, 143 I 37 consid. 8.2 et les arrêts cités ; arrêt du TF 2C_577/2023 du 9 avril 2024 consid. 4.1).
8.5.3 Or, si la recherche privée peut être directement soutenue par la Confédération, une telle mesure reste délicate précisément sous l'angle de la politique de neutralité que doit mener l'État en matière de concurrence (cf. art. 94 al. 1 Cst.). Le mandat octroyé à la Confédération d'encourager la recherche et l'innovation ne l'autorise pas à adopter une politique générale d'encouragement de la recherche privée, loin de là (cf. Fanny Matthey, in : Martenet/Dubey [éd.], Commentaire romand Constitution fédérale, 2021, art. 27 Cst. n°17 ; Markus Schott, Die schweizerische Bundesverfassung, op. cit., art. 64 n°18), pas plus que la neutralité concurrentielle ne lui impose d'octroyer un encouragement à la recherche à toutes les institutions. Comme on l'a vu, l'encouragement de la recherche scientifique menée par des institutions privées est, conformément à l'art. 5 en relation avec l'art. 9 al. 5 LERI, admis qu'à des conditions restrictives, lesquelles ne sont au cas d'espèce pas réunies. Le recourant ne peut donc rien tirer du principe de l'égalité de traitement entre concurrents (directs), dans la mesure où la Fondation D._______ n'est précisément pas dans la même situation que les établissements de recherche du domaine des hautes écoles et ne démontre nullement qu'une institution dans la même situation que la sienne se serait vu accorder un subside, en violation du principe de l'égalité de traitement (cf. aussi supra consid. 7.1.2).
9. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, il y a lieu de constater que la décision entreprise ne viole pas le droit fédéral et ne traduit pas un excès ou un abus du pouvoir d'appréciation. Elle ne relève pas non plus d'une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 13 LERI). Dès lors, mal fondé, le recours doit être rejeté.
10. Demeure la question des frais et dépens de la présente procédure.
10.1 Les frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (art. 2 al. 1 et art. 4 FITAF).
10.2 Au vu de la valeur litigieuse qui se monte à près d'un million de francs et de l'ampleur et de la difficulté de la cause, il se justifie d'arrêter à 6'000 francs le montant des frais de la procédure de recours qui doivent être mis à la charge du recourant, qui succombe. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais du même montant versée durant l'instruction.
10.3 Le recourant n'a pas droit à des dépens (art. 64 al. 1 PA ; art. 7 al. 1 FITAF). Quant à l'autorité inférieure, elle n'y a pas non plus droit (cf. art. 7 al. 3 FITAF).
11. Le recours en matière de droit public au Tribunal fédéral est irrecevable contre les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit, notamment celles relatives aux subsides alloués en vue d'encourager les projets de recherche (art. 83 let. k de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110] ; arrêt du TF 2C_394/2008 du 30 mai 2008 consid. 2 ; arrêts du TAF B-2881/2022 du 22 avril 2024 consid. 17 et les réf. cit., B-2933/2020 du 1er mars 2022 consid. 17 et les réf. cit.). Le présent arrêt est ainsi définitif.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de recevabilité.
2. Les frais de procédure de 6'000 francs sont mis à la charge du recourant. Cette somme est prélevée sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé au recourant et à l'autorité inférieure.
Le président du collège :
Le greffier :
Pietro Angeli-Busi
Sébastien Gaeschlin
Expédition : 17 décembre 2025
Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (recommandé)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...]; recommandé)