bvger · A-4825/2011 · 2012-11-19 · fr
A-4825/2011

Fin des rapports de travail

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-4825/2011
Arrêt du 19 novembre 2012
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (président du collège),
André Moser, Christoph Bandli, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
H._______, ***,
représentée par Mes Rémy Wyler et Aline Bonard, ***,
recourante,
contre
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) Ressources Humaines, INN 011, Station 7, 1015 Lausanne,
représentée par Maître John-David Burdet, ***,
intimée,
Commission de recours interne des EPF, Gutenbergstrasse 31, case postale 6061, 3001 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Non-renouvellement/résiliation du contrat de travail.
Faits :
A. H._______, née le ***, est économiste. Après avoir assumé durant plusieurs années des charges de cours pour le compte de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après: l'EPFL), H._______ fut engagée par ladite école en qualité de collaboratrice scientifique à un taux d'activité de 100 % pour la période allant du 1er juin 2007 au 31 mai 2008. Par modifications des 27 mai 2008 et 6 mai 2009, le terme du contrat fut successivement reporté au 31 mai 2009 puis au 31 mai 2011.
B. Par courrier recommandé du 16 septembre 2010, l'EPFL informa H._______ que son contrat de travail prenait fin le 31 mai 2011.
C. Par recours du 14 octobre 2010 adressé à la Commission de recours interne des Ecoles polytechniques fédérales (ci-après: la CRIEPF), H._______ conclut à la nullité, subsidiairement à l'annulation de la décision du 16 septembre 2010 et à ce que son contrat de travail soit qualifié comme étant de durée indéterminée.
D. Par décision du 28 juin 2011, la CRIEPF admit partiellement le recours du 14 octobre 2010 et annula la décision du 16 septembre 2010 (ch. 1), dit que l'EPFL et H._______ étaient liées par un contrat de durée indéterminée pour un taux d'activité de 40 % (ch. 2) et que l'EPFL était tenue de maintenir H._______ à son service en tant que chargé de cours jusqu'à une résiliation des rapports de travail conforme à la loi (ch. 3), constata que la partie du contrat du 4 juin 2007 se rapportant à des tâches hors charges d'enseignement correspondant à un taux d'activité de 60 % était arrivé à échéance le 31 mai 2011 (ch. 4) et accorda à H._______ une indemnité de Fr 6'681.85 à titre de dépens réduits, à charge de l'EPFL (ch. 6).
E. Par décision du 25 août 2011, l'EPFL résilia les rapports de travail de H._______ conséquemment à la décision de la CRIEPF du 28 juin 2011.
F. Par recours du 1er septembre 2011, H._______ (ci-après: la recourante) a déféré la décision de la CRIEPF (ci-après: l'autorité inférieure) du 28 juin 2011 au Tribunal administratif fédéral en concluant à sa réforme en ce sens que le recours du 14 octobre 2010 est admis et la décision de l'EPFL (ci-après: l'intimée) annulée, qu'il est constaté que l'intimée et la recourante sont liées par un contrat de durée indéterminée pour un taux d'activité de 100 % et que les chiffres 3 et 4 de la décision incriminée sont supprimés, l'intimée étant au surplus condamnée à verser à la recourante de plein dépens de première instance, soit Fr. 15'120.--, plus frais et TVA.
G. Le 23 septembre 2011, la recourante s'est opposée à la décision de licenciement du 25 août 2011, concluant à sa nullité.
H. Par réponses des 20 octobre et 14 novembre 2011, l'autorité inférieure et l'intimée ont conclu au rejet du recours du 1er septembre 2011.
I. Le 26 octobre 2011, l'intimée a déposé auprès de la CRIEPF une demande en constatation de la validité de la résiliation du 25 août 2011.
J. Par réplique du 16 janvier 2012, la recourante a intégralement confirmé les conclusions de son recours du 1er septembre 2011.
K. Par dupliques du 20 février 2012, l'autorité inférieure et l'intimée ont confirmé leurs conclusions en rejet du recours du 1er septembre 2011.
L. Par observations finales du 20 mars 2012, la recourante a maintenu intégralement les conclusions de son mémoire du 1er septembre 2011.
M. Par décision du 3 juillet 2012, l'autorité inférieure a rejeté la demande de l'EPFL du 26 octobre 2011, constaté que la résiliation du 25 août 2011 était nulle (ch. 2) et que les rapports de travail avaient pris fin le 3 juillet 2012 (ch. 3) et condamné l'intimée à verser à la recourante une indemnité correspondant à 6 mois de salaire (ch. 4).
N. Par recours du 4 septembre 2012, initialement inscrit au rôle du Tribunal administratif fédéral sous la référence A-4600/2012, la recourante a déféré la décision de l'autorité inférieure du 3 juillet 2012 à l'autorité de céans en concluant à sa réforme en ce sens qu'il est constaté que les rapports de travail n'ont pas pris fin le 3 juillet 2012 et que l'intimée et la recourante demeurent liées par un contrat de durée indéterminée pour un taux d'activité de 40 % portant sur des tâches d'enseignement, que l'intimée est chargée de payer à la recourante une indemnité de Fr. 12'000.-- pour ses dépens de première instance et, subsidiairement, à ce que la décision de l'autorité inférieure du 3 juillet 2012 soit réformée en ce sens que l'intimée est condamnée à verser à la recourante une indemnité correspondant à deux ans de salaire, ainsi qu'une indemnité de Fr. 10'000.-- pour ses dépens de première instance.
O. Invitée par décision incidente du tribunal de céans du 7 septembre 2012 à fournir toutes précisions utiles sur l'évolution récente de sa situation professionnelle, la recourante a déclaré par courrier du 19 septembre 2012 ne pas avoir d'activité professionnelle rémunérée.
P. Par décision incidente du 8 octobre 2012, le Tribunal de céans a maintenu le droit au versement du salaire - à hauteur de 40% - et rejeté pour le surplus la demande provisionnelle de réintégration de la recourante.
Q. Par ordonnance du 8 octobre 2012, le tribunal de céans a prononcé la jonction des causes A-4825/2011 et A-4600/2012.
Pour autant que besoin, les autres faits seront repris dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), la juridiction de céans, en vertu de l'art. 31 de cette loi, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédéral du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF. En particulier, les décisions des commissions fédérales peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral, ainsi que les décisions des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées (art. 33 let. f et h LTAF; cf. également art. 37 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales [LEPF, RS 414.110]).
La CRIEPF doit être qualifiée de commission fédérale ou, à tout le moins, d'autorité statuant dans l'accomplissement de tâches de droit public, si bien qu'il s'agit de toute façon d'une autorité précédente au sens de l'art. 33 LTAF (cf. Message du 28 février 2001 du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale [FF 2001 IV 4226]; cf. également art. 37 al. 3 LEPF). En outre, les actes de cette autorité des 28 juin 2011 et 3 juillet 2012 dont sont recours satisfont aux conditions prévalant à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 PA et ne rentrent pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF.
1.2 La procédure de recours est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). Compte tenu des fériés, les recours des 1er septembre 2011 et 4 septembre 2012 ont en l'occurrence été déposés en temps utile par la destinataire des décisions attaquées (art. 22a, 48 al. 1 et 50 PA). En tant qu'ils satisfont en outre aux exigences de forme et de contenu prévues à l'art. 52 PA, les recours sont recevables, en sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2.
2.1 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (art. 12 PA). En outre, le tribunal de céans applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif - vol. II, 3e éd., Berne 2011, ch. 2.2.6.5 p. 300 s.; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundes-verwaltungsgericht, Bâle 2008, n. 2.165 p. 78). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA), motiver leur recours (art. 52 PA) et apporter les éléments en leur possession permettant d'établir la preuve des faits dont elles se prévalent (cf. ATF 132 III 731 consid. 3.5; Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 293 s. et ch. 2.2.6.4 p. 299 s.). En conséquence, le Tribunal se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêts du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-4659/2010 du 14 juin 2011 consid. 1.2 etA-5622/2010 du 4 mai 2011 consid. 2; cf. Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, n. 677).
2.2 Le Tribunal administratif fédéral examine les décisions qui lui sont soumises avec un plein pouvoir de cognition (cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, Feuille fédérale [FF] 2001 4000, p. 4056). Le recourant peut donc soulever les griefs de violation du droit fédéral et de la constatation inexacte ou incomplète des faits, ainsi que le moyen de l'inopportunité (art. 49 PA). Il s'ensuit que le Tribunal de céans n'a pas seulement à déterminer si la décision de l'administration respecte les règles de droit, mais également si elle constitue une solution adéquate. Lors du contrôle de l'opportunité, le Tribunal examine cependant avec retenue les questions ayant trait notamment à l'appréciation des prestations des employés et ne substitue pas son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité administrative. Cette réserve n'empêche pas le Tribunal d'intervenir lorsque la décision attaquée semble objectivement inopportune (cf. arrêts du TAF A-4659/2010 précité consid. 1.3 et A-5622/2010 précité consid. 2; Moser/Beusch/ Kneubühler, op. cit., n. 2.160 p. 77).
3. Concernant l'objet du litige, il s'agit principalement d'établir si l'intimée et la recourante demeurent ou non liées par des rapports de travail et, le cas échéant, pour quel taux d'activité. A cette fin, il s'agit en premier lieu de déterminer le droit applicable aux rapports de travail de la recourante.
4.
4.1 Le domaine des EPF constitue une unité administrative décentralisée visée à l'art. 2 al. 3 de la loi fédérale du 21 mars 1997 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration (LOGA, RS 172.01). Pour autant que des lois spéciales n'en disposent pas autrement, son personnel est donc soumis à la loi du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers, RS 172.220.1), conformément à l'art. 2 al. 1 let. e de cette loi, depuis son entrée en vigueur pour lesdites unités le 1er janvier 2002 (cf. art. 1 al. 1 de l'ordonnance de mise en vigueur de la LPers pour l'administration fédérale du 3 juillet 2001 [RO 2001 2197]; cf. également le message du Conseil fédéral concernant la révision partielle de la LEPF du 27 février 2002, Feuille fédérale [FF] 2002 3251, p. 3269). Dès lors, et bien que la LEPF reconnaisse une large autonomie au domaine (cf. not. art. 4, 5 et 27 LEPF), il s'agit de retenir que celle-ci n'existe que dans le cadre de la loi (cf. art. 4 al. 1 LEPF; cf. également art. 17 al. 2 LEPF). En d'autres termes, une base légale est nécessaire pour déroger aux prescriptions de la loi sur le personnel (cf. arrêt du Tribunal fédéral [TF] 2A.658/2005 du 28 juin 2006 consid. 2.2). Plusieurs dispositions prévoient des règles spéciales en la matière, permettant d'exclure certaines catégories de personnel du bénéfice de la LPers (cf. notamment les art. 6 al. 5 et 6 LPers et 17 al. 3 LEPF; cf. également consid. 4.2 ci-après).
4.2 Aux termes de l'art. 17a al. 1 LEPF, si rien d'autre n'a été convenu, les rapports de travail des chargés de cours externes sont régis par un contrat de travail au sens du Codes des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220). Cette disposition, qui a été introduite par le chiffre I de la LF du 5 octobre 2007 (RO 2008 431, FF 2007 1149) afin de tenir compte de la grande majorité des cas où les charges d'enseignement ne représentent pas le revenu principal, mais un revenu annexe perçu dans le cadre d'une activité accessoire (cf. FF 2007 1149, p. 1299), s'applique à tous les mandats d'enseignement externes délivrés après le 1er août 2008, de même qu'aux mandats d'enseignement externes délivrés préalablement au plus tard dès le début du semestre suivant cette date (cf. art. 40e LEPF). Suite à l'introduction de l'art. 17a LEPF, la Direction de l'EPFL a révisé sa directive pour l'octroi des charges de cours à l'EPFL du 16 décembre 2002 (ci-après: la directive), avec effet au 15 septembre 2009. Selon le nouvel art. 11 al. 1 de la directive, les rapports de travail entre l'EPFL et les chargés de cours externes sont régis par un contrat de travail au sens du CO.
4.3 Dans l'arrêt 2A.658/2005 susmentionné, le Tribunal fédéral a par ailleurs été amené à se prononcer sur la situation des chargés de cours externes avant l'introduction de l'art. 17a LEPF. Dans un premier temps, après avoir rappelé que le contrat de mandat se distingue avant tout du contrat de travail par l'absence du lien de subordination juridique qui place le travailleur dans la dépendance de l'employeur sous l'angle personnel, organisationnel et temporel, le Tribunal fédéral en a inféré qu'en tant que les chargés de cours externes doivent travailler à l'EPFL et que le programme des cours et les horaires sont fixés par l'EPFL, leur activité relevait non pas du mandat, comme le soutenait l'école, mais du contrat de travail (arrêt susmentionné consid. 2.1 et 2.2). Constatant l'absence de base légale permettant de déroger à l'application de la LPers concernant les chargés de cours, le Tribunal fédéral a dans un second temps jugé que les rapports de travail de ceux-ci étaient régis par les dispositions de cette loi, notamment celles sur la durée des rapports de travail (arrêt susmentionné consid. 3 et 4; cf. également consid. 6 ci-après).
5. En l'espèce, il n'est pas litigieux qu'à partir du 1er juin 2007, la recourante et l'intimée se sont liées par un contrat de travail soumis à la LPers - dont la durée est contentieuse - pour un taux d'activité de 100 %.
S'agissant des activités de chargé de cours externe assumées par la recourante préalablement à la signature de ce contrat, l'autorité inférieure, suivie en cela par la recourante, a retenu qu'elles étaient également régies par un contrat de travail soumis à la LPers. Pour sa part, l'intimée, bien qu'elle n'ait pas recouru contre la décision entreprise et considère que la requalification des rapports contractuels en contrat de durée indéterminée selon la LPers n'est pas arbitraire, soutient cependant que préalablement à la révision de la directive avec effet au 15 septembre 2009, les relations contractuelles avec les chargés de cours externes, dont la recourante, étaient régies par un contrat de mandat soumis au droit privé. Elle rappelle en outre notamment que suite à cette révision, les rapports de travail entre l'EPFL et les chargés de cours externes sont désormais régis par un contrat de travail au sens du CO et ne sont donc pas soumis à la loi sur le personnel. Il sied donc d'examiner la nature de l'activité de chargé de cours externe de la recourante.
5.1 En l'occurrence, dans le cadre de ses fonctions de chargé de cours externe, la recourante devait dispenser son enseignement dans les locaux de l'intimée et son horaire ainsi que le programme des cours étaient fixés par l'intimée; il n'est donc pas contestable qu'elle se trouvait vis-à-vis de celle-ci dans un rapport de subordination juridique. Partant, on ne saurait suivre l'intimée lorsqu'elle soutient que la recourante était liée par un contrat de mandat (cf. consid. 4.3 ci-avant); il apparaît du reste au vu des certificats de salaire établis pour les années 2001 à 2007 que l'intimée considérait la recourante comme son employée. Dans ces circonstances, il y a lieu de retenir, avec l'autorité inférieure, que les parties étaient liées par un contrat de travail, en principe régi par la LPers (cf. consid. 4.1 ci-avant).
5.2 Il n'est en outre pas litigieux que l'engagement de la recourante en qualité de chargée de cours externe a cessé au plus tard le 1er juin 2007, au moment de son engagement au poste de collaboratrice scientifique. Ni l'art. 17a LEPF, ni l'art. 11 de la directive ne sont donc applicables aux activités qu'elle a assumées jusqu'à cette date (cf. consid. 4.2 ci-avant). Peu importe dès lors que ces dispositions prévoient que les rapports de travail des chargés de cours externes sont désormais régis par un contrat de travail au sens du CO, comme le met en avant l'intimée. Attendu qu'une base légale est nécessaire pour s'écarter des prescriptions de la LPers (cf. consid. 4.1 ci-avant) et que préalablement à l'introduction de l'art. 17a LEPF, aucune disposition ne permettait de déroger à l'application de la loi sur le personnel aux chargés de cours (cf. consid. 4.3 ci-avant), c'est à bon droit que l'autorité inférieure a considéré que l'activité de chargé de cours de la recourante était soumise aux dispositions de la LPers, notamment à l'art. 9 al. 2 de cette loi.
5.3 Il apparaît enfin que du mois de mai 2001 au 31 janvier 2003 la recourante a collaboré sur demande de l'intimée aux travaux nécessités par la mise en place et le développement du cours dispensé à l'EPFL dans le cadre du contrat liant cette dernière à la société M._______ (cf. les des deux décisions présidentielles de l'EPFL du 24 avril 2002 et la décision présidentielle de l'EPFL du 15 janvier 2003). Il n'est toutefois pas besoin de déterminer si cette activité relevait d'un contrat de mandat ou d'un contrat de travail, ni, dans ce dernier cas, si elle était ou non soumise aux dispositions de la LPers, dès lors qu'ainsi que nous l'allons voir ci-après (cf. notamment consid. 7.5), ces questions ne sont pas déterminantes pour l'issue du présent litige.
6. Dès lors que la recourante reproche à l'autorité inférieure de n'avoir pas retenu qu'elle était liée à l'intimée par des rapports de travail de durée indéterminée pour un taux d'activité de 100 %, il sied à présent de se prononcer sur la durée desdits rapports.
6.1 Les rapports de travail du personnel de la Confédération sont de durée indéterminée si le contrat de travail n'est pas conclu pour une durée déterminée (cf. art. 9 al. 1 LPers). S'agissant du personnel des EPF, l'art. 19 de l'ordonnance sur le personnel du domaine des EPF du 15 mars 2001 (OPers-EPF, RS 172.220.113; cf. art. 37 al. 3 LPers et art. 2 al. 2 de l'ordonnance-cadre relative à la LPers du 20 décembre 2000 [Ordonnance-cadre LPers, RS 172.220.11]), édicté par le Conseil des EPF en sa qualité d'employeur (cf. art. 3 al. 2 LPers et art. 2 al. 1 de l'ordonnance-cadre LPers; cf. également FF 2002 3251, p. 3269 et art. 5 LEPF), adoptée par le Conseil fédéral le 25 avril 2001 et entrée en vigueur le 1er janvier 2002, précise que les rapports de travail sont en principe de durée indéterminée (al. 1) et que les rapports de travail de durée déterminée concernent (al. 2) les assistants (let. a), les premiers assistants (let. b), les assistants-auxiliaires (let. c), les collaborateurs scientifiques engagés dans l'enseignement et dans le cadre de projets de recherche (let. d) et les autres catégories de collaborateurs chargés d'exécuter des tâches de durée déterminée liées à l'infrastructure (let. e).
6.2 Le contrat de durée déterminée peut être conclu pour cinq ans au plus; au-delà de cinq ans, les rapports de travail sont réputés de durée indéterminée. De même, les contrats de durée déterminée qui se succèdent sans interruption sont réputés de durée indéterminée lorsqu'ils ont duré cinq ans (cf. art. 9 al. 2 LPers et art. 20 al. 1 OPers-EPF; cf. également art. 17a al. 2 LEPF s'agissant des rapports de travail des chargés de cours externes régis par un contrat de travail au sens du CO). Le Conseil fédéral peut prévoir des exceptions pour certaines catégories de professions (art. 9 al. 2 i.f. LPers). Ainsi, les collaborateurs scientifiques engagés dans l'enseignement et dans le cadre de projets de recherche peuvent être employés pour une durée déterminée pendant neuf ans au maximum selon l'art. 20 al. 4 OPers-EPF.
6.3 Dans tous les cas, les rapports de travail de durée déterminée ne peuvent pas être conclus dans le but de contourner la disposition relative à la protection contre le licenciement selon l'art. 14 LPers (art. 19 al. 3 OPers-EPF; cf. en particulier les art. 12 al. 6 et 13 LPers, auxquels renvoient respectivement les art. 14 al. 1 let. b et let. a LPers; cf. également l'art. 12 al. 2 à 4 LPers). L'art. 2 al. 2 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), qui prohibe la fraude à la loi et qui est applicable dans l'ensemble des domaines du droit, notamment en matière de rapports de travail de droit public (cf. notamment arrêt du TF 1C_450/2007 du 26 mars 2008 consid. 4.1 et les références citées), s'oppose en effet à la conclusion de "contrats en chaîne" («Kettenverträge») dont la durée déterminée ne se justifie par aucun motif objectif et qui ont pour but d'éluder l'application des dispositions sur la protection contre les congés ou d'empêcher la naissance de prétentions juridiques dépendant d'une durée minimale des rapports de travail (cf. notamment ATF 129 III 618 consid. 6.2, 129 III 124 consid. 3.2 et 119 V 46 consid. 1c).
Dans la doctrine relative au contrat de travail de droit privé, l'on trouve également l'avis selon lequel les "contrats en chaîne" conservent leur licéité lorsqu'ils portent sur des rapports de travail nettement différents ou si la succession de contrats ne sert pas à échapper aux règles protectrices ou à empêcher la naissance de prétentions juridiques dépendant de la durée des rapports de service, mais est justifiée par des circonstances particulières correspondant à un besoin motivé par des raisons objectives (cf. Thomas Geiser/Roland Müller, Arbeitsrecht in der Schweiz, 2e éd., Berne 2012, n° 105 s. p. 38 s.; Rémy Wyler, Droit du Travail, 2e éd., Berne 2008, p. 453).
7. En l'espèce, concernant l'activité de chargé de cours externe que la recourante a assumée pour le compte de l'intimée préalablement à son engagement en qualité de collaboratrice scientifique, dès lors qu'elle était soumise à la disposition de l'art. 9 al. 2 LPers (cf. consid. 5.2 ci-avant) et a été exercée sans interruption depuis 2001 à tout le moins, soit pendant plus de cinq ans, c'est à juste titre que dans sa décision du 28 juin 2011, l'autorité inférieure a considéré qu'au moment de la conclusion du contrat du 4 juin 2007, les rapports de travail qui liaient la recourante à l'intimée devaient être réputés de durée indéterminée (cf. consid. 6.2 ci-avant). Dans ces conditions, il n'est au surplus pas besoin d'examiner s'il y a ou non lieu de tenir compte des activités d'enseignement que la recourante allègue avoir assumées pour le compte de l'intimée préalablement à 2001 (cf. à cet égard les attestations munies du sigle de l'intimée du 13 décembre 2000, du 16 juin 2004 et du 31 juillet 2006).
Concernant d'autre part l'activité de collaboratrice scientifique de la recourante, l'autorité inférieure a considéré qu'il convenait d'établir une distinction, à l'intérieur du contrat du 4 juin 2007, entre un rapport de travail ancien portant sur les charges de cours de la recourante, réputé de durée indéterminée selon l'art. 9 al. 2 LPers, et un rapport plus récent concernant les tâches nouvelles, de durée déterminée. Dès lors qu'il était initialement prévu en 2007 que la recourante consacre 40 % de son temps de travail aux charge d'enseignement, l'autorité inférieure a en outre retenu que le contrat du 4 juin 2007 devait être réputé de durée indéterminée pour ce taux, même si celui-ci avait par la suite pu varier. Si l'intimée considère que la requalification des rapports contractuels en contrat de durée indéterminée à hauteur de 40 % n'est pas arbitraire, la recourante reproche pour sa part à l'autorité inférieure de n'avoir pas retenu que le contrat de travail ayant pris effet au 1er juin 2007 était de durée indéterminée dans son entier. Elle lui fait en particulier grief d'être tombé dans l'arbitraire en distinguant, à l'intérieur dudit contrat, entre deux rapports juridiques distincts.
Il s'agit donc à ce stade d'examiner si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a procédé à la distinction litigieuses. Pour ce faire, il s'agit en premier lieu d'examiner ce que prévoyait à cet égard le contrat de travail ayant pris effet au 1er juin 2007.
7.1 Décider si les parties à un contrat ont entendu se lier par un seul rapport de droit ou par plusieurs rapports de droit distincts est une question qui, dès lors qu'elle porte sur le contenu du contrat, ressortit à son interprétation. A cet égard, est avant tout déterminante la réelle et commune inattention des parties, que le juge doit s'efforcer d'établir, le cas échéant sur la base d'indices, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO; interprétation dite subjective); cette recherche débouchera sur une constatation de fait. Si le juge ne parvient pas à déterminer ainsi la volonté intime et concordante des parties ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté réelle manifestée par l'autre, il recherchera quel sens les parties pouvaient ou devaient donner, de bonne foi, à leurs manifestations de volonté réciproques (application du principe de la confiance; interprétation dite objective); il résoudra ainsi une question de droit. Cette interprétation objective se fera non seulement d'après le texte et le contexte des déclarations, mais aussi d'après les circonstances qui les ont précédées et accompagnées (cf. ATF 131 V 27 consid. 2.2 et 125 III 435 consid. 2a/aa; arrêt du TF 5A_44/2011 du 27 juillet 2011 consid. 5.2.2; arrêt du TAF A-1559/2006 du 2 décembre 2008 consid. 4.5).
7.2
7.2.1 En l'occurrence, il ressort du contrat du 4 juin 2007 et des cahiers des charges auxquels ledit contrat renvoie que la recourante a été engagée dès le 1er juin 2007 au sein du Collège du Management de la Technologie (CDM) en qualité de collaboratrice scientifique, à un taux d'activité de 100 % et pour un salaire annuel de Fr. 110'000.--. Dans la mesure où ces documents ne font nullement état d'une quelconque volonté des parties de créer des rapports de travail distincts concernant d'une part les charges d'enseignement et, d'autre part, les autres tâches confiées à la recourante, le tribunal de céans ne voit aucune raison de retenir que telle aurait été leur intention. Le fait que les parties se sont en l'occurrence liées par un unique contrat de travail portant sur la seule fonction de collaboratrice scientifique et que c'est en cette unique qualité que la recourante a effectué l'ensemble des tâches qui lui ont été confiées, lesquelles étaient fixées dans un même cahier des charges, constituent au contraire des indices importants que la volonté commune des parties était de se lier par un seul rapport de droit. De la même manière, le fait qu'elles se sont entendues sur le versement d'un salaire unique, sans distinguer à cet égard entre les différentes tâches confiées à la recourante, que le supérieur direct de cette dernière était la même personne pour l'ensemble desdites tâches ou encore que le contrat et ses modifications successives prévoyaient un terme unique aux relations entre les parties va également dans le sens d'un rapport de droit unique.
Il ne ressort par ailleurs pas autre chose des déclarations des parties dans le cadre de la présente procédure. Si l'intimée effectue une distinction entre les relations contractuelles nouées avec la recourante avant le 1er juin 2007, qui relevaient selon elle du mandat, et leur relation de travail postérieure à cette date, il n'apparaît en revanche nullement qu'elle soutienne que les différentes charges assumées par la recourante en sa qualité de collaboratrice scientifique aient fait l'objet de plusieurs rapports de travail; bien au contraire, il semble que l'intimée ait toujours considéré être liée à la recourante par un seul rapport de droit prenant automatiquement fin au 31 mai 2011. Pour sa part, la recourante juge arbitraire la distinction opérée par l'autorité inférieure. Il apparaît ainsi que l'intention commune des parties était de se lier par un unique rapport de droit concernant l'ensemble des tâches confiées à la recourante.
7.2.2 C'est également le lieu de rappeler qu'il est dans le cours ordinaire des choses que les collaborateurs scientifiques de l'EPFL soient investis de missions diverses. La grande variété des tâches qui leur sont confiées, fixées dans un cahier des charges revu et adapté chaque année en fonction des besoins de l'école, constitue en effet une caractéristique du poste de collaborateur scientifique au sein des EPF et correspond aux besoins de flexibilité de celles-ci, nécessaires pour garantir la qualité de leur enseignement. On ne saurait y voir le signe de l'existence de relations de travail multiples. Cela vaut d'autant plus en l'espèce qu'il existait une connexité matérielle certaine entre les différentes tâches assumées par la recourante, dans la mesure notamment où toutes étaient effectuées pour le compte du CDM et avaient trait au domaine économique, en particulier du management de la technologie. Dans ces conditions, il n'y a au surplus aucune raison de soupçonner que la volonté intime et concordante des parties n'était pas de se lier par un seul rapport de travail.
7.2.3 Par surabondance, également pour le cas où la volonté des parties serait à cet égard divergente, en ce sens que l'EPFL aurait entendu se lier par des rapports de travail distincts concernant les différentes charges confiées à la recourante, l'interprétation selon le principe de la confiance conduirait de toute façon à considérer que le contrat du 4 juin 2007 portait sur un rapport de droit unique. Si une partie entend au travers d'un seul contrat nouer plusieurs rapports de travail distincts, elle doit en effet l'exprimer clairement, au moyen d'une déclaration expresse de volonté à l'adresse de l'autre partie.
7.3 Attendu que le contrat du 4 juin 2007 portait sur un rapport de travail unique, la distinction opérée par l'autorité inférieure entre deux relations juridiques distinctes constitue une correction dudit contrat par le juge que l'art. 9 al. 2 LPers, de l'avis du tribunal de céans, n'autorise pas.
Au surplus, une telle solution ne serait pas sans poser un certain nombre de difficultés pratiques. Outre les questions liées à la définition et la délimitation des différentes tâches, ainsi qu'aux circonstances dans lesquelles il s'agirait de considérer qu'une tâche doit relever d'un rapport de droit propre (taux d'activité minimum, caractère occasionnel/provisoire ou durable de la tâche en question, etc.), la possibilité d'opérer de telles distinctions conduirait à considérer que des relations de travail pourtant conçues et envisagées comme un tout par les parties relèvent en fait d'autant de rapports de droits que le nombre de tâches considérées comme distinctes inscrites au cahiers des charges de l'employé. Il faudrait en outre admettre que l'intégration audit cahier de toute tâche jugée nouvelle emporterait création d'un nouveau rapport de droit et, pour le cas où l'attribution de cette charge ne s'inscrirait pas dans le cadre d'une augmentation du temps de travail, modification des relations juridiques préexistantes entre les parties, en ce sens d'une diminution du taux d'activité. Le fait de distinguer entre plusieurs rapports de droit concernant les différentes tâches inhérentes au poste de collaborateur scientifique, dont la flexibilité représente l'une des caractéristiques essentielles, conduirait ainsi à créer un enchevêtrement de relations juridiques, rendant la situation entre les parties difficilement appréhendable, ce qui n'est évidemment pas souhaitable.
Il se poserait également la question du taux d'activité qu'il conviendrait de retenir lorsqu'au vu du nombre d'années durant lesquelles une charge a été exercée, le collaborateur pourrait pour cette tâche prétendre à un contrat de durée indéterminée, et que le temps de travail qu'il y a consacré a subi d'importantes variations d'une année sur l'autre. L'on pourrait notamment imaginer, selon les circonstances, qu'il faille retenir le taux d'activité qu'il était initialement prévu que l'employé consacre à la tâche en question, le taux qu'il devait y consacrer selon la dernière modification de son cahier des charges ou encore la moyenne des différents taux sur une période donnée. La même question se poserait en outre à l'occasion d'une résiliation segmentaire des rapports de travail. La solution de l'autorité inférieure serait ainsi facteur d'incertitude dans les relations contractuelles et, partant, préjudiciable à la sécurité du droit.
C'est donc à tort que l'autorité inférieure a distingué à l'intérieur du contrat du 4 Juin 2007 entre deux rapports de droit distincts, dont l'un seul serait à considérer comme la continuation des rapports préexistant entre les parties. Pour juger d'un éventuel rapport de continuité entre les fonctions de chargée de cours externe et de collaboratrice scientifique assumées par la recourante, il s'agit au contraire d'envisager celles-ci dans leur globalité. En d'autres termes, il faut déterminer si le contrat de travail du 4 juin 2007, considéré dans son ensemble, constitue la continuation des rapports de travail antérieurs, ou s'il s'agit au contraire de considérer que ledit contrat emporte création d'une relation juridique nouvelle. Il convient à présent de trancher cette question.
7.4 Pour déterminer si l'activité de collaboratrice scientifique exercée par la recourante dès le 1er Juin 2007 constitue ou non la continuation des rapports de travail antérieurs entre les parties, il y a lieu de tenir compte de l'ensemble des circonstances concrètes du cas. Il s'agit notamment de procéder à une comparaison des différentes tâches et responsabilité que la recourante a assumées au titre des différentes fonctions qu'elle a exercées.
Dans la mesure où, dans les relations juridiques entre travailleurs et employeurs, la conclusion formelle de nouveaux contrats de travail, dans le cadre de rapports de travail qui perdurent, n'interrompt pas les "rapports de travail" ("Arbeitsverhältnis") au sens de la loi (cf. ATF 112 51 consid. 3b/aa), et où la conclusion successive de contrats n'est licite que lorsqu'ils portent sur des rapports de travail nettement différents (cf. consid. 6.3 ci-avant), il faut considérer que la conclusion d'un nouveau contrat de travail entre les mêmes parties n'emporte création d'une relation juridique nouvelle - soumise à un temps d'essai et entraînant la perte des éventuelles prétentions juridiques nées de la durée des rapports de service passés - que si ledit contrat porte sur des rapports de travail clairement distincts des rapports antérieurs. Tel sera notamment le cas lorsque l'employé change de domaine d'activité (p. ex. passage d'un poste de collaborateur scientifique à celui de collaborateur au sein du département des ressources humaines) ou en cas de modification importante de son cadre de compétences et de responsabilités (p. ex. nomination d'un collaborateur scientifique au titre de Professeur). A défaut, les dispositions sur la protection contre les congés, de même que celles prévoyant la naissance de prétentions juridiques dépendant d'une durée minimale des rapports de service seraient dans une large mesure vidées de leur substance.
7.5 En l'occurrence, il n'est pas contestable qu'en tant que chargée de cours externe, la recourante a participé à l'enseignement dispensé au sein de l'intimée (cf. art. 11 al. 1 de l'Ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL). S'agissant en particulier de la période précédant directement la fin de son engagement à cette fonction, il apparaît que la recourante a donné 23 heures d'enseignement durant l'année académique 2005-2006, soit 16 heures dans le cadre du cours "Executive Master in Management of Technology" et 7 heures dans le cadre du cours "Economics & Management of innovation & technology in life sciences", ainsi que 18 heures durant l'année académique 2006-2007, soit 12 heures d'enseignement et 6 heures d'exercices dans le cadre du cours "Economics & Management of innovation in LS&T", (cf. les feuilles de calcul de la recourante émises pour ces années par le service académique de l'EPFL [ci-après: le SAC]).
La recourante fait en outre valoir que préalablement au 1er juin 2007, l'intimée lui avait également confié des tâches de type organisationnel et administratif par décisions présidentielles des 24 avril 2002 et 15 janvier 2003 (cf. à cet égard consid. 5.3 ci-avant). Sans trancher si ces tâches s'inscrivaient ou non dans le cadre de sa fonction de chargée de cours externe, on ne saurait en tout état de cause en tenir compte dans le cadre de la comparaison des postes que la recourante a successivement occupés, dès lors que ces tâches ont revêtu un caractère ponctuel et limité dans le temps et que durant les quatre années qui ont précédé l'engagement de la recourante en qualité de collaboratrice scientifique, cette dernière n'a assumé aucune mission de ce type.
7.6 Dès le 1er juin 2007, la recourante a occupé la fonction de collaboratrice scientifique, qui se rapporte aux personnes travaillant dans l'enseignement et la recherche (cf. art. 6 de l'Ordonnance sur l'EPFZ et l'EPFL). Dans le cadre de cette fonction, la recourante a continué à assumer des activités d'enseignement et a en outre été chargée de travaux de recherche et de tâches administratives et organisationnelles.
7.6.1 Concernant en premier lieu les activités d'enseignement, il ressort des feuilles de calcul émises par le SAC que durant l'année académique 2007-2008 suivant directement son engagement en qualité de collaboratrice scientifique, la recourante a dispensé exactement le même enseignement que celui qu'elle avait dispensé l'année précédente en qualité de chargée de cours externe, à savoir 12 heures d'enseignement et 6 heures d'exercices dans le cadre du cours "Economics & Management of innovation in LS&T". Durant l'année académique 2008-2009, la recourante a repris ces 18 heures de cours et a dispensé 14 heures d'enseignement supplémentaires dans le cadre du cours "Advances in Economics of Decision making under risk, un-certainty and crisis situations, for young leaders". Il apparaît ainsi que la conclusion du contrat ayant pris effet au 1er juin 2007 n'a pas marqué de rupture concernant les charges d'enseignement de la recourante. Dans ces conditions, c'est à bon droit que l'autorité inférieure a considéré que les charges de cours assumées préalablement à la signature du contrat du 4 juin 2007 avaient été intégrées dans celui-ci.
7.6.2 Concernant l'importance relative des charges d'enseignement par rapport aux autres tâches confiées à la recourante, il ressort des cahiers des charges que le taux qu'il était prévu qu'elle consacre à cette activité a été initialement fixé à hauteur de 40 % (2007-2008), avant d'être ramené à 25 % (2008-2009 et 2009-2010) puis relevé à 75 % (2010-2011). Cette évolution ne se reflète toutefois pas dans les feuilles de calcul émises par le SAC sur cette période, au vu desquelles le nombre d'heures de cours et d'exercices dispensées par la recourante est successivement passé d'un total de 18 heures (2007-2008), à un total de 32 heures (2008-2009) puis de 74 heures (2009-2010); il semble enfin que la recourante n'ait assumé aucune charge de cours durant l'année académique 2010-2011 (cf. à cet égard le courrier électronique du Pr. G._______ du 17 janvier 2011 par lequel la charge de cours qui lui avait été confiée par acte de nomination du 25 juin 2010 lui a été retirée).
Cela étant, il apparaît que les charges d'enseignement de la recourante, en substance comparables à celle qu'elle assumait en qualité de chargée de cours externe, ont occupé une part certes variable, mais globalement significative de son temps de travail. En particulier, il ressort du cahier des charges établi le 14 mai 2007 qu'au début de son engagement en qualité de collaboratrice scientifique, les charges d'enseignement constituaient sa première activité par ordre d'importance. Selon l'intimée, c'est au demeurant les lacunes supposées de la recourante en la matière qui auraient justifié qu'elle n'ait pas été mise au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée, respectivement que son contrat n'ait pas été prolongé. Il est également intéressant de relever que l'intimée, dans sa duplique du 20 février 2012, utilise à plusieurs reprise la locution de "chargé de cours interne" s'agissant du poste que la recourante a occupé dès le 1er juin 2007. Dans ces circonstances, il est manifeste que les charges d'enseignement constituaient l'une des principales, sinon la principale tâche de la recourante.
7.6.3 Concernant les activités de recherche et les charges administratives et organisationnelles assumées par la recourante dès le 1er juin 2007, si celles-ci peuvent certes être qualifiées de tâches nouvelles (cf. consid. 7.5 ci-dessus), il convient d'observer qu'elles présentaient une étroite connexité matérielle avec les charges d'enseignement que la recourante assumait en parallèle. Les travaux de recherches menés par la recourante concernaient ainsi des thèmes économiques et contribuaient à la qualité de son enseignement. Il apparaît que ces travaux étaient fortement liés, voire accessoires à ses activités d'enseignement (cf. à cet égard les cahiers des charges des années académiques 2007-2008, 2009-2010 et 2010-2011). Il apparaît d'autre part que les charges administratives et organisationnelles confiées à la recourante consistaient principalement à mettre en place et développer les programmes dans le cadre desquels elle enseignait, ainsi qu'à établir et renforcer les liens entre le CDM d'une part et les autres facultés de l'EPFL, les universités étrangères et l'industrie, en vue notamment de leur participation aux programmes du CDM. On ne saurait dès lors nier que lesdites charges se trouvaient également dans un rapport de corrélation avec les activités d'enseignement de la recourante. Dans ces circonstances, il s'agit de retenir que les tâches nouvelles confiées à la recourante à la suite de son engagement en qualité de collaboratrice scientifique se sont inscrites dans le prolongement de ses charges d'enseignement, plus anciennes.
7.6.4 Il sied enfin de remarquer qu'à la suite de son engagement en qualité de collaboratrice scientifique, la recourante est restée rattachée au CDM et au Programme de Management de la Technologie et Entrepreneuriat (PMTE). Au vu du dossier de la cause, notamment des échanges de courriers électroniques ayant précédé et suivi la conclusion du contrat du 4 juin 2007, ainsi que du cahier des charges du 14 mai 2007, il semble en outre que la recourante est demeurée sous la direction des mêmes personnes, à savoir les Pr. T._______ et F._______. Il apparaît enfin que la recourante ne s'est pas vue confier de responsabilités directionnelles dans le cadre de ses fonctions de collaboratrice scientifique, en ce sens que personne ne lui était subordonné. Ainsi, le changement de statut de la recourante n'a pas eu de réelle incidence sur la position qu'elle occupait au sein de l'intimée.
7.7 Compte tenu de ce qui précède, il s'agit de considérer que le contrat du 4 juin 2007, nonobstant l'importante augmentation du taux d'activité qui en a résulté, n'emporte pas création d'une relation juridique nouvelle, mais constitue une simple modification et, partant, la continuation des rapports de travail préexistant entre les parties. En tant que ceux-ci étaient réputés de durée indéterminée (cf. consid. 7 ci-avant), il s'ensuit que le contrat du 4 juin 2007 doit également être réputé de durée indéterminée. Attendu en outre qu'au 31 mai 2011, les rapports de travail entre les parties se poursuivaient sans discontinuer depuis plus de dix ans, il n'est en l'occurrence pas besoin d'examiner si et dans quelle mesure il convient de tenir compte de la disposition de l'art. 20 al. 4 OPers-EPF (cf. consid. 6.2 ci-avant), dès lors qu'à cette date, la durée maximale des rapports de durée déterminée était en tout état de cause dépassée. Peu importe, enfin, que le contrat et ses modifications successives aient été conclus pour une durée déterminée, comme le met en avant l'intimée, dès lors que la fiction légale de l'art. 9 al. 2 LPers, respectivement de l'art. 20 al. 4 OPers-EPF, opère indépendamment de la volonté des parties.
7.8 Dans sa réponse du 14 novembre 2011 concluant au rejet du recours, l'intimée requiert l'audition de plusieurs professeurs attitrés et du responsable des ressources humaines de l'école.
7.8.1 Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents du dossier avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.3 et 132 V 368 consid. 3.1). Cette garantie constitutionnelle ne confère en revanche pas le droit d'être entendu oralement, ni celui d'obtenir l'audition de témoins. En effet, l'autorité peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 3.86; Kölz/Häner, op. cit., n. 150; ATF 134 I 140 consid. 5.3 et 130 II 425 consid. 2.1; arrêt du TF 2C_484/2012 du 20 août 2012 consid. 2.2; arrêt du TAF A-510/2011 du 14 août 2012 consid. 5.1 et A-2619/2010 du 14 juin 2011 consid. 9.2).
7.8.2 En l'occurrence, l'intimée demande que les témoins qu'elle cite soient entendus sur les griefs formulés quant à la qualité du travail de la recourante. Or, cet aspect, s'il peut être relevant concernant les motifs de la résiliation et/ou l'existence d'une discrimination (cf. consid. 11 ci-après), n'est pas pertinent concernant la durée des rapports de travail. Partant, l'autorité de céans renonce à ce stade à ce qu'il soit procédé aux auditions requises.
7.9 Il résulte des considérants qui précèdent qu'au 31 mai 2011, les rapports de travail entre les parties étaient réputés de durée indéterminée pour un taux d'activité de 100 %. Le recours du 1er septembre 2011 doit donc être admis sur ce point et la décision de l'autorité inférieure annulée en ce qu'elle prononce que l'intimée et la recourante sont liées par un contrat de durée indéterminée pour un taux d'activité de 40 % (ch. 2), que l'intimée est tenue de maintenir la recourante à son service en tant que chargée de cours jusqu'à la résiliation de ses rapports de travail (ch. 3) et que la partie du contrat de travail du 4 juin 2007 qui se rapporte à des tâches hors charge d'enseignement pour un taux d'activité de 60 % est arrivée à échéance le 31 mai 2011 (ch. 4).
8. Dans ces circonstances, le tribunal de céans renonce, par économie de procédure, à examiner au surplus les mérites du grief de violation du principe de la bonne foi soulevé par la recourante.
9. Etant évident qu'une décision prise sur la base d'une décision annulée, soit n'emportant pas d'effets, doit être considérée comme nulle et non avenue, il ne fait aucun doute en l'espèce que l'annulation de la décision de l'autorité inférieure du 28 juin 2011 au sens du considérant 7.9 ci-avant affecte la validité de la décision de l'intimée du 25 août 2012 de résilier les rapports de travail tels qu'ils résultaient de la décision susmentionnée. Il convient ainsi de constater la nullité de cette résiliation, sans qu'il soit au surplus besoin d'examiner si elle était conforme au droit d'un point de vue formel et matériel.
Il en va en outre de même, par répercussion, de la décision de l'autorité inférieure du 3 juillet 2012 en ce qu'elle porte d'une part sur la validité de la résiliation et en constate la nullité (ch. 2), mais également en ce qu'elle constate que les rapports de travail de la recourante ont pris fin le 3 juillet 2012 (ch. 3) et condamne en conséquence l'intimée à verser à la recourante une indemnité correspondant à 6 mois de salaire (ch. 4). Partant, il convient au surplus de déclarer sans objet le recours du 4 septembre 2012 en ce qu'il porte sur ces points et constater que la recourante et l'intimée demeurent à ce jour liées par un contrat de travail de durée indéterminée pour un taux d'activité de 100 % portant sur un poste de collaboratrice scientifique.
10. Il reste à déterminer si le Tribunal administratif fédéral doit examiner lui-même la suite qu'il convient de donner à la présente cause, notamment s'il est ou non possible de réintégrer la recourante dans ses fonctions de collaboratrice scientifique et, dans la négative, si nonobstant l'absence de résiliation valable des rapports de travail de cette dernière, il y a lieu de fixer de façon fictive la fin desdits rapports au jour du présent arrêt (cf. Harry Nötzli, Die Beendigung von Arbeitsverhältnissen im Bundespersonalrecht, Berne 2005, n° 381; arrêt du TAF A-76/2009 du 24 août 2009 consid. 10) et d'octroyer à la recourante une indemnité au sens de l'art. 19 al. 3 LPers, ou si le tribunal de céans peut au contraire renvoyer la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle statue sur ces questions par une nouvelle décision.
10.1 Selon l'art. 61 al. 1 PA, l'autorité de recours statue en principe elle-même sur l'affaire, le renvoi à l'autorité inférieure devant demeurer exceptionnel. Il est toutefois admis que l'autorité judiciaire dispose d'un large pouvoir d'appréciation en la matière (cf. ATF 131 V 407 consid. 2.1.1; arrêts du TAF A-4859/10 du 13 mars 2012 consid. 8 et A-5927/2007 du 2 septembre 2010 consid. 4.3; Moser/Beusch/ Kneubühler, op. cit, ch. 3.194; Philippe Weissenberger, in: Bernhard Waldmann/Philippe Weissenberger [édit.], VwVG, Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich 2009, n° 15 s. ad art. 61 PA; cf. également Madelaine Camprubi, in: VwVG Kommentar, op. cit., n° 11 ad art. 61 PA).
10.2 En l'espèce, il apparaît que si l'autorité inférieure a examiné et écarté la possibilité que la recourante réintègre un poste de chargé de cours à un taux d'activité de 40 %, elle ne s'est en revanche encore nullement prononcée sur la possibilité, en l'espèce déterminante, de réintégrer la recourante à son poste de collaboratrice scientifique à temps complet, par exemple en lui attribuant principalement, dans un premier temps, des fonctions administratives. Partant, au regard de la compétence matérielle de l'autorité inférieure à statuer sur cette question, ainsi que sur celle du montant de l'indemnité qu'il conviendrait d'attribuer à la recourante pour le cas où sa réintégration n'apparaît pas possible, et en considération du principe de la double instance, il se justifie de renvoyer la cause à l'autorité inférieure, à charge pour elle de rendre une décision au sens de l'art. 5 PA. Par souci de clarté, il sied de rappeler qu'il lui est en particulier demandé de se prononcer sur la possibilité de réintégrer la recourante à son poste de collaboratrice scientifique à un taux d'activité de 100 % et d'en tirer les conséquences qui s'imposent.
11. Dans son mémoire du 1er septembre 2001, la recourante invoque également une violation de la loi fédérale sur l'égalité entre femmes et hommes du 24 mars 1995 (LEg, RS 151.1). Elle fait en particulier grief à l'autorité inférieure de n'avoir pas admis la vraisemblance de la discrimination dont elle se prévaut, ainsi que d'avoir procédé à un établissement des faits arbitraire et incomplet et d'avoir violé son droit d'être entendu en renonçant à comparer les parcours de certains professeurs attitrés de l'intimée avec le sien.
11.1 La LEg, qui est applicable aux rapports de travail régis par le code des obligations et par le droit public fédéral, cantonal ou communal (cf. art. 2 LEg), interdit de discriminer les travailleurs à raison du sexe, soit directement, soit indirectement (cf. art. 3 al. 1 LEg), que ce soit notamment à l'embauche, à l'attribution des tâches, à l'aménagement des conditions de travail, à la rémunération, à la formation et au perfectionnement professionnels, à la promotion et à la résiliation des rapports de travail (cf. art. 3 al. 2 LEg). Aux termes de l'art. 5 al. 1 LEg, quiconque subit ou risque de subir une telle discrimination peut requérir le tribunal ou l'autorité administrative d'interdire la discrimination ou d'y renoncer si elle est imminente (let. a), de la faire cesser si elle persiste (let. b), d'en constater l'existence si le trouble qu'elle a créé subsiste (let. c) ou d'ordonner le paiement du salaire dû (let. d) (cf. ATF 131 II 361 consid. 3).
Excepté à l'embauche, l'existence d'une discrimination dans les domaines précités est présumée pour autant que la personne qui s'en prévaut la rende vraisemblable (cf. art. 6 LEg). L'application de l'art. 6 LEg implique que le juge se détermine d'abord sur la vraisemblance alléguée, ce qui doit figurer dans sa décision. Dans la mesure où il considère que la discrimination est entièrement douteuse ou qu'elle a simplement été alléguée, il doit débouter la travailleuse des conclusions y relatives; dans le cas contraire, il doit examiner si la partie adverse a rapporté la preuve que la différence de traitement repose sur des motifs objectifs ne comportant pas d'effets discriminatoires à raison du sexe (cf. ATF 136 II 393 consid. 11.3 et 125 III 368 consid. 4; arrêt du TF 4C.463/1999 du 4 juillet 2000 [publié aux ATF 126 III 395] consid. 2a [non publié]). Avant que le fardeau de la preuve ne soit mis à la charge de l'employeur, il est cependant exigé que la personne qui invoque la LEg apporte des indices qui rendent vraisemblable l'existence d'une discrimination. Le juge n'a pas à être convaincu du bien-fondé des arguments du travailleur; il doit simplement disposer d'indices objectifs suffisants pour que les faits allégués présentent une certaine vraisemblance, sans devoir exclure qu'il puisse en aller différemment (cf. ATF 130 III 145 consid. 4.2; Kathrin Klett, Richterliche Prüfungspflicht und Beweiserleichterung, Pratique judiciaire actuelle [PJA] 2001 p. 1293 ss, ch. 4 p. 1297; Sabine Steiger-Sackmann, in Commentaire de la loi sur l'égalité, Margrith Bigler-Eggenberger/Claudia Kaufmann [édit.], Lausanne 2000, n. 28, 42 49 et 54 ad art. 6 LEg).
11.2 En l'espèce, dès lors que la recourante ne prend aucune conclusion tendant à l'exercice des droits que l'art. 5 LEg reconnaît au travailleur qui subit une discrimination à raison du sexe (cf. consid. 11.1 ci-avant), on peut se poser la question de la recevabilité du moyen soulevé par la recourante. Cette dernière reconnaît par ailleurs expressément que la discrimination dont elle se prévaut est sans incidence sur la qualification de son contrat de travail et l'issue du présent litige (cf. mémoire de recours p. 10). Dans la mesure où l'autorité inférieure s'est prononcée sur l'existence d'une discrimination et où la recourante soulève les griefs précités, il y a toutefois lieu de relever ce qui suit.
Dans son mémoire du 1er septembre 2011, la recourante allègue être victime d'une discrimination à la promotion (cf. p. 9 s.; cf. également consid. 11.1 ci-avant). Dans sa réplique du 16 janvier 2012, elle précise en outre que la discrimination dont elle se prévaut ne consiste pas en l'absence de nomination au titre de Professeur, mais en "tous les obstacles mis sur son chemin de chargée de cours, toutes les entraves à un développement de sa carrière comparable à ses collègues masculins" (cf. p. 3). La recourante ne détaille cependant nullement en quoi lesdits obstacles et lesdites entraves auraient consisté. Tout au plus fait-elle référence, dans son mémoire de recours (cf. p. 8), au fait qu'elle n'a bénéficié ni d'un plan de carrière, ni d'entretiens annuels comme prévu par la loi (cf. art. 4 al. 2 let. b et 4 al. 3 LPers, ainsi que art. 6 et 7 OPers-EPF). Dans la mesure où il s'agit de considérer ce fait comme établi, il sied de remarquer que durant ses années de service pour le compte de l'intimée, la recourante ne s'en est toutefois jamais plainte et n'a jamais demandé à bénéficier de telles mesures. Dans ces conditions, leur omission apparaît résulter non pas d'une volonté de discriminer la recourante, mais d'une entente implicite entre les parties, établie dès le début de leurs relations lorsque la recourante assumait uniquement des charges de cours et qui s'est poursuivie à la suite de son engagement en qualité de collaboratrice scientifique.
En tant que la discrimination ne consiste selon la recourante pas en l'absence de nomination au titre de Professeur, la comparaison des parcours des professeurs qu'elle cite avec le siens n'apparaît en outre pas pertinente. Partant, le tribunal de céans ne voit pas en quoi l'autorité inférieure aurait agi arbitrairement en renonçant d'y procéder, ni en quoi, ce faisant, elle aurait violé le droit d'être entendu de la recourante (cf. consid. 7.8.1 ci-avant). Partant, Il y a lieu de constater que la recourante n'a nullement rendu vraisemblable l'existence de la discrimination à raison du sexe dont elle se prévaut, de sorte qu'il conviendrait en l'état de rejeter d'éventuelles conclusions y relatives (cf. consid. 11.1 ci-avant).
En tant qu'il eût été recevable, le moyen tiré de la violation de la LEg doit donc être rejeté. En conséquence, le tribunal de céans renonce au surplus définitivement à l'audition des personnes que l'intimée proposait d'entendre concernant les griefs qu'elle formule quant à la qualité du travail de la recourante.
12. Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre partiellement le recours du 1er septembre 2011 et à renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants.
13. Conformément à l'art. 34 al. 2 LPers (ch. 20 CCT Poste), la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral en matière du droit du personnel de la Confédération est gratuite, sauf s'il y a recours téméraire, ce qui, vu l'issue de la cause, n'est manifestement pas le cas en l'espèce. Partant, il n'est pas perçu de frais judiciaires.
14. La partie qui obtient entièrement ou partiellement gain de cause a droit à une indemnité à titre de dépens (art. 64 al. 1 PA; art. 7 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Pour déterminer dans quelle mesure le recourant a eu gain de cause, respectivement a succombé, il s'agit principalement d'apprécier le succès de ses conclusions à l'aune de leurs effets sur la décision entreprise (ATF 123 V 156 consid. 3c et 123 V 159 consid. 4b). Lorsque, comme en l'espèce, la cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision (dont le résultat est ouvert), il est considéré, en procédure administrative fédérale, que le recourant a entièrement gain de cause (arrêts du TAF A-4859/2010 du 13 mars 2012 consid. 10 et A-8457/2010 du 14 juillet 2011 consid. 5).
Vu l'issue de la cause, la recourante, qui est représentée par des mandataires professionnels, a droit à l'allocation de pleins dépens, à charge de l'intimée, pour les frais nécessaires qu'elle a encourus tant devant l'autorité inférieure que devant le tribunal de céans (cf. Moser/ Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 4.87). Dans la mesure où la recourante n'a pas produit de décompte des prestations de ses avocats, il y a lieu de fixer les dépens sur la base du dossier (art. 14 al. 2 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Compte tenu de la jonction des deux recours, du degré de complexité de la cause, du travail effectivement nécessaire et du tarif horaire retenu (cf. art. 10 al. 1 et 2 FITAF), l'indemnité de dépens est fixée à Fr. 22'000.-- (TVA comprise). Cette somme comprend un montant de Fr. 15'120.-- plus frais et TVA pour la procédure de recours devant l'autorité inférieure, le solde étant alloué pour la procédure devant le tribunal de céans.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours du 1er septembre 2011 est partiellement admis au sens des considérants.
2. La décision de l'autorité inférieure du 28 juin 2011 est annulée.
3. La décision de l'intimée du 25 août 2012 est nulle.
4. La décision de l'autorité inférieure du 3 juillet 2012 est nulle.
5. Le recours du 4 septembre 2012 est déclaré sans objet.
6. La cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants.
7. Il n'est pas perçu de frais de procédure.
8. Une indemnité de dépens de Fr. 22'000.-- (TVA comprise) est allouée à la recourante et mise à la charge de l'intimée.
9. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'intimée (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
Les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les rapports de travail de droit public peuvent être contestées auprès du Tribunal fédéral, pourvu qu'il s'agisse d'une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse s'élève à Fr. 15'000.- au minimum ou qui soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 1 let. b et al. 2 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). S'il s'agit d'une contestation non pécuniaire, le recours n'est recevable que si celle-ci touche à la question de l'égalité des sexes (art. 83 let. g LTF).
Si le recours en matière de droit public est ouvert, il doit être déposé dans un délai de 30 jours dès la notification de la décision contestée, soit au Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF), soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse. Ce délai ne court pas du 18 décembre au 2 janvier inclus (art. 46 al. 1 let. c LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :