bvger · B-5397/2012 · 2013-11-11 · fr
B-5397/2012

Paiements directs généraux et contributions écologiques

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour II
B-5397/2012
Arrêt du 11 novembre 2013
Composition
Pascal Richard (président du collège),
Francesco Brentani, David Aschmann, juges,
Muriel Tissot, greffière.
Parties
X._______,
représentée par Me Stéphane Riand, avocat,
recourante,
Contre
Commission cantonale de recours en matière agricole et de remaniements parcellaires,
p.a. Me Bernhard Burkard, notaire,
case postale 169, 3945 Gampel,
autorité inférieure,
Service de l'agriculture du canton du Valais,
Office pour la culture des champs et des paiements directs, case postale 437, 1951 Châteauneuf-Sion,
première instance.
Objet
Paiements directs.
Faits :
A.
A.a X._______ (ci-après : la requérante ou la recourante) exploite un domaine agricole sis sur la commune de G._______ ; elle a requis des paiements directs pour l'année 2010.
A.b Par décision du 17 décembre 2010, le Service de l'agriculture du canton du Valais - Office des paiements directs (ci-après : le service de l'agriculture ou la première instance) lui a refusé le versement des paiements directs, à hauteur de Fr. 39'276.-, pour le motif que, depuis quelques années, elle ne satisfaisait que partiellement aux exigences de la législation relative à la protection des eaux.
A.c Statuant sur réclamation de la requérante, le service de l'agriculture l'a rejetée et a maintenu la décision du 17 décembre 2010 par prononcé du 4 avril 2011.
B.
B.a Le 5 mai 2011, la requérante a formé recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière agricole et de remaniements parcellaires (ci-après : la commission cantonale de recours ou l'autorité inférieure) contre cette décision ; elle a conclu, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de celle-ci et à l'allocation de paiements directs pour l'année 2010.
B.b Par décision du 7 mars 2012, notifiée le 18 avril 2012, la commission cantonale de recours a rejeté le recours. En substance, elle a considéré qu'il avait été constaté par décisions du Service de la protection de l'environnement (SPE) des 16 mars 2005 et 30 juin 2006 que la fumière de l'exploitation de la recourante n'était pas étanche et n'avait pas une capacité suffisante, ce qui entraînait à terme une pollution des eaux dangereuse pour la nature et pour l'environnement. Elle a relevé que la recourante n'avait entrepris aucune démarche en vue de remédier à ces manquements. La violation des dispositions environnementales étant grave, volontaire et répétée, il se justifiait dès lors de lui refuser l'allocation de paiements directs.
C. Par ordonnance du 12 octobre 2012, la commission cantonale de recours a transmis au Tribunal administratif fédéral une écriture datée du 4 mai 2012 que lui avait adressé l'époux de la recourante, Y._______, et dans laquelle il formulait plusieurs reproches à l'encontre de la décision rendue le 7 mars 2012. Celui-ci se plaint notamment de ce que la commission cantonale de recours n'a pas répondu à la suite de la transmission du courrier du 30 janvier 2012 concernant le versement de paiements directs à hauteur de Fr. 40'856.- et conteste l'inétanchéité de la fosse ainsi que la possibilité d'utiliser le chemin existant pour vider celle-ci.
Sur invitation du Tribunal administratif fédéral, la recourante a confirmé que le courrier daté du 4 mai 2012 devait être considéré comme un recours par envoi du 8 novembre 2012, concluant implicitement à l'allocation de paiements directs pour l'année 2010 ; elle a produit une procuration justifiant les pouvoirs de son mari en date du 21 novembre 2012.
D.
D.a Invité à se déterminer sur le recours, le service de l'agriculture conclut à son rejet dans sa réponse du 15 janvier 2013. Il relève que l'exploitation de la recourante n'est pas conforme à la législation sur la protection de l'environnement depuis de nombreuses années et que, pour 2010, cela a été expressément constaté lors du contrôle de police du 23 novembre 2010 et par constat du SPE du 14 décembre 2010. Il indique également que, contrairement à ce que prétend la recourante, il lui était possible de respecter les exigences légales en la matière, la fosse à purin comme la fumière étant accessibles pour une évacuation du lisier.
D.b Dans ses observations du 21 janvier 2013, la commission cantonale de recours requiert le rejet du recours. Elle fait valoir que le droit d'être entendue de la recourante a été respecté, plus particulièrement que la réponse au courrier du 30 janvier 2012 consiste en la décision querellée. Elle mentionne ensuite que les manquements à la législation relative à la protection de l'environnement ont été constatés par une décision entrée en force et que, lors de l'inspection sur place, il a pu être constaté que la fosse n'était pas vidée et que l'étanchéité posait problème. Elle indique encore que la fosse pouvait être vidée - dès lors qu'elle était accessible par le bas du terrain - mais que la recourante et son époux refusaient d'évacuer le lisier comme de rendre les installations conformes aux exigences légales.
E. Par courrier du 23 janvier 2013, la recourante a informé le tribunal qu'elle ne souhaitait plus être représentée par son époux dans la procédure.
F. Consulté dans cette affaire en qualité d'autorité spécialisée, l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) a indiqué dans sa prise de position du 20 février 2013, complétée le 15 avril 2013, que ni le contrôle de police du 23 novembre 2010 ni le constat du SPE du 14 décembre 2010 ne constituaient une décision formelle exécutoire établissant que les dispositions en matière de protection des eaux n'avaient pas été respectées en 2010, de sorte que les manquements constatés ne pouvaient être sanctionnés par une réduction des paiements directs.
G. Par écriture du 28 mai 2013, complétée le 31 mai 2013, la recourante, représentée pour la première fois par un mandataire professionnel, a conclu, sous suite de frais et dépens, à l'admission du recours, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi du dossier pour nouvelle décision. Elle fait valoir, se référant à l'avis de l'OFAG, qu'il n'existait aucune décision exécutoire constatant l'éventuel non-respect de la législation sur la protection des eaux depuis 2007. Elle conteste pour le surplus que ces installations ne seraient pas conformes aux prescriptions et produit plusieurs pièces dans le but de démontrer son point de vue ainsi que se plaint d'un prétendu harcèlement administratif de la part des autorités.
H. Le 26 juin 2013, la première instance a fait parvenir au Tribunal administratif fédéral une dénonciation pénale du 25 juin 2008 du SPE à l'encontre de Y._______, une ordonnance pénale du 11 juillet 2008 pour insoumission à la décision de l'autorité, ainsi qu'une décision rendue le 22 mai 2013 par le Département des transports, de l'équipement et de l'environnement du canton du Valais (ci-après : le département) constatant que, pour les années 2007 à 2013, les installations de stockage des engrais de ferme de la recourante n'étaient pas conformes aux exigences de la législation fédérale sur la protection des eaux. Elle a en outre précisé que cette décision n'avait fait l'objet d'aucun recours dans le délai arrivé à échéance le 22 juin 2013.
I. La recourante et la première instance se sont encore exprimées par écritures respectivement des 3 et 4 juillet 2013. En particulier, la recourante s'est plainte de ce que la décision du département n'ait pas été notifiée à son mandataire et a fait valoir que, de toute manière, dite décision est postérieure à celle faisant l'objet du litige. Par courrier du 29 juillet 2013, la recourante a encore transmis des documents au tribunal, dont notamment une ordonnance pénale du département du 17 juillet 2013.
J. A nouveau invité à compléter ses précédents avis, l'OFAG a indiqué le 13 août 2013 que le fait de constater que la législation sectorielle sur la protection des eaux a été violée à plusieurs reprises sur une période de six à sept ans dans une seule décision n'est pas conforme à la logique du système de sanctions prévues dans le cadre des paiements directs. L'absence d'une description claire des actes reprochés à l'exploitant agricole et d'informations précises sur la catégorie d'infractions et sur la gravité de celles-ci ne permet pas, d'une part, de réduire de manière proportionnelle les paiements directs pour l'ensemble des années déterminantes et, d'autre part, de prévenir la récidive, en donnant la possibilité au contrevenant de remédier à la situation dans un délai précis, la priorité étant le rétablissement d'une situation conforme au droit.
K. La recourante et la première instance se sont déterminées par courriers respectivement du 22 août 2013 et des 26 août et 4 septembre 2013. La première instance avance notamment que les exigences requises par l'OFAG quant à la description du comportement de la recourante seraient facétieuses en l'espèce, voire consacreraient un formalisme excessif. Elle ajoute que, à ce jour, la réduction des paiements directs n'a pas été subordonnée à ce que l'autorité d'exécution ordonne des mesures administratives pour éviter la pollution des eaux et permette au contrevenant de remédier à la situation. Sur ce point, elle distingue deux procédures, l'une concernant le stockage d'engrais de ferme et l'autre relative à l'assainissement des installations de stockage ; elle précise qu'aucune mesure d'exécution par substitution ne saurait raisonnablement être exigée de l'autorité d'exécution pour la seconde alors que, pour la première, des mesures ont été prises en 2006 et sont actuellement en cours.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1. Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (cf. art. 31, 32 et 33 let. i de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 al. 2 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021], art. 166 al. 2 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture [LAgr, RS 910.1], art. 3 de la loi valaisanne sur l'organisation de la Justice du 11 février 2009 [LOJ, RS/VS 173.1] ainsi qu'art. 104 al. 1 de la loi valaisanne sur l'agriculture et le développement rural du 8 février 2007 [RS/VS 910.1] et art. 1 al. 1 de l'ordonnance valaisanne sur l'agriculture et le développement rural du 20 juin 2007 [RS/VS 910.100]).
La qualité pour recourir doit être reconnue à la recourante (cf. art. 48 al. 1 PA). Les autres conditions de recevabilité sont respectées (cf. art. 11 al. 1, 50 al. 1, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA).
Le recours est donc recevable.
2. Selon l'art. 49 PA, le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que pour la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. En revanche, le grief de l'inopportunité ne peut être invoqué lorsque, comme en l'espèce, une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
3. Les textes légaux en matière de paiements directs ayant subi des modifications depuis 2010, il convient en premier lieu d'examiner quel est le droit applicable. La disposition transitoire de l'art. 187 al. 1 LAgr prévoit que, à l'exception des dispositions relatives à la procédure, les dispositions abrogées restent applicables aux faits survenus pendant qu'elles étaient en vigueur. Le droit applicable à la présente procédure est, par conséquent, celui en vigueur en 2010. Le droit actuellement en vigueur sera toutefois cité dans le présent arrêt dès lors que les dispositions décisives pour les cas d'espèce ne sont pas concernées par les modifications légales intervenues depuis 2010.
4.
4.1 A teneur de l'art. 1 LAgr, la Confédération veille à ce que l'agriculture, par une production répondant à la fois aux exigences du développement durable et à celles du marché, contribue substantiellement : (let. a) à la sécurité de l'approvisionnement de la population ; (let. b) à la conservation des ressources naturelles ; (let. c) à l'entretien du paysage rural ; (let. d) à l'occupation décentralisée du territoire. La Confédération prend notamment comme mesure celle de rémunérer, au moyen de paiements directs, les prestations écologiques et celles d'intérêt public fournies par les exploitations paysannes cultivant le sol (art. 2 al. 1 let. b LAgr).
4.2 Selon l'art. 70 al. 1 LAgr, la Confédération octroie aux exploitants d'entreprises paysannes cultivant le sol des paiements directs généraux, des contributions écologiques et des contributions éthologiques, à condition qu'ils fournissent les prestations écologiques requises. Les agriculteurs souhaitant recevoir des paiements directs doivent respecter les dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement et des animaux applicables à l'agriculture (art. 70 al. 4 LAgr). L'art. 6 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux, RS 814.20) prévoit qu'il est interdit d'introduire directement ou indirectement dans une eau des substances de nature à la polluer ; l'infiltration de telles substances est également interdite (al. 1). De même, il est interdit de déposer et d'épandre de telles substances hors d'une eau s'il existe un risque concret de pollution de l'eau (al. 2). Toute exploitation pratiquant la garde d'animaux de rente doit disposer d'installations permettant d'entreposer les engrais de ferme pendant trois mois au moins (cf. art. 14 al. 3 en lien avec al. 1 LEaux). Ces installations doivent disposer de la capacité de stockage prescrite, être étanches, en état de fonctionner et utilisées correctement (art. 28 de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux [OEaux, RS 814.201]).
4.3 Les contributions peuvent être réduites ou refusées si le requérant viole la présente loi, ses dispositions d'exécution ou les décisions qui en découlent (art. 170 al. 1 LAgr) ; elles sont réduites ou refusées au moins pour les années où le requérant a violé les dispositions (art. 170 al. 2 LAgr). Le Conseil fédéral règle les réductions applicables en cas de violation de dispositions relatives aux paiements directs et à la production végétale (art. 170 al. 3 LAgr).
Fondé sur cette dernière disposition, l'art. 70 al. 1 let. e de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les paiements directs versés dans l'agriculture (OPD, RS 910.13) prévoit que les cantons réduisent ou refusent les paiements directs conformément à la Directive de la Conférence des directeurs cantonaux de l'agriculture du 27 janvier 2005 (version du 12 septembre 2008) (ci-après : la directive) concernant la réduction des paiements directs, lorsque le requérant : ne respecte pas les dispositions applicables à l'agriculture de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage. La violation de ces dispositions doit être constatée par voie de décision ayant force exécutoire (art. 70 al. 2 OPD). En cas de violation intentionnelle ou répétée des dispositions, les cantons peuvent refuser le versement des contributions pendant cinq ans au maximum (art. 70 al. 3 OPD).
Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, la décision constatant la violation des dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage doit se rapporter à l'année pour laquelle des contributions ont été requises ; c'est-à dire que pour réduire, voire refuser, des paiements directs pour ce motif, il doit exister une décision constatant que le requérant a enfreint dites dispositions durant l'année pour laquelle il a formé sa demande. Il n'est en revanche pas nécessaire que la décision soit précisément datée de l'année en cause ; la constatation de violation des prescriptions relatives à la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage s'y référant peut bien plus intervenir ultérieurement et rétroactivement. La décision au sens de l'art. 70 al. 2 OPD peut être prononcée par toute autorité chargée de veiller au respect des dispositions en matière de protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage, à savoir également par une autorité pénale (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral [TAF] B-1374/2012 du 19 décembre 2012 consid. 6.4.1, B-1764/2012 du 21 janvier 2013 consid. 6.1.1, B-4313/2012 du 8 février 2013 consid. 6.1.1 et B-5203/2012 du 27 mars 2013 consid. 5.1).
4.4 Le dispositif de sanctions de la directive distingue entre les mesures administratives prononcées en cas d'indications fausses, de demandes présentées hors délai, d'entrave aux contrôles, d'omission d'annoncer les mesures (partie B), les réductions des paiements directs si les prestations écologiques requises ne sont pas fournies (partie C), le refus des contributions écologiques en raison du non-respect des conditions et des charges qui y sont liées (partie D), les diminutions proportionnelles des contributions éthologiques en cas de manquements (partie E) et les réductions des paiements directs en cas d'infractions aux prescriptions relatives à la protection des eaux, de l'environnement, ainsi que de la nature et du paysage pour autant que les infractions soient liées à la gestion de l'exploitation et qu'elles soient établies par voie de décision ayant force exécutoire prise par l'autorité d'exécution compétente (partie F). Lorsqu'une infraction donne lieu à une réduction selon la partie C, celle-ci prime ; les doubles réductions sont exclues.
5. La recourante se plaint tout d'abord de ce qu'elle n'a obtenu aucune réponse de la part de l'autorité inférieure à la suite de la transmission d'un courrier du 30 janvier 2012 l'informant qu'elle allait prochainement percevoir des paiements directs à hauteur de Fr. 40'856.- pour l'année 2011. Elle invoque ainsi implicitement une violation de son droit d'être entendue, grief qu'il convient d'examiner préliminairement.
5.1 Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101]) comprend notamment le devoir minimum pour l'autorité d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (cf. ATF 126 I 97 consid. 2b, 133 III 235 consid. 5.2). Ce devoir est violé lorsque le juge ne prend pas en considération des allégués, arguments, preuves et offres de preuve présentés par l'une des parties et importants pour la décision à rendre (cf. ATF 133 III 235 consid. 5.2).
5.2 En l'espèce, le litige se rapporte exclusivement aux paiements directs que la recourante a requis pour l'année 2010. Aussi, le courrier transmis concernant les contributions requises pour l'année 2011 ne se réfère pas à l'objet du litige. C'est dès lors à juste titre que l'autorité précédente n'y a donné aucune suite (cf. arrêt du TAF B-1554/2009 du 16 juin 2009 consid. 2.1 et réf. cit.). Même à supposer que la recourante entendait déduire de ce courrier une prétention pour l'année 2010, il n'y aurait pas non plus de violation du droit d'être entendu. L'autorité n'est en effet pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ; elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.2, 134 I 83 consid. 4.1). Or, le document précité ne se référant pas à l'année 2010, il n'était pas susceptible d'influer sur le sort de la cause.
Il s'ensuit que, mal fondé, le grief doit être rejeté.
6. En l'occurrence, la question litigieuse à examiner à titre liminaire est celle de savoir si la décision de constatation rendue le 22 mai 2013 par le département doit être prise en compte dans la présente procédure ou si, comme semble le prétendre la recourante, le fait qu'elle ait été rendue postérieurement au prononcé de la décision querellée s'y oppose.
6.1 En procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral, des faits nouveaux, de nouveaux moyens de preuve ainsi qu'une nouvelle argumentation peuvent être présentés pour autant qu'ils n'excèdent pas l'objet du litige. L'art. 32 al. 2 PA prévoit d'ailleurs expressément que l'autorité peut prendre en considération les allégués tardifs d'une partie s'ils paraissent décisifs. Nonobstant le terme « peut », il est généralement admis que l'autorité a l'obligation de prendre en considération les allégués et moyens de preuve tardifs d'une partie, pour autant que ceux-ci soient décisifs (cf. ATF 136 II 165 consid. 4.2 et réf. cit. ; ATAF 2009/64 consid. 7.3, 2009/9 consid. 3.3.1 et réf. cit.). Cela vaut également pour les allégués, moyens de preuve et arguments émanant de l'autorité inférieure dont la qualité sur ce point est similaire à celle d'une partie (cf. arrêt du TAF B-3837/2010 du 14 décembre 2011 consid. 2.1 et réf. cit.). Il découle en effet de la maxime inquisitoire de l'art. 12 PA et de sa libre cognition en matière de constatation des faits (cf. art. 49 let. b PA) que le Tribunal administratif fédéral statue sur la base du dossier tel qu'il se présente au moment de l'arrêt sur recours (cf. ATAF 2009/64 consid. 7.3, 2009/9 consid. 3.3.1; 2012/21 consid. 5.1 et réf. cit.).
6.2 En l'espèce, la décision rendue le 22 mai 2013 par le département constate que, pour les années 2007 à 2013, les installations de stockage des engrais de ferme de la recourante n'étaient pas conformes aux exigences de la législation fédérale sur la protection des eaux. Dès lors que la réduction ou le refus des paiements directs est motivé par la violation des dispositions de la législation sur la protection des eaux par la recourante, dite décision se rapporte à l'objet du litige ; elle se révèle en outre décisive pour l'issue de litige. Dans ces circonstances, et conformément à la jurisprudence susmentionnée (cf. supra consid. 6.1), il en sera tenu compte, quand bien même cette décision a été rendue postérieurement à la décision entreprise.
7. La recourante se plaint ensuite de ce que dite décision n'a pas été notifiée à son mandataire mais directement en ses mains, contestant implicitement le caractère exécutoire de celle-ci.
7.1 La notification irrégulière d'une décision ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties (art. 38 PA). Cependant, la jurisprudence n'attache pas nécessairement la nullité à l'existence de vices dans la notification ; la protection des parties est suffisamment garantie lorsque la notification irrégulière atteint son but malgré cette irrégularité. Il y a donc lieu d'examiner, d'après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a réellement été induite en erreur par l'irrégularité de la notification et a, de ce fait, subi un préjudice. Il convient à cet égard de s'en tenir aux règles de la bonne foi qui imposent une limite à l'invocation du vice de forme (cf. ATF 122 I 97 consid. 3a/aa, 111 V 149 consid. 4c et réf. cit. ; arrêt du Tribunal fédéral [TF] C 196/00 du 10 mai 2001 consid. 3a et réf. cit., publié in : Revue de droit du travail et d'assurance-chômage [DTA] 2002 p. 65). Cela signifie notamment qu'une décision, fût-elle notifiée de manière irrégulière, peut entrer en force si elle n'est pas déférée au juge dans un délai raisonnable (cf. arrêt du TF I 982/06 du 17 juillet 2007). Selon la jurisprudence, lorsque une décision n'est pas notifiée au représentant d'une partie - dont l'existence est connue de l'autorité -, mais directement en mains de celle-ci, l'intéressé doit, en vertu de son devoir de diligence, se renseigner auprès de son mandataire de la suite donnée à son affaire au plus tard le dernier jour du délai de recours depuis la notification de la décision litigieuse, de sorte qu'il y a lieu de faire courir le délai de recours dès cette date (cf. arrêts du TF 9C_85/2011 du 17 janvier 2012 consid. 6.2, 6.3 et 6.8 et 9C_296/2011 du 28 février 2012 consid. 5.1).
7.2 En l'occurrence, selon la procuration produite, le mandataire de la recourante la représentait exclusivement pour la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral. Il n'a pour le reste été produit aucune pièce permettant de déduire que ce mandat s'étendrait également à une procédure opposant la recourante au SPE ou au département dont il dépend. Par ailleurs, même à supposer que tel fût le cas, la recourante n'a nullement démontré avoir attaqué la décision du 22 mai 2013 dans les délais imposés par la jurisprudence susmentionnée. Il suit de là que dite décision s'avère exécutoire.
8. Il convient ensuite d'examiner si un refus des paiements directs alloués à la recourante pouvait être ordonné, en particulier si la décision du 22 mai 2013 du département constitue un fondement suffisant pour ce faire.
8.1 L'allocation de paiements directs vise à rémunérer les prestations écologiques et celles d'intérêt public fournies par les exploitations paysannes cultivant le sol et, par là même, à contribuer à la conservation des ressources naturelles ainsi qu'à l'entretien du paysage (art. 1 let. b et c et 2 al. 1 let. b LAgr). Le versement de paiements directs est dès lors subordonné à ce que des prestations écologiques et d'intérêt public soient effectivement fournies (art. 70 al. 1 à 3 LAgr). En outre, les exploitants agricoles doivent respecter les dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement et des animaux applicables à l'agriculture (art. 70 al. 4 LAgr). Si les prestations ne sont pas fournies ou en cas de non-respect des dispositions susmentionnées, il y a lieu de refuser ou de réduire l'allocation. Il ne s'agit pas là d'une sanction à caractère pénal ; le refus ou la réduction des paiements directs est au contraire motivé par le fait que la prestation attendue n'a pas été réalisée. Il faut par conséquent que la sanction soit en lien avec les dispositions auxquelles il a été contrevenu, comme il découle du texte même de l'art. 70 al. 4 LAgr qui exige le respect des dispositions de la législation sur la protection des eaux applicables à l'agriculture (cf. ATF 137 II 366 consid. 3.2 et réf. cit.).
De plus, la sanction doit être adaptée à l'ensemble des circonstances. Elle doit être proportionnée à l'infraction, tenir compte de la gravité objective de celle-ci, le cas échéant de la faute, et être suffisamment rigoureuse pour prévenir une récidive (cf. arrêt du TAF B-2226/2006 du 28 septembre 2007 consid. 5.1.2 et réf. cit.). Selon la directive, les infractions aux prescriptions relatives à la protection des eaux, de l'environnement, ainsi que de la nature et du paysage, sont en effet traitées individuellement en fonction des faits antérieurs et compte tenu des conséquences qu'elles ont entraînées. Elles sont attribuées à l'une des trois catégories suivantes : infractions uniques sans effets durables (exemple : épandage unique de purin, contraire à la législation sur la protection des eaux) ; infractions survenant pour la première fois aux effets persistants, agissements ou omissions s'étendant sur plusieurs jours, semaines ou mois (exemple : entreposage de fumier sur une place sans revêtement en dur, épandages successifs de purin, contraires à la législation sur la protection des eaux, à des jours différents) ; infractions répétées dans les quatre ans contre les mêmes dispositions ayant trait à l'agriculture. Chaque catégorie compte trois degrés de gravité : infraction par négligence, dol éventuel et infraction intentionnelle. Ce système conduit, pour des infractions répétées - en l'espace de quatre ans - commises intentionnellement, à un refus des paiements (partie F de la directive).
Aussi, la décision constatant la violation des dispositions applicables à l'agriculture de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage (cf. art. 70 al. 2 OPD) doit permettre à l'autorité compétente en matière de paiements directs de déterminer, pour une année de contributions donnée, quelle infraction a été commise par l'exploitant agricole, le degré de gravité de celle-ci, ainsi que, le cas échéant, la faute du contrevenant ou s'il a récidivé sur plusieurs années, afin de fixer de manière proportionnelle la réduction, voire le refus, à opérer sur les paiements directs pour l'année en question. La décision de constatation constituant le fondement de la sanction prononcée par l'autorité compétente en matière de paiements directs, il s'impose que ces deux autorités coordonnent leurs activités.
8.2 En l'espèce, les autorités précédentes ont refusé le versement des paiements directs à la recourante pour l'année 2010. Ce faisant, elles ont considéré que la recourante avait violé de manière volontaire et répétée, en l'espace de quatre ans, les dispositions applicables à l'agriculture de la législation sur la protection des eaux (cf. supra consid. 8.1).
8.2.1 La décision rendue par le département en date du 22 mai 2013 constate en l'occurrence que, pour les années 2007 à 2013, les installations de stockage des engrais de ferme (fosse à lisier et fumière) de la recourante ne sont pas conformes aux exigences de la législation fédérale sur la protection des eaux (art. 14 LEaux et 28 OEaux). Cette décision, toute générale et se référant à plusieurs années consécutives - y compris à l'année 2010 (cf. supra consid. 4.3) - ne définit pas précisément le comportement reproché à la recourante pour dite année ; elle ne contient en effet aucune indication sur les faits antérieurs, la gravité de l'infraction et la faute commise par la recourante, de sorte qu'elle ne permet pas, à elle seule, de déterminer si un refus des contributions s'avérait en l'espèce justifié. Néanmoins, à l'appui de dite décision, le département se réfère à une autre décision, du 30 juin 2006, versée au dossier et dans laquelle celui-ci avait notamment constaté que, pour l'année 2005 et la première moitié de l'année 2006, la recourante ne disposait pas d'une installation de stockage d'engrais de ferme (fumier) suffisamment dimensionnée et étanche, ce qui engendrait des débordements de fumier et des écoulements de purin à divers endroits et créant par là un risque concret, important et imminent de pollution des eaux de surface. Il avait de ce fait été ordonné à la recourante de rendre son installation de stockage défaillante conforme aux exigences légales au plus tard jusqu'au 31 août 2006. Dans la décision du 22 mai 2013, le département relève que, malgré de nombreux rappels et injonctions, cet ordre de mise en conformité n'a jamais été respecté par la recourante ; celle-ci persistant dans son comportement illicite et créant par là un risque de pollution des eaux. Il ressort également d'une ordonnance pénale du département du 17 juillet 2013, transmise par la recourante - et dont il peut être tenu compte dans le cadre de la présente procédure pour les motifs exposés au consid. 6.1 -, que les installations de stockage d'engrais de ferme de la recourante n'ont toujours pas été mises en conformité comme exigé dans la décision du 30 juin 2006, et ce malgré de nombreux rappels.
Il résulte de ce qui précède que l'infraction constatée par le département le 22 mai 2013 pour l'année 2010 notamment est la même que celle qui avait déjà fait l'objet de la décision du 30 juin 2006 ; l'état de fait incriminé n'ayant pas changé.
8.2.2 Pour autant, on ne saurait admettre un cas de récidive. Une récidive, au sens de la directive, ne peut être retenue que si l'autorité compétente a, au minimum, constaté - dans une décision exécutoire - une infraction et qu'en l'espace de quatre ans, elle constate à nouveau une violation des mêmes dispositions.
En l'espèce, l'infraction commise à la législation relative à la protection des eaux consiste en un état qui perdure, à savoir la défaillance de l'installation de stockage d'engrais de ferme. En pareil cas, il eût fallu, pour qu'il y ait récidive, qu'une décision fasse suite à la première décision rendue en 2006 et qu'elle constate le non-respect du délai imparti à la recourante pour rendre son installation conforme au droit. De plus, les manquements dans les domaines de la protection de la nature et du paysage ainsi que de la protection de l'environnement et des eaux doivent en premier lieu être sanctionnés par le biais des dispositions propres à ces domaines et non au moyen de réductions de paiements directs; il y a donc lieu de favoriser avant tout le rétablissement d'une situation contraire à la loi.
Aussi, une décision rendue en 2013 pour les besoins de la présente cause, constatant que la recourante s'est rendue coupable, durant notamment les années 2007 à 2010, de la même infraction que celle déjà constatée en 2006 ne satisfait pas à ses exigences. En effet, dès lors qu'elle n'intervient qu'en 2013 - soit sept ans après la première décision constatant une violation de la législation sur la protection des eaux - on ne saurait considérer qu'elle fait suite au non-respect du délai imparti à la recourante pour la remise en conformité, délai auquel elle ne se réfère d'ailleurs pas expressément. De plus, elle n'a pas offert à celle-ci une autre opportunité de se conformer aux exigences légales. On ne saurait en effet exclure que le prononcé d'une ou plusieurs décisions séparées satisfaisant à ces exigences et notifiées avant 2010 aurait amené la recourante à rétablir sa situation de manière conforme à la loi.
Au demeurant, la première infraction à la législation sur la protection des eaux a été constatée en 2006, pour l'année 2005 et la première moitié de l'année 2006. La répétition de dite infraction a été constatée en 2013 en référence notamment à 2010, année pour laquelle la recourante a requis des paiements directs. Or, la directive définit la récidive comme une infraction répétée dans les quatre ans contre les mêmes dispositions ayant trait à l'agriculture. S'agissant de l'ampleur de la réduction, elle prévoit une première, une deuxième et une troisième récidive en l'espace de quatre ans. Il s'ensuit que la computation des années pour déterminer l'espace de quatre ans doit prendre en compte l'année de la première constatation de l'infraction, à savoir en l'espèce 2006. Aussi, l'infraction constatée pour l'année 2010 ne se situe pas dans un espace de quatre ans par rapport à celle se référant à 2006 ; une récidive ne pouvant intervenir, selon les termes de la directive, que jusqu'en 2009.
8.2.3 Il s'ensuit qu'il y a lieu de considérer que la décision du 22 mai 2013 constate une première et unique infraction à la législation sur la protection des eaux (cf. supra consid. 8.1). Partant, c'est à tort que les autorités précédentes ont refusé à la recourante le versement de l'intégralité des paiements directs pour l'année 2010. Seule une réduction de ceux-ci est en l'espèce envisageable (cf. supra consid. 8.1).
8.3 Compte tenu des éléments, exposés ci-dessus, figurant dans la décision du département du 30 juin 2006, à laquelle renvoie la décision du 22 mai 2013, il y a lieu d'admettre que l'autorité compétente en matière de paiements directs est en mesure de déterminer le comportement reproché à la recourante pour l'année 2010, la gravité de l'infraction, les conséquences de celle-ci et la faute imputable à la contrevenante. Aussi, force est de retenir que la décision du 22 mai 2013 constitue un fondement suffisant pour ordonner une réduction des paiements directs à allouer à la recourante pour l'année 2010, proportionnelle à l'infraction commise cette année-là (cf. consid. 8.1).
Il n'est pour le surplus pas contesté que les dispositions de la législation sur la protection des eaux dont la violation a été constatée sont applicables à l'agriculture (cf. supra consid. 8.1).
9. En tant que la recourante et la première instance se réfèrent aux infractions constatées ainsi qu'aux mesures à prendre en vue de rétablir une situation conforme au droit, leurs griefs et argumentations sortent du cadre du litige. Ceux-ci relèvent de la procédure ad hoc prévue par la législation relative à la protection des eaux. En effet, en subordonnant une réduction des paiements directs à l'existence d'une décision exécutoire constatant une infraction à ladite législation, on entendait précisément éviter que l'autorité compétente en matière de paiements directs ne se prononce sur de telles questions. Il n'y a ainsi pas lieu d'entrer en matière sur ce point, le sort du recours étant de toute manière scellé par le considérant précédent.
10. Il résulte de ce qui précède que la décision déférée est contraire au droit fédéral. Partant, le recours doit être partiellement admis, dite décision ainsi que celles de la première instance des 4 avril 2011 et 17 décembre 2010 doivent être annulées et l'affaire renvoyée à la première instance afin qu'elle arrête le montant réduit des paiements directs à allouer à la recourante pour l'année 2010.
11. Les frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours sont mis à la charge de la partie qui succombe (cf. art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2 PA).
En l'espèce, la recourante obtenant partiellement gain de cause, il se justifie de mettre à sa charge des frais de procédure réduits à Fr. 625.-. Ce montant est imputé sur l'avance de frais de Fr. 2'500.- perçue le 20 novembre 2012. Le solde de Fr. 1'875.- lui sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt.
12. L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA). Celle-là a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (art. 7 al. 1 FITAF). Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais nécessaires de la partie (art. 8 FITAF). Les frais de représentation comprennent notamment les honoraires d'avocat (art. 9 al. 1 let. a FITAF) lesquels sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée (art. 10 al. 1 FITAF) ; le tarif horaire des avocats est de Fr. 200.- au moins et de Fr. 400.- au plus (art. 10 al. 2 FITAF).
En l'espèce, la défense de la recourante a nécessité les services d'un avocat dûment mandaté par procuration à cet effet. Celui-ci - qui n'a produit aucune note de frais et honoraires - n'est cependant intervenu qu'après un premier échange d'écritures et son intervention s'est limitée au dépôt d'une détermination et de trois brefs courriers. En conséquence, en tenant compte du barème précité, une indemnité réduite à Fr. 1'000.- (TVA comprise) - dès lors que la recourante n'a obtenu que partiellement gain de cause - est équitablement allouée à celle-ci à titre de dépens pour la procédure de recours. Ces dépens sont mis à la charge du canton du Valais (cf. art. 64 al. 2 PA).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est partiellement admis.
2. La décision du 7 mars 2012 de la Commission cantonale de recours en matière agricole et de remaniements parcellaires du canton du Valais et celles des 4 avril 2011 et 17 décembre 2010 du Service de l'agriculture du canton du Valais - Office des paiements directs - sont annulées.
3. L'affaire est renvoyée au Service de l'agriculture du canton du Valais - Office des paiements directs - afin qu'il prenne une nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. L'affaire est renvoyée à la Commission cantonale de recours afin qu'elle fixe une nouvelle fois les frais pour la procédure qui s'est déroulée devant elle.
5. Des frais de procédure réduits à Fr. 625.- sont mis à la charge de la recourante. Ils sont imputés sur l'avance de frais de Fr. 2'500.-. Le solde de Fr. 1'875.- sera restitué à la recourante dès l'entrée en force du présent arrêt.
6. Le canton du Valais est astreint à verser à la recourante une indemnité de Fr. 1'000.- (TVA comprise) à titre de dépens.
7. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire ; annexe : formulaire "adresse de paiement")
- à l'autorité inférieure (acte judiciaire)
- à la première instance (acte judiciaire)
- au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR (acte judiciaire)
- à l'Office fédéral de l'agriculture (courrier A)
Le président du collège :
La greffière :
Pascal Richard
Muriel Tissot
Indication des voies de droit :
Pour autant que les conditions au sens des art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110) soient remplies, la présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification. Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition : 13 novembre 2013