bvger · B-2248/2012 · 2013-05-24 · fr
B-2248/2012

Agriculture (divers)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour II
B-2248/2012
Arrêt du 24 mai 2013
Composition
Pietro Angeli-Busi (président du collège),
Jean-Luc Baechler, Philippe Weissenberger, juges,
Olivier Veluz, greffier.
Parties
Office fédéral de l'agriculture (OFAG),
Mattenhofstrasse 5, 3003 Berne,
recourant,
contre
X._______,
représenté par Maître Jean-Michel Henny,
intimé,
Tribunal cantonal du Canton de Fribourg,
Section administrative,
Rte André-Piller 21, case postale, 1762 Givisiez,
autorité inférieure,
Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts (DIAF), ruelle Notre-Dame 2, case postale, 1701 Fribourg,
deuxième instance,
Service de l'agriculture (SAgri), Route de Jo Siffert 36, case postale, 1762 Givisiez,
première instance.
Objet
Reconnaissance d'exploitation.
Faits :
A. Y._______ SA (ci-après : Y._______), sise à Z._______ (FR), est propriétaire de la parcelle art. 333 du registre foncier de Z._______, située en zone industrielle, sur laquelle sont implantés plusieurs bâtiments en relation avec ses activités, ainsi que des parcelles art. 339, 344, 345, 346 et 3027 du registre foncier de Z._______, sises en zone agricole et exploitées conformément à leur affectation.
Par décision du 25 novembre 1997, le Service de l'agriculture du Canton de Fribourg (SAgri) a reconnu l'exploitation de Y._______ comme exploitation autonome au sens de l'art. 2 de l'ancienne ordonnance du 26 avril 1993 sur la terminologie agricole (aOTerm, RO 1993 1598).
B.
B.a Par contrat du 20 mars 2009, Y._______ a loué à X._______ un garage, un hangar ouvert, un entrepôt pour produits phytosanitaires et un second hangar ouvert, dont un tiers était encore à disposition du bailleur, tous implantés sur la parcelle art. 333 précitée.
Le 30 juin 2009, Y._______ et X._______ ont conclu un nouveau contrat de bail à ferme, lequel remplace celui conclu le 20 mars 2009. Ce contrat a pour objet les mêmes immeubles que ceux loués par contrat du 20 mars 2009 ainsi que les parcelles art. 339, 344, 345, 346 et 3027 (art. III ch. 6 et 7). Conclu pour une durée initiale de neuf ans, il est reconductible de six ans en six ans sauf résiliation par l'une des parties (art. I ch. 1 et 3). Ce contrat inclut en outre plusieurs annexes.
B.b Au cours du printemps 2009, Y._______ a annoncé au SAgri la fin de son exploitation et la remise de celle-ci à X._______.
B.c Par décision du 15 octobre 2009, l'Autorité foncière du Canton de Fribourg (ci-après : l'Autorité foncière cantonale) a qualifié d'entreprise agricole les immeubles affermés et a en substance approuvé le contrat de bail à ferme du 30 juin 2009.
C.
C.a Par demande adressée le 26 mars 2009 au SAgri, X._______ a requis la reconnaissance de son exploitation en tant qu'exploitation autonome au sens de l'art. 6 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur la terminologie agricole et la reconnaissance des formes d'exploitation (OTerm, RS 910.91).
C.b Par décision du 28 octobre 2009, le SAgri a reconnu l'exploitation de X._______ comme exploitation autonome avec effet au 20 mars 2009.
D.
D.a Par écritures du 25 novembre 2009, l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) a recouru contre cette décision auprès de la Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts du Canton de Fribourg (DIAF). A l'appui de ses conclusions, l'OFAG a en substance mis en cause l'autonomie de l'exploitation de X._______ et a allégué qu'il existait une subdivision de l'entreprise agricole de Y._______ et que l'exploitation du prénommé issue de ce partage ne pouvait être reconnue à défaut de respecter les conditions posées par l'art. 29b OTerm.
D.b Par décision du 16 août 2010, la DIAF a rejeté le recours de l'OFAG et a invité le SAgri à se prononcer par voie de décision sur l'éventuelle révocation de sa décision du 25 novembre 1997 relative à la reconnaissance de Y._______ comme exploitation autonome.
E.
E.a Par écritures du 13 septembre 2010, l'OFAG a recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal du Canton de Fribourg (ci-après : le Tribunal cantonal) en concluant à son annulation et en reprenant en substance l'argumentation développée dans son recours à la DIAF.
E.b Le 17 novembre 2010, le Tribunal cantonal a procédé à une inspection sur l'exploitation agricole litigieuse.
F. Par arrêt du 13 mars 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours formé par l'OFAG contre la décision de la DIAF.
Le Tribunal cantonal a constaté qu'il n'était pas contesté que X._______ remplissait, en soi, les conditions pour obtenir sa reconnaissance en tant qu'exploitation autonome. En revanche, Y._______ ne disposerait plus que d'un terrain sis en zone industrielle et aurait expressément renoncé à sa reconnaissance d'exploitation. Le Tribunal cantonal en a dès lors conclu qu'il n'existait en l'espèce "qu'une seule entreprise agricole au sens de l'art. 6 OTerm, celle qui a été entièrement affermée par X._______", de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner la cause à l'aune de l'art. 29b OTerm.
Par ailleurs, le Tribunal cantonal a certes relevé que la structure de l'exploitation avait un caractère particulier. L'inspection des lieux aurait toutefois permis de démontrer que les bâtiments agricoles implantés sur la parcelle de Y._______ située en zone industrielle étaient clairement délimités par rapport aux bâtiments de cette dernière, de sorte que les activités agricoles de X._______ pouvaient se dérouler normalement et sans intervention de Y._______.
Le Tribunal cantonal a en outre estimé que l'exploitation en cause était autonome sur les plans juridique, économique, organisationnel et financier.
G. Par écritures du 23 avril 2012, mises à la poste le 24 avril 2012, l'OFAG recourt contre cet arrêt auprès du Tribunal administratif fédéral en concluant à son annulation.
Pour motifs, l'OFAG soutient que l'exploitation dirigée depuis plusieurs années par Y._______ est une exploitation reconnue au sens de l'OTerm et qu'il ne ressort pas du dossier dans quelle mesure la reconnaissance de cette exploitation existante a été annulée. Cette exploitation aurait été séparée en deux exploitations à l'occasion de la reconnaissance litigieuse. Pour qu'une exploitation puisse être divisée, il serait nécessaire que le partage soit définitif. Or, le bail à ferme pour parcelles ne remplirait pas cette condition, puisqu'il s'agirait d'un partage temporaire. L'OFAG ajoute dans ce contexte que, si la totalité de l'exploitation avait été affermée à X._______ (ci-après : l'intimé), une reconnaissance de l'exploitation aurait été inutile puisqu'il est démontré que Y._______ est reconnue et qu'il s'agit uniquement d'un changement d'exploitant.
Le recourant expose par ailleurs que l'exploitation de l'intimé ne dispose pas d'unités de production indépendantes et délimitées dans l'espace. De plus, elle ne serait pas autonome et indépendante de Y._______, ni sur le plan économique, ni sur le plan organisationnel, ni sur le plan financier. Par ailleurs, l'octroi d'un prêt à l'intimé par Y._______ constituerait une dépendance financière.
L'OFAG expose enfin que l'affermage partiel et la reconnaissance de l'exploitation de l'intimé constituent un contournement de la disposition selon laquelle les personnes morales ne peuvent pas bénéficier de paiements directs.
H.
H.a Dans sa réponse du 8 mai 2012, le SAgri conclut au rejet du recours et se réfère entièrement à sa décision, ainsi qu'à celle émanant de la DIAF et à l'arrêt du Tribunal cantonal.
H.b Dans sa réponse du 9 mai 2012, la DIAF conclut également au rejet du recours formé par l'OFAG et se réfère à sa décision ainsi qu'à l'arrêt du Tribunal cantonal.
H.c Dans ses observations responsives du 10 mai 2012, le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours et renvoie aux considérants de l'arrêt attaqué.
H.d Invité à se prononcer sur le recours, X._______ en propose le rejet avec suite de frais et de dépens.
A l'appui de ses conclusions, l'intimé expose que le cas d'espèce ne constitue pas une division ou une séparation d'exploitation. L'ancienne exploitation de Y._______, qui n'existerait plus, serait remplacée par son exploitation. Il ajoute qu'il ne s'agit pas non plus d'un partage temporaire. L'intimé soutient par ailleurs que, contrairement aux affirmations de l'OFAG, son exploitation est autonome et dispose d'une unité de production indépendante et délimitée dans l'espace. Des clôtures sépareraient le centre de recherche du reste des terrains de Y._______ qui lui sont affermés. L'intimé relève que l'OFAG perd de vue que Y._______ entend désormais se concentrer sur son activité de recherche et externalise l'exploitation de ses surfaces agricoles.
I. Dans sa réplique du 9 août 2012, l'OFAG persiste dans ses conclusions et reprend pour l'essentiel l'argumentation développée dans son recours.
J.
J.a Dans leur duplique respective des 29 et 30 août 2012, le SAgri et la DIAF confirment leurs conclusions et se réfèrent pour l'essentiel aux décisions antérieures.
J.b Le Tribunal cantonal maintient ses conclusions au terme de sa duplique du 13 septembre 2012 et se réfère à l'argumentation développée dans l'arrêt attaqué. Il expose pour le surplus que l'exploitation Y._______ s'effectue à des fins scientifiques exclusivement et que ce genre d'exploitation n'est pas visé par le système légal mis en place en matière agricole.
J.c Invité à dupliquer, l'intimé a répondu le 26 septembre 2012 en confirmant ses conclusions. Il expose que Y._______ n'exploite plus de domaine agricole mais qu'il ignore si, formellement, la reconnaissance d'exploitation du 25 novembre 1997 existe toujours. Il ajoute que l'activité déployée par Y._______ ne constitue pas une activité agricole au sens de l'OTerm.
K. Par ordonnance du 23 janvier 2013, le Tribunal administratif fédéral a porté les dupliques à la connaissance de l'OFAG et lui a donné la possibilité de formuler d'éventuelles remarques. Dans le délai imparti, ce dernier n'a pas répondu.
L. Les parties n'ayant pas présenté de demande formelle pour des débats publics, il est admis qu'elles y ont renoncé tacitement.
M. Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure de recours seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1. Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32 et 33 let. i de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 al. 2 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021] et art. 166 al. 2 de la loi sur l'agriculture du 29 avril 1998 [LAgr, RS 910.1] en relation avec l'art. 114 al. 1 let. a du code fribourgeois du 23 mai 1991 de procédure et de juridiction administrative [CPJA, RSF 150.1]). La qualité pour recourir doit être reconnue à l'OFAG (art. 48 al. 2 PA en relation avec l'art. 166 al. 3 LAgr). Les autres conditions de recevabilité sont respectées (art. 50 et 52 al. 1 PA). Le recours est donc recevable.
2. Selon l'art. 49 PA, le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. En revanche, le grief de l'inopportunité ne peut être invoqué lorsque, comme en l'espèce, une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
Par ailleurs, le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, n. 2.2.6.5 ; Thomas Häberli, in : Bernhard Waldmann/Philippe Weissenberger [éd.], VwVG Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich/Bâle/Genève 2009, no 40 ad art. 62). Il se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4161/2010 du 3 février 2011 consid. 3.1 et les réf. cit.).
3.
3.1 A teneur de l'art. 7 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR, RS 211.412.11), on entend par entreprise agricole une unité composée d'immeubles, de bâtiments et d'installations agricoles qui sert de base à la production et qui exige, dans les conditions d'exploitation usuelles dans le pays, au moins une unité de main-d'oeuvre standard.
3.2 L'OTerm, sur laquelle se fonde l'arrêt attaqué, définit les notions qui s'appliquent à la LAgr et aux ordonnances qui en découlent (art. 1 al. 1 OTerm). Elle règle en outre la procédure à suivre en matière de reconnaissance des exploitations et de diverses formes de collaboration interentreprises (art. 1 al. 2 let. a OTerm).
L'art. 6 al. 1 OTerm définit l'exploitation comme une entreprise agricole qui : a) se consacre à la production végétale ou à la garde d'animaux ou aux deux activités à la fois ; b) comprend une ou plusieurs unités de production ; c) est autonome sur les plans juridique, économique, organisationnel et financier et est indépendante d'autres exploitations ; d) dispose de son propre résultat d'exploitation ; et e) est exploitée toute l'année.
A teneur de l'art. 29a al. 1 OTerm, les exploitations, les exploitations de pâturages, de pâturages communautaires et d'estivage, ainsi que les communautés d'exploitation et les communautés partielles d'exploitation doivent être reconnues par l'autorité cantonale compétente. L'exploitant doit adresser la demande de reconnaissance, accompagnée de tous les documents requis, au canton compétent. Ce dernier vérifie ensuite si les conditions énoncées aux art. 6 à 12 sont remplies (art. 30 al. 1 OTerm). Selon l'art. 30 al. 2 OTerm, la décision de reconnaissance prend effet à la date du dépôt de la demande. Lorsqu'une date ultérieure a été convenue pour l'entrée en vigueur du contrat instituant une communauté, la décision de reconnaissance prend effet à la date convenue.
L'art. 29b OTerm règle la reconnaissance des partages d'exploitation. Ainsi, les exploitations issues du partage d'une entreprise existante peuvent être reconnues dans les conditions suivantes :
a. l'exploitation divisée
1. englobait jusqu'à présent plusieurs entreprises au sens de la LDFR et le partage a été effectué en fonction de ces entreprises, ou
2. comprenait une entreprise qui, avec l'accord de l'autorité compétente, a été définitivement partagée en plusieurs entreprises, et
b. pendant cinq ans au moins,
1. les exploitants ne sont pas les propriétaires, copropriétaires ou fermiers en commun de terres, de bâtiments ou d'installations de l'exploitation partagée, et
2. chaque exploitant est le seul propriétaire de son capital fermier et gère l'exploitation à titre personnel.
3.3 En l'espèce, Y._______ est propriétaire d'une parcelle sise en zone industrielle, sur laquelle sont implantés plusieurs bâtiments, ainsi que de plusieurs parcelles se trouvant en zone agricole. Par décision du 25 novembre 1997, le SAgri a reconnu l'exploitation de Y._______ en tant qu'exploitation autonome.
Par contrat de bail à ferme agricole, Y._______ a en substance affermé à l'intimé certains immeubles situés sur la parcelle sise en zone industrielle ainsi que les parcelles comprises en zone agricole. En parallèle, elle a annoncé la fin de son exploitation et la remise de celle-ci à l'intimé.
L'intimé a requis la reconnaissance de son exploitation en tant qu'exploitation autonome au sens de l'art. 6 OTerm. Le SAgri a accepté la demande de l'intimé et a ce faisant reconnu l'exploitation de ce dernier en tant qu'exploitation autonome. Cette reconnaissance a par la suite été confirmée par la DIAF puis par le Tribunal cantonal.
L'OFAG conteste cette reconnaissance d'exploitation. Il fait valoir que celle-ci revient à reconnaître un partage et qu'un tel partage ne remplit pas les conditions posées par l'art. 29b OTerm. Il ajoute que l'exploitation de l'intimé n'est pas délimitée dans l'espace et qu'elle n'est pas indépendante et autonome sur les plans économique, organisationnel et financier. Le recourant soutient enfin que cette reconnaissance constitue un contournement de la législation sur les paiements directs.
4. L'OFAG relève que Y._______ a obtenu en 1997 une reconnaissance de son exploitation et qu'il ne ressort pas du dossier que cette reconnaissance a été révoquée. D'ailleurs, il subsisterait toujours une exploitation Y._______. L'Office fédéral recourant prétend ainsi qu'avec la reconnaissance de l'exploitation de l'intimé, l'exploitation de Y._______ a été séparée en deux exploitations. Or, un tel partage ne serait pas autorisé en l'espèce, compte tenu de son caractère temporaire.
L'intimé défend pour sa part qu'il ne s'agit pas d'une division ou d'une séparation d'exploitation, ni d'un partage temporaire. L'ancienne exploitation de Y._______ serait remplacée par la sienne. Le bail conclu avec Y._______ aurait une durée initiale de neuf ans et serait renouvelable de six ans en six ans. Il ajoute que le site de Y._______ n'est pas une exploitation agricole dès lors que celle-là n'exerce aucune activité agricole.
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a retenu qu'il ressortait du dossier que Y._______ avait expressément renoncé à sa reconnaissance en tant qu'exploitation autonome et que l'élevage dont elle dispose n'avait aucun caractère agricole. Elle en a dès lors conclu qu'il n'existait qu'une "seule entreprise agricole au sens de l'art. 6 OTerm", celle qui a été entièrement affermée à l'intimé. En conséquence, la question du partage n'aurait pas à être examinée. Le Tribunal cantonal a ajouté dans le cadre de sa duplique que l'activité de Y._______ s'effectuait à des fins scientifiques exclusivement et qu'une telle activité n'était pas visée par le système légal mis en place en matière d'agriculture.
4.1 Selon la jurisprudence, avant d'examiner si une exploitation issue d'un partage peut être reconnue, il faut d'abord être en présence d'un partage matériel d'une entreprise agricole au sens des art. 58 ss LDFR (arrêt du Tribunal administratif fédéral B 2233/2006 du 30 mai 2007 consid. 3.1 et les réf. cit.).
Dans le canton de Fribourg, il compète à l'Autorité foncière cantonale d'accorder les autorisations de partage au sens de l'art. 60 LDFR (art. 4 al. 1 et 2 de la loi fribourgeoise du 28 septembre 1993 d'application de la loi fédérale sur le droit foncier rural [LALDFR, RSF 214.2.1] en relation avec l'art. 90 LDFR). Les décisions rendues par l'Autorité foncière cantonale peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal cantonal (art. 114 al. 1 let. a CPJA), puis au Tribunal fédéral (art. 75 al. 1 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110] en relation avec l'art. 114 al. 1 CPJA). La LDFR ne prévoit pas de recours au Tribunal administratif fédéral contre les décisions prises en son exécution (cf. art. 33 let. i LTAF). Partant, une telle décision de l'Autorité foncière cantonale, entrée en force de chose jugée, lie le Tribunal administratif fédéral, lequel n'est pas compétent pour la remettre en question.
4.2 En l'espèce, l'Autorité foncière cantonale a été amenée à approuver le contrat de bail à ferme agricole conclu entre Y._______ et l'intimé, plus particulièrement les fermages conformément à l'art. 42 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1985 sur le bail à ferme agricole (LBFA, RS 221.213.2) en relation avec l'art. 21 al. 1 de la loi fribourgeoise du 24 février 1987 d'application de la loi fédérale sur le bail à ferme agricole (RSF 222.4.3).
Dans sa décision du 15 octobre 2009, l'Autorité foncière cantonale n'a pas considéré qu'elle était en présence d'un partage d'une entreprise agricole. Elle a au contraire estimé que "les immeubles agricoles propriétés de Y._______ situés à Z._______ et objets du contrat de bail à ferme en cause constituaient (...) une entreprise agricole au sens de l'art. 7 LDFR". Cette décision étant entrée en force de chose jugée, le Tribunal administratif fédéral ne peut que constater l'absence d'un partage au sens des art. 58 ss LDFR, mais l'existence d'une seule entreprise agricole louée à l'intimé, conformément à l'art. 1 al. 1 let. b LBFA.
Dans ces conditions, l'art. 29b OTerm ne peut en l'espèce pas trouver application.
5. Avant d'examiner les autres griefs du recourant, à savoir, en substance, si l'exploitation de l'intimé remplit les conditions matérielles prévues à l'art. 6 al. 1 OTerm, il convient d'abord de déterminer si cette exploitation est susceptible d'être formellement reconnue.
A cet égard, le recourant soutient que l'exploitation dirigée depuis plusieurs années par Y._______ est une exploitation reconnue au sens de l'OTerm et qu'il ne ressort pas du dossier dans quelle mesure la reconnaissance de cette exploitation a été révoquée.
5.1 A teneur de l'art. 29a al. 2 OTerm, dans une entreprise agricole au sens de la LDFR, seule une exploitation peut être reconnue.
L'art. 30a al. 1 OTerm prévoit que les cantons vérifient périodiquement si les exploitations et les communautés satisfont aux conditions requises. Si tel n'est pas le cas, ils révoquent la reconnaissance accordée formellement ou tacitement.
En cas de révocation, l'organe auteur de l'acte à révoquer ou l'autorité de surveillance abroge un acte administratif, au détriment d'un administré, à cause d'une contradiction avec l'état de fait ou de droit existant lors de son adoption ou s'étant créé postérieurement (arrêt du Tribunal fédéral 1A.150/2001 du 31 janvier 2002 consid. 1.1.3 ; André Grisel, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, p. 429).
5.2 En l'espèce, le recourant relève à juste titre que Y._______ a obtenu le 25 novembre 1997 la reconnaissance de son exploitation en tant qu'exploitation autonome et que cette reconnaissance n'a pas été révoquée. Ainsi donc, si cette reconnaissance devait s'avérer toujours existante, l'exploitation de l'intimé ne pourrait pas être reconnue conformément à l'art. 29a al. 2 OTerm (cf. en ce sens : arrêt du Tribunal administratif fédéral B 2233/2006 du 30 mai 2007 consid. 3.2).
Toutefois, Y._______ a clairement et expressément manifesté sa renonciation à exploiter l'entreprise agricole et la remise de celle-ci à l'intimé par l'intermédiaire du contrat de bail à ferme agricole. Au cours du printemps 2009, il appert de la décision de la deuxième instance et de la décision attaquée qu'elle a annoncé à la première instance la fin de son exploitation et qu'elle remettait le domaine à l'intimé. D'ailleurs, l'on peut relever que la demande de l'intimé précise qu'elle est présentée suite à une "reprise en fermage". Dans le cadre des procédures devant les deux autorités précitées, Y._______ a de plus confirmé la fin de son exploitation agricole. Ainsi, le 11 janvier 2010, elle indiquait à la deuxième instance qu'elle affermait l'intégralité de ses surfaces agricoles à l'intimé au moyen du contrat de bail à ferme agricole du 30 juin 2009. Elle a ajouté qu'elle ne possédait plus d'exploitation agricole et que l'ensemble de l'activité agricole avait été mise en location. Dans ses remarques du 30 novembre 2010 au Tribunal cantonal relatives à l'inspection du 17 novembre 2010, Y._______ a exposé qu'elle avait pris la décision de se défaire de l'activité agricole et de mettre le domaine en location pour se concentrer sur ses activités de recherche. Dans ce contexte, il convient de surcroît de relever que la conclusion du contrat de bail à ferme agricole oblige l'intimé à exploiter l'entreprise agricole qu'il a reçue en affermage (cf. art. 21a al. 1 LBFA). En conséquence, Y._______ n'est plus à même d'exploiter l'entreprise agricole en question.
Force est donc de constater qu'en annonçant la fin de son exploitation et en concluant un contrat de bail à ferme qui oblige son fermier à exploiter l'exploitation agricole, Y._______ a de son propre gré non seulement renoncé de manière expresse et par actes concluants à son exploitation mais également à la reconnaissance de celle-ci ; elle ne peut donc plus s'en prévaloir, ni des droits qu'elle confère. Dans ces conditions, une révocation de la décision de reconnaissance du 25 novembre 1997 est superflue (voir par analogie s'agissant d'une renonciation à réaliser un projet dans le cadre d'un permis de construire : arrêt du Tribunal fédéral 1P.428/2002 du 3 février 2003 consid. 7).
L'exploitation de l'intimé est par conséquent susceptible d'être reconnue.
6. Le recourant soutient que l'exploitation de l'intimé ne dispose pas d'unités de production indépendantes et délimitées dans l'espace. Les animaux gardés par Y._______ dans le cadre de ses activités de recherche le seraient dans le groupe de bâtiments dans lequel se trouve aussi le centre d'exploitation de l'intimé. Les bâtiments et installations ne seraient pas séparés et appartiendraient à la même unité de production. Le recourant ajoute que, même si les bâtiments utilisés par l'intimé se situent à la limite du complexe de bâtiments, ils ne sont pas clairement délimités géographiquement.
L'intimé conteste les affirmations de l'OFAG. Il soutient qu'il dispose d'une unité de production indépendante et délimitée dans l'espace. Il allègue que cela ressort de façon évidente de l'inspection réalisée par le Tribunal cantonal. Il requiert au surplus la tenue d'une nouvelle inspection si l'OFAG persiste à contester les faits.
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a constaté que l'exploitation comprenait une très importante surface en zone agricole parfaitement délimitée et à l'extérieur du centre de recherche de Y._______ et des bâtiments implantés sur la parcelle de Y._______ située en zone industrielle. Sur la base de l'inspection des lieux, il a estimé que ces bâtiments, clairement délimités par rapport aux bâtiments de Y._______, sont proches voire jouxtent la surface implantée en zone agricole et sont accessibles sans entrave. L'intimé en aurait par ailleurs l'usage exclusif.
6.1 Selon l'art. 6 al. 1 let. b OTerm, l'entreprise agricole doit comprendre une ou plusieurs unités de production pour être qualifiée d'exploitation agricole. A teneur de l'art. 6 al. 2 OTerm, par unité de production, on entend un ensemble de terres, de bâtiments et d'installations que les limites désignent visiblement comme tel et qui est séparé d'autres unités de production (let. a), dans lequel sont occupés une ou plusieurs personnes (let. b) et qui comprend une ou plusieurs unités d'élevage au sens de l'art. 11 (let. c).
Selon le "Commentaire et instructions 2012 relatifs à l'ordonnance sur la terminologie agricole et la reconnaissance des formes d'exploitation" (ci-après : commentaire OTerm), l'exploitation doit disposer des bâtiments nécessaires à son fonctionnement. Le parc agricole doit comprendre les machines et les appareils indispensables aux travaux quotidiens. S'agissant de la délimitation, le commentaire OTerm indique que les limites d'une unité de production sont repérables lorsqu'elle dispose de ses propres bâtiments clairement séparés de ceux des autres exploitations ou unités de production et qu'il y a utilisation indépendante. Si un bâtiment d'exploitation est depuis toujours utilisé en commun par deux exploitations, il y a indépendance lorsque le bâtiment est divisé en locaux autonomes utilisés séparément par chacune des deux exploitations (commentaire OTerm ad art. 6 al. 2 ; voir également : arrêt du Tribunal administratif fédéral B-1596/2008 du 17 février 2009 consid. 5.2 et les réf. cit.). La question de savoir si l'unité de production dispose de limites repérables doit être examinée, selon la jurisprudence, de cas en cas au regard des caractéristiques particulières de l'exploitation en cause (décision de l'ancienne Commission fédérale de recours DFE JJ/2002-1 du 7 juillet 2003 consid. 4.2.2).
6.2 En l'espèce, il n'est pas contesté que l'exploitation de l'intimé dispose des bâtiments nécessaires à son fonctionnement et d'un parc agricole adéquat. Est litigieuse la question de la délimitation de l'unité de production de l'intimé. Force est par ailleurs de constater que le recourant ne conteste pas la délimitation géographique et l'indépendance des surfaces agricoles. Il se limite en effet à soutenir que les bâtiments du centre d'exploitation de l'intimé ne forment pas une unité indépendante clairement séparée des activités de Y._______, dans la mesure où ce centre se trouverait dans le complexe de bâtiments de Y._______.
6.2.1 Du contrat de bail à ferme agricole du 30 juin 2009, il ressort que l'intimé dispose à titre exclusif des bâtiments suivants : un hangar (no 1740.839), un garage (no 1740.838) et un entrepôt pour produits phytosanitaires. En sus de ces bâtiments, l'intimé loue encore un autre hangar, "le long du parc" ; le contrat précise cependant qu'un tiers de ce hangar reste à disposition de Y._______.
Le Tribunal cantonal a procédé à une inspection de l'exploitation litigieuse. Il a alors constaté que le premier hangar loué à l'intimé contenait exclusivement ses machines et matériaux nécessaires à son exploitation. Les machines de Y._______ sont quant à elles entreposées dans un hangar situé à l'est du site (cf. procès-verbal de l'inspection du 17 novembre 2010, p. 2). Le second hangar loué à l'intimé contient exclusivement les machines et outils de ce dernier. Le représentant de Y._______ a précisé que, contrairement à ce qui est précisé dans le contrat de bail à ferme, ce second hangar est laissé entièrement à la disposition de l'intimé (cf. procès-verbal de l'inspection du 17 novembre 2010, p. 3). Il a par ailleurs exposé que, "sur conseil de W._______, de l'Institut agricole de Grangeneuve, les bâtiments loués à X._______ ont été clairement délimités et séparés des autres bâtiments pour éviter tout amalgame entre les deux entreprises". Et d'ajouter que "cette manière de procéder permet également d'éviter tout conflit dans la gestion des outils et des machines entre les employés du Centre et le fermier" (ibidem). A l'égard des silos, l'intimé a indiqué qu'il livrait, au moyen de ses chars et de son souffleur, le fourrage commandé par Y._______ dans les silos appartenant à cette dernière (ibidem).
6.2.2 Il est vrai que l'exploitation de l'intimé a des caractéristiques particulières. Comme l'a relevé le Tribunal cantonal, le centre d'exploitation se situe en effet à proximité du complexe de recherche de Y._______. Il appert toutefois clairement de l'inspection réalisée par le Tribunal cantonal que le centre d'exploitation de l'intimé est séparé du site de recherche de Y._______. Les bâtiments loués par l'intimé sont en effet à sa seule disposition, de sorte qu'il en fait une utilisation indépendante. Ils se trouvent par ailleurs à côté des surfaces agricoles louées et sont de surcroît séparés du site de Y._______ par une clôture comme l'illustrent les photographies prises lors de l'inspection. Ainsi donc, l'ensemble de bâtiments et de terres agricoles affermés par l'intimé forment une unité repérable et clairement séparée du site de recherche de Y._______. Dans ces conditions, on peine à comprendre la position adoptée par l'OFAG qui s'obstine à présenter des faits qui s'écartent manifestement de la réalité du terrain. A cet égard, on ne voit d'ailleurs pas en quoi les photos aériennes produites par ce dernier permettraient de constater que les bâtiments loués par l'intimé seraient utilisés en commun avec Y._______. Ces photos n'ont en effet guère de force probante en comparaison avec l'inspection précise et détaillée réalisée par le Tribunal cantonal de laquelle il ressort que tous les bâtiments loués par l'intimé sont laissés à sa seule disposition.
C'est dire que, sur ce point, le recours est dénué de fondement. Partant, une nouvelle inspection locale par le Tribunal de céans ne se justifie pas.
7. L'OFAG conteste l'indépendance de l'exploitation de l'intimé et son autonomie sur les plans économique, organisationnel et financier.
7.1 Conformément à l'art. 6 al. 1 let. c OTerm, l'exploitation doit être autonome sur les plans juridique, économique, organisationnel et financier et être indépendante d'autres exploitations.
Selon le commentaire OTerm, l'autonomie juridique, économique, organisationnelle et financière implique que l'exploitant a le pouvoir de prendre toutes les décisions et de disposer de l'exploitation en toute indépendance. Il est toujours le propriétaire ou le fermier de l'exploitation. Celle-ci est indépendante sur le plan de l'organisation et n'est reliée à aucune autre exploitation. Sans cette autonomie, une entité comprenant des terres, des bâtiments et un inventaire ne peut être considérée comme une exploitation indépendante. Il ne peut s'agir que d'une unité de production, c'est-à-dire d'une partie d'exploitation (commentaire O-Term ad art. 6 al. 1 let. c).
7.2 Sous l'angle de l'indépendance et de l'autonomie sur les plans économique et organisationnel, l'OFAG expose que Y._______ conserve un élevage à des fins de recherche dans le cadre de son activité principale. Les surfaces destinées à l'approvisionnement en aliments pour ces animaux seraient affermées à l'intimé. Et les dispositions contractuelles permettraient à Y._______ de continuer à obtenir les aliments pour ses animaux auprès d'un seul fournisseur, à savoir l'intimé, à des prix et quantités préalablement fixés. Ainsi, l'intimé ne serait pas indépendant, dans la mesure où il ne pourrait pas vendre librement sa production végétale.
L'intimé relève qu'il ne livre qu'une partie mineure de sa production à Y._______ à des modalités clairement définies. Les prix seraient en particulier fixés d'après le marché, selon les normes édictées dans le catalogue Agridea. En outre, le contrat de livraison de marchandises serait renouvelable d'année en année et n'imposerait aucune obligation de conclure à l'intimé.
7.2.1 Aux termes de l'art. II.5 du contrat de bail à ferme agricole du 30 juin 2009, en plus du fermage, le fermier s'engage à livrer au bailleur les denrées et produits aux prix et à la quantité prévus selon le protocole d'entente (annexe 2b).
Selon un accord particulier du 20 mars 2009 (ci-après : l'accord particulier), lequel précise les droits et obligations découlant du bail (ch. 1 al. 1 de l'accord particulier), Y._______ garantit à l'intimé la prise en charge des fourrages grossiers et de la paille de blé que l'intimé lui fournit selon le protocole d'entente (ch. 2 al. 1 de l'accord particulier). Les produits proviennent en principe et prioritairement du domaine affermé (ch. 2 al. 2 1ère phrase de l'accord particulier). Le ch. 5 de l'accord particulier prévoit que, par rapport aux produits à fournir, les parties conviennent d'un protocole d'entente écrit pour une année civile (al. 1). Ce protocole d'entente conclu sous forme tabellaire précise, pour les produits à fournir, les dispositions sur le type, la qualité, la quantité, le prix ou ses références, les indemnités et les autres aspects utiles (ch. 5 al. 2 let. a à f de l'accord particulier).
Le 16 mars 2009, l'intimé et Y._______ ont conclu le protocole d'entente de mars 2009 (ci-après : le protocole d'entente). Ce protocole précise notamment le mode de livraison, la forme, la qualité et la base de prix. Pour chacun des produits à fournir au cours de l'année 2009, le protocole d'entente indique que la base de prix est le prix selon le catalogue Agridea ("Prix catal. de Agridea").
Lors de l'inspection du 17 novembre 2010 par le Tribunal cantonal, l'intimé a indiqué que le contrat de bail à ferme ne lui imposait pas un type de culture mais qu'il avait accepté de livrer, en fonction des récoltes, entre un quart et un tiers de sa production pour l'affouragement des animaux de Y._______ ; la facturation dépendrait de la quantité livrée et du prix du marché (procès-verbal de l'inspection du 17 novembre 2010, p. 3). Y._______ a confirmé les déclarations de l'intimé et précisé que, par cette convention, elle pouvait bénéficier d'une livraison programmée des affourages et que l'intimé s'assurait des revenus plus ou moins fixes (ibidem).
7.2.2 Le Tribunal de céans ne voit pas en quoi le contrat de bail à ferme altérerait l'indépendance et l'autonomie organisationnelle et économique de l'intimé. Certes est-il tenu de livrer certaines quantités de marchandises issues de sa production à Y._______. Cela relève toutefois de la liberté contractuelle de l'intimé. D'ailleurs, comme l'a relevé le Tribunal cantonal, il est évident que, dans un marché libéralisé, la plupart des agriculteurs cherchent à s'assurer une part de revenus garantie par la conclusion de contrats de livraison régulière de leur production, que ce soit avec des particuliers ou des centrales de distribution. Ainsi donc, la situation de l'intimé ne différerait en aucune manière de celle d'un autre exploitant qui aurait conclu un contrat de livraison avec un important distributeur ou une chaîne de commerce de détail.
A cela s'ajoute que, contrairement à ce que soutient le recourant, les prix ne sont pas fixés par Y._______. Les prix font en effet notamment l'objet du protocole d'entente. De surcroît, comme le prévoit expressément et sans la moindre ambiguïté les termes de ce dernier, les prix sont déterminés selon le catalogue Agridea. Or, le Tribunal cantonal a retenu que les prix du catalogue Agridea étaient établis selon le marché, ce que le recourant ne conteste pas, même si celui-ci relève le caractère indicatif du catalogue en question.
Enfin, le protocole d'entente est renouvelable d'année en année. S'il est vrai qu'en raison de son poids économique, Y._______ peut être avantagée dans le cadre de négociations à venir par rapport à l'intimé, il est patent que, là encore, ce dernier ne se trouve pas dans une situation différente de celle d'un exploitant qui négocierait annuellement un accord de livraison avec une centrale de distribution importante.
Pour ces motifs, on ne voit donc pas en quoi l'intimé serait dépendant de Y._______ sur les plans économique et organisationnel.
7.3 L'OFAG relève que Y._______ a accordé un prêt à l'intimé, lequel constituerait une dépendance financière. Le montant du prêt, de l'ordre de Fr. 246'248.-, porterait à croire que Y._______ détient une part nettement supérieure à 25 % du capital de l'exploitation de l'intimé.
L'intimé expose quant à lui que c'est en raison du recours introduit par l'OFAG que Y._______ a été amenée à lui consentir un prêt. Devant reprendre le capital-fermier, il se serait adressé au Fonds d'investissement agricole, à Lausanne, qui lui aurait confirmé que les conditions d'intervention étaient réunies et que l'allocation d'un prêt de Fr. 160'000.- serait accordée. Ce dossier aurait toutefois été suspendu en raison du recours de l'OFAG.
7.3.1 L'annexe 4a au contrat de bail à ferme, intitulée "Dispositions complémentaires au bail à ferme conclu" (ci-après : les dispositions complémentaires au contrat de bail), datée du 20 mars 2009, dispose à son ch. 1 que le fermier achète à Y._______ le parc de machines agricoles selon l'inventaire détaillé de l'annexe 4b, y compris sa valeur. Le paiement des montants dus s'ajoute au loyer du fermage de la première année, la somme totale étant à régler au 31 octobre 2009, simultanément au paiement du décompte des prestations et des produits fournis par l'intimé (ch. 4 des dispositions complémentaires au contrat de bail).
Dans le cadre de l'inspection du 17 novembre 2010, l'intimé et Y._______ ont exposé que cette dernière avait accordé un prêt au prénommé pour le rachat des machines. L'intimé a ajouté que l'obtention de paiements directs lui permettra notamment de rembourser ce prêt (procès-verbal de l'inspection, p. 3 s.).
7.3.2 A la lecture des dispositions précitées, on doit bien constater que le contrat de bail prévoyait initialement déjà un paiement par mensualités du parc de machines agricoles que l'intimé s'est engagé à acheter. Cet achat par mensualités s'apparente à un prêt remboursable à court terme. On peine dès lors à comprendre en quoi la renégociation de ce financement serait un obstacle à la reconnaissance de l'exploitation de l'intimé. Par ailleurs, à la lumière des dispositions complémentaires au contrat de bail et des déclarations de Y._______ et de l'intimé, le Tribunal de céans peut sans arbitraire affirmer que le nouveau prêt négocié demeure remboursable à relativement court terme. Ainsi donc, comme l'affirme la deuxième instance dans sa duplique du 30 août 2012, il s'agit là bien d'un prêt et non d'une prise de participation à long terme de Y._______ dans le capital fermier de l'intimé. C'est dire que, là encore, rien ne permet de remettre en question l'autonomie financière de l'exploitation de l'intimé.
8. Le recourant soutient enfin que la reconnaissance de l'exploitation de l'intimé constitue un contournement de la législation sur les paiements directs. Il allègue dans ce contexte que l'intimé ne remplirait pas les conditions pour l'octroi de paiements directs.
Comme on l'a vu ci-dessus, l'art. 6 al. 1 OTerm énumère les exigences économiques et juridiques auxquelles doit satisfaire une entreprise agricole pour être reconnue comme une exploitation. Ces exigences sont cumulatives (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral B-939/2011 du 16 novembre 2011 consid. 6.1). En outre, l'art. 6 al. 1 OTerm n'indique pas que d'autres conditions peuvent être exigées pour que l'entreprise agricole bénéficie de la reconnaissance ; cette énumération d'exigences est donc exhaustive. Ainsi, la question de savoir si la reconnaissance litigieuse constitue un contournement de la législation sur les paiements directs dépasse l'objet du litige. Ce sera dans le cadre de l'examen de la demande de paiements directs de l'intimé qu'il s'agira de déterminer si ce dernier y a droit, conformément à l'art. 2 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les paiements directs versés dans l'agriculture (OPD, RS 910.13).
9. Il ressort de ce qui précède que, mal fondé, le recours doit être rejeté et l'arrêt du Tribunal cantonal confirmé.
10.
10.1 Les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2 PA).
Compte tenu de l'issue de la présente procédure de recours, il y a lieu de statuer sans frais.
10.2 L'intimé, qui obtient gain de cause, a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (art. 7 al. 1 FITAF en relation avec l'art. 64 al. 1 PA). Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais nécessaires de la partie (art. 8 FITAF). Les frais de représentation comprennent notamment les honoraires d'avocat (art. 9 al. 1 let. a FITAF), lesquels sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée (art. 10 al. 1 FITAF ; voir dans ce contexte : arrêt du Tribunal administratif fédéral B-438/2012 du 12 novembre 2012). Le tarif horaire des avocats est de Fr. 200.- au moins et de Fr. 400.- au plus (art. 10 al. 2 FITAF).
Le recourant n'ayant pas présenté de décompte d'honoraires, l'indemnité à titre de dépens doit être fixée sur la base du dossier (art. 14 al. 2 FITAF). Eu égard à la difficulté de la cause et à l'ampleur des écritures de l'intimé, le temps consacré à la défense de ses intérêts est évalué à quinze heures. En tenant compte d'un tarif horaire de Fr. 300.-, l'indemnité allouée à l'intimé est équitablement fixée à Fr. 4'500.- (TVA comprise) et mise à la charge de l'OFAG.
(dispositif sur la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais de procédure.
3. Des dépens, d'un montant de Fr. 4'500.- (TVA comprise), sont alloués à l'intimé et mis à la charge de l'Office fédéral recourant.
4. Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (acte judiciaire)
- à l'intimé (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. 603 2010-174 ; acte judiciaire)
- à la première instance (acte judiciaire)
- à la deuxième instance (acte judiciaire)
- au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (DEFR) (acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Pietro Angeli-Busi
Olivier Veluz
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition : 29 mai 2013