bvger · A-6558/2020 · 2022-04-13 · de
A-6558/2020

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Entscheid bestätigt durch BGer mit Urteil vom 13.06.2023 (9C_609/2022)
Abteilung I
A-6558/2020
Urteil vom 13. April 2022
Besetzung
Richter Keita Mutombo (Vorsitz),
Richter Jürg Steiger, Richterin Iris Widmer,
Gerichtsschreiberin Monique Schnell Luchsinger.
Parteien
A._______ AG,
(...)
vertreten durch Dr. Andreas Helbing , Rechtsanwalt, und Britta Rehfisch,
(...)
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
MWST; Leistungen an eng verbundene Personen; Drittpreis; Subvention (1. Quartal 2012 - 4. Quartal 2016).
Sachverhalt:
A. Die A._______ AG (nachfolgend: Steuerpflichtige) ist seit dem 1. Oktober 2010 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (nachfolgend: ESTV) eingetragen (MWST Nr. [...]) und bezweckt gemäss Handelsregistereintrag «die Bereitstellung von Lehr-, Forschungs- und Dienstleistungsinfrastruktur, insbesondere für die universitäre muskuloskelettale Medizin. Sie unterstützt die Forschung wissenschaftlicher oder technologischer Institutionen, insbesondere der Universitätsklinik D._______, Zürich. Die Gesellschaft verfolgt weder Erwerbs- noch Selbsthilfezwecke».
Die Steuerpflichtige wurde - wie dem Protokoll des Zürcher Kantonsrates über seine Sitzung vom 23. Februar 2015 entnommen werden kann - von der B._______ Stiftung und dem Verein C._______ im Hinblick auf die Errichtung eines muskuloskelettalen Forschungs- und Entwicklungszentrums «[Name]» gegründet, wobei die B._______ Stiftung über 60% (nachfolgend: Mehrheitsaktionärin) und der Verein C._______ über 40% (nachfolgend: Minderheitsaktionär) der Aktien verfügt.
Gemäss dem Jahresbericht 2015 der Steuerpflichtigen wurde der auf dem seeseitigen Areal der Universitätsklinik D._______ von ihr im Baurecht errichtete «[Name]», dessen Baukosten sich auf Fr. 64 Mio. beliefen, im Dezember 2015 eröffnet.
B.
B.a Im November 2017 führte die ESTV eine Kontrolle der Steuerpflichtigen betreffend die Steuerperioden 2012 bis 2016 (Zeit vom 1. Januar 2012 bis 31. Dezember 2016) im Sinne von Art. 78 Abs. 1 des Mehrwertsteuergesetzes vom 12. Juni 2009 (MWSTG, SR 641.20) durch. Dabei beanstandete die ESTV insbesondere, dass die Mietzinsvorzugskonditionen, welche die Steuerpflichtige ihrem Minderheitsaktionär gewährt habe, einem Drittvergleich nicht standhalten würden. Ferner habe die Steuerpflichtige den Betrag in Höhe von Fr. 9 Mio., welchen sie von der Mehrheitsaktionärin ausbezahlt erhalten und am 10. Juni 2015 unter dem Konto 1020 mit dem Text «Lotteriefonds des Kt. ZH» verbucht habe (nachfolgend auch: Lotteriefondsbeitrag), zu Unrecht als Spende statt als Subvention qualifiziert und demnach zu Unrecht eine Vorsteuerkürzung unterlassen.
B.b Gemäss einem als Agenda bezeichneten Dokument der Vertreterin der Steuerpflichtigen vom 13. Dezember 2017 fand zwischen der Steuerpflichtigen, ihrer Vertreterin und der ESTV eine Besprechung betreffend die steuerliche Würdigung der Vorzugsmiete und die mehrwertsteuerliche Qualifikation des Lotteriefondsbeitrags statt.
B.c Mit E-Mail vom 23. Mai 2018 legte die ESTV der Vertreterin das vorläufige Kontrollergebnis betreffend die Steuerpflichtige mit sämtlichen Beanstandungen dar. Darin ersuchte die ESTV um nähere Angaben zur Vorzugsmiete gegenüber dem Minderheitsaktionär und korrigierte bzw. kürzte den Vorsteuerabzug.
Die Vertreterin bat mit E-Mail vom 14. September 2018 um Erlass einer Einschätzungsmitteilung (nachfolgend: EM) auf Basis des vorläufigen Kontrollergebnisses. Zudem wies die Vertreterin in ihrem Schreiben darauf hin, dass die Steuerpflichtige betreffend die Position 2 «Leistungen an eng verbundene Personen» ein Gutachten zum Nachweis der Marktüblichkeit der vertraglich vereinbarten Mieten in Auftrag gegeben habe. Dieses werde sie unmittelbar nach Erhalt an die ESTV weiterleiten, damit jene die gewünschte EM erlassen könne. Auf Nachfragen der ESTV vom 29. November 2018 und 14. Februar 2019 reichte die Steuerpflichtige der ESTV am 7. März 2019 das Gutachten und ergänzende Anmerkungen ein. Am 9. Mai 2019 bat die ESTV zwecks Berechnung der Vorsteuerkürzung um Einreichung von diversen Kontoinformationen. Diese wurden ihr von der Vertreterin mit E-Mail vom 16. Mai 2019 übermittelt. Ebenfalls am 16. Mai 2019 stellte die ESTV der Vertreterin das abschliessende Kontrollergebnis mit der Möglichkeit zur Stellungnahme zu. Davon machte die Vertreterin mit Schreiben vom 17. Juni 2019 Gebrauch.
B.d Am 18. Juni 2019 stellte die ESTV der Steuerpflichtigen mittels EM Nr. [Nummer] eine Steuerkorrektur von insgesamt Fr. 656'078.- zuzüglich Verzugszins ab 6. April 2017 (Spezialverfall) in Rechnung.
B.e Mit E-Mail vom 31. Juli 2019 verlangte die Vertreterin eine einlässlich begründete Verfügung im Sinne von Art. 82 MWSTG und kündigte an, der ESTV eine detaillierte Begründung ihrer Einwände einzureichen.
B.f Am 31. Oktober 2019 reichte die Vertreterin der ESTV die angekündigte Begründung, eine rechtsgültig unterzeichnete Vollmacht und weitere Beilagen ein. Gleichzeitig beantragte sie, die Steuernachforderungen gemäss Ziff. 2 und Ziff. 4 des Beiblatts zur EM Nr. [Nummer] in Höhe von Fr. 72'117.10 («Leistungen an eng verbundene Personen») und Fr. 629'481.- («Vorsteuerkürzung») aufzuheben. Zur Begründung führte sie aus, die Mietkonditionen gegenüber dem Minderheitsaktionär seien als drittüblich anzusehen. Die Lotteriefondsbeiträge seien als freiwillige Zuwendungen im Sinne von Art. 3 Bst. i MWSTG (in der bis 31. Dezember 2017 gültig gewesenen Fassung) und somit als Nichtentgelt nach Art. 18 Abs. 2 Bst. d MWSTG zu qualifizieren, welche gemäss Art. 33 Abs. 1 MWSTG zu keiner Kürzung des Vorsteuerabzugs führen dürften.
B.g Am 12. November 2020 erliess die ESTV eine Verfügung, dergemäss sie ihre Steuernachforderung gegenüber der Steuerpflichtigen betreffend die Steuerperioden 2012 bis 2016 (Zeit vom 1. Januar 2012 bis 31. Dezember 2016) auf Fr. 656'078.- festsetzte, zuzüglich Verzugszins zu 4% ab 6. April 2017 (Spezialverfall) und wobei sie die bisherigen Zahlungen der Steuerpflichtigen vom 16. Juli 2019 und vom 19. Dezember 2019 anrechnete.
Die ESTV erhob für die Steuerperiode 2016 (Zeit vom 1. Januar bis 31. Dezember 2016) unter dem Titel «Umsatz- und Bezugssteuern» zusätzlich Fr. 72'117.- und korrigierte den von der Steuerpflichtigen deklarierten Vorsteuerabzug auf Fr. 566'441.-. Daraus resultierte für die Steuerperioden 2012 bis 2016 (Zeit vom 1. Januar 2012 bis 31. Dezember 2016) eine Differenz zwischen der von der ESTV berechneten Steuerforderung und der deklarierten Steuer von insgesamt Fr. 656'078.-, welche nach Auffassung der ESTV nachzuzahlen sei.
Die ESTV begründete ihre Korrektur mit der fehlenden Drittpreiskonformität der Mieten gegenüber dem Minderheitsaktionär und der falschen mehrwertsteuerlichen Qualifikation der Zahlung der Mehrheitsaktionärin von Fr. 9 Mio. Sie betrachtete hierbei die gewährten Mietvorteile als nicht begründet, da es sich beim Minderheitsaktionär nicht um einen Ankermieter handle und auch die Langfristigkeit des Mietverhältnisses und die Grösse der gemieteten Fläche den gewährten Einschlag nicht rechtfertigen würde. Sie hielt der Steuerpflichtigen weiter entgegen, es sei irrelevant, dass der Mieter lediglich Minderheitsaktionär sei. Es würden keine besonderen Gründe für die Rabattierung im entsprechenden Umfang vorliegen, zumal sich der Gutachter im Bericht vom 8. Februar 2019 nicht zur Frage der Eigenschaft als Ankermieter geäussert habe und auch die Aussage des Gutachters unerheblich sei, wonach der Mietertrag die Selbstkosten decke und eine minimale Rendite bewirke.
Des Weiteren vertrat die ESTV zusammengefasst die Auffassung, der Investitionsbeitrag von Fr. 9 Mio. werde gemäss dem Beschluss des Kantonsrates vom 23. Februar 2015 aufgrund von § 61 des Gesetzes des Kantons Zürich über Controlling und Rechnungslegung vom 9. Januar 2006 (CRG, LS 611; § 61 aufgehoben durch das Lotteriefondsgesetz vom 2. November 2020 [OS 75, 663; ABl 2019-02-15], in Kraft seit 1. Januar 2021) ausgerichtet und beruhe demzufolge auf einer gesetzlichen Grundlage. Dieser Lotteriefondsbeitrag sei zweckgebunden, nämlich als Investitionsbeitrag für den Bau des muskuloskelettalen Forschungs- und Entwicklungszentrums «[Name]», dessen Tätigkeit aufgrund der wirtschaftsfördernden Auswirkungen und gesellschaftlichen Bedeutung als im öffentlichen Interesse erfolgend betrachtet werden könne.
C.
C.a Mit Eingabe vom 11. Dezember 2020 an die ESTV beantragt die Steuerpflichtige (nachfolgend auch: Beschwerdeführerin), ihre Eingabe sei als sog. Sprungbeschwerde (nachfolgend: Sprungbeschwerde) dem Bundesverwaltungsgericht zu übermitteln. Ferner beantragt sie sinngemäss, die Verfügung vom 12. November 2020 sei aufzuheben und der Vorsteuerüberhang sei auf Fr. 45'520.- zu korrigieren. Der Differenzbetrag von Fr. 701'598.- sei ihr zuzüglich Vergütungszinsen zurückzuerstatten. Schliesslich beantragt sie, ihr sei eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.
Die Beschwerdeführerin begründet ihre Sprungbeschwerde im Wesentlichen damit, dass die mit ihrem Minderheitsaktionär vereinbarten Mietzinse trotz der hierbei eingeräumten Sonderkonditionen immer noch innerhalb der Bandbreite der Marktmieten liegen und eine Rendite abwerfen würden. Die Sonderkonditionen seien darin begründet, weil es sich um einen sog. Ankermieter handle. Ferner legt sie zwei Berichte vom 4. und vom 8. Dezember 2020 bei, die sich zu dieser Thematik äussern. Die Mehrwertsteuer auf den Mieterträgen sei demzufolge um Fr. 72'117.10 zu reduzieren.
Weiter führt sie aus, die Mehrheitsaktionärin habe ihr (der Beschwerdeführerin) am 10. Juni 2015 einen Betrag von Fr. 9 Mio. analog den bisher von den anderen Donatoren erhaltenen Spenden zur Finanzierung der laufenden Baukosten für den Bau des «[Name]» überwiesen. Diesen Beitrag habe die Mehrheitsaktionärin zuvor aus dem Lotteriefonds erhalten. Der Betrag sei mehrwertsteuerlich als Spende oder Einlage zu betrachten, weshalb er keine Kürzung des Vorsteuerabzugs nach sich ziehe.
C.b Am 24. Dezember 2020 übermittelt die ESTV (nachfolgend auch: Vor-instanz) die Eingabe der Beschwerdeführerin vom 11. Dezember 2020 dem Bundesverwaltungsgericht.
C.c Auf Aufforderung des Bundesverwaltungsgerichts belegt die Beschwerdeführerin am 15. Januar 2021 die Zeichnungsberechtigung der Personen, die die Eingabe vom 11. Dezember 2020 unterschrieben haben, und reicht eine weitere Vollmacht nach. Ferner leistet sie den vom Bundesverwaltungsgericht verlangten Kostenvorschuss.
C.d Mit Vernehmlassung vom 24. Februar 2021 beantragt die Vorinstanz, die Beschwerde mit Bezug auf die Drittpreiskonformität des dem Minderheitsaktionär gewährten Mietzinses gutzuheissen. Im Übrigen sei die Beschwerde jedoch abzuweisen, wobei die Kosten des Beschwerdeverfahrens vollumfänglich der Beschwerdeführerin aufzuerlegen seien und von einer Parteientschädigung abzusehen sei.
Weiter führt die Vorinstanz aus, aufgrund der mit der Sprungbeschwerde vom 11. Dezember 2020 eingereichten zwei Berichte sei nachgewiesen, dass der Minderheitsaktionär eine überdurchschnittliche Anziehungskraft auf die übrigen Mieter habe, weshalb ein Rabatt auf dem Mietzins im gewährten Umfang gerechtfertigt sei.
Mit Bezug auf den Lotteriefondsbeitrag stimmt die Vorinstanz den Ausführungen der Beschwerdeführerin insoweit zu, als die Reingewinne von Swisslos nicht in die Staatsrechnung der Kantone einfliessen, sondern separat in einem Fonds verwaltet werden müssen. Zudem geht die Vor-instanz davon aus, dass auch im Kanton Zürich der Lotteriefonds in der Staatsrechnung den Fonds im Fremdkapital und nicht dem Eigenkapital zugewiesen werde. Ferner bestätigt die Vorinstanz die Ausführungen der Beschwerdeführerin insoweit, als die Verwendung dieser Reingewinne zur Erfüllung öffentlich-rechtlicher gesetzlicher Verpflichtungen (gemeint sind Staatsaufgaben, eingefügt durch das Bundesverwaltungsgericht) ausgeschlossen sei. Mehrwertsteuerlich entscheidend sei jedoch, dass ausschliesslich die Kantone darüber entscheiden würden, wie die Fondsgelder eingesetzt werden sollen. Es spiele auch keine Rolle, ob die Gelder in einigen Kantonen von privatrechtlich organisierten Institutionen verteilt würden wie beispielsweise im Kanton Waadt, wo das entsprechende Stiftungsreglement gar darauf hinweise, dass die ausgerichteten Beiträge in mehrwertsteuerlicher Hinsicht als Subventionen betrachtet würden. Nach der Auffassung der Vorinstanz habe sich die vorliegend strittige Subvention nicht nur auf § 61 CRG abgestützt, sondern auch auf den Beschluss des Kantonsrates vom 23. Februar 2015, mit welchem dieser die Ausrichtung der Mittel aus dem Lotteriefonds bewilligt habe. Der Lotteriefondsbeitrag sei zudem als Investitionsbeitrag für den Bau des muskuloskelettalen Forschungs- und Entwicklungszentrums «[Name]» bestimmt gewesen und somit klar zweckgebunden. Die Ausrichtung des Beitrags sei erfolgt, weil die Beschwerdeführerin mit dem Bau des «[Name]», welcher die Lehr-, Forschungs- und Dienstleistungsinfrastruktur für die muskuloskelettale Medizin zur Verfügung stelle, eine im öffentlichen Interesse (wirtschaftsfördernde Auswirkungen und gesellschaftliche Bedeutung) liegende Tätigkeit wahrnehme, welche der Kanton Zürich fördern wolle. Darüber hinaus komme eine «Verhaltensbindung» auch dadurch zum Ausdruck, dass die Gewährung des Beitrags mit Auflagen verbunden und die Mehrheitsaktionärin mit der Zustellung des Merkblatts «Verpflichtungen nach der Zusprechung eines Beitrags» darauf aufmerksam gemacht worden sei, dass der Lotteriefonds einen Rechenschaftsbericht benötige und er sich vorbehalte, zehn Prozent des bewilligten Beitrags zurückzubehalten und erst auszuzahlen, wenn der Rechenschaftsbericht vorliege.
C.e Die Beschwerdeführerin repliziert am 15. April 2021.
C.f Die Vorinstanz dupliziert am 12. Mai 2021.
C.g Mit Eingabe vom 25. Mai 2021 nimmt die Beschwerdeführerin noch einmal zu den Ausführungen der Vorinstanz betreffend die Kosten- und Entschädigungsfolgen für das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht Stellung.
Auf die Ausführungen der Parteien ist nachfolgend unter den Erwägungen insoweit einzugehen, als sie für den vorliegenden Entscheid wesentlich sind.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt gemäss Art. 31 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (VGG, SR 173.32) Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968 (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche Ausnahme liegt hier nicht vor. Die Vorinstanz ist eine Behörde im Sinne von Art. 33 VGG. Das Bundesverwaltungsgericht ist demnach für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde sachlich zuständig.
1.2 Angefochten ist die Verfügung der Vorinstanz vom 12. November 2020 (vgl. Sachverhalt Bst. B.g). Diese ist einlässlich begründet, und die dagegen gerichtete Eingabe vom 11. Dezember 2020 wurde antragsgemäss an das Bundesverwaltungsgericht weitergeleitet (vgl. Sachverhalt Bst. C.b). Letzteres ist somit für die Beurteilung der vorliegenden Sprungbeschwerde im Sinne von Art. 83 Abs. 4 MWSTG auch funktionell zuständig (vgl. statt vieler: Urteile des BVGer A-6454/2020 vom 21. Dezember 2021 E.1.2, A-5601/2019 vom 6. Mai 2020 E. 1.2, A-5368/2018 vom 23. Juli 2019 E. 1.2).
1.3 Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG, soweit das VGG nichts anderes bestimmt (Art. 37 VGG).
Die Beschwerdeführerin ist als Adressatin des angefochtenen Entscheids zur Beschwerdeführung berechtigt (Art. 48 Abs. 1 VwVG). Auf die im Übrigen frist- und formgerecht (Art. 50 Abs. 1 und Art. 52 Abs. 1 VwVG) eingereichte Beschwerde ist demnach einzutreten.
2.
2.1 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Unangemessenheit rügen (Art. 49 Bst. c VwVG).
2.2 Im Beschwerdeverfahren gilt die Untersuchungsmaxime, wonach die entscheidende Behörde den rechtlich relevanten Sachverhalt von sich aus abklären und darüber ordnungsgemäss Beweis führen muss. Der Untersuchungsgrundsatz wird im Mehrwertsteuerverfahren indes dadurch relativiert, dass der steuerpflichtigen Person spezialgesetzlich statuierte Mitwirkungspflichten auferlegt werden (vgl. Art. 13 VwVG; BVGE 2009/60 E. 2.1.2). Dazu zählt namentlich das im Mehrwertsteuerrecht geltende Selbstveranlagungsprinzip (BGE 137 II 136 E. 6.2; Urteile des BGer 2C_353/2013 vom 23. Oktober 2013 E. 3.3, 2C_970/2012 vom 1. April 2013 E. 4.1; Urteile des BVGer A-2244/2020 vom 13. Januar 2022 E. 1.6, A-2430/2019 vom 29. Dezember 2020 E. 1.3.1).
2.3 Des Weiteren gilt im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht der Grundsatz der freien Beweiswürdigung (BGE 130 II 482 E. 3.2). Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (Urteil des BVGer A-1336/2020 vom 12. Oktober 2021 E. 1.7).
2.4 Im Steuerrecht gilt grundsätzlich, dass die Steuerbehörde die (objektive) Beweislast für Tatsachen trägt, welche die Steuerpflicht als solche begründen oder die Steuerforderung erhöhen (steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen). Demgegenüber ist die steuerpflichtige Person für die steueraufhebenden und steuermindernden Tatsachen beweisbelastet, das heisst für solche Tatsachen, welche eine Steuerbefreiung oder Steuerbegünstigung bewirken (anstelle vieler: Urteil des BGer 2C_715/2013 vom 13. Januar 2014 E. 2.3.3; Urteile des BVGer A-2244/2020 vom 13. Januar 2022 E. 1.7, A-4326/2019 vom 22. Juni 2021 E. 1.7, A-6390/2016 und A-6393/2016 vom 14. September 2017 E. 1.4 m.w.Hw.).
2.5 Die Beschwerdeinstanz entscheidet in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück (Art. 61 Abs. 1 VwVG). Bei der Wahl zwischen diesen beiden Entscheidarten steht dem Gericht ein weiter Ermessensspielraum zu (Urteil des BVGer A-5380/2020 vom 30. September 2021 E. 4.1).
2.6 Gestützt auf den Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. Art. 62 Abs. 4 VwVG), welcher im Beschwerdeverfahren gilt, ist das Bundesverwaltungsgericht verpflichtet, auf den unter Mitwirkung der Verfahrensbeteiligen festgestellten Sachverhalt die richtigen Rechtsnormen anzuwenden (statt vieler: BGE 131 II 200 E. 4.2). Dies bedeutet, dass das Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (sog. Motivsubstitution; vgl. BVGE 2007/41 E. 2; Urteile des BVGer A-2244/2020 vom 13. Januar 2022 E. 1.8, A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 1.6, A-6966/2018 vom 24. Oktober 2019 E. 1.5 und A-3678/2016 vom 6. August 2018 E. 2.2; André Moser et. al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2. Aufl. 2013, Rz. 1.54).
2.7 Die Steuerverwaltung kann zwecks einheitlicher und rechtsgleicher Gesetzesanwendung Verwaltungsverordnungen (Kreisschreiben, Weisungen, Direktiven usw.) erlassen, von denen das Gericht nicht ohne triftigen Grund abweicht, solange sie eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben darstellen (BGE 141 II 199 E. 5.5, 133 V 346 E. 5.4.2; Urteil des BGer 2C_258/2010 vom 23. Mai 2011 E. 4.2).
3.
3.1 Der Mehrwertsteuer unterliegen u.a. durch steuerpflichtige Personen im Inland gegen Entgelt erbrachte Lieferungen von Gegenständen bzw. im Inland gegen Entgelt erbrachte Dienstleistungen, sofern diese Umsätze nicht ausdrücklich von der Steuer ausgenommen sind (Art. 18 Abs. 1 MWSTG). Als Lieferung gilt dabei insbesondere das Überlassen eines Gegenstandes zum Gebrauch oder zur Nutzung (Art. 3 Bst. d Ziff. 3 MWSTG).
3.2 Von der Steuer ausgenommen ist gemäss Art. 21 Abs. 2 Ziff. 21 MWSTG die Überlassung von Grundstücken und Grundstücksteilen zum Gebrauch oder zur Nutzung. Soweit nicht nach Art. 22 Abs. 1 MWSTG (in der bis 31. Dezember 2017 gültig gewesenen Fassung) für deren Versteuerung optiert wird, sind diese Leistungen nicht steuerbar (Art. 21 Abs. 1 MWSTG) und berechtigen nicht zum Vorsteuerabzug (Art. 29 Abs. 1 MWSTG). Wird der Gegenstand vom Empfänger ausschliesslich für private Zwecke genutzt, kann nicht für die Versteuerung optiert werden (Art 22 Abs. 2 Bst. b MWSTG, in der bis 31. Dezember 2017 gültig gewesenen Fassung).
3.3 Das Erbringen von Leistungen an eng verbundene Personen gilt als Leistungsverhältnis (Art. 26 Satz 1 der Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 [MWSTV, SR 641.201]).
3.4 Der Begriff der «eng verbundenen Person» ist in Art. 3 Bst. h MWSTG definiert. Danach gelten als «eng verbundene Personen» «die Inhaber und Inhaberinnen von massgebenden Beteiligungen an einem Unternehmen oder ihnen nahe stehende Personen» und ist eine massgebende Beteiligung gegeben, wenn die Schwellenwerte im Sinne von Art. 69 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) überschritten werden oder eine entsprechende Beteiligung an einer Personengesellschaft vorliegt (Art. 3 Bst. h MWSTG in der hier anwendbaren Fassung vom 1. Januar 2010, AS 2009 5203).
3.5 Die Steuer wird vom Entgelt berechnet (Art. 24 Abs. 1 Satz 1 MWSTG). Als Entgelt gilt der Vermögenswert, welchen der Empfänger oder an seiner Stelle eine Drittperson für den Erhalt einer Leistung aufwendet (Art. 3 Bst. f MWSTG).
3.6 Gemäss Art. 24 Abs. 2 MWSTG gilt im Fall einer Lieferung oder Dienstleistung an eine nahestehende bzw. eng verbundene Person als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Diese Bestimmungen entsprechen dem im Steuerrecht bekannten Grundsatz des Drittvergleichs («dealing at arm's length»; vgl. BGE 142 II 488 E. 3.5.2; Urteile des BVGer A-4190/2020, A-4195/2020 vom 15. Dezember 2021 E. 3.2.1, A-5556/2019 vom 28. Mai 2020 E. 2.3.2, A-2137/2018 vom 15. Januar 2020 E. 3; Felix Geiger, in: ders./Regine Schluckebier [Hrsg.], Kommentar MWSTG, 2. Aufl. 2019 [nachfolgend: OFK], Art. 24 N 12; Pascal Mollard et al., Traité TVA, 2009, Kap. 4 N 23 ff.).
3.7 Die Anwendbarkeit dieses Drittvergleichs bedingt eine Leistung zu einem Vorzugspreis, also zu einem Entgelt, welches nicht mit dem Preis übereinstimmt, den ein unabhängiger Dritter zu bezahlen hätte (vgl. Urteile des BVGer A-4190/2020, A-4195/2020 vom 15. Dezember 2021 E. 3.2.2, A-2304/2019 vom 20. April 2020 E. 2.2.4.2 [bestätigt durch Urteil des BGer 2C_443/2020 vom 8. Oktober 2020], A-3734/2011 vom 9. Januar 2013 E. 2.3.2).
4.
4.1 Mangels Leistung - bzw. weil diesen Mittelflüssen die innere wirtschaftliche Verknüpfung mit einer mehrwertsteuerlichen Leistung fehlt (vgl. Geiger, OFK, Art. 18 N 9) - gelten namentlich die in Art. 18 Abs. 2 Bst. a-l MWSTG genannten Mittelflüsse nicht als Entgelt (sog. Nicht-Umsätze; vgl. auch Urteile des BVGer A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 2.5, A-3014/2016 vom 18. November 2016 E. 2.2).
4.2 Zu den sog. Nicht-Entgelten zählen nach Art. 18 Abs. 2 MWSTG unter anderem Subventionen und andere öffentlich-rechtliche Beiträge, selbst wenn sie gestützt auf einen Leistungsauftrag oder eine Programmvereinbarung gemäss Art. 46 Abs. 2 der Bundesverfassung ausgerichtet werden (Art. 18 Abs. 2 Bst. a MWSTG; BGE 141 II 182 E. 3.5; Urteil des BVGer A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 2.5.1).
4.3
4.3.1 Das Mehrwertsteuergesetz kennt keine Legaldefinition der Subvention oder der anderen öffentlich-rechtlichen Beiträge. Entsprechend dem Gebot der Einheit der Rechtsordnung ist dafür grundsätzlich auf die Subventionsgesetzgebung zurückzugreifen (BGE 140 I 153 E. 2.5.4; Urteil des BGer 2C_826/2016 vom 6. April 2018 E. 2.5; Urteile des BVGer A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 2.5.1.1, A-460/2019 vom 9. März 2020 E. 4.2.1).
4.3.2 Nach Art. 29 MWSTV gelten als Subventionen oder andere öffentlich-rechtliche Beiträge namentlich die vom Gemeinwesen ausgerichteten:
a)Finanzhilfen im Sinne von Art. 3 Abs. 1 des Subventionsgesetzes vom 5. Oktober 1990 (SuG, SR 616.1);
b)Abgeltungen im Sinne von Art. 3 Abs. 2 Bst. a SuG, sofern kein Leistungsverhältnis vorliegt;
c)Forschungsbeiträge, sofern dem Gemeinwesen kein Exklusivrecht auf die Resultate der Forschung zusteht;
d)mit den Buchstaben a - c vergleichbaren Mittelflüsse, die gestützt auf kantonales und kommunales Recht ausgerichtet werden.
4.3.3 Beim Begriff der Subvention bzw. des öffentlich-rechtlichen Beitrags im Sinne von Art. 18 Abs. 2 Bst. a MWSTG handelt es sich um einen wirtschaftlichen Begriff. Ob ein bestimmter Mittelfluss unter diesen Begriff fällt, ist im Einzelfall und unabhängig von der Bezeichnung des Mittelflusses zu entscheiden (Urteile des BGer 2C_356/2020 vom 21. Oktober 2020 E. 5, 2C_233/2019 vom 29. August 2019 E. 5.4 mit Hinweisen). Eine Subvention oder ein anderer öffentlich-rechtlicher Beitrag im Sinne von Art. 18 Abs. 2 Bst. a MWSTG kann auch dann vorliegen, wenn sich der Mittelfluss nicht auf das Subventionsgesetz stützt (Urteil des BGer 2C_356/2020 vom 21. Oktober 2020 E. 5).
4.3.4 Subventionen und andere öffentlich-rechtliche Beiträge zeichnen sich im Wesentlichen dadurch aus, dass sie von Gemeinwesen ohne entsprechende marktwirtschaftliche Gegenleistung ausgerichtet werden. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zielt der Subventionsgeber mit der Gewährung der Subvention nicht auf die Herstellung eines bestimmten Zustandes ab, sondern er will damit beim Subventionsempfänger ein bestimmtes Verhalten hervorrufen oder unterstützen. Für die Subvention ist wesentlich, dass sich der Empfänger in einer Weise verhält und Aufgaben erfüllt, die dem mit der Subventionierung verfolgten öffentlichen Zweck entsprechen und zur Verwirklichung dieses Zweckes geeignet erscheinen. Abgesehen von dieser Verhaltensbindung sind Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand jedoch «unentgeltlich», d.h. ein wirtschaftlich gleichwertiges Entgelt ist für sie nicht zu entrichten (BGE 140 I 153 E. 2.5.5, 126 II 443 E. 6c; Urteil des BGer 2C_196/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 2.3 [Universität Bern]; Urteil des BVGer A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 2.5.1.2, Geiger, OFK, Art. 18 N 11).
4.3.5 Die Verwaltungspraxis hat diese Kriterien in ihren Weisungen übernommen. Gemäss Verwaltungspraxis liegt eine Subvention demnach vor, wenn folgende drei Bedingungen kumulativ erfüllt sind (MWST-Info 05 Subventionen und Spenden [nachfolgend: MI 05], Ziff. 1.1, publiziert am 22. Mai 2013 und geändert am 6. Juli 2013, nochmals geändert am 17. September 2019; www.gate.estv.admin.ch/ESTV/Mehrwertsteuer/MWST-Fachinformationen/Webbasierte Publikationen/Webbasierte Publikationen MWST/MWST-Infos/05 Subventionen und Spenden; abgerufen am 4. Februar 2022):
Die Subvention wird von der öffentlichen Hand ausgerichtet; als öffentliche Hand gelten die autonomen Dienststellen des Bundes, der Kantone und der Gemeinden sowie die übrigen Einrichtungen des öffentlichen Rechts wie in- oder ausländische Körperschaften (z.B. Zweckverbände von Gemeinwesen), rechtlich selbstständige Anstalten und Stiftungen des öffentlichen Rechts sowie einfache Gesellschaften im Gemeinwesen (Art. 12 Abs. 1 MWSTG und Art. 12 Abs. 2 MWSTV);
der Beitragszahler erhält keine konkrete Gegenleistung vom Begünstigten;
die Subvention wird grundsätzlich aufgrund einer gesetzlichen Grundlage ausgerichtet (Gesetz, Verordnung, Reglement, Beschluss, Erlass, usw.).
4.4 Spenden sind freiwillige Zuwendungen in der Absicht, den Empfänger ohne Erwartung einer Gegenleistung im mehrwertsteuerlichen Sinn zu bereichern (vgl. Art. 3 Bst. i MWSTG, Art. 18 Abs. 2 Bst. d MWSTG; Urteil des BGer 2C_576/2013 vom 20. Dezember 2013 E. 2.2.3; Urteil des BVGer A-1591/2014 vom 25. November 2014 E. 4.2.4; Geiger, OFK, Art. 3 N 62). Eine Zuwendung gilt auch dann noch als Spende, wenn sie in einer Publikation in neutraler Form ein- oder mehrmalig erwähnt wird, selbst wenn dabei die Firma oder das Logo des Spenders verwendet wird (zum Ganzen: Urteil des BVGer A-2978/2019 vom 30. April 2020 E. 2.3.4.2 [Entscheid bestätigt durch Urteil des BGer 2C_466/2020 vom 26. August 2020; zum Spendenbegriff vgl. daselbst E. 4.3]).
Zuwendungen, die nicht von Gemeinwesen stammen, gelten praxisgemäss als Spenden; wird die Zuwendung von einem Gemeinwesen gewährt, so handelt es sich grundsätzlich um eine Subvention (MI 05, Ziff. 2.1.1, publiziert am 13. Juli 2018; www.gate.estv.admin.ch/ESTV/Mehrwertsteuer/MWST-Fachinformationen/Webbasierte Publikationen/Webbasierte Publikationen MWST/MWST-Infos/05 Subventionen und Spenden, abgerufen am 4. Februar 2022).
4.5 Als Nicht-Entgelte gelten auch Einlagen in Unternehmen, insbesondere zinslose Darlehen, Sanierungsleistungen und Forderungsverzichte nach Art. 18 Abs. 2 Bst. e MWSTG. Der Begriff der «Einlage» ist sehr allgemein gehalten und damit umfassend zu verstehen (Urteile des BGer 2C_891/2020 vom 5. Oktober 2021 E. 3.1.2, 2C_356/2020 vom 21. Oktober 2020 E. 6.2; Urteil des BVGer A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 2.5.2). Der Begriff der Einlagen umfasst zum Beispiel Gesellschafterbeiträge, wozu der Bundesrat insbesondere Kapitaleinlagen, Aufgelder, Zuschüsse und Beiträge à-fonds-perdu zählt (vgl. Botschaft vom 25. Juni 2008 zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer, BBl 2008 6959, insbesondere S. 6960 zu Art. 18 Abs. 2 Bst. e E-MWSTG; vgl. auch Urteil des BGer 2C_356/2020 vom 21. Oktober 2020 E. 6.2; Pierre-Marie Glauser/Alexandra Pillonel, in: Martin Zweifel et al. [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, MWSTG/LTVA, 2015 [nachfolgend: MWSTG-Kommentar], Art. 18 N 219).
5.
5.1 Gemäss Art. 28 Abs. 1 und 4 (in der bis 31. Dezember 2017 gültig gewesenen Fassung, heute Abs. 3) MWSTG kann die steuerpflichtige Person unter Vorbehalt von Art. 29 und 33 MWSTG Vorsteuern im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit abziehen, sofern sie nachweist, dass sie die Vorsteuern bezahlt hat. Entsprechend der Beschränkung des Vorsteuerabzuges auf den «Rahmen der unternehmerischen Tätigkeit» in Art. 28 Abs. 1 MWSTG sieht Art. 30 Abs. 1 MWSTG vor, dass der Vorsteuerabzug (entsprechend dem Verhältnis der Verwendung) zu korrigieren ist, wenn die steuerpflichtige Person Gegenstände, Teile davon oder Dienstleistungen «auch ausserhalb ihrer unternehmerischen Tätigkeit» verwendet (vgl. Urteile des BVGer A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 2.8.1, A-3014/2016 vom 18. November 2016 E. 2.5).
5.2 Nach Art. 29 Abs. 1 MWSTG besteht kein Anspruch auf Vorsteuerabzug bei Leistungen und bei der Einfuhr von Gegenständen, die für die Erbringung von Leistungen, die von der Steuer ausgenommen sind und für deren Versteuerung nicht optiert wurde, verwendet werden (zu den Sonderregelungen betreffend das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen und zu Holdinggesellschaften: vgl. Art. 29 Abs. 2-4 [bzw. heute Abs. 3] MWSTG).
5.3 Das Erzielen von Nicht-Entgelten wird im unternehmerischen Bereich als Bestandteil der unternehmerischen Tätigkeit beurteilt (vgl. Regine Schluckebier, MWSTG-Kommentar, Art. 10 N 50 ff.) und schränkt nach Art. 33 Abs. 1 MWSTG das Recht auf Vorsteuerabzug der steuerpflichtigen Person grundsätzlich nicht ein. Einzig dann, wenn eine steuerpflichtige Person Gelder im Sinne von Art. 18 Abs. 2 Bst. a-c MWSTG erhält, hat sie nach Art. 33 Abs. 2 MWSTG ihren Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen (vgl. Urteile des BVGer A-2566/2020 vom 11. November 2021 E. 2.8.3, A-3014/2016 vom 18. November 2016 E. 2.5).
6.
6.1 Über die Steuer wird grundsätzlich vierteljährlich abgerechnet, wobei die steuerpflichtige Person gegenüber der ESTV innert 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode unaufgefordert in der vorgeschriebenen Form über die Steuer und die Vorsteuer abzurechnen hat (Art. 35 i.V.m. Art. 71 Abs. 1 MWSTG). Die Steuerforderung ist innert 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode durch die steuerpflichtige Person zu begleichen (Zahlungsfrist, Art. 86 Abs. 1 MWSTG). Bei verspäteter Zahlung ist ohne Mahnung und unabhängig vom Verschulden ein Verzugszins zu bezahlen (Art. 87 MWSTG).
6.2 Der Verzugszinssatz im Mehrwertsteuerbereich beläuft sich gemäss der Verordnung des EFD vom 25. Juni 2021 über die Verzugs- und die Vergütungszinssätze auf Abgaben und Steuern (Zinssatzverordnung EFD, [SR 631.014] ab dem 1. Januar 2012 auf 4 %; Art. 108 Bst. a MWSTG i.V.m. Art. 4 Abs. 1 Bst. a-c Zinssatzverordnung EFD).
6.3 Sind mehrere Abrechnungsperioden betroffen, wird der Verzugszins praxisgemäss ab dem mittleren Verfall erhoben ([zum MWSTG]: Urteile des BVGer A-2589/2020 vom 3. Mai 2021 E. 2.6 und A-5551/2019 vom 14. Januar 2021 E. 2.5.6).
7.
7.1 Im vorliegenden Fall stehen zwei Punkte zur Diskussion: Erstens die Frage, ob die gegenüber dem Minderheitsaktionär gewährten Mietvorteile einem Drittvergleich standhalten und zweitens die Frage nach der mehrwertsteuerlichen Qualifikation der von der Mehrheitsaktionärin an die Steuerpflichtige weitergeleiteten Lotteriefondsbeiträge. Da mit diesem Mittelzufluss die Erstellung des E._______-Gebäudes teilweise finanziert wurde und das Gebäude im fraglichen Zeitraum für steuerbare Zwecke (optierte Vermietung) genutzt wurde, ist die Frage für die Vorsteuerkürzung relevant.
7.2 Mit Bezug auf die erste Frage stellen die Parteien inzwischen übereinstimmend je einen Antrag auf Gutheissung der Sprungbeschwerde, wobei es aufgrund der Akten bzw. der nachgereichten Berichte vom 4. und vom 8. Dezember 2020 sowie der darin aufgeführten Feststellungen und den Ausführungen der Parteien in der Sprungbeschwerde vom 11. Dezember 2020 sowie der Vernehmlassung vom 12. Mai 2021 als bundeskonform erscheint, diesen stattzugeben. Insbesondere erscheint es üblich, bedeutenden Mietern Preisnachlässe zu gewähren und liegen die von der Beschwerdeführerin gegenüber ihrem Minderheitsaktionär eingeräumten Mietvorteile im Marktspektrum für vergleichbare Objekte. Ebenso scheint dem Minderheitsaktionär eine Sogwirkung und Bedeutung für den Erfolg des Projektes «[Name]» zuzukommen.
Damit ist in Übereinstimmung mit den Parteien davon auszugehen, dass die effektiv entrichteten Mieterträge für die Bemessung der Mehrwertsteuer massgeblich sind (vgl. E. 3.7). Entsprechend ist die Beschwerde in diesem Punkt gutzuheissen und ist die von der ESTV korrigierte Steuerforderung um Fr. 72'117.10 herabzusetzen.
7.3 Zu prüfen bleibt, ob die von der Mehrheitsaktionärin weitergeleiteten Beträge aus dem Lotteriefonds Subventionscharakter haben (Ansicht der Vorinstanz) oder eine Spende (Ansicht der Beschwerdeführerin) oder allenfalls eine Einlage (Ansicht der Beschwerdeführerin) darstellen.
7.3.1 Die Beschwerdeführerin bringt hierzu vor, der Begriff einer Subvention im Sinne der Mehrwertsteuer müsse eng ausgelegt werden und könne gar weniger weit gehen als der Begriff einer Subvention gemäss SuG. Weiter führt sie aus, im Kanton Zürich werde der Lotteriefonds nach § 15 der Rechnungslegungsverordnung vom 29. August 2007 (RLV, LS 611.1) dem Fremdkapital zugewiesen. Die Reingewinne aus den Lotterien und Sportwetten der Swisslos dürften auch nicht in die Staatsrechnung des Kantons einfliessen. Ihre Verwendung zur Erfüllung öffentlich-rechtlicher gesetzlicher Verpflichtungen (gemeint sind Staatsaufgaben, eingefügt durch das Bundesverwaltungsgericht) sei ausgeschlossen. Bei den Lotteriebeiträgen handle es sich um die Verteilung aus Reingewinnen des Lotteriebetriebes Swisslos, weshalb sie keine Beiträge eines Gemeinwesens im eigentlichen Sinn darstellen würden. Weder Art. 5 ff. des Bundesgesetzes vom 8. Juni 1923 betreffend Lotterien und die gewerbsmässigen Wetten (aLG, AS 39 353; abgelöst per 1. Januar 2019 durch das Geldspielgesetz vom 29. September 2017 [BGS, SR 935.51]) noch § 61 CRG seien hinreichend konkret mit Bezug auf eine Zweck- und Verhaltensbindung um als gesetzliche Grundlage für eine Subvention zu dienen. Die Vorinstanz habe BGE 118 Ia 46 E. 5 falsch interpretiert. Zudem fehle es in formeller Hinsicht an einer Zweck- und Verhaltensbindung, weil das Schreiben der Finanzdirektion des Kantons Zürich vom 2. März 2015 (Beilage 26) weder die Merkmale eines Vertrages noch diejenigen einer Verfügung aufweise. Auch die in diesem Schreiben erwähnten «Auflagen» würden sich weder auf spezialgesetzlich vorgeschriebene Bedingungen für die Gewährung des Beitrages beziehen noch bestimmte zu erfüllende Aufgaben definieren.
7.3.2 Die Vorinstanz hält dagegen, dass die Kantone über die Ausrichtung der Lotteriefondsbeiträge befinden würden, weshalb der Beitrag durchaus von einem Gemeinwesen ausgerichtet werde. Es sei insoweit auch irrelevant, dass einige Kantone den Beitrag durch eine privatrechtliche Organisation ausrichten lassen würden, wie das beispielsweise im Kanton Waadt der Fall sei, zumal das entsprechende Reglement ausdrücklich festhalte, dass die fraglichen Beiträge mehrwertsteuerrechtlich als Subventionen zu betrachten seien. Im vorliegenden Fall beruhe die Ausrichtung der Lotteriefondsbeiträge auf dem Beschluss des Kantonsrates vom 23. Februar 2015 (Vernehmlassungsbeilage 12.6). Das Bundesverwaltungsgericht habe in seinem Urteil A-460/2019 vom 9. März 2020 indirekt bestätigt, dass ein Beschluss ausreiche. Zudem würden die vorliegend zu beurteilenden Beiträge einmalig ausgerichtet und es bestehe kein Rechtsanspruch darauf. In der Praxis werde für einmalige Staatsbeiträge vom Erfordernis der gesetzlichen Grundlage abgesehen, sofern sich keine Probleme mit der Gleichbehandlung und der Vorhersehbarkeit stellen würden. Auch bei Ermessenssubventionen würden geringere Anforderungen an die Normdichte im formellen Gesetz gestellt als bei Anspruchssubventionen. Der Lotteriefondsbeitrag sei gemäss Schreiben der Finanzdirektion vom 2. März 2015 für den Bau des muskuloskelettalen Forschungs- und Entwicklungszentrum «[Name]» bestimmt und damit zweckgebunden. Dieser Bau sei für den Forschungsstandort Zürich von grosser Bedeutung und diene den Patienten und Patientinnen, weshalb er auch im öffentlichen Interesse liege. Somit fördere der Kanton Zürich eine im öffentlichen Interesse liegende Tätigkeit der Beschwerdeführerin, nämlich den Bau und die Bereitstellung von Infrastruktur für die Lehre, die Forschung und Dienstleistungen im Bereich der muskuloskelettalen Medizin. Die Verhaltensbindung komme auch durch die Auflagen und die im Merkblatt aufgeführten «Verpflichtungen nach der Zusprechung eines Beitrags» zum Ausdruck. Schliesslich habe das Bundesgericht in seinem Urteil 2C_486/2016 vom 31. Mai 2016 die Zuwendung einer finanziellen Unterstützung aus einem Lotterie- und Wettfonds im Sinne von Art. 24 ff. der Interkantonalen Vereinbarung über die Aufsicht sowie die Bewilligung und Ertragsverwendung von interkantonal oder gesamtschweizerisch durchgeführten Lotterien und Wetten vom 7. Januar 2005 (IVWL, LS 513.633.1) als Subvention qualifiziert.
7.3.3 Nach dem allgemeinen Sprachgebrauch zeichnen sich «Subventionen und andere öffentlich-rechtliche Beiträge» dadurch aus, dass es sich um Zuwendungen handelt, welche beim Empfänger eine Einnahme bilden und über die er damit verfügen kann, ohne dass er dem Zuwendenden dafür Beteiligungsrechte einräumen muss. Demgegenüber handelt es sich bei Einlagen (apports) um Einbringungen in eine Gesellschaft mit dem Ziel, dieser gestützt auf das Beteiligungsverhältnis Eigenkapital zuzuwenden (vgl. Urteil des BGer 2C_356/2020 vom 21. Oktober 2020 E. 6.1).
Im hier zu beurteilenden Fall sind keinerlei Anzeichen ersichtlich, wonach dem Kanton Zürich aufgrund der Mittelzusprechung Beteiligungsrechte an der Beschwerdeführerin eingeräumt werden sollen, sei es direkt oder indirekt. Demzufolge ist eine Einlage zum vornherein auszuschliessen und fällt eine Subsumtion des Lotteriebeitrages unter Art. 18 Abs. 2 Bst. e MWSTG ausser Betracht.
7.3.4 Der vorliegend strittige Beitrag aus dem Lotteriefonds wurde mit Beschluss des Zürcher Kantonsrates vom 23. Februar 2015 bewilligt. Dieser Beschluss ist aktenkundig. Der Zürcher Kantonsrat sprach diesen Beitrag formell einer Stiftung zu. Diese Stiftung ist an der Beschwerdeführerin zu 60% beteiligt. Die Mehrheitsaktionärin leitete den Betrag an die Beschwerdeführerin weiter.
Das Weiterleiten von Mittelflüssen, die nach Art. 18 Abs. 2 MWSTG nicht als Entgelte gelten [...], unterliegt nicht der Steuer (Art. 30 Abs. 1 MWSTV). Die Kürzung des Vorsteuerabzugs nach Art. 33 Abs. 2 MWSTG erfolgt beim letzten Zahlungsempfänger oder der letzten Zahlungsempfängerin (Art. 30 Abs. 2 MWSTV). Der Umstand der Weiterleitung ist demzufolge für die Qualifikation des Beitrages irrelevant. Eine allfällige Kürzung hat bei der Beschwerdeführerin als letzte Zahlungsempfängerin zu erfolgen.
7.3.5 Die verwaltungsrechtliche Praxis geht implizit davon aus, dass Zuwendungen eines Gemeinwesens grundsätzlich als mehrwertsteuerliche Subvention gelten (vgl. E. 4.4). Sie hält mit Bezug auf Lotteriefondsbeiträge ausdrücklich Folgendes fest:
Mittel, welche von Institutionen (wie beispielsweise die Loterie Romande oder Swisslos) stammen und welche durch diese, durch Intermediäre (z.B. Sport-Toto-Gesellschaft) oder durch ein Gemeinwesen aufgrund gesetzlicher Bestimmungen verteilt werden, gelten als Subventionen. Dies, weil diese Beiträge nicht freiwillig, sondern aufgrund der im Gesetz oder in der kantonalen Bewilligung festgelegten Bedingungen bezahlt werden. In diesen Bewilligungen sind zudem bestimmte Vorgaben bezüglich der Verteilung dieser Mittel enthalten (Ziff. 1.4.7 MI 05, publiziert am 22. Mai 2013, www.gate.estv.admin.ch/ESTV/Mehrwertsteuer/MWST-Fachinformationen/Webbasierte Publikationen/Webbasierte Publikationen MWST/MWST-Infos/05 Subventionen und Spenden, abgerufen am 4. Februar 2022).
Zu prüfen ist damit, ob die vorgenannte Verwaltungspraxis sich als gesetzeskonform erweist (E. 2.7). Hierzu ist Art. 18 Abs. 2 Bst. a MWSTG auszulegen, insbesondere der Begriff der Subvention oder des öffentlich-rechtlichen Beitrags im Sinne des Mehrwertsteuerrechts. Die Rechtsprechung hat beiden Begriffen bereits verschiedentlich Konturen verliehen (vgl. E. 4.3.3 ff.), worauf nachfolgend einzugehen ist:
Vorab ist festzuhalten, dass das von der Vorinstanz zitierte Urteil des BGer 2C_486/2016 vom 31. Mai 2016, insbesondere dessen E. 2.5 für die hier zur Diskussion stehende mehrwertsteuerliche Qualifikation nicht einschlägig ist. Dem Entscheid lag eine als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten bezeichnete Eingabe zu Grunde gegen einen Beschluss der Genossenschafter der Swisslos Interkantonalen Landeslotterie Genossenschaft, demgemäss die beteiligten Kantone den Beitrag an die Swiss Olympic für die nächsten drei Jahre erhöht hatten. Das Bundesgericht betrachtete diesen Beschluss als Verfügung im Sinne von Art. 5 VwVG. Zwar führte das Bundesgericht aus, materiell gehe es um die Zuwendung einer finanziellen Unterstützung, eine Subvention, aus dem Lotterie- und Wettfonds im Sinne von Art. 24 ff. der Interkantonalen Vereinbarung über die Aufsicht sowie die Bewilligung und Ertragsverwendung von interkantonal oder gesamtschweizerisch durchgeführten Lotterien und Wetten vom 7. Januar 2005 (als Anhang zu LS 553.3; nachfolgend: IVLW, abgelöst durch das Gesetz über den Beitritt zum Gesamtschweizerischen Geldspielkonkordat [GSK] und zur Interkantonalen Vereinbarung betreffend die gemeinsame Durchführung von Geldspielen [IKV 2020] vom 16. November 2020, LS 553.2), nämlich um eine Vorabzuweisung nach Art. 24 Abs. 3 IVLW. Diese Ausführungen des Bundesgerichts standen aber in keinem Zusammenhang mit der mehrwertsteuerlichen Qualifikation des damals strittigen Beitrags.
7.3.6 Wie erwähnt liegt eine Subvention vor, wenn (1) diese von der öffentlichen Hand ausgerichtet wird, (2) die öffentliche Hand hierfür vom Begünstigten keine konkrete Gegenleistung erhält und (3) das Ganze auf einer gesetzlichen Grundlage basiert (insbesondere E. 4.3.5). Dabei ist auch eine Verhaltensbindung vorausgesetzt (E. 4.3.4). Die oben erwähnte Verwaltungspraxis zu den Beiträgen aus einem Lotteriefonds (E. 7.3.4) entspricht diesen allgemeinen Kriterien und ist damit grundsätzlich rechtens. Nachfolgend ist zu prüfen, ob diese Kriterien auch im hier zu beurteilenden Fall erfüllt sind, insbesondere mit Bezug auf die Verhaltensbindung.
7.3.6.1 Unbestritten ist, dass der vorliegend ausgerichtete Lotteriefondsbeitrag - trotz der Auflage, wonach der Lotteriefonds an geeigneter Stelle als Geldgeber zu nennen sei (wenn möglich gar unter Verwendung dessen Logos) - ohne Erwartung einer Gegenleistung erfolgt ist. Damit ist die zweite Voraussetzung ohne Weiteres erfüllt.
7.3.6.2 Uneins sind sich die Parteien aber darin, ob der Lotteriefondsbeitrag von der öffentlichen Hand ausgerichtet wird.
Vorauszuschicken ist, dass mit Bezug auf die Beitragsgewährung das im Zeitpunkt der Zusprechung geltende Recht anwendbar ist, mithin das am 23. Februar 2015 geltende Recht.
Damit ist auf Bundesebene das aLG anwendbar. Auf kantonaler Ebene finden insbesondere die Interkantonale Vereinbarung betreffend die gemeinsame Durchführung von Lotterien vom 26. Mai 1937 (IVDL, als Anhang zu LS 553.2, gültig gewesen bis 10. Dezember 2021), die IVLW, das Zürcher Staatsbeitragsgesetz vom 1. April 1990 (StaBG, LS 132.2), das CRG und die RLV, jeweils in der am 23. Februar 2015 geltenden Fassung Anwendung.
Gemäss Art. 24 Abs. 1 IVLW errichtet jeder Kanton einen Lotterie- und Wettfonds, in welchen die Lotterieveranstalterinnen ihre Reinerträge abliefern (vgl. Art. 24 Abs. 2 IVLW). Die Kantone bezeichnen die für die Verteilung der Mittel zuständige Instanz (Art. 25 IVLW) und bestimmen die Kriterien, die die Verteilinstanz für die Unterstützung gemeinnütziger und wohltätiger Projekte anwenden muss (Art. 26 IVLW).
Ohne auf die Rechtsnatur des Fondsvermögens und die Eigentumsverhältnisse näher einzugehen (vgl. hierzu auch § 31 Abs. 1 CRG), zeigen die vorerwähnten Bestimmungen, dass die Verwaltung und Verteilung des Fondsvermögens letztlich in der Verantwortung des jeweiligen Kantons liegen, insbesondere, da die Veranstalter ihre Gewinne auch dem Kanton des jeweiligen Veranstaltungsortes abzuliefern haben. Infolgedessen ist der Vorinstanz zuzustimmen, dass die Lotteriebeiträge auch im hier zu beurteilenden Fall von der öffentlichen Hand ausgerichtet wurden.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist es demzufolge irrelevant, ob die Zusprechung auf einem Beschluss des Zürcher Kantonsrats basierte oder - wie teilweise in anderen Kantonen - an eine andere, möglicherweise auch privatrechtliche Institution delegiert worden ist. Unerheblich ist auch, ob der Lotteriefonds in der Staatsrechnung des Kantons Zürich dem Fremdkapital zugewiesen wird, wie das die Beschwerdeführerin unter Hinweis auf § 15 Abs. 1 RLV und das Handbuch für Rechnungslegung (in der damals geltenden Fassung) geltend macht, denn damit ändert sich nichts an der grundsätzlichen Verfügungsmacht über das Fondsvermögen. Auch der Umstand, dass die Mittel aus dem Lotteriefonds nicht für staatliche Aufgaben verwendet werden dürfen, hat keinen Einfluss auf ihre Herkunft aus öffentlicher Hand. Demzufolge ist auch die erste Voraussetzung erfüllt.
7.3.6.3 Schliesslich streiten sich die Parteien darum, ob die dritte Voraussetzung erfüllt ist. Dabei geht es weniger um die Frage, ob die gesprochenen Mittel überhaupt auf einer gesetzlichen Grundlage basieren, sondern vielmehr ob die vorliegend angerufene Norm den Kriterien an eine Subventionsgrundlage genügen und insbesondere die Vergabekriterien hinreichend konkret wiedergeben.
Wie bereits ausgeführt (E. 7.3.4) beruht der vorliegend umstrittene Beitrag aus dem Lotteriefonds auf dem Beschluss des Zürcher Kantonsrats vom 23. Februar 2015. Mit diesem Beschluss wurde Ziff. I des Antrags des Regierungsrats vom 26. Februar 2014 genehmigt. Letzterer lautete wie folgt:
Für den Bau eines muskuloskelettalen Zentrums wird der Stiftung B._______ ein Investitionsbeitrag von Fr. 9 000 000 zulasten des Lotteriefonds (Leistungsgruppe Nr. 4980) bewilligt.
Der Beschluss stützt sich zweifelsohne auf eine gesetzliche Grundlage, mithin auf Art. 33 Abs. 1 Bst. d der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 (KV, LS 101, in der damals geltenden Fassung) i.V.m. § 61 Abs. 4 CRG, je in der damals anwendbaren Fassung (vgl. hierzu auch: Urteil des BGer 1C_493/2009 vom 3. März 2010 E. 7 ff., insb. E. 7.6 und E. 8.2 in fine, das allerdings eine frühere Fassung des CRG betraf).
Die Beschwerdeführerin argumentiert sodann, dass die Vergabekriterien ausschliesslich auf Gesetzesstufe konkretisiert sein müssen. Soweit sie damit geltend machen wollte, dass die «Verhaltensbindung» im Gesetz selber näher zu umschreiben sei, ist Folgendes anzumerken:
Bei den gesprochenen Lotteriefondsbeiträgen handelt es sich um eine einmalige Zuwendung, auf die die Empfängerin (vor der Zusprechung) keinen Rechtsanspruch hatte (vgl. Art. 27 IVLW). Diese finanzielle Zuwendung ist - wie erwähnt - in einem formellen Beschluss der Legislative des Kantons Zürich festgehalten. Insoweit liegt eine «staatliche Ausgabe» im weiteren Sinn vor (vgl. BGE 118 Ia 46 E. 5b), die dem Bereich der Leistungsverwaltung (im Gegensatz zur Eingriffsverwaltung) zuzuordnen ist (vgl. BGE 118 Ia 46 E. 5b). Im Bereich der Leistungsverwaltung sind die Anforderungen an das Legalitätsprinzip im Allgemeinen weniger streng (Urteil des BGer 2C_578/2018 vom 4. Februar 2019 E. 4.1).
Im Zeitpunkt der Bewilligung waren die Vergabekriterien im Regierungsratsbeschluss vom 7. Oktober 1992 festgehalten, welche im Merkblatt Fondsrichtlinien zum Lotteriefonds der Finanzdirektion zusammengefasst worden sind. Sie waren daher durchaus detailliert und allgemein bekannt.
Zu prüfen ist noch, ob die einmalige Zuwendung mit einer konkreten Verhaltensbindung verknüpft ist. Für die mehrwertsteuerliche Qualifikation der vorliegenden Zuwendung ist nicht zu prüfen, ob die spezifischen kantonalen Vergabekriterien eingehalten wurden oder nicht.
Der Kantonsrat hat den Verwendungszweck des Lotteriefondsbeitrags klar vorgegeben, indem er den Antrag des Regierungsrates vom 26. Februar 2014 genehmigte, der die Lotteriefondsgelder ausdrücklich zum Bau eines muskuloskelettalen Zentrums vorsah. Damit hat die Legislative im individuellen Fall ausdrücklich festgehalten, wem die öffentliche Hand wieviele Geldmittel ausrichtet und wozu.
Infolgedessen ist der Verwendungszweck im fraglichen Kantonsratsbeschluss hinreichend konkretisiert worden: Es handelt sich bei den gesprochenen Geldern aus dem Lotteriefonds um einen Investitionsbeitrag für ein privates Bauvorhaben. Gemäss dem Gesuch vom 17. Juli 2013 soll das zu errichtende Gebäude den «[Name]» beherbergen, bei welchem es sich um ein einzigartiges Forschungs- und Entwicklungsumfeld handeln soll zur Verwirklichung innovativer Lösungen für bekannte Herausforderungen in der muskuloskelettalen Medizin. Mit dem «[Name]» soll der Forschungsstandort Zürich gestärkt werden (vgl. Gesuchsdossier z.Hd. Lotteriefonds des Kantons Zürich vom 17. Juli 2013). Er soll der Weiterentwicklung der medizinischen Behandlungsmöglichkeiten dienen zum Wohle der gesamten Bevölkerung (vgl. Antrag des Regierungsrats des Kantons Zürich vom 26. Februar 2014). Aus diesen Ausführungen ist zu schliessen, dass der künftige Verwendungszweck und das besondere Konzept des «[Name]» ein spezielles Gebäude erfordern. Der Bau dieses Gebäudes, insbesondere aber dessen spätere Nutzung liegt im öffentlichen Interesse. Insoweit ist eine Verhaltensbindung zur Erreichung eines öffentlichen Zwecks gegeben. Dem entspricht auch, dass die Beschwerdeführerin weder Erwerbs- noch Selbsthilfezwecke verfolgt (vgl. Onlineauszug aus dem Handelsregister des Kantons Zürich vom 14. Januar 2021).
Im Übrigen hatten die Gesuchsstellenden in ihrem Gesuch vom 17. Juli 2013 ausdrücklich um einen Beitrag von Fr. 9 Mio. zum Bau für das fragliche Gebäude ersucht und ihr Konzept dargelegt. Demzufolge ist auch aus dem Sachzusammenhang von einer konkreten Verhaltensbindung auszugehen. Eine andere Verwendung der Gelder stand somit nie zur Diskussion.
Aus dem vorstehend Gesagten folgt, dass zumindest ein mit einer Subvention vergleichbarer Mittelzufluss vorliegt (E. 4.2 und 4.3.2), der unter den Subventionsbegriff von Art. 18 Abs. 2 Bst. a MWSTG zu subsumieren ist.
7.4 Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde mit Bezug auf die Mieterträge und damit im Umfang von Fr. 72'117.10 gutzuheissen ist. Mit Bezug auf die Frage der Qualifikation der Lotteriefondsbeiträge ist die Beschwerde jedoch abzuweisen. Damit wird die Vorinstanz allenfalls den speziellen Verfall neu zu berechnen haben. In diesem Sinne ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
8.
8.1 Die Verfahrenskosten sind vorliegend auf Fr. 18'000.- festzusetzen (Art. 2 und 4 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]).
8.2 Das Bundesverwaltungsgericht auferlegt die Verfahrenskosten in der Regel der unterliegenden Partei (Art. 63 Abs. 1 VwVG). Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt (Art. 63 Abs. 1 VwVG). Obsiegen und Unterliegen im Prozess ist grundsätzlich nach den Rechtsbegehren der Beschwerde führenden Partei, gemessen am Ergebnis der Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids, zu beurteilen (BGE 123 V 156 E. 3c und 123 V 159 E. 4b). In der Verwaltungsrechtspflege des Bundes gilt die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu weiteren Abklärungen und neuem Entscheid (mit noch offenem Ausgang) praxisgemäss als Obsiegen der Beschwerde führenden Partei (BGE 137 V 210 E. 7.1; Urteil des BVGer A-978/2020 vom 31. März 2020 E. 4.1).
8.3 Gestützt auf Art. 63 Abs. 3 VwVG können einer obsiegenden Partei Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat. Das ist grundsätzlich dann der Fall, wenn die beschwerdeführende Partei das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht oder der Vorinstanz unnötig provoziert oder verzögert hat, weil sie Mitwirkungspflichten verletzt hat, beispielsweise, weil sie entscheidende Beweismittel, die zur Gutheissung der Beschwerde führen, verspätet eingereicht hat (Urteile des BVGer A-2703/2020 vom 12. Mai 2021 E. 4.1.2, A 2496/2020 vom 18. November 2020 E. 4.2.2, A-1087/2016 vom 10. August 2016 E. 6.1.1 und A-3318/2019 vom 9. September 2020 E. 4).
Die Beschwerdeführerin obsiegt mit Bezug auf die Steuerperiode 2016 im Umfang von Fr. 72'117.10 und damit zu rund 11%. Das Verfahren ist lediglich zur allfälligen Neuberechnung des Spezialverfalls an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese Rückweisung hat daher keinen Einfluss auf die Kostenverteilung. Die Gutheissung der Beschwerde basiert gemäss den vorstehenden Erwägungen auf zwei Berichten vom 4. Dezember 2020 und vom 8. Dezember 2020 (vgl. E. 7.2) und damit auf zwei Dokumenten, die nach Erlass der angefochtenen Verfügung vom 12. November 2020 erstellt worden sind und die die Beschwerdeführerin erst im Rahmen der vorliegenden Beschwerdeverfahrens vor Bundesverwaltungsgericht - und damit unter Verzicht auf das kostenfreie Einspracheverfahren - eingereicht hat. Demzufolge rechtfertigt es sich, der Beschwerdeführerin die Kosten für das vorliegende Verfahren vollumfänglich, mithin im Umfang von Fr. 18'000.- aufzuerlegen. Der geleistete Kostenvorschuss in gleicher Höhe ist auf die Verfahrenskosten anzurechnen.
8.4 Entsprechend hat die Beschwerdeführerin keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 64 Abs. 1 VwVG e contrario i.V.m. Art. 7 Abs. 1 VGKE e contrario). Die Vorinstanz hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 7 Abs. 3 VGKE).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Die Beschwerde wird im Umfang von Fr. 72'117.10 gutgeheissen, im Übrigen jedoch abgewiesen. Die Sache wird zur Neuberechnung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Verfahrenskosten von Fr. 18'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt. Dieser Betrag wird dem in gleicher Höhe geleisteten Kostenvorschuss entnommen.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil geht an die Beschwerdeführerin und die Vorinstanz (Ref-Nr. [Nummer]; unter Beilage von act. 15 [Eingabe der Beschwerdeführerin vom 25. Mai 2021])
Der vorsitzende Richter:
Die Gerichtsschreiberin:
Keita Mutombo
Monique Schnell Luchsinger
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 BGG). Die Frist ist gewahrt, wenn die Beschwerde spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben worden ist (Art. 48 Abs. 1 BGG). Die Rechtsschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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