bvger · A-1714/2019 · 2020-09-03 · fr
A-1714/2019

Rapports de services de droit public de la Confédération (divers)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée partiellement par le TF par arrêt du 08.06.2021 (8C_636/2020)
Cour I
A-1714/2019
Arrêt du 3 septembre 2020
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Jürg Steiger, Christine Ackermann, juges,
Maxime Siegrist, greffier.
Parties
A._______,
recourant,
contre
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), Ressources humaines, Station 7, 1015 Lausanne,
intimée,
Commission de recours interne des EPF, Effingerstrasse 6a, Case postale, 3001 Bern,
autorité inférieure.
Objet
Personnel de la confédération (augmentation de
salaire).
Faits :
A. A._______ (ci-après notamment : l'employé), né le (...), a travaillé en tant que collaborateur scientifique au sein de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après notamment : l'EPFL) de 1978 à 2016. Depuis le mois de juin 2005, le Conseil des écoles polytechniques fédérales (ci-après : le Conseil des EPF) l'a autorisé à porter le titre de professeur titulaire de l'EPFL. Il a travaillé à la fois au sein de la Faculté (...) (ci-après : Faculté X) et au sein de la (...) (ci-après : Y). L'employé a pris sa retraite en date du 1er janvier 2017.
B. Depuis 2012, plusieurs litiges ont divisé l'employé et l'EPFL concernant en particulier le salaire de celui-ci et ont donné lieu à différentes procédures internes qui, au nombre de cinq (cf. nos ...), sont résumées dans les considérants qui suivent.
B.a Le 26 juillet 2012, l'employé a requis une augmentation de salaire afin que celui-ci soit aligné sur la courbe correspondant à sa performance (procédure no ...). Il n'a cependant pas requis d'augmentation salariale avec effet rétroactif. Suite au refus de l'EPFL par décision du 25 avril 2013, l'employé a recouru auprès de la Commission de recours interne des EPF (ci-après notamment : la CRIEPF) qui, par décision du 4 mars 2014, a annulé la décision précitée et renvoyé la cause à l'EPFL afin qu'elle procède à un entretien annuel d'évaluation avec l'employé. L'EPFL était ensuite chargée de rendre une nouvelle décision relative à l'augmentation salariale requise.
B.b Par décision du 15 décembre 2014, l'EPFL a alloué à l'employé une augmentation de salaire annuelle fixée à 4'400 francs, à laquelle s'ajoutait un montant de 0.6 % au titre de renchérissement dès le 1er janvier 2015 (procédure no ...). Les divers entretiens d'évaluation pour les deux fonctions occupées par l'employé ont débouché sur les notes respectives de A++ et A+. Par recours du 15 janvier 2015, l'employé a conclu à l'annulation de la décision précitée et requis de l'EPFL qu'elle procède à un réajustement rétroactif de son salaire sur la base des évaluations de ses prestations pour les dix dernières années. L'employé a également demandé que son alignement salarial soit conforme à la courbe prévue par l'ordonnance du Conseil des EPF du 15 mars 2001 sur le personnel du domaine des écoles polytechniques fédérales (OPers-EPF, RS 172.220.113). Par décision du 25 août 2015, la CRIEPF a annulé le chiffre 1 de la décision de l'EPFL (concernant le montant de l'augmentation annuelle et du renchérissement). Elle a également renvoyé la cause à l'EPFL afin que celle-ci rende une nouvelle décision relative à la demande d'augmentation salariale de l'employé - avec effet rétroactif au 26 juillet 2012 - en se fondant sur les deux évaluations effectuées précédemment.
B.c Par décision subséquente du 8 octobre 2015, l'EPFL a refusé d'allouer une augmentation salariale complémentaire avec effet au 26 juillet 2012 à l'employé. Elle a considéré que les augmentations perçues jusqu'ici par celui-ci avaient été continues et exceptionnelles durant la période en cause (procédure no ...). L'employé a contesté cette dernière décision auprès de la CRIEPF. Il a notamment requis un ajustement de son salaire avec effet rétroactif au 26 juillet 2012, sur la base des évaluations de ses prestations. D'après lui, son salaire devrait se situer à la médiane entre la courbe salariale applicable en cas d'évaluation A+ et celle applicable pour la note A++. En date du 27 octobre 2016, la CRIEPF a annulé la décision précitée de l'EPFL, afin que cette dernière en rende une nouvelle et suive ces instructions : « l'EPFL accorde au recourant une augmentation de salaire rétroactive, équitablement répartie en quatre tranches, avec effet au 26 juillet 2012 pour la première tranche, avec effet au 1er janvier 2013 pour la deuxième tranche, avec effet au 1er janvier 2014 pour la troisième tranche et avec effet au 1er janvier 2015 pour la quatrième tranche, avec intérêt moratoire à 5 % l'an, calculé conformément au considérant 12. Le recourant doit percevoir grâce à ces quatre augmentations rétroactives de salaire, un salaire annuel d'au moins CHF 206'115.- dès le 1er janvier 2015, au plus tard ». La CRIEPF a rejeté l'argument de l'EPFL selon lequel les ressources financières à sa disposition étaient insuffisantes pour octroyer une augmentation à l'employé. Elle a considéré qu'elle pouvait exceptionnellement fixer elle-même le salaire minimum et rétroactif du recourant au titre de l'échelle « b » (note A+), à charge de l'EPFL d'examiner si, au vu de sa marge d'appréciation, un montant supplémentaire était dû au titre de l'échelle « a » (note A++). Cette décision de la CRIEPF n'a pas fait l'objet d'un recours et est dès lors entrée en force.
B.d Au mois de décembre 2016, l'EPFL a ainsi versé à l'employé un montant complémentaire à son salaire mensuel, en lui indiquant qu'il s'agissait des augmentations salariales rétroactives dues en application de la décision de la CRIEPF du 27 octobre 2016 (procédure no ...). Un entretien a d'ailleurs eu lieu à cet égard le 15 décembre 2016 entre celui-ci et des représentants de l'EPFL. Par courriel du 3 janvier 2017, l'employé a notamment requis de l'EPFL la production d'un décompte spécifique et distinct concernant les montants versés en application de la décision rendue par la CRIEPF le 27 octobre 2016. Après divers échanges de courriels, l'EPFL a, par courrier du 16 janvier 2017, transmis à celui-ci un décompte de salaire pour le mois de décembre 2016, avec mention des versements rétroactifs effectués depuis le mois de janvier 2012. Par courrier du 8 février 2017, l'employé a formellement requis de l'EPFL le prononcé d'une décision ayant pour objet la mise en oeuvre des instructions données par la CRIEPF dans le cadre de sa dernière décision. Par décision du 17 février 2017, l'EPFL a « décidé d'appliquer la décision de la CRIEPF du 27 octobre 2016 ». L'employé a recouru devant la CRIEPF en date du 7 mars 2017 contre cette décision, faisant grief à l'EPFL de ne pas avoir rendu de décision écrite et motivée sur la base des instructions données par la CRIEPF dans sa décision du 27 octobre 2016. Il a également reproché à l'EPFL de ne pas avoir exercé son pouvoir d'appréciation alors que la CRIEPF avait fixé un salaire annuel minimum fondé sur l'échelle « b ». Selon lui, il appartenait à l'EPFL d'examiner la possibilité de fixer son salaire à la médiane des salaires prévus pour sa classe sur l'échelle « a » (soit l'équivalent de l'évaluation A++) et l'échelle « b » (soit l'équivalent de l'évaluation A+). Par décision du 6 mars 2018, la CRIEPF a annulé la décision de l'EPFL du 17 février 2017, chargeant cette dernière d'en rendre une nouvelle dûment motivée. Il lui appartenait notamment de donner des explications précises et complètes à propos des montants versés au mois de décembre 2016 ainsi que de statuer sur un éventuel octroi à l'employé d'un salaire annuel supérieur à 206'115 francs dès le 1er janvier 2015 au plus tard. Cette décision est entrée en force.
C.
C.a En date du 20 juin 2018, l'EPFL a rendu une nouvelle décision relative à l'application de celle de la CRIEPF du 27 octobre 2016. Celle-ci donne quelques explications concernant les montants versés à l'employé au mois de décembre 2016 et prévoit de ne pas lui allouer de versement complémentaire au salaire annuel plancher fixé par la CRIEPF dès le 1er janvier 2015 (à savoir : 206'115 francs). L'employé a interjeté recours le 20 juin 2018 auprès de la CRIEPF contre cette dernière décision, estimant que l'EPFL n'avait pas fourni d'explications précises et complètes à propos des montants versés au mois de décembre 2016. Il a par ailleurs contesté l'application par l'EPFL de la décision du 27 octobre 2016 de la CRIEPF sur plusieurs points. Dans un premier temps, l'employé a estimé que l'augmentation de salaire n'avait pas été équitablement répartie en quatre tranches. Deuxièmement, l'EPFL aurait versé le salaire minimal de 206'115 francs uniquement à partir du 1er janvier 2016 au lieu du 1er janvier 2015. Troisièmement, l'employé a considéré que le calcul de l'intérêt moratoire n'avait pas été correctement effectué, conformément aux indications de la CRIEPF. Enfin, il a contesté la décision de l'EPFL car celle-ci refusait de lui verser un montant complémentaire à son salaire annuel minimum. Dans le cadre de sa réplique, l'employé a abandonné son second grief et reconnu avoir perçu son salaire minimum en 2015 déjà.
C.b Par décision du 5 mars 2019, la CRIEPF a admis partiellement le recours de l'employé sur la question du calcul de l'intérêt moratoire. Elle a ordonné à l'EPFL de procéder à un nouveau calcul à 5 % l'an, conformément au considérant 6 de sa décision. Par ailleurs, la CRIEPF a rejeté les autres conclusions de l'employé, notamment celle relative au paiement d'une augmentation complémentaire de salaire. Elle a cette fois-ci accepté l'argument des ressources financières insuffisantes invoqué par l'EPFL pour refuser l'augmentation requise (ndlr : à la médiane des notes A+ et A++).
D.
Par acte du 9 avril 2019, A._______ (ci-après : le recourant) a saisi le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal) d'un recours contre la décision rendue le 5 mars 2019 par la CRIEPF (ci-après : l'autorité inférieure). Il conclut notamment à l'admission du recours et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle rende une décision conforme aux considérants, sous suite de frais et dépens.
En substance, le recourant estime que, dans la mesure où l'EPFL (ci-après : l'intimée) n'a pas invoqué l'argument relatif aux ressources financières disponibles en relation avec sa demande d'augmentation complémentaire lors de la première procédure no ..., elle ne pouvait plus utiliser cet argument postérieurement (au cours des quatre procédures qui ont suivi), et critique la décision de l'autorité inférieure en ce sens. Il considère par ailleurs que l'argument financier avancé par l'intimée a été rejeté devant l'autorité inférieure dans le cadre de la procédure no .... Pour le surplus, le recourant estime que l'intimée et l'autorité inférieure ont commis un abus de leur pouvoir d'appréciation en laissant quatre procédures non-nécessaires se dérouler. Il soutient que l'intimée s'est obstinée à ne pas suivre les instructions de l'autorité inférieure et que cela lui a causé une pression mentale prolongée non nécessaire et inappropriée. A ce titre, le recourant requiert un dédommagement financier de la part de l'intimée.
D.a Par écrit du 29 avril 2019, l'autorité inférieure a déposé sa réponse. Elle conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet. Elle estime que celui-ci porte sur le refus de l'intimée d'accorder au recourant une augmentation complémentaire de son salaire. Appuyant son raisonnement sur l'art. 36a de la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers, RS 172.220.1), l'autorité inférieure rappelle que, dans le cadre de litiges relatifs à la composante « prestation » du salaire, le recours à une autorité judiciaire au sens de l'art. 36 LPers n'est recevable que dans la mesure où il concerne l'égalité des sexes. Selon elle, ce motif d'irrecevabilité repose sur l'idée que la prise en compte de la prestation de l'employé lors de la fixation de son augmentation annuelle (cf. art. 15 LPers) est un instrument de gestion du personnel qui n'affecte pas l'employé dans un aspect essentiel de sa situation juridique. L'autorité inférieure précise encore que les décisions à ce sujet relèvent de la libre appréciation de l'employeur et doivent échapper au contrôle judiciaire. Enfin, à titre subsidiaire, celle-ci conclut au rejet du recours en se basant intégralement sur sa décision querellée du 5 mars 2019.
D.b En date du 13 mai 2019, l'intimée a également déposé sa réponse, concluant, principalement, à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à la validité de la décision faisant l'objet du présent litige. En substance, elle reprend la même argumentation que l'autorité inférieure quant à l'irrecevabilité du recours. Sur le fond, elle maintient sa position exprimée dans le cadre de sa décision du 20 juin 2018 (procédure n° ...) qui a ensuite fait l'objet du recours devant l'autorité inférieure.
D.c Par écriture du 20 mai 2019, le recourant a déposé ses observations finales. Il reprend largement les arguments de son recours et affirme que ceux-ci touchent à ses intérêts dignes de protection - comme son droit d'obtenir justice avec exactitude et impartialité - et devraient permettre de passer outre l'irrecevabilité invoquée par l'autorité inférieure et l'intimée. En résumé, le recourant demande au Tribunal de revoir les critères utilisés par l'autorité inférieure dans sa décision litigieuse et de déterminer au fond si le droit a été appliqué avec exactitude et impartialité.
D.d Par ordonnances subséquentes, le Tribunal a avisé les parties qu'il allait déterminer si des mesures d'instruction complémentaires s'avéraient nécessaires et a invité l'autorité inférieure à déposer l'intégralité de son dossier car plusieurs pièces faisaient défaut.
Les autres faits et arguments des parties seront repris, en tant que besoin, dans les considérants en droit qui suivent.
Droit :
1.
La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), à moins que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) n'en dispose autrement (cf. art. 37 LTAF). Le Tribunal examine d'office sa compétence (cf. art. 7 PA) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. La CRIEPF est une commission fédérale au sens de l'art. 33 let. f LTAF (cf. notamment arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2359/2018 du 7 février 2019 consid. 1.1) dont les décisions en matière de droit du personnel sont attaquables par devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 62 al. 2 OPers-EPF). La décision rendue en date du 5 mars 2019 entre dans la catégorie de l'art. 5 al. 1 PA.
Le Tribunal est dès lors en principe compétent pour se saisir du recours.
1.2 Quant à la recevabilité du recours, il convient d'abord de considérer ce qui suit au vu de l'art. 32 al. 1 let. c LTAF. Cette disposition énonce que le recours devant le Tribunal administratif fédéral est irrecevable contre les décisions relatives à la composante « prestation » du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes. L'art. 36a LPers contient la même formulation.
1.2.1 L'exception posée à l'art. 32 al. 1 let. c LTAF conduit à fermer la voie du recours auprès d'une autorité judiciaire et porte par conséquent atteinte au droit au juge. En droit interne, l'art. 29a al. 1 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) prévoit une garantie de recours juridique structurée comme un droit individuel. En cas de litige, toute personne a le droit à ce que sa cause soit jugée par une autorité judiciaire. La Confédération et les cantons peuvent cependant exclure l'accès au juge dans certains cas, en le prévoyant dans la loi (cf. arrêt du Tribunal fédéral 8C_320/2016 du 13 mars 2017 consid. 6.2 et la jurisprudence citée). Le droit au juge est également garanti par l'art. 6 § 1 1ère phrase de la Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH, RS 0.101), qui énonce que toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi. Il résulte de la jurisprudence de la Cour EDH que, de manière générale, les litiges liés aux rapports de travail entre l'Etat et ses employés sont, même s'ils relèvent du droit public, des contestations de droit civil au sens de l'art. 6 § 1 CEDH et doivent ainsi donner lieu à un contrôle juridictionnel.
Les seules exceptions admises sont soumises à deux conditions cumulatives. En premier lieu, le droit interne doit exclure expressément l'accès à un tribunal s'agissant du poste ou de la catégorie de salariés en question. En second lieu, cette dérogation doit reposer « sur des motifs objectifs liés à l'intérêt de l'Etat ». Concernant le second critère en particulier, il ne suffit pas que l'Etat démontre que le fonctionnaire en question participe à l'exercice de la puissance publique ou qu'il existe un lien spécial de confiance et de loyauté entre l'intéressé et l'Etat employeur. Il faut encore que l'Etat démontre que l'objet du litige est lié à l'exercice de l'autorité étatique ou remet en cause le lien spécial de confiance et de loyauté précité (cf. Vilho Eskelinen et autres c. Finlande [GC], arrêt du 19 avril 2017, § 62). Ainsi, rien en principe ne justifie de soustraire aux garanties de l'art. 6 § 1 CEDH des conflits ordinaires du travail - tels ceux portant sur un salaire, une indemnité ou d'autres droits de ce type - à raison du caractère spécial de la relation entre le fonctionnaire concerné et l'État en question (voir, par exemple, le litige relatif au droit du personnel des services de police à une indemnité spéciale dans l'affaire Vilho Eskelinen et autres c. Finlande [GC] précitée - voir aussi Zalli c. Albanie [déc.] du 8 février 2011, et Ohneberg c. Autriche du 18 septembre 2012).
1.2.2 Le Tribunal administratif fédéral a eu l'occasion d'aborder cette problématique à plusieurs reprises dans le cadre de sa jurisprudence.
1.2.2.1 Dans un arrêt A-117/2013 du 10 juin 2013, le Tribunal a relevé que l'art. 36a LPers s'appliquait uniquement aux litiges portant sur (la quotité de) la part de rémunération liée à la prestation, autrement dit sur le résultat - chiffré - issu de l'entretien d'évaluation des prestations de l'employé. En l'occurrence, le Tribunal a considéré que le litige ne concernait pas l'évaluation des prestations de l'employé mais bien la composition de son salaire pour 2012, plus précisément la question de savoir si c'est à bon droit que la rémunération liée à la prestation n'avait pas été intégrée à son salaire. Il n'était donc pas question de l'évaluation des prestations de l'employé par son supérieur, mais de l'intégration éventuelle de la prime liée à ses prestations dans son salaire, à savoir, en définitive, de l'augmentation de celui-ci. En procédant ainsi à une interprétation restrictive de la notion de composante « prestation » du salaire au titre de cette disposition, le Tribunal a retenu que la décision de l'employeur à ce sujet devait être susceptible de recours interne, puis auprès du Tribunal lui-même, conformément à l'art. 36a LPers (cf. consid. 4.2.1).
1.2.2.2 Dans un autre cas de droit de la fonction publique (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7939/2015 du 30 janvier 2017), l'employeur, estimant que le litige concernait la partie des éléments de salaire liée aux performances de l'employé et que le recours auprès du Tribunal n'était donc pas recevable, avait rendu une décision indiquant que le Conseil fédéral était compétent en tant qu'autorité de recours. Celui-ci avait été invité à se prononcer et, par le biais de l'Office fédéral de la justice, avait considéré que le litige entrait certes dans le cadre de l'art. 32 al. 1 let. c LTAF, mais qu'en raison de la priorité de la garantie de recours selon l'art. 6 § 1 CEDH sur le catalogue d'exceptions de l'art. 32 LTAF, le Tribunal administratif fédéral devait être considéré comme l'instance de recours compétente (consid. 1.1.3). In fine, le Tribunal a décidé que le litige ne se rapportait pas à la matière exclue de l'art. 32 al. 1 let. c LTAF susmentionné et que le recours était ainsi recevable. Il a en revanche laissé ouverte la question de l'application de l'art. 6 § 1 CEDH.
1.2.2.3 Plus récemment, le Tribunal a précisé sa jurisprudence dans le cadre d'un arrêt A-2435/2018 du 25 juin 2019 concernant le recours d'une employée de la Confédération qui visait en substance à faire annuler une décision lui refusant une promotion. La recourante estimait notamment être victime d'une discrimination fondée sur le sexe après plusieurs refus successifs de l'autorité inférieure au fil des années, alors qu'elle remplissait toutes les conditions pour la fonction concernée. L'autorité inférieure, quant à elle, avait déclaré que le recours était irrecevable et subsidiairement mal fondé. Le Tribunal a considéré que l'objet de la décision litigieuse concernait la non-promotion de l'employée et donc uniquement le salaire de cette dernière. Cela étant, il a écarté l'obstacle de l'art. 32 al. 1 let. c LTAF en estimant que le passage à une tranche de rémunération supérieure était un litige de travail relevant de l'art. 6 § 1 CEDH, ce qui signifiait qu'il existait un droit à un contrôle juridictionnel. Le Tribunal s'est ainsi déclaré compétent pour traiter du recours au fond non seulement concernant l'égalité des sexes, mais également pour les autres motifs relatifs au salaire (consid. 1.1.2 et 1.1.3). Cette jurisprudence a été confirmée sur recours par le Tribunal fédéral dans un arrêt 8C_598/2019 du 21 janvier 2020, sans que ce dernier n'examine toutefois la question de l'application de l'art. 6 § 1 CEDH.
1.2.3 Selon la doctrine, il semble également injustifié de soustraire les litiges ayant trait à la composante « prestations » du salaire des fonctionnaires de l'Etat au contrôle juridictionnel. Le large pouvoir d'appréciation de l'administration au titre de l'évaluation des prestations de ses employés justifie d'autant plus qu'un contrôle juridictionnel puisse être assuré pour garantir que ce large pouvoir d'examen ne soit pas arbitraire. En revanche, les exceptions à un tel contrôle seraient justifiées si les tribunaux n'effectuaient pas leur contrôle judiciaire avec la retenue requise, à savoir en respectant le pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure (voir notamment Markus Lanter, Gerichtliche Kontrolle von Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile von Bundespersonal, in : AJP 2009, 1518-1526, p. 1523). L'auteur de cette contribution estimait en outre que les tribunaux étaient liés par les restrictions imposées par la LPers et la LTAF et que les dispositions constitutionnelles ou internationales ne pouvaient pas être directement exécutées. Cette doctrine est toutefois antérieure aux principes jurisprudentiels développés dans les considérants qui précèdent (cf. consid. 1.2.3 supra).
1.2.4 Au cas d'espèce, il appert que la seule question demeurant litigieuse devant l'autorité de céans est celle de l'« augmentation complémentaire » du salaire du recourant refusée par l'intimée. En effet, la manière de scinder le versement des salaires minimaux rétroactifs du recourant, la date à partir de laquelle ces versements devaient intervenir et le calcul de l'intérêt moratoire ne sont plus contestés à ce stade. Le Tribunal observe que, si une telle augmentation complémentaire de salaire est certes liée aux prestations de l'employé, il ressort du dossier que le recourant conteste avant tout le fait que l'intimée (puis l'autorité inférieure dans le cadre de sa décision attaquée) ait refusé de lui octroyer une augmentation complémentaire de salaire en invoquant le fait que les ressources financières à sa disposition étaient insuffisantes, conformément à l'art. 27 al. 1 OPers-EPF. Le recourant ne conteste ainsi a priori pas l'évaluation de ses prestations en tant que telle, et le fait qu'il soit éligible - ou non - à obtenir une augmentation complémentaire de salaire à ce titre. Il attaque ici le fait que l'intimée a refusé dite augmentation en invoquant l'argument des ressources financières insuffisantes.
Il s'ensuit que l'objet du présent litige n'entre pas dans le cadre de l'exception prévue à l'art. 32 al. 1 let. c LTAF, conformément à l'interprétation jurisprudentielle restrictive qu'il convient de faire de cette disposition. Le recours est ainsi recevable à ce titre.
1.3 Les autres conditions de recevabilité, tenant au délai (cf. art. 50 al. 1 PA) et à la forme (cf. art. 52 PA) étant également réunies, le recours s'avère recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2.
2.1 L'objet du litige consiste ainsi à déterminer si l'intimée a correctement appliqué le droit en refusant une « augmentation de salaire complémentaire » au recourant sur le critère des ressources financières insuffisantes, décision confirmée par l'autorité inférieure dans sa décision querellée du 5 mars 2019.
2.2 Selon l'art. 49 PA, le Tribunal administratif fédéral contrôle les décisions qui lui sont soumises sous l'angle de la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), de la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b) et de l'inopportunité (let. c). Le Tribunal fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité ayant rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5721/2018 du 12 février 2020 consid. 2.1 et A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2). En matière de droit du personnel, le Tribunal veille en particulier à respecter le pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure quant aux questions ayant trait à l'appréciation des prestations des employés, à l'organisation administrative ou de problèmes liés à la collaboration au sein du service et des relations de confiance (cf. ATAF 2007/34 consid. 5 ; arrêt du TAF A-3750/2016 du 7 février 2017 consid. 1.4.1).
2.3 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (cf. art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (cf. art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 et réf. cit.).
3. Le litige s'inscrit dans le cadre juridique suivant.
3.1 Selon l'art. 15 al. 1 LPers, l'employeur verse un salaire à l'employé. Le salaire dépend de la fonction, de l'expérience et de la prestation. L'art. 15 al. 3 LPers précise que les dispositions d'exécution fixent les principes qui régissent la détermination des salaires. L'employeur veille à prévenir l'arbitraire dans les rapports de travail et introduit un système d'évaluation fondé sur des entretiens qui soit propre à assurer, d'une part, une rétribution tenant équitablement compte des prestations fournies et, d'autre part, un développement de l'employé axé sur des objectifs (cf. art. 4 al. 3 LPers). Aux termes de l'art. 27 al. 1 OPers-EPF, la progression du salaire repose, dans les limites des ressources disponibles, sur l'évaluation annuelle des prestations de la personne concernée. Les prestations des collaborateurs sont donc évaluées sur plusieurs échelons figurant à l'art. 27 al. 2 let. a-f OPers-EPF. Lorsque le salaire de l'employé est inférieur à celui correspondant à ses prestations, il est relevé si les ressources disponibles le permettent. S'il dépasse celui qui correspondrait à ses prestations, il reste inchangé (cf. art. 27 al. 3 OPers-EPF).
3.2 En 2019, le Conseil des EPF a publié un commentaire de plusieurs textes légaux en lien avec le droit du personnel. Ce document, répertorié sur son site internet, concerne notamment l'OPers-EPF. En relation avec l'art. 27 de l'ordonnance, le commentaire précise que, dans le nouveau système salarial NSS, la masse salariale fait l'objet d'une régulation active, afin de pouvoir tenir compte des exigences de demain. Les « ressources disponibles » représentent dès lors un critère non négligeable. La progression du salaire individuel fonctionne sur la base du principe de la régulation modérée, qui est fonction de la performance et de l'expérience. Ainsi, la rémunération s'oriente vers un salaire de référence, ou « salaire cible » qui est le reflet des prestations fournies. La marge de manoeuvre en matière d'adaptations salariales dépend notamment des ressources disponibles. Le commentaire de l'art. 27 OPers-EPF précise en outre les règles d'ajustement du salaire applicables en cas de divergence entre le salaire effectif et le salaire cible suite à l'évaluation des prestations. Il prévoit notamment que lorsque le salaire cible est supérieur au salaire effectif, il convient de s'efforcer de réduire l'écart constaté en fonction des ressources disponibles (sans toutefois le combler tout à fait). In fine, le principe de l'égalité de traitement doit être respecté lors de la répartition des ressources globalement disponibles en vue d'honorer les prestations.
4. En grief, le recourant précise qu'il ne conteste pas le montant du salaire, mais uniquement le critère invoqué par l'intimée concernant les ressources financières insuffisantes pour lui octroyer une « augmentation complémentaire ». Il estime que l'intimée n'a pas eu recours à cet argument lors de la première procédure (cf. n° ...) et que celui-ci ne peut ainsi être invoqué postérieurement. Le recourant affirme par ailleurs que dit argument, soulevé tardivement dans le cadre de la deuxième procédure (cf. n° ...), a été rejeté par l'autorité inférieure. Selon lui, cette dernière a requis à plusieurs reprises de l'intimée qu'elle développe son argumentation relative aux ressources financières insuffisantes, ce qui n'aurait pas été fait.
4.1 Pour sa part, l'autorité inférieure conteste s'être déjà prononcée sur la question des ressources financières limitées avant le présent litige. Elle précise avoir rejeté cet argument dans sa décision du 27 octobre 2016 uniquement dans la mesure où elle a alors, exceptionnellement, décidé de fixer le salaire minimum devant être versé au recourant, en relevant qu'il n'existait aucun élément s'opposant à l'augmentation salariale demandée, à savoir ni l'égalité de traitement et ni l'absence de ressources financières suffisantes. Dite décision du 27 octobre 2016 ne mentionnerait aucunement que, dans le cadre de l'examen de l'augmentation complémentaire de salaire, il ne pourrait être tenu compte des ressources disponibles limitées de l'intimée. Concernant cet argument en tant que tel, l'autorité inférieure rappelle, s'agissant de la décision du 5 mars 2019, que le pouvoir d'appréciation de l'intimée en la matière est large. Elle estime également que cette dernière a suffisamment motivé les raisons pour lesquelles le grief des ressources financières limitées a été retenu.
4.2 Dans sa réponse au recours, l'intimée rappelle avoir décidé de ne pas octroyer d'augmentation complémentaire de salaire au recourant en exposant que ce dernier avait déjà bénéficié d'augmentations salariales bien plus élevées que celles accordées à l'ensemble de ses collaborateurs. L'intimée a également considéré que les ressources à sa disposition étaient limitées et devaient en principe être équitablement réparties sur l'ensemble des collaborateurs. Enfin, elle a estimé que le recourant se trouvait déjà au maximum de son expérience utile à son poste et n'avait dès lors plus aucune augmentation à faire valoir au titre de cet élément du salaire.
4.3 Sur ce vu, il convient de retenir ce qui suit à dire de droit.
4.3.1 Lors d'un nouveau recours suite à une nouvelle décision prise sur renvoi par l'autorité inférieure, l'autorité de recours (administrative ou judiciaire) ne peut elle-même décider librement que sur les points qui n'ont pas été tranchés dans sa décision de renvoi ou qui résultent d'un nouvel état de fait. Cela implique que le Tribunal (ou l'autorité administrative de recours) ne peut se fonder sur des considérations qu'il avait lui-même écartées ou dont il avait fait abstraction dans sa précédente décision (cf. arrêts du Tribunal fédéral 5A_690/2019 du 23 juin 2020 consid. 2.1 et 4A_227/2019 du 18 décembre 2019 consid. 4.2 et les réf. cit.).
4.3.2 Au cas d'espèce, il sied en premier lieu de rappeler que l'objet du litige doit être analysé au regard des évaluations séparées que le recourant a obtenues pour ses deux différentes fonctions au sein de Y et de la Faculté X, soit A+ et A++ (les entretiens d'évaluation ont eu lieu en juillet et septembre 2014). Ces notes correspondent respectivement aux échelles « b » et « a » de l'annexe 2 OPers-EPF et ne sont pas contestées par les parties. Il ressort des pièces du dossier que les deux fonctions du recourant étaient exercées à un taux de pourcentage de 50% chacune. Ce fait n'est également pas contesté. C'est la raison pour laquelle le recourant requiert que son salaire soit fixé à la médiane des deux échelles susmentionnées correspondant à ses deux activités.
Dans sa décision du 27 octobre 2016 entrée en force, l'autorité inférieure a décidé de fixer elle-même un salaire annuel minimum, affirmant qu'il s'agissait d'une mesure exceptionnelle. L'autorité inférieure, dans ce cadre, a toutefois estimé qu'elle ne pouvait pas aller au-delà de l'échelle « b », même si les performances du recourant avaient été en partie évaluées avec la note A++, correspondant à l'échelle salariale « a ». Cela étant, le Tribunal observe qu'aucune disposition légale ne prévoit la possibilité pour l'autorité inférieure ou l'intimée d'octroyer un complément de salaire en tant que tel. En revanche, aux termes de l'art. 27 OPers-EPF, la progression du salaire repose sur l'évaluation annuelle des prestations du collaborateur et de son expérience.
Le Tribunal souffre ainsi à comprendre le raisonnement de l'autorité inférieure lorsqu'elle s'estime compétente pour fixer un salaire minimum sur l'échelle « b », mais refuse de tenir compte de l'évaluation du recourant sur l'échelle « a » en invoquant que le pouvoir d'appréciation de l'intimée en la matière serait large. Il est peu cohérent que l'autorité inférieure puisse estimer pouvoir fixer elle-même un salaire minimum (recte : pour l'échelle de prestations « b ») avant de rejeter sa compétence pour le surplus (pour l'échelle de prestations « a »). En effet, indépendamment de la question des ressources disponibles, il appert que l'autorité inférieure aurait bien plutôt dû renvoyer la cause à l'intimée afin que celle-ci procède au calcul du salaire d'ensemble du recourant en tenant compte des évaluations A+ et A++ et de l'importance respective des deux fonctions. La distinction opérée en l'espèce entre le salaire « minimum » et « complémentaire » du recourant a pour effet de créer une situation floue et difficilement compréhensible, qui aboutit à une application insatisfaisante de la loi.
4.3.3 Le Tribunal retient ensuite que l'argument des ressources disponibles en lien avec l'augmentation de salaire du recourant a bel et bien été traité par l'autorité inférieure dans sa décision du 27 octobre 2016 (cf. consid. 12 ss), lorsqu'elle a fixé elle-même un salaire minimum au recourant. Cela étant, la distinction entre salaire minimum et complémentaire alors opérée par l'autorité inférieure dans cette décision n'avait pas lieu d'être. In fine, il devait s'agir pour l'intimée de fixer le salaire du recourant à la médiane de ses deux évaluations (qui se situent sur des échelles différentes) en une seule fois. L'augmentation requise par celui-ci lors de la dernière procédure s'apparente en réalité aussi à une progression du salaire selon l'art. 27 al. 1 OPers-EPF. Par conséquent, l'intimée n'était plus en mesure d'invoquer le même motif pour la refuser.
4.3.4 Le Tribunal relève encore que le salaire minimum fixé et la progression salariale requise par le recourant dans le présent recours couvrent tous deux la même période, soit du 1er janvier 2015 au 31 décembre 2016 (le recourant ayant pris sa retraite à cette date). Ainsi, l'argument des ressources disponibles vise le même objet dans la présente procédure que dans celle qui a abouti à la fixation d'un salaire minimum. Il s'agit du salaire du recourant en lien avec les évaluations de ses prestations de juillet et septembre 2014. Il serait contradictoire de prévoir à un certain moment que l'intimée dispose des ressources nécessaires (cf. décision du 27 octobre 2016) avant de changer totalement d'argumentation quelques années plus tard (cf. décision du 5 mars 2019 querellée) en lien avec le même objet et concernant la même période (soit le salaire du 1er janvier 2015 au 31 décembre 2016). Cela est d'autant plus vrai que le salaire du recourant a fortement augmenté dans le premier cas lors de la fixation du salaire minimum, alors que la différence entre ce dernier et le salaire fixé à la médiane des échelles « a » et « b » s'avérerait moindre. Pour rappel, le salaire minimum fixé par l'autorité inférieure s'élevait à 206'115 francs et correspondait plus ou moins à la case du recourant colloquée sur l'échelle « b ». Avant cette augmentation, le recourant percevait un revenu annuel de 192'741.55 francs en 2015. L'autorité inférieure, en fixant le salaire à 206'115 francs, a rejeté le grief des ressources disponibles insuffisantes, alors que l'augmentation était significative. Après examen de l'annexe 2 de l'OPers-EPF, le Tribunal relève que le salaire correspondant à l'ancienneté et à la fonction du recourant pour l'échelle « a » s'élèverait à environ 224'040. Vu ce qui précède, le salaire médian entre les deux échelles (soit en dessous de 224'040 francs) ne représenterait vraisemblablement pas un effort financier insupportable pour l'intimée.
Ainsi, même dans le cas où l'intimée aurait pu invoquer le grief des ressources financières insuffisantes - ce qui n'est pas établi à ce stade en l'espèce -, il ne serait pas compréhensible de refuser ce motif pour la fixation du salaire minimum, mais de l'accepter ensuite pour la progression salariale requise.
4.3.5 Par ailleurs, le Tribunal s'étonne que les prestations du recourant n'aient pas été évaluées de 2008 à 2013 (éventuellement même depuis 2003 ; cf. décision de l'autorité inférieure du 4 mars 2014, consid. 8). Celui-ci ne pouvait ainsi prétendre à un salaire situé à la médiane des échelles « a » et « b » que depuis ses évaluations de 2014, soit à partir de l'année suivante, au 1er janvier 2015. Cela étant, et même si le recourant n'est aucunement responsable de cet oubli, le Tribunal ne saurait ordonner un calcul du salaire allant au-delà de cette date et ce, malgré le fait que les performances de celui-ci auraient peut-être été évaluées sur l'échelle supérieure avant 2015. En effet, en l'absence d'entretiens d'évaluation, il est impossible de déterminer à partir de quand les performances du recourant se situaient entre la note A+ et A++ (échelles b et a).
4.4 In fine, le Tribunal considère que le salaire du recourant aurait dû être calculé dans son ensemble, et pour ses deux fonctions (au sein de la Faculté X et de Y), à l'aune de ses évaluations. En opérant en deux phases, l'autorité inférieure et l'intimée ont elles-mêmes créé la situation litigieuse. S'il est vrai que cette dernière aurait pu immédiatement considérer qu'un salaire fixé à la médiane des notes A++ et A+ ne pouvait être versé au recourant pour des raisons d'ordre financier, cette voie n'était plus envisageable suite au rejet de ce grief par l'autorité inférieure dans sa décision du 27 octobre 2016. Sans se prononcer sur la validité d'un tel grief - la compétence en la matière appartenant principalement à l'intimée -, le Tribunal relève que celui-ci a été rejeté par décision de l'autorité inférieure désormais entrée en force et concernant la progression du salaire du recourant selon l'art. 27 al. 1 OPers-EPFL.
4.5 Il se justifie ainsi de renvoyer la cause à l'intimée pour qu'elle procède au calcul du salaire du recourant à la médiane des évaluations A+ et A++ obtenues par le recourant en 2014, dès le 1er janvier 2015. Ces notes correspondent aux salaires prévus pour les échelles « a » et « b », échelon fonctionnel 12, 15 années d'expérience de l'annexe 2 de l'OPers-EPF. Le calcul de l'intérêt moratoire s'effectuera conformément au considérant 6 de la décision attaquée.
5. 5.1 Enfin, le recourant a requis un dédommagement financier approprié de la part de l'intimée, prétextant que cette dernière a délibérément créé une situation lui causant une pression mentale prolongée et non nécessaire.
5.2 Le Tribunal relève que l'intimée a parfois rendu des décisions insatisfaisantes et lacunaires. Il considère cependant que le recourant a également prolongé la procédure, prenant plusieurs fois de nouvelles conclusions. Il sied ici de relever que les différentes procédures internes ne concernaient pas toutes exactement le même objet. In fine, le recourant a obtenu gain de cause sur plusieurs de ses conclusions. En l'espèce, le Tribunal considère qu'une pression mentale résultant de la durée de la procédure n'a pas été démontrée à ce stade. Enfin, il appert que le Tribunal ne serait pas compétent pour se saisir en première instance d'une telle demande de dommages-intérêts, qui lui serait ainsi irrecevable.
6. Partant, le recours doit être est admis au sens des considérants et dans la mesure de sa recevabilité.
7. Aux termes de l'art. 34 al. 2 LPers, la procédure de recours est gratuite de sorte qu'il n'est pas perçu de frais de procédure.
Le recourant n'est pas représenté et n'a pas requis d'indemnité de dépens. Vu les pièces du dossier, le Tribunal considère qu'il ne se justifie pas de lui allouer de dépens (cf. art. 64 al. 1 PA a contrario). Les autres autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (cf. art. 7 al. 3 du règlement concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]).
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis au sens des considérants et dans la mesure de sa recevabilité.
2. La cause est renvoyée à l'intimée, charge à elle de calculer le salaire du recourant pour la période litigieuse, conformément au considérant 4.5.
3. Il n'est pas perçu de frais de procédure.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (Acte judiciaire)
- à l'intimée (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
Le greffier :
Jérôme Candrian
Maxime Siegrist
Indication des voies de droit :
Les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les rapports de travail de droit public peuvent être contestées auprès du Tribunal fédéral, pourvu qu'il s'agisse d'une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse s'élève à 15'000 francs au minimum ou qui soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 1 let. b et al. 2 LTF). S'il s'agit d'une contestation non pécuniaire, le recours n'est recevable que si celle-ci touche à la question de l'égalité des sexes (art. 83 let. g LTF). Si le recours en matière de droit public est ouvert, il doit être déposé au Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, dans un délai de 30 jours dès la notification de la décision contestée (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :