bvger · B-939/2011 · 2011-11-16 · fr
B-939/2011

Agriculture (divers)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour II
B-939/2011
Arrêt du 16 novembre 2011
Composition
Bernard Maitre (président du collège),
Ronald Flury, David Aschmann, juges,
Vanessa Thalmann, greffière.
Parties
Association A._______,
1. B._______,
2. C._______,
représentés par B._______,
recourants,
contre
Office fédéral de l'agriculture OFAG,
Mattenhofstrasse 5, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Reconnaissance d'une unité biologique pratiquant la production végétale et maraîchère comme exploitation biologique autonome.
Faits :
A.
A.a B._______ et C._______ forment une communauté d'exploitation reconnue par le canton et fondée sur un contrat de société simple au sens des art. 530 ss du Code des obligations (CO, RS 220).
Le 30 août 2010, B._______ et C._______, représentés par B._______ (ci-après : les requérants ou les recourants), ont demandé à l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après : l'OFAG) de reconnaître l'unité biologique pratiquant la production végétale et maraîchère sous la responsabilité de C._______ comme une exploitation biologique autonome. Cette unité regroupe les terres et le centre d'exploitation C._______ sis sur la commune (...) (parcelles [...], une grange et un hangard). L'autre unité a trait à la production d'oeufs et de viande bovine ; conduite selon les modes de garde SST (systèmes de stabulation particulièrement respectueux des animaux) et SRPA (sorties régulières en plein air) et sous la responsabilité de B._______, elle regroupe les centres d'exploitation B._______, sis sur la commune (...) (parcelle [...], bovins et pondeuses), et D._______, sis sur la commune (...) (parcelle [...], 100 places taureaux à l'engrais), ainsi que le nouveau poulailler construit sur la commune (...) (parcelle [...], [...] pondeuses). Dans leur requête, les prénommés relevaient que les flux entre les deux unités de production seraient bien séparés et la distinction entre les deux unités serait bien visible de l'extérieur.
A.b Le 25 novembre 2010, l'OFAG a informé les requérants qu'il ne pouvait pas donner suite à leur requête faute de base légale et les a invités à se prononcer en les avisant qu'en l'absence de réponse dans le délai imparti, il rendrait une décision négative.
Par courrier électronique du 1er décembre 2010, les requérants ont transmis à l'OFAG une description des flux. Selon eux, rien ne s'opposait plus à la reconnaissance de la partie «historique» de l'exploitation comme une exploitation biologique autonome.
A.c Par décision du 6 janvier 2011, l'OFAG a rejeté la demande de reconnaissance de la communauté d'exploitation A._______ en tant qu'unité biologique pratiquant la production végétale et maraîchère sous la responsabilité de C._______.
Pour ledit office, l'exception prévue à l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique (citée ci-après au consid. 2) s'applique uniquement aux exploitations au sens de l'art. 6 de l'ordonnance sur la terminologie agricole (citée ci-après au consid. 2) et non pas aux autres formes d'exploitation comme, en l'espèce, la communauté d'exploitation. Le sens et la finalité d'une communauté d'exploitation, soit la collaboration entre ses membres, disparaîtrait en cas de subdivision en deux unités d'exploitation séparées.
B. Par écritures du 5 février 2011, mises à la poste le 7 février 2011, B._______ et C._______, représentés par B._______, recourent contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral en concluant à son annulation et à la reconnaissance de l'unité biologique pratiquant la production végétale et maraîchère comme exploitation biologique autonome.
Les recourants soutiennent que, selon l'ordonnance sur la terminologie agricole, la communauté d'exploitation est considérée comme une seule exploitation. C'est ainsi que la communauté d'exploitation porte un seul numéro d'exploitation et est considérée également comme une seule exploitation sous l'angle de la législation sur les épizooties, de celle sur la protection des eaux, tout comme de celle sur l'aménagement du territoire.
Ils soulignent que l'ordonnance sur l'agriculture biologique a pour objectif premier de régir la désignation des produits de l'agriculture biologique dans un souci de protection du consommateur. Dans l'optique de cette ordonnance, le statut de l'exploitation jouerait un rôle secondaire par rapport à l'ordonnance sur les paiements directs. C'est pour cette raison que l'ordonnance sur les paiements directs se réfère à celle sur l'agriculture biologique et non l'inverse. De l'avis des recourants, l'OFAG n'agit pas d'une manière conforme à la législation dans la mesure où il fait une différence entre les exploitations au bénéfice ou non de paiements directs pour l'application de l'ordonnance sur l'agriculture biologique.
Les recourants allèguent que la subdivision en deux unités d'exploitation dont les flux physiques sont autonomes ne va pas à l'encontre du principe de collaboration entre les membres d'une communauté d'exploitation. Ils ajoutent que la subdivision qu'ils proposent n'est pas verticale, mais horizontale en fonction des branches d'exploitation ou des sites de production, pouvant ou non être exploités conformément aux cahiers des charges.
Les recourants prétendent en outre que la décision querellée viole le principe de l'égalité de traitement dans la mesure où les exploitations agricoles appartenant à la Confédération ou aux cantons commercialisent des produits désignés comme produits biologiques, alors que ces exploitations ne pratiquent l'agriculture biologique que sur certaines unités de production.
Ils relèvent enfin que, même en admettant que le statut de communauté d'exploitation soit effectivement problématique, l'OFAG n'aurait pas dû rejeter leur demande de reconnaissance, mais suspendre leur statut de communauté selon l'ordonnance sur la terminologie agricole.
C. Invité à se prononcer sur le recours, l'OFAG a répondu en date du 15 avril 2011 en proposant son rejet.
Dans sa réponse, l'autorité inférieure souligne que le but principal de l'ordonnance sur l'agriculture biologique est la protection des consommateurs contre la fraude et la tromperie et non point la promotion de la culture biologique. Dans ce contexte, le principe de la globalité qui tend à assurer le respect des exigences de l'agriculture biologique au sein de toute l'exploitation joue un rôle essentiel. L'OFAG en déduit qu'il convient d'interpréter de manière restrictive l'exception au principe de la globalité contenue à l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique ; cette disposition vise une catégorie d'exploitation précise, à savoir les exploitations holding qui possèdent des parties d'exploitation éloignées géographiquement les unes des autres. Selon ledit office, l'art. 5 al. 2 se réfère uniquement et explicitement à l'exploitation au sens de l'art. 6 de l'ordonnance sur la terminologie agricole et non pas aux autres formes d'exploitation, comme celle de la communauté ; cette référence est volontaire, car la finalité poursuivie par la communauté d'exploitation, à savoir le partage des terres, des machines et bâtiments ainsi que de la main-d'oeuvre, est contraire aux principes en matière d'unité de production et donc de globalité selon lequel l'ensemble des terres, des bâtiments et installations doivent être délimités de manière précise et visible. Avec une communauté d'exploitation, la contrôlabilité du caractère de l'unité de production ne pourrait pas être remplie et il serait impossible de garantir une séparation nette entre les productions non biologiques et biologiques.
Selon l'OFAG, il ressort en outre du caractère potestatif de l'art. 5 al. 2 précité que l'autorité d'exécution dispose d'un large pouvoir d'appréciation et donc qu'il ne confère pas un droit à obtenir une telle reconnaissance.
L'autorité inférieure soutient que le fait que la communauté d'exploitation est considérée comme une seule exploitation dans l'ordonnance sur la terminologie agricole n'a aucune pertinence dans la présente procédure dès lors que la procédure de reconnaissance d'une exploitation biologique autonome est totalement indépendante et n'exerce aucune influence sur la reconnaissance des exploitations en vertu de l'ordonnance sur la terminologie agricole.
A propos de la prétendue inégalité de traitement, l'OFAG répond qu'il n'a jamais rendu de décision de reconnaissance d'une exploitation biologique autonome dans le cadre de la collaboration entre l'Institut agricole de Grangeneuve du canton de Fribourg et la Station fédérale de recherche Agroscope Liebefeld-Posieux.
Enfin, il rappelle que la compétence en matière de reconnaissance des formes d'exploitation relève des autorités cantonales, de sorte qu'il ne peut pas procéder à la «suspension du statut de la communauté d'exploitation» comme le demandent les recourants.
D. Dans leur réplique du 24 mai 2011, les recourants exposent que la crédibilité de la production biologique s'appuie sur le cahier des charges, des flux séparés de marchandises et un contrôle fiable. La forme de l'exploitation revêtirait ainsi une importance secondaire pour le consommateur. S'il est vrai que le principe de la globalité est une garantie importante de la crédibilité de la production, il ne faut pas perdre de vue qu'il s'agit, aux dires des recourants, essentiellement d'une question de contrôle et non pas d'un souci de cycle fermé des éléments nutritifs sur l'exploitation, ni d'une mentalité du chef d'exploitation et de ses collaborateurs. Ils observent dans ce contexte que le cahier des charges autorise l'importation d'engrais organiques produits par des exploitations PER. La collaboration avec d'autres exploitations non biologiques serait donc courante.
A propos de la notion d'exploitation, les recourants relèvent qu'elle est devenue très technique au cours de ces dernières années ; qu'elle ne correspond plus au sens commun ; que le statut de la communauté d'exploitation deviendra obsolète ; que si l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique ne renvoie pas expressément à l'art. 10 de l'ordonnance sur la terminologie agricole, c'est bien parce que la communauté d'exploitation n'est rien d'autre qu'un groupement d'exploitations considéré par ailleurs comme une seule exploitation en vertu de l'art. 10 al. 4 de cette dernière ordonnance ; qu'il a été nécessaire d'introduire dans la législation sur l'agriculture biologique la possibilité de déroger au principe de globalité pour rendre compatible la notion d'exploitation avec les particularités de sa définition légale ; que la situation juridique est différente en Europe alors que les dispositions litigieuses s'inspirent directement de la législation européenne à laquelle la législation suisse devrait d'ailleurs être équivalente.
Les recourants allèguent qu'ils remplissent pleinement les exigences prévues en ce sens que les sites de production sont distincts géographiquement et que la production conventionnelle animale est clairement séparée de la production végétale biologique ; cette séparation donnerait toutes les garanties nécessaires, tout en permettant un contrôle simple et sûr. Ils reprochent à l'autorité inférieure de n'avoir pas examiné ces aspects et de s'être limitée à déclarer qu'aucune dérogation n'était possible pour les communautés d'exploitation.
Les recourants laissent enfin entendre que l'OFAG viole le principe de l'égalité de traitement au regard du statut accordé aux différentes exploitations agricoles de l'Etat de Fribourg. Dans ce contexte, ils allèguent qu'ils ont également eu connaissance de cas de communautés d'exploitation partielles reconnues comme unité biologique autonome.
E. Donnant suite à l'ordonnance du 24 mai 2011, les recourants ont fait parvenir au Tribunal le contrat sur lequel se fonde leur communauté d'exploitation. Ils ont en outre joint à leur courrier un article du journal «Schweizer Bauer» du 4 juin 2011, duquel il ressort, selon eux, que la Confédération et le canton de Fribourg prévoient de fusionner et d'exploiter en commun leurs exploitations agricoles.
F. Dans sa duplique du 6 juillet 2011, l'OFAG revient en détail sur les allégués des recourants. Il relève en substance que le statut de l'exploitation est une condition essentielle pour reconnaître une unité biologique autonome ; que le cahier des charges instaure un rapport contractuel entre l'exploitant et l'organisme de certification qui, lorsque les exigences sont satisfaites, donne à l'exploitant l'autorisation d'utiliser un label, mais qu'il n'est d'aucun secours dans le cadre de la reconnaissance d'une unité biologique autonome ; que, dans la mesure où la reconnaissance d'une unité biologique autonome ne peut être octroyée à une communauté d'exploitation, il n'est pas nécessaire d'examiner si les autres conditions de l'ordonnance sur l'agriculture biologique sont ou non satisfaites ; que l'utilisation d'engrais provenant d'une exploitation agricole non biologique n'est également pas pertinente dans le cadre de ladite reconnaissance ; que la législation européenne n'interdit pas à la Suisse d'adopter des prescriptions plus strictes en matière de production agricole biologique ; que la volonté d'adopter de manière plus restrictive des règles dérogatoires au principe de globalité ressort clairement des travaux parlementaires ; que le principe de globalité, examiné par deux fois par le Parlement fédéral, est une valeur intangible et indispensable pour garantir la crédibilité de l'agriculture biologique et qu'on ne peut donc y renoncer qu'à de strictes conditions ; qu'enfin, dans le cadre de la politique agricole 2014-2017, il n'est pas question de modifier les diverses formes d'exploitation ni de supprimer le statut de la communauté d'exploitation.
A propos des prétendues violations du principe d'égalité de traitement, l'autorité inférieure relève s'agissant tout d'abord des communautés partielles d'exploitation qu'elle n'accorde pas de reconnaissance à celles ci. Dans ce contexte, elle précise qu'elle a admis qu'une exploitation biologique pouvait, dans l'hypothèse où deux exploitations gèrent en commun une étable, partager une telle infrastructure avec une exploitation non biologique, mais qu'en revanche, la production liée à ladite étable ne pouvait pas être reconnue comme biologique. En ce qui concerne la Station fédérale et l'Institut agricole de l'Etat de Fribourg à Grangeneuve, l'OFAG relève que ces deux institutions ne coopèrent pas en matière de produits biologiques et qu'elles ne forment pas une communauté d'exploitation. Quant à l'abbaye de Sorens, il admet qu'elle s'est présentée comme une exploitation biologique et qu'elle a été certifiée bio par un organisme de certification alors qu'elle n'a jamais obtenu de reconnaissance au sens de l'ordonnance sur l'agriculture biologique. Ledit office signale qu'il a demandé à l'institut cantonal susmentionné de régulariser cette situation. Il relève que l'exploitation de Grangeneuve et celle de l'Abbaye de Sorens sont gérées par le même propriétaire et qu'elles ne constituent pas une communauté d'exploitation. Enfin, en ce qui concerne le projet EXACOM mentionné dans l'article du «Schweizer Bauer», l'OFAG souligne qu'il s'agit d'un projet pour lequel aucune décision n'a été prise pour l'heure.
G. Par ordonnance du 8 juillet 2011, le Tribunal administratif fédéral a donné aux recourants la possibilité de déposer leurs remarques éventuelles sur la duplique du 6 juillet 2011. Les recourants se sont déterminés sur la duplique dans leur courrier du 16 août 2011 ; ils y reprennent pour l'essentiel les arguments déjà développés dans leurs précédentes écritures.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1. Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32 et 33 let. d de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 al. 1 let. c de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021], art. 166 al. 2 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture [LAgr, RS 910.1]). La qualité pour recourir doit être reconnue aux recourants (art. 48 al. 1 let. a à c PA). Les autres conditions de recevabilité sont respectées (art. 11, 50, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA). Le recours est donc recevable.
2. Aux termes de l'art. 104 al. 3 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), la Confédération conçoit les mesures de sorte que l'agriculture réponde à ses multiples fonctions. Ses compétences et ses tâches sont notamment les suivantes : elle encourage, au moyen de mesures incitatives présentant un intérêt économique, les formes d'exploitation particulièrement en accord avec la nature et respectueuses de l'environnement et des animaux (let. b) ; elle légifère sur la déclaration de la provenance, de la qualité, des méthodes de production et des procédés de transformation des denrées alimentaires (let. c).
A teneur de l'art. 14 al. 1 let. a LAgr, le Conseil fédéral peut, pour garantir la crédibilité des désignations et pour promouvoir la qualité et l'écoulement des produits agricoles et des produits agricoles transformés, édicter des dispositions sur la désignation des produits élaborés selon un mode de production particulier. Selon l'art. 15 al. 1 LAgr, le Conseil fédéral fixe les exigences auxquelles doivent satisfaire les produits et les modes de production, notamment écologiques (let. a), ainsi que les modalités du contrôle (let. b). Les produits ne peuvent être désignés comme étant issus de l'agriculture biologique que si les règles de la production sont appliquées dans l'ensemble de l'exploitation. Le Conseil fédéral peut accorder des dérogations notamment à des exploitations pratiquant les cultures pérennes pour autant que l'intégrité du mode de production biologique et sa contrôlabilité ne soient pas compromises (art. 15 al. 2 LAgr).
Se fondant sur la LAgr, le Conseil fédéral a édicté l'ordonnance du 22 septembre 1997 sur l'agriculture biologique (RS 910.18). Cette ordonnance s'applique aux produits agricoles végétaux ou animaux non transformés, y compris les animaux de rente, aux produits agricoles végétaux ou animaux transformés destinés à l'alimentation humaine, contenant essentiellement des ingrédients d'origine végétale et/ou animale, ainsi qu'aux matières premières des aliments pour animaux, les aliments composés pour animaux et les aliments pour animaux destinés à l'alimentation des animaux de rente (art. 1 al. 1) ; elle ne s'applique pas à la chasse, à la pêche, à l'aquaculture ni à leurs produits (art. 1 al. 3). Par exploitation biologique, on entend toute exploitation visée à l'art. 6 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur la terminologie agricole (OTerm, RS 910.91) ou toute exploitation d'estivage visée à l'art. 9 de ladite ordonnance, dans laquelle la production répond aux exigences fixées dans la présente ordonnance (art. 5 al. 1 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique). En dérogation à l'art. 6 al. 1 let. c OTerm, l'OFAG peut reconnaître une exploitation biologique comme autonome lorsque celle-ci dispose d'un flux de marchandises indépendant et délimité dans l'espace (art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique). L'OFAG est compétent en matière de reconnaissance d'exploitation biologique autonome (art. 5 al. 2 en lien avec l'art. 33 al. 1 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique), alors que la reconnaissance des formes d'exploitations, des communautés d'exploitation et des communautés partielles d'exploitation relève de la compétence des cantons (art. 29a al. 1 OTerm).
La section 1 du chapitre 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique consacrée aux exigences en matière de production biologique contient deux dispositions générales : l'une a trait au principe de la globalité (art. 6) et l'autre énumère les dérogations au principe de la globalité (art. 7). Celle consacrée au principe de la globalité prévoit que l'ensemble de l'exploitation biologique doit être exploité selon les règles de la production biologique. Les dérogations au principe de la globalité visées à l'art. 7 concernent les surfaces affectées aux cultures pérennes.
3. En l'espèce, l'objet du litige consiste à examiner si c'est à tort ou à raison que l'autorité inférieure a refusé de reconnaître aux recourants leur unité biologique pratiquant la production végétale et maraîchère comme exploitation biologique autonome, motif pris que l'exception contenue à l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique ne s'applique pas à la communauté d'exploitation au sens de l'art. 10 OTerm, mais uniquement à l'exploitation au sens de l'art. 6 de cette ordonnance.
Les recourants font valoir à l'encontre de cette décision des griefs d'ordre formel en ce sens que l'autorité aurait dû, d'une part, «suspendre [leur] statut de communauté selon l'ordonnance sur la terminologie agricole» plutôt que de leur refuser toute autorisation et, d'autre part, examiner si les conditions d'octroi d'une reconnaissance sont remplies nonobstant leur statut de communauté d'exploitation (ci-dessous consid. 4). Sur le plan matériel, ils allèguent que l'autorité de première instance fait une interprétation erronée de l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique et que cette interprétation n'est pas conforme au droit européen (ci-dessous consid. 6) ; ils prétendent par ailleurs que dite autorité a violé le principe d'égalité de traitement (ci-dessous consid. 7).
4.
4.1. Dans leurs écritures, les recourants expliquent que la communauté d'exploitation qu'ils forment peut être gérée comme une société simple conformément à la législation agricole. En admettant que le statut de communauté d'exploitation agricole pose effectivement problème, «la réponse appropriée n'est pas le rejet de la demande de reconnaissance mais la suspension du statut de communauté selon l'art. 10 OTerm».
Selon l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique, il compète à l'OFAG de reconnaître ou non une exploitation biologique agricole comme autonome. Cette disposition ne lui confère toutefois aucune compétence en matière de reconnaissance d'exploitation. Celle-ci ne relève pas de l'autorité fédérale, mais des autorités cantonales conformément à l'art. 29a al. 1 OTerm qui prévoit que les exploitations, les communautés d'exploitation, ainsi que les communautés partielles d'exploitation doivent être reconnues par l'autorité cantonale compétente (voir également art. 30 al. 1 et art. 32 al. 1 OTerm). Dans le même sens, l'art. 33 OTerm dispose que les cantons sont chargés de l'exécution de l'ordonnance sur la terminologie agricole, alors que l'OFAG en surveille l'application.
Il ressort ainsi clairement de ce qui précède que l'OFAG ne dispose pas de compétence s'agissant de la reconnaissance des formes d'exploitation et que l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique n'étend pas la compétence de l'OFAG à la reconnaissance des formes d'exploitation dans le cadre de la procédure de reconnaissance des exploitations biologiques autonomes. Du reste, les recourants perdent de vue que la reconnaissance des communautés d'exploitation repose sur un contrat de société simple qui implique également sa suspension si l'on veut mettre fin à cette forme de collaboration reconnue par l'autorité cantonale compétente. De fait, il appartient aux recourants de saisir l'autorité cantonale compétente s'ils entendent modifier leur statut, avant de soumettre une nouvelle requête à l'OFAG dans le cadre de la procédure de reconnaissance au sens de l'ordonnance sur l'agriculture biologique.
4.2. Dans leur réplique, les recourants reprochent à l'autorité de n'avoir pas examiné si les sites de production sont distincts géographiquement et si l'exploitation biologique dispose d'un flux de marchandises indépendant et délimité dans l'espace, mais de s'être bornée à refuser de la considérer comme unité biologique autonome en raison de leur statut de communauté d'exploitation.
Aux termes de l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique, en dérogation à l'art. 6 al. 1 let. c OTerm, l'OFAG peut reconnaître une exploitation biologique comme autonome lorsque celle-ci dispose d'un flux de marchandises indépendant et délimité dans l'espace. L'autorité inférieure a examiné quelle est la portée de cette dérogation ou, plus précisément, si cette dérogation s'applique à toutes les formes d'exploitation prévues dans la section 2 de l'OTerm. Comme elle est parvenue à la conclusion que l'exception litigieuse ne pouvait pas trouver application lorsqu'il s'agit, comme en l'espèce, d'une communauté d'exploitation, elle pouvait se dispenser d'examiner les autres conditions rattachées à l'octroi de la reconnaissance (séparation des unités de production au plan de l'espace et des locaux et séparation du flux des marchandises indépendant et délimité dans l'espace).
5. En l'espèce, l'autorité inférieure a refusé de reconnaître aux recourants leur unité biologique pratiquant la production végétale et maraîchère comme exploitation biologique autonome parce qu'ils forment une communauté d'exploitation.
5.1. Les recourants soutiennent que l'art. 5 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique inclut toutes les formes d'exploitation. De plus, comme la communauté d'exploitation est considérée comme une seule exploitation par l'art. 10 al. 4 OTerm, ils voient mal pour quelle raison cette forme d'exploitation pose problème au regard de l'art. 5 précité. Pour les recourants, cette interprétation restrictive ne se justifie pas au regard du but premier que poursuit l'ordonnance sur l'agriculture biologique, à savoir la désignation des produits de l'agriculture biologique dans un souci de protection du consommateur. Selon eux, cette crédibilité repose sur les critères essentiels suivants : le respect du cahier des charges, la séparation des flux de marchandises et le contrôle efficace de la production biologique. Au vu de «cette optique prioritaire», le statut de l'exploitation serait secondaire.
Comme la finalité d'une communauté d'exploitation est la collaboration entre ses membres, la subdivision en deux unités d'exploitation dont les flux physiques sont autonomes ne va pas, aux dires des recourants, à l'encontre de ce principe ; de fait, il s'agit uniquement d'une réponse à une demande du marché en constante évolution. Dans le cadre de leur association, la collaboration continuerait comme auparavant en ce sens que les membres de la communauté géreraient en commun notamment le parc de machines, les bâtiments et la main-d'oeuvre. La subdivision qu'ils proposent n'est, selon eux, pas verticale, mais horizontale en fonction des branches d'exploitation - ou des sites de production - pouvant ou non être exploitées conformément aux cahiers des charges de l'ordonnance. C'est pour cette raison qu'ils ont placé les activités «biologiques» et «conventionnelles/plein air» sous la responsabilité de deux chefs d'exploitation distincts, à savoir C._______ pour la partie biologique et B._______ pour la seconde.
5.2. Pour sa part, l'autorité inférieure soutient une interprétation restrictive de l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique en se fondant sur la lettre de cette disposition, son caractère potestatif, le but de l'ordonnance, le principe de globalité ancré dans la LAgr et la volonté du législateur clairement manifestée dans les travaux préparatoires de maintenir ce principe. Selon l'OFAG, la dérogation au principe de globalité prévue à l'art. 5 susmentionné ne peut être autorisée qu'à titre exceptionnel et uniquement à une catégorie d'exploitation précise, à savoir les exploitations holding qui possèdent des parties d'exploitation éloignées géographiquement les unes des autres (art. 6 al. 1 let. c OTerm). Avec une communauté d'exploitation, la contrôlabilité du caractère de l'unité de production ne pourrait pas être remplie et il serait impossible de garantir une séparation nette entre les productions non biologiques et biologiques. Pour l'OFAG, le fait que la communauté d'exploitation est considérée comme une seule exploitation dans l'OTerm (art. 10 al. 4) n'a aucune pertinence dans la présente procédure, car la procédure de reconnaissance d'une exploitation biologique autonome est totalement indépendante et n'exerce aucune influence sur la reconnaissance des exploitations en vertu de l'OTerm.
5.3. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Il n'y a lieu de s'écarter du sens littéral d'un texte clair par voie d'interprétation que lorsque des raisons objectives permettent de penser que ce texte ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause ; de tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi. A l'inverse, il n'y a lieu de se fonder sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle, sans ambiguïté aucune, une solution matériellement juste. Si le texte n'est pas absolument clair, respectivement si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but et de l'esprit de la règle, des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), et de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique). Lors de cet examen, il convient de privilégier une approche pragmatique s'inspirant d'une pluralité de méthodes, étant précisé que les différentes méthodes d'interprétation ne sont soumises à aucun ordre de priorité (ATF 132 III 226 consid. 3.3.5, ATF 128 II 56 consid. 4 et les réf. cit. ; Jurisprudence et informations de la Commission suisse de recours en matière d'asile [JICRA] 2006 n° 7 consid. 5.2, JICRA 2001 n° 20 consid. 3a et les réf. cit. ; Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. I : L'État, Berne 2006, p. 505 ss ; Pierre Moor, Droit administratif, vol. I : Les fondements généraux, Berne 1994, p. 142 ss ; André Grisel, Traité de droit administratif, vol. I, Neuchâtel 1984, p. 122 ss). Le choix de la méthode nécessite également une appréciation du résultat : il convient d'orienter le choix entre les différentes méthodes sur celle dont le résultat est satisfaisant, raisonnable et pratique (Ulrich Häfelin/Walter Haller, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 6e éd., Zurich/Bâle/Genève 2005, n. marg. 111).
Si la prise en compte d'éléments historiques n'est en soi pas déterminante pour l'interprétation, cette dernière doit néanmoins s'appuyer en principe sur la volonté du législateur, formulée avec une certaine précision, et sur les jugements de valeur qui la sous-tendent de manière reconnaissable, tant il est vrai que l'interprétation des normes légales selon leur finalité ne peut se justifier par elle-même, mais doit au contraire être déduite des intentions du législateur qu'il s'agit d'établir à l'aide des méthodes d'interprétation habituelles (ATF 129 III 656 consid. 4.1).
5.4. L'art. 15 LAgr intitulé «Mode de production, caractéristiques spécifiques des produits» laisse au Conseil fédéral le soin de fixer les exigences auxquelles doivent satisfaire les produits et les modes de production, notamment écologique, et les modalités du contrôle (al. 1). Quant à l'al. 2, il prévoit ce qui suit :
Les produits ne peuvent être désignés comme étant issus de l'agriculture biologique que si les règles de la production sont appliquées dans l'ensemble de l'exploitation. Le Conseil fédéral peut accorder des dérogations notamment à des exploitations pratiquant les cultures pérennes pour autant que l'intégrité du mode de production biologique et sa contrôlabilité ne soient compromises.
Dans son message du 17 mai 2006 concernant l'évolution de la politique agricole (Politique agricole 2011, FF 2006 6027), le Conseil fédéral note à propos de cette disposition que des dérogations au respect des règles dans l'ensemble de l'exploitation (principe de la globalité) peuvent être octroyées lorsqu'il n'y a pas lieu de craindre une contamination par des matières auxiliaires non autorisées ou un mélange des flux de matières et à condition que cela ne compromette pas les contrôles (FF 2006 6147).
Dans le projet de révision, la dérogation visait cependant uniquement les exploitations pratiquant les cultures pérennes, soit par exemples les cultures permanentes comme l'arboriculture ou la viticulture (art. 15 al. 2 du projet de révision [FF 2006 6290] et FF 2006 6147). Les Chambres fédérales ont toutefois modifié cette disposition en ajoutant le mot «notamment». Elles ont donc élargi la portée de cette dérogation à d'autres exploitations que celles pratiquant les cultures pérennes. Des débats parlementaires, il appert toutefois que le principe de la globalité, selon lequel les exigences en matière d'agriculture biologique doivent s'appliquer à l'ensemble de l'exploitation (Bulletin officiel de l'Assemblée fédérale [BO] 2006 E 1193 [Bonhôte] ; voir également art. 6 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique), est une règle fondamentale qui vise à garantir la crédibilité de l'agriculture biologique et ainsi assurer la confiance des consommateurs : «Das Prinzip der Gesamtbetrieblichkeit (...) ist effektiv ein unverzichtbarer Wert für den Biolandbau und ein Garant für die Glaubwürdigkeit desselben. Entsprechend ist es auch für die Konsumentinnen und Konsumenten eine wichtige Orientierungshilfe» (BO 2007 N 224 [Leuthard]).
Sur l'importance et la nécessité du principe de la globalité, les opinions convergeaient (BO ibidem ; voir également arrêt du Tribunal administratif fédéral B-1596/2008 du 17 février 2009 consid. 5.3.3 et les réf. cit.) ; elles divergeaient en revanche sur le régime à adopter pour les dérogations. Pour les députés qui proposaient de s'en tenir à la version du Conseil fédéral, les exceptions devaient figurer de manière exhaustive dans la loi au risque sinon d'affaiblir considérablement la portée du principe de la globalité (BO 2007 N 222 [Dormond Béguelin], BO 2007 N 223 [Genner], BO 2006 E 1193 [Bonhôte]).
L'adjonction du mot «notamment» a été introduite par le Conseil des Etats. Le but principal était, selon Hannes Germann, rapporteur de la Commission du Conseil des Etats, d'assurer aux agriculteurs suisses qui pratiquent la culture biologique la même marge de manoeuvre que leurs concurrents européens : «Die Kommission hat damit einfach ihren Willen kundgetan, unseren Biolandwirten gleich lange Spiesse zu verschaffen wie ihren Konkurrenten aus der benachbarten EU» (BO 2006 E 1193). Bien que n'étant pas fondamentalement opposée à la proposition de la Commission du Conseil des Etats, la Conseillère fédérale Doris Leuthard a relevé devant le Conseil des Etats ce qui suit :
Es ist ganz wichtig für die Glaubwürdigkeit des Biolandbaus, dass Ausnahmen nur für selbstständige Betriebseinheiten zulässig wären, und das mit einem unabhängigen und räumlich getrennten Warenfluss. Diese klare räumliche Trennung wäre aus unserer Sicht unabdingbar. Weiter könnten innerhalb eines nichtbiologisch geführten Betriebs nicht einzelne Ackerkulturen biologisch angebaut werden. Auf der gleichen Parzelle darf die Produktionsweise auch nicht von Jahr zu Jahr ändern. Das wären Voraussetzungen, an denen wir festhalten würden. Es lässt sich so interpretieren, auch unter Hinzufügung des «namentlich». Aber ich sage das so auch für die Materialien, denn wenn das anders interpretiert würde, könnten wir der Version der Kommission nicht zustimmen. Räumliche Trennung, klare, auch parzellenmässig mehrjährige Produktionsweise und nur selbstständige Betriebseinheiten mit räumlich getrennten Warenflüssen : Wenn man es so interpretiert, könnte man auch der Kommission zustimmen (BO 2006 E 1194).
Devant le Conseil national, les tenants de cette proposition ont souligné qu'elle offrait davantage de perspectives à l'agriculture ; qu'elle donnait aux agriculteurs suisses la même marge de manoeuvre qu'à leurs concurrents ; que cette ouverture pouvait être contrôlée ; que cette flexibilité permettra à un exploitant qui dispose de deux exploitations séparées géographiquement l'une de l'autre, de les gérer comme une unité ou encore d'éviter par exemple la création de deux entités juridiques séparées, l'une tournée vers la culture conventionnelle et l'autre biologique, mais toutes deux appartenant au même propriétaire ; qu'il fallait offrir aux agriculteurs suisses les mêmes possibilités que celles existant sur le marché européen qui autorise le partage d'une exploitation agricole pour produire de manière biologique et traditionnelle (BO 2007 N 221 [Binder], BO 2007 N 223 s. [Walter], BO 2007 N 222 s. [Germanier]). Sur la portée de cette ouverture, la Conseillère fédérale Doris Leuthard a déclaré qu'elle laissait une certaine marge de manoeuvre qui permet de tenir compte aussi de l'évolution, mais que cette exception doit aussi être comprise et interprétée de manière restrictive. Et elle ajouta qu'elle ne voyait pas pour l'heure de cas d'application concret mais qu'elle n'était pas fondamentalement opposée à cette ouverture (BO 2007 N 224).
6. Le premier chapitre de l'ordonnance sur l'agriculture biologique contient cinq dispositions générales portant sur le champ d'application (art. 1), la désignation des produits (art. 2), les principes concernant la production, la préparation et la commercialisation des produits biologiques (art. 3), les définitions des notions utilisées dans l'ordonnance (art. 4) et, enfin, la définition de la notion de l'exploitation biologique (art. 5). Le principe de la globalité (art. 6) et les dérogations à ce principe (art. 7) sont en revanche traités dans la section 1 intitulée «Dispositions générales» du chapitre deux consacré aux exigences en matière de production biologique.
Rangé dans le chapitre consacré aux dispositions générales, l'art. 5 donne à la notion d'exploitation biologique la définition suivante : «par exploitation biologique, on entend toute exploitation visée à l'art. 6 OTerm ou toute exploitation d'estivage visée à l'art. 9 OTerm, dans laquelle la production répond aux exigences fixées dans la présente ordonnance» (al. 1). Cette définition comporte donc deux éléments cumulatifs : l'un se rapporte à la notion d'exploitation circonscrite dans l'OTerm et l'autre a trait aux exigences spécifiques de la production biologique prévues dans l'ordonnance sur l'agriculture biologique. Quant à l'al. 2 de l'art. 5, il introduit une exception au principe de l'autonomie juridique, économique, organisationnelle et financière contenu à l'art. 6 al. 1 let. c OTerm.
6.1. L'OTerm définit les notions essentielles qui s'appliquent à la LAgr et aux ordonnances qui en découlent et règle la procédure à suivre en cas de vérification des surfaces ou de reconnaissance des formes d'exploitation et de communautés (art. 1 OTerm). La section 2 du chapitre 2 intitulée «Formes d'exploitations et de communautés» définit les différents types et modalités d'exploitation reconnus, ainsi que les différentes formes reconnues de coopération interentreprise. L'art. 6 al. 1 OTerm consacré à l'exploitation énumère les exigences économiques et juridiques auxquelles doit satisfaire une entreprise agricole pour être reconnue comme une exploitation : l'entreprise agricole doit se consacrer à la production végétale et/ou à la garde des animaux, comprendre une ou plusieurs unités de production et être exploitée toute l'année ; elle doit en outre être autonome sur les plans juridique, économique, organisationnel et financier, être indépendante d'autres exploitations et disposer de son propre résultat d'exploitation. Selon le «Commentaire et instructions 2011 relatifs à l'ordonnance sur la terminologie agricole et la reconnaissance des formes d'exploitation» (ci-après : commentaire OTerm) ces exigences sont cumulatives (ad art. 6 al. 1).
Le commentaire OTerm précise la portée de la dérogation introduite à l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique concernant l'autonomie de l'entreprise sur les plans juridique, économique, organisationnel et financier visée à l'art. 6 al. 1 let. c OTerm : l'art. 5 précité n'influe pas sur la reconnaissance des exploitations par les cantons, car «il ne s'agit pas de la création d'une nouvelle exploitation au sens de l'art. 6 OTerm» ; ainsi, l'exploitation biologique reconnue autonome «doit être gérée comme partie d'exploitation (au sens d'une unité de production) selon l'OTerm» (commentaire OTerm ad art. 6 al. 1 let. c in fine). Le commentaire OTerm précise en outre que l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique ne s'applique que lorsqu'une exploitation existante reconnue est en partie gérée de manière biologique en dérogation au principe de globalité. Ainsi donc, l'exploitation biologique au sens de l'art. 5 al. 2 est une subdivision de l'exploitation. Et cette partie de l'exploitation doit être gérée comme une unité de production et répondre aux exigences de production de l'agriculture biologique.
Enfin, le commentaire OTerm précise que la dérogation en cause vise «avant tout (...) les exploitations holding qui possèdent des parties d'exploitation éloignées géographiquement les unes des autres» (ibidem).
6.2. Comme son nom l'indique, la communauté d'exploitation est un groupement de deux ou plusieurs exploitations, gérées de manière autonome pendant les trois années précédant le regroupement, qui conviennent, d'une part, d'unir leurs efforts en collaborant dans toutes les branches de production et, d'autre part, de joindre leurs ressources en mettant à disposition de la communauté les terres, les bâtiments d'exploitation nécessaire ainsi que les animaux de rente et le cheptel mort nécessaire à la communauté (art. 10 al. 1 OTerm et commentaire OTerm ad art. 10). A la différence de la communauté partielle d'exploitation (art. 12 OTerm) dont la collaboration ne porte que sur une ou plusieurs branches de production, la communauté d'exploitation fusionne toutes les activités de production agricole (cf. commentaire OTerm ad art. 12). Cette collaboration horizontale, qui doit reposer sur un contrat écrit (art. 10 al. 1 let. f OTerm), poursuit un but économique dans le secteur agricole, à savoir la production végétale et/ou la garde des animaux durant toute l'année ; elle procure en outre à ses membres des avantages économiques dans la mesure où elle offre des possibilités de rationalisation qui diminuent les coûts de production et donc améliore la compétitivité (Walter Appert, überbetriebliche Zusammenarbeit in der Landwirtschaft : Gesellschaftsrechtliche und sachenrechtliche Fallgruben - Die Gründung von Gesellschaften zur überbetrieblichen Zusammenarbeit, in : Communications de droit agraire 44 [2010], cahier 2/3, p. 95). Tout comme l'exploitation, la communauté d'exploitation, considérée comme une seule exploitation en vertu de l'art. 10 al. 4 OTerm, tient une comptabilité qui indique le résultat propre de l'exploitation et taf-thvsa répartition entre les membres (art. 10 al. 1 let. h OTerm).
On retrouve ainsi dans la communauté d'exploitation les caractéristiques essentielles de l'exploitation au sens de l'art. 6 OTerm. Il ressort en effet de ce qui précède que la communauté d'exploitation est une forme de coopération interentreprise qui regroupe des exploitations agricoles au sens de l'art. 6 OTerm gérées de manière autonome pendant trois années précédant la fusion. Autrement dit, à l'origine de la communauté d'exploitation, on trouve toujours des exploitations déjà existantes qui répondent aux éléments constitutifs de l'exploitation au sens de l'art. 6 OTerm. Il suit de là que le renvoi contenu à l'art. 5 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique ne peut logiquement viser que les autres types d'exploitation, à savoir l'exploitation de pâturage (art. 7 OTerm), l'exploitation de pâturages communautaires (art. 8 OTerm) et, enfin, l'exploitation d'estivage (art. 9 OTerm) à laquelle l'art. 5 précité étend le champ d'application des dérogations, et non point les formes de coopération interentreprise, soit notamment la communauté d'exploitation qui est considérée comme une seule exploitation en vertu de l'art. 10 al. 4 OTerm.
Il ressort de ce qui précède que l'interprétation littérale à laquelle se rattache l'OFAG n'est pas soutenable. Si le législateur avait voulu exclure en soi la communauté d'exploitation du champ d'application des dérogations, il l'aurait prévu de manière explicite dans l'ordonnance sur l'agriculture biologique et non de manière indirecte dans une disposition qui a trait à la définition de l'exploitation biologique et qui figure dans le chapitre consacré aux dispositions générales et non point dans celui concernant le principe de globalité et des dérogations à celui-ci.
6.3. L'analyse des critères énumérés dans les Instructions 2010 relatives à l'ordonnance sur l'agriculture biologique conduit à la même conclusion.
Selon ces instructions, la partie biologique autonome doit être une entreprise agricole qui pratique durant toute l'année la production végétale et/ou animale ; la partie autonome biologique comprend une ou plusieurs unités de production au sens de l'art. 6 al. 2 OTerm, soit un ensemble de terres, de bâtiments et d'installations que les limites désignent visiblement comme tel, qui est séparé d'autres unités de production et dans lequel sont occupées une ou plusieurs personnes ; les limites d'une unité de production sont repérables, lorsqu'elle dispose de ses propres bâtiments clairement séparés de ceux des autres exploitations ou unités de production et qu'il y a utilisation indépendante ; l'existence d'un lien entre les bâtiments, les installations et les personnes qui y travaillent ; enfin la partie biologique autonome doit présenter un résultat d'exercice séparé de celui provenant de la partie exploitée de manière conventionnelle. Les autres conditions, qui n'ont pas été examinées par l'OFAG in casu, ont trait au flux de marchandises qui doit, conformément à l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique, être indépendant et délimité dans l'espace.
Les critères visant l'exploitation elle-même - entreprise agricole qui pratique la production végétale et/ou animale durant toute l'année et partage de l'exploitation en unités de production au sens de l'art. 6 al. 2 OTerm - se recoupent avec la définition de l'exploitation (art. 6 OTerm) et se retrouvent donc, comme démontré ci-dessus, dans la communauté d'exploitation. Deux autres critères qui ont trait aux limites repérables des unités de production et l'utilisation réelle de ces unités pour l'exploitation agricole ne posent pas non plus de problème qui serait inhérent à la communauté d'exploitation ; comme celle-ci résulte de la fusion de deux ou plusieurs exploitations sises dans un rayon de 15 km au maximum et gérées de manière autonome pendant trois années précédant la fusion, il ne paraît pas d'emblée impossible d'établir des limites repérables. Quant au critère concernant la comptabilité, il peut être adapté à la situation de la communauté d'exploitation en prévoyant en sus de la comptabilité qui indique le résultat propre de l'exploitation et de sa répartition entre les membres, un compte séparé pour le résultat d'exercice de la partie biologique autonome. De même, on ne comprend pas pour quelle raison le partage des terres, des bâtiments et du parc à machines inhérent à la communauté d'exploitation ne serait pas compatible avec l'instauration d'une exploitation biologique dès lors que celle-ci ne constitue pas une nouvelle exploitation au sens de l'art. 6 OTerm, mais uniquement une partie de l'exploitation au sens d'une unité de production exploitée selon les exigences de l'agriculture biologique.
6.4. L'OFAG soutient que le principe de globalité, selon lequel l'ensemble de l'exploitation biologique doit être exploité selon les règles de la production biologique, est une règle fondamentale dans ce secteur. Selon lui, des dérogations ne peuvent être accordées qu'à titre exceptionnel. Le contrôle du principe de globalité ne pourrait pas être assuré en raison du fonctionnement de la communauté d'exploitation et parce qu'il est impossible de garantir une séparation nette entre les productions conventionnelles et biologiques. Dans ce contexte, l'autorité inférieure relève que ce sont avant tout les exploitations holding qui possèdent des parties d'exploitation éloignées géographiquement les unes des autres qui profiteront de la dérogation au principe de la globalité (voir commentaire OTerm ad art. 6 al. 1 let. c).
La notion d'exploitation holding ne figure pas dans l'OTerm et n'est pas définie dans le commentaire OTerm. Pris dans ce contexte, le terme holding évoque le regroupement de deux ou plusieurs exploitations (exploitations filles, conventionnelles et biologiques) autour d'une exploitation holding (exploitation mère). Du reste, l'OFAG n'explique pas pour quelle raison les exploitations holding profiteront de la dérogation au principe de la globalité et non point les communautés d'exploitation reconnues qui sont considérées comme une seule exploitation en vertu de l'art. 10 al. 4 OTerm. Les critères qui ont trait aux limites repérables des unités de production (parties d'exploitation éloignées géographiquement les unes des autres) peuvent aussi être respectés dans le cas de la communauté d'exploitation puisque, comme nous venons de le voir, celle-ci résulte de la fusion de deux ou plusieurs exploitations au sens de l'art. 6 OTerm gérées de manière autonome pendant trois années précédant leur réunion. Force donc est de constater qu'il n'existe aucune raison objective pour écarter d'emblée les communautés d'exploitation du champ d'application des dérogations au principe de globalité.
Les explications de l'OFAG selon lesquelles le principe de la globalité ne pourrait pas être assuré en raison du fonctionnement de la communauté d'exploitation manquent de clarté et ne sont pas convaincantes. On voit mal pour quelle raison il serait impossible de garantir une nette séparation entre les productions conventionnelles et biologiques dans le cas des communautés d'exploitation. De fait, la question de la délimitation des unités de production qui implique une démarcation visible des bâtiments et des terres ainsi que la séparation des flux de marchandises ne dépend pas de la forme juridique de la collaboration interentreprise, à savoir la communauté d'exploitation ou la holding. Elle doit être examinée de cas en cas en lien avec la contrôlabilité (cf. par analogie Schweizerisches Zentralblatt für Staats- und Verwaltungsrecht [ZBl] 73/1972 p. 107 consid. 3). L'OFAG n'a pas non plus expliqué de manière concrète les raisons pour lesquelles il estime que le contrôle s'avère impossible lorsque la coopération interentreprise s'exerce sous la forme d'une communauté d'exploitation et possible s'il s'agit d'une holding. S'il est vrai que le contrôle joue un rôle extrêmement important dans la mesure où il faut éviter que l'exception ne conduise, dans son application, à un affaiblissement du principe de globalité, il doit nécessairement être examiné en lien avec la condition de la séparation complète des flux de marchandises (Instructions 2010 relatives à l'ordonnance sur l'agriculture biologique, ad art. 5 let. i). Et, s'il existe des doutes, l'autorité a toujours la possibilité d'assortir la dérogation de charges pour assurer un contrôle efficace.
Le principe de globalité revêt une importance capitale dans l'agriculture biologique. Partant, on ne peut guère nier que les exceptions à ce principe doivent être soumises à des conditions strictes, à savoir une séparation complète et repérable des terres, des bâtiments et des installations qui permet d'assurer un contrôle efficace des flux de marchandises. Or, dans l'examen de celles-ci, l'autorité d'application dispose d'une certaine latitude de jugement lorsque, comme en l'espèce, l'application d'une telle norme nécessite des connaissances techniques et locales (Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 68.93 consid. 2 et les réf. cit., JAAC 59.75 consid. 4 ; voir également arrêt du Tribunal administratif fédéral B-2175/2006 du 16 février 2007 consid. 3.1 ; ATF 119 Ib 254 consid. 2b).
6.5. L'interprétation systématique de l'art. 5 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique qui permet de s'écarter d'une interprétation littérale trouve également un appui dans les travaux préparatoires examinés ci dessus (cf. consid. 5.4).
Dans son message du 17 mai 2006 (FF 2006 6147), le Conseil fédéral qui prévoyait certes une dérogation au principe de globalité uniquement pour les cultures pérennes n'exclut toutefois pas du champ d'application les communautés d'exploitation, mais relève seulement qu'une telle dérogation ne peut être octroyée que lorsqu'il n'y a pas lieu de craindre une contamination par des matières auxiliaires non autorisées ou un mélange des flux de matières et à condition que cela ne compromette pas les contrôles.
Selon l'autorité inférieure, la dérogation au principe de la globalité «n'a pas été considérée par les parlementaires (...) comme une ouverture à la production biologique sectorielle comme elle est connue en droit communautaire». Cette question, qui n'a pas été traitée devant le Conseil des Etats, a été abordée devant le Conseil national : deux députés ont soutenu une ouverture sectorielle à l'instar du droit européen (BO 2007 N 221 [Binder] et BO 2007 N 223 [Germanier]), alors qu'un autre député a déclaré que l'ouverture proposée n'allait pas aussi loin (BO 2007 N 224 [Walter]).
L'examen des travaux préparatoires fait toutefois clairement apparaître que l'assouplissement du principe de la globalité introduit par le Conseil des Etats avait pour but d'assurer aux agriculteurs suisses une certaine marge de manoeuvre afin qu'ils demeurent concurrentiels par rapport à leurs homologues européens. Hormis le fait que cette exception doit être interprétée de manière restrictive, les débats parlementaires ne permettent pas d'en saisir concrètement la portée. On ne trouve en tout cas aucune allusion s'agissant des formes de coopération interentreprise. La Conseillère fédérale Doris Leuthard qui n'était pas fondamentalement opposée à l'assouplissement proposé par le Conseil des Etats a toutefois insisté - sans exclure certaines formes de collaboration interentreprise - sur la nécessité d'une claire séparation et délimitation des locaux et de l'espace, excluant ainsi la culture biologique par parcelle ou le changement sur la même parcelle d'une année à l'autre du mode de production biologique en conventionnel, et d'un flux de marchandises clairement séparé (voir ci-dessus consid. 5.4 et les réf. cit.). Or, en excluant d'emblée les communautés d'exploitation sans examiner si elles satisfont à ces conditions, on élimine sans raison objective du marché de l'agriculture biologique une forme de coopération interentreprise qui permet une réduction des coûts de production, et ce, alors même que l'assouplissement prévu a précisément pour but d'accroître la capacité concurrentielle des exploitations agricoles.
6.6. Il appert de ce qui précède que le renvoi contenu à l'art. 5 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique porte sur les types d'exploitation et non sur les formes de collaboration interentreprise et que l'exclusion per se des communautés d'exploitation du champ d'application des dérogations au principe de la globalité ne trouve pas de fondement dans les travaux préparatoires. Dans ces conditions, leur exclusion serait en outre constitutive d'une inégalité de traitement et violerait le principe de proportionnalité dans la mesure où l'exclusion en soi de la communauté d'exploitation du champ d'application des dérogations irait au-delà de ce qui est nécessaire pour atteindre le but recherché, à savoir la sauvegarde du principe de la globalité (cf. ATF 122 II 411 consid. 3b et 4b). Car ce principe peut être assuré de cas en cas dans le cadre de l'examen des conditions d'octroi des dérogations en lien avec l'établissement d'un contrôle efficace.
7. Les recourants soutiennent que la décision attaquée viole le principe de l'égalité de traitement. Selon eux, l'OFAG aurait accordé à des communautés partielles d'exploitation la reconnaissance d'une unité de production biologique comme exploitation biologique autonome. Ils soutiennent en outre qu'ils doivent être traités de la même manière que les exploitations agricoles en mains de la Confédération et des cantons en se référant à un projet de fusion d'exploitations agricoles entre la Confédération et le canton de Fribourg. Ils soulignent enfin que le fait que l'Institut agricole de l'Etat de Fribourg à Grangeneuve (ci-après : IAG) exploite en bio l'unité de production de Sorens ne rend pas impossible pour des questions de contrôle la collaboration avec la station fédérale de recherche Agroscopes Liebefeld-Posieux (ci-après : station de recherche ALP). Ils ne comprennent ainsi pas pour quelles raisons ce qui est possible pour des exploitations publiques ne l'est pas pour des exploitations privées.
Pour sa part, l'autorité inférieure signale qu'elle n'accorde pas de dérogation aux communautés partielles d'exploitation. En ce qui concerne les exploitations fédérales et cantonales, elle expose que la station de recherche ALP et l'IAG ne coopèrent pas en matière de production de produits biologiques et qu'ils ne forment pas une communauté d'exploitation au sens de l'art. 10 OTerm. Elle explique également que l'Abbaye de Sorens (IAG) s'est certes présentée comme une exploitation biologique, mais elle rappelle que celle-ci n'a jamais obtenu de reconnaissance au sens de l'art. 5 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique. Quant au projet auquel se réfèrent les recourants, l'autorité inférieure signale qu'aucune décision officielle quant à la construction d'une exploitation agricole commune n'a été prise ni par le canton de Fribourg ni par la Confédération.
Faute de décision et au vu des explications détaillées de l'OFAG (cf. let. F ci-dessus), force est de reconnaître qu'il n'existe aucun indice d'une éventuelle violation de l'égalité de traitement. En ce qui concerne les prétendues reconnaissances accordées à des communautés partielles d'exploitation, les recourants n'avancent aucun indice ni élément concret.
8. Il ressort de ce qui précède que le recours doit être admis et, partant, que la décision du 6 janvier 2011 doit être annulée et la cause renvoyée à l'OFAG pour qu'il examine si les conditions prévues à l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique sont remplies : séparation au plan de l'espace et des locaux afin de garantir un contrôle efficace et un flux de marchandises indépendant et délimité dans l'espace.
9.
9.1. En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2 PA).
Vu l'issue de la procédure, il n'y a pas lieu de percevoir des frais de procédure. L'avance de frais de Fr. 800.- versée par les recourants le 15 février 2011 leur sera restituée dès l'entrée en force du présent arrêt.
9.2. L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA).
La procédure n'ayant pas occasionné de frais relativement élevés aux recourants qui ne sont pas représentés par un avocat, il n'y a en conséquence pas lieu de leur allouer de dépens (art. 64 al. 1 PA en relation avec l'art. 7 al. 4 FITAF).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis. Partant, la décision du 6 janvier 2011 est annulée et la cause est renvoyée à l'Office fédéral de l'agriculture pour qu'il examine si les recourants remplissent les conditions prévues à l'art. 5 al. 2 de l'ordonnance sur l'agriculture biologique.
2. Il n'est pas perçu de frais de procédure. L'avance de frais de Fr. 800.- versée par les recourants leur sera restituée dès l'entrée en force du présent arrêt.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (acte judiciaire ; annexe : formulaire "adresse de paiement")
- à l'autorité inférieure (n° de réf. Iso ; acte judiciaire)
- au Département fédéral de l'économie (acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Bernard Maitre
Vanessa Thalmann
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition : 21 novembre 2011