bvger · A-1558/2020 · 2021-11-03 · fr
A-1558/2020

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée partiellement par le TF par arrêt du 12.05.2022 (2C_998/2021)
Cour I
A-1558/2020
Arrêt du 3 novembre 2021
Composition
Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),
Jürg Steiger, Keita Mutombo, juges,
John Romand, greffier.
Parties
X._______,
représentée par
Maître Fabrice Kuhn,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
Taxe sur la valeur ajoutée ([...] 2011 - [...] 2014) : taxation par voie d'estimation.
Faits :
A. La société X._______ (ci-après : la recourante), sise à (...), a pour but « (...) ».
Elle est immatriculée au registre des assujettis TVA depuis le (...) 2009.
B.
B.a A l'occasion d'un contrôle chez la recourante en date des (...) et (...) 2016 et portant sur les périodes fiscales s'étendant du (...) 2011 au (...) 2014, l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC) constata des anomalies dans la comptabilité de la contribuable. En outre, elle observa des erreurs dans la détermination du droit à la déduction de l'impôt préalable, tant en faveur de la recourante que de l'AFC. Partant, elle reconstitua les chiffres d'affaires par voie d'estimation.
B.b Le 12 février 2019, suite à divers échanges de courriers, l'AFC rendit une décision formelle pour les périodes fiscales précitées, fixant le montant des reprises TVA dues par la recourante à CHF 40'752.- plus intérêts moratoires dès le 31 août 2013 (échéance moyenne).
B.c Par courrier du 15 mars 2019, la recourante forma réclamation contre la décision précitée, concluant à l'annulation du point n° 1.1 de la notification d'estimation portant sur la correction d'impôt au titre du redressement du chiffre d'affaires pour CHF 56'815.- et au remboursement par l'AFC du montant de CHF 16'063.- dû à titre de correction de la déduction de l'impôt préalable (point n° 2.1 de la même notification d'estimation).
B.d En date du 12 février 2020, l'AFC rendit une décision sur réclamation, par laquelle elle admit partiellement la réclamation de la recourante et décida de réduire le montant des reprises fiscales dues à CHF 29'905.-. Dite déduction découlait de l'application par l'AFC d'un coefficient d'expérience de marge brute pour le calcul estimatif du chiffre d'affaires du secteur restaurant-snack de 53,2% en lieu et place du taux de 60% retenu dans sa décision initiale du 12 février 2019.
C. Par recours du 16 mars 2020 au Tribunal administratif fédéral, la recourante a conclu à l'annulation de la décision du 12 février 2020. Plus spécifiquement, elle conclut principalement à ce qu'il soit constaté que la recourante ne doit aucun complément de TVA pour les périodes fiscales 2011 à 2014 et qu'elle a droit à un remboursement de CHF 16'063.- à titre de correction de la déduction de l'impôt préalable en sa faveur ; subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à l'AFC pour qu'elle redéfinisse un taux de marge applicable au secteur restaurant-snack de la recourante qui se situe selon elle nettement en-dessous de 53,2%. Les parties se sont encore déterminées par échanges d'écritures des 1er mai 2020 (Réponse de l'AFC), 12 mai 2020 (Détermination de la recourante), 28 mai 2020 (Détermination de l'AFC), 8 juillet 2020 (Réplique de la recourante) et 16 juillet 2020 (Duplique de l'AFC [ci-après : l'autorité inférieure]).
Les autres faits et les arguments des parties seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF (cf. art. 31 LTAF). En particulier, les décisions rendues sur réclamation par l'AFC en matière de TVA peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF (cf. également art. 83 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [LTVA, RS 641.20]). Le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (cf. art. 37 LTAF).
1.2 En sa qualité de destinataire de la décision sur réclamation du 12 février 2020, la recourante est spécialement touchée par celle-ci et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. art. 48 al. 1 PA). Interjeté en temps utile (cf. art. 50 al. 1 PA), le recours répond en outre aux exigences de contenu et de forme de la procédure administrative (cf. art. 52 al. 1 PA). Il convient donc d'entrer en matière.
1.3 La LTVA actuelle est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Le présent litige portant sur les périodes fiscales 2011 à 2014, la LTVA est seule applicable, tant au fond qu'en ce qui concerne la procédure (cf. art. 112 et 113 LTVA).
2.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49 PA ; cf. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 8e éd., 2020, n. marg. 1146 ss ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd., 2013, n. marg. 2.149). Le Tribunal de céans applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, ch. 2.2.6.5).
2.2 La présente procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral établit les faits d'office et librement (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 ; arrêts du TF 2C_544/2018 du 21 décembre 2018 consid. 3.2, 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5 ; arrêts du TAF A-479/2021 du 8 septembre 2021 consid. 1.4.1, A-416/2017 du 2 juillet 2018 consid. 2.3).
La maxime inquisitoire impose également au juge d'apprécier d'office l'ensemble des preuves à disposition (cf. arrêts du TAF A-956/2019 du 3 mai 2019 consid. 6.1.1 et A-2800/2016 du 27 juin 2017 consid. 1.3.3.1). La procédure administrative est régie par le principe de la libre appréciation des preuves (cf. art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédéral du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273], applicable en vertu du renvoi de l'art. 19 PA ; voir aussi l'art. 81 al. 3 LTVA ; ATF 130 II 482 consid. 3.2 ; arrêt du TAF A-2888/2016 du 16 juin 2017 consid. 3.1.1 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3e éd., 2013, p. 52 ; Moor/Poltier, op. cit., p. 298 s. ; Rhinow et Al., Öffentliches Prozessrecht, 3e éd., 2014, n. marg. 330 et 1001 ; voir aussi Benoit Bovay, Procédure administrative, 2e éd., 2015, p. 240 s.), qui vaut également devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 37 LTAF).
Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, les expertises privées sont soumises à la libre appréciation des preuves ; leurs résultats sont considérés comme de simples allégués de partie et n'ont pas la qualité de preuve. Le juge doit en tenir compte avec circonspection, d'une part, car les expertises privées ne sont présentées que si elles sont favorables à leur mandant et, d'autre part, parce que l'expert privé ne peut être considéré comme indépendant et impartial, en raison notamment de sa relation contractuelle avec l'intéressé, contrairement à l'expert judiciaire. (ATF 141 IV 369 consid. 6.2, 132 III 83 consid. 3.4, 127 I 73 consid. 3f/bb ; arrêts du TF 1C_106/2016 du 9 juin 2016 consid. 2.2.4, 2C_419/2015 du 3 juin 2016 consid. 6.1).
2.3 La maxime inquisitoire doit être toutefois relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties, respectivement des contribuables en matière fiscale, de collaborer à l'établissement des faits (art. 52 PA ; cf. ATF 144 II 427 consid. 8.3.1 ; arrêts du TAF A-479/2021 du 8 septembre 2021 consid. 1.4.1, A-2479/2019 du 14 juillet 2021 consid. 2.2.1) En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; Kölz/Häner/Bertschi, op. cit., p. 398).
2.4 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité (administrative ou judiciaire) se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1, 137 III 208 consid. 2.2 ; arrêt du TF 2C_806/2017 du 19 octobre 2017 consid. 4.1 ; arrêts du TAF A-479/2021 du 8 septembre 2021 consid. 2.2, A-5865/2017 du 11 juillet 2019 consid. 1.3.2 et A-2826/2017 du 12 février 2019 consid. 1.4 ; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., n. marg. 3.140 ss, en particulier 3.144). Une telle manière de procéder n'est pas jugée contraire au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101 ; cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1, 124 V 90 consid. 4b, 122 V 157 consid. 1d ; arrêt du TF 9C_272/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.1). Par ailleurs, il n'est pas nécessaire que la conviction de l'autorité confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité. Il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (cf. ATF 130 III 321 consid. 3.2 et 128 III 271 consid. 2b/aa ; arrêt du TF 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5 ; arrêts du TAF A-704/2012 du 27 novembre 2013 consid. 3.5.3, A-629/2010 du 29 avril 2011 consid. 3.2 non publié in ATAF 2011/45 ; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.141).
En revanche, si elle reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêt du TF 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 8.3 ; René Rhinow et Al., op. cit., n. marg. 996 ss ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd., 2018, n. marg. 1563). Rapportée au droit fiscal, cette règle suppose que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui créent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujetti assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition. Elle ne s'applique toutefois que s'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond avec un degré de vraisemblance suffisant à la réalité (cf. ATF 144 II 427 consid. 8.3.1, 140 II 248 consid. 3.5, 133 II 153 consid. 4.3 ; arrêt du TF 2C_1201/2012 précité consid. 4.6 ; arrêts du TAF A-2786/2017 précité consid. 1.3.2 et A-2826/2017 précité consid. 1.3.2). Pour ce qui a trait à la taxation par voie d'estimation dans le domaine de la TVA, la jurisprudence a précisé la répartition spécifique du fardeau de la preuve, qui sera présentée ci-dessous (cf. consid. 3.5 ci-après).
3.
3.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation, en vertu duquel l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément à l'AFC la créance fiscale et de verser l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (cf. art. 71 et 86 al. 1 LTVA ; ATF 140 II 202 consid. 5.4 ; arrêt du TF 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 [in : RDAF 2015 II 171] consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-1679/2015 du 24 mai 2016 consid. 4.1 et A-1662/2014 du 28 juillet 2015 consid. 4.1 [confirmé par arrêt du TF 2C_797/2015 du 2 septembre 2016] ; Pierre Scheuner, in : Zweifel et al. [édit.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht : Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2015 [ci-après cité : MWSTG-Kommentar], n° 1 ss ad art. 71). Autrement dit, l'AFC n'a pas à intervenir à cet effet, si ce n'est à des fins de contrôle (cf. art. 78 LTVA), et n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.1 et A-2657/2014 du 1er juin 2015 consid. 3.3 ; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, 2009, chap. 6 n° 144 ss).
Même si le nouveau droit a, sur certains aspects, assoupli ce principe (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.4 ; arrêt du TF 2C_678/2012 du 17 mai 2013 consid. 2.1 ; cf. également à cet égard le Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008, FF 2008 6277), il n'en reste pas moins qu'il appartient à l'administré d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement à la TVA et, le cas échéant, d'établir lui-même la créance fiscale le concernant. L'assujetti demeure en effet seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, ainsi que du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du TF 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2 et 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.5 ; ATAF 2009/60 consid. 2.5.1 ; arrêts du TAF A-1133/2018 du 26 septembre 2018 consid. 2.4.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.1).
3.2 Parmi les obligations incombant à l'assujetti figurent en particulier celles liées à la comptabilité. Selon l'art. 70 al. 1 LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial, l'AFC pouvant exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
3.2.1 Les opérations commerciales doivent être enregistrées dans l'ordre chronologique, sans discontinuité et de manière actuelle, c'est-à-dire sans délai suite à leur réalisation. L'assujetti est tenu d'enregistrer les recettes et les dépenses intégralement et en toute sincérité, sous une forme non modifiable (cf. Info TVA 16, « Comptabilité et facturation », ch. 1.3). Le suivi des opérations commerciales à partir de la pièce justificative individuelle jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité, et vice-versa, doit pouvoir être garanti en tout temps et sans perte de temps, y compris par sondage. Ceci suppose en particulier une organisation claire des livres comptables, ainsi que des libellés compréhensibles dans les écritures comptables et dans les journaux, des pièces justificatives avec mention des imputations et des paiements, de même qu'un classement et une conservation en bon ordre et de manière systématique des livres comptables et des pièces justificatives (cf. Info TVA 16, ch. 1.5 ; arrêts du TAF A-1098/2019 du 10 septembre 2019 consid. 2.2.1 [décision confirmée par arrêt du TF 2C_885/2019 du 5 mars 2020], A-1679/2015 précité consid. 4.2 et A-1331/2013 du 2 octobre 2014 consid. 5.2.2 et 5.2.3).
Conformément à l'art. 70 al. 2 LTVA, l'assujetti doit en outre conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (cf. art. 42 al. 6 LTVA), l'art. 958f du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220) étant réservé. Selon la pratique de l'AFC, confirmée par la jurisprudence, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence des comptes annuels, de documents et de justificatifs, peuvent entraîner une détermination par estimation de la TVA, fondée sur l'art. 79 LTVA (cf. Info TVA 16, ch. 1.4 qui parle « d'approximation » ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.2.1, A-1679/2015 précité consid. 4.2 et A-1662/2014 précité consid. 4.2.3 ; cf. également Britta Rehfisch/Roger Rohner, MWSTG-Kommentar, n° 9 ss ad art. 70).
3.2.2 L'assujetti doit tenir au moins un livre de caisse, même s'il encaisse et décaisse peu d'argent liquide. Ses livres doivent mentionner tous les chiffres d'affaires et ceux-ci doivent être justifiés par les pièces correspondantes (arrêts du TF 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.2, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.2.2, A-5892/2018 du 4 juillet 2019 consid. 2.4.3, A-3821/2017 du 24 avril 2019 consid. 2.2.2, A-5743/2015 du 7 novembre 2016 consid. 3.2.4, A-351/2014 du 10 juillet 2014 consid. 4.2.4). Selon la jurisprudence constante précitée, lorsque l'on se trouve en présence d'un nombre important de transactions effectuées en espèces, la tenue d'un livre de caisse prend une importance centrale. Dans ce cas de figure, il est attendu du contribuable qu'il tienne avec rigueur son livre de caisse en y inscrivant systématiquement les mouvements de liquidités et en en vérifiant quotidiennement le contenu. Celui qui exploite une entreprise dont l'activité présente des mouvements intensifs de liquidités et qui n'effectue pas de contrôle quotidien de sa caisse, ni ne tient avec rigueur un livre de caisse, accepte qu'il en résulte une imposition fixée par estimation (cf. arrêts du TF 2C_885/2019 du 5 mars 2020 consid. 5.2, 2C_530/2019 du 23 janvier 2020 consid. 4.3.1, 2C_261/2019 du 15 août 2019 consid. 2.3.1 et 2C_950/2015 du 11 mars 2016 consid. 4.3). En outre, la tenue détaillée et chronologique d'un livre de caisse répond à des exigences particulièrement élevées (voir également Rehfisch/Rohner, op. cit., n° 9 ss ad art. 70 LTVA).
Si un livre de caisse est censé apporter la preuve de l'exactitude des paiements intervenus, il y a lieu d'exiger que les entrées et les sorties d'argent liquide soient indiquées sans exception, de manière suivie et par ordre chronologique. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, et même tous les jours dans les entreprises recourant intensivement aux paiements en liquide (cf. Instructions 2001 sur la TVA, rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ch. 884 ; Instructions 2008 ch. 884a, qui leur ont succédé ; voir aussi Info TVA 16, ch. 4.2.2 dernier « oeil » dans la marge ; arrêts du TAF A-4922/2012 du 14 juin 2013 consid. 2.4.4, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.4.4). C'est ainsi seulement qu'il est possible de garantir que les liquidités encaissées soient enregistrées de manière complète (arrêt du TF 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.2 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.2.2, A-351/2014 du 10 juillet 2014 consid. 4.2.4 et A-4480/2012 du 12 février 2014 consid. 3.2.3 ; Rehfisch/Rohner, op. cit., n° 9 ss ad art. 70 LTVA). A noter que la question de savoir si la caisse enregistreuse pourrait remplacer le livre de caisse peut demeurer indécise (arrêts du TF 2C_885/2019 précité consid. 5.6, 2C_530/2019 précité consid. 4.3.2 ; dans le sens d'une obligation, cf. arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.2.2, A-6390/2016 du 14 septembre 2017 consid. 2.3.3 et 3.1.2.1).
Ces principes - dégagés pour la plupart par la jurisprudence sous l'ancien droit - demeurent valables sous l'empire de la LTVA, le nouveau droit n'ayant pas opéré de réforme à cet égard (Jürg Steiger, MWSTG-Kommentar, n° 1 ad art. 79 LTVA), la teneur de l'art. 79 al. 1 LTVA étant la même que celle de l'art. 60 aLTVA (RO 2009 5203 ; arrêt 2C_1077/2012 précité consid. 2.3, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 83 p. 57, RDAF 2015 II 17).
3.2.3 Le compte de caisse fait partie du grand-livre et doit être le reflet du livre de caisse. Il constitue un compte d'actif (circulant) qui mesure les variations de liquidités en cours d'exercice et leur montant à la fin de l'exercice. Il enregistre ainsi les mouvements d'espèces d'une entreprise et présente nécessairement un solde débiteur, c'est-à-dire positif (ou nul) - la présentation d'un solde négatif en fin d'année étant une preuve solide de l'existence de transactions qui n'ont pas été comptabilisées ou l'ont été de manière lacunaire (arrêts du TF 2C_82/2014 du 6 juin 2014, 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 4.2 ; arrêt du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.2.3). Chaque écriture du compte caisse doit être justifiée par une pièce comptable correspondante (Michel Calderara, Comptabilité générale, 2000, p. 242). La comptabilité de caisse saisit l'intégralité des transactions dont le paiement est réglé au comptant. En d'autres termes, ce compte représente les espèces que l'entreprise possède. Les transactions de caisse revêtent une importance particulière en matière de commerce de détail, dont fait partie le secteur de la restauration, étant donné qu'une large partie des transactions se règlent au comptant (dans ce sens arrêt du TAF A-3821/2017 du 24 avril 2019 [confirmé par l'arrêt du TF 2C_530/2019 précité]). Les flux monétaires sont répertoriés par le biais de la caisse-enregistreuse et au moment de la clôture quotidienne de l'entreprise, un décompte est établi afin de comparer les espèces en caisse avec le chiffre d'affaires journalier (Jean-Pierre Chardonnens, Comptabilité générale, 2012, 8e éd., p. 70).
3.3
3.3.1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation (art. 79 al. 1 LTVA ; cf. arrêts du TF 2C_576/2015 du 29 février 2016 consid. 3.4 et 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.3 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.3.1, A-5892/2018 du 4 juillet 2019 consid. 2.5.1, A-3821/2017 du 24 avril 2019 consid. 2.3.1, A-1133/2018 précité consid. 2.5.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.1). Les deux premières conditions sont de nature formelle, la dernière étant de nature matérielle. Lorsqu'une comptabilité contient des lacunes du point de vue formel, l'AFC n'a pas à se demander si elle présente des lacunes d'ordre matériel, l'inverse étant aussi vrai (cf. arrêts du TAF A-3141/2015 du 18 janvier 2017 consid. 8.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.1 ; Steiger, MWSTG-Kommentar, n° 7 ss ad art. 79 ; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives 69 511, ch. 3.1.2).
3.3.2 L'art. 79 al. 1 LTVA distingue deux cas de figure. D'une part, une taxation par estimation a lieu lorsque des violations des règles formelles concernant la tenue des comptes apparaissent et qu'elles sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables s'en trouve remise en cause (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4a ; arrêts du TF 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3 et 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.3.2, A-5892/2018 précité consid. 2.5.2, A-1133/2018 précité consid. 2.5.2 et A-1331/2013 précité consid. 5.3.2). Il faut notamment citer le cas où la comptabilité d'un assujetti relative au compte de caisse présente des soldes négatifs durant la période en cause et qu'aucun livre de caisse n'est tenu pour cette même période (arrêts du TF 2C_885/2019 précité consid. 5.5, 2C_82/2014 précité consid. 5.2.2). La taxation par estimation est ainsi une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes dans la tenue d'une comptabilité. Autrement dit, celle-ci s'impose à chaque fois qu'il n'est pas possible d'établir une taxation en bonne et due forme sur la base des documents comptables à disposition (cf. arrêt du TF 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.3.2, A-1679/2015 précité consid. 4.3.1 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.2).
Une estimation intervient par ailleurs également lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit que les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.5.2, A-1331/2013 précité consid. 5.3.2 et A-704/2012 précité consid. 5.2.2 ; Mollard, op. cit., ch. 3.1.1).
3.4
3.4.1 Si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'AFC n'est pas seulement autorisée, mais bien tenue de procéder à une telle taxation. Les cas dans lesquels l'assujetti se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants ou inexistants, ne doivent pas se solder par une perte d'impôt. Au contraire, il s'agit d'éviter que l'assujetti qui a rempli son devoir de collaboration ne soit tenu de payer des impôts plus élevés que celui dont un contrôle ultérieur de la comptabilité est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas être récompensée (arrêts du TF 2C_530/2019 précité consid. 4.1.4, 2C_82/2014 du 6 juin 2014 consid. 3.1, 2C_1077/2012 précité consid. 2.3 et 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 2.2 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.4.1, A-3821/2017 du 24 avril 2019 consid. 2.4.1, A-1133/2018 précité consid. 2.6.1 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.1 ; Mollard, op. cit., ch. 3.2.1).
3.4.2 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit tenir compte de toutes les circonstances dont elle a connaissance et choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause et aboutit à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité (cf. arrêts du TF 2C_885/2019 précité consid. 6.1, 2C_950/2015 précité consid. 4.5 et 2C_576/2015 précité consid. 3.4 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.6.2 et A-3141/2015 précité consid. 8.2 ; Steiger, MWSTG-Kommentar, n° 23 ad art. 79). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou à reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres (ou coefficients) d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêt du TF 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-3141/2015 précité consid. 8.2 et A-1331/2013 précité consid. 5.3.4 ; Mollard, op. cit., ch. 3.2.2). Les parties probantes de la comptabilité et, le cas échéant, les pièces existantes doivent, autant que possible, être prises en compte dans l'estimation. Elles peuvent également servir de base de calcul à cette fin (cf. arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.4.2, A-1133/2018 précité consid. 2.6.2, A-1331/2013 précité consid. 5.3.4 et A-704/2012 précité consid. 5.3.2).
3.4.3 Dans le cadre de l'exécution de l'estimation, l'autorité inférieure se fonde en particulier sur des chiffres d'expérience, que ce soit pour examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont remplies (cf. consid. 3.3.1 ci-avant) ou pour effectuer cette taxation elle-même. La jurisprudence a déjà relevé que cette manière de faire n'avait en principe rien de critiquable (cf. arrêt du TF 2C_885/2019 précité consid. 6.3 ss, ATAF 2009/60 consid. 2.8 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.4.3, A-5892/2018 précité consid. 2.7, A-1133/2018 du 26 septembre 2018 consid. 2.7). Les coefficients d'expérience sont établis sur une base statistique au moyen de relevés effectués auprès d'entreprises dont la comptabilité est tenue de manière fiable. Ils ne constituent pas des règles de droit ni des moyens de preuve semblables à des livres comptables (du moins aussi longtemps qu'ils ne proviennent pas d'une expertise menée par un spécialiste ; cf. arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.4.3, A-1133/2018 précité consid. 2.7.1, A-1331/2013 précité consid. 5.3.5 et A-6188/2012 du 3 septembre 2013 consid. 2.10.1 ; Martin Zweifel/Silvia Hunziker, Beweis und Beweislast im Steuerverfahren bei der Prüfung von Leistung und Gegenleistung unter dem Gesichtswinkel des Drittvergleichs [« dealing at arm's length »] in : Archives 77 658, p. 665 et 679 et les références citées).
Ces chiffres permettent de savoir ce qui, dans une branche économique donnée, constitue la norme générale en matière de revenus. Cependant, ils ne remplissent cette fonction que dans la mesure où ils reposent sur des bases solides (cf. Zweifel/Hunziker, op. cit., p. 679). Les chiffres d'expérience étant censés fournir des éclaircissements sur le chiffre d'affaires moyen correspondant à un type d'activité, ils doivent être largement corroborés et tenir compte de la structure de l'entreprise, de sa taille et des circonstances locales (cf. Mollard, op. cit., ch. 3.2.2.3.1). En d'autres termes, ils doivent résulter d'un large échantillon qui doit être représentatif, homogène et actuel. Cela signifie qu'ils doivent être établis sur la base d'un nombre de cas suffisant, même s'il n'est pas possible de fixer un chiffre absolu qui serait valable pour toutes les branches. L'échantillon ne doit pas non plus retenir des situations favorables ou défavorables uniquement. Il doit au contraire tenir compte de toutes les circonstances de manière appropriée afin de donner des résultats représentatifs (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.8.2 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.4.3, A-1133/2018 précité consid. 2.7.2, A-7215/2014 du 2 septembre 2015 consid. 2.9.2 et A-1331/2013 précité consid. 5.3.5).
Comme les chiffres d'expérience constituent par principe des valeurs moyennes, ils ne doivent pas être appliqués de manière trop schématique. Dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation, l'autorité doit tenir compte de la dispersion des données (entre la valeur minimale et la valeur maximale) si elle veut établir une estimation correcte qui tienne compte de l'ensemble des circonstances. L'administration doit d'ailleurs expliquer dans ses décisions comment elle a fait usage de son pouvoir d'appréciation. Ainsi, il ne suffit pas que l'autorité cite les coefficients d'expérience ; elle doit encore expliquer les critères ainsi que la base statistique de ces chiffres pour remplir son devoir de motiver sa décision (cf. arrêt du TF 2C_370/2013 du 19 juillet 2014 consid. 1.4.2 ; ATAF 2009/60 consid. 2.8.4 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.4.3, A-1133/2018 précité consid. 2.7.3 et 2.7.4, A-1331/2013 précité consid. 5.3.6 et A-4480/2012 précité consid. 4.3.2 ; Martin Kocher, Die bundesgerichtliche Kontrolle von Steuernormen, 2018, p. 143). L'assujetti a en outre le droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience (cf. art. 29 ss PA et art. 29 al. 2 Cst. ; ATF 141 V 557 consid. 3.1 et les références citées ; arrêt du TF 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9). De ce droit découle la possibilité de consulter sur demande (cf. art. 26 à 28 PA) le dossier spécial y afférent (cf. arrêt du TAF A-5798/2011 du 29 mai 2012 consid. 5.2.2).
Par ailleurs, il appartient au contribuable de prouver l'existence de conditions particulières devant conduire l'autorité fiscale à s'écarter des données d'expérience (cf. arrêt du TAF A-5743/2015 du 7 novembre 2016 consid. 3.3.5).
3.5 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Dans un premier temps, il appartient à l'administration de prouver que les conditions d'application de la taxation par estimation sont remplies. Sur ce point, c'est elle qui supporte le fardeau de la preuve et le Tribunal de céans jouit d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.9.2 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.5, A-3141/2015 précité consid. 8.31 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.2 ; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 881 s. n. marg. 277 s. ; consid. 2.1 ci-avant).
Dans un deuxième temps, il sied de se demander si l'AFC a procédé correctement à l'estimation. Là encore, le fardeau de la preuve incombe à l'autorité. En particulier, le Tribunal examine l'estimation sous l'angle du choix des méthodes par l'AFC et sur le point de savoir s'il a été tenu compte des particularités de l'entreprise (arrêts du TAF A-3141/2015 précité consid. 8.3.2.2 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.4 et 5.2.2.1). Cela étant, le Tribunal administratif fédéral - lors même que sa cognition n'est pas restreinte par la loi (cf. consid. 2.1 ci-avant) - fait preuve de retenue lors de son analyse de l'exactitude de l'estimation, ne remplaçant l'appréciation de l'autorité inférieure par la sienne qu'en présence d'erreurs manifestes, c'est-à-dire si l'autorité a excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du TF 2C_596/2016 du 11 janvier 2017 consid. 3.3.3, 2C_950/2015 précité consid. 4.5 et 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3, in : RDAF 2008 II 20, RF 63/2008 p. 289, in : Archives 77 p. 343 confirmant tous la pratique du Tribunal administratif fédéral ; cf. aussi arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.5, A-1133/2018 précité consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3141/2015 précité consid. 8.3.2.3, A-1679/2015 précité consid. 4.3.2 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.6). Toutefois, de jurisprudence constante, l'autorité de recours se doit de contrôler si l'AFC a satisfait aux obligations de motiver qui lui incombent (arrêts du TAF A-1331/2013 précité consid. 5.3.7 et A-4876/2012 précité consid. 3.2.2).
Dans un troisième temps, s'il s'avère que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration. Il appartient par ailleurs également au contribuable, le cas échéant, de prouver l'existence de conditions particulières devant conduire l'autorité fiscale à s'écarter des données d'expérience ; l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne doit pouvoir l'expliquer par des pièces justificatives (cf. arrêts du TF 2C_970/2012 du 1er avril 2013 consid. 4.2 et 2C_429/2009 précité consid. 3 ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.5, A-3141/2015 précité consid. 8.3.3, A-1679/2015 précité consid. 4.3.2 et A-5798/2011 précité consid. 5.2.1).
Le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences. Celles-ci ne sont d'ailleurs que le résultat d'une situation incorrecte juridiquement qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c ; arrêts du TF 2C_1010/2018 précité, 2C_429/2009 précité consid. 3 et 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine ; arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 2.5, A-1133/2018 précité consid. 2.8.2 et A-3141/2015 précité consid. 8.3.3). L'assujetti doit en effet tolérer l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de la violation de ses devoirs.
4. En l'espèce, la recourante conteste la taxation entreprise, tant dans son principe que dans son application. Il s'agira pour le Tribunal d'examiner si les conditions d'application de la taxation par estimation sont remplies (consid. 4.1 ci-après), puis, le cas échéant, de procéder au contrôle de l'estimation en elle-même (consid. 4.2 ci-après), ainsi que de se pencher sur les arguments et les moyens de preuve de la recourante (consid. 4.3 ci-après).
4.1 Concernant les conditions d'une taxation par estimation (première étape), il y a lieu d'exposer ce qui suit.
4.1.1 Il ressort de la décision entreprise que la tenue de la comptabilité de la recourante présente d'importants vices formels et matériel pour les périodes fiscales ici en cause.
En premier lieu, il faut constater l'absence de livre, respectivement de journal de caisse, malgré l'importance des transactions au comptant. Se rapportant au rapport d'expertise privée daté du 3 novembre 2019 (cf. Recours, pièce 16), la recourante estime que la présence d'un livre ou d'un journal de caisse est superflue dans son cas en raison de l'utilisation de caisses enregistreuses et d'un système comptable pouvant servir à l'enregistrement périodique des opérations. Ceci aurait pour conséquence de provoquer un travail supplémentaire sans valeur pour la société. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la question de savoir si la caisse enregistreuse pourrait remplacer le livre de caisse peut demeurer indécise en l'absence d'autres manquements dans la comptabilité de l'assujetti (cf. consid. 3.2.2 ci-avant). Pour sa part, la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral est plus tranchée ; selon la Cour de céans, la tenue correcte d'un livre de caisse permet un contrôle des entrées et sorties de liquidités que le seul recours à une caisse enregistreuse ne suffit pas à garantir. Dans le domaine de la restauration en particulier, une quantité très importante de liquidités circule chaque jour, de sorte que l'absence d'un livre de caisse permettant de justifier toutes les opérations par des pièces écrites constitue un manquement grave, rendant le mouvement des espèces incontrôlable pour l'autorité inférieure, mais également pour l'assujetti lui-même (cf. arrêts du TAF A-1098/2019 précité consid. 3.1.1.1, A-5743/2015 du 7 novembre 2016 consid. 4.2.2). Il n'est en conséquence pas possible de vérifier si tous les encaissements ont été introduits en comptabilité et si l'assujetti a procédé à l'enregistrement systématique et complet des transactions effectuées. Cela dit, en conformité avec la jurisprudence du Tribunal fédéral précitée, l'absence du livre de caisse pourrait être relativisée si la tenue du compte de caisse était irréprochable (cf. consid. 4.1.2 ci-après).
4.1.2 En deuxième lieu, l'autorité inférieure reproche à la recourante de n'avoir pas tenu correctement son compte « Caisse » en ne procédant à aucune comparaison entre les bandes de contrôle de la caisse enregistreuse et les soldes des caisses enregistreuses. En effet, le solde du compte « Caisse » était souvent négatif, conduisant la fiduciaire de la recourante à comptabiliser à plusieurs reprises des ajustements dudit compte pour un montant total de CHF 140'600.- au moyen de l'écriture « Caisse » (au débit) à « Chiffre d'affaires » (au crédit). De tels ajustements ont été également constatés pour la succursale de la recourante pour la période 2013 à 2014. Or, le fait que le compte « Caisse » d'une entreprise présente un solde négatif - ce qui pour rappel est objectivement impossible dans la mesure où le compte « Caisse » enregistre les mouvements d'espèces de l'entreprise et présente toujours un solde débiteur (ou nul) - constitue un indice important de l'existence de chiffres d'affaires non comptabilisés ou n'ayant pas été comptabilisés correctement (cf. consid. 3.2.2 ci-avant). En outre, les relevés des émetteurs de cartes de crédit pour les ventes encaissées par le biais de ce moyen de paiement ne concordaient pas avec les relevés mensuels Z des caisses enregistreuses, c'est-à-dire les recettes encaissées par cartes de crédit et tippées sur les caisses enregistreuses selon les bandes de contrôle de celles-ci, ce qui a à nouveau provoqué l'enregistrement d'écritures par le bais du compte « Caisse » au cours des périodes 2012 et 2013. Ce constat a permis de confirmer que le compte « Caisse » n'était pas tenu correctement et que des chiffres d'affaires n'ont été ni enregistrés sur les machines prévues à cet effet, ni comptabilités et encore moins déclarés à l'autorité inférieure. Dans ces circonstances, la probabilité que des ventes tippées et encaissées en espèces n'aient elles aussi pas été toutes tipées ou pas intégralement saisies sur les caisses enregistreuses est hautement vraisemblable, faute de pouvoir être prouvée par après, tant par l'autorité inférieure que par la recourante.
4.1.3 En troisième lieu, l'autorité constate suite à l'analyse des achats comptabilisés par rapport aux chiffres d'affaires démontrés un écart significatif en comparaison de ses chiffres d'expérience, les marges de la recourante s'en écartant de 10% à 14%. Dans la mesure où cette dernière n'est pas en mesure de rendre au moins vraisemblables les circonstances particulières à l'origine de cette différence, un tel écart sensible constitue également un indice que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise (cf. consid. 3.3.2 ci-avant).
4.1.4 La recourante ne conteste pas l'existence des manquements constatés par l'autorité inférieure concernant la tenue de sa comptabilité. Néanmoins, elle considère que son cas devrait être traité différemment de celui d'un assujetti dont la comptabilité présente des manquements et qui ne procède à aucune écriture corrective pour les corriger ou procède à des écritures correctives qui n'ont pas pour effet d'augmenter son chiffre d'affaires imposable. En effet, la recourante aurait pour sa part augmenté son chiffre d'affaires imposable en procédant à la correction de l'ensemble des soldes négatifs du compte « Caisse » ainsi que des montants payés par cartes de crédit qui ne figuraient pas sur les relevés des caisses enregistreuses (cf. Recours, p. 8). La conformité de cette opération aux critères ressortant des art. 957 à 959b CO relatifs à la bonne tenue de la comptabilité serait de plus attestée par un expert mandaté par la recourante (cf. Recours, pièce 16). S'agissant de l'écart constaté entre les chiffres d'affaires comptabilisés et les chiffres d'expérience de l'AFC, la recourante conteste qu'un écart de marge situé entre 10% et 14% puisse être qualifié de significatif. Par ailleurs, cet écart serait justifié par la spécificité des coûts et des prix de vente de la recourante (cf. Recours, p. 9 s.).
4.1.5 Au vu de ce qui précède, le Tribunal ne saurait suivre la thèse de la recourante. L'absence de journal de caisse - en particulier dans le domaine de la restauration - combiné à des irrégularités grossières du compte « Caisse », respectivement des caisses enregistreuses nécessitant des ajustements de plusieurs centaines de milliers de francs constituent des vices de forme graves et suffisent à considérer la comptabilité comme dénuée de force probante (cf. consid. 3.2.2 ci-avant), ce d'autant plus que dans ce type d'exploitation, les produits sont saisis presque exclusivement par le biais desdites caisses enregistreuses. Le fait d'avoir rectifié par après le chiffre d'affaires imposable à coups d'apports ne rend pas la comptabilité plus fiable que si le compte « Caisse » avait été négatif, dans la mesure où ces corrections ont été faites de manière artificielle et ne correspondent à aucune pièce justificative. Qu'une expertise mandatée par la recourante - dont on rappelle qu'elle ne vaut pas preuve mais allégué de partie (cf. consid. 2.2 ci-avant) - constate que les états financiers présentent une image fidèle de l'activité et du résultat de la société ne change rien ; en effet, lorsqu'une comptabilité contient des lacunes formelles, il n'est pas nécessaire de se demander si elle présente également des lacunes d'ordre matériel, l'inverse étant aussi vrai (cf. consid. 3.3.1 ci-avant). Cette considération s'applique également aux arguments de la recourante relatifs à l'écart de marge constaté dans la mesure où ils visent à contester l'existence d'un vice matériel.
Par conséquent, il y a lieu de constater que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont ici réunies.
4.2 Il convient à présent d'examiner l'estimation réalisée par l'autorité inférieure, en particulier sous l'angle du choix de la méthode et de son application au cas particulier, étant à cet égard rappelé que le Tribunal s'impose une certaine retenue et n'intervient qu'en cas d'abus ou d'excès du pouvoir d'appréciation, ainsi que sous l'angle de la motivation suffisante (deuxième étape ; cf. consid. 3.5 ci-avant).
4.2.1 Il ressort de la décision entreprise, ainsi que de la notification d'estimation du 22 février 2017, qu'afin de déterminer le chiffre d'affaires réalisé par la recourante de la manière la plus proche possible de la réalité, l'autorité inférieure a procédé sur place au calcul d'un complément de chiffre d'affaires basé sur la marge brute, compte tenu du fait que les coûts d'achat des marchandises paraissaient fiables pour les années 2011 à 2014.
Dans un premier temps, afin de s'assurer que la marche des affaires de la recourante n'avait pas varié durant la période concernée, l'autorité inférieure a calculé la marge brute selon la comptabilité pour chaque période contrôlée en comparant le total des charges directes liées à l'achat de marchandises au total du chiffre d'affaires au net. Il ressort des marges brutes ainsi calculées - respectivement de 29,96% en 2011, de 25,58% en 2012, de 28% en 2013 et de 29,02% en 2014 - que l'activité de la recourante était restée stable durant la période fiscale en cause.
Dans un deuxième temps, l'autorité inférieure a estimé les marges brutes effectivement réalisées par la recourante. Cette dernière tenant à la fois un commerce de détail, à savoir la boucherie-épicerie, et un snack-restaurant, l'AFC a choisi de calculer les marges brutes séparément pour ces deux types d'activités. S'agissant de la boucherie-épicerie, la méthode de la marge brute moyenne a été utilisée. L'autorité inférieure a calculé la marge brute en pourcent du chiffre d'affaires de chacun des produits proposés à la vente par la recourante dans son magasin en utilisant les données de sa comptabilité. Sur un total de 36 types de produits vendus, l'AFC est ainsi parvenue à une marge moyenne de 29,43%. Enfin, l'autorité inférieure a appliqué ledit taux de marge brute à tous les chiffres d'affaires réalisés par la boucherie-épicerie pour les périodes fiscales concernées. S'agissant du snack-restaurant, un coefficient d'expérience a été fixé à 60% dans un premier temps sur la base d'un échantillon national établi à l'occasion, puis à 53,2% pour tenir compte des critiques émises par la recourante dans sa réclamation. Ensuite, l'AFC a appliqué ce coefficient à tous les chiffres d'affaires réalisés par le snack-restaurant pour les périodes fiscales concernées.
Dans un troisième temps, l'autorité inférieure a additionné les deux marges obtenues, soit celle de la partie boucherie-épicerie et celle de la partie snack-restaurant, sous la rubrique « Total marges brutes calculées » et en a déduit le montant de marges brutes selon la comptabilité de la recourante. Après répartition du montant ainsi obtenu entre le taux normal et le taux réduit sur la base de la comptabilité de la recourante et addition des montants de TVA en découlant, l'autorité est arrivée à un montant total d'impôt de CHF 45'078.09.-. Ensuite de la déduction du droit à la déduction de l'impôt préalable supplémentaire en faveur de la recourante de CHF 16'062.92.-, le montant de la créance fiscale totale arrêté par l'autorité inférieure pour les périodes 2011 à 2014 s'élève finalement à CHF 29'915.17.-.
4.2.2 En l'espèce, le choix de l'autorité inférieure de procéder à l'estimation du chiffre d'affaires de la recourante en utilisant la méthode de la marge brute moyenne pour l'activité de boucherie-épicerie et la méthode des chiffres d'expérience pour l'activité de snack-restaurant n'apparaît pas critiquable au vu des éléments du dossier et compte tenu du pouvoir d'examen réduit (cf. consid. 3.5 ci-avant). Conformément à son obligation de motivation, l'AFC a en outre bien exposé les raisons qui l'ont conduite à opérer de la sorte.
En effet, dans la décision dont il est recours ici, l'autorité inférieure explique que le calcul séparé des marges brutes pour les deux types d'activités de la recourante permettait de tenir compte du fait que leurs coûts et rendements respectifs pouvaient être différents. L'activité de la boucherie-épicerie étant une activité mixte en soi, l'AFC ne disposait pas de chiffres d'expérience suffisamment précis qui tiennent compte dans la même proportion de la vente de purs produits de boucherie et de la vente de produits alimentaires d'origine nord-africaine. De même, les marges brutes ne pouvaient pas être déterminées sur la base des charges directes liées aux coûts d'achats des marchandises, vu qu'elles comprenaient aussi les produits utilisés pour le restaurant. Pour ces raisons, l'AFC a procédé par voie de « reconstruction » ; elle a calculé les marges de la boucherie-épicerie selon la méthode de la marge brute moyenne, en se fondant sur la marge réalisée pour chaque produit vendu au magasin, du moins rentable au plus rentable, puis en effectuant une moyenne de la marge de ces produits. La comptabilité de la recourante n'étant pas une comptabilité analytique, il n'était pas possible d'être encore d'avantage précis. Au vu de ce qui précède, cette méthode ne saurait être considérée comme foncièrement défavorable à la recourante, dans la mesure où elle part de ses propres chiffres, pour autant du moins qu'ils paraissent acceptables pour le calcul l'impôt. D'ailleurs, le recours ne remet pas en cause la méthode utilisée, ni le coefficient obtenu pour la boucherie-épicerie.
S'agissant du snack-restaurant, l'AFC reconnaît ne pas disposer de statistiques sur d'autres établissements du même genre que celui de la recourante, compte tenu des particularités de l'activité mixte en cause, à savoir l'exploitation d'une boucherie en parallèle de l'activité de restauration rapide. Néanmoins, disposant de chiffres d'expérience pour l'ensemble de la Suisse relatifs aux snacks reposant sur des statistiques fiables et contemporaines aux périodes contrôlées, elle s'est tout de même décidée à privilégier cette méthode-là. L'échantillon choisi a été affiné à plusieurs reprises afin de tenir compte des critiques de la recourante. Ainsi, focalisé dans un premier temps sur la cuisine orientale, puis sur les kebabs - mets que la recourante ne commercialise pas - le nouvel échantillon établi par l'autorité inférieure est composé de snacks qui, à l'instar de la recourante, vendent toutes sortes de marchandises (sandwiches, hamburger, plats libanais, plats à base de viande, mais également pizzas, kebabs etc.). L'autorité s'est également efforcée d'assurer une représentativité égale des différents types de snacks et des différentes régions ; l'échantillon ainsi obtenu est donc moins précis, mais beaucoup plus large et homogène. Les statistiques prises en considération portent sur des périodes contrôlées de 2000 à 2018. Si le prix moyen des mets de la restauration rapide a connu une évolution sensible entre les années 2000 et les années 2010 (cf. Office fédéral de la statistique [ci-après : OFS] « IPC [décembre 2020=100], résultats détaillés depuis 1982, structure du panier-type 2020, y.c. classifications supplémentaires »), en revanche et comme le soutient la recourante, pour la période allant de 2010 à 2018, l'indice des prix n'a que très peu évolué pour ce domaine d'activités (cf. Complément de réclamation, p. 10).
Une fois l'échantillon établi, l'autorité inférieure a encore pris en considération les particularités de l'activité de la recourante. Malgré l'exploitation d'une boucherie, qui devrait avoir pour conséquence des coûts d'achat des produits carnés plus bas que ses concurrents, l'AFC a considéré plausible que les produits aient un coût de revient plus élevé, par exemple en raison du fait que la qualité de la viande composant les mets de la réclamante serait supérieure à celle entrant dans la composition des produits de ses concurrents. L'autorité n'a pas non plus exclu que la recourante mette plus de viande dans la composition de ses mets et sandwiches par rapport aux autres snacks du même style, notamment dans le but de faire la promotion de sa boucherie et de fidéliser sa clientèle. Pour ces raisons, l'AFC a pris la valeur la plus basse de l'échantillon établi, au lieu de la valeur moyenne comme elle le fait généralement dans ses estimations.
Partant, la marge brute de 53,2% sur laquelle l'AFC s'est fondée pour estimer le chiffre d'affaires de la recourante n'apparait pas excessive au regard des chiffres d'expérience produits. L'autorité inférieure n'a donc à cet égard pas outrepassé son pouvoir d'appréciation. Du reste, si l'échantillon n'a été transmis à la recourante que suite à sa détermination du 12 mai 2020, il appert que l'autorité inférieure a suffisamment décrit son contenu dans sa décision du 12 février 2020, de sorte qu'il ne saurait lui être reproché une violation du droit d'être entendu (cf. consid. 3.4.3 ci-avant). Les griefs du même ordre relatifs à la décision du 12 février 2019 ne seront pas traités, dès lors que dite décision ne fait pas l'objet du présent recours.
C'est également le lieu de rappeler qu'il appartient à la recourante de supporter l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de ses manquements (cf. consid. 3.5 ci-avant). On notera également que si l'autorité fiscale doit certes procéder à une estimation prudente, elle n'est cependant pas tenue, en cas de doute, de retenir l'hypothèse la plus favorable à l'assujetti, la violation de devoirs de procédure ne devant en effet pas être récompensée (cf. consid. 3.4.1 ci-avant).
4.2.3 En définitive, il suit de l'examen qui précède, d'une part, que rien n'indique que l'autorité inférieure aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante, de sorte que le Tribunal de céans n'a aucune raison de s'écarter de l'appréciation de celle-ci. D'autre part, l'autorité a dûment motivé son estimation, tant concernant les méthodes qu'elle a choisi d'appliquer que les critères retenus dans ce cadre. Partant, le procédé utilisé par l'AFC dans le cas présent n'apparaît pas contraire au droit fédéral et doit donc être confirmé.
4.3 Il convient finalement de se pencher sur les arguments de la recourante (troisième étape), qui portent exclusivement sur le secteur snack-restaurant. A cet égard, il convient de rappeler qu'il appartient à l'assujetti d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact d'une taxation par estimation a priori justifiée, respectivement de prouver l'existence de conditions particulières devant conduire l'autorité fiscale à s'écarter des données d'expérience (cf. consid. 3.5 ci-avant).
4.3.1 En l'espèce, la recourante estime que l'application des coefficients d'expérience à son activité de snack-restaurant ne tiendrait pas compte des circonstances particulières du cas d'espèce.
Premièrement, le taux de marge brute de 53,2% retenu par l'AFC serait trop élevé car se basant en partie sur des marges réalisées durant les années 2000, en moyenne nettement plus hautes que celles réalisées en moyenne par les assujettis durant les années 2011 à 2014, compte tenu de l'expansion importante qu'aurait connu le marché de la restauration rapide en Suisse et de la concurrence accrue qui en aurait découlé (cf. Recours, p. 12). De même, le coefficient choisi par l'autorité inférieure correspondrait à la marge brute d'un seul autre assujetti pour les périodes 2012 à 2014 et ne saurait de ce fait être considéré comme fiable. Enfin, sur un total de 72 coefficients, l'échantillon de l'AFC n'en contiendrait que deux qui correspondraient aux les périodes fiscales sous revue (cf. Réplique, p. 2).
Deuxièmement, la recourante reproche à l'AFC d'avoir fait une lecture erronée de fiches de calculs contenues dans le rapport d'expertise privée du 3 octobre 2019 en concluant que la recourante aurait eu des marges dépassant 60% voire 70%, justifiant ainsi le taux de marge retenu à son égard. Lesdites fiches tendraient uniquement à montrer que la recourante aurait réalisé des marges disproportionnées si elle avait augmenté ses prix de 60% (cf. Recours, p. 12, pièce 16) ; elles ne sauraient en aucun cas corroborer l'estimation de l'autorité inférieure.
Troisièmement, l'autorité inférieure n'aurait pas pris suffisamment en considération la structure particulière des coûts de revient et des prix de vente de la recourante. En effet, un rapport d'expertise privé daté du 10 mars 2020 ferait état de dysfonctionnements importants dans l'activité de la recourante durant les années 2011 à 2014, dus notamment à la présence de quantité de produits carnés supérieure aux pratiques et usages de la branche dans les produits vendus par celle-ci ainsi qu'à des prix de vente excessivement bas en relation avec le coût des ingrédients et bien en dessous du marché, engendrant par voie de conséquence des marges brutes insuffisantes (cf. Recours, p. 13 et pièce 17). Cette thèse est également soutenue par un autre rapport d'expertise privée du 13 mars 2019 établissant des fiches de calculs par produit, selon lequel la marge moyenne de l'exploitation ne serait que de 45,76% en ne vendant qu'un produit de chaque catégorie (cf. Réponse, pièce 28). Enfin, l'AFC aurait fait une lecture erronée du tableau comparatif des prix établi par ce dernier rapport, duquel elle aurait conclu que la recourante ne se trouvait en-dessous de la moyenne des prix de vente de ses concurrents que dans la moitié des cas et ne pratiquait donc pas systématiquement des prix en-dessous du marché. L'autorité omettrait de tenir compte du fait que tous les mets proposés par le recourante incluaient une boisson et que certains prix pratiqués par les concurrents n'en incluaient pas. Cet élément considéré, on s'apercevrait que les prix pratiqués par la recourante étaient en moyenne 30,7% plus bas que ceux de ses concurrents en 2014 et 45,6% plus bas entre 2011 et 2013 (cf. Recours, p. 14 s.).
En résumé, durant les périodes sous revue, la recourante aurait acheté les produits carnés en moyenne 35,7% plus cher que ses concurrents, aurait vendu ses produits aux clients en moyenne environ 30,7% à 45,6% meilleur marché et, en outre, les produits carnés qu'elle aurait vendus contenaient environ 40,7% de plus de viande que les mets vendus par ses concurrents (cf. Recours, p. 16). Dans ces circonstances, il serait tout simplement insoutenable de retenir une marge brute de 53,2% pour le secteur restaurant-snack de la recourante, tout en admettant que celle-ci a une structure particulière des coûts de revient et des prix de vente.
4.3.2 En l'occurrence, aucun argument ne permet de justifier l'application d'une marge inférieure à 53,2%.
En effet, la Cour de céans ne constate pas de diminution sensible des marges brutes entre le début des années 2000 et l'année 2018 dans l'échantillon établi par l'autorité inférieure - contrairement à ce que prétend la recourante. Plutôt, les marges dans le domaine de la restauration rapide sont restées stables durant toute cette période, malgré l'expansion de ce mode de consommation et l'évolution sensible de l'indice des prix pour cette branche (cf. consid. 4.2.2 ci-avant). De même, comme le relève d'ailleurs la recourante à deux fois (cf. Complément de réclamation, p. 10 ; Réplique, p. 3), le prix moyen des mets à la restauration rapide n'a que peu augmenté entre 2010 et 2020. Partant, on ne voit pas en quoi le fait d'inclure des coefficients des années 2000 ou de 2015 à 2018 dans l'échantillon de marges brutes serait à même de venir remettre en cause le caractère représentatif de celui-ci. Par ailleurs, en reprochant à l'autorité de lui appliquer un coefficient ne correspondant à la marge brute que d'un seul autre assujetti, la recourante perd de vue que l'AFC a retenu la valeur la plus basse de l'échantillon pour ce secteur d'activité, qui au surplus, correspond exactement aux périodes contrôlées chez elle. Pour ces raisons, cet argument doit être rejeté.
S'agissant de la critique adressée par la recourante à l'AFC d'avoir mal interprété l'un de ses rapports d'expertise, elle n'apporte rien dès lors qu'elle impute à l'autorité un comportement qu'elle n'a pas eu. Contrairement à ce que prétend la recourante, l'autorité semble tirer pour seule conclusion de la partie du rapport en cause que le coefficient de 60% initialement fixé était trop élevé, attestant par là même de sa bonne compréhension du caractère purement hypothétiques des prix concernés (cf. Décision, p. 43).
Les arguments de la recourante relatifs à la structure particulière de son entreprise justifiant des marges faibles ne sont pas non plus convaincants, dans la mesure où celle-ci se base sur des expertises privées - dont on rappelle qu'elles n'ont pas qualité de preuve (cf. consid. 2.2 ci-avant) - pour produire des valeurs chiffrées invérifiables portant sur les potentiels prix de revient et prix de vente de ses concurrents, de même que s'agissant de la quantité de viande dans les mets proposés. Ainsi, la recourante soutient que le prix d'achat moyen des produits carnés de ses concurrents se situerait entre CHF 6.- et CHF 15.- alors qu'elle achèterait ces mêmes produits entre CHF 11.50.- et CHF 17.- (Recours, p. 13 et pièce 16, p. 6). Pour justifier les prix particulièrement bas attribués à la concurrence, la recourante se contente de produire plusieurs catalogues de prix de fournisseurs de viande kebab (cf. Recours, pièce 16, Annexe 7), dont aucun ne fixe son prix à CHF 6.-. Une telle manière de procéder ne suffit évidemment pas à établir avec certitude une fourchette de prix des produits carnés, ce d'autant plus qu'aucun des trois principaux fournisseurs de broches kebabs en Suisse ne figure pas dans les catalogues annexés (cf. Recours, pièce 16, Annexe 9 : selon la coupure de journal annexée, « [e]n Suisse, le marché des broches de kebab est largement dominé par trois fabricants... »). De même, la recourante omet que l'échantillon établi par l'autorité inférieure ne contient qu'un nombre restreint d'exploitants de kebabs et que dans ces conditions, elle ne peut attribuer à d'autres types de snacks des prix aussi bas. D'ailleurs, la recourante prétend acheter ses produits carnés au minimum à CHF 11.50 alors que les factures produites à l'appui de son recours font état de prix bien plus bas (cf. Recours, pièce 16, Annexes 6.14, 6.28 et 6.35). Vu ce qui précède, la comparaison que la recourante tente de faire n'est pas fiable.
Il en va de même des fiches de calculs par produit établies par rapports d'expertise privée des 13 mars et 3 octobre 2019 pour justifier une marge brute moyenne de l'exploitation de 45,76%. En effet, lesdites fiches fixent le coût de revient des mets vendus sur la base du prix de la viande selon la liste des prix proposés aux restaurants. Or, le coût de revient doit être calculé sur la base du prix de la viande au prix coûtant, éventuellement avec une marge opérationnelle. D'ailleurs, l'expert-comptable relève que la marge brute, moyennant calculs de la marge des produits vendus au snack sur la base du prix coûtant de la viande, se situe le cas échéant entre 55,54% et 61,73% (cf. Recours, pièce 16, p. 8). Il s'ensuit que le coefficient de marge brute fixé par l'AFC n'apparaît pas manifestement erroné. A cela s'ajoute que les fiches de calculs concernées sont basées sur une quantité de produits carnés supérieure aux pratiques et usages de la branche dans les produits vendus par celle-ci, fait par définition invérifiable. La production d'une deuxième expertise privée n'est pas à même de rendre cette assertion plausible en tant que l'expert est venu vérifier sur rendez-vous convenu avec la recourante les quantités de viande contenues dans les mets. Pour ces raisons, il ne doit pas être donné trop de valeur à ces allégués (cf. consid. 2.2 ci-avant).
Enfin, l'établissement d'un tableau comparatif des prix par la recourante pour prouver que les prix pratiqués par la concurrence sont supérieurs aux siens est hasardeux à plus d'un titre. D'une part, le choix de ne comparer qu'un nombre limité de mets est problématique en soi car il ne représente pas l'ensemble des produits vendus par la recourante et ne donne de ce fait pas une image exhaustive des prix pratiqués. D'autre part, cette comparaison souffre d'innombrables approximations. Premièrement, la recourante semble avoir spécifiquement retenu des snacks qui pratiquaient des prix élevés ; en témoigne le prix moyen du sandwich fallafel de CHF 11.- parmi les concurrents choisis alors que nombre de restaurants-snack le vendent entre CHF 9.- et CHF 10.-. A noter que la recourante compare les sandwiches fallafel des concurrents avec ses boulettes de fallafel (sans sandwich), alors qu'il s'agit de deux mets différents. Deuxièmement, les prix de la concurrence sont tirés de sites internet de compagnies de livraison de plats cuisinés ([...], [...] etc.). Or, en règle générale les prix proposés sur ces sites sont plus élevés que les prix pratiqués sur place en raison des commissions prélevées par les fournisseurs de services. En prenant l'exemple même de la recourante, on constate que le prix du hamburger est fixé à CHF 12.- sur le site de l'entreprise de livraison concernée contre CHF 8.- sur le site de la recourante. On constate des différences semblables s'agissant des frites et de l'assiette composée. Pour sa part, le sandwich fallafel est fixé à CHF 11.- sur le premier site sans que l'on trouve d'équivalent sur le site de la recourante. En raison de ce qui précède, la comparaison à laquelle procède la recourante n'est pas probante.
Ce qui précède suffit à démontrer que les pourcentages avancés par la recourante - achat de produits carnés en moyenne environ 35,7% plus cher que ses concurrents ; vente de produits en moyenne 30,7% à 45,6% meilleur marché et contenant 40,7% de plus de viande que les mets de la concurrence (cf. consid. 4.3.1 ci-avant) - sont approximatifs, voire erronés. A cela s'ajoute que la recourante adopte à deux fois une position contradictoire avec ses propres expertises. D'une part, les pourcentages afférents aux ventes des mets entrent en contradiction du moins partielle avec l'expertise privée du 10 mars 2020, qui constate que les prix pratiqués par la recourante sont surtout trop bas pour la période 2011 à 2013, 2014 ayant connu une actualisation du prix de vente des produits vendus par le snack-restaurant (cf. Recours, pièce 17). D'autre part, la marge brute de 22% qui résulte des pourcentages précités (cf. Réponse, p. 3) ne correspond pas aux fiches de calculs de l'expert-comptable, selon lesquelles les marges par type de produits sont bien plus élevées que 22% (cf. Recours, pièce 16). Au vu du manque de fiabilité des chiffres mis en avant par la recourante et des contradictions constatées, force est donc d'admettre que ses calculs ne sauraient emporter la conviction du Tribunal.
Finalement, il faut rappeler que le coefficient de 53,2% de marge brute retenu dans le cas d'espèce prend déjà en considération la situation particulière de la recourante en ce qu'il s'agit de la valeur la plus basse de l'échantillon pour une marge moyenne de 67,4% au niveau national (cf. consid. 4.2.2 ci-avant).
4.3.3 Il ressort des considérations qui précèdent que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont ici réunies, que rien n'indique que l'autorité inférieure aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante et qu'elle a dûment motivé son estimation. Etant donné que l'estimation de l'autorité inférieure n'est critiquable, ni dans son principe, ni quant à son résultat, la décision entreprise doit être confirmée. En effet, le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences. Celles-ci ne sont d'ailleurs que le résultat d'une situation incorrecte juridiquement qu'il a lui-même créée, l'assujetti devant tolérer l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de la violation de ses devoirs (cf. consid. 3.5 ci-avant).
5. Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, par CHF 3'500.-, sont mis à la charge de la recourante, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance de frais déjà versée par la recourante, d'un montant équivalent. Une indemnité à titre de dépens n'est allouée ni à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario et art. 7 al. 1 FITAF a contrario), ni à l'autorité inférieure (art. 7 al. 3 FITAF).
(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté. La décision sur réclamation du 12 février 2020 de l'autorité inférieure est confirmée.
2. Les frais de procédure de 3'500 francs sont mis à la charge de la recourante. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée d'un montant équivalent.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)
La présidente du collège :
Le greffier :
Annie Rochat Pauchard
John Romand
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :