bvger · A-5584/2008 · 2010-06-11 · fr
A-5584/2008

Impôt fédéral direct

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5584/2008
Arrêt du 11 juin 2010
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Michael Beusch, Daniel Riedo, juges,
Celia Clerc, greffière.
Parties
X._______, ***,
représenté par Me Xavier Oberson et Me Jean-Frédéric Maraia, avocats, Etude Oberson Avocats,
20, rue De-Candolle, case postale 280, 1211 Genève 12,
recourant,
contre
Administration fédérale des contributions (AFC),
Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, Eigerstrasse 65, 3003 Berne,
autorité inférieure,
Objet
détermination du for fiscal (art. 216 al. 1 LIFD).
Faits :
A.
X._______ s'est marié le 29 août 1984 à A._______ avec Y._______. Trois enfants sont issus de l'union conjugale. X._______ et sa famille ont habité A._______ depuis le 15 juillet 1986. A compter du 1er octobre 1994, leur domicile s'est situé à A1._______ [dans le canton de A._______]. L'intéressé occupait à l'époque le poste de directeur de la succursale du canton de A._______ de la société Z._______, dont le siège principal se trouve à D._______. En 1998, les époux ont acquis un chalet à B1._______, dans le canton de B._______.
Ils ont conclu une convention par laquelle ils se sont autorisés à vivre séparés depuis le mois de mars 1999. Le 15 juin 1999, X._______ s'est installé dans un appartement de 3 pièces, cuisine non comprise, situé à A._______, A2._______. Aux termes de l'attestation établie le 29 juin 2005 par l'agence immobilière, ***, il en est locataire au même titre que son épouse depuis le 15 mai 2005.
B.
Le 23 août 1999, X._______ - représenté par *** - a informé l'Administration fiscale du canton de A._______ (ci-après : AF A.) qu'il ne possédait plus ni le centre de ses intérêts vitaux ni des liens personnels à A._______, ce dès juin de la même année. Il a fait valoir que, depuis la séparation d'avec son épouse, il passait autant de temps que possible et notamment tous ses week-ends dans son chalet de B1._______, n'occupant que rarement l'appartement qu'il avait loué à A._______. Sa fille aînée devait débuter en septembre sa scolarité à E1._______ - non loin de B1._______ - et serait suivie par la cadette l'année suivante. Aux dires de X._______, le déplacement de son domicile à B1._______ avait ainsi l'avantage de la proximité avec ses enfants, son épouse demeurant pour sa part à A._______. Enfin, il a allégué que son poste de directeur exécutif consistait à démarcher la clientèle à l'étranger pour le compte de son employeur, sans qu'il ait plus d'employés sous ses ordres que sa secrétaire, de sorte que son activité lucrative ne répondait pas à la définition d'une fonction dirigeante. Il passait, en outre, peu de temps à A._______ pour les besoins de son travail, mais bien plutôt à D._______ ou à l'étranger.
Le 19 novembre 1999, fondé sur l'état de fait décrit par le contribuable, l'AF A. a admis le transfert du domicile fiscal de l'intéressé de A._______ à B1._______. X._______ a ainsi déposé ses papiers au contrôle des habitants de B1._______ le 1er décembre 1999.
C.
Les époux X._______ ont divorcé le 6 février 2001. Ils ont conservé l'autorité parentale conjointe sur leurs trois enfants, étant encore spécifié que ceux-ci - alors scolarisés en internat - passeraient alternativement un week-end sur deux et la moitié des vacances scolaires avec chacun de leurs parents.
D.
Selon les renseignements fournis par le contrôle des habitants de B1._______, X._______ a quitté cette commune le 30 novembre 2001 pour s'installer à C1._______, dans le canton de C._______, où il a loué un appartement de 3,5 pièces. Par la suite, l'intéressé a résilié ce contrat de bail pour le 20 mars 2002 et l'a effectivement libéré le 11 avril suivant. A partir du 1er avril 2002, il aurait, à ses dires, occupé un appartement sis à C2._______, dans le même canton.
Le 19 mars 2003 (date de la Feuille officielle suisse du commerce [FOSC]), X._______ a été inscrit au registre du commerce en tant que membre, avec signature individuelle, de la société W._______ (désormais *** à A._______), qu'il avait fondée le 8 novembre 2002, avec pour siège CC._______ dans le canton de C._______. En 2003 - soit le 28 février 2003, selon les dires de X._______ ainsi qu'à teneur du courrier de la société Z._______ daté du 25 août 2008 et produit, pour la première fois, devant le Tribunal administratif fédéral (TAF) - le prénommé a cessé son activité pour la succursale du canton de A._______ de la société Z._______. Son inscription en qualité de directeur, avec signature collective à deux, de cette dernière a été radiée le 11 juillet 2003 (date de la FOSC). Le 2 juillet 2004 (date de la FOSC), il a été inscrit comme administrateur unique, avec signature individuelle, de la succursale de la société W._______, fondée le même jour à A._______.
E.
Le 1er novembre 2004, X._______ a déposé ses papiers à C3._______, dans le canton de C._______, déclarant provenir de C1._______ et résider désormais [...] dans l'appartement acquis en date du 30 août 2004.
F.
Le 12 octobre 2005, l'AF A. a informé X._______ qu'elle ouvrait une procédure en soustraction fiscale et rappel d'impôt à son encontre, pour les périodes fiscales allant de 2000 à 2005. Le 8 novembre suivant, le prénommé a été entendu par l'AF A.. Un procès-verbal de cette entrevue a été établi. Il en ressort notamment que X._______ aurait déclaré avoir conservé l'appartement sis à A2._______ et qu'il l'aurait sous-loué à un tiers dès le mois de juin 2005. Il a, en outre, donné des indications sur la société qu'il avait fondée, la société W._______ - plus précisément sur les locaux occupés par cette dernière et par la succursale, respectivement dans les cantons de C._______ et de A._______ - ainsi que sur ses relations d'affaires et personnelles.
G.
Le 8 décembre 2005, l'AF A. a enjoint à X._______ de déposer ses déclarations fiscales relatives aux années 2000 à 2005, revendiquant la taxation de ces périodes. L'intéressé s'y est opposé le 23 janvier 2006, argument pris que son domicile fiscal ne se situait plus à A._______ depuis le 1er décembre 1999. Il a demandé que l'Administration fédérale des contributions (ci-après : AFC) détermine son for fiscal, raison pour laquelle celle-ci a été saisie le 23 mai 2006 par le biais de l'AF A..
H.
Dans le cadre de la procédure devant l'AFC, l'AF A. a pris position le 4 août 2006 en concluant à ce qu'elle soit autorisée à taxer le contribuable pour les périodes fiscales 1999/2000 (ci-après aussi : 2001-A) et 2001 à 2005 (ci-après aussi : 2001-B). L'Intendance des impôts du canton de B._______ (ci-après : l'Intendance B.) s'est également déterminée le 21 septembre 2006, dans le sens où le for fiscal du contribuable ne se situait pas dans le canton de B._______ pour les périodes fiscales litigieuses. Pour ce qui la concerne, l'Administration fiscale du canton de C._______ (ci-après : AF C*) a conclu le 28 septembre 2006 à l'inexistence d'un for fiscal du contribuable à C._______ pour toutes les périodes concernées. Elle a ajouté qu'elle avait taxé le 11 janvier 2005 une prestation en capital de Fr. 350'000.-- reçue par le contribuable de *** et précisé qu'elle procéderait le cas échéant au remboursement de ce montant un fois le for fiscal définitivement fixé. Enfin, le contribuable s'est déterminé le 17 novembre 2006. Il a notamment souligné que l'AF A. avait admis le transfert du domicile fiscal à B1._______ depuis le 1er décembre 1999, ce sur quoi elle ne pouvait revenir. Pour les périodes fiscales 2001 à 2005, son domicile se situait selon lui à C._______.
Le 19 juillet 2007, l'AFC a sollicité de X._______ divers renseignements et documents, parmi lesquels le contrat de bail relatif à l'appartement de C2._______ et des justificatifs de la sous-location de l'appartement sis à A2._______. Elle a requis des précisions concernant les dates et lieux de scolarité des enfants, du 1er janvier 1999 au 31 décembre 2005. L'intéressé a requis un délai pour s'exécuter - qui lui a été accordé - mais n'a pas donné suite aux réquisitions de l'AFC.
I.
Par décision du 30 juin 2008, l'AFC a attribué au canton de A._______ le for fiscal du contribuable en matière d'impôt fédéral direct, pour les périodes fiscales 2001 (y compris les périodes fiscales 1999/2000 [revenus extraordinaires 1999/2000]), 2002, 2003, 2004 et 2005, l'AF A. étant de ce fait compétente pour percevoir l'impôt fédéral direct sur les revenus des périodes fiscales 2001 à 2005 ainsi que sur les revenus extraordinaires réalisés durant la période fiscale 1999/2000. Les éventuels actes effectués dans un autre canton pour les mêmes périodes fiscales ont été de fait annulés. Par voie de conséquence, il appartenait à l'AF A. de taxer la prestation en capital de Fr. 350'000.-- reçue par le contribuable de *** et de procéder à son encaissement. Dès que le contribuable se serait acquitté de ce versement, ladite administration devait en informer immédiatement l'AF C*, qui rembourserait alors au contribuable le montant d'impôt qu'elle avait indûment perçu sur cette prestation d'assurance par taxation du 11 janvier 2005.
J.
X._______ (ci-après : le recourant) - agissant par ses mandataires, Me Xavier Oberson et Me Jean-Frédéric Maraia - forme recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral. Il conclut en substance à ce que le for fiscal soit attribué en matière d'impôt fédéral direct au canton de B._______ pour les périodes 1999 et 2000 (y compris la période 2001-A) et au canton de C._______ pour les périodes 2001 à 2005, subsidiairement à ce qu'il soit attribué au canton de B._______ pour les périodes 1999/2000 (y compris la période 2001-A) à 2001 et au canton de C._______ pour les périodes 2002 à 2005.
K.
Dans sa réponse du 31 octobre 2008, l'AFC conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Quant à l'AF A., l'AF C* et l'Intendance B., ils confirment - par courriers, respectivement, des 30, 31 octobre et 27 novembre 2008 - les positions développées déjà dans le cadre de la procédure devant l'AFC.
Droit :
1.
1.1
1.1.1 L'art. 108 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11) règle la procédure en cas de conflit négatif et positif de compétence des autorités de taxation à l'intérieur du canton et dans les rapports intercantonaux. Aux termes de son al. 1, lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'Administration fédérale des contributions (AFC), si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale (nouvelle teneur de la 2e phrase selon le ch. 57 de l'annexe à la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral, en vigueur depuis le 1er janvier 2007 [LTAF, RS 173.32]; cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001 in : Feuille fédérale [FF] 2001 4000 spéc. 4238 avec renvoi 4049 s.).
1.1.2 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal administratif fédéral, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, le recours daté du 29 août 2008 contre la décision de l'AFC du 30 juin 2008 a été remis, à l'adresse du Tribunal administratif fédéral, à un bureau de poste suisse le 29 août 2008. Compte tenu des féries prévues par l'art. 22a al. 1 let. b PA, selon lequel les délais fixés en jour ne courent pas du 15 juillet au 15 août inclusivement, il a dès lors été interjeté dans le délai légal (art. 21 al. 1 PA en lien avec l'art. 50 al. 1 PA) auprès de l'autorité compétente (cf. Andrea Pedroli in : Danielle Yersin/Yves Noël [Editeurs], Impôt fédéral direct - Commentaire de la Loi sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, ch. 4 ad art. 108 LIFD; FF 2001 4000 spéc. 4238 avec renvoi 4049 s.). Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.2
1.2.1 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement.
La force et les exigences du principe inquisitoire sont toutefois tempérées par plusieurs éléments et autres principes. En premier lieu, il ne s'agit pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure et il ne s'agit pas de repartir à zéro. En ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de revoir l'établissement des faits, plus que d'établir ces derniers (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.2; décisions de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] 2003-191 du 7 mars 2005 consid. 2c et CRC 1996-053 du 9 octobre 1997 consid. 2c/bb; Pascal Mollard in : Xavier Oberson/Pascal Hinny [Editeurs], LT Commentaire droits de timbre, Zurich/Bâle/Genève 2006, ad art. 39a LT ch. 12 p. 1192 ss; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 676). En second lieu, si l'autorité de recours remarque spontanément et d'emblée des éléments qui ressortent du dossier, sans qu'il aient été allégués, elle doit certes en tenir compte et leur appliquer le droit d'office. Cependant, elle ne procède à de telles constatations de faits complémentaires ou n'examine d'autres points de droit que si les indices correspondant ressortent clairement des griefs présentés ou des pièces du dossier (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Kölz/Häner, op. cit., ch. 677). En outre, le principe inquisitoire est complété (cf. Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2003 II 584 consid. 2.3) par l'obligation pour les parties de motiver leur recours (art. 52 PA), ainsi que collaborer à l'établissement des faits, puisque - même en dépit de l'art. 2 al. 1 PA qui exclut l'art. 13 PA - ce devoir existe pleinement devant le Tribunal administratif fédéral.
1.2.2 Une fois les investigations requises terminées, et après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité saisie se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuves supplémentaires, en faisant appel à une appréciation anticipée des preuves. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer sa conviction reposant sur des pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (cf. ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 et les références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 2.4 et les références citées, A-1504/2006 du 25 septembre 2008 consid. 2, A-3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 2.1 et A-5738/2007 du 17 janvier 2008 consid. 1.3; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.144).
En revanche, si la conviction de l'autorité compétente n'est pas acquise, elle doit appliquer les règles sur la répartition du fardeau de la preuve et résoudre le litige à l'aide de ces règles (cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.149 ss). Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, l'autorité saisie s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5 et les références citées, A-1557/2006 du 3 décembre 2009 consid. 1.6 et A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5; Moor, op. cit., p. 264; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991, ch. 2021 p. 419). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées et 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1687/2006 du 18 juin 2007 consid. 2.4). Le principe inquisitoire n'a donc aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve (cf. JAAC 68.155 consid. 3a; décision de la CRC 1999-094 du 13 novembre 2000 consid. 3a et 3b), car il intervient à un stade antérieur.
1.2.3 En ce qui concerne, plus spécifiquement, la détermination du for fiscal, le Tribunal fédéral a jugé que s'il incombe aux autorités fiscales de prouver l'existence d'un domicile fiscal et, partant, d'instruire d'office les éléments de fait constitutifs d'un tel domicile (art. 123 al. 1 LIFD), le contribuable a, pour sa part, un devoir de collaboration et doit, en particulier, fournir des renseignements circonstanciés au sujet des éléments propres à fonder son assujettissement (art. 124 ss LIFD). Dans le cadre de ce devoir de collaboration, il est tenu de rendre vraisemblable l'existence d'étroites relations avec le canton où il se dit domicilié (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.475/2003 du 26 juillet 2004 consid. 2.3 in : RDAF 2005 II 103, 2P.145/1998 du 29 septembre 1999 consid. 3c in : Die Praxis [Pra] 2000 Nr. 7 p. 29; Jean-Blaise Paschoud in : Danielle Yersin/Yves Noël [Editeurs], Impôt fédéral direct - Commentaire de la Loi sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, ch. 34 ad art. 3 LIFD). Autrement dit, cette règle de répartition du fardeau de la preuve - reprise du droit fiscal international et pertinente en matière de rapports intercantonaux - implique que les autorités fiscales doivent, en principe, prouver l'existence du domicile fiscal, alors que le contribuable peut, notamment lorsque l'existence du domicile tel qu'établi par lesdites autorités est hautement probable, apporter la preuve que son domicile se trouve en réalité ailleurs (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_625/2009 du 16 février 2010 consid. 3.2 et les références citées, 2C_827/2008 du 16 juin 2009 consid. 4.1, 2C_576/2008 du 14 avril 2009 consid. 3.2, 2C_667/2008 et 2C_770/2008 du 4 mars 2009 consid. 3.1 et les références citées).
1.3 Le litige porte exclusivement sur la détermination du for fiscal en matière d'impôt fédéral direct. Plus précisément, la question est de savoir dans lequel des cantons de A._______, B._______ ou C._______, l'assujettissement illimité du recourant doit intervenir s'agissant des périodes fiscales 1999/2000 (2001-A) et 2001 (2001-B) à 2005. Pour y répondre, il apparaît nécessaire d'aborder la notion de domicile fiscal, non sans évoquer celle de fonction dirigeante, ainsi que de traiter de la distinction entre activité lucrative dépendante et activité lucrative indépendante (consid. 2).
2.
2.1 A titre liminaire, il sied de rappeler que la détermination du for fiscal a un lien direct avec le domicile du contribuable. En effet, les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct sur les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées en Suisse à la fin de la période fiscale (art. 216 al. 1 LIFD; cf. également Revue fiscale [RF] 2004 p. 630). Le jour déterminant est ainsi le 31 décembre ou le jour où l'assujettissement a pris fin. Il s'agit ici des personnes physiques assujetties en raison du rattachement personnel (assujettissement illimité) conformément à l'art. 3 al. 1 à 4 LIFD (cf. Marc Bugnon in : Danielle Yersin/Yves Noël [Editeurs], Impôt fédéral direct - Commentaire de la Loi sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, ch. 6 ad art. 216 LIFD).
2.2 Cela étant précisé, on notera que le principe de l'interdiction de la double imposition (cf. art. 127 al. 3, 1ère phrase, de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101] et art. 46 al. 2 de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 [aCst.]) s'oppose à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet, pendant la même période, à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle). En outre, le Tribunal fédéral a déduit des art. 46 al. 2 aCst. et 127 al. 3, 1ère phrase, Cst. le principe selon lequel un canton ne peut pas imposer plus lourdement un contribuable du fait qu'il est assujetti aux impôts dans un autre canton (ATF 134 I 303 consid. 2.1, 133 I 308 consid. 2.1, 132 I 29 consid. 2.1, 131 I 282 consid. 2.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_625/2009 du 16 février 2010 consid. 2.1 et 2C_827/2008 du 16 juin 2009 consid. 2; Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 74 p. 684 consid. 2.1).
2.3 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral relative à l'interdiction de la double imposition intercantonale (cf. art. 127 al. 3, 1ère phrase, Cst. et art. 46 al. 2 aCst.), l'imposition du revenu et de la fortune mobilière d'une personne revient au canton où cette personne a son domicile fiscal. Par domicile fiscal, on entend en principe le domicile civil, c'est-à-dire le lieu où la personne réside avec l'intention de s'y établir durablement (cf. art. 23 al. 1 CC), ou le lieu où se situe le centre de ses intérêts. Le domicile politique ne joue, dans ce contexte, aucun rôle décisif : le dépôt des papiers et l'exercice des droits politiques ne constituent, au même titre que les autres relations de la personne assujettie à l'impôt, que des indices propres à déterminer le domicile fiscal. Le lieu où la personne assujettie a le centre de ses intérêts personnels se détermine en fonction de l'ensemble des circonstances objectives et non en fonction des déclarations de cette personne. Dans cette mesure, il n'est pas possible de choisir librement un domicile fiscal (cf. ATF 132 I 29 consid. 4.1, 131 I 145 consid. 4.1, 125 I 458 consid. 2b, 125 I 54 consid. 2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_625/2009 du 16 février 2010 consid. 3.1, 2C_827/2008 du 16 juin 2009 consid. 3.1 et les références citées, 2C_576/2008 du 14 avril 2009 consid. 3.1; cf. également Daniel de Vries Reilingh, Le domicile des personnes physiques en droit fiscal intercantonal et international - état des lieux et comparaison in : Archives vol. 70 p. 275 spéc. p. 277 s.; cf. également arrêt du Tribunal fédéral du 20 janvier 1994 in : Archives vol. 63 p. 836 consid. 2a).
Ces considérations demeurent valables sous l'empire de la LIFD, qui, à son art. 3 al. 2, contient une définition analogue du domicile de la personne physique, laquelle correspond également à celle de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14; cf. art. 3 al. 2; cf. également ATF 132 I 29 consid. 4.1 in fine; arrêt du Tribunal fédéral 2P.171/2005 du 25 janvier 2006 consid. 2.2 in fine).
2.4 Autrement dit, la création d'un domicile au regard du droit fiscal nécessite la réunion de deux conditions cumulatives, l'une objective, l'autre subjective : (i) le séjour en un lieu donné, d'une part, et (ii) l'intention de la personne d'y résider durablement, d'autre part (cf. Yves Noël, Le domicile fiscal des personnes physiques dans la jurisprudence actuelle in : RDAF 2002 II 405 spéc. p. 406). La première condition requise pour la création du domicile fiscal est ainsi celle du séjour, de la présence physique de la personne en un lieu donné (cf. Peter Locher, Kommentar zum DBG : Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [ci-après : Kommentar zum DBG], vol. I, Bâle 2001, ch. 13 ad art. 3 LIFD). Ce séjour est plus qu'un simple passage, même si la loi n'en précise pas la durée minimale. Il peut être interrompu, mais doit avoir une certaine constance (cf. Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e éd., Zurich 2009, ch. 7 ss ad art. 3 LIFD). La deuxième condition, subjective, est celle de l'intention de la personne de s'établir durablement au lieu où elle réside. Cette composante intentionnelle du domicile fiscal n'est toutefois prise en compte que si l'intention est reconnaissable pour des tiers. Elle doit donc se manifester par des circonstances de fait dont tout tiers peut constater l'existence et qui sont de nature à établir que la personne a fait durablement d'un lieu donné le centre de ses relations personnelles et économiques. Comme déjà dit, la simple déclaration d'intention de résidence durable ne peut être prise en considération si elle n'est pas objectivement démontrable (cf. Paschoud, op. cit., ch. 15 ad art. 3 LIFD).
2.5 C'est le lieu de rappeler que la problématique de la détermination du domicile fiscal ne se pose que lorsque l'administré dispose, à tout le moins, d'un second logement, dans lequel il peut dormir (cf. RDAF 2002 II 405 spéc. p. 408; Martin Arnold, Der steuerrechtliche Wohnsitz natürlicher Personen im interkantonalen Verhältnis nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung in : Archives vol. 68 p. 449 spéc. p. 455). Si une personne séjourne alternativement à deux ou plusieurs endroits, ce qui est notamment le cas lorsque le lieu de travail ne coïncide pas avec le lieu de résidence habituelle, son domicile fiscal se trouve au lieu avec lequel elle a les relations les plus étroites (cf. ATF 132 I 29 consid. 4.2, 131 I 145 consid. 4.1, 125 I 458 consid. 2b et les références citées; arrêts du Tribunal fédéral 2C_625/2009 du 16 février 2010 consid. 3.1, 2C_827/2008 du 16 juin 2009 consid. 3.1 et les références citées, 2C_576/2008 du 14 avril 2009 consid. 3.1).
2.6
2.6.1 Pour le contribuable exerçant une activité lucrative dépendante, le domicile fiscal se trouve en principe à son lieu de travail, soit au lieu à partir duquel il exerce quotidiennement son activité lucrative, pour une longue durée ou pour un temps indéterminé, en vue de subvenir à ses besoins (cf. ATF 132 I 29 consid. 4.2, 125 I 54 consid. 2b et les références cités; arrêts du Tribunal fédéral 2C_625/2009 du 16 février 2010 consid. 3.1 et 2C_576/2008 du 14 avril 2009 consid. 3.1). Pour le contribuable marié, les liens créés par les rapports personnels et familiaux sont tenus pour plus forts que ceux tissés au lieu de travail. Pour cette raison, ces personnes sont imposables au lieu de résidence de la famille. Lorsque le contribuable marié qui exerce une activité lucrative dépendante (sans avoir de fonction dirigeante) revient chaque jour dans sa famille (pendulaire), son domicile fiscal est au lieu de résidence de la famille. Il en va de même lorsque ce même contribuable ne rentre dans sa famille que pour les fins de semaine et son temps libre (« Wochenaufenthalter »; cf. ATF 132 I 29 consid. 4.2 et les références citées; arrêts du Tribunal fédéral 2C_230/2008 du 27 août 2008 consid. 3.1 et 2C_646/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.2). Ce n'est que lorsque ce même contribuable ne rentre pas dans sa famille en fin de semaine ou pas avec la régularité nécessaire que son domicile fiscal principal est au lieu du travail, le lieu de résidence de la famille représentant alors pour lui un domicile fiscal secondaire (cf. ATF 132 I 29 consid. 4.2 et les références citées; RDAF 2002 II 405 spéc. p. 419 ss et les références citées; Archives vol. 70 p. 275 spéc. p. 279 et les références citées).
2.6.2 Il en va différemment en principe lorsque le contribuable exerce une activité lucrative dépendante dans une fonction dirigeante, telle que définie par le Tribunal fédéral comme étant un poste dirigeant dans (i) une entreprise économiquement importante, ce qui suppose qu'il assume (ii) une responsabilité particulière et qu'il a (iii) sous ses ordres un nombreux personnel (cf. ATF 132 I 29 consid. 4.3 et les références citées; arrêts du Tribunal fédéral 2P.2/2003 du 7 janvier 2004 consid. 2.3 et 2P.335/2001 du 29 juillet 2002 consid. 2.2). Dans une telle hypothèse, lorsque le contribuable rentre dans sa famille pour les fins de semaine et son temps libre, le Tribunal fédéral admet qu'il a son domicile fiscal principal au lieu du travail et un domicile secondaire au lieu de résidence de la famille. Toutefois, lorsque ce même contribuable rentre chaque jour dans sa famille, le Tribunal fédéral considère qu'il a son domicile fiscal au lieu de résidence de sa famille malgré sa position dirigeante (cf. ATF 132 I 29 consid. 4.2 et les références cités; Kurt Locher/Peter Locher, Die Praxis der Bundessteuern, 3e partie : Das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht - la double imposition intercantonale, Bâle 1994, § 3, I B, 1b, ch. 1-19 et § 3, I B, 2a, ch. 15).
2.6.3 Cela étant, il sied de préciser que la LIFD connaît le principe de l'unité du domicile fiscal en tant que cause de rattachement à l'impôt fédéral direct (cf. Richner/Frei/Kaufmann, op. cit., ch. 35 s. ad art. 3 LIFD; Paschoud, op. cit., ch. 18 ad art. 3 LIFD; cf. également sur l'unicité du domicile Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Zurich 2001, ch. 2 ad art. 3 LIFD; Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse [impôts directs], 4e éd, Berne 2002, p. 31). Aussi, le domicile alternant, qui ne doit intervenir qu'à titre exceptionnel (cf. ATF 125 I 458 consid. 2d et les références citées), peut être pertinent exclusivement en droit fiscal intercantonal et non en matière d'IFD. Celui-ci est réalisé lorsqu'une personne réside en cours de période fiscale dans deux endroits dont il faut considérer, au regard de l'ensemble des circonstances, qu'il constituent l'un et l'autre un centre des relations personnelles et économiques (cf. ATF 131 I 145 consid. 4.2; Ernst Höhn/Peter Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4e éd., Berne 2000, p. 93 ss; Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, Berne 2005, p. 64).
2.7
2.7.1 La jurisprudence ci-dessus exposée est également applicable aux personnes célibataires, dont la famille comprend, en principe, les parents et les frères et soeurs. Toutefois, les critères auxquels le Tribunal fédéral se réfère pour faire prévaloir le lieu des relations familiales sur celui du travail sont appréciés de manière particulièrement stricte, notamment s'agissant du retour régulier, tant il est vrai que les rapports d'une personne célibataire, en particulier, avec ses parents seront généralement plus lâches que les liens entre époux. En règle générale, malgré un retour hebdomadaire régulier au lieu où réside la famille, l'activité lucrative exercée au lieu du travail, le cas échéant compte tenu des relations personnelles et sociales à cet endroit, l'emporte par rapport aux relations à l'autre lieu, notamment en raison de l'investissement demandé par la profession, si le contribuable dispose de son propre logement au lieu de travail, qu'il y vit en concubinage ou sous une autre forme de partenariat ou qu'il y entretient un cercle d'amis et de connaissances appréciable, lorsqu'il est personnellement et économiquement autonome. Dans ce contexte, la durée des rapports de travail ainsi que l'âge du contribuable ont une importance particulière (cf. ATF 125 I 54 consid. 2b/bb et les références citées; arrêts du Tribunal fédéral 2C_230/2008 du 27 août 2008 consid. 3.1 et les références citées, 2C_646/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.3, 2P. 159/2006 du 14 novembre 2006 consid. 2.2; RDAF 2002 II 405 spéc. p. 409 ss; Archives vol. 70 p. 275 spéc. p. 279 ss).
Peu nombreuses seront dès lors les exceptions à la fixation du domicile fiscal au lieu de travail lorsque les personnes concernées, célibataires, n'ont pas ou plus de relations familiales à leur lieu de résidence en fin de semaine (cf. RDAF 2002 II 405 spéc. p. 409 s.; RF 5/2001 p. 340). Il convient par conséquent d'admettre avec retenue que les liens avec une telle résidence sont plus forts que ceux qui existent avec le lieu de travail (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2P.171/2005 du 25 janvier 2006 consid. 2.2).
2.7.2 La jurisprudence admet ainsi que l'activité lucrative dépendante déployée au lieu du travail où réside le célibataire pendant la semaine crée la présomption qu'il y a son domicile. Cette présomption n'est renversée que si le célibataire rentre régulièrement, soit au moins une fois par semaine, au lieu de résidence de sa famille en raison de rapports particulièrement étroits avec celle-ci ainsi que d'autres relations personnelles et sociales. Ce n'est que si le célibataire peut se prévaloir de tels rapports avec sa famille et le lieu où elle réside et qu'il les établit, qu'il incombe alors au canton où il séjourne durant la semaine d'apporter la preuve de l'importance des relations économiques et, le cas échéant, personnelles au lieu de travail (sur le fardeau de la preuve Archives vol. 63 p. 836 spéc. p. 842 consid. 3c; cf. ATF 125 I 54 consid. 3a; arrêts du Tribunal fédéral 2C_646/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.4, 2P.159/2006 du 14 novembre 2006 consid. 2.3 et les références citées; Archives vol. 70 p. 275 spéc. p. 279 ss; RDAF 1998 II p. 67 spéc. 70 consid. 2c in fine).
Cette appréciation restrictive prend précisément en compte la situation réelle : les impôts directs ont pour justification et pour objectif de couvrir les dépenses générales engagées par la collectivité pour ceux qui en font partie. Or, des personnes célibataires sollicitent en général les infrastructures publiques et les prestations de la collectivité de manière plus intense au lieu où elles exercent leur activité lucrative et séjournent la majeure partie de la semaine qu'à l'endroit où elles passent leur temps libre (cf. ATF 125 I 54 consid. 2b/cc). L'imposition de la personne célibataire à son lieu de travail se justifie également en regard de la situation de contribuables mariés qui passent régulièrement la fin de semaine dans un autre canton - avec lequel leurs attaches émotionnelles sont le cas échéant très fortes - que celui de leur lieu de travail et qui sont imposés à ce dernier endroit s'ils y passent la semaine ensemble (cf. ATF 123 I 289 consid. 2c; RF 5/2001 p. 344; RDAF 1999 II 184). Ainsi, pour le Tribunal fédéral, l'exercice d'une activité lucrative est par définition de nature durable, ce qui remplit la condition subjective du domicile et fait que, pour les célibataires, le principe du domicile fiscal au lieu de travail est la règle (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2P.171/2005 du 25 janvier 2006 consid. 2.2; RDAF 2002 II 405 spéc. p. 410; Archives vol. 68 p. 449 spéc. p. 455).
2.8
2.8.1 Finalement et pour être complet, il sied de rappeler que, de jurisprudence constante, le produit d'une activité lucrative indépendante découlant de l'exploitation d'un établissement commercial au moyen d'installations fixes et permanentes, ainsi que la fortune mobilière investie en vue d'exercer cette activité sont imposables dans le canton de l'établissement stable (cf. ATF 121 I 259 consid. 2b et les références citées; arrêts du Tribunal fédéral 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 4.3 et les références citées, 2C_770/2008 du 4 mars 2009 consid. 2.2; Archives vol. 58 p. 541 consid. 2a; K. Locher/P. Locher, op. cit., § 5, II A, ch. 1-6).
2.8.2 Pour savoir si une activité lucrative doit être considérée comme dépendante ou indépendante du point de vue fiscal, l'élément décisif est la mesure de l'indépendance personnelle et économique de l'intéressé dans l'accomplissement de sa tâche (cf. ATF 121 I 259 consid. 3c et les références citées, 95 I 21 consid. 5b; arrêts du Tribunal fédéral 2A.400/2006 du 17 avril 2007 consid. 6.3 et 2A.4/2002 du 28 juin 2002 consid. 4.1; Yves Noël in : Danielle Yersin/Yves Noël [Editeurs], Impôt fédéral direct - Commentaire de la Loi sur l'impôt fédéral direct [ci-après : Commentaire LIFD], Bâle 2008, ch. 4 ad art. 18 LIFD). Exerce une activité dépendante celui qui s'engage pour une durée déterminée ou indéterminée à fournir des prestations contre rémunération en se soumettant aux instructions de son employeur. Est indépendant celui qui exerce son activité selon sa propre organisation librement choisie - reconnaissable de l'extérieur - et à ses propres risques et profits (cf. ATF 121 I 259 consid. 3c et les références citées; arrêts du Tribunal fédéral 2A.400/2006 du 17 avril 2007 consid. 6.3 et 2A.4/2002 du 28 juin 2002 consid. 4.1; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 176 ss; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3e éd., Bâle 2007, § 7 ch. 26 ss; Markus Reich in : Martin Zweifel/Peter Athanas [Editeurs], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), vol. I/2a, 2e éd., Bâle 2008, ch. 14 ad art. 18 LIFD). La nature juridique des rapports civils (contrat de travail ou de mandat) ou la qualification des revenus qui en découlent pour les assurances sociales ne sont pas décisives sous l'angle du droit fiscal. Elles constituent néanmoins des indices (cf. ATF 121 I 259 consid. 3c; arrêts du Tribunal fédéral 2A.400/2006 du 17 avril 2007 consid. 6.3 et 2A.4/2002 du 28 juin 2002 consid. 4.1; Noël, Commentaire LIFD, ch. 4 ad art. 18 LIFD).
La qualification d'une activité comme dépendante ou indépendante doit se faire dans chaque cas particulier en fonction de l'ensemble des circonstances (cf. ATF 122 V 281 consid. 3 à 5; arrêts du Tribunal fédéral 2A.400/2006 du 17 avril 2007 consid. 6.3 et 2A.4/2002 du 28 juin 2002 consid. 4.1). Le poids respectif des divers critères applicables en la matière peut varier selon les cas. Le fait que le contribuable fournisse ses prestations sur la base d'un mandat ou qu'il jouisse d'une grande liberté personnelle dans l'organisation de son travail n'exclut pas nécessairement que l'activité en question soit, du point de vue fiscal, qualifiée de dépendante, lorsque d'autres éléments militent en faveur d'une telle qualification.
Ainsi, selon la jurisprudence en matière de double imposition intercantonale (cf. ATF 121 I 259 consid. 3d et 4b; arrêt du Tribunal fédéral 2A.4/2002 du 28 juin 2002 consid. 4.1; cf. également arrêt du Tribunal fédéral 2A.468/1999 du 27 octobre 2000 consid. 4b/aa; Noël, Commentaire LIFD, ch. 4 ad art. 18 LIFD), l'administrateur d'une société exerce une activité dépendante. En effet, s'il jouit d'une grande liberté personnelle pour l'organisation de son travail, il est néanmoins membre d'un organe en général collectif (cf. art. 707 al. 1 du code des obligations du 30 mars 1911 [CO, RS 220]) dont l'activité et les décisions sont soumises à la loi (cf. art. 707 ss CO) et aux statuts de la société. Il est en outre nommé et peut être révoqué par l'assemblée générale à laquelle il doit rendre des comptes (cf. art. 698 al. 2 ch. 2 et 5, 705 et 716a ch. 6 CO). Son indépendance économique est de plus limitée et sa rémunération consiste souvent en indemnités forfaitaires. Même s'il reçoit des sommes liées à l'importance de son travail ou aux résultats de l'entreprise (tantièmes), il n'exerce toutefois pas à proprement parler son activité à ses risques et profits. Sur le plan économique, il n'a pas la liberté de facturer les honoraires qu'il veut. Dès lors, même si elle tient du mandat, son activité n'a pas la liberté de celle d'un indépendant fournissant ses prestations sous sa seule responsabilité. Au surplus, cette solution permet de ne pas créer de divergences importantes avec d'autres domaines juridiques, notamment avec celui des assurances sociales.
3.
En l'espèce, il incombe au Tribunal de céans de déterminer si c'est à bon droit que le for fiscal du recourant a été attribué, en matière d'impôt fédéral direct, au canton de A._______ pour les périodes fiscales 2001 (y compris les périodes fiscales 1999/2000 [revenus extraordinaires 1999/2000]), 2002, 2003, 2004 et 2005. A cet égard, il s'agira de vérifier dans lequel des cantons de A._______, B._______ ou C._______, l'assujettissement illimité du recourant doit intervenir. Pour ce faire, il conviendra de traiter, dans cet ordre, de la période fiscale 1999/2000 - pour laquelle, il y aura également lieu de se prononcer sur la portée du courrier daté du 19 novembre 1999 de l'AF A. (consid. 4) - des périodes fiscales 2001 à 2002 (consid. 5) et de celles de 2003 à 2005 (consid. 6). Enfin, il s'agira de tirer les conséquences qui s'imposent pour la présente contestation (consid. 7).
4.
4.1 En ce qui concerne la période fiscale 1999/2000, il ressort du dossier que le recourant - qui a trois enfants, nés respectivement en 1987, 1989 et 1991, et qui était à l'époque marié - louait depuis le 1er octobre 1994 à A1._______, un appartement comprenant sept pièces et d'une surface d'un peu plus de 220 m². Le loyer mensuel de ce logement s'élevait à Fr. 6'443.--, auquel s'ajoutait un acompte mensuel de charges par Fr. 300.-- (cf. pièce no 17 du dossier de l'AFC).
En 1999, les époux X._______ ont conclu une convention par laquelle ils se sont autorisés à vivre séparés depuis le mois de mars 1999. S'agissant des trois enfants, ce document précisait, notamment, que les deux parents exerceraient en commun les responsabilités découlant des droits de garde ainsi que de l'autorité parentale et qu'à défaut d'entente entre les parents, les trois enfants seraient confiés à la garde alternée de chacun des deux parents de la manière suivante : pendant les périodes scolaires, le benjamin - qui devait continuer sa scolarité auprès de l'Externat *** à A._______ - séjournerait trois semaines sur quatre auprès de sa mère et une semaine sur quatre auprès de son père; pendant les période scolaires, les enfants seraient un week-end sur deux après de leur mère et un week-end sur deux auprès de leur père; les trois enfants passeraient la moitié de leur vacances scolaires auprès de leur mère et l'autre moitié auprès de leur père. Ledit document indiquait encore que l'aînée et la cadette passeraient l'année scolaire 1999/2000 à l'internat *** dans le canton de E._______ (cf. pièce no 1 du dossier de l'AFC).
Le 15 mai 1999, le recourant et son épouse ont pris en location un appartement de quatre pièces sis à A2._______. Le loyer annuel de ce logement se montait à Fr. 31'188.-- sans charges (cf. pièce no 18 du dossier de l'AFC). En date du 15 juin 1999, le recourant s'est installé dans ledit appartement (cf. pièce no 3 du dossier de l'AFC). Celui-ci occupait à l'époque le poste de directeur de la succursale du canton de A._______ de la société Z._______, dont le siège principal se trouve à D._______ (cf. pièce no 10 du dossier de l'AFC). Le 1er décembre 1999, le recourant a déposé ses papiers au contrôle des habitants de B1._______ dans le canton de B._______ (cf. pièce no 19 du dossier de l'AFC), commune où lui et son épouse avait acquis un chalet en 1998 (cf. pièce no 2 du dossier du recourant).
4.2
4.2.1 Au vu de ce qui précède, il appert que, durant la période fiscale 1999/2000, le recourant occupait un poste salarié et que, bien que séparé de fait depuis le mois de juin 1999, il était encore marié. A cet égard, on rappellera que la convention conclue en 1999 par les époux X._______ précisait que ces derniers souhaitaient organiser leur vie de manière à favoriser un rapprochement et qu'il ne s'agissait pas d'une convention en vue d'un divorce (cf. pièce no 1 du dossier de l'AFC). Il s'ensuit que la situation du recourant pendant la période fiscale susdite était celle d'une personne mariée. Or, si pour le contribuable exerçant une activité lucrative dépendante, le domicile fiscal se trouve en principe à son lieu de travail, pour le contribuable marié il se situe au lieu de résidence de la famille, les liens créés par les rapports personnels et familiaux étant tenus pour plus forts que ceux tissés au lieu de travail (cf. consid. 2.6.1 ci-avant).
4.2.2 Cela étant précisé, il y a lieu de relever, premièrement, que le recourant avait, depuis la séparation de fait d'avec son épouse, pris en location un deuxième appartement à A._______, autre que l'appartement familial. Force est de constater que ce nouveau logement, comprenant quatre pièces, dépassait la taille d'un simple « pied-à-terre » destiné aux seuls besoins de la profession. Un tel appartement permettait, en effet, au recourant d'accueillir ses trois enfants, voire de recevoir d'autres personnes de la famille ou encore d'entretenir des relations sociales. Autrement dit, il permettait un séjour d'une certaine durée, de sorte qu'il convient d'admettre - ici déjà - que le recourant disposait dans le canton de A._______ d'un lieu de séjour d'une certaine constance (cf. consid. 2.4 ci-avant).
4.2.3 Deuxièmement, il sied de souligner que la succursale de la société Z._______, qui employait à l'époque le recourant en qualité de directeur, avait et a toujours son siège à A._______, ***. A cet adresse, le recourant disposait d'un bureau personnel et avait directement sous ses ordres, à tout le moins, une secrétaire. Il s'ensuit que la succursale du canton de A._______ présentait certainement une configuration plus adaptée que les locaux de D._______ de la société susdite, où le recourant n'avait pas à disposition de bureau et n'employait aucun personnel, ou encore que le chalet de B1._______, qui - au regard des photographies déposées par le recourant devant le Tribunal de céans (cf. pièce no 4 du dossier du recourant) - présentait un aménagement davantage approprié à un lieu de vie. Au surplus, le recourant n'a pas apporté la preuve de la fréquence avec laquelle il exerçait son activité lucrative dans son chalet de B1._______ ou au siège de la société Z._______ à D._______. S'agissant de ce dernier lieu, il s'est contenté d'indiquer qu'il devait se rendre régulièrement à D._______ afin de rendre compte de son travail à ses supérieurs. De même, le recourant n'a prouvé ni le nombre ni la durée de ses voyages d'affaires à l'étranger. Cela étant, ce point n'est pas déterminant, puisque - peu importe la fréquence avec laquelle le recourant se rendait à l'étranger pour des voyages d'affaires - c'est à A._______ qu'il disposait, comme déjà dit, des infrastructures et du personnel lui permettant d'exercer son activité professionnelle. On ne peut, en effet, considérer que le recourant était en mesure d'effectuer toutes les tâches inhérentes à son poste de directeur de la succursale du canton de A._______ de la société Z._______, que se soit depuis son chalet de B1._______, depuis le siège de la société susdite à D._______ ou encore depuis l'étranger. Dans ces conditions, force est de constater que le lieu de travail du recourant se situait durant la période fiscale 1999/2000 dans le canton de A._______, canton dans lequel se trouvait par voie de conséquence le centre de ses intérêts économiques (cf. consid. 2.4 et 2.6.1 ci-avant).
A ce stade, il convient de rappeler que le lieu de travail revêt, dans la détermination du domicile fiscal, une importance particulière lorsque le contribuable exerce une activité lucrative dépendante dans une fonction dirigeante (cf. consid. 2.6.2 ci-avant). Certes, en s'arrêtant à la seule dénomination de « directeur » de la succursale du canton de A._______ de la société Z._______, sans production de cahier des charges ni organigramme de ladite société et au regard des seuls éléments ressortant du dossier, il ne peut être établi de manière certaine que le recourant exerçait une activité répondant aux conditions d'une position dirigeante dans le canton de A._______ durant la période fiscale 1999/2000. Cela étant, cette question peut rester indécise, car quelle que soit la réponse qui y serait donnée, le Tribunal de céans arriverait aux mêmes conclusions. En effet, dans le cas présent, le domicile fiscal se trouvait dans le canton de A._______, non seulement en raison de la localisation en cet endroit du lieu de travail, mais également, car - comme démontré ci-après - c'est aussi dans ce canton que se situait le centre des relations personnelles du recourant.
4.2.4 Ainsi et troisièmement, il sied de relever que la convention conclue en 1999 par les époux X._______ indiquait, en particulier, que le domicile familial était maintenu à A1._______. A cet égard, on soulignera tout d'abord que, pendant la période fiscale 1999/2000, le benjamin du recourant était scolarisé auprès de l'Externat *** à A._______. Or - compte tenu de la garde alternée et du fait qu'à défaut d'entente entre les parents, le fils du recourant devait séjourner trois semaines sur quatre auprès de sa mère et une semaine sur quatre auprès de son père - on ne peut considérer que le père ait pu exercer son droit de garde en habitant dans le chalet de B1._______. De plus, ses trois enfants étaient nés dans le canton de A._______ (cf. pièce no 6 du dossier de l'AFC), où ils avaient grandi et avaient leurs repères affectifs. Il s'ensuit que, selon toute vraisemblance, le droit de garde du recourant était exercé à A._______, ville dans laquelle le recourant disposait - comme déjà dit (cf. consid. 4.2.1 ci-avant) - d'un appartement adapté pour accueillir ses enfants. A ce sujet, il convient encore de relever que le logement de l'épouse, qui faisait également office de domicile familial, était situé non loin de l'appartement du recourant, à savoir dans le même quartier. Par ailleurs, le recourant n'a apporté aucun élément de preuve accréditant la thèse selon laquelle ses trois enfants le rejoignaient à B1._______, en particulier un week-end sur deux.
Dans ces conditions, le Tribunal de céans constate que lieu de résidence de la famille se trouvait dans le canton de A._______, endroit où vivaient à la semaine l'épouse et le benjamin et où revenaient régulièrement l'aînée et la cadette, compte tenu de l'exercice conjoint du droit de garde par leurs parents. En conclusion, force est d'admettre que, durant la période fiscale 1999/2000, le lieu de résidence de la famille, de même que - comme démontré ci-avant - le lieu de travail du recourant, se situaient dans le canton de A._______. S'y ajoute, en outre, le fait que le recourant ne peut raisonnablement se prévaloir de n'entretenir aucune relation, en particulier d'ordre amical dans le canton de A._______. Ce dernier y vivait, en effet, déjà en 1984 (cf. pièce no 3 du dossier de l'AFC) et en est originaire.
4.2.5 En comparaison avec les liens professionnels et personnels susmentionnés, les éléments rattachant le recourant au canton de B._______, plus spécifiquement à B1._______ (chalet, dépôt des papiers, bordereaux d'impôts, compte courant à ***, garagiste), apparaissent d'un poids clairement moins important. En effet, un rattachement qui apparaît motivé surtout par le fait de passer dans ce lieu du temps libre, fût-ce en compagnie d'autres membres de sa famille - à savoir de ses enfants - qui n'y vivent pas de manière permanente, apparaît ténu, ce d'autant plus que cet élément n'est en soi pas prouvé. A cet égard, on notera encore que dans ses prises de position des 21 septembre 2006 (cf. pièce no 26 du dossier de l'AFC) et 27 novembre 2008 (cf. pièce no 14 du dossier du TAF), l'Intendance B. a, en particulier, contesté l'existence d'un domicile fiscal à B1._______ durant la période susdite. Par conséquent et au vu de ce qui précède, le Tribunal de céans considère que le domicile fiscal du recourant se situait pendant la période fiscale 1999/2000 dans le canton de A._______.
4.2.6 Notons enfin que même si on admettait, déjà pour la période fiscale précitée, que la situation du recourant devait être assimilée, en tant que personne séparée de fait, à celle d'une personne célibataire, son domicile fiscal se trouverait, néanmoins, dans le canton de A._______. En effet, la jurisprudence admet que l'activité lucrative dépendante déployée au lieu du travail où le célibataire dispose de son propre logement - comme c'était le cas en l'occurrence - crée la présomption qu'il y a son domicile. Cette présomption n'est renversée que si le célibataire rentre régulièrement, soit au moins une fois par semaine, au lieu de résidence de sa famille en raison de rapports particulièrement étroits avec celle-ci ainsi que d'autres relations personnelles et sociales (cf. consid. 2.7.2 ci-avant). Or - comme démontré ci-avant - le lieu de résidence de la famille du recourant, ainsi que celui de ses relations personnelles et sociales se situaient dans le canton de A._______, de sorte que la présomption du domicile fiscal au lieu de travail serait, même dans cette hypothèse, renforcée par le lieu du centre des relations personnelles du recourant.
4.3 Demeure à déterminer la portée du courrier daté du 19 novembre 1999 de l'AF A. (cf. pièce no 5 du dossier de l'AFC), plus précisément d'examiner le grief de violation du principe de la protection de la bonne foi invoqué par le recourant.
4.3.1 Le principe de la protection de la bonne foi, inscrit à l'art. 2 CC est un principe général du droit valable également en droit public, découlant à ce titre directement de l'art. 4 al. 1 aCst., respectivement de l'art. 9 Cst. (cf. Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. II, Les droits fondamentaux, Berne 2000, ch. 1115 ss; Pierre Moor, Droit administratif, vol. I, 2e éd., Berne 1994, p. 428 ss). Le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (cf. ATF 129 I 161 consid. 4.1, 128 II 112 consid. 10b/aa; arrêts du Tribunal fédéral 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 6.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.1 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1).
4.3.2 Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (i) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (ii) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (iii) que l'administré n'ait pas pu se rendre immédiatement compte de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (iv) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, et (v) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (cf. ATF 131 V 472 consid. 5, 131 II 627 consid. 6.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_830/2008 du 11 novembre 2009 consid. 5.2 et 1C_242/2007 du 11 juin 2008 consid. 3.3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.2 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/Bâle/Genève 2006, p. 130 ss, spéc. p. 140 ss ch. 668 ss).
En outre, l'intérêt privé à la protection de la confiance doit être supérieur à l'intérêt public à une correcte application du droit, afin que le principe de la bonne foi puisse trouver application (cf. ATF 131 V 472 consid. 5, 131 II 627 consid. 6.1; arrêt du Tribunal fédéral 1C_242/2007 du 11 juin 2008 consid. 3.3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.2 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1; Häfelin/Müller/Uhlmann, op. cit., ch. 626 ss et 668 ss; Beatrice Weber-Dürler, Neuere Entwicklungen des Vertrauensschutzes, in : Zentralblatt für Schweizerisches Staats- und Verwaltungsrecht [ZBl] 2002 p. 301 s.).
4.3.3 Selon dite jurisprudence du Tribunal fédéral, qui n'est pas unanimement approuvée par la doctrine, la protection de la confiance serait d'une étendue moindre en droit fiscal par rapport aux autres domaines du droit, en raison de l'importance que revêt le principe de la légalité dans ce domaine. Dès lors, un assujetti pourrait prétendre à un traitement différent de celui prévu par la loi uniquement dans la mesure où les conditions précitées sont réunies de manière claire et sans équivoque; l'appréciation devrait ainsi en être stricte (cf. ATF 131 II 627 consid. 6.1, 118 Ib 312 consid. 3b; arrêts du Tribunal fédéral 2C_830/2008 du 11 novembre 2009 consid. 5.2 et 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3; Archives vol. 70 p. 771 consid. 6a; arrêts du Tribunal administratif A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 9.1.3 et A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1; Blumenstein/Locher, op. cit, p. 28; contra : JAAC 60.16 consid. 3c/bb; Moor, op. cit., p. 429; Oberson, op. cit., § 3 ch. 68 ss; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 95; Xavier Oberson/Annie Rochat Pauchard, La jurisprudence du Tribunal fédéral rendue en 2004 en matière de TVA, in : Archives vol. 75 p. 49).
4.3.4 En l'occurrence, le recourant se prévaut de l'écrit du 19 novembre 1999 de l'AF A., aux termes duquel l'administration fiscale a indiqué qu'au vu des éléments fournis par le contribuable dans son courrier du 23 août 1999 (cf. pièce no 4 du dossier de l'AFC), elle reconnaissait le transfert du domicile fiscal à B1._______ et ne revendiquerait pas, nonobstant la location d'un appartement dans le canton de A._______, l'assujettissement en vertu de l'exercice d'une activité dirigeante.
4.3.4.1 A cet égard, il sied tout d'abord de préciser que lorsqu'un administré sollicite des informations de la part de l'administration - comme en l'espèce - il est déterminant que l'autorité questionnée soit en possession de tous les éléments nécessaires pour répondre correctement. Des informations lacunaires, comme par exemple un état de fait incomplet ou qui n'est pas présenté de la même manière que celle qui ressort au terme d'un contrôle, ne sont pas susceptibles de lier l'autorité (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1561/2007 du 4 juillet 2008 consid. 5.1.3 et les références citées; décision de la Commission fédérale de recours en matière de douanes [CRD] 2002-158 du 14 novembre 2003 consid. 4b/bb et les références citées).
4.3.4.2 Dans le cas présent, même en admettant que l'état de fait porté à la connaissance de l'AF A. était complet, il appert qu'il ne correspondait pas à la situation constatée a posteriori. En effet, le recourant alléguait dans son courrier du 23 août 2009 que le centre de ses intérêts vitaux ne se trouvait plus dans le canton de A._______, mais à B1._______ dans le canton de B._______. Or, au regard des développements ci-dessus, il apparaît que, pour la période fiscale 1999/2000, le centre des relations personnelles et économiques du recourant se trouvait dans le canton de A._______. Il s'ensuit que, même si l'information donnée par l'administration est correcte, elle se fonde sur des prémisses - à savoir les indications données par le recourant - erronées, de sorte que celui-ci doit en supporter les conséquences (cf. décision de la CRD 2002-158 du 14 novembre 2003 consid. 4b/bb). Ne pouvant, dès lors, reprocher à l'AF A. une inexactitude dans les renseignements donnés, la condition (iii) mentionnée au consid. 4.3.2 ci-avant n'est pas réalisée.
4.3.4.3 En outre, il y a lieu de constater que le recourant n'a pris aucune disposition à laquelle il ne saurait renoncer sans subir de préjudice. Celui-ci n'indique d'ailleurs nullement quelles seraient les mesures qu'il aurait prises, en se fondant sur les assurances de l'AF A., sur lesquelles il ne pourrait revenir sans que cela entraîne pour lui un quelconque dommage. Dès lors, il appert que la condition (iv) exposée ci-dessus (cf. consid. 4.3.2) n'est pas non plus remplie, de sorte qu'au moins deux des cinq conditions cumulatives présidant à la protection de la bonne foi du citoyen envers l'administration ne sont pas réalisées. Dans ces circonstances, l'argument tiré d'une violation du principe de la bonne foi apparaît mal fondé et doit être rejeté.
5.
5.1 S'agissant ensuite des périodes fiscales 2001 et 2002, il résulte des pièces au dossier que, par jugement du 6 février 2001, le Tribunal de première instance du canton de A._______ a dissous par le divorce le mariage contracté par les époux X._______ et a attribué aux parents l'autorité parentale conjointe sur les trois enfants. S'agissant du droit de garde, ledit jugement a donné acte aux parents que les enfants, qui étaient scolarisés en internat, passeraient alternativement un week-end sur deux avec leur père et leur mère et qu'ils demeureraient la moitié des vacances scolaires avec chacun de leur parents (cf. pièce no 6 du dossier de l'AFC).
Le 30 novembre 2001, le recourant a quitté la commune de B1._______ (cf. pièce no 19 du dossier de l'AFC) pour prendre en location, le 1er décembre 2001, un appartement de 3,5 pièces sis à C1._______. Le loyer mensuel dudit logement s'élevait à Fr. 3'600.--, auquel s'ajoutait un acompte mensuel de charges par Fr. 200.-- (cf. pièce no 7 du dossier de l'AFC). Le recourant a résilié le bail relatif à cet appartement pour le 20 mars 2002 et l'a effectivement libéré le 11 avril suivant (cf. pièce no 8 du dossier de l'AFC). Au regard du courrier daté du 27 août 2007, portant confirmation du contrat de bail et déposé pour la première fois devant le Tribunal de céans (cf. pièce no 18' du dossier du recourant), il a loué, du 1er mars 2002 au 31 octobre 2004, à C2._______, un appartement et deux places de parc pour un loyer mensuel de Fr. 4'000.--, charges comprises.
5.2
5.2.1 Tout d'abord, il convient de souligner que, durant les périodes fiscales 2001 et 2002, le recourant était toujours salarié. De plus, en tant que personne divorcée, les principes relatifs au domicile fiscal de personnes mariées ne lui étaient plus applicables. Sa situation était plutôt comparable à celle d'une personne célibataire, si ce n'est qu'il faut bien évidemment tenir compte des relations qu'il entretenait avec ses enfants. Or - comme déjà dit - la jurisprudence admet que l'activité lucrative dépendante déployée au lieu du travail où le célibataire dispose de son propre logement crée la présomption qu'il y a son domicile (cf. consid. 2.7.2 et 4.2.6 ci-avant). A ce sujet, on rappellera que les critères auxquels le Tribunal fédéral se réfère pour faire prévaloir le lieu des relations familiales et sociales sur celui du travail sont appréciés de manière particulièrement stricte, notamment s'agissant du retour régulier (cf. consid. 2.7.1 ci-avant).
5.2.2 Cela étant précisé, il sied de relever que - dans la mesure où, durant les périodes fiscales susdites, le recourant occupait encore le poste de directeur de la succursale du canton de A._______ de la société Z._______ - son lieu de travail et, partant, le centre de ses intérêts économiques se trouvaient - pour les raisons déjà exposées au consid. 4.2.3 ci-avant - dans le canton de A._______, où il disposait toujours de l'appartement situé à A2._______.
Si le Tribunal de céans a dû, en particulier, admettre que le recourant n'était pas en mesure d'effectuer toutes les tâches inhérentes à sa fonction depuis son chalet de B1._______ ou encore depuis les locaux de D._______ de la société susdite, il doit considérer que l'exercice de l'activité lucrative depuis l'un des deux appartements - que le recourant a loués successivement dans le canton de C._______ - était encore plus improbable. La distance séparant le lieu de travail, soit la ville de A._______, et les deux appartements précités - sis respectivement à C1._______ et C2._______ - était considérable, puisqu'elle représentait environ 310 km. En outre, ces logements présentaient certainement une configuration moins adaptée que les locaux de la succursale du canton de A._______ où, comme déjà dit, le recourant disposait d'un bureau personnel et avait sous ses ordres, à tout le moins, une secrétaire. S'agissant de l'appartement pris en location à C1._______, son confort était d'ailleurs sommaire et il ne permettait au recourant que de se loger de manière relativement précaire (cf. pièce no 9 du dossier de l'AFC). L'ensemble de ces éléments contredit, d'une part, le fait que le recourant ait pu partir de C1._______ ou de C2._______ pour exercer son activité professionnelle et, d'autre part, le fait qu'il ait pu y effectuer les différentes tâches relevant de son poste de directeur de la succursale du canton de A._______ de la société Z._______. Notons que le certificat de salaire pour la déclaration d'impôt, portant sur la durée d'engagement du 1er janvier au 31 décembre 2002, vient étayer, si besoin était, le fait que le lieu de travail du recourant se situait bien dans le canton de A._______ (cf. pièce no 11 du dossier de l'AFC).
5.2.3 Par ailleurs, la présomption du domicile fiscal au lieu de travail est ici renforcée par le lieu où se situait le centre des relations personnelles du recourant. Certes, ses trois enfants étaient scolarisés en internat durant la période visée. Toutefois et comme exposé au consid. 4.2.4 ci-avant, il est hautement probable que le droit de garde du recourant était exercé à A._______, ville dans laquelle ses trois enfants étaient nés, avaient grandi et retournaient régulièrement compte tenu de la garde exercée conjointement par leurs parents. A ce sujet, on relèvera une certaine contradiction entre les explications et agissements du recourant. Argumentant, pour la période fiscale 1999/2000, avoir transféré son domicile à B1._______ afin de se rapprocher de ses enfants, il a décidé de déménager dans le canton de C._______, alors que le benjamin - qui était durant la période susdite scolarisé à A._______ - rejoignait ses soeurs à l'internat ***. En outre - même si, comme déjà dit (cf. consid. 4.2.5 ci-avant), un rattachement motivé, pour l'essentiel, par le fait de passer dans un lieu déterminé du temps libre, fût-ce en compagnie d'autres membres de la famille qui n'y vivent pas de manière permanente, apparaitrait au vu de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce ténu - il y a lieu de souligner que le recourant n'a, à aucun moment, prétendu que, durant les périodes fiscales 2001 et 2002, c'est dans le canton de C._______ qu'il a accueilli ses trois enfants pour le week-end ou pour les vacances.
Cela étant, comme développé ci-dessus (cf. consid. 4.2.4 in fine ci-avant), le recourant entretenait, selon toute vraisemblance, des relations personnelles et sociales dans le canton de A._______, ne serait-ce qu'en raison de la durée de son séjour à cet endroit, ainsi que du fait qu'il s'agissait de son lieu de travail. A cet égard, on notera que, lors de son audition du 8 novembre 2005 par l'AF A., le recourant a expliqué qu'il possédait des liens sociaux à A._______, [...] (cf. pièce no 22 du dossier de l'AFC), ce qu'il n'a pas contesté par la suite. Ce dernier n'a, par ailleurs, nullement prétendu avoir entretenu, pendant les périodes fiscales 2001 et 2002, de quelconques relations personnelles, en particulier d'ordre social, dans le canton de C._______ et, plus spécifiquement, dans les communes de C1._______ et C2._______. S'y ajoute le fait que le recourant - qui n'a aucunement allégué pouvoir s'exprimer en allemand ou encore en suisse-allemand - ne pouvait raisonnablement se prévaloir d'une quelconque intégration dans le canton de C._______.
Enfin, le recourant a indiqué avoir souhaité transférer son domicile dans le canton de C._______ afin de réduire ses charges. Si l'on tient compte du fait que la prise en location d'un nouveau logement - alors que le recourant conservait son appartement à A._______ et son chalet à B1._______ - était indéniablement source de dépenses supplémentaires, il appert que c'est en réalité des considérations purement fiscales qui ont guidé le choix du domicile du recourant et en aucun cas parce que ce dernier envisageait sérieusement de situer le centre de ses intérêts dans le canton de C._______. Or, on rappellera qu'il n'est pas possible de choisir librement un domicile fiscal (cf. consid. 2.3 ci-avant).
5.3 Au vu de ce qui précède, il y a lieu de constater que le recourant n'a pas réussi à renverser la présomption du domicile fiscal au lieu de travail, soit dans le canton de A._______. En effet, il n'a pas rendu vraisemblable l'existence d'étroites relations avec le canton de C._______, où il se dit domicilié depuis le 1er décembre 2001. Dans ses prises de position des 28 septembre 2006 (cf. pièce no 27 du dossier de l'AFC) et 31 octobre 2008 (cf. pièce no 11 du dossier du TAF), l'AF C* a, d'ailleurs, nié l'existence d'un quelconque domicile dans son canton, en particulier durant les périodes fiscales 2001 et 2002.
Or, dans la mesure où l'existence du domicile fiscal à A._______, tel qu'établi par les autorités compétentes, était hautement probable - le lieu de travail et le centre des relations personnelles du recourant se situant à cet endroit - il appartenait au recourant d'apporter la preuve que son domicile se trouvait en réalité ailleurs (cf. consid. 1.3.3 ci-avant), ce qu'il n'a pas réussi à démontrer. Les taxations provisoires pour les années 2001 et 2002 (cf. pièces no 12 et 13 du dossier du recourant), de même que la facture relative à l'installation de divers appareils de télécommunication (cf. pièce no 20 du dossier du recourant) ne constituent, en effet, pas des preuves suffisantes d'une domiciliation effective dans le canton de C._______.
De même - pour les raisons déjà exposées au consid. 4 ci-avant, auquel il est renvoyé - le Tribunal de céans constate que la preuve de l'existence d'un domicile dans la commune de B1._______, durant la période fiscale 2001, n'a pas non plus été apportée. La seule facture d'électricité portant sur les mois d'octobre 2001 à mars 2002 (cf. pièce no 8 du dossier du recourant) et déposée pour la première fois devant le Tribunal de céans ne saurait constituer une preuve suffisante. L'Intendance B. n'a d'ailleurs pas reconnu l'existence d'un tel domicile pour la période susdite (cf. pièces no 26 du dossier de l'AFC et no 14 du dossier du TAF).
6.
6.1 Enfin, en ce qui concerne les périodes fiscales 2003 à 2005, il convient, en préambule, de poser le cadre de la contestation y relative, à savoir que le recourant était divorcé et occupait - comme cela sera démontré ci-après - un poste salarié. Dès lors - de même que, pour les périodes fiscales 2001 et 2002 - il convient de faire application de la jurisprudence selon laquelle l'activité lucrative dépendante déployée au lieu du travail où le célibataire dispose de son propre logement crée la présomption qu'il y a son domicile, les exceptions à cette règle devant être admises avec une grande retenue (cf. consid. 2.7, 4.2.6 et 5.2.1 ci-avant).
6.2
6.2.1 Dans un premier temps, il s'impose donc d'examiner le lieu de travail du recourant durant les périodes fiscales 2003 à 2005. A cet égard, on rappellera que le 19 mars 2003, le recourant a été inscrit au registre du commerce en tant que membre, avec signature individuelle, de la société W._______, fondée le 8 novembre 2002 et dont le siège se trouvait à CC._______ dans le canton de C._______ (cf. pièce no 13 du dossier de l'AFC). Son inscription en qualité de directeur, avec signature collective à deux, de la succursale du canton de A._______ de la société Z._______ a ainsi été radiée le 11 juillet 2003 (cf. pièce no 10 du dossier de l'AFC). Or, selon la jurisprudence rendue en matière de double imposition intercantonale, l'administrateur d'une société - ce qui est le cas du recourant depuis le 19 mars 2003 - exerce une activité dépendante (cf. consid. 2.8.2 ci-avant).
6.2.2 Cela étant précisé, il convient de souligner que - nonobstant le fait que le siège de la société W._______ se situait à CC._______ dans le canton de C._______ - le recourant a conservé pendant les périodes fiscales 2003 à 2005 son lieu de travail dans le canton de A._______.
Lors de son audition du 8 novembre 2005 par l'AF A. (cf. pièce no 22 du dossier de l'AFC), le recourant a expliqué que la société W._______, qui était notamment active dans la gestion de fortune, disposait depuis le troisième mois de sa création d'un bureau d'une superficie de 30 m² dans l'ancienne mairie de la commune de CC._______, où d'autres sociétés - dont certaines actives dans le même domaine - avaient également leurs bureaux. Le loyer mensuel dudit local s'élevait à Fr. 512.--. Or, le recourant a indiqué que la succursale de la société W._______ - qui selon l'extrait du registre du commerce de A._______ a été fondée le 2 juillet 2004, date à laquelle le recourant a été inscrit comme administrateur unique, avec signature individuelle (cf. pièce no 14 du dossier de l'AFC) - occupait des locaux d'une surface de 200 m² sis *** à A._______. Il a précisé que ses bureaux étaient loués depuis décembre 2002 et que le loyer mensuel s'élevait à Fr. 13'000.--. Aussi, nonobstant la date de l'inscription de la succursale de la société W._______ au registre du commerce de A._______, il y a lieu d'admettre que cette dernière était déjà active à fin 2002, ce qui est confirmé par le recourant lui-même, celui-ci ayant exposé que la succursale du canton de A._______ et la société avaient été créées, à deux mois près, simultanément. Si le recourant relève, dans son mémoire de recours, qu'il n'a pas signé le procès-verbal relatif à l'audition précitée, il ne conteste cependant pas le déroulement des faits, tel qu'il y est décrit. Il précise uniquement que les bureaux de A._______ étaient loués auprès de la société ***.
Il s'ensuit que le bureau du canton de C._______ de la société, qui était sensiblement plus petit que les locaux de A._______ de la succursale, présentait certainement une configuration et/ou un agencement moins adaptée que ces derniers pour accueillir une entreprise active dans la gestion de fortune et, partant, pour offrir aux employés de la société W._______ - dont faisait partie le recourant - les infrastructures nécessaires à l'exercice des tâches inhérentes à leurs fonctions. Le recourant a, d'ailleurs, reconnu lui-même que l'ensemble des autres employés de la société, y compris le personnel du secrétariat, travaillait dans les locaux de la succursale du canton de A._______. Ces éléments - mis en relation avec le fait que, dès le 15 novembre 2007, la société W._______ a déplacé son siège de CC._______ à A._______ - démontrent que c'est bien depuis A._______ que la société et, partant, le recourant ont dès le début exercé leurs activités. Force est dès lors de constater que c'est dans le canton de A._______ que se trouvait durant les périodes fiscales 2003 à 2005 le lieu de travail du recourant. Cette appréciation ne saurait être mise à mal par les documents déposés, pour la première fois, devant le Tribunal de céans, ceux-ci attestant uniquement de différents frais relatifs à l'année 2004, en particulier de dépenses liées aux déplacements (cf. pièce no 22 du dossier du recourant).
6.3 Dans un deuxième temps, il y a lieu de rappeler que, durant les périodes fiscales susmentionnées, le recourant disposait en ville de A._______ de son propre logement.
Certes, au regard des documents produits pour la première fois devant le Tribunal de céans (cf. pièces no 26 et 27 du dossier du recourant), le recourant a conclu le 1er juin 2005, avec l'accord de son bailleur, un contrat de sous-location pour l'appartement situé à A2._______. Cela étant, il s'avère que ce contrat a été conclu avec le directeur de la succursale du canton de A._______ de la société W._______, vis-à-vis duquel le recourant exerçait - en particulier, en tant qu'administrateur unique de ladite succursale - une position dominante assimilable à celle d'un employeur. Dans de telles conditions, le contrat de sous-location, produit au surplus relativement tardivement par le recourant, ne saurait dissiper tous les doutes suscités par ce contexte. Il y aurait ainsi normalement lieu de requérir les justificatifs de versement du loyer, voire des informations complémentaires du sous-locataire. Toutefois - même si on admettait que le recourant n'avait plus la disposition de ce logement, sous-loué à son directeur - ce qui n'est pas tranché, il faut constater qu'il pouvait encore loger à A._______.
Certes, il sied de souligner que - conformément au jugement du Tribunal de première instance du canton de A._______ du 6 février 2001 (cf. pièce no 6 du dossier de l'AFC) - la jouissance de l'appartement sis à A1._______ avait été attribuée à l'ex-épouse. Toutefois, le bail de ce logement avait été transféré au nom du seul recourant, qui était ainsi devenu le seul débiteur du loyer et des charges. Or, le 18 janvier 2005, l'ex-épouse a acquis, pour la somme de Fr. 780'000.--, un appartement à A._______, A3._______ (cf. pièce no 10 du dossier du TAF).
Il s'ensuit que, nonobstant la sous-location de son appartement situé à A2._______, le recourant disposait, en 2005 encore, de son propre logement à A._______. En effet, son ex-épouse ayant fait l'acquisition d'un bien immobilier, le recourant pouvait certainement disposer pour ses propres besoins, soit de l'appartement sis à A1._______, soit de l'appartement acquis au nom de son ex-épouse. A cet égard, on notera que le recourant n'a aucunement allégué avoir résilié le bail relatif au premier logement précité ni, d'ailleurs, ne plus en être le titulaire. Relevons encore que dans sa prise de position du 30 octobre 2008, l'AF A. a exposé que, suite à l'enquête menée, il était apparu que le recourant - qui avait gardé de bons contacts avec son ex-épouse - logeait dans l'appartement acquis par cette dernière en date du 18 janvier 2005 (cf. pièce no 10 du dossier du TAF). Le recourant n'a pas contesté ce point.
Cela étant, peu importe de savoir dans lequel des appartements sis à A1._______, à A3._______ ou encore à A2._______, le recourant logeait effectivement. Ce qui est déterminant, c'est qu'il disposait, à tout le moins, d'un propre logement à A._______ durant la période fiscale 2005. De même, qu'il disposait de son propre appartement à A2._______, durant les périodes fiscales 2003 et 2004.
6.4 Comme déjà dit (cf. consid. 2.7.2, 4.2.6, 5.2.1 et 6.1 ci-avant), l'activité lucrative dépendante déployée par le recourant dans son lieu de travail, soit dans le canton de A._______, où il disposait, donc, durant les périodes fiscales 2003 à 2005 de son propre logement, crée la présomption qu'il y avait son domicile fiscal. En outre, comme exposé ci-avant (cf. consid. 4.2.4 et 5.2.3) - c'est également à cet endroit que se trouvait le centre de ses intérêts personnels, ce qui renforce d'autant plus la présomption susmentionnée.
L'existence du domicile fiscal à A._______ étant, dès lors, hautement probable, il appartenait au recourant d'apporter la preuve que son domicile se trouvait en réalité ailleurs, à savoir dans le canton de C._______ (cf. consid. 1.2.3 ci-avant). Or, le recourant a échoué dans la démonstration tendant à établir l'existence d'une telle domiciliation durant les périodes fiscales précitées. Lors de son audition du 8 novembre 2005 par l'AF A. (cf. pièce no 22 du dossier de l'AFC), il a lui-même reconnu qu'il n'avait pas de réelles connaissances dans le canton de C._______, si ce n'est les personnes qui disposaient également d'un bureau dans l'ancienne mairie de CC._______. Bien que relevant que le procès verbal relatif à cette audition n'est pas signé, le recourant ne conteste nullement ce point. Il n'a, d'ailleurs, pas prétendu avoir entretenu, durant les périodes fiscales 2003 à 2005, des relations d'ordre social dans le canton de C._______ et, plus spécifiquement, dans les communes de C2._______ et C3._______.
Certes, le recourant a acquis, le 30 août 2004, à C3._______, un appartement comprenant 3,5 pièces et d'une surface de 93 m² pour la somme de Fr. 530'000.-- (cf. pièce no 16 du dossier de l'AFC). Toutefois, au vu du nombre de logements que détient le recourant que ce soit au titre de locataire ou de propriétaire - celui-ci disposant même d'un appartement à *** depuis 2005 - cet élément n'est pas suffisamment probant quant à l'existence d'un domicile fiscal dans le canton de C._______. Tout au plus tend-il à démontrer que le recourant passe son temps libre en divers endroits, sans que le centre de ses intérêts en soit déplacé pour autant. En outre - même si cela ne permettrait, en soi, pas de prouver une domiciliation dans le canton de C._______ (cf. consid. 4.2.4 et 5.2.2 ci-avant) - il convient de relever que le recourant n'a nullement allégué que, durant les périodes fiscales 2003 à 2005, c'est dans le canton de C._______ qu'il a exercé le droit de garde sur ses trois enfants. Enfin, les taxations provisoires pour les années 2003 à 2005 (cf. pièces no 14 à 16 du dossier du recourant), de même que le dépôt des papiers dans la commune de C3._______ (cf. pièce no 23 du dossier du recourant) ne constituent pas des preuves suffisantes d'une domiciliation effective dans le canton de C._______.
D'ailleurs, dans ses prises de position des 28 septembre 2006 (cf. pièce no 27 du dossier de l'AFC) et 31 octobre 2008 (cf. pièce no 11 du dossier du TAF), l'AF C* a contesté l'existence d'un quelconque domicile fiscal dans son canton, y compris pour les périodes fiscales 2003 à 2005.
7.
En conclusion, le recourant a échoué dans la démonstration tendant à établir l'existence d'un domicile fiscal dans la commune de B1._______ dans le canton de B._______ pour la période fiscale 1999/2000, voire pour la période fiscale 2001, et dans le canton de C._______ pour les périodes fiscales 2001 à 2005. Il s'ensuit que c'est à bon droit que l'AFC a considéré, d'une part, que le domicile fiscal et, partant, le for fiscal en matière d'impôt fédéral direct étaient attribués au canton de A._______ et, d'autre part, que les autorités fiscales de ce dernier étaient chargées de procéder à la taxation et de percevoir l'impôt fédéral direct pour l'ensemble des périodes fiscales litigieuses (cf. art. 216 al. 1 LIFD).
Le Tribunal de céans renonce, en outre, au dépôt de tout moyen de preuve supplémentaire, étant donné que sa conviction est pleinement acquise au sens des considérants précités. Comme déjà dit (cf. consid. 1.3.2 ci-avant), le droit n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion.
8.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause - en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) - les frais de procédure par Fr. 2'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge du recourant qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée au recourant (cf. art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 2'000.--, sont mis à la charge du recourant. Ce montant est compensé par l'avance de frais, déjà versée, d'un montant équivalent.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. ***; Acte judiciaire)
à l'Administration fiscale du canton de A._______ (Recommandé)
à l'Administration fiscale du canton de C._______ (Recommandé)
à l'Intendance des impôts du canton de B._______ (Recommandé)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Celia Clerc
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :