bvger · B-3707/2021 · 2022-02-16 · it
B-3707/2021

Acquisti pubblici

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Corte II
B-3707/2021
Sentenza del 16 febbraio 2022
Composizione
Giudici Pietro Angeli-Busi (presidente del collegio),
Marc Steiner, Francesco Brentani,
cancelliere Corrado Bergomi.
Parti
X._______SA,
patrocinata dall'avv. Stefano Manetti,
ricorrente,
contro
Ufficio federale delle strade USTRA,
Filiale di Bellinzona,
patrocinato dall'avv. Romina Biaggi-Albrici,
autorità aggiudicatrice.
Oggetto
Acquisti pubblici; decisione di aggiudicazione del 29 luglio 2021 concernente il progetto"N2 EP28 Gentilino-Lamone. Lotto 002 - Laboratorio del committente"(pubblicazione SIMAP n.1209983; ID del progetto 211381).
Fatti:
A.
A.a Il 10 novembre 2020 l'Ufficio federale delle strade (di seguito: USTRA, autorità aggiudicatrice o committente) ha indetto un pubblico concorso per una commessa di servizi, impostato secondo la procedura aperta, relativo al progetto "N2 EP28 Gentilino-Lamone, Lotto 002 - Laboratorio del committente" (pubblicazione SIMAP n. 1161289, ID del progetto 211381).
Secondo il punto 4.5.1 del bando, il progetto comprende gli interventi di manutenzione e trasformazione da realizzarsi lungo il tratto autostradale dal portale Nord della galleria di Gentilino a Lamone e le bretelle dello svincolo basso Lugano Nord. In particolare, il concorso fissa il quadro contrattuale per le prestazioni di "Laboratorio del committente" relativo all'esecuzione di prove su materiali in situ e in laboratorio nell'ambito dei lavori edili. Si tratta prevalentemente dell'esecuzione di prove su miscele bituminose, strati di fondazione, malte e calcestruzzi, opere in calcestruzzo armato, condutture, barriere elastiche, impermeabilizzazioni e su carreggiata dopo l'esecuzione (cfr. per maggiori dettagli il punto 4.5.1 del bando).
A.b Entro il termine di chiusura per la presentazione delle offerte (21 dicembre 2020 secondo il punto 1.4 del bando) sono pervenute al committente 3 offerte, tra cui quella della X._______SA (di seguito: ricorrente) e della Y._______ SA (di seguito: aggiudicataria).
A.c Nelle rispettive date del 15 febbraio 2021, 12 marzo 2021 e 23 giugno 2021 l'autorità aggiudicatrice ha chiesto alla ricorrente una serie di chiarimenti in merito ai prezzi della sua offerta. La ricorrente ha risposto ai relativi quesiti in data 19 febbraio 2021, 22 marzo 2021 e 1° luglio 2021.
A.d Mediante la decisione di aggiudicazione del 29 luglio 2021, pubblicata lo stesso giorno sul SIMAP (n. della pubblicazione 1209983), l'autorità aggiudicatrice ha deliberato la commessa in oggetto all'aggiudicataria per un importo di fr. 2'124'594.90 (IVA esclusa; punto 3.2 della decisione sull'aggiudicazione).
A.e Con scritto individuale separato del 29 luglio 2021 USTRA ha comunicato alla ricorrente di aver escluso quest'ultima dalla valutazione poiché "l'offerta presentata modifica la struttura dell'elenco prezzi" e di aver deliberato la commessa all'aggiudicataria, rinviando per il resto alla succitata pubblicazione sul SIMAP.
B. Avverso la decisione di esclusione e di aggiudicazione menzionate la ricorrente è insorta con ricorso del 19 agosto 2021, pervenuto il giorno seguente allo scrivente Tribunale. In via processuale, chiede di concedere al ricorso l'effetto sospensivo, sia in via superprovvisionale e provvisionale. Nel merito, ella postula l'accoglimento del gravame, in via principale l'annullamento della decisione di aggiudicazione con conseguente sua riammissione nella procedura e l'assegnazione diretta della commessa in suo favore, e, in via subordinata, la sua riammissione alla gara e il rinvio della causa al committente per nuova aggiudicazione. In ogni caso con protesta di tasse, spese e ripetibili.
La ricorrente censura, dal profilo formale, la carente motivazione della decisione d'esclusione e, dal profilo materiale, il rimprovero dell'asserita modifica della struttura dei prezzi e la deduzione secondo cui l'eventuale denegata modifica della struttura dei prezzi sia di rilevanza giuridica tale da suffragare la decisione di esclusione.
La ricorrente ribadisce di aver offerto tutti i prezzi senza modificare la struttura, bensì di aver solo fatto uso legittimo della facoltà di trasposizione di costi. In primo luogo, contrariamente a quanto avvenuto ad esempio al punto 3.4 del bando di concorso del 16 agosto 2021 per il progetto 225124 "N2 Seminsvincolo Bellinzona Lotto 300 - Ponte della Torretta e rotonda sopraelevata", nessuna prescrizione del bando e della documentazione di gara applicabile al caso (I.1 Documento contrattuale, Condizioni generali) vieterebbe la trasposizione dei costi tra le posizioni. In secondo luogo, l'elenco prezzi mostrerebbe una grave incongruenza in special modo nelle posizioni 311.121 e 411.121, nel senso che i quantitativi di materiale trasportato (campioni) non corrispondono ai quantitativi da prelevare e nemmeno da analizzare (posizioni 314.211 e 413.111). A dimostrazione dell'asserita incongruenza, la ricorrente rinvia a titolo di paragone all'estratto dell'offerta da lei inoltrata per il progetto "..." del 16 febbraio 2021, in cui le due analoghe posizioni sono state riviste in materia di unità di misura (doc. Q allegato al ricorso; up invece di pz). Infine, la ricorrente fa notare che la relazione tecnica (II.2, Cap. 3, cpv. 3) definisce i quantitativi riportati nell'elenco prezzi come indicativi e che i prezzi unitari restano invariati per tutta la durata dei lavori. Secondo lei, una modifica della struttura dell'elenco dei prezzi interverrebbe unicamente qualora fossero state stralciate determinate posizioni, cancellate da tratti di penna, defalcate altre e simili interventi, mentre nel concreto ella avrebbe compilato il capitolato in maniera completa e diligente.
C. Con ordinanza del 20 agosto 2021 lo scrivente Tribunale amministrativo federale, oltre ad accusare ricezione del gravame, ha conferito ad esso, in via superprovvisionale, l'effetto sospensivo, vietando all'autorità aggiudicatrice qualsiasi misura di esecuzione suscettibile di pregiudicare l'esito del presente procedimento, segnatamente la conclusione del contratto con l'aggiudicataria.
D. Con scritto del 13 settembre 2021, la rappresentante legale del committente ha comunicato di aver assunto il patrocinio di quest'ultimo nell'ambito della presente vertenza, chiedendo, dopo aver preso atto del ricorso, di rigettare la domanda di effetto sospensivo, in quanto, a suo avviso, tardiva.
E. Con risposta del 18 ottobre 2021, inoltrata entro il termine prorogato, l'autorità aggiudicatrice postula in via cautelare di negare alla ricorrente la facoltà di replicare e di respingere l'istanza di concessione dell'effetto sospensivo. Nel merito, propone di respingere interamente il ricorso.
E.a Dal profilo formale, l'autorità aggiudicatrice ritiene come la censura della ricorrente circa la violazione dell'obbligo di motivare le decisioni non sia fondata e un'eventuale violazione del diritto di essere sentito sia da considerare sanata.
E.b
E.b.a Dal punto di vista materiale, il committente è sostanzialmente dell'avviso che l'offerta della ricorrente sia stata giustamente esclusa perché, secondo lei, si discosta in diverse posizioni (trasporto dei campioni, prove di carico su piastra e prove di visibilità) dal capitolato, in maniera tale da imporre, in caso di accettazione, delle modifiche rilevanti nelle modalità di esecuzione delle prestazioni o nelle modalità di calcolo della mercede. Una simile accettazione condurrebbe alla necessità di condurre delle trattative successive all'aggiudicazione, ciò che nel presente caso sarebbe escluso dal divieto di trattative e creerebbe un'incertezza inammissibile a livello di stima dei costi a liquidazione. Cercando di forzare il sistema per imporre un proprio concetto di calcolo della remunerazione, la ricorrente impedirebbe al committente di comparare l'offerta a quella degli altri offerenti e di determinare quale sarebbe il costo effettivo delle prestazioni, compromettendo la buona esecuzione dei lavori e la tutela dei lavoratori.
E.b.b Dietro rinvio ai principi giurisprudenziali applicabili in materia di trasferimento di prezzi da una posizione a prezzo unitario ad una globale, l'autorità aggiudicatrice ritiene che il modo di agire della ricorrente non può essere tutelato, indipendentemente dal fatto che la documentazione di gara non escludesse espressamente le trasposizioni di prezzo. La medesima autorità osserva che la ricorrente ha offerto 64 rispettivamente 43 posizioni a prezzo unitario a un prezzo simbolico di 5 centesimi rispettivamente fr. 1.-, deducendo che appare evidente che i costi reali delle posizioni a costo unitario siano stati inclusi nella posizione relativa alle installazioni (pos. 312.101-103 CPN 112). In pratica, continua l'autorità, malgrado la ricorrente in fase di chiarimenti abbia ammesso di aver traslato nei trasporti complessive 22 posizioni che ha offerto a 5 centesimi, rimarrebbero ancora 42 posizioni offerte a 5 centesimi e 43 posizioni offerte a fr. 1.-. A dire dell'autorità aggiudicatrice, detti costi non sarebbero verosimili, né risulterebbero essere stati computati in posizioni unitarie o globali altre che quelle relative alle installazioni. Oltracciò, se in sede di liquidazione dovessero essere applicati i dettami del capitolato, la ricorrente si troverebbe verosimilmente nell'impossibilità di far fronte a tali costi e la situazione sarebbe analoga a quella per le offerte sottocosto, inammissibili nella misura in cui il prezzo è talmente basso da compromettere la buona esecuzione del mandato e il rispetto delle disposizioni relative alla tutela dei lavoratori.
E.b.c Quanto al trasporto di campioni (pos. 311.121 "Materiale di campioni fino a kg 100" e pos. 411.121 "Campioni di calcestruzzo fino a 50 kg" e 411.122 "Campioni di calcestruzzo kg da 51 a 100" CPN 112), l'autorità aggiudicatrice spiega che si tratta delle uniche posizioni concernenti il trasporto di campioni dal cantiere al laboratorio e che l'abbreviazione "pz" indicata nel capitolato per l'unità di misura si riferisce evidentemente all'unità trasporto (1pz = 1 trasporto). L'autorità inferiore specifica che nella realtà dei cantieri, nell'ambito di un singolo intervento vengono raccolti più campioni che vengono poi trasportati in una sola volta in laboratorio. Il numero dei viaggi sarebbe di molto inferiore al numero di campioni. Se non fosse così, non si spiegherebbe la distinzione relativa ai pesi da trasportare, posto che un singolo campione, a detta dell'autorità aggiudicatrice, non potrebbe mai raggiungere un peso superiore a 50 kg. Non si spiegherebbe inoltre nemmeno la stima del numero dei trasporti incluso nel capitolato, ovvero 180 per i campioni prelevati da opere di pavimentazione in calcestruzzo (90 fino a 50 kg e 90 da 51 a 100 kg) e 161 per i campioni prelevati da strati bituminosi, ben inferiore al numero di campioni da trasportare (ovvero circa 3700 campioni in totale: 2300 di calcestruzzo risultante da 340 [recte: 540] carote, 1940 cubi/prismi e 6 cassette, rispettivamente 1400 per gli strati bituminosi risultanti da 60 miscele da impianto, 708 miscele da cantiere e 648 carotaggi). Avendo la ricorrente dichiarato in sede d'offerta che le posizioni 311.121 e 411.121 riguardano il trasporto di ogni singolo campione, il committente ne deduce che l'offerta in questione sia difforme dall'impostazione del capitolato e che un'eventuale accettazione comporterebbe costi esorbitanti e aprirebbe la via a possibili abusi. Ad esempio, con l'applicazione del prezzo di fr. 1'000.- per il trasporto di ogni singolo campione di fronte ad un totale di 1'940 pezzi di cubi e prismi in calcestruzzo si arriverebbe ad un totale di fr. 1'940'000.- ben superiore dei fr. 90'000.- indicati nell'offerta.
E.b.d Quanto alle prove di carico su piastra, l'autorità aggiudicatrice spiega come la ricorrente abbia offerto prezzi molto bassi, praticamente simbolici nelle posizioni 111.205, 112.101, 112.201 e 181.101. Dalla risposta R3 della ricorrente in sede di chiarimenti d'offerta l'autorità aggiudicatrice deduce che la ricorrente ritiene che la posizione 111.205 non si applicherebbe agli interventi di cantiere senza il prelievo di campioni, ma alle tariffe applicabili ai lavori di regia, secondo la posizione R291.111 del CPN 111, quindi alle prestazioni non previste nell'elenco prezzi a cui verrebbero applicati i costi previsti nell'elenco prezzi della stessa, decisamente superiori ai costi unitari offerti.
E.b.e Quanto alle prove di visibilità di cui alle posizioni 387.211 (visibilità diurna con superficie asciutta), 387.212 (visibilità notturna con superficie asciutta) e 387.213 (visibilità notturna con superficie bagnata), l'autorità aggiudicatrice segnala che la ricorrente ha inserito un costo simbolico di 5 centesimi per le prime due posizioni e un costo di fr. 360.- per la terza posizione. Secondo la risposta data in fase di chiarimenti d'offerta, l'autorità aggiudicatrice ritiene che il modo di procedere della ricorrente di mettere in atto anche le misurazioni su superficie asciutta in caso di richiesta di misurazioni su superficie bagnata sia inammissibile e alimenti il rischio di abusi.
E.c Con contestuale lettera di accompagnamento del 18 ottobre 2021 l'autorità aggiudicatrice ha prodotto gli atti di gara in una versione ad uso esclusivo del Tribunale e in altre due versioni destinate alla ricorrente ed all'aggiudicataria, esprimendosi, come nella risposta, sul diritto di consultare gli atti.
F. Una volta concesso l'esame degli atti conformemente all'ordinanza del 22 ottobre 2021, con replica del 25 novembre 2021, inoltrata entro il termine prorogato, la ricorrente rinvia alle proprie conclusioni in sede di ricorso e completa le proprie tesi.
F.a La ricorrente contesta in sostanza le argomentazioni del committente sulla paragonabilità delle offerte e su un'offerta atipica sottocosto. La ricorrente sostiene di aver debitamente proceduto al trasferimento di alcuni costi unitari in altri costi unitari, precisando di non aver apportato alcuna rilevante trasposizione di costi da unitari in globali e giudicando plausibili le posizioni dei costi globali.
F.b Quanto alle posizioni della sua offerta relative alle installazioni, la ricorrente è dell'avviso che la sua esclusione dalla gara non sia fondata su motivi pertinenti, tenendo conto del fatto che la percentuale dei costi fissi per istallazioni da lei offerti corrisponde ad un plausibile e non esorbitante 10% del prezzo totale della sua offerta, rispettivamente al 6% del totale dell'importo dell'offerta aggiudicata. A tale riguardo, la ricorrente chiede al Tribunale di raffrontare la percentuale dei costi fissi per istallazioni della sua offerta rispetto alle altre due offerte presentate. Infine, la ricorrente fa osservare come la sentenza del TF 2P.164/2002, menzionata dal committente a sostegno delle proprie argomentazioni, contenga differenze decisive rispetto alla gara oggetto del presente concorso. In confronto a quella fattispecie, il bando qui in oggetto vieterebbe la facoltà di inoltrare varianti e in questo caso non sarebbero applicabili le disposizioni della norma SIA 118. La ricorrente mette infine l'accento sul fatto che l'offerta esclusa sia di fr. 900'000.- inferiore a quella dell'aggiudicataria e ammonti al 58% della medesima. Ella aggiunge che anche nell'evenienza di modifiche di prezzo a seguito di trattative di liquidazione e in ossequio al limite di maggiorazione del 20% rispetto all'offerta inoltrata, la remunerazione dovuta alla ricorrente si aggirerebbe attorno a fr. 1'520'000.- e sarebbe ancora assolutamente vantaggiosa.
F.c Quanto al trasporto di campioni, la ricorrente contesta l'assunto dell'autorità aggiudicatrice secondo cui sia di meridiana evidenza che "pz" si riferisca all'unità di trasporto e insiste sulla formulazione fuorviante del descrittivo e modulo d'offerta, tanto più che in almeno due altri concorsi la dicitura "pz" sarebbe stata modificata in "up" (= trasporto dal cantiere al laboratorio), mentre in un appalto precedente al presente una simile posizione per il trasporto non sarebbe stata prevista. A mente della ricorrente la posizione in questione sarebbe un errore tecnicamente grave imputabile a specialisti dai quali ci si deve attendere la conoscenza della materia. Le posizioni del trasporto a campioni sarebbero tutte sbagliate e lascerebbero spazio a molte interpretazioni. Ad esempio, la posizione 311.121 prevedrebbe con la cifra 161 il trasporto di campioni di materiale fino a 100 kg. Secondo la ricorrente, il numero 161 non troverebbe alcun riscontro oggettivo e i quantitativi di trasporto non si spiegherebbero nemmeno con il numero di interventi. Infine, non si tratterebbe di 340, bensì di 540 carote di calcestruzzo.
Per quanto attiene ai campioni di calcestruzzo, la ricorrente rileva di aver dedotto in buona fede e di poter ritenere assodato che il quantitativo corretto fosse il trasporto e la confezione di 90 campioni di calcestruzzo e non la cifra indicata nell'elenco prezzi 1'940. I quantitativi non porterebbero a 1.9 Mio. di fr., invece di fr. 90'000.-, poiché essi sarebbero tecnicamente errati ("fachlich falsche Mengen") ed entrerebbero in contraddizione con le istruzioni vincolanti di USTRA in materia di requisiti di qualità dei rivestimenti bituminosi (edizione 21 giugno 2010). Sia riguardo le prove su miscele bituminose (gruppo 300) che riguardo le prove su calcestruzzo (gruppo 400) la ricorrente allega, a suffragio delle proprie censure, un approfondimento tecnico di un proprio organo interno (doc. T allegato alla replica), che solleva grandi criticità indotte dal CPN.
F.d La ricorrente contesta inoltre le allegazioni in sede di risposta circa le prove di carico su piastra e le prove di visibilità. Nel primo caso, la ricorrente è dell'avviso che le sue dichiarazioni nella risposta R8 in fase di chiarimenti d'offerta permetterebbero di smentire la deduzione tratta dal committente secondo cui la ricorrente pretenderebbe di applicare le tariffe dei lavori a regia. Nel secondo caso, la ricorrente ritiene che il committente non abbia compreso in che cosa consistano le prove, in quanto il giorno, la notte e il bagnato sarebbero simulati dall'attrezzatura di prova tramite illuminazione ed irrigazione della superficie di prova, il che non significherebbe che le prove siano eseguite di notte e quando piove. La ricorrente ribadisce di aver compilato l'offerta conformemente al capitolato.
G. Con duplica del 16 dicembre 2021, inoltrata entro il termine prorogato e trasmessa alla ricorrente il giorno seguente, l'autorità aggiudicatrice rinvia in sostanza alle precedenti conclusioni e motivazioni formulate in sede di risposta.
G.a A titolo di complemento, il committente conclude in primo luogo alla manifesta tardività delle censure della ricorrente riguardo all'impostazione del capitolato. In secondo luogo, il committente puntualizza che il motivo per l'esclusione della ricorrente dalla gara non consiste nel fatto che ella abbia inoltrato un'offerta di carattere speculativo, bensì che ella si sia manifestamente discostata dal capitolato, inoltrando un'offerta che non corrisponderebbe alle esigenze di gara. Del resto, la ricorrente avrebbe ammesso di aver eseguito una trasposizione dei costi, quantomeno tra prezzi unitari, il che non permetterebbe alla committenza di eseguire un corretto paragone tra le offerte e di conseguire un risparmio in caso di non esecuzione di prestazioni.
G.b Quanto al trasporto dei campioni, il committente precisa che nel caso del capitolato si tratta del Catalogo delle posizioni normalizzate CPN contenente posizioni normalizzate allestite dal Centro svizzero di studio per la razionalizzazione della costruzione (di seguito: CRB). Quest'ultimo, interpellato dal committente in merito alla posizione 411.121, avrebbe confermato che la dicitura pz sia da intendere come trasporto e non come singolo campione (doc. 3 della duplica). Le posizioni relative al trasporto dei campioni, continua il committente, sono "chiuse" nel senso che non è possibile modificare l'unità di misura prevista. Infine, il committente contesta interamente gli approfondimenti della ricorrente ai sensi di un documento di parte, ribadendo che il numero dei trasporti (161) e quello delle prove sarebbero il risultato di una stima, che non rappresenterebbero valori assoluti e che perciò farà stato unicamente la liquidazione finale.
G.c Quanto alle posizioni relative ai costi delle attrezzature, il committente evidenzia come non sia corretto sostenere che siffatte posizioni rappresentino il 6% del totale offerto. In effetti, ai fini del calcolo, andrebbero dedotti i costi delle regie (...), dimodoché tali costi inciderebbero di circa il 15% sul totale offerto, una cifra di una certa rilevanza.
H. Con "osservazioni di triplica" spontanee del 12 gennaio 2022 limitate alla produzione del doc. 3 della duplica, la ricorrente completa le conclusioni di merito, chiedendo l'estromissione dalla procedura della ditta aggiudicataria. A motivo di quest'ultima conclusione la ricorrente adduce che il duplice ruolo di un organo influente della ditta incaricata del supporto al committente BHU, da un lato, e dell'aggiudicataria, dall'altro, attesta un insanabile conflitto di interessi e lede il principio della parità di trattamento.
I. Con quadruplica spontanea del 21 gennaio 2022, ricevuta il 24 gennaio seguente e trasmessa successivamente alla ricorrente, il committente mantiene le conclusioni formulate in sede di risposta e di duplica. In aggiunta, egli fa valere che la richiesta di escludere l'aggiudicataria dalla gara per un presunto conflitto di interessi sia da ritenere principalmente tardiva. Se ciò non fosse, una simile richiesta sarebbe in primo luogo inammissibile, avendo la ricorrente omesso di chiedere, oltre all'annullamento della delibera, lo svolgimento di una nuova procedura con l'estromissione della ditta che ha funto da supporto al committente. In secondo luogo, detta richiesta sarebbe pure infondata, non essendo dati, a mente del committente, i presupposti per una preimplicazione e per un obbligo di ricusazione. Nella denegata ipotesi che siano dati, il committente è dell'avviso che un'eventuale esclusione dell'aggiudicataria avrebbe nuociuto seriamente ad una concorrenza efficace, in quanto vi sarebbe stato il rischio che alla gara partecipassero solo due ditte o addirittura una sola. A comprova di quest'ultima allegazione il committente produce una tabella con l'assegnazione di mandati a laboratori negli ultimi 5 anni per sola visione di codesto Tribunale.
J. Entro il termine impartito con decisione incidentale del 24 settembre 2021 l'aggiudicataria non ha comunicato di volersi costituire come parte nel presente procedimento.
K. Ulteriori fatti e argomentazioni verranno ripresi, per quanto necessario, nei considerandi in diritto del presente giudizio.
Diritto:
1. Il Tribunale amministrativo federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sull'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti (DTAF 2007/6, consid. 1 con rinvii; DTAF 2008/48, consid. 1.2 non pubblicato).
1.1 A seguito della revisione del diritto in materia di acquisti pubblici, il 1° gennaio 2021 sono entrate in vigore la nuova legge federale del 21 giugno 2019 sugli appalti pubblici (LAPub, RS 172.056.1) e la relativa ordinanza del 12 febbraio 2020 (OAPub, RS 172.056.11). Conformemente alla disposizione transitoria di cui all'art. 62 LAPub, le procedure di aggiudicazione avviate prima dell'entrata in vigore della presente legge sono portate a termine secondo il diritto anteriore. Come già segnalato, il bando di concorso relativo alla procedura di aggiudicazione in oggetto data del 10 novembre 2021, mentre la decisione di aggiudicazione è stata pubblicata il 29 luglio 2021. Pertanto, il diritto previgente - vale a dire la vecchia legge federale sugli acquisti pubblici del 16 dicembre 1994 e la relativa ordinanza dell'11 dicembre 1995 (in seguito vLAPub, vOAPub, RU 1996 508, 518 e RU 2020 641, 691) - è determinante e di principio applicabile anche alla presente procedura di ricorso. Il rinvio alla nuova LAPub nell'indicazione dei rimedi giuridici non muta nulla alla situazione.
1.2 Contro le decisioni concernenti segnatamente l'aggiudicazione e l'esclusione dalla procedura di aggiudicazione è ammesso il ricorso al Tribunale amministrativo federale (art. 29 lett. a e d in relazione all'art. 27 cpv. 1 vLAPub.
1.3 La vLAPub comprende solo gli acquisti pubblici che sono subordinati all'Accordo dell'Organizzazione mondiale del commercio (OMC) sugli appalti pubblici concluso il 15 aprile 1994 nell'ambito del trattato per l'istituzione del GATT/OMC (Accordo OMC 1994 [RS 0.632.231.422]; cfr. DTAF 2008/48 consid. 2.1 con rinvii). La vLAPub è applicabile soltanto se il committente è soggetto a questa legge (art. 2 cpv. 1 vLAPub), se il tipo di commessa rientra nelle definizioni di cui all'art. 5 vLAPub, il valore stimato della commessa raggiunge i valori soglia fissati dall'art. 6 cpv. 1 vLAPub e se all'applicazione di tale legge non si oppone una delle eccezioni previste dall'art. 3 vLAPub. Come verrà dimostrato di seguito, tali presupposti sono adempiuti nel caso di specie.
1.3.1 USTRA è parte dell'Amministrazione generale della Confederazione ed è soggetto alla vLAPub (art. 2 cpv. 1 lett. a vLAPub).
1.3.2 Il presente acquisto, denominato "N2 EP28 Gentilino-Lamone, Lotto 002 - Laboratorio del committente" (punto 2.2 del bando), è definito ai sensi di una commessa di servizi (punto 1.8 del bando). Per tale nozione si intende il contratto tra il committente e un offerente riguardo la fornitura di prestazioni di servizi conformemente all'allegato 1, appendice 4 dell'Accordo OMC 1994 (art. 5 cpv. 1 lett. b vLAPub; cfr. DTAF 2008/48 consid. 2.3). La lista delle prestazioni di servizi menzionate all'allegato 1, appendice 4 dell'Accordo OMC 1994 è stata ripresa nell'Allegato 1a della vOAPub (cfr. art. 3 cpv. 2 vOAPub). Detta lista si fonda sulla classificazione centrale provvisoria dei prodotti ("Central Product Classification", CPC) stabilita dall'ONU (New York 1991), la quale è determinante per verificare la portata di ogni tipo di prestazione di servizi assoggettata (cfr. DTAF 2011/17 consid. 5.2.2). Al punto 2.5 il bando di concorso attribuisce la presente commessa alla categoria 71541000 "Servizi di gestione di progetti di costruzione" secondo il Common Procurement Vocabulary (CPV), la quale, a sua volta, ricade senz'altro nella categoria di servizi 12 previsti alla classe 867 "Consulenza tecnica e pianificazione, prestazioni tecniche integrate, relativa consulenza scientifica e tecnica, esperimenti tecnici e analisi di progetti edili" CPC (cfr. decisioni incidentali del TAF B-7849/2015 del 25 febbraio 2016 consid. 1.2.2 e B-6123/2011 dell'8 dicembre 2011 consid. 1.2). La commessa in disamina rientra perciò nella categoria delle commesse di servizi di cui all'art. 5 cpv. 1 lett. b vLAPub in combinato disposto con l'art. 3 cpv. 2 vOAPub e l'Allegato 1a vOAPub con l'allegato 1 dell'Accordo OMC 1994.
1.3.3 Considerato l'importo dell'offerta aggiudicataria, sono incontestabilmente superati i valori soglia imposti dalle disposizioni di legge in relazione alle commesse di servizi (art. 6 cpv. 1 lett. b vLAPub in combinato disposto con l'art. 1 lett. b dell'ordinanza del 19 novembre 2019 del Dipartimento federale dell'economia, della formazione e della ricerca [DEFR] sull'adeguamento dei valori soglia degli acquisti pubblici per gli anni 2020 e 2021, RU 2019 4101, RU 2020 4165).
1.3.4 Non sussistendo inoltre alcuna eccezione ai sensi dell'art. 3 vLAPub, la presente commessa rientra nel campo di applicazione della vLAPub.
1.4 La procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale è retta dalla legge federale sulla procedura amministrativa (PA) fintanto che la vLAPub e la legge sul Tribunale amministrativo federale del 17 giugno 2005 (LTAF, RS 173.32) non dispongono altrimenti (art. 26 cpv. 1 vLAPub e art. 37 LTAF). Conformemente all'art. 31 vLAPub, nell'ambito della procedura di ricorso non può essere addotto il motivo dell'inadeguatezza.
1.4.1
1.4.1.1 La vLAPub non contiene una disposizione specifica relativa al diritto a ricorrere in materia di acquisti pubblici, per cui la questione deve essere giudicata in base alla legge federale sulla procedura amministrativa (art. 26 vLAPub; art. 37 LTAF in combinato disposto con l'art. 48 PA; DTF 137 II 313 consid. 3.2).
1.4.1.2 Conformemente alla giurisprudenza più recente del Tribunale federale, la circostanza che qualcuno abbia partecipato alla gara pubblica e la sua offerta non sia stata considerata per l'aggiudicazione non basta per ammettere il suo diritto a ricorrere contro quest'ultima. L'offerente soccombente ha un interesse degno di protezione ad adire il Tribunale amministrativo federale unicamente se fruisce di una reale possibilità di vedersi aggiudicare la commessa (cfr. DTF 141 II 14 consid. 4 segg.). La questione del diritto a ricorrere è esaminata in base alle conclusioni e alle censure dell'insorgente. La fondatezza delle censure ricorsuali può sia fare oggetto della valutazione materiale della fattispecie, sia essere verificata, a titolo preliminare, nell'ambito dell'esame delle condizioni di ammissibilità del ricorso (cfr. DTF 141 II 14 consid. 5.1; 137 II 313 consid. 3.3.3). Secondo la teoria della doppia rilevanza delle fattispecie è sufficiente che nella fase d'esame delle condizioni di ammissibilità del ricorso il ricorrente renda verosimile ("rende vraisemblable", cfr. sentenza del TF 2C_134/2013 del 6 giugno 2014 consid. 2.3) che le sue possibilità di ottenere la commessa dopo l'annullamento della delibera siano intatte e che la commessa non venga assegnata ad un concorrente meglio classificato (cfr. DTF 141 II 14 consid. 5.1 con ulteriori rinvii; sentenza del TAF B-3596/2015 del 3 settembre 2015 consid. 4.1).
1.4.1.3 La ricorrente è insorta contro la propria esclusione e la decisione di aggiudicazione. Nelle conclusioni ricorsuali ella chiede in via principale l'annullamento della decisione di aggiudicazione, la sua riammissione alla procedura di aggiudicazione e l'assegnazione diretta della delibera in suo favore, in via subordinata l'annullamento della decisione di aggiudicazione e la sua riammissione alla procedura di aggiudicazione per nuova aggiudicazione.
La ricorrente è stata esclusa dalla procedura di aggiudicazione, poiché, agli occhi del committente, la sua offerta modificherebbe la struttura dell'elenco prezzi. Nei suoi scritti ella reputa ingiustificata la sua estromissione dalla gara, sottolineando di aver offerto tutti i prezzi senza alterarne la struttura e di aver fatto un uso legittimo della trasposizione dei costi tra posizioni. A seguire il suo ragionamento incentrato sull'illegittimità della sua esclusione dalla procedura di aggiudicazione, la ricorrente avrebbe quindi delle effettive possibilità di vedersi attribuire la commessa, atteso che la sua offerta entrerebbe di nuovo in gara e, visto il miglior prezzo, potrebbe ottenere il primo posto nella graduatoria. In questa misura, il diritto di ricorrere contro l'esclusione e l'aggiudicazione deve essere riconosciuto.
1.4.1.4 Nelle "osservazioni di triplica" spontanee del 12 gennaio 2022 la ricorrente ha chiesto l'estromissione dalla procedura della ditta aggiudicataria a causa di un presunto insanabile conflitto di interessi tra la ditta che ha funto da supporto al committente BHU e l'aggiudicataria. Affinché alla ricorrente si possa riconoscere il diritto di ricorrere contro la decisione di aggiudicazione in caso di conferma della propria esclusione, ella dovrebbe però contestare e rendere verosimile che non solo l'aggiudicataria, ma anche tutte le offerenti rimaste in gara debbano essere escluse (cfr. sentenza del TAF B-2522/2021 del 20 settembre 2021 consid. 1.5.2.2 segg.), rispettivamente perlomeno chiedere l'annullamento di tutta la procedura di aggiudicazione e l'apertura di una nuova gara d'appalto, ciò che le consentirebbe la possibilità di inoltrare una nuova offerta (DTF 141 II 14 consid. 4.7). Nella presente fattispecie, la ricorrente non ha agito in questo modo. Di conseguenza, una volta confermata l'esclusione della ricorrente e nell'eventualità che debba essere esclusa pure l'aggiudicataria, risulterebbe che, in assenza dell'esplicita richiesta volta all'annullamento della procedura di aggiudicazione e all'apertura di una nuova gara pubblica, la commessa verrebbe aggiudicata all'offerente che si è classificata al secondo posto. Tenuto conto di siffatta situazione, non sarebbe più necessario approfondire ulteriormente le censure della ricorrente volte all'esclusione dell'aggiudicataria (cfr. infra consid. 5.1; cfr. sentenza del TAF B-2431/2020 del 7 settembre 2020 consid. 1.7 e 7.1 seg.).
1.4.2 Giusta l'art. 23 cpv. 1 vLAPub il committente notifica le decisioni di cui all'art. 29 vLAPub in conformità all'art. 24 cpv. 1 vLAPub o mediante recapito. Secondo l'art. 30 vLAPub i ricorsi devono essere proposti entro 20 giorni dalla notifica della decisione. La decisione d'aggiudicazione è stata pubblicata sul SIMAP il 29 luglio 2021 e la comunicazione separata dell'esclusione della ricorrente, nonché della delibera in favore dell'aggiudicataria, è avvenuta mediante scritto dello stesso giorno. Per l'inizio del termine di impugnazione della delibera fa stato la data di pubblicazione sul SIMAP. Il termine per presentare ricorso ha quindi iniziato a decorrere il 30 luglio 2021 ed è venuto a scadenza il 6 settembre 2021 (cfr. art. 22a cpv. 1 lett. b PA, ancora applicabile secondo la vLAPub, nonché art. 20 cpv. 3 PA). Ne segue che il presente gravame, inviato per posta proprio il 19 agosto 2021 e pervenuto al Tribunale il giorno seguente, risulta tempestivo. Va infine rigettata, per quanto non sia divenuta priva d'oggetto con l'emanazione del presente giudizio, l'eccezione di intempestività della domanda di effetto sospensivo fondata sull'art. 22a cpv. 2 lett. a PA e sollevata a titolo prudenziale dal committente. Conformemente alla prassi sviluppata sotto la valenza della vLAPub, l'art. 22a cpv. 2 lett. a PA era allora applicabile soltanto nell'evenienza in cui l'autorità inferiore avesse emanato una decisione sull'effetto sospensivo o su altre misure provvisionali, ma non se fosse stata resa una decisione (finale) sull'aggiudicazione, come invece avvenuto nel caso in esame (cfr. decisioni incidentali del TAF B-5838/2007 del 6 dicembre 2007 consid. 2.4 e B-865/2007 del 3 dicembre 2007 consid. 1.5.1.2).
1.4.3 I requisiti relativi al contenuto ed alla forma del ricorso sono soddisfatti (art. 52 PA), l'anticipo spese è stato versato entro il termine impartito (art. 63 cpv. 4 PA) e i patrocinatori hanno giustificato i propri poteri per mezzo di procura scritta valida (art. 11 cpv. 2 PA).
1.4.4 Ritenuto quanto precede, il Tribunale amministrativo federale è competente per statuire sulla presente vertenza e i presupposti per entrare nel merito del ricorso sono adempiuti.
2. Dal punto di vista formale, la ricorrente ha eccepito la carenza di motivazione della decisione impugnata, ciò che non le avrebbe permesso di comprendere il motivo per la sua estromissione dalla gara.
2.1
2.1.1 Di principio le decisioni di cui all'art. 29 vLAPub devono essere motivate e notificate conformemente alle disposizioni previste all'art. 23 cpv. 1 e 2 vLAPub. Tali disposti rappresentano una cosiddetta lex specialis nei confronti dell'art. 35 cpv. 1 e 3, nonché dell'art. 36 PA (sentenza del TAF B-3526/2013 del 20 marzo 2014 consid. 2.3; Peter Galli/André Moser/Elisabeth Lang/Marc Steiner, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 3a ed., 2013, n. 1185 e 1363n. 1243 ss.). L'art. 23 cpv. 1 vLAPub consente una motivazione sommaria delle decisioni di cui all'art. 29 vLAPub (decisione incidentale del TAF B-1383/2011 del 23 maggio 2011 consid. 4.1). Le informazioni necessarie per la pubblicazione dell'aggiudicazione sono elencate all'art. 28 vOAPub.
L'art. 8 cpv. 1 lett. d primo periodo vLAPub stabilisce che il committente tutela la natura confidenziale di tutti i dati comunicatigli dall'offerente. Sono salve le comunicazioni che saranno pubblicate dopo l'aggiudicazione e le informazioni previste dall'articolo 23 cpv. 2 e 3 (art. 8 cpv. 1 lett. d secondo periodo vLAPub). In questo senso, le informazioni che rientrano nell'obbligo di comunicare dell'autorità aggiudicatrice secondo l'art. 23 cpv. 2 vLAPub costituiscono una deroga al principio della confidenzialità nella procedura di acquisti pubblici. La comunicazione di siffatte informazioni può avvenire tuttavia a condizione che esse non siano contrarie al diritto federale o lesive di interessi pubblici o che, se divulgate, potrebbero violare interessi economici legittimi degli offerenti o la concorrenza leale tra gli stessi (cfr. art. 23 cpv. 3 vLAPub). L'art. 23 cpv. 2 vLAPub statuisce per il committente l'obbligo di comunicare agli offerenti non considerati per la delibera determinate ulteriori informazioni, ma unicamente a condizione che ne abbiano fatto previamente richiesta. L'obbligo di comunicare imposto al committente all'art. 23 cpv. 2 vLAPub non significa che egli abbia a fornire le informazioni necessariamente sotto forma documentale così come è il caso per l'esame degli atti quale componente del diritto di essere sentito (decisione incidentale del TAF B-5504/2015 del 29 ottobre 2015 consid. 5.4.2). Le informazioni di cui all'art. 23 cpv. 2 vLAPub si riferiscono alla procedura d'aggiudicazione seguita, al nome dell'offerente scelto, al prezzo dell'offerta scelta o ai prezzi inferiori e maggiori delle offerte considerate, ai motivi essenziali dell'eliminazione, nonché alle caratteristiche essenziali e ai vantaggi dell'offerta scelta (art. 23 cpv. 2 lett. a-e LAPub).
2.1.2 Mediante le informazioni previste all'art. 23 cpv. 2 vLAPub gli offerenti non considerati devono essere messi nella condizione di tutelare a pieno il proprio diritto a ricorrere conformemente alla prassi del Tribunale federale sulla legittimazione a ricorrere in materia di acquisti pubblici (DTAF 2018 IV/11 consid. 2.4.3, sentenza del TAF B-3526/2013 del 20 marzo 2014 consid. 3.2). Per far ciò, è opportuno, in applicazione dell'art. 23 cpv. 2 lett. d ed e vLAPub, che essi si possano fare un'idea dei vantaggi dell'offerta scelta e dei motivi per la mancata considerazione o esclusione della propria offerta (cfr. DTAF 2018 IV/11 consid. 2.4.3). Eventuali violazioni dell'obbligo di motivazione quale componente del diritto di essere sentito potrebbero del resto essere sanate nella procedura di ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale, nella misura in cui l'autorità aggiudicatrice, in tale sede, fa fronte al suo obbligo di motivare le decisioni ed il ricorrente ha l'opportunità di prendere posizione sui motivi addotti (DTAF 2018 IV/11 consid. 2.5, sentenza del TAF B-8563/2010 del 15 febbraio 2011 consid. 2.2.1 con ulteriori riferimenti). La possibile sanatoria di una violazione del diritto di essere sentito nel procedimento di ricorso può avere conseguenze nell'ambito della fissazione delle spese processuali (DTAF 2018 IV/11 consid. 7.1 non pubblicato).
2.1.3 Nel caso in disamina, con decisione separata del 29 luglio 2021 l'autorità aggiudicatrice ha rivelato alla ricorrente che la sua offerta è stata esclusa dalla gara poiché questa modifica la struttura dell'elenco prezzi. Contestualmente al motivo di esclusione dell'offerta, la ricorrente è stata informata che la commessa è stata aggiudicata all'aggiudicataria al prezzo di fr. 2'124'594.90 (IVA esclusa), che la decisione di aggiudicazione è stata pubblicata lo stesso giorno sulla piattaforma SIMAP e che dalla pubblicazione sul SIMAP era possibile accedere alle indicazioni dei rimedi giuridici. Al punto 3.3 della decisione di aggiudicazione si legge che l'offerta dell'aggiudicataria adempie tutti i criteri del bando e complessivamente ha presentato un'ottima analisi dei compiti, delle procedure previste nel concorso ed una buona analisi dei rischi, nonché che le persone chiave presentate hanno tutte un ottimo livello di competenza. Dalla decisione di aggiudicazione risultano inoltre le informazioni sul tipo di procedura di aggiudicazione scelto, sul nome ufficiale ed indirizzo del committente, sul tipo e sull'oggetto della commessa, sul nominativo e indirizzo dell'aggiudicataria, sul prezzo dell'offerta e infine sulla data dell'aggiudicazione.
Ne discende che mediante la decisione di esclusione e quella di aggiudicazione il committente ha comunicato alla ricorrente il motivo alla base dell'esclusione della sua offerta dalla gara e i motivi dell'aggiudicazione, comprese le generalità dell'aggiudicataria e il prezzo dell'offerta prescelta. Così facendo, tenuto conto che la ricorrente non ha né chiesto lo svolgimento di un debriefing né informazioni supplementari ai sensi dell'art. 23 cpv. 2 vLAPub, il committente ha ossequiato i requisiti posti alla motivazione di cui all'art. 23 cpv. 2 vLAPub. Va parimenti rimarcato che le tematiche di ben tre chiarimenti d'offerta si trovavano in relazione diretta con l'elenco dei prezzi compilato dalla ricorrente. Nella misura in cui la ricorrente contesta; in sintesi; il contenuto della motivazione, ella non riesce a giustificare la censura, da lei sollevata, di violazione del diritto di essere sentito.
Nel complesso, non si può dunque affermare che le informazioni trasmesse alla ricorrente non le siano bastate per rendersi conto della portata delle mancanze a lei rimproverate e motivare le proprie censure ricorsuali. Anche a voler ipotizzare il contrario, un'eventuale violazione dell'obbligo di motivare le decisioni può essere ritenuta sanata nell'ambito del presente procedimento, avendo la ricorrente potuto completare il proprio gravame e prendere visione di una parte degli atti relativi alla procedura di aggiudicazione.
3. La ricorrente è stata esclusa dalla gara in quanto, a detta del committente, ella avrebbe modificato la struttura dei prezzi secondo l'elenco delle prestazioni e quindi inoltrato un'offerta difforme dalle disposizioni di gara. In sostanza la ricorrente nega di aver modificato la struttura dei prezzi, ribadendo di aver solo fatto uso legittimo della trasposizione di costi da una posizione unitaria in altre posizioni.
3.1 Notoriamente, soltanto offerte conformi alle prescrizioni di gara entrano in considerazione per l'aggiudicazione. Le prescrizioni di gara costituiscono in effetti la legge stessa del concorso e vincolano tanto i concorrenti, quanto il committente, che deve rispettarle per non incorrere in una violazione del diritto sotto il profilo della parità di trattamento e del principio della trasparenza. Conformemente all'art. 19 cpv. 1 vLAPub gli offerenti devono presentare le loro domande di partecipazione e la loro offerta per scritto, in modo completo e tempestivo. Alla base di questa regola vi è l'idea che l'autorità aggiudicatrice deve poter procedere direttamente all'aggiudicazione della commessa in virtù delle offerte inoltrate (cfr. sentenza del TF 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 4.1; DTAF 2007/13 consid. 3.1; sentenza del TAF B-8115/2015 del 6 ottobre 2016 consid. 3.8.1). Ne segue che sia l'idoneità dei concorrenti sia la bontà dell'offerta sono da esaminare in principio sulla scorta delle indicazioni e delle prove inoltrate entro il termine per l'inoltro delle offerte (cfr. decisioni incidentali del TAF B-6997/2018 del 30 aprile 2019 consid. 5.1.2 con ulteriori riferimenti e B-7479/2016 dell'8 maggio 2017 consid. 8.2; sentenza del TAF B-8115/2015 del 6 ottobre 2016 consid 3.8.1). Il committente ha inoltre la facoltà, durante la fase di analisi delle offerte, di chiedere spiegazioni o complementi d'informazione, prestando però sempre attenzione a non disattendere il principio della parità di trattamento tra i concorrenti (sentenza del TF 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 4.1).
3.2 Per esaminare se un'offerta incompleta o che non risponde alle esigenze del capitolato debba essere esclusa, la prassi dello scrivente Tribunale opera una distinzione in tre categorie di offerte. Nella prima categoria rientrano quelle offerte che l'autorità aggiudicatrice è tenuta ad escludere imperativamente, pena una violazione del principio della trasparenza e della parità di trattamento. In quest'evenienza deve trattarsi di un errore di una certa importanza e l'incompletezza deve riferirsi a punti essenziali dell'offerta (DTAF 2007/13 consid. 3.3). Una seconda categoria di offerte è contraddistinta dalla caratteristica secondo la quale l'autorità aggiudicatrice fruisce di un certo potere di apprezzamento per valutare se vuole portare simili offerte al livello di conformità del bando facendo capo a una richiesta di informazioni presso l'offerente (DTAF 2007/13 consid. 6.2). Nella terza ed ultima categoria ricadono le offerte che presentano difformità così irrilevanti e di lieve entità che vanno tollerate nella misura in cui il committente deve impegnarsi affinché l'offerente possa rimediare a tali mancanze (cfr. il riassunto della prassi esposto nella decisione incidentale del TAF B-3374/2019 del 12 novembre 2019 consid. 5.5.3 con ulteriori riferimenti). Un motivo d'esclusione deve presentare una certa gravità e un'estromissione dalla gara dovuta a lievi scostamenti dal bando di concorso o dalle prescrizioni di gara non può, di principio, essere ritenuta proporzionata (sentenza del TAF B-5084/2007 del 28 gennaio 2008 consid. 2.1).
3.3 L'esclusione di offerte cosiddette speculative ha finora occupato principalmente il Tribunale federale, i tribunali cantonali e la dottrina (sul concetto e sulle diverse categorie di offerte speculative si rinvia alla sentenza del TAF B-7216/2014 del 18 marzo 2020, intero consid. 8.1 e a Martin Beyeler, Umgelagert, gemischt und offeriert - Thesen zur Preisspekulation in BR 2010 pag. 125 segg.). Il Tribunale amministrativo federale non ha ancora avuto modo di approfondire la questione relativa al trasferimento di prezzi da posizioni a prezzo unitario ad altre posizioni unitarie rispettivamente globali in un procedimento su ricorso contro l'esclusione dello stesso insorgente. In effetti, la tematica è stata per ora affrontata solo nell'ambito della costellazione in cui un ricorrente non considerato per la delibera aveva rimproverato al committente di non aver escluso a torto l'offerta delle aggiudicatarie, nonostante quest'ultima presentasse presunti trasferimenti illeciti di prezzi (cfr. sentenza del TAF B-7216/2014, consid. 2.3, 8.2.3, 8.3 e 8.4). Vale la pena dunque fondarsi in gran parte sui principi giurisprudenziali sviluppati dal Tribunale federale e dai tribunali cantonali, che in ampia parte sono stati enunciati a titolo generale nella sentenza menzionata nella causa B-7216/2014.
3.4
3.4.1 Per correttezza è dapprima attirata l'attenzione sul fatto che la giurisprudenza del Tribunale amministrativo federale ha fintanto perlomeno ritenuto che l'esclusione di un'offerta può essere giustificata da una violazione delle norme sulla formazione dei prezzi fissate dal committente (sentenza del TAF B-4373/2019 del 30 gennaio 2020 consid. 7.5 in materia di prezzi negativi). Se un committente dispone che le offerte devono essere calcolate e presentate in modo che determinati costi siano attribuiti a determinate posizioni di prestazione, simili regole sulla formazione e struttura dei prezzi tangono la conformità dell'offerta alle condizioni di gara, indipendentemente dal fatto che sussista una speculazione o meno (cfr. sentenza del TAF B-7216/2014 consid. 8.2.1 con ulteriori riferimenti a prassi e dottrina). Nel diritto federale in materia di appalti pubblici, un'offerta in contrasto con le disposizioni sulla formazione e struttura dei prezzi costituisce un'offerta difforme dal capitolato, ciò che di principio porta ad estrometterla dalla gara (cfr. art. 19 cpv. 3 vLAPub). A ciò si addice che, fatte salve disposizioni contrarie del bando di concorso, le varianti di retribuzione non sono ammesse (art. 22a cpv. 2 vOAPub). In questi casi l'esclusione per oltraggio alle regole relative alla formazione e struttura dei prezzi è retta dai principi giurisprudenziali già esposti (cfr. supra consid. 3.2), nel senso che non si deve trattare di una violazione marginale e va ossequiato il divieto di formalismo eccessivo (cfr. sentenza del TAF B-7216/2014 consid. 8.2.1; Beyeler in BR 2010 pag. 147 seg.).
3.4.2 Per quanto attiene all'esclusione di offerte speculative in genere, il Tribunale federale ha confermato l'estromissione dalla gara di un'offerta che presentava, da un lato, un prezzo molto elevato nella posizione globale relativa alle installazioni di cantiere e, dall'altro, due posizioni unitarie principali dal prezzo irrealisticamente basso. L'Alta Corte ha stabilito che giacché un offerente deve essere escluso se omette di indicare nella sua offerta un elemento necessario a valutare il rapporto prezzo-prestazione, non è dunque insostenibile che l'esclusione avvenga ugualmente nell'evenienza in cui un offerente presenti un'offerta formalmente completa, ma proponendo degli elementi che non sono realistici a tal punto da impedire all'autorità aggiudicatrice di ottenere una visione d'insieme significativa e completa del rapporto prezzo-prestazioni e di confrontare l'offerta in questione con le altre offerte in gara venendo a mancare la dovuta trasparenza e la realtà dei costi (cfr. sentenza del TF 2D_34/2010 consid. 2.4). Se un offerente approfitta di un chiaro errore del committente nell'allestimento del capitolato mediante una formazione speculativa dei prezzi dell'offerta, ciò configura un comportamento contrario alla buona fede che si traduce in un motivo di esclusione (cfr. anche sentenza del TAF B-7216/2014, consid. 8.2.2 i.f., sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Zurigo 2012.00257 dell'8 agosto 2012 consid. 3.8; Beyeler in BR 2010 pag. 161).
3.4.3
3.4.3.1 Secondo la sentenza del TF 2P.164/2002 del 27 novembre 2002 consid. 3.3.2, i trasferimenti da posizioni a prezzo unitario in altre posizioni non sono di principio ammissibili in quanto una simile maniera di procedere impedisce al committente di effettuare una corretta analisi dei costi e di comparare direttamente l'offerta in questione con quelle degli altri concorrenti. Ciò corrisponde al principio in materia di acquisti pubblici secondo cui offerte non conformi alle prescrizioni di gara possono essere escluse, segnatamente anche quando risultano violate prescrizioni di forma oppure se per questo l'offerta in questione non può essere confrontata a quella degli altri offerenti (cfr. sentenze del TF 2C_782/2012 del 10 gennaio 2013 consid. 2.3 e 2D_34/2010 del 23 febbraio 2011 consid. 2.3). Non ogni irregolarità è suscettibile di comportare l'esclusione dell'offerta. Nei limiti del principio della proporzionalità e del divieto di formalismo eccessivo è consentito rinunciare all'estromissione, se il vizio riscontrato è relativamente lieve e lo scopo perseguito dalla disposizione formale non è seriamente compromesso (sentenza del TF 2D_34/2010 consid. 2.2 e seg. con ulteriori riferimenti e 2P.164/2002 del 27 novembre 2002 consid. 3.3.3; v. anche sentenza del TAF B-7216/2014, consid 8.2.3).
3.4.3.2 Secondo la prassi cantonale, un'offerta, in cui determinati prezzi unitari sono tenuti volutamente bassi e i costi che ricadono in queste posizioni sono trasferiti in una posizione globale, segnatamente nella posizione destinata alle installazioni di cantiere, entra in contraddizione con il principio di pattuizione del prezzo secondo prezzi unitari e viola le regole sulla determinazione del prezzo. Pur riconoscendo all'offerente, in linea di massima, una certa libertà nel calcolare i prezzi nella propria offerta, il trasferimento di costi da una posizione unitaria in altre posizioni non può evidentemente servire al solo scopo di trarre vantaggio di eventuali errori nell'elenco delle prestazioni a scapito del committente. In effetti, il committente non approfitta del risparmio sui costi nel caso di una riduzione delle quantità. Inoltre, un trasferimento di costi da posizioni a prezzo unitario in altre posizioni globali impedisce da un lato una corretta analisi dei prezzi offerti e dall'altro rende difficile o impossibile un confronto diretto con le altre offerte inoltrate, contravvenendo in questo modo ai principi della trasparenza, della parità di trattamento, della realtà dei costi e del divieto di distorsione della concorrenza (cfr. sentenza del TAF B-7216/2014 consid. 8.2.3; sentenze del Tribunale amministrativo del Canton Zurigo 2012.00257 dell'8 agosto 2012 consid. 3.4; del Tribunale amministrativo del Canton Lucerna 7H 17 279 del 10 gennaio 2018 consid. 3.2; del Tribunale amministrativo del Canton Berna VGE 100.2012.28 del 15 giugno 2012, confermato dal TF con sentenza 2C_782/2012 del 10 gennaio 2013 consid. 2.1 e 2.3; sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Svitto del 17 giugno 2008 VGE III 2008 81 consid. 6.4.1 e 6.4.2). Simili trasferimenti di costi nella posizione destinata alle installazioni si apparentano in conclusione ad una concessione di credito ingiustificata in quanto comportano che il credito corrispondente sia già esigibile all'inizio dei lavori (cfr. sentenze del Tribunale amministrativo del Canton Zurigo 2012.00257 dell'8 agosto 2012 consid. 3.4 e VB.2009.00480 del 10 marzo 2010 consid. 3.4; sentenze del Tribunale amministrativo del Canton Grigioni U 10 40 del 25 maggio 2010 consid. 2 e U 5 47 del 23 giugno 2005 consid. 1.c).
3.4.4 Quanto ai trasferimenti di costi da una posizione unitaria all'altra, dottrina e giurisprudenza hanno riconosciuto che, di regola, speculazioni sul margine dei prezzi che si fondano sull'attribuzione combinata di prezzi significantemente maggiorati e ridotti, violano implicitamente o esplicitamente le regole di formazione dei prezzi fissate dal committente (sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Argovia del 29 luglio 2011 consid. 2b; Beyeler in BR 2010 pag. 159). Alla base di questo ragionamento vi è l'idea che gli elementi di costo direttamente connessi con una determinata posizione non devono essere inclusi nel prezzo unitario relativo alla medesima, bensì nel prezzo unitario di un'altra posizione (idem). Ciò entra in contraddizione con la regola generale secondo la quale tutti i costi in relazione a determinate prestazioni devono essere inclusi in quella posizione che descrive la prestazione, nonché attribuiti alla posizione a cui appartengono e con la quale sono strettamente connessi (Beyeler in BR 2010 pag. 159). In definitiva, un'offerta che presenta gli elementi speculativi descritti in diverse posizioni a prezzi unitari in contravvenzione alle relative regole sulla formazione dei prezzi, può essere esclusa, indipendentemente dall'intento speculativo dell'offerente, se sussiste un rischio non trascurabile che subentrino conseguenze negative altrettanto non trascurabili per il committente (sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Argovia del 29 luglio 2011 consid. 2b; Beyeler in BR 2010 pag. 159).
Giurisprudenza e dottrina successive raccomandano inoltre di adottare una certa cautela nell'ammettere la sussistenza di trasferimenti di costi tra posizioni a prezzi unitari, in quanto, in tale evenienza, la distribuzione dei rischi e delle opportunità non è paragonabile alla situazione di trasferimenti di costi da posizioni a prezzo unitario in posizioni globali e nell'ambito della pattuizione del prezzo secondo prezzi unitari sussiste per natura un certo rischio che subentrino sovraccosti indipendentemente dalla ragione per le differenze di prezzo. Per questo motivo un'esclusione dalla gara si rivela giustificata in circostanze straordinarie, segnatamente se il trasferimento di costi serve evidentemente al solo scopo di sfruttare eventuali errori del capitolato a scapito del committente (v. anche sentenza del TAF B-7216/2014, consid. 8.2.2; sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Zurigo del 15 dicembre 2010 VB.2010.00402 consid. 2.2.2; Stefan Scherler in BR 2011, pag. 251).
3.5 In sunto, dai principi sviluppati dalla prassi e dalla dottrina suesposte si possono trarre le seguenti conclusioni. Un offerente può essere escluso dalla gara se la sua offerta contiene trasferimenti da posizioni a prezzo unitario a posizioni globali, poiché in questo modo si rende gravoso e impossibile un confronto delle offerte. In genere, speculazioni di prezzo sono suscettibili di giustificare un'estromissione dalla gara a condizione che l'offerta in questione non permetta una valutazione ragionevole del rapporto prezzo/prestazioni e perciò nemmeno un confronto tra le offerte. Trasferimenti da una posizione a prezzo unitario all'altra sono invece di principio soltanto inammissibili se contravvengono alle regole sulla formazione dei prezzi fissate dal committente. La violazione delle regole sulla formazione del prezzo rappresenta un motivo di esclusione per difformità dell'offerta con le disposizioni di gara indipendentemente dalla sussistenza effettiva di un'eventuale speculazione di prezzi (cfr. sentenza del TAF B-7216/2014, consid. 8.3).
4. Di seguito va esaminato, partendo dapprima dall'elenco delle prestazioni secondo i documenti di gara, se la trasposizione dei costi operata dalla ricorrente, come da lei stessa ammesso, da una posizione all'altra è suscettibile di giustificare la sua estromissione dalla gara.
4.1
4.1.1 L'elenco delle prestazioni secondo il punto III.1 dei Documenti dell'offerente è impostato principalmente secondo un appalto a prezzi unitari. Questo è evincibile a contrario dal bando di concorso secondo cui le offerte su base forfetaria e globali e/o Ie offerte basate su una tariffa oraria media non sono ammesse (punto 2.11). Unitamente ai prezzi unitari, il capitolato prevedeva alcune posizioni globali ("gl"), tra cui tre posizioni globali per le attrezzature (cfr. infra intero consid. 4.2.1 per i dettagli). Il bando e la documentazione di gara non contengono alcuna disposizione esplicita che dichiara inammissibili i trasferimenti di costi da una posizione unitaria all'altra rispettivamente da una posizione globale con la comminatoria dell'esclusione dalla gara in caso di contravvenzione.
4.1.2 In un appalto a prezzi unitari la retribuzione è stabilita dal calcolo della quantità di unità delle lavorazioni effettivamente realizzate, moltiplicate con il prezzo offerto per ciascuna unità (cfr. sentenza del TAF B-4373/2019 del 30 gennaio 2020 consid. 3.2.1; sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Zurigo VB.2012.00257 dell'8 agosto 2012 consid. 3.2; Daniela Lutz, Angebotspreis und Kalkulationsfreiheit und die Schranken, in Zufferey/Stöckli [ed.], Aktuelles Vergaberecht 2014, pag. 281 segg., n. 14; v. anche per analogia art. 39 cpv. 1 periodo primo e secondo delle Norma SIA 118: Il prezzo unitario determina la retribuzione per una singola prestazione prevista quale posizione particolare nell'elenco delle prestazioni [...]. È fissato in base a un'unità di quantità, di modo che la retribuzione dovuta per la prestazione può essere determinata sulla base delle quantità stabilite [...]."). Secondo questo metodo di retribuzione il rischio delle quantità di lavoro necessarie all'esecuzione grava sul committente: se le quantità di unità di lavorazione stimate non corrispondono alla quantità di lavoro effettivamente occorsa, i costi aumentano o diminuiscono analogicamente alle quantità modificate (Lutz, op. cit., n. 14). In conformità al principio della pattuizione dei prezzi in modo unitario le modifiche dei quantitativi si traducono in corrispondenti variazioni di prezzo (sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Zurigo VB.2007.00123 del 12 settembre 2007 consid. 3.4.1).
Quanto ai rischi nell'ambito della presente commessa, la relazione tecnica contenuta nella documentazione di gara stabilisce che tutti "i quantitativi riportati nell'elenco prezzi sono indicativi e non impegnano il committente verso l'imprenditore. I prezzi unitari restano in ogni caso invariati per tutta la durata dei lavori, indipendentemente dalle possibili variazioni dei quantitativi o dalla mancata esecuzione di determinate posizioni. L'imprenditore non può pretendere alcun indennizzo a causa delle variazioni dei quantitativi" (relazione tecnica II.2 punto 3).
4.1.3 L'elenco prezzi nel presente caso contiene circa 170 posizioni, esclusi i lavori a regia. Come segnalato giustamente dal committente, la ricorrente ha compilato l'elenco prezzi in particolare offrendo 43 posizioni a un prezzo simbolico di un franco, nonché 64 posizioni ad un prezzo simbolico di 5 centesimi.
4.1.4 Prezzi a costo zero oppure prezzi simbolici ("Null- oder Platzhalterpreise"), come ad esempio fr. 1.- o cinque centesimi, possono essere offerti per tre motivi: (1) L'offerente ritiene che la prestazione richiesta non è necessaria per l'esecuzione dell'opera e può essere risparmiata; (2) l'offerente considera la prestazione richiesta imperativamente oppure probabilmente necessaria, tuttavia non richiede per essa alcuna remunerazione poiché è disposto a fornire la prestazione gratuitamente o quasi; in questa circostanza si tratta di un caso di sottoprezzo; (3) l'offerente ha girato i costi della prestazione corrispondente in un'altra posizione dell'elenco; in questo caso si tratta di un trasferimento di costi (cfr. Roman Brazerol, Der Eintheitspreis im Bauwerkvertrag, in: Zufferey/Stöckli [ed.], BR - Beiträge aus dem Institut für Schweizerisches und Internationales Baurecht, Universität Freiburg, Band/Nr. 38, n. a margine 710 segg., 712).
4.2 Nella presente fattispecie la stessa ricorrente ha riconosciuto sia in sede di chiarimenti di offerta che nelle sue comparse di aver fatto legittimamente uso della facoltà di trasferimento dei costi, perlomeno da una posizione unitaria all'altra, ribadendo la plausibilità e pertinenza delle posizioni dei costi globali. Nell'ambito del presente procedimento, ella fa presente che né il bando di concorso né le disposizioni contenute nei documenti di gara vieterebbero questo modo di procedere.
4.2.1
4.2.1.1 La ricorrente ha offerto per le tre posizioni globali previste i seguenti importi: fr. 85'000.- nella posizione 312.101 "Insieme di tutte le installazioni e le attrezzature necessarie per l'esecuzione delle prove sugli strati bituminosi (carotaggi compresi) presso il cantiere", fr. 28'000.-. nella posizione 312.102 "insieme di tutte le installazioni e le attrezzature necessarie per il prelievo di miscela" e fr. 15'000.- nella posizione 312.103 "Insieme di tutte le installazioni e le attrezzature necessarie per la verifica della planarità". La ricorrente sostiene che l'importo complessivo di fr. 128'000.- per le citate posizioni equivale al 10% del prezzo totale della propria offerta, rispettivamente al 6% del totale dell'importo di aggiudicazione, deducendo che non si tratterebbe di un vizio di una certa importanza suscettibile di condurre all'esclusione. L'autorità aggiudicatrice ribatte invece che i costi previsti per le installazioni incidono di circa il 15% sul totale offerto poiché nel calcolo occorrerebbe dedurre i costi delle regie (...), concludendo che si tratta di una cifra di una certa importanza.
4.2.1.2 Stando agli accertamenti effettuati in sede di chiarimenti d'offerta, la ricorrente ha trasferito 22 posizioni unitarie relative ai campioni ed offerte ad un prezzo simbolico di cinque centesimi in due posizioni unitarie relative ai trasporti (pos. 311.121 e 411.121), entrambe offerte a fr. 1'000.- (cfr. anche intero consid. 4.2.2.1). A fronte delle restanti 42 posizioni offerte a 5 centesimi e delle 43 posizioni offerte al prezzo di fr. 1.- che non risultano essere state computate in altre posizioni unitarie o globali e tenuto conto delle dichiarazioni della ricorrente di aver effettuato una trasposizione di oneri tra singole posizioni dell'elenco prezzi (cfr. risposta 13 nei chiarimenti d'offerta, replica ad. 8), l'autorità inferiore poteva ragionevolmente concludere che gli effettivi costi delle posizioni a prezzo unitario siano stati verosimilmente trasferiti nelle posizioni globali relative alle installazioni.
4.2.1.3 In considerazione della prassi precedentemente citata, i trasferimenti di costi da posizioni a prezzi unitari a posizioni globali, segnatamente le posizioni relative alle installazioni, disattendono il principio della pattuizione del prezzo a prezzi unitari e pertanto non sono conformi alle disposizioni di gara circa la struttura e la formazione dei prezzi. Un tal modo di agire, oltre ad impossibilitare il committente a compiere una corretta analisi dei costi e confrontare direttamente l'offerta in oggetto con quelle degli altri offerenti, lo obbliga pure a versare in ogni caso l'intero importo dovuto per le installazioni, privandolo di approfittare di un risparmio sui costi nel caso di una riduzione delle quantità. In una simile evenienza, un'esclusione dalla gara è ammissibile a condizione che si tratti di vizi di una certa importanza nella compilazione dell'offerta (cfr. supra intero consid. 3.4.3). Detti principi sviluppati dalla giurisprudenza federale e cantonale possono senz'altro essere applicati per analogia anche al caso in esame. Il fatto, rilevato dalla ricorrente, che in questa fattispecie, rispetto alla procedura 2P.164/2002 del Tribunale federale, non vi sia la possibilità di inoltrare una variante e non sia applicabile il Regolamento SIA 118 non cambia nulla al carattere generale di tali principi.
4.2.1.4 I trasferimenti, appena esposti, da posizioni a prezzi unitari nelle posizioni globali relative alle installazioni contrastano con le disposizioni sulla formazione dei prezzi formulate nell'apposito elenco e non possono essere ritenuti di rilevanza marginale, tenuto conto che l'importo riferito alle tre posizioni globali in questione ammonta complessivamente a fr. 128'000.-, il che corrisponde al 10%, rispettivamente al 16% del prezzo totale offerto dalla ricorrente (...), in quest'ultimo caso in deduzione dei costi totali dei lavori a regia (...). Contrariamente a quanto vorrebbe far credere la ricorrente, non si può dire che si tratta di una percentuale trascurabile se si considera che il Tribunale federale non ha ritenuto esigua una percentuale di oltre il 3.5% dell'intera offerta presentata (cfr. sentenza del TF 2P.164/2002 del 26 novembre 2002 consid. 3.3.3). A ciò si aggiunge che gli importi offerti dalla ricorrente per le posizioni relative alle installazioni, che in ogni caso devono essere retribuite, sono difficilmente comparabili con gli importi delle altre due offerte rimaste in gara, le quali presentano una percentuale dei costi fissi per le installazioni attorno allo 0.0002% in rapporto agli importi complessivi offerti. Le allegazioni della ricorrente sulla possibilità di un aggiustamento successivo del contratto (cfr. fatti lett. F.b) non sono pertinenti poiché non permettono in alcun modo di comprendere quali costi effettivi siano stati attribuiti alle singole posizioni a prezzi unitari e di procedere ad una corretta analisi dei prezzi.
4.2.1.5 Da quanto precede, l'offerta in questione si scosta evidentemente dalle disposizioni sulla strutturazione dei prezzi e i difetti riscontrati non possono essere ritenuti trascurabili. Ne segue che l'autorità aggiudicatrice, posto che anche dopo i chiarimenti d'offerta permanevano ancora molte incertezze, era autorizzata, già per questo motivo, ad escludere l'offerta della ricorrente dalla gara, ciò che del resto rientra nell'ambito del potere di apprezzamento di cui fruisce.
4.2.2 L'autorità aggiudicatrice ha riscontrato a diverse riprese ulteriori trasferimenti di costi da posizioni unitarie in altre posizioni unitarie, rispettivamente in posizioni di costi a regia. Si tratta delle posizioni per il prelievo rispettivamente il trasporto di campioni (cfr. infra consid. 4.2.2.1), per le prove di carico su piastra (cfr. infra consid. 4.2.2.2) e per le prove di visibilità (cfr. infra consid. 4.2.2.3).
4.2.2.1
4.2.2.1.1 Quanto al prelievo di campioni su strati bituminosi, la ricorrente ha offerto le pos. 311.111, 311.112 e 311.113, nonché 311.212, 311.213, 311.216, 311.261 e 311.262 ad un prezzo di 5 centesimi ciascuna, inserendo invece un prezzo di fr. 1'000.- per il trasporto di materiale di campioni fino a kg 100 (pos. 311.121). Anche per quanto attiene alle prove su opere di calcestruzzo, la ricorrente ha compilato l'elenco prezzi in maniera analoga, prevendendo per il prelievo (pos. 411.112, 411.113, 411.114) e per il trasporto di campioni di calcestruzzo fino a kg 50 un prezzo di 5 centesimi e offrendo un prezzo di fr. 1'000.- per il trasporto di campioni da 51 kg a 100 kg.
4.2.2.1.2 Innanzitutto, è assodato per stessa dichiarazione della ricorrente in sede di chiarimenti d'offerta (cfr. analisi dei prezzi no. 2 e no. 7) che nelle pos. 311.121 e 411.121 sono stati trasposti gli elementi di costo delle posizioni per i prelievi. Si tratta di trasferimenti di costi da una posizione a prezzo unitario all'altra. In conformità con la giurisprudenza e la dottrina già menzionate, la combinazione di posizioni dal prezzo simbolico di 5 centesimi - qui in relazione al prelievo di campioni - e di posizioni dal prezzo proporzionalmente di gran lunga più elevato - qui in relazione ai trasporti -, stride con la regola generale secondo la quale tutti i costi per determinate prestazioni devono essere attribuiti alla posizione a cui in effetti appartengono e con la quale sono strettamente connessi e viola le disposizioni sulla formazione e la struttura dei prezzi (cfr. supra consid. 3.4.4 e 3.5).
4.2.2.1.3 Per giunta, dichiarando che le unità "pz" alle posizioni 311.121 e 411.121 riguardano il trasporto di ogni singolo campione, la ricorrente fa capire, come si evincerà dai seguenti considerandi, di aver compilato l'offerta in contrasto all'impostazione del capitolato, perché in sostanza viene modificata l'unità di misura prestabilita dall'elenco prezzi, ciò che non sarebbe possibile. In effetti, l'elenco dei prezzi definisce l'unità di misura "pz" per il prelievo ed il trasporto di campioni su strati bituminosi (pos. 311.121) e su opere di calcestruzzo (411.121, 411.122). Secondo l'autorità aggiudicatrice 1 pz corrisponde ad un singolo trasporto comprensivo di campioni fino a 50 kg o da 51 kg fino a 100 kg. Per la ricorrente invece con "pz" si intende il trasporto di ogni singolo campione (cfr. replica, chiarimenti d'offerta risposte alle domande 15-17). In sede di duplica l'autorità aggiudicatrice ha comunicato di aver interpellato riguardo alla pos. 411.121 gli esperti del Centro svizzero di studio per la razionalizzazione della costruzione (CRB) che si occupano di allestire le posizioni normalizzate dell'elenco prezzi. Conformemente al doc. 3 allegato alla duplica, il CRB conferma espressamente l'interpretazione data dall'autorità aggiudicatrice, spiegando che nella dicitura della posizione "campioni di cemento fino a 50 kg" "si tratta del numero di interventi in situ. Affinché ci sia una chiara distinzione tra un trasporto su camion per 500 campioni, per esempio, e un trasporto in auto per tre campioni (...)". Nelle osservazioni di triplica la ricorrente non si esprime in alcun modo, né contesta espressamente la risposta della CRB. Ne segue che il ragionamento del committente secondo cui la ricorrente ha compilato l'offerta scostandosi dall'unità di misura prevista nel capitolato non può dare adito a critiche. Parimenti plausibile è l'argomento dell'autorità aggiudicatrice secondo cui la ricorrente intendendo l'unità "pz" nel senso del trasporto di ogni singolo campione ha impostato la propria offerta in modo da condurre a maggiori costi (cfr. fatti lett. E.b.c).
4.2.2.1.4 Le doglianze sollevate dalla ricorrente in questo ambito non possono trovare accoglimento.
Irrilevanti si rivelano dapprima i richiami della ricorrente ad altri elenchi prezzi di altre gare pubbliche indette dal committente (doc. Q, R e S) in cui, secondo lei, l'unità di misura per le posizioni di trasporto sarebbe successivamente stata corretta da "pz" in "up". Da simili rinvii la ricorrente non può trarre nulla a suo beneficio in quanto concernono progetti diversi con un'impostazione diversa dal presente capitolato. Come osserva giustamente l'autorità aggiudicatrice, nei progetti indicati ai doc. Q e R le posizioni 311.121, 411.121 e 411.122 non erano previste, mentre nel progetto indicato al doc. S la posizione del trasporto non era stata inserita separatamente, ma ritenuta inclusa nei prezzi unitari per i prelievi.
Considerata la pertinenza dell'interpretazione dell'unità "pz" in relazione ai trasporti, la ricorrente non ha più ragione di far valere delle incongruenze nell'elenco prezzi. Laddove ella sostiene nel ricorso e nella replica che i quantitativi di materiale trasportati (campioni) alle pos. 311.121 e 411.121 non corrispondono ai quantitativi da prelevare e nemmeno da analizzare, il suo ragionamento non può essere seguito perché fondato su un'interpretazione erronea dell'unità "pz". Non si rivela dunque più necessario soffermarsi sui relativi approfondimenti tecnici prodotti dalla ricorrente in sede di replica, sempre ammesso che non siano tardivi. Come rilevato a giusto titolo dal committente, volendo intervenire nel determinare l'effettivo numero di prove, la ricorrente misconosce che i quantitativi previsti sono indicativi, sono il frutto di previsioni e non è certo che vengano eseguiti nella totalità prevista. Dal numero di prove su calcestruzzi da lei effettuato nell'ambito di un altro progetto (EP 19), impostato differentemente, la ricorrente non può trarre nulla a suo beneficio per il progetto in questione.
Infine, si rileva come non sia ravvisabile che l'autorità aggiudicatrice in riferimento alle posizioni menzionate possa essere venuta meno alle sue istruzioni "Requisiti di qualità dei rivestimenti bituminosi" (doc. U), avendo queste ultime come scopo, in principio, la definizione della procedura da seguire in caso di scostamenti rispetto ai requisiti di qualità dei rivestimenti bituminosi e non la definizione dei quantitativi (cfr. doc. U pag. 7 cifra 1.1).
4.2.2.2 Per quanto attiene alle prove di carico su piastra, l'autorità aggiudicatrice segnala che la ricorrente ha offerto prezzi molto bassi alle pos. 111.205 "strati di fondazione ed elementi di sostegno di terra armata", 112.101 "attrezzature per prove di carico con piastra", 112.201 "contrappeso per le prove di carico con piastra" e 181.105 "Prova di carico con piastra. Dalla risposta data dalla ricorrente in sede di chiarimenti d'offerta (R3) l'autorità aggiudicatrice conclude che la ricorrente pretende di poter applicare alla pos. 111.205 la posizione R291.111 del CPN 111 che corrisponde a quella per le tariffe applicabili ai lavori a regia non previste nell'elenco prezzi e a cui verrebbero applicati costi decisamente superiori ai costi unitari offerti. Da ciò il committente deduce che la ricorrente abbia formulato anche in questo punto un'offerta non conforme all'impostazione del capitolato. Come però evidenziato nella replica, il committente pare non aver considerato che nella risposta 8 ai chiarimenti d'offerta la ricorrente abbia poi riveduto la sua posizione circa l'applicazione della posizione R291.111 alla pos. 111.205. Tuttavia, questo aspetto apparentemente a favore della ricorrente ha un mero effetto neutro e non attenuante, considerato che i vizi precedentemente esposti, nel loro complesso, sono già di per sé sufficienti per ammettere un'offerta difforme dal capitolato.
4.2.2.3 Infine, in fase di chiarimenti d'offerta e nella replica la ricorrente ha dichiarato di aver trasposto i costi delle pos. 387.211 "visibilità diurna con superficie asciutta" e 387.212 "visibilità notturna con superficie asciutta" nella pos. 387.213 "visibilità notturna con superficie bagnata", inserendo per le prime due un prezzo simbolico di 5 centesimi e per la terza un prezzo di fr. 360.- (cfr. anche analisi dei prezzi no. 14 nei chiarimenti d'offerta). Anche in questo caso, il trasferimento di elementi di costo da una posizione a prezzo unitario all'altra è suscettibile di violare le disposizioni sulla formazione e la struttura dei prezzi, poiché si trova in contraddizione alla regola che tutti i costi per determinate prestazioni devono essere attribuiti alla posizione a cui in effetti appartengono e con la quale sono strettamente connessi (cfr. supra consid. 3.4.4). Avendo dichiarato in sede di chiarimenti d'offerta (risposta 11) che durante lo stesso intervento di misurazione sono forniti tra l'altro i tre requisiti nelle tre posizioni in questione e che per questo ha inserito il prezzo di fr. 360.- nella pos. 387.213 in cui sarebbero inclusi i valori di cui alle prime due posizioni, la ricorrente lascia intendere di aver agito in contrasto con i principi indicati.
4.2.2.4 Da quanto precede, indipendentemente dalla sussistenza di una qualsivoglia speculazione, non è criticabile che l'autorità aggiudicatrice abbia escluso la ricorrente dalla gara per i trasferimenti di costi da una posizione a prezzi unitari all'altra in violazione delle disposizioni sulla formazione dei prezzi, tenendo simultaneamente conto dei prezzi maggiorati per le posizioni relative alle installazioni.
4.3 In sunto, la ricorrente ha compilato l'elenco prezzi comprensivo di 170 posizioni (esclusi i lavori a regia), in particolare offrendo 43 posizioni a un prezzo simbolico di un franco, rispettivamente 64 posizioni ad un prezzo simbolico di 5 centesimi, nonché riconosciuto di aver fatto uso della possibilità di trasferimento di costi. A fronte del numero considerevole di posizioni ad un prezzo simbolico e considerato che l'offerta dell'aggiudicataria e quella dell'offerente classificatasi seconda non presentano alcuna posizione ad un prezzo di 5 centesimi e prezzi di gran lunga meno elevati nelle posizioni relative alle installazioni e ai trasporti di campioni, appare evidente che il modo di agire della ricorrente si discosta dal principio di pattuizione dei prezzi a prezzi unitari secondo il capitolato, non permettendo di conseguenza una valutazione ragionevole del rapporto prezzo/prestazioni, rendendo difficile e impossibile un confronto delle offerte. Se è vero che il bando di concorso e le disposizioni di gara non prevedono espressamente la possibilità di esclusione di offerte che presentano trasferimenti da posizioni a prezzi unitari ad altre posizioni, è altrettanto vero che l'offerta non è conforme alle disposizioni sulla strutturazione dei prezzi e che già i difetti riscontrati in riferimento alle posizioni per le installazioni (cfr. supra intero consid. 4.2.1) non possono essere ritenuti di secondaria importanza. In siffatte circostanze, l'autorità aggiudicatrice era autorizzata ad escludere l'offerta della ricorrente già per questo motivo, e, a maggior ragione, tenendo anche conto delle incongruenze rilevate nei trasferimenti di costi tra posizioni a prezzi unitari (cfr. supra intero consid. 4.2.2), in particolare anche nell'interpretazione dell'unità di misura per i trasporti di campioni (cfr. supra consid. 4.2.2.1.3). Resta determinante il fatto che la ricorrente non ha fatto uso, nell'ambito dei chiarimenti di offerta, della possibilità, concessa dal committente, di adattare la propria offerta alle disposizioni del bando e di impostare i punti critici della stessa in modo realistico. Pertanto, l'esclusione dell'offerta non può essere considerata giuridicamente scorretta, né scaturisce da un esercizio arbitrario del potere d'apprezzamento dell'autorità aggiudicatrice.
5. In seguito alla conferma dell'esclusione della ricorrente, anche se il Tribunale dovesse giungere alla conclusione che le ulteriori contestazioni della ricorrente siano fondate e possano giustificare l'estromissione dell'aggiudicataria, rimarrebbe ancora in gara la concorrente piazzatasi al secondo posto. Da notare inoltre che la ricorrente non ha del resto richiesto, contestualmente all'annullamento della delibera, una nuova messa a concorso dei lavori in questione. Alla luce di tutte queste circostanze, non è più necessario approfondire ulteriormente le censure della medesima volte all'esclusione dell'aggiudicataria (cfr. supra consid. 1.4.1.4).
6. Stante tutto quanto precede, l'autorità aggiudicatrice ha escluso legittimamente l'offerta della ricorrente dalla gara e non sono ravvisabili né una violazione del diritto, né un esercizio eccessivo ed abusivo del potere di apprezzamento riconosciuto al committente. Ne segue che la decisione impugnata non può essere considerata erronea dal punto di vista giuridico ed il ricorso, rivelandosi infondato, va respinto nella misura in cui è ammissibile.
7. Nell'ambito dello scambio di scritti è stato concesso alla ricorrente il diritto di consultare gli atti. Visto l'esito del procedimento, non è più necessario concedere un ulteriore accesso agli atti rispetto a quello già predisposto finora. Essendo la causa pronta per essere decisa, la concessione dell'effetto sospensivo al ricorso, avvenuta, a titolo supercautelare, con l'ordinanza del 20 agosto 2021, va revocata e la relativa domanda è divenuta priva d'oggetto.
8.
8.1 La ricorrente, soccombente, deve sopportare le spese processuali (art. 63 cpv. 1 PA). Le spese di procedimento dinanzi al TAF comprendono la tassa di giustizia ed i disborsi (art. 1 del regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale [TS-TAF, RS 173.320.2]). La tassa di giustizia è calcolata in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti (art. 63 cpv. 4bis PA, art. 2 cpv. 1 frase 1 TS-TAF). Nelle cause con valore pecuniario la tassa di giustizia è fissata secondo il valore litigioso (art. 4 TS-TAF). In applicazione delle disposizioni menzionate e considerato che la ricorrente è da considerare quale parte soccombente e che la presente sentenza ha potuto essere emanata senza previamente rilasciare una decisione incidentale sull'effetto sospensivo, si giustifica di fissare la tassa di giustizia ad un importo complessivo di fr. 4'000.-. Le spese processuali sono computate con l'anticipo di pari importo già versato, dopo la crescita in giudicato della presente sentenza.
8.2 Quanto alle spese ripetibili, alla ricorrente non si assegnano indennità in conformità al principio della soccombenza (art. 64 cpv. 1 PA a contrario). USTRA, in qualità di autorità federale, non ha diritto a un'indennità a titolo di ripetibili (art. 7 cpv. 3 del regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale [TS-TAF, RS 173.320.2]).
Per questi motivi, il Tribunale amministrativo federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La domanda di effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto e l'effetto sospensivo concesso a titolo supercautelare è revocato.
3. Le spese processuali, di fr. 4'000.-, sono poste a carico della ricorrente e sono computate con l'anticipo spese di pari importo già versato, dopo la crescita in giudicato della presente sentenza. Non vengono assegnate indennità a titolo di spese ripetibili.
4. La presente sentenza è comunicata alla ricorrente, all'autorità aggiudicatrice e, per estratto, all'aggiudicataria.
I rimedi giuridici sono menzionati alla pagina seguente.
Il presidente del collegio:
Il cancelliere:
Pietro Angeli-Busi
Corrado Bergomi
Rimedi giuridici:
Contro la presente decisione può essere interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, 1000 Losanna 14, entro un termine di 30 giorni dalla sua notificazione (art. 82 e segg., 90 e segg. e 100 LTF). Il termine è reputato osservato se gli atti scritti sono consegnati al Tribunale federale oppure, all'indirizzo di questo, alla posta svizzera o a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera al più tardi l'ultimo giorno del termine (art. 48 cpv. 1 LTF). Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati. La decisione impugnata e - se in possesso della parte ricorrente - i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati (art. 42 LTF).
Data di spedizione: 18 febbraio 2022
Comunicazione a:
- ricorrente (atto giudiziario);
- autorità aggiudicatrice (n. di rif. SIMAP ID del progetto 211381; atto giudiziario);
- aggiudicataria (per estratto; raccomandata).