bvger · A-7749/2006 · 2007-11-12 · de
A-7749/2006

Eisenbahnen (Übriges)

Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-7749/2006
Urteil vom 12. November 2007
Besetzung
Richter Lorenz Kneubühler (Vorsitz), Richter Beat Forster, Richter Markus Metz,
Gerichtsschreiberin Michelle Eichenberger.
Parteien
Schweizerische Bundesbahnen SBB, Infrastruktur, Recht, Kasernenstrasse 95/97, Postfach, 8021 Zürich,
Beschwerdeführerin,
gegen
Bundesamt für Verkehr (BAV), 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Sanierung Seetalbahn 2. Etappe, anrechenbare Kosten.
Sachverhalt:
A. Die Sanierung der Seetalbahn wurde vom Bundesrat am 31. August 1992 genehmigt. Die Sanierung wurde in zwei Etappen aufgeteilt. Die 1. Etappe betrifft die Linienverlegung zwischen Emmenbrücke/LU und Waldibrücke/LU inklusiv der neuen Kreuzungsstation Waldibrücke/LU (nachfolgend: 1. Etappe). Die zweite Etappe beinhaltet die Strecke zwischen Waldibrücke/LU und Lenzburg/AG sowie den Umbau aller Stationen (nachfolgend: 2. Etappe).
B. Der Bund, die Schweizerischen Bundesbahnen (SBB AG) und die Kantone Luzern und Aargau finanzieren die sicherheitstechnischen Massnahmen gemeinsam. Die Finanzierung der Sanierung der 1. Etappe wurde am 9. März 1994 in der Finanzierungsvereinbarung zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft, der SBB AG sowie dem Kanton Luzern geregelt (nachfolgend: FV1). Für die Sanierung der 1. Etappe wurde hierbei ein Kostendach von Fr. 77'709'000.- festgelegt (Art. 2 FV1). Am 7. Juni 2000 unterzeichneten die Schweizerische Eidgenossenschaft, handelnd durch das Bundesamt für Verkehr (BAV), die SBB AG sowie die Kantone Luzern und Aargau die Finanzierungsvereinbarung für die Sanierung der 2. Etappe der Seetalbahn (nachfolgend: FV2). Hiernach sind für die Sanierung der 2. Etappe Gesamtkosten von Fr 101'818'988.- vorgesehen (Art. 7 Abs. 5 FV2) und für die Sanierung der 1. und 2. Etappe stehen insgesamt maximal Fr. 200 Millionen zur Verfügung (Art. 6 FV2). Mit Nachtrag zur FV1 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft, der SBB AG und dem Kanton Luzern vom 13. Juli 2000 wurden Mehrkosten für die 1. Etappe von Fr. 7'454'000.- vereinbart (Art. 3 Nachtrag). Somit erhöhten sich die Gesamtkosten für die 1. Etappe auf Fr. 85'163'000.-, welche zu Lasten des Gesamtkredits von Fr. 200 Millionen gemäss FV2 gingen (Art. 6 FV2). Angesichts des Kostendachs von Fr. 200 Millionen hat dies zur Folge, dass sich die Reserven für die 2. Etappe auf Fr. 13'018'012.- reduzieren.
C. Gemäss Kostenanalyse der Techdata AG, Projekt- und Baumanagement, Basel, vom 13. Februar 2004 belaufen sich die Endkosten für die 1. Etappe auf Fr. 87.47 Millionen, womit ein Plus von Fr. 2.31 Millionen gegenüber dem in der FV1 und dem Nachtrag statuierten Betrag von Fr. 85.16 Millionen resultiert. Für die 2. Etappe betragen die Kosten Fr. 117.60 Millionen, mithin Fr. 15.78 Millionen mehr als der in der FV2 festgehaltene Betrag von Fr. 101.82 Millionen.
D. Die eingesetzte Behördendelegation, bestehend aus Projektverantwortlichen des BAV, der SBB AG sowie der Kantone Luzern und Aargau, diskutierte an ihrer Sitzung vom 11. März 2004 über das Hauptthema "Kostensituation und Finanzierung der Massnahmen", wobei auf die Fragen der Behandlung der Mehrkosten, der Klärung von anrechenbaren Kosten, des Optimierungspotentials und der vergessenen Mehrwertsteuer (MWSt) eingegangen wurde. Zudem wurde die Kostenanalyse vom 13. Februar 2004 genehmigt und eine Zusatzvereinbarung geplant - ein entsprechender Entwurf lag bereits vor. Zur Unterzeichnung einer Zusatzvereinbarung durch alle Parteien kam es indessen in der Folge nicht.
E. Die SBB AG verlangte mit Schreiben vom 14. Juni 2004 vom BAV eine anfechtbare Verfügung betreffend Mehrkosten der Sanierung der Seetalbahn, 2. Etappe. Gegen die anschliessend vom BAV am 1. September 2004 erlassende Verfügung des BAV erhob die SBB AG am 1. Oktober 2004 bei der eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (REKO/INUM) Beschwerde. Diese leitete die Eingabe zuständigkeitshalber an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) weiter (Verfahren 511/571).
F. Das BAV nahm mit Schreiben vom 14. Juni 2004 zur Problematik der anrechenbaren Kosten Stellung und führte aus, welche Kosten aus seiner Sicht als anrechenbar gelten würden und welche nicht. Gleichzeitig forderte es die Kantone Luzern und Aargau sowie die SBB AG zur Stellungnahme auf.
G. Mit Verfügung vom 13. April 2005 hat das BAV über die anrechenbaren Kosten für die Sanierung der Seetalbahn, 2. Etappe, entschieden. Das BAV hält fest, bei den Kosten für die zusätzliche Sicherung von 21 Bahnübergängen mit Viertelschranken (Ad 4) und den Kosten für den Kabelkanal (Ad 6) handle es sich um anrechenbare Kosten. Hingegen seien weder die vergessene MWSt (Ad 1) noch die Kosten für das Störungsmanagement (Ad 2) anrechenbar. Weiter seien die Erlöse aus den vorgezogenen Investitionen bei den Barrierenanlagen (Ad 3), aus den freiwerdenden Landparzellen (Ad 5) und dem vorgezogenen Landerwerb (Ad 7) dem Projekt Sanierung Seetalbahn gutzuschreiben.
H. Mit Entscheid vom 2. Mai 2005 hat das UVEK die Beschwerde vom 16. Januar 2004 des Kantons Luzern im Verfahren 511/554, mit welcher dieser die Anpassung der FV1 wegen Mehrkosten von Fr. 2.31 Millionen beantragte, abgewiesen.
I. Mit Eingabe vom 13. Mai 2005 führt die SBB AG (Beschwerdeführerin) gegen die Verfügung des BAV (Vorinstanz) vom 13. April 2005 beim UVEK Beschwerde. Sie verlangt die teilweise Aufhebung der angefochtenen Verfügung und die Anrechnung der gesamten für die Sanierung der Seetalbahn notwendigen Kosten (Rechtsbegehren 1). Weiter sei das vorliegende Verfahren mit dem bereits beim UVEK hängigen Beschwerdeverfahren (511/571, Beschwerde der SBB AG vom 1. Oktober 2004) zusammenzulegen und einstweilen zu sistieren, bis über die vom Kanton Luzern am 16. Januar 2004 beim UVEK anhängig gemachte Beschwerde (511/554) rechtskräftig entschieden sei (Rechtsbegehren 2). Schliesslich sei ihr nach Vorliegen des endgültigen Entscheids im Verfahren 511/554 die Gelegenheit zur Ergänzung ihrer Anträge und zur Vervollständigung ihrer Begründung einzuräumen (Rechtsbegehren 3).
J. Mit Verfügung vom 31. August 2005 lehnte das UVEK den Antrag der Beschwerdeführerin um Vereinigung des Verfahrens betreffend die anrechenbaren Kosten für die Sanierung der Seetalbahn, 2. Etappe, mit dem Verfahren 511/571 ab.
K. Das UVEK wies mit Entscheid vom 19. Dezember 2006 die Beschwerde der Beschwerdeführerin im Verfahren 511/571 betreffend Mehrkosten der Sanierung der Seetalbahn, 2. Etappe, ab, soweit darauf eingetreten wurde.
L. Per 1. Januar 2007 übernahm das Bundesverwaltungsgericht das beim UVEK anhängig gemachte Verfahren.
M. Aufgrund der Entscheide vom 2. Mai 2005 (511/554) und 19. Dezember 2006 (511/571) des UVEK forderte der Instruktionsrichter die Beschwerdeführerin zur Ergänzung ihrer Beschwerde vom 13. Mai 2005 auf. Daraufhin präzisiert die Beschwerdeführerin mit Beschwerdeergänzung vom 16. März 2007 ihr Rechtsbegehren 1 wie folgt: Die Verfügung der Vorinstanz vom 13. April 2005 sei teilweise aufzuheben und die durch die MWSt und das Störungsmanagement entstandenen Mehrkosten seien als anrechenbare Mehrkosten zu erklären, während die hypothetischen Kosten für den Restwert für vorgezogene Investitionen für Barrierenanlagen und die Erlöse aus freiwerdenden Landparzellen als nicht anrechenbare Kosten zu betrachten seien. Rechtsbegehren 2 sei zwischenzeitlich obsolet geworden.
N. Die Vorinstanz beantragt mit Vernehmlassung vom 20. April 2007 die Abweisung der Beschwerde.
O. Auf Aufforderung des Instruktionsrichters äussert sich die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 1. Juli 2007 unter anderem zur Frage, weshalb aus dem Posten "Vorgezogene Investitionen bei den Barrierenanlagen - Wert von weiterbenutzbaren Teilen" kein Ertrag erzielt werden könne. Schliesslich haben die Parteien am 17. September bzw. am 8. Oktober 2007 auf Aufforderung des Instruktionsrichters hin zu prozessualen Fragen Stellung genommen.
P. Auf weitere Vorbringen der Parteien und die sich bei den Akten befindlichen Schriftstücke wird, soweit erforderlich, in den nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
Beschwerden gegen Verfügungen des BAV, die nicht in den Anwendungsbereich der Ausnahmeregelung von Art. 32 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32) fallen, werden vom Bundesverwaltungsgericht beurteilt (Art. 31 und 33 VGG). Es ist damit zur Übernahme der vorliegenden Beschwerde grundsätzlich zuständig. Allerdings sieht Art. 16 Abs. 2 FV 2 den Schweizerischen Bundesrat als Entscheidbehörde über Streitigkeiten bei der Auslegung der Vereinbarung vor. Nachfolgend ist deshalb die rechtliche Bedeutung dieser Reglung zu prüfen.
1.1 Gemäss Art. 7 Abs. 2 VwVG ist die Begründung einer Zuständigkeit durch Einverständnis zwischen Behörde und Partei ausgeschlossen. Immerhin konnte gemäss Art. 34 Abs. 2 des Bundesgesetzes über Finanzhilfen und Abgeltungen (SuG; SR 616.1) in seiner bis zum 31. Dezember 2006 geltenden Fassung (vgl. AS 1991 S. 867) vertraglich vereinbart werden, dass Streitigkeiten aus Subventionsverträgen einer verwaltungsunabhängigen Rekurskommission oder einem Schiedsgericht zugewiesen wurden; in den übrigen Fällen war mit Verfügung zu entscheiden. Beim Bundesrat handelt es sich indessen weder um das eine noch um das andere, und eine letztinstanzliche Beurteilung einer Streitsache wie der vorliegenden durch die oberste Verwaltungsbehörde erscheint auch unter dem Blickwinkel der Rechtsweggarantie von Art. 29a der Schweizerischen Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV; SR 101) zweifelhaft. Da kein Ausnahmetatbestand nach Art. 34 Abs. 2 SuG (alte Fassung) vorlag, hat die Vorinstanz seinerzeit zu Recht durch Verfügung entschieden und die Beschwerdeführerin diesen Entscheid richtigerweise auf dem Beschwerdeweg angefochten.
1.2 Art. 53 Abs. 2 VGG sieht vor, dass das Bundesverwaltungsgericht die von ihm übernommenen, hängigen Rechtsmittelverfahren nach neuem Prozessrecht beurteilt. Somit stellt sich weiter die Frage, ob das vorliegende Beschwerdeverfahren als Klageverfahren fortzuführen sei, sieht Art. 35 Bst. a VGG für Streitigkeiten aus öffentlich-rechtlichen Verträgen des Bundes doch das Klageverfahren vor. Ob diese Bestimmung zur Folge haben kann, dass selbst ein Verfahren, das korrekterweise auf dem Beschwerdeweg anhängig gemacht wurde, zum Klageverfahren mutiert, braucht indessen nicht entschieden zu werden, denn beide Parteien haben sich mit der Weiterführung des Prozesses als Beschwerdeverfahren einverstanden erklärt. Sie haben auch auf ein allfälliges Vorbereitungsverfahren (Art. 34 f. des Bundesgesetzes vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess [BZP; SR 273] i.V.m. Art. 41 VGG) und eine allfällige Hauptverhandlung (Art. 66 ff. BZP) verzichtet. Im Übrigen sind prozessual keine Unterschiede zu erkennen, stellt doch das Bundesverwaltungsgericht den Sachverhalt auch im Klageverfahren von Amtes wegen fest (Art. 44 Abs. 2 VGG). Das Verfahren kann deshalb als Beschwerdeverfahren weitergeführt werden. Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich gemäss Art. 37 VGG nach dem Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021)
2.
Zur Beschwerde ist nach Art. 48 Abs. 1 Bst. b und c VwVG befugt, wer durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat. Die Beschwerdeführerin ist als Adressatin der angefochtenen Verfügung zur Beschwerde legitimiert.
3.
Da Eingabeform und -frist (Art. 11, 50 und 52 Abs. 1 VwVG) gewahrt und auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen (Art. 52 und 63 Abs. 4 VwVG) erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
4. Das Bundesverwaltungsgericht überprüft die angefochtene Verfügung auf Rechtsverletzungen - einschliesslich unrichtiger oder unvollständiger Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts und Rechtsfehler bei der Ausübung des Ermessens - sowie Angemessenheit hin (Art. 49 VwVG).
5.
Gemäss Art. 18 des Bundesgesetzes vom 22. März 1985 über die Verwendung der zweckgebundenen Mineralölsteuer (MinVG, SR 725.116.2) unterstützt der Bund Massnahmen zur Trennung von öffentlichem und privatem Verkehr und leistet seine Beiträge an die Gesamtkosten. Diese Bestimmung wird von Art. 18 Abs. 1 der Verordnung vom 6. November 1991 über Beiträge an die Aufhebung oder Sicherung von Niveauübergängen und an andere Massnahmen zur Trennung von öffentlichem und privatem Verkehr (Verkehrstrennungsverordnung, VTV, SR 725.121) konkretisiert. Demnach schliesst das zuständige Bundesamt bei Projekten, die überwiegend den Schienenverkehr betreffen, mit dem Kanton und der Transportunternehmung eine Vereinbarung ab, die auch die allfällige Restfinanzierung des Gesamtprojekts nach Art. 56 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG, SR 742.101) regelt. Weiter sieht Art. 18 Abs. 2 VTV vor, dass der Beitrag des Bundes die Teuerung, nicht aber projektbedingte Mehrkosten mit einschliesst. Für solche können neue Beiträge beantragt werden. Hierfür muss der Projektverantwortliche das entsprechende Gesuch einreichen, bevor der Projektteil verwirklicht wird, der die Mehrkosten verursacht.
6.
Die von den Parteien und den Kantonen Luzern und Aargau am 6. Juni 2000 abgeschlossene und auf Art. 18 VTV basierende FV2 regelt die Finanzierung der Sanierung der Seetalbahn, 2. Etappe, mithin ein verwaltungsrechtliches Rechtsverhältnis. Folglich ist die FV2 als öffentlichrechtlicher Vertrag zu qualifizieren (vgl. hierzu Ulrich Häfelin / Georg Müller / Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrechts, 5. Auflage, Zürich 2006, Rz. 1052 ff.). Sie enthält vor allem Regelungen hinsichtlich der anrechenbaren Kosten (Art. 3), der Teuerung (Art. 4), allfälliger Mehrkosten (Art. 5 und 7 Abs. 2), der Gesamtkosten (Art. 6) und der gesamten Abwicklung des Projekts (Art. 9 ff.).
7.
Vorliegend ist umstritten, ob die vergessene MWSt und die Kosten des Störungsmanagements, wie von der Beschwerdeführerin geltend gemacht, als anrechenbare Kosten gelten. Weiter herrscht Uneinigkeit darüber, ob Erlöse aus den vorgezogenen Investitionen bei den Barrierenanlagen und den freiwerdenden Landparzellen, wie von der Vorinstanz gefordert, dem Projekt gutzuschreiben sind.
7.1 Die Parteien sind sich uneinig, wie die FV2 gehandhabt werden soll. Bei der Beurteilung, wie die FV2 als öffentlichrechtlicher Vertrag (E. 6 hiervor) zu verstehen ist, sind die privatrechtlichen Bestimmungen analog heranzuziehen. Diese finden ausserhalb des Privatrechts zwar keine direkte Anwendung, doch ist auf sie als Ausdruck allgemeiner Rechtsgrundsätze insoweit abzustellen, als sich die Regelung auch auf dem Gebiet des öffentlichen Rechts als sachgerecht erweist (vgl. BGE 99 Ib 115 E. 3b mit Hinweisen; BGE 105 Ia 207 E. 2c mit Hinweisen; BGE 132 II 161 E. 3.1 mit Hinweisen). Das ist hinsichtlich der Bestimmungen über die Geltendmachung der Willensmängel (Art. 29-31 des Obligationenrechts vom 30. März 1911 [OR, SR 220]) sowie bei der Vertragsauslegung der Fall. Bei der Auslegung verwaltungsrechtlicher Verträge ist aber zudem zu berücksichtigen, dass die Verwaltungsbehörde beim Abschluss von Verträgen den öffentlichen Interessen Rechnung zu tragen hat. Deshalb ist im Zweifelsfall zu vermuten, dass sie keinen Vertrag abschliessen wollte, der mit den öffentlichen Interessen im Widerspruch steht, und dass sich der Vertragspartner hierüber Rechenschaft gab (Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 1103; Pierre Tschannen / Ulrich Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Auflage, Bern 2005, § 35 Rz. 1; BGE 122 I 328 E. 4e). Ziel der gerichtlichen Vertragsauslegung ist, den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien, den sie ausdrücklich oder stillschweigend erklärt haben, festzustellen. In Fällen, wo dieser nicht mehr mit Sicherheit festgestellt werden kann, ist durch objektive Auslegung der Vertragswille zu ermitteln, den die Parteien mutmasslich gehabt haben. Hierbei hat das Bundesverwaltungsgericht das als Vertragswille anzusehen, was vernünftig und korrekt handelnde Parteien unter den gegebenen Umständen gewollt haben würden (vgl. zum Ganzen Peter Gauch / Walter R. Schluep / Jörg Schmid / Heinz Rey, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, Band I, 8. Auflage, Zürich 2003, Rz. 1200 ff.). Auch bei der Frage, ob von einer ergänzungsbedürftigen Vertragslücke auszugehen ist, sind die privatrechtlichen Regelungen analog anwendbar. Von einer solchen ist auszugehen, wenn die Parteien eine Rechtsfrage, die den Vertragsinhalt betrifft, nicht oder nicht vollständig geregelt haben und das Gesetz nicht mit einer zwingenden Norm eingreift (Ingeborg Schwenzer, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, 3. Auflage, Bern 2003, Rz. 34.04; Gauch/Schluep/ Schmid/Rey, a.a.O., Rz. 1248).
8. Vergessene MWSt
8.1 Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, der Zusatz "inkl. MWSt" sei aufgrund eines Versehens in die Vereinbarung aufgenommen worden. Die der FV2 zugrunde liegenden Berechnungen (Kostenvoranschlag der Beschwerdeführerin, Beilage 1 zum Anhang der FV2) hätten diesen Zusatz - zu Recht - nicht enthalten.
8.2 Die Vorinstanz hält fest, Art. 8 FV2 weise die Gesamtkosten inkl. MWSt aus, welche zugleich das Kostendach im Sinn einer Pauschalierung festlegten. Nur diese Gesamtkosten seien anrechenbar (Art. 7 Abs. 5 FV2). Sie räumt zwar ein, es könne nicht ausgeschlossen werden, dass sich die Beschwerdeführerin beim Unterzeichnen der FV2 vorgestellt habe, es würde ein Betrag exkl. MWSt vereinbart. Ein solcher Irrtum berechtige jedoch nicht dazu, diese "vergessenen" Kosten als Teuerung geltend zu machen. Denn gemäss Art. 7 Abs. 7 FV2 sei eine Nachforderung für Mehrkosten, vorbehältlich Art. 4-6 FV2, ausgeschlossen. Die Beschwerdeführerin könne gemäss dem Grundsatz, dass Verträge einzuhalten seien, nicht geltend machen, sie habe versehentlich eine zu geringe Vergütung vereinbart und daher einen zusätzlichen Anspruch auf den irrtümlich nicht geltend gemachten Betrag.
8.3 Der Wortlaut von Art. 8 Abs. 2 FV2 - "Gesamtkosten (Kostendach, inkl. MWSt und Position 13)" - ergibt unzweifelhaft, dass die Gesamtkosten des Projekts von Fr. 101'818'988.- die MWSt beinhalten. Ebenso werden in Ziff. 14 des Anhangs 1 der FV2 die Gesamtkosten inkl. MWSt ausgewiesen - dass in der Tabelle dann der Zusatz "inkl. MWSt" fehlt, ist unerheblich, da der Titel von Ziff. 14 klar von "Gesamtkosten (Kostendach; inkl. MWSt)" spricht. Der Umstand, dass die MWSt-Frage in dem der FV2 zugrundeliegenden Kostenvoranschlag der Beschwerdeführerin gegenteilig und in der Beilage 1 zum Anhang 1 der FV2 nicht geregelt wurde, vermag keine dem klaren Wortlaut von Art. 8 Abs. 2 FV2 und Ziff. 14 des Anhangs 1 der FV2 widersprechende Auslegung (vgl. hierzu E. 7.1 hiervor) zu rechtfertigen. Denn die Beilage 1 konkretisiert und veranschaulicht den Anhang 1 bzw. die FV2, welche beide wie oben genannt von "inkl. MWSt" sprechen. Die Kostenanalyse der Beschwerdeführerin ihrerseits diente lediglich als Grundlage der FV2 und nicht als im Ganzen zu übernehmende Vorgabe für die FV2, die nicht geändert werden durfte. Fraglich ist jedoch, ob sich die Beschwerdeführerin bei Vertragsabschluss dahingehend in einem Irrtum befunden hat, als die Gesamtkosten ohne MWSt ausgewiesen würden.
Für denjenigen, der sich bei Vertragsabschluss in einem wesentlichen Irrtum befunden hat, ist der Vertrag unverbindlich, wenn er binnen Jahresfrist dem anderen eröffnet, dass er den Vertrag nicht halte (Art. 23 i.V.m. Art. 31 OR; zum Willensmangel vgl. auch E. 7.1 hiervor). Die Frist beginnt mit Entdeckung des Irrtums zu laufen. Im hier zu beurteilenden Fall hat die Beschwerdeführerin nicht dargetan, eine derartige Erklärung fristgerecht abgegeben zu haben. Die Frage, ob vorliegend die erforderliche Frist eingehalten wurde, kann jedoch offen gelassen werden. Selbst wenn dies zutreffen sollte und sich die Beschwerdeführerin darüber hinaus in einem wesentlichen Irrtum befunden hätte (vgl. Gauch/Schluep/Schmid/Rey, a.a.O., Rz. 779 und 809), fiele eine Unverbindlichkeit der FV2 ausser Betracht. Denn die vom OR vorgesehen Rechtsfolge, die Unverbindlichkeit des Vertrages, wäre für das vorliegende Rechtsverhältnis nicht sachgerecht und widerspräche im Übrigen ganz wesentlich den Interessen der Beschwerdeführerin, die in den Genuss der Bundessubventionen gelangt.
Der Vollständigkeit halber sei festgehalten, dass dem Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht Rechnung zu tragen ist, die Mehrkosten von Fr. 2.7 Millionen infolge des Wechsels von der WUST zur MWSt in der 1. Etappe basierten auf einer FV, die vor Bekanntwerden dieses Wechsels unterzeichnet worden sei. Zum einen bildet die 1. Etappe der Sanierung nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Zum anderen kann im Beschwerdeverfahren nur gerügt werden, was vom Streitgegenstand erfasst ist. Diesen legen, innerhalb des durch die angefochtene Verfügung vorgegebenen Rahmens, die Parteien mit ihren Begehren fest (Alfred Kölz / Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Auflage, Zürich 1998, N. 403). Da die angefochtene Verfügung nur die "vergessene MWSt" nicht aber die allfälligen Mehrkosten infolge des Wechsels von der WUST zur MWSt zum Gegenstand hat, können diese vorliegend ohnehin nicht Streitthema sein. Zudem vermag die Ausführung der Beschwerdeführerin, die Mehrkosten von Fr. 1.6 Millionen infolge Teuerung in der 2. Etappe beruhten auf einer FV, welche die Teuerungsentwicklung wesentlich tiefer veranlagt habe, auch nichts daran zu ändern, dass die MWSt nicht als Mehrkosten angerechnet werden kann. Ob die Gesamtkosten inkl. oder exkl. MWSt zu verstehen sind, steht in keinem Zusammenhang mit der Teuerung gemäss Art. 4 FV2 und kann folglich nicht über jene Bestimmung abgewickelt werden. Schliesslich genehmigte die Behördendelegation am 11. März 2004 (Vorakten Beilage 2.5, Ziff. 5.3) den Antrag 2 gemäss Kostenanalyse vom 11. März 2004 (Vorakten Beilage 2.4, S. 15) dahingehend, dass die aus dem Wechsel von der WUST zur MWSt infolge Gesetzesänderung entstandenen Mehrkosten entsprechend den Finanzierungsschlüsseln übernommen werden, falls das Kostendach (Gesamtkosten) von Fr. 200 Millionen überschritten wird. Somit ist dieser Punkt ohnehin geregelt.
8.4 Zusammenfassend ist daher festzuhalten, dass gemäss vertraglicher Regelung (Art. 8 Abs. 2 FV2) die Gesamtkosten von Fr. 101'818'988.- die MWSt beinhalten und somit die durch die MWSt entstandenen Kosten keine anrechenbaren Mehrkosten sind. Die Beschwerde ist im diesem Punkt als unbegründet abzuweisen.
9. Störungsmanagement
9.1 Gemäss der Beschwerdeführerin sei eine funktionale Ausschreibung durchzuführen gewesen, welche mehr Unsicherheiten mit sich bringe als eine klassische. Folglich seien die tatsächlichen Kosten erst aufgrund der Offerten bekannt geworden. Bei der Vergabe an Alcatel sei dann die Grundvariante (= Sammelstörungsmeldung) bestellt worden. Diese günstigste Offerte von Alcatel überschreite die in der FV2 vorgesehenen Kosten von Fr. 15.3 Millionen mit Fr. 16.4 Millionen um 7%. Die Grundvariante sei für einen rationalisierten Bahnbetrieb jedoch unabdingbar, da sie eine hohe Verfügbarkeit des Systems gewährleiste. Die einzige Reduktionsmöglichkeit hätte in einem Verzicht auf die Erfassung der Sammelstörungsmeldungen bestanden, was betrieblich zu grossen Risiken geführt hätte und von der Vorinstanz auch kaum bewilligt worden wäre. In Art. 43 Abs. 35 der Ausführungsbestimmungen vom 22. Mai 2006 zur Eisenbahnverordnung (AB-EBV, SR 742.141.11), 6. Revision, seien die Minimalanforderungen formuliert. Dies bedeute, eine Sammelstörungsanlage sei zwingend erforderlich. Weiter entspreche die gewählte Minimalvariante den Bestimmungen der FV2, weshalb kein Gesuch gemäss VTV erforderlich sei. Zusammenfassend seien die Voraussetzungen gemäss Art. 3 FV2 und Art. 5 FV2 resp. Art. 18 Abs. 2 VTV erfüllt, um die entsprechenden Mehrkosten als anrechenbar zu behandeln. Zudem sei festgehalten, dass die Vorinstanz sowohl in der Behördendelegation Einsitz gehalten als auch über diese zu "wachen" gehabt habe. Die Vorinstanz habe demnach frühzeitig Kenntnis über gewisse Projektentwicklungen erhalten und diese mit ihren Entscheidungen in der Behördendelegation auch mitgetragen.
9.2 Die Vorinstanz beruft sich auf Art. 3 Abs. 1 FV2, wonach nur Kosten für die sicherheitstechnischen Minimalvarianten anzurechnen seien. Beim von der Beschwerdeführerin und den Kantonen gewählten Störungsmanagement handle es sich jedoch nicht um eine solche Minimalvariante. Folglich seien diese Kosten nicht anrechenbar. Überdies sei kein nach Art. 18 Abs. 2 VTV erforderliches Gesuch eingereicht worden. Auch seien Anlagen ohne Sammelstörungsmeldungen entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin sicher und bewilligungsfähig. In Art. 43 Abs. 35 AB-EBV würden nur die minimalen Anforderungen an eine automatische Störungsmeldung definiert, nicht jedoch, ob eine automatische Störungsmeldung erforderlich sei. Letztlich könne jedoch die Frage offen bleiben, ob es sich bei der Sammelstörungsmeldung um die sicherheitstechnische Minimalvariante handle oder nicht. Denn wäre dies der Fall, wären deren Kosten von Anfang an vorhersehbar gewesen, weshalb sie durch die FV2 abgegolten und die Voraussetzungen für eine Nachforderung gemäss Art. 4-6 FV2 nicht erfüllt wären. Sollte es sich bei der Sammelstörungsmeldung hingegen nicht um die sicherheitstechnische Minimalvariante handeln, so seien die Mehrkosten gemäss Art. 3 Abs. 1 FV2 ebenfalls nicht anrechenbar.
9.3 Fraglich ist zum einen, ob es sich beim vorliegenden Störungsmanagement um die sicherheitstechnische Minimalvariante gemäss Art. 3 Abs. 1 FV2 handelt. Denn ausschliesslich die Kosten einer solchen gelten als anrechenbar. Zum anderen ist umstritten, ob ein Gesuch gemäss Art. 18 Abs. 2 VTV erforderlich gewesen wäre. Diese Bestimmung sieht vor, dass für projektbedingte Mehrkosten neue Beiträge beantragt werden können, der Projektverantwortliche aber das entsprechende Gesuch einreichen muss, bevor der Projektteil verwirklicht wird, der die Mehrkosten verursacht.
Gemäss Art. 43 Abs. 35 AB-EBV besteht die Mindestanforderung an die automatische Störungsmeldung bei entsprechend ausgerüsteten Anlagen in einem automatischen Mobiltelefonruf an die Störungsmeldestelle. Aus dieser Bestimmung kann kaum geschlossen werden, dass eine Sammelstörungsanlage zwingend erforderlich ist und es sich somit vorliegend um die Minimalvariante handelt. Art. 43 Abs. 35 AB-EBV definiert zwar die minimalen Anforderungen an eine automatische Störungsmeldung. Einerseits erklärt sie eine solche aber nicht als unabdingbar. Andererseits spricht sie von "entsprechend ausgerüsteten Anlagen". Diese beiden Aspekte legen eher den Schluss nahe, dass eine Sammelstörungsanlage nicht unverzichtbar ist. Die Frage, ob es sich vorliegend um die Minimalvariante handelt oder nicht, kann jedoch offen gelassen werden. Denn auch wenn die Beschwerdeführerin der Ansicht ist bzw. war, das gewählte Störungsmanagement stelle die geforderte Minimalvariante gemäss Art. 3 Abs. 1 FV2 dar, hätte sie aufgrund der Mehrkosten ein Gesuch gemäss Art. 18 Abs. 2 VTV einreichen müssen. Wenn die in der FV2 vorgesehenen Kosten für die Minimalvariante überstiegen werden, d.h. wie vorliegend die Minimalvariante teurer als in der FV2 vorgesehen zu stehen kommt, können für diese projektbedingten Mehrkosten zwar grundsätzlich zusätzliche Beiträge beantragt werden. Hierfür wäre aber von der Beschwerdeführerin als Projektverantwortliche (Art. 16 VTV) vor Verwirklichung des die Mehrkosten verursachenden Projektteils ein Gesuch einzureichen gewesen. Die Pflicht, bei einer Kostenüberschreitung ein Gesuch einzureichen, besteht, damit der Subventionsgeber die Möglichkeit hat, allenfalls korrigierend einzugreifen. Vorliegend hätte im Rahmen der Gesuchseinreichung die Möglichkeit bestanden, eingehend abzuklären, ob das gewählte Störungsmanagement tatsächlich die Minimalvariante darstellt oder nicht. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass die Vorinstanz Einsitz in der Behördendelegation hatte, der eine Überwachungsfunktion zukommt (Art. 19 VTV). Weiter entbindet auch Art. 5 Abs. 1 FV2, der die Anrechnung von begründeten Mehrkosten für ausserordentliche Risiken vorsieht, die Beschwerdeführerin als Projektverantwortliche nicht von der Pflicht, ein Gesuch nach Art. 18 Abs. 2 VTV einzureichen; diese beiden Bestimmungen bestehen nebeneinander bzw. Art. 5 Abs. 1 FV2 sieht keinen Ausschluss der Anwendbarkeit von Art. 18 Abs. 2 VTV vor. Vielmehr erklärt Art. 2 Abs. 3 FV2 Art. 14 - 20 VTV als gesetzliche Grundlage der Vereinbarung.
9.4 Zusammenfassend ergibt sich, dass es sich bei den aus dem Störungsmanagement entstandenen Mehrkosten um nichtanrechenbare Kosten handelt und die Beschwerde in diesem Punkt abzuweisen ist.
10. Vorgezogene Investitionen bei den Barrierenanlagen
10.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die hypothetischen Kosten für den Restwert für vorgezogene Investitionen für Barrierenanlagen seien als nicht anrechenbar zu betrachten. Sie erläutert, der Systementscheid habe dazu geführt, dass einzelne, noch funktionierende Bahnübergänge ersetzt worden seien. Diese bestehenden Anlagen anzupassen, wäre unwirtschaftlich gewesen, weshalb nur ein Ersatz dieser Anlagen möglich gewesen sei. Aus heutiger Sicht wäre zudem eine Mischung von bestehenden Wechselblinkern mit den heutigen Drehblinkern nicht vereinbar gewesen. Die alten Anlagen konnten dem Projekt nicht mehr nutzbar gemacht werden. Auch sei es nicht wirtschaftlich gewesen, die alten Sicherungsanlagen auf einer anderen Linie zu installieren, da die Baukosten im Verhältnis zum Restwert der Anlage zu hoch gewesen wären. Somit sei der ermittelte Restwert dieser Anlagen ein rein rechnerischer Betrag, da der Ertrag aus der Materialverwertung gleich Null sei oder höchstens noch entsprechende Entsorgungskosten entstünden. Aufgrund der aktuellen Analyse handle es sich um einen Restwert von insgesamt Fr. 332'420.- und nicht wie in der angefochtenen Verfügung wiedergegeben von Fr. 540'000.-. Schliesslich sei auch der Vorinstanz klar gewesen, dass die anrechenbaren Kosten für die erforderlichen Sicherungsanlagen erst nach der internationalen funktionalen Ausschreibung bestimmt werden könnten. Die Ausschreibung habe dann zu zwei Angeboten geführt, wobei jenes von Alcatel zwar das Günstigere gewesen sei, aber immer noch höher als in der FV2 vorgesehen. Die Vorinstanz sei in der Projektorganisation vertreten und somit massgebend an den Anforderungen an die Sicherungsanlagen beteiligt. Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, sie sei jedoch bereit, Fr. 83'000.- (25% von Fr. 332'420.-) als anteilige Abgeltung für die verbleibenden Unterhaltsaufwendungen für die Restlebensdauer dem Projekt gutzuschreiben.
10.2 Die Vorinstanz macht geltend, der Restwert von Fr. 540'000.- gehe nur teilweise verloren, wenn die alten Bahnübergänge ersetzt würden. Zum einen könnten grundsätzlich Teile der alten Bahnübergänge weiterbenutzt werden. Folglich sei deren Wert dem Projekt gutzuschreiben, soweit sie bei der Sanierung der Seetalbahn nicht weiterverwendet werden könnten. In ihrer Vernehmlassung ist die Vorinstanz auf ihre Haltung zurückgekommen und führt aus, es sei dem Projekt - sollten die Ausführungen der Beschwerdeführerin, es sei kein entsprechender Ertrag möglich, zutreffen - der Erlöswert Null gutzuschreiben, andernfalls ein entsprechend höherer Wert. Zum anderen sei die anteilige Abgeltung der Unterhaltsaufwendungen für die verbleibenden Jahre dem Projekt gutzuschreiben. Da sich die Beschwerdeführerin bereit erklärt habe, Fr. 83'000.- als anteilige Abgeltung für die verbleibenden Unterhaltsaufwendungen für die Restlebensdauer dem Projekt anzurechnen, erachte sie das entsprechende Begehren aus der angefochtenen Verfügung als erfüllt.
10.3 Die Beschwerdeführerin legt in ihrer Beschwerde dar, der Restwert der Barrierenanlagen betrage nicht wie von der Vorinstanz behauptet Fr. 540'000.-, sondern lediglich Fr. 332'420.-. Sie sei bereit, 25% von Fr. 332'420.-, ausmachend Fr. 83'000.-, als anteilige Abgeltung für die verbleibenden Unterhaltsaufwendungen für die Restlebensdauer der Bahnübergänge dem Projekt gutzuschreiben. Die Beschwerdeführerin ficht somit die Verfügung der Vorinstanz vom 13. April 2005 nur insoweit an, als diese eine anteilige Abgeltung von Fr. 83'000.- übersteigt. Indem die Vorinstanz ihr entsprechendes Begehren aus der angefochtenen Verfügung mit der Abgeltung in der Höhe von Fr. 83'000.- als erfüllt erachtet, gilt dieser Punkt als durch Abstand der Vorinstanz gegenstandslos geworden.
10.4 Fraglich ist weiter, ob darüber hinaus ein allfälliger Erlös aus der Weiterverwendung der alten Bahnübergänge dem Projekt gutzuschreiben ist. Die FV2 enthält keine explizite Bestimmung zur Frage, ob allfällige Erlöse, die in einem gewissen Zusammenhang mit dem Projekt stehen, diesem gutzuschreiben bzw. mit den anfallenden Kosten zu verrechnen sind. Ebenso wenig wird dieser Punkt in der VTV geregelt. Folglich ist durch Auslegung der FV2 mit allenfalls anschliessender Lückenfüllung zu ermitteln, ob dennoch von einer solchen Pflicht auszugehen ist (vgl. hierzu E. 7.1 hiervor). Der Inhalt der FV2 bestimmt sich somit nach dem Vertrauensprinzip. Danach ist einer Willenserklärung derjenige Sinn zu geben, den ihr der Empfänger aufgrund der Umstände, die ihm im Zeitpunkt des Empfangs bekannt waren oder hätten sein müssen, in guten Treuen beilegen durfte und musste (Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 1103; Tschannen/Zimmerli, a.a.O., § 35 Rz. 1; BGE 122 I 328 E. 4e; BGE 132 I 140 E. 3.2.4). Im Zusammenhang mit der Ausnahmeregelung betreffend dem öffentlichen Interesse (vgl. E. 7.1 hiervor) kann vorab festgehalten werden, dass dieses bei der FV2 nicht relevant bzw. ausschlaggebend ist. Denn im vorliegenden Vertragsverhältnis hat nicht nur die Vorinstanz als Verwaltungsbehörde, sondern haben auch die Kantone Luzern und Aargau öffentliche Interessen wahrzunehmen. Bei einer solchen Konstellation sind sich widersprechende öffentliche Interessen nicht zu vermeiden.
Wie bereits erwähnt, weist die FV2 keine Bestimmung auf, die sich zur Frage äussert, wie mit allfälligen Erlösen umzugehen sei. Folglich ist der Vertrag als Ganzes auszulegen (zur Auslegung vgl. E. 7.1 hiervor). Hierbei ist zu untersuchen, ob dem Vertragsgefüge zu entnehmen ist, dass allfällige Erträge dem Projekt gutzuschreiben sind oder nicht. Die Vertragsparteien - die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz sowie die Kantone Luzern und Aargau - beabsichtigten, mittels FV2 die Finanzierung der 2. Sanierungsetappe der Seetalbahn klar zu regeln. Hierbei wurde ausführlich und detailliert festgehalten, wie hoch die Gesamtkosten sein dürfen und welche Kosten als Gesamtkosten gelten bzw. als anrechenbar und kompensierbar betrachtet werden. Die Vereinbarung erschöpft sich indes nicht in derartigen Abreden, sondern bezieht sich zusätzlich darauf, in welchem Umfang die Parteien an die Kosten der Sanierung beizutragen haben (Art. 7 FV2) und wie die gesamte Abwicklung zu erfolgen hat (Art. 9 ff. FV2). Die Vertragsparteien bezweckten, mit der FV2 die Kosten- bzw. Sanierungsfrage umfassend zu regeln. Es kann davon ausgegangen werden, dass all jene Punkte, die nicht vom Vertragsinhalt erfasst werden, von den Parteien nicht gewollt sind. Folglich ist nicht von einer (ergänzungsbedürftigen) Vertragslücke auszugehen (zur Lückenfüllung vgl. E. 7.1 hiervor). Denn eine Vertragsergänzung ist nur möglich, wenn zwischen den Vertragsparteien ein Punkt, der vertraglicher Regelung bedurft hätte, in dem von ihnen geschlossenen Vertrag nicht geregelt ist. Eine Vertragsergänzung ist ausgeschlossen, wenn die Parteien bewusst keine Regel getroffen haben (qualifiziertes Schweigen). Zudem darf der Richter einen Vertrag nur mit Zurückhaltung ergänzen (vgl. Olivier Chapuis, Die Haftung wegen Ausbleibens der Erfüllung im Sinne von Art. 97 Abs. 1 OR: ein Begriff im Wandel?, in AJP 2005, S. 657). Der Abschluss der FV2 war zum einen gesetzlich vorgeschrieben (Art. 18 Abs. 1 VTV). Zum anderen ist die FV2 aber auch Ausdruck der Tatsache, dass die Seetalbahnsanierung in verschiedener Hinsicht Kosten verursacht und diese Kosten durch die Vertragsparteien zu tragen sind. Bei Projekten in der Grössenordnung des vorliegenden ist davon auszugehen, dass die beteiligten Parteien sich eingehend mit der Frage beschäftigen, welche Kosten auf sie zukommen werden. Dass Parteien in dieser Situation nicht bloss die Kosten des Projekts berücksichtigen, sondern auch die Möglichkeit allfälliger Erlöse bedenken und sich fragen, wie damit umzugehen sei, erscheint vernünftig und ist anzunehmen. Dass erfahrene Vertragsparteien wie die vorliegenden bei der Sanierung der Seetalbahn lediglich die anfallenden Kosten, aber nicht die möglichen Erlöse berücksichtigt haben, ist kaum anzunehmen. Die Parteien haben zudem in ihrem Vertrag nicht einen Nebenpunkt offen gelassen, der notwendigerweise der Regelung bedurft hätte. Die FV2 bildet auch ohne diesen Punkt ein stimmiges Ganzes und ist somit nicht lückenhaft.
Demnach ist festzuhalten, dass es nicht angeht, die FV2 dahingehend auszulegen oder zu ergänzen, dass allfällige Erlöse aus der Weiterverwendung der alten Bahnübergänge dem Projekt gutzuschreiben sind.
10.5 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die Beschwerde zum Punkt "Vorgezogene Investitionen bei den Barrierenanlagen" einerseits dahingehend gutzuheissen ist, dass ein allfälliger aus der Weiterverwendung der alten Bahnübergänge erwirtschafteter Erlös dem Projekt nicht gutzuschreiben ist. Andererseits ist sie hinsichtlich der verbleibenden Unterhaltsaufwendungen infolge Abstand der Vorinstanz als gegenstandslos geworden abzuschreiben.
11. Erlöse aus freiwerdenden Landparzellen
11.1 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, Erlöse aus freiwerdenden Landparzellen könnten dem Projekt nicht gutgeschrieben werden, da die FV2 keine diesbezügliche Regelung enthalte. Art. 3 Abs. 6 FV2 gelange vorliegend nicht zur Anwendung, da er lediglich von Landerwerb, jedoch nicht von freiwerdenden Parzellen spreche. Zudem seien unter Kosten finanzielle Ausgaben bzw. Aufwendungen im Zusammenhang mit dem Erwerb von Grundstücken zu verstehen (Art. 3 und 5 FV2 und Ziff. 7 des Anhangs 1 der FV2) und das Land habe sich bereits vor Abschluss der FV2 im Eigentum der Beschwerdeführerin befunden. Schliesslich sei ein Verkaufserlös rein hypothetischer Natur. Die freiwerdenden Parzellen könnten allenfalls für einen besseren Zugang zur Bahn genutzt werden, einen kommerziellen Nutzen böten sie aber nicht. Da von Erlös nicht die Rede sein könne, liege auch keine ungerechtfertigte Bereicherung vor.
11.2 Die Vorinstanz hält fest, gemäss Art. 3 Abs. 6 FV2 würden Kosten für den Landerwerb als anrechenbar erklärt, wenn sie in einem Kausalzusammenhang mit der Projektrealisierung stünden. Dabei resultierten Kosten nur insofern, als die Ausgaben für den erforderlichen Landerwerb die (möglichen) Einnahmen, die durch den Verkauf der freiwerdenden Parzellen realisiert werden könnten, übersteigen würden. Das heisse, die Differenz zwischen den durch die Verlegung des Geleises unmittelbar entstehenden Kosten und den Einsparmöglichkeiten sei anrechenbar. Mit anderen Worten sei der Verkehrswert oder allenfalls der Erlös aus dem Verkauf der freiwerdenden Landparzellen dem Sanierungsprojekt gutzuschreiben. Derselbe Anspruch ergebe sich auch aus den allgemeinen Grundsätzen des Bereicherungsrechts.
11.3 Gemäss Art. 3 Abs. 6 FV2 werden die Kosten für den Landerwerb als anrechenbar anerkannt, wenn sie in einem Kausalzusammenhang mit der Realisierung des Projekts stehen. Primäres Auslegungsmittel ist der Wortlaut der von den Parteien verwendeten Worte (Gauch/ Schluep/Schmid/Rey, a.a.O., Rz. 1222 ff.; zur Auslegung von verwaltungsrechtlichen Verträgen siehe E. 7.1 und 10.4 hiervor). Mangels anderer Anhaltspunkte ist anzunehmen, die Parteien hätten die Worte gemäss dem allgemeinen Sprachgebrauch zur Zeit des Vertragsschlusses verwendet (BGE 99 II 303 E. 3; BGE 118 II 342 E. 1a). Unterschieden wird zwischen Aufwand und Ertrag. Wenn, heute wie auch im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses, von Kosten gesprochen wird, ist darunter der finanzielle Aufwand, der Preis zu verstehen. Aufwand bedeutet Kosten, Auslagen oder Ausgaben. Unter Kosten ist all das zu verstehen, was für eine Sache aufgewendet wird bzw. worden ist, sowohl das Entgelt für die gekauften Gegenstände als auch das Entgelt für die geleistete Arbeit. Ertrag hingegen steht für Einkünfte, finanzieller Gewinn und Erlös (vgl. Duden, Das Bedeutungswörterbuch, 3. Auflage, Mannheim/Leipzig/Wien/Zürich 2002, S. 138, 340, 552 f.). Art. 3 Abs. 6 FV2 erfasst nach seinem Wortlaut demnach bloss die Aufwendungen. Dass die Kosten mit einem Erlös zu verrechnen sind, lässt sich dem Wortlaut nicht entnehmen. Diese Auffassung wird auch von Ziff. 7 des Anhangs 1 der FV2 gestützt, welche von Landerwerbskosten - Kosten für den Erwerb von Grund und Rechten - spricht und keine Verrechnung mit allfälligen Erlösen vorsieht. Auch die ergänzenden Auslegungsmittel - Ort, Zeit und andere Begleitumstände des Vertragsabschlusses, das Verhalten der Parteien vor und nach Vertragsabschuss, die Interessenlage der Parteien bei Vertragsabschluss sowie die Verkehrsauffassung und die Verkehrsübung -, die Zwecks Erforschung des wirklichen oder zumindest des mutmasslichen Willens der Parteien heranzuziehen sind (vgl. zum Ganzen Gauch/Schluep/Schmid/Rey, a.a.O., Rz. 1200 - 1232), lassen keinen anderen Schluss zu bzw. helfen nicht weiter. Unter Kosten gemäss Art. 3 Abs. 6 FV2 sind somit die Kosten für den Landerwerb ohne Abzug allfälliger Erlöse aus dem Verkauf anderer Landparzellen zu verstehen. Allfällige Erlöse aus freiwerdenden Landparzellen sind dem Projekt folglich nicht gutzuschreiben. Wie bereits unter E. 10.4 erläutert, führt auch die ganzheitliche Vertragsauslegung zum Ergebnis, dass all jene Punkte, die nicht vom Inhalt der FV2 erfasst werden, von den Parteien nicht gewollt waren. Dies hat auch für allfällige Erlöse aus freiwerdenden Landparzellen zu gelten. Sie sind folglich dem Projekt auch unter diesem Gesichtspunkt nicht gutzuschreiben. Zudem ist die FV2 in diesem Punkt keinesfalls lückenhaft (bezüglich der Frage, ob allenfalls von einer ergänzungsbedürftigen Lücke auszugehen ist, wird auf die Ausführungen in E. 10.4 hiervor verwiesen).
Obwohl vorliegend folglich nicht von Bedeutung, sei dennoch festgehalten, dass die Ausführung der Beschwerdeführerin, ein Verkaufserlös sei rein hypothetischer Natur, einleuchtet. Da die fraglichen Parzellen direkt an der Bahnlinie gelegen sind, dürfte ein kommerzieller Nutzen kaum realistisch sein.
11.4 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die FV2 nicht dahingehend auszulegen oder zu ergänzen ist, dass allfällige Erlöse aus freiwerdenden Landparzellen dem Projekt gutzuschreiben sind. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen.
12.
Gemäss Art. 63 Abs. 1 VwVG trägt in der Regel die unterliegende Partei die Verfahrenskosten. Die Beschwerdeführerin ist hinsichtlich der Anrechenbarkeit der MWSt (Vermögensinteresse rund Fr. 2 Millionen) und der Mehrkosten im Bereich des Störungsmanagements (rund Fr. 230'000.-) unterlegen. Bezüglich der vorgezogenen Investitionen bei den Barrierenanlagen (rund Fr. 460'000.-) und der Nichtanrechnung der Erlöse aus freiwerdenden Landparzellen (rund Fr. 1 Million) ist sie dagegen durchgedrungen. Sie unterliegt demnach zu etwa 3/5 und hat die Verfahrenskosten in diesem Umfang zu tragen. Der Vorinstanz als teilweise unterliegende Bundesbehörde werden keine Verfahrenskosten auferlegt (Art. 63 Abs. 2 VwVG).
Bei vorliegendem Verfahren handelt es sich um eine Streitigkeit mit Vermögensinteresse im Sinne von Art. 4 des Reglements vom 11. Dezember 2006 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]), lässt sich doch der Streitwert bestimmen (zur analogen Bestimmung von Art. 65 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110] vgl. Hansjörg Seiler in: Hansjörg Seiler / Nicolas von Werdt / Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG] - Bundesgesetz über das Bundesgericht, Bern 2007, Rz. 18 zu Art. 65). Dieser beläuft sich - bei sinngemässer Anwendung von Art. 53 BGG, der für die Bestimmung des Streitwerts im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren die Zusammenrechnung der Begehren vorsieht - aufgrund der obenstehenden Auflistung auf rund Fr. 3,69 Millionen. Der Rahmen für die Bemessung der Gerichtsgebühr liegt gemäss Art. 4 VGKE folglich zwischen Fr. 7'000.- und Fr. 40'000.-. Unter Berücksichtigung der Bemessungskriterien von Art. 2 Abs. 1 VGKE erweist sich eine Spruchgebühr von Fr. 25'000.- als angemessen. Diese ist der Beschwerdeführerin im Umfang ihres Unterliegens, d.h. zu 3/5, ausmachend Fr. 15'000.-, aufzuerlegen. Der Rest wird von der Gerichtskasse übernommen.
13.
Da die Beschwerdeführerin nicht anwaltlich vertreten ist und ihr auch sonst keine verhältnismässig hohen Kosten entstanden sind, hat sie keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 64 VwVG i.V.m. Art. 7 ff. VGKE). Die Vorinstanz hat ebenfalls keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 7 Abs. 3 VGKE).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen 10 und 11 gutgeheissen, soweit sie nicht gegenstandslos geworden ist. Ziff. 3 der angefochtenen Verfügung wird dahingehend geändert, dass bloss Erlöse aus der Position Erwägung Ziff. 7 dem Projekt Sanierung Seetalbahn gutzuschreiben sind.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Verfahrenskosten werden auf Fr. 25'000.- festgesetzt und im Betrag von Fr. 15'000.- der Beschwerdeführerin auferlegt. Sie hat den Betrag innert 30 Tagen nach Rechtskraft des Urteils mit beiliegendem Einzahlungsschein zu bezahlen.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil geht an:
- die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde; Beilage: Eingabe der Vorinstanz vom 1. Oktober 2007)
- die Vorinstanz (Ref-Nr. 221.1 bs; Gerichtsurkunde; Beilage: Eingabe der Beschwerdeführerin vom 8. Oktober 2007)
- das UVEK (Gerichtsurkunde)
Der Abteilungspräsident: Die Gerichtsschreiberin:
Lorenz Kneubühler Michelle Eichenberger
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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