bvger · A-1501/2006 · 2008-11-06 · de
A-1501/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1501/2006 und A-1502/2006
Urteil vom 6. November 2008
Besetzung
Richter Markus Metz (Vorsitz), Richter Pascal Mollard, Richterin Claudia Pasqualetto Péquignot,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.
Parteien
X._______ AG, ...,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 und 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002).
Leistungen einer Tochter- an die Muttergesellschaft (Managementleistungen sowie Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns); Leistungsaustausch; Ermittlung des Drittpreises.
Sachverhalt:
A.
Die X. AG ist seit dem 1. Januar 1995 als Steuerpflichtige im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Sie wird zu 100% von der Y. Holding AG (im Folgenden auch kurz "Y." oder "Holding") gehalten, welche ihrerseits seit dem 1. Januar 2000 im Register der Steuerpflichtigen eingetragen ist und insbesondere die dauernde Verwaltung von Beteiligungen an anderen Unternehmen des In- und Auslandes bezweckt.
Nach einer Kontrolle vor Ort machte die ESTV gegenüber der X. AG für die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 mit Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 119'645 vom 7. März 2003 eine Steuernachforderung in Höhe von Fr. ... und am 23. Mai 2003 mit EA Nr. 119'677 eine solche über Fr. ... (je zuzüglich Verzugszins) geltend. An den selben Tagen erliess die ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 die EA Nr. 119'646 über Fr. ... und die EA Nr. 119'678 über Fr. ... (je zuzüglich Verzugszins). Die beiden EA vom 7. März 2003 betrafen einerseits unverbuchte Leistungen der X. AG an die Y. Holding AG (worauf die ESTV Steuern von Fr. ... und Fr. ... nachforderte) und andererseits die Besteuerung des Privatanteils an der Personenwagenbenützung. Diese darauf beruhenden Steuerforderungen wurden ohne Vorbehalt beglichen. Die beiden EA vom 23. Mai 2003 betrafen ebenfalls unverbuchte Leistungen der X. AG an die Muttergesellschaft, nämlich einerseits Managementleistungen und andererseits Leistungen betreffend "Verwaltung des Holdingvermögens". Die entsprechenden Forderungen der ESTV blieben unbezahlt.
B.
Die ESTV bestätigte mit zwei Entscheiden vom 5. November 2003 die Forderungen im Sinn der EA Nr. 119'677/8 und auch der EA Nr. 119'645/6 vollumfänglich. Gegen diese Entscheide liess die X. AG am 5. Januar 2004 Einsprachen erheben mit den Hauptantrag, es sei auf die Aufrechnungen von Fr. ... betreffend 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 und von Fr. ... betreffend 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 zu verzichten.
C.
Mit zwei Einspracheentscheiden vom 24. August 2005 wies die ESTV die Einsprachen ab, stellte die Rechtskraft der Entscheide im Umfang von Fr. ... und Fr. ... fest, und bestätigte die - teilweise bereits bezahlten - Steuerforderungen für die Zeit vom 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 im Umfang von Fr. ... und für die Zeit vom 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 im Umfang von Fr. ... (je inklusive der in Rechtskraft getretenen Beträge und je zuzüglich Verzugszins).
Die ESTV ging davon aus, die X. AG habe ihrer über kein eigenes Personal verfügenden Muttergesellschaft, der Y., Managementdienstleistungen sowie Leistungen im Zusammenhang mit der strategischen Führung des Konzerns erbracht. Zu den Aufrechnungen der Leistungen im Zusammenhang mit der Konzernführung äussere sich die Einsprecherin nicht, weswegen davon auszugehen sei, dass sie mit denselben einverstanden sei. Die Erbringung von Managementdienstleistungen sodann sei unbestritten. Da keine bzw. nur unvollständige Unterlagen vorhanden gewesen seien, habe die ESTV die erbrachten Managementleistungen zu schätzen gehabt und dabei richtigerweise auf die Methode gemäss Ziff. 4.6.3 Bst. b der Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 Rückgriff genommen, welche auf der Wiederverkaufspreismethode basiere. Betreffend die Frage, welche Tochtergesellschaft die Leistungen für die Holding effektiv erbracht habe, erläuterte die ESTV, gemäss den Feststellungen des Inspektors vor Ort habe nur die X. AG die Räumlichkeiten, die Mittel und das Personal zur Verfügung, um für die Holding die entsprechenden Leistungen zu erbringen. Die Nachbelastung sei daher zu Recht in vollem Umfang bei der X. AG vorgenommen worden.
D.
Am 26. September 2005 lässt die X. AG (Beschwerdeführerin) gegen die Einspracheentscheide zwei Beschwerden bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission (SRK) einreichen mit den Begehren, in Aufhebung der Einspracheentscheide, und unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu ihren Gunsten, sei festzustellen, dass die noch zu entrichtende Mehrwertsteuer für die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 Fr. ...- und für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 Fr. ... betrage. Die beiden Verfahren seien zu vereinigen. Zum Streitgegenstand wird angegeben, es seien die Aufrechnungen betreffend Verwaltung des Holdingvermögens ("Verwaltungsleistungen") und betreffend Managementleistungen strittig.
Die Y. sei eine Holdinggesellschaft und Muttergesellschaft des Konzerns. Sie kontrolliere verschiedene Gesellschaften, so zu 100% die Beschwerdeführerin. Die Y. beschäftige keine Angestellten. Sie werde von drei Aktionären gehalten, welche gleichzeitig deren Verwaltungsräte seien. Diese drei Aktionäre seien zudem Mitglieder des Verwaltungsrats der übrigen Konzerngesellschaften und ebenso jeweils Mitglieder der Geschäftsleitung (soweit eine solche bestand). Als Nebenbeschäftigung (neben dem Halten der drei direkten Beteiligungen) erbringe die Y. den direkt oder indirekt gehaltenen Unternehmen Managementdienstleistungen. Hierfür habe sie in den Jahren 1999 bis 2002 Management Fees belastet. Erbracht würden diese Managementleistungen von den drei Verwaltungsräten bzw. Aktionären der Holding. Die angeblichen Leistungen der Beschwerdeführerin an die Holding seien von der ESTV bloss behauptet und nicht belegt. Entgegen der Ausführungen der ESTV treffe nicht zu, dass die Beschwerdeführerin die Feststellungen der ESTV, sie habe für die Muttergesellschaft steuerbare Leistungen erbracht, unbestritten liess.
Zu den ersten beiden Aufrechnungen der ESTV vom März 2003 (im Gegenwert von Fr. ... pro Jahr) wird insbesondere ausgeführt, dies tangiere die Führung der Buchhaltung der Y. und sonstige Administration durch Frau S., Ehefrau eines der Aktionäre und Verwaltungsräte der Y.. Die ESTV habe angenommen, dass Frau S. diese Arbeiten im Rahmen einer Anstellung bei der Beschwerdeführerin ausgeführt habe. Dabei übersehe die ESTV, dass diese nicht bei ihr, sondern bei zwei anderen Tochtergesellschaften der Y. (der A. und der B. AG) angestellt sei. In quantitativer Hinsicht verursache die Buchführung und Administration der Y. im Übrigen einen sehr bescheidenen Aufwand, welche der Inspektor auf Fr. ... pro Jahr geschätzt habe.
Betreffend die (weiteren) Aufrechnungen der ESTV für angebliche Leistungen im Zusammenhang mit der strategischen Führung des Konzerns (strategische Führung, das Aktionariat, die Betreuung und Unterstützung der Tochtergesellschaften, das Verwalten der Beteiligungen usw.), wird einerseits vorgebracht, für die angenommenen Dienstleistungen sei kein Entgelt vereinbart worden und andererseits in Abrede gestellt, dass die Beschwerdeführerin der Y. solche Leistungen erbracht habe. Insbesondere sei die Oberleitung und strategische Führung des Konzerns vom Verwaltungsrat der Holding (einer Familiengesellschaft) vorgenommen worden. Die einheitliche Leitung werde durch Personalunion bei den Verwaltungsräten der Tochtergesellschaften erzielt. Die von der Y. gehaltenen und seit vielen Jahren unveränderten Beteiligungen bedürften keiner grossen Betreuung. Über Erwerb und Verkauf von Beteiligungen entscheide der Verwaltungsrat der Y.. Das Thema der Buchhaltung habe im Übrigen bereits zu Aufrechnungen geführt. Sodann sei - selbst bei Annahme sämtlicher der Beschwerdeführerin unterstellter Leistungen - die Bemessungsmethode ungeeignet, ja willkürlich.
Die angeblichen Managementleistungen würden von der ESTV weder umschrieben noch belegt. Es sei zu beachten, dass die Y. weitere Gesellschaften kontrolliere. Weshalb die angenommenen Leistungen gerade von der Beschwerdeführerin und nicht von einer anderen Konzerngesellschaft geleistet worden seien, begründe die ESTV nicht. Weiter habe die ESTV nicht berücksichtigt, dass die Y. zwar kein Personal habe, aber mit den Verwaltungsräten trotzdem Personen, welche für sie handelten. Deren Entschädigungen stünden denn auch im Zusammenhang mit den Management Fees. Schliesslich wendet sich die Beschwerdeführerin - selbst unter der Annahme von Leistungen ihrerseits - gegen die Bemessungsmethode.
E.
Mit Vernehmlassungen vom 9. Dezember 2005 beantragt die ESTV die Abweisung der beiden Beschwerden. Betreffend den Zeitraum 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 sei insofern als in der Beschwerde ein höherer Betrag zur Beurteilung vorgelegt werde, als er im Einspracheentscheid strittig gewesen sei (Fr. ...), auf die Beschwerde nicht einzutreten. Betreffend die Perioden 1. Quartal 2000 bis 4. Quartal 2002 sodann sei angesichts des Antrags in der Beschwerde davon auszugehen, dass nur eine Teilaufhebung der Einspracheentscheide verlangt werde, indem nur noch die Nachbelastung gemäss EA Nr. 119'678 angefochten, während der Betrag von Fr. ... gemäss EA Nr. 119'646 anerkannt werde.
In materieller Hinsicht hält die ESTV im Wesentlichen daran fest, dass die Beschwerdeführerin nicht (von Anfang an) bestritten habe, Leistungen an die Y. erbracht zu haben, es sei in der Bestreitung der EA und der Einsprache einzig um den Umfang bzw. die Berechnung der Leistungen gegangen. Zudem würden in der Beschwerde erstmals Argumente gegen die Aufrechnung betreffend Konzernführungsleistungen gebracht. Dass Leistungen erbracht worden seien, stehe aber zweifellos fest. Jede Holding habe unabhängig von den ihr konkret zugeteilten Aufgaben einen gewissen Minimalaufwand, wie etwa den Unterhalt eines Büros mit allem was dazu gehöre. Finanzielle Transaktionen seien zu entscheiden, zu veranlassen und zu kontrollieren. Das Rechnungswesen sei zu erledigen, die Generalversammlung zu organisieren und die Veröffentlichungspflichten einschliesslich der Konsolidierung seien zu erfüllen. Weiter seien die "Kosten aus Anteilseignertätigkeit" im Normalfall von der Holding zu tragen und dürften nicht an die Tochtergesellschaften verrechnet werden, was e contrario zum Schluss führe, dass bei einer Holding ohne Personal jemand die diese Kosten verursachenden Leistungen zwingend für die Holding zu erbringen habe (hierzu Verweis auf OECD-Verrechnungspreisgrundsätze). Wie der überprüfende Inspektor vor Ort feststellen konnte, seien diese Leistungen von der Beschwerdeführerin erledigt worden, welche die einzige gewesen sei, die über die dafür benötigte Infrastruktur verfügt habe. Ferner sei von einer Delegation der Aufgaben des Verwaltungsrats auszugehen. Es sei eher unwahrscheinlich, dass bei der vorliegenden Konzernstruktur mit den ausgewiesenen Erträgen bzw. Aktiven der Verwaltungsrat bestehend aus drei Personen alle Aufgaben ohne Hinzunahme weiterer personeller Hilfe erledigen könnte. Die Beschwerdeführerin belege nicht, wo, wie und wann der Verwaltungsrat die Umsätze erwirtschaftet haben soll. Die ESTV habe damit zu Recht eine Schätzung anhand der 3 Promill-Formel gemäss Ziff. 7.6.3 Bst. a der Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 vorgenommen., wobei ein Satz von 2 Promill angewendet worden sei.
Ferner weise die Beschwerdeführerin darauf hin, dass die mit den ersten EA Nr. 119'645/6 nachbelasteten Leistungen von Frau S. gar nicht ihr zuzurechnen seien, sondern diese bei einer anderen Tochtergesellschaft angestellt sei. Soweit die Beschwerdeführerin Tatsachen im Zusammenhang mit EA Nr. 119'645 (betreffend die Perioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 200) rüge, sei darauf nicht einzutreten, da der entsprechende Betrag in Rechtskraft erwachsen sei. Im Übrigen seien die Ausführungen zu Frau S. nicht beachtlich, da sie im Rahmen der zweiten EA nicht mehr als "Bemessungsgrösse" gedient habe. Ohnehin seien die entsprechenden Erläuterungen widersprüchlich, indem zum einen behauptet (aber nicht bewiesen) werde, Frau S. sei nicht bei der Beschwerdeführerin angestellt gewesen, und zum andern ausgeführt werde, Frau S. habe auf eine Entschädigung verzichtet, weil ihr Ehemann eine solche von der Y. erhalten habe.
Weiter erläutert die ESTV den Hintergrund der beiden angewendeten Methoden und hält fest, der Beschwerdeführerin sei der ihr obliegende Nachweis, dass ihr Aufwand bedeutend kleiner ausfiel als die Schätzung, nicht gelungen.
F.
Mit zwei Eingaben vom 15. November 2006 beantragt die Beschwerdeführerin im Hauptantrag die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels. Sie begründet diesen mit dem Inkrafttreten des rückwirkend anwendbaren Art. 45a der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTGV, SR 641.201) und mit der von der ESTV am 31. Oktober 2006 veröffentlichten Praxismitteilung "Behandlung von Formmängeln" (namentlich deren Ziff. 2.7). Zudem sei ihr eine Stellungnahme zur Vernehmlassung zu gewähren. Diesem Hauptantrag wird von der SRK am 16. November 2006 entsprochen und die Beschwerdeführerin zur Einreichung einer Replik aufgefordert.
G.
Am 28. Februar 2007 wird die Replik eingereicht und beantragt, die Beschwerden seien vollumfänglich gutzuheissen.
Zum Streitgegenstand wird ausgeführt, in den EA 119'645/6 seien betreffend Leistungen an die Y. derart geringe Beträge (Fr. ... und Fr. ...) aufgerechnet worden, dass ursprünglich aus ökonomischen Gründen von der Anfechtung abgesehen und die Beträge vorbehaltlos bezahlt worden seien. Mit den neuen EA 119'677/8 habe die ESTV aber die beiden alten EA abgeändert. Diese Abänderung dürfe nicht zur Folge haben, dass nicht auf die Nichtbestreitung der ursprünglichen EA zurückgekommen werden dürfe. Entsprechend wären in einer allfälligen Abänderung der Anträge gemäss Beschwerde die Steuerforderungen wie folgt festzusetzen: betreffend den Zeitraum 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 auf Fr. ... und betreffend 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 auf Fr. .... Es würden damit nur die Aufrechnungen für Privatanteile an den Fahrzeugkosten anerkannt.
Es folgt eine Stellungnahme zu den Vernehmlassungen der ESTV. Die Beschwerdeführerin verweist wiederum auf den Umstand, dass die von der ESTV behaupteten Leistungen - sofern von der Y. solche überhaupt hätten bezogen werden müssen - auch durch eine andere Schwestergesellschaft hätte erbracht werden können. Die Behauptung, wonach sie die einzige war, die über die dafür benötigte Infrastruktur verfügte, sei nicht überzeugend und nicht zutreffend. Die A. AG wie auch die B. AG seien aktive Tochtergesellschaften. Ebenso wird wiederholt, Frau S., welche die Buchhaltung der Y. besorge, sei bei diesen beiden Tochtergesellschaften und nicht bei der Beschwerdeführerin angestellt. Weiter sei die Annahme der ESTV, der Verwaltungsrat habe seine Kompetenzen delegiert, unzutreffend. Im Zusammenhang mit den Managementleistungen wird vorab der bisherige Standpunkt bestätigt. Selbst wenn, was bestritten sei, Leistungen der Beschwerdeführerin an die Y. bejaht und die von der ESTV vorgenommene Bemessung gerichtlich gestützt würde, sei der neue Art. 45a MWSTGV und die Praxismitteilung der ESTV (Ziff. 2.7) anzuwenden. Im Umfang von Fr. ... und Fr. ... sei auf eine Besteuerung zu verzichten.
H.
Mit zwei Eingaben vom 20. April 2007 erstattet die ESTV Duplik und beantragt Gutheissung im Umfang von Fr. ... betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 (Teil der Forderung gemäss EA Nr. 119'677) und von Fr. ... für die Zeit vom 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 (Teil der Forderung gemäss EA Nr. 119'678). Im Übrigen seien die Beschwerden abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Betreffend die Nachbelastung der Managementleistungen sei die rückwirkende Anwendung von Art. 45a MWSTGV und der Praxismitteilung der ESTV vom 27. Oktober 2006 "Behandlung von Formmängeln", Ziff. 2.7, möglich. Die Holding sei seit dem 1. Januar 2000 im Register der Steuerpflichtigen eingetragen und seit diesem Zeitpunkt grundsätzlich zum Vorsteuerabzug berechtigt. Auf eine Nachbelastung der Steuer sei auf den seit dem Jahr 2000 erbrachten Managementdienstleistungen antragsgemäss zu verzichten.
I.
Auf die weiteren Ausführungen in den Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidrelevant - in den nachstehenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten Einspracheentscheide der ESTV nach Art. 65 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31. Dezember 2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 unter Übernahme der bei der SRK hängigen Fälle seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG). Auf die Beschwerden ist einzutreten.
1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1998 bis 2002, so dass auf die vorliegende Beschwerde betreffend den Sachverhalt bis Ende 2000 noch damaliges Recht und für die restliche Zeit neues Recht anwendbar ist (Art. 93 und 94 MWSTG).
1.3 Grundsätzlich bildet jeder vorinstanzliche Entscheid ein selbständiges Anfechtungsobjekt und ist deshalb einzeln anzufechten. Es ist gerechtfertigt, von diesem Grundsatz abzuweichen und die Anfechtung in einem gemeinsamen Verfahren zuzulassen, wenn die einzelnen Sachverhalte in einem engen inhaltlichen Zusammenhang stehen und sich in allen Fällen gleiche oder ähnliche Rechtsfragen stellen (vgl. BGE 123 V 215 E. 1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-1435/2006 und A-1584/2006 vom 8. Februar 2007 E. 1.2; ANDRÉ MOSER, in Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel und Frankfurt am Main 1998, S. 89 f. Rz. 3.12). Diese Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt, ist in beiden Fällen doch dasselbe Steuersubjekt und (abgesehen von den Steuerperioden) der gleiche Sachverhalt betroffen und stellen sich dieselben Rechtsfragen. Die beiden Einspracheentscheide wurden zwar mit zwei separaten Beschwerden angefochten, welche sich aber im Wesentlichen nur in Bezug auf die Anträge unterscheiden und keine separaten Ausführungen für die Zeit unter dem Geltungsbereich der MWSTV bzw. des MWSTG enthalten. Die Verfahren A-1501/2006 und A-1502/2006 können vereinigt werden.
1.4
1.4.1 Gegenstand des Beschwerdeverfahrens kann nur sein, was Gegenstand des Einspracheentscheides war oder nach richtiger Gesetzesauslegung hätte sein sollen (Anfechtungsobjekt). Gegenstände, über welche die erstinstanzlich verfügende Behörde nicht entschieden hat, und über die sie nicht zu entscheiden hatte, sind aus Gründen der funktionellen Zuständigkeit durch die zweite Instanz nicht zu beurteilen (Urteile des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 2.1, 2C_642/2007 vom 3. März 2008 E. 2.2; statt vieler: Urteil des BVGer A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 2.2 mit Hinweisen). Der Streitgegenstand wird zudem durch die Parteianträge definiert und braucht mit dem Anfechtungsobjekt nicht übereinzustimmen. Er darf sich im Laufe des Beschwerdeverfahrens nur verengen, er kann nicht erweitert oder qualitativ verändert werden (Urteil des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 2.1; statt vieler: Entscheid der SRK vom 23. April 2003, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 67.123 E. 2a; Urteil des BVGer A-1391/2006 vom 16. Januar 2008 E. 1.4.2). Nach der Rechtsprechung werden Antragsänderungen und -erweiterungen aus prozessökonomischen Gründen ausnahmsweise zugelassen, wenn ein (sehr) enger Bezug zum bisherigen Streitgegenstand besteht und die Verwaltung im Laufe des Verfahrens Gelegenheit hatte, sich zu dieser neuen Streitfrage zu äussern (Urteil des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 2.1; Entscheid der SRK vom 20. Oktober 2000, veröffentlicht in VPB 65.58 E. 1b; BGE 125 V 413 E. 2a).
1.4.2
1.4.2.1 Eindeutig nicht mehr Streitgegenstand sind im vorliegenden die in den ersten beiden EA (Nr. 119'645/6) enthaltenen Steuerforderungen aus Privatbenützung der Geschäftsautos.
1.4.2.2 In der Beschwerde werden die Aufrechnungen der ESTV aufgrund von Managementleistungen und von Leistungen im Zusammenhang mit der Konzernführung bestritten.
In der Einsprachebegründung wurden nur Ausführungen zu den Managementleistungen gemacht, was die ESTV in den Einspracheentscheiden zur Annahme veranlasste, dass die Beschwerdeführerin mit den Aufrechnungen betreffend Konzernführungsleistungen einverstanden sei. Allerdings umfassen die Einspracheanträge auch die diesbezüglichen Forderungen der ESTV. Zu Gunsten der Beschwerdeführerin ist davon auszugehen, dass sie in der Einsprache (wie später in der Beschwerde) auch die Aufrechnungen betreffend Konzernführungsleistungen anfechten wollte, zumal die ESTV ihr trotz offenkundigem Widerspruch zwischen Antrag und Begründung der Einsprache keine Gelegenheit zur Präzisierung bzw. Verbesserung der Einsprache gewährt hat. Im Übrigen hat die ESTV in ihren Einspracheentscheiden betreffend die fraglichen Aufrechnungen wegen Konzernführungsleistungen weder formell auf Nichteintreten geschlossen noch diesbezüglich die Rechtskraft ihrer Entscheide festgestellt. Weiter nimmt sie im Rahmen der Vernehmlassung hierzu ausführlich Stellung und liefert die Begründung zur Problematik der Konzernführungsleistungen nach. Auf die Ausführungen in der Beschwerde zu den Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns kann damit eingetreten werden.
1.4.2.3 Es bleibt der betragsmässige Umfang des Streitobjekts zu klären.
Die beiden EA zur MWSTV umfassen Beträge von total Fr. ... und die jene zum MWSTG Beträge von Fr. .... In der Einsprache wurde verlangt, es sei auf die Aufrechnungen von Fr. ... (Zeitraum MWSTV) und Fr. ... (Zeitraum MWSTG) zu verzichten. Entsprechend dieser Anträge hat die ESTV in Ziff. 1 des Dispositivs der Einspracheentscheide festgestellt, dass Fr. ... (MWSTV) und Fr. ... (MWSTG) in Rechtskraft getreten seien. Folglich waren vorinstanzlich betreffend den Zeitraum MWSTV die gesamte EA Nr. 119'645 (Fr. ... betreffend Privatanteil Auto und Fr. ... aus erbrachten Leistungen an die Y.) sowie Fr. ... aus EA Nr. 119'677 nicht mehr strittig. Betreffend den Geltungsbereich der MWSTG waren nur die Forderungen gemäss EA Nr. 119'646 bezüglich Privatanteile Auto unbestritten; strittig blieben die Steuerforderungen wegen Leistungen an die Y. sowohl aus EA Nr. 119678 (Fr. ...) als auch aus EA Nr. 119'646 (Fr. ...). Aus der Beschwerde ergeben sich widersprüchliche Angaben zum betragsmässigen Streitgegenstand. Die Anträge lauten auf Feststellung der Steuerschuld von Fr. ... bzw. Fr. ..., während in den Ausführungen (Ziff. 47 ff. bzw. Ziff. 59 ff.) anerkannte Beträge von Fr. ... und Fr. ... genannt werden. In der Replik wiederum wird verlangt, die Beschwerdeanträge seien betreffend den Zeitraum MWSTV auf Fr. ... und betreffend MWSTG auf Fr. ... abzuändern, womit einzig die Aufrechnungen bezüglich Privatanteile an den Fahrzeugkosten anerkannt und sämtliche Steuerforderungen aus Leistungen der Beschwerdeführerin an die Y. strittig wären (auch die Beträge von Fr. ... bzw. Fr. ... aus den EA Nr. 119'645/6). Für den Geltungsbereich MWSTG bedeutete dies eine Entsprechung mit dem Anfechtungsobjekt (allerdings quasi eine Ausweitung gegenüber dem formellen Antrag in der Beschwerde) und für den Geltungsbereich MWSTV eine Ausweitung über den Gegenstand der Einspracheentscheide hinaus.
Eine Ausweitung des Streitgegenstandes ist zwar grundsätzlich weder gegenüber dem vorinstanzlichen Anfechtungsobjekt (oben E. 1.4.1), noch (im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels) gegenüber den in der Beschwerde angefochtenen Beträgen statthaft (zum Letzteren vgl. MOSER, a.a.O., Rz. 2.88). Die Voraussetzungen für eine ausnahmsweise Antragserweiterung sind vorliegend aber gegeben, namentlich der (sehr) enge Bezug zum bisherigen Streitgegenstand (E. 1.4.1). Es geht jeweils um (angebliche) Leistungen der Beschwerdeführerin an die Muttergesellschaft. Der Konnex ist betreffend die Ausweitung auf die Steuerbeträge von Fr. ... bzw. Fr. ... aus den ersten beiden EA Nr. 119'645/6 insbesondere deswegen gegeben, weil die späteren beiden EA diese ersten EA korrigierten. Es kann somit im erweiterten Umfang gemäss dem Antrag in der Replik eingetreten werden. Für den Geltungsbereich MWSTV bilden folglich Fr. ... Streitgegenstand (Fr. ... aus EA Nr. 119'645 und Fr. ... aus EA Nr. 119667). Für den Zeitraum MWSTG sind Fr. ... strittig (Fr. ... aus EA Nr. 119'646 und Fr. ... aus EA Nr. 119'678).
Im Übrigen geht es vorliegend wie erläutert (E. 1.4.2.2) nur um eine betragsmässige Ausweitung des Streitgegenstandes. Eine solche wäre im Fall einer Gutheissung auch aufgrund von Art. 62 Abs. 1 VwVG möglich, wonach das Bundesverwaltungsgericht die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern kann.
Auf die Konsequenz der Tatsache, dass die Beträge von Fr. ... und Fr. ... gemäss EA Nr. 119'645/6 vorbehaltlos bezahlt wurden braucht im jetzigen Zeitpunkt nicht eingegangen zu werden.
2.
2.1 Die Veranlagung und Entrichtung der Mehrwertsteuer erfolgt nach dem Selbstveranlagungsprinzip (Art. 37 f. MWSTV; Art. 46 f. MWSTG; vgl. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 6. Auflage, Zürich 2002, S. 421 f.). Dies bedeutet, dass der Steuerpflichtige selbst und unaufgefordert über seine Umsätze und Vorsteuern abzurechnen und innerhalb von 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode den geschuldeten Mehrwertsteuerbetrag an die ESTV abzuliefern hat. Der Mehrwertsteuerpflichtige hat seine Mehrwertsteuerforderung selbst festzustellen; er ist allein für die vollständige und richtige Versteuerung seiner steuerbaren Umsätze und für die korrekte Ermittlung der Vorsteuer verantwortlich. Die Verwaltung ermittelt die Höhe des geschuldeten Mehrwertsteuerbetrags nur dann an Stelle des Mehrwertsteuerpflichtigen, wenn dieser seinen Pflichten nicht nachkommt (Art. 48 MWSTV, Ermessenseinschätzung; statt vieler: Urteile des BVGer A-1348/2006 vom 30. Mai 2007 E. 2; A-838/2007 vom 9. November 2007 E. 2.4.1, je mit Hinweisen).
Zu den Obliegenheiten der Steuerpflichtigen gehören unter anderem die Auskunftspflicht gegenüber der ESTV (Art. 46 MWSTV, Art. 57 Abs. 1 MWSTG), welche ihn verpflichtet, dieser über alle Tatsachen, die für die Steuerpflicht oder für die Steuerbemessung von Bedeutung sein könnten, nach bestem Wissen und Gewissen Auskunft zu erteilen. Aufgrund der Buchführungspflicht (Art. 47 MWSTV, Art. 58 MWSTG) hat der Steuerpflichtige seine Geschäftsbücher ordnungsgemäss zu führen und so einzurichten, dass sich aus ihnen die für die Feststellung der Steuerpflicht sowie für die Berechnung der Steuer und der abziehbaren Vorsteuern massgebenden Tatsachen leicht und zuverlässig ermitteln lassen.
2.2 Ist der Steuerpflichtige seinen aus dem Selbstveranlagungsprinzip fliessenden Pflichten nicht nachgekommen und hat die ESTV demzufolge eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen (Art. 48 MWSTV, Art. 60 MWSTG), hat sie eine Schätzungsmethode zu wählen, die den individuellen Verhältnissen im Betrieb des Steuerpflichtigen soweit als möglich Rechnung trägt, auf plausiblen Angaben beruht und deren Ergebnis der wirklichen Situation möglichst nahe kommt (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.522/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.3). Sind die Voraussetzungen einer Ermessenstaxation erfüllt, obliegt es dem Steuerpflichtigen, den Beweis für die Unrichtigkeit der Schätzung zu erbringen, d.h., dass die Verwaltung dabei Bundesrecht verletzt hat bzw. ihr erhebliche Ermessensfehler unterlaufen sind (statt vieler: Urteil des BVGer A-1379/2006 vom 10. September 2007 E. 2.6.1 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kann eine zu Recht erfolgte Ermessensveranlagung nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden, wofür der Steuerpflichtige die Beweislast trägt (Urteil 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.3 mit Hinweisen und E. 4). Als offensichtlich unrichtig gilt eine Schätzung dann, wenn sie sachlich nicht begründbar ist, sich auf sachwidrige Schätzungsgrundlagen, -methoden oder -hilfsmittel stützt oder sonst mit den aktenkundigen Verhältnissen des Einzelfalles unvereinbar ist (Entscheid der SRK vom 24. Oktober 2005, veröffentlicht in VPB 70.41 E. 4c, 4e/aa mit Hinweisen; zum Ganzen: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 2.1, 2.2 mit Hinweisen). Bei der Überprüfung von Ermessensveranlagungen auferlegt sich das Bundesverwaltungsgericht eine gewisse Zurückhaltung, soweit die Zweckmässigkeit der Entscheidung in Frage steht (Urteile des BVGer A-1398/2006 vom 19. Juli 2007 E. 2.1; A-1535/2006 vom 14. März 2007 E. 2.1). Die Zulässigkeit dieser zurückhaltenden Prüfung wurde vom Bundesgericht bestätigt (Urteil 2C_426/2007 vom 22. November 2007 E. 4.3).
3.
Gemäss Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV sowie Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG gilt im Fall einer Lieferung oder Dienstleistung an eine nahestehende Person als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde.
3.1 Nach Art. 4 MWSTV und Art. 5 MWSTG unterliegen Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden. Die Entgeltlichkeit stellt ein unabdingbares Tatbestandsmerkmal einer mehrwertsteuerrechtlich relevanten Leistung dar (Ausnahme: Eigenverbrauch) (statt vieler: BGE 126 II 443 E. 6). Dies gilt auch für Leistungen unter Nahestehenden, also etwa bei konzerninternen Leistungen. Solche sind mit Bezug auf das Steuerobjekt bzw. die Steuerbarkeit nicht anders zu behandeln als Leistungen unter unabhängigen Dritten, es ist ebenfalls ein Leistungsaustausch vorausgesetzt (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 3.3). Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG befassen sich einzig mit der Bemessung der Steuer. Eine Drittpreisaufrechnung nach diesen Bestimmungen kann nur erfolgen, wenn tatsächlich ein mehrwertsteuerliches Austauschverhältnis besteht, eine Leistung also entgeltlich erbracht wird (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 3.3; Entscheide der SRK vom 27. März 2006 [SRK 2003-177] E. 2d/bb, E. 3a/aa [bestätigt durch vorgenanntes Urteil des Bundesgerichts]; vom 16. Februar 2000, veröffentlicht in VPB 64.81 E. 5; vom 22. Mai 2001, veröffentlicht in VPB 65.103 E. 7b/c).
3.2 Der sogenannte Dritt(vergleichs)preis oder auch Fremdpreis nach Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV sowie Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG entspricht in aller Regel dem Marktwert (ausführlich: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 3.1, 3.3, 4.4.1 mit zahlreichen Hinweisen). Der Drittpreis bzw. Fremdpreis (als Marktwert) ist in den meisten Fällen ein Schätz- bzw. Vergleichswert, der nicht exakt, sondern nur annäherungsweise bestimmt werden kann. Hat die ESTV diesen Wert zu schätzen, sind die für die Ermessensveranlagung im Sinn von Art. 48 MWSTV bzw. Art. 60 MWSTG geltenden Grundsätze zu beachten, namentlich in Bezug auf die Pflichten der ESTV bei der Vornahme der Schätzung, die Möglichkeiten des Steuerpflichtigen, eine solche Schätzung anzufechten und die Zurückhaltung des Bundesverwaltungsgerichts in der Überprüfung der Schätzung (Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.3 mit Hinweisen).
3.3 Steuerbare Umsätze unter Konzerngesellschaften als nahestehende Personen sind zum Drittpreis nach Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG zu fakturieren. In Bezug auf die sachgerechte Verrechnung der steuerbaren Leistungen einer Tochter- an die Holdinggesellschaft hat die ESTV mit Inkrafttreten des MWSTG eine - bereits unter dem Geltungsbereich der MWSTV ohne Publikation geübte - Praxis veröffentlicht (Ziff. 7.6.3 der Spezialbroschüre Nr. 06 "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei gemischter Verwendung" vom September 2000 [SB Kürzung]). Für den Fall, dass über die Leistungserbringung detaillierte Aufzeichnungen fehlen und unter der Voraussetzung, dass die Holding über kein eigenes Personal verfügt oder das eigene Personal die Leistungen nicht selbst erbringt, sind zwei Berechnungsmethoden zur annäherungsweisen Bestimmung der Leistungen vorgesehen:
3.3.1 Bst. a der Ziff. 7.6.3 der SB Kürzung (3 Promill-Pauschale) lautet wie folgt:
Annäherungsweise Ermittlung des Werts der Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns (strategische Führung, Aktionariat, Betreuung und Unterstützung der Tochtergesellschaften, Verwalten der Beteiligungen usw.):
3? des durchschnittlichen Holdingvermögens (Total Aktiven)
- von konzernfremden Unternehmen bezogenen Verwaltungsleistungen *
= Total der von einer Tochtergesellschaft erbrachten Dienstleistungen **.
* nur die regelmässigen, ordentlichen Leistungen von konzernfremden Unternehmen für die Konzernführung, die bei der Holdinggesellschaft direkt angefallen sind,
** Wert, der von der Tochtergesellschaft zu versteuern ist; die Holdinggesellschaft darf andererseits keinen Vorsteuerabzug vornehmen, da die Leistungen für nicht der Steuer unterliegende Zwecke verwendet werden.
Damit werden nur die regelmässigen, ordentlichen Leistungen für die Konzernführung berücksichtigt. Ausserordentliche Leistungen wie z.B. im Zusammenhang mit dem Neuaufbau einer Gesellschaft im Ausland oder mit Umstrukturierungen sind darin nicht enthalten.
Auch mit der neusten, ab 1. Januar 2008 geltenden Version der SB Kürzung (im Folgenden SB Kürzung 2008) wird diese Praxis weitergeführt (Ziff. 7.4.3.1). Zudem wird (was schon zuvor von der ESTV praktiziert wurde) festgehalten, in begründeten Fällen könne betreffend den Prozentsatz von 3 Promill nach oben oder nach unten abgewichen werden, z.B. werde bei Familiengesellschaften eine Pauschale von 2 Promill angewendet, da der Aufwand verglichen mit Publikumsgesellschaften normalerweise wesentlich geringer sei (Fn. 15).
Diese Praxis wurde vom Bundesverwaltungsgericht in Bezug auf einen konkreten Anwendungsfall bereits geschützt (Urteil A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.4).
3.3.2 Die zweite Methode zur Bestimmung des Drittpreises für Leistungen von Tochter- an Holdinggesellschaften ist in Bst. b der Ziff. 7.6.3 SB Kürzung niedergelegt:
Annäherungsweise Ermittlung des Werts der Leistungen im Zusammenhang mit den Managementdienstleistungen resp. Lizenzen (allgemeine Verwaltung sowie Erarbeitung des Know-Hows):
Einnahmen der Holdinggesellschaft für Managementdienstleistungen und Lizenzen (105%)
abzüglich Wertschöpfung der Holdinggesellschaft (5%)
= erbrachte Leistungen der Tochtergesellschaften im Zusammenhang mit den von der Holdinggesellschaft vereinnahmten Entgelten (100%) **.
** Wert, der von der leistungserbringenden Gesellschaft zu versteuern ist (...).
3.4 Im Hinblick auf die je unter die beiden Pauschalen zu subsumierenden Leistungen kann das Folgende festgehalten werden:
3.4.1 Die beiden Praxisfestlegungen definieren die Art der jeweils erfassten Leistungen nicht abschliessend. Ein Abgrenzungsmerkmal ergibt sich aber aus der folgenden Unterscheidung der ESTV: Im Fall der Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns (3 Promill Pauschale) sind Aufwendungen angesprochen, welche die Holdinggesellschaft zu tragen hat und die sie nicht an die Tochtergesellschaften weiterfakturieren darf (Ziff. 7.6.3 Bst. a, Ziff. 7.6.2 mit Bsp. 1 der SB Kürzung; vgl. auch Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5.2). Dies ergibt sich auch explizit aus der seit Januar 2008 geltenden Version der SB Kürzung (Ziff. 7.4.3.1 Fn. 16). Bei der zweiten Methode betreffend Managementleistungen resp. Lizenzen geht es um Aufwendungen der Holding, welche über Management Fees auf die Tochtergesellschaften überwälzt werden können (Bst. b der Ziff. 7.6.3 und Bsp. 2 in Ziff. 7.6.2 SB Kürzung). Die ESTV unterscheidet damit für die Frage, welche der beiden Methoden zur Anwendung gelangt, danach, ob die Muttergesellschaft die von einer Tochter bezogenen Leistungen sodann aufgrund eines weiteren steuerbaren Austauschverhältnisses an die Tochtergesellschaften weiterfakturieren kann (zur Entstehung eines steuerbaren Umsatzes bei Weiterfakturierung vgl. statt vieler: Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 7.2 mit Hinweisen).
3.4.2 Zur Beantwortung der Frage, welche Leistungen weiterfakturierbar sind und welche nicht, kann hilfsweise auf die für die direkten Steuern geltenden Abgrenzungen Bezug genommen werden (wenn auch aufgrund der andersartigen Steuersysteme mit der gebotenen Vorsicht, vgl. ausführlich: BVGE 2007/23 E. 2.3.3 mit Hinweisen).
Die Verrechenbarkeit an Tochtergesellschaften wird bei der Gewinnsteuer bejaht, wenn eine entgeltliche Leistung der Muttergesellschaft an jene besteht (Leistungsaustausch), d.h. wenn der empfangenden Tochtergesellschaft ein direkter wirtschaftlicher oder kommerzieller Wert verschafft wird (sog. "Benefit test"). Demgegenüber erfolgen bei den sogenannten Shareholder bzw. Stewardship Activities (auch Aktionärs-/Gesellschafterleistungen) keine entgeltlichen Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften. Die entsprechenden Kosten sind bei der Muttergesellschaft betrieblich veranlasst, von ihr zu tragen und nicht verrechenbar; dies gilt namentlich auch, wenn eine Konzerngesellschaft diese Leistungen an die Muttergesellschaft erbringt (je mit Hinweisen auf die Verrechnungspreisgrundsätze der OECD 1995/1996 für multinationale Unternehmen: Richard Allemann, Die Gestaltung der Konzernspitze unter steuerlichen Aspekten, Bern/Stuttgard/Wien 1997, S. 221-224; Daniel Lehmann/Martin Arzethauser, Bausteine einer steuereffektiven Internationalen Konzernstruktur, Teil 2, Steuer Revue [StR] 2006 S. 603, 605, 621 f.; Urs Brügger/Nicolas Bonvin, Kreisschreiben Nr. 4 der ESTV vom 19. März 2004 zur Besteuerung von Dienstleistungsgesellschaften: Konsequente Anwendung des Arm's Length-Prinzips, StR 2004 S. 340; ebenso betr. Mehrwertsteuer: Willi Leutenegger, Schweizer MWST bei Holdinggesellschaften, Der Schweizer Treuhänder [ST] 2006 S. 460 f.). Als Shareholder Activities bezeichnet werden unter anderem: Tätigkeiten im Zusammenhang mit der juristischen Struktur der Obergesellschaft, z.B. das Abhalten ihrer Generalversammlungen, die Ausgabe ihrer Aktien, die Tätigkeit ihres Verwaltungsrats; die Erfüllung der Veröffentlichungspflichten der Muttergesellschaft einschliesslich Erstellen der konsolidierten Jahresrechnung; die Leitung und Organisation des Konzerns, Konzernstrategie; der Konzernspitze dienende Kontrollen und Revisionen; Verwaltung der Beteiligungen usw. (Allemann, a.a.O., S. 225 und [betr. Konzernleitung] S. 34, 304 f.; Brügger/Bonvin, a.a.O., S. 340; Leutenegger, a.a.O., S. 460, je mit Verweis auf die OECD-Richtlinien; Lehmann/Arzethauser, a.a.O., S. 621 f. und Fn. 170).
Die soeben aufgezählten Leistungen (Shareholder Activities) sind, da es zu keinen keinen mehrwertsteuerlichen Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften kommt, auch in mehrwertsteuerlicher Hinsicht weitgehend nicht an die Tochtergesellschaften (weiter-)fakturierbar (die Prüfung im Einzelfall vorbehalten). Wenn die Muttergesellschaft solche Leistungen durch eine Tochtergesellschaft erbringen lässt, wird die Mutter folglich regelmässig (letzte) Empfängerin sein (zur Bestimmung des Leistungsempfängers nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien vgl. Urteile des Bundesgerichts 2A.202/2006 vom 27. November 2006 E. 3.2, 4.2; 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.6.1; Entscheid der SRK vom 20. März 2006 [CRC 2005-021], E. 3b, 4b). Solche Leistungen im Sinn von Shareholder Activities können - da nicht weiterfakturierbar (E. 3.4.1) - folglich grundsätzlich unter die 3 Promill Pauschale subsumiert werden (so auch Leutenegger, a.a.O., S. 460 f., 462; ebenso offenbar die ESTV: Einspracheentscheide S. 9 f. betr. die sog. "Kosten aus Anteilseignertätigkeit" und mit Verweis auf die OECD-Verrechnungspreisgrundsätze). Sie können denn auch weitgehend den in der Praxis zur 3 Promill Pauschale umschriebenen Leistungen (oben E. 3.3.1) zugeordnet werden. Zu präzisieren ist allerdings zweierlei. Erstens ist bei der Konzernleitung, die auch als Shareholder Activity genannt wird, zu beachten, dass Konzernleitungsaktivitäten auch entgeltliche Leistungen der Muttergesellschaft an die Töchter beinhalten können (vgl. Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 7.2; Allemann, a.a.O., S. 34, 304 f.) und die 3 Promill Pauschale insofern nicht zum Tragen käme (E. 3.4.1). Zweitens können die Leistungen des Verwaltungsrats der Muttergesellschaft nicht unter die - Leistungen einer Tochtergesellschaft erfassende - Pauschale fallen. Die Tätigkeit des Verwaltungsrats ist im Übrigen mehrwertsteuerlich als unselbständige Erwerbstätigkeit zu qualifizieren und der Muttergesellschaft selbst zuzurechnen (siehe Urteil des Bundesgerichts 2A.326/2002 vom 2. Juni 2003, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 74 679 E. 4.3, 5.3.1). Soweit eine Tochtergesellschaft hingegen im Zusammenhang mit der Tätigkeit des Verwaltungsrats Leistungen erbringt, ist eine Subsumtion unter die Pauschale wiederum denkbar (vgl. auch SB Kürzung 2008 Ziff. 7.4.3.1 S. 63).
3.4.3 Daneben ist davon auszugehen, dass von der 3 Promill Formel - soweit sie nicht ohnehin unter die Umschreibung der Shareholder Activities fallen - auch Leistungen erfasst sind, die eine Tochter- der Muttergesellschaft für deren Selbstverwaltung und die Führung ihres eigenen Betriebs erbringt. Entsprechende Kosten kann die Holding ebenfalls nicht weiterfakturieren, weil diesbezüglich keine steuerbaren Leistungen der Mutter- an die Tochtergesellschaften erfolgen (E. 3.4.1). Genannt werden können für den Betrieb der Holdinggesellschaft nötige administrative Arbeiten, Buchhaltung der Holding (vgl. auch SB Kürzung 2008 Ziff. 7.4.3.1 S. 63) sowie die Verwaltung des (auch über die Beteiligungen hinausgehenden) Vermögens, insbesondere etwa der Wertschriften des Umlaufvermögens (vgl. hierzu auch Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.5.2/3). Ferner stellt auch die Vermögensanlage am Kapitalmarkt eine nur der Holding selbst dienende Tätigkeit dar. Unter die 3 Promill Formel kann dabei allerdings nur fallen, was nicht nach Art. 14 Ziff. 15 Bst. e MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 19 Bst. e MWSTG von der Steuer ausgenommen ist.
4.
4.1 In einem Konzern fasst eine Gesellschaft durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise mehrere Gesellschaften unter einheitlicher Leitung zusammen (Art. 663e des Obligationenrechts vom 30. März 1911 [OR, SR 220]).
Einheitliche Leitung (Konzernleitung) bedeutet im Normalfall insbesondere die Oberleitung, d.h. die Festlegung der Konzernpolitik, der Konzernstrategie und der Konzernziele sowie die Überprüfung der von der Konzernleitung gemachten Zielvorgaben, die Übernahme operationeller Aufgaben (Geschäftsführung im Konzern), die Bestimmung der Konzernorganisation und der Konzernstruktur, die Finanzplanung, -führung und das Controlling, die personelle Führung hinsichtlich der obersten Managementebenen und schliesslich die Überwachung des Konzerns im Sinn der Oberaufsicht, d.h. die Aufsicht über die Überwacher und die Verantwortung für das System der Überwachung (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Bern 2004, S. 1169 ff.; Karin Beyeler, Konzernleitung im schweizerischen Privatrecht, Zürich 2004, S. 118 ff.).
4.2 In Bezug auf die Frage, wer die einheitliche Leitung des Konzerns ausübt, ist folgendes zu beachten:
Dem Verwaltungsrat einer Aktiengesellschaft kommen zwingend die unübertragbaren und unentziehbaren Aufgaben nach Art. 716a Abs. 1 OR zu (zu diesen Aufgaben im Einzelnen: Böckli, a.a.O., S. 1533 ff.). Gleichermassen obliegen dem Verwaltungsrat einer konzernleitenden Gesellschaft die nicht delegierbaren Aufgaben nach Art. 716a Abs. 1 OR in Bezug auf den Gesamtkonzern (Böckli, a.a.O., S. 1171, 1534; Allemann, a.a.O., S. 300; Beyeler, a.a.O., S. 129 ff.). Soweit nicht Kernkompetenzen nach Art. 716a Abs. 1 OR betroffen sind, kann der Verwaltungsrat die Geschäftsführung (unter Einhaltung bestimmter Formvorschriften) delegieren (Art. 716b OR). Dies gilt auch im Konzern; so können etwa operationelle Aufgaben an eine "Konzernleitung" innerhalb der Muttergesellschaft oder an Dritte, etwa eine Managementgesellschaft, übertragen werden (Böckli, a.a.O., S. 1169, N. 244 f., S. 1615 f.; Allemann, a.a.O., S. 12 ff., 298). Als nicht delegierbar gelten hauptsächlich die Grundsatzentscheide betreffend die verschiedenen in Art. 716a Abs. 1 Ziff. 1-6 OR genannten Bereiche (Oberleitung) und die Oberaufsicht. Der Verwaltungsrat braucht hingegen nicht selber die Aufsicht auszuüben und die Beschlüsse vorzubereiten; er muss etwa nicht selbst die Entwürfe und Varianten für die Organisation, die Unterlagen für eine strategische Umorientierung, die Ausgestaltung des Rechnungswesens und der Finanzplanung zusammenstellen (Böckli, a.a.O., S. 1574, S. 1533 ff.).
5.
5.1 Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c; FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 279 f.; MARTIN ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des Steuerpflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (GYGI, a.a.O., S. 279 f.; ZWEIFEL, a.a.O., S. 109 f.). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für die steuerbegründenden und steuererhöhenden Tatsachen und der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, ASA 75 S. 495 ff. E. 5.4; statt vieler: Urteile des BVGer A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 5.1; A-1354 vom 24. August 2007 E. 2, je mit zahlreichen Hinweisen). Die Beweislast für das Bestehen eines Steuerobjekts und namentlich eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs kommt damit - als steuerbegründende Tatsache - der ESTV zu (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 4.1; Urteile des BVGer A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.2; A-1354 vom 24. August 2007 E. 7.2.4, 8.2.2 in fine).
5.2 Bei der Beweiswürdigung ist auch die Sorgfalt der Steuerbehörde bei der Abklärung der tatsächlichen Verhältnisse und ebenso die Art und das Mass der Mitwirkung des Steuerpflichtigen zu werten (statt vieler: Entscheid der SRK vom 4. Januar 2005, veröffentlicht in VPB 69.61 E. 2b; Zweifel, a.a.O., S. 109).
Aufgrund der Tatsache, dass die Steuerbehörde bei der Feststellung des Sachverhalts auf die Mitwirkung der Steuerpflichtigen, welche häufig die einzigen Informationsträger in Bezug auf die feststellungsbedürftige Tatsache sind, angewiesen ist, kann bei einer unterlassenen Mitwirkung ein "Untersuchungsnotstand", d.h. die Unmöglichkeit, die rechtserheblichen Tatsachen zu ermitteln, entstehen (vgl. Zweifel, a.a.O., S. 26, 115 f.). Die durch mangelnde Mitwirkung verschuldeterweise vom Steuerpflichtigen herbeigeführte "Beweisnot" der Steuerbehörde führt je nach Lehrmeinung zu einer entsprechenden Berücksichtigung der Verletzung der Mitwirkungspflichten im Rahmen der Beweiswürdigung (vgl. die Hinweise bei Daniel Schär, Normentheorie und mitwirkungsorientierte Beweislastverteilung in gemischten Steuerveranlagungsverfahren, ASA 67 S. 457 und Fn. 96), zu einer Beweiserleichterung zu Gunsten der Steuerbehörde, indem anstelle der "vollen Überzeugung" von der zu beweisenden Tatsache lediglich eine überwiegende Wahrscheinlichkeit bestehen muss (Zweifel, a.a.O., S. 24 ff. 106, 115 ff.; ebenfalls [für das Zivilrecht] BGE 132 III 715 E. 3.1; 130 III 321 E. 3.2) oder gar zu einer Überbindung der Beweislast auf den Steuerpflichtigen (Schär, a.a.O., ASA 67 S. 448 ff., S. 460 f.; Thomas Stadelmann, Beweislast oder Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen?, StR 2001 S. 264; ähnlich: Urteil des Bundesgerichts vom 21. Juni 1985, StR 1986 S. 488 E. 8; betr. das Steuerverfahren s.a.: BGE 121 II 273 E. 3c/bb und Urteil des Bundesgerichts 2A.374/2006 vom 20. Oktober 2006 E. 4.3).
5.3 Aus dem Grundsatz von Treu und Glauben bzw. dem Vertrauensprinzip folgt u.a. das für Behörden wie Private geltende Verbot widersprüchlichen Verhaltens; solches findet keinen Rechtsschutz (statt vieler: BGE 97 I 125 E. 3, 4; Urteil des BVGer A-1520/2006 vom 29. August 2007 E. 3.2 f. mit Hinweisen). Der Steuerpflichtige, der sich widerspricht bzw. auf frühere Erklärungen zurückkommt, kann dadurch seine Mitwirkungspflicht bzw. Auskunftspflicht verletzen, namentlich, wenn es um Bereiche geht, in denen nur er die nötigen Kenntnisse über den Sachverhalt hat. Widersprüchliches Verhalten hat entsprechende Auswirkungen auf die Beweiswürdigung. Die Vorbringen des Steuerpflichtigen verlieren an Beweiskraft. Der Entscheidbehörde kann nicht vorgeworfen werden, dass sie ihren Entscheid auf Indizien stützt. Unter Umständen kann widersprüchliches Verhalten im Zusammenhang mit der Ermittlung des Sachverhalts auch dazu führen, dass die ursprüngliche Erklärung als die korrekte angesehen werden darf, dies namentlich dann, wenn im widersprüchlichen Verhalten geradezu ein Rechtsmissbrauch zu sehen ist (zum Ganzen: Entscheid der SRK vom 3. Februar 1998, veröffentlicht in VPB 62.84, E. 3b/aa mit Hinweisen; Urteil des BVGer A-3822/2007 vom 3. Juni 2008 E. 3.1.1; s.a. Zweifel, a.a.O., S. 109).
6.
6.1 Im vorliegenden Fall besteht ein Konzern mit der Y. als konzernleitender Gesellschaft. Dies ist nicht bestritten; dass die Konzernleitung bei der Y. angesiedelt war, lässt sich insbesondere aus den Angaben der Beschwerdeführerin ersehen, welche die Y. als "Muttergesellschaft" bezeichnet und präzisiert, der Verwaltungsrat der Y. habe die Konzernleitung inne gehabt. Die Y. beschäftigt selbst kein Personal. Neben der 100%-Beteiligung an der Beschwerdeführerin hielt die Y. 100% der Aktien der B. AG (...). Ab dem Jahr 2002 hielt die Y. auch die A. AG zu 100% (...). Zum Konzern gehören weitere Gesellschaften; so hält die Beschwerdeführerin nach eigenen Angaben 100% der Aktien der D. SA und die B. AG knapp über 50% an der (...) C. AG (zum Ganzen vgl. Jahresrechnungen act. 11, 12, 25; Beschwerdebeilage 20, Beschwerde S. 13 ff.). Die Y., die Beschwerdeführerin sowie die B. AG verfügen laut ihren Handelsregisterauszügen im Übrigen über die identische Geschäftsadresse.
Weiter gibt die Beschwerdeführerin an, die Y. werde von drei Aktionären gehalten, welche in der fraglichen Zeit (wie sich auch aus den Handelsregistereinträgen ergibt) auch die drei einzigen Verwaltungsräte der Y. waren. Ebenso waren sie in allen Tochtergesellschaften Mitglieder des Verwaltungsrats und zudem in der Geschäftsleitung soweit eine solche bestand.
6.2 Vorliegend wird zu prüfen sein, ob die Beschwerdeführerin der Y. - was sie bestreitet - steuerbare Leistungen der von der ESTV angenommenen Art erbracht hat, nämlich einerseits Leistungen im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns und andererseits Managementleistungen. Müssten solche steuerbare Leistungen als erstellt betrachtet werden, hätte die ESTV zu Recht eine Drittpreisaufrechnung nach Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV und Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG vorgenommen (E. 3.1, 3.2). Mangels Fakturierung, Verbuchung oder anderweitiger Aufzeichnung der Leistungen wäre überdies eine Schätzung der Bemessungsgrundlage zulässig gewesen (E. 2.2, 3.2).
7.
7.1 Die ESTV geht zum Einen davon aus, dass die Beschwerdeführerin der Y. Leistungen betreffend "Verwaltung des Holdingvermögens" (vgl. Beilage 1 zu den EA Nr. 119'677/8) bzw. "im Zusammenhang mit der Führung des Konzerns" im Sinn der 3 Promill Pauschale nach Ziff. 7.6.3 Bst. a SB Kürzung (vorn E. 3.3.1) erbracht hat. Der Wert dieser Leistungen wurde von der ESTV anhand dieser Pauschale eruiert, wobei ein Ansatz von 2 anstatt 3 Promill verwendet wurde. Vom so ermittelten Wert wurden durch Dritte erbrachte "Beratungsleistungen" abgezogen (siehe Beilage 1 zu den EA Nr. 119'677/8; vgl. auch Jahresrechnungen in act. 11, 12, 25). Diese Abzüge werden von den Parteien nicht thematisiert und sind nicht strittig.
7.2 Die Zulässigkeit der Schätzung anhand der 3 bzw. 2 Promill Pauschale bedingt vorliegend, dass der Holding überhaupt Leistungen der von der Pauschale erfassten Art erbracht worden sind und die Beschwerdeführerin Leistungserbringerin war.
Wie erläutert sollen mit der fraglichen Pauschale die umschriebenen sogenannten Shareholder Activities (E. 3.4.2) sowie - falls nicht schon unter Letztere zu subsumieren - die weiteren oben genannten Aktivitäten zur Sicherstellung des Betriebs der Holding und Verwaltung ihres Vermögens (E. 3.4.3) ermittelt werden. Bei diesen Aktivitäten ist typisch, dass sie im Prinzip bei jeder Muttergesellschaft aufgrund ihrer Stellung als Aktiengesellschaft oder als konzernleitende Gesellschaft und zur Erfüllung ihres Zwecks des Haltens und Verwaltens von Beteiligungen zwingend ausgeübt werden müssen. Die von der Pauschale erfassten Leistungen fallen also grundsätzlich - wie die ESTV zu Recht geltend macht - bei jeder konzernleitenden Holdinggesellschaft an, wenn auch - je nach Grösse und Struktur des Konzerns, Höhe des Vermögens, Stabilität oder Veränderungen in den Beteiligungen, Intensität der Konzernleitung - nicht in gleichem Mass.
Eine andere Frage ist aber, wer diese Leistungen erbracht hat, namentlich ob die Leistungserbringung durch die Beschwerdeführerin erfolgte, was sie bestreitet, während die ESTV hiervon ausgeht.
7.3 Vorab ist zur Argumentation der ESTV, die Beschwerdeführerin habe die Erbringung solcher Leistungen anerkannt bzw. nicht bestritten, das Folgende festzuhalten:
Die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin die Forderungen gemäss den ersten beiden EA Nr. 119'645/6 vom 7. März 2003 bezahlt und zudem (teilweise) unbestritten liess, kann entgegen der Ansicht der ESTV (siehe Ziff. 1.2 Vernehmlassung) nicht als Anerkennung der Erbringung von Leistungen im Sinn der 3 Promill-Pauschale gewertet werden. So bezogen sich die ersten beiden EA auf Leistungen beschränkten Umfangs, nämlich lediglich die Buchhaltungs- und Administrationsleistungen von Frau S., womit deren (teilweise) ursprüngliche Nichtbestreitung allenfalls einen Schluss betreffend diese Leistungen von Frau S. erlaubt (hierzu E. 7.4.1), nicht aber betreffend die spätere Aufrechnung anhand der 3 Promill-Pauschale, welche weit mehr Leistungen erfasst.
Weiter trifft zwar zu, dass die Beschwerdeführerin in der Bestreitung der späteren EA Nr. 119'677/8 und der Einsprache (act. 5, 8 bzw. 20, 22) zur Aufrechnung der Konzernführungsleistungen (obwohl sie diese gemäss Antrag auch anfocht, hierzu vorn E. 1.4.2.2) keine Ausführungen anbrachte. Dies kann jedoch aus verschiedenen Gründen nicht zu ihren Ungunsten, namentlich nicht im Sinn einer Bestätigung des von der ESTV unterstellten Sachverhalts (vgl. Vernehmlassung Ziff. 1.2), gewürdigt werden. So hat die ESTV ihr etwa keine Gelegenheit zur Verbesserung der Einsprache gewährt (vgl. schon E. 1.4.2.2). Dass die Beschwerdeführerin in der Einsprache auf diese Leistungen nicht einging, könnte zweitens mit der knappen Begründung der diesbezüglichen Steuernachforderungen in den EA und den Entscheiden der ESTV vom 5. November 2003 zusammenhängen, welche nur Angaben zur Bemessung (2 Promill des Holdingvermögens unter Abzug von Drittleistungen) enthielten, während die ESTV die Art der als erbracht erachteten Leistungen nicht umschrieb; dies geschah erst in den Einspracheentscheiden, wo auch erstmals auf Ziff. 7.6.3 Bst. a SB Kürzung verwiesen wurde, und dann vorallem in der Vernehmlassung. Der Beschwerdeführerin kann betreffend die Aufrechnung der Konzernführungsleistungen (anders als bei den Managementleistungen, vgl. unten E. 8.3) auch nicht vorgeworfen werden, sie habe (in widersprüchlicher Weise) zuerst nur die Bemessung und erst später die Leistungserbringung als solche bestritten (siehe hierzu Ziff. 1.2 der Vernehmlassung).
Von einer Anerkennung der Beschwerdeführerin, Leistungen im Sinn der 3 Promill-Pauschale erbracht zu haben, kann damit keine Rede sein. Vorbehalten bleibt die allfällige Anerkennung von Buchhaltungs- und Administrationsleistungen (sogleich E. 7.4.1).
7.4 Im Folgenden ist betreffend die einzelnen von der Pauschale erfassten Leistungen zu prüfen, ob eine Leistungserbringung durch die Beschwerdeführerin erstellt ist.
7.4.1 Unter die Pauschale fallen auch Leistungen im Hinblick auf die Buchhaltung und administrativen Belange der Holding sowie die Erstellung einer konsolidierten Jahresrechnung (E. 3.4.2/3). Die Beschwerdeführerin gibt an, die Buchhaltung und sonstige Administration für die Y. habe Frau S. erledigt, welche nicht bei ihr angestellt gewesen sei (Beschwerde S. 18 bzw. 20 unten).
Bereits die ersten beiden EA Nr. 119'645/6 vom 7. März 2003 betrafen - allerdings nicht umschriebene - Leistungen der Beschwerdeführerin an die Y.. Aufgrund der von der ESTV nicht zurückgewiesenen Angaben der Beschwerdeführerin kann angenommen werden, dass es dabei gerade um die Führung der Buchhaltung und sonstige Administrationsleistungen von Frau S. ging. Dass solche Arbeiten für die Y. von Frau S. erledigt wurden, kann demnach als unbestritten gelten. Zu klären ist, ob sie der Beschwerdeführerin als Leistungserbringerin zuzurechnen sind.
Die Behauptung der Beschwerdeführerin, Frau S. sei bei der B. AG und bei der A. AG, nicht aber bei ihr angestellt gewesen, wurde von ihr nicht mit Nachweisen unterlegt, obwohl dies, wie die ESTV zu Recht anmerkt, ohne Schwierigkeiten möglich sein sollte (z.B. durch entsprechende Kontoauszüge, Lohnlisten, Sozialversicherungsabrechnungen). Diese Behauptung ist auch widersprüchlich zu den offenbar anlässlich der Kontrolle gemachten Angaben. In den ersten beiden EA vom 7. März 2003 wurde vermerkt, die Höhe der Leistungen würden "gem. Berechnungen und Besprechung mit Frau S." auf Fr. ... pro Jahr festgelegt. Diese Aufrechnung erfolgte also aufgrund der Feststellung der ESTV anlässlich der Kontrolle sowie der damaligen Angaben von Frau S., welche offenbar nicht angegeben hat, für eine andere Tochtergesellschaft tätig zu sein. Angesichts des Verhaltens der Beschwerdeführerin, die die Aufrechnung vorerst nicht bestritten hat und ihre späteren Behauptungen zu belegen unterlassen hat (siehe hierzu auch E. 5.2, 5.3), ist die Annahme der ESTV, dass die Leistungen der Beschwerdeführerin zuzurechnen sind, nicht zu beanstanden.
Irrelevant ist im Übrigen das Vorbringen der Beschwerdeführerin, Frau S. habe der Y. kein Honorar verrechnet, weil ihr Ehemann als Verwaltungsrat der Y. wesentliche Entschädigungen erhalte. Massgeblich ist, ob eine entgeltliche Leistung zwischen der Y. und der Leistungserbringerin, also wie soeben festgestellt der Beschwerdeführerin, bejaht werden kann. In Bezug auf die Frage der Entgeltlichkeit (E. 3.1) ist angesichts der fehlenden Aufzeichnungen - was das Selbstveranlagungsprinzip verletzt (E. 2.1) - nicht eruierbar, ob vorliegend tatsächlich ein Entgelt geleistet wurde. Da solche Arbeiten unter unabhängigen Dritten üblicherweise entgeltlich erbracht werden (zu diesem Aspekt s.a. Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 5.3) und aufgrund der pflichtwidrig unterlassenen Aufzeichnung der Leistungen durfte die ESTV unter diesen Umständen von der für die Steuerbarkeit erforderlichen Entgeltlichkeit und dem steuerbare Leistungsaustausch ausgehen.
Die Buchhaltungs- und Administrationsleistungen von Frau S. können folglich der Beschwerdeführerin als Leistungserbringerin zugerechnet werden und sie waren von dieser zum Drittpreis zu versteuern.
7.4.2 Zu den Shareholder Activities und - falls von einer Tochtergesellschaft erbacht - zu den unter die 3 Promill-Pauschale fallenden Leistungen zählt auch die Konzernleitung, soweit sie unentgeltliche, nicht weiterfakturierbare Tätigkeit beinhaltet (oben E. 3.4.2). Soweit der Verwaltungsrat der Muttergesellschaft selbst die Konzernleitung wahrnimmt, kann keine Leistung einer Tochtergesellschaft vorliegen und die Pauschale nicht zum Tragen kommen (E. 3.4.2).
Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass die strategische Führung dem Verwaltungsrat der Y. obliege. Er entscheide insbesondere über Erwerb und Verkauf von Beteiligungen und eine einheitliche Leitung des Konzerns werde zudem durch Personalunion bei den Verwaltungsräten der Tochtergesellschaften erzielt. Der Verwaltungsrat der Y. sei personell so ausgestattet, dass er diese Funktionen wahrnehmen könne. Dessen Mitglieder würden auch entsprechend entschädigt.
Die Angabe der Beschwerdeführerin, dass der Verwaltungsrat der Holding die strategische Führung inne hatte, kann als glaubwürdig gewertet werden. Dies entspricht vorab schon der aktienrechtlichen Zuständigkeitsordnung. Abgesehen von der gemäss Art. 716a Abs. 1 OR zwingend vom Verwaltungsrat der Muttergesellschaft auszuübenden Konzernoberleitung ist dieser, sofern keine Delegation erfolgte, auch für die darüberhinausgehenden Aufgaben im Bereich Konzernleitung zuständig (Art. 716 OR, Art. 716b OR; vorn E. 4.2). Die ESTV geht von einer Delegation von Konzernleitungsbefugnissen aus. Dabei geht ihr Hinweis auf Art. 716a Abs. 2 OR fehl, da dort die Delegation unter Verwaltungsratsmitgliedern geregelt wird. Sodann ist eine nach Art. 716b OR formbedürftige Delegation der weitergehenden Konzernführung vorliegend nicht ersichtlich und kann entgegen der Ansicht der ESTV nicht vermutet werden. Angesichts der beschränkten Zahl und der Stabilität der Beteiligungen ist die Wahrnehmung der strategischen Führung durch die drei Verwaltungsräte glaubhaft. Insgesamt bestand der Konzern (mit den Unterbeteiligungen) in der fraglichen Zeit aus drei bis fünf Tochtergesellschaften. Die Beteiligungen erfuhren wenig Veränderungen (...). Dass die im Zusammenhang mit der von der Pauschale erfassten "Verwaltung von Beteiligungen" und der Konzernstrategie stehenden erforderlichen Entscheide vom Verwaltungsrat nicht nur gefällt (was weitgehend, nämlich bei Entscheiden betreffend Konzernoberleitung, sowieso nicht delegierbar wäre, E. 4.2), sondern auch (was delegierbar wäre) vorbereitet und umgesetzt wurden, ist bei diesen Gegebenheiten nicht unglaubwürdig. Diesbezüglich ist auch zu erwähnen, dass im Jahr 2001 und 2002 höhere Rechts- und Beratungsaufwände anfielen (die teilweise im Rahmen der Pauschale als Drittleistungen abgezogen wurden, oben E. 7.1). Im Übrigen ist plausibel und entspricht der erläuterten (wenn auch teilweise dispositiven) handelsrechtlichen Kompetenzverteilung, dass die drei Personen diese Konzernleitungstätigkeiten gerade in ihrer Funktion als Verwaltungsräte der Holding ausübten und nicht etwa in ihrer Stellung als Verwaltungsräte oder Geschäftsleiter einer Tochtergesellschaft.
Wenig relevant ist für diese Überlegungen im Übrigen die Höhe der Verwaltungsratsentschädigungen, da die drei Verwaltungsräte als (einzige) Aktionäre anderweitige wirtschaftliche Vorteile aus der Gesellschaft ziehen konnten. Zudem kann nicht gesagt werden, die Honorare (Fr. ... im Jahr 2002) seien offensichtlich zu niedrig, um die Leistungen betreffend Konzernführung einigermassen abzugelten.
Ferner ist möglich, wenn auch nicht zwingend, dass der Verwaltungsrat für administrative Arbeiten im Zusammenhang mit der Konzernleitung auf personelle Unterstützung zurückgegriffen hat. Wie erläutert wurden gewisse Administrativaufgaben auch tatsächlich von der Beschwerdeführerin erbracht (oben E. 7.4.1). Dass sie abgesehen davon im Zusammenhang mit der Konzernführung Leistungen erbracht hätte, ist aus keinerlei Anhaltspunkt ersichtlich und die für den Bestand von steuerbaren Leistungen beweisbelastete ESTV (E. 5.1) vermochte ihre Vermutungen nicht zu belegen.
7.4.3 Auch im Hinblick auf die übrigen von der Pauschale abgedeckten Leistungen ist eine Erbringung seitens der Beschwerdeführerin nicht erstellt.
Von der Pauschale erfasst sind auch Vermögensverwaltungsleistungen im (engeren) Sinn der Wertschriftenverwaltung und -verwahrung bzw. der Vermögensanlage (oben E. 3.4.3). Die Y. besitzt jedoch neben den Beteiligungen keine Vermögenswerte, die einen bedeutenden Verwaltungs- oder Anlageaufwand hätten hervorrufen können, namentlich weist sie in ihrem Umlaufvermögen keine Wertschriften aus (act. 11 f., act. 24 f.). Dies unterscheidet die Situation bei der Y. massgeblich von jener anderer Holdinggesellschaften, die häufig neben den Beteiligungen über beträchtliche Vermögenswerte (namentlich Wertschriften) verfügen, die (was von der Pauschale berücksichtigt wird) zu verwalten und anzulegen sind.
Weitere für den Betrieb der Holding selbst erforderliche Leistungen liegen etwa in der Organisation der Generalversammlung, in den Beziehungen zu den Aktionären und in den Veröffentlichungspflichten (oben E. 3.4.2/3). Diesbezüglich konnten nur geringe Aufwände anfallen, da (nach unwidersprochenen Angaben der Beschwerdeführerin) nur drei Aktionäre der Y. existierten, welche gleichzeitig deren Verwaltungsrat bildeten. Entsprechende Leistungen könnten, falls nicht vom Verwaltungsrat der Holding selbst erledigt, ohne Weiteres unter die Administrationsleistungen fallen, die Frau S. erbracht hat (E. 7.4.1).
7.4.4 Zur Begründung, weswegen sie die Beschwerdeführerin für die unter die 3 Promill Pauschale fallenden Leistungen als Leistungserbringerin betrachtet, bringt die ESTV lediglich vor, dass der überprüfende Inspektor vor Ort habe feststellen können, dass diese Leistungen (womit wohl sämtliche unter die Pauschale fallenden Leistungen gemeint sind) von der Beschwerdeführerin erledigt worden seien, welche die einzige gewesen sei, die über die dafür benötigte Infrastruktur verfügt habe (Vernehmlassung Ziff. 2.1 in fine). Diese "Feststellungen des Inspektors" sind nicht dokumentiert und auch nicht in einer Aktennotiz festgehalten. Zudem bezog sich diese Feststellung ursprünglich (nur) auf die Managementleistungen (vgl. Einspracheentscheide Ziff. 5 in fine) und nicht auf die mit der 3 Promill-Pauschale aufgerechneten Leistungen.
Insgesamt ist nicht ersichtlich und wurde von der zum Nachweis eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs beweisbelasteten ESTV (E. 5.1) weder bewiesen noch nachvollziehbar dargelegt, dass die Y. abgesehen von den administrativen Arbeiten und der Buchhaltung (E. 7.4.1), den nach den glaubwürdigen Angaben der Beschwerdeführerin vom Verwaltungsrat der Holding selbst wahrgenommenen Tätigkeiten (insbes. E. 7.4.2) sowie den von dritter Seite bezogenen "Beratungsleistungen" (E. 7.1) auf weitere unter die Pauschale fallende Leistungen angewiesen war und diese überdies von der Beschwerdeführerin bezogen wurden. Die Beweiswürdigung ergibt, dass (abgesehen von Administrations- und Buchführungsleistungen) keine Leistungen der Beschwerdeführerin an die Y. im Sinn der 3 Promill Pauschale erstellt sind.
7.5 Zu besteuern sind damit bei der Beschwerdeführerin nur die ihr zuzurechnenden, von Frau S. erbrachten, Buchhaltungs- und Administativleistungen (E. 7.4.1). Die Anwendung der 3 (bzw. 2) Promill Pauschale ist unter den gegebenen Umständen nicht gerechtfertigt, denn diese erfasst eine Vielzahl weiterer Leistungen, deren Erbringung durch die Beschwerdeführerin wie soeben erläutert nicht erstellt ist.
Folglich muss der Drittpreis der fraglichen Leistungen - mangels Aufzeichnungen - aufgrund einer anderen Methode geschätzt werden. Dies hat die ESTV anlässlich der Ausstellung der ersten beiden EA vom 7. März 2003 (Nr. 119'645/6) jedoch bereits getan. Aufgrund der Angaben der Beschwerdeführerin bzw. von Frau S. wurden die Buchhaltungs- und Administrationsleistungen auf einen Wert von Fr. ... pro Jahr geschätzt. Zwar wurden die ersten beiden EA durch den Erlass der späteren EA Nr. 119'667/8 wieder korrigiert. Diese Korrektur erfolgte aber soweit ersichtlich nicht, weil die ESTV die Schätzung bezogen auf die Buchhaltungs- und Administrationsleistungen als nicht richtig befunden hätte, sondern weil sie - wie gesehen zu Unrecht - später davon ausging, dass noch weitere Leistungen erbracht worden sind, weswegen sie eine umfangreichere Aufrechnung anhand der 3 bzw. 2 Promill Pauschale vorgenommen hat. Vorliegend besteht kein Grund zur Annahme, dass die Schätzung der ESTV nur bezogen auf die Buchhaltungs- und Administrationsleistungen im Rahmen der ersten EA nicht sachgerecht war. Die Nachforderungen gemäss den ersten beiden EA Nr. 119'645/6 im Umfang von Fr. ... und Fr. ... können damit bestätigt werden und sie wurden zu Recht (zudem ohne Vorbehalt, was aber unter diesen Umständen irrelevant ist) bezahlt. Diesbezüglich ist die Beschwerde abzuweisen.
Die darüber hinausgehenden unter Anwendung der 3 (bzw. 2) Promill Pauschale erfolgten Aufrechnungen sind hingegen wie erläutert nicht rechtens und aufzuheben. Die Beschwerde ist folglich im Umfang der die Konzernführungsleistungen betreffenden Nachforderungen gemäss den beiden EA Nr. 119'667/8 vom 23. Mai 2003 (unter Abzug der Aufrechnungen von Fr. ... und Fr. ... mittels der ersten beiden EA) gutzuheissen. Es handelt sich um Steuerbeträge von Fr. ... (...) für die Zeit 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 und Fr. ... (...) betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 (zu diesen Beträgen siehe Beilage 1 zu den EA Nr. 119'667/8 und Einspracheentscheide Ziff. 4.2).
8.
8.1 Die ESTV unterstellt zum Andern, die Beschwerdeführerin habe der Y. Managementleistungen erbracht. Der zu besteuernde Wert wurde von der ESTV unter Anwendung der Pauschale in Ziff. 7.6.3 Bst. b SB Kürzung (vorn E. 3.3.2) anhand der Höhe der von der Y. von den verschiedenen Tochtergesellschaften eingenommenen (und verbuchten) Management Fees bestimmt.
Unbestritten ist, dass die Holding ihren Tochtergesellschaften in den Jahren 1999 bis 2002 Managementleistungen erbracht und entsprechend Management Fees eingenommen hat, welche pro Jahr zwischen rund Fr. ... und Fr. ... lagen (vgl. Beilage 1 zu den EA Nr. 119'677/8; Beschwerdebeilage 21; act. 11, 12, 24, 25). Im Jahr 1998 nahm die Y. keine Management Fees ein, so dass für dieses Jahr auch keine Aufrechnung erfolgte. Umstritten ist, wer die Managementdiestleistungen, da die Y. kein Personal angestellt hat, effektiv erbracht hat. Die Beschwerdeführerin bestreitet Leistungserbringerin zu sein, indem sie einerseits behauptet, dass die drei Verwaltungsräte der Holding die Managementleistungen erbracht hätten und andererseits auf die Tatsache verweist, dass auch noch andere Tochtergesellschaften diese hätten erbringen können.
8.2 Es ist somit als Erstes zu prüfen, ob angenommen werden kann, dass der Verwaltungsrat der Holding die Managementleistungen selbst erbracht hat.
Anders als bei der Konzernleitung, die hauptsächlich der konzernleitenden Gesellschaft dient (E. 3.4.2) und bei der es plausibel und zum Teil sogar zwingend ist, dass deren Verwaltungsrat sie wahrnimmt (hierzu E. 4.2, 7.4.2), scheint die behauptete Erbringung von Managementleistungen durch die Verwaltungsräte der Muttergesellschaft eher atypisch und kann nicht vermutet werden. Der ESTV ist auch zuzustimmen, dass es in praktischer Hinsicht und bei den vorliegenden Gegebenheiten unglaubwürdig ist, dass die drei Verwaltungsräte diese Leistungen (allein) erbracht haben. Die Angabe der Beschwerdeführerin, die Höhe der Verwaltungsratshonorare stünde mit der Höhe der Management Fees in Verbindung, eignet sich zur Stützung ihrer Darstellung nicht, da diese Honorare bereits die übliche Tätigkeit des Verwaltungsrats im Rahmen der Leitung der Holding sowie des Konzerns entschädigen sollen (hierzu E. 7.4.2), weswegen wenig glaubwürdig ist, dass die Honorare von insgesamt ca. Fr. ... in den Jahren 1999 bis 2001 und Fr. ... im Jahr 2000 darüberhinaus auch die Managementleistungen abgelten sollten. Ansonsten unterlässt die Beschwerdeführerin weitere Erläuterungen, die das Vorbringen zumindest nachvollziehbar erscheinen liessen. Beispielsweise wird die Art der erbrachten Managementleistungen nicht präzisiert oder erklärt, welcher der drei Verwaltungsräte welche spezifischen Aufgaben übernahm, ob und inwiefern diese über das dafür nötige Know-How verfügten, wieviel Zeit sie dafür aufgewendet haben usw. Ferner waren die drei Verwaltungsräte der Y. gleichzeitig Verwaltungsräte und Geschäftsleiter der Beschwerdeführerin sowie der anderen Tochtergesellschaften. Selbst unter der Annahme, dass tatsächlich die drei Personen die Leistungen erbracht hätten, wäre im Übrigen nicht bekannt, ob sie dies in ihrer Funktion als Verwaltungsräte der Holding getan haben und nicht vielmehr, was zumindest ebenso plausibel, wenn nicht wahrscheinlicher erscheint (wiederum anders als bei den Konzernführungsleistungen, siehe E. 7.4.2 4. Absatz), als Geschäftsleiter einer Tochtergesellschaft. Die unbelegte Darstellung der Beschwerdeführerin ist insgesamt nicht plausibel und dieser kann nicht gefolgt werden.
8.3 Folglich mussten die Managementleistungen mangels eigenem Personal der Y. von einer von ihr (direkt oder indirekt) gehaltenen Konzerngesellschaft erbracht worden sein (dass sie nicht von dritter Seite bezogen wurden, ist unstrittig). Die ESTV erläutert (wenn auch wie erwähnt ohne Nachweis), der überprüfende Inspektor habe vor Ort feststellen können, dass diese Leistungen von der Beschwerdeführerin erledigt worden seien, nur sie verfüge über hierfür nötige Räumlichkeiten, Mittel und Personal (Einspracheentscheide Ziff. 5 in fine, Vernehmlassung Ziff. 2.1 in fine). Die Beschwerdeführerin hält entgegen, die ESTV berücksichtige nicht, dass die Y. noch weitere Gesellschaften kontrolliere, welche potenziell im Stande gewesen wären, die angenommenen Leistungen zu erbringen. Weshalb diese von der Beschwerdeführerin und nicht von einer anderen Konzerngesellschaft geleistet würden, bleibe von der ESTV unerwähnt (Beschwerde S. 25 f. bzw. S. 27 f.).
Für die Existenz eines Leistungsaustauschs und die Identität des Leistungserbringers ist zwar die ESTV beweisbelastet (E. 5.1). In die Beweiswürdigung ist aber auch die Begründung dieses Vorbringens durch die Beschwerdeführerin und ihr Verhalten im Verlauf des Verfahrens und bei der Sachverhaltsermittlung einzubeziehen (E. 5.2, 5.3).
Das Verhalten der Beschwerdeführerin weist einerseits Widersprüchlichkeiten auf: Das fragliche Argument vertritt sie erstmals in der Beschwerde. In ihren Eingaben an die ESTV hat sie sich nur gegen die Bemessung der Managementleistungen gewehrt und nicht bestritten, Leistungserbringerin zu sein. Es kommt hinzu, dass dieser Einwand auch in der Beschwerde selbst quasi eine Eventual-Sachverhaltsdarstellung ist, die dem Hauptstandpunkt, die drei Verwaltungsräte der Y. hätten die Leistungen erbracht (soeben E. 8.2), widerspricht.
Andererseits ist der Beschwerdeführerin mangelnde Kooperation bei der Klärung des Sachverhalts vorzuwerfen. In Konzernverhältnissen sind die Konzerngesellschaften regelmässig (einzige) Informationsträger der relevanten Tatsachen. Werden wie vorliegend die innerhalb des Konzerns erbrachten steuerbaren Leistungen (welche als solche erstellt sind: vorn E. 8.1, 8.2) pflichtwidrig nicht fakturiert und verbucht und auch sonst nicht aufgezeichnet und durch die involvierten Parteien der ESTV gegenüber nicht offengelegt, liegt es in der Natur der Sache, dass der ESTV der Beweis des Leistungserbringers schwer fällt (s.a. vorn E. 5.2). Kommt dann noch die Tatsache hinzu, dass die Beschwerdeführerin die Leistungserbringung im Verfahren vor der ESTV noch nicht in Abrede gestellt hat, weswegen die ESTV keine Veranlassung hatte, diesbezüglich weitere Abklärungen vorzunehmen oder Auskünfte einzuholen, kann der ESTV nicht vorgeworfen werden, ihre Beweislast ignoriert zu haben. Da die Beschwerdeführerin in der Beschwerde neu vorträgt, eine andere Tochtergesellschaft könnte Leistungserbringerin sein, wäre es an ihr, im Rahmen des Beschwerdeverfahrens ihrer Auskunfts- und Mitwirkungspflicht (oben E. 2.1) nachzukommen und das neu vorgebrachte Sachverhaltselement zu belegen oder zumindest (da sie im Prinzip nicht beweisbelastet ist) plausibel zu machen. Hiervon kann jedoch keine Rede sein. Dem in der Beschwerde vorgetragenen Argument fehlt jegliche Substanz. Es wird ohne Präzisierungen, von Belegen ganz zu schweigen, lediglich angedeutet, auch eine andere Tochtergesellschaft hätte die Leistungen erbringen können, ohne dass behauptet würde, dies sei tatsächlich der Fall gewesen. Erst recht wird die in Frage kommende andere Tochtergesellschaft nicht bezeichnet.
Das widersprüchliche Verhalten der Beschwerdeführerin im Lauf des Verfahrens, ihre mangelhafte Mitwirkung bei der Sachverhaltsabklärung und die unsubstantiierte Begründung in der Beschwerde sind in die Beweiswürdigung einzubeziehen (E. 5.2, 5.3; zu den weiteren möglichen Konsequenzen solchen Verhaltens, das - was vorliegend nicht nötig ist - sogar zur Umkehr der Beweislast führen könnte, vgl. E. 5.2). Die "Andeutung", eine andere Tochtergesellschaft hätte ebensogut Leistungserbringerin gewesen sein können, ist insgesamt als unglaubwürdig einzustufen und verdient unter den gegebenen Umständen keinen Rechtsschutz. Die ESTV durfte, auch wenn die Beweislast bei ihr liegt, in dieser Situation auf Indizien abstellen (E. 5.2, 5.3) und ihre gestützt darauf vorgenommene Qualifikation der Beschwerdeführerin als Erbringerin der Managementleistungen ist nicht zu beanstanden.
8.4 Ferner behauptet die Beschwerdeführerin (ebenfalls ohne weitere Angaben), dass die Y. ihr für die von der ESTV behaupteten Leistungen kein Entgelt entrichtet habe, womit keine entgeltliche und damit keine steuerbare Leistung bestehe. Auch bei Leistungen innerhalb des Konzerns ist grundsätzlich ein Leistungsaustausch unabdingbare Voraussetzung einer Besteuerung (vorn E. 3.1). Wiederum ist aber zu berücksichtigen, dass die Leistungen an die Y. unter Verletzung des Selbstveranlagungsprinzips weder fakturiert, noch verbucht, noch sonstwie aufgezeichnet wurden. Es kann, was den im Konzern Beteiligten anzulasten ist, von vornherein nicht eruiert werden, ob allenfalls tatsächlich ein Entgelt erbracht wurde. Vorliegend handelt es sich jedenfalls um Leistungen, die unter Dritten üblicherweise nicht gratis erbracht werden (hierzu auch Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 5.3), das Gegenteil macht auch die Beschwerdeführerin nicht geltend. Unter diesen Umständen ist von einer entgeltlichen Leistung auszugehen (siehe schon vorstehend E. 7.4.1 vorletzter Absatz), was auch die Tatsache der Weiterfakturierung dieser Leistungen durch die Y. an die Tochtergesellschaften anhand der Verrechnung von Management Fees illustriert.
8.5 Können die Managementleistungen der Beschwerdeführerin zugerechnet werden und bestanden steuerbare Leistungen an die Y., kommen im Rahmen der Bemessung Art. 26 Abs. 2 Satz 3 MWSTV bzw. Art. 33 Abs. 2 Satz 3 MWSTG zum Tragen, wonach die Leistungen zum Drittpreis zu versteuern sind. Mangels Aufzeichnungen war eine Schätzung durch die ESTV zulässig (vorn E. 2.2, 3.2 sowie 6.2). Die Beschwerdeführerin hält die von der ESTV angewendete Methode zur Ermittlung des Werts konzerninterner Managementleistungen nach Ziff. 7.6.3 Bst. b der SB Kürzung (vorn E. 3.3.2) für unangemessen.
Die ESTV legte in den Einspracheentscheiden dar, die fragliche Methode beruhe auf der Wiederverkaufspreismethode. Bei dieser sei der Preis massgeblich, zu welchem die bei einem Nahestehenden bezogene Dienstleistung an einen unabhängigen Abnehmer weiterveräussert wird. Von diesem werde sodann eine angemessene Handelsspanne von 5% abgezogen, welche die Kosten und den Gewinn des Wiederverkäufers (Holding) decken solle. Der Restbetrag könne als Fremdpreis für den ursprünglichen Verkauf angesehen werden.
8.5.1 Vorab ist darauf hinzuweisen, dass diese Pauschale vom Bundesverwaltungsgericht bereits grundsätzlich geschützt und als sachgerecht beurteilt wurde (Urteile des BVGer A-1355/2006 und A-1356/2006 vom 21. Mai 2007 E. 4.2).
8.5.2 Die Beschwerdeführerin verweist unter anderem auf die unterschiedliche Bezeichnung der Methode durch die ESTV. Es trifft zwar zu, dass die Methode in den Entscheiden vom 5. November 2003 als Kostenaufschlagsmethode (Cost plus Methode) bezeichnet wurde. Dass dies unzutreffend ist, ergibt sich jedoch schon aus der Ausgestaltung der Formel (Ziff. 7.5.3 Bst. b, vorn E. 3.3.2), die nicht von den Kosten des Leistungserbringers ausgeht. Vielmehr handelt es sich um die Wiederverkaufsmethode, welche auf dem Entgelt (Management Fees) basiert, das die Holding im Rahmen der Weiterfakturierung dieser Leistungen von den Tochtergesellschaften erhält. Die Kritik der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der angeblich angewendeten Kostenaufschlagsmethode schlägt folglich nicht durch.
8.5.3 Gegen die Verwendung der Wiederverkaufsmethode kann grundsätzlich nichts eingewendet werden. Gerade im vorliegenden Fall handelt es sich um die einzige praktikable Ermittlungsart, da andere Bemessungsgrössen (etwa die Kosten der Beschwerdeführerin) gar nicht bekannt sind (vgl. auch die zutreffenden Ausführungen in Ziff. 5.1.1 der Einspracheentscheide).
Die Beschwerdeführerin wendet sich denn auch nicht grundsätzlich gegen die Wiederverkaufsmethode als solches, sondern sie kritisiert (explizit) nur, dass die Pauschale eine angenommene Wertschöpfung in der Höhe von 5% heranzieht. Die ESTV hat sich, wie sie in der Vernehmlassung ausführt, bei der Festsetzung der Marge (von 5%) an der bei den direkten Steuer angewandten Kostenaufschlagsmethode bzw. dem dort verwendeten Satz orientiert. Die Beschwerdeführerin wirft der ESTV vor, dabei auszublenden, dass sich dieser Ansatz bei den direkten Steuern nach Berücksichtigung sämtlicher Kosten, wie Steuern und Sockelsteuern, berechne. Die ESTV vernachlässige diese Komponenten. Die ESTV stelle selber fest, dass die Handelsspanne von 5% "die Kosten und den Gewinn" des Wiederverkäufers decken sollte. Der Ansatz sei unangemessen. Die Beschwerdeführerin scheint also der Ansicht zu sein, die Marge von 5% sei zu niedrig, weil damit die Kosten der Holding nicht gedeckt würden. Da die Methode davon ausgeht, dass die eingenommenen Management Fees (105%) minus 5% den Wert der von der Tochtergesellschaft erbrachten Leistungen ergeben, trifft zwar zu, dass in den 5% theoretisch nicht nur ein Gewinn, sondern auch allfällige Kosten der Holding enthalten sein müssten. Nun ist aber zu beachten, dass die Pauschale (wie der vorliegende Fall illustriert) hauptsächlich angewendet wird, wenn eine Holding kein Personal hat und sie die bezogenen Leistungen tel quel weiterfakturiert. Dabei kommt es auf der Ebene der Holding kaum zu bedeutenden Kosten und bei dem Holdingprivileg unterstehenden Holdinggesellschaften in der Regel auch zu keinen namhaften Steuern. Die Beschwerdeführerin macht denn auch keine konkreten Kosten geltend und begründet nicht, weswegen der Wert von 5% für die Situation bei der Holding zu niedrig sein soll. Der Einwand ist im vorliegenden Fall nicht stichhaltig. Weitere Beanstandungen in Bezug auf die Methode werden nicht erhoben.
8.5.4 Generell ist daran zu erinnern, dass die Pauschale wie vorliegend nur zum Zug kommt, wenn die Leistungen nicht zum Drittpreis fakturiert wurden und über diese genügende Aufzeichnungen fehlen. Die ESTV darf, wenn sie den mutmasslichen Drittpreis (als Schätz- bzw. Vergleichswert, oben E. 3.2) schätzen muss, auf Erfahrungswerte abstellen und eine schematische Formel herausschälen (vgl. Urteil des BVGer A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.4, 2.2). Eine solche Methode ist zwangsläufig mit Ungenauigkeiten behaftet (vgl. auch E. 4.4.1, 4.4.2 des zitierten Urteils). Die Beschwerdeführerin hat den ihr obliegenden Nachweis, dass die Pauschale zu einem offensichtlich falschen Ergebnis führt (vorn E. 2.2), nicht erbracht. Sie versucht auch nicht aufzuzeigen, was ein realistischer Drittpreis (Marktpreis) für die erbrachten Leistungen wäre. Die Schätzung der ESTV ist folglich zu bestätigen.
8.6 Die Beschwerdeführerin verlangt in ihrer Replik in Bezug auf die Aufrechnung der Managementleistungen die Anwendung von Art. 45a MWSTGV sowie von Ziff. 2.7 der zugehörigen Praxismitteilung der ESTV vom 27. Oktober 2006 "Behandlung von Formmängeln". Auch die ESTV beantragt die teilweise Gutheissung gestützt auf Art. 45a MWSTGV und die fragliche Praxisbestimmung.
8.6.1 Der rückwirkenden Anwendung von Art. 45a MWSTGV steht nach der Rechtsprechung nichts im Weg (vgl. statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2C_614/2007 vom 17. März 2008 E. 3.5; Urteil des BVGer A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3).
8.6.2 Nach Art. 45a MWSTGV wird aufgrund von Formmängeln keine Steuernachforderung erhoben, wenn erkennbar ist oder die steuerpflichtige Person nachweist, dass durch die Nichteinhaltung einer Formvorschrift des Gesetzes oder der Verordnung für die Erstellung von Belegen für den Bund kein Steuerausfall entstanden ist.
Art. 45a MWSTGV ist aufgrund des klaren Wortlauts einzig bei Vorliegen von Formmängeln anwendbar. Formvorschriften in Gesetz, Verordnungen und Verwaltungspraxis sollen nicht überspitzt formalistisch, sondern pragmatisch angewendet werden. Es soll vermieden werden, dass das Nichteinhalten von Formvorschriften zu Steuernachbelastungen führt. Gesetzliche Vorschriften oder selbst die Verwaltungspraxis der ESTV werden dadurch, wie von der Rechtsprechung wiederholt festgestellt, nicht aufgehoben. Sie bleiben vielmehr gültig und sind von den Steuerpflichtigen zu beachten. Materiellrechtliche Vorschriften oder materiellrechtliche Mängel bleiben folglich von Art. 45a MWSTGV unberührt (Urteile des BVGer A-1524/2006 vom 28. Januar 2008 E. 3.3.2; A-1352 vom 25. April 2007 E. 6; A-1476/2006 vom 26. April 2007 E. 5.2.2; A-1438/2006 und 1437/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3; A-1476/2006 vom 26. April 2007 E. 5.2.2, bestätigt durch Urteil des Bundesgerichts 2C_263/2007 vom 24. August 2007 E. 5.2).
8.6.3 Vorliegend beruhen die Nachforderungen der ESTV nicht auf einem blossen Formfehler der Beschwerdeführerin, sondern darauf, dass diese ihre konzerninternen, und nach den vorstehenden Erwägungen auf steuerbaren Leistungsaustauschen beruhenden Managementleistungen in gesetzeswidriger Weise nicht der Mehrwertsteuer unterstellt hat. Sie hat die steuerbaren Leistungen nicht fakturiert, bei der ESTV nicht deklariert und auf diesen die Mehrwertsteuer nicht abgeliefert und damit gegen grundlegende Vorschriften des Mehrwertsteuerrechts verstossen (namentlich Art. 37 f. MWSTV, Art. 46 f. MWSTG, vorn E. 2.1). Dabei handelt es sich um materielle Fehler. Ist die Voraussetzung des Formmangels nicht gegeben, kommt Art. 45a MWSTGV nicht zum Tragen. Die zweite Voraussetzung dieser Bestimmung, nämlich das Nichtvorliegen eines Steuerausfalls, braucht damit nicht geprüft zu werden.
8.6.4 In Ziff. 2.7 der genannten Praxismitteilung hält die ESTV fest, dass konzerninterne Dienstleistungen in Rechnung zu stellen sowie zu verbuchen und zu versteuern sind. Neu könne für die rückliegende Zeit auf die nachträgliche Fakturierung, Verbuchung und Versteuerung verzichtet werden, wenn irrtümlich keine Fakturierung erfolgte und sofern der Leistungsbezüger zum vollen Vorsteuerabzug berechtigt ist.
Auch Ziff. 2.7 der Praxismitteilung kann nicht als erfüllt gelten, da nicht von einer "irrtümlich" unterlassenen Fakturierung gesprochen werden kann, wenn in einem Konzern steuerbare Leistungen nicht der Mehrwertsteuer unterstellt werden. Zudem könnte Ziff. 2.7 der - sich auf Art. 45a MWSTGV stützenden - Praxismitteilung allein ohnehin nicht zu einem Verzicht auf die Besteuerung führen, wenn die Voraussetzungen von Art. 45a MWSTGV nicht erfüllt sind. Verwaltungsverordnungen dürfen keine von der gesetzlichen Ordnung abweichende Bestimmungen enthalten (hierzu ausführlich und mit Hinweisen: BVGE 2007/41 E. 3.3, 7.4.2). Ist kein Formfehler gegeben und Art. 45a MWSTGV damit nicht anwendbar, kann auch die Praxismitteilung der ESTV, die der Auslegung dieser Bestimmung dienen soll und nur Beispiele wiedergibt, die nach Ansicht der ESTV zu einer Anwendung von Art. 45a MWSTGV führen können (siehe S. 2 in fine der Praxismitteilung), nicht dazu führen, dass von einer Besteuerung abzusehen wäre.
8.7 Die Nachforderungen der ESTV in Bezug auf die Managementleistungen sind folglich zu bestätigen und die Beschwerde insofern abzuweisen.
9.
Dem Gesagten zufolge ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen (E. 7), im Übrigen aber abzuweisen. Die Gutheissung betrifft Steuerbeträge von Fr. ... für die Zeit vom 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 und Fr. ... für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 (E. 7.5 in fine). Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren Anträgen folglich nur zu einem sehr geringen Teil durch. Die Verfahrenskosten des Beschwerdeverfahrens von Fr. 5'000.-- (Art. 4 des Reglements vom 28. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]) werden ihr deswegen vollumfänglich auferlegt (Art. 63 Abs. 1 VwVG) und mit den geleisteten Kostenvorschüssen von total Fr. 5'000.-- verrechnet. Der Beschwerdeführerin als teilweise obsiegende Partei steht eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 500.-- zu (Art. 64 Abs. 1 VwVG bzw. Art. 7 Abs. 1 VGKE e contrario).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Verfahren A-1501/2006 und A-1502/2006 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde wird im Sinn der Erwägungen im Umfang von Fr. ... betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 und Fr. ... betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2002 gutgeheissen.
3.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
4.
Die Verfahrenskosten werden der Beschwerdeführerin im Umfang von Fr. 5'000.-- auferlegt und mit den geleisteten Kostenvorschüssen von insgesamt Fr. 5'000.-- verrechnet.
5.
Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 500.-- auszurichten.
6.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:
Markus Metz Sonja Bossart
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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