bvger · A-3279/2019 · 2023-01-16 · fr
A-3279/2019

Droits de timbre

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision annulée par le TF par arrêt du 25.11.2024 (9C_168/2023)
Cour I
A-3279/2019
Arrêt du 16 janvier 2023
Composition
Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),
Raphaël Gani, Jürg Steiger, juges,
Loucy Weil, greffière.
Parties
A._______SA,
représentée par
Maître Pierre-Marie Glauser et Maître Laïla Rochat,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions (AFC),
Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre,
autorité inférieure.
Objet
Droit de timbre de négociation ; transfert de participations et plan d'intéressement pour le personnel.
Faits :
A. A._______SA (ci-après : la recourante), inscrite aux registres du commerce des cantons de (...), a pour but statutaire (...). Elle est assujettie en qualité de commerçante de titres du fait de son bilan.
B. A la suite d'un contrôle périodique de ses livres portant sur la période du 1er juillet 2011 au 30 juin 2016, réalisé au cours du mois de novembre 2016 par l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre (ci-après : l'AFC ou l'autorité inférieure), la recourante a fait l'objet d'une reprise d'un montant de Fr. 2'752'472.25 (hors intérêts moratoires) au titre du droit de timbre de négociation. Le bulletin de constatation du 23 mars 2017, lui communiquant ce qui précède, énumère cinq transactions donnant lieu à reprise, ainsi qu'une transaction impliquant un remboursement en sa faveur.
C.
C.a Par correspondance du 12 avril 2017, la recourante a admis partiellement la reprise, à hauteur de Fr. 237'878.05, contesté le surplus, soit Fr. 2'514'594.20, et requis la notification d'une décision formelle à cet endroit. Les transactions litigieuses sont les suivantes :
- L'achat par la recourante, à la valeur vénale, de 14,9% de la société étrangère B - dont elle détenait alors déjà 25% - à la société étrangère A.c, indirectement détenue à 100% par l'intéressée, en date du *** 2015. Le droit de timbre réclamé à ce titre s'élève à Fr. 886'825.55 (ci-après : la transaction A) ;
- L'octroi par la recourante de Performance Share Unit (ci-après : PSU) et de Restricted Stock Unit (ci-après : RSU) à ses collaborateurs conformément à des plans d'intéressement pour le personnel, représentant un droit de timbre contesté de Fr. 1'627'768.65 (ci-après : la transaction B).
C.b En date du 21 avril 2017, la recourante s'est acquittée sous réserve du montant global de Fr. 2'752'472.25, soit sans reconnaissance du bien-fondé de la créance fiscale.
D.
Par décision formelle du 6 juillet 2017, l'AFC a fixé le montant dû à titre de droit de timbre de négociation pour la période concernée à Fr. 2'752'472.25, une somme de Fr. 324'192.60 étant due en sus à titre d'intérêts moratoires.
E.
Le 30 août 2017, la recourante a déposé une réclamation à l'encontre de la décision du 6 juillet 2017, contestant être redevable des impôts réclamés au titre de la transaction A et de la transaction B (cf. let. C.a ci-dessus).
F.
Par décision sur réclamation du 28 mai 2019, l'autorité inférieure a rejeté la réclamation formée par la recourante, respectivement confirmé la décision du 6 juillet 2017, et rappelé que si le montant dû à titre de droit de timbre avait d'ores et déjà été versé, les intérêts moratoires restaient dus.
G.
En date du 27 juin 2019, la recourante a déféré la décision de l'AFC du 28 mai 2019 au Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF, le Tribunal ou la Cour de céans). Elle conclut principalement, sous suite de frais et dépens, à la réforme de la décision attaquée en ce sens qu'aucun droit de timbre de négociation, et partant d'intérêts moratoires, n'est dû pour les transactions A et B, et à ce qu'il soit en conséquence ordonné à l'AFC de lui rembourser les montants acquittés à ce titre sous réserve. Subsidiairement, la recourante requiert l'annulation de la décision entreprise et le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
H.
Dans sa réponse du 30 septembre 2019, l'AFC a conclu au rejet du recours sous suite de frais.
I.
Dans des lignes du 17 octobre 2019, la recourante a précisé ses moyens et maintenu intégralement les conclusions prises au pied de son mémoire.
J.
Aux termes de ses observations du 13 novembre 2019, l'AFC a de même complété ses arguments et confirmé les conclusions de sa réponse.
Les autres faits et arguments des parties seront repris, pour autant que nécessaire, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) - non réalisées en l'espèce - celui-ci connaît, conformément à l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, dont l'AFC.
La procédure de recours devant le Tribunal est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2 Le recours déposé répond aux exigences de forme et de fond de la procédure administrative (art. 50 al. 1 et 52 PA), la recourante, en qualité de destinataire de la décision attaquée, disposant en outre manifestement de la qualité pour recourir (art. 48 PA).
Il est donc entré en matière sur le recours.
2.
La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, ainsi que l'inopportunité, à moins qu'une autorité cantonale ait statué comme autorité de recours (art. 49 PA ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler/Martin Kayser, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 3e éd., 2022, n° 2.149). La Cour de céans dispose ainsi d'un plein pouvoir de cognition. Elle constate les faits et applique le droit d'office (art. 62 al. 4 PA). Cela étant, le Tribunal se limite en principe aux griefs invoqués et n'examine les autres points que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2).
3. Sont en l'espèce litigieuses deux transactions du chef desquelles l'autorité inférieure entend prélever un droit de timbre de négociation. La transaction A, soit un transfert de participations à forme de 14,9% du capital-actions d'une société du groupe, réalise incontestablement les conditions d'assujettissement au droit de négociation énoncées à l'art. 13 al. 1 de la loi fédérale du 27 juin 1973 sur les droits de timbre (LT, RS 641.10) - ce que la recourante ne conteste pas. Elle soutient en revanche que ce transfert serait exonéré de droit, en tant qu'il entrerait dans le champ d'application de l'art. 14 al. 1 let. j LT prévoyant une exception au prélèvement de l'impôt.
S'agissant de la transaction B, qui consiste en la remise de documents imposables au personnel de la recourante dans le cadre de plans d'intéressement, est contestée la réalisation de l'une des conditions de l'art. 13 al. 1 LT, à savoir l'aspect onéreux du transfert. La recourante excipe notamment du caractère formaliste du droit de timbre et d'analyses comparatives avec d'autres impôts, pour conclure que la transaction litigieuse, faute de revêtir un caractère onéreux, n'est pas soumise à l'impôt.
La Cour procèdera donc à un rappel du droit applicable en matière de droit de timbre de négociation (cf. consid. 4 ci-dessous), y compris en ce qui concerne la condition du caractère onéreux telle qu'énoncée à l'art. 13 al. 1 LT (cf. consid. 4.1.3 infra) et l'exception prévue à l'art. 14 al. 1 let. j LT (cf. consid. 4.2 infra) - points disputés en l'espèce. Le Tribunal rappellera également les principes pertinents en matière d'interprétation de la loi (cf. consid. 5 infra), avant d'analyser les transactions A et B à l'aune des moyens de la recourante (cf. consid. 6 et 7 infra).
4.
4.1 La Confédération perçoit des droits de timbre, notamment, sur la négociation de titres suisses et étrangers (art. 1 al. 1 let. b LT), soit sur les transactions juridiques (ATF 143 II 350 consid. 2.2). Plus spécifiquement, le droit de négociation a pour objet le transfert à titre onéreux de la propriété des documents imposables, si l'un des contractants ou l'un des intermédiaires est un commerçant de titres (art. 13 al. 1 LT) et pourvu qu'aucune exception au prélèvement de l'impôt ne soit réalisée (art. 14, 17a et 19 LT). Le prélèvement d'un droit de négociation suppose ainsi la réalisation des conditions suivantes : (1) l'existence d'un document imposable, (2) un transfert de la propriété de ce document, (3) le caractère onéreux dudit transfert, (4) l'intervention dans l'opération d'un commerçant suisse de titres et (5) la non-réalisation d'un cas prévu aux art. 14, 17a et 19 LT (cf. arrêt du TAF A-2347/2014 du 29 septembre 2015 consid. 2.1 et les réf. cit. ; Martin Büeler, in : Zweifel/Beusch/Bauer-Balmelli [éd.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Stempelabgaben, 2e éd., 2019 [ci-après: Kommentar StG 2019], n° 1 s. ad art. 13).
4.1.1 Sont des documents imposables les obligations, les actions, les parts de sociétés commerciales, les bons de participation, les bons de jouissance, les parts de placements collectifs et d'autres documents similaires émis par une personne domiciliée en Suisse (art. 13 al. 2 let. a et c LT). Les titres émis par une personne domiciliée à l'étranger sont également imposables pourvu qu'ils remplissent les mêmes fonctions économiques que les documents énumérés ci-avant (art. 13 al. 2 let. b LT).
4.1.2 Le transfert de propriété se règle selon les prescriptions du droit civil, sous réserve d'un cas d'évasion fiscale, dans le cadre duquel la maîtrise économique des biens en cause pourra être considérée (ATF 143 II 350 consid. 2.3). La notion de transfert de propriété au sens de l'art. 13 al. 1 LT a toutefois une portée plus large qu'en droit civil, en tant qu'elle comprend également l'acquisition originaire, c'est-à-dire la remise du titre au premier acquéreur (arrêt du TAF A-2347/2014 du 29 septembre 2015 consid. 2.3 ; Filippo Lurà, in : Oberson/Hinny [éd.], LT - Commentaire droits de timbre, 2006 [ci-après : Commentaire LT 2006], n° 39 ad art. 13).
4.1.3 Pour être imposable, l'opération de transfert de la propriété du titre doit avoir lieu à titre onéreux, en ce sens que l'acquéreur doit effectuer une certaine prestation en faveur de son cocontractant. A cet égard, il suffit qu'il existe un lien étroit entre le transfert de la propriété et la prestation de l'acquéreur (ATF 108 Ib 28 consid. 5b ; arrêt du TF du 4 février 1977 in : Archives de droit fiscal suisse [ci-après : Archives] 46 p. 528 ss consid. 5a ; arrêt du TAF A-6120/2007 19 octobre 2009 consid. 18 ; Lurà, in : Commentaire LT 2006, n° 53 ad art. 13), étant précisé que dite prestation ne doit pas nécessairement être monétaire ; celle-ci peut en effet consister, outre en le paiement d'une somme d'argent, en la reprise d'engagements envers des tiers, en la remise d'autres documents imposables ou en d'autres prestations (cf. art. 16 al. 2 LT ; Hans-Peter Hochreutener, Die Eidgenössischen Stempelabgaben und die Verrechnungsteuer, 2013, p. 218). La prestation ne doit de surcroît pas nécessairement être une prestation principale découlant d'un contrat synallagmatique, mais peut également être une prestation accessoire résultant d'un acte juridique unilatéral (arrêt du TF du 4 février 1977 in : Archives 46 p. 528 ss consid. 5a ; Büeler, in : Kommentar StG 2019, n° 6 ad art. 13).
Selon un auteur, seraient ainsi exclus de l'impôt, faute de caractère imposable, les donations de documents imposables, l'attribution d'actions gratuites par une société à son actionnaire, ou encore le split d'une action en plusieurs actions dont la somme de la valeur nominative correspond à la valeur nominative de la première (Lurà, in : Commentaire LT 2006, n° 56 ad art. 13). Est en revanche réputé revêtir un caractère onéreux le transfert, par l'acheteur de certains biens, de « promissory notes » au vendeur suite à la livraison des biens et dans l'attente du paiement du prix de vente (arrêt du TF du 4 février 1977 in : Archives 46 p. 528 ss consid. 5a s.). De même, revêt un caractère onéreux l'acquisition par une société de droits de participation sur la base d'un contrat de vente ; le fait que la venderesse renonce préalablement à des créances envers la société acheteuse pour un montant supérieur au prix de vente n'y change rien (arrêt du TAF A-172/2012 du 30 mai 2012 consid. 4.3).
4.1.4 Les commerçants de titres sont exhaustivement énumérés à l'art. 13 al. 3 LT (cf. Hochreutener, op. cit., p. 214 ; Lurà, in : Commentaire LT 2006, n° 59 s. ad art. 13), étant précisé que seuls les nationaux - à savoir, s'agissant des personnes morales, celles qui ont leur siège statutaire ou légal en Suisse ou qui y sont inscrites au registre du commerce - peuvent revêtir cette qualité (art. 13 al. 3 LT cum art. 4 al. 1 LT). Sont notamment des commerçants de titres les sociétés anonymes dont l'actif se compose, d'après le dernier bilan, de plus de 10 millions de francs de documents imposables au sens de l'art. 13 al. 2 LT (art. 13 al. 3 let. d LT). Le prélèvement d'un droit de négociation suppose que le commerçant de titres, défini comme tel sur la base de l'art. 13 al. 3 LT, accomplisse un acte concret tel qu'énoncé à l'art. 13 al. 1 LT, à savoir intervienne dans la transaction en qualité de contractant ou d'intermédiaire (cf. arrêt du TF 2C_638/2020 du 25 février 2021 consid. 3.1 [traduit in : Revue de droit administratif et de droit fiscal {RDAF} 2021 II 580, 584]).
4.1.5 Le prélèvement du droit de timbre suppose enfin qu'aucune exception ou exonération ne soit réalisée. L'art. 14 LT énumère les opérations qui ne sont pas soumises au droit à raison de la transaction elle-même, dont par exemple l'émission de titres (let. a) ou leur remise en vue d'un remboursement (let. e). Les art. 17 et 19 LT prévoient pour leur part des exceptions à l'impôt liées à la qualité des parties à la transaction (Hochreutener, op. cit., p. 224 ss).
4.2
4.2.1 Sous le titre « exceptions », l'art. 14 al. 1 LT énumère près d'une dizaine de transactions qui n'entrent pas dans le champ de l'impôt, respectivement qui ne génèrent aucun droit de négociation. En tant qu'il consacre des exceptions au principe posé à l'art. 13 al. 1 LT, l'art. 14 LT ne peut faire l'objet d'une interprétation extensive, son application étant au contraire limitée aux cas expressément prévus (cf. ATF 108 Ib 450 consid. 6b). Le principe de la légalité revêt en effet une importance accrue en droit fiscal, y compris en matière de clauses d'exception (cf. ATF 143 II 87 consid. 4.5 ; arrêt du TF du 28 juin 1996 in : Archives 65 p. 671 ss consid. 2f/aa).
4.2.2 A teneur de l'art. 14 al. 1 let. j LT, l'acquisition ou l'aliénation de documents imposables en cas de restructuration au sens des art. 61 al. 3 et 64 al. 1bis de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11) ainsi qu'en cas de transfert de participations d'au moins 20% du capital-actions ou du capital social d'autres sociétés à une société suisse ou étrangère du groupe n'est pas soumise au droit de négociation. Introduit corollairement à la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus, RS 221.301), dans une volonté d'harmonisation des conditions de neutralité fiscale appliquées entre les différents types d'impôts (Pierre-Marie Glauser, in : Commentaire LT 2006, n° 51 ad art. 14), l'art. 14 al. 1 let. j LT est entré en vigueur au 1er juillet 2004 (RO 2004 2617). Il en va de même de l'art. 61 al. 3 LIFD, auquel la disposition précitée renvoie. L'un et l'autre de ces articles demeurent à ce jour en vigueur dans leur version originelle.
4.2.2.1 Dans sa première partie, l'art. 14 al. 1 let. j LT exonère les transferts de documents imposables dans le cadre d'une restructuration au sens des art. 61 al. 3 et 64 al. 1bis LIFD. Les conditions de l'exonération ne sont pas davantage spécifiées au sein de l'art. 14 al. 1 let. j ab initio LT, qui se limite ainsi à renvoyer aux normes précitées. L'art. 61 al. 3 LIFD prévoit la neutralité fiscale du transfert de certains actifs - dont une participation de 20% au moins au capital-actions d'une autre société et des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation - pourvu qu'il intervienne à la valeur comptable, entre des sociétés suisses réunies sous la direction unique d'un même groupe. L'art. 64 al. 1bis LIFD réglemente pour sa part des cas de remplacements de participations effectués en neutralité grâce aux règles du remploi.
4.2.2.2 L'art. 14 al. 1 let. j in fine LT autorise en outre les transferts en franchise du droit de timbre de participations d'au moins 20% du capital-actions d'autres sociétés à une société suisse ou étrangère appartenant au même groupe, indépendamment de toute référence aux critères des impôts directs. Cette seconde partie est le fruit d'une modification proposée devant le Conseil national aux fins d'exonérer également les transferts avec des sociétés étrangères du groupe (cf. Intervention Cina, BO 2003 N 253).
4.3 La créance fiscale prend naissance au moment de la conclusion de l'opération, ou de son exécution en cas d'opération conditionnelle ou accordant un droit d'option (art. 15 LT). Elle est calculée sur la contre-valeur, à savoir sur la somme d'argent payée ou sur la valeur vénale de la contre-prestation convenue (art. 16 al. 1 et 2 LT). Le droit de négociation s'élève à 1,5perthousand pour les titres émis par une personne domiciliée en Suisse, et à 3perthousand pour les documents émis par une personne domiciliée à l'étranger (art. 16 al. 1 LT). Un intérêt moratoire est dû dès l'échéance de la créance fiscale (cf. art. 20 et 29 LT), au taux de 5% jusqu'au 31 décembre 2021 (art. 1 al. 1 de l'ordonnance du DFF du 29 novembre 1996 sur l'intérêt moratoire en matière des droits de timbre en vigueur jusqu'au 31 décembre 2021 [RO 1996 3370]), puis de 4% dès le 1er janvier 2022 (art. 1 al. 1 let. b et Annexe de l'ordonnance du DFF du 25 juin 2021 sur les taux de l'intérêt moratoire et de l'intérêt rémunératoire en matière de droits, de redevance et d'impôts [RS 631.014]).
4.4 Le contribuable, assujetti au droit de timbre en qualité de commerçant de titres conformément à l'art. 13 al. 3 LT, est tenu de remettre à l'AFC, à l'échéance du droit (cf. art. 20 LT) et sans y être invité, le relevé prescrit accompagné des pièces justificatives. Il doit en même temps payer le montant du droit (art. 34 al. 2 LT). Cet impôt relève ainsi du système de l'auto-taxation (voir l'intitulé de l'art. 34 LT : taxation par le contribuable lui-même ; arrêts du TAF A-5038/2020 du 23 novembre 2021 consid. 4.5 et A-2777/2016 du 4 juillet 2017 consid. 2.3.2 ; Hochreutener, op. cit., p. 247).
4.5 Le droit de timbre présente un caractère formel marqué, en ce sens qu'est décisive la forme juridique donnée à l'opération, et non pas son but économique. L'art. 27 al. 1 LT précise à cet égard que sont applicables, pour la fixation des droits, les clauses réelles des documents ou des actes juridiques (l'ancienne ordonnance du 7 juin 1928 d'exécution des lois fédérales concernant les droits de timbre parlait, à son art. 5, du contenu véritable des actes [RO 44 353] ; Daniel Schär, in : Kommentar StG 2019, n° 4 ad art. 27) ; il n'est ainsi pas tenu compte des dénominations ou expressions inexactes employées par les intéressés. Aussi, lorsqu'un état de fait précis, imposable en vertu de la loi, est réalisé, le droit de négociation est dû, quand bien même le but économique poursuivi eût pu être atteint par une autre opération exempte de droits. Il en découle que l'assujettissement n'est pas exclu du fait que rien ne change d'un point de vue économique, seul le transfert de la propriété juridique des documents imposables étant déterminant (Lurà, in : Commentaire LT 2006, n° 42 ad art. 13). Corollairement, l'autorité fiscale ne peut se fonder sur la seule réalité économique pour déclarer imposable un état de fait, sous réserve des cas où la loi elle-même utilise des notions économiques (par exemple la « concentration équivalant économiquement à une fusion » évoquée à l'art. 6 al. 1 let. abis LT) ou en cas d'évasion fiscale (sur cette dernière notion, voir l'arrêt du TAF A-2347/2014 du 29 septembre 2015 consid. 2.2 et les réf. cit.). Ce caractère formel découle du fait que le droit de timbre de négociation n'a pas pour objet le bien économique, mais uniquement la forme extérieure de l'opération (ATF 143 II 350 consid. 2.2 ; arrêts du TAF A-5038/2020 du 23 novembre 2021 consid. 2.5, A-1480/2019 du 9 juin 2020 consid. 2.7 et A-172/2012 du 30 mai 2012 consid. 3.2 s. ; Schär, in : Kommentar StG 2019, n° 7 ad art. 27).
5.
5.1 Conformément à une jurisprudence constante, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Lorsque le texte légal n'est pas absolument clair ou lorsqu'il est clair mais que des raisons objectives permettent de penser qu'il ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause (ATF 144 II 293 consid. 4.2.4), il convient de rechercher sa portée authentique en l'interprétant notamment sur la base des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique ; ATF 143 II 202 consid. 8.5 et 142 II 80 consid. 4.1). S'écarter d'un texte légal clair suppose dans tous les cas des motifs sérieux (ATF 124 II 265 consid. 3a).
5.2 L'interprétation de la loi peut conduire à la constatation d'une lacune. Une véritable et authentique lacune (lacune proprement dite) suppose que le législateur s'est abstenu de régler un point qu'il aurait dû régler et qu'aucune solution ne se dégage du texte ou de l'interprétation de la loi. Une telle lacune peut être occulte. Tel est le cas lorsque le législateur a omis d'adjoindre, à une règle conçue de façon générale, la restriction ou la précision que le sens et le but de la règle considérée ou d'une autre règle légale imposent dans certains cas (ATF 135 IV 113 consid. 2.4.2). Si en revanche le législateur a volontairement renoncé à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part, son inaction équivaut à un silence qualifié. Quant à la lacune improprement dite, elle se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite appelle l'intervention du juge, tandis qu'il lui est en principe interdit, selon la conception traditionnelle qui découle notamment du principe de la séparation des pouvoirs, de corriger les lacunes improprement dites, à moins que le fait d'invoquer le sens réputé déterminant de la norme ne constitue un abus de droit ou ne viole la Constitution (ATF 129 III 656 consid. 4.1 et 125 III 425 consid. 3a ; arrêt du TAF A-2901/2019 du 2 avril 2020 consid. 7.3.2).
6.
6.1 En l'espèce, la recourante conteste, dans la première partie de son mémoire, l'assujettissement à l'impôt de la transaction A. Celle-ci consiste, pour rappel, en l'achat, à la valeur vénale, de 14,9% du capital-actions de la société B, dont la recourante détenait déjà directement 25%, à une société étrangère du groupe indirectement détenue par l'intéressée (cf. Faits, let. C.a supra). Il n'est pas contesté que cette transaction a pour objet un transfert onéreux intra-groupe de documents imposables, la recourante revêtant la qualité de commerçante suisse de titres. La réalisation des conditions de l'art. 13 al. 1 LT est ainsi admise. La recourante soutient en revanche que la transaction A serait exonérée à forme de la clause d'exception de l'art. 14 al. 1 let. j LT.
6.2
6.2.1 Dans un premier grief, la recourante plaide que l'acquisition de la participation litigieuse, certes inférieure à 20% du capital-actions de l'autre société, satisferait aux exigences de l'art. 14 al. 1 let. j in fine LT. Elle excipe ici de la modification, dans le cadre de la loi fédérale du 23 mars 2007 sur l'amélioration des conditions fiscales applicables aux activités entrepreneuriales et aux investissements (Loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II, RO 2008 2893), du seuil applicable à la notion de participation, qui serait passé de 20% à 10%. Selon la recourante, l'absence de modification en ce sens de l'art. 14 al. 1 let. j in fine LT - respectivement de l'art. 61 al. 3 LIFD - résulterait d'un oubli du législateur. Elle en veut pour preuve une instruction interne de l'autorité inférieure du 6 février 2012, qui irait dans ce sens. Ainsi entachée d'une lacune, la clause d'exception invoquée devrait être corrigée de sorte à adapter le seuil utile de participation à 10%. La recourante en conclut que la participation transférée en l'espèce, de 14,9% du capital-actions de l'autre société, devrait être exonérée de droit.
6.2.2 Il est certes constant que la quote-part déterminante de participation, précédemment généralisée à 20%, a été ramenée, respectivement introduite à 10% dans de nombreuses dispositions de la LIFD (cf. notamment art. 18b al. 1, 64 al. 1bis, 69 et 70), respectivement de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID, RS 642.14 ; cf. notamment art. 7 al. 1, 24 al. 4bis et 28), suivant une volonté d'allègement des critères d'obtention de la réduction pour participation (cf. Message concernant la Loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II, FF 2005 4469, 4548 s.). Cela étant, force est de constater que le seuil déterminant n'a été modifié dans aucune des dispositions relatives au transfert intra-groupe - à savoir dans les art. 14 al. 1 let. j in fine LT, 61 al. 3 LIFD et 24 al. 3quater LHID - un simple erratum du législateur lié à l'art. 14 al. 1 let. j LT étant ainsi exclu. Le message relatif à la réforme de l'imposition des entreprises II n'évoque au demeurant pas la question d'un éventuel allègement de la quote-part de participation dans le contexte de transferts au sein d'un groupe. Quant à la pratique de l'autorité inférieure convoquée par la recourante (cf. Die Praxis der Bundessteuern, II. Teil, Stempelabgaben und Verrechnungsteuer, Bd. 1, n° 4 ad art. 14 al. 1 lit. j LT), elle a trait au remploi de participations et au démembrement de participations à une société fille, soit à des hypothèses distinctes de celle de l'espèce, régies par d'autres dispositions.
L'opportunité de conserver, dans la loi, deux taux différents relatifs à la notion de participation qualifiée peut indéniablement être questionnée - voire critiquée (cf. notamment l'avis de Hannes Teuscher, Konzerninterne Vermögensübertragung - quo vadis ?, 2021, p. 209 ss ; cf. également Peter Riedweg, in : Zweifel/Beush/Riedweg/Oesterhelt [éd.], Umstrukturierungen, 2e éd., 2022 [ci-après : Umstrukturierungen], § 8 n° 61). Il n'empêche que seuls des motifs objectifs et sérieux permettraient de s'écarter d'un texte clair tel que celui de l'art. 14 al. 1 let. j in fine LT, respectivement de l'art. 61 al. 3 LIFD (cf. consid. 5.1 supra). Or, la Cour est d'avis que les motifs invoqués sont insuffisants, en ce sens qu'ils ne permettent pas de retenir, comme le soutient la recourante, une volonté indubitable du législateur de porter le seuil de la prise en compte fiscale de la notion de participation, toutes situations confondues, à 10%. Dans ces conditions, l'existence d'une lacune proprement dite, et avec elle les pouvoirs prétoriens de la Cour quant au seuil de participation donnant lieu à l'exonération du droit de timbre, doivent être niés.
Etant donné ce qui précède, le grief est rejeté.
6.3
6.3.1 Par un second moyen, la recourante argue que le transfert litigieux serait exonéré à l'aune de l'art. 14 al. 1 let. j ab initio LT. Elle considère que cette disposition doit être interprétée de sorte à exonérer un transfert de documents imposables dans le cadre d'une restructuration au sens de l'art. 61 al. 3 LIFD, sans que les conditions liées aux impôts directs ne soient applicables. Autrement dit, le renvoi à l'art. 61 al. 3 LIFD contenu à l'art. 14 al. 1 let. j LT ne porterait que sur la notion de « restructuration » (c'est-à-dire le transfert de participations directes ou indirectes de 20% au moins, d'exploitations ou parties distinctes d'exploitation, ou encore de biens immobilisés de l'exploitation), à l'exclusion des autres conditions de la norme. Elle se prévaut ici de l'ATF 138 II 557 rendu en matière de droits de mutation, eu égard à l'art. 103 LFus ; il serait applicable mutatis mutandis au droit de timbre de négociation, vu la similarité de l'impôt et le libellé de la disposition appliquée. La transaction A devrait dès lors être exonérée à la seule condition qu'elle consiste en une « restructuration » au sens de l'art. 61 al. 3 LIFD. Poursuivant sa démonstration, la recourante plaide que le transfert de la participation serait exonéré de droit à double titre. Il serait d'une part couvert par le ch. 4.5.2.5 de la Circulaire n° 5 de l'autorité inférieure (Circulaire « Restructurations » de l'AFC du 1er juin 2004), qui autorise le transfert en neutralité de participations inférieures à 20% sous certaines conditions. Le transfert serait d'autre part exonéré dans la mesure où la participation serait constitutive d'un actif immobilisé de l'exploitation.
L'autorité inférieure conteste cette appréciation en inférant de la structure et de l'historique de l'art. 14 al. 1 let. j LT. L'adjonction par la Chambre du peuple de la seconde partie de l'article démontrerait en effet que le législateur aurait souhaité réglementer deux hypothèses distinctes : le transfert intra-groupe neutre sous l'angle de l'impôt sur le bénéfice, respectant l'entier des conditions de l'art. 61 al. 3 LIFD, d'une part (ab initio), et le transfert intra-groupe de participations de 20% au moins, sans autres conditions, d'autre part (in fine). Selon l'AFC, toute autre interprétation viderait de son sens l'art. 14 al. 1 let. j in fine LT, et serait donc insoutenable.
Il convient, avant toute chose, de rappeler succinctement la substance de l'arrêt du Tribunal fédéral convoqué par la recourante (cf. consid. 6.3.2 ci-après). La Cour examinera ensuite le parallèle entre cet arrêt, respectivement l'art. 103 LFus, et l'art. 14 al. 1 let. j ab intio LT plaidé par la recourante (cf. consid. 6.3.3 infra). Il s'agira ensuite de confronter cette dernière analyse à l'obstacle, à forme de l'art. 14 al. 1 let. j in fine LT, avancé par l'autorité inférieure (cf. consid. 6.3.4 plus loin), avant d'en tirer les conclusions qui s'imposent (cf. consid. 6.3.5 infra).
6.3.2 Dans l'arrêt de principe publié aux ATF 138 II 557, le Tribunal fédéral a été amené à interpréter la portée du renvoi à l'art. 24 al. 3quater LHID (qui a la même teneur que l'art. 61 al. 3 LIFD) contenu dans l'art. 103 LFus. Formulé sous le titre « Droits de mutation », l'art. 103 LFus a la teneur suivante :
La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
Qualifiant le renvoi à l'art. 24 al. 3quater LHID de maladroit, le Tribunal fédéral a rappelé que le droit de mutation était un impôt indirect frappant les transactions juridiques (respectivement les transferts d'immeubles), et non pas un impôt sur le revenu ou le bénéfice. La base de calcul du droit de mutation étant le prix de vente intégral, et non pas la plus-value réalisée comme en matière d'impôt direct, il a estimé que le transfert à la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice ne pouvait constituer une condition pour l'exonération du droit de mutation. Il a de même écarté les conditions de l'assujettissement à l'impôt sur le bénéfice et du maintien de l'assujettissement en Suisse de la société concernée, rappelant en particulier que le substrat fiscal dépend d'un immeuble situé en Suisse et reste toujours lié à celui-ci. Notre Haute Cour a ainsi conclu que le renvoi à l'art. 24 al. 3quater LHID contenu à l'art. 103 LFus devait être interprété de sorte à ce que seul le concept de « restructuration » soit utilisé, à l'exclusion des autres conditions liées aux impôts directs (cf. ATF 138 II 557 consid. 5.2 ; cf. encore récemment sur l'historique de l'adoption de l'art. 103 LFus l'ATF 148 II 121 consid. 8.6 s.).
6.3.3 Se pose à présent la question de l'applicabilité du raisonnement énoncé ci-dessus à l'art. 14 al. 1 let. j LT, dont la première partie est en effet similaire à l'art. 103 LFus. Répondre à cette question suppose de comparer les droits de timbre et les droits de mutation, respectivement d'examiner les conditions d'exonération liées aux impôts directs (transfert à la valeur comptable ; maintien de l'assujettissement en Suisse ; transfert entre sociétés suisses) dans ce contexte.
6.3.3.1 En l'occurrence, le Tribunal convient, avec la recourante, de la similarité des impôts en question. Le droit de timbre et les droits de mutation ont en effet tous deux pour objet les transactions juridiques. Plus encore, ils sont soumis au même régime (cf. ATF 143 II 350 consid. 2.2 et les réf. cit.), en sorte qu'un traitement cohérent s'impose.
6.3.3.2 De même qu'en matière de droits de mutation, la condition du transfert à la valeur comptable n'a guère de sens dans le cadre des droits de timbre. L'assiette fiscale du droit de négociation est en effet la contre-valeur, à savoir le prix d'acquisition du document imposable ou la valeur vénale de la contre-prestation (cf. consid. 4.3 supra), et non pas le gain réalisé comme en matière d'impôt sur le bénéfice. De plus, si la condition d'une transaction à la valeur comptable vise à éviter toute dissolution de réserve latente dans le champ des impôts directs, un tel motif n'existe pas pour le droit de timbre, le transfert à la valeur vénale n'entraînant en effet aucune perte de substance. Le raisonnement de l'ATF 138 II 557 à cet égard peut ainsi être transposé au droit de négociation. Le Tribunal relève d'ailleurs qu'à teneur du ch. 2.4.2 de la nouvelle Circulaire n° 5a de l'autorité inférieure (Circulaire « Restructurations » de l'AFC du 1er février 2022 [actualisant la Circulaire n° 5 du 1er juin 2004]), la reprise des valeurs déterminantes pour l'impôt fédéral direct n'est pas (plus) exigée pour appliquer l'art. 14 al. 1 let. j LT (à cet égard, voir Stefan Oesterhelt/Susanne Schreiber, La nouvelle circulaire n° 5a de l'AFC concernant les restructurations, in : RDAF 2022 II 157, spéc. 164).
6.3.3.3 La condition du maintien de l'assujettissement en Suisse ne peut non plus être appliquée au droit de timbre, du chef de sa nature même ; le droit de négociation impose en effet une occurrence, à savoir un transfert de documents imposables, et s'achève dans cette seule opération. En qualité d'impôt sur les transactions - et non pas sur la substance qui est transférée (cf. consid. 4.5 supra) - le droit de négociation ne peut être subordonné à la condition que la société concernée demeure assujettie en Suisse. Ces considérations autorisent une analogie, sur ce point également, avec les droits de mutation.
6.3.3.4 Reste à examiner la condition du transfert entre sociétés suisses. A l'évidence, les droits de timbre se distinguent sur ce point des droits de mutation ; ils ne sont en effet pas rattachés à un immeuble situé en Suisse, mais à des titres, dépourvus d'un tel rattachement territorial. Cela étant, une intention claire du législateur d'étendre l'exonération aux transferts entre sociétés suisses et étrangères ressort très précisément des travaux parlementaires (cf. Intervention Cina, BO 2003 N 253 : « Pour le transfert de participations en tant qu'apport en nature, [l'art. 14 al. 1 let. b LT] prévoit l'exonération, nouvellement pour le transfert à l'étranger. Une exonération appropriée pour les transferts à titre onéreux fait cependant défaut. [...] La [deuxième partie de l'art. 14 al. 1 let. j LT] garantirait que les transferts à titre onéreux de participation à l'intérieur du groupe, tant en Suisse qu'à l'étranger, ne soient plus soumis au droit de négociation. »). Restreindre l'exonération du droit de négociation aux seuls transferts entre sociétés suisses contredit dans cette mesure la volonté du législateur, et ne convainc pas le Tribunal.
6.3.3.5 Etant donné ce qui précède, la Cour est d'avis que le raisonnement tenu dans l'ATF 138 II 557 doit être appliqué mutatis mutandis à l'art. 14 al. 1 let. j LT. Le renvoi à l'art. 61 al. 3 LIFD contenu dans cette disposition doit ainsi être compris comme une référence au seul concept de « restructuration », à l'exclusion des autres conditions liées aux impôts directs.
6.3.4 Il est certes vrai que l'art. 14 al. 1 let. j LT se distingue de l'art. 103 LFus par sa seconde partie, son texte ne se limitant pas au seul renvoi à l'art. 61 al. 3 LIFD. Il est également exact, comme le souligne l'autorité inférieure, qu'interpréter ledit renvoi dans le sens plaidé par la recourante ôterait toute portée propre à l'art. 14 al. 1 let. j in fine LT. Cela étant, force est de constater que les débats parlementaires liés à l'adoption de cette seconde partie sont demeurés succincts et ne révèlent qu'une intention du législateur d'étendre l'exception aux transferts entre sociétés suisses et étrangères (cf. consid. 4.2.2.2 et 6.3.3.4 supra). Les autres conditions des impôts directs - dont notamment l'exigence de la reprise de la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice - n'ont en revanche pas été abordées, en sorte que l'on ignore les raisons pour lesquelles elles n'ont pas été reprises dans la seconde partie de l'art. 14 al. 1 let. j LT. Dans ces circonstances, le Tribunal ne distingue pas, contrairement à ce que soutient l'AFC, de volonté claire du législateur de réglementer deux hypothèses distinctes.
Plus encore, la Cour ne perçoit pas le sens d'une telle distinction, respectivement ce qui distinguerait les deux hypothèses défendues par l'AFC. Les conditions applicables en matière d'impôts directs ne sont en effet, comme exposé ci-dessus, pas pertinentes dans le domaine des droits de timbre. La reprise de la valeur comptable dans le cadre du transfert n'est de surcroît plus exigée par l'autorité inférieure. La distinction entre les deux parties de l'art. 14 al. 1 let. j LT serait donc uniquement justifiée par l'exigence, dans la première partie, du transfert entre sociétés suisses. Or, tel ne peut avoir été la volonté du législateur, dès lors qu'il a précisément souhaité faire tomber cette condition.
Aussi, il convient d'admettre que l'art. 14 al. 1 let. j LT ne vise qu'une seule et même hypothèse, à savoir les transferts constitutifs d'une « restructuration » au sens de l'art. 61 al. 3 LIFD, indépendamment de leur traitement en matière d'impôt sur le bénéfice.
6.3.5 Reste à déterminer si le transfert en cause est constitutif d'une « restructuration » au sens de l'art. 61 al. 3 LIFD. Représentant 14,9% du capital-actions de la société B, la participation transférée n'atteint pas le seuil de 20% exigé par cette disposition - la Cour ayant déjà exclu que ce seuil puisse être abaissé à 10% sur la base de la loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II (cf. consid. 6.2 supra). Cela étant, la recourante se prévaut du ch. 4.5.2.5 de la Circulaire n° 5 (demeuré inchangé dans la Circulaire n° 5a ; voir également le ch. 4.5.5 de la Circulaire n° 5a), qui a la teneur suivante :
Selon l'article 61, alinéa 3 LIFD, des participations directes ou indirectes de 20% au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société peuvent être transférées sans incidence fiscale à d'autres sociétés du groupe en Suisse.
Des participations inférieures à 20% du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative peuvent également être transférées sans incidence fiscale entre des sociétés du groupe en Suisse, à condition qu'il existe, sous une direction unique, une participation directe ou indirecte d'au moins 20% au capital-actions ou au capital social de cette société (art. 61, al. 3 LIFD ; exemple n° 21 de l'annexe I).
L'exemple n° 21 (repris sous n° 22 dans la Circulaire n° 5a) auquel il est renvoyé consiste en le transfert de deux participations de 5% à une société suisse, sous la direction de laquelle sont regroupées les deux sociétés venderesses, qui détenait déjà une participation de 90%. Les explications liées à cette illustration renvoient, sous le titre « Droit de timbre de négociation », aux développements en matière d'impôt fédéral direct, lesquels confirment la neutralité fiscale du transfert vu la teneur du ch. 4.5.2.5 reproduit ci-dessus.
Ce chiffre découle de la possibilité offerte par la loi de transférer également des « participations indirectes » de 20% au moins - une formulation peu claire, dès lors que la détention indirecte de plus de 20% par la société transférante implique nécessairement qu'elle détienne plus de 20% de la société intermédiaire. Aussi, cette formulation doit être comprise comme rattachant la notion de participation de plus de 20% au pourcentage détenu par l'ensemble du groupe - et non pas au pourcentage détenu par la société transférante (cf. Riedweg, in : Umstrukturierungen, § 8 n° 60 ; Pierre-Marie Glauser/Xavier Oberson, in : Noël/Aubry Girardin [éd.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd., 2017, n° 80 ad art. 61).
En l'occurrence, force est de constater que le cas d'espèce correspond à l'état de fait décrit dans ce ch. 4.5.2.5, sous la seule réserve que la venderesse n'est pas une société suisse - ce qui n'est, comme on l'a vu, pas pertinent pour ce qui est du droit de timbre de négociation (cf. consid. 6.3.4 ci-avant). La participation détenue au sein du groupe, sous la direction de la recourante, atteint en effet 39,5% (composée de la participation déjà détenue par la recourante de 25% et de la participation transférée de 14,9% ; cf. Faits, let. C.a supra). Dans ces conditions, il y a lieu d'admettre que le transfert de la participation litigieuse est bien constitutif d'une « restructuration » au sens de l'art. 61 al. 3 LIFD.
6.3.6 Etant donné ce qui précède, le Tribunal considère que la transaction A doit être exonérée à la lumière de l'art. 14 al. 1 let. j LT, le droit de timbre de Fr. 886'825.55 réclamé à ce titre n'étant pas dû. Le grief de la recourante étant ainsi admis, il n'y a pas lieu d'examiner si la participation litigieuse est également constitutive d'un actif immobilisé de l'exploitation.
7.
7.1 En second lieu, est contestée l'imposition de la transaction B, à savoir l'octroi par la recourante de documents imposables à certains de ses collaborateurs dans le cadre de deux plans d'intéressement pour le personnel (cf. Faits, let. C.a supra ; cf plans PSU et RSU [titres 9 et 10 du bordereau de la recourante]). Ces plans poursuivent un but incitatif, en tant qu'ils cherchent à accroître la motivation des employés et l'attractivité de l'employeur (art. 1 des plans). Ils prévoient, en substance, l'attribution de PSU et de RSU aux collaborateurs éligibles que sont les cadres supérieurs employés de la recourante à la date de l'attribution (art. 2 des plans ; p. 5 du titre 11 du bordereau de la recourante). Après une période de blocage de trois ans, les bénéficiaires de PSU et de RSU reçoivent gratuitement des actions de la recourante, alternativement leur équivalent en argent liquide (art. 3.1, 3.2, 5.1 et 5.2 des plans). Les actions sont en revanche acquises immédiatement en cas de rupture des rapports de travail (art. 6.1 des plans), voire perdues en présence de certains motifs de résiliation (art. 6.2 des plans). Alors que le nombre de PSU attribué à un employé déterminé est fonction de différents critères, dont notamment sa performance individuelle et des considérations de cohérence interne (p. 10 du titre 11 du bordereau de la recourante), le nombre d'actions remises au terme de la période de blocage est fixé selon le nombre de PSU détenus et des critères de performance de l'action de la recourante (art. 5.2 du plan PSU). Le nombre d'actions remises aux détenteurs de RSU au terme de la période de blocage est décidé par la recourante sur la base des dispositions correspondantes du plan (art. 5.2 du plan RSU).
Les parties s'accordent, à juste titre, sur le fait que la remise des actions en cause constitue autant de transferts de propriété de documents imposables, la transférante revêtant la qualité de commerçante suisse de titres. La recourante conteste en revanche que lesdits transferts aient été effectués à titre onéreux, en sorte que les conditions d'assujettissement au droit de l'art. 13 al. 1 LT ne seraient pas intégralement réalisées.
7.2
7.2.1 En préambule de sa démonstration, la recourante en appelle au concept du droit de timbre. L'essence de cet impôt serait en effet d'appréhender fiscalement les opérations commerciales, à l'exclusion des transactions s'inscrivant, comme en l'espèce, dans le cadre de rapports de travail. Le prélèvement de l'impôt dans de telles circonstances serait dès lors contraire au concept même du droit de timbre.
7.2.2 Le Tribunal doute que l'essence de l'impôt puisse être circonscrite aux seules opérations commerciales, à tout le moins suivant le sens que la recourante semble attribuer à cette dernière notion. Le droit de timbre frappe en effet les transactions juridiques, sans égard à l'objectif recherché par lesdites transactions, à la personne du contribuable, à sa capacité économique ou au gain (respectivement à la perte) réalisé. Le droit de négociation n'est certes perçu que sur les opérations dans lesquelles intervient un professionnel de la transmission de titres, ce qui pourrait porter à croire que l'objet de l'impôt est bien restreint dans le sens soutenu par la recourante. Toutefois, il n'en est rien. La limitation aux transactions auxquelles participe un commerçant professionnel de titres ne restreint en effet pas matériellement l'obligation fiscale, mais sert à assurer le contrôle de la perception de l'impôt (cf. Lurà, in : Commentaire LT 2006, n° 16 ad art. 13 et les réf. cit.).
La recourante ne peut ainsi rien tirer de l'objet même du droit de timbre, qui n'est pas, per se, limité à certaines transactions particulières. Pourvu que les conditions de l'imposition soient réalisées, le droit de négociation, qui impose objectivement un état de fait (cf. consid. 4.5 supra), doit être perçu.
7.3
7.3.1 La recourante poursuit en rappelant la nature formelle du droit de timbre, suivant laquelle est déterminante la forme donnée à l'opération, à l'exclusion du but économique visé par les parties intéressées. Elle en déduit qu'il y aurait lieu de se fonder sur ce qui est formellement convenu dans les plans d'intéressement. Or, lesdits plans stipuleraient expressément la gratuité de l'octroi des PSU et RSU, respectivement des actions, et ne prévoiraient aucune contre-prestation claire. Le caractère onéreux de la transaction ne serait donc pas démontré dans une mesure pouvant satisfaire au formalisme du droit de timbre, et devrait être nié.
7.3.2 Il est vrai que les plans d'intéressement précisent que les PSU et RSU sont attribués gratuitement aux employés éligibles (« free of charge » ; cf. art. 3.2 des plans PSU et RSU [titres 9 et 10 du bordereau de la recourante]), et qu'ils ne contiennent aucune clause prévoyant expressément, soit en ces termes, le principe et l'étendue d'une contre-prestation. Cependant, ce constat ne suffit pas pour exclure l'aspect onéreux de la transaction. La nature formelle des droits de timbre ne confère en effet pas de caractère décisif aux termes employés dans l'acte de transfert. Au contraire, l'art. 27 al. 1 LT précise qu'il n'est pas tenu compte des dénominations erronées utilisées par les parties, au profit des seules clauses réelles du document, respectivement de son contenu véritable (cf. consid. 4.5 supra). On entend par là que l'insertion d'une expression inexacte - par exemple des termes « à titre gratuit » pour une transaction en réalité onéreuse - ne modifie pas l'imposabilité d'une opération si cette dernière est de par la loi assujettie au droit de timbre (cf. Stephanie Eichenberger, in : Commentaire LT 2006, n° 1 et 4 ad art. 27).
Aussi, l'art. 3.2 des plans prévoyant l'attribution des PSU et RSU sans contre-prestation n'est pas déterminant au regard de la condition du caractère onéreux, les documents devant être examinés dans leur contenu véritable.
7.4
7.4.1 Cela étant, est disputée - et il s'agit là du coeur du litige - la notion même du caractère onéreux, respectivement de la contre-prestation que doit fournir l'acquéreur du titre. Selon la recourante, la remise des documents imposables serait effectuée à titre onéreux pourvu qu'elle présente un lien étroit avec une prestation fournie en contrepartie par l'acquéreur, de nature concrète et déterminée. Elle insiste sur ce dernier aspect, le caractère déterminé (ou déterminable) de la contre-prestation étant selon elle essentiel. Or, les plans d'intéressement ne prévoiraient rien de tel. Si la recourante concède que la remise des titres intervient bien causa laboris, elle nie qu'il existe un lien étroit entre l'octroi des actions et la prestation de travail fournie par l'employé. Les PSU et RSU seraient en effet attribués aux employés à des fins incitatives, de manière discrétionnaire et sur la base de critères indépendants de toute contre-prestation, à fortiori déterminée. Succinctement formulé, la recourante plaide que faute de corrélation claire entre la remise des titres et une prestation concrète et déterminée, la transaction n'est pas intervenue à titre onéreux.
Pour sa part, l'autorité inférieure soutient que le caractère onéreux devrait être admis sitôt qu'il existe une prestation de l'acquéreur à laquelle le transfert est étroitement lié. L'existence d'un tel lien étroit - entendu comme une interdépendance - entre le transfert des titres et la contre-prestation serait centrale, à l'exclusion d'un rattachement quantitatif dans le sens plaidé par la recourante. Dans le cas d'espèce, l'octroi des actions présenterait précisément un lien étroit avec les prestations de travail des employés, dès lors qu'il serait subordonné à l'existence de rapports de travail (et donc de prestations de travail). L'AFC considère ainsi que le transfert trouve sa cause dans une prestation de service passée, qui en constitue la contre-prestation.
7.4.2 Le Tribunal se rallie à cette dernière conception du caractère onéreux. Il suffit en effet, selon la jurisprudence, que l'acquéreur fournisse une certaine prestation et qu'il existe un lien étroit entre le transfert des titres et celle-ci pour que la transaction soit considérée comme onéreuse (cf. ATF 108 Ib 28 consid. 5b). Il n'est en revanche pas attendu que ladite prestation soit expressément déterminée ou quantifiée, ni qu'elle consiste en une somme d'argent, pourvu qu'elle ressorte des clauses réelles de l'acte de transfert (cf. consid. 7.3.2 supra). Il n'est pas non plus nécessaire qu'elle constitue une prestation principale d'un contrat synallagmatique, la fourniture d'une prestation accessoire résultant d'un acte juridique unilatéral étant suffisante au regard de la condition du caractère onéreux (cf. consid. 4.1.3 supra). Aussi, la notion de contre-prestation dans le présent contexte doit être comprise de manière large, la définition défendue par la recourante ne pouvant qu'être écartée.
7.4.3 Reste à examiner la transaction B à la lumière de cette définition. A la lecture des plans PSU et RSU, le Tribunal convient que la remise des titres n'est pas corrélée à une prestation de travail définie, en ce sens qu'aucune correspondance n'est établie entre la délivrance d'un PSU ou RSU et une certaine quantité ou performance de travail. Néanmoins, force est de constater qu'il existe un lien étroit entre la remise des titres et la prestation de travail des collaborateurs bénéficiaires, en ce sens que la première n'existerait pas sans la seconde. Inversement, s'il est clair que l'acquisition des actions n'est pas le but principal ou unique de la prestation de travail, elle n'en est pas moins essentielle pour les employés qui en bénéficient ; il est lieu de rappeler que les plans ont pour but d'accroître la motivation des collaborateurs et de les retenir dans l'entreprise. L'existence de ce lien étroit est d'autant plus claire que les PSU et RSU sont perdus en cas de démission de l'employé (art. 6.2 des plans PSU et RSU [titres 9 et 10 du bordereau de la recourante]), et que le nombre de PSU alloué aux employés dépend entre autres critères de leur performance individuelle (cf. consid. 7.1 supra). Le caractère discrétionnaire de la participation aux plans et de son étendue, mentionné dans les documents, n'y change rien, l'octroi des titres n'en demeurant pas moins étroitement lié à la prestation de travail.
Quant à la clause des plans d'intéressement prévoyant la gratuité de l'attribution (« free of charge » ; cf. art. 3.2 des plans PSU et RSU [titres 9 et 10 du bordereau de la recourante]), elle doit être comprise comme n'impliquant pas d'autre prestation de l'employé que celle de son travail, et non pas comme une volonté de la recourante de gratifier, à titre véritablement gratuit, des participations - ce qui serait au demeurant exorbitant au regard de son but social. Cette expression implique donc simplement, dans le présent contexte, que les titres sont attribués sans soulte.
Le transfert des documents imposables intervient donc manifestement dans un rapport d'échange, et non pas à titre gratuit, en sorte que la transaction B revêt bel et bien un caractère onéreux.
7.5 Les autres arguments invoqués par la recourante ne modifient en rien le constat du caractère onéreux de la transaction.
7.5.1
7.5.1.1 La recourante poursuit son analyse à la lumière du droit applicable à d'autres impôts. Elle postule tout d'abord une analogie entre l'exigence du lien étroit, discutée ci-avant, et la notion de rapport de prestations en matière de TVA. A teneur de l'art. 18 al. 1 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20), l'impôt n'est prélevé que sur des opérations effectuées à titre onéreux, soit moyennant une contre-prestation. Or, le droit de la TVA exigerait, pour imposer un certain montant, qu'il puisse être mis en relation avec une prestation concrète avec laquelle il serait économiquement lié. A défaut, le caractère onéreux serait exclu et l'opération, qualifiée de « non-chiffre d'affaires », non soumise à l'impôt. La recourante exemplifie son propos en citant les dons ou les subventions, qui ne rémunèrent pas une prestation déterminée mais ne visent qu'à susciter un comportement, et propose une analogie avec la transaction B. De même qu'un « non-chiffre d'affaires » en matière de TVA, la remise des actions en cause n'aurait qu'un caractère incitatif et ne serait pas liée à une prestation déterminée ; elle ne serait dès lors pas imposable.
7.5.1.2 Contrairement aux droits de timbre qui imposent les transactions juridiques et présentent un caractère formel marqué, la TVA est un impôt général sur la consommation qui repose sur des analyses avant tout économiques. Plus encore, le rapport d'échange au sens du droit de la TVA suppose qu'il existe entre la prestation et la contre-prestation un rapport causal direct, en ce sens que l'une engendre l'autre, et un lien économique étroit, caractérisé en principe par l'existence de prestations de valeurs économiques à peu près égales (cf. arrêt du TAF A-2648/2019 du 27 mai 2020 consid. 3.1 et les réf. cit.) - soit des considérations étrangères au droit de timbre.
Etant donné les importantes différences séparant ces deux impôts, le Tribunal doute de la pertinence de l'analogie proposée par la recourante. Il ne s'avancera quoiqu'il en soit pas davantage sur cette question, qui n'est pas de nature à modifier la conception du caractère onéreux tel qu'énoncée plus haut. En effet, si la remise des PSU et RSU répond à des fins incitatives, elle n'en demeure pas moins étroitement liée à la prestation de travail, et partant onéreuse.
7.5.2
7.5.2.1 La recourante plaide encore que l'imposition de la transaction B serait incohérente au regard du traitement en matière d'impôts directs des participations de collaborateurs. Celles-ci seraient en effet considérées, dans le cadre de la LIFD, comme des avantages appréciables en argent (cf. art. 17a ss), à savoir comme des attributions à titre gratuit, et seraient reportées sur le certificat de salaire de l'employé aux fins d'imposer l'accroissement de patrimoine en découlant. Les droits de timbre n'imposent toutefois pas le gain, contrairement aux impôts directs, mais la transaction elle-même. La recourante soutient dès lors que la valorisation faite dans le certificat de salaire d'une attribution gratuite, à des fins d'imposition du revenu, ne pourrait être considérée comme constituant la valeur de la contre-prestation de l'employé au regard du droit de négociation. Elle en veut pour preuve que l'octroi d'actions gratuites par la société à l'actionnaire, qui constitue un avantage appréciable en argent imposable à l'aune de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD, est réputé non onéreux en ce qui concerne le droit de timbre.
7.5.2.2 D'emblée, doit être relevé que l'interprétation de notions applicables au droit de timbre ne doit pas nécessairement coïncider avec celles d'autres impôts, un même état de fait pouvant être qualifié de manière différente pour différents types d'impôts (cf. Eichenberger, in : Commentaire LT 2006, n° 7 ad art. 27). Une éventuelle différence de traitement entre deux impôts ne constitue dès lors pas, par nature, une incohérence nécessitant une correction.
Cela étant, les participations que l'employeur offre au collaborateur (cf. art. 17a LIFD), qualifiées d'avantages appréciables en argent (art. 17b s. LIFD), sont imposées en matière d'impôts directs à titre de « revenu provenant d'une activité exercée dans le cadre de rapports de travail » (art. 17 al. 1 LIFD). Si ces avantages sont considérés comme ayant été offerts par l'employeur, ils proviennent néanmoins de l'activité salariée et sont imposables en tant que tel. Le lien étroit entre la remise des participations et la prestation de travail se retrouve donc également dans la LIFD, en sorte que le Tribunal ne distingue pas d'incohérence dans la mesure plaidée par la recourante.
Le recours au traitement fiscal de l'octroi d'actions gratuites par une société à ses actionnaires ne lui est de même d'aucun secours. Dans ce cas, l'actionnaire ne fournit précisément aucune forme de prestation, ce qui le distingue du collaborateur participant à un plan d'intéressement.
7.6 En conséquence, la Cour considère que la propriété des documents imposables a été transférée à titre onéreux, les griefs de la recourante étant rejetés. Les conditions posées à l'art. 13 al. 1 LT sont ainsi intégralement réalisées, en sorte que le prélèvement d'un droit de négociation de Fr. 1'627'768.65 est confirmé.
8.
8.1 Les considérants qui précèdent amènent le Tribunal à admettre partiellement le recours, dans la mesure où il concerne le montant d'impôt de Fr. 886'825.55 réclamé du chef de la transaction A (cf. consid. 6 supra) et les intérêts moratoires y afférents. En conséquence, le montant dû par la recourante au titre du droit de négociation doit être ramené à (237'878.05 [montant admis] + 1'627'768.65 [montant dû de par la transaction B]) Fr. 1'865'646.70. La recourante s'est acquittée sous réserve de l'intégralité du montant qui lui était réclamé dans la décision attaquée, en date du 21 avril 2017. Il appartiendra dès lors à l'AFC de lui restituer le montant de Fr. 886'825.55, une fois le présent arrêt entré en force. Il y a enfin lieu de procéder à un nouveau calcul des intérêts, à la lumière de ce qui précède. Les indications contenues au ch. 5 de la décision attaquée ne permettant pas au Tribunal de céans de s'y prêter lui-même, la cause doit être renvoyée à l'autorité inférieure pour nouveau calcul des intérêts (art. 61 al. 1 PA).
8.2 Les frais de procédure sont en règle générale mis à la charge de la partie qui succombe, étant précisé que si elle n'est que partiellement déboutée, les frais sont réduits (art. 63 al. 1 PA). Déterminer la mesure dans laquelle la partie recourante a eu gain de cause, respectivement a succombé, implique d'apprécier le succès de ses conclusions à l'aune de leurs effets sur la décision entreprise (cf. arrêt du TAF A-5865/2017 du 11 juillet 2019 consid. 10.4 et les réf. cit.). Aucun frais ne peut quoiqu'il en soit être mis à la charge de l'autorité inférieure (art. 63 al. 2 PA).
En l'espèce, la recourante a partiellement obtenu gain de cause, le droit de timbre à sa charge étant réduit d'environ un tiers. En conséquence, les frais de procédure de Fr. 27'000.- sont mis à sa charge à concurrence de Fr. 18'000.-, le solde de Fr. 9'000.- étant laissé à la charge de l'Etat. Le montant précité de Fr. 18'000.- est prélevé sur l'avance de frais déjà versée par la recourante. Quant au solde de Fr. 9'000.-, il lui sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.
8.3 La partie qui obtient entièrement ou partiellement gain de cause se voit allouer des dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (art. 64 al. 1 PA et art. 7 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]. En l'absence d'un décompte, qui n'est pas collecté d'office (cf. not. arrêt du TF 2C_730/2017 du 4 avril 2018 consid. 3.4), le Tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier (art. 14 al. 2 FITAF).
Compte tenu de l'issue du litige, la recourante a droit à une indemnité à titre de dépens réduits, à la charge de l'autorité inférieure. En l'absence de note d'honoraires, celle-ci est fixée ex aequo et bono, sur la base du dossier et suivant la pratique du Tribunal, à Fr. 13'500.-.
(Le dispositif du jugement se trouve à la page suivante.)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est partiellement admis au sens des considérants, le montant dû par la recourante à titre de droit de timbre de négociation étant ramené à Fr. 1'865'646.70 (un million huit cent soixante-cinq mille six cent quarante-six francs et septante centimes). Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Le dossier est renvoyé à l'autorité inférieure pour nouveau calcul des intérêts, dans le sens des considérants qui précèdent.
3. Les frais de procédure, fixés à Fr. 27'000.- (vingt-sept mille francs), sont mis à la charge de la recourante à hauteur de Fr. 18'000.- (dix-huit mille francs). Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée de Fr. 27'000.- (vingt-sept mille francs). Le solde de Fr. 9'000.- (neuf mille francs) sera restitué à la recourante une fois le présent arrêt entré en force.
4.
Un montant de Fr. 13'500.- (treize mille cinq cents francs) est alloué à la recourante à titre de dépens réduits, à la charge de l'autorité inférieure.
5. Le présent arrêt est adressé à la recourante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
La greffière :
Annie Rochat Pauchard
Loucy Weil
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)