bvger · A-5720/2012 · 2014-02-19 · fr
A-5720/2012

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5720/2012
Arrêt du 19 février 2014
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Michael Beusch, Daniel Riedo, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
X._______ SA,
...,
représentée par Me Laurent Panchaud,
Perréard De Boccard SA,
Rue de la Coulouvrenière 29, Case postale 5710, 1211 Genève 11 ,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
autorité inférieure .
Objet
TVA; période du 1er trimestre 2010 au 4e trimestre 2010 (LTVA); représentation directe et indirecte; prestations de gestion et de consultance.
Faits :
A. X._______ SA (ci-après : la recourante) est une société anonyme ayant pour but.... Elle a été immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC) ... en qualité d'assujettie et est inscrite au registre du commerce ... depuis .... Cette société a conclu un contrat de consultance et de gestion avec A._______, sise à ...
B. Y._______ SA est une société anonyme dont le but consiste à... Cette société est inscrite au registre du commerce ... depuis ... et ....
C. En date des 15 et 16 novembre 2011, l'AFC a effectué un contrôle auprès de la recourante, portant sur une période allant du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2010. Pour la période allant du 1er trimestre 2010 au 4e trimestre 2010, la recourante n'avait pas imposé des prestations de gestion et de consultance. A la suite de ce contrôle, l'AFC a fixé la correction d'impôt en sa faveur à un montant total de Fr. 45'166.-, par une notification d'estimation n°... du 12 décembre 2011.
D. Le 30 janvier 2012, la recourante a formé réclamation contre la décision précitée, concluant à son annulation ainsi qu'à l'immatriculation pour l'année 2010 du groupe qu'elle formait avec la société Y._______. Par courrier du 29 février 2012, l'AFC a informé la recourante que la loi n'autorisait ni l'imposition de groupe rétroactive, ni l'assujettissement volontaire rétroactif de Y._______.
E. Par décision du 1er octobre 2012, l'AFC a rejeté la réclamation de la recourante et a fixé la créance fiscale de cette dernière à Fr. 45'166.-, plus intérêt moratoire.
F. Par mémoire du 1er novembre 2012, la recourante a formé recours contre la décision de l'AFC du 1er octobre 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, concluant en substance à l'annulation de ladite décision, sous suite de frais et dépens. Par réponse du 18 mars 2013, l'AFC a conclu au rejet du recours, sous suite de frais.
Pour autant que besoin, les autres faits seront repris dans la partie en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, le mémoire de recours du 1er novembre 2012 a été déposé en temps utile par le destinataire de la décision attaquée (cf. art. 48 al. 1 et 50 al. 1 PA). En outre, un examen préliminaire du recours révèle qu'il remplit les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52 PA, de sorte que le recours est recevable, sous réserve des considérations ci-dessous (cf. consid. 1.2 ci-après).
1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans, il sied d'observer ce qui suit.
1.2.1 Selon la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les trente jours qui suivent leur notification. Il en résulte que l'assujetti a droit, normalement, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet (la seconde étant soumise à des exigences de forme plus élevées), du moins s'il dépose une réclamation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.1, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 3.3.2, A-1601/2006 du 4 mars 2010 consid. 5.1.2).
En l'occurrence, l'AFC a adressé une notification d'estimation à la recourante le 12 décembre 2011. Elle a qualifié cet acte de décision et a indiqué que la recourante bénéficiait de trente jours pour formuler une réclamation. Celle-ci a ainsi contesté la décision par courrier du 30 janvier 2012. L'acte attaqué a été rendu sur cette base le 1er octobre 2012 et l'AFC l'a qualifié de décision sur réclamation.
Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, une notification d'estimation, en tant que telle, ne constitue pas une décision. En temps normal, le procédé utilisé par l'AFC n'est donc pas conforme à la LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4 [non entré en force]).
Il s'ensuit que le courrier de la recourante du 30 janvier 2012 ne constitue pas une réclamation au sens de l'art. 83 LTVA, mais bien une demande de première décision au fond (cf. art. 82 al. 1 LTVA) et, partant, l'on ne saurait qualifier de "décision sur réclamation" la décision de l'AFC du 1er octobre 2012. Il en résulte que la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans n'est en principe pas donnée.
1.2.2 Toutefois, l'acte en cause, qui représente indéniablement une décision au sens de l'art. 5 PA, est motivé. Attendu que la recourante l'a déféré directement et sans réserve au Tribunal administratif fédéral, on peut en déduire qu'elle a accepté, à tout le moins implicitement, d'avoir été privée d'une procédure de réclamation en bonne et due forme et qu'elle consent à ce que son recours soit traité comme un recours "omisso medio", par application analogique de l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 précité consid. 1.2.3, A-1017/2012 du 18 septembre 2012 consid. 1.2.3, A-6740/2011 du 6 juin 2012 consid. 1.1.4, A-5798/2011 du 29 mai 2012 consid. 1.3 et A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.3). Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent pour connaître du présent litige.
1.2.3 La LTVA est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. La période contrôlée portant du 1er janvier au 31 décembre 2010, la LTVA est applicable au cas d'espèce.
1.3
1.3.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungs gericht, 2ème éd., Bâle 2013, p. 88 n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6eéd., Zürich 2010, ch. 1758 ss).
1.3.2 Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA), ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a; cf. également consid. 6 ci-après). Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (art. 52 PA; cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 précité consid. 1.3, Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, Zurich 2013, ch. 1135 s.).
1.3.3 Aux termes des art. 113 al. 3 et 81 LTVA, l'art. 12 PA est désormais immédiatement applicable. Concrètement, cela n'opère guère de changement (voir à cet égard l'arrêt du Tribunal administratif fédéralA-4309/2008 et A-4313/2008 du 30 avril 2010 consid. 2.3), puisque, déjà auparavant, la procédure TVA était régie par le principe inquisitoire. Néanmoins, on peut dire que désormais, la loi consacre expressément la règle selon laquelle l'AFC se doit d'établir un état de faits aussi complet et exact que possible en appliquant ledit principe d'office (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.2). En particulier, cela implique que l'AFC procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens à sa disposition, tels notamment que les documents et les renseignements des parties ou de tiers (cf. art. 12 ss PA).
1.4 Dans la présente cause, il appartient au Tribunal de céans d'exposer d'abord la notion de représentation directe et indirecte (cf. consid. 2.2 et 2.3 ci-dessous) et la problématique du mandat d'encaissement (cf. consid. 2.4 ci-dessous). Puis, il sera nécessaire de traiter la question du lieu de la prestation (cf. consid. 2.5 ci-dessous).
2. En premier lieu, il sied de rappeler les règles d'attribution et d'imputation en matière de TVA, ainsi que la distinction fondamentale entre représentation directe et indirecte.
2.1
2.1.1 Tout d'abord, il convient de relever l'importance déterminante que revêt la facturation en matière de TVA. Selon un principe admis, elle constitue un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3 et 5; arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 6.7 et 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2, A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 5.2; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 459 p. 144). En outre, et suivant la « théorie des stades », la facture crée un stade distinct dans la chaîne des opérations TVA, son rôle dépassant donc celui du simple titre (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 6.5; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.2 [confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2008 du 13 octobre 2009]; Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos?, in : Festschrift SRK - Mélanges CRC [ci-après : Mélanges CRC], p. 68 s.). Il est également fondamental de constater que l'art. 3 let. k LTVA définit à présent clairement la facture, indiquant qu'il s'agit de "tout document par lequel une prestation est facturée à un tiers, quel que soit le nom qui lui est donné dans les transactions commerciales". Cet article inscrit donc dans la loi, le principe selon lequel la facture constitue une présomption qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture.
2.1.2 Les prestations sont en principe attribuées à celui qui, vis-à-vis de l'extérieur, en apparaissant comme prestataire, agit en son propre nom (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1989/2011 du 4 janvier 2012 consid. 2.2.4, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.2, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2.4 et les références citées; Ralf Imstepf, Die Zuordnung von Leistungen gemäss Art. 20 des neuen MWSTG, in: Archives de droit fiscal suisse [ASA] 78 757, p. 761 s.; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 148, ch 472 ss). La question déterminante est de se demander comment la prestation offerte apparaît pour le public de manière générale, autrement dit, comment elle est objectivement perçue par un tiers neutre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.1, A-1382/2006 et A-1383/2006 du 19 juillet 2007 consid. 3.4.2, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_518/2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008 publié in: ASA 77 567).
2.1.3 Par ailleurs, pour déterminer l'existence, ainsi que l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il s'agit de considérer les choses d'un point de vue économique. Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe seulement une valeur d'indices et ne peuvent à eux seuls justifier une qualification fiscale ayant valeur décisive (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les nombreuses références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.1, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2).
2.2
2.2.1 Avant d'aborder la problématique de la représentation directe et indirecte sous l'angle du nouveau droit de la TVA, le Tribunal tient à rappeler la règle de la représentation régissant l'ancien droit, à savoir l'art. 11 aLTVA.
2.2.2 Selon l'art. 11 al. 1 aLTVA, quiconque effectue une livraison de biens ou fournit une prestation de services expressément au nom et pour le compte du représenté, de sorte que l'opération se réalise directement entre le représenté et le tiers, est considéré, dans le cadre de cette opération, comme un représentant direct. La représentation directe, sous l'angle de l'aLTVA, implique qu'une livraison de biens ou une prestation de services se fasse uniquement entre le représenté et un tiers. Dans la facture remise au tiers, le représenté doit apparaître en tant que fournisseur de la prestation avec mention complète de son nom et de son adresse (cf. rapport du Conseil fédéral sur des améliorations de la TVA pour les 10 ans de la TVA, ch. 5.3.6 p. 102; Instructions 2001 sur la TVA, n. marg. 197; Instructions 2008 sur la TVA, n. marg. 194).
2.2.3 Conformément à l'art. 11 al. 2 aLTVA, il y a représentation indirecte, lorsqu'un représentant effectue une livraison de biens ou fournit une prestation de services pour le compte d'un représenté sans agir expressément au nom de celui-ci. Il y a alors livraison de biens ou prestation de services aussi bien entre le représenté et le représentant qu'entre le représentant et le tiers. Dans cette situation, l'aLTVA a introduit une fiction totale de double opération, puisque la même prestation de services ne peut matériellement pas être fournie deux fois, contrairement à un bien qui peut être livré deux fois (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1428/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4; Mollard, op. cit., p. 47 ss ch. 4.2.4.2).
2.2.4 Selon la jurisprudence, tant la pratique de l'AFC que l'exigence légale pour le représentant d'agir expressément au nom et pour le compte d'un tiers étaient nécessaires et justifiées sous l'angle de l'aLTVA, même si le respect de cette condition s'avérait être le reflet d'un certain formalisme (cf. rapport du Conseil fédéral sur des améliorations de la TVA pour les 10 ans de la TVA, ch. 5.3.6 p. 103). Il faut encore préciser que le code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220) étend la notion de représentation directe à d'autres cas dans le domaine du droit privé. Ainsi, l'ancien système de la TVA différait de celui de l'art. 32 al. 2 CO, selon lequel un rapport de représentation directe peut également exister lorsqu'il est indifférent pour le tiers de contracter avec le représenté ou le représentant, ou lorsque le tiers doit inférer des circonstances qu'il existait un rapport de représentation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 3.3, 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.6.2 publié dans ASA 76 [2007-2008] p. 627 ss; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.3 et A-1462/2006 du 6 septembre 2007 consid. 2.2.2; Dieter Metzger, op. cit., p. 36 ch. 2 ad art. 11 aLTVA; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, ch. 281; voir aussi Alois Camenzind/ Niklaus Honauer/ Klaus A. Vallender/ Marcel R. Jung/ Simeon L. Probst, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Bern 2012, 3e éd., n. marg. 953).
2.3
2.3.1 La réglementation de la représentation en matière de TVA a été entièrement modifiée depuis l'entrée en vigueur de la LTVA. Afin d'exprimer clairement qu'il ne s'agit pas de la représentation au sens du droit civil mais bien de la représentation au sens du droit sur la TVA, c'est-à-dire la question de savoir à qui une prestation doit être attribuée, le titre de l'article réservé à la représentation a changé et s'intitule à présent "attribution des prestations". Comme sous l'angle de l'ancien droit, le critère décisif dans le cadre de la représentation doit toujours être la manière d'apparaître aux yeux des tiers : il ne peut y avoir représentation directe, au sens de la TVA, que si le représentant n'apparaît pas comme le prestataire. Mais la nouvelle réglementation est fondée sur l'idée que le fait de nommer le représenté ne doit plus être une obligation pour le partenaire commercial, comme c'était le cas sous l'angle de l'aLTVA. Ainsi, la réglementation en vigueur de la vente aux enchères (dans le cadre de laquelle la mention du représenté n'est pas obligatoire) peut être généralisée. L'AFC peut effectuer les contrôles nécessaires non seulement en cas de déclaration explicite du rapport de représentation mais également en cas de déclaration par acte concluant, sans identification du représenté. Elle peut notamment toujours exiger du représentant qu'il identifie le représenté, à l'aide du contrat qu'il a passé avec lui ou des justificatifs de l'affaire réalisée. L'AFC n'est donc pas forcément tributaire de l'identification du représenté par le représentant fournissant une prestation à la tierce personne (cf. Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008, 08.053, FF 2008 6351).
2.3.2 L'art. 20 LTVA est, comme l'était l'art. 11 aLTVA, une règle d'imputation : il détermine à qui la prestation doit être imputée lorsqu'un assujetti l'effectue pour le compte d'un autre, dans le cadre d'un rapport de représentation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.620/2004 du 16 septembre 2005 consid. 4.1 et 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 3).
2.3.3 Conformément à l'art. 20 al. 2 LTVA, lorsqu'une personne agit au nom et pour le compte d'une autre, la prestation est réputée fournie par la personne représentée si celle qui la représente remplit les conditions suivantes : elle peut prouver qu'elle agit en qualité de représentant et peut clairement communiquer l'identité de la personne qu'elle représente (let. a) et elle porte expressément le rapport de représentation à la connaissance du destinataire de la prestation ou ce rapport résulte des circonstances (let. b).
Les conditions de l'art. 20 al. 2 let. a et b LTVA sont cumulatives. Pour que l'on soit en présence d'une représentation directe, il est donc nécessaire que les deux conditions de la lettre a soient réalisées, ainsi que l'une des deux hypothèses de la lettre b (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6437/2012 du 6 novembre 2013 consid. 2.2.2; Ivo P. Baumgartner/Diego Clavadetscher/Martin Kocher, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, Einführung in die neue Mehrwertsteuerordnung, Langenthal 2010, n. marg. 13913-49).
L'entrée en vigueur de la LTVA a donc définitivement aboli l'exigence pour le représentant d'agir "expressément" au nom et pour le compte du représenté dans le cadre de la représentation directe, cette exigence paraissant en effet formellement exagérée (voir rapport de P. Spori, expert chargé de la réforme de la TVA, à l'attention du chef du Département fédéral des finances, Berne le 12 mai 2006, p. 35). En effet, si l'on se réfère au but de la nouvelle loi sur la TVA (cf. Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008, 08.053, FF 2008 6351), on constate que le législateur a voulu simplifier la loi, notamment en assouplissant les exigences quelque peu formalistes en matière d'attribution des prestations (Baumgartner/Clavadetscher/Kocher, op. cit., n. marg. 13913-48). Le rapport de représentation doit donc à présent être prouvé, mais il peut l'être par tous les moyens de preuves admissibles, au sens de l'art. 81 al. 1 et al. 3 LTVA (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 1106 n. marg. 92 et 93).
Si les conditions de la représentation directe sont remplies, la prestation fournie au destinataire est attribuée non pas au représentant mais au représenté, et le représentant ne doit pas payer d'impôt sur la prestation. Le représentant ne doit alors déclarer que sa commission à l'AFC (cf. Info TVA 04, Objet de l'impôt, Janvier 2010, p. 33 n. marg. 5.2.1).
2.3.4 Selon la pratique de l'AFC (cf. Info TVA 04, Objet de l'impôt, Janvier 2010, p. 32 n. marg. 5.2.1), lorsqu'une personne (un représentant) agit au nom et pour le compte d'une autre, elle n'agit pas en tant que fournisseur de prestations envers l'extérieur, et la personne représentée est considérée par le destinataire de la prestation comme étant le fournisseur de la prestation dans la mesure où les conditions suivantes sont remplies:
- la personne représentée donne une procuration au représentant (à l'avance ou ultérieurement, cf. art. 32 ou 38 CO);
- le représentant porte expressément à la connaissance du destinataire de la prestation qu'il agit au nom d'une autre personne et ne fournit pas ses propres prestations (par ex. prestations de garantie) et n'assume pas de risque (par ex. risque de ducroire ou autre risque économique), ou le rapport de représentation résulte des circonstances. Il faut cependant partir de l'idée qu'en principe, le représentant (en particulier sur demande du destinataire de la prestation) est prêt à communiquer l'identité de la personne représentée (excepté pour les ventes aux enchères);
- le représentant apporte la preuve qu'il agit en tant que tel;
- la personne représentée est visible pour l'AFC, c'est-à-dire que le représentant fait connaître à l'AFC l'identité de la personne représentée.
2.3.5 L'AFC a formulé une liste exemplative énonçant quelques situations où le rapport de représentation découle des circonstances, notamment dans les cas suivants, pour lesquels le destinataire de la prestation peut objectivement reconnaître que celui qui agit le fait au nom d'une autre personne (cf. Info TVA 04, Objet de l'impôt, Janvier 2010, p. 32 n. marg. 5.2.1) :
- vente d'un billet pour une manifestation (par ex. concert, manifestation sportive);
- vente de billets de loterie en tout genre par des kiosques, restaurants et autres points de vente;
- vente de cartes de téléphone (cartes à prépaiement) par des kiosques et autres points de vente;
- vente de vignettes autoroutières et de vignettes pour les vélos par des garages, magasins de vélo et autres points de vente;
- vente de billets de train, de cartes multicourses, d'abonnements de transports publics ainsi que de billets d'avion par des agences de voyages et autres points de vente.
2.3.6 Alors que sous l'ancien droit de la TVA l'art. 32 al. 2 CO ne pouvait pas être appliqué en matière de représentation (cf. consid. 2.2.4 ci-dessus), on a souvent dit que cet article était désormais clairement applicable sous l'angle de la LTVA, compte tenu du fait que l'art. 20 al. 2 let. b LTVA énonce qu'une représentation directe peut "résulter des circonstances". En effet, la nouvelle formulation des conditions légales d'une représentation directe s'inspire de très près de celle de l'art. 32 al. 2 CO, contrairement à ce qui prévalait sous l'ancien droit (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 1106 n. marg. 91; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008, 08.053, FF 2008 6352). Toutefois, après analyse, cette affirmation apparaît problématique à plus d'un titre.
2.3.6.1 Premièrement, s'il y a lieu d'envisager un réel parallélisme entre l'art. 20 al. 2 LTVA et l'art. 32 al. 2 CO, il est nécessaire de rappeler qu'une éventuelle application de l'art. 32 al. 2 CO ne peut intervenir qu'à l'égard de la lettre b de l'art. 20 al. 2 LTVA. Par ailleurs, on notera également qu'une application analogique de l'art. 32 al. 2 CO doit être tempérée par le fait que l'identité de la personne représentée doit être communiquée, sinon au destinataire de la prestation (cf. art. 20 al. 2 let. b LTVA), du moins à l'AFC (art. 20 al. 2 let. a LTVA) (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 1107 n. marg. 94).
2.3.6.2 Deuxièmement, il faut encore relever que ce parallélisme, bien qu'il existe entre la lettre b de l'art. 20 al. 2 LTVA et l'art. 32 al. 2 CO n'est pas évident et ce, pour deux motifs.
D'une part, en dépit du fait que le rapport de représentation puisse à présent résulter des circonstances en vertu de l'art. 20 al. 2 let. b LTVA, celui-ci doit être envisagé selon la perception objective d'une tierce personne et non selon celle du destinataire de la prestation. En effet, la manière dont le destinataire final de la prestation interprète le rapport de représentation existant entre le représenté et le représentant n'est pas décisive au regard du droit de la TVA et c'est bien la perspective d'un tiers raisonnable, "résultant des circonstances" au sens de l'art. 20 al. 2 let. b LTVA, qui se révèle primordiale. Cette précision marque donc une différence entre le droit de la TVA et le droit civil, l'art. 32 al. 2 in fine CO ne faisant pas état de cette exigence et mettant l'accent, à l'inverse, sur la perception du destinataire, celui-ci seul devant inférer des circonstances l'éventuel rapport de représentation entre le représenté et le représentant (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6437/2012 du 6 novembre 2013 consid. 2.2.2; Imstepf, op. cit., p. 775; Felix Geiger/Regine Schluckebier, MWSTG Kommentar, Schweizerisches Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Zürich 2012, n. marg. 17 ad. art. 20 LTVA; Camenzind/Honauer/Vallender/Jung/Probst, op. cit., p. 359 n. marg. 983).
D'autre part, ni la doctrine, ni la jurisprudence ne précisent clairement la portée de l'art. 32 al. 2 CO en rapport avec l'art. 20 LTVA. Le seul élément paraissant clair est que le droit de la TVA ne connaît pas l'idée figurant à l'art. 32 al. 2 in fine CO, énonçant qu'un rapport de représentation directe existe s'il était indifférent pour le tiers de traiter avec le représenté ou le représentant. L'art. 20 al. 2 let. b LTVA se limite en effet à mentionner qu'un rapport de représentation peut "résulter des circonstances" (cf. Ralf Imstepf, op. cit., p. 775; Geiger/Schluckebier, op. cit., n. marg. 15 ad. art. 20 LTVA).
Cela dit, les relations entre l'art. 20 al. 2 LTVA et l'art. 32 al. 2 CO peuvent en l'état demeurer ouvertes. Dans le cadre du présent arrêt, il suffit de rappeler qu'il existe une distinction fondamentale entre les règles régissant la représentation sous l'angle de l'aLTVA et celles du nouveau droit de la TVA. En effet, comme cela a été dit précédemment (cf. consid. 2.3.3 ci-dessus), la LTVA ne requiert plus que le représentant agisse expressément au nom du représenté, puisque ce rapport de représentation peut tout simplement résulter des circonstances en vertu de l'art. 20 al. 2 let. b LTVA. Tout au plus s'impose-t-il de préciser que l'art. 20 al. 2 let. b LTVA contient une notion juridique imprécise lorsqu'il est fait référence au terme "circonstances" et qu'au surplus, le droit de la TVA doit s'analyser selon une appréciation économique générale, qui est seule déterminante, le droit privé, en particulier le droit des contrats, ne devant intervenir qu'à titre auxiliaire (cf. consid. 2.1.3 ci-dessus). Enfin, le rapport de représentation peut à présent être prouvé par le biais de tous les moyens de preuves admissibles, énoncés à l'art. 81 al. 1 et al. 3 LTVA (cf. consid. 2.3.3 ci-dessus).
2.3.7 Conformément à l'art. 20 al. 1 LTVA, une prestation est réputée fournie par la personne qui apparaît vis-à-vis des tiers comme le fournisseur de la prestation. Cette disposition fixe donc le principe suivant : si le prestataire de service se présente au bénéficiaire du service sous son propre nom, la prestation lui est imputée. C'est aussi le cas s'il agit pour le compte d'un tiers, il s'agit là de la concrétisation de la représentation indirecte (cf. Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008, 08.053, FF 2008 6351). Cet article reprend donc en d'autres termes la règle jurisprudentielle exigeant que l'opérateur TVA agisse en son propre nom et vis-à-vis d'autrui. Selon la pratique de l'AFC, en principe, c'est-à-dire lorsqu'il n'y a pas de rapport de représentation direct, une prestation est réputée fournie par la personne qui apparaît vis-à-vis des tiers comme le fournisseur de la prestation (affaire propre) (cf. Info TVA 04, Objet de l'impôt, Janvier 2010, p. 32 n. marg. 5.1).
Lorsqu'un représentant agit en son propre nom mais pour le compte d'une autre personne, pour le destinataire de la prestation, celle-ci n'est pas attribuée au représenté, mais à la personne qui lui apparaît comme fournisseur de la prestation, à savoir le représentant. Comme il s'agit d'une relation tripartite, il y a deux rapports de prestations semblables successifs au sens de l'art. 20 al. 3 LTVA, à savoir un premier rapport entre le fournisseur de la prestation et le représentant (destinataire de la prestation) et un second entre le représentant (nouveau fournisseur de la prestation) et le destinataire de la prestation (cf. Info TVA 04, Objet de l'impôt, Janvier 2010, p. 34 et 35 n. marg. 5.3).
2.4
2.4.1 Dans certains cas de représentation indirecte, la fiction de la double opération, n'est pas toujours envisageable, ni même possible. Parfois un opérateur agissant bel et bien en son nom et pour le compte d'autrui, n'intervient pas dans l'intention d'être un intermédiaire indirect, mais bien dans celle d'effectuer une prestation spécifique et différente de celle voulue par le "représenté". Tel est le cas, notamment, de l'encaissement d'une créance qui est exécuté en nom propre pour le compte d'un tiers mandant. Alors que le véritable représentant indirect est impliqué dans la relation d'une fourniture complète d'un bien ou d'une prestation de services, le mandataire chargé uniquement de l'encaissement n'intervient que dans le cadre du versement de la contre-prestation. Sa fonction d'intermédiaire est réduite au seul encaissement ou recouvrement d'une créance, de sorte qu'il n'est pas possible de lui imputer - fictivement - l'opération TVA elle-même. La portée pratique de la distinction est également considérable, puisque l'ensemble de la contre-prestation reçue par le représentant indirect est imposable, alors que seule la commission reçue par la personne chargée de l'encaissement entre dans la base d'imposition (cf. Décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 11 octobre 2000, in : JAAC 65.59 consid. 3 c/cc et d; Mollard, op. cit., p. 49 ss ch. 4.2.4.3).
2.4.2 Selon la pratique, lorsque le fournisseur de prestations (créancier) mandate un tiers (par ex. une banque ou un bureau d'encaissement) de recouvrer sa créance auprès du destinataire de la prestation (débiteur), et que le tiers doit fournir un décompte au fournisseur de prestations pour chaque paiement du débiteur (ce qui signifie que le tiers encaisse sur facture du fournisseur de prestations, sans risque de ducroire), il y a une simple prestation d'encaissement. A ces conditions, le tiers doit acquitter l'impôt sur la contre-prestation pour sa prestation d'encaissement. Le fournisseur de prestations, en revanche, doit acquitter l'impôt sur l'ensemble des montants versés par le débiteur au tiers (y compris les éventuels suppléments pour versements partiels, les intérêts contractuels et les valeurs de mise en compte) (cf. Info TVA 04, p. 12 n. marg. 2.3.3).
Dès lors qu'il n'existe plus d'Instructions générales à l'usage des assujettis depuis l'entrée en vigueur de la LTVA, les quelques éléments précités tirés de la pratique sont les seuls fondements permettant de définir le mandat d'encaissement et d'en fixer les conditions. Même si la pratique en la matière a disparu, on ne saurait en aucun cas omettre l'éventualité du mandat d'encaissement. Il est donc nécessaire de préciser que la jurisprudence reconnaît cette possibilité, le Tribunal fédéral ayant admis, sous l'ancien droit, que le mandat d'encaissement devait être régi par les mêmes conditions que celles régissant la représentation directe (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_359/2008 du 23 février 2009 consid. 6.4, voir aussi arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1378/2006 du 27 mars 2008 consid. 3.4). Le Tribunal de céans estime - la question pouvant toutefois demeurer ouverte - que la situation du mandat d'encaissement devrait rester la même sous le nouveau droit, en ce sens qu'il devrait être régi par les conditions énoncées à l'art. 20 al. 2 LTVA.
2.5
2.5.1 Aux termes de l'art. 3 let. e et 18 al. 1 LTVA, sont soumises à l'impôt à moins d'être expressément exclues de son champ, les prestations de services fournies à titre onéreux par des assujettis sur territoire suisse.
2.5.2 En ce qui concerne le lieu de la prestation de services, le système mis en place par l'art. 8 LTVA diffère fondamentalement de celui qui s'appliquait sous l'ancienne législation sur la TVA. Cette dernière suivait en effet une ligne inverse et posait comme règle fondamentale que le lieu des prestations de services correspondait à l'endroit où le prestataire se trouvait, une série d'exceptions introduisant ensuite des règles spéciales pour divers types de prestations (cf. art. 14 aLTVA). Les effets concrets du changement en question restent toutefois limités, dans la mesure où les exceptions sont nombreuses dans le nouveau droit tout comme elles l'étaient dans l'ancien (cf. Alois Camenzind, Der Ort von Dienstleistungen im Mehrwertsteuergesetz 2010, ASA 78 p. 713, en particulier p. 731).
2.5.3 L'art. 8 al. 1 LTVA traite du lieu de la prestation de services. De manière générale, celui-ci se définit comme le lieu où le destinataire de la prestation a le siège de son activité économique ou l'établissement stable pour lequel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement stable, le lieu où il séjourne habituellement (art. 8 al. 1 in fine LTVA).
2.5.4 Conformément à l'art. 8 al. 2 LTVA, certains types de prestations de services sont ensuite soumis à une réglementation particulière, à savoir les prestations de services qui sont d'ordinaire fournies directement à des personnes physiques présentes; les prestations des agences de voyage et des organisateurs de manifestations; les prestations culturelles, artistiques, didactiques, scientifiques, sportives ou récréatives et les prestations analogues; les prestations de la restauration; les prestations de transport de passagers; les prestations de services en relation avec un bien immobilier; les prestations de services dans le domaine de la coopération internationale.
2.5.5 Lorsque les conditions de la représentation directe sont remplies en vertu de l'art. 20 al. 2 let. a et b LTVA, la prestation est attribuée au représenté (cf. art. 20 al. 3 a contrario LTVA). Dès lors, les règles concernant le lieu de la prestation au sens de l'art. 8 al. 1 LTVA trouvent application, en ce sens que lorsque le siège de l'activité économique du destinataire ou son établissement stable se trouve en Suisse, l'opération est imposable. Dans la situation inverse, à savoir dans le cas où le destinataire de la prestation a le siège de son activité économique ou son établissement stable à l'étranger, l'opération n'est pas soumise à l'impôt.
3.
3.1 En l'espèce, la recourante conteste notamment le bien-fondé de la reprise effectuée par l'AFC et nie l'existence de prestations de services fournies à Y._______, cette dernière n'agissant qu'en tant qu'intermédiaire entre elle et A._______. Il s'agira donc dans un premier temps de déterminer s'il existe réellement une prestation de services effectuée par la recourante à l'égard de Y._______, comme le prétend l'AFC (cf. consid. 3.1.2 ci-dessous). Dans un deuxième temps, il sera nécessaire d'examiner la nature du rapport de représentation existant entre Y._______ et la recourante, compte tenu du sens de l'art. 20 al. 2 LTVA (cf. consid. 3.2 ci-dessous).
3.1.1 Avant tout autre débat, il sied d'examiner l'argument avancé par la recourante, selon lequel l'AFC a fait référence au compte ... de Y._______ tout au long de la procédure, alors que ce compte n'existerait pas. Il s'avère en réalité que l'AFC a requis par erreur la production dudit compte, alors qu'elle faisait référence au compte ... de la recourante. Par ailleurs, il ressort du dossier que ..., qui a effectué les bouclements et les décomptes de la recourante, était présent lors du contrôle de l'AFC, lorsque ce compte a été mentionné. Dès lors, la recourante ne pouvait ignorer que l'AFC se référait en réalité à son propre compte ... et non à celui de Y._______. L'extrait dudit compte a d'ailleurs été fourni par la recourante lors de l'instruction et se trouve dans le dossier (cf. courrier de la recourante adressé au Tribunal de céans datant du 4 mars 2013). Le Tribunal de céans ne voit donc manifestement pas pour quelle raison la recourante se borne à prétendre que ce compte n'existe pas. Force est donc de constater que l'erreur de l'AFC dans l'énoncé du compte ne viole pas le droit d'être entendu de la recourante et n'influence en rien la suite du présent arrêt, qui on le rappelle, a pour but de traiter l'existence même d'une prétendue prestation de services fournie par la recourante à Y._______ et la nature des rapports existants entre ces deux sociétés, non pas le montant de la reprise effectuée par l'AFC. Enfin, et de toute façon, on rappellera que l'appréciation économique est déterminante par rapport au poids de la comptabilité, de sorte que les écritures comptables ne sont pas décisives du point de vue du droit de la TVA, car elles n'ont qu'une valeur de présomption (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-720/2013 du 30 janvier 2014 consid. 2.4, A-6182/2012 du 27 août 2013 consid. 3.5, A-1601/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.2.2, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 2.3.2).
3.1.2 Il convient à présent d'examiner la position de l'AFC. Sur le fond, cette dernière estime que Y._______ a sous-traité à la recourante les services de consultance fournis à A._______. En d'autres termes, dès lors que Y._______ ne dispose ni de personnel ni d'infrastructures, l'AFC juge qu'elle est gérée par la recourante, qui elle, a fourni des prestations de gestion envers Y._______ et de consultance envers la société étrangère, A._______. Après analyse, le Tribunal de céans ne saurait suivre cette position, manifestement erronée. Certes, il n'existe pas de contrat entre Y._______ et la recourante qui permettrait de prouver la nature des relations qu'elles entretiennent. Il est vrai aussi, comme le dit l'AFC, que Y._______ ne dispose ni de personnel ni d'infrastructures lui permettant d'effectuer, seule, des prestations de consultance à une entreprise étrangère, plus précisément à A._______. En outre, Y._______ et la recourante font partie du même groupe, en ce sens qu'elles sont administrées par la même personne, B._______ (cf. extraits du registre du commerce de la recourante et de Y._______, pièces 2 et 3 du bordereau de pièces joint au recours). Cependant, on ne saurait déduire de ces affirmations que la recourante a effectué des prestations de gestion pour Y._______ et ce, pour plusieurs motifs.
Tout d'abord, rien dans le dossier ne laisse accroire que la recourante est en réalité une société sous-traitante de Y._______, l'AFC ne se fondant sur aucune pièce concrète pour tirer une telle conclusion. En effet, de nombreux éléments du dossier permettent de constater que les choses se sont déroulées différemment. Y._______, dressant facture pour le compte de la recourante, a simplement reversé à la recourante l'argent reçu de A._______, correspondant aux prestations de consultance fournies par la recourante à cette dernière, en y prélevant un montant à titre de rémunération. Une première considération économique et factuelle conduit donc déjà au rejet de la thèse de l'autorité inférieure, dans la mesure où l'AFC ne tient absolument pas compte des flux d'argent tels qu'ils se sont produits. L'AFC ne fait qu'extrapoler une conclusion à partir d'une absence d'éléments, sans s'appuyer sur des documents prouvant que son opinion est exacte. Ensuite, l'AFC se méprend lorsqu'elle prétend qu'il y a prestation de gestion à un proche sans contrepartie envers Y._______. Là encore, aucun élément versé au dossier ne conforte une telle appréciation. Au contraire, on ne saurait tirer d'un lien de participation, quel qu'il soit, l'existence de prestations de services de gestion entre entités apparentées. Enfin et surtout, et cette constatation apparaît primordiale, s'il existait un rapport de sous-traitance entre Y._______ et la recourante, comme le prétend l'AFC, le contrat de base concernant les prestations de consultance aurait été conclu entre A._______ et Y._______ et non entre A._______ et la recourante. Or, tel n'est précisément pas le cas en l'espèce. On ne saurait donc manifestement comprendre pour quelle raison Y._______ aurait sous-traité des prestations qu'elle-même n'a pas été chargée d'effectuer, compte tenu de l'absence de contrat conclu entre elle et A._______. Une analyse portant sur les contrats en cause, même objectivée au sens de la jurisprudence ne peut en aucun cas accréditer la vision de l'AFC (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_576/2013 du 20 janvier 2013 consid. 2.3.2, 2C_628/2013 du 27 novembre 2013 consid. 2.5.3).
En résumé, la position de l'AFC, indéfendable sur le plan des appréciations économique et juridique, doit être rejetée.
3.1.3 Au vu de ce qui vient d'être exposé, on peut sérieusement se demander s'il ne faudrait pas renvoyer la cause à l'AFC. En effet, force est de constater que, d'une part, elle a mal établi les faits, puisqu'elle n'a pas réellement recherché les éléments utiles permettant d'admettre ou d'écarter l'existence d'une représentation directe entre Y._______ et la recourante. Comme cela a été dit précédemment, l'AFC se doit, en vertu des art. 113 al. 3 et 81 LTVA ainsi que l'art. 12 PA, d'établir un état de fait aussi complet et exact que possible en administrant les preuves, conformément au principe de la maxime inquisitoire (cf. consid. 1.3.3 ci-dessus). Il paraît ici manifeste que l'AFC n'a pas cherché à établir le rôle réel de Y._______, puisqu'elle ne s'est pas basée sur des éléments concrets pour parvenir au résultat figurant dans la décision attaquée. On rappellera ici que si le contribuable doit accepter les faits tels qu'ils se sont passés, ce principe s'applique également à l'AFC (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2276/2012 du 29 octobre 2013 [non entré en force] consid. 3.6.1 et les arrêts cités; voir aussi l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_451/2013 du 7 janvier 2014 consid. 6.2). D'autre part, il apparaît que l'AFC a appliqué incorrectement le droit aux faits de la cause, en abordant uniquement la question de la sous-traitance et de la prestation à une personne proche, sans même mentionner la problématique de la représentation directe et indirecte. En effet, à aucun moment l'AFC n'a examiné, ni même écarté l'hypothèse d'une représentation directe au sens de l'art. 20 al. 2 LTVA, alors qu'une telle analyse s'imposait. Cependant, comme on va le voir ci-après (cf. consid. 3.2 ci-dessous), le Tribunal est en mesure de juger le présent cas sur la base du dossier, de telle sorte qu'un renvoi de la cause à l'AFC ne s'impose pas, par économie de procédure autant que par conséquence de la conviction du Tribunal de céans (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1924/2012 du 31 mai 2013 consid. 4.3.2, A-2890/2011 du 29 décembre 2011 consid. 3.2.1).
3.2
3.2.1 Dès lors qu'il n'existe pas de relation de sous-traitance entre Y._______ et la recourante, il y a lieu de se demander de quelle nature est la représentation existant entre ces deux entités distinctes. Comme cela a été mentionné dans la partie en droit (cf. consid. 2.3.3 ci-dessus), on peut parler de représentation (directe) lorsque le représentant peut prouver qu'il agit en qualité de représentant et peut communiquer l'identité du représenté (art. 20 al. 2 let. a LTVA). En outre, il est nécessaire que le rapport de représentation soit porté expressément à la connaissance du destinataire de la prestation ou que ce rapport résulte des circonstances (art. 20 al. 2 let. b LTVA). Comme cela a été dit précédemment, pour que l'on soit en présence d'une représentation (directe) sous l'angle de l'art. 20 al. 2 LTVA, il est nécessaire que les deux conditions cumulatives de la lettre a soient remplies et que l'une des deux conditions de la lettre b du même article soit réalisée (cf. consid. 2.3.3 ci-dessus).
3.2.1.1 En ce qui concerne la lettre a, le Tribunal de céans estime que les deux conditions nécessaires sont remplies. En effet, d'une part, Y._______ peut prouver qu'elle agit en tant que représentante en ce qui concerne les prestations de consultance, tout simplement parce que celle-ci n'a effectué aucune prestation de consultance à A._______ et n'a conclu aucun contrat avec ce dernier. Par ailleurs, les factures envoyées par Y._______ à A._______ mentionnent la rémunération des employés de la recourante, son loyer et ses assurances, ce qui constitue bien une preuve que ces factures faisaient référence aux prestations de consultance fournies par la recourante et que Y._______ n'a donc pas agi pour elle-même, mais bien en qualité de représentante en ce qui concerne lesdites prestations. D'autre part, il paraît évident que Y._______ peut clairement communiquer l'identité de la personne qu'elle représente, à savoir la recourante, puisqu'il ressort du dossier qu'elle l'a fait tout au long de la procédure envers l'AFC, mais aussi auprès du destinataire de la prestation de consultance et de gestion, A._______. La première condition s'avère donc manifestement réalisée.
3.2.1.2 Pour ce qui est de la lettre b du même alinéa, il y a lieu de rappeler la précision décisive et alternative de la loi, selon laquelle le rapport de représentation peut résulter des circonstances (cf. consid. 2.3.3 ci-dessus). Compte tenu du cas d'espèce et de l'état de fait constaté par le Tribunal de céans, il apparaît à l'évidence qu'on ne saurait s'arrêter au seul fait que Y._______ a facturé les prestations de consultance en cause en son nom. Il n'en résulte pas encore une attribution en la personne de celui qui a dressé facture, puisque ce dernier n'a ici manifestement pas effectué les prestations figurant sur les factures et que le représenté, en l'état, estime n'avoir pas fait appel à un représentant. Encore faut-il alors, logiquement, analyser les circonstances (au sens de l'art. 20 al. 2 let. b cité) qui président ou ont entouré dite facturation.
En l'occurrence, il y a d'abord lieu de prendre la réelle portée des factures en cause. Certes, elles portent le nom de Y._______ et sont libellées à son nom. Celles qui figurent dans le dossier (cf. pièces du bordereau de pièces joint au recours) sont au nom de Y._______, le nom de la recourante ne figurant pas sur l'entête des factures. En outre, il s'avère que A._______ verse la contrepartie des services de consultance fournis par la recourante sur le compte de Y._______ et non sur celui de la prestataire (cf. pièces du bordereau de pièces joint au recours). Cependant, il n'en demeure pas moins établi que différents postes de ces dernières mentionnent la rémunération des employés de la recourante, son loyer et ses assurances, ce qui ne laisse que peu de doute quant au fait que ces factures faisaient bien référence aux prestations fournies par la recourante. En outre, si A._______ a payé les prestations de consultance directement à Y._______, c'est bien parce que A._______ savait ou devait savoir que les factures concernaient la recourante, puisque Y._______ ne lui a fourni aucune prestation réelle. Surtout, lesdites factures sont différentes du contrat de base, passé uniquement entre la recourante et A._______, à l'exclusion de Y._______. Ces premiers éléments militent déjà en faveur d'un rapport de représentation, en tous les cas contre une attribution problématique et douteuse des opérations en cause en la personne de Y._______.
Par ailleurs, il faut rappeler que cette dernière ne possède ni personnel, ni infrastructure et l'AFC elle-même n'en disconvient pas. Elle n'est donc pas, en soi, en mesure d'effectuer le genre d'opérations de consultance dont il est question. Certes, cette capacité d'effectuer matériellement les opérations en cause n'est pas nécessaire pour entraîner une attribution au sens de l'art. 20 al. 1 LTVA. L'exemple-type est celui de l'entrepreneur général qui effectue des livraisons immobilières en son propre nom et peut faire figure d'opérateur. Mais cette situation est précisément impossible ici, dès lors qu'il a été suffisamment démontré qu'un rapport de sous-traitance n'était pas envisageable, sauf à tirer des circonstances de faits des conclusions insoutenables en l'espèce (cf. consid. 3.1.2 ci-dessus). Un rapport de sous-traitance n'étant pas retenu, il s'impose de suivre le contrat de base selon lequel les prestations de consultance ont été commandées et assumées par la recourante elle-même et non pas par Y._______. On ne saurait donc admettre que Y._______ a agi en son nom, fournissant en son nom propre des prestations de consultance à l'encontre de A._______.
En réalité, il y a lieu d'accueillir la thèse de la recourante, lorsqu'elle prétend qu'elle a uniquement été chargée de facturer les opérations de la recourante à A._______ et d'encaisser la contre-prestation due, à charge pour elle de la reverser à la recourante. Une telle version des événements correspond tout à fait aux éléments ressortant du dossier. Cela étant, un rapport de représentation au sens de l'art. 20 al. 2 let. b LTVA doit être admis à l'égard des opérations de consultance. Il s'agit précisément d'un cas où l'examen de l'ensemble des circonstances, tel que le dicte désormais l'art. 20 LTVA, permet et oblige l'autorité de perception de s'écarter du seul texte des factures à disposition. Une approche sous l'angle du droit des contrats, même objectivée, ne conduit pas à un résultat différent. Les circonstances économiques laissent à penser que la conclusion d'un contrat d'affacturage et d'encaissement a effectivement existé dans la réalité, au détriment d'une indéfendable hypothèse de contrat de gestion sans contre-prestation. Une telle conclusion sur le plan du droit privé exclut également une attribution des opérations de consultance à Y._______.
Il est vrai que l'on peut s'interroger sur les raisons ayant poussé la recourante à adopter un schéma structurel impliquant une société anonyme et une autre entité dominée par l'actionnaire principal de ladite société. Mais, sauf abus de droit, on ne saurait en tirer un quelconque droit en faveur de l'autorité fiscale. Au contraire, il y a lieu de relever que c'est précisément l'aménagement choisi qui a permis à l'AFC d'envisager une fiscalisation sous l'angle de la TVA. On ne saurait donc en aucun cas y voir une tentative de parvenir à une économie en matière de TVA. En réalité, il revenait à dite autorité de respecter, comme le lui impose la jurisprudence (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_451/2013 du 7 janvier 2014 consid. 6.2; 2C_732/2010 du 28 juin 2012 in : Revue de droit administratif et de droit fiscal RDAF 2012 II 480 consid. 4.2.), la liberté d'organisation et d'aménagement des rapports juridiques et de ne pas porter atteinte à la marge de manoeuvre considérable des opérateurs. Elle a, au contraire, substitué sa propre appréciation à celles des entités responsables, ce qui ne saurait entraîner la protection du Tribunal.
Par conséquent, il ressort de l'analyse qui précède que, en ce qui concerne les opérations de consultance, l'existence d'un rapport de représentation entre Y._______ et la recourante résulte des circonstances, à teneur de l'art. 20 al. 2 let. b in fine LTVA, sans qu'il soit besoin de s'attarder plus avant sur la légalité des conditions formelles énumérées par l'AFC dans sa pratique, conditions admissibles uniquement comme moyens de preuves alternatifs, mais non contraignants (art. 81 al. 3 2e phr. LTVA; cf. consid. 2.3.4 ci-dessus).
3.2.2 En conclusion, il s'avère que les opérations de consultance considérées doivent être attribuées à la recourante et qu'elles ont été effectuées directement à A._______, sise à l'étranger. Y._______ a agi, à leur égard, comme représentante (directe) au sens de l'art. 20 al. 2 LTVA, au nom et pour le compte de la recourante. Elle n'a agi en son nom qu'en ce qui concerne une opération d'encaissement/facturation desdites opérations. Il existe donc uniquement des opérations de facturation/encaissement de la part de Y._______ à la recourante, effectuées à titre onéreux et clairement imposables, au cas bien entendu où un assujettissement pourrait entrer en ligne de compte pour Y._______. Pour le reste, les opérations de consultance faites par la recourante elle-même à A._______, imposables en soi, s'avèrent non imposées, dès lors que A._______ se trouve à l'étranger et que les conditions pour une opération située à l'étranger au sens de l'art. 8 al. 1 LTVA apparaissent manifestement réalisées.
3.2.3 La recourante invoque encore une prétendue taxation par voie d'estimation au sens de l'art. 79 LTVA, que l'AFC aurait effectué de manière arbitraire (cf. art. 9 Cst.). Au vu de ce qui précède, le Tribunal de céans estime qu'aucune taxation par voie d'estimation n'a été opérée par l'AFC, de sorte qu'il n'y a donc pas lieu de discuter de cette problématique.
4. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre le recours. Vu l'issue du litige, il n'est perçu aucun frais de procédure (art. 63 al. 1 et 2 PA). En conséquence, l'avance de frais perçue de Fr. 3'000.-- sera restituée à la recourante sur le compte bancaire qu'elle aura désigné, dès l'entrée en force du présent arrêt. Il reste à examiner la question des dépens relatifs à la procédure devant le Tribunal de céans. Les art. 64 PA et 7 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) permettent au Tribunal d'allouer à la partie ayant obtenu gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. En l'absence de décompte présenté au Tribunal, il appartient à celui-ci de fixer l'indemnité due à titre de dépens selon sa libre appréciation et sur la base du dossier, une motivation sommaire à ce sujet étant suffisante. Dans ce cadre, le Tribunal tiendra notamment compte de l'importance et de la difficulté du litige, ainsi que du travail et du temps que le représentant a dû y consacrer (cf. art. 10 al. 1 et 14 al. 2 FITAF; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7935/2008 du 25 mars 2010 consid. 9). En l'occurrence, le travail accompli par le représentant de la recourante en instance de recours a consisté principalement dans la rédaction d'une réclamation de douze pages, qui ne donnent pas droit à une indemnité (art. 84 al. 1 LTVA), d'un recours de douze pages également, accompagné d'un bordereau de huit pièces, et de plusieurs lettres. Il se justifie, eu égard à ce qui précède, de lui allouer une indemnité à titre de dépens de Fr. 4'500.-- (TVA comprise) à charge de l'autorité inférieure.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis.
2. La décision du 1er octobre 2012 de l'autorité inférieure est annulée.
3. Il n'est pas perçu de frais de procédure. L'avance de frais déjà versée de Fr. 3'000.-- sera restituée à la recourante sur le compte bancaire qu'elle aura désigné, dès l'entrée en force du présent arrêt.
4. Une indemnité de dépens de Fr. 4'500.-- est allouée à la recourante, à charge de l'autorité inférieure.
5. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf...; Acte judiciaire)
Le président du collège :
Le greffier :
Pascal Mollard
Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :