bvger · A-5931/2022 · 2023-10-03 · fr
A-5931/2022

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5931/2022
Arrêt du 3 octobre 2023
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Claudia Pasqualetto Péquignot, Christine Ackermann, juges,
Johanna Hirsch-Sadik, greffière.
Parties
Chemins de fer fédéraux suisses CFF Infrastructure,
représentée par
Maître Benoît Carron, Bonnard Lawson,
recourante,
contre
1. A._______,
2. X._______ S.A.,
les deux représentés par
Maître Pascal Marti, SJA Avocats SA,
intimés,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Expropriation; indemnité pour expropriation (constitution de servitudes souterraines).
Faits :
A. A._______ et X._______ S.A. (ci-après, les intimés ou les expropriés) sont copropriétaires de la parcelle n°1.______ du Registre foncier de la Commune de Genève (ci-après, le RF), à l'avenue (...). D'une surface totale de 1'243 m2, elle est sise en zone d'affectation 2 de construction. Elle supporte une habitation à plusieurs logements d'une surface au sol de 653 m2 avec neuf niveaux, soit un sous-sol, un rez-de-chaussée et sept étages, 17 appartements. Elle comprend également deux immeubles constitués de garages privés d'une surface au sol de 158 m2 et de 59 m2, avec dix box à véhicules dont trois doubles, auxquels s'ajoutent trois places extérieures.
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après, les CFF, la recourante ou l'expropriante) et l'Etat de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des transports (l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (le CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.
B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans du projet CEVA, accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figurent les intimés pour la parcelle susmentionnée, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier, et prescrit que les demandes en indemnités déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (également la CFE ou l'autorité inférieure). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal de céans (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3713/2008 du 15 juin 2011 in : ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (cf. arrêts du Tribunal fédéral [TF] 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
B.c Par décision du 12 décembre 2013, la CFE a autorisé les CFF à prendre possession anticipée des droits sur l'immeuble n° 1._______ RF. Le CEVA a été mis en service fin 2019.
C.
C.a Le 24 mai 2019, aucun accord n'ayant été trouvé, les CFF ont saisi la CFE d'une requête en estimation du montant de l'indemnité à verser pour la constitution d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle n° 1._______ RF, ainsi que d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et d'une servitude de restriction au droit de bâtir sur une surface de 1'037 m2 sous la parcelle, à une profondeur de 3.46 m à 4.03 m sous la surface du terrain.
C.b Par détermination du 1er octobre 2019, les expropriés ont conclu, préalablement, à ce que la CFE ordonne une expertise de leur parcelle afin de déterminer l'indemnité due et, principalement, à ce qu'elle condamne les CFF à leur payer au minimum 700'000 francs, à répartir entre les copropriétaires, sous réserve d'une amplification à l'issue de l'expertise, et condamne les CFF aux frais et dépens de la procédure. En substance, ils font valoir que l'inscription des servitudes les prive d'une jouissance normale du sous-sol et que la mise en valeur ultérieure de l'immeuble peut être compromise par une restriction à la construction. Ils expliquent qu'en 1998, ils avaient envisagé la création d'un parking rentable économiquement sous leur parcelle et quatre parcelles voisines, mais qu'ils y avaient renoncé vu le projet du CEVA.
C.c Par détermination du 30 janvier 2020, les CFF ont conclu à ce que la CFE considère que les conditions d'octroi d'une indemnisation ne sont pas réunies, ordonne l'inscription des droits demandés au registre foncier et rejette toutes les autres prétentions des expropriés. En résumé, ils contestent l'existence d'un rapport de causalité entre la réalisation du CEVA et l'abandon du projet de parking souterrain. Ils affirment que celui-ci a été abandonné bien avant le CEVA pour des raisons foncières et d'absence d'accord de tous les propriétaires. En outre, ils soutiennent que le plan financier est incomplet et trop bas. Ils indiquent qu'une projection du rendement de la réalisation d'un 2ème sous-sol montre un déficit très important. Ils remarquent que le 1er sous-sol existant n'est pas impacté par la constitution des servitudes. En l'absence d'un dommage, ils estiment que les expropriés n'ont pas droit à une indemnité.
C.d Le 1er juillet 2020, les parties ont comparu devant la CFE pour une audience de conciliation, lors de laquelle ils ont maintenu leur position respective. Les expropriés ont précisé que des caves et des places de parc se trouvaient sur le demi sous-sol de l'immeuble.
C.e Par détermination du 30 octobre 2020, les CFF ont remarqué que l'épaisseur de terrain résiduelle permettait la réalisation d'un 2ème sous-sol. Ils expliquent que leur tunnel traverse le quartier de (...) et qu'ils ont conduit des discussions approfondies avec tous les propriétaires concernés. Seul un propriétaire envisageait sérieusement d'ajouter un niveau supplémentaire à son garage souterrain. Malgré l'accord des CFF, il a renoncé à son projet par manque de rentabilité. En l'espèce, les expropriés n'ont pas de projet concret actuel de sous-sol supplémentaire. Le projet de parking a été abandonné au stade préliminaire. Or, au début des années 2000, le tracé du CEVA, sa profondeur et ses conséquences foncières n'étaient pas établies. Le plan d'expropriation n'a été établi que le 7 avril 2006.
C.f Par détermination du 29 avril 2021 les expropriés ont maintenu leur position.
C.g Le 8 décembre 2021, les parties ont comparu devant la CFE. Les expropriés ont donné leur accord pour que l'un de membres de la CFE effectue une estimation de la valeur de l'immeuble après visite des lieux, à laquelle ils seraient conviés.
C.h Par ordonnance du 20 décembre 2021, la CFE a demandé aux parties de lui transmettre des documents afin de déterminer la valeur vénale de la parcelle n° 1._______ RF. Elle les a informées qu'après réception, elle délèguerait l'un de ses membres pour effectuer une inspection locale, à laquelle les parties pourraient assister.
C.i Par écriture du 15 février 2022, les expropriés ont produit à la CFE les pièces requises.
C.j Le 3 mai 2022, l'architecte B.______ (ci-après, l'expert interne), membre de la CFE, a visité l'immeuble.
C.k Le 12 septembre 2022, l'expert interne a établi une expertise sur délégation de la CFE, déterminant la valeur vénale de la parcelle n° 1._______ RF. Il a précisé que la situation du terrain était très bonne, à proximité du centre de Genève, dans le quartier de (...), avec une vue et un dégagement exceptionnel sur le parc (...), les commodités à proximité (transports publics, commerces, écoles, centre médical, etc.), un bon ensoleillement et de très faibles nuisances sonores dues au passage des voitures dans l'avenue (...). Il a estimé la cubature des logements à 18'200 m3 et les box à 715 m3. Il a remarqué que l'année de construction était 1930, que l'immeuble était bien entretenu et a estimé le taux de vétusté à 25%. Il a retenu une densité de 4.02 (5'000 m2 / 1'244 m2). Il a relevé que les loyers étaient très élevés. Il a admis un rendement brut annuel de 1'651'972 francs, capitalisé à 8.5% pour arriver à une valeur de rendement arrondie de 19'435'000 francs. Il a également calculé la valeur intrinsèque de l'immeuble, soit 4'000 francs par m2 pour les 1'244 m2 de terrain (4'976'000 francs), 200 francs par m2 pour les 374 m2 d'aménagements extérieurs (74'800 francs), 640 francs par m3 pour les 18'200 m3 de l'habitation à plusieurs logements (11'648'000 francs) et 300 francs par m3 pour les 715m3 des garages privés (214'500 francs). Il a rajouté 25'000 francs pour l'équipement du terrain et a arrondi pour arriver à une valeur intrinsèque de 16'940'000 francs. Il a pondéré la valeur de rendement deux fois et la valeur intrinsèque une fois et est arrivé à une valeur vénale de 18'605'000 francs. S'agissant de la possibilité de valorisation, il a remarqué que le bien faisait partie d'un ensemble de la fin du dix-neuvième, début du vingtième siècle, que sa démolition pour reconstruction était en principe exclue et sa surélévation improbable.
D.
Par décision du 21 novembre 2022, la CFE a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° 1._______ RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire à 207'400 francs (chiffre 1). Elle a mis les frais de procédure à la charge des CFF (chiffre 2) et les a condamnés à verser aux expropriés des dépens de 1'000 francs (chiffre 3). L'expert interne siégeait également au sein de la CFE. En résumé, elle considère qu'elle est suffisamment spécialisée pour ne pas avoir besoin de recourir à un expert externe. Elle retient que la valeur vénale globale du bien avant inscription des servitudes s'élève à 18'605'000 francs, que la densité est de 4.02 et que la valeur du terrain s'élève à 4'000 francs le m2, calculée sur la base de la densité (5'000 m2 de droits à bâtir en 2ème zone sur 1'244 m2 de surface de terrain). Elle ne tient pas compte du projet de parking à plusieurs sous-sols, la preuve de la volonté de l'exécuter n'ayant pas été apportée. Elle retient que la construction d'un potentiel second sous-sol sur la parcelle est rendue impossible par les servitudes imposées. Tenant compte des contraintes dont est affectée la parcelle (bâtiment d'un ensemble protégé, rentabilité aléatoire, etc.), elle estime que l'entrave à la construction de plus d'un niveau de sous-sol justifie une indemnité de 5%, calculée sur la partie de 1'037 m2 affectée par les servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir, soit 207'400 francs (1'037 X 4'000 X 5%). S'agissant de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle n° 1._______ RF, elle estime qu'en l'absence de dépassement des valeurs limites, toute expropriation est exclue. Elle nie tout préjudice et n'alloue aucune d'indemnité à ce titre.
E.
E.a Par mémoire du 22 décembre 2022, les CFF ont saisi le Tribunal d'un recours contre la décision de la CFE du 21 novembre 2022. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation du chiffre 1 de la décision attaquée et, principalement, à ce que la constitution par expropriation sur la parcelle n° 1._______ RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire ne donne droit à aucune indemnisation des expropriés et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la CFE pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Ils expliquent que la décision attaquée leur donne très largement raison. Cependant, la CFE n'a pas procédé au calcul de rendement du deuxième étage de sous-sol, tel que préconisé dans ses « Principes d'indemnisation sur la partie restante en cas de construction souterraine » du 1er octobre 2019. Or, ils souhaitent que le Tribunal confirme que ces principes sont généralisables. En effet, d'autres projets ferroviaires avec des tunnels passant sous des zones urbanisées sont actuellement à l'étude et ils ont besoin d'une ligne claire concernant le calcul de l'indemnité d'expropriation, ce qui permettrait d'éviter l'accumulation de litiges. En outre, ils allèguent que la CFE n'a pas déterminé la valeur de la parcelle n° 1._______ à l'aide d'une méthode objective et clairement exposée. Ils estiment que la construction d'un second étage en sous-sol n'est pas rendue impossible par les servitudes litigieuses et qu'un tel projet ne serait de toute façon pas rentable.
E.b Par écriture du 23 janvier 2023, l'autorité inférieure a renoncé à répondre aux recours et s'est référée à sa décision du 21 novembre 2022. Elle a produit le dossier de la cause.
E.c Par mémoire en réponse du 6 février 2023, les expropriés ont conclu, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée. Ils soutiennent que la construction d'un second sous-sol est rendue impossible par les servitudes litigieuses. Or, un parking avec deux ou trois niveaux de sous-sols aurait été possible et rentable sans le CEVA. Ils acceptent la valeur vénale de leur parcelle retenue par la CFE.
E.d Par mémoire en réplique du 13 mars 2023, les CFF ont maintenu les conclusions et l'argumentation de leur recours.
E.e Par mémoire en duplique du 5 avril 2023, les expropriés ont confirmé les conclusions et l'argumentation de leur réponse.
E.f Par observations finales du 3 mai 2023, les CFF ont confirmé leurs précédentes écritures. Ils ont rappelé qu'un dommage purement conjectural ne pouvait pas être indemnisé. Ils soulignent que la question qui se pose est de savoir si les expropriés sont privés par la constitution des servitudes d'un troisième étage de sous-sol. Or, une telle entrave ne donne pas droit à une indemnité, sauf si l'exproprié peut démontrer l'existence d'un projet concret et avancé, ce qui n'est pas le cas en l'espèce.
E.g Le Tribunal a ensuite signalé que l'échange d'écritures était clos, sous réserve de mesures d'instruction complémentaires.
Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1. La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF, RS 173.32). Le Tribunal examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 Conformément à l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), les décisions de la Commission d'estimation peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral (cf. aussi les art. 31 et 33 let. f LTAF). Le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige.
1.2 Selon l'art. 78 al. 1 LEx, ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la Commission d'estimation leur fait subir une perte. Pour le surplus, sont applicables les exigences générales de l'art. 48 al. 1 PA, selon lesquelles peut interjeter recours quiconque a participé à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. arrêts du TAF A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 1.2, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.2.1, A-3465/2015 du 15 septembre 2016 consid. 1.2). En l'espèce, l'expropriante est une partie principale. Elle a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteinte par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à sa modification, en cela qu'elle demande que la constitution des servitudes ne donne droit à aucune indemnisation des expropriés. Elle a donc qualité pour recourir.
1.3 Déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable quant à la forme. Il convient d'entrer en matière sur celui-ci.
2.
2.1 L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a fixé à juste titre l'indemnité à 207'400 francs pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° 1._______ RF des expropriés d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
Pour répondre à cette question, il conviendra d'examiner si l'autorité inférieure a correctement retenu que la valeur vénale du terrain avant inscription des servitudes s'élevait à 4'000 francs le m2 (cf. consid. 4) et que la partie de 1'037 m2 affectée par les servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir subissait une dépréciation de 5% (cf. consid. 5). À titre liminaire, il s'agira de déterminer le droit applicable ratione temporis (cf. consid. 3).
2.2 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2, arrêt du TAF A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du TF 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit. ; arrêt du TAF A-471/2020 du 20 décembre 2021 consid. 2.1).
2.3 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition (cf. art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2012/23 consid. 4, 2008/23 consid. 3.3). En principe, les éléments techniques retenus par les instances spécialisées ne sont vérifiés quant à leur contenu - et l'autorité judiciaire ne s'en écarte - que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela (cf. arrêts du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 3, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.6.2).
En l'occurrence, on se trouve bien dans un tel cas de figure. L'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité d'expropriation. Elle est d'ailleurs composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaires à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 LEx ; ATF 138 II 77 consid. 3.1 ; arrêt du TF 1C_606/2013 du 27 novembre 2013 consid. 3.2, arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 3). La loi part du principe que la Commission d'estimation consulte en premier lieu ses propres membres spécialisés pour comprendre les questions techniques et locales. Une expertise externe n'est nécessaire que si la commission ne dispose pas elle-même d'experts dans ses membres (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-3816/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3820/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 7.2, A-5498/2018 du 10 juillet 2019 consid. 4).
3.
La révision de la LEx du 19 juin 2020 est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Conformément à l'al. 1 des dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020, les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de cette modification sont terminées sous le régime de l'ancien droit, sous réserve de modifications du règlement des émoluments pour la période suivant l'entrée en vigueur de la modification. La présente procédure a été ouverte avant le 1er janvier 2021, de sorte que la LEx dans sa version avant l'entrée en vigueur de la modification du 19 juin 2020 est applicable en l'espèce (cf. arrêt du TF 1C_103/2022 du 20 octobre 2022 consid. 4.1).
4.
Il s'agit d'abord d'examiner si l'autorité inférieure a déterminé correctement la valeur vénale de la parcelle n° 1._______ RF.
4.1 Les CFF font valoir que la détermination de la valeur de la parcelle n° 1._______ RF par la CFE ne découle pas d'une méthode objective et clairement exposée. La CFE n'explique pas quelle méthode (comparative, fondée sur la valeur de rendement, régressive, fondée sur la situation de l'immeuble) elle a suivi. Ils regrettent que la valeur du terrain a été arrêtée à 4'000 francs le m2 et la valeur vénale globale de la parcelle à 18'605'000 francs sans exposer la méthode retenue. Ils remarquent que le Tribunal administratif fédéral a déjà utilisé la méthode comparative dans une affaire concernant une parcelle située également dans le quartier de (...) en se basant sur les statistiques de l'Office cantonal de la statistique OCSTAT pour les terrains non bâtis situés en zone 1 à 3. Le Tribunal en avait conclu que la valeur du terrain non bâti des expropriés, situé en zone 3 et dans une zone urbaine dense, pouvait raisonnablement s'estimer dans la médiane supérieure (cf. arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.3.1). Ils rappellent qu'en cas de servitudes souterraines, c'est la valeur du terrain abstraction faite de la valeur des bâtiments et installations s'y trouvant, qui est prise en compte. La vente d'un appartement et d'une place de parc entre les expropriés en 2011 ne permet pas de confirmer le prix de 4'000 francs au mètre carré. Ils estiment que la décision attaquée doit être annulée et l'affaire renvoyée à la CFE pour qu'elle détermine, en la motivant, la valeur vénale de la parcelle n° 1._______ RF.
4.2 Les expropriés acceptent la valeur vénale retenue et estiment qu'il n'est pas nécessaire que le dossier soit renvoyé à la CFE. Ils rappellent que l'audience de conciliation a eu lieu le 1er juillet 2020 et que le lieu de situation de l'immeuble et le prix au mètre carré font partie des plus chers de Genève. Ils remarquent qu'en se basant sur les statistiques dont les CFF se prévalent, le prix moyen au mètre carré s'élevait déjà en moyenne à 4'730 francs en zone 1 à 3, période 2015 à 2017, moyenne beaucoup plus élevée que les 4'000 francs retenus. Ils soutiennent que le prix au mètre carré de l'avenue (...) était déjà à cette époque (2015-2017) beaucoup plus élevé que 4'730 francs. Sur la base de la vente d'un appartement de 290 m2 et d'une place de parc intérieure pour le prix de 7'000'000 francs entre X._______ S.A. et A._______, les expropriés calculent le prix au m2 à 22'677 francs en 2011, soit près de 10 ans avant l'audience de conciliation. Ils en déduisent que le prix de 4'000 francs retenu par la CFE est extrêmement bas mais ne le remettent pas en question. Selon eux, il suffit que le Tribunal constate que la valeur vénale du terrain en juillet 2020 était à cet endroit de la ville de Genève et à cette période d'au moins 4'000 francs par mètre carré.
4.3 Tenant compte de la situation de la parcelle en ville, du quartier historiquement recherché, esthétiquement abouti et constitué de bâtiments élégants et de belle facture, à l'abri des nuisances, à proximité d'un vaste parc, des commerces et des transports publics, dont la nouvelle gare CFF de (...), la CFE estime la valeur vénale du terrain avant inscription des servitudes à 4'000 francs le m2. Elle calcule cette valeur sur la base de la densité retenue de 4.02, soit 5'000 m2 de droits à bâtir en 2ème zone sur 1'244 m2 de surface de terrain. Elle retient qu'il n'y a pas lieu de prendre en compte la possibilité d'une meilleure utilisation de la parcelle, trop théorique et pas hautement vraisemblable dans un proche avenir, le bâtiment faisant partie d'un ensemble protégé. Elle considère que l'étude abandonnée de faisabilité d'un parking de trois voire quatre sous-sols datant de 1998 ne peut pas être prise en compte, vu son caractère inabouti et peu vraisemblable.
4.4
4.4.1 La valeur vénale d'un bien est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (cf. arrêt du TF 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). Pour déterminer la valeur vénale d'un immeuble, les circonstances objectives au dies aestimandi sont déterminantes, telles que le lieu de situation, l'utilisation, l'état de la parcelle et l'existence de servitudes ou d'autres droits de tiers (cf. arrêt du TF 1C_322/2017 du 25 avril 2018 consid. 3.3). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation. Les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, n° 1169). Pour ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (cf. Moor, Droit administratif, Vol. III, Berne, 2ème éd., 2018, n° 9.2.5.1).
4.4.2 Plusieurs méthodes sont possibles, telles que la méthode comparative (ou statistique) qui fixe la valeur des immeubles sur la base des prix effectivement payés pour des fonds semblables ; la méthode fondée sur la valeur de rendement qui détermine le capital correspondant au revenu actuel de l'objet exproprié ; la méthode régressive (ou rétrospective ou déductive) qui détermine la valeur d'un terrain en fonction du rendement qui pourra être obtenu après que des bâtiments auront été édifiés ou encore la méthode fondée sur la situation de l'immeuble (méthode hédoniste).
L'utilisation de la méthode statistique est prescrite lorsqu'elle peut être pratiquée car elle permet d'établir le plus sûrement le prix que serait prêt à payer un nombre indéterminé d'acheteurs intéressés sur le marché libre, dans des conditions ordinaires, pour le bien-fonds en question (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.4, A-6928/2015 du 20 décembre 2017 consid. 3.6.2, A-6674/2014 du 7 décembre 2015 consid. 6.5.1 ; Raphaël Eggs, Les "autres préjudices" de l'expropriation, thèse, Fribourg 2013, p. 139 n° 272). Cela étant, cette méthode donne un résultat correct pour autant que l'on dispose d'un nombre suffisant d'objets, sans qu'il ne soit nécessaire que ce nombre soit important (cf. arrêt du TAF du 19 décembre 2017 A-6947/2015 du 19 décembre 2017 consid. 3.1.5.2), présentant des caractéristiques analogues, même si la comparaison n'exige pas que les objets soient complètement identiques quant à leur situation, leur surface, l'état des équipements et les possibilités d'utilisation. En effet, ces différences peuvent être pondérées, cas échéant, par des réductions ou des majorations (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a). A défaut, les autres méthodes seront utilisées. Le résultat de l'application d'une méthode peut aussi être vérifié par une autre méthode. Dans certains cas particuliers, il n'est pas rare d'en combiner plusieurs pour arriver au résultat final (cf. ATF 134 II 49 consid. 15.1). La CFE - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale et qui se révèle adéquat par rapport à l'objet en question (cf. arrêts du TAF A-3820/2022 précité consid. 4.8, A-4923/2017 précité consid. 5.1.4 ; Eggs, op. cit., n° 373 p. 140). La latitude de jugement dont jouit l'autorité ne la dispense pas de motiver son appréciation. Bien au contraire, pour se prémunir de tout arbitraire, le devoir de motivation doit être proportionnel à la marge de manoeuvre conférée à l'autorité administrative (cf. arrêts du TAF A-3820/2022 précité consid. 4.8, A-4923/2017 précité consid. 7.2.2).
4.4.3 L'estimation de la valeur vénale doit tenir compte dans une juste mesure de la possibilité de mieux utiliser l'immeuble (art. 20 al. 1 LEx). La possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié que celle qui en est faite par l'exproprié doit être retenue, lorsqu'elle parait non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir ; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (cf. ATF 134 II 49 consid. 13.3, 113 Ib 39 consid. 4b, 112 Ib 531 consid. 3 ; arrêts du TF 1C_195/2022 du 20 février 2023 consid. 4.2.2, 1C_71/2018 du 3 juin 2019 consid. 2.1). D'hypothétiques projets suffisent pour reconnaître la propriété jusqu'à une certaine profondeur en sous-sol mais pas pour augmenter la valeur vénale lors de l'estimation d'un bien exproprié (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 7.1.1). Cependant, cela ne signifie pas encore que les expropriés n'ont droit à aucune indemnisation pour constitution des servitudes sur leur parcelle (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 7.1.2).
4.4.4 Dans l'affaire objet de l'ATF 122 II 246, le bien-fonds, supportant une église et une annexe, était presque rectangulaire et classé en zone d'habitation B (quatre étages, surface habitable de 75%). Dans la fixation du prix, que n'importe quel acheteur aurait payé, il a été tenu compte du fait que toute transformation rentable de l'église et de ses annexes, conforme au droit des constructions, était exclue. D'un point de vue économique, les bâtiments utilisés comme lieu de culte - indépendamment de leur architecture remarquable et de leur exécution coûteuse - ont par conséquent été assimilés à des biens de démolition pour l'acquisition desquels un preneur n'aurait payé qu'un prix symbolique. Dans ces circonstances, la valeur du bien-fonds s'est résumée au prix du sol en tant que terrain à bâtir et fixée à 4'000 francs / m2.
4.5
4.5.1 En l'espèce, l'expropriante critique la décision attaquée pour son manque de motivation s'agissant la valeur vénale retenue. Avec elle, le Tribunal remarque que l'autorité inférieure n'explique pas, dans sa décision, sur quelle méthode (statistique, fondée sur la valeur de rendement, régressive ou hédoniste) elle se base pour arrêter la valeur du terrain à 4'000 par m2. Certes, il ressort de l'expertise du 12 septembre 2022, que l'expert interne à la CFE a pondéré la valeur intrinsèque de la parcelle (16'940'000 francs avec le coefficient un) et la valeur de rendement (19'435'000 francs avec le coefficient deux) pour arriver à une valeur vénale de l'objet de 18'605'000 francs. Cependant, cette valeur vénale de l'objet n'est pas pertinente dans le cas concret. En effet, l'assiette des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir est souterraine. Elle se situe en majorité sous l'immeuble d'habitation et les places de parc déjà construits. Ces servitudes ne grèvent ni un appartement ni une place de parc. Partant, la valeur de rendement, se basant sur l'état locatif des appartements et des places de parc, et la valeur intrinsèque des constructions (habitation à plusieurs logements et garages privés), telles que prises en compte par l'expertise interne du 12 septembre 2022, ne sont pas pertinentes en l'espèce. À l'instar de l'affaire objet de l'ATF 122 II 246 consid. 4a, la valeur vénale du bien-fonds se résume, pour le calcul de l'indemnité d'expropriation du cas d'espèce, au prix du sol en tant que terrain à bâtir. D'ailleurs, la CFE ne s'est elle-même pas basée sur la valeur vénale totale de l'objet pour calculer l'indemnité mais uniquement sur la valeur intrinsèque du terrain en tant que terrain à bâtir (cf. décision attaquée consid. 2b.b, p. 5). L'estimation effectuée par l'expert interne basée sur la valeur de rendement et sur un taux de capitalisation de 8.5% n'a, à juste titre, joué aucun rôle dans l'estimation de la valeur vénale du terrain retenue par la CFE pour calculer l'indemnité.
4.5.2 La CFE a arrêté la valeur du terrain à 4'000 francs par m2 sur la base de la densité retenue de 4.02, soit 5'000 m2 de droits à bâtir en 2ème zone sur 1'244 m2 de surface du terrain. L'expert interne retient cette valeur dans le cadre de l'estimation intrinsèque de l'objet. Or, ni la CFE ni l'expert interne n'expliquent comment et sur quelle base ils arrivent à 5'000 m2 de droits à bâtir pour la parcelle n° 1._______ RF, ni pourquoi ils divisent cette surface (5'000 m2) par la surface de la parcelle de 1'244 m2 pour arriver à une densité de 4.02, ni l'impact de cette densité sur la valeur du terrain au m2, ni pour quels motifs et sur quelle base ils valorisent un point de densité à environ 1'000 francs par m2 pour arriver au prix du terrain de 4'000 le m2 (4.02 X 1'000 francs, arrondi). Il est aussi particulier que dans la décision de la CFE du 12 octobre 2022, concernant une parcelle voisine (cf. arrêt du TAF A-5285/2022, A-5363/2022 du 3 octobre 2023), la CFE calcule la densité en divisant la surface brute de plancher - et non les droits à bâtir dans la 2ème zone de construction - par la surface totale du terrain. Or, il est essentiel que la CFE explique clairement et de manière détaillée comment et pour quels motifs elle détermine la valeur vénale des m2 de terrain. C'est seulement par ces explications que les parties sont capables de comprendre la décision et, le cas échéant, de l'attaquer en connaissance de cause.
4.5.3
4.5.3.1 Il est ici rappelé que l'indice de densité a été introduit dans la loi générale cantonale genevoise du 29 juin 1957 sur les zones de développement (LGZD, RS GE L 1 35) dans le but de garantir une utilisation rationnelle du sol et d'éviter un gaspillage du territoire. Il sert à déterminer la densité des surfaces constructibles pour le logement et les activités. Il est le rapport entre la surface brute de plancher destinée aux logements et aux activités et la surface nette de terrain à bâtir, soit la surface totale du périmètre concerné, dont sont déduites les surfaces projetées vouées à la circulation externe et au raccordement et les surfaces vouées aux espaces et équipements publics d'une certaine importance (cf. art. 2a al. 1 LGZD ; Indices de densité et d'utilisation du sol - définitions et pratique administrative du 18 juin 2014, Office de l'urbanisme et du Département du territoire, Directive départementale, publiée sur www.ge.ch > Accueil > Publications, page consultée le 3 octobre 2023).
4.5.3.2 Pour calculer la surface brute de plancher, seules les surfaces de plancher comprises dans l'enveloppe du bâtiment qui sont économiquement exploitables et directement utiles à l'habitation ou au travail sont retenues. Les surfaces des espaces communs - à savoir : les halls d'entrée, ainsi que les couloirs et cages d'escaliers - sont répartis au prorata des surfaces des différentes catégories de logements et d'activités hors espaces communs eux-mêmes. Les éléments à déduire sont : les locaux communs (les locaux vélos, poussettes, poubelles, buanderie, etc.), les dépôts, les autres locaux communs non rentabilisés (salle polyvalente, atelier, etc. sans état locatif propre), les caves, les abris PC, les parkings, les locaux techniques, les distributions (halls, couloirs, paliers, ascenseurs, escaliers, etc.) liés à ces types de locaux (cf. Calcul de surface brute de plancher [SBP] - Pratique administrative de l'Office cantonal du logement et de la planification foncière - PA/SI/038.01 du 13 février 2019, publiée sur www.ge.ch > Accueil > Publications, page consultée le 3 octobre 2023). Les droits à bâtir correspondent à une surface potentiellement constructible sur une parcelle selon un ratio, un taux, un rapport de surface défini par la loi (cf. Directive relative à la gestion des droits à bâtir lors de mutation parcellaire en zone 5 de l'Office des autorisations de construire du 31 mars 2023, publiée sur www.ge.ch > Accueil > Publications, page consultée le 3 octobre 2023).
4.5.4 En outre, l'expertise de la CFE a été effectuée le 12 septembre 2022. L'expert interne a réservé en particulier que son estimation n'était valable qu'à la date de son édition. Or, le jour déterminant pour la valeur vénale n'est pas celui de l'édition de l'expertise mais celui de l'audience de conciliation (cf. anc. art. 19bis LEx). Celle-ci s'est déroulée le 1er juillet 2020, soit deux ans auparavant (cf. consid. C.d). Cela étant, à la suite de l'autorité inférieure (cf. décision attaquée, consid. 2b.a, p. 5), il n'y a pas lieu de retenir la possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié (cf. art. 20 al. 1 LEx). En effet, au jour de l'audience de conciliation, une telle utilisation ne paraissait ni plausible ni hautement vraisemblable dans un proche avenir. Les expropriés ne se prévalaient d'ailleurs d'aucun projet concret, ni actuel ni dans un proche avenir sur leur parcelle. Le projet de parking souterrain, ayant été abandonné il y a de nombreuses années, ne peut pas être considéré comme actuel ni concret. Or, des possibilités théoriques ne suffisent pas pour augmenter la valeur vénale de leur bien lors de son estimation.
4.5.5 La vente de 2011 mentionnée par les expropriés ne peut pas non plus être utilisée pour confirmer la valeur vénale du terrain. En effet, en plus d'avoir eu lieu neuf ans avant l'audience de conciliation (cf. anc. art. 19bis al. 1 LEx), cette transaction porte sur le prix au m2 d'un appartement et d'une place de parc intérieure. Or, en l'espèce, l'assiette des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir n'est pas située sur un appartement ou une place de parc mais sous la parcelle. Il s'agit dès lors de déterminer le prix au m2 du terrain et non pas d'un appartement ni d'une place de parc.
4.6 Vu l'absence d'explications de la CFE, en particulier sur le choix de la méthode d'estimation retenue, le Tribunal ne peut pas contrôler si le prix de 4'000 francs par m2 de terrain de la parcelle n° 1._______ RF a été fixé correctement par l'autorité inférieure. Sur le vu du dossier de la cause, il ne peut pas non plus fixer lui-même la valeur vénale de ce terrain. En outre, sa fixation directement par le Tribunal, même sur la base d'une expertise externe, ferait perdre tant aux expropriés qu'à l'expropriante une instance de recours. Partant, il y a lieu d'admettre la conclusion de la recourante en renvoi de l'affaire à l'autorité inférieure, spécialisée en la matière (cf. consid. 2.3). La CFE devra déterminer le prix au m2 du terrain à bâtir, dans la mesure du possible, à l'aide de la méthode statistique. Il est ici précisé que l'Office cantonal de la statistique OCSTAT du canton de Genève publie des statistiques sur les transactions immobilières sur son site Internet (cf. https://statistique.ge.ch > Tableaux > 05Prix > Transactions et prix de l'immobilier, page consultée le 3 octobre 2023 ; cf. arrêts du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.3.1, A-4923/2017 précité consid. 8.2). Le prix devra être celui du terrain à bâtir lui-même à la date de l'audience de conciliation le 1er juillet 2020, non pas celui des appartements ni des places de parc. Il devra être pondéré en fonction des différences de la parcelle n° 1._______ RF par rapport aux parcelles utilisées, le cas échéant, pour la comparaison. Qu'elle que soit la méthode finalement retenue par l'autorité spécialisée, elle devra la mentionner dans sa décision et expliquer clairement et en détails comment elle arrive au prix au m2 du terrain qu'elle retient (cf. également consid. 4.5.2).
5.
Il s'agit ensuite d'examiner si l'autorité inférieure a retenu à juste titre que la partie de 1'037 m2 affectée par les servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir subissait une dépréciation de 5%.
5.1
5.1.1 Les CFF font grief à la CFE d'avoir admis une indemnisation de 5% pour la dépréciation de la partie affectée par les servitudes. Ils relèvent que la construction d'un second étage de sous-sol n'est pas rendue impossible par les servitudes imposées sur la parcelle n° 1._______ RF. Le bâtiment érigé sur la parcelle comprend déjà un étage de sous-sol. La distance disponible entre le sommet de la servitude à 406.78 m et la partie inférieure de la dalle du premier sous-sol à 409.94 m est de 3.16 m. Sachant que la hauteur nécessaire pour la création d'un étage de sous-sol est de 3 m, la construction d'un second étage de sous-sol sous le bâtiment actuel n'est pas impactée par les servitudes de superficie et de restriction du droit de bâtir. La moins-value accordée par la CFE ne peut ainsi porter que sur un troisième étage de sous-sol, ce que les expropriés n'ont jamais revendiqué. Le jugement attaqué doit être annulé. Aucune indemnité n'est due aux expropriés pour la constitution des servitudes puisqu'ils ne sont pas privés de réaliser un deuxième étage de sous-sol.
5.1.2 Indépendamment de la place disponible, les CFF font encore valoir que les expropriés n'ont pas prouvé que la construction d'un second étage, respectivement d'un troisième étage, de sous-sol sur leur parcelle était possible techniquement et juridiquement ainsi que rentable économiquement. Le projet de parking datant de 25 ans n'a débouché sur aucune réalisation concrète à ce jour. Les expropriés se sont rendus compte qu'il n'était pas réaliste économiquement et l'ont abandonné. La CFE a certes reconnu que la construction d'un deuxième (recte troisième) étage de sous-sol avait une rentabilité aléatoire. Cependant, le jugement attaqué ne contient aucun calcul de rentabilité. Le calcul produit par les expropriés n'est pas sérieux. L'étude du bureau d'ingénieurs évite de chiffrer le mode constructif envisagé. Or, un tel calcul est indispensable. En effet, si le projet n'est pas rentable, les expropriés ne subissent pas de dommage indemnisable. Les CFF ont eux-mêmes effectué une ébauche de calcul laquelle montre que la construction d'un troisième étage de sous-sol déboucherait sur des résultats négatifs. L'étude du bureau d'ingénieurs montre que la construction d'un second étage de sous-sol se heurterait à des difficultés techniques importantes en raison de la nature du sous-sol, ce qui nécessiterait une reprise totale des fondations par micropieux de près de 50 m de profondeur. Le coût d'un tel ouvrage rendrait ainsi la rentabilité économique du projet encore plus aléatoire qu'elle ne l'était déjà en 1998. En outre, l'étude n'indique pas comment l'accès au second sous-sol est envisagé, vu le faible espace disponible autour du bâtiment existant. Partant, le projet de réalisation d'un deuxième (recte troisième) étage de sous-sol n'est pas rentable économiquement et ne peut pas donner lieu à indemnisation, faute pour les expropriés d'avoir été privés d'une possibilité concrète de construire du fait de la constitution des servitudes. Ce projet est purement hypothétique et le dommage conjectural. Finalement, vu que la parcelle est déjà bâtie et que les expropriés n'ont pas fait état d'un projet concret crédible de troisième niveau de sous-sol, ils n'ont, selon la jurisprudence, pas droit à une indemnité.
5.2
5.2.1 Les expropriés remarquent que la donnée de base selon laquelle la hauteur nécessaire pour la création d'un étage de sous-sol est de 3 m est inexacte. Ils indiquent avoir demandé à un bureau d'ingénieurs d'étudier la possibilité de créer un étage supplémentaire en sous-sol dans le bâtiment existant, plus précisément de créer un deuxième niveau de sous-sol. Il ressort de l'analyse de celui-ci que la hauteur disponible au-dessus de la zone de servitude permet théoriquement tout juste de créer un niveau de sous-sol d'environ 3 m. Cependant, vu la structure du bâtiment, une reprise des fondations par micropieux s'avère indispensable pour ne pas mettre en péril l'ouvrage. Cela, d'autant plus que les terrains sont composés d'argile limoneuse molle à très molle dès 2.5 m de profondeur sous le terrain naturel. Le second niveau de sous-sol viendrait alors s'appuyer directement sur cette couche qui n'est pas apte à reprendre les charges de l'ouvrage de neuf niveaux et des combles, sans dispositif particulier de fondations pour reporter les charges dans la moraine consolidée présente à partir de 7.8 m de profondeur sous le terrain naturel. Ces travaux spéciaux ne pourraient intervenir qu'en pénétrant dans la zone des servitudes CEVA. Il n'existe pas d'alternative viable à ce mode constructif. L'immeuble pourrait être mis en péril s'il n'était pas consolidé. Or, ce mode de faire et, partant, la construction d'un second sous-sol sont rendus impossibles à cause des servitudes ferroviaires imposées et de la présence du tunnel ferroviaire passant sous l'immeuble. Celui-ci les obligerait à entreprendre d'importants et coûteux travaux de consolidation du terrain, de l'immeuble et de ses fondations pour construire un second étage de sous-sol. La profondeur étant inférieure à 6.50 m, les expropriés doivent être indemnisés pour la dépréciation de leur parcelle à cause des servitudes.
5.2.2 Les expropriés rappellent qu'en 1998, ils avaient envisagé la création d'un parking sous leur parcelle et quatre parcelles voisines avec soit trois niveaux, soit quatre niveaux de sous-sol. Ce parking aurait procuré pour la parcelle n° 1._______ RF un rendement net d'environ 50'000 francs (parking de 180 places) ou 70'000 francs (parking de 227 places) par an. La rentabilité du parking était donc assurée. Cependant, les propriétaires ont abandonné le projet en raison de la mise à l'enquête de la ligne ferroviaire du CEVA.
5.3 La CFE rappelle avoir déjà jugé qu'il n'y a plus d'intérêt digne de protection, sous réserve de preuve du contraire, à l'utilisation du sous-sol au-delà de 6.50 m de profondeur, soit deux niveaux de sous-sols, et donc pas de possibilité d'indemnisation. Elle remarque qu'en l'espèce, la parcelle est bâtie en hauteur, dispose d'un niveau de sous-sol et que la surface du terrain naturel de la parcelle à la hauteur de la servitude se trouve à 3.79 m au-dessus de l'assiette des servitudes litigieuses. Elle ne tient pas compte d'un projet éventuel comportant plusieurs sous-sols, vu l'absence de preuve de la volonté de l'exécuter. Cela étant, elle considère que la construction théorique d'un potentiel second sous-sol sur la parcelle est rendue impossible par les servitudes imposées. Elle considère cependant que le solde de la parcelle n'est pas impacté par la constitution des servitudes et que la dépréciation de la partie impactée n'est constituée que par l'impossibilité d'utiliser cette partie pour y construire un éventuel second sous-sol. Tenant compte des contraintes de la parcelle (bâtiment protégé, rentabilité aléatoire, etc.), elle juge que l'entrave à la possibilité de construire un second sous-sol sur la parcelle justifie une indemnisation de 5% pour la dépréciation de la partie de 1'037 m2 affectée, environ 83% de la surface de la parcelle. Elle calcule l'indemnisation à 207'400 francs.
5.4
5.4.1 L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). Le versement d'une indemnité est soumis à trois conditions cumulatives : l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (cf. arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.1, A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.1 ; Zen-Ruffinen/ Guy-Ecabert, op. cit. n° 1129). L'imposition forcée d'une servitude sur un fonds constitue une expropriation partielle (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2, 129 II 420 consid. 3.1.1 ; arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023 consid. 3.2). Selon l'art. 19 LEx, pour la fixation de l'indemnité, doivent être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits. L'indemnité comprend la pleine valeur vénale du droit exproprié lui-même (cf. let. a) ; en outre, en cas d'expropriation partielle d'un immeuble, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante de la parcelle (cf. let. b) ; et le montant de tous les autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation (let. c). Selon les cas, l'indemnité peut donc se décomposer en trois postes de dommage distincts (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2 ; Eggs, Les « autres préjudices » de l'expropriation, 2013, n° 324).
5.4.2 En cas de constitution d'une servitude, l'indemnité se calcule selon la méthode dite de la différence, laquelle consiste à déduire de la valeur vénale du fonds libre de servitude celle du fonds grevé de la servitude (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1, 129 II 420 consid. 3.1.1, 122 II 337 consid. 4c). L'indemnité à verser au propriétaire du fonds grevé correspond ainsi à la dépréciation de la parcelle, soit au montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1). L'indemnité couvre ainsi la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a ; arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.2.3 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., no 1183). Cette méthode, dite de la différence, est valable même s'il est peu imaginable que le propriétaire actuel exploite effectivement le sous-sol dont il est privé par la constitution d'un droit de superficie souterrain (cf. ATF 122 II 246 consid. 4c ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.2.1, A-552/2016 précité consid. 6.1).
5.4.3 Il ressort de la jurisprudence qu'une atteinte au droit de construire jusqu'à une profondeur atteignant deux niveaux de sous-sol donne en principe droit à indemnisation, même si l'exproprié ne peut faire état d'un projet concret de meilleure utilisation de son bien (cf. ATF 122 II 246 consid. 4b et 4c ; arrêts du TAF A-3816/2022 précité consid. 4.7, A-3199/2017 précité consid. 6.3.3, A-552/2016 et A-648/2016 du 3 juillet 2018 consid. 6.2.2 et 6.3 et A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.1, confirmé par l'arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023 consid. 4.2). En revanche, une entrave à la construction d'un troisième niveau de sous-sol sur une parcelle déjà bâtie ne donne en principe pas droit à une indemnité lorsque l'exproprié ne peut démontrer l'existence d'un projet concret et avancé de meilleure exploitation de sa parcelle (cf. arrêts du TAF A-3199/2017 précité consid. 6.3.3, A-2600/2018 et A-2698/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.4.1). Dans tous les cas, un examen individualisé tenant compte de l'ensemble des particularités du cas d'espèce est nécessaire.
5.5
5.5.1 En l'espèce, l'assiette horizontale des servitudes de superficie et de restriction du droit de bâtir a une surface de 1'037 m2, soit 83% de la surface de la parcelle de 1'243 m2. L'assiette verticale de ces servitudes est formée, en coupe, d'un rectangle de 44 m de côté (du km 69.228 au km 69.272) sur 30 m de profondeur, dont la base se trouve à une altitude de 376.78 m et le sommet à une altitude de 406.78 m. La surface du terrain naturel de la parcelle évolue, dans l'emprise, à une altitude entre 410.81 m à l'ouest et 410.24 m à l'est, selon les plans produits (cf. annexe 1, jointe à la requête du 24 mai 2019 des CFF, pièce n° 1 du dossier de l'autorité inférieure). Les droits demandés sont donc situés à une profondeur de 4.03 m à 3.46 m sous la surface du terrain. L'emprise de ces deux servitudes et le tunnel du CEVA lui-même sont situés sous l'immeuble d'habitation et sous les garages. L'immeuble d'habitation comporte déjà un niveau de sous-sol, situé à 409.94 m d'altitude, soit 3.16 m au-dessus des servitudes.
5.5.2 Sans la constitution de ces deux servitudes, la construction d'un second sous-sol serait possible juridiquement. La police des constructions ne limite pas l'exploitation souterraine de la parcelle. Le règlement d'application de la loi cantonale genevoise sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI, RS GE L 5 05.01) précise même qu'en deuxième zone de construction, des constructions en sous-sol peuvent être édifiées à la limite de deux propriétés privées (cf. art. 231 al. 1 let. c RCI ; cf. arrêts du TAF A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.1).
5.5.3 D'un point de vue technique, en tenant compte d'une dalle initiale sur sous-sol de 50 cm, puis d'un vide d'étage de 2.5 m et d'une dalle de 50 cm entre chaque sous-sol, c'est à-dire 3.5 m pour le 1er sous-sol, puis 3 m par sous-sol supplémentaire (cf. arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.3.4.1, A-6912/2017 du 18 mars 2021 consid. 5.3.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 6.3.3), il resterait en principe juste assez de place pour réaliser un deuxième étage en sous-sol sur la parcelle (cf. ég. étude du bureau d'ingénieurs du 3 février 2023, pièce n° 1 de la réponse). Cependant, il ressort de l'étude produite par les expropriés que, vu la structure du bâtiment et la composition du terrain, une reprise en sous-oeuvre par micropieux et/ou pieux serait nécessaire pour ne pas mettre en péril l'ouvrage. La construction d'un second sous-sol serait donc possible techniquement grâce à cette technique de reprise en sous-oeuvre. Or, les colonnes de travaux spéciaux pénétreraient dans la zone des servitudes CEVA et, potentiellement, dans l'emprise de la galerie elle-même. Ce sont donc les servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir qui empêchent la reprise des fondations par micropieux, nécessaire vu la structure du bâtiment et la composition du terrain. Contrairement à ce que les CFF soutiennent, la construction d'un deuxième étage de sous-sol est rendue impossible par ces servitudes. La moins-value porte donc sur l'impossibilité de construire un deuxième étage de sous-sol. Elle ne porte pas sur l'impossibilité de construire un troisième étage de sous-sol, les expropriés n'ayant pas démontré l'existence d'un projet concret et avancé de troisième sous-sol.
5.5.4
5.5.4.1 Dans l'affaire objet de l'arrêt ATF 122 II 246, traduit au JdT 1998 I 409 et confirmé par les arrêts du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023 consid. 4.2 et 1C_322/2017 du 25 avril 2018 consid. 2.1 et 3.2, deux tunnels ferroviaires, espacés d'environ 17 m, traversaient une parcelle à une profondeur de 7 à 8 m depuis la surface du terrain jusqu'au sommet des tunnels. La servitude prévoyait une interdiction de construire sur un cube de 6 m de large à partir de l'axe du tunnel et sur 3.55 m de hauteur à partir du sommet du tunnel. Au-dessus de ces cubes, la charge de construction ne devait pas dépasser 1.5 kg/cm2. Entre les deux tubes, il ne restait plus qu'un espace libre de construction d'environ 12 m de large (cf. ATF 122 II 246 consid. en faits et consid. 4,). La profondeur exploitable variait entre 3.45 m et 4.45 m. La police des constructions ne limitait pas l'exploitation souterraine de la parcelle. C'est la constitution des servitudes, nécessaires à la réalisation et à la mise en service des installations ferroviaires, qui limitait l'utilisation souterraine à un seul sous-sol. En raison de la limitation imposée à la charge (1,5 kg/cm2), les fondations d'un nouveau bâtiment auraient entraîné d'importants frais supplémentaires. Vu ces frais de construction supplémentaires et la limitation à un seul sous-sol pour l'entier de la parcelle, le Tribunal fédéral a fixé la moins-value à 15% de la valeur vénale de l'ensemble de la parcelle.
5.5.4.2 En l'occurrence, les servitudes empêchent la construction d'un second sous-sol pour l'entier de la parcelle. Cependant, il n'y a pas de limitation imposée à la charge ni de frais de construction supplémentaires en raison du tunnel ferroviaire. Ceux-ci sont dus à la structure du bâtiment et à la composition du terrain. Tout comme dans l'ATF 122 II 246 consid. 2b, les CFF font valoir que la construction d'un second sous-sol sous les servitudes ne serait pas rentable économiquement et serait une opération à perte. Or, le Tribunal fédéral a déjà tranché que, même si l'effort financier nécessaire à la construction rend tout rendement illusoire, cela ne signifie pas que les expropriés n'ont pas droit à une indemnisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 3 ; arrêt du TF 1C_662/2021 précité consid. 4.2, confirmant l'arrêt du TAF A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.2). Il a jugé déterminant qu'aucune valeur économique n'était retenue pour les bâtiments actuels, que la valeur de la parcelle se concentrait dans sa qualité comme terrain à bâtir (cf. consid. 4.4.4 et 4.5.1) et que cette valeur était altérée par l'installation des CFF. Dans cette mesure, l'expropriée subissait bien un dommage patrimonial du fait de la constitution des servitudes, lequel devait être indemnisé (cf. ATF 122 II 246 consid. 4c). Sur ce vu, le Tribunal de céans retient que, même une éventuelle rentabilité aléatoire de la construction d'un second sous-sol n'empêche pas, en l'espèce, l'allocation d'une indemnité, vu que les deux servitudes empêchent la reprise par micropieux, par-là la construction d'un deuxième sous-sol et diminuent ainsi la valeur vénale de la parcelle n° 1._______ RF.
5.5.5
5.5.5.1 Dans l'affaire objet de l'arrêt du TAF A-4111/2020 du 16 septembre 2021 et confirmé par l'arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023, trois servitudes souterraines, à savoir d'interdiction de bâtir, de tolérance d'exploitation ferroviaire et de superficie pour tunnel ferroviaire, étaient prévues sous trois parcelles suite à l'approbation des plans et la construction du CEVA. Ces trois parcelles, situées à environ 1 km de la parcelle litigieuse en l'espèce, abritaient et étaient destinées à des garages à voitures et à une station-service, loués. Les servitudes de superficie et de restriction du droit de bâtir impactaient 79% de la surface totale des parcelles (assiette de 3'372 m2 sur 4'271 m2 de surface totale). Comme en l'espèce, il n'y avait pas de limite de la charge constructible et la rentabilité de l'exploitation du sous-sol était aléatoire. Là où l'assiette des servitudes limitait l'utilisation du sous-sol à la construction d'un seul niveau de sous-sol, une moins-value de 10%, calculée sur l'assiette des servitudes, a été retenue. Là où l'assiette des servitudes ne laissait subsister aucune profondeur exploitable, une moins-value de 20%, calculée sur l'assiette des servitudes, a été retenue. Aucune indemnité n'a été octroyée pour la partie restante, non impactée par les servitudes (cf. arrêt du TF 1C_662/2021 précité consid. 4.2 ; arrêt du TAF A-4111/2020 précité consid. 7.2.5.2, 7.2.5.3 et 7.2.7).
5.5.5.2 Dans les affaires objet des arrêts du TAF A-3816/2022, A-3820/2022 et A-3823/2022 du 18 avril 2023, trois servitudes souterraines, à savoir d'interdiction de bâtir, de tolérance d'exploitation ferroviaire et de superficie pour tunnel ferroviaire, étaient prévues sous trois parcelles, suite à l'approbation des plans et la construction du CEVA. Les parcelles, situées à environ 750 m de la parcelle litigieuse en l'espèce, abritaient deux immeubles d'habitation de sept étages sur rez plus attique avec deux niveaux de sous-sol, un parking en surface, l'entrée d'un garage souterrain et deux niveaux de sous-sol. Les servitudes de superficie et de restriction au droit de construire les grevaient pour 3%, 13% et 40% de leur surface (consid. A et 6.1). Dans ces affaires, l'autorité inférieure avait retenu que l'entrave à la construction d'un deuxième sous-sol sur les dépendances de ces parcelles occasionnait une dépréciation de 5% de la valeur des surfaces impactées par l'assiette des servitudes. Le Tribunal de céans a considéré que l'autorité n'avait pas suffisamment motivé ce pourcentage. Il a estimé que dès lors que la cause était renvoyée à l'autorité inférieure pour qu'elle explique selon quelle méthode elle avait arrêté le prix du terrain et, au besoin, pour qu'elle procède à une nouvelle estimation, elle aurait également l'occasion de motiver d'avantage le pourcentage de dépréciation retenu. Il a admis qu'un certain schématisme paraissait inévitable. Cependant, il a enjoint l'autorité inférieure d'expliciter son raisonnement, d'indiquer tous les critères retenus pour fixer le pourcentage de dépréciation et d'expliquer la manière dont elle en a tenu compte (consid. 6.1.2 à 6.1.4). Les arrêts n'ont pas fait l'objet d'un recours au Tribunal fédéral, de sorte qu'ils sont entrés en force.
5.5.5.3 À l'instar des affaires objet des arrêts du TAF A-3816/2022, A-3820/2022 et A-3823/2022 précités, le Tribunal retient, en l'espèce, que l'autorité inférieure n'a pas suffisamment motivé le pourcentage de dépréciation de 5% retenu. Dès lors que la cause doit lui être renvoyée pour qu'elle détermine à nouveau la valeur vénale du terrain à bâtir (cf. consid. 4.6), elle devra également expliquer et motiver davantage le pourcentage de dépréciation retenu, en tenant compte des circonstances du cas concret (cf. consid. 5.5.1 à 5.5.3) et de la jurisprudence déjà rendue en la matière (cf. consid. 5.5.4 à 5.5.5).
6.
Pour résumer, le Tribunal considère que la cause doit être renvoyée à l'autorité inférieure pour qu'elle détermine à nouveau la valeur vénale du terrain de la parcelle n° 1._______ RF, avant inscription des servitudes, en expliquant clairement et de manière détaillée le prix qu'elle retient et comment elle le calcule (cf. consid. 4.6), et pour qu'elle motive davantage le pourcentage de dépréciation de 5% retenu, en tenant compte des circonstances du cas concret et de la jurisprudence rendue. Par contre, le Tribunal estime que l'autorité inférieure a retenu à juste titre que les expropriés devaient être indemnisés pour la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir (cf. consid. 5.5.4.2).
Partant, le recours des CFF est partiellement admis, dans le sens des considérants. Le chiffre 1 du dispositif de la décision du 21 novembre 2022 de la CFE est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
7.
Demeure à trancher la question des frais et dépens.
7.1
7.1.1 Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais à la charge de la partie qui succombe ne s'applique pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. Tel est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (cf. art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (cf. art. 8 ss FITAF ; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 9.1.2).
7.1.2 Aux termes de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie lorsque l'exproprié succombe intégralement ou en majeure partie (cf. arrêts du TF 1A.269/2006 du 28 février 2007 consid. 5, 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 non publié à l'ATF 133 II 30 ; arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 8.1). Dans les procédures d'expropriation, les frais de procédure ne doivent en général pas être trop élevés (cf. arrêt du TF 1E.9/2006 du 20 septembre 2006 consid. 3 ; arrêts du TAF A-471/2020 précité consid. 13.2 A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 11.2).
7.2
7.2.1 En l'espèce, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel il appartient à l'expropriante de supporter les frais de procédure. Ils sont in casu fixés à 1'500 francs et mis à la charge des CFF. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée par les CFF de 3'000 francs. Le solde de 1'500 francs de l'avance de frais sera restitué aux CFF après l'entrée en force du présent arrêt.
7.2.2 Les expropriés ont choisi de se faire représenter et ont conclu à l'octroi de dépens mais n'ont pas soumis de note d'honoraires. Une indemnité de dépens, fixée ex aequo et bono à 2'000 francs, leur est allouée et mise à la charge de l'expropriante. Bien qu'ayant obtenu partiellement gain de cause, il n'est pas alloué de dépens à l'expropriante, conformément à l'art. 116 al. 1 LEx.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours de l'expropriante est partiellement admis, dans le sens des considérants.
2. Le chiffre 1 du dispositif de la décision du 21 novembre 2022 de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement est annulé.
3. L'affaire est renvoyée à l'autorité inférieure pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. Les frais de procédure de 1'500 francs sont mis à la charge de l'expropriante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée par elle de 3'000 francs. Le solde de 1'500 francs de l'avance de frais sera restitué à l'expropriante après l'entrée en force du présent arrêt.
5. Une indemnité de dépens de 2'000 francs est allouée aux expropriés, à la charge de l'expropriante.
6. Le présent arrêt est adressé à l'expropriante, aux expropriés et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Johanna Hirsch-Sadik
Indication des voies de droit :
Pour autant que les conditions au sens des art. 82 ss, 90 ss et 100 ss LTF soient remplies, la présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- aux intimés (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (acte judiciaire)