bvger · A-3157/2011 · 2013-12-02 · fr
A-3157/2011

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-3157/2011
Arrêt du 2 décembre 2013
Composition
Marie-Chantal May Canellas (présidente du collège),
Daniel Riedo, Michael Beusch, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
A._______, ***,
représentée par Maîtres Daniel Schafer et Arnaud Martin, avocats, Etude Lenz & Staehelin, ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA; périodes fiscales du 2e trimestre 2001 au 1er trimestre 2006 (aLTVA); prestations fournies à un proche; déduction de l'impôt préalable.
Faits :
A. A._______ (anciennement H._______) est une société anonyme sise à *** et inscrite au registre du commerce du canton de *** depuis le 4 avril 2001 qui a pour but, selon l'extrait dudit registre, toute activité aéronautique, acquisition, exploitation et vente d'aéronefs, opérations commerciales et financières et conseils y relatifs. Son actionnaire unique, P._______, est domicilié à ***.
B. A._______ (ci-après: l'assujettie ou la société) a été immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) depuis le 15 mai 2001. Ce même mois, l'assujettie importa en Suisse un hélicoptère qu'elle avait acquis en mars 2001. En septembre 2005, elle revendit cet appareil et en acquit un nouvel, qu'elle importa également en Suisse. L'assujettie a par la suite entièrement déduit dans ses décomptes l'impôt préalable, en particulier l'impôt payé lors de l'importation des deux hélicoptères.
C. Dans le cadre d'un contrôle portant sur les périodes fiscales allant du 2e trimestre 2001 au 1er trimestre 2006, l'AFC constata que l'assujettie avait mis ses hélicoptères à la disposition principalement de son actionnaire unique et que le chiffre d'affaires réalisé avec des tiers autres que celui-ci n'avait jamais atteint Fr. 40'000.-- par année, de sorte les conditions d'assujettissement à la TVA n'étaient pas réalisées. Le 5 juillet 2006, elle établit le décompte complémentaire (DC) n° ***, portant sur un montant de Fr. 555'800.-- correspondant à l'impôt préalable déduit par l'assujettie dans ses décomptes pour les périodes précitées.
Le 11 juillet 2006, l'assujettie contesta le bien-fondé du DC susmentionné et requit l'AFC de rendre une décision formelle.
D. Dans sa décision du 29 janvier 2009, l'AFC releva que la mise à disposition des hélicoptères au profit de l'actionnaire unique, bien qu'opérée au prix du marché, ne s'inscrivait pas dans un véritable échange de prestations au sens de la TVA. Elle constata en outre que, du 15 mai 2001 au 31 mars 2006, les recettes réalisées avec des tiers n'avaient jamais atteint la limite entraînant l'assujettissement obligatoire à la TVA, ni celle permettant de s'assujettir à titre volontaire. En conséquence, l'AFC considéra que la société n'était pas assujettie et n'avait pas droit à la déduction de l'impôt préalable pour les périodes fiscales en cause. Elle établit en outre l'avis de crédit (AC) n° ***, portant sur un montant de Fr. 32'314.-- correspondant à la TVA perçue sur les transactions réalisées avec l'actionnaire unique, et fixa le montant de la créance fiscale à Fr. 523'486.--, plus intérêt moratoire.
Le 2 mars 2009, la société forma réclamation contre cette décision, concluant à ce que sa qualité d'assujettie et le droit à la déduction complète de l'impôt préalable pour la période allant du 2e trimestre 2001 au 1er trimestre 2006 lui soient reconnus.
E. Par décision sur réclamation du 27 avril 2011, l'AFC reconsidéra partiellement sa décision du 29 janvier 2009, en ce sens qu'une radiation rétroactive ne pouvait être opérée dès lors que l'assujettie avait réalisé des chiffres d'affaires avec des tiers. Partant, elle admit la déduction de l'impôt préalable proportionnellement à la mise à disposition de tiers. En raison des changements d'affectation partiels constatés sur la période considérée, elle procéda d'autre part à une déduction ultérieure de la charge préalable liée à l'importation de l'appareil en question pour les années 2002 et 2003, ainsi qu'à une imposition de prestations à soi-même pour les années 2004 et 2005. Par suite, l'AFC établit l'AC n° ***, portant sur un montant de Fr. 55'870.--, et arrêta le montant de la créance fiscale à Fr. 467'616.--, plus intérêt moratoire.
F. Par mémoire du 31 mai 2011, l'assujettie (ci-après: la recourante) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation du 27 avril 2011. Elle conclut notamment à l'annulation de dite décision, à ce que son assujettissement et son inscription au registre des contribuables TVA à compter du 15 mai 2001 soient confirmés et à ce qu'il soit dit que la mise à disposition des aéronefs en faveur de son actionnaire constitue de véritables échanges de prestations au sens de la TVA, donnant pleinement droit à la déduction de l'impôt préalable. Elle fait en substance valoir que rien ne permet d'écarter l'existence d'une opération TVA s'agissant des transactions effectuées entre proches dans le domaine du trafic aérien et que l'on ne saurait retenir l'existence d'une évasion fiscale à son encontre.
Dans sa réponse du 9 septembre 2011, l'AFC (ci-après: l'autorité inférieure) a conclu au rejet du recours.
L'autorité inférieure et la recourante se sont respectivement exprimées le 12 septembre 2012 sur la portée d'une nouvelle jurisprudence du Tribunal fédéral en la présente cause et ont chacune confirmé leurs précédentes conclusions.
G. Pour autant que besoin, les autres faits seront repris dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues sur réclamation par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). En l'occurrence, le mémoire de recours du 31 mai 2011 a été déposé en temps utile par le destinataire de la décision attaquée (cf. art. 48 al. 1 et 50 al. 1 PA). En outre, un examen préliminaire révèle qu'il remplit les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52 PA. Le recours est donc recevable.
1.2 Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 du 22 décembre 2011 consid. 1.3 etA-4659/2010 du 14 juin 2011 consid. 1.2; Alfred Kölz/Isabelle Hänner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, Zurich 2013, ch. 1135). Le Tribunal administratif fédéral peut en outre admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été allégués ou confirmer la décision attaquée quant à son résultat avec une autre motivation que celle adoptée par l'instance inférieure (substitution de motifs; cf. ATAF 2007/41 consid. 2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 du 14 janvier 2013 consid. 1.2 et A-4674/2010 précité consid. 1.3; Kölz/Hänner/Bertschi, op. cit., ch. 1136; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd., Bâle 2013, n. marg. 1.54 s.).
1.3 Le 1er janvier 2010, la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.
Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 2e trimestre 2001 au 1er trimestre 2006, la présente cause tombe matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures) et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux en vigueur depuis le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. également art. 93 et 94 aLTVA).
Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, laquelle postule que seules les normes traitant effectivement de la procédure soient applicables immédiatement, de manière à éviter une application du nouveau droit matériel à des états de fait relevant de l'ancien droit; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3688/2012 du 8 avril 2013 consid. 1.2, A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 1.2,A-4136/2009 du 18 mars 2011 consid. 1.2 et A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable. En outre, la possibilité d'une appréciation anticipée demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 1.3, A-4674/2010 précité consid. 1.4 et A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in : Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 157, p. 1126).
1.4 Concernant l'objet du litige, celui-ci porte exclusivement sur la créance fiscale relative à la période allant du 2ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2006 (du 15 mai 2001 au 31 mars 2006). Le point de savoir si la recourante était ou non assujettie durant ce laps de temps n'est plus litigieux dès lors que, par décision sur réclamation du 27 avril 2011, l'AFC a admis la réclamation sur ce point et estimé qu'une radiation rétroactive n'avait pas lieu d'être (cf. décision attaquée, p. 13). La conclusion de la recourante relative à la confirmation de son assujettissement à la TVA et à son inscription au registre des contribuables à compter du 15 mai 2011 s'avère ainsi sans objet. Dans la mesure où cette conclusion porterait sur une autre période que celle qui est litigieuse, c'est-à-dire où elle tendrait à ce que le Tribunal prononce que l'assujettissement s'est poursuivi au-delà du 1er trimestre 2006, elle s'avère irrecevable. Il s'agit de procéder à un rappel de certaines notions, telles celle d'opération TVA (consid. 2), des dispositions régissant le droit à la déduction de l'impôt préalable (consid. 3), ainsi que de la notion d'évasion fiscale (consid. 4), avant d'en tirer les conclusions qui s'imposent dans le cadre de la présente espèce (consid. 5).
2. L'opération se caractérise par une livraison de biens (art. 6 aLTVA) ou une prestation de services (art. 7 aLTVA), une contre-prestation ainsi qu'un rapport d'échange entre les deux (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3688/2012 précité consid. 2.1.2, A-4695/2010 précité consid. 2.1.1, A-4674/2010 précité consid. 2.2 et A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 2.2). La contre-prestation est un élément constitutif de l'opération, au même titre que l'échange entre prestation et contre-prestation (cf. ATF 138 II 239 consid. 3.2 et 132 II 353 consid. 4.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 2.1.2 etA-4674/2010 précité consid. 2.2.2; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwert-steuergesetz, 2e éd., Berne/ Stuttgart/Vienne 2003, ch. 159 ss). En d'autres termes, le caractère onéreux est une condition essentielle de l'opération imposable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_778/2008 du 8 avril 2009 consid. 2 et 2C_229/2008 du 13 octobre 2008 consid. 5.2). En outre, l'existence d'un lien économique entre la prestation et la contre-prestation, en ce sens que c'est la première qui déclenche la seconde, est indispensable (cf. ATF 138 II 239 consid. 3.2 et 132 II 353 consid. 4.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 du 13 février 2013 consid. 2.4 et 2C_732/2010 du 28 juin 2012 consid. 3). L'échange de prestations suppose quant à lui que plusieurs sujets participent à l'opération (fournisseur et destinataire de la prestation), respectivement que la prestation fournie quitte la sphère commerciale, raison pour laquelle un chiffre d'affaires purement interne ne relève pas de la TVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_904/2008 du 22 décembre 2009 consid. 7.1 et 2C_195/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 2.1.2, A-4674/2010 précité consid. 2.2.2 et A-2387/2007 précité consid. 2.2.2; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 149 ss).
2.1 Les prestations fournies par une entreprise à ses actionnaires ou ses ayants droit économiques, ainsi que les prestations fournies et reçues entre entreprises appartenant au même groupe suscitent la question de savoir s'il s'agit également d'opérations TVA, dès lors qu'elles donnent lieu à contre-prestation. Sur le principe, des prestations et contre-prestations réciproques sont, dans ce cadre, parfaitement concevables, la contre-prestation étant cependant susceptible d'adaptation si elle ne correspond pas à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants (cf. art. 33 al. 2 i.f. aLTVA).
Cela étant, la question des opérations entre une société et son ayant droit économique a fait l'objet de plusieurs arrêts du Tribunal fédéral dans le domaine particulier du trafic aérien et reçu des réponses partiellement divergentes. Dans un arrêt, le Tribunal fédéral a nié l'existence d'un échange de prestations, alors même que la mise à disposition de l'avion intervenait contre rémunération, dans la mesure où l'ayant droit économique de la société prestataire - voire ses proches - utilisait l'avion pour des besoins privés (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_904/2008 précité consid. 7.1 ss). Dans un autre, il a relevé incidemment que l'échange de prestations présupposait que l'avion soit utilisé par des personnes indépendantes (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.748/2005 du 25 octobre 2006 in : Revue de droit fiscal [RF] 62/2007 p. 234 consid. 3.2). Dans certaines affaires, le Tribunal fédéral a jugé que, si la transaction intervenait à titre onéreux, il y avait échange de prestations indépendamment de savoir si la mise à disposition de l'avion intervenait pour des buts professionnels ou privés du destinataire (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 2). Il a toutefois abordé ce cas sous l'angle de l'évasion fiscale avec pour conséquence le refus du droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_632/2007 précité consid. 4; voir au surplus, l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_463/2008 du 27 janvier 2009 consid. 2.2).
Dans sa jurisprudence récente, le Tribunal fédéral a clarifié sa position et énoncé que, dès lors que les art. 5 ss aLTVA ne prévoient aucune exception en matière de prestations fournies à des proches, de telles prestations ne doivent pas être traitées différemment des prestations fournies à des tiers, sur le plan de l'objet de l'impôt (cf. ATF 138 II 239 consid. 3.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 précité consid. 2.4, 2C_146/2010 du 15 août 2012 consid. 1.2.2 i.f. et 4.1.2, 2C_732/2010 précité consid. 3 et 4.2, 2C_129/2012 du 15 juin 2012 consid. 4.1 et 4.3, 2C_836/2009 du 15 mai 2012 consid. 5.1 et 2C_476/2010 du 19 mars 2012 consid. 2.1). En d'autres termes, s'il y a prestation et contre-prestation s'inscrivant dans un rapport d'échange, entre des sujets juridiquement indépendants, il faut reconnaître l'existence d'une opération TVA, même si la transaction intervient entre proches. Les liens existant entre le fournisseur et le destinataire de la prestation fournie à titre onéreux n'interviennent donc pas dans le cadre de l'examen de l'opération TVA, c'est-à-dire sur le plan de l'objet de l'impôt, mais dans celui de la réalisation des conditions de l'évasion fiscale (voir à cet égard, ci-après consid. 4). Il en va de même du but auquel le proche, qui acquiert la prestation, destine cette acquisition. L'affectation de la prestation à un but privé par le destinataire ne permet donc pas de nier l'opération TVA. Selon la dernière jurisprudence du Tribunal fédéral, seule l'évasion fiscale permet de faire la transparence entre les sujets en question, à savoir le prestataire et le destinataire de la prestation, pour autant que les conditions en soient réunies (cf. ATF 138 II 239 consid. 4; arrêts du Tribunal fédéral 2C_732/2010 précité consid. 4.2 et 5 et 2C_129/2012 précité consid. 5).
3.
3.1 Aux termes de l'art. 38 al. 1 aLTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour l'une des affectations justifiées par l'usage commercial indiquées à l'al. 2 (parmi lesquelles figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire dans son décompte les montants d'impôt préalable qu'en particulier d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 37 aLTVA, pour des livraisons et des prestations de services (art. 38 al. 1 let. a aLTVA). Si l'impôt préalable déductible excède l'impôt dû, l'excédent est remboursé à l'assujetti (art. 48 al. 1 aLTVA). La jurisprudence a confirmé qu'un tel excédent, d'ailleurs expressément prévu par la loi, peut exister (cf. ATF 132 II 353 consid. 8.4; arrêt du Tribunal fédéral 2C_632/2007 précité consid. 3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 3.1 et A-4674/2010 précité consid. 3.1).
3.2 A titre de conditions matérielles et formelles du droit à la déduction, il appert que : (i) seul un assujetti peut prétendre déduire l'impôt préalable (art. 38 al. 1 aLTVA); (ii) cette déduction est possible uniquement pour les livraisons et prestations de services grevées de TVA qui lui ont été facturées par un autre assujetti (art. 38 al. 1 let. a aLTVA); (iii) les prestations doivent être affectées à un des buts limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 aLTVA, étant encore précisé que l'assujetti peut également déduire les montants d'impôt préalable mentionnés à l'al. 1 lorsqu'il utilise des biens ou des services pour des activités mentionnées à l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour des activités qui seraient imposables s'il les effectuait sur le territoire suisse (art. 38 al. 3 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_1003/2011 du 18 février 2013 consid. 2.1, 2C_632/2007 précité consid. 2 et 2A.55/1999 du 23 janvier 2001 consid. 4a); (iv) la déduction de l'impôt préalable est uniquement possible sur la base d'un justificatif, soit une facture remplissant certaines exigences formelles (art. 38 al. 1 let. a aLTVA en lien avec l'art. 37 aLTVA); (v) enfin, elle ne doit pas avoir été expressément proscrite (art. 39 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 3.2, A-4674/2010 précité consid. 3.2 et A-2387/2007 précité consid. 3.1.3).
Seule l'affectation, même médiate, à des livraisons ou des prestations de service imposables, ou pour lesquelles l'assujetti a opté, permet de déduire l'impôt préalable. Il s'ensuit que l'intrant ne doit pas être affecté à un but qui n'est pas commercial au sens de l'art. 38 al. 2 aLTVA, tel une activité privée (art. 38 al. 4 aLTVA; ATF 132 II 353 consid. 8.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3688/2012 précité consid. 2.3.2,A-4695/2010 précité consid. 3.2, A-4674/2010 précité consid. 3.3 etA-2387/2007 précité consid. 3.1.4).
Cela étant, il est bien évident que le but auquel le destinataire de la prestation destine cette acquisition n'est pas déterminant pour savoir si le prestataire a droit à la déduction de l'impôt préalable. Ceci signifie que, si le destinataire utilise la prestation qu'il a acquise à des fins privées, cette circonstance demeure sans incidence sur le droit à déduction du prestataire. Ce principe vaut également s'agissant de transactions entre proches : du moment que celles-ci sont reconnues comme étant des opérations TVA, elles permettent au prestataire de déduire, en amont, l'impôt préalable, indépendamment de savoir à quel but l'acquéreur de la prestation destine son acquisition (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_146/2010 précité consid. 4.1.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 3.2). Dans sa récente jurisprudence rendue dans le domaine du trafic aérien, le Tribunal fédéral a jugé que, du moment que la société prestataire - considérée comme une personne morale indépendante - réalise des opérations TVA imposables ou exonérées au sens propre avec son ayant droit économique, le droit à la déduction de l'impôt préalable lui est ouvert, peu importe l'affectation privée ou commerciale à laquelle l'ayant droit économique destine son acquisition (cf. ATF 138 II 239 consid. 3.4; arrêt du Tribunal fédéral 2C_836/2009 précité consid. 5.3). Ce dernier critère intervient en revanche dans le cadre de l'examen de l'évasion fiscale (cf. ATF 138 II 239 consid. 4; voir également le consid. 4 ci-après).
3.3 Lorsque l'assujetti utilise des biens, des parties de biens ou des services tant pour des affectations donnant droit à la déduction de l'impôt préalable qu'à d'autres fins, la déduction de l'impôt préalable doit être réduite proportionnellement à l'utilisation (art. 41 al. 1 aLTVA). Cette disposition prescrit uniquement l'obligation de réduire l'impôt préalable déductible en fonction de l'utilisation; le législateur a cependant renoncé à une réglementation détaillée s'agissant de la méthode de réduction. Cette répartition doit intervenir de manière concrète, c'est-à-dire qu'elle doit autant que possible correspondre aux circonstances spécifiques du cas en question (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 du 1er février 2010, 2C_463/2008 précité consid. 2.4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 3.3.1 et A-2387/2007 précité consid. 3.2.1; Diego Clavadetscher, in : mwst.com, ch. 37 s. et 57 ss ad art. 41; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 1520). En cas de double affectation, il s'agit d'opérer la réduction de l'impôt préalable dans la mesure de l'utilisation effective. Selon la méthode établie par l'AFC (dite légale ou effective), les dépenses et investissements doivent être affectés selon leur utilisation soit à des activités imposables soit à des activités qui ne le sont pas. Si et dans la mesure où une affectation directe n'est pas possible, la répartition doit intervenir à l'aide de clés, qui doivent se baser sur des critères objectifs (par ex. quantités, volumes, chiffre d'affaires, temps de travail du personnel, somme des salaires, bénéfice bruts; cf. Brochure spéciale n° 6, "Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation", septembre 2000, ch. 2.4). A mesure que la méthode légale est susceptible d'entraîner pour l'assujetti un surcroît excessif de travail, la pratique de l'AFC autorise l'application de forfaits pour le calcul de la réduction (art. 58 al. 3 aLTVA; cf. sur l'ensemble, entre autres : arrêt du Tribunal administratif fédéralA-1595/2006 du 2 avril 2009 consid. 2.7 et réf., confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 du 1er février 2010; sur les différentes méthodes, cf. entre autres arrêt du Tribunal administratif fédéralA-1394/2006 du 3 juin 2008 consid. 2.5).
3.4 Il y a changement d'affectation partiel lorsque des biens ou des prestations de service, suite au changement d'affectation, ne sont plus affectés exclusivement à des fins imposables ou à des fins non soumises à l'impôt, mais sont doublement affectés, ainsi que lorsque les proportions de la double affectation changent. Conformément à l'art. 42 aLTVA et selon la pratique publiée de l'AFC, lorsque la proportion d'affectation à des fins imposables augmente, l'assujetti peut en règle générale procéder au dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable (cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 5.3); inversement, la diminution de cette proportion entraîne en principe la correction par le biais de l'imposition d'une prestation à soi-même (cf. art. 9 aLTVA; cf. également art. 34 al. 1 let. b aLTVA). Concernant le calcul de l'impôt, l'assujetti a le choix entre la méthode effective et la méthode par approximation. Pour les biens mobiliers qui ont été utilisés, leur valeur résiduelle au début de l'année au cours de laquelle le changement d'affectation a lieu, en tenant compte d'un amortissement linéaire d'un cinquième par année, sert de base de calcul (cf. Brochure spéciale n° 5, "Changements d'affectation", édition septembre 2000, ch. 3.2.2 et 4; Annie Rochat Pauchard, La régularisation de la déduction de l'impôt préalable en matière de TVA ou les changements d'affectation, in : Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 273 ss ch. 3).
3.5 S'il revient à l'AFC de corriger l'impôt préalable déductible, en raison du fait que le contribuable l'a omis ou l'a entrepris selon une méthode qui n'était pas autorisée, elle dispose alors d'une grande liberté d'appréciation dans le choix de la méthode applicable. Il appartient au Tribunal d'examiner uniquement si la méthode choisie par l'AFC est pertinente et si cette dernière a opéré la réduction de l'impôt préalable déductible sans excéder sa liberté d'appréciation. Si l'assujetti propose une autre méthode, il doit être examiné si celle-ci serait plus adaptée aux circonstances concrètes du cas d'espèce. L'assujetti doit prouver lui-même que le calcul de la déduction de l'impôt préalable par l'AFC ne correspond pas aux dites circonstances (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 3.3.2, A-2387/2007 précité consid. 3.2.1 et A-212/2008 précité consid. 2.3.2).
4.
4.1 Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale lorsque (i) la forme juridique choisie par le contribuable apparaît insolite, inappropriée ou étrange, en tous cas totalement inadaptée au but économique poursuivi, (ii) ce choix a été opéré abusivement, dans le seul but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit avaient été aménagés de façon appropriée et (iii) le procédé conduirait effectivement à une notable économie d'impôt s'il était admis par l'autorité fiscale (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.1 et 131 II 627 consid. 5.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 précité consid. 2.8, 2C_146/2010 précité consid. 4.1.4 et 2C_732/2010 précité consid. 5.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 4.1 et A-4674/2010 précité consid. 4.1).
Les deux premières conditions citées ne sont pas indépendantes l'une de l'autre mais bien connexes et se recoupent même partiellement, en ce sens que la première question qui se pose est de déterminer si la forme juridique apparaît abusive (cf. Dieter Metzger, Kurzkommentar zum Mehrwertsteuergesetz, 2000, ch. 248 s.). A cet égard, le caractère abusif se concrétise notamment par le fait qu'un assujetti invoque une disposition légale pour régler une situation ou un état de fait que le législateur n'a absolument pas entendu appréhender dans la norme en question (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_146/2010 précité consid. 4.1.4), respectivement pour obtenir des avantages fiscaux contraires aux buts couverts par la disposition légale invoquée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_146/2010 précité consid. 4.1.5). L'élément objectif - à savoir le caractère totalement inadapté du procédé au but économique poursuivi - a valeur d'indice pour attester d'une éventuelle intention de procéder à une évasion fiscale. L'élément subjectif a toutefois également son importance, à mesure que l'assujetti peut rendre vraisemblables des circonstances particulières, qui l'ont déterminé à choisir cette forme plutôt qu'une autre, sans avoir eu pour autant la volonté d'éluder l'impôt (cf. Ernst Blumenstein, Das subjektive Moment der Steuerumgehung, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 18 p. 201). Concernant en outre l'élément effectif, touchant aux effets de la construction abusive, savoir si le comportement adopté a effectivement mené à une économie d'impôt notable, ceci doit être tranché sur la base de la reprise d'impôt litigieuse correspondante de l'AFC (cf. Archives vol. 46 p. 152 consid. 3b, vol. 50 p. 588 consid. 2c; arrêts du Tribunal administratif fédéralA-4695/2010 précité consid. 4.1, A-4674/2010 précité consid. 4.1 etA-2387/2007 précité consid. 4.1). L'économie peut résulter du fait que l'impôt n'a pas été prélevé ou que des remboursements ont été effectués à tort, par exemple par le biais de la déduction de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 précité consid. 2.8, 2C_146/2010 précité consid. 4.1.4 et 2C_732/2010 précité consid. 5.1 et 2C_129/2012 précité consid. 5.1).
Si l'évasion fiscale est retenue, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur celle qui aurait été appropriée au but économique poursuivi (cf. entre autres, ATF 131 II 627 consid. 5.2, 138 II 239 consid. 4.1; sur la jurisprudence fédérale, cf. Marlene Kobierski, Der Durchgriff im Gesellschafts- und Steuerrecht, thèse, Berne 2012, p. 87 ss).
4.2 Le Tribunal fédéral a encore récemment confirmé que la notion d'évasion fiscale - conçue comme l'invocation abusive d'une norme (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.1 et 4.2 et 131 II 562 consid. 3.5; arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 précité consid. 2.8 et 2C_146/2010 du 15 août 2012 consid. 4.1.4) - s'applique également en matière de TVA (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_742/2008 précité consid. 5.5 s. et 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 4.2; cf. dans le même sens, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 4.2, A-4674/2010 précité consid. 4.2 et A-2387/2007 précité consid. 4.1.2; nuancé : Pierre-Marie Glauser, Evasion fiscale et TVA, in : Evasion fiscale, Une approche théorique et pratique de l'évasion fiscale, Genève/Zurich/Bâle 2010, p. 43; critique: Beatrice Blum, Steuerumgehung bei der Mehrwertsteuer - Halten eines Flugzeuges in einer "Briefkastengesellschaft" in : Michael Beusch/ISIS [édit.], Entwicklungen im Steuerrecht 2009, Zurich 2009, p. 343 ss).
4.3 Dans sa jurisprudence récente en matière de trafic aérien, le Tribunal fédéral a nuancé les considérations qu'il avait émises dans son arrêt 2C_632/2007 précité, selon lesquelles le fait de recourir à une personne morale pour détenir un avion, dès lors que celle-ci ne dispose pas d'une organisation professionnelle aux fins d'exploiter celui-ci, n'avait en soi guère de sens et apparaissait comme insolite. Conformément à l'opinion exprimée par le Tribunal administratif fédéral dans son arrêt A-1375/2006 du 27 septembre 2007 (annulé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_632/2007 susmentionné), selon laquelle d'autres motifs que l'épargne fiscale peuvent justifier la constitution d'une société pour l'acquisition et la gestion d'un avion (cf. consid. 9.3), le Tribunal fédéral a relevé que pour des raisons notamment liées au financement et à la limitation de la responsabilité civile, il est d'usage courant de ne pas détenir des avions à titre privé, mais par l'entremise d'une société (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.3.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_732/2010 précité consid. 5.4.1 et 2C_129/2012 consid. 5.3.2).
Selon le Tribunal fédéral, il en va autrement lorsque la société est utilisée principalement pour satisfaire les besoins privés de son actionnaire unique (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.3.3; arrêts du Tribunal fédéral 2C_146/2010 précité consid. 4.2.2, 2C_732/2010 précité consid. 5.4.2, 2C_129/2012 consid. 5.3.3 et 2C_836/2009 précité consid. 6.3.2). Dans une jurisprudence plus ancienne d'ailleurs, la détention par une société anonyme d'une maison de vacances mise à la disposition presque exclusive de l'actionnaire unique avait déjà été considérée comme une construction juridique totalement inadaptée à la réalité économique, dès lors qu'il est dans le cours ordinaire des choses qu'un tel objet soit destiné à satisfaire les besoins privés de l'actionnaire et que les autres buts normalement visés par la création d'une société immobilières deviennent tout à fait secondaires (cf. Archives vol. 40 p. 210 ss, spéc. p. 219 ss). Le Tribunal fédéral a jugé que cette conclusion s'impose en principe également lorsque la société est créée en premier lieu afin de mettre un avion à la disposition de l'actionnaire unique pour son usage privé.
L'abus ne consiste certes pas dans le fait de constituer une personne morale pour détenir l'avion, mais ce procédé devient abusif lorsqu'il vise à obtenir en plus un avantage fiscal, notamment en se faisant rembourser l'impôt préalable dont le montant est plus élevé que les sommes versées au titre de la TVA. Partant du principe que si l'avion n'est utilisé qu'à titre privé par l'ayant droit économique de la société, l'inscription au registre des contribuables TVA ne peut poursuivre que ce seul but, le Tribunal fédéral a considéré qu'il se justifie de ne pas reconnaître une telle personne morale comme sujet fiscal distinct (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.3.3; arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 précité consid. 3.7, 2C_146/2010 précité consid. 4.2.2, 2C_732/2010 précité consid. 5.4.2 et 2C_129/2012 précité consid. 5.3.3). En conséquence, les transactions en cause ne sont pas réalisées entre des sujets distincts, ne revêtent donc pas la qualité d'opérations TVA, n'entrent pas en considération pour l'assujettissement et, en tout état de cause, en amont, elles ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. ATF 138 II 239 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2C_732/2010 précité consid. 5.5; cf. également arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 précité consid. 3.8, 2C_129/2012 précité consid. 5.6 et 2C_836/2009 précité consid. 7; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 4.3 et A-5745/2008 précité consid. 2.8).
4.4 Concernant la preuve de l'évasion fiscale, celle-ci incombe à l'autorité fiscale (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_487/2011 précité consid. 2.8). Cela étant, il lui suffit de démontrer qu'il n'existe aucune raison économique ou commerciale justifiant la détention de l'avion. On peut alors en déduire, au sens d'une présomption de fait, que l'avion est utilisé pour les besoins privés de l'actionnaire ou de ses proches (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.4; arrêt du Tribunal fédéral 2C_732/2010 précité consid. 5.4.3). Ceci vaut surtout pour les états de fait internationaux, où les exigences relatives à la preuve sont plus élevées (cf. ATF 138 II 239 consid. 4.4; cf. également arrêts du Tribunal fédéral 2A.79/2002 du 27 janvier 2003 consid. 5.2 et 2A.609/2003 du 27 octobre 2004 consid. 2.4). Le contribuable peut de son côté établir qu'il utilise l'avion à des fins commerciales (cf. ATF 138 II 239 consid. 4; arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 du 13 février 2013 consid. 2.7, 2C_476/2010 du 19 mars 2012 consid. 3.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3696/2012 du 14 juin 2013 consid. 2.4.4, A-3688/2012 du 8 avril 2013 consid. 2.4.4, A-4695/2010 précité consid. 4.4).
5. En l'espèce, le Tribunal de céans doit déterminer si c'est à bon droit que pour les périodes fiscales allant du 2e trimestre 2001 au 1er trimestre 2006, l'AFC a corrigé l'impôt préalable, retenant pour seule déductible la proportion correspondant au chiffre d'affaires réalisé avec des tiers autres que l'actionnaire unique de la recourante, tout en créditant la recourante de l'impôt qu'elle avait déclaré sur les chiffres d'affaires réalisé avec ledit actionnaire. Cela étant, il est nécessaire d'examiner dans un premier temps si la recourante a effectué des opérations imposables (consid. 5.1). Dans un deuxième temps, le cas d'espèce sera analysé sous l'angle d'une éventuelle évasion fiscale (consid. 5.2). Finalement, les conséquences utiles en seront tirées (consid. 5.3 s.).
5.1 La recourante est une société anonyme dont l'actionnaire unique est P._______. Il ressort du dossier que le 15 mars 2001, la recourante a acquis un hélicoptère de type Agusta 109 C, immatriculé ***-1, pour un montant de Fr. 2'203'950.--, au moyen des fonds propres de la société et d'une avance de l'actionnaire unique. Cet hélicoptère a été remis en exploitation à la société S._______, selon l'offre de cette dernière du 24 avril 2001 (cf. pièce n° 7 du dossier de l'AFC). La recourante l'a en outre mis à la disposition de son actionnaire. En septembre 2005, l'assujettie a revendu cet appareil à la société G._______, sise à *** (USA), pour un montant de USD 1'050'000.--. Dans le même temps, elle a acquis auprès de cette société un nouvel hélicoptère, immatriculé ***-2, pour un montant de USD 3'350'000.--, grâce à une avance de fonds complémentaire de l'actionnaire unique. Sur les périodes fiscales considérées dans la décision querellée, ce dernier appareil a été utilisé par l'actionnaire à titre exclusif. L'ensemble des mises à disposition de ces deux hélicoptères a donné lieu à des contre-prestations correspondantes. Ceci vaut également pour les transactions conclues avec l'actionnaire unique, comme le démontrent les factures y relatives (cf. pièce n° 9 du dossier de l'AFC). Il n'est par ailleurs pas douteux qu'il existe un rapport d'échange entre ces prestations et contre-prestations. Enfin, le fait que la recourante et son actionnaire soient des proches n'est pas déterminant sur le plan de l'objet de l'impôt, du moment qu'il s'agit de sujets juridiquement indépendants (cf. consid. 2.2 ci-avant). Force est donc de reconnaître l'existence d'opérations TVA entre la recourante et S._______, ainsi qu'entre la recourante et son actionnaire unique, sous réserve d'une éventuelle évasion fiscale (ci-après consid. 5.2).
5.2
5.2.1 Bien que la recourante ait confié l'exploitation commerciale des hélicoptères susmentionnés à la société S._______, il apparaît que du 15 mai 2001 au 31 mars 2006, le premier de ces appareils a été utilisé principalement par l'actionnaire unique et le second l'a été à titre exclusif par ce dernier. Alors que, sur l'ensemble de cette période, les recettes liées à la mise à disposition de tiers se sont montées à Fr. 61'100.-- , les contre-prestations versées par l'actionnaire se sont ainsi élevées à Fr. 457'485.-, constituant près du 90 % (88,22 %) du chiffre d'affaires total de la société. L'année de son immatriculation au registre des contribuables, en 2001, les contre-prestations de l'actionnaire, d'un montant total de Fr. 44'100.--, ont constitué l'unique rentrée de la recourante. Considérées par année fiscale, les recettes liées à la mise à disposition de tiers n'ont en outre jamais représenté la part principale du chiffre d'affaires global, loin s'en faut. Elles ont tout au plus totalisé 21,64 % des recettes en 2003. En 2005, ces recettes ne se montaient plus guère qu'à 3,74 % du chiffre d'affaires - soit Fr. 4'000.--, contre Fr. 102'685.-- facturés à l'actionnaire unique. Enfin, l'ensemble des chiffres d'affaires réalisées par la recourante durant le 1er trimestre 2006, à savoir Fr. 44'300.--, provient de la facturation à ce dernier.
En définitive, il s'agit de constater que sur la période considérée, c'est avant tout l'actionnaire unique qui - dans les faits - a bénéficié des appareils détenus par la recourante et ce, dans une très large mesure, puisque près de neuf heures de vol sur dix lui étaient facturées. Ainsi, s'il y a bien eu mise à disposition au profit de tiers, celle-ci est demeurée très largement secondaire, voire même - selon les années - totalement marginale, voire inexistante, par rapport à l'utilisation qu'en a faite l'actionnaire. Dans ces circonstances, il est légitime de considérer au sens d'une présomption de fait qu'aucune raison commerciale ne sous-tend la détention des hélicoptères considérés. Il se justifie dès lors d'examiner à quelles fins P._______ utilisait les appareils, car s'il s'avère qu'il les affectait à des besoins privés, il faudrait conclure de cette constellation de faits particulière que le but de l'intéressé, actionnaire unique de la société recourante, était en définitive - en invoquant le droit à la déduction de l'impôt préalable pour les transactions effectuées avec lui-même - d'obtenir une économie fiscale prenant ici la forme du remboursement de l'excédent d'impôt préalable.
5.2.2 A cet égard, il ressort clairement du courrier du 17 décembre 2007 de la fiduciaire M._______ que l'actionnaire unique a utilisé les hélicoptères pour ses besoins privés et ceux de sa famille. Une utilisation professionnelle n'est au surplus clairement pas alléguée par la recourante. Dans ces conditions, tout indique que les appareils ont servi à l'usage privé de l'actionnaire unique. Partant, il n'apparaît nullement utile d'entendre le témoin proposé par la recourante, à savoir O._______ de la Fiduciaire M._______, laquelle est organe de révision de la recourante. Le Tribunal considère en effet, sur la base du courrier précité, que les faits sont suffisamment élucidés et qu'il n'y a pas à attendre de cette audition des éléments qui viendraient contredire ce qui précède. Il est donc renoncé à cette audition par appréciation anticipée des preuves (cf. à cet égard, ATF 131 I 153 consid. 3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-517/2012 du 9 janvier 2013 consid. 1.3.2, A-829/2011 du 30 décembre 2011 consid. 1.4; cf. également, Message sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008, FF 2008 6885, 7005; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit.,ch. 3.144 et les réf. cit.).
5.2.3 Il apparaît enfin, sur la base de la reprise d'impôt litigieuse, que le procédé, s'il avait été accepté par l'AFC, aurait permis à la recourante d'obtenir un montant correspondant au remboursement de l'impôt préalable supérieur de plus de Fr. 450'000.-- à celui versé au titre de la TVA.
5.2.4 Dans ces conditions, il faut en déduire que c'est principalement pour réaliser une économie fiscale non couverte par le but des normes légales régissant la TVA que l'actionnaire unique a interposé une société pour utiliser lui-même les hélicoptères et en faire profiter sa famille. L'évasion fiscale est ainsi avérée sur cet aspect, de sorte qu'il se justifie de faire abstraction de la dualité apparente des sujets, entre la recourante et son actionnaire unique (cf. consid. 4.3 ci-avant).
Il n'y a en revanche aucune raison de retenir une évasion fiscale en relation avec les opérations que la recourante a réalisées avec S._______, celles-ci ne se présentant pas sous la même perspective, respectivement la société en question étant un tiers absolu et non un proche (cf. pour une semblable constellation, arrêts du Tribunal fédéral 2C_146/2010 du 15 août 2012 consid. 4.3 et 2C_732/2010 du 28 juin 2012 consid. 5.5).
5.3 Ceci entraîne les conséquences suivantes, s'agissant de la déduction de l'impôt préalable.
5.3.1 Pour les périodes fiscales litigieuses, seuls les chiffres d'affaires que la recourante a réalisés avec S._______ donnent droit, en amont, à la déduction de l'impôt préalable, dans la mesure où les opérations correspondantes sont imposables, exonérées au sens propre, voire encore seraient imposables si elles étaient effectuées sur le territoire suisse. Il n'en va pas de même des transactions réalisées avec l'actionnaire unique, celles-ci n'étant pas reconnues comme des opérations TVA. Ainsi, il apparaît que l'avion a été utilisé tant pour des affectations donnant droit à la déduction de l'impôt préalable (opérations avec S._______) qu'à d'autres fins (transactions avec l'actionnaire unique de la recourante), de sorte qu'il y a double affectation au sens de l'art. 41 al. 1 aLTVA. Il apparaît ainsi que la réduction de l'impôt préalable déductible n'est, sur le principe, pas critiquable (cf. consid. 3.3 ci-avant).
S'agissant de la méthode de réduction, il n'apparaît pas que la recourante considère comme inadéquate celle appliquée en l'occurrence ou qu'une autre méthode aurait été plus appropriée aux circonstances du cas, ni que l'autorité inférieure aurait à cet égard excédé son pouvoir d'appréciation. Il n'y a donc aucune raison de s'écarter du choix opéré par cette dernière concernant la méthode de réduction (cf. consid. 3.5 ci-avant), dont le résultat apparaît au demeurant correct. Notons encore que les montants retenus par l'autorité inférieure afin de déterminer la réduction de la charge préalable déductible ne font l'objet d'aucune contestation spécifique. Partant, le calcul de l'AFC doit être confirmé.
5.3.2 Il est en outre manifeste que sur la période considérée, les proportions d'affectation de l'appareil immatriculé ***-1 ont subi des modifications, en ce sens d'une augmentation de la proportion des vols opérés à des fins ouvrant droit à la déduction de l'impôt préalable en 2002 et 2003, puis d'une diminution de cette proportion en 2004 et 2005. C'est donc à juste titre que l'AFC a retenu que cet appareil avait subi des changement d'affectation partiels (cf. consid. 3.4 ci-avant) et procédé, pour les années en cause, au dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable, respectivement à l'imposition à titre de prestations à soi-même, sur la base de la valeur résiduelle de l'appareil calculée en tenant compte d'un taux d'amortissement annuel de 20 %. Le choix de la méthode effective appliquée en l'occurrence n'étant au surplus clairement pas contesté, le calcul de l'AFC doit être confirmé (cf. consid. 3.5 ci-avant).
5.3.3 Attendu enfin qu'au 31 mars 2006, l'hélicoptère immatriculé ***-2, lequel avait été acquis en septembre précédent, n'avait jamais été affecté à des fins imposables, c'est également à bon droit que l'AFC a refusé - pour les périodes fiscales considérées dans la présente procédure - toute déduction de l'impôt préalable payé lors de l'importation de cet appareil en 2005.
5.4 Ceci étant dit s'agissant de la déduction de l'impôt préalable, l'évasion fiscale a également des conséquences en aval, s'agissant des vols réalisés avec l'actionnaire unique. Il en est, en effet, parmi ceux-ci qui ont été réalisés sur le territoire suisse et qui ont dès lors, à tort, été soumis à la TVA. L'AFC a tenu compte de cet élément et corrigé l'impôt corrélatif par le biais de l'avis de crédit n° *** portant sur un montant deFr. 32'314.--. Ce montant est venu en déduction de la créance fiscale totale. La recourante n'élève d'ailleurs aucun grief à cet égard.
5.5 Concernant les arguments de la recourante qui n'ont pas encore été traités, il y a lieu de considérer ce qui suit.
5.5.1 La recourante fait valoir qu'elle a été constituée dans un but commercial et se défend d'être une structure insolite destinée à détenir de façon abusive des aéronefs à des fins purement privées, de sorte que l'on ne saurait retenir l'existence d'une évasion fiscale à son encontre. La faible proportion de mise à disposition au profit de tiers sur la période considérée serait ainsi due à des circonstances indépendantes de sa volonté, à savoir les prestations insuffisantes de la société S._______, les avaries ayant affecté ses hélicoptères et la crise financière. La recourante met également en avant que les chiffres d'affaire liés à la mise à disposition de tiers ont par la suite pris leur essor.
Cela étant, ces éléments - qu'ils soient considérés individuellement ou dans leur ensemble - ne sont pas de nature à déterminer une issue différente du litige. En effet, ils sont censés accréditer la volonté hypothétique de la recourante de mettre les appareils qu'elle a acquis essentiellement à disposition des tiers et non de l'actionnaire unique. Cela étant, cette volonté ne s'est concrétisée à aucun moment, durant la période sous revue, bien au contraire puisque les chiffres d'affaires réalisés avec des tiers sont toujours demeurés dans une proportion totalement marginale par rapport à ceux réalisés avec l'actionnaire unique. Une succession ou d'une conjonction d'événements, de nature différente (crise économique, avaries récurrentes touchant un appareil, non homologation du second pour les vols commerciaux, prestations insuffisantes de l'aircraft manager), qui aurait contrecarré les desseins de la recourante, ne saurait rien changer au fait que ces derniers relèvent du domaine des hypothèses. Si même l'on admettait que la situation n'était pas satisfaisante pour la recourante, en ce sens qu'elle aurait souhaité que les appareils soient mis à disposition de tiers de manière plus importante, ceci ne signifie pas encore qu'elle entendait réaliser son activité essentiellement avec ceux-ci. Les faits permettent de retenir la thèse de l'exact contraire, d'autant qu'ils concernent une période relativement longue (du 2ème trimestre 2001 au 1er trimestre 2006) et que la proportion de mise à disposition à des tiers est particulièrement faible sur l'ensemble de cette période. Quant à l'évolution des chiffres d'affaires avec des tiers après le contrôle dont a fait l'objet la recourante, il coïncide certes avec l'acquisition d'un nouvel appareil - cette fois-ci un avion -, mais il ne saurait être déterminant pour apprécier la situation qui a eu cours entre 2001 et 2006, tant il ne peut être totalement exclu que la recourante ait aménagé ses relations après le contrôle dont elle a fait l'objet, de manière à influer sur l'issue du présent litige.
Ainsi, quelle que soit la portée du droit prioritaire d'utilisation accordé au propriétaire des appareils selon l'offre de S._______ du 24 avril 2001 (cf. p. 3 du document en question), il apparaît que c'est bien en premier lieu en vue de satisfaire les besoins privés de son actionnaire unique que la recourante a été créée. Partant, en tant qu'il vise à obtenir en plus le remboursement de l'impôt préalable - dont le montant est plus élevé que les sommes versées au titre de la TVA - en relation avec l'utilisation aux fins privées par l'actionnaire, ce procédé est abusif (cf. consid. 4.3 ci-avant). Finalement, il y a lieu de relever que concernant tant l'assujettissement de la recourante que le droit à la déduction de l'impôt préalable, il a été tenu compte de l'ensemble des affectations commerciales des appareils au profit de tiers et que seules les transactions réalisées avec l'actionnaire - en ce sens qu'elles réalisent les conditions de l'évasion fiscale (cf. consid. 5.2 ci-avant) - n'ont pas été prises en considération. L'argument de la recourante ne résiste donc pas à l'examen et doit être écarté.
5.5.2 La recourante fait en outre grief à l'AFC de violer le principe de l'égalité de traitement. Selon elle, le refus de considérer que les prestations effectuées avec l'actionnaire unique constituent des opérations au sens de la LTVA prétérite les sociétés dont l'exploitation est initialement déficitaire, engendrant une inégalité de traitement en matière d'assujettissement à la TVA qui n'est justifiée par aucun motif.
Sur ce point, il sied d'abord d'observer que si le résultat de l'exploitation commerciale d'une société peut avoir valeur d'indice pour déterminer la nature - commerciale ou privée - de l'affectation à laquelle les appareils qu'elle détient sont en premier lieu destinés, il ne constitue toutefois qu'un élément parmi d'autres pour juger de l'existence d'une évasion fiscale. Ainsi, ce critère ne saurait être à lui seul décisif et ce, d'autant moins lorsque - contrairement au cas présent - l'exploitation n'est qu'initialement déficitaire (voir à cet égard, l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3688/2012 précité consid. 3.2.2.7) et que la société assujettie parvient par la suite à équilibrer ses comptes. Inversement, une évasion fiscale est également concevable s'agissant d'une société qui réalise des bénéfices. Tel sera en principe le cas lorsque - comme en l'occurrence - la personne morale a été créée en premier lieu pour satisfaire les besoins privés de ses ayants droit économiques. En tant que ce procédé vise à réaliser une économie fiscale non couverte par le but des normes légales régissant la TVA, le refus de prendre en compte les prétendues opérations réalisées entre la société et ces derniers concernant l'assujettissement et le droit à la déduction de l'impôt préalable repose en outre sur le principe général de l'interdiction de l'abus de droit, conformément auquel le renvoi abusif à une norme et l'invocation abusive d'un droit ne méritent pas d'être protégés (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_146/2010 précité consid. 4.1.4, 2C_732/2010 précité consid. 5.2 et 2C_129/2012 précité consid. 5.2). Partant, le grief de la recourante tombe à faux et doit être écarté.
5.5.3 La recourante observe finalement qu'une activité commerciale donnée, à savoir la navigation aérienne, est traitée de façon différenciée, en ce sens que des règles plus restrictives en matière d'assujettissement à la TVA et de droit à la déduction de l'impôt préalable lui sont imposées. Elle se plaint à cet égard d'une violation de la liberté économique.
A ce propos, il s'agit de rappeler que c'est uniquement à l'aune des conditions de l'évasion fiscale - qui seule permet de faire la transparence entre le prestataire et le destinataire de la prestation - que la situation doit être appréciée. Or, si un examen particulièrement attentif se justifie certes dans le domaine du trafic aérien pour les raisons que l'autorité inférieure a exposé au ch. 2 de la décision entreprise - à savoir que les prestations de transport, de location et d'affrètement dans le domaine du trafic international sont exonérées, alors que l'acquisition et la gestion d'avions sont soumises à l'impôt et génèrent une importante charge préalable (cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéralA-4674/2010 précité consid. 2.3.2.3 et A-2387/2007 précité consid. 2.4.3 i.f.) - une évasion fiscale peut néanmoins tout à fait se concevoir dans d'autres domaines d'activité (cf. à cet égard arrêts du Tribunal fédéral 2C_487/2011 consid. 2.8 et 3 [en particulier consid. 3.7]; cf. également Archives vol. 40 p. 210 ss, en particulier p. 219 ss; Diego Clavadetscher, Mehrwertsteuerliche Flugzeugfälle, in : L'expert comptable suisse [ECS] 1-2/13 p. 83 ss, p. 83). Contrairement à ce qu'affirme la recourante, il ne saurait donc être question d'un traitement différencié du secteur de la navigation aérienne. Partant, le grief soulevé à cet égard est également mal fondé.
6. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours, en partie pour d'autres motifs que ceux retenus par l'AFC dans sa décision sur réclamation (cf. consid. 1.2 ci-avant). Cela étant, la recourante devait compter avec ces motifs, au vu des dispositions en cause relatives à l'évasion fiscale et d'autant que l'occasion lui a été donnée de s'exprimer sur la portée des derniers arrêts du Tribunal fédéral relatifs à la question (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 6 et A-4516/2008 du 5 janvier 2011 consid. 7.5.2). Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, par Fr. 12'500.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe (cf. art. 63 al. 1 PA et art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Ce montant est compensé avec l'avance de frais déjà versée, d'un montant équivalent. Une indemnité à titre de dépens n'est allouée ni à la recourante (cf. art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario), ni à l'autorité inférieure (cf. art. 7 al. 3 FITAF).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 12'500.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais du même montant déjà versée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
La présidente du collège :
Le greffier :
Marie-Chantal May Canellas
Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Ce délai ne court pas du 18 décembre au 2 janvier inclus (art. 46 al. 1 let. c LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :