bvger · B-4208/2010 · 2011-12-09 · fr
B-4208/2010

Paiements directs généraux et contributions écologiques

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour II
B-4208/2010
Arrêt du 9 décembre 2011
Composition
Bernard Maitre (président du collège),
David Aschmann, Marc Steiner, juges,
Vanessa Thalmann, greffière.
Parties
Association X._______,
1. Y._______,
2. Z._______,
représentés par Y._______,
recourants,
contre
Tribunal cantonal du canton de Vaud,
Cour de droit administratif et public,
Avenue Eugène-Rambert 15, 1014 Lausanne,
autorité inférieure,
Département de l'économie du canton de Vaud, Secrétariat général, Rue Caroline 11,
1014 Lausanne Adm cant VD,
deuxième instance,
Service de l'agriculture du canton de Vaud, rue Caroline 11bis, 1014 Lausanne,
première instance.
Objet
Paiements directs.
Faits :
A.
A.a Y._______ et Z._______ formaient, au cours des années 2006 à 2007, une communauté d'exploitation reconnue par le canton de Vaud et fondée sur un contrat de société simple au sens des art. 530 ss du Code des obligations (CO, RS 220). Ils exploitaient diverses parcelles sur le territoire de la commune de (...).
En mai 2007, les prénommés ont déposé une demande de paiements directs pour 2007 auprès du Service de l'agriculture du canton de Vaud (ci-après : le Service de l'agriculture).
A.b Par décision du 7 décembre 2007, le Service de l'agriculture octroya à Y._______ et Z._______ des paiements directs pour 2007 pour un montant total de Fr. 125'394.50. Deux réductions apparaissaient sur ce décompte final : la première de Fr. 585.- en raison d'un dépassement de la limite du revenu déterminant et la seconde de Fr. 500.- pour non-respect des conditions et des charges selon l'art. 70 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les paiements directs (OPD, RS 910.13) (défaut de présentation d'un plan de situation détaillé du domaine avec mention des parcelles et des compensations écologiques et lacune dans la tenue à jour d'un carnet des champs ou des prés).
A.c Le 20 décembre 2007, Y._______, au nom de l'association qu'il forme avec Z._______, déféra cette décision auprès du Département de l'économie du canton de Vaud (ci-après : le Département cantonal de l'économie). Il contesta la réduction de la surface agricole utile (SAU) retenue pour la parcelle n° (...) sise sur la commune de (...), la réduction liée au revenu, la réduction pour les conditions et charges non respectées, le refus d'entrer en matière sur l'octroi de contributions «Systèmes de stabulation particulièrement respectueux des animaux» (SST)/«Sorties régulières en plein air» (SRPA) pour le nouveau poulailler de pondeuses et le statut des taureaux SST.
A.d Le 18 juillet 2008, le Service de l'agriculture a rendu une nouvelle décision, annulant et remplaçant sa décision du 7 décembre 2007. Dans sa nouvelle décision, il a pris en compte le revenu et la fortune retenus par l'Administration cantonale des impôts pour Y._______ pour l'année 2006 ; partant, il a annulé la réduction liée au revenu opérée précédemment. Pour le reste, il a confirmé la teneur de la décision du 7 décembre 2007.
A.e Le 2 août 2007 (recte : 2008), Y._______, au nom de l'association qu'il forme avec Z._______, recourut contre cette décision auprès du Département cantonal de l'économie en reprenant pour l'essentiel les griefs avancés dans son recours du 20 décembre 2007 et portant sur la réduction de la SAU (parcelle n° [...]), la réduction opérée en raison du non-respect des conditions et charges, le refus d'entrer en matière sur l'octroi de contributions SST/SRPA pour le nouveau poulailler de pondeuses et le statut des taureaux SST.
Par décision du 29 octobre 2009, le Département cantonal de l'économie a rejeté le recours.
A.f Le 30 novembre 2009, Y._______ et Z._______, représentés par Y._______, déférèrent cette décision auprès du Tribunal cantonal vaudois, Cour de droit administratif et public (ci-après : le Tribunal cantonal). Ils conclurent à la réduction de la SAU (parcelle n° [...]) sur la base d'un relevé orthophotographique joint au recours, au versement des contributions SST/SRPA 2007 en fonction des prestations fournies de juillet à décembre 2007 sur la base d'un effectif de 18'000 pondeuses, ainsi qu'à l'échelonnement des contributions en réduisant d'abord les contributions les plus basses de manière à éviter un effet d'incitation négatif.
Par arrêt du 10 mai 2010, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours. Se fondant sur le calcul effectué par le Département cantonal de l'économie à partir des orthophotos produites par Y._______ et Z._______, il fixa la SAU à 89 ares, soit 19 ares de plus que celle retenue par la décision attaquée et renvoya la cause au département afin qu'il statue à nouveau sur cette question.
S'agissant des contributions SST pour les poules pondeuses, le Tribunal cantonal constata que la décision attaquée ne violait pas les dispositions de l'OPD. Selon lui, Y._______ et Z._______ soutiennent à tort qu'il n'est pas rentable de produire des oeufs SST/SRPA si la totalité des contributions correspondantes ne sont pas versées dès le moment où le poulailler est opérationnel et la prestation éthologique effectivement fournie. Dans ce contexte, il exposa que le concept de rentabilité se référait au montant de la contribution versée. Car, si la gestion financière d'une entreprise agricole pouvait être fortement compliquée par des versements décalés, les contributions versées prenaient en considération le nombre effectif d'animaux élevés malgré le décalage temporel. Quant à l'échelonnement des contributions, il estima que la décision attaquée était conforme au droit.
Concernant enfin la réduction pour non-respect des conditions et des charges, il estima notamment que, dans la mesure où les contrôleurs IP-Suisse faisaient partie d'un organe d'inspection accrédité, leurs constatations pouvaient être reprises par l'autorité administrative. Il souligna que, si le nombre de contrôles évoqués par Y._______ et Z._______ (soit cinq contrôles pour 2007) était exact, il était effectivement élevé, mais ne pouvait toutefois avoir pour conséquence l'absence de sanction des manquements constatés.
B. Par écritures du 8 juin 2010, mises à la poste le lendemain, Y._______ et Z._______, représentés par Y._______, (ci-après : les recourants) recourent contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral. Ils concluent à ce que la SAU de la parcelle n° (...) soit fixée à 150 ares pour 2007, à ce que la moitié des contributions SST/SRPA 2007 soient versées pour leur poulailler de 18'000 pondeuses et à ce que l'échelonnement des contributions SST/SRPA pour les années 2007 et suivantes soit appliqué en réduisant d'abord les contributions les plus basses (taureaux).
S'agissant de la réduction de la SAU, les recourants soutiennent que la surface contestée a été semée et que, même si le premier semis n'a pas réussi, son affectation est restée agricole pendant plus de la moitié de la période de végétation. Ils ajoutent que seuls les abords immédiats du poulailler sont restés entravés légèrement plus longtemps, de sorte que la réduction proposée de 10 ares, qui correspond au 50 % de la surface du poulailler, est correcte.
En ce qui concerne le refus de contributions SST/SRPA pour le nouveau poulailler de pondeuses pour le second semestre 2007, les recourants contestent la notion de «rétribution décalée». Selon eux, le montant versé en 2007 correspond à la rétribution des prestations effectuées en 2007, selon l'année civile. Ils considèrent ainsi que les contributions SST/SRPA 2007 doivent rétribuer les prestations effectuées en 2007 et que la moitié des contributions SST/SRPA 2007 pour leur poulailler de 18'000 pondeuses doivent être versées afin de respecter les principes de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101 ; art. 104 al. 3 let. b) et de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (LAgr, RS 910.1 ; art. 76a).
Quant à l'échelonnement des contributions selon les effectifs d'animaux, les recourants contestent l'application de l'échelonnement sur la base d'un calcul d'une prime moyenne et non de la réduction de la prime la plus basse. Selon eux, une contribution négative pour une prestation éthologique n'est pas rentable et ne saurait être considérée comme un encouragement aux modes de production particulièrement respectueux des animaux. La réduction devrait ainsi s'opérer en premier lieu sur la catégorie d'animaux à la prime la plus basse. Dans le cas d'espèce, ce calcul donnerait une prime totale de Fr. 51'759.-, soit Fr. 2'068.- de plus que le résultat du calcul effectué sur la base des directives de l'Office fédéral de l'agriculture, et Fr. 1'500.- de prime nette pour les taureaux, ce qui correspond à la moitié de la prime sans échelonnement (Fr. 3'000.-), mais reste légèrement incitatif. A leur avis, le principe de l'échelonnement a été introduit afin de tenir compte des économies d'échelle dont peuvent profiter les exploitations les plus grandes en réduisant leurs contributions de manière proportionnelle et appropriée.
C. Invité à se prononcer sur le recours, le Tribunal cantonal conclut, dans sa réponse du 5 juillet 2010, au rejet du recours en se référant aux considérants de l'arrêt attaqué.
Egalement invités à se prononcer, le Service de l'agriculture et le Département cantonal de l'économie ont répondu le 28 juillet 2010, respectivement le 9 août 2010. Ils proposent le rejet du recours.
D. Appelé à se prononcer sur le recours en sa qualité d'autorité spécialisée, l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) relève dans son avis du 13 octobre 2010 que l'art. 70 al. 5 let. d LAgr constitue sans conteste une base légale suffisante justifiant la réglementation actuelle de l'échelonnement des contributions en fonction de la surface ou du nombre d'animaux prévue à l'art. 20 OPD.
E. Bien qu'invités à prendre position, les recourants ne se sont pas prononcés sur les réponses des autorités inférieures.
F. Invité par courrier du 10 août 2011 à compléter sa prise de position, l'Office fédéral de l'agriculture a répondu le 8 septembre 2011. Les recourants se sont déterminés sur ce courrier en date du 27 septembre 2011.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1. Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32 et 33 let. i de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 al. 2 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021], art. 166 al. 2 LAgr, art. 4 al. 1 et 92 al. 1 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD, RSV 173.36]).
La qualité pour recourir doit être reconnue aux recourants (art. 48 al. 1 let. a à c PA). Les autres conditions de recevabilité sont respectées (art. 50, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA).
2. Selon l'art. 49 PA, le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. En revanche, le grief de l'inopportunité ne peut être invoqué lorsque, comme en l'espèce, une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
3. En l'espèce, l'objet du litige porte sur le droit aux paiements directs alloués aux recourants pour 2007. Dans ces conditions, la conclusion des recourants tendant à ce que l'échelonnement des contributions SST/SRPA pour les années 2007 et suivantes soit appliqué en réduisant d'abord les contributions les plus basses dépasse l'objet du litige dans la mesure où elle a trait aux années ultérieures à 2007 et doit donc être déclarée irrecevable pour ces années-là.
Au vu de ce qui précède, le recours est uniquement recevable dans la mesure où il a trait aux paiements directs pour l'année 2007.
4. Les textes légaux en matière de paiements directs - en particulier la LAgr et l'OPD - ont subi des modifications depuis 2007. Il convient ainsi en premier lieu d'examiner quel est le droit applicable. La disposition transitoire de l'art. 187 al. 1 LAgr prévoit que, à l'exception des dispositions relatives à la procédure, les dispositions abrogées restent applicables aux faits survenus pendant qu'elles étaient en vigueur. Le droit applicable à la présente procédure est, par conséquent, celui en vigueur au 1er janvier 2007. Par souci de clarté, le droit actuellement en vigueur sera toutefois cité dans le présent arrêt lorsqu'il n'existe pas de différences avec l'ancien droit ou lorsque celles-ci, la plupart du temps rédactionnelles, ne portent pas à conséquence pour le cas d'espèce.
5. A teneur de l'art. 1 LAgr, la Confédération veille à ce que l'agriculture, par une production répondant à la fois aux exigences du développement durable et à celles du marché, contribue substantiellement : a. à la sécurité de l'approvisionnement de la population ; b. à la conservation des ressources naturelles ; c. à l'entretien du paysage rural ; d. à l'occupation décentralisée du territoire. La Confédération prend notamment comme mesure celle de rémunérer, au moyen de paiements directs, les prestations écologiques et celles d'intérêt public fournies par les exploitations paysannes cultivant le sol (art. 2 al. 1 let. b LAgr).
Aux termes de l'art. 70 al. 1 LAgr, la Confédération octroie aux exploitants d'entreprises paysannes cultivant le sol des paiements directs généraux, des contributions écologiques et des contributions éthologiques, à condition qu'ils fournissent les prestations écologiques requises. Son al. 3 prévoit que les paiements directs écologiques servent à promouvoir : a. les modes de production particulièrement respectueux de la nature et de l'environnement (contributions écologiques) ; b. les modes de production particulièrement respectueux des animaux (contributions éthologiques) ; c. la gestion durable d'exploitations et de pâturages d'estivage (contributions d'estivage). En vertu de l'art. 177 al. 1 LAgr, le Conseil fédéral arrête les dispositions d'exécution nécessaires, à moins que la loi ne réglemente autrement cette compétence.
Se fondant sur cette dernière disposition, le Conseil fédéral a édicté l'ordonnance sur les paiements directs. Selon l'art. 1 al. 1 OPD, les paiements directs comprennent les paiements directs généraux, les contributions écologiques et les contributions éthologiques. Par paiements directs généraux, on entend les : a. contributions à la surface ; b. contributions pour la garde d'animaux consommant des fourrages grossiers ; c. contributions pour la garde d'animaux dans des conditions difficiles ; d. contributions pour des terrains en pente (art. 1 al. 2 OPD). Par contributions éthologiques, on entend : a. les contributions pour les systèmes de stabulation particulièrement respectueux des animaux ; b. les contributions pour les sorties régulières en plein air (art. 1 al. 4 OPD).
Le Conseil fédéral a également arrêté l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur la terminologie agricole (OTerm, RS 910.91). Les notions qui y sont définies s'appliquent à la LAgr et aux ordonnances qui en découlent (art. 1 al. 1 OTerm).
6. In casu, l'objet du litige porte sur trois points : tout d'abord, sur l'étendue de la SAU de la parcelle n° (...) (consid. 7) ; ensuite, sur le montant des contributions SST/SRPA 2007 pour le poulailler de 18'000 pondeuses (consid. 8 à 10) ; enfin, sur l'échelonnement des contributions SST/SRPA 2007 (consid. 11).
7. Se fondant sur les «orthophotos» produites par les recourants, le Tribunal cantonal a retenu une SAU de 89 ares pour la parcelle n° (...) sise sur la commune de (...).
Dans leurs écritures, les recourants soutiennent que la SAU s'élève à 150 ares. Ils allèguent que la surface litigieuse a été semée et que son affectation est restée agricole pendant plus de la moitié de la période de végétation, même si le premier semis n'a pas réussi. Selon eux, seuls les abords immédiats du poulailler sont restés entravés légèrement plus longtemps, de telle sorte qu'une réduction de 10 ares, qui correspond au 50 % de la surface du poulailler, leur paraît justifiée.
Quant au Département cantonal de l'économie, il rappelle dans sa réponse du 9 août 2010 que les recourants ont reconnu dans leur recours du 20 décembre 2007 qu'il n'y a eu ni culture principale ni récolte sur la partie litigieuse de la parcelle. Il ajoute également que l'«orthophoto» du 31 juillet 2007 montre de larges zones de terrain nu, de sorte qu'il est difficile de prétendre à une utilisation agricole pendant au moins la moitié de la période de végétation.
7.1. Aux termes de l'art. 4 al. 1 OPD - dans sa teneur valable au 1er janvier 2007 (RO 1999 229, spéc. 230) -, donne droit aux paiements directs la surface agricole utile, à l'exception des surfaces aménagées en pépinières ou réservées à des plantes forestières ou ornementales, ou encore des surfaces sous serres reposant sur des fondations en dur.
Par surface agricole utile, on entend la superficie d'une exploitation qui est affectée à la production végétale, à l'exclusion des surfaces d'estivage, dont l'exploitant dispose pendant toute l'année. La surface agricole utile comprend notamment : a. les terres assolées ; b. les surfaces herbagères permanentes ; c. les surfaces à litière ; d. les surfaces de cultures pérennes ; e. les surfaces cultivées toute l'année sous abri (serres, tunnels, châssis) ; f. les surfaces sur lesquelles se trouvent des haies, des bosquets et des berges boisées qui, conformément à la loi du 4 octobre 1991 sur les forêts (RS 921.0), ne font pas partie de celle-ci ; g. (..) (art. 14 al. 1 OTerm). Ne sont pas reconnues comme surface agricole utile : a. les surfaces dont l'affectation principale n'est pas l'exploitation agricole ; b. les surfaces ou parties de surfaces fortement envahies par des plantes problématiques telles que rumex, chardon des champs, folle avoine, chiendent ; c. les bandes de terres au sens de l'art. 14 al. 1 let. g, d'une largeur de moins de deux mètres, qui sont isolées par des chemins ou des surfaces ne faisant pas partie de la surface agricole utile ; d. les terrains à bâtir équipés ; e. les surfaces comprises dans les terrains de golf et de camping, les aérodromes et les terrains d'entraînement militaire ou les surfaces délimitées des bas-côtés des lignes ferroviaires et des routes publiques ; f. les surfaces situées dans la zone riveraine et dans la zone délimitée des cours d'eau, si le fond du lit mesure plus de cinq mètres de large (art. 16 al. 1 OTerm). L'affectation principale d'une surface n'est pas l'exploitation agricole lorsque : a. celle-ci est fortement entravée ; b. le rendement de l'utilisation agricole est plus faible que celui d'une utilisation non agricole ; ou c. la fonction d'entretien est prédominante (art. 16 al. 2 OTerm).
7.2. En l'espèce, il ressort du formulaire A «Relevé des parcelles» du 2 mai 2007 que les recourants ont annoncé une SAU de 160 ares de prairie artificielle (surface totale : 187 ares moins 27 ares surface improductive). Suite à un contrôle du préposé agricole du 5 juillet 2007, la SAU a été réduite à 70 ares en raison du chantier de la construction du poulailler. Y._______ a contresigné le formulaire de contrôle établi à la date précitée par le préposé agricole. Les recourants n'ont pas fait usage dans les 48 heures de leur droit de recours contre ce constat auprès du commissaire régional conformément à ce que prévoit le chiffre 2 de ce formulaire.
Ce nonobstant, les autorités inférieures ont augmenté de 19 ares la SAU en se fondant sur les «orthophotos» produites par les recourants devant le Tribunal cantonal. La vue aérienne disponible sur le site Geoplanet (http://www.geoplanet.vd.ch) en janvier 2010 a été prise le 31 juillet 2007, soit peu de temps après la visite du préposé agricole du 5 juillet 2007. Cette vue permet de voir, non seulement l'emprise du poulailler au sol une fois les travaux de construction terminés, mais également la surface occupée par les travaux de terrassement et par l'entreposage de terre végétale durant cette période. C'est sur cette base que le Département cantonal de l'économie a calculé la SAU qu'il a arrêtée à 89 ares.
Il appert clairement de l'«orthophoto» produite par les recourants qu'environ la moitié de la parcelle était occupée par le bâtiment du poulailler, que des matériaux de construction étaient entreposés sur le sol et que des zones de terrains étaient nues. Les recourants allèguent que la surface contestée avait été semée et que, même si le premier semis n'avait pas réussi, son affectation était restée agricole pendant plus de la moitié de la période de végétation. Lors du contrôle effectué sur place une vingtaine de jours avant la prise de vue aérienne, le préposé n'a pas constaté que la parcelle en question avait été ensemencée. De surcroît, les recourants, qui n'ont pas recouru contre ce constat, n'ont pas signalé ce fait lors de la vision locale ni manifesté leur intention de cultiver prochainement la surface en question. Comme l'a à juste titre souligné l'autorité inférieure, les photographies produites (pièces n° 9 à 12 du dossier du Tribunal cantonal), qui ne sont d'ailleurs pas datées, ne permettent pas d'avoir une vision précise et globale de la zone litigieuse. Selon la doctrine et la jurisprudence, le défaut de preuve doit être supporté par la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, Les actes administratifs et leur contrôle, vol. II, 3ème éd., Berne 2011, p. 299 ; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2ème éd., Berne 1983, p. 280 ss ; ATF 125 II 465 consid. 4). Or, force est de constater que les explications et les moyens de preuve fournis par les recourants ne permettent pas de s'écarter des calculs effectués par les autorités inférieures à partir de l'«orthophoto» remise par les recourants eux-mêmes.
Dans ces conditions, on ne peut reprocher à l'autorité inférieure une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, de sorte que le recours doit être rejeté sur ce point.
8. Pour le calcul des paiements directs 2007, le Service de l'agriculture a tenu compte de l'effectif moyen de 2'390 poules pondeuses annoncé par les recourants sur le formulaire de relevé des animaux 2007, ce qui correspond à 23.90 UGB (volaille) pour les contributions SST et SRPA.
Les recourants demandent qu'il soit en plus tenu compte de leur nouveau poulailler de 18'000 poules pondeuses - opérationnel depuis juillet 2007 - et que leur soit ainsi versée la moitié des contributions SST/SRPA y relatives. D'une part, ils invoquent une violation du principe de rentabilité mentionné à l'art. 76a LAgr (consid. 9). D'autre part, ils se plaignent d'une violation de l'égalité de traitement, arguant que la pratique de l'OFAG avantagerait sans raison l'exploitant qui annonce pour la première fois des catégories d'animaux pour des contributions SST/SRPA (consid. 10).
Les autorités cantonales ont refusé de tenir compte du nouveau poulailler des recourants en raison de l'absence des poules pondeuses sur l'exploitation durant la période de référence allant du 1er mai 2006 au 30 avril 2007.
9. Le titre 3 de la LAgr est consacré aux paiements directs. Il est scindé en trois chapitres : le premier concerne les dispositions générales (art. 70 et 71) - lesquelles n'apportent aucune indication sur le mode de calcul des paiements directs et, en particulier, sur le moment auquel doit être pris en compte l'effectif d'animaux déterminant -, le second les paiements directs généraux (art. 72 à 75) et le troisième les paiements directs écologiques (art. 76 à 77). Ces derniers comprennent notamment les contributions éthologiques (art. 76a), lesquelles sont précisément litigieuses dans le cas d'espèce.
Aux termes de l'art. 76a LAgr, la Confédération verse des contributions éthologiques afin d'encourager l'application et l'extension de modes de production particulièrement respectueux des animaux (al. 1). Elle fixe le montant des contributions de sorte qu'il soit rentable de fournir une prestation éthologique particulière. Ce faisant, elle tient compte des recettes supplémentaires pouvant être réalisées sur le marché (al. 2).
9.1. Jusqu'à l'entrée en vigueur de l'art. 76a LAgr, les contributions éthologiques étaient comprises dans les contributions écologiques (message du Conseil fédéral du 29 mai 2002 concernant l'évolution future de la politique agricole [Politique agricole 2007], partie I : révision partielle de la loi sur l'agriculture [FF 2002 4401, spéc. 4498]). Ces dernières étaient réglées à l'art. 76 de la loi sur l'agriculture dans sa version en vigueur dès le 1er janvier 1999 (RO 1998 3033, spéc. 3052). La teneur de l'art. 76 al. 5 était identique à celle de l'art. 76a al. 2 LAgr.
Dans son message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole : Deuxième étape (Politique agricole 2002) (FF 1996 IV 1), le Conseil fédéral expose, s'agissant de l'art. 76 al. 5 (art. 72 al. 5 du projet), que les prestations particulières fournies dans le domaine de l'écologie et de la protection des animaux doivent être rentables pour les agriculteurs. Il explique que le comportement écologique doit présenter un intérêt économique. Il souligne toutefois que cette exigence ne concerne pas la rentabilité de chaque exploitation prise séparément, mais celle de groupes d'entreprises agricoles. Il précise ainsi qu'en fixant les taux des contributions par voie d'ordonnance, le Conseil fédéral devra tenir compte non seulement des coûts supplémentaires, mais aussi du surplus de recettes tirées de la commercialisation des produits bénéficiant de la protection d'une désignation particulière (FF 1996 IV 227).
Dans le même sens, le Conseil fédéral a précisé, dans le cadre de l'interpellation Bruderer Pascale du 12 juin 2008 «Promotion du bien-être des animaux dans le cadre du système des paiements directs» (consultation sur le site Internet du Parlement suisse à l'adresse : http://www.parlament.ch/F/Suche/Pages/geschaefte.aspx?gesch_id=20083392), que l'on ne peut pas déduire de l'art. 76a al. 2 LAgr que chaque programme (SST et SRPA) doit être rentable économiquement pour chaque exploitation et pour chaque catégorie d'animaux (sur le sujet, voir également : rapport du Conseil fédéral du 6 mai 2009 «Développements du système des paiements directs» en réponse à la motion 06.3536 du 10 novembre 2006 de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil des Etats, publié in : www.blw.admin.ch, rubriques «Thèmes», «Paiements directs», «Développement du système des paiements directs»).
L'interprétation que donne le Conseil fédéral de la rentabilité au sens de l'art. 76a al. 2 LAgr n'a pas été remise en question lors des débats parlementaires (voir Bulletin officiel de l'Assemblée fédérale [BO] 1997 N 2076 [Couchepin], BO 1997 N 2075 [Stucky]).
Enfin, l'art. 76a LAgr ne fournit aucune indication sur le mode de calcul des contributions SST/SRPA et, plus précisément, sur le moment auquel doit être pris en considération l'effectif d'animaux déterminant. Cette question est en revanche réglée à l'art. 67 OPD (voir consid. 10 ci-après).
9.2. Il ressort de ce qui précède que la lettre et le but de l'art. 76a al. 2 LAgr ainsi que les travaux préparatoires montrent clairement que l'exigence de rentabilité se réfère uniquement au montant de la contribution. Ainsi, c'est à tort que les recourants font valoir une violation de l'art. 76a LAgr.
10. L'art. 67 al. 1 de l'ordonnance sur les paiements directs (dans sa version au 1er janvier 2007 [RO 2003 5321, spéc. 5327 s.]) prévoit que le canton détermine le droit du requérant aux contributions et fixe le montant de celles-ci en fonction de la situation le jour de référence. En ce qui concerne les animaux de rente ne consommant pas des fourrages grossiers, est déterminant l'effectif moyen gardé dans l'exploitation pendant les douze mois précédant le jour de référence. Selon son al. 2, le jour de référence est la date de relevé fixée selon l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les données agricoles (RS 919.117.71) ; pour 2007, il était fixé au 2 mai (art. 2 al. 1 let. a et b et art. 5 al. 1 de l'ordonnance sur les données agricoles).
In casu, comme il s'agit d'animaux de rente ne consommant pas des fourrages grossiers (poules pondeuses), est ainsi déterminant pour les paiements directs 2007 l'effectif moyen gardé dans l'exploitation pendant les douze mois précédant le jour de référence, soit entre le 1er mai 2006 et le 30 avril 2007.
10.1. Visant une application uniforme des dispositions de l'ordonnance, l'Office fédéral de l'agriculture a édicté un document intitulé «Commentaire et instructions relatifs à l'ordonnance sur les paiements directs versés dans l'agriculture» (ci-après : commentaire OPD).
D'après la jurisprudence, les ordonnances administratives destinées à orienter les activités de l'administration visent à garantir une application uniforme et égalitaire du droit en donnant des indications sur l'exercice du pouvoir d'appréciation et sur la signification de normes formulées de manière indéterminée. Les ordonnances administratives s'adressent aux fonctionnaires et aux employés publics ; elles ne définissent en revanche pas de droits ou de devoirs pour les citoyens (ATF 128 I 167 consid. 4.3 et les réf. cit.). Elles n'ont donc pas force de loi et ne lient ni les administrés, ni les tribunaux, ni même l'administration. Elles ne dispensent pas cette dernière de se prononcer à la lumière des circonstances du cas d'espèce. Par ailleurs, elles ne peuvent sortir du cadre fixé par la norme supérieure qu'elles sont censées concrétiser. En d'autres termes, à défaut de lacune, elles ne peuvent prévoir autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence (ATF 133 II 305 consid. 8.1 et les réf. cit.). S'il est vrai que les ordonnances administratives interprétatives ne lient en principe ni les tribunaux ni les administrés, il n'en reste pas moins que les uns et les autres en tiennent largement compte. Par ailleurs, dans la mesure où ces directives assurent une interprétation correcte et équitable des règles de droit, le juge les prendra en considération (ATAF 2007/48 consid. 6 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral B-1796/2009 du 9 novembre 2010 consid. 3.3.1 et B-3133/2009 du 13 novembre 2009 consid. 4.4.4 ; Pierre Moor, Droit administratif, vol. I, Les fondements généraux, 2ème éd., Berne 1994, n° 3.3.5.4, p. 271).
Dans sa version au 31 janvier 2007, le commentaire OPD précise ce qui suit à propos de l'art. 62 relatif aux contributions SST/SRPA :
Si les bâtiments ou les installations nécessaires (p.ex. aires à climat extérieur, parcours) ne sont pas utilisables à partir du 1er janvier de l'année de contributions, aucune contribution SST ou SRPA n'est versée pour les catégories d'animaux concernées. Lorsque l'exploitant annonce pour la première fois des catégories d'animaux pour les contributions SST ou SRPA, mais qu'il ne remplit pas les conditions requises au 1er janvier, le canton peut verser la moitié de la contribution annuelle s'il observe les prescriptions au plus tard au 1er juillet.
Ces directives posent tout d'abord le principe selon lequel aucune contribution SST ou SRPA n'est versée pour les catégories d'animaux concernées si les bâtiments ou les installations nécessaires ne sont pas utilisables au 1er janvier de l'année de contributions. Elles introduisent ensuite une exception en faveur de l'exploitant qui annonce pour la première fois des catégories d'animaux pour les contributions SST ou SRPA. Aux termes de cette exception, le canton peut verser la moitié de la contribution annuelle lorsque les conditions requises sont observées au plus tard au 1er juillet. L'exception en question s'applique donc uniquement à l'exploitant qui annonce pour la première fois des catégories d'animaux pour des contributions SST ou SRPA et non point à celui qui agrandit ses bâtiments ou ses installations nécessaires.
Les recourants ne comprennent pas les raisons de cette distinction. A leur avis, il n'y a pas de raison objective d'appliquer cette exception aux «constructions de bâtiments neufs et pas à l'adjonction d'installations spécifiques à une étable existante».
10.2. Dans sa réponse complémentaire du 8 septembre 2011, l'OFAG explique que le mode de calcul des contributions prévu à l'art. 67 al. 1 OPD s'appliquant aux poules pondeuses ne permet pas d'accorder des contributions à un exploitant qui participe pour la première fois à un programme SST ou SRPA et qui ne remplit pas encore les exigences imposées au 1er janvier et au jour de référence. Selon lui, dit exploitant ne perçoit aucune contribution, bien qu'il ait fourni la prestation complémentaire SST pendant la majeure partie de sa première année d'adhésion au programme SST. Comme cette règle aboutit à un résultat inéquitable, il l'a assoupli dans ses directives pour tenir compte du fait qu'il s'agit de constructions qui entraînent généralement d'importants investissements et pour lesquelles il y a souvent des retards qui ne sont pas imputables aux agriculteurs.
Les explications fournies par l'OFAG pour justifier l'introduction de cette exception dans ses directives sont soutenables. En effet, on ne peut guère nier qu'une application rigide de l'art. 67 al. 1 OPD peut conduire, dans le cas particulier visé par l'exception, à un résultat inéquitable et susceptible d'affaiblir les objectifs du législateur tendant à encourager, au moyen de mesures incitatives présentant un intérêt économique, les formes d'exploitation particulièrement en accord avec la nature et respectueuses de l'environnement et des animaux (art. 104 al. 3 let. b Cst.). Ce résultat paraît d'autant plus choquant que l'exploitant en question investit, en vue de favoriser le bien-être des animaux, des montants importants pour la construction de bâtiments conformes aux prescriptions des programmes SST ou SRPA. A cela s'ajoute que la solution adoptée par l'OFAG pour corriger l'application par trop rigoureuse de l'art. 67 al. 1 OPD au cas particulier s'avère raisonnable dans la mesure où seule la moitié de la contribution annuelle et non pas son entier peut être versée à l'exploitant concerné.
Reste à examiner si, comme le prétendent les recourants, cette exception crée une inégalité de traitement en privilégiant l'exploitant qui annonce pour la première fois des catégories d'animaux pour des contributions SST ou SRPA au détriment de l'exploitant qui agrandit ses bâtiments ou ses installations nécessaires.
10.3. L'art. 8 al. 1 Cst. dispose que tous les êtres humains sont égaux devant la loi. Il consacre à la fois le principe d'égalité dans la loi - lequel s'adresse au législateur lui-même, lui interdisant de faire des distinctions qui ne reposent pas sur un motif objectif et pertinent - et celui d'égalité devant la loi - c'est-à-dire dans l'application à un cas concret des dispositions légales - (Jean-François Aubert/Pascal Mahon, Petit Commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999, Zurich/Bâle/Genève 2003, Mahon ad art. 8, p. 75 n° 7 et les réf. cit.). Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, une décision ou un arrêté viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et lorsque ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 137 I 167 consid. 3.5 et les réf. cit., ATF 134 I 23 consid. 9.1, ATF 132 I 157 consid. 4.1, ATF 124 I 297 consid. 3b, ATF 118 Ia 1 consid. 3a).
In casu, on voit mal pour quelle raison l'OFAG établit, dans le commentaire OPD, une distinction entre les nouvelles constructions et les agrandissements. En effet, dans les deux cas, l'exploitant peut être amené à investir des montants importants et être confronté à des retards dans la construction qui ne lui sont pas imputables. L'OFAG fait valoir que, contrairement à l'exploitant qui annonce pour la première fois des catégories d'animaux pour des contributions SST ou SRPA, les recourants participent déjà au programme SST, de sorte qu'il s'agit de l'extension, pendant l'année de contribution, de l'effectif de poules pondeuses due au nouveau poulailler ; les animaux supplémentaires seront compris dans l'effectif moyen relatif aux paiements directs 2008 et donneront droit aux contributions. Il relève à juste titre que, dans le cadre d'un agrandissement, l'exploitant perçoit déjà des contributions SST pour une catégorie d'animaux. Toutefois, il convient de ne pas perdre de vue que ces contributions sont uniquement versées sur la base de l'effectif moyen d'animaux gardés durant la période de référence (soit in casu un effectif moyen de 2'390 poules pondeuses pour la période de référence comprise entre le 1er mai 2006 et le 30 avril 2007). En d'autres termes, les contributions perçues rétribuent uniquement la prestation effectuée avant l'agrandissement. Il s'ensuit que, s'agissant de l'agrandissement en tant que tel, l'exploitant qui agrandit ses bâtiments ou ses installations nécessaires et qui remplit les conditions requises au 1er juillet au plus tard se trouve dans une situation semblable à l'exploitant qui annonce pour la première fois des catégories d'animaux pour des contributions SST ou SRPA.
Il résulte de ce qui précède que les situations de fait sont semblables et qu'il n'y a aucune raison objective de traiter différemment les agrandissements des nouvelles constructions. Dans ces conditions, force est de constater que l'exception introduite par l'OFAG à l'art. 62 du commentaire OPD viole le principe de l'égalité de traitement (égalité dans la loi). Elle doit ainsi également être appliquée aux agrandissements. Partant, le recours doit être admis et la cause renvoyée au Service de l'agriculture pour qu'il examine si les recourants remplissaient les exigences en question au plus tard au 1er juillet 2007 et qu'il rende une nouvelle décision.
11. Les recourants critiquent enfin le mode de calcul des contributions SST. Ils ne contestent pas le principe de l'échelonnement en tant que tel, mais uniquement son application sur la base du calcul d'une prime moyenne. Selon eux, la méthode de calcul à retenir serait celle de la réduction de la prime la plus basse.
11.1. L'art. 70 al. 5 LAgr (dans sa version au 1er janvier 2007 [RO 2003 4217, spéc. 4223 s.]) prévoit que, en vue de l'octroi des paiements directs généraux, des contributions écologiques et des contributions éthologiques, le Conseil fédéral fixe : a. une charge de travail minimale exprimée en unités de main-d'oeuvre standard dans l'entreprise exploitée ; b. une limite d'âge ; c. des valeurs limites pour la somme des contributions par unité de main-d'oeuvre standard ; d. la surface ou le nombre d'animaux par exploitation au-delà desquels les contributions sont réduites ; e. des exigences concernant la formation professionnelle agricole. Le Conseil fédéral règle les modalités et décide les exceptions ; f. le revenu et la fortune imposables des exploitants au-delà desquels les contributions sont réduites ou refusées ; pour les exploitants mariés, le Conseil fédéral fixe des valeurs limites plus élevées.
Sur la base de la délégation de compétence de l'art. 70 al. 5 let. d LAgr, le Conseil fédéral a édicté l'art. 20 OPD intitulé «Echelonnement des contributions en fonction de la surface ou du nombre d'animaux». Dans sa teneur au 1er janvier 2007 (RO 1999 229, spéc. 234), son al. 1 prévoit que les taux applicables aux divers types de contributions sont échelonnés en fonction de la surface ou du nombre d'animaux comme suit :
Classe de grandeur
Surface donnant droit aux paiements directs
Nombre d'animaux donnant droit aux paiements directs
Taux de réduction des contributions
1
jusqu'à 30 ha
jusqu'à 45 UGB
0 %
2
plus de 30 ha et jusqu'à 60 ha
plus de 45 UGB et jusqu'à 90 UGB
25 %
3
plus de 60 ha et jusqu'à 90 ha
plus de 90 UGB et jusqu'à 135 UGB
50 %
4
plus de 90 ha
plus de 135 UGB
100 %
Dans sa version au 31 janvier 2007, le commentaire OPD précise à l'art. 20 que lorsqu'il s'agit d'un type de contribution avec des taux différenciés, on s'appuiera sur la moyenne pour l'échelonnement (voir l'exemple de calcul donné au commentaire OPD ad art. 20, p. 11).
11.2. Il appert du consid. 11.1 ci-dessus que la LAgr prévoit uniquement le principe de l'échelonnement des contributions (art. 70 al. 5 let. d) et que l'OPD instaure les taux de réduction applicables aux divers types de contribution en fonction du nombre d'animaux (art. 20). En revanche, ni la LAgr ni l'OPD n'indiquent la façon dont doit être calculé l'échelonnement. Une marge de manoeuvre est ainsi laissée aux autorités d'exécution. Dans son commentaire OPD (ad art. 20), l'OFAG prévoit que l'échelonnement d'un type de contribution avec des taux différenciés doit être calculé en s'appuyant sur la moyenne.
On ne peut certes pas exclure qu'il existe d'autres modes de calcul - dont celui proposé par les recourants (calcul de l'échelonnement en réduisant en premier la prime la plus basse) - qui puissent trouver application et, même, être plus favorables à ces derniers. Toutefois, on doit bien constater que la méthode de calcul prévue par l'OFAG et appliquée de manière générale par le Service de l'agriculture n'est pas contraire au droit. Cette question relève cependant très largement de l'opportunité, de sorte qu'elle échappe au contrôle du Tribunal de céans (voir art. 49 let. c PA et consid. 2 ci-dessus ; voir également arrêts du TF 1P.50/2003 du 27 mars 2003 consid. 2.2 et 1A.262/2000 du 6 juillet 2001 consid. 2d/bb ; André Grisel, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, vol. I, p. 329 ss).
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté sur ce point.
12. Il résulte de ce qui précède que l'exception prévue dans le commentaire OPD (ad art. 62) pour les nouvelles constructions doit également être appliquée aux agrandissements. Dans la mesure où il est recevable, le recours doit donc être admis et la cause renvoyée au Service de l'agriculture pour qu'il examine si les recourants remplissaient les exigences en question au plus tard au 1er juillet 2007 et qu'il rende une nouvelle décision. Ce renvoi pouvant avoir des conséquences sur le montant des contributions SST octroyées aux recourants, le Service de l'agriculture devra également réexaminer l'échelonnement des contributions en question.
13.
13.1. Les frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (art. 2 al. 1 et 4 FITAF). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2 PA).
En l'espèce, les recourants obtenant partiellement gain de cause - à savoir sur une de leurs trois conclusions, soit celle ayant trait à la prise en compte de leur nouveau poulailler et au versement de la moitié de la contribution annuelle y relative -, les frais de procédure, fixés à Fr. 2'000. , doivent être réduits à Fr. 1'300.- (art. 63 al. 1 PA). Ils seront prélevés sur l'avance de frais de Fr. 2'000.- versée par les recourants le 21 juin 2010. Le solde de Fr. 700.- sera restitué aux recourants dès l'entrée en force du présent arrêt.
13.2. Les recourants ne sont pas représentés par un avocat et ne peuvent faire valoir de frais nécessaires au sens de l'art. 8 FITAF. Il n'y a en conséquence pas lieu de leur allouer des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. Partant, les décisions du Tribunal cantonal du 10 mai 2010, du Département cantonal de l'économie du 29 octobre 2009 et du Service de l'agriculture du 18 juillet 2008 sont annulées en tant qu'elles concernent la prise en compte de la moitié de la contribution annuelle SST/SRPA 2007 pour le nouveau poulailler. L'affaire est renvoyée dans le sens des considérants au Service de l'agriculture afin qu'il examine si les recourants remplissaient les prescriptions au plus tard au 1er juillet 2007 et qu'il rende une nouvelle décision concernant les contributions SST/SRPA.
Pour le reste, le recours est rejeté.
2. L'affaire est renvoyée au Département cantonal de l'économie et au Tribunal cantonal pour qu'ils fixent une nouvelle fois les frais de procédure.
3. Les frais de procédure, d'un montant réduit à Fr. 1'300.-, sont mis à la charge des recourants et sont prélevés sur l'avance de frais de Fr. 2'000.- déjà versée. Le solde de Fr. 700.- sera restitué aux recourants dès l'entrée en force du présent arrêt.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (Acte judiciaire ; annexe : formulaire "Adresse de paiement")
- à la première instance (Acte judiciaire)
- à la deuxième instance (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. FO-2009.0028 ; Acte judiciaire)
- à l'Office fédéral de l'agriculture (Acte judiciaire)
- au Département fédéral de l'économie (Acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Bernard Maitre
Vanessa Thalmann
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition : 14 décembre 2011