bvger · A-5317/2023 · 2026-03-12 · fr
A-5317/2023

Redevance sur le trafic des poids lourds

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5317/2023
Arrêt du 12 mars 2026
Composition
Pierre-Emmanuel Ruedin (président du collège),
Jürg Steiger et Iris Widmer, juges,
Amytis Bahmanyar, greffière.
Parties
A._______,
représentée par
Maître Cédric Aguet,
Bonnard Lawson Avocats,
recourante,
contre
Office fédéral de la douane
et de la sécurité des frontières (OFDF),
Domaine de direction Bases, Section Droit,
Taubenstrasse 16, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
RPLP ; transport combiné non accompagné (TCNA), demande de remboursement.
Faits :
A.
A.a A._______ (ci-après : recourante) est une société suisse qui a pour but social l'exploitation d'une entreprise de transports. Elle est notamment propriétaire de plusieurs camions porte-conteneurs immatriculés dans le canton de Vaud.
A.b Entre janvier 2014 et avril 2015, la recourante effectue, en tant que sous-traitante, des livraisons par voie routière dans le cadre de courses en transport combiné non accompagné (ci-après : TCNA) pour le compte de l'entreprise ferroviaire B._______ (ci-après : exploitante). Cette collaboration reprend en novembre 2017 et dure jusqu'en mars 2019.
B.
B.a
B.a.a Au moyen de douze formulaires datés des 16 et 18 octobre 2018, 13 novembre 2018, 11 décembre 2018 et 14 février 2019, la recourante adresse à l'Administration fédérale des douanes (ci-après : AFD ; l'AFD est devenue entretemps l'Office fédéral de la douane et de la sécurité des frontières ; ci-après : OFDF ou autorité inférieure) des demandes de remboursement de la redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations (RPLP) pour les parcours du TCNA (ci-après : demandes de remboursement) concernant les périodes de novembre à décembre 2017 et de mars à décembre 2018 et portant sur un montant total de Fr. 59'367.- , correspondant à 1'799 transbordements de conteneurs entre la route et le rail ou entre le rail et la route.
B.a.b Par décision du 8 avril 2019, l'autorité inférieure refuse les demandes de remboursement de la recourante pour ces périodes de novembre à décembre 2017 ainsi que de mars à décembre 2018. Selon l'autorité inférieure, la recourante ne lui a pas fourni les justificatifs adéquats, c'est-à-dire les documents permettant d'établir les parcours principaux (ferroviaires) des conteneurs concernés.
B.b
B.b.a Le 24 mai 2019, la recourante dépose, contre cette décision de l'OFDF du 8 avril 2019, un recours (A-2521/2019) auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après également : TAF) au motif, entre autres, que l'exploitante, en charge des transports des conteneurs par le rail, refuse de lui fournir une attestation des parcours principaux (trajets ferroviaires) effectués en TCNA pour les périodes en question.
B.b.b Par arrêt A-2521/2019 du 1er novembre 2021, le Tribunal administratif fédéral rejette le recours. Il considère, en substance, que les conditions du remboursement de la RPLP ne sont pas remplies, faute de preuve. Le Tribunal administratif fédéral retient également que l'autorité inférieure n'a pas violé son devoir d'instruction en refusant d'ordonner à l'exploitante de produire une attestation propre à établir le parcours principal par rail des différents conteneurs transportés. Il refuse par ailleurs d'administrer lui-même ce moyen de preuve.
B.c
B.c.a Le 6 décembre 2021, la recourante dépose un recours en matière de droit public (2C_993/2021) auprès du Tribunal fédéral (ci-après également : TF) contre l'arrêt du TAF A-2521/2019 précité.
B.c.b Par arrêt 2C_993/2021 du 6 octobre 2022, le Tribunal fédéral admet le recours, annule l'arrêt du TAF A-2521/2019 du 1er novembre 2021 et renvoie la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il ordonne à l'exploitante de produire une attestation propre à établir - le cas échéant - le parcours principal par rail des différents conteneurs transportés faisant l'objet de la demande de remboursement et qu'il rende une nouvelle décision sur cette base.
C.
C.a Par ordonnance du 2 novembre 2022, dans la cause A-4709/2022 ouverte à la suite du renvoi décidé par le Tribunal fédéral par arrêt 2C_993/2021 du 6 octobre 2022, le Tribunal administratif fédéral ordonne à l'autorité inférieure de procéder auprès de l'exploitante à l'administration de la preuve requise par la recourante (c'est-à-dire l'attestation mentionnée au consid. B.c.b ci-dessus) et de la lui transmettre. Le Tribunal administratif fédéral invite par ailleurs l'OFDF à lui faire part de ses observations au sujet de ce moyen de preuve dans les 30 jours suivant sa réception.
C.b Par courrier du 6 décembre 2022, l'autorité inférieure transmet au Tribunal administratif fédéral le moyen de preuve demandé. Il s'agit d'une liste (ci-après : liste originale) produite par l'exploitante (et transmise à l'autorité inférieure par courrier du 30 novembre 2022) qui établit un total de 1'164 transbordements sur les périodes litigieuses (cf. consid. 11.2.1.3 ci-dessous).
C.c Le 16 décembre 2022, l'autorité inférieure adresse au Tribunal administratif fédéral ses observations sur le moyen de preuve produit par l'exploitante et sur l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_993/2021 du 6 octobre 2022.
C.d Par courrier du 16 janvier 2023, l'autorité inférieure demande à l'exploitante de bien vouloir se prononcer sur la différence de 635 transbordements entre les demandes de remboursement de la recourante (cf. consid. B.a.a) et la liste originale fournie par l'exploitante (cf. consid. C.b).
C.e Le 8 mars 2023, la recourante adresse au Tribunal administratif fédéral sa prise de position au sujet des observations de l'autorité inférieure du 16 décembre 2022 (cf. consid. C.c).
C.f Par lettre du 14 mars 2023 (datée par erreur du 14 mars 2022), en réponse au courrier de l'autorité inférieure du 16 janvier 2023 (cf. consid. C.d), l'exploitante informe l'autorité inférieure avoir procédé à une vérification en détail de la liste originale (cf. consid. C.b) qui lui a permis de constater une erreur. Elle joint à son courrier une nouvelle liste (ci-après : liste corrigée) qui dénombre un total de 963 transbordements (cf. consid. 11.2.2.2 ci-dessous).
C.g Par arrêt A-4709/2022 du 21 mars 2023, le Tribunal administratif fédéral admet le recours A-2521/2019 de la recourante, annule la décision entreprise du 8 avril 2019 (cf. consid. B.a.b) et renvoie le dossier de la cause à l'autorité inférieure pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
D.
D.a Le 17 mai 2023, l'autorité inférieure informe la recourante que - « à titre de remboursements TCNA pour les périodes fiscales de novembre et décembre 2017 ainsi que mars à décembre 2018 » - elle a l'intention de lui rembourser la somme de Fr. 31'779.-, qui correspond aux 963 transbordements ressortant de la liste corrigée.
D.b Par courrier du 19 juin 2023, la recourante persiste à réclamer un remboursement TCNA de Fr. 59'367.-, correspondant à 1'799 transbordements pour les périodes en question.
D.c Par décision du 30 août 2023 (accompagnée de la liste corrigée) (cf. pièces 31 et 32 jointes à la réponse [cf. consid. F.a] ; ci-après : décision attaquée), l'autorité inférieure accorde à la recourante un remboursement TCNA de Fr. 31'779.- (correspondant à 963 transbordements) pour les périodes litigieuses.
E. Par mémoire du 2 octobre 2023 (accompagné de ses annexes), la recourante dépose le présent recours A-5317/2023 (ci-après : recours) devant le Tribunal administratif fédéral contre la décision attaquée. Elle conclut - avec suite de frais et dépens - principalement à l'annulation de la décision attaquée et à ce que l'autorité inférieure soit condamnée à lui verser la somme de Fr. 59'367.-, plus intérêts, « au titre de remboursement de la RPLP pour cause de transports combinés rail-route (TCNA) effectués du 1er novembre 2017 au 31 décembre 2018 ». La recourante conclut subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi du dossier à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
F.
F.a Les parties se déterminent encore lors de l'échange d'écritures, qui donne lieu à une réponse de l'autorité inférieure du 31 janvier 2024 (accompagnée du dossier de la cause ; ci-après : réponse), à une réplique de la recourante du 11 mars 2024 (accompagnée d'une annexe ; ci-après : réplique) et à une duplique de l'autorité inférieure du 9 avril 2024 (accompagnée d'une annexe ; ci-après : duplique).
F.b Dans sa réplique, la recourante confirme les conclusions de son recours et prend une conclusion supplémentaire : « Ordonner à [l'exploitante] qu'elle produise une liste mise à jour démontrant ce qu'il est advenu de chaque conteneur que [la recourante] a ramené vide aux gares de X et Y, du 1er novembre 2017 au 31 décembre 2018 ».
Les autres faits et les arguments des parties seront repris, si nécessaire, dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 En vertu de l'art. 31 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) et sous réserve des exceptions non réalisées en l'espèce prévues à l'art. 32 de cette loi, le TAF connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021). En particulier, les décisions de l'OFDF et de ses domaines de direction peuvent être déférées au Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF (cf. ég. art. 23 al. 4 de la loi fédérale du 19 décembre 1997 concernant une redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations [LRPL, RS 641.81] ; art. 1 let. c, art. 90 et art. 116 al. 4 de la loi du 18 mars 2005 sur les douanes [LD, RS 631.0] ; art. 8 al. 1 let. a et annexe 1 let. B ch. V.1.6 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1]). Le Tribunal est donc compétent pour connaître de la présente cause.
1.2 La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF, la LRPL ou la LD n'en disposent pas autrement (art. 37 LTAF ; cf. art. 23 al. 4 LRPL ; art. 116 al. 2 et 4 LD).
1.3 Déposé en temps utile (art. 50 al. 1 PA) et en la forme requise (art. 52 al. 1 PA) par le destinataire de la décision attaquée A-5317/2023, qui dispose manifestement de la qualité pour recourir (art. 48 al. 1 PA), le présent recours est recevable.
2.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49 PA). Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (arrêt du TAF A-3587/2023 du 4 avril 2025 consid. 2.2).
2.2
2.2.1 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits d'office et librement. Bien que les art. 12 ss PA ne soient pas applicables à la procédure en matière fiscale (art. 2 al. 1 PA), le Tribunal tient largement compte, dans les procédures douanières qui se déroulent devant lui, des principes constitutionnels qui ont trouvé leur expression dans le cadre de ces dispositions (arrêts du TAF A-2868/2022 du 23 mars 2023 consid. 2.2, A-5446/2016 du 23 mai 2018 consid. 2.2). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir de collaborer des parties. Bien que l'application de l'art. 13 PA soit exclue en procédure fiscale, ce devoir existe pleinement en procédure de recours contentieuse (arrêts du TAF A-6278/2024 du 2 septembre 2025 consid. 5.1, A-4910/2018 du 12 août 2020 consid. 2.1.3). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; Alfred Kölz et al., Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 4e éd. 2025, nos 1135 s.).
2.2.2 Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo ; il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure. S'il apparaît que celle-ci a procédé à une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, il convient en règle générale de lui renvoyer la cause pour instruction complémentaire (arrêts du TAF A-2176/2020 du 20 janvier 2021 consid. 2.2.2, A-5259/2017 du 12 août 2020 consid. 2.2 ; Raphaël Bagnoud, La théorie du carrefour, in : OREF [édit.], Au carrefour des contributions - Mélanges de droit fiscal en l'honneur de Monsieur le Juge Pascal Mollard 2020 p. 489 ss, p. 494).
2.3
2.3.1 L'autorité doit en principe procéder à l'administration des preuves par les moyens qu'elle a à sa disposition. Elle admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits (art. 33 al. 1 PA). Cela signifie également qu'elle renonce à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et qu'elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 136 I 229 consid. 5.3, 130 II 425 consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-2727/2019 du 29 mars 2021 consid. 3.2.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 7.1). Cependant, elle se doit de respecter la jurisprudence constante en la matière. En particulier, une telle appréciation anticipée ne doit pas être arbitraire (ATF 134 I 140 consid. 5.3 ; arrêts du TF 2C_872/2014 du 14 avril 2015 consid. 4.2, 2C_263/2014 du 21 janvier 2015 consid. 4.2.1). En d'autres termes, l'autorité doit expliquer dans sa décision les raisons pour lesquelles elle procède de la sorte. Ainsi, s'agissant de l'allégation d'un réclamant, elle ne peut l'écarter d'emblée, sans fournir une motivation (arrêt du TAF A-2727/2019 du 29 mars 2021 consid. 3.2.2).
2.3.2 La décision de renoncer à de plus amples mesures d'instruction est admissible s'il apparaît que les nouveaux éléments seraient de toute façon impropres à entamer une conviction forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 ; arrêts du TAF A-606/2012 du 24 janvier 2013 consid. 1.5.3, A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 2.3, A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 2.4 ; cf. ég. André Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 3e éd. 2022, no 3.144). Par ailleurs, on mentionnera également que les pièces établies après coup ont, sur le plan fiscal, une valeur probante quasi nulle (ATF 133 II 153 consid. 7.2 et 7.4 in fine ; arrêts du TF 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.3.3, 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4 ; arrêt du TAF A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 2.3).
2.4 La maxime inquisitoire impose au juge d'apprécier d'office l'ensemble des preuves à disposition, selon sa libre conviction (art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273], applicable en vertu du renvoi de l'art. 19 PA). L'appréciation des preuves est libre dans la mesure où elle n'est pas régie par des règles rigides sur la preuve qui dicteraient précisément au juge la manière dont se constitue une preuve et quelle serait la valeur probante des différents modes de preuve les uns par rapport aux autres (ATF 130 II 482 consid. 3.2). Le Tribunal doit examiner de manière objective tous les moyens de preuve, quelle qu'en soit la provenance, puis décider si les éléments à disposition permettent de porter un jugement valable sur le droit litigieux (ATAF 2013/9 consid. 3.8.1).
2.5 S'agissant de l'établissement des faits et de l'appréciation des preuves, il y a arbitraire (art. 9 in limine de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101]) lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 137 III 226 consid. 4.2, 136 III 552 consid. 4.2 ; ATAF 2014/2 consid. 5.1 ; arrêt du TAF B-4380/2016 du 13 août 2018 consid. 6.2). L'appréciation des preuves n'est pas arbitraire du seul fait qu'une autre appréciation serait concevable, voire préférable, mais seulement lorsqu'elle est manifestement insoutenable ou qu'elle contredit clairement la situation de fait (arrêt du TAF A-3193/2018 du 7 mai 2019 consid. 8.2.1).
2.6
2.6.1 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité (administrative ou judiciaire) se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, l'autorité renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci (ATF 144 II 427 consid. 3.1.3 ; arrêts du TAF A-3587/2023 du 4 avril 2025 consid. 2.3, A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.8, A-2119/2021 du 28 juin 2021 consid. 1.5.1 ; Moser et al., op. cit., no 3.144 ; Bagnoud, op. cit., p. 504 s. ; cf. ég. art. 33 al. 1 PA a contrario).
2.6.2
2.6.2.1 En revanche, lorsque l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, à défaut de dispositions spéciales en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Rapportée au droit fiscal, cette règle suppose que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui créent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujetti assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (ATF 133 II 153 consid. 4.3 ; arrêts du TAF A-3587/2023 du 4 avril 2025 consid. 2.4, A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.8, A-2119/2021 du 28 juin 2021 consid. 1.5.2 ; René A. Rhinow et al., Öffentliches Prozessrecht, 4e éd. 2021, no 996 ss).
2.6.2.2 Les règles sur la répartition du fardeau de la preuve ne s'appliquent toutefois que s'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait avec un degré de vraisemblance suffisant pour emporter la conviction du juge (ATF 139 V 176 consid. 5.2 ; arrêts du TAF A-3587/2023 du 4 avril 2025 consid. 2.4, A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.8, A-2119/2021 du 28 juin 2021 consid. 1.5.2). S'agissant du degré de preuve requis en matière fiscale, de jurisprudence constante, les moyens de preuve présentés doivent prouver l'état de fait d'une manière suffisamment certaine, la vraisemblance prépondérante n'étant pas suffisante. Un fait est ainsi tenu pour établi lorsque l'autorité n'a plus de doute sérieux quant à son existence. Il n'est cependant pas nécessaire que sa conviction confine à une certitude absolue, qui exclurait toute autre possibilité ; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (ATF 130 III 321 consid. 3.2 ; arrêts du TAF A-3587/2023 du 4 avril 2025 consid. 2.4, A-2350/2020 du 17 janvier 2022 consid. 1.8, A-2119/2021 du 28 juin 2021 consid. 1.5.1).
3.
3.1 La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Lorsqu'un texte légal est clair, l'autorité qui applique le droit ne peut s'en écarter que s'il existe des motifs sérieux de penser que ce texte ne correspond pas en tous points au sens véritable de la disposition visée et conduit à des résultats que le législateur ne peut avoir voulus et qui heurtent le sentiment de la justice ou le principe de l'égalité de traitement. De tels motifs peuvent résulter des travaux préparatoires, du fondement et du but de la prescription en cause, ainsi que de sa relation avec d'autres dispositions. L'art. 190 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) ne fait pas obstacle à une interprétation qui irait à l'encontre du texte de la disposition légale. S'il existe de bonnes raisons d'admettre que le texte de la disposition ne reproduit pas le sens qui lui est voulu (la ratio legis), il est possible de s'en écarter afin d'interpréter la disposition selon son sens véritable, surtout si cela apparaît plus conforme à la Constitution (ATF 150 IV 48 consid. 3.2, 149 I 2 consid. 3.2.1, 145 II 270 consid. 4.1, 139 I 257 consid. 4.2).
3.2 Si le texte n'est pas absolument clair, que plusieurs interprétations sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme ; il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (ATF 150 IV 48 consid. 3.2, 149 IV 9 consid. 6.3.2.1, 147 IV 385 consid. 2.1).
4.
4.1 Au vu des changements récents de législation en matière de RPLP, il y a lieu de déterminer, avant de détailler le cadre légal pertinent in casu (consid. 5), quelles dispositions s'appliquent du point de vue temporel.
4.1.1 Les périodes sur lesquelles portent les demandes de remboursement litigieuses s'étalent entre 2017 et 2018.
4.1.2 Sont ainsi applicables la LRPL, dans ses versions en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017 (en ce qui concerne les demandes de remboursement portant sur les mois de novembre et de décembre 2017) et jusqu'au 31 décembre 2021 (en ce qui concerne les demandes de remboursement portant sur les mois de mars à décembre 2018), l'ancienne ordonnance du 6 mars 2000 concernant une redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations (aORPL, RO 2000 1170 ; abrogée le 1er mai 2024), dans ses versions en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017 (en ce qui concerne les demandes de remboursement portant sur les mois de novembre et de décembre 2017), jusqu'au 30 avril 2018 (en ce qui concerne les demandes de remboursement portant sur les mois de mars et avril 2018) et jusqu'au 31 janvier 2019 (en ce qui concerne les demandes de remboursement portant sur les mois de mai à décembre 2018), et l'ancienne ordonnance du 1er septembre 2000 sur le remboursement de la redevance sur le trafic des poids lourds pour les transports effectués sur les parcours initiaux et terminaux du trafic combiné non accompagné (RO 2000 2621 ; ci-après : ancienne ordonnance TCNA ; abrogée le 1er mai 2024), dans sa version en vigueur jusqu'au 30 avril 2024.
4.1.3 Dans la suite du texte, les dispositions appliquées seront celles qui sont issues des textes légaux et versions susmentionnés, sauf indication contraire.
4.2 Cela étant, la jurisprudence rendue sous l'ancien droit, mais relative à des dispositions matérielles restées inchangées dans le nouveau droit, demeure valable, de sorte qu'il est toujours possible de s'y référer (arrêts du TAF A-2047/2023 du 3 juillet 2024 consid. 2.1, A-1705/2023 du 24 mai 2024 consid. 3).
5.
5.1 Le principe de l'auto-déclaration applicable dans le domaine de la LRPL implique que la personne assujettie, à savoir le détenteur du véhicule (art. 5 al. 1 LRPL), porte la responsabilité de l'exactitude et de l'exhaustivité de sa déclaration (cf. art. 11 al. 1 LRPL ; art. 22 s. aORPL ; arrêts du TAF A-3183/2023 du 9 novembre 2023 consid. 2.5.1, A-5446/2016 du 23 mai 2018 consid. 5.2.3).
5.2
5.2.1 L'art. 4 LRPL règle les dérogations et exonérations à l'assujettissement à la redevance. Introduit par l'art. 6 ch. 1 de l'ancienne loi fédérale du 8 octobre 1999 visant à transférer sur le rail le trafic de marchandises à travers les Alpes (ancienne Loi sur le transfert du trafic, RO 2000 2864) et abrogé avec effet au 1er janvier 2026 (RO 2025 749), l'art. 4 al. 3 LRPL (1999) établit le droit à un remboursement forfaitaire de la RPLP pour les trajets effectués dans le TCNA, dont les modalités sont réglées par le Conseil fédéral aux art. 8 à 10 aORPL.
5.2.2
5.2.2.1 L'art. 8 al. 1 aORPL dispose que les détenteurs de véhicules soumis à la redevance, à l'aide desquels sont effectuées des courses en TCNA, bénéficient d'un remboursement, sur demande présentée à l'OFDF (anciennement : AFD), pour les parcours initiaux ou terminaux du TCNA.
5.2.2.2 Ces parcours initiaux ou terminaux du TCNA sont définis à l'art. 9 al. 1 aORPL comme étant « les parcours que des véhicules routiers [...] effectuent entre le lieu de chargement ou de déchargement et une gare de transbordement ou un port rhénan, sans que la marchandise transportée change de contenant lors du passage d'un mode de transport à l'autre ».
5.2.2.3 L'art. 10 aORPL (2016) prévoit que le Département fédéral des finances (ci-après : DFF) règle, en relation avec les parcours initiaux et terminaux effectués en TCNA, les devoirs des détenteurs de véhicules, en particulier la façon dont ils doivent apporter la preuve des courses effectuées (let. a), ainsi que la procédure de remboursement (let. b).
5.2.3 Faisant usage de cette compétence, le DFF, en accord avec le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (ci-après : DETEC), a édicté l'ancienne ordonnance TCNA. Cette dernière comprend des règles sur la demande de remboursement, les moyens de preuves, la périodicité ainsi que la collaboration des prestataires du TCNA.
5.2.3.1 Selon ladite ordonnance, la demande de remboursement doit contenir les indications suivantes : a) nombre d'unités de chargement et de semi-remorques selon les catégories définies à l'art. 8 al. 2 aORPL ; et b) nom et signature du requérant (art. 1 al. 1 ancienne ordonnance TCNA).
5.2.3.2 Pour chaque parcours initial ou terminal du TCNA, le requérant doit sur demande présenter une preuve à la Direction générale des douanes (ci-après : DGD) (art. 2 al. 1 ancienne ordonnance TCNA). Tous les documents et justificatifs essentiels pour le remboursement de la redevance doivent être conservés pendant cinq ans et être présentés sur demande à la DGD (art. 2 al. 2 ancienne ordonnance TCNA).
5.2.3.3 Les exploitants de gares de transbordement (entre autres) sont soumis à une obligation d'annoncer annuellement à la DGD le nombre d'unités qui ont été transportées dans le TCNA (art. 4 al. 1 ancienne ordonnance TCNA). Ces indications doivent être ventilées selon les catégories basées sur la longueur des unités de chargement ou semi-remorques, qui déterminent le montant forfaitaire remboursable (art. 4 al. 2 ancienne ordonnance TCNA, en lien avec l'art. 8 al. 2 aORPL).
5.2.4 Se fondant sur l'art. 45 al. 2 aORPL, qui dispose qu'elle publie les instructions nécessaires à l'exécution, l'AFD a édicté une directive intitulée « Remboursement pour les transports effectués dans le cadre du trafic combiné non accompagné » (ci-après : ancienne directive TCNA ; arrêt du TAF A-1608/2016 du 20 septembre 2016 consid. 2.2.2) ; est en l'espèce pertinente l'édition 2017, valable à partir du 1er janvier 2017 (pièce 10 jointe à la réponse dans la procédure A-2521/2019). Le règlement 15-02-10 « Remboursement pour les transports effectués dans le cadre du trafic combiné non accompagné » (ci-après : règlement TCNA ; pièce 12 jointe à la réponse dans la procédure A-2521/2019 [version du 1er janvier 2019 et version du 1er juin 2019]) reprend pour l'essentiel le contenu de l'ancienne directive TCNA.
5.2.4.1 Aux termes du ch. 3.6.1.1 de l'ancienne directive TCNA, respectivement du ch. 3.5.1.1. du règlement TCNA, les « documents et les moyens de preuve [concernant le transport en TCNA] doivent contenir les indications minimales suivantes :
- taille de l'unité de chargement (longueur/ largeur ou désignation normalisée) ;
- identification de l'unité de chargement (no du conteneur ou de la caisse mobile, plaque de contrôle de la semi-remorque) ;
- identification de la liaison entre l'unité de chargement et le parcours initial/ terminal (véhicule routier) ainsi que le parcours principal (transport ferroviaire ou fluvial) ;
- plaque de contrôle du véhicule affecté au TCNA ».
5.2.4.2 Selon le ch. 3.6.1.2 de l'ancienne directive TCNA et le ch. 3.5.1.2 du règlement TCNA, les « documents suivants peuvent servir de moyens de preuve :
- liste établie par l'exploitant du terminal, énumérant toutes les unités de chargement délivrées ou enlevées par un détenteur donné dans un terminal déterminé ;
- bulletin de remise ou de prise en charge établi par le fournisseur de TCNA (attestation du transbordement ou du changement de mode de transport par l'exploitant du terminal ou de la gare) ;
- combinaison
de la facture au mandant du transport et / ou
de la lettre de voiture ferroviaire / de la liste de transbordement trafic fluvial et / ou
du bulletin de livraison ;
- autres documents, si nécessaire ».
6.
6.1
6.1.1 En l'espèce, la recourante se plaint de la violation de l'art. 9 aORPL. Cette disposition définit les parcours initiaux et terminaux du TCNA, sujets à un remboursement de la RPLP, comme étant « les parcours que des véhicules routiers [...] effectuent entre le lieu de chargement ou de déchargement et une gare de transbordement ou un port rhénan, sans que la marchandise transportée change de contenant lors du passage d'un mode de transport à l'autre » (cf. consid. 5.2.2.1). La recourante soutient en substance que, selon cette norme, tout conteneur, qu'il soit vide ou rempli, qui fait l'objet d'un transport entre un lieu de déchargement (ou de chargement) et une gare de transbordement donne droit à un remboursement de la RPLP (cf. recours, p. 9 s.).
6.1.2 L'autorité inférieure, quant à elle, souligne, en reprenant les explications offertes par l'exploitante à sa demande expresse, que « die Antragstellerin [recourante] auf ihren handgeschriebenen Arbeitsrapporten oft mehrere < manipulations > aufgeführt hatte. Nach Auffassung unserer Klientin [exploitante] ist aber nicht jeder Umschlag eines Wechselbehälters rückerstattungsberechtigt, sondern nur einer pro Vor- und Rücklauf. Wir vermuten, dass die hohe Zahl von geltend gemachten < manipulations > aus einem anderen, wahrscheinlich nichtzutreffenden, Verständnis der Rückerstattungsberechtigung seitens der Antragstellerin [recourante] herrührt » (pièce 27 jointe à la réponse, p. 2 in fine). L'autorité inférieure est dès lors d'avis que seuls les conteneurs qui sont effectivement transbordés, soit de la route au rail, soit du rail à la route, peuvent conduire à un remboursement forfaitaire de la RPLP pour le parcours initial ou terminal dont il a fait l'objet, avant ou après ledit transbordement (décision attaquée, p. 3-5).
6.2 Il convient ainsi de définir le type de trajet qui donne lieu à un remboursement de la RPLP au sens de l'art. 9 al. 1 aORPL, selon les règles d'interprétation de la loi (consid. 3), en commençant par l'interprétation littérale (consid. 6.2.1), puis systématique (consid. 6.2.2), puis téléologique (consid. 6.2.3) et, enfin, historique (consid. 6.2.4).
6.2.1
6.2.1.1 Le texte légal évoque simplement les trajets entre un lieu de chargement ou de déchargement, d'une part, et une gare de transbordement, d'autre part, ce qui permet d'en faire la même interprétation que celle de la recourante. En effet, il n'est aucunement fait mention de transfert vers le rail à la suite du parcours initial ou de transfert depuis le rail préalablement au parcours terminal ; la seule condition supplémentaire du texte étant que la marchandise transportée ne change pas de contenant.
6.2.1.2 Les autres versions linguistiques du texte n'apportent pas plus de précisions. En allemand, les parcours initiaux et terminaux sont compris comme ceux ayant lieu « zwischen dem Verlade- oder Entladeort und einem Umschlagsbahnhof oder Rheinhafen » et, en italien, « tra il luogo di carico o di scarico e lo scalo ferroviario di trasbordo o il porto renano più vicini ».
6.2.1.3 Ainsi, une interprétation littérale donnerait plutôt raison à la thèse de la recourante. L'interprétation de l'autorité inférieure n'est toutefois pas pour autant exclue, ce d'autant que, en prévoyant que la marchandise transportée ne doit pas changer de contenant « lors du passage d'un mode de transport à l'autre », l'art. 9 al. 1 aORPL sous-entend que les parcours initiaux et terminaux doivent être liés à un parcours dans un autre mode de transport. D'ailleurs, le simple fait que l'art. 9 al. 1 aORPL donne une définition des parcours initiaux et terminaux « du TCNA », c'est-à-dire du transport combiné non accompagné, parle également en faveur d'un lien entre des parcours initiaux et terminaux, qui relève du transport routier (« parcours que des véhicules routiers [...] effectuent » [art. 9 al. 1 aORPL]), et des parcours dans un autre mode de transport.
6.2.1.4 Vu que le texte légal n'est pas à lui seul d'une clarté suffisante pour trancher la question qui se pose, et que plusieurs interprétations sont possibles (comme le démontrent les avis divergents de la recourante et de l'autorité inférieure), il convient de recourir aux méthodes complémentaires d'interprétation (cf. consid. 3.2).
6.2.2
6.2.2.1 D'un point de vue systématique, l'art. 8 al. 2 aORPL, qui règle les véhicules affectés au TCNA, précise que trois montants forfaitaires (en fonction de la taille de l'unité de chargement ou semi-remorque) sont remboursés par unité de chargement ou semi-remorque « transbordée de la route au trafic ferroviaire ou fluvial, ou du trafic ferroviaire ou fluvial à la route ». Il appert ainsi clairement que le remboursement de la RPLP est subordonné à la condition d'un transbordement route-rail ou rail-route. Lu conjointement avec l'art. 8 al. 1 aORPL, qui indique que le remboursement a lieu « pour les parcours initiaux ou terminaux du TCNA », l'art. 8 al. 2 aORPL doit être compris en ce sens que ce sont les parcours initiaux ou terminaux effectués dans le cadre du TCNA qui donnent droit à un remboursement forfaitaire de la RPLP et que celui-ci est calculé par transbordement effectué. Chaque parcours initial ou terminal doit par conséquent être lié directement au transbordement d'un conteneur de la route au rail ou du rail à la route afin de conduire à un remboursement de la RPLP. C'est d'ailleurs ce que suggère l'expression « transport combiné non accompagné » (cf. consid. 6.2.1.3), qui figure également, au niveau de la loi fédérale, à l'art. 4 al. 3 LRPL (1999).
6.2.2.2 Ces développements accréditent la définition du parcours initial ou terminal avancée par l'autorité inférieure, qui a précisé qu'un « transport routier entre le lieu de chargement ou de déchargement d'un container ou d'une caisse mobile et une gare de transbordement (terminal) ne donne droit au remboursement TCNA que s'il est lié dans le temps à un trajet principal en train » (décision attaquée A-5317/2023, p. 4).
6.2.3
6.2.3.1 D'un point de vue téléologique, le Conseil fédéral confirme que la RPLP a pour finalité, entre autres, l'amélioration des conditions du fret ferroviaire. Il va ainsi dans ce sens d'exonérer, du moins, une partie de la RPLP pour les parcours initiaux ou terminaux effectués dans le cadre du TCNA. Une exonération totale des parcours initiaux ou terminaux a été envisagée, mais rejetée, vu que cela « aurait sans doute des effets négatifs sur le reste du trafic marchandises et allongerait excessivement ces parcours routiers ». Le Conseil fédéral a ainsi encouragé une exonération de type forfaitaire pour chaque conteneur transporté sur les parcours initiaux ou terminaux, ce indépendamment de la distance desdits parcours. Le but est notamment d'encourager les conducteurs à se rendre à la gare de transbordement la plus proche (Message du Conseil fédéral du 23 juin 1999 relatif à l'approbation des accords sectoriels entre la Suisse et la CE, FF 1999 5440, 5605).
6.2.3.2 Il ressort de ce Message du Conseil fédéral que, bien que le régime de remboursement de la RPLP ait pour but la promotion du TCNA, ce n'est pas pour autant que l'option la plus efficace soit d'offrir des remboursements les plus élevés possibles. En effet, un système dans lequel tout chemin effectué entre un lieu de chargement ou déchargement et une gare de transbordement permettrait un remboursement aurait pour effet d'inciter les bénéficiaires à multiplier les trajets par la route plutôt que d'optimiser l'envoi de marchandises par voie ferroviaire, ce qui est contraire à l'objectif de la RPLP. En outre, le Message fait explicitement référence à un système de calcul du remboursement dépendant du nombre effectif de transbordements effectués (FF 1999 5440, 5605). L'interprétation téléologique de la norme soutient ainsi plutôt la définition avancée par l'autorité inférieure.
6.2.4
6.2.4.1 Enfin, sur le plan historique, il apparait que le système du TCNA, comprenant les parcours initiaux ou terminaux, est un concept né du droit européen, intégré par la suite au droit suisse. En effet, l'on retrouve une référence au « transport combiné » dans l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse et la Communauté européenne sur le transport de marchandises et de voyageurs par rail et par route (RS 0.740.72 ; ci-après : Accord sur les transports terrestres). La notion y est définie à son art. 3 ch. 2 par. 11 comme étant « les transports de marchandises effectués par des véhicules routiers ou des unités de chargement qui sont acheminés par chemin de fer pour une partie du trajet et par route pour les parcours initiaux et/ ou terminaux ». Cet accord repose sur l'ancien Accord du 2 mai 1992 entre la Confédération suisse et la Communauté économique européenne sur le transport de marchandises par route et par rail (RO 1993 1198). Ce dernier définit, quant à lui, le « transport combiné rail/ route » (« ci-après dénommé transport combiné ») à son art. 3 let. c comme étant « les transports de marchandises effectués par des véhicules routiers ou des unités de chargement, qui sont acheminés par chemin de fer pour une partie du trajet et par route pour les parcours initiaux ou terminaux ».
6.2.4.2 Aucun de ces accords ne définit clairement les parcours initiaux et terminaux du TCNA. On peut toutefois s'inspirer de la législation développée en droit européen à l'époque. En effet, bien que la Suisse n'y soit pas automatiquement liée, elle avait l'intention, s'agissant du transport de marchandises, d'intégrer de façon optimale les axes du transport combiné non accompagné dans les corridors de fret européens (art. 3bis al. 1 in fine de la loi fédérale du 4 octobre 1991 relative à la construction de la ligne ferroviaire suisse à travers les Alpes [Loi sur le transit alpin, LTrAlp, RS 742.104] ; cf. ég. Message du Conseil fédéral du 26 juin 1996 concernant la réalisation et le financement de l'infrastructure des transports publics, FF 1996 IV 648, 682).
6.2.4.3 En outre, en vertu de l'art. 52 par. 6 et de l'annexe 1 section 1 par. 3 (aux fins qui y sont décrites) de l'Accord sur les transports terrestres, la Suisse est tenue d'appliquer des dispositions légales équivalentes à celles qui figurent dans le règlement (CE) no 1072/2009 du Parlement européen et du Conseil du 21 octobre 2009 établissant des règles communes pour l'accès au marché du transport international de marchandises par route (JO L 300/72 du 14.11.2009), modifié en dernier lieu par le règlement (UE) no 517/2013 du Conseil du 13 mai 2013 (JO L 158/1 du 10.06.2013). Selon le par. 16 in limine de son préambule, ce règlement (CE) no 1072/2009 « s'applique sans préjudice des dispositions concernant le transport aller ou retour de marchandises par route formant une partie d'un transport combiné tel qu'il est défini dans la directive 92/106/CEE du Conseil du 7 décembre 1992 relative à l'établissement de règles communes pour certains transports combinés de marchandises entre Etats membres (JO L 368/38 du 17.12.1992) ».
L'art. 1 de cette directive 92/106/CEE définit les « transports combinés » comme étant « les transports de marchandises entre Etats membres pour lesquels le camion, [...] utilis[e] la route pour la partie initiale ou terminale du trajet et, pour l'autre partie, le chemin de fer [...], et effectuent le trajet initial ou terminal routier :
- soit entre le point de chargement de la marchandise et la gare ferroviaire d'embarquement appropriée la plus proche pour le trajet initial et entre la gare ferroviaire de débarquement appropriée la plus proche et le point de déchargement de la marchandise pour le trajet terminal,
- [...] ».
La Suisse n'a certes pas intégré cette définition particulière dans son ordre juridique ; cependant, il découle de ce qui précède que le droit relatif au TCNA découle directement de son prédécesseur européen, dont il est donc possible de s'inspirer pour l'interprétation du droit applicable au cas d'espèce.
7.
7.1 L'interprétation littérale, systématique, téléologique et historique de l'art. 9 al. 1 aORPL (cf. consid. 6.2-6.2.4.3) permet tout d'abord d'apporter quelques précisions d'ordre terminologique. Il doit en effet être retenu que le transport combiné non accompagné (TCNA) désigne la mise en relation d'un parcours initial (Vorlauf) - routier (cf. consid. 6.2.1.3, 6.2.4.1 et 6.2.4.3) - avec un (postérieur) parcours principal (Hauptlauf ; cf. ch. 2.1 in fine ancienne directive TCNA ; ch. 2.1 in fine règlement TCNA) - ferroviaire ou fluvial (cf. art. 8 al. 2 aORPL ; cf. ég. consid. 6.2.1.3, 6.2.4.1 et 6.2.4.3) - ou, à l'inverse, la mise en relation d'un parcours terminal (Nachlauf) - routier - avec un (antérieur) parcours principal (Hauptlauf) - ferroviaire ou fluvial. Le « Schéma récapitulatif TCNA » produit par l'autorité inférieure en annexe à sa duplique illustre de manière appropriée ce procédé du TCNA (cf. ég. décision attaquée, p. 4 ; duplique, p. 3 in fine). Quant au transbordement, il désigne le transfert d'une unité de chargement (ou d'une semi-remorque) de la route au trafic ferroviaire ou fluvial, ou - à l'inverse - du trafic ferroviaire ou fluvial à la route (cf. art. 8 al. 2 aORPL ; cf. ég. consid. 6.2.2.1).
7.2
7.2.1 En définitive, il doit être retenu que les parcours initiaux et terminaux ne comprennent pas tout trajet routier effectué entre un point de chargement ou de déchargement et une gare de transbordement, mais seulement ceux qui sont directement suivis d'un transbordement (pour les parcours initiaux) ou ceux qui sont directement précédés d'un transbordement (pour les parcours terminaux) (cf. ég. décision attaquée, p. 4). Ainsi, contrairement à ce qu'estime la recourante (cf. recours, p. 8 ; réplique, p. 3), seuls les parcours (initiaux ou terminaux) effectivement liés à un transbordement - c'est-à-dire à un transfert de conteneur (vide ou non [cf. consid. 8.1]) d'un mode de transport à l'autre (cf. consid. 7.1 in fine) - peuvent faire l'objet d'un remboursement forfaitaire de la RPLP (la recourante semble d'ailleurs l'admettre [cf. recours, p. 5-6 ; réplique, p. 3 {ch. 6}]) ; tel n'est en revanche pas le cas, par exemple, des trajets destinés au simple dépôt de conteneurs auprès de gares de transbordement (cf. réponse, p. 7), sans que ces conteneurs ne soient ensuite effectivement transbordés, puis directement véhiculés par le rail (cf. décision attaquée, p. 4 ; réponse, p. 4, 5-6, 6 et 11 in fine ; duplique , p. 2-3). Il est ainsi exclu de considérer que chaque « manipulation » dont la recourante fait état soit susceptible d'un remboursement (cf. consid. 9.1-9.3.1).
7.2.2 Rien n'empêche que, lors d'un transbordement, un conteneur ne passe pas immédiatement de la route au rail (ou du rail à la route), mais qu'il soit brièvement entreposé. Il convient en effet de faire la distinction entre l'entreposage de courte durée d'un conteneur dans le cadre d'un transbordement, d'une part, et le stockage d'un conteneur vide qui n'est pas immédiatement réutilisé, d'autre part (duplique, p. 2-3). Peu importe par ailleurs que la recourante ne puisse pas charger ou décharger un conteneur sur le quai de la gare de l'exploitante, mais qu'elle doive le charger ou le décharger à une station de conteneurs (cf. réplique, p. 3) ; seul est en effet déterminant le fait que les trajets effectués par la recourante soient effectivement liés à un parcours principal (et puissent dès lors être qualifiés de parcours initiaux ou terminaux), ce qui n'est pas le cas si la recourante amène un conteneur à la gare en vue de son simple stockage ou si elle prend en charge à la gare un conteneur qui y avait simplement été stocké.
7.2.3
7.2.3.1 A noter qu'un même parcours principal est en principe précédé d'un parcours initial et suivi d'un parcours terminal (cf. consid. 7.1) ; il donne ainsi lieu à deux transbordements (entre le parcours initial et le parcours principal, d'une part, et entre le parcours principal et le parcours terminal, d'autre part). Or, en l'espèce, la recourante, qui n'effectue des trajets qu'à partir ou à destination de la gare de transbordement de X, ne peut faire valoir qu'un seul transbordement par parcours principal. Elle ne pourrait en effet faire valoir un deuxième transbordement en lien avec un parcours principal donné que si elle effectuait elle-même - par exemple au moyen d'autres véhicules routiers - un trajet à partir (parcours terminal) ou à destination (parcours initial) de l'autre gare de transbordement concernée par ce parcours principal, ce qui n'est toutefois pas le cas.
7.2.3.2 En l'espèce, un parcours principal (précédé d'un parcours initial) - ou un parcours principal (suivi d'un parcours terminal) - ne peut ainsi donner lieu qu'à un seul transbordement (cf. pièce 27 jointe à la réponse, p. 2 in fine ; cf. ég. duplique, p. 4 in fine).
La recourante ne saurait dès lors être suivie lorsqu'elle affirme que « [la liste originale] ne perme[t] pas de confirmer le nombre de transbordements effectués par la recourante mais uniquement d'attester du trajet principal effectué par rail » (recours, p. 5 ; cf. pièce 8 jointe au recours [qui figure également dans la pièce 26 jointe à la réponse, p. 4-6], p. 1 in fine). En effet, chacun des parcours principaux - dont la recourante admet l'existence sur la base de la liste originale - ne peut correspondre qu'à un (seul) transbordement, car il ne peut être lié qu'à un (seul) parcours initial ou à un (seul) parcours terminal. Quoi qu'il en soit, la liste originale atteste plutôt un parcours initial ou terminal qu'un parcours principal (cf. consid. 11.2.1).
7.2.3.3 Il faut enfin relever à cet égard que le fait qu'un conteneur soit chargé de son contenu à plusieurs endroits différents avant d'être acheminé à la gare de transbordement ne change rien au fait que le parcours principal en cause (précédé d'un parcours initial) ne peut correspondre qu'à un seul transbordement (pour ce parcours initial ; cf. consid. 7.2.3.2). De même, si un conteneur est déchargé de son contenu à plusieurs endroits différents après avoir été pris en charge à la gare de transbordement, le parcours principal en cause (suivi d'un parcours terminal) ne peut donner lieu qu'à un seul transbordement (pour ce parcours terminal).
Peu importe que le parcours initial (respectivement terminal) en question soit constitué de plusieurs étapes afin d'assurer le chargement (respectivement le déchargement) du contenu du conteneur à des endroits différents. Peu importe également que l'exploitante délivre un document intitulé « Vorlauf - Abholschein » (respectivement « Nachlauf - Zustellschein » [au sujet de ces documents, cf. consid. 10.3]) séparé pour chacune des parties du contenu du conteneur en fonction de l'endroit où ces parties doivent être chargées (respectivement déchargées) (pour des exemples de cas dans lesquels plusieurs de ces documents sont délivrés en lien avec le contenu du même conteneur, cf. consid. 14.2.2.2 [§ 2], 14.2.3.2 [§ 2] et 14.2.4.2 [§ 2]).
Contrairement à ce que semble soutenir la recourante (réplique, p. 3-4 [ch. 9]), l'ensemble des trajets routiers nécessaires au chargement (respectivement au déchargement) du contenu d'un conteneur ne relèvent en effet que de ce seul conteneur, qui ne peut faire l'objet que d'un seul parcours principal et, par conséquent, que d'un seul parcours initial (respectivement terminal) et d'un seul transbordement (cf. duplique, p. 4 in fine).
8.
8.1 Si l'interprétation de l'art. 9 al. 1 aORPL faite par l'autorité inférieure emporte la conviction du Tribunal, la recourante a raison sur un autre aspect ayant trait à la définition des parcours initiaux et terminaux dans le cadre du TCNA. C'est bien à juste titre que la recourante précise que les trajets consistant à ramener des conteneurs vides à une gare de transbordement, après un déchargement effectué auprès d'un client, doivent être considérés comme des parcours initiaux susceptibles d'un remboursement de la RPLP, à la condition que ces conteneurs vides soient ensuite effectivement transbordés et véhiculés par le rail (cf. consid. 7.2) ; il doit en aller de même du transport routier d'un conteneur vide en vue d'un chargement auprès d'un client, qui doit être considéré comme un parcours terminal si ce conteneur avait préalablement été transporté par le rail (cf. réplique, p. 3). En effet, le but du remboursement TCNA est, entre autres, de promouvoir le transport ferroviaire et de diminuer le transport routier (cf. consid. 6.2.3). Il peut en outre être remarqué que la condition de l'art. 9 al. 1 aORPL selon laquelle la marchandise transportée ne doit pas changer de contenant lors du passage d'un mode de transport à l'autre est également respectée en cas de transport de conteneurs vides.
8.2 C'est ainsi à juste titre que l'autorité inférieure affirme que « le retour et le dépôt du conteneur vide au terminal ne donne pas droit au remboursement s'il n'est pas lié dans le temps à un transport par rail » (réponse, p. 7 [let. A.n] ; cf. duplique, p. 3 et 4 ; cf. ég. pièce 38c jointe à la réponse [Frage 1 {in fine} et Frage 8]). D'ailleurs, contrairement à ce que soutient la recourante (réplique, p. 2), il ne saurait être retenu que le ch. 2.2 de l'ancienne directive TCNA - selon lequel « les transports de conteneurs vides du lieu de déchargement au dépôt des conteneurs ou du dépôt des conteneurs au lieu de chargement » « [n]e sont pas considérés comme parcours initiaux ou terminaux » - est contraire à l'art. 9 aORPL.
8.3 Il faut encore relever que l'autorité inférieure elle-même semble admettre qu'un parcours initial ou terminal portant sur un conteneur vide peut donner lieu à un remboursement (cf. décision attaquée, p. 4 [dans sa définition des parcours initiaux et terminaux, l'autorité inférieure précise en effet que le conteneur peut être « vide ou chargé »]). De son côté, l'exploitante donne la précision suivante : « Wenn wir Transportaufträge erhalten, [...], dann ist für uns als Transporteur der Füllgrad eines Containers unerheblich » (pièce 38c jointe à la réponse [Frage 1]). En outre, si elle ne voit pas l'utilité de transporter des conteneurs vides par le train sans la demande d'un client, l'autorité inférieure n'affirme nullement - contrairement à ce que laisse penser la recourante (réplique, p. 3 [ch. 8]) - que l'exploitante ne transporte jamais de conteneurs vides par le rail (duplique, p. 4 [ch. 5] ; cf. ég. réponse, p. 12).
8.4 Enfin, contrairement à ce que paraît indiquer la recourante, l'autorité inférieure n'indique pas de manière générale que « le transport des conteneurs vides depuis leur lieu de déchargement [jusqu'à la gare de X] ne constitu[e] qu'un transport par la route entre deux différents sites, ne donnant pas droit à un remboursement de la RPLP » (recours, p. 6-7). L'affirmation de l'autorité inférieure à laquelle se réfère la recourante (cf. pièce 10 jointe au recours, p. 5) porte en effet sur un cas bien précis de transport de conteneurs (au sujet de ce cas, cf. ég. consid. 14.1.2.2 [est d'ailleurs déterminant le fait que ce transport ne soit pas directement lié à un parcours principal en train {cf. consid. 9.2.1} et non pas le fait que les conteneurs en cause soient vides]) et ne constitue donc pas une affirmation générale.
9.
9.1 D'une manière générale, la recourante fonde ses demandes de remboursement (pièce 1 jointe à la réponse ; cf. ég. consid. B.a.a) sur un nombre de « manipulitations [sic] ». La mention de nombres de « manipulations » apparaît également sous forme manuscrite sur certains des justificatifs (documents intitulés « Bon », « Tagesauftrag-Rapport » et « Transportaufträge für: ») déposés par la recourante (cf. pièces 2-3 jointes à la réponse ; au sujet de ces justificatifs, voir également, notamment : consid. 10.1-10.2).
9.2
9.2.1 Manifestement, la recourante utilise le terme « manipulation » (ou « manutention » [cf., par exemple : consid. 14.1.1.1]) pour désigner toute (simple) manoeuvre de chargement d'un conteneur sur un camion ou de déchargement d'un conteneur d'un camion (cf., notamment : consid. 14.1.1.2). Cela ne signifie toutefois pas encore que ce chargement ou ce déchargement soit directement lié à un parcours principal en train (cf. réponse, p. 6 in fine et 13 in fine) et puisse dès lors être qualifié de transbordement (cf. consid. 7.1 in fine).
9.2.2 En effet, comme le relève à juste titre l'autorité inférieure, « un conteneur chargé sur un camion/ déchargé d'un camion à une gare n'implique pas que le conteneur soit arrivé ou reparte par train ; il ne s'agit pas nécessairement d'un trajet initial/ final TCNA » (réponse, p. 5). Par exemple, les pièces déposées par la recourante en lien avec les transports effectués les 16 et 17 novembre 2017 démontrent que les conteneurs ramenés vides à la gare de X ne sont pas repartis par le train, mais ne sont repartis que le lendemain par la route (cf. réponse, p. 5-6) ; par conséquent, les « manipulations » consistant à laisser le conteneur le 16 novembre 2017 à la gare de X et celles consistant à le reprendre en charge le 17 novembre 2017 à la gare de X ne peuvent pas être qualifiées de transbordements, car elles ne sont pas suivies, respectivement précédées, d'un parcours principal en train (cf. ég. duplique, p. 5).
9.2.3 Il se justifie certes que la recourante note chaque « manipulation » qu'elle effectue, puisque chacune de ces prestations peut être facturée à l'exploitante (cf. réponse, p. 6 et 13 ; pièce 29 jointe à la réponse, p. 6). Il n'en demeure pas moins que ce ne sont que les transbordements qui sont pertinents en vue d'un remboursement de la RPLP. Les formulaires de demande de remboursement (cf. pièce 1 jointe à la réponse) recourent d'ailleurs bien au terme « transbordement ».
9.3
9.3.1 En conclusion, contrairement à ce que soutient la recourante (recours, p. 5-6), une (simple) « manipulation » n'équivaut pas nécessairement à un transbordement. Ce n'est en effet que si une « manipulation » constitue une étape entre un parcours initial ou terminal, d'une part, et un parcours principal, d'autre part, qu'elle peut être qualifiée de transbordement (cf. réponse, p. 11 in fine).
9.3.2 D'ailleurs, comme le relève à juste titre la recourante, « la [liste originale] ne permettait pas de déterminer le nombre total de manipulations aux fins de chargement/ déchargement sur un véhicule » (recours, p. 6). Or, la liste originale (comme la liste corrigée) n'a pas pour but de déterminer le nombre de « manipulations », mais bien le nombre de « transbordements », c'est-à-dire le nombre de « manipulations » directement liées à un parcours principal en train (cf. consid. 9.2.1).
10. Il convient désormais d'examiner, d'une manière générale tout d'abord, si les différents types de justificatifs fournis par la recourante (cf., notamment : pièces 2-3 jointes à la réponse) permettent d'établir l'existence de véritables transbordements pouvant être pris en compte en vue d'un remboursement de la RPLP (cf. consid. 7.1 in fine) et, notamment, l'existence de transbordements supplémentaires par rapport à ceux qui ressortent de la liste originale et de la liste corrigée établies par l'exploitante.
10.1 Etablis par la recourante elle-même, les documents intitulés « Bon » (cf. pièces 2, 34a et 41 jointes à la réponse) contiennent uniquement une description des opérations effectuées par la recourante en lien avec des conteneurs. S'ils font état de diverses « manipulations » de conteneurs, ces documents ne permettent pas (à eux seuls) de prouver que les conteneurs concernés, qui ont été pris en charge par la recourante, ont préalablement/ subséquemment fait l'objet d'un parcours principal (ferroviaire) (cf. consid. 9.3.1). Aucun élément en ce sens n'en ressort.
10.2 De même, bien qu'ils émanent de l'exploitante, les documents intitulés « Tagesauftrag-Rapport » et « Transportaufträge für: » (cf., notamment : pièces 2-3 jointes à la réponse) ne permettent (à eux seuls) pas non plus de savoir si les conteneurs mentionnés, qui ont été pris en charge par la recourante, ont préalablement/ subséquemment fait l'objet d'un parcours principal (ferroviaire). Pour l'essentiel, ces documents se limitent en effet à indiquer (avec plus ou moins de précision) les lieux et dates auxquels ces conteneurs ont été chargés et déchargés par la recourante et, le cas échéant, auxquels le contenu de ces conteneurs a été reçu ou livré par la recourante.
10.3 En revanche, les documents intitulés « Vorlauf - Abholschein » et « Nachlauf - Zustellschein » (cf., notamment : pièces 2-3 jointes à la réponse), également établis par l'exploitante elle-même, permettent d'apporter la preuve que les conteneurs qui y sont mentionnés ont fait l'objet d'un parcours initial (Vorlauf), respectivement d'un parcours terminal (Nachlauf). Attestée par l'exploitante, l'existence d'un tel parcours initial, respectivement d'un parcours terminal, implique en effet l'existence d'un parcours principal ultérieur, respectivement antérieur (cf. consid. 7.1). Ces documents intitulés « Vorlauf - Abholschein » et « Nachlauf - Zustellschein » sont ainsi propres à établir le transbordement des conteneurs qui y sont mentionnés.
11.
11.1 A l'appui de son grief selon lequel l'autorité inférieure aurait opéré une appréciation arbitraire des preuves (cf. consid. 16.2.1), la recourante avance que, « faisant fi du constat du caractère incomplet de la Liste et de la requête de précision à son égard [...], l'OFDF a considéré que la Liste était digne de confiance » (recours, p. 7).
11.2 Il convient tout d'abord de relever que, dans son présent recours, la recourante se réfère à « la liste produite par [l'exploitante] par envoi du 30 novembre 2022 (ci-après : < la Liste >) » (recours, p. 5). Or, cette liste transmise à l'autorité inférieure le 30 novembre 2022 constitue la liste originale (cf. consid. C.b). Elle diffère toutefois de la liste corrigée (cf. consid. C.f), qui lui est postérieure (la liste corrigée a en effet été spontanément transmise à l'autorité inférieure par l'exploitante le 14 mars 2023) et sur laquelle l'OFDF s'est basé afin de rendre la décision attaquée par le présent recours.
11.2.1
11.2.1.1 Dans la liste originale (pièces 22a-22l jointes à la réponse), chacune des lignes porte l'indication de la date concernée, mentionne le numéro du conteneur en cause et indique si elle se réfère à un parcours initial ou à un parcours terminal.
11.2.1.2 La recourante soutient qu'« une ligne de la [liste originale] ne correspond pas à un transbordement du conteneur dont le numéro figure dans la première colonne. Au contraire, la prise en charge d'un conteneur implique en principe de le décharger des rails, et de l'y ramener par la suite. Cela aurait pour effet de comptabiliser au minimum deux transbordements pour chaque conteneur manipulé par [la recourante] » (pièce 8 jointe au recours [qui figure également dans la pièce 26 jointe à la réponse, p. 4-6], p. 1-2 [cf. ég. p. 2 in fine et 3]).
La position de la recourante repose essentiellement sur la simple base du fait que l'exploitante « a pour expertise la combinaison de la route et du rail », dont « il convient de déduire que tous les transports routiers qu'elle sous-traite ont un trajet principal par le rail pour objet » (réplique, p. 3-4 [ch. 9] ; à ce sujet, cf. ég. duplique, p. 4 [ch. 6]). Or, la recourante ne peut pas partir du principe qu'un conteneur qui arrive par le rail (parcours principal) et qu'elle prend en charge (parcours terminal [qui est précédé d'un transbordement]) fera nécessairement - une fois qu'elle l'aura ramené à la gare de transbordement - l'objet d'un nouveau parcours principal et que ce trajet de retour à la gare de transbordement devra être qualifié de nouveau parcours initial, qui sera suivi d'un nouveau transbordement (cf. ég. réponse, p. 16). La recourante ne parvient d'ailleurs pas à démontrer que de tels parcours initiaux (qui, dans les listes, devraient figurer de manière indépendante des parcours terminaux auxquels ils font suite) auraient été omis à tort dans la liste corrigée (cf. consid. 15.1.2).
En outre, la recourante ne peut pas être suivie lorsque, en lien avec la journée du 8 novembre 2017 en particulier, sur la base du fait qu'elle revendique quatre manipulations en lien avec les deux conteneurs 435 018-1 et 064 765-1, elle laisse entendre que, dans la liste originale, chacune des lignes consacrées à un conteneur correspondrait en réalité à deux transbordements (pièce 8 jointe au recours [qui figure également dans la pièce 26 jointe à la réponse, p. 4-6], p. 2-3). Vu que, en lien avec ces deux conteneurs, seuls deux transbordements sont établis (cf. consid. 14.1.2.2-14.1.2.3), il n'y a en effet aucune raison de penser qu'une seule ligne (consacrée à un seul conteneur) de la liste originale correspondrait à deux transbordements ou que, d'une manière générale, la liste originale permettrait « uniquement de connaître les numéros des conteneurs manipulés par [la recourante] à une date précise, sans indiquer combien de manipulations ceux-ci ont subies ce jour-là » (pièce 8 jointe au recours [qui figure également dans la pièce 26 jointe à la réponse, p. 4-6], p. 3).
Enfin, dans sa demande de remboursement du 29 mai 2019 portant sur le mois de janvier 2019 (pièce 43 jointe à la réponse), qui n'est pas litigieuse en l'espèce, la recourante se fonde sur une liste relative au mois de janvier 2019 établie par l'exploitante le 20 mars 2019 (cf. pièce 24 jointe au recours dans la procédure A-2521/2019), dont elle ne déduit qu'un seul transbordement par ligne (cf. réponse, p. 16).
11.2.1.3 Il s'impose dès lors de retenir que chaque ligne de la liste originale correspond à un (seul) transbordement (cf. ég. consid. 7.2.3.1) et que la liste originale fait ainsi état de 1'164 transbordements au total (cf. pièce 24 jointe à la réponse [Annexe] ; pièce 29 jointe à la réponse], p. 2 ; décision attaquée, p. 2).
11.2.2
11.2.2.1 Dans la liste corrigée (pièce 32 jointe à la réponse), chacune des lignes porte l'indication de la date concernée. La plupart des lignes mentionnent deux numéros de conteneur ; les autres lignes ne mentionnent qu'un seul numéro de conteneur.
11.2.2.2 Il doit être retenu que chaque mention d'un numéro de conteneur correspond à un transbordement (dont il n'est toutefois pas possible de savoir s'il relève d'un parcours initial ou d'un parcours terminal). Ainsi, les lignes contenant deux numéros de conteneur attestent deux transbordements et les lignes ne contenant qu'un seul numéro de conteneur n'attestent qu'un seul transbordement (cf. réponse, p. 15-16). Dans ces conditions, la liste corrigée fait état de 963 transbordements au total (cf. pièce 27 jointe à la réponse, p. 2 in limine ; cf. ég. décision attaquée, p. 2-3 et 5), ce qui n'est pas véritablement contesté par la recourante (cf. ég. consid. 11.3.2).
11.3
11.3.1 Dans son recours (du 2 octobre 2023), la recourante se réfère clairement à la liste originale (cf. consid. 11.1), alors que la liste corrigée (fournie à l'autorité inférieure par l'exploitante le 14 mars 2023 [cf. consid. C.f]) existait déjà, que son existence avait été portée à la connaissance de la recourante par l'autorité inférieure par courrier du 17 mai 2023 (cf. pièce 29 jointe à la réponse, p. 2-3 et 6 ; cf. ég. consid. D.a) et qu'elle avait servi de base à la décision attaquée (à laquelle elle était d'ailleurs intégralement jointe [cf. pièces 31 et 32 jointes à la réponse ; cf. ég. consid. D.c]).
11.3.2 Par ailleurs, la recourante ne formule pas véritablement de critiques spécifiques à l'égard de la liste corrigée, en particulier à l'égard du fait que la liste corrigée atteste moins de transbordements que la liste originale (à ce sujet, cf. consid. 13). La recourante concentre en effet son argumentation sur le fait que c'est à juste titre que ses demandes de remboursement portent sur un total de 1'799 transbordements (et, par conséquent, que la liste originale et, implicitement, la liste corrigée ne contiennent pas suffisamment de transbordements [cf. recours, p. 6 et 7] ; à ce sujet, cf. consid. 14-15).
12.
12.1
12.1.1 Dans ce contexte, il s'agit tout d'abord de relever que, fondamentalement, rien ne permet de douter de l'exactitude des listes dressées par l'exploitante. L'exploitante est en effet la mieux à même d'établir si les conteneurs pris en charge par la recourante ont fait l'objet de transbordements (cf. décision attaquée, p. 5 in limine ; réponse, p. 8, 10 et 11 ; cf. ég. pièce 38c jointe à la réponse [Frage 2]).
12.1.2
12.1.2.1 Force est d'ailleurs de constater que la recourante ne conteste pas l'existence des transbordements ressortant de la liste originale et de la liste corrigée (cf. pièce 8 jointe au recours [qui figure également dans la pièce 26 jointe à la réponse, p. 4-6], p. 1). Pour l'essentiel, la recourante soutient en effet qu'il existe un nombre plus élevé de transbordements que celui qui ressort de ces listes (cf. consid. 11.3.2 ; cf. ég. pièce 8 jointe au recours [qui figure également dans la pièce 26 jointe à la réponse, p. 4-6], p. 3).
12.1.2.2 Quant à l'autorité inférieure, qui base la décision attaquée sur la liste corrigée (cf. consid. 11.3.1 in fine), elle ne conteste pas non plus l'existence des transbordements ressortant de la liste originale et de la liste corrigée (cf. décision attaquée, p. 5 ; pièce 24 jointe à la réponse, p. 1 ; pièce 29 jointe à la réponse, p. 4).
12.1.3 Il doit dès lors être retenu que les listes dressées par l'exploitante permettent en principe d'établir les transbordements qui y figurent (cf. réponse, p. 11). Il s'avère en effet notamment que les informations figurant sur les listes concordent avec celles qui ressortent des justificatifs fournis par la recourante (cf. réponse, p. 11).
12.2 Autres sont bien entendu la question de savoir laquelle des listes doit être retenue (consid. 13) et la question de savoir si la liste à retenir devrait contenir des transbordements supplémentaires (consid. 14-15).
13. Vu qu'il existe deux listes différentes (la liste originale et la liste corrigée), il s'impose de déterminer laquelle doit faire foi.
13.1
13.1.1 Selon l'exploitante, c'est la liste corrigée qui est déterminante (et qui doit donc remplacer la liste originale). Le 14 mars 2023, pour expliquer la production de la liste corrigée, l'exploitante indique que, suite à une analyse détaillée, elle a constaté que la liste originale était défectueuse : « Der Fehler rührte wohl daher, dass die in den fraglichen Jahren verwendeten Systeme nicht mehr operativ eingesetzt werden und dass die Auswertung innert kürzester Zeit erstellt wurde. Retrospektiv wäre es besser gewesen, man hätte damals eine Fristerstreckung verlangt und die Daten noch einmal kritisch überprüft » (pièce 27 jointe à la réponse, p. 1). Ensuite, le 18 janvier 2024, l'exploitante ajoute les explications suivantes : « Die Auswertung vom März 2023 [liste corrigée] erfolgte auf der Basis unseres Transportmanagementsystems [...]. [...] Grundsätzlich hätte auch bereits die Auswertung vom November 2022 [liste originale] nach dieser Systematik erstellt werden sollen. Die Person, welche damals für die korrekte Erledigung Ihrer Anfrage verantwortlich war (Leiter Betrieb), ist seit dem 27. September 2023 nicht mehr in unserem Unternehmen aktiv. Ich kann deshalb nicht beurteilen, in welcher Form die Auswertung vom November 2022 [liste originale] tatsächlich stattgefunden hat und warum die fehlerhaften Angaben entstanden sind » (pièce 38c jointe à la réponse [Frage 5 und 6] ; cf. ég. pièce 38c jointe à la réponse [Frage 7 {« [...] kann ich [exploitante] nicht beurteilen, aus welchen Gründen im November 2022 eine fehlerhafte Liste [liste originale] an Sie [autorité inférieure] verschickt wurde »}]).
13.1.2 De son côté, l'autorité inférieure considère également que la liste corrigée est déterminante. Elle base d'ailleurs la décision attaquée sur la liste corrigée (cf. consid. 11.3.1 in fine).
13.1.3 Quant à la recourante, elle ne se prononce pas véritablement sur la question de savoir quelle liste est déterminante. Elle part en effet (implicitement) du principe que tant la liste corrigée que la liste originale sont incomplètes et que ni l'une ni l'autre ne permet d'établir les 1'799 transbordements dont elle allègue l'existence (cf. consid. 11.3.2).
13.2 Au total, la liste corrigée (963 transbordements [cf. consid. 11.2.2.2]) contient 201 transbordements de moins que la liste originale (1'164 transbordements [cf. consid. 11.2.1.3]).
La comparaison de la liste corrigée avec la liste originale permet en outre de mettre en évidence le fait que, à une date donnée, la liste corrigée (pièce 32 jointe à la réponse) mentionne, par rapport à la liste originale (pièces 22a-22l jointes à la réponse), soit le même nombre de transbordements (par exemple, les 8 et 10 novembre 2017), soit un nombre inférieur de transbordements (par exemple, les 7, 9, 13, 20, 24, 29 et 30 novembre 2017 [cf. consid. 13.2.2.1-13.2.2.7]) soit un nombre supérieur de transbordements (par exemple, le 21 novembre 2017 [cf. consid. 13.2.2.4] et le 1er décembre 2017 [la liste originale ne compte que trois transbordements {cf. pièce 22b jointe à la réponse} alors que la liste corrigée en comprend cinq]).
13.2.1 Vu que rien ne permet de douter de l'existence des transbordements figurant sur les listes (cf. consid. 12.1.3), il doit être parti du principe que (au moins) les transbordements mentionnés sur la liste corrigée sont établis, et ce, que la liste corrigée en retienne - pour une date donnée - le même nombre, un nombre inférieur ou un nombre supérieur par rapport à la liste originale (cf. consid. 13.2).
13.2.2 Reste que, dans les cas dans lesquels la liste corrigée mentionne - pour une date donnée - un nombre inférieur de transbordements par rapport à la liste originale, il convient encore d'examiner si les justificatifs fournis par la recourante permettent de retenir que c'est à tort que la liste corrigée contient moins de transbordements que la liste originale.
Seules les journées des 7, 9, 13, 20, 24, 29 et 30 novembre 2017 peuvent faire l'objet d'une telle analyse (cf. consid. 13.2.2.1-13.2.2.7), car ce sont les seules journées pour lesquelles la liste corrigée retient moins de transbordements que la liste originale et pour lesquelles la recourante produit des justificatifs.
13.2.2.1 En lien avec la journée du 7 novembre 2017, la liste originale mentionne six transbordements en tout (dont deux transbordements portant sur le conteneur 220 487-6 et deux transbordements portant sur le conteneur 220 561-8) alors que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements en tout (dont un seul transbordement portant sur le conteneur 220 487-6 et un seul transbordement portant sur le conteneur 220 561-8). Or, en lien avec cette journée du 7 novembre 2017 (cf. ég. consid. 14.2.1), la recourante ne fournit qu'un seul document intitulé « Nachlauf - Zustellschein » portant sur le conteneur 220 487-6 et un seul document intitulé « Nachlauf - Zustellschein » portant sur le conteneur 220 561-8 (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 5 et 6 du document « 27112018 »]). Elle n'apporte notamment aucun autre élément susceptible d'établir des transbordements supplémentaires portant sur ces conteneurs 220 487-6 et 220 561-8 ce jour-là (les deux documents intitulés « Vorlauf - Abholschein » fournis par ailleurs par la recourante en lien avec cette journée du 7 novembre 2017 [cf. pièce 3 jointe à la réponse {p. 2 et 3 du document « 27112018 »}] ne contiennent pas de numéro de conteneur ; vu les autres informations qui en ressortent, ils ne peuvent pas être rattachés aux conteneurs 220 487-6 et 220 561-8, mais portent manifestement sur les deux autres conteneurs 211 735-8 et 211 720-8 qui figurent tant sur la liste originale que sur la liste corrigée). Rien ne permet dès lors de conclure que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements pour le 7 novembre 2017.
13.2.2.2 En lien avec la journée du 9 novembre 2017, la liste originale mentionne six transbordements en tout (dont deux transbordements portant sur le conteneur 220 488-5 et deux transbordements portant sur le conteneur 435 037-1) alors que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements en tout (dont un seul transbordement portant sur le conteneur 220 488-5 et un seul transbordement portant sur le conteneur 435 037-1). Or, en lien avec cette journée du 9 novembre 2017 (cf. ég. consid. 14.3.1), la recourante ne fournit notamment aucun document intitulé « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein », susceptible d'établir des transbordements supplémentaires portant sur ces conteneurs 220 488-5 et 435 037-1. Rien ne permet dès lors de conclure que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements pour le 9 novembre 2017.
13.2.2.3 En lien avec la journée du 13 novembre 2017, la liste originale mentionne deux transbordements en tout (portant sur les conteneurs 220 251-0 et 431 846-9) alors que la liste corrigée ne mentionne aucun transbordement. Or, en lien avec cette journée du 13 novembre 2017 (cf. ég. consid. 14.4.1), la recourante ne fournit absolument aucun justificatif (notamment des documents intitulés « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein ») susceptible d'établir des transbordements, en particulier en lien avec les conteneurs 220 251-0 et 431 846-9. Rien ne permet dès lors de conclure que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne aucun transbordement pour le 13 novembre 2017.
13.2.2.4 En lien avec la journée du 20 novembre 2017, la liste originale mentionne huit transbordements en tout alors que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements en tout. Or, en lien avec cette journée du 20 novembre 2017 (cf. ég. consid. 14.3.1), la recourante ne fournit notamment aucun document intitulé « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein », susceptible d'établir des transbordements (et, en particulier, d'établir plus de transbordements que les quatre figurant sur la liste corrigée). Rien ne permet dès lors de conclure que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements pour le 20 novembre 2017. D'ailleurs, en lien avec la journée du lendemain, c'est-à-dire du 21 novembre 2017, la liste originale ne mentionne que deux transbordements en tout alors que la liste corrigée mentionne six transbordements en tout ; ainsi, que ce soit sous l'angle de la liste originale ou de la liste corrigée, les deux journées des 20-21 novembre 2017 prises dans leur ensemble représentent un total de dix transbordements.
13.2.2.5 En lien avec la journée du 24 novembre 2017, la liste originale mentionne huit transbordements en tout alors que la liste corrigée ne mentionne que six transbordements en tout. Or, en lien avec cette journée du 24 novembre 2017 (cf. ég. consid. 14.3.1), la recourante ne fournit notamment aucun document intitulé « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein », susceptible d'établir des transbordements (et, en particulier, d'établir plus de transbordements que les six figurant sur la liste corrigée). Rien ne permet dès lors de conclure que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne que six transbordements pour le 24 novembre 2017.
13.2.2.6 En lien avec la journée du 29 novembre 2017, la liste originale mentionne six transbordements en tout alors que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements en tout. Or, en lien avec cette journée du 29 novembre 2017 (cf. ég. consid. 14.3.1), la recourante ne fournit notamment aucun document intitulé « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein », susceptible d'établir des transbordements (et, en particulier, d'établir plus de transbordements que les quatre figurant sur la liste corrigée). Rien ne permet dès lors de conclure que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements pour le 29 novembre 2017.
13.2.2.7 Enfin, en lien avec la journée du 30 novembre 2017, la liste originale mentionne cinq transbordements en tout (dont deux transbordements portant sur le conteneur 220 487-6 et deux transbordements portant sur le conteneur 431 845-1) alors que la liste corrigée ne mentionne que trois transbordements en tout (dont un seul transbordement portant sur le conteneur 220 487-6 et un seul transbordement portant sur le conteneur 431 845-1). Or, en lien avec cette journée du 30 novembre 2017 (cf. ég. consid. 14.3.1), la recourante ne fournit notamment aucun document intitulé « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein », susceptible, par exemple, d'établir des transbordements supplémentaires portant sur ces conteneurs 220 487-6 et 431 845-1. Rien ne permet dès lors de conclure que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne que trois transbordements pour le 30 novembre 2017.
13.2.2.8 Au final, la recourante n'apporte aucun élément qui permettrait de retenir que, par rapport à la liste originale, la liste corrigée ne répertorie pas assez de transbordements.
Rien ne permet ainsi en particulier de penser que c'est à tort que la liste corrigée ne mentionne qu'une seule fois un numéro de conteneur en lien avec une journée donnée alors que, en lien avec cette même journée, la liste originale mentionne deux fois ce même numéro de conteneur (cf., par exemple, les journées suivantes : 7 [en lien avec deux conteneurs différents], 9 [en lien avec deux conteneurs différents] et 30 [en lien avec deux conteneurs différents] novembre 2017 [d'ailleurs, à propos de ces journées, cf. ég. consid. 13.2.2.1, 13.2.2.2, 13.2.2.7, 14.1.4.2, 14.2.1 et 14.3.1-14.3.2]).
13.2.3
13.2.3.1 Par ailleurs, l'autorité inférieure se demande pourquoi, dans la liste établie par l'exploitante le 20 mars 2019 à propos du mois de janvier 2019 (non litigieux en l'espèce ; cf. pièce 24 jointe au recours dans la procédure A-2521/2019), les (mêmes) numéros de conteneurs apparaissent majoritairement deux fois par jour (« was vermuten lässt, dass der Container per Zug in [gare de X] ankommt, beim Kunden abgeliefert (Nachlauf), anschliessend nach [gare de X] zurücktransportiert (Vorlauf) und per Zug zurückbefördert wird ») alors que les numéros de conteneurs ne figurent qu'une seule fois par jour dans la liste corrigée (cf. pièce 37 jointe à la réponse, p. 2 in fine).
13.2.3.2 L'exploitante donne l'explication suivante : « Im Laufe der Jahre haben wir unser Transportmanagementsystem permanent verbessert, um die Transporte im kombinierten Verkehr effizienter produzieren zu können. Zudem haben sich auch unsere Kunden- und Auftragsstrukturen laufend verändert. Es kann durchaus sein, dass bis Ende 2018 Container nach einem erledigten Nachlauf leer an den Hub zurückgeführt und entweder bis zum nächsten Transportauftrag gelagert oder an einen anderen Hub verschoben wurden. In diesem Fall wäre es eine Container-Rückführung und kein UKV[TCNA]-berechtigter Vorlauf eines Folgetransports. Wenn ab 01.01.2019 Transportaufträge optimiert miteinander verbunden werden konnten (z.B. weil neue Aufträge hinzukamen), dann wurden Containerrückführungen durch UKV[TCNA]-rückerstattungsberechtigte Vorläufe ersetzt, welche [la recourante] deklarieren durfte » (pièce 38c jointe à la réponse [Frage 8]).
13.2.3.3 Une telle explication de l'exploitante semble tout à fait plausible. Au surplus, c'est à tort que l'autorité inférieure relève que les numéros de conteneurs n'apparaissent qu'une seule fois par jour dans la liste corrigée (cf. consid. 13.2.3.1 in fine). Il s'avère en effet que, à plusieurs reprises dans la liste corrigée, le même numéro de conteneur figure deux fois en lien avec la même journée (cf. pièce 32 jointe à la réponse [voir les journées des 26 avril 2018, 11, 14 et 22 mai 2018, 25 juin 2018, 3 {en lien avec deux conteneurs différents}, 12, 13 et 23 juillet 2018, 15 et 30 août 2018, 4 et 13 septembre 2018 et 6 et 16 novembre 2018]). Dans ces conditions, aucun indice de défaut de la liste corrigée ne saurait résulter de sa comparaison avec la liste établie par l'exploitante le 20 mars 2019 à propos du mois de janvier 2019 (pièce 24 jointe au recours dans la procédure A-2521/2019).
13.3
13.3.1
13.3.1.1 En conclusion, rien n'amène le Tribunal administratif fédéral à considérer que la liste corrigée ne reflète pas la réalité et que c'est à tort que l'exploitante a remplacé la liste originale par la liste corrigée. La recourante ne fournit en tout cas aucun indice en ce sens. Dans ces conditions, peu importe notamment que l'exploitante se limite à faire valoir une erreur et qu'elle ne soit pas en mesure de donner des explications plus détaillées, par exemple en ce qui concerne le fait que certains transbordements figurant sur la liste originale n'apparaissent plus sur la liste corrigée (cf. consid. 13.1.1).
13.3.1.2 Il se justifie dès lors de retenir - comme l'a d'ailleurs fait l'autorité dans la décision attaquée (cf. consid. 13.1.2) - que la liste corrigée (et non pas la liste originale) doit servir de base au traitement des demandes de remboursement de la recourante.
13.3.2 Reste à déterminer si la liste corrigée devrait contenir plus de transbordements que ceux qu'elle répertorie (cf. consid. 12.2 et 14-15).
14. La recourante considère en substance que c'est à tort que, dans la décision attaquée, l'autorité inférieure retient - sur la base de la liste corrigée - uniquement le nombre de 963 transbordements. La recourante estime en effet qu'elle a droit à un remboursement de la RPLP correspondant à un nombre de 1'799 transbordements, qui ressort de ses demandes de remboursement (cf. consid. 11.3.2).
Se pose dès lors la question de savoir si les justificatifs fournis par la recourante - essentiellement les documents intitulés « Vorlauf - Abholschein » et « Nachlauf - Zustellschein » (cf. consid. 10.3) - permettent, dans des cas concrets, de mettre en doute les informations qui ressortent de la liste corrigée et, notamment, s'ils sont susceptibles - comme le soutient la recourante - de mettre en évidence des transbordements qui n'auraient - à tort - pas été pris en compte dans la liste corrigée.
14.1 En lien avec la journée du 8 novembre 2017, la recourante demande le remboursement pour douze transbordements (cf. pièce 1 jointe à la réponse), alors que, selon la liste corrigée, elle n'a effectué que six transbordements (cf. réponse, p. 15).
14.1.1
14.1.1.1 Daté du 8 novembre 2017, le « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] » de la recourante (pièce 34a jointe à la réponse) contient tout d'abord la mention suivante :
1) Chargé les conteneurs 211 734-2 + 211 750-6 chez [***], déposé à [gare de X], 2 manutentions.
Il convient dès lors de retenir que, à cette date, la recourante a chargé les deux conteneurs à *** et les a transportés à la gare de X, où elle les a déchargés.
14.1.1.2 Si ce chargement de deux conteneurs, puis leur déchargement, correspond à quatre manipulations, les deux manipulations consistant à charger les deux conteneurs ne constituent manifestement pas des transbordements, car rien ne permet de penser que ces deux conteneurs avaient préalablement été acheminés à *** par le train. En revanche, les deux manipulations correspondant au déchargement des deux conteneurs doivent être qualifiées de transbordements, car il découle du document intitulé « Vorlauf - Abholschein » relatif au conteneur 211 734-2 (pièce 34ba jointe à la réponse) et du document intitulé « Vorlauf - Abholschein » relatif au conteneur 211 750-6 (pièce 34bb jointe à la réponse), qui attestent chacun l'existence d'un parcours initial (Vorlauf), que ces deux conteneurs sont ensuite pris en charge par le train (parcours principal). Bien que le document intitulé « Tagesauftrag-Rapport » correspondant à ces deux conteneurs (pièce 34b jointe à la réponse) contienne la mention manuscrite « 4 manipulations », ce ne sont donc que deux transbordements qui peuvent être pris en considération en lien avec ces deux conteneurs.
14.1.1.3 Vu le texte du ch. 3 du « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] » (pièce 34a jointe à la réponse), qui fait état de « 4 manipulations » (cf. consid. 14.1.3.1), il semblerait logique que le texte du ch. 1 de ce même document (cf. consid. 14.1.1.1) indique aussi quatre manutentions et non pas uniquement deux manutentions. Il n'en demeure pas moins que, pour chacun des conteneurs 211 734-2 et 211 750-6, un document intitulé « Vorlauf - Abholschein » établit un seul transbordement faisant suite à un parcours initial (cf. consid. 14.1.1.2). Rien ne semble donc pouvoir justifier, dans ce cas, plus de deux transbordements (cf. réponse, p. 13).
14.1.1.4 A noter encore que, dans une liste transmise par la recourante et destinée à fournir à l'autorité inférieure les numéros des wagons concernés par les parcours principaux liés aux parcours initiaux/ terminaux effectués par la recourante (pièce 6a jointe à la réponse ; cf. ég. pièce 9 jointe à la réponse), seuls les deux conteneurs 211 734-2 et 211 750-6 ici en question apparaissent en lien avec la journée du 8 novembre 2017 (c'est-à-dire que les six autres conteneurs mentionnés sur le « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] » [cf. consid. 14.1.2.1, 14.1.3.1 et 14.1.4.1] n'y figurent pas). Ces deux conteneurs ne sont mis en relation qu'avec un seul numéro de wagon (qui plus est désigné comme « Wagon de départ » [et non comme « Wagon d'arrivée »], ce qui est cohérent avec le parcours initial [Vorlauf] effectué par la recourante) et qui confirme la conclusion selon laquelle ces deux conteneurs ne sont liés qu'à un seul parcours principal (cf. ég. réponse, p. 12).
14.1.1.5 En conclusion, le 8 novembre 2017, en lien avec les deux conteneurs 211 734-2 et 211 750-6, seuls deux transbordements (liés à deux parcours initiaux) au total peuvent être retenus, ce qui correspond d'ailleurs à ce qui ressort de la liste corrigée.
14.1.2
14.1.2.1 Le même « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] » (pièce 34a jointe à la réponse) contient en outre la mention suivante :
2) Manipulation de 2 conteneurs 435 018-1 + 064 765-1 pour livraison [*** + ***], déposé les conteneurs vides à [la gare de X], 4 manipulations.
Quant au document intitulé « Tagesauftrag-Rapport » correspondant à ces deux conteneurs (pièce 34c jointe à la réponse), il contient également la mention manuscrite « 4 manipulations ». Il convient dès lors de retenir que la recourante a pris en charge les deux conteneurs à la gare de X (deux manipulations), en a livré le contenu à ***, puis a retourné et déchargé les conteneurs (vides) à la gare de X (deux manipulations).
14.1.2.2 Le document intitulé « Nachlauf - Zustellschein » du conteneur 435 018-1 (pièce 34ca jointe à la réponse) et le document intitulé « Nachlauf - Zustellschein » du conteneur 064 765-1 (pièce 34cb jointe à la réponse) établissent que la prise en charge des deux conteneurs à la gare de X constitue un parcours terminal (Nachlauf), c'est-à-dire que ces deux conteneurs avaient préalablement fait l'objet d'un parcours principal en train. Rien n'indique en revanche que le transport effectué par la recourante pour retourner ces deux conteneurs à la gare de X constitue un parcours initial, lié à un parcours principal subséquent en train. Contrairement à ce que soutient la recourante (pièce 8 jointe au recours [qui figure également dans la pièce 26 jointe à la réponse, p. 4-6], p. 2), les « 2 manipulations » de ces conteneurs vides de retour à la gare de X ne peuvent donc pas être qualifiées de transbordements.
14.1.2.3 Ne saurait y changer quoi que ce soit le document intitulé « Tagesauftrag-Rapport » (pièce 34c jointe à la réponse), car, s'il laisse entendre que les conteneurs doivent être retournés à la gare de X, il ne permet en aucun cas d'établir que ces deux conteneurs font ensuite l'objet d'un parcours principal en train. La recourante n'a en effet pas déposé, par exemple, de document intitulé « Vorlauf - Abholschein » en lien avec ces deux conteneurs.
14.1.2.4 En conclusion, le 8 novembre 2017, en lien avec les deux conteneurs 435 018-1 et 064 765-1, seuls deux transbordements (liés à deux parcours terminaux) au total peuvent être retenus, ce qui correspond d'ailleurs à ce qui ressort de la liste corrigée (cf. réponse, p. 14).
14.1.3
14.1.3.1 Le même « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] » (pièce 34a jointe à la réponse) contient encore la mention suivante :
3) Manipulation de 2 conteneurs 431 846 + 220 251 chargé de [***] déposé les 2 conteneurs chez [B._______, gare de Y], 4 manipulations.
Bien qu'ils ne mentionnent pas de numéros de conteneurs, les trois documents intitulés « Tagesauftrag-Rapport [Tour: 36057] » (pièce 34d jointe à la réponse), « Vorlauf - Abholschein [Nr. 171108_ 335896_H] » (pièce 34da jointe à la réponse) et « Vorlauf - Abholschein [Nr. 171108_ 335896_M] » (pièce 34db jointe à la réponse) contiennent des informations qui permettent de les rattacher clairement au présent ch. 3 du « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] » et de retenir qu'ils concernent bien les deux conteneurs 431 846[-9] et 220 251[-0] qui y sont mentionnés (cf. ég. réponse, p. 14). Par ailleurs, comme le ch. 3 du « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] », le document intitulé « Tagesauftrag-Rapport [Tour: 36057] » (pièce 34d jointe à la réponse) - qui correspond donc à ces deux conteneurs - contient la mention manuscrite « 4 manipulations ». Il convient dès lors de retenir que la recourante a pris en charge les deux conteneurs à *** (deux manipulations) et les a acheminés et déchargés à la gare de Y (deux manipulations).
14.1.3.2 Les documents intitulés « Vorlauf - Abholschein [Nr. 171108_ 335896_H] » (pièce 34da jointe à la réponse) et « Vorlauf - Abholschein [Nr. 171108_ 335896_M] » (pièce 34db jointe à la réponse) établissent que la prise en charge des deux conteneurs à *** en vue de les acheminer à la gare de Y constitue un parcours initial (Vorlauf), c'est-à-dire que ces deux conteneurs étaient ultérieurement destinés à faire l'objet d'un parcours principal en train. Quant aux deux manipulations consistant (simplement) à charger les deux conteneurs à St-Prex, elles ne constituent en revanche pas des transbordements, car elles ne sont pas directement liées à un parcours principal en train.
14.1.3.3 En conclusion, le 8 novembre 2017, en lien avec ces deux conteneurs 431 846[-9] et 220 251[-0], seuls deux transbordements (liés à 2 parcours initiaux) au total peuvent être retenus, ce qui correspond d'ailleurs à ce qui ressort de la liste corrigée (cf. réponse, p. 14-15).
14.1.4
14.1.4.1 Enfin, le même « Bon pour [B._______, gare de X no 49727] » (pièce 34a jointe à la réponse) contient la mention suivante :
4) Manipulation de 2 conteneurs : 431 861 + 220 489-4, 2 manipulations.
14.1.4.2 En lien avec ces deux manipulations, la recourante demande deux remboursements alors qu'elle ne peut produire aucun document portant sur les deux conteneurs 431 861[-5] et 220 489-4 en cause, qui ne figurent d'ailleurs pas, sous la date du 8 novembre 2017, sur la liste corrigée. Ces mêmes conteneurs apparaissent en revanche sur la liste corrigée, sous la date du 9 novembre 2017 ; en lien avec ces deux conteneurs, la recourante demande également un remboursement pour le 9 novembre 2017. Vu que rien n'indique que les deux manipulations du 8 novembre 2017 soient liées à un parcours principal en train, il ne peut pas être retenu qu'elles constituent des transbordements ; c'est donc à tort que la recourante demande un remboursement pour deux transbordements en lien avec la journée du 8 novembre 2017. En revanche, vu (notamment) la liste corrigée, il doit être admis que ces deux mêmes conteneurs ont fait l'objet d'un transbordement lié à un parcours initial effectué le 9 novembre 2017 (cf. réponse, p. 15 ; cf. ég. consid. 13.2.2.2).
14.1.5 Au final, en lien avec la journée du 8 novembre 2017, la recourante ne peut pas faire valoir douze transbordements (cf. consid. 14.1), mais uniquement six (cf. consid. 14.1.1.5, 14.1.2.4 et 14.1.3.3), conformément à ce qui ressort de la liste corrigée (cf. réponse, p. 15). La recourante fait en effet en partie valoir de simples manipulations, qui ne peuvent pas être qualifiées de transbordements (cf. consid. 9.3.1). L'examen détaillé de cette journée (sur la base des divers justificatifs fournis) met ainsi en évidence le fait que la recourante n'apporte aucun élément permettant de conclure que la liste corrigée présente des erreurs, en particulier qu'elle ne contiendrait pas tous les transbordements à prendre en considération.
14.2 Comme en lien avec la journée du 8 novembre 2017 (cf. consid. 14.1.1.2, 14.1.2.2 et 14.1.3.1), la recourante fournit des documents intitulés « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein » pour les journées des 7, 10, 14 et 15 novembre 2017 (cf. pièces 3, 42ba, 42bb, 42ca, 42cb, 42cc, 42cd, 42ce, 42da et 42db jointes à la réponse).
14.2.1 En lien avec la journée du 7 novembre 2017, la recourante produit deux documents intitulés « Vorlauf - Abholschein » et deux documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 2, 3, 5 et 6 du document « 27112018 »]), qui se limitent à confirmer les quatre transbordements qui, pour cette journée, ressortent de la liste corrigée. La recourante ne parvient dès lors pas à justifier les douze transbordements qui ressortent de sa demande (cf. pièce 1 jointe à la réponse, p. 2).
14.2.2
14.2.2.1 En lien avec la journée du 10 novembre 2017, la recourante produit cinq documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 3, 4, 7, 9 et 10 du document « 27112018_0001 »]). Il s'avère certes que, pour cette journée, la liste corrigée ne mentionne que quatre transbordements.
14.2.2.2 Or, tout d'abord, vu les numéros de conteneurs, deux de ces quatre transbordements correspondent clairement à deux des cinq documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 9 et 10 du document « 27112018_0001 »]).
Par ailleurs, deux autres des cinq documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 4 et 7 du document « 27112018_0001 »]) portent sur le même conteneur 113 088-2. Il ressort notamment de ces deux documents que ce conteneur est pris en charge au même endroit (« Hub de la gare de X ») et que son contenu doit être livré pour une partie à *** (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 7 du document « 27112018_0001 »]) et pour l'autre à *** (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 4 du document « 27112018_0001 »]). Dans ces conditions, il convient de retenir que, bien qu'il fasse l'objet de deux documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » distincts, ce conteneur n'a été transbordé qu'une seule fois, à son arrivée au « Hub de la gare de X » (cf. consid. 7.2.3.3), qu'il était alors rempli tant du contenu destiné à *** que de celui destiné à *** et que ce chargement a ensuite été livré par la route, une partie à *** et l'autre à *** (il n'est en effet guère probable que ce même conteneur soit arrivé par le train une première fois au « Hub de la gare de X » avec une partie du contenu, que cette partie du contenu ait ensuite été livrée par la route, que l'autre partie du contenu ait ultérieurement été chargée dans le même conteneur, que ce conteneur soit arrivé par le train une seconde fois au « Hub de la gare de X » et que cette autre partie du contenu ait dans la foulée été livrée par la route, le tout en une seule journée). Pour le 10 novembre 2017, la liste corrigée ne fait d'ailleurs état que d'un seul transbordement en lien avec ce conteneur 113 088-2.
Enfin, le quatrième transbordement figurant à cette date sur la liste corrigée porte sur le conteneur 113 122-0. Or, le dernier des cinq documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 3 du document « 27112018_0001 »]) concerne un autre conteneur, à savoir le conteneur 113 115-3. Cette absence de correspondance entre la liste corrigée et le document intitulé « Nachlauf - Zustellschein » pourrait laisser entendre que ce dernier document intitulé « Nachlauf - Zustellschein » établit un transbordement supplémentaire par rapport aux quatre transbordements qui ressortent de la liste corrigée en lien avec le 10 novembre 2017. Il faut toutefois constater que la recourante n'apporte aucun justificatif qui viendrait confirmer également le transbordement portant sur le conteneur 113 122-0 mentionné sur la liste corrigée. Dans ces conditions, il doit être retenu que, quelles que soient les raisons qui expliquent la divergence entre la liste corrigée et les cinq documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein », la recourante ne parvient pas - au moyen des justificatifs qu'elle a produits - à établir l'existence de transbordements supplémentaires par rapport aux quatre transbordements qui figurent sur la liste corrigée.
14.2.2.3 En conclusion, en lien avec la journée du 10 novembre 2017, seuls quatre transbordements peuvent être pris en considération et non pas huit, comme la recourante le demande (cf. pièce 1 jointe à la réponse, p. 2).
14.2.3
14.2.3.1 En lien avec la journée du 14 novembre 2017, la recourante produit neuf documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 14 et 15 du document « 27112018_0002 »] ; cf. ég. [en respectant le même ordre des neuf documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein »] pièces 42ba, 42bb, 42cd, 42cc, 42ce, 42ca, 42cb, 42db et 42da jointe à la réponse). Il s'avère certes que, pour cette journée, la liste corrigée ne mentionne que six transbordements.
14.2.3.2 Or, tout d'abord, vu les numéros de conteneurs, quatre de ces six transbordements correspondent clairement à quatre des neuf documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 5, 6, 14 et 15 du document « 27112018_0002 »]).
Par ailleurs, deux autres des neuf documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 8 et 10 du document « 27112018_0002 »]) portent sur le même conteneur 434 022-3 et les trois derniers des neuf documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 9, 11 et 12 du document « 27112018_0002 »]) portent sur le même conteneur 425 014-0. Or, comme en ce qui concerne les justificatifs examinés en lien avec la journée du 10 novembre 2017 (cf. consid. 14.2.2.2), il doit être retenu que tant les deux documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » portant sur le conteneur 434 022-3 que les trois documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » portant sur le conteneur 425 014-0 ne sont liés qu'à un seul transbordement de ces conteneurs 434 022-3 et 425 014-0, les documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » y relatifs se rapportant à divers éléments de leur contenu. Pour le 14 novembre 2017, la liste corrigée ne fait d'ailleurs état que de deux transbordements en lien avec ces conteneurs 434 022-3 et 425 014-0.
14.2.3.3 En conclusion, en lien avec la journée du 14 novembre 2017, seuls six transbordements peuvent être pris en considération et non pas dix, comme la recourante le demande (cf. pièce 1 jointe à la réponse, p. 2 ; cf. ég. réponse, p. 15).
14.2.4
14.2.4.1 Enfin, en lien avec la journée du 15 novembre 2017, la recourante produit trois documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 19, 20 et 21 du document « 27112018_0002 »]). Il s'avère certes que, pour cette journée, la liste corrigée ne mentionne que deux transbordements.
14.2.4.2 Or, tout d'abord, vu les numéros de conteneurs, le transbordement portant sur le conteneur 746 117-6 correspond clairement au document intitulé « Nachlauf - Zustellschein » portant sur ce même conteneur 746 117-6 (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 19 du document « 27112018_0002 »]).
Par ailleurs, les deux autres des trois documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » (cf. pièce 3 jointe à la réponse [p. 20 et 21 du document « 27112018_0002 »]) portent sur le même conteneur 220 491-0. Or, comme en ce qui concerne les justificatifs examinés en lien avec les journées des 10 et 14 novembre 2017 (cf. consid. 14.2.2.2 et 14.2.3.2), il doit être retenu que les deux documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » portant sur le conteneur 220 491-0 ne sont liés qu'à un seul transbordement de ce conteneur 220 491-0, les documents intitulés « Nachlauf - Zustellschein » y relatifs se rapportant à divers éléments de son contenu. Pour le 15 novembre 2017, la liste corrigée ne fait d'ailleurs état que de deux transbordements en lien avec ce conteneur 220 491-0.
14.2.4.3 En conclusion, en lien avec la journée du 15 novembre 2017, seuls deux transbordements peuvent être pris en considération et non pas quatre, comme la recourante le demande (cf. pièce 1 jointe à la réponse, p. 2).
14.2.5 Au final, pour les journées des 7, 10, 14 et 15 novembre 2017, la recourante ne peut faire valoir - respectivement - que quatre transbordements (cf. consid. 14.2.1), quatre transbordements (cf. consid. 14.2.2.3), six transbordements (cf. consid. 14.2.3.3) et deux transbordements (cf. consid. 14.2.4.3), conformément à ce qui figure sur la liste corrigée.
14.3
14.3.1 Si elle produit également des justificatifs en lien avec les journées des 9, 16, 17, 20, 21, 22, 23, 24, 27, 28, 29 et 30 novembre 2017 ainsi que du 1er décembre 2017, la recourante ne fournit aucun document intitulé « Vorlauf - Abholschein » ou « Nachlauf - Zustellschein » relatifs à ces journées (cf. pièces 2, 3, 35, 36a, 36b, 40 jointes à la réponse).
14.3.2 Pour ces journées, les justificatifs apportés par la recourante ne sont donc pas susceptibles d'établir l'existence de transbordements (cf. consid. 10.3 et 14). En d'autres termes, la recourante ne produit aucun élément qui, en lien avec ces journées, permettrait de conclure que la liste corrigée présente des erreurs, en particulier qu'elle ne contiendrait pas tous les transbordements qu'il conviendrait de prendre en considération.
14.4
14.4.1 Enfin, pour les autres journées des mois concernés par la présente procédure (c'est-à-dire les 1er-6, 11-13, 18-19 et 25-26 novembre 2017, les 2-31 décembre 2017, ainsi que l'ensemble des journées des mois de mars à décembre 2018), la recourante ne fournit absolument aucun justificatif.
14.4.2 Pour ces autres journées, la recourante ne produit ainsi pas non plus d'élément qui, en lien avec ces journées, permettrait de conclure que la liste corrigée présente des erreurs.
15.
15.1
15.1.1 En conclusion, la recourante n'apporte aucun élément susceptible d'établir des lacunes dans la liste corrigée (cf. consid. 14.1.5, 14.2.5, 14.3.2 et 14.4.2).
15.1.2 Les documents déposés par la recourante ne permettent en particulier pas de démontrer qu'il existerait des parcours initiaux ou terminaux qui n'auraient pas été pris en considération dans la liste corrigée, qui ne serait donc pas complète (cf. réponse, p. 11 et 16).
15.2 Il convient dès lors de retenir que l'examen détaillé de l'ensemble des justificatifs fournis par la recourante ne permet pas de mettre en doute les informations qui ressortent de la liste corrigée (cf. ég. pièce 38c jointe à la réponse [Frage 5 und 6]).
16.
16.1
16.1.1 Soutenant que l'autorité inférieure a violé l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_993/2021 du 6 octobre 2022 (cf. consid. B.c.b), la recourante affirme que « [l]a preuve que [l'exploitante] devait fournir avait [...] pour unique objet de confirmer que les conteneurs que la recourante avait transportés par la route avaient bien effectué un trajet principal par le rail. Il ne s'agissait en aucun cas d'attribuer à [l'exploitante] la tâche et responsabilité de faire le décompte des manipulations aux fins de chargement/ déchargement sur un véhicule de ces conteneurs, cette tâche étant de la responsabilité du seul OFDF. [L'exploitante] n'est en effet pas délégataire de l'OFDF » (recours, p. 9).
16.1.2
16.1.2.1 Selon le Tribunal fédéral, l'exploitante devait « produire une attestation propre à établir - le cas échéant - le trajet principal par rail des différents containers transportés faisant l'objet de la demande de remboursement » (arrêt du TF 2C_993/2021 du 6 octobre 2022 consid. 5).
16.1.2.2 Or, force est de constater que la liste corrigée fournie par l'exploitante correspond à ce que demandait le Tribunal fédéral. Elle répertorie en effet les conteneurs transportés par la recourante qui ont fait l'objet d'un transbordement (cf. consid. 11.2.2.2) et, donc, d'un parcours principal (cf. consid. 7.2.3.1-7.2.3.2). Contrairement à ce que soutient la recourante (cf. consid. 16.1.1), cette liste corrigée ne constitue donc pas un décompte de manipulations (cf. réponse, p. 8 in fine), mais se limite bien au recensement des transbordements.
16.2
16.2.1 La recourante prétend par ailleurs que l'autorité inférieure a procédé à une appréciation arbitraire des preuves (recours, p. 9 ; cf. ég. recours, p. 7).
16.2.2
16.2.2.1 Or, tout d'abord, rien ne permet de considérer que c'est à tort que l'autorité inférieure a fondé la décision attaquée sur la liste corrigée ; les informations qui en ressortent ne peuvent en effet pas être mises en doute par les justificatifs fournis par la recourante (cf. consid. 15.2 ; cf. ég. réponse, p. 11).
16.2.2.2 A l'appui de son grief fondé sur l'interdiction de l'arbitraire, la recourante indique que « [l'autorité inférieure] avait admis que les listes de [l'exploitante] présentaient des erreurs » (recours, p. 9). Elle ne donne toutefois pas plus de précisions et le Tribunal administratif fédéral ne voit pas à quelle occasion l'autorité inférieure aurait reconnu de telles erreurs.
Une lecture attentive du recours permet d'y relever la phrase suivante : « Pourtant, dans son courrier du 17 mai 2023 [« pièce 10 [jointe au recours], p. 2 »], l'OFDF avait admis la présence d'erreurs dans la Liste » (recours, p. 7). Force est toutefois de constater que, dans le courrier du 17 mai 2023 en question, à la page 2 citée, l'autorité inférieure ne reconnaît en aucun cas l'existence d'erreurs dans les listes fournies par l'exploitante. Elle indique tout au plus que l'exploitante a découvert une erreur et qu'elle l'a rectifiée par l'établissement de la liste corrigée (cf. pièce 10 jointe au recours [pièce 29 jointe à la réponse], p. 2-3 ; cf. ég. consid. 13.1.1).
16.2.2.3 La recourante prétend en outre que « [l'autorité inférieure] avait constaté que ces listes n'avaient pas comptabilisé les transports de conteneurs vides du lieu où ils avaient été déchargés jusqu'à une gare de transbordement, sous le prétexte fallacieux qu'il se serait agi là de transports route-route » (recours, p. 9). Or, là encore, la recourante ne donne pas plus de précisions et il est difficile de déterminer à quoi elle fait exactement allusion. Dans un tel contexte, le Tribunal administratif fédéral ne peut que rappeler que l'autorité inférieure n'a notamment jamais exclu l'existence de transbordements en lien avec des conteneurs vides (cf. consid. 8.3-8.4).
16.2.3 En résumé, aucun élément ne permet de conclure que l'autorité inférieure aurait procédé à une appréciation arbitraire des preuves (cf. consid. 2.5), de sorte que ce grief doit être rejeté.
17.
17.1
17.1.1 Alléguant essentiellement que les listes de l'exploitante ne tiennent pas compte - à tort - des transports de conteneurs vides, la recourante demande au Tribunal administratif fédéral d'ordonner encore à l'exploitante la production d'« une liste mise à jour démontrant ce qu'il est advenu de chaque conteneur que [la recourante] a ramené vide aux gares de X et Y, du 1er novembre 2017 au 31 décembre 2018 » (réplique, p. 4 in fine).
17.1.2 De son côté, l'autorité inférieure, qui avait déjà relevé que, « [p]ar l'apport de la liste, [l'exploitante] a[vait] rempli la tâche qui lui avait été attribuée par le TF » (réponse, p. 8 in fine ; cf. ég. consid. 16.1.2.2), estime que l'exploitante « a déjà fourni les listes mensuelles attestant le nombre de conteneurs ayant fait l'objet des trajets initiaux et terminaux du TCNA. Une nouvelle liste montrant également ce qui s'est passé avec les conteneurs retournés n'apporte aucune valeur ajoutée. Elle ne ferait que confirmer qu'il n'y a pas eu de trajet principal, ce qui était déjà le cas avec la liste existante. En outre, une nouvelle liste n'apporterait rien par rapport au fait que la recourante a demandé aussi à tort un remboursement pour des manipulations de conteneurs qu'elle a effectuées, mais qui ne sont pas déterminantes pour le remboursement TCNA » (duplique, p. 5).
17.2
17.2.1 L'offre de preuve de la recourante repose sur la prémisse que des parcours initiaux portant sur des conteneurs qu'elle a ramenés vides aux gares de X ou de Y ne figurent pas sur les listes de l'exploitante. Or, il convient tout d'abord de rappeler que c'est à tort que la recourante tente de faire valoir des transbordements en lien avec le transport de conteneurs (vides) qui sont simplement ramenés à la gare et qui ne font pas immédiatement ensuite l'objet d'un parcours principal (cf. recours, p. 8 ; cf. ég. consid. 7.2.1 et 8.2).
17.2.2 Force est en outre de constater que la recourante n'apporte aucun justificatif susceptible d'établir que la liste corrigée ne mentionnerait pas (en particulier) des parcours initiaux portant sur des conteneurs vides, c'est-à-dire des transports de conteneurs vides jusqu'à une gare où ces conteneurs vides feraient immédiatement l'objet d'un parcours principal (cf. consid. 15.1.2). La recourante ne saurait dès lors être suivie lorsqu'elle se limite à prétendre que « [l'exploitante] n'a jamais pris en compte pareils transports de conteneurs vides dans ses listes » (réplique, p. 2) ou que, « suivant en ceci les instructions de l'OFDF, [l'exploitante] exclut systématiquement de ses listes les transports de conteneurs vides entre le lieu où ils ont été déchargés et les stations de conteneurs » (réplique, p. 3 ; cf. ég. duplique, p. 4 in limine). C'est également à tort que la recourante considère qu'il est « érig[é] en règle qu'aucun conteneur que la recourante a ramené aux < hubs > [des gares de Y ou de X] n'a été chargé sur un train » (réplique, p. 4). Rien n'indique en effet que, notamment, des parcours initiaux ou terminaux portant sur des conteneurs vides n'auraient - à tort (cf. consid. 8.1) - pas été inclus dans la liste corrigée ou que, dans la liste corrigée, de tels parcours portant sur des conteneurs vides (figurant, par hypothèse, dans la liste originale) auraient été supprimés volontairement par l'exploitante.
17.2.3 Il s'agit également de relever que l'exploitante a procédé à de nombreux contrôles de ses listes. C'est ainsi que, suite à une analyse de la liste originale, elle a constaté des erreurs et établi la liste corrigée (cf. consid. 13.1.1). A la demande de l'autorité inférieure, l'exploitante a ensuite entrepris diverses vérifications de la liste corrigée (cf. pièces 38a, 38b et 38c jointes à la réponse) et est arrivée à la conclusion que la recourante ne pouvait pas se prévaloir de transbordements supplémentaires par rapport à ceux qui ressortent de la liste corrigée (cf. pièce 38c jointe à la réponse [Frage 5 und 6]).
17.2.4 Il s'avère enfin que, à la question (de l'autorité inférieure) de savoir ce qu'il est advenu de conteneurs bien précis après que leur contenu a été livré par la recourante (cf. pièce 37 jointe à la réponse, p. 2 in limine), l'exploitante donne la réponse suivante : « [...] konnten wir aufgrund von seit 2017 mehreren erfolgten System Up-grades allfällige Verknüpfungen von verschiedenen Transportaufträgen nicht mehr rekonstruieren » (pièce 38c jointe à la réponse [Frage 3 {cf. ég. Frage 4}]).
17.3 Dans ces conditions, il ne saurait se justifier de demander à l'exploitante la production d'une nouvelle liste. Par appréciation anticipée des preuves (cf. consid. 2.3.1-2.3.2), l'offre de preuve de la recourante doit dès lors être rejetée. Les preuves déjà administrées - en particulier la liste corrigée - permettent en effet au Tribunal administratif fédéral de former sa conviction et le moyen de preuve proposé par la recourante - qui ne paraît d'ailleurs plus pouvoir être établi (cf. consid. 17.2.4 ; cf. ég. Waldmann/ Bickel, in : Waldmann/ Krauskopf [éd.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 3e éd. 2023, art. 33 PA no 13) - ne pourrait l'amener à modifier son opinion. D'ailleurs, si l'exploitante était tenue par le Tribunal fédéral d'établir une liste répertoriant les conteneurs ayant fait l'objet d'un parcours principal (cf. consid. 16.1.2.1-16.1.2.2), elle n'avait pas à fournir de liste recensant l'ensemble des trajets effectués par la recourante pour le compte de l'exploitante (cf. réponse, p. 4), c'est-à-dire une liste comprenant également des trajets ne relevant pas du TCNA.
18.
18.1 Vu l'ensemble de ce qui précède, il y a lieu de conclure que c'est à juste titre que, par la décision attaquée, l'autorité inférieure octroie à la recourante, pour les périodes de novembre et décembre 2017 ainsi que de mars à décembre 2018, le remboursement d'une somme de Fr. 31'779.- correspondant à 963 transbordements TCNA, au tarif forfaitaire de Fr. 33.- par transbordement (art. 8 al. 2 let. c aORPL [2016]) non contesté par la recourante (cf. recours, p. 4).
18.2 Le recours doit dès lors être rejeté, dans toutes ses conclusions.
19.
19.1 Il se justifie d'arrêter à Fr. 3'300.- le montant des frais de la procédure de recours (cf. art. 63 al. 4bis PA ; art. 2 et art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]).
19.2 Vu le sort du recours (cf. consid. 18.2), ce montant doit être mis à la charge de la recourante, qui succombe (cf. art. 63 al. 1 in limine PA). Il est prélevé sur l'avance de frais de Fr. 3'300.- versée par la recourante le 16 octobre 2023.
20. La recourante, qui succombe (cf. consid. 19.2), n'a pas droit à des dépens (cf. art. 64 al. 1 PA a contrario; art. 7 al. 1 FITAF a contrario). L'autorité inférieure n'y a pas droit non plus (cf. art. 7 al. 3 FITAF).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Arrêtés à Fr. 3'300.-, les frais de la procédure sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est prélevé sur l'avance de frais de Fr. 3'300.- versée par la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé à la recourante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Pierre-Emmanuel Ruedin
Amytis Bahmanyar
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire) ;
- à l'autorité inférieure (no de réf. *** ; acte judiciaire).