bvger · A-476/2023 · 2024-05-13 · fr
A-476/2023

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-476/2023
Arrêt du 13 mai 2024
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Jürg Marcel Tiefenthal, Maurizio Greppi, juges,
Loucy Weil, greffière.
Parties
Chemins de fer fédéraux suisses CFF Infrastructure,
représentée par
Maître Benoît Carron, Bonnard Lawson,
recourante 1 / intimée 2,
contre
A._______Sàrl,
représentée par
Maître Pascal Pétroz, Perréard de Boccard SA,
intimée 1 / recourante 2,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Expropriation ; indemnités pour servitudes.
Faits :
A. A._______Sàrl (ci-après par simplification : l'intimée ou l'expropriée) est propriétaire de la parcelle n° (...) de la commune de Genève (...), sise (...). D'une surface totale de 622 m2, elle est sise en zone d'affectation 2 de construction. Elle supporte un immeuble d'habitation d'une surface au sol de 308 m2 avec neuf niveaux, soit un rez inférieur contenant locaux techniques, caves et garages à vélos, un rez-de-chaussée et sept étages.
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après par simplification : la recourante, l'expropriante ou les CFF) et l'Etat de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des transports (ci-après : l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (ci-après : le CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.
B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans du projet CEVA, accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés - parmi lesquels figure l'intimée pour la parcelle susmentionnée - selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier, et prescrit que les demandes en indemnités déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après : la CFE ou l'autorité inférieure). Cette décision a été confirmée par le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF ou le Tribunal ; cf. arrêt du TAF A-3713/2008 du 15 juin 2011 in : ATAF 2012/23), puis par le Tribunal fédéral (ci-après : le TF ; arrêts du TF 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
B.c Le 31 mai 2012, la CFE a autorisé l'expropriante à prendre possession anticipée des droits sur l'immeuble n° (...). Le CEVA a été mis en service fin 2019.
C.
C.a Le 24 mai 2019, les CFF ont saisi l'autorité inférieure d'une requête en estimation du montant de l'indemnité à verser à l'expropriée pour la constitution d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle n° (...), ainsi que d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et d'une servitude de restriction au droit de bâtir sur une surface de 308 m2 sous la parcelle, à une profondeur de 4.08 m à 5.44 m sous la surface du terrain. Ces servitudes se sont imposées du fait que la parcelle en cause est traversée par le tunnel principal du projet CEVA dans lequel s'effectue la circulation des trains.
C.b Le 9 octobre 2019, la CFE a tenu une audience au cours de laquelle l'expropriée a demandé à pouvoir actualiser les prétentions qu'elle avait fait valoir en son temps auprès de l'OFT. Elle a également formulé le souhait que soient tranchées dans la procédure aussi bien la question de la moins-value, que celle de la perte locative et des nuisances dues au chantier.
C.c Sous pli du 2 décembre 2019, l'expropriée a conclu à ce que les CFF soient condamnés à l'indemniser à hauteur de 27'212.80 francs (remboursement de frais), de 49'650 francs (perte due au report ou à l'annulation d'échelonnements de loyers), de 45'003.60 francs (perte locative liée à des habitations restées vacantes), de 285'168 francs (perte locative liée à des habitations relouées moins cher) et de 1'240'800 francs (perte de valeur de rendement de l'immeuble), soit un total de 1'647'834.40 francs. Elle a également conclu à ce que la question des dommages et nuisances liées aux bruits solidiens soit réservée.
C.d Par détermination du 30 janvier 2020, l'expropriante a demandé qu'il soit retenu que les conditions nécessaires à l'octroi d'une indemnisation n'étaient pas réunies ; elle a relevé que l'intimée n'avait pas formulé de prétention relative aux servitudes, mais uniquement en lien à des pertes locatives ou des procédures de droit du bail. Elle a également conclu à ce que les droits demandés soient inscrits au registre foncier genevois et au rejet des prétentions de l'expropriée.
C.e L'autorité inférieure a tenu une seconde audience le 3 juin 2020. A cette occasion, les parties ont constaté que la problématique était double, dans la mesure où se posaient la question de l'indemnisation de l'imposition des servitudes et celle des nuisances causées par le chantier. Les parties sont convenues de n'aller de l'avant qu'en ce qui concernait la première question et de suspendre le traitement de la seconde.
C.f Dans des déterminations du 10 juillet 2020, l'expropriée a modifié ses conclusions, soit requis l'octroi d'une indemnité, du chef de la perte de valeur de l'immeuble suite à l'imposition des servitudes, de 1'348'659 francs. Elle a en outre demandé à ce que les questions des dommages liés aux bruits solidiens et aux travaux du CEVA soient réservées.
C.g Par détermination du 30 octobre 2020, les CFF ont conclu au rejet des prétentions de l'expropriée, faute de dommage.
C.h L'intimée a déposé une réplique spontanée sous pli du 16 novembre 2020.
C.i Par ordonnance du 25 février 2021, la CFE a prié les parties de lui transmettre des pièces utiles à son estimation. Elle les a également avisées qu'elle déléguerait ensuite l'un de ses membres pour effectuer une visite des lieux. L'expropriée a donné suite à sa demande sous pli du 31 mars 2021.
C.j Les 9 août et 1er septembre 2021, l'architecte B._______, membre de la CFE, a visité l'immeuble. Dans son rapport d'expertise daté du 30 septembre 2021, il a estimé la valeur vénale du bien à 8'695'000 francs.
D.
Par décision du 12 décembre 2022, l'autorité inférieure a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire à 63'140 francs (ch. 1). Elle a en outre réservé, en tant que de besoin, les prétentions de l'expropriée relatives aux éventuels dommages subis en lien avec les nuisances dues aux travaux de construction du CEVA (ch. 2). La CFE a enfin astreint les CFF à s'acquitter des frais de procédure (ch. 3), ainsi que de dépens à hauteur de 2'000 francs en faveur de l'expropriée (ch. 4). Elle a retenu, en substance, que la construction d'un potentiel second sous-sol sur la parcelle était rendue impossible par les servitudes imposées, ce qui justifiait une indemnité de 5 % calculée sur la surface affectée par les servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir.
E.
E.a Le 26 janvier 2023, les CFF ont déféré l'acte précité au Tribunal de céans. Ils ont conclu à l'annulation du chiffre 1 de la décision attaquée et à ce qu'il soit dit que la constitution des servitudes en cause ne donne droit à aucune indemnisation. Subsidiairement, ils ont requis le renvoi de la cause à la CFE pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
E.b Sous pli du 16 février 2023, l'expropriée a déposé une réponse cumulée d'un recours joint. Ainsi, elle a conclu au rejet du recours introduit par l'expropriante. En outre, elle a requis l'annulation du chiffre 1 de la décision entreprise et à ce que l'indemnisation liée à la constitution des servitudes litigieuses soit fixée à 189'420 francs. A titre subsidiaire, elle a conclu au renvoi de la cause à l'autorité inférieure.
E.c La recourante a maintenu ses conclusions au pied de son mémoire de réplique du 30 mars 2023.
E.d Par duplique du 8 mai 2023, l'intimée a de même confirmé ses conclusions.
E.e Dans des observations du 12 juin 2023, les CFF ont confirmé leurs précédentes écritures.
E.f En date du 21 juin 2023, le Tribunal a signalé que la cause était gardée à juger.
Les autres faits et arguments des parties seront repris, en tant que de besoin, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours interjetés contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, dont la CFE (cf. art. 33 let. f LTAF ; cf. également l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711]).
1.2 La procédure de recours est régie par la PA, à moins que la LTAF ou la LEx n'en disposent autrement (art. 37 LTAF et art. 77 al. 2 LEx).
1.3 Déposé en temps utile (cf. art. 50 al. 1 PA) et en la forme requise (art. 52 PA) par l'expropriante, soit l'une des parties principales à la procédure (cf. art. 78 al. 1 LEx ; cf. également l'art. 48 PA), le recours des CFF du 26 janvier 2023 est recevable.
1.4 A teneur de l'art. 78 al. 2 LEx, la partie adverse peut, dans le délai de dix jours à compter de la réception du recours par le Tribunal, se joindre à ce recours et prendre des conclusions comme si elle avait formé un recours indépendant. Ces conclusions doivent être motivées.
En l'occurrence, le Tribunal a accusé réception du recours de l'expropriante par décision incidente du 3 février 2023, notifiée le 6 février suivant. Il s'ensuit que le recours joint de l'expropriée du 16 février 2023 a été formé en temps utile.
2.
L'objet du litige porte sur la question de savoir si c'est à juste titre que l'autorité inférieure a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation des servitudes litigieuses à 63'140 francs, ou si elle aurait au contraire dû ne fixer aucune indemnité (comme le réclame la recourante), ou encore fixer l'indemnité à un montant supérieur (comme le réclame l'intimée). Pour répondre à cette question, il conviendra, après avoir déterminé le droit applicable (cf. consid. 3 ci-après), d'examiner si la CFE a correctement estimé la valeur vénale du bien-fonds avant l'inscription des servitudes à 4'100 francs le m2 (cf. consid. 4 infra). Le Tribunal déterminera ensuite si c'est à bon droit qu'il a été retenu que la partie de la parcelle affectée par les servitudes de superficie pour tunnel et de restriction au droit de bâtir a subi une dépréciation de 5 % (cf. consid. 5 infra).
2.1 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2 ; arrêt du TAF A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et les réf. cit.).
2.2 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition (art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3 et 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2012/23 consid. 4). En principe, les éléments techniques retenus par les instances spécialisées ne sont vérifiés quant à leur contenu - et l'autorité judiciaire ne s'en écarte - qu'en présence de sérieux motifs (cf. arrêts du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 3 et A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.6.2).
En l'occurrence, on se trouve bien dans un tel cas de figure. L'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité d'expropriation. Elle est d'ailleurs composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaires à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 LEx ; ATF 138 II 77 consid. 3.1 ; arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 3). La loi part du principe que la Commission d'estimation consulte en premier lieu ses propres membres spécialisés pour comprendre les questions techniques et locales. Une expertise n'est nécessaire que si la commission ne dispose pas elle-même d'experts dans ses membres (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 ; arrêt du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 2.3 et les réf. cit.).
3.
La révision de la LEx du 19 juin 2020 est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Conformément à l'al. 1 des dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020, les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de cette modification sont terminées sous le régime de l'ancien droit, sous réserve de modifications du règlement des émoluments pour la période suivant l'entrée en vigueur de la modification. La présente procédure a été ouverte avant le 1er janvier 2021, de sorte que la LEx dans sa version avant l'entrée en vigueur de la modification du 19 juin 2020 est applicable en l'espèce (cf. arrêt du TF 1C_103/2022 du 20 octobre 2022 consid. 4.1).
4.
Il s'agit tout d'abord d'examiner si l'autorité inférieure a correctement arrêté la valeur vénale de la parcelle de l'expropriée.
4.1 Tenant compte de la très bonne situation de la parcelle à proximité du centre de Genève, du quartier historiquement recherché, esthétiquement abouti et constitué de bâtiments élégants et de belle facture (en particulier celui érigé sur la parcelle dont il est question), à l'abri relatif des nuisances, à proximité d'un vaste parc, des commerces et des transports publics, dont la nouvelle gare CFF de (...), la CFE a estimé la valeur du terrain avant inscription des servitudes à 4'100 francs le m2. Elle a calculé cette valeur sur la base de la densité retenue de 4.1 (2'554 m2 de droits à bâtir [surface brute de plancher] en 2e zone / 622 m2 de surface de terrain ; cf. dossier CFE pce 21). Cela étant, elle a arrêté la valeur vénale du bien à 8'695'000 francs. L'autorité inférieure a par ailleurs exclu de prendre en compte la possibilité d'une meilleure utilisation de la parcelle, trop théorique.
4.2 Les CFF font grief à la CFE d'avoir arrêté la valeur vénale de la parcelle en cause sans se fonder sur une méthode objective et clairement exposée. L'autorité inférieure n'aurait en effet pas exposé la méthode retenue, ni fourni d'explication à l'appui de son estimation. Elle aurait de surcroît tenu compte à tort de la proximité du bien-fonds avec la nouvelle gare de (...). Cela étant, la recourante a relevé que le Tribunal avait appliqué la méthode comparative dans une affaire concernant une parcelle sise à proximité et s'est référée à l'estimation retenue dans cet arrêt (cf. arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.3.1). Les CFF contestent ainsi la valeur de la parcelle retenue par la CFE et ont conclu, à titre subsidiaire, à ce que l'affaire lui soit renvoyée pour qu'elle détermine cette valeur en la motivant.
4.3 L'expropriée estime, pour sa part, que l'autorité inférieure a clairement exposé les facteurs considérés. Elle a ainsi accepté la valeur retenue par la CFE et conclu au rejet de la conclusion idoine de l'expropriante.
4.4
4.4.1 La valeur vénale d'un bien est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (cf. arrêt du TF 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). Pour déterminer la valeur vénale d'un immeuble, les circonstances objectives au jour de l'estimation sont déterminantes, telles que le lieu de situation, l'utilisation, l'état de la parcelle et l'existence de servitudes ou d'autres droits de tiers (cf. arrêt du TF 1C_322/2017 du 25 avril 2018 consid. 3.3). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation. Les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, n° 1169). Pour ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (cf. Moor, Droit administratif, Vol. III, Berne, 2e éd., 2018, n° 9.2.5.1).
4.4.2 Plusieurs méthodes sont possibles, telles que la méthode comparative (ou statistique) qui fixe la valeur des immeubles sur la base des prix effectivement payés pour des fonds semblables ; la méthode fondée sur la valeur de rendement qui détermine le capital correspondant au revenu actuel de l'objet exproprié ; la méthode régressive (ou rétrospective ou déductive) qui détermine la valeur d'un terrain en fonction du rendement qui pourra être obtenu après que des bâtiments auront été édifiés ou encore la méthode fondée sur la situation de l'immeuble (méthode hédoniste).
L'utilisation de la méthode statistique est prescrite lorsqu'elle peut être pratiquée car elle permet d'établir le plus sûrement le prix que serait prêt à payer un nombre indéterminé d'acheteurs intéressés sur le marché libre, dans des conditions ordinaires, pour le bien-fonds en question (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a). Cette méthode donne un résultat correct pour autant que l'on dispose d'un nombre suffisant d'objets - sans qu'il ne soit nécessaire que ce nombre soit important - présentant des caractéristiques analogues ; la comparaison n'exige néanmoins pas que les objets soient complètement identiques quant à leur situation, leur surface, l'état des équipements et les possibilités d'utilisation. En effet, les différences peuvent être pondérées, le cas échéant, par des réductions ou des majorations. A défaut, les autres méthodes seront utilisées, étant précisé que le résultat de l'application d'une méthode peut être vérifié par une autre méthode, ou que plusieurs méthodes peuvent être combinées (cf. arrêt du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 4.4.2 et les réf. cit.).
La CFE, composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées, dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode, pour autant qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6) ; est déterminant le fait qu'il soit recouru à un moyen objectif et adéquat par rapport à l'objet en question pour calculer la valeur vénale. Cela étant, la latitude de jugement dont dispose l'autorité ne la dispense pas de motiver son appréciation. Bien au contraire, pour se prémunir de tout arbitraire, le devoir de motivation doit être proportionnel à la marge de manoeuvre conférée à l'autorité administrative (cf. arrêts du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 4.4.2 et A-3820/2022 du 18 avril 2023 consid. 4.8).
4.4.3 L'estimation de la valeur vénale doit tenir compte dans une juste mesure de la possibilité de mieux utiliser l'immeuble (art. 20 al. 1 LEx). La possibilité d'une meilleure utilisation du bien exproprié doit être retenue lorsqu'elle paraît non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir ; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (cf. ATF 134 II 49 consid. 13.3 ; arrêt du TF 1C_195/2022 du 20 février 2023 consid. 4.2.2). D'hypothétiques projets suffisent pour reconnaître la propriété jusqu'à une certaine profondeur en sous-sol, mais pas pour augmenter la valeur vénale lors de l'estimation d'un bien exproprié (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 7.1.1).
4.5
4.5.1 En l'occurrence, le Tribunal observe, avec l'expropriante, que l'autorité inférieure n'a pas expliqué quelle méthode (statistique, fondée sur la valeur de rendement, régressive ou hédoniste) elle avait choisi d'appliquer pour effectuer son estimation du bien. Les facteurs retenus pour calculer la valeur de la parcelle ressortent certes de l'expertise ; il y est en effet fait état d'une pondération entre la valeur intrinsèque et la valeur de rendement du bien, amenant au résultat de 8'695'000 francs (dossier de la CFE pce 21). Cette manière de procéder n'est toutefois pas convaincante en l'espèce. Est en effet pertinent dans le cas concret - où l'assiette des servitudes litigieuses est essentiellement souterraine - le prix du sol en tant que terrain à bâtir, à l'exclusion de la valeur de rendement ou de la valeur intrinsèque des constructions (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a ; cf. également l'arrêt du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 4.4.4 et 4.5.1). La CFE a d'ailleurs procédé au calcul de l'indemnité sur la base de la valeur intrinsèque du terrain en tant que terrain à bâtir uniquement (cf. décision attaquée c. 2.b.a). Le montant de 8'695'000 francs articulé par l'expert, à titre de valeur vénale du bien, ne peut ainsi être confirmé.
4.5.2 La valeur du terrain à 4'100 francs le m2 ne peut pas davantage être vérifiée par le Tribunal, faute de clarté. L'autorité inférieure s'est en effet limitée à énumérer certains facteurs (tels que la situation de la parcelle ou son niveau d'exposition aux nuisances), sans faire état d'une méthode plus précise. Il est de surcroît peu compréhensible de savoir comment, respectivement pourquoi la CFE a retenu 2'554 m2 de droits à bâtir et une densité de 4.1. Elle n'a pas non plus expliqué comment elle était passée de l'indice de densité (sur cette notion, cf. l'arrêt du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 4.5.3) au prix du m2.
4.5.3 Le Tribunal observe en outre que l'expert délégué par la CFE a précisé, dans ses réserves, que son estimation n'était valable qu'à la date de son édition, le 30 septembre 2021. Or, la date déterminante pour la valeur vénale est celle de l'audience de conciliation (cf. art. 19bis al. 1 LEx [abrogé au 1er janvier 2021 : RO 2020 4085]), le 9 octobre 2019 (cf. consid. C.b supra). Cela étant, il est enfin relevé, pour être complet, que c'est à bon droit que l'autorité inférieure n'a pas retenu la possibilité d'une meilleure utilisation du bien exproprié. Une telle utilisation n'apparaissait en effet ni plausible, ni hautement vraisemblable au jour de l'audience. L'expropriée elle-même ne s'en est pas prévalue ; elle avait au contraire relevé qu'un projet de parking souterrain n'était pour l'heure pas en discussion (cf. dossier CFE pce 13 p. 9).
4.6 En ces circonstances, le Tribunal n'est pas en mesure de contrôler la manière dont l'autorité inférieure a procédé, celle-ci n'ayant pas satisfait à son devoir de motivation. Il ne peut pas non plus fixer lui-même la valeur du terrain. La cause doit en conséquence être renvoyée à la CFE aux fins qu'elle détermine le prix au m2 du terrain à bâtir sur une base claire, dans la mesure du possible à l'aide de la méthode statistique.
5.
Cela étant, il sied encore d'examiner si c'est à juste titre que l'autorité inférieure a retenu que la partie affectée par les servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir subissait une dépréciation de 5%.
5.1 La CFE a rappelé que, selon sa pratique, la perte de la possibilité de construire plus profondément que deux sous-sols, respectivement par-delà 6.50 m de profondeur, ne donnait en principe pas lieu à indemnisation. Dans le cas particulier, la parcelle, bâtie en hauteur, disposait d'un semi sous-sol (rez inférieur). La surface du terrain naturel de la parcelle se trouvait à 4.76 m (en moyenne) au-dessus de l'assiette des servitudes litigieuses. Il s'ensuivait que la construction d'un potentiel second sous-sol était entravée par les servitudes imposées, ce qui dépréciait la partie impactée de la parcelle. Le solde du bien-fonds n'était quant à lui pas impacté par la constitution des servitudes. Evoquant les contraintes de la parcelle (bâtiment protégé, rentabilité aléatoire d'une construction en sous-oeuvre, etc.), la CFE a estimé qu'une indemnité de 5 % de la valeur (4'100 francs/m2) de la partie affectée (308 m2), soit 63'140 francs, était justifiée.
5.2 Dans leurs écritures, les CFF ont tout d'abord argué que l'impossibilité de construire un éventuel second sous-sol ne pouvait être confirmée en l'état, faute pour la décision attaquée d'indiquer l'altitude à laquelle se situaient les fondations du semi sous-sol existant. En effet, considérant que l'assiette des servitudes se trouvait à 4.76 m sous la surface de la parcelle et qu'une hauteur de 3 m était requise pour un niveau de sous-sol, la construction d'un second sous-sol (sous le rez inférieur) était peut-être possible. Cela étant, ils ont également fait grief à l'autorité inférieure de n'avoir étudié ni la faisabilité technique et juridique, ni la rentabilité économique d'un deuxième sous-sol, et nié que l'intimée ait apporté la preuve d'un quelconque dommage. A cet égard, la recourante a en particulier relevé qu'aucune explication n'avait été fournie s'agissant de l'accès à l'hypothétique second sous-sol sur la parcelle, sur le vu du faible espace disponible autour du bâtiment existant. Elle s'est ainsi opposée à l'approche suivant laquelle une indemnité serait automatiquement due en cas d'entrave à la construction d'un potentiel second sous-sol.
5.3 L'expropriée a plaidé que la constitution des servitudes la privait sans nul doute de la possibilité d'élaborer des projets en sous-sol, par exemple un parking souterrain. Elle a remarqué que la réalisation d'un tel projet à terme était d'autant plus probable que l'immeuble se situait en plein centre urbain et que la ville de Genève menait une politique hostile au stationnement en surface. L'intimée a par ailleurs rappelé qu'elle n'avait pas à faire état d'un projet concret de meilleure utilisation ; selon la jurisprudence, une atteinte au droit de construire jusqu'à une profondeur atteignant deux niveaux de sous-sol donnait en principe droit à une indemnisation. Elle a de surcroît fait valoir que la constitution des servitudes lui imposait d'autres désavantages certains, dont un risque d'affaissement du terrain, de dégradations sur l'immeuble et de nuisances acoustiques, respectivement de problèmes vibratoires de l'air (sons solidiens) ; elle s'est prévalue, à cet égard, d'une expertise privée réalisée en 2006. Citant en particulier l'ATF 129 II 246, elle a requis que l'indemnisation soit augmentée à 15 % de la partie affectée de la parcelle, soit à concurrence de 189'420 francs.
5.4
5.4.1 L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). Le versement d'une indemnité est soumis à trois conditions cumulatives : l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (cf. arrêts du TAF A-3816/2022 du 18 avril 2023 consid. 4.4 et A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 5.1.1 ; cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1129). L'imposition forcée d'une servitude sur un fonds constitue une expropriation partielle (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2). Suivant l'art. 19 LEx, pour la fixation de l'indemnité, doivent être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits. L'indemnité comprend la pleine valeur vénale du droit exproprié lui-même (let. a) ; en cas d'expropriation partielle d'un immeuble, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante de la parcelle (let. b) ; et le montant de tous les autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation (let. c). L'indemnité peut ainsi, selon les cas, se décomposer en trois postes de dommage distincts (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2 et la réf. cit.).
5.4.2 En cas de constitution d'une servitude, l'indemnité se calcule selon la méthode dite de la différence, laquelle consiste à déduire de la valeur vénale du fonds libre de servitude celle du fonds grevé de la servitude. L'indemnité à verser au propriétaire du fonds grevé correspond ainsi à la dépréciation de la parcelle, soit au montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1). Elle couvre la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a ; arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.2.3 ; cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1183).
5.4.3 Il ressort de la jurisprudence qu'une atteinte au droit de construire jusqu'à une profondeur atteignant deux niveaux de sous-sol donne en principe droit à une indemnisation, même si l'exproprié ne peut faire état d'un projet concret de meilleure utilisation de son bien (cf. ATF 122 II 246 consid. 4b et 4c ; arrêts du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 5.4.3 et A-3816/2022 du 18 avril 2023 consid. 4.7 et les réf. cit.). En revanche, une entrave à la construction d'un troisième niveau de sous-sol sur une parcelle déjà bâtie ne donne en principe pas droit à une indemnité lorsque l'exproprié ne peut démontrer l'existence d'un projet concret et avancé de meilleure exploitation de sa parcelle (cf. arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.3.4.1). Dans tous les cas, un examen individualisé tenant compte de l'ensemble des particularités du cas d'espèce est nécessaire.
5.5
5.5.1 En l'espèce, l'assiette verticale des servitudes de superficie et de restriction du droit de bâtir est formée, en coupe, d'un rectangle de 32 m de côté sur 30 m de profondeur, dont le sommet se trouve à une altitude de 407.22 m. La surface du terrain naturel de la parcelle évolue, dans l'emprise, à une altitude entre 411.30 m et 412.66 m (cf. extrait du plan d'emprise du 6 avril 2006 [pce TAF 1 annexe 7]). Les droits demandés sont donc situés à une profondeur de 4.08 m à 5.44 m sous la surface du terrain, étant précisé que le bâtiment existant comporte déjà un semi sous-sol, dont la profondeur est inconnue.
5.5.2 Sans la constitution des servitudes litigieuses, la construction d'un second sous-sol aurait été possible d'un point de vue juridique. La police des constructions ne limite en effet pas l'exploitation souterraine de la parcelle (cf. art. 231 al. 1 let. c du règlement d'application de la loi cantonale genevoise sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 [RCI, RS GE L 05.01] ; cf. arrêt du TAF A-4111/2020 du 16 septembre 2021 consid. 7.2.5.1 [confirmé par l'arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023]). Rien ne permet en outre de supposer - et les CFF ne soutiennent pas le contraire - qu'une telle construction en sous-oeuvre n'aurait pas été possible sur le plan technique. Cela étant, il a déjà été tranché qu'une rentabilité aléatoire de la construction d'un deuxième sous-sol n'empêchait pas l'allocation d'une indemnité, dans le cas où l'expropriation partielle empêcherait la construction dudit second niveau de sous-sol (cf. ATF 122 II 246 consid. 3 ; arrêt du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 5.5.4.2). Or, la construction d'un deuxième sous-sol apparaît clairement empêchée en l'espèce, les servitudes ne laissant disponible qu'une profondeur moyenne de 4.76 m, respectivement une profondeur minimale de 4.08 m, en partie occupée par le rez inférieur. L'allocation d'une indemnité à l'intimée du chef des servitudes imposées, qui diminuent la valeur vénale de sa parcelle à concurrence de l'impossibilité d'y construire un éventuel second sous-sol, est ainsi justifiée en son principe.
5.5.3 Les autres désavantages évoqués par l'expropriée - à forme de risques d'affaissement du terrain, de dégradations sur l'immeuble, de nuisances acoustiques et de sons solidiens - ne justifient en revanche pas l'allocation d'une indemnité dans le cadre de la présente procédure. L'intimée n'a en effet offert aucune preuve à l'appui de son moyen, qui semble ainsi reposer sur la seule expertise privée réalisée en 2006 (cf. dossier CFE pce 5 annexe 2), aucun dépassement des valeurs limites s'agissant des bruits solidiens n'ayant de surcroît été mis en évidence. Il ne saurait dès lors être admis que les « désavantages de fait » avancés déprécient la parcelle.
5.5.4 Il reste à se prononcer sur la hauteur de la moins-value, respectivement sur le pourcentage de dépréciation de la valeur des surfaces impactées par l'assiette des servitudes. A cet égard, le Tribunal observe que l'autorité inférieure n'a pas véritablement expliqué le pourcentage de 5 % retenu. Elle s'est en effet limitée à mentionner, au chapitre des « contraintes » affectant la parcelle : « bâtiment protégé, rentabilité aléatoire d'une construction en sous-oeuvre, etc. » (cf. décision attaquée, c. 2.b.a). Elle n'a en revanche pas discuté ce pourcentage au regard de la jurisprudence rendue en la matière (cf. notamment l'ATF 122 II 246 [dépréciation retenue de 15 %] ; l'arrêt du TAF A-4111/2020 du 16 septembre 2021 [dépréciation retenue de 10 % ; confirmé par l'arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023]). Le Tribunal retient ainsi que la CFE n'a pas motivé la moins-value de 5 % à satisfaction (à l'instar des arrêts du TAF A-3816/2022, A-3820/2022 et A-3823/2022 du 18 avril 2023 et A-5931/2022 du 3 octobre 2023).
5.5.5 Cela étant, le Tribunal ne saurait non plus admettre, sans autre analyse, les conclusions de l'intimée tendant à ce qu'une dépréciation de 15 % soit retenue. En effet, l'ATF 122 II 246 - invoqué par la précitée - portait sur des servitudes empêchant la construction d'un second sous-sol et limitant de surcroît la charge de construction à 1.5 kg/cm2. Dans cette affaire, la Haute Cour avait fixé la moins-value à 15 % de la valeur de la parcelle, pour tenir compte non seulement de l'empêchement de construire en sous-oeuvre, mais aussi des frais de construction supplémentaires liés à la limitation imposée à la charge. Dans la présente cause, aucune limitation imposée à la charge ou frais de construction supplémentaires ne sont établis. L'analogie plaidée par l'expropriée, à l'appui de ses conclusions, ne peut dès lors être acceptée.
5.5.6 Il s'ensuit que le pourcentage de dépréciation n'a pas été suffisamment motivé dans la décision attaquée. Il ne peut pas davantage être arrêté par le Tribunal. La cause est ainsi renvoyée à la CFE pour qu'elle réexamine et motive ce pourcentage, à la lumière des circonstances du cas et de la jurisprudence rendue en la matière.
6.
Ainsi, c'est à bon droit que l'autorité inférieure a retenu que l'expropriée devait être indemnisée pour la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir sur sa parcelle (cf. consid. 5.5.2 supra). Le montant de l'indemnisation ne peut toutefois être confirmé par le Tribunal. Aussi, la cause est renvoyée à la CFE pour qu'elle détermine à nouveau la valeur vénale du terrain à bâtir, en expliquant clairement la méthode appliquée (cf. consid. 4.5 s. supra), et qu'elle motive davantage le pourcentage de dépréciation de 5 % retenu (cf. consid. 5.5.4 ss supra).
Partant, les recours des CFF et de l'expropriée sont partiellement admis, dans le sens de ce qui précède. La décision de la CFE du 12 décembre 2022 est annulée et la cause renvoyée à cette autorité pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants.
7.
Demeure à trancher la question des frais et dépens.
7.1 A teneur de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement (cf. arrêt du TAF A-5931/2022 du 3 octobre 2023 consid. 7.1.2 et les réf. cit.). Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
7.2 En l'occurrence, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx suivant lequel il appartient à l'expropriante de supporter les frais de procédure. Aussi, les frais, arrêtés à 1'500 francs, sont mis à la charge des CFF. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée, d'un montant équivalent. Une indemnité de dépens, d'un montant de 1'500 francs, est allouée à l'expropriée, à la charge de la recourante.
(Le dispositif est porté à la page suivante.)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Les recours de l'expropriante et de l'expropriée sont partiellement admis au sens des considérants.
2. Le chiffre 1 de la décision (...) du 12 décembre 2022 de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants.
3. Les frais de procédure de 1'500 francs sont mis à la charge de l'expropriante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée d'un montant équivalent.
4.
Une indemnité de dépens de 1'500 francs est allouée à l'expropriée, à la charge de l'expropriante.
5. Le présent arrêt est adressé à l'expropriante, à l'expropriée et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Loucy Weil
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :