bvger · B-4391/2015 · 2017-04-26 · fr
B-4391/2015

Agriculture (divers)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée par le TF par arrêt du 26.01.2018 (2C_524/2017)
Cour II
B-4391/2015
Arrêt du 26 avril 2017
Composition
Pascal Richard (président du collège),
Maria Amgwerd, Francesco Brentani, juges,
Muriel Tissot, greffière.
Parties
A._______, B._______, C._______,D._______, tous représentés par Dr iur. Jürg Niklaus, avocat,recourants,
contre
Office fédéral de l'agriculture OFAG, Mattenhofstrasse 5, 3003 Berne,
intimé,
Tribunal cantonal, Cour de droit administratif et public, Avenue Eugène-Rambert 15,
1014 Lausanne Adm cant VD,
autorité inférieure,
Département de l'économie et du sport
du canton de Vaud, Secrétariat général, Rue Caroline 11, 1014 Lausanne Adm cant VD,
deuxième instance,
Service de l'agriculture du canton de Vaud, Avenue de Marcelin 29 a, 1110 Morges,
première instance.
Objet
Reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation.
Faits :
A.
A.a A._______ et B._______, tous deux exploitants agricoles à L._______, ont constitué une communauté d'exploitation qui a été reconnue le 21 mai 2010 par le Service de l'agriculture du canton de Vaud (ci-après : la première instance ou le service de l'agriculture). Leur collaboration est régie par un contrat de société simple du 11 mai 1997 liant leurs parents et qui a été complété par deux avenants, respectivement du 1er mai 2002 et du 3 mai 2010. Cette communauté a été dissoute le 31 décembre 2013.
A.b Le 7 février 2012, A._______ a obtenu du Service cantonal du développement territorial du canton de Vaud une autorisation de construire hors de la zone à bâtir une halle à volaille d'une capacité de 25'000 places ; le bâtiment pouvait être transformé en halle à poules pondeuses. A._______ était déjà propriétaire d'une première halle à volaille d'une capacité comparable.
A.c Le 27 mars 2013, la communauté d'exploitation A._______ et B._______, ainsi que C._______ et D._______, tous deux exploitants à T._______, ont requis du service de l'agriculture la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation dès le 1er novembre 2012, les branches de production mises en commun étant les pondeuses, les arbres et les bovins. La demande précise que le contrat de société simple sera rédigé ultérieurement.
A.d Par contrat du 5 juillet 2013, A._______, C._______ et D._______ ont formé une société simple pour communauté partielle en production animale. Il prévoit que la société simple a été constituée au 1er novembre 2012 et prend fin au 31 décembre 2017. Il est en outre indiqué que A._______ met à disposition deux poulaillers de 18'000 places-pondeuses (construction 2007 et 2012), deux étables d'engraissement de 150 places ainsi que les surfaces attenantes nécessaires au but social. Les animaux sont apportés par chacun des associés. Il est également prévu que le contrat se renouvelle ensuite d'année en année.
B. Le 6 février 2014, le service de l'agriculture a rendu une décision portant sur les points suivants :
1) reconnaître comme une communauté partielle d'exploitation, au sens de l'art. 12 OTerm, pour les branches de production avicole, d'engraissement de bovins et arboricole, la collaboration entre l'exploitation de C._______, celle de D._______ et la communauté d'exploitation de A._______ et B._______, avec effet dès le 1er novembre 2012 et jusqu'au 31 décembre 2013 ;
2) révoquer avec effet au 1er janvier 2014 la reconnaissance de la communauté d'exploitation entre A._______ et B._______, puis reconnaître l'entreprise de chacun des deux anciens associés comme une exploitation au sens de l'art. 6 OTerm, avec effet au 1er janvier 2014 ;
3) reconnaître comme une communauté partielle d'exploitation au sens de l'art. 12 OTerm, pour les branches de production avicole, d'engraissement de bovins et arboricole, la collaboration entre les trois exploitations de A._______, C._______ et D._______, avec effet dès le 1er janvier 2014 ;
4) impartir un délai de 12 mois à A._______, à compter de la date de l'éventuelle dissolution de la communauté partielle susmentionnée, pour cesser l'exploitation de l'un des deux poulaillers de 18'000 pondeuses ou convertir le cheptel de l'un des deux poulaillers en poulettes d'élevage ou aliéner l'un des deux poulaillers.
C. Statuant sur recours de l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après : l'intimé ou l'OFAG), le Département de l'économie et du sport du canton de Vaud (ci-après : la deuxième instance ou le département) a, par décision du 15 décembre 2014, prononcé la décision suivante :
« I. Le recours est partiellement admis.
II. La décision rendue le 6 février 2014 par le Service de l'agriculture est annulée dans le sens où elle reconnaît une communauté partielle d'exploitation entre C._______, D._______ et la communauté d'exploitation de A._______ et B._______, avec effet dès le 1er novembre 2012 et jusqu'au 31 décembre 2013, et où elle impartit à A._______ un délai de 12 mois, à compter de la date de l'éventuelle dissolution de la CPE mentionnée ci-dessous, pour prendre des mesures.
III. L'affaire est renvoyée dans le sens des considérants au Service de l'agriculture afin qu'il rende une nouvelle décision concernant les paiements directs pour l'année 2013 dus à la communauté A._______ & B._______.
IV. La décision du Service de l'agriculture est modifiée en ce sens qu'une communauté partielle d'exploitation entre C._______, D._______ et A._______ est reconnue à partir du 1er janvier 2014, à la condition que les exploitants mentionnés fournissent au service, dans un délai au 30 juin 2015, les comptes détaillés de leur association pour l'année 2014.
V. La présente décision est rendue sans frais. Il n'est pas alloué de dépens. »
D. Au cours de la procédure de recours, le chef du département a rejeté la requête des recourants tendant au retrait de l'effet suspensif au recours par décision incidente du 31 octobre 2014. Ceux-ci ont ensuite formé recours au Tribunal cantonal du canton de Vaud contre cette décision, lequel a été déclaré sans objet par décision de radiation du 14 janvier 2015.
E.
E.a Le 2 février 2015, A._______, B._______, C._______ et D._______ (ci-après : les recourants) ont formé recours contre la décision du département du 15 décembre 2014 auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
E.b Par arrêt du 12 juin 2015, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours. En substance, il a considéré que la réalité de l'existence de la communauté à quatre exploitants pour une durée de 14 mois, à savoir du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013, n'avait pas été établie. En particulier, il s'appuie sur le défaut de contrat écrit de collaboration pour cette communauté. De plus, il fait valoir que la dissolution de la communauté A._______ et B._______ avait été envisagée au printemps 2013 déjà et que la demande de reconnaissance, qui a en quelque sorte été modifiée par le contrat du 5 juillet 2013, n'avait pas à déployer d'effet avant le 1er janvier 2014 puisque, A._______ étant toujours lié à B._______, sa participation en qualité d'exploitant indépendant à une autre communauté était difficilement concevable.
F. Par acte du 15 juillet 2015, les recourants exercent un recours contre cet arrêt auprès du Tribunal administratif fédéral concluant principalement à son annulation et au renvoi de la cause pour nouvelle décision. Subsidiairement, ils requièrent l'annulation de l'arrêt attaqué et de la décision de la deuxième instance ainsi que le renvoi de la cause à celle-ci. Plus subsidiairement, ils demandent l'annulation de l'arrêt attaqué et de la décision de la deuxième instance en tant qu'elle a annulé la reconnaissance d'une communauté d'exploitation à quatre du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013 et le renvoi de la cause pour nouvelle décision. Ils concluent en outre à ce que l'effet suspensif soit retiré au recours de l'intimé contre la décision de la première instance et que la langue de la procédure soit l'allemand.
A l'appui de leurs conclusions, les recourants se plaignent tout d'abord d'une appréciation erronée des faits. Ils font valoir que, contrairement à ce qui a été retenu par la cour cantonale, A._______ agissait comme représentant de la communauté d'exploitation A._______ et B._______ lorsqu'il a signé le contrat du 5 juillet 2013 constituant une communauté d'exploitation tout d'abord pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013 et que cette manière de procéder a été acceptée par la première instance. Ils reprochent également à la cour cantonale sur ce point d'avoir motivé son refus de reconnaître une communauté partielle d'exploitation pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013 sur d'autres motifs que ceux invoqués par l'intimé dans son recours et ceux retenus par la deuxième instance, sans que les recourants n'aient pu se déterminer à leur égard ; ils y voient une violation de leur droit d'être entendu. Ils précisent que la décision de la première instance n'a pas été annulée pour des motifs juridiques mais en raison d'une appréciation des faits ne tenant pas compte du large pouvoir d'appréciation dont dispose la première instance, laquelle connaît le terrain et les parties. Ils estiment que les deux instances précédentes ainsi que l'intimé ont outrepassé le droit de recours accordé à celui-ci et sont contrevenues aux règles de la bonne foi. Les recourants se plaignent ensuite de ce que l'effet suspensif n'a pas été retiré au recours formé par l'intimé, ce qui a engendré une grande insécurité juridique pour les recourants et les a privés, durant une période à tout le moins, du versement des paiements directs. En tout état de cause, l'effet suspensif devait être retiré afin que les paiements directs puissent être alloués dès le 1er janvier 2014 dès lors que la communauté d'exploitation reconnue dès cette date n'est plus litigieuse. Ils font encore valoir que la deuxième instance n'était pas habilitée à subordonner la reconnaissance de la communauté à trois au dépôt, jusqu'au 30 juin 2015, des comptes détaillés et à ordonner un nouveau calcul des paiements directs. S'agissant des conditions de reconnaissance de la communauté partielle d'exploitation, les recourants se prévalent enfin de ce que celles-ci sont réunies et qu'une reconnaissance avec effet rétroactif, comme le pratiquent les autorités vaudoises, est conforme au droit. Précisant finalement que la décision de reconnaissance était de nature purement déclaratoire, ils jugent que c'est à juste titre que leur communauté a été reconnue par la première instance pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013.
G. Par décision incidente du 3 août 2015, le Tribunal administratif fédéral a rejeté la requête des recourants tendant à l'adoption de l'allemand comme langue de la procédure.
H.
H.a Invités à se déterminer sur le recours, le tribunal cantonal s'est référé à son arrêt, par courrier du 18 août 2015, et le Service de l'agriculture, sans prendre de conclusions formelles, a renseigné le tribunal de céans quant au versement des paiements directs dus aux recourants, par pli du 26 août 2015.
H.b Dans sa réponse du 31 août 2015, l'intimé conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens. A l'appui de ses conclusions, il fait valoir que l'absence de contrat écrit pour la communauté partielle d'exploitation entre la communauté d'exploitation A._______-B._______ et Messieurs C._____ et D._______ consacre une violation des exigences légales en matière de reconnaissance et constitue un indice concernant la réelle intention des partenaires quant à la constitution de la communauté partielle ; il indique pour le surplus que les recourants n'avaient produit aucun élément de preuve sur ce point. Il conteste ensuite avoir outrepassé son droit de recours, lequel a déjà été admis par les autorités judiciaires en cas de contestations relatives à la reconnaissance des exploitations agricoles. S'agissant de la requête de retrait de l'effet suspensif au recours, il indique qu'un éventuel retrait aurait été la source d'une grande insécurité et aurait contraint les autorités à reconsidérer les mesures et décisions fondées sur la reconnaissance prononcée. Il conteste également que les recourants auraient subi un dommage insoutenable de ce fait. Finalement, l'intimé fait valoir que la reconnaissance d'une exploitation pour une période durant laquelle aucun contrôle de l'existence de celle-ci n'est possible, la communauté étant déjà dissoute, et pour une durée aussi courte n'est pas conforme à l'esprit du droit applicable en la matière.
H.c Le 3 septembre 2015, le département a informé le tribunal qu'il renonçait à se déterminer et s'est référé à sa décision et à l'arrêt attaqué.
I. Dans leur réplique du 16 novembre 2015, les recourants confirment intégralement leurs conclusions. A titre procédural, ils requièrent que les pièces 8 à 21, produites par l'intimé en annexe à sa réponse, soient écartées du dossier dès lors qu'elles se réfèrent à l'éventuelle reconnaissance d'une unité biologique et sont sans incidence sur la présente procédure. Ils affirment en outre avoir eu la réelle volonté de constituer une communauté partielle d'exploitation pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013 et contestent avoir eu un comportement abusif sur ce point, précisant que la signature de A._______ avait engagé la communauté A._______ et B._______. Les recourants rappellent encore que la pratique des autorités vaudoises, reconnaissant avec effet au 1er janvier les exploitations pour lesquelles une demande a été formée jusqu'au 31 mars de la même année, n'était pas l'objet de la présente procédure. De même, ils font valoir qu'aucune norme légale ne proscrit la reconnaissance d'une exploitation pour une durée limitée. Pour le surplus, ils contestent avoir retiré leur demande de reconnaissance laquelle aurait dû être formée devant l'autorité cantonale compétente et font valoir que le contrôle de l'existence d'une communauté d'exploitation est du ressort des autorités cantonales. Ils produisent enfin différentes pièces en lien avec les paiements directs perçus en 2015.
J.
J.a Par courrier du 23 novembre ainsi que des 8 et 9 décembre 2015, le tribunal cantonal, le service de l'agriculture et le département ont annoncé qu'ils renonçaient à se déterminer.
J.b Le 15 décembre 2015, l'intimé a maintenu ses conclusions. S'agissant des pièces 8 à 21 produites, il reconnaît qu'elles ne présentent pas de lien juridique avec la cause mais rappelle toutefois que la cour cantonale s'est fondée sur l'une d'elles dans son arrêt, raison pour laquelle la requête tendant à les écarter ne peut être admise. Reprenant ensuite ses autres arguments, il précise que la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation ne saurait être reconnue si son but est d'éluder la loi et ce, quel que soit l'avantage obtenu.
K. Par pli du 1er février 2016, les recourants réitèrent notamment leurs arguments en lien avec le droit de recours de l'intimé et l'effet suspensif que celui-ci a déployé, indiquant que la manière de procéder de l'OFAG était téméraire et les empêche de s'organiser à long terme.
L. Le 8 février 2016, l'intimé s'est brièvement exprimé quant aux écritures des recourants du 1er février 2016.
M. Les recourants ont encore déposé des observations en date du 10 mars 2016 faisant notamment valoir que la non-reconnaissance de leur collaboration du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013 a remis en cause leur partenariat et que la procédure initiée par l'intimé a bloqué le versement de plus de 100'000 francs de paiements directs.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1.
1.1 Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (cf. art. 31, 32 et 33 let. i LTAF, art. 5 al. 2 PA et art. 166 al. 2 de la loi sur l'agriculture du 29 avril 1998 [LAgr, RS 910.1] en relation avec l'art. 92 al. 1 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD, RSV 173.36]). La qualité pour recourir doit être reconnue aux recourants (cf. art. 48 al. 1 PA). Les autres conditions de recevabilité sont respectées (cf. art. 11, 50 al. 1, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA). Le recours est donc recevable.
1.2 Dans la mesure où les recourants concluent à l'annulation de la décision du 15 décembre 2014 du département, le présent recours est toutefois irrecevable, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du tribunal cantonal (cf. ATF 126 II 300 consid. 2a et 125 II 29 consid. 1c).
2. Selon l'art. 49 PA, le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. En revanche, le grief de l'inopportunité ne peut être invoqué lorsque, comme en l'espèce, une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
A titre liminaire, il y a lieu de relever que, en tant que les recourants critiquent l'appréciation des faits et des preuves, ils s'en prennent en réalité à l'appréciation juridique des faits à laquelle s'est livrée l'autorité précédente. Il s'agit là d'une question de droit qui sera examinée plus loin.
3. Les recourants reprochent tout d'abord à la cour cantonale d'avoir motivé son refus de reconnaître une communauté partielle d'exploitation pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013 sur d'autres motifs que ceux invoqués par l'intimé dans son recours et ceux retenus par la deuxième instance. Ce faisant, ils semblent invoquer la violation d'une règle de procédure applicable devant les instances cantonales, à savoir une violation du droit cantonal. Ils prétendent également ne pas avoir pu se déterminer sur ce point et y voient une violation de leur droit d'être entendus.
3.1
3.1.1 Le grief de la violation du droit cantonal n'est pas un motif de recours prévu par l'art. 49 PA (cf. supra consid. 2). Aussi, il ne peut pas en tant que tel être invoqué devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 49 PA en relation avec l'art. 95 LTF ; arrêt du TAF C-4534/2012 du 2 décembre 2014 consid. 6.5 ; Kölz/Häner/Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3ème éd. 2013, p. 366 ss n° 1034 ; Olivier Zibung/Elias Hofstetter, in : VwVG Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, n° 10 ad art. 49 PA, Benjamin Schindler in : VwVG Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2008, n° 24 ad art. 49 PA). Il est néanmoins possible de faire valoir que l'application du droit cantonal consacre une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (cf. ATF 138 V 67 consid. 2.2 et 134 II 349 consid. 3 ; arrêt du TAF C-4543/2012 consid. 6.5). Il suit de là que le tribunal examine avec un pouvoir de cognition restreint l'application du droit cantonal ainsi que ses effets (cf. ATAF 2016/8 consid. 5.3).
3.1.2 Selon l'art. 89 LPA-VD, la procédure du recours administratif comme celle du recours de droit administratif, par renvoi de l'art. 99 LPA-VD, sont régies par la maxime d'office ; l'autorité de recours n'est ainsi pas liée par les motifs invoqués par les parties (cf. arrêts de la Cour de droit administratif et public du canton de Vaud MPU.2016.0011 du 27 juillet 2016 consid. 8b et MPU.2016.0016 du 12 décembre 2016 consid.4).
Il s'ensuit que le département, comme la cour cantonale, n'ont pas arbitrairement appliqué le droit cantonal. La pratique cantonale correspond d'ailleurs à celle du tribunal de céans, qui n'est non plus lié ni par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. arrêt du TAF B-1845/2915 du 7 mars 2016 consid. 2 et réf. cit.).
Mal fondé, le grief doit donc être rejeté.
3.2
3.2.1 Le droit d'être entendu garantit à toute personne qui est partie à une procédure le droit d'être informée et entendue avant qu'une décision ne soit prise à son détriment. Si cette règle s'applique en principe sans restriction pour les questions de faits, il est admis que, pour ce qui est de la qualification juridique de ceux-ci, elle vaut dans l'hypothèse où une partie change inopinément son point de vue juridique ou lorsque l'autorité a l'intention de s'appuyer sur des arguments juridiques inconnus des parties et dont celles-ci ne pouvaient prévoir l'adoption (cf. arrêt du TF 2C_524/2014 du 25 février 2015 consid. 3.1 et réf. cit.).
3.2.2 Dans le cas particulier, les instances précédentes ont procédé à des appréciations différentes des éléments de fait figurant au dossier. Elles ont en particulier interprété la demande du 27 mars 2013 tendant à la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation dès le 1er novembre 2012 entre la communauté d'exploitation A._______ et B._______, ainsi que C._______ et D._______ et le contrat de société simple pour communauté partielle en production animale passé le 5 juillet 2013 entre A._______, C._______ et D._______. Les recourants, qui se fondent sur ces actes pour soutenir leur argumentation, ne devaient pas raisonnablement ignorer qu'il s'agissait là d'une question d'interprétation des actes et, partant, ils ne devaient pas trouver imprévisible ou surprenante l'argumentation juridique des instances précédentes. Ils ne prétendent pas pour le surplus que celles-ci se seraient fondées sur des faits, au sujet desquels ils n'auraient pas pu se déterminer. Il s'ensuit que leur droit d'être entendus n'a pas été violé.
4. La disposition transitoire de l'art. 187 al. 1 LAgr prévoit que, à l'exception des dispositions relatives à la procédure, les dispositions abrogées restent applicables aux faits survenus pendant qu'elles étaient en vigueur. Le droit applicable à la présente procédure est, par conséquent, celui en vigueur en novembre 2012, à savoir durant la période pour laquelle la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation est litigieuse. Le droit actuellement en vigueur sera toutefois cité dans le présent arrêt dès lors que les dispositions décisives pour les cas d'espèce ne sont pas concernées par les modifications légales intervenues depuis novembre 2012.
5. En l'espèce, est litigieuse la question de savoir si les recourants ont valablement constitué une communauté partielle d'exploitation du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013.
5.1
5.1.1 En application de la LAgr, le Conseil fédéral a arrêté l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur la terminologie agricole et la reconnaissance des formes d'exploitations (Ordonnance sur la terminologie agricole, OTerm, RS 910.91). Celle-ci définit les notions qui s'appliquent à la LAgr et aux ordonnances qui en découlent (art. 1 al. 1 OTerm). Elle règle en outre la procédure à suivre en matière de reconnaissance des exploitations et de diverses formes de collaboration inter-entreprises (art. 1 al. 2 let. a OTerm). Les cantons sont chargés de l'exécution de la présente ordonnance (art. 33 OTerm).
A teneur de l'art. 29a al. 1 OTerm, les différentes formes d'exploitations doivent être reconnues par l'autorité cantonale compétente (al. 1) ; dans une entreprise agricole au sens de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (ci-après : la loi sur le droit foncier rural ou LDFR, RS 211.412.11), seule une exploitation peut être reconnue (al. 2). L'exploitant doit adresser la demande de reconnaissance, accompagnée de tous les documents requis, au canton compétent ; celui-ci vérifie alors si les conditions énoncées aux art. 6 à 12 OTerm sont remplies (art. 30 al. 1 OTerm). Selon l'art. 30 al. 2 OTerm, la décision de reconnaissance prend effet à la date du dépôt de la demande. Les cantons vérifient périodiquement si les exploitations et les communautés satisfont aux conditions requises ; si tel n'est pas le cas, ils révoquent la reconnaissance accordée formellement ou tacitement (art. 30a al. 1 OTerm).
5.1.2 Selon l'art. 12 al. 1 OTerm (dans sa teneur au 1ernovembre 2012), on entend, par communauté partielle d'exploitation, la collaboration entre deux ou plusieurs exploitations lorsqu'elles gardent ensemble des animaux de rente ou gèrent en commun une partie de leurs branches d'exploitation (let. a) ; qu'elles ont été gérées de manière autonome pendant les trois années précédant le regroupement en communauté (let. b) ; que les exploitations ou les centres d'exploitation sont éloignés, par la route, de 15 km au maximum ; que les membres de la communauté travaillent dans leur exploitation et pour la communauté (let. d) ; que la collaboration et la répartition des surfaces et/ou des animaux sont réglées dans un contrat fixé par écrit (let. e) ; qu'un compte séparé est tenu pour les branches d'exploitation gérées en commun (let. f) ; et que la communauté a désigné un membre chargé de la représenter (let. g).
5.2
5.2.1 La cour cantonale a considéré d'une part que la réalité de l'existence de la communauté à quatre exploitants pour une durée de 14 mois, à savoir du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013, n'avait pas été établie. En particulier, elle s'appuie sur le défaut de contrat écrit de collaboration pour cette communauté. D'autre part, elle fait valoir que la dissolution de la communauté A._______ et B._______ avait été envisagée au printemps 2013 déjà et que la demande de reconnaissance, qui a en quelque sorte été modifiée par le contrat du 5 juillet 2013, n'avait pas à déployer d'effets avant le 1er janvier 2014 puisque, A._______ étant toujours lié à B._______, sa participation en qualité d'exploitant indépendant à une autre communauté était difficilement concevable.
5.2.2 Les recourants font valoir avoir eu la réelle volonté de constituer une communauté partielle d'exploitation pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013, A._______ agissant comme représentant de la communauté d'exploitation A._______ et B._______ lorsqu'il a signé le contrat du 5 juillet 2013 constituant une communauté d'exploitation et que cette manière de procéder a été acceptée par la première instance. Ils en déduisent que les conditions auxquelles est soumise la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation étaient réunies. Ils ajoutent qu'aucune norme légale ne proscrit la reconnaissance d'une exploitation pour une durée limitée. Pour le surplus, ils contestent avoir retiré leur demande de reconnaissance, laquelle aurait dû être formée devant l'autorité cantonale compétente, et font valoir que le contrôle de l'existence d'une communauté d'exploitation est du ressort des autorités cantonales.
5.3 En l'espèce, il est établi qu'une demande tendant à la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation dès le 1er novembre 2012 a tout d'abord été formée, le 27 mars 2013, par la communauté d'exploitation A._______ et B._______, ainsi que par C._______ et D._______. De même, un contrat de société simple pour communauté partielle en production animale a été passé le 5 juillet 2013 entre A._______, C._______ et D._______ ; il prévoyait une coopération du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2017, renouvelée ensuite d'année en année.
Il n'est pas contesté que ledit contrat ne porte pas la signature de B._______ ni qu'aucun contrat écrit n'ait été signé par celui-ci en vue de régler la collaboration et la répartition des surfaces et des animaux au sein de la communauté d'exploitation pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013. Or, l'art. 12 al. 1 let. e aOTerm exige expressément l'existence d'un tel contrat pour la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation. Il convient dès lors d'examiner si le contrat signé par A._______ l'a été en représentation de la communauté et, le cas échéant, si dite représentation était valable.
5.4 De la lettre même du contrat du 5 juillet 2013, rien ne permet de déduire que celui-ci lie la communauté A._______ et B._______. Il ne ressort en effet nulle part que A._______ agissait comme représentant de celle-ci. Cela est d'ailleurs pleinement compréhensible puisque le contrat prévoit un partenariat jusqu'en 2017 alors qu'en mai 2013, les associés A._______ et B._______ demandaient chacun la reconnaissance de leur exploitation respective et annonçaient la dissolution de leur communauté. De plus, le contrat de société simple du 1er mai 2002 constituant la communauté A._______ et B._______ prévoit expressément que les associés représentent conjointement la société envers les tiers, sauf procuration conférée à l'un d'eux (art. 5). Il s'ensuit qu'à défaut de procuration en faveur de A._______ au dossier et de signature de B._______, il y a lieu de considérer que la communauté A._______ et B._______ n'est pas liée par le contrat du 5 juillet 2013. En conséquence, faute de contrat écrit réglant la collaboration et la répartition des surfaces et des animaux entre les associés, il y a lieu d'admettre, avec la cour cantonale, que la réalité de l'existence de la communauté n'a pas été établie et que, en conséquence, les conditions à la reconnaissance de la communauté partielle d'exploitation entre les associés A._______ et B._______ ainsi que C._______ et D._______ pour la période du 1er novembre 2012 au 31 décembre 2013 n'étaient pas réunies. Cette constatation de la non-réalisation des conditions légales ne consacrent pour le surplus aucun excès de pouvoir d'appréciation à l'encontre de la première instance, contrairement à ce que prétendent les recourants. L'appréciation juridique des faits par la cour cantonale ne prête dès lors nullement le flanc à la critique.
5.5 N'est pas davantage critiquable, l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle la reconnaissance d'une communauté partielle d'exploitation entre A._______, C._______ et D._______ n'avait pas à déployer d'effets avant le 1er janvier 2014. En effet, ne formant qu'une exploitation avec B._______ jusqu'en 2014 (art. 10 al. 4 aOTerm), on saisit mal comment il aurait été possible à A._______, pris individuellement, de garder des animaux de rente ou de gérer en commun une partie de ses branches d'exploitation avec deux autres associés. Une communauté durant cette période n'aurait pu être valablement constituée qu'avec le concours de B._______. Or, tel ne fut pas le cas (cf. supra consid. 5.4).
Infondés, les griefs des recourants doivent être rejetés.
6. Les recourants se plaignent également de ce que l'effet suspensif n'a pas été retiré au recours formé par l'intimé, ce qui a engendré une grande insécurité juridique et les a privés, durant une période à tout le moins, du versement des paiements directs. En tout état de cause, l'effet suspensif doit être retiré afin que les paiements directs puissent être alloués dès le 1er janvier 2014 dès lors que la communauté d'exploitation reconnue dès cette date n'est plus litigieuse. Ils affirment encore qu'une décision de reconnaissance est purement déclaratoire.
6.1 La procédure devant les instances cantonales est régie par le droit cantonal. Aussi, en tant qu'ils se plaignent de ce que la deuxième instance n'a pas retiré l'effet suspensif au recours, les recourants invoquent une violation du droit cantonal, qui ne peut être examinée par le tribunal de céans qu'avec une cognition restreinte (cf. supra consid. 3.1.1).
6.2 L'existence ou l'inexistence d'une exploitation agricole dépend de la réalisation des conditions fixées par le droit fédéral (cf. art. 6 à 12 OTerm). La décision cantonale de reconnaissance ne fait que constater d'une façon claire et munie d'un caractère obligatoire une situation juridique déjà existante de par la loi ; elle doit être qualifiée de décision en constatation au sens de l'art. 5 al.1 let. b PA (cf. ATAF 2016/8 consid. 4.5 et réf.cit.).
Les décisions en constatation sont néanmoins soumises aux règles établies sur l'effet suspensif ; elles ne peuvent dès lors déployer aucun effet matériel durant la suspension. En d'autres termes, l'effet suspensif paralyse les effets de la décision en constatation et toutes les conséquences légales liées à celle-ci mais n'influe pas matériellement sur la situation juridique (cf. ATAF 2016/8 consid. 5.4 et réf.cit.).
6.3 Selon l'art 80 al. 1 LPA-VD, le recours administratif comme le recours de droit administratif (art. 99 LPA-VD) ont effet suspensif. L'autorité administrative ou l'autorité de recours peuvent, d'office ou sur requête, lever l'effet suspensif, si un intérêt public prépondérant le commande (art. 80 al. 2 LPA-VD).
6.4 En l'occurrence, le chef du département a rejeté la requête des recourants tendant au retrait de l'effet suspensif au recours par décision incidente du 31 octobre 2014. Statuant sur recours, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a déclaré celui-ci sans objet par décision de radiation du 14 janvier 2015. De même, la cour cantonale rappelle dans l'arrêt attaqué que la question de l'effet suspensif n'était plus actuelle puisqu'une décision sur le fond avait été rendue par la deuxième instance.
Les recourants n'ont pas recouru contre la décision de radiation du 14 janvier 2015 rendue par la cour cantonale ; dans ces circonstances, ils ne sauraient s'en plaindre dans le cadre de leur recours contre l'arrêt attaqué. En effet, en rayant la cause du rôle, la cour cantonale a prononcé une décision finale au sujet du rejet de la requête du retrait de l'effet suspensif ; dite décision est entrée en force de chose jugée faute d'avoir été entreprise en temps utile. Les griefs des recourants sur ce point sont donc tardifs et ne sauraient être examinés plus avant.
6.5 En tant que les recourants semblent se plaindre de ce que la décision de la première instance aurait été suspendue pour les points non contestés, il y a lieu de relever que la cour cantonale a expressément constaté que la reconnaissance de la communauté partielle d'exploitation entre A._______, C._______ et D._______ n'était plus litigieuse. Or, dans la mesure où l'objet du litige est désormais réduit dans la mesure des conclusions prises par les recourants, rien ne semble s'opposer à l'exécution de la décision de la deuxième instance pour le reste.
7. Les recourants se plaignent encore de ce que l'intimé aurait outrepassé son droit de recours en attaquant la décision de la première instance. Ils lui reprochent également un comportement contraire à la bonne foi.
7.1 Selon l'art. 166 al. 3 LAgr, l'office compétent a qualité pour faire usage des voies de recours prévues par les législations cantonales et par la législation fédérale contre les décisions des autorités cantonales relatives à l'application de la présente loi et de ses dispositions d'exécution. Lorsqu'une loi fédérale accorde un tel droit de recours, il n'y a pas à justifier d'un intérêt digne de protection. L'autorité recourante ne peut cependant se contenter de soulever un problème de droit abstrait, elle doit se référer à une question juridique concrète se posant dans un cas particulier (cf. arrêt du TF 2C_62/2009 du 10 août 2009 consid. 1.2.1 et 2C_49/2009 du 27 avril 2009 consid. 1 ; arrêt du TAF B-4709/2012 du 20 décembre 2013 consid. 1.2).
7.2 En l'occurrence, la décision de la première instance de reconnaître une communauté partielle d'exploitation entre l'exploitation de C._______, celle de D._______ et la communauté d'exploitation de A._______ et B._______, avec effet dès le 1er novembre 2012 et jusqu'au 31 décembre 2013 a été prise en application de l'art. 12 aOterm, lequel constitue sans conteste une disposition d'exécution de LAgr. De même, l'intimé s'est expressément référé à la situation concrète des recourants et a invoqué une violation de l'art. 12 aOterm. Dans ces circonstances, on ne saisit pas en quoi l'intimé n'aurait pas été légitimé à recourir. Le grief des recourants est dès lors mal fondé sur ce point.
7.3 De même, on ne saurait reprocher à l'intimé un quelconque comportement contraire aux règles de la bonne foi en tant qu'il s'est plaint durant la procédure du non-respect des conditions fixées par l'art. 12 aOTerm.
8. Les recourants font enfin valoir que la deuxième instance n'était pas habilitée à subordonner la reconnaissance de la communauté entre A._______, C._______ et D._______ au dépôt, jusqu'au 30 juin 2015, des comptes détaillés. De même, ils reprochent les instructions données à la première instance concernant les paiements directs.
Dans son arrêt, la cour cantonale a considéré que la formulation au sujet des comptes ne devait pas être comprise comme une condition résolutoire, mais comme une demande de renseignement en vue d'une vérification ultérieure au cours de l'année 2015, les documents nécessaires n'étant pas encore disponibles ; elle a en outre formellement constaté que la reconnaissance de la communauté partielle d'exploitation entre A._______, C._______ et D._______ n'était plus litigieuse (cf. arrêt attaqué consid. 2). S'agissant du renvoi en vue du versement des paiements directs, elle a considéré que celui-ci avait pour seul but de permettre à la première instance de réexaminer la situation compte tenu de la décision rendue sur recours.
Ces considérations ne sont pas critiquables. De même, on ne saisit pas en quoi ces deux points de la décision du 15 décembre 2014 porteraient préjudice aux recourants.
9. En tant que les recourants requièrent que les pièces 8 à 21 produites par l'intimé soient écartées du dossier, il y a lieu de constater que, pour autant qu'elles ne ressortaient pas déjà du dossier cantonal, dont leur retranchement n'a nullement été requis, la cour de céans ne s'est pas fondée sur celles-ci pour statuer sur le présent litige.
10. Il résulte de ce qui précède que la décision attaquée ne viole pas le droit fédéral ni ne repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits. Mal fondé, le recours doit en conséquence être rejeté dans la mesure où il est recevable.
11. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, doivent être mis à la charge des recourants qui succombent (cf. art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (art. 2 al. 1 1ère phrase et art. 4 FITAF).
En l'espèce, les frais de procédure doivent être fixés à 1'200 francs. Ils sont compensés par l'avance de frais du même montant déjà versée.
12. Compte tenu de l'issue de la procédure, les recourants n'ont pas droit à des dépens (cf. art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de procédure, d'un montant de 1'200 francs, sont mis à la charge des recourants. Ils sont compensés par l'avance de frais du même montant déjà versée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (acte judiciaire)
- à l'intimé (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)
- à la deuxième instance (acte judiciaire)
- à la première instance (acte judiciaire)
- au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Pascal Richard
Muriel Tissot
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition : 4 mai 2017