bvger · C-2531/2013 · 2017-11-02 · de
C-2531/2013

Tarifs des hôpitaux

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour III
C-2531/2013
Arrêt du 2 novembre 2017
Composition
Madeleine Hirsig-Vouilloz (présidente du collège),
Beat Weber, Daniel Stufetti, juges,
Barbara Scherer, greffière.
Parties
1. CSS Kranken-Versicherung SA,
2. Aquilana Versicherungen,
3. Moove Sympany SA,
4. Kranken- und Unfallkasse Bezirkskrankenkasse Einsiedeln,
5. PROVITA assurance santé SA,
6. Sumiswalder,
7. Krankenkasse Steffisburg,
8. CONCORDIA Schweizerische Kranken- und Unfallversicherung SA,
9. Atupri Caisse-maladie,
10. Avenir Krankenversicherung SA
11. Krankenkasse Luzerner Hinterland,
12. ÖKK Kranken- und Unfallversicherungen SA,
13. Vivao Sympany SA,
14. Krankenversicherung Flaachtal SA,
15. Easy Sana Assurance Maladie SA,
16. Genossenschaft Glarner Krankenversicherung,
17. Cassa da malsauns LUMNEZIANA,
18. KLuG Krankenversicherung,
19. EGK Grundversicherungen,
20. sanavals Gesundheitskasse,
21. Krankenkasse SLKK,
22. sodalis gesundheitsgruppe,
23. vita surselva,
24. Krankenkasse Zeneggen,
25. Krankenkasse Visperterminen,
26. Caisse-maladie de la Vallée d'Entremont,
27. Krankenkasse Institut Ingenbohl,
28. Krankenkasse Wädenswil,
29. Krankenkasse Birchmeier,
30. kmu-Krankenversicherung,
31. Krankenkasse Stoffel Mels,
32. Krankenkasse Simplon,
33. SWICA Krankenversicherung SA,
34. GALENOS Assurance-maladie et accidents,
35. rhenusana,
36. Mutuel Assurance Maladie SA,
37. AMB Assurance-maladie et accidents,
38. INTRAS Krankenversicherung SA,
39. PHILOS Assurance Maladie SA Groupe Mutuel,
40. Visana SA,
41. Agrisano Caisse maladie SA,
42. sana24 SA,
43. Arcosana SA,
44. vivacare SA,
45. Sanagate SA,
les recourantes 2 à 37, 39 à 42 et 44 sont représentées par tarifsuisse sa, Römerstrasse 20, Case postale 1561, 4500 Solothurn, elle-même représentée par Maîtres Luke H. Gillon et Valentin Schumacher,
les recourantes 1, 38, 43 et 45 sont représentées par la CSS Assurance-Maladie,
recourantes,
contre
Clinique La Lignière SA,
représentée par Maître Charles Joye,
intimée,
Conseil d'Etat du Canton de Vaud,
agissant par le Chef du Département de la santé et de l'action sociale, Av. des Casernes 2, BAP, 1014 Lausanne,
autorité inférieure .
Objet
Arrêté du 20 mars 2013 du Conseil d'Etat du Canton de Vaud fixant de manière définitive le tarif LAMal applicable en 2012 pour la réadaptation cardio-vasculaire de la Clinique La Lignière (832.00).
Faits :
A. Par arrêtés des 29 juin et 7 décembre 2011, le Conseil d'Etat du canton de Vaud a édicté la liste vaudoise 2012 des établissements hospitaliers admis à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins dès le 1er janvier 2012. La Clinique la Lignière (ci-après : intimée ou Clinique) figure sur cette liste pour la réadaptation et soins palliatifs, mandat de centre de traitement et de réadaptation (CTR). Son inscription était subordonnée à la condition qu'elle obtient une reconnaissance d'intérêt public jusqu'au 31 décembre 2011 (cf. art. 7 al. 1 et 2 des arrêtés; TAF pce 1 annexes 11 et 12).
B. Le 6 décembre 2011, la Clinique informe le Chef du Département de la Santé et de l'action sociale (ci-après : DSAS) de l'échec des négociations entamées avec tarifsuisse sa pour la conclusion d'un tarif 2012 applicable à ses 22 lits de réadaptation cardiovasculaire reconnus d'intérêt public. Elle sollicite l'intervention du Conseil d'Etat au sens de l'art. 47 de la loi fédérale sur l'assurance-maladie. Elle explique que le tarif proposé par tarifsuisse sa de 370 francs par jour ne permet pas de couvrir ses coûts effectifs. Selon elle, le tarif nécessaire pour couvrir ses coûts effectifs se situe à 502.45 francs par jour (sans le forfait d'investissements) qui résulte d'une estimation fondée sur les coûts réels du premier semestre 2011 de ses lits reconnus d'intérêt public et de l'estimation de l'augmentation des coûts engendrés par les charges imposées par le canton en raison de sa reconnaissance d'intérêt public (TAF pce 1 annexe 9).
C. Par courrier du 30 janvier 2012, le Chef du DSAS consulte les partenaires tarifaires en vue de la fixation d'un tarif provisoire de 450 francs par jour et patient (TAF pce 1 annexe 13).
Tarifsuisse sa, dans sa détermination du 7 février 2012, requiert la fixation d'un forfait journalier de 370 francs, estimant que le tarif provisoire proposé était trop élevé en raison des coûts constatés de la clinique et en comparaison des tarifs appliqués dans d'autres établissements, tels la Clinique Seewis, Gais et Le Noirmont (TAF pce 25 annexe 1a).
L'intimée répond le 10 février 2012 qu'elle pourrait accepter la proposition du Chef du DSAS sous réserve des éléments complémentaires qu'elle souhaite présenter dans le cadre d'une séance de conciliation et d'instruction du dossier dont elle requiert la fixation (TAF pce 25 annexe 1bbis).
D. Par courrier du 27 mars 2012, le Chef du DSAS informe les parties qu'il a proposé au Conseil d'Etat la fixation d'un tarif provisoire journalier à hauteur de 459 francs selon la nouvelle définition de l'Office fédéral de la statistique (OFS). Il invite par ailleurs les parties à lui communiquer leurs prétentions tarifaires afin de fixer le tarif définitif (TAF pce 1 annexe 14).
E. Par arrêté du 28 mars 2012, le Conseil d'Etat du canton de Vaud fixe à l'art. 2 al. 2 le tarif provisoire à la journée applicable en 2012 pour les mesures de la réadaptation cardio-vasculaire de l'intimée à 459 francs. Ce tarif est calculé conformément à la nouvelle définition de l'OFS, selon laquelle les journées d'hospitalisation comprennent le jour de l'admission ainsi que tous les jours du séjour en établissement, sans les jours de sortie et de transfert, ni les jours de congé complets (TAF pce 1 annexe 4).
F. Tarifsuisse sa, dans sa détermination du 20 avril 2012 concernant la fixation du tarif définitif, requiert un forfait journalier de 370 francs (selon l'ancienne définition du séjour hospitalier de l'OFS) qu'elle a déterminé selon le modèle de taxe hospitalière (MTH) sur lequel il convenait de pratiquer une déduction pour intransparence de l'ordre de 6%, l'intimée n'ayant pas été en mesure de donner des éléments chiffrés de ses coûts des investissements. Tarifsuisse invoque que ce prix respecte le principe d'économicité dès lors qu'il se situe à la limite des tarifs convenus pour 2012 avec d'autres hôpitaux pour des prises en charges comparables. Elle conteste par ailleurs le tarif journalier proposé par l'intimée de 502.45 francs qui incorpore des éléments prospectifs concernant les années 2011 et 2012 alors que les données budgétaires ne peuvent être prises en compte qu'exceptionnellement et que le modèle MTH repose sur la comptabilité 2010, soit la dernière connue à ce jour (TAF pce 1 annexe 15 et 15.12).
La clinique intimée, avec sa prise de position du 21 mai 2012, produit les données relatives aux coûts réels de ses lits reconnus d'intérêt public en réadaptation cardio-vasculaire fondées sur sa comptabilité analytique 2011. S'agissant du benchmarking, elle informe que la Clinique Le Noirmont applique en réadaptation cardio-vasculaire un tarif de 370 francs selon l'ancienne définition de l'OFS, l'Hôpital fribourgeois (HFR) Billens un tarif de 639 francs et la Clinique Genevoise de Montana un tarif de 533 francs. Par ailleurs, l'intimée, invoquant son droit d'être entendu, souhaite connaître la position des assurances et pouvoir s'y déterminer (TAF pce 8 annexe 103).
G. Par courrier du 12 juillet 2012, le canton de Vaud sollicite l'avis du Surveillant des prix concernant le tarif définitif à fixer (TAF pce 25 annexe 3). Le 26 juillet 2012, le Surveillant informe qu'il renonce à prendre position compte tenu de ses priorités (TAF pce 7 annexe 2).
H. Le 12 octobre 2012, le Service de la santé publique du canton de Vaud informe les parties qu'il a l'intention de proposer au Conseil d'Etat de fixer le tarif définitif au même niveau que le tarif provisoire, soit à 459 francs par journée selon la nouvelle définition de l'OFS. Il accorde aux parties le droit de consulter le dossier (TAF pce 25 annexe 4).
I. Tarifsuisse sa, dans sa détermination du 17 octobre 2012, s'oppose à la fixation du tarif définitif à hauteur de 459 francs et requiert, maintenant sa motivation, un forfait journalier de 370 francs au maximum (selon l'ancienne définition du séjour hospitalier de l'OFS; TAF pce 1 annexe 16).
La Clinique, dans sa réponse du 8 novembre 2012, se déclare d'accord avec le tarif proposé de 459 francs (TAF pce 25 annexe 4bbis).
J. Par arrêté du 20 mars 2013, le Conseil d'Etat du canton de Vaud fixe de manière définitive le tarif LAMal applicable en 2012 pour les mesures de réadaptation cardio-vasculaire de l'intimée à 459 francs par journée selon la nouvelle définition des journées d'hospitalisation de l'OFS selon laquelle les journées d'hospitalisation comprennent le jour de l'admission ainsi que tous les jours du séjour en établissement, sans les jours de sortie et de transfert, ni les jours de congé complets (TAF pce 1 annexe 3).
Cet arrêté est publié dans la Feuille des Avis officiels du canton de Vaud (FAO Vaud) n° 26-27 du 29 mars et 2 avril 2013 (TAF pce 1 annexe 3) et adressé aux parties par courrier du 28 mars 2013 (TAF pce 1 annexe 17).
K. Le 2 mai 2013, les 45 assureurs-maladie, représentées par tarifsuisse sa, recourent contre cet arrêté auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : TAF ou Tribunal), concluant, sous suite de frais et dépens, principalement à la fixation d'un tarif journalier hospitalier comprenant les coûts pour la mise en oeuvre du financement des hôpitaux (coûts des investissements, formation non universitaire etc.) applicable du 1er janvier au 31 décembre 2012, pour la réadaptation cardio-vasculaire stationnaire de la Clinique La Lignière à 386 francs au maximum selon la nouvelle définition du séjour hospitalier de l'OFS (370 francs au maximum selon l'ancienne définition OFS du séjour hospitalier). Les recourantes se réservent le droit de faire valoir rétroactivement un éventuel écart tarifaire entre le tarif provisoire et le tarif définitif demeure réservé. Subsidiairement, les recourantes concluent au renvoi de la cause pour nouveau jugement au sens des considérants (TAF pce 1).
En substance, les recourantes font grief que l'autorité inférieure a violé le droit fédéral ayant omis d'examiner si le nouveau tarif respectait les principes de la tarification établis par l'art. 59c al. 1 let. a et b OAMal ainsi que les principes de la légalité, d'économie et d'équité. Elles prétendent à ce sujet en premier lieu que le Conseil d'Etat n'a pas suffisamment motivé son arrêté ce qui constitue, selon elles, une violation de leur droit d'être entendu. Sur le fond, elles critiquent que l'autorité inférieure n'a pas procédé à une déduction pour intransparence des coûts de 6%. Elles font aussi grief que l'autorité a retenu un forfait pour investissements de 10% qui ne s'applique qu'en matière de financement par SwissDRG et soutiennent qu'il sied d'appliquer un pourcentage de 6% alors que l'intimée n'avait présenté que des coûts de l'ordre de 0.5%. Les recourantes critiquent également que l'autorité inférieure a pris pour la fixation du tarif les données des 4 lits reconnus d'intérêt public (RIP) et demandent la prise en compte des données des 31 lits, couvrant l'entier de l'activité de la réadaptation cardiovasculaire de l'intimée. Les recourantes font encore grief que le Conseil d'Etat s'est fondé sur les données 2011 alors qu'il convenait de prendre en considération la dernière comptabilité connue au moment des négociations, soit celle de 2010. Les recourantes contestent également le benchmarking pratiqué par le Conseil d'Etat. Elles soutiennent que le tarif moyen déterminé de 471.70 francs est trop élevé car il dépasse les tarifs convenus pour 2012 avec d'autres hôpitaux pour des prises en charges comparables, les Cliniques Seewis, Gais et Le Noirmont. Les recourantes prétendent enfin que l'autorité intimée n'a pas procédé à une constatation exacte des faits pertinents qui aurait supposé qu'elle prenne en compte la comptabilité 2010 ainsi que le périmètre d'activité complet de la réadaptation cardiovasculaire de l'intimée.
L. Invitées par le Tribunal (TAF pce 2), les recourantes transmettent le 17 mai 2013 une nouvelle procuration des mandataires, signée le 13 mai 2013, ainsi qu'une copie du règlement des signatures de tarifsuisse sa du 8 avril 2011 (TAF pce 3 et annexes).
M. Les recourantes s'acquittent de l'avance de frais de procédure de 8'000 francs dans le délai imparti par le Tribunal (TAF pces 4 à 6).
N. Par réponse du 21 juin 2013, le Chef du DSAS conclut au rejet du recours (TAF pce 7).
Pour l'essentiel, il soutient que la déduction de 6% pour intransparence est infondée, rappelant que l'intimée a présenté sa comptabilité analytique sous forme KORE, un modèle agréé, voire élaboré par tarifsuisse sa. En outre, s'agissant du coût d'utilisation des immobilisations (CUI) il estime qu'il n'y a pas lieu de s'écarter de la règle des 10% préconisée par l'Ordonnance sur l'assurance-maladie, la clinique disposant d'infrastructures coûteuses indispensables à l'accomplissement de sa mission de réadaptation et qu'un CUI différent de celui des hôpitaux de soins aigus n'est donc pas indiqué. Quant à l'année de référence, le Chef du DSAS rappelle que dans des cas particuliers il est justifié de prendre comme référence l'année précédant l'entrée en vigueur du tarif et qu'en l'espèce, il pense que les données de l'exercice 2011 reflètent mieux les coûts d'une journée d'hospitalisation vu que le volume des charges avait peu évolué entre 2010 et 2011, au contraire de l'activité qui a baissé en 2011. De plus, selon le Chef du DSAS le fait de ne pas avoir pris en compte l'ensemble des lits mais uniquement les lits reconnus d'intérêt public (RIP) n'a pas eu d'impact au niveau du calcul du coût d'une journée d'hospitalisation. Enfin, concernant le benchmarking, le Chef du DSAS critique que les recourantes ne se sont pas fondées sur une moyenne regroupant l'ensemble des cliniques pratiquant la réadaptation en Suisse mais uniquement sur celles ayant les tarifs les plus bas. Il remarque par ailleurs que l'établissement le plus comparable, en termes structurels, est la clinique de la réadaptation cardiovasculaire de l'Hôpital fribourgeois (HFR) à Billens qui reçoit un tarif journalier de 636 francs, largement supérieur au tarif arrêté en l'espèce.
O. Par réponse du 25 juin 2013, la Clinique intimée, conclut, sous suite de dépens, au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée (TAF pce 8).
Substantiellement, dans un premier temps, l'intimée conteste qu'il y a eu violation du droit d'être entendu, les recourantes ayant été en mesure de critiquer le fond de la décision attaquée. S'agissant de la déduction pour intransparence, l'intimée remarque que les recourantes n'indiquent pas en quoi sa comptabilité analytique ne satisfait pas aux normes applicables et rappelle qu'elle a offert la consultation des pièces nécessaires lors de la négociation tarifaire et durant la procédure en fixation du tarif devant l'autorité intimée. Autant que de besoin, elle réitère cette offre de consultation dans la présente procédure. Elle remarque également qu'il résulte des données extraites de sa comptabilité analytique que pour l'année 2012 le coût des patients admis en réadaptation cardiovasculaire était de 469.13 francs selon l'ancienne définition de l'OFS, respectivement de 491.12 francs selon la nouvelle définition, de sorte que le coût effectif dépasse de 32.12 francs le tarif arrêté par le Conseil d'Etat. Elle soutient en outre qu'il est contradictoire de la part des recourantes de critiquer l'application d'un supplément forfaitaire pour investissement de 10% alors qu'elles demandent elles-mêmes un forfait normatif de 6%. Elle prétend également que c'est à juste titre que l'autorité inférieure s'est fondée sur les données 2011 qui sont les données les plus récentes et reflètent mieux les coûts fixes. Elle avance que la différence entre les coûts afférents au périmètre d'activité restreint aux lits reconnus d'intérêt public et les coûts afférents à l'entier du périmètre d'activité de la réadaptation cardiovasculaire n'est que de 0.25 francs. S'agissant du benchmarking, elle estime que s'il est objectivement très difficile de comparer les cliniques de réadaptation entre elles, l'option retenue par l'autorité intimée, consistant à prendre un échantillon très large, paraît pertinente. A l'inverse, les recourantes, n'ayant choisi que les hôpitaux avec les tarifs les plus bas, ne peuvent pas, selon l'intimée, être suivies. De plus, elle prétend que les prestations fournies par les Cliniques Le Noirmont, Seewis et Gais ne lui sont pas comparables et que l'Hôpital Fribourgeois de Billens qui offre des prestations qui, selon elles, lui sont les plus proches, applique un tarif de 636 francs, supérieur à celui arrêté par le gouvernement cantonal. L'intimée rappelle par ailleurs que le TAF ne s'écarte pas sans nécessité de la décision de l'autorité inférieure et qu'en l'espèce celle-ci, sur la base des données pertinentes, a rendu une décision neutre qui se situe entre le tarif de 370 francs, proposé par les recourantes et de 502.45 francs défendus par elle-même.
L'intimée a produit les nouvelles pièces suivantes :
- l'extrait de la comptabilité analytique « Patients RIP en réadaptation cardiovasculaire du 1er janvier au 31 décembre 2012 » (annexe 101),
- l'extrait de la comptabilité analytique « Coût des patients RIP 2012 en réadaptation cardiovasculaire » (annexe 102), indiquant selon l'intimée le détail des postes de charge,
- l'extrait de la comptabilité analytique « Tous les patients en réadaptation cardiovasculaire du 1er janvier au 31 décembre 2011 » (annexe 104).
P. Par ordonnance du 4 décembre 2013, le TAF verse au dossier les réponses du 16 septembre 2013 de SwissDRG ainsi que trois annexes relatives à l'introduction du système des forfaits par cas SwissDRG (TAF pce 10).
Q. La Surveillance des prix, invitée en sa qualité d'autorité spécialisée par le TAF à prendre position, informe le 17 janvier 2014 qu'elle ne peut pas émettre un avis ayant déjà dû y renoncer devant l'autorité cantonale en raison de ses priorités. Cependant, elle explique d'une manière générale sa position concernant la détermination du niveau des tarifs (TAF pce 11).
Pour l'essentiel, le Surveillant des prix expose qu'il se base sur une approche en deux étapes : l'approche par les coûts qui détermine quels sont les coûts de l'établissement qui peuvent être pris en charge par l'assurance-maladie et l'approche par la comparaison qui permet de déterminer si le principe d'économicité est respecté. Quant à la déduction pour manque de transparence, il soutient qu'elle constitue une marge de sécurité destinée à garantir, dans la mesure du possible, que l'assurance-maladie ne couvre pas plus que 100% des coûts qui lui sont effectivement imputables en raison de données de mauvaise qualité et rappelle que cette déduction a été confirmée à plusieurs reprises par le TAF. En outre, il prétend que l'intégration des coûts d'investissement doit se faire sur la base des coûts effectifs et conformes aux prescriptions légales et que le forfait normatif de 10% ne s'applique pas en l'occurrence. Si la clinique n'est pas en mesure de présenter ses coûts d'investissement, le Surveillant des prix est d'avis qu'un calcul estimatif basé sur le Modèle de taxes hospitalières CTM pour les hôpitaux privés devrait être privilégié à une approche purement forfaitaire. Quant au benchmarking, il informe qu'il ne dispose pas assez de données pour le domaine de prestations de réadaptation, lui permettant de prendre position sur un niveau de référence.
R. Le TAF a également invité l'Office fédéral de la santé publique (ci-après : OFSP) à s'exprimer dans la présente procédure. Dans sa prise de position du 27 février 2014, celui-ci est d'avis que le recours doit être admis partiellement (TAF pce 13).
En substance, l'OFSP explique que la rémunération des prestations hospitalières doit être basée sur un calcul transparent. Concrètement, l'OFSP remarque que le supplément normatif pour investissement de 10% ne s'applique pas en l'espèce où un forfait journalier est litigieux. En outre, il estime que les pièces comptables jointes au dossier ne remplissent pas les exigences légales et que c'est à tort que le Conseil d'Etat n'a pas procédé à une déduction pour intransparence. Concernant l'examen du caractère économique du tarif, l'OFSP rappelle que la nouvelle réglementation du financement hospitalier vise à introduire des forfaits par cas liés aux prestations notamment afin d'améliorer la comparaison des prestations et d'inciter ainsi les fournisseurs de prestations à corriger les inefficiences et à optimiser les coûts. En l'occurrence, s'agissant de forfaits journaliers, l'OFSP remarque par ailleurs que les coûts calculés et les tarifs fixés dépendent de la lourdeur moyenne des cas des patients, élément dont il s'agit de tenir compte lors de la définition des paramètres à utiliser pour déterminer les hôpitaux à comparer. S'il n'est possible d'estimer qu'avec une certaine imprécision la lourdeur des cas des patients traités dans les institutions, l'OFSP est d'avis qu'il faut prévoir dans le benchmarking une marge de sécurité adéquate. D'après l'Office, les autorités compétentes pour la fixation des tarifs doivent traiter et examiner de manière approfondie la question du benchmarking, or en l'espèce, il ne ressort pas, selon lui, du dossier que cette condition a été pleinement respectée. Enfin, l'OFSP estime que dans le cas concret, la prise en compte, à titre exceptionnel, des données précédant l'année de l'application du tarif, soit en l'espèce les données de l'année 2011 au lieu de celles de 2010, n'est pas justifiée.
S. Dans sa prise de position du 8 avril 2014, le Chef du DSAS avance notamment qu'il n'y a pas lieu de s'écarter du supplément normatif de 10% fixé par le Conseil fédéral pour les rémunérations fondées sur des forfaits journaliers, la période transitoire étant également valable pour les soins de réadaptation. Quant au benchmarking, le Conseil d'Etat considère que la prise en compte d'une marge de sécurité ne se justifie pas en l'espèce, considérant que l'intimée est le seul établissement de réadaptation cardiovasculaire dans le canton de Vaud et que cet établissement prend dès lors en charge tous les cas, quelle que soit leur lourdeur. Les cliniques de réadaptation sélectionnées pour le benchmarking sont comparables à l'intimée en termes de lourdeur à la moyenne des cas. Par ailleurs, le Chef du DSAS confirme que des tarifs négociés entre la clinique et tarifsuisse pour les années 2013 et 2014 s'élèvent à 440 francs, respectivement à 450 francs pour 2014, très proches du tarif de 459 francs fixé par le Conseil d'Etat pour 2012 (TAF pce 17).
T. Par prise de position du 8 avril 2014, les recourantes confirment leurs conclusions et maintiennent pour l'essentiel leurs arguments (TAF pce 18).
Elles avancent notamment que la déduction pour intransparence de 6% avait été discutée avec l'intimée dans le cadre des négociations et que néanmoins, celle-ci n'a procédé à aucun ajustement de ses données. S'agissant des coûts des investissements, les recourantes avancent que le tarif 2011 négocié avec l'intimée comprenait déjà les investissements dès lors que la clinique n'a pas été subventionnée par le canton et que pour 2012 elles ont de nouveau cherché à les négocier sur la base des coûts effectifs mais que la clinique, dans le cadre des négociations, n'a présenté que des coûts d'investissements de l'ordre de 0.5%, tout en précisant que ceux-ci n'étaient pas complets. Selon les recourantes, la méthode de benchmarking appliquée par le canton est trop généreuse et la comparaison avec l'Hôpital Fribourgeois de Billens arbitraire, ne garantissant pas un tarif économique au sens de la loi. La comparaison avec les établissements fournissant une prestation comparable à un prix clairement plus bas tel que préconisé par le Surveillant des prix reste adéquate et pertinente. En l'espèce, il existe une marge importante entre le tarif défendu par les recourantes (386.- selon la nouvelle définition OFS, soit 370 francs selon l'ancienne définition) et les tarifs les plus bas de comparaison auxquels elles se réfèrent (Clinique Seewis 345 francs et Clinique Gais 355 francs, selon l'ancienne définition OFS). Par ailleurs, la présente affaire ne concernant pas la fixation d'un tarif à la prestation pour des soins aigus, les recourantes s'opposent au versement au dossier les réponses SwissDRG ainsi que de leur annexes (TAF pce 18).
U. Dans sa prise de position du 11 avril 2014, l'intimée avance qu'elle ne voit pas, selon les règles du droit, de l'équité et de la bonne foi ce qui justifierai pour 2012 un tarif de 386 francs alors que pour 2013 un tarif de 440 francs et pour 2014 un tarif de 450 francs a été convenu entre les parties. Afin de pouvoir établir les éléments qui ont amené tarifsuisse à accepter les tarifs 2013 et 2014, elle requiert, à titre de mesure d'instruction complémentaire la production par tarifsuisse de tout document, décision, accord, rapport et analyse concernant la fixation des tarifs 2013 et 2014, notamment en ce qui concerne la déduction pour intransparence, les investissements et le périmètre d'activité et la méthode de benchmarking (TAF pce 21).
V. Sur invitation du Tribunal, le Service de la santé publique du canton de Vaud transmet le 15 juillet 2014 au Tribunal les pièces manquantes de son dossier (TAF pces 23 et 25).
W. Le 7 octobre 2015, les recourantes viennent aux nouvelles dans leur dossier (TARF pce 27)
X. Par correspondance du 18 janvier 2016, CSS Assurance-maladie SA informe le TAF qu'elle-même ainsi que INTRAS Assurance-maladie SA, Arcosana SA et Sanagate SA ne sont plus représentées par tarifsuisse sa suite à la résiliation de leur convention et que toute correspondance pour elle-même et les assureurs précités devra être adressée à la CSS Assurance-maladie (TAF pce 29).
Droit :
1.
1.1 En vertu de l'art. 31 de la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal de céans connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises au vu de l'art. 33 let. i LTAF par les autorités cantonales dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours auprès de lui. Aux termes des art. 53 al. 1 et 90a al. 2 de la loi fédérale sur l'assurance maladie (LAMal, RS 832.10), les décisions prises par les gouvernements cantonaux portant sur la fixation d'une valeur tarifaire lorsqu'aucune convention n'a pu être conclue entre les fournisseurs de prestation et les assureurs (cf. art. 47 al. 1 LAMal) peuvent faire l'objet d'un recours au TAF.
En l'occurrence, le Conseil d'Etat du canton de Vaud a fixé par l'arrêté contesté le tarif LAMal applicable en 2012 pour la réadaptation cardio-vasculaire de l'intimée, les négociations tarifaires entre les partenaires ayant été infructueuses (cf. Recours pce 9). Il s'agit donc d'une décision (cf. aussi TAF C-3705/2013 du 3 décembre 2013) au sens de l'art. 5 PA et de l'art. 47 al. 1 LAMal. Aucune des exceptions prévues par l'article 32 LTAF n'est réalisée. Le TAF est dès lors compétent pour examiner le présent recours.
1.2 Au regard de l'art. 37 LTAF et de l'art. 53 al. 2 LAMal, la procédure devant le TAF est principalement régie par la PA.
1.3 Les assurances recourantes à qui l'arrêté attaqué a été adressé et qui ont pris part à la procédure devant le Conseil d'Etat vaudois, sont spécialement atteintes par l'arrêté et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il est par ailleurs de notoriété publique qu'elles sont représentées dans la négociation et les procédures tarifaires par tarifsuisse sa (cf. art. 11 PA ; cf. également art. 2 des statuts de tarifsuisse sa dans sa version approuvée à la séance du Conseil d'administration du 13 octobre 2011, consulté sur internet) qui est elle-même, dans le cadre de la présente procédure, dûment représentée par les mandataires (cf. Convention de mandat et de procuration du 30 avril 2013 [TAF pce 1 annexe 1 et TAF pce 3 annexe]; cf. également le règlement des signatures du 8 avril 2011 [TAF pce 3 annexe]). Depuis 2016, les recourantes 1, 38, 43 et 45 se représentent elles-mêmes (TAF pce 29). En conséquence, les recourantes ont la qualité pour recourir dans la présente procédure au sens de l'art. 48 al. 1 PA.
1.4 Aux termes de l'art. 50 al. 1 PA, le délai de recours devant le TAF est de 30 jours suivant la notification de la décision.
L'arrêté attaqué du 20 mars 2013 qui a été publié le mardi 2 avril 2013 dans la feuille des avis officiels du canton de Vaud (FAO) stipule dans son art. 3 al. 1 qu'il peut faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral dans un délai de 30 jours à compter de sa publication. Toutefois, selon le jurisprudence du Tribunal fédéral, la publication officielle dans la feuille cantonale ne saurait faire courir un nouveau délai de recours à l'égard d'une partie à la procédure à laquelle la décision a été notifiée auparavant (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1C_578/2010 du 20 décembre 2011 consid. 2.3.1).
En l'occurrence, l'arrêté litigieux a été adressé aux recourantes par courrier du jeudi 28 mars 2013 (cf. Recours annexe 17), avant le Vendredi Saint, et publié dans la FAO cantonale le mardi 2 avril 2013, après le week-end de Pâques. En conséquence, le recours a été déposé le 2 mai 2013 en temps utile.
1.5 Les exigences de l'art. 52 PA concernant la forme et le contenu du mémoire du recours sont observées et les recourantes se sont acquittées en temps utile de l'avance de frais de procédure (cf. art. 63 al. 4 PA ; TAF pces 4 à 6).
Partant, leur recours est formellement recevable et le Tribunal entre en matière sur le fond.
2. La Clinique la Lignière, spécialement atteinte par l'arrêté contesté, est intimée dans la présente procédure avec qualité de partie (cf. art. 6 et 48 PA; arrêt du Tribunal fédéral A-692/2008 du 7 avril 2008 consid. 2; arrêt du TAF C-2380/2012 du 17 septembre 2015 consid. 1.3; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2011, chiffre 1487 ss; Isabelle Häner, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG), 2008, art. 38 n° 6 ss). Par ailleurs, l'intimée est valablement représentée (cf. art. 11 PA; procuration du 13 juin 2013 [TAF pce 8 annexe]; extrait du registre du commerce consulté sur internet le 23 janvier 2014).
3. Le TAF examine librement et d'office les questions de droit qui se posent, sans être lié par les motifs invoqués par les recourantes à l'appui du recours (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée par l'autorité inférieure (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, Volume II, Les actes administratifs, 3ème édition 2011, p. 300 s.; Jérôme Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale, La procédure devant les autorités administratives fédérales et le Tribunal administratif fédéral, 2013, n° 176 et 186 pp. 105 et 110).
4. Selon les principes généraux en matière de droit intertemporel, sont en principe pertinentes les règles applicables en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui entraîne des conséquences juridiques (à la place de plusieurs : ATF 139 V 297 consid. 2.1). Par conséquent, la valeur du point 2012 fixée par le Conseil d'Etat s'examine sur la base des règles en vigueur au cours de l'année 2012.
5.
5.1 Les recourantes peuvent invoquer devant le Tribunal de céans la violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ainsi que l'inopportunité (art. 49 PA). L'exception de l'art. 53 al. 2 let. e LAMal ne s'applique pas lorsque le gouvernement cantonal fixe le tarif en vertu de l'art. 47 al. 1 LAMal. Le TAF bénéficie dès lors du plein pouvoir d'examen.
5.2 Selon la jurisprudence, l'autorité de recours bénéficiant à l'instar du TAF du plein pouvoir d'examen respecte le champ d'appréciation de l'autorité inférieure. Elle doit corriger une décision inappropriée, cependant elle ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'autorité intimée et elle ne se prononce pas sur l'existence d'autres solutions (ATF 133 II 35 consid. 3, 126 V 75 consid. 6). Notamment, le tribunal fait preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque il s'agit d'interpréter des notions juridiques indéterminées ou lorsqu'il s'agit d'apprécier un état de fait nécessitant des connaissances techniques, scientifiques ou économiques spéciales (ATF 139 II 185 consid. 9.3, 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3, 128 V 159 consid. 3b/cc) que lui-même n'a pas. Dans ces situations, l'autorité de recours ne s'éloigne en principe pas des conclusions de l'autorité intimée bénéficiant des connaissances spécialisées (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3, 128 V 159 consid. 6; ATAF 2010/25 consid. 2.4.1 avec références) pour autant que l'instance précédente a examiné les points déterminants de la décision et a effectué un examen minutieux et complet des faits à établir (ATF 139 II 185 consid. 9.3, 138 II 77 consid. 6.4).
6.
6.1 En l'occurrence, les recourantes se plaignent initialement d'une violation de leur droit d'être entendu qui en tant que grief de nature formelle doit être examiné en premier lieu (ATF 138 I 232 consid. 5.1; arrêt du Tribunal fédéral 9C_692/2016 du 30 janvier 2017 consid. 4.1). Les recourantes reprochent au Conseil d'Etat de ne pas avoir motivé sa décision, soutenant que celui-ci n'explique nulle part en quoi et pour quels motifs les exigences de la LAMal et en particulier de l'art. 59c de l'Ordonnance sur l'assurance-maladie (OAMal, RS 832.102) étaient respectées.
6.2 Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale (Cst., RS 101), est une règle primordiale de procédure, entraînant en principe l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (ATF 132 V 387 consid. 5.1). En l'occurrence, toutefois, les recourantes prient le TAF de fixer le tarif sur la base du dossier, la cause étant selon elles en état d'être jugée.
6.3 Le droit d'être entendu comprend notamment le droit d'obtenir une décision motivée (cf. art. 35 al. 1 PA) ce qui implique que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que la partie puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 126 I 97 consid. 2b, 124 V 180 consid. 1a et 123 I 31 consid. 2c; ATAF 2012/24 consid. 3.2.1). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les fait, moyens de preuves et griefs invoqués des parties et qu'elle peut se limiter à ceux qui peuvent être tenus comme pertinents (ATF 126 I 97 consid. 2b, 121 I 54 consid. 2c; ATAF 2010/35 consid. 4.1.2),
6.4 Dans le cas concret, force est de constater que le Conseil d'Etat vaudois a suffisamment motivé son arrêté attaqué. En effet dans son courrier du 28 mars 2013 le Chef du DSAS a brièvement décrit les dispositions légales déterminantes et les faits. De plus, il a expliqué d'une manière compréhensible son calcul du tarif, en exposant les données sur lesquelles il s'est fondé, les différentes corrections opérées et le benchmarking pratiquée. De surcroît, il a annexé à son courrier la comptabilité analytique de l'intimée à la base de son calcul du tarif ainsi que son benchmarking (Recours pce 17 et annexes). Contrairement à ce que soutiennent les recourantes, il n'avait pas l'obligation d'expliquer expressément pourquoi il estimait que selon lui les exigences légales étaient respectées. Dès lors, il n'y a pas eu violation du droit d'être entendu des recourantes et leur grief est mal fondé.
7. Sur le fond est litigieuse la question de savoir si le Conseil d'Etat du canton de Vaud a correctement fixé le tarif applicable en 2012 pour la réadaptation cardio-vasculaire de la Clinique la Lignière à 459 francs par jour selon la nouvelle définition des journées d'hospitalisation de l'OFS. Les recourantes prétendent que ce tarif fixé ne respecte pas les dispositions légales et réclament un tarif journalier de 370 francs selon l'ancienne définition de l'Office fédéral de la statistique (OFS), respectivement de 386 francs selon la nouvelle définition de l'OFS.
A toutes fins utiles, il est précisé que selon la nouvelle définition des journées d'hospitalisation de l'OFS le jour de l'admission ainsi que tous les autres jours du séjour en établissement sont compris, sans les jours de sortie et de transfert, ni les jours de congé complets (cf. l'arrêté attaqué [TAF pce 1 annexe 3]), alors que l'ancienne définition tenait compte des jours d'admission et de sortie (cf. Statistique Vaud, Numerus courrier statistique du 4 septembre 2013 p. 3).
8. Afin d'examiner la fixation du tarif contesté par le gouvernement cantonal, il sied d'exposer dans ses grandes lignes le système légal (art. 35 ss LAMal) du financement hospitalier déterminant en l'espèce en 2012 (cf. consid. 4 ci-dessus).
8.1 En vertu de l'art. 24 LAMal, l'assurance-maladie obligatoire des soins prend en charge les coûts des prestations définies aux art. 25 à 31 LAMal, dont notamment les mesures de réadaptation effectuées ou prescrites par un médecin (art. 25 al. 2 let. d LAMal) ainsi que le séjour à l'hôpital correspondant au standard de la division commune (art. 25 al. 2 let. e LAMal).
La LAMal ne définit pas la notion de mesures de réadaptation. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, les mesures de réadaptation ont trait aux suites de maladies. La réadaptation a pour but, à l'aide de moyens médicaux, de rétablir les fonctions perdues ou d'améliorer des fonctions diminuées suite à la maladie ou son traitement. Pour les patients souffrant d'une maladie chronique ces mesures visent notamment le maintien et au mieux l'amélioration des fonctions résiduelles (ATF 126 V 323 consid. 2c et références).
8.2 Aux termes de l'art. 35 al. 1 LAMal sont admis à pratiquer à charge de l'assurance obligatoire des soins les fournisseurs de prestations qui remplissent les conditions des art. 36 à 40 (LAMal), dont notamment les hôpitaux (art. 35 al. 2 let. h LAMal).
L'art. 39 al. 1 LAMal définit les critères de qualité. Selon l'art. 39 al. 1 LAMal, les établissements et celles de leurs divisions qui servent au traitement hospitalier de maladies aiguës ou à l'exécution, en milieu hospitalier, de mesures médicales de réadaptation (hôpitaux) sont admis à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins lorsqu'ils garantissent une assistance médicale suffisante (let. a), disposent du personnel qualifié nécessaire (let. b), disposent d'équipements médicaux adéquats et garantissent la fourniture adéquate des médicaments (let. c), correspondent à la planification établie par un canton ou, conjointement, par plusieurs cantons afin de couvrir les besoins en soins hospitaliers, les organismes privés devant être pris en considération de manière adéquate (let. d; condition de la couverture des besoins en soins et condition de coordination) et figurent sur la liste cantonale fixant les catégories d'hôpitaux en fonction de leurs mandats (let. e; conditions de publicité et de transparence; ATF 126 V 172 consid. 2b et références). L'art. 39 al. 2 LAMal impose aux cantons de coordonner leurs planifications.
8.3 L'art. 43 al. 1 LAMal pose le principe que les fournisseurs de prestations établissent leurs factures sur la base de tarifs ou de prix. Au vu de l'art. 43 al. 2 LAMal, le tarif est une base de calcul de la rémunération ; la loi prévoit notamment un tarif au temps consacré (let. a), un tarif à la prestation (let. b) et un tarif forfaitaire (let. c).
8.4
8.4.1 Selon l'art. 43 al. 4 LAMal, les tarifs et les prix sont fixés par convention entre les assureurs et les fournisseurs de prestations (conventions tarifaire) ou, dans les cas prévus par la loi, par l'autorité compétente. Ceux-ci veillent à ce que les conventions tarifaires soient fixées d'après les règles applicables en économie d'entreprise et structurées de manière appropriée. En outre, au regard de l'art. 43 al. 6 LAMal, les parties à la convention et les autorités compétentes veillent à ce que les soins soient appropriés et leur qualité de haut niveau, tout en étant le plus avantageux possible (ATF 131 V 133 consid. 4). À la teneur de l'art. 46 al. 4 LAMal, la convention tarifaire doit être approuvée par le gouvernement cantonal compétent ou, si sa validité s'étend à toute la Suisse, par le Conseil fédéral. L'autorité d'approbation vérifie que la convention est conforme à la loi et à l'équité et qu'elle satisfait au principe de l'économie.
8.4.2 Selon l'art. 43 al. 7 LAMal, le Conseil fédéral peut établir des principes visant à ce que les tarifs soient fixés d'après les règles d'une saine gestion économique et structurés de manière appropriée. Il a alors édicté l'art. 59c OAMal, en vigueur depuis le 1er août 2007 (RO 2007 3573). Selon son al. 1 l'autorité d'approbation au sens de l'art. 46 al. 4 LAMal vérifie que la convention tarifaire respecte notamment que le tarif couvre au plus les coûts de la prestation justifiés de manière transparente ainsi que les coûts nécessaires à la fourniture efficiente des prestations (al. 1 lit. a et b). Cas échéant, aux termes de l'art. 59c al. 1 let. c OAMal, elle vérifie en outre qu'un changement de modèle tarifaire ne doit pas entraîner de coûts supplémentaires (principe de la neutralité des coûts). Selon l'art. 59c al. 3 OAMal, ces principes sont applicables par analogie lorsque l'autorité compétente fixe les tarifs notamment en vertu de l'art. 47 LAMal.
8.4.3 Conformément à l'art. 47 al. 1 LAMal, si aucune convention tarifaire n'a pu être conclue entre les fournisseurs de prestations et les assureurs, le gouvernement cantonal fixe le tarif, après avoir consulté les intéressés. Dans ces cas, le gouvernement cantonal doit s'assurer que le tarif fixé soit conforme à la loi et à l'équité et à ce qu'il satisfasse au principe de l'économie au sens de l'art. 46 al. 4 LAMal (ATAF 2010/25 consid. 7, 2010/24 consid. 4.3 et références).
8.4.4 En vertu de l'art. 14 al. 1 et 2 de la loi fédérale concernant la surveillance des prix (LSPr, RS 942.20), le gouvernement qui décide ou approuve un tarif doit également consulter la Surveillance des prix et s'expliquer dans sa décision s'il s'écarte de l'avis de celle-ci.
8.5
8.5.1 L'art. 49 LAMal expose les modalités particulières pour l'adoption des conventions tarifaires avec les hôpitaux et les maisons de naissance.
Selon l'art. 49 al. 1 LAMal, les parties à une convention conviennent de forfaits pour rémunérer le traitement hospitalier, y compris le séjour et les soins. En règle générale, il s'agit de forfaits par cas. Les forfaits sont liés aux prestations et se basent sur des structures uniformes pour l'ensemble de la Suisse. Les partenaires à une convention peuvent convenir que des prestations diagnostiques ou thérapeutiques ne sont pas comprises dans le forfait mais facturées séparément. Les tarifs hospitaliers sont déterminés en fonction de la rémunération des hôpitaux qui fournissent la prestation tarifiée obligatoirement assurée, dans la qualité nécessaire, de manière efficiente et avantageuse. Aux termes de l'art. 59d al. 4 OAMal, portant sur les forfaits liés aux prestations, le lien à établir avec la prestation au sens de l'art. 49 al. 1 LAMal, doit permettre une différenciation du tarif selon la nature et l'intensité de la prestation.
Conformément à l'art. 49 al. 3 LAMal, les rémunérations au sens de l'al. 1 cité ne comprennent pas les parts que représentent les coûts des prestations d'intérêt général. Ces prestations comprennent en particulier le maintien des capacités hospitalières pour des raisons de politique régionale (cf. let. a) et la recherche et la formation universitaire (cf. let. b).
Aux termes de l'art. 49 al. 4 LAMal, en cas d'hospitalisation, la rémunération s'effectue conformément au tarif applicable à l'hôpital au sens de art. 49 al. 1 LAMal, tant que le patient a besoin, selon l'indication médicale, d'un traitement ou de soins ou d'une réadaptation médicale en milieu hospitalier. Si cette condition n'est plus remplie, le tarif selon l'art. 50 est applicable qui traite de la prise en charge des coûts dans les établissements médico-sociaux.
Au regard de l'art. 49 al. 5 LAMal, les rémunérations au sens de l'art. 49 al. 1 et 4 LAMal épuisent toutes les prétentions de l'hôpital quant aux prestations prévues par la loi. Cette disposition est en accord avec la protection tarifaire prévue dans l'art. 44 LAMal dont l'al. 1 stipule que les fournisseurs de prestations doivent respecter les tarifs et les prix fixés par convention ou par l'autorité compétente et qu'ils ne peuvent exiger de rémunération plus élevée pour des prestations fournies en application de la présente loi (ATF 141 V 206 consid. 2.1.2).
Au sens de l'art. 49 al. 7 LAMal, les hôpitaux doivent disposer d'instruments de gestion adéquats ; ils doivent en particulier, selon une méthode uniforme, tenir une comptabilité analytique ainsi qu'une statistique de leurs prestations pour calculer leurs coûts d'exploitation et d'investissements et classer leurs prestations. Ces instruments doivent comprendre toutes les données nécessaires pour juger du caractère économique, pour procéder à des comparaisons entre hôpitaux et pour établir la tarification ainsi que la planification hospitalière. Les gouvernements cantonaux et les partenaires tarifaires peuvent consulter les pièces.
8.5.2 En vertu de l'art. 49a al. 1 LAMal, les rémunérations au sens de l'art. 49 al. 1 LAMal sont prises en charge par le canton et les assureurs, selon leur part respective. Au vu de l'al. 2 de la disposition, le canton fixe pour chaque année civile, au plus tard neuf mois avant le début de l'année civile, la part cantonale pour les habitants du canton. Celle-ci se monte à 55% au moins ; toutefois, avant le 1er janvier 2017, l'al. 5 des dispositions transitoires de la modification du 21 décembre 2007 (Financement hospitalier) est réservé.
8.6
8.6.1 L'ordonnance sur le calcul des coûts et le classement des prestations par les hôpitaux, les maisons de naissance et les établissements médico-sociaux dans l'assurance-maladie (OCP, RS 832.104) règle au vu de son art. 1 al. 1 le calcul uniforme des coûts et le classement uniforme des prestations dans les hôpitaux et les établissements médico-sociaux.
Selon l'art. 2 al. 1 OCP qui fixe les objectifs, le calcul des coûts et le classement des prestations doivent être effectués de façon à fournir les bases permettant notamment de déterminer les prestations et les coûts de l'assurance obligatoire des soins, en relation avec les traitements hospitaliers à l'hôpital et dans les maisons de naissance (let. b) et d'exclure les prestations d'intérêt général selon l'art. 49 al. 3 LAMal et leurs coûts (let. g). En vertu de l'art. 2 al. 2 OCP, la distinction et la détermination des coûts et prestations susmentionnées doivent permettre notamment de procéder à des comparaisons entre institutions aux niveaux régional, cantonal et supracantonal afin d'analyser les coûts et les prestations (let. b), de calculer des tarifs (let. c) et d'apprécier le caractère économique et équitable de la fourniture de prestations (let. f).
Eu égard à ce qui précède, la formation du tarif hospitalier est gouvernée par le principe de la transparence. L'exactitude des bases nécessaires pour la détermination du tarif doit pouvoir être contrôlée grâce à la transparence des coûts et des prestations ainsi que de leur calcul et de leur classement. De plus, le calcul transparent des coûts facilite la comparaison des données et notamment la comparaison de l'économicité des hôpitaux. L'OCP poursuit ainsi l'objectif de l'art. 49 al. 7 LAMal cité, en assurant une transparence des données, indispensables aux négociations tarifaires (cf. Commentaire de l'OFSP concernant l'OCP, Modifications du 1er janvier 2009 [ci-après : Commentaire de la révision de l'OCT 2009], pp. 2 et 5).
8.6.2 L'art. 3 OCP définit le traitement hospitalier et l'art. 8 al. 1 OCP les investissements.
8.6.3 Le calcul des coûts et le classement des prestations sont régis dans la section 3 de l'OCP, soit dans les art. 9 à 11 OCP.
Eu égard à l'art. 9 al. 1 OCP, les hôpitaux, les maisons de naissance et les établissements médico-sociaux doivent tenir une comptabilité analytique dans laquelle les coûts sont justifiés de manière appropriée selon le lieu où la prestation est fournie et par rapport à la prestation. Au vu de l'al. 2 de la disposition, la comptabilité analytique doit comprendre en particulier les charges par nature, les centres de coûts, les unités finales d'imputation et le classement des prestations. Selon l'al. 3, elle doit permettre une justification appropriée des coûts des prestations. Les coûts doivent être imputés aux prestations dans une forme adéquate. Aux termes de l'al. 6, le Département fédéral de l'intérieur peut édicter des dispositions plus détaillées pour la mise ne place de la comptabilité analytique du point de vue technique. Il consulte à ce sujet les cantons, les fournisseurs de prestations et les assureurs.
Aux termes de l'art. 10 al. 1 OCP les hôpitaux et les maisons de naissance doivent tenir une comptabilité financière. Selon l'al. 2, les hôpitaux doivent calculer les coûts des centres de coûts en suivant la nomenclature de la statistique des hôpitaux établie selon l'annexe à l'ordonnance du 30 juin 1993 sur les relevés statistiques (RS 431.012.1). Au regard de l'al. 3, les hôpitaux et les maisons de naissance doivent tenir une comptabilité des salaires. Conformément à l'al. 4, la tenue d'une comptabilité des coûts et des prestations est obligatoire. Au vu de l'al. 5, 1ère phrase, pour le calcul des coûts d'utilisation des immobilisations, les hôpitaux et les maisons de naissance doivent tenir une comptabilité des immobilisations.
L'art. 10a OCP contient d'autres prescriptions sur la comptabilité des immobilisations. Par ailleurs, il sied d'observer les dispositions finales de la modification du 22 octobre 2008 concernant les investissements effectués avant le passage à la rémunération des hôpitaux au moyen de forfaits liés aux prestations (cf. aussi les consid. 13.3.4 ci-dessous).
8.6.4 A la teneur de l'art. 15 OCP, les hôpitaux et les établissements médico-sociaux doivent tenir à disposition, pour consultation, les pièces d'une année, dès le 1er mai de l'année suivante. Sont légitimés à les consulter les autorités de la Confédération compétentes en la matière ainsi que les partenaires tarifaires.
8.7 Conformément à la maxime inquisitoire qui domine la procédure administrative et selon laquelle les autorités établissent d'office les faits pertinents, il appartient au gouvernement cantonal de rechercher et de requérir les informations déterminantes propre à permettre un contrôle adéquat du tarif à adopter. A cette fin, l'art. 49 al. 7 LAMal cité stipule que les gouvernements cantonaux et les partenaires tarifaires peuvent consulter les pièces ; selon l'art. 9 al. 5 OCP, la comptabilité analytique doit être établie pour chaque année civile et être mise à disposition à partir du 30 avril de l'année suivante et au vu de l'art. 15 OCP, les pièces d'une année doivent être à disposition dès le 1er mai de l'année suivante. En particulier, le gouvernement cantonal ne peut pas rester passif et attendre à ce que les parties lui fournissent les documents de leur propre chef et se contenter de se baser sur ces derniers. Si une partie refuse à tort sa collaboration, le gouvernement doit la sommer en lui impartissant un délai convenable (cf. ATAF 2014/3 consid. 3.6.3; arrêt du TAF C-1632/2013 du 5 mai 2015 consid. 11.9). Faute de procéder à une administration d'office des preuves ou en cas d'administration défaillante, le gouvernement cantonal viole son devoir d'examen et se heurte au grief de la constatation incomplète ou inexacte de faits pertinents qui constitue un motif de recours (cf. Jérôme Candrian, op. cit., ch. 58 s. pp. 42 s).
9.
9.1 Les nouvelles dispositions sur le financement hospitalier (modifications du 21 décembre 2007) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2009. Selon l'al. 1 des dispositions transitoires topiques, l'introduction des forfaits liés aux prestations au sens de l'art. 49 al. 1 LAMal ainsi que l'application des règles de financement selon l'art. 49a LAMal, y compris l'inclusion des coûts d'investissement, doivent être terminées au plus tard le 31 décembre 2011. Alors que dans le domaine des soins aigus le changement du système est intervenu au 1er janvier 2012 avec l'introduction du système tarifaire SwissDRG, l'entrée en vigueur du système tarifaire pour la réadaptation stationnaire (ST Reha) n'est prévue que pour 2018. Il mettra en place un système de rémunération fondé sur des forfaits liés aux prestations uniforme pour toute la Suisse. La rémunération des prestations attribuées à l'un des quatre domaines de la réadaptation hospitalière (réadaptation neurologique, cardiovasculaire, pulmonaire et autre) dépendra principalement du degré de gravité de la limitation fonctionnelle du patient.
9.2 Dans le cas concret, le Conseil d'Etat vaudois a fixé, à juste titre, le tarif sous forme de forfait journalier. En effet, le TAF a relevé que dans le domaine de la réadaptation - ainsi que dans le domaine de la psychiatrie stationnaire (cf. arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 8.3) - le système tarifaire prévoyant des tarifs journaliers reste valable, l'art. 49 al. 1, 2ème phrase LAMal stipulant que « en règle générale il s'agit de forfaits par cas » ce qui signifie, eu égard au sens littéral de la disposition, que l'introduction des forfaits par cas n'est pas impérative et que la détermination des tarifs par journée n'est pas exclue en dehors du domaine des soins aigus (ATAF 2015/39 consid. 9.3 et références).
9.3 Le Tribunal de céans a remarqué que lorsqu'il s'agit - comme en l'occurrence - de déterminer un tarif dans le domaine de la réadaptation stationnaire, les principes jurisprudentiels établis dans ses arrêts de principe C-1698/2013 du 7 avril 2014 (ATAF 2014/3) et C-2283/2013 du 11 septembre 2014 (ATAF 2014/36) concernant la fixation des forfaits par cas dans le cadre de la structure tarifaire SwissDRG compte tenu d'une valeur de base par cas (baserate) ne s'appliquent que restrictivement, notamment en ce qui concerne le mécanisme de la formation des prix par le benchmarking qui consiste en une comparaison entre les hôpitaux des coûts par cas pondérés selon leurs gravités (valeurs de base déterminantes pour le benchmarking ; cf. ATAF 2014/3 consid. 2.8.4.4; cf. aussi ATAF 2014/3 p. 90 pour une présentation schématique des termes [en allemand] et du processus). En effet, dans le domaine de la réadaptation il n'est pas encore possible de former des prix selon une valeur de référence au sens de l'art. 49 al. 1, 5ème phrase LAMal en tenant compte d'un benchmarking des coûts par cas pondérés, contrairement au domaine des soins aigus, une méthode permettant de représenter d'une manière appropriée les prestations selon leurs degrés de gravités différentes n'existant pas encore (ATAF 2015/39 consid. 9.2, 2010/25 consid. 10.2.2; cf. s'agissant de la fixation du tarif pour la psychiatrie stationnaire : arrêts du TAF C-3133/2013 du 24 août 2015 consid. 8.2 et C-1632/2013 cité consid. 17.7; cf. aussi consid. 17.3.1 ci-dessous).
9.4 Nonobstant, le Tribunal a retenu que le nouvel art. 49 LAMal ainsi que les nouvelles règles de financement hospitalières aux termes de l'art. 49a LAMal selon lesquels le tarif doit couvrir 100% des coûts des prestations de l'assurance maladie obligatoire des soins (cf. art. 49 al. 5 LAMal) - les coûts d'utilisation des immobilisations inclus - sont déterminants dans le domaine de la réadaptation (cf. arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 8.1 et 8.2 pour le domaine de la psychiatrie).
9.5 Le TAF a considéré que dans la mesure où dans le domaine de la réadaptation il n'existe pas encore un système tarifaire uniforme pour l'ensemble de la Suisse au sens de l'art. 49 al. 1, 2ème phrase LAMal et que la formation du prix par le biais d'une valeur de référence n'est pas possible, il est acceptable que le tarif se fonde en premier lieu sur les coûts d'exploitation de l'hôpital concerné. Toutefois, les coûts doivent alors être soumis à un examen rigoureux. En particulier, il sied de s'assurer que les coûts qui ne sont pas déterminants pour la fixation du tarif sont retranchés et que les coûts déterminants correspondent à une fourniture efficiente de prestations. En outre, eu égard à l'art. 49 al. 1, 5ème phrase LAMal, le tarif doit se déterminer en fonction de la rémunération des hôpitaux qui fournissent la prestation tarifée obligatoirement assurée dans la qualité nécessaire, de manière efficiente et avantageuse. Partant, dans un deuxième temps, le tarif doit être soumis à l'examen de l'économicité en le comparant aux tarifs des autres hôpitaux, déterminés d'une manière individuelle (ATAF 2015/39 consid. 9.4 et références; cf. pour plus de détails consid. 17.3.2 ci-dessous).
Ainsi, de règle générale, le TAF examine en premier lieu la pertinence des données utilisées pour la fixation du tarif (cf. consid. 12 ci-dessous). Ensuite, il sied de se prononcer sur le bien-fondé des coûts d'exploitation retenus par le gouvernement cantonal au sens de l'art. 49 LAMal et des dispositions de l'OCP (cf. consid. 13 s'agissant des coûts d'utilisation des immobilisations, consid. 14 s'agissant des coûts pour les prestations d'intérêt général). Enfin, se pose la question de savoir si l'examen de l'économicité effectué par le Conseil d'Etat répond aux exigences légales (consid. 17 ; cf. ATAF 2015/39 consid. 9.5).
10.
10.1 En l'occurrence, à titre initial, le TAF note qu'au moment de la fixation du tarif par le Conseil d'Etat il était incontesté entre les parties que leur négociation tarifaire n'avait pas abouti pour 2012 (cf. notamment courrier de la clinique du 6 décembre 2011, courriel du 21 décembre 2011 de tarifsuisse et courrier du 27 mars 2012 du Chef du DSAS [Recours pces 9, 10 et 14]). Dès lors, en vertu de l'art. 47 al. 1 LAMal, il appartenait au Conseil d'Etat du canton de Vaud de fixer le tarif 2012.
En outre, conformément à l'art. 14 al. 1 et 2 LSPr cité, le Conseil d'Etat a préalablement consulté l'avis de la Surveillance des prix qui a cependant renoncé à prendre position (TAF pce 2 annexe 2). De plus, à plusieurs reprises, le gouvernement cantonal a également invité les parties à prendre position (Recours pces 13, 14 et TAF pce 25 annexe 4) et ainsi respecté l'art. 47 al. 1 LAMal.
Par conséquent, d'un point de vue formel, la fixation tarifaire par l'arrêté du 20 mars 2013 contesté remplit les conditions légales.
10.2 La fixation du tarif dans le domaine de la réadaptation n'étant pas encore régie par un système tarifaire uniforme, le TAF ne tiendra pas compte de la réponse du 16 septembre 2013 de SwissDRG et de ses trois annexes relatives à l'introduction du système des forfaits par cas qu'il a versées dans le dossier suite à l'ordonnance du 4 décembre 2013 (TAF pce 10).
11. L'autorité inférieure s'est basée pour déterminer le tarif 2012 sur la comptabilité analytique datée du 21 mai 2012 « Patient RIP (lits reconnus d'intérêt public) en réadaptation cardiovasculaire du 01/01/2011 au 31/12/2011 » présentée par la Clinique sous forme KORE, c'est-à-dire par centre de charges (TAF pce 1 annexe 17.2). Il en ressort des coûts d'exploitation de 420.63 francs selon l'ancienne définition de l'OFS. Il est mentionné sur le tableau soumis que les montants indiqués n'intègrent pas les forfaits d'investissement et ne tiennent pas compte des coûts engendrés par l'introduction de la Loi cantonale sur la planification et le financement des établissements sanitaires d'intérêts publics (LPFES, RS cantonal 810.01). Le Conseil d'Etat a alors déduit de ces coûts d'exploitation le montant de 14.32 francs pour les amortissements, correspondant à 3.4%. Il a ensuite ajouté aux coûts d'exploitation de 406.31 francs par journée un forfait pour investissements de 10%, soit 40.63 francs. Il en résulte des coûts d'exploitation par journée de 446.94 francs selon l'ancienne définition de l'OFS, respectivement 466.25 francs selon la nouvelle définition. Pour rappel, le canton a ensuite fixé le prix contesté à 459 francs par jour et patient selon la nouvelle définition de l'OFS.
12. La pertinence des données utilisées pour la fixation du tarif contesté est litigieuse entre les parties.
12.1
12.1.1 Les recourantes critiquent que l'autorité inférieure a pris pour la fixation du tarif les données des 4 lits reconnus d'intérêt public (RIP), subventionnés, alors qu'il convient selon elles de prendre en compte les coûts des 31 lits, couvrant l'entier de l'activité de la réadaptation cardiovasculaire de l'intimée, le prix devant être fondé sur l'entier des coûts constatés de ladite activité.
Le gouvernement cantonal et l'intimée prétendent que la différence de coûts n'est pas importante ; à cette fin, l'intimée produit dans la présente procédure le nouveau tableau « Tous patients en réadaptation cardiovasculaire du 1er janvier au 31 décembre 2011 » (TAF pce 8 annexe 104).
12.1.2 La question peut rester ouverte pour les raisons ci-après. Le TAF rappelle cependant que le principe selon lequel le tarif doit être fixé sur la base des coûts d'exploitation justifiés des prestations hospitalières stationnaires à la charge de l'assurance maladie obligatoire de soins (AOS) est toujours valable sous le nouveau système du financement hospitalier (ATAF 2015/39 consid. 10.2, 2014/3 consid. 3.6.3). Ainsi, le tarif pour les prestations stationnaires de la réadaptation cardiovasculaire à déterminer doit être fixé sur la base des coûts de ces lits à la charge de l'assurance obligatoire des soins, justifiés valablement au sens de la loi (cf. consid. 12.2 ci-dessous) et exempts de toute subvention.
12.2
12.2.1 Les recourantes, demandant une déduction pour intransparence, se plaignent également que l'intimée n'a transmis que les coûts de l'activité de la réadaptation cardiovasculaire (RCV) et qu'elle n'a pas été en mesure de donner des éléments chiffrés de ses coûts d'investissements.
Le gouvernement cantonal expose qu'il s'est basé sur les données de la comptabilité analytique transmise par la Clinique sous forme MTH-KORE, par centre de charges, un modèle agréé et développé par tarifsuisse sa, et critique que cette dernière n'a formulé aucune demande complémentaire qui aurait permis à l'intimée d'améliorer ses données.
L'intimée soutient qu'elle s'est servie d'une comptabilité analytique compatible avec les exigences de l'art. 49 al. 7 LAMal, contenant les données nécessaires pour juger du caractère économique des prestations.
Le Surveillant des prix rappelle qu'un hôpital doit entre autres disposer d'une comptabilité analytique par unité finale d'imputation et d'une saisie systématique des prestations, conforme aux prescriptions de l'OCP. Sans cela, il existe un risque que certains coûts soient attribués aux domaines autres que ceux qui les ont générés ou que les coûts qui ne sont pas à la charge de la LAMal soient tout de même conservés dans le tarif.
L'OFSP estime que les pièces comptables jointes au dossier ne remplissent pas les exigences de l'OCP, la comptabilité analytique devant permettre de distinguer entre les coûts des prestations relevant de l'assurance obligatoire des soins et les coûts des prestations ne relevant pas de celle-ci.
12.2.2 Il sied de rappeler qu'au sens de l'art. 9 OCP cité (cf. consid. 8.6.3 ci-dessus), les hôpitaux et maisons de naissance doivent tenir une comptabilité analytique, comprenant en particulier les charges par nature, les centres de coûts, les unités finales d'imputation et le classement des prestations, afin de pouvoir déterminer les prestations et les coûts de l'assurance maladie obligatoire d'une façon transparente.
Le principe de la transparence qui dirige la formation du tarif hospitalier (cf. aussi consid. 8.6.1 ci-dessus) implique que les hôpitaux sont tenus de justifier les coûts à la charge de l'assurance obligatoire de soins d'une manière compréhensible. Ceci n'est toutefois possible que dans la mesure où les charges qui ne sont pas couvertes par l'assurance obligatoire sont exclues d'une manière transparente (ATAF 2015/39 consid. 12.5, 2014/3 consid. 6.4). Bien entendu, les coûts qui ne concernent pas les prestations à rémunérer doivent également être séparés d'une façon claire des données qui servent de base à la fixation du tarif. A juste titre, le Surveillant de prix a relevé que pour garantir la transparence et, partant, la qualité du calcul, l'hôpital concerné doit fournir l'ensemble des données nécessaires.
Dans la procédure administrative d'approbation ou de fixation du tarif hospitalier les parties doivent comprendre comment les coûts à la charge de l'assurance obligatoire ont été comptabilisés et comment - selon quelle méthode et à quelle hauteur - les parts des coûts qui ne sont pas pertinentes, parce que, notamment, elles ne sont pas couvertes par l'assurance obligatoire, ont été retranchées (ATAF 2014/36 consid. 16.1.4). Dès lors, il n'appartient pas seulement aux hôpitaux de présenter des coûts transparents mais également, en vertu de la maxime inquisitoire, à l'autorité cantonale qui approuve ou fixe le tarif de s'assurer que le prix repose sur des données justifiées au sens de la loi (cf. ATAF 2014/36 consid. 16.2.5; cf. également consid. 8.7 ci-dessus).
12.2.3 Selon la jurisprudence du TAF, il résulte de l'exigence de la transparence des coûts que lorsque - comme en l'occurrence - le fournisseur de prestation offre des prestations diverses, il doit présenter les coûts de toute son activité. En effet, la manière dont ces coûts ont été répartis, si possible sur les différentes unités finales d'imputation, doit être compréhensible afin de permettre d'établir que seuls les coûts de la prestation stationnaire à rémunérer sont pris en compte dans la fixation du tarif journalier (cf. TAF C-3133/2013 cité consid. 10.5).
En l'occurrence, c'est donc à juste titre que les recourantes critiquent que l'intimée n'a transmis que les coûts de l'activité de la réadaptation cardio-vasculaire ce qui empêche de vérifier la bonne répartition des charges sur l'ensemble des activités de la Clinique.
12.2.4 S'agissant des prestations stationnaires fournies aux patients au bénéfice d'une assurance complémentaire, il sied de s'assurer, selon la jurisprudence du TAF, que la part des coûts de ces prestations, qui n'est pas couverte par l'assurance maladie obligatoire (par exemple les honoraires du médecin et les surcoûts d'hôtellerie), est séparée des coûts à la charge de l'assurance obligatoire, en les présentant notamment dans des unités finales d'imputation différentes (cf. Recommandations sur l'examen de l'économicité de la Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS) du 19 octobre 2011 [ci-après : Recommandations de la CDS sur l'examen de l'économicité], p. 5; arrêt du TAF C-3133/2013 cité consid. 10.5).
La comptabilité analytique produite par l'intimée (TAF pce 1 annexe 17.2) ne contient aucune indication au sujet des coûts des patients au bénéfice d'une assurance complémentaire.
12.2.5 Le fournisseur de prestation doit également présenter les coûts d'utilisation des immobilisations nécessaires au traitement des patients assurés obligatoirement qui en vertu de l'art. 49 al. 7 LAMal doivent être indemnisés par le forfait journalier (cf. ATAF 2015/39 consid. 11.6 et 8), si possible dans une unité finale d'imputation spécifique.
Or, en l'occurrence, l'intimée n'a justifié aucuns coûts d'immobilisations dans sa comptabilité analytique (cf. également consid. 13 ci-dessous).
12.2.6 Le fournisseur de prestation doit de surcroît faire état des coûts pour des prestations d'intérêt général, telles la recherche et la formation universitaire (cf. arrêt du TAF C-3133/2013 cité consid. 10.5) ; la CDS conseille de les faire figurer dans une unité finale d'imputation spécifique (cf. Recommandations de la CDS sur l'examen de l'économicité citées, pp. 4 s.; ATAF 2015/39 consid. 12.5). En effet, en vertu de l'art. 49 al. 3 LAMal ces coûts ne peuvent pas être inclus dans la rémunération des prestations à la charge de l'assurance obligatoire et il sied de s'assurer que ces charges ont été retranchées correctement.
Les données présentées par l'intimée ne contiennent aucuns coûts pour les prestations d'intérêt général (cf. également le consid. 14 ci-dessous).
12.2.7 Eu égard à ce qui précède, la comptabilité analytique sur laquelle le gouvernement cantonal s'est basé ne respecte pas la transparence exigée par la loi et n'est donc pas pertinente pour déterminer les coûts d'exploitation de l'intimée à la charge de l'assurance obligatoire des soins.
12.3
12.3.1 Les recourantes reprochent encore au Conseil d'Etat de s'être fondé sur les données de l'année 2011 alors que selon elles, conformément à la jurisprudence, il faut prendre en considération les données de 2010, correspondant à la dernière comptabilité connue au moment des négociations.
Le gouvernement cantonal est d'avis qu'il est en l'espèce exceptionnellement préférable de se fonder sur les dernières données disponibles, soit sur celles de l'exercice 2011, dans la mesure où celles-ci reflètent, selon lui, mieux les coûts fixes d'une journée d'hospitalisation, le volume des charges de l'intimée ayant peu évolué entre 2010 et 2011, au contraire de l'activité qui a baissé en 2011.
La Clinique partage la position du gouvernement, prétendant que selon la jurisprudence du Conseil fédéral il faut se baser sur les dernières données disponibles.
L'OFSP estime que l'argument avancé par le canton n'est pas pertinent et conduit au contraire à une augmentation arbitraire des coûts qui devrait être pris en compte dans la détermination du tarif.
12.3.2 Selon la jurisprudence du TAF, le principe selon lequel le tarif doit être déterminé sur la base des données d'une période comptable précédente, établies au moment de la conclusion de la convention tarifaire, est toujours déterminant sous la LAMal révisée même s'il ne résulte plus expressément de la loi (cf. ancien art. 49 al. 1, 3ème phrase LAMal; ATAF 2014/3 consid. 3.5, 2012/18 consid. 6.2.2).
Concrètement, de règle générale, les données déterminantes sont celles de l'avant-dernière année précédant l'entrée en vigueur du tarif de l'année X, soit les données de l'année X-2 (ATAF 2014/36 consid. 4.2, 2014/3 consid. 3.5). Il s'agit ainsi des données dont les parties pouvaient avoir connaissance lors de leurs négociations qui se déroulent l'année précédant l'entrée en vigueur du tarif. Cette jurisprudence s'applique également lorsque le tarif est fixé par le gouvernement, aucune des parties tarifaires ne devant pouvoir bénéficier d'un retard provoqué volontairement (cf. arrêt du Conseil Fédéral du 23 juin 2004 relatif à la détermination du tarif hospitalier, psychiatrie, dans le canton de Thurgovie, qui n'a pas été publié, consid. 6.1.2).
12.3.3 Exceptionnellement, le tarif peut être déterminé sur la base des données de la période comptable précédente (X-1), notamment lorsque les données de l'année X-2 ne sont pas de bonne qualité ou si des circonstances particulières le justifient - telles le refus des assureurs à participer à des négociations tarifaires en se référant à des procédures de recours ouvertes (cf. arrêt du Conseil Fédéral du 23 juin 2004 cité, consid. 6.1.2) - ou encore lorsque les parties ont convenu de se référer à cette année-ci (ATAF 2014/3 consid. 3.5.1, 2012/18 consid. 6.2.2; arrêt du TAF C-536/2009 du 17 décembre 2009 consid. 6.2.2). Cette jurisprudence s'applique toujours (ATAF 2014/3 consid. 3.5.1).
12.3.4 Le TAF a également constaté que conformément à l'ancienne jurisprudence, les données d'un exercice comptable postérieur (par exemples les charges supportées pendant l'année X) ne peuvent en principe pas être prises en compte pour la détermination du prix sauf s'il s'agit de frais supplémentaires budgétés (notamment des augmentations salariales décidées) qui ont été déterminés d'une manière précise avant l'entrée en vigueur du tarif et qui seront supportés réellement (ATAF 2014/3 consid. 3.5.2, 2012/18 consid. 6.2.2; cf. aussi arrêt du Conseil fédéral du 23 juin 2004 cité, consid. 6.3.3 et autres affaires mentionnées).
12.3.5 En l'occurrence, à l'instar de l'OFSP, le TAF constate que les motifs invoqués par le gouvernement ne sont pas pertinents pour justifier l'usage, à titre exceptionnel, des données de l'année 2011 (X-1) au lieu de celles de 2010. Au contraire, et comme le remarque à juste titre l'OFSP, dans un système de forfaits par jours, le fait de considérer un nombre de journées plus faible, correspondant à une baisse de l'activité de l'intimée en 2011, a pour effet direct d'augmenter le montant des coûts fixes par jour pris en compte dans la détermination du tarif. Ceci est au seul avantage de l'intimée alors qu'aucune des parties ne devrait pouvoir bénéficier du retard dans la fixation du tarif. De plus, contrairement à ce que soutient le Conseil d'Etat, l'on ne peut pas déduire de cette seule année que les coûts ainsi déterminés reflètent mieux les coûts fixes de la Clinique. A juste titre, les recourantes expliquent par ailleurs qu'il ressort de la jurisprudence qu'il est admis que l'évolution générale des coûts est intégrée dans le tarif uniquement au fils du temps, avec un léger retard, dans des négociations de tarifs futures. Enfin, l'arrêt du Conseil fédéral du 18 décembre 2002 (JAAC 68.34), avancé par l'intimée, concernait le cas particulier d'une fixation d'un tarif hospitalier à partir du 1er juillet 2000 fondée sur la comptabilité de l'année 2000, les données de l'exercice de 1999 ayant été jugées peu représentatives, le centre cardiologique concerné n'ayant ouvert ses portes qu'à partir du 1er juillet 1999. Cette situation particulière n'est pas comparable à celle de l'intimée raison pour laquelle l'on ne peut pas en déduire qu'en l'espèce l'exercice de l'année 2011, voire de l'année 2012, est déterminant. Dès lors, le Conseil d'Etat cantonal aurait dû se fonder sur la comptabilité analytique de 2010 et c'est à tort que le Conseil d'Etat s'est basé sur les données de l'exercice 2011.
12.4 S'agissant des deux tableaux, « Patients RIP en réadaptation cardiovasculaire du 1er janvier au 31 décembre 2012 (TAF pce 8 annexe 101) et « Coût des patients RIP 2012 en réadaptation cardiovasculaire » du 1er janvier au 31 décembre 2012 (TAF pce 8 annexe 102) que l'intimée a produits dans le cadre de la présente procédure, le TAF remarque que non seulement ils portent sur l'année 2012 alors que l'année 2010 est déterminante (X-2 ; consid. 12.3.5 ci-dessus) mais que, de plus, ils n'apportent aucune information transparente supplémentaire sur les éléments nécessaires eu égard à la loi (cf. consid. 12.2.2 ss ci-dessus). Par ailleurs, l'intimée n'explique pas pour quelles raisons ces faits et preuves nouveaux résultent, selon elle, de l'acte attaqué et pourraient être pris en compte par le Tribunal dans la présente affaire au sens de l'art. 53 al. 2 let. a LAMal (cf. ATAF 2015/39 consid. 10.3.2, 2014/36 consid. 1.5.2, 2014/3 consid. 1.5.4 s.).
Dès lors, la Clinique ne peut rien déduire en sa faveur du fait que selon ces pièces, le coût des patients admis en réadaptation cardiovasculaire semble avoir été en 2012 de 491.12 francs selon la nouvelle définition de l'OFS (469.13 francs selon l'ancienne définition) de sorte que le coût effectif dépassait de 32.12 francs le tarif arrêté par le Conseil d'Etat.
12.5 En conclusion, le TAF remarque que la comptabilité analytique transmise par l'intimée et sur laquelle le Conseil d'Etat s'est fondé pour calculer les coûts d'exploitation de la Clinique n'est pas suffisante au sens de la loi. C'est à tort que le Conseil d'Etat n'a pas demandé la production d'une comptabilité qui respecte les exigences légales alors qu'il en avait l'obligation en vertu de la maxime inquisitoire (cf. consid. 8.7 ci-dessus; ATAF 2014/3 consid. 3.6.3). L'état de faits pertinents a donc été établi d'une manière incomplète et, par conséquent, le TAF ne saurait pas confirmer le tarif fixé par le Conseil d'Etat pour cette raison déjà, dans le domaine de la réadaptation cardiovasculaire, le tarif devant se fonder en premier lieu sur les coûts d'exploitation de la clinique intimée (cf. consid. 9.5 ci-dessus),
13. Il sied d'examiner les coûts d'utilisation des immobilisations imputables dont le montant est litigieux entre les parties, étant rappelé que l'intimée n'a présenté aucuns coûts (cf. consid. 12.2.5 ci-dessus).
13.1 Les recourantes critiquent que le Conseil d'Etat a retenu un forfait pour investissement de 10% qui ne repose en l'espèce, s'agissant d'un tarif journalier, sur aucune disposition légale. Selon elles, la part dévolue aux investissements doit s'élever à 6%, remarquant que dans le cadre des négociations, l'intimée n'avait présenté que des coûts de l'ordre de 0.5% tout en précisant que ceux-ci n'étaient pas complets.
Le gouvernement cantonal soutient que le supplément pour investissements fixés normativement à 10% est appliqué à l'ensemble des établissements hospitaliers, indépendamment du fait qu'ils octroient des prestations dans le domaine somatique et/ou de la réadaptation, la période transitoire étant également valable pour les soins de réadaptation. De plus, il n'y pas de raison, selon lui, de considérer qu'un établissement offrant des prestations de réadaptation doive assumer des coûts d'investissements moindres que celui oeuvrant dans le domaine somatique. Il avance qu'en l'espèce, la clinique dispose d'infrastructures coûteuses indispensables à l'accomplissement de sa mission de réadaptation, telles que piscine thérapeutique, bassin avec fond mobile, salle de gymnastique, salle de musculation thérapeutique et d'infrastructures spécifiques à la réadaptation cardiovasculaire, soumises à des exigences élevées. Il n'y a donc pas lieu de considérer un coût d'utilisation pour immobilisation différent de celui des hôpitaux de soins aigus.
L'intimée avance notamment qu'il est contradictoire de la part des recourantes de contester d'une part l'application d'un forfait normatif et de proposer d'autre part un pourcentage estimatif.
La Surveillance des prix remarque que la déduction forfaitaire de 10% n'entre que dans le cadre défini par le Conseil fédéral du modèle de rémunération de type DRG et qu'en l'espèce, l'intégration des coûts d'investissement dans le calcul du forfait journalier doit se faire sur la base des coûts effectifs justifiés et conformes aux prescriptions de l'OCP. La Surveillance de prix estime que si la clinique n'est pas en mesure de présenter ses coûts d'investissement, un calcul estimatif basé sur le Modèle de taxes hospitalières CTM pour les hôpitaux privés devrait être privilégié à une approche purement forfaitaire.
L'OFSP soutient également que le forfait normatif de 10% ne s'applique pas dans le cas concret et que le calcul transparent et la justification des coûts d'utilisation des immobilisations selon les règles de l'OCP constituent la base de la rémunération selon la LAMal. Tant l'autorité d'approbation que l'autorité qui fixe les tarifs doivent vérifier le respect de cette condition.
13.2 En vertu du système du nouveau financement hospitalier, les coûts d'utilisation des immobilisations nécessaires au traitement des patients assurés obligatoirement doivent être indemnisés par le forfait journalier à déterminer et entrent donc dans son calcul (cf. art. 47 al. 7 LAMal; ATAF 2015/39 consid. 11.1; arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 11.1 ; cf. consid. 12.2.5 ci-dessus).
13.3
13.3.1 Selon l'art. 8 al. 1 OCP, sont réputés investissements au sens de la loi, les biens meubles et immeubles ainsi que les autres immobilisations nécessaires pour remplir le mandat de prestations au sens de l'art. 39 al. 1 let. e LAMal. Ne font pas partie de ces immobilisations, les immobilisations pour des exploitations annexes (cafétéria, école etc.) ainsi que celles en relation avec les parts de terrains qui ne sont pas nécessaires à l'accomplissement du mandat légal (cf. Commentaire de la révision de l'OCT 2009, p. 5; ATAF 2015/39 consid. 11.1).
13.3.2 Aux termes de l'art. 10 al. 5 OCP, les hôpitaux doivent tenir une comptabilité des immobilisations afin de pouvoir déterminer les coûts d'utilisation de celles-ci. Les investissements au sens de l'art. 8 OCP d'une valeur d'achat de 10'000 francs au moins doivent figurer dans cette comptabilité.
13.3.3 L'art. 10a OCP contient des prescriptions s'agissant la comptabilité des immobilisations. Aux termes de son al. 1, la comptabilité des immobilisations contient pour chaque immobilisation, au moins les données relatives à l'année d'achat, la durée prévue d'utilisation, en nombre d'années, la valeur d'achat, la valeur comptable de l'immobilisation au début de l'année, le taux d'amortissement, l'amortissement annuel, la valeur comptable de l'immobilisation à la fin de l'année, le taux d'intérêt calculatoire, l'intérêt calculatoire annuel et les coûts annuels d'utilisation de l'immobilisation comme somme de l'amortissement et de l'intérêt calculatoire annuels. Les al. 2 et 3 contiennent des prescriptions sur l'évaluation des immobilisations et celle de leurs amortissements et l'al. 4 détermine le calcul des intérêts calculatoires.
13.3.4 Les dispositions finales de la modification du 22 octobre 2008 de l'OCP (RO 2008 5105) contiennent des prescriptions s'agissant des investissements effectués avant le passage à la rémunération des hôpitaux au moyen des forfaits liés aux prestations qui selon l'al. 1 peuvent être inclus dans le calcul des coûts si, lors de ce passage, une immobilisation a été saisie dans la comptabilité des immobilisations de l'hôpital ou de la maison de naissance avec sa valeur comptable actuelle. L'al. 2 traite de la valeur comptable de ces investissements et l'al. 3 des amortissements et des intérêts calculatoires.
L'al. 4 des dispositions finales de la modification du 22 octobre 2008 de l'OAMal, en vigueur depuis le 1er décembre 2011 (cf. ch. I de l'ordonnance du 2 novembre 2011 [RO 2011 5037]), stipule qu'en dérogation aux dispositions finales de la modification du 22 octobre 2008 de l'OCP les coûts d'utilisation des immobilisations seront rémunérés en 2012, dans le cas d'un modèle de rémunération de type DRG, par un supplément de 10% sur les prix de base négociés dans les conventions tarifaires.
Le TAF a considéré que conformément aux termes exprès de cette disposition finale de l'OAMal, le supplément forfaitaire de 10% pour les coûts d'utilisation ne trouvait application que dans le domaine des soins aigus dont la rémunération des prestations est régie par le modèle tarifaire SwissDRG et qu'une application analogique de cette disposition aux forfaits journaliers dans le domaine de la réadaptation n'était pas indiquée. En effet, il a rappelé l'objectif de cette disposition transitoire et a expliqué - à l'instar de l'OFSP en l'occurrence - que les partenaires tarifaires n'étaient pas parvenus à s'entendre sur la rémunération de l'utilisation des immobilisations et qu'en 2012 une répartition de ces coûts sur les prestations, respectivement sur les cas n'était pas encore praticable vu qu'elle suppose une inclusion de ces coûts dans la structure tarifaire, concrètement dans les facteurs de pondération du cas (cost-weights), et que celle-ci n'était pas encore réalisée mais prévue pour 2015. La disposition transitoire avait donc pour but d'indemniser les coûts d'utilisation des immobilisations par des suppléments fixés normativement et de permettre l'introduction bien ordonnée du nouveau système de financement SwissDRG (cf. aussi avis du Conseil fédéral du 5 septembre 2012 suite à l'interpellation n° 12.3453 de la conseillère aux Etat Pascale Bruderer Wyss, Principes régissant le nouveau financement hospitalier. Différences de mise en oeuvre entre les cantons; Commentaire de l'OFSP concernant les modifications du 1er décembre 2011, p. 3; Recommandations de la CDS sur l'examen de l'économicité citées, p. 4). Or, le TAF a remarqué que dans le domaine des forfaits journaliers - comme en l'espèce - une répartition par cas des coûts d'immobilisation et leur inclusion dans une structure tarifaire prévoyant une rémunération des traitements stationnaires par des forfaits liés aux prestations ne sont pas pertinentes (ATAF 2015/39 consid. 11.7; arrêts du TAF C-1632/2013 cité consid. 11.7 et C-3133/2013 cité consid. 12.7.1).
13.4 Au vu de ce qui précède, faute de base légale, c'est à tort que le Conseil d'Etat a pratiqué un supplément forfaitaire de 10% pour les coûts d'utilisation des immobilisations de l'intimée ; ses arguments sont mal fondés. De plus, faute d'une justification et motivation concrète, le TAF ne pourrait pas non plus confirmer le retraitement de 14.32 francs pour les amortissements que le gouvernement a opéré en premier lieu sur les coûts d'exploitation présentés par l'intimée.
A l'instar de la Surveillance des prix et de l'OFSP, le TAF remarque que les coûts d'utilisation des immobilisations à la charge de l'assurance obligatoire des soins doivent être déterminés sur la base des coûts effectifs et justifiés conformément aux prescriptions de l'OCP.
Faute de données concrètes, le TAF ne saurait pas non plus suivre les recourantes qui proposent l'application d'un forfait de 6%.
13.5 Il appartiendra à l'intimée de faire état de ses coûts d'immobilisation (cf. aussi consid. 12.2.5 ci-dessus) et de produire sa comptabilité des immobilisations au sens de l'art. 10 al. 5 OCP afin de pouvoir vérifier son calcul. L'OCP prescrit aux hôpitaux la tenue d'une telle comptabilité depuis 2003 déjà et depuis 2009 des exigences supplémentaires quant à la justification des coûts d'utilisation des immobilisations doivent être observées (cf. avis du Conseil fédéral du 5 septembre 2012 cité). C'est ainsi à tort que le Conseil d'Etat n'a pas demandé la production de ces données alors qu'il en avait l'obligation en vertu de la maxime inquisitoire (cf. consid. 8.7 ci-dessus ; ATAF 2014/3 consid. 3.6.3). Il lui appartenait de déterminer les coûts d'utilisation des immobilisations liées aux prestations à la charge de l'assurance obligatoire de soins afin de s'assurer qu'il n'y a pas surindemnisation au déterminent de l'assurance obligatoire (ATAF 2015/39 consid. 11.9, 2014/3 consid. 3.6.3). Seulement dans le cas où l'intimée ne devait pas parvenir à justifier des coûts d'investissements, le recours à un taux estimatif déterminé sur une base des données est indiqué. Tout comme la Surveillance des prix, le TAF estime qu'une approche purement forfaitaire n'est pas appropriée (cf. aussi consid. 14.5 et 15.2.3 ci-dessous). En l'état, il n'y a pas lieu de se déterminer sur le montant d'un tel taux.
Il appert de ce qui précède que l'état des faits pertinents portant sur les coûts d'immobilisations de l'intimée n'a pas été établi d'une manière complète.
14. Il sied également d'examiner la séparation des coûts des prestations d'intérêt général (PIG).
14.1 En l'occurrence, la Clinique n'a pas fait état de coûts pour des prestations d'intérêt général dans sa comptabilité analytique (cf. consid. 12.2.6 ci-dessus) et le Conseil d'Etat n'a pratiqué aucun retranchement pour ces coûts sur les coûts d'exploitations de l'intimée. Bien que les recourantes ne critiquent pas ce point expressément, elles ont tenu compte des coûts des prestations d'intérêt général dans leur calcul MTH et ont déduit un montant de CHF 46'914 francs pour la recherche et la formation, basé sur une déduction normative (TAF pce 1 annexe 15.12; cf. aussi le document « Fixation des prix par tarifsuisse sa : Marche à suivre en vue de la détermination des coûts imputables [TAF pce 1 annexe 15.11]).
14.2 Aux termes de l'art. 49 al. 3 LAMal les rémunérations au sens de l'art. 49 al. 1 LAMal ne comprennent pas les parts que représentent les coûts des prestations d'intérêt général. Ces prestations comprennent en particulier le maintien des capacités hospitalières pour des raisons de politique régionale (let. a) et la recherche et la formation universitaire (let. b).
L'énumération dans la loi n'est pas exhaustive ce qui résulte de l'expression « en particulier » (ATAF 2015/39 consid. 13.1, 2014/36 consid. 16.3, 2014/3 consid. 7.1). Un service social (ATAF 2015/39 consid. 13.1 s) ou une aumônerie de l'hôpital concerné (ATAF 2014/36 consid. 16.3.2 s.) peuvent faire partie des prestations d'intérêt général. Toutefois, les frais résultant des prestations ambulatoires d'un hôpital d'urgences (ATAF 2014/36 consid. 21.3.3 s.; arrêt du TAF C-3717/2014 du 14 mars 2016 consid. 9.1.4), les soins palliatifs dans un hôpital de soins aigus ou les soins pédiatriques nécessitant plus de personnel font partie des prestations obligatoires de la LAMal et leur coûts ne doivent pas être retranchés (cf. 2014/36 consid. 16.3.2 s., arrêt du TAF C-6392/2014 du 27 avril 2015 consid. 4.3).
14.3 Conformément à l'art. 2 al. 1 let. g OCP cité, le calcul des coûts doit être effectué de façon à fournir les bases permettant d'exclure ces prestations d'intérêt général. Il sied de s'assurer, sur la base de la comptabilité analytique et d'autres pièces utiles, notamment la comptabilité des immobilisations, que ces coûts ont été retraités correctement et d'une manière transparente conformément à la loi (cf. arrêt du TAF C-3717/2014 cité consid. 9.1.4; cf. aussi consid. 8.6.1 ci-dessus). Concernant la recherche et la formation universitaire, les frais du personnel revêtent une importance particulière (cf. arrêt du TAF C-6392/2014 cité consid. 10.4).
14.4
14.4.1 S'agissant en particulier de la formation universitaire, le TAF a constaté que la nouvelle loi n'exclut plus que la formation universitaire de la rémunération par l'assurance obligatoire des soins alors que sous l'ancien art. 49 al. 1 LAMal la formation non-universitaire n'était pas non plus prise en compte dans le calcul du prix. Cette modification découle de l'opinion, défendue aux débats parlementaires, selon laquelle la formation de base et la formation postgrade des médecins et du reste du personnel académique (cf. les chiropracteurs et chiropractrices et pharmaciens des hôpitaux ; ATAF 2014/36 consid.16.1.2) ne pouvait pas, par principe, être prise en charge par l'assurance obligatoire des soins (cf. Commentaire de la révision de l'OCT 2009, p. 3). Par contre, selon le nouveau droit, les frais pour la formation non-universitaire doivent désormais être inclus dans la rémunération prise en charge par l'assurance obligatoire des soins par le biais du tarif hospitalier (ATAF 2015/39 consid. 12.1).
14.4.2 Au sens de l'art. 7 al. 1 OCP, sont réputés coûts de formation universitaire au sens de l'art. 49 al. 3 let. b LAMal les moyens engagés pour la formation de base théorique et pratique des étudiants des professions médicales réglées dans la loi du 23 juin 2006 sur les professions médicales jusqu'à l'obtention du diplôme fédéral (art. 7 al. 1 let. a OCP) ainsi que la formation postgrade des étudiants selon let. a jusqu'à l'obtention du titre postgrade fédéral (art. 7 al. 1 let. b OCP). Afin d'assurer un traitement uniforme de ces coûts, le TAF a considéré qu'il sied d'interpréter l'art. 49 al. 3 let. b LAMal dans le sens que seuls les frais liés à l'activité d'enseignement de la formation de base et postgrade doivent être exclus en tant que prestations d'intérêt général et que les frais des personnes qui suivent une telle formation universitaire ne doivent pas être justifiés séparément vu qu'ils sont déjà pris en compte dans le salaire (ATAF 2014/36 16.1.2). Par conséquent, les salaires des médecins assistants sont entièrement imputables dans les coûts d'exploitation des hôpitaux (ATAF 2015/39 consid. 12.2; voir sur la controverse : ATAF 2014/3 consid. 6.6 à 6.6.3, 2014/36 consid. 16 à 16.1.2).
14.4.3 A la teneur de l'art. 7 al. 2 OCP sont réputés coûts de recherche au sens de l'art. 49 al. 3 LAMal les moyens engagés pour les travaux de création entrepris de façon systématique et le développement expérimental visant à accroître le niveau des connaissances ainsi que leur utilisation pour permettre de nouvelles applications. En font partie les projets réalisés dans le but d'accroître les connaissances scientifiques et d'améliorer la prévention, le diagnostic ou le traitement de maladies.
14.4.4 Eu égard à l'art. 7 al. 3 OCP sont également réputés coûts de formation universitaire et de recherche les coûts indirects, ainsi que les moyens engagés pour des activités de formation et de recherche financés par des tiers. Le TAF a précisé qu'il s'agit des frais de matériel de la formation de base et postgrade ainsi que les parts des salaires des personnes qui selon leurs cahiers de charges effectuent partiellement ou entièrement des tâches de formation (ATAF 2014/36 consid. 16.1.2).
14.5 Selon la jurisprudence du TAF, les coûts des prestations d'intérêt général doivent être déterminés d'une manière réaliste sur la base des coûts effectifs des prestations fournies ou alors estimés sur la base des données (ATAF 2014/36 consid. 16.1.6; arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 12.11).
Le Tribunal a également considéré qu'en vertu des prescriptions légales, l'hôpital concerné devrait être en mesure de présenter les données déterminantes pour exclure ces frais d'intérêt général d'une manière transparente et compréhensible (cf. ATAF 2015/39 consid. 12.9, 2014/3 consid. 6.5).
Selon la jurisprudence, une déduction normative pour les frais de recherche et formation universitaire pourrait être appliquée si l'autorité cantonale n'obtient pas les données pertinentes et transparentes de la part de l'hôpital concerné (cf. aussi consid. 13.5 et 15.2.3). Dans ce cas, la déduction normative doit être fixée à un tel niveau que celui-ci n'en retire, avec certitude, aucun avantage du fait qu'il n'a pas produit des données pertinentes (ATAF 2015/39 consid. 12.10; arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 12.13).
14.6 En l'occurrence, c'est à tort que le gouvernement cantonal n'a pas réclamé les données concrètes de la part de la clinique intimée (cf. consid. 8.7 ci-dessus) ; l'état de fait n'a pas été établi d'une manière complète. Dans cette situation, le TAF ne saurait pas non plus confirmer la déduction forfaitaire opérée par les recourantes (cf. ATAF 2015/39 consid. 12.10).
15. Il sied encore de se déterminer sur la déduction pour intransparence réclamée par les recourantes.
15.1 Les recourantes critiquent que le gouvernement cantonal n'a pas pratiqué une déduction pour intransparence d'au moins 6%. Selon elles, une déduction de 4% aurait correspondu à une comptabilité analytique contenant l'ensemble des données de manière transparente et que la non-transmission des coûts des activités en dehors de la réadaptation cardiovasculaire justifie une déduction supplémentaire de 2%.
Le chef du DSAS ainsi que l'intimée estiment que la déduction préconisée par les recourantes est infondée, depuis 2012, les recourantes reprochant systématiquement aux hôpitaux un manque de transparence.
La Surveillance de prix a rappelé que la déduction pour manque de transparence avait pour but de garantir, dans la mesure du possible, que l'assurance maladie ne couvre pas plus que 100% des coûts qui lui sont effectivement imputables et que sa méthode a été confirmée à plusieurs reprises.
L'OFSP estime que c'est à tort que le Conseil d'Etat n'a pas procédé à une déduction pour intransparence.
15.2
15.2.1 Le TAF a rappelé que sous l'ancien droit la déduction pour intransparence des coûts se distinguait des déductions des frais qui n'étaient pas imputables et impliquait une réduction du taux de couverture selon le degré du défaut de transparence constaté. Elle avait pour but d'assurer, conformément à l'ancien art. 49 al. 1 LAMal en vigueur, que les forfaits hospitaliers ne couvraient pas plus de 50% des coûts imputables des hôpitaux publics ou subventionnés, respectivement pas plus de 100% des coûts imputables des hôpitaux privés alors à la charge de l'assurance maladie obligatoire des soins (ATAF 2014/3 consid. 3.1.2 et 9.2.1 et références).
15.2.2 S'agissant du nouveau système de rémunération de type SwissDRG, le TAF a considéré qu'une déduction pour intransparence ne pouvait pas être opérée avant le benchmarking, sur les coûts d'exploitation pertinents pour celui-ci. En effet, selon le nouveau système de financement hospitalier le tarif à déterminer ne s'oriente plus aux coûts de l'hôpital concerné mais au benchmark déterminé qui est basé, dans la mesure du possible, sur les coûts effectifs et transparents de tous les hôpitaux concernés (ATAF 2014/3 consid. 9.2.2).
15.2.3 Dans un premier temps, le TAF a laissé ouverte la question de savoir comment il sied de procéder lorsqu'un benchmarking tel que prévu par la loi n'est pas possible (cf. ATAF 2014/3 consid. 9.2.1; arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 16.4 pour la psychiatrie stationnaire; cf. consid. 9.3 ci-dessus). Ensuite, le Tribunal a remarqué que dans le domaine de la réadaptation où un système tarifaire uniforme n'existe pas encore (cf. consid. 9.1 ci-dessus), les déductions forfaitaires, telles que les déductions pour intransparence et inefficience développées sous l'ancienne loi restent valables (ATAF 2015/39 consid. 9.4). Toutefois, le TAF a précisé que la question de savoir si une déduction pour intransparence doit être pratiquée ne se pose que lorsque l'autorité inférieure ne parvient pas à obtenir les données pertinentes pour la fixation du prix (ATAF 2015/39 consid. 16.2, 2014/3 consid. 9.2.1 et 9.2.2; arrêts du TAF C-1632/2013 cité consid. 16.4, C-3133/2013 cité consid. 14.4).
15.3 En l'occurrence, une éventuelle déduction pour intransparence ne devrait être pratiquée que si le gouvernement vaudois n'obtient pas les différentes données pertinentes de la part de la clinique intimée (cf. consid. 12.5, 13.5 et 14.6 ci-dessus). Dès lors, en l'état, le TAF ne saurait pas confirmer la déduction réclamée par les recourantes.
16. Il appert de ce qui précède que la détermination des coûts d'exploitation opérée par le Conseil d'Etat vaudois, ne se basant pas sur des données concrètes et justifiées, ne respecte pas les prescriptions de l'art. 49 LAMal et de l'OCP. En outre, faute de ces données, le TAF ne peut pas non plus suivre les recourantes (cf. consid. 13.4, 14.6 et 15.3). Par conséquent, aucun prix conforme à la loi ne peut être déterminé, le tarif dans le domaine de la réadaptation se fondant en premier lieu sur les coûts d'exploitation de l'hôpital concerné (cf. consid. 9.5 ci-dessus ; cf. aussi consid. 12.5).
17. Néanmoins, il sied de se prononcer sur l'examen de l'économicité effectué par le Conseil d'Etat contesté par les recourantes.
17.1 Le gouvernement vaudois a pratiqué un benchmarking en déterminant une moyenne des tarifs 2012 pour les prestations de la réadaptation cardiovasculaire alors connus auprès des 13 institutions répertoriées par la Swiss Association of Cardiovascular Prevention and Rehabilitation (cf. liste sur le site internet de cette association). La majorité de ces tarifs n'avait qu'un statut provisoire. Le gouvernement a également tenu compte des parts prises en charge par les assureurs selon l'art. 49a al. 2 LAMal cité (cf. consid. 8.5.2 ci-dessus). Concrètement, son benchmarking a été le suivant :
Tableau : Tarifs 2012 de la réhabilitation cardiovasculaire en Suisse (tarif journalier)
Institution
Canton
tarif en francs
Statut
Part assureurs en %
Part assureurs en francs
Klinik Barmelweid
AG
620
Prov.
53%
328.60
RehaClinic, Bad Zurzach et Baden
AG
449
Prov.
53%
237.97
Klinik Gais (Tarifsuisse, HSK)
AR
355
Conv.
53%
188.15
Berner Reha Zentrum Heiligenschwendi
BE
572
Prov.
45%
257.40
Rehaklinik Hasliberg
BE
385
Prov.
45%
173.25
RCV HFR Billens
FR
636
Prov.
53%
337.08
Rehabilitationszhentrum Seewis
GR
345
Conv.
45%
155.25
Clinique Le Noirmont
JU
370
Conv.
45%
166.50
Klinik Schloss Mammern
TG
536
Prov.
52%
278.72
Centre RCV La Lignière
VD
459
Prov.
45%
206.55
Zürcher Höhenklinik Wald
ZH
449
Réf. Prov.
49%
220.01
Moyenne
471.70
49%
234.29
Notes
- Le gouvernement cantonal n'a pas tenu compte du tarif fixé par convention entre la Klinik Geiss et Assura/Supra de 370 francs. Il a expliqué que la part de marché de ces assureurs dans le canton d'Appenzell Rhodes-Extérieures ne se monte qu'à 0.53% ce qui est selon lui insignifiant.
- Il n'a pas non plus pris en considération les forfaits par cas déterminé pour la Luzerner Höhenklinik Montana et la Walliser Klinik für Lungenkrankheiten s'élevant pour chacune des cliniques à 10'069 francs (réf. provisoire). Il a indiqué la part des assureurs qui s'élève pour ces cliniques à 47.5%, soit à 4'782.78 francs.
- Pour le calcul de la moyenne, le canton n'a pas non plus tenu compte du tarif de la clinique intimée.
Le gouvernement cantonal a expliqué que le tarif adopté de 459 francs par jour implique une part assureur de 206.55 francs (45%) ce qui est inférieur à la moyenne (de 234.30 francs, soit 49%). De plus, il a noté que le tarif 2012 entraîne par rapport à 2011 une baisse des coûts pour les assureurs de 132 francs par journée d'hospitalisation (selon l'ancienne définition de l'OFS), soit une baisse de 40%. Selon le Conseil d'Etat ce tarif répond donc aux critères d'économicité prévus par la loi.
17.2 Les recourantes contestent le benchmarking opéré par le Conseil d'Etat, déterminant une moyenne des tarifs au niveau Suisse. Elles soutiennent que le tarif fixé de 459 francs selon la nouvelle définition du séjour hospitalier de l'OFSP (respectivement de 440 francs selon l'ancienne définition) est trop élevé car il dépasse les tarifs convenus pour 2012 avec d'autres hôpitaux pour des prises en charge comparables, les Cliniques Seewis, Gais et Le Noirmont, ayant des tarif de respectivement 345 francs par jour, 355 francs par jour et 370 francs par jour, selon l'ancienne définition du séjour hospitalier de l'OFS. Selon les recourantes, la comparaison avec les établissements fournissant une prestation comparable à un prix clairement plus bas tel que préconisé par le Surveillant des prix reste pertinente. Elles arguent en outre qu'il existe une marge importante entre le tarif réclamé de 370 francs selon la nouvelle définition OFS, soit de 386 francs selon l'ancienne définition) et les tarifs les plus bas de comparaison auxquels elles se réfèrent, la Clinique Seewis ayant un tarif de 345 francs et la Clinique Gais un tarif de 355 francs, selon l'ancienne définition du séjour hospitalier. Enfin, elles avancent que la comparaison avec l'HFR de Billens est arbitraire.
Le gouvernement critique les recourantes et soutient que sur le plan méthodologique il convient de tenir compte de l'ensemble des cliniques pratiquant la réadaptation en Suisse pour calculer une moyenne, leur lourdeur à la moyenne des cas étant par ailleurs comparable à celle de l'intimée qui en tant que seul établissement de réadaptation cardiovasculaire dans le canton de Vaud prend en charge tous les cas, quelle que soit leur lourdeur. Le Conseil d'Etat estime alors que la prise en compte d'une marge de sécurité sur le tarif moyen déterminé ne se justifie pas. Il avance également que s'il est vrai que le Surveillant de prix a tendance à prendre en compte le tarif le plus bas, il se réfère toutefois à des établissements comparables et y ajoute une marge de tolérance. Or, l'établissement le plus comparable à la clinique intimée, en termes structurels, est la clinique Billens qui reçoit pour la réadaptation cardiovasculaire un tarif journalier de 636 francs ce qui est nettement supérieur au tarif arrêté.
L'intimée soutient le benchmarking opéré par le gouvernement. Elle argue que si l'on considère qu'il est objectivement très difficile de comparer les cliniques de réadaptation entre elles, vu la diversité de leurs spécialités et l'hétérogénéité de leurs patients, l'option retenue par le canton, consistant à prendre un échantillon très large, paraît pertinente. Elle critique par ailleurs l'approche des recourantes qui limitent la comparaison à trois hôpitaux, sélectionnés selon un critère unique et subjectif qui est leurs tarifs, les plus bas en 2012. Or, selon l'intimée, les Cliniques Le Noirmont (Jura), Seewis (Grisons) et Gais (Appenzell), se trouvant dans des régions relativement isolées et éloignées, ne lui sont pas comparables puisqu'elle est située à la proximité géographique de deux grands centres hospitaliers-universitaires avec lesquels elle collabore étroitement. Contrairement à ces trois cliniques, l'intimée affirme qu'elle est amenée à prendre en charge des cas médicalement plus lourds, pouvant cas échéant nécessiter une ré-hospitalisation rapide du patient. Tout comme le gouvernement, l'intimée estime que les prestations de l'Hôpital Fribourgeois de Billens lui sont le plus proches.
Le Surveillant des prix a informé qu'il ne dispose pas d'assez de données concernant les prestations de réadaptation lui permettant de prendre position sur une valeur de référence.
L'OFSP avance que les autorités compétentes pour la fixation des tarifs doivent traiter et examiner de manière approfondie la question du benchmarking, or en l'espèce, il estime que cette condition n'a pas été pleinement respectée. Il rappelle que la nouvelle réglementation du financement hospitalier vise à introduire des forfaits par cas liés aux prestations notamment afin d'améliorer la comparaison des prestations et d'inciter ainsi les fournisseurs de prestations à corriger les inefficiences et à optimiser les coûts. Lorsque cependant des forfaits journaliers continuent à être appliqués, à titre provisoire, les coûts calculés et les tarifs fixés se réfèrent ainsi à la journée d'hospitalisation et dépendent de la lourdeur moyenne des cas des patients, élément dont il s'agit de tenir compte lors de la définition des paramètres à utiliser pour déterminer les hôpitaux à comparer. S'il n'est possible d'estimer qu'avec une certaine imprécision la lourdeur des cas des patients traités dans les institutions, l'OFSP est d'avis qu'il faut prévoir dans le benchmarking une marge de sécurité adéquate.
17.3
17.3.1 Le TAF a déjà expliqué (cf. consid. 9.3 ci-dessus) qu'en matière de réadaptation, il n'est pas encore possible de fixer le prix compte tenu d'une valeur de référence qui a été déterminée sur la base d'un benchmarking des coûts par cas pondérés selon leurs gravités, de tous les hôpitaux et cliniques suisses (ATAF 2015/39 consid. 19.5; arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 17.7; cependant s'agissant des soins aigus cf. ATAF 2014/36 consid. 3.8). Pour l'instant, la possibilité donnée par une structure tarifaire uniforme de pouvoir comparer les hôpitaux indépendamment de leurs éventails de prestations et tailles n'est pas praticable (cf. ATAF 2014/36 consid. 3.8; arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 17.7).
17.3.2 Le TAF a également déjà relevé (cf. consid. 9.5 ci-dessus) que le tarif fondé d'abord sur les coûts d'exploitation de l'hôpital concerné doit ensuite être soumis à l'examen de l'économicité en le comparant aux tarifs des autres hôpitaux afin de s'assurer qu'il s'oriente aux rémunérations des hôpitaux qui fournissent les prestations de l'assurance obligatoire des soins tarifées d'une manière efficiente et avantageuse. La fixation du tarif sur la seule base des coûts de l'hôpital concerné est insuffisante et ne répond pas aux prescriptions légales (cf. arrêt du TAF C-6391/2014 [Teilurteil] du 26 février 2015 consid. 4.8). Même si en matière de réadaptation une structure tarifaire uniforme pour l'ensemble de la Suisse et fondée sur les forfaits liés aux prestations au sens de l'art. 49 al. 1, 3ème phrase LAMal fait encore défaut et qu'il faut dès lors accepter que pour l'instant l'abandon de l'ancienne pratique concernant les coûts imputables (cf. ATAF 2014/3 consid. 2.8.5) n'est pas entièrement praticable, il sied de plausibiliser le tarif déterminé, afin d'éviter des surindemnisations, par une comparaison du tarif avec les tarifs des autres hôpitaux, ceci après un examen rigoureux de la comptabilité analytique - comprenant le calcul des charges par unités finales d'imputation, par centres des coûts et par nature (cf. art. 9 al. 2 OCP) - des coûts d'exploitation déterminés et des éventuelles déductions forfaitaires (cf. ATAF 2015/39 consid. 19.5; arrêt du TAF C-3133/2013 cité consid. 17.5.3).
17.4
17.4.1 Le TAF a considéré que l'autorité cantonale doit en premier lieu examiner s'il est possible d'effectuer une comparaison avec une institution de réadaptation qui dispose d'un mandat de prestation comparable et qui traite des patients présentant des lourdeurs similaires (ATAF 2015/39 consid. 19.8). Selon le Tribunal une comparaison de l'économicité est en principe possible (cf. arrêt du TAF C-4961/2010 du 18 septembre 2013 consid. 10.5.2 s.) mais elle est probablement compliquée en raison de la diversité des spécialités et de l'hétérogénéité des patients (cf. ATAF 2015/39 consid. 19.8; RAMA 3/2002 195 consid. 8.3.2).
Le Tribunal a également noté que lorsque les coûts déterminants pour le tarif d'une institution de réadaptation sont plus élevés que ceux d'une autre institution l'on ne peut pas conclure sans autre que cette première institution fournit des prestations inefficaces, dans le domaine de la réadaptation, une structure tarifaire permettant de formuler des critères reconnus pour évaluer une fourniture de prestation économique, faisant défaut (ATAF 2010/25 consid. 10.2.2 s.). Selon le TAF, il sied plutôt d'examiner s'il y a comparabilité ou, cas échéant, pour qu'elle raison il n'y en a pas (ATAF 2015/39 consid. 19.8).
Le TAF a encore remarqué que l'examen de l'économicité qui repose uniquement sur une comparaison des différents tarifs convenus pour le même hôpital est insuffisant, l'examen d'efficience pratiqué par les autres assureurs étant notamment inconnu (ATAF 2015/39 consid. 19.6; arrêt du TAF C-3133/2013 cité consid. 17.5.4). L'application d'ITAR_K et REKOLE® permet en principe, de surcroît, une comparaison de la comptabilité analytique (ATAF 2015/39 consid. 19.8).
17.4.2 Seulement dans le cas où l'on ne dispose pas de données sur les coûts exploitables de la part d'institutions comparables, le gouvernement cantonal peut tenir compte, à titre exceptionnel, des tarifs approuvés ou fixés pour les prestations d'autres institutions de réadaptation. Toutefois, le risque existe que la comparaison repose sur des résultats de négociations surévalués et inefficaces ou alors, à l'inverse, qu'un hôpital s'est déclaré d'accord avec un tarif trop bas parce que, notamment, le canton subventionne les lacunes. L'orientation du tarif en fonction de tels prix ne serait donc pas appropriée (ATAF 2015/39 consid. 19.9, 2014/36 consid. 6.7; arrêt du TAF C-1632/2013 cité consid. 17.9).
17.4.3 Pour cette raison, mais aussi compte tenu du fait que l'estimation de la gravité des cas d'hôpitaux comparables peut comporter une part d'imprécision, le TAF a remarqué qu'il sied d'appliquer une marge de sécurité telle qu'avancée en l'espèce par l'OFSP (cf. ATAF 2015/39 consid. 19.9; arrêt du TAF C-3133/2013 cité consid. 17.5.4).
17.5 En l'occurrence, à titre initial le TAF constate que le canton a fixé un tarif (459 francs selon la nouvelle définition de l'OFS) qui est inférieur aux coûts par journée retenus pour l'intimée concrètement (s'élevant à 466.25 francs selon la nouvelle définition ; cf. TAF pce 1 annexe 17) et inférieur au tarif moyen déterminé selon son benchmarking (471.70 francs). En principe, ceci peut respecter le principe de l'efficience au sens de l'art. 59c OAMal cité (cf. consid. 8.4.2 ci-dessus) qui par ailleurs ne permet plus que des gains d'efficience (cf. ATAF 2015/39 consid. 19.6, 2014/3 consid. 2.9.4.4).
17.6 Néanmoins, au vu de la jurisprudence citée (consid. 17.4 ci-dessus), le TAF ne saurait confirmer le benchmarking pratiqué par le gouvernement cantonal, l'économicité des tarifs à partir desquels il a déterminé une moyenne étant inconnue et le Conseil d'Etat n'ayant pas, à tort, étayé sa comparaison effectuée avec l'Hôpital Fribourgeois de Billens par des données concrètes. Les éléments invoqués, la comparabilité en terme structurels avancée par le canton ou la situation géographique soulevée par l'intimée sont trop imprécis pour établir une comparabilité de la lourdeur des cas des patients traités. De plus, aucune information sur l'examen d'efficience opéré pour le tarif de l'Hôpital Fribourgeois de Billens n'est avancée. Par ailleurs, lorsqu'il s'agit d'examiner l'économicité du tarif, la part du prix à prendre en charge par les assureurs, respectivement par le canton aux termes de l'art. 49a al. 2 LAMal cité (cf. consid. 8.5.2 ci-dessus) n'apporte pas de critères d'évaluation utiles. Partant, les explications du canton selon lequel le tarif fixé implique une part d'assureur de 206.55 franc qui est inférieure à la moyenne ne sont pas pertinentes. Dès lors, à l'instar de l'OFSP, le TAF constate que le benchmarking effectué par le canton n'est pas suffisant.
Le Tribunal ne saurait pas non plus suivre les recourantes qui ont fondé leur comparaison sur les cliniques présentant les tarifs les plus bas sans apporter la moindre preuve de la pertinence de cette comparaison avec l'intimée compte tenu de la lourdeur des cas des patients traités. Elles n'ont pas non plus étayé leur comparaison par des données sur les coûts d'exploitations de ces cliniques établissant l'efficience des tarifs (cf. ATAF 2015/39 consid. 19.8).
18. Enfin, faute de données pertinentes et justifiées, l'argument de la Clinique intimée qui prétend que l'autorité inférieure a rendu une décision neutre, se situant entre le tarif de 370 francs, proposé par les recourantes et de 502.45 francs défendus par elle-même est malfondé.
De surcroît, le gouvernement et l'intimée ne sauraient pas tirer d'arguments en faveur du tarif fixé du fait que les parties tarifaires ont convenu pour 2013 d'un tarif de 440 francs et pour 2014 d'un tarif de 450 francs, seul en l'espèce le tarif 2012 étant litigieux. De plus, l'on ne sait pas sur quels coûts d'exploitations et sur quels examens d'efficience ces tarifs reposent. Dès lors, les mesures d'instruction réclamées de la part de l'intimée, portant sur la production par les recourantes de tout document, décision, accord, rapport et analyse concernant la fixation des tarifs 2013 et 2014, sont superflues.
19. Eu égard à ce qui précède, l'arrêté attaqué n'est pas conforme aux exigences légales. S'agissant de la comptabilité analytique déterminante (consid. 12), des coûts d'immobilisations imputables (consid. 13) et des coûts des prestations d'intérêt général à retrancher (consid. 14), l'autorité inférieure a omis d'établir les faits pertinents d'une façon complète. L'examen de l'économicité du tarif n'est pas non plus conforme à la loi (consid. 17). En conséquence, l'arrêté du 20 mars 2013 doit être annulé.
Faute de données pertinentes, le TAF ne peut pas non plus suivre la conclusion principale des recourantes, tendant à la fixation d'un tarif à hauteur de 386 francs par jour selon la nouvelle définition du séjour hospitalier de l'OFS.
Dès lors, donnant suite à la conclusion subsidiaire des recourantes, l'affaire doit être renvoyée au gouvernement cantonal pour nouvelle instruction du dossier et nouvelle décision au sens de l'art. 61 al. 1 PA. En effet, il n'appartient pas au Tribunal de céans de réclamer les pièces manquantes de la part de l'intimée et d'examiner ensuite les données en détail afin de déterminer les charges d'exploitations effectives et pertinentes (ATAF 2015/39 consid. 20, 2014/36 consid. 16.1.10). De plus, il ne revient pas non plus au TAF de pratiquer un benchmarking à la place de l'autorité inférieure. En matière de fixation de tarif plusieurs décisions relevant de l'appréciation doivent être prises pour lesquelles, en premier lieu, le gouvernement cantonal est compétent et non pas le Tribunal (ATAF 2015/39 consid. 20, 2014/3 consid. 10.4 en relation avec consid. 3.2.7 et 10.1.4 ; cf. aussi consid. 5.2 ci-dessus). Par ailleurs, si le TAF fixait lui-même le tarif par une décision réformatrice, les parties intéressées ne disposeraient que d'une seule instance, sans possibilité de recours (cf. art. 83 let. r de la loi sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]), ce qui serait également délicat au regard de la garantie de l'accès au tribunal, ancrée dans l'art. 29a Cst. (ATAF 2015/39 consid. 20).
20. Vu l'issue du recours, la question de la compensation invoquée par les recourantes ne se pose pas. Du reste, cette question ne constitue pas l'objet du présent litige et peut être convenue entre les partenaires tarifaires (cf. arrêt du TAF C-1220/2012 du 22 septembre 2015 consid. 8.2).
21. Il reste encore à examiner la participation des parties aux frais de procédure et l'allocation des dépens.
21.1
21.2 En vertu de l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. A titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis. Au vu de l'art. 63 al. 2 PA, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure.
21.2.1 L'émolument est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière (cf. art. 63 al. 4bis PA et art. 2 al. 1 FITAF). Dans les contestations non pécuniaires, le montant de l'émolument se situe entre 200 et 5'000 francs et dans les autres contestations entre 200 et 50'000 francs (cf. art. 3 et 4 FITAF). Selon la jurisprudence du Tribunal de céans, bien que les procédures portant sur le tarif soient de nature pécuniaire, l'émolument judiciaire est fixé selon les règles générales de l'art. 63 al. 4bis PA vu que les données fiables permettant de déterminer la valeur litigeuse font régulièrement défaut (ATAF 2010/14 consid. 8).
En l'espèce, compte tenu des affaires similaires, il sied de fixer les frais de procédure à 4'000 francs (cf. arrêt du TAF C-2142/2013 du 20 octobre 2015 consid. 21.2, non publié dans les ATAF 2015/39).
21.2.2 Lorsqu'une partie est déboutée partiellement, ses conclusions sont déterminantes afin de pouvoir évaluer à quelle hauteur elle a succombé et doit participer aux frais de procédure (cf. Michael Beusch, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG), 2008, art. 63 n° 13). Il faut se baser sur ce qu'elle a voulu concrètement (cf. Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2éme édition 2013, n° 4.43 p. 256).
En l'espèce, le TAF estime que suite à l'annulation de l'arrêté attaqué et au renvoi de l'affaire pour nouvelle instruction et décision, les recourantes ont obtenu gain de cause en majeure partie, soit à concurrence des 2/3, et ont succombé pour 1/3. L'intimée qui est partie à la présente procédure (cf. consid. 2 ci-dessus) et a déposé des conclusions propres est considérée comme ayant été déboutée à concurrence des 2/3 (cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n° 4.40 et 4.41 p. 254 ; cf. aussi arrêts du TAF C-6229/2011 du 5 mai 2014 consid. 13.1, C-1390/2008 du 9 mars 2011 consid. 8.1.4).
Dès lors, les recourantes participent aux frais de procédure de 4'000 francs à hauteur de 1/3, soit à 1'333.35 francs. Ce montant est prélevé sur l'avance de frais de procédure de 8'000 francs dont les recourantes se sont acquittées en cours de la procédure (TAF pces 4 à 6) ; le solde de 6'666.65 francs leur sera restitué.
L'intimée doit participer aux frais de procédure à hauteur des 2/3, soit à 2'666.65 francs. Elle versera ce montant sur le compte du Tribunal dans un délai de 30 jours dès notification de l'arrêt.
21.3
21.3.1 Selon les art. 64 PA et 7 FITAF, le Tribunal peut allouer à la partie ayant obtenu gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. En vertu de l'art. 7 al. 2 FITAF, lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion. Aux termes de l'art. 64 al. 2 PA, lorsque les dépens ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, ils sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie (cf. art. 8 al. 1 FITAF).
Le TAF fixe l'indemnité d'office dans le cas où il n'a pas reçu de décomptes (cf. art. 14 al. 2 FITAF), en tenant compte de l'importance et de la difficulté du litige, ainsi que du travail et du temps y consacré.
21.3.2 En l'espèce, aucun décompte n'ayant été présenté, le Tribunal, estime qu'un forfait de 6'000 francs (TVA et frais inclus) devrait être alloué à la partie qui a obtenu gain de cause totale.
Les recourantes ayant obtenu gain de cause à concurrence des 2/3 ont droit à une indemnité à titre de dépens de 4'000 francs à charge de l'intimée. Il est précisé que les recourantes 1, 38, 43 et 45 ont aussi droit aux dépens. En effet, les recourantes représentées par des avocats ont droit à des dépens qui sont une indemnité pour les frais (de représentation; cf. art. 8 al. 1 FITAF cité) nécessaires qu'elles ont encourus du fait du recours (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, Volume II : Les actes administratifs et leur contrôle, 3ème édition 2011, p. 828). La question de savoir si les coûts occasionnés étaient nécessaires s'examine à la lumière de l'état de la procédure tel qu'il se présentait aux recourantes au moment où les frais ont été engendrés (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_445/2009 du 23 février 2010 consid. 5.3; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème édition 2013, ch. 4.62 et 4.68, pp. 262 et 265 s.; Philippe Weissenberger/Astrid Hirzel, Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz (VwVG), 2ème édition 2016, art. 7 VGKE [FITAF] ch. 9 p. 1499). Or, en l'espèce, les recourantes 1, 38, 43 et 45, qui se représentent elles-mêmes depuis 2016 (TAF pce 29), ont été représentées, tout comme les autres recourantes, durant toute l'instruction de la présente cause par tarifsuisse sa, respectivement par les avocats mandatés, ce qui justifie leur participation aux dépens.
L'intimée ayant obtenu gain de cause à concurrence de 1/3, il se justifie de lui allouer une indemnité à titre de dépens de 2'000 francs (y compris les frais et la TVA) à charge des recourantes. Ce montant est toutefois entièrement compensé avec les dépens de 4'000 francs qu'elle doit aux recourantes.
En conséquence, l'intimée versera aux recourantes une indemnité à titre de dépens de 2'000 francs (y compris les frais et la TVA).
Eu égard à l'art. 7 al. 3 FITAF, l'autorité intimée n'a pas droit aux dépens.
22. La présente décision est définitive. En application de l'art. 83 let. r de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110), les décisions en matière d'assurance-maladie rendues par le Tribunal de céans en vertu de l'art. 33 let. i LTAF en relation avec l'art. 53 al. 1 LAMal ne peuvent pas être attaquées devant le Tribunal fédéral (ceci même si l'art. 34 LTAF, auquel se réfère l'art. 83 let. r LTF, a été abrogé le 1er janvier 2009 et remplacé par les art. 53 al. 1 et 90a LAMal).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis partiellement.
2. L'arrêté du 20 mars 2013 est annulé et l'affaire renvoyée au gouvernement cantonal pour complément d'instruction et nouvelle décision.
3.
3.1 Les frais de procédure s'élèvent à 4'000 francs.
3.2 Les recourantes participent aux frais de procédure à hauteur de 1'333.35 francs. Ce montant est prélevé sur l'avance de frais de 8'000 francs déjà versée par les recourantes ; le solde de 6'666.65 francs leur sera restitué.
3.3 L'intimée participe aux frais de procédure à hauteur de 2'666.65 francs. Elle versera ce montant sur le compte du Tribunal dans un délai de 30 jours dès notification du présent arrêt.
4. L'intimée versera aux recourantes une indemnité à titre de dépens de 2'000 francs.
5. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourantes (Acte judiciaire ; annexe : formulaire adresse de paiement)
- à CSS Assurance-maladie SA (Droit & Compliance, Versicherungsrecht, Tribschenstrasse 21, Case postale 2568, 6002 Lucerne) 4 exemplaires pour elle-même, INTRAS Assurance-maladie SA, Arcosana SA et Sanagate SA (Acte judiciaire)
- à l'intimée (Acte judiciaire ; annexe : bulletin de versement)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ID 424639/SC ; Acte judiciaire)
- à l'Office fédéral de la santé publique (Recommandé)
- à la Surveillance des prix (Recommandé)
La présidente du collège :
La greffière :
Madeleine Hirsig-Vouilloz
Barbara Scherer
Expédition :