bvger · A-1612/2006 · 2009-07-09 · de
A-1612/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1612/2006 und A-1613/2006
Urteil vom 9. Juli 2009
Besetzung
Richter Michael Beusch (Vorsitz), Richterin Salome Zimmermann, Richter Lorenz Kneubühler,
Gerichtsschreiberin Nadine Mayhall.
Parteien
X._______,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1998 bis 2. Quartal 2003).
Sachverhalt:
A.
Die X._______ ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in ... . Gemäss Handelsregisterauszug ist sie im Sektor Energie tätig und kann sich insbesondere an Gesellschaften im In- und Ausland mit ähnlicher Zwecksetzung beteiligen. Sie ist seit dem 1. Januar 1995 als Steuerpflichtige im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen.
B.
B.a Am ... schloss die X._______ mit der A._______, ..., einen Vertrag über den Transport von Energie von der französisch/schweizerischen Grenzen bis zur Schaltanlage ...; unter französisch/schweizerischer Grenze ist gemäss vertraglicher Vereinbarung sowohl die französisch/deutsche als auch die französisch/schweizerische Grenze zu verstehen (Einleitung Vertrag). Die X._______ ging die Verpflichtung ein, im Kernkraftwerk E._______, ..., erzeugte Energie an der französisch/deutschen Grenzen zu übernehmen und sie zur Schaltanlage ... zu transportieren (Art. 1 Ziff. 1 und 2 Vertrag).
Zur Durchführung dieses Transports erklärte sich die X._______ bereit, einerseits einen Teil der Transportkapazität ihres Miteigentumsanteils an der 380 kV-Leitung "... - ..." und der Schaltanlage ... sowie andererseits - zwecks Erhöhung der Verfügbarkeit des Transportwegs - Teile der Transportkapazität ihres Miteigentumsanteils an der 380 kV-Leitung "... - ... - ..." und der von ihr mitbenützten Schaltanlagen zur Verfügung zu stellen (Art. 1 Ziff. 3 Vertrag). Nach übereinstimmender Sachverhaltsdarstellung verläuft die 380 kV-Leitung "... - ..." praktisch ausschliesslich auf ausländischem Staatsgebiet, während der Energietransport über die 380 kV-Leitung "... - ... - ..." im Umfang von 37/127 im Ausland erfolgt.
Der oben stehende Vertrag regelte zudem die der X._______ für diesen Energietransport zustehende Entschädigung für die Dauer ab ... bis ... (Art. 2 Vertrag). Die Vertragsparteien verpflichteten sich jedoch für den Fall, dass die Blöcke E._______ 2 und 3 über diesen Zeitraum hinaus betrieben würden, sich über die Modalitäten der Transportentschädigung neu zu verständigen (Art. 3 Ziff. 2 Vertrag). Nachdem die Blöcke E._______ 2 und 3 über diesen Zeitraum hinaus betrieben wurden, kamen die Partner der A._______ am ... überein, die Entschädigungen neu zu regeln (Einleitung Vertrag vom ...).
B.b Mit Vertrag vom ... verpflichtete sich die X._______ rückwirkend per ... zum Energietransport und zur Verfügungsstellung von Infrastruktur gemäss den Bestimmungen des Vertrags vom ..., wobei sich die Vertragsparteien auf eine Vertragsdauer bis ... einigten (Art. 6 Vertrag). Der Berechnung der Transportentschädigung legten die Vertragsparteien übereinstimmend die Annahme zu Grunde, dass zwei Drittel der Beteiligungsenergie, welche der A._______ aus E._______ 2 und 3 zusteht, über die Leitung "... - ..." und ein Drittel davon über die Leitung "... - ... - ..." transportiert wird (Art. 1 Ziff. 1.3 Vertrag).
Für den Transport der E._______-Energie bis zur französisch-schweizerischen Grenze stellte die G._______ der X._______ am ... eine Rechnung über ... (exklusive Mehrwertsteuer) aus. Mit Rechnung vom ... verrechnete die X._______ diese Kosten zuzüglich Spesen und 6.5 % MWST der A._______ weiter. Per Valuta vom ... überwies die A._______ den in Rechnung gestellten Betrag in Höhe von Fr. ... auf ein Bankkonto der X._______.
C.
C.a Die X._______ und die A._______ schlossen am ... einen Vertrag über Energielieferungen aus der nuklearen Erzeugung der G._______ betreffend die Blöcke 3 und 4 des Kernkraftwerks F._______, ... . Gemäss diesem Vertrag waren die Bedingungen für den Transport dieser F._______-Energie analog zu den für den Transport der E._______-Energie geltenden Regelungen festzulegen (Einleitung des Vertrags vom ...).
C.b Mit Vertrag vom ... regelten die X._______ und die A._______ - in Anlehnung an den oben genannten Vertrag - die Bedingungen des F._______-Energietransports von der französisch-schweizerischen Grenze zu der Schaltanlage ... . Gemäss dieser Vereinbarung hatte die X._______ die F._______-Energie an der französisch-schweizerischen Grenze von der G._______ zu übernehmen und anschliessend zu der Schaltanlage ... zu transportieren; die Übergabe der Energie an die A._______ hatte an der 380 kV-Sammelschiene der Schaltanlage ... zu erfolgen (Art. 2 des Vertrags).
Zur Durchführung dieses Transports erklärte sich die X._______ bereit, einerseits einen Teil der Transportkapazität ihres Miteigentumsanteils an der 380 kV-Leitung "... - ..." und der Schaltanlage ... sowie andererseits - zwecks Erhöhung der Verfügbarkeit des Transportwegs - Teile der Transportkapazität ihres Miteigentumsanteils an der 380 kV-Leitung "... - ... - ..." und der von ihr mitbenützten Schaltanlagen zur Verfügung zu stellen (Art. 2 Ziff. 4 Vertrag; zum Verlauf der Linie vgl. oben B.a).
Die Entschädigung, welche die A._______ der X._______ für den Energietransport zu entrichten hatte, bestand aus einer einmaligen Kapitalabfindung in Höhe von total Fr. ... (Art. 3 Ziff. 1 und 2 Vertrag). Des Weiteren verpflichtete sich die A._______ zu einer Abgeltung in natura der mit dem Energietransport entstehenden Verluste (Art. 3 Ziff. 3 Vertrag).
Aufgrund der getroffenen Vereinbarung überwies die A._______ mit Valuta vom ... den vereinbarten Betrag in Höhe von Fr. ... auf ein Bankkonto der X._______.
D.
D.a Am ... schloss die X._______ zwei Verträge mit der G._______ ab. Die G._______ verpflichtete sich, der X._______ für den Zeitraum ... bis ... (Vertrag ...) bzw. ... bis ... (Vertrag ...) elektrische Energie zu liefern bzw. zum Bezug zur Verfügung zu stellen (Art. 3 der genannten Verträge). Die X._______ verpflichtete sich ihrerseits zur Zahlung einer fixen Summe von ... für den Vertrag ... und ... für den Vertrag ... . Rund die Hälfte dieser Summe war im Verlaufe des Jahres ... zu leisten; der restliche Betrag wurde am ... sowie am ... zur Bezahlung fällig (Préambule, Art. 7.1). Zusätzlich zum Lieferungspreis war auch ein (proportionaler) Betrag für die effektiv bezogenen Strommengen geschuldet. Vertraglich wurde vereinbart, dass die G._______ monatlich Rechnung für die gelieferte Energie bzw. die proportionalen Kosten stellt (Art. 7.2, 8).
Mit Gründungs- und Partnervertrag vom ... gründete die X._______ zusammen mit weiteren Kraftwerkgesellschaften zwecks Abwicklung der genannten Verträge und Sicherstellung der dazu erforderlichen Finanzierung die Y._______ mit Sitz in ... (Art. 2 Gründungs- und Partnervertrag). Die Parteien vereinbarten, dass die X._______ die ihr vertraglich zustehenden Strombezugsrechte sowie die entsprechenden Zahlungsverpflichtungen auf die Y._______ übertragen wird (Art. 2). Des Weiteren gingen die Parteien die Verpflichtung ein, Anteile an diesen Strombezugsrechten zu übernehmen (Art. 3) und im Verhältnis der von ihnen übernommenen Strombezugsrechte der Y._______ die für die Finanzierung der entsprechenden Energielieferungsverträge erforderlichen Eigenmittel in Form von Aktienkapital und Partnervorschüssen zur Verfügung zu stellen (Art. 6) sowie sämtliche Kosten zu tragen, welche der Y._______ aus dem Abschluss des Vertrags zwischen ihr und der X._______ erwachsen (Art. 7). Insbesondere verpflichteten sich die Parteien, anteilsmässig die Jahreskosten der Y._______ zu übernehmen sowie die proportionalen Kosten für die Energielieferungen nach Massgabe des tatsächlichen Energiebezugs zu tragen (Art. 7).
Die X._______ übertrug mit zwei Verträgen vom ... die ihr aus Vertrag mit der G._______ zustehenden Strombezugsrechte sowie die entsprechende Vorauszahlungsverpflichtung auf die Y._______. Mit als Darlehensvertrag bezeichneter Vereinbarung desselben Datums ging die X._______ die Verpflichtung ein, der Y._______ für die Vorfinanzierung des Vertrags ... in Höhe von ... ein - ihrem Anteil an Strombezugsrechten in Höhe von ... entsprechendes - Darlehen von rund Fr. ... (abzüglich des bereits bei der Gründung der Y._______ geleisteten Anteils der X._______ am Aktienkapital der Y._______) per ... zu gewähren (Ziff. 2 Einleitung; Ziff. 1 Vertrag). Das Darlehen wurde somit in zwei Teilbeträge unterteilt: Der dem ... %-igen Aktienkapital der X._______ entsprechende Anteil der jeweiligen Zahlungen an G._______ wurde als Partnervorschuss I bezeichnet; der diesen Anteil übersteigenden Betrag als Partnervorschuss II (Ziff. 4 Vertrag). Die Parteien legten weiter fest, dass der Partnervorschuss II zu marktüblichen Konditionen zu verzinsen sei (Ziff. 5.2 Vertrag), die aufgelaufenen Zinsen - wie das Darlehen der X._______ auch - auf einem Separatkonto zu führen seien (Ziff. 5.4 - Ziff. 5.5 Vertrag) und der Saldo dieses Kontos am Ende der Vorfinanzierungsfrist den Betrag der fixen Kosten darstelle, welcher während der Dauer der Energielieferungen an die X._______ abzuschreiben seien (Ziff. 5.5 Vertrag). Gemäss Ziff. 5.6 des genannten Darlehensvertrags war die Investition gemäss Anlagekonto X._______ ab Beginn der Energielieferungen, d.h. ab ..., zu amortisieren.
D.b Im Zuge der Umstellung der Abschreibungsmethode von Annuität auf Linear per ... stellte die Y._______ am ... der X._______ eine Rechnung über Fr. ... (inkl. 6.5% MWST) aus. Auf der Rechnung wurde vermerkt, dass der Rechnungsbetrag mit der Gutschrift "Abschreibungen auf Partnerdarlehen SBR 1" verrechnet wird. Gleichentags stellte die Y._______ der X._______ im Zusammenhang mit dem Partnerdarlehen SBR 1 (Umstellung der Abschreibungsmethode | Annuität auf Linear per ...) eine Gutschrift in Höhe von Fr. ... (inkl. 6.5% MWST) aus. Auf der Gutschrift wurde vermerkt, dass der Betrag der Gutschrift mit der Rechnung "Umstellung der Abschreibungsmethode SBR 1" verrechnet wird.
Gemäss übereinstimmender Sachverhaltsdarstellung der X._______ und der Vorinstanz hat die X._______ in ihrer Buchhaltung weder die besagte Rechnung noch die Gutschrift verbucht.
E.
E.a Im Zeitraum Juni - September 2003 unterzog die ESTV die X._______ einer Kontrolle. Gegenstand dieser Kontrolle war der Zeitraum 1. Januar 1998 - 30. Juni 2003. In der Folge erstellte die ESTV zwei Ergänzungsabrechnungen (EA).
Mit EA Nr. ... belastete die ESTV der X._______ für den Zeitraum 1. Januar 1998 - 31. Dezember 2000 Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. ... zuzüglich Verzugszins nach. In Ziff. 3b) dieser EA Nr. ... machte die ESTV Steuerforderungen betreffend Energietransporte E._______ (vgl. oben, B.b) in Höhe von Fr. ... und in Ziff. 3a) betreffend Energietransporte F._______ (vgl. oben, C.b) in Höhe von Fr. ... geltend, mit denen sie die Steuersatzerhöhung per 1. Januar 1999 berücksichtigte.
Mit EA Nr. ... belastete die ESTV der X._______ zudem für den Zeitraum 1. Januar 2001 - 30. Juni 2003 Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. ... nach. In Ziff. 3b) dieser EA Nr. ... machte die ESTV Steuerforderungen betreffend Energietransporte E._______ (vgl. oben, B.b) in Höhe von Fr. ... und in Ziff. 3a) betreffend Energietransporte F._______ (vgl. oben, C.b) in Höhe von Fr. ... geltend, mit denen sie die Steuersatzerhöhung per 1. Januar 2001 berücksichtigte.
E.b Mit Schreiben vom 12. November 2003 informierte die X._______ die ESTV darüber, dass sie zwecks Vermeidung von Verzugszinsen den nachgeforderten Betrag in Höhe von Fr. ... per 20. November 2003 der ESTV überweisen werde. Gleichzeitig wies die X._______ die ESTV daraufhin, dass sie die Rechtmässigkeit der Steueraufrechnung und allfälliger Verzugszinsen bestreite und die Zahlung somit unter Vorbehalt geleistet werde; im Übrigen stelle die Zahlung auch keinen Verzicht auf die Einrede der Verjährung dar. Des Weiteren stellte die X._______ eine substantiierte Bestreitung der Steueraufrechnungen in den nächsten Wochen in Aussicht und ersuchte die ESTV somit, bis auf Weiteres keinen Entscheid in vorliegender Angelegenheit zu fällen.
In der Folge bestritt die X._______ mit Schreiben vom 27. Februar 2004 die EA Nr. ... betreffend den Zeitraum 1. Januar 1998 - 31. Dezember 2000 im Umfang von Fr. ... und die EA Nr. ... betreffend den Zeitraum 1. Januar 2001 - 30. Juni 2003 im Umfang von Fr. ... und reichte die entsprechenden Beweismittel ein.
Aufgrund dieser Bestreitung stornierte die ESTV die EA Nr. ... (Ziff. 1 Bst. e) mit Gutschrift Nr. ... teilweise und schrieb der X._______ für den Zeitraum vom 1. Januar 1998 - 31. Dezember 2000 Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. ... gut. In den übrigen Punkten hielt die ESTV an ihrer Aufrechnung fest.
Mit Schreiben vom 25. Mai 2004 nahm die X._______ zudem zu Ziff. 1 Bst. g der EA Nr. ... Stellung und reichte das Formular zur Meldung nach Art. 47 Abs. 3 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) nach.
Am 15. Juni 2004 erliess die ESTV in Anwendung von Art. 63 Abs. 1 MWSTG zwei begründete Entscheide. Die ESTV verfügte, dass die X._______ für das 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 zu Recht Fr. ... an Mehrwertsteuern bezahlt und noch Verzugszinsen zu 5 % seit 28. Februar 2000 zu leisten habe. Für den Zeitraum 1. Quartal 2001 bis 2. Quartal 2003 verfügte die ESTV, dass die X._______ zu Recht Fr. ... an Mehrwertsteuern bezahlt und noch Verzugszinsen zu 5 % seit 31. Juli 2002 zu leisten habe.
E.c Gegen diese beiden Entscheide erhob die X._______ Einsprache und beantragte, diese Entscheide seien unter Kosten- und Entschädigungsfolge aufzuheben und der X._______ sei für den Zeitraum 1. Januar 1998 - 31. Dezember 2000 eine Gutschrift über Fr. ... und für den Zeitraum 1. Januar 2001 - 30. Juni 2003 eine Gutschrift über Fr. ... zuzüglich Verzugszins von 5 % seit 19. November 2003 zu erteilen.
Mit zwei Einspracheentscheiden vom 15. Mai 2006 hiess die ESTV die beiden Einsprachen teilweise gut.
Sie verfügte, dass die X._______ für den Zeitraum 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 zu Recht Fr. ... an Mehrwertsteuern bezahlt und noch Verzugszins von 5 % seit 28. Februar 2000 zu leisten habe. In Folge stornierte die ESTV die EA Nr. ... teilweise mit Gutschrift Nr. ... und schrieb der X._______ für den Zeitraum 1. Januar 1998 - 31. Dezember 2000 Mehrwertsteuern in der Höhe von insgesamt Fr. ... gut. Die ESTV bestätigte hingegen insbesondere die Aufrechnungen in Ziff. 3a) und 3b) der EA Nr. ... (Einspracheentscheid vom 15. Mai 2006 betreffend den Zeitraum 1998 - 2000 Ziff. 4.2. und 4.3), berücksichtigte jedoch, dass der Energietransport im Umfang von 37/127 im Ausland erfolgt war und schrieb der X._______ diesbezüglich mit Gutschrift Nr. ... Fr. ... (betreffend Energietransport F._______) und Fr. ... (betreffend Energietransport E._______) gut. Im Ergebnis hielt die ESTV somit mit Einspracheentscheid vom 15. Mai 2006 im Umfang von Fr. ... an den Steueraufrechnungen für die Steuersatzerhöhung 1999 betreffend Energietransport F._______ und im Umfang von Fr. ... an den Steueraufrechnungen für die Steuersatzerhöhung 1999 betreffend Energietransport E._______ fest.
Ebenso verfügte die ESTV, dass die X._______ für den Zeitraum 1. Quartal 2001 bis 2. Quartal 2003 zu Recht Fr. ... an Mehrwertsteuern bezahlt und noch Verzugszins von 5 % seit 31. Juli 2002 zu bezahlen habe. Aufgrund der teilweisen Gutheissung der Einsprache stornierte die ESTV die EA Nr. ... teilweise mit Gutschrift Nr. ... und schrieb der X._______ für den Zeitraum 1. Januar 2001 - 30. Juni 2003 Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. ... gut. In den übrigen Punkten hielt die ESTV an ihren Steueraufrechnungen fest. Sie bestätigte dabei insbesondere die Aufrechnungen in Ziff. 3a) der EA Nr. ... (Einspracheentscheid vom 15. Mai 2006 betreffend den Zeitraum 2001 - 2003 Ziff. 3) betreffend Energietransport F._______; eine Reduktion der Mehrwertsteuer aufgrund von Energietransport im Ausland erfolgte - im Gegensatz zu der Aufrechnung für die Steuersatzerhöhung 1999 - in diesem Zusammenhang nicht. Die Aufrechnungen für die Energietransporte E._______ (EA Nr. ... Ziff. 3b) waren hingegen weder Gegenstand der Einsprache des Beschwerdeführers vom 15. Juni 2004 noch des Einspracheentscheids vom 15. Mai 2006.
E.d Am 2. Juni 2006 beanstandete die X._______, dass sich das Dispositiv des Einspracheentscheids nicht zum Antrag betreffend Vergütungszins von 5 % auf dem unter Vorbehalt geleisteten Betrag äussere. Mit Schreiben vom 6. Juni 2006 bestätigte die ESTV unter Bezugnahme auf die beiden Einspracheentscheide vom 15. Mai 2006, dass ein Vergütungszins von 5 % auf den von der ESTV zu Unrecht eingeforderten und von der Steuerpflichtigen bezahlten Mehrwertsteuerbeträgen gewährt werde. Am 8. Juni 2006 stellte die ESTV der X._______ eine Zinsabrechnung zu. Danach schuldete die ESTV der X._______ einen Vergütungszins in Höhe von Fr. ... .
F.
Mit Beschwerde vom 15. Juni 2006 gelangte die X._______ (Beschwerdeführerin) an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) und beantragte, die beiden Einspracheentscheide vom 15. Mai 2006 seien unter Kosten- und Entschädigungsfolge teilweise aufzuheben und es sei festzustellen, dass sie für den Zeitraum 1. Januar 1998 - 31. Dezember 2000 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... sowie für den Zeitraum 1. Januar 2001 - 30. Juni 2003 keine Steuer in Höhe von Fr. ... schulde. Des Weiteren stellt die Beschwerdeführerin den Antrag, es sei festzustellen, dass die ESTV auf dem von der Beschwerdeführerin unter Vorbehalt bezahlten Betrag im Umfang von Fr. ... Vergütungszins in Höhe von 5 % seit dem 19. November 2003 schulde. Die ESTV sei zudem zu verpflichten, den Betrag in Höhe von Fr. ... zuzüglich Vergütungszins auf das angegebene Bankkonto der Beschwerdeführerin zu überweisen.
In ihrer Vernehmlassung vom 14. September 2006 hielt die ESTV vollumfänglich an den zwei angefochtenen Einspracheentscheiden vom 15. Mai 2006 fest und beantragte, die Beschwerde sei unter Kostenfolge abzuweisen.
Am 19. Februar 2007 teilte das Bundesverwaltungsgericht den Verfahrensbeteiligten mit, es habe das vorliegende Verfahren zuständigkeitshalber übernommen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Bis zum 31. Dezember 2006 unterlagen Einspracheentscheide der ESTV der Beschwerde an die SRK (Art. 53 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer [MWSTV, AS 1994 1464] bzw. Art. 65 MWSTG in der Fassung vom 1. Januar 2001 [AS 2000 1300], aufgehoben per 31. Dezember 2006). Das Bundesverwaltungsgericht übernimmt, sofern es zuständig ist, die zu diesem Zeitpunkt bei der SRK hängigen Rechtsmittel (vgl. Art. 53 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht [Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32]).
Das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), soweit das VGG nichts anderes bestimmt (Art. 2 Abs. 4 VwVG; Art. 37 VGG). Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 VwVG, sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist (Art. 31 VGG). Eine solche liegt nicht vor. Die Vorinstanz ist zudem als Behörde im Sinne von Art. 33 VGG zu qualifizieren. Das Bundesverwaltungsgericht ist daher für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde sachlich wie funktionell zuständig. Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Grundsätzlich bildet jeder vorinstanzliche Entscheid ein selbständiges Anfechtungsobjekt und ist deshalb einzeln anzufechten. Eine Abweichung von diesem Grundsatz in Form der Anfechtung in einem gemeinsamen Verfahren mit einem einzigen Urteil rechtfertigt sich dann, wenn die einzelnen Sachverhalte in einem engen inhaltlichen Zusammenhang stehen und sich in allen Fällen gleiche oder ähnliche Rechtsfragen stellen (vgl. BGE 131 V 222 E. 1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-7342/2008 und A-7426/2008 vom 5. März 2009 E. 1.3 mit Hinweisen). Ein solches Vorgehen dient der Verfahrensökonomie und liegt im Interesse aller Beteiligten (ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, N. 3.17).
Die Voraussetzungen für eine Verfahrensvereinigung sind vorliegend erfüllt, ist doch in beiden Fällen dasselbe Steuersubjekt betroffen, stehen die Sachverhalte in engem inhaltlichen Zusammenhang und stellen sich gleiche oder gleichartige Rechtsfragen. Die Verfahren A-1612/2006 und A-1613/2006 sind zu vereinigen.
1.3
1.3.1 Der Streitgegenstand bestimmt sich durch den Gegenstand des angefochtenen Entscheids und durch die Parteibegehren, wobei der angefochtene Entscheid den möglichen Streitgegenstand begrenzt (BGE 133 II 181 E. 3.3; ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, N. 403 f.). In Übereinstimmung mit dieser Definition des Streitgegenstandes ist festzuhalten, dass das Beschwerdeverfahren grundsätzlich von der Dispositionsmaxime beherrscht wird. Das Gericht spricht den Parteien im Fall einer Gutheissung nicht mehr zu, als sie beantragt haben, bei Abweisung einer Beschwerde auch nicht weniger, als ihnen die Vorinstanz zugebilligt hat (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., N. 3.198). Art. 62 VwVG relativiert jedoch die grundsätzliche Geltung der Dispositionsmaxime zugunsten der Offizialmaxime dahingehend, dass die Rechtsmittelinstanz über die Anträge der Parteien hinausgehen (Art. 62 Abs. 1 VwVG) sowie die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei abändern kann, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen bzw. unvollständigen Sachverhaltsfeststellung beruht (Art. 62 Abs. 2 VwVG). Das Bundesverwaltungsgericht wendet das Recht von Amtes wegen an und ist an die rechtliche Begründung der Begehren nicht gebunden (Art. 62 Abs. 4 VwVG).
1.3.2 Die Beschwerdeführerin beantragt, die beiden Einspracheentscheide vom 15. Mai 2006 seien unter Kosten- und Entschädigungsfolge teilweise aufzuheben und es sei festzustellen, dass sie für den Zeitraum 1. Januar 1998 - 31. Dezember 2000 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... sowie für den Zeitraum 1. Januar 2001 - 30. Juni 2003 keine Steuer in Höhe von Fr. ... schulde. Die Beschwerde wird mit den Steueraufrechnungen Y._______ (Ziff. 2 Einspracheentscheid betr. 1998 - 2000; Umfang Fr. ...), Steuersatzerhöhungen F._______ (Ziff. 4.1 und 4.2 Einspracheentscheid betr. 1998 - 2000; Umfang Fr. ... | Ziff. 3 Einspracheentscheid betr. 2001 - 2003; Umfang Fr. ...) und der Steuersatzerhöhung E._______ (Ziff. 4.3 Einspracheentscheid 1998 - 2000; Umfang Fr. ...) begründet; in den übrigen Punkten blieb der angefochtene Entscheid unbestritten. Die Beschwerdeführerin beantragt damit eine Aufhebung des angefochtenen Entscheids im Umfang der erwähnten bestrittenen Nachbelastungen sowie die Anweisung an die ESTV, ihr diesen Betrag auszubezahlen.
Des Weiteren beantragt die Beschwerdeführerin die Festlegung des von der ESTV allenfalls geschuldeten Vergütungszinses (oben, Sachverhalt Bst. F) und die Anweisung an die Vorinstanz, ihr diesen Betrag zu überweisen. Der Streitgegenstand vor Bundesverwaltungsgericht bleibt damit auf die vorliegend noch bestrittenen Nachbelastungen und den Vergütungszins beschränkt, wobei das Gericht an die Beschwerdebegründung nicht gebunden ist.
1.4 Gemäss der Regelung von Art. 8 VwVG hat eine Behörde, welche sich als unzuständig erachtet, die Sache ohne Verzug an die zuständige Behörde zu überweisen. Die Überweisung stellt keine blosse Befugnis, sondern eine Pflicht dar; entsprechend ist die Überweisung nicht an ein bestimmtes Verfahrensstadium gebunden und hat auch zu erfolgen, wenn bereits ein Verfahren eröffnet und ein Schriftenwechsel durchgeführt worden ist (THOMAS FLÜCKIGER, in Bernhard Waldmann/Philippe Weissenberger [Hrsg.], VwVG, Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zürich/Basel/Genf 2009, N. 3 ff. ad Art. 8). Die Überweisung lässt die Rechtshängigkeit unberührt (FLÜCKIGER, a.a.O., N. 27 ad Art. 8).
1.5 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1998 bis Mitte 2003, so dass auf die vorliegende Beschwerde betreffend den Sachverhalt bis Ende 2000 noch damaliges Recht und für die restliche Zeit neues Recht anwendbar ist (Art. 93 und 94 MWSTG).
2.
2.1 Der Mehrwertsteuer im Inland unterliegen die entgeltliche Lieferung von Gegenständen, die entgeltlich erbrachten Dienstleistungen, der Eigenverbrauch sowie der entgeltliche Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland, sofern sie nicht ausdrücklich von der Besteuerung ausgenommen oder befreit sind (Steuerobjekt; Art. 4 MWSTV, Art. 14 und 15 MWSTV; Art. 5 MWSTG, Art. 18 und 19 MWSTG).
2.2 Eine Lieferung im Sinne des Mehrwertsteuerrechts liegt vor, wenn die Befähigung verschafft wird, im eigenen Namen über einen Gegenstand wirtschaftlich zu verfügen (Art. 5 Abs. 1 MWSTV; Art. 6 Abs. 1 MWSTG). Als Dienstleistung gilt hingegen jede Leistung, die nicht als Lieferung eines Gegenstandes qualifiziert werden kann (Art. 6 Abs. 1 MWSTV; Art. 7 Abs. 1 MWSTG). Mit dieser Formulierung wird im Sinn eines Auffangtatbestandes sichergestellt, dass sämtliche Leistungen als Dienstleistungen erfasst werden, wenn es sich nicht ausdrücklich um eine Lieferung handelt. Damit sollen allfällige Besteuerungslücken vermieden werden (vgl. dazu Parlamentarische Initiative Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer [Dettling], Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 28. August 1996 [Bericht WAK-N] zu Art. 7 Entwurf-MWSTG, BBl 1996 V 732; ebenso: ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2003, N. 275).
Im Rahmen der Abgrenzung der Lieferung von der Dienstleistung gilt zu beachten, dass Leistungen, die miteinander verbunden sind (sog. Leistungseinheit, auch Gesamtleistung, Leistungsbündel oder Leistungskomplex genannt), im Mehrwertsteuerrecht (MWSTV und MWSTG) unter gegebenen Voraussetzungen als einheitlicher wirtschaftlicher Vorgang behandelt werden. Die grundsätzliche Behandlung von Leistungskomplexen, d.h. von Leistungen mit verschiedenen Komponenten, ist in Art. 36 Abs. 4 MWSTG (im Gegensatz zur MWSTV) ausdrücklich geregelt. Diese Bestimmung unterscheidet zwischen Gesamtleistungen (Art. 36 Abs. 4 Satz 1 MWSTG) und Leistungen, die aus Haupt- und Nebenleistungen bestehen (Art. 36 Abs. 4 Satz 2 MWSTG).
Leistungskomplexe gelten als einheitlicher wirtschaftlicher Vorgang, wenn sie wirtschaftlich eng zusammengehören und so ineinander greifen, dass sie als unteilbares Ganzes anzusehen sind. Übt die Steuerpflichtige eine Reihe von einzelnen Tätigkeiten aus, die auf ein einheitliches wirtschaftliches Ziel gerichtet sind, liegt eine Leistungseinheit indes nur dann vor, wenn die einzelnen Teile sachlich, zeitlich und vom wirtschaftlichen Gehalt her in einer derart engen Verbundenheit stehen, dass sie untrennbare Komponenten eines Vorgangs verkörpern, der das gesamte Handeln umfasst. Auf die einzelnen Leistungskomponenten der Leistungseinheit sind jeweils die Vorschriften - z.B. bezüglich Ort der Besteuerung, Steuersatz oder Steuerbefreiungsvorschriften - einheitlich anzuwenden. Liegt eine Leistungseinheit vor, erfolgt die mehrwertsteuerliche Behandlung nach der für diese wesentlichen Eigenschaft, d.h. nach der Leistung, welche wirtschaftlich betrachtet im Vordergrund steht. Sind in einer Leistungseinheit sowohl Lieferungen als auch Dienstleistungen enthalten, so richtet sich deren einheitliche Behandlung (entweder als Lieferung oder aber als Dienstleistung) nach dem wirtschaftlichen Kerngehalt der gesamthaften Leistung (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2A.567/2006 vom 25. April 2007 E. 4.3, 2A.452/2003 vom 4. März 2004 E. 3.1; vgl. statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1536/2006 und A-1537/2006 vom 16. Juni 2008 E. 2.3 mit Hinweisen).
Liegt eine Hauptleistung mit einer oder mehreren akzessorischen Nebenleistungen vor, richtet sich die steuerliche Beurteilung der Nebenleistung(en) stets nach den Eigenschaften der Hauptleistung; diese stellt den Kern der zu erbringenden Leistung dar. Liegt weder eine Gesamtleistung noch eine Haupt- mit Nebenleistung vor, so handelt es sich um mehrere selbständige Leistungen, die mehrwertsteuerrechtlich getrennt zu behandeln sind (vgl. zum Ganzen Urteile des Bundesgerichts 2A.567/2006 vom 25. April 2007 E. 4.3, 2A.452/2003 vom 4. März 2004 E. 3.1, je mit Hinweisen; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1536/2006 und A-1537/2006 vom 16. Juni 2008 E. 2.3 mit Hinweisen).
2.3 Bestand und Umfang der Lieferung im Sinne von Art. 5 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 6 Abs. 1 MWSTG werden - wie alle mehrwertsteuerlichen Leistungen - nicht in erster Linie nach zivilrechtlichen, sondern nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien definiert (anstatt vieler: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1342/2006 vom 3. Mai 2007 E. 2.3.2 mit Hinweisen; PATRICK IMGRÜTH, in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 1 zu Art. 6). Entsprechend setzt die Verschaffung der wirtschaftlichen Verfügungsmacht im Sinne von Art. 5 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 6 Abs. 1 MWSTG die Einräumung der Befähigung an einen Abnehmer, wie ein Eigentümer über einen Gegenstand verfügen zu können, voraus; die Übertragung rechtlicher Verfügungsmacht ist hingegen nicht erforderlich (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1342/2006 vom 3. Mai 2007 E. 6.1; PATRICK IMGRÜTH, a.a.O., N. 1 zu Art. 6; CAMENZIND/HONAUER/ VALLENDER, a.a.O., N. 209, 212).
Die Verschaffung der wirtschaftlichen Verfügungsmacht gehört demzufolge prinzipiell zum Grundtatbestand der Lieferung. Der Lieferbegriff erfährt in Abs. 2 von Art. 5 MWSTV bzw. Art. 6 MWSTG indes in zwei Richtungen eine wesentliche Erweiterung: So gilt die Überlassung eines Gegenstandes zum Gebrauch oder zur Nutzung - etwa im Rahmen von Dauerverträgen wie Miete und Pacht, von Gebrauchsleihe, Nutzniessungen, Dienstbarkeiten - ebenfalls als Lieferung (jeweils Bst. b). Von einer Lieferung ist des Weiteren dann auszugehen, wenn ein Gegenstand, an dem Arbeiten besorgt worden sind, abgeliefert wird, auch wenn dieser Gegenstand dadurch nicht verändert, sondern bloss geprüft, geeicht, reguliert, in der Funktion kontrolliert oder in anderer Weise behandelt worden ist (jeweils Bst. a). Nach dem Zweck der Bestimmung und der Praxis kann dies der Fall sein, wenn der Gegenstand nicht im eigentlichen Sinn abgeliefert wird, namentlich dann, wenn der Empfänger ihn zur Ausführung der Arbeiten nicht übertragen hat. Die Verfügungsmacht am bearbeiteten Gegenstand spielt hier - im Unterschied zu Abs. 1 - keine entscheidende Rolle; auch die "blosse" Bearbeitung - wozu die Übertragung der wirtschaftlichen Verfügungsmacht nicht erforderlich ist - gilt als Lieferung. Unbeachtlich ist schliesslich, ob in die Substanz des bearbeiteten Gegenstandes eingegriffen oder Material aufgewendet wird. Unerheblich ist weiter auch die vertragliche Grundlage der Arbeiten (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1536/2006 und A-1537/2006 vom 16. Juni 2008 E. 2.2.1; PATRICK IMGRÜTH, a.a.O., N. 2 zu Art. 6).
2.4 Als Gegenstand im Sinne von Art. 5 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 6 Abs. 1 MWSTG gelten bewegliche und unbewegliche Sachen sowie Elektrizität, Gas, Wärme, Kälte oder Ähnliches (Art. 5 Abs. 3 MWSTV; Art. 6 Abs. 3 MWSTG).
Entsprechend qualifizierte die Rechtsprechung die entgeltliche Verschaffung der Befähigung, in eigenem Namen über Gas wirtschaftlich verfügen zu können, bereits unter dem zeitlichen Anwendungsbereich der MWSTV als mehrwertsteuerliche Lieferung (Entscheid der SRK 2003-164 vom 17. Oktober 2006 E. 2a). Auch in der Lehre wurde die im Rahmen eines Stromlieferungsvertrags erbrachte Leistung unter dem zeitlichen Geltungsbereich der MWSTV als Lieferung definiert (Felix Geiger, Der liberalisierte Strommarkt - Antworten auf neue, komplexe Mehrwertsteuerfragen, in: Der Schweizer Treuhänder [ST] 2001, S. 131 ff., 132).
Nach der Verwaltungspraxis zur MWSTV unterlag der Stromtransit durch das Schweizer Netz als unverzollte Transitware der Steuerbefreiung von Art. 15 Abs. 2 Bst. e MWSTV (alt Branchenbroschüre Nr. 16 "Gemeinwesen", Dezember 1994, Anhang 3, Ziff. 107; zur Einfuhrsteuer vgl. unten, E. 3). Die Verwaltungspraxis zum MWSTG qualifizierte sodann die Verschaffung der Fähigkeit, im eigenen Namen über Strom wirtschaftlich zu verfügen, ausdrücklich als Lieferung im Sinne von Art. 6 Abs. 3 MWSTG (Merkblatt Nr. 22 "Import, Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 1, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007). Hinsichtlich des Stromtransits galt bzw. gilt nach der besagten Verwaltungspraxis, dass darunter alle jene programmierten Transporte ausländischer Energie zu verstehen sind, welche vom Ausland in die Schweiz und wiederum ins Ausland gelangen; grundsätzlich werden beim Stromtransit Durchleitungs- bzw. Netzbenutzungsrechte beansprucht (Merkblatt Nr. 22 "Import Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 2.3, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007; Geiger, a.a.O., S. 136). Die mit der Überlassung des Leitungsnetzes verbundene Einräumung des Rechts an den Benutzer (Leistungsempfänger), eine bestimmte Menge Strom zu einem bestimmten Zeitpunkt durch das Netz zu leiten, stellt nach dieser Verwaltungspraxis eine Dienstleistung im Sinne von Art. 14 Abs. 3 Bst. a MWSTG dar (Merkblatt Nr. 22 "Import Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 7, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007).
Diese mehrwertsteuerliche Qualifikation von Stromlieferungen wird von der Lehre geteilt. So wird die Auffassung vertreten, jede Art von Energietransport habe als Versand- bzw. Beförderungslieferung zu gelten; die Einräumung des Rechts zur Benutzung von Leitungsnetzen an einen Dritten hingegen stelle die Erbringung einer Dienstleistung dar (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 187 f.; Geiger, a.a.O., S. 132).
2.5 Die Unterscheidung zwischen Lieferungen und Dienstleistungen ist vor allem im Hinblick auf die örtliche Abgrenzung der Umsätze von Bedeutung.
2.5.1 Lieferungen werden an dem Ort erbracht, wo sich der Gegenstand im Zeitpunkt der Verschaffung der Befähigung, über ihn wirtschaftlich zu verfügen, der Ablieferung oder der Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung befindet (Beförderungs- oder Versandlieferung, Art. 11 Bst. a MWSTV; Art. 13 Bst. a MWSTG), bzw. am Ort, wo die Beförderung oder Versendung des Gegenstandes zum Abnehmer (oder in dessen Auftrag zu einem Dritten) beginnt (Abhollieferung, Art. 11 Bst. b MWSTV; Art. 13 Bst. b MWSTG). Beförderungs- und Versandlieferungen liegen dann vor, wenn ein Gegenstand vom Lieferanten befördert oder versandt wird. Solche Lieferungen gelten im Zeitpunkt der Übertragung der wirtschaftlichen Verfügungsmacht (vgl. dazu oben, E. 2.3) als erbracht; der Ort, an dem diese Lieferungen als erbracht gelten, ist folglich dort, wo die Beförderung oder der Versand des Gegenstandes beginnt (so ausdrücklich auch Merkblatt Nr. 05 "Ort der Lieferung von Gegenständen", Ziff. 2.2, gültig vom 1. Januar 2001 bis 30. November 2003).
Dienstleistungen hingegen gelten in der Regel als dort erbracht, an dem die Dienst leistende Person ihren Geschäftssitz oder eine Betriebsstätte hat, von wo aus die Dienstleistung erbracht wird (Art. 12 Abs. 1 MWSTV; Art. 14 Abs. 1 MWSTG; Erbringerortsprinzip, vgl. Abweichungen von dieser Grundregel in Art. 12 Abs. 2 MWSTV; Art. 14 Abs. 2 und 3 MWSTG).
2.5.2 Für die Bestimmung des Lieferorts von Strom, Gas und Wärme gelten die Grundsätze von Lieferungen, wie sie oben (E. 2.5.1) dargestellt worden sind (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 187; Geiger, a.a.O., S. 132; Merkblatt Nr. 22 "Import Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 4, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007). Als Lieferort von Versand- oder Beförderungslieferungen gilt der Ort, wo der Produzent den Strom ins Netz einspeist (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 188; Geiger, a.a.O., S. 132); liegt hingegen kein Beförderungs- oder Versandgeschäft, sondern eine Abhollieferung vor, so wird die Stromlieferung dort erbracht, wo sich der Strom im Zeitpunkt der Einräumung der Verfügungsmacht befindet; dies ist in der Regel dort der Fall, wo der Zähler angebracht ist (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 188; Geiger, a.a.O., S. 132). Für den Fall, dass die Lieferung von Strom in einer anderen Spannungsebene (Umwandlung von Hoch- in Mittel- oder Niederspannung) erfolgt, gehen Lehre und Verwaltungspraxis jedoch von einer Bearbeitung im Inland aus, wenn der Strom vom ausländischen Leistungserbringer im Inland in eine andere Spannung transformiert wird (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 189; Merkblatt Nr. 22 "Import Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 4, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007).
Die Einräumung von Durchleitungsrechten hingegen, welche als Dienstleistung zu qualifizieren ist (E. 2.2.3), unterliegt den Bestimmungen von Art. 12 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 14 Abs. 3 Bst. a MWSTG.
3.
3.1 Liegt der Ort einer Lieferung im Ausland, so untersteht diese nicht der Inlandumsatzsteuer (Art. 4 ff. MWSTV; Art. 5 ff. MWSTG); die Inlandumsatzsteuer wird nur auf Lieferungen erhoben, die im Inland umgesetzt werden. Zur Durchsetzung des Bestimmungslandprinzips und der rechtsgleichen Behandlung von Importgütern gegenüber den im Inland hergestellten Gütern wurde die Inlandumsatzsteuer mit einer Steuer auf die Einfuhr von Gegenständen ins Zollinland ergänzt.
Die Einfuhrsteuer war im zeitlichen Anwendungsbereich der MWSTV in den Art. 65 ff. und ist seit Inkrafttreten des MWSTG in den Art. 72 ff. verankert. Der Übergang von der WUST zur MWST wurde für die Einfuhrsteuer durch Art. 84 Abs. 1 MWSTV (und grundsätzlich nicht Art. 84 Abs. 4 MWSTV, vgl. Entscheid der ZRK vom 18. Dezember 1997, veröffentlicht in VPB 63.49 E. 3) geregelt. Nach dieser Bestimmung findet die MWSTV auf jene Fälle Anwendung, in welchen die Gegenstände nicht vor dem 1. Januar 1995 provisorisch verzollt oder endgültig zur Einfuhr abgefertigt worden sind (vgl. ausführlich Entscheid der ZRK vom 18. Dezember 1997, veröffentlicht in VPB 63.49 E. 5).
Mit Wirkung ab 1. Januar 1999 wurde der Normalsteuersatz von 6.5% auf 7.5% (Art. 27 Abs. 1 Bst. b MWSTV, AS 1998 1801) und per 1. Januar 2001 auf 7.6% angehoben (Art. 63 Abs. 3 MWSTG, Fassung gemäss AS 2000 1134). Die Schlussbestimmungen der Änderung der MWSTV vom 3. Juni 1998 und des MWSTG vom 23. Dezember 1999 (Erhöhung der Steuersätze) halten fest, dass die Einfuhr von Gegenständen den neuen Steuersätzen unterliegt, wenn diese ab 1. Januar 1999 bzw. ab 1. Januar 2001 zur Einfuhr abgefertigt werden.
3.2 Aufgrund der in Art. 65 ff. MWSTV bzw. Art. 72 ff. MWSTG aufgestellten Sonderschriften sowie der subsidiären Anwendbarkeit der Zollgesetzgebung (Art. 65 MWSTV bzw. Art. 72 MWSTG) bestehen massgebliche Unterschiede zwischen der Inland- und der Einfuhrsteuer. Im vorliegenden Zusammenhang ist zu erwähnen, dass das Steuerobjekt der Einfuhrsteuer in der räumlichen Bewegung eines Gegenstandes über die Zollgrenze (Art. 3 MWSTV bzw. Art. 3 MWSTG) besteht; eine Entgeltlichkeit ist nicht erforderlich (Entscheid der ZRK vom 18. Dezember 1997, veröffentlicht in VPB 63.49 E. 2c; Manuel Vogel, in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 1 zu Art. 73; Camenzind/Honauer/ Vallender, a.a.O., S. 629). Wird der Gegenstand in Erfüllung eines Veräusserungs- oder Kommissionsgeschäfts eingeführt, so bildet das Entgelt die Bemessungsgrundlage der Steuer (Art. 69 Abs. 1 Bst. a MWSTV; Art. 76 Abs. 1 Bst. a MWSTG); andernfalls wird für die Erhebung der Steuer auf den Marktwert abgestellt (Art. 69 Abs. 1 Bst. b MWSTV; Art. 76 Abs. 1 Bst. b MWSTG).
Die subjektive Steuerpflicht richtet sich nach der Zollgesetzgebung (Art. 68 MWSTV; Art. 75 Abs. 1 MWSTG). Sodann entsteht der Steueranspruch zur gleichen Zeit wie die Zollzahlungspflicht (Art. 71 MWSTV; Art. 78 Abs. 1 MWSTG); wurden die aus der Zollgesetzgebung fliessenden Pflichten nicht erfüllt, so ist nach der Lehre auf den Zeitpunkt der physischen Einfuhr des Gegenstandes und, in Ermangelung einer sicheren Feststellung dieses Zeitpunkts, auf die Feststellung dieser mangelhaften Pflichterfüllung abzustellen (Laurent Lattmann, in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 1 zu Art. 78; so bezüglich Entstehens der Zollschuld im Übrigen ausdrücklich auch die Regelung von Art. 69 Bst. c des Zollgesetzes vom 18. März 2005 [SR 631.0]). Die Steuerforderung verjährt fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie fällig geworden ist; diese Verjährungsfrist wird durch jede Einforderungshandlung und durch jede Berichtigung der zuständigen Behörde unterbrochen (Art. 72 MWSTV; Art. 79 MWSTG).
Anzumerken bleibt, dass namentlich dort, wo zum Abbau von Zollschranken kein Zoll mehr erhoben wird, die Wareneinfuhr dennoch und ungeachtet der unterbleibenden Zollerhebung der Mehrwertsteuer unterstellt bleibt (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 629).
3.3 Zuständig zur Erhebung der Steuer auf der Einfuhr ist die Eidgenössische Zollverwaltung (Art. 75 MWSTV; Art. 82 MWSTG).
Unter dem zeitlichen Anwendungsbereich der MWSTV war das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) insbesondere befugt, mittels Ausführungsverordnung ein vereinfachtes Erhebungsverfahren für bestimmte Steuerpflichtige vorzusehen, welche regelmässig bestimmte hochwertige Gegenstände importierten bzw. exportierten und regelmässig beachtliche Vorsteuerüberschüsse aufwiesen (Art. 81 Bst. f MWSTV). Gemäss der Verordnung des EFD vom 14. Dezember 1994 über die Verlagerung der Steuerentrichtung (AS 1994 3168) konnte die ESTV dem Steuerpflichtigen unter der Voraussetzung, dass dieser im Rahmen seiner steuerbaren Tätigkeit regelmässig namentlich Antiquitäten, Kunstgegenstände, Edelsteine oder generell hochwertige Gegenstände importiert und exportiert, in seinen periodischen Steuerabrechnungen aufgrund dieser Umsätze regelmässig Vorsteuerüberschüsse über Fr. 250'000.-- pro Jahr ausweist und über die betreffenden Gegenstände eine detaillierte Einfuhr-, Lager- und Ausfuhrkontrolle führt, die Bewilligung erteilen, anstelle der Entrichtung der Einfuhrsteuer diese in der periodischen Steuerabrechnung mit der ESTV zu deklarieren und die deklarierte Steuer auf der Einfuhr als Vorsteuer wiederum abzuziehen.
Seit Inkrafttreten des MWSTG erfuhr das Verlagerungsverfahren eine wesentliche Ausweitung. Unter den Voraussetzungen von Art. 83 MWSTG ist die für die Einfuhr jeglicher Gegenstände geschuldete Steuer nicht der EZV zu entrichten, sondern in den periodischen Mehrwertsteuerabrechnungen der ESTV zu deklarieren und sogleich als Vorsteuer in Höhe der geschuldeten Einfuhrsteuer wieder abzuziehen (vgl. anstatt aller Daniela Pfister/Reto Arnold, in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 2 zu Art. 83).
3.4 Unter den Begriff der Gegenstände, welche der Einfuhrsteuer unterstehen, fallen insbesondere Elektrizität, Gas, Wärme, Kälte und Ähnliches (Art. 66 Abs. 2 Bst. b MWSTV; Art. 73 Abs. 2 Bst. b MWSTG). Für Stromimporte wird der inländische Empfänger steuerpflichtig, wenn die Lieferung ins Inland vor der Ablieferung nicht transformiert bzw. die Energie in derselben Spannung an den inländischen Empfänger abgegeben wird; andernfalls liegt eine inländische Bearbeitungslieferung vor (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 665; Merkblatt Nr. 22 "Import Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 4, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007).
Da jedoch die Ein-, Aus- und Durchfuhr von elektrischem Strom praxisgemäss zollamtlich nicht von der Eidgenössischen Zollverwaltung (EZV) erfasst wurde, erfuhr der grenzüberschreitende Verkehr von Elektrizität eine spezielle Regelung: Für den Zeitraum 1. Januar 1995 - 31. Dezember 2002 bestand eine Vereinbarung zwischen der Vereinigung Exportierender Elektrizitätsunternehmungen und der ESTV, in der die Besteuerung der Ein- und Ausfuhr elektrischer Energie geregelt war (Merkblatt Nr. 22 "Import, Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 1, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007).
Auch nach der Liberalisierung des Strommarktes wurden die Stromeinfuhren zollamtlich nicht erfasst. Als zuständige Behörde für die Besteuerung der Einfuhr solcher Energie galt praxisgemäss die ESTV. Importierende und exportierende Unternehmungen hatten dem Bundesamt für Energie bzw. der Etrans AG monatlich die Mengen der Einfuhren und Ausfuhren zu melden; diese Meldungen bilden die Grundlage für die Prüfung der MWST-Deklaration. Der als Importeur geltende Empfänger der Stromlieferung war nach der Verwaltungspraxis gehalten, die gemäss Art. 76 und 77 MWSTG geschuldete Steuer auf diesen Einfuhren gestützt auf die besagte Meldung selbst zu berechnen und unter Verwendung eines Abrechnungsformulars zu deklarieren (Merkblatt Nr. 22 "Import, Export sowie Transit von elektrischer Energie [Strom]", Ziff. 5.2 und 6, gültig 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007).
4.
Art. 14 Ziff. 15 MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 19 MWSTG nehmen bestimmte Umsätze im Bereich des Geld- und Kapitalverkehrs - ohne Vorsteuerabzugsberechtigung (Art. 13 MWSTV; Art. 17 MWSTG) - von der Mehrwertsteuer aus. Unter diese Ausnahme fallen gemäss Bst. a der erstgenannten Bestimmungen insbesondere die Gewährung und Vermittlung von Krediten sowie die Verwaltung von Krediten durch Kreditgeber.
Das Kreditgeschäft im Sinne von Art. 14 Ziff. 15 MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 19 MWSTG knüpft an das zivilrechtliche Darlehen (Art. 312 des Obligationenrechts vom 30. März 1911 [OR, SR 220]) an, ist aber nach herrschender Rechtsprechung mit diesem nicht deckungsgleich (Urteil des Bundesgerichts 2A.526/2003 vom 1. Juli 2004 E. 3.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 5.1). Zu beachten ist in diesem Zusammenhang, dass ein mehrwertsteuerlicher Umsatz nur dann im Sinne von Art. 14 MWSTV bzw. Art. 18 MWSTG von der Steuer ausgenommen werden kann, wenn er in einem ersten Schritt der Steuer unterliegt (Pascal Mollard, in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 2 zu Art. 17).
Ein Umsatz fällt - abgesehen vom Eigenverbrauch - regelmässig dann in den Geltungsbereich des Mehrwertsteuerrechts, wenn er im Rahmen eines wirtschaftlichen Vorgangs gegen Entgelt ausgeführt wird. Ein solcher liegt bei Kreditgeschäften vor, wenn die Nutzung von Kapital entgeltlich gewährt wird. Entsprechend stellt die Hingabe der Darlehenssumme die mehrwertsteuerliche Leistung und die dafür aufgewendeten Zinsen, Kosten etc. das Entgelt für die Kapitalüberlassung und damit die Bemessungsgrundlage der Steuer dar; die Hingabe der Darlehenssumme sowie deren Rückzahlung können hingegen nicht als steuerbares Entgelt qualifiziert werden (anstatt aller BGE 132 II 353 E. 6.1). Kein Kredit im Sinne des Mehrwertsteuerrechts liegt hingegen dann vor, wenn die hingegebene Summe Entgelt im Rahmen eines Leistungsaustausches darstellt. Wird ein Entgelt für bestimmte Leistungen übermittelt und ist mit der Zahlung eine konkrete Leistungsvereinbarung verbunden, so besteht kein Kredit im Sinne von Art. 14 Ziff. 15 MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 19 MWSTG (Urteile des Bundesgerichts 2A.526/2003 vom 1. Juli 2004 E. 3.2, 2A.135/2001 vom 7. Dezember 2001 E. 4; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 5.2).
Von der Steuer ausgenommen gemäss Art. 14 Ziff. 15 Bst. a MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 19 Bst. a MWSTG ist demnach das Entgelt für die Kapitalüberlassung; die Rückzahlung eines Kredits im Sinne des Mehrwertsteuerrechts kann hingegen nicht als steuerbares Entgelt qualifiziert werden.
5.
5.1 Auf Verlangen des steuerpflichtigen Empfängers hat der Mehrwertsteuerpflichtige über seine Leistungen eine Rechnung mit den gesetzlich definierten Angaben auszustellen (Art. 28 Abs. 1 MWSTV; Art. 37 Abs. 1 MWSTG). Als weitere Abrechnungsform gilt die Gutschrift, mittels welcher der Leistungsempfänger über die erhaltene Leistung in der Form abrechnet, dass er dem Leistungserbringer das Entgelt gutschreibt; diese Gutschriften haben ebenfalls die Formerfordernisse von Art. 28 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 37 Abs. 1 MWSTG zu erfüllen. Gutschriften und andere Dokumente, welche im Geschäftsverkehr Rechnungen ersetzen, sind solchen Rechnungen gleichgestellt, wenn sie die Angaben gemäss Art. 28 Abs. 1 MWSTV bzw. Art. 37 Abs. 1 MWSTG enthalten (Art. 28 Abs. 3 MWSTV; Art. 37 Abs. 3 MWSTG).
5.2 Im Mehrwertsteuerrecht wird der Rechnung zentrale Bedeutung beigemessen. Sie ist nicht ein reiner Buchungsbeleg, sondern stellt ein wichtiges Indiz dafür dar, dass der Aussteller auch Leistungserbringer ist und die mehrwertsteuerlich relevante Handlung tatsächlich stattgefunden hat. Gleichzeitig erklärt der Rechnungssteller dem Empfänger, dass er die ausgewiesene Mehrwertsteuer der ESTV abgeliefert hat oder noch abliefern wird. So bildet die Rechnung dem Empfänger Ausweis dafür, auf der Leistung laste die angegebene Steuer, und berechtigt sie den Leistungsempfänger direkt zum entsprechenden Vorsteuerabzug (BGE 131 II 185 E. 5; Urteil des Bundesgerichts 2C_285/2008 vom 29. August 2008 E. 3.2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6245/2007 vom 13. Februar 2008 E. 2.4).
5.3 Aufgrund der im Mehrwertsteuerrecht der Rechnung zukommenden Bedeutung hat sich in konstanter Rechtsprechung der Grundsatz "fakturierte Mehrwertsteuer gleich geschuldete Mehrwertsteuer" entwickelt; dieser Grundsatz gilt selbst für den Fall, dass die Steuer fälschlicherweise fakturiert wurde oder auf der Gutschrift erscheint bzw. es sich bei den Leistungserbringern oder den Leistungsempfängern um nicht Steuerpflichtige handelt (BGE 131 II 185 E. 5; Urteil des Bundesgerichts 2C_285/2008 vom 29. August 2008 E. 3.3; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6245/2007 vom 13. Februar 2008 E. 2.5).
Stellt sich nachträglich heraus, dass die dem Kunden fakturierte Mehrwertsteuer zu hoch oder zu niedrig berechnet wurde (Rechenfehler, Anwendung eines falschen Mehrwertsteuersatzes, unrichtige Berechnungsgrundlage, etc.), so hat eine Korrektur durch eine formell richtige Nachbelastung respektive eine Gutschrift zu erfolgen. In der Nachbelastung oder Gutschrift ist auf den ursprünglichen Beleg hinzuweisen. Ebenso ist der Vorsteuerabzug entsprechend zu korrigieren. Falls die Berichtigung unterbleibt, sind gemäss Verwaltungspraxis allenfalls zu Unrecht oder zuviel berechnete Steuerbetreffnisse in voller Höhe geschuldet (Wegleitung 1997 zur Mehrwertsteuer, N. 779; Wegleitung 2001 zur Mehrwertsteuer, N. 808, gültig vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007). Diese Verwaltungspraxis wurde bereits mehrfach von der Rechtsprechung bestätigt (anstatt aller BGE 131 II 185 E. 5).
6.
6.1 Zu den geltend gemachten Steueraufrechnungen für die Elektrizitätslieferungen aus den Kernkraftwerken E._______ bzw. F._______ (E. 1.3.2) ist festzuhalten, dass diese Lieferungen in zwei Etappen durchgeführten worden sind. In einem ersten Schritt transportierte die G._______ die besagte Elektrizität von den jeweiligen Kernkraftwerken bis zur französischen Grenze und stellte der Beschwerdeführerin die entsprechenden Kosten in Rechnung. Anschliessend übernahm die Beschwerdeführerin die von der G._______ gelieferte Energie und transportierte diese bis zur Schaltanlage ..., wofür sie ihrerseits von der A._______ entschädigt wurde.
6.1.1 Sowohl unter dem zeitlichen Anwendungsbereich der MWSTV wie auch unter geltendem Recht ist Elektrizität als Liefergegenstand zu qualifizieren (vgl. oben, E. 2.4); keine dieser beiden Rechtsgrundlagen enthält Bestimmungen, welche den physikalischen Gesetzmässigkeiten dieses Gegenstands besonders Rechnung tragen würden. Der rechtlichen Ordnung entsprechend ist die entgeltliche Verschaffung der Befähigung, in eigenem Namen über Elektrizität wirtschaftlich verfügen zu können, als mehrwertsteuerliche Lieferung zu qualifizieren (vgl. oben, E. 2.2 und E. 2.4). Dieser Tatbestand ist von der reinen Einräumung des Rechts zur Benutzung von Leitungsnetzen an einen Dritten abzugrenzen; diese Einräumung von Durchleitungsrechten an Dritte gilt als Erbringung einer Dienstleistung (oben, E. 2.4). Für den Fall einer Kombination beider Leistungen zu einer Leistungseinheit richtet sich deren mehrwertsteuerliche Beurteilung nach den dafür entwickelten Kriterien (oben, E. 2.2).
Vorliegend verschaffte in einem ersten Schritt die G._______ der Beschwerdeführerin gegen Entgelt die Befähigung, in eigenem Namen wirtschaftlich über Elektrizität und damit über einen Gegenstand im Sinne des Mehrwertsteuerrechts verfügen zu können. In einem zweiten Schritt räumte die Beschwerdeführerin der A._______ gegen Entgelt die Befähigung ein, wirtschaftlich über diesen Gegenstand in eigenem Namen verfügen zu können. Des Weiteren ist festzuhalten, dass gemäss übereinstimmender Sachverhaltsdarstellung der besagte Energietransport über eine 380 kV-Leitung und damit ohne Umwandlung von Hoch- in Mittel- oder Niederspannung durchgeführt worden ist. Entsprechend liegt in beiden Fällen eine Lieferung im Sinne des Mehrwertsteuerrechts vor (vgl. dazu oben, E. 2.1, E. 2.4 und E. 2.5.2).
Diese mehrwertsteuerliche Qualifizierung als Lieferung gilt sowohl für den zeitlichen Anwendungsbereich der MWSTV wie auch für das MWSTG. Soweit die Vorinstanz bzw. die Beschwerdeführerin die Auffassung vertritt, dass der Transport von Elektrizität unter dem Anwendungsbereich der MWSTV durchwegs als Beförderungsleistung zu behandeln sei, kann ihnen nicht gefolgt werden. Zum einen ist das Bundesverwaltungsgericht für die mehrwertsteuerliche Behandlung von Energietransporten nicht an die zur Untermauerung dieser Begründung angeführte alt Branchenbroschüre Nr. 16 "Gemeinwesen" gebunden (vgl. diesbezüglich anstatt aller BVGE 2007/41 E. 3.3). Zum anderen hält die zitierte Branchenbroschüre in Anhang 3 Ziff. 107 lediglich fest, dass der Stromtransit durch das Schweizer Netz als unverzollte Transitware der Steuerbefreiung von Art. 15 Abs. 2 Bst. e MWSTV unterliege. In diesem Zusammenhang führt nun neuerdings das Merkblatt Nr. 22 "Import, Export und sowie Transit von elektrischer Energie (Strom)" in Ziff. 2.3 (gültig vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2007) aus, dass beim Stromtransit grundsätzlich Durchleitungsrechte beansprucht würden. Es liegt somit nahe, dass die besagte Qualifizierung betreffend Stromtransit in alt Branchenbroschüre Nr. 16 "Gemeinwesen", Dezember 1994, Anhang 3, Ziff. 107 sich auf die Einräumung von Durchleitungsrechten bezieht, welche auch unter dem Geltungsbereich des MWSTG - im Gegensatz zur Verschaffung der Befähigung, über Elektrizität in eigenem Namen wirtschaftlich verfügen zu können - als Erbringung einer Dienstleistung behandelt wird (vgl. dazu oben, E. 2.4).
Vorliegend hat die Beschwerdeführerin der A._______ nicht lediglich das Recht eingeräumt, Elektrizität über eine - in ihrem Miteigentum stehende - Stromleitung zu leiten. Wie bereits festgehalten, verschaffte sie der A._______ vielmehr im Rahmen eines Transports bzw. der Beförderung eines Gegenstandes im Sinne des Mehrwertsteuerrechts entgeltlich die Befähigung, über diesen Gegenstand wirtschaftlich verfügen zu können. Diese mehrwertsteuerliche Leistung hat damit als Lieferung und nicht als Dienstleistung zu gelten (vgl. zur Abgrenzung oben, E. 2.2 und E. 2.4 in fine).
6.1.2 Beförderungs- oder Versandlieferungen gelten als im Zeitpunkt der Übertragung der wirtschaftlichen Verfügungsmacht erbracht; der Lieferort befindet sich dementsprechend dort, wo die Beförderung oder der Versand des Gegenstandes zum Abnehmer beginnt (vgl. oben, E. 2.5.1). Als Lieferort von Versand- oder Beförderungslieferungen von Elektrizität gilt der Ort, wo der Produzent die Elektrizität ins Netz einspeist (vgl. oben, E. 2.5.2).
Vorliegend steht fest, dass die G._______ ihrerseits die besagte Elektrizität lediglich von den Kernkraftwerken bis und keinesfalls über die Schweizer Zollgrenze transportiert hat. Ebenso ist unbestritten, dass die fragliche Elektrizität von ... über die 380 kV-Leitung "... - ..." bzw. - zwecks Erhöhung der Verfügbarkeit des Transportwegs - über die 380 kV-Leitung "... - ... - ..." nach ... transportiert worden ist und der Beschwerdeführerin an beiden Leitungen Miteigentumsrechte zustehen. Letztlich kann somit offen bleiben, ob die Übergabe der Elektrizität von der G._______ an die Beschwerdeführerin zwecks Weitertransport zur Schaltanlage in ... direkt vor der Schweizer Zollgrenze oder - aufgrund der physikalischen Gesetzmässigkeiten - in ... erfolgt ist; die Beförderung bzw. der Transport der fraglichen Elektrizität durch die Beschwerdeführerin zur Schaltanlage in ... begann in jedem Fall ausserhalb des Schweizerischen Zollinlands. Der Lieferort der betreffenden Energie liegt somit im Ausland.
Liegt der Ort einer Lieferung im Ausland, so untersteht diese nicht der Inlandumsatzsteuer (vgl. oben, E. 3.1). Nachdem die Vorinstanz den Energietransport der Beschwerdeführerin als Beförderungsleistung von ... nach ... qualifiziert hat, diese Leistung jedoch als Lieferung zu gelten hat und aufgrund des ausländischen Lieferorts nicht der Inlandumsatzsteuer untersteht, sind die Steueraufrechnungen aufgrund von Steuersatzerhöhungen der Inlandumsatzsteuer nicht zu schützen (siehe oben, E. 1.3.2; Ziff. 4.1, 4.2 und 4.3 Einspracheentscheid betr. 1998 - 2000; Umfang: Fr. ... | Ziff. 3 Einspracheentscheid betr. 2001 - 2003; Umfang Fr. ...).
6.2 Ins Zollinland eingeführte Gegenstände unterliegen jedoch der Einfuhrsteuer; Bemessungsgrundlage der Steuer bildet bei Veräusserungs- oder Kommissionsgeschäften das in Erfüllung des Geschäfts geleistete Entgelt (vgl. oben, E. 3.2). Für ab 1. Januar 1999 zur Einfuhr abgefertigte Gegenstände betrug der Normalsteuersatz neu 7.5 % bzw. für ab 1. Januar 2001 zur Einfuhr abgefertigte Gegenstände neu 7.6 % (vgl. oben, E. 3.1).
Nachdem das Bundesverwaltungsgericht das Recht von Amtes wegen anwendet und eine Beschwerde auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen kann (vgl. oben, E. 1.3.1), ist nachfolgend zu prüfen, ob die vorliegend umstrittenen Nachbelastungen aufgrund der Steuersatzerhöhungen in den Jahren 1999 und 2001 allenfalls gestützt auf die Einfuhrsteuer geltend gemacht werden können.
6.2.1 Das Steuerobjekt der Einfuhrsteuer besteht in der räumlichen Bewegung eines Gegenstandes über die Zollgrenze (vgl. dazu E. 3.2 oben). Nachdem vorliegend die Beschwerdeführerin Elektrizität und damit einen Gegenstand im Sinne der Einfuhrsteuer (vgl. oben, E. 3.4) - in nicht transformiertem Zustand (vgl. dazu ebenfalls E. 3.4) - ins Zollinland eingeführt hat, unterliegen die besagten Elektrizitätslieferungen der Einfuhrsteuer und damit ebenfalls den oben genannten (E. 6.2) Steuersatzerhöhungen.
6.2.2 Betreffend die vorgebrachte Einrede der Verjährung ist in einem ersten Schritt festzuhalten, dass die Einfuhr von Gegenständen den neuen Steuersätzen unterliegt, wenn diese ab 1. Januar 1999 bzw. ab 1. Januar 2001 zur Einfuhr abgefertigt werden (E. 3.1). Der Steueranspruch entsteht des Weiteren zur gleichen Zeit wie die Zollzahlungspflicht. Nachdem die Steuerforderung fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres verjährt, in dem sie fällig geworden ist und die Verjährungsfrist durch jede Einforderungshandlung der Behörde unterbrochen wird (vgl. oben, E. 3.2), sind die mit EA Nr. ... bzw. EA Nr. ... geltend gemachten Nachforderungen aufgrund von Steuersatzerhöhungen auf jeden Fall nicht verjährt.
6.3 Aufgrund der Aktenlage ist es für das Bundesverwaltungsgericht jedoch nicht ersichtlich, ob für die vorliegend relevanten Stromlieferungen (vgl. oben, E. 1.3.2) die Einfuhrsteuer an sich und, falls dies zu bejahen ist, in gesetzlich vorgeschriebener Höhe bereits entrichtet worden ist. Trifft dies zu, so entbehren die vorliegend streitigen Nachforderungen aufgrund der Steuersatzerhöhungen aus den Jahren 1999 und 2001 (vgl. oben, E. 1.3.2) jeglicher Grundlage; derselbe Umsatz kann nicht sowohl als Lieferung eines Gegenstandes als auch als Beförderungsleistung qualifiziert und zweimal besteuert werden. Sollte hingegen die Einfuhrsteuer nicht in gesetzlich festgelegter Höhe entrichtet worden sein, so können - sofern die diesbezüglichen Voraussetzungen erfüllt sind - die streitigen Nachforderungen für die Steuersatzerhöhungen aus den Jahren 1999 und 2001 zwar nicht aufgrund der Inlandumsatzsteuer, jedoch aufgrund der Einfuhrsteuer allenfalls begründet sein. Für die Berechnung der Nachforderungen wäre diesfalls zu beachten, dass die Übergangsregelung auf die Abfertigung zur Einfuhr abstellt (vgl. oben, E. 3.1).
Des Weiteren entzieht es sich der sicheren Kenntnis des Bundesverwaltungsgerichts, ob die Erhebung der Einfuhrsteuer in Bezug auf die Beschwerdeführerin unter dem Geltungsbereich der MWSTV und/oder des MWSTG allenfalls im Verlagerungsverfahren (vgl. zu den diesbezüglichen Voraussetzungen oben, E. 3.3) zu erfolgen hatte bzw. hat und die ESTV für die Erhebung der Einfuhrsteuer und somit die Erhebung der vorliegenden Nachforderungen allenfalls zuständig wäre. Für den Fall, dass vorliegend eine Nachforderung aufgrund der Steuersatzerhöhungen betreffend die Einfuhrsteuer zu erheben ist und das Verlagerungsverfahren keine Anwendung findet, hat die ESTV die Streitsache in diesem Punkt der OZD (vgl. dazu E. 3.3) zu überweisen (E. 1.4).
Als Ergebnis ist somit festzuhalten, dass die angefochtenen Entscheide betreffend die vorliegend noch umstrittenen Nachforderungen aufgrund der Steuersatzerhöhungen aus dem Jahr 1999 bzw. 2001 (vgl. E. 1.3.2) aufzuheben und die Sache in diesem Punkt im Sinne der oben stehenden Ausführungen an die Vorinstanz zwecks Sachverhaltsabklärung und Erlass einer neuen Verfügung bzw. allenfalls zwecks Überweisung an die OZD für den Erlass einer Verfügung zurückzuweisen ist.
7.
Nachfolgend bleibt noch über die Nachbelastung gemäss Ziff. 2 des Einspracheentscheids betr. 1998 - 2000 im Zusammenhang mit der Gutschrift der Y._______ vom ... in Höhe von Fr. ... (inkl. 6.5 % MWST) zu befinden.
7.1 Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich geltend, dass die Y._______ ihr mit Datum vom ... eine Rechnung in Höhe von Fr. ... (inkl. 6.5 % MWST) ausgestellt habe und es sich dabei um Entgelt für Strombezugsrechte bzw. die entsprechenden Energielieferungen handle. Gleichentags habe dann die Y._______ im Zusammenhang mit dem der Y._______ gewährten Darlehen der Beschwerdeführerin die besagte Gutschrift in gleicher Höhe ausgestellt. Somit würden keine Zweifel daran bestehen, dass es sich bei dem in der Gutschrift genannten Betrag, den die ESTV ihrer Steueraufrechnung zu Grunde gelegt habe, um eine (teilweise) Rückzahlung des Darlehens durch die Y._______ handeln würde.
7.2 Der Gründungs- und Partnervertrag vom ... sowie die damit verbundenen Darlehensverträge waren bereits Gegenstand des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008. Hinsichtlich der Darlehensrückzahlung durch zwei andere Vertragsparteien als die Beschwerdeführerin kam das Bundesverwaltungsgericht zum Schluss, dass die fraglichen Zahlungen durch zwei Vertragsparteien aus dem Jahr ... nicht Entgelt im Sinne einer Vorauszahlung für die späteren Energielieferungen darstellen (vgl. zur Massgeblichkeit dieses Abgrenzungskriteriums oben, E. 4), sondern auf dem selbständigen, von den Stromlieferungen unabhängigen Rechtsgrund der Kreditgewährung nach Art. 14 Ziff. 15 MWSTV beruhen würden (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.5.3 in fine). Ebenso befand das Bundesverwaltungsgericht, dass die Rückzahlung des Darlehens mittels Verrechnung mit einem Teil der Jahreskosten für die Stromlieferungen dem Begriff der Rückzahlung nicht entgegenstehen würde; trotz der Verrechnung sei in mehrwertsteuerlicher Hinsicht zwischen zwei Zahlungsflüssen - eine Zahlung des Entgelts für die Stromlieferung einerseits sowie einer Amortisation des Darlehens andererseits - zu unterscheiden, welche je einem anderen Leistungsaustauschverhältnis zuzuordnen seien (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.5.4).
Hinsichtlich der Kreditgewährung und der Rückzahlung des Darlehens unterscheidet sich der vorliegende Sachverhalt nicht massgeblich von demjenigen, welcher dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008 zugrunde lag. Ob die Gutschrift der Y._______ vom ... als Rückzahlung des im Jahre ... gewährten Darlehens zu qualifizieren und damit nicht Bestandteil eines steuerbaren Umsatzes sein kann (vgl. oben, E. 4), kann jedoch letztlich deswegen offen bleiben, weil die darin fakturierte Steuer gemäss gefestigter höchstrichterlicher Rechtsprechung dessen ungeachtet geschuldet bleibt.
7.3 Vorliegend ist erstellt, dass die Y._______ in ihrer Gutschrift vom ... Mehrwertsteuern in Höhe von Fr. ... ausgewiesen hat. Ebenso enthält die Gutschrift die gesetzlich vorgeschriebenen Angaben, weshalb sie einer Rechnung gleichzusetzen ist (vgl. oben, E. 5.1).
Gemäss ständiger Rechtsprechung ist die fakturierte Mehrwertsteuer selbst dann geschuldet, wenn die Steuer fälschlicherweise fakturiert wurde bzw. es sich bei den Leistungserbringern oder den Leistungsempfängern um nicht Steuerpflichtige handelt (vgl. oben, E. 5.3). Dass vorliegend eine Korrektur der besagten Gutschrift durch eine formell richtige Nachbelastung erfolgt wäre (vgl. oben, E. 5.2), ist von der Beschwerdeführerin weder dargetan noch ersichtlich, weshalb die diesbezügliche Steuernachforderung durch die ESTV zu Recht erfolgt ist. Der angefochtene Entscheid ist in diesem Punkt zu bestätigen.
8.
Angesichts dieses Verfahrensausgangs kann dem Antrag der Beschwerdeführerin auf Auszahlung des Betrags in Höhe von Fr. ... sowie der Festsetzung eines Vergütungszinses nicht gefolgt werden. Sollte die Vorinstanz oder allenfalls die OZD anlässlich der aufgrund der Rückweisung zu erlassenden neuen Verfügung hinsichtlich der Nachbelastungen aufgrund der Steuersatzerhöhungen zum Schluss gelangen, dass die Einfuhrsteuer in gesetzlich festgelegter Höhe entrichtet worden ist (vgl. oben, E. 6), so hat sie in ihrer Verfügung sowohl über die Höhe des der Beschwerdeführerin auszubezahlenden Betrags wie auch über den der Beschwerdeführerin geschuldeten Vergütungszins zu befinden.
Zu Recht hat die Beschwerdeführerin hingegen gerügt, dass das Dispositiv der angefochtenen Einspracheentscheide vom 15. Mai 2006 sich nicht über den vorinstanzlich anbegehrten Vergütungszins ausspricht. Aus den Akten ergibt sich, dass die ESTV der Beschwerdeführerin im Anschluss an die Einspracheentscheide vom 15. Mai 2006 mit Gutschriftsanzeige Nr. ... Fr. ... und mit Gutschriftsanzeige Nr. ... Fr. ... an Mehrwertsteuern gutgeschrieben hat; mit Schreiben vom 6. Juni 2006 bestätigte sie zudem, dass auf den zu Unrecht eingeforderten und von der Steuerpflichtigen bezahlten Mehrwertsteuerbeträgen ein Vergütungszins von 5 % gewährt wird. Aus den dem Bundesverwaltungsgericht vorliegenden Akten geht jedoch nicht hervor, ob die Vorinstanz in der Zwischenzeit den besagten Vergütungszins bereits ausbezahlt hat, womit die anbegehrte Festsetzung des Vergütungszinses sich als gegenstandslos erweisen würde. Demzufolge ist die Sache auch in diesem Punkt an die Vorinstanz zurückzuweisen, welche für den Fall, dass der besagte Vergütungszins nicht bereits festgesetzt und ausbezahlt worden ist, mit neuem Entscheid über die Höhe des anbegehrten Vergütungszinses zu befinden und diesen auszubezahlen hat.
9.
Die Kosten des vereingten Verfahrens werden auf insgesamt Fr. ... angesetzt (Art. 4 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]).
Nach Art. 63 Abs. 1 VwVG werden die Verfahrenskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Das für die Kostenverlegung massgebliche Ausmass des Unterliegens hängt vorab von den im Einzelfall in der Beschwerde gestellten Rechtsbegehren ab, wobei auf das materiell wirklich Gewollte abzustellen ist. Eine Rückweisung trotz formell selbst vollständigem Obsiegen führt unter Kostengesichtspunkten lediglich zu hälftigem Obsiegen und zur entsprechenden Kostenauflage, da die Angelegenheit in der Hauptsache nach wie vor unentschieden bleibt (Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., N. 4.43).
Nach dem Gesagten sind die angefochtenen Entscheide betreffend den im vorliegenden Verfahren noch umstrittenen Nachbelastungen aufgrund der Steuersatzerhöhungen in den Jahren 1999 und 2001 (E. 1.3.2 und E. 6) aufzuheben und zu neuer Entscheidung zurückzuweisen; im Übrigen ist die Beschwerde (E. 7) abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Verfahrenskosten im Umfang von drei Vierteln (Fr. ...) von der Beschwerdeführerin zu tragen. Der ESTV als Vorinstanz können keine Verfahrenskosten auferlegt werden (Art. 63 Abs. 2 VwVG).
Obsiegt eine Partei bloss teilweise, so besteht Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (Art. 64 Abs. 1 VwVG; Art. 7 Abs. 2 VGKE). Bei vorliegendem Verfahrensausgang ist der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung im Umfang von Fr. ... (inkl. MWST und Auslagen) zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Verfahren A-1612/2006 und A-1613/2006 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, die angefochtenen Entscheide teilweise aufgehoben und die Sache zur allfälligen weiteren Untersuchung sowie zur Fällung eines neuen Einspracheentscheids im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.
Die Verfahrenskosten werden der Beschwerdeführerin im Umfang von von Fr. ... auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. ... verrechnet. Die Differenz in Höhe von Fr. ... wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils zurückerstattet.
4.
Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung in Höhe von Fr. ... auszurichten.
5.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:
Michael Beusch Nadine Mayhall
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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