bvger · C-498/2012 · 2013-05-16 · fr
C-498/2012

Liquidation (partielle) des institutions de prévoyance

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour III
C-498/2012
Arrêt du 16 mai 2013
Composition
Francesco Parrino (président du collège),
Elena Avenati-Carpani, Daniel Stufetti, juges,
Pascal Montavon, greffier.
Parties
Fondation Collective A._______,
représentée par Maîtres Jacques-André Schneider
et Anne Troillet Maxwell,
1211 Genève 3 ,
recourante,
contre
Office fédéral des assurances sociales OFAS, Affaires de l'Office, secteur droit, Effingerstrasse 20, 3003 Berne,
Objet
Assurance prévoyance professionnelle (décision du 14 décembre 2011).
Faits :
A. La société B._______ SA (ci-après la Société), active dans le domaine de la création, direction et administration de placements collectifs, la gestion de fortune et le conseil en investissements, a été constituée en décembre 2006. Elle s'est affiliée en date du 15 mai 2007 avec un effet rétroactif au 1er janvier 2007 à la Fondation collective A._______, dont le siège est à Genève depuis le 30 juillet 2012 (ci-après la Fondation), active dans le domaine de la prévoyance professionnelle selon la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle. Cette institution releva de la surveillance de l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) au moment de la décision dont est recours. La Caisse de prévoyance de B._______ (ci-après la Caisse de prévoyance) a toujours compté moins de 50 membres actifs.
Le "Règlement de liquidation partielle ou totale applicable aux Caisses de prévoyance des Entreprises affiliées à la Fondation collective A._______" (ci-après le règlement) a été approuvé par l'OFAS par décision du 29 avril 2008 avec effet rétroactif au 1er janvier 2005 (pce 22). Ce règlement est ainsi applicable aux situations de liquidation partielle de la Caisse de prévoyance depuis cette dernière date.
Selon l'art. 2.1 "Conditions d'une liquidation partielle" du règlement précité (cf. pce 22)
Les conditions d'une liquidation partielle sont remplies lorsque
a) une importante diminution du personnel se produit, soit
pour une caisse comptant moins de 50 membres actifs, lorsqu'une diminution de 30% au moins des capitaux de prévoyance des actifs intervient en l'espace de 12 mois, entre le début et la fin d'un exercice annuel comptable de la Fondation, ou
pour une caisse comptant entre 50 et 100 membres actifs (...)
pour une caisse comptant plus de 100 membres actifs (...),
b) une entreprise ou un établissement affilié subit une restructuration entraînant une réduction des capitaux de prévoyance dans une proportion telle que celle indiquée au point a); si plusieurs restructurations se recouvrent dans le temps au sein d'un établissement (soit parce qu'elles sont simultanées, soit parce que l'une débute alors qu'une autre n'a pas encore pris fin) [texte avec corrections de ponctuation] le cumul des réductions est déterminant, ou
c) une entreprise ou un établissement affilié reprend une unité ou plusieurs unités d'un autre établissement, pour autant que cela conduise à une augmentation des capitaux de prévoyance dans une proportion telle que celle indiquée au point a),
d) la convention d'affiliation d'une entreprise affiliée est partiellement résiliée (...).
[Sous lettre d) en de nouveaux alinéas, qui en fait sont deux nouveaux alinéas du point 2.1, figure les textes suivant:]
Le nombre de membres déterminant pour le pourcentage à appliquer est celui au début de l'exercice comptable.
Dans le cas de la reprise d'une unité (...).
Cet art. 2.1 est suivi de l'art. 2.2 "Obligation d'annoncer incombant à l'employeur" dont la teneur est
Tout employeur affilié est tenu d'annoncer immédiatement à la Fondation et sa Commission de gestion la réduction de son effectif, la restructuration de son entreprise ou la reprise d'une ou plusieurs unités d'un autre établissement. Il doit fournir les informations nécessaires à l'exécution de l'éventuelle procédure de liquidation partielle.
L'art. 2.4 "Possibilité de réduction de la prestation de sortie en cas de découvert" fait état des modalités pratiques en cas de découvert. Il est le pendant de l'art. 2.5 relatif au droit de l'effectif sortant à des fonds libres. Son texte est le suivant
En cas de découvert, si les conditions d'une liquidation partielle sont remplies, la Caisse peut déduire proportionnellement les découverts techniques pour autant que cela ne contribue pas à réduire l'avoir de vieillesse au sens de l'article 15 LPP. Une éventuelle réduction s'opère à titre individuel sur la prestation de sortie. Si cette dernière a déjà été transférée sans diminution, le membre est tenu de restituer le montant versé en trop.
L'art. 2.9 traite du calcul du découvert et l'art. 2.13 du plan de répartition du découvert.
Selon l'art. 2.18 "Information"
Dès qu'il constate que les conditions d'une liquidation sont réunies, le Conseil de Fondation informe les destinataires d'une éventuelle liquidation partielle et de la suite de la procédure. (...).
Par ailleurs il sied de relever que le règlement définit en préambule la restructuration comme suit: "Désigne l'abandon d'une activité auprès d'une entreprise ou d'un établissement affilié, le transfert d'un secteur à une entité externe ou la réduction annoncée du nombre des employés".
B.
B.a En 2008, la Société, dont l'effectif était de 28 personnes au début de l'année, a connu un changement de directeur général en janvier. Au cours de cette année 3 cadres supérieurs (dont le directeur général), 5 cadres et 5 employés ont quitté l'entreprise, soit au total 13 personnes. Pour faire face à ces départs importants la Société a engagé au cours du deuxième semestre 4 cadres et 7 employés. Les départs précités ont entraîné un retrait de capitaux de prévoyance de 1'794'291.- francs sur 2'880'789.- francs au 1er janvier 2008 (62.28%) en partie compensés par les apports des nouveaux engagés par la Société de sorte qu'au 31 décembre 2008, vu les capitaux des actifs de 1'721'623.- francs, la diminution des capitaux de prévoyance des actifs s'est élevée à 40.24% en référence au montant au 1er janvier de l'année (cf. pce 1 ch. 13 et annexe 1 et liste des sorties et pce 10).
Par correspondance du 3 février 2009 la Société s'est adressée à la Fondation pour lui faire part sous la désignation d'une restructuration des modifications importantes de l'effectif de son personnel et a requis de la Fondation qu'elle prenne toutes mesures utiles pour actionner la procédure de liquidation partielle de la Caisse (cf. pce 1 annexe 1 p. 2 et annexe 2 à l'annexe 1).
Au cours de l'année 2009, 7 employés ont également quitté la Société et la Caisse tandis que 3 employés les ont intégrées, entraînant après compensation (884'721.- / 39'909.- francs) une réduction nette des capitaux de prévoyance des actifs de 30.001% (1'721'623.- / 1'205'123.- francs) en fin d'année par rapport au début de l'année (pce 1 ch. 14 et pce 10 p. 4).
B.b Dans un courrier du 18 janvier 2010 adressé à la Fondation, le directeur de la Société indiqua que la restructuration avait débuté le 11 janvier 2008 par une première résiliation de contrat de travail pour l'échéance du 28 février suivant et s'était terminée par une dernière résiliation au 31 octobre 2009 et que ces deux dates initiale et finale avaient été retenues comme déterminantes par le conseil d'administration de la Société dans sa séance du 1er décembre 2009 (cf. pce 1 annexe 1 p. 2 et annexe 3 à l'annexe 1).
B.c La Fondation mandata son expert en prévoyance C._______ SA (ci-après l'expert) afin qu'il déterminât si les conditions d'une liquidation partielle étaient réunies et établisse, cas échéant, un rapport de liquidation partielle.
L'expert rendit son rapport en date du 8 mars 2010. Relevant que la Société avait fait part à la Fondation de sa restructuration par un courrier du 3 février 2009, il conclut à l'existence d'un cas de liquidation partielle s'étant étendue du 29 février 2008 au 31 octobre 2009 au regard de la lettre b de l'art. 2.1 du règlement relevant que celle-ci avait impliqué une diminution des capitaux de prévoyance de 59.95% du 31 décembre 2007 au 31 octobre 2009. Il précisa que durant la période précitée 20 assurés étaient sortis de la Caisse avec un total de prestations de libre passage de 2'679'012.- francs et que 13 nouveaux affiliés avaient effectué un apport total de 298'118.- francs. S'agissant de la période de restructuration il proposa de retenir celle de février 2008 à décembre 2009 du fait que le 31 décembre 2009 correspondait à une date de clôture ordinaire des comptes. Il indiqua que les sorties étaient de type individuel et ne constituaient pas une sortie collective avec les incidences liées (droit collectif aux provisions et réserves) du fait que les assurés sortant n'étaient pas repris ensemble par une autre institution de prévoyance. S'agissant des cercles de destinataires il retint celui constitué des 20 assurés sortis durant la période de restructuration et celui constitué des 23 assurés présents dans la Caisse au 31 décembre 2009 étant précisé l'absence de rentiers. Se basant sur l'art. 2.9 du règlement l'expert établit le découvert de la Caisse au 31 décembre 2009, y compris les frais de liquidation partielle, à 501'869.- francs, induisant un taux de couverture des prestations réglementaires de 87.08% et qu'en conséquence les prestations de libre passage des assurés sortant devaient être de 87.08% de leur prestations de libre passage réglementaire, l'avoir minimum LPP n'étant pas affecté. Pour les assurés restant dans la Caisse il indiqua que le découvert leur était proportionnellement globalement imputé, sans diminution individuelle (pce 1 annexe 1).
B.d Par courrier du 26 mars 2010 la Fondation informa les destinataires de la procédure de liquidation partielle qui allait être mise en place selon le rapport précité. Par la voie de leurs mandataires 13 assurés contestèrent le rapport de liquidation partielle. Ils élevèrent notamment des griefs quant à l'existence même d'une restructuration, par ailleurs tardivement annoncée, et implicitement nièrent l'existence d'un cas de liquidation partielle vu les nombreux départs volontaires. Ils firent valoir que la date du 31 décembre 2009 devait être étayée et que la question d'un recours aux prestations du fonds de garantie devait être examinée (cf. pce 1 annexes 2 à 5). Par courriers des 2 et 3 septembre 2010 adressés aux conseils des assurés concernés, la Fondation confirma les conclusions de l'expert, explicitant celles-ci en réponse aux griefs invoqués. Elle souligna que la période des années 2008 et 2009 devait être prise en un tout et précisa que le degré de couverture de la Caisse au 31 décembre 2008 était de 60%, qu'en conséquence la prise en compte de la date du 31 décembre 2009 préservait les intérêts des assurés sortis en 2008 (cf. pce 1 annexe 6 et pce 3).
B.e Par courrier du 2 septembre 2010 la Fondation s'adressa à l'OFAS pour lui faire part de la situation de la Caisse de prévoyance de la Société et que son expert avait conclu à un cas de liquidation partielle, laquelle était contestée par un certain nombre d'assurés. Elle requit de l'OFAS qu'il rende une décision quant au cas de liquidation partielle (pce 1).
B.f Par lettres des 11 mars et 3 mai 2011 l'OFAS requit de la Fondation des informations relativement à la restructuration organisationnelle de la Société, aux modalités de départ (départs volontaires, licenciements) et à la procédure suivie relativement à la communication par l'employeur de la restructuration annoncée. Il s'enquit de la participation de la commission de gestion à la détermination des dates de ladite restructuration et des communications de cette commission au personnel. L'OFAS requit de plus un complément de l'expert sur l'incidence d'une liquidation partielle portant sur l'année 2009 prenant en compte un versement des prestations de sortie intégral aux assurés sortis en 2008 (cf. pce 6).
B.g En date du 20 avril 2011 la Fondation fit remarquer à l'adresse de l'OFAS que le règlement ne prévoyait pas de distinction entre les départs volontaires et les licenciements en cas de diminution qualifiée des capitaux de prévoyance (pce 7). L'OFAS par lettre du 3 mai 2011 requit expressément une réponse à ses questions complémentaires, exigea l'établissement d'un rapport de liquidation portant sur la seule année 2009 et fit valoir que la jurisprudence demandait de distinguer les travailleurs ayant quitté l'entreprise de leur plein gré de ceux licenciés ou contraints de quitter l'entreprise (cf. pce 8). L'expert répondit directement à l'OFAS en date du 25 mai 2011 et joignit une correspondance du 20 mai de la Société adressée à la Fondation répondant également aux questions posées (pce 10).
B.g.a L'expert indiqua dans son rapport du 25 mai 2011 qu'en 2009 seule 1 personne (avec une prestation de libre passage de CHF 14'355.60) sur 7 avait quitté la Société de son plein gré, que la restructuration entre le 1er janvier et le 31 octobre 2009 avait impliqué une diminution des capitaux de prévoyance de plus de 30%, soit 32.14% s'agissant de la diminution liée aux sorties par licenciement et 32.98% s'agissant de la diminution relativement aux capitaux de prévoyance des assurés actifs prenant en compte 7 personnes sorties et 3 nouveaux affiliés. Se référant à la fin de l'année 2009 l'expert indiqua que le critère des 30% était toujours atteint par 30.001%. Il releva que si une restructuration en tant que telle n'était pas retenue, le critère de la diminution des capitaux selon l'art. 2.1 let. a) entraînait une liquidation partielle vu la réduction de plus de 30% et que ce même raisonnement valait pour l'année 2008 dont la diminution de capitaux liée aux assurés actifs était de 40.2%. L'expert précisa que dans son nouveau calcul des prestations de sortie, tenant compte du nouveau taux de couverture après versement intégral des prestations de sortie en 2008, il avait renoncé à prendre en compte séparément l'incidence de l'assuré ayant effectué un départ volontaire du fait de la modicité de sa prestation de libre passage (CHF 14'355.60) dont l'impact sur le degré de couverture était inférieur à 1%. S'agissant du découvert au 31 décembre 2009, frais de liquidation partielle compris, l'expert établit celui-ci à 501'869.- francs déterminant un degré de couverture de 75.99% impliquant une prestation de sortie pour les assurés ayant quitté la Société en 2009 à 75.99% de leur prestation de libre passage et un découvert global pour les assurés restant non individualisé de 289'406.- francs. A la suite de ces calculs l'expert releva que ce calcul de liquidation partielle limité à l'année 2009 péjorait la situation des assurés restant et sortant au 31 décembre 2009 alors que les assurés sortis en 2008 pouvaient bénéficier d'une prestation de libre passage intégrale bien que la Caisse fût en découvert et de fait en liquidation partielle (pce 10).
B.g.b La Société indiqua dans sa correspondance du 20 mai 2011, en annexe du rapport précité, que la restructuration, menée par la nouvelle direction entrée en fonction en janvier 2008, avait pour origine le départ de l'ancien directeur le 11 janvier 2008 avec effet fin juillet 2008 et la situation des marchés économiques, dont l'affaire Madoff, qui avaient eu un impact sur les actifs sous gestion et ses revenus liés qui avaient chuté de près de 50%. Elle releva que la restructuration s'était concentrée sur les charges de personnel et informatiques. Elle précisa que son équipe de direction avait été réduite de 7 à 3 personnes du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2009, que 4 cadres avaient quitté volontairement la société en 2008 pour reprendre la direction de la société D._______ et avaient été remplacés, que le transfert de l'activité des fonds de E._______ de la Société à D._______ avait engendré une perte de revenus et une réduction d'effectifs de 3 personnes, qu'en l'occurrence les exercices 2008 et 2009 s'étaient soldés par des pertes au bilan de respectivement 2.8 millions et 3.3 millions de francs ayant nécessité en 2010 une réduction de capital / recapitalisation de la société par l'actionnaire à hauteur de la perte (cf. annexe aux comptes 2010). La société indiqua que la commission de gestion avait été informée de la restructuration organisationnelle en date du 11 janvier 2008 comme l'ensemble du personnel et que celle-ci avait informé le personnel de la situation critique de la Caisse du fait de la restructuration en date du 9 février 2009. Enfin elle nota que la constatation par la commission de gestion que toutes les conditions d'une liquidation partielle étaient réunies remontait à la communication que lui avait faite la Fondation en décembre 2008 de l'impact de l'affaire Madoff sur les investissements de la Caisse et que ce fut par courrier du 3 février 2009 que la décision de liquidation partielle fut formalisée. A cette correspondance furent joints les rapports de révision des années 2008-2010, 6 copies de lettres de résiliation des rapports de travail, une copie de lettre de démission mais pas de procès-verbal des séances mentionnées (pce 10).
B.h Invités par l'OFAS le 14 juin 2011 à se déterminer sur cette nouvelle documentation, les mandataires des assurés contestataires firent valoir en juin et juillet que la société n'avait pas connu de situation de restructuration, que l'employeur n'avait jamais effectué de communication en date du 11 janvier 2008 à tout le personnel ou à la commission de gestion de la Caisse et que le courrier de la Société du 20 mai 2011 ne retraçait pas correctement le déroulement de ce qui s'était passé. Il soulignèrent qu'il n'y avait jamais eu de détermination d'une liquidation partielle et que ce n'était qu'en février 2009 que la Société l'avait évoquée. A l'appui de ces déterminations ils relevèrent des charges de personnel relativement constantes au cours des années 2007 à 2010 (Fr. 3'642'461.-, 3'720'037.- 3'752'121.-, 3'431'355.-) et un nombre d'employés passé de 25 à 23 de début 2008 à fin 2009. Ils soulignèrent que la Société se prévalait à tort d'une restructuration au vu des chiffres énoncés et que par ailleurs rien ne justifierait de retenir cas échéant une restructuration ayant débuté le 1er janvier 2009 (pce 20).
C. Par décision du 14 décembre 2011 l'OFAS retint l'application de l'art. 2.1 let. b) du règlement et l'existence d'une restructuration de la Société s'étant étendue du 3 février au 31 octobre 2009, la date déterminante étant fixée au 31 décembre 2009 correspondant à la date de clôture ordinaire des comptes. Il invita en conséquence l'expert à établir un plan de répartition prenant en compte la période précitée et précisa, par renvoi aux considérants 9 et 11 de sa décision, que l'assuré qui avait donné volontairement son congé en 2009 [in casu au 28 février 2009] ne pouvait être intégré dans l'effectif des destinataires sortant de la liquidation partielle, qu'en l'occurrence le découvert ne pouvait lui être imputé proportionnellement. L'OFAS précisa n'être pas lié par le règlement bien qu'il l'eût préalablement approuvé du fait qu'il devait tenir compte d'un arrêt du Tribunal fédéral des assurances [recte: Tribunal administratif fédéral], rendu antérieurement à son approbation, imposant de ne pas imputer les conséquences d'une liquidation partielle aux personnes ayant quitté volontairement l'entreprise concernée (arrêt C-2352/2006 du 28 janvier 2008). Il chargea le Conseil de fondation de mettre en oeuvre l'application du plan de liquidation partielle et retira l'effet suspensif à un éventuel recours (pce 23).
D. A la suite de cette décision, l'expert établit, daté du 24 janvier 2012, un nouveau rapport de liquidation partielle prenant en compte les réquisits de la décision de l'OFAS. Il releva que selon les calculs découlant de la restructuration intervenue entre le 1er janvier et le 31 octobre 2009 la diminution de capitaux liée aux capitaux de prévoyance des assurés actifs se montait à 32.98% et celle liée aux sorties par licenciements à 32.14% et que, s'il ne devait pas être retenue de restructuration entre les dates précitées, la diminution de capitaux des assurés actifs entre le 1er janvier et le 31 décembre 2009 se montait à 30.001%. Il releva pour information que pour l'année 2008 la diminution de capitaux de prévoyance des assurés actifs se montait à 40.2%. Ayant sorti de l'effectif des assurés partis en 2009 le salarié ayant donné son congé durant la période en question, l'expert, sur les mêmes bases de calcul que précédemment, établit le degré de couverture de la Caisse à 75.82% impliquant une prestation de sortie pour les assurés licenciés en 2009 à 75.82% de leur prestation de libre passage réglementaire (pce 24).
E. Contre cette décision, la Fondation, représentée par Mes J.-A. Schneider et A. Troillet, interjeta recours en date du 26 janvier 2012. Elle conclut préalablement à la restitution de l'effet suspensif et principalement, sous suite de dépens, à l'annulation de la décision attaquée et à ce qu'il soit dit et prononcé que la liquidation de la Caisse doit être effectuée conformément aux termes du rapport de liquidation partielle établi par l'expert le 8 mars 2010. Elle fit valoir que le défaut d'annonce d'une restructuration en 2008 n'était pas déterminant car l'annonce en tant que telle n'était pas une condition d'un cas de restructuration mais une mesure d'ordre et que, interprété a contrario, le défaut d'annonce intentionnel par l'employeur lui permettrait cas échéant abusivement d'éviter les conséquences d'une liquidation partielle. Elle souligna qu'en 2008 sur 28 personnes 12 [recte: 13] avaient quitté la Société et la Caisse et qu'il s'imposait de conclure à une restructuration, que rien ne justifiait pour les personnes concernées un traitement préférentiel par rapport à celles ayant quitté la Société et la Caisse en 2009 dans le même contexte de restructuration. Elle souligna que la Société avait en 2008 abandonné une partie de ses activités liées aux fonds de E._______ à une société tierce et que cette hypothèse était expressément visée par le règlement. S'agissant de la personne dite ayant quitté de son plein gré la Société en 2009, la Fondation releva que l'OFAS se devait de prendre en compte le règlement qu'il avait lui-même avalisé et qu'il n'était pas une autorité supérieure confrontée à un contrôle incident. Elle nota que ce n'était que s'il était saisi dans le cadre d'une révision qu'il pourrait revenir sur son aval, qu'en l'occurrence l'arrêt du Tribunal fédéral des assurances [recte: du Tribunal administratif fédéral], considéré par l'OFAS comme fait nouveau, avait été rendu le 28 janvier 2008 alors que le règlement avait été adopté le 29 avril suivant. Elle souligna que l'OFAS enfreindrait le principe de la légalité et son corollaire la sécurité du droit en effectuant un contrôle incident de sa propre décision hors le cadre légal. Elle releva encore que l'OFAS irait de même à l'encontre du principe de la bonne foi car l'administré peut exiger de l'autorité qu'elle se conforme aux promesses ou assurances qu'elle lui a faites. Par ailleurs elle releva que selon l'arrêt du Tribunal fédéral [recte: Tribunal administratif fédéral] invoqué par l'OFAS les collaborateurs qui ont démissionné parce qu'ils se sont efforcés de retrouver au plus vite un emploi peuvent être intégrés à l'effectif des sortants et qu'en l'occurrence rien au dossier ne permettait de définir les circonstances du départ du collaborateur pris en compte comme étant parti de sa propre volonté (pce TAF 1).
Parallèlement deux assurés, représentés par un même avocat, interjetèrent recours contre la décision du 14 décembre 2011 auprès du Tribunal de céans, enregistrés sous les références C-541/2012 et C-543/2012 faisant valoir l'inexistence d'un cas de liquidation partielle en 2009 selon l'art. 2.1 let. b du règlement et concluant au versement intégral de leur prestation respective de libre passage.
F. Par décision incidente du 4 mai 2012, après échange d'écritures, le Tribunal de céans restitua l'effet suspensif au recours et requit de la recourante une avance sur les frais de procédure de 3'000.- francs (pce TAF 13), montant dont elle s'acquitta dans le délai imparti (pce TAF 15).
G. Par réponse du 3 juillet 2012, rendue en la même version pour les causes connexes C-541/2012 et C-543/2012, l'OFAS conclut au rejet du recours et à la confirmation de sa décision. Il se référa à la motivation de sa décision relevant avoir constaté qu'il n'y avait pas eu en 2008 de diminution de personnel pas plus qu'une diminution des capitaux de prévoyance au delà de 30% selon les conditions fixées par l'art. 2.1 let. a) du règlement et qu'au contraire il y avait eu une restructuration au sens de l'art. 2.1 let. b) de ce même règlement du 3 février au 31 octobre 2009. Il souligna que l'annonce de la restructuration était selon le règlement un élément constitutif dans le cas d'une restructuration et qu'une telle annonce était intervenue le 3 février 2009 notant que si la restructuration avait été effective en 2008 déjà la Société l'aurait annoncée, ce qu'elle n'avait pas fait. Il releva qu'en 2008 sur 12 départs 8 avaient été volontaires. Il indiqua que le transfert d'activités liées au fonds de E._______ invoqué par la Fondation pour justifier une restructuration de la Société était en fait accessoire vu que les 4 cadres partis à ce moment avaient été remplacés et que ce transfert avait donné lieu en fait à une diminution d'effectif de 3 personnes. Enfin, s'agissant de l'impact d'un arrêt du Tribunal fédéral [recte: Tribunal administratif fédéral] sur la validité d'un règlement de liquidation partiel de caisse de prévoyance, l'OFAS s'en remit à justice, estimant néanmoins qu'un tel arrêt devait l'emporter sur des dispositions contraires (pce TAF 17).
H. Par réplique du 21 septembre 2012, la Fondation maintint ses conclusions. Elle fit valoir que rien au dossier ne confirmait qu'en 2008 sur 12 départs 8 avaient été volontaires et qu'au demeurant, selon le règlement, entériné par l'OFAS, les démissionnaires devaient être pris en compte dans l'effectif sortant en cas de liquidation partielle. Elle indiqua que pareil raisonnement valait pour la personne ayant donné sa démission en 2009. S'agissant du caractère constitutif de l'annonce d'une restructuration défendu par l'OFAS, la Fondation souligna que cette nature ne relevait pas du règlement et que si tel était le cas ce caractère constitutif serait contraire au droit fédéral car les conditions d'une liquidation partielle ne relèveraient plus de critères objectifs mais seraient susceptibles d'être manipulées par l'employeur quant au moment déterminant (pce TAF 21).
I. Par décision du 26 septembre 2012, en application de la modification de la LPP entrée en vigueur le 1er janvier 2012, l'OFAS transféra la surveillance de la Fondation de prévoyance A._______ à l'Autorité de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance du canton de Genève (pce TAF 23). Cette décision est entrée en force.
J. Par duplique du 24 octobre 2012, l'OFAS confirma en tous points sa décision attaquée dans la présente affaire et les causes C-541/2012 et C-543/2012. Il souligna qu'en 2008 les conditions d'une restructuration n'étaient pas remplies vu que le personnel avait diminué d'une personne suite à 13 départs et 12 nouveaux engagements, passant de 28 à 27 personnes, et que les capitaux de prévoyance n'avaient pas diminué de plus de 30%. S'agissant de la notion de restructuration l'OFAS soutint que l'obligation d'annonce était pour le règlement une condition constitutive comme cela relevait de la définition de la restructuration donnée dans le règlement ("réduction annoncée") et que l'on ne saurait faire fi de cette définition en préambule des dispositions idoines (pce TAF 24).
K. Par correspondance du 23 novembre 2012 l'Autorité de surveillance cantonale des fondations et des institutions de prévoyance de Genève informa l'OFAS qu'elle considérait que l'autorité fédérale était en charge du dossier de recours par économie de procédure, malgré le transfert de compétence de surveillance intervenue, sauf décision contraire du Tribunal de céans. Elle donna copie de cette correspondance au Tribunal de céans par courrier de même date (pce TAF 27).
L. Par acte du 27 novembre 2012, la Fondation se prononça sur un point de la duplique de l'OFAS. Elle releva qu'il y avait en droit restructuration même si au final il ressortait de l'ensemble des départs et des nouveaux engagements une augmentation de personnel (pce TAF 28).
M. Par correspondance du 27 novembre 2012, adressée en copie au Tribunal de céans, l'OFAS indiqua à l'Autorité de surveillance genevoise qu'elle ne se considérait plus comme compétente dans la présente affaire vu le transfert de surveillance opérée par décision du 26 septembre 2012 (pce TAF 29). Le Tribunal de céans porta par ordonnance du 7 décembre 2012 à la connaissance des parties les écritures précitées des 23 et 27 novembre 2012 (pce 30).
Droit :
1. Sous réserve des exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), ce Tribunal, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'OFAS en matière de surveillance des institutions de prévoyance professionnelle peuvent être contestées devant le Tribunal de céans conformément à l'art. 33 let. d LTAF en combinaison avec l'art. 74 al. 1 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP, RS 831.40).
2.
2.1 La qualité pour agir selon l'art. 48 al. 1 PA appartient à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Le recourant doit être touché directement, et non de manière indirecte ou médiate (ATF 135 I 43 consid. 1.4, ATF 135 II 145 consid. 6.2). Il ne suffit pas que l'issue de la procédure puisse influencer de quelque lointaine façon sa sphère d'intérêts ou qu'il ne soit touché que "par ricochet" par la décision attaquée (ATF 135 V 382 consid. 3; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, Zurich 2011, n° 1363). Un intérêt digne de protection existe lorsque la situation juridique ou de fait peut être influencée par l'issue de la procédure. L'intérêt peut aussi consister en l'utilité pratique que le succès du recours peut constituer pour le recourant, c'est-à-dire l'élimination du dommage matériel ou idéal que la décision attaquée lui causerait. L'admission du recours doit apporter au recourant un avantage concret (cf. ATF 137 II 40 consid. 2.3, ATF 137 II 30 consid. 2.2.3, ATF 135 II 145 consid. 6.1, ATF 133 II 249 consid. 1.3.2; Pierre Moor / Etienne Poltier, Droit administratif II, 3ème éd. Berne 2011, p. 727 ss; Tanquerel, op. cit., n° 1358 ss; Benoît Bovay, Procédure administrative, Berne 2000, p. 483 ss).
2.2 La recourante, en sa qualité d'institution de prévoyance collective, destinataire de la décision dont est recours et affectée par un cas de liquidation partielle de l'une de ses caisses de prévoyance dont elle a charge de gestion et défense des intérêts des assurés, remplit les conditions prévues à l'art. 48 PA et a la qualité pour recourir.
2.3 Déposé dans les formes et délai prévus par les art. 50 et 52 al. 1 PA et l'avance de frais requise ayant été payée dans le délai imparti, le recours est donc recevable.
3. En l'espèce, l'objet du litige est constitué par la décision du 14 décembre 2011 de l'OFAS. Cette décision retient pour l'essentiel une période de liquidation partielle du 3 février au 31 octobre 2009 reportée au 31 décembre 2009 de la Caisse de prévoyance de B._______ gérée par la Fondation (point 2 du dispositif) et la non prise en compte de l'assuré parti volontairement en 2009 dans le cercle des assurés sortis en 2009 du fait de la restructuration (point 3 du dispositif). Le recours du 26 janvier 2012 conclut à l'annulation de la décision du 14 décembre 2011 et à ce qu'il soit prononcé que la période de restructuration s'étend du 29 février 2008 au 31 décembre 2009 conformément au rapport de liquidation partielle de l'expert de la Fondation du 8 mars 2010. La recourante conclut en outre à ce que les avoirs de la prévoyance professionnelle de la personne qui serait sortie volontairement de l'entreprise en 2009 soient pris en compte dans le cadre du plan de répartition du découvert.
4. En principe, les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits sous réserve de dispositions particulières de droit transitoire (ATF 136 V 24 consid. 4.3, ATF 130 V 445). La période de la liquidation partielle, si elle devait être retenue par le Tribunal de céans, aurait pour date déterminante le 31 décembre 2009. Les dispositions légales applicables pour trancher le litige sont celles en vigueur à cette date (cf. l'arrêt du Tribunal fédéral 9C_489/2009 du 11 décembre 2009 consid. 1).
5.
5.1 La liquidation partielle et totale d'une institution de prévoyance est régie par les art. 53b ss LPP. Aux termes de l'art. 53b al. 1 LPP, les institutions de prévoyance fixent dans leurs règlements les conditions et la procédure de liquidation partielle. Les conditions pour une liquidation partielle sont présumées remplies lorsque: a) l'effectif du personnel subit une réduction considérable; b) une entreprise est restructurée; c) le contrat d'affiliation est résilié. Selon l'al. 2, les prescriptions réglementaires concernant les conditions et la procédure de liquidation partielle doivent être approuvées par l'autorité de surveillance. Dans le cadre des art. 53b ss LPP, la loi énonce que lors de la liquidation partielle ou totale de l'institution de prévoyance le principe de l'égalité de traitement et les principes techniques reconnus doivent être respectés (art. 53d al. 1 LPP), que les assurés et les bénéficiaires de rentes ont le droit de faire vérifier par l'autorité de surveillance compétente les conditions, la procédure et le plan de répartition et de leur [recte: lui] demander de rendre une décision (al. 6). Relativement au règlement de liquidation partielle, la Conférence des autorités cantonales de surveillance LPP et des fondations a précisé que les institutions de prévoyance doivent inscrire dans leur règlement les conditions et la procédure en la matière sans dénaturer les principes développés à cet égard dans la doctrine et dans la pratique et a indiqué les éléments qui au minimum devaient figurer dans le règlement (voir Conférence des autorités cantonales de surveillance LPP et des fondations, Liquidation partielle d'institutions de prévoyance accordant des prestations réglementaires, Lucerne 2004). Le Conseil fédéral s'est exprimé dans le même sens dans son Message accompagnant la première révision de la LPP (FF 2000 p. 2554).
5.2 L'approbation du règlement de liquidation partielle par l'autorité de surveillance a un effet constitutif en ce sens qu'il détermine les conditions et modalités de liquidation partielle de l'institution, sous réserve d'invalidation de l'une ou l'autre de ses dispositions à l'occasion d'un examen in concreto suscité par un cas de liquidation porté devant le Tribunal de céans pour examen sous l'angle du règlement et du droit supérieur (arrêt du Tribunal fédéral 9C_434/2009 du 6 septembre 2010 consid. 5 non publié à l'ATF 136 V 322).
5.3 Les modifications structurelles d'une société déterminantes sur le plan de la LPP s'ensuivent soit d'une diminution importante de son effectif ensuite de licenciements ou de départs forcés pour causes économiques soit d'une restructuration non limitée à des changements internes (consid. 5.1 supra). En jurisprudence et doctrine une telle situation est reconnue généralement quand quelque 10% du personnel d'une entreprise est concerné mais il s'agit là d'un ordre de grandeur et chaque cas de restructuration doit être apprécié individuellement compte tenu de l'importance de l'entreprise, de son éventuelle intégration dans un groupe et de la nature de sa caisse de pension. En principe on inclut dans le cercle d'une liquidation partielle ou totale les personnes qui ont quitté l'entreprise dans la période précédant la date déterminante pour la liquidation, qui peut aller jusqu'à trois voire cinq ans (ATF 128 II 394 consid. 3.3 p. 397 s.; ATF 2A.276/2002 consid. 2.2.; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, 2e éd. Zurich 2012, n° 1334).
5.4 Une restructuration se caractérise par deux éléments qui doivent être réalisés cumulativement. Il faut, d'une part, une nouvelle organisation ou réorganisation affectant la structure même d'une entreprise résultant notamment de la fermeture partielle ou totale d'une unité, de la réunion de secteurs d'activités, de la vente d'une filiale, d'une modification profonde de l'organisation interne ou de services extérieurs et il faut, d'autre part, que la restructuration ainsi opérée ait entraîné une modification de l'effectif du personnel, que ce soit par une diminution, une augmentation ou des départs compensés par des arrivées. Il n'y a par contre pas de restructuration quand seule la structure de la direction est modifiée sans réduction de personnel (voir Ueli Kieser in: Jacques-André Schneider et alii, LPP et LFLP, Berne 2010, art. 53b LPP n° 17 ss; Isabelle Vetter-Schreiber, Berufliche Vorsorge, Zurich 2009, art. 53b LPP n° 14 ss; Fritz Steiger, Die Teilliquidation nach Art. 53b BVG in: PJA 2007 p. 1055 s.; ATF 138 V 342 consid. 6.5.2, ATF 136 V 322 consid. 8.3; l'arrêt du Tribunal de céans C-2272/2011 du 25 février 2013 consid. 5.3.3 et les références). Il sied de préciser comme l'a indiqué l'ATF 136 précité (loc. cit.) qu'une restructuration peut aussi conduire à des remplacements sans diminution au final de l'effectif du personnel. Cette occurrence n'exclut pas la réalité d'une restructuration (Martina Stocker, Die Teilliquidation von Vorsorgeeinrichtungen, thèse Fribourg, Zurich 2012, p. 100 s.). En cas de restructuration, il n'est pas déterminant de savoir si l'employé a donné son congé ou si c'est l'employeur qui l'a donné (arrêts du Tribunal de céans C-2272/2011 du 25 février 2013 consid. 5.3.3 et C-2352/2006 du 28 janvier 2008 consid. 5.4.1).
5.5 Les modifications structurelles des entreprises entraînent généralement des conséquences pour l'institution de prévoyance qui doit se défaire d'une partie de son patrimoine en proportion des droits des assurés quittant l'institution pour une autre institution de prévoyance indépendamment de leur volonté, ceci en vertu du principe bien établi selon lequel la fortune de prévoyance suit le personnel (ATF 128 II 394 consid. 3.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.576/ 2002 du 4 novembre 2003 consid. 2.2; Jacques-André Schneider, Fonds libres et liquidation de caisses de pensions, Eléments de jurisprudence in: Revue suisse des assurances sociales et de la prévoyance professionnelle [RSAS] 2001, p. 454; Hans-Michael Riemer / Gabriela Riemer-Kafka, Das Recht des beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2ème éd. Berne 2006, § 2 n° 115; Kieser in Schneider et alii, art. 53b LPP n° 6).
6.
6.1 En cas de liquidation partielle d'une fondation de prévoyance, les fonds libres, cas échéant, en plus des fonds liés aux prestations réglementaires, doivent être distribués entre les groupes d'assurés selon un plan de répartition sur une base individuelle ou collective (cf. l'art. 23 al. 1 LFLP; Kieser, in Schneider et alii, art. 23 LFLP n° 5 ss). Inversement, en cas de sous-couverture au sens de l'art. 44 de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2, RS 831.441.1), les institutions de prévoyance qui doivent respecter le principe de l'établissement du bilan en caisse fermée, comme c'est le cas in casu s'agissant d'une caisse au sens de l'art. 69 al. 1 LPP, peuvent déduire proportionnellement les découverts techniques pour autant que cela ne contribue pas à réduire l'avoir de vieillesse (art. 53d al. 3 LPP, ég. art. 27g OPP 2). S'agissant de l'hypothèse de sous-couverture, la loi précise que l'avoir de vieillesse au sens de l'art. 15 LPP est toutefois garanti. Il s'agit d'un renvoi à l'avoir de vieillesse au sens de la LPP obligatoire hors part surobligatoire (Kieser in Schneider et alii, art. 53d LPP n° 45; Stocker, p. 79). Bien que l'art. 53d al. 3 LPP évoque la possibilité ("peuvent") de la réduction de l'avoir de libre passage en cas de liquidation partielle, celle-ci ne pourra de règle que s'imposer au collectif sortant car si tel n'était pas le cas le découvert s'accroitrait pour le collectif restant et serait inéquitable (Stocker, p. 80) à moins de compensations. Il s'ensuit que la LPP en cas de liquidation partielle ou totale ne prévoit pas de garantie du capital de vieillesse surobligatoire quelque soit son origine apportée ou constituée dans le cadre de l'institution de prévoyance, de même que le précise l'art. 19 de la loi fédérale du 17 décembre 1993 sur le libre passage dans la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LFLP, RS 831.42) en dérogation aux art. 17 et 18 LFLP contrairement aux cas de sorties individuelles (Hermann Walser in Schneider et alii, art. 19 LFLP n° 3).
6.2 En cas de versement d'une prestation de sortie inférieure à la prestation réglementaire, la question d'un recours aux prestations du fonds de garantie peut se poser. Selon l'art. 56 al. 1 let. b et c LPP le fonds de garantie garantit b) les prestations légales dues par des institutions de prévoyance devenues insolvables (...) et c) réglementaires qui vont au delà des prestations légales et qui sont dues par des institutions de prévoyance devenues insolvables, pour autant que ces prestations reposent sur des rapports de prévoyance auxquels la LFLP est applicable. L'al. 2 de cette disposition précise que la garantie visée à l'al. 1 let. c couvre au plus les prestations calculées sur la base d'un salaire déterminant au sens de la LAVS égal à une fois et demie le montant supérieur prévu à l'art. 8 al. 1 de la présente loi (en l'espèce 82'080.- francs en 2009).
En l'occurrence au vu de la liste des prestations de sortie en annexe du rapport du 8 mars 2010 de l'expert (cf. pce 1, annexe 1 à l'annexe 1), un recours au fonds de garantie est exclu, toutes les prestations de sortie sont supérieures à l'avoir minimal LPP et il n'apparaît pas, bien que les parties ne se soient pas prononcés à ce sujet, une situation ouvrant le droit aux prestations du fonds de garantie. Il sied de relever que la garantie ne s'étend pas à la procédure de liquidation partielle. Dans le cadre d'une telle procédure le découvert est imputé proportionnellement au capital de couverture de l'assuré sortant en application de l'art. 19 LFLP, les prestations minimales selon la LPP devant en tous les cas être garanties (Beat Christen in Schneider et alii, art. 56 LPP n° 15).
7. Avant de procéder avec l'examen des griefs de la recourante, il est nécessaire d'apporter les précisions suivantes aux dispositions règlementaires applicables en l'espèce.
7.1 L'art. 2.1 du règlement de liquidation partielle ou totale énonce sous lettres a - d quatre cas de liquidation partielle. Dans la présente occurrence, seuls doivent être examinés le cas a/pt 1) concernant la diminution importante du personnel pour une caisse comptant moins de 50 membres actifs lorsqu'une diminution de 30% au moins des capitaux de prévoyance des actifs intervient en l'espace de 12 mois entre le début et la fin d'un exercice annuel comptable de la fondation et le cas b) concernant la restructuration d'une entreprise affiliée entraînant une réduction des capitaux de prévoyance dans une proportion telle que celle indiquée au point précédent. Dans ce dernier cas il faut préciser que si plusieurs restructurations se recouvrent dans le temps au sein [d'une entreprise ou (texte complété selon la systématique)] d'un établissement le cumul des réductions est déterminant.
Dans la première hypothèse, il y a un cas de liquidation partielle lors d'une diminution qualifiée des capitaux de prévoyance pour quelque cause que ce soit, que les départs des personnes concernées soient volontaires ou imposés. Dans le deuxième cas le seuil qualifié est repris du cas précédent et il doit y avoir une restructuration ou des restructurations successives ou se chevauchant. Or comme ce deuxième cas est couvert par le premier cas si la restructuration a eu lieu sur un exercice comptable de la Fondation il n'est pas en soi distinct matériellement du précédent. Sa spécificité est par contre de préciser que plusieurs cas de restructuration - se succédant ou se chevauchant sur deux ou plusieurs exercices comptables - seront considérés comme un seul cas. Cette solution est conforme à la jurisprudence (arrêt du Tribunal fédéral 9C_489/2009 du 11 décembre 2009 consid. 4.2.1).
7.2 Dans son alinéa 2 du point 2.1 le règlement énonce que le nombre de membres déterminant pour le pourcentage à appliquer est celui au début de l'exercice comptable. Il faut comprendre ce texte dans le sens que le montant des capitaux de prévoyance déterminant pour calculer la diminution desdits capitaux est celui des membres au début de l'exercice comptable. En effet le nombre de membres en tant que tel au début de l'exercice comptable n'est pas déterminant vu que la référence à l'art. 2.1 du règlement est le montant des capitaux de prévoyance.
7.3 Au point 2.2. du règlement il est formulé une obligation d'annoncer à la Fondation incombant à l'employeur tout cas entraînant une liquidation partielle. Cette obligation ne constitue pas un cas de liquidation partielle. En soi, l'annonce d'un cas de liquidation ne peut pas remplacer les conditions constitutives d'un cas de liquidation. Un cas de liquidation partielle suppose une réduction considérable de l'effectif de l'entreprise ou sa restructuration (cf. consid. 5.1 supra). On ne peut donc pas faire dépendre l'existence d'un cas de liquidation de celle de son annonce de la part de l'employeur, sous peine de violer l'art. 53b al. 1 LPP.
8.
8.1 En l'espèce durant les années 2008 et 2009 la Société a connu 20 départs sur un effectif au 1er janvier 2008 de 28 personnes, soit 13 départs en 2008 et 7 départs en 2009 alors que durant les mêmes années il y eut 11 engagements en 2008 et 3 engagements en 2009. Comme indiqué dans le consid. 5.4 ci-dessus, pour admettre l'existence d'une restructuration, l'effectif final du personnel n'est pas déterminant. Une restructuration peut être admise même si les départs sont compensés par des nouveaux engagements. Du point de vue de la prévoyance professionnelle, ce qui est déterminant est le mouvement des capitaux de prévoyance, y compris les fonds libres ou cas échéant la prise en compte de découverts, qui doivent suivre les flux de personnel.
8.2 Force est de constater que la société durant les années 2008 et 2009, bien plus d'ailleurs en 2008 qu'en 2009, a connu une situation de restructuration résultant de la mise en place d'une nouvelle direction, de l'abandon d'un secteur d'activités économiquement relativement important repris par des cadres partis dans une autre société et d'une situation financière réellement incertaines tant en 2008 que 2009 qui n'a pas manqué durant ces années d'inciter des collaborateurs à quitter l'entreprise eu égard aux perspectives incertaines et qui a nécessité une importante recapitalisation en 2010. Tant sous l'angle de la restructuration (art. 2.1 let. b du règlement) que sous l'angle du critère des 30% des capitaux de prévoyance par référence aux capitaux de prévoyance liés aux membres de la caisse au 1er janvier de chacune des années 2008 et 2009 (art. 2.1 let. a du règlement), l'existence d'un cas de liquidation partielle de la société portant sur les années 2008 et 2009 doit être admis. En effet en 2008 et 2009 la réduction des capitaux de prévoyance s'est élevée selon les modalités de calcul du règlement à respectivement 40.24% et 30% soit au moins à 30% par année tels que requis.
8.3 Le fait que la situation de restructuration de la société n'ait été annoncée à la Fondation que par courrier du 3 février 2009 n'est pas déterminant car en 2008 la Société a connu une situation objective de restructuration (cf. consid. 7.3). Donnant suite aux conclusions de la recourante, la période de restructuration doit donc s'étendre du 29 février 2008 au 31 décembre 2009.
9.
9.1 Est en outre litigieuse la question de savoir si la personne qui a quitté l'entreprise en donnant son congé pour fin février 2009 doit être intégrée à l'effectif des sortants dans le cadre de la restructuration ou doit en être sortie (cf. points 9 à 11 du dispositif de la décision). Dans cette dernière éventualité, sa prestation de libre passage ne devrait pas être diminuée conformément au taux de sous-couverture de la Caisse à la date de référence de la liquidation partielle (cf. consid. 6.1 ci-dessus).
9.2 L'art. 2.1 du règlement de liquidation partielle de l'Institution de prévoyance ne fait pas de distinction au sujet de la cause de départ du salarié. Donc, en principe, toute personne qui quitte l'entreprise durant une période de restructuration devrait être prise en compte dans le plan de répartition et voir son avoir de prévoyance réduit. A l'encontre de cette intégration, l'OFAS fait valoir que le règlement, bien qu'approuvé par lui par décision du 29 avril 2008, serait en contradiction avec la jurisprudence. Il se réfère en particulier à un arrêt du Tribunal de céans C-2352/2006 du 28 janvier 2008.
9.3 Il convient tout d'abord de rappeler que de toute façon le Tribunal de céans n'est pas lié par l'approbation du règlement de liquidation partielle donnée par l'autorité de surveillance le 29 avril 2009. Cette décision d'approbation ne libère en effet pas l'autorité judiciaire - en cas de recours - de son obligation de procéder à un examen de la validité du règlement de liquidation partielle (consid. 5.2 ci-dessus).
En l'espèce, la personne en question a donné son congé avec effet au 28 février 2009, soit en pleine phase de restructuration. Il n'y a pas d'éléments au dossier pour établir un réel départ volontaire ni pour faire valoir un départ induit d'une situation d'instabilité d'emploi. Cette circonstance n'est toutefois pas déterminante. En effet, même les départs apparemment volontaires dans un cadre de restructuration, mais résultant d'une situation économique difficile motivant l'anticipation d'une résiliation des rapports de travail et la recherche active d'un nouvel emploi, doivent être assimilés aux départs induits par la restructuration (arrêts du Tribunal fédéral 2A.48/2003 du 26 juin 2003 consid. 2.2, A.410/2003 du 16 février 2004 consid. 3.2; Stocker, op. cit., p. 85, voir aussi consid. 5.4 ci-dessus). Il y a donc lieu d'intégrer la personne en question à l'effectif des collaborateurs sortis en 2009 dans le cadre de la restructuration. Cette solution est conforme non seulement à l'art. 2.1 du règlement de liquidation partielle mais aussi à la jurisprudence ci-dessus.
10. Vu ce qui précède le recours doit être admis et la décision de l'OFAS annulée. Un cas de liquidation partielle pour cause de restructuration de la Caisse doit être reconnu pour la période du 3 février 2008 au 31 octobre 2009, reportée au 31 décembre 2009 (cf. consid. 8.3 ci-dessus). Cette procédure de liquidation concerne l'ensemble des assurés sortis durant la période précitée impliquant pour chacun d'eux le versement d'une prestation de sortie établie selon le rapport d'expert de la Fondation du 8 mars 2010 (consid. 9.3 ci-dessus).
La cause devrait en principe être renvoyée à l'autorité inférieure, à savoir l'OFAS, pour nouvelle décision au sens des considérants. Dans le cadre de la réforme structurelle de la LPP, entrée en vigueur le 1er janvier 2012 (art. 61 ss LPP), par décision du 26 septembre 2012, l'OFAS a toutefois transféré la surveillance sur la fondation recourante à l'Autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de Genève. Cette décision est entrée en force. Il incombera dès lors à l'autorité de surveillance cantonale de se prononcer à nouveau sur la liquidation partielle de la recourante en rendant une nouvelle décision sujette à recours conformément aux considérants ci-dessus.
11.
11.1 En vertu de l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis à la charge de la partie qui succombe. Toutefois, aucun frais de procédure ne peut être mis à la charge d'une autorité inférieure. En l'occurrence, vu l'issue de la procédure, il n'est perçu aucun frais de procédure et l'avance de frais de Fr. 3'000.- est remboursée à la recourante.
11.2 Les art. 64 PA et 7 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF; RS 173.320.2) permettent au Tribunal d'allouer à la partie ayant obtenu gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. La Fondation recourante a en principe droit une indemnité de dépens (arrêt du Tribunal administratif fédéral C-4289/2010 et C-4341/2010 du 28 mars 2010 consid. 12.2). En l'espèce, le travail accompli par le mandataire de la recourante en instance de recours a consisté essentiellement dans la rédaction d'un recours de 12 pages et d'une réplique de 5 pages. Il se justifie, eu égard à ce qui précède, de lui allouer une indemnité à titre de dépens de Fr. 4'000.- à charge de l'intimée (y compris la TVA).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis et la décision de l'OFAS du 14 décembre 2011 annulée. La cause est renvoyée l'Autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de Genève pour nouvelle décision au sens du consid. 10.
2. Il n'est pas perçu de frais de procédure et l'avance de frais fournie de 3'000.- francs est restituée à la recourante.
3. Il est allouée à la recourante une indemnité de dépens de 4'000.- francs TVA comprise à charge de l'OFAS.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'OFAS (n° de réf. _ ; Acte judiciaire)
- à l'Autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de Genève (Acte judiciaire)
- à la CHS PP, case postale 7461, 3001 Berne (Recommandé)
Le président du collège :
Le greffier :
Francesco Parrino
Pascal Montavon
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :