bvger · A-480/2021 · 2021-08-09 · fr
A-480/2021

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-480/2021
Arrêt du 9 août 2021
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Jürg Marcel Tiefenthal, Maurizio Greppi, juges,
Julien Delaye, greffier.
Parties
1. A._______ SA,
représentée par Maître R._______, 2. B._______ SA,
représentée par Maître U._______, recourantes,
contre
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA, Acquisitions et Ventes, Région ouest,
représentée par Maître Benoît Carron, Bonnard Lawson, intimée,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Indemnité consécutive à une expropriation.
Faits :
A. La société A._______ SA (ci-après : l'expropriée 1) et la [société] B._______ SA (ci-après : l'expropriée 2 ; ensemble : les expropriées) sont copropriétaires, pour un tiers chacune, de la parcelle no [3], sise sur la commune de Genève-(...) (ci-après : la parcelle no [3]), d'une surface totale de (...) m2. La société C._______ SA est copropriétaire du tiers restant.
Sur la parcelle, se trouve un parking comprenant 68 places. Il est attenant aux immeubles des expropriés sis (...).
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : l'expropriante) et la République et Canton de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des Transports (ci-après : l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (ci-après : CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.
B.b Par mémoire du 10 octobre 2006, l'expropriée 1 s'est opposée à la demande d'approbation des plans pour le projet CEVA et a conclu à ce que l'expropriante soit condamnée à verser une indemnité de [ 700'000] francs, à répartir entre tous les copropriétaires, pour la constitution, sur la parcelle no [3], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
B.c Le même jour, l'expropriée 2 s'est également opposée à la demande d'approbation des plans pour le projet CEVA. Elle a conclu, quant à elle, à ce que l'expropriante soit condamnée à verser une indemnité de [ 700'000] francs, à répartir entre tous les copropriétaires, pour la constitution sur la parcelle no [3] des servitudes litigieuses.
B.d Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé, avec charges, les plans du CEVA. La décision de l'OFT accorde à l'expropriante le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprises et les tableaux des droits à exproprier. Elle prescrit que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après : la CFE 1).
B.e Les recours interjetés contre cette décision ont été rejetés par le Tribunal administratif fédéral qui a, par arrêt A-3713/2008 du 15 juin 2011, confirmé l'approbation des plans du CEVA. Les recours au Tribunal fédéral ont été rejetés en date du 15 mars 2012.
C.
C.a Le 24 mai 2019, l'expropriante a saisi la CFE 1 d'une procédure visant à estimer le montant de l'indemnité due aux expropriées pour la constitution, sur la parcelle no [3], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
C.b Par convocation du 11 septembre 2019, adressée à Me S._______, la CFE 1 a cité les expropriées à comparaître.
C.c Le 9 octobre 2019, la CFE 1 a tenu une audience de comparution des parties, lors de laquelle les expropriées, par l'intermédiaire de Me S._______, ont déclaré qu'elles souhaitaient être indemnisées du fait des inscriptions requises par l'expropriante.
C.d Par ordonnance du 31 janvier 2020, adressée à Me S._______, la CFE 1 a fixé un délai au 30 mars 2020 aux expropriées pour se déterminer sur la requête, formuler des conclusions chiffrées et produire toutes pièces utiles.
C.e Par ordonnance du 9 octobre 2020, toujours adressée à Me S._______, la CFE 1 a constaté qu'aucune détermination n'avait été déposée par les expropriées et a gardé la cause à juger.
D. Par décision du 10 décembre 2020, la CFE 1 a constaté que l'inscription des servitudes requises par l'expropriante ne donnait droit à aucune indemnisation, mis les frais de la procédure à la charge de l'expropriante et renoncé à octroyer des dépens. Elle relève que les expropriées n'ont pas pris de conclusions, alors qu'elles ont été invitées à le faire, et que, l'auraient-elles fait, leur absence de collaboration devait être interprétée comme une renonciation. La décision a été adressée à Me S._______ le 18 décembre 2020 et distribuée le 21 décembre 2020.
E. L'expropriée 1 (ci-après également : la recourante 1) a formé recours, le 1er février 2021, contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision attaquée soit annulée et à ce que la cause soit renvoyée à la CFE 1 (ci-après également : l'autorité inférieure) pour nouvelle instruction.
Subsidiairement, elle conclut à ce que l'expropriante (ci-après également : l'intimée) soit condamnée à verser aux copropriétaires de la parcelle no [3] une indemnité d'au minimum 30 % de sa valeur vénale, mais, en tout état de cause, d'au minimum [ 700'000] francs, cette somme devant être répartie entre tous les copropriétaires de la parcelle. Elle sollicite qu'une expertise soit ordonnée à cette fin.
F. Par mémoire du même jour, l'expropriée 2 (ci-après également : la recourante 2 ; ensemble : les recourantes) a également formé recours contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision attaquée soit annulée et à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle instruction.
Subsidiairement, elle conclut à ce que l'intimée soit condamnée à verser aux copropriétaires de la parcelle no [3] une indemnité d'au minimum 30 % de sa valeur vénale, mais, en tout état de cause, d'au minimum [ 700'000] francs, cette somme devant être répartie entre tous les copropriétaires de la parcelle. Elle sollicite, elle aussi, qu'une expertise soit ordonnée à cette fin.
G. Par ordonnance du 3 mars 2021, le Tribunal administratif fédéral a ordonné la jonction des deux causes.
H. Le 23 mars 2021, l'autorité inférieure a renoncé à prendre position sur les recours et renvoyé, au surplus, aux considérants de la décision attaquée.
I. Par mémoire du 19 avril 2021, l'intimée a conclu au rejet des deux recours et à ce que les frais de la procédure de recours soient mis à la charge des recourantes.
J. Par plis du 27 mai 2021, les recourantes ont persisté intégralement dans les conclusions prises dans le cadre de leur recours respectif.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
Droit :
1.
1.1 Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur les présents recours (art. 31, 32, 33 let. f de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021] et art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711]).
1.2 La qualité pour recourir des recourantes doit être reconnue aux recourantes en tant qu'elles ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure et qu'elles concluent à une indemnité propre en lien avec leur part de copropriété (art. 48 al. 1 PA, en lien avec 78 al. 1 LEx). En revanche, il est douteux qu'elles puissent conclure à une indemnité pleine à répartir entre les trois copropriétaires, dès lors que la troisième copropriétaire n'a pas formé recours contre la décision attaquée. Cette question peut toutefois souffrir de rester ouverte compte tenu de l'issue du litige. De même, il importe peu, à ce stade, de déterminer si la décision attaquée a été ou non valablement notifiée, en tant que le délai de recours et les autres conditions de recevabilité sont, en tout état de cause, respectés (art. 11 al. 1, 50 al. 1, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA).
1.3 Les recours sont par conséquent recevables.
2. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, ainsi que pour inopportunité, sauf si une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49 PA).
2.1 Le Tribunal administratif fédéral fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3. ; arrêt du TAF A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2).
2.2 La procédure fédérale est essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que l'autorité administrative constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens idoines (art. 12 PA). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 13 PA ; cf. Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, 2008, no 142). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37 LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit, dans ce cas, pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. Dans ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier d'office les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 2.2, A-6912/2017 du 18 mars 2021 consid. 2.2 et A-6933/2017 du 18 mars 2021 consid. 2.2).
2.3 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. ANDRÉ MOSER/BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, no 2.165). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2.).
2.4 Selon l'art. 61 al. 1 PA, l'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure. Pour des raisons d'économie de procédure et essentiellement afin que la procédure ne soit pas prolongée inutilement, le recours au Tribunal administratif fédéral est en principe réformatoire (cf. MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., no 3.191 ; Philippe Weissenberger / Astrid Hirzel, Praxiskommentar VwVG, 2e éd. 2016, art. 61 PA no 10). D'une manière générale, l'art. 61 al. 1 PA confère néanmoins un large pouvoir d'appréciation à l'autorité de recours, qui doit notamment veiller à ce qu'une décision réformatoire ne limite pas de manière inadmissible le nombre d'instances de recours (cf. Weissenberger/Hirzel, op. cit., art. 61 PA no 15 et 17). Par ailleurs, l'autorité de recours ne saurait statuer elle-même sur l'affaire lorsque des questions pertinentes doivent être tranchées pour la première fois et que l'autorité inférieure dispose d'un certain pouvoir d'appréciation (cf. ATAF 2010/46 consid. 4).
3. La loi fédérale sur l'expropriation régit l'exercice du droit d'expropriation pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale (art. 1 LEx). La Confédération peut exercer elle-même le droit d'expropriation ou le conférer à des tiers (art. 2 LEx).
3.1 La procédure d'expropriation doit être conduite en combinaison avec la procédure d'approbation des plans visant l'ouvrage qui justifie l'expropriation. Elle doit être conduite comme une procédure autonome lorsque la loi ne prévoit pas de procédure d'approbation des plans (art. 27 LEx).
Les demandes d'indemnité d'expropriation doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours (art. 33 al. 1 let. e LEx). Elles doivent être structurées conformément à l'art. 19 LEx et, dans la mesure du possible, être chiffrées. Elles peuvent être précisées ultérieurement dans le cadre de la procédure de conciliation (art. 33 al. 3 LEx). Lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés (art. 33 al. 4 LEx).
3.2 Pour autant que les demandes visées à l'art. 33 al. 1 let. e LEx nécessitent une procédure de conciliation et, le cas échéant, une procédure d'estimation, l'autorité d'approbation des plans compétente remet au président de la commission d'estimation compétente, une fois que les décisions visées à l'al. 1 sont entrées en force, notamment la décision rendue, les plans approuvés, le plan d'expropriation, le tableau des droits expropriés et les prétentions produites.
4. Les recourantes font d'abord valoir que l'autorité inférieure aurait violé leur droit d'être entendu en notifiant de manière irrégulière son ordonnance du 31 janvier 2020.
4.1 La recourante 1 rappelle que, lors de l'audience du 9 octobre 2019, son mandataire, Me R._______, a été excusé par son associé, Me S._______, et que, depuis l'audience susmentionnée, Me R._______ n'aurait plus jamais reçu de notification concernant la procédure litigieuse. La recourante 2 précise, quant à elle, que Me S._______ aurait informé l'autorité inférieure d'un changement de mandataire et qu'il ne faisait que le remplacer ce jour-là. Partant, en notifiant l'ordonnance du 31 janvier 2020 à Me S._______, les recourantes estiment que l'autorité inférieure aurait procédé de manière irrégulière. Elle n'aurait ainsi pas laissé l'opportunité aux recourantes de se déterminer sur la requête de l'intimée avant de statuer et aurait, partant, violé leur droit d'être entendu.
L'intimée, pour sa part, estime qu'en l'absence d'une constitution formelle de la part de Me R._______, c'est à bon droit que l'autorité inférieure aurait adressé ses communications en l'Etude S._______ & R._______. Elle rappelle que Me S._______ a reçu l'accusé de réception de l'autorité inférieure du 11 septembre 2019 ainsi que l'avis de citation du même jour pour l'audience de comparution des parties. Me S._______ n'aurait pas réagi à réception de ces documents pour indiquer à l'autorité inférieure qu'il ne représentait pas les recourantes, mais que c'était son associé, Me R._______, qui était en charge de ce dossier. Par ailleurs, le procès-verbal de l'audience du 9 octobre 2019, dûment contresigné par Me S._______, indiquerait que c'est lui qui représentait les recourantes dans le cadre de l'affaire litigieuse. Ce dernier n'aurait, là non plus, pas réagi à la lecture du procès-verbal en fin de séance, ni ultérieurement, pour le faire corriger sur ce point. Partant, les recourantes auraient été valablement invitée à se déterminer et l'autorité inférieure n'aurait pas violé leur droit d'être entendu.
4.2 Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 143 IV 380 consid. 1.4.1 et 142 II 218 consid. 2.8.1). Selon la jurisprudence, sa violation peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 ; arrêts du TAF A-769/2017 du 23 avril 2019 consid. 1.5.3, A-5647/2017 du 2 août 2018 consid. 1.5.2 et A-4572/2015 du 9 mars 2017 consid. 4.1).
4.2.1 La jurisprudence a, en particulier, déduit du droit d'être entendu le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d'avoir accès au dossier, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.3, 142 III 48 consid. 4.1.1, 141 V 557 consid. 3 et 135 I 279 consid. 2.3; arrêts du TAF A-2519/2019 du 2 juin 2021 consid. 3.1.2, A-5647/2017 du 2 août 2018 consid. 1.5.1.1 et A-2523/2015 du 9 avril 2018 consid. 3.1).
L'art. 68 LEx concrétise également le droit d'être entendu. Il dispose que le président de la commission d'estimation peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.
4.2.2 Selon un principe général du droit administratif (art. 38 PA), la notification irrégulière ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. Toutefois, la jurisprudence n'attache pas nécessairement la nullité à l'existence de vices dans la notification. La protection des parties est suffisamment réalisée lorsque la notification irrégulière atteint son but malgré cette irrégularité. Il y a donc lieu d'examiner, d'après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a réellement été induite en erreur par l'irrégularité de la notification et a, de ce fait, subi un préjudice. Il s'impose de s'en tenir aux règles de la bonne foi, qui imposent une limite à l'invocation d'un vice de forme (cf. ATF 122 I 97 consid. 3a/aa ; arrêt du TAF A-4161/2010 du 3 février 2011 consid. 5.1). Ainsi, l'intéressé doit agir dans un délai raisonnable dès qu'il a connaissance, de quelque manière que ce soit, de la décision qu'il entend contester (cf. ATF 122 I 97 consid. 3a et 111 V 149 consid. 4c). Cela signifie notamment qu'une décision, fût-elle notifiée de manière irrégulière, peut entrer en force si elle n'est pas déférée au juge dans un délai raisonnable (cf. arrêt du TF 8C_443/2008 du 8 janvier 2009 consid. 2.2). Lorsque la connaissance d'une décision est retardée à cause d'une notification irrégulière, on considère que la notification a eu lieu au moment où la communication est effectivement parvenue au destinataire, sans qu'il faille la réitérer (cf. arrêt du TF 2C_347/2010 du 4 octobre 2010 consid. 2.2 ; arrêt du TAF A-4161/2010 précité consid. 5.2).
4.2.3 Selon l'art. 11 al. 3 PA, tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire. Si la communication n'est pas faite au mandataire, celle-ci est irrégulière et le délai de recours ne commence pas à courir avant que l'acte lui soit communiqué (cf. Vera Marantelli/Said Huber, Praxiskommentar VwVG, 2016, art. 11 PA n°30). Ceci dit, si la partie représentée a connaissance de l'existence de la décision - et tel est le cas lorsque celle-ci lui est notifiée directement - elle doit se comporter selon les règles de la bonne foi. Dans la mesure où elle peut comprendre qu'il s'agit d'une décision et qu'un délai de recours y est indiqué, elle doit s'informer aussi vite que possible auprès de son mandataire ou de l'autorité et exiger une notification correcte, ou faire le nécessaire afin de préserver le délai de recours. Ainsi, le délai de recours commence à courir aussitôt que la partie a connaissance de tous les éléments utiles pour préserver ses droits ou qu'elle aurait dû en avoir connaissance en adoptant un comportement conforme aux règles de la bonne foi (cf. arrêt du TAF E-1388/2021 du 30 avril 2021 consid. 3.1 ; Res Nyffenegger, in : Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2e éd. 2019 art. 11 n° 30). Ces règles ne valent pas uniquement pour la notification de la décision, mais doivent être comprises dans un sens large : elles valent aussi pour les délais fixés par l'autorité et qui invitent l'administré à collaborer (cf. Marantelli/Huber, op. cit., art. 11 PA no 29).
La partie représentée peut, en tout temps, révoquer la procuration de son mandataire (cf. Marantelli/Huber, op. cit., art. 11 PA no 29). Elle en supporte toutefois le fardeau de la preuve, de sorte qu'il lui appartient, sans délai, d'en informer l'autorité. A défaut de quoi, les notifications adressées au précédent mandataire demeurent valables (cf. arrêt du TF 5A_423/2007 du 5 décembre 2007 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-6432/2012 du 28 mars 2013 consid. 2.1.1 et A-1410/2006 du 17 mars 2008 consid. 5.2). Contrairement au texte de l'art. 11 al. 3 PA, dont la formulation est trop étroite, le mandataire peut également révoquer lui-même le mandat et en informer l'autorité (cf. arrêt du TAF A-3474/2013 du 7 novembre 2013 consid. 3.2 ; Marantelli/Huber, op. cit., art. 11 PA no 29 ; Nyffenegger, op. cit., art. 11 PA no 26).
4.3 En l'occurrence, il ressort du dossier que, par requête du 24 mai 2019, l'intimée a sollicité de l'autorité inférieure qu'elle détermine le montant d'une éventuelle indemnité. Dans le cadre de cette requête, elle a indiqué que les recourantes était représentées par Me R._______ et Me S._______, tous deux associés de l'Etude S._______ & R._______, mais a toutefois attiré l'attention de l'autorité inférieure sur le fait que les propriétaires pouvaient avoir changé et que la désignation des parties pouvait être inexacte. L'autorité inférieure a, par ordonnance du 11 septembre 2019, accusé réception de la requête en estimation et convoqué les parties à une audience de comparution personnelle. Elle a adressé cette ordonnance, pour les deux recourantes, à Me S._______ uniquement, sans que le nom de Me R._______ ne figure sur l'adressage. Le procès-verbal de dite audience indique que les recourantes étaient représentées dans la cause litigieuse par Me S._______, que la recourante 1 était représentée également par ce dernier dans la cause parallèle (...) et que la recourante 2 était représentée dans la cause parallèle (...) par Me R._______. Il ne ressort pas du protocole que Me S._______ se soit plaint ou ait informé l'autorité inférieure de ce qu'il ne représentait pas les recourantes dans la cause ici litigieuse. Il a, en revanche, indiqué que la recourante 2 n'était plus représentée par Me R._______, mais par Me T._______, et qu'il le remplaçait ce jour-là. Me S._______ a ensuite procédé au fond, confirmé qu'il souhaitait que les recourantes soit indemnisées du fait des inscriptions requises, et contresigné le protocole. Par la suite, l'autorité inférieure a continué à adresser ses communications à Me S._______, soit l'ordonnance du 31 janvier 2020, l'ordonnance du 9 octobre 2020, ainsi que la décision attaquée. Aucune procuration ne figure au dossier pour aucun des mandataires susmentionnés et aucun élément ne permet de savoir si l'autorité inférieure a, d'une façon ou d'une autre, vérifié les pouvoirs de représentation des différents intervenants.
4.4 Le Tribunal retient ainsi que l'autorité inférieure a adressé ses communications à Me S._______, que ce dernier a donné suite à la convocation, a défendu les intérêts des recourantes lors de l'audience du 9 octobre 2019, n'y a pas soulevé d'objections, et a signé le protocole mentionnant qu'il représentait bien les recourantes dans la cause ici litigieuse. Certes, il a indiqué que la recourante 2 n'était plus représentée par Me R._______, mais par Me T._______. Toutefois, l'on pouvait raisonnable comprendre que cette communication ne valait que pour la procédure parallèle (...), dès lors qu'il est mentionné que la recourante 2 était représentée par Me R._______ dans cette procédure-ci et par Me S._______ dans la présente procédure. Le Tribunal ne voit ainsi pas en quoi l'autorité inférieure n'aurait pas été de bonne foi en notifiant ses ordonnances et décisions ultérieures à Me S._______. L'autorité inférieure pouvait et devait, en effet, pouvoir s'attendre à ce qu'un avocat diligent réagisse à un courrier qui ne lui est pas adressé et l'informe, sans délai, de ce malentendu. L'avocat assume, en effet, une tâche essentielle à l'administration de la justice, en garantissant le respect des droits des justiciables, et joue ainsi un rôle important pour le bon fonctionnement des institutions judiciaires au sens large, qui va au-delà du cadre de son simple mandat. Il est partant tenu de s'abstenir de tout acte susceptible de remettre en cause la confiance qui doit pouvoir être placée dans la profession et faire montre d'un comportement correct dans son activité (cf. ATF 144 II 473 consid. 4.3 et 130 II 270 consid. 3.2.2).
A l'inverse, force est de constater une certaine mauvaise foi de la part de la recourante 1. En effet, vu la constellation de faits, elle aurait dû, pour ne pas tomber dans l'abus de droit, se prévaloir de ce que l'entier des communications de l'autorité inférieure ne lui avait pas été valablement notifié, et ce dès l'accusé de réception du 11 septembre 2019 et la convocation du même jour. Toutefois, elle ne se plaint pas, dans le cadre de son recours, de ne pas avoir été valablement convoquée à l'audience ou de ne pas y avoir été représentée. Elle souligne, en effet, notamment que « Me S._______ a expressément rappelé lors de l'audience tenue par-devant la CFE que la recourante demandait à être indemnisée ». Elle soulève, encore, que l'absence de réaction immédiate de Me S._______ après avoir reçu la convocation du 11 septembre 2019 s'expliquerait par le fait qu'il serait le conseil de la recourante dans des procédures similaires. En revanche, elle prétend que ce dernier a pris l'ordonnance du 31 janvier 2020 pour une simple information. Pourtant, le Tribunal relève que tant la convocation à l'audience du 9 octobre 2019 que l'ordonnance du 31 janvier 2020 portent le numéro de la cause et sont adressées, au nom de la recourante, à l'attention de Me S._______. Le Tribunal s'interroge ainsi quelque peu sur les raisons qui pousseraient à faire une interprétation différente entre une convocation à une audience et une ordonnance impartissant à la recourante un délai pour se déterminer.
En réalité, il faut bien admettre que les explications de la recourante 1 ne convainquent personne. Dès lors qu'elle ne conteste pas avoir été représentée à l'audience du 9 octobre 2019 par Me S._______ et qu'elle fonde son argumentation sur le fait que ce dernier y a défendu ses intérêts, elle ne peut pas, de bonne foi, prétendre que ce dernier ne la représentait plus par la suite, lorsqu'il apparaît manifeste que ce dernier n'a - en réalité et sans doute par inadvertance - pas donné suite à un délai fixé par l'autorité.
Quant à la recourante 2, elle se contente de soutenir que Me T._______ la représentait. Elle n'a toutefois pas apporté la preuve qu'elle avait informé l'autorité inférieure d'un changement de mandataire et de ce qu'elle révoquait les pouvoirs de son précédent mandataire s'agissant de la présente procédure. Me T._______ n'a pas non plus pris contact avec l'autorité inférieure en ce sens. Au surplus, comme considéré un peu plus haut, celle-ci pouvait, de bonne foi, partir du principe que la communication de Me S._______ ne valait que dans la procédure parallèle et qu'il continuait de la représenter dans le cadre de la présente procédure. Partant, la recourante 2 en supporte le fardeau de la preuve et l'autorité inférieure était fondée à notifier ses communications ultérieures à Me S._______ (cf. supra consid. 4.2.3).
4.5 Partant, l'autorité inférieure n'a pas violé le droit fédéral ou le droit d'être entendu des recourantes en tant que l'ordonnance du 31 janvier 2020 leur a valablement été notifiée. Les griefs des recourantes doivent donc être rejetés sur ce point.
5. Ceci étant, comme considéré (cf. supra consid. 2.2), la procédure administrative fait prévaloir la maxime inquisitoire (Untersuchungsmaxime), selon laquelle l'autorité dirige la procédure, définit les faits qu'elle considère comme pertinents, dans la mesure où l'exige la correcte application du droit et les établit d'office (art. 12 PA), sans être limitée par les allégués et les offres de preuves des parties. Il en va de même pour la procédure devant les Commissions fédérales d'estimation, par renvoi de l'art. 110 LEx.
5.1.1 Le principe inquisitoire oblige donc l'autorité à déterminer également les faits favorables aux intérêts de l'administré, dans la mesure de ses possibilités. Si ce dernier n'apporte pas la preuve requise et que l'autorité a la possibilité d'éclaircir la situation, elle doit le faire. Le devoir de collaborer de l'administré ne libère, en effet, nullement l'autorité de son devoir d'instruction (cf. ATF 130 I 258 consid. 5 ; arrêts du TAF A-4345/2019 du 8 avril 2021 consid. 2.2.1, A-2176/2020 du 20 janvier 2021 consid. 2.2.1 et A-5884/2012 du 27 mai 2013 consid. 3.2.3 et 4.3 ; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., no 1.52 ; Raphaël Bagnoud, La théorie du carrefour - Le juge administratif à la croisée des chemins, in : Mélanges Mollard, 2020, p. 493 ; Grisel, op. cit., no 159 ss).
L'autorité ne saurait donc attendre que l'administré lui fournisse spontanément les renseignements et preuves adéquats. C'est au contraire à elle qu'incombe la charge de définir les faits considérés comme pertinents et d'ordonner l'administration des preuves nécessaires à l'établissement de ceux-ci. En conséquence, il lui appartient également de juger s'il y a lieu de requérir la collaboration de l'administré (art. 13 PA), quand et sous quelle forme. Lorsque tel est le cas, l'autorité impartit, en principe, un délai à l'intéressé pour qu'il s'exécute et l'avertit des conséquences d'un défaut de collaboration, conformément à l'art. 23 PA (cf. ATF 130 I 258 consid. 5 ; arrêt du TF 5A_43/2019 du 16 août 2019 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.2.1, A-2176/2020 précité consid. 2.2.1 et A-2902/2014 du 29 août 2016 consid. 2.3). L'autorité ne saurait, ainsi, faire supporter à l'administré l'absence de la preuve d'un fait déterminé si elle n'a pas pleinement satisfait à son devoir d'instruction (cf. arrêt du TF 2C_964/2016 du 5 avril 2017 consid. 2.2 et 2.4 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.2.1, A-2902/2014 précité consid. 7.3 et A-5884/2012 précité consid. 4.3 ; Bagnoud, op. cit., p. 493).
5.1.2 Après une libre appréciation des preuves en sa possession (cf. art. 40 de la loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale [PCF, RS 273], applicable par analogie par le renvoi de l'art. 19 PA), l'autorité se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire. Une telle manière de procéder n'est pas jugée contraire au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. ATF 144 II 427 consid. 3.1.3 ; arrêt du TF 2C_426/2020 du 23 juillet 2020 consid. 4.1 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.3.1, A-3841/2018 précité consid. 2.3 et du 1er juillet 2020 consid. 2.3 ; Moser/Beusch/Kneubühler, no 3.140 ss).
En revanche, si elle reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, l'autorité applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, elle s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. René Rhinow et al., Öffentliches Prozessrecht, 3e éd. 2014, nos 996 ss ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, no 1563). Cette règle ne s'applique toutefois que s'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond, avec un degré de vraisemblance suffisant, à la réalité (cf. ATF 139 V 176 consid. 5.2 ; arrêts du TAF A-3841/2018 précité consid. 2.3 et A-2648/2019 du 27 mai 2020 consid. 1.4 ; Bagnoud, op. cit., p. 506).
5.1.3 Le principe inquisitoire et l'obligation de collaborer n'ont, par conséquent et en principe, aucun effet sur le fardeau de la preuve, car ils interviennent à un stade antérieur (cf. arrêts du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 1.4.4 et A-5446/2016 du 23 mai 2018 consid. 2.8). Cependant, il existe, en pratique, une certaine connexité entre ces notions (cf. arrêt du TAF A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3 ; Grisel, op. cit., nos 174 ss et 296). Ainsi, dans la mesure où, pour établir l'état de fait déterminant, l'autorité est dépendante de la collaboration de l'administré, le refus, par celui-ci, de fournir des renseignements ou des moyens de preuve requis peut conduire à un « état de nécessité en matière de preuve » (Beweisnot), c'est-à-dire à une impossibilité pour l'autorité d'établir les faits pertinents (cf. Christian Meyer, Die Mitwirkungsmaxime im Verwaltungsverfahren des Bundes, 2019, p. 78 ss ; Paul-Henri Steinauer, Le Titre préliminaire du Code civil, 2e éd. 2009, no 672 s. et 715). Dans un tel cas de figure, la violation du devoir de collaborer peut non seulement être prise en compte au stade de la libre appréciation des preuves, mais aussi conduire à un allégement de la preuve à charge de l'autorité, voire à un renversement du fardeau de la preuve, ainsi qu'à une diminution de son obligation d'établir l'état de fait pertinent (cf. ATF 139 II 451 consid. 2.3.2 et 132 III 715 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.3.2, A-5865/2017 du 11 juillet 2019 consid. 5.2 et A-5446/2016 précité consid. 2.5). L'administré ne doit, en effet et en principe, pas tirer avantage de son défaut de collaboration, à tout le moins lorsque celui-ci apparaît fautif. En particulier, il ne doit pas être traité plus favorablement que celui qui a coopéré à satisfaction (cf. ATAF 2020 VI/6 consid. 2.4 ; Grisel, op. cit., no 194 ss, 301 ss et 798 ss). En revanche, il ne doit, en règle générale, subir aucun désavantage d'un manquement à son devoir de collaborer lorsque sa collaboration n'est pas raisonnablement exigible (cf. A-4345/2019 précité consid. 2.3.2).
5.1.4 Enfin, comme considéré (cf. supra consid. 5.1.1), il sied de rappeler qu'en vertu de l'art. 23 PA, l'autorité qui impartit un délai doit signaler en même temps les conséquences de l'inobservation du délai ; en cas d'inobservation, seules ces conséquences entrent en ligne de compte. Cette règle est l'expression du principe de la bonne foi entre l'administration et l'administré ancré à l'art. 5 al. 3 Cst., qui invite l'une et l'autre à se comporter de manière loyale (cf. arrêt du TF 1C_534/2009 du 2 juin 2010 consid. 2.2). En particulier, l'administration doit s'abstenir de tout comportement propre à tromper l'administré et elle ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d'une incorrection ou insuffisance de sa part (cf. ATF 121 I 181 consid. 2a p. 183).
5.1.5 Ainsi, si l'exproprié ne donne pas suite à l'invitation qui lui est faite de déposer une détermination en vertu de l'art. 68 al. 1 LEx, la Commission fédérale d'estimation doit statuer sur la base des éléments existants au dossier et des conclusions prises lors de l'audition des parties et de l'inspection locale (cf. arrêt du TF 1C_534/2009 du 2 juin 2010 consid. 2.2). En effet, les conséquences d'un défaut de collaboration ne consistent pas, de lege lata, dans la renonciation à réclamer à une indemnisation. Pareille conséquence ne se déduit pas du texte de l'art. 68 al. 1 LEx, cette disposition se bornant à prévoir que le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve. Elle ne se déduit pas non plus d'autres dispositions de la loi sur l'expropriation, laquelle prévoit, au contraire, que lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime selon l'art. 33 al. 4 LEx, pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés. Quant à l'art. 41 al. 2 LEx, il prévoit que l'autorité d'approbation des plans remet au président de la commission d'estimation notamment la décision rendue, les plans approuvés, le plan d'expropriation, le tableau des droits expropriés et les prétentions produites, de sorte que les prétentions formulées par les opposants dans le cadre de la procédure d'approbation des plans sont connues de la Commission fédérale d'estimation. Cette dernière ne peut donc ignorer les prétentions formulées dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, pas plus qu'elle ne peut les déclarer irrecevables, selon l'art. 13 al. 2 PA, sans un avertissement préalable au sens de l'art. 23 PA.
5.2 En l'occurrence, dans la décision attaquée, l'autorité inférieure a retenu que les recourantes avaient renoncé à déposer des conclusions ou que, l'auraient-elles fait, leur absence de collaboration à la procédure ne pouvait qu'être interprétée comme une renonciation à une indemnisation.
5.2.1 Ceci étant, force est de constater qu'elle a invité les recourantes à se déterminer sur la requête de l'intimée et à produire toutes pièces utiles, en précisant qu'elle attendait que les déterminations des recourantes comprennent « le cas échéant » des conclusions chiffrées. Il est ainsi constant que l'ordonnance du 31 janvier 2020 ne contient aucune indication sur les conséquences de l'inobservation du délai (cf. supra consid. 5.1.1).
5.2.2 Au surplus, il ressort du dossier que, par mémoires du 10 octobre 2006, les recourantes se sont opposées à la demande d'approbation des plans pour le projet CEVA et ont conclu à ce que l'intimée soit condamnée à leur verser une indemnité à répartir entre les trois copropriétaires de respectivement [ 700'000] ou [ 700'000] francs, pour la constitution, sur la parcelle no [3], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire. Elles ont également confirmé, lors de l'audience du 9 octobre 2019, leur souhait d'être indemnisées du fait des inscriptions requises par l'intimée. Il suit de là que les recourantes ont, déjà en procédure d'approbation des plans, formulé des conclusions chiffrées que l'autorité inférieure ne pouvait simplement ignorer.
5.3 Il suit de là qu'en retenant que les recourantes n'avaient déposé aucune conclusion chiffrée ou que, l'auraient-elles fait, leur absence de collaboration à la procédure ne pouvait qu'être interprétée comme une renonciation, l'autorité inférieure a violé le droit fédéral, constaté les faits de manière inexacte et incomplète et, ce faisant, a versé dans l'arbitraire.
6. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, les recours doivent être admis. Partant, la décision attaquée est partiellement annulée, en tant qu'elle constate que les recourantes 1 et 2 n'ont droit à aucune indemnité et il y a lieu de renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision, afin qu'elle puisse établir les faits et les apprécier à la lumière des principes régissant l'indemnité d'expropriation. Ce n'est que de cette façon que l'instance de recours pourra, le cas échéant, et sans limiter le nombre d'instances de recours, exercer son contrôle.
Le Tribunal n'examinera ainsi pas plus avant les griefs soulevés par les parties sur le montant de l'indemnisation et il y a lieu de rejeter les réquisitions de preuve en ce sens (cf. supra consid. 2.4).
7. S'agissant des frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens, ils sont également généralement supportés par l'expropriant (art. 116 al. 1 LEx).
7.1 Lorsque le recourant succombe intégralement ou en majeure partie, les frais et les dépens peuvent être répartis autrement ; les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de dépens de l'exproprié (cf. arrêts du TF 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 et 1E.16/2005 du 14 février 2006 consid. 6 ; arrêts du TAF A-6434/2018 du 21 décembre 2018 consid. 8.1 et A-2863/2012 du 31 juillet 2012 consid. 6.1).
7.2 L'art. 116 al. 1 LEx constitue ainsi une lex specialis par rapport aux art. 63 et 64 PA. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. C'est en particulier le cas en ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (art. 8 ss FITAF).
7.3 En l'espèce, les recourantes obtiennent gain de cause, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'éloigner de la règle de l'art. 116 al. 1 LEx. Compte tenu de la valeur litigieuse de plus de [ 700'000] francs, le Tribunal devrait, en principe, fixer les frais de procédure à un minimum 7'000 francs (art. 4 FITAF). Toutefois, il tiendra compte de ce qu'il s'en tient à des griefs en lien avec la façon dont l'autorité inférieure a instruit la cause et qu'il renvoie le dossier à cette dernière sans se prononcer sur le fond. Il y a donc lieu de remettre partiellement les frais de procédure, de les fixer à 1'500 francs (art. 6 let. b FITAF) et de les mettre à la charge de l'intimée.
7.4 Les recourantes sont également représentées par des mandataires professionnels. Il y a toutefois lieu de relever que la plupart des griefs soulevés portent sur le fond et ont trait à l'estimation de la valeur vénale de la parcelle litigieuse. Les recourantes ont cependant conclu à titre principal à l'annulation de la décision et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure, mais ont choisi de ne consacrer qu'une petite partie de leurs écritures à cette question. Enfin, elles n'ont chacune déposé qu'un seul mémoire de recours pour la présente procédure et la procédure parallèle concernant leur immeuble principal (cf. A-481/2021 pour la recourante 1 et A-483/2021 pour la recourante 2), alors que l'autorité inférieure a rendu des décisions différentes. Elles ont, de plus, déjà perçu des dépens pour les frais nécessaires à la défense de leurs intérêts dans le cadre de ces deux procédures dont les arrêts ont été rendus ce jour. Partant, en tant qu'elles ne font valoir aucun frais supplémentaires liés exclusivement à la présente procédure, il n'y a pas lieu de leur octroyer une indemnité de dépens supplémentaire.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Les recours sont admis. Partant, la décision de l'autorité inférieure du 10 décembre 2021 est partiellement annulée en tant qu'elle constate que les recourantes 1 et 2 n'ont droit à aucune indemnité.
2. La cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Les frais de procédure de 1'500 francs sont mis à la charge de l'intimée. Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourantes (acte judiciaire)
- à l'intimée (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Julien Delaye
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :