bvger · A-4309/2008 · 2010-04-30 · fr
A-4309/2008

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-4309/2008 et A-4313/2008
Arrêt du 30 avril 2010
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Markus Metz, André Moser, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.
Parties
X._______,
représenté par Maître Alain Vuithier, ...
recourant,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (aOTVA-aLTVA); 1er semestre 1999 au 2e semestre 2003; taxation par estimation; assujettissement rétroactif.
Faits :
A.
X._______ exerce l'activité de chauffeur de taxi à A._______. Il est au bénéfice d'une autorisation d'exploiter de type A (taxis ayant droit de stationner sur le domaine public) et d'une autorisation d'exploiter de type C (voiture de grande remise) avec plusieurs véhicules qu'il conduit avec le numéro d'immatriculation VD XX (plaques interchangeables), alors que le véhicule avec le numéro d'immatriculation VD XY est utilisé par son père, Y._______.
B.
Au vu des données communiquées dans le questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA et le formulaire en complément pour les entreprises de taxis que X._______ a signés le 9 septembre 2002, l'AFC l'inscrivit comme assujetti TVA avec effet au 1er janvier 2001.
C.
Par lettre du 12 novembre 2002, X._______ contesta son assujettissement à la TVA, s'opposant au fait que le chiffre d'affaires réalisé par Y._______ soit additionné à son propre chiffre d'affaires pour déterminer son assujettissement. Par courrier du 6 décembre 2002, l'assujetti transmis à l'AFC la formule d'adhésion à la méthode simplifiée du taux de la dette fiscale nette (TDFN).
D.
Afin de vérifier l'exactitude des renseignements fournis par X._______ dans le questionnaire et le formulaire précités, l'AFC procéda à un contrôle sur place les 11 et 19 mars 2004. Il est apparu que la comptabilité présentée par X._______ ne répondait pas aux exigences légales, ce qui a amené l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par X._______ au cours des périodes allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2003.
Compte tenu des résultats de l'estimation effectuée, la date d'inscription de X._______ en tant qu'assujetti obligatoire fut modifiée au 1er janvier 1999, son entreprise remplissant dès cette date les conditions d'assujettissement.
Afin de respecter le changement de régime fiscal intervenu au 1er janvier 2001, l'AFC scinda sa créance en deux parties. Pour la période allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000, à savoir celle régie par l'aOTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 17'965.-, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2002 (décompte complémentaire [DC] du 19 mars 2004) lui fut réclamé et, pour la période allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, à savoir celle régie par l'aLTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 33'192.-, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2002 (DC n° du 19 mars 2004) fut également revendiqué par l'AFC.
E.
X._______ contesta lesdites reprises d'impôt par lettre du 16 avril 2004. Estimant qu'il n'apportait aucun élément permettant de modifier les décomptes complémentaires en question, l'AFC rendit, par actes du 8 juin 2004, deux décisions formelles dans lesquelles elle confirma ses rappels d'impôt de Fr. 17'965.- et de Fr. 33'192.-.
F.
Par lettre du 6 juillet 2004, X._______, par l'intermédiaire de sa représentante, la fiduciaire B._______ Sàrl, déposa une réclamation contre les décisions précitées, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires effectuée par l'AFC, à savoir le cumul opéré avec le chiffre d'affaires de Y._______, le rendement kilométrique, ainsi que les kilomètres parcourus à titre privé. X._______ nia également son assujettissement à la TVA au 1er janvier 1999.
G.
Après deux délais supplémentaires impartis par l'AFC à X._______ afin qu'il régularise sa réclamation, celui-ci, par courrier du 29 juillet 2004, fit parvenir à l'AFC 3 boîtes de disques tachygraphes couvrant les périodes du 1er juillet au 31 décembre 2003 pour le véhicule immatriculé VD XX et du 31 juillet au 2 décembre 2003 pour le véhicule immatriculé VD XY.
H.
L'AFC rendit deux décisions sur réclamation le 26 mai 2008, par lesquelles elle admit partiellement la réclamation, en demandant à X._______ de verser les sommes de Fr. 16'811.- et Fr. 18'635.-, pour les périodes s'étalant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2003, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2002. L'AFC accéda ainsi à la conclusion de X._______ visant à ce que le chiffre d'affaires déterminant pour la constatation de l'assujettissement à la TVA dût se calculer de manière indépendante, à savoir que le chiffre d'affaires de Y._______ ne soit pas inclus dans l'estimation du chiffre d'affaires de X._______.
L'autorité fiscale établit par conséquent deux avis de crédit (AC), l'un portant sur Fr. 17'965.- (AC n° 1 du 26 mai 2008) et l'autre sur Fr. 33'192.- (AC n° 2 du 26 mai 2008) et notifia deux nouveaux décomptes complémentaires au recourant pour les sommes de Fr. 16'811.- (DC du 26 mai 2008) et de Fr. 18'635.- (DC du 26 mai 2008).
I.
Par envoi recommandé du 26 juin 2008, X._______ (ci-après: le recourant), par l'intermédiaire de son nouveau mandataire, Maître Alain Vuithier, a interjeté deux recours auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF) contre les décisions sur réclamation de l'AFC du 26 mai 2008. Il conclut à ce que les dettes fiscales réclamées ne lui soient pas dues. Le recourant conteste le calcul du chiffre d'affaires par estimation, notamment l'utilisation des divers coefficients et des kilomètres parcourus à titre privé, en constatant que le résultat est sans lien avec la réalité, précisément celle des chauffeurs indépendants. Le recourant requiert, à titre de mesure probatoire, la mise en oeuvre d'une enquête ou expertise, afin de déterminer le rendement kilométrique moyen des chauffeurs de taxis indépendants par rapport aux chauffeurs salariés.
J.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC y a renoncé par courriers du 29 septembre 2008, estimant que les considérations émises dans ses décisions sur réclamation suffisent à elles seules à sceller le sort des recours. L'autorité inférieure conclut au rejet de ceux-ci, avec suite de frais.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'administration fédérale des contributions (AFC) peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues le 26 mai 2008 et ont été notifiées au plus tôt le lendemain au recourant. Les recours ont été adressés au Tribunal administratif fédéral le 26 juin 2008. Ils sont ainsi intervenus dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA. En outre, les recours satisfont aux exigences posées à l'art. 52 PA. Ils sont par conséquent recevables et il convient d'entrer en matière.
1.2 La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne la période du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300). S'agissant de la période du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000, ce sont les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) qui trouvent application (art. 93 et 94 aLTVA).
Le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA, comme le prescrit l'art. 113 al. 3 LTVA. Cette disposition doit être interprétée restrictivement, étant donné que, selon la jurisprudence du Tribunal de céans, seules les nouvelles règles qui traitent effectivement de la procédure doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3 LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de fait révolus sous l'ancien droit (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). Dans l'arrêt précité, il a ainsi été jugé que les thèmes suivants, notamment, ne relevaient pas du droit de procédure, à savoir l'obligation de tenir une comptabilité, le principe de l'auto-taxation, la taxation par estimation et les intérêts moratoires. S'agissant de ces matières, les juges ont donc fait application de l'ancien droit. Dans la présente affaire, les art. 70, 71, 72, 79 ou 87 LTVA ne sont dès lors pas applicables, malgré le fait qu'ils figurent sous le titre "Procédure applicable à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et à l'impôt sur les acquisitions" (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2).
La question de l'application des règles procédurales du nouveau droit serait également susceptible de se poser, s'agissant de l'art. 81 LTVA, qui dispose désormais que (al. 1) la PA est applicable, à l'exclusion de son art. 2 al. 1 et que (al. 3) le principe de la libre appréciation des preuves est applicable, l'acceptation d'une preuve ne devant, par ailleurs, pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuve précis. Cela étant, dans la mesure où l'interprétation de l'art. 113 al. 3 LTVA n'admet que le nouveau droit de procédure au sens étroit, il prime l'application de l'art. 81 LTVA qui ne contient, lui, aucune règle de droit transitoire. D'une part, l'art 81 al. 3 LTVA n'entre donc pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel (et les règles de procédure y relatives) demeure applicable en application de l'art. 113 al. 3 LTVA. Par ailleurs, l'art. 81 al. 1 LTVA n'a, pour les cas pendants et en principe, aucune portée propre. En effet, il convient de rappeler que l'application de la PA est déjà largement la règle devant le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-710/2007 du 24 septembre 2009 consid. 2.2) et que la non-application des art. 12 ss PA ne signifie pas l'exclusion des mesures d'instruction qui y sont énumérees (voir l'interprétation historique de l'art. 2 al. 1 PA dans les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 3.1 et A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 dans la Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).
1.3 D'après l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 131 V 224 consid. 1, 128 V 126 consid. 1 et les références citées, 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 1.3, ainsi que A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2).
En l'occurrence, le recourant a déposé deux recours, contestant formellement les deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, dans la mesure où elles concernent toutes deux la question de l'assujettissement du recourant. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'aOTVA pour les périodes fiscales allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000 et la seconde réglant la même question, mais cette fois sous l'angle de l'aLTVA pour les périodes allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de rendre une seule et même décision en la matière, de procéder à une jonction des causes, sans qu'il ne se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-4309/2008 et A-4313/2008 et de rendre un seul arrêt en la matière.
2.
2.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/Bâle/Genève 2006, n. marg. 1758 ss). Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA) et motiver leur recours (cf. art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, no 677).
2.2 Le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation et reprend ainsi la jurisprudence en la matière de l'ancienne Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC) (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1397 et A-1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, A-1535/2006 du 14 mars 2007 consid. 2.1; décision de la CRC 2004-023 du 10 mai 2005 consid. 1b, du 24 octobre 2005, publiée dans la JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée dans la JAAC 67.122 consid. 2c/cc). Par contre, pour voir si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du Tribunal administratif fédéral - à l'instar de la CRC - est illimité (arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, ainsi que A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée dans la JAAC 68.73 consid. 1c; voir également Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 881 s. n. 277 s.).
2.3 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), comprend entre autres le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à celles-ci, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504 s.). En particulier, il comprend le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., ch. 3.84 ss). Dans une procédure en matière fiscale, une demande d'expertise concerne les éléments de faits et non des questions de droit (ATF 132 II 257 consid. 4.4.1 et 130 I 337 consid. 5.4.1; arrêt du Tribunal fédéral 2A.450/2005 du 21 avril 2006 consid. 4.4.1).
Certes, aux termes des art. 113 al. 3 et 81 LTVA concernant l'application du nouveau droit de procédure aux affaires pendantes au 1er janvier 2010, l'art. 12 let. e PA est désormais immédiatement applicable, en ce sens que l'autorité procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens nécessaires telle qu'une expertise, permettant ainsi au Tribunal administratif fédéral d'en ordonner une (voir le consid. 1.2 à propos de l'application des nouveaux articles LTVA relatifs au droit de procédure; voir également l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1113/2009 du 23 février 2010 consid. 1.3; voir enfin MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 1194 n. marg. 472 ss et p. 1234 n. marg. 662 ss). Cela dit, la jurisprudence développée jusqu'ici en matière d'expertise reste valable. D'après celle-ci, de telles mesures d'instruction - comme la mise en oeuvre d'une enquête ou d'une expertise - doivent conserver un caractère exceptionnel (arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 2, 2C_118/2009 du 15 septembre 2009 consid. 3). A ce sujet, il ne ressort pas du droit d'être entendu une quelconque obligation pour l'autorité de procéder à une expertise (arrêt du Tribunal fédéral 2A.11/2007 du 25 octobre 2007 consid. 2.3.5; et concernant les mêmes règles en matière d'audition de témoins, voir ATF 117 II 346 consid. 1b/aa, 115 II 129 consid. 6a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1386/2006 du 3 avril 2007 consid. 1.3.1 et 1.3.2; ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, vol. I, p. 382 et vol. II, p. 840). Par ailleurs, en ce qui concerne la partie elle-même, il y a lieu de préciser qu'en matière fiscale, son droit d'être entendue est respecté si elle a pu s'exprimer par écrit sur les questions de fait et de droit qui la concernent (Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 66 p. 70 s. consid. 4; arrêts du Tribunal fédéral 2A.245/2001 du 22 octobre 2001 consid. 2 et 2A.327/1999 du 9 mai 2000 consid. 4b; décision de la CRC 2004-205 du 26 avril 2006 consid. 2b/bb; Michele Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Abhandlungen zum schweizerischen Recht, Berne 2000, p. 373).
En outre, le juge peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (voir ci-dessus consid. 1.2 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1504/2006 du 25 septembre 2008 consid. 2, A-3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 2.1 et A-5738/2007 du 17 janvier 2008 consid. 1.3; REINHOLD HOTZ, dans: Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, Zurich 2002, ad art. 29, n. 33; concernant l'interdiction d'une appréciation des preuves de manière arbitraire, voir ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 et les références citées).
2.4 Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5, A-1557/2006 du 3 décembre 2009 consid. 1.6, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5, ainsi que A-1596/2006 du 2 avril 2009 consid. 1.4; Moor, op. cit., p. 264; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4e éd., Bâle/Francfort-sur-le-Main 1991, n. marg. 2021 p. 419). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. les arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées et 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; voir également l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1687/2006 du 18 juin 2007 consid. 2.4; voir enfin les décisions de la Commission de recours CRC 2005-105 du 6 mars 2006 consid. 5c avec renvois et CRC 2005-031 du 12 juin 2006 consid. 3c/cc).
3.
Il convient encore de délimiter l'objet du litige. Dans les recours en cause, interjetés par-devant le Tribunal administratif fédéral, il est question de l'estimation du seul chiffre d'affaires du recourant et non plus de celui de son père, dont l'activité a été jugée indépendante par l'autorité inférieure dans ses décisions sur réclamation. Par conséquent, seuls les véhicules conduit par X._______ entrent en considération dans l'estimation du chiffre d'affaires de son activité de chauffeur de taxi, à savoir ceux immatriculés VD XX et les disques tachygraphes y afférent.
4.
4.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37 aOTVA et 46 aLTVA ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.4, avec renvois; cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres mots, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 ?Commentaire DFF?, p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).
4.2 Aux termes de l'art. 17 al. 1 aOTVA, respectivement 21 aLTVA, est assujetti subjectivement, celui qui exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, même s'il manque l'intention de faire des bénéfices, pour autant que le montant des livraisons, des prestations de services et des prestations à soi-même dépassent annuellement Fr. 75'000.- (arrêt du Tribunal fédéral du 10 février 1999, publié dans les Archives vol. 68 p. 669; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.1, ainsi que A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 2.2). Demeure réservée la limitation de l'art. 19 al. 1 let. a aOTVA, respectivement 25 al. 1 let. a aLTVA, selon laquelle ne sont pas assujettis les entrepreneurs dont la dette fiscale nette s'élève à moins de Fr. 4'000.- en présence d'un chiffre d'affaires entre Fr. 75'000.- et Fr. 250'000.-.
4.3 Selon l'art. 21 al. 1 aOTVA, respectivement 28 al. 1 aLTVA, le début matériel de l'assujettissement commence à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant, c'est-à-dire Fr. 75'000.-, a été atteint (JEAN-MARC RIVIER/ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 108 ss). Cette règle est en soi contraire au principe de la neutralité TVA et de l'égalité de traitement mais il est ainsi tenu compte du principe du transfert et du principe de la sécurité du droit (JAAC 63.76 consid. 3b/bb).
5.
5.1 Selon l'art. 47 al. 1 aOTVA, respectivement 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870 ss), respectivement avec la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 aOTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; Archives vol. 66 p. 67 consid. 2a ; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a).
Les Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ont repris les mêmes principes (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié dans la Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2ème partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). Toutes les recettes et toutes les dépenses doivent ainsi être enregistrées, dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte d'exploitation et d'un bilan, sont plus crédibles et constituent de meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan de clôture (Instructions 2001, ch. 881 ss). L'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, repris au ch. 892 des Instructions 2001).
5.2 Conformément à l'art. 47 al. 2 aOTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. S'agissant du mode de conservation, l'art. 962 al. 2 de la loi fédérale du 30 mars 1911 complétant le code civil suisse (Livre cinquième: Droit des obligations) (CO, RS 220) (respectivement l'art. 957 al. 1 CO depuis la révision de la comptabilité commerciale, en vigueur depuis le 1er juin 2002 [cf. le Message du Conseil fédéral du 31 mars 1999 dans la FF 1994 4753]), demeure réservé, puisque certains contribuables ne sont pas tenus de s'inscrire au registre du commerce et ne sont donc pas astreints à tenir une comptabilité. A ce propos, le Conseil fédéral a rappelé, dans son message précité relatif à la révision de la comptabilité commerciale, que les dispositions du CO concernant la conservation des livres sont également importantes pour les artisans et les entreprises qui ne sont pas obligées par le CO à tenir une comptabilité, car les dispositions du droit commercial relatives à l'obligation de tenir et de conserver les livres s'appliquent également en droit fiscal, la révision ne changeant en rien cette situation car il ne serait pas judicieux de renoncer à l'unité du droit commercial et du droit fiscal (FF 1994 4763, qui renvoie aux Directives applicables en matière fiscale pour la tenue régulière de la comptabilité et relatives à l'enregistrement ainsi qu'à la conservation de documents commerciaux sur des supports de données ou d'images, publiées en 1979 et qui constitue l'exemple le plus frappant des effets du droit commercial sur le droit fiscal, selon le Conseil fédéral). Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2 in fine aOTVA ; cf. également les ch. 938 ss des Instructions). Sous l'angle de l'aLTVA, l'art. 58 al. 2 aLTVA reprend pour l'essentiel les termes de l'aOTVA mais la durée de conservation des pièces a été portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss des Instructions 2001 ; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA).
6.
6.1 Aux termes de l'art. 48 aOTVA, respectivement 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-705/2008 du 12 avril 2010 consid. 2.4 et 4.1, A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 4.3). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. La taxation par estimation peut être soit interne, soit externe. La taxation interne, sans et sous réserve d'un contrôle sur place, survient à la suite d'une non-remise de décomptes, tandis que la taxation externe est exécutée à la suite d'un contrôle sur place (sur cette distinction, cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, dans : Archives vol. 69, p. 520ss ; concernant l'aLTVA, voir JAAC 68.23 consid. 2b).
Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; voir les arrêts récents du Tribunal administratif fédéral A-1857/2007 et A-1911/2007 du 6 avril 2010 consid. 5.1, ainsi que A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 4.1 et les nombreuses références citées; voir également JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève Zurich Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées).
6.2 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Il a la possibilité de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4 et A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b dans la RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.
7.
En l'espèce, le recourant conteste l'estimation du chiffre d'affaires de son activité telle qu'effectuée par l'AFC. Il fait valoir que l'utilisation des divers coefficients aboutit à un résultat sans lien avec la réalité, en mettant l'accent sur le caractère indépendant de son activité et sur les kilomètres qu'il a parcourus à titre privé. En l'état, il y a d'abord lieu d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 7.1). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC (consid. 7.2), avant de contrôler l'exactitude du moment du début de l'assujettissement du recourant ayant conduit à une immatriculation rétroactive (consid. 7.3).
7.1
7.1.1 Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité du recourant dans les limites de son pouvoir d'appréciation, puisque la comptabilité de celui-ci n'avait pas été tenue régulièrement dès le début de son activité. Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 4.1) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir la créance fiscale le concernant et qu'il est ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations.
7.1.2 Le Tribunal de céans rappelle également que seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49 s.). Précisément, les art. 17 et 18 de l'ordonnance du 6 mai 1981 sur la durée du travail et du repos des conducteurs professionnels de véhicules légers affectés au transport de personnes et de voitures de tourisme lourdes (OTR 2 ; RS 822.222) imposent un livret de travail aux chauffeurs de taxi, livret qui sera emporté lors de chaque course et que le conducteur présentera sur demande à l'autorité d'exécution et qu'il remplira d'une écriture lisible et indélébile (arrêt du Tribunal fédéral 2A.297/2005 du 3 février 2006 consid. 3.3). Pour sa part, le Tribunal fédéral a considéré que lorsqu'on se trouve en présence d'un nombre important de transactions en espèces, la tenue d'un livre de caisse prend une importance centrale, ce qui paraît être le cas pour les entreprises de taxis, l'essentiel des transactions s'effectuant au comptant. Le livre de caisse doit alors satisfaire à des exigences élevées (cf. Archives vol. 55 p. 570 ss consid. 2c).
7.1.3 En raison d'importantes lacunes constatées dans la comptabilité du recourant, notamment différentes irrégularités et des pièces manquantes comme l'absence de tenue du livret de travail et de rapports journaliers, ainsi qu'une conservation incomplète des tachygraphes, les montants enregistrés dans la comptabilité ne renseignent par conséquent pas complètement et exactement sur l'ensemble des recettes encaissées. L'AFC était ainsi contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par le recourant au cours de la période contrôlée, afin de pouvoir vérifier si son assujettissement devait avoir lieu ou non. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut ou lorsque les résultats qui ont été annoncés par le déclarant ne correspondent manifestement pas aux faits (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 [dont les nombreuses références citées] et 3.3). Par conséquent, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient réalisées sur le principe.
Enfin, il importe de rappeler que la taxation par estimation ne doit pas être considérée comme une sanction visant un comportement répréhensible, mais comme une mesure qui intervient lorsque le fisc ne parvient pas à élucider tous les faits pertinents pour établir la créance fiscale (Mollard, op. cit., p. 524 ; Rivier/Rochat, op. cit., p. 169).
7.2
7.2.1 S'agissant de l'estimation elle-même, il faut d'abord constater qu'en l'occurrence, le recourant a produit, pour seules pièces comptables, les relevés des recettes et des dépenses sur informatique de son activité, la répartition des kilomètres parcourus à titre professionnels et privés de manière quotidienne et mensuelle, ainsi que les disques tachygraphes pour la période du 1er juillet au 31 décembre 2003 pour le véhicule immatriculé VD XX. Dans le cadre de son recours, l'occasion lui a pourtant été donnée d'apporter les preuves et pièces nécessaires afin d'établir au plus près de la réalité l'estimation de ses chiffres d'affaires. Toutefois, le recourant ne l'a pas saisie, les documents nécessaires - tels que l'entier des disques tachygraphes des véhicules et livrets de travail de son activité - faisant défaut.
Dans le cadre de la détermination des kilomètres parcourus, nécessaire à l'estimation des chiffres d'affaires de l'activité du recourant pour les périodes fiscales concernées par les décisions attaquées, le recourant conteste le nombre de kilomètres parcourus tels que retenus par l'AFC dont ceux parcourus à titre privé, ainsi que les coefficients expérimentaux utilisés par l'administration pour déterminer le rendement kilométrique moyen, qui ne tiennent pas compte, selon lui, de son statut d'indépendant.
7.2.2 Afin de reconstituer les chiffres d'affaires réalisés et un éventuel assujettissement à la TVA, l'administration détermine les kilomètres parcourus par année pour chaque véhicule, dont elle déduit ensuite les kilomètres parcourus à titre privé, pour enfin les valoriser au rendement kilométrique moyen établi par l'AFC pour chaque région. En l'occurrence, en l'absence d'éléments comptables à disposition de l'administration pour déterminer les kilomètres parcourus par le recourant tels que livrets de travail, rapports journaliers et disques tachygraphes, l'AFC s'est basée sur les états kilométriques des véhicules en question aux dates des contrôles périodiques effectués auprès du Service des automobiles de l'Etat de Vaud à A._______ (ci-après: le SAN), ainsi qu'aux dates des services d'entretien des véhicules. Elle a ainsi retenu pour chaque véhicule les kilomètres parcourus durant une certaine période, puis elle a ensuite reporté cet état kilométrique sur une année, afin de déterminer les kilomètres parcourus en moyenne sur dite période.
7.2.3 Il est ici utile de rappeler que les disques tachygraphes ont une valeur comptable reconnue, puisqu'ils doivent répondre aux critères de l'art. 15 OTR 2. Le tachygraphe devant notamment être maintenu continuellement en fonction pendant l'activité professionnelle et les courses privées, le Tribunal fédéral a confirmé que les données résultant des disques tachygraphes, couvrant une période plus longue que des factures de garage, sont plus représentatives de l'activité de taxi, de telles données jouissant d'une présomption de précision plus importante, puisqu'elles proviennent de tachygraphes homologués dont doivent être munis les véhicules servant au transport professionnel de personnes conformément à l'art. 100 al. 1 de l'ordonnance du 19 juin 1995 concernant les exigences techniques requises pour les véhicules routiers (OETV, RS 741.41) (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2).
Aux termes de l'art. 15 al. 2 de l'OTR 2, les courses effectuées à titre privé doivent être correctement indiquées et différenciées des autres, l'administration devant, dans le cas contraire, procéder à une estimation des kilomètres parcourus à titre privé. De pratique constante, l'AFC les fixe jusqu'à 100 kilomètres parcourus par semaine, le contribuable pouvant alors prouver les kilomètres supplémentaires qu'il aurait parcourus à titre privé en présentant des justificatifs tels que disques tachygraphes ou cartes de contrôle. Cette pratique de l'administration a été confirmée dans son principe (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; décision de la CRC 2001-100 du 12 août 2002 consid. 3c/bb, publiée dans les Archives vol. 73 p. 228 ss).
7.2.4 En l'occurrence, les disques tachygraphes remis par le recourant font état des kilomètres parcourus du 1er juillet au 31 décembre 2003 pour le véhicule immatriculé VD XX.
Bien que la période en question ne concerne que le 2e semestre 2003, ce que relève l'AFC pour justifier la non prise en compte de ces disques dans le calcul du chiffre d'affaires du recourant, le Tribunal administratif fédéral ne peut se rallier au point de vue de l'autorité inférieure. A la remise des disques, il ne fait aucun doute que celle-ci se devait de revoir son estimation, d'autant plus qu'elle reconnaît elle-même l'importance de ces disques, permettant le contrôle de la description des rapports journaliers. Au vu des disques tachygraphes remis, l'estimation du chiffre d'affaires du recourant pour la période s'étalant du 1er juillet au 31 décembre 2003 devait donc être revue en renonçant aux données du SAN (voir la décision de la CRC 2004-122 du 8 avril 2005 consid. 4b/aa/bbb, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.297/2005 du 3 février 2006 consid. 4.3).
De plus, une fois l'estimation réalisée à l'aide des disques tachygraphes pour le 2e semestre 2003, il conviendrait de comparer le résultat obtenu avec l'estimation qui avait été effectuée pour les autres périodes litigieuses et de procéder si nécessaire à une estimation des chiffres d'affaires à l'aide de la méthode par extrapolation. Cette méthode - reconstructive - vise en effet à compléter ou reconstituer une comptabilité déficiente et peut très bien être appliquée en parallèle d'une autre méthode, telle que celle des chiffres d'expérience. La méthode par extrapolation ("Umlage") consiste ainsi à établir le chiffre d'affaires pour un court laps de temps par une autre voie de reconstruction et à en appliquer le résultat obtenu à une période plus longue, voire à toute la période contrôlée. Cette méthode est admissible pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation, de sorte que le résultat obtenu apparaît vraiment représentatif (arrêts du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 4.3.2 et 2A.148/2000 du 1er novembre 2000 consid. 5b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 4.2, A-4146/2009 du 9 mars 2010 consid. 3.4, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 5.2.3, A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3; Archives 68 652 consid. 6b et 6c et 56 195 consid. 5b; MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 877 n. marg. 266 ss). Cela étant, un faisceau d'indices, selon lesquels les circonstances déterminantes étaient les mêmes durant les périodes sujettes à extrapolation et durant la période contrôlée, peut suffire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 5.2.3 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3). En l'occurrence, il s'impose à l'AFC, dans un premier temps, de comparer le 2e semestre 2003 avec les autres périodes litigieuses et, en second lieu et en cas de résultats similaires, d'"extrapoler" le 2e semestre 2003 aux autres périodes litigieuses.
Par conséquent, il convient d'admettre les recours et de renvoyer les causes à l'autorité inférieure pour nouvelles décisions.
7.2.5 Par ailleurs, le recourant estime qu'il convient de prendre également en compte le récapitulatif qu'il a produit lors de sa réclamation (annexe 5 de cette dernière). Ce récapitulatif recense les kilomètres qu'il a parcourus à titre professionnel et à titre privé de janvier 2001 à décembre 2003 de manière quotidienne et mensuelle. Le recourant estime qu'un tel document pourrait être considéré comme similaire à une carte de contrôle, puisque chaque jour y est référé et allègue à ce sujet que les différents éléments de preuves que sont les cartes de contrôle, livrets de travail ou disques tachygraphes ne sont pas cumulatifs.
Pour sa part, l'AFC a examiné les documents produits par le recourant et est arrivée à la conclusion que ceux-ci ne mettent pas clairement en évidence les trajets parcourus à titre privé dans les périodes en cause, estimant que le relevé produit par le recourant ne saurait se substituer à des livrets de travail ou à des rapports journaliers, lesquels donnent le détail des courses effectuées et sont appuyés par les disques tachygraphes y relatifs. Considérant que les kilomètres effectués à titre privé n'étaient étayés par aucun justificatif adéquat, elle a dès lors estimé les trajets du domicile au lieu de travail. Au vu de l'art. 15 de l'OTR 2, l'AFC a en effet considéré que les disques tachygraphes présentés n'indiquaient pas précisément les kilomètres effectués à titre privé durant l'ensemble des périodes concernées et qu'elle était donc fondée à procéder à une estimation de ces kilomètres.
Le Tribunal de céans constate que même si chaque jour est relevé sur ce récapitulatif qui indique le total des kilomètres parcourus à titre professionnels et privés, l'état journalier détaillé des courses du recourant ne ressort pourtant d'aucune pièce comptable. Par contre, les disques tachygraphes remis par le recourant lors de sa réclamation auprès de l'AFC peuvent être mis en parallèle de ce relevé, du moins pour la période concernée par ces disques, soit du 1er juillet au 31 décembre 2003. On constate que les données des disques tachygraphes correspondent exactement audit relevé du recourant, ce qui, au sens du Tribunal administratif fédéral, confèrerait une certaine crédibilité au relevé. Toutefois, il ne faut pas perdre de vue que ce relevé n'est attesté par aucune pièce justificative, tels les rapports journaliers et livres de caisse, dont l'importance a déjà été décrite plus haut (cf. consid. 5 et 7.1.2 ci-dessus). En effet, le Tribunal de céans rappelle que seul l'examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte. Chaque opération commerciale doit ainsi pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la base de pièces justificatives, depuis son inscription dans les livres auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan de l'exercice, et vice versa (Instructions 2001, voir le ch. 890, qui reprend en substance le ch. 879 des précédentes Instructions de 1994 et 1997). En conséquence, ce relevé des kilomètres n'a qu'une force probante limitée.
7.2.6 De plus, lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base sur des coefficients expérimentaux afin de se rapprocher le plus possible de la réalité (concernant la notion de ces chiffres d'expérience, voir l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.8). Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les chauffeurs de taxi ont un tel rendement. Il est néanmoins nécessaire que l'assujetti qui présente un rendement kilométrique moyen supérieur ou inférieur à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. L'administration se réfère au rendement kilométrique moyen qu'elle a calculé pour chaque ville ou région afin d'établir les kilomètres parcourus par un chauffeur de taxi. Afin de se rapprocher le plus possible de la réalité, l'administration tient compte du lieu, des tarifs en vigueur, des périodes concernées, des concessions octroyées, de l'activité des chauffeurs, de l'affiliation ou non à une centrale ainsi que de la taxe de base et des temps d'attente du chauffeur. Ainsi, la méthode de l'AFC, confirmée par le Tribunal fédéral, permet de cerner au plus près la réalité des entreprises de taxis, en fonction des spécificités de chaque ville (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in initio, 2A.297/2005 du 3 février 2006 consid. 4 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2). En omettant de tenir ses livres conformément aux exigences légales, le recourant est par ailleurs lui-même responsable des quelques incertitudes qui peuvent encore subsister.
En l'occurrence, pour A._______, l'analyse effectuée a fait ressortir, pour les titulaires d'une concession A, un rendement kilométrique moyen de Fr. 2.50 jusqu'au 31 janvier 2002 et de Fr. 2.70 dès le 1er février 2002. Pour les titulaires d'une concession C, un rendement kilométrique moyen de Fr. 1.70 a été retenu.
7.2.7 L'assujetti a - conformément à une demande en ce sens (voir les art. 26 à 28 PA) - un droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience. Il découle de ce droit, la possibilité pour le recourant de consulter le dossier spécial y afférent (ATF 122 I 109 consid. 2a, 131 V 35 consid. 4.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9; cf. également les décisions de la CRC 2002-158 du 8 juin 2004 consid. 4d et CRC 2002-117 du 18 juillet 2003 consid. 1d, ainsi que la décision incidente CRC 2003-054 du 19 septembre 2003). Eu égard au secret fiscal (concernant la TVA, voir l'art. 44 aOTVA, respectivement l'art. 55 aLTVA), la personne sollicitant un droit à la consultation dudit dossier ne doit cependant se voir accorder le droit de consulter les données et les chiffres invoqués à titre comparatif que dans la mesure où ceux-ci ne peuvent ensuite pas être mis en relation avec certains assujettis identifiables (ATF 105 Ib 181 consid. 4b). La communication des chiffres est ainsi admissible, pour autant que l'identification des entreprises de comparaison ne soit pas possible (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.5, publié dans la RDAF 2007 II p. 140 ss, ainsi que le commentaire de Xavier Oberson et Jacques Pittet dans les Archives vol. 77 p. 45 ss). En outre, l'octroi du droit de consulter les pièces ne doit pas conduire à dévoiler des secrets d'affaires ou d'entreprise d'autres assujettis, même lorsque ces pièces sont anonymisées (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.9.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.8.5). La question de savoir dans quelle mesure les données contenues dans le dossier concerné peuvent être utiles à l'assujetti pour attaquer la procédure de taxation par estimation n'est pas décisive. Il n'est pas non plus déterminant de savoir si elle a informé l'assujetti au sujet des fondements de sa reprise fiscale, si elle lui a démontré de manière détaillée quels aspects ont été pris en considération pour le calcul du chiffre d'affaires et comment les valeurs comparatives compilées ont été utilisées (arrêt du Tribunal fédéral précité du 21 novembre 2006 consid. 2.9.3; voir également Martin Kocher, Einsichtnahme auch in ein vertrauliches "Spezialdossier" der ESTV - Neue Rechtspraxis erlaubt vertiefte Akteneinsicht - noch ungeklärte Aufdeckungspflicht, dans: l'Expert comptable 2007 n° 3 p. 201 ss, en particulier le consid. 3.2.3).
En la présente cause, il suffit d'observer que le recourant n'a pas requis la production du dossier spécial et que ce dernier ne devait donc pas, au vu de ce qui précède, lui être spontanément présenté, dès lors que les chiffres d'expérience établis ne sont pas, en soi, contestés.
7.2.8 En l'occurrence, le recourant estime que les critères appliqués par l'AFC pour déterminer le rendement kilométrique moyen du chauffeur indépendant ne peuvent être les mêmes pour des chauffeurs salariés. Précisément, il requiert, en tant que mesure probatoire, une enquête ou une expertise afin de déterminer le rendement kilométrique moyen des chauffeurs de taxis indépendants par rapport aux chauffeurs avec statut de salarié. Selon le recourant, un chauffeur indépendant devrait en effet parcourir plus de kilomètres que les chauffeurs de taxis dépendants pour rechercher ses clients. Il estime que le statut d'indépendant a tendance à faire parcourir au recourant plus de kilomètres "à vide" pour aller chercher d'éventuels clients. Le Tribunal fédéral remarque qu'il est vrai qu'en établissant le rendement moyen et en tenant compte indifféremment de l'ensemble de ces données, en particulier sans distinguer expressément si le chauffeur de taxi est, ou non, affilié à une centrale, l'AFC n'isole pas spécialement les chauffeurs amenés à parcourir plus de kilomètres à la recherche du client. Il faut néanmoins constater que le rendement kilométrique litigieux est une moyenne qui tient suffisamment compte de toutes les circonstances particulières de la profession de chauffeur de taxi à A._______ et permet ainsi une approximation suffisamment précise du chiffre d'affaires réel du recourant. Pour le surplus, le recourant doit s'accommoder de l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne, puisqu'il est lui-même responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5.2). En outre, les rendements moyens établis par l'AFC, qui tiennent compte du lieu et des tarifs en vigueur dans ce lieu (cf. consid. 7.2.6 ci-dessus), sont plus représentatifs que ceux qui résultent de la moyenne suisse établie par l'Office fédéral de la statistique (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2). Par conséquent, la requête du recourant tendant à une enquête ou une expertise en la matière doit déjà, pour ce seul motif, être rejetée.
Il convient également de rejeter la demande d'expertise du recourant par appréciation anticipée des preuves, laquelle est admissible, même si l'art. 81 al. 1 LTVA est immédiatement applicable en vertu de l'art. 113 al. 3 LTVA (cf. Message du Conseil fédéral précité sur la simplification de la TVA p. 6394 s.; voir aussi ci-dessus consid. 1.2 in fine). En effet, le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (ATF 130 II 425 consid. 2.1, 122 I 53 consid. 4a, 119 Ia 136 consid. 2d). Comme on l'a vu plus haut (cf. consid. 2.3 ci-dessus), le droit n'empêche cependant pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 119 Ib 492 consid. 5b). En l'occurrence et comme dit ci-dessus (cf. consid. 7.2.6), le statut d'indépendant ou de salarié est un des critères pris en compte dans le calcul des coefficients expérimentaux de la branche des chauffeurs de taxi. Ces coefficients consistent ainsi en des moyennes des rendements kilométriques des différentes entreprises de taxi pour une région donnée. Le Tribunal administratif fédéral n'a pas de raisons de remettre en cause ces données. L'assujetti qui présente un rendement kilométrique moyen supérieur ou inférieur à la moyenne doit pouvoir l'expliquer par des pièces justificatives, ce qui n'est manifestement pas le cas en l'espèce.
7.3 S'agissant, enfin, de l'assujettissement lui-même et de la date de l'immatriculation rétroactive, il sied de laisser la question ouverte à la lumière de l'admission du recours et du renvoi de la cause à l'autorité inférieure. Il incombera à cette dernière, après avoir revu l'estimation des chiffres d'affaires du recourant, d'examiner si la date du début de l'assujettissement de celui-ci, soit dès le 1er janvier 1999, doit être modifiée.
8.
8.1 Eu égard aux considérations qui précèdent, les recours doivent être admis et les ch. 2 des décisions attaquées annulés. Il importe, au vu des circonstances, de renvoyer les causes à l'AFC, afin que celle-ci procède à une nouvelle estimation du chiffre d'affaires, en tenant compte des considérants ci-dessus et qu'elle rende de nouvelles décisions.
8.2 Compte tenu de l'issue du litige, les frais de procédure, qui s'élèvent à Fr. 5'400.-, ne peuvent être mis à la charge du recourant. Par conséquent, les avances de frais versées par celui-ci, de Fr. 2'600.- et Fr. 2'800.- lui seront remboursées d'office dès l'entrée en force du présent prononcé (art. 63 al. 2 et 3 PA).
8.3 En outre, aux termes de l'art. 64 al. 1 PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (voir également l'art. 7 al. 1 du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Il faut entendre par là les frais de quelque importance absolument nécessaires à une défense efficace, eu égard à la nature de l'affaire, à la capacité des parties et au comportement de l'autorité (cf. ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, vol. II, Neuchâtel 1984, p 848; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943, vol. V, Berne 1992, ad art. 159, ch. 1). Selon l'article 14 al. 1 FITAF, les parties qui ont droit aux dépens doivent faire parvenir au Tribunal, avant le prononcé, un décompte de leurs prestations. A défaut de décompte, le tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier (art. 14 al. 2 FITAF). En l'occurrence, vu les circonstances (deux recours pratiquement identiques) et les écritures déposées, le Tribunal de céans estime qu'une indemnité de dépens de Fr. 4'000.- (TVA comprise) apparaît justifiée et doit être accordée au recourant, à charge de l'autorité inférieure.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Les causes A-4309/2008 et A-4313/2008 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-4309/2008.
2.
Les recours sont admis au sens des considérants et les ch. 2 des décisions sur réclamation du 26 mai 2008 sont annulés.
3.
Les causes sont renvoyées à l'autorité inférieure pour nouvelles décisions dans le sens des considérants.
4.
Il n'est pas perçu de frais de procédure et les avances de frais versées de Fr. 2'600.- et Fr. 2'800.- par le recourant lui seront remboursées dès l'entrée en force du présent prononcé.
5.
Il est alloué au recourant un montant de Fr. 4'000.- (TVA comprise) à titre de dépens, à la charge de l'autorité inférieure.
6.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. _______ ; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :