bvger · A-1605/2006 · 2010-03-04 · de
A-1605/2006

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-1605/2006
Urteil vom 4. März 2010
Besetzung
Richter Daniel Riedo (Vorsitz), Richterin Salome Zimmermann, Richter Michael Beusch,
Gerichtsschreiberin Jeannine Müller.
Parteien
X._______ AG in Liquidation,
vertreten durch Y._______ AG,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
Mehrwertsteuer (4. Quartal 2002); Wechsel der Abrechnungsart.
Sachverhalt:
A.
Die X._______ AG in Liquidation wurde mit Statuten vom 11. Oktober 2000 (bzw. 27. November / 15. Dezember 2000; Handelsregistereintrag: 15. Januar 2001) gegründet und bezweckte den Handel mit Produkten und das Anbieten von Verwaltungsdienstleistungen, namentlich die Ausführung aller administrativen Tätigkeiten, die für die Führung einer Unternehmung anfallen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führte sie gestützt auf ihre Angaben ab dem 1. Juli 2002 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen; den Antrag auf Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten bewilligte sie am 28. August 2001. Am 2. Februar 2005 wurde der Konkurs über die Gesellschaft eröffnet, welcher mit Verfügung vom 19. April 2005 mangels Aktiven wieder eingestellt wurde. Sie besteht nur noch zum Zweck der Liquidation.
B.
Am 9. Dezember 2002 teilte die ESTV der A._______ AG in Liquidation (nachfolgend auch Steuerpflichtige) mit, dass nach Prüfung des Dossiers die Bewilligung zur Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten entzogen werde und die Abrechnungsart per 1. Oktober 2002 auf vereinbarte Entgelte umzustellen sei. Mit Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. ... vom 20. März 2003 forderte sie aus der Umstellung der Abrechnung auf vereinbarte Entgelte für das 4. Quartal 2002 Fr. 22'800.-- Mehrwertsteuer, zuzüglich Verzugszins, nach. Mit Entscheid vom 3. April 2003 hielt sie sowohl an der Umstellung der Abrechnungsart als auch an der Steuernachforderung fest. Die Steuerpflichtige liess am 10. April 2003 Einsprache erheben und die Aufhebung des Entscheids beantragen.
C.
Am 12. November 2004 führte die ESTV eine Kontrolle durch, welche in den Räumlichkeiten der Rechtsvertreterin der Steuerpflichtigen stattfand. Mit Einspracheentscheid vom 28. April 2006 wies die ESTV die Einsprache ab und hielt daran fest, dass die Steuerpflichtige ab dem 1. Oktober 2002 nach vereinbarten Entgelten abzurechnen habe; sie schulde und habe ihr noch Fr. 22'800.-- Mehrwertsteuer, zuzüglich Verzugszins, zu bezahlen. Zur Begründung hielt sie im Wesentlichen dafür, die Steuerpflichtige habe die im Antragsformular zur Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten aufgestellten und von ihr akzeptierten Bedingungen nicht erfüllt: sie habe Vorsteuern der A._______ AG in Liquidation (Konkurs am 22. Oktober 2002; Einstellung am 29. November 2002) geltend gemacht, obschon sie die Rechnungen nicht bezahlt habe. Ausserdem werde im Falle der Steuerpflichtigen - verbunden mit den anderen beteiligten Gesellschaften - offensichtlich ein unzulässiger Vorteil herausgewirtschaftet. Die Höhe der ermittelten Mehrwertsteuer werde nicht bestritten.
D.
Am 31. Mai bzw. 12. Juni 2006 lässt die X._______ AG in Liquidation (Beschwerdeführerin) bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission (SRK) Beschwerde erheben und die Aufhebung des Einspracheentscheids vom 28. April 2006 sowie der EA Nr. ... beantragen. Es sei festzustellen, dass sie weiterhin nach vereinbarten Entgelten abzurechnen habe. Zudem sei ihr in verfahrensrechtlicher Hinsicht zur Ergänzung der Beschwerdeschrift eine Nachfrist bis zum 30. September 2006 einzuräumen. Zur Begründung der materiellen Anträge bringt sie im Wesentlichen vor, sie habe nur Vorsteuern auf effektiv geleisteten Zahlungen geltend gemacht. Es sei zwar richtig, dass verschiedene Zahlungen nicht direkt der A._______ AG in Liquidation, sondern zuerst irrtümlich Drittpersonen zugeflossen seien. Dies sei indes jeweils umgehend festgestellt und korrigiert worden. Ferner sei die Annahme der ESTV, die Schätzung der nachgeforderten Steuer sei nicht bestritten, nicht zutreffend. Die Frage etwaiger Steuerfolgen könne jedoch erst dann beurteilt werden, wenn rechtsverbindlich festgestellt worden sei, dass die Abrechnungsart tatsächlich umgestellt werde.
E.
Auf Antrag der Beschwerdeführerin hin bestätigt die SRK mit Zwischenentscheid vom 4. August 2006 den einverlangten Kostenvorschuss in Höhe von Fr. 1'000.--. Die dagegen erhobene Beschwerde weist das Bundesgericht am 1. September 2006 ab. Am 29. Januar 2007 teilt das Bundesverwaltungsgericht den Verfahrensbeteiligten mit, es habe das vorliegende Verfahren zuständigkeitshalber übernommen.
F.
In ihrer Vernehmlassung vom 2. Mai 2007 beantragt die ESTV die kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Am 26. Juni 2007 wird der Beschwerdeführerin auf Ersuchen hin [...] die Möglichkeit zur Akteneinsicht gewährt. Mit Eingabe vom 28. Juni 2007 beantragt die Beschwerdeführerin die Aufdeckung sämtlicher Stellen im Kontrollbericht mit dem Vermerk "betrifft interne Notiz". Am 25. September 2007 weist das Bundesverwaltungsgericht das Gesuch ab. Auf die dagegen erhobene Beschwerde tritt das Bundesgericht mit Urteil vom 5. Dezember 2007 nicht ein.
Auf die weiteren Vorbringen in den Eingaben an die SRK bzw. das Bundesverwaltungsgericht wird - soweit entscheidwesentlich - im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Bis zum 31. Dezember 2006 konnten Einspracheentscheide der ESTV auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer nach Art. 44 ff. des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021) innert 30 Tagen nach Eröffnung mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden (aArt. 65 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer [aMWSTG, AS 2000 1300], in der Fassung vom 1. Januar 2001, aufgehoben per 31. Dezember 2006). Das Bundesverwaltungsgericht übernimmt, sofern es zuständig ist, die Ende 2006 bei der SRK hängigen Rechtsmittel. Die Beurteilung erfolgt nach neuem Verfahrensrecht (Art. 53 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht [Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 172.32]). Das Verfahren richtet sich nach dem VwVG, soweit das VGG nichts anderes bestimmt (Art. 37 VGG). Das Bundesverwaltungsgericht ist zur Behandlung der Beschwerde sachlich wie funktionell zuständig (Art. 31, 32 und 33 Bst. d VGG).
1.2 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Einspracheentscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Rüge der Unangemessenheit erheben (Art. 49 Bst. c VwVG; ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, S. 73 ff. Rz. 2.149 ff., ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2006, Rz. 1758 ff.).
1.3 Die Beschwerdeführerin beantragt nebst der Aufhebung des Einspracheentscheids auch die Aufhebung der EA. Eine EA ist jedoch nach ständiger Rechtsprechung und Praxis keine Verfügung im Sinn von Art. 5 VwVG und kann insoweit nicht Anfechtungsobjekt eines Rechtsmittelverfahrens sein (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1652/2006 vom 22. Juni 2009 E. 1.4, A-1393/2006 vom 10. Dezember 2007 E. 2.2.3, A-1454/2006 vom 26. September 2007 E. 1.3 und A-1608/2006 vom 8. Mai 2007 E. 2.1; Entscheid der SRK vom 31. August 2004, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 69.6 E. 2b/bb; vgl. auch ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., Bern 2003, Rz. 1678). Insofern kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
1.4 Gemäss Art. 25 Abs. 2 VwVG ist dem Begehren um Erlass einer Feststellungsverfügung zu entsprechen, wenn die Gesuchstellerin ein entsprechendes schutzwürdiges Interesse nachweist. Laut bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist der Anspruch auf Erlass einer Feststellungsverfügung subsidiär gegenüber rechtsgestaltenden Verfügungen (BGE 119 V 13 E. 2a, BGE 114 V 203; RENÉ RHINOW/BEAT KRÄHENMANN, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Basel 1990, Nr. 36, S. 109 f.). Soweit die Beschwerdeführerin ihre Anträge formell als Feststellungsbegehren stellt, fehlt ihr folglich ein schutzwürdiges Interesse an deren Behandlung, weil bereits das negative Leistungsbegehren, der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheids, gestellt worden ist. Damit kann anhand eines konkreten Falls entschieden werden, ob die ESTV zu Unrecht den Wechsel der Abrechnungsart vorgenommen hat, was das Feststellungsinteresse hinfällig werden lässt (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_726/2009 vom 20. Januar 2010 E. 1.3; BVGE 2007/24 E. 1.3; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1505/2006 vom 25. September 2008 E. 1.2). Mit dieser weiteren Einschränkung ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.5 Am 1. Januar 2010 ist das Mehrwertsteuergesetz vom 12. Juni 2009 (MWSTG, SR 641.20) in Kraft getreten. Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben grundsätzlich weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar (Art. 112 Abs. 1 MWSTG). Da es im vorliegenden Fall um das 4. Quartal 2002 geht, ist in materieller Hinsicht deshalb das aMWSTG anwendbar.
Demgegenüber ist das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht im Sinne von Art. 113 Abs. 3 MWSTG auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängige Verfahren anwendbar. Allerdings ist Art. 113 Abs. 3 MWSTG insofern restriktiv auszulegen, als gemäss höchstrichterlicher Rechtsprechung nur eigentliche Verfahrensnormen sofort auf hängige Verfahren anzuwenden sind, und es dabei nicht zu einer Anwendung von neuem materiellen Recht auf altrechtliche Sachverhalte kommen darf (ausführlich: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1113/2009 vom 23. Februar 2010 E. 1.3).
Kein Verfahrensrecht in diesem engen Sinn stellen im vorliegenden Entscheid etwa die nachfolgend abgehandelten Themen wie die Buchführungspflicht, das Selbstveranlagungsprinzip, die Ermessensveranlagung oder gar der Verzugszins etc. dar, so dass vorliegend diesbezüglich noch altes Recht anwendbar ist. Keine Anwendung finden deshalb beispielsweise Art. 70, 71, 72, 79 oder 87 MWSTG, obwohl sie unter dem Titel "Verfahrensrecht für die Inland- und die Bezugsteuer" stehen.
2.
2.1
2.1.1 Nach Art. 53 VwVG gestattet die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer, der in seiner sonst ordnungsgemäss eingereichten Beschwerde darum nachsucht, die Begründung innert einer angemessenen Nachfrist zu ergänzen, sofern es der aussergewöhnliche Umfang oder die besondere Schwierigkeit einer Beschwerdesache erfordert. Die Gewährung einer Nachfrist zur Beschwerdeergänzung ist indes auf Ausnahmefälle zu beschränken; dies jedenfalls dann, wenn die beschwerdeführende Partei oder ihre Rechtsvertreterin bereits zuvor im Rahmen eines verwaltungsinternen Einsprache- oder Beschwerdeverfahrens Gelegenheit hatte, ihren Standpunkt einlässlich darzulegen und im hängigen Rechtsmittelverfahren darauf aufbauen konnte (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., S. 104 f. Rz. 2.241 f.).
2.1.2 Was die Beschwerdeführerin zur Begründung ihres Gesuchs vorbringt, vermag die Einräumung einer Nachfrist für eine ergänzende Beschwerdeschrift entgegen ihrer Auffassung nicht zu rechtfertigen. Zwar stellt die ESTV nicht in Abrede, betreffend die Beschwerdeführerin und vier weitere Steuerpflichtige, die alle von demselben Treuhandunternehmen vertreten werden, vom 28. April bis 9. Mai 2006 insgesamt zwei Entscheide und acht Einspracheentscheide erlassen zu haben. Allerdings wurden zwei Einspracheentscheide offensichtlich nicht weitergezogen. Die übrigen sechs sind, selbst wenn es sich um Entscheide von 35 bis 41 Seiten handelt, praktisch gleich aufgebaut und enthalten inhaltlich zum überwiegenden Teil vergleichbare bzw. sogar identische Ausführungen. Die spezifischen, jeweils auf den konkreten Fall zutreffenden und deshalb nicht allgemeingültigen Erwägungen beschränken sich auf einige wenige Seiten. Im Weitern sind auch hinsichtlich der individuellen Erwägungen wieder augenfällige Übereinstimmungen festzustellen: Mit Ausnahme des vorliegenden Verfahrens, bei dem es um die Problematik der seitens der ESTV vorgenommenen Umstellung der Abrechnungsart geht, sind bei den übrigen Verfahren ausschliesslich Vorsteueransprüche zu prüfen. In drei Fällen sind Lieferverträge, bei welchen gleichzeitig oder im Nachhinein Abzahlungsvereinbarungen getroffen worden sind, zu beurteilen. Den übrigen zwei Verfahren liegen Lizenzrechtsverträge zu Grunde. Die Lizenzrechte unterscheiden sich zwar inhaltlich, die Art und Weise der Vertragsabwicklung ist jedoch ähnlich ausgestaltet worden. Dementsprechend hat sich die ESTV in den jeweils ähnlich gelagerten Fällen auf die gleichen rechtlichen Grundlagen abgestützt und die selben Argumente angeführt. Hinzuzufügen ist, dass in vier Verfahren die Beschwerdeführerin als Leistungserbringerin aufgetreten ist. Was die beiden (Erst-)Entscheide betrifft, so ist aus den Akten nicht ersichtlich, ob die betroffenen Personen bzw. Unternehmen überhaupt Einsprache erhoben haben. Unklar ist auch, inwieweit sich in diesen Verfahren andere Rechtsfragen gestellt haben könnten. Die Beschwerdeführerin macht jedenfalls weder das eine noch das andere geltend oder erbringt dafür einen Nachweis. Dies wäre indes ein Leichtes für sie gewesen (durch Vorlage der Entscheide bzw. der Einsprachen). Unter den gegebenen Umständen kann nicht von einem aussergewöhnlichen Umfang im Sinne von Art. 53 VwVG gesprochen werden, zumal die Rechtsvertreterin schon mehrere Jahre bestens mit den Fällen vertraut ist und sich nicht erst in die Verfahren einarbeiten musste (vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 2A.160/2004 vom 9. Juni 2005 E. 3). Daran vermag auch der Umstand, dass die ESTV zwischen den Entscheiden und den Einspracheentscheiden teilweise umfassende Sachverhaltsabklärungen getroffen hat, nichts zu ändern. Sie hat aus den Ergebnissen in allen Fällen die selben Schlüsse gezogen. Schliesslich ist auch das Vorliegen einer besonderen Schwierigkeit zu verneinen. Dass die SRK in den Abschreibungsverfügungen vom 15. Mai 2006 betreffend die Rechtsverzögerungsbeschwerden von zwei anderen Gesellschaften festgehalten hat, es handle sich in diesen Fällen nicht um einen leichten Sachverhalt, reicht jedenfalls nicht dafür aus, dass von einer solchen besonderen Schwierigkeit ausgegangen werden müsste. Ohnehin erscheint fragwürdig, inwieweit sich die Aussage der SRK überhaupt auf das vorliegende Verfahren beziehen kann.
Nicht zu hören ist im Übrigen das Vorbringen, eine Nachfrist würde zudem den Umständen Rechnung tragen, dass der Unterzeichnende als Doktorand der Universität B._______ nur ein reduziertes Arbeitspensum wahrnehmen könne und angesichts der Betriebsgrösse der Rechtsvertreterin eine Delegation nicht möglich sei. Dasselbe gilt für den Einwand, weitere fristgebundene Arbeiten sowie das herkömmliche Tagesgeschäft würden unverändert Zeit beanspruchen. Hierbei handelt es sich ausschliesslich um organisatorische Umstände der Rechtsvertreterin, welche von Vornherein keinen Grund für eine Beschwerdeergänzung darzustellen vermögen.
Nach dem Vorgesagten ist ferner nicht ersichtlich, weshalb sich der Erlass der zehn Entscheide unter dem Gesichtspunkt des "fair trial" als stossend erweisen oder den Grundsatz der Waffengleichheit verletzen könnte (vgl. zum Ganzen HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 1655 ff.). Im Übrigen hat die Rechtsvertreterin selber - wie bereits erwähnt - in drei Fällen gleichzeitig bei der SRK Rechtsverzögerungsbeschwerde erhoben mit dem Antrag, die ESTV sei anzuhalten, umgehend Einspracheentscheide zu fällen. Nach unwidersprochen gebliebener Darstellung in der Vernehmlassung wurde in den anderen Verfahren zudem wiederholt die Einreichung einer solchen Beschwerde in Aussicht gestellt. Dass die ESTV unter diesen Umständen von der zeitlich gestaffelten Eröffnung der Entscheide absah und so allfällige Fragen nach der Bevorzugung vermied, ist insbesondere auch unter dem Gesichtspunkt der Gleichbehandlung der betroffenen Unternehmen nicht zu beanstanden.
2.2 Die Beschwerdeführerin führt in ihrer Eingabe ans Bundesverwaltungsgericht vom 30. Mai 2007, mit welcher sie Akteneinsicht in die Vernehmlassungsbeilagen beantragt, zudem an, dass sie es angesichts der durchwegs ungeheuerlichen Vorbringungen der ESTV sehr bedaure, dass kein zweiter Schriftenwechsel durchgeführt werde.
Ein zweiter Schriftenwechsel ist grundsätzlich möglich, wenn auch praxisgemäss gewöhnlich die Ausnahme (Entscheid der SRK vom 9. Februar 2006, veröffentlicht in VPB 70.57 E. 1d.aa). Die Beschwerdeinstanz kann die Parteien auf jeder Stufe des Verfahrens zu einem weiteren Schriftenwechsel einladen (Art. 57 Abs. 2 VwVG). Ein weiterer Schriftenwechsel ist namentlich dann geboten, wenn die Vernehmlassung der Vorinstanz mit Bezug auf die angefochtene Verfügung neue, erhebliche Vorbringen tatsächlicher oder rechtlicher Art enthält (vgl. Urteile des Bundesgerichts vom 12. November 1998, veröffentlicht in Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 68 S. 652 E. 1a, vom 27. April 1994, veröffentlicht in ASA 66 S. 158 E. 2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1647/2006 vom 31. März 2009 E. 1.3, A-1380/2006 + A-1381/2006 vom 27. September 2007 E. 3.1; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O, S. 123 ff. Rz. 3.37 ff.).
Solches macht die Beschwerdeführerin offensichtlich nicht geltend und ist denn auch gar nicht ersichtlich. Vielmehr ist die Sache spruchreif, ein weiterer Schriftenwechsel drängt sich daher für das Bundesverwaltungsgericht, welches das Recht von Amtes wegen anzuwenden hat, nicht auf (BGE 119 V 347 E. 1a; FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., Bern 1983, S. 212). Im Übrigen reichte die Beschwerdeführerin am 28. Juni 2007 eine schriftliche Eingabe ein, in welcher sie sich noch einmal zum hängigen Verfahren geäussert hat und insbesondere Stellung nahm zur seinerzeit durchgeführten Steuerkontrolle. Soweit die Ausführungen als entscheidrelevant zu betrachten sind, würden sie ohnehin bei der Beurteilung berücksichtigt werden. Den massgeblichen (verfassungsrechtlichen) Vorgaben wurde damit ohne Weiteres Rechnung getragen (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-5550/2008 vom 21. Oktober 2009 E.1.1.3).
2.3 Die Beschwerdeführerin beantragt in prozessualer Hinsicht schliesslich die Einholung einer Amtsauskunft beim Handelsregisteramt ... sowie beim Konkursamt ... . Nach der höchstrichterlichen Rechtsprechung kann das Beweisverfahren geschlossen werden, wenn die noch im Raum stehenden Beweisanträge eine nicht erhebliche Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind, etwa weil ihnen die Beweiseignung abgeht oder - gerade umgekehrt - die betreffende Tatsache aus den Akten bereits genügend ersichtlich ist (anstelle vieler: BGE 131 I 153 E. 3, BGE 124 I 208 E. 4a, je mit Hinweisen; vgl. auch Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1562/2006 vom 26. September 2008 E. 3.2.5.4, A-1444/2006 + 1445/2006 vom 22. Juli 2008 E. 7.1; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., S. 165 Rz. 3.144). Das Bundesverwaltungsgericht erachtet den Sachverhalt aufgrund der vorhandenen Akten für genügend geklärt. Überdies ist nicht ersichtlich, was die Amtsauskünfte zur Klärung des vorliegenden Falls beitragen könnten, was nicht ohnehin schon aus den Akten hervorgeht. Auf deren Einholung ist folglich in einer vorweggenommenen (antizipierten) Beweiswürdigung zu verzichten.
3.
3.1 Über die Mehrwertsteuer ist grundsätzlich nach den vereinbarten Entgelten abzurechnen (Art. 44 Abs. 1 aMWSTG). Die steuerpflichtige Person hat einen Rechtsanspruch, die Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten vornehmen zu können, sofern sie die in Art. 44 Abs. 4 aMWSTG genannten Bedingungen (vgl. E. 3.2 hiernach) erfüllt (vgl. ANDREAS RUSSI, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, Rz. 3 zu Art. 44).
Die Abrechnung nach vereinbarten Entgelten bildet die Regel. Sie hängt direkt mit dem Vorsteuerabzug zusammen, der in diesem Fall bereits mit Erhalt der Rechnung geltend gemacht werden kann. Demnach ist es folgerichtig, wenn über den Umsatz auch bereits im Zeitpunkt der Rechnungsstellung abzurechnen ist bzw. dieser zu diesem Zeitpunkt besteuert wird (ausführlich hierzu Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1529/2006 vom 18. März 2008 E. 2.3 mit zahlreichen Hinweisen, A-1343/2006 vom 12. April 2007 E. 2.1; RUSSI, a.a.O., Rz. 3 zu Art. 44). Die Steuerforderung entsteht bei Lieferungen und Dienstleistungen im Normalfall mit der Rechnungsstellung (Art. 43 Abs. 1 Bst. a Ziff. 1 aMWSTG), d. h. mit Ablauf des Abrechnungszeitraums, in dem die Leistungen ausgeführt worden sind (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 4, A-1530/2006 vom 18. März 2008 E. 2.3, A-1489/2006, A-1490/2006 und A-1491/2006, alle vom 14. Januar 2008, jeweils E. 2.4; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1585 f.). Demgegenüber entsteht die Steuerforderung im Ausnahmefall, d.h. bei der Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten, mit der Vereinnahmung des Entgelts (Art. 43 Abs. 1 Bst. b aMWSTG). Entsprechend darf die Vorsteuer erst in der Abrechnung über diejenige Abrechnungsperiode in Abzug gebracht werden, in welcher die Rechnung tatsächlich bezahlt wurde (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-6150/2007 vom 26. Februar 2009 E. 2.1, A-1581/2006 vom 23. Juni 2008 E. 4 und 5; MICHAELA MERZ, mwst.com, a.a.O., Rz. 5 zu Art. 38 Abs. 7, THOMAS P. WENK, mwst.com, a.a.O., Rz. 11 zu Art. 43).
3.2 Die Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten wird der steuerpflichtigen Person gestattet, wenn diese für sie (aus Gründen ihres Rechnungswesens) einfacher ist und wenn gewisse von der ESTV im Rahmen ihrer Vollzugskompetenz festzulegende Bedingungen eingehalten werden. Die ESTV hat diese so festzusetzen, dass die steuerpflichtige Person weder begünstigt noch benachteiligt wird (Art. 44 Abs. 4 aMWSTG; vgl. auch Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1489/2006, A-1490/2006 und A-1491/2006, alle vom 14. Januar 2008, jeweils E. 2.3).
3.2.1 Gemäss der Praxis der ESTV, die sie bereits zur entsprechenden Bestimmung (Art. 35 Abs. 1 und 4) der Verordnung über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) entwickelt hat, bewilligt sie die Abrechnung aufgrund der vereinnahmten Entgelte nur, wenn die Geschäftsfälle im Hauptbuch nach dem Zahlungsverkehr verbucht werden. Es ist der Steuerpflichtigen nicht erlaubt, nach vereinnahmten Entgelten abzurechnen, wenn sie EDV-mässig eine Debitorenbuchhaltung oder eine Debitoren-Offenpostenliste führt, mit welchen der Zahlungsverkehr automatisch in das Hauptbuch übertragen werden kann (Wegleitung 2001 zur Mehrwertsteuer [Wegleitung 2001], Rz. 964 [ebenso Rz. 964 der Wegleitung 2008 zur Mehrwertsteuer {Wegleitung 2008}], Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige [Wegleitung 1997], Rz. 955, vgl. auch - noch ohne explizite Erwähnung der EDV - Wegleitung 1994 für Mehrwertsteuerpflichtige [Wegleitung 1994], Rz. 955, allesamt herausgegeben von der ESTV; RUSSI, a.a.O., Rz. 26 zu Art. 44).
Die Begründung für diese Einschränkung ergibt sich aus der Pflicht zur ordnungsgemässen Buchführung (Art. 58 aMWSTG). Demnach hat die steuerpflichtige Person ihre Geschäftsbücher so zu führen, dass sich die massgebenden Tatsachen leicht und zuverlässig ermitteln lassen. Dies bedingt, dass die Verfolgung der Geschäftsvorfälle vom Einzelbeleg über die Buchhaltung bis zur Mehrwertsteuerabrechnung und umgekehrt ohne Zeitverlust gewährleistet sein muss (Wegleitung 2001 Rz. 893 [vgl. auch Wegleitung 2008 Rz. 893 ff.], Wegleitung 1997 Rz. 882, Wegleitung 1994 Rz. 879, ebenso Broschüre Rechnungswesen Mehrwertsteuer, herausgegeben von der ESTV, 1994, S. 11). Die Praxis der ESTV verlangt deshalb, dass die buchmässige Erfassung der Geschäftsvorfälle und die dazugehörende mehrwertsteuerliche Abrechnung "synchron" verlaufen müssen. Dies bedeutet, dass sowohl die Buchführung als auch die Erstellung der Mehrwertsteuerabrechnung entweder nach dem Fakturaausgang bzw. nach der Rechnungsstellung (System der vereinbarten Entgelte) oder aber nach dem Zahlungseingang (System der vereinnahmten Entgelte) erfolgen müssen. Andernfalls ist eine kongruente Abrechnung und Prüfung nicht mehr gewährleistet. Sobald nämlich Geschäftsvorfälle nicht gleichzeitig (bzw. in derselben Steuerperiode) verbucht und deklariert werden, können sie nur mit zusätzlichem (Zeit-)Aufwand vom Einzelbeleg über die Buchhaltung bis zur Mehrwertsteuerabrechnung sowie in umgekehrter Richtung verfolgt werden (Urteil des Bundesgerichts vom 11. Februar 2004, veröffentlicht in ASA 75 S. 581 ff. E. 2.2.2).
3.2.2 Diese - wie erwähnt - bereits unter der Geltung der MWSTV geübte Bewilligungspraxis der ESTV wurde durch die Rechtsprechung als rechtmässig bestätigt (Urteil des Bundesgerichts vom 11. Februar 2004, veröffentlicht in ASA 75 S. 581 ff. E. 2.2.2; vgl. auch Entscheide der SRK vom 4. März 2002, veröffentlicht in VPB 66.58 E. 3a.cc und dd, vom 10. Juni 1998, veröffentlicht in VPB 63.25 E. 3). Nachdem die Regelung der MWSTV, die der ESTV einen weiten Gestaltungsspielraum im Bereich der Abrechnungsart einräumte, mit praktisch unverändertem Wortlaut ins aMWSTG übernommen worden ist (Art. 44 Abs. 1 und 4 aMWSTG), besteht für das Bundesverwaltungsgericht kein Anlass, diese im alten Recht durch die Gerichte ausdrücklich als sachgerecht und zweckmässig bezeichnete Praxis für die Geltungsdauer des aMWSTG zu beanstanden. Ohnehin auferlegt sich das Bundesverwaltungsgericht eine gewisse Zurückhaltung bei der Beurteilung technischer Detailregelungen im Bereich des Abrechnungswesens, die grundsätzlich Sache der Spezialisten der Verwaltung mit ihren einschlägigen Fachkenntnissen sind (vgl. Entscheide der SRK vom 4. März 2002, veröffentlicht in VPB 66.58 E. 3a.bb, vom 20. Juli 2000, veröffentlicht in VPB 65.22 E. 3b).
3.3 Wird die Abrechnungsart von vereinnahmten auf vereinbarte Entgelte umgestellt, hat ein solcher Wechsel zur Folge, dass die bisher noch nicht abgerechneten Debitoren (Forderungen an Kunden aus Leistungen) auf den Zeitpunkt des Wechsels mehrwertsteuerlich nachbelastet und abgerechnet werden müssen (CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1594 ff.). Die auf die Umstellung folgenden Abrechnungsperioden sind mit der Buchhaltung so abzustimmen, dass keine doppelte Besteuerung erfolgt (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 11. Februar 2004, veröffentlicht in ASA 75 S. 581 ff. E. 3.2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1348/2006 vom 30. Mai 2007 E. 3.1).
3.4 Das alte Mehrwertsteuergesetz stellt hohe Anforderungen an die steuerpflichtige Person, indem es ihr wesentliche, in anderen Veranlagungsverfahren der Steuerbehörde obliegende, Vorkehren überträgt (sog. Selbstveranlagungsprinzip, Art. 46 f. aMWSTG; vgl. ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des Schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 421 ff.). So hat sie namentlich selber zu bestimmen, ob sie die Voraussetzungen für die Steuerpflicht erfüllt (Art. 56 aMWSTG). Dazu gehört auch, dass sie ihre Geschäftsbücher ordnungsgemäss führt (Art. 58 aMWSTG) sowie quartalsweise bzw. halbjährlich die Abrechnung erstellt und die geschuldete Steuer entrichtet (Art. 45 und 47 aMWSTG; vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.1; statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-6150/2007 vom 26. Februar 2009 E. 2.4, A-1636/2006 + A-1637/2006 vom 2. Juli 2007 E. 2.1; GERHARD SCHAFROTH/DOMINIK ROMANG, in mwst.com, a.a.O., Rz. 4 ff., 8 ff. zu Art. 56).
3.5 Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c; FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 279 f.; MARTIN ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des Steuerpflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1479/2006 vom 10. September 2008 E. 1.3, A-1469/2006 vom 7. Mai 2008 E. 1.4, je mit weiteren Hinweisen GYGI, a.a.O., S. 279 f.; ZWEIFEL, a.a.O., S. 109 f.). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für Tatsachen, welche die Steuerpflicht als solche begründen oder die Steuerforderung erhöhen, das heisst für die steuerbegründenden und -erhöhenden Tatsachen. Demgegenüber ist der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen beweisbelastet, das heisst für solche Tatsachen, welche Steuerbefreiung oder Steuerbegünstigung bewirken (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, veröffentlicht in ASA 75 S. 495 ff. E. 5.4; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 5.1, A-1373/2006 vom 16. November 2007 E. 2.1, je mit zahlreichen Hinweisen).
4.
4.1 Im vorliegenden Fall wurde der Antrag der Beschwerdeführerin vom 7. Mai 2001 auf Abrechnung der Mehrwertsteuer nach vereinnahmten Entgelten am 28. August 2001 von der ESTV bewilligt. Dabei hat sie sich ausdrücklich und unterschriftlich bereit erklärt, die Buchhaltung sowohl auf der Aufwand- als auch auf der Ertragsseite dem Zahlungsverkehr entsprechend zu führen und die Vorsteuer erst in der Abrechnung über den Zeitraum geltend zu machen, in welchem die Rechnungen an die Leistungserbringer bezahlt worden sind. Sie hat im Übrigen zur Kenntnis genommen, dass die ESTV bei Nichteinhaltung dieser Bedingungen berechtigt ist, die Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten - auch rückwirkend - auf die ordentliche Regelung, d. h. auf die Abrechnung nach vereinbarten Entgelten, umzustellen (Vernehmlassungsbeilage 5).
4.2 Gemäss Kontrollbericht vom 12. November 2004 erstellte die Beschwerdeführerin die (provisorische) Buchhaltung der Jahre 2003 und 2004 - trotz der per 1. Oktober 2002 verfügten Umstellung der Abrechnungsart von vereinnahmten auf vereinbarte Entgelte - (immer noch) nach dem Zahlungsverkehr. Hinsichtlich der Jahre 2001 und 2002 findet sich diesbezüglich kein Hinweis in den Akten. Es ist allerdings nicht anzunehmen, dass die Beschwerdeführerin während dieser Zeit ein anderes Buchungssystem benutzte. Auch die ESTV macht Solches in keiner Weise geltend. Vielmehr hält sie dafür, die Beschwerdeführerin habe in ihren Quartalsabrechnungen im Zusammenhang mit verschiedenen Rechnungen der A._______ AG in Liquidation (siehe hienach E. 4.3) die darauf entfallende Mehrwertsteuer als Vorsteuer geltend gemacht, obschon die Zahlungen offensichtlich nicht bzw. nur in geringem Umfang überhaupt an die A._______ AG in Liquidation erfolgt seien. Dementsprechend habe sie eine der im Antrag aufgestellten und von ihr akzeptierten Bedingungen nicht erfüllt: sie habe die Vorsteuer geltend gemacht, obwohl sie die genannten Rechnungen gar nicht bezahlt habe. Die Bewilligung der Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten sei der Beschwerdeführerin daher zu Recht entzogen worden.
4.3 Die genannten Rechnungen betreffen konkret sechs Zahlungsvorgänge, welche die ESTV bei ihrer Beurteilung überprüft hat. Die ersten fünf davon stehen im Zusammenhang mit einer Vereinbarung zwischen der Beschwerdeführerin und der A._______ AG in Liquidation, datierend vom 16. April 2001. Dabei handelt es sich nach dem Wortlaut um einen Vorvertrag zu einem noch zu begründenden Lizenzrechtsvertrag zwischen denselben Parteien (Streitgegenstand des Verfahrens A-1602/2006). Unter Ziff. 4 des Vorvertrags mit dem Titel "Start up - Leistungen der X._______ AG" wird Folgendes ausgeführt: "Die X._______ AG unterstützt die A._______ AG im Hinblick auf den Lizenzrechtsvertrag mit Barzahlungen im Sinne einer Provision. Mit diesen Barleistungen soll die A._______ AG für ihre Aufwendungen für die gesamte Vertragsvorbereitung unter allen Titeln entschädigt werden [...]". Der letzte Zahlungsvorgang hängt demgegenüber - entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin - nicht mit dem erwähnten Vorvertrag, sondern mit dem Einkauf von technischen Geräten zusammen (Kaufvertrag vom 20. Februar 2002).
Insgesamt ergibt sich aus den Akten folgendes Bild (vgl. Vernehmlassungsbeilage 65):
Vorhandener Beleg
Verbuchung als
Zahlung gemäss Zahlungsauftrag
Rechnung vom 20. April 2001 im Betrag von Fr. 50'000.--
Start up - Leistungen im Betrag von Fr. 50'000.--
Fr. 50'000.-- an die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin
Rechnung vom 15. Juli 2001 im Betrag von Fr. 80'000.--
Start up - Leistungen im Betrag von Fr. 80'000.--
Fr. 40'000.-- an die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin
Fr. 20'000.-- an die
A._______ AG in Liquidation
Fr. 20'000.-- an C._______
Rechnung vom 1. September 2001 im Betrag von Fr 25'000.--
Start up - Leistungen im Betrag von Fr. 25'000.--
Fr. 25'000.-- an die A._______ AG
(Zahlungsauftrag über Fr. 34'100.--; Restbetrag an C._______ [Fr. 8'000.--] und Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin [Fr. 1'100.--])
Rechnung vom 1. Oktober 2001 im Betrag von Fr. 20'000.--
Start up - Leistungen im Betrag von Fr. 20'000.--
Fr. 20'000.-- an den für die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin tätigen D._______
Rechnung vom 4. Oktober 2001 im Betrag von Fr. 14'000.--
Start up - Leistungen im Betrag von Fr. 14'000.--
Fr. 14'000.-- an die
A._______ AG in Liquidation
Quittung für den Erhalt des Betrags von Fr. 10'000.--, ausgestellt von der A._______ AG in Liquidation am 5. Juni 2002
Einkauf technischer Geräte im Betrag von Fr. 10'000.--
Fr. 10'000.-- an die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin
Von den insgesamt sechs Zahlungen sind drei, d. h. die erste, vierte und die sechste Zahlung, überhaupt nicht an die A._______ AG in Liquidation erfolgt. Die zweite Zahlung ist zudem lediglich im Umfang von Fr. 20'000.-- an sie ausgerichtet worden, obschon die Rechnung über einen Betrag von Fr. 80'000.-- lautete. Als ungewöhnlich erweist sich auch die dritte Zahlung der Liste. Sie stellt lediglich einen Teilbetrag eines einzigen Zahlungsauftrags über ursprünglich Fr. 59'100.-- dar, welcher dann offenbar auf Fr. 34'100.-- korrigiert worden ist. Von diesen Fr. 34'100.-- gingen - wie gesehen - Fr. 25'000.-- an die A._______ AG in Liquidation, Fr. 8'000.-- wurden an C._______ ausbezahlt und die restlichen Fr. 1'100.-- wurden der Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin ausgerichtet. In ihrer Buchungsliste hat die Beschwerdeführerin diese Teilzahlungen unter einem einzigen Beleg (Nr. 899) mit demselben Belegdatum (19. September 2001) aufgeführt. Die entsprechende Gegenbuchung erfolgte denn auch - sowohl in der Buchungsliste als auch im Kontoblatt - über den Gesamtbetrag von Fr. 34'100.-- mit dem Vermerk "Zahlung" (vgl. zum Ganzen Vernehmlassungsbeilage 47). Nach dem Gesagten ist aufgrund der Aktenlage - abgesehen von den Zahlungen eins, vier und sechs, mit welchen klarerweise nicht die Rechnungen der A._______ AG in Liquidation beglichen worden sind - auch betreffend die zweite und dritte Zahlung mehr als fraglich, inwieweit die Beschwerdeführerin damit überhaupt Rechnungen der A._______ AG in Liquidation im Zusammenhang mit den beiden Verträgen bezahlt haben kann. Einzig die fünfte Zahlung scheint rechtmässig verbucht worden zu sein.
4.4 Die Beschwerdeführerin bringt zur Erklärung vor, im fraglichen Jahr seien verschiedene Zahlungen irrtümlich an nicht begünstigte oder anspruchsberechtigte Personen (z.B. C._______) ausgeführt worden. Weil die fehlgeleiteten Zahlungen jeweils umgehend festgestellt worden seien, seien ihr die fraglichen Geldbeträge problemlos (wieder) zugeführt worden. Es könne mithin festgestellt werden, dass die Berechtigte die Geldzahlungen jeweils vollständig, wenn auch teilweise auf indirektem Weg, erhalten habe.
Die Einwände der Beschwerdeführerin vermögen das Bundesverwaltungsgericht nicht zu überzeugen. Hierbei handelt es sich um reine Behauptungen. So fehlt jeglicher Nachweis, dass auch nur eine der behaupteten "Fehlzahlungen" rückgängig gemacht und stattdessen an die A._______ AG in Liquidation weitergeleitet worden ist. Ferner wurden die entsprechenden - vorgedruckten - Einzahlungsscheine der jeweiligen Empfänger grösstenteils von Hand ausgefüllt. Inwieweit unter diesen Umständen "irrtümliche Zahlungen" vorliegen könnten, ist nicht ersichtlich. Im Weiteren spricht auch die Menge der festgestellten "Irrläufer" im Vergleich zur Gesamtmenge der erfolgten Zahlungen gegen ein Versehen, wie die ESTV zu Recht anführt. Angesichts der Aktenlage ist daher vielmehr davon auszugehen, dass es sich bei den Personen, an welche die Zahlungen geleistet worden sind, um die in Tat und Wahrheit Begünstigten bzw. Anspruchsberechtigten handelt. Etwas Anderes vermag die Beschwerdeführerin nicht nachzuweisen. Die Hinweise auf die gesetzlichen Bestimmungen zur ungerechtfertigten Bereicherung sind demnach nicht zu hören.
Der Vollständigkeit halber sei darauf hingewiesen, dass die A._______ in Liquidation - mit Ausnahme der letzten Zahlung - jeweils bereits am Tag der Erteilung des Zahlungsauftrags an die Schweizerische Post durch die Beschwerdeführerin schriftlich bestätigte, die Beträge erhalten zu haben. Wie es sich damit verhält, insbesondere, wie dieses Verhalten (straf-)rechtlich allenfalls zu beurteilen wäre, kann unter den gegebenen Umständen jedoch offenbleiben.
4.5 In Anbetracht der vorstehenden Ausführungen ist nicht zu beanstanden, wenn die ESTV davon ausgeht, die Beschwerdeführerin habe verschiedentlich Mehrwertsteuern als Vorsteuer geltend gemacht, obschon sie die entsprechenden Rechnungen gar nicht bezahlt hat. Insoweit hat sie die Geschäftsfälle auch nicht nach dem Zahlungsverkehr abgerechnet und verbucht. Sie hat die Bedingungen, die an eine Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten gestellt werden, demnach nicht erfüllt (vgl. E. 3.2 ff. hievor). Die ESTV hat ihr die Bewilligung folglich zu Recht entzogen. Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, betreffend die Abrechnungsart bestehe eine Wahlfreiheit für die Steuerpflichtigen, ist ihr entgegenzuhalten, dass eine solche nur insoweit besteht, als die gesetzlichen Voraussetzungen dafür erfüllt sind bzw. eingehalten werden. In diesem Sinne ist auch nicht massgeblich, inwieweit die Buchhaltung bzw. das Rechnungswesen ansonsten, nebst den erwähnten Vorsteuern, zu beanstanden ist. Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, die A._______ AG in Liquidation habe die Zahlungen korrekt mehrwertsteuerlich deklariert und abgerechnet; der ESTV sei folglich gar kein Steuerausfall entstanden. Abgesehen davon, dass es für das Privileg der Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten nicht darauf ankommen kann, handelt es sich dabei um eine reine Behauptung. Das eingereichte Kontoblatt sowie der Debitorenauszug vermögen das Vorbringen jedenfalls in keiner Weise zu belegen. In den Akten findet sich ausserdem eine handschriftlich Notiz eines Mitarbeiters der ESTV, wonach aufgrund der Deklarationen der A._______ AG in Liquidation ersichtlich sei, dass diese, wenn überhaupt, die Umsätze nicht periodengerecht abgerechnet habe (Vernehmlassungsbeilage 11). Bei dieser Sachlage braucht der Frage, was für steuerbare Leistungen der erwähnte Vorvertrag überhaupt zum Gegenstand haben könnte bzw. worin der mehrwertsteuerliche Leistungsaustausch zu sehen ist, nicht weiter nachgegangen zu werden.
Im Übrigen sei darauf hingewiesen, dass die ESTV das Antragsformular für die Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten in der Folge - soweit das bis 31. Dezember 2009 gültige Mehrwertsteuergesetz betreffend - hinsichtlich ihrer Berechtigung, die Abrechnungsart umzustellen, ergänzt hat. Neu wurde erwähnt, dass diese Berechtigung nicht nur bei Nichteinhaltung der aufgeführten Bedingungen bestehe, sondern auch dann, wenn mit der Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten ungerechtfertigte Vorteile erwirkt würden, so namentlich zwischen nahestehenden Unternehmen. Nach dem Vorgesagten kann eine Auseinandersetzung diesbezüglich und insbesondere auch mit den Ausführungen der Verfahrensbeteiligten jedoch von Vornherein unterbleiben.
4.6 Zum Zeitpunkt, auf welchen die ESTV die Umstellung vorgenommen hat, nimmt die Beschwerdeführerin nicht eingehend Stellung. Die Festlegung per 1. Oktober 2002 erweist sich denn auch als nachvollziehbar und sachgerecht: Die Umstellung erfolgte auf das Ende der vorangehenden und abgeschlossenen bzw. den Beginn der neuen, noch laufenden Abgabeperiode. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin hat die ESTV diese somit gerade nicht rückwirkend angeordnet. Im Übrigen hätte die Umstellung bei Nichteinhaltung der Bedingungen gestützt auf das Selbstveranlagungsprinzip sogar rückwirkend verlangt werden können (vgl. E. 3.4 hievor; siehe dazu auch Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6150/2007 vom 26. Februar 2009 E. 3.2.2.1).
4.7 Die ESTV hat als Folge der Umstellung der Abrechnungsart Fr 22'800.-- Mehrwertsteuer, zuzüglich Verzugszins, nachgefordert. Im Einspracheentscheid hat sie diesbezüglich erwogen, gegen die vorgenommene Schätzung würden keine Einwände vorgebracht. Insbesondere sei weder die Ermittlung noch die Höhe des der EA zu Grunde gelegten Debitorenbestands bestritten; demzufolge sei an der Nachforderung vollumfänglich festzuhalten. Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, die ESTV irre mit ihren realitätsfremden Annahmen schon grundsätzlich. Die fragliche EA könne keine eigene Rechtswirkung erzeugen, sondern sei systematisch klar an die Frage der richtigen Abrechnungsart gebunden. Erst wenn rechtsverbindlich festgestellt worden sei, dass eine Umstellung erfolge, könne die Frage etwaiger Steuerfolgen in Erwägung gezogen werden.
4.7.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet demnach nicht grundsätzlich, dass im Falle einer Umstellung die bisher noch nicht abgerechneten Debitoren (Forderungen an Kunden aus Leistungen) auf den Zeitpunkt des Wechsels mehrwertsteuerlich nachbelastet und abgerechnet werden müssen (vgl. E. 3.3 hievor). Ihr ist allerdings entgegenzuhalten, dass die ESTV im Entscheid vom 3. April 2003 im Dispositiv nicht nur die Umstellung bestätigte, sondern auch die Nachforderung der Mehrwertsteuer im Umfang von Fr. 22'800.--, zuzüglich Verzugszins, gemäss EA (Ziff. 2 des Dispositivs). Dasselbe gilt für den angefochtenen Einspracheentscheid (Ziff. 3 des Dispositivs). In der Begründung wird zudem Näheres dazu ausgeführt. Das Anfechtungsobjekt bildet dementsprechend nicht nur die Feststellung, dass die Umstellung rechtens ist, sondern auch die Höhe der aufgrund der Umstellung nachzufordernden Mehrwertsteuer. Dass die EA hinfällig geworden wäre, wenn jene unrechtmässig erfolgt wäre, vermag daran nichts zu ändern. Es ist der ESTV unbenommen bzw. ist sie geradezu gehalten (vgl. E. 1.4 hievor), die Grundsatzfrage direkt mit der sich daraus ergebenden Nachforderung zu verbinden, um nicht zwei einzelne Rechtsverfahren durchführen zu müssen. Dies erscheint auch aus prozessökonomischen Gründen sinnvoll. Nicht zu hören ist ferner der Einwand, die ESTV habe in einem weiteren Einspracheentscheid vom 28. April 2006 zum gleichen Thema die Einsprache gutgeheissen und damit selber bestätigt, dass die Forderung erst nach Abschluss der Frage nach der korrekten Abrechnungsart geprüft werden könne. Offenbar hat die ESTV die Steuernachforderung von Fr. 22'800.-- am 18. November 2003 auf dem Betreibungsweg geltend gemacht. Da die Beschwerdeführerin Rechtsvorschlag erhob, hat die Verwaltung diesen mit Entscheid vom 8. Dezember 2003 aufgehoben; gleichzeitig hielt sie an der Steuernachforderung fest. Die dagegen erhobene Einsprache hiess die ESTV mit dem besagten Einspracheentscheid gut. Sie erwog, die Frage nach der Richtigkeit der Nachforderung in Höhe von Fr. 22'800.-- sei bereits Gegenstand des pendenten Einspracheverfahrens über die anzuwendende Abrechnungsart und könne nicht gleichzeitig Gegenstand von zwei Verfahren sein. Die Behauptung der Beschwerdeführerin ist demnach offensichtlich falsch; vielmehr ergibt sich aus dem zweiten Einspracheentscheid vom 28. April 2006 gerade das Gegenteil.
4.7.2 Die ESTV hat im Schreiben vom 9. Dezember 2001 nicht nur die Umstellung der Abrechnungsart angezeigt, sondern darüber hinaus auch um Bekanntgabe der Debitorenbestände per 30. September 2002 ersucht. Da die Beschwerdeführerin dieser Aufforderung nicht nachgekommen ist, musste die Verwaltung diese und die daraus resultierende Mehrwertsteuer nach pflichtgemässem Ermessen festlegen (Art. 60 aMWSTG; vgl. zum Ganzen: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1337/2007 vom 21. September 2009 E. 5.1 f und 5.2 mit weiteren Hinweisen). Hat die ESTV eine solche Ermessenstaxation vorzunehmen, obliegt es in der Folge dem Steuerpflichtigen, den Nachweis zu erbringen, dass die Schätzung der Vorinstanz unrichtig ist bzw. dieser dabei erhebliche Ermessensfehler unterlaufen sind (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1531/2006 vom 10. Januar 2008 E. 2.5.2, A-1429/2006 vom 29. August 2007 E. 2.4, vgl. Entscheid der SRK vom 5. Januar 2000, veröffentlicht in VPB 64.83 E. 2). Insoweit erfolgt eine Umkehr der allgemeinen Beweislastregel (vgl. E. 3.5 hievor; vgl. statt vieler: Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, veröffentlicht in ASA 75 S. 495 ff. E. 5.4; Entscheid der SRK vom 18. November 2002, veröffentlicht in VPB 67.49, E. 3b/bb; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1562/2006 vom 26. September 2008 E. 2.5.5 mit weiteren Hinweisen). Mit der vorgenommenen Schätzung setzt sich die Beschwerdeführerin jedoch in keiner Weise auseinander. Ihre Fehleinschätzung betreffend die Verbindung von Grundsatzfrage und Nachforderung in einem einzigen Entscheid ist in dieser Hinsicht nicht zu schützen; vielmehr hat sie die Folgen selber zu vertreten. Soweit sie darüber hinaus in der grundsätzlichen Bestreitung der Umstellung auch eine direkte Anfechtung der Höhe der nachgeforderten Steuer sehen will, kann ihr ebenfalls nicht gefolgt werden. Unter den gegebenen Umständen sieht das Bundesverwaltungsgericht keine Veranlassung, den geschätzten Debitorenbestand von Fr. 300'000.-- anzuzweifeln. Die daraus ermittelte Mehrwertsteuer von Fr. 22'800.-- ist offensichtlich korrekt.
5.
Was die Beschwerdeführerin darüber hinaus geltend macht, vermag nicht durchzudringen: Sie ist der Ansicht, die ESTV habe das rechtliche Gehör verletzt, indem sie ihr nie die Möglichkeit zur Stellungnahme zu inhaltlichen Fragen eingeräumt habe. Eine materielle Auseinandersetzung zur Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten habe nie stattgefunden. Schon dem Schreiben der ESTV vom 9. Dezember 2001, worin sie die Umstellung der Abrechnungsart angezeigt habe, sei kein Schriftwechsel vorausgegangen.
5.1 Der Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich aus Art. 29 Abs. 2 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101). Er umfasst eine Anzahl verschiedener verfassungsrechtlicher Verfahrensgarantien (vgl. zum Ganzen auch HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 1672 ff., MARKUS SCHEFER, Grundrechte in der Schweiz, Bern 2005, S. 285 ff.). Zunächst gehört dazu das Recht auf vorgängige Äusserung und Anhörung, welches den Betroffenen einen Einfluss auf die Ermittlung des wesentlichen Sachverhalts sichert. Dabei kommt der von einem Verfahren betroffenen Person der Anspruch zu, sich vorgängig einer behördlichen Anordnung zu allen wesentlichen Punkten, welche die Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts betreffen, zu äussern und von der betreffenden Behörde alle dazu notwendigen Informationen zu erhalten (vgl. SCHEFER, a.a.O., S. 290 ff.). Des Weitern leitet sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs die Pflicht der Behörden ab, Entscheide zu begründen (BGE 123 I 31 E. 2c; vgl. etwa GEROLD STEINMANN, in: Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar (St. Galler Kommentar), Bernhard Ehrenzeller ... [et al.](Hrsg.), 2. Aufl., Zürich 2008, Rz. 27 zu Art. 29; zum Ganzen auch BVGE 2007/21 E. 10.2; vgl. ferner Art. 35 Abs. 1 VwVG). Die Begründung eines Entscheids muss so abgefasst sein, dass die betroffene Person ihn sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde leiten liess und auf welche sie ihren Entscheid stützt. Sie kann sich dabei auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (BGE 129 I 232 E. 3.2; BGE 126 I 97 E. 2b; vgl. auch LORENZ KNEUBÜHLER, Die Begründungspflicht, Bern 1998, S. 22 ff.).
5.2 Soweit die Beschwerdeführerin den fehlenden Schriftenwechsel vor dem Schreiben vom 9. Dezember 2002 bemängelt, scheint sie zunächst zu verkennen, dass es sich hierbei nicht um eine Verfügung handelt und gerade durch die Möglichkeit, eine anfechtbare Verfügung zu verlangen, das rechtliche Gehör hinreichend gewahrt wird. Abgesehen davon konnte sie ohnehin im Schreiben vom 3. Januar 2003, mit welchem sie einen anfechtbaren Entscheid verlangt hat, zur Umstellung Stellung nehmen. Schliesslich hatte sich im Rahmen der Einsprache erneut die Möglichkeit, sich dazu äussern.
5.3 Sollte die Beschwerdeführerin mit ihrer Rüge allerdings eine Verletzung der Begründungspflicht geltend machen, ist ihr Folgendes entgegenzuhalten: Im Entscheid vom 3. April 2003 verwies die ESTV auf die gesetzliche Regelung von Art. 44 Abs. 4 aMWSTG und führte zudem aus, dass die Bedingungen, unter welchen die Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten gestattet werde, so festzusetzen seien, dass die steuerpflichtige Person weder begünstigt noch benachteiligt werde. Dies sei jedoch nicht der Fall, weshalb die Umstellung der Abrechnungsart auf vereinbarte Entgelte zu Recht erfolgt sei. Die Begründung ist in der Tat sehr kurz und man kann sich durchaus fragen, ob der Beschwerdeführerin unter diesen Umständen eine sachgerechte Anfechtung mit der Einsprache überhaupt möglich war. Anderseits hat die ESTV in ihrem Einspracheentscheid rechtsgenüglich begründet, weshalb sie die Abrechnungsart umgestellt hat. Auch hat sie die Erkenntnisquellen, auf welche sie sich gestützt hat, offen dargelegt. Die Beschwerdeführerin konnte den Entscheid dadurch auf jeden Fall sachgerecht beim Bundesverwaltungsgericht anfechten; dass das Gericht den Argumenten nicht folgt und den angefochtenen Entscheid stützt, ist nicht relevant. Die Tatsache, dass der Einspracheentscheid nebst den Erwägungen zur Umstellung der Abrechnungsart viele weitere Ausführungen enthält, die allerdings grösstenteils nicht direkt mit dieser Frage in Zusammenhang stehen, vermag ebenfalls nichts daran zu ändern, dass die ESTV ihrer Begründungspflicht hinreichend nachgekommen ist. Die ergänzenden Sachverhaltsabklärungen im Einspracheverfahren waren darüber hinaus ohne Weiteres zulässig: dieses zielt darauf ab, ungenügende Abklärungen oder Fehlbeurteilungen, aber auch Missverständnisse, die den angefochtenen Verwaltungsverfügungen zugrunde liegen, in einem kostenlosen und weitgehend formlosen Verfahren auszuräumen, ohne dass die übergeordneten Gerichte angerufen werden müssen (BGE 131 V 407 E. 2.1.2.1 mit Hinweisen). Damit soll ein einfaches und rasches verwaltungsinternes Verfahren gewährleistet werden. Die Verwaltung nimmt dabei - soweit nötig - weitere, ergänzende Abklärungen vor und überprüft die eigenen Anordnungen aufgrund des vervollständigten Sachverhalts (BGE 125 V 188 E. 1b und c). Sie kann nochmals über die strittigen Punkte entscheiden, bevor allenfalls die Beschwerdeinstanz angerufen wird.
5.4 Wie es sich genau mit der angeblichen Verletzung des rechtlichen Gehörs verhält, kann letzten Endes aber offenbleiben. Eine solche könnte nach der Rechtsprechung ohnehin als geheilt gelten, da die Beschwerdeführerin im vorliegenden Verfahren vor einer Instanz mit umfassender Kognition (vgl. E. 1.2 hievor) die Möglichkeit hatte, sich zu äussern (BGE 133 I 201 E. 2.2, BGE 127 V 431 E. 3d, BGE 126 V 130 E. 2b; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1681/2006 vom 13. März 2008 E. 2.4, A-1737/2006 vom 22. August 2007 E. 2.2, A-1621/2006 vom 6. März 2007 E. 4.2.2).
6.
Ausgangsgemäss ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Kosten für das Beschwerdeverfahren vor der SRK bzw. dem Bundesverwaltungsgericht, welche auf Fr. 1'000.-- festgesetzt werden, sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (vgl. Art. 63 Abs. 1 VwVG) und mit dem geleisteten Kostenvorschuss in gleicher Höhe zu verrechnen. Für einen (teilweisen) Erlass dieses Betrags besteht entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kein Anlass (vgl. Art. 63 Abs. 1 3. Satz VwVG bzw. Art. 6 Bst. b des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]; vgl. BVGE 2007/41 E. 9.2). Das Bundesverwaltungsgericht trägt der finanziellen Lage der Beschwerdeführerin bereits hinreichend Rechnung, indem es sich am untersten Bereich des Kostenrahmens orientiert. Eine Parteientschädigung an die Beschwerdeführerin ist nicht zuzusprechen (Art. 64 Abs. 1 VwVG e contrario).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Verfahrenskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 1'000.-- verrechnet.
3.
Der Beschwerdeführerin wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Einschreiben; Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Für die Rechtsmittelbelehrung wird auf die nächste Seite verwiesen.
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:
Daniel Riedo Jeannine Müller
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42 BGG).
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