bvger · A-7675/2009 · 2011-10-06 · fr
A-7675/2009

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-7675/2009
Arrêt du 6 octobre 2011
Composition
Daniel de Vries Reilingh (président du collège),
Michael Beusch, Markus Metz, juges,
Celia Clerc, greffière.
Parties
X._______, Restaurant, ***,
recourant,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA; taxation par estimation; art. 60 aLTVA.
Faits :
A. X._______ (ci-après : l'assujetti ou le contribuable) exploite en raison individuelle le café-restaurant à l'enseigne « Y._______ ». Il est inscrit au registre du commerce du canton de *** depuis le 18 juillet 1997. Depuis le 1er août 1997, il est immatriculé au registre de l'Administration fédérale des contributions (AFC) en qualité d'assujetti à la TVA en raison de l'activité précitée. Il est marié et père de trois enfants nés en 1989, 1990 et 1995.
B.
B.a A l'occasion d'un contrôle portant sur la période du 1er janvier 2003 au 31 décembre 2007 effectué le 30 mai 2008 auprès de la fiduciaire de l'assujetti, l'AFC a constaté que la comptabilité de celui-ci n'était pas probante. Selon le rapport de révision de l'AFC, le contribuable ne tenait pas de livre de caisse et son compte bancaire déclaré dans ses déclarations d'impôt en matière d'impôt direct sur le revenu et la fortune ne figurait pas dans sa comptabilité. Il ne remettait à sa fiduciaire que le « ticket de résumé mensuel pour l'enregistrement du chiffre d'affaires ». Le compte caisse était négatif durant l'année. A la fin de l'année, une écriture « caisse à privé » était enregistrée pour remettre le compte caisse à zéro. Les décaissements étaient enregistrés le jour de la réception des factures, voire à la date du paiement indiqué sur la facture, tandis que les recettes du mois étaient enregistrées le dernier jour du mois. Selon la comptabilité, l'exploitation du restaurant de l'assujetti avait généré les résultats nets suivants et celui-ci avait procédé aux prélèvements privés suivants :
Année
Bénéfice net
Prélèvements
Marge brute
2003
42'429
42'000
46%
2004
2'230
3'854
43%
2005
-1'545
-9'797
43%
2006
33'019
41'705
48%
2007
33'510
-8'264
45%
Total sur 5 ans (2003-2007)
109'643
69'498
46%
Total sur 4 ans (2003-2006)
76'133
77'762
46%
Les prélèvements privés étaient constitués de la « mise à zéro » du compte caisse et du paiement par la caisse des quelques primes d'assurance (sans les primes d'assurance-maladie).
Les prélèvements privés comptabilisés permettaient à l'assujetti de disposer en moyenne de CHF 19'440.-- par année (s'agissant des années 2003 à 2006), respectivement de CHF 13'899.-- par année (s'agissant des années 2003 à 2007) pour assumer ses frais courants (en dehors de repas du contribuable pris au restaurant). L'assujetti disposait ainsi de moins de CHF 1'700.-- par mois (compte tenu des années 2003 à 2006), respectivement de moins de CHF 1'200.-- par mois (compte tenu des années 2003 à 2007), pour entretenir un ménage composé de cinq personnes (le contribuable, son épouse et ses trois enfants nés en 1989, 1990 et 1995). Il semblait difficile qu'une famille puisse vivre ne serait-ce que modestement avec les ressources financières indiquées. Compte tenu de ces éléments, il y avait lieu de conclure que la comptabilité de l'assujetti n'était pas probante. Celui-ci n'ayant pas fourni d'éléments complémentaires pour expliquer sa situation comptable, l'AFC a procédé à un redressement sur la base des éléments disponibles. Sur la base des achats comptabilisés (comptes *** ss), l'AFC a calculé le chiffre d'affaires net théorique compte tenu d'une marge de 53%. Sur ce montant, elle a déterminé le montant d'impôt dû au taux de 7,6%. Par décompte complémentaire n° *1* du 13 novembre 2008, elle a ainsi réclamé à l'assujetti un montant d'impôt total de CHF 59'149.90, plus intérêts moratoires, pour les périodes fiscales du 1er janvier 2003 au 31 décembre 2007.
B.b Par décompte complémentaire n° *2* daté du 30 mai 2008, elle a en outre réclamé un montant d'impôt de CHF 12'978.-- que l'assujetti a acquitté. D'après le point 2 dudit décompte complémentaire, un montant d'impôt de CHF 1'175.05 était réclamé à titre de prestations à soi-même pour les prélèvements privés.
C. Le contribuable ayant contesté le décompte complémentaire n° *1* du 13 novembre 2008, l'autorité inférieure a pris une décision, le 19 janvier 2009, confirmant la reprise fiscale résultant dudit décompte.
D.
D.a Le 16 février 2009, l'assujetti, représenté par sa fiduciaire, a formé réclamation. La fiduciaire a fait valoir que le contribuable lui remettait chaque mois le rapport de la caisse enregistreuse, qui servait de justificatifs des recettes. En ce qui concerne les dépenses, le contribuable remettait chaque mois les factures acquittées, qui étaient enregistrées chaque fin de mois dans la comptabilité. L'assujetti contestait par conséquent le fait de ne pas tenir de livre de caisse. Par ailleurs, afin d'éviter les retraits journaliers, une seule écriture annuelle était enregistrée pour transférer le solde bénéficiaire de la caisse à titre de prélèvement privé. Il n'y avait pas de relevés des espèces en caisse puisque dans la caisse il ne résultait que le fonds de caisse. Il n'y avait pas de compte « banque » parce qu'il n'y avait pas d'opérations de banque. Toutes les opérations passaient par la caisse. Les comptes bancaires étaient des comptes privés dont le solde était insignifiant. Pour cette raison, il n'y avait pas de compte bancaire dans la comptabilité. L'assujetti a également contesté la marge retenue par l'AFC faisant valoir que le restaurant se trouvait dans un quartier ouvrier, que la fréquentation de l'établissement avait diminué depuis que le stade de football en face de l'établissement avait déménagé et que le bâtiment abritant le restaurant était dans un état de délabrement, voire d'abandon.
D.b Par courrier du 19 mai 2009, l'AFC a informé le contribuable que compte tenu de sa contestation de la marge de 53% appliquée dans le décompte complémentaire n° *1* du 13 novembre 2008, elle avait analysé en détail l'estimation du chiffre d'affaires effectuée et l'avait comparée avec un échantillon représentatif de restaurants comparables. La marge réalisée par ces établissements était en moyenne de 65%. Une marge bénéficiaire de 62% avait au demeurant été confirmée par la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC) dans un cas similaire (CRC 2004-119). La marge de 53% retenue dans le décompte complémentaire, confirmé dans la décision du 19 janvier 2009 entreprise, ne reflétait dès lors pas suffisamment la réalité économique : l'estimation du chiffre d'affaires était trop basse. Compte tenu d'une marge de 60%, le chiffre d'affaires imposable non comptabilisé et non déclaré s'élevait à CHF 1'640'147.-- pour les années 2003 à 2007. Il en résultait un montant d'impôt de CHF 124'651.15 (7,6% de CHF 1'640'147.-- ). Après déduction des montants figurant dans les décomptes complémentaires n° *1* du 13 novembre 2008 (CHF 59'149.90; cf. les faits lettre B.a in fine, montant arrondi à CHF 59'149.--) et au point 2 du décompte complémentaire n° *2* du (CHF 1'175.05; cf. les faits lettre B.b in fine, montant arrondi à CHF 1'175.--), il résultait un montant d'impôt (supplémentaire) dû de CHF 64'327.15. Compte tenu de ces éléments, l'AFC a informé le contribuable qu'elle envisageait de modifier à son détriment la décision attaquée. Elle lui a fixé un délai au 12 juin 2009 afin de prendre position. Elle l'a également invité à lui fournir les extraits des comptes bancaires et du CCP pour les périodes fiscales concernées. Elle l'a en outre rendu attentif au fait qu'en cas de retrait de la réclamation, elle appréciera encore une fois la situation.
D.c Par lettre datée du 17 juin 2009, selon l'autorité intimée remise à la poste le 18 juin 2008, soit hors délai, le contribuable s'est opposé aux reprises annoncées par l'AFC. Il a précisé que les motifs étaient « les mêmes que ceux énoncés dans [son] courrier du 16 février courant ». Il a également remis une copie du compte CCP et du compte bancaire en précisant que « les seules entrées d'argent dans ces comptes [étaient] les cartes de crédit ainsi que les entrées cash de la caisse. Celles-ci [auraient] déjà été comptabilisées dans la comptabilité par la bande de la caisse enregistreuse comme chiffre d'affaires ».
D.d Par décision sur réclamation prise le 13 novembre 2009, l'AFC a décidé que la décision du 19 janvier 2009 était entrée en force pour le montant de CHF 113.65 de TVA qui n'était pas contesté, rejeté la réclamation et décidé que le contribuable devait encore payer la somme de CHF 123'476.-- de TVA (y compris la part de CHF 113.65 entrée en force), plus intérêts moratoires. Ce montant était composé de CHF 59'149.-- (décompte complémentaire n° *1*) et de CHF 64'327.-- (décompte complémentaire n° *3*). En annexe à la décision sur réclamation précitée, elle a remis le décompte complémentaire n° *3* du 13 novembre 2009 portant sur un montant d'impôt de CHF 64'327.--.
E. Par courrier du 9 décembre 2009, remis à la poste le 10 décembre 2009, le contribuable (ci-après : le recourant) s'est adressé au Tribunal administratif fédéral au sujet de la décision sur réclamation précitée. Il a précisé accepter le décompte complémentaire n° *1* de CHF 59'149.--, même si le chiffre d'affaire estimé ne représentait pas la réalité. Il n'était en revanche pas d'accord avec le décompte complémentaire n° *3* du 13 novembre 2009 portant sur CHF 64'327.--. « En rajoutant encore du chiffre d'affaires, celui[-ci] [faisait] double emploi avec le premier décompte ». La marge « exorbitante » calculée ainsi que la manière d'y arriver n'étaient pas justifiées. Le contribuable a demandé, en conclusion, que le décompte complémentaire n° *3* du 13 novembre 2009 lui réclamant un montant de CHF 64'327.-- soit annulé.
F. Dans sa réponse du 15 février 2010, l'autorité intimée a précisé qu'elle considérait que le recours était insuffisamment motivé au regard de l'art. 52 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021). Si, contre toute attente, le Tribunal de céans était d'un autre avis, elle concluait au rejet du recours sous suite de frais.
G. Invité à préciser ses motifs jusqu'au 23 février 2010, le recourant a répété, par courrier du 23 février 2010, remis à la poste le 25 février 2010, qu'il acceptait le décompte complémentaire n° *1*, mais qu'il contestait le décompte complémentaire n° *3* puisque ce dernier faisait « double emploi » avec le décompte complémentaire n° *1*. Le décompte complémentaire n° *3* aurait « été notifié avec les mêmes éléments » que le décompte complémentaire n° *1*.
H. Dans ses observations du 6 avril 2010, l'autorité intimée a « réitéré ses conclusions tendant au rejet du recours sous suite de frais ».
I. Les arguments des parties et les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants en droit ci-après.
Droit :
1.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA, prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). En l'occurrence, le recours remis à la poste le 10 décembre 2009 contre la décision sur réclamation prise le 19 novembre 2009 est intervenu dans le délai légal (art. 50 PA).
1.2.
1.2.1. En principe, un recours doit remplir certaines conditions minimales, afin que l'autorité de recours puisse l'examiner. Ainsi, aux termes de l'art. 52 al. 1 PA, le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve, et porter la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci doit y joindre l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent entre ses mains. L'art. 52 al. 2 PA précise que si le recours ne satisfait pas à ces exigences ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
1.2.2. On ne saurait toutefois déduire de ce qui précède que l'acte de recours n'est soumis à aucune exigence minimale. Pour que l'art. 52 al. 2 PA s'applique, il faut au moins qu'une personne déterminée exprime, de façon reconnaissable, sa volonté de recourir pour obtenir la modification d'une situation juridique particulière qui résulte d'une décision et qui la concerne (cf. décision de la CRC du 28 mai 2003, publiée in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 67.128 consid. 2b). A défaut, le recours est manifestement irrecevable et l'art. 52 al. 2 PA ne s'applique pas (cf. décision de la CRC du 4 janvier 1996, publiée in: JAAC 61.20 consid. 5a). Outre l'existence de la volonté de recourir, le recours doit encore contenir une motivation et des conclusions pour pouvoir être considéré comme recevable. Les conclusions servent à porter à la connaissance de l'autorité de recours quelles sont les prétentions du recourant (cf. JAAC 67.128 consid. 2b; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6455/2010 du 31 mars 2011 consid. 1.3.3, A-1153/2009 du 12 novembre 2009 consid. 6.2.1).
Il est admis qu'une motivation même sommaire est suffisante. Il faut néanmoins que l'on comprenne sur quels points et pour quelles raisons la décision attaquée est contestée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.29/2004 du 25 février 2004 consid. 1.2 et les références citées; ATF 118 Ib 134 consid. 2). En outre, la motivation doit se rapporter à l'objet du litige tel qu'il est circonscrit par la décision attaquée (cf. ATF 131 II 533 consid. 6.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6455/2010 du 31 mars 2011 consid. 1.3.3, A-1153/2009 du 12 novembre 2009 consid. 6.2.1).
En l'occurrence, le recourant a précisé tant dans sa lettre du 9 décembre 2009 que dans son courrier du 23 février 2010 (remis à la poste le 25 février 2010) - qui est intervenu hors délai et qui est dès lors irrecevable - qu'il n'acceptait pas le décompte complémentaire n° *3* du 13 novembre 2009 portant sur CHF 64'327.-- parce que celui-ci faisait « double emploi » avec le décompte complémentaire n° *1* du 13 novembre 2008 lui réclamant un montant d'impôt de CHF 59'149.90. Il a également fait valoir dans son courrier du 9 décembre 2009 que la marge « exorbitante » calculée ainsi que la manière d'y arriver n'étaient pas justifiée (cf. les faits lettre E ci-avant). Cette motivation, bien qu'elle soit succincte, permet de comprendre sur quels points et pour quelles raisons le contribuable conteste la décision attaquée. Déposé par une personne qui a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA), ainsi que dans le délai et selon les formes prescrits (cf. art. 50 al. 1 et art. 52 al. 1 PA), le recours du 9 décembre 2009 (remis à la poste le 10 décembre 2009) est recevable et il y a dès lors lieu d'entrer en matière. Remis tardivement à la poste le 25 février 2010, le complément audit recours - ne tombant pas sous le coup de l'art. 32 al. 2 PA - est en revanche irrecevable.
2.
2.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquences que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1 LTVA). Dès lors que les faits déterminants se sont déroulés entre le 1er janvier 2003 et le 31 décembre 2007 (périodes fiscales allant du 1er trimestre 2003 au 4ème trimestre 2007), la présente procédure est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346; cf. également arrêt du Tribunal fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.1).
2.2. Sur le plan procédural, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA).
2.2.1. L'art. 113 al. 3 LTVA doit cependant être interprété de manière restrictive dans ce sens que seules les règles de procédure doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le nouveau droit matériel ne doit pas trouver application aux périodes fiscales régies par l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7083/2008 et A-7084/2008 du 29 novembre 2010 consid.1.2, A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 1.2, A-6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2 et A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3).
2.2.2. S'agissant toujours des dispositions de procédure, le droit de procédure applicable est celui en vigueur au moment où l'acte de procédure concerné est accompli. Lorsque le Tribunal administratif fédéral doit vérifier la mise en oeuvre du droit de procédure par l'instance inférieure, le droit déterminant est celui en vigueur au moment où l'acte en question a été accompli et qui a été appliqué par l'instance inférieure, peu importe si entre-temps le nouveau droit est entré en vigueur (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.2 et les références citées).
2.2.3. L'art. 81 LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3 LTVA, qui sont applicables immédiatement (cf. consid. 2.2 ci-avant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.3 et les références citées; A-4516/2008 du 5 janvier 2011 consid 1.2 et les références citées).
Les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. 81 LTVA n'ont toutefois a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est - était, même avant l'entrée en vigueur de la LTVA, - applicable sans autre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.4 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 1.2 et les références citées).
2.2.4. Les dispositions en matière d'auto-taxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité; à cet égard, l'ancien droit reste applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4 et A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1 les références citées; au sujet du principe d'auto-taxation cf. le consid. 4 ci-après). Il en va de même des règles en matière de taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.5 et A-7712/2009 du 21 février 2011 consid. 3.2 et les références citées; au sujet de la taxation par estimation cf. le consid. 5.1 et 5.2 ci-après).
3.
3.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 lettre a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 lettre b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 lettre c PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 2.149 p. 73; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/Saint Gall 2010, ch. 1758 ss).
3.2. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; JAAC 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, ch. 677).
3.3. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle le Tribunal définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Le devoir de collaborer des parties concerne en particulier le recourant qui adresse un recours au Tribunal dans son propre intérêt. Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (art. 52 PA; cf. ATF 119 II 70 consid. 1; Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 292 ss; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7663/2010 et A-7699/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7020/2010 du 27 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées). Un devoir de collaborer concerne aussi le recourant en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, qui s'écarte de l'ordinaire (cf. Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 294 s.; arrêt du Tribunal fédéral 2C_573/2007 du 23 janvier 2008 consid. 2.3 et les références citées).
Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure et de les corriger ou compléter le cas échéant (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-535/2011 du 28 juin 2011 consid. 2.3 et les références citées; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 1.52).
3.4.
3.4.1. Le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation justifiée et reprend ainsi la jurisprudence en la matière de la CRC (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2, A-1546/2006 du 30 avril 2008 consid. 2.5.4, A-1397/2006 et A-1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, décision de la CRC du 24 octobre 2005, publiée in: JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée in : JAAC 67.122 consid. 2c/cc). Par contre, pour déterminer si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du Tribunal administratif fédéral est illimité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; ATAF 2009/60 consid. 2.9.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.5, A-7083/2008 et A-7084/2008 du 29 novembre 2010 consid. 2.2 et les références citées; décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée in : JAAC 68.73 consid. 1c; voir également Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 881 s. ch. 277 s.).
3.4.2. Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêt du Tribunal fédéral 9C_267/2007 du 4 septembre 2007 consid. 1.3; ATAF 2009/60 consid. 2.1.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.3, A-7570/2009 du 22 juin 2011 consid. 2.3.2, A-7083/2008 et A-7084/2008 du 29 novembre 2010 consid. 2.3 et les références citées). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées et 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.3 et A-2076/2008 du 15 décembre 2010 consid. 2.2).
4.
4.1. En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.1, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4, A-5460/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.5.1). En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations. L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.1, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4).
4.2. Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre.
L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001, rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA (ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II, p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.2., A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.5.3, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte d'exploitation et d'un bilan, sont plus crédibles et constituent de meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan de clôture (cf. Instructions 2001, ch. 881 ss). Ainsi, chaque opération commerciale doit pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la base de pièces justificatives, depuis son inscription dans les livres auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan de l'exercice, et vice versa (cf. ch. 890 des Instructions 2001; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
De plus, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (cf. ch. 892 des Instructions 2001). Au demeurant, l'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (cf. ch. 893 des Instructions 2001; cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
5.
5.1. Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation de mettre en oeuvre en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit que les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1, A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.3 et les références citées; JAAC 68.73 consid. 2b; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, Archives de droit fiscal suisse [Archives] 69 p. 542 ss).
5.2. Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.2, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.4 et les nombreuses références citées; cf. également JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.2, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.7.2 et les références citées; Nicolas Schaller, Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève/Zurich/Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). Les parties utiles et fiables de la comptabilité et les pièces justificatives disponibles doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre de l'estimation. Elles peuvent même servir de base pour la taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2 et A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.5.2 et les références citées).
5.2.1. Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base en effet sur des coefficients expérimentaux, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité de la branche concernée (sur la notion de ces chiffres d'expérience, voir les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.1 et A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.8, publié in : ATAF 2009/60). Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les entrepreneurs concernés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est néanmoins nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. Comme vu ci-dessus (consid. 5.1.), la jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.1, A-2184/2008 et A-2185/2008 du 3 juin 2010 consid. 6.2.3, A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 873, ch. 257).
5.2.2. L'assujetti a - conformément à une demande en ce sens (voir les art. 26 à 28 PA) - un droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience. De ce droit découle la possibilité pour le recourant de consulter le dossier spécial y afférent (cf. ATF 122 I 109 consid. 2a, 131 V 35 consid. 4.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9 et les références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.2, A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.5; voir également les décisions CRC 2002-158 du 8 juin 2004 consid. 4d et CRC 2002-117 du 18 juillet 2003 consid. 1d, ainsi que la décision incidente CRC 2003-054 du 19 septembre 2003). Eu égard au secret fiscal (concernant la TVA, voir l'art. 55 aLTVA), la personne sollicitant un droit à la consultation dudit dossier ne doit cependant se voir accorder le droit de consulter les données et les chiffres invoqués à titre comparatif que dans la mesure où ceux-ci ne peuvent pas ensuite être mis en relation avec certains assujettis identifiables (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4b). La communication des chiffres est ainsi admissible, pour autant que l'identification des entreprises de comparaison ne soit pas possible (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.5, publié dans la RDAF 2007 II p. 140 ss, ainsi que le commentaire de Xavier Oberson et Jacques Pittet in : Archives 77 p. 45 ss). En outre, l'octroi du droit de consulter les pièces ne doit pas conduire à dévoiler des secrets d'affaires ou d'entreprise d'autres assujettis, même lorsque ces pièces sont anonymisées (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.9.1; ATAF 2009/60 consid. 2.8.5). La question de savoir dans quelle mesure les données du dossier spécial peuvent être utiles à l'assujetti pour contester la taxation par estimation n'est pas décisive. Il n'est pas non plus déterminant de savoir si l'AFC a informé l'assujetti au sujet des chiffres sur lesquels elle a basé sa reprise fiscale, si elle lui a démontré de manière détaillée quels aspects ont été pris en considération pour le calcul du chiffre d'affaires et si elle lui a indiqué comment les valeurs comparatives compilées ont été utilisées (cf. arrêt du Tribunal fédéral précité du 21 novembre 2006 consid. 2.9.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.2 et A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.5; voir également Martin Kocher, Einsichtnahme auch in ein vertrauliches "Spezialdossier" der ESTV - Neue Rechtspraxis erlaubt vertiefte Akteneinsicht - noch ungeklärte Aufdeckungspflicht, in : l'Expert comptable 2007 n° 3 p. 201 ss, en particulier le titre 3.2.3).
5.3. Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.8.3, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.7 et 6.2; JAAC 64.47 consid. 5b, publié in : RDAF 2000 II, p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2, A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 7.3.2; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'auto-taxation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (cf. entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.8.3, A-5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.5, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2 et les références citées).
6. En l'espèce, sans remettre en cause le principe même de la taxation par estimation, le recourant - qui reconnaît expressément le montant d'impôt dû sur la base du décompte complémentaire n° *1* du 13 novembre 2008 établi sur la base du chiffre d'affaires estimé et portant sur un montant de CHF 59'149.-- et qui a été confirmé par l'AFC dans sa décision sur réclamation prise le 13 novembre 2009 - semble contester uniquement le calcul de la marge bénéficiaire brute supplémentaire telle qu'elle a été fixée par l'AFC dans la décision sur réclamation précitée (cf. les faits lettres E et G ainsi que le consid. 1.2.2 in fine ci-avant). Avant d'examiner la pertinence de la marge retenue par l'administration dans l'estimation du chiffre d'affaires du recourant (consid. 6.2 ci-dessous), il sied de rappeler le cadre dans lequel la taxation par estimation est intervenu (consid. 6.1 ci-dessous).
6.1. L'autorité fiscale a procédé à une estimation du chiffre d'affaires du recourant en raison de manquements graves de la comptabilité de l'activité de celui-ci. Selon la décision du 13 novembre 2009 entreprise, l'examen de la comptabilité avait en effet révélé que les recettes n'étaient saisies dans la comptabilité qu'une fois par mois sur la base des récapitulatifs mensuels de la caisse enregistreuse du recourant. Aucun livre de caisse n'était tenu. Le compte caisse présentait généralement des soldes négatifs qui étaient « mis à zéro » avant la clôture annuelle des comptes par une écriture « caisse à compte privé ». Pour les années 2005, 2006 et 2007, le compte caisse figurait au bilan pour un montant de CHF 0.--, ce qui était étrange compte tenu du fait qu'aucun autre compte de liquidités ne figurait au bilan. En raison de l'absence d'un livre de caisse, le mouvement des espèces ne pouvait pas du tout être contrôlé. Il était ainsi évident que les exigences en matière de tenue de livre de caisse n'avaient pas été suivies. Du fait qu'il n'y avait pas de relevés des espèces en caisse, la correspondance avec les soldes du compte caisse ne pouvait pas être établie. En outre, le compte ouvert auprès de la Banque cantonale de Genève (***) et le compte CCP (***) ne figuraient pas dans la comptabilité, alors que ces comptes avaient servi à l'exploitation de l'assujetti. De l'aveu de ce dernier, lesdits comptes avaient servi à régler les factures du restaurant, ce qui leur conférait un caractère commercial. Par ailleurs, des commissions, dont un versement n'avait pas été comptabilisé, avaient été encaissées sur le compte CCP, contredisant ainsi l'affirmation du recourant qui avait prétendu que toutes les opérations passaient par le compte caisse. Il était au demeurant fort probable qu'aucun inventaire détaillé des stocks n'était tenu pour les années 2003, 2004 et 2005 car le stock de marchandise figurait toujours pour le même montant, soit CHF 4'500.--, au bilan.
L'AFC relève dans sa décision prise le 13 novembre 2009 par surabondance que le chiffre d'affaires réalisé par le recourant tels qu'il ressortait de sa comptabilité était manifestement insuffisant compte tenu des matières utilisées. Le bénéfice net présenté était de surcroit très faible par rapport à celui constaté dans les exploitations du même genre. Enfin, les prélèvements privés comptabilisés permettait au recourant de disposer de moins de CHF 1'700.-- (tenant compte des prélèvements privés opérés durant la période 2003 à 2006), respectivement de CHF 1'200.-- par mois (tenant compte des prélèvements privés opérés durant la période 2003 à 2007) pour entretenir une famille composée de cinq personnes. Aucune explication crédible - hormis l'allégation non documentée selon laquelle la famille avait permis de subvenir au besoin de l'exploitant - n'ayant été donnée par le recourant, il était évident que la comptabilité n'était pas correctement tenue et donc pas probante, ce qui obligeait l'AFC à procéder à une estimation.
Dès lors que le recourant ne conteste pas ce qui précède et qu'aucun élément ne permet d'en douter, les conditions d'une estimation par l'AFC sont manifestement réalisées sur le principe, quelles que soient les conditions (alternatives) considérées pour la mise en oeuvre d'une estimation (cf. consid. 5.1 ci-dessus).
6.2. A propos de l'estimation elle-même, le recourant conteste l'utilisation par l'AFC des coefficients d'expérience, soutenant en substance qu'ils ne peuvent lui être appliqués dans le calcul de sa marge bénéficiaire brute.
6.2.1. Dans ce contexte, il convient d'observer que le recourant n'a pas requis la production du dossier spécial et que ce dernier ne devait donc pas, au vu de la jurisprudence prérappelée (cf. consid. 5.2.2), lui être spontanément présenté, dès lors que les chiffres d'expérience établis ne sont pas, en soi, contestés (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2010 consid. 5.3.2 in fine, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.2.1).
6.2.2. En l'occurrence, pour évaluer le chiffre d'affaires réalisé par le recourant, l'AFC s'est basée sur les chiffres d'expérience. Dans un premier temps, elle a déterminé le prix de revient d'achat des marchandises vendues sur la base des informations à sa disposition. A cet effet, elle a tenu compte des achats comptabilisés tels qu'ils ressortent des comptes *** ss de la comptabilité du recourant. Tenant compte de la particularité de l'entreprise du recourant, l'autorité intimée a admis que ce montant représentait le 40% du chiffre d'affaires net que le recourant aurait dû réaliser. En d'autres termes, elle a appliqué une marge bénéficiaire brute de 60%. Cette marge était inférieure à celle constatée dans des entreprises similaires. Dans une deuxième étape, l'autorité intimée a retranché des chiffres d'affaires net calculés les chiffres d'affaires ressortant de la comptabilité et les prestations en nature au personnel reprises séparément.
Il ressortait du calcul comparatif précité qu'une disproportion manifeste et importante existe entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, sans que le recourant puisse expliquer cette divergence de manière plausible. Le fait que l'AFC se soit basée sur la marge en vigueur dans la branche (marge bénéficiaire brute de 65%) ne signifie toutefois pas que tous les restaurateurs soient obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. L'AFC en a tenu compte et a revu à la baisse la marge en vigueur dans le domaine d'activité concerné, en retenant une marge bénéficiaire brute de 60%, ceci afin de se rapprocher le plus possible de la réalité de l'activité. L'AFC a d'ailleurs rappelé dans sa décision du 13 novembre 2009 que la marge de 60% était inférieure aux normes valables (moyenne de 65%) dans la branche professionnelle du recourant.
Dans son recours, le recourant n'a fourni aucune explication au sujet de la modicité de son chiffre d'affaires. Il s'est contenté de contester en substance la marge bénéficiaire retenue par l'AFC sans apporter aucune explication (pièces à l'appui) confirmant les marges qu'il prétend réaliser. Or, conformément à la situation juridique exposée ci-dessus (cf. consid. 5.3), il appartient au recourant de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Etant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, le recourant doit en supporter les conséquences. De plus, le recourant doit s'accommoder de l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne, puisqu'il est lui-même responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation (cf. consid. 5.3 ci-dessus; voir également l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5). En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires du recourant. Ce dernier n'a pas réussi à établir que le résultat auquel est parvenu l'autorité fiscale serait manifestement contraire à la réalité. Enfin, contrairement à ce que prétend le recourant, le décompte complémentaire n° *3* ne fait pas double emploi, mais constitue une imposition complémentaire, basée sur un chiffre d'affaires estimé plus élevé que celui fixé initialement.
7. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours dans la mesure où il est recevable (cf. consid. 1.2.2). Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par CHF 3'300.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge du recourant qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de procédure, d'un montant de CHF 3'300.--, sont mis à la charge du recourant et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3. Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Daniel de Vries Reilingh
Celia Clerc
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :