bvger · A-5828/2008 · 2010-04-01 · fr
A-5828/2008

Douanes

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5828/2008
Arrêt du 1er avril 2010
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Markus Metz, Daniel de Vries Reilingh, juges,
Celia Clerc, greffière.
Parties
société X._______, ***,
représentée par Maître Y._______, avocate, ***,
recourante,
contre
Direction générale des douanes (DGD),
Monbijoustrasse 40, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
droits de douane (aLD); importation de marchandises en provenance de zones franches; perception subséquente; art. 11 et 12 DPA; art. 13 aLD.
Faits :
A.
La société X._______ (anciennement la société Z._______ du groupe W._______) est une société anonyme sise à ***, ayant pour but l'acquisition, l'administration et la gestion de participations à toutes sociétés ou entreprises commerciales, financières ou industrielles, ainsi que leur financement. Entre autres activités, cette société importe du beurre en provenance de zones franches.
B.
Durant la période 2002-2003, la société U._______ et la société V._______ [...] ont dédouané à l'importation, pour le compte de la société Z._______, au total 122'301 kg nets de beurre frais en présentant au bureau de douane de *** des certificats d'origine visés par le contrôleur de zone. La franchise des droits d'entrée a été accordée pour ces importations.
C.
Par lettre du 15 juillet 2004, la Section des enquêtes (depuis le 1er janvier 2008 : Section antifraude douanière) de la Direction d'arrondissement Genève (ci-après : Section des enquêtes) a invité l'autorité *** compétente, soit la Direction régionale des douanes et droits indirects *** (ci-après : Direction des douanes ***), à procéder au contrôle a posteriori de l'authenticité et de l'exactitude des certificats d'origine précités.
Par réponse du 12 avril 2006 et suite à l'enquête menée auprès de la société U._______ et la société V._______, l'autorité *** a déclaré les certificats d'origine non valables pour 87'250 kg nets de beurre. Cette quantité de beurre avait été importée en Suisse sous le couvert de certificats d'origine, alors qu'elle ne provenait pas de zones franches, mais avait été achetée hors zone avant son importation.
D.
Le 11 août 2006, la Section des enquêtes a communiqué à la société X._______ que 87'250 kg nets de beurre ne pouvait être considérés comme provenant des zones franches de ***, de sorte que des droits d'entrée étaient dus à l'importation en Suisse pour cette quantité.
E.
Le 23 mai 2007, la Direction d'arrondissement Genève (ci-après : DA) a rendu, à l'adresse de la société W._______, une décision de perception subséquente de redevances d'entrée, portant sur un montant total de Fr. 1'566'063.45, soit Fr. 1'529'358.80 relatifs aux droits de douane et Fr. 36'704.65 relatifs à la TVA à l'importation. La DA a notamment souligné que la société U._______ et la société V._______ étaient solidairement assujetties aux redevances, pour des montants de respectivement Fr. 1'089'384.25 et Fr. 476'679.20.
F.
Par courrier du 18 juin 2007, la société X._______, représentée par Maître Y._______, a formé recours contre la décision précitée. Constatant que la décision du 23 mai 2007 avait été adressée à une entité qui n'existait plus, la DA a - avec le consentement de la société susmentionnée - annulé la décision susdite et l'a remplacée par une décision au contenu identique, qui a été adressée en date du 2 octobre 2007 à la société X._______.
G.
Par mémoire daté du 29 octobre 2007, la société X._______, agissant par sa mandataire, a formé recours auprès de la Direction générale des douanes (ci-après: DGD) contre cette nouvelle décision.
En substance, la société a allégué qu'elle n'était pas l'auteur des certificats d'origine non valables, qui avaient permis le dédouanement de 87'250 kg nets de beurre durant la période 2002-2003. De l'avis de cette société, n'ayant eu aucun moyen pour s'assurer de la traçabilité du lait, ni aucune autorité dans cette procédure, elle ne pouvait que se fier de bonne foi aux certificats d'origine émis et attestés par les autorités douanières ***. En outre, la société X._______ s'est prévalue d'une erreur au sens de l'art. 126 de la loi fédérale du 1er octobre 1925 sur les douanes (aLD de 1925, RS 6 469 et modifications ultérieures). A son sens, compte tenu du délai de prescription d'une année à partir de l'admission de la marchandise ou de la liquidation des droits prévu par ladite disposition, l'action menée par la DA était prescrite. La société a également contesté avoir bénéficié d'un quelconque avantage illicite, au sens de l'art. 12 al. 2 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif (DPA, RS 313.0). Elle a soutenu que, se fiant de bonne foi à ses exportateurs ainsi qu'au contrôle des douanes ***, elle avait revendu les 87'250 kg nets de beurre à bas prix, de sorte qu'elle n'avait joui d'aucun avantage économique. Finalement, la société s'est prévalue de la remise des droits au sens de l'art. 127 aLD, ainsi que du principe de la proportionnalité de l'imposition, qui veut que l'impôt corresponde à la capacité contributive de chacun.
H.
Par décision du 18 juillet 2008, la DGD a rejeté le recours et confirmé la perception subséquente. Elle a exposé que la franchise des droits d'entrée pour l'importation en Suisse de marchandises en provenance des zones franches de *** avait été revendiquée, à tort, sur la base de certificats d'origine non valables. De l'avis de la DGD, ces faits constituaient objectivement une infraction au sens de l'art. 74 aLD, de sorte que la prescription - étant, en particulier, réglée par l'art. 11 al. 2 DPA - n'était pas acquise. L'autorité administrative a également considéré que la société X._______, anciennement la société Z._______, appartenait au cercle des assujettis définis à l'art. 12 al. 2 DPA, en tant que personne pour le compte de laquelle les marchandises avaient été importées. En outre, elle a considéré que la société ne pouvait se prévaloir de sa bonne foi, puisque - en sa qualité d'importateur suisse - il lui appartenait de s'assurer déjà lors de la commande et de la fixation du prix de vente que la marchandise en question remplissait les conditions formelles et matérielles pour pouvoir être importée en franchise. La DGD a encore exposé que les droits d'entrée étaient fixés indépendamment de la capacité contributive des assujettis et qu'une demande visant à l'octroi d'une remise de droits ne pouvait être présentée qu'après l'entrée en force de la décision de perception subséquente.
I.
Agissant par sa mandataire, la société X._______ (ci-après : la recourante) interjette recours contre la décision précitée auprès du Tribunal administratif fédéral. Elle reprend en substance l'argumentation qu'elle avait déjà développée devant la DGD.
Dans sa réponse du 12 novembre 2008, la DGD conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
Droit :
1.
1.1 Aux termes de l'art. 33 let. d de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le recours est recevable contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la loi du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). Aux termes de l'art. 50 al. 1 PA, le recours doit être déposé dans les trente jours qui suivent la notification de la décision.
En l'occurrence - compte tenu des féries prévues par l'art. 22a al. 1 let. b PA, selon lequel les délais fixés en jour ne courent pas du 15 juillet au 15 août inclusivement - le recours du 15 septembre 2008 contre la décision sur recours de la DGD du 18 juillet 2008 a été interjeté dans le délai légal auprès du Tribunal administratif fédéral, lequel est effectivement compétent. Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.2
1.2.1 Le 1er mai 2007 sont entrées en vigueur la loi du 18 mars 2005 sur les douanes (LD, RS 631.0) ainsi que l'ordonnance du 1er novembre 2006 sur les douanes (OD, RS 631.01). Conformément à l'art. 132 al. 1 LD, les procédures douanières en suspens à cette date sont liquidées selon l'ancien droit dans le délai impartit par celui-ci. Il s'ensuit que la présente cause est soumise à l'ancienne loi fédérale du 1er octobre 1925 sur les douanes (aLD de 1925, RS 6 469 et modifications ultérieures), ainsi qu'à l'ancienne ordonnance du 10 juillet 1926 relative à la loi sur les douanes (aOLD de 1926, RS 6 517 et modifications ultérieures), dans la mesure notamment où la procédure est, à tout le moins, pendante depuis le 11 août 2006, date à laquelle la Section des enquêtes a accordé à la société X._______ le droit d'être entendue, conformément à l'art. 29 PA.
1.2.2 Le 1er janvier 2010, la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur. Selon l'art. 112 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables, sous réserve de l'art. 113 LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. Aux termes de l'art. 112 al. 2 LTVA, l'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la nouvelle loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant son entrée en vigueur. Ainsi, les opérations effectuées avant le 1er janvier 2010, mais après l'entrée en vigueur le 1er janvier 2001 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 (aLTVA, RO 2000 1300), restent soumises à l'aLTVA. S'agissant des faits et rapports juridiques, ayant pris naissance avant le 1er janvier 2001, c'est l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258), adoptée par le Conseil fédéral le 22 juin 1994, qui est applicable (cf. art. 93 al. 1 et 94 al. 1 aLTVA). Dès lors, l'aLTVA, plus précisément les art. 72 ss aLTVA, s'appliquent au présent litige, qui concerne exclusivement des biens importés durant les années 2002 et 2003. Dans la mesure bien sûr où le renvoi de l'art. 72 aLTVA à la législation douanière est applicable en matière de TVA, l'aLD trouve également application.
On rappellera néanmoins que le nouveau droit de procédure relatif à la TVA est applicable, au sens de l'art. 113 al. 3 LTVA, à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de cette loi. Cela étant, l'art. 113 al. 3 LTVA doit être interprété restrictivement, dans la mesure où - conformément à la jurisprudence - seules les normes de procédure au sens étroit doivent être appliquées immédiatement aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3 LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de fait révolus sous l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2.2, A-1113/2009 du 23 février 2010 consid. 1.3 et les références citées). Au vu des problématiques examinées ci-après - soit, en particulier, la validité des certificats d'origine, l'impôt sur les importations, le principe de l'auto-déclaration, etc. - il appert qu'aucun droit de procédure au sens étroit n'entre en ligne de compte dans le cadre du présent arrêt, de sorte que l'aLTVA est ici entièrement applicable. Aussi, les différentes dispositions de la LTVA, y compris celles du titre 5 qui porte sur la «procédure applicable à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et à l'impôt sur les acquisitions», ne sauraient, en l'occurrence, trouver application.
Enfin, on rappellera que le Tribunal fédéral a jugé que la prescription d'une créance fiscale, née sous l'ancien droit, doit être examinée d'office et à la lumière des règles de l'ancien droit (cf. consid. 8 ci-après). La prescription relève, en effet, du droit matériel, puisqu'elle concerne directement l'existence de la créance fiscale (cf. ATF 126 II 2 consid. 2a et les références citées; Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2003 II 498 s.).
1.3 Le litige concerne la perception subséquente des redevances d'entrée dues sur l'importation de 87'250 kg nets de beurre durant la période 2002-2003 et porte sur un montant total de Fr. 1'566'063.45. Cette somme comprend deux créances complètement séparées l'une de l'autre, à savoir une créance de Fr. 1'529'358.80 relative aux droits de douane et une créance de Fr. 36'704.65 relative à la TVA à l'importation.
Pour bien résoudre la contestation, il apparaît nécessaire d'aborder, dans un premier temps, la problématique des droits de douane, en examinant tout particulièrement la question des biens en provenance de zones franches et celle de la validité des certificats d'origine (consid. 2). Dans ce contexte, il conviendra également de rappeler les conditions régissant l'assujettissement aux droits de douane - non sans évoquer le cercle des assujettis définis à l'art. 12 al. 2 DPA - et d'examiner la notion de contravention douanière (consid. 3). Dans un deuxième temps, il y aura lieu de traiter de la problématique de la TVA à l'importation, tant sous l'angle de l'objet de l'impôt sur les importations que sous celui de l'assujettissement à l'impôt (consid. 4). Il s'agira ensuite de rappeler le principe de l'auto-déclaration, ainsi que la notion de responsabilité pour des tierces personnes (consid. 5).
2.
2.1 Toutes les marchandises importées ou exportées doivent être présentées au bureau de douane compétent, placées sous contrôle douanier et annoncées à la visite (art. 6 aLD; actuellement art. 7 LD). Les droits de douane applicables à l'entrée et à la sortie sont déterminés par le tarif des douanes (cf. loi fédérale du 9 octobre 1986 sur le tarif des douanes [LTaD, RS 632.10]; cf. également art. 21 aLD; actuellement art. 7 LD). Conformément à l'art. 14 ch. 1 aLD, les marchandises ou quantités de marchandises désignées comme exemptes de droits dans la LTaD ou dans les traités internationaux sont admises en franchise des droits d'entrée, sous réserve de l'art. 19 aLD et des prescriptions de détail qui seront édictées par les règlements (actuellement art. 8 al. 1 let. a LD).
2.2 L'origine de certaines marchandises permet à ces dernières de bénéficier d'un traitement préférentiel, voire d'une franchise des droits lors du passage de la douane. La Suisse a conclu de nombreux accords internationaux contenant des règles d'origine, desquelles il découle un traitement préférentiel, respectivement une franchise des droits (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7689/2008 et A-7733/2008 du 8 septembre 2009 consid. 2.3.1, A-4923/2007 du 28 juillet 2008 consid. 3.1 et A-1482/2007 du 2 avril 2008 consid. 4.5; Thomas Cottier/David Herren, in : Martin Kocher/Diego Clavadetscher [Editeurs] Zollgesetz, Berne 2009, Einleitung ch. 90 ss; REMO ARPAGAUS, Das schweizerische Zollrecht, in : Heinrich Koller/Georg Müller/Thierry Tanquerel/Ulrich Zimmerli [Editeurs], Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR] XII, Bâle 2007, ch. 561; MARCO VILLA, La réglementation de l'origine des marchandises, Etude de droit suisse et de droit communautaire, Lausanne 1998, p. 117 ss).
2.3 Selon le Règlement du 1er janvier 1934 concernant les importations en Suisse des produits des zones franches (ci-après : Règlement; RS 0.631.256.934.953), en corrélation avec la Sentence arbitrale du 1er décembre 1933 concernant les importations en Suisse des produits des zones franches de la Haute-Savoie et du Pays de Gex (ci-après : la Sentence arbitrale; RS 0.631.256.934.952), les produits originaires de ces régions bénéficient d'une franchise des droits à l'importation en Suisse.
2.3.1 Entrent en Suisse en franchise de tous droits de douane, sans limitation de quantité, les produits originaires et en provenance des zones franches autres que ceux visés à l'art. 3 du Règlement, soit en particulier les produits de l'agriculture et des branches annexes, les produits minéraux bruts ainsi que le gibier chassé et les poissons pêchés dans les zones (art. 2 du Règlement). Aux termes de l'art. 3 du Règlement, les produits fabriqués ou manufacturés, originaires et provenant d'établissements industriels situés dans les zones franches entrent en Suisse en franchise de tous droits de douane, dans la limite de crédits d'importation à fixer périodiquement, en tenant compte, d'une part, de la capacité de production des zones lors de la mise en vigueur du Règlement et de leur développement industriel normal et, d'autre part, des débouchés ailleurs qu'en Suisse, soit en zone, soit en territoire français assujetti, soit en pays tiers. La notion d'origine zonienne a été définie dans l'échange de notes du 31 décembre 1938 concernant les produits industriels des zones franches admis en franchise de douane, annexé au Règlement. Conformément à ce document, sont notamment réputés d'origine zonienne les produits ayant subi en zone un travail notable et dans lesquels la matière première d'origine zonienne, la main-d'oeuvre zonienne incorporée et la part de frais généraux y afférente représentent en principe le 50 % au moins du prix de revient. L'origine des éléments essentiels du produit et l'importance du processus de fabrication doivent également être pris en considération.
Quant aux contingents, ils ont été fixés dans l'annexe au Règlement. S'agissant du beurre, une restriction de 650 quintaux par an en franchise a ainsi été prescrite. Ce contingent est demeuré inchangé jusqu'au 1er mai 2008, date de l'entrée en vigueur de l'échange de lettres des 28 avril et 1er mai 2008 entre la Suisse et la France portant modification des contingents agricoles d'importations en Suisses des zones franches de la Haute-Savoie et du Pays de Gex (RS 0.631.256.934.953.3), qui a transformé en équivalent de lait le contingent d'exportation de beurre.
2.3.2 En vertu du § 1 de la Sentence arbitrale, en règle générale, l'admission de produits bénéficiant de la franchise sans limitation de quantité est subordonnée au dépôt préalable, par chaque exploitant, entre les mains du service des douanes françaises chargé du contrôle des zones franches, d'une déclaration fondamentale indiquant la nature de l'établissement, sa consistance, le détail des cultures, les moyens de production, le nombre des animaux, des ruches, etc. et, d'une manière générale, tous renseignements permettant de déterminer les quantités approximatives de produits que l'exploitation est susceptible de fournir. Cette déclaration est contrôlée et visée par le service des douanes françaises et transmise par ses soins à l'administration des douanes suisses. Les produits importés en Suisse doivent être accompagnés de certificats délivrés par le service des douanes françaises et attestant que ces produits sont d'origine zonienne. En ce qui concerne les produits admis en Suisse au bénéfice de contingents journaliers ou annuels, le § 2 de la Sentence arbitrale précise que - réserve faite du trafic de marché - ces biens doivent être accompagnés de certificats de contingentement établis par le service des douanes françaises. Ces certificats attestent qu'il s'agit de produits d'origine zonienne et que l'importation en Suisse a lieu dans la limite des contingents globaux.
L'art. 6 du Règlement prescrit que les deux gouvernements prennent les mesures de contrôle et de sanction pénale propres à empêcher les fraudes. Selon le § 5 de la Sentence arbitrale, le gouvernement français prend les dispositions nécessaires pour sanctionner par des pénalités les abus ou tentatives d'abus qui pourraient être commis en vue de faire admettre en Suisse - au bénéfice d'une franchise des droits à l'importation - des produits qui n'y auraient pas droit, et notamment le dépôt de déclarations inexactes, ainsi que l'utilisation ou la tentative d'utilisation frauduleuse des certificats d'origine ou de contingentement, ou de faux certificats. Pour sa part, le gouvernement suisse peut, dans le cadre de sa législation, prendre toutes les mesures de vérification et de contrôle jugées nécessaire (§ 8 de la Sentence arbitrale).
2.4 C'est le lieu de rappeler que le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de constater que les résultats du contrôle effectué a posteriori par l'Etat d'exportation lient les autorités de l'Etat d'importation (cf. ATF 114 Ib 171 consid. 1c, 111 Ib 327 3c; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4923/2007 du 28 juillet 2008 consid. 3.4 in initio et A-1482/2007 du 2 avril 2008 consid. 4.5 in fine). En outre, la Haute Cour a considéré que lorsque la preuve ne peut pas être fournie, par exemple parce que l'exactitude du certificat de circulation des marchandises ne peut pas (plus) être réexaminée, la communication y relative de l'autorité compétente de l'Etat d'exportation doit sans autre être assimilée à l'abrogation formelle du certificat de circulation des marchandises, à laquelle l'autorité de l'Etat importateur est également liée (cf. ATF 110 Ib 308 consid. 1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_355/2007 du 19 novembre 2007 consid. 2.2 et 2A.461/2003 du 20 janvier 2004 consid. 2.2; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7689/2008 et A-7733/2008 du 8 septembre 2009 consid. 2.3.3, A-4923/2007 du 28 juillet 2008 consid. 3.6 et A-1750/2006 du 14 décembre 2007 consid. 3.5 in fine).
3.
3.1 Les droits de douane sont dus par les personnes assujetties au contrôle douanier et par celles désignées à l'art. 9 aLD, ainsi que par les personnes pour le compte desquelles la marchandise est importée ou exportée. Elles sont solidairement responsables des sommes dues (art. 13 al. 1 aLD; actuellement art. 70 LD, en relation avec les art. 21, 24 al. 1 et 26 LD). Selon l'art. 9 al. 1 aLD, sont assujetties au contrôle douanier les personnes qui transportent des marchandises à travers la frontière, ainsi que leurs mandants (actuellement art. 21 al. 1 LD, en relation avec l'art. 75 OD). Ces dispositions doivent être interprétées de manière extensive, afin que toutes les personnes économiquement intéressées à l'importation des marchandises en cause répondent desdits droits (cf. ATF 110 Ib 310 consid. 2b, 107 Ib 199 consid. 6a-b, 89 I 545 consid. 4; arrêt du Tribunal fédéral 2A.230/2006 du 9 octobre 2006 consid. 6.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7933/2008 du 8 février 2010 consid. 4.1).
A cet égard, on rappellera encore que l'assujettissement aux droits de douane comporte entre autres, et au sens technique, l'obligation d'acquitter ou de garantir les droits prévus pour les opérations douanières (droits de douane, intérêts, taxes) et les frais, ainsi que les droits et frais qui sont recouvrés par la douane en vertu de prescriptions concernant d'autres administrations (art. 10 aLD; actuellement art. 70 al. 1 LD; cf. arrêt du Tribunal fédéral A-5616/2008 du 17 décembre 2009 consid. 2.2).
3.2 Sous la note marginale «assujettissement à une prestation ou à une restitution», l'art. 12 al. 1 DPA prévoit que lorsque, à la suite d'une infraction à la législation administrative fédérale, c'est à tort qu'une contribution est réduite ou n'est pas perçue, la contribution non réclamée, ainsi que les intérêts, seront perçus après coup, alors même qu'aucune personne déterminée n'est punissable. Aux termes de l'art. 12 al. 2 DPA, est assujetti à la prestation ou à la restitution celui qui a obtenu la jouissance de l'avantage illicite, en particulier celui qui est tenu au paiement de la contribution ou celui qui a reçu l'allocation ou le subside (cf. ATF 129 II 166 consid. 3.1; arrêt du Tribunal fédéral 2A.230/2006 du 9 octobre 2006 consid. 7.1).
L'art. 12 al. 1 DPA permet dès lors de procéder au rappel d'une contribution qui n'a pas été perçue à la suite d'une infraction à la législation administrative fédérale même si aucune personne n'est punissable (cf. Jean Gauthier, La loi fédérale sur le droit pénal administratif, in : Mémoires publiés par la Faculté de droit de l'Université de Genève 1975, vol. 46, p. 23 ss et p. 43/44; Jean Gauthier, Les infractions fiscales soumises à la loi fédérale sur le droit pénal administratif, in : RDAF 1999 II p. 56 ss, spéc. p. 59). Est assujetti au paiement de ce rappel celui qui était tenu de payer la contribution éludée - en vertu, par exemple, des art. 9 al. 1 et 13 al. 1 aLD - ainsi que toute personne qui a retiré un avantage illicite de l'infraction commise (art. 12 al. 2 DPA). Cet assujettissement ne dépend pas de l'existence d'une faute ou, à plus forte raison, d'une poursuite pénale (cf. ATF 129 II 167 consid. 3.2, 110 Ib 310 consid. 2c, 106 Ib 221 consid. 2c; arrêt du Tribunal fédéral 2C_132/2009 du 7 janvier 2010 consid. 4.1, 2C_366-367-368/2007 du 3 avril 2008 consid. 5; Kurt Hauri, Verwaltungsstrafrecht, VStrR, Bundesgesetz vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht, Motive - Doktrin - Rechtsprechung, Berne 1998, ch. 9 ad art. 12 DPA p. 37-38).
Selon la jurisprudence constante, l'assujetti objectif au sens des dispositions de l'aLD susdites est ipso facto considéré comme ayant joui d'un avantage illicite au sens de l'art. 12 al. 2 DPA (cf. ATF 107 Ib 201 consid. 6c; arrêt du Tribunal fédéral 2A.82/2005 du 23 août 2005 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2822/2007 du 27 novembre 2009 consid. 3.2 et A-1751/2006 du 25 mars 2009 consid. 4 et les références citées). Autrement dit, les personnes assujetties au paiement de contributions conformément aux art. 9 et 13 aLD sont sans autre tenues à restitution au sens de l'art. 12 al. 2 DPA (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.230/2006 du 9 octobre 2006 consid. 7.1). Les conditions de l'assujettissement sont alors logiquement celles des dispositions de l'aLD précitées et l'art. 12 al. 2 DPA ne fait qu'étendre le cours de la prescription (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2822/2007 du 27 novembre 2009 consid. 3.2, A-1751/2006 du 25 mars 2009 consid. 4 et A-1741/2006 du 4 mars 2008 consid. 2.2.1 et les références citées). Cela signifie que, pour les créances fondées sur l'art. 12 al. 1 et 2 DPA, il faut appliquer le délai de prescription qui prévaudrait pour l'action pénale (cf. ATF 106 Ib 221 consid. 2d; décision de la Commission fédérale de recours en matière de douanes [CRD] 2004-120 et 2004-121 du 16 novembre 2005 consid. 2c/bb; Hauri, op. cit., ch. 17 p. 41). Ce délai étant plus long que celui prévu à l'art. 64 aLD, il le remplace ou le prime.
3.3 A teneur de l'art. 74 ch. 9 aLD, une contravention douanière est commise par celui qui obtient l'admission en franchise ou une réduction de droits pour des marchandises qui ne remplissent pas les conditions prescrites (actuellement art. 118 al. 1 LD). Selon l'art. 80 al. 1 aLD (actuellement art. 128 al. 1 LD), le titre deuxième de la DPA est applicable aux infractions douanières.
4.
4.1 Conformément à l'art. 73 al. 1 aLTVA, est soumise à l'impôt l'importation de biens, y compris l'importation de biens qui peuvent être introduits en franchise de droit de douane sur le territoire suisse. L'objet de la TVA à l'importation est ainsi différent de celui de l'impôt sur territoire suisse (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.256/2003 du 8 janvier 2004 consid. 6.2.1). En principe, le passage d'un bien à travers la ligne suisse des douanes suffit pour entraîner l'imposition à l'importation. Un chiffre d'affaires au sens de la TVA n'est donc pas nécessaire, de sorte que l'impôt sur les importations est dû, alors même que le bien a été acquis sans contre-prestation, par exemple parce qu'il a été donné (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7933/2008 du 8 février 2010 consid. 2.2, A-1751/2006 du 25 mars 2009 consid. 3.3.2 et A-2677/2007 du 16 janvier 2009 consid. 2.3.1; décision de la CRD 1996-013 du 13 novembre 1997 in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 66 p. 590 consid. 3b; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2e éd., Berne 2003, ch. 1839 p. 629; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 272 s.; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, p. 4).
4.2 La TVA à l'importation ne frappe pas une livraison de biens ou une prestation de services, mais bien l'importation de biens. Il y a certes un déplacement de biens qui est en jeu, et même souvent un transfert du pouvoir de disposer, mais il n'y a pas de livraison au sens technique des art. 5 et 6 aLTVA. Il n'y a donc pas de relation entre l'importation de biens et la livraison de biens (cf. Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 702 p. 400; Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 272). La notion d'importation ne figure pas dans les art. 72 ss aLTVA. Il s'ensuit que, conformément à l'art. 72 aLTVA, la législation douanière est applicable à l'impôt sur l'importation de biens, dans la mesure où les dispositions de l'aLTVA n'y dérogent pas. La TVA à l'importation est en fait liée à la même opération que celle qui fait naître la créance douanière (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.90/1999 du 26 février 2001 consid. 2b in : Revue fiscale [RF] 2001 no 5 p. 360). Comme le précise l'art. 1 al. 1 aLD, et comme l'a confirmé la jurisprudence, c'est le passage d'une marchandise à travers la ligne suisse des douanes qui est déterminant et qui constitue l'importation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7933/2008 du 8 février 2010 consid. 2.3, A-2677/2007 du 16 janvier 2009 consid. 2.3.1 et A-4351/2008 du 13 janvier 2009 consid. 2.3.2; décisions de la CRD 2003-067 du 16 mai 2006 consid. 2b et 1996-013 du 13 novembre 1997 in : Archives 66 p. 590 consid. 3b). Par introduction dans le territoire douanier, on entend un déplacement physique d'une marchandise à travers la frontière douanière (cf. Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 272 s.). Il n'est donc nul besoin de l'existence d'un contrat de droit privé, de vente ou de commission ou encore d'un autre contrat entre un fournisseur et un acquéreur, qu'il s'agisse d'un contrat soumis au droit suisse ou au droit étranger (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 713 p. 403).
4.3 Aux termes de l'art. 75 al. 1 aLTVA est assujetti à l'impôt quiconque est assujetti aux droits de douane. Les conditions régissant l'assujettissement aux droits de douane, conformément aux art. 9 et 13 aLD, sont dès lors également pertinentes pour définir le cercle des assujettis à l'impôt sur les importations, de sorte qu'il est renvoyé à ce sujet au consid. 3.1 ci-avant.
Cela étant, on notera que si l'assujetti au contrôle douanier charge un tiers du dédouanement des biens importés ou exportés, ce dernier fait également partie du cercle des assujettis au contrôle douanier ainsi qu'aux droits de douane, sous réserve des prescriptions de l'art. 75 al. 2 aLTVA. Les assujettis aux droits de douane sont imposables pour toutes les importations de biens, sans égard à leur statut de fournisseur ou acheteur de la marchandise, de propriétaire, commerçant ou encore simple consommateur. L'élément décisif a ainsi exclusivement trait au fait que les conditions de l'art. 13 aLD sont oui ou non réunies. Il est en outre sans importance que l'assujetti aux droits de douane soit immatriculé au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : AFC) en qualité d'assujetti à la TVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral administratif A-7933/2008 du 8 février 2010 consid. 4.1, A-2677/2007 du 16 janvier 2009 consid. 2.4 et A-4351/2008 du 13 janvier 2009 consid. 2.3.3; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 1899 s. p. 652; Dieter Metzger, Kurzkommentar zum Mehrwertsteuergesetz, Berne 2000, p. 220; Riedo, op. cit., p. 4 et 172).
En vertu de l'art. 88 al. 1 aLTVA, la DPA est applicable en matière d'impôt sur les importations, tout comme elle est applicable - comme déjà dit - en matière de douane, conformément à l'art. 80 al. 1 aLD. Il s'ensuit que les considérations développées au consid. 3.2 ci-avant sont également déterminantes pour définir - dans le cadre de la perception subséquente de la TVA à l'importation - le cercle des assujettis au sens de l'art. 12 al. 2 DPA. A cet égard, on rappellera que pour que la disposition de la DPA susdite trouve application, il faut d'abord qu'il y ait eu la réalisation objective d'une infraction pénale (cf. ATF 129 II 166 consid. 3.1, 115 Ib 360 consid. 3a, 106 Ib 221 consid. 2c; arrêt du Tribunal fédéral 2A.1/2004 du 31 mars 2004 consid. 2.1; JAAC 65.61 consid. 3d/bb; Archives 68 p. 439 ss consid. 2; arrêts du Tribunal fédéral A-6252/2007 du 6 février 2009 consid. 4.2 et A-4923/2007 du 28 juillet 2008 consid. 4.4; Hauri, op. cit., ch. 4a p. 36).
5.
5.1 En vertu du principe d'auto-déclaration, les personnes assujetties au contrôle douanier (cf. art. 9 aLD) sont tenues de prendre toutes les mesures prévues par la loi et les règlements pour assurer le contrôle de leur assujettissement aux droits de douane (art. 29 al. 1 aLD; actuellement 26 LD; cf. ATF 135 IV 217 consid. 2.1.1 et 2.1.3 in initio). La personne assujettie au contrôle doit demander le dédouanement des marchandises placées sous contrôle et remettre une déclaration conforme à la destination des marchandises, établie en la forme, dans le nombre d'exemplaires et dans les délais prescrits, avec les justifications, autorisations et autres documents exigés pour le genre de dédouanement demandé (art. 31 al. 1 aLD en relation avec l'art. 47 al. 2 aOLD; actuellement art. 25 al. 1 LD). La loi sur les douanes dispose ainsi que la personne assujettie au contrôle douanier porte l'entière responsabilité de la déclaration et doit faire preuve d'un grand soin dans l'exécution de cette tâche; un haut degré de diligence est exigé (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.539/2005 du 12 avril 2006 consid. 4.5 et 2A.566/2003 du 9 juin 2004 consid. 2.4; Archives 70 p. 334 consid. 2c; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6021/2007 du 23 décembre 2009 consid. 4.6, A-5616/2008 du 17 décembre 2009 consid. 4.1, A-3296/2008 du 22 octobre 2009 consid. 2.2 [rendu en appllication de la LD]; ARPAGAUS, op. cit., ch. 409 ss; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 426 s.).
5.2 Cela étant, il sied encore d'examiner si le principe de l'auto-déclaration exposé ci-avant est également pertinent en matière de TVA à l'importation.
En vertu de l'art. 82 al. 1 aLTVA, l'impôt sur les importation est perçu par l'Administration fédérale des douanes (ci-après : AFD). Celle-ci arrête les instructions et prend les décisions nécessaires. Le prélèvement de la TVA à l'importation ne s'opère donc pas dans le cadre d'une procédure d'auto-taxation pure, mais dans le cadre d'une procédure de taxation mixte, tenant à la fois du principe de l'auto-taxation et de l'auto-déclaration (cf. art. 72 ss aLTVA et art. 29 ss aLD; cf. également arrêt du Tribunal adminsitratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.3; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 135 p. 65). Les organes de l'AFD sont habilités à procéder à toutes les investigations nécessaires pour vérifier les éléments pertinents pour la taxation (art. 82 al. 2 aLTVA). En outre, les art. 57 à 61 aLTVA s'appliquent par analogie. Il en découle que l'obligation de l'assujetti de fournir des renseignements (art. 57 aLTVA), ainsi que les obligations qui incombent en matière comptable (art. 58 aLTVA) existent aussi à l'égard de l'AFD. Cette dernière peut également requérir de tiers, à titre gratuit, tout renseignement nécessaire à la détermination de l'assujettissement ou au calcul de l'impôt (art. 61 LTVA; cf. arrêt du Tribunal adminsitratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 4.2; Annie Rochat Pauchard, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, ch. 10 ad art. 82 aLTVA).
5.3 Si la personne assujettie délègue à un tiers des compétences en matière d'établissement de la déclaration en douane et/ou de l'administration des contingents, elle répond de ce tiers comme d'un auxiliaire au sens de l'art. 101 du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), ce même si ce dernier a manifestement violé les instructions qui lui avaient été données. Aussi, peu importe la faute de l'auxiliaire, la personne assujettie en répond (cf. ATF 114 Ib 70 consid. 2c à 2e, 107 Ia 169 consid. 2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_276/2008 du 27 juin 2008 consid. 2.3 et 2C_82/2006 du 3 juillet 2007 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6021/2007 du 23 décembre 2009 consid. 4.9, A-5616/2008 du 17 décembre 2009 consid. 5.4 et A-4355/2007 du 20 novembre 2009 consid. 3.1).
Cela étant, les droits de recours entre les assujettis sont réglés par le droit civil. Si la déclaration entraîne l'assujettissement d'une personne qui n'a pas transporté la marchandise, sa responsabilité fiscale est en principe engagée sur la base de la déclaration. Un éventuel litige entre les cocontractants, à savoir entre l'exportateur ou le transitaire et l'importateur, est une affaire de droit privé, dont l'issue dépend du juge civil (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_276/2008 du 27 juin 2008 consid. 2.3 et 2C_82/2006 du 3 juillet 2007 consid. 4.1; arrêts du Tribunal fédéral A-6252/2007 du 6 février 2009 consid. 8.2 et A-1716/2006 du 7 février 2008 consid. 3.2.1).
6.
En l'espèce, il incombe au Tribunal de céans de déterminer si la perception subséquente de redevances d'entrée dues sur l'importation de 87'250 kg nets de beurre durant la période 2002-2003, portant sur un montant total de Fr. 1'566'063.45, est conforme au droit fédéral susmentionné. A cet égard, il s'agira de vérifier, dans cet ordre, si les biens en cause ont été importés au bénéfice de certificats d'origine valables (consid. 6.1) et si la recourante est assujettie aux droits de douane ainsi qu'à la TVA à l'importation et, partant, entre dans le cercle des assujettis définis à l'art. 12 al. 2 DPA (consid. 6.2).
6.1 Dans le cadre du contrôle a posteriori de l'authenticité et de l'exactitude des certificats d'origine en cause - auquel a procédé la Direction des douanes *** - il a été constaté que 87'250 kg nets de beurre avait été importés en Suisse sous le couvert de certificats d'origine, alors que cette quantité de beurre ne provenait pas des zones franches de ***, mais avait été achetée hors zone avant son importation. Les certificats de zone délivrés à l'appui de ces exportations ont dès lors été considérés comme non valables par l'autorité *** (cf. pièce no 37 du dossier de l'AFD). On rappellera ici que le Tribunal administratif fédéral n'a pas à se prononcer sur le résultat dudit contrôle, qui a été effectué par le pays exportateur des biens en cause. En effet, comme évoqué ci-avant (cf. consid. 2.4), les autorités douanières de l'Etat d'importation sont liées par la décision sur l'origine des biens prise par les autorités du pays exportateur et elles ne peuvent pas y substituer leur propre appréciation.
En conséquence, les produits admis en Suisse au bénéfice de contingents annuels - ce qui est le cas du beurre en provenance de *** - devant être accompagnés de certificats de contingentement attestant, en particulier, de l'origine zonienne des produits (cf. consid. 2.3.1 et 2.3.2 ci-avant), le Tribunal de céans constate - au vu de la réponse de l'autorité de contrôle *** - que le dédouanement préférentiel des 87'250 kg nets de beurre est intervenu à tort. Il appert dès lors que la franchise préférentielle ne peut être accordée pour les importations litigieuses, que ce soit sous l'angle des droits de douane ou de la TVA à l'importation.
6.2 Demeure donc à déterminer si la recourante est assujettie au paiement des droits de douane et de la TVA à l'importation et, partant, si elle est tenue de s'acquitter des redevances qui n'ont pas été perçues, en application des art. 9 et 13 aLD, respectivement de l'art. 12 DPA.
6.2.1 En l'occurrence, les 87'250 kg nets de beurre ont été importés pour le compte de la société Z._______, actuellement la société X._______. La recourante ne le conteste pas, puisqu'elle affirme même avoir acquis auprès de la société U._______ et la société V._______ cette marchandise pour en faire le commerce. La recourante était donc aussi économiquement intéressée à l'importation des biens en question. Or, conformément aux conditions de l'art. 13 aLD, qui sont seules décisives en matière d'assujettissement aux droits d'entrée, les droits de douane sont dus par les personnes assujetties au contrôle douanier et par celles désignées à l'art. 9 aLD, ainsi que par les personnes pour le compte desquelles la marchandise est importée ou exportée. Il s'ensuit qu'en tant que personne pour le compte de laquelle les biens en question ont été importés, la recourante entre dans le cercle des assujettis aux droits de douane à teneur de l'art. 13 al. 1 aLD et, par voie de conséquence, elle est également assujettie à l'impôt sur les importations, conformément à l'art. 75 al. 1 aLTVA.
6.2.2 Or, la personne assujettie au paiement de contributions en vertu des dispositions susdites figure, sans autre, au nombre des personnes tenues au paiement de la contribution auxquelles se réfère l'art. 12 al. 2 DPA (cf. consid. 3.2 ci-avant; cf. également arrêt du Tribunal fédéral 2A.608/2004 du 8 février 2005 consid. 4.3). La recourante peut donc être recherchée au titre de la perception subséquente des droits de douane et de la TVA à l'importation éludés, conformément à l'art. 12 al. 1 DPA, et ce même si aucune faute ne lui est reprochée. Dans la mesure où la recourante était assujettie aux droits de douane et à l'impôt sur les importations, elle a en effet obtenu un avantage illicite au sens de l'art. 12 al. 2 DPA du seul fait que le dédouanement préférentiel des importations litigieuses est intervenu à tort. L'infraction à la législation administrative fédérale, précisément au sens de l'art. 74 ch. 9 aLD, ne fait par ailleurs aucun doute.
6.2.3 Au surplus, la question de savoir si la recourante pouvait, de bonne foi, croire qu'elle était en règle avec l'AFD en se fiant à ses exportateurs est sans pertinence, dès lors que son assujettissement ne dépend pas de l'existence d'une faute ou d'une poursuite pénale, mais du seul fait de l'avantage illicite procuré par l'absence de perception de la contribution litigieuse, en violation des prescriptions administratives (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_276/2008 du 27 juin 2008 consid. 2.3 et les références citées). Aussi, le fait que ce soit la société U._______ et la société V._______, exportateurs de la recourante, qui ont procédé au dédouanement n'est pas relevant dans le cadre de la présente procédure tendant à la perception subséquente des redevances d'entrée. Celle-ci se limite, en effet, à définir la responsabilité fiscale qui est engagée sur la base des déclarations. Peu importe dès lors la faute de ses exportateurs, la recourante en répond (cf. consid. 5 ci-avant). Si cette dernière estime que la responsabilité de la société U._______ et la société V._______ est engagée, il lui appartient d'agir devant le juge civil (cf. consid. 5.3 ci-avant).
6.2.4 Enfin, il sied de se déterminer quant à la portée de la notion contenue à l'art. 126 al. 1 aLD. Selon cette disposition si, par une erreur de la douane commise lors du dédouanement, des droits de douane dus à teneur de la loi ou d'autres droits dont le recouvrement est confié au service des douanes n'ont pas été liquidés ou ont été liquidés trop bas, ou si un remboursement a été fixé trop haut, la direction de l'arrondissement peut réclamer la différence au redevable dans le délai d'une année à compter de l'admission de la marchandise ou de la liquidation des droits. Le Tribunal fédéral considère que ce supplément de droits de douane représente le pendant du remboursement des droits de douane de l'art. 125 aLD (cf. ATF 106 Ib 220 consid. 2b; cf. également message du Conseil fédéral du 4 janvier 1924 in : Feuille fédérale [FF] 1924 I p. 62; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1482/2007 du 2 avril 2008 consid. 5.2 et A-7519/2006 du 14 février 2008 consid. 5). Il ressort du texte des art. 125 et 126 aLD qu'une erreur concernant les faits ne peut être prise en considération dans le cadre de ces dispositions que lorsque ces mêmes faits pouvaient être découverts lors du propre contrôle des papiers. Il s'agit en particulier d'erreurs quant à la fixation du montant des droits de douane, ainsi que d'erreurs quant au choix de la position du tarif douanier (cf. ATF 82 I 254 consid. 2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1482/2007 du 2 avril 2008 consid. 5.2 et A-7519/2006 du 14 février 2008 consid. 5; Ernst Blumenstein, Grundzüge des schweizerischen Zollrechts, Berne 1931, p. 42 s.).
Aussi, conformément à la jurisprudence du Tribunal fédéral, le délai d'une année prescrit par l'art. 126 al. 1 aLD ne trouve application que lorsque des erreurs au sens strict ont été commises lors du dédouanement, mais en aucun cas dans le cadre d'une procédure ouverte à la suite d'un contrôle a posteriori des preuves d'origine et ayant trait à la perception subséquente de redevances d'entrée. Dans une telle hypothèse, c'est l'art. 12 DPA qui est pertinent (cf. ATF 106 Ib 220 consid. 2b; arrêt du Tribunal fédéral 2C_355/2007 du 19 novembre 2007 consid. 2.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1726/2006 du 28 janvier 2008 consid. 3.1 in fine).
Dans ces conditions, les arguments principaux de la recourante apparaissent mal fondés et doivent être rejetés.
7.
Dans la mesure où ils s'avèrent pertinents, les autres griefs que la recourante fait valoir - à savoir la prescription de la créance fiscale (consid. 8), le principe de la protection de la bonne foi (consid. 9), le principe de la proportionnalité en lien avec la capacité contributive (consid. 10), ainsi que la remise des droits au sens de l'art. 127 aLD (consid. 11) - doivent encore être examinés.
8.
8.1
8.1.1 Aux termes de l'art. 12 al. 4 DPA, tant que l'action pénale et l'exécution de la peine ne sont pas prescrites, l'assujettissement à la prestation ou à la restitution ne se prescrit pas. En matière de contraventions, l'action pénale se prescrit par deux ans (art. 11 al. 1 DPA). Si cependant la contravention consiste en une soustraction ou une mise en péril de contributions ou en l'obtention illicite d'un remboursement, d'une réduction ou d'une remise de contributions, le délai de prescription est de cinq ans; si la prescription est interrompue, elle sera en tout cas acquise lorsque le délai sera dépassé de moitié (art. 11 al. 2 DPA). En matière de délits et de contraventions, la prescription est suspendue pendant la durée d'une procédure de réclamation, de recours ou d'une procédure judiciaire concernant l'assujettissement à la prestation ou à la restitution (art. 11 al. 3 DPA). A cet égard, la jurisprudence a maintes fois rappelé que la suspension ne s'applique pas seulement à la prescription relative, mais aussi au délai de prescription absolue (cf. ATF 119 IV 335 consid. 2, 112 Ib 602 consid. 13b, 110 Ib 312 consid. 3b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4542/2007 du 6 novembre 2009 consid. 4.4 in fine et les références citées, A-1719/2006, A-1720/2006 et A-1721/2006 du 14 janvier 2009 consid. 3.1). La prescription absolue n'est dès lors acquise que si la procédure, sous déduction de la durée de la procédure judiciaire, dépasse sept ans et demi.
8.1.2 Jusqu'au 1er octobre 2002, la prescription des infractions soumises au droit pénal administratif était régie par l'art. 11 DPA et, pour les questions non réglées par cette disposition, par les règles du code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP, RS 311.0; cf. ATF 119 IV 335 consid. 2b; arrêt du Tribunal fédéral 6P.184/2004 du 9 mars 2005 consid. 8.1). Dès cette date, sont entrées en vigueur les nouvelles dispositions du code pénal relatives à la prescription (cf. art. 70 ss CP), modifiées par la loi fédérale du 5 octobre 2001 (RO 2002, 2993, 2996). Depuis lors et en l'état, comme cela résulte de l'art. 333 al. 5 CP, dans sa teneur selon la loi fédérale du 22 mars 2002, en vigueur depuis le 1er octobre 2002 (RO 2002, 2986), les nouvelles dispositions sont en principe aussi applicables aux infractions réprimées par d'autres lois fédérales (cf. ATF 129 IV 50 consid. 5.1; arrêt du Tribunal fédéral 6P.184/2004 du 9 mars 2005 consid. 8.1). En attendant que ces dernières soient adaptées, certaines règles ont été prévues à l'art. 333 al. 5 CP, les règles du code pénal étant applicables pour le surplus.
Sous le nouveau droit, le délai de prescription de l'action pénale a été allongé. Il est désormais du double de la durée ordinaire pour les contraventions (cf. art. 333 al. 5 let. a in fine et b CP), donc de 10 ans, notamment, pour les infractions consistant en une soustraction ou une mise en péril de contributions au sens de l'art. 11 al. 2 DPA. Les règles sur l'interruption et la suspension de la prescription de l'action pénale ont néanmoins été abrogées, sous réserve de l'art. 11 al. 3 DPA (art. 333 al. 5 let. c CP; cf. ATF 134 IV 332 consid. 2.2 et 3; arrêt du Tribunal fédéral 2A.701/2006 du 3 mai 2007 consid. 7; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1719/2006, A-1720/2006 et A-1721/2006 du 14 janvier 2009 consid. 3.3; Michael Beusch in : Martin Zweifel/Peter Athanas/Maja Bauer-Balmelli [Editeurs], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, vol. II/3, Bundesgesetz über die Stempelabgaben [StG], Bâle 2006, Vorbemerkungen zu Art. 45-50 StG ch. 54 ss; Jan Langlo, Prescription des infractions fiscales : le piège de l'article 333 alinéa 6 CP in : Archives 75 p. 433 ss). Il n'y a donc plus d'interruption de la prescription, après laquelle un nouveau délai commencerait à courir. En revanche, la prescription demeure suspendue pendant la durée d'une procédure de réclamation, de recours ou d'une procédure judiciaire concernant l'assujettissement à la prestation ou à la restitution, au terme desdites procédures la prescription reprend son cours (cf. arrêt du Tribunal fédéral 6P.184/2004 du 9 mars 2005 consid. 8.2).
Cela étant, le nouveau droit de la prescription ne s'applique en principe qu'aux infractions commises après son entrée en vigueur. Celles commises avant son entrée en vigueur sont soumises à l'ancien droit, à moins que le nouveau droit ne soit plus favorable à l'auteur de l'infraction, conformément au principe de la lex mitior (cf. art. 2 al. 2 CP), qui vaut également en matière de prescription (cf. art. 337 al. 1 CP dans sa teneur selon la loi fédérale du 22 mars 2002; cf. également ATF 129 IV 51 consid. 5.1). Il s'ensuit qu'il appartient à l'autorité administrative et/ou judiciaire compétente de déterminer, au cas par cas, quelles sont les dispositions les plus favorables à l'auteur et d'appliquer celles-ci (cf. ATF 134 IV 330 consid. 2; arrêt du Tribunal fédéral 6S.352/2003 du 19 février 2004 consid. 1.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4542/2007 du 6 novembre 2009 consid. 4.4, A-1719/2006, A-1720/2006 et A-1721/2006 du 14 janvier 2009 consid. 3.3 in fine; Christof Riedo/Oliver M. Kunz, Jetlag oder Grundprobleme des neuen Verjährungsrechts, Aktuelle Juristische Praxis [AJP] 2004, p. 904 ss, spéc. 908; Christof Riedo/Matthias Zurbrügg, Der Jetlag dauert an oder neue Unwägbarkeiten im Recht der strafrechtlichen Verjährung, AJP 2009, p. 372 ss).
8.2
8.2.1 En l'occurrence, conformément à ce qui a été dit ci-dessus, il faut appliquer aux créances fondées sur l'art. 12 al. 1 et 2 DPA - ce qui est présentement le cas - le délai de prescription qui prévaudrait pour l'action pénale. Les infractions en cause - qui consistent en une soustraction ou une mise en péril de contribution au sens de l'art. 11 al. 2 DPA - remontent aux années 2002 et 2003. Dès lors, la prescription des ces dernières n'est acquise ni selon la législation en vigueur jusqu'au 1er octobre 2002 ni selon la réglementation prévue par l'art. 333 al. 5 CP (dans sa teneur selon la loi fédérale du 22 mars 2002), puisque la Section des enquêtes a invité par lettre du 15 juillet 2004 la Direction des douanes *** à procéder au contrôle a posteriori de l'authenticité et de l'exactitude des certificats d'origine querellés, ce qui a déjà interrompu la prescription. De plus, la décision relative à la perception subséquente des redevances d'entrée de la DA est intervenue en date du 2 octobre 2007. Aussi, la question de la lex mitior peut demeurer ouverte.
Cela étant, la contravention reprochée à la recourante - à savoir le fait d'avoir obtenu l'admission en franchise pour des marchandises qui ne remplissaient pas les conditions prescrites (cf. art. 74 ch. 9 aLD) - a en partie été commise après l'entrée en vigueur des nouvelles dispositions du code pénal relatives à la prescription, modifiées par la loi fédérale du 5 octobre 2001. Il s'ensuit que, à tout le moins, un certain nombre des infractions en cause est régi par le nouveau droit, de sorte que le délai de prescription est de 10 ans en ce qui concerne ces dernières.
8.2.2 On rappellera encore que la situation juridique décrite ci-avant n'a pas connu de changement, quant au résultat, suite à l'entrée en vigueur le 1er janvier 2007 de la partie générale du code pénal suisse du 13 décembre 2002 (RO 2006, 3459, 3535). La réglementation prévue par l'art. 333 al. 5 CP, dans sa teneur selon la loi fédérale du 22 mars 2002, est désormais régie par l'art. 333 al. 6 CP, dont les let. a à d reprennent à l'identique l'ancien art. 333 al. 5 CP. Ainsi, en vertu également de l'art. 333 al. 6 CP, la prescription n'est pas acquise. A cet égard, on notera que - compte tenu de l'allongement des délais de prescription de l'action pénale, ainsi que du maintien des règles sur l'interruption et la suspension, conformément au nouveau droit entré en vigueur le 1er janvier 2007 - l'ancien droit sera souvent - dans les cas comme celui-qui nous intéresse - plus favorable à l'auteur (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1720/2006 du 14 janvier 2009 consid. 3.4, A-3044/2008 du 20 juin 2008 consid. 3 et A-1675/2006 du 21 mars 2007 consid. 4.; décision de la CRD 2003-050 du 8 février 2005 consid. 4d).
En conclusion, le Tribunal de céans constate que la créance de Fr. 1'566'063.45 relative à la perception subséquente des redevances d'entrée n'est pas prescrite.
9.
9.1
9.1.1 Le principe de la protection de la bonne foi, inscrit à l'art. 2 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210) est un principe général du droit valable également en droit public, découlant à ce titre directement de l'art. 4 al. 1 de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 (aCst.), respectivement de l'art. 9 de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101; cf. Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. II, Les droits fondamentaux, Berne 2000, ch. 1115 ss; Pierre Moor, Droit administratif, vol. I, 2e éd., Berne 1994, p. 428 ss). Le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (cf. ATF 129 I 170 consid. 4.1, 128 II 125 consid. 10b/aa, 126 II 387 consid. 3a; arrêts du Tribunal fédéral 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 6.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1, A-8485/2007 du 22 décembre 2009 consid. 2.4 et A-1276/2008 du 1er septembre 2009 consid. 2.2).
9.1.2 Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (i) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (ii) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (iii) que l'administré n'ait pas pu se rendre immédiatement compte de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (iv) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, et (v) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (cf. ATF 131 V 480 consid. 5, 131 II 636 consid. 6.1, 129 I 161 consid. 4.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_830/2008 du 11 novembre 2009 consid. 5.2 et 1C_242/2007 du 11 juin 2008 consid. 3.3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1, A-8485/2007 du 22 décembre 2009 consid. 2.4; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 4e éd., Zurich 2002, p. 128 ss, spéc. p. 138 ss ch. 668 ss).
En outre, l'intérêt privé à la protection de la confiance doit être supérieur à l'intérêt public à une correcte application du droit, afin que le principe de la bonne foi puisse trouver application (cf. ATF 131 V 480 consid. 5, 131 II 636 consid. 6.1, 129 I 161 consid. 4.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_242/2007 du 11 juin 2008 consid. 3.3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1, A-8485/2007 du 22 décembre 2009 consid. 2.4; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/ Bâle/Genève 2006, ch. 626 ss et 668 ss; Beatrice Weber-Dürler, Neuere Entwicklungen des Vertrauensschutzes, in : Zentralblatt für Schweizerisches Staats- und Verwaltungsrecht [ZBl] 2002 p. 301 s.).
9.1.3 Selon dite jurisprudence du Tribunal fédéral, qui n'est pas unanimement approuvée par la doctrine, la protection de la confiance serait d'une étendue moindre en droit fiscal par rapport aux autres domaines du droit, en raison de l'importance que revêt le principe de la légalité dans ce domaine. Dès lors, un assujetti pourrait prétendre à un traitement différent de celui prévu par la loi uniquement dans la mesure où les conditions précitées sont réunies de manière claire et sans équivoque; l'appréciation devrait ainsi en être stricte (cf. ATF 131 II 636 consid. 6.1, 118 Ib 316 consid. 3b; arrêts du Tribunal fédéral 2C_830/2008 du 11 novembre 2009 consid. 5.2 et 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3; Archives 70 p. 771 consid. 6a et Archives 60 p. 53 consid. 3; arrêts du Tribunal administratif A-7703/2007 du 15 février 2010 consid. 4.1, A-8485/2007 du 22 décembre 2009 consid. 2.4 et A-2036/2008 du 19 août 2009 consid. 2.4.1; Ernst Blumenstein/ Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 28; contra : décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] du 13 décembre 1994 in : JAAC 60.16 consid. 3c/bb; Moor, op. cit., p. 429; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3e éd., Bâle 2007, § 3 ch. 68 ss; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 95; Xavier Oberson/Annie Rochat Pauchard, La jurisprudence du Tribunal fédéral rendue en 2004 en matière de TVA, in : Archives 75 p. 49).
9.2
9.2.1 Dans le présent cas, conformément à ce qui a été dit ci-dessus, il faut d'abord rappeler que la recourante est soumise au principe de l'auto-déclaration et dans une certaine mesure au principe de l'auto-taxation, puisque le prélèvement de la TVA à l'importation s'opère dans le cadre d'une procédure de taxation mixte, tenant à la fois du principe de l'auto-taxation et de l'auto-déclaration (cf. consid. 5 ci-avant). Or, en vertu du principe d'auto-déclaration, la personne assujettie au contrôle douanier - ce qui est le cas de la recourante (cf. consid. 6.2 ci-avant) - est tenue de prendre toutes les mesures prévues par la loi et les règlements pour assurer le contrôle de son assujettissement aux droits de douane. La recourante porte, de ce fait, l'entière responsabilité des déclarations en douane litigieuses et est liée par celles-ci, dans la mesure où elles ont été acceptées. Elle doit, en outre, renseigner en conscience l'AFD sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour la constatation de l'assujettissement ou pour le calcul de l'impôt (art. 57 al. 1 aLTVA; cf. consid. 5.2 ci-avant).
9.2.2 Par conséquent, la recourante ne peut - aux fins d'atténuer le lien de causalité entre les certificats d'origine non valables et l'octroi, à tort, de la franchise des droits d'entrée - arguer qu'elle n'a fait que se fier aux certificats d'origine émis et attestés par les autorités douanières ***. D'une part, dans un système d'auto-déclaration ainsi que de procédure de taxation mixte, la personne assujettie est non seulement liée par l'acceptation des déclarations en douane, dont elle porte l'entière responsabilité, mais au surplus, les autorités administratives n'ont en principe pas à vérifier que les informations données sont exactes et complètes. D'autre part, il convient de souligner que les autorités douanières *** ont délivré les certificats d'origine en cause pour du beurre en provenance des zones franches de ***. Lesdites preuves d'origine n'ont ainsi pas été délivrées à tort; c'est leur utilisation ultérieure par la société U._______ et la société V._______ qui a été illégale. Comme exposé par la DGD dans sa réponse datée du 12 novembre 2008, c'est pour des questions vraisemblablement de gestion des stocks que les sociétés susdites ont écoulé le beurre d'origine zonienne en *** et qu'elles ont par la suite présenté les certificats d'origine en cause à la douane suisse pour du beurre de substitution produit en *** (cf. pièce no 37 du dossier de l'AFD). C'est le lieu de rappeler que, peu importe la faute de ses exportateurs, la recourante en répond (cf. consid. 6.3.3).
9.2.3 Au vu de ce qui précède, il appert que, à tout le moins, la condition (iii) mentionnée au consid. 9.1.2 ci-avant n'est pas réalisée, puisqu'on ne saurait reprocher aux autorités douanières *** une quelconque inexactitude dans les renseignements fournis à la recourante au travers de l'émission des certificats d'origine en cause. En conclusion, au moins une des conditions cumulatives présidant à la protection de la bonne foi du citoyen envers l'administration n'est pas remplie, de sorte qu'il convient d'écarter le grief tiré de ce principe.
10.
10.1
10.1.1 Le principe de la proportionnalité est certes ancré à l'art. 5 al. 2 Cst. Toutefois, il ne constitue pas un droit fondamental en tant que tel, mais un principe constitutionnel ayant une portée propre (cf. ATF 134 I 156 consid. 4.1 et les références citées; Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz (BGG) : Bundesgesetz über das Bundesgericht, Handkommentar, Berne 2007, ad art. 95 LTF ch. 20, ad art. 98 LTF ch. 18 et ad art. 116 LTF ch. 7).
Il s'inscrit dans le cadre des restrictions des libertés constitutionnelles. Il ne suffit pas qu'une restriction d'une liberté puisse se fonder sur une loi et se justifier par un intérêt public. S'il en était ainsi, le législateur pourrait, pour protéger l'ordre public, supprimer toutes les libertés ou en priver certaines catégories de personnes, ou encore les restreindre par tous les moyens qui lui semblent bons. En d'autres termes, le principe de la proportionnalité limite le choix des moyens administratifs de coercition et des sanctions administratives. Aussi, le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité). En outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; cf. ATF 130 II 438 consid. 5.2, 128 II 297 consid. 5.1, 126 I 221 consid. 2c; ATAF 2009/36 consid. 11.3, 2009/37 consid. 8.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6150/2007 du 26 février 2009 consid. 2.5; Häfelin/Müller/Uhlmann, op. cit., ch. 581 ss, spéc. 591; Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., ch. 217 p. 109).
Il s'applique notamment à une décision de l'administration qui doit, dans la mesure où elle bénéficie d'un pouvoir d'appréciation, respecter le principe de la subsidiarité et de la nécessité. Autrement dit, le principe de la proportionnalité ne trouve application que lorsque plusieurs mesures permettent de produire le résultat escompté (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.65/2003 du 29 juillet 2003 consid. 4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6150/2007 du 26 février 2009 consid. 2.5 et A-2206/2007 du 24 novembre 2008 consid. 4.3.2).
10.1.2 Selon le principe de la capacité contributive (cf. art. 127 al. 2 Cst.), l'imposition doit être proportionnée à la capacité économique du contribuable (cf. ATF 133 I 217 consid. 7.1, 122 I 103 consid. 2b/aa, 114 Ia 225 consid. 2c). Ce principe est érigé en Fundamentalprinzip d'une juste imposition (cf. Klaus Tipke/Joachim Lang, Steuerrecht, 19e éd., Cologne 2008, ch. 81 ss p. 87 ss). Son application aux impôts directs est largement reconnue (cf. ATF 133 I 217 consid. 71 et les références citées); il en va, en revanche, autrement quant à son application aux impôts indirects qui est vivement débattue. Selon le Tribunal fédéral, le principe de la capacité contributive ne vise pas les impôts réels qui frappent un objet particulier, sans égard à la capacité économique. Il a d'ailleurs jugé que les impôts indirects de la Confédération «ne peuvent pas être déterminés en fonction de la capacité contributive de celui qui doit finalement les supporter» (cf. RDAF 1980 p. 106).
Cela étant, selon une jurisprudence récente et une partie de la doctrine, le principe de la capacité contributive peut s'appliquer en matière de TVA, puisqu'on doit admettre que la consommation, à l'instar du revenu, est un indicateur de la capacité contributive. Néanmoins, l'application de ce principe est à prendre en considération, non pas à l'égard des assujettis à la TVA, mais par rapport aux consommateurs finaux qui, dans l'intention du constituant, doivent la supporter (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_518/2007 du 11 mars 2008 consid. 3.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1370/2006 du 8 juillet 2008 consid. 3.1 in fine; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 339 p. 99 et les références citées; Xavier Oberson, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, ad art. 1 p. 1153 s.; Riedo, op. cit., p. 35 s.).
10.2
10.2.1 En l'occurrence, la recourante se plaint du montant de redevances d'entrée perçu subséquemment pour l'importation de 87'250 kg nets de beurre durant les années 2002 et 2003, qu'elle considère comme disproportionné. Ce montant résulte toutefois de l'application légale des taux normaux des droits de douane et de la TVA à l'importation, qui régissent le cas présent, puisque le dédouanement préférentiel de la quantité de beurre susdite est intervenue à tort (cf. consid. 6.1 ci-avant). Il n'est donc pas laissé à la libre appréciation de l'autorité, mais est fixé selon des règles tarifaires, dont la mise en oeuvre ne permet pas de tenir compte de la situation personnelle de la recourante (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_276/2008 du 27 juin 2008 consid. 2.4). Il s'ensuit que la situation financière de la recourante - en particulier le fait que le paiement des droits litigieux doublerait ses pertes actuelles - n'a aucune incidence sur sa dette fiscale. Cette dernière se prévaut dès lors vainement des principes de la proportionnalité et de la capacité contributive.
10.2.2 Quant au fait que la recourante ne puisse plus récupérer auprès de ses clients les montants d'impôts qui lui sont réclamés, il ne change - contrairement à l'opinion de la recourante - rien à l'existence de la créance fiscale. En effet, selon la jurisprudence, les assujettis ne disposent pas d'un droit au transfert de l'impôt à leurs clients, ni d'ailleurs d'un droit à être libéré de l'impôt au cas où le transfert n'aurait pu avoir lieu (cf. ATF 123 II 385 consid. 8; arrêts du Tribunal fédéral 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 4.2, 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 6.2, 2A.320/2002 du 2 juin 2003, in : RF 58/2003 p. 797 et in : RDAF 2004 II p. 100 consid. 5.2.1; en matière douanière, cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1482/2007 du 2 avril 2008 consid. 7.1 et les références citées). Par conséquent, l'argument de la recourante, qui déplore ne pas avoir pu récupercuter en temps utile la totalité des droits d'entrée - à savoir tant les droits de douane que la TVA à l'importation - sur le prix de vente de la marchandise en cause (et prétend ainsi avoir subi une perte), ne peut être suivi. La recourante doit assumer l'impossibilité du transfert des droits de douane et de la TVA à l'importation, à charge pour elle de s'adresser, le cas échéant, au juge civil.
11.
Enfin, s'agissant du grief de la recourante relatif à une éventuelle remise des droits d'entrée au sens de l'art. 127 al. 1 ch. 3 et 4 aLD, le Tribunal de céans doit constater que celle-ci est pour l'instant prématurée, du moment que la procédure contentieuse n'est pas encore achevée et que, par conséquent, la créance n'est pas encore fixée définitivement (cf. décisions de la CRD 2002-066 et 2002-110 du 25 février 2003 consid. 2b, 1993-835 du 24 mars 1995 consid. 6, 1993-838/40 du 29 septembre 1994 consid. 6; décision de la CRC 2000-035 du 28 juillet 2000 consid. 7). Cette conclusion, implicitement formulée, est donc irrecevable à l'heure actuelle.
12.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours et à confirmer la décision sur recours de la DGD du 18 juillet 2008.
12.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure, lesquels comprennent en règle générale l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours, sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe. Ces frais sont fixés conformément à l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse le surplus éventuel.
12.2 En l'occurrence, la recourante - qui succombe - supportera dès lors les frais de procédure fixés à Fr. 23'500.--. Ceux-ci seront compensés avec l'avance de frais, d'un montant équivalent, versée par la recourante le 29 septembre 2008. En outre, vu le sort de la cause, la recourante n'a pas droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, pour autant que recevable.
2.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 23'500.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais, déjà versée, d'un montant équivalent.
3.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Celia Clerc
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (cf. art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (cf. art. 42 LTF).
Expédition :