bvger · A-632/2013 · 2014-02-19 · fr
A-632/2013

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-632/2013
Arrêt du 19 février 2014
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Michael Beusch, Daniel Riedo, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
X._______ SA,
...,
représentée par Me Laurent Panchaud,
Perréard De Boccard SA,
Rue de la Coulouvrenière 29,
Case postale 5710, 1211 Genève 11 ,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
autorité inférieure .
Objet
TVA; période du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2009 (aLTVA); représentation directe et indirecte; prestations de gestion et de consultance.
Faits :
A. X._______ SA (ci-après : la recourante) est une société anonyme ayant pour but.... Elle a été immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC) ... en qualité d'assujettie et est inscrite au registre du commerce ... depuis .... Cette société a conclu un contrat de consultance et de gestion avec la société A._______, sise à ...
B. Y._______ SA est une société anonyme dont le but consiste à... Cette société est inscrite au registre du commerce ... depuis le ... et ....
C. En date des 15 et 16 novembre 2011, l'AFC a effectué un contrôle auprès de la recourante, portant sur une période allant du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2010. Pour les périodes allant du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2009, la recourante n'avait pas imposé les prestations de gestion et de consultance fournies à la société Y._______. A la suite de ce contrôle, l'AFC a fixé la correction d'impôt en sa faveur à un montant total de Fr. 94'079.-, par une notification d'estimation n°... du 12 décembre 2011.
D. Le 30 janvier 2012, la recourante a formé réclamation contre la décision précitée, concluant à son annulation ainsi qu'à l'immatriculation pour les années 2006 à 2009 du groupe qu'elle formait avec la société Y._______. Par courrier du 29 février 2012, l'AFC a informé la recourante que la loi n'autorisait ni l'imposition de groupe rétroactive, ni ... de Y.________.
E. Par décision du 1er octobre 2012, l'AFC a rejeté la réclamation de la recourante et a fixé la créance fiscale de cette dernière à Fr. 94'079.-, plus intérêt moratoire.
F. Par mémoire du 1er novembre 2012, la recourante a formé recours contre la décision de l'AFC du 1er octobre 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, concluant en substance à l'annulation de ladite décision, sous suite de frais et dépens. Par réponse du 18 mars 2013, l'AFC a conclu au rejet du recours, sous suite de frais.
Pour autant que besoin, les autres faits seront repris dans la partie en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, le mémoire de recours du 1er novembre 2012 a été déposé en temps utile par le destinataire de la décision attaquée (cf. art. 48 al. 1 et 50 al. 1 PA). En outre, un examen préliminaire du recours révèle qu'il remplit les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52 PA, de sorte que le recours est recevable, sous réserve des considérations ci-dessous (cf. consid. 1.2 ci-après).
1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans, il sied d'observer ce qui suit.
1.2.1 Selon la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), dont le droit de procédure est applicable dès son entrée en vigueur à tous les cas pendants (cf. consid. 1.3 ci-après), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les trente jours qui suivent leur notification. Il en résulte que l'assujetti a droit, normalement, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet (la seconde étant soumise à des exigences de forme plus élevées), du moins s'il dépose une réclamation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.1, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 3.3.2, A-1601/2006 du 4 mars 2010 consid. 5.1.2).
En l'occurrence, l'AFC a adressé une notification d'estimation à la recourante le 12 décembre 2011. Elle a qualifié cet acte de décision et a indiqué que la recourante bénéficiait de trente jours pour formuler une réclamation. Celle-ci a ainsi contesté la décision par courrier du 30 janvier 2012. L'acte attaqué a été rendu sur cette base le 1er octobre 2012 et l'AFC l'a qualifié de décision sur réclamation.
Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, une notification d'estimation, en tant que telle, ne constitue pas une décision. En temps normal, le procédé utilisé par l'AFC n'est donc pas conforme à la LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4 [non entré en force]).
Il s'ensuit que le courrier de la recourante du 30 janvier 2012 ne constitue pas une réclamation au sens de l'art. 83 LTVA, mais bien une demande de première décision au fond (cf. art. 82 al. 1 LTVA) et, partant, l'on ne saurait qualifier de "décision sur réclamation" la décision de l'AFC du 1er octobre 2012. Il en résulte que la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans n'est en principe pas donnée.
1.2.2 Toutefois, l'acte en cause, qui représente indéniablement une décision au sens de l'art. 5 PA, est motivé. Attendu que la recourante l'a déféré directement et sans réserve au Tribunal administratif fédéral, on peut en déduire qu'elle a accepté, à tout le moins implicitement, d'avoir été privée d'une procédure de réclamation en bonne et due forme et qu'elle consent à ce que son recours soit traité comme un recours "omisso medio", par application analogique de l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 précité consid. 1.2.3, A-1017/2012 du 18 septembre 2012 consid. 1.2.3, A-6740/2011 du 6 juin 2012 consid. 1.1.4, A-5798/2011 du 29 mai 2012 consid. 1.3 et A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.3). Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent pour connaître du présent litige.
1.3 La LTVA est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.
1.3.1 Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA).
Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2009, la présente cause tombe matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures) et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux en vigueur depuis le 1erjanvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. également art. 93 et 94 aLTVA).
1.3.2 Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 1.2, A-4136/2009 du 18 mars 2011 consid. 1.2 et A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2).
En l'occurrence, la présente procédure était pendante lors de l'entrée en vigueur de la LTVA, de sorte que les règles du nouveau droit de procédure doivent s'appliquer.
1.4
1.4.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungs gericht, 2ème éd., Bâle 2013, p. 88 n. marg. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zürich 2010, ch. 1758 ss).
1.4.2 Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA), ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (art. 52 PA; cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, Zurich 2013, ch. 1135 s.).
1.5 Dans la présente cause, il appartient au Tribunal de céans d'exposer d'abord la notion de représentation directe et indirecte (cf. consid. 2 ci-dessous), en particulier la problématique du mandat d'encaissement (cf. consid. 2.4 ci-dessous). Puis, il sera nécessaire de traiter la question du lieu de la prestation (cf. consid. 2.5 ci-dessous). Enfin, il conviendra d'aborder la problématique du droit d'être entendu (cf. consid. 3 ci-dessous).
2. En premier lieu, il convient de rappeler les règles d'attribution et d'imputation en matière de TVA, ainsi que la distinction fondamentale entre représentation directe et indirecte.
2.1
2.1.1 Tout d'abord, il convient de relever l'importance déterminante que revêt la facturation en matière de TVA. Selon un principe admis, elle constitue un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3 et 5; arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 6.7 et 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2, A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 5.2; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 459 p. 144). En outre, et suivant la « théorie des stades », la facture crée un stade distinct dans la chaîne des opérations TVA, son rôle dépassant donc celui du simple titre (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 6.5; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.2 [confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2008 du 13 octobre 2009]; Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos?, in : Festschrift SRK - Mélanges CRC [ci-après : Mélanges CRC], p. 68 s.).
2.1.2 Les prestations sont en principe attribuées à celui qui, vis-à-vis de l'extérieur, en apparaissant comme prestataire, agit en son propre nom (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1989/2011 du 4 janvier 2012 consid. 2.2.4, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.2, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2.4 et les références citées; Ralf Imstepf, Die Zuordnung von Leistungen gemäss Art. 20 des neuen MWSTG, in: Archives de droit fiscal suisse [ASA] 78 757, p. 761 s.; Mollard/ Oberson/ Tissot Benedetto, op. cit., p. 148 ch. 472 ss). La question déterminante est de se demander comment la prestation offerte apparaît pour le public de manière générale, autrement dit, comment elle est objectivement perçue par un tiers neutre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.1, A-1382/2006 et A-1383/2006 du 19 juillet 2007 consid. 3.4.2, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_518/2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008 publié in: ASA 77 567).
2.1.3 L'art. 11 aLTVA est une règle d'imputation : il détermine à qui la prestation doit être imputée lorsqu'un assujetti l'effectue pour le compte d'un autre, dans le cadre d'un rapport de représentation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.620/2004 du 16 septembre 2005 consid. 4.1 et 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 3). Le système de la taxe sur la valeur ajoutée distingue en effet représentation directe (art. 11 al. 1 aLTVA) et indirecte (art. 11 al. 2 aLTVA).
2.2
2.2.1 Si le représentant agit comme simple intermédiaire de prestations, de manière à ce que l'opération se réalise directement entre le représenté et le tiers, il n'y a de chiffre d'affaires imposable qu'entre ces deux derniers (art. 11 al. 1 aLTVA). Plus précisément, seule la commission prélevée par le représentant direct est alors imposée au sens de la TVA. Pour qu'il s'agisse d'un rapport de représentation directe, il est toutefois nécessaire que le représentant agisse expressément au nom et pour le compte du représenté. Ceci résulte clairement du texte de l'art. 11 al. 1 aLTVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.290/2004 du 24 mai 2004 consid. 2, 2A.272/2002 du 13 janvier 2003 consid. 2.2 et 2A.323/2000 du 6 mars 2001, in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2001 II 370 consid. 6d; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.4 et A-1402/2006 du 17 juillet 2007 consid. 2.3). La simple intermédiarité au sens technique suppose dès lors, pour tous les types de livraisons ou de prestations de services, que le représentant ait agi expressément au nom et pour le compte d'un représenté, lequel a été désigné, en tant que tel, nommément et en temps utile, au tiers en question (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 6.7 et 2A.272/2002 du 13 janvier 2003 consid. 3.3).
Il ne suffit donc pas que le représentant indique simplement qu'il agit pour le compte d'un tiers, sans indiquer l'identité du tiers en question (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.3 et A-1462/2006 du 6 septembre 2007 consid. 2.2.2). Il ne suffit pas non plus que l'identité des représentés soit portée à la connaissance des tiers; il faut encore que cette communication mentionne expressément l'existence du rapport de représentation directe, ainsi que les opérations concernées (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 6.7; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.3).
2.2.2 Le système de l'aLTVA diffère dès lors de celui de l'art. 32 al. 2 CO, selon lequel un rapport de représentation directe peut également exister lorsqu'il est indifférent pour le tiers de contracter avec telle ou telle personne, ou lorsque le tiers doit inférer des circonstances qu'il existait un rapport de représentation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 3.3, 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.6.2 publié dans ASA 76 [2007-2008] p. 627 ss; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.3 et A-1462/2006 du 6 septembre 2007 consid. 2.2.2; Dieter Metzger, op. cit., p. 36 ch. 2 ad art. 11 aLTVA; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, ch. 281; voir aussi Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender/Marcel René Jung/Simeon L. Probst, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 3ème éd., Bern 2012, n. marg. 953), par exemple lorsque les prestations - en raison de leur nature - ne peuvent pas être physiquement produites par l'assujetti (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.290/2004 du 24 mai 2004 consid. 2).
2.2.3 Dans les Instructions 1997 à l'usage des assujettis TVA, puis dans les Instructions 2001 sur la TVA et les Instructions 2008 sur la TVA, l'AFC a précisé les exigences de forme auxquelles doit satisfaire la preuve de la représentation directe. Le représentant doit produire (a) un contrat de mandat écrit établissant que, pour chaque opération, il a agi en tant que simple intermédiaire, (b) des documents tels que contrats de vente, factures et quittances, indiquant clairement qu'il a agi expressément au nom et pour le compte du représenté et mentionnant le nom et l'adresse complète des deux parties au contrat, soit du représenté et du tiers, (c) ainsi qu'un décompte écrit du produit de la transaction et de la rémunération éventuelle lui revenant, document que le représentant a remis au représenté en lui communiquant le nom et l'adresse du tiers (cf. Instructions 1997 ch. 286 ss, Instructions 2001 ch. 192 ss, Instructions 2008 ch. 193 ss). La jurisprudence avait jusqu'à présent laissé ouverte la question de savoir si cette pratique administrative, débattue et critiquée par certains auteurs, était bien légale (cf. entre autres : arrêt du Tribunal fédéral du 13 janvier 2003 in : Archives 74 p. 239; décision de la CRC du 5 juillet 2005 in : JAAC 70.7 consid. 5b; cf. cependant l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.620/2004 du 16 septembre 2005 consid. 4.2, où le Tribunal fédéral cite ces exigences formelles sans pour autant les déclarer illégales).
2.3
2.3.1 Le formalisme qui régit la représentation directe a cependant évolué. Cette évolution s'est faite sous l'égide de la novelle du 24 mai 2006 (RO 2006 2353) de l'ordonnance relative à la loi sur la TVA (aOLTVA, RS 641.201), laquelle comporte l'art. 45a, unique article de la section 14a intitulée « Traitement des vices de forme ». Cette novelle est entrée en vigueur le 1er juillet 2006.
2.3.2 De manière générale, l'art. 45a aOLTVA dispose qu'un vice de forme n'entraîne pas à lui seul une reprise d'impôt s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou cette même ordonnance, sur l'établissement de justificatifs. Le Tribunal de céans a déjà eu l'occasion de préciser - en relation avec le formalisme de la représentation directe - que l'art. 45a aOLTVA est désormais de nature à entamer la rigueur du formalisme de l'AFC, imposant - dans ses Instructions - des documents qui ne sont pas prévus par la loi elle-même. A l'évidence, ce formalisme outrancier n'est plus de mise (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 4.3.2 et A-1494/2006 du 21 septembre 2007 consid. 5.2.1; Christoph M. Meiler / Ivo Pollini, Schweiz-EU : Unterschiede im MWST- und Zoll-Recht, in : Revue fiscale 2007 n°7-8 p. 559 ch. 4.9 in fine). En revanche, et comme le Tribunal de céans l'a également rappelé dans l'arrêt précité, il n'est pas concevable de prétendre que l'art. 45a aOLTVA puisse primer, voire effacer la teneur des termes de la loi elle-même.
Par ailleurs, il convient de garder à l'esprit que l'art. 45a aOLTVA concerne uniquement les vices de forme. Il ne protège aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation des conditions matérielles (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1374/2006 du 21 janvier 2008 consid. 2.3, A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.5.2, A-1388/2006 du 11 octobre 2007 consid. 2.8 et A-1379/2006 du 10 septembre 2007 consid. 2.3).
2.3.3 Comme déjà dit, en matière de représentation directe, l'AFC a assoupli le formalisme résultant de sa pratique, compte tenu de l'introduction de l'art. 45a aOLTVA, ainsi que cela ressort de la communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 (p. 3, ch. 2.1), déjà citée sous consid. 2.4.2 ci-avant. Elle admet ainsi que, même si les conditions figurant dans les Instructions sur la TVA ne sont pas remplies (cf. consid. 2.2.3 ci-avant), il y a tout de même représentation directe, pour autant (a) qu'il ressorte clairement de l'ensemble des documents pertinents que le contrat a été réalisé directement entre le prestataire et le destinataire, (b) que le représentant ne fournisse aucune prestation à l'acquéreur final ou qu'il n'ait pas à se porter garant de la prestation de l'une ou l'autre des parties au contrat (le représentant ne supporte pas le risque de ducroire ni aucune garantie etc.), (c) que l'opération commerciale ait été correctement comptabilisée, en particulier que seule la commission ait été enregistrée chez le représentant, (d) que le représenté soit reconnaissable par le tiers et que l'ensemble des documents permettent de l'identifier clairement et (e) que le représentant fournisse un décompte au représenté (cf. Communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 p. 3 ch. 2.1; Instructions 2008 sur la TVA, p. 56 ch.192).
2.3.4 Quoi qu'il en soit, ainsi qu'on l'a déjà rappelé ci-avant (consid. 2.3.2), l'art. 45a aOLTVA vise uniquement les vices de forme et n'a aucun effet sur les vices matériels ou l'absence de réalisation des conditions matérielles. Or, l'exigence d'agir expressément au nom et pour le compte du représenté constitue précisément une condition matérielle du rapport de représentation directe. Il s'ensuit que l'application de l'art. 45a aOLTVA est exclue lorsque le représentant n'agit pas expressément au nom et pour le compte du représenté. L'art. 45a aOLTVA ne peut intervenir que lorsque le représentant agit certes expressément au nom et pour le compte du représenté, mais ne remplit pas les exigences formelles résultant de la pratique administrative de l'AFC (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.5.4, A-1379/2006 du 10 septembre 2007 consid. 2.3, A-1462/2006 du 6 septembre 2007 consid. 2.2.4, A-1428/2006 du 29 août 2007 consid. 3.2 et A-1383/2006 du 19 juillet 2007 consid. 3.4.3).
En ce sens, il y a lieu de considérer que l'assouplissement adopté par l'AFC, décrit au ch. 2.1 de la communication du 27 octobre 2006 déjà citée, s'inscrit en marge de la loi et ne respecte pas le principe de la légalité, dans la mesure en tout cas où l'AFC en arriverait à nier la nécessité d'agir expressément au nom et pour le compte du représenté (cf. dans le même sens, pour l'exportation, ATF 133 II 153 consid. 7.4 et arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1344/2006 du 11 septembre 2007 consid. 3.3.4).
Il convient également de rappeler qu'en matière fiscale, l'assujetti supporte le fardeau de la preuve des faits entraînant la libération ou la diminution de l'imposition (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et 2A.642/2004 du 14 juillet 2005 consid. 5.4). Il incombe donc à l'assujetti qui se prévaut d'un rapport de représentation directe d'en établir la réalité; à défaut, il en supporte les conséquences et est censé agir en son propre nom, soit en qualité de représentant indirect (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.701/2006 du 3 mai 2007 consid. 5.2).
2.3.5 Il y a en revanche représentation indirecte lorsque le représentant agit certes pour le compte d'un tiers - qui profitera en définitive de l'effet économique de l'acte - mais non pas expressément au nom de celui-ci (art. 11 al. 2 aLTVA). Dans un tel cas, il y a alors livraison aussi bien entre le représenté et le représentant qu'entre le représentant et le tiers (cf. décision de la CRC in : TVA-Journal 4/00 p. 186 consid. 2b [confirmée par le Tribunal fédéral et publiée dans la RDAF 2001 II p. 362]; JAAC 64.80 consid. 5a/aa et JAAC 63.24 consid. 3a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1374/2006 du 21 janvier 2008 consid. 2.2 et A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.3). Dans le cadre d'une prestation de services également, l'intervention d'un représentant indirect entraîne, selon l'aLTVA, une double prestation : une première du prestataire de services au représentant et une seconde du représentant au destinataire de la prestation. Dans cette situation, l'aLTVA introduit une fiction totale, puisque la même prestation de services ne peut matériellement pas être fournie deux fois, contrairement à un bien qui peut être livré deux fois (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1428/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4; Mollard, op. cit., p. 47 ss ch. 4.2.4.2).
2.4
2.4.1 Finalement, dans certains cas de représentation indirecte, la fiction de la double opération, évoquée ci-dessus, n'est pas toujours envisageable, ni même possible. Parfois un opérateur agissant bel et bien en son nom et pour le compte d'autrui, n'intervient pas dans l'intention d'être un intermédiaire indirect, mais bien dans celle d'effectuer une prestation spécifique et différente de celle voulue par le "représenté". Tel est le cas, notamment, de l'encaissement d'une créance qui est exécuté en nom propre pour le compte d'un tiers mandant. Alors que le véritable représentant indirect est impliqué dans la relation d'une fourniture complète d'un bien ou d'une prestation de services, le mandataire chargé uniquement de l'encaissement n'intervient que dans le cadre du versement de la contre-prestation. Sa fonction d'intermédiaire est réduite au seul encaissement ou recouvrement d'une créance, de sorte qu'il n'est pas possible de lui imputer - fictivement - l'opération TVA elle-même. La portée pratique de la distinction est également considérable, puisque l'ensemble de la contre-prestation reçue par le représentant indirect est imposable, alors que seule la commission reçue par la personne chargée de l'encaissement entre dans la base d'imposition (cf. Décision de la CRC du 11 octobre 2000, in : JAAC 65.59 consid. 3 c/cc et d; Mollard, op. cit., p. 49 ss ch. 4.2.4.3).
2.4.2 Conformément aux Instructions 1997 à l'usage des assujettis TVA (cf. ch. 347), les Instructions 2001 sur la TVA (cf. ch. 266) et celles de 2008 (cf. ch. 266), le mandat d'encaissement est un contrat où le fournisseur de la prestation (A) charge un tiers (C) de recouvrer sa créance, et où ce dernier doit fournir un décompte au fournisseur de prestations (A) pour chaque paiement du client (B). La définition de l'encaissement relevante en matière de TVA suppose, d'une part, que le fournisseur de la prestation (A) soit une personne distincte du tiers chargé du recouvrement de la créance (C), et d'autre part, que ce premier (A) soit connu du client (B). Par ailleurs, l'AFC considère donc qu'il y a simple prestation d'encaissement lorsque le fournisseur de la prestation charge un tiers de recouvrer la créance et que ce dernier doit fournir un décompte au fournisseur de prestations pour chaque paiement du client. Il y a lieu à ce stade de distinguer clairement entre l'acte de facturation de l'opération TVA effectuée et l'acte d'encaissement, les prestations n'étant pas identiques. La facturation consiste en l'établissement d'une facture, alors que l'activité d'encaissement a pour objectif le paiement d'une somme d'argent et par là l'extinction d'une dette. Ces opérations ne sont pas nécessairement effectuées par la même personne et sont distinctes d'un point de vue chronologique (cf. Décision de la CRC du 11 octobre 2000, in : JAAC 65.59 consid. 3 c/cc et d; Instructions 2008 sur la TVA, ch. 266). Les conditions de délimitation prévues par l'AFC ont été précisées et relativisées par la jurisprudence, notamment en ce qui concerne l'exigence d'un décompte pour chaque paiement, critère jugé non adéquat (cf. ATAF 2007/14 consid. 3.3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2625/2013 du 10 février 2014 consid. 2.5.1).
2.4.3 Cela étant, on constate que les exigences pour le mandat d'encaissement sont pratiquement équivalentes aux conditions de la représentation directe en matière de TVA. Le Tribunal fédéral a d'ailleurs admis dans sa jurisprudence que les règles régissant la représentation en matière de TVA sont applicables pour déterminer à qui l'opération effectuée dans le cadre d'un mandat d'encaissement doit être imputée. Il a précisé qu'il ne ressortait en effet ni de la loi ni des sources matérielles que le législateur ne souhaitait pas soumettre le mandat d'encaissement à la réglementation de la représentation directe (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_359/2008 du 23 février 2009 consid. 6.1 et 6.4). On rappellera également que cette même jurisprudence a repris une des conditions énoncées par le Tribunal de céans, consistant à dire que pour que l'on puisse parler de mandat d'encaissement, il est nécessaire que l'argent versé par le tiers n'intègre pas le compte pertes et profits de celui qui facture - respectivement encaisse - la créance initiale. En effet, selon la jurisprudence, ce montant devrait uniquement faire l'objet d'une écriture sur un compte de passage afin qu'une représentation indirecte soit exclue (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1378/2006 du 27 mars 2008, consid. 3.4; arrêt du Tribunal fédéral 2C_359/2008 du 23 février 2009 consid. 4.2; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 583, n. marg. 62).
2.5 L'art. 5 let. b aLTVA dispose que les prestations de services fournies à titre onéreux sur territoire suisse sont soumises à l'impôt pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues du champ de l'impôt.
2.5.1 Intitulé « Lieu de la prestation de services », l'art. 14 aLTVA dispose à son al. 1 que, sauf exception, est réputé lieu de la prestation de services l'endroit où le prestataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable à partir duquel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité (cf. ATF 133 II 153 consid. 5.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 5.2.1, A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 5.1.1, Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 142 p. 207).
2.5.2 Pour sa part, l'al. 3 de l'art. 14 aLTVA établit une liste exhaustive de prestations de services - dites immatérielles (cf. Xavier Oberson, Qualification et localisation des services internationaux en matière de TVA, in : Archives 69 403, p. 414 s.) - qui sont localisées à l'endroit où le destinataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable pour lequel les prestations de services sont fournies ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 5.2.3.1, A-1558/2006 du 3 décembre 2009 consid. 4.3, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.1.2, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3 et les références citées). L'art. 14 al. 3 aLTVA fait ainsi exception à la règle générale, le lieu de la prestation se déterminant en fonction du destinataire et non du prestataire. Cette exception se justifie parce que le lieu où les prestations de services énumérées à l'art. 14 al. 3 aLTVA sont utilisées coïncide en général avec le lieu où se trouve le destinataire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 5.1.3, A-617/2008 du 31 mars 2010 consid. 3.1, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 4.3; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 600; voir également Camenzind/Honauer/Vallender/Jung/Probst, op. cit., n. marg. 258 ss.; Metzger, op. cit., p. 44, ch. 10).
2.5.3 Conformément à la pratique administrative liée à l'art. 14 al. 3 aLTVA, il y a utilisation ou exploitation de prestations de services à l'endroit où le destinataire a son siège social ou son domicile. Il ne peut y avoir exonération avec droit à la déduction de l'impôt préalable que si l'on peut prouver que la prestation est consommée à l'étranger. En l'absence d'un mouvement physique des marchandises, le droit en vigueur doit se rattacher au siège social, respectivement au domicile du destinataire de la prestation. Si le destinataire de la prestation a son siège social, respectivement son domicile à l'étranger, on admet - du moins en relation avec d'autres indications ressortant de copies de factures, de pièces justificatives du paiement, de contrats, etc. - que la prestation de services est consommée à l'étranger, respectivement qu'elle y est utilisée ou exploitée. Faute de véritable alternative, le siège social, respectivement le domicile du destinataire de la prestation, constitue donc un indice important en faveur du lieu de la consommation de la prestation de service (cf. JAAC 65.103 consid. 8e et les références citées; Marco Molino, Les opérations transfrontalières en matière de TVA, Etude de droit comparé, Agno 1999, p. 92 s.). Ainsi, dans l'idée de mettre en pratique le principe du pays de destination, respectivement le principe du domicile, l'exigence de l'indication du siège social, respectivement du domicile du destinataire par le prestataire est indispensable et, par voie de conséquence, justifiée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.541/2006 du 21 février 2007 consid. 2.3 et 2A.247/2000 du 20 avril 2001 consid. 2e; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 4.3.3).
3.
3.1 Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur des éléments pertinents et de faire administrer des preuves avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (cf. ATF 132 V 368 consid. 3.1, ATF 131 V 35 consid. 4.2 et 127 III 576 consid. 2c; arrêts du TAFA-2619/2010 du 14 juin 2011 consid. 9.2 et A-5616/2008 précité consid. 8.1). A lui seul, l'art. 29 al. 2 Cst. ne confère en revanche pas le droit d'être entendu oralement (cf. ATF 130 II 425 consid. 2.1 et 122 II 464 consid. 4c; arrêt du TAF A-5616/2008 précité consid. 8.1; Moser/Beusch/ Kneubühler, op. cit., p. 183 n. marg. 3.86). Par ailleurs, cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 130 II 425 consid. 2.1 et 119 Ib 492 consid. 5b/bb; arrêt du TAF A-5616/2008 précité consid. 8.1).
3.2 Egalement consacré en procédure administrative fédérale par l'art. 29 PA, le droit d'être entendu comporte de nombreux aspects déduits de la Constitution par la jurisprudence; ces droits sont toutefois également inscrits dans la PA, loi qui régit toute procédure administrative fédérale comme celle qui fait l'objet du présent recours. Parmi les divers droits qui découlent du droit d'être entendu - sans qu'il soit nécessaire de les citer tous - il y a lieu de citer le droit de consulter le dossier (art. 26 PA), le droit de faire administrer ou de participer à l'administration des preuves (art. 18 et 29 PA), le droit de s'expliquer (art. 29 et 30 PA), le droit d'obtenir une décision motivée (art. 35 PA) (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3713/2008 du 15 juin 2011 consid. 6).
3.3 Le droit d'être entendu est de nature formelle, ce qui signifie que sa violation par l'autorité inférieure conduit en principe à ­l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours au fond. En d'autres termes, ­l'annulation de la décision attaquée ne dépend pas du point de savoir si le respect du droit ­­d'être entendu dans le cas concret est susceptible ­­d'avoir une incidence sur ­­l'issue de la cause elle-même au fond (cf. arrêt du Tribunal fédéral 5A_791/2010 du 23 mars 2011 consid. 2.3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6471/2009 du 2 mars 2010 consid. 3, A-2391/2009 du 23 novembre 2009 consid. 5.6 et 6.1). Cela étant, pour autant ­­qu'elle ne soit pas ­d'une gravité particulière, la violation du droit ­d'être entendu peut être considérée comme réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de ­s'exprimer devant une autorité de recours jouissant ­­d'un plein pouvoir ­d'examen. Néanmoins, une telle réparation doit demeurer ­l'exception. Même en cas de violation grave du droit ­­d'être entendu, un renvoi de la cause pour des motifs ­­d'ordre formel à ­­l'instance précédente peut être exclu, par économie de procédure, lorsque cela retarderait inutilement un jugement définitif sur le litige (cf. ATAF 2010/35 consid. 4.3.1). En outre, il résulte de l'art. 49 PA que le Tribunal de céans dispose du même pouvoir de cognition que l'autorité de première instance. La réparation d'une violation du droit d'être entendu est par conséquent possible.
3.4 Le but de l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision est que le destinataire puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu, et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (cf. ATF 136 I 220 consid. 5.2, 126 I 97 consid. 2b, 124 V 180 consid. 1a, 123 I 31 consid. 2c). Elle n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuves et griefs invoqués par les parties. Elle peut au contraire se limiter à ceux qui peuvent être tenus comme pertinents (cf. ATF 135 V 65 consid. 2.6, 134 I 83 consid. 4.1, 133 III 439 consid. 3.3 et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral 9C_699/2009 du 24 février 2010 consid. 3.1 et les références citées; ATAF 2009/35 consid. 6.4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-8330/2010 du 8 avril 2011 consid. 4.1.1 et les références citées, A-7025/2010 du 4 avril 2011 consid. 4.1.1, A-6258/2010 du 14 février 2011 consid. 5.2.2 et les références citées).
Par ailleurs, pour des raisons d'efficacité, les exigences de motivation sont moindres pour des autorités de première instance qui rendent un grand nombre de décisions, assez semblables : tel est le cas des autorités fiscales, ainsi autorisées à rendre des décisions standardisées contenant une motivation succincte (cf. Lorenz Kneubühler, in : Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich/St-Gall 2008, n. 18 ad. art. 35 PA).
4.
4.1 En l'espèce, la recourante conteste le bien-fondé de la reprise effectuée par l'AFC et nie l'existence de prestations de services entre elle et Y._______, cette dernière n'agissant selon elle qu'en tant qu'intermédiaire entre la recourante et A._______. Il s'agira donc dans un premier temps de déterminer s'il existe réellement une prestation de services effectuée par la recourante à l'égard de Y._______, comme le prétend l'AFC (cf. consid. 4.2 ci-dessous). Puis, il sera nécessaire d'examiner la nature du rapport de représentation existant entre Y._______ et la recourante (cf. consid. 4.3 et 4.4 ci-dessous) et d'un éventuel mandat d'encaissement réalisé par Y._______ (cf. consid. 4.5 ci-dessous). Il conviendra également d'aborder la problématique du lieu de la prestation (cf. consid. 4.6 ci-dessous). Enfin, il sera question de traiter le grief du droit d'être entendu soulevé par la recourante (cf. consid. 4.7 ci-dessous).
4.2 En premier lieu, il convient d'examiner la position de l'AFC. Cette dernière estime que dès lors que Y._______ ne dispose ni de personnel ni d'infrastructures, elle est gérée par la recourante, qui elle, a fourni des prestations de gestion envers Y._______ et de consultance envers la société A._______. Ainsi, selon l'AFC, Y._______ a sous-traité à la recourante, les services de consultances fournis à A._______. Toutefois, le Tribunal de céans ne saurait suivre cette position, manifestement erronée. Certes, il n'existe pas de contrat entre Y._______ et la recourante qui permettrait de prouver la nature des relations qu'elles entretiennent. Il est vrai aussi, comme le dit l'AFC, que Y._______ ne dispose ni de personnel ni d'infrastructures lui permettant d'effectuer, seule, des prestations de consultance à une entreprise, plus précisément à A._______. En outre, Y._______ et la recourante font partie du même groupe, en ce sens qu'elles sont administrées par la même personne, B._______ (cf. extraits du registre du commerce de la recourante et de Y._______, pièces 2 et 3 du bordereau de pièces joint au recours). Cependant, on ne saurait déduire de ces affirmations que la recourante a effectué des prestations de gestion pour Y._______ et ce, pour plusieurs motifs.
Tout d'abord, rien dans le dossier ne laisse accroire que la recourante est en réalité une société sous-traitante de Y._______, dès lors que l'AFC ne se fonde pas sur des pièces concrètes pour tirer de telles conclusions. L'AFC ne peut donc extrapoler à partir d'une absence d'éléments, ainsi sans s'appuyer sur des documents prouvant que son opinion est exacte. Puis, l'AFC se méprend lorsqu'elle prétend qu'il y a prestation de gestion à un proche sans contrepartie envers Y._______. En effet, de nombreux éléments du dossier permettent de constater que Y._______ effectue des prestations de facturation et d'encaissement et reverse simplement l'argent correspondant aux prestations de base de consultance fournies par la recourante à A._______, en y prélevant un montant à titre de rémunération. La position de l'AFC ne tient donc absolument pas compte des flux d'argent et doit être exclue pour ce motif. Enfin et surtout, s'il existait un rapport de sous-traitance entre Y._______ et la recourante, comme le prétend l'AFC, le contrat de base concernant les prestations de consultance aurait été conclu entre A._______ et Y._______ et non entre A._______ et la recourante, comme c'est le cas en l'espèce. On ne saurait donc manifestement comprendre pour quelle raison Y._______ aurait sous-traité des prestations qu'elle-même n'a pas été chargée d'effectuer, compte tenu de l'absence de contrat conclu entre elle et A._______. Une telle vision de l'AFC apparaît donc comme contraire non seulement à la réalité économique, mais aussi juridique.
Par conséquent, une quelconque relation de sous-traitance ou de prestation à une personne proche entre Y._______ et la recourante doit être exclue, contrairement à ce que prétend l'AFC.
4.3
4.3.1 Dès lors qu'il n'existe pas de relation de sous-traitance entre Y._______ et la recourante, il y a lieu de se demander de quelle nature est la représentation existant entre ces deux entités distinctes. Comme cela a été mentionné dans la partie en droit (cf. consid. 2.2.1 ci-dessus), pour qu'il y ait représentation directe, il est nécessaire aux termes de l'art. 11 al. 1 aLTVA que le représentant agisse expressément au nom et pour le compte du représenté.
Dans la présente cause, Y._______ fait une prestation de "facturation" pour la recourante, en facturant à A._______ les services fournis par la recourante. Comme mentionné précédemment (cf. consid. 2.1.1 ci-dessus), en matière de TVA, la facturation revêt une importance fondamentale, car elle constitue un indice important qu'une opération TVA a eu lieu et surtout qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom. Les factures figurant dans le dossier (cf. pièces 6a et 6b du bordereau de pièces joint au recours) sont toutes au nom de Y._______, le nom de la recourante ne figurant aucunement sur l'entête des factures. En outre, il s'avère que A._______ verse la contrepartie des services de consultance fournis par la recourante, sur le compte de Y._______ et non sur celui de la prestataire (cf. pièces 6a et 6b du bordereau de pièces joint au recours). Certes, comme l'affirme la recourante, A._______ n'a conclu de contrat qu'avec la recourante et la rémunération des employés de cette dernière, son loyer et ses assurances figurent dans le détail des factures, de sorte que A._______ aurait pu savoir que Y._______ agissait au nom de la recourante. Toutefois, le nom de cette dernière ne figure à aucun moment sur ces factures et conformément à la loi, qui pose des conditions strictes en la matière, Y._______ n'a pas agi expressément au nom de la recourante. Mais il y a plus, car la loi requiert également que l'identité du représenté soit communiquée au tiers en mentionnant expressément l'existence du rapport de représentation directe, ainsi que les opérations concernées. Or tel n'est absolument pas le cas, en ce sens que ni le contrat conclu entre la recourante et A._______, ni un quelconque autre document n'atteste, à l'égard de A._______, que Y._______ est chargée uniquement de la facturation, agissant expressément au nom de la recourante, des prestations de consultance fournies par cette dernière.
Partant, il n'est pas nécessaire en l'espèce d'examiner les conditions de l'art. 45a aOLTVA, puisque celui-ci ne peut intervenir que lorsque le représentant agit certes expressément au nom et pour le compte du représenté, mais ne remplit pas les exigences formelles ancrées dans la pratique administrative de l'AFC (cf. consid. 2.3.4 ci-dessus).
4.3.2 Par ailleurs, à ce stade de l'analyse, il sied de relever que les pièces établies après coup ont, sur le plan fiscal, une valeur probante quasi nulle. La jurisprudence a d'ailleurs eu l'occasion de préciser que pour éviter tout abus, il ne saurait être question de tenir compte de documents non contemporains aux opérations concernées (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2 in fine; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4, 2C_470/2007 du 19 février 2008 consid. 3.4, 2A.546/2003 du 14 mars 2005 consid. 2.6 et 3.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 du 15 juin 2010 consid. 5.2.3, A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 4.2.2 et A-1416/2006 du 27 septembre 2007 consid. 3.4).
Or, la recourante entend démontrer par le biais d'une attestation que Y._______ ne fait que de la facturation et de l'encaissement, au nom de la recourante. L'attestation en question a été signée par l'administrateur de cette dernière et de la société Y._______ et date du 14 mai 2012. Elle n'a donc pas de valeur probante, puisqu'elle a été établie postérieurement au contrôle de l'AFC et aux prestations litigieuses. Cela étant, ce document produit par la recourante ne fournit pas de réelle preuve de l'existence d'un rapport de représentation directe entre elle et Y._______. Le Tribunal de céans tient également à rappeler qu'il incombe à l'assujetti qui se prévaut d'un rapport de représentation directe d'en établir la réalité; à défaut, il en supporte les conséquences et Y._______ est censée agir en qualité de représentante indirecte. Cela étant, suite à l'examen du dossier, il n'y a aucun élément apporté par la recourante permettant d'établir que Y._______ agit comme représentante directe de la recourante.
Au vu de ce qui précède, un rapport de représentation directe entre Y._______ et la recourante doit être exclu.
4.4 Demeure encore la question de savoir s'il s'agit ici d'une représentation indirecte. La représentation indirecte semble précisément viser la situation en cause, car il s'agit du cas où un représentant, Y._______, agit pour le compte d'un tiers, la recourante, qui profitera en définitive de l'effet économique de l'acte, à savoir le paiement fait par A._______ pour les prestations de consultance. Toutefois, dans le cas de la représentation indirecte, le représentant n'agit pas expressément au nom du représenté. Ainsi, une fiction totale de double prestation de services est introduite par la loi à l'art. 11 al. 2 aLTVA. Certes, Y._______ ne possède pas de personnel lui permettant d'effectuer seule une prestation de services à A._______, le concept de la fiction de double prestation pouvant paraître difficile à concevoir. Il est vrai aussi que les services facturés par Y._______ se rapportent à un contrat conclu entre la recourante et A._______. Toutefois, comme cela a été dit dans le cadre de la représentation directe (cf. consid. 4.3.1 ci-dessus), Y._______ a facturé les prestations de consultance en son nom et l'argent a été versé sur son compte, au vu des factures figurant dans le dossier. Pris cumulativement, ces éléments ne peuvent mener qu'à une solution, celle de l'existence d'un rapport de représentation indirecte entre Y._______ et la recourante.
4.5 On peut encore s'interroger sur l'existence d'un éventuel mandat d'encaissement. Comme cela a déjà été mentionné (cf. consid. 2.4.1 ci-dessus), il est possible de considérer que dans certains cas, un opérateur agissant bel et bien en son nom et pour le compte d'autrui, n'intervient pas dans l'intention d'être un intermédiaire indirect, mais dans celle d'effectuer l'encaissement d'une créance. Selon la jurisprudence, les règles applicables au mandat d'encaissement sont soumises aux mêmes règles que celles régissant la représentation directe (cf. consid. 2.4.3 ci-dessus).
Par ailleurs, afin que la représentation indirecte soit écartée, en faveur d'un mandat d'encaissement, il est encore nécessaire, selon la jurisprudence, que le montant encaissé n'intègre pas le compte pertes et profits de celui qui facture - respectivement encaisse - ce montant, mais figure uniquement sur un compte de passage (cf. consid. 2.4.3 ci-dessus).
Y._______ effectue non seulement un travail de facturation en facturant à A._______ les prestations fournies par la recourante, mais encaisse également les montants versés par A._______. Elle intègre donc dans son compte pertes et profits les montants résultant des prestations de consultance effectuées par la recourante (cf. comptes de Y._______ pour les années 2006 à 2009, pièce 7 du bordereau de pièces relatif à la réponse de l'AFC). Par ailleurs, bien que ce critère ne soit nullement décisif, ni même valable (cf. consid. 2.4.2 ci-dessus), Y._______ n'a pas fourni de décomptes à la recourante après chaque paiement de A._______. On relèvera enfin que la représentation directe a aussi dû être écartée, Y._______ n'agissant pas expressément au nom de la recourante, de sorte qu'il ne saurait en être différemment pour ce qui relève du mandat d'encaissement.
Conformément à ce qui vient d'être exposé, il n'est pas possible en l'espèce de retenir l'existence d'un mandat d'encaissement.
4.6 Il reste donc à constater qu'il existe un rapport de représentation indirect entre Y._______ et la recourante, de sorte que la fiction de la double prestation de l'art. 11 al. 2 aLTVA doit trouver application. On relèvera qu'en cas de représentation indirecte, l'opérateur TVA, à savoir le représentant indirect, est censé avoir effectué l'opération, qu'il s'agisse d'une livraison de biens ou d'une prestation de services. Dès lors, l'opération doit être localisée d'après les règles générales de l'aLTVA. Il s'ensuit que l'application de l'art. 11 al. 2 aLTVA prime ou plus précisément précède les règles sur la localisation, à savoir les articles 13 et 14 aLTVA (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 153, n. marg. 495). Ainsi, les prestations de la recourante n'ont pas eu lieu à l'étranger. Dès lors, ces prestations sont soumises à la TVA de manière tout à fait standard et sont donc imposables, en vertu de l'art. 5 let. b aLTVA. Comme la recourante n'a pas prélevé l'impôt spontanément, c'est à juste titre que l'AFC a effectué une reprise. La quotité du montant réclamé à ce titre n'étant pas contestée, il ne s'impose pas d'en examiner plus précisément le calcul.
4.7 La recourante se plaint encore d'une prétendue violation de son droit d'être entendue, en ce sens que l'AFC n'aurait pas suffisamment motivé le résultat de son contrôle ainsi que la décision contestée et que de ce fait, la recourante n'a pas eu la possibilité de se déterminer préalablement au prononcé de cette décision. Elle estime également que l'AFC aurait procédé à une taxation par voie d'estimation au sens de l'art. 79 LTVA, ce qu'elle considère relever de l'arbitraire (art. 9 Cst.).
Tout d'abord, il convient de dire que la motivation de l'AFC est conforme à ce que la jurisprudence et la doctrine exigent (cf. consid. 3.4 ci-dessus). En effet, l'AFC mentionne les motifs l'ayant guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. On ne voit donc pas en quoi elle aurait violé son obligation de motivation. Puis, le Tribunal de céans tient tout de même à rappeler, conformément à ce qui a été dit précédemment (cf. consid. 1.2.1 et 1.2.2 ci-dessus), que la recourante est réputée avoir accepté, à tout le moins implicitement, que son recours soit traité comme un recours "omisso medio", compte tenu du fait qu'elle a déféré directement et sans réserve au Tribunal la "décision sur réclamation" de l'AFC. A l'évidence, la recourante ne peut soutenir que la décision sur réclamation est motivée en détails - pour que son recours soit recevable - et d'un autre côté, argumenter que la même décision ne contient pas une motivation suffisante. Une telle contradiction de la part de la recourante ne saurait être admise par le Tribunal de céans. Dès lors, c'est donc à tort que la recourante prétend qu'elle n'a pas eu la possibilité de s'exprimer préalablement au prononcé de la décision contestée.
Finalement, il y a lieu de soulever le fait que le Tribunal de céans dispose du même pouvoir de cognition que l'autorité de première instance à savoir l'AFC, en vertu de l'art. 49 PA (cf. consid. 3.3 ci-dessus). On peut donc raisonnablement estimer, compte tenu du dossier, que la recourante a pu faire valoir ses arguments et se déterminer pleinement sur les points litigieux de la présente cause, en déposant son recours devant le Tribunal.
En ce qui concerne le grief concernant une prétendue taxation par voie d'estimation au sens de l'art. 79 LTVA opérée par l'AFC, le Tribunal de céans estime qu'il n'y a manifestement pas lieu d'aborder cette problématique, au vu des considérants qui précédent. En effet, on ne voit pas pour quelle raison l'AFC aurait procédé à une taxation par voie d'estimation dans le cas d'espèce, aucun élément du dossier ne pouvant soutenir l'hypothèse de la recourante.
Au vu de ce qui précède, le grief ayant trait à la violation du droit d'être entendu et d'une violation du principe d'interdiction de l'arbitraire relative à une prétendue taxation par voie d'estimation doivent être rejetés. Par ailleurs, le Tribunal de céans ne saurait en aucun cas parler d'une quelconque nullité de la décision attaquée.
5. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 3'300.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, les avances sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario, et art. 7 al. 3 FITAF).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 3'300.- sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais, déjà versée, d'un montant équivalent.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf...; Acte judiciaire)
Le président du collège :
Le greffier :
Pascal Mollard
Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :