bvger · A-1496/2006 · 2008-10-27 · fr
A-1496/2006

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1496/2006, A-1497/2006 et A-1498/2006
Arrêt du 27 octobre 2008
Composition
Pascal Mollard (Président du Collège), Markus Metz, Marianne Ryter Sauvant, Thomas Stadelmann et
Michael Beusch, juges
Marie-Chantal May Canellas, greffière
Parties
X._______, anciennement (X)._______, ***,
représentée par Me Pierre Gillioz et Me Nicole Fragnière, avocats, Gillioz Dorsaz Associés, ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA; double affectation; dividendes; opération TVA; société holding; réduction de la déduction de l'impôt préalable; périodes du 1er trimestre 1997 au 4ème trimestre 2001; art. 32 OTVA et art. 41 LTVA.
Faits :
A.
(X)._______ avait initialement pour but l'acquisition, la détention, la gestion et la vente de participations sous forme d'actions ou de toute autre valeur mobilière, à l'exclusion de toute participation immobilière en Suisse au sens de la loi fédérale du 16 décembre 1983 sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger (LFAIE) ainsi que toutes opérations financières. Elle a changé de raison sociale le ***, pour devenir X._______. Le but de cette société a été modifié le 14 mars 2005 en la détention de participations dans des institutions ***, sociétés *** ou autres, à l'exclusion des participations immobilières, sauf dans les cas où la législation suisse le permet, et l'offre de prestations de services s'y rapportant.
X._______ - à l'époque (X)._______ - a été assujettie à la TVA à titre individuel depuis le 1er janvier 1997. Du 1er janvier 1998 au 31 mars 2003, elle a été chef du groupe d'imposition (X)._______, formé en outre (jusqu'au 31 décembre 2001) de A._______, B._______, C._______, D._______, E._______ et F._______. Dès le 1er avril 2003, X._______ - à l'époque encore (X)._______ - a été réinscrite comme assujettie à titre individuel.
B.
A l'issue d'un contrôle effectué entre juin et octobre 2002, l'AFC a effectué diverses reprises fiscales auprès des membres du groupe d'imposition précité, dont X._______ elle-même. Pour ce qui concerne cette dernière, l'AFC a réclamé un montant de Fr. 50'950.- pour la période fiscale du 1er janvier au 31 décembre 1997 (cf. décompte complémentaire [DC] n° *** du 30 septembre 2002), Fr. 316'766.- pour les périodes fiscales du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000 (cf. DC n° *** du 22 mars 2003) et Fr. 13'416.- pour la période fiscale du 1er janvier au 31 décembre 2001 (cf. DC n° *** du 25 octobre 2002). Dans le cadre de ces trois décomptes l'AFC a calculé l'impôt préalable que X._______ pouvait déduire pour chacune des années considérées et a porté ce montant en déduction de celui de la reprise. Pour l'année 1997, l'AFC a calculé l'impôt préalable déductible par approximation sur la base des prestations de gestion imposables effectuées par ladite société, afin de tenir compte du fait que celle-ci recevait également des dividendes de ses filiales. Ainsi calculé, l'impôt préalable se montait à Fr. 6'994.- pour cette période fiscale (cf. ch. 4 de l'annexe au DC n° ***). Pour les autres années, l'AFC a réduit l'impôt préalable selon une méthode proportionnelle à l'ensemble des chiffres d'affaires réalisés, y compris les dividendes encaissés (cf. ch. 3 de l'annexe aux DC n° *** et n° ***). Aux termes de ses calculs, l'impôt préalable (IP) déductible pour les périodes concernées se montait, après réduction, à :
Années 1998 1999 2000 2001
IP avant réduction Fr. 159'034.- 206'854.- 419'103.- 120'713.-
IP réduit déductible Fr. 79'870.- 50'399.- 88'041.- 8'918.-
X._______ s'est opposée à cette correction de l'impôt préalable déductible, dans la mesure où la réduction était destinée à tenir compte des dividendes encaissés; elle a en revanche renoncé à contester les autres points des décomptes complémentaires précités.
C.
Par décisions du 29 octobre 2003, dont une pour chacun des décomptes complémentaires précités, l'AFC a confirmé la créance fiscale en résultant. Elle a précisé que les dividendes reçus devaient être assimilés à des chiffres d'affaires exonérés au sens impropre, dans la mesure où l'activité de la société visée consistait notamment en la détention de participations.
Le 26 novembre 2003, X._______ a formé réclamation contre ces prononcés, l'impact fiscal de la réception de dividendes étant à son avis inexistant.
D.
Par décisions sur réclamation du 24 août 2005, l'AFC a constaté que les décisions du 29 octobre 2003 étaient entrées en force respectivement à concurrence de Fr. 57'944.-, Fr. 535'076.- et Fr. 22'334.-, correspondant à la TVA reprise selon les autres chiffres des décomptes complémentaires précités, qui n'avaient pas été contestés. Elle a rejeté les réclamations pour le surplus, c'est-à-dire pour ce qui avait trait à l'impôt préalable (réduit) déductible et confirmé (après soustraction de celui-ci) le montant de TVA dû pour les périodes fiscales concernées, à savoir Fr. 50'950.- pour 1997, Fr. 316'766.- pour 1998 à 2000 et Fr. 13'416.- pour 2001, plus intérêts moratoires.
E.
Par recours du 23 septembre 2005, X._______ (ci-après : la recourante) a déféré ces prononcés à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC). Elle a souligné qu'elle avait contesté la créance fiscale nette calculée par l'AFC pour les périodes fiscales précitées, de sorte qu'il n'était pas correct de retenir qu'une partie des premières décisions était entrée en force. Quant à la qualification des dividendes au regard de la TVA, elle a repris pour l'essentiel l'argumentation déjà développée dans sa réclamation et soutenu que les dividendes reçus ne justifiaient aucune réduction de l'impôt préalable déductible. Elle a conclu à l'annulation des prononcés entrepris ainsi que des décomptes complémentaires à leur base, de même qu'au renvoi de la cause à l'AFC pour nouvelle décision avec suite de frais et dépens.
Dans sa réponse du 3 novembre 2005, l'AFC a déclaré maintenir sa position concernant l'impact fiscal des dividendes perçus par la recourante et l'entrée en force des décisions datées du 29 octobre 2003 concernant la TVA reprise, concluant ainsi au rejet du recours.
Dès le 1er janvier 2007, l'affaire a été transmise au Tribunal administratif fédéral.
Droit :
1.
1.1 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de l'ancienne constitution fédérale de 1874 (aCst.), respectivement à l'art. 196 ch. 14 al. 1 de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 dans sa version antérieure au 1er janvier 2007 (Cst, RO 99 2556), le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté le 22 juin 1994 l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258). Le 2 septembre 1999, le Parlement a accepté la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette dernière étant entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), il en résulte que l'OTVA a été abrogée à partir de cette même date. Selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables, sous réserve de l'art. 94 LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. Aux termes de l'art. 94 al. 1 LTVA, le nouveau droit s'applique aux opérations effectuées dès son entrée en vigueur.
L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, dans la mesure où il porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 1997 au 31 décembre 2000, celle allant du 1er janvier au 31 décembre 2001 étant soumise à la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée.
Le Tribunal relève à ce stade que l'AFC a édité de nouvelles brochures et notices renseignant sur sa pratique, en fixant au 1er janvier 2008 la date de leur mise en oeuvre. La question de leur application ne se pose guère à des cas régis par l'OTVA, l'AFC n'envisageant pas elle-même une telle rétroactivité. S'agissant de cas régis par la LTVA, une éventuelle application rétroactive nécessiterait de vérifier si le principe d'égalité de traitement est respecté (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1394/2006 du 3 juin 2008 consid. 3.2) et ne pourrait être admise qu'exceptionnellement. Or, rien ne justifie d'admettre ici une semblable exception.
1.2 Conformément à l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes question de droit (cf. ANDRÉ MOSER, in Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1998, ch. 3.12; ALFRED KÖLZ / ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, ch. 155), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 122 II 368 consid. 1a). Une telle jonction est en particulier possible si deux décisions attaquées ont trait à des périodes fiscales différentes mais posent les mêmes questions juridiques et sont liées sur le plan des faits (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1630[&1631]/2006 du 17 mai 2008 consid. 1.2 et A-1478/2006 du 10 mars 2008 consid. 1.2; décision de la CRC 1998-102 [-103] du 29 octobre 1999 consid. 1).
En l'occurrence, l'AFC a rendu trois décisions sur réclamation à l'encontre de X._______, dont deux concernent des périodes couvertes par l'OTVA (du 1er janvier 1997 au 31 décembre 1997 et du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000) et la dernière la LTVA (période du 1er janvier au 31 décembre 2001). Certes, deux de ces décisions ont en fait trait au « groupe d'imposition (X)._______ » (cf. dossiers A-1496 et 1498/2006), qui était assujetti en tant que tel (art. 17 al. 3 OTVA; art. 22 LTVA) du 1er janvier 1998 au 31 mars 2003. Ceci dit, un examen attentif du dossier révèle que l'objet de la décision porte sur une créance de la holding en tant que telle et non pas en tant que chef de groupe (cf. rapport de révision du 28 octobre 2002, p. 9, sous pièce n°1 du dossier de l'AFC). Cette créance n'a donc rien à voir avec les montants repris auprès des autres membres du groupe d'imposition, dont X._______ pourrait se révéler débitrice en vertu d'une obligation solidaire. Cela étant, la responsabilité solidaire assumée conventionnellement envers l'AFC pourrait amener les autres membres du groupe d'imposition à répondre des éventuelles dettes fiscales de X._______ afférentes à la période durant laquelle ils faisaient partie du même groupe d'imposition (cf. notice n° 01 de l'AFC [610.545-01], Imposition de groupe, valable à partir de l'entrée en vigueur de la LTVA, le 1er janvier 2001, ch. 12.9).
Il est dès lors possible de procéder à une jonction de l'ensemble des causes (A-1496/2006, A-1497/2006 et A-1498/2006), à mesure que les trois décisions attaquées reposent sur le même état de fait, posent les mêmes questions juridiques et ont toutes été frappées d'un recours. Il importe peu que certaines des périodes concernées soient régies par l'OTVA et d'autres par la LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1527/2006 du 6 octobre 2008 consid. 1.3).
1.3 Aux termes de l'art. 65 LTVA (RO 2000 1300), en relation avec l'art. 71a al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (RO 1992 288), tous deux en vigueur jusqu'au 1er janvier 2007, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC pouvaient faire l'objet d'un recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC), dans les trente jours suivant leur notification. Ces dispositions ont été abrogées par le ch. 52, respectivement par le ch. 10 de l'annexe à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), avec effet au 1er janvier 2007. Aux termes de l'art. 33 let. d LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît désormais des recours contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Selon l'art. 53 al. 2 LTAF, les recours pendants devant les commissions fédérales de recours à l'entrée en vigueur de cette loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ces recours sont par ailleurs jugés sur la base du nouveau droit de procédure (art. 53 al. 2 in fine LTAF), c'est-à-dire par celle prévue par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, les décisions sur réclamation de l'autorité fiscale, datées du 24 août 2005, ont fait l'objet de recours le 23 septembre suivant, à savoir dans le délai légal de trente jours prescrit par l'art. 50 al. 1 PA. Interjetés auprès de la CRC, alors compétente, les dits recours ont été dûment transmis au Tribunal administratif fédéral à compter du 1er janvier 2007. Un examen préliminaire des actes de recours révèle qu'ils remplissent les exigences posées à l'art. 52 PA et qu'ils ne présentent aucune carence de forme ou de fond.
1.4
1.4.1 Il convient dans un premier temps de préciser l'objet du litige, dans la mesure où, par ses conclusions, la recourante est à même de réduire ce dernier, en n'attaquant plus certains points de la décision entreprise (cf. décisions de la CRC du 7 février 2003 in Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 67.81 consid. 1d/aa et du 31 janvier 2000 in JAAC 64.82 consid. 1b; Moser, op. cit., ch. 2.13 et 2.85). Dans la décision, c'est formellement le dispositif qui est déterminant, soit la partie conclusive de l'acte, qui a pour portée de définir la situation juridique en cause. Seul le dispositif d'une décision peut en principe être l'objet du recours (cf. ATF 115 V 417 consid. 3b/aa; Moser, op. cit., ch. 2.9; Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Les actes administratifs et leur contrôle, 2ème éd., Berne 2002, p. 568). La mesure dans laquelle le dispositif de la décision est attaqué détermine l'objet du litige (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.219/2003 du 11 février 2004 consid. 2.5.3.2 et 2.5.3.3 in fine).
1.4.2 En l'occurrence, le dispositif des décisions de l'AFC du 29 octobre 2003 fixait le montant de la dette fiscale de la recourante, une fois l'impôt préalable soustrait du montant de la TVA reprise. La recourante n'a certes pas contesté les montants de TVA repris, mais exclusivement l'impôt préalable calculé par l'administration fiscale, dans la mesure où - selon elle - il ne devrait pas être réduit pour tenir compte des dividendes encaissés. Ce grief influence bien évidemment le montant de sa dette fiscale envers l'AFC, c'est-à-dire le dispositif des décisions attaquées. Il faut donc retenir que ce dispositif est intégralement contesté, puisque le montant de l'impôt préalable réduit d'autant la dette fiscale et peut aller jusqu'à l'annihiler, si la réduction s'avère infondée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_351/2007 du 8 août 2008 consid. 1.3, 2C_642/2007 du 3 mars 2008 consid. 2.2).
De surcroît, le mécanisme de la TVA est fondé sur l'auto-taxation, qui autorise l'assujetti à déduire dans son décompte d'impôt la TVA qui lui a été facturée de celle qu'il a lui-même facturée et qui doit être versée à l'AFC, selon la méthode « taxe sur taxe », adoptée dans tout l'occident (art. 47 al. 1 in medio LTVA; cf. Pascal Mollard, Histoire de la TVA : les tapes de la genèse in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 1997 II p. 1 ss, p. 19 s.). La différence représente la créance d'impôt à payer à l'AFC, respectivement la somme à rembourser par l'autorité fiscale en cas de différence en faveur de l'assujetti. Le contribuable a le droit d'opérer la compensation légale entre sa dette d'impôt et sa créance d'impôt préalable (cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation in Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 69 p. 516 ch. 1.1.2.2 et la réf.).
En l'occurrence, les décomptes complémentaires entrepris fondent certes une créance d'impôt à payer, à l'encontre de la recourante, mais cette créance n'est pas entrée en force car elle est elle-même composée d'une créance et d'une dette de l'AFC, qui se compensent l'une l'autre.
C'est dès lors à tort que le ch. 1 du dispositif des décisions entreprises indique que les (premières) décisions sont entrées en force pour un montant de Fr. 57'944.- (pour la période du 1er janvier au 31 décembre 1997), Fr. 535'076.- (pour la période du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000) et Fr. 22'334.- (pour la période du 1er janvier au 31 décembre 2001), de taxe sur la valeur ajoutée, plus intérêt moratoire en faveur de l'administration fiscale.
1.5 La recourante critique la réduction de l'impôt préalable déductible, à laquelle l'AFC a procédé pour tenir compte des dividendes reçus. Au vu de cela, il apparaît nécessaire, pour bien résoudre le cas, d'aborder la notion d'opération TVA (consid. 2 ci-après), d'assujettissement (consid. 3 ci-après) et de droit à la déduction de l'impôt préalable (consid. 4 ci-après), avant d'examiner plus à fond l'impact fiscal des dividendes sur le droit à la déduction de l'impôt préalable (consid. 5 ci-après). Dans un deuxième temps, on verra quelles en sont les conséquences en l'espèce (consid. 6 ci-après).
2.
Le Tribunal rappellera donc tout d'abord les distinctions entre une opération TVA et une opération située hors du champ d'application au sens technique.
2.1 Le champ d'application de la TVA est défini par l'art. 8 al. 2 let. a ch. 1 disp. trans. aCst. (art. 196 ch. 14 al. 1 let. a Cst., dans sa version antérieure au 1er janvier 2007), de même que les art. 4 OTVA, respectivement 5 LTVA. Selon ces dispositions, sont (notamment) soumises à l'impôt les livraisons de biens et les prestations de service qu'une entreprise effectue à titre onéreux sur le territoire suisse. Le caractère onéreux d'une opération revêt une importance de premier plan. Dans la mesure où il y a contre-prestation, l'opération entre dans le champ d'application de la TVA (cf. décision de la CRC du 11 janvier 2000 in JAAC 64.80 consid. 3a/bb; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, [ci-après : Vom Wesen der Mehrwertsteuer] ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss, cf. également la note de bas de page n° 211 p. 62). Seul l'échange de prestations permet de conclure à une opération imposable. Un tel échange suppose l'existence d'un lien économique (et pas nécessairement juridique) entre la prestation et la contre-prestation. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.264/2006 du 3 septembre 2008 consid. 3.2, 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.1, ATF 126 II 443 consid. 6a, 126 II 249 consid. 4a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1459/2006 du 29 mai 2007 consid. 2.1 et A-1430/2006 du 25 mai 2007 consid. 2.1 s.; Ivo P. Baumgartner, in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, ad art. 33 al. 1 et 2 LTVA, ch. 6 et 8).
2.2 S'il y a échange de prestations, l'opération se trouve à l'intérieur du champ d'application de la TVA. Dans un tel cas, on devra encore se demander si l'opération, bien que située dans le champ d'application de la TVA, échappe à l'imposition en raison d'une éventuelle exonération au sens impropre au sens des art. 14 OTVA et 18 LTVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.650/2004 du 23 juin 2005 consid. 4.3 in fine, 5 et 6, 2A.334/2003 du 30 avril 2004 consid. 2; décisions de la CRC 2005-105 du 6 mars 2006 consid. 2a, 2004-214 du 6 janvier 2006 consid. 2a; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer, p. 143 s; Pascal Mollard, La TVA suisse et la problématique des exonérations, in Archives vol. 63 p. 448).
2.3 Si en revanche il n'y a pas d'échange de prestations, l'opération n'entre pas dans le champ d'application de la TVA, avec toutes les conséquences que cela implique (assujettissement, déduction de l'impôt préalable). On parle alors de non-opérations, de non-transactions, de non-chiffres d'affaires (« Nichtumsätze »), ou d'activités qui ne sont pas considérées comme des opérations, parce qu'elles n'en remplissent pas les conditions. A titre d'exemples, la doctrine cite les donations et successions, les dommages-intérêts, les peines conventionnelles, les garanties, les subventions et autres contributions des pouvoirs publics, les dons et contributions privées, les dividendes, etc. (cf. ATF 132 II 353 consid. 4.3; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, n. 153 ss et 307 ss; DIETZER METZGER, Kurz-Kommentar zum MWSTG, Muri/Berne 2000, n. 9 ad art. 38; PIERRE-ALAIN GUILLAUME, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Münich 2000 p. 1182 ss ch. 49 ss).
2.4 Par voie de conséquence, une opération considérée ne peut être à la fois une chose et son contraire; s'il s'avère qu'une opération donnée est imposée, elle ne peut être ou devenir exonérée au sens impropre au sens de l'art. 14 OTVA, respectivement de l'art. 18 LTVA. Soit elle remplit les critères déterminants pour l'exonération, soit tel n'est pas le cas et elle est alors imposable. De même une opération exonérée au sens impropre ne peut devenir imposable. A défaut, il y aurait violation flagrante de la légalité (cf. dans ce sens : ATF 132 II 352 consid. 9.3). L'hypothèse de l'option objective (art. 20 al. 1 let. b OTVA, respectivement art. 26 al. 1 LTVA) demeure bien sûr réservée, mais ne modifie en rien la règle générale évoquée. Dans la même logique, si par nature une opération se situe dans le champ d'application de l'impôt (qu'elle soit imposable ou exonérée au sens impropre), elle ne se situe pas hors de ce champ et inversement, sauf si la loi précise expressément où se situe l'opération en question (comme à l'art. 17 al. 4 OTVA et l'annexe à l'OTVA; respectivement, l'art. 23 al. 2 LTVA).
3.
La notion d'opération TVA permet d'en venir à celle, connexe, d'assujettissement à la TVA.
3.1 Aux termes de l'art. 17 al. 1 OTVA, respectivement de l'art. 21 al. 1 LTVA, est assujetti à l'impôt quiconque, même sans but lucratif, exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle vue de réaliser des recettes, à condition que ses livraisons, ses prestations de services et ses prestations à lui-même effectuées sur territoire suisse dépassent globalement Fr. 75'000.- par an. La TVA suisse étant plutôt axée sur la seule notion d'opérations TVA, celles-ci doivent être faites à titre onéreux et atteindre un chiffre d'affaires suffisant. Sur un plan subjectif, hormis les conditions annexes, l'entreprise doit être exercée à titre indépendant et l'activité doit avoir une certaine permanence (cf. PASCAL MOLLARD, La TVA : vers une théorie du chaos ? in Mélanges CRC, Lausanne 2004, [ci-après : La TVA : vers une théorie du chaos ?], p. 54 ch. 2.3.1). Il en découle que les opérations exonérées au sens impropre n'entrent pas en ligne de compte pour l'assujettissement (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 13 février 2002 in RDAF 2002 II p. 156 consid. 4b; Pascal Mollard, La TVA suisse et la problématique des exonérations in Archives vol. 63 p. 453), pas plus d'ailleurs que les non-opérations, lesquelles se situent hors du champ d'application de la TVA au sens technique, comme déjà vu (consid. 2 ci-avant).
3.2
3.2.1 S'agissant de la condition relative à l'exercice d'une activité commerciale ou professionnelle, il s'agit de tout type d'activité, orientée vers l'obtention de recettes de tiers, en échange de laquelle des prestations commerciales sont fournies et qui s'étend sur une certaine durée, c'est-à-dire qui ne soit pas unique ou occasionnelle (sur les éléments de durée et d'orientation vers l'obtention de recettes et leur source en droit allemand, cf. GERHARD SCHAFROTH/DOMINIK ROMANG, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Münich 2000, p. 542 s. ch. marg. 24 ss). Les notions de « commercial » et de « professionnel » ne posent pas des conditions supplémentaires l'une par rapport à l'autre et doivent être interprétées largement. Tout type d'activité peut entrer en ligne de compte, aussi longtemps qu'elle présente un caractère durable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.125/2003 du 10 septembre 2003; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1351/2006 du 29 octobre 2007 consid. 3.1; décision de la CRC du 11 janvier 2000 in JAAC 64.80 consid. 3a/aa et les réf. citées, SCHAFROTH / ROMANG, op. cit., ch. 24 ss ad art. 21 LTVA). Quant à la condition tenant à l'objectif poursuivi, soit l'obtention de recettes, elle fait partie du concept d'activité commerciale ou professionnelle. Partant, une activité qui générerait des recettes, mais ne serait pas commerciale ou professionnelle n'entraînerait pas l'assujettissement (cf. SCHAFROTH / ROMANG, op. cit., p. 453 ch. marg. 26).
3.2.2 La notion d'activité commerciale à laquelle se réfère l'art. 17 al. 1 OTVA, respectivement l'art. 21 al. 1 LTVA, a été reprise de la législation concernant l'impôt sur le chiffre d'affaires (cf. art. 10 al. 1 et 2 de l'arrêté du Conseil fédéral du 29 juillet 1941 instituant un impôt sur le chiffre d'affaires [AChA, RO 1941 821]). Le qualificatif de « commercial » est évoqué également à l'art. 38 al. 1 LTVA, relatif à la déduction de l'impôt préalable, lequel exige une affectation justifiée par l'usage commercial. Il est également rappelé à l'art. 23 al. 1 LTVA consacré aux collectivités publiques, lequel prévoit que celles-ci sont assujetties si leurs prestations commerciales dépassent la limite du chiffre d'affaires minimal déterminant et si le chiffre d'affaires des prestations imposables fournies à des tiers autres que des collectivités publiques excède le montant de Fr. 25'000.- par année. Pour les distinguer des opérations relevant de la puissance publique, l'alinéa 2 énumère de manière non exhaustive certaines activités réputées commerciales.
3.2.3 Sur le plan européen, il est fait référence à la notion d'activité économique plutôt que commerciale. Selon l'art. 9 § 1 de la directive 2006/112/CE du Conseil de l'Union Européenne du 28 novembre 2006 relative au système commun de taxe sur la valeur ajoutée (cf. art. 4, § 1 de l'ancienne directive 77/388/CEE du Conseil de l'Union Européenne du 17 mai 1977 en matière d'harmonisation des législations des Etats membres relatives aux taxes sur le chiffre d'affaires - Système commun de taxe sur la valeur ajoutée : assiette uniforme [la sixième directive]), est considéré comme assujetti quiconque exerce, d'une façon indépendante et quel qu'en soit le lieu, une activité économique, peu importent les buts et les résultats de cette activité (cf. JOACHIM ENGLISCH, Input VAT Deduction by Holding Companies - German Practice and Community Law in VAT Monitor 2007, vol. 18, n° 3, p. 172 s., ch. 2). Est considérée comme « activité économique » toute activité de producteur, de commerçant ou de prestataire de services, y compris les activités extractives, agricoles et celles des professions libérales ou assimilées. Est en particulier considérée comme activité économique l'exploitation d'un bien corporel ou incorporel en vue d'en tirer des recettes ayant un caractère de permanence.
On peut se dispenser d'examiner si ces deux notions, à savoir activité commerciale selon le droit suisse et activité économique selon le droit communautaire, sont identiques. Quoi qu'il en soit, contrairement au droit européen, une activité commerciale (ou économique) ne suffit pas à elle seule pour entraîner, en droit suisse, l'assujettissement à la TVA. Il faut impérativement que l'entreprise en question effectue de surcroît des opérations imposables, de sorte que ni des opérations exonérées au sens impropre ni des non-opérations sont susceptibles d'entraîner à elles seules l'assujettissement (cf. supra consid. 3.1). En droit suisse, ce n'est donc pas parce qu'elle exerce une activité commerciale qu'une entreprise devient ipso facto assujettie à la TVA. L'exemple type est celui d'une société n'effectuant que des opérations exonérées au sens impropre selon l'art. 14 OTVA, respectivement l'art. 18 LTVA. Bien qu'exerçant une activité commerciale, elle ne sera pas assujettie pour autant (art. 17 al. 1 OTVA; art. 21 al. 1 LTVA, a contrario).
3.3 S'agissant des sociétés holdings, l'art. 19 al. 1 let. d OTVA prévoyait une règle particulière, en ce sens que les sociétés de capitaux étaient exemptées dans la mesure où elles bénéficiaient d'un statut particulier en vertu de l'art. 28 al. 2 et 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID, RS 642.14). Ceci ne valait que pour les sociétés holding proprement dites, c'est-à-dire dans la mesure où elles n'exerçaient effectivement aucune activité économique (cf. commentaire du Département fédéral des finances de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 in FF 1994 III 534 ss., 557, ad art. 19 let. d OTVA). Il découlait d'ailleurs a contrario de l'art. 19 al. 2 OTVA que cette exemption n'était pas applicable lorsqu'une activité imposable était exercée en parallèle. Cette disposition n'a pas été reprise dans la LTVA, de sorte que les sociétés holdings sont désormais soumises aux règles légales ordinaires (cf. MARTIN KOCHER, Die Holdinggesellschaft im schweizerischen Mehrwertsteuerrecht, Grundsätzliche Aspekte unter Einbezug des Konzern-Mehrwertsteuerrecht, in Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 74 p. 609 ss, p. 615 ch. 2.1 et p. 616 ch. 2.2). En outre, elle n'entre pas en considération pour la période OTVA, une activité économique (i.e. commerciale) étant, en l'occurrence, clairement effectuée par la recourante.
4.
Les notions d'opération TVA et d'assujettissement étant précisées, il sied encore de rappeler les règles qui régissent le droit à la déduction de l'impôt préalable.
4.1 Si un assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour la réalisation de chiffres d'affaires imposables, il peut déduire dans son décompte l'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés pour des livraisons et des prestations de services (cf. art. 29 al. 1 et 2 OTVA; art. 38 al. 1 et 2 LTVA; pour les différentes conditions relatives à la déduction de l'impôt préalable cf. entre autres : arrêts du Tribunal fédéral 2A.351/2004 du 1er décembre 2004 in Archives vol. 75 p. 176 consid. 4.2, 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 2.1, partiellement annulé par le Tribunal fédéral mais pas sur ce point [cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008]). Toutefois, seule l'affectation des prestations acquises (« intrants ») à des livraisons ou des prestations de services imposables permet de déduire l'impôt préalable. Il s'ensuit que ces prestations ne doivent pas être affectées à des opérations hors du champ de l'impôt, à des activités qui ne sont pas considérées comme des opérations, à des activités privées ou à des opérations exercées dans le cadre de la puissance publique (art. 38 al. 4 LTVA). Si les prestations acquises ne sont pas affectées à des opérations imposables, il y a alors consommation finale auprès de l'assujetti, qui ne donne pas droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. ATF 132 II 353 consid. 8.2 et 10; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1357/2006 du 27 juin 2007 consid. 2.2 et les réf. citées; PASCAL MOLLARD, La TVA : vers une théorie du chaos ?, p. 63 s., ch. 3.2.3).
4.2 Le système présuppose donc une relation étroite entre la prestation acquise et celle effectuée. Pour ainsi dire, « l'input » (Eingangleistung), soit l'acquisition de prestations en amont, doit être - en tant qu'élément de coût - incorporé ou affecté de manière directe ou indirecte dans « l'output » (Ausgangleistung), soit la prestation en aval. La jurisprudence l'exprime en parlant d'un lien économique objectif (ou nécessaire) entre l'input et l'output, qui peut être direct (ou immédiat), mais également indirect (ou médiat), soit lorsque les prestations imposables sont simplement exécutées à l'aide des prestations acquises (cf. ATF 132 II 352 consid. 8.2 et 8.3, 10; arrêts du Tribunal fédéral 2C_510/2007 du 15 avril 2008 consid. 2.2, 2A.650/2005 du 16 août 2006 consid. 3.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1376/2006 du 20 novembre 2007 consid. 5.1 et A-1357/2006 du 27 juin 2007 consid. 2.1). Dès lors, si une prestation acquise sert à produire une prestation imposable, la déduction de l'impôt préalable est possible intégralement, alors que si elle est affectée à un autre but, cette déduction est proscrite. C'est ce qu'exprime le principe de l'affectation directe, aux termes duquel les dépenses et investissements sont attribués soit à des chiffres d'affaires imposables soit à des activités exclues, en fonction de leur utilisation effective (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1351/2006 du 29 octobre 2007 consid. 4.1 et 4.2). Cela dit, dans le système de la TVA, conçu comme un impôt à plusieurs stades avec déduction de l'impôt préalable tel que consacré à l'art. 1 al. 1 LTVA et à l'art. 41ter al. 3 aCst., il faut bien rappeler qu'il convient de procéder à une analyse de l'utilisation des input, c'est-à-dire de leur affectation aux output et non l'inverse. En d'autres termes, l'analyse ne doit pas porter sur l'affectation de l'output, par exemple lorsqu'il consiste en un flux d'argent entrant dans la société sous la forme d'un financement.
4.3 Le principe de l'affectation directe ne permet pas de résoudre tous les cas de figure. Il se peut en effet qu'un même bien ou une même prestation de services soit affecté à la fois à la réalisation de chiffres d'affaires imposables et à d'autres fins. Il y a alors double affectation. L'art. 32 al. 1 OTVA, respectivement l'art. 41 al. 1 LTVA, prescrit alors de réduire la déduction de l'impôt préalable proportionnellement à l'utilisation. Le cas échéant, cette réduction proportionnelle à l'utilisation pourra se fonder sur des clés de répartition (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1376/2006 du 20 novembre 2007 consid. 5.4, A-1351/2006 du 29 octobre 2007 consid. 4.2.1; décision de la CRC du 4 mars 2002 in JAAC 66.58 consid. 4b/aa; Instructions 2001 sur la TVA ch. marg. 860 ss), mais devra autant que possible correspondre aux circonstances concrètes du cas d'espèce (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1394/2006 du 3 juin 2008 consid. 2.3).
4.4
4.4.1 S'agissant de non-opérations (« Nichtumsätze »), c'est-à-dire de montants qui ne relèvent pas du champ d'application de la TVA au sens technique (cf. consid. 2 ci-avant), l'art. 38 al. 4 LTVA rappelle qu'ils ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. dans le même sens en droit européen : arrêt de la CJCE du 13 mars 2008 en la cause Securenta Göttinger Immobilienanlagen und Vermögensmanagement AG, C-437/06, point 30). L'OTVA pour sa part ne l'indique pas textuellement, mais cette conclusion se déduit de l'art. 29 al. 2 OTVA.
Encore faut-il voir de quelle manière cette règle doit être mise en oeuvre. En effet, sur un plan littéral, le texte ne dit pas de quel impôt préalable il s'agit et, en tout cas, à la suite de l'ATF 132 II 353, on ne saurait admettre que la disposition est suffisamment claire au point d'échapper à toute interprétation. Quant aux sources historiques, elles sont d'un apport manifestement insuffisant (voir entre autres : Commentaire du DFF du 22 juin 1994 relatif à l'OTVA = FF 1994 III 534 ss, 565 ss; Rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national du 28 août 1996 in FF 1996 V 701, 741; Discussions aux chambres : Bulletin officiel de l'Assemblée fédérale [BO] 1997 N 175 ss, spécialement 252 ss; BO 1998 E 954 ss, 998 ss; BO 1999 N 313 ss, 348 ss; BO 1999 E 355 ss; BO 1999 N 814 ss; BO 1999 E 408 ss; voir aussi Rapport de P. Spori, expert chargé de la réforme de la TVA, à l'attention du chef du DFF, Berne, le 12 mai 2006, consultable sur le site internet du DFF [www.efd.admin.ch/dokumentation/zahlen/ 00578/01021/index.html?lang=fr]). En tout cas, la pratique administrative n'y trouve aucun appui sérieux. A cela s'ajoute le fait que la prise de conscience des non-opérations, de leur différence avec les opérations situées dans le champ d'application de la TVA et également avec les opérations exonérées au sens impropre selon l'art. 14 OTVA (respectivement selon l'art. 18 LTVA) est intervenue ultérieurement.
En fait, les méthodes d'interprétation systématique et téléologique s'avèrent ici, comme on va le voir, décisives (sur le pluralisme des méthodes d'interprétation, voir ATF 131 II 562 consid. 3.5). Il convient en effet de préciser qu'en matière de TVA, l'interprétation des dispositions légales doit, autant que possible, se faire en respectant la cohérence du système et les principes supérieurs de la TVA (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.81/2005 du 7 février 2006 consid. 4.1).
4.4.2
4.4.2.1 Sur un plan téléologique, il y a lieu de souligner que le sens de cette disposition doit être dégagé à la lumière des principes supérieurs de la TVA, tels qu'ils ressortent de l'art. 1 al. 1 et al. 2 LTVA et de l'art. 41ter al. 3 aCst, à savoir le principe de la neutralité de la TVA (cf. Per Prod'hom, The VAT issues regarding the holding and sale of shares, in L'Expert-Comptable suisse [EC], 2000, n° 11 p. 1287 ss, p. 1290 ch. 2.3) et le mécanisme de la déduction de la charge préalable, qui constitue la clef de voûte de la TVA.
En premier lieu, le principe de la neutralité concurrentielle de la TVA, qui doit être distingué de la neutralité concurrentielle des mesures étatiques (cf. art. 31 aCst; art. 27 Cst; ATF 124 II 212 consid. 8b, 123 II 401 consid. 11, 123 II 35 consid. 10; arrêt du Tribunal fédéral du 7 mars 2000 in Archives vol. 70 p. 223 consid. 9b; décision de la CRC du 21 juillet 2000 in JAAC 65.110 consid. 4c/bb), est réalisé si la charge fiscale finale est toujours identique, quel que soit le chemin par lequel le bien ou la prestation de services est parvenu au consommateur. Plus précisément, la TVA doit être neutre dans ses effets, c'est-à-dire qu'elle doit être générale et frapper toutes les marchandises et prestations de services sur territoire indigène d'une manière égale. Par ailleurs, il faut éviter que naisse un effet cumulatif, ce qui explique que les biens et les prestations de services sont imposés à tous les stades de la production et de la distribution, ainsi qu'à l'importation; c'est à cette fin que sert la technique de la déduction de l'impôt préalable. Le but de la TVA étant de frapper la consommation finale, cet impôt doit traiter de façon égale les entreprises qui effectuent des prestations comparables. Il s'ensuit que deux prestations fournies au même prix au consommateur final doivent supporter un impôt semblable, indépendamment des méthodes et des étapes du circuit de distribution (cf. ATF 124 II 210 consid. 8; arrêts du Tribunal fédéral du 3 avril 2000 in RDAF 2000 II p. 307 consid. 7a, du 7 mars 2000 in Archives vol. 70 p. 223 consid. 9a et du 6 mars 2001 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2001 II p. 362 consid. 7a; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer, p. 51; Xavier Oberson in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Münich 2000, p. 1148 ad art. 1 LTVA; cf. dans le même sens en droit européen, voir notamment : arrêt de la CJCE du 13 mars 2008 en la cause Securenta Göttinger Immobilienanlagen und Vermögensmanagement AG, C-437/06, points 36 à 39).
En son art. 1 al 2, la LTVA dispose d'ailleurs expressément que la perception de la TVA s'effectue notamment selon le principe de la neutralité concurrentielle, avec imputation de l'impôt préalable (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.269/2006 du 20 juin 2008 consid. 6.2 in fine). Cette nouvelle disposition consacre un principe supérieur qui existait déjà sous le régime de l'OTVA. Ainsi, la praticabilité et le principe de la rationalité de la perception ne justifient pas une interprétation violant le texte de la loi, ainsi que les principes du pays de destination et de la neutralité (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 10 novembre 2000 in Archives vol. 70 p. 312 consid. 5e).
4.4.2.2 Il est vrai que l'art. 1 al. 2 LTVA précité ne génère aucun droit subjectif (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.81/2005 du 7 février 2006 consid. 6.3, du 6 mars 2001 in RDAF 2001 II p. 362 consid. 7a et du 7 janvier 1999 in Archives vol. 68 p. 508 consid. 6a; ATF 124 II 211 consid. 8a). Il s'adresse en premier lieu au législateur, ensuite à l'administration, qui doit exécuter la loi. Il est aussi vrai qu'en principe l'assujetti ne peut s'en prévaloir que par le biais d'une violation du principe de l'inégalité de traitement (art. 8 Cst.; arrêt du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 9.1, ATF 125 II 326 consid. 10a). Il n'en demeure pas moins, cependant, que cette disposition peut aussi servir à l'interprétation du droit de la TVA, donc d'une notion juridique imprécise et, en cela, elle s'adresse aussi au juge (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_17/2008 du 16 mai 2008 consid. 5 in fine et 2C_16/2008 du 16 mai 2008 consid. 4 in fine), qui ne peut l'ignorer, compte tenu de l'art. 190 Cst. (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.705/2006 du 24 avril 2007 consid. 3.2, 2A.105/2005 du 6 juillet 2005 consid. 3.2; ATF 131 II 703 consid. 4.1). Entre deux solutions possibles, celle qui préserve et réalise le mieux la neutralité concurrentielle de la TVA doit donc sans aucun doute être préférée, toutes autres conditions (légales) étant par ailleurs réunies.
Il y a par ailleurs lieu de tenir compte de l'art. 1 al. 1 LTVA et de l'art. 43ter al. 3 aCst, dont le juge ne peut que s'inspirer et qui mettent en place expressément un système TVA à plusieurs stades, avec déduction de l'impôt préalable. Le mécanisme de la déduction de la charge préalable a pour effet d'assurer que, quel que soit le nombre de transactions en cause, le montant de la TVA frappant les produits et les services est toujours égal au montant de TVA facturé par le dernier assujetti de la chaîne de production ou de distribution. Il est ainsi garant du principe de neutralité (cf. Xavier Oberson, op. cit., p. 1145 et 1148 ad art. 1 LTVA).
4.4.3
4.4.3.1 Sur un plan systématique, il faut d'abord relever que, parmi les non-opérations, il faut mettre à part le cas des dons et des subventions, que la loi traite de manière particulière. Ainsi que l'a rappelé le Tribunal fédéral, la réduction de la déduction de l'impôt préalable n'est en effet pas semblable dans tous les cas (cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1). En effet, à l'art. 30 al. 6 OTVA, respectivement à l'art. 38 al. 8 LTVA, il est expressément prévu que - si l'assujetti reçoit des dons - il doit réduire proportionnellement l'impôt préalable. Il doit au surplus agir de même s'il reçoit des subventions ou d'autres contributions des pouvoirs publics (cf. ATF 132 II 353 consid. 4.3; arrêt du Tribunal fédéral 2A.166/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.2; ATF 126 II 443 consid. 6b; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 3.1). Dans la mesure où ces montants ne sont pas affectés à un objet particulier, l'impôt préalable déductible se calcule proportionnellement au chiffre d'affaires total, soit au moyen d'un pourcentage comprenant au numérateur, les chiffres d'affaires imposables et, au dénominateur, ce même montant auquel s'ajoute celui des opérations n'ouvrant pas le droit à la déduction, y compris les dons, subventions et chiffres d'affaires provenant de prestations exonérées au sens impropre (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1351/2006 du 29 octobre 2007 consid. 4.2.3; critique : Daniel Riedo, Problemfall Subvention im Mehrwertsteuerrecht in Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 133 s.).
4.4.3.2 S'agissant des non-opérations, l'art. 38 al. 4 LTVA n'a pas le même sens que la disposition légale précitée. D'une part, et comme l'a déjà rappelé le Tribunal fédéral, le texte légal ne prévoit pas nécessairement une réduction proportionnelle comme c'est le cas à l'art. 30 al. 6 OTVA, respectivement à l'art. 38 al. 8 LTVA (cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1). De surcroît, une réduction proportionnelle incluant dans le calcul - à savoir au dénominateur - des montants qui se situent hors du champ d'application de la TVA ne serait pas conforme au principe de la neutralité concurrentielle (cf. supra consid. 4.4.2.1). Les non-opérations se caractérisent en effet par l'absence d'une prestation qui se trouverait dans un rapport d'échange avec la somme versée. Partant, on ne saurait assimiler une contre-prestation, qui forme le pendant d'une prestation dans le cadre d'une opération TVA, à la simple réception d'un flux d'argent hors d'un quelconque rapport d'échange. Une telle réception ne saurait avoir pour effet de diminuer le droit à déduction de l'impôt préalable qui a frappé des intrants affectés uniquement à des opérations imposables. Située complètement en-dehors du champ d'application de la TVA au sens technique, la seule réception d'un tel flux d'argent n'a d'effet ni sur le chiffre d'affaires imposable (« l'ouput ») ni sur le montant de TVA déductible (TVA frappant « l'input »), au risque de violer le principe de la neutralité concurrentielle de la TVA. Il n'est donc pas admissible de procéder à une réduction proportionnelle de l'impôt préalable au moyen d'un pourcentage, incluant dans le calcul des non-chiffres d'affaires en faisant abstraction de leurs différences fondamentales, sous peine de fausser totalement le résultat (cf. dans le même sens : DANIEL RIEDO, Problemfall Subvention im Mehrwertsteuerrecht in Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 129 ch. 4.3; du même auteur, Vom Wesen der Mehrwertsteuer, p. 249 ch. 7.2.1.1).
A suivre la thèse inverse, plus l'assujetti recevrait de non-chiffres d'affaires par rapport à ses chiffres d'affaires imposables, moins il pourrait déduire l'impôt préalable frappant les prestations qui lui ont servi à réaliser ces derniers. La TVA se traduirait en définitive pour lui par une charge, dans la mesure où il ne pourrait pas entièrement dégrever de l'impôt préalable les biens et services qui sont affectés à son activité commerciale. Il serait tenté de reporter cette charge sur le prix de ses prestations imposables, ce qui le placerait sur le marché dans une situation défavorable par rapport à d'autres entreprises effectuant les mêmes prestations imposables.
4.4.4 L'interprétation qui précède est enfin confortée par la jurisprudence récente du Tribunal fédéral. Cette solution s'est en effet déjà imposée pour les apports des actionnaires à leur société. La jurisprudence s'est clairement exprimée en ce sens que l'impôt préalable ne doit pas être réduit du fait de la réception d'apports, sauf sur les opérations en rapport direct avec ceux-ci. De la sorte, l'interdiction du droit de déduire l'impôt préalable se limite à la TVA ayant grevé les « intrants » directement affectés aux apports en question (et non aux biens et services acquis à l'aide des apports). En d'autres termes, est seule proscrite la déduction de l'impôt préalable frappant les livraisons de biens, respectivement les prestations de services utilisées pour réaliser l'opération d'apport (comme par exemple les prestations de conseil ou de services administratifs directement liés à l'apport; cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1 et 7.2; arrêts du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 5.3 et 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1630[&1631]/2006 du 13 mai 2008 consid. 2.3, A-1567/2006 du 28 décembre 2007 consid. 2.2.6, A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 3.2.1 [confirmé sur ce point par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.2], A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 3.2).
Certes le Tribunal fédéral n'a pas tranché définitivement la question de savoir si les apports à une société constituaient bien des activités ne relevant pas de la TVA, fondant plutôt ses conclusions sur la distinction entre le financement d'une entreprise et son activité génératrice de plus-value (cf. ATF 132 II 353 consid. 6.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.2, 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 5.3; voir aussi l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.269/2006 du 20 juin 2008 consid. 4.1, 4.2, 6.2). Cela étant, le Tribunal fédéral a reconnu que les apports ne représentaient pas des chiffres d'affaires « complémentaires », à la différence des subventions et des dons (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_646/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.2 et ATF 132 II 353 consid. 5.1 et 7.1). De surcroît, le fait que la Haute Cour ait écarté la méthode de la réduction proportionnelle de l'impôt préalable pour les apports ne peut que valoir a fortiori pour les (autres) non-chiffres d'affaires, car les opérations d'amont utilisées pour recevoir des apports sont d'une ampleur comparable à celles utilisées pour réaliser une (autre) non-opération; elles n'ont rien à voir avec celles qui servent à réaliser des livraisons ou des prestations de services situées dans le champ de l'impôt (cf. dans ce sens : PROD'HOM, op. cit., p. 1290 ch. 2.3 in fine).
Quoi qu'il en soit, l'objet du débat litigieux n'est pas d'examiner à quelles conditions on se trouve en présence d'une non-opération. Il s'agit plutôt de dire ici quels sont les effets de l'existence de non-opérations (indiscutables) sur le droit de déduire l'impôt préalable grevant les acquisitions de l'assujetti. L'art. 38 al. 4 LTVA doit donc être compris dans le sens suivant : les non-opérations ne donnent effectivement pas droit à la déduction de l'impôt préalable, mais il faut entendre par là l'impôt préalable ayant frappé les « input » qui ont été affectés à ces mêmes non-opérations. Autrement dit, les non-opérations ne donnent certes pas droit à déduction, mais cela ne veut pas dire qu'elles altèrent pour autant le droit de déduire l'impôt préalable frappant des acquisitions affectées à des opérations imposables. La jurisprudence récente du Tribunal fédéral ne dit d'ailleurs pas autre chose, lorsqu'elle précise que les apports ne donnent pas droit à déduction de l'impôt préalable des opérations qui sont en relation directe avec eux, mais que par ailleurs, il n'y a pas lieu de réduire la déduction de l'impôt préalable grevant les biens et les services acquis à l'aide des apports (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.2, avec renvoi).
Certes, il ne saurait être question d'un contrôle abstrait de normes (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.111/1999 du 6 juillet 2001 consid. 3c et 4; arrêt du Tribunal fédéral du 22 février 2001 in RDAF 2001 II p. 112 consid. 1d; ATF 123 II 295 consid. 2) ou de directives de l'AFC mais, appliquée au cas concret, la constatation doit forcément conduire, le cas échéant, à l'annulation de la décision attaquée. En effet, s'il ne peut contester de manière abstraite le bien-fondé des directives en matière de TVA, le contribuable peut toutefois s'en prendre à leur application par l'administration fiscale. Il ne s'agit bien sûr, en l'occurrence, que d'examiner la conformité de la décision attaquée au droit fédéral et de ne se prononcer que de manière indirecte sur la validité de la directive en vertu de laquelle la décision attaquée a été prise (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 15 mai 2000 in Archives vol. 70 p. 589 consid. 5b). En définitive, si l'AFC, en première analyse, considère que la réception de dividendes est une non-opération, elle doit en tirer les conséquences en matière de droit à déduction, à la lumière de l'art. 38 al. 4 LTVA, correctement interprété.
5.
La réception de dividendes s'analyse dès lors comme suit. Tout d'abord, il y a lieu de préciser la nature de la réception de dividendes au regard de la TVA.
5.1 La simple détention de participations dans des sociétés de capitaux ne constitue pas une opération imposable. Une société holding qui se limite à gérer des participations ne fournit pas des prestations au sens de la TVA (cf. rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national [CER-N] du 28 août 1996 in FF 1996 V 701 ss, p. 719 ad art. 5 et p. 769 ad art. 36 al. 4 P-LTVA). Il est clair que le simple fait de détenir des participations ne constitue pas une prestation de services au sens de l'art. 4 OTVA, respectivement de l'art. 7 LTVA. Partant, la réception d'un dividende ne constitue pas une contre-prestation. Il ne s'agit dès lors pas d'une opération dans le champ d'application de la TVA au sens technique, mais bien plutôt d'un non-chiffre d'affaires. Tel est l'avis de la doctrine (cf. GUILLAUME, op. cit., p. 1182 ch. marg. 51; CAMENZIND/HONAUER/ VALLENDER, op. cit., n° 153 et 307 ss; METZGER, op. cit., n. 9 ad art. 38 LTVA; KOCHER, op. cit., p. 633 ch. 3.2.2.2; cf. cependant : PROD'HOM, op. cit., p. 1204 ch. 6, qui admet une exception), que partage également sur le principe l'AFC (cf. notice n° 16 concernant le traitement fiscal des chiffres d'affaires en relation avec des papiers-valeurs ainsi que les traitement fiscal des intérêts et des dividendes, éditée par l'Administration fédérale des contributions le 16 août 1995, p. 3 ch. 3; brochure spéciale n° 06, Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation, éd. septembre 2000, ch. 1.2.2.4 [l'AFC réservant cependant le cas où le but de la société consiste -entre autres- dans la détention de participations]).
La jurisprudence de la CRC (respectivement du Tribunal administratif fédéral) relative aux apports des associés à la société conduit par analogie à la même déduction. Selon cette jurisprudence, il n'y a aucun échange de prestations s'il y a simple participation aux bénéfices ou aux pertes de la société (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1630[&1631]/2006 du 13 mai 2008 consid. 3, A-1567/2006 du 28 décembre 2007 consid. 2.2.6; décision de la CRC 2000-037 du 12 octobre 2001 in JAAC 66.42 consid. 5c). Le cas de la réception de dividendes a également été évoqué par la CRC (cf. décision de la CRC 2003-164 du 17 octobre 2006 consid. 2d), de même que le Tribunal administratif fédéral, qui les a classés parmi les non-chiffres d'affaires (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1376/2006 du 20 novembre 2007 consid. 5.3). Il faut y voir la concrétisation du principe selon lequel les dividendes sont le fruit de la propriété sur des participations et résultent donc de la simple propriété du bien. A noter toutefois que ce principe n'est pas applicable à la gestion d'immeubles incluant la mise en location d'un certain nombre d'appartements générant des loyers. Dans ce dernier cas, il n'y a pas simple détention d'un bien mais échange de prestations, l'opération se situant ainsi dans le champ de l'impôt, peu importe d'ailleurs que les immeubles en question appartiennent à la fortune privée ou à la fortune commerciale de l'assujetti (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1351/2006 du 29 octobre 2007 consid. 5.3.1).
Certes, dans une récente jurisprudence, le Tribunal fédéral a paru plus réservé sur la question de la participation aux bénéfices dans une société simple (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_613/2007 du 15 août 2008 consid. 5.3.2 et 2A.269/2006 du 20 juin 2008 consid. 6.2). Mais, outre le fait que le Tribunal fédéral n'a pas fait état de la jurisprudence de la Cour de justice des Communautés Européennes (CJCE) en la matière (cf. arrêt du 27 janvier 2000, Staatssecretaris, C-23/98, Rec. p. I-00419; et surtout arrêt du 26 juin 2003, KapHag Renditefonds, C-442/01, Rec. p. I-06851), il n'a sciemment pas non plus apporté une réponse décisive et finale sur la question (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_613/2007 du 15 août 2008 consid. 5.3.2 et 2A.269/2006 du 20 juin 2008 consid. 7). En outre, on ne saurait faire l'impasse ici sur l'importante jurisprudence de la CJCE sur la nature du dividende (cf. ci-après consid. 5.2.), ni sur le devoir pour l'administration d'interpréter la loi conformément au principe de la neutralité.
5.2 Pour la CJCE, il faut distinguer deux situations. Selon un arrêt majeur du 20 juin 1991 en la cause Polysar Investments Netherlands BV (C-60/90, Rec. p. I-03111, points 13 ss), la CJCE a précisé que la simple acquisition et la simple détention de parts sociales ne doit pas être considérée comme une activité économique, au sens de la sixième directive et ne confère donc pas à son auteur la qualité d'assujetti; en effet, la simple prise de participations financières dans d'autres entreprises ne constitue pas une exploitation d'un bien visant à produire des recettes ayant un caractère de permanence parce que l'éventuel dividende, fruit de cette participation, résulte de la simple propriété du bien. Il faut également citer l'arrêt de la CJCE du 22 juin 1993 dans la cause Sofitam SA, anciennement Satam SA (C-333/91, Rec. p. I-03513, points 12 ss), où la Cour a rappelé sur la base des mêmes motifs que la perception de dividendes n'était la contrepartie d'aucune activité économique au sens de la sixième directive et n'entrait pas dans le champ d'application de la TVA (cf. également : arrêts de la CJCE du 6 février 1997, en la cause Harnas & Helm, C-80/95, Rec. p. I-775 point 15 [acquisition et détention d'obligations]; du 14 novembre 2000, en la cause Floridienne SA et Berginvest SA, C-142/99, Rec. p. I-09567, point 17; du 26 juin 2003, en la cause KapHag Renditefonds, C-442/01, Rec. p. I-06851, point 38; du 29 avril 2004, en la cause Empresa de Desenvolvimento Mineiro SGPS SA, C-77/01, Rec. p. I-04295, point 57).
Cela étant, la CJCE distingue les cas dans lesquels il y a immixtion directe ou indirecte de la holding dans la gestion des sociétés où s'est opérée la prise de participation, sans qu'il s'agisse du simple exercice des droits que détient l'auteur des participations en sa qualité d'actionnaire ou d'associé. Elle traite également distinctement les cas où la détention de participations est un prolongement accessoire, direct et permanent d'une activité économique (cf. arrêt de la CJCE du 20 juin 1991, en la cause Polysar Investments Netherlands BV, C-60/90, Rec. p. I-03111, point 14). Dans ces situations, elle discerne une activité économique et conçoit qu'un assujettissement puisse intervenir sur la base des seuls dividendes perçus. Dans une jurisprudence plus récente, la CJCE a toutefois atténué la portée de ces exceptions (cf. arrêts de la CJCE du 14 novembre 2000, en la cause Floridienne SA et Berginvest SA, C-142/99, Rec. p. I-09567, point 20; arrêt de la CJCE du 27 septembre 2001, en la cause Cibo Participations SA, C-16/00, Rec. p. I-06663, point 22; voir également à ce sujet : GEORG VON STREIT, Vorsteuerabzug bei Holdinggesellschaften in Revue de droit fiscal 2003, p. 1 ss, p. 3 ch. III et ENGLISCH, op. cit., p. 172 ss, ch. 2).
5.3 Pour en revenir au droit suisse de la TVA, il a déjà été dit que la réception de dividendes constituait une non-opération et se situait en tant que telle hors du champ d'application de la TVA. L'AFC, en soi, partage ce point de vue (supra consid. 5.1). Cela étant, elle estime que, dans la mesure où le but de la société consiste principalement dans la détention de participations, les dividendes doivent être considérés comme des chiffres d'affaires exonérés au sens impropre et être pris en considération lors de la réduction des impôts préalables non directement attribuables (cf. notice n° 16 déjà citée, p. 3 ch. 3).
On ne saurait admettre cette vision des choses. En effet, en tant que non-opération, les dividendes ne peuvent pas devenir ou être assimilés à une opération TVA et être placés sur le même plan qu'un chiffre d'affaires exonéré au sens impropre, en fonction du but social de celui qui les reçoit. Selon les principes déjà exposés (cf. supra consid. 2.4), le caractère commercial ou non d'une activité n'affecte pas la nature des opérations considérées. Certes, le droit européen permet cette vision des choses, mais parce qu'il le prévoit expressément. En droit suisse, il n'existe au contraire aucune base légale permettant de considérer qu'une non-opération peut devenir subitement une opération exonérée au sens de l'art. 14 OTVA, respectivement de l'art. 18 LTVA, sous prétexte qu'elle est effectuée d'une manière commerciale. C'est d'ailleurs le lieu de rappeler que la liste des exonérations des art. 14 OTVA et 18 LTVA est exhaustive et que l'AFC ne saurait l'étendre sans intervention du législateur et sans violer, ce faisant, le principe de la légalité (cf. Prod'hom, op. cit., p. 1288 s., ch. 2.3). A cet égard, la jurisprudence du Tribunal fédéral est constante (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_613/2007 du 15 août 2008 consid. 2.2, 2A.280/2002 du 6 janvier 2003 consid. 4.2 et du 3 mars 1999 in Archives vol. 69 p. 344 consid. 6d/cc, in initio). Certes, dans plusieurs cas, le TF a admis que la liste pouvait être complétée par le Conseil fédéral, en tant que législateur (ATF 124 II 201 consid. 5c; arrêt du Tribunal fédéral du 28 janvier 2000 in Archives vol. 69 p. 344 consid. 3c), mais ce droit de légiférer, et cela seul importe, ne peut en aucun cas être concédé à l'AFC en tant qu'autorité uniquement exécutive.
Contrairement au droit européen, la réception de dividendes ne peut donc pas devenir - ou être assimilée - selon les cas à une opération exonérée de l'art. 14 OTVA, respectivement de l'art. 18 LTVA, opération relevant techniquement du champ d'application de la TVA, ni entraîner à elle seule un assujettissement.
En définitive, sans procéder à un contrôle abstrait, il y a lieu de considérer que la pratique de l'AFC afférente aux dividendes, en tant que l'AFC les traite ou les assimile à des exonérations au sens impropre au sens des art. 14 OTVA, respectivement 18 LTVA, ne respecte pas le principe de la légalité et il conviendra d'en tirer les conséquences eu égard à l'état de fait de la présente cause (ci-après consid. 6).
5.4 Au niveau de l'assujettissement à la TVA, une société qui encaisse des dividendes se trouvera donc dans l'une ou l'autre des situations ci-après.
-- Si elle ne fait que détenir des participations dans des filiales et encaisser les dividendes corrélatifs (société holding pure), ce qui implique qu'elle ne fournit pas en parallèle de prestations imposables, cette société n'est pas assujettie (cf. Rapport CER-N du 28 août 1996 in FF 1996 V 769, ad art. 36 al. 4 P-LTVA; KOCHER, op. cit., p. 629 s., ch. 3.2.1 et p. 635 ch. 4.2.1).
-- Si cette société encaisse des dividendes provenant de ses participations et, en plus, effectue des opérations imposables - telles que des prestations de management - elle est alors assujettie si ces dernières prestations génèrent un chiffre d'affaires atteignant la limite déterminant l'assujettissement (cf. KOCHER, op. cit., p. 633 s., ch. 3.3).
5.5 Au regard de la déduction de l'impôt préalable, il faut considérer les hypothèses suivantes :
-- Ainsi qu'on l'a vu (cf. consid. 5.4 ci-avant), la société qui n'a pas d'activité imposable et ne fait qu'encaisser des dividendes n'est pas assujettie. Il n'y a dès lors pas lieu de se poser la question de l'étendue du droit à la déduction de l'impôt préalable dans ce cas de figure (cf. rapport CER-N du 28 août 1996 in FF 1996 V 769, ad art. 36 al. 4 P-LTVA; KOCHER, op. cit., p. 630, ch. 3.2.2.1).
-- Dans la mesure où la société encaisse des dividendes et effectue en parallèle des opérations imposables, comme par exemple la fourniture de prestations de services à des sociétés du groupe ou à des sociétés tierces, elle peut devenir assujettie en raison de ces dernières si elle atteint le seuil de chiffre d'affaires déterminant (cf. consid. 5.4 ci-avant). Se pose dès lors la question d'une réduction de la déduction de l'impôt préalable en raison des dividendes perçus. Il se peut que cette réduction n'ait tout simplement pas lieu, dans les cas où la réception des dividendes ne repose sur aucune prestation reçue grevée de TVA. Il pourrait même s'agir d'une règle générale à suivre les observations de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national au sujet du projet de LTVA (cf. rapport CER-N du 28 août 1996 in FF 1996 V 769, ad art. 36 al. 4 P-LTVA).
-- Loin d'exclure cette hypothèse, on peut dire que - s'il y a des « input » qui sont entièrement et spécifiquement utilisés pour recevoir des dividendes - il faut appliquer le principe de l'affectation directe (supra consid. 4.2), dans la mesure où il est possible de distinguer les inputs concernés de ceux qui sont utilisés pour réaliser des opérations imposables.
-- En dernier lieu, si certains « input » sont affectés à la fois à la réception de dividendes et à la réalisation d'opérations imposables, alors l'art. 32 OTVA, respectivement l'art. 41 LTVA, relatifs à la réduction de l'impôt préalable en cas de double affectation (supra consid. 4.3), s'applique dans sa version la plus favorable pour l'assujetti, c'est-à-dire d'après l'utilisation réelle et non d'après le rapport entre les chiffres d'affaires imposables et l'ensemble des chiffres d'affaires, y compris les dividendes reçus. Ainsi qu'on l'a déjà vu (cf. consid. 4.4.3 ci-avant), il ne serait pas correct de procéder à une réduction proportionnelle de l'impôt préalable, dès lors que les dividendes reçus ne sont pas des chiffres d'affaires et n'ont rien à voir avec les livraisons ou les prestations de services acquis par l'assujetti et affectés directement à des opérations imposables.
Le fait que le Tribunal administratif n'ait pas examiné plus avant la question du traitement des dividendes jusqu'ici ne change rien à la conclusion de la présente analyse (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1376/2006 du 20 novembre 2007 consid. 8.2, A-1444/2006 et A-1445/2006 du 22 juillet 2008 consid. 8.4.2). Dans ces dernières causes, la méthode forfaitaire de réduction de l'impôt préalable utilisée par l'AFC n'était pas expressément contestée par le recourant et l'examen n'avait pas porté sur cette question. En effet, selon le principe d'allégation (« Rügeprinzip »), l'autorité de recours n'est pas tenue d'examiner toutes les erreurs juridiques possibles; de telles erreurs doivent à tout le moins se déduire des allégations des parties ou du dossier; a contrario, des griefs juridiques qui ne sautent pas aux yeux et ne se déduisent pas aisément de la constatation des faits n'ont pas à être examinés, dans la mesure où ils ne sont pas suffisamment allégués (cf. MOSER, op. cit., p. 18 ch. 1.9). Les arrêts précités ne sauraient donc avoir valeur de précédent. Par ailleurs, étant donné que la réception de dividendes se situe hors du champ de l'impôt, il n'est pas possible de se référer à des arrêts concernant la réduction de l'impôt préalable déductible en présence d'opérations exonérées au sens impropre, comme l'octroi ou la négociation de crédits, pour lesquels la solution s'avère fondamentalement différente (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1394/2006 du 3 juin 2008 consid. 4.2 et 4.4).
Enfin, l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_743/2007 du 9 juillet 2008 et les considérations émises, par obiter dictum (consid. 4.2 4.4. et 5), ne changent rien à la problématique ici posée, dès lors que l'objet du litige ne s'étendait pas au traitement du droit à déduction en cas de double affectation. Encore une fois, il ne s'agit pas de nier le contenu de l'art. 38 al. 4 LTVA qui refuse le droit à déduction en cas de non-opérations. Cette négation ne pose pas problème. Il s'agit plutôt de déterminer, par voie d'interprétation, l'étendue de ce refus du droit de déduire en cas de double affectation. A cet égard, l'ATF 132 II 353 n'est pas un arrêt isolé, mais - publié - représente bien un arrêt de principe, dont les acquis, sur le plan du principe de neutralité (art. 1 al. 2 LTVA), ne sauraient être remis en cause. Il convient donc de les appliquer à la présente procédure, en tant qu'ils définissent le droit de déduire l'impôt préalable frappant les « intrants » en cas de double affectation, c'est-à-dire lorsque ces derniers sont utilisés pour des opérations aval formées, d'une part, d'opérations imposables et, d'autre part, de non-opérations qui sont situées complètement hors du champ d'application de la TVA.
Par conséquent, s'il y a double affectation de certains « intrants », un forfait fondé sur l'utilisation réelle des « intrants » concernés pour la réalisation de chiffre d'affaires imposables, qui place le lien économique au premier plan (cf. rapport CER-N du 28 août 1996 in FF 1996 V 769, ad art. 36 al. 4 P-LTVA), doit être trouvé en fonction de critères objectifs au cas par cas.
6.
En l'espèce, il s'agit de déterminer quel est l'impact fiscal des dividendes encaissés par la recourante sur l'impôt préalable déductible (consid. 6.3), non sans avoir préliminairement cadré le débat (consid. 6.1 et 6.2 ci-après).
6.1 Tout d'abord, on peut noter que l'assujettissement de la recourante, respectivement du groupe d'imposition dont la recourante a fait partie, n'est pas fondé sur l'encaissement de dividendes, mais sur la réalisation en parallèle d'opérations imposables, ce qui apparaît correct au regard des principes déjà exposés (supra consid. 5.4) et n'est d'ailleurs pas contesté. La recourante n'est pas une société holding pure, puisqu'elle encaisse certes des dividendes et, en outre, réalise des opérations imposables, qui génèrent pour elle des honoraires de gestion, des commissions de gestion et/ou d'intermédiaire et d'autres produits d'exploitation. A cela s'ajoute que - durant certaines périodes - elle a perçu des intérêts provenant du prêt de sommes d'argent, soit d'une opération exonérée au sens impropre (cf. ch. 1 du décompte complémentaire n° *** et annexe n° 3 aux décomptes complémentaires n° *** et n° ***, sous pièces n° 1 du dossier de l'AFC) qui donne lieu à une réduction de l'impôt préalable déductible.
6.2 Quant à la réception de dividendes, qui représentent pour la recourante des montants substantiellement supérieurs à ceux qu'elle retire de ses activités imposables (ou exonérées), il ne s'agit pas d'une opération qui se situe dans le champ de l'impôt mais d'une non-opération, ainsi qu'on l'a déjà vu (supra consid. 5.1). En effet, les dividendes résultent de la simple détention de participations et ne représentent donc pas la contre-prestation d'une opération aval déterminée. En revanche, contrairement à la pratique adoptée par l'AFC, le but social poursuivi par la recourante ne modifie en rien la nature des dividendes reçus du point de vue de la TVA. On ne peut en effet considérer que la réception de ces dividendes puisse devenir ou être assimilée au produit d'une opération exonérée au sens impropre, si le but de la société consiste entre autres dans la détention de participations, comme en l'espèce (cf. consid. 5.3 ci-avant).
6.3 Demeure à examiner - et c'est là toute la question litigieuse - quel est l'impact de la réception des dividendes sur le droit à la déduction de l'impôt préalable que peut exercer la recourante.
6.3.1 A ce sujet, l'AFC a procédé à deux calculs distincts pour l'année 1997 et pour les années 1998 à 2001.
-- Pour l'année 1997, l'AFC a calculé par approximation l'input grevé d'impôt préalable ayant servi à la recourante pour réaliser des prestations imposables (prestations de gestion). Se basant sur le fait que la recourante fournissait elle-même, avec son propre personnel, des prestations de gestion et recourant à des chiffres d'expérience, l'AFC a retenu par approximation que les charges grevées d'impôt préalable se montaient à 15 % des prestations imposables (Fr. 717'314.- x 15 %), soit un montant de Fr. 107'597.-, ce qui fait un impôt préalable déductible de Fr. 6'994.- (cf. ch. 4 du décompte complémentaire n° *** et ch. 8.7.2 de la brochure spéciale n° 06, Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation, éd. septembre 2000). Il n'y a dès lors pas eu réduction proportionnelle, mais calcul par approximation de l'impôt préalable déductible sur la base des chiffres d'affaires imposables réalisés par la recourante.
-- Pour les années suivantes, durant lesquelles la recourante était assujettie non plus à titre individuel mais dans le cadre d'un groupe d'imposition, l'AFC a en revanche procédé à une réduction proportionnelle de l'impôt préalable, à l'aide d'un pourcentage comportant - au numérateur - les chiffres d'affaires imposables et - au dénominateur - ces mêmes chiffres d'affaires, ajoutés à ceux provenant d'opérations exonérées au sens impropre et aux dividendes reçus (alors même que ces derniers se situent hors du champ de l'impôt au sens technique). Le calcul tient également compte de particularités propres à l'imposition de groupe, lesquelles n'ont pas pour but d'octroyer un avantage financier au contribuable mais uniquement de simplifier le calcul (cf. notamment, calcul du taux de récupération de l'impôt préalable déductible des autres sociétés du même groupe d'imposition, fondé sur leur seul chiffre d'affaires réalisé avec des sociétés externes au groupe, influençant le taux de récupération de l'impôt préalable déductible de la recourante en proportion du chiffre d'affaires réalisé par celle-ci avec ces sociétés du même groupe; cf. ch. 8.4.5 de la brochure spéciale n° 06, Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation, éd. septembre 2000).
6.3.2 Les calculs de l'AFC ne résistent toutefois pas à l'examen. En effet, pour ce qui concerne les chiffres d'affaires que la recourante réalise avec des sociétés externes au groupe d'imposition, l'AFC a procédé à une réduction proportionnelle de l'impôt préalable déductible sur la base de l'ensemble des chiffres d'affaires de la recourante, en plaçant la réception de dividendes sur le même plan que les chiffres d'affaires exonérés de manière impropre (soit au dénominateur du calcul). L'impôt préalable déductible s'avère d'autant moindre que les dividendes reçus sont importants, alors même que les dividendes ne s'insèrent pas dans le cadre d'une opération TVA et ne constituent pas des chiffres d'affaires relevant de la TVA (cf. supra consid. 5.3). Ce résultat ne peut être suivi dans la mesure où - selon ce qui a déjà été dit - une telle assimilation va à l'encontre de la logique du système.
Seuls les « input » qui sont en rapport direct avec la réception des dividendes ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable. Il faut donc rechercher dans un premier temps si des livraisons ou des prestations de services ont été acquises par la recourante spécifiquement et directement pour recevoir des dividendes (par exemple des prestations de conseil ou de services administratifs directement liés à la réception de ces dividendes). La TVA grevant ces prestations ne pourra pas être déduite. Si certains « input » sont affectés à la fois à la réception des dividendes et à la réalisation d'opérations imposables (double affectation), il s'imposera de réduire l'impôt préalable qui grève ces « input » de manière proportionnelle à l'utilisation réelle qui en est faite, en fonction de critères objectifs. Cette proportion ne pourra cependant être calculée en fonction d'un ratio incluant au dénominateur les dividendes reçus, comme l'a fait l'AFC. Une autre clé de répartition devra être trouvée, en se fondant sur l'utilisation réelle des « inputs » concernés pour la réalisation de chiffres d'affaires imposables. L'AFC devra donc procéder à de nouveaux calculs tenant compte des principes énoncés ci-avant.
Ceci s'applique également à la période du 1er janvier au 31 décembre 1997, dans la mesure où l'on ne voit pas quels motifs justifieraient un dualisme de méthodes de l'AFC. Certes, durant la période de l'OTVA, l'art. 38 al. 4 LTVA n'existait pas, mais la pratique et la vision de l'AFC était quasi-identique et les non-opérations existaient déjà en cette période, même si les dispositions de l'OTVA n'en font pas mention. Rien ne s'oppose à ce que les mêmes principes y soient également appliqués de manière identique, dès lors qu'aucune norme expresse ne réglait la problématique en cause. D'ailleurs, l'art. 38 al. 4 OTVA n'a rien apporté de nouveau par rapport à l'OTVA (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_743/2007 du 9 juillet 2008 consid. 1 et 4.4). Il n'est donc pas question d'une rétroactivité de l'art. 38 al. 4 LTVA, mais d'une résolution qui découle des principes logiques applicables en matière de TVA, les dispositions de l'OTVA ne s'opposant aucunement à l'admission de non-opérations, situées en-dehors du champ d'application de la TVA au sens technique. La cohérence postule donc que l'ensemble des périodes fiscales litigieuses soit jugé selon les mêmes principes.
6.3.3 Partant, le chiffre 4 du décompte complémentaire n° *** du 30 septembre 2002 concernant l'impôt préalable déductible pour 1997 (Fr. 6'994.-), le chiffre 3 du décompte complémentaire n° *** du 22 mars 2003, concernant l'impôt préalable déductible pour les années 1998, 1999 et 2000 (Fr. 218'310.-), ainsi que le chiffre 3 du décompte complémentaire n° *** du 25 octobre 2002, concernant l'impôt préalable déductible pour 2001 (Fr. 8'918.-) s'avèrent erronés. Les décisions entreprises doivent donc être annulées et l'affaire renvoyée à l'AFC afin qu'elle calcule l'impôt préalable déductible pour l'ensemble des années précitées en fonction des principes énoncés ci-avant et qu'elle calcule la différence avec la reprise fiscale résultant des décomptes complémentaires susmentionnés. La recourante ne peut être entièrement suivie dans la mesure où elle demandait l'abandon pur et simple de toute réduction de l'impôt préalable déductible du fait des dividendes perçus. Cela étant, elle obtient à tout le moins partiellement gain de cause.
7.
S'agissant des frais de procédure et des dépens, le Tribunal relève ce qui suit.
7.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés selon l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure (art. 63 al. 3 PA). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2 PA). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse le surplus éventuel.
7.2 Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et particulièrement élevés qui lui ont été occasionnés (voir également art. 7 ss FITAF).
7.3 En l'occurrence, la recourante, qui a développé une argumentation juridique pertinente mais dont les conclusions, tendant à annuler toute réduction de l'impôt préalable déductible, ne peuvent pas être entièrement suivies, obtient partiellement gain de cause. Elle supportera dès lors des frais de procédure réduits à Fr. 1'500.-. Le solde par rapport au montant de l'avance de frais versée le 7 octobre 2005 de Fr. 5'500.- (soit le total des trois versements effectués par Fr. 1'500.-, Fr. 3'000.- et Fr. 1'000.-), représentant Fr. 4'000.-, lui sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt.
Par ailleurs, l'issue du litige justifie d'allouer à la recourante une indemnité de dépens fixée à Fr. 5'000.-, TVA comprise, à charge de l'autorité inférieure.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Les causes portant la référence A-1496/2006, A-1497/2006 et A-1498/2006 sont jointes.
2.
Les recours sont partiellement admis au sens des considérants.
3.
Les trois décisions sur réclamation de l'Administration fédérale des contributions du 24 août 2005 sont annulées.
4.
Les causes sont renvoyées à l'Administration fédérale des contributions afin qu'elle calcule l'impôt préalable déductible pour les années 1997 à 2001 et la différence avec la reprise fiscale afférente à ces mêmes années, au sens des considérants 6.3.2 et 6.3.3.
5.
Les frais de procédure par Fr. 1'500.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais de Fr. 5'500.- au total, le surplus par Fr. 4'000.- lui étant remboursé dès l'entrée en force du présent arrêt.
6.
L'Administration fédérale des contributions est tenue de verser à la recourante une indemnité de dépens de Fr. 5'000.-.
7.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; acte judiciaire)
Le Président du collège : La Greffière :
Pascal Mollard Marie-Chantal May Canellas
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (voir art. 42 LTF).
Expédition :