bvger · A-6452/2019 · 2021-07-12 · fr
A-6452/2019

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Le TF a refusé d'entrer en matière sur le recours par décision du 15.05.2023 (1C_551/2021)
Cour I
A-6452/2019
Arrêt du 12 juillet 2021
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Christine Ackermann, Jürg Marcel Tiefenthal, juges,
Johanna Hirsch-Sadik, greffière.
Parties
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA,
représentés par Maître Benoît Carron,
Bonnard Lawson,
recourants sur recours principal et intimés sur recours joint,
contre
1. A._______,
2. B._______,
tous deux représentés par Maître Alain Maunoir,
MENTHA Avocats,
intimés sur recours principal et recourants sur recours joint,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Expropriation,
recours contre la décision de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement du 15 octobre 2019.
Faits :
A. A._______ et B._______ (ci-après : les expropriés) sont propriétaires de la parcelle no (...) du plan (...) de la commune de (...), située au (adresse), à (...).
Sur le haut de cette parcelle, d'une surface totale de 7'243 m2, est édifiée une villa d'un seul logement ayant une emprise au sol de 196 m2. La parcelle est bordée par la rivière (...) sur ses côtés ouest et sud et se situe en partie en 5ème zone à bâtir, en partie en zone ferroviaire et en partie en zone de bois et forêts. Par arrêté du Conseil d'Etat du 13 janvier 2010, la parcelle ainsi que les bâtiments qu'elle comporte ont été déclarés monuments classés au sens de l'art. 4 let. a de la loi cantonale genevoise du 4 juin 1976 sur la protection des monuments, de la nature et des sites (LPMNS, RS GE L 4 05), aux termes duquel sont protégés les monuments de l'histoire, de l'art ou de l'architecture et les antiquités immobilières situés ou découverts dans le canton, qui présentent un intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif, ainsi que les terrains contenant ces objets et leurs abords. Sur recours des expropriés, cette mesure de classement a été confirmée par arrêt du 18 janvier 2011 de la Chambre administrative de la Cour de Justice du canton de Genève.
B.
B.a Par décision du 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports (ci-après : l'OFT) a approuvé les plans du projet ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (ci-après : le CEVA) et a accordé aux Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : les CFF) et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figurent les expropriés pour la parcelle susmentionnée, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier. Il a également prescrit que les demandes d'indemnité déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après : la CFE). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3713/2008 du 15 juin 2011, partiellement publié aux ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (cf. arrêts du Tribunal fédéral [TF] 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
S'agissant de la parcelle des expropriés, les plans prévoyaient la constitution de trois servitudes souterraines, à savoir une servitude personnelle d'interdiction de bâtir, une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire, dont l'assiette portait sur une surface totale de 1'168 m2, ainsi qu'une emprise temporaire de 1'019 m2 pour réaliser la déviation provisoire du cours de la (rivière) dans le cadre de la construction du tunnel ferroviaire.
B.b Par décision du 2 octobre 2013 rendue dans la cause no (...), la CFE a autorisé les CFF (ci-après également : les expropriants) à prendre possession de façon anticipée, à compter du 20 décembre 2013, des emprises définies dans la décision d'approbation des plans du 5 mai 2008.
C.
C.a Le 5 février 2014, les expropriés, agissant par l'intermédiaire de leur mandataire, ont formé opposition au projet d'aménagement d'une sortie de secours et d'une place de circulation pour véhicules à l'emplacement choisi par les expropriants, partiellement situé sur leur parcelle, le jugeant notamment incompatible avec la mesure de classement dont fait l'objet leur parcelle et avec les dispositions relatives à la protection des forêts et des eaux. Ils ont également indiqué que, si la procédure aboutissait à une expropriation, ils demandaient une indemnité pleine et entière s'élevant au minimum à 1'183'143 francs.
C.b Par décision du 13 mars 2017, l'OFT a approuvé les plans de modification du CEVA et a accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à acquérir. En ce qui concerne la parcelle des expropriés, les plans prévoyaient une emprise définitive de 395 m2 pour réaliser une sortie de secours ainsi qu'une emprise temporaire de 1'021 m2 pendant une année et demie pour les travaux, cette emprise temporaire se superposant à celle de 1'019 m2 constituée par la décision d'approbation des plans du 5 mai 2008.
C.c Par décision du 28 juin 2017 rendue dans la cause no (...), la CFE a autorisé les expropriants à prendre possession de façon anticipée, à compter du 15 août 2017, des empreintes définies dans la décision d'approbation des plans du 13 mars 2017.
D.
D.a Le 16 mai 2017, les expropriés ont saisi la CFE d'une demande d'indemnité pour expropriation et, se référant à leur demande d'indemnisation formulée avec l'opposition formée le 5 février 2014, ils ont conclu à l'octroi d'une indemnité d'un montant total d'au moins 1'183'143 francs, à savoir 790'000 francs pour l'emprise définitive (395 m2 à 2'000 francs le m2), 153'143 francs à titre d'expropriation temporaire (1'021 m2 à 8.33 francs le m2 par mois pendant 18 mois) et 240'000 francs pour la perte de valeur de la parcelle classée (15% du prix d'achat).
D.b Dans leurs déterminations du 18 juillet 2017, les expropriants ont demandé à la CFE de retenir une valeur maximale de 50 francs pour l'emprise définitive, de considérer qu'aucune moins-value n'était apportée à la partie restante de la parcelle expropriée et de retenir que les conditions nécessaires à l'octroi d'une indemnisation du propriétaire n'étaient pas réunies. Ils ont également requis que l'inscription des droits demandés au registre foncier genevois se fasse sans compensation financière.
D.c Par écriture du 6 octobre 2017, les expropriés ont modifié leurs conclusions en ce sens que les expropriants devaient être condamnés à leur verser un montant de 666'500 francs à titre d'indemnité correspondant à la valeur vénale des 397 m2 sujets à emprise définitive, un montant de 2'038 francs par an dès le 20 décembre 2013 et jusqu'à la restitution effective de l'emprise temporaire de 1'019 m2, un montant de 4 francs par an dès le 15 août 2017 et jusqu'à la restitution effective de l'emprise temporaire de 2 m2, une somme à déterminer à titre d'indemnité compensant la perte de valeur de la partie restante de la parcelle ainsi qu'une somme à déterminer à titre d'indemnité liée à l'inscription des servitudes souterraines, établie conformément à l'expertise immobilière à ordonner.
D.d L'audience de conciliation s'est tenue le 8 novembre 2017. Les parties ont persisté dans leurs conclusions respectives et la CFE a constaté l'absence d'accord entre elles.
D.e En date du 30 mai 2018, donnant suite à des réquisitions des parties en ce sens, la CFE a procédé à l'audition, en qualité de témoins, de Messieurs C._______, D._______ et E._______, collaborateurs du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (depuis le 1er juin 2018, le Département du territoire [DT] ; par mesure de simplification, ci-après : le DALE).
D.f Dans leurs observations finales du 9 octobre 2018, les expropriants ont indiqué que, dans l'intervalle, les travaux avaient avancé et qu'un abornement avait eu lieu, de sorte que l'emprise définitive sur la parcelle des expropriés était en réalité de 376 m2 au total, répartis à raison de 206 m2 en zone ferroviaire, 141 m2 en 5ème zone à bâtir et 29 m2 en zone de bois et forêts.
D.g Le 10 octobre 2018, les expropriés ont fait parvenir leurs déterminations finales et ont modifié leurs conclusions en ce sens que l'indemnité due pour l'emprise définitive se montait à 737'500 francs, somme comprenant une indemnisation de 2'000 francs par m2 pour les 347 m2 situés en 5ème zone à bâtir et en zone ferroviaire et une indemnisation de 1'500 francs par m2 pour les 29 m2 sis en zone de bois et forêts, et que la somme due à titre d'indemnité compensant la perte de valeur de la partie restante de la parcelle se montait au minimum à 250'000 francs.
E. Par décision du 15 octobre 2019, notifiée aux parties par plis recommandés du 4 novembre 2019, la CFE a notamment condamné les expropriants à verser aux expropriés la somme de 445'528 francs plus intérêts à 1.5% à compter du 8 novembre 2017 à titre d'indemnité pour l'expropriation partielle de leur parcelle. Elle a également mis les frais de la procédure à la charge des expropriants et a condamné ces derniers à verser aux expropriés la somme de 10'000 francs à titre de dépens.
S'agissant de l'emprise définitive, la CFE a fixé l'indemnité due pour la surface de 141 m2 sise en 5ème zone à bâtir à 183'300 francs, soit 1'300 francs par m2. Elle a également considéré qu'il était en principe possible de construire en zone ferroviaire mais qu'il fallait tenir compte du caractère dérogatoire des autorisations de construire dans cette zone ainsi que des restrictions de droit public visant la parcelle des expropriés, de sorte que l'indemnité due pour la surface de 206 m2 en zone ferroviaire devait être arrêtée à 325 francs par m2, soit un montant total de 66'950 francs. Enfin, elle a fixé l'indemnité due pour l'emprise définitive de 29 m2 en zone de bois et forêts à 58 francs, soit 2 francs par m2. Par ailleurs, la CFE a accordé aux expropriés une indemnité forfaitaire de 2'500 francs pour l'emprise temporaire. S'agissant des servitudes souterraines, la CFE a considéré qu'elles privaient les expropriés de toute possibilité de construire sur l'emprise concernée de 1'168 m2, laquelle se trouvait en zone ferroviaire et était ainsi constructible sur dérogation. Pour tenir compte des possibilités très restreintes de construire, elle a fixé l'indemnité due à ce titre par les expropriants à 192'720 francs, soit 165 francs par m2. Enfin, la CFE a retenu que la diminution de valeur de la partie restante n'était pas établie et qu'aucune indemnité ne devait être octroyée aux expropriés à ce titre.
F.
F.a Le 5 décembre 2019, les CFF (les recourants sur recours principal/les intimés sur recours joint ; par mesure de simplification, ci-après : les expropriants), agissant par l'intermédiaire de leur mandataire, ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal) à l'encontre de la décision du 15 octobre 2019 de la CFE (ci-après : l'autorité inférieure), concluant à son annulation et à ce qu'ils soient condamnés à verser aux expropriés la somme de 8'103.20 francs (50 francs x 141 m2 + 5 francs x 206 m2 + 0.80 francs x 29 m2) avec intérêts à 1.5% l'an dès le 8 novembre 2017, à ce que les expropriés soient déboutés de toute autre conclusion et à ce qu'aucune indemnité de procédure ne leur soit allouée.
A l'appui de leurs conclusions, ils ont fait valoir en substance que la partie de la parcelle faisant l'objet de l'emprise définitive était déjà inconstructible pour plusieurs raisons, ce dont l'autorité inférieure n'avait pas tenu compte dans la fixation de l'indemnité. Il en va de même de la partie de la parcelle grevée des servitudes souterraines, lesquelles ne diminuent dès lors ni les possibilités de construire, ni l'utilisation de cette portion de la parcelle, raison pour laquelle aucune indemnité ne doit être octroyée aux expropriés à ce titre. Les expropriants ont également allégué que les expropriés n'avaient subi aucun préjudice du fait de l'emprise temporaire, de sorte qu'aucune indemnité ne saurait leur être allouée pour cette emprise.
F.b Par pli du 23 décembre 2019, A._______ et B._______ (les intimés sur recours principal/les recourants sur recours joint ; par mesure de simplification, ci-après : les expropriés), dûment représentés, ont saisi le Tribunal d'un recours joint à l'encontre de la décision de l'autorité inférieure du 15 octobre 2019, concluant principalement, sous suite de frais et dépens, à ce que les expropriants soient condamnés à leur verser la somme de 737'500 francs à titre d'indemnité correspondant à la valeur vénale des 376 m2 sujets à emprise définitive, la somme de 2'038 francs par an dès le 20 décembre 2013 et jusqu'à la restitution effective de l'emprise temporaire de 1'019 m2, le montant de 4 francs par an dès le 15 août 2017 et jusqu'à la restitution effective de l'emprise temporaire de 2 m2, une somme à déterminer mais d'au moins 250'000 francs à titre d'indemnité compensant la perte de valeur de la partie restante de la parcelle ainsi qu'une somme à déterminer mais d'au moins 165 francs par m2 faisant l'objet de l'emprise d'une des servitudes imposées par les expropriants à titre d'indemnité liée à l'inscription des servitudes souterraines. Subsidiairement, ils ont conclu à ce que la cause soit renvoyée à la CFE pour nouvelle décision.
F.c Le 13 janvier 2020, les expropriés ont déposé un mémoire complémentaire au recours joint du 23 décembre 2019 et de réponse au recours des expropriants du 5 décembre 2019, concluant au rejet de ce dernier.
Ils ont maintenu leurs conclusions du 23 décembre 2019 et ont notamment fait valoir que la zone ferroviaire devait être considérée comme constructible et que les droits à bâtir existant sur les surfaces expropriées situées en zone ferroviaire et en 5ème zone à bâtir, potentiellement inexploitables à cet endroit en raison des restrictions de droit public, pouvaient être rassemblés et concrétisés sur le haut de la parcelle. Les expropriés ont également allégué que l'emprise temporaire importante les a empêchés de jouir pleinement de leur propriété et a restreint l'usage qu'ils pouvaient en faire. S'agissant des servitudes souterraines, ils ont indiqué que leur emprise s'étendait sur la zone ferroviaire et que, celle-ci étant constructible, la suppression des droits à bâtir correspondants devait faire l'objet d'une indemnisation comparable à la 5ème zone à bâtir. Enfin, les expropriés ont fait valoir que la perte de valeur de la partie restante devait être compensée par le versement d'une indemnité, dès lors que l'expropriation partielle portait atteinte à l'un des attraits du bien-fonds.
F.d Par ordonnance du 21 janvier 2020, le Tribunal a prononcé la jonction du recours des expropriants du 5 décembre 2019 et du recours joint des expropriés du 23 décembre 2019.
F.e Le 29 janvier 2020, l'autorité inférieure s'est déterminée sur dits recours, concluant à leur rejet et indiquant qu'elle persistait intégralement dans sa décision du 15 octobre 2019. Elle a également produit le dossier de la cause.
F.f En date du 11 février 2020, les expropriants ont déposé leur réponse au recours joint formé par les expropriés, concluant implicitement à son rejet. Ils ont, pour l'essentiel, repris les arguments exposés à l'appui de leur recours et ont également indiqué que le transfert des droits à bâtir allégué par les expropriés était impossible en pratique en raison des restrictions de droit public auxquelles est soumise la parcelle.
F.g Par courrier du 14 avril 2020, les expropriés ont fait parvenir leur réplique. Ils ont rappelé que les restrictions de droit public ont certes une influence sur la possibilité de réaliser de nouvelles constructions sur l'extrémité sud de la parcelle, mais qu'elles ne sont pas pertinentes en l'espèce, dès lors qu'en application des règles relatives au report des droits à bâtir, de nouvelles constructions pourraient être réalisées sur le haut de la parcelle ou sur d'autres parcelles à proximité.
F.h Le 18 mai 2020, les expropriants ont dupliqué et se sont essentiellement référés aux arguments déjà développés en lien avec les limites pratiques d'un report des droits à bâtir.
F.i En date du 29 juin 2020, les expropriés ont déposé leurs observations finales. Ils ont repris, pour l'essentiel, les arguments déjà exposés, insistant sur le fait qu'un report des droits à bâtir sur le haut de la parcelle est réalisable en pratique en dépit des restrictions de droit public.
En tant que de besoin, les autres faits et arguments pertinents des parties seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.
Droit :
1.
1.1 Conformément à l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), les décisions de la commission d'estimation, qui est une autorité précédente au sens de l'art. 33 let. f de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral. Partant, le Tribunal est compétent pour connaître du présent litige. La procédure est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), à moins que la LTAF ou la LEx n'en disposent autrement (cf. art. 37 LTAF et art. 77 al. 2 LEx).
1.2 Selon l'art. 78 al. 1 LEx, ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la commission leur fait subir une perte. Pour le surplus, sont applicables les exigences générales de l'art. 48 PA selon lesquelles peut interjeter recours quiconque a participé à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. arrêts du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 1.2 ; A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 1.2 non publié aux ATAF 2014/35).
En l'espèce, les CFF, qui ont obtenu le droit d'exproprier par décisions d'approbation des plans de l'OFT du 5 mai 2008 et du 13 mars 2017, sont partie principale à la procédure en tant qu'expropriants et ont dès lors qualité pour recourir. Tel est également le cas des expropriés qui sont propriétaires de la parcelle ayant fait l'objet de l'expropriation partielle.
1.3
1.3.1 Déposé dans le délai (cf. art. 50 al. 1 PA) et les formes (cf. art. 52 al. 1 PA) prescrits par la loi, le recours des expropriants du 5 décembre 2019 est recevable quant à la forme.
1.3.2 Aux termes de l'art. 78 al. 2 LEx, la partie adverse peut, dans le délai de dix jours à compter de la réception du recours par le Tribunal administratif fédéral, se joindre à ce recours et prendre des conclusions comme si elle avait formé un recours indépendant. Ces conclusions doivent être motivées. En vertu du principe de l'unité de l'indemnité d'expropriation, le recours joint est recevable également lorsqu'il porte sur des postes de l'indemnité litigieuse - au sens de l'art. 19 LEx - qui ne sont pas l'objet du recours principal (cf. ATAF 2014/35 consid. 2.3.2).
En l'espèce, par décision incidente du 13 décembre 2019, le Tribunal a accusé réception du recours des expropriants du 5 décembre 2019. Par conséquent, le recours joint des expropriés du 23 décembre 2019 a été formé dans le délai légal de dix jours prévu à l'art. 78 al. 2 LEx. Le Tribunal a en outre implicitement octroyé un bref délai supplémentaire aux expropriés pour déposer un mémoire complémentaire contenant la motivation du recours (cf. art. 52 al. 2 PA), comme d'ailleurs demandé par ceux-ci dans leur acte de recours du 23 décembre 2019. Par ailleurs, conformément à la jurisprudence susmentionnée, la conclusion des expropriés tendant à ce que les expropriants soient condamnés à leur verser une somme à déterminer mais d'au moins 250'000 francs à titre d'indemnité compensant la perte de valeur de la partie restante de la parcelle (cf. art. 19 let. b LEx) est recevable, quand bien même ce poste de l'indemnité n'était pas contesté dans le recours principal. Partant, déposé dans les formes prescrites par la loi (cf. art. 78 al. 2 LEx et 52 al. 1 PA), le recours joint formé le 23 décembre 2019 par les expropriés est recevable.
2.
2.1 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure (cf. art. 49 PA), y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), la constatation des faits (let. b) et l'opportunité de la décision attaquée (let. c), tous griefs que le recourant peut soulever à l'appui de son recours. Cependant, le Tribunal fait preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid 4.4.3 ; 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2012/23 consid. 4 ; 2008/23 consid. 3.3 ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd. 2013, no 2.154 ss ; Benjamin Schindler, in : Auer/Müller/Schindler [édit.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2ème éd. 2019, art. 49 PA nos 3 ss et 9).
2.2 On se trouve bien dans un tel cas de figure en l'occurrence. Comme on le verra ci-après (cf. infra consid. 5.2.3), l'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité, en particulier sur les questions techniques. Elle est d'ailleurs exclusivement composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaires à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 LEx).
2.3 Conformément à la maxime inquisitoire, le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (cf. art. 12 PA). Sous réserve du devoir de collaborer des parties (cf. art. 13 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision querellée (cf. Benoît Bovay, Procédure administrative, 2ème éd. 2015, p. 243). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; 2012/23 consid. 4).
3. L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a fait une correcte application du droit en condamnant les expropriants à verser aux expropriés une indemnité de 445'528 francs plus intérêts à 1.5% à compter du 8 novembre 2017 pour l'emprise définitive de 376 m2, l'emprise temporaire de 1'019 m2 dès le 20 décembre 2013, puis de 1'021 m2 dès le 15 août 2017, et pour la constitution de trois servitudes personnelles sur la parcelle no (...) du plan (...) de la commune de (...).
Il sied de rappeler que le droit d'exproprier a été conféré aux expropriants dans le cadre de l'approbation des plans (cf. supra consid. B.a et C.b) et que, partant, seule l'indemnité à verser à ce titre est litigieuse. Dans un premier temps, il convient de déterminer le droit applicable (cf. infra consid. 4) et d'énoncer les principes régissant l'estimation de l'indemnité d'expropriation (cf. infra consid. 5). Dans un second temps, il s'agira de vérifier si l'autorité inférieure était en droit de condamner les expropriants au versement d'une indemnité de 250'308 francs au titre de l'emprise définitive de 376 m2 (cf. infra consid. 6), de les condamner au versement d'une indemnité de 192'720 francs pour la constitution des servitudes souterraines (cf. infra consid. 7), de refuser aux expropriés toute indemnité pour la perte de valeur de la partie restante de leur parcelle (cf. infra consid. 8) et de condamner les expropriants au versement d'une indemnité forfaitaire de 2'500 francs pour l'emprise provisoire de 1'019 m2 dès le 20 décembre 2013, puis de 1'021 m2 dès le 15 août 2017 (cf. infra consid. 9).
4.
La révision de la LEx du 19 juin 2020 est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Conformément à l'al. 1 des dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020, les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de cette révision sont terminées sous le régime de l'ancien droit, sous réserve de modifications du règlement des émoluments pour la période suivant l'entrée en vigueur de la révision. La présente procédure a été ouverte avant le 1er janvier 2021, de sorte que la LEx dans sa version avant l'entrée en vigueur de la modification du 19 juin 2020 est applicable en l'espèce.
5.
Les principes régissant l'estimation de l'indemnité d'expropriation sont les suivants.
5.1 Aux termes de l'art. 16 LEx, l'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière. L'indemnité doit placer l'exproprié dans une situation économiquement équivalente à celle dont il aurait bénéficié sans expropriation. Elle ne doit ainsi pas conduire à un appauvrissement ou à un enrichissement de l'exproprié (cf. ATF 122 I 168 consid. 4b.aa ; 95 I 453 consid. 2 ; 93 I 554 consid. 3 ; arrêt du TF 1C_446/2016 du 3 janvier 2017 consid. 5.3 ; arrêts du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.2.1 ; A-6933/2017 du 18 mars 2021 consid. 5.2.1 ; Raphaël Eggs, Les « autres préjudices » de l'expropriation - L'indemnisation au-delà du modèle fondé sur la valeur vénale, 2013, no 240). Selon l'anc. art. 19 LEx, pour la fixation de l'indemnité, tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits doivent être pris en considération ; en conséquence, l'indemnité comprend la pleine valeur du droit exproprié (let. a), en cas d'expropriation partielle d'un immeuble ou de plusieurs immeubles dépendant économiquement les uns des autres, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (let. b), et le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation (let. c). Le versement d'une indemnité est ainsi soumis à trois conditions cumulatives : l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (cf. arrêts du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.2.1 ; A-4923/2017 précité consid. 5.1.1 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, no 1129).
5.2
5.2.1 La valeur vénale d'un bien est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (cf. arrêt du TF 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). La pleine valeur vénale du droit exproprié correspond au prix de vente qui pourrait être obtenu en cas d'aliénation sur le marché, dans des conditions ordinaires (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a ; 106 Ib 223 consid. 3a ; 102 Ib 353 consid. 2, p. 353 ; Eggs, op. cit., no 354 ; Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 6ème éd. 2016, p. 651 ; Hess/Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Vol. I, 1986, art. 19 LEx no 50). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation, étant précisé que les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., no 1169). En ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (cf. Pierre Moor, Droit administratif, Vol. III, 2ème éd. 2018, no 9.2.5.1, p. 800). Conformément à l'art. 20 al. 1 LEx, la possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié que celle qui en est faite par l'exproprié doit également être retenue dans la détermination de sa valeur vénale lorsqu'elle paraît non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir ; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (cf. ATF 134 II 49 consid. 13.3 ; 129 II 470 consid. 6.1 ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.2 ; A-1359/2013 précité consid. 4.2.1 non publié aux ATAF 2014/35).
En revanche, le prix payé par l'exproprié pour l'acquisition de son immeuble ou celui qu'il doit payer pour acquérir un objet de remplacement, les charges hypothécaires, les investissements effectués ou encore l'estimation fiscale sont sans influence (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., no 1169 ; Maryse Pradervand-Kernen, La valeur des servitudes foncières et du droit de superficie, 2007, no 157). En effet, l'estimation fiscale ne reflète pas forcément le prix sur le marché au jour déterminant (cf. arrêt du TF 1C_589/2012 du 30 septembre 2013 consid. 6.3.3 ; cf. également arrêt du TF du 23 mars 1977 in : Zentralblatt [ZBl] 78/1977 p. 553 ss, p. 557). Elle surestime souvent les possibilités futures de classement et d'équipement, en particulier dans les zones dont l'affectation est réservée (cf. Hess/Weibel, op. cit., art. 19 LEx no 53). Selon Hänni, la valeur du marché peut correspondre à la valeur de rendement et à la valeur réelle, tandis que la valeur fiscale et la valeur d'assurance ne constituent en principe qu'un indice de la valeur du marché (cf. A-4923/2017 précité consid. 5.1.3 ; Hänni, op. cit., p. 653).
5.2.2 La date déterminante pour l'estimation de la valeur vénale et des perspectives d'une meilleure utilisation possible - opération qui requiert la prise en considération tant de la situation de fait et des caractéristiques physiques des fonds en question que de leur statut juridique (cf. ATF 134 II 152 consid. 11.2 ; 129 II 470 consid. 5 ; arrêts du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.2.6 ; A-4923/2017 précité consid. 5.1.3) - est celle de l'audience de conciliation (dies aestimandi ; cf. art. 19bis anc. al. 1 LEx).
5.2.3 Pour déterminer la valeur vénale, plusieurs méthodes sont possibles, telles que la méthode comparative (ou statistique) qui fixe la valeur des immeubles sur la base des prix effectivement payés pour des fonds semblables, la méthode fondée sur la valeur de rendement qui détermine le capital correspondant au revenu actuel de l'objet exproprié, la méthode régressive (ou rétrospective ou déductive) qui détermine la valeur d'un terrain en fonction du rendement qui pourra être obtenu après que des bâtiments auront été édifiés ou encore la méthode fondée sur la situation de l'immeuble (méthode hédoniste). L'utilisation de la méthode statistique est prescrite lorsqu'elle peut être pratiquée, car elle permet d'établir le plus sûrement le prix que serait prêt à payer un nombre indéterminé d'acheteurs intéressés sur le marché libre pour le bien-fonds en question (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a ; arrêts du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.2.2 ; A-6933/2017 précité consid. 5.2.2 ; A-4923/2017 précité consid. 5.1.4 ; Eggs, op. cit., no 372).
Cela étant, cette méthode donne un résultat correct pour autant que l'on dispose d'un nombre suffisant d'objets présentant des caractéristiques analogues, même si la comparaison n'exige pas que les objets soient complètement identiques quant à leur situation, leur surface, l'état des équipements et les possibilités d'utilisation. En effet, ces différences peuvent être pondérées, le cas échéant, par des réductions ou des majorations. Si les caractéristiques des parcelles sont similaires, il n'est pas nécessaire qu'elles soient situées dans le même quartier (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a). Il est également possible de prendre en compte les opérations juridiques antérieures à l'année déterminante ou qui concernent des fonds se trouvant dans une situation comparable et présentant des caractéristiques similaires, mais qui sont situés dans des quartiers plus éloignés ou éventuellement dans des communes voisines (cf. ATF 122 II 337 consid. 5b ; arrêt du TF 1E.14/2006 du 6 août 2007 consid. 4.2). Enfin, la disponibilité limitée des contrats de vente n'est, en soi, pas suffisante pour renoncer à la méthode comparative. Pour autant qu'elles soient examinées avec soin et qu'il n'y ait pas de preuve que des circonstances inhabituelles ont influencé la conclusion d'un contrat, même des comparaisons individuelles peuvent permettre de tirer des conclusions sur le niveau général des prix et peuvent être prises en compte lors de la détermination de l'indemnisation (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a ; arrêts du TAF 2600/2018 précité consid. 5.2.2 ; A-6933/2017 précité consid. 5.2.2 ; A-6947/2015 du 19 décembre 2017 consid. 3.1.5.2 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., no 1173).
A défaut, les autres méthodes seront utilisées. Le résultat de l'application d'une méthode peut également être vérifié par une autre méthode. Dans certains cas particuliers, il n'est pas rare d'en combiner plusieurs pour arriver au résultat final (cf. ATF 134 II 49 consid. 15.1). L'autorité inférieure - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale et qui se révèle adéquat par rapport à l'objet en question (cf. ATF 134 II 49 consid. 15.1 ; arrêts du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.2.2 ; A-6933/2017 précité consid. 5.2.2 ; A-4923/2017 précité consid. 5.1.4 ; Eggs, op. cit., no 372 ss).
5.3
5.3.1 La loi prévoit qu'en cas d'expropriation physiquement partielle d'un bien-fonds, en plus de la valeur vénale versée selon l'art. 19 let. a LEx (soit la valeur des mètres carrés enlevés au bien-fonds par l'expropriation), l'indemnité doit comprendre un supplément si la partie restante que conserve l'exproprié subit une diminution de valeur (cf. art. 19 let. b LEx). Ce supplément est calculé selon la méthode de la différence en comparant les valeurs vénales de la partie restante avant et après l'expropriation (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1 ; 131 II 458 consid. 3.3 ; Eggs, op. cit., no 550).
5.3.2 Conformément à l'art. 22 al. 2 LEx, il faut également tenir compte du dommage résultant de la perte ou de la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale et que la partie restante aurait, selon toute vraisemblance, conservés s'il n'y avait pas eu d'expropriation. D'après la jurisprudence, il peut s'agir d'avantages de fait ou d'éléments concrets ayant une influence sur la valeur vénale. Un lien de causalité adéquate doit toutefois exister entre l'expropriation elle-même et le dommage (cf. ATF 114 Ib 321 consid. 3 ; 106 Ib 381 consid. 2b et 3a ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., no 1131; Hess/Weibel, op. cit., art. 19 LEx no 20 et art. 22 LEx no 9). La jurisprudence prend notamment en considération la perte d'avantages valorisant ou protégeant l'immeuble touché : protection contre les nuisances provenant du voisinage, garantie d'une vue dégagée sur le paysage, interdiction de construire grevant le fonds voisin en vertu d'une servitude, etc. (perte d'un « écran protecteur ») ; cette dépréciation doit être indemnisée (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1 ; 129 II 420 consid. 3.1.2 et les références citées ; arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.2.4 ; Hess/Weibel, op. cit., art. 19 LEx no 23).
5.3.3 En revanche, l'imposition forcée d'une servitude sur un fonds n'est pas réglée par la loi. La jurisprudence l'assimile juridiquement à une expropriation partielle. En effet, les servitudes n'étant pas des objets de commerce et n'ayant pas de valeur vénale en soi au sens de l'art. 19 let. a LEx (cf. Pradervand-Kernen, op. cit, nos 130 à 132 ; Eggs, op. cit., no 128), l'indemnité d'expropriation doit être déterminée selon les règles de l'expropriation partielle de l'art. 19 let. b LEx. L'indemnité pleine et entière à verser au propriétaire du fonds grevé (cf. art. 16 LEx) correspond alors à la dépréciation de la partie restante. Il s'agit de compenser la différence entre la valeur vénale du bien-fonds sans les servitudes et celle du fonds grevé des servitudes (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1 ; 131 II 458 consid. 3.3 ; 129 II 420 consid. 3.1.1 ; Eggs, op. cit., no 548). L'indemnité couvre ainsi la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 4 ; arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.2.3 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., no 1183). Cette méthode, dite de la différence, est valable même s'il est peu imaginable que le propriétaire actuel exploite effectivement le sous-sol dont il est privé par la constitution d'un droit de superficie souterrain (cf. ATF 122 II 246 consid. 4 ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.2.1 ; A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 6.1).
Toutefois le calcul classique de la différence - utilisé pour toutes les expropriations partielles - peut donner lieu à des difficultés en cas d'expropriation par le biais de la constitution d'une servitude, particulièrement lorsque le bien-fonds grevé comporte des constructions. Dans ces cas, l'estimation est limitée à la part du fonds sur laquelle s'exercera concrètement la servitude (cf. art. 19 let. a LEx). S'y ajoute ensuite, s'il y a lieu, une indemnité pour la dépréciation de la partie restante (cf. art. 19 let. b LEx ; ATF 120 II 423 consid. 7a ; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.2 ; Pradervand-Kernen, op. cit, nos 241 et 246 ; Eggs, op. cit., no 551).
5.4
5.4.1 En outre, l'art. 19 let. c LEx permet au propriétaire du fonds grevé de réclamer un dédommagement pour d'autres préjudices, pour autant qu'ils soient pécuniaires ou patrimoniaux. En effet, la pleine indemnité prévue à l'art. 16 LEx exclut l'indemnisation d'un préjudice immatériel ou affectif (cf. ATF 112 Ib 531 consid. 4, p. 537 ; arrêt du TF 1C_173/2007 du 14 septembre 2007 consid. 2.3.2 ; ATAF 2014/16 consid. 12.2 ; Eggs, op. cit., nos 285 ss et 307 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., no 1133 ; Hess/Weibel, op. cit, art. 19 LEx no 198). Il ne faut pas confondre ce dommage immatériel non indemnisable au titre de la LEx avec le dommage entièrement subjectif qui se fonde sur l'intérêt spécial de l'exproprié à conserver son bien-fonds plutôt qu'à le vendre et qui est reconnu par le Tribunal fédéral dans certaines conditions (cf. ATF 113 Ib 39 consid. 2a ; 112 Ib 514 consid. 2 ; arrêt du TF 1C_412/2018 du 31 juillet 2019 consid. 8.2 ; Eggs, op. cit., no 340 ss). Par ailleurs, les inconvénients psychologiques dus à la présence d'une installation souterraine peuvent être pris en compte s'ils affectent la valeur vénale (cf. arrêt du TF du 5 novembre 1975 consid 2c, in : ZBl 77/1976 p. 158 ss, p. 159). De même, les effets indirects d'une construction souterraine sur l'usage de la surface doivent être pris en considération dans le calcul de l'indemnité (cf. Mathieu Carrel, Le régime du sous-sol en droit suisse : planification, exploitation, construction, 2015, no 214). C'est d'ailleurs la raison pour laquelle, en l'espèce, les expropriants prévoient, dans le groupe de servitudes imposées, une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. arrêts du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.2.5 ; A-4923/2017 précité consid. 5.2.3 ; A-552/2016 précité consid. 6.1).
5.4.2 Enfin, selon la jurisprudence, en cas d'expropriation temporaire, qui est une forme d'expropriation partielle, l'indemnité due par l'expropriant doit être fixée en fonction du dommage que le propriétaire a effectivement subi, de manière à ce que, conformément au principe de l'équivalence économique, l'exproprié ne se trouve pas enrichi suite à l'expropriation (cf. ATF 120 Ib 465 consid. 5e ; 109 Ib 268 consid. 3a). L'indemnité due correspond alors en substance à une indemnité pour les autres préjudices au sens de l'art. 19 let. c LEx (cf. ATF 132 II 427 consid. 6.2 ; Hess/Weibel, op. cit, art. 19 LEx no 158 ; cf. également Eggs, op. cit., no 780, qui soutient toutefois que le schéma de l'art. 19 LEx n'est pas applicable à l'expropriation temporaire). Par conséquent, l'indemnité doit être définie selon une approche entièrement subjective du dommage, par opposition à une approche objective qui se fonderait sur la valeur vénale, laquelle n'est d'aucune utilité pour chiffrer le dommage causé par une expropriation temporaire. En d'autres termes, seul un examen de la situation particulière de l'exproprié permet de déterminer le dommage qu'il subit en raison de la privation temporaire de ses droits (cf. Eggs, op. cit., nos 636, 771 et 773 ; Hess/Weibel, op. cit., art. 19 LEx no 39). Le dommage doit ainsi être évalué en fonction de l'usage que l'exproprié fait de son bien-fonds (cf. Eggs, op. cit., no 1064).
6.
En l'espèce, s'agissant tout d'abord de l'indemnité liée à l'emprise définitive de 376 m2, il convient de distinguer entre les différentes zones sur lesquelles porte cette emprise, à savoir une surface de 141 m2 en 5ème zone à bâtir (cf. infra consid. 6.1), une surface de 206 m2 en zone ferroviaire (cf. infra consid. 6.2) ainsi qu'une surface de 29 m2 en zone de bois et forêts (cf. infra consid. 6.3).
6.1
6.1.1 L'autorité inférieure a calculé l'indemnité due au titre de l'emprise définitive de 141 m2 en 5ème zone à bâtir en multipliant le nombre de m2 expropriés par une valeur vénale unitaire de 1'300 francs par m2, indiquant que cette valeur correspondait aux prix du marché. Elle a ainsi fixé l'indemnité à 183'300 francs.
6.1.2 Les expropriants estiment qu'en fixant la valeur du m2 à 1'300 francs, l'autorité inférieure a méconnu le fait que la surface de la parcelle faisant l'objet de l'emprise définitive était déjà inconstructible, dès lors qu'elle se trouve dans la surface inconstructible ou dans l'espace minimal de la (rivière), qu'elle se trouve pour l'essentiel à moins de 20 mètres de la lisière d'une forêt cadastrée, qu'elle est boisée depuis plus de 15 ans et qu'elle est classée. Ces restrictions de droit public qui concernent la majeure partie de la parcelle des expropriés et s'étendent également aux parcelles voisines rendent par ailleurs un transfert des droits à bâtir et une concrétisation de ces derniers sur le haut de la parcelle ou sur une parcelle contiguë impossibles en pratique. Les expropriants font également grief à l'autorité inférieure d'avoir déterminé la valeur du m2 en ne se basant sur aucune donnée objective et en se contentant de renvoyer aux prix du marché, alors même qu'elle avait estimé que la méthode statistique ne pouvait être utilisée dans le cas d'espèce en raison de la situation particulière de la parcelle et du fait que celle-ci était classée. Par conséquent, compte tenu des possibilités très limitées de bâtir, les expropriants considèrent que les expropriés ne subissent pas un dommage indemnisable supérieur à 50 francs par m2.
6.1.3 Les expropriés considèrent pour leur part que les 141 m2 colloqués en 5ème zone à bâtir sont constructibles et que, conformément aux déclarations des collaborateurs du DALE, les droits à bâtir conférés par cette surface pourraient être rassemblés et concrétisés sur le haut de la parcelle, là où les restrictions de droit public ne limitent pas les possibilités de réaliser de nouvelles constructions. En effet, la mesure de classement dont font l'objet leur villa et leur parcelle n'implique pas une interdiction absolue de construire ou d'agrandir les bâtiments existants, comme le démontrent les travaux d'agrandissement et de rénovation autorisés entre 2008 et 2010. En outre, un transfert des droits à bâtir sur d'autres parcelles en 5ème zone à bâtir situées à proximité est également envisageable. Par conséquent, la surface sujette à emprise définitive située en 5ème zone à bâtir doit être intégralement indemnisée en tant que zone à bâtir, en dépit des restrictions de droit public. S'agissant de la valeur vénale retenue, les expropriés constatent que, quoi qu'elle en dise, l'autorité inférieure l'a établie en application de la méthode statistique et ils lui font grief de ne pas avoir suffisamment tenu compte des spécificités de la parcelle en cause, qui, selon eux, justifient une forte plus-value du prix au m2 par rapport au prix cantonal moyen applicable en 5ème zone à bâtir. Les expropriés considèrent ainsi qu'une valeur vénale proche du prix maximal de 2'000 francs par m2 doit être retenue.
6.1.4
6.1.4.1 Il convient tout d'abord de relever qu'il n'est pas contesté que la surface de 141 m2 sise en 5ème zone à bâtir et sujette à emprise définitive est dotée de droits à bâtir mais que ceux-ci sont inexploitables à cet endroit précis, dès lors que la totalité de cette surface se trouve dans l'espace minimal de la (rivière) (cf. art. 15 al. 1 et 2 de la loi cantonale genevoise du 5 juillet 1961 sur les eaux [LEaux-GE, RS GE L 2 05]). De même, la possibilité théorique de transférer ces droits et de les concrétiser sur le haut de la parcelle ou sur une parcelle voisine (cf. art. 15 al. 8 LEaux-GE) a été confirmée par les collaborateurs du DALE auditionnés par l'autorité inférieure et elle est admise par les parties. Demeure en revanche litigieuse la question de la faisabilité d'un transfert des droits à bâtir et l'exploitabilité de ceux-ci dans le cas d'espèce.
6.1.4.2 Lors de leur audition, les collaborateurs du DALE ont indiqué qu'un report des droits à bâtir n'est admis qu'entre deux surfaces situées dans la même zone et que, selon la pratique administrative, il est possible de transférer des droits à bâtir d'une parcelle à l'autre pour autant que les parcelles se touchent directement. S'agissant de la parcelle des expropriés, ils ont déclaré que, compte tenu de son étroitesse, le « report des droits à bâtir est compliqué [...] », « qu'il faudrait un plan à l'échelle pour faire des calculs précis » et que « [l]'exploitation des droits à bâtir est aléatoire dans ce cas-là » (cf. pièce no 16 du dossier de l'autorité inférieure). Il appert ainsi que l'exploitabilité des droits à bâtir dans le cadre d'un transfert de ceux-ci sur le haut de la parcelle est incertaine et que cette question requiert un examen technique approfondi tenant notamment compte des restrictions liées à l'espace minimal de la (rivière), à la distance minimale par rapport à la forêt ainsi qu'à la mesure de classement dont font l'objet la villa et la parcelle des expropriés.
En tout état de cause, l'autorité inférieure ne pouvait se contenter de retenir que la surface expropriée était constructible et fixer l'indemnité sur cette seule base, en faisant abstraction des restrictions de droit public et en esquivant la problématique de l'exploitabilité concrète des droits à bâtir conférés par la surface expropriée de 141 m2 sise en 5ème zone à bâtir (cf. supra consid. 5.2.1). Pour cette raison déjà, il convient d'annuler la décision de l'autorité inférieure sur ce point et de lui renvoyer la cause pour instruction complémentaire et nouvelle décision. L'autorité inférieure prendra soin d'analyser la faisabilité d'un transfert des droits à bâtir dont est dotée la surface expropriée sur le haut de la parcelle des expropriés ou sur une parcelle voisine ainsi que les possibilités concrètes d'exploitation de ces droits compte tenu des restrictions de droit public auxquelles la parcelle expropriée et les parcelles contiguës sont soumises. A cet égard, elle prendra en considération le fait que, même si les expropriés ont bénéficié d'une dérogation pour les travaux de rénovation et d'agrandissement réalisés entre 2008 et 2010, les collaborateurs du DALE auditionnés estiment que l'octroi d'une nouvelle dérogation paraît difficile à première vue.
6.1.4.3 Par ailleurs, il sied de relever que les griefs des parties relatifs à la méthode utilisée et à la motivation de l'autorité inférieure pour la fixation de l'indemnité due au titre de l'emprise définitive de 141 m2 en 5ème zone à bâtir sont justifiés. En effet, après avoir écarté l'application de la méthode statistique en raison du caractère unique de la parcelle litigieuse et du fait qu'elle est classée, l'autorité inférieure s'est tout de même référée aux prix du marché pour arrêter l'indemnité à 1'300 francs par m2, sans toutefois renvoyer à aucune base statistique. Force est ainsi de constater que la motivation de l'autorité inférieure est contradictoire et lacunaire. Pour cette raison également, il convient d'annuler la décision de l'autorité inférieure sur ce point et de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision. Il lui appartiendra de déterminer clairement la méthode applicable pour fixer le montant de l'indemnité et, en cas d'application de la méthode statistique, d'indiquer à quelle base statistique elle se réfère, de motiver ce choix ainsi que, le cas échéant, d'exposer précisément les raisons qui la conduisent à pondérer les valeurs statistiques ou à s'en écarter, au vu des particularités de la parcelle en cause (cf. supra consid. 5.2.3).
6.2
6.2.1 S'agissant de l'emprise définitive portant sur une surface de 206 m2 située en zone ferroviaire, l'autorité inférieure, en se fondant sur les déclarations des collaborateurs du DALE, a retenu qu'il était possible, sur dérogation, de construire en zone ferroviaire. Néanmoins, compte tenu des possibilités restreintes de construire sur la parcelle en cause en raison de la distance à observer par rapport à la forêt et par rapport aux limites de la propriété ainsi que de la mesure de classement limitant également les projets sur le solde de la parcelle, l'autorité inférieure a fixé l'indemnité due à ce titre à 66'950 francs, ce qui correspond à une valeur vénale de 325 francs par m2.
6.2.2 Les expropriants considèrent en substance que l'autorité inférieure a admis à tort que la surface sujette à emprise définitive située en zone ferroviaire était constructible, alors qu'elle se trouve entièrement en zone inconstructible, soit parce qu'elle est à moins de 30 mètres de la (rivière), soit parce qu'elle est boisée depuis plus de 15 ans, soit encore parce que la parcelle est entièrement classée. En outre, un éventuel transfert des droits à bâtir ne peut s'effectuer qu'entre des surfaces situées dans la même zone. Dès lors que la totalité de la partie de la parcelle en cause sise en zone ferroviaire est expropriée, d'éventuels droits à bâtir grevant la zone ferroviaire ne pourraient être répercutés que sur une parcelle voisine située en zone ferroviaire. Cependant, les parcelles contiguës étant entièrement bâties ou situées dans des zones inconstructibles, un transfert des droits à bâtir n'est pas réalisable en pratique. Par conséquent, l'indemnité due au titre de l'emprise définitive sise en zone ferroviaire ne saurait être supérieure à 5 francs par m2.
6.2.3 Les expropriés font valoir en substance que, selon les déclarations des collaborateurs du DALE, celui-ci a pour pratique d'accorder des autorisations de construire pour des villas ou des maisons d'habitation à l'intérieur de la zone ferroviaire, de sorte que la surface de 206 m2 sise en zone ferroviaire et faisant l'objet de l'emprise définitive doit être indemnisée en tant que zone à bâtir en se référant aux prix pratiqués dans la 5ème zone à bâtir. En effet, de manière analogue aux droits à bâtir conférés par la surface expropriée située en 5ème zone à bâtir, les droits à bâtir conférés par la surface expropriée sise en zone ferroviaire pourraient être rassemblés et concrétisés sur le haut de la parcelle (cf. supra consid. 6.1.3), le DALE assimilant complètement la zone ferroviaire à la 5ème zone à bâtir en ce qui concerne le transfert des droits à bâtir. Par conséquent, en raison des spécificités de la parcelle en cause, qui justifient une forte plus-value du prix au m2 par rapport au prix cantonal moyen applicable en 5ème zone à bâtir, les expropriés estiment qu'une valeur vénale proche du prix maximal de 2'000 francs par m2 doit être retenue.
6.2.4
6.2.4.1 Les collaborateurs du DALE ayant confirmé que des autorisations de construire ont été délivrées pour des parcelles sises en zone ferroviaire, l'autorité inférieure a retenu à juste titre qu'il était en principe possible de construire en zone ferroviaire. L'autorité inférieure a certes tenu compte des restrictions de droit public auxquelles est soumise la parcelle des expropriés, relevant que « la distance à observer en bordure de zone forestière restreint fortement les possibilités de construire » et que le fait que la parcelle soit classée « limite aussi les projets sur le solde de la parcelle » (cf. décision attaquée consid. 5.2, p. 12), raisons pour lesquelles elle a fixé l'indemnité à 325 francs par m2. Néanmoins, elle n'a pas procédé à une analyse détaillée des possibilités concrètes de transférer et d'exploiter les droits à bâtir. Or, un tel examen s'avère indispensable pour déterminer si l'emprise définitive en zone ferroviaire prive ou non les expropriés de droits à bâtir et, par conséquent, pour fixer l'indemnité due par les expropriants.
6.2.4.2 A cet égard, il sied de relever que la surface sise en zone ferroviaire et sujette à emprise définitive se trouve dans la zone inconstructible ou dans l'espace minimal de la (rivière), de sorte que, dans tous les cas, les droits à bâtir pouvant être octroyés sur dérogation dans cette zone ne sont pas exploitables à cet endroit (cf. art. 15 al. 1 et 2 LEaux-GE). S'agissant d'un éventuel transfert des droits à bâtir (cf. art. 15 al. 8 LEaux-GE), conformément aux déclarations des collaborateurs du DALE, les droits à bâtir ne peuvent être reportés que s'il s'agit de la même zone. On ne saurait dès lors suivre les expropriés lorsqu'ils prétendent qu'en matière de transfert des droits à bâtir, le DALE assimile complètement la zone ferroviaire à la 5ème zone à bâtir. Partant, un éventuel report des droits à bâtir pouvant être octroyés aux expropriés pour la partie de leur parcelle sise en zone ferroviaire ne pourrait avoir lieu que sur une autre zone ferroviaire. Or, la totalité de la surface de la parcelle située en zone ferroviaire est expropriée, ce qui exclut tout transfert des droits à bâtir à l'intérieur de la parcelle des expropriés. Par ailleurs, un transfert de ces droits sur une parcelle voisine est impossible en pratique, dans la mesure où, conformément aux déclarations des collaborateurs du DALE, cela nécessite que les parcelles concernées se touchent directement. En effet, la parcelle des expropriés n'est directement contiguë à aucune autre parcelle colloquée, ne serait-ce que partiellement, en zone ferroviaire, dès lors qu'elle en est séparée soit par la (rivière), soit par le (nom de rue). Dans ces circonstances, force est de constater qu'un transfert des droits à bâtir pouvant être octroyés aux expropriés sur la partie de leur parcelle sise en zone ferroviaire n'est pas réalisable en pratique, de sorte qu'il y a lieu de retenir que l'emprise définitive de 206 m2 en zone ferroviaire ne les prive d'aucun droit à bâtir.
6.2.4.3 Sur le vu de ce qui précède, l'autorité inférieure ne pouvait partir du principe que la partie de la parcelle située en zone ferroviaire et sujette à emprise définitive disposait de droits à bâtir et fixer l'indemnité due à ce titre à 325 francs par m2 pour tenir compte des restrictions de droit public limitant les possibilités concrètes de construire. Par conséquent, sur ce point également, il convient d'annuler la décision de l'autorité inférieure et de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision. Elle déterminera le montant de l'indemnité due pour l'emprise définitive de 206 m2 en zone ferroviaire en tenant compte du fait que celle-ci ne prive les expropriés d'aucun droit à bâtir.
6.3
6.3.1 En ce qui concerne l'emprise définitive portant sur une surface de 29 m2 sise en zone de bois et forêts, l'autorité inférieure a fixé l'indemnité à 58 francs, ce qui correspond à une valeur vénale de 2 francs par m2 exproprié, afin de tenir compte de la qualité du site.
6.3.2 Les expropriants font valoir en substance que, dès lors que cette partie de la parcelle est inconstructible et qu'aucun document permettant d'établir d'éventuels revenus de l'immeuble n'a été produit, les expropriés ne subissent pas un dommage indemnisable supérieur à 0.80 francs par m2.
6.3.3 Pour leur part, les expropriés considèrent que la surface de 29 m2 colloquée en zone de bois et forêts a une valeur vénale particulière compte tenu de la grande valeur paysagère du site, qui fait d'ailleurs l'objet d'une mesure de classement pour cette raison, et de la rareté des espaces verts de taille et de qualité comparables en zone urbaine. Par conséquent, ils estiment que cette zone naturelle classée doit faire l'objet d'une indemnisation proche du prix cantonal moyen applicable à la 5ème zone à bâtir, arrondi à 1'500 francs par m2, et que la cause doit être renvoyée à l'autorité inférieure sur ce point pour qu'elle fixe l'indemnité, dès lors qu'elle dispose de compétences particulières à cet égard.
6.3.4
6.3.4.1 Il sied de relever que le caractère inconstructible de la zone de bois et forêts et le fait que la partie de la parcelle des expropriés sise dans cette zone ne génère pas de rendements particuliers ne sont pas contestés en l'espèce. Ainsi, l'autorité inférieure a retenu à juste titre que la méthode fondée sur le rendement n'était pas applicable. Elle a opté pour la méthode hédoniste et a fixé la valeur vénale de la surface de 29 m2 située en zone de bois et forêts et faisant l'objet de l'emprise définitive à 2 francs par m2 « pour tenir compte de la qualité du site » (cf. décision attaquée consid. 5.2, p. 12).
6.3.4.2 La méthode hédoniste est une méthode par comparaison directe utilisant un modèle statistique qui fait dépendre les prix des biens de leurs caractéristiques (cf. ATF 134 III 42 consid. 4 et les références citées ; Eggs, op. cit., no 394). Elle constitue ainsi une variante élaborée de la méthode statistique, qui permet de réaliser une comparaison entre des biens en dépit de leurs différences (cf. Eggs, op. cit., no 394). Or, si l'applicabilité de la méthode hédoniste est soutenable en l'espèce, il ne ressort aucunement de la décision de l'autorité inférieure que celle-ci s'est fondée sur un modèle statistique pour arrêter l'indemnité due au titre de l'emprise définitive en zone de bois et forêts. L'autorité inférieure n'indique ni les bases sur lesquelles repose son évaluation, ni dans quelle mesure la prise en compte de la qualité du site - caractéristique générale qui appelle d'ailleurs une description plus détaillée - influe sur le calcul de la valeur vénale. En d'autres termes, l'autorité inférieure ne pouvait se borner à indiquer que l'indemnité était fixée à 2 francs par m2 pour tenir compte de la qualité du site. L'autorité inférieure dispose certes d'un large pouvoir d'appréciation mais il est essentiel qu'elle ait recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale (cf. supra consid. 5.2.3). Dans la mesure où il n'est fait référence à aucune donnée objective, force est de constater que la fixation de l'indemnité due pour l'emprise définitive de 29 m2 en zone de bois et forêts n'est pas suffisamment motivée. Par conséquent, sur ce point également, il convient d'annuler la décision de l'autorité inférieure et de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision. Il lui appartiendra de motiver de manière plus conséquente la fixation de l'indemnité en indiquant précisément sur quel modèle statistique repose son appréciation, en décrivant les caractéristiques de la parcelle qu'elle prend en compte et en expliquant clairement leur influence sur la valeur vénale. A cet égard, on relèvera que le simple fait que la forêt se situe à proximité d'une zone habitée et serve ainsi d'espace de détente ne suffit pas à lui procurer une valeur supérieure (cf. Hess/Weibel, op. cit., art. 19 LEx no 117 ; Eggs, op. cit., no 415).
6.4 Pour les motifs qui précèdent, la décision attaquée, en tant qu'elle porte sur l'indemnité due par les expropriants aux expropriés au titre de l'emprise définitive de 376 m2, doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
7.
7.1 S'agissant de l'indemnité due pour la constitution des trois servitudes souterraines, l'autorité inférieure a constaté que celles-ci arrivaient en surface et privaient ainsi les expropriés de toute possibilité de construire sur l'emprise concernée de 1'168 m2, laquelle se trouve entièrement en zone ferroviaire. Cette zone étant constructible sur dérogation, elle a considéré que la suppression des droits à bâtir correspondant justifiait une indemnisation, qu'elle a fixée à 192'720 francs, soit 165 francs par m2, pour tenir compte des spécificités de la zone ferroviaire, des possibilités très restreintes de construire liées à la configuration de la parcelle, de la distance par rapport à la forêt et du fait que les expropriés conservent la propriété de cette partie de la parcelle.
7.2 Les expropriants font valoir que la partie de la parcelle des expropriés grevée des servitudes souterraines était déjà inconstructible dès lors qu'elle se trouve dans la surface inconstructible de la (rivière), qu'elle se trouve pour l'essentiel à moins de 20 mètres de la lisière d'une forêt cadastrée, qu'elle est boisée depuis plus de 15 ans et qu'elle est classée. Par conséquent, ils estiment que les servitudes souterraines ne diminuent ni les possibilités de construire sur cette partie de la parcelle, ni son utilisation, de sorte qu'en l'absence de préjudice, aucune indemnité ne saurait être octroyée aux expropriés.
7.3 Les expropriés, quant à eux, considèrent en substance que, dans la mesure où l'assiette des servitudes s'étend sur une surface de 1'168 m2 sise en zone ferroviaire et où celle-ci est dotée de droits à bâtir, la suppression de ceux-ci doit faire l'objet d'une indemnisation, laquelle ne saurait être inférieure à l'indemnité de 165 francs par m2 allouée par l'autorité inférieure. Ils font valoir qu'en application des règles sur le report des droits à bâtir, l'octroi d'une indemnité pour la constitution des servitudes ne dépend pas de la possibilité de réaliser des constructions sur l'assiette même des servitudes.
7.4
7.4.1 A titre liminaire, il convient d'observer que l'assiette des servitudes ne peut être entièrement située en zone ferroviaire et couvrir une surface de 1'168 m2. Certes, la décision d'approbation des plans du 5 mai 2008 prévoyait la constitution de servitudes portant sur une surface de 1'168 m2. Néanmoins, dès lors que, suite à la décision d'approbation des plans du 13 mars 2017, une portion de cette surface a fait l'objet d'une emprise définitive pour la réalisation de la sortie de secours du tunnel, l'assiette des servitudes a nécessairement été réduite. La constitution de servitudes ne s'avère en effet pas nécessaire sur la surface sujette à emprise définitive. En d'autres termes, la même surface ne saurait être indemnisée à deux reprises, une première fois au titre de l'emprise définitive et une seconde fois pour la constitution des servitudes souterraines. Il ressort d'ailleurs du plan de répartition des zones et de situation de l'ouvrage ferroviaire produit par les expropriants dans le cadre de la procédure devant l'autorité inférieure (cf. pièce no 20 du dossier de l'autorité inférieure) que la partie de la parcelle sise en zone ferroviaire et non sujette à emprise définitive représente une surface de 846 m2. Par conséquent, de deux choses l'une : soit l'assiette des servitudes se trouve entièrement en zone ferroviaire et elle ne peut être supérieure à 846 m2, soit elle porte sur une surface plus étendue mais elle ne peut alors être située intégralement en zone ferroviaire. Force est ainsi de constater que la décision de l'autorité inférieure est contradictoire en tant qu'elle retient que l'assiette des servitudes souterraines est de 1'168 m2 et qu'elle se trouve entièrement en zone ferroviaire.
7.4.2 Par ailleurs, la décision de l'autorité inférieure est également problématique en tant qu'elle considère que la constitution des servitudes souterraines en zone ferroviaire prive les expropriés de droits à bâtir et qu'elle leur alloue une indemnité à ce titre. Certes, l'autorité inférieure a retenu à juste titre que la zone ferroviaire est en principe constructible sur dérogation (cf. supra consid. 6.2.4.1). Néanmoins, si elle a tenu compte des restrictions de droit public limitant fortement les possibilités de construire, elle ne pouvait se dispenser d'une analyse détaillée des possibilités concrètes de transférer et d'exploiter les droits à bâtir, afin de déterminer si la constitution des servitudes prive réellement les expropriés de droits à bâtir.
En l'espèce, l'assiette des servitudes se trouve soit en zone inconstructible en raison de la proximité de la (rivière) ou d'une aire forestière, soit dans l'espace minimal de la (rivière), de sorte que, dans tous les cas, les droits à bâtir pouvant être octroyés sur dérogation dans cette zone ne sont pas exploitables à cet endroit (cf. art. 15 al. 1 et 2 LEaux-GE et art. 11 al. 1 de la loi genevoise du 20 mai 1999 sur les forêts [LForêts-GE, RS M 5 10]). Comme on l'a vu précédemment (cf. supra consid. 6.2.4.2), un transfert des droits à bâtir (cf. art. 15 al. 8 LEaux-GE et art. 11 al. 6 LForêts-GE) pouvant être octroyés aux expropriés sur la partie de leur parcelle sise en zone ferroviaire n'est pas réalisable en pratique. Partant, il y a lieu de retenir que la constitution des servitudes en zone ferroviaire ne prive les expropriés d'aucun droit à bâtir. Quoi qu'en dise les expropriés, les expropriants ont tout de même un intérêt à l'inscription d'une servitude personnelle d'interdiction de bâtir, dès lors que des dérogations peuvent être octroyées, à des conditions certes très restrictives, pour des projets de construction dans la zone inconstructible du cours d'eau, dans l'espace minimal du cours d'eau ou dans la zone inconstructible à proximité de la forêt (cf. art. 15 al. 3 LEaux-GE et art. 11 al. 2 LForêts-GE).
7.4.3 Conformément à la jurisprudence citée précédemment (cf. supra consid. 5.3.3), en cas d'imposition forcée de servitudes, l'indemnité doit couvrir la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation et elle doit compenser la différence entre la valeur vénale du bien-fonds sans les servitudes et celle du fonds grevé des servitudes. Lorsque, comme dans le cas d'espèce, le bien-fonds grevé comporte des constructions, l'estimation est limitée à la part du fonds sur laquelle s'exercera concrètement la servitude (cf. art. 19 let. a LEx). En l'occurrence, dans la mesure où la constitution des servitudes souterraines en zone ferroviaire ne prive les expropriés d'aucun droit à bâtir et où aucun élément du dossier n'indique que l'utilisation de la surface de la parcelle correspondant à l'assiette des servitudes est entravée par la constitution de ces dernières, force est d'admettre que la part du bien-fonds sise en zone ferroviaire et sur laquelle s'exerceront concrètement les servitudes ne subit aucune moins-value. Partant, en l'absence de dommage, une indemnité ne saurait être octroyée aux expropriés en raison de la constitution des servitudes souterraines en zone ferroviaire.
7.5 Sur le vu de ce qui précède, la décision de l'autorité inférieure doit être annulée en tant qu'elle alloue une indemnité de 192'720 francs aux expropriés pour la constitution des trois servitudes souterraines en zone ferroviaire. Cela étant, vu l'incertitude liée à la détermination de l'assiette exacte des servitudes, il appartiendra à l'autorité inférieure de compléter son instruction sur ce point dans le cadre du renvoi de la cause, de manière à préciser l'étendue de l'assiette des servitudes souterraines et à déterminer les zones sur lesquelles portent celles-ci.
8.
8.1 En ce qui concerne l'indemnité due au titre de la perte de valeur de la partie non-expropriée de la parcelle, l'autorité inférieure a considéré qu'une telle perte de valeur n'était pas établie et que, faute de dommage, aucune indemnité ne pouvait être octroyée aux expropriés.
8.2 Les expropriants font valoir en substance qu'aucun élément du dossier ne démontre que la parcelle des expropriés aurait une valeur moindre en raison de l'emprise définitive de 376 m2 et de la constitution des servitudes souterraines, rien n'indiquant notamment que la valeur paysagère du site en ait été affectée.
8.3 Selon les expropriés, l'expropriation partielle occasionne indéniablement une atteinte à leur bien-fonds, dans la mesure où la modification de la configuration du parc de la parcelle, jusqu'ici intégralement préservée, porte atteinte à l'un des attraits du bien-fonds se trouvant à l'origine de la mesure de classement. L'expropriation provoque en outre la perte de jouissance d'un écran végétal protecteur et la modification de la vue depuis la villa. Les expropriés estiment ainsi que la perte de valeur subie par la partie restante de la parcelle doit faire l'objet d'une indemnité calculée en comparant les valeurs vénales du solde de la parcelle avant et après l'expropriation. Ils préconisent que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure, qui dispose de compétences particulières en la matière, pour qu'elle arrête l'indemnité due à ce titre.
8.4 Le Tribunal considère que l'autorité inférieure était en droit de retenir que la diminution de la valeur de la partie restante de la parcelle des expropriés n'était pas établie. En effet, les expropriés se sont contentés d'alléguer que l'expropriation portait atteinte à l'un des attraits du bien-fonds sans toutefois rendre vraisemblable que l'expropriation provoquait une diminution de la valeur de la partie non expropriée de leur parcelle. Ils n'ont pas démontré dans quelle mesure l'amputation du parc de quelques centaines de m2 à son extrémité sud portait atteinte à la valeur paysagère du site et, par conséquent, engendrait une dépréciation du reste de la parcelle. Contrairement à ce que suggèrent les expropriés, le simple fait que le site soit demeuré intact depuis son aménagement originel ne permet pas de retenir qu'une modification de la configuration du parc a une influence sur la valeur de la partie restante de la parcelle. Par ailleurs, les allégations de perte de jouissance d'un écran végétal protecteur et de modification de la vue depuis la villa n'ont été aucunement étayées par des offres de preuve susceptibles de les rendre vraisemblables. Il en résulte qu'une éventuelle perte de valeur de la partie non expropriée de la parcelle ne ressort pas du dossier et que les griefs des expropriés sur ce point doivent être écartés.
9.
9.1 S'agissant de l'emprise temporaire de 1'019 m2 dès le 20 décembre 2013, puis de 1'021 m2 dès le 15 août 2017, l'autorité inférieure a accordé aux expropriés une indemnité forfaitaire de 2'500 francs, en précisant que ceux-ci n'avaient pas été véritablement privés d'un revenu du fait de cette emprise.
9.2 Les expropriants font valoir en substance que, faute de dommage indemnisable prouvé, aucune indemnité ne doit être octroyée aux expropriés au titre de l'emprise temporaire.
9.3 Pour leur part, les expropriés allèguent que l'emprise temporaire les a empêchés de jouir pleinement de leur propriété et a restreint l'usage qu'ils pouvaient en faire, causant ainsi un préjudice indéniable donnant droit à une indemnité. Ils font toutefois grief à l'autorité inférieure d'avoir alloué une indemnité forfaitaire, alors que l'indemnité aurait dû être fixée en francs par m2 et par an. Compte tenu des particularités du site, les expropriés estiment que l'indemnité doit s'élever au moins à 2 francs par m2 et par an en l'espèce.
9.4 Conformément à la jurisprudence exposée précédemment (cf. supra consid. 5.4.2), l'éventuelle indemnité due par les expropriants au titre de l'emprise temporaire doit couvrir le dommage effectivement subi par les expropriés. En tant qu'elle leur alloue une indemnité forfaitaire de 2'500 francs tout en constatant que les expropriés n'ont « pas été véritablement privés d'un revenu du fait de l'emprise temporaire » (cf. décision attaquée consid. 5.2, p. 13), la décision de l'autorité inférieure semble indemniser une simple perte de jouissance et une restriction de l'usage de la partie de la parcelle sujette à emprise temporaire. Il apparaît toutefois que les expropriés ne font pas un usage particulier de cette surface, laquelle ne génère d'ailleurs aucun revenu. En outre, la valeur paysagère et les particularités du site, de même que l'entretien soigné dont il a fait l'objet, ne sauraient justifier à eux seuls l'octroi d'une indemnité. Par conséquent, force est de constater que les expropriés n'ont pas démontré l'existence d'un dommage effectif qu'ils auraient subi du fait de l'expropriation temporaire. Dans ces circonstances, une indemnisation - même forfaitaire - constitue une violation du principe de l'équivalence économique, car elle est susceptible de conduire à un enrichissement des expropriés. Il en résulte que la décision de l'autorité inférieure doit être annulée sur ce point, dès lors qu'aucune indemnité ne saurait être allouée aux expropriés au titre de l'expropriation temporaire de 1'019 m2, puis de 1'021 m2.
10.
Sur le vu de ce qui précède, faute de pouvoir être confirmée, la décision de l'autorité inférieure du 15 octobre 2019 doit être annulée et la cause renvoyée à cette autorité pour instruction complémentaire et nouveau prononcé au sens des considérants. Par conséquent, tant le recours principal que le recours joint - qui concluent tous deux, implicitement du moins, à l'annulation de la décision litigieuse - doivent être partiellement admis.
11. Demeure à trancher la question des frais et dépens.
11.1
11.1.1 Aux termes de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie lorsque l'exproprié succombe intégralement ou en majeure partie (cf. arrêts du TF 1A.269/2006 du 28 février 2007 consid. 5 ; 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 non publié aux ATF 133 II 30 ; arrêts du TAF A-2600/2018 précité consid. 8.1 ; A-6933/2017 précité consid. 8.1 ; A-4923/2017 précité consid. 9.1.1).
11.1.2 Ainsi, contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais à la charge de la partie qui succombe ne s'applique pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. Tel est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (cf. art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (cf. art. 8 ss FITAF).
11.2
11.2.1 En l'espèce, les conclusions des expropriés ont été partiellement admises, de sorte qu'il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel - en dérogation à l'art. 63 PA - il appartient à l'expropriant de supporter les frais de procédure. Ceux-ci sont fixés à 10'000 francs en l'occurrence et ils seront prélevés sur l'avance de frais d'un montant correspondant déjà versée par les expropriants.
11.2.2 Les expropriés obtenant en partie gain de cause, dans la mesure où ils requéraient l'annulation de la décision entreprise, ils ont droit à une indemnité de dépens, qui vise à les défrayer pour les frais de représentation qui étaient objectivement nécessaires, leur recours n'étant au demeurant nullement téméraire (cf. Hess/Weibel, op. cit., art. 116 LEx no 3). Cette indemnité sera toutefois réduite d'un tiers pour tenir compte du fait que leurs griefs relatifs à l'indemnité due pour la constitution des servitudes souterraines, à celle due au titre de la perte de valeur de la partie non expropriée de la parcelle et à celle due pour l'emprise temporaire ont été écartés. Conformément à l'art. 14 al. 2 FITAF, l'indemnité de dépens sera fixée sur la base du décompte d'activité produit par les expropriés en date du 29 juin 2020, le tarif horaire de l'avocat étant toutefois réduit à 400 francs (cf. art. 10 al. 2 FITAF). Par conséquent, l'indemnité de dépens, TVA comprise, sera arrêtée à 7'716.65 francs ([7.67 heures x 400 francs + 25.33 heures x 300 francs + 0.67 heures x 120 francs] / 3 x 2 + 7.7% de TVA) et sera mise à la charge des expropriants.
Quant aux expropriants, conformément à la règle générale de l'art. 116 LEx, il ne leur sera pas alloué de dépens bien qu'ils aient eu gain de cause sur le point de l'annulation de la décision attaquée.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours des expropriants du 5 décembre 2019 et celui des expropriés du 23 décembre 2019 sont partiellement admis au sens des considérants.
2.
La décision du 15 octobre 2019 de l'autorité inférieure est annulée et l'affaire renvoyée à cette autorité pour instruction complémentaire et nouveau prononcé au sens des considérants.
3. Les frais de procédure de 10'000 francs sont mis à la charge des expropriants. Ils seront prélevés sur l'avance de frais d'un montant correspondant qu'ils ont déjà versée.
4.
Une indemnité de dépens de 7'716.65 francs est allouée aux expropriés, à la charge des expropriants.
5. Le présent arrêt est adressé :
- aux expropriants (acte judiciaire)
- aux expropriés (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Johanna Hirsch-Sadik
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :