bvger · A-313/2007 · 2009-09-18 · fr
A-313/2007

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-313/2007
Arrêt du 18 septembre 2009
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Michael Beusch, Daniel Riedo, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.
Parties
X._______ SA, ***, et
Y._______ SA, ***,
représentées par Jacques A. Gilliéron SA Cabinet Fiduciaire et Fiscal, ***,
recourantes,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (OTVA); 1er trimestre 1995 au 4e trimestre 2000; adhésion rétroactive au taux de la dette fiscale nette; intérêts moratoires.
Faits :
A.
Les sociétés X._______ SA et Y._______ SA, respectivement sises à *** et à ***, exploitent chacune un centre de fitness et sont immatriculées au registre des contribuables TVA depuis le 1er janvier 1995.
B.
En date du 13 mai 1996, les sociétés X._______ SA et Y._______ SA contestèrent leur assujettissement, en se fondant sur les ch. 3, 9 et 17 de l'art. 14 de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures).
Par décisions des 30 janvier et 25 février 2003, l'AFC constata que les sociétés X._______ SA et Y._______ SA avaient à juste titre été assujetties à la TVA à partir du 1er janvier 1995 et leur réclama, à titre de TVA due pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, le paiement de différents montants, pour un total de Fr. 273'165.--, respectivement de Fr. 201'227.35, plus intérêts moratoires dès l'échéance légale propre à chaque période fiscale concernée.
C.
Par courriers respectifs des 3 et 28 mars 2003, les sociétés X._______ SA et Y._______ SA formèrent réclamations contre ces décisions, faisant valoir que les activités déployées dans leurs centres de fitness respectifs étaient visées par l'art. 14 ch. 3, ch. 9 et ch. 17 let. d OTVA.
Par lettres du 5 avril 2006, l'AFC proposa aux sociétés X._______ SA et Y._______ SA de retirer leurs réclamations. A cette occasion, l'AFC exposa notamment que tous les fitness assujettis sous le régime de l'OTVA qui n'avaient pas encore remis leurs décomptes pour la période du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000 pouvaient encore demander leur adhésion dès le début de leur assujettissement à la méthode des taux de la dette fiscale nette (TDFN). A cette occasion, l'AFC exposa en outre, concernant le calcul des intérêts moratoires, que les fitness qui avaient contesté leur assujettissement jusqu'au 31 mars 2001 seraient mis au bénéfice d'une échéance spéciale calculée à partir de cette date, à la condition notamment qu'ils aient retiré leurs réclamations jusqu'au 16 août 2006.
Par courriers du 7 juillet 2006, l'AFC releva que la possibilité d'adhérer rétroactivement au TDFN n'était accordée qu'aux fitness qui n'avaient pas déjà remis leurs décomptes. Elle précisa en outre que ceux qui avaient déjà remis des décomptes arrêtés au moyen de la méthode effective pouvaient demander leur adhésion à la méthode des TDFN dès le début du trimestre - suivant - pour lequel ils n'avaient pas encore remis leur décompte.
D.
Par courriers du 3 août 2006, les sociétés X._______ SA et Y._______ SA déclarèrent retirer leurs réclamations respectivement formées en dates des 3 et 28 mars 2003, sous réserve d'éventuelles actions en dommages et intérêts.
Par courriers respectifs du 8 août 2006, les sociétés X._______ SA et Y._______ SA remirent chacune une déclaration d'adhésion au TDFN dès le 1er janvier 1995, ainsi que des décomptes pour les périodes du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000. Les chiffres d'affaires (CA) déclarés furent imposés, pour les périodes du 1er trimestre 1995 au 4e trimestre 1998, au TDFN de 4 % et, pour les périodes du 1er trimestre 1999 au 4e trimestre 2000, au TDFN de 4.6 %.
E.
Par décisions du 19 septembre 2006, l'AFC prit acte du retrait des réclamations respectivement formées par les sociétés X._______ SA et Y._______ SA les 3 et 28 mars 2003, raya les causes du rôle et déclara ses décisions des 30 janvier et 25 février 2003 entrées en force.
Par lettres du 19 octobre 2006, ainsi que dans trois lettres adressées à l'AFC en dates des 8 et 15 novembre 2006 par chacune d'elles, les sociétés X._______ SA et Y._______ SA soulignèrent que les réclamations respectivement formées les 3 et 28 mars 2003 avaient été retirées « sous réserve » de l'action en dommages et intérêts qui seraient déposée prochainement par chacune d'elles et que, partant, les décisions des 30 janvier et 25 février 2003 n'étaient pas entrées en force, la globalité des sommes réclamées étant en outre contestées.
F.
Estimant qu'il convenait dès lors de statuer sur les réclamations susmentionnées, l'AFC, par décisions du 5 décembre 2006, annula ses décisions du 19 septembre 2006 et rejeta lesdites réclamations. l'AFC confirma en outre avoir inscrit à bon droit les sociétés X._______ SA et Y._______ SA avec effet au 1er janvier 1995. Elle requit dès lors la société X._______ SA, respectivement la société Y._______ SA, d'acquitter différents montants à titre de TVA due pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, pour un total de Fr. 255'998.65, respectivement de Fr. 183'540.80, plus intérêts moratoires dès l'échéance légale propre à chaque période fiscale concernée.
Contre ces décisions, les sociétés X._______ SA et Y._______ SA (ci-après: les recourantes) ont formé réclamation devant l'AFC par actes du 11 janvier 2007, en contestant la totalité des montants réclamés, au motif que, si ces montants résultaient bien des décomptes qu'elles avaient elles-mêmes remplis, ils avaient été obtenus sur la base d'une application du taux de l'impôt effectif, en lieu et place du TDFN dont elles réclamaient depuis plusieurs mois le bénéfice. Les recourantes estimaient en outre que la pratique de l'AFC, selon laquelle l'adhésion rétroactive au TDFN n'était possible que pour les fitness qui n'avaient pas déjà remis leurs décomptes, ne leur était pas applicable, du fait qu'elles n'avaient pas reçu de documentation les informant sur l'existence des TDFN et que, si elles en avaient été informées, elles auraient sans hésiter choisi cette méthode, car elle les avantageait. Elles relevaient finalement que selon les précédents courriers de l'AFC, les intérêts moratoires étaient calculés à partir du 1er avril 2001.
G.
S'estimant incompétente et se conformant dès lors à l'art. 8 al. 1 de la loi fédérale sur la procédure administrative du 20 décembre 1968 (PA, RS 172.021), l'AFC, par courriers du 12 janvier 2007, transmit au Tribunal administratif fédéral (TAF), pour qu'il statue, les réclamations du 11 janvier 2007, lesquelles doivent être considérées comme des recours au sens des art. 44 ss PA et 31 ss de la loi sur le Tribunal administratif fédéral du 17 juin 2005 (LTAF, RS 172.32).
Invitée à se déterminer sur ces recours, l'AFC, par réponses du 30 avril 2007, a conclu à leur admission partielle, en ce sens que les montants d'impôt afférents aux périodes fiscales du 1er trimestre 1999 et du 2e au 4e trimestre 2000, réclamés sous points 5c et 5d, respectivement sous points 5e et 5f, des décisions sur réclamation rendues le 5 décembre 2006 à l'encontre de la société X._______ SA, respectivement de la société Y._______ SA, devaient être réduits à Fr. 8'238.80 et Fr. 26'787.65, respectivement à Fr. 4'541.60 et Fr. 12'878.40. Pour le surplus, l'AFC a conclu au rejet des recours.
H.
Par ordonnances du 9 mai 2007, le TAF a invité les recourantes à préciser les conclusions, ainsi que les motifs de leurs recours.
Par mémoires de réplique adressées au TAF en date du 16 mai 2007, les recourantes ont, d'une part, contesté la décision de l'AFC du 4 avril 2007, pour des motifs énumérés de 1 à 8, faisant ensuite remarquer que la procédure aurait duré plus de onze ans, durant lesquels aucun impôt n'aurait été perçu. D'autre part, les recourantes ont également contesté le refus de l'AFC d'abandonner les intérêts moratoires pour les périodes du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, selon proposition soumise par cette dernière dans ses courriers du 5 avril 2006, ainsi que le fait d'avoir reçu les documents leur permettant de se déterminer sur la méthode de décompte.
Par dupliques du 11 juin 2007, l'AFC a confirmé ses conclusions prises dans ses réponses du 30 avril 2007.
I.
Constatant que dans plusieurs dossiers récents, l'AFC avait procédé, en matière d'assujettissement rétroactif, à une application rétroactive des TDFN, en application du ch. 2.4.1 de la nouvelle brochure spéciale n° 2 de l'AFC (« Assujettissement à la TVA »), en vigueur depuis le 1er janvier 2008, le TAF, par ordonnances du 14 mai 2009, l'a invitée à prendre position sur la légalité de l'application rétroactive des TDFN en cas d'immatriculation rétroactive ou d'une autre reprise d'impôt, sur l'éventuelle application des TDFN en faveur des recourantes en tant que leurs recours sont pendants devant le TAF, ainsi que sur le principe de l'égalité de traitement entre les dossiers récents susmentionnés et les cas présents.
Par prises de position du 2 juin 2009, l'AFC a rappelé que dans les cas d'espèce, le refus qu'elle avait opposé aux recourantes de décompter au moyen de la méthode des TDFN pour certaines périodes fiscales reposait sur le fait que, pour ces périodes, les recourantes avaient déjà remis et arrêté leurs décomptes au moyen de la méthode effective. L'AFC a ensuite exposé qu'au vu de la jurisprudence, la légalité de l'application rétroactive des TDFN ne faisait aucun doute, aussi bien en cas d'estimation externe que d'estimation interne pour non-remise de décomptes. L'AFC a au surplus écarté toute violation du principe de l'égalité de traitement entre les présentes affaires et les dossiers récents susmentionnés.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Depuis le 1er janvier 2007, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF. En particulier, les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées peuvent être contestées devant le TAF, conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure devant le TAF est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, les recours du 11 janvier 2007 formés contre les décisions sur réclamation rendues par l'AFC en date du 5 décembre 2006 et notifiées au plus tôt le lendemain ont été, via l'AFC, interjetés auprès du TAF, lequel est effectivement compétent, dans le délai légal prescrit par l'art. 50 al. 1 PA. Un examen préliminaire révèle en outre que ces actes, tels que complétés par les mémoires de réplique adressés par les recourantes en date du 16 mais 2009, remplissent les exigences posées à l'art. 52 al. 1 PA, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
1.2 D'après l'art. 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent en outre les mêmes questions de droit (ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundes-verwaltungsgericht, Bâle 2008, note marg. 3.17). Une telle solution répond en effet à un souci d'économie de procédure et correspond à l'intérêt de toutes les parties (ATF 122 II 367 consid. 1a; voir aussi l'arrêt du TAF A-1559/2006 et A-1560/2006 du 2 décembre 2008 consid. 1.3 et références citées).
En l'occurrence, les recourantes, qui exploitent toutes les deux un centre de fitness, ont chacune interjeté recours, par mémoires du 11 janvier 2007, contre les décisions sur réclamation rendues à leur encontre par l'AFC en date du 5 décembre 2006. Les recours sont ainsi déposés contre la même autorité et dans un contexte identique. Il est de plus indiscutable que ces différentes causes présentent une étroite unité dans les faits et posent en outre les mêmes questions juridiques, à savoir principalement celle de la possibilité, pour les recourantes, d'adhérer de façon rétroactive à la méthode des TDFN, s'agissant des périodes pour lesquelles l'impôt avait déjà été déclaré et déterminé en application de la méthode effective.
Partant, il convient de réunir les causes A-314/2007 et A-313/2007 sous un seul numéro de dossier, soit le A-313/2007.
1.3 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 (aCst.), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1999, et à l'art. 196 ch. 14 al. 1 de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures). Le 2 septembre 1999, le Parlement a introduit la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette dernière, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), a abrogé l'OTVA. Toutefois, selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées, ainsi que leurs dispositions d'exécution, demeurent applicables, sous réserve de l'art. 94 LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité.
En l'occurrence, l'art. 94 LTVA n'entre pas en considération en ce qui concerne les périodes fiscales du 1er trimestre 1995 au 4e trimestre 2000, de sorte que l'OTVA est seule applicable à la présentes cause.
1.4 Reste encore à définir l'objet du litige, tendant principalement à l'examen de l'application rétroactive du TDFN, s'agissant des périodes fiscales pour lesquelles l'impôt a déjà été déclaré et déterminé par les recourantes au moyen de la méthode effective.
A cette fin, il y a lieu, dans un premier temps, de traiter de la possibilité d'adhérer rétroactivement à la méthode des TDFN (consid. 2). Il sera ensuite question du principe de l'auto-taxation, en particulier de ses implications en matière de connaissance, par le contribuable, de ses obligations fiscales (consid. 3). Il s'agira finalement d'en tirer les conséquences qui s'imposent dans le cas d'espèce (consid. 4).
2.
En tant que la TVA constitue un impôt général sur la consommation, conduisant à une imposition à tous les stades économiques, il est nécessaire que l'impôt ayant grevé les opérations effectuées en amont dans le cycle de production soit déductible, pour que les chiffre d'affaires nets des entreprises assujetties soient seul imposés et que la charge fiscale soit supportée par le consommateur final (cf. Pascal Mollard, La TVA: vers une théorie du chaos?, in Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 49 s.; Daniel Riedo, Von Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 3 p. 11 ss, en particulier ch. 3.2 p. 12 s. et ch. 3.6 p. 17 ss; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 129 s.; arrêt du TF 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 6.5; cf. également AFC, brochure spéciale n° 2, « Assujettissement à la TVA » [ci-après: brochure « Assujettis-sement »], éditions de novembre 1996, de septembre 2000 et de décembre 2007 ch. 2.4). La dette fiscale représente dès lors le montant de l'impôt restant dû après déduction de l'impôt préalable (cf. art. 38 al. 1 OTVA).
2.1 Les conditions auxquelles un assujetti peut déduire, dans ses décomptes, les montants d'impôt préalable sont réglées à l'art. 29 OTVA (à ce propos, cf. not. ATF 132 II 352 consid. 8.2, 8.3 et 10; arrêts du TF 2C_510/2007 du 15 avril 2008 consid. 2.2 et 2A.34/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.4; arrêts du TAF A-1496/2006 à A-1498/2006 du 27 octobre 2008 consid. 4.1 et 4.2 et les références citées et A-1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 5.1.2 et 5.1.3; Riedo, op. cit., ch. 7 p. 243 ss, en particulier ch. 7.2 p. 246 ss; Mollard, op. cit., p. 63 ss, ch. 3.2.3, Diego Clavadetscher/Pierre-Marie Glauser/Gerhard Schafroth, in Mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000 [Mwst.com], n° 6 ss ad art. 38). Il convient notamment de remarquer que les assujettis ne sont en droit de déduire que les montants d'impôt préalable qu'il ont effectivement supportés. Une facture ou tout autre document en tenant lieu, comportant les indications prescrites à l'art. 28 al. 1 OTVA, est nécessaire pour prouver l'existence de cette charge (cf. arrêt du TF 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 3.2 et 3.3; 2A.520/2003 du 29 juin 2004 consid. 9.2; brochure « Assujettissement », éditions de novembre 1996, de septembre 2000 et de décembre 2007, ch. 2.4.2).
2.2 Ce principe connaît une exception, dans le cas des assujettis qui ont été autorisés par l'AFC à s'acquitter de l'impôt selon le système des TDFN. Ce régime, fondé d'abord sur l'art. 47 al. 3 OTVA, puis consacré à l'art. 59 LTVA, prévoit un calcul de l'impôt dû à un taux forfaitaire tenant compte de la charge fiscale préalable (cf. BO CN 1993 p. 344; arrêt du TF 2C_263/2007 précité consid. 3.3; décisions CRC 2004-033 du 10 août 2005 consid. 3a, 2002-087 du 28 octobre 2004 consid. 5b et 2001-062 du 13 septembre 2001 consid. 3a).
2.2.1 Aux termes de l'art. 47 al. 3 OTVA, si l'enregistrement exact de certains faits essentiels au calcul de l'impôt cause une charge excessive à l'assujetti, l'AFC peut lui accorder certaines facilités, aux conditions fixées par elle, ou admettre qu'il calcule l'impôt par approximation, pour autant qu'il n'en résulte aucune diminution notable de l'impôt, aucune distorsion marquante des conditions de concurrence et que cela ne complique pas de manière excessive les décomptes d'autres assujettis et les contrôles fiscaux (cf. arrêts du TAF A-1415/2006 du 14 juillet 2008 consid. 3.1 et A-1404/2006 et A-1405/2006 du 21 juin 2007 consid. 4.1; décision CRC 2004-033 précitée consid. 3b et 2001-062 précitée consid. 3b).
2.2.2 Le Conseil fédéral a délégué à l'AFC la compétence de déterminer dans quels domaines et à quelles conditions les simplifications devaient être prévues (cf. arrêt du TAF A-1404/2006 et A-1405/2006 précité consid. 4.1; décision CRC 2001-062 précitée consid. 3c). Celle-ci s'est ainsi fait l'auteur, pour la période - déterminante en l'espèce - de l'OTVA, de trois brochures sur le taux de dette fiscale nette. La première, de septembre 1994, a été valable dès le 1er janvier 1995. Elle a été remplacée en juin 1995 par une deuxième brochure, éditée dans le courant du mois de mai 1995, dont la validité s'est étendue jusqu'au 31 décembre 1996. Enfin, une troisième brochure, publiée en novembre 1996, a été valable du 1er janvier 1997 au 31 décembre 2000 (pour la période de la LTVA, voir les brochures « Taux de la dette fiscale nette », éditions d'août 2000 valable du 1er janvier 2001 au 30 juin 2004, de juin 2004 valable du 1er juillet 2004 au 31 décembre 2007 et de décembre 2007 valable à partir du 1er janvier 2008; voir également l'arrêt du TF 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 4.2, 6.1, 6.3 et 6.4; arrêt du TAF A-4057/2009 du 3 septembre 2009 [non encore entré en force] consid. 2.5).
2.2.3 Le décompte de la TVA au moyen des TDFN a pour but de simplifier l'administration de la comptabilité et non d'alléger la charge fiscale du contribuable (cf. ATF 126 III 443 consid. 9; arrêt du TAF A-1404/2006 et A-1405/2006 précité consid. 4.3; décisions CRC 2004-033 précitée consid. 3d et 2001-062 précitée consid. 3e). Selon l'art. 36 al. 1 let. b OTVA, la période de décompte de l'impôt s'étend ainsi au semestre. En outre, l'assujetti n'a plus besoin de calculer l'impôt préalable qui grève son chiffre d'affaires imposable. En effet, sous le régime de la dette fiscale nette, l'impôt dû s'obtient en multipliant le chiffre d'affaires imposable brut par un taux que l'AFC détermine pour chaque branche économique et qui tient compte de manière forfaitaire de l'impôt préalable grevant l'ensemble des dépenses donnant droit à la déduction.
Les assujettis qui établissent leurs décomptes selon ce système s'acquittent ainsi d'un montant de TVA net d'impôt préalable (cf. arrêt du TF 4C_263 du 24 août 2007 consid. 3.3; arrêt du TAF A-1404/2006 et A-1405/2006 précité consid. 4.3; décision CRC 2004-033 précitée consid. 3d; Jörg Bühlmann, Das Schweizer Mehrwertsteuer-Handbuch, Zurich 1994, p. 331 s.; Alois Camenzind/Niklaus Honauer, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée (TVA) destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, éd. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 284 ; Ernst Höhn/Robert Waldburger, Steuerrecht Band I, 9e éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2001, §24 ch. 204; AFC, brochure spéciale n° 3 « Taux de la dette fiscale nette » [ci-après : brochure « TDFN »], éditions de septembre 1994 [1994] et de mai 1995 [1995] p. 3 s., édition de novembre 1996 [1996], ch. 1.2).
2.2.4 Il convient par ailleurs de rappeler que ce système a été intégralement repris par le législateur dans la LTVA, en vigueur depuis le 1er janvier 2001. Ainsi, selon l'art. 59 al. 2 LTVA, lorsque les décomptes sont établis au moyen des TDFN, l'impôt dû doit être déterminé en multipliant le chiffre d'affaires total imposable (impôt inclus) réalisé au cours d'une période de décompte par le TDFN accordé par l'AFC (cf. arrêt du TF 2C_263/2007 précité consid. 3.3; arrêts du TAF A-1404/2006 et A-1405/2006 précité consid. 4.5 et A-1415/2006 précité consid. 3.1; cf. également Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, Berne 2000 ch. 60; Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 237 ; Makedon Jenni, in Mwst.com, n° 13 ad art. 59).
2.2.5 Sous le régime de l'OTVA, le contribuable pouvait adhérer à la méthode des TDFN au début de son assujettissement. Dans ce cas, il s'obligeait à conserver ce mode de décompte durant une année civile au minimum. L'assujetti pouvait ensuite dénoncer son adhésion en adressant une révocation écrite à l'AFC dans un délai échéant à la fin du mois de février de l'année suivante. Une nouvelle adhésion à la méthode des TDFN n'était alors en principe possible qu'à l'échéance d'un délai de six ans. Dans le même sens, le contribuable qui n'avait pas adhéré dès le début son assujettissement aux TDFN ne pouvait adhérer à cette méthode qu'après avoir décompté durant six années civiles selon la méthode effective (cf. brochures « TDFN » 1994 et 1995 ch. 2.1 et 1997 ch. 5.1). Sous l'empire de la LTVA, en dehors des cas dans lesquels l'AFC modifie les TDFN de la branche en question, tout passage d'une méthode à l'autre n'est possible qu'à l'échéance d'une période de cinq ans (cf. art. 59 al. 3 LTVA; brochures « TDFN » versions août 2000, juin 2004 et décembre 2007 ch. 4; cf. également arrêt du TF 2C_263/2007 précité consid. 3.3; arrêt du TAF A-1403/2006 du 5 juillet 2007 consid. 2.1).
Ces délais d'attente ont été instaurés afin d'empêcher que les contribuables passent d'une méthode de décompte à l'autre, en fonction des investissements réalisés, pour des raisons de planification fiscale uniquement (cf. le rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national concernant l'initiative parlementaire [Dettling] « Loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée », in FF 1996 V p. 701 ss, ad art. 55 Projet-LTVA p. 780; arrêt du TF 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 6.1; arrêt du TAF A-1415/2006 précité consid. 4.1.5; MAKEDON JENNI, op. cit., n. 20 ad art. 59; cf. également le rapport du Conseil fédéral sur des améliorations de la TVA [10 ans de TVA] p. 80 s.).
2.3 Notamment fondé sur le fait que la possibilité de décompter selon la méthode des TDFN doit en principe faire l'objet d'une déclaration d'adhésion adressée à l'AFC dans les délais susmentionnés et n'est en outre accordée, aux conditions précitées, que sur autorisation de cette dernière, le TAF a déjà eu l'occasion de confirmer la pratique administrative selon laquelle une application rétroactive des TDFN n'est en principe pas possible (cf. arrêt du TAF A-1546/2006 du 30 avril 2008 consid. 4.3 et A-1403/2006 précité consid. 2.1 et références citées; cf. également décision CRC 2004-033 précitée consid. 3f). A défaut, il serait en effet loisible au contribuable de déterminer à la fin de la période fiscale la méthode qui l'avantage fiscalement et, sur cette base, de décider, cas échéant, d'adhérer rétroactivement à la méthode des TDFN (cf. consid. 2.2.3 et 2.2.5 ci-avant).
2.3.1 Au vu de la pratique administrative, confirmée par la CRC, le TAF et le TF (cf. not. les arrêts du TAF A-1331/2007 et A-1454/2007 du 7 août 2008, respectivement confirmés par les arrêts du TF 2C_641/2008 et 2C_642/2008 du 12 décembre 2008, et A-1621/2007 du 6 mars 2007, ainsi que les arrêts du TF 2A.569/2006 du 28 février 2007 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 rendus sur les décisions CRC 2006-005 et 2006-006 du 24 août 2006 et CRC 2004-117 du 9 mars 2005), il convient de considérer toutefois que ce principe connaît une exception, lorsqu'à la suite d'une estimation interne (non-remise de décomptes) et/ou externe (contrôle sur place), l'AFC procède à une immatriculation rétroactive. Dans ce cas, l'assujetti, qui ne s'était pas annoncé auparavant, n'a en effet pas encore effectué de choix concernant la méthode de décompte. Il convient dès lors de lui accorder cette opportunité. Tout changement ultérieur sera en revanche soumis au respect du délai d'attente (cf. consid. 2.2.5 ci-avant; arrêt du TAF A-1403/2006 précité consid. 2.1). Cette pratique peut être admise, dans la mesure où elle permet aux assujettis qui n'ont pas reçu de factures portant les indications énoncées à l'art. 28 al. 1 OTVA d'exercer malgré tout leur droit à la déduction de l'impôt préalable (voir les prises de position de l'AFC du 2 juin 2009).
2.3.2 L'assujetti qui est inscrit dans le registre des contribuables ou qui a simplement déjà remis ses décompte à l'AFC a en revanche nécessairement déjà effectué le choix d'une méthode de décompte. En principe, il ne pourra donc en changer qu'à l'échéance du délai d'attente (cf. consid. 2.2.5 ci-avant). En cas de reprise d'impôt et sous réserve des cas où le délai est arrivé à échéance, il sera donc lié par le choix qu'il a effectué. Ainsi, un passage de la méthode effective à celle des TDFN, et inversement, ne sera en principe pas possible. Il sied de constater que l'assujetti qui s'est inscrit ou qui a simplement remis ses décomptes se trouve dans une situation moins favorable que celui qui ne s'est jamais annoncé et n'a jamais remis de décompte, mais qui conserve toutefois le choix de la méthode au moment de son assujettissement rétroactif et, partant, la possibilité de déterminer sa dette fiscale par application rétroactive du TDFN. Le Tribunal de céans est d'avis que cette pratique, bien que limite, n'est toutefois pas constitutive d'une violation de l'égalité de traitement, le critère de distinction déterminant entre ces situations résidant en effet précisément dans le fait d'avoir ou non déjà opéré un choix concernant la méthode de décompte.
En résumé, il y a lieu de retenir que les contribuables se voient accorder la possibilité d'adhérer aux TDFN au moment de leur immatriculation, que celle-ci intervienne sur déclaration spontanée de l'assujetti ou de façon rétroactive, à la suite d'un contrôle de l'AFC. Une fois le choix opéré et sous réserve de la réalisation d'un autre motif de changement, un passage d'une méthode de décompte à l'autre ne sera possible qu'à l'échéance du délai d'attente (consid. 2.2.5 ci-avant; arrêt du TAF A-1403 précité consid. 2.1; voir aussi les prises de position de l'AFC du 2 juin 2009).
3.
En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37 OTVA; cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421 s.). Cela signifie que l'assujetti est lui-même tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC, à laquelle il doit verser l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (art. 37 et 38 OTVA). L'AFC n'est pas tenue à un devoir général de renseigner spontanément l'assujetti, de sorte que celui-ci est seul responsable de l'établissement correct et complet de ses décomptes. On peut donc exiger de sa part qu'il fasse preuve d'une connaissance particulière de ses obligations légales (cf. Camenzind/ Honauer, op. cit., p. 270; Commentaire du Département fédéral des finances [DFF] de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994, p. 38; arrêt du TF 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2 et 2A.555/1999 du 15 mai 2000 consid. 5d; arrêts du TAF A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4).
3.1 Il convient en outre de relever que la jurisprudence a toujours considéré, dès l'arrêté du Conseil fédéral du 29 juillet 1941 instituant un impôt sur le chiffre d'affaires (AChA, RO 1941 821 et les modifications ultérieures), qu'il appartient au contribuable de s'annoncer spontanément à l'autorité fiscale et non à celle-ci de le rechercher. Le contribuable doit dès lors examiner lui-même s'il remplit les conditions d'assujettissement et, en cas de doute, se renseigner auprès des autorités. S'il s'abstient de requérir les éclaircissements nécessaires, il ne peut par la suite invoquer ses connaissances lacunaires (cf. arrêt du TF 2A.191/2002 du 21 mai 2003 consid. 3.1; arrêts du TAF A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3; cf. également arrêt du TF 2A.320/2002 et 2A.326/2002 du 2 juin 2003 consid. 3.4.3.1, 3.4.3.2 et 4.2.2).
3.2 Il sied finalement de constater que l'inscription dans le registre des contribuables n'a pas d'effet constitutif. L'assujettissement subjectif à la TVA résulte de la seule réalisation des conditions légales et s'opère indépendamment de l'inscription. Cette dernière prend par ailleurs effet dès que les conditions légales d'assujettissement sont réunies, cas échéant de façon rétroactive (cf. Gerhard Schafroth/ Dominik Romang, in Mwst.com, n. 4 ad art. 56; Sandra Knopp Pisi, Das Selbstveranlagungsprinzip bei der Mehrwertsteuer - insbesondere die Bedeutung der Abrechnung mit oder ohne Vorbehalt, in Archives de droit fiscal suisse [ASA] 74 p. 391).
4.
En l'espèce, les recourantes ne contestent plus, dans leurs mémoires de recours, leur assujettissement, lequel est ainsi devenu définitif au moment du dépôt dits mémoires, soit le 11 janvier 2007, avec effet au 1er janvier 1995. Il s'agit dès lors principalement de se prononcer sur la question de l'application rétroactive du TDFN, s'agissant des périodes pour lesquelles elles avaient déjà remis et arrêté leurs décomptes selon la méthode effective. A cette fin et dans la mesure où les recourantes ont contesté leur assujettissement en date du 13 mai 1996, il y a d'abord lieu de déterminer si les décomptes initialement remis l'ont été sous réserve et, dans l'affirmative, d'examiner la portée dites réserves (consid. 4.1). Il conviendra ensuite de se prononcer sur la possibilité, pour les recourantes, d'adhérer rétroactivement à la méthode des TDFN s'agissant des périodes litigieuses (consid. 4.2).
4.1 Les conditions de validité des réserves émises à l'égard des décomptes remis sont relativement souples. Il suffit ainsi, par exemple, que l'inscription « réserve » ou « sous réserve » figure sur les décomptes remis (cf. arrêt du TF 2A.320/2002 et 2A.326/2002 précité consid. 3.4.3.4; Knopp Pisi, op. cit., p. 394). En l'occurrence, les décomptes initialement transmis par les recourantes ne contiennent aucune indication permettant d'inférer une éventuelle réserve émise à leur égard. Dans la mesure où ces dernières ont contesté leur assujettissement, il y a toutefois lieu de considérer que les décomptes ont été remis sous réserve implicite du bien-fondé de leur inscription. Le fait que l'objet du litige, dans le cadre des mémoires de recours déposés par devant le TAF, ait été réduit à la question de l'application rétroactive du TDFN et que les recourantes ont ainsi accepté, in fine, leur assujettissement, n'enlève rien au fait que ces décomptes doivent être qualifiés de remis sous réserve. En l'occurrence, il convient par conséquent de considérer que les décomptes ont été arrêtés selon la méthode effective, mais cependant remis sous réserve.
4.1.1 Il sied dès lors de déterminer la portée de dite réserve, concernant en particulier la possibilité, pour les recourantes, d'établir à nouveau leurs décomptes au moyen de la méthode des TDFN, s'agissant des périodes pour lesquelles elles avaient déjà déclaré et imposé leurs chiffres d'affaires selon la méthode effective. A cet égard, il y a lieu de rappeler que l'existence de réserves résulte dans le cas présent implicitement du fait que les recourantes ont contesté leur assujettissement (cf. consid. 4.1. ci-avant). Les réserves en question ne sauraient dès lors être interprétées autrement qu'en rapport avec l'assujettissement des recourantes. En particulier, elles ne sauraient valoir à l'égard de la méthode de décompte.
4.1.2 Il convient par ailleurs de préciser que le procédé consistant à émettre une réserve concernant le choix de la méthode de décompte en vue de conserver l'opportunité de procéder à un changement rétroactif et d'optimiser la charge fiscale en fonction des investissements effectivement réalisés sur une période doit être qualifié d'abusif au sens de l'art. 2 al. 2 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), disposition également applicable en droit administratif (cf. not. ATF 124 II 53 consid. 3 et 115 Ib 517 consid. 13d/aa). Un tel procédé irait en effet clairement à l'encontre du but poursuivi par l'instauration des TDFN, à savoir simplifier l'administration de la comptabilité, et serait en outre utilisé en faveur d'intérêts économiques non destinés à être protégés par ce système (cf. consid. 4.2.1 et 4.2.3 ci-avant; ATF 129 III 493 consid. 5.1, 126 II 443 consid. 9, 113 II 5 consid. 3b).
4.2 Les réserves ne valant en l'occurrence qu'en rapport avec l'assujettissement des recourantes, il convient dès lors de considérer qu'au moment de la remise des décomptes, ces dernière ont opéré leur choix, certes soumis à la condition suspensive du bien-fondé de leur assujettissement, en faveur de la méthode effective. Dans ces conditions, et au vu de ce qui a été exposé (cf. consid. 2.3.1 et 2.3.2 ci-avant), les recourantes ne sauraient prétendre à l'application rétroactive du TDFN, s'agissant des périodes pour lesquelles elles avaient déjà remis leurs décomptes et calculé l'impôt au moyen de la méthode effective. Les conclusions formulées en ce sens par les recourantes s'avèrent dès lors mal fondées et les recours doivent être rejetés sur ce point.
4.2.1 L'argument selon lequel les recourantes, contrairement aux affirmations de l'AFC, n'auraient pas reçu les documents leur permettant de se déterminer sur la méthode d'imposition, ne résiste pas à l'examen. C'est en effet le lieu de rappeler que l'AFC n'est pas tenue à un devoir général de renseigner spontanément l'assujetti, lequel doit faire preuve, en vertu du principe de l'auto-taxation, d'une connaissance particulière de ses obligations légales (cf. consid. 3 ci-avant). Dans les cas présents, le fait que l'AFC ait ou non adressé les documents en question aux recourantes n'est dès lors pas déterminant, puisque qu'il appartenait à ces dernières de s'informer sur ces questions, cas échéant en demandant à l'AFC de leur fournir des précisions. Le fait que les recourantes aient contesté leur inscription n'est à cet égard pas relevant, leur assujettissement ayant pris rétroactivement effet au 1er janvier 1995. Ce grief apparaît dès lors mal fondé et les recours doivent également être rejetés sur ce point.
C'est également le lieu de rappeler que l'introduction des TDFN a pour but de simplifier l'administration de la comptabilité et non d'alléger la charge fiscale de l'administré (cf. consid. 2.2.3 ci-avant). Partant, les motifs pour lesquels un assujetti fait le choix d'une méthode de décompte et le fait que cette méthode lui soit fiscalement plus favorable ne sont pas pertinents (à ce propos, cf. ASA 72 p. 727 consid. 6b; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 68.56 consid. 2c). L'argument avancé par les recourantes, selon lequel elles auraient sans hésiter choisi de décompter selon la méthode des TDFN si elles avaient été informées de cette possibilité, car l'application de cette méthode les avantage, n'est dès lors pas pertinent et doit être rejeté.
4.2.2 Se référant aux périodes fiscales du 1er trimestre 1999 et du 2e au 4e trimestre 2000, pour lesquelles elles ont quand même été autorisées à décompter rétroactivement au moyen des TDFN, les recourantes reprochent au surplus à l'AFC d'avoir segmenté l'application de cette méthode de façon disparate sur plusieurs trimestres. A cet égard, il y a lieu de constater que cette pratique résulte du fait que l'AFC, dans les cas présents, a accordé la possibilité d'adhérer aux TDFN pour toutes les périodes pour lesquelles les recourantes n'avaient pas remis de décompte, nonobstant le fait que les recourantes avaient toutes deux précédemment opéré leur choix en faveur de la méthode effective (cf. consid. 4.2 ci-avant; cf. également les lettres adressées par l'AFC aux recourantes en dates des 5 avril et 7 juillet 2006).
En tant que les recourantes, qui avaient déjà effectué le choix de décompter selon la méthode effective, ont été autorisées à adhérer, pour les périodes en question, à la méthode des TDFN avant l'échéance du délai d'attente (cf. consid. 2.2.5 ci-avant), il y a lieu de constater que la façon de procéder de l'AFC est à la limite de la légalité et du respect de sa propre pratique administrative, de sorte qu'on peut y voir une quasi-tolérance de sa part dont le TAF prend acte. Les recourantes ne sauraient donc en tirer aucun argument en leur faveur, dans la mesure où elles n'en subissent pas d'inconvénient. Au contraire, ledit procédé n'a eu pour conséquence, à leur égard, que d'élargir la possibilité d'adhérer au TDFN pour des périodes pour lesquelles cette alternative ne leur était légalement pas ouverte. Partant, le grief des recourantes ne résiste pas à l'examen et les recours doivent également être rejetés sur ce point.
4.2.3 Il convient finalement de se demander, au vu du principe de la bonne-foi, si l'AFC n'aurait pas dû autoriser les recourantes à arrêter leurs décomptes au moyen de la méthode des TDFN également pour les périodes pour lesquelles ces dernières avaient déjà remis leurs décomptes et calculé l'impôt selon la méthode effective.
Ancré à l'art. 9 Cst. et valant également en droit fiscal, le principe de la bonne foi exige de l'administration et des administrés qu'ils se comportent réciproquement de manière loyale. En particulier, ce principe protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après celles-ci (ATF 131 II 627 consid. 6.1, 129 III 361 consid. 7.1 et 129 I 161 consid. 4.1; arrêt du TF 2C_647/2008 du 17 novembre 2008 consid. 3.1; arrêt du TAF A-1561/2007 du 4 juillet 2008 consid. 5.1.1 et références citées).
Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (a) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (b) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (c) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut en outre (d) qu'en se fondant sur les assurances dont il se prévaut, l'administré ait pris des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et (e) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 131 II 627 consid. 6.1 et 129 II 361 consid. 7.1; arrêts du TF 2C_647/2008 précité consid. 3.1 et 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3; arrêts du TAF A-1561 précité consid. 5.1.2 et A-1408/2006 du 13 mars 2008 consid. 3.7; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, Bâle 1991, p. 108, n° 509 ; René A. Rhinow/Beat Krähenmann, Schweizerische Verwaltungs-rechtsprechung, Ergänzungsband, Bâle 1990, p. 240 ss ; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 4e éd., Zurich 2002, p. 128 ss, en particulier ch. 668 ss).
Selon la jurisprudence du TF, non unanimement approuvée par la doctrine, la protection de la confiance serait d'une étendue moindre en droit fiscal par rapport aux autres domaines du droit, vu l'importance que revêt le principe de la légalité en ce domaine. La bonne foi de l'assujetti ne serait ainsi protégée que lorsque les conditions susmentionnées sont réunies de manière claire et sans équivoque (cf. ATF 131 II 627 consid. 6.1 et 118 Ib 312 consid. 3b; Ernst Blumenstein/ Peter Locher, op. cit, p. 28; contra : décision de la CRC du 13 décembre 1994, publiée in JAAC 60.16 consid. 3c/bb; Pierre Moor, Droit administratif, vol. I, 2e éd., Berne 1994, p. 429; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3e éd., Bâle 2007, § 3 ch. 68 ss; Xavier Oberson/Annie Rochat Pauchard, La jurisprudence du Tribunal fédéral rendue en 2004 en matière de TVA, in ASA 75 p. 49).
En l'occurrence, les recourantes font en premier lieu valoir que les décomptes initialement remis à l'AFC, établis au moyen du taux unique de 6,5 %, l'ont été suite aux sommations de cette dernière qui leur aurait en outre assuré que la remise de ces décomptes n'aurait aucune influence sur leurs situations futures. A cet égard, il y a d'abord lieu de remarquer que les recourantes n'ont produit aucune pièce ni démontré d'aucune façon les assurances dont elles se prévalent. Dans ces conditions, leurs déclarations revêtent le caractère d'allégations non prouvées et doivent être écartés, conformément à la règle générale de l'art. 8 CC.
Au vu des connaissances particulières que les assujettis doivent posséder de leurs obligations légales, il appartenait en outre aux recourantes de se renseigner sur la possibilité qu'elles avaient de décompter au moyen de la méthode des TDFN, sans que l'AFC ait au surplus le devoir de les en informer (cf. consid. 3 et 4.2.1 ci-avant). Partant, également dans le cas où l'AFC leur aurait déclaré que la remise des décomptes n'aurait aucune influence sur leurs situations futures, les recourantes auraient immédiatement dû se rendre compte que cette observation ne valait que s'agissant de leur qualité d'assujetti, mais ne concernait pas la méthode utilisée, dont le choix, effectué lors de la remis des décomptes, a, de toute évidence, des répercussions sur le montant de la dette fiscale.
Le fait que l'AFC, par lettres des 5 avril et 7 juillet 2006, ait autorisé les recourantes, s'agissant des périodes pour lesquelles elle n'avaient pas encore remis leurs décomptes, à adhérer de façon rétroactive à la méthode des TDFN ne saurait au surplus valoir assurance que cette possibilité leur serait également accordée concernant les périodes pour lesquelles elles avaient déjà remis leurs décomptes. Cela vaut d'autant plus que dans ces lettres, l'AFC a clairement indiqué que l'adhésion au TDFN n'était possible que s'agissant des périodes pour lesquelles les décomptes n'avaient pas été remis (cf. également ses lettres du 4 août 2006 jointes aux mémoires de duplique). Dans ces conditions, il y a lieu de constater que les recourantes n'ont reçu aucune assurance s'agissant de la possibilité de changer rétroactivement de méthode concernant les périodes pour lesquelles elles avaient déjà arrêté leurs décomptes selon la méthode effective. Partant, elles ne sauraient se prévaloir à cet égard du principe général de la protection de la bonne foi et le recours doit également être rejeté sur ce point.
5.
Dans la mesure où l'AFC a fait mention, dans ses lettres du 5 avril 2006, d'un TDFN - erroné - de 4.6 % pour les périodes du 1er janvier 1999 au 31 décembre 2000, il est possible de se demander si, en vertu du principe de la bonne foi, cette erreur ne pouvait plus être corrigée de sorte que, pour ces périodes, l'AFC devait s'en tenir, comme elle l'a fait, au TDFN susmentionné de 4.6 %. Ce point n'étant pas contesté par les parties, notamment pas par l'AFC elle-même, un examen approfondi de la réalisation des conditions du principe de la bonne foi par le TAF ne s'impose toutefois pas (cf. notamment les réponses de l'AFC du 30 avril 2007, ch. 1 des conclusions et ch. 5 des motifs). Partant, il convient d'admettre partiellement les recours et de modifier les points 5 e et 5 f, respectivement 5 c et 5 d, des dispositifs des décisions sur réclamation rendues le 5 décembre 2006, en ce sens que la société Y._______ SA, respectivement la société X._______ SA, doit acquitter, sur le vu des décomptes remis pour la période fiscale du 1er trimestre 1999, du montant de Fr. 4'541.60, respectivement de Fr. 8'238.80, plus intérêts moratoires dès le 1er juin 1999 (recte), ainsi que, sur le vu des décomptes remis pour les périodes fiscales allant du 2e au 4e trimestre 2000, du montant de Fr. 12'878.40, respectivement de Fr. 26'787.65, plus intérêts moratoires dès le 1er décembre 2000.
6.
Dans la mesure où ils s'avèrent pertinents, les griefs des recourantes qui n'ont pas encore été traités ne résistent pas à l'examen.
6.1 S'agissant d'abord de l'argument tiré de la durée anormalement longue de la procédure, il convient préalablement de relever qu'en tant qu'elles contestent la décision rendue le 4 avril 2007 dans une procédure opposant l'AFC à un autre exploitant de fitness et s'étant achevée par l'arrêt du TF 2A.485/2004 du 18 mai 2005, leurs mémoires de réplique sont dénués de pertinence, les recourantes n'ayant en effet pas qualité pour interjeter un tel recours, lequel devrait en outre être déclaré tardif.
Dans la mesure toutefois où plus de dix ans séparent le moment où les recourantes ont contesté leur assujettissement, soit le 13 mai 1996, de celui où l'AFC a rendu ses décisions sur réclamation, soit le 5 décembre 2006, il sied d'examiner si le délai dans lequel sont intervenues lesdites décisions est constitutif d'un retard injustifié à statuer.
A cet égard, il convient d'abord de rappeler que la longueur de la procédure ne touche pas le bien-fondé de la créance fiscale (cf. les arrêt du TF 2A.464/2000 du 6 mars 2001 consid. 5c et 2A.455/2006 du 1er mars 2007; arrêts du TAF A-1611/2006 du 1er septembre 2008 ch. 32 ainsi que A-1331/2007 et A-1454/2007 précités ch. 32, respectivement confirmés par les arrêts du TF 2C_641/2008 et 2C_642/2008 précités consid. 4.1).
En outre, au regard des circonstances particulières de la présente cause, il y a lieu de constater que le principe de célérité de la procédure n'a en l'occurrence pas été violé. Cela résulte notamment du fait que la question litigieuse de l'assujettissement des prestations de fitness à la TVA a fait l'objet d'une procédure pilote ayant abouti à l'arrêt du TF 2A.485/2004 du 18 mai 2005, ainsi que du comportement des recourantes, qui n'ont rien entrepris pour accélérer la procédure entre le 13 mai 1996, date à laquelle elles ont contesté leur assujettissement, et le dépôt de leurs demandes en dommages et intérêts, en date du 17 novembre 2006. Les recourantes ont au contraire expressément requis la suspension de la procédure par l'intermédiaire de leur mandataire de l'époque, Me Z._______, et n'ont en outre jamais contesté la priorité accordée au traitement de la procédure pilote par rapport aux autres causes dont l'AFC était saisie, dont les présentes, bien qu'elles aient été informées à ce sujet par courrier du 14 mai 1999 (cf. dans ce sens les arrêts du TAF A-1331/2007 et A-1454/2007 précités ch. 33, respectivement confirmés par les arrêts du TF 2C_641/2008 et 2C_642/2008 précités consid. 4.2).
6.2 Les recourantes concluent également à l'abandon des intérêts moratoires. Elle soutiennent en substance que le montant desdits intérêts a été gravement influencé du fait que l'AFC a beaucoup tardé à rendre ses décisions et qu'il appartient dès lors à cette dernière d'en assumer les conséquences.
6.2.1 L'intérêt moratoire est dû, en vertu du principe de l'auto-taxation, dès l'échéance du paiement de l'impôt et court pendant la durée de la procédure de réclamation et de recours, indépendamment de toute faute du contribuable et sans avertissement ou sommation préalable de l'Administration. Lorsque plusieurs périodes entrent en considération, l'intérêt dû sur la totalité de la créance est calculé à partir d'une échéance moyenne (cf. art. 38 al. 2 OTVA et l'art. 81 let. i OTVA en relation avec l'art. 1 de l'Ordonnance du DFF sur les intérêts du 14 décembre 1994 [RO 1994 3170 et les modifications ultérieures]; NICOLAS SCHALLER/Yves SUDAN/Pierre SCHEUNER/Pascal HUGUENOT, TVA annotée, Zurich 2005, n. 2 ad art. 47; RIVIER/ROCHAT PAUCHARD, op. cit., p. 163).
En l'espèce, il n'y a pas de raison de s'écarter de ces principes. La longueur de la procédure ne justifie pas que l'autorité fiscale renonce à percevoir de tels intérêts, puisque les recourantes, qui étaient en litige avec l'AFC au sujet de leur assujettissement à la TVA, conservaient la possibilité de payer sous réserve les montants d'impôt contestés, afin qu'il n'en résulte aucun intérêt moratoire. Les recourantes ne doivent en outre pas perdre de vue que, durant toute la procédure, elles ont conservé la libre disposition des montants d'impôt dus et qu'elles ont ainsi pu disposer de leur rendement. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu d'exempter les recourantes du versement des intérêts moratoires (cf. les arrêts du TF 2C_159/2008 du 29 février 2008 consid. 2 et 2C_184/2007 du 4 septembre 2007 consid. 3.1; arrêts du TAF A-1331/2007 et A-1454/2007 précités ch. 36, respectivement confirmés par les arrêts du TF 2C_641/2008 et 2C_642/2008 précités consid. 5, et A-1433/2006 du 18 février 2008 consid. 3.2.1).
6.2.2 Les recourante reprochent en outre à l'AFC de ne pas les avoir mises au bénéfice de l'échéance spéciale du 31 mars 2001 pour le calcul des intérêts moratoires et qualifie au surplus de « proposition assimilable à un chantage » le fait que l'AFC ait soumis l'octroi de cette échéance au retrait des réclamations alors pendantes. A cet égard, il convient d'abord de relever que l'AFC a clairement indiqué aux recourantes, dans ses courriers du 5 avril 2006, que seuls les fitness qui ont contesté leur assujettissement sous le régime de l'OTVA jusqu'au 31 mars 2001 et qui ont retiré leur contestation, respectivement leur réclamation, jusqu'au 16 août 2006 seraient mis au bénéfice de l'échéance spéciale du 31 mars 2001.
Or, dans les cas présents, et bien que les recourantes aient respectivement contesté leur assujettissement en date du 13 mai 1996, soit avant le 31 mars 2001, elles n'ont pas retiré les réclamations qu'elles ont respectivement formées contre les décisions des 30 janvier et 25 février 2003, par lesquelles l'AFC avait rejeté dites contestations. Le fait que les recourantes, par courriers du 3 août 2006, ont déclaré retirer leurs réclamations et que l'AFC a pris acte de ce retrait par décisions du 19 septembre 2006 n'a en l'occurrence aucune incidence, dans la mesure où dans leurs lettres du 19 octobre 2006, les recourantes ont en effet précisé que le retrait des réclamations en question valait sous réserve de l'action en dommages et intérêts qui serait déposée prochainement. Dans trois courriers adressés à l'AFC ultérieurement par chacune d'elles, les recourantes ont de plus clairement indiqué que les réclamations des 3 et 28 mars 2003 n'avaient pas été retirées et qu'elles contestaient la globalité des sommes qui leur étaient réclamées.
Dans ces conditions, il apparaît clairement que les recourantes n'ont pas satisfait aux conditions posées par l'AFC pour bénéficier de l'échéance spéciale calculée au 31 mars 2001. Il reste dès lors à examiner si la façon de faire de l'AFC est assimilable à un chantage. Il convient à ce propos de relever que la décision de fixer l'échéance spéciale au 31 mars 2001 repose sur la date à laquelle l'ancien mandataire des recourantes a été informé de la possibilité d'effectuer des paiements sous réserve. De plus, il convient de relever qu'elle a été prise le 24 mars 2006, soit postérieurement à l'arrêt rendu par le TF en date du 18 mai 2005 dans la procédure pilote, en association avec ledit mandataire et W._______, administrateur du fitness ayant fait l'objet de la procédure pilote, mais également des recourantes depuis le printemps 1998. Si la proposition de l'AFC était assimilable à un chantage, il est dès lors difficilement compréhensible que cette façon de procéder n'ait pas été immédiatement dénoncée. Dans la mesure où cet arrêt donnait gain de cause à l'AFC, le Tribunal de céans ne voit en outre pas quel intérêt celle-ci aurait eu à obtenir le retrait des contestations et réclamations déposées devant elles, si ce n'est de liquider les nombreuses causes qui avaient été suspendues à la demande de l'ancien mandataire des recourantes.
Dans les cas présents, il convient dès lors de constater que la proposition de l'AFC ne visait aucunement à contraindre les recourantes à retirer leurs réclamations, mais répondait uniquement au souci d'économie de procédure de l'administration. Au vu de ce qui précède, tant les conclusions tendant à l'abandon des intérêts moratoires que les griefs de chantage formulés par les recourantes apparaissent mal fondés et doivent être rejetés.
6.3 S'agissant finalement de l'argument tiré de la situation financière des recourantes, il convient d'abord de constater qu'il n'est étayé par la production d'aucune pièce. Il convient ensuite d'observer que, selon la jurisprudence, les assujettis ne disposent pas d'un droit à pouvoir répercuter la TVA sur le consommateur final (arrêts du TF 2C_518/2007 du 11 mars 2008 consid. 3.4, 2C_382/2007 précité consid. 4.2 et références citées; arrêts du TAF A-1331/2007 et A-1454/2007 précités ch. 34 et A-1593/2006 du 25 janvier 2008 consid. 3.3.4). Partant, l'impossibilité ultérieure de transférer l'impôt ne change rien à l'existence de la dette fiscale. L'art. 28 al. 6 OTVA prévoit par ailleurs expressément que les contestations portant sur le transfert d'impôt sont de la compétence des tribunaux civils.
Si elle devait être tenue pour admise, la situation financière des recourantes, bien qu'inconfortable, n'influerait pas d'avantage sur leurs dettes fiscales respectives, le Tribunal de céans ne pouvant à ce propos que les renvoyer à la possibilité d'obtenir un plan de paiement (cf. arrêt du TF 2C_382/2007 précité consid. 4.2; arrêts du TAF A-1331/2007 et A-1454/2007 précités ch. 35, respectivement confirmés par les arrêts du TF 2C_641/2008 et 2C_642/2008 précités consid. 5, et A-1404/2006 et A-1405/2006 précité consid. 7).
7.
7.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre partiellement les recours au sens du considérant 5.
7.2 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés selon l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Si la partie qui succombe n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits (art. 63 al. 1 PA). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse les surplus éventuels (art. 1 ss, plus particulièrement art. 5 al. 3 de l'ordonnance sur les frais et indemnités en procédure administrative du 10 septembre 1969 [RS 172.041.0]). En outre, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure déboutée (art. 63 al. 2 PA). Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA finalement, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. également art. 7 ss FITAF).
7.3 Dans les cas d'espèce, il n'y a pas lieu de réduire les frais de procédure mis à la charge des recourantes, d'un montant de Fr. 7'500.--, respectivement de Fr. 5'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, compte tenu du fait que les recourante n'ont que très partiellement obtenu gain de cause, sur un point d'importance marginale qu'elles n'ont au surplus pas invoqué, mais qui a été corrigé d'office par l'AFC. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, les avances sur les frais de procédure déjà versées de Fr. 7'500.--, respectivement de Fr. 5'000.--. Des indemnités à titre de dépens ne sont au surcroît pas allouées, pour les mêmes motifs.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Les causes A-314/2007 et A-313/2007 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-313/2007.
2.
Les recours sont partiellement admis au sens du considérant 5. Ils sont rejetés pour le surplus.
3.
Les décisions de l'Administration fédérale des contributions du 5 décembre 2006 sont partiellement annulées.
4.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 7'500.--, respectivement de Fr. 5'000.--, sont mis à la charge des recourantes. Ces montants sont compensés par les avance de frais déjà versées de Fr. 7'500.--, respectivement de Fr. 5'000.--.
5.
Il n'est pas alloué de dépens.
6.
Le présent arrêt est adressé :
aux recourantes (acte judiciaire);
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; acte judiciaire).
Le président du collège : Le greffier :
Pascal Mollard Raphaël Bagnoud
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :