bvger · B-2291/2016 · 2018-07-10 · fr
B-2291/2016

Lait, produits laitiers, huiles et graisses comestibles

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée par le TF par arrêt du 23.04.2019 (2C_792/2018)
Cour II
B-2291/2016
Arrêt du 10 juillet 2018
Composition
Pascal Richard (président du collège),
Stephan Breitenmoser, Vera Marantelli, juges,
Julien Delaye, greffier.
Parties
X._______ SA,
représentée par
Maîtres Alexis Overney et
Raphaël Tinguely, avocats,
L'Etude Swiss Lawyers SNC,
recourante,
contre
Office fédéral de l'agriculture OFAG,
autorité inférieure.
Objet
Avertissement - restitution du supplément de non-ensilage.
Faits :
A.
A.a La société X._______ SA (ci-après : la recourante) a pour but (...). Elle est principalement active sur le marché des produits frais (lait, crèmes, yoghourts et boissons lactées), des fromages et des beurres. Elle transforme, notamment, du lait en Vacherin fribourgeois.
A.b Avant le 1er mai 2006, le lait de non-ensilage transformé par la recourante en Vacherin fribourgeois était pasteurisé et annoncé comme tel sous le code 424 (référence 30/036/01) « Bactofugation/pasteurisation de lait de non-ensilage » dans le formulaire de demande TSM1, de sorte que la recourante ne percevait aucun supplément de non-ensilage pour le lait concerné.
A partir du mois de mai 2006, suite à l'adoption du cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP), la recourante a renoncé à pasteuriser et a commencé à bactofuger le lait de non-ensilage destiné à être transformé en Vacherin fribourgeois (AOP). Depuis ce moment, la recourante n'a plus indiqué les quantités de lait concernées sous le code 424 dans le formulaire de demande TSM1.
Par entretien téléphonique du 26 juin 2006, la société TSM Fiduciaire Sàrl (ci-après : TSM) s'est renseignée auprès de la recourante sur l'absence de mention du lait de non-ensilage transformé en Vacherin fribourgeois (AOP) sous le code 424 dans le formulaire de demande TSM1. Le contenu de cet entretien est contesté.
A.c Entre le mois de mai 2006 et le mois d'août 2015, la recourante a bactofugé un total de (...) kg de lait transformé en Vacherin fribourgeois (AOP), qu'elle n'a toutefois pas déclaré comme étant bactofugé/pasteurisé sous le code 424 du formulaire de demande TSM1.
Sur la base de ces déclarations, la Confédération suisse, par l'intermédiaire de l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après : OFAG ou autorité inférieure), a versé, pendant la période concernée, un montant de (...) francs au titre de supplément de non-ensilage pour les (...) kg de lait de non-ensilage bactofugé et transformé en Vacherin fribourgeois (AOP).
B.
B.a Lors d'un contrôle du 16 octobre 2015, le service d'inspection de l'OFAG a constaté que, entre les mois de mai 2006 et août 2015, le lait de non-ensilage destiné à la production du Vacherin fribourgeois (AOP) était bactofugé et que cette bactofugation n'avait pas été annoncée sous le code 424 du formulaire de demande TSM1.
Par courrier du 18 novembre 2015, l'OFAG a rappelé que, à l'occasion d'un entretien téléphonique du 26 juin 2006 avec TSM, la recourante avait indiqué « que le Vacherin fribourgeois était produit depuis le 1er mai 2006 sans bactofugation/pasteurisation ». Il a également informé la recourante de son intention d'exiger la restitution du supplément de non-ensilage s'élevant à (...) francs en raison des déclarations erronées de la recourante dans les formulaires de demande TSM1 pour les mois de mai 2006 à août 2015, d'une part, et de prononcer un avertissement en raison de l'infraction à la loi sur l'agriculture commise par la recourante, d'autre part.
B.b En date du 7 décembre 2015, la recourante s'est déterminée sur le rapport d'inspection du 16 octobre 2015 et sur le courrier du 18 novembre 2015. En substance, elle a relevé que la disposition transitoire du cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP), autorisant les producteurs de lait à bactofuger le lait, aurait été prévue pour permettre de garantir le respect des exigences de la sécurité alimentaire et qu'un procédé d'épuration mécanique du lait - comme la bactofugation - permettrait de limiter ces risques à un niveau supportable. Elle rappelle que c'est en toute bonne foi qu'elle a rempli les formulaires de demande TSM1 comme elle l'a fait dès qu'elle a abandonné la pasteurisation du lait. Elle précise que, dans la mesure où la bactofugation était conforme au cahier des charges, elle avait considéré normal que ses producteurs de lait - à qui elle est obligée de reverser le supplément de non-ensilage - obtiennent ledit supplément, à l'instar des autres producteurs dont le lait n'est ni bactofugé, ni pasteurisé.
Par courrier du 19 janvier 2016, la recourante a complété sa prise de position. Elle a notamment précisé que la bactofugation ne servirait pas à rendre « fromageable » du lait d'ensilage ou de non-ensilage de moindre qualité.
C. Par décision du 29 février 2016, l'OFAG a prononcé un avertissement à l'encontre de la recourante et a condamné celle-ci à restituer la somme indûment perçue de (...) francs.
L'OFAG a considéré que, entre les mois de mai 2006 et août 2015, la recourante n'avait pas déclaré les (...) kg de lait de non-ensilage bactofugés et transformés en Vacherin fribourgeois (AOP) comme étant bactofugés/pasteurisés, la recourante ayant déposé les demandes erronées au minimum par négligence. Au surplus, s'agissant de la première infraction commise par la recourante, l'OFAG a prononcé un simple avertissement.
D. Le 14 avril 2016, la recourante a formé recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre cette décision concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de celle-ci, subsidiairement au renvoi de la cause.
A l'appui de ses conclusions, la recourante invoque, à titre liminaire, une violation de son droit d'être entendu, estimant que l'OFAG fonderait sa décision principalement sur l'entretien téléphonique du 26 juin 2006, lequel n'aurait pas été évoqué avant que la décision attaquée ne soit rendue.
La recourante se plaint ensuite de ce que l'OFAG aurait constaté les faits pertinents de manière inexacte et incomplète et aurait violé l'interdiction de l'arbitraire dans l'établissement des faits. Elle expose que l'autorité inférieure n'a entrepris aucune mesure d'instruction propre à déterminer le contenu de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006. Elle reproche, entre autres, à l'autorité inférieure d'avoir accordé une valeur probante accrue aux formulaires de demande TSM1 et d'avoir ignoré l'existence d'autres moyens de preuve à même de la renseigner sur la bactofugation du lait de non-ensilage transformé en Vacherin fribourgeois (AOP). Si la recourante reconnait que TSM s'est effectivement renseignée par téléphone sur la cause de l'absence de mention du lait transformé en Vacherin fribourgeois (AOP) sous le code 424, elle affirme qu'elle lui aurait toutefois répondu « [d]epuis le 1er mai 2006, nous ne pasteurisons plus. Nous respectons entièrement le cahier des charges ».
La recourante fait également valoir que l'art. 2 al. 3 de l'ordonnance sur le soutien du prix du lait ne respecte pas le principe de la légalité et violerait l'art. 39 de la loi sur l'agriculture. Elle soutient que ni le message du Conseil fédéral, ni les débats parlementaires ne faisaient état de la bactofugation comme procédé à proscrire dans le cadre de l'octroi du supplément de non-ensilage. Elle prétend par ailleurs que l'interdiction de la bactofugation à l'art. 2 al. 3 de l'ordonnance sur le soutien du prix du lait viserait à empêcher de rendre « fromageable » du lait d'ensilage ou de non-ensilage de mauvaise qualité, ce dont l'OFAG n'aurait pas tenu compte dans l'application de l'ordonnance.
A titre subsidiaire, la recourante se plaint d'une violation du principe de la bonne foi et de l'interdiction du comportement contradictoire. Elle estime qu'elle n'avait aucune raison de penser ne pas avoir droit aux suppléments de non-ensilage, l'OFAG ayant procédé aux versements des suppléments en toute connaissance de cause.
La recourante invoque encore que l'autorité inférieure aurait dû renoncer à révoquer sa décision et à exiger la restitution des prestations déjà versées, en application de l'art. 30 al. 2 de la loi sur les aides financières et les indemnités. Elle soulève enfin que la décision serait inopportune et relèverait d'un abus du pouvoir d'appréciation.
A l'appui de ses allégations et griefs, elle requiert la production de l'ensemble des formulaires de demande TSM1 pour la période de mai 2006 à août 2015, ainsi que l'audition des parties et de témoins.
E. Invitée à se déterminer sur le recours, l'autorité inférieure a conclu, sous suite de frais, à son rejet par mémoire de réponse du 22 juin 2016.
Elle rappelle que les formulaires de demande TSM1 constituent le fondement du système permettant de calculer le droit au supplément de non-ensilage. C'est ainsi sur la base des formulaires remplis entre mai 2006 et août 2015 par le recourante que l'autorité inférieure se serait fondée pour rendre la décision attaquée.
À l'appui de ses déterminations, elle produit notamment un guide établi par TSM dans sa version de 2004. Ce guide intitulé « Wegleitung zur Erhebung der Daten über die Milchverwertung und die Administration der Zulagen und Beihilfen für Milchpreisstützung » précise les informations qui doivent figurer sous le code 424 du formulaire de demande TSM1, à savoir la quantité de lait bactofugé ou pasteurisé.
Elle conteste en outre avoir l'obligation de requérir les rapports de production, cette mesure n'étant prévue que lorsque des erreurs ou des manquements sont relevés lors de l'inspection annuelle ou lorsqu'une irrégularité a été constatée lors de précédents contrôles. Or, la recourante n'a jamais fait l'objet d'une contestation financière ; les inspecteurs n'ont ainsi jamais jugé nécessaire d'examiner de manière détaillée, chaque année, les rapports de production et, en particulier, la méthode de production. De même, l'autorité inférieure réfute avoir été avertie, par les organismes de certification de l'AOP, que la recourante bactofugeait le lait transformé en Vacherin fribourgeois (AOP).
Elle réfute ensuite que la recourante puisse se prévaloir de sa bonne foi, celle-ci étant tenue de remplir avec diligence et exactitude les formulaires de demande TSM1 donnant droit à l'octroi du supplément de non-ensilage. Qui plus est, lesdits formulaires sont signés chaque mois par la recourante.
Se référant ensuite à la lettre de l'art. 39 de la loi sur l'agriculture, de l'art. 2 al. 3 de l'ordonnance sur le soutien du prix du lait et de l'art. 30 de la loi sur les aides financières et les indemnités, l'autorité inférieure conteste toute interprétation erronée de celles-ci. Elle rejette enfin les griefs d'inopportunité et d'abus du pouvoir d'appréciation soulevés par la recourante, notamment pour des raisons d'égalité de traitement.
F. Dans sa réplique du 26 septembre 2016, la recourante maintient l'ensemble de ses conclusions. Elle soutient que des questions sanitaires l'obligent à bactofuger le lait, dès lors qu'elle a abandonné la pasteurisation. La recourante rappelle encore que l'autorité inférieure aurait dû savoir qu'elle employait le procédé de bactofugation, dans la mesure où elle s'était battue pour l'obtention de la disposition transitoire lors de la négociation du cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP). Elle conteste également la pertinence du guide publié par TSM, dans la mesure où elle considère qu'il s'agit d'un document interne qui ne lui aurait jamais été remis. Elle sollicite enfin la mise en place d'une expertise judiciaire visant à déterminer l'importance de la bactofugation sous l'angle de la sécurité alimentaire.
G. Le 18 novembre 2016, l'autorité inférieure a précisé à quelles quantités de lait faisait référence le montant indiqué sous le code 424 du formulaire de demande TSM1.
H. Sur invitation du tribunal, TSM a produit, en date du 9 janvier 2017, l'ensemble des formulaires de demande TSM1 déposés par la recourante pour les mois de mai 2006 à août 2015.
I. Le 20 mars 2017, la recourante a formulé ses remarques sur lesdits formulaires et produit un mémoire complémentaire portant sur une étude publiée par l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich qui démontrerait l'importance de la bactofugation sous l'angle de la sécurité alimentaire. La recourante admet qu'elle a bactofugé le lait de non-ensilage transformé en Vacherin fribourgeois (AOP) à partir du mois de mai 2006, mais qu'elle n'a plus indiqué les quantités de lait concernées sous le code 424 des formulaires de demande TSM1. Le procédé de la recourante a été le même jusqu'au mois d'août 2015, y compris. A partir du mois de septembre 2015, la recourante a de nouveau indiqué les quantités de lait de non-ensilage bactofugées dans le cadre de la production du Vacherin fribourgeois (AOP).
J. Par courrier du 4 avril 2017, l'autorité inférieure a mis en doute la pertinence de ladite étude et confirmé intégralement ses conclusions.
K. Le 22 juin 2017, la recourante a maintenu son point de vue, revenant brièvement sur les observations formulées par l'autorité inférieure. Elle rappelle avoir requis l'audition de plusieurs témoins en sus de l'audition des parties, ainsi que la mise en place d'une expertise judiciaire.
L. Enfin, en date respectivement du 11 juillet 2017 et du 28 août 2017, l'autorité inférieure et la recourante ont fait part de leurs ultimes remarques ; elles maintiennent intégralement leurs conclusions.
Les arguments avancés de part et d'autres au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
Droit :
1. Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32 et 33 let. d LTAF, art. 5 al. 1 let. a PA et art. 166 al. 2 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture [loi sur l'agriculture, LAgr, RS 910.1]).
La qualité pour recourir doit être reconnue à la recourante (art. 48 al. 1 PA). Les dispositions relatives à la représentation, au délai de recours, à la forme et au contenu du mémoire de recours, ainsi qu'à l'avance de frais (art. 11 al. 1, 50 al. 1 en lien avec l'art. 22a al. 1 let. a, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA) sont en outre respectées.
Le recours est ainsi recevable.
2. La loi sur l'agriculture fixe les conditions-cadre de la production et de l'écoulement des produits agricoles de sorte que la production soit assurée de manière durable et peu coûteuse et que l'agriculture tire de la vente des produits des recettes aussi élevées que possible (art. 7 LAgr).
2.1 La Confédération suisse soutient notamment l'économie laitière et octroie aux producteurs un supplément pour le lait produit sans ensilage et transformé en fromage (art. 39 al. 1 LAgr). Le Conseil fédéral fixe le montant du supplément, les conditions d'octroi et les degrés de consistance des fromages ainsi que les sortes de fromage qui donnent droit à un supplément (art. 39 al. 2 1ère phrase LAgr). L'art. 43 al. 1 LAgr dispose que le transformateur de lait est tenu d'annoncer au service désigné par le Conseil fédéral la quantité de lait que lui ont livrée les producteurs et la manière dont il a utilisé le lait.
Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté notamment l'ordonnance concernant les suppléments et l'enregistrement des données dans le domaine du lait (Ordonnance sur le soutien du prix du lait, OSL, RS 916.350.2), laquelle précise entre autres que le supplément de non-ensilage n'est versé que pour le lait qui n'a pas été pasteurisé, bactofugé, ni traité par un autre procédé équivalent (art. 2 al. 3 OSL). Selon l'art. 3 al. 1 OSL, les demandes de versement des suppléments sont établies par les utilisateurs de lait. Elles sont adressées tous les mois au service administratif visé à l'art. 12 OSL. Les suppléments sont versés pour la période allant du 1er novembre de l'année précédente au 31 octobre de l'année en cours (art. 4 OSL) ; l'OFAG statue sur les demandes et verse les suppléments (art. 5 OSL). Les utilisateurs de lait sont tenus notamment de verser les suppléments aux producteurs auxquels ils ont acheté le lait transformé en fromage (art. 6 let. a OSL). Ils doivent effectuer un contrôle quotidien selon l'art. 9 al. 1 et 2 OSL et communiquer au service administratif chaque mois, le 10 du mois suivant au plus tard, comment ils ont mis en valeur les matières premières (art. 9 al. 3 OSL). L'OFAG est chargé de l'exécution de l'ordonnance sur le soutien du prix du lait dans la mesure où cette tâche n'incombe pas au service administratif (art. 14 al. 1 OSL). Il effectue des inspections par sondage, ouvre une enquête s'il soupçonne des infractions et arrête les mesures administratives qui s'imposent (art. 14 al. 2 OSL).
L'OFAG a désigné TSM comme service administratif au sens de l'art. 12 OSL. Une partie des activités de TSM consiste dans le traitement des requêtes et de la mise à jour des données dans le cadre du soutien du prix du lait, en particulier du supplément de non-ensilage. A cet effet, TSM a établi le formulaire de demande TSM1, lequel doit être rempli chaque mois par les utilisateurs de lait. Sur la base de ce formulaire, l'OFAG calcule et verse aux utilisateurs de lait les suppléments de non-ensilage prévus par l'art. 2 OSL.
2.2 Le Conseil fédéral a également adopté l'ordonnance du 28 mai 1997 concernant la protection des appellations d'origine et des indications géographiques des produits agricoles, des produits agricoles transformés, des produits sylvicoles et des produits sylvicoles transformés (ordonnance sur les AOP et les IGP, RS 910.12), laquelle règle la procédure d'enregistrement et de radiation, ainsi que la protection et le contrôle des AOP et IGP. L'art. 7 al. 1 let. e de l'ordonnance sur les AOP et les IGP prévoit en particulier que le cahier des charges comprend la désignation d'un ou de plusieurs organismes de certification ainsi que les exigences minimales relatives au contrôle. Les organismes de certification signalent à l'OFAG, aux chimistes cantonaux compétents et aux groupements les irrégularités constatées lors des contrôles (art. 20 de l'ordonnance sur les AOP et les IGP).
Le cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP) (ci-après : cahier des charges) interdit notamment tout traitement mécanique du lait (art. 13 cahier des charges). Une disposition transitoire autorisait toutefois les producteurs de Vacherin fribourgeois pasteurisant le lait avant le 22 août 1997 à poursuivre ce procédé jusqu'au 30 juin 2015, lesdits producteurs pouvant également remplacer ce procédé par la bactofugation. L'art. 24 du cahier des charges désigne l'Organisme Intercantonal de Certification (ci-après : OIC) comme organisme de certification au sens de l'ordonnance sur les AOP et les IGP.
3. Sur le plan formel, la recourante fait grief à l'OFAG d'avoir violé son droit d'être entendue, dans la mesure où celui-là fonderait sa décision principalement sur l'entretien téléphonique du 26 juin 2006, lequel n'aurait pas été évoqué avant que la décision attaquée ne soit rendue.
3.1 Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. a été concrétisé par les art. 29 ss PA. Il comprend en particulier, pour l'intéressé, le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui d'offrir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la cause, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.3, 135 II 286 consid. 5.1 et 127 III 576 consid. 2c ; arrêts du TAF B-506/2010 du 19 décembre 2013 consid. 4.1 et B-2050/2007 du 24 février 2010 consid. 6.1).
3.2 Le droit d'être entendu est de nature formelle, sa violation par l'autorité inférieure conduisant en principe à l'annulation de la décision attaquée (cf. arrêt du TF 5A_791/2010 du 23 mars 2011 consid. 2.3.2). Cela étant, pour autant qu'elle ne soit pas d'une gravité particulière, la violation du droit d'être entendu peut être considérée comme réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3.2, 133 I 201 consid. 2.2 et 132 V 387 consid. 5.1). Il résulte de l'art. 49 PA que le tribunal de céans dispose du même pouvoir de cognition que l'autorité de première instance. La réparation d'une violation du droit d'être entendu est par conséquent, en principe, possible (cf. arrêt du TAF B-2916/2016 du 25 janvier 2018 consid. 5.1 et réf. cit.).
3.3 En l'espèce, il y a lieu de relever que, dans le courrier du 18 novembre 2015 invitant la recourante à exercer son droit d'être entendu, l'autorité inférieure fait expressément référence à l'entretien téléphonique du 26 juin 2006. Partant, la recourante s'égare lorsqu'elle prétend que l'autorité inférieure n'a constaté l'existence de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006 que dans la décision attaquée et que, partant, son droit d'être entendu a été violé. La recourante aurait ainsi pu se prononcer sur cet entretien téléphonique avant le prononcé de la décision attaquée.
Quand bien même le vice de procédure allégué eût constitué une violation du droit d'être entendu, il eût de toute façon été guéri en cours de procédure de recours. En effet, la recourante a eu loisir de se prononcer à plusieurs reprises dans ses écritures sur l'existence et le contenu de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006, de sorte que la violation du droit d'être entendu alléguée aurait dans tous les cas été guérie.
Mal fondé, le recours doit être rejeté sur ce point.
4. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 39 al. 2 LAgr, dans la mesure où l'art. 2 al. 3 OSL ne serait pas conforme à la loi. Elle estime que la délégation de compétence de l'art. 39 al. 2 LAgr ne permettrait pas au Conseil fédéral d'exclure le versement du supplément de non-ensilage en cas de bactofugation du lait.
4.1 L'art. 164 al. 2 Cst. concrétise le principe de la délégation de compétences législatives au niveau fédéral. Une telle délégation est soumise, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, au respect de quatre conditions ayant elles-mêmes valeur constitutionnelle. Elle doit ne pas être exclue par la Constitution fédérale, figurer dans une loi formelle fédérale (art. 164 al. 2 Cst.), se limiter à une matière déterminée et bien délimitée ainsi qu'énoncer elle-même les points essentiels sur lesquels doit porter la matière à réglementer (cf. ATF 140 I 218 consid. 6.5, 134 I 322 consid. 2.4 et 132 I 7 consid. 2.2). La norme adoptée par le délégataire doit en outre être conforme à la loi et à la Constitution, c'est-à-dire qu'elle doit demeurer dans le cadre et dans les limites de la délégation législative. Lorsque la délégation est peu précise et donne un large pouvoir d'appréciation au délégataire, le Tribunal administratif fédéral se limite, selon le principe de l'immunité des lois fédérales (art. 190 Cst.), à examiner si les dispositions concernées de l'ordonnance sortent de manière évidente du cadre de la délégation de compétences du législateur ou si, pour d'autres raisons, elles sont contraires à la loi ou à la Constitution (cf. ATF 137 III 217 consid. 2.3 et les réf. cit.). Ne pouvant substituer sa propre appréciation à celle du délégataire, il doit uniquement vérifier si les dispositions visées sont propres à réaliser le but de la loi fédérale, sans se soucier de savoir si elles constituent le moyen le mieux approprié pour l'atteindre (cf. ATAF 2015/22 consid. 4.2). Enfin, le Tribunal administratif fédéral vérifie la constitutionnalité de l'ordonnance du délégataire, pour autant que la loi fédérale n'autorise pas ce dernier à s'écarter de la Constitution ou que la réglementation de celui-ci ne se contente pas de reprendre, purement et simplement, un élément de la loi fédérale portant atteinte à la Constitution, auxquels cas le principe de l'immunité prévaut là encore (cf. ATF 130 I 26 consid. 2.2.1 ; ATAF 2015/22 consid. 4.2).
4.2 En l'espèce, la délégation législative sur laquelle repose l'OSL n'est pas exclue par la Constitution fédérale et est prévue dans une loi formelle, soit à l'art. 39 al. 2 LAgr. Par ailleurs, cette disposition circonscrit de manière suffisamment précise la matière déléguée, soit les sortes de fromage donnant droit au supplément de non-ensilage, le montant de celui-ci et les conditions d'octroi. De même, le cercle des destinataires et les questions topiques s'appréhendent sans difficulté au regard de la matière spécifique à réglementer et du cadre de la LAgr. Pour le reste, le degré de précision de cette clause de délégation est approprié, compte tenu de la technicité et des exigences à prendre en considération dans le domaine du soutien du prix du lait. Sur le vu de ce qui précède, rien ne permet de retenir que les conditions de la délégation législative ne seraient pas respectées.
En ce qui concerne l'examen de la légalité de l'OSL, le Conseil fédéral a notamment fixé sur la base de la délégation législative précitée - soit l'art. 39 al. 2 LAgr - les conditions d'octroi du supplément de non-ensilage, prévoyant à l'art. 2 al. 3 OSL que le supplément ne serait versé que lorsque le lait n'a pas été pasteurisé, bactofugé ou traité par un autre procédé équivalent. Par sa formulation, l'art. 39 al. 2 LAgr laisse un large pouvoir d'appréciation au délégataire, afin de déterminer les conditions d'octroi du supplément de non-ensilage. Dans ce contexte, l'exigence fixée à l'art. 2 al. 3 OSL - et litigieuse dans le cas présent - ne sort manifestement pas du cadre de cette délégation législative et est propre à réaliser objectivement le but de la loi fédérale ; partant, rien ne permet de remettre en cause sa légalité.
S'agissant de la constitutionnalité de l'art. 2 al. 3 OSL, il appert que celui-ci ne porte pas atteinte à la Constitution fédérale, en particulier aux droits fondamentaux que sont l'égalité et la protection contre l'arbitraire. La recourante ne le conteste du reste pas, se plaignant uniquement de la légalité de cette disposition.
4.3 Sur le vu de ce qui précède, la délégation législative sur la base de laquelle l'art. 2 al. 3 OSL a été arrêté doit être considérée comme valable. C'est donc à bon droit que l'OFAG a appliqué dite disposition.
Mal fondé, le recours doit être rejeté sur ce point.
5. Même si elle ne le formule pas expressément en ces termes, la recourante se plaint d'une interprétation erronée de l'art. 2 al. 3 OSL, précisant que le but de cette disposition serait d'empêcher de rendre « fromageable » du lait d'ensilage ou de non-ensilage de mauvaise qualité, ce dont l'OFAG n'aurait pas tenu compte. L'autorité inférieure estime que les questions en lien avec la sécurité alimentaire ne sont pas pertinentes en l'espèce, la recourante ayant bactofugé le lait de non-ensilage destiné à la production du Vacherin fribourgeois (AOP), elle n'avait pas droit au supplément de non-ensilage.
5.1 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique ; cf. ATF 135 II 416 consid. 2.2, 134 I 184 consid. 5.1 et les réf. cit.). Lorsqu'il est appelé à interpréter une loi, le Tribunal fédéral adopte une position pragmatique en suivant ces différentes méthodes, sans les soumettre à un ordre de priorité (cf. ATF 137 III 344 consid. 5.1, 133 III 257 consid. 2.4, 131 III 623 consid. 2.4.4 et les réf. cit.).
5.2 En l'occurrence, la disposition litigieuse définit explicitement les conditions d'octroi du supplément de non-ensilage (art. 2 al. 3 OSL), prévoyant clairement que le supplément de non-ensilage n'est versé que pour le lait qui a été transformé sans les additifs visés par la législation relative aux denrées alimentaires, à l'exception des cultures, de la présure et du sel, et qui n'a pas été pasteurisé, bactofugé ni traité par un autre procédé équivalent. Dès lors que le texte de l'art. 2 al. 3 OSL est absolument clair, il n'y a pas lieu de recourir à d'autres méthodes d'interprétation.
Il suit de là que le recours à la bactofugation ne permet pas au producteur d'obtenir le supplément de non-ensilage.
5.3 Au surplus, il n'existe aucun lien entre l'octroi d'un éventuel supplément de non-ensilage et le respect du cahier des charges pour les AOP fromagères ou la réglementation sur la sécurité alimentaire, de sorte que seules les conditions énumérées dans l'OSL sont pertinentes pour l'octroi du supplément de non-ensilage.
Que la recourante n'ait pas eu recours à la bactofugation dans le but de rendre « fromageable » du lait d'ensilage ou de non-ensilage de mauvaise qualité mais afin d'assurer un niveau de sécurité alimentaire suffisant ne permet ainsi pas de remettre en question l'interprétation littérale de la loi, de sorte qu'elle prévaut.
Le grief de la recourante est par conséquent infondé.
6. La recourante se prévaut encore de sa bonne foi, dans la mesure où l'autorité inférieure aurait été au courant du fait que la bactofugation était appliquée. Elle avance en outre s'être fondée sur le comportement de l'OFAG pour prendre des dispositions auxquelles elle ne saurait aujourd'hui renoncer sans subir de préjudice. En lien avec ce grief, elle reproche à l'autorité inférieure d'avoir constaté les faits pertinents de manière inexacte et incomplète, de n'avoir entrepris aucune mesure d'instruction propre à déterminer le contenu de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006, d'avoir accordé une valeur probante accrue aux formulaires de demande TSM1 et d'avoir ignoré l'existence d'autres moyens de se renseigner sur les quantités de lait de non-ensilage bactofugées et transformées en Vacherin fribourgeois (AOP).
6.1 Le principe du droit à la protection de la bonne foi, valant pour l'ensemble de l'activité étatique, donc aussi pour l'activité administrative, est consacré aux art. 5 al. 3 et 9 Cst. Il se présente comme l'un des principes juridiques fondamentaux utilisés lorsqu'il s'agit d'interpréter le droit suisse. Il guide les relations des particuliers entre eux et détermine également les rapports entre l'état et les particuliers (cf. message du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle constitution fédérale, FF 1997 I 1, 136 ; ATF 103 Ia 505 consid. 1).
6.1.1 La protection de la confiance, comme composante du principe de la bonne foi, vise à préserver la confiance légitime que le citoyen met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (cf. ATF 131 II 627 consid. 6.1, 128 II 112 consid. 10b/aa et les réf. cit. ; arrêt du TF 2A.561/2002 du 11 juillet 2003 consid. 3.2). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire au droit en vigueur, le cas échéant une indemnisation (cf. arrêts du TAF B-2780/2016 du 19 avril 2017 consid. 5.1 et B-3894/2011 du 5 octobre 2011 consid. 5.1). Il faut pour ce faire que les conditions suivantes soient remplies cumulativement : le renseignement doit avoir été donné par l'autorité sans réserve ; l'autorité doit être intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées ; elle doit avoir agi ou est censée avoir agi dans les limites de ses compétences ; l'administré ne doit pas s'être rendu compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu ; il doit s'être fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice ; la réglementation ne doit pas avoir changé depuis le moment où l'assurance a été donnée et l'intérêt au respect du droit objectif ne doit pas être prépondérant (cf. ATF 141 I 161 consid. 3.1, 137 II 182 consid. 3.6.2 et les réf. cit.).
6.1.2 L'interdiction du comportement contradictoire, également comprise dans le principe de la bonne foi, postule que l'autorité ne doit pas, par rapport à une même personne, exprimer des opinions divergentes ou se comporter de manière différente dans des affaires semblables. Ce cas de figure ne peut être admis qu'aux conditions précédemment exposées s'agissant du renseignement erroné, l'existence d'un comportement clairement contradictoire étant requis en lieu et place de celle d'un renseignement donné sans réserve (cf. décision de l'ancienne Commission fédérale de recours en matière de contributions du 26 septembre 1995, in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 60.81 consid. 3bb et les réf. cit.). Une attitude ambiguë et non clairement contradictoire ne saurait suffire ; dans cette hypothèse, on doit pouvoir attendre de celui envers qui l'autorité s'est comportée de manière équivoque qu'il demande des explications (cf. Claude Rouiller, Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi, in : Droit constitutionnel suisse, 2001, p. 688 no 42), étant par ailleurs rappelé que l'administré n'est protégé contre les conséquences dommageables que l'attitude de l'autorité a pu causer que s'il est lui-même de bonne foi (cf. ATF 121 I 177 consid. 2b/aa et les réf. cit.). En interdisant un comportement contradictoire et abusif, le principe de la bonne foi impose aux autorités, de même d'ailleurs qu'aux particuliers (art. 5 al. 3 Cst.), un comportement loyal et digne de confiance dans leurs actes avec autrui (cf. arrêt du TAF A-122/2010 du 24 décembre 2010 consid. 7 et les réf. cit.).
6.2 Du principe de la bonne foi découle ainsi le devoir de l'administré de collaborer à la constatation des faits au sens de l'art. 13 PA (cf. arrêt du TAF B-2105/2013 du 3 mars 2014 consid. 6.1 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd. 2013, p. 162 n° 464). Ce principe général a été précisé aux art. 43 al. 1 LAgr et 3 al. 1 OSL, selon lesquels les demandes de versement des suppléments sont établies par les utilisateurs de lait et sont adressées tous les mois au service administratif visé à l'art. 12 OSL, soit à TSM. De même, l'utilisateur de lait doit effectuer un contrôle quotidien selon l'art. 9 al. 1 et 2 OSL et doit communiquer chaque mois à TSM comment il a mis en valeur les matières premières (art. 9 al. 3 OSL).
A ces fins, TSM a établi un guide intitulé « Wegleitung zur Erhebung der Daten über die Milchverwertung und die Administration der Zulagen und Beihilfen für Milchpreisstützung », qui précise les informations qui doivent figurer sous le code 424 (référence 30/036/01) du formulaire de demande TSM1 pour l'octroi du supplément de non-ensilage. Il s'agit de faire figurer sous ce code la quantité (en kg) de lait de non-ensilage, bactofugé ou pasteurisé, qui a été transformée en fromage à pâte dure ou à pâte mi-dure (cf. arrêt du TAF B-7362/2015 du 22 mars 2016). Cette quantité de lait est alors exclue dans le calcul du supplément de non-ensilage conformément à l'art. 2 al. 3 OSL (cf. arrêt B-7362/2015 précité).
Ainsi, l'utilisateur de lait est tenu de remplir avec diligence et exactitude les formulaires de demandes TSM1 donnant droit à l'octroi de suppléments au sens de l'ordonnance sur le prix du lait (cf. arrêt B-7362/2015 précité), de sorte qu'avant d'établir le formulaire de demande, ce devoir lui impose notamment de consulter l'art. 2 OSL et de se renseigner, le cas échéant, auprès de TSM sur la façon de le remplir.
6.3 En l'espèce, la recourante pasteurisait, jusqu'en avril 2006, le lait pour produire le Vacherin fribourgeois. Jusqu'à cette date, elle a correctement inscrit dans les formulaires de demande TSM1 la quantité de lait concernée. En mai 2006, la recourante a arrêté de pasteuriser le lait pour produire du Vacherin fribourgeois à la suite de l'enregistrement de l'AOP Vacherin fribourgeois et a commencé à utiliser la bactofugation. Dès cette date, et jusqu'en août 2015, la recourante n'a plus inscrit correctement dans les formulaires de demande TSM1 la quantité de lait concernée.
Il est ainsi établi et non contesté que la recourante a déclaré de manière erronée un total de (...) kg de lait de non-ensilage transformé en Vacherin fribourgeois (AOP) entre les mois de mai 2006 et août 2015.
Dans ces circonstances, l'existence et la teneur de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006 présentent un caractère secondaire dans la constatation de la violation du droit commise par la recourante. Elles ne modifient en rien le fait que la recourante, alors qu'elle en avait l'obligation, n'a pas déclaré correctement dans les formulaires de demande TSM1 les quantités de lait de non-ensilage utilisées pour la fabrication du Vacherin fribourgeois (AOP) durant la période de mai 2006 à août 2015. L'OFAG pouvait ainsi s'attendre à ce que la recourante fasse des déclarations conformes à la réalité. Dans la mesure où la recourante a signé chaque mois les formulaires de demande TSM1 pour certifier l'exactitude des données et qu'elle n'a jamais demandé de les corriger à la suite de la réception des décomptes mensuels des suppléments de non-ensilage, l'OFAG pouvait partir du principe que lesdites données étaient correctes.
Partant, le comportement de l'autorité découle de l'indication erronée de la recourante, de sorte qu'il s'agit de déterminer si la recourante savait ou aurait dû savoir qu'elle remplissait de manière erronée le formulaire de demande TSM1 (cf. consid. 6.4) et si l'autorité inférieure aurait pu se rendre compte de cette erreur (cf. consid. 6.5).
6.4 Il y a lieu d'examiner si la recourante pouvait de bonne foi estimer qu'elle remplissait correctement les formulaires de demande TSM1, en procédant comme elle l'a fait.
6.4.1 Il y a tout d'abord lieu de rappeler que la loi sur l'agriculture et plus précisément l'ordonnance sur le soutien du prix du lait sont claires (cf. supra consid. 2.1) : le supplément de non-ensilage n'est versé que pour le lait qui n'a pas été pasteurisé, bactofugé, ni traité par un autre procédé équivalent (art. 2 al. 3 OSL) ; de même, les utilisateurs de lait doivent effectuer un contrôle quotidien (art. 9 al. 1 et 2 OSL) et communiquer au service administratif comment ils ont mis en valeur les matières premières (art. 9 al. 3 OSL).
En sa qualité d'experte de la branche avec une expérience de longue date sur le marché laitier, la recourante aurait dû savoir, lorsqu'elle a arrêté de pasteuriser le lait pour produire du Vacherin fribourgeois à la suite de l'enregistrement de son AOP et qu'elle a commencé à utiliser la bactofugation, qu'elle devait indiquer la quantité de lait concernée sous le code 424 (référence 30/036/01) du formulaire de demande TSM1. De plus, dans la mesure où cette obligation découle du droit en vigueur - que nul n'est censé ignorer -, il importe peu que la recourante avait connaissance ou non du guide intitulé « Wegleitung zur Erhebung der Daten über die Milchverwertung und die Administration der Zulagen und Beihilfen für Milchpreisstützung ».
En cas de doute à la suite de l'entrée en vigueur du cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP), le devoir de diligence imposait à la recourante de se renseigner auprès de TSM, voire directement auprès de l'OFAG, ce qu'elle n'a pas fait.
6.4.2 De même, la recourante précise dans ses déterminations du 7 décembre 2015 que « [c]'est [...] en considérant qu'elle était parfaitement conforme au cahier des charges [...] que [la recourante] a considéré [...] qu'il était normal que ses producteurs de lait obtiennent, comme les producteurs de tous les autres ateliers de Vacherin, l'indemnité de non-ensilage, puisqu'ils sont soumis aux mêmes conditions de production. En l'occurrence, cette situation prouve aussi que la bactofugation ne sert pas à rendre « fromageable » du lait d'ensilage [...], mais uniquement à obtenir un niveau sanitaire suffisant pour le Vacherin fribourgeois AOP. Il était donc évident pour tous que les producteurs de lait avaient droit à l'indemnité de non-ensilage, et c'est en toute bonne foi que [la recourante] a rempli les rapports TSM comme elle l'a fait dès qu'elle a abandonné la pasteurisation du lait pour être conforme au cahier des charges ».
6.4.3 Dans ces circonstances, la recourante ne pouvait ignorer qu'en remplissant le formulaire de demande TSM1 comme elle l'a fait, elle obtiendrait le supplément de non-ensilage, alors que celui-ci n'est pas dû en cas de bactofugation du lait.
Sur le vu de ce qui précède, la recourante ne saurait, pour ce motif déjà, se prévaloir de sa bonne foi.
6.5 A titre superfétatoire, il appert que rien ne permet non plus de déduire que l'autorité inférieure savait ou, à tout le moins, aurait dû savoir que la recourante procédait à la bactofugation du lait transformé en Vacherin fribourgeois (AOP).
6.5.1 D'abord, en tant que la recourante se prévaut de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006, il faut relever que celle-ci n'a nullement établi avoir informé TSM ou l'OFAG de ce qu'elle utilisait la bactofugation. Elle se contente en effet d'alléguer avoir déclaré « nous ne pratiquons plus la pasteurisation, nous respectons le cahier des charges », de sorte qu'il était impossible pour l'OFAG de déduire de cette seule affirmation que la recourante procédait à la bactofugation.
6.5.2 On ne saurait non plus reprocher à l'autorité inférieure de ne pas avoir requis les rapports de production faisant état de la bactofugation du lait transformé en Vacherin fribourgeois (AOP). En effet, l'OFAG effectue des inspections par sondage, ouvre une enquête s'il soupçonne des infractions et arrête les mesures administratives qui s'imposent (art. 14 al. 2 OSL). Partant, c'est à bon droit que son service d'inspection ne requiert les rapports de production que lorsque des erreurs ou des manquements sont relevés lors de l'inspection annuelle ou lorsqu'une irrégularité a été constatée lors de précédents contrôles. Or, tel n'était pas le cas en l'espèce, de sorte que l'OFAG ne pouvait savoir que la recourante procédait à la bactofugation. Celle-ci ne démontre d'ailleurs pas en quoi l'autorité inférieure aurait dû mettre en doute les indications contenues dans le formulaire de demande TSM1.
6.5.3 Le fait que l'OIC était au courant de la bactofugation n'est également d'aucune aide pour la recourante. En effet, l'art. 20 de l'ordonnance sur les AOP et les IGP précise que seules les irrégularités constatées lors des contrôles sont signalées à l'autorité inférieure. Or, dans la mesure où la méthode de bactofugation était autorisée par la disposition transitoire du cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP), l'OIC n'avait aucune obligation d'annoncer le recours à ce procédé.
6.5.4 La recourante ne saurait davantage se prévaloir de sa participation aux négociations dudit cahier des charges. En effet, elle ne démontre pas en quoi il serait notoire de ce fait qu'elle pratiquait la bactofugation du lait. De plus, dans la mesure où ledit cahier des charges offre trois possibilités aux producteurs de Vacherin fribourgeois (AOP), à savoir la pasteurisation, la bactofugation ou aucun des deux procédés (cf. supra consid. 2.2), on ne saisit pas en quoi l'autorité inférieure devait nécessairement déduire de la participation de la recourante aux négociations du cahier des charges, qu'elle procédait à la bactofugation.
6.6 Sur le vu de ce qui précède, la recourante ne saurait donc se prévaloir d'aucune assurance ni d'aucun comportement contradictoire de l'autorité inférieure. Nul n'est dès lors besoin d'examiner les autres conditions de la protection de la confiance et de l'interdiction du comportement contradictoire.
Mal fondé, le recours doit également être rejeté sur ce point.
7. La recourante se plaint enfin de ce que la décision attaquée est inopportune et consacre un abus du pouvoir d'appréciation, en tant qu'elle exige la restitution des suppléments de non-ensilage versés entre le mois de mai 2006 et le mois d'août 2015. Elle avance encore que l'art. 30 al. 2 de la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions, LSu, RS 616.1) obligerait l'autorité inférieure à renoncer à dite restitution. Elle se prévaut enfin d'arbitraire.
7.1 Il sied d'examiner - préalablement à la question même de l'opportunité ou de l'abus du pouvoir d'appréciation - si l'autorité inférieure disposait ou non d'une liberté d'appréciation dans la possibilité de renoncer à la restitution des suppléments de non-ensilage versés indûment.
7.1.1 L'éventuelle liberté d'appréciation dont l'autorité inférieure pourrait disposer se détermine en interprétant la norme qui fonde sa compétence (cf. Pierre Tschannen/Ulrich Zimmerli/ Markus Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4e éd. 2014, p. 213 s. par. 26 no 4). C'est d'ailleurs cette même interprétation de la norme qui fixe le cadre légal et donne ainsi les limites de l'éventuelle liberté d'appréciation à ne pas franchir, faute de quoi son exercice est illégal (art. 49 let. a PA ; cf. Pierre Moor/Alexandre Flückliger/Vincent Martenet, Droit administratif, vol. I, 3e éd. 2012, p. 740 s. no 4.3.2.2). Pour sa part, le contrôle de l'opportunité au sens de l'art. 49 let. c PA intervient à l'intérieur même du cadre légal dans lequel l'autorité dont l'acte est attaqué a exercé sa liberté d'appréciation. Lorsque ce grief est soulevé, l'autorité supérieure ne vérifie pas si des normes juridiques ont été violées, mais s'assure que la décision en cause est bien la meilleure que l'autorité inférieure pouvait prendre (cf. ATF 136 V 351 consid. 5.1.2 ; Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd. 2011, p. 797 no 5.7.4.5). Aussi, dans la mesure où l'opportunité concerne le choix entre plusieurs solutions valables du point de vue juridique, cette question ne peut constituer un grief que lorsque l'administration dispose d'un pouvoir d'appréciation (cf. arrêt du TAF B-6455/2008 du 31 juillet 2009 consid. 8 et les réf. cit).
7.1.2 L'art. 171 al. 2 LAgr dispose que les contributions et les avantages pécuniaires indûment obtenus doivent être restitués ou compensés, indépendamment de l'application des dispositions pénales.
Le message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole (Politique agricole 2002), FF 1996 IV 1, 279 (ci-après : message concernant la politique agricole 2002) prévoit, s'agissant de l'art. 171 LAgr (à l'époque art. 168 LAgr) :
« Les contributions indûment perçues doivent être restituées ou compensées. Il s'agit là des contributions obtenues par des manoeuvres frauduleuses ou illicites, tels que le versement par erreur d'une contribution (p.ex. deux agriculteurs du même nom habitant dans le même village) ou le paiement de la contribution au propriétaire foncier, plutôt qu'à la personne qui exerce l'activité y donnant droit, etc. »
Il n'est donc pas nécessaire que le bénéficiaire ait agi fautivement pour fonder l'obligation de restituer les contributions indûment perçues, ce que l'autorité inférieure a relevé à juste titre. Ainsi, quand bien même l'erreur serait imputable à l'administration, il existe une obligation de remboursement lorsque le paiement des suppléments versés pour le lait transformé en fromage et pour non-ensilage est contraire à la loi (cf. arrêts du TAF B-7362/2015 précité et B-2305/2013 du 12 septembre 2013 consid. 4.4).
7.2 En l'espèce, il ressort donc de la formulation de l'art. 171 al. 2 LAgr et du message concernant la politique agricole 2002 que l'autorité inférieure est tenue d'exiger la restitution des contributions, respectivement des suppléments de non-ensilage, perçus à tort (cf. arrêt B-2305/2013 précité consid. 4.4). Dans ces circonstances, on ne saisit pas en quoi l'autorité inférieure aurait violé son pouvoir d'appréciation ou rendu une décision inopportune.
7.3 Quant à l'art. 30 al. 2 LSu, il n'est d'aucun secours à la recourante, cette disposition n'étant applicable qu'à défaut de dispositions contraires d'autres lois ou arrêtés fédéraux de portée générale (cf. art. 2 al. 2 LSu).
Les griefs de la recourante sont donc infondés.
8. Enfin, en tant que la recourante se prévaut d'arbitraire, son grief n'a pas de portée propre ; il est scellé par le sort des considérants qui précèdent (cf. supra consid. 5, 6 et 7).
9. La recourante a sollicité auprès du tribunal l'audition de plusieurs témoins en sus de l'audition des parties, ainsi que la mise en place d'une expertise judiciaire visant à déterminer l'importance de la bactofugation pour la sécurité alimentaire.
9.1 Selon l'art. 33 al. 1 PA, l'autorité admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits. Par ailleurs, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (cf. supra consid. 3.1 ; cf. ég. ATF 136 I 265 consid. 3.2, 135 II 286 consid. 5.1 et 129 II 497 consid. 2.2). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.3, 130 II 425 consid. 2.1, 125 I 127 consid. 6c/cc in fine, 124 I 208 consid. 4a et les réf. cit. ; arrêt du TAF B-793/2014 du 8 septembre 2015 consid. 7.1.1).
9.2 En l'espèce, il convient de relever que la recourante a largement pu s'exprimer par écrit au cours de la présente procédure et elle n'avance pas ce que des commentaires oraux supplémentaires apporteraient dans la présente affaire.
Pour le reste, les pièces figurant au dossier sont suffisantes pour établir les faits pertinents de la cause, de sorte que l'audition des témoins proposés ne s'avère pas nécessaire. Il est par ailleurs permis de douter que 12 ans après les faits, les témoins en question soient en mesure d'amener des éléments pertinents à la cause. Dans tous les cas, quand bien même la teneur de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006 telle qu'alléguée par la recourante eût été retenue, dit entretien ne lui eût pas permis de se prévaloir de sa bonne foi.
Quant à l'expertise requise par la recourante, elle viserait à démontrer que la bactofugation est nécessaire pour assurer un haut niveau de sécurité alimentaire. On peine à voir la pertinence d'une telle expertise, dans la mesure où les raisons pour lesquelles la recourante a eu recours à la bactofugation ne sont pas déterminantes (cf. supra consid. 5.3).
9.3 Aussi, le tribunal, procédant par appréciation anticipée des preuves, renonce aux auditions de parties et de témoins proposées, ainsi qu'à l'expertise requise.
Il y a donc lieu de rejeter les réquisitions de preuves déposées par la recourante.
10. Il résulte de ce qui précède que l'autorité inférieure a considéré, à juste titre, qu'une quantité de (...) kg de lait bactofugé transformé en Vacherin fribourgeois (AOP) durant la période de mai 2006 à août 2015 n'avait pas été déclarée comme étant bactofugée/pasteurisée dans les formulaires de demande TSM1 et que des suppléments à hauteur de (...) francs ont été indûment versés à la recourante. C'est aussi à raison qu'il a été retenu que la recourante avait commis une fausse déclaration - à tout le moins par négligence - et avait ainsi contrevenu à la loi sur l'agriculture et à l'ordonnance sur le soutien du prix du lait. Partant, l'autorité inférieure a condamné, à bon droit, dans la décision attaquée, la recourante à rembourser les suppléments payés à tort, la recourante ne contestant au surplus pas le montant des émoluments perçus par l'OFAG. Enfin, l'avertissement prononcé en vertu de l'art. 169 al. 1 let. a LAgr, à savoir la mesure administrative la moins incisive en cas de violation de la loi, n'est nullement disproportionné. La recourante ne soulève d'ailleurs aucun grief sur ce point.
Il suit de là que la décision attaquée ne viole pas le droit fédéral, ne repose pas sur une constatation inexacte ou incomplète des faits et n'est pas inopportune (art. 49 PA).
Mal fondé, le recours doit en conséquence être rejeté dans son ensemble.
11. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (cf. art. 2 al. 1 1ère phrase et art. 4 FITAF).
En l'espèce, les frais de procédure doivent être fixés à 25'000 francs. Ils sont compensés par l'avance de frais du même montant versée par la recourante le 27 avril 2016.
12. Compte tenu de l'issue de la procédure, la recourante n'a pas droit à des dépens (art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure, d'un montant de 25'000 francs, sont mis à la charge de la recourante. Ils sont compensés par l'avance de frais du même montant déjà versée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (acte judiciaire)
- au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR (acte judiciaire)
Le président du collège :
Le greffier :
Pascal Richard
Julien Delaye
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition : 12 juillet 2018