bvger · B-14/2020 · 2022-09-22 · it
B-14/2020

Pagamenti diretti generali e contributi ecologici

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Corte II
B-14/2020
Sentenza del 22 settembre 2022
Composizione
Giudici Pietro Angeli-Busi (presidente del collegio),
Mia Fuchs, Christoph Errass,
cancelliere Corrado Bergomi.
Parti
X._______, ricorrente,
contro
Consiglio di Stato del Cantone Ticino, autorità inferiore,
e
Dipartimento delle finanze e dell'economia della Repubblica e Cantone Ticino,
Sezione dell'agricoltura,
prima istanza.
Oggetto
Restituzione dei contributi SSRA/URAversati per gli anni 2013-2015.
Fatti:
A.
A.a Con decisione del 5 marzo 2010, in base al rapporto di ispezione del 4 marzo precedente, l'Ufficio del veterinario cantonale (in seguito: UVC) ha ordinato a X._______, gestrice di un'azienda agricola nel Comune di (...) (az. n. ___), diverse misure di adeguamento nella gestione e cura degli animali, al fine di ripristinare una situazione di conformità alla legislazione vigente in materia, segnatamente riguardo alla pulizia interna della stalla. Tale ordine è stato impartito con la comminatoria che, qualora le misure ordinate non fossero state messe in atto immediatamente, l'UVC avrebbe sequestrato tutto il bestiame presente in azienda e disposto un divieto di tenuta di animali.
A.b Con giudizio del 15 settembre 2010 (...) il Consiglio di Stato ha dichiarato irricevibile, in quanto tardivo, il ricorso presentato da X._______ contro la predetta determinazione.
A.c Il 6 dicembre 2010, richiamata la precitata risoluzione del 5 marzo 2010, l'UVC ha pronunciato nei confronti di X._______ il sequestro degli animali presenti in azienda, nonché un divieto di tenuta di animali da reddito a tempo indeterminato. Nel contempo, esso ha precisato che il divieto di tenuta di animali avrebbe potuto essere revocato a determinate condizioni che non occorre qui rammentare, specificando che "in ogni caso il numero di animali tenuto non potrà superare quello originariamente previsto per l'approvazione della stalla". Allo stesso modo, l'UVC ha disposto la cessione, entro il 13 dicembre 2010, dell'intero effettivo ad un nuovo detentore presso un'altra azienda riconosciuta in grado di assicurarne una corretta custodia.
A.d Con risoluzione del 23 novembre 2011 (...) il Consiglio di Stato ha parzialmente accolto il ricorso di X._______ contro l'avversata risoluzione dell'UVC, annullando e riformando quest'ultima nel senso che ha fatto ordine a X._______ "di ridurre il numero di animali presenti in azienda a 20 mucche, 5 manze, 5 manzette, 1 toro, 8 vitelli e 5 vitelloni". In sunto, esso ha accertato che, pur non ricorrendo più gli estremi per vietare all'insorgente la detenzione di animali, permaneva comunque un contrasto con i dettami dell'ordinanza sulla protezione degli animali del 23 aprile 2008 (OPAn, RS 455.1) dovuto alla sottocapacità della stalla. Il Consiglio di Stato ha quindi tutelato la risoluzione litigiosa laddove disponeva che il numero di animali tenuto non poteva superare quello originariamente previsto con l'approvazione del progetto della stalla, così come risultante dalla relazione tecnica del 17 aprile 2001 e dal rapporto di collaudo dell'8 ottobre 2002. Esso ha da ultimo specificato che detta misura era confermativa di quella già ordinata con decisione del 5 marzo 2010, cresciuta in giudicato e non più discutibile. Per il resto, il Consiglio di Stato ha annullato il divieto di tenuta degli animali da reddito come pure il relativo ordine di sequestro.
A.e Con decisione del 6 maggio 2013 (STA 52.2011.586), il Tribunale cantonale amministrativo ha confermato la suddetta pronuncia del Consiglio di Stato e respinto il relativo ricorso di X._______.
A.f A seguito di un controllo esperito il 10 maggio 2016 dall'UVC, unitamente alla Sezione dell'agricoltura del Dipartimento delle finanze e dell'economia del Cantone Ticino e alla Sezione dell'aria, dell'acqua e del suolo (SPAAS) della Divisione dell'ambiente del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino, l'UVC ha ordinato, con decisione del 6 giugno 2016, quale misura urgente a tutela del benessere del bestiame, il sequestro entro il 10 giugno 2016 dei bovini con un "body condition score" (BCS) inferiore a 2.0, l'allontanamento entro il 30 giugno 2016 di tutti gli animali restanti e ha disposto il divieto di tenuta di animali da reddito a tempo indeterminato una volta scaduto quest'ultimo termine. L'8 giugno 2016 l'UVC ha proceduto al sequestro immediato di tutti i bovini presenti presso l'azienda agricola di X._______. Il provvedimento è stato formalizzato mediante decisione del giorno successivo. Con decisione del 24 giugno 2016, l'UVC ha pronunciato nei confronti di X._______ il divieto di tenuta di animali da reddito a tempo indeterminato, ha ordinato la confisca degli animali sequestrati e le ha fissato un termine di 15 giorni per procedere alla loro vendita o cessione, dietro preavviso dell'autorità dipartimentale. Tale decisione è rimasta incontestata.
A.g Con giudizio del 14 marzo 2017 (...) il Consiglio di Stato ha respinto i ricorsi di X._______ avverso le summenzionate decisioni del 6 e del 9 giugno 2016 dell'UVC. L'Esecutivo cantonale ha anzitutto rilevato che il sequestro di tutti gli animali presenti in azienda, stabilito con decisione del 9 giugno 2016 che aveva sostituito il sequestro parziale del 6 giugno 2016, era stato a sua volta superato dalla misura di confisca adottata con risoluzione del 24 giugno 2016. Essendo quest'ultima risoluzione cresciuta in giudicato, il Governo ha ritenuto che, per quanto diretto contro il sequestro degli animali, il ricorso era divenuto privo d'oggetto. Esso ha invece confermato il divieto di tenuta di animali da reddito a tempo indeterminato pronunciato dall'UVC, ritenendone date le condizioni previste dalla legge.
A.h Mediante decisione del 14 agosto 2019 (STA 52.2017.252), nel frattempo cresciuta in giudicato, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto il ricorso di X._______ avverso la risoluzione del Consiglio di Stato del 14 marzo 2017.
B.
B.a A seguito dell'alta vigilanza, svoltasi il 27 e 28 luglio 2016, sull'esecuzione dell'ordinanza concernente i pagamenti diretti all'agricoltura del 23 ottobre 2013 (Ordinanza sui pagamenti diretti, RS 910.13), l'Ufficio federale dell'agricoltura (UFAG) ha ordinato alla Sezione dell'agricoltura (in seguito: prima istanza), di chiarire se dal 2013 erano stati versati all'azienda di X._______ dei contributi per il benessere degli animali SSRA (contributi per i sistemi di stabulazione particolarmente rispettosi degli animali) / URA (contributi per l'uscita regolare all'aperto) per un effettivo superiore a quello disposto dal Tribunale cantonale amministrativo nella sua sentenza del 6 maggio 2013, nel qual caso avrebbe dovuto essere imposta la restituzione di tali contributi versati per il numero di capi oltre l'effettivo massimo.
B.b Con decisione del 25 ottobre 2016 la prima istanza, richiamata la sentenza del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013, ha chiesto a X._______ di restituire la somma complessiva di fr. 14'477.40 dei contributi SSRA/URA versati per gli anni 2013-2015 (fr. 9'974.75 URA + fr. 4'502.65 SSRA) per il numero di capi eccedente l'effettivo massimo ordinato. Tale pronuncia è stata confermata mediante decisione del 19 dicembre 2016 della Sezione dell'agricoltura, la quale ha respinto il reclamo di X._______ dell'8 novembre 2016.
B.c Con ricorso del 19 gennaio 2017, X._______ è insorta davanti al Consiglio di Stato (in seguito: autorità inferiore) chiedendo l'accoglimento del ricorso e l'annullamento della decisione su reclamo del 19 dicembre 2016. Ella ha fatto valere, anzitutto, la prescrizione del diritto alla restituzione dei contributi 2013-2015. A suo dire, la prima istanza sarebbe stata già a conoscenza al momento in cui ha ricevuto una copia della decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 che il numero di animali da lei detenuti era superiore all'effettivo massimo autorizzato per l'azienda in questione. Il termine di un anno avrebbe dunque iniziato a decorrere il giorno in cui la prima istanza sarebbe venuta a conoscenza della decisione del Tribunale cantonale amministrativo e sarebbe scaduto nel corso del 2014. Nel caso in cui non venisse riconosciuta la prescrizione della richiesta, l'insorgente ha ritenuto che dovrebbe trovare applicazione l'art. 30 cpv. 2 lett. b della legge federale del 5 ottobre 1990 sugli aiuti finanziari e le indennità (legge sui sussidi, LSu, RS 616.1), che prevede la rinuncia della richiesta di restituzione nei casi in cui la violazione del diritto non era facilmente riconoscibile per il beneficiario. Questa condizione sarebbe a suo dire data, in quanto nemmeno la prima istanza avrebbe subito individuato tale circostanza. In secondo luogo, l'insorgente ha contestato che la decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 le avesse imposto una limitazione della tenuta di animali per ragioni concernenti la loro protezione, ribadendo che tale decisione avesse avuto come oggetto soltanto la capacità della stalla. Ella ha rilevato di aver rispettato tale pronuncia, tenendo in tale struttura il numero massimo di animali consentiti. Gli altri capi avrebbero invece trovato spazio nell'ampliamento della stalla realizzato nel 2011, in particolare dopo la costruzione di una tettoia. I rapporti di ispezione della A.______ SA avrebbero del resto certificato che la struttura totale, stalla e tettoia, avrebbe potuto garantire uno spazio sufficiente e conforme a tutti gli animali presenti. A detta dell'insorgente, ciò testimonierebbe il fatto che la tenuta degli animali da parte sua sarebbe stata conforme ai dispositivi della legislazione in materia di protezione degli animali.
B.d Con risposta del 17 febbraio 2017 la prima istanza ha chiesto di respingere il ricorso. In sostanza, ha addotto che solo al momento in cui ha ricevuto la bozza del rapporto di controllo di alta vigilanza effettuato dall'UFAG in data 27 e 28 luglio 2016, essa avrebbe potuto rendersi conto dell'importanza della sentenza del 6 maggio 2013 del Tribunale cantonale amministrativo, nonché della decisione del 23 novembre 2011 del Consiglio di Stato. Solo questa presa di conoscenza le avrebbe permesso di esercitare il diritto alla restituzione dei sussidi. Inoltre, la prima istanza ha contestato l'applicazione dell'art. 30 cpv. 2 lett. b LSu, in quanto l'insorgente sarebbe stata in chiaro, a seguito della sentenza con cui il Tribunale cantonale amministrativo aveva sancito definitivamente la riduzione degli animali presenti in azienda, sul numero di animali che le era permesso tenere. Infine, la prima istanza ha rifiutato la tesi di lettura dell'insorgente della menzionata decisione del Tribunale cantonale amministrativo, secondo cui la decisione sarebbe riferita a problemi strutturali, di capacità di stalla e di procedure edilizie.
B.e Dopo un ulteriore scambio di scritti, con decisione del 6 novembre 2019 il Consiglio di Stato ha respinto il ricorso e confermato la decisione impugnata.
B.e.a L'autorità inferiore ha sottolineato che dal controllo del veterinario cantonale del 10 maggio 2016 e dalla decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 14 agosto 2019, si evince che il bestiame detenuto fosse ancora in netto sovrannumero rispetto a quanto confermato nella decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 e che i posti fossero, pur tenendo conto del riparo della tettoia, manifestamente insufficienti rispetto al numero di bovini. Inoltre, l'autorità inferiore, richiamando nuovamente la decisione del Tribunale amministrativo cantonale del 14 agosto 2019, ha ritenuto che i rapporti della A. ______ SA dal 2011 al 2013 non sarebbero in grado di confutare quanto accertato e documentato dall'autorità di prime cure. L'autorità inferiore ha inoltre rinviato alla propria risoluzione del 14 marzo 2017 da cui emerge che il fatto di aver tenuto il bestiame in sovrannumero rispetto alla capacità della stalla nonostante le decisioni emanate dalle autorità, dimostrerebbe la mancanza di volontà dell'insorgente di tenere i propri animali conformemente alla legge in materia di protezione di animali. Alla luce di tutti i motivi suesposti, l'autorità inferiore ha concluso alla sussistenza dei presupposti per ammettere i motivi della revoca dei sussidi ai sensi dell'art. 30 cpv. 1 LSu.
B.e.b In secondo luogo, l'autorità inferiore ha ritenuto che le condizioni per una rinuncia alla revoca dei sussidi secondo l'art. 30 cpv. 2 LSu non sarebbero adempiute. A suo parere, l'insorgente non poteva misconoscere la chiarezza delle decisioni dell'UVC del 5 marzo 2010 e 6 dicembre 2010 che le imponevano di ridurre il numero di animali, né legittimamente pensare che tale comportamento non avrebbe avuto conseguenze finanziarie sui pagamenti diretti.
B.e.c Da ultimo, l'autorità inferiore ha accertato che il diritto di chiedere la restituzione dei contributi SSRA/URA per il numero di capi che superava l'effettivo massimo imposto non è prescritto. Secondo lei, il termine annuo di prescrizione fissato dall'art. 32 cpv. 2 LSu ha cominciato a decorrere al momento in cui la prima istanza ha ricevuto la bozza del rapporto di controllo di alta vigilanza del 27 e 28 luglio 2016. Solo in quell'occasione l'autorità di prime cure avrebbe avuto modo di rendersi conto di quanto fossero determinanti ai fini della nascita del diritto alla restituzione il numero massimo di animali stabilito nella decisione del Consiglio di Stato del 23 novembre 2011 e confermata dal Tribunale cantonale amministrativo il 6 maggio 2013, nonché la sua relazione con l'effettivo numero di animali fissato nella banca dati del traffico di animali (BDTA).
C. Con ricorso del 14 dicembre 2019, pervenuto al Tribunale amministrativo federale il 3 gennaio 2020 mediante scritto accompagnatorio del 30 dicembre 2019, X._______ (in seguito: ricorrente) chiede l'annullamento della decisione del Consiglio di Stato del 6 novembre 2019 e delle decisioni della Sezione dell'agricoltura del 19 dicembre 2016 e 25 ottobre 2016.
Innanzitutto, la ricorrente fa valere un accertamento dei fatti inesatto e incompleto da parte dell'autorità inferiore. Quest'ultima non avrebbe considerato che le decisioni del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 e 14 agosto 2019 riguardano fatti antecedenti alla costruzione di una tettoia e di un nuovo letamaio e al rilascio, in data (...), della relativa licenza edilizia parzialmente a posteriori, la cui domanda era stata inoltrata (...). In tale contesto, la ricorrente precisa che detta licenza le avrebbe permesso di aumentare le capacità della stalla riguardo al numero di animali. Oltracciò, l'autorità inferiore non avrebbe fatto riferimento a fatti riguardanti i programmi SSRA e URA e nemmeno agli anni 2013-2015, ma unicamente a fatti avvenuti del 2016, qui non rivelanti.
In secondo luogo, la ricorrente, richiamando lo scritto del 12 ottobre 2011 della SPAAS e un incontro avvenuto il 24 marzo 2011 in presenza, tra l'altro, di rappresentanti della SPAAS e della prima istanza, ritiene che quest'ultima fosse a conoscenza di tutti i fatti necessari per stabilire con esattezza i contributi spettanti alla ricorrente. In particolare, la prima istanza avrebbe saputo del numero dei bovini autorizzato dalla licenza di costruzione del 2002 e anche che la tettoia costruita poteva supportare tutte le bovine presenti nella stalla. A mente della ricorrente, questi fatti sarebbero confermati dai vari rapporti di ispezione da parte della A. ______ SA (organismo di ispezione privato certificato) eseguiti tra il 2011 e il 2015, come pure dalla lettera del 21 dicembre 2016 della prima istanza, con la quale, ben 5 mesi dopo la ricezione della bozza del rapporto di alta vigilanza dell'UFAG, essa dichiarava che "nel 2013, 2014 e 2015 non sono stati svolti controlli per la protezione degli animali da cui siano emerse lacune". La ricorrente ribadisce che la prima istanza avrebbe affermato la validità dei rapporti di ispezione e dell'operato della A. ______ SA in diverse occasioni, come ad esempio nei rispettivi scritti dell'8 gennaio 2019 e del 16 ottobre 2019. La ricorrente cita poi la sentenza del TAF B-2843/2009 dell'11 novembre 2009, secondo la quale "il formulario SSRA rapporto di controllo per bovini attesta il rispetto o meno delle prescrizioni della Confederazione per i contributi SSRA e rappresenta quindi un documento cardine per l'autorità competente al fine di decidere, in un secondo tempo, se concordare al richiedente i relativi contributi pretesi".
La ricorrente reputa inoltre contraddittorio il fatto che la prima istanza nella sua risposta al ricorso dinanzi all'autorità inferiore abbia, da un lato, affermato di essere al corrente della sentenza del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 e, dall'altro, di essere venuta a conoscenza dei fatti solo dopo aver ricevuto il documento sull'alta vigilanza del 27 luglio 2016. Secondo lei il termine di prescrizione non decorre dal giorno della presunta conoscenza della portata della norma, ma dal giorno della conoscenza dei fatti da parte dell'autorità, ossia il giorno della ricezione della decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013. In considerazione dei rapporti della A. ______ SA, del coinvolgimento della prima istanza e della SPAAS nonché del Comune di (...) nel risolvere il problema dei bovini in sovrannumero nel 2010, la ricorrente conclude di essere in buona fede e che al suo caso debba essere applicato l'art. 30 cpv. 2 lett. b LSu.
D. Con risposta del 16 marzo 2020, la prima istanza rimanda perlopiù alle sue precedenti osservazioni e si rimette in ordine e nel merito al giudizio dello scrivente Tribunale. Per il resto, essa puntualizza che la ricorrente, fondando la sua argomentazione sugli aspetti strutturali relativi alla protezione animali e alle licenze edilizie, tralascia l'importante fatto che la limitazione dell'effettivo della ricorrente, come confermato dalla decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013, era dovuta a lacune gestionali indipendenti dalla capienza del sistema di stabulazione degli animali.
E. Con scritto del 18 marzo 2020 l'autorità inferiore ha prodotto il proprio incarto, dichiarato di non aver alcuna osservazione da formulare e di rimettersi al giudizio del Tribunale.
F. In data 12 maggio 2020 l'UFAG ha dato seguito alla richiesta formulata nell'ordinanza del 20 marzo 2020 ed inoltrato il proprio parere di autorità specializzata in merito alla causa in oggetto. L'UFAG giunge alla conclusione che la decisione impugnata è corretta e che la ricorrente è tenuta alla restituzione dei contributi percepiti a torto.
G. La prima istanza condivide, con scritto del 29 maggio 2020, il parere dell'UFAG. L'autorità inferiore non ha fatto uso della facoltà di inoltrare osservazioni in merito.
H. Con scritto del 4 giugno 2020 la ricorrente chiede di escludere dalla procedura di ricorso il parere dell'UFAG del 12 maggio 2020, avendo quest'ultimo partecipato alla decisione impugnata ed essendo quindi obbligato ad astenersi giusta l'art. 59 PA (cfr. intero consid. 3). Per il resto, ella si riconferma nelle sue conclusioni e argomentazioni.
I. Ulteriori fatti ed argomenti addotti dalle parti negli scritti, verranno ripresi nei considerandi qualora risultino decisivi per l'esito della presente vertenza.
Diritto:
1. Il Tribunale amministrativo federale esamina d'ufficio e liberamente le condizioni di ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti (cfr. DTAF 2007/6 consid. 1).
1.1 Giusta l'art. 31 della legge sul Tribunale amministrativo federale del 17 giugno 2005 (LTAF, RS 173.32), il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA, RS 172.021), eccezion fatta per le decisioni elencate all'art. 32 LTAF. In particolare, giusta l'art. 33 lett. i LTAF un ricorso è ammissibile contro le decisioni delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale. In base all'art. 166 cpv. 2 della legge federale del 29 aprile 1998 sull'agricoltura (legge sull'agricoltura, LAgr, RS 910.1), un ricorso al Tribunale amministrativo federale è ammissibile contro le decisioni cantonali di ultima istanza prese in applicazione della presente legge e delle relative disposizioni d'esecuzione, eccetto che per le decisioni cantonali concernenti i miglioramenti strutturali. Quest'ultima eccezione non è data nel caso di specie. La risoluzione del Consiglio di Stato del 6 novembre 2019 configura una decisione di un'ultima istanza cantonale secondo l'art. 166 cpv. 2 LAgr (cfr. anche l'art. 80 della Legge sulla procedura amministrativa [LPAmm] del 24 settembre 2013, RL/TI 165.100) e in quanto tale può essere impugnata dinanzi allo scrivente Tribunale.
1.2 La decisione su reclamo della prima istanza del 19 dicembre 2016 è stata sostituita, per effetto devolutivo del ricorso del 19 gennaio 2017, dalla decisione dell'autorità inferiore del 6 novembre 2019. Nella misura in cui la ricorrente chiede l'annullamento delle decisioni della prima istanza del 19 dicembre 2016 e del 25 ottobre 2016, il ricorso non è ammissibile. In ogni caso, si considera che il presente gravame, materialmente, è pure diretto contro la decisione del 19 dicembre 2016 (cfr. DTF 134 II 142 consid. 1.4 e 129 II 438 consid. 1; sentenze del TAF B-4710/2019 del 26 ottobre 2020 consid. 1.2, B-1966/2018 del 23 agosto 2019 consid. 1.1 e A-2878/2013 del 21 novembre 2013 consid. 1.3).
1.3 La ricorrente ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, è particolarmente toccata dalla decisione impugnata ed ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modificazione della stessa (art. 48 cpv. 1 PA).
1.4
1.4.1 La decisione impugnata è stata notificata alla ricorrente il 16 novembre 2019 e un eventuale ricorso avrebbe dovuto essere inoltrato al più tardi entro il 16 dicembre 2019. La ricorrente ha sì inviato il ricorso del 14 dicembre 2019 l'ultimo giorno del termine, ossia in data 16 dicembre 2019, tuttavia al vecchio indirizzo del Tribunale amministrativo federale a Berna ("CP, 3000 Berna 14", come indicato alla cifra 3 del dispositivo della decisione impugnata). In seguito, la Posta, in data 27 dicembre 2019, ha rispedito l'invio menzionato alla ricorrente con la nota "Il destinatario è irreperibile all'indirizzo indicato". A conseguenza di ciò, con scritto accompagnatorio del 30 dicembre 2019, spedito il giorno seguente, la ricorrente ha inviato il ricorso del 14 dicembre 2019, stavolta all'indirizzo corretto del Tribunale ("casella postale, 9023 San Gallo").
1.4.2 Per prassi costante, l'osservanza del termine di ricorso è data se un atto di ricorso è consegnato alla posta al più tardi l'ultimo giorno del termine anche se è inviato ad un indirizzo errato, tuttavia a condizione che non sussista alcun abuso di diritto (cfr. sentenza del TAF A-3184/2015 del 29 novembre 2016, intero consid. 2 con ulteriori riferimenti). Nel caso in esame, anche tenuto conto che l'indicazione del rimedio giuridico era erronea, non sono ravvisabili indizi per un abuso di diritto e il ricorso va considerato tempestivo. Dichiarare il ricorso inammissibile per la mancata osservanza del termine equivarrebbe ad un eccesso di formalismo (sentenze del TAF B-3815/2014 del 18 febbraio 2016 consid. 1 e C-269/2014 del 13 gennaio 2015 consid. 1.3).
1.5 Gli ulteriori requisiti quanto alla forma e al contenuto dell'atto di ricorso (art. 52 PA) sono soddisfatti e gli altri presupposti processuali sono parimenti adempiuti, in particolare l'anticipo spese è stato versato entro il termine impartito (art. 63 cpv. 4 PA).
1.6 In conclusione, il ricorso è ammissibile nella misura di quanto sopra precisato (cfr. consid. 1.2).
2.
2.1 Con ricorso al Tribunale amministrativo federale possono essere invocati la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento (cfr. art. 49 lett. a PA), l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti (cfr. art. 49 lett. b PA) nonché l'inadeguatezza (cfr. art. 49 lett. c PA). Tuttavia, nel caso di specie l'inadeguatezza non può essere richiamata, in quanto la decisione impugnata è stata emanata da un'autorità cantonale in veste di autorità di ricorso (cfr. art. 49 lett. c PA; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2a ed. 2013, n. 2.149).
2.2 Il Tribunale amministrativo federale non è vincolato né dai motivi addotti (cfr. art. 62 cpv. 4 PA), né dalle considerazioni giuridiche della decisione impugnata, né dalle argomentazioni delle parti (cfr. DTF 142 V 551 consid. 5; 141 V 234 consid. 1; DTAF 2007/41 consid. 2; Moor/Poltier, Droit administratif, vol. II, 3a ed. 2011, no. 2.2.6.5, pag. 300). I principi della massima inquisitoria e dell'applicazione d'ufficio del diritto sono tuttavia limitati: l'autorità competente procede difatti spontaneamente a constatazioni complementari o esamina altri punti di diritto solo se dalle censure sollevate o dagli atti risultino indizi in tal senso (cfr. DTF 141 V 234 consid. 1 con rinvii; 122 V 157 consid. 1a; 121 V 204 consid. 6c; DTAF 2007/27 consid. 3.3).
3. Dal punto di vista formale, la ricorrente chiede di escludere dalla procedura di ricorso il parere dell'UFAG del 12 maggio 2020, avendo quest'ultimo partecipato alla decisione impugnata ed essendo quindi obbligato ad astenersi in virtù dell'art. 59 PA.
3.1 Giusta l'art. 59 PA, l'autorità di ricorso non può affidare l'istruzione del ricorso a persone dell'autorità inferiore né ad altre persone che abbiano avuto una parte nell'elaborazione della decisione impugnata; l'articolo 47 capoversi 2 a 4 PA è inoltre applicabile se la decisione impugnata poggia su istruzioni dell'autorità di ricorso. Nella norma poc'anzi enunciata è raccolta la problematica secondo cui tra l'autorità che esperisce l'istruttoria e quella che emana formalmente il giudizio non devono sussistere conflitti d'interesse. Il campo d'applicazione dell'art. 59 PA riguarda l'obbligo di ricusa limitatamente ai procedimenti di ricorso nel quadro di una procedura amministrativa interna (cfr. Reto Feller/Pandora Kunz-Notter, VwVG - Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Kommentar, 2a ed., 2019, n. 4 ad art. 59 PA; Stephan Breitenmoser/Marion Spori Fedail in Praxis-kommentar VwVG, 2a ed. 2016, art. 59 n. 3).
3.2 La ricorrente erra quando ritiene che l'UFAG nel proprio parere sia andato oltre la sola consultazione e abbia emesso una decisione sul caso suscettibile di influenzare e determinare l'esito dell'intera causa. L'UFAG ha concluso solo alla correttezza della decisione impugnata e all'obbligo di restituzione dei contributi percepiti a torto. Invece, la resa di una decisione sulla questione incombe in ultima analisi unicamente allo scrivente Tribunale. Nell'ambito dell'istruttoria e della preparazione di una sentenza in materia di pagamenti diretti è opportuno chiedere un parere dell'UFAG in qualità di autorità specializzata a cui spetta l'alta sorveglianza sull'esecuzione dei relativi disposti. Un simile modo di procedere non può essere ostacolato dall'art. 59 PA (Reto Feller/Pandora Kunz-Notter, op. cit., n. 3 ad art. 59 PA), ma appare invece indicato, tanto più che l'UFAG non è né l'autorità di ricorso, né l'autorità di istruzione nel procedimento anteriore e nemmeno nel presente procedimento. Pertanto, non essendo ravvisabile alcun conflitto di interesse ed essendo stata data alla ricorrente la facoltà di esprimersi su detto parere, la sua richiesta di escludere la consultazione dell'UFAG del 12 maggio 2020 e i suoi allegati sulla base dell'art. 59 PA, non può essere accolta.
4.
4.1 Nella presente fattispecie, l'oggetto di lite è formato dalla restituzione dei contributi per il benessere degli animali per un totale di fr. 14'477.40 (fr. 9'974.75 URA + fr. 4'502.65 SSRA), i quali sono stati versati alla ricorrente tra il 2013 e il 2015 per il numero di capi che superava l'effettivo massimo stabilito nella decisione del Consiglio di Stato del 23 novembre 2011 e confermata dalla sentenza del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013, passata in giudicato. Tenuto conto che le disposizioni in materia di diritto agrario sono state più volte rivedute, occorre dapprima determinare le norme di diritto applicabili a livello temporale.
4.2 Nella misura in cui il legislatore non ha ordinato disposizioni transitorie divergenti, vale il principio generale del diritto secondo cui sono determinanti le norme giuridiche vigenti al momento della realizzazione della fattispecie giuridicamente rilevante (DTF 144 V 210 consid. 4.3.1; sentenza del TF 2C_833/2014 del 29 maggio 2015 consid. 2.1, con rinvio alla DTF 126 II 522 consid. 3b/aa; sentenze del TAF B-563/2013 del 20 maggio 2015 consid. 3 e B-6025/2013 del 6 agosto 2014 consid. 2.1).
4.3 Le modifiche della LAgr e degli atti normativi aggiuntivi, segnatamente dell'Ordinanza concernente i pagamenti diretti all'agricoltura del 23 ottobre 2013 (Ordinanza sui pagamenti diretti, OPD; RS 910.13) sono entrate in vigore il 1° gennaio 2014. Siccome, per quanto sia d'interesse nel presente caso, mancano disposizioni transitorie, i fatti avveratisi per l'anno di contribuzione 2013 devono essere valutati secondo la versione allora vigente della LAgr e dell'OPD (vLAgr, RU 1998 3033; vOPD). Per gli anni di contribuzione 2014 e 2015 sono applicabili invece le norme rivedute (cfr. sentenza del TF 2C_833/2014 del 29 maggio 2015 consid. 2.1 e le sentenze del TAF B-6025/2013 del 6 agosto 2014 consid. 4.2 e B-2839/2016 del 10 dicembre 2018 consid. 2.2). Tuttavia, per quanto riguarda le questioni che si pongono nella presente fattispecie, le versioni delle norme giuridiche rilevanti coincidono ampiamente nel loro senso e contenuto. Per facilitare la lettura, verranno citate di seguito le norme nella versione entrata in vigore il 1° gennaio 2014.
5.
5.1 La Confederazione imposta i provvedimenti in modo che l'agricoltura possa svolgere i suoi compiti multifunzionali. Tra le sue competenze e i compiti vi è quello di completare il reddito contadino con pagamenti diretti al fine di remunerare in modo equo le prestazioni fornite, a condizione che sia fornita la prova che le esigenze ecologiche sono rispettate (art. 104 cpv. 3 Cost.). Secondo l'art. 70 cpv. 1 LAgr, per retribuire le prestazioni d'interesse generale sono versati pagamenti diretti ai gestori di aziende agricole. I pagamenti diretti comprendono tra l'altro i contributi per i sistemi di produzione (art. 70 cpv. 2 lett. e LAgr), nei quali rientrano i contributi per il benessere degli animali, in particolare la partecipazione ai programmi SSRA e URA (art. 72 cpv. 1 lett. a e b OPD; cfr. anche artt. 73-75 OPD).
5.2 Per essere posti al beneficio dei pagamenti diretti, gli agricoltori devono fornire la prova che le esigenze ecologiche sono rispettate (PER), la quale comprende una detenzione degli animali da reddito rispettosa delle esigenze della specie (art. 70a cpv. 1 lett. b e cpv. 2 lett. a LAgr) e l'osservanza, tra l'altro, delle disposizioni determinanti per la produzione agricola della legislazione in materia di protezione delle acque, dell'ambiente e degli animali (art. 70a cpv. 1 lett. c LAgr, art. 12 OPD). I controlli sulla protezione degli animali nell'ambito della PER vanno svolti secondo le disposizioni della legislazione sulla protezione degli animali (art. 102 cpv. 2 OPD).
5.3 La legge del 16 dicembre 2005 sulla protezione degli animali (LPAn, RS 455) e le relative disposizioni d'esecuzione stabiliscono esigenze minime in materia di detenzione degli animali vincolanti per tutti i detentori (cfr. artt. 4, 6 cpv. 1 LPAn, nonché l'art. 3 dell'ordinanza sulla protezione degli animali del 23 aprile 2008 [OPAn, RS 455.1]). Secondo l'art. 23 cpv. 1 LPAn, l'autorità competente può vietare, a tempo determinato o indeterminato, la detenzione, l'allevamento, la commercializzazione o l'impiego a titolo professionale di animali a chi: (a.) è stato punito per ripetute o gravi infrazioni alle prescrizioni della presente legge, ai disposti esecutivi emanati in virtù della stessa o a decisioni dell'autorità; (b.) per altri motivi è incapace di tenere o allevare animali.
5.4 Mediante i programmi d'incentivi facoltativi "Sistemi di stabulazione particolarmente rispettosi degli animali" (SSRA) e "Uscita regolare all'aperto" (URA), il benessere degli animali viene promosso oltre gli standard minimi legali vigenti per la detenzione degli animali secondo la legislazione in materia di protezione degli animali (sentenze del TAF B-7579/2015 del 6 gennaio 2017 consid. 7.3.1, B-4709/2012 del 20 dicembre 2013 consid. 3.3.2.5). Il maggior dispendio correlato alla partecipazione a tali programmi viene compensato dai pagamenti diretti versati annualmente (Messaggio concernente l'evoluzione della politica agricola negli anni 2014-2017 [Politica agricola 2014-2017] del 1° febbraio 2012, FF 2012 1757 segg., 1787 seg.). La partecipazione ai programmi SSRA e URA presuppone prestazioni supplementari corrispondenti da parte del detentore di animali. Quest'ultimo deve dunque essere consapevole che al momento dell'annuncio dei contributi SSRA e URA egli deve integralmente adempiere le condizioni di legge (sentenze del TAF poc'anzi citate B-7579/2015 consid. 7.3.1, nonché B-4709/2012 consid. 3.3.2.5). Le contravvenzioni alle prescrizioni a tutela del benessere degli animali non danno diritto ai pagamenti diretti, ma hanno come conseguenza la rispettiva riduzione o il diniego degli stessi (cfr. n. 2.9 allegato 8 OPD in combinato disposto con l'art. 170 cpv. 2bis LAgr e art. 105 OPD).
5.5 Se le condizioni che hanno giustificato l'assegnazione di contributi non sono più adempite o se oneri e condizioni non sono rispettati, i contributi devono essere rimborsati totalmente o parzialmente (art. 171 cpv. 1 LAgr). I contributi o i vantaggi patrimoniali percepiti a torto devono essere restituiti o compensati indipendentemente dall'applicazione delle disposizioni penali (art. 171 cpv. 2 LAgr).
6.
6.1 Nel caso di specie, con decisione del 6 maggio 2013 il Tribunale cantonale amministrativo (STA 52.2011.586) ha respinto il ricorso della ricorrente contro la risoluzione del 23 novembre 2011 del Consiglio di Stato, confermando di conseguenza quest'ultima, segnatamente laddove veniva fatto ordine alla ricorrente di ridurre il numero di animali presenti nella sua azienda a 20 mucche, 5 manze, 5 manzette, 1 toro, 8 vitelli e 5 vitelloni. La menzionata decisione del 6 maggio 2013 non è stata contestata ed è cresciuta in giudicato. Pertanto, nella misura in cui l'effettivo bovino annunciato dalla ricorrente per le categorie di bovini che danno diritto ai contributi SSRA/URA negli anni 2013-2015 è superiore a quello imposto nelle decisioni in parola, risulta che le condizioni per il versamento dei contributi SSRA/URA in riferimento al numero dei capi che superano l'effettivo massimo ordinato non erano adempiute in violazione delle disposizioni in materia di detenzione adeguata e protezione degli animali, per cui una parte di questi contributi era stata versata a torto.
6.2 La ricorrente ritiene che l'autorità inferiore non abbia tenuto conto del fatto che la decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 riguarda una fattispecie avveratasi nel 2010 e che nel frattempo la ricorrente aveva provveduto all'adeguamento della stalla, inoltrando, il 16 maggio 2013, una domanda di costruzione parzialmente a posteriori per la tettoia e il letamaio, rilasciata poi in data 9 settembre 2016. Allo stesso modo, l'autorità inferiore avrebbe omesso di dire che la decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 14 agosto 2019 era riferita alla licenza di costruzione del 2002 e non teneva in considerazione la licenza di costruzione del 2016. Infine, l'autorità inferiore non avrebbe considerato che i diversi rapporti stilati dall'A. ______ SA (allegati al ricorso doc. D: rapporto 13.12.2011 e G: rapporti 30.09.2013, 01.03.2012, 28.09.2011), ritenuti rilevanti secondo la prassi del Tribunale amministrativo federale, non avrebbero riscontrato alcuna lacuna.
6.3 Come dimostrano i seguenti considerandi, con gli argomenti sollevati, la ricorrente non riesce a far apparire insostenibile che i contributi SSRA/URA per un numero di animali superiore al limite imposto sono stati concessi a torto.
6.3.1 La ricorrente misconosce che nel caso di specie è determinante l'osservanza delle norme in materia di detenzione adeguata e di protezione degli animali, ossia la limitazione del numero di bovini presenti in azienda e che il divieto di tenuta di animali non era stato indetto a causa della presenza di strutture carenti o inesistenti, ma proprio in quanto la ricorrente non poteva garantire le cure e il benessere di un effettivo più numeroso di animali mediante la propria struttura. Se un divieto parziale o totale di detenere gli animali è cresciuto in giudicato, il rilascio di una licenza di costruzione senza un coinvolgimento da parte del veterinario cantonale non può permettere di aumentare il limite degli effettivi degli animali e quindi di eludere o addirittura annullare il divieto di tenuta di animali. La ricorrente non poteva quindi ignorare che non era autorizzata a detenere un numero di animali superiore a quello consentito senza violare le norme in materia di protezione degli animali e che un tale atteggiamento non avrebbe comportato alcuna conseguenza finanziaria per i pagamenti diretti. Come si evince dalla decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 14 agosto 2019 (STA 52.2017.52) cresciuta in giudicato, la situazione non sembra essere migliorata negli anni successivi. Invero, detta Corte ha confermato un ulteriore divieto di tenuta di animali a tempo indeterminato in quanto, da un controllo dell'UVC del 10 maggio 2016, era risultato che il bestiame era ancora in netto sovrannumero rispetto a quanto confermato nella decisione del 6 maggio 2013 e i posti erano manifestamente insufficienti rispetto al numero di bovini, pur tenendo conto del riparo esterno (tettoia), presente dal 2011. Viste le circostanze, agli atti vi sono ancora indizi sufficienti per concludere che la contravvenzione all'ordine di riduzione del numero di animali si è protratta almeno dal 2013 al 2016 e che la ricorrente fatica a conformarsi alle disposizioni in materia di protezione degli animali.
6.3.2 A fronte di questi accertamenti, i rapporti della A.______ SA (all'epoca l'organismo di controllo privato certificato), allegati al ricorso, non sono nemmeno loro in grado di mutare favorevolmente la situazione della ricorrente. Già per quanto riguarda le date in cui tali rapporti sono stati stilati, dal 13 dicembre 2011 al 30 settembre 2013, sorge il dubbio che l'ente di controllo potesse essere a conoscenza della limitazione dell'effettivo di animali confermata dal Tribunale cantonale amministrativo nella decisione del 6 maggio 2013. Oltracciò, i rapporti menzionati non vanno considerati in modo isolato, bensì nel contesto complessivo secondo cui è assodata una tenuta problematica di animali conformemente alle decisioni dell'Ufficio del veterinario cantonale, confermate in questo punto anche dalle istanze di ricorso successive. Non da ultimo va rilevato che nel rapporto dell'UVC del 10 maggio 2016 erano state riscontrate alcune discordanze rispetto a quanto prospettato nel rapporto di controllo della A.______ SA del 13 dicembre 2011, in particolare riguardo alla tettoia (cfr. risposta della prima istanza del 17 febbraio 2017 e i suoi allegati inoltrati nel procedimento precedente). In seguito a tali risultanze, la portata che la ricorrente attribuisce ai rapporti della A.______ SA va comunque relativizzata. Poco importa quindi che lo scrivente Tribunale in una sua precedente sentenza (B-2843/200 dell'11 novembre 2009 consid. 5.1) abbia dichiarato che "il formulario SSRA rapporto di controllo per i bovini attesta il rispetto o meno delle prescrizioni della Confederazione per i contributi SSRA e rappresenta quindi il documento cardine per l'autorità competente alfine di decidere, in un secondo tempo, se concordare al richiedente i relativi contributi pretesi", tanto più che non sono ravvisabili indizi per affermare che nel caso citato si tratta degli stessi rapporti indicati nel presente ricorso.
6.4 Per prassi costante, in caso d'inosservanza delle prescrizioni in materia di protezione degli animali, le condizioni per la concessione di contributi per la detenzione di animali da reddito che consumano foraggio greggio come pure di contributi etologici non sono adempiute (cfr. DTF 137 II 366 consid. 3.3.1). Ne consegue che la ricorrente non aveva diritto a percepire i contributi SSRA/URA per il numero degli animali superiore agli effettivi a lei imposti ai sensi della risoluzione del 23 novembre 2011 del Consiglio di Stato, confermata mediante la decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013. Atteso che la decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 14 agosto 2019, anch'essa definitiva, ha stabilito sulla base del rapporto di controllo dell'UVC del 10 maggio 2016 che malgrado l'ordine di ridurre il numero degli animali (passato in giudicato con decisione del 6 maggio 2013) il bestiame era ancora in sovrannumero, si deve concludere che le infrazioni alla legislazione sulla protezione degli animali si sono protratte dal 2010 al 2016. Avendo la ricorrente percepito i contributi SSRA/URA nel periodo 2013-2015, è ovvio che la restituzione dei relativi pagamenti diretti si riferisca soltanto a detto periodo di contribuzione.
7. L'autorità inferiore ha fondato la restituzione dei contributi SSRA/URA percepiti a torto sulle disposizioni in materia di revoca di decisioni conformemente alla legge federale del 5 ottobre 1990 sugli aiuti finanziari e le indennità (legge sui sussidi, LSu, RS 616.1), in particolare all'art. 30 cpv. 1 e 2 LSu, citando a tale proposito la decisione dell'allora competente Commissione di ricorso DFE (REKO EVD) del 13 dicembre 2006 nella causa JG/2005-9.
7.1 La legge sui sussidi si applica a tutti gli aiuti finanziari e indennità previsti nel diritto federale, specialmente anche ai sussidi in materia di agricoltura (sentenza del TF 2C_88/2012 del 28 agosto 2012 consid. 4.1 con rinvio alla sentenza 2A.48/1997 del 7 luglio 1997 consid. 3a). I contributi per il benessere degli animali SSRA/URA configurano aiuti finanziari ai sensi dell'art. 3 cpv. 1 LSu. Il capitolo 3 della legge sui sussidi è applicabile salvo disposizioni contrarie di altre leggi federali o di altri decreti federali di obbligatorietà generale (art. 2 cpv. 2 LSu).
7.2 Il Tribunale federale ha già avuto modo di ritenere che l'art. 171 cpv. 2 LAgr costituisce la base legale determinante per la restituzione di pagamenti diretti percepiti a torto e che l'art. 30 LSu non è applicabile, in quanto l'art. 171 cpv. 2 LAgr adotta una disposizione contraria e assume comunque la precedenza come lex specialis (sentenza del TF 2C_88/2012 del 28 agosto 2012 consid. 4.2; sentenze del TAF B-1007/2017 del 20 febbraio 2019 consid. 7.2.3 segg., B-7795/2016 del 18 ottobre 2018 consid. 10.1 seg.). Con la sentenza 2C_88/2012 del 28 agosto 2016 l'Alta Corte ha corretto la prassi adottata fino ad allora dal Tribunale amministrativo federale e dalla commissione di ricorso DFE, secondo cui l'art. 30 LSu era considerato quale base legale per la restituzione dei pagamenti diretti. Inoltre, la restituzione non presuppone alcuna colpa del beneficiario dei pagamenti diretti (sentenza del TAF B-7795/2016 del 16 ottobre 2018 consid. 10.2).
7.3 Mediante l'ordinamento specifico per la restituzione di pagamenti diretti, il legislatore ha innanzitutto attribuito la preferenza all'interesse pubblico alla corretta applicazione del diritto rispetto all'interesse del beneficiario dei pagamenti diretti al mantenimento della decisione originariamente viziata. Questo significa che se il motivo per la revoca di una simile decisione e quindi per la restituzione dei contributi è previsto da una disposizione specifica, in questo caso dall'art. 171 cpv. 2 LAgr, allora diventa superfluo eseguire una ponderazione tra l'interesse pubblico alla corretta applicazione del diritto e l'interesse privato al mantenimento della decisione originariamente viziata (cfr. sentenza del TAF B-1007/2017 del 20 febbraio 2019 consid. 7.2.5 con rinvii alle DTF 137 I 69 consid. 2.2 seg, 127 II 306 consid. 7a, 100 Ib 299 consid. 2, nonché alla dottrina).
7.4 L'art. 171 cpv. 2 LAgr non lascia alcun margine di apprezzamento all'autorità competente per decidere se rinunciare alla restituzione dei contributi percepiti indebitamente come disposto all'art. 30 cpv. 2 LSu, bensì la obbliga a procedere al rimborso, come lascia chiaramente intendere l'espressione "devono essere restituiti" (sentenza del TF 2C_792/2018 del 23 aprile 2019 consid. 7.2). Ne segue che per quanto la ricorrente nel suo ricorso invoca la propria buona fede, facendo valere l'applicazione del motivo di rinuncia alla revoca di cui all'art. 30 cpv. 2 lett. b LSu, in quanto la violazione del diritto non era facilmente riconoscibile per lei in qualità di beneficiaria, i suoi argomenti sono destinati a cadere nel vuoto. Per il buon ordine e per evitare lungaggini, siccome gli argomenti invocati per la buona fede coincidono ampiamente con quelli sollevati contro l'infondatezza della sussistenza di un motivo per la restituzione dei contributi, si rinvia a quanto già esposto al consid. 6.3 e seg.
7.5 In sunto, l'autorità inferiore ha certo fondato la restituzione dei pagamenti diretti su una base legale errata. Cionondimeno, come emerge dai considerandi suesposti, l'ordinamento della restituzione dei pagamenti diretti nel caso di specie è avvenuto a giusto titolo.
8. Rimane in seguito da esaminare se la richiesta di restituzione dei contributi SSRA/URA, formulata dalla prima istanza il 25 ottobre 2016, è prescritta e se l'autorità inferiore ha giustamente respinto l'eccezione della prescrizione sollevata dalla ricorrente.
8.1
8.1.1 La LAgr non contiene alcuna disposizione relativa alla prescrizione in materia di restituzione di contributi percepiti a torto. A fronte dell'assenza di una norma specifica nella LAgr, il Tribunale federale ha ritenuto che sono richiamabili le norme della legge sui sussidi (sentenza del TF 2C_88/2012 del 28 agosto 2012 consid. 4.3, confermata nella sentenza 2C_792/2018 del 23 aprile 2019 consid. 8.1). Secondo l'art. 32 cpv. 2 LSu nella versione applicabile al caso di specie (RU 1991 857, 866), il diritto alla restituzione di aiuti finanziari o indennità si prescrive in un anno dal giorno in cui l'autorità di decisione o l'autorità partecipe del contratto ne ha avuto conoscenza, ma in ogni caso in dieci anni dalla sua nascita. La prescrizione interrotta da qualsiasi diffida scritta di pagamento è sospesa fintanto che il debitore non può essere escusso in Svizzera (art. 33 LSu nella versione della RU 1991 857, 866).
8.1.2 Il termine di un anno per far valere il diritto alla restituzione comincia a decorrere solo a partire dal momento in cui il creditore acquisisce una conoscenza certa del suo diritto e dell'importo che deve essere rimborsato. Non basta dunque che egli abbia potuto avere conoscenza del suo diritto usando l'attenzione da lui ragionevolmente esigibile e avuto riguardo delle circostanze (cfr. sentenza del TF 2C_88/2012 consid. 4.3.1, confermata nella sentenza 2C_792/2018 consid. 8.1, entrambe già citate).
8.2 La ricorrente fa valere che il diritto di chiedere la restituzione è prescritto. Secondo lei, la prima istanza, per sua stessa ammissione, aveva ricevuto nel 2013, dall'Ufficio del veterinario cantonale, una copia della sentenza del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 e perciò già in questo momento era venuta a conoscenza dei fatti alla base di detta decisione. Tuttavia, conformemente alla prassi del Tribunale federale suesposta, il fatto che la prima istanza avrebbe potuto apprendere del suo diritto alla restituzione da una lettura della sentenza poc'anzi menzionata, applicando l'attenzione da lei esigibile secondo le circostanze, non è sufficiente per far scattare il termine di prescrizione. Come giustamente ha rilevato l'autorità inferiore, la prima istanza ha potuto rendersi conto dell'effettiva portata della decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 6 maggio 2013 ed avere conoscenza certa del suo diritto di restituzione a partire dal momento in cui aveva ricevuto la bozza del rapporto di controllo di alta vigilanza effettuato dall'UFAG il 27 e 28 luglio 2016. Solo in quell'ambito la prima istanza ha potuto effettivamente avvedersi dell'importanza del numero massimo degli animali riportato nella decisione del 6 maggio 2013 (a conferma della risoluzione dell'autorità inferiore del 23 novembre 2011) e riconoscere l'influenza dell'effettivo massimo ordinato sul diritto di restituzione dei contributi.
8.3 Con decisione del 25 ottobre 2016 la prima istanza ha calcolato in maniera precisa e motivato l'importo da restituire per quanto attiene ai contributi SSRA/URA versati negli anni 2013-2015 per il numero degli animali superiore agli effettivi imposti, chiedendo poi alla ricorrente di procedere al rimborso. Questa decisione configura una diffida scritta di pagamento che secondo l'allora ancora vigente art. 33 LSu (RU 1991 857, 866) era suscettibile di interrompere la prescrizione (cfr. sentenza del TF 2C_88/2012 del 28 agosto 2012 consid. 4.3.4). Pertanto, con decisione del 25 ottobre 2016 il termine annuo di prescrizione che ha iniziato a decorrere al più presto il 27 e 28 luglio 2016, è stato in ogni caso ossequiato. Ne segue che l'apprezzamento dell'autorità inferiore non presta il fianco a critiche di sorta.
9. In sunto, l'autorità inferiore e la prima istanza hanno a ragione richiesto la restituzione dei contributi SSRA/URA versati negli anni 2013-2015 per il numero di animali eccedente l'effettivo massimo ordinato per un importo complessivo di fr. 14'477.40. Di conseguenza, il ricorso si rivela infondato e va respinto nella misura in cui sia ammissibile.
10. Le spese processuali comprendono la tassa di giustizia e i disborsi sono posti, di regola, a carico della parte soccombente; se quest'ultima soccombe solo in parte, le medesime vengono ridotte (art. 63 cpv. 1 PA e art. 1 cpv. 1 del Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale [TS-TAF, RS 173.320.2]). La tassa di giustizia è calcolata in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti (art. 63 cpv. 4bis PA e art. 2 cpv. 1 TS-TAF).
Nella fattispecie, visto l'esito del ricorso, le spese processuali sono fissate a fr. 1'000.-. Tale importo è posto a carico della ricorrente totalmente soccombente e verrà computato, dopo la crescita in giudicato della presente sentenza, con l'anticipo dello stesso importo già versato. In virtù dell'art. 63 cpv. 2 PA, nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore.
11. La parte, totalmente o parzialmente, vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa (art. 64 cpv. 1 PA in relazione con l'art. 7 cpv. 1 e 2 TS-TAF). Le ripetibili comprendono le spese di rappresentanza o di patrocinio ed eventuali altri disborsi di parte (art. 8 TS-TAF).
Nella fattispecie, la ricorrente, totalmente soccombente e non assistita da un avvocato, non ha diritto alla rifusione delle spese ripetibili. L'autorità inferiore non ha diritto alle spese ripetibili (art. 7 cpv. 3 TS-TAF).
Per questi motivi, il Tribunale amministrativo federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto nella misura in cui ammissibile.
2. Le spese processuali, di fr. 1'000.-, sono poste a carico della ricorrente. Tale importo verrà compensato, dopo la crescita in giudicato della presente sentenza, con l'anticipo di fr. 1'000.- già versato dalla medesima.
3. Questa sentenza è comunicata alla ricorrente, all'autorità inferiore, alla prima istanza, all'Ufficio federale dell'agricoltura, nonché al Dipartimento federale dell'economia, della formazione e della ricerca (DEFR).
Il presidente del collegio:
Il cancelliere:
Pietro Angeli-Busi
Corrado Bergomi
Rimedi giuridici:
Contro la presente decisione può essere interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, 1000 Losanna 14, entro un termine di 30 giorni dalla sua notificazione (art. 82 e segg., 90 e segg. e 100 LTF). Il termine è reputato osservato se gli atti scritti sono consegnati al Tribunale federale oppure, all'indirizzo di questo, alla posta svizzera o a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera al più tardi l'ultimo giorno del termine (art. 48 cpv. 1 LTF). Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati. La decisione impugnata e - se in possesso della parte ricorrente - i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati (art. 42 LTF).
Data di spedizione: 30 settembre 2022
Comunicazione a:
- ricorrente (atto giudiziario);
- autorità inferiore (n. di rif. ____; atto giudiziario);
- prima istanza (atto giudiziario);
- Ufficio federale dell'agricoltura UFAG (atto giudiziario);
- Dipartimento federale dell'economia, della formazione e della ricerca DEFR (atto giudiziario).