bvger · A-5881/2007 · 2009-09-29 · fr
A-5881/2007

Responsabilité de l'Etat (Confédération)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-5881/2007
Arrêt du 29 septembre 2009
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Pascal Mollard, Daniel Riedo, juges,
Marie-Chantal May Canellas, greffière.
Parties
X._______,
***,
représenté par Maître Robert Fox, avocat,
***,
recourant,
contre
La Confédération Suisse,
représentée par le Département fédéral des finances,
Service juridique, Bundesgasse 3, 3003 Berne,
intimée.
Objet
Responsabilité de la Confédération ; illicéité d'une décision administrative ; art. 55 al. 4 PA (caractère arbitraire du retrait de l'effet suspensif).
Faits :
A.
X._______ exploite sous la raison de commerce « X._______ » une *** active dans la vente de matériels génétiques bovins ***.
B.
Le 18 juin 1996, l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) lui a octroyé une autorisation fondée sur les art. 17 à 21 de l'ordonnance du 29 août 1958 sur l'élevage (Recueil officiel [RO] 1995 2033), depuis lors abrogée, afin de récolter, préparer, stocker et commercialiser la semence de taureaux. Cette autorisation était assortie de charges et subordonnée à la condition selon laquelle le Service vétérinaire cantonal donne son accord à l'exploitation des installations nécessaires à l'insémination artificielle. Sa durée était limitée à une année à compter de la date de l'octroi de cet accord, mais expirait au plus tard le 31 décembre 1997.
C.
Le 27 novembre 2000, X._______ a adressé à l'OFAG une requête tendant à l'octroi d'un permis pour l'importation d'un certain nombre de doses de semence de taureaux. Il a complété un formulaire le 20 novembre 2000, pour solliciter de cette même autorité l'octroi d'un permis général pour l'importation de semence de taureaux.
Dans un courrier subséquent du 22 décembre 2000, X._______ a indiqué à l'OFAG n'avoir importé quasi aucune dose de semence bovine au cours des huit mois précédents en raison du fait qu'il attendait l'ouverture de son centre d'insémination artificielle suisse à ***, dont il affirmait qu'il avait été visité et approuvé par l'Office vétérinaire cantonal le 15 décembre précédent. Il faisait également référence à la production de doses provenant de *** taureaux qu'il détenait à *** et dont la quarantaine avait été ordonnée par ce même Office.
L'OFAG lui a octroyé le permis général d'importation sollicité le 10 janvier 2001 pour une durée indéterminée (PGI n° ***).
D.
Le 21 mars 2001, l'OFAG s'est adressé à X._______ pour lui donner l'occasion de s'exprimer sur l'information provenant de dénonciations, selon laquelle il aurait commercialisé de manière répétée depuis le 1er janvier 1999 de la semence de taureaux sans être au bénéfice d'une autorisation, contrevenant ainsi aux art. 15 et 25 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage (OE, RO 1999 95 et les modifications ultérieures).
Il résulte du dossier que X._______ a pris position le 24 avril 2001, en contestant en particulier la légalité de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage.
E.
Le 10 mai 2001, se fondant sur une demande de X._______ et sur différents documents produits par ce dernier, l'OFAG lui a octroyé une autorisation pour la récolte, le stockage et la distribution de semence de taureaux. Cette autorisation était d'une durée limitée au 30 juin 2002. Elle était par ailleurs assortie de conditions ainsi que de charges, en particulier celle de fournir à l'OFAG jusqu'à fin juin 2001 un contrat de collaboration avec les organisations d'élevage reconnues concernant l'examen des jeunes taureaux. Ce contrat, daté du 25 juin 2001 et d'une durée limitée au 30 juin 2002, lui a été dûment transmis.
F.
En août 2001, X._______ s'est adressé à l'OFAG pour se plaindre du traitement de son dossier, réclamant le dédommagement de ses pertes commerciales (pertes de vente) de Fr. 450'000.-, auxquelles s'ajoutaient les taxes payées à l'importation de doses de semence de taureaux, pour Fr. 70'559.-.
Le 30 août 2001, l'OFAG a réfuté les reproches qui lui étaient faits, renvoyant par ailleurs l'intéressé à s'adresser à l'Administration fédérale des douanes s'agissant de la taxe sur les importations de semence.
G.
Le 22 avril 2002, soit peu avant l'expiration de l'autorisation octroyée le 10 mai 2001, l'OFAG a indiqué à X._______ qu'il lui incombait de formuler une demande tendant au renouvellement de celle-ci, s'il le souhaitait. Il a spécifié que cette requête devait, le cas échéant, être accompagnée d'un certain nombre de documents, parmi lesquels un rapport des organisations d'élevage reconnues sur le résultat de la collaboration avec l'intéressé ainsi qu'une attestation relative à la prolongation du contrat de collaboration.
Le 1er juillet 2002, l'OFAG a prolongé l'autorisation du 10 mai 2001 jusqu'à ce que la procédure soit close, mais au plus tard jusqu'à fin septembre 2002, dans l'attente de recevoir les documents requis.
H.
Le 9 octobre 2002, l'OFAG a fait savoir qu'il ne pouvait pas renouveler l'autorisation en question, en raison de l'absence de certains documents, plus particulièrement des contrats de collaboration conclus avec les organisations d'élevage reconnues. Il s'est déclaré disposé à réétudier ce renouvellement une fois qu'il serait en possession des documents exigés.
I.
Par décision du 13 décembre 2002, l'OFAG a retiré le permis général d'importation (PGI) de X._______ et l'a fait bloquer auprès de la Direction générale des douanes. Fondé sur les art. 15 al. 1 et 25 al. 2 de l'ordonnance sur l'élevage du 7 décembre 1998 déjà citée, l'OFAG a retenu que X._______ ne pouvait commercialiser sans autorisation de la semence de taureaux, fût-elle importée, sauf à procéder par le biais d'une organisation d'insémination artificielle autorisée. L'OFAG a dès lors également interdit à X._______ de commercialiser directement de la semence de taureaux, sans passer par l'intermédiaire des organisations d'insémination artificielle autorisées. Il a assorti cette interdiction de la menace des peines prévues à l'art. 292 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CPS, RS 311.0), soit les arrêts ou l'amende, et disposé qu'un éventuel recours n'aurait pas d'effet suspensif.
J.
Par requête de mesures provisionnelles du 16 janvier 2003 adressée à la Commission de recours du Département fédéral de l'économie (DFE), X._______ a sollicité la restitution de l'effet suspensif. Le 27 janvier suivant, il a déposé un recours auprès de cette même autorité contre la décision de l'OFAG du 13 décembre 2002, concluant principalement à son annulation, et subsidiairement à l'octroi du permis d'importation ainsi que de l'autorisation de commercialisation querellés.
K.
Par décision incidente du 4 février 2003, la Commission de recours du DFE a admis la requête en restitution de l'effet suspensif.
Lors des débats publics, qui ont eu lieu le 16 décembre 2003 au siège de la Commission, X._______ a fait savoir qu'il avait obtenu l'autorisation du vétérinaire du canton de ***, prescrite par l'OFAG. Pour sa part, l'OFAG a indiqué qu'il manquait encore le contrat de collaboration avec les organisations d'élevage reconnues, afin qu'elle pût délivrer l'autorisation querellée. X._______ a précisé qu'il n'approuvait pas la rémunération que les organisations en question exigeaient dans le cadre d'un tel contrat, raison pour laquelle celui-ci n'avait pas - encore - été renouvelé.
L.
Le 15 juin 2004, la Commission de recours du DFE a admis le recours et annulé la décision de l'OFAG du 13 décembre 2002. Elle a retenu en substance que l'activité de X._______, soit le stockage et la commercialisation directe de semence de taureaux, sans qu'il prélève cette semence ou la mette en place, ne nécessitait pas d'autorisation. En effet, cette exigence de l'OFAG était dépourvue de base légale claire. Certes, l'art. 145 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (Loi sur l'agriculture, LAgr, RS 910.1) octroyait au Conseil fédéral la faculté de soumettre cette activité à autorisation. Toutefois, le Conseil fédéral n'en avait pas fait usage; en particulier l'art. 15 al. 1 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage n'imposait le régime de l'autorisation qu'aux requérants qui, cumulativement, prélevaient, stockaient et commercialisaient la semence de taureaux, ce qui n'était pas le cas de X._______. En outre, l'interdiction qui avait été signifiée à ce dernier ne pouvait pas se fonder sur l'application analogique de l'art. 25 al. 2 de l'ordonnance sur l'élevage précitée, relatif à l'attribution des parts de contingent tarifaire. Cette disposition ne faisait en effet que fixer le cercle des ayants droit à une part de contingent tarifaire et s'avérait ainsi sans lien avec le régime de l'autorisation. C'est pareillement à tort que l'OFAG avait retiré à l'intéressé son permis général d'importation, dès lors qu'aucune violation ne pouvait être reprochée à ce dernier.
M.
Le 17 août 2004, le Département fédéral de l'économie (DFE) a formé un recours de droit administratif contre ce prononcé auprès du Tribunal fédéral, concluant à son annulation.
N.
Parallèlement à cette procédure, soit le 23 avril 2004, X._______ s'est à nouveau adressé à l'OFAG, sollicitant une autorisation pour la récolte, le stockage et la distribution de semence de taureaux malgré l'absence de contrats de collaboration avec les organisations d'élevages reconnues. L'OFAG lui a répondu le 6 mai 2004 en ce sens qu'il ne pouvait lui accorder une autorisation comme organisation d'insémination artificielle conformément à l'art. 15 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage, en raison de l'absence de tels contrats. X._______ a formé recours administratif contre ce refus auprès de la Commission de recours du DFE. Cette procédure a toutefois été suspendue le 2 septembre 2004 à la demande du recourant, jusqu'à droit connu sur le recours formé auprès du Tribunal fédéral contre la décision lui interdisant de commercialiser de la semence de taureaux.
O.
Dans un arrêt 2A.456/2004 du 23 mars 2005, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par le DFE contre la décision de la Commission fédérale de recours du DFE du 15 juin 2004. Il a confirmé cette décision, en ce sens que le régime de l'autorisation ne concernait que les organisations d'insémination artificielles, dont X._______ ne faisait pas partie étant donné qu'il ne prélevait pas de semence de taureaux ni la mettait en place. Aucune disposition légale topique ne permettait de soumettre à autorisation le stockage et la commercialisation de semence de taureaux et de contraindre les distributeurs à se ravitailler exclusivement auprès des organisations d'insémination artificielle reconnues. Par ailleurs, l'art. 25 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage, intitulé « attribution de parts de contingent tarifaire », n'empêchait pas un importateur de commercialiser la semence de taureaux sans passer par le biais d'une organisation d'insémination artificielle autorisée, auquel cas il devait toutefois acquitter un tarif plein, faute de bénéficier d'une part de contingent tarifaire. Dans la mesure où aucun reproche ne pouvait au surplus être formulé à l'encontre de X._______ quant au respect des normes d'hygiène sanitaires et vétérinaires, l'interdiction de commercialisation qui lui était opposée apparaissait comme une mesure de politique économique dépourvue de base légale suffisante, donc prohibée au regard de la garantie de la liberté économique déduite de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst., RS 101).
P.
A la suite de cet arrêt, X._______ a retiré son recours administratif pendant auprès de la Commission de recours du DFE contre le refus de l'OFAG de lui octroyer l'autorisation visée à l'art. 15 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage, malgré l'absence de contrats de collaboration avec des organisations d'élevage reconnues. La cause en question a donc été rayée du rôle, par décision du 11 janvier 2006.
Q.
Le 28 mars 2006, X._______ a adressé au Département fédéral des finances (DFF) une demande tendant à ce que la Confédération lui verse un montant de 2,5 millions de francs, portant intérêt à 5 % l'an dès le 1er janvier 2003. Il a fait valoir que - pour respecter les règles légales en vigueur - il avait été contraint d'investir plus de Fr. 800'000.- pour créer un centre d'insémination artificielle à ***, construction qui s'est révélée injustifiée ensuite de l'arrêt du Tribunal fédéral du 23 mars 2005. Selon l'opinion soutenue par l'OFAG, ce centre ne pouvait fonctionner que moyennant conclusion de contrats de collaboration avec les organisations d'élevage reconnues, ce qui s'est par la suite révélé erroné. Au surplus, lesdites organisations n'avaient pas voulu conclure de semblables contrats avec lui. Pendant plus de 30 mois, la commercialisation de semence de taureaux aurait été perturbée, ce qui se traduirait par des pertes commerciales de plus de Fr. 950'000.-. X._______ aurait été contraint de supporter des amendes et taxes à hauteur de Fr. 150'000.-. De manière générale, durant plusieurs années, il aurait souffert d'un comportement chicanier de l'OFAG, ce qui serait la cause de pertes commerciales supérieures à Fr. 2'500'000.-. Le chef de responsabilité résulterait des décisions illégales rendues par l'OFAG.
R.
Le 13 avril 2006, le DFF lui a donné la possibilité de compléter sa demande. Le 26 mai 2006, X._______ a déposé un mémoire complémentaire en y joignant les décomptes TVA censés démontrer le chiffre d'affaires qu'il avait réalisé du 1er juillet 2001 au 30 juin 2002. Il a précisé que, durant la période allant du 13 décembre 2002 - date de la décision de l'OFAG lui interdisant de commercialiser directement de la semence de taureaux et disposant qu'un recours n'aurait pas d'effet suspensif - au 4 février 2003, date à laquelle l'effet suspensif lui a été rétrocédé par la Commission de recours du DFE, il n'avait pas été en mesure de commercialiser la semence de taureaux. Il aurait de ce fait subi un dommage évalué à Fr. 61'321.-, correspondant au chiffre d'affaires manqué. Par ailleurs, il aurait subi une perte de revenu évaluée entre Fr. 1'000.- et Fr. 1'500.- par jour, du 13 décembre 2002 au 23 mars 2005, date de l'arrêt du Tribunal fédéral. Finalement, il a affirmé avoir perdu 971 jours de travail « à cause de cette affaire », et estimé la perte corrélative entre Fr. 971'000.- et Fr. 1'450'000.-.
L'OFAG s'est exprimée le 7 juillet 2006, en concluant au rejet de la demande. X._______ s'est également déterminé le 30 mars 2007, soulignant que le retrait de l'effet suspensif prononcé par l'OFAG le 13 décembre 2004 était arbitraire. Il a fourni dans le même temps un certain nombre de pièces.
S.
Par décision du 2 juillet 2007, le DFF a rejeté la demande en dommages-intérêts de X._______. Il a estimé que la condition relative à l'illicéité n'était pas remplie; le simple fait que les décisions de l'OFAG avaient été annulées par l'autorité de recours ne constituait pas encore une violation essentielle des devoirs de fonction de la part des fonctionnaires de l'OFAG. Par ailleurs, le retrait par l'OFAG de l'effet suspensif au recours n'était pas arbitraire. Partant, la responsabilité de la Confédération n'était pas engagée, sans qu'il soit utile d'examiner au surplus les conditions relatives au dommage et au lien de causalité.
T.
Le 3 septembre 2007, X._______ a formé recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre cette décision, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure, subsidiairement à ce que le Tribunal condamne la Confédération à lui payer 2,5 millions de francs avec intérêts, ou, plus subsidiairement encore, un autre montant à dire de justice. Il a soutenu en substance que l'OFAG lui avait retiré de manière illégale l'autorisation querellée, de sorte que la condition relative à l'illicéité était réalisée. En outre, le retrait de l'effet suspensif au recours s'avérait arbitraire, à mesure qu'il n'était pas justifié par un motif de police et n'apparaissait nullement nécessaire.
U.
Dans le cadre de sa réponse du 3 décembre 2007, le DFF a conclu au rejet du recours. Il a maintenu son argumentation initiale relative à l'absence d'illicéité, respectivement d'arbitraire de la décision portant retrait de l'effet suspensif déjà évoquée. Il a par ailleurs sollicité l'octroi d'un délai pour compléter sa réponse sur la question du lien de causalité et du dommage, si le Tribunal était d'un avis contraire au sien sur ce premier point.
X._______ a déposé une réplique le 29 février 2008, aux termes de laquelle il a confirmé en substance son argumentation et sollicité de pouvoir déposer une écriture complémentaire voire de produire des pièces supplémentaires, si le DFF était autorisé à en faire de même.
Le 18 avril 2008, le DFF s'est déterminé brièvement pour confirmer ses conclusions. La cause a ensuite été gardée à juger, sous réserve de mesures d'instruction complémentaires.
V.
Les autres faits déterminants seront repris ci-après, dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1.
1.1 Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître des recours contre les décisions des départements fédéraux et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées (art. 33 let. d de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32]). Il en va ainsi notamment des décisions prises par le Département fédéral des finances (DFF) sur le sort d'une demande en dommages-intérêts dirigée à l'encontre de la Confédération, en application de la loi du 14 mars 1958 sur la responsabilité de la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (Loi sur la responsabilité, LRCF, RS 170.32). En l'occurrence, la décision entreprise concerne bien ce domaine et émane du DFF, ce qui fonde la compétence du Tribunal de céans pour connaître du recours. Par ailleurs, déposé en temps utile (art. 50 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021]) et dans les formes prescrites (art. 52 al. 1 PA), par le destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, ce recours s'avère recevable.
1.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. PIERRE MOOR, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral constate les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA) et motiver leur recours (art. 52 PA). Les principes de la maxime inquisitoire et de l'application d'office du droit sont ainsi limités, dans la mesure où l'autorité compétente ne procède pas spontanément à des constatations de fait complémentaires ou n'examine d'autres points de droit que si les indices correspondants ressortent des griefs présentés ou des pièces du dossier (cf. ATF 119 V 349 consid. 1a, ATF 117 V 263 consid. 3b, ATF 117 Ib 117 consid. 4a, ATF 110 V 53 consid. 4a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 1.5, A-1790/2006 du 17 janvier 2008 consid. 1.4; ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, vol. II, Neuchâtel 1984, p. 927).
1.3 Les actions en dommages-intérêts, respectivement en réparation du tort moral, dirigées à l'encontre de l'Etat ont un caractère patrimonial et tombent pour ce motif sous la protection de l'art. 6 al. 1 de la Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH, RS 0.101). Dans le domaine de la responsabilité de l'Etat, l'application de cette disposition a été expressément approuvée (cf. ATF 134 I 331 consid. 2, ATF 130 I 388 consid. 5.1 et 5.3, ATF 126 I 144 consid. 3a et les réf. citées; voir également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 1.3, A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 1.6 et A-1790/2006 du 17 janvier 2008 consid. 1.5; JOST GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, 2ème éd., Berne 2001, p. 371). In casu, le recourant n'a pas sollicité de débats publics, de sorte qu'il faut considérer qu'il y a renoncé.
1.4 Il sied de relever en préambule que le litige comporte deux volets. Même si le recours n'est pas très clair à cet égard, il apparaît que la prétention du recourant est ancrée exclusivement dans la décision de l'OFAG du 13 décembre 2002, à l'exclusion d'autres éventuelles décisions de cette autorité (voir le recours p. 5 2ème §, p. 8 3ème § et p. 9 1er §). Cela étant, cette décision est susceptible d'engager la responsabilité de la Confédération sous deux aspects, le premier ayant trait au fond et le second à la procédure. Il est tout d'abord question des mesures prononcées à l'encontre du recourant, à savoir le retrait du permis général d'importation, son blocage auprès de la Direction générale des douanes et l'interdiction avec effet immédiat de commercialiser directement (sans passer par l'intermédiaire des organisations d'insémination artificielle reconnues) de la semence de taureaux. Vient ensuite le fait que l'OFAG a disposé que le recours contre le prononcé litigieux serait privé de l'effet suspensif.
Ces deux éléments doivent être examinés au regard de normes juridiques distinctes, ainsi qu'on le verra ci-après. Pour ce motif, le Tribunal scindera son raisonnement en deux parties. Dans un premier temps, il examinera ce qui concerne le retrait du permis général d'importation, son blocage et l'interdiction de commercialisation déjà évoqués (consid. 3 ci-après). Dans une deuxième étape, il étudiera les conséquences attachées sur le plan de la responsabilité au retrait de l'effet suspensif à un éventuel recours (consid. 4 ci-après).
2.
Il apparaît utile - pour la clarté du débat - de procéder ici à un rappel des conditions régissant la responsabilité de la Confédération.
2.1 En vertu de l'art. 3 al. 1 LRCF, la Confédération répond du dommage causé sans droit à un tiers par un fonctionnaire dans l'exercice de ses fonctions, sans égard à la faute du fonctionnaire. Cette disposition consacre une responsabilité primaire, exclusive et causale de l'Etat, en ce sens que le tiers lésé ne peut rechercher que l'Etat, à l'exclusion du fonctionnaire ou de l'agent responsable, et qu'il n'a pas à établir l'existence d'une faute; il lui suffit de faire la preuve d'un acte illicite, d'un dommage, ainsi que d'un rapport de causalité entre ces deux éléments, ces conditions devant être comprises cumulativement (cf. ATF 106 Ib 357 consid. 2b; arrêts du Tribunal fédéral 2C_518/2008 du 15 octobre 2008 consid. 2.1 et 2A.321/2004 du 11 avril 2006 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 2.1, A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.1, A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 2.2 et A-1791/2006 du 29 mars 2007 consid. 3.1; décision de la Commission fédérale de recours en matière de responsabilité de l'Etat [CRR] 2002-007 du 29 avril 2004 consid. 3a).
2.2 L'acte - ou l'omission - doit au surplus ressortir à l'exercice de l'autorité publique, c'est-à-dire se rattacher au service et à l'accomplissement d'une tâche publique, comme le précise l'art. 3 al. 1 LRCF en se référant à « l'exercice des fonctions » (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 2.1, A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 2.2 et A-1791/2006 du 29 mars 2007 consid. 3.1). Il ne doit donc s'agir ni d'une activité privée de l'Etat ni d'actes que l'agent public fait en sa qualité de simple particulier (cf. FRANZ WERRO in Commentaire romand, p. 418 ch. 10 ss ad art. 61 CO; BLAISE KNAPP, Précis de droit administratif, 4ème éd., Bâle 1991, p. 504 ch. marg. 2427). Cela étant, le droit public est nécessairement applicable dans le domaine de l'administration souveraine, c'est-à-dire lorsque l'Etat est investi de la puissance publique, soit du pouvoir de prendre des décisions unilatérales obligatoires et de les exécuter d'office (cf. ATF 121 II 473 consid. 2a, ATF 117 Ia 107 consid. 5c; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1219/2007 du 1er octobre 2008 consid. 2.3.2 et A-1540/2008 du 8 janvier 2008 consid. 3.5; Knapp, op. cit., p. 17 ch. marg. 72).
2.3
2.3.1 Ainsi qu'on l'a vu (consid. 2.1 ci-avant), comme toute action en responsabilité, la demande en dommages-intérêts ou en tort moral dirigée contre la Confédération suppose l'existence d'un acte illicite (cf. JOST GROSS, Staats- und Beamtenhaftung, in Peter Münch/Thomas Geiser [éd.], Schaden-Haftung-Versicherung, Handbücher für die Anwaltspraxis, vol. V, Bâle 1999, ch. 3.47 ss). Tant la doctrine que la jurisprudence admettent que cette notion, qui découle de l'art. 3 al. 1 LRCF, correspond à celle de l'art. 41 du Code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220) (cf. ATF 123 II 577 consid. 4d/bb; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1790/2006 du 17 janvier 2008 consid. 4.3.1, A-1788/2006 du 27 juillet 2007 consid. 3.3; TOBIAS JAAG, Staats- und Beamtenhaftung, vol. I/3, 2ème éd., Bâle 2006, n. 97).
2.3.2 L'acte illicite déterminant sous l'angle du droit de la responsabilité présuppose une atteinte à un bien juridiquement protégé, qu'il s'agisse de la violation d'un droit absolu du lésé (Erfolgsunrecht) ou d'un pur dommage patrimonial causé par une infraction à une règle de droit dont le but est de protéger le bien juridique en cause contre ce genre de dommage (Verhaltens- ou Handlungsunrecht). Il faut ainsi noter que la simple lésion d'un droit patrimonial d'un tiers n'emporte pas encore réalisation d'un acte illicite (cf. ATF 133 V 14 consid. 8.1, ATF 132 II 449 consid. 3.3, ATF 132 II 305 consid. 4.1, ATF 118 Ib 163 consid. 2 et les réf. citées; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 3.1.1).
2.3.3 L'illicéité est envisagée de manière restrictive, lorsqu'elle est invoquée en relation avec la décision d'un magistrat ou d'un fonctionnaire.
D'une part, selon l'art. 12 LRCF, la légalité des décisions, d'arrêtés ou de jugements ayant force de chose jugée ne peut pas être revue dans une procédure en responsabilité. L'idée à la base de cette disposition est d'éviter que le destinataire d'une décision qui lui est défavorable, mais qui est entrée en force, utilise la voie d'une action en responsabilité pour l'attaquer à nouveau. Celui qui a recouru sans succès contre une décision jusque devant les instances supérieures ou qui n'a pas recouru ou alors qui a déposé un moyen irrecevable, ne peut la contester une nouvelle fois et faire vérifier le bien-fondé de cette décision dans un procès en responsabilité (cf. ATF 126 I 144 consid. 2a, ATF 119 Ib 208 consid. 3c et les réf. citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 4.2.1 et A-1829/2007 du 28 novembre 2007 consid. 3.3; décision de la CRR 2004-005 du 6 avril 2005 in Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 69.77 consid. 3a; NADINE MAYHALL, Aufsicht und Staatshaftung, Zurich/Bâle/Genève 2008, p. 229 let. b/bb).
D'autre part, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, toute illégalité ne peut être qualifiée d'acte illicite lorsque l'on a affaire non pas à une action matérielle illégale mais à une décision administrative. Comme en matière de responsabilité du juge (cf. ATF 107 Ib 160 consid. 3; arrêt du Tribunal fédéral du 18 janvier 1980 in Semaine judiciaire [SJ] 1981 p. 230 ss), on doit considérer que si l'autorité ou le magistrat a interprété la loi, fait usage de son pouvoir d'appréciation ou de la latitude que lui laisse une notion juridique imprécise, d'une manière conforme à ses devoirs, son activité ne peut pas être tenue pour illicite du seul fait que son appréciation ou son interprétation n'est pas retenue par une autorité supérieure ou de recours saisie du cas par la suite.
Pour qu'une décision puisse être qualifiée d'illicite, il faut une violation grave du droit, réalisée par exemple lorsque le magistrat ou l'autorité abuse de son pouvoir d'appréciation ou l'excède, lorsqu'il viole un texte clair, méconnaît un principe général du droit, n'instruit pas un dossier correctement ou agit par malveillance (cf. ATF 112 II 231 consid. 4; BLAISE KNAPP, La responsabilité de l'Etat et de ses agents, Mémoires publiés par la Faculté de droit de Genève, XVIIIe Journée juridique, p. 36 ss). Est ainsi en cause la violation d'un devoir essentiel à l'exercice de sa fonction (cf. ATF 123 II 577 consid. 4d/dd « wesentliche Amtspflichtverletzung », ATF 120 Ib 248 consid. 2, ATF 118 Ib 163 consid. 2). Dans d'autres arrêts, le Tribunal fédéral a exprimé qu'il n'y a pas illicéité par le simple fait qu'une autorité excède ou abuse de son pouvoir d'appréciation; il a précisé que cet excès doit encore être qualifié (« im Sinne eines qualifizierten Ermessensfehlers »; cf. ATF 132 II 449 consid. 3.2; ATF 132 II 305 consid. 4.1 « violation d'une prescription importante des devoirs de fonction »; également: arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 3.1.1).
En définitive, l'illicéité du comportement d'un fonctionnaire ou d'un juge dans l'exercice du pouvoir décisionnel, respectivement juridictionnel, suppose un manquement caractérisé (une faute particulière; « einen besonderen Fehler »), qui n'est pas réalisé du seul fait déjà qu'une décision se révèle après coup dénuée de fondement ou contraire à la loi (cf. ATF 120 Ib 248 consid. 2b, ATF 118 Ib 163 consid. 2, ATF 112 Ib 446 consid. 3b; arrêt non publié du Tribunal fédéral 2C.4/2000 du 3 juillet 2003 consid. 5; décision de la CRR 2002-007 du 29 avril 2004 consid. 3b; Jean-François EGLI, L'activité illicite du juge, cause de responsabilité pécuniaire à l'égard des tiers, in Hommage à Raymond Jeanprêtre, Neuchâtel 1982, p. 15 ss; MAYHALL, op. cit., p. 228 let. b/aa).
2.4 La notion de dommage, telle que prévue à l'art. 3 al. 1 LRCF, est identique à celle qui prévaut en droit privé (cf. Jaag, op. cit., n° 164; JOST GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, Berne 2001, p. 238 n. 5.4.1.1). Le dommage reconnu sur un plan juridique résulte de la diminution involontaire du patrimoine net; il peut s'agir d'une diminution des actifs, d'une augmentation des passifs, d'une perte de gain; il correspond en définitive à la différence entre le montant actuel du patrimoine de la personne lésée et celui qui aurait été le sien si l'événement dommageable ne s'était pas produit (cf. ATF 132 III 186 consid. 8, ATF 129 III 331 consid. 2.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1788/2006 du 27 juillet 2007 consid. 3.4).
2.5 Enfin, comme en droit privé, la responsabilité de la Confédération postule l'existence d'un lien de causalité naturelle entre l'acte illicite et le dommage, en ce sens que le dommage ne serait pas survenu sans l'acte, ou l'omission, reproché aux personnes qui engagent l'Etat (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_518/2008 du 15 octobre 2008 consid. 2.1, 2A.362/2000 du 10 décembre 2001 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.2; GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, n. 5.2.1, p. 193/194). Un comportement est la cause naturelle d'un résultat lorsqu'il ne peut être fait abstraction de la cause sans que le résultat ne s'efface également, c'est-à-dire lorsqu'il s'agit d'une condition nécessaire de la survenance du préjudice (« conditio sine qua non »; cf. ATF 132 III 715 consid. 2.2, ATF 129 V 402 consid. 4.3.1, ATF 128 III 177 consid. 2d; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 3.1, A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.2 et A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 4.1.1; ROLAND BREHM in Berner Kommentar, Das Obligationenrecht, VI/I, Berne 1990, ch. 106 ad art. 41 CO; GROSS, op. cit., p. 193; ERNST KRAMER, Die Kausalität im Haftpflichtrecht in Revue de la société des juristes bernois [RJB] 123/1987 p. 291; THOMAS PROBST, La causalité aujourd'hui in Journées de la responsabilité civile 2006, Les causes du dommage, Genève/Bâle/Zurich 2007, p. 17 ch. III/A). La causalité naturelle cesse dès que le lien logique entre la survenance d'un préjudice et une circonstance déterminée fait défaut (cf. WERRO, op. cit., p. 47 ch. marg. 181).
Cela étant, un rapport de causalité naturel ne suffit pas sur un plan juridique; encore faut-il qu'il soit adéquat, ce qui implique d'établir si la cause en question était propre, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (cf. ATF 123 III 110 consid. 3a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6246/2007 du 16 janvier 2009 consid. 3.1, A-7063/2007 du 28 mai 2008 consid. 5.1.2 et A-1793/2006 du 13 mai 2008 consid. 4.1.1; décision de la CRR 2005-008 du 7 mars 2006 consid. 4b/aa; BREHM, op. cit., ch. 121; JAAG, op. cit., ch. 134). Ceci prévaut également en matière de responsabilité de l'Etat (GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, op. cit., p. 212 n. 5.2.5.1).
3.
En l'espèce, il s'agit d'examiner en premier lieu la responsabilité susceptible de découler de la décision de l'OFAG du 13 décembre 2002, en tant qu'elle retire au recourant le permis général d'importation dont il disposait, ordonne le blocage de ce permis auprès de la Direction générale des douanes et lui interdit de commercialiser directement de la semence de taureaux.
3.1 A cet égard, le Tribunal relève que l'autorité inférieure a examiné la responsabilité de la Confédération sous le seul angle de l'illicéité. Dès lors qu'elle a tranché négativement cette condition, elle s'est dispensée d'examiner si les autres conditions pertinentes - à savoir le dommage et le lien de causalité - étaient réunies. Il apparaît ainsi d'emblée que la condition relative à l'illicéité revêt un aspect central et qu'elle doit être traitée en premier lieu en l'occurrence.
3.2 S'agissant de l'illicéité, le Tribunal observe que celle-ci est invoquée en relation avec une décision administrative. Il faut donc l'envisager de manière plus restrictive que s'il s'agissait d'une action matérielle illégale (voir ci-avant: consid. 2.3.3).
3.2.1 La décision en question a fait l'objet d'un recours qui a conduit les parties jusqu'au Tribunal fédéral. Sa légalité n'est ici pas en cause - et ne pourrait d'ailleurs l'être (voir l'art. 12 LRCF) - puisqu'elle a été tranchée au terme de cette procédure. Il faut rappeler que la décision en question a été annulée le 15 juin 2004 par la Commission de recours du DFE. Saisi d'un recours, le Tribunal fédéral a également désavoué l'OFAG. Il a donc définitivement été jugé que l'interprétation de l'art. 15 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage - à la base de la décision querellée - était erronée. En effet, cette disposition ne soumettait à autorisation la commercialisation de semence de taureaux que si elle était le fait d'organisations d'insémination artificielle, par quoi il fallait comprendre celles qui cumulativement prélevaient, stockaient et commercialisaient la semence de taureaux. Le recourant, dont l'activité commerciale se limitait à stocker et commercialiser la semence en question, sans la prélever ni la mettre en place, n'avait pas à requérir une telle autorisation. Par ailleurs, en l'absence d'une quelconque violation justifiant cette mesure, c'est à tort que l'OFAG lui avait retiré son permis général d'importation et l'avait fait bloquer auprès de la Direction générale des douanes.
Le caractère illégal de la décision de l'OFAG du 13 décembre 2002 est dès lors avéré. Toutefois, ceci ne suffit pas en soi à réaliser la condition de l'acte illicite, déterminant la responsabilité de l'Etat.
3.2.2 S'agissant d'une décision administrative, il convient d'examiner si l'on peut reprocher à l'autorité administrative un manquement caractérisé, soit une faute particulière, qui n'est pas réalisée du seul fait que sa décision se révèle après coup contraire à la loi (voir ci-avant : consid. 2.3).
3.2.2.1 A la lecture de la décision en question, il est tout d'abord permis d'hésiter quant à la norme juridique dont la violation a justifié, du point de vue de l'OFAG, les mesures prononcées, à savoir le retrait et le blocage du permis général d'importation ainsi que l'interdiction de commercialiser directement de la semence de taureaux. Certes, il est question au considérant 2 de différentes normes, mais il est précisément difficile de dire si l'OFAG s'est fondé sur le texte de l'art. 15 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage ou sur l'application analogique de l'art. 25 al. 2 de cette même ordonnance. Cette perplexité demeure à la lecture de la décision sur recours du 15 juin 2004 de la Commission de recours du DFE, laquelle commente la position de l'OFAG en ces termes : « (l'OFAG) ne prétend pas que l'activité précitée soit soumise à autorisation de par la loi. Il se réfère toutefois à sa pratique et à l'application par analogie de l'art. 25 al. 2 de l'ordonnance sur l'élevage (...) » (cf. consid. 4).
La décision de l'OFAG du 13 décembre 2002 ne fait que citer l'art. 15 al. 1 de l'ordonnance précitée, sans procéder à une subsomption en bonne et due forme. Il n'en faut pas moins observer que cette disposition figure dans sa décision, ce qui ne saurait être irrelevant, et apparaît même avant la citation de l'art. 25 al. 2 de l'ordonnance du 7 décembre 1998, qui n'est invoqué qu'en second lieu dans le cadre d'un raisonnement par analogie. Il apparaît ainsi que l'autorité administrative s'est - notamment - laissée guider par des considérations tirées de l'art. 15 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage, et ne s'est pas basée uniquement sur l'art. 25 al. 2 de l'ordonnance précitée pour soumettre l'activité du recourant à autorisation. Il est vrai que si elle avait procédé différemment, elle aurait effectivement violé un texte légal clair, tant il est vrai que l'art. 25 de l'ordonnance en question ne concerne manifestement que l'attribution de parts de contingent tarifaire et non une quelconque autorisation pour commercialiser de la semence de taureaux. Cette évidence est également apparue à la Commission de recours du DFE, qui l'a soulignée dans sa décision sur recours du 15 juin 2004 (cf. consid. 5.1).
3.2.2.2 Cela étant, le Tribunal de céans observe que le texte de l'art. 15 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage n'est pas clair. En d'autres termes, le cercle des personnes visées par cette disposition n'apparaît pas de manière évidente à sa lecture. Il suffit de constater qu'il fait référence à « celui qui prélève, stocke ou commercialise la semence de taureaux », formule alternative qui n'est pas sans prêter à confusion, et va même à l'encontre de l'interprétation finalement retenue par le Tribunal fédéral, à savoir que seules les organisations qui cumulativement prélèvent, stockent et commercialisent de la semence de taureaux sont visées par cette disposition.
3.2.2.3 Certes, cette disposition figure au chapitre 3 de l'ordonnance précitée, dont le titre vise expressément les « organisations d'insémination artificielle ». Mais cette notion n'est pas explicitée dans la loi ou l'ordonnance corrélative, et elle ne porte pas en soi sa définition, dans le sens de l'énoncé complet des activités qui caractérisent de telles organisations, savoir si celles-ci comprennent nécessairement le prélèvement et la mise en place de la semence ou non. Le fait que ces organisations se distinguent de celles qui se contentent d'importer et de commercialiser de la semence, au point que le régime de l'autorisation s'applique aux premières et non aux secondes nommées ne tombe pas nécessairement sous le sens.
Selon toute évidence, cette distinction n'apparaissait pas non plus évidente en 1994, lorsque le Conseil fédéral a jugé inconstitutionnel le système du monopole, et l'a remplacé en 1995 par celui de l'autorisation à la faveur d'une modification de l'ordonnance (voir la décision du Conseil fédéral du 23 novembre 1994 in JAAC 59.72 et la modification de l'ordonnance sur l'élevage du 29 août 1958 [RO 1958 629 et les modifications ultérieures]; RO 1995 2033]). Dans l'affaire qui a déterminé le changement de système, il s'agissait d'un recourant qui se contentait d'importer, d'exporter et de commercialiser du bétail bovin et du matériel génétique. Au terme de sa décision du 23 novembre 1994, le Conseil fédéral a estimé que le système du monopole ancré à l'art. 17 de l'ordonnance sur l'élevage du 29 août 1958 était inconstitutionnel; il a toutefois renvoyé l'affaire à l'autorité inférieure afin qu'elle applique mutatis mutandis au recourant les dispositions de l'ordonnance relatives à la concession accordée à la Fédération suisse pour l'insémination artificielle (FSIA) en matière d'insémination artificielle, alors même que le recourant dont il s'agissait dans cette affaire - comme déjà exposé - ne prélevait pas et ne mettait pas en place la semence en question (cf. JAAC 59.72 consid. 6).
3.2.2.4 Certes encore, l'art. 15 al. 2 let. c de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage prévoit - parmi d'autres conditions cumulatives - que l'organisation en question doit disposer de bâtiments et installations appropriés « pour (...) le prélèvement de semence », ce qui n'a de sens qu'en cas d'exercice effectif de cette activité. Aussi le Tribunal fédéral a-t-il retenu que cette prescription concernait « clairement les seules organisations d'insémination artificielles » (voir arrêt du Tribunal fédéral 2A.456/2004 du 23 mars 2005 consid. 3.2 in fine). Toutefois, cet élément intervient dans le cadre du processus visant à dégager le sens de cette disposition, et ne permet pas en soi de retenir que le texte de l'art. 15 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 était limpide au point de se passer de toute interprétation. Partant, il ne peut être reproché à l'autorité administrative d'avoir violé un texte clair.
3.2.2.5 A cela s'ajoute que l'interprétation soutenue par l'OFAG n'apparaissait pas totalement vide de sens. A lire le Message du Conseil fédéral du 26 juin 1996 sur la réforme de la politique agricole (FF 1996 IV 275), un minimum de matériel génétique indigène mis en place à travers l'insémination est une condition indispensable à la préservation de l'autonomie de l'élevage, pour ce qui est des bovins. Or, dans la mesure où une organisation peut librement (i.e. sans autorisation) importer de la semence de bovins et la commercialiser, ce but s'avère nécessairement plus difficile à atteindre compte tenu des différences de prix existant sur le marché (cf. recours de droit administratif du Département fédéral de l'économie au Tribunal fédéral du 17 août 2004, p. 8, 4ème §, sous pièce annexe n° 17 du bordereau de l'OFAG concernant la demande en dommages-intérêts du recourant).
3.2.2.6 En définitive, la problématique ne se situe pas au niveau de la loi sur l'agriculture (art. 145 Lagr), - qui n'offre que la possibilité au Conseil fédéral de soumettre à autorisation trois types d'activités, à savoir la récolte de la semence et des embryons d'animaux de rente, la distribution de ces substances ainsi que le service de l'insémination artificielle, - mais bien de son ordonnance d'application qui fait usage de cette faculté, de manière uniquement partielle toutefois comme cela résulte de l'interprétation, sans que cela se traduise dans des travaux préparatoires ou d'autres documents d'appui. Quoi qu'il en soit, bien que son interprétation initiale se soit révélée erronée, l'OFAG n'a pas commis une violation d'un devoir essentiel de fonction. La voie de droit dont le recourant bénéficiait est précisément destinée à corriger de telles erreurs. Encore faut-il à cet égard que la protection juridictionnelle ne soit pas vidée de son sens, ainsi qu'on le verra ci-après (consid. 4).
3.2.3 Le recourant ne reprochant par ailleurs pas à l'OFAG de n'avoir pas instruit son dossier correctement ou d'avoir agi par malveillance et rien de tel ne ressortant des pièces du dossier, il s'ensuit que la condition relative à l'illicéité fait défaut pour ce qui concerne cet aspect du litige. En conséquence, le Tribunal peut se dispenser, par économie de procédure, d'examiner au surplus les conditions relatives au dommage et au lien de causalité en rapport avec le prononcé des mesures examinées ci-avant.
Le recours se révèle ainsi mal fondé à cet égard.
4.
Demeure à déterminer s'il faut déduire une éventuelle responsabilité de la Confédération du fait que l'OFAG a retiré l'effet suspensif à un éventuel recours contre sa décision du 13 décembre 2002. Cette question s'analyse indépendamment de l'autre aspect du litige, à savoir celui relatif à l'interdiction de commercialiser directement de la semence de taureaux et au retrait - respectivement au blocage - du permis général d'importation prononcés à l'encontre du recourant. Le raisonnement est guidé par une disposition spécifique de la PA, qu'il convient de rappeler et d'analyser (consid. 4.1 ci-après), avant de procéder à l'examen du cas concret (consid. 4.2 ci-après).
4.1
4.1.1 Selon l'art. 3 al. 2 LRCF, lorsque la responsabilité pour des faits déterminés est prévue dans des actes législatifs spéciaux, la responsabilité de la Confédération est régie par ces dispositions. Précisément, la responsabilité éventuelle à raison du retrait de l'effet suspensif à un recours fait l'objet d'une disposition topique, à savoir l'art. 55 al. 4 PA. Aux termes de cette disposition, si l'effet suspensif est arbitrairement retiré ou si une demande à fin de restitution de l'effet suspensif est arbitrairement rejetée ou accordée tardivement, la collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité a statué répond du dommage qui en résulte. L'art. 55 al. 4 PA représente ainsi une lex specialis par rapport aux dispositions de la loi sur la responsabilité (cf. ATF 100 Ib 496 consid. 1; arrêt du Tribunal fédéral du 17 septembre 1985 in JAAC 50.31 consid. 3b; arrêt du Tribunal fédéral 2A.443/1995 du 6 novembre 1995 consid. 1e; HANSJÖRG SEILER in VwVG, Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich/Bâle/Genève 2009, p. 1100 ch. marg. 157; GRISEL, op. cit, p. 925).
L'art. 12 LRCF ne s'applique pas dans le contexte de l'art. 55 al. 4 PA. Il s'ensuit que la responsabilité de la Confédération peut être déduite de l'art. 55 al. 4 PA également lorsque la décision portant retrait de l'effet suspensif n'a pas été attaquée, que le recours déposé à cet encontre a été rejeté ou qu'il n'est pas entré en matière sur cet objet (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 17 septembre 1985 in JAAC 50.31 consid. 3b; arrêt du Tribunal fédéral 2A.443/1995 du 6 novembre 1995 consid. 1e; ATF 100 Ib 11, ATF 91 I 451; SEILER, op. cit., p. 1103 ch. marg. 174 et les réf. citées).
4.1.2 Alors que la loi sur la responsabilité exige l'illicéité (voir l'expression « sans droit » de l'art. 3 al. 1 LRCF), l'art. 55 al. 4 PA postule - comme on l'a dit - l'arbitraire. Cette spécificité est cohérente avec la notion plus restrictive de l'illicéité qui prévaut lorsqu'il s'agit de décisions administratives et non d'actions matérielles illégales (voir ci-avant : consid. 2.3.3), sans qu'il soit nécessaire de trancher si ces deux conditions se recoupent parfaitement. En tous cas, les différences - s'il en est - seraient minimes (cf. KÖLZ/HÄNER, op. cit., p. 234 ch. marg. 654).
4.1.3 Une décision est arbitraire lorsqu'elle méconnaît gravement une règle de droit ou un principe juridique clair et indiscuté, ou qu'elle contredit de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité (cf. notamment : ATF 129 I 8, ATF 128 I 177, ATF 128 II 259, ATF 127 I 54, ATF 109 Ia 22 et ATF 108 III 42; ANDREAS AUER / GIORGIO MALINVERNI / MICHEL HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, vol. II, 2ème éd., Berne 2006, ch. 1140).
Dans le premier cas, il y a illégalité qualifiée; la décision se révèle ainsi insoutenable, manifestement contraire aux dispositions légales qu'elle prétend appliquer (cf. ATF 129 I 65, ATF 128 I 177, ATF 128 III 156, ATF 126 I 50, ATF 125 III 65). Arbitraire et violation de la loi ne sauraient donc être confondus; une violation doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Pour qu'une décision soit arbitraire, il ne suffit pas qu'une autre solution eût été possible, ni même préférable. Il n'y a donc pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution pourrait aussi se défendre et sembler même plus correcte. En définitive, le Tribunal, en tant qu'il est saisi de la question, doit uniquement dire si la décision prise est défendable (cf. ATF 129 I 8, ATF 127 I 54, ATF 127 I 60; AUER/MALINVERNI/HOTTELIER, op. cit., ch. 1142). En revanche, une décision est arbitraire lorsqu'elle s'écarte du texte clair de la loi (sous réserve du cas où ce texte ne traduit pas le sens véritable de la norme, tel qu'il se dégage des travaux préparatoires, du but de la norme ou de ses liens avec d'autres dispositions). Dans le second cas, une décision peut aussi être considérée comme arbitraire, non pas parce qu'elle viole gravement la loi sur laquelle elle se fonde, mais parce qu'elle va à l'encontre d'un principe fondamental (cf. ATF 129 I 410, ATF 124 IV 86; voir, au sujet des principes fondamentaux dont il est question, MOOR, vol. I, op. cit, p. 480 ch. 6.3.2.2). Enfin, dans le dernier cas, l'arbitraire peut être retenu lorsqu'une décision heurte le sentiment de justice et d'équité (ATF 123 II 241).
Lorsque la loi laisse une décision à l'appréciation d'une autorité, comme c'est le cas de la décision de retrait de l'effet suspensif (GRISEL, op. cit., p. 924 let. b), la prohibition de l'arbitraire sanctionne l'abus du pouvoir d'appréciation (MOOR, vol. I, op. cit., p. 484 ch. 6.3.2.4). Sont visées par là les situations dans lesquelles l'exercice du pouvoir d'appréciation se révèle insoutenable, non seulement erroné mais encore de manière qualifiée, lorsque la décision se révèle à l'évidence inconciliable avec les règles du droit et de l'équité, que l'autorité a tenu compte d'éléments qui n'avaient aucune importance ou a écarté des éléments décisifs (cf. ATF 100 Ib 494 consid. 2a; arrêt du Tribunal fédéral du 17 septembre 1985 in JAAC 50.31 consid. 3c; SEILER, op. cit., p. 1103 ch. marg. 171). Pour éviter un tel abus, l'autorité doit exercer sa liberté conformément au droit; elle doit premièrement respecter le but dans lequel un tel pouvoir lui a été conféré, ne pas le détourner de sa finalité (cf. ATF 103 Ib 23, ATF 98 I 465, ATF 94 I 425). Les critères employés doivent être transparents et objectifs, ou plutôt raisonnables, faute de quoi l'autorité se rend coupable d'arbitraire (MOOR, vol. I, op. cit., p. 377 ch. 4.3.2.3).
4.1.4 Cela étant, il faut encore rappeler à quelles conditions l'effet suspensif peut être octroyé, respectivement retiré.
4.1.4.1 A teneur de l'art. 55 al. 1 PA, le recours est en principe pourvu d'un effet suspensif. Aux termes de l'alinéa 2, l'autorité inférieure peut prévoir qu'un recours éventuel contre sa décision n'aura pas d'effet suspensif, à moins que sa décision ne porte sur une prestation pécuniaire. Le texte légal ne précise pas quels motifs conduisent l'autorité à retirer l'effet suspensif qui est attaché au recours de par la loi. La question est laissée à l'appréciation de l'autorité compétente, qui dispose d'une liberté appréciable à ce propos (cf. ATF 129 II 286 consid. 3, ATF 124 V 82 consid. 6a, ATF 117 V 185 consid. 2b, ATF 99 Ib 215 consid. 5). Selon doctrine et pratique, plusieurs critères entrent à cet égard en ligne de compte (voir Regina Kiener, VwVG, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Christoph Auer / Markus Müller / Benjamin Schindler (éd.), Zurich/St-Gall 2008, p. 719 ss ch. marg. 14 et 15).
4.1.4.2 Ainsi, le retrait doit être justifié par un intérêt public ou privé prépondérant. L'intérêt fiscal de l'Etat en revanche n'en fait pas partie. Hormis l'intérêt public, il peut être tenu compte de l'intérêt de particuliers qui prennent part directement ou indirectement à la procédure (voir - dans le domaine des marchés publics - la décision de la Commission fédérale de recours en matière de marchés publics du 4 mai 2004 in JAAC 68.89 consid. 2a; KIENER, op. cit., p. 720 ch. marg. 15). A contrario, les intérêts privés de personnes totalement extérieures à la procédure n'interfèrent pas dans le cadre de la décision relative à un éventuel retrait de l'effet suspensif.
Le retrait de l'effet suspensif peut être prononcé par l'autorité d'office ou sur requête. Il n'est dès lors pas strictement nécessaire qu'une requête ait été déposée à cette fin, possibilité qui est offerte non seulement aux destinataires matériels de la décision mais également à des tiers habilités à recourir (cf. KIENER, op. cit., p. 718 ch. marg. 12 et les réf. citées). A noter qu'en présence d'une telle requête, la responsabilité du requérant - corollaire de son droit - se déduira le cas échéant du droit privé (voir ATF 112 II 32 consid. 1a; SEILER, op. cit., p. 1102 ch. marg. 166 et les réf. citées sous note de bas de page 188).
4.1.4.3 La pesée des intérêts qui détermine l'éventuel retrait de l'effet suspensif vise à préserver deux intérêts antagonistes. D'une part, il est souhaitable que le but assigné par la loi ou poursuivi par la décision puisse être atteint et ne soit pas contrecarré par une longue procédure, laquelle serait assortie de l'effet suspensif (cf. ATF 129 II 286 consid. 3.2, ATF 99 Ib 215 consid. 6b; SEILER, op. cit., p. 1087 ch. marg. 91). Dans cette perspective, il faut également examiner quelle est la probabilité que le désavantage redouté arrive effectivement et quel laps de temps la réglementation provisoire devrait durer en perspective. L'issue probable de la procédure doit entrer en ligne de compte uniquement lorsqu'il n'existe aucun doute à ce sujet (cf. ATF 130 II 149 consid. 2.2, ATF 129 II 286 consid. 3, ATF 127 II 132 consid. 3, ATF 110 Ib 494 consid. 1, ATF 110 V 40 consid. 5b; KIENER, op. cit., p. 720 ch. marg. 16). D'un autre côté, le destinataire de la décision doit être protégé des suites dommageables qui peuvent découler d'une décision, laquelle - dûment attaquée - se révélerait par la suite erronée, à défaut de quoi la protection juridictionnelle se révélerait illusoire (SEILER, op. cit., p. 1087 ch. marg. 91 et les réf. citées). Il y a donc lieu de procéder à une pesée des intérêts en présence (cf. ATF 129 II 286 consid. 3.3, ATF 110 V 40 consid. 5a; JAAC 59.3 consid. 2a), à savoir d'une part l'intérêt à l'exécution immédiate de la décision et d'autre part au maintien du régime antérieur jusqu'à droit connu (cf. ATF 117 V 185 consid. 2b, ATF 110 V 40 consid. 5b). Cela étant, il faut concrètement que des motifs convaincants plaident pour une entrée en force immédiate de la décision (cf. ATF 129 II 286 consid. 3.2, ATF 124 V 82 consid. 6a, ATF 110 V 40 consid. 5b; JAAC 59.3 consid. 2a).
4.1.4.4 Le retrait de l'effet suspensif doit respecter le principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.; JAAC 66.102 consid. 5c; ATF 130 II 149 consid. 2.2, ATF 127 II 132 consid. 3); il doit donc répondre aux maximes de l'aptitude, de la nécessité et de la proportionnalité au sens étroit. La maxime de l'aptitude conduit à analyser le moyen investi par l'Etat afin d'examiner s'il était propre à atteindre pleinement le but visé (et non pas seulement s'il existerait une solution plus adéquate). En vertu de la maxime de la nécessité, l'autorité ne doit pas retenir un moyen qui restreigne l'autonomie des particuliers plus qu'il n'est nécessaire, en comparaison d'autres moyens également appropriés : il s'agit en d'autres termes pour l'autorité de choisir la mesure la moins grave parmi celles qui sont propres à atteindre le but visé. Quant à la maxime de proportionnalité au sens étroit, elle impose de respecter un rapport raisonnable entre la gravité des effets sur la situation des particuliers et le résultat escompté quant à l'intérêt public poursuivi (cf. PIERRE MOOR, Principes de l'activité étatique et responsabilité de l'Etat in Daniel Thürer/Jean-François Aubert/Jörg Paul Müller [éd.], Droit constitutionnel suisse, Zurich 2001, § 16, n° 69-76 p. 279-280).
4.2
4.2.1 En l'espèce, il s'agit d'analyser le fait susceptible d'être générateur de responsabilité, à savoir le retrait par l'OFAG de l'effet suspensif à tout éventuel recours contre sa décision du 13 décembre 2002.
4.2.2 La décision en question ne porte pas sur une prestation pécuniaire, ce qui laisse en soi la possibilité à l'autorité de prévoir qu'un éventuel recours n'aura pas d'effet suspensif. Encore faut-il qu'elle ait fait usage de son pouvoir d'appréciation d'une manière non arbitraire, à défaut de quoi la responsabilité de la Confédération peut se trouver engagée sur la base de l'art. 55 al. 4 PA. La décision incidente de la Commission de recours du DFE du 4 février 2003, aux termes de laquelle l'effet suspensif a été restitué, n'apporte pas la réponse désirée puisqu'elle ne se prononce pas sur ce critère. C'est dès lors librement que le Tribunal de céans peut en juger.
4.2.3 S'agissant des motifs qui ont conduit l'OFAG à décider du retrait de l'effet suspensif, il faut se reporter à ceux qui sont évoqués dans le cadre de la décision en question, plus précisément à son chiffre 4.
4.2.3.1 Il y est tout d'abord exposé que le recourant n'a été que temporairement une organisation d'insémination artificielle autorisée par l'OFAG, à savoir du 10 mai 2001 au 9 octobre 2002, qu'il a contesté la légalité des prescriptions en matière de commercialisation de semence de taureaux et qu'il a été condamné à une amende pour avoir commercialisé de la semence de taureaux sans autorisation par décision du 3 janvier 2001 de la Préfecture de *** (canton de ***). Ensuite, l'OFAG indique : « Par son activité illégale, (le recourant) se procure notamment un avantage financier injustifié par rapport aux organisations d'insémination artificielles autorisées. C'est pourquoi, dans le cas présent, l'intérêt public à rétablir immédiatement l'état conforme au droit et à réaliser les objectifs généraux visés par les prescriptions sur l'insémination artificielle prime l'intérêt purement financier du (recourant) » (cf. décision de l'OFAG du 13 décembre 2002, ch. 4 in fine). L'OFAG avait ainsi en vue les OIA autorisées qui, pour obtenir l'autorisation en cause, étaient contraintes d'effectuer des investissements importants et de disposer de certaines ressources en terme de personnel. Ce sont donc des motifs tirés de l'égalité de traitement entre acteurs économiques, plus précisément la volonté d'éviter des distorsions de concurrence au sens de l'art. 94 Cst., qui ont guidé le retrait de l'effet suspensif par l'OFAG. Ceci se déduit également de la prise de position de l'OFAG du 31 mars 2003 devant la Commission de recours DFE.
4.2.3.2 Il ne s'agit dès lors pas simplement de l'intérêt abstrait au respect de la loi, qui n'a pas systématiquement le pas, puisque l'art. 55 al. 1 PA prévoit que le recours a un effet suspensif. Concrètement, il s'est agi pour l'autorité saisie d'éviter de consacrer, pendant toute la durée de la procédure de recours, une situation de fait qui, selon la vision qu'elle en avait à cette époque, aurait placé les OIA autorisées dans une situation concurrentielle préjudiciable par rapport au recourant et octroyé à ce dernier un avantage majeur sur le marché. L'OFAG a en effet considéré qu'il y avait un intérêt public, et non seulement privé, à éviter de telles distorsions de concurrence. Certes, la vision de l'OFAG s'est avérée erronée, comme l'a jugé par la suite la Commission de recours DFE, qui a restitué au recourant l'effet suspensif. Il n'empêche qu'au moment où il a rendu sa décision, l'OFAG pouvait soutenir cette position, sans pour autant tomber dans l'arbitraire, au sens que lui reconnaît la jurisprudence au titre de l'art. 55 al. 4 PA. Dans la mesure où l'interprétation de la situation juridique faite par l'OFAG était soutenable au moment où elle a statué, et même si a posteriori son appréciation n'est pas apparue des plus opportunes, il demeurait dans son pouvoir d'appréciation de considérer que le respect de l'intérêt public ainsi défini imposait un rétablissement immédiat d'une situation qui lui soit conforme, dont « l'illégalité » n'avait que trop duré et qui générait des distorsions de concurrence.
4.2.3.3 Par conséquent, que l'on abonde ou non a posteriori dans le sens de l'OFAG est indifférent. La seule question qui se pose est de savoir si le retrait de l'effet suspensif a été décidé de manière arbitraire, et celle-ci doit recevoir une réponse négative. Il n'est en effet pas possible de retenir que la décision de l'OFAG, privant le recourant du bénéfice de l'effet suspensif, méconnaît gravement une règle de droit ou un principe juridique clair et indiscuté, pas plus qu'il ne peut être affirmé qu'elle contredit de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il y a un pas décisif entre l'illégalité du retrait de l'effet suspensif et l'arbitraire, qui n'est pas franchi en l'occurrence. L'OFAG s'est laissé convaincre par certains arguments, qui n'ont pas trouvé grâce aux yeux de la Commission de recours DFE, mais qui pouvaient se concevoir.
Par ailleurs, la justesse de l'opinion soutenue sur le fond par le recourant - à savoir qu'il n'était pas soumis au régime de l'autorisation - n'apparaissait pas flagrante. Même à la lecture des considérants de l'arrêt du Tribunal fédéral du 23 mars 2005, cette solution ne se dégage pas telle une évidence absolue, qui aurait pu être prise en compte par l'OFAG au stade du retrait de l'effet suspensif. La Haute Cour relève certes que l'art. 15 al. 2 let. c de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur l'élevage concernait « clairement les seules organisations d'insémination artificielle » (voir l'arrêt 2A.456/2004 du 23 mars 2005 consid. 3.2). Mais l'utilisation du seul adjectif « clairement », noyé dans la motivation de l'arrêt en question, ne peut pas être perçue comme la reconnaissance d'une situation parfaitement limpide, qui aurait dû s'imposer comme telle à l'OFAG. Cet élément intervient dans le cadre du processus visant à dégager le sens de la disposition précitée, et ne permet pas de retenir que le texte de celle-ci était clair au point de se passer de toute interprétation.
4.2.4 Certes, le recourant exploitait depuis plusieurs années son activité prétendument illégale, au vu et au su de l'autorité. Il était même au bénéfice d'une autorisation qui avait été largement prolongée jusqu'à fin septembre 2002, en dépit de la constatation par l'OFAG du fait que toutes les prescriptions légales n'étaient pas remplies. Toutefois, cette tolérance de l'autorité vis-à-vis du recourant ne saurait permettre à ce dernier de combler l'écart séparant l'illégalité d'une décision de l'arbitraire. Dès lors que l'autorité était, au contraire, convaincue qu'il s'agissait d'une tolérance et qu'elle désirait y mettre fin, le retrait de l'effet suspensif à tout éventuel recours s'inscrivait dans une logique de bon sens éloignée - manifestement - de tout arbitraire.
4.2.5 Il n'y a donc pas arbitraire dans la décision de l'OFAG de priver d'effet suspensif un éventuel recours à l'encontre de sa décision.
4.2.6 A défaut d'arbitraire et par économie de procédure, il s'avère inutile de trancher les autres conditions déterminant la responsabilité de la Confédération, à savoir le dommage et le lien de causalité. L'intimée s'en était d'ailleurs également abstenue, pour les mêmes raisons (cf. décision entreprise, p. 10 ch. V). La réquisition du recourant tendant à la mise en oeuvre d'une expertise comptable afin d'établir le dommage et sa quotité (cf. recours p. 11 ch. 4) doit donc être rejetée, à mesure qu'elle ne permettrait de toute manière pas d'aboutir à une solution différente du litige.
Il suit de ce qui précède que le recours se révèle mal fondé.
5.
Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés conformément à l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). S'agissant des dépens, l'art. 64 al. 1 PA et l'art. 7 al. 1 FITAF prévoient qu'ils sont alloués, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause. Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'y ont pas droit (art. 7 al. 3 FITAF).
En l'occurrence, le recourant se voit débouté, de sorte que les frais de procédure, fixés à Fr. 15'000.-, doivent être mis à sa charge. Ceux-ci sont compensés par l'avance de frais, d'un montant équivalent, qu'il a effectuée. Il n'y a lieu d'octroyer des dépens ni au recourant, dans la mesure où il succombe, ni à l'intimée.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de procédure par Fr. 15'000.- sont mis à la charge du recourant. Ils sont compensés par l'avance de frais d'un montant équivalent versée par le recourant.
3.
Aucune indemnité n'est allouée à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (Acte judiciaire)
à l'intimée (Acte judiciaire; n° de réf. ***)
Le président du collège : La greffière :
Jérôme Candrian Marie-Chantal May Canellas
Indication des voies de droit :
Les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de responsabilité étatique peuvent être contestées auprès du Tribunal fédéral, pourvu qu'il s'agisse d'une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse s'élève à 30'000.- francs au minimum ou qui soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 1 let. a et al. 2 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Si le recours en matière de droit public est ouvert, il doit être déposé dans un délai de 30 jours dès la notification de la décision contestée. Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Il doit être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à la Poste Suisse ou à une Représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 42, 48, 54 et 100 LTF).
Expédition :