bvger · A-6299/2009 · 2011-04-21 · de
A-6299/2009

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-6299/2009
Urteil vom 21. April 2011
Besetzung
Richterin Salome Zimmermann (Vorsitz),
Richter Daniel Riedo, Richter Pascal Mollard,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart Meier.
Parteien
X._______ AG, ...,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz .
Gegenstand
Mehrwertsteuer (Steuerschätzung, Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland; 1. Quartal 1997 - 4. Quartal 2000 sowie 1. Quartal 2001 - 2. Quartal 2002).
Sachverhalt:
A. Die X. AG ist seit dem 1. Januar 1995 bei der Eidge­nös­­sischen Steuerverwaltung (ESTV) als Mehrwertsteuerpflichtige einge­tra­gen. Im Jahr 2002 führte die ESTV bei ihr eine Kontrolle durch. Es wurden daraufhin erste Ergänzungsabrechnungen (EA) 227'591 und 227'592 erstellt, die dann aber am 21. Mai 2003 ersetzt wurden durch zwei Gutschriftsanzeigen sowie zwei neue EA, nämlich EA 227'630 über den Betrag von Fr. ....-- betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1997 bis 4. Quartal 2000 und die EA 227'631 in Höhe von Fr. ....-- betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 2. Quartal 2002. Mit zwei Entscheiden vom 14. Oktober 2004 bestätigte die ESTV die Forde­run­gen im Umfang von Fr. ....-- betreffend die Steuerperioden 1. Quar­tal 1997 bis 4. Quartal 2000 und von Fr. ....-- betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 2. Quartal 2002. Dagegen wurde am 16. November 2004 Einsprache erhoben mit den Begehren, die Entscheide seien aufzuheben und die EA auf bestimmte Beträge anzupassen.
B. Mit Einspracheentscheid vom 2. September 2009 vereinigte die ESTV die beiden Verfahren, stellte die teilweise Rechtskraft der beiden Entscheide fest, hiess die Einsprachen teilweise gut und erkannte, die Beschwer­de­füh­rerin schulde (neben den in Rechtskraft getretenen Beträgen) noch Fr. ... für die Steuerperioden 1. Quartal 1997 bis 4. Quartal 2000 und Fr. ....-- betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 2. Quartal 2002. Es folgten Ausführungen zu den drei strittigen Themen "Bezug von Dienstleistungen im Jahr 1997", "Boni über Lohnkonti" und "X. Asian ...".
C. Mit Beschwerde vom 5. Oktober 2009 beantragt die Beschwerdeführerin im Wesentlichen (alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge) die Auf­he­bung von Ziff. 5 und Ziff. 6 des Einspracheentscheids, soweit die darin verfügten Beträge über die anerkannten Beträge von Fr. ... bzw. Fr. ... hinausgehen. Die unter Vorbehalt geleisteten Zahlungen seien zinspflichtig zu vergüten. Die Sache sei zudem eventuell zu neuer Beurteilung an die ESTV zurückzuweisen. Zu den einzelnen strittigen Punkten wird Stellung genommen.
D. Mit Vernehmlassung vom 14. Dezember 2009 wird die Abweisung der Beschwerde beantragt und werden die Ausführungen im Einsprache­ent­scheid bestätigt und teilweise ergänzt.
E. Mit Replik vom 3. März 2010 wird an den mit Beschwerde gestellten Rechts­begehren festgehalten. Es werden zudem neue Beweisanträge gestellt, nämlich die Einvernahme von Zeugen bzw. Auskunftspersonen. Daneben erfolgen nochmals ausführliche Begründungen. Mit Duplik vom 25. Mai 2010 nimmt die ESTV dazu Stellung. Am 11. Juni 2010 erfolgt wiederum eine Stellungnahme zur Duplik und es werden Kreditoren­rech­nun­gen und Bankbelege des Jahres 1997 eingereicht.
F. Auf die Ausführungen der Parteien wird, soweit entscheidrelevant, in den folgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1. Angefochten ist ein Einspracheentscheid der ESTV und damit eine Ver­fü­gung nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021). Das Bun­des­ver­wal­tungsgericht ist zuständige Beschwerdeinstanz (Art. 31, Art. 32 e con­trario und Art. 33 Bst. d des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht [VGG, SR 173.32]). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20) in Kraft getreten. Die bisherigen ge­setzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vor­schrif­ten bleiben grundsätzlich weiterhin auf alle während ihrer Geltungs­dauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechts­ver­hält­nisse anwend­bar (Art. 112 Abs. 1 MWSTG). Da sich der massgebliche Sach­ver­halt in den Jahren 1997 bis 2002 zugetragen hat, untersteht das vorlie­gende Verfahren in materieller Hinsicht der aMWSTV (für die Jahre bis 2000) sowie dem aMWSTG (für die Jahre 2001 und 2002).
2.2. Demgegenüber ist das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht im Sinn von Art. 113 Abs. 3 MWSTG auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängige Verfahren anwendbar.
2.2.1. Art. 113 Abs. 3 MWSTG ist insofern restriktiv auszulegen, als nur eigentliche Verfahrensnormen sofort auf hängige Verfahren anzuwenden sind, und es dabei nicht zu einer Anwendung von neuem materiellen Recht auf altrechtliche Sachverhalte kommen darf (ausführlich: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-1113/2009 vom 23. Februar 2010 E. 1.3; s.a. Urteil des BVGer A-4360/2008 vom 4. März 2010 E. 1.2).
2.2.2. Im Übrigen ist - soweit tatsächlich Verfahrensnormen zur Diskus­sion stehen - dasjenige Verfahrensrecht anwendbar, welches zum Zeit­punkt, in dem sich die konkrete Verfahrensfrage stellt, in Kraft steht. Hat das Bundesverwaltungsgericht zu überprüfen, ob die Vorinstanz das Ver­fah­rensrecht richtig angewendet hat, so bleibt das Recht massgeblich, das zum Zeitpunkt der zu überprüfenden Verfahrenshandlung in Kraft stand und von der Vorinstanz angewendet werden musste, auch wenn inzwischen neues Recht in Kraft getreten sein sollte (Urteile des BVGer A-4417/2007 vom 10. März 2010 E. 1.3.2; A-855/2008 vom 20. April 2010 E. 1.2; A-5876/2008 vom 24. März 2010 E. 1.3.2).
2.2.3. Art. 81 MWSTG kann unter die von Art. 113 Abs. 3 MWSTG anvi­sier­ten Verfahrensbestimmungen subsumiert werden. Dies gilt nach dem so­eben Gesagten (E. 2.2.2) für Verfahrenshandlungen, die nach Inkraft­tre­ten des MWSTG stattfinden. Bei Überprüfung von Entscheiden der ESTV, die vor Ende 2009 gefällt wurden, ist damit - in Bezug auf den Entscheid bzw. die Verfahrenshandlungen der ESTV - Art. 81 MWSTG nicht anwendbar (s.a. Urteile des BVGer A-2998/2009 vom 11. November 2010 E. 1.2; A-5078/2008 vom 26. Mai 2010 E. 2.1). Auf das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht ist Art. 81 MWSTG entsprechend anwendbar, soweit der Entscheid (bzw. die Verfahrenshandlung) nach Inkrafttreten des MWSTG erfolgt.
2.2.4. Jedoch haben Art. 81 Abs. 1 und 3 (Satz 1) MWSTG weitgehend keine eigenständige Bedeutung. So gilt - und galt schon bisher - der Grund­satz der freien Beweiswürdigung ohne Weiteres und auch ohne die Erwäh­nung in Art. 81 Abs. 3 Satz 1 MWSTG sowohl im Verfügungs- als auch im Rechtsmittelverfahren. Auch weitere Teilgehalte von Art. 81 MWSTG sind durch die Rechtsprechung gestützt auf Art. 29 Abs. 2 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101) bereits bisher angewendet worden. Dies gilt insbesondere für die Anhörung von Parteien und die Einvernahme von Zeugen (Urteile des BVGer A-5875/2009 vom 16. Juni 2010 E. 4; A-5078/2008 vom 26. Mai 2010 E. 2.1; A-705/2008 vom 12. April 2010 E. 3; A-1379/2007 vom 18. März 2010 E. 1.2.3; A-4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 5.5). Gleichermassen ändern die neuen Bestimmungen aber auch nichts an den (unten E. 3.1 dargestellten) Grundsätzen zur anti­zi­pier­ten Beweiswürdigung (Urteile des BVGer A-1379/2007 vom 18. März 2010 E. 1.2.3; A-5875/2009 vom 16. Juni 2010 E. 4; A-4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 5.5).
3.
3.1. Gestützt auf die direkt aus der Verfassung fliessenden minimalen Verfahrensgarantien (insbesondere das rechtliche Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV) und gestützt auf die nach Art. 81 MWSTG neu anwendbaren Bestimmungen des VwVG (Art. 12-19, 30-33 VwVG) kann im Steuer­ver­fahren die Anhörung von Parteien und die Einvernahme von Zeugen in bestimmten Fällen geboten sein (vgl. Urteil des Bundes­ge­richts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3b).
Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn eine Behörde auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil eine antizipierte Beweiswürdigung ergibt, dass die angebotenen Beweise eine nicht er­heb­­li­che Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind oder sich der Sachverhalt auch sonst genügend ermitteln lässt (BGE 131 I 153 E. 3; 124 I 208 E. 4a; 122 II 464 E. 4a, je mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 2C_115/2007 vom 11. Februar 2008 E. 2.2; Urteil des BVGer A-1506/2006 vom 3. Juni 2008 E. 2.1.2; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneu­büh­ler, Prozessieren vor dem Bundesver­wal­tungs­gericht, Basel 2008, Rz. 3.144 ff.).
Beispielsweise kann auf eine Parteibefragung verzichtet werden, wenn sich daraus offensichtlich keine neuen Tatsachen ergeben würden bzw. davon auszugehen ist, dass an einer mündlichen Befragung nichts anderes würde behauptet werden, als was sich bereits aus den bis­he­ri­gen Eingaben ergibt (Urteile des BVGer A-710/2007 vom 24. September 2009 E. 2.2; A-1599/2006 vom 10. März 2008 E. 2.4 mit Hinweis).
3.2. Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweis­wür­digung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 279 f.; Martin Zweifel, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des Steuerpflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (Gygi, a.a.O., S. 279 f.; Zweifel, a.a.O., S. 109 f.). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für die steuer­begründenden und steuererhöhenden Tatsachen und der Steuer­pflich­­tige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, Archiv für Schweizerisches Abga­be­recht [ASA] 75 S. 495 ff. E. 5.4; statt vieler: Urteile des BVGer A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 5.1; A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 2, je mit zahlreichen Hinweisen). Die Beweislast für das Bestehen eines Steuerobjekts und namentlich eines mehrwertsteuerlichen Leis­tungs­­aus­tauschs kommt damit - als steuerbegründende Tatsache - der ESTV zu (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 4.1; Urteile des BVGer A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 5.1; A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.2; A-1354/2006 vom 24. Au­gust 2007 E. 7.2.4, 8.2.2 in fine). Das gleiche grundsätzlich gilt für die Identität des Leistungserbringers und -empfängers (vgl. Urteil des BVGer A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 8.3).
3.3. Bei der Beweiswürdigung ist auch die Sorgfalt der Steuerbehörde bei der Abklärung der tatsächlichen Verhältnisse und ebenso die Art und das Mass der Mitwirkung des Steuerpflichtigen zu werten (statt vieler: Entscheid der SRK vom 4. Januar 2005, Verwaltungspraxis der Bundes­be­hörden [VPB] 69.61 E. 2b).
Aus dem Grundsatz von Treu und Glauben bzw. dem Vertrauensprinzip folgt u.a. das für Behörden wie Private geltende Verbot widersprüchlichen Verhaltens; solches findet keinen Rechtsschutz (statt vieler: BGE 97 I 125 E. 3, 4; Urteil des BVGer A-1520/2006 vom 29. August 2007 E. 3.2 f. mit Hinweisen). Der Steuerpflichtige, der sich widerspricht bzw. auf frühere Erklärungen zurückkommt, kann dadurch seine Mitwirkungspflicht bzw. Auskunftspflicht verletzen, namentlich, wenn es um Bereiche geht, in denen nur er die nötigen Kenntnisse über den Sachverhalt hat. Wider­sprüch­liches Verhalten hat entsprechende Auswirkungen auf die Beweis­wür­digung. Die Vorbringen des Steuerpflichtigen verlieren an Beweiskraft. Der Entscheidbehörde kann nicht vorgeworfen werden, dass sie ihren Ent­scheid auf Indizien stützt (Entscheid der SRK vom 3. Februar 1998, VPB 62.84 E. 3b/aa mit Hinweisen; Urteile des BVGer A-3822/2007 vom 3. Juni 2008 E. 3.1.1; A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 5.3).
Auch anderweitige Verletzungen der Mitwirkungspflicht sind (zumindest) im Rahmen der Beweiswürdigung zu berücksichtigen (vgl. Urteil des BVGer A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 5.2, E. 8.3 mit Hinweisen und Darstellung der je nach Lehrmeinung möglichen Folgen; s.a. Urteile des BVGer A-1597/2006 17. August 2009 E. 4; A-4417/2007 vom 10. März 2010 E. 3.2; A-5078/2008 vom 26. Mai 2008 E. 2.2; B-3608/2009 vom 14. Juli 2010 E. 7.2.1; ferner für das Zivilrecht: BGE 130 III 321 E. 3.2; 132 II 715 E. 3.1).
3.4. Im Beschwerdeverfahren dürfen im Rahmen des Streitgegenstandes neue Sachumstände, d.h. tatsächliche Nova, wie auch neue Beweismittel vor­­gebracht werden (Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 2.204). Nach Art. 32 Abs. 2 VwVG sind im Übrigen nicht nur die recht­zeitigen, son­­dern auch verspätete Parteivorbringen, die ausschlaggebend er­schei­nen, zu berücksichtigen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_286/2009 vom 13. Januar 2010 E. 4.2 ff.; Urteil des BVGer A-3409/2010 vom 4. Ap­ril 2011 E. 1.4). Das Gericht muss seinen Entscheid denn auch gestützt auf den Sachverhalt fällen, wie er sich im Zeitpunkt der Entscheidung verwirklicht hat (Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 2.204 ff.).
4.
4.1. Ein steuerbarer Umsatz nach Bst. a und b von Art. 4 aMWSTV bzw. Art. 5 aMWSTG sowie ein steuerbarer Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland nach Bst. d dieser Bestimmungen bedingt die Erbringung einer mehrwert­steuerlichen Leistung gegen Entgelt. Die Entgeltlichkeit er­for­dert einen Leistungsaustausch zwischen dem steuerpflichtigen Leis­tungs­­erbringer und dem Empfänger. Besteht kein solches Aus­tausch­ver­hältnis, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht in den Geltungs­bereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: BVGE 2008/63 E. 2.3; Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.1; Entscheid der SRK vom 18. November 2002, VPB 67.49 E. 2a/cc, alle mit Hinweisen). Ein solcher Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwei Be­tei­ligte vorhanden sind, nämlich ein Leis­tungs­erbringer und ein Leistungs­em­pfänger (statt vieler: Urteile des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.1 mit Hinweisen; A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 6.1.1). Weiter muss zwi­schen Leistung und Ge­gen­leistung eine innere wirt­schaft­li­che Ver­knü­pfung bzw. ein direkter ursächlicher Zusammen­hang gege­ben sein (BGE 132 II 353 E. 4.1; 126 II 443 E. 6a; Urteile des Bun­des­ge­richts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.1; vom 30. April 2004, ASA 75 241 E. 3.3; 2A.175/2002 vom 23. Dezember 2002 E. 3.2; BVGE 2007/39 E. 2.1).
4.2. Bei der Ermittlung des mehrwertsteuerlichen Leistungserbringers ist das Auftreten gegen Aussen im eigenen Namen massgeblich (Art. 10 aMWSTV bzw. Art. 11 aMWSTG). Das Handeln wird grundsätzlich dem­jenigen mehrwertsteuerlich zugerechnet, der nach Aussen, gegen­über Dritten in eigenem Namen auftritt (statt vieler: Urteile des BVGer A-1382/2006 vom 19. Juli 2007 E. 2.2; A-1341/2006 vom 7. März 2007 E. 2.3.1, 3.3, je mit Hinweisen; A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 5).
4.3. Durch eine Weiterverrechnung oder -fakturierung kann es zu einem mehr­wertsteuerlichen Leistungsaustausch kommen, in welchem der­je­ni­ge, der eine Leistung bloss in eigenem Namen weiterfakturiert, selbst zum Leistungserbringer wird. Damit einem Steuerpflichtigen eine Leistung mehr­­wertsteuerlich zuzurechnen ist, braucht er diese nicht zwingend auch physisch selbst zu erbringen. Es genügt, dass er sich mit allen Ei­gen­­schaften eines Steuerpflichtigen in die Umsatzkette einfügt und dabei nicht als blosser Vermittler (direkter Stellvertreter) auftritt (Urteile des BVGer A-4516/2008 vom 5. Januar 2011 E. 2.4; A-1656/2006 vom 9. März 2009 E. 4.1 mit Hinweisen; A-3190/2008 vom 15. Juli 2010 E. 4.3; A-1462/2006 vom 6. September 2007 E. 2.2.1; A-1558/2006 vom 3. Dezember 2009 E. 5.2; Entscheide der SRK vom 24. September 2003, VPB 68.54 E. 2a mit Hinweisen; vom 19. Mai 2000, VPB 64.110 E. 4b/dd).
4.4. Nach Art. 4 Bst. d und Art. 9 aMWSTV muss der Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland gegen Entgelt durch den Empfänger mit Sitz im Inland versteuert werden, wenn dieser sie zur Nutzung oder Auswertung im Inland verwendet und sofern er nach Art. 18 aMWSTV steuerpflichtig ist. Art. 9 aMWSTV kann nur zum Tragen kommen, wenn der Ort der Dienstleistung sich nach den Regeln von Art. 12 aMWSTV im Ausland befindet, nicht aber, wenn er im Inland liegt (vgl. ausführlich Urteile des BVGer A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 3.1 mit Hinweisen; A-1656/2006 vom 9. März 2009 E. 4.2).
Art. 5 Bst. d aMWSTG erklärt den Bezug von Dienstleistungen gegen Ent­gelt von Unternehmen mit Sitz im Ausland für steuerbar. Art. 10 aMWSTG nennt dabei zwei Tatbestände. Gemäss Bst. a erfolgt eine Be­steuerung beim nach Art. 24 steuerpflichtigen Empfänger, wenn Dienst­leis­tungen nach Art. 14 Abs. 3 aMWSTG vorliegen, die ein im Inland nicht steuerpflichtiger Unternehmer mit Sitz im Ausland im Inland erbringt, der nicht nach Art. 27 für die Steuerpflicht optiert. Gemäss dem zweiten Tat­be­stand in Art. 10 Bst. b aMWSTG hat der Empfänger den Bezug einer Dienstleistung zu versteuern, wenn er nach Art. 24 steuerpflichtig ist und sofern es sich um eine unter Art. 14 Abs. 1 fallende steuerbare Dienst­leis­tung handelt, die der Empfänger mit Sitz im Inland aus dem Ausland be­zieht und zur Nutzung oder Auswertung im Inland verwendet (ausführlich: Urteil des BVGer A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 3.2 mit Hinweisen).
Auch beim Dienstleistungsbezug aus dem Ausland setzt die Steuerbarkeit einen mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch voraus (vgl. vorn E. 4.1; Urteil des BVGer A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 6.1.1).
5.
5.1. Die Veranlagung und Entrichtung der Mehrwertsteuer erfolgt nach dem Selbstveranlagungsprinzip. Der Steuerpflichtige hat insbesondere selbst und unaufgefordert über seine Umsätze und Vor­steu­ern ab­zu­rech­nen und innerhalb von 60 Ta­gen nach Ablauf der Ab­rech­nungs­periode den geschuldeten Mehrwert­steuerbetrag (Steuer vom Um­satz ab­züglich Vorsteuern) an die ESTV ab­zuliefern. Die ESTV er­mittelt die Höhe des geschuldeten Mehrwert­steu­erbetrages nur dann an Stelle der steuer­pflichtigen Person, wenn diese ihren Pflichten nicht nach­kommt (Art. 48 aMWSTV, Art. 60 aMWSTG; Urteil des BVGer A-4146/2009 vom 9. März 2010 E. 3.1 mit Hinweisen).
5.2. Zu den Obliegenheiten der steuerpflichtigen Person gehört ins­be­sonde­re die Buchführungspflicht (vgl. Urteile des Bun­des­ge­richts 2A.552/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.1; 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.1 f.). Gemäss Art. 47 Abs. 1 aMWSTV bzw. Art. 58 Abs. 1 aMWSTG hat die Mehr­wert­steu­er­pflichtige ihre Geschäftsbücher ord­nungs­gemäss zu führen und so ein­zurichten, dass sich aus ihnen die für die Feststellung der Mehr­wert­steuerpflicht sowie für die Berechnung der Steuer und der ab­zieh­baren Vorsteuern massgebenden Tatsachen leicht und zu­ver­lässig er­mitteln lassen. Über die Buchführungspflicht hat die ESTV nähere Bestim­mung­en aufgestellt (vgl. Wegleitung für Mehrwert­steuer­pflichtige 1997 Rz. 870 ff.; Wegleitung 2001 zur Mehrwertsteuer Rz. 878 ff.).
5.3. Liegen keine oder nur unvollständige Aufzeichnungen vor oder stimmen die ausgewiesenen Ergebnisse mit dem wirklichen Sachver­halt offensichtlich nicht überein, so nimmt die ESTV gemäss Art. 48 aMWSTV bzw. Art. 60 aMWSTG eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vor (ausführlich zu den beiden Konstella­tionen: Urteile des BVGer A-705/2008 vom 12. April 2010 E. 2.4; A-3678/2007 vom 18. Au­gust 2009 E. 3.1). Sind die Voraussetzungen für eine Ermessenstaxation erfüllt, so ist die ESTV nicht nur berechtigt, sondern ver­pflichtet, eine solche nach pflichtgemässem Ermessen vorzuneh­men (Ur­teile des Bundesgerichts 2A.552/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.2; 2A.552/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.2).
5.4. Bei der Vornahme der Schätzung hat die ESTV diejenige Schätzungs­­metho­de zu wählen, die den individuellen Verhältnissen im Betrieb des Steuerpflichtigen soweit als möglich Rechnung trägt, auf plausib­len Angaben beruht und deren Ergebnis der wirklichen Situation mög­lichst nahe kommt (Urteile des Bundesgerichts 2C_426/2007 vom 22. No­vember 2007 E. 3.2; 2A.552/2006 vom 1. Februar 2007 E. 3.3; Ur­teile des BVGer A-1113/2009 vom 23. Februar 2010 E. 2.3; A-1578/2006 vom 2. Oktober 2008 E. 4.2). Die Ermessensveranlagung hat somit zum Ziel, den tatsächlichen Gegebenheiten möglichst gerecht zu werden. Es haftet ihr dabei eine gewisse Unsicherheit an, die der Steuerpflichtige aufgrund seiner Pflichtverletzung selber zu vertreten hat (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.437/2005 vom 3. Mai 2006 E. 3.2; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, ASA 69 S. 519 f.).
In Betracht kommen einer­seits Schät­zungs­methoden, die auf eine Er­gän­zung oder Rekonstrukti­on der un­ge­nügenden Buch­hal­tung hinauslaufen, an­de­rerseits Um­satz­schät­zungen aufgrund un­be­strittener Teil-Rech­nungs­er­geb­nisse in Ver­bin­dung mit Erfah­rungs­sätzen (Urteile des BVGer A-2184/2008 vom 3. Juni 2010 E. 5.1; A-705/2008 vom 12. April 2010 E. 2.6.2; A-1379/2007 vom 18. März 2010 E. 4.2; vgl. auch Mollard, a.a.O., S. 530 ff.).
5.5. Das Bundesverwaltungsgericht überprüft das Vorliegen der Vor­aus­setzungen für die Vornahme einer Ermessenstaxation - als Rechts­frage - uneingeschränkt (statt vieler: BVGE 2009/60 E. 2.9.2; Urteil des BVGer A-3678/2007 vom 18. August 2009 E. 5; A-1379/2007 vom 18. März 2010 E. 5.1 mit Hinweisen). Für das Vorliegen dieser Vorausset­zungen ist nach den all­ge­meinen Beweislastregeln die ESTV be­weis­be­lastet (BVGE 2009/60 E. 2.9.3; Urteile des BVGer A-1960/2007 vom 1. Februar 2010 E. 2.4.2; A-1578/2006 vom 2. Ok­to­ber 2008 E. 5.3; A-1527/2006 vom 6. März 2008 E. 2.4; vgl. Mollard, a.a.O., S. 527).
5.6. Waren die Voraussetzungen für eine Ermessenstaxation im Einzelfall er­füllt, obliegt es hingegen der steuerpflichtigen Person, den Be­weis für die Un­richtig­keit der Schätzung zu erbringen (statt vieler: Ur­teile des Bun­des­ge­richts 2C_171/2008 vom 30. Juli 2008 E. 4.3; 2A.642/2004 vom 14. Juli 2005 E. 5.4; 2A.437/2005 vom 3. Mai 2006 E. 3.3 mit Hinweisen; BVGE 2009/60 E. 2.9.3; Ur­teile des BVGer A-1379/2007 vom 18. März 2010 E. 5.2.1 f.; A-5460/2008 vom 12. Mai 2010 E. 2.5.4). Als offen­sicht­lich unrichtig gilt eine Schätzung, wenn sie sachlich nicht begründ­bar ist, sich auf sachwidrige Schätzungsgrundlagen, -methoden oder -hilfs­mittel stützt oder sonst mit den aktenkundigen Verhältnissen des Einzelfalles vernünftigerweise nicht vereinbart werden kann (vgl. Urteil des BVGer A-5875/2009 vom 16. Juni 2010 E. 3.7 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 14. Oktober 2005, VPB 70.41 E. 4c).
Das Bundesverwaltungsgericht auferlegt sich bei der Überprüfung von zu­­lässiger­weise erfolgten Ermes­sens­ver­an­la­gungen eine gewisse Zu­rück­­­haltung. Grund­sätz­lich setzt es nur dann sein eigenes Er­messen an die Stelle desjenigen der Vor­instanz, wenn dieser bei der Schät­zung er­heb­liche Ermessensfehler unter­laufen sind (statt vieler: Ur­teile des BVGer A-2184/2008 vom 3. Juni 2010 E. 5.2; A-4309/2008 vom 30. April 2010 E. 2.2; A-3678/2007 vom 18. August 2009 E. 5). Diese Praxis wurde vom Bundesgericht bestätigt (Urteil 2C_426/2007 vom 22. Novem­ber 2007 E. 4.3).
5.7. Betreffend die vorstehend erwähnten Themen wie die Buchfüh­rungs­pflicht, das Selbstveranlagungsprinzip, die Kontrolle und die Ermessens­ein­schätzung ist vorliegend im Übrigen noch altes Recht anwendbar. Weitgehend steht dabei gar nicht Verfahrensrecht im oben (E. 2.1.1) um­schrie­benen Sinn zur Debatte (Urteile des BVGer A-1605/2006 vom 4. März 2010 E. 1.5; A-2998/2009 vom 11. November 2010 E. 1.2; A-5460/2006 vom 12. Mai 2010 E. 1.2; A-1379/2007 vom 18. März 2010 E. 1.2.2; A-5875/2009 vom 16. Juni 2010 E. 1.3). Soweit die entsprec­hen­den Bestimmungen (auch) eigentliches Verfahrensrecht enthalten, wie dies etwa bei gewissen Regeln zur Kontrolle und zur Ermessens­ein­schät­zung der Fall ist, ist vorliegend massgeblich, dass sowohl Kontrolle als auch Ermessenseinschätzung vor Inkrafttreten des neuen MWSTG statt­ge­funden haben, womit nach den beschriebenen Grundsätzen (E. 2.2.2) die altrechtlichen Regeln und nicht etwa Art. 78 oder Art. 79 MWSTG anwendbar sind (vgl. betreffend Kontrolle etwa Urteil des BVGer A-4417/2007 vom 10. März 2010 E. 1.3.2).
6.
6.1. Vorliegend sind drei Streitpunkte zu behandeln. Der erste wird von den Parteien unter dem Titel "Dienstleistungsbezüge im Jahr 1997" bzw. "ordnungsgemässe Buchhaltung" abgehandelt. Zu Sachverhalt, Prozess­geschichte und den wesentlichen Ausführungen der Parteien kann Folgendes festgehalten werden:
Gemäss EA 227'591 und 227'630 (je Ziff. 1) habe die Beschwerdeführerin für alle geprüften Jahre die Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland nicht deklariert, weswegen die ESTV sie selbst festgesetzt habe. Die Bezüge der Jahre 1998 bis 2002 hätten mit den vorhandenen Unterlagen ermittelt werden können, dies anhand der Kreditorenbelege bzw. Kreditoren­um­sätze und der Bankbelege. Hingegen seien die Daten für das Jahr 1997 im System nicht mehr verfügbar gewesen, weswegen die ESTV die Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland für 1997 auf Fr. ... geschätzt habe.
In einem Schreiben vom 20. Februar 2003 teilte die Beschwerdeführerin der ESTV mit, mangels geeigneter Unterlagen sei der Gegenbeweis, dass diese Schätzung zu hoch sei, nicht möglich, so dass diese akzep­tiert werde. Demgegenüber wurde mit den Schreiben vom 24. April 2003 und vom 15. Juli 2003 die Höhe der Schätzung beanstandet und mitgeteilt, eine Aufrechnung von Fr. ... würde akzeptiert werden. Sollte die ESTV damit nicht einverstanden sein, würde die Beschwerde­füh­rerin sämtliche Kreditorenkonten auf Dienstleistungs­be­züge aus dem Ausland durchsehen. Mit Schreiben vom 26. August 2003 antwortete die ESTV, die Beschwerdeführerin habe die Möglichkeit, die Dienstleistungs­be­züge aus dem Ausland 1997 anhand der Geschäfts­bücher und Belege effektiv zu ermitteln. Dazu sei es aber erforderlich, die vollständigen detaillierten Kontenblätter des Jahres 1997 einzureichen. Diese seien anlässlich der Kontrolle nicht beigebracht worden.
Am 5. November 2003 wurden der ESTV Kopien der Kontenblätter der Kreditorenkonten sowie der allgemeinen Geschäftskosten für das Jahr 1997 eingereicht. Zudem wurde erläutert, dass durch ein Versehen bei der Archivierung einige wenige Buchungen nicht auf diesen Konten­blät­tern enthalten seien. Weiter sei nach genauer Durchsicht der Kreditoren­kon­ten 1997 eine Aufstellung über die Dienstleistungsbezüge aus dem Aus­land erstellt worden (Liste "Umsätze mit Ausland-Kreditoren" des Jahrs 1997, act. 15), und der geschätzte Betrag sei auf den so eruierten Betrag von Fr. ... zu korrigieren. Am 30. Dezember 2003 er­gänz­te die Beschwerdeführerin, die Archivierung sei in drei Teilen er­folgt. Mit dem dritten Teil seien Buchungen vorgenommen worden, welche auf­grund eines EDV-technischen Fehlers vorher nicht journalisiert worden seien. Die Nacharchivierung habe die Probleme behoben, sodass schluss­­endlich alle Buchungen archiviert und auf den Auszügen ersichtlich seien. Beigelegt wurden insbesondere Unterlagen zur Nacharchivierung.
Im Entscheid vom 14. Oktober 2004 führte die ESTV aus, anlässlich der Kontrolle hätten die Kontenblätter der Buchhaltung nicht vorgelegt werden können; sie seien angeblich unauffindbar gewesen. Die Bezüge hätten deswegen geschätzt werden müssen. Am 5. November 2003 seien nachträglich Kontenblätter für das Jahr 1997 eingereicht worden. Da darauf nicht alle Buchungen enthalten seien, sei zu schliessen, dass die Anforderungen an die Ordnungsmässigkeit des Rechnungswesens verletzt worden seien. Die eingereichten Geschäftsbücher des Jahres 1997 seien auf drei Buchungskreise aufgeteilt. Auf den vorgelegten Kontenblättern stimmten die Saldoüberträge von einer geschlossenen Buchungsperiode zur nächsten nicht überein. Zudem sei die Liste mit angeblich sämtlichen ausländischen Kreditoren unvollständig; es fehlten relevante Hauptbuchbuchungen, wobei die ESTV zwei Beispiele erwähnt. Diese Ausführungen wurden im Einspracheentscheid wie auch in der Vernehmlassung und Duplik bestätigt.
In der Beschwerde wird geltend gemacht, die ESTV habe zu Unrecht eine Ermessenseinschätzung vorgenommen und dies unter anderem wie folgt begründet: Die Beschwerdeführerin habe am 5. November 2003 die Kon­ten­blätter der Kreditorenkonti und die allgemeinen Geschäftskosten nach­träg­lich eingereicht. Die von der ESTV überprüften Unterlagen hätten Differenzen der Eröffnungs- und Schlusssaldi aufgewiesen, mittels Nach­ar­chivierung seien diese Differenzen aber behoben worden. Weiter sei die Beschwerdeführerin gar nicht verpflichtet, eine gesonderte Kre­di­toren­buch­haltung zu führen. Die vorliegend beanstandeten, nicht vorhandenen Buchungen in der Liste der ausländischen Kreditoren seien direkt im Hauptbuch vorgenommen worden. Damit sei die Buchhaltung vollständig und korrekt geführt. Weiter sei für die Überprüfung der Ermessens­ein­schät­zung nicht der Aktenstand zum Zeitpunkt der Vornahme der Schätzung, sondern jener zum Zeitpunkt des Einspracheentscheids massgebend. In der Replik schildert die Beschwerdeführerin ausführlich die Zusammenhänge betreffend die Nacharchivierung. Am 11. Juni 2010 erfolgt eine Stellungnahme zur Duplik und es werden Kreditoren­rech­nungen des Jahrs 1997 und, weil gegebenenfalls Kreditorenrechnungen direkt bei Bankbelegen abgelegt worden seien, auch die Bankbelege des Jahres 1997 eingereicht.
6.2. Im Folgenden ist als Erstes zu prüfen, ob die ESTV, was die Be­schwer­deführerin bestreitet, überhaupt eine Schätzung hat vornehmen dürfen.
6.2.1. Die Beschwerdeführerin hat für das Jahr 1997 unter Verletzung des Selbstveranlagungsprinzips die - unstrittigerweise bestehenden - Dienst­leis­tungsbezüge aus dem Ausland nicht deklariert. Folglich hatte die ESTV deren Höhe selbst zu ermitteln (vorn E. 5.1). Anlässlich der Kontrolle im Oktober und November 2002 konnte die ESTV für das Jahr 1997 zudem - anders als für die anderen Jahre - nicht auf die effektiven Zahlen aufgrund der Buchhaltung abstellen, weil gemäss EA "die Daten nicht mehr auf dem System verfügbar" waren. Im Erstentscheid erläuterte die ESTV, anlässlich der Kontrolle seien die Kontenblätter des Jahres 1997, da angeblich unauffindbar, nicht vorgelegt worden. Gemäss den Akten wurden die Kontenblätter bzw. die Geschäftsbücher erst am 5. No­vember 2003 (act. 15), und die Unterlagen zur Nacharchivierung erst am 30. Dezember 2003 (act. 17) eingereicht. In der Duplik (S. 4) wird im Übrigen festgehalten, der ESTV hätten bei der Kontrolle nur die fehlerhaften Microfichen, welche einen Teil der Buchungen nicht enthielten, zur Verfügung gestanden.
Diese Angaben wurden von der Beschwerdeführerin nie bestritten und sie behauptet nicht, die Geschäftsbücher hätten anlässlich der Kontrolle bzw. Schätzung vollständig vorgelegen. Vielmehr hat sie mit Schreiben vom 20. Februar 2003 selbst ausgeführt, mangels geeigneter Unterlagen für dieses Jahr sei der Gegenbeweis, dass die Schätzung zu hoch sei, nicht möglich. Sie räumte sodann explizit ein, dass die Kontenblätter erst nachträglich eingereicht wurden und darauf zudem "einige wenige Buchungen" fehlten, da durch ein Versehen bei der Archivierung gewisse Buchungen nicht archiviert worden waren (vgl. vorn E. 6.1, Beschwerde, Schreiben vom 5. November 2003). Gemäss Replik (S. 14, 19, 34) wurde dieser Fehler, also das Versehen bei der Archivierung, bis zur Kontrolle der ESTV nicht bemerkt und entsprechend erst danach behoben.
Damit steht fest, dass anlässlich der Kontrolle und auch anlässlich der direkt darauf vorgenommenen Schätzung (die EA 227'591 datiert vom 14. Ja­nuar 2003) der ESTV keine oder zumindest keine vollständige Buchhaltung zur Verfügung stand. Die Kontenblätter wurden erst nachträglich eingereicht. Selbst wenn gewisse Daten anlässlich der Schätzung vorhanden gewesen wären, wie in der Duplik angetönt, waren sie auf jeden Fall lückenhaft, da Buchungen fehlten und zuerst eine Nacharchivierung nötig war. Zu den Pflichten der Beschwerdeführerin und namentlich zur Buchführungspflicht (oben E. 5.2) gehört offenkundig auch, dass der ESTV anlässlich einer Kontrolle die vollständige Buchhaltung vorgelegt wird (vgl. Wegleitung 1997 Rz. 952). Dies war hier nicht der Fall, weswegen die erste der in Art. 48 aMWSTV bzw. Art. 60 aMWSTG vorgesehenen Konstellationen erfüllt ist und die ESTV zur Schätzung befugt war (E. 5.3).
6.2.2. Die Beschwerdeführerin hält das Argument der ESTV, die nachgereichten Unterlagen seien zum Zeitpunkt der Schätzung bzw. anläss­lich der Kontrolle nicht vorhanden gewesen und hätten die Schät­zung ausgelöst, für nicht stichhaltig; vielmehr sei für die Überprüfung einer Schätzung der Aktenstand zum Zeitpunkt des Einspracheentscheids massgebend. Damit geht sie fehl. Ob die Voraussetzungen für die Schätzung gegeben waren, beurteilt sich gestützt auf die Unterlagen, die der ESTV anlässlich der Kontrolle bzw. der Schätzung zur Verfügung standen. Wenn zum Zeitpunkt der Schätzung eine der Konstellationen von Art. 48 aMWSTV bzw. Art. 60 aMWSTG vorliegt, etwa weil wie vorliegend die Buchhaltung nicht vollständig vorhanden oder mangelhaft war, so darf die ESTV eine Schätzung vornehmen. Selbst wenn die Buchhaltung aufgrund der Nacharchivierung später vollständig vorgelegen hätte, änderte dies nichts an der Zulässigkeit der Schätzung (zum Ganzen vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 12. November 1998, ASA 68 652 E. 3f; Mollard, a.a.O., S. 546). Hingegen werden bei der Überprüfung der Zulässigkeit des Ergebnisses der Schätzung (hierzu unten E. 6.3) sämtliche, auch nachgereichte Unterlagen berücksichtigt (vgl. obige Zitate). Dies - und nur dies - ergibt sich auch aus dem Urteil des Bundesgerichts, auf welches die Beschwerdeführerin verweist (2A.39/2004 vom 29. März 2005).
6.2.3. Ebensowenig stichhaltig ist das Argument der Beschwerdeführerin, bei den nachträglichen Archivierungen handle es sich nicht um (neue) "Buchungen", sondern um die visuelle Wiedergabe von bereits beste­hen­den Buchungen aus Daten-Backups, womit die Buchführung zu jedem Zeit­punkt lückenlos und vollständig gewesen sei (vgl. Replik S. 35). Es ge­nügt offensichtlich nicht, dass die Buchhaltung auf irgendwelchen der ESTV nicht einsehbaren Backupdaten vorhanden war. Auch die Nicht­vor­la­ge einer (allenfalls) existierenden Buchhaltung genügt als Grund für eine Schätzung. Es versteht sich von selbst, dass für den Fall der EDV-Buchhaltung eine genügende Buchhaltung nur bejaht werden kann, wenn diese anlässlich der Kontrolle für die ESTV lesbar gemacht wird (vgl. hierzu Wegleitung 1997 Rz. 940, ferner Wegleitung 2008 Rz. 893b). Ist dies aus irgendwelchen (auch technischen) Gründen nicht möglich, ist die Buchführungspflicht ebenfalls verletzt.
6.3. Wurde die Schätzung zulässigerweise durchgeführt, hat die Beschwerdeführerin die Möglichkeit aufzuzeigen, dass die Schätzung zu einem unstatthaften Ergebnis geführt hat (E. 5.6).
6.3.1. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf eine Liste "Umsätze mit Aus­land-Kreditoren" (act. 15) über ausländische Kreditoren von total Fr. ..., wovon gemäss Liste Fr. ... und gemäss später ange­passtem Antrag Fr. ... (s.a. unten E. 6.3.1.3) als Dienst­leis­tungs­bezüge aus dem Ausland qualifiziert werden. Den Beweis der Unrichtigkeit der Schätzung kann die Beschwerdeführerin führen, indem sie den tatsächlichen bzw. von ihr behaupteten Sachverhalt nachweist (vgl. oben E. 5.6). Sie müsste also beweisen, dass die Liste den tatsäch­li­chen Sachverhalt widergibt, d.h. dass sie sämtliche Dienstleistungs­bezüge aus dem Ausland im Jahr 1997 ausweist.
6.3.1.1 Die Beschwerdeführerin hat die Liste nach den Angaben im Schreiben vom 5. November 2003 aufgrund der Kreditorenkonti 1997 erstellt. Vorab stellt sich die Frage, ob dieses Vorgehen richtig ist. Beim Dienstleistungsbezug aus dem Ausland entsteht die Steuerforderung (unabhängig von der Abrechnungsart) mit dem Empfang der Leistung (Art. 34 Bst. c aMWSTV). Massgeblich wären vorliegend die 1997 erbrachten Leistungen. Die 1997 verbuchten Kreditoren repräsentieren diese jedoch nicht unbedingt, jedenfalls wenn sie (wie dies üblich ist), bei Eingang der Rechnung verbucht werden. Für die 1997 steuerbaren Dienstleistungsbezüge sind aber alle Rechnungen relevant, die Leistungen des Jahrs 1997 betreffen, egal ob sie 1997 oder erst 1998 eingetroffen sind bzw. verbucht wurden. Wie die Beschwerdeführerin die Kreditoren verbucht hat, ist vorliegend nicht eruierbar. Gewisse Angaben dazu werden zwar im Schreiben vom 5. November 2003 und in der Replik gemacht, diese erlauben aber keinen Schluss. Jedoch hat die ESTV in Bezug auf die Ermittlungsweise der Beschwerdeführerin nichts einzuwen­den bzw. sie hat nach den Angaben in der EA bei der Schätzung offenbar selbst die Kreditoren herangezogen (vgl. E. 6.1). Dies ist denn auch eine praktikable Methode, sofern sie jedes Jahr gleich angewendet wird. Letztendlich braucht die Frage aber nicht beantwortet zu werden, da die Beschwerdeführerin mit dieser Liste aus im Folgenden zu erläuternden Gründen die Unrichtigkeit der Schätzung nicht nachzuweisen vermochte.
6.3.1.2 Die Liste wurde, wie sich aus dem Schreiben vom 5. November 2003 ergibt, nachträglich und einzig zur Bestreitung der Schätzung gegen­über der ESTV angefertigt. Sie ist damit als reine Parteibehauptung zu werten. Die Beschwerdeführerin müsste die Richtigkeit der von ihr in der Liste geltend gemachten Summe (und damit die Unrichtigkeit der Schätzung) anhand weiterer Belege - namentlich den Buchhaltungs­un­ter­­lagen - aufzeigen können. Sie hat aber nicht geschildert und schon gar nicht dokumentiert, wie sich diese Summe aus der Buchhaltung ablesen liesse. Ferner hat sie die Kreditorenkonti, aufgrund derer die Liste erstellt wurde, dem Bundesverwaltungsgericht nicht eingereicht (in act. 18 separater Ordner sind nur die Unterlagen zur Nacharchivierung ent­hal­ten). Allerdings würde dies auch nicht genügen, sondern die Beschwerde­füh­rerin müsste zudem im Einzelnen erläutern, woraus die Zahlen ersicht­lich sind; es wäre nicht am Bundesverwaltungsgericht, diesen Betrag anhand der Buchhaltung nachzuvollziehen.
Da die Beschwerdeführerin erst gar nicht versucht, die Vollständigkeit der Liste aufgrund der Buchhaltung zu belegen, ist auch unerheblich, ob mittler­weile (nach den Nacharchivierungen) die Buchhaltung als ordnungs­gemäss bezeichnet werden könnte und auf die ausführlichen Schilderungen der Parteien zu dieser Frage braucht nicht eingegangen zu werden.
6.3.1.3 Zusätzlich ist erstellt, dass die Liste unvollständig ist. Die ESTV hat im Erstentscheid zwei Beispiele von Dienstleistungsbezügen aus dem Ausland erwähnt, die auf der Liste nicht figurieren.
Betreffend einen Bezug von Fr. ... wird in der Einsprache eingeräumt, dass dieser zu Unrecht nicht vorhanden ist und der anerkannte Betrag entsprechend auf Fr. ... angepasst.
Als zweites Beispiel erwähnt die ESTV zwei Buchungen im Konto Personalzusatzkosten betreffend "Finance Meeting". In der Beschwerde wird hierzu nicht Stellung genommen. In der Einsprache wie auch in der Replik wird geltend gemacht, es handle sich nicht um Dienstleistungs­be­zü­ge aus dem Ausland. Laut Einsprache gehe es um weiterbelastete Reisespesen bzw. Hotelkosten für ein Finanzmeeting der Gruppe, welche die lokale Tochtergesellschaft vorfinanziert und der Beschwerdeführerin verrechnet habe. In der Replik wird lediglich ausgeführt, es handle sich um Dienstleistungen mit Ort im Ausland (Übernachtungskosten) oder um aus­genommene Leistungen (Mitgliederbeiträge). Diese - reichlich knappen - Angaben sind unbelegt und können nicht überprüft werden. Selbst unter der Annahme, es handle sich um im Ausland angefallene Hotel­kosten, welche der Beschwerdeführerin weiterbelastet wurden (womit wohl geltend gemacht werden soll, Art. 9 aMWSTV sei nicht anwendbar, weil die Nutzung und Auswertung im Ausland erfolgte, vgl. vorn E. 4.4), wäre die Steuerbarkeit noch nicht auszuschliessen. Es bliebe zu prüfen, ob, wie die ESTV ausführt, die von der Tochter­ge­sell­schaft weiterfakturierten Reisespesen als Nebenleistung einer von der Tochtergesellschaft erbrachten Dienstleistung zu qualifizieren wären, womit sie zusammen mit der Hauptleistung als Dienstleistungsbezug aus dem Ausland zu versteuern wären (vgl. ausführlich Einspracheentscheid S. 14). Und selbst wenn ein Dienstleistungsbezug aus dem Ausland zu verneinen wäre, wäre noch nicht geklärt, weshalb dieser Posten nicht auf der fraglichen Liste figuriert. Die Beschwerdeführerin hat darin nämlich alle Auslandskreditoren aufgeführt, auch jene, die ihrer Ansicht nach keinen Dienstleistungsbezug aus dem Ausland betreffen, etwa weil der Ort der Dienstleistung im Ausland ist (insbesondere ist eine ganze Reihe von Hotelkosten aufgeführt). Folglich müsste auch der besagte Kredi­to­ren­posten in der Liste aufgeführt sein, was nicht der Fall ist.
Damit steht fest, dass die Liste nicht vollständig ist. Diese von der ESTV aufgedeckte Lückenhaftigkeit lässt zudem begründete Zweifel daran aufkommen, dass die Liste - auch über die aufgedeckten Posten hinaus - komplett ist. Sie eignet sich damit nicht, um die Unrichtigkeit der Schätzung nachzuweisen.
6.3.2. Die Beschwerdeführerin hat sodann mit der Stellungnahme zur Duplik die Kreditorenrechnungen sowie Bankbelege 1997 eingereicht. Dies hat sie jedoch soweit ersichtlich lediglich getan, weil ihr in der Duplik vorgeworfen wurde, diese seien nicht zur Verfügung gestellt worden. Hingegen macht die Beschwerdeführerin nicht geltend, damit könne sie die Vollständigkeit der Liste oder die Unrichtigkeit der Schätzung durch die ESTV belegen. Dies zu Recht, denn es wäre nicht am Bundes­verwaltungsgericht, sämtliche Kreditorenrechnungen und, da nach den Angaben in der Stellungnahme gegebenenfalls Kreditorenrechnungen direkt bei Bankbelegen abgelegt worden seien, zusätzlich auch sämtliche Bankbelege auf Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland durchzusehen.
6.3.3. Schliesslich kann auch das Vorgehen der ESTV bei der Schätzung nicht beanstandet werden. Im Einspracheentscheid wird ausgeführt, weil in den anderen Jahren der Umfang der (nachgewiesenen und nicht be­strit­tenen) Dienstleistungs­bezüge aus dem Ausland sehr viel höher aus­ge­fallen sei, könne der geschätzte Betrag von Fr. ... nicht als zu hoch bezeichnet werden, zumal sich dieser am tiefsten im Jahr 2001 von der Beschwerdeführerin selber verbuchten Betrag orientiere. Betreffend die anderen Jahre werden folgende Zahlen genannt: ....
Demgegenüber vergleicht die Beschwerdeführerin die Zahlen mit dem Trans­aktionsvolumen der verschiedenen Jahre (Replik S. 34). Daraus er­ge­be sich, dass die Schätzung von Fr. .... unter keinen Umstän­den angemessen sei. Dieser Betrag entspreche fast 20% des Transak­tions­vo­lu­mens des Jahrs 1997 (welches erheblich tiefer war als in den übrigen Jahren), während in den darauffolgenden Jahren die Dienst­leis­tungs­im­por­te nur etwa 1,5% bis 4,6% des Transaktions­volumens ausmachten. Im Vergleich zu den Folgejahren sei die Schätzung also zu hoch. Mit diesen Ausführungen vermag die Beschwerdeführerin die Unrichtigkeit der Schätzung aber nicht zu belegen. Es ist durch nichts erstellt, dass sich (Gesamt-)Transaktionsvolumen und Dienstleistungs­bezüge aus dem Ausland zwingend im gleichen Verhältnis bewegen.
6.3.4. Zusammenfassend vermochte die Beschwerdeführerin die Unrich­tig­keit der Schätzung nicht nachzuweisen. Es bleibt darauf hinzuweisen, dass eine Schätzung immer nur eine Annäherung darstellen kann (vorn E. 5.4). Dass die ESTV überhaupt eine Schätzung durchführen musste, hat die Beschwerdeführerin aufgrund ihrer Pflichtverletzungen (E. 6.2.1) jedoch sich selbst zuzuschreiben.
6.4. Die Beschwerdeführerin beantragt in der Replik die Einvernahme von zwei (ehemaligen) Angestellten. Diese Beweisanträge sind - obwohl erst in der Replik gestellt - zu berücksichtigen und zu prüfen (vorn E. 3.5). Die Be­schwerdeführerin hat ihren Standpunkt jedoch ausführlich und in meh­re­ren Schriftenwechseln dargelegt und es ist davon auszugehen, dass die Anhörung der (ehemaligen) Angestellten nichts Neues ergeben wür­de. Die blosse Bestätigung bisheriger Behauptungen durch die frag­li­chen Per­sonen würde nichts am vorstehenden Ergebnis ändern. Den Beweis­an­trägen kann nicht stattgegeben werden (zum Ganzen E. 3.1).
7.
7.1. Eine weitere Aufrechnung erfolgte unter dem Titel "Boni über Lohn­konti". Sachverhalt, Prozessgeschichte und die wesentlichen Partei­stand­punkte präsentieren sich wie folgt:
In EA 227'630 (Ziff. 3) und EA 227'631 (Ziff. 2) wurde ausgeführt, über zwei Personalkonti seien Ausgaben verbucht worden, die an auslän­di­sche Mitarbeiter vergütet wurden, namentlich an Mitglieder der Ge­schäfts­leitung der ausländischen Tochtergesellschaften. Es lägen damit steuer­­bare Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland vor. Die ESTV for­der­te entsprechend Fr. ... (1997 bis 2000) und Fr. ... (2001 und 1. Semester 2002) nach. Diese Beträge stützen sich auf zwei der ESTV eingereichte Listen: Die eine enthält Vergütungen an B. (Beilage 3 zu act. 8 und act. 9). Als Zahlungsgrund wird in den meisten Fällen "MF" oder "Dividende" angegeben, ansonsten "Miete" und bei einer Zahlung im Jahr 1998 von rund Fr. ... "..." (Anwaltskanzlei). Weiter ist vermerkt, diese Vergütungen seien mittels Management Fees an die britische Tochtergesellschaft (im Folgenden X. UK) weiterbelastet worden. Die zweite Liste (Beilage 4 zu act. 8) enthält "Vergütungen an lokale Managements von X. Tochterge­sell­schaften", nämlich Zahlungen an .... Es wird unter anderem vermerkt, die Beschwerdeführerin habe lediglich als Zahlstelle fungiert, die Beträge seien über das System der X. Gruppen-Management Fees an die Tochtergesellschaften weiter­ver­rechnet worden.
Die Beschwerdeführerin erläuterte schon mit Schreiben vom 24. April 2003 und ebenso in der Beschwerde im Wesentlichen, bei den Zahlungen handle es sich um eine reine Auslage für die durch die Tochter­ge­sell­schaf­ten zu leistenden Lohnzahlungen. Das Personal sei vor Ort bei den natio­nalen Tochtergesellschaften angestellt und ausschliesslich für diese tätig. Die an diese erbrachten Arbeitsleistungen werden aber nicht voll­um­fänglich von diesen selbst abge­gol­ten, sondern die Beschwerdeführerin nehme (Bonus-)Zahlungen an die Arbeitnehmer vor. Diese Lohnauslage werde im Rahmen der Belastung der Management Fees an die betroffenen Tochtergesellschaften weiter­be­las­tet. Auf den Rechnungen der Management Fees sei aber keine Unter­scheidung zwischen dem Kostenersatz und eigentlicher Management Fee gemacht worden. In der Beschwerde wird ergänzt, dass diese Verbuchungspraxis im interna­tio­na­len Verhältnis gängig und legal sei. Übernehme die Holding Lohn­zah­lun­gen für Arbeitsleistungen, deren Ergebnis den ausländischen Tochter­ge­sell­schaften zukämen, seien die Kosten auch entsprechend zu verlegen, was dadurch geschehe, dass die Holding die Personalkosten an die aus­län­dische Tochtergesellschaften weiterbelastet. In der Replik werden diese Ausführungen bestätigt.
Betreffend die Zahlungen an B. im Besonderen wird im Schrei­ben vom 24. April 2003 und in der Beschwerde insbesondere ergänzt, dieser sei Mitglied der Konzernleitung und gleichzeitig Geschäftsführer der X. UK. Die Beschwerdeführerin zahle ihm für die Tätigkeit in der Konzernleitung jährlich ein Salär, auf dem Sozialversicherungsbeiträge und Quellensteuern abgerechnet würden. Andererseits bestehe ein Ar­beits­verhältnis zur X. UK als Geschäftsführer. Hierfür habe er Lohn­zah­lungen von der X. UK und zusätzlich Bonuszahlungen von der Beschwerdeführerin erhalten. Diese seien sodann mittels Management Fees an die Tochtergesellschaften weiterbelastet worden. Betreffend eine Zahlung von rund Fr. ... an ... Rechtsanwälte wird vorgebracht, diese sei von der Anwaltskanzlei an die britischen Behörden weitergeleitet worden und es sei damit eine Steuerschuld von B. beglichen worden. Es handle sich hierbei ebenfalls um eine Bonuszahlung der Beschwerdeführerin für die Tätigkeit von B.. Auch dies wird in der Replik bestätigt.
Die ESTV begründet im Einspracheentscheid im Wesentlichen, es gäbe keine Hinweise, dass diese Personen in einem unselbständigen Erwerbs­ver­hältnis zur Beschwerdeführerin standen und auf diesen Zahlungen seien auch keine Sozialversicherungsabgaben entrichtet worden. Die Beschwerdeführerin gestehe gerade zu, dass nicht ein Arbeitsverhältnis zu ihr bestehe, sondern eben mit den ausländischen Tochter­gesell­schaf­ten. Blosse Lohnzahlungen, wie die Beschwerdeführerin geltend mache, hätten zudem den ausländischen Tochtergesellschaften entrichtet werden müssen, denn diese seien verpflichtet, ihren Angestellten das Salär für die ihnen erbrachten Arbeitsleistungen zu bezahlen. Weiter ändere sich auch nichts, wenn die Personen unmittelbar zugunsten der Tochterge­sell­schaften gehandelt hätten. Fakturiere die Beschwerde­füh­rerin solche Kosten anschliessend als Management Fees weiter, müsse sie die ent­spre­chenden Leistungen zuvor für sich bezogen haben. Dieser Leistungs­be­zug erfolge von Personen, die nicht in einem unselbständigen Erwerbs­ver­hältnis zur Beschwerdeführerin stünden, weshalb ein Dienst­leis­tungs­be­zug aus dem Ausland gegeben sei. In der Vernehmlassung wird im Wesentlichen das Gesagte wiederholt. In der Duplik wird Stellung genommen zu den mit der Replik eingereichten Unterlagen.
7.2. Die ESTV geht von steuerbaren Dienstleistungsbezügen aus dem Ausland (Art. 9 aMWSTV) bzw. Bezügen von Dienstleistungen von Unter­neh­men mit Sitz im Ausland (Art. 10 aMWSTG) aus. Für die Existenz eines Steuerobjekts ist die ESTV beweisbelastet (E. 3.3). Anders als im Ein­­sprache­entscheid (S. 15) und in der Vernehmlassung (S. 7) aus­ge­führt, hat damit nicht die Beschwerdeführerin zu belegen, dass es sich bei den bei ihr verbuchten Aufwänden nicht um Dienstleistungs­bezüge aus dem Ausland bzw. dass es sich um Lohnzahlungen handelt.
Zu den von der ESTV zu beweisenden Tatbestandsmerkmalen des Dienst­leistungsbezugs aus dem Ausland gehört das Vorhandensein eines mehr­wertsteuerlichen Leistungsaustauschs (vorn E. 4.4, 4.1). Dieser wie­de­rum setzt zwei Beteiligte voraus, einen Leistungsempfänger und einen Leistungserbringer (E. 4.1). Beim Dienstleistungsbezug aus dem Ausland ist zwar anders als bei den Umsätzen nach Art. 4 Bst. a und b aMWSTV und Art. 5 Bst. a und b aMWSTG nicht verlangt, dass die Leistung von einem subjektiv Steuerpflichtigen erbracht wird, womit Art. 17 aMWSTV bzw. 21 aMWSTG und die dort aufgeführten Voraussetzungen der sub­jek­tiven Steuerpflicht, namentlich die Selb­stän­dig­keit, nicht gelten. Auch beim Dienstleistungsbezug aus dem Ausland kann aber Leistungser­brin­ger nur sein, wer im eigenen Namen Leis­tun­gen erbringt (vorn E. 4.2). Wie­ter verlangen Art. 5 Bst. d und Art. 10 aMWSTG (Margi­na­lie) (nicht aber die aMWSTV), dass ein "Unter­neh­men" die Leistung erbringt. Auf­grund dieser Erfordernisse gilt auch für den Dienstleistungsbezug aus dem Ausland, dass eine Person, die eine Tätigkeit nicht selbständig ausübt, weil sie etwa im Rahmen eines Arbeits­vertrags oder eines Verwaltungsratsmandats tätig ist, nicht Leis­tungs­erbringer sein kann (zu den Kriterien der Selbständigkeit vgl. statt vieler Urteil des Bundes­ge­richts 2C_518/2007 vom 11. März 2008, ASA 77 567 E. 2.2; Urteil des BVGer A-1474/2006 vom 28. Januar 2008 E. 2.2; betr. Verwaltungsrat vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 27. Oktober 2000, ASA 71 651 E. 4).
Zusammenfassend hat die ESTV vorliegend zu beweisen, dass die Em­pfän­­ger der strittigen Zahlungen der Beschwerdeführerin mehr­wert­steuer­lich relevante Leistungen erbracht haben, dass die fraglichen Zahlungen mit diesen Leistungen im Austausch standen, und dass die betroffenen Per­sonen mehrwertsteuerliche Leistungserbringer sind. Soweit überhaupt Leis­tungen an die Beschwerdeführerin auszumachen wären, müssten die Per­sonen der Beschwerdeführerin die Leistungen in eigenem Namen und in selbständiger Stellung erbracht haben, was auszuschliessen wäre, wenn sie im Rahmen einer Anstellung bei den Tochtergesellschaften tätig waren.
7.3. Es ist damit zu prüfen, ob die ESTV all dies nachgewiesen hat.
7.3.1. Irrelevant ist vorab die Bemerkung im Einspracheentscheid, es gäbe keine Hinweise, dass diese Personen in einem unselbständigen Erwerbs­verhältnis zur Beschwerdeführerin gestanden hätten, und es seien etwa auch keine Sozialversicherungsabgaben gezahlt worden. Ein Arbeitsverhältnis zur Beschwerdeführerin wird von dieser nämlich gerade nicht geltend gemacht, sondern vielmehr eine unselbständige Erwerbs­tätigkeit für die Tochtergesellschaften.
Aus dem selben Grund braucht auf die in der Duplik (S. 8 und 9) erwähnte "Vertreter-Betriebsstätte im Ausland" nicht eingegangen zu werden. Die ESTV führt aus, wenn von einem arbeitsvertraglichen Verhältnis zwischen der Beschwerdeführerin und B. bzw. A. ausgegangen würde, so müsste entweder die Quellensteuer ent­richtet werden oder es würde eine Betriebsstätte im Ausland begründet, was entsprechende Folgen betreffend den Dienstleistungsbezug aus dem Ausland hätte. Dass die Zahlungen aufgrund eines Anstellungs­verhältnisses bei der Beschwerdeführerin ausgerichtet worden wären, wird von der Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht und kann auch nicht angenommen werden (unten E. 7.4).
7.3.2. Die ESTV argumentiert, der Vermerk "Management Fees" bei den an B. geleisteten Zahlungen (Liste in act. 9) lasse darauf schliessen, dass er nicht nur für die Tochtergesellschaft, sondern auch für die Beschwerdeführerin tätig gewesen sei (vgl. Vernehmlassung S. 6). Laut Replik werden die Boni an B. berechnet anhand der Höhe des Gewinns der Tochtergesellschaften sowie der an die Holding zu zahlenden Management Fees. Dies ergibt sich auch aus Beilagen 14 und 18 zur Replik (vgl. hierzu auch unten E. 7.4). Es seien mehrere Bonuszahlungen pro Jahr erfolgt, jeweils mit der Bezeichnung Vermerk Dividende oder eben Management Fees als Folge der ebenfalls vierteljährlichen Fakturierung der Management Fees. Der Grund für den Vermerk Management Fees ist damit nachvollziehbar erläutert. Zudem ist anzunehmen, dass die Liste, die vom 24. April 2003 datiert und mit Schreiben vom gleichen Tag eingereicht wurde, extra für die ESTV angefertigt wurde. Es handelt sich genaugenommen um eine reine Parteibehauptung. Es fällt damit schwer, den Zahlungsgrund auf dieser Liste zu Ungunsten der Beschwerdeführerin und abweichend von den Angaben im zugehörigen Schreiben, wonach es um Lohnzahlungen gehe, auszulegen. Diese Bezeichnung kann damit nicht als Indiz für einen Dienstleistungsbezug aus dem Ausland herhalten.
Schliesslich wurde nur ein Teil der Zahlungen an B. mit Management Fees betitelt (vorn E. 7.1), für die anderen Zahlungen an ihn sowie jene an die anderen Personen trifft dieses Argument der ESTV von vornherein nicht zu.
7.3.3. Im Einspracheentscheid wird sodann ausgeführt, selbst wenn die Personen unmittelbar zugunsten der Tochtergesellschaften gehandelt hätten, ändere sich nichts; fakturiere die Beschwerdeführerin solche Kosten anschliessend als Management Fees weiter, müsse sie die entsprechenden Leistungen von den fraglichen Personen zuvor für sich bezogen haben.
Die - unbestrittene - Tatsache, dass die Beschwerdeführerin die strittigen Auslagen an die Tochtergesellschaften weiterbelastete, ist vorab ein Indiz dafür, dass die Tochtergesellschaften die fraglichen Kosten zu tragen hatten und dass damit sie und nicht die Beschwerdeführerin letztendliche Leistungsempfänger allfälliger Leistungen der fraglichen Personen waren. Die ESTV scheint nun mit ihrem Argument fingieren zu wollen, dass zwei Leistungsaustausche stattgefunden hätten, indem eine Leistung von den betroffenen Mitarbeitern an die Beschwerdeführerin (worin der Dienstleis­tungs­bezug aus dem Ausland läge) und dann von dieser an die Tochter­ge­sellschaften erbracht worden wäre. Diese Konstellation kommt bei der sogenannten "Weiterfakturierung" (vgl. hierzu E. 4.3) vor. Aus der blossen Tatsache der Belastung der Kosten an die Tochtergesellschaften kann jedoch nicht auf einen Leistungsbezug geschlossen werden. Die Recht­spre­chung zur Weiterfakturierung befasst sich im Prinzip mit dem dadurch entstehenden zweiten Umsatz. Sie setzt aber zunächst eine bezogene Leistung voraus und eine solche hat die ESTV (mit all den vorn E. 7.2 erwähnten Elementen) zu belegen. Die blosse Weiterbelastung ist damit kein Indiz zu Gunsten des Standpunkts der ESTV und sie lässt die Darstellung der Beschwerdeführerin, es handle sich um Lohnzahlungen für Arbeitsleistungen zu Gunsten der Tochtergesellschaften, genauso zu.
Dass die Weiterfakturierung sodann im Rahmen der Belastung der Mana­ge­ment Fees erfolgte, könnte zwar als Indiz für die Annahme der ESTV herhalten, dass die Beschwerdeführerin Leistungen, die üblicher­wie­se mit Management Fees abgegolten werden, bezogen hat, und sie sodann als Management Fees an die Tochtergesellschaften weiter­fak­tu­riert hat. Gleich­zeitig ist aber auch die Darstellung der Beschwerde­füh­re­rin glaub­haft, die Weiterbelastung habe nur "im Rahmen" der Fakturie­rung der Management Fees stattgefunden, und es handle sich nicht um "eigent­li­che Management Fees", sondern um blossen "Kostenersatz" (so Schreiben vom 24. April 2003 in act. 8). Die Tatsache der Weiterbelastung via Management Fees allein ist jedenfalls noch kein Beweis für einen Dienstleistungsbezug aus dem Ausland.
7.3.4. Die "Beweisführung" durch die ESTV erschöpft sich in diesen vorstehend genannten Argumenten und ist damit nicht gelungen. Die ESTV erläutert schon nicht, worin die Leistungen ihrer Meinung nach liegen sollen. Im Erstentscheid wurden ohne nähere Präzisierung Leistungen nach Ziff. 2 Bst. c des Merkblatts Nr. 13 der ESTV (über die Steuerbefreiung von bestimmten ins Ausland erbrachten oder aus dem Ausland bezogenen Dienstleistungen) erwähnt, worunter eine Vielzahl von Dienstleistung fällt. Weiter existieren keinerlei Dokumente, welche auf Leis­tungen der fraglichen Personen an die Beschwerdeführerin hin­wie­sen. Schon die Erbringung einer Leistung an die Beschwerdeführerin ist nicht erstellt und erst recht nicht die weiteren Tatbestandselemente (vgl. E. 7.2). Die ESTV hat nichts anderes getan, als von einer Zahlung auf eine Leistung zu schliessen, womit sie ihrer Beweispflicht offensichtlich nicht nachgekommen ist. Der relevante Sachverhalt ist damit nicht bewie­sen und es ist ein Fall von Beweislosigkeit gegeben, in welchem die Beweis­lastverteilung zum Zug kommt und zu Ungunsten der beweisbelasteten ESTV zu entscheiden ist (E. 3.2).
Anzufügen ist, dass die ESTV der Beschwerdeführerin keine Verletzung der Mitwirkungspflicht (zu den möglichen Konsequenzen siehe vorn E. 3.3) vorwirft und eine solche auch nicht ersichtlich ist. Einzig betreffend die Zahlungen an die "übrigen Personen" erwähnt die ESTV, es seien keine Unterlagen eingereicht worden, weshalb an der Steuerforderung festgehalten werde. Auch diesbezüglich kann von einer Verletzung der Mitwirkungspflicht aber nicht ausgegangen werden, nachdem auch die ESTV betreffend diese Zahlungen keinerlei Ausführungen machte und soweit ersichtlich erstmals in der Duplik der Beschwerdeführerin vorwirft, keine Unterlagen eingereicht zu haben.
7.4. Zudem ist die Darstellung der Beschwerdeführerin, wonach sie Lohnzahlungen für Tätigkeiten der fraglichen Personen in unselbständiger Stellung bei den Tochtergesellschaften erbracht habe, plausibel und mit den Beilagen zur Replik, welche vorliegend zu berücksichtigen sind (vgl. E. 3.5), teilweise sogar dokumentiert. Dies ist im Folgenden näher zu erläutern.
7.4.1. Bezüglich B. ist vorauszuschicken, dass dieser gemäss den unbestrittenen Angaben der Beschwerdeführerin unter anderem Mitglied der Konzernleitung war und hierfür von der Beschwerdeführerin Lohn erhielt, auf dem Sozialversicherungsbeiträge und die Quellensteuer abgerechnet wurden (vgl. vorn E. 7.1 und Arbeitsvertrag in Beilage 16 der Replik; vgl. auch Lohnzahlungen gemäss der am 20.2.2003 eingereichten Liste in Beilage 7 in separatem Ordner zu act. 5). Diese Tätigkeit in der Konzernleitung und der entsprechende Lohn sind hier nach den überein­stim­menden Angaben der Parteien (vgl. insbesondere S. 5 Ver­nehm­las­sung) nicht Streitgegenstand. Unbestritten ist sodann, dass B. zudem bei der britischen Tochtergesellschaft (X. UK) als Geschäfts­füh­rer und (soweit ersichtlich) Verwaltungsrat angestellt war. Dies ergibt sich auch aus dem mit der Replik (Beilage 14) eingereichten Vertrag vom 30. September 1997 zwischen B. und der X. UK, wonach er bei dieser "chairman and managing director" ist.
Gemäss dem Vertrag in Replikbeilage 14 erhält er einen Jahreslohn von GBP ... und, womit die entsprechende Behauptung der Beschwer­de­führerin dokumentiert ist, einen Bonus von 1% des operativen Ergeb­nis­ses. Allerdings wird im Vertrag nicht gesagt, wer diesen Bonus aus­zah­len soll. Mit Replik wurde zudem eine vertrauliche Aktennotiz vom 7. No­vember 1987 mit dem Titel "Entschädigungen in der Schweiz" (Replik­beilage 18c) eingereicht. In Ziff. 4 wird der "Bonus Schweiz" geregelt. Dieser hängt ab von den Dividenden plus den Management Fees, welche die X. UK der Beschwerdeführerin abzuliefern hat, womit angenommen werden kann, dass damit - wie die Beschwerde­füh­rerin angibt - seine Tätigkeit für die X. UK, und nicht etwa für die Be­schwer­deführerin oder den gesamten Konzern, abgegolten werden soll. Glaub­haft ist auch, dass der Bonus von der Beschwerdeführerin aus­be­zahlt wurde, da von "Entschädigungen in der Schweiz" und "Bonus Schweiz" die Rede ist. Die Darstellung der Beschwerdeführerin ergibt sich ferner auch aus dem Memo einer Anwaltskanzlei betreffend AHV-Pflicht der Zahlungen (Replikbeilage 21), auch wenn diesem ein sehr be­schränk­ter Beweiswert zukommt. Darin wird festgestellt, dass B. von der Beschwerdeführerin jährlich 3% der von der X. UK ausge­schütte­ten Dividenden und bezahlten Management Fees erhält, und es sich dabei um eine Entschädigung für eine Tätigkeit zugunsten der X. UK handle. Insgesamt stützen diese Dokumente die Behauptungen der Beschwerdeführerin, es handle sich bei den auf der Liste (act. 9) mit Divi­den­de und Management Fees betitelten Vergütungen um Lohnzahlungen in Bezug auf eine Tätigkeit in unselbständiger Stellung bei der X. UK und lassen die Ansicht der ESTV, es lägen steuerbare Dienst­leis­tungs­be­züge vor, als unzutreffend erscheinen. Ob damit geradezu ein Beweis für die Darstellung der Beschwerdeführerin vorliegt, braucht nicht entschie­den zu werden, da sie nicht beweisbelastet ist.
Betreffend die Zahlung mit dem Zahlungsgrund "..." ist angesichts der mit der Replik eingereichten Unterlagen die Angabe der Beschwerdeführerin ebenfalls glaubhaft, dass damit eine private Steuer­schuld von B. beglichen wurde (vorn E. 7.1). So scheint der Betrag von rund Fr. ... mit dem in den eingereichten Unterlagen betreffend Steuerruling (Replikbeilage 22) genannten Betrag von GBP ... übereinzustimmen. Weiter ergibt sich aus Replikbeilage 23, dass die Anwaltskanzlei ... Verhandlungen mit den britischen Steuerbehörden betreffend ein Steuerruling geführt hat. Dass mit dem Betrag eine private Steuerschuld von B. gezahlt wurde, klärt noch nicht den Hintergrund der Zahlung. Denkbar wäre an sich auch mehrwertsteuerliches Entgelt, welches als irgendeine geldwerte Leistung ausgestaltet sein kann (vgl. Urteil des BVGer A-1579/2006 vom 19. No­vem­ber 2009 E. 3.3.2 mit Hinweisen). Es ist aber naheliegender, dass eine Zuwendung dieser Art als Lohn bzw. Bonus, also in Abgeltung von unselbständiger Tätigkeit von B., ausgerichtet wurde, als im Sinn von Entgelt für irgendeine mehrwertsteuerliche Leistung. Die Darstellung der Beschwerdeführerin ist also - wenn auch nicht bewiesen - zumindest plausibel.
Zu den Zahlungen mit Zahlungsgrund "Miete" äussern sich die Parteien nicht. Zu vermuten ist, dass die Beschwerdeführerin die Miete von B. übernommen hat. Es liegt damit die selbe Konstellation vor wie bei der Übernahme von privaten Steuerschulden durch die Beschwer­de­führerin: Bei dieser Art von Zuwendung ist "Lohn" an B. für seine Tätigkeit bei der Tochtergesellschaft zumindest plausibler als Entgelt in einem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch.
7.4.2. In Bezug auf die Vergütungen an A. wurden mit der Replik zwei Agreements zwischen diesem und der Beschwerdeführerin, beide vom 9. Juni 2000, eingereicht (Beilage 6, 7): In einem "Remuneration Agreement" wird festgestellt, dieser sei, was auch nicht umstritten ist, bei der ... Tochtergesellschaft als Chairman und CEO angestellt. Zusätz­­lich soll er gemäss dem Vertrag ab 2000 auch noch von der Beschwer­de­füh­re­rin angestellt werden. Weiter wird ein fixer Lohn vereinbart. In einem "Salary Agreement" wird neben dem fixen Lohn ein Bonus von USD ... vereinbart. Davon übernimmt die Tochterge­sell­schaft die Bezahlung von USD ..., während USD ... von der Be­schwerdeführerin direkt bezahlt werden. Dieser Bonus soll ausge­rich­tet werden, wenn die Tochterge­sell­schaft bestimmte operative Ziele er­reicht. Aus einem weiteren Vertrag vom 1. Oktober 2001 (Replikbeilage 8) ergibt sich weitgehend das gleiche, allerdings soll der Bonus von USD ... insgesamt von der Beschwerdeführerin bezahlt werden. Es ist im Übrigen anzunehmen, dass der letztere Vertrag die beiden ersten ersetzt.
Vorliegend interessieren nur die Zahlungen, welche die Beschwerde­füh­re­rin tätigte. Weiter ist davon auszugehen, dass die strittigen Zahlungen gemäss der Liste in act. 8 nur den vereinbarten Bonus umfassen und nicht auch den gemäss diesen Verträgen von der Beschwerdeführerin bezahlten fixen Lohn, dies angesichts der Beträge in der fraglichen Liste und da die Parteien primär von "Boni" sprechen.
Vorab wird durch diese Dokumente belegt, dass tatsächlich vorgesehen war, dass die Beschwerdeführerin an A. Boni auszahlt. Für welche Tätigkeit diese Boni entrichtet werden, ist angesichts der Verträge in Replikbeilage 6 und 8, in welchen auch von einer Anstellung bei der Beschwerdeführerin die Rede ist, nicht ganz klar. Da im Salary Agree­ment (Replikbeilage 7) nur von seiner Position und seinen Verantwortlich­kei­ten als CEO und Chairman der Tochtergesellschaft die Rede ist, ist aber glaub­wür­dig, dass der Bonus für seine unselbständige Tätigkeit für die Tochter­ge­sellschaft ausgerichtet wird. Hierfür spricht auch, dass der Bonus gemäss den Verträgen vom Erreichen bestimmter Ziele durch die Tochtergesellschaft abhän­gig ist. Die Verträge in Replikbeilage 6 bis 8 gelten soweit ersichtlich erst ab 2000 bzw. ab 2001. Gemäss Replikbei­la­ge 10 (Bst. B) war aber auch für das Jahr 1998 ein Bonus vereinbart, der vom operativen Ergebnis der Tochtergesellschaft abhing. Die eingereich­ten Unterlagen stützen demnach die Angabe der Beschwerdeführerin, dass die Zahlungen für die Arbeitstätigkeit von A. zu Gunsten der Tochtergesellschaft geleistet wurden. Der Ausführung in der Duplik (S. 8 f.), es müssten nicht zwingend Arbeitsverträge gegeben sein, nur weil von "employee" die Rede ist, ist entgegenzuhalten, dass vorstehender Schluss sich keineswegs einzig gestützt auf diese Bezeich­nung ergibt. Ob schliesslich (zumal für alle Jahre) ein voller Beweis für den Standpunkt der Beschwerdeführerin erbracht wurde, ist, da sie nicht beweisbelastet ist, nicht entscheidend. Vielmehr ist massgeblich, dass die beweisbelastete ESTV den Beweis nicht zu führen vermochte, und darüberhinaus die Angaben der Beschwerdeführerin plausibel sind.
7.4.3. Zur Situation betreffend die anderen Empfänger von Zahlungen wird in den Rechtsschriften von keiner Partei etwas ausgeführt. In der Liste der Zahlungen in act. 8 ist bei ... "GF" (Geschäftsführer) der ... Tochtergesellschaft vermerkt, bei ... und ..., die je nur eine Zahlung erhalten haben, "Abgangsentschädigung ehemaliger GF" der entsprechenden Tochtergesellschaften. Aufgrund dieser Angaben, und da kein Aktenstück auf eine andere Gestaltung hinweist, kann auch betreffend diese weiteren Zahlungsempfänger die Darstellung der Beschwerdeführerin als plausibel eingestuft werden.
7.4.4. Schliesslich ist festzuhalten, dass weder die Hintergründe noch die Zulässigkeit dieses Vorgehens, die Beschwerdeführerin den Lohn von Mitarbeitern der Tochtergesellschaft zahlen zu lassen, abgeklärt werden müssen. Entscheidend ist, dass die Schilderungen der Beschwerde­führerin in Bezug auf das Vorgehen plausibel sind.
Entsprechend braucht auf die Begründung der Beschwerdeführerin für das Vorgehen, wonach die Mitarbeiter vor Ort bzw. die lokalen Personal­verantwortlichen keine direkten Kenntnisse über die Höhe der Bezüge des Managements erhalten sollten (vgl. schon Schreiben vom 24. April 2003 und Liste der Zahlungen in act. 8, Replik S. 49), nicht eingegangen zu werden.
Weiter ist das Argument der ESTV, Lohnzahlungen hätten den auslän­di­schen Tochtergesellschaften entrichtet werden müssen (statt direkt den Angestellten), denn diese seien verpflichtet, ihren Angestellten das Salär für die ihnen erbrachten Arbeitsleistungen zu bezahlen, nicht schlagend. Selbst wenn eine solche Verpflichtung bestehen und missachtet worden sein sollte, könnte dies zwar allenfalls Auswirkungen auf die Plausibilität der Behauptungen der Beschwerdeführerin haben, wäre aber für die mehrwertsteuerliche Betrachtung zumindest nicht entscheidend. Ohnehin be­gründet die ESTV nicht, auf welchen Grundlagen eine solche Ver­pflich­tung der direkten Zahlung durch die Tochtergesellschaften bestehen sollte.
7.4.5. Somit ist plausibel und, zumindest betreffend die Zahlungen an B. und A., durch Unterlagen gestützt, dass die Zahlungen Lohn für die Tätigkeit der verschiedenen Personen bei den Tochter­ge­sellschaften darstellen.
Kann von einer Übernahme des Lohns der fraglichen Personen für deren Tätigkeit in unselbständiger Stellung bei den Tochtergesellschaften aus­gegangen werden, kommt ein Dienstleistungsbezug aus dem Ausland nicht in Betracht. Es ist davon auszugehen, dass Leistungen an die Tochter­gesellschaften und nicht die Beschwerdeführerin erbracht wurden. Weiter ist es angesichts des Arbeitsverhältnisses (bzw. allenfalls von Verwaltungsratsmandaten) darüber hinaus nicht möglich, wie die ESTV dies tun will (vgl. hierzu oben E. 7.3.3), zwei Leistungsaustausche zu fingieren, einen zwischen den verschiedenen Zahlungsempfängern und der Beschwerdeführerin und einen zweiten zwischen der Beschwerde­füh­re­rin und den Tochterge­sellschaften. Als Arbeitnehmer bzw. Verwaltungs­rä­te sind die fraglichen Personen keine mehrwertsteuerlichen Leistungs­er­bringer (oben E. 7.2). Ihre Leistungen erbringen sie nur den Tochterge­se­llschaften und sind diesen zuzurechnen.
7.5. Vermochte die beweisbelastete ESTV die Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland nicht zu beweisen, während die Beschwerdeführerin ihren Standpunkt plausibel machte, ist die Beschwerde in diesem Punkt grund­sätzlich gutzuheissen. Wie erwähnt betrifft die Aufrechnung einen Betrag von Fr. ...(vgl. vorn E. 7.1).
In Bezug auf den von der Gutheissung betroffenen Betrag ist jedoch noch Folgendes zu präzisieren: Auf S. 46 der Replik wird ausgeführt, dass die von der ESTV im Zusammenhang mit einer Zahlung an die Anwaltskanzlei ... (vgl. oben E. 7.4.1) aufgerechnete Summe von Fr. ... zweierlei umfasse: Einerseits eine Lohnzahlung von GBP ... (die nicht als Dienstleistungsbezug zu besteuern sei) und andererseits einen Betrag von GBP ..., der als effektive Beratungskosten und somit als Dienstleistungsbezug aus dem Ausland zu qualifizieren sei. Mit anderen Worten anerkennt die Beschwerdeführerin einen steuerbaren Dienst­leistungsbezug von GBP ... und insofern kann die Beschwerde nicht gutgeheissen werden. Der betroffene Steuerbetrag ist durch die ESTV zu eruieren. Die Sache ist damit zur Bestimmung des Betrags, der auf die Gutheissung entfällt, an die ESTV zurückzuweisen (s.a. unten E. 9.1).
Der entsprechende von der Beschwerdeführerin bereits einbezahlte Betrag ist von der ESTV zurückzubezahlen bzw. gutzuschreiben. Die ESTV hat zudem einen Vergütungszins zu 5% auszurichten (Art. 48 Abs. 4 aMWSTG bzw. Art. 39 Abs. 4 aMWSTV i.V.m. Art. 1 Abs. 3 der Verordnung des EFD vom 20. Juni 2000 über die Verzugs- und Vergütungszinssätze [SR 641.201.49]).
7.6. Die Einvernahme der beantragten Zeugen bzw. Auskunftspersonen wür­de angesichts der Gutheissung der Beschwerde offenkundig zu kei­nem anderen Ergebnis führen und darauf kann verzichtet werden (E. 3.1).
8.
8.1. Der dritte und letzte Streitpunkt ist mit "X. Asian ..." betitelt. Zu Sachverhalt, Prozessgeschichte und Ausführungen der Par­teien kann Folgendes festgehalten werden:
In einer Beilage zum Kontrollbericht (act. 3) wurde ausgeführt, es sei fest­ge­stellt worden, dass steuerbare Dienstleistungsbezüge aus dem Aus­land, welche der Beschwerdeführerin zuzurechnen seien, mittels Darle­hen an die X. Asian ... (im Folgenden X. Asian) finanziert und über diese bezahlt worden seien. Dabei stützte sich die ESTV auf folgende Belege (dem Kontrollbericht beigelegt, vgl. act. 3): In einem Schreiben vom 21. April 1998 gerichtet an "Mr. C., X. ...., Zürich, Switzerland" und betitelt mit "Remittance to P." (im Folgenden kurz "P.") verlangte der Unterzeichnende A. die Überweisung von UDS ... auf ein Konto der P.. Als Grund für die Zahlungsanweisung (Pur­pose of remittance) wird angegeben: "Software Export Agreement Dated 24.4.1998". Weiter wird in einem Bankbeleg vom 29. April 1998 der Be­schwerdeführerin eine Überweisung an die X. Asian von USD ... angezeigt (Zahlungsgrund: Transfer). Die ESTV hielt weiter fest, die X. Asian sei eine passive Offshore-Gesellschaft. Deren Aufwände wür­den mit den Darlehen der Beschwerdeführerin finanziert. Die Dienst­leis­tungsbezüge aus dem Ausland der X. Asian seien der Beschwer­de­­führerin zuzurechnen (Durchgriff zum wirtschaftlich Berechtigten). Ent­sprechende Aufrechnungen erfolgten in Ziff. 2 der EA 227'591 bzw. der (die erste ersetzende) EA 227'630. Im Erstentscheid wurde diese Steuer­forderung bestätigt.
In den verschiedenen Eingaben an die ESTV wie auch in der Beschwer­de hält die Beschwerdeführerin dafür, beim Betrag von USD ... handle es sich um eine Darlehensgewährung der Beschwer­de­füh­rerin an die X. Asian, welche für die Bezahlung einer Kaufpreis­er­hö­hung (Earn-out-Vereinbarung) der von der X. Asian gekauften Beteiligung F. X. Travel Ltd. (im Folgenden F.) erfolgt sei. Der Kaufpreis sei an den früheren Eigentümer der F., A., bzw. an dessen Gesellschaft, die P., überwiesen worden. Die Bezeichnung "Software Export Agreement" auf der Remittance sei falsch gewesen. Diese von A. vorgenommene Bezeichnung dürfe nicht zum Nachteil der Beschwerdeführerin gereichen. A. oder die P. hätten beide nie etwas mit Softwaredienstleistungen zu tun gehabt und keine solchen an die Beschwerdeführerin erbracht. Weiter sei das Darlehen von USD ... an die X. Asian bis heute in den Büchern der Beschwerdeführerin aktiviert (Verweis auf Beschwerde­bei­lage 17). Dieses Aktivum könne nicht in einen Aufwand umqualifiziert werden. Es wird auch bestritten, dass die X. Asian eine passive Investmentgesellschaft sei. Zusam­men­fassend habe die ESTV den Sachverhalt unrichtig erhoben, indem sie eine Darlehensgewährung in einen Dienstleistungsbezug aus dem Ausland umqualifiziert habe.
Die ESTV besteht in Einspracheentscheid wie auch Vernehmlassung darauf, dass der Tatbestand des Dienstleistungsbezugs aus dem Ausland erfüllt sei. Die Beschwerdeführerin habe laut der Remittance vom 21. April 1998 einen Betrag von USD ... zu überweisen gehabt, wobei als Zahlungszweck auf ein Software Export Agreement verwiesen worden sei. Weiter sollte der Betrag auf die P. überwiesen werden, tatsächlich sei der Zahlungsfluss aber über die X. Asian gelaufen. Den Akten lasse sich hingegen die Darstellung der Beschwerdeführerin, dass ein Zusammenhang mit dem Erwerb der Anteile an der F. bestehe und ein zusätzliches Entgelt für die Beteiligung vorliege, nicht entnehmen. Dagegen spreche etwa, dass die Zahlung an die P. floss, die über keine Anteile an der F. verfügte. Weiter hätten die ... Behörden im Jahr 1997 den Verkauf der Beteiligung zu einem bestimmten Preis ge­neh­migt; dass eine darüber hinausgehende Zahlung geleistet werden sollte, sei nicht dokumentiert. Die bezogenen Leistungen fielen damit nicht unter Art. 14 aMWSTV. Empfängerin der Softwaredienstleistungen sei sodann die Beschwerdeführerin, die Adressatin der Remittance war, und nicht die X. Asian. Die darlehensweise Gewährung dieses Be­trags an die X. Asian ändere daran nichts, dies betreffe lediglich das Innen­ver­hält­nis zwischen der X. Asian und der Beschwerdeführerin. In der Ver­nehmlassung wird insbesondere ergänzt, das Darlehen sei in der Buchhaltung der Beschwerdeführerin mit dem Vermerk "software export agreement 24.4." verbucht worden (Verweis auf Beilage 2 in act. 8).
In der Replik wird zusätzlich ausgeführt, die fragliche Earn-out-Verein­ba­rung sei mündlich abgeschlossen worden. Danach sei abhängig vom zukünftigen Erfolg der aufgekauften Unternehmung eine Nachzahlung des Kaufpreises an A. (gestaffelt auf 10 Jahre) zu entrichten gewesen. Im April 1998 habe man sich auf eine Auflösung der Earn-out-Vereinbarung und eine Per-Saldo-Auszahlung in der Höhe von USD ... geeinigt. In Bezug auf die Bezeichnung Software Export Agreement auf der Zahlungs­an­wei­sung wird geltend gemacht, bei dieser Zahlung von USD ... sei unter anderem auch die von der Beschwerde­füh­re­rin und der X. Asian unter jeweils Ziff. 5.2 der Kaufverträge (in Beilage 26a-c zur Replik) zu liefernde Buchungssoftware für Reisen berück­sichtigt gewesen. Weiter hätten diese sich verpflichtet, der F. Reise-Know-How, ein Datenprozesssystem und das Operations- und Verkaufs­netz­­werk zur Verfügung zu stellen. Somit sei die von A. gewählte Bezeichnung Software Export Agreement nicht etwa fehlerhaft, sondern gerade korrekt gewesen. Es seien aber nicht etwa die P. oder deren Inha­ber A. zur Erbringung einer IT-Dienstleistung verpflichtet gewe­sen, sondern im Gegenteil die Beschwer­de­führerin selbst. Weiter sei Herr C., an welchen die Remittance gesandt wurde, einerseits Finan­zchef und Konzernleitungsmitglied der Beschwerdeführerin, andererseits aber auch Verwaltungsrat und Direktor der X. Asian. Die Zahlungsan­weisung sei nun Herrn C. in seiner Funktion bei der X. Asian zugestellt worden, womit nicht die Beschwer­deführerin Adressatin der­sel­ben sei. Die ESTV vermute sodann, dass sich die Beschwerdeführerin aufgrund des nahenden Jahrtausendwechsels von externen EDV-Exper­ten habe beraten lassen. Dies treffe nicht zu, da die entsprechenden Probleme hausintern gelöst worden seien. Zudem werden verschiedene Zeugen beantragt.
8.2. Unbestritten ist vorliegend folgender Zahlungsfluss: Am 29. April 1998 wurden USD ... von der Beschwerdeführerin an die X. Asian überwiesen, und am 4. Mai 1998 ebenso USD ... von der X. Asian an die P. (vgl. Belastungsanzeigen in act. 3, Einsprache­bei­la­gen 12, 13). Dass diese beiden Zahlungen zusammen hängen bzw. der "gleiche" Betrag von der Beschwerdeführerin an die X. Asian erbracht und sodann von dieser an die P. weitergeleitet wurde, ist dokumentiert und nicht umstritten. Strittig ist hingegen der Grund für diese Zahlungen. Die ESTV nimmt an, die Beschwerdeführerin habe Softwaredienst­leis­tun­gen aus dem Ausland bezogen und die Zahlung von USD ... sei Entgelt dafür gewesen. Die Beschwerdeführerin gibt an, sie habe der X. Asian den Betrag als Darlehen überwiesen, damit diese an die P. auf­grund einer Earn-out-Vereinbarung eine "Kaufpreiserhöhung" betref­fend die Beteiligung an der F. leisten konnte.
8.3. Für die Existenz eines Steuerobjekts und die einzelnen Tatbestands­ele­­mente des Dienstleistungsbezugs aus dem Ausland nach Art. 9 aMWSTV (vgl. E. 4.4 und 7.2) ist die ESTV beweisbelastet (E. 3.2).
Die ESTV stützt sich hauptsächlich auf die erwähnte Remittance, wonach die Beschwerdeführerin einen Betrag von USD ... an die P. über­wie­sen sollte, wobei als Grund ein Software Export Agreement angege­ben wurde. Die Zahlung wurde denn auch einige Tage nach der Remit­tance ausgeführt, wobei sie anders als in der Remittance vorgesehen über die X. Asian lief (vgl. soeben E. 8.2). Als weiterer Beleg dient der ESTV ein Auszug aus der Buchhaltung der Beschwerdeführerin betref­fend das Konto "X. Asian Darleh.", in dem beim am 29. April 1998 aus­bezahlten Betrag von USD ... ebenfalls der Vermerk "software export agreement 24.4." angebracht ist (act. 8 Beilage 2, s.a. Beilage 33 zur Replik). Gestützt auf diese Belege ist die Annahme der ESTV nach­voll­ziehbar, der Grund der Zahlungen sei die Erbringung einer im frag­li­chen Software Export Agreement vereinbarten Leistung an die Beschwer­de­führerin. Weiter kann von einer Dienstleistung ausgegangen werden, ent­weder der Einräumung eines Rechts auf Nutzung der Software (Über­las­sung immaterieller Werte, vgl. Art. 6 Abs. 2 Bst. a aMWSTV) oder einer anderen Leistung im Bereich Software. Im zweiten Fall läge nach der Praxis der ESTV zwar eine Lieferung vor, wenn ein Gegenstand abgeliefert wird (Wegleitung 1997 Rz. 161). Vorliegend gibt es aber keinen Hinweis darauf, dass eine Lieferung (bzw. eine Einfuhr) eines Gegenstands stattfand.
Nicht zu beanstanden ist auch die Annahme der ESTV, die Beschwer­de­füh­rerin sei Leistungsempfängerin der fraglichen Software­dienst­leis­tun­gen. Wie erläutert, ist dokumentiert und auch nicht strittig, dass die Be­schwer­deführerin via die X. Asian eine Zahlung an die P. erbrachte. Weiter war sie Adressatin der Zahlungs­an­weisung (s.a. sogleich E. 8.4.1) mit dem Zahlungsgrund Software Export Agreement, wobei eine direkte Zahlung von der Beschwerdeführerin an die P. vorgesehen war. Daraus kann geschlossen werden, dass die Beschwerdeführerin effektive Em­pfän­gerin der Softwareleistung war. Als solche kann nicht etwa die X. Asian betrachtet werden. Der Bezug von Softwareleistungen in diesem Umfang für den eigenen Bedarf der X. Asian wäre wenig plausibel, nachdem diese nach den Angaben der Beschwerdeführerin als "strate­gi­sche Holdinggesellschaft" das Halten von Beteiligungen zum Zweck hat (vgl. Beschwerde S. 36). Mangels aktenkundiger Rechnungen ist nicht bekannt, ob die X. Asian allenfalls mehrwertsteuerlich gesehen selbst in den Leistungsbezug involviert war, indem sie die Dienst­­leistung zu­nächst bezog und dann an die Beschwerdeführerin weiter­fakturierte (vgl. hierzu E. 4.3). Auch dann wäre aber die Beschwer­de­­führerin Leistungs­em­pfängerin gewesen und hätte - diesfalls von der X. Asian - im Sinn von Art. 9 aMWSTV eine Dienstleistung aus dem Ausland bezogen. Ist die Beschwerdeführerin und nicht die X. Asian als (letztendliche) Leistungsempfängerin anzusehen, ist das Heranziehen des (noch im Kontrollbericht und den EA erwähnten) Instruments der passiven Invest­mentgesellschaft nicht nötig und darauf nicht einzugehen.
8.4. Was die Beschwerdeführerin gegen die Annahme der ESTV, sie habe Softwaredienstleistungen bezogen, vorbringt, dringt nicht durch:
8.4.1. In der Replik wird angeführt, die Zahlungsanweisung sei gar nicht an die Beschwerdeführerin gerichtet gewesen, sondern an Herrn C. in seiner Funktion als Verwaltungsrat und Direktor der X. Asian (vorn E. 8.1). Dies ist jedoch offenkundig unzutreffend. Angesichts der Adres­sie­rung "To Mr. C., X. ..., Zürich, Switzerland" kommt nur die Beschwerdeführerin, und auf keinen Fall die - in ... domizilierte - X. Asian als Adressatin in Betracht. Zudem wurde die Zahlung von der Beschwerdeführerin auch tatsächlich ausgeführt, wenn auch nicht direkt an die P., sondern via die X. Asian. Weiter ist diese erstmalige Behauptung in der Replik widersprüchlich zu bisherigen impliziten und sogar expliziten Angaben, da etwa in der Einsprache festgehalten wurde (S. 9 drittletzte Linie), die Zahlungsanweisung sei an Herrn C. "von der X. ... AG" gefaxt worden.
8.4.2. Betreffend die Bezeichnung Software Export Agreement auf der Remittance behauptete die Beschwerdeführerin vorerst, diese sei unzu­tref­fend und A. habe den Vermerk aus ihr unbekannten, allenfalls ... regulatorischen Gründen angebracht (vgl. Einsprache S. 9, Be­schwer­de S. 34 f.). In der Replik wird nun eine neue Erklärung geliefert (aus­führlich: E. 8.1). Diese ist aber schon aufgrund ihrer offen­kun­di­gen Wider­sprüchlichkeit mit bisherigen Angaben wenig glaubwürdig (vgl. E. 3.3). Der Behauptung, der Vermerk beziehe sich auf die in den Kaufverträgen betreffend die F.-Beteiligungen festgelegte Verpflich­tung der Beschwerdeführerin bzw. der X. Asian zu einer IT-Dienst­leis­tung, ist aber auch isoliert betrachtet kein Glauben zu schenken. Erstens wird auf der Remittance wie auch dem Kontoauszug (beide erwähnt in E. 8.3) auf einen Vertrag vom "24.4.1998" bzw. "24.4." verwiesen, wäh­rend die drei Kaufverträge anderweitig datieren. Zweitens war gemäss Beschwer­deführerin der Grund der Zahlung die Earn-out-Vereinbarung, die separat zu den Kaufverträgen abgeschlossen worden sei (hierzu unten E. 8.4.6). Es wäre folglich anzunehmen, dass diese angebliche Haupt­leistung als Motiv für die Zahlung angegeben würde. Dass statt­des­sen irgendwelche Nebenleistungen vermerkt würden, die überdies in an­de­ren Verträgen (als der Earn-out-Vereinbarung) geregelt waren, und zu allem hin (preismindernde) Leistungen der Empfängerin der Haupt­leis­tung wären, ist schlicht abwegig. Die Beschwerdeführerin bzw. deren Ver­tre­terin begeben sich mit diesen widersprüchlichen und unglaubwürdigen Behauptungen in den Bereich der mutwilligen Prozessführung (vgl. Art. 60 Abs. 2 VwVG). Unter diesen Umständen ist auch den Beweisan­trä­gen, soweit damit dieser Sachverhalt bewiesen werden soll, nicht statt­zu­geben; selbst wenn die Auskunftspersonen diese Behauptungen wie­der­holen sollten, blieben sie unglaubwürdig und ergäbe sich damit kein anderes Ergebnis (vgl. hierzu E. 3.1).
8.4.3. Irrelevant ist das Argument, A. oder die P. hätten keine IT-Kenntnisse, die ihnen die Erbringung von Software­diens­tleistungen ermöglich­ten. Vorab ist dies zumindest betreffend die P. eine unbelegte Behauptung. Ohnehin ist die Erbrin­gung der Leistungen durch diese persönlich keineswegs erforderlich; sie könn­ten die Leistungen auch von dritter Seite bezogen und an die Beschwer­deführerin weiterfakturiert haben, mehrwertsteuerlich bewirkte dies gleichermassen einen Leistungsaustausch zwischen der Beschwer­deführerin und der P. oder A. (vgl. E. 4.3).
8.4.4. Ferner ist nicht entscheidend, welchem Zweck die Beschwerde­füh­rerin die Softwaredienstleistungen zugeführt hat. Auf die Ausführungen der Parteien, ob diese allenfalls mit dem Jahrtausendwechsel zu tun hatten, ist nicht einzugehen. Da einen nicht relevanten Sachverhalt betreffend, kann auch auf die Einvernahme der in diesem Zusammen­hang beantragten Auskunftsperson (vgl. Replik S. 60) verzichtet werden (vgl. hierzu E. 3.1).
8.4.5. Die Beschwerdeführerin hebt sodann hervor, dass sie die Zahlung von USD ... als Darlehen an die X. Asian verbucht hat, was etwa durch den (schon oben E. 8.3 erwähnten) Auszug aus dem Konto Darlehen X. Asian dokumentiert ist. Dies könnte zwar ein Indiz dafür darstellen, dass Zahlungsgrund ein blosses Darlehen und die Beschwer­de­­­führerin nicht Empfängerin einer Leistung war. Dagegen spricht jedoch insbesondere die Remittance mit Zahlungsgrund Software Export Agree­ment, die überdies eine Zahlung direkt von der Beschwerdeführerin an die P. vorsah. Zudem ist der erwähnte Kontoauszug in sich wider­sprüch­lich, da er einerseits zwar ein Darlehen an die X. Asian dokumentiert, andererseits von einem Software Export Agreement die Rede ist. Die Be­schwerdeführerin liefert hierzu keine (plausible) Erklä­rung. Eine denkbare Interpretation wäre, dass die Beschwerdeführerin der X. Asian ein Darlehen gewährte, damit die X. Asian ihrerseits Softwareleistungen (für sich) finanzieren konnte. Dass die X. Asian (letzte) Leistungs­em­pfän­gerin dieser Dienstleistungen war, kann aber wie erläutert nicht angenommen werden (E. 8.3). Damit bleibt es beim Schluss, dass die Beschwerdeführerin solche Leistungen für sich bezogen hat. Dass die Zahlung zwischen der Beschwerdeführerin und der X. Asian - aus welchem Grund auch immer - als Darlehen verbucht wurde, vermag daran nichts zu ändern.
8.4.6. Schliesslich behauptet die Beschwerdeführerin, dass die Zahlun­gen einen anderen Grund als den Bezug von Softwaredienstleistungen gehabt hätten: Die Auszahlung von USD ... an die X. Asian sei für die Bezahlung einer Kaufpreiserhöhung (Earn-out-Vereinbarung) der von der X. Asian gekauften Beteiligung F. erfolgt. Der Kaufpreis sei an A. als früheren Eigentümer der F. bzw. an dessen Gesellschaft P. überwiesen worden.
Dass eine zusätzliche Kaufpreiszahlung vorzunehmen war, obwohl die Be­teiligung an der F. unstrittigerweise schon zuvor zu 100% über­nom­men worden war (vgl. etwa Replik S. 57 f.), ist vorab nicht nahe­lie­gend und bedürfte eines Belegs. Die Existenz einer Earn-out-Vereinba­rung wurde jedoch in keiner Weise dokumentiert. In der Replik wird geltend gemacht, dass diese (nur) mündlich abgeschlossen worden sei, was aber, wie die ESTV zu Recht geltend macht, angesichts der zur Debatte stehenden Beträge ebenfalls wenig glaubhaft ist.
Die Beschwerdeführerin beruft sich auf ein Dokument vom 14. April 2003 (act. 8 Beilage 2) mit "Auszügen aus der Buchhaltung" der Beschwer­de­füh­rerin bzw. der X. Asian, in welchem auf Seiten der Beschwerde­füh­re­rin als Grund des "Darlehens" von USD ... "Nachzahlung Kauf­preis (Ablösung der Earn-out-Vereinbarung)" angegeben ist. Dabei han­delt es sich entgegen der Bezeichnung aber nicht um "Auszüge" aus der Buchhaltung, sondern lediglich um eine nachträglich, und soweit ersicht­lich extra für das Schreiben vom 24. April 2003 an die ESTV, angefertigte Aufstellung, und damit um nichts anderes als eine Parteibehauptung.
Aktenkundig ist weiter ein Auszug aus der Buchhaltung der X. Asian (Beilage 37 zur Replik und Einsprachebeilage 15), wonach die Zahlung an die P. von USD ... als Beteiligung (rund USD ...) und als Goodwill (USD ...) verbucht wurde. Weiter befindet sich in den Akten ein Fax vom 27. April 1998 (u.a. in Beilage 34 zur Replik), in welchem die Beschwerdeführerin die X. Asian (bzw. deren Buchhalterin) zu dieser Ver­buchungsweise anweist. Die Verbuchung bei der ausländischen Toch­ter­gesellschaft ist nur - aber immerhin - ein Indiz in Bezug auf die Frage, wie der Betrag effektiv verwendet worden ist. Sie vermag aber die er­wähn­ten Belege, die auf einen ganz anderen Sachverhalt hinweisen (E. 8.3), nicht zu entkräften. Gerade angesichts der Tatsache, dass der Buchhalterin der X. Asian, was im Normalfall nicht nötig sein sollte, Anweisungen betreffend die Verbuchung gegeben wurden, ist nicht auszuschliessen, dass der Betrag (gemäss den Vorgaben) abweichend von den tatsächlichen Gegebenheiten verbucht wurde.
Insgesamt ist die behauptete "Kaufpreiserhöhung" nicht belegt und darüber hinaus auch wenig plausibel.
Die Beschwerdeführerin beantragt in der Replik die Einvernahmen ver­schie­dener Personen, u.a. von Herrn C. und A., welche Auskunft darüber geben sollen, dass die Zahlung Earn-Out-Komponente an A. gewesen sei. In antizipierter Beweiswürdigung ist anzuneh­men, dass die Einvernahme zu keinem neuen Ergebnis führen würde. Wenn die fraglichen Personen die Ausführungen der Beschwerdeführerin bestätigen sollten, können sie als (ehemalige) Angestellte bzw. Organe der Beschwerdeführerin oder einer Tochtergesellschaft nicht als unbefan­gen angesehen werden und ihre Aussagen wären (zumal bei den Ange­stell­ten bzw. Organen der Beschwerdeführerin als Auskunftspersonen auch keine Zeugeneinvernahme möglich wäre) nur von beschränktem Beweiswert, und sie vermöchten das vorstehende Ergebnis nicht mehr in Zweifel zu ziehen (vorn E. 3.1).
8.5. Zusammenfassend ist die Annahme der ESTV, die Zahlung von USD ... sei im Austausch mit dem Bezug einer mehrwertsteuerlichen Leistung erfolgt, nachvollziehbar. Es ist zwar einzuräumen, dass die Beweisführung durch die beweisbelastete ESTV eher knapp ist, nachdem einzig die fragliche Remittance und der Buchhaltungsauszug vorhanden sind, während etwa kein Vertrag vorliegt und auch nicht bekannt ist, wer die Leistung erbracht hat, und worin die Leistung genau liegen soll. Jedoch vermochte die Beschwerdeführerin die Annahme der ESTV auch nicht in Zweifel zu ziehen und ebensowenig plausibel darzulegen, dass die Zahlungen aus einem anderen Grund flossen. Zu allem hin behalf sich die Beschwerdeführerin mit nicht nur unglaubwürdigen, sondern offenkundig falschen sowie widersprüchlichen Behauptungen (E. 8.4.1 und 8.4.2). Solches Verhalten ist zu Ungunsten der Beschwerdeführerin in die Beweiswürdigung einzubeziehen (E. 3.3). Der Schluss der ESTV, die Beschwerdeführerin habe im Austausch mit den USD ... im Sinn von Art. 9 aMWSTV aus dem Ausland Softwaredienstleistung bezogen, ist damit zu schützen. Zum Ort der Nutzung und Auswertung (oben E. 4.4) äussert sich keine der Parteien, es kann aber davon ausgegangen werden, dass dieser sich am Sitz der Beschwerdeführerin als Leistungs­empfängerin befindet (vgl. Merkblatt Nr. 13 Ziff. 2 Bst. c). Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
9.
9.1. Die Beschwerde ist aufgrund des Gesagten (E. 7.5) teilweise gutzuheissen. Der betroffene Steuerbetrag ist wie erläutert von der ESTV zu bestimmen (E. 7.5).
Mit Beschwerdebegehren 4 wird im Übrigen eine Rückweisung an die ESTV beantragt und in der Begründung wird ergänzt, es habe (unab­hängig vom Ausgang betreffend der anderen Begehren) eine Rückwei­sung zu erfolgen, weil im Verlauf der Zeit bald Ergänzungsabrechnungen, bald Gutschriften erlassen worden seien, während die Beschwerde­füh­re­rin unter Vorbehalt Zahlungen geleistet habe. Dieses Begehren kann gut­ge­­heis­sen werden, da die noch strittigen Steuerforderungen tatsächlich schwie­rig zu eruieren sind. Dies abgesehen von den erwähnten Gut­schrifts­­anzeigen unter anderem aufgrund der teilweisen Gutheissung im Eins­pra­cheentscheid, die betragsmässig nicht präzisiert wurde. Die Sache ist demnach an die ESTV zurückzuweisen zur Bezifferung der verbleibenden Steuerforderung. Dabei ist auch die teilweise Gutheissung gemäss E. 7.5 zu berücksichtigen.
9.2. In Bezug auf die Kostenregelung ist zu erwähnen, dass die Be­schwer­deführerin verschiedene Dokumente (die u.a. zur teilweisen Gut­heis­sung geführt haben) erst mit der Replik eingereicht hat, was grund­sätz­lich bei der Kostenauferlegung Konsequenzen haben könnte (vgl. Urteil A-3409/2010 vom 4. April 2011 E. 1.4; Bernhard Wald­mann/ Jürg Bickel, in: Waldmann/Weissen­ber­­ger (Hrsg.), Praxiskommentar VwVG, Zürich/Basel/Genf 2009. N. 17 zu Art. 32). Es kann allerdings davon aus­ge­gangen werden, dass angesichts der Beweislastverteilung und den feh­lenden Nachweisen der ESTV für eine mehrwertsteuerlich relevante Leis­tung an die Beschwerde­füh­rerin auch ohne die nachträglich ein­ge­reich­ten Unterlagen eine teilweise Gutheissung hätte erfolgen müssen. Da­mit rechtfertigt sich keine ausnahmsweise Kostenauferlegung und es sind die üblichen Regeln zur Kostenauferlegung anzuwenden. Beim vor­lie­genden Ver­fah­rens­ausgang hat die Beschwerdeführerin als zu gut drei Vier­teln ob­sie­gen­de Partei die Verfahrenskosten, welche auf total Fr. 23'500.-- fest­ge­legt werden, zu knapp einem Viertel, also im Umfang von Fr. 5'500.--, zu tragen. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 23'500.-- ist nach Rechtskraft dieses Urteils Folglich im Umfang von Fr. 18'000.-- zurückzuerstatten (Art. 63 Abs. 1 und 2 VwVG).
9.3. Die Vorinstanz hat der teilweise obsiegenden Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung von insgesamt Fr. 27'000.-- auszu­rich­ten (Mehrwertsteuer inbegriffen) (Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG; Art. 7 ff. des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschä­di­gun­gen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinn der Erwägungen teilweise gutge­heis­sen. Die Sache wird zur Beziffe­rung des auf die Gutheissung entfallenden Betrags an die ESTV zurückgewiesen. Die ESTV hat der Beschwerde­füh­re­rin den entsprechenden Betrag inklusive Vergütungszins von 5% zu überweisen bzw. gutzuschreiben.
2. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
3. Die Sache wird zudem gemäss Antrag der Beschwerdeführerin zur Beziffe­rung der verbleibenden Steuerforderung an die ESTV zurück­gewiesen.
4. Die Verfahrenskosten von Fr. 23'500.-- werden der Beschwerdeführerin im Umfang von Fr. 5'500.-- auferlegt. Der geleistete Kostenvorschuss wird nach Rechtskraft dieses Urteils im Umfang von Fr. 18'000.-- zurück­erstattet.
5. Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 27'000.-- auszu­rich­ten.
6. Dieses Urteil geht an:
- die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
- die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Die vorsitzende Richterin:
Die Gerichtsschreiberin:
Salome Zimmermann
Sonja Bossart Meier
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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