bvger · B-7044/2018 · 2019-12-09 · fr
B-7044/2018

Subventions

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour II
B-7044/2018
Arrêt du 9 décembre 2019
Composition
Pietro Angeli-Busi (président du collège),
Martin Kayser, Keita Mutombo, juges,
Yann Grandjean, greffier,
Parties
X._______,
représentée par Maître Björn Bettex et Maître Justine Ayer, SJA Avocats SA,
recourante,
contre
Office fédéral de la santé publique OFSP,
autorité inférieure.
Objet
Aides financières pour le dossier électronique du patient.
Faits :
A.
A.a Par courrier du 12 octobre 2017, la société X._______ (ci-après : la requérante ou la recourante) a déposé une demande d'aides financières au sens de la loi fédérale du 19 juin 2015 sur le dossier électronique du patient (LDEP, RS 816.1) pour la constitution d'une communauté de référence active à l'échelle nationale.
A.b Le 5 mars 2018, l'Office fédéral de la santé publique OFSP (ci-après : l'autorité inférieure) a soumis à la Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé CDS (ci-après : la CDS) une évaluation au sens de l'art. 5 al. 1 de l'ordonnance du 22 mars 2017 sur les aides financières pour le dossier électronique du patient (OFDEP, RS 816.12).
A.c Par courrier du 28 juin 2018, la CDS a rendu un avis négatif sur la demande déposée par la requérante.
A.d Pour s'enquérir de l'état de la procédure, la requérante s'est adressée par courriels des 16 et 20 août 2018 à l'autorité inférieure qui lui a répondu en date du 4 septembre 2018.
A.e Par décision du 9 novembre 2018, l'autorité inférieure a prononcé le rejet de la demande d'aide financière pour la constitution d'une communauté de référence sur le fondement de l'avis négatif de la CDS, compte tenu de ce que les communautés de référence en cours de constitution couvriront rapidement le territoire suisse dans son intégralité.
B. Par acte du 10 décembre 2018, la requérante a déposé un recours contre la décision précitée auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou le TAF). Elle conclut, principalement, à l'admission du recours, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision. Subsidiairement, la recourante conclut à ce que la décision attaquée soit réformée en ce sens que la demande est admise et qu'un montant d'aides financières de [...] francs lui est alloué.
A l'appui de son recours, la recourante fait notamment valoir que la décision attaquée contrevient au droit fédéral, soit en particulier au droit d'être entendu, et que l'autorité inférieure a abusé de son pouvoir d'appréciation, ce qui l'a conduit à rendre une décision inopportune.
C. Par courrier du 14 décembre 2018 adressé à l'autorité inférieure, la recourante a demandé une copie de l'évaluation préliminaire qui avait été envoyée le 5 mars 2018 à la CDS. Elle demande à l'autorité inférieure d'annuler la décision rendue le 9 novembre 2018 et, ceci fait, de lui impartir un délai pour qu'elle puisse se déterminer par écrit sur l'évaluation préliminaire et l'avis de la CDS. La recourante s'engage, en cas d'approbation de l'autorité inférieure, à retirer son recours auprès du Tribunal.
D.
D.a Par ordonnance du 18 décembre 2018, le Tribunal a invité les parties à se déterminer sur le montant de la valeur litigieuse. Interprétant l'allégué de la recourante quant à l'urgence de l'affaire comme une demande de mesures provisionnelles tendant au blocage d'un montant correspondant à la valeur litigieuse, le Tribunal a donné, dans le même délai, l'occasion à l'autorité inférieure de prendre position sur la question.
D.b Par courrier du 29 janvier 2019, l'autorité inférieure s'est déterminée sur le montant de la valeur litigieuse, en se refusant de la chiffrer, et a fourni un certain nombre d'informations en lien avec la demande de mesures provisionnelles.
D.c Par courrier du 1er février 2019, la recourante a indiqué que la valeur litigieuse s'élève selon elle à [...] francs.
D.d Par acte du 8 février 2019, la recourante a formellement déposé une demande de mesures provisionnelles.
D.e Par courrier du 27 février 2019, l'autorité inférieure s'est prononcée sur la demande de mesures provisionnelles, sans formellement déposer de conclusions à ce sujet.
D.f Par décision incidente du 8 mars 2019, le Tribunal a admis la demande de mesures provisionnelles de la recourante. Partant, un montant de [...] francs a été bloqué dans le cadre du crédit alloué pour l'aide financière au sens de la LDEP ou ailleurs dans la comptabilité de l'autorité inférieure, et ce jusqu'à droit connu sur la présente cause.
E. Par réponse du 5, complétée le 8 avril 2019, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours et à ce que les frais judiciaires et dépens soient mis à la charge de la recourante. L'autorité inférieure conteste toutes les allégations de la recourante, sauf pour la violation du droit d'être entendu qu'elle admet.
F. Suite à une prolongation de délai, la recourante a déposé une réplique en date du 26 juin 2019 par laquelle elle persiste dans les conclusions prises dans son recours.
G. Par duplique du 29 août 2019, l'autorité inférieure a maintenu intégralement ses conclusions et contesté toutes les allégations de la recourante.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Droit :
1. Le Tribunal est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32 et 33 let. d de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 al. 1 let. c de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021]). La qualité pour recourir doit être reconnue à la recourante (art. 48 al. 1 PA). Les autres conditions de recevabilité sont en outre respectées (art. 11, 50 al. 1, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA).
Le présent recours est ainsi recevable.
2. Le recours devant le Tribunal est ouvert pour violation du droit fédéral (y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation), pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou pour inopportunité (art. 49 PA). Le Tribunal dispose en principe d'un plein pouvoir d'examen (arrêts du TAF B-198/2018 du 30 janvier 2019 consid. 2, B-2482/2013 du 10 avril 2015 consid. 3 et C-976/2013 du 8 juillet 2014 consid. 2.2). Toutefois, s'agissant du contrôle de l'exercice du pouvoir d'appréciation dans les domaines qui requièrent de hautes connaissances techniques, la jurisprudence admet que l'autorité de recours doit faire preuve de retenue et s'en remettre à l'appréciation des autorités spécialisées lesquelles doivent, de par la loi, procéder aux contrôles requérant lesdites connaissances. Il en va de même en matière de subventions dans la mesure où il s'agit de subventions accordées selon le pouvoir d'appréciation de l'autorité. Le Tribunal ne saurait substituer ses propres vues à l'appréciation de l'autorité inférieure (Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, no 2.149 ss et les références citées ; Jérôme Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale, 2013, no 180). Dans la mesure où la partie recourante conteste l'interprétation et l'application de prescriptions légales ou se plaint de vices de procédure, le Tribunal doit tout de même examiner les griefs soulevés avec pleine cognition, sous peine de déni de justice formel (arrêts du TAF B-198/2018 du 30 janvier 2019 consid. 2, B-4920/2015 du 2 février 2017 consid. 5.4, B-5669/2014 du 26 septembre 2016 consid. 2.2, B-7610/2008 du 30 juillet 2009 consid. 3 et B-1366/2008 du 18 octobre 2008 consid. 2).
3. La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Dès lors qu'il est de nature à entraîner l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès au fond, il y a lieu d'examiner en priorité ce grief de nature formelle (ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 ; arrêt du Tribunal fédéral [ci-après : le TF] 2C_849/2018 du 18 septembre 2019 consid. 3 ; arrêts du TAF A-5647/2017 du 2 août 2018 consid. 1.5 et B-5441/2017 du 1er octobre 2018 consid. 2).
3.1
3.1.1 La recourante reproche premièrement à l'autorité inférieure d'avoir omis de lui transmettre l'évaluation préliminaire et la prise de position de la CDS avant de rendre sa décision. Ne disposant pas de tous les éléments ayant trait à l'examen de sa cause, la recourante se serait trouvée, par la faute de l'autorité inférieure, en incapacité de se déterminer sur l'évaluation préliminaire et l'avis de la CDS. Elle n'aurait pas été en mesure de préciser le contenu et/ou les pièces de sa demande à l'aune des remarques formulées par la CDS. La procédure se serait déroulée à son insu puisqu'elle n'aurait jamais eu connaissance d'aucune de ses étapes. La violation de manière réitérée de son droit d'être entendu aurait contraint la recourante à faire valoir ses arguments par l'intermédiaire d'une procédure de recours. Selon la recourante, la violation du droit d'être entendu doit être admise et être considérée comme grave.
3.1.2 L'autorité inférieure reconnaît ne pas avoir fait parvenir à la recourante l'évaluation préliminaire de la demande et la prise de position de la CDS. Elle admet avoir ainsi violé le droit d'être entendue de la recourante. Cependant, toujours selon l'autorité inférieure, la recourante aurait été informée par e-mail du 5 mars 2018 de la transmission à la CDS du dossier et de l'évaluation.
3.2
3.2.1 Le droit d'être entendu inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) consacre le droit d'une partie à participer à la procédure conduisant à une décision touchant sa situation juridique (Benoît Bovay, Procédure administrative, 2e éd. 2015, p. 250). Il garantit notamment au justiciable le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, d'avoir accès au dossier, de prendre connaissance de toute argumentation présentée à l'autorité décisionnelle et de se déterminer à son propos (ATF 142 III 48 consid. 4.1.1, 139 II 489 consid. 3.3 et 138 I 484 consid. 2.1). Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (ATF 139 I 189 consid. 3.2 ; arrêt du TF 5A_741/2016 du 6 décembre 2016 consid. 3.1.1). Le préavis établi par une autorité d'instruction à l'intention de l'autorité décisionnelle, lorsqu'il constitue le fondement essentiel de la décision prise, doit pouvoir être consulté ou au moins être communiqué dans son essence aux parties (Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, no 1544 p. 523).
3.2.2 La jurisprudence admet que, par exception au principe de la nature formelle du droit d'être entendu, une violation de ce dernier est considérée comme réparée lorsque l'intéressé jouit de la possibilité de s'exprimer librement devant une autorité de recours disposant du même pouvoir d'examen que l'autorité inférieure et pouvant ainsi contrôler librement l'état de fait et les considérations juridiques de la décision attaquée (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 ; arrêt du TF 8C_615/2016 du 15 juillet 2017 consid. 4.2 ; arrêt du TAF C-6725/2014 du 6 novembre 2017 consid. 6). Toutefois, la guérison en seconde instance doit rester l'exception et n'être admise que si l'administré a intérêt à une économie de procédure ou que le vice n'est pas grave et peut être pleinement réparé devant l'autorité de recours (Moor/Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd. 2011, p. 324).
3.2.3 Une partie qui constate un vice de procédure et qui ne le signale pas immédiatement, à un moment où il pourrait encore être corrigé, mais qui attend l'issue de la procédure pour l'invoquer ultérieurement si celle-ci lui a été défavorable, contrevient au principe de la bonne foi (ATF 142 I 155 consid. 4.4.6 ; arrêts du TF 6B_431/2019 du 5 juillet 2019 consid. 4.5 et 5P.409 du 31 janvier 2006 consid. 2 in fine [en lien spécifiquement avec le droit d'être entendu] ; arrêts du TAF A-1538/2018 du 11 septembre 2019 consid. 2.2.3, A-4588/2018 du 22 juillet 2019 consid. 4.3.7.5 et A-5540/2013 du 6 janvier 2014 consid. 2.2.2).
3.3
3.3.1 En l'espèce, au vu de l'échange de courriels entre les parties, le Tribunal ne peut suivre la recourante lorsqu'elle affirme ne pas avoir été mise au courant des étapes de la procédure. Non seulement elle a été informée de la transmission de sa demande et de l'évaluation préliminaire à la CDS, mais elle a été prévenue du délai qu'avait la CDS pour prendre position (le 6 juin 2018 [courriel du 5 mars 2018 de l'autorité inférieure]) et de la date à laquelle l'autorité inférieure comptait rendre sa décision (le 18 juin 2018 [courriel du 13 avril 2018 de l'autorité inférieure]). Forte de ces renseignements, ce n'est pourtant plus de deux mois après l'échéance du délai imparti à la CDS que la recourante s'est adressée à l'autorité inférieure par courriels des 16 et 20 août 2018. Encore la recourante ne s'est-elle pas enquise de l'avis de la CDS, mais s'est contentée de faire part de son inquiétude quant à l'absence de décision de la part de l'autorité inférieure à la date annoncée. La recourante ne s'est pas non plus plainte d'une violation de son droit d'être entendue après que, par courriel du 4 septembre 2018, l'autorité inférieure lui a fait savoir que l'examen de la demande était complet et que la décision de lui accorder ou non une aide financière était en cours.
3.3.2 Sans préjudice de ce qui précède, nul ne conteste l'existence d'une violation du droit d'être entendu en l'espèce (consid. 3.1). Celle-ci doit cependant être considérée comme mineure et comme ayant été guérie devant le Tribunal. En effet, dans la mesure où la recourante se plaint ici d'un vice de procédure, le Tribunal jouit d'un plein pouvoir d'examen (consid. 2). Lors de la présente procédure de recours, la recourante a eu l'occasion à plusieurs reprises de discuter les différents arguments avancés par la CDS et l'autorité inférieure. La violation du droit d'être entendu a donc été guérie dans le double échange d'écritures devant le Tribunal.
3.4
3.4.1 La recourante allègue secondement, que la décision prise par l'autorité inférieure et l'avis de la CDS souffriraient d'un défaut de motivation patent compte tenu des éléments exposés dans la demande de financement. La recourante dit ne pas pouvoir comprendre le bien-fondé de la décision attaquée puisque les éléments pertinents n'auraient pas été examinés ni même abordés succinctement. Elle reproche à l'autorité inférieure de rejeter sa demande uniquement sur la base de l'avis défavorable de la CDS et de ne pas faire mention de l'évaluation préliminaire qu'elle avait effectuée. Il est, pour la recourante, inadmissible qu'une autorité disposant d'un plein pouvoir d'appréciation se limite à se référer à une prise de position d'une entité extérieure sans aucun pouvoir décisionnel délégué. Il résulterait de ce qui précède une grave violation du droit d'être entendu.
3.4.2 Il découle également du droit d'être entendu que la décision prise doit être motivée de manière à ce que l'administré puisse la comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. L'autorité décisionnelle doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de façon à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité décisionnelle peut se limiter, dans sa motivation, à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 142 II 154 consid. 4.2 et 134 I 83 consid. 4.1).
3.4.3 Le Tribunal constate que l'autorité inférieure a motivé sa décision en deux étapes. Premièrement, l'autorité inférieure a procédé à une appréciation de l'avis de la CDS. Cet avis est, au sens de l'art. 3 al. 1 OFDEP, une condition déterminante à l'octroi d'aides financières au sens de la LDEP. Il en est ressorti que l'avis de cette dernière était négatif et que, la condition de l'art. 3 al. 1 let. a OFDEP n'étant pas réalisée, la demande devait en principe être rejetée. Secondement, l'autorité inférieure a analysé s'il était, au sens de l'art. 3 al. 2 OFDEP, dans l'intérêt d'un équilibre entre les régions de s'écarter de l'avis de la CDS. L'autorité inférieure a retenu que, puisqu'il semblait que les communautés de référence en cours de constitution couvriraient rapidement le territoire suisse dans son intégralité, il ne se justifiait pas, dans l'intérêt d'un équilibre entre les régions, de s'écarter de l'avis négatif de la CDS. La demande a été rejetée dans la mesure où elle n'avait pas reçu l'avis favorable de la CDS et qu'elle ne constituait pas une situation exceptionnelle au sens de l'art. 3 al. 2 OFDEP.
Il ressort de ce qui précède que, contrairement à ce qu'allègue la recourante, sa demande n'a pas été rejetée uniquement sur la base de l'avis négatif de la CDS, mais également parce que l'autorité inférieure a jugé qu'il ne se justifiait pas, dans l'intérêt de l'équilibre entre les régions, de l'accepter. L'autorité mentionne clairement les motifs qui guident sa décision. Elle s'est de bon droit limitée aux aspects pertinents, c'est-à-dire à l'examen des conditions d'octroi d'aides financières au sens de l'art. 3 al. 1 et 2 OFDEP. L'évaluation préliminaire de la demande ne faisant pas partie des conditions de l'art. 3 OFDEP, il ne peut être reproché à l'autorité inférieure de ne pas en avoir fait mention. De son côté, la recourante a été en mesure de formuler une motivation très détaillée à l'appui de son recours. Autrement dit, la décision attaquée satisfait aux exigences du droit d'être entendue de la recourante sous l'angle de la motivation.
3.4.4 Le Tribunal rejette, sur ce point, le grief tiré de la violation du droit d'être entendu. Autre est la question de savoir si cette motivation est convaincante, notamment sous l'angle de l'équilibre entre les régions (consid. 5).
4.
4.1 Les dispositions topiques de la LDEP se lisent ainsi :
Art. 1 Objet et but
1 La présente loi règle les conditions de traitement des données du dossier électronique du patient.
2 Elle détermine les mesures qui soutiennent l'introduction, la diffusion et le développement du dossier électronique du patient.
3 Le dossier électronique du patient vise à améliorer la qualité de la prise en charge médicale et des processus thérapeutiques, à augmenter la sécurité des patients, à accroître l'efficacité du système de santé ainsi qu'à encourager le développement des compétences des patients en matière de santé.
4 [...]
Art. 20 Octroi
1 La Confédération peut, dans la limite des crédits autorisés, octroyer des aides financières aux fins suivantes :
a. créer les conditions organisationnelles et juridiques en vue de constituer une communauté ou une communauté de référence ;
b. fournir l'infrastructure informatique nécessaire au traitement des données entre les communautés ou les communautés de référence ;
c. obtenir une certification au sens de la présente loi pour les communautés ou les communautés de référence.
2 Les aides financières sont octroyées uniquement si la participation des cantons ou des tiers est au moins égale à celle de la Confédération.
Art. 21 Financement
1 L'Assemblée fédérale décide, sous la forme d'un crédit d'engagement pluriannuel, du montant maximal des aides financières de la Confédération au sens de l'art. 20.
2 Si les aides demandées excèdent les ressources disponibles, le Département fédéral de l'intérieur dresse un ordre de priorité en veillant à assurer un équilibre entre les régions.
Art. 22 Calcul
1 Les aides financières au sens de l'art. 20, al. 1, couvrent 50 % au plus des coûts imputables.
2 Lorsque plusieurs subventions fédérales peuvent être demandées pour un projet, l'ensemble de l'aide financière allouée par la Confédération ne peut dépasser la moitié du coût total.
3 Le Conseil fédéral détermine les coûts imputables.
Art. 23 Procédure
1 Les demandes d'aide financière doivent être adressées à l'OFSP avant la constitution d'une communauté ou d'une communauté de référence. Celui-ci consulte les cantons directement concernés. Il peut faire appel à des experts pour examiner les demandes.
2 Les communautés et les communautés de référence qui ont commencé à se constituer avant l'entrée en vigueur de la présente loi disposent d'un délai de six mois après l'entrée en vigueur de celle-ci pour déposer une demande.
3 L'OFSP alloue les aides financières sur la base de contrats de prestations.
4.2 Quant à l'OFDEP, elle contient les dispositions pertinentes suivantes :
Art. 3 Critères
1 Des aides financières sont versées :
a. sur avis favorable des cantons concernés ou de la Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS) ;
b. si les cantons ou les tiers concernés participent au moins à part égale.
2 Des aides financières peuvent également être versées en dérogation à l'al. 1, let. a, pour assurer un équilibre entre les régions.
4.3 Le droit de l'autorité inférieure inscrit à l'art. 3 al. 2 OFDEP de prendre exceptionnellement une décision différente de l'avis des cantons ou de la CDS vise à préserver l'équilibre de la répartition des différentes communautés au niveau régional. Cette disposition donne droit à l'autorité inférieure d'accepter une demande lorsque, malgré l'avis négatif d'un canton ou de la CDS, elle est convaincue que la communauté ou la communauté de référence requérante joue un rôle important pour les soins de santé dans le rayon d'activité concerné. Elle permet également de s'assurer que les cantons n'ont pas un droit de veto sur des initiatives privées dont l'objectif est de constituer une communauté ou une communauté de référence indépendamment des cantons (Rapport explicatif du 15 avril 2017 de l'OFSP concernant l'ordonnance sur les aides financières pour le dossier électronique du patient OFDEP, p. 3, consultable sur le site de l'autorité inférieure https://www.bag.admin.ch).
5.
5.1
5.1.1 Dans son recours, la recourante critique entre autre l'exercice par l'autorité inférieure de son pouvoir d'appréciation. Elle n'est pas convaincue par l'interprétation qui est faite du critère de l'équilibre régional. Elle reproche à l'autorité inférieure d'avoir retenu le critère de l'équilibre entre les régions sur la base d'hypothèses et non de certitudes. La recourante croit comprendre que l'autorité inférieure serait partie de l'idée que la potentialité d'affiliation des professionnels de la santé et des patients aux communautés de référence cantonales serait plus élevée que la potentialité d'affiliation à sa communauté de référence. Selon la recourante, aucun élément tangible ne permettrait de parvenir à une telle conclusion. De plus, l'argument selon lequel l'entier du territoire suisse serait couvert par les communautés de référence régionales serait manifestement faux. Preuve en serait qu'aucune aide financière n'aurait été accordée en Suisse romande, ni pour le Canton de [...], ce qui représenterait une proportion substantielle du territoire suisse.
5.1.2 Au terme de son évaluation préliminaire, l'autorité inférieure était favorable à l'idée d'une communauté de référence nationale en soutien aux communautés de référence régionales et cantonales afin de garantir un accès au dossier électronique à toute la population suisse. Malgré cette première évaluation positive, l'autorité inférieure a décidé, dans sa décision, de ne pas retenir l'art. 3 al. 2 OFDEP, car il lui semble que les communautés de référence en cours de constitution couvriraient rapidement le territoire suisse dans son intégralité. Dans sa réponse, l'autorité inférieure explique ce changement d'avis par le fait qu'entre l'évaluation de la demande et la prise de position de la CDS, les faits concernant l'équilibre entre les régions auraient changé. Selon l'autorité inférieure, cette modification de l'état de faits serait due, sur la base de l'évaluation des autres demandes d'aides financières, à une probable couverture de tout le territoire suisse par des communautés de référence cantonales ou régionales. Concernant l'argument de la recourante selon lequel aucune aide n'aurait été accordée pour la Suisse romande et le canton de Berne, l'autorité inférieure répond qu'au moment de la décision trois demandes pour la Romandie étaient déjà en cours d'examen et une autre était annoncée. Quant au Canton de [...], il aurait rejoint la communauté de référence A._______ gérée par B._______ bénéficiaire de l'aide financière en question.
5.2 Selon la jurisprudence et la doctrine, il y a abus du pouvoir d'appréciation lorsque l'autorité, tout en restant dans les limites du pouvoir d'appréciation qui est le sien, retient des critères inappropriés ou n'use pas de critères objectifs (ATF 143 V 369 consid. 5.4.1 et 132 V 393 consid. 3.3 ; arrêt du TF 9C_373/2019 du 18 juillet 2019 consid. 3.2) ; se fonde sur des considérations qui manquent de pertinence et sont étrangères au but visé par les dispositions légales applicables ; ou viole des principes généraux du droit, en particulier l'interdiction de l'arbitraire et de l'inégalité de traitement, le principe de la bonne foi et le principe de la proportionnalité (ATF 143 III 140 consid. 4.1.3 in fine ; arrêt du TF 8C_747/2018 du 20 mars 2019 consid. 4.2 ; arrêts du TAF B-5201/2017 du 14 mars 2019 consid. 4.2.1 et B-992/2018 du 13 décembre 2018 consid. 2.4). Elle commet, en revanche, un excès de son pouvoir d'appréciation, lorsqu'elle use de son pouvoir d'appréciation alors que la loi l'exclut (excès positif) ou, au contraire, lorsqu'elle n'en fait pas usage alors que la loi lui prescrit de le faire, par exemple, si elle estime être liée à tort à une seule solution possible (excès négatif). L'autorité qui abuse ou excède son pouvoir d'appréciation viole le droit (arrêt du TF 8C_331/2019 du 18 septembre 2019 consid. 3.2 ; arrêts du TAF C-5017/2015 du 16 janvier 2019 consid. 5.3.1 et B-6169/2016 du 19 novembre 2018 consid. 6.1 ; Tanquerel, op. cit., no 512 ss ; Zibung/Hofstetter, in : Praxiskommentar VwVG, 2e éd. 2016, art. 49 PA no 24 ss). L'autorité de recours ne peut toutefois pas substituer sans motifs pertinents sa propre appréciation à celle de l'autorité de première instance (ATF 137 V 71 consid. 5.2 ; arrêt du TAF B-3307/2014 du 22 décembre 2015 consid. 4.1).
5.3 Appelé à se prononcer, le Tribunal retient ce qui suit.
5.3.1 Dès lors que la CDS avait rendu un avis négatif sur la demande déposée par le recourante (consid. A.c), l'autorité inférieure était fondée à rejeter cette demande sur le fondement de l'art. 3 al. 1 let. a OFDEP. Il lui restait alors à examiner si elle pouvait verser des aides financières sur le fondement de l'art. 3 al. 2 OFDEP. Pour cela, encore fallait-il qu'il s'agisse d'assurer un équilibre entre les régions, ce qui relève de son pouvoir d'appréciation.
5.3.2 Les éléments apportés par l'autorité inférieure, y compris au cours de l'échange d'écritures, ne permettent pas d'avoir une idée claire sur la question puisqu'il ne s'agit que d'hypothèses basées sur des demandes de financement en cours au moment de la décision et dont on ne sait ce qu'il est advenu par la suite (consid. 5.1.2). Au moment où la décision attaquée a été rendue, l'autorité inférieure se contentait d'"une probable couverture de tout le territoire suisse" et de l'existence de trois demandes en cours d'examen s'agissant de la Suisse romande. Autrement dit, elle s'est fondée sur une situation qui n'était en rien définitive pour écarter la demande de la recourante. Dans sa duplique, l'autorité inférieure n'apporte aucun élément nouveau sur l'évolution du dossier, sauf en ce qui concerne le Canton de [...]. A aucun moment, l'autorité inférieure ne détaille le rayon d'activités des communautés de référence auxquelles elle se réfère, qu'elle ne nomme même pas. Surtout, elle n'explique pas pourquoi les autres communautés de référence en cours de constitution devraient être privilégiées au détriment de la recourante. Comme l'explique l'autorité inférieure dans sa réplique, seules figurent sur son site internet les communautés de référence qui ont déjà conclu un contrat d'aide financière en vertu de la LDEP dans l'année 2018 (voir la liste figurant à l'adresse https://www.bag.admin.ch/bag/fr/home/strategie-und-politik/nationale-gesundheitsstrategien/strategie-ehealth-schweiz/umsetzung-vollzug/ finanzhilfen.html, consultée le 22 novembre 2019). Le Tribunal constate qu'aucune information ne peut être tirée de ce site permettant de se rendre compte de la couverture actuelle du territoire suisse par les communautés de référence. Autrement dit, l'autorité inférieure se contente d'affirmer ce qu'elle devrait démontrer et le Tribunal ne dispose d'aucun élément tangible pour apprécier les conclusions de l'autorité inférieure.
Dans ces conditions, le Tribunal ne peut pas déterminer clairement s'il pouvait se justifier ou non, du point de vue de l'équilibre entre les régions, de s'écarter ou non de l'avis de la CDS. L'autorité inférieure aurait dû procéder à un examen plus complet qui permette de se rendre compte de la couverture actuelle du territoire suisse par les communautés de référence retenues et de déterminer s'il pouvait éventuellement être dans l'intérêt de l'équilibre des régions d'octroyer des aides financières à la recourante ou non. Force est de constater que cela n'a pas été fait. En se fondant sur des considérations manquant de pertinence et insuffisamment étayées, l'autorité inférieure a abusé de son pouvoir d'appréciation. La décision attaquée viole ainsi le droit fédéral (art. 49 PA).
6. Il s'ensuit que le recours doit être admis et la décision attaquée doit être annulée. Au regard de l'issue du litige, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante.
6.1 Aux termes de l'art. 61 al. 1 PA, l'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure. La réforme présuppose cependant un dossier suffisamment prêt pour qu'une décision puisse être prononcée, étant précisé qu'il n'appartient pas à l'autorité de recours de procéder à des investigations complémentaires compliquées (ATF 139 II 185 consid. 9.3 et 129 II 331 consid. 3.2 ; arrêt du TAF B-5820/2015 du 8 juin 2016 consid. 6 et les références citées). De surcroît, la réforme est inadmissible lorsque des questions pertinentes doivent être tranchées pour la première fois et que l'autorité inférieure dispose d'un certain pouvoir d'appréciation (ATF 131 V 407 consid. 2.1.1 ; arrêt du TAF B-655/2016 du 30 juin 2017 consid. 9.1.2).
6.2 Seule l'autorité inférieure, en qualité d'autorité spécialisée, peut apprécier la situation avec l'expertise nécessaire. Il appartiendra donc à l'autorité inférieure d'analyser en particulier quelles régions du pays sont couvertes ou non par des communautés de référence bénéficiaires d'aides financières au sens de la LDEP et quel rôle joue la recourante dans le rayon d'activités concerné. Au besoin, elle attendra d'avoir une vue suffisamment claire de la situation, au regard des autres demandes déjà tranchées ou encore pendantes devant elle. Si l'autorité inférieure arrive à la conclusion que l'équilibre entre les régions n'est pas assuré, elle examinera alors l'opportunité de verser des aides financières à la recourante (art. 3 al. 2 OFDEP). L'autorité inférieure rendra alors une nouvelle décision dûment motivée qui, cette fois, tiendra compte de l'ensemble des circonstances de l'espèce. Sa décision exposera avec l'exhaustivité, la clarté et la précision nécessaires en quoi l'équilibre entre les régions est assuré ou non et pourquoi, si tel n'est pas le cas, il conviendrait ou non de verser des aides financières à la recourante.
7.
7.1 La recourante demande encore à ce qu'en cas d'admission du recours et de renvoi de la cause à l'autorité inférieure la mesure conservatoire de blocage soit prolongée jusqu'à droit connu sur la demande d'aides financières.
7.2 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, une décision de renvoi à une autorité inférieure revêt un caractère incident. Elle ne clôt pas la procédure principale, mais constitue une étape vers la décision finale (arrêt du TF 5A_102/2016 du 4 avril 2016 consid. 2.3). En revanche, une décision de renvoi qui ne laisse aucune marge de manoeuvre à l'autorité inférieure doit être considérée comme finale, ce qui n'est pas le cas en l'espèce (ATF 136 II 165 consid. 1.1 ; Tanquerel, op. cit., no 831 p. 297). Etant donné que seule une décision finale peut mettre fin à des mesures provisionnelles, le présent arrêt a pour effet de maintenir la situation telle qu'elle jusqu'à droit connu sur le fond de la cause (dans ce sens : ATF 137 III 193 consid. 1.2 ; arrêt du TAF A-7021/2014 du 12 mai 2015 consid. 1.5.2).
Il s'ensuit que les mesures provisionnelles tendant au blocage d'un montant de [...] francs dans le cadre du crédit alloué pour l'aide financière au sens de la LDEP ou ailleurs dans la comptabilité de l'autorité inférieure sont maintenues jusqu'à droit connu sur la cause.
8.
8.1 Les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 1ère phrase PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2 PA). La partie obtenant un renvoi à l'autorité inférieure afin que cette dernière procède à des éclaircissements complémentaires est réputée, sous l'angle de la fixation des frais de procédure et des dépens, avoir obtenu entièrement gain de cause (ATF 132 V 215 consid. 6.1 ; arrêt du TAF B-5945/2018 du 14 janvier 2019 consid. 9.1).
8.2 Vu l'issue de la procédure, il n'y a pas lieu de percevoir de frais de procédure. L'avance sur les frais de procédure de 30'000 francs versée par la recourante durant l'instruction lui sera restituée.
9.
9.1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA en relation avec l'art. 7 al. 1 FITAF). Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais nécessaires de la partie (art. 8 FITAF). Les frais de représentation comprennent notamment les honoraires d'avocats (art. 9 al. 1 let. a FITAF) lesquels sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée (art. 10 al. 1 FITAF). Les parties qui ont droit aux dépens doivent faire parvenir au tribunal, avant le prononcé de la décision, un décompte de leurs prestations ; à défaut, le tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier (art. 14 FITAF).
9.2 En l'espèce, la recourante qui obtient gain de cause et qui est représentée par des avocats a droit à des dépens. Faute de décompte de prestations remis par celle-ci, il convient, eu égard aux écritures déposées dans le cadre de la présente procédure, de lui allouer, ex aequo et bono, une indemnité de 4'000 francs et de mettre celle-ci à la charge de l'autorité inférieure.
10. Selon l'art. 83 let. k de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110), le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit. Le Tribunal fédéral a jugé qu'il n'existait pas de droit aux aides financières accordées sur le fondement des art. 20 al. 1 let a et 20 al. 2 LDEP (arrêt du TF 2C_1088/2016 du 2 juin 2017 consid. 1.3). Le présent arrêt est ainsi définitif.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis, la décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais de procédure. L'avance sur les frais de procédure de 30'000 francs sera restituée à la recourante.
3. Un montant de 4'000 francs est alloué à la recourante à titre de dépens et mis à la charge de l'autorité inférieure.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (recommandé ; annexes : pièces en retour et formulaire "Adresse de paiement")
- à l'autorité inférieure (recommandé ; annexe : dossier en retour)
Le président du collège :
Le greffier :
Pietro Angeli-Busi
Yann Grandjean
Expédition : 12 décembre 2019