bvger · A-2622/2015 · 2015-10-07 · de
A-2622/2015

Mehrwertsteuer

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Entscheid bestätigt durch BGer mit Urteil vom 16.03.2016 (2C_976/2015)
Abteilung I
A-2622/2015
Urteil vom 7. Oktober 2015
Besetzung
Richter Daniel Riedo (Vorsitz),
Richter Jürg Steiger,
Richter Pascal Mollard,
Gerichtsschreiberin Zulema Rickenbacher.
Parteien
A._______ Ltd.,
vertreten durch
B&P tax and legal AG,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidg. Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
MWST; Vorsteuerabzug (4/2001-4/2003).
Sachverhalt:
A. Am 27. Oktober 1997 schloss die A._______ Ltd., [Sitzstaat], mit der B._______ AG, Zürich (nachfolgend: B._______ AG), ein "Operation Management Agreement" ab. Damit beauftragte die A._______ Ltd. die B._______ AG mit dem Aircraft Management ihres Flugzeugs Boeing [Nr.] mit dem Kennzeichen [...]. Mit Schreiben vom 13. November 2001 meldete sich die A._______ Ltd. zwecks Mehrwertsteuerregistrierung in der Schweiz bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) an. Per 1. Dezember 2001 wurde die A._______ Ltd. ins Register der mehrwertsteuerpflichtigen Personen bei der ESTV eingetragen.
B. Mit Entscheid vom 3. Juni 2003 verfügte die ESTV, dass die A._______ Ltd. mit Wirkung per 31. Dezember 2002 im Register der mehrwertsteuerpflichtigen Personen gelöscht werde. Sie schulde dem Fiskus für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 (Zeitraum vom 1. Dezember 2001 [Mehrwertsteuerregistrierung] bis 31. März 2002) Fr. 921'332.98 Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins. Im Weiteren werde die Deklaration der A._______ Ltd. für die Abrechnungsperioden 2. Quartal 2002 bis 1. Quartal 2003 (Zeitraum vom 1. April 2002 bis 31. März 2003) auf Fr. 0.-- Umsatz und Fr. 0.-- Vorsteuerabzug korrigiert.
Zur Begründung brachte die ESTV im Wesentlichen vor, es sei davon auszugehen, dass die Überlassung des fraglichen Flugzeugs und die Flüge selber im Ausland stattgefunden und somit die schweizerische Mehrwertsteuer nicht tangiert hätten. Die A._______ Ltd. habe daher keine im Inland steuerbaren Umsätze erbracht.
C. Dagegen erhob die A._______ Ltd. mit Eingabe vom 4. Juli 2003 Einsprache bei der ESTV.
D. Mit Einspracheentscheid vom 29. November 2007 hiess die ESTV die Einsprache betreffend 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 im Umfang von Fr. 18'352.98 und betreffend 2. Quartal 2002 bis 1. Quartal 2003 im Umfang von Fr. 13'746.70 teilweise gut. Die A._______ Ltd. schulde dem Fiskus für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 Fr. 902'980.-- Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins. Im Weiteren sei der von der A._______ Ltd. für die Abrechnungsperioden 2. Quartal 2002 bis 4. Quartal 2002 geltend gemachte Vorsteuerabzug im Betrag von Fr. 249'532.-- auf Fr. 6'737.40 zu kürzen, jener für die Abrechnungsperioden 1. Quartal 2003 bis 4. Quartal 2003 (Fr. 327'093.--) auf Fr. 26'821.65. Damit befand die ESTV in ihrem Einspracheentscheid über einen weiteren Zeitraum - nämlich auch über jenen zwischen dem 2. Quartal 2003 und dem 4. Quartal 2003, d.h. vom 1. April 2003 bis zum 31. Dezember 2003 - als in ihrem ursprünglichen Entscheid vom 3. Juni 2003 (vgl. oben Bst. B).
Die ESTV führte im Wesentlichen aus, das fragliche Flugzeug werde, wenn es im Flugplan mit "PVT" (für "private") gekennzeichnet sei, nicht für eine steuerbare (und damit zum Vorsteuerabzug berechtigende) Tätigkeit verwendet. Nur die Gutschriften der B._______ AG für die Verwendung des Flugzeugs zur Durchführung von Flügen für Dritte (üblicherweise mit "REV" für "revenue" gekennzeichnete Flüge) stellten den massgeblichen Umsatz der A._______ Ltd. dar. Die Steuerpflicht derselben sei zwar - entgegen den Ausführungen im Entscheid vom 3. Juni 2003 - erfüllt, es müsse aber eine Vorsteuerabzugskürzung erfolgen.
E. Gegen diesen Einspracheentscheid erhob die A._______ Ltd. mit Eingabe vom 11. Januar 2008 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. In ihrer diesbezüglichen Vernehmlassung vom 11. März 2008 beantragte die ESTV die kostenfällige Abweisung der Beschwerde.
F. Mit Urteil A-212/2008 vom 15. Juni 2010 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde im Sinn der Erwägungen teilweise gut und wies die Sache zur Festlegung der Vorsteuerabzugskürzung im Sinn der Erwägungen und zur Festlegung der Steuerschulden bzw. Guthaben an die ESTV zurück.
Die Vorsteuerabzugskürzung sei durch die ESTV wie folgt vorzunehmen: Nur die Vermietung des Flugzeugs an die B._______ AG zur Durchführung von Flügen für Dritte stelle eine Verwendung für einen zum Vorsteuerabzug berechtigenden Zweck dar (E. 4.2.3 Abs. 2 des Urteils). Im Flugplan als "REV" gekennzeichnete Flüge berechtigten die A._______ Ltd. daher zum Vorsteuerabzug (E. 4 in initio, E. 4.2.3 Abs. 2 sowie E. 4.3.5 des Urteils). Insoweit dagegen durch die B._______ AG keine Gutschriften ausgestellt und die durchgeführten Flüge von dieser im Flugplan als "PVT" gekennzeichnet worden seien, sei die A._______ Ltd. nicht zum Vorsteuerabzug berechtigt (E. 4.2.3 Abs. 2 sowie E. 4.3.5 des Urteils). Trainingsflüge (als "TNG" gekennzeichnet), die ihrerseits nicht der einen oder anderen Kategorie zugeordnet werden könnten, seien entweder aufgrund des Schlüssels für die übrigen Flüge zuzuteilen oder für die Eruierung des Schlüssels unberücksichtigt zu bleiben (E. 4.3.5 des Urteils). Die Vorsteuerabzugskürzung habe nach dem Verhältnis der Dauer der (vorsteuerabzugsberechtigenden) "REV"-Flüge zur Dauer der (nicht vorsteuerabzugsberechtigenden) "PVT"-Flüge zu erfolgen (E. 4.3.5 sowie E. 4.2.3 Abs. 2 des Urteils). Die jeweilige Anzahl Flugstunden sei anhand des aktenkundigen Auszugs aus dem "Flight Information System" zu ermitteln, wobei wohl auf die Rubrik "Block Time Total" abzustellen sei, zeige diese doch die Gesamtzeit an, die das Flugzeug für einen bestimmten Flug verwendet worden sei (E. 4.3.3 des Urteils). Dieses Urteil erwuchs in Rechtskraft.
G. Mit (neuem) Einspracheentscheid vom 24. März 2015 hiess die ESTV (Vorinstanz) die Einsprache vom 4. Juli 2003 teilweise gut und nahm sie die Vorsteuerabzugskürzung neu wie folgt vor:
Aus den "Flight Information System"-Aufzeichnungen der B._______ AG gehe hervor, dass das Flugzeug im Dezember 2001 sowie im Jahr 2003 ausschliesslich für nicht zum Vorsteuerabzug berechtigende "PVT"-Flüge verwendet worden sei. Entsprechend seien die von der Beschwerdeführerin für die Abrechnungsperiode 4. Quartal 2001 deklarierten Vorsteuern (Einfuhrsteuer auf dem Flugzeug von Fr. 536'416.-- und Vorsteuern auf den Betriebskosten von Fr. 315'271.--) sowie die für die Steuerperiode 2003 deklarierten Vorsteuern auf den Betriebskosten von Fr. 327'095.-- zu Unrecht geltend gemacht worden.
Im Jahr 2002 entfielen bei einer Gesamtflugzeit von 188 Stunden und 29 Minuten (effektiv 188 Stunden und 53 Minuten abzüglich 24 Minuten Trainings- bzw. "TNG"-Flüge) 12 Stunden und 42 Minuten oder 6.73% auf vorsteuerabzugsberechtigende "REV"-Flüge und 175 Stunden und 47 Minuten oder 93.27% auf nicht vorsteuerabzugsberechtigende "PVT"-Flüge. Entsprechend sei der für die Steuerperiode 2002 deklarierte Vorsteuerabzug von Fr. 325'884.-- (Vorsteuern auf den Betriebskosten) um 93.27%, ausmachend Fr. 303'952.--, zu kürzen.
Zu berücksichtigen sei sodann - zugunsten der A._______ Ltd. - eine Einlageentsteuerung für das Jahr 2002 in der Höhe von Fr. 28'881.-- (Fr. 536'416.-- abzüglich Abschreibung von 20% für ein Jahr × 6.73%) sowie - zugunsten des Fiskus - eine Eigenverbrauchsbesteuerung für das Jahr 2003 von Fr. 21'660.-- (Fr. 536'416.-- abzüglich Abschreibung von 40% für ein Jahr × 6.73%).
Die Neuberechnung der Vorsteuerabzugskürzung (Fr. 1'178'782.-- [betreffend 4. Quartal 2001 sowie die Steuerperiode 2003] plus Fr. 303'952.-- [betreffend die Steuerperiode 2002]) ergebe unter Berücksichtigung der Beträge für die Einlageentsteuerung ([-]Fr. 28'881.--) sowie die Eigenverbrauchsbesteuerung (Fr. 21'660.--) gesamthaft einen Betrag von Fr. 1'475'513.-- zu Unrecht geltend gemachter Vorsteuern.
Effektiv ausbezahlt worden seien der A._______ Ltd. die deklarierten Vorsteuern für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 und 1. Quartal 2002 in der Höhe von gesamthaft Fr. 921'332.98. Davon sei für das 1. Quartal 2002 ein Betrag von Fr. 29'153.-- anzuerkennen. Die Beschwerdeführerin habe folglich betreffend die strittigen Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 einen Betrag von (gerundet) Fr. 892'180.-- zuzüglich Verzugszins zurückzuerstatten.
H. Dagegen erhob die A._______ Ltd. (Beschwerdeführerin) mit Eingabe vom 27. April 2015 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragt in der Hauptsache die vollständige Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheids "wegen Eintritts der Verjährung". Eventualiter sei der betreffende Rückforderungsanspruch um Fr. 84'837.42 auf gesamthaft Fr. 807'342.58 zu reduzieren - alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zulasten der Vorinstanz.
I. In ihrer Vernehmlassung vom 5. Juni 2015 beantragt die Vorinstanz, der Hauptantrag der Beschwerdeführerin sei abzuweisen und der Eventualantrag teilweise, nämlich im Umfang von Fr. 57'401.--, gutzuheissen. Die Verfahrenskosten seien durch die Beschwerdeführerin zu tragen.
Ihren Antrag auf teilweise Gutheissung begründet die Vorinstanz damit, dass sie bei der Ermittlung der Flugstunden im angefochtenen Einspracheentscheid zu Unrecht auf die "Flight Time" und nicht auf die "Block Time" abgestellt habe. Weiter habe sie nicht berücksichtigt, dass die B._______ AG auch für einige als "PVT" gekennzeichnete Flüge Dritten Rechnung gestellt und der Beschwerdeführerin Gutschriften ausgestellt habe; diese Flüge berechtigten die Beschwerdeführerin daher ebenfalls zum Vorsteuerabzug. Der Berechnung in der Beschwerde sei entgegenzuhalten, dass darin die beiden "REV"-Flüge vom 23. und 26. Juli 2002 von [Ort] nach [Ort] und zurück doppelt berücksichtigt worden seien. Ausserdem verkenne die Beschwerdeführerin, dass nach den verbindlichen Weisungen des Bundesverwaltungsgerichts im Urteil A 212/2008 vom 15. Juni 2010 auch hinsichtlich der "REV"-Flüge zum Vorsteuerabzug berechtigende Ausgangsumsätze nur dann vorlägen, wenn die B._______ AG Dritten Rechnung gestellt und der A._______ Ltd. für die jeweiligen Flüge Gutschriften ausgestellt habe.
J. In ihrer Replik vom 15. Juni 2015 anerkennt die Beschwerdeführerin, die genannten "REV"-Flüge vom 23. und 26. Juli 2002 in ihrer Berechnung zu Unrecht doppelt berücksichtigt zu haben. Fehl gehe die Vorinstanz jedoch in der Ansicht, dass gemäss den Weisungen des Bundesverwaltungsgerichts im betreffenden Urteil auch hinsichtlich der "REV"-Flüge eine Gutschrift der B._______ AG vorausgesetzt sei. Nach dem fraglichen Urteil berechtigten als "REV" gekennzeichnete Flüge sie vielmehr ohne weiteres zum Vorsteuerabzug. Im Übrigen sei ihr Einsicht in die von der Vorinstanz mit der Vernehmlassung eingereichten "vertraulichen Unterlagen" (1 Ordner) zu gewähren.
K. Mit Zwischenverfügungen vom 30. Juni bzw. 7. Juli 2015 wurden der Beschwerdeführerin die im Ordner "vertrauliche Unterlagen" enthaltenen Akten wie folgt zugestellt: Die drei Rechnungen der B._______ AG an Drittunternehmen wurden ihr anonymisiert bzw. partiell abgedeckt zugestellt, die übrigen Akten im fraglichen Ordner hingegen ungeschwärzt. Auf eine weitere Stellungnahme verzichtete die Beschwerdeführerin in der Folge.
Auf die weiteren Vorbringen der Parteien wird - soweit entscheidwesentlich - in den nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Angefochten ist ein Einspracheentscheid der ESTV und damit eine Verfügung nach Art. 5 VwVG. Das Bundesverwaltungsgericht ist die zuständige Beschwerdeinstanz (Art. 31, Art. 32 e contrario und Art. 33 Bst. d VGG). Das Verfahren richtet sich nach dem VwVG, soweit das VGG nichts anderes bestimmt (Art. 37 VGG). Auf die im Übrigen mit der notwendigen Beschwerdeberechtigung (Art. 48 Abs. 1 VwVG) sowie frist- und formgerecht (Art. 50 und 52 VwVG) eingereichte Beschwerde ist demnach einzutreten.
1.2 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Rüge der Unangemessenheit erheben (Art. 49 Bst. c VwVG).
1.3 Am 1. Januar 2010 ist das Mehrwertsteuergesetz (MWSTG; SR 641.20) in Kraft getreten. In materieller Hinsicht bleiben die bisherigen Vorschriften auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen, entstandenen Rechtsverhältnisse und erbrachten Leistungen anwendbar (Art. 112 Abs. 1 und 2 MWSTG). Der vorliegende Sachverhalt betrifft Steuerperioden vor dem 1. Januar 2010, aber nach dem 1. Januar 2001. Er untersteht damit in materieller Hinsicht dem am 1. Januar 2001 in Kraft getretenen aMWSTG (AS 2000 1300). Hinsichtlich der Verjährung ist dies in Art. 112 Abs. 1 Satz 2 MWSTG ausdrücklich festgehalten (vgl. zur Verjährung als materiellrechtliches Institut: BGE 137 II 17 E. 1.1, 126 II 1 E. 2a; Urteil des BVGer A 3376/2014 vom 10. Februar 2015 E. 2.1 mit Hinweisen).
Demgegenüber findet das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens des MWSTG hängige Verfahren sofort Anwendung (Art. 113 Abs. 3 MWSTG). Allerdings ist Art. 113 Abs. 3 MWSTG insofern restriktiv zu handhaben, als gemäss höchstrichterlicher Rechtsprechung nur eigentliche Verfahrensnormen sofort auf hängige Verfahren anzuwenden sind und es dabei nicht zu einer Anwendung von neuem materiellem Recht auf altrechtliche Sachverhalte kommen darf (vgl. Urteil des BVGer A 279/2014 vom 17. November 2014 E. 1.2 mit Hinweis auf das Urteil des BGer 2C_650/2011 vom 16. Februar 2012 E. 1.4.3).
1.4 Nicht um Verfahrensrecht handelt es sich bei den Bestimmungen zur Verjährung. Bei Letzterer handelt es sich um ein materiell-rechtliches Institut (BGE 137 II 17 E. 1.1; BGE 126 II 1 E. 2a; Urteil des BVGer A-2076/2008 vom 15. Dezember 2010 E. 4.2; Michael Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 282 m.w.H.). Die Verjährung der Steuerforderung führt zu deren Untergang (vgl. statt vieler: BVGE 2009/12 E. 6.3.2.3). Mithin darf eine verjährte Steuerforderung durch das Gemeinwesen überhaupt nicht mehr, auch nicht verrechnungsweise, geltend gemacht werden (Beusch, a.a.O., S. 276 f.). Damit ist die Verjährung der Mehrwertsteuerforderung auch von Amtes wegen zu prüfen (Beusch, a.a.O., S. 278 mit Verweis auf BGE 133 II 366 E. 3.3; Urteil des BGer 2C_227/2010 vom 5. August 2010 E. 2.2; BVGE 2009/12 E. 6.3.1; vgl. zum Ganzen: Urteil des BVGer A-3376/2014 vom 10. Februar 2015 E. 2.1). Letzteres gilt allerdings nicht, wenn es um Forderungen eines Privaten gegenüber dem Staat geht. In dieser Konstellation muss die Verjährung nur auf Einrede des Schuldners, d.h. des Staates, beachtet werden (Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., 2010, Rz. 787 mit Verweis auf BGE 101 Ib 348 ff., welcher die entsprechende Praxis begründete).
1.5 Anstatt selbst einen Entscheid in der Sache zu fällen, kann das Bundesverwaltungsgericht die Sache bei gegebenen Voraussetzungen auch mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurückweisen (Art. 61 Abs. 1 VwVG; vgl. Urteil des BVGer A 2900/2014 vom 29. Januar 2015 E. 1.5 mit Hinweisen).
2.
2.1 Der Mehrwertsteuer unterliegen die im Inland gegen Entgelt erbrach­ten Lieferungen und Dienstleistungen (Art. 5 Bst. a und b aMWSTG). Die Entgeltlichkeit stellt - vom Eigenverbrauch abgesehen (vgl. Art. 5 Bst. c aMWSTG) - ein unabdingbares Tatbestandsmerkmal einer mehrwertsteuerlichen Leistung dar (statt vieler: BGE 132 II 353 E. 4.3; Urteil des BVGer A 849/2014 vom 15. Juli 2015 E. 3.2.1 mit Hinweisen).
2.2 Verwendet eine steuerpflichtige Person Gegenstände oder Dienstleistungen für einen in Art. 38 Abs. 2 aMWSTG genannten geschäftlich begründeten Zweck, kann sie in ihrer Steuerabrechnung die ihr von anderen steuerpflichtigen Personen in Rechnung gestellte Steuer für Lieferungen und Dienstleistungen als Vorsteuer in Abzug bringen (sog. Vorsteuerabzug; Art. 38 Abs. 1 Bst. a aMWSTG).
2.3 Verwendet die steuerpflichtige Person vorsteuerbelastete Eingangsleistungen sowohl für Zwecke, die zum Vorsteuerabzug berechtigen, als auch für andere Zwecke (sog. gemischte Verwendung), so ist der Vorsteuerabzug nach dem Verhältnis der Verwendung zu kürzen (Art. 41 Abs. 1 aMWSTG). Diese Bestimmung schreibt einzig vor, dass die Kürzung des Vorsteuerabzugs "nach dem Verhältnis der Verwendung" zu erfolgen hat. Eine detaillierte Regelung zum Vorgehen bei der Kürzung lässt sich dem aMWSTG nicht entnehmen. Nach der Rechtsprechung muss die Kürzung jedenfalls "sachgerecht" sein und "den tatsächlichen Verhältnissen des Einzelfalls soweit als möglich entsprechen" (Urteil des BVGer A 1595/2006 vom 2. April 2009 E. 2.7.1, bestätigt mit Urteil des BGer 2C_309/2009 vom 1. Februar 2010; vgl. ferner Urteil des BVGer A 6898/2914 vom 21. Mai 2015 E. 2.7).
2.4 Gemäss Art. 49 Abs. 1 aMWSTG verjährt die Mehrwertsteuerforderung fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie entstanden ist. Was für die Mehrwertsteuerforderung gilt, trifft auch auf die Rückforderung der ESTV von zu viel ausbezahlten Vorsteuern zu, wobei der Rückforderungsanspruch mit der jeweiligen Auszahlung der zu Unrecht bezogenen Vorsteuern entsteht (vgl. Urteile des BVGer A 4611/2013 vom 4. März 2014 E. 2.6 und A 568/2009 vom 17. Juli 2010 E. 2.2 und 3.2). Der Lauf der Verjährungsfrist wird durch jede Einforderungshandlung und durch jede Berichtigung durch die zuständige Behörde gegenüber allen zahlungspflichtigen Personen unterbrochen (Art. 49 Abs. 2 und 3 aMWSTG). Liegt ein solcher Unterbrechungsgrund vor, beginnt die fünfjährige Verjährungsfrist neu zu laufen. Gemäss hier anzuwendendem altem Recht und der dazugehörigen Rechtsprechung ist die Einforderungshandlung an keine besondere Form gebunden. So fallen unter den Begriff der Einforderungshandlung nicht nur die eigentlichen Steuerbezugshandlungen. Vielmehr genügt zur Verjährungsunterbrechung jede, der mehrwertsteuerpflichtigen Person zur Kenntnis gebrachte, auf Einforderung oder Feststellung des Steueranspruchs gerichtete Amtshandlung. Als verjährungsunterbrechende Einforderungshandlungen gelten namentlich auf Einforderung oder Feststellung des Steueranspruchs gerichtete Verfügungen und Einspracheentscheide der ESTV, die Ankündigung und Vornahme von Bücheruntersuchungen, die Zustellung einer Ergänzungsabrechnung bzw. einer Gutschrift oder die Aufforderung bzw. Mahnung zur Zahlung. Dabei ist nicht notwendig, dass der Tatbestand, welchen die ESTV als mehrwertsteuerpflichtig erachtet, bereits nach allen Richtungen hin abgeklärt ist. Auch braucht der Mehrwertsteuerbetrag nicht unbedingt ziffernmässig festgesetzt zu werden (vgl. BGE 126 II 1 E. 2c; vgl. Urteil des BGer 2C_806/2008 vom 1. Juli 2009 E. 2.2.4 sowie 2C_426/2008 / 2C_432/2008 vom 18. Februar 2009 E. 6.6.2; Urteile des BVGer A 3376/2014 vom 10. Februar 2015 E. 2.2 sowie A 568/2009 vom 17. Juli 2009 E. 2.2 und 3.2; Michael Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 299 ff. mit weiteren Hinweisen). Die Steuerforderung verjährt in jedem Fall fünfzehn Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie entstanden ist (Art. 49 Abs. 4 aMWSTG).
2.5 Bei verspäteter Entrichtung der Mehrwertsteuer ist ohne Mahnung ein Verzugszins geschuldet (Art. 47 Abs. 2 aMWSTG). Gemäss Art. 1 Abs. 2 der Verordnung vom 11. Dezember 2009 des Eidgenössischen Finanzdepartements über die Verzugs- und Vergütungszinssätze (SR 641.207.1) beträgt der Zinssatz pro Jahr 5% vom 1. Januar 1995 bis zum 31. Dezember 2009 (Bst. c), 4.5% vom 1. Januar 2010 bis zum 31. Dezember 2011 (Bst. b) und 4.0% ab dem 1. Januar 2012 (Bst. a).
3.
In Anbetracht dessen, dass sowohl die Vorinstanz als auch die Beschwerdeführerin im Rahmen des Instruktionsverfahrens von ihren ursprünglichen Anträgen abgewichen sind, wird zunächst eine Übersicht über die noch strittigen Punkte gegeben:
In ihrem vorliegend angefochtenen Einspracheentscheid machte die Vor-instanz geltend, die Beschwerdeführerin habe ihr Fr. 892'180.-- an zu Unrecht ausbezahlten Vorsteuern zurückzuerstatten. Gegen diese Forderung erhob die Beschwerdeführerin die Einrede der Verjährung. Den geforderten Betrag selbst bestritt sie allerdings nur im Umfang von Fr. 84'837.42 (Sachverhalt Bst. H). Die Vorinstanz verneinte ihrerseits die Verjährung, anerkannte aber, dass ihr ursprünglicher Rückforderungsanspruch um Fr. 57'401.-- zu hoch ausgefallen war (Sachverhalt Bst. I). Damit war zu diesem Zeitpunkt unstrittig, dass die ursprüngliche Forderung der Vorinstanz zu reduzieren war. Die effektiv angezeigte Reduktion lag damit aber (noch) im Umfang von Fr. 27'436.42 im Streit. In der Folge anerkannte die Beschwerdeführerin einen Rechnungsfehler ihrerseits (Sachverhalt Bst. J) und ging fortan von der Notwendigkeit einer Reduktion um Fr. 63'504.60 (statt Fr. 84'837.42) aus. Damit verringerte sich der strittige Betrag weiter auf letztlich Fr. 6'103.60 (Fr. 63'504.60 minus Fr. 57'401.--). Dies, sollte die gesamte Forderung nicht schon verjährt sein.
3.1 Die Beschwerdeführerin erhebt gegen die Forderung der Vorinstanz zunächst die Einrede der Verjährung (Sachverhalt Bst. H). Wie erwähnt, ist der Eintritt der Verjährung - auch ohne entsprechende Einrede - durch das Gericht von Amtes wegen zu prüfen (E. 1.4). Diese Prüfung ergibt Folgendes:
3.1.1
3.1.1.1 Der fragliche Rückforderungsanspruch betrifft unbestrittenermassen zu viel ausbezahlte Vorsteuern der Anspruchsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003. Demnach ist die Frage nach der Verjährung vorliegend - entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin - in Anwendung von Art. 49 Abs. 1 aMWSTG zu beantworten. Diese Verjährungsbestimmung gilt nach konstanter Rechtsprechung sowohl für Mehrwertsteuerforderungen, als auch für Rückforderungsansprüche in Folge zu viel ausbezahlter Vorsteuern. Ein solcher Anspruch entsteht jeweils mit der Auszahlung der zu Unrecht bezogenen Vorsteuern, wobei in diesem Zeitpunkt auch die fünfjährige Verjährungsfrist gemäss Art. 49 Abs. 1 aMWSTG zu laufen beginnt (vgl. dazu E. 2.4).
3.1.1.2 Nach Art. 49 Abs. 2 aMWSTG wird der Lauf der Verjährungsfrist "durch jede Einforderungshandlung und durch jede Berichtigung durch die zuständige Behörde" unterbrochen und beginnt damit von neuem. Dies jedenfalls so lange bis die absolute Verjährungsfrist von 15 Jahren erreicht ist (vgl. E. 2.4). Mit Entscheid vom 3. Juni 2003 hat die ESTV den fraglichen Anspruch gegenüber der Beschwerdeführerin - jedenfalls hinsichtlich der strittigen Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2003 - geltend gemacht und damit die Verjährung (insoweit) unterbrochen (vgl. E. 2.4 und Sachverhalt Bst. B). Mit dem darauf folgenden Einspracheentscheid vom 27. November 2007 wurde auch über die hier ebenfalls strittigen Abrechnungsperioden 2. Quartal 2003 bis 4. Quartal 2003 entschieden, womit auch diesbezüglich die Verjährungsfrist neu zu laufen begann (vgl. E. 2.4 und Sachverhalt Bst. D). Mit Eingabe vom 11. Januar 2008 erhob die Beschwerdeführerin gegen den Einspracheentscheid vom 27. November 2007 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Die entsprechende Vernehmlassung der ESTV datiert vom 11. März 2008 (Sachverhalt Bst. E). Insoweit ist die Sach- und Rechtslage zwischen den Parteien zu Recht unbestritten.
3.1.2
3.1.2.1 Ob durch die Vernehmlassung der ESTV vom 11. März 2008 im genannten Beschwerdeverfahren A 212/2008 die Verjährung hinsichtlich des vorliegenden Rückforderungsanspruchs abermals unterbrochen worden sei, könne - so die Beschwerdeführerin - vorliegend offen bleiben. Denn der hier angefochtene Einspracheentscheid sei erst am 24. März 2015 und damit - so oder anders - ausserhalb der relativen Verjährungsfrist von fünf Jahren ergangen.
3.1.2.2 Diese Argumentation der Beschwerdeführerin setzt voraus, dass durch das im fraglichen Beschwerdeverfahren am 15. Juni 2010 ergangene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts die Verjährung hinsichtlich des vorliegenden Rückforderungsanspruchs nicht (erneut) unterbrochen worden ist. Denn wäre das fragliche Urteil als Unterbrechungsgrund zu qualifizieren, hätte die fünfjährige Verjährungsfrist am 15. Juni 2010 neu zu laufen begonnen, womit der angefochtene - seinerseits verjährungsunterbrechende (E. 2.4) - Einspracheentscheid vom 24. März 2015 rechtzeitig bzw. innerhalb der relativen fünfjährigen Verjährungsfrist ergangen wäre.
3.1.2.3 Nachfolgend ist demnach durch Auslegung zu prüfen, ob nach Art. 49 Abs. 2 aMWSTG durch das fragliche bundesverwaltungsgerichtliche Urteil die Verjährung vorliegend erneut unterbrochen worden ist, bzw. ob seitens des Staates eine Verjährungsunterbrechung nach dieser Bestimmung allenfalls nur durch eine Handlung bzw. einen Akt der Steuerverwaltung erwirkt werden kann.
3.1.3
3.1.3.1 Der Wortlaut von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG, wonach die Verjährungsfrist "durch jede Einforderungshandlung und durch jede Berichtigung durch die zuständige Behörde" unterbrochen wird, lässt bezüglich dieser Frage keinen eindeutigen Schluss zu.
3.1.3.2 Im Bericht vom 28. August 1996 der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats (Bundesblatt [BBl] 1996 V 713, 782) ist zu Art. 47 Abs. 2 E-aMWSTG (Art. 49 Abs. 2 in der endgültigen Fassung) festgehalten, dass - unter Vorbehalt der absoluten Verjährungsfrist - "die zuständige Behörde die Verjährung durch jede Einforderungshandlung und durch jede Berichtigung unterbrechen" könne. Zuständige Behörde für die Steuer auf Inlandumsätzen sei nach Art. 49 E-aMWSTG (Art. 52 in der endgültigen Fassung) die ESTV. Einforderungshandlungen seien "insbesondere" Ergänzungsabrechnungen und jeder im Steuerverfahren ergangene Entscheid der ESTV.
Der Bericht nennt also im Zusammenhang mit der Verjährungsunterbrechung nach Art. 47 Abs. 2 E-aMWSTG (bzw. Art. 49 Abs. 2 aMWSTG) ausdrücklich die ESTV als "zuständige Behörde". Dies jedoch unter Bezugnahme auf die Zuständigkeitsordnung nach Art. 49 E-aMWSTG (bzw. Art. 52 aMWSTG), wonach die ESTV alle zur Erhebung der Steuer auf den Inlandumsätzen erforderlichen Weisungen und Entscheide erlässt, deren Erlass nicht ausdrücklich einer anderen Behörde vorbehalten ist. Zu berücksichtigen ist daher, dass mit Einreichung der Beschwerde (hier: Beschwerde vom 11. Januar 2008) die Zuständigkeit zur Behandlung der Sache, die Gegenstand der mit Beschwerde angefochtenen Verfügung (hier: Einspracheentscheid vom 29. November 2007) bildet, vollständig auf das Bundesverwaltungsgericht übergegangen war.
3.1.3.3 Durch ein Urteil des Bundesverwaltungsgerichts werden sämtliche vorangehenden Entscheide der unteren Instanzen - so namentlich der entsprechende Einspracheentscheid der ESTV - ersetzt (sog. Devolutiveffekt; vgl. Art. 54 VwVG sowie BGE 134 II 142 E. 1.4). Weshalb also lediglich der Steuerfestsetzung im vorgelagerten Verwaltungsverfahren verjährungsunterbrechende Wirkung zukommen soll (E. 2.4), nicht aber jener im nachgelagerten, diesen Verwaltungsakt ersetzenden Urteil des Bundesverwaltungsgerichts, ist unter keinem Titel einzusehen. Die zitierten Äusserungen im Bericht können jedenfalls nicht so interpretiert werden, dass die Kommission im Rahmen von Art. 47 Abs. 2 E-aMWSTG (bzw. Art. 49 Abs. 2 aMWSTG) in jedem Fall nur den Handlungen bzw. Akten der ESTV verjährungsunterbrechende Wirkung zukommen lassen wollte, nicht aber den Urteilen der (nachgelagerten) Steuerjustizbehörden. Dies gilt umso mehr, als dass gemäss Bericht "jede Mitteilung, worin dem Steuerpflichtigen erläutert wird, dass ein bestimmter Sachverhalt der Steuer unterliegt" (BBl 1996 V 782), zum Unterbruch der Verjährungsfrist genügen soll.
3.1.3.4 Ein auf die Handlungen bzw. Akte der ESTV beschränktes Verständnis der unter Art. 49 Abs. 2 aMWSTG fallenden Unterbrechungshandlungen erscheint weiter aus folgendem Grund als verfehlt:
Nach der Rechtsprechung zu Art. 49 Abs. 2 aMWSTG genügt für eine Verjährungsunterbrechung jede der mehrwertsteuerpflichtigen Person zur Kenntnis gebrachte, auf Einforderung oder Feststellung des Steueranspruchs gerichtete Amtshandlung (vgl. E. 2.4). Dieses weite Verständnis der unter die Bestimmung fallenden Unterbrechungshandlungen beinhaltet eine tendenziell einseitige Risikoverteilung zugunsten des Staates bzw. zuungunsten der steuerpflichtigen Person. Unter anderem aus diesem Grund ist in dem seit 1. Januar 2010 geltenden Art. 42 Abs. 2 MWSTG festgehalten, dass eine Verjährungsunterbrechung nur noch mit einem qualifizierten Schriftstück wie einer auf Festsetzung oder Korrektur der Steuerforderung gerichteten empfangsbedürftigen schriftlichen Erklärung, einer entsprechenden Verfügung, einem entsprechenden Einspracheentscheid oder einem entsprechenden Urteil erfolgen kann (vgl. Botschaft vom 25. Juni 2008 zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer, BBl 2008 6909, 6985; Pirmin Bischof, Revision des MWST-Verfahrensrechts und MWST-Strafrechts - Erläuterung der vom Nationalrat vorgenommenen Anpassungen, in: Der Schweizer Treuhänder [ST] 6-7/09, S. 492-498; Ivo P. Baumgartner/Diego Clavadetscher/Martin Kocher, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 8 N 45; Michael Beusch, in: Felix Geiger/Regine Schluckbier [Hrsg.], MWSTG Kommentar, 2012, N 17 zu Art. 42 MWSTG). Mit anderen Worten sollten die möglichen staatlichen Unterbrechungshandlungen mit Art. 42 Abs. 2 MWSTG eine Einschränkung gegenüber der altrechtlichen Regelung in Art. 49 Abs. 2 aMWSTG erfahren. Wenn nun aber einem (auf Festsetzung oder Korrektur der Steuerforderung gerichteten) Urteil des Bundesverwaltungsgerichts - selbst nach der hinsichtlich der möglichen Unterbrechungshandlungen restriktiveren neuen Regelung - verjährungsunterbrechende Wirkung zukommt, dann a fortiori bereits nach der insoweit extensiver gehandhabten altrechtlichen Regelung.
3.1.3.5 Das Bundesgericht hielt denn auch in BGE 88 I 45 E. 1b ausdrücklich fest, dass - wie die Veranlagungsverfügung und der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung - auch die in einem nachfolgenden (gerichtlichen) Beschwerdeentscheid vorgenommene Steuerfestsetzung den "Charakter" einer Einforderungshandlung (und damit verjährungsunterbrechende Wirkung) habe. Durch einen solchen Entscheid werde nämlich wiederum die Bezahlung der Steuer verlangt oder wenigstens ermöglicht; er solle die steuerpflichtige Person zur Entrichtung der festgesetzten Steuer veranlassen.
Zwar bezog sich das Bundesgericht dabei auf den Begriff der Einforderungshandlung nach Art. 128 des Wehrsteuerbeschlusses (Bundesratsbeschluss vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer Wehrsteuer bzw. [später] Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer vom 9. Dezember 1940 [in Kraft bis 31. Dezember 1994]). Weshalb aber für den Begriff der Einforderungshandlung nach Art. 49 Abs. 2 aMWSTG etwas Anderes gelten soll, verschliesst sich dem Bundesverwaltungsgericht. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum alten Mehrwertsteuerrecht, wonach jede der steuerpflichtigen Person zur Kenntnis gebrachte, auf Einforderung oder Feststellung des Steueranspruchs gerichtete Amtshandlung als verjährungsunterbrechend gilt (E. 2.4), schliesst jedenfalls nicht aus, die in einem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vorgenommene Steuerfestsetzung als verjährungsunterbrechend zu qualifizieren.
Indem und insoweit das Bundesverwaltungsgericht den strittigen Rückforderungsanspruch in seinem Urteil A 212/2008 vom 15. Juni 2010 im Grundsatz bestätigt und die Sache zur ziffernmässigen Festlegung der Steuerschuld an die ESTV zurückgewiesen hat, hat es als "zuständige Behörde" ganz im Sinn der einschlägigen gesetzlichen Regelung sowie der Ausführungen in BGE 88 I 45 E. 1b die Bezahlung der Steuer "verlangt" bzw. "wenigstens ermöglicht" und damit materiell eine Einforderungshandlung gemäss Art. 49 Abs. 2 aMWSTG vorgenommen. Dass das Bundesverwaltungsgericht die fragliche Steuerschuld nicht selbst ziffernmässig festgesetzt hat, vermag daran nichts zu ändern (E. 2.4).
3.1.3.6 Soweit sich in der Lehre dazu eindeutige Stellungnahmen finden, wird gleichermassen die Auffassung vertreten, dass nicht nur auf Einforderung oder Feststellung des Steueranspruchs gerichtete Verfügungen und Entscheide der Steuerverwaltung, sondern auch entsprechende Urteile der übergeordneten Rechtsmittelinstanzen zu einem Verjährungsunterbruch führen (vgl. Thomas Meier, Verjährung und Verwirkung öffentlich-rechtlicher Forderungen, 2013, S. 233 f.; Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, S. 299; Stephan Kuhn/Peter Spinnler, Mehrwertsteuer: Das Nachschlagewerk zum Systemwechsel, 1994, S. 112; nicht eindeutig: Baumgartner/Clavadetscher/Kocher, a.a.O., § 8 N 45; Niklaus Honauer/Peter Zollinger, Verjährung und Verjährungsunterbrechung in der Mehrwertsteuer, in: ST 9/05, S. 732; Alois Camen­zind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl. 2003, S. 549, Rz. 1629; Dieter Metzger, Kurzkommentar zum Mehrwertsteuergesetz, 2000, S. 169).
3.1.4 Da nach dem Gesagten dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 212/2008 vom 15. Juni 2010 vorliegend verjährungsunterbrechende Wirkung zukommt, ist der angefochtene Einspracheentscheid vom 24. März 2015 innerhalb der relativen fünfjährigen Verjährungsfrist ergangen. Der Rückforderungsanspruch der Vorinstanz ist daher nicht relativ verjährt. Der Vollständigkeit halber sei angemerkt, dass die fragliche Forderung auch in absoluter Hinsicht nicht verjährt ist (E. 2.4); Gegenteiliges wird auch nicht behauptet.
3.2 Nachdem feststeht, dass der Rückforderungsanspruch der Vorinstanz nicht durch Verjährung untergegangen ist, hat sich das Gericht mit diesem Anspruch auseinanderzusetzen.
Wie vorangehend in E. 3 dargelegt, sind sich die Parteien vorliegend einig, dass der im angefochtenen Einspracheentscheid von der Vorinstanz geltend gemachte Rückforderungsanspruch zu reduzieren ist. Im Streit liegt nur mehr die effektive Höhe der Reduktion.
3.2.1 In Übereinstimmung mit der Beschwerdeführerin stellt die Vor­instanz in ihrer Vernehmlassung vom 5. Juni 2015 bei der Ermittlung der Flugstunden nicht mehr - wie noch im angefochtenen Einspracheentscheid - auf die jeweilige "Flight Time", sondern auf die "Block Time" ab. Zusätzlich anerkennt sie - wiederum in Übereinstimmung mit der Beschwerdeführerin und im Gegensatz zum angefochtenen Einspracheentscheid - die Vorsteuerabzugsberechtigung der Beschwerdeführerin in Bezug auf neun weitere Flüge, denen effektiv (Rechnungen der B._______ AG an Dritte sowie) Gutschriften der B._______ AG an die Beschwerdeführerin zugrunde liegen (sieben "PVT"- und zwei "REV"-Flüge [vgl. Vernehmlassung Ziff. 3 bzw. Beschwerde Ziff. 2.3]). Aus diesen Gründen beantragt die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung eine Reduktion des im angefochtenen Einspracheentscheid verfügten Rückforderungsanspruchs um Fr. 57'401.--. Dass die Vorinstanz erst in ihrer Vernehmlassung - und damit erst aufgrund der Beschwerde gegen ihren Einspracheentscheid - bei ihren Berechnungen auf die "Block Time" abgestellt hat, erstaunt insofern, als dass das Bundesverwaltungsgericht bereits im massgeblichen Rückweisungsurteil vom 15. Juni 2010 ausführte, zur Ermittlung der Flugstunden sei "wohl" auf die Rubrik "Block Time Total" im aktenkundigen "Flight Information System" abzustellen. Dies, zumal diese die tatsächliche Gesamtzeit anzeige, in der das Flugzeug jeweils in Zusammenhang mit einem bestimmten Flug verwendet worden sei (vgl. E. 4.3.3 des Urteils bzw. vorne Sachverhalt Bst. F). Immerhin stimmt die entsprechende Ermittlungsweise in der Vernehmlassung mit den verbindlichen Vorgaben aus dem genannten Rückweisungsentscheid überein und ist daher nicht zu beanstanden; die Beschwerdeführerin macht nichts anderes geltend.
Sodann erweist sich die Berücksichtigung sämtlicher Flüge, für welche die B._______ AG der Beschwerdeführerin Gutschriften ausgestellt hat, mit Blick auf die entsprechende verbindliche Weisung im genannten Rückweisungsentscheid als zwingend (vgl. E. 4.2.3 Abs. 2 sowie E. 4.3.5 des Urteils).
Aufgrund dieser Korrekturen hat die Vorinstanz errechnet, dass ihr ursprünglich geltend gemachter Rückforderungsanspruch um Fr. 57'401.-- zugunsten der Beschwerdeführerin zu reduzieren ist. Dass diese Berechnung falsch vorgenommen worden wäre, ist nicht ersichtlich und wird auch nicht vorgebracht.
3.2.2 Die Beschwerdeführerin moniert an der Vorsteuerabzugskürzung in der Vernehmlassung letztlich einzig, dass die Vorinstanz bei der fraglichen Berechnung von einer fehlenden Vorsteuerabzugsberechtigung der Beschwerdeführerin in Bezug auf die "REV"-Flüge vom 23. Juli 2002 von [Ort] nach [Ort] sowie vom 26. Juli 2002 von [Ort] nach [Ort] ausgegangen sei (Replik vom 15. Juni 2015, dort insb. Ziff. 5.2). Zwar habe ihr die B._______ AG für diese beiden Flüge keine Gutschriften ausgestellt. Der Erhalt einer Gutschrift sei nach den verbindlichen Weisungen des Bundesverwaltungsgerichts im Urteil vom 15. Juni 2010 jedoch keine Voraussetzung, um in Bezug auf die als "REV" gekennzeichneten Flüge zum Vorsteuerabzug berechtigt zu sein. Nach E. 4.3.5 des fraglichen Urteils berechtigten solche Flüge die Beschwerdeführerin vielmehr ohne weiteres zum Vorsteuerabzug, d.h. allein aufgrund ihrer Kennzeichnung mit "REV". Somit ergebe sich (unter zusätzlicher Berücksichtigung der rechnerischen Auswirkungen auf die Einlageentsteuerung sowie die Eigenverbrauchssteuer) eine Reduktion des Rückforderungsanspruchs um insgesamt Fr. 63'504.60 (anstatt um Fr. 57'401.-- wie von der Vorinstanz vertreten) bzw. ein Rückforderungsanspruch der Vorinstanz von gesamthaft Fr. 828'675.40 (anstatt Fr. 834'779.--).
Diesen Ausführungen der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden. Die Aussage des Bundesverwaltungsgerichts in E. 4.3.5 des fraglichen Urteils, wonach "REV"-Flüge - im Gegensatz zu "PVT"-Flügen - die Beschwerdeführerin zum Vorsteuerabzug berechtigten, ist im Kontext des entsprechenden Gesamturteils zu lesen. Dabei sind insbesondere die folgenden Textstellen zu beachten (Hervorhebungen nur hier):
E. 4.2.2 Abs. 1: "Zur Bedeutung [der] Abkürzung führt die [B._______ AG] aus, mit 'PVT' bezeichne sie die Flüge mit einem Flugzeug, das durch sie nicht kommerziell betrieben und dementsprechend nicht in ihr 'Air Operator Certificate (AOC)' aufgenommen werde. Für Flüge von Flugzeugen, die sie 'im AOC betreibe', sowie in seltenen Ausnahmefällen für Gelegenheitsflüge, stelle sie dem Kunden für die Flugleistung Rechnung und verwende das Kürzel 'REV' (für 'Revenue')."
E. 4.2.3 Abs. 2: "Zusammenfassend stellt nur die Vermietung des Flugzeugs an die [B._______ AG] zur Durchführung von Flügen für Dritte eine Verwendung für einen zum Vorsteuerabzug berechtigenden Zweck dar. Bei der anderweitigen Verwendung des Flugzeugs, d.h. insoweit durch die [B._______ AG] keine Gutschriften ausgestellt und die durchgeführten Flüge von der [B._______ AG] als 'PVT' deklariert wurden, liegt keine geschäftliche Verwendung des Flugzeugs für Zwecke, die zum Vorsteuerabzug berechtigen, vor."
Bereits aus diesen Textstellen ergibt sich, dass das Bundesverwaltungsgericht davon ausging, dass bei den vorsteuerabzugsberechtigenden "REV"-Flügen eine Gutschrift der B._______ AG an die Beschwerdeführerin grundsätzlich vorliegt (bzw. die B._______ AG den Dritten für die fraglichen Flüge Rechnung gestellt hat). Entsprechend wird ausdrücklich nur die "Vermietung" des Flugzeugs (zur Durchführung von Flügen für Dritte) als vorsteuerabzugsberechtigend erachtet; und diese ist aus zivilrechtlicher Sicht zwingend entgeltlich (vgl. Art. 253 OR). Ohne Gutschrift läge materiellrechtlich denn auch - mangels Entgelt - überhaupt keine mehrwertsteuerlich relevante Leistung vor, weshalb die Beschwerdeführerin insoweit von vornherein nicht zum Vorsteuerabzug berechtigt sein könnte (vgl. E. 2.1 f.). Folglich steht nach dem fraglichen Urteil die Vorsteuerabzugsberechtigung der Beschwerdeführerin in Bezug auf die "REV"-Flüge zweifelsfrei unter dem Vorbehalt, dass sie für die entsprechenden Flüge bzw. Vermietungen von der B._______ AG eine Gutschrift (bzw. ein Entgelt) erhalten hat. Spiegelbildlich dazu berechtigen als "PVT" gekennzeichnete Flüge die Beschwerdeführerin nur insoweit nicht zum Vorsteuerabzug, als sie dafür von der B._______ AG keine Gutschrift (bzw. kein Entgelt) erhalten hat (vgl. etwa die unter E. 3.2.1 erwähnten und von der ESTV als vorsteuerabzugsberechtigend anerkannten "PVT"-Flüge). Würde man der Argumentation der Beschwerdeführerin folgen, hätte die ESTV die als "PVT" bezeichneten, aber dennoch entgeltlichen Drittflüge nicht zu ihren Gunsten veranschlagen dürfen.
Damit befindet sich die Festlegung der Vorsteuerabzugskürzung, d.h. der Steuerschulden bzw. Guthaben, in der Vernehmlassung der Vorinstanz vom 5. Juni 2015 in Übereinstimmung mit den diesbezüglichen verbindlichen Weisungen des Bundesverwaltungsgerichts im Urteil A 212/2008 vom 15. Juni 2010. Inwiefern die betreffende vorinstanzliche Berechnung fehlerhaft oder nicht sachgerecht sein soll, ist nicht ersichtlich (vgl. E. 2.3).
3.3 Nach dem Dargelegten ist die Beschwerde teilweise, nämlich in dem von der Vorinstanz im Rahmen der Vernehmlassung bereits akzeptierten Umfang von Fr. 57'401.-- (und damit nicht in dem von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Umfang von Fr. 63'504.60), gutzuheissen. Der Rückforderungsanspruch des Fiskus gegenüber der Beschwerdeführerin betreffend die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 ist entsprechend auf Fr. 834'779.-- zuzüglich gesetzlich geschuldetem Verzugszins (vgl. dazu E. 2.5) festzusetzen.
4.Es bleibt über die Verfahrenskosten (E. 4.1) und eine allfällige Parteientschädigung (E. 4.2) zu befinden.
4.1 Die Verfahrenskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt; unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt (Art. 63 Abs. 1 VwVG).
Nach dem Vorstehenden unterliegt die Beschwerdeführerin unter Berücksichtigung der konkreten Umstände des Einzelfalls zu rund 10%. Entsprechend hat sie 10% der auf Fr. 1'500.-- festzusetzenden Verfahrenskosten (vgl. Art. 2 Abs. 1 i.V.m. Art. 4 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE; SR 173.320.2]) und damit Fr. 150.-- zu tragen. Dieser Betrag ist dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 11'500.-- zu entnehmen. Der Restbetrag von Fr. 11'350.-- ist der Beschwerdeführerin nach Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückzuerstatten.
Der Vorinstanz sind keine Verfahrenskosten aufzuerlegen (Art. 63 Abs. 2 VwVG).
4.2 Die teilweise obsiegende, anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin hat gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG i.V.m. Art. 7 ff. VGKE Anspruch auf eine (reduzierte) Parteientschädigung zulasten der Vorinstanz. Da die Vertreterin der Beschwerdeführerin dem Bundesverwaltungsgericht keine Kostennote eingereicht hat, ist die Parteientschädigung vorliegend aufgrund der Akten festzusetzen. Im vorliegenden Fall erachtet das Gericht - in Einklang mit seiner entsprechenden Praxis - eine Parteientschädigung von gerundet Fr. 2'000.-- als angemessen (vgl. Art. 14 Abs. 2 VGKE).
Die Vorinstanz hat als Bundesbehörde keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 7 Abs. 3 VGKE).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Einspracheentscheid der ESTV vom 24. März 2015 wird im entsprechenden Umfang aufgehoben und der Rückforderungsanspruch des Fiskus gegenüber der Beschwerdeführerin betreffend die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 auf Fr. 834'779.-- zuzüglich Verzugszins festgesetzt.
2. Die Verfahrenskosten werden auf Fr. 1'500.-- festgesetzt und im Umfang von Fr. 150.-- der Beschwerdeführerin auferlegt. Dieser Betrag wird dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 11'500.-- entnommen. Der Restbetrag von Fr. 11'350.-- wird der Beschwerdeführerin nach Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückerstattet.
3. Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin eine leicht reduzierte Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil geht an:
- die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde);
- die Vorinstanz (Ref-Nr. [...]; Gerichtsurkunde).
(Die Rechtsmittelbelehrung befindet sich auf der folgenden Seite)
Der vorsitzende Richter:
Die Gerichtsschreiberin:
Daniel Riedo
Zulema Rickenbacher
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 BGG). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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