bvger · A-6912/2017 · 2021-03-18 · fr
A-6912/2017

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-6912/2017
Arrêt du 18 mars 2021
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Jérôme Candrian, Jürg Steiger, juges,
Julien Delaye, greffier.
Parties
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA, recourante,
contre
Ville de Genève, intimée,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Indemnité consécutive à une expropriation.
Faits :
A. La Ville de Genève (ci-après : l'intimée) est propriétaire de la parcelle no [1], sis sur la commune de Genève-[...] (ci-après : la parcelle no [1]), d'une surface totale de 110'853 m2.
Environ 90 % de cette parcelle se situe en zone de verdure et environ 10 % se trouve en zone 5. La parcelle est bordée par la route de [...], l'avenue [...], l'avenue Alfred-[...] et le chemin des [...]. Se trouvent sur cette parcelle le parc [...], une crèche (bâtiment [...]), un bâtiment pour la voirie et l'entretien ([...]), un bâtiment en sous-sol ([...]) et deux installations techniques eau en sous-sol également ([...] et [...]). Elle fait partie du patrimoine privé de la commune.
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : la recourante) et la République et Canton de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des Transports (ci-après : l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin Eaux Vives-Annemasse (ci-après : CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.
B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé, avec charges, les plans du CEVA. La décision de l'OFT accorde à la recourante le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprises et les tableaux des droits à exproprier. Elle prescrit que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après : l'autorité inférieure).
B.c Les recours interjetés contre cette décision ont été rejetés par le Tribunal administratif fédéral qui a, par arrêt A-3713/2008 du 15 juin 2011, confirmé l'approbation des plans du CEVA. Les recours au Tribunal fédéral ont été rejetés en date du 15 mars 2012.
C.
C.a Le 23 juin 2016, la recourante a saisi l'autorité inférieure d'une procédure visant à estimer le montant de l'indemnité due à l'intimée pour la constitution, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation d'un tunnel ferroviaire.
C.b L'intimée a conclu, en substance, au versement d'une indemnité de 2'642'000 francs, correspondant à 1'000 francs par m2 pour 2'642 m2 de surface.
C.c Le 18 janvier 2017, l'autorité inférieure a tenu une séance de conciliation et auditionné les parties.
D. Par décision du 31 octobre 2017, l'autorité inférieure a partiellement admis la demande de l'intimée, lui a octroyé une indemnité de 398'170 francs, avec intérêts à 5 % dès le 18 janvier 2017, mis à la charge de la recourante les frais de la procédure et condamné celle-ci à verser à l'intimée la somme de 5'000 francs à titre de dépens.
Elle constate que l'assiette des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit à bâtir n'est que de 1'284 m2 en zone 5 et de 1'357 m2 en zone de verdure, et que la profondeur des droits demandés est de plus de 5.92 mètres. Malgré l'absence de projet concret, elle estime que la probabilité d'une construction englobant la construction d'un parking de plus d'un étage en sous-sol sur la parcelle concernée ne peut être ignorée et qu'il y a lieu d'admettre que la constitution des servitudes litigieuses diminue la valeur de la parcelle. Elle détermine à 1'500 francs le prix au m2 en zone 5, compte tenu de la situation de la parcelle au centre-ville, mais aussi du fait que la surface concernée ne représente qu'une petite partie en bordure de la parcelle et qu'un futur projet pourrait sans doute voir le jour sans être impacté fondamentalement par cette contrainte. S'agissant d'une emprise en profondeur, elle estime à 20 % la diminution de la valeur de la parcelle. Elle retient le même pourcentage s'agissant de la zone de verdure dont elle détermine le prix à 50 francs le m2.
Au surplus, elle constate que la servitude d'exploitation du tunnel ferroviaire grève l'ensemble de la parcelle. Elle relève qu'il n'est cependant pas avéré que cette servitude entraîne une diminution de la valeur de l'immeuble. Rien au dossier ne permettrait, en effet, de retenir ou de présumer que les normes ne seraient pas respectées lors de l'exploitation du CEVA.
Elle retient ainsi que le dommage subi par l'intimée à la suite de la constitution des trois servitudes litigieuses s'élève à 398'170 francs.
E. La recourante a formé recours, le 5 décembre 2017, contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision attaquée soit annulée et à ce qu'il soit constaté qu'elle ne doit verser à l'intimée aucune indemnité à titre de dépens pour la procédure devant l'autorité inférieure.
F. Par mémoire de réponse du 8 février 2018, l'intimée a conclu au rejet du recours, à ce que les frais de la procédure de recours soient mis à la charge de la recourante et à ce que cette dernière soit condamnée à lui verser une indemnité à titre de dépens.
G. Le 12 mars 2018, l'autorité inférieure a renoncé à prendre position sur le recours du 5 décembre 2017 et renvoyé, au surplus, aux considérants de la décision attaquée.
H. Dans ses observations finales du 28 janvier 2021, la recourante a maintenu l'ensemble de ses conclusions.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
Droit :
1.
1.1 Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32, 33 let. f de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021] et art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711]).
1.2 La qualité pour recourir doit être reconnue à la recourante (art. 48 al. 1 PA, en lien avec 78 al. 1 LEx). Les autres conditions de recevabilité sont en outre respectées (art. 11 al. 1, 50 al. 1, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA).
1.3 Le recours est par conséquent recevable.
2. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, ainsi que pour inopportunité, sauf si une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49 PA).
2.1 Le Tribunal administratif fédéral fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3. ; arrêt du TAF A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2).
2.2 La procédure fédérale est essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que l'autorité administrative constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration des preuves par les moyens idoines (art. 12 PA). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 13 PA ; cf. Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, 2008, no 142). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37 LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit, dans ce cas, pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. Dans ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier d'office les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.1 et A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.2).
2.3 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. André Moser/Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, no 2.165). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2.).
3. La loi fédérale sur l'expropriation régit l'exercice du droit d'expropriation pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale (art. 1 LEx). La Confédération peut exercer elle-même le droit d'expropriation ou le conférer à des tiers (art. 2 LEx).
L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). Sauf disposition légale ou convention contraire, l'indemnité est payable en argent sous la forme d'un capital ou d'une rente (art. 17 LEx). Doivent être pris en considération, pour la fixation de l'indemnité, tous préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits. En conséquence, l'indemnité comprend notamment la pleine valeur vénale du droit exproprié et le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation. Elle comprend, en outre, en cas d'expropriation partielle d'un immeuble ou de plusieurs immeubles dépendant économiquement les uns des autres, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (art. 19 let. a, b et c LEx).
Selon l'art. 19bis LEx, dans sa nouvelle teneur au 1er janvier 2021 (RO 2020 4085, FF 2018 4817), est déterminante la valeur vénale du jour où le titre d'expropriation devient exécutoire. L'art. 19bis al. 1 aLEx retenait la valeur vénale du jour de l'audience de conciliation.
L'estimation de la valeur vénale doit tenir compte dans une juste mesure de la possibilité de mieux utiliser l'immeuble (art. 20 al. 1 LEx). L'estimation de la valeur vénale des immeubles doit tenir compte des servitudes existant lors du dépôt du plan d'expropriation, usufruits exceptés, ainsi que des baux à loyer et à ferme annotés au registre foncier (art. 21 al. 1 LEx). Si d'autres droits personnels, tels que des droits de préemption, d'emption et de réméré, sont annotés au registre foncier, l'indemnité accordée aux ayants droit en conformité de l'art. 23 est portée en déduction (art. 21 al. 2 LEx). En cas d'expropriation partielle, il n'est pas accordé d'indemnité de dépréciation pour la partie restante, lorsque la dépréciation se trouve compensée par des avantages particuliers résultant de l'entreprise de l'expropriant. Par contre, il est tenu compte du dommage résultant de la perte ou de la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale et que la partie restante aurait, selon toute vraisemblance, conservés s'il n'y avait pas eu d'expropriation (art. 22 LEx).
4. L'objet du litige porte sur la question de savoir si la recourante doit verser ou non une indemnité à l'intimée pour la constitution, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation d'un tunnel ferroviaire.
5. La recourante se plaint d'une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents et d'une violation des art. 16 ss LEx.
5.1 La recourante fait d'abord valoir que l'autorité inférieure aurait dû constater que l'intimée ne subissait aucun préjudice indemnisable du fait de l'inscription, au profit de la recourante, des servitudes litigieuses sur la parcelle no [1]. Elle rappelle que cette parcelle a été donnée à l'intimée, pour partie en 1933 et en 1940 pour le reste. Elle souligne que l'acte de donation prévoit que la destination de parc public des deux parcelles cédées, réunies par la suite sous la parcelle no [1], devra être conservée pendante toute la vie du donateur et également après, aussi longtemps que possible, et tant que des nécessités impératives n'imposeront pas une désaffectation. A l'époque, le Conseil administratif de la commune aurait donné l'assurance d'observer scrupuleusement les voeux du donateur, en maintenant à ce parc son caractère de promenade publique. La recourante reproche ainsi à l'autorité inférieure de ne pas avoir tenu compte des charges assorties à la donation. Du fait de ces charges, la parcelle no [1] ne pourrait avoir de rendement et n'aurait, par conséquent, aucune valeur vénale. Il en irait de même pour l'avenir, l'intimée ayant admis n'avoir aucun projet de construction en sous-sol et en surface. La recourante souligne que l'intimée n'aurait pas non plus allégué ni prouvé que, dans l'hypothèse d'un agrandissement ou d'une reconstruction des bâtiments, le coût de construction serait augmenté du fait de l'existence des servitudes concernées, ce d'autant plus que l'intimée resterait libre de réaliser un projet de construction d'un niveau en sous-sol. La recourante fait valoir, ensuite, que l'affectation de la majeure partie de la parcelle en zone de verdure prohibe, en principe, toute construction ou installation qui ne sert pas à l'aménagement des lieux. L'affectation de la parcelle en zone de verdure ouverte à l'usage public et destinée au délassement ne permettrait pas non plus d'envisager une exploitation agricole. Elle ajoute que le fait que l'intimée n'ait pas intégré cette parcelle dans l'une des zones définies par son règlement relatif aux plans d'utilisation du sol monterait bien qu'elle tient à ce que cette parcelle ne puisse faire l'objet d'un quelconque développement à l'avenir. La recourante souligne, encore, que l'autorité inférieure aurait mal apprécié le taux de dépréciation de la parcelle en retenant une perte de valeur de 20 %, dans la mesure où ce taux ne reposerait sur aucune méthode d'évaluation claire. Elle estime que la valeur du bien-fonds avant l'expropriation et sa valeur restant après l'expropriation sont identiques dès lors que l'usage de celui-ci n'a aucunement été affecté par la constitution des servitudes litigieuses. Enfin, la recourante relève que le taux d'intérêt de 5 % retenu par l'autorité inférieure ne correspond pas au taux de référence applicable aux contrats de bail, publié sur le site internet de l'Office fédéral du logement et admis par la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral.
L'intimée relève d'abord des erreurs de calculs. Elle rappelle, à titre liminaire, que, selon les documents élaborés par le mandataire de la recourante, l'emprise en zone de verdure semble bien être de 1'357 m2 selon la page de garde, mais elle est de 1'359 m2 sur le plan d'emprise. Ainsi, la surface totale faisant l'objet de l'emprise serait soit de 2'641 m2 (1'284 + 1'357), soit de 2'643 m2 (1'284 + 1'359), mais elle ne pourrait être de 2'642 m2. Elle fait ensuite valoir, à titre principal, que c'est à bon droit que l'autorité inférieure a tenu compte de la possibilité de réaliser un projet de construction sur la zone d'emprise. Elle souligne que l'affectation d'une partie de la parcelle en zone 5 n'empêche pas pour autant toute densification et que l'acte de donation n'exclut pas toute construction sur la parcelle concernée ; la destination de parc doit uniquement être conservée aussi longtemps que possible, et tant que des nécessités impératives n'imposeront pas une désaffectation. Elle rappelle qu'elle bénéficie de la pleine propriété et jouissance de la parcelle et que la servitude liée à l'acte de donation peut être radiée au registre foncier sur simple présentation de l'acte de décès du donateur. Elle relève ainsi que la charge relative à la donation n'est ni absolue ni inconditionnelle. Au surplus, ni l'acte de donation ni les engagements pris par le Conseil administratif n'excluent une construction en sous-sol. Il serait ainsi parfaitement envisageable de maintenir en surface la destination de parc et de réaliser un parking en sous-sol, comme c'est le cas de la plaine de Plainpalais, ou de mettre en oeuvre un projet géothermique. L'intimée estime enfin que l'autorité inférieure a bien calculé la valeur vénale de la parcelle en retenant un prix de 1'500 francs par m2 pour la zone 5 et de 50 francs par m2 pour la zone de verdure.
5.2 Les principes régissant l'estimation de l'indemnité d'expropriation sont les suivants.
5.2.1 L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx ; cf. supra consid. 3). L'indemnité doit placer l'exproprié dans une situation économiquement équivalente à celle dont il aurait bénéficié sans expropriation. Elle ne doit ainsi pas conduire à un appauvrissement ou à un enrichissement de l'exproprié (cf. ATF 95 I 453 consid. 2 et 93 I 554 consid. 3 ; arrêt du TAF A-6928/2015 du 2 décembre 2017 consid. 3.1). Selon l'art. 19 LEx, doivent ainsi être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié en raison de la suppression ou de la diminution de ses droits. L'indemnité comprend notamment la pleine valeur vénale du droit exproprié (let. a), en cas d'expropriation partielle, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (let. b), ainsi que le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation (let. c).
Le versement d'une indemnité est ainsi soumis à trois conditions cumulatives : l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (cf. arrêt du TAF A-6928/2015 précité consid. 3.4 et A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.1 ; Piermarco Zen-Ruffinen/Christine Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, no 1137). La perte de la valeur vénale du bien-fonds n'est ainsi pas compensée lorsqu'elle aurait eu lieu, malgré tout, en l'absence d'expropriation. A cet égard, une simple probabilité ou attente, fondée sur des considérations conjoncturelles ou économiques, ou sur des prévisions futures sans fondement précis, ne suffit pas à rattacher une perte de la valeur vénale à l'expropriation (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1138).
5.2.2 Pour le calcul de l'indemnité, les servitudes n'ayant pas de valeur vénale en soi au sens de l'art. 19 let. a LEx, l'indemnité d'expropriation doit être déterminée selon les règles de l'expropriation partielle de l'art. 19 let. b LEx. L'indemnité pleine et entière à verser au propriétaire du fonds grevé au sens de l'art. 16 LEx correspond alors à la dépréciation de la partie restante. Il s'agit ainsi de compenser la différence entre la valeur vénale qu'avait le bien-fonds sans les servitudes et sa valeur avec (cf. ATF 131 II 458 consid. 3.3 et 129 II 420 consid. 3.1.1 ; arrêt du TAF A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.3.2). L'indemnité due pour la constitution des servitudes est ainsi appelée à couvrir la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation, par exemple en sous-sol (cf. ATF 122 II 246 consid. 4).
Pour fixer l'indemnité due en raison des servitudes, il faut donc tout d'abord déterminer la valeur vénale de la parcelle sans la constitution des servitudes, évaluer la dépréciation qu'entraînent celles-ci sur cette valeur et encore estimer s'il subsiste un dommage résiduel (cf. arrêt du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 6.3).
5.2.3 La valeur vénale du bien-fonds sans les servitudes est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (cf. arrêt du TF 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). Elle correspond au prix de vente qui pourrait être obtenu en cas d'aliénation sur le marché, dans des conditions ordinaires (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a, 106 Ib 223 consid. 3a et 102 Ib 353 consid. 2). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation, étant précisé que les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 5.1.2). Pour ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (cf. arrêt A-4923/2017 précité consid. 5.1.2). La possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié que celle qui en est faite doit également être retenue (art. 20 al. 1 LEx), lorsqu'elle parait non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir ; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (cf. ATF 129 II 470 consid. 6, 114 Ib 321 consid. 3, 113 Ib 39 consid. 4b et 112 Ib 531 consid. 3).
5.2.4 Conformément à l'art. 22 al. 2 LEx, il faut ensuite tenir compte du dommage résultant de la perte ou de la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale et que la partie restante aurait, selon toute vraisemblance, conservés s'il n'y avait pas eu d'expropriation. D'après la jurisprudence, il peut s'agir d'avantages de fait, ou d'éléments concrets ayant une influence sur la valeur vénale. Un lien de causalité adéquate doit pourtant exister entre l'expropriation elle-même et le dommage (cf. ATF 129 II 420 consid. 3.1.2, 114 Ib 321 consid. 3 et 106 Ib 381 consid. 2b). En cas d'expropriation partielle, la jurisprudence prend notamment en considération la perte d'avantages valorisant ou protégeant l'immeuble touché : protection contre les nuisances provenant du voisinage, garantie d'une vue dégagée sur le paysage, interdiction de construire grevant le fonds voisin en vertu d'une servitude, etc. (perte d'un « écran protecteur ») ; cette dépréciation doit être indemnisée (cf. ATF 106 Ib 381 consid. 4b, 104 Ib 79 consid. 1b, 100 Ib 190 consid. 8, 94 I 286 consid. 2 à 4 ; cf. aussi ATF 110 Ib 43 consid. 2, 102 Ib 348 consid. 3b et 98 Ib 329 consid. 1).
5.2.5 Enfin, l'art. 19 let. c LEx permet au propriétaire du fonds grevé de réclamer un dédommagement pour d'autres préjudices pour autant qu'ils soient pécuniaires ou patrimoniaux. En effet, la pleine indemnité prévue à l'art. 16 LEx exclut l'indemnisation d'un préjudice immatériel ou affectif (cf. ATF 112 Ib 531 consid. 4 ; arrêt du TF 1C_173/2007 du 14 septembre 2007 consid. 2.3.2 ; ATAF 2014/16 consid. 12 ; Zen Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1133). Il ne faut toutefois pas confondre ce dommage immatériel non indemnisable au titre de la loi sur l'expropriation avec le dommage entièrement subjectif qui se fonde sur l'intérêt spécial de l'exproprié à conserver son bien-fonds plutôt qu'à le vendre et qui est reconnu par le Tribunal fédéral dans certaines conditions (cf. ATF 113 Ib 39 consid. 2 et 112 Ib 514 consid. 2). Par ailleurs, les inconvénients psychologiques dus à la présence d'une installation souterraine peuvent être pris en compte s'ils affectent la valeur vénale (cf. arrêt du TF du 5 novembre 1975 consid 2c, in : ZBl 77/1976 p. 158 s.). Les effets indirects d'une construction souterraine sur l'usage de la surface doivent être pris en considération dans le calcul de l'indemnité (cf. Mathieu Carrel, le régime du sous-sol en droit suisse, Fribourg 2015, n° 214). C'est par ailleurs la raison pour laquelle les CFF prévoient, dans le groupe de servitudes imposées, une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. arrêt du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 6.1).
5.2.6 La date déterminante pour le calcul est celle de l'audience de conciliation (dies aestimandi ; art. 19bis aLEx), les dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020 précisant que les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de la modification (le 1er janvier 2021) sont terminées sous le régime de l'ancien droit (al. 1).
Cette date détermine les circonstances de fait et de droit sur lesquelles l'évaluation doit être fondée et porte sur tous les éléments du préjudice énumérés à l'art. 19 let. a à c LEx (cf. ATF 134 II 152 consid. 11.2 et 121 II 350 consid. 5d). Elle ne détermine ainsi pas seulement le statut factuel du bien exproprié, mais aussi son statut juridique. Il peut être fait exception à ce principe s'il apparaît que le régime de planification auquel l'immeuble est soumis constitue, en soi, un effet anticipé de l'expropriation (cf. ATF 134 II 39 consid. 12, 129 II 470 consid. 5 et 119 Ib 366 consid. 5).
5.3 Il s'agit donc de déterminer si l'autorité inférieure a bien apprécié la dépréciation de la parcelle de l'intimée à la suite de la constitution des trois servitudes litigieuses et si c'est à bon droit qu'elle a retenu que la parcelle subissait une perte de valeur de 398'170 francs.
5.3.1 Se fondant sur la situation en date du 18 janvier 2017, l'autorité inférieure a retenu que l'assiette de la servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et de la servitude de restriction au droit à bâtir était de 2'642 m2, la profondeur des droits demandés étant de 5.92 mètres. La servitude d'exploitation du tunnel ferroviaire grevait, quant à elle, l'ensemble de la parcelle de l'expropriée, soit 110'853 m2. Sur la parcelle se trouvent le parc [...], une crèche (bâtiment [...]), un bâtiment pour la voirie et l'entretien ([...]), un bâtiment en sous-sol ([...]) et deux installations techniques des eaux en sous-sol également ([...]et [...]). Elle relève que l'intimée a confirmé n'avoir aucun projet d'agrandissement ou de construction avec des sous-sols supplémentaires. Elle estime que les servitudes en cause l'empêcheront toutefois de procéder à un projet futur d'une certaine envergure en raison de la faible profondeur des droits demandés. En cela, elle admet que la constitution des servitudes diminue la valeur de la parcelle. Elle constate que les servitudes empiètent une surface de 1'284 m2 en zone 5 et une surface de 1'357 m2 en zone de verdure. Elle fixe le prix à 1'500 francs le m2 en zone 5 et à 50 francs le m2 en zone de verdure. Elle estime ensuite la dépréciation à 20 % et parvient à une perte de valeur de 398'170 francs en raison de la constitution de la servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et de la servitude de restriction au droit à bâtir. Quant à la servitude d'exploitation du tunnel ferroviaire, elle relève qu'il n'est pas avéré que cette servitude entraîne une diminution de la valeur de l'immeuble, étant rappelé que la recourante a l'obligation de respecter les normes en vigueur.
5.3.2 Le Tribunal constate que l'emplacement de la servitude de restriction au droit à bâtir et de la servitude de superficie pour tunnel ferroviaire se situe en bordure nord-ouest de la parcelle, à une profondeur de 5.92 mètres. Contrairement à ce que l'autorité inférieure a constaté et à ce qui figure sur la page de garde des documents élaborés par le mandataire de la recourante, manifestement par inadvertance ou en raison d'erreurs de calculs, elles grèvent une surface de 1'284 m2 en zone 5 et de 1'359 m2 en zone de verdure, soit un total de 2'643 m2, selon l'extrait du plan d'emprises no 5053 qui fait foi (cf. pièce 3 de la recourante). En tenant compte d'une dalle initiale sur sous-sol de 50 cm, puis d'un vide d'étage de 2.5 mètres et d'une dalle de 50 cm entre chaque sous-sol, c'est-à-dire 3.5 mètres pour le 1er sous-sol, puis 3 mètres par sous-sol supplémentaire, une profondeur de 5.92 mètres ne permet la réalisation que d'un bâtiment d'un étage en sous-sol. Il suit de là que seule la réalisation d'un bâtiment de plus d'un étage en sous-sol sur la zone d'emprise serait empêchée.
Un tel projet n'ouvre la voie à une indemnité que s'il est plausible et hautement vraisemblable dans un avenir proche. En l'état, une partie de la zone d'emprise se trouve en zone 5. Cette zone est destinée principalement aux villas ou à des exploitations agricoles ; l'activité professionnelle du propriétaire ou de l'ayant-droit peut être admise. Le plan directeur cantonal Genève 2030, adopté par le Grand Conseil le 20 septembre 2013, vise à maintenir, aux abords de l'agglomération dense, la majeure partie de la zone villas, tout en accentuant sa densification, afin de mieux répondre aux besoins pour ce type d'habitat. En excluant les secteurs relevant de la protection du patrimoine et des sites, où une faible densité doit être maintenue, la densification de la zone 5 sans modification de zone se fait par application d'indices d'utilisation du sol plus élevés, de façon différenciée en fonction des caractéristiques du site et du contexte urbain (cf. pièce 5 page 71 de l'intimée). La parcelle a toutefois une vocation particulière, dont il ne peut être fait abstraction. Elle a été donnée à l'intimée pour partie en 1933 et pour le reste en 1940, à la condition que la destination de parc soit maintenue aussi longtemps que possible, et tant que des nécessités impératives n'imposeront pas une désaffectation. Force est de constater que l'intimée ne prétend pas que de telles nécessités existent dans un avenir proche. Elle se contente d'émettre la possibilité d'une future désaffectation, sans démontrer l'existence d'aucun projet concret en ce sens. Elle n'apporte aucun élément attestant qu'un projet de réaffectation ou de construction serait plausible et hautement vraisemblable dans un avenir proche. En tant que la décision attaquée se fonde uniquement sur des hypothèses pour retenir une dépréciation de 20 % de la valeur vénale des zones grevées par les servitudes en cause, un tel raisonnement ne peut être suivi.
Il en va de même des arguments avancés par l'intimée en lien avec la géothermie. L'intimée se contente d'alléguer, mais ne démontre pas avoir entrepris des démarches liées à la construction d'une installation géothermique. Au surplus, elle peut librement mener ce genre de projet en dehors de la zone d'emprise des servitudes et ne démontre ni n'allègue qu'un tel projet pourrait uniquement être réalisé précisément en passant par la zone d'emprise.
Il suit de là que la parcelle de la recourante ne subit aucune dépréciation de sa valeur résiduelle en lien avec la constitution des servitudes litigieuses. Un calcul d'optimisation visant à déterminer la faisabilité économique d'un projet de construction de plus d'un sous-sol dans le but d'évaluer l'impact induit par les servitudes litigieuses sur la valeur vénale de la parcelle n'est ainsi pas nécessaire.
5.3.3 Au surplus, les parties ne se plaignent pas que la décision attaquée retienne que la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire n'ait aucun impact sur la valeur vénale du bien-fonds, à tout le moins tant que les normes liées à l'exploitation du tunnel ferroviaire sont et seront respectées ; elles ne prétendent d'ailleurs pas que tel ne serait pas le cas. En tant qu'il n'est pas permis de douter de l'existence d'effets indésirables et de nuisances sur le bien-fonds de l'intimée, la décision attaquée ne porte, sur ce point, pas le flanc à la critique.
5.3.4 La recourante se plaint encore de la valeur de 1500 francs au m2 retenue par l'autorité inférieure en zone 5 et de 50 francs en zone de nature. En tant que le Tribunal a constaté et retenu que la parcelle ne subissait aucune dépréciation du fait de la constitution des trois servitudes litigieuses, cette question peut demeurer ouverte.
5.3.5 Il en va de même du taux d'intérêt de 5 % retenu par l'autorité inférieure.
5.4 Il suit de là que la constitution des trois servitudes litigieuses n'a aucun impact sur la valeur vénale de la parcelle de la recourante et que celle-ci n'a subi aucune dépréciation. Au surplus, l'intimée ne rend pas plausible qu'elle subisse un dommage supplémentaire.
Partant, aucune indemnité d'expropriation n'est due à l'intimée pour la constitution au profit de la recourante, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
6. Il résulte de ce qui précède que la décision attaquée repose sur une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents et viole le droit fédéral.
Bien fondé, le recours doit en conséquence être admis sur ce point.
7. Conformément aux art. 114 al. 1 et 115 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure devant l'autorité inférieure, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont généralement supportés par l'expropriant.
7.1 Les art. 114 al. 1 et 115 al. 1 LEx constitue ainsi une lex specialis par rapport aux art. 63 et 64 PA. Par conséquent, les dispositions de l'ordonnance du 10 septembre 1969 sur les frais et indemnités en procédure administrative (RS 172.041.0) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec les art. 114 al. 1 et 115 al. 1 LEx. C'est en particulier le cas en ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument de décision et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens.
7.2 En l'espèce, la recourante a conclu à ce qu'aucune indemnité de dépens pour la procédure devant l'autorité inférieure ne soient mis à sa charge. Force est toutefois de constater que la demande d'indemnisation formulée par l'intimée dans le cadre de la procédure devant l'autorité inférieure n'était pas manifestement mal fondée. Il n'y a ainsi pas lieu de s'écarter des principes fixés à l'art. 115 al. 1 LEx. Au surplus, la recourante ne formule aucune critique quant au montant de l'indemnité. Pour tenir compte de la règle selon laquelle chaque autorité fixe elle-même les frais de procédure et les dépens pour la phase qui lui incombe (art. 114 al. 4 et 115 al. 4 LEx), il n'y a pas lieu de la revoir.
Partant, le recours doit être rejeté sur ce point.
8. S'agissant des frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens, ils sont également généralement supportés par l'expropriant (art. 116 al. 1 LEx).
8.1 Lorsque le recourant succombe intégralement ou en majeure partie, les frais et les dépens peuvent être répartis autrement ; les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de dépens de l'exproprié (cf. arrêts du TF 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 et 1E.16/2005 du 14 février 2006 consid. 6 ; arrêts du TAF A-6434/2018 du 21 décembre 2018 consid. 8.1 et A-2863/2012 du 31 juillet 2012 consid. 6.1).
8.2 En l'occurrence, les griefs soulevés par la recourante sont, en grande partie, bien fondés. Elle a notamment démontré en quoi la décision attaquée portait le flanc à la critique. A l'inverse, l'intimée, qui a conclu au rejet du recours, s'est, en substance, limitée à renvoyer au contenu de la décision attaquée. Elle n'a notamment jamais démontré avoir des projets concrets de construction ou d'aménagement en sous-sol et s'est contenté d'alléguer pouvoir ignorer les circonstances de fait et de droit qui affectent la parcelle litigieuse. Il suit de là qu'il y a lieu de s'éloigner de la règle selon laquelle les frais sont supportés par l'expropriant, de fixer les frais de la procédure à 5'000 francs (art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2] et de les mettre à la charge de l'intimée. L'avance de frais de 10'000 francs versée par la recourante le 20 décembre 2017 lui sera, par conséquent, restituée dès l'entrée en force du présent arrêt.
Quant aux dépens, force est de constater que l'intimée n'est pas valablement représentée par un mandataire professionnel. Au surplus, elle ne fait pas état d'éventuels autres frais au sens de l'art. 13 FITAF qui pourrait conduire au versement de dépens en application de la règle générale de l'art. 116 al. 1 LEx. Partant, elle n'a pas droit à des dépens.
Quant à la recourante, pour tenir compte de la règle générale exprimée à l'art. 116 LEx, des dépens ne leur seront pas alloués bien qu'elle ait eu partiellement gain de cause.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est partiellement admis. Partant, le chiffre 1 du dispositif de la décision attaquée est annulé.
2. Les frais de procédure, d'un montant de 5'000 francs, sont mis à la charge de l'intimée. Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé
3. L'avance de frais de 10'000 francs déjà prestée par la recourante lui sera restituée dès l'entrée en force du présent arrêt.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'intimée (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Julien Delaye
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition : 24 mars 2021