bvger · A-2465/2016 · 2018-02-02 · fr
A-2465/2016

Infrastructure ferroviaire

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision annulée par le TF par arrêt du 08.05.2019 (1C_121/2018 et 1C_125/2018)
Cour I
A-2465/2016
Arrêt du 2 février 2018
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Jürg Steiger, Jérôme Candrian, juges,
Arnaud Verdon, greffier.
Parties
1. A._______,
représentée par Maître Alexandre Kirschmann,
Kellerhals Carrard, Place Saint-François 1,
case postale 7191, 1002 Lausanne,
2. B._______, (...)
3. C._______, (...)
4. D._______, (...)
5. E._______, (...)
6. F._______, (...)
tous représentés par Maître Lionel Zeiter,
Chemin du Centenaire 5, case postale 380, 1008 Prilly,
7. G._______,
représentée par Maître Jean-Claude Perroud,
r&associés, Grand-Chêne 4, 1002 Lausanne,
8. H._______,
représentée par Maître François Kaiser,
Kellerhals Carrard, Place Saint-François 1,
case postale 7191, 1002 Lausanne,
9. I._______,
10. J._______,
11. K._______,
12. L._______,
13. M._______,
toutes représentées par Maître Jacques Micheli,
Etude Pépinet 4, Place Pépinet 4, case postale 6919, 1002 Lausanne,
recourants,
contre
Transports publics de la région lausannoise SA,
représentée par Maître Alain Thévenaz,
Freymond, Tschumy & Associés, Rue du Grand-Chêne 5, case postale 6852, 1002 Lausanne,
intimée,
Office fédéral des transports OFT,
Division Infrastructure, 3003 Berne,
autorité précédente.
Objet
Approbation des plans ; projet des Transports publics de la région lausannoise (tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ["t1"] ; trolley bus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" [BHNS] ; garage atelier du tramway "Perrelet" [GAT]).
Faits :
A. Au début des années 2000, le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées ont élaboré un concept de Projet d'agglomération Lausanne-Morges (ci-après : PALM).
Le 22 février 2007, une convention liant le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées a été signée et remise à la Confédération.
Au mois de mai 2008, le Conseil d'Etat vaudois a retenu des investissements comprenant la construction du tram Renens-Flon et de plusieurs tronçons de trolley/bus en site propre.
Après avoir été évalué par la Confédération, le PALM (1ère génération) a reçu le soutien financier des Chambres fédérales en 2010.
B.
B.a Par acte du 15 mars 2010 adressé à l'Office fédéral des transports (ci-après : OFT), les Transports publics lausannois (ci-après : TL) ont requis, auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (ci-après : DETEC), l'octroi d'une concession pour la construction et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire de la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (ci-après : tram ou "t1").
B.b En cours de procédure, les TL ont demandé d'intégrer à la concession une nouvelle liaison routière entre la rue de la Vigie et l'avenue Jules-Gonin (ci-après : liaison Vigie-Gonin).
B.c Après consultation des autorités fédérales, cantonales et communales, dite liaison routière a été intégrée à la concession.
B.d Par décision du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a octroyé aux TL la concession n° 5146 pour construire et exploiter la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon". Dite concession a pris effet au 1er janvier 2012 et est valable jusqu'au 31 décembre 2061. De plus, la concession prévoyait, d'une part, que les plans d'ensemble de la nouvelle infrastructure ferroviaire devaient être remis à l'OFT jusqu'au 31 décembre 2013 et, d'autre part, que la construction devait commencer après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018.
A l'appui de sa décision, le Conseil fédéral a en substance estimé que la demande de concession répondait aux conditions de l'intérêt public et de la couverture des coûts de l'art. 6 al. 1 loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101). De même, il a estimé qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'y opposait, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale conformément à l'art. 6 al. 2 LCdF (cf. décision ch. 1 p. 5). Enfin, le Conseil fédéral a imposé certaines conditions à l'octroi de la concession, notamment en matière de défrichement (cf. décision p. 9s).
C. Le 20 mars 2012, les TL ont transmis un projet-pilote à l'OFT.
Par pli du 17 avril 2012, l'OFT a invité les TL à préciser et à compléter un certain nombre de points du projet-pilote avant que dit projet puisse être soumis pour approbation.
D. Par acte du 22 mai 2012, les TL ont soumis à l'OFT une demande d'approbation des plans contenant trois volets. Le premier concernait l'axe du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ("t1"), y compris la requalification de l'avenue du 14-Avril accompagnant la mise en double sens de circulation de cet axe et la liaison Vigie-Gonin. Le deuxième traitait de l'axe du trolleybus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (ci-après : BHNS) et, finalement, le troisième portait sur le garage atelier du tramway "Perrelet" (ci-après : GAT).
E. Par pli du 30 mai 2012, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans (ci-après : PAP) ordinaire et invité, d'une part, les communes concernées et le canton de Vaud et, d'autre part, les autorités fédérales à se déterminer jusqu'au 30 août 2012 sur la demande d'approbation des plans. De plus, l'OFT a chargé le canton de Vaud de procéder à la mise à l'enquête publique pendant 30 jours.
F. Le 12 juin 2012, la mise à l'enquête publique a été publiée dans la Feuille des Avis officiels du canton de Vaud. Dite mise à l'enquête s'est terminée le 12 juillet 2012, date à laquelle 126 oppositions avaient été déposées.
Parmi ces oppositions, doivent être relevées celles de A._______ du 10 juillet 2012 (cf. pièce 8 du dossier OFT ; ci-après : opposante 1), de B._______, C._______, D._______, E._______ et F._______ du 12 juillet 2012 (cf. pièces 9 à 13 du dossier OFT ; ci-après : opposants 2 à 6), de G._______ du 12 juillet 2012 (cf. pièce 14 du dossier OFT ; ci-après : opposante 7), de H._______ du 6 juillet 2012 (cf. pièce 15 du dossier OFT ; ci-après : opposante 8), de I._______, J._______, K._______, L._______ et M._______ du 12 juillet 2012 (cf. pièce 16 du dossier OFT ; ci-après : opposantes 9 à 13).
G.
G.a Par acte du 14 août 2012, l'OFT a invité certains opposants à produire des informations afin de déterminer leur légitimation à s'opposer dans la procédure d'approbation des plans.
G.b Par pli du 11 septembre 2012, l'OFT, constatant que de nombreuses oppositions défendaient des intérêts similaires, a invité 45 des opposants à désigner quatre représentants au maximum.
G.c Par acte du 15 novembre 2012, l'OFT a communiqué la composition des quatre groupes d'opposants et informé ces derniers que dorénavant les communications ne seraient adressées plus qu'aux quatre représentants nommés.
H.
H.a Par pli du 15 novembre 2012, le canton de Vaud a remis à l'OFT ses déterminations et celles de tous ses services compétents. Si dit canton a jugé le projet initial conforme au plan directeur cantonal vaudois, il a toutefois demandé de retirer la construction de la bibliothèque communale (prévue sous la liaison Vigie-Gonin) de la procédure d'approbation des plans, estimant qu'une telle autorisation ne se justifiait pas sous l'angle de l'art. 18 LCdF (cf. pièce 32 du dossier OFT).
H.b Par pli du 19 novembre 2012, l'OFT a informé les TL du préavis négatif du canton de Vaud s'agissant de la construction de la bibliothèque communale "Maison du Livre et du Patrimoine" (ci-après : MLP). L'autorité d'approbation a dès lors invité les TL et le canton de Vaud à examiner une variante au projet soumis, cas échéant à soumettre à l'OFT une modification du projet.
I. Le 20 mars 2013, l'OFT a transmis aux TL les préavis fédéraux des 14 juin 2012 (Caisse nationale d'assurances [CNA ou SUVA]), 11 et 17 décembre 2012 (Office fédéral des routes [OFROU]), 21 décembre 2012 (Inspection fédérale des installations à courant fort [ESTI] et Office fédéral de la culture [OFC]), 21 janvier 2013 (Office fédéral de l'environnement [OFEV]) et 12 mars 2013 (Office fédéral du développement territorial [ARE]) et les a invités à se déterminer (cf. pièces 39 à 46 du dossier OFT).
J.
J.a Par acte du 19 juin 2013, les TL ont remis à l'OFT leurs premières déterminations sur les préavis cantonaux et fédéraux précités, de même que sur les oppositions recevables à l'issue de la mise à l'enquête. Une note de synthèse du 27 mai 2013 concernant l'accessibilité au centre-ville de Lausanne (ci-après : note DRPJ-NO-081+04) a été jointe aux déterminations des TL (cf. pièces 47 à 58 du dossier OFT).
J.b Par pli du 27 juin 2013, l'OFT a invité les opposants et les autorités cantonales et fédérales à déposer leurs remarques complémentaires sur les premières déterminations des TL.
J.c La SUVA et l'OFC (22 juillet 2013), l'ARE (29 juillet 2013), l'OFEV (16 août 2013) et les services cantonaux (11 septembre 2013 et 17 septembre 2013), ont répondu à dite invitation et déposé leurs déterminations (cf. pièces 64 à 68 et 83 du dossier OFT).
K.
K.a Par acte du 23 août 2013 (cf. pièce 62 du dossier OFT), les opposantes 9 à 13 ont requis l'OFT de suspendre la procédure d'approbation des plans jusqu'à droit connu sur la procédure concernant le plan de quartier MLP récemment mis à l'enquête par la commune de Lausanne.
K.b Par pli du 28 août 2013, l'OFT a relevé que les TL n'avaient pas encore demandé une modification du projet objet de la PAP et que si une telle demande devait être faite, une mise à l'enquête complémentaire serait ordonnée, cadre dans lequel les opposantes précitées pourraient faire valoir leurs droits.
L. Les opposants 2 à 6 ont déposé leurs observations les 5 et 6 septembre 2013 (cf. pièces 70 et 71 du dossier OFT), l'opposante 7 en date du 9 septembre 2013 (cf. pièce 72 du dossier OFT) et les opposantes 1 et 8 en ont fait de même le 11 octobre 2013 (cf. pièce 69 du dossier OFT).
Dans leurs observations du 9 septembre 2013 (cf. pièce 73 du dossier OFT), les opposantes 9 à 13 ont exigé que l'OFT suspende la procédure, se déclare incompétent pour approuver les plans de la liaison routière Vigie-Gonin et mette en oeuvre une expertise pluridisciplinaire visant notamment à démontrer la faisabilité du maintien du transport individuel motorisé (ci-après : TIM) sur la rue de Genève.
M.
M.a Par pli du 25 septembre 2013 (cf. pièce 75 du dossier OFT), les TL ont demandé une modification du projet soumis à approbation, en retirant le bâtiment MLP de la procédure d'approbation des plans et produit à cette fin les documents nécessaires.
M.b Par pli du 1er octobre 2013, l'OFT a invité le canton de Vaud à procéder à la mise à l'enquête publique de dite modification du projet pendant 30 jours.
N. Par courrier du 10 octobre 2013, l'OFT a répondu aux opposantes qui estimaient que les mesures d'accompagnement routières avaient un caractère étranger au projet d'approbation du tram (cf. pièce 80 du dossier OFT). Dite autorité a souligné que les aménagements routiers avaient déjà été présentés dans la mise à l'enquête de 2012 (cf. let. F supra), mais que ce pan du projet n'avait alors engendré aucune remarque. Vu les actes d'instruction déjà mis en oeuvre, l'OFT a estimé inopportun de suspendre la PAP pour analyser ce seul grief et informé les opposantes qu'une décision serait rendue en temps utile.
O.
O.a Par pli du 12 novembre 2013, les opposantes 9 à 13 ont fait opposition dans le cadre de la mise à l'enquête publique relative à la modification de la demande d'approbation des plans (cf. let. M supra ; pièce 81 du dossier OFT). Celles-ci ont à nouveau contesté la compétence de l'OFT d'approuver les aménagements routiers et les mesures y relatives (défrichement pour la liaison Vigie-Gonin). A titre subsidiaire, les opposantes précitées ont également estimé que le défrichement prévu violait le droit fédéral et cantonal (notamment sous l'angle de l'aménagement du territoire, de la législation forestière, de la protection de l'environnement et de la protection de la nature et du paysage).
O.b Par courrier du 19 novembre 2013, l'OFT a refusé de suspendre la PAP jusqu'à droit connu sur sa compétence s'agissant de l'approbation des aménagements routiers et des mesures y relatives.
O.c Par acte du 5 décembre 2013, les opposantes 9 à 13 ont interjeté recours pour déni de justice auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou le TAF). Dit recours a été déclaré irrecevable par arrêt A-6835/2013 du 19 février 2014. Pour les faits relatifs à cette procédure incidente, il est renvoyé à l'arrêt précité.
P. Concernant la modification du projet (cf. let. M supra), le canton de Vaud, d'une part, a informé l'OFT que la mise à l'enquête publique avait eu lieu du 16 novembre 2013 au 15 décembre 2013 et, d'autre part, a transmis à l'autorité d'approbation les préavis des services cantonaux (cf. pli du 4 décembre 2013 ; pièce 84 du dossier OFT).
L'OFC (16 octobre 2013), l'ARE (1er novembre 2013) et l'OFEV (13 février 2014) ont également déposé leurs déterminations (cf. pièces 86 à 89 du dossier OFT).
Q.
Q.a Par courrier du 7 juillet 2014, les TL ont demandé à l'OFT une nouvelle modification du projet, visant à minimiser l'impact du terminus du tram sur la place de l'Europe. Les TL ont alors émis le souhait de procéder par l'entremise d'une procédure d'approbation des plans simplifiée au sens de l'art. 18i LCdF.
Q.b Le 15 juillet 2014, l'OFT a répondu que cette modification requerrait une mise à l'enquête publique à l'instar de ce qui avait été fait pour la modification relative à la bibliothèque communale MLP (cf. let. P supra)
R.
R.a Par pli du 8 octobre 2014 (cf. pièces 93 à 102 du dossier OFT), les TL ont transmis leurs deuxièmes déterminations sur les préavis cantonaux et fédéraux précités (cf. let. P supra), de même que sur les oppositions relatives à la mise à l'enquête complémentaire (cf. let. O supra). Les TL ont également produit une "adaptation du projet sur la place de l'Europe" permettant de prendre en considération les souhaits de nombreux opposants, des "analyses trafics sans liaison Vigie-Gonin, de variantes d'aménagement et du gabarit de cette liaison routière", un "rappel des différentes variantes de réseaux étudiées et étude d'une variante de tramway souterrain sous la rue de Genève".
R.b Par plis des 5 novembre 2014, 10 novembre 2014 et 15 décembre 2014, l'OFT a transmis aux opposants et aux autorités cantonales et fédérales les deuxièmes déterminations des TL. L'OFT a informé les parties de la fin des échanges d'écritures et invité certains opposants (dont les opposants 1 à 13) à une séance de conciliation.
S.
S.a Par actes des 3 février 2015 et 13 février 2015 (cf. pièces 116 et 117 du dossier OFT), les TL ont remis à l'OFT le dossier définitif de la procédure d'approbation des plans complémentaires pour le réaménagement de la Place de l'Europe et les reprises dans le secteur Vigie-Gonin et produit les documents nécessaires.
S.b Par plis des 18 février 2015 et 23 février 2015, l'OFT a invité, d'une part, le canton de Vaud à procéder à la mise à l'enquête publique de dite modification du projet pendant 30 jours. D'autre part, l'OFT a informé les opposants de la mise à l'enquête complémentaire et invité les autorités cantonales et fédérales à se déterminer.
S.c Par acte du 25 mars 2015, les opposantes 9 à 13 ont fait opposition à cette modification de plan, réitérant notamment leur demande de mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire (cf. let. L supra ; pièce 123 du dossier OFT).
S.d Le 26 mai 2015, le canton de Vaud et ses services ont préavisé favorablement la demande précitée de modification des plans (cf. let. S.a supra ; pièce 129 du dossier OFT).
S.e Par actes des 23 juin 2015 et 30 juin 2015, l'OFC et l'OFEV ont transmis leurs déterminations sur la modification des plans (cf. pièces 131 et 132 du dossier OFT).
S.f Par pli daté du 13 août 2015, les TL ont remis à l'OFT leurs déterminations du 17 août 2015 sur les préavis des autorités cantonales et fédérales (cf. pièces 134 et 135 du dossier OFT).
S.g Par plis respectivement des 9 septembre 2015 et 16 septembre 2015, l'OFEV et le canton de Vaud ont pris position sur les déterminations des TL du 17 août 2015 (cf. pièces 137 et 138 du dossier OFT).
T. Une séance de conciliation a eu lieu le 29 mai 2015 avec l'opposante 7. Au cours de celle-ci, l'opposante 7 a notamment fait valoir un droit d'accès à ses propriétés tant pendant qu'après les travaux, et réitéré ses griefs s'agissant des pistes cyclables et des parkings d'échanges (cf. pièce 162 du dossier OFT).
U. Une séance de conciliation a eu lieu le 2 juin 2015 avec les opposantes 9 à 13.
U.a Le procès-verbal, non signé par les parties et transmis par pli du 3 juin 2015, relève en substance que la conciliation avait échoué et que les opposantes avaient oralement demandé la récusation du représentant de l'OFT. De plus, les opposantes 9 à 13 ayant refusé de procéder à la vision locale au motif que le représentant de l'OFT donnait une impression de partialité, dite autorité avait procédé à une vision locale en l'absence des parties (cf. pièce 163 du dossier OFT).
U.b Par pli du 25 juin 2015 (cf. pièce 164 du dossier OFT), les opposantes 9 à 13 ont, en substance, requis la récusation du représentant de l'OFT, déclaré qu'elles n'avaient pas refusé la tenue de la vision locale, mais demandé qu'elle soit menée par un autre représentant de l'OFT et confirmé leur requête de mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire (cf. let. L supra).
U.c Par acte du 3 juillet 2015, l'OFT a transmis aux opposantes précitées une copie des déterminations de l'OFEV des 13 février 2014 (cf. let. P supra) et 30 juin 2015 (cf. let. S.e supra).
U.d Par décision incidente du 17 juillet 2015, l'OFT a rejeté la demande de récusation précitée du 25 juin 2015 (cf. pièce 166 du dossier OFT). Dite décision n'a pas été attaquée.
U.e Par courriel du 20 juillet 2015, l'OFT a transmis aux opposantes 9 à 13 une copie du préavis du canton de Vaud du 4 décembre 2013 (cf. let. P supra).
U.f Dans leurs déterminations du 6 août 2015, les opposantes 9 à 13 ont en substance estimé que l'OFT n'était compétent ni pour autoriser la liaison Vigie-Gonin ni pour prononcer le défrichement et que le défrichement violait la législation forestière (cf. pièce 168 du dossier OFT). Les opposantes précitées ont également requis qu'une vision locale soit organisée et qu'une expertise soit mise en oeuvre (cf. let. L et U.b supra).
V. Une séance de conciliation a eu lieu le 11 juin 2015 avec les opposants 2 à 6.
V.a Au cours de celle-ci, le réaménagement de la parcelle des opposants a été au coeur des discussions (cf. pièce 144 du dossier OFT). Suite à cette séance, les TL ont remis, par plis des 14 septembre 2015 et 29 octobre 2015, aux opposants 2 à 6 une proposition de plan de réaménagement de la parcelle (cf. pièces 146 à 148 du dossier OFT).
V.b Par pli du 5 novembre 2015, l'OFT a demandé une prise de position formelle aux opposants 2 à 6, notamment à propos de la circulation à hauteur de la rue (jouxtant leur parcelle) et des plans précités (cf. pièce 150 du dossier OFT).
V.c Par pli du 7 décembre 2015, en substance, les opposants 2 à 6 ont relevé une erreur dans les plans soumis par les TL et déclaré qu'ils ne pouvaient "qu'exprimer leur déception face aux plans présentés". Pour le surplus, les opposants ont réitéré les griefs précédemment soulevés (cf. pièce 151 du dossier OFT).
V.d Par pli du 9 décembre 2015, l'OFT a invité les opposants 2 à 6, en vertu de leur devoir de collaboration, à présenter une proposition de réaménagement de leur parcelle jusqu'au 18 janvier 2016 (cf. pièce 152 du dossier OFT).
Le 14 janvier 2016 les TL se sont déterminés quant au courrier des opposants 2 à 6 du 7 décembre 2015 (cf. pièce 153 du dossier OFT), constatant notamment que quatre et non pas trois places de parc seraient supprimées. Un nouveau plan de réaménagement de la parcelle a également été joint à cet envoi.
V.e Par acte du 18 janvier 2016, les opposants 2 à 6 ont pris acte du courrier précité des TL et informé l'OFT qu'une nouvelle rencontre avec les TL était organisée le 9 février 2016. Les opposants ont alors demandé une suspension de la PAP, subsidiairement un délai supplémentaire de 30 jours, jusqu'à ce qu'une convention commune soit remise (cf. pièce 154 du dossier OFT).
V.f Par pli du 20 janvier 2016, l'OFT a informé qu'en considération de l'avancement de la procédure, le délai ne pouvait être prolongé que jusqu'au 10 février 2016 (cf. pièce 155 du dossier OFT).
V.g Par courriel du 9 février 2016, les TL ont informé l'OFT de l'échec des négociations et maintenu leur dernière prise de position contenue dans leur courrier du 14 janvier 2016 (cf. pièce 156 du dossier OFT).
V.h Par acte du 10 février 2016, les opposants 2 à 6 ont estimé qu'une nouvelle impulsion avait été donnée aux négociations et requis respectivement la suspension de la procédure ou une prolongation de délai de 30 jours (cf. pièce 157 du dossier OFT).
V.i Par courriel du 15 février 2016 adressé aux opposants 2 à 6, l'OFT a relevé que bien que toutes les parties s'étaient engagées à collaborer au réaménagement de la parcelle, huit mois après la séance de conciliation, aucune proposition n'avait été faite par les opposants 2 à 6, ceux-ci ayant rejeté toutes les propositions qui leur avaient été faites. L'OFT les a informés qu'une décision serait prise très prochainement (cf. pièce 158 du dossier OFT).
V.j Par courrier du même jour, les opposants 2 à 6 ont notamment transmis à l'OFT une proposition de réaménagement de la parcelle (cf. pièce 159 du dossier OFT).
V.k Par courriel du 19 février 2016, les TL ont informé l'OFT qu'ils ne pouvaient pas entrer en matière sur la contre-proposition des opposants 2 à 6 et se sont référés à leurs écritures antérieures (cf. pièce 160 du dossier OFT). Ce courriel a été transmis aux opposants 2 à 6 le 22 février 2016.
V.l Par pli du 29 février 2016, les opposants 2 à 6 ont déploré le rejet - sans autre motivation - de leur contre-proposition par les TL (cf. pièce 161 du dossier OFT).
W. Une séance de conciliation a eu lieu le 16 juin 2015 avec l'opposante 1.
W.a Au cours de celle-ci, les accès au commerce de l'opposante 1 pendant et après les travaux ont été discutés (cf. pièce 139 du dossier OFT).
W.b Par pli du 1er octobre 2015, les TL ont donné des garanties écrites à l'opposante 1 quant à l'accessibilité du commerce pendant la durée des travaux. Invitée par courrier de l'OFT du 19 octobre 2015 à se déterminer sur ces garanties, l'opposante 1 les a estimées insuffisantes (cf. pli du 27 octobre 2015 ; pièces 140 à 143 du dossier OFT).
X. Par pli du 4 février 2016, les TL ont remis à l'OFT le "document G-0 : spécifications générales système transport" et la "Note NT-234 : transposition des articles 17 et 18 DE-OCF".
Y. Par décision du 7 mars 2016, l'OFT a donné son approbation aux plans objet de la demande du 22 mai 2012 et modifiés en cours de procédure (cf. let. D, M et S supra).
En substance, l'OFT s'est estimé compétent pour approuver les plans de la liaison Vigie-Gonin, a déclaré l'opposition de l'opposante 9 irrecevable, a rejeté les oppositions des opposantes 10 à 13 (cf. décision d'approbation des plans [ci-après : DAP] ch. II. B. 7.7 p. 74), de l'opposante 7 (cf. DAP ch. II. B. 7.32 p. 119 s) et des opposantes 1 et 8 (cf. DAP ch. II. B. 7.36.1 p. 124 s). Dite autorité a partiellement admis l'opposition des opposants 2 à 6, prononcé l'expropriation de la parcelle (proche de la gare de Renens) pour une emprise définitive de 187 m2 et pour une emprise provisoire de 169 m2 et imparti une charge relative à la parcelle concernée (cf. DAP ch. II. B. 7.26 p. 110 ss et ch. III 4.6.9 p. 155).
Z. Les opposants suivants ont interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou le TAF) :
A._______, par acte du 21 avril 2016 (A-2465/2016 ; ci-après : la recourante 1).
B._______ (A-2557/2016 ; ci-après : les recourants 2), C._______ (A-2554/2016 ; ci-après : le recourant 3), D._______ (A-2550/2016 ; ci-après : le recourant 4), E._______ (A-2558/2016 ; ci-après : la recourante 5) et F._______ (A-2556/2016 ; ci-après : le recourant 6), par actes - séparés mais au contenu similaire - du 25 avril 2016.
G._______, par acte du 25 avril 2016 (A-2544/2016 ; ci-après : la recourante 7).
H._______, par acte du 21 avril 2016 (A-2476/2016 ; ci-après : la recourante 8).
I._______ (ci-après : la recourante 9), J._______ (ci-après : la recourante 10), K._______ (ci-après : la recourante 11), L._______ (ci-après : la recourante 12) et M._______ (ci-après : la recourante 13), par acte du 21 avril 2016 (date du sceau postal ; A-2478/2016).
Deux autres opposants ont également interjeté recours dans le délai, mais ont retiré leur recours (cf. arrêts du TAF A-2408/2016 du 29 avril 2016 et A-2409/2016 du 2 mai 2016).
AA.
AA.a Par ordonnance du 27 mai 2016, le Tribunal de céans a ordonné la jonction des causes précitées sous le numéro de procédure A-2465/2016 et invité, d'une part, l'OFT (ci-après : l'autorité précédente) à produire ses observations et le dossier complet de la cause et, d'autre part, les TL (ci-après : l'intimée) à déposer sa réponse.
AA.b L'autorité précédente a produit ses observations et le dossier de la cause par acte du 22 juin 2016.
AA.c L'intimée a déposé sa réponse par pli du 15 juillet 2016.
BB. Par pli du 11 octobre 2016, les recourants 2 à 6 ont notamment produit diverses coupures de journaux.
CC.
CC.a Par pli du 25 octobre 2016, le Tribunal, constatant que la concession du 16 septembre 2011 arrivait à échéance le 31 décembre 2016 et que le Tribunal avait une charge de travail importante en fin d'année, a requis l'autorité précédente et l'intimée de se prononcer sur le maintien ou une éventuelle levée de l'effet suspensif des recours au sens de l'art. 55 PA.
CC.b Par pli du 4 novembre 2016, l'intimée a déclaré ne pas requérir la levée de l'effet suspensif.
CC.c Par pli du même jour, l'autorité précédente a estimé que le caractère potestatif de l'art. 8 al. 1 let. a LCdF ne créait aucun droit pour les administrés et que le non-respect du délai de la concession n'était pas directement déterminant pour apprécier le sort de la présente cause, respectivement pour justifier en tant que tel une levée de l'effet suspensif.
CC.d Par pli du 8 novembre 2016, le mandataire des recourants 2 à 6 s'est étonné de cette démarche du Tribunal, estimé qu'elle s'apparentait à donner un conseil à une partie et a déclaré espérer qu'il ne s'agissait pas de l'expression d'un parti pris.
Par pli du 10 novembre 2010, le Tribunal a répondu au mandataire précité que dite démarche ne poursuivait qu'un seul but, soit celui d'éviter de devoir statuer dans l'urgence, laquelle a pour effet de raccourcir considérablement les délais, et donc impartir des délais très courts aux parties, de surcroît à une période notoirement très chargée.
Par pli du 11 novembre 2016, le mandataire a accusé réception de cette explication.
DD. Par pli du 12 mai 2017, l'intimée a demandé au Tribunal de l'orienter sur un calendrier prévisionnel.
EE. Par courriel du 27 juin 2017, le Tribunal a soumis des dates aux parties en vue d'organiser une vision locale.
Par ordonnance du 6 juillet 2017, le Tribunal a ordonné la tenue d'une vision locale en date du 8 septembre 2017 (le matin avec les recourants 2 à 6 et l'après-midi avec les recourantes 1, 7, 8 et 9 à 13).
FF. Le 8 septembre 2017, le Tribunal, représenté par le juge instructeur, le juge 2 et le greffier, s'est déplacé (...) pour une vision locale avec les recourants 2 à 6 sur leur parcelle (proche de la gare de Renens).
FF.a Au cours de cette vision locale, il a, très en substance, été constaté que les TL confirmaient leur garantie de réaménagement de la parcelle des recourants suite aux travaux du "t1", que l'immeuble à côté de celui des recourants ne serait pas détruit, que l'emprise provisoire ne devait servir qu'au réaménagement de la parcelle et que l'expropriation était occasionnée non seulement par la construction du "t1" mais aussi par le besoin de place pour le terminus des bus.
FF.b Invité à se prononcer sur le procès-verbal de la vision locale, les recourants 2 à 6 se sont déterminés par pli du 25 octobre 2017. L'autorité précédente et l'intimée se sont déterminées par plis des 6 et 9 octobre 2017.
GG. Le 8 septembre 2017, le Tribunal, dans la même composition (cf. let. FF supra), s'est déplacé à Lausanne pour une vision locale avec les recourantes 1 et 7 à 13 sur la place de l'Europe et le quartier du Flon.
GG.a Au cours de cette vision locale, il a, très en substance, été constaté que les travaux envisagés sur la place de l'Europe correspondaient à ceux décrits dans le dossier et que le Flon supportait déjà une forte concentration de transports publics. Le défrichement demandé pour la liaison Vigie-Gonin correspondait au dossier et les reports de trafics voulus par la liaison Vigie-Gonin ont également été étudiés. Les accès aux commerces du Flon resteraient les mêmes avec la mise en site propre du tram et les parkings actuellement accessibles le resteraient. Les pistes cyclables ne seraient pas en continu sur l'ensemble du tracé du "t1". Les fermetures du Grand-Pont et de la rue de Genève auraient un fort impact sur le flux de clients de la recourante 1. Les 10 lignes de bus n'auraient plus accès à la place Bel-Air pendant la durée (11 mois prévus) des travaux du Grand-Pont. Enfin, la fermeture du Grand-Pont aurait une influence sur le trafic devant l'établissement de la recourante 8.
GG.b Invités à se prononcer sur le procès-verbal de la vision locale, les recourantes 1 et 8 à 13 se sont déterminées par pli du 9 octobre 2017, la recourante 7 en faisant de même le 25 octobre 2017. L'autorité précédente et l'intimée se sont déterminées par plis des 6 et 9 octobre 2017.
HH. Invités par ordonnance du 14 novembre 2017, l'autorité précédente (24 novembre 2017), l'intimée (5 décembre 2017), la recourante 1 (5 décembre 2017), les recourantes 9 à 13 (5 décembre 2017), la recourante 8 (14 décembre 2017 ; date du sceau postal), la recourante 7 (15 décembre 2017) et les recourants 2 à 6 (15 décembre 2017), ont déposé leurs observations finales.
II. Les autres faits pertinents seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions - non pertinentes en l'espèce - prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. L'acte ici entrepris est bien une décision au sens de l'art. 5 PA. L'Office fédéral des transports est une autorité dont les décisions sont susceptibles de recours (art. 33 let. d LTAF en lien avec le ch. B. VII 1.2 de l'annexe 1 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1] par renvoi de son art. 8 al. 1 let. a).
Le TAF est dès lors compétent pour connaître du recours dirigé contre la décision prise par l'OFT en matière d'approbation de plans sur la base de l'art. 18 LCdF.
1.2 La procédure est régie par la PA pour autant que la LTAF n'en dispose autrement (art. 37 LTAF).
1.3
1.3.1 Conformément à l'art. 48 al. 1 PA, a qualité pour former recours celui qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (al. 1 let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (al. 1 let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Pour satisfaire aux exigences de l'art. 48 al. 1 let. b et c PA, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation (cf. ATAF 2009/16 consid. 2.1 ; ATAF 2007/20 consid. 2.4 ; arrêts du TAF A-5411/2012 du 5 mai 2015 consid. 1.3.1 ; A-648/2014 du 16 janvier 2015 consid. 1.3.1). Il doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée, de manière à exclure l'action populaire (cf. ATF 137 II 30 consid. 2.2.3 ; ATAF 2012/9 consid. 4.1.1 ; arrêts du TAF A-3825/2015 du 16 mars 2016 consid. 1.3.1 ; A-592/2014 du 9 mars 2015 consid. 1.2.2 ; A-1936/2006 du 16 octobre 2007 consid. 3.1 et réf. cit.). Cet intérêt pratique - de nature économique, idéale, matérielle ou autre - n'est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, mais peut être un intérêt de fait (cf. ATAF 2012/13 consid. 3.2.2 ; ATAF 2009/16 consid. 2.1). Il n'a enfin pas besoin de correspondre à l'intérêt protégé par les normes invoquées (cf. ATF 127 I 44 consid. 2c ; ATAF 2012/13 consid. 3.2.2).
Dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans, un recourant n'a qualité pour recourir que s'il a fait opposition devant l'autorité précédente (cf. art. 18f LCdF).
1.3.2 La qualité pour recourir des recourants 1 à 8 et 10 à 13 n'est pas contestée par la DAP querellée, le Tribunal parvenant à la même conclusion. En effet, il sied tout d'abord de relever que tous les recourants ont agi dans le cadre de la procédure d'opposition devant l'autorité précédente et sont des destinataires de la décision attaquée qui rejette (partiellement) leur opposition. De plus, les recourants 2 à 6 sont directement atteints dans leur droit à la propriété, la DAP prononçant une expropriation partielle de leur parcelle (cf. consid. 6.2.4 infra). Toutefois, force est de constater que les recourants 2 à 6 font valoir de très nombreux griefs et que certains ne seront pas recevables. Par souci de clarté, l'irrecevabilité des griefs sera traitée dans la partie en droit relative aux griefs des recourants 2 à 6 (cf. consid. 6 infra). Quant aux recourantes 1, 7 à 8 et 10 à 13, celles-ci sont directement touchées par la construction et l'exploitation du BHNS et/ou du "t1", respectivement par les mesures d'accompagnement routières y relatives.
1.3.3 S'agissant de la qualité pour recourir de la recourante 9, il peut être relevé que celle-ci a interjeté recours par le même acte que les recourants 10 à 13, par la plume du même mandataire. Il résulte de la jurisprudence en la matière que, lorsque la qualité pour agir est admise pour une des parties recourantes, il n'est pas nécessaire d'examiner si les autres recourants, représentés par le même mandataire, ont également la qualité pour recourir (cf. arrêts du TAF A-3825/2015 du 16 mars 2016 consid. 1.3.3.2 ; A-4790/2012 du 23 juillet 2014 consid. 1.3.2.2 ; Laurent Pfeiffer, La qualité pour recourir en droit de l'aménagement du territoire et de l'environnement, Zurich/Bâle 2013, p. 50). Il s'ensuit qu'à ce stade de la procédure, la question de l'éventuel défaut de légitimation de la recourante 9, représentée par le même avocat que les recourantes 10 à 13, peut souffrir de rester ouverte.
1.4 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA) et motiver leur recours (art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 4).
1.5 Les recourants peuvent invoquer devant le Tribunal la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ainsi que l'inopportunité de la décision entreprise, sauf lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49 PA). L'autorité de recours n'est pas liée par les motifs invoqués par les parties (art. 62 al. 4 PA), ni par les considérants de la décision attaquée (cf. Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd., Berne 2013, n° 3.197). Aussi peut-elle admettre ou rejeter le pourvoi pour d'autres motifs que ceux invoqués.
1.6 L'objet du litige est défini par les conclusions du recours, lesquelles doivent rester dans le cadre de l'acte attaqué. Partant, les recourants ne peuvent que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation, puisque son élargissement ou sa modification mènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (cf. ATF 136 II 457 consid. 4.2 ; ATF 136 II 165 consid. 5 ; arrêt du TAF A-6810/2015 du 13 septembre 2016 consid. 1.3 ; Moser et al., op. cit., n° 2.7 ss).
A cela s'ajoute qu'en procédure fédérale d'approbation des plans, toutes les objections pouvant être formulées pendant la mise à l'enquête doivent être soulevées dans la procédure d'opposition, en l'espèce conformément à l'art. 18f de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101). Cela garantit, dans l'intérêt de la concentration des procédures, l'examen en même temps, par la même autorité, de toutes les objections au cours de l'élaboration de la décision d'approbation des plans (cf. Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans [ci-après : Message LCoord], FF 1998 III 2221, spéc. 2266 ; arrêt du TAF A-592/2014 du 9 mars 2015 consid. 2.1.2). L'objet du litige est ainsi limité aux griefs soulevés en procédure d'opposition et il ne peut plus être étendu dans la procédure contentieuse subséquente. En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut quant à elle être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-592/2014 précité consid. 2.1.2 ; A-5200/2013 du 19 novembre 2014 consid. 2.3.2).
1.7 Bien qu'étant au bénéfice d'un plein pouvoir de cognition, le Tribunal ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité de première instance lorsqu'il s'agit d'apprécier - comme c'est en partie le cas en l'espèce - des questions qui requièrent des connaissances techniques (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêts du TAF A-566/2014 du 3 décembre 2015 consid. 2.3 ; A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2). Plus le pouvoir d'appréciation de l'autorité de première instance est important à ce titre, plus le Tribunal devra faire preuve de retenue en exerçant son propre pouvoir d'appréciation. Dans le cadre d'approbations de plans, telles que celles dont il est ici question, le pouvoir d'appréciation de l'OFT est important, spécialement sur des questions techniques, questions pour lesquelles il dispose des connaissances nécessaires (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.2 ; arrêt du TAF A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2). Il découle également de ce qui précède que des compléments de preuves, telles que des expertises, ne doivent être ordonnés qu'exceptionnellement, lorsque de tels éclaircissements sont vraiment nécessaires à une correcte application de la loi (cf. ATAF 2012/23 consid. 4 ; arrêt du TF 1E.1/2006 du 2 juillet 2008 consid. 5).
2. Le Tribunal commencera par traiter les griefs de nature procédurale (cf. consid. 3 infra). En effet, les recourantes 9 à 13 allèguent que l'autorité précédente, d'une part, était incompétente pour approuver la liaison Vigie-Gonin et le défrichement y relatif et, d'autre part, a violé leur droit d'être entendu, l'OFT n'ayant - à leur sens - pas répondu à leurs requêtes de vision locale et d'expertises pluridisciplinaires (cf. recours A-2478/2016 p. 5 à 11). Quant aux recourantes 7 et 8, elles allèguent une violation de leur droit d'être entendues en ce sens que la décision querellée ne serait pas assez motivée (cf. recours A-2544/2016 p. 4 et A-2476/2016 p. 5).
Ensuite, le Tribunal rappellera quelques principes de la procédure d'approbation des plans (cf. consid. 4 infra), présentera l'intérêt public porté par le projet (cf. consid. 5 infra) puis traitera des griefs des recourants 2 à 6 (cf. consid. 6 infra), 1 et 8 (cf. consid. 7 infra), 9 à 13 (cf. consid. 8 infra) et pour finir de la recourante 7 (cf. consid. 9 infra).
3. A titre liminaire et comme déjà mentionné, il sied de commencer par analyser les deux griefs formels, l'un relevant des règles de compétence (cf. consid. 3.1 infra) et l'autre ayant trait au droit d'être entendu (cf. consid. 3.2 infra).
3.1
3.1.1 Dans leur recours du 21 avril 2016, les recourantes 9 à 13 ont allégué que l'OFT n'avait pas la compétence, d'une part, d'approuver la construction de la liaison Vigie-Gonin et, d'autre part, d'approuver le défrichement y relatif. Les recourantes précitées avaient déjà élevé ce grief en cours de procédure d'opposition (cf. let. L et O supra).
En substance, les recourantes invoquent que la législation en matière d'infrastructure ferroviaire, soit principalement les art. 1, 18 et 18m LCdF, limite la compétence de l'OFT à approuver les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer. Sous l'angle l'art. 25a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT, RS 700), la compétence de l'OFT se limite également à appliquer la LCdF, la loi fédérale du 29 mars 1950 sur les entreprises de trolleybus (LTro, RS 744.21) et la loi fédérale du 24 juin 1902 concernant les installations électriques à faible et fort courant (LIE, RS 734.0). Enfin, l'OFT n'ayant, selon les recourantes 9 à 13, pas la compétence d'approuver la liaison Vigie-Gonin, il n'a en conséquence pas non plus la compétence d'approuver le défrichement occasionné par la construction litigieuse.
Dans leurs observations finales du 5 décembre 2017, les recourantes 9 à 13 ont en substance précisé leur argumentation à ce propos, invoquant notamment l'ATF 127 II 227 dont il sera question ci-après.
3.1.2
3.1.2.1 Dans sa décision du 7 mars 2016 (cf. DAP ch. II. A. 1 p. 15), en substance, l'OFT a estimé que pour réaliser les buts du projet soumis à approbation, le "t1" et le BHNS devaient circuler en site propre, ce qui avait été l'une des conditions à l'octroi de la concession d'infrastructure. Au stade de la soumission de ce projet pour approbation, les plans y relatifs devaient donc avoir intégré cette exigence. Les études d'impact ayant démontré que les reports de trafic ne pouvaient pas être absorbés par le schéma de circulation existant, les TL avaient l'obligation de prévoir dans leur projet des mesures d'accompagnement pour gérer correctement dits reports. Dès lors, les deux nouvelles lignes de transports publics et leurs mesures d'accompagnement routières étaient indissociables. Le projet soumis demeurant principalement ferroviaire, l'OFT s'est considéré comme étant compétent pour approuver la liaison Vigie-Gonin et le défrichement y relatif.
3.1.2.2 Dans sa réponse au recours du 15 juillet 2016, l'intimée a également estimé que la liaison routière Vigie-Gonin était une mesure d'accompagnement indissociable du "t1" et que l'OFT était dès lors compétent pour approuver dite liaison.
3.1.3
3.1.3.1 En vertu des art. 18 al. 1 et 2 LCdF et 11 LTro, en relation avec l'art. 16 al. 2 let. c LIE, l'OFT est la seule autorité d'approbation compétente pour les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer et/ou d'un trolleybus. Dans ce cas, l'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (cf. art. 18 al. 3 LCdF). De même, aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis, le droit cantonal étant pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches ferroviaires (cf. art. 18 al. 4 LCdF). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations qui ne servent pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire sont régis par le droit cantonal ; l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la consultation de l'OFT étant toutefois nécessaire dans certains cas (cf. art. 18m al. 1 et 2 LCdF). Enfin, en cas d'absence de rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire, l'établissement ou la modification de la construction ou de l'installation est régi uniquement par le droit cantonal (cf. arrêt du TAF A-4089/2015 précité consid. 4.3.1).
3.1.3.2 La distinction entre les projets servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer et les autres projets doit se faire sur la base d'un critère fonctionnel. Ne peut ainsi être considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer qu'un projet présentant, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (cf. ATF 127 II 227 consid. 4 ; arrêts du TAF A-2795/2017 du 27 novembre 2017 consid. 4.1 ; A-6241/2015 du 15 février 2017 consid. 4.2.3 ; A-4089/2015 précité consid. 4.3.2). Pour ce faire, il convient de ne pas se fonder uniquement sur l'ampleur des modifications - ferroviaires, respectivement routières - prévues, mais surtout sur l'objectif prédominant visé par le projet, à savoir si celui-ci sert en première ligne les besoins de l'exploitation ferroviaire ou de la circulation routière (cf. ATF 127 II 227 consid. 5 ; arrêt du TF 1A.117/2003 du 31 octobre 2003 consid. 2.3 ; arrêt du TAF A-4089/2015 précité consid. 4.3.2).
3.1.4 L'approbation des plans tant du "t1", du BHNS que du GAT est une compétence exclusive de l'OFT. Ce principe n'est pas contesté par les recourants et il n'y a dès lors pas lieu de s'étendre sur cette question.
Il peut donc ici être constaté que la décision d'approbation des plans n'a pas été prise en violation des règles sur la compétence sur les points fondamentaux précités du dossier et qu'une éventuelle irrégularité relative à la compétence de l'OFT sur une question secondaire serait de nature à n'entrainer qu'une annulabilité ou nullité partielle (cf. Häfelin/Müller/ Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7ème éd. 2016, n° 1133 p. 422 ; Dubey/Zufferey, Droit administratif général, 2014, n° 1016 p. 354).
Dès lors, une éventuelle incompétence de l'OFT pour la seule liaison Vigie-Gonin et le défrichement y relatif ne serait pas de nature à entraîner l'annulation de l'entière décision d'approbation des plans.
3.1.5 Le Tribunal fédéral a déjà déterminé que lorsque le dispositif d'un jugement renvoie aux considérants, ceux-ci participent de la force matérielle du prononcé (cf. ATF 120 V 233 consid. 1a ; arrêt du TF 8C_85/2014 du 21 janvier 2015 consid. 3.2). Le caractère obligatoire, pour l'administration, de la décision qui se réfère aux motifs signifie, à l'inverse, que les considérants du jugement, dont le dispositif ne renvoie précisément pas à ses motifs, ne sont pas contraignants pour l'administration (cf. arrêts du TF 8C_708/2010 du 1er juillet 2011 consid. 2.2 ; 9C_105/2010 du 15 mars 2010 consid. 2.2.2).
3.1.5.1 Il ressort du dispositif de la décision d'approbation des plans du 7 mars 2016 (cf. DAP ch. III 1. p. 129 ss), que l'OFT a approuvé "le projet des TL du 22 mai 2012, modifié/complété une ultime fois le 4 février 2016, consistant en la création d'une nouvelle ligne de tramways, accompagnée d'une nouvelle ligne de trolleybus à haut niveau de service ainsi que d'un nouveau garage-atelier dans l'ouest lausannois (...)" à la suite de quoi dite autorité a énuméré tous les documents et plans qu'elle a formellement approuvés.
3.1.5.2 Dans un premier temps, il peut être constaté que - bien que sa compétence ait expressément été remise en cause pour approuver la liaison routière Vigie-Gonin - le dispositif de la décision querellée ne contient aucun élément relatif à la compétence de l'OFT. En effet, une analyse de sa compétence apparaît dans les considérants (cf. DAP ch. II. A. 1. p. 15), mais aucun renvoi à dits considérants ne figure dans le dispositif. Par ailleurs, les griefs des recourantes n'ont pas été traités spécifiquement dans la motivation. Ceci est regrettable dans la mesure où l'autorité précédente avait clairement informé les recourantes 9 à 13 qu'elle statuerait sur cette question dans sa décision finale (cf. notamment pièces 73-A et 82 du dossier OFT ; voir aussi l'arrêt du TAF A-6835/2013 précité consid. 3.4.2).
3.1.5.3 S'agissant de la liaison Vigie-Gonin, laquelle fait partie du dossier relatif au "t1" (cf. rapport de synthèse DRPJ-NT-205 p. 6), soit les plans avec la cote TW, force est de constater que les documents pertinents y relatifs portent les cotations "TW-J-1.1" (Convention d'utilisation et base du projet), "TW-J-1.2" (Note d'hypothèses et note de calcul), "TW-J-1.3" (Situation & coupes), "TW-J-1.4" (Tablier coupes types), "TW-J-1.5" (Tablier armatures types), "TW-J-1.6" (Joint de dilatation sur l'axe P7), "TW-J-1.7" (Plan général de précontrainte), "TW-J-1.8" (Etape de construction), "TW-J-1.9" (Installations de chantier), "TW-J-1.10" (Mesures de soutènement - Note de calcul), "TW-J-1.11" (Terrassement et mesures de soutènement), "TW-J-1.12" (Etude géotechnique et de pollution), et "TW-J-1.13" (Mesures de soutènement - Convention d'utilisation et base du projet). Or, contrairement aux autres plans relatifs au "t1" (cf. DAP ch. III. 1. p. 129 à 133), ceux de la liaison Vigie-Gonin n'apparaissent pas dans le dispositif de la décision d'approbation des plans du 7 mars 2016. Ainsi, l'énumération des plans approuvés passe de "TW-I-2.1" à "TW-J-2.1", nonobstant tous les plans précités relatifs à la liaison Vigie-Gonin. Toutefois, les plans du défrichement nécessaire pour la construction de la liaison Vigie-Gonin sont eux listés dans le dispositif ("TW-K-4.1" à "TW-K-4.6" ; cf. DAP ch. III. 1. p. 133). De plus, aucun renvoi à des considérants pertinents s'agissant de la liaison Vigie-Gonin ne figure dans le dispositif querellé.
Considérant que les plans cotés "TW-J-1.1" à "TW-J-1.13" n'ont, dans leur version papier, également aucun tampon d'approbation (cf. Figure 1 ci-dessous) contrairement aux autres plans figurant dans le dispositif de la décision du 7 mars 2016, il apparaît que l'autorité précédente n'a pas formellement approuvé les plans de la liaison routière Vigie-Gonin et qu'il ne saurait s'agir d'un oubli de sa part.
3.1.5.4 De plus, si, notamment, le rapport de synthèse DRPJ-NT-205 ("A-5"), les rapports techniques DRPJ-NT-212+05 ("TW-A-5") et ses compléments DRPJ-NT-392+04 ("TW-A-11") et DRPJ-NT-520+03 ("TW-A-12") ou encore les études d'impact relatives à la liaison routière litigieuse (CSDE-NT-037 ["K-1"], CSDE-NT-103+02 ["K-1.2"], CSDE-NT-104+02 ["K-1.2"], CSDE-NT-103+05 ["K-1.3"]) font objet de l'approbation, force est de constater qu'ils ne contiennent pas les plans à proprement parler de la liaison. Le Tribunal ne saurait reconnaître qu'en approuvant les rapports techniques, l'autorité d'approbation a approuvé les plans eux-mêmes. Si tel était le cas, seuls les rapports techniques seraient énumérés dans le dispositif d'approbation et non pas une liste de plus de 90 documents relatifs au "t1" (cf. DAP ch. III. 1. p. 129 à 133) et le tampon d'approbation serait uniquement appliqué sur dits documents et non pas sur les plans formellement approuvés.
3.1.5.5 Il peut dès lors être ici constaté que si la décision contient effectivement une motivation sur la compétence de l'OFT à approuver les plans de la liaison Vigie-Gonin et sur les raisons de la nécessité de construire ladite liaison (cf. DAP ch. II. A. 5 p. 20 ss ; ch. II. B. 3.4.5.4.1 p. 53), force est de constater que le dispositif ne contient aucun renvoi aux considérants pertinents. Dès lors, les plans de dite liaison n'ont pas été formellement approuvés par l'OFT, de sorte que ceux-ci ne sauraient avoir une force contraignante au sens de la jurisprudence précitée (cf. consid. 3.1.5 supra). L'OFT n'a donc pas outrepassé ses compétences comme allégué par les recourantes 9 à 13 et il ne saurait être considéré que l'OFT a octroyé une autorisation de construire pour cette liaison routière.
Il ressort de ce qui précède que le recours des recourantes 9 à 13, en tant qu'il contestait la compétence de l'OFT à approuver la liaison Vigie-Gonin, est sans objet.
3.1.6 Dans la mesure où l'autorité précédente a approuvé le défrichement nécessaire pour construire la liaison Vigie-Gonin (cf. consid. 3.1.7 infra), le Tribunal ne peut toutefois pas faire l'économie de se prononcer sur la compétence de dite autorité d'approuver la liaison routière litigieuse.
3.1.6.1 La jurisprudence a déjà reconnu qu'une route pouvait être intégrée dans une procédure d'approbation des plans ferroviaire (cf. arrêts du TAF A-2795/2017 précité consid. 4.2 ; A-4089/2015 précité consid. 4.4 ; A-1353/2011 du 20 février 2012 consid. 4.2.2) et il y a donc lieu d'écarter les arguments des recourantes à ce propos. Cela étant, encore faut-il qu'un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire existe d'un point de vue matériel et spatial. Il sied dès lors d'apprécier l'objectif prédominant visé par cette liaison routière, à savoir si celle-ci sert en première ligne les besoins de l'exploitation ferroviaire ou de la circulation routière.
3.1.6.2 L'autorité précédente et l'intimée estiment que la construction de la liaison Vigie-Gonin est absolument nécessaire pour construire et exploiter le "t1" et que cette liaison routière est à cet égard une "mesure d'accompagnement routière" à la construction ferroviaire (cf. DAP ch. II. A. 1.2 p. 16).
3.1.6.3 La liaison Vigie-Gonin est éloignée d'environ 150m du tracé ferroviaire et n'est aucunement reliée à l'infrastructure ferroviaire ou du BHNS ou leurs annexes. Il peut donc déjà ici légitimement être mis en doute que la liaison routière présente un rapport étroit et nécessaire d'un point de vue spatial.
3.1.6.4 Certes, la liaison routière vise à absorber le TIM qui ne pourra plus circuler par la rue de Genève, laquelle sera fermée au TIM afin de mettre le tram en site propre. De même, il est établi par les expertises qu'afin de parvenir à des cadences d'exploitation suffisantes, le "t1" doit être mis en site propre, ce qui requiert la fermeture de la rue de Genève au TIM. En conséquence, le projet de liaison routière présente indubitablement un certain lien avec le projet ferroviaire.
Cela étant, force est de constater que l'utilisation de la liaison Vigie-Gonin sera ouverte à tout citoyen conduisant un véhicule motorisé, mais également aux cyclistes et aux piétons - lesquels continueront toutefois à pouvoir utiliser la rue de Genève en phase d'exploitation du "t1" - puisque le viaduc comportera une bande cyclable et deux trottoirs (cf. Convention d'utilisation du viaduc Vigie-Gonin "TW-J-1.1" p. 4). Ainsi, la liaison ne servira pas uniquement à absorber le TIM qui ne pourra plus circuler sur la rue de Genève. De plus, comme constaté dans la note de synthèse DRPJ-NO-081+04 (cf. ch. 4.2.3.6 Objectifs et contraintes liées à la liaison routière Vigie-Gonin p. 22), "au regard des analyses menées, la liaison routière Vigie-Gonin est apparue comme nécessaire, pour garantir le fonctionnement du barreau Ouest de la petite ceinture de Lausanne, sur lequel circulent plusieurs lignes structurantes du réseau des transports publics, notamment les lignes 3 et 21. Ces deux lignes fonctionnent en cadence alternée sur l'axe Ruchonnet - Beaulieu, offrant une fréquence de cinq minutes, toute la journée. Sans cette liaison Vigie-Gonin, le fonctionnement du carrefour de Chauderon-Sud ne peut pas être garanti pour les charges de trafic futures à l'horizon de la mise en service du tramway t1". En conséquence, le trait prédominant visé par cette liaison routière est de servir en première ligne les besoins de la circulation routière. En effet, la liaison Vigie-Gonin sert principalement à contourner le carrefour de Chauderon Sud, lequel n'a pas les capacités d'absorber le surplus de trafic induit par la fermeture de la rue de Genève au TIM.
Dès lors, bien que la nécessité d'une telle liaison routière ne soit pas remise en cause par le Tribunal de céans, notamment eu égard aux diverses études figurant au dossier et au fait que la concession a reconnu sa nécessité, elle ne présente pas à suffisance, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire pour lui reconnaître le statut d'installation servant exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire au sens des art. 18 ss LCdF (cf. consid. 3.1.3 supra et consid. 4 infra). Ainsi, conformément à l'art. 18m LCdF, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal. C'est dès lors à juste titre que l'OFT, malgré sa motivation (cf. DAP ch. II. A. 1.2 p. 15 s), n'a pas formellement approuvé les plans de la liaison Vigie-Gonin, dite liaison routière devant faire l'objet d'une procédure cantonale.
3.1.7 S'agissant de la compétence de l'OFT à prononcer le défrichement nécessaire pour la liaison Vigie-Gonin, force est de constater que l'autorité précédente a formellement approuvé la demande de défrichement (cf. DAP ch. III. 3. p. 148) - sous réserve de charges - et les plans y relatifs "TW-K-4.1", "TW-K-4.2", "TW-K-4.3", "TW-K-4.4", "TW-K-4.5", "TW-K-4.6" (cf. DAP ch. III. 1. p. 133).
Or, comme susmentionné (cf. consid. 3.1.6.1 supra), la construction de la liaison routière nécessitant le défrichement doit faire l'objet d'une procédure cantonale. En conséquence, la compétence de prononcer des dérogations incombait à l'autorité cantonale conformément à l'art. 6 al. 1 let. b de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts (LFo, RS 921.0). L'OFT n'avait ainsi pas la compétence de prononcer un tel défrichement. En ce sens, les points du dispositif de la décision d'approbation des plans du 7 mars 2016 relatifs au défrichement sont annulés et le recours des recourantes 9 à 13 doit être partiellement admis sur ce point.
3.1.8 Corolaire de ce qui précède, il y a également lieu d'annuler - en application des art. 3 et 18a LCdF - les expropriations prononcées en lien avec la construction de la liaison Vigie-Gonin, soit celles concernant les parcelles (...) de la commune de Lausanne (cf. tableau des droits réels et emprises à exproprier "TW-L-1.2 et plan "TW-L-2.8").
3.1.9 Ainsi, il ressort du premier grief formel des recourantes 9 à 13 qu'il est sans objet s'agissant de l'approbation de la liaison Vigie-Gonin, dite liaison routière n'ayant pas été formellement approuvée, qu'il est admis s'agissant du défrichement pour dite liaison routière. Ainsi, la DAP du 7 mars 2016 est très partiellement annulée, dite annulation portant uniquement sur l'approbation des plans mentionnées aux considérants 3.1.7 et 3.1.8 ci-dessus.
3.1.10 Enfin, il peut être relevé que le déplacement de la route de Bussigny/Rue du Terminus à cheval sur les Commune de Crissier et de Renens ne pose pas la même question que la liaison Vigie-Gonin (cf. consid. 6.8.3.2 infra).
A titre superfétatoire, il peut être relevé que la liaison Vigie-Gonin ne figurait pas dans la demande de concession du 15 mars 2010. Ce n'est que le 16 décembre 2010, soit plusieurs mois après la mise à l'enquête publique (du 18 mai 2010 au 17 juin 2010), que l'autorité fédérale a ajouté - sur demande des TL - la liaison routière dans la demande de concession ferroviaire. Aucune nouvelle mise à l'enquête publique n'a eu lieu - la modification précitée n'ayant été soumise qu'aux autorités et à l'unique opposant de la première mise à l'enquête (cf. décision du Conseil fédéral du 16 septembre 2011 ch. 8 p. 3) - l'ajout d'une liaison routière dans une concession ferroviaire a ainsi échappé à tout contrôle démocratique. Toutefois, même si la concession prévoyait la construction de la liaison Vigie-Gonin, dite concession ne contraignait ni l'intimée ni l'autorité précédente à procéder par une procédure d'approbation des plans ferroviaire fédérale pour approuver dite construction routière.
Il peut cependant être salué le retrait de la construction d'une bibliothèque municipale en cours de procédure d'approbation des plans ferroviaire (cf. let. F, H.a et M.a supra).
3.2 Plusieurs recourants ont reproché à l'autorité précédente d'avoir violé leur droit d'être entendus. Vu la nature formelle de la garantie constitutionnelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond, ce moyen doit être examiné en premier lieu (cf. arrêts du TAF A-2787/2017 du 6 novembre 2017 consid. 3.1 ; F-3413/2016 du 24 mai 2017 consid. 3.1; Waldmann/Bickel, in : Waldmann/Weissenberg, Praxis-kommentar Verwaltungsverfahrengesetz, 2ème éd., 2016, art. 29 n° 28ss p. 630 et n° 106ss p. 658).
3.2.1
3.2.1.1 Le droit d'être entendu est inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 28 avril 1999 (Cst., RS 101) et consacré, en procédure administrative fédérale, par les art. 26 à 28 (droit de consulter les pièces), les art. 29 à 33 (droit d'être entendu stricto sensu et administration des preuves) et l'art. 35 PA (droit d'obtenir une décision motivée). L'art. 30 al. 1 PA prévoit en particulier que l'autorité entend les parties avant qu'une décision ne soit prise touchant leur situation juridique, soit le droit d'exposer leurs arguments de droit, de fait ou d'opportunité, de répondre aux objections de l'autorité et de se déterminer sur les autres éléments du dossier (cf. notamment ATF 135 I 279 consid. 2.3 ; 132 II 485 consid. 3).
3.2.1.2 Le fait que l'octroi du droit d'être entendu ait pu être déterminant pour l'examen matériel de la cause, soit que l'autorité ait pu être amenée de ce fait à une appréciation différente des faits pertinents, ne joue pas de rôle (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.2 ; ATAF 2007/30 consid. 5.5.1 ; 2007/27 consid. 10.1 ; Moser et al., op. cit., n° 3.110).
3.2.1.3 En cas de violation avérée du droit d'être entendu, l'affaire doit en principe être renvoyée à l'autorité précédente. Ce principe doit toutefois être relativisé, dès lors qu'une éventuelle violation du droit d'être entendu en première instance peut exceptionnellement être réparée lorsque l'administré a eu la possibilité de s'expliquer librement devant une autorité de recours, dont la cognition est aussi étendue que celle de l'autorité précédente (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.5 ; 133 I 201 consid. 2.2 ; 130 II 530 consid. 7.3). Le droit d'être entendu n'est par ailleurs pas une fin en soi ; il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure, notamment à l'administration des preuves. Lorsque le renvoi de la cause à l'autorité précédente en raison de cette seule violation n'aurait pas de sens et conduirait seulement à prolonger la procédure, en faisant fi de l'intérêt des parties à un règlement rapide du litige, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée (cf. ATF 138 I 97 consid. 4.1.6.1 et réf. cit.).
3.2.2
3.2.2.1 Les recourantes 1 et 8 ont estimé que leur droit d'être entendues avait été violé dans la mesure où l'OFT n'avait répondu à leurs arguments concrets que de manière abstraite. Selon dites recourantes, l'autorité d'approbation se serait bornée à déclarer que les mesures d'accompagnement étaient suffisantes et n'aurait tout simplement même pas analysé leurs oppositions (cf. recours A-2465/2016 ch. 6 p. 5 et A-2476/2016 ch. 10 p. 5).
La recourante 1 a encore allégué que l'autorité précédente s'était également limitée à indiquer que la recourante avait uniquement demandé des indemnisations. Toutefois, la recourante a souligné que dites indemnisations n'étaient qu'un aspect de la problématique de la fermeture de certains axes, durant et après les travaux, la recourante ayant également soulevé le fait que ces fermetures devaient pouvoir être évitées. L'OFT n'aurait ainsi procédé à aucune balance en considération de la situation concrète de la recourante 1, ses arguments n'ayant en réalité pas été examinés (cf. recours A-2465/2016 ch. 6 p. 5s).
3.2.2.2 Dans ses observations du 22 juin 2016, l'autorité précédente a estimé que l'intimée avait répondu, dans ses deux déterminations écrites, de manière détaillée à chacune des demandes formulées dans les oppositions. Les TL avaient notamment apporté des garanties quant à la réalisation de la liaison Vigie-Gonin, précisé les incidences des reports de trafic sur le centre-ville de Lausanne et ajouté des mesures d'accompagnement au projet pour tenir spécifiquement compte des besoins des commerçants. Ce processus avait abouti à une convention avec des associations de commerçants dont le contenu avait été formellement communiqué à tous les opposants concernés. De plus, les préavis positifs du canton de Vaud et de I'OFEV avaient également été mis à disposition de ces groupes d'opposants. Après avoir pu prendre connaissance de toutes ces informations, la recourante 8 avait renoncé à demander une séance de conciliation. Lors de celle organisée à la demande de la recourante 1, cette dernière avait renoncé à exiger autre chose que ce qui était déjà partie intégrante du projet ou de ladite convention. L'OFT n'avait dès lors pas eu à détailler le résultat de son examen du projet spécifiquement sous l'angle des intérêts de ces deux recourants.
Quant à l'intimée, dans sa réponse du 15 juillet 2016, elle a estimé que la recourante 1 s'était limitée à évoquer le problème d'une éventuelle perte de son chiffre d'affaires après la conclusion de la convention signée avec les commerçants. Cette question ne relevant pas de la compétence de l'OFT, celui-ci n'avait aucunement violé le droit d'être entendu de la recourante 1. S'agissant de la recourante 8, les TL ne se sont pas prononcés sur le grief de la violation du droit d'être entendu.
3.2.2.3 Sous l'angle juridique, la violation du droit d'être entendu invoquée par les recourantes 1 et 8 relève d'un défaut de motivation par l'autorité précédente. Il sied donc de relever ce qui suit s'agissant du droit à obtenir une décision motivée au sens de l'art. 35 al. 1 PA.
La jurisprudence a notamment déduit du droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision afin que l'intéressé puisse la comprendre ainsi que l'attaquer ultérieurement s'il y a lieu, et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. La motivation d'une décision est suffisante lorsque l'intéressé est en mesure d'en apprécier la portée et de la déférer à une instance supérieure en pleine connaissance de cause. L'objet et la précision des indications que l'autorité doit fournir dépendent de la nature de la décision à rendre et des circonstances particulières du cas. Néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée, sans qu'elle soit tenue de répondre à tous les arguments présentés (cf. ATF 134 I 83 consid. 4.1 et réf. cit. ; cf. également ATAF 2009/35 consid. 6.4.1 et réf. cit.). Elle peut passer sous silence ce qui, sans arbitraire, lui paraît à l'évidence non établi ou sans pertinence (cf. arrêt du TAF C-661/2011 du 6 juin 2012 consid. 4.2.1 et réf. cit.). De plus, la motivation peut résulter d'une communication écrite séparée. De même, une référence à des plans séparés est autorisée (cf. Uhlmann/Schiling-Schwank, in : Waldmann/Weissenberger (éd.), op. cit., n° 13 ad art. 35 PA).
3.2.2.4 Les recourantes 1 et 8 n'ont pas allégué - et encore moins démontré - que la prétendue violation de leur droit d'être entendues les aurait empêchées d'être en mesure d'apprécier la portée de la décision querellée et de la déférer à une instance supérieure en pleine connaissance de cause. Leur grief relatif à une violation de leur droit d'être entendues pourrait ainsi déjà à ce stade être écarté en raison de leur défaut de motivation (cf. art. 52 PA ; voir aussi arrêt du TAF A-3713/2008 du 15 juin 2011 consid. 3 [partiellement publié dans l'ATAF 2012/23]).
3.2.2.5 La recourante 1 a reproché à l'autorité précédente de ne pas avoir analysé sa situation concrète qu'elle avait détaillée dans ses "études", soit son opposition du 12 juillet 2012 et un courrier du 22 février 2014 accompagné d'une présentation "powerpoint" rédigés par ses soins (cf. pièces 9 et 10 au recours A-2465/2016) lesquelles se limitent à souligner l'importance, pour son activité économique, d'une bonne accessibilité du centre-ville. Il peut toutefois être relevé que la recourante 1 a envoyé son pli du 22 février 2014 à l'intimée uniquement (cf. pièce 10 au recours A-2465/2016), lequel ne l'a pas transmis à l'OFT et qu'il ne figure dès lors pas dans le dossier de l'autorité fédérale. Dite autorité n'était dès lors pas en mesure d'en tenir compte, sans que cela lui soit imputable.
3.2.2.6 Les recourantes 1 et 8 ont produit au niveau du présent recours des écrits globalement identiques et avec de nombreux arguments nouveaux en réponse à la décision querellée. De plus, il ressort clairement de la phase d'instruction de la procédure d'approbation des plans que les arguments des recourantes ont été pris en considération et que ceux-ci ont pu se déterminer sur tous les aspects du dossier les concernant. Il ne saurait être retenu que l'autorité précédente n'aurait pas traité de l'accessibilité du centre-ville même si elle n'a développé cet aspect qu'une fois dans sa décision (cf. DAP ch. II. B. 7.7 p. 74). Or, les conséquences alléguées par les recourantes 1 et 8 sur la rentabilité de leurs établissements résultent finalement de l'accessibilité du centre-ville de Lausanne. Bien entendu la recourante 1 loue un très grand espace commercial, mais elle admet elle-même que "l'accès depuis la desserte des transports publics via le haut du magasin côté Grand-Pont, et les arrêts de bus à proximité immédiate (quelques mètres, en particulier l'arrêt Bel-Air) sont d'une importance prépondérante" pour elle (cf. recours, allégué 4 p. 3). Dès lors, la situation des recourantes précitées ne diffère pas, sous l'angle de l'approbation des plans d'une ligne de tram et de trolleybus, fondamentalement de tous les autres commerces touchés par le projet. L'on ne saurait ainsi reprocher à l'autorité précédente d'avoir traité de l'accessibilité du centre-ville et non pas des éventuelles conséquences financières sur tel ou tel établissement. Tout au plus pourrait-on regretter, sans que cela n'ait de conséquences, que l'autorité de première instance n'ait pas inséré de renvoi à l'analyse précitée dans le traitement des oppositions des recourantes 1 et 8 (cf. DAP ch. II. B. 7.36 p. 124). Enfin, dans leur recours, les recourantes précitées ont pu contester l'analyse faite par l'OFT de l'accessibilité du centre-ville, de sorte que l'absence de renvoi n'a pas eu de conséquences, les recourantes étant en mesure d'apprécier la portée de la décision et de la déférer à une instance supérieure en pleine connaissance de cause.
Dès lors, le Tribunal ne perçoit aucun bien-fondé dans ce grief formel soulevé par les recourantes 1 et 8 et ne saurait reconnaître une quelconque violation de leur droit d'être entendues.
3.2.3 Dans leur opposition du 12 juillet 2012, les recourantes 9 à 13 ont requis une vision locale. Si celle-ci était prévue à l'issue de la séance de conciliation, les recourants contestent avoir renoncé à la tenue d'une vision locale. Selon dites recourantes, lorsqu'elles ont été convoquées à la séance de conciliation par l'OFT à ce sujet, elles ont été surprises d'être accueillies, dans l'étude du mandataire des TL, par des représentants de l'OFT et des TL qui s'étaient manifestement concertés avant la réunion et enfin de devoir subir immédiatement, de la part du représentant de l'OFT, des propos qui ne laissaient planer aucun doute sur son parti pris en faveur du projet. Selon les recourantes, face à leurs protestations à ce sujet, l'OFT a écourté la séance et n'a pas procédé à la vision locale requise, violant leur droit d'être entendues (cf. recours A-2478/2016 ch. 2 p. 11 ss).
Ce grief peut être écarté dans la mesure où le Tribunal de céans a procédé à une vision locale avec les recourantes 9 à 13 (cf. let. GG supra) et qu'une éventuelle violation de leur droit d'être entendues aurait ainsi été guérie.
3.2.4
3.2.4.1 Dans leur courrier du 9 septembre 2013, complétant leur opposition, les recourantes 9 à 13 ont sollicité la mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire confiée à un urbaniste et un ingénieur de trafic reconnus non seulement pour leurs compétences mais aussi pour leur indépendance vis-à-vis des promoteurs du projet dont l'objet serait d'évaluer la faisabilité et le coût des variantes permettant de maintenir simultanément la circulation automobile privée sur la rue de Genève et l'arrivée du "t1" en site propre sur la Place de l'Europe ("t1" enterré ou aérien entre cette place et la Rue de la Vigie). Selon les recourantes 9 à 13, en refusant de mettre en oeuvre l'expertise sollicitée, sans la rejeter clairement et sans motiver correctement sa "non décision" à ce sujet, I'OFT aurait violé le droit à la preuve et le droit d'être entendu des recourantes (cf. recours A-2478/2016 ch. 2 p. 11ss).
3.2.4.2 Dans ses observations du 22 juin 2016, l'autorité précédente a estimé avoir mené la procédure d'approbation dans le respect des exigences formelles de procédure et en particulier dans l'optique de garantir le droit d'être entendu des parties. De plus, dite autorité a considéré qu'il était dans ses prérogatives d'effectuer une évaluation anticipée des preuves, laquelle avait été motivée au ch. ll. B. 7.7.8.2 de la DAP.
Quant à l'intimée, dans sa réponse du 15 juillet 2016, elle a estimé que l'idée des recourants était de faire passer le tram en sous-sol et de maintenir le TIM en surface ou éventuellement l'inverse. Les TL ont relevé qu'une étude avait déjà été effectuée à ce sujet et avait été transmise avec leurs 2ème déterminations (cf. let. R.a supra). Pour les raisons figurant dans l'étude précitée, les porteurs du projet avaient décidé de ne pas retenir la variante souterraine. Toutes les études nécessaires avaient ainsi eu lieu et c'était donc à raison que l'OFT n'avait pas donné suite à la demande d'expertise complémentaire, le dossier étant déjà complet.
3.2.4.3 S'agissant de l'administration des preuves, il sied de rappeler au préalable que la procédure administrative est régie par la maxime inquisitoire (cf. consid. 1.4 supra), que ce soit devant l'autorité administrative ou judiciaire (cf. Dubey/Zufferey, op. cit., p. 682 ch. 1936).
Comme susmentionné (cf. consid. 3.2.1.1 supra), le droit d'être entendu comporte le droit de faire administrer des preuves. Ce droit est garanti par les art. 29 al. 2 Cst et 33 PA et permet à la partie d'offrir des preuves pertinentes, d'exiger qu'il soit donné une suite favorable à cette offre et de participer à l'administration des preuves essentielles, ou à tout le moins de pouvoir s'exprimer sur le résultat de l'administration des preuves, quand celui-ci est de nature à influencer le sort de la cause (cf. ATF 135 I 187 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 6.2.2 et réf. cit.).
Conformément à l'art. 33 PA, l'autorité décide librement de l'administration des preuves des faits pertinents. Ces derniers sont déterminés par l'interprétation du droit applicable et c'est en fonction de cette interprétation qu'elle va décider des preuves nécessaires. Dès lors, seuls sont concernés les éléments pertinents pour l'issue du litige et l'autorité peut mettre un terme à l'instruction et renoncer à l'administration de certaines preuves offertes ou requises lorsque le fait à établir est sans importance pour l'issue du litige (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.3 ; ATF 126 I 15 consid. 2a/aa ; arrêt du TAF A-6515/2010 du 19 mai 2011 consid. 4.3).
L'autorité peut donc se livrer à une appréciation anticipée des preuves, procédé qui ne viole en aucune manière le droit d'être entendu tant que dite appréciation anticipée des preuves n'est pas arbitraire (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.3 ; ATF 134 I 140 consid. 5.3 ; arrêt du TF 2C_643/2010 du 1er février 2011 consid. 5.3). Dès lors, indépendamment de la question de savoir si les preuves requises étaient justifiées dans le cas d'espèce, un simple refus de faire administrer des preuves ne constitue pas ipso facto une violation du droit d'être entendu.
3.2.4.4 Dans sa décision querellée, l'OFT a retenu que les faits pertinents avaient été établis par des spécialistes ; que le dossier avait été correctement structuré ; que son contenu était suffisant pour en évaluer les effets ; qu'il avait été évalué par les autorités compétentes ; et que la description du projet, telle que dressée par les opposantes, s'écartait de ce qui figurait au dossier. Dite autorité a également souligné que des études de variantes avaient été menées par les TL et que compte tenu de leurs résultats, il n'était pas nécessaire de les approfondir plus en détail. Au surplus, pour ce qui était spécifiquement des variantes évoquées par les opposantes, qui rejoignaient celles prises en compte par les TL, il convenait de souligner que celles-ci n'étaient pas rationnelles (cf. DAP ch. II. B. 7.7.8.2 p. 77 et ch. II. B. 7.7.8.4 p. 79).
Il ressort de cette analyse de l'autorité précédente, que celle-ci a estimé avoir tous les éléments nécessaires en main pour rendre sa décision. De plus, elle a jugé que les arguments des recourantes 9 à 13 n'étaient pas de nature à influencer le sort de la cause.
S'agissant des expertises menées par l'intimée au cours de la procédure (cf. notamment let. J.a supra), force est de constater dans un premier temps qu'elle n'y était pas tenue (cf. arrêt du TF 1C_15/2014 du 8 octobre 2014 consid. 5). Dans un second temps, il sied de relever que les recourantes 9 à 13 ont pu s'exprimer sur le résultat de l'administration des preuves. De plus, un doute peut être émis quant au fait que l'expertise requise par les recourantes 9 à 13 aurait été de nature à influencer le sort de la cause. En effet, il ressort tant des actes d'instruction que du recours que lesdites recourantes - dont aucune ne s'est prévalue d'une quelconque compétence en matière d'ingénierie de la mobilité - contestent le choix politique du projet objet de la procédure d'approbation des plans et substituent leur propre appréciation urbanistique et de trafic, de même que leur conception de la place de l'Europe, à celle de l'intimée et des autorités spécialisées fédérales et cantonales. Or, il n'appartenait pas à l'autorité précédente de revoir ce point, même sous l'angle de l'opportunité, dès lors que le projet du tram et du trolleybus répondait aux normes légales. Ceci d'autant plus que le présent projet n'est qu'un maillon d'un projet bien plus vaste et concernant toute la mobilité dans l'agglomération Lausanne-Morge (cf. consid. 5 infra).
Dès lors, le Tribunal ne perçoit aucun bien-fondé dans ce grief formel soulevé par les recourantes 9 à 13 et ne saurait reconnaître une quelque violation de leur droit d'être entendues.
3.2.5 En tout état de cause, même si les griefs tirés de la violation du droit d'être entendu des recourantes 1, 8 et 9 à 13 auraient dû, d'emblée, ne pas être écartés, ce vice devrait être considéré comme guéri. Tel est en effet le cas, conformément à une jurisprudence constante, lorsque les administrés ont eu la possibilité de s'expliquer librement devant une autorité de recours, dont la cognition est aussi étendue que celle de l'autorité précédente (cf. consid. 3.2.1.3 supra). Or, les possibilités offertes aux recourantes 1, 8 et 9 à 13 dans le cadre du présent recours remplissent entièrement ces conditions, même si le Tribunal de céans respecte une certaine retenue sur l'appréciation des aspects techniques. Le Tribunal dispose en effet d'une pleine cognition et peut revoir aussi bien les questions de droit que les constatations de fait établies par l'autorité précédente ou encore l'opportunité de sa décision (cf. consid. 1.5 supra). En outre, les recourantes ont eu la faculté de présenter tous leurs moyens au cours de la présente procédure, de se prononcer sur tous les faits retenus par l'OFT pour motiver sa décision querellée et ont également pu, en cours de procédure devant le Tribunal de céans, prendre position sur toutes les pièces pertinentes versées au dossier.
4. Il sied dans un premier temps de très succinctement rappeler le cadre juridique général régissant les procédures d'approbation des plans.
4.1 S'agissant de la construction d'une ligne de tram, le Tribunal a déjà relevé que les art. 18 ss LCdF régissent la procédure d'approbation des plans.
4.1.1 Au sens de l'art. 18 LCdF, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente (al. 1) ; l'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT (al. 2) ; l'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (al. 3) ; aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (al. 4) ; en règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT, RS 700) ait été établi (al. 5) ; font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction (al. 6). Selon l'art. 18a LCdF, la procédure d'approbation des plans est régie par la LCdF et, subsidiairement, par la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711).
4.1.2 Conformément à l'art. 18f LCdF, quiconque a qualité de partie en vertu de la PA ou de la LEx peut faire opposition auprès de l'autorité d'approbation pendant le délai de mise à l'enquête. Toute personne qui n'a pas fait opposition est exclue de la suite de la procédure (al. 1). Toutes les objections en matière d'expropriation et les demandes d'indemnité ou de réparation en nature doivent être déposées dans le même délai. Les oppositions et les demandes déposées ultérieurement en vertu des art. 39 à 41 LEx doivent être adressées à l'autorité chargée de l'approbation des plans (al. 2). Les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition (al. 3).
4.2
4.2.1 Au sens de l'art. 1 al. 1 de l'ordonnance du 23 novembre 1983 sur la construction et l'exploitation des chemins de fer (OCF, RS 742.141.1), dite ordonnance régit la planification, la construction, l'exploitation, l'entretien et le démantèlement : des ouvrages, des installations et des véhicules des chemins de fer (let. a) ; des éléments électriques des trolleybus et des installations de trolleybus (let. b). Elle vise notamment à assurer la sécurité des chemins de fer (al. 2) et s'applique à tous les chemins de fer soumis au régime de la LCdF et aux éléments électriques des trolleybus et des installations de trolleybus (al. 3).
4.2.2 Selon l'art. 6 OCF, les plans de toutes les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) sont soumis à la procédure d'approbation selon l'art. 18 LCdF. La procédure d'approbation des plans est régie par l'ordonnance du 2 février 2000 sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires (OPAPIF, RS 742.142.1 ; al. 1). En approuvant les plans, l'OFT constate que les documents approuvés permettent de construire les ouvrages et les installations conformément aux prescriptions (al. 2). L'OFT peut contrôler lui-même les documents ou les faire contrôler par des spécialistes compétents et indépendants (experts), ou encore exiger du requérant des attestations et des rapports d'examen d'experts (al. 3). Il peut, en approuvant les plans, déterminer les ouvrages, les installations ou les parties de ceux-ci pour lesquels des dossiers de sécurité selon l'art. 8a devront être remis (al. 4). Enfin, l'approbation des plans, des ouvrages et installations a valeur d'autorisation de construire (al. 6).
4.3 L'OPAPIF régit la procédure d'approbation des plans des constructions et des installations, installations à courant fort et à courant faible y comprises, qui servent de manière exclusive ou prépondérante à l'exploitation des installations ferroviaires (art. 1 al. 1). La demande d'approbation des plans doit fournir toutes les indications nécessaires à l'évaluation du projet (art. 3 al. 1), le deuxième alinéa de cette disposition listant les documents à produire.
4.4 S'agissant de la construction des lignes de trolleybus, l'art. 11 LTro édicte que les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'une ligne de trolleybus (installations de trolleybus) ne peuvent être mises en place ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité de surveillance (al. 1). La procédure d'approbation des plans est régie par la LCdF (al. 2).
5.
5.1 De nombreux recourants ont allégué que la construction et l'exploitation du "t1" (aucun grief n'étant fait à propos du BHNS) ne répondait à aucun intérêt public. L'intérêt public du projet étant indivisible et donc commun à tous les griefs des recourants, le Tribunal commencera par le déterminer et procédera ensuite à une pondération avec les intérêts privés des recourants dans les considérants les concernant (cf. consid. 6, 7 et 8 infra).
5.2 Au sens de l'art. 6 al. 1 let. a LCdF, le Conseil fédéral octroie la concession lorsque la construction et l'exploitation de l'infrastructure concernée sont d'intérêt public. Il peut dès lors être ici déjà constaté que, par l'octroi de la concession du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a constaté que le projet de "t1" et du BHNS répondait à un intérêt public (cf. p. 5).
5.3 Les projets "t1" entre Lausanne Flon et Renens, et dans un deuxième temps entre Renens et Villars Sainte Croix, et de BHNS relèvent du plan directeur cantonal vaudois (cf. fiche A21, p. 67 ; fiche R11 p. 364 ; état au 21 juin 2017, ci-après : PDCV ; à noter que la version du 1er janvier 2016 est la même sur les aspects concernant la présente procédure). Dit PDCV insère les projets précités dans la mesure "Axes forts de transports publics urbains" (ci-après : AFTUP), au même titre que le renforcement du m2 ou encore le m3. La mesure AFTUP fait quant à elle partie intégrante du PALM (cf. let. A supra ; PDCV p. 364).
5.4 Le PALM a été élaboré d'entente entre les partenaires concernés (le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées) afin de définir une meilleure coordination de l'aménagement du territoire et de la planification des transports à l'échelle de l'agglomération Lausanne-Morge.
Le PALM, dont l'un des objectifs prioritaires est de développer une mobilité favorisant les modes de transport durables en lien avec l'urbanisation, fait l'objet de la fiche "R11 - Agglomération Lausanne-Morge" (cf. PDCV p. 361 ss). Selon dite fiche, l'effort principal du PALM est porté sur les transports publics en reliant les centralités, en densifiant le long des axes structurants, en améliorant l'accessibilité aux arrêts et en augmentant les fréquences et les vitesses commerciales. Pour atteindre ces objectifs, le PALM prévoit notamment les AFTUP dont font partie le "Réseau t : tramway Lausanne Renens Villars Sainte Croix et lignes de bus à haut niveau de service BHNS" (cf. PDCV p. 364 ss).
Il peut ici être relevé que l'agglomération Lausanne-Morge héberge 39% de la population et 52% des emplois du canton de Vaud (cf. PDCV p. 361).
5.5 Selon la fiche A21 du PDCV, la mise en oeuvre du concept de l'infrastructure des transports s'appuie sur des priorités, partagées avec la Confédération, dont les liaisons entre agglomérations sont effectuées par rail de centre à centre et par la route et l'autoroute pour les périphéries. Les déplacements à l'intérieur des agglomérations sont assurés principalement en transports publics et par la mobilité douce (pied et vélo ; cf. PDCV p. 67 ss).
5.6 Il peut dès lors être constaté que l'intérêt public ne se limite pas uniquement aux projets du "t1" et du BHNS. En effet, les autorités vaudoises ont mis en place un concept complet et complexe de réorganisation des transports publics dans l'agglomération Lausanne-Morges pour répondre aux défis actuels et futurs en matière de mobilité dans dite agglomération. Les AFTUP, en complément des m1 et m2, forment l'ossature de cette réorganisation (cf. pièce A-5 p. 10 du dossier OFT). Ainsi, le "t1" et le BHNS sont un maillon essentiel d'un concept de mobilité beaucoup plus vaste et pour lequel des choix politiques ont été effectués, dits choix étant extrinsèques à l'objet de la présente procédure de recours (cf. consid. 1.6 supra). Afin de disposer d'un réseau de transports publics attrayant, la vitesse commerciale et la fréquence des trams et bus doivent être élevées (cf. PDCV p. 364), ce qui ne peut être fait qu'en créant des tracés en site propre (cf. pièce GE-A-5 p. 11 du dossier OFT). De même, l'intérêt public porté par ce projet englobe une volonté affirmée des pouvoirs politiques de réduire le TIM, plus précisément le TIM en tant que trafic de transit, dans les villes au profit des transports publics et de la mobilité douce.
5.7 Il doit encore être souligné que l'intérêt public du PALM et des AFTUP trouve également ses racines dans le maintien "de la qualité de vie. En effet, l'étroite coordination entre le développement urbain et les infrastructures de transports publics existantes et planifiées, l'optimisation du réseau routier et la maîtrise du stationnement doivent offrir à la population des alternatives aux transports individuels motorisés et ainsi favoriser un report modal vers les transports publics et les mobilités douces. Ces éléments contribuent à réduire, à moyen terme, la pollution de l'air dans l'agglomération ainsi que le nombre de personnes exposées à des niveaux sonores dépassant les valeurs limites" (cf. PDCV p. 362 ; pièces GE-A-5 p. 8 du dossier OFT ; réponse de l'intimée du 15 juillet 2016 p. 5).
5.8 Il ressort de ce qui précède, que l'intérêt public poursuivi par le projet objet de la procédure d'approbation des plans dépasse largement le cadre strict de la présente procédure. En effet, la réorganisation des transports publics dans la région de Lausanne et Morges ne se limite pas aux projets du "t1" et du BHNS, ceux-ci formant la colonne vertébrale d'une réorganisation de grande ampleur de la mobilité. Outre une adaptation des transports publics aux réalités de la mobilité d'aujourd'hui, il s'agit également de prévoir le futur et de garantir un réseau de transports publics capable de répondre aux besoins créés par le développement urbanistique et économique de cette région. Dans ce contexte, le réseau de transports publics lausannois sera amené à absorber un nombre croissant de voyageurs, lesquels ont un intérêt privé à accéder à une mobilité douce qui doit être aussi - voire plus - performante que le TIM. En effet, la diminution du TIM, particulièrement celui de transit, dans les centres urbains est également un objectif poursuivi par la réorganisation des transports publics et ceci dans un but de diminution de la pollution de l'air et du bruit, un tel but relevant bien entendu d'un intérêt public prépondérant. Enfin, une accessibilité optimale au centre-ville permettra également de poursuivre l'intérêt public au développement et à la prospérité des milieux économiques du centre-ville.
6. Dans un premier temps, le Tribunal se penchera sur les griefs des recourants 2 à 6 relatifs à leur propriété par étage (ci-après : PPE) sise sur la parcelle (proche de la gare de Renens ; ci-après : la parcelle).
6.1 Il est renoncé à retranscrire tous les échanges d'écritures entre les recourants 2 à 6, l'intimée et l'autorité précédente entre les oppositions du 12 juillet 2012, séparées mais au contenu identique (cf. pièces 9 à 13 du dossier OFT ; cf. let. F supra) et leurs recours du 25 avril 2016 (cf. let. Z supra).
6.2 Dans sa décision querellée du 7 mars 2016, l'autorité précédente a, d'une part, déclaré recevables les oppositions des recourants 2 à 6 (cf. DAP ch. II. A 3.2.1.1 p. 17). D'autre part, elle a rejeté leurs oppositions en tant qu'elles concernaient les griefs se rapportant aux études d'impact (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.2 p. 114), admis partiellement les griefs se rapportant au réaménagement de la parcelle (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.3 p. 115 s), prononcé l'expropriation de la parcelle pour une emprise définitive de 187 m2 et pour une emprise provisoire de 169 m2 (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.3 p. 116 s et ch. III. 4.6.9 p. 155) et n'est pas entrée en matière sur les demandes d'indemnisation (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.4 p. 117).
6.2.1 En préambule, l'OFT a exposé que le réaménagement de la rue du Terminus, respectivement la mise en place du nouveau schéma de circulation au centre-ville de Renens, était nécessaire pour permettre la circulation en site propre du "t1" sur la rue de Lausanne ainsi que pour la création d'une interface des transports publics avec la gare de Renens.
Selon l'autorité fédérale, les recourants 2 à 6 n'avaient dans un premier temps pas remis en cause le besoin de prévoir des emprises sur leur parcelle, mais avaient plutôt souligné le fait que seulement trois places de parc, et non quatre, pourraient être conservées et que leur clôture devait être réaménagée. Par la suite, les recourants avaient demandé l'extension de l'expropriation à l'entier de la parcelle.
Enfin, l'OFT a estimé qu'il n'y avait pas matière à pondérer les intérêts publics importants portés par le projet. Toutefois, il fallait procéder à l'examen du réaménagement correct du solde de la parcelle.
6.2.2 Concernant les griefs se rapportant aux études d'impact, l'OFT a considéré que les conditions de l'art. 3 OPAPIF étaient réalisées et que l'OFEV et le canton de Vaud avaient préavisé le projet en estimant que les aspects environnementaux étaient correctement présentés. Notamment, l'autorité précédente a souligné que les conclusions du rapport d'impact sur l'environnement (ci-après : RIE) étaient claires, que les recourants avaient eu accès à cette étude et que l'OFEV avait préavisé favorablement le projet.
L'OFT a également estimé que les recourants n'avaient pas motivé correctement leurs interventions. Selon dite autorité, il n'était pas possible, au vu des pièces au dossier (notamment la concession d'infrastructure ferroviaire, les profils constructifs, le cahier des charges à respecter par les futures compositions) d'affirmer que le projet puisse laisser ouverte la possibilité d'exploiter un matériel roulant doté de pneumatiques.
A propos de l'utilisation de la rue jouxtant la PPE par le trafic de transit, l'OFT a conclu que la capacité d'absorption de trafic de ce type de route n'est pas suffisante pour devoir être prise en compte du point de vue du respect de la législation environnementale. De plus, certains aspects des plans contestés par les recourants, notamment la présence de places « dépose minute », faisaient partie du projet mis à l'enquête publique, l'OFT a considéré que la PPE ne démontrait pas que leurs effets n'auraient pas été également pris en compte dans le dossier d'approbation des plans.
Dès lors, l'OFT a considéré que les allégations remettant en question le traitement des impacts du projet du point de vue de l'environnement étaient partiellement tardives, pas suffisamment motivées et surtout infondées.
6.2.3 S'agissant des griefs se rapportant au réaménagement de la parcelle (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.3 p. 115 s), l'OFT a notamment relevé que les recourants 2 à 6 avaient pu correctement anticiper les impacts du projet sur leur PPE et que plusieurs variantes de réaménagement de la parcelle leur avaient été présentées par l'intimée. Toutefois, les recourants n'avaient explicitement demandé à repenser l'utilisation de la surface restante de la copropriété de façon à maximiser le nombre de places de stationnement conservées qu'une fois l'instruction de la cause par l'OFT terminée. Les deux nouvelles variantes de réaménagement soumises par les recourants remettaient en question des intérêts publics importants, notamment car il n'était pas envisageable de franchir, sans autre aménagement, un trottoir ou/et un passage piéton sur le domaine public pour atteindre les nouvelles places de stationnement.
Toutefois, l'autorité précédente a indiqué qu'il était nécessaire que les TL limitent les impacts du projet sur la partie restante de la propriété des opposants et prévoient la réalisation d'une nouvelle clôture, le maintien autant que possible du jardin, le maintien d'un accès à cette partie privative et la conservation autant que possible des sept places de stationnement.
Afin de tenir compte de l'ultime demande des recourants, l'OFT a considéré que leurs griefs relatifs au réaménagement de leur parcelle devaient être partiellement admis et faire l'objet de la charge suivante (cf. DAP ch. III. 4.6.9 p. 155) :
"Les TL examineront, en collaboration avec les opposants, s'il est possible d'aménager plus que trois places de stationnement sur le solde de la parcelle (proche de la gare de Renens). L'accès auxdites places doit néanmoins se faire depuis (la rue jouxtant leur parcelle) et celles-ci doivent être au nombre maximum de sept. Pour autant qu'une telle variante puisse être établie avec l'accord de tous propriétaires concernés quatre mois avant le début des travaux de réaménagement, les TL la réaliseront. Le cas échéant, les TL fourniront un plan d'exécution aux opposants et à la commune de X._______ pour information trois mois avant le début des travaux de réaménagement".
6.2.4 Compte tenu de son analyse relative au réaménagement de la parcelle et de la charge retenue, l'OFT a estimé que les conditions de l'expropriation étaient réalisées et a prononcé l'expropriation de la parcelle pour une emprise définitive de 187 m2 et pour une emprise provisoire de 169 m2 (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.3 p. 116 s et ch. III. 4.6.9 p. 155).
6.2.5 Enfin, l'OFT a estimé - eu égard aux art. 18a et 20 LCdF et aux dispositions de la LEx - qu'il n'y avait pas lieu d'entrer en matière sur les demandes d'indemnisation relatives à l'expropriation (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.4 p. 117).
6.3 Dans leurs cinq recours - au contenu identique - du 25 avril 2016, les recourants 2 à 6 ont allégué les griefs suivants.
6.3.1 Le projet approuvé ne correspondrait pas au projet initial (cf. recours ch. 7 à 37). En effet, l'OFT aurait violé l'art. 5 OPAPIF, les derniers changements dans la procédure d'approbation des plans du 4 février 2016 n'ayant pas fait l'objet d'une mise à l'enquête publique complémentaire. Les recourants ont également soutenu que la DAP contenait de nombreuses erreurs ou lacunes, dont des calculs erronés de la vitesse du tram ; des violations de la loi fédérale du 13 décembre 2002 sur l'élimination des inégalités frappant les personnes handicapées (LHand, RS 151.3), de l'ordonnance du 12 novembre 2003 sur les aménagements visant à assurer l'accès des personnes handicapées aux transports publics (OTHand, RS 151.34) et de l'ordonnance du DETEC du 23 mars 2016 concernant les exigences techniques sur les aménagements visant à assurer l'accès des personnes handicapées aux transports publics (OETHand, RS 151.342 ; abrogeant celle du 22 mai 2006) ; l'absence d'analyse des conséquences d'un possible déraillement ; ou encore l'absence de calcul exact de la vitesse du tram dans les pentes ou d'un véhicule en perdition dans la pente. Les recourants ont également allégué que les points concernant la sécurité publique auraient dû faire l'objet d'une enquête publique. Ils ont également estimé que la charge concernant leur PPE n'était pas assez contraignante, les TL ayant déjà démontré leur mauvaise volonté à collaborer. Enfin, selon les recourants, les 135 charges contenues dans la DAP constituaient une modification importante du projet qui violait l'art. 5 OPAPIF.
6.3.2 S'agissant de l'expropriation de leur parcelle (cf. recours ch. 38 à 50), les recourants 2 à 6 ont allégué qu'il n'existait respectivement pas d'intérêt public ou pas d'intérêt public suffisant, à construire ce tram, notamment parce que le m1 reliait déjà Renens au Flon et que depuis la mise à l'enquête, la gare de Lausanne-Malley avait été ouverte. Selon les recourants, le bout de ligne de réserve sis devant leur immeuble était inutile, dès lors l'expropriation n'était pas utile. De plus, la surface utilisée pour ce bout de ligne aurait pu servir à créer un parking.
6.3.3 Concernant l'étude d'impact (cf. recours ch. 51 à 68), les recourants ont affirmé que dite étude n'était pas réaliste car elle se fondait sur les valeurs moyennes dans les autres villes suisses et ne traitait pas de l'immeuble du recourant alors que l'intimée avaient connaissance de la fragilité de l'immeuble. L'étude étant lacunaire, elle se devait d'être complétée, notamment puisqu'elle ne considérait pas l'immeuble des recourants alors que des trams s'arrêteront pratiquement en face de leur parcelle.
6.3.4 Enfin, les recourants ont estimé que l'intimée ne leur avait jamais présenté de plan de réaménagement de leur parcelle (cf. recours ch. 69 à 70) et que les aspects sécuritaires et de circulation routière avaient été négligés (cf. recours ch. 71 à 77).
6.4
6.4.1 Dans ses observations du 22 juin 2016, l'autorité précédente a en substance estimé que la mise en oeuvre des mesures de réaménagement de leur parcelle dépendait des recourants 2 à 6, que la mesure d'expropriation devait, de par la loi, se limiter à ce qui était nécessaire pour atteindre le but visé et que la charge les concernant (cf. DAP ch. III. 4.6.9 p. 155) laissait le temps aux copropriétaires de se mettre d'accord entre eux. L'OFT a également relevé que les recourants ne contestaient pas la justesse de l'analyse faite par dite autorité concernant la justification des emprises de la surface expropriée.
Enfin, l'autorité fédérale a considéré que la modification du projet par l'intimée en février 2016 (cf. let. M supra) répondait à une requête de sa part de juin 2012 contre laquelle les recourants n'avaient pas formulé de remarques suite à la consultation du dossier. De même, les charges contenues dans la DAP n'avaient rien d'exceptionnel vu l'ampleur du projet.
L'OFT a ainsi conclu au rejet des recours dans la mesure où ils seraient recevables.
6.4.2 Dans sa réponse du 15 juillet 2016, l'intimée a déclaré qu'aucun accord concernant le réaménagement de la parcelle n'avait été trouvé, notamment parce que les recourants n'avaient pas de position commune, voire même des intérêts divergents.
Concernant une mise à l'enquête complémentaire, l'intimée a souligné que le nombre de charges n'était pas extraordinaire et que traitant de points techniques ou de points mineurs, elles ne requéraient pas de mise à l'enquête.
S'agissant de l'expropriation, les TL ont allégué que la mise en service de la gare de Prilly-Malley ne changeait en rien l'intérêt public du tram, les gares CFF étant justement des sources d'alimentation en voyageurs du réseau des TL. De plus, la ligne de tram avait pour but de remplacer des lignes de bus existantes et surchargées et desservait d'autres quartiers que le m1. Enfin, l'intimée a estimé que la zone de stockage devant la parcelle des recourants était nécessaire et que l'emprise sur dite parcelle résultait également de la nécessité d'élargir la chaussée routière à cet endroit pour y créer un arrêt de bus.
Concernant l'étude d'impact, l'intimée a allégué que le choix du type de tram (rail et roue en acier) avait été arrêté au moment du dépôt du dossier d'approbation des plans. S'agissant du bruit, les TL ont estimé qu'il n'y aurait pas de dépassement des valeurs limites, la zone de stockage n'étant utilisée qu'à titre exceptionnel, et que les rebroussements à cet endroit se feraient à vitesse réduite. De plus, en matière de vibrations, le bâtiment étant situé à plus de 15m de l'axe de la voie ferroviaire, aucune mesure spécifique ne devait être entreprise, sous réserve des constats avant et après travaux. Enfin, l'intimée a exclu toute augmentation du trafic sur la route (jouxtant la parcelles des recourants 2 à 6). Dès lors, les TL ont estimé qu'aucune étude d'impact complémentaire n'était nécessaire.
L'intimée a encore relevé que des plans de réaménagement de la parcelle avaient été présentés aux recourants les 14 septembre 2015, 29 octobre 2015 et 14 janvier 2016 et a rejeté d'éventuels problèmes de sécurité.
L'intimée a conclu au rejet des recours dans la mesure où ils seraient recevables.
6.5
6.5.1 Au cours de la vision locale du 8 septembre 2017 (cf. let. FF supra), confrontés aux projets de réaménagement de leur parcelle des 14 septembre 2015, 29 octobre 2015 et 14 janvier 2016, les recourants présents ont admis les avoir reçus mais estimé qu'ils n'étaient pas assez précis. Au surplus, il a été constaté que quatre places de parc (dans la pratique, laquelle ne correspond pas à l'inscription au registre foncier) seront supprimées, que le jardin de la PPE sera presque entièrement exproprié, que l'emprise provisoire doit durer un mois (le temps de procéder aux travaux de réaménagement) et qu'elle n'est pas prévue pour les travaux relatifs à la route ou au tram, et que l'expropriation définitive est occasionnée par le tram et par le besoin de place pour le terminus des bus. Suite à son déplacement, la route sera proche de l'immeuble. Le tiroir ferroviaire permettra de simultanément stocker provisoirement une rame de tram en panne et de procéder aux manoeuvres d'une autre rame, le nez du tram en panne arrivant environ à la moitié de la parcelle des recourants. Enfin, il n'existe pas d'alternative réaliste au remplacement des places de parc supprimées par l'expropriation et les recourants ont estimé que les propositions d'indemnisation par les TL étaient insuffisantes.
6.5.2 Dans leurs observations sur le procès-verbal de la vision locale, les recourants 2 à 6 ont déclaré, par pli du 25 octobre 2017, que le projet mis à l'enquête n'était pas abouti, que suite à la vision locale, les négociations sur le montant de l'indemnité étaient au point mort, et qu'une proposition des recourants de réaménagement de la parcelle avait été jugée irréaliste, sans préciser par qui.
6.6
6.6.1 Dans leurs observations finales du 15 décembre 2017, les recourants 2 à 6 ont, en substance, répété qu'à leur sens le projet approuvé par l'autorité précédente ne correspondait pas à celui mis à l'enquête public, que le projet était lacunaire et dangereux et que l'expropriation n'était pas justifiée. Ils ont également ajouté que la concession était éteinte.
6.6.2 Dans leurs observations finales des 24 novembre 2017 et 5 décembre 2017, l'autorité précédente et l'intimée ne se sont plus prononcées sur les griefs des recourants 2 à 6.
6.7 Vu les griefs soulevés par les recourants 2 à 6, il sied dans un premier temps d'écarter ceux qui sont irrecevables ou manifestement infondés.
6.7.1 Le Tribunal fédéral a déjà précisé à plusieurs reprises que le voisin direct de la construction ou de l'installation litigieuse, s'il a en principe la qualité pour recourir, doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée de manière à exclure l'action populaire (cf. ATF 139 II 499 consid. 2.2 ; 137 II 30 consid. 2.2.3). Le voisin ne peut ainsi pas présenter n'importe quel grief ; il ne se prévaut d'un intérêt digne de protection, lorsqu'il invoque des dispositions édictées dans l'intérêt général ou dans l'intérêt de tiers, que si ces normes peuvent avoir une influence sur sa situation de fait ou de droit (cf. ATF 139 II 499 consid. 2.2 ; 137 II 30 consid. 2.2.3 ; 133 II 249 consid. 1.3). A défaut, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur le grief soulevé (cf. arrêts du TF 1C_334/2016 du 18 octobre 2016 consid. 4.1 ; 1C_337/2015 du 21 décembre 2015 consid. 5 ; 1C_517/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.2).
A l'aune de la jurisprudence précitée, le Tribunal de céans considère comme irrecevable les griefs relatifs à une prétendue violation de la LHand, de l'OTHand et de l'OETHand. En effet, aucun des recourants 2 à 6 n'a allégué ni démontré être dans une situation de handicap et qu'une violation de dites normes aurait une influence sur sa situation de fait ou de droit (cf. arrêt du TF 1C_337/2015 précité ibid.). De plus, il peut être relevé que ces griefs, qui n'ont pas été soulevés en cours de procédure d'opposition, ne sont pas motivés et sont au surplus infondés. En effet, force est de constater que les charges imposées par l'autorité d'approbation (cf. DAP ch. II. B 2.1.2.2 p. 23) ont justement pour but de faire respecter les normes précitées en constatant que, s'agissant de nouvelles installations, l'intimée ne pouvait se prévaloir d'une situation exceptionnelle et qu'il devait en conséquence construire les gares du "t1" en conformité avec la législation pour personnes handicapées et avec des déficiences corporelles en raison de l'âge.
6.7.2 S'agissant du grief prétendant que l'intimée ne leur aurait jamais présenté de plan de réaménagement de leur parcelle, il relève de la témérité et est ainsi manifestement infondé.
Il ressort des faits constatés par le Tribunal que pas moins de trois plans de réaménagement de la parcelle ont été soumis aux recourants (cf. let. V.a et V.d), lesquels les ont systématiquement rejetés. Lors de la séance de conciliation du 11 juin 2015, les parties avaient convenu de collaborer à l'établissement du plan de réaménagement de la parcelle, ce à quoi les recourants ne se sont pas tenus. En effet, les recourants 2 à 6 n'ont eu cesse de critiquer les propositions de réaménagement faites mais n'ont jamais fait de proposition jusqu'à la clôture de l'instruction devant l'autorité précédente. Or, les deux propositions faites le 15 février 2016 (cf. let. V.j supra), et la demande de suspension de la PAP y relative, relèvent d'une manoeuvre dilatoire alors que l'autorité fédérale leur avait annoncé le matin même qu'elle s'apprêtait à prononcer une décision (cf. courriel de l'OFT aux recourants du 15 février 2016 [pièce 158 du dossier OFT]). Finalement, au cours de la vision locale et confrontés aux plans versés au dossier, les recourants ont nuancé leur argumentaire, reconnaissant avoir reçu des propositions de réaménagement, mais les jugeant insuffisamment précises.
6.7.3 Il y a également lieu de brièvement écarter le grief tendant à contester le fait que le jardin ne sera plus sûr en raison de la destruction du muret et de la haie le séparant de la route. En effet, dits muret et haie apparaissent sur tous les plans de réaménagement présentés par l'intimée, de sorte que leur reconstruction ne tient qu'à la (bonne) volonté des recourants.
Il peut encore être relevé qu'un plan de détail n'est pas impératif pour pouvoir se prononcer sur le réaménagement de la parcelle. En effet, l'on ne saurait exiger de l'intimée qu'elle mandate un architecte pour effectuer des propositions de plans de détails déterminant la hauteur du muret, la couleur de celui-ci ou encore les matériaux qui le constitueront alors que les recourants n'arrivent pas à se mettre d'accord entre eux sur l'endroit où le muret sera reconstruit. Il sied ici de souligner que l'intimée effectuera des plans de détails une fois que les lignes générales du réaménagement de la parcelle seront déterminées.
6.7.4 Enfin, il n'y a pas lieu de traiter du grief relatif à l'extinction de la concession (cf. observations finales ch. 52 ss). En effet, celle-ci ne fait pas l'objet de la PAP et cette question est donc extrinsèque au présent litige. Il sied de rappeler que les actes d'instruction de l'automne 2016 ne visaient qu'à prévenir les requête de mesures provisionnelles urgentes, soit la levée de l'effet suspensif au recours (cf. let. CC supra).
6.8 Les recourants 2 à 6 contestent que les conditions légales pour prononcer l'expropriation de leur parcelle soient remplies. S'ils invoquent une atteinte à leur droit constitutionnel à la propriété, ils allèguent uniquement que l'expropriation ne répond à aucun intérêt public et est disproportionnée, notamment car le bout du tracé du "t1" sis devant leur propriété ne relève - selon leur appréciation - d'aucune utilité.
6.8.1 L'expropriation partielle de la parcelle a été prononcée sur la base des art. 18a ss de la LCdF, lesquels renvoient à la LEx. Dès lors, il peut être constaté que l'expropriation se fonde sur des bases légales formelles.
6.8.2 Comme le Tribunal l'a déjà relevé, les projets objets de la présente procédure d'approbation des plans sont revêtus d'un intérêt public indiscutable (cf. consid. 5 supra). Il peut ici encore être en substance précisé que le projet du "t1" est complémentaire au réseau ferré, lequel poursuit d'autres buts (liaisons de centre à centre ; cf. consid. 5.5 supra), de même que la ligne de tram ne desservant pas les mêmes quartiers que le m1, le "t1" ne saurait entrer en concurrence avec celui-ci. La mise en site propre du tram, laquelle occasionne le déplacement de la route de Bussigny et la Rue du terminus (ci-après : la route) et donc l'expropriation de la parcelle des recourants, répond à la nécessité d'augmenter les fréquences et la vitesse commerciale des transports publics. De plus, le déplacement de la route est également rendu nécessaire par la création d'une interface entre les lignes de bus et de tram avec la gare de Renens et le m1 (voir aussi pièce GE-A-5 p. 17 du dossier OFT). Or l'intérêt public au développement de la gare de Renens a déjà été constaté par la jurisprudence (cf. arrêt du TF 1C_385/2016 du 17 novembre 2016 consid. 5 et arrêt du TAF A-982/2015 du 22 juin 2016). Enfin, il y a lieu de rappeler que le "t1" soumis à la procédure d'approbation n'est que la première partie du tracé, celui-ci devant s'étendre jusqu'à Villars-Sainte-Croix dans une procédure ultérieure (cf. PDCV p. 364 ; voir également par exemple la pièce GE-A-2 du dossier OFT).
6.8.3 Il sied encore d'analyser si l'expropriation a été prononcée en respectant le principe de la proportionnalité.
6.8.3.1 L'expropriation est apte à libérer les terrains nécessaires au déplacement de la route afin de pouvoir créer un site propre pour le tram et une interface entre les transports publics urbains et la gare de Renens. Le critère de l'aptitude n'est pas contesté.
6.8.3.2 La nécessité est quant à elle fortement contestée par les recourants 2 à 6. En effet, ceux-ci estiment que la partie du tracé du tram qui sera construite devant leur propriété n'est pas utile. Quant à l'intimée, elle allègue que la fin du tracé objet de la présente procédure ne serait utilisée qu'à titre exceptionnel pour parquer un véhicule en panne avant son transfert au garage-atelier, soit utilisée à titre de tiroir ferroviaire.
Un doute peut être émis sur sa nécessité à des fins de dépannage. D'une part, sa longueur d'environ 150m semble très importante pour accueillir deux trams (l'un en panne, l'autre en manoeuvre) de 30 à 43.5m chacun au maximum (cf. pièce G-0 p. 12 du dossier OFT). D'autre part, le rôle de tiroir ferroviaire est voué à disparaître lors du prolongement du "t1" en direction de Villars-Sainte-Croix. Toutefois, tant l'intimée que l'autorité précédente l'ont estimé nécessaire et le Tribunal de céans gardant une certaine retenue sur les aspects techniques, il ne saurait substituer son appréciation à celle de l'autorité précédente (cf. consid. 1.7 supra). Ce d'autant plus que même dans l'éventualité où l'utilisation du tiroir ferroviaire à des fins de dépannage ne présenterait pas à elle seule un degré de nécessité suffisant, il sied de rappeler que la construction du "t1" occasionne une réorganisation complète des transports publics à Renens. Elle requiert ainsi la création d'une interface visant à assurer l'intermodalité des divers transports publics (tram, trains, bus et métro) au niveau de la gare de Renens, laquelle est une plaque tournante en matière de transports publics de l'agglomération Lausanne-Morge. Il peut être constaté que le tiroir ferroviaire permet dès lors de procéder à l'ensemble des travaux de réaménagement des transports publics et ainsi de permettre au "t1" de remplir sa mission de colonne vertébrale des AFTUP, indépendamment de son éventuelle extension jusqu'au Villars-Sainte-Croix. Dès lors, le déplacement de la route pour y insérer le "t1" en site propre et créer l'interface précitée fonde également la nécessité de procéder à l'expropriation partielle de la parcelle des recourant 2 à 6. Contrairement à la liaison Vigie-Gonin, l'approbation du déplacement de la route était de la compétence de l'OFT et les plans ont été formellement approuvés (cf. par exemple le plan TW-C-1.1). En effet, la route présente incontestablement un lien spatial et fonctionnel étroit et nécessaire avec le "t1" (cf. arrêt du TAF A-2795/2017 du 27 novembre 2017 consid. 4.2). Enfin, eu égard à la situation géographique de ce tracé, soit sis entre les voies du chemin de fer et les habitations, aucune mesure moins incisive ne permet d'atteindre le but d'intérêt public (cf. consid. 5.6 supra).
Il y a lieu d'écarter l'argument des recourants voulant que cette surface libérée par l'expropriation soit utilisée pour créer des places de parc au lieu du tiroir ferroviaire. En effet, cet argument contredit complètement la thèse soutenue par les recourants voulant qu'à défaut de justification l'expropriation ne soit pas fondée. Il met plutôt en lumière le fait que les recourants ne sont pas opposés à l'expropriation, mais qu'ils déplorent uniquement la perte de places de parcage sur leur parcelle.
6.8.3.3 Concernant la proportionnalité au sens étroit, il peut au préalable être donné raison aux recourants qui déplorent que l'autorité précédente n'ait pas jugé bon de considérer leur intérêt privé en ces termes "l'OFT estime qu'il n'y a pas matière à pondérer les intérêts publics importants portés par le projet" (cf. DAP ch. II. B 7.26.7.1 p. 114). S'agissant d'une restriction d'un droit fondamental, l'autorité se devait, même sommairement, de procéder à une pondération des intérêts en présence sous peine de violer le droit fédéral.
Toutefois, la violation précitée ne saurait avoir pour conséquence une admission du recours sur ce point. En effet, bien qu'il puisse être constaté que les recourants ne décrivent pas leurs intérêts privés respectifs (les cinq recours étant strictement identiques sur ce point malgré des atteintes très différentes à leurs droits de propriété), les intérêts privés des recourants consistent principalement en la préservation de leur propriété et la jouissance de celle-ci (notamment la location des appartements de la PPE, l'usage ou la location des places de parcs et l'usage du jardin privatif). Ces intérêts privés sont certes atteints par l'expropriation. Cela étant, il sied de souligner que l'immeuble des recourants n'est pas touché et qu'en expropriant définitivement 187 m2 sur les 736 m2 de la parcelle, l'autorité précédente a limité l'atteinte au droit fondamental des recourants à ce qui était strictement nécessaire pour atteindre le but visé. Enfin, en rapprochant la route de la façade de l'immeuble, il ne saurait être exclu que les nuisances sonores augmentent pour les habitants de la PPE, ce dont il y a lieu de douter dans la mesure où le trafic est voué à diminuer sur cette route (cf. consid. 6.11.4.2 infra). Toutefois, si contre toute attente le bruit augmenterait, cette question pourra être examinée ultérieurement lors d'une procédure indépendante devant la CFE compétente. Ainsi, même si les intérêts privés des recourants sont atteints, une pesée des intérêts amène le Tribunal à constater qu'ils ne sauraient être prépondérants à l'intérêt public poursuivi par le projet. De la sorte, l'expropriation définitive prononcée respecte le principe de proportionnalité au sens étroit.
6.8.4 Dès lors, l'expropriation prononcée par l'autorité précédente respecte le droit fédéral et la décision querellée doit être confirmée sur ce point.
6.9 Il y a également lieu d'écarter le grief relatif au caractère non suffisamment contraignant de la charge ch. 4.6.9 impartie dans le dispositif de la DAP (cf. consid. 6.3.1 supra).
Un projet d'une telle ampleur en milieu urbain ne saurait être dépendant de l'entente entre plusieurs copropriétaires d'une parcelle dont les intérêts personnels, indépendants de la procédure d'approbation des plans, divergent. En effet, des copropriétaires ne sont touchés que dans une moindre mesure (atteinte uniquement sur la partie commune de la copropriété), alors que d'autres sont plus fortement atteints par l'expropriation (perte d'une grande partie du jardin privatif ; perte de places de parcage, etc.), de plus un des copropriétaires n'a pas fait opposition.
La formulation de la charge laisse une certaine marge d'appréciation tant à l'intimée qu'aux recourants s'agissant du nombre de places de parc (dit nombre dépendant de comment la parcelle sera réaménagée) afin de permettre un accord sur le réaménagement de la parcelle. De plus, la charge contraint les recourants à trouver un arrangement entre copropriétaires, faute de quoi une solution leur sera imposée. Il sied de rappeler que le réaménagement de la parcelle sera consécutif à la réalisation des travaux relatifs au déplacement de la route, lesquels sont indépendants d'un éventuel accord entre copropriétaires sur un plan de réaménagement de leur parcelle. On ne saurait dès lors exiger de l'intimée qu'elle laisse un chantier ouvert et attende indéfiniment que les copropriétaires s'accordent sur une solution, si une solution devait un jour être trouvée. Enfin, il y a lieu de souligner que l'intimée a trouvé des accords avec 113 des 126 opposants au projet, procédé à des modifications du projet là où c'était possible de le faire afin de prendre en considération des remarques d'opposants, de sorte qu'elle ne saurait être qualifiée d'indigne de confiance tel qu'allégué par les recourants 2 à 6.
A titre superfétatoire, la perte de valeur locative (diminution du loyer ou perte d'un loyer propre à une place de parc) résultant de la diminution du nombre de places de parc, dans la mesure où aucun projet de réaménagement ne permettrait de trouver une solution préservant le nombre actuel de places, fera également l'objet de la procédure d'indemnisation devant la CFE.
6.10 S'agissant d'une prétendue violation de l'art. 5 OPAPIF, que ce soit en raison des dernières modifications des plans du 4 février 2016 (non mises à l'enquête complémentaire) et ou en raison des 135 charges contenues dans la DAP, le Tribunal relève ce qui suit.
6.10.1
6.10.1.1 Concernant le document DRPJ-NT-234+02_DE-OCF_art_17+18, celui-ci traite d'adaptations de détails techniques afin de les rendre conformes à la législation. Ainsi, ils ne modifient en rien la nature du projet ou encore les plans soumis à approbation.
6.10.1.2 Concernant le document DRPJ-NT-021+07_specifications_ generales_systeme_transport (G-0), il définit les principales spécifications techniques relatives aux axes forts de tramway et de trolleybus s'inscrivant dans la mise en place du réseau d'AFTPU. Sa vocation est ainsi d'uniformiser certaines normes techniques pour l'ensemble du projet des Axes forts et de s'assurer l'interopérabilité des divers projets, existants et futurs. Il ne s'agit dès lors pas d'une modification importante du projet, ledit projet devant justement correspondre aux conditions techniques dudit document. Or, il ressort que seul ce dernier, et non pas les plans ou les rapports techniques objets de la PAP, a été modifié.
6.10.1.3 Les dernières modifications transmises par l'intimée à l'OFT en date du 4 février 2016 ne constituent donc pas des modifications importantes du projet qui seraient soumises à l'obligation de mise à l'enquête publique au sens de l'art. 5 OPAPIF. Il y a dès lors lieu d'écarter le grief d'une violation de cette disposition.
6.10.1.4 De même, il ne saurait être considéré que la renonciation par l'intimée de démolir l'immeuble sis de l'autre côté de la (rue jouxtant leur parcelle) et vis-à-vis de celui des recourants constitue une modification notable du projet. En effet, dans la mesure où l'expropriation de cette parcelle reste entièrement fondée, en particulier l'emprise définitive, l'on peine à percevoir en quoi la renonciation à démolir un bâtiment violerait l'art. 5 OPAPIF. Les espoirs déçus des recourants 2 à 6, à tout le moins d'une partie d'entre eux, de créer des places de parc en lieu et place du bâtiment ne saurait constituer un grief fondé. Ce d'autant plus que - à juste titre - les recourants n'invoquent pas une atteinte dans leur bonne foi.
6.10.2 Concernant le nombre de charges, illustrant - selon les recourants 2 à 6 - les lacunes du projet, il y a lieu de souligner que la décision attaquée comporte l'approbation d'un tronçon ferroviaire de 4.7 km et d'une voie de trolleybus de 2.4 km, et au moins le double de kilomètres de lignes électriques et de stations électriques. De plus, il englobe la construction d'un garage atelier pour les trams et les voies d'accès y relatives. Il s'agit dès lors de plusieurs ouvrages relativement complexes au plan technique et qui concernent de très nombreux aspects réglementés aussi bien au niveau fédéral que cantonal. Il peut par exemple être relevé que les dispositions d'exécution de l'OCF, à elles seules, font 568 pages de données techniques à respecter (état au 01.07.2016 ; accessibles sous www.oft.admin.ch > Droit > Autres bases légales et prescriptions > Dispositions d'exécution de l'OCF [DE-OCF]). Dans le cadre d'un projet d'une telle ampleur, les charges et réserves permettent de lier à l'autorisation de construire des obligations d'agir, de tolérer ou de s'abstenir. L'inscription d'une ou de plusieurs charges dans une décision d'approbation des plans ne signifie en aucun cas que le projet serait irréalisable. Les charges sont toutefois nécessaires et assurent bien davantage la sécurité ou la perfection d'un ouvrage ; elles démontrent un examen approfondi du dossier et sont inhérentes aux décisions d'approbation des plans (cf. ATAF 2012/23 consid. 11.3). Dans le domaine technique par exemple, les charges sont émises en général pour contraindre au respect d'un niveau de sécurité exigé ou pour préciser un aspect du projet dont l'étude détaillée n'était pas opportune au stade de la mise à l'enquête. De même, les charges permettent à l'autorité d'approbation de corriger certaines erreurs dans les plans et rapports produits et ainsi contraindre le requérant à tenir compte de corrections qui ne justifient pas une nouvelle mise à l'enquête. Les charges sont ainsi toujours limitées dans un cadre précis et bien défini, ce qui est d'ailleurs le cas en l'espèce où les charges ont été émises par domaines déterminés et désignés expressément.
Par ailleurs, les divers aspects du projet ont fait l'objet d'une consultation par les autorités spécialisées ou concernées, ceci avant, pendant ou après la mise à l'enquête, la législation n'imposant pas un ordre précis. A la suite de ces consultations, des remarques ou objections peuvent entraîner des prescriptions de charges de la part de l'autorité unique de décision, ici l'OFT. L'OFT a du reste précisé que les charges relevant du domaine environnemental étaient le résultat de la consultation des autorités fédérales et cantonales spécialisées (cf. observations de l'OFT du 22 juin 2016 p. 3). Enfin, le nombre de charges contenues dans la décision d'approbation ne signifie pas ipso facto que celle-ci ne serait pas conforme aux exigences légales (cf. ATAF 2012/23 consid. 11.3).
6.10.3 Dès lors, les griefs - recevables - résumés dans le consid. 6.3.1 ci-dessus tombent à faux. Il ne saurait être considéré que le projet était lacunaire. Au contraire, les charges imparties démontrent que le contrôle des plans et des rapports par l'autorité précédente a été fait de manière consciencieuse. Il sied en outre de rappeler qu'il ne s'agit pas de juger, dans la présente cause, de la question de savoir si le dossier mis à l'enquête était complet ou non, mais si la décision entreprise est conforme à la loi (cf. ATAF 2012/23 consid 11.3 ; dans le même sens, arrêt du TAF A-6728/2007 du 10 novembre 2008 consid. 8.1 et les réf. cit.).
6.11 Ensuite, il y a lieu d'examiner le grief selon lequel l'étude d'impact sur le bruit et sur les vibrations serait lacunaire (cf. recours ch. 51 à 68).
6.11.1 La construction d'une nouvelle installation ferroviaire est soumise à l'étude d'impact sur l'environnement (EIE), au sens de l'art. 1 de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE, RS 814.011) et du ch. 12 de son annexe. En substance, l'EIE permet de déterminer si un projet de construction ou de modification d'une installation répond aux prescriptions sur la protection de l'environnement, dont font partie la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01) et les dispositions concernant la protection de la nature, la protection du paysage, la protection des eaux, la sauvegarde des forêts, la chasse, la pêche et le génie génétique (cf. art. 3 al. 1 OEIE). Dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans au sens de l'art. 18 LCdF, l'EIE permet notamment de déterminer les nuisances sonores causées par la future exploitation de l'installation ferroviaire et, plus particulièrement, de vérifier le respect des valeurs limites d'exposition au bruit (cf. art. 7 ss, art. 40 ss de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit [OPB, RS 814.41] ; annexes 3 et 4 OPB).
6.11.2 A titre liminaire, il convient de relever que les autorités spécialisées fédérales et cantonales ont examiné l'EIE conformément aux art. 12 al. 2 et 3, 13 al. 1 et 2 et 17 let. c OEIE. Ils n'ont émis aucune critique semblable à celles des recourants (cf. let. J.c supra). L'évaluation d'une EIE est une question qui revêt des aspects techniques et pour laquelle des connaissances spécialisées sont nécessaires. Dans ce cadre, le présent Tribunal doit exercer son pouvoir d'appréciation avec une certaine retenue (cf. consid. 1.7 supra). Conséquemment, il n'interviendra que si les appréciations fournies par une telle autorité spécialisée reposent sur des constatations de fait manifestement inexactes ou comportent des éléments manifestement erronés.
6.11.3 Concernant l'analyse sur le bruit (cf. DAP ch. II. B. 3.3.7 p. 42 ss et pièces K-1 p. 56 ss du dossier OFT), il peut être constaté que l'EIE n'a porté que sur la partie du tracé du "t1" qui sera utilisée à des fins d'exploitation. Respectivement les dossiers d'assainissement du bruit routier de la commune de Renens ne portent que sur l'Avenue du 14 Avril, (cf. pièces K-3.1a à K-3.1f du dossier OFT) sur laquelle le trafic transitant actuellement sur la Route de Bussigny - Rue du Terminus se reportera après leur fermeture. Il en va de même s'agissant de l'analyse sur les vibrations (cf. DAP ch. II. B. 3.3.8 p. 45 s et pièces K-1 p. 84 ss du dossier OFT). Dès lors, ni le tiroir ferroviaire ni la route sis devant la parcelle des recourants 2 à 6, n'ont fait l'objet de mesures ou de pronostics figurants dans l'EIE.
6.11.4
6.11.4.1 S'agissant du bruit occasionné par le tram, il y a lieu de souligner que le tram ne roulera pas devant la parcelle des recourants. En effet, ainsi qu'il a été constaté lors de la vision locale, et conformément au plan TW-L-2.1, le nez du tram qui sera entreposé dans le tiroir ferroviaire en cas de panne, arrivera au maximum à la hauteur de la parcelle des recourants, étant souligné qu'un butoir mettra fin à la voie à cet endroit (cf. DAP ch. III charge 2.14 p. 137). La vitesse maximale estimée par les TL à cet endroit est de < 10 km/h. Dès lors, force est de constater que le tram ne sera pas exploité à cet endroit.
Au surplus, d'une part, le matériel roulant n'a pas encore été choisi, de sorte qu'il ne saurait - de bonne foi - être reproché aux TL de ne pas pouvoir indiquer le nombre de pannes attendues et donc de définir une fréquence potentielle d'utilisation du tiroir ferroviaire. D'autre part, l'intimée n'aura aucun intérêt pratique, économique et sécuritaire à choisir du matériel roulant tombant fréquemment en panne, de sorte que même si des pannes ne sauraient être exclues, l'utilisation du tiroir ferroviaire devrait être de l'ordre de l'exceptionnel, et donc d'éventuels bruits également. Au surplus, la rame en panne ne sera, et il n'y a pas lieu de remettre en cause les dires de l'autorité précédente et de l'intimée à ce propos, parquée sur le tiroir ferroviaire uniquement dans l'attente de la transférer au GAT, et que le tram ne sera donc pas entreposé à cet endroit la nuit.
Enfin, il peut être relevé qu'aucun dépassement des valeurs de planification (cf. ch. 3.5.1 de la pièce K-1 p. 61 s du dossier OFT), ni des valeurs d'immission (en prenant en compte également le bruit des lignes CFF ; cf. ch. 3.5.3 de la pièce K-1 p. 63 s du dossier OFT) n'a été pronostiqué par l'EIE s'agissant de l'exploitation du "t1". Ainsi, selon l'EIE, le "t1" respectera les valeurs de l'annexe 4 OPB par renvoi de l'art. 7 OPB. Dès lors que le "t1" ne sera pas exploité à proximité de la parcelle de recourants, il n'était pas nécessaire, malgré le caractère nouveau de l'installation, que l'EIE examine spécifiquement le bruit au niveau de la parcelle des recourants. Ce d'autant plus que, comme déjà mentionné, le Tribunal considère ces aspects techniques avec retenue, dans la mesure où les autorités cantonales et fédérales spécialisées n'ont pas émis de remarques sur l'EIE à ce propos.
A toutes fins utiles, il doit être souligné que l'étude d'impact relative à la prolongation du tracé du "t1" entre Renens-Gare et Villars-Sainte-Croix devra impérativement englober l'immeuble des recourants 2 à 6, dans la mesure où le prolongement du tracé aura pour conséquence de faire rouler des trams devant la parcelle des recourants. A cet égard, il peut être relevé qu'il ne saurait être reproché aux experts d'avoir pris en considération des rames existantes (soit celles de Genève) pour fonder leur pronostic. L'argumentaire des recourants méprend le fait que les bases de calculs utilisées pour établir le pronostic du bruit font partie intégrante du projet et qu'elles sont donc contraignantes pour l'intimée (cf. DAP ch. II. B. 3.3.7.4 p. 44 s). Ainsi, le matériel roulant choisi et mis en service devra respecter les caractéristiques suivantes : "SEL1m, 50 km/h égal ou inférieur à 92 dB(A))". En respectant ces caractéristiques, le matériel roulant respectera les valeurs de planification et les valeurs limites d'immission, étant précisé que les TL pourraient également choisir du matériel plus performant, ce qui limiterait dès lors encore plus le bruit.
6.11.4.2 Il ressort du plan des prescriptions et des restrictions spéciales du trafic routier (cf. pièce A-9 du dossier OFT ; voir aussi le rapport technique TW-A-5 ch. 3.4.2) que la route de Bussigny et la Rue du Terminus sont actuellement à sens unique (direction Lausanne), une voie étant réservée aux bus, taxis et vélos, l'autre au reste du trafic motorisé. Avec la construction du tram et le déplacement de la route, le sens unique sera supprimé (cf. signal R1 sur la pièce A-9 précité) et la route deviendra dès lors bidirectionnelle. Toutefois, dite route ne pourra plus servir au transit du TIM direction Lausanne, ni le devenir dans le sens inverse. En effet, dans la direction Lausanne, une interdiction générale de circuler dans les deux sens (cf. signal R5 sur la pièce A-9 précité ; à noter les exceptions pour les transports publics et les cycles) entrera en vigueur après le nouveau giratoire, ce qui interrompra le trafic de transit sur le Route de Bussigny. Dans la direction Genève, une interdiction générale de circuler dans les deux sens entrera en vigueur depuis l'intersection entre la Rue de Lausanne et la Rue du midi (cf. signal R28 sur la pièce A-9 précité ; à noter les exceptions pour les transports publics, les cycles, les détenteurs de places privées, les taxis et les livraisons). Dès lors que le trafic de transit sera supprimé, que la nouvelle route et le giratoire remplaceront une carrosserie, un garage automobile et un acheteur/revendeur de voitures, le nombre de véhicules circulant sur la route devant la parcelle des recourants diminuera en conséquence. Ainsi, à l'instar de ce qui prévaut en matière de bruit du "t1", le Tribunal considère ces aspects techniques avec retenue, dans la mesure où les autorités cantonales et fédérales spécialisées n'ont pas émis de remarques sur l'EIE à ce propos.
Finalement, il doit être souligné que le déplacement de la route, et donc son rapprochement de la façade de l'immeuble des recourants 2 à 6, de même que les arrêts de bus créés et les trois places de parc "dépose minutes", pourraient être de nature à augmenter le bruit (dans la mesure où la source sera plus proche). Il sied toutefois de relever que la décision querellée a imparti comme charge "seulement si les projets d'assainissement du bruit menés par les autorités locales sont aussi réalisables, les TL veilleront à coordonner la phase de réalisation de leur projet avec celle de ces projets tiers" (cf. DAP ch. II. B. 3.3.7 p. 42 ss et DAP ch. III charge 2.82 p. 143). Dès lors qu'il s'agira de construire une nouvelle portion de route, aucun obstacle ne semble s'opposer à ce que, cas échéant, les normes concernant le bruit routier puissent être appliquées à la construction. De même, si les recourants 2 à 6 devaient subir une expropriation matérielle pour cette raison, il leur reviendra de saisir la CFE compétente.
6.11.4.3 S'agissant de l'analyse des sons solidiens et des vibrations (cf. DAP ch. II. B. 3.3.8 p. 45 s et pièces K-1 p. 84 ss du dossier OFT), l'EIE pronostique que "en dehors des secteurs potentiellement conflictuels, le risque que les vibrations ou le son solidien dépassent les valeurs indicatives est très faible. Il est d'usage de négliger ce risque. En effet, il serait autrement nécessaire de mesurer le comportement dynamique dans tous les bâtiments jusqu'à une distance de la voie encore bien supérieure à la distance critique ici retenue, ce qui provoquerait des coûts considérés comme démesurés" (cf. K-1 p. 89 du dossier OFT). Il y a lieu de se référer aux constatations faites ci-dessus en matière de bruit, de même que celle quant à l'obligation de procéder à une étude d'impact lors du prolongement de la ligne (cf. consid. 6.11.4.1 supra).
Il peut toutefois être précisé que les TL procéderont à une expertise de la maison avant et après travaux et qu'ils ont déjà démontré, lors des carottages, réagir lorsque des problèmes pendant les travaux surgissaient. Dès lors, il n'y a pas lieu de douter que toutes les mesures adéquates seront prises en cas de problèmes pendant les travaux. De plus, même si des dommages devaient être constatés, les recourants 2 à 6 pourront agir par l'entremise de la CFE compétente pour se faire indemniser et procéder aux travaux de réparation. Au surplus, le Tribunal considère ces aspects techniques avec retenue, dans la mesure où les autorités cantonales et fédérales spécialisées n'ont pas émis de remarques sur l'EIE à ce propos.
6.11.5 En conséquence, l'étude d'impact n'est pas lacunaire s'agissant du bruit et des vibrations, le grief des recourants 2 à 6 à ce propos devant donc être rejeté.
6.12 S'agissant de l'absence d'analyse des conséquences d'un possible déraillement ou de calculs exacts de la vitesse du tram dans les pentes ou d'un véhicule en perdition dans la pente, il sied de relever que ces aspects ne pourront être analysés que lorsque le matériel roulant aura été choisi et feront dès lors l'objet d'un examen avant la délivrance de l'autorisation d'exploitation.
De même, le grief des recourants selon lequel le projet n'était pas clair quant à savoir si le tram serait monté sur rail relève d'une mauvaise lecture du dossier. En effet, outre les 4,7 km/h de rail dessinés sur les plans, il suffit de rappeler que la concession impose que l'écartement de la voie est de 1435 mm ou encore de lire le plan TW-A-4.4 (concepts et systèmes de voies, profils constructifs types, profils normaux) pour exclure que le projet ait laissé la porte ouverte à un tramway sur pneumatique.
6.13 Finalement, il sied de traiter les griefs élevés en matière de circulation routière et de sécurité (cf. recours ch. 69 ss, observations finales ch 8 ss).
6.13.1 S'agissant de la sécurité routière à proximité de leur parcelle, il peut être relevé que la reconstruction du muret de jardin ne dépend que de la (bonne) volonté des recourants (cf. consid. 6.7.2 supra). De plus, concernant l'interface des transports publics créée au niveau de la parcelle des recourants, l'autorité précédente a imparti la charge suivante : "en ce qui concerne la place d'échange et de dépose minute au terminus à Renens, les TL examineront la possibilité de positionner les places en épi plus au bord de la chaussée, de manière à permettre aux piétons de transiter par l'avant des véhicules et la giration des véhicules sans manoeuvres et/ou d'empiétement sur les trottoirs avoisinants" (cf. DAP ch. II. B. 6.2.4 p. 66 et DAP ch. III charge 2.124 p. 147). Cette charge a été impartie sur requête du service des routes du canton de Vaud et elle est contraignante pour les TL. Ainsi, les griefs des recourants 2 à 6 sont infondés. A titre superfétatoire, il y a lieu de relever que la (rue jouxtant la parcelle des recourants 2 à 6), laquelle ne se prête pas à la circulation, restera à usage restreint aux riverains et qu'il n'y a dès lors pas lieu de considérer que son utilisation augmentera. A tout le moins, il sera du devoir du corps de police compétent de procéder à des contrôles et de vérifier que seuls les riverains utilisent la (rue jouxtant la parcelle des recourants 2 à 6).
6.13.2 S'agissant de la sécurité relative à la circulation routière tout le long du tracé du "t1", il est douteux que les recourants 2 à 6 soient légitimés à soulever ce grief. Cela étant, il y a lieu de relever que le "t1" n'est en rien comparable au LEB, en particulier par sa mise en site propre. Au surplus, les recourants 2 à 6 s'offusquent qu'un audit de sécurité routière n'ait pas encore eu lieu, tout en soulignant que celui-ci fait l'objet d'une charge dans la DAP querellée et que donc l'intimée sera contrainte d'en effectuer un. Si l'on comprend que les recourants 2 à 6 aurait préféré qu'un tel audit ait eu lieu avant le prononcé de la DAP, force est toutefois de constater qu'un tel audit n'est pas une pièce sujet de l'approbation des plans ferroviaire et que l'autorité précédente n'avait pas à exiger de l'intimée sa production en cours de procédure. Au surplus, les services de la mobilité et des routes du canton de Vaud ont requis qu'un tel audit ait lieu et l'autorité précédente a donc imparti une charge pour respecter l'avis des autorités cantonales (cf. DAP ch. II B 6.2 p. 64 et ch. III charge 2.130 p. 147).
Il y a dès lors lieu d'écarter ce grief.
6.14 Au regard de ce qui précède, il y a lieu de constater que la décision de l'autorité précédente est conforme au droit et de rejeter le recours des recourants 2 à 6, dans la mesure de leur recevabilité.
7. Dans un deuxième temps, le Tribunal procédera à l'analyse des griefs des recourantes 1 et 8.
7.1 Il est renoncé à retranscrire tous les échanges d'écritures entre les recourantes 1 et 8, l'intimée et l'autorité précédente entre leurs oppositions des 6 et 10 juillet 2012 (cf. let. F supra) et leurs recours séparés du 21 avril 2016 (cf. let. Z supra).
7.2 Dans sa décision du 7 mars 2016, l'autorité précédente a, d'une part, déclaré recevables les oppositions des recourantes 1 et 8. D'autre part, elle a rejeté les oppositions des recourants précités et n'est pas entrée en matière sur la demande d'indemnisation de la recourante 1 (cf. DAP ch. II. B 7.36.1.3 p. 125).
A l'appui de sa décision, l'OFT a estimé que les mesures d'accompagnement pour la phase de chantier arrêtées dans le dossier de plans étaient suffisantes au sens de la législation environnementale, sous réserve du respect des charges retenues dans dite décision. L'autorité fédérale a relevé que les mesures d'accompagnement supplémentaires prises par les TL en cours de procédure avaient permis d'aboutir à un accord avec les associations à l'origine du dépôt de l'opposition collective. La situation des commerçants encore opposés au projet ne nécessitait pas que des mesures spécifiques supplémentaires soient prises en dérogation du contenu dudit accord.
Au sujet des demandes d'indemnités pour perte du chiffre d'affaire émises par la recourante 1 après la fin de la mise à l'enquête, l'OFT a précisé que les questions relatives à l'indemnisation de l'expropriation ne faisaient pas objets de la PAP et qu'il ne pouvait pas entrer en matière sur dites demandes.
7.3 Par acte du 21 avril 2016 (cf. let. Z supra), la recourante 1 a interjeté recours contre la DAP du 7 mars 2016. Il ressort notamment dudit pourvoi les éléments suivants.
7.3.1 En préambule, la recourante 1 a déclaré ne pas critiquer le projet dans son principe.
7.3.2 Ensuite, la recourante 1 a fait valoir que le projet provoquait une diminution excessive de l'accès au centre-ville et des places de stationnement.
7.3.2.1 En premier lieu, elle a estimé que les mesures prises en matière de circulation routière font partie des activités qui doivent être coordonnées dans le cadre des plans d'aménagement au sens de l'art. 2 LAT, en particulier par des plans directeurs communaux. Le projet impliquant des modifications profondes de la circulation au centre-ville de Lausanne, frappant un nombre important de personnes et de commerces, occasionnant d'importantes conséquences, il appartenait à l'autorité planificatrice (communale) de procéder à une pesée des intérêts et d'examiner quelles possibilités et variantes entraient en ligne de compte. II n'était dès lors pas suffisant qu'une autorité décisionnelle, soit l'OFT, se prononce.
7.3.2.2 En deuxième lieu, I'OFT n'avait sérieusement examiné aucune variante ou alternative à la fermeture de la rue de Genève et du Grand-Pont, se bornant à se référer à des études réalisées sur commande de la requérante, soit, selon la recourante des expertises privées dépourvues de valeur probante. Enfin, la recourante a réitéré ses arguments relatifs à la violation de son droit d'être entendue (cf. consid. 3.2.2 supra) et conclu que l'OFT avait abusé de son pouvoir d'appréciation.
7.3.2.3 En troisième lieu, la recourante 1 a relevé que le projet présentait à la fois des aspects de réaménagement des routes, mais également des constructions nouvelles, en particulier le tronçon de raccordement Vigie-Gonin ce qui, aucun plan de route n'ayant été adopté, violait le droit cantonal prescrivant l'adoption de plans de route par le législatif communal (cf. art. 13 al. 3 de la loi cantonale du 10 décembre 1991 sur les routes, RS-VD 725.01). La fermeture de certains axes au trafic individuel entraînerait d'autres conséquences qui rendraient une telle solution impraticable. Le projet, sans mesures de compensation suffisantes, entraînerait un accroissement des engorgements des axes sur lesquels le report de trafic est prévu. Enfin, l'accroissement de l'engorgement aurait des effets néfastes en termes de pollution. Un plan de mesures serait dès lors indispensable en l'espèce au sens de l'art. 44 LPE.
7.3.2.4 En dernier lieu, la recourante 1 a considéré que le projet violait le principe de la proportionnalité. Elle a relevé que le plan directeur communal de la ville de Lausanne commandait de tenir compte des besoins de la clientèle des commerces et services du centre-ville. Son commerce avait été implanté à cet endroit dans l'idée qu'un certain accès immédiat par des véhicules automobiles était indispensable. Des équipements parfois encombrants étaient acquis par ses clients, de sorte qu'un accès devrait pouvoir être assuré en tout temps, sous peine de dissuader la clientèle de se rendre chez la recourante. L'autorité fédérale n'aurait ainsi pas procédé à un examen suffisant des conséquences du report de trafic prévisible à la lumière des impacts économiques que la recourante pourrait subir. La fermeture de certains axes, en tant qu'elle portait gravement atteinte aux intérêts économiques de la recourante, alors que d'autres mesures moins invasives pouvaient entrer en ligne de compte, serait disproportionnée.
7.3.3 Dans un dernier grief matériel, la recourante 1 a estimé que les mesures provisoires prévues pendant le chantier étaient clairement insuffisantes et il devrait être possible d'imposer des mesures garantissant un impact moins important sur son commerce. En particulier, la fermeture du Grand-Pont, le déplacement de l'arrêt Bel-Air, les autres nuisances découlant du chantier (vibrations, bruit, poussière) et la restriction des voies d'accès constituaient une atteinte injustifiée et disproportionnée à ses intérêts. Elle a également allégué que la situation s'apparentait en définitive à des immissions excessives et injustifiées qui auraient dû faire l'objet d'une expropriation des droits de voisinage avec pleine indemnisation.
7.3.4 Enfin, la recourante 1 a requis "la mise sur pied d'une expertise judiciaire évaluant les conséquences de reports de trafic sur l'accès au commerce de la recourante, suite à la fermeture du Grand-Pont et de la route de Genève, avec exposé des mesures alternatives réalisables pour ne pas mettre en place des mesures aussi extrêmes et notamment la création de places de parc à proximité, ainsi que notamment la possibilité de maintenir l'arrêt BeI-Air durant les travaux et l'accès par le Grand-Pont de façon alternée ou par étapes". De même elle a requis le Tribunal de céans de procéder à une vision locale.
7.4 Par acte du 21 avril 2016 (cf. let. Z supra), la recourante 8 a interjeté recours contre la DAP du 7 mars 2016. Il ressort notamment dudit pourvoi les éléments suivants.
7.4.1 En préambule, la recourante 8 a déclaré critiquer avant tout le caractère inquiétant et inadéquat de la fermeture du Grand-Pont, du report exclusif de tout le trafic par le Grand-Chêne, et des conséquences de ce dernier qui n'auraient pas été examinées avec le soin nécessaire par l'OFT.
7.4.2 Ensuite, il peut être relevé que les arguments matériels de la recourante 8 sont identiques à ceux de la recourante 1, auxquels il convient de renvoyer (cf. consid. 7.3.2 à 7.3.3 supra). Il peut toutefois être relevé que son argumentaire s'est concentré sur la fermeture du Grand-Pont et le report du trafic sur l'axe St-François - Grand-Chêne - Jules Gonin jouxtant son établissement.
7.4.3 Enfin, la recourante 8 a requis "la mise sur pied d'une expertise judiciaire évaluant les conséquences de reports de trafic, suite à la fermeture du Grand-Pont et de la route de Genève, avec exposé des mesures alternatives réalisables pour éviter ces fermetures". De même elle a requis le Tribunal de céans de procéder à une vision locale.
7.5 Le 22 juin 2016, l'autorité précédente a déposé ses observations aux recours des recourantes 1 et 8. Dite autorité a notamment estimé qu'elle n'avait pas eu à détailler le résultat de son examen du projet spécifiquement sous l'angle des intérêts de ces deux recourantes, celles-ci ayant, au gré de la procédure, des rencontres et des actes d'instruction, reçu toutes les informations et garanties nécessaires. L'OFT a également constaté que les éléments soulevés/détaillés dans les mémoires de recours s'écartaient des informations présentées dans le dossier de plans, comme par exemple celles en rapport avec les études de trafic. Ils ne tenaient pas non plus compte des pièces que les recourantes avaient pu obtenir en cours de procédure d'opposition, comme par exemple les préavis positifs du canton de Vaud et de l'OFEV. Selon l'OFT, les recourantes ne pouvaient ainsi pas au stade du recours et sans autres indications, affirmer que le présent projet ne serait pas réalisable ou pas conforme à la législation environnementale.
7.6 L'intimée a produit sa réponse le 15 juillet 2016.
7.6.1 Concernant la recourante 1, il en ressort ce qui suit.
7.6.1.1 L'intimée a souligné que de nombreux contacts avaient eu lieu entre les TL, les opposants et la Ville de Lausanne. Il en avait résulté la signature de deux conventions identiques, des 27 janvier 2014 et 11 avril 2014, avec huit associations de commerçants et deux particuliers. Dites conventions garantissaient l'accessibilité aux zones piétonnes concernées au terme des travaux et durant la fermeture complète du Grand-Pont, notamment pour les ayant droits et les livraisons. Dès lors, l'accessibilité au commerce de la recourante 1 était garantie pendant les travaux. Selon l'intimée, l'inquiétude de la recourante 1 portait sur une éventuelle baisse de son chiffre d'affaire, ce qui ressortait notamment de la séance de conciliation au cours de laquelle la recourante 1 n'aurait exprimé des craintes que pour la période des travaux mais pas au terme de ceux-ci.
7.6.1.2 L'intimée a également souligné qu'une partie des griefs de la recourante 1 allait bien au-delà de ceux soulevés au cours de la procédure d'opposition (notamment celui relatif au stationnement) et semblait dès lors irrecevables.
7.6.1.3 S'agissant du grief relatif à la diminution excessive de l'accès au centre-ville (pendant et après les travaux) et des places de stationnement, les TL ont déclaré que diverses variantes avaient été étudiées et que toutes militaient pour un axe fort de tramway reliant le centre lausannois à l'Ouest en direction de Bussigny, via Renens-Gare. La solution retenue se fondait principalement sur cinq raisons. La première était que l'important développement des transports publics préconisé par le PALM ne pouvait reposer sur un seul axe diamétral - déjà saturé - traversant le centre-ville au niveau de Chauderon - St-François. Le tracé du tramway par la rue de Genève permettait de développer un deuxième axe diamétral et ainsi d'augmenter considérablement l'offre et l'accessibilité en transports publics au coeur de l'agglomération. La deuxième était l'interconnexion des différentes échelles de réseau. La solution via la rue de Genève et la place de l'Europe permettait un transfert direct avec les axes forts urbains préexistants (m1-m2) et une liaison aisée avec le réseau national grâce au m2 en liaison avec la gare et avec les autres lignes urbaines et régionales à Bel-Air. La troisième était l'intégration au réseau des transports en commun. Le niveau primaire s'articulait principalement au Flon, alors que le bus était noué sur le tronçon St-François - Chauderon. Il serait compliqué de gérer la cohabitation du réseau de bus et du tram sur la section en question déjà fortement sollicitée. La quatrième était le potentiel desservi. Même si en chiffres absolus, le potentiel «brut» d'habitants/emplois desservis était plus important sur l'axe de l'avenue de Morges - Chauderon, celui-ci était localement redondant avec l'axe fort de bus proposé, via l'avenue d'Echallens. De plus, le tracé du tramway "par le bas" avait l'avantage d'une desserte directe d'établissements scolaires/secondaires de la rue de Genève qui centralisaient une importante population, dont la part modale en transports publics collectifs était très élevée. Et enfin, la cinquième était le potentiel de requalification. Dit potentiel étant faible sur l'avenue de Morges, avec un tracé par l'avenue de Genève, le tramway impulserait une mutation progressive et une animation du trottoir Nord (front "Métropole") qui ne bénéficiait pas du dynamisme du Flon. Depuis le Pont Chauderon et jusqu'à l'intersection avec l'avenue de Morges à Prélaz-les-Roses, l'implantation de la ligne de tram sur la rue de Genève offrait d'intéressantes possibilités de mutation au sud de la voie (secteur de Sébeillon).
7.6.1.4 Au regard du principe de la proportionnalité, la fermeture du tronçon de la rue de Genève compris entre Port-Franc et la place de l'Europe était absolument indispensable, les infrastructures liées au tram occupant l'essentiel de la largeur de la rue, qui se rétrécissait à cet endroit, seuls des passages de mobilité douce pouvant être maintenus. La fermeture du Grand-Pont au TIM était également due à l'importance des installations liées au trolleybus. Les plans figurant au dossier illustraient clairement ce qui précède.
7.6.2 S'agissant de la recourante 8, l'intimée s'est référée aux arguments développés en réponse à la recourante 1. Toutefois, elle a précisé que le maintien partiel de la circulation sur le Grand-Pont pendant les travaux aurait pour conséquence une forte augmentation de la durée de ceux-ci, donc des nuisances y relatives. Sur le plan technique, il serait très difficile de maintenir une partie de la circulation pendant les travaux et cela poserait également des problèmes de sécurité importants.
7.7
7.7.1 Au cours de la vision locale du 8 septembre 2017 (cf. let. GG supra), il a été constaté, notamment, ce qui suit.
7.7.1.1 S'agissant de la recourante 1, son commerce n'est accessible qu'à pied et malgré la mise en site propre du "t1", la clientèle motorisée (30-40% de l'ensemble de la clientèle) gardera les accès aux mêmes parkings. Selon la recourante 1, environ 35% de ses clients pédestres accèdent au commerce par la rue de Genève, le reste (soit environ 25-35%) par la place Bel-Air. Une fermeture simultanée de la rue de Genève et du Grand-Pont était ainsi de nature à interrompre le flux de clientèle. Au surplus, dix lignes de bus arrivent sur la place Bel-Air, à quelques mètres de l'entrée de la recourante 1, et elles seront toutes déviées le temps des travaux du Grand-Pont, les bus n'arrivant donc plus sur la place Bel-Air pendant les onze mois de travaux prévus.
7.7.1.2 S'agissant de la recourante 8, une congestion du trafic devant son établissement, en raison de la fermeture du Grand-Pont, empêcherait les voituriers d'effectuer les manoeuvres nécessaires (soit effectuer un tourné sur route pour se diriger en direction du Tribunal cantonal pour descendre les voitures dans le garage souterrain de l'établissement) et générerait du bruit devant les fenêtres de l'établissement et baisserait l'attractivité de sa terrasse/bar.
7.7.2 Dans leurs observations sur le procès-verbal de la vision locale, par plis séparés du 9 octobre 2017, les recourantes 1 et 8 ont déclaré, en substance que, vu sa localisation entre les deux chantiers, la survie du commerce de la recourante 1 pouvait être remise en cause ; que s'agissant de l'établissement de la recourante 8, les impacts en terme d'accessibilité ne se limiteront pas au parking de l'établissement, mais à tous ses accès.
7.8
7.8.1 Dans ses observations finales du 5 décembre 2017, la recourante 1 a en substance insisté sur l'atteinte disproportionnée à son activité économique provoquée par les travaux tant du Grand-Pont que de la rue de Genève.
7.8.2 Dans ses observations finales du 14 décembre 2017, la recourante 8 a en substance souligné les problèmes liés au report du trafic sur son établissement consécutif à la fermeture du Grand-Pont, tant pendant le chantier qu'en phase d'exploitation, et l'atteinte à sa liberté économique en résultant. De même, elle a maintenu sa demande d'expertise.
7.8.3 Dans ses observations finales du 24 novembre 2017, l'autorité précédente a, en substance, souligné le manque de motivation de certains griefs, en particulier s'agissant des reproches faits par la recourante 8 concernant les analyses relatives au trafic.
7.8.4 Dans ses observations finales du 5 décembre 2017, l'intimée s'est entièrement référée à ses écritures précédentes.
7.9 Dans un premier temps, il sied d'éclaircir quelques points.
7.9.1 Les recourantes 1 et 8 n'ont en rien contesté la compétence de l'OFT relative à la liaison routière Vigie-Gonin, de sorte que le considérant 3.1 est sans effet sur l'issue de leurs recours.
7.9.2 Certes, le projet ici contesté implique des modifications profondes de la circulation au centre-ville de Lausanne. Cela étant, la volonté de réduire le TIM au centre-ville et de privilégier les transports publics (en particulier par les AFTPU) a été établie par le plan directeur cantonal vaudois (cf. consid. 5.3 supra). Dès lors que les art. 8 et 9 de la loi cantonale du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions LATC (RS-VD 700.11) instituent le Grand Conseil et le Conseil d'Etat comme autorités planificatrices, que ces derniers ont approuvé le plan directeur cantonal et que les projets du "t1" et du BHNS concrétisent cette volonté des autorités planificatrices, l'on ne saurait retenir - comme allégué (cf. consid. 7.3.2.1 supra) - que la réduction du TIM au centre-ville de Lausanne est une émanation de l'autorité précédente, soit d'une autorité décisionnelle.
7.9.3 De même, dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, il n'est pas du ressort de l'autorité précédente d'examiner ou de faire produire un examen de toutes les alternatives possibles à un projet. Le Tribunal de céans n'est pas non plus une autorité de planification ; l'autorité de recours doit en effet respecter le pouvoir d'appréciation que la législation en matière d'aménagement du territoire laisse précisément aux autorités de planification, dont l'OFT, auteur de la décision attaquée, ne fait pas partie. La décision sur un tracé ferroviaire doit ainsi être confirmée, indépendamment du fait que d'autres solutions puissent sembler adéquates (cf. ATAF 2012/2023 consid. 8.2 ; arrêt du TF 1C_52/2008 du 2 juin 2008 consid. 4.4). Or, d'une part, et comme mentionné ci-dessus, la présente procédure d'approbation des plans est une concrétisation du plan directeur cantonal. D'autre part, si le plan directeur cantonal ne définit pas un tracé précis (cf. p. ex. carte de la mesure mesure R11, PDCV p. 364), le rôle de l'autorité précédente est de statuer sur un projet défini et de vérifier sa conformité au droit. Dès lors que la documentation produite par l'intimée et le projet répondaient aux critères légaux, il n'était pas du devoir de l'autorité précédente d'examiner ou de faire produire un examen de toutes les alternatives possibles au dit projet. Il est même paradoxal de reprocher à l'OFT de s'être comporté comme une autorité planificatrice pour ensuite lui reprocher de ne pas avoir agi comme une autorité planificatrice.
7.9.4 Les recourantes 1 et 8 estiment que le projet, de par la fermeture de la rue de Genève et du Grand-Pont au TIM, provoquera des engorgements du trafic routier et que le rapport de synthèse sur l'accessibilité au centre-ville de Lausanne (cf. dossier OFT note DRPJ-NO-081+04) n'a pas de valeur probante.
7.9.4.1 Il est incontestable que la fermeture d'axes routiers, dans la mesure où la circulation routière se reportera sur des axes déjà existants, peut être de nature à créer des engorgements sur ces axes. Cependant, les recourants perdent de vue qu'un objectif principal poursuivi par ce projet est justement la diminution de la pollution atmosphérique dans l'agglomération Lausanne-Morge. Cette diminution de la pollution passe notamment par une baisse du TIM au centre-ville, d'une part en allouant une place importante du domaine public aux transports publics (par la mise en site propre du "t1" et du BHNS) et à leur cadence d'exploitation ainsi plus élevée et, d'autre part, en diminuant l'offre de stationnement (281 places de parc publiques pour le TIM en moins sur l'ensemble du projet ; cf. pièce A-10 p. 4 du dossier OFT). Au surplus, il sied de constater que c'est avant tout le trafic de transit - lequel n'est pas une source de clientèle pour les recourantes 1 et 8 - qui est la cible de cette diminution. Certes, les AFTPU et toutes autres mesures planificatrices ne vont pas résoudre à eux seuls les problèmes de surcharge du trafic dans le centre-ville de Lausanne, pas plus que le projet objet de la présente procédure. Un tel objectif ne pourra être atteint qu'avec des changements d'habitudes des usagers. Cela étant, un changement des habitudes des usagers ne pourra avoir lieu que si l'infrastructure des transports publics le permet et l'encourage. Ainsi, dans le rapport sur l'accessibilité au centre-ville de Lausanne, il est prévu une baisse du TIM de 10% pour une augmentation des transports publics de 25 à 30% (cf. dossier OFT note DRPJ-NO-081+04 p. 22).
7.9.4.2 S'agissant du manque de valeur probante des expertises produites par l'intimée, ce grief doit être écarté. En effet, que les recourantes 1 et 8 ne puissent pas partager le résultat des expertises peut certes être compréhensible. Cela étant, ces expertises ont été examinées par les autorités spécialisées, notamment l'OFEV et l'OFROU et les autorités cantonales (de l'environnement, de la mobilité, etc.), lesquelles les ont considérées comme fiables. Au surplus, cette note DRPJ-NO-081+04 qui perturbe tant les recourantes 1, 7 et 8 à 13, a certes été rédigée dans le but de répondre aux opposants. Cela étant, comme son nom l'indique, cette note synthétise ce qui avait déjà été fait pour développer le PALM et les AFTPU et en fin de compte seule la microsimulation du trafic était nouvelle, de même que les adaptations (p. ex. planning des travaux) faites pour répondre, dans la mesure du possible, aux souhaits des opposants. Dans une telle situation, comme déjà mentionné (cf. consid. 1.7 supra), il n'appartient pas au Tribunal de céans de remettre en question dites expertises, lesquelles requièrent des connaissances techniques que le Tribunal n'a pas. Il en va de même des conclusions des recourantes 1 et 8 visant à ordonner une expertise judiciaire (cf. consid. 7.3.4 et 7.4.3 supra).
7.9.5 Les griefs qui précèdent doivent dès lors être rejetés.
7.10 Ensuite, il s'agit d'examiner une éventuelle atteinte aux droits fondamentaux des recourantes 1 et 8, soit en l'espèce leur liberté économique au sens de l'art. 27 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101).
7.10.1 L'art. 27 Cst édicte que la liberté économique est garantie (al. 1). Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (al. 2).
A cet égard il peut être relevé que l'intimée et l'autorité précédente n'ont pas contesté que les recourantes 1 et 8 pouvaient être atteintes dans leur liberté économique.
7.10.2 Conformément à l'art. 36 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit reposer sur une base légale qui doit être de rang législatif en cas de restriction grave (al. 1) ; elle doit en outre être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (al. 2) et, selon le principe de la proportionnalité, se limiter à ce qui est nécessaire et adéquat à la réalisation des buts d'intérêt public poursuivis (al. 3), sans violer l'essence du droit en question (al. 4). Pour être conforme au principe de la proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.), une restriction d'un droit fondamental doit être apte à atteindre le but visé (règle d'aptitude), lequel ne peut pas être obtenu par une mesure moins incisive (règle de nécessité) ; il faut en outre qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de la personne visée et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (proportionnalité au sens étroit ; cf. ATF 137 I 167 consid. 3.6 ; 138 I 331 consid. 7.4.3.1).
7.10.3 Le projet se fondant notamment sur les art. 18 LCdF et 11 LTro, il y a lieu de relever que les atteintes au droit fondamental invoqué par les recourantes sont fondées sur une base légale formelle fédérale.
7.10.4 L'intérêt public poursuivi par le projet a déjà été examiné et il y a lieu d'y renvoyer (cf. consid. 5 supra).
7.10.5 Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) ; en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts ; ATF 136 IV 97 consid. 5.2.2 ; 135 I 176 consid. 8.1 ; 133 I 110 consid. 7.1).
7.10.5.1 L'aptitude de la mesure n'est pas contestable. En effet, la fermeture de deux axes routiers pour mettre des transports publics en site propre, et ainsi augmenter leur cadence, est apte à diminuer la circulation au centre-ville de Lausanne et donc la pollution atmosphérique. D'une part, la rue de Genève et le Grand-Pont n'offrent pas de possibilité de parcages et servent essentiellement au trafic de transit. Dès lors, la fermeture de ces axes est apte à diminuer l'intérêt du TIM de passer d'un côté à l'autre de la ville de Lausanne par cet axe. D'autre part, des cadences élevées des transports publics - qui ne peuvent être garanties que par leur mise en site propre - rendront les transports publics concurrentiels au TIM, diminuant d'autant l'intérêt à accéder au centre-ville en TIM.
7.10.5.2 La nécessité de fermer les deux axes routiers est quant à elle fortement critiquée par les recourantes 1 et 8. Toutefois, les expertises faites à l'appui du projet, de même que celles établies au cours de la PAP, pointent toutes la nécessité de mettre le "t1" et le BHNS en site propre pour garantir des cadences élevées. Le Tribunal, qui ne saurait substituer son appréciation à celle des autorités spécialisées qui ont analysé et avalisé ces expertises (cf. consid. 7.9.4 supra), constate que les recourants n'apportent pas vraiment d'éléments propres à mettre cette appréciation en cause.
7.10.6 S'agissant de la proportionnalité au sens étroit, il y a lieu de la traiter sous deux angles distincts et en deux temps, les intérêts privés des recourantes 1 (cf. consid. 7.10.7 infra) et 8 (cf. consid. 7.10.8 infra) n'étant pas tout à fait les mêmes et la fermeture temporaire des deux axes, pendant la période de chantier, n'ayant pas les mêmes conséquences que leur fermeture définitive.
7.10.7
7.10.7.1 Concernant la période de chantier, la recourante 1 évoque un intérêt privé dans la mesure où la fermeture du Grand-Pont, dans le cadre des travaux du BHNS, et la rue de Genève, dans le cadre des travaux du "t1", risque d'interrompre, à tout le moins de diminuer, son flux de clientèle et ainsi lui occasionner des pertes économiques qui pourraient entraîner la fermeture de son magasin. La phase de chantier, impliquant une fermeture de la rue de Genève et du Grand-Pont pour procéder aux travaux, aura des répercussions. En effet, comme constaté lors de la vision locale, le fait que la place Bel-Air ne soit plus desservie par les transports publics le temps des travaux sur le Grand-Pont et que la rue de Genève soit en chantier peut avoir une influence sur le nombre de clients fréquentant son commerce, dit commerce se retrouvant pris en étau entre les deux chantiers, à condition qu'ils aient lieu en même temps. La recourante 1 peut donc se prévaloir d'un intérêt privé, lequel n'est toutefois que de nature purement économique.
De plus, il y a lieu de relativiser l'atteinte à cet intérêt privé. Bien que la recourante 1 les estime insuffisantes, l'intimée a produit un certain nombre de garanties afin que les accès piétons soient garantis tout au long des travaux. De même, la passerelle du Flon sera ouverte tout au long des chantiers, exception faite lors du déplacement du pilier de dite passerelle se trouvant sur la place de l'Europe. L'intimée mettra en place un service de communication qui informera les clients du quartier du Flon et alentours du déroulement des travaux et des divers accès possibles. Il peut encore être souligné que, mises à part les recourantes 1 et 8 à 13, tous les commerçants du centre-ville qui s'étaient opposés ont signé une convention avec l'intimée garantissant l'accès à leurs commerces pendant la durée des travaux. De sorte que la mise en oeuvre de dite convention bénéficiera également aux recourantes 1 et 8. Au surplus, le mémoire technique concernant le Grand-Pont souligne la volonté de l'intimée de prendre en considération les besoins des commerces, en particuliers une volonté de concentrer les travaux afin de diminuer la durée du chantier (prévue sur onze mois) et de terminer les travaux en novembre afin qu'il soit accessible au mois de décembre et donc pour les ventes de fin d'année (cf. pièce TB-J-2.3 p. 16).
L'on peine également à percevoir comment un accès par le Grand-Pont pourrait être garanti tout au long du chantier, de manière alternée ou par étape. En effet, dans la mesure où il s'agit de détruire et remplacer le tablier (soit la structure porteuse qui supporte la charge de trafic) actuel du pont sur une longueur de 250 m, le maintien d'un accès par le Grand-Pont est incompatible avec une réalisation rationnelle - tant du point de vue technique, économique et sécuritaire - du projet.
Finalement, quant aux éventuelles nuisances durant la phase de travaux elles doivent, selon la jurisprudence, en principe être tolérées et ne peuvent faire l'objet d'une expropriation (cf. ATF 113 Ia 353 consid. 4). La CFE ne peut être saisie pour d'éventuelles prétentions basées sur l'art. 684 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210) ou 20 LCdF, que si les effets préjudiciables subis par les fonds voisins à cause des travaux de construction sont particulièrement intenses, durables et causent un dommage considérable ; dans la règle, les inconvénients temporaires ne peuvent pas faire l'objet d'une indemnisation (cf. ATF 132 II 427 consid. 3). Il n'y a pas lieu ici de statuer sur la question de savoir si un dommage économique peut faire l'objet d'une indemnisation, dite question devant, cas échéant, être tranchée par la CFE compétente.
7.10.7.2 S'agissant de la phase d'exploitation du "t1" et du BHNS, il peut être mis en exergue que la fermeture des deux axes routiers ne changera rien à la situation de la recourante 1. Bien qu'elle argumente dans son recours que "les commerces du type de la recourante, attenants aux voies de communication, ont été implantés dans l'idée qu'un certain accès immédiat par des véhicules automobiles est indispensable. Des équipements parfois encombrants sont acquis par les clients de la recourante (...), de sorte qu'un accès ne serait-ce que résiduel doit pouvoir être assuré en tout temps" (cf. recours ch. 13), il y a lieu de relever que, tel que constaté lors de la vision locale, l'accès à son commerce se fait actuellement uniquement à pied, que ce soit par la rue de Genève ou par la Place Bel-Air. Dès lors, à moins que la recourante 1 n'encourage le parking sauvage en dehors des zones de stationnement, cet argument est manifestement tendancieux. Les parkings les plus proches resteront ouverts et accessibles comme avant le projet, de sorte que sa clientèle n'aura aucun changement d'habitudes. Par ailleurs il est intéressant de constater que dans sa demande d'expertise, la recourante 1 demande "la création de places de parcs à proximité", soulignant s'il était nécessaire, qu'actuellement elle n'en a pas. Enfin, les mesures visant à réduire l'accessibilité au centre-ville de Lausanne vise avant tout le trafic de transit et pas du tout le trafic lié aux commerces du quartier. Ainsi, en phase d'exploitation, la recourante 1 ne fait valoir aucun intérêt privé qui s'opposerait à l'intérêt public poursuivi par le projet.
7.10.7.3 Au vu de ce qui précède, l'intérêt privé de la recourante 1 ne saurait être prépondérant à l'intérêt public poursuivi par le "t1" et le BHNS. En effet, tant la diminution de la circulation au centre-ville que de la pollution pèsent bien plus lourd dans la balance que l'intérêt privé de la recourante à maintenir son chiffre d'affaire actuel, étant par ailleurs précisé que la baisse alléguée n'est pas établie. Dès lors, le projet répond également à la condition de la proportionnalité au sens étroit s'agissant de la recourante 1.
7.10.8
7.10.8.1 Quant à la recourante 8, il n'y a pas pas lieu de différencier les atteintes pendant le chantier et celles pendant la période d'exploitation du "t1" et du BHNS, les principales nuisances invoquées découlant de la fermeture du Grand-Pont au TIM. Le report de trafic - consécutif à la fermeture du Grand-Pont précitée - sur la Rue du Grand-Chêne et l'Avenue Jules Gonin peut congestionner la circulation devant l'établissement de la recourante 8, empêcher les voituriers d'effectuer des manoeuvres, restreindre l'accès pour la clientèle à son établissement et faire perdre en attractivité de son bar. Or, cette fermeture étant la même lors du chantier que pendant la phase d'exploitation, il n'y a en conséquence pas lieu de distinguer la phase de chantier de celle d'exploitation.
7.10.8.2 Selon la note DRPJ-NO-081+04 (cf. figure 4.2.3.1.a p. 17) environ 14'500 véhicules par jour circulaient sur l'avenue Jule Gonin lors d'un jour moyen ouvrable en 2010. Après les travaux, ce nombre est estimé à 15'900 (cf. figure 4.2.3.5.a p. 20), soit une hausse d'environ 10%. Ainsi, il sied de constater qu'il y aura plus de trafic motorisé devant l'établissement de la recourante 8 et que cette augmentation peut en compliquer l'accès, les manoeuvres nécessaires au parcage des voitures des clients et diminuer l'attractivité de son bar extérieur. Au surplus, et contrairement à la recourante 1, la clientèle de la recourante 8 n'est pas principalement composée d'utilisateurs des transports publics, respectivement dite clientèle attend plutôt de l'établissement qu'il offre un service de haut standing, dont l'attente ne fait pas partie. En conséquence, la recourante 8 peut se prévaloir d'un intérêt privé, lequel est toutefois de nature purement économique.
Au surplus, et comme déjà mentionné ci-dessus (cf. consid. 7.10.7.1 supra), la jurisprudence requiert de tolérer les nuisances liées aux chantiers (bruit, poussière, etc) et en cas d'immissions excessives, il appartiendra à la recourante 8 de saisir la CFE compétente.
7.10.8.3 Cela étant, l'intérêt privé de la recourante 8 ne saurait être prépondérant à l'intérêt public poursuivi par le "t1" et le BHNS. En effet, la diminution tant de la circulation au centre-ville que de la pollution pèse bien plus lourd dans la balance que l'intérêt privé de la recourante à maintenir son chiffre d'affaire actuel. Dès lors, le projet répond également à la condition de la proportionnalité au sens étroit s'agissant de la recourante 8.
7.10.9 Enfin, les recourantes 1 et 8 n'allèguent pas, à juste titre, que l'essence du droit fondamental invoqué soit violée et il n'y a pas lieu de retenir que tel serait le cas.
7.10.10 Ainsi, la fermeture du Grand-pont et de la rue de Genève au TIM et les contraintes liées aux travaux respecte le principe de la proportionnalité et les griefs des recourantes 1 et 8 à ce propos doivent être écartés. De même, l'atteinte à leur liberté économique, dans la mesure où elle devrait être reconnue est conforme à l'art. 36 Cst.
7.11 Au vu de ce qui précède (cf. consid. 3.2.2 et 7 supra), les recours des recourantes 1 et 8 doivent être rejetés.
8. Dans un troisième temps, le Tribunal procédera à l'analyse des griefs des recourants 9 (sous réserve de sa qualité pour recourir ; cf. consid. 1.3.3 supra) à 13.
8.1 Il est renoncé à retranscrire tous les échanges d'écritures entre les recourantes 9 à 13, l'intimée et l'autorité précédente entre leurs oppositions du 12 juillet 2012 (cf. let. F supra) et leurs recours du 21 avril 2016 (cf. let. Z supra) ; il en va de même s'agissant de tous leurs allégués relatifs au défrichement et à la liaison Vigie-Gonin (cf. consid. 3.1.6.1 supra).
8.2 Dans sa décision du 7 mars 2016, l'autorité précédente a, d'une part, déclaré recevables les oppositions des recourantes 10 à 13 (cf. DAP ch. II. A 3.2.1.1 p. 17 ; voir également consid. 1.3.3 supra s'agissant de la recourante 9). D'autre part, l'OFT a estimé que les oppositions étaient infondées, que les opposantes avaient agi partiellement de façon tardive, qu'elles n'avaient pas correctement motivé leurs griefs et qu'elles avaient renoncé à participer à l'élaboration des faits pertinents. En conséquence, pour autant que l'opposition ne tombait pas sous le coup des art. 13 al. 2 et 52 al. 3 PA, l'OFT a considéré que cette opposition devait être rejetée (cf. DAP ch. II. B 7.7.8.7. p. 80).
8.2.1 S'agissant de la justification du projet, l'OFT a relevé que celui-ci devait garantir le développement de l'ouest de l'agglomération lausannoise, mais aussi palier à une desserte en transports publics actuellement insuffisante. Pour permettre une exploitation rationnelle des lignes projetées, certains axes devaient être interdits au TIM et les reports de trafic être gérés en conséquence. La modification du schéma de circulation avait été conçue en se fondant sur l'approche multimodale développée par le PALM et la variante retenue était la plus proportionnée par rapport aux impacts sur l'environnement. Enfin, selon les plans représentant spécifiquement la plateforme du Flon, il s'avérait que le projet en garantissait les accès (parking souterrain, places de parc pour les livraisons en surface, etc.). Au surplus, l'OFT a constaté que le projet mettait plutôt en valeur les zones piétonnes commerçantes situées à hauteur de la plateforme du Flon et au nord de la rue des Terreaux. Dès lors, l'OFT a estimé que les opposantes n'avaient pas directement d'intérêt à s'opposer à la mise en oeuvre des objectifs visés par le projet (cf. DAP ch. II. B 7.7.8.1. p. 76 s).
8.2.2 A propos de la gestion du report de trafic (cf. DAP ch. II. B 7.7.8.2. p. 77 s), l'OFT a constaté que les données de charges de trafic avaient été établies par des spécialistes, que les exigences environnementales ou la planification locale avaient été prises en compte et que les autorités fédérales et cantonales compétentes avaient préavisé le projet. Concernant la plausibilité du projet, l'OFT a rappelé que celui-ci tenait compte, par hypothèse, du fait que la circulation en ville de Lausanne entravait actuellement le fonctionnement du réseau de transports publics et qu'il en allait de même concernant l'interdiction de circuler en phase d'exploitation pour le TIM le long du dernier tronçon de la rue de Genève ou sur le Grand-Pont.
L'OFT a retenu que les faits pertinents avaient été établis par des spécialistes ; que le dossier avait été correctement structuré ; que son contenu était suffisant au sens de l'art. 3 al. 1 OPAPIF pour en évaluer les effets ; qu'il avait été évalué par les autorités compétentes ; et que la description du projet, telle que dressée par les opposantes, s'écartait de ce qui figurait au dossier. Dès lors, l'autorité fédérale a considéré que les griefs des opposantes remettant en cause la plausibilité des études de trafic étaient partiellement tardifs, pas correctement motivés et surtout infondés.
8.2.3 Ensuite (cf. DAP ch. II. B 7.7.8.4. p. 79), l'OFT a pris acte du fait que les opposantes avaient demandé, au stade du deuxième échange d'écriture, à ce que le dernier tronçon en direction de la place de l'Europe soit entièrement repensé. Dite autorité a toutefois estimé que des variantes étaient à analyser surtout si un conflit était relevé avec des intérêts légitimes et que leur examen devait être d'autant plus détaillé que des normes contraignantes protégeaient expressément des intérêts menacés par le projet. L'OFT a toutefois considéré que l'ampleur des variantes attendues par les opposantes était importante et que leur mise en oeuvre provoquerait inévitablement des désavantages. En l'absence d'atteinte à des intérêts importants, il n'y avait pas lieu de remettre pareillement en cause le projet. En l'occurrence, l'OFT a estimé que les intérêts mis en avant par les opposantes rejoignaient ceux portés par le présent projet et que ce dernier avait été correctement conçu. De plus, selon l'autorité fédérale, les variantes évoquées par les opposantes rejoignaient celles prises en compte par les TL et n'étaient pas rationnelles, notamment eu égard aux études de variantes menées par les TL. En conséquence, l'OFT a retenu que les griefs des opposantes visant à ce que des variantes soient développées étaient tardifs, pas correctement motivés et infondés.
8.2.4 Concernant le phasage des travaux (cf. DAP ch. II. B 7.7.8.5. p. 79 s), l'OFT a relevé que sa tâche, dans le cadre d'une PAP, était de vérifier que les travaux avaient été correctement planifiés, notamment au sens des directives de l'OFEV, et que toutes les mesures d'accompagnement adéquates et proportionnées avaient été intégrées au projet. L'allégué des opposantes, remettant en cause l'opportunité de réaliser des travaux de l'ampleur de ceux prévus dans le cadre du projet des TL et allant au-delà de ce qui pouvait être demandé sur la base du respect des droits de voisinage, n'était ainsi pas correctement motivé. L'OFT a toutefois précisé que la phase de chantier avait été planifiée en tenant compte des directives de l'OFEV. De même, l'autorité fédérale a souligné qu'un concept général avait été développé en collaboration avec la ville de Lausanne et des associations représentant des commerçants du centre-ville de Lausanne et qu'au stade des séances de conciliation, les autres commerçants/exploitants de la plateforme du Flon directement entendus par l'OFT avaient pour leur part renoncé à demander des mesures supplémentaires dans cette zone. Cet aspect de l'opposition n'étant pas motivé, l'OFT ne pouvait pas examiner plus en détail les impacts de la phase de travaux spécifiquement sous l'angle des intérêts de recourantes 9 à 13.
8.2.5 Enfin, s'agissant de la demande de vision locale, l'OFT a considéré que les opposantes avaient empêché le bon déroulement d'une séance de conciliation sans juste motif et renoncé à la tenue d'une vision locale. Les opposantes n'avaient communiqué aucun élément permettant de justifier leur non collaboration à cette mesure d'instruction. Notamment, l'OFT a souligné que, contrairement aux autres opposants, les recourantes 9 à 13 n'avaient toujours pas expliqué pourquoi les accès à la plateforme du Flon ne répondaient pas aux besoins des intéressés. Dès lors, l'OFT a estimé que les recourantes précitées avaient renoncé à participer à l'élaboration des faits pertinents pour le traitement de leurs allégués (cf. DAP ch. II. B 7.7.8.6. p. 80).
8.3 Par acte du 21 avril 2016 (cf. let. Z supra) les recourantes 9 à 13, ont interjeté recours contre la DAP du 7 mars 2016. Il en ressort les éléments suivants, en sus des éléments formels déjà traités (cf. consid. 3.1 et 3.2.3 supra).
8.3.1 Les recourantes 9 à 13 ont estimé que le Tribunal de céans devait revoir, sous l'angle de l'opportunité, la diminution de l'accessibilité au quartier du Flon par le TIM (cf. recours ch. 5 p. 22 à 23). Elles ont ensuite allégué que la restriction du TIM dans le quartier du Flon atteignait de manière disproportionnée à leur liberté économique (cf. recours ch. 6 p. 24-25). Les recourantes 9 à 13, se référant à un article de journal, ont également estimé que le projet était incomplet et incohérent (cf. recours ch. 7 p. 25). Dans un dernier grief, les recourantes 9 à 13 ont reproché à l'OFT d'avoir été partial et requis du Tribunal que le dossier soit renvoyé à une autre autorité que l'OFT, respectivement que ce ne soit pas les mêmes personnes qui traitent du dossier (cf. recours ch. 8 p. 25-26).
8.3.2 Enfin, les recourantes 9 à 13 ont requis la tenue d'une vision locale et d'une "expertise pluridisciplinaire confiée à un urbaniste et à un ingénieur du trafic indépendants ayant pour objet d'évaluer la faisabilité et le coût des alternatives proposées par les recourants ("t1" enterré ou aérien entre la Place de l'Europe et la Vigie ou regroupement du "t1" et du bus à haut niveau sur le Grand-Pont) ainsi que la cohérence du projet litigieux dans le cadre d'un développement des transports publics non seulement à l'ouest mais également au nord et à l'est du centre de Lausanne".
8.4 Le 22 juin 2016, l'autorité précédente a déposé ses observations sur le recours. Elle a notamment contesté toute partialité et estimé que la recourantes précitées avaient formulé une demande de révision infondée de la décision du 17 juillet 2015 relative à la demande de récusation d'un de ses collaborateurs (cf. let. U.d supra).
8.5 L'intimée a produit sa réponse le 15 juillet 2016. Elle a relevé que les nouveaux moyens de transports publics devraient favoriser l'activité économique des recourants et que seules la rue de Genève et la place de l'Europe subiraient des restrictions de trafic et de stationnement. Les TL ont ensuite considéré que le projet respectait le principe de proportionnalité et qu'il s'insérait dans un concept global de transport public et était amené à s'étendre.
8.6
8.6.1 Au cours de la vision locale du 8 septembre 2017 (cf. let. GG supra), il a notamment été constaté que sur la rue de Genève, outre le tram, seuls les piétons et les vélos seraient admis, les risques pour la sécurité seraient ainsi plus faibles que ce qui prévalait pour l'avenue d'Echallens et le LEB. Les accès aux parkings du Centre, de Chaudron et Métropole ne seraient pas restreints avec le tram. Aucun accès aux commerces du Flon n'est possible en voiture après le giratoire donnant accès aux parkings précités, lesquels représentent actuellement les seules possibilités de parcage.
8.6.2 Les observations du 9 octobre 2017 des recourantes 9 à 13 sur le procès-verbal de la vision locale ne portent que sur une question liée au défrichement. Compte tenu de ce qui a été considéré sur ce point (cf. consid. 3.1.6 supra) ces éléments n'auront pas à être développés plus en avant dans le présent arrêt. En conséquence il est renoncé à la traiter.
8.7
8.7.1 Dans leurs observations finales du 5 décembre 2017, les recourantes 9 à 13 ont, en substance, précisé quelques faits, réitéré leur demande d'expertise pluridisciplinaire sur le trafic dans le quartier du Flon, en y intégrant un ingénieur forestier.
8.7.2 Dans ses observations finales du 24 novembre 2017, l'autorité précédente ne s'est pas spécifiquement prononcée sur les arguments des recourantes 9 à 13.
8.7.3 Dans ses observations finales du 5 décembre 2017, l'intimée s'est entièrement référée à ses écritures précédentes.
8.8 S'agissant d'un examen sous l'angle de l'opportunité de la diminution de l'accessibilité du quartier du Flon par le TIM, celui-ci est exclu. Comme déjà mentionné à plusieurs reprises, d'une part, le Tribunal n'est pas une autorité planificatrice (cf. consid. 7.9.3 supra) et ne va ainsi pas substituer sa vision à celle du plan directeur cantonal et, d'autre part, n'a pas les compétences techniques nécessaires pour procéder à une évaluation des schémas de circulation et se doit de garder une certaine réserve sur les aspects techniques ce d'autant plus que les expertises y relatives ont été approuvées par les autorités spécialisées fédérales et cantonales (cf. consid. 7.9.4.2 supra) et que les recourant ne démontrent en rien que les données figurant au dossier reposent sur des erreurs manifestes.
8.9 Quant à la portée d'un article de journal, elle est dans ce cadre, fort limitée, ne représentant guère plus que l'avis d'une tierce personne.
8.10 Le dossier n'étant pas renvoyé à l'OFT, il n'y a pas lieu de traiter le grief de partialité. A titre superfétatoire, le Tribunal constate, d'une part, que la récusation du collaborateur de l'OFT, considéré par les recourantes 9 à 13 comme étant partial, a déjà fait l'objet d'une décision entrée en force, les recourantes 9 à 13 n'ayant pas fait recours contre dite décision. D'autre part, l'intéressé n'a pas signé la décision querellée.
8.11 S'agissant d'une atteinte à leur liberté économique, le Tribunal constate ce qui suit.
8.11.1 Il peut être renvoyé à ce qui a déjà été dit concernant les conditions de la base légale (cf. consid. 7.10.3 supra) et de l'intérêt public (cf. consid. 5 supra).
8.11.2 S'agissant du principe de la proportionnalité, il peut être renvoyé à ce qui a déjà été dit au sujet des conditions de l'aptitude et de la nécessité (cf. consid. 7.10.5 supra).
8.11.3 Il sied ensuite de procéder à la pesée des intérêts. Les recourantes 9 à 13 ne décrivent pas leurs intérêts privés respectifs, leur recours commun ne faisant aucune différenciation à ce propos.
Les recourantes ne font valoir, à titre d'intérêt privé, que l'accessibilité au quartier du Flon afin de permettre à la clientèle d'accéder à leurs commerces. Ainsi, l'on peut considérer que les recourantes 9 à 13 font valoir - comme seul intérêt privé - une atteinte à leur flux de clientèle, à l'instar de la recourante 1, soit un intérêt de nature purement économique. Il peut également ici être renvoyé à ce qui a été dit à propos de la recourante 1 s'agissant de la prise en compte de son intérêt privé (cf. consid. 7.10.7 supra). En effet, les voisins d'un chantier doivent, en principe, en supporter les nuisances, l'intimée a pris un certain nombre d'engagements pour garantir les accès aux commerces concernés par les travaux, les commerces du Flon ne sont accessibles qu'à pied et les parkings autour du Flon resteront directement accessibles en TIM pendant et après les travaux. Enfin, ce n'est pas la clientèle venant en TIM dans ce quartier qui est encouragée à changer d'itinéraire mais le TIM de transit (cf. consid. 7.9.4.1 supra), soit celui qui justement surcharge cette zone.
Au vu de ce qui précède, l'intérêt privé des recourantes 9 à 13 ne saurait être prépondérant à l'intérêt public poursuivi par le "t1" et le BHNS (au surplus, aucun grief n'a été élevé à propos de ce dernier). En effet, la diminution tant de la circulation au centre-ville que de la pollution pèse bien plus lourd dans la balance que l'intérêt privé des recourantes à maintenir leur chiffre d'affaire actuel. Dès lors, le projet répond également à la condition de la proportionnalité au sens étroit s'agissant des recourantes 9 à 13.
8.11.4 Enfin, les recourantes 1 et 8 n'allèguent pas, à juste titre, que l'essence du droit fondamental invoqué soit violée et il n'y a pas lieu de retenir que tel serait le cas.
8.11.5 Il résulte de ce qui précède que le projet respecte le principe de la proportionnalité.
8.12 Enfin, s'agissant de l'expertise réclamée par les recourantes 9 à 13, il y a lieu de rejeter une telle demande et de se référer à ce qui a été dit ci-dessus s'agissant des demandes d'expertise des recourantes 1 et 8 (cf. consid. 7.9.4.2 supra).
8.13 Au vu de ce qui précède (cf. consid. 3.1.5.5, 3.1.7 et 8 supra), le recours des recourantes 9 à 13 est sans objet s'agissant de la compétence de l'OFT d'approuver la liaison Vigie-Gonin, admis s'agissant du défrichement relatif à la liaison routière précitée et doit être rejeté pour le surplus.
9. Enfin, dans un dernier temps, le Tribunal procédera à l'analyse des griefs de la recourante 7.
9.1 Il est renoncé à retranscrire tous les échanges d'écritures entre la recourante 7, l'intimée et l'autorité précédente entre son opposition du 12 juillet 2012 (cf. let. F supra) et son recours du 25 avril 2016 (cf. let. Z supra).
9.2 Dans sa décision querellée du 7 mars 2016, l'autorité précédente n'a pas examiné la recevabilité de l'opposition de la recourante 7 (cf. DAP ch. II. A 3.2 p. 17 ss). Toutefois, étant donné qu'elle est entrée en matière et a rejeté dite opposition (cf. DAP ch. II. B 7.32 p. 119 s), il n'y a pas lieu de s'y attarder.
En premier lieu, l'OFT a considéré que les griefs restés litigieux étaient sans rapport avec les garanties d'accès à l'immeuble de l'opposante 7. En deuxième lieu, le projet avait été réalisé en adéquation avec la planification développée par les autorités locales à l'échelle de l'agglomération et tenait correctement compte des exigences fixées par le droit fédéral. En troisième lieu, l'évaluation des reports de trafic avait été correctement présentée dans le dossier de plans et le canton de Vaud et l'OFEV l'avaient préavisée favorablement. L'opposante n'avait pas motivé ses conclusions s'en écartant. En quatrième lieu, les aménagements supplémentaires attendus par l'opposante n'avaient pas de lien suffisant avec la PAP. Par exemple, la réalisation du BHNS ne pouvait pas être conditionnée à celle d'une piste cyclable le long de l'avenue d'Echallens. Pour le surplus, l'OFT a renvoyé à sa motivation relative aux recourantes 9 à 13 (cf. consid. 8.2 supra)
Enfin, l'OFT a précisé que la réalisation de Parc+Rail (ci-après : P+R) à proximité du "t1", situé d'un bout à l'autre de la ligne en agglomération, n'était pas rationnelle. D'ailleurs, les TL avaient précisé que, selon la politique cantonale, les parkings relais étaient à réaliser à hauteur de gares à l'extérieur des agglomérations, soit hors du périmètre du présent projet.
9.3 Par acte du 25 avril 2016, la recourante 7 a interjeté recours contre la DAP du 7 mars 2016 (cf. let. Z supra). Il ressort notamment dudit pourvoi les éléments suivants.
9.3.1 Dans un premier grief, la recourante 7 a estimé que la PAP devait intégrer la mise en place de parkings d'échange. Le projet visant à augmenter l'efficacité des transports publics, en diminuant parallèlement l'offre en faveur du TIM, la planification de parkings d'échange était un maillon indispensable du système. Les parkings d'échange devaient dès lors être judicieusement étudiés et planifiés dans le cadre du même projet. La planification de parkings d'échange répondait également à une obligation juridique. Selon les art. 8a let. b et 9 LAT, les cantons avaient l'obligation d'intégrer dans leur plan directeur la manière de coordonner l'urbanisation et les transports, ce qui avait été fait dans le canton de Vaud par la mesure A24 (cf. PDCV p. 83 ss) et dit plan directeur avait une force obligatoire pour les autorités. La recourante 7 a également allégué que si l'une des composantes nécessaires du projet était la réalisation d'un parking d'échange à l'extérieur du périmètre du projet, il y avait lieu d'étendre ce dernier jusqu'à cet endroit.
9.3.2 Le deuxième grief de la recourante 7 se concentrait sur le défaut de pistes cyclables. Selon le projet, le TIM serait banni du périmètre dans lequel se trouvent les immeubles de la recourante et la réalisation de pistes cyclables dignes de ce nom permettrait d'accéder en deux-roues à ces immeubles de manière sûre et efficace. Dès lors, la création de pistes cyclables aurait une incidence sur l'accès aux immeubles de la recourante. De plus, il n'était pas admissible de considérer que la réalisation des aménagements cyclables ne relevait pas du projet lui-même, mais de la mise en oeuvre du PALM. Enfin, les TL s'étaient concentrés uniquement sur les transports qu'ils exploitaient, n'étudiant pas sérieusement ni en détails les travaux nécessaires pour réaliser des pistes cyclables attractives et en continuité le long du tracé du tram "t1" et de la ligne BHNS. Or un tel examen était imposé par la mesure A23 du plan directeur cantonal (cf. PDCV p. 79 ss)
9.3.3 Par son troisième grief, la recourante 7 a déploré le manque d'étude tant sur le maintien du TIM sur la place St-François que sur ses conséquences.
9.3.4 Finalement, la recourante 7 a exigé, afin de ne pas porter atteinte à son activité économique et pour éviter de tuer le commerce au centre-ville, le maintien de certains accès à son immeuble, notamment pour les livraisons, voire pour un nombre raisonnable d'employés et de clients. Or les conventions passées avec les associations des commerçants ne comportaient aucune garantie pour ce qui était de l'accès aux commerces de la rue du Grand-Pont après la réalisation du projet.
9.3.5 La recourante a sollicité la mise en oeuvre d'une inspection locale, celle-ci étant indispensable notamment pour mettre en évidence l'ensemble des endroits où les pistes ou voies cyclables seraient insuffisantes.
9.4 Dans ses observations du 22 juin 2016, l'autorité précédente a en substance déclaré avoir renoncé à détailler dans la DAP son évaluation sur la problématique de l'accès immédiat aux immeubles de la recourante, celle-ci ayant obtenu toutes les informations nécessaires lors de la séance de conciliation.
Selon l'OFT, l'accessibilité aux immeubles de la recourante 7 ne serait pas péjorée par rapport à la situation actuelle suite à la réalisation du projet. La situation serait même plutôt améliorée, car l'accès aux zones piétonnes se fera à l'avenir dans une zone exempte de TIM. Dès lors, l'OFT a estimé que la PAP permettait de maintenir le régime dérogatoire existant d'accès aux immeubles de la recourante, respectivement qu'elle ne justifiait ni de le restreindre, ni de l'étendre.
Pour le surplus, l'OFT a estimé que l'évaluation des reports de trafic avait été correctement documentée dans le dossier de plans, respectivement expliqué dans la DAP. En outre, les aménagements supplémentaires attendus par la recourante 7 (création de P+R et de pistes cyclables ou fermeture au TIM de la place St-François) n'avaient pas de lien suffisant avec le présent projet et ne pouvaient donc pas en conditionner la validité.
9.5 L'intimée a produit sa réponse le 15 juillet 2016.
9.5.1 Elle a considéré que la recourante 7 développait des arguments de nature plus politique que juridique, relatifs à la problématique des transports en général dans l'agglomération lausannoise. De plus, ces griefs sortaient très largement du cadre légal défini par le projet de tram. Enfin, cette démarche paraissait sortir très largement du but statutaire d'une société immobilière, chargée de gérer des biens immobiliers afin de réaliser le meilleur profit financier pour ses actionnaires.
9.5.2 Concernant les parkings d'échanges, l'intimée a estimé qu'il paraissait inadéquat de créer un nouveau parking d'échange à proximité de la gare de Renens, dans la mesure où la ligne du tramway devrait se prolonger en direction de Villars-Ste-Croix. De plus, une telle réalisation paraissait impossible au vu de l'occupation du territoire à cet endroit. Enfin, la création de parkings d'échanges relevait de choix politiques appartenant aux autorités locales et sortant très largement du cadre du projet de tramway porté par les TL. La planification relative à la politique de stationnement et des parkings d'échanges était faite au niveau supérieur du projet d'agglomération Lausanne-Morges (PALM).
9.5.3 Au sujet des pistes cyclables, les TL ont relevé que la recourante 7 avait formulé une demande sortant très largement du cadre du projet de tram. Il s'agissait là-aussi d'un sujet distinct, qui devait être traité par les autorités locales compétentes, sur la base de la planification définie au niveau de l'agglomération (PALM). De plus, il n'y avait pas de lien suffisant entre les projets de "t1" et de BHNS pour conditionner la réalisation de ceux-ci à la création de pistes cyclables complémentaires. Enfin, dans le périmètre du projet, l'intimée a estimé avoir pris en compte le développement de la mobilité douce prévu par le PALM. Le projet déposé à l'enquête publique en 2012 intégrait d'emblée, le long du tracé du tram, des aménagements cyclables, le PALM ayant identifié cet axe en tant qu'itinéraire structurant du réseau cyclable de l'agglomération. Finalement, dans le cadre des discussions menées avec les associations de défense des cyclistes, des améliorations ponctuelles avaient été apportées au projet.
9.5.4 Finalement, s'agissant du maintien du TIM sur la place St-François, l'intimée s'est étonnée que la recourante 7 propose une fermeture complète au TIM sur la place St-François, alors même qu'elle se plaignait d'une diminution des possibilités d'accès à ses bâtiments. L'intimée a constaté, d'une part, que la recourante 7 estimait que la note DRPJ-NO-081+04 démontrait que les projets de tram et de BHNS étaient compatibles avec le maintien du passage du TIM sur la place St-François. D'autre part, la recourante 7 ne contestait pas cette étude, mais estimait qu'il serait mieux de fermer la place St-François à toute circulation. Toutefois, les TL ont considéré que cette mesure n'étant pas indispensable au fonctionnement du tram et du BHNS, elle n'avait donc pas à être intégrée au dossier ayant été approuvé par l'OFT.
9.6
9.6.1 Au cours de la vision locale du 8 septembre 2017 (cf. let. GG supra), il a notamment été constaté que les pistes cyclables ne seront pas en continu sur l'entier du parcours du tram. Exemple a été fait sur la rue de Genève après le pont Chaudron où la piste cyclable direction Renens sera interrompue par des places de parc (cf. plan TW-C-1.7).
9.6.2 Dans ses observations sur le procès-verbal de la vision locale, la recourante 7 a souligné, par pli du 25 octobre 2017, qu'une opposition (retirée le 14 juillet 2014) ne figurait pas au dossier alors qu'elle s'y référait et ainsi estimé le dossier comme étant incomplet. Ensuite, la recourante 7 a informé le Tribunal qu'elle allait verser au dossier des extraits de plan relevant les lacunes en matière de pistes cyclables.
9.7
9.7.1 Dans ses observations finales du 15 décembre 2017, la recourante 7 a, en substance, déclaré ne pas comprendre pourquoi l'opposition de N._______ n'avait pas été versée au dossier et réitéré ses arguments, les étoffant un peu, en matière de pistes cyclables.
9.7.2 Dans ses observations finales du 24 novembre 2017, l'autorité précédente ne s'est pas spécifiquement prononcée sur les arguments de la recourante 7.
9.7.3 Dans ses observations finales du 5 décembre 2017, l'intimée s'est entièrement référée à ses écritures précédentes.
9.8 A titre liminaire, il y a lieu d'écarter deux griefs formels de la recourante 7.
9.8.1 S'agissant du fait que son opposition n'aurait pas été versée au dossier de la cause, le Tribunal ne peut qu'exprimer son étonnement. En effet, dans le bordereau du dossier de l'autorité précédente, l'opposition de la recourante 7 constitue la pièce n° 14. Dès lors que cette pièce figure au dossier, le grief de la recourante doit être sans autre écarté.
9.8.2 S'agissant du "refus" de verser l'opposition de l'association N._______ au dossier, il sied de constater ce qui suit. D'une part, l'association précitée ayant retiré son opposition en cours de procédure devant l'autorité précédente (cf. DAP ch. II A. 3.2.3 p. 19 et ch. III 4.2.57 p. 152), force est de constater que le Tribunal n'a pas à se prononcer sur une opposition qui ne fait l'objet de la DAP et encore moins d'un recours. Au surplus, la recourante 7 n'a pas été mandatée par l'association pour défendre ses intérêts dans la suite de la procédure, à tout le moins aucune pièce au dossier ne laisse penser et la recourante 7 ne l'allègue pas. D'autre part, comme la recourante en a été informée par pli du 20 novembre 2017, les déterminations des TL sur cette opposition figurent au dossier, de sorte que les arguments de dite association figuraient sous forme résumée au dossier. Dès lors, l'on peine à percevoir en quoi cette pièce serait pertinente pour la cause, la question pouvant souffrir de rester ouverte dans la mesure où la recourante 7 l'a versée au dossier dans ses observations finales.
9.9 Dans un premier temps, il y a lieu de rejeter le grief relatif à l'étude et la planification de parkings d'échange.
En effet, la recourante perd de vue qu'il s'agit ici d'une procédure d'approbation des plans ferroviaire, qu'une telle procédure se doit de respecter le périmètre du projet et qu'elle n'a pas pour vocation de résoudre tous les problèmes de mobilité du PALM. Comme déjà mentionné, l'autorité précédente n'est pas une autorité planificatrice et doit se prononcer sur le projet qui lui est soumis. C'est ainsi à juste titre que l'OFT n'est pas entré en matière sur l'ajout de parking d'échange dans la PAP. Au surplus, l'infrastructure ferroviaire objet de la PAP répond à un besoin indépendamment de l'existence des parkings d'échange et l'OFT n'a pas la compétence d'approuver de tels ouvrages à moins qu'ils ne présentent, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (cf. consid. 3.1.3.2 supra). Au surplus, à moins d'exproprier de nombreuses parcelles et de raser de nombreux immeubles, le périmètre du projet n'offre aucune place pour des parkings d'échange.
9.10 S'agissant des pistes cyclables, il peut être relevé qu'il n'est pas contesté que les pistes cyclables souffriraient de quelques interruptions sur l'ensemble du parcours du "t1".
9.10.1 Le plan directeur cantonal vaudois prévoit, s'agissant du PALM, le développement d'un réseau structurant de cheminements piétonniers et d'itinéraires cyclables avec notamment l'aménagement d'ouvrages de franchissement pour éviter les discontinuités (cf. mesure R11 PDCV, p. 365 et mesure A23 PDCV p. 79 ss).
Quant au plan directeur communal de Lausanne (ci-après : PDCL), s'agissant du PALM, il fixe comme orientation stratégique de créer des réseaux piétonniers et cyclables fonctionnels, attractifs et sécurisés. Le PDCL constate que les déplacements à vélos, bien qu'encore insuffisamment développés à Lausanne revêtent un potentiel important, à exploiter. Le vélo permet de réaliser facilement des trajets de quelques kilomètres. Des itinéraires adaptés se doivent d'être sécurisés par des aménagements, de tenir compte de la topographie de la ville, et de minimiser les interruptions (cf. PDCL ch. 6.4 p. 59). Parmi les mesures à prendre en matière de mobilité douce, et plus particulièrement de celle des vélos, le plan directeur prévoit (cf. mesure 0-4 C PDCL p. 92) la mise en oeuvre, en concertation avec l'agglomération, d'un réseau d'itinéraires cyclables sûrs, continus, rapides et conformables, par l'amélioration des liaisons existantes et la création de nouvelles liaisons ; l'aménagement et exploitation des espaces publics en vue de renforcer la priorité aux déplacements à vélo par rapport aux transports individuels motorisés ; la prise en compte du vélo et sa sécurité lors de la conception de tout aménagement ou réaménagement routier pour favoriser un report modal des transports individuels motorisés vers la mobilité douce.
9.10.2 En premier lieu, il doit toutefois être constaté que les immeubles de la recourante 7, soit une société immobilière, sis sur les parcelles n° (...) et (...) de la commune de Lausanne se situent à proximité immédiate de la Rue du Grand-Pont, de la place Bel-Air et de la Rue des Terreaux, soit des tracés qui seront exempts de TIM, équipés de pistes cyclables et réservés aux transports publics. Ainsi, à l'instar de l'autorité précédente, un doute peut être émis quant à la recevabilité des griefs s'agissant de son appréciation des pistes cyclables sur les 4.7 km du tracé du "t1" et les 2.4 km du BHNS, dont on ne saurait estimer que l'entier du parcours sert à garantir l'accès aux immeubles de la recourante.
9.10.3 En deuxième lieu, et nonobstant la question qui précède, il peut être relevé que les aménagements pour cyclistes ne relèvent pas du projet ferroviaire et qu'il n'est pas de la compétence de l'OFT d'ordonner leur construction, sauf s'ils présentent, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire. Cependant, l'OFT doit prendre en considération les plans directeurs cantonaux et communaux dans la mesure où ils n'entravent pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (cf. art. 18 al. 4 LCdF).
Si l'installation ferroviaire est certes nouvelle, elle s'insère dans un paysage urbain déjà existant et l'intimée n'a pas reçu pour mandat d'élaborer un projet visant à raser des pâtés de maisons afin d'élargir les rues. Or, dans une PAP ferroviaire, l'on ne saurait user du droit d'expropriation conféré par l'art. 3 LCdF pour élargir des routes afin d'y insérer des aménagements pour cyclistes, le droit d'expropriation octroyé à l'entreprise ferroviaire ne devant être utilisé qu'en raison des contraintes résultant du projet ferroviaire. Autrement dit, dans la présente procédure d'approbation des plans, soit la route, après y avoir installé les équipements ferroviaires, est encore assez large pour permettre de construire des aménagements pour cyclistes, soit elle ne l'est pas et alors le droit cantonal ou communal constitue une entrave disproportionnée à l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
A toutes fins utiles, il peut être souligné que, pour les endroits où les aménagements pour cyclistes ne peuvent être mis en place, il appartiendra à la recourante de requérir de la commune de Lausanne ou du canton de Vaud de prendre les mesures éventuellement nécessaires (dont procéder à des expropriations) pour gagner les espaces adéquats et nécessaires pour construire dits aménagements pour cyclistes.
9.10.4 En dernier lieu, il sied de relever que dans ses déterminations finales, la recourante 7 a établi un relevé des endroits où les pistes cyclables font défaut. Ceci dit, la recourante 7 n'allègue ni ne démontre que ces interruptions dans la continuité des aménagements pour cyclistes ne résulteraient pas d'une application du droit fédéral, celle-ci se bornant à exiger une application stricte du plan directeur communal. Or, dans sa vision, la recourante 7 oublie que le projet n'a pas pour but de supprimer le TIM (mais de le réduire) et qu'en sus de la mobilité douce, les plans directeurs cantonaux et communaux prennent également en considération le TIM. D'une part, il peut ainsi être constaté que la recourante a insuffisamment motivé son recours au sens de l'art. 52 PA et méprend les dispositions topiques du droit fédéral. D'autre part, un groupe de consultation pour les aménagements cyclables a été intégré dans l'élaboration même du projet, soit avant sa mise à l'enquête, permettant ainsi de faire évoluer positivement les aménagements en faveur des cyclistes, entre la version de juin 2011 et le projet soumis à l'enquête publique au mois de juin 2012. De plus, le groupe de consultation précité sera impliqué durant la phase de développement du projet d'exécution du projet "t1" entre Renens-Gare et Lausanne-Flon. Le projet d'exécution du "t1" permettra, par exemple, de procéder à des améliorations des aménagements en faveur des cyclistes dans les gabarits existants du projet actuel et de mettre au point le projet de marquage mentionné à titre indicatif, sur les plans soumis à l'enquête publique (cf. secondes déterminations des TL du 5 juillet 2012 concernant l'opposition N._______). En conséquence, les besoins des cyclistes ont été pris en considération de manière sérieuse par l'intimée, et il ne saurait être exclu qu'ils ne bénéficient, dans le cadre du projet d'exécution, de plus de mesures que la procédure d'approbation des plans ne le prévoit. Ainsi, dans la compétence qui était la sienne, c'est à juste titre que l'autorité précédente n'a pas exigé un respect absolu du PDCL ni ordonné la construction supplémentaire d'aménagement pour cyclistes.
9.10.5 Au vu de ce qui précède, le grief de la recourante 7 s'agissant des pistes cyclables est manifestement mal fondé.
9.11 Finalement, concernant le maintien du TIM sur la place St-François, le recourant déplore que l'alternative de la fermeture complète au TIM sur cette place n'ait pas été examinée. Il y a lieu de rappeler que le rôle de l'OFT est de se prononcer sur la conformité d'un projet au droit fédéral, et subsidiairement au droit cantonal et communal, et que les autorités spécialisées ont approuvé les expertises en matière de circulation routière. La recourante 7 - qui ne s'est prévalu d'aucune compétence en matière d'ingénierie de la mobilité - conteste ainsi le choix politique du projet objet de la procédure d'approbation des plans et substitue sa propre appréciation urbanistique et de trafic à celle de l'intimée et des autorités spécialisées fédérales et cantonales. Au surplus, s'agissant de l'expertise réclamée par la recourante 7, il y a lieu de rejeter une telle demande et de se référer à ce qui a été dit ci-dessus s'agissant des demandes d'expertise des recourantes 1 et 8 (cf. consid. 7.9.4.2 supra).
9.12 Au vu de ce qui précède, le recours de la recourante 7 est manifestement mal fondé et doit être rejeté.
10.
10.1 Il sied enfin de statuer sur les frais et dépens. A cet égard, deux régimes juridiques distincts trouvent application. Un premier groupe, composés des recourantes 1 et 7 à 13, se verra appliquer les normes de la procédure administrative uniquement. Alors que pour le second groupe, composé des recourants 2 à 6, les normes de la LEx trouveront application dans la mesure où une expropriation sur leur parcelle est prononcée.
10.2
10.2.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis à la charge des parties qui succombent. Dans le cas présent, les recourants 1, 7 et 8 doivent être considérés comme succombant en leurs conclusions. Obtenant partiellement gain de cause, les recourantes 9 à 13 supportent des frais de procédure réduits (cf. art. 63 al. 1 a contrario et al. 3 PA).
10.2.2 Au sens de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant ; lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement ; les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
En l'espèce, en tant qu'expropriant, seule l'intimée devrait en principe supporter les frais de procédure des recourants 2 à 6. Cela étant, les recourants 2 à 6 sont entièrement déboutés dans leurs conclusions. En conséquence, les frais seront partagés par moitié entre l'intimée et les recourants 2 à 6.
10.2.3 Les frais de procédure sont fixés à 13'500 francs et répartis comme suit.
10.2.3.1 Les recourantes 1, 7 à 13 supportent des frais de procédure pour 6'000 francs. Les recourantes 1, 7 et 8 supporteront chacune des frais à hauteur de 1'500 francs, et les recourantes 9 à 13 supporteront solidairement des frais de procédure réduits pour 750 francs. Les 750 francs de frais restant sont mis à charge de l'intimé qui est partiellement déboutée dans ses conclusions.
Toutes les recourantes ayant déjà versé une avance de frais équivalente aux frais de procédure, il y aura donc lieu, dès l'entrée en force du présent arrêt, d'une part, de restituer un montant de 750 francs aux recourantes 9 à 13 et, d'autre part, de percevoir un montant de 750 francs de l'intimée.
10.2.3.2 Quant aux recourants 2, 3, 4, 5 et 6, ils supporteront des frais de procédure réduits pour 3'750 francs, soit 750 francs par recourant. L'autre moitié des frais, soit 3'750 francs, est mise à charge de l'expropriant, à savoir l'intimée.
Les recourants 2, 3, 4, 5 et 6 ayant déjà versé une avance de frais équivalente aux frais de procédure déterminés, il y aura donc lieu, dès l'entrée en force du présent arrêt, d'une part, de restituer un montant de 750 francs à chacun des recourants 2, 3, 4, 5 et 6 et, d'autre part, de percevoir un montant de 3'750 francs de l'intimée.
10.2.4 Aucun frais n'est mis à la charge de l'autorité précédente partiellement déboutée (cf. art. 63 al. 2 PA).
10.3 Ensuite, il sied de statuer sur la question des dépens.
10.3.1 Les recourantes 1, 7 et 8 n'ont pas droit à des dépens et doivent prendre à leur charge une partie des dépens de l'intimée (cf. art. 64 al. 1 PA en relation avec l'art. 7 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]).
Les dépens dus à l'intimée, qui n'a pas produit de note d'honoraires, sont arrêtés à 3'000 francs, soit 1'000 francs par recourante.
10.3.2 Les recourantes 9 à 13 ont, en application des normes précitées, droit à des dépens réduits dans la mesure où elles obtiennent partiellement gain de cause (cf. art. 64 al. 1 PA en relation l'art. 7 al. 2 FITAF). De même, elles doivent prendre en charge une partie des dépens de l'intimée. Dans les conclusions de leur recours, le mandataire des recourantes 9 à 13 a requis l'allocation en faveur de ces dernières d'une indemnité de dépens. Dit mandataire n'a toutefois fourni aucun décompte comportant la liste des frais. Conformément à l'art. 14 al. 2 FITAF, le Tribunal, en l'absence de décompte, fixe l'indemnité sur la base du dossier. Au vu de l'ensemble des circonstances du cas, de l'importance de l'affaire, du degré de difficulté de cette dernière et de l'ampleur du travail accompli par les mandataires de la recourante, le Tribunal estime, au regard des art. 8 FITAF et ss, que le versement d'un montant global de 4'000 francs à titre de dépens (y compris supplément TVA selon l'art. 9 al. 1 let. c FITAF) apparaît comme équitable en la présente cause. Les dépens dus à l'intimée, qui n'a pas non plus produit de note d'honoraires, sont arrêtés à 2'000 francs. Il peut ici être procédé à une compensation de créances et, en conséquence, l'intimée devra verser un montant de 2'000 francs aux recourantes 9 à 13 à titre de dépens.
10.3.3 S'agissant des recourants 2 à 6, il y a lieu d'appliquer l'art. 116 LEx et, comme procédé pour les frais, d'arrêter le montant dû par l'intimée, en tant qu'expropriant, à titre de dépens réduits et en l'absence de note d'honoraire, à 2'000 francs. Cela étant, constatant que les recours des recourants 2 à 6 sont les mêmes, il y a lieu de considérer que ce montant de dépens vaut pour les recourants 2 à 6 solidairement.
10.3.4 L'autorité précédente n'a pas droit à des dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF).
(le dispositif se trouve aux pages suivantes)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
1.1 Les recours des recourants 1 à 8 sont rejetés, dans la mesure de leur recevabilité.
1.2 Le recours des recourantes 9 à 13 s'agissant de l'incompétence de l'autorité précédente pour approuver la liaison routière Vigie-Gonin est sans objet.
1.3 Le recours des recourantes 9 à 13 est partiellement admis dans la mesure où la décision du 7 mars 2016, est partiellement annulée au sens des considérants 3.1.7 et 3.1.8. Le recours des recourantes 9 à 13 est au surplus rejeté.
2.
2.1 Les frais de procédure sont fixés à 13'500 francs.
2.2 Les frais de procédure pour les recourantes 1, 7 et 8 s'élèvent à 1'500 francs par recourante. Cette somme est prélevée sur les avances de frais déjà versées pour le même montant.
2.3 Les frais de procédure réduits pour les recourants 2 à 6 s'élèvent à 750 francs par recourant. Cette somme est prélevée sur les avances de frais déjà versées. Le montant restant de 750 francs par recourant sera restitué par le Tribunal dès l'entrée en force du présent arrêt.
2.4 Les frais de procédure réduits pour les recourantes 9 à 13 s'élèvent à 750 francs. Cette somme est prélevée sur l'avance de frais déjà versée. Le montant restant de 750 francs sera restitué par le Tribunal dès l'entrée en force du présent arrêt.
2.5 Les frais de procédure de l'intimée s'élèvent à 4'500 francs. Un bulletin de versement sera envoyé dès l'entrée en force du présent arrêt.
3.
3.1 Il n'est pas octroyé de dépens aux recourantes 1, 7 et 8.
3.2 Un montant de 3'000 francs à charge des recourantes 1, 7 et 8 solidairement est alloué à l'intimée à titre de dépens.
3.3 Un montant réduit de 2'000 francs à charge de l'intimée est alloué aux recourantes 2 à 6 solidairement à titre de dépens.
3.4 Un montant réduit de 2'000 francs à charge de l'intimée est alloué aux recourantes 9 à 13 à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (acte judiciaire)
- à l'intimé (acte judiciaire)
- à l'autorité précédente (recommandé ; n° de réf. [...])
- au Secrétariat général du DETEC (acte judiciaire)
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Arnaud Verdon
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition : 06.02.2018