bvger · A-3044/2009 · 2011-12-21 · fr
A-3044/2009

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-3044/2009
Arrêt du 21 décembre 2011
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Michael Beusch, Daniel Riedo, juges,
Marie-Chantal May Canellas, greffière.
Parties
X._______, ***,
agissant par Maître Pierre-Alain Guillaume, avocat, ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure .
Objet
TVA (OTVA et aLTVA); apport ou don; subvention; réduction de la déduction de l'impôt préalable; changement d'affectation; périodes fiscales du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000 et du 1er trimestre 2001 au 1er trimestre 2004.
Faits :
A. X._______ exploite des installations de remontées mécaniques dans la station de ***. Ses actionnaires, à savoir tout d'abord Y._______, puis la commune de Z._______, lui ont consenti des prêts sans intérêt et ont participé à la couverture de son déficit. En 2003, ils ont abandonné une partie de leurs créances envers elle. X._______ a également bénéficié de prêts de la Confédération ainsi que du canton de ***, sur la base de l'ancienne loi fédérale relative à l'aide en matière d'investissements dans les régions de montagne (du 28 juin 1974; LIM, RO 1975 392 et les modif. ultérieures).
B. A la suite d'un contrôle sur place qui s'est déroulé de juin à août 2004, l'AFC a établi - pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000 (période OTVA) - les décomptes complémentaires n° *** du 24 août 2004, portant sur un montant de CHF 71'279.- et n° *** du 4 février 2005 portant sur un montant de CHF 385.-, plus intérêt moratoire. S'agissant des périodes fiscales allant du 1er janvier 2001 au 31 mars 2004 (période LTVA), l'AFC a établi le décompte complémentaire n° *** du 24 août 2004, d'un montant de CHF 63'835.- et l'avis de crédit n° *** du 19 octobre 2004 de CHF 3'173.-. La majeure partie de la reprise était motivée par une réduction de l'impôt préalable déductible, en raison des sommes versées par la commune de Z._______ (qualifiées de subventions), de celles versées par Y._______ (considérées comme des dons) et de l'abandon des intérêts par les deux actionnaires précités. En outre, un montant d'impôt de CHF 4'344.- a été réclamé à titre de prestation à soi-même, en raison d'un changement d'affectation intervenu au 1er janvier 2003. L'assujettie a contesté l'essentiel de cette reprise fiscale, seule la réduction de l'impôt préalable déductible liée aux prêts LIM étant acceptée.
C. Par décisions formelles du 9 septembre 2008, l'AFC a confirmé le bien-fondé des reprises fiscales, fixées à Fr. 22'287.- de TVA plus intérêt moratoire (compte tenu d'un paiement de CHF 49'377.- du 12 mars 2006) et CHF 12'015.- d'intérêt moratoire (sur ce paiement) (pour la période du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000), respectivement à Fr. 59'585.- de TVA plus intérêt moratoire (pour la période du 1er janvier 2001 au 31 mars 2004). Le 10 octobre 2008, l'assujettie a formé réclamation. Au terme d'un échange de correspondance, à l'occasion duquel l'assujettie a fait parvenir à l'AFC des documents et renseignements supplémentaires, cette dernière a statué par décisions sur réclamation, le 23 mars 2009, confirmant pour l'essentiel (sous déduction d'une somme de CHF 29'027.- [cf. avis de crédit n°***] liée à la prescription d'une partie de la créance fiscale) la reprise fiscale, l'augmentant de CHF 2'695.- pour tenir compte d'un changement d'affectation plus important que ce qui avait initialement été calculé (décompte complémentaire n°***) et constatant que les décisions du 9 septembre 2008 étaient entrées en force à hauteur respective de CHF 9'705.80 et CHF 1'459.-.
D. Le 11 mai 2009, X._______ (la recourante) a formé recours au Tribunal administratif fédéral contre ces deux prononcés, concluant en substance à leur annulation, dans la mesure où ils avaient trait aux contributions des actionnaires et au changement d'affectation.
Les autres faits déterminants seront évoqués ci-après.
Droit :
1.
1.1. Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître des recours, tous deux dirigés contre des décisions de l'AFC en matière de taxe sur la valeur ajoutée, intervenus dans le délai légal et dans la forme prescrite (art. 50 al. 1 et 52 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative fédérale; PA, RS 172.021; art. 33 let. d de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32]). Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.2. Conformément à l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (cf. André Moser / Michael Beusch, Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17; Alfred Kölz / Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, ch. 155), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 122 II 368 consid. 1a; arrêt du Tribunal fédéral 2C_743/2007 et 2C_744/2007 du 9 juillet 2008 consid. 1). Tel est le cas, en l'occurrence, les deux décisions attaquées posant les mêmes questions juridiques et étant liées sur le plan des faits (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1496/2006 du 27 octobre 2008 consid. 1.2, A-1630/2006 du 17 mai 2008 consid. 1.2). Les deux causes, référencées A-3044/2009 et A-3046/2009 seront ainsi jointes, sous le numéro de référence A-3044/2009.
1.3. La LTVA est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Sur le plan matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Concernant les périodes fiscales ici en cause, à savoir celles allant du 1er janvier 2001 au 31 mars 2004, ce sont ainsi les dispositions de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346) et abrogée par la LTVA, qui trouvent application. S'agissant de la période fiscale allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258) sont applicables (cf. art. 93 al. 1 et 94 al. 1 aLTVA). Pour ce qui a trait au droit de procédure, l'art. 113 al. 3 LTVA dispose en revanche que le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA. Il est souligné que cette disposition doit être interprétée en ce sens qu'elle concerne uniquement les nouvelles règles traitant de la procédure au sens étroit et qu'elle ne doit pas conduire à une application anticipée du nouveau droit matériel à des états de fait révolus sous l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7819/2008 du 31 janvier 2011 consid. 1.5, A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 1.2, A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2).
1.4. Le litige porte sur trois problématiques: en premier lieu, la prescription de la créance fiscale relative à l'année 1998, lors de laquelle la commune de Z._______ a consenti à la recourante un versement de CHF 107'500.- (cf. recours du 11 mai 2009 relatif à la période OTVA [recours n° 1], p. 12 ch. 2.2.1; voir ci-après : consid. 2), en second lieu la requalification en dons, respectivement en subventions, des versements au titre de couverture du déficit, de la renonciation aux intérêts de prêts et des abandons de créances consentis par Y._______ et la commune de Z._______ durant les périodes fiscales allant de 1999 à 2004 (cf. recours n° 1, p. 12 s. ch. 2.2.2 et p. 16 ch. 2.2.3; recours n° 2, p. 11 ss ch. 2.2.1 et p. 14 ch. 2.2.2; voir ci-après : consid. 3) et finalement, la question du changement d'affectation au 1er janvier 2003. Celle-ci est liée à la requalification opérée par l'AFC et devra ainsi être examinée en dernier lieu (cf. recours n° 2, p. 14 s. ch. 2.2.3 et consid. 4 ci-après). En revanche, le ch. 1 des dispositifs des décisions entreprises, relatif à l'entrée en force partielle des premières décisions, n'est pas litigieux.
2.
2.1. Il y a lieu de rappeler, avant toute chose, que, en matière de prescription du droit de taxer, le nouveau droit - à savoir l'art. 42 LTVA - n'est pas applicable à un rapport de droit né sous l'ancien droit (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_227/2010 du 5 août 2010 consid. 2.5 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid.1.2.2 et 2.6 ; Message du Conseil fédéral du 25 juin 2008 in FF 2008 p. 7027). Cela étant, la prescription est régie par l'art. 49 al. 1 aLTVA, respectivement l'art. 40 al. 1 aOTVA, lesquels disposent qu'elle est de cinq ans dès l'expiration de l'année civile durant laquelle elle a pris naissance Elle est interrompue par tout acte tendant à son recouvrement et par toute rectification venant des autorités compétentes (art. 40 al. 2 OTVA ; art. 49 al. 2 aLTVA). A chaque interruption, un délai de cinq ans court à nouveau (arrêt du Tribunal fédéral 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-568/2009 du 17 juillet 2010 consid. 2.2, A-1410/2006 du 17 mars 2008 consid. 3.4, A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.6).
Selon l'ancien droit qui est applicable en l'espèce, l'acte interruptif de la prescription n'a pas à revêtir une forme déterminée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2008 du 18 février 2009 consid. 6.3 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-568/2009 du 17 juillet 2010 consid. 2.2). La simple communication, selon laquelle une reprise d'impôt est envisagée, est à cet égard suffisante (cf. ATF 126 II 1 consid. 2 s. ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2008 du 18 février 2009 consid. 6.3). En droit fiscal, cet acte est en effet conçu de manière large (arrêt du Tribunal fédéral 2C_806/2008 du 1er juillet 2009 consid. 2.2.4) : il englobe toute action de l'autorité portée à la connaissance de l'assujetti et destinée à constater ou à encaisser la créance fiscale (ATF 126 II 1 consid. 2c ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-568/2009 du 17 juillet 2010 consid. 2.2), notamment l'annonce ou la mise en oeuvre de vérifications comptables, la notification d'un décompte complémentaire ou d'un avis de crédit valent interruption de la prescription, de même qu'un commandement de payer, qu'une décision ou qu'une décision sur réclamation (cf. ATF 126 II 1 consid. 2c ; arrêt du Tribunal fédéral 2A.314/2006 du 10 octobre 2006 consid. 2.6 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2076/2008 du 15 décembre 2010 consid. 4, A-1562/2006 vom 26 septembre 2008 consid. 2.7, A-1525/2006 du 28 janvier 2008 consid. 1.4, A-1427/2006 du 23 novembre 2007 consid. 2.6). Aucun des actes spécifiés à l'art. 135 CO n'est en revanche indispensable.
L'interruption de la prescription suppose que l'administration fiscale communique au contribuable, qu'elle tient un état de fait déterminé pour imposable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_426/2008 du 18 février 2009 consid. 6.6.2, 2A.227/1996 du 26 septembre 1997 consid. 3 ; également, arrêt du Tribunal fédéral des assurances B.27/00 du 10 octobre 2001 consid. 8c). L'état de fait, susceptible d'entraîner une reprise fiscale, ne doit pas nécessairement être totalement éclairci pour que la prescription soit interrompue valablement (cf. ATF 126 II 1 consid. 2c ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_806/2008 du 1er juillet 2009 consid. 2.2.4, 2C_426/2008 du 18 février 2009 consid. 6.1 ). En particulier, la créance fiscale n'a pas besoin d'être chiffrée (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-568/2009 du 17 juillet 2010 consid. 2.2). Ce qui est déterminant, c'est que l'acte interruptif mentionne l'essentiel de l'état de fait sur lequel la créance fiscale est fondée et permette à l'assujetti de comprendre de quoi il s'agit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2076/2008 du 15 décembre 2010 consid. 4.3, A-1545/2006 du 30 avril 2008 consid. 5.1, A-1525/2006 du 28 janvier 2008 consid. 1.4; Niklaus Honauer/Peter Zollinger, Verjährung und Verjährungsunterbrechung in der MWST dans: L'expert comptable suisse [EC] 2005 p. 730 ss; voir également, déjà sous le régime de l'IChA: arrêts du Tribunal fédéral 2A.314/2006 du 10 octobre 2006 consid. 2.6, 2A.546/2001 du 1er mai 2002 consid. 3d et les nombreuses références).
2.2. En l'occurrence, la recourante conteste que l'AFC ait valablement interrompu la prescription. Il y a lieu de noter, à cet égard, que l'AFC a reconnu - dans le cadre de sa décision sur réclamation - que la prescription n'avait pas été valablement interrompue s'agissant des contributions versées par Y._______ au cours des années 1995 à 1998, de sorte qu'elle a corrigé la reprise fiscale à hauteur de Fr. 29'027.- (cf. avis de crédit n° ***). Ce point n'est dès lors plus litigieux et il n'est pas possible d'entrer en matière sur la conclusion de la recourante, tendant à ce que la décision sur réclamation soit confirmée en tant qu'elle considère comme prescrites les participations et les abandons d'intérêts consentis par Y._______ pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1998. Cela étant, l'AFC maintient que la prescription a été valablement interrompue s'agissant de la réduction de l'impôt préalable afférente à l'année 1998, lors de laquelle la commune de Z._______ a effectué un versement de CHF 107'500.- au profit de la recourante (cf. recours n° 1 p. 12 ch. 2.2.1; décision entreprise, p. 9 in fine et 10 in initio). Il faut se pencher, à cet égard, sur le courrier recommandé que l'autorité inférieure a adressé à la recourante le 7 décembre 2000 (cf. pièce n° 1 du dossier de l'AFC), lequel aurait - d'après l'autorité inférieure - valablement interrompu la prescription.
Le Tribunal de céans relève à ce propos que ce courrier mentionne expressément la problématique de la réduction proportionnelle de la déduction de l'impôt préalable en cas d'obtention de subventions ou d'autres contributions des pouvoirs publics, avec référence à l'art. 30 al. 6 OTVA. Il est au surplus indiqué : "Nous nous voyons par conséquent contraints d'interrompre, à titre préventif, la prescription qui court pour les créances fiscales encore exigibles ayant pris naissance à partir du 1er janvier 1995 et portant sur les points susmentionnés, ainsi que pour les montants d'impôt préalable que vous auriez éventuellement déduits à tort". Au vu de ces mentions suffisamment claires et compte tenu de la jurisprudence précitée, qui n'exige ni que l'état de fait soit parfaitement éclairci ni que la créance fiscale soit déjà fixée à ce stade, il apparaît que ce document a bien une portée interruptive de la prescription relativement à l'état de fait décrit, à savoir la réception de subventions ou d'autres contributions de pouvoirs publics, laquelle entraîne une réduction de l'impôt préalable déductible. L'argument de la recourante, tenant au caractère insuffisamment explicite de ce document, doit être écarté, de même que celui des déductions juridiques qu'elle en a tirées compte tenu de la pratique et de la jurisprudence publiées à l'époque (cf. recours n° 1, p. 13 ch. 2.2.1). Un nouveau délai de 5 ans a dès lors débuté, lui-même interrompu par la notification des décomptes complémentaires datés des 24 août 2004 et 4 février 2005, puis par la décision du 9 septembre 2008. La prescription n'est dès lors pas acquise.
3.
3.1.
3.1.1. Les subventions sont des versements des pouvoirs publics qui visent à inciter leur bénéficiaire à adopter une certaine attitude ou à effectuer certaines tâches dans un but d'intérêt public. Hormis le comportement attendu de leur bénéficiaire, ces montants sont alloués "gratuitement", c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui les verse (cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1, 126 II 443 consid. 6c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.1, 2A.273/2004, Revue fiscale [RF] 61/2006 p. 239, consid. 2.3; ATAF 2010/6 consid. 3.2.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7819/2008 du 31 janvier 2011 consid. 2.2; cf. également art. 8 de l'ordonnance du Conseil fédéral du 29 mars 2000 relative à la LTVA [OLTVA, RS 641.201]). Les subventions visent à encourager ou soutenir une activité qui ne serait pas viable par elle-même ou la commercialisation de produits ou de services à un prix réduit par rapport au marché. Les dons ressemblent aux subventions par le fait que leur auteur - une personne physique ou morale de droit privé - entend, par son attribution, donner au bénéficiaire les moyens d'exercer son activité. Le donateur n'agit pas afin que le bénéficiaire lui fasse une prestation déterminée, mais en vue de promouvoir son activité en général (ATF 126 II 443 consid. 8a et 8b; cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.1, 2C_202/2011 du 24 octobre 2011 consid. 3.2, 2A.526/2003, RF 59/2004 p. 789, consid. 1.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7819/2008 du 31 janvier 2011 consid. 2.2).
3.1.2. Les subventions et les dons représentent des recettes supplémentaires qui complètent les chiffres d'affaires du bénéficiaire (ATF 132 II 353 consid. 7.1; arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.1). Ni les subventions, ni les dons ne font partie de la contre-prestation imposable (ATF 126 II 443 consid. 8a; arrêt du Tribunal fédéral 2C_202/2011 du 24 octobre 2011 consid. 3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7819/2008 du 31 janvier 2011 consid. 2.2; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Bern 2003, 2.° éd., ch. 153 s., 307 ss). Ils ne sont donc pas soumis à la TVA. En vertu de l'art. 30 al. 6 OTVA, respectivement de l'art. 38 al. 8 aLTVA, l'assujetti qui reçoit des subventions doit réduire proportionnellement l'impôt préalable déductible (ATF 132 II 353 consid. 7.1, 126 II 443 consid. 6d; arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.1; ATAF 2010/6 consid. 3.2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7819/2008 du 31 janvier 2011 consid. 3.1.2, A-1648/2006 du 27 avril 2009 consid. 2.4.2.1; rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national concernant l'initiative parlementaire "Loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée [Dettling]", FF 1996 V 701 ss, ad art. 36 al. 7). Les dons sont soumis au même régime que les subventions (art. 38 al. 8 aLTVA; ATF 126 II 443 consid. 8; arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7819/2008 du 31 janvier 2011 consid. 3.1.2, A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 2.2).
3.1.3. Les apports constituent des opérations de financement permettant à la société qui les obtient d'exercer une activité génératrice de plus-value en suivant les lois du marché. A la différence des subventions et des dons, ils ne représentent pas des chiffres d'affaires complémentaires (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.2, ATF 132 II 353 consid. 5.1 et 7.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1648/2006 du 27 avril 2009 consid. 2.3.2). Les actionnaires ou associés qui procèdent à des apports n'entretiennent pas des relations bénévoles ou gratuites avec la société, car ils comptent bénéficier d'un retour sur les investissements qu'ils consentent. En effectuant les apports, ils acquièrent une participation au capital de la société, avec les droits et les obligations correspondants (arrêt du Tribunal fédéral 2A.410/2006 précité, consid. 5.3). Les apports constituent des activités hors du champ d'application de la TVA au sens technique. Ils ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable des opérations qui sont en relation directe avec eux (cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1, 7.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.4; ATAF 2009/34 consid. 2.2.4.1 et 2008/63 consid. 4.4.3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1615 et A-1616/2006 du 4 novembre 2009 consid. 2.2.4.1; Sonja Bossart, Zum Einfluss von Nichtumsätzen auf den Vorsteuerabzug bzw. die Vorsteuerabzugskürzung, in Michael Beusch/ISIS [éd.], Entwicklungen im Steuerrecht 2009, Zurich 2009, 366 ss.; Dieter Metzger, Kurz-Kommentar zum MWStG, Muri/Berne 2000, n. 8 et 9 ad art. 38; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 450 ss). Cela étant, une réduction proportionnelle, incluant au numérateur le chiffre d'affaire imposable réalisé et au dénominateur le chiffre d'affaires total et les apports, n'a pas lieu d'être (cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1, 7.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 5.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1648/2006 du 27 avril 2009 consid. 2.4.3.2). La même chose prévaut pour le financement par le biais d'abandons de créances, montants versés à fonds perdus, renonciation aux intérêts de prêts, etc (cf. ATF 132 II 353 consid. 6.4 et 7.2, ATAF 2007/39 consid. 3.2 et 3.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1648/2006 du 27 avril 2009 consid. 2.3.2).
3.1.4. Lorsqu'une collectivité publique est membre d'une société commerciale et qu'elle procède à une attribution sans contre-prestation correspondante en faveur de celle-ci, la question est de savoir si, en droit de la TVA, cette attribution doit être considérée comme une subvention ou comme un apport. A cet égard, le Tribunal fédéral a considéré qu'une collectivité publique agit en principe dans l'intérêt public et non comme un investisseur ou un financier. Lorsqu'elle prend une participation dans une société commerciale, c'est donc généralement en premier lieu à des fins d'intérêt public ou général, parce que la société est importante à cet égard, ou dans un but de contrôle et d'information (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.3). Il y aura dès lors présomption qu'il s'agit d'une subvention et non d'un apport. Cette présomption subsistera si la collectivité consent une attribution à une société dont l'activité est en principe rentable, mais qui traverse des difficultés passagères (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.3). Cela étant, la rentabilité de la société bénéficiaire - si elle peut être un indice - n'est pas déterminante pour la qualification de l'attribution (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.3).
En revanche, lorsqu'un particulier procède à une attribution en faveur de la société dont il est membre, sans obtenir de contre-prestation correspondante (auquel cas il s'agirait d'une opération TVA), il y a lieu de présumer qu'il agit dans le but d'obtenir un retour sur investissement, le cas échéant de limiter ses pertes. Il ne procède dès lors pas à un don, mais fournit un apport (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.3). La rentabilité de la société n'est à cet égard pas déterminante (cf. ATF 132 II 353 consid. 9.2 et 9.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 3.4.2). Ce n'est que si l'activité de la société est soutenue contre tout bon sens économique que les attributions seront qualifiées de "dons", soit par exemple lorsque la société sert à la pratique d'un hobby coûteux de l'actionnaire unique ou principal. Il n'est en effet pas courant qu'un actionnaire finance à perte indéfiniment une société assujettie. La cause de la disproportion peut être recherchée dans les biens et services acquis par l'assujettie, qui serait pour une part sans relation avec les opérations imposables qu'elle entend fournir. Le déséquilibre peut également avoir sa source dans les prestations fournies, dont seule une partie remplirait les conditions de l'art. 38 al. 2 LTVA et représenterait une affectation justifiée par l'usage commercial. Finalement, les cas où une évasion fiscale serait réalisée doivent être réservés (cf. ATF 132 II 353 consid.10; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1630 et A-1631/2006 du 13 mai 2008 consid. 2.3).
3.2. En l'espèce, pour les besoins de la qualification des flux d'argent dont il s'agit, il faut distinguer les versements, respectivement les abandons de créances et d'intérêts de Y._______ (consid. 3.2.1 ci-après), de ceux qui concernent la commune de Z._______ (consid. 3.2.2 ci-après). En effet, selon la conception de la TVA, il faut se placer prioritairement du point de vue du destinataire, à savoir dans le cas présent Y._______ et la commune de Z._______ qui ont procédé aux attributions litigieuses (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1615/2006 du 4 novembre 2009 consid. 2.3.1.1, A-6152/2007 du 21 août 2009 consid. 2.3). La TVA - conçue comme un impôt frappant le consommateur final - retient en effet comme étant déterminant le point de vue du destinataire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1615/2006 du 4 novembre 2009 consid. 2.2.1.1, A-6152/2007 du 21 août 2009 consid. 2.3, A-1567/2006 du 28 décembre 2007 consid. 2.2.3; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchssteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, p. 230 ss). Certes, il s'agit là d'un élément subjectif. Cela étant, cette appréciation tiendra compte - le cas échéant - du point de vue de toute autre personne placée dans la même situation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1615/2006 du 4 novembre 2009 consid. 2.3, A-6152/2007 du 21 août 2009 consid. 2.3). Dans cette perspective, il est possible de se fonder sur des présomptions fondées sur la qualité de particulier ou de collectivité publique du destinataire considéré (cf. ci-avant consid. 3.1.4).
3.2.1. Y._______ était, à l'origine, actionnaire unique de X._______. C'est à ce titre qu'elle lui a prêté des sommes totalisant près de 4,8 millions de francs (somme ramenée à 3,8 millions après l'entrée dans le capital de la commune de Z._______, grâce à l'apport de cette dernière; voir bilans comparés au 30 juin 1999 et 1998, sous pièce n° 5 du dossier de l'AFC). A cette époque, il était déjà question d'établir une liaison directe entre les remontées mécaniques de X._______ et celles de *** par ***, ce qui aurait accru les ventes de la recourante et permis à l'actionnaire d'escompter des dividendes (cf. projet de liaison des domaines skiables***, sous pièce n° 7 annexe au courrier de la recourante à l'AFC du 23 février 2009). Dans l'optique de Y._______, il s'agissait donc manifestement d'obtenir un retour sur investissement, même si celui-ci devait intervenir sur le long terme, compte tenu du temps notoirement considérable lié à la mise en oeuvre d'un tel projet. Une semblable intention est d'ailleurs présumée, s'agissant des versements de sociétés commerciales, telles que Y._______, à une autre société dont elles sont actionnaire. Il n'est en effet guère courant que de telles entreprises engagent de l'argent dans une autre société commerciale, qui plus est dans le même secteur d'activités et dans laquelle elles détiennent des parts, par pure générosité ou par mécénat dépourvu de fins publicitaires. Cela étant, il n'est pas nécessaire de s'interroger sur la qualification d'apports ou de dons des contributions versées par Y._______ au déficit d'exploitation de la recourante de 1995 à 1998 et sur la renonciation aux intérêts concédée à la recourante durant la même période, étant donné que l'AFC a reconnu que la prescription n'avait pas été valablement interrompue sur ce point, de sorte que la créance fiscale correspondante devait être annulée. En revanche, cette question se pose s'agissant des contributions, renonciation aux intérêts et abandon de créance intervenus de janvier 1999 à fin mars 2004, ce qui appelle les considérations suivantes.
Au fil des ans, le projet s'étant heurté à l'avis négatif de l'Office fédéral des transports et les déficits d'exploitation devenant récurrents, Y._______ a cherché à récupérer tout ou partie de ses investissements, ce qui s'est concrétisé par l'intégration d'un nouvel actionnaire dans le capital de la recourante à savoir la commune de Z._______, le 6 octobre 1998 (cf. convention du 3 septembre 1998). Dès ce moment-là, Y._______ a continué à couvrir le déficit d'exploitation, mais proportionnellement à ses parts dans la société, à savoir par moitié avec la commune de Z._______ (cf. convention du 3 septembre 1998, sous pièce n° 9 du dossier de l'AFC). Elle a procédé ainsi du 30 juin 1999 au 30 juin 2002, pour des sommes allant de Fr. 100'000.- à Fr. 200'000.- (cf. rapport de révision du 24 août 2004 p. 2, sous pièce n° 2 du dossier de l'AFC). Puis, sous la pression de Y._______ (cf. courrier de celle-ci à la commune de Z._______ du 31 août 2002 sous pièce n° 5 du dossier de l'AFC), la commune de Z._______ a consenti à couvrir à titre exclusif - durant trois exercices comptables - le déficit en question. Cela étant, Y._______ a toujours eu dans l'optique de faire fructifier ses investissements, jusqu'au moment où il est apparu que la société ne pourrait pas développer ses remontées mécaniques dans les formes ou les délais espérés. A ce moment, Y._______ s'est employée à limiter ses pertes. En intégrant la commune de Z._______ dans le capital, elle a d'ailleurs recouvré un montant de CHF 1 million sur la créance qu'elle détenait à l'encontre de X._______ (cf. ** rapport de gestion sous pièce n° 16 du dossier de l'AFC ch. I; convention du 3 septembre 1998 sous pièce n° 9 du dossier de l'AFC). Il n'a jamais été question pour Y._______ de financer X._______ à fonds perdus (cf. à cet égard, plan financier et programme d'investissement de X._______ daté du 30 octobre 1998, ch. VII "Conclusions", sous pièce n° 15 du dossier de l'AFC), mais bien plutôt de recouvrer ses investissements, voire à tout le moins de maintenir la valeur de ses parts. Il n'est dès lors pas possible de considérer les versements effectués de 1999 à 2002 autrement que comme des apports. Il ne s'agit pas de dons, qui seraient concédés dans une perspective désintéressée. Il paraît d'ailleurs évident que si Y._______ n'avait pas été actionnaire de la recourante, elle n'aurait pas consenti ces versements. Elle y a procédé pour éviter de subir une perte plus importante encore. Il s'agit donc de versements assimilables à des apports, sans impact sur l'impôt préalable déductible, mis à part pour l'impôt préalable grevant les dépenses directement en relation avec la réception de ces apports.
Certes, il n'est pas habituel que l'actionnaire finance indéfiniment les déficits de la société et, en l'occurrence, il faut bien observer que ce financement s'est étalé sur de nombreuses années. Cela étant, X._______ ne sert en aucune manière à couvrir un hobby coûteux de l'actionnaire, ce qui aurait conduit à qualifier de telles attributions de dons (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 4.2). Si Y._______ a persisté à couvrir les déficits de la société durant autant d'années, il faut mettre cela en relation avec le projet de réalisation d'une liaison directe entre les remontées mécaniques de l'un et de l'autre (cf. **rapport de gestion, ch. IV "Conclusion", p. 10, sous pièce n° 16 du dossier de l'AFC) dont la difficulté a été sous-estimée par l'actionnaire. Cette appréciation fait cependant partie du risque d'entrepreneur, propre à toute entreprise commerciale, et ne saurait conduire à requalifier des apports en dons. L'intention originaire de Y._______ ne s'est pas pour autant transformée en un mécénat.
D'ailleurs, le même raisonnement doit valoir pour l'ensemble des versements, respectivement de la renonciation à percevoir des sommes d'argent de Y._______. Ainsi, s'agissant de la renonciation aux intérêts du prêt, celle-ci s'inscrit dans la perspective d'assurer la viabilité de la société et donc de protéger l'investissement en capital. Enfin, s'agissant de l'abandon de créance intervenu en 2003 (CHF 500'000.-), il n'y a pas non plus d'animus donandi. Il s'agit d'opérations de financement par l'actionnaire, de même nature que la libération de la valeur nominale des actions, le versement d'un agio, les prestations à fonds perdu et les versements supplémentaires (cf. ATF 132 II 353 consid. 6.4). L'intérêt et la volonté de Y._______ a été à ce moment-là d'éviter que la recourante soit surendettée (cf. ** rapport de gestion ch. III/A, sous pièce n° 16 du dossier de l'AFC), respectivement se trouve en situation de cessation de paiements. Cet abandon est dès lors intervenu, tout comme les autres attributions faites à la recourante, dans le but d'éviter une faillite de la société et une perte de l'intégralité des investissements. Il s'agit typiquement ici d'une mesure d'assainissement du bilan de la société. Même si cet abandon de créance est intervenu par étapes successives, celui de 2003 en étant la première, le Tribunal de céans considère qu'il revêt encore, dans le présent contexte, un caractère extraordinaire au sens de la jurisprudence pertinente (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7819/2008 du 31 janvier 2011 consid. 5.2, A-1648/2006 du 27 avril 2009 consid. 3.2). En effet, il n'est pas exclu qu'un assainissement intervienne suivant ce schéma. Est surtout déterminant le fait que le projet de liaison directe entre les remontées mécaniques des deux sociétés n'ait pas été abandonné, ce qui permettait d'entrevoir une hausse possible du chiffre d'affaires et, avec ceci, la viabilité de la société. Aucune réduction de l'impôt préalable déductible ne doit donc être entreprise en relation avec ce qui précède, mis à part s'agissant de l'impôt préalable qui a grevé les opérations directement à la base de ces apports (conseils, frais administratifs, etc). A cet égard, il doit être donné tort à l'AFC, à laquelle l'affaire doit être renvoyée, avec pour instruction de procéder à de nouveaux calculs de l'impôt préalable déductible, tenant compte des considérations résultant des consid. 2.2 et 3.2, et de corriger la créance fiscale en conséquence.
3.2.2. Les motivations de la commune de Z._______ ne sont pas identiques à celles de Y._______. Lorsque dite commune est entrée dans le capital de la recourante, en septembre 1998, ce n'était pas de manière spontanée, afin d'obtenir des ressources supplémentaires. La présomption est d'ailleurs diamétralement inverse suivant qu'il s'agit de collectivités publiques telles que la commune de Z._______ ou de sociétés commerciales telles que Y._______. Dans le cas d'espèce, il apparaît clairement que l'intégration de la commune dans le capital de la recourante est intervenu sous l'impulsion de Y._______, au terme de ** ans qui n'avaient pas permis à la recourante d'atteindre le seuil critique de rentabilité et alors que le projet de liaison directe entre les remontées mécaniques de X._______ et ** se trouvait contrecarré par des oppositions. Dans un tel contexte, il est évident que ladite commune a oeuvré dans l'intérêt public, en particulier la préservation de l'économie régionale qui aurait été sérieusement mise à mal en cas de faillite de la recourante. Tout au plus la commune en question pouvait-elle escompter des retombées indirectes liées au développement du tourisme. Elle a dès lors consenti à la recourante des avances allant de CHF 30'290.- à CHF 294'045.- selon les années, non rémunérées par des intérêts (cf. rapport de révision du 24 août 2004, p. 8, sous pièce n° 2 du dossier de l'AFC). Elle a au surplus couvert une part du déficit d'exploitation proportionnelle à sa participation dans la société (cf. rapport précité, p. 8). Par la suite, afin d'éviter le désengagement de Y._______, elle a pris en charge la totalité du déficit d'exploitation, durant trois ans (cf. courrier de la commune de Z._______ à Y._______ du 23 octobre 2002 sous pièce n° 9 du dossier de l'AFC). Enfin, en 2003, elle a concédé un abandon de sa créance contre la recourante à hauteur de CHF 500'000.-. Ce faisant, il s'est toujours agi, pour elle, de préserver l'économie régionale liée au tourisme en permettant à la recourante de poursuivre ses activités. L'abandon de créance est d'ailleurs intervenu à fonds perdu (cf. extrait de protocole de la séance du conseil communal du 26 novembre 2003 sous pièce n° 5 du dossier de l'AFC). L'intégralité des versements, respectivement des abandons d'intérêts et de créances, concédés par la commune de Z._______ doit donc être assimilé à des subventions, étant précisé que la renonciation entière ou partielle à une prestation tombe également sous cette acception (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 2.3; ATAF 2010/6 consid. 3.2.3; Fritz Gygi, Verwaltungsrecht, Berne 1986, p. 215) .
Dans cette mesure, c'est à bon droit que l'AFC a procédé à une réduction de l'impôt préalable déductible. Le fait que Y._______ ait agi dans une toute autre optique n'est pas déterminant. En effet, les motivations des actionnaires peuvent parfaitement diverger.
4. Il s'agirait encore d'analyser si l'AFC a procédé à juste titre à une reprise fiscale au titre de changement d'affectation en 2003. Cela étant, c'est par un raisonnement juridique erroné, à savoir en qualifiant de dons l'abandon de créance, respectivement la renonciation aux intérêts et la couverture des déficits d'exploitation de Y._______, que l'AFC a conclu à un changement d'affectation (cf. décompte complémentaire n° *** du 23 mars 2009 sous pièce n° 2 du dossier de l'AFC; décision sur réclamation LTVA du 23 mars 2009 consid. 3.2). Compte tenu du considérant 3.2.1 qui précède, ce raisonnement de l'AFC se fonde sur des prémisses erronées. Il y a dès lors lieu de renvoyer l'affaire à l'AFC afin qu'elle examine si un changement d'affectation est ou non intervenu, compte tenu du fait que Y._______ n'a pas procédé à des dons mais à des apports au profit de la recourante, et le cas échéant qu'elle le recalcule et corrige la reprise fiscale en conséquence.
5. La recourante obtient partiellement gain de cause. Elle supportera ainsi la moitié des frais de procédure fixés à CHF 6'000.-, à savoir CHF 3'000.-, le solde étant laissé à la charge de l'Etat (art. 63 al. 1 et 2 PA). Ce montant est compensé par celui de l'avance sur les frais de procédure de CHF 6'000.- au total. La différence de CHF 3'000.- sera restituée à la recourante, sitôt l'entrée en force du présent prononcé. Compte tenu de l'admission partielle du recours, il doit être alloué à la recourante une indemnité de CHF 5'000.- à titre de dépens, TVA et frais compris, à la charge de l'autorité inférieure (art. 64 al. 1 PA).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Les causes référencées A-3044/2009 et A-3046/2009 sont jointes et portent le numéro de référence A-3044/2009.
2. Les recours sont partiellement admis, au sens des considérants, dans la mesure où ils s'avèrent recevables.
3. Les ch. 2 et 3 des décisions entreprises sont annulés.
4. L'affaire est renvoyée à l'autorité inférieure, afin qu'elle procède conformément aux considérants 3.2.1 et 4.
5. Les frais de procédure sont fixés à CHF 6'000.-, dont CHF 3'000.- sont mis à la charge de la recourante et le solde laissé à la charge de l'Etat. Ce montant de CHF 3'000.- est compensé avec celui avancé par la recourante, par CHF 6'000.-, la différence de CHF 3'000.- étant restituée à la recourante, sitôt l'entrée en force du présent arrêt.
6. Il est octroyé à la recourante une indemnité de Fr. 5'000.- à titre de dépens, à la charge de l'autorité inférieure.
7. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf.*** ; Acte judiciaire)
Le président du collège :
La greffière :
Pascal Mollard
Marie-Chantal May Canellas
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition : le 28 décembre 2011