bvger · A-862/2021 · 2022-07-06 · fr
A-862/2021

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Décision confirmée par le TF par arrêt du 09.11.2023 (1C_483/2022)
Cour I
A-862/2021
Arrêt du 6 juillet 2022
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Claudia Pasqualetto Péquignot, Maurizio Greppi, juges,
Johanna Hirsch-Sadik, greffière.
Parties
Ville de Genève,
recourante,
contre
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA,
intimée,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement,
autorité inférieure.
Objet
Indemnité d'expropriation.
Faits :
A. La Ville de Genève (ci-après, également la recourante ou l'expropriée) est propriétaire des quatre parcelles nos [1], [2], [3] et [4] du Registre foncier de la Commune de Genève, section Eaux-Vives (ci-après, RF).
Les parcelles nos [1], [2], [3] sont voisines et forment un ensemble, sur lequel se trouvent actuellement le parc et l'école primaire des Contamines. Elles sont situées entre la rue Crespin et la rue Michel Chauvet. D'une surface totale 2'624 m2, la parcelle n° [1] est sise en partie en zone de verdure (1'940 m2) et en partie en 3ème zone de construction (684 m2). Elle supporte 470 m2 d'un bâtiment abritant une école primaire d'une surface totale de 921 m2 (bâtiment [D]). D'une surface totale de 8'459 m2, la parcelle n° [2] est également sise en partie en zone de verdure (7'540 m2) et en partie en 3ème zone de construction (919 m2). Elle supporte 1 m2 du bâtiment [D]. D'une surface totale de 5'604 m2, la parcelle n° [3] est également sise en partie en zone de verdure (857 m2) et en partie en 3ème zone de construction (4'747 m2). Elle supporte 450 m2 du bâtiment [D].
D'une surface totale de 840 m2, la parcelle n° [4], sise en 3ème zone de construction, jouxte la route de Malagnou. Elle est affectée à une contre-allée, à des places de stationnement en surface, à un trottoir et constitue le chemin d'accès à l'école de Roches voisine (bâtiment [E]).
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après, également les CFF, l'intimée ou l'expropriante) et l'Etat de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des Transports (l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (le CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.
B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans du projet CEVA, accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figure la Ville de Genève notamment pour les parcelles susmentionnées, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier, et prescrit que les demandes en indemnités déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (également la CFE ou l'autorité inférieure). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3713/2008 du 15 juin 2011 in : ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (cf. arrêts du Tribunal fédéral [TF] 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
C.
C.a En avril 2016, les CFF ont saisi la CFE de quatre requêtes en estimation pour la constitution, sur chacune des parcelles précitées, d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
C.b Au terme des quatre procédures en estimation (une pour chaque parcelle), la CFE a prononcé les quatre décisions suivantes :
Le 28 juin 2017, dans les causes [F] concernant la parcelle n° [3] et [G] concernant la parcelle n° [4], la CFE a retenu que l'expropriée ne subissait aucun dommage de la constitution des trois servitudes et n'avait droit à aucune indemnité.
Le 24 août 2017, dans la cause [H] concernant la parcelle n° [1], la CFE a retenu, en substance, que les servitudes diminuaient la valeur de la parcelle, ce qui justifiait le versement par les CFF d'une indemnité pour expropriation. La CFE a arrêté à 2'000 francs le prix du m2 en 3ème zone compte tenu de la situation de la parcelle au centre-ville et à 50 francs le m2 en zone de verdure. Elle a évalué à 20% la diminution de la valeur de la parcelle en raison de la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction des droits de bâtir. En revanche, la CFE a estimé que la servitude de tolérance ferroviaire ne provoquait aucune diminution de valeur. Elle a octroyé une indemnité de 256'680 francs, plus intérêts à 5% dès l'audience de conciliation, basée sur le calcul suivant : 625 m2 x 2'000 francs = 1'250'000 francs ; 1'250'000 francs x 20% = 250'000 francs pour l'emprise en 3ème zone ; 668 m2 x 50 francs = 33'400 francs ; 33'400 francs x 20% = 6'680 francs pour l'emprise en zone de verdure. A la même date, dans la cause [I] concernant la parcelle n° [2], la CFE a tenu un raisonnement identique à celui pour la parcelle n° [1] et appliqué la même motivation. Elle a fixé l'indemnité à 381'430 francs plus intérêts à 5% dès l'audience de conciliation.
D.
D.a Par deux actes distincts du 31 août 2017, la Ville de Genève a interjeté recours par devant le Tribunal administratif fédéral (le Tribunal) à l'encontre des décisions [F] et [G]. Par deux actes distincts du 26 septembre 2017, les CFF ont interjeté recours par devant le Tribunal à l'encontre des décisions [H] et [I].
D.b Par arrêt du 3 juillet 2018, le Tribunal administratif fédéral a joint les quatre causes (A-4923/2017, A-4933/2017, A-5464/2017 et A-5469/2017), la procédure ainsi unifiée portant la référence A-4923/2017. Sur le fond, il a partiellement admis, au sens des considérants, les recours de la Ville de Genève et ceux des CFF. Il a annulé les décisions du 28 juin 2017 ainsi que celles du 24 août 2017 de la CFE et a renvoyé les affaires à cette autorité pour instruction complémentaire et nouveau prononcé au sens des considérants. Il a mis les frais de procédure de 8'000 francs à la charge des expropriants. Il n'a pas alloué de dépens. L'arrêt n'a pas fait l'objet d'un recours au Tribunal fédéral, de sorte qu'il est entré en force.
En substance, le Tribunal retient que l'autorité inférieure a prononcé deux groupes de décisions apparemment contradictoires et l'invite à décider de manière cohérente sur des questions similaires et à motiver les distinctions. En outre, il critique que l'autorité inférieure ait fixé le prix des m2 en zone de verdure à 50 francs, sans motiver plus avant ce prix, et ceux en 3ème zone à 2'000 francs, avec pour seule motivation « compte tenu de sa situation au centre-ville ». Il considère qu'il appartient à la CFE de statuer en tenant compte des particularités de chaque parcelle.
Le Tribunal expose que l'autorité d'estimation doit estimer la valeur des parcelles concernées et évaluer la dépréciation qu'elles subissent du fait de la constitution des servitudes. Il précise que, pour ce faire, il faut examiner la nature juridique des parcelles et les règles de droit public et privé qui les régissent, ce qui ne ressort pas précisément des décisions attaquées. Il considère qu'il n'est pas exclu qu'à l'issue de cette appréciation, seule une indemnité réduite soit consentie pour certaines de ces parcelles, voire aucune d'indemnité en raison de circonstances spécifiques. Le prix au m2 et l'ampleur de la dépréciation pour des terrains situés en même zone peuvent aussi différer en fonction de la situation concrète. Il ajoute qu'en l'absence d'une motivation dont l'on pourrait suivre le raisonnement, le prix de 2'000 m2 le m2 en 3ème zone et une dépréciation linéaire de 20% semblent à première vue élevés à l'aune des statistiques et compte tenu de la qualité juridique des parcelles. En outre, l'autorité inférieure doit expliquer si le pourcentage retenu, appliqué ici uniquement aux m2 concernés par l'assiette de la servitude, intègre également la compensation pour la diminution de la valeur du reste du terrain.
E.
Aucun accord n'ayant pu être trouvé entre les parties, la CFE a, par décision du 18 janvier 2021, débouté la Ville de Genève de ses quatre demandes d'indemnité pour expropriation suite à la constitution en faveur des CFF, sur chacune des quatre parcelles nos [1], [2], [3], [4] RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction en droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire. Elle a mis les frais de procédure à la charge des CFF et a renoncé à allouer des dépens.
F.
F.a Par mémoire du 25 février 2021, l'expropriée a saisi le Tribunal administratif fédéral d'un recours contre la décision de la CFE du 18 janvier 2021.
Principalement, elle conclut, sous suite de frais, à l'annulation de la décision attaquée, à la condamnation des CFF à lui payer une indemnité pour les emprises des servitudes de restriction du droit de bâtir et la servitude de superficie grevant les parcelles nos [1], [2], [3] et [4], calculée sur la base du Règlement genevois sur le tarif des empiètements sur ou sous le domaine public du 21 décembre 1988 (RTEDP, RS-GE L 1 10.15), soit 1'000 francs / m2 d'emprise : pour la parcelle n° [4] 294 m2, pour la parcelle n° [3] 572 m2, pour la parcelle [1] 1'293 m2 et pour la parcelle n° [2] 1'327 m2, plus intérêts aux taux usuels dès le 15 mars 2012.
Subsidiairement, dans l'hypothèse où les indemnités ne seraient pas calculées en application du RTEDP, elle conclut, sous suite de frais et d'une équitable indemnité à charge des CFF, à l'annulation de la décision attaquée, à la condamnation des CFF à lui payer une indemnité de 20% calculée sur les emprises des servitudes de restriction du droit de bâtir et la servitude de superficie grevant les parcelles nos [1], [2], [3] et [4], ainsi qu'une indemnité de 15% de la valeur vénale de la totalité des parcelles nos [1], [2], [3] et [4], prenant en considération un prix au m2 de 2'000 francs pour la zone à bâtir et de 50 francs pour la zone de verdure, plus intérêts aux taux usuels dès le 15 mars 2012.
F.b Par mémoire en réponse du 26 mars 2021, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours, s'en rapportant à justice concernant sa recevabilité. Elle maintient sa décision du 18 janvier 2021 et produit les dossiers complets de la cause.
F.c Par mémoire en réponse du 1er avril 2021, l'intimée a conclu au rejet du recours, les frais de la procédure devant être mis à la charge de la recourante. Elle s'en est remis à justice concernant la recevabilité du recours.
F.d Par mémoire en réplique du 6 mai 2021, la recourante a précisé que vu l'arrêt rendu le 18 mars 2021 par le Tribunal dans la cause A-6933/2017, elle renonçait à son grief tendant à ce que les indemnités soient calculées sur la base du RTEDP. Pour le surplus, elle a persisté dans son recours du 25 février 2021.
F.e Dans leurs écritures subséquentes des 9 juin, 20 juillet, 10 août et 6 septembre 2021, les parties ont maintenu leurs conclusions et argumentation respectives.
Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1. Dans son arrêt de renvoi du 3 juillet 2018 concernant les mêmes parties et la même autorité dans la même cause, le Tribunal s'est déjà prononcé sur sa compétence et a établi la qualité pour recourir des recourants, de sorte qu'il suffit de s'y reporter (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 1), le délai (cf. art. 50 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021]) et les formes (cf. art. 52 al. 1 PA) prescrits par la loi étant pour le surplus respectés. Le recours du 25 février 2021 est ainsi recevable quant à la forme.
2.
2.1 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2, arrêt du TAF A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du TF 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit. ; arrêt du TAF A-471/2020 du 20 décembre 2021 consid. 2.1).
2.2 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition (cf. art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2012/23 consid. 4, 2008/23 consid. 3.3 ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd. 2013, nos 2.154 ss ; Benjamin Schindler, in : Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2ème éd. 2019, art. 49 PA nos 3 ss et 9). En principe, les éléments techniques retenus par les instances spécialisées ne sont vérifiés quant à leur contenu - et l'autorité judiciaire ne s'en écarte - que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela (cf. arrêts du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 3, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.6.2). En l'occurrence, on se trouve bien dans un tel cas de figure. L'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité, en particulier sur les questions techniques. Elle est d'ailleurs composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaires à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711] ; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 3).
3.
L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a fait une correcte application du droit en retenant que la Ville de Genève n'avait droit à aucune indemnité pour expropriation partielle suite à la constitution en faveur des CFF, sur chacune des quatre parcelles nos [1], [2], [3] et [4] RF d'une servitude de superficie et d'une servitude de restriction du droit à bâtir.
En revanche, dans les conclusions de son recours, la recourante ne remet pas en cause le fait qu'aucune indemnité ne lui a été accordée pour la constitution d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur chacune des quatre parcelles susmentionnées. Partant, la procédure administrative de recours ne porte pas sur ce point.
4.
Tout d'abord, il convient de déterminer le droit applicable.
La révision de la LEx du 19 juin 2020 est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Conformément à l'al. 1 des dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020, les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de cette modification sont terminées sous le régime de l'ancien droit, sous réserve de modifications du règlement des émoluments pour la période suivant l'entrée en vigueur de la modification. La présente procédure a été ouverte avant le 1er janvier 2021, de sorte que la LEx dans sa version avant l'entrée en vigueur de la modification du 19 juin 2020 est applicable en l'espèce.
5.
Il s'agit de rappeler les règles qui régissent le calcul de l'indemnité pour l'imposition forcée de servitudes.
5.1 L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). Selon l'art. 19 LEx, pour la fixation de l'indemnité, doivent être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits ; l'indemnité comprend a) la pleine valeur vénale du droit exproprié, b) en outre, en cas d'expropriation partielle d'un immeuble ou de plusieurs immeubles dépendant économiquement les uns des autres, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante, et c) le montant de tous les autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation.
5.2 Selon la jurisprudence, l'imposition forcée d'une servitude sur un fonds constitue une expropriation partielle (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2, 129 II 420 consid. 3.1.1). A teneur de l'art. 19 LEx, il convient de distinguer l'indemnité du droit exproprié lui-même (let. a), l'indemnité pour expropriation partielle (let. b) et l'indemnité pour les autres inconvénients (let. c). La première couvre la valeur vénale du droit exproprié (ci-après consid. 7.4), tandis que la deuxième vise le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante de la parcelle ainsi que la perte d'avantages (ci-après consid. 7.5). Enfin, la troisième vise les autres inconvénients qui sont la conséquence nécessaire de l'expropriation (ci-après consid. 7.6). Selon les cas, l'indemnité peut donc se décomposer en trois postes de dommage distincts (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.2).
6.
Sur ce vu, il s'agira d'examiner si l'autorité inférieure a correctement estimé la valeur vénale des parcelles nos [1], [2], [3] et [4] RF. Ensuite, il conviendra de statuer sur les trois postes d'indemnité d'expropriation, tels que prévu par l'art. 19 LEx (ci-après consid. 7).
6.1
6.1.1 Dans sa décision, la CFE remarque à titre liminaire que les parties n'ont pas sollicité d'expertise.
6.1.2 Sur le fond, elle estime que la détermination de la valeur des parcelles nos [1], [2] et [3] par statistique ou comparaison n'est pas envisageable dès lors qu'il est peu probable de trouver des parcelles non bâties vendues récemment en zone 3 dans le quartier. Elle rappelle qu'il s'agit d'une zone réservée à l'intérêt général selon le plan localisé de quartier (PLQ) 29'134 et que les parties n'ont pas fourni d'éléments déterminants à cet égard. Elle explique avoir opté pour une estimation basée sur des hypothèses en fonction des potentialités de valorisation du terrain en application des lois, notamment de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses (L 5 05.01) régissant la zone. Elle indique que les parcelles concernées sont dévolues à des activités scolaires ou à des activités d'intérêt public. La CFE estime déterminant que l'implantation théorique utilisée en tant que référence pour approcher la valeur du terrain, en admettant un seul sous-sol, sans niveau supplémentaire nécessaire compte tenu de la vocation des constructions susmentionnées, n'est pas impactée par les servitudes des CFF.
6.1.3 La CFE relève que la parcelle n° [4] n'est pas bâtie. Elle est déjà grevée de servitudes de passage et d'empiètement de terrasse, au profit de parcelles adjacentes dévolues aux immeubles voisins. Ces servitudes privées limitent déjà considérablement les possibilités de mise en valeur ou de réaffectation de la parcelle. Un accord avec les fonds dominants pour supprimer ces servitudes n'a pas été allégué. Elle considère que les constructions envisageables sur cette parcelle peuvent être effectuées sans être impactées par les servitudes constituées au profit des CFF.
6.2
6.2.1 La recourante admet que la destination des parcelles nos [1], [2] et [3] est aujourd'hui limitée par le PLQ 29'134. Cependant, elle considère que cela n'est pas de nature à rendre sans valeur lesdites parcelles. En effet, ces parcelles restent au moins pour partie constructibles. Le PLQ ne prévoit pas qu'elles doivent exclusivement être affectées à un parc, ni que seul un niveau de sous-sol pourrait y être construit. Au contraire, ces parcelles sont destinées, de façon globale, à des constructions et installations d'intérêt public. Par ailleurs, ce PLQ peut faire l'objet de modifications ou d'une abrogation, même si ce n'est pas d'actualité.
6.2.2 La recourante requiert la fixation d'une indemnité par l'application de la méthode statistique, pondérée par les éléments concrets de l'espèce, notamment le statut juridique des parcelles et les possibilités d'exploitation du sous-sol compte tenu des règles en vigueur. Elle indique avoir transmis les données de l'Office cantonal de la statistique (l'OCSTAT) et un rapport du bureau spécialisé [...], Conseil immobilier. Elle produit les données actualisées de l'OCSTAT s'agissant des prix des transactions constatées entre 2014 et 2019 pour les 1ère, 2ème et 3ème zones de construction concernant des parcelles non bâties dans le canton de Genève, ainsi que pour la zone de verdure. Par ailleurs, elle estime que le règlement relatif aux plans d'utilisation du sol de la Ville de Genève (RPUS) n'est pas de nature à diminuer le prix du m2. Ce règlement ne s'applique qu'aux parties des parcelles situées en zone 3. Il ne lui interdit pas de construire dans cette zone. Il prévoit que 80% des surfaces brutes de plancher doivent être affectées au logement. En outre, vu l'urgence climatique - phénomène qui existait déjà lors des audiences de conciliation - si elle devait réaliser une construction, elle privilégierait la réalisation de constructions en sous-sol pour préserver le vaste parc arborisé.
6.2.3 Sur ces bases, la recourante calcule l'indemnité due pour les emprises en zone de verdure à 100 francs / m2. Elle souligne que, dans son arrêt de renvoi, le Tribunal de céans n'a pas critiqué le prix de 50 francs / m2, ni la dépréciation linéaire des parcelles de 20%, retenus par la CFE dans sa première décision, mais l'absence de motivation y relative. Vu que les servitudes sont prévues en sous-sol, une dépréciation linéaire de 20% est justifiée. Sur les mêmes bases, elle calcule l'indemnité due pour les emprises en zone 3 de construction 2'000 francs / m2 et estime qu'une dépréciation linéaire de 20% se justifie.
6.2.4 La recourante relève que la parcelle n° [4] est située en zone 3 et à priori constructible. Elle rappelle que les servitudes privées existantes ne grèvent la parcelle qu'en surface et ne sont pas de nature à empêcher une construction en sous-sol. L'indemnité doit être calculée sur les mêmes principes et prix au m2 que ceux évoqués pour les parcelles nos[1], [2] et [3].
6.3 Les CFF, quant à eux, considèrent que l'estimation de la valeur vénale pour le calcul de l'éventuelle indemnité d'expropriation doit se fonder sur les circonstances de fait et de droit qui prévalaient au 18 janvier 2017. Or, l'urgence climatique n'a été déclarée que bien plus tard, soit en février 2020. Il ne doit donc pas en être tenu compte pour mesurer une éventuelle indemnité. Ils estiment que l'autorité inférieure a fait usage de son large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode et dans la fixation du montant de l'indemnité. Ils précisent que la méthode fondée sur le rendement de l'immeuble et la méthode régressive ne sont pas non plus utilisables pour déterminer la valeur des parcelles concernées dès lors qu'elles ne génèrent pas de rendement. La méthode retenue basée sur des hypothèses en fonction des potentialités de valorisation en application des lois, et notamment de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses régissant la zone, est valable. Ils rappellent que la destination de parc de la partie de la parcelle n° [3] qui se situe en zone de verdure est l'émanation de la volonté populaire.
6.4
6.4.1 Dans son arrêt de renvoi du 3 juillet 2018, le Tribunal de céans a précisé d'abord que, conformément à la jurisprudence (cf. ATF 134 II 176 consid. 11.2 et les réf. cit.), les principes généraux régissant l'indemnité d'expropriation s'appliquaient également aux immeubles affectés à un but d'intérêt public. Un expropriant ne peut rien tirer en sa faveur du fait qu'une communauté ait maintenu une installation publique et renoncé à une utilisation plus lucrative (cf. arrêt A-4923/2017 précité consid. 5.3.2). Ensuite, pour déterminer la valeur vénale d'un immeuble, les circonstances objectives au dies aestimandi sont déterminantes, telles que le lieu de situation, l'utilisation, l'état de la parcelle et l'existence de servitudes ou d'autres droits de tiers (cf. arrêt du TF 1C_322/2017 du 25 avril 2018 consid. 3.3). Plusieurs méthodes sont possibles, telles que la méthode comparative (ou statistique) qui fixe la valeur des immeubles sur la base des prix effectivement payés pour des fonds semblables ; la méthode fondée sur la valeur de rendement qui détermine le capital correspondant au revenu actuel de l'objet exproprié ; la méthode régressive (ou rétrospective ou déductive) qui détermine la valeur d'un terrain en fonction du rendement qui pourra être obtenu après que des bâtiments auront été édifiés ou encore la méthode fondée sur la situation de l'immeuble (méthode hédoniste).
L'utilisation de la méthode statistique est prescrite lorsqu'elle peut être pratiquée car elle permet d'établir le plus sûrement le prix que serait prêt à payer un nombre indéterminé d'acheteurs intéressés sur le marché libre pour le bien-fonds en question (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.4, A-6928/2015 du 20 décembre 2017 consid. 3.6.2, A-6674/2014 du 7 décembre 2015 consid. 6.5.1 ; Raphaël Eggs, Les "autres préjudices" de l'expropriation, thèse, Fribourg 2013, p. 139 n° 272). Cela étant, cette méthode donne un résultat correct pour autant que l'on dispose d'un nombre suffisant d'objets, sans qu'il ne soit nécessaire que ce nombre soit important (cf. arrêt du TAF du 19 décembre 2017 A-6947/2015 du 19 décembre 2017 consid. 3.1.5.2), présentant des caractéristiques analogues, même si la comparaison n'exige pas que les objets soient complètement identiques quant à leur situation, leur surface, l'état des équipements et les possibilités d'utilisation. En effet, ces différences peuvent être pondérées, cas échéant, par des réductions ou des majorations (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a). A défaut, les autres méthodes seront utilisées. Le résultat de l'application d'une méthode peut aussi être vérifié par une autre méthode. Dans certains cas particuliers, il n'est pas rare d'en combiner plusieurs pour arriver au résultat final (cf. ATF 134 II 49 consid. 15.1). La CFE - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale et qui se révèle adéquat par rapport à l'objet en question (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.1.4 ; Eggs, op. cit., n° 373 p. 140).
6.4.2 Par ailleurs, selon l'art. 20 al. 1 LEx, l'estimation de la valeur vénale doit tenir compte dans une juste mesure de la possibilité de mieux utiliser l'immeuble. Dans son arrêt de renvoi, le Tribunal a déjà expliqué que d'hypothétiques projets suffisaient pour reconnaître la propriété jusqu'à une certaine profondeur en sous-sol mais pas pour augmenter la valeur vénale lors de l'estimation d'un bien exproprié (cf. arrêt A-4923/2017 précité consid. 7.1.1). Dans le cas concret, il a retenu que, compte tenu de la profondeur des droits demandés, soit de 4.20 m à 6.60 m selon les parcelles, et des règles de droit public applicables, il était difficile de nier à l'expropriée tout intérêt digne de protection à l'exploitation de son sous-sol. En revanche, il a estimé que l'expropriée ne se prévalait d'aucun projet concret, ni actuel ni dans un proche avenir, pour aucune des parcelles concernées, si bien que l'art. 20 al. 1 LEx n'était pas applicable. Il a précisé que cela ne signifiait pas encore que l'expropriée n'avait droit à aucune indemnisation pour constitution des servitudes sur ses parcelles (cf. arrêt A-4923/2017 précité consid. 7.1.2).
6.5 Cela étant, il convient d'examiner si c'est à juste titre que la CFE a dénié toute valeur vénale aux parcelles nos [1], [2], [3] et [4].
6.5.1 Le Tribunal a déjà eu l'occasion de relever qu'en l'espèce, au dies aestimandi, soit le 18 janvier 2017, les parcelles étaient inscrites comme bien-fonds privés au RF et situées en partie en 3ème zone ordinaire de construction et en partie en zone verdure. La 3ème zone est, selon l'art. 19 al. 1 de la loi genevoise du 4 juin 1987 d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LaLAT, RS-GE L 1 30), destinée aux grandes maisons affectées à l'habitation, au commerce et aux activités du secteur tertiaire (gabarit max. 21 m). Elle comprend pour l'essentiel la région dont la transformation en quartiers urbains est fortement avancée. La zone de verdure comprend les terrains ouverts à l'usage public et destinés au délassement ainsi que les cimetières. Les constructions ne servant pas à l'aménagement des lieux selon leur destination sont en principe interdites. Toutefois, des dérogations sont possibles pour des constructions d'utilité publique dont l'emplacement est imposé par leur destination et des exploitations agricoles (cf. art. 24 LaLAT). Par ailleurs, l'affectation et le régime d'aménagement des terrains compris à l'intérieur d'une ou plusieurs zones peuvent être précisés par divers types de plans et règlements, notamment par des plans localisés de quartier (cf. art. 13 al. 1 LaLAT et, pour le contenu de ces plans, art. 3 de la loi genevoise du 9 mars 1929 sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités [LExt, RS-GE L1 40] ; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 8.3).
Les parcelles nos [1], [2] et [3] sont soumises au PLQ Contamines, adopté par le Grand Conseil genevois le 23 mai 2001. Il ressort de ce PLQ que les parties de ces parcelles situées en 3ème zone sont destinées à des constructions et installations d'intérêt public (école et préau) et que les parties en zone verdure à un espace libre ouvert au public (parc). Par ailleurs, le PLQ Contamines faisait déjà état d'une servitude de réservation en sous-sol pour le projet de liaison ferroviaire Praille/Eaux-Vives. La partie des parcelles nos [1], [2] et [3] située en 3ème zone est également soumise à un plan d'utilisation du sol (PUS). Les PUS sont des plans d'affectation spéciaux prévus à l'art. 13 al. 1 let. g LaLAT ainsi qu'aux art. 15A ss de la LEXt, qui ont pour but de maintenir et de rétablir l'habitat dans les quatre premières zones de construction, de favoriser une implantation des activités qui soit harmonieuse et équilibrée, tout en garantissant le mieux possible l'espace habitable et en limitant les nuisances qui pourraient résulter de l'activité économique. Selon le PUS, les parcelles précitées sont colloquées dans le secteur 2,3 qui prévoit 80% minimum de logements et 40% minimum d'espaces verts. Cela étant, l'art. 15A al. 3 LExt exclut des plans d'utilisation du sol la construction et la transformation de bâtiments destinés principalement à un équipement public de la Confédération, de l'Etat de Genève, de la Ville de Genève et d'établissements ou de fondations de droit public (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 8.3).
6.5.2 Dans la cause A-6933/2017, l'objet du litige portait notamment sur le montant de l'indemnité due par les CFF à la Ville de Genève pour la constitution d'emprises définitives sur les parcelles nos [3] RF - également objet de la présente procédure - et [5] RF, pour le projet ferroviaire CEVA. Pour la parcelle n° [3] RF, le Tribunal de céans a constaté que la zone d'emprise définitive, d'une surface de 101 m2, se trouvait exclusivement en zone de verdure. Se basant sur l'expertise privée produite par la recourante et sur les statistiques de l'OCSTAT, il a confirmé l'estimation de la CFE retenant un montant de 50 francs par m2 au 18 janvier 2017, dies aestimandi. La constitution d'une emprise définitive de 101 m2 en zone de verdure sur cette parcelle a ainsi causé un dommage de 5'050 francs à la recourante. Pour la parcelle [5] RF, située en bordure du parc des Contamines et constituant un tronçon de la rue Crespin, le Tribunal a également confirmé la décision de l'autorité inférieure, non contestée par la Ville de Genève ni par les CFF. Par analogie à la parcelle n° [3] RF, une valeur vénale de 50 francs par m2, au 18 janvier 2017, a été retenue. La constitution d'une emprise définitive de 21 m2 en 3ème zone ordinaire de construction sur la parcelle [5] RF a causé un dommage de 1'050 francs à la Ville de Genève (cf. arrêt du TAF A-6933/2017 du 18 mars 2021 consid. 4, 5.4.1, 5.4.3, 5.4.4, 5.4.5 et 5.4.6). Cet arrêt n'a pas fait l'objet d'un recours au Tribunal fédéral et est entré en force.
6.5.3
6.5.3.1 Il n'y a pas de motif de s'écarter au cas d'espèce de la valeur vénale de 50 francs par m2 au 18 janvier 2017 tant pour les parties de ces parcelles se trouvant en zone verdure que pour celles se trouvant en 3ème zone de construction. S'agissant des parcelles nos [1], [2] et [3] RF, elles forment un ensemble. Les parties se trouvant en zone verdure (1'940 m2, 7'540 m2 et 857 m2) sont affectées à un parc ouvert au public. Vu leur situation, leur utilisation et leur état semblables, il n'y a pas lieu de s'écarter de la valeur vénale déjà fixée dans son arrêt A-6933/2017 précité et non contesté par les parties.
6.5.3.2 Quant aux parties de ces parcelles se trouvant en 3ème zone de construction (684 m2, 919 m2 et 4'747 m2), elles sont certes constructibles. Cependant, le PLQ Contamines limite leurs possibilités de construction à des installations d'intérêt public, telles que celles qui s'y trouvent actuellement (école et préau). Il ne s'agit donc pas de terrains constructibles comme les autres. Les données de l'OCSAT pour les prix des ventes de terrains non bâtis pour les zones 1, 2 et 3, de 2010 à 2019, produites par la recourante, sont donc inutilisables dans le cas concret. La considération de la CFE, selon laquelle la méthode statistique n'est pas envisageable en l'espèce, doit être confirmée. En effet, il est peu probable de trouver des transactions portant sur la vente de terrains, situés en 3ème zone de construction, et dont les possibilités de constructions sont limitées à des installations d'intérêt public telles qu'école ou préau. C'est justement la tâche de l'Etat de construire et de gérer de telles constructions. La recourante n'avance d'ailleurs pas d'exemples concrets portant sur la vente de tels terrains dans la même région. La méthode fondée sur la valeur de rendement ne peut pas non plus être utilisée, étant donné que le bâtiment [D] se trouvant sur lesdites parcelles n'est pas loué.
Comme déjà remarqué, cela ne signifie pas pour autant que les parties constructibles de ces parcelles sont dénuées de toute valeur (cf. consid. 6.4.1). En l'occurrence, vu leurs particularités, la CFE aurait dû se fonder sur la méthode hédoniste et tenir compte de la situation des parcelles, telle que décrite dans l'arrêt de renvoi et rappelée ci-dessus (cf. consid. 6.5.1), pour estimer la valeur vénale des parcelles en cause.
6.5.4 Le Tribunal de céans a déjà remarqué que la parcelle n° [4] RF était inscrite comme bien-fonds privé au RF, située entièrement en 3ème zone de construction et en secteur 2,3 PUS. Elle n'est pas soumise à un PLQ. Elle est étroite (9 m) et est actuellement affectée à une contre-allée, à des places de stationnement en surface et à un trottoir (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 8.3 in fine). Vu cette situation et l'arrêt A-6933/2017 précité concernant la parcelle n° [5], non contesté par les parties, il y a lieu également de retenir une valeur vénale de 50 francs / m2 pour cette parcelle de 840 m2. En effet, s'il ne s'agit pas d'un tronçon de route de la rue Crespin, la parcelle n° [4] sert elle aussi à la circulation routière et au stationnement de véhicules et est utilisée comme chemin d'accès à l'école voisine des Roches. En outre, comme le mentionne l'autorité inférieure dans sa décision, la parcelle est déjà grevée de servitudes de passage privées (cf. Extrait du registre foncier Bien-fonds Genève-Eaux-Vives/[4] du 10 mai 2017, annexe 1 à la pièce 9 du dossier de l'autorité inférieure), limitant ses possibilités d'utilisation, ce qui réduit également sa valeur vénale.
6.5.5 Finalement, le fait que la recourante, selon ses propres allégations, n'a pas de projet concret sur ses parcelles, ni l'intention, dans un avenir proche, de procéder à la reconstruction du bâtiment scolaire, englobant la construction d'un parking de plus d'un étage en sous-sol, ne réduit pas à néant la valeur vénale des parcelles de la recourante. Si l'existence de projets concrets a pour effet d'augmenter la valeur vénale du bien exproprié (art. 20 al. 1 LEx), leur absence n'est tout simplement pas prise en compte dans l'estimation de la valeur vénale. En effet, dans ce cas, l'art. 20 al. 1 LEx ne s'applique pas.
7.
Dès lors, il convient de fixer les trois postes d'indemnité d'expropriation, tels que prévu par l'art. 19 LEx.
7.1
7.1.1 S'agissant des parcelles nos [1], [2] et [3] RF, la CFE indique qu'aucune velléité de développer les parcelles n'a été démontrée et qu'un tel développement reste théorique sur la zone compte tenu des restrictions. Dans l'hypothèse où la Ville de Genève envisagerait des constructions d'intérêt public, telles que l'agrandissement de l'école, des locaux parascolaires, crèche, salle de sport, maison de quartier, abris PC, la surface disponible, avec d'importants gabarits, au sein de parcelles constructibles resterait largement suffisante pour une implantation adéquate sans que le projet de l'expropriée ne soit prétérité par les servitudes. Elle remarque qu'il n'est pas allégué, ni rendu vraisemblable que la construction existante sur la parcelle n° [1] RF doit être transformée ou reconstruite avec d'importants sous-sols. Elle estime que la constitution des servitudes des CFF, en situation et en profondeur, n'a pas pour conséquence de réduire la valeur des parcelles nos [1], [2] et [3] RF. La Ville de Genève ne subit donc pas de dommage du fait des servitudes des CFF et n'a donc droit à aucune indemnité de la part de ceux-ci. Aucune indemnité n'étant octroyée, la question des intérêts ne se pose pas.
7.1.2 Concernant la parcelle n° [4], la CFE considère que les possibilités d'usage s'avèrent très restreintes compte tenu de l'exiguïté de la parcelle, de sa localisation et de sa forme. Par exemple, la création d'une galette commerciale, d'une rampe d'accès à un garage ou l'élargissement de la route ou de l'espace public (arborisation, parking vélos) s'avère très improbable sur le plan administratif, technique et fonctionnel. En revanche, une construction basse, non excavée au profit d'un voisin ou la modification du profil de la rue et de l'espace public pourraient être envisagées sans être impactées par les servitudes constituées au profit des CFF. La CFE retient que les servitudes des CFF ne causent pas de dommage à la Ville de Genève s'agissant de cette parcelle également. Aucune indemnité n'étant octroyée, la question des intérêts ne se pose pas.
7.2
7.2.1 La recourante estime qu'il est erroné de prétendre qu'étant donné que seule une école ou une autre installation d'intérêt public pourrait être construite sur les parcelles nos [1], [2] et [3] RF, un unique étage en sous-sol serait suffisant. En effet, les ensembles scolaires prévoient, dans de nombreux cas, des constructions avec plusieurs niveaux de sous-sols, notamment pour éviter des emprises en surface trop importantes. Ainsi, les aulas, les salles de sport ou de musique sont souvent construits en sous-sol. Elle cite comme exemple le cycle d'orientation du Renard, lequel prévoit deux niveaux en sous-sol, le second niveau de sous-sol étant affecté à une salle de gymnastique et aux locaux y relatifs, tels que les vestiaires. Elle précise que vu la densité de la ville de Genève, les autorités publiques ont des difficultés lorsqu'il s'agit de trouver des surfaces disponibles en vue de la réalisation d'établissements scolaires. Compte tenu du faible potentiel foncier disponible pour des constructions scolaires, la limitation à un seul niveau de sous-sol génère une perte de valeur des parcelles concernées. Elle ajoute que deux PLQ (29'504 et 29'237), non encore réalisés et situés à proximité de l'école des Contamines, prévoient la construction de plusieurs immeubles de logement, ce qui augmentera les besoins en constructions scolaires. S'agissant du PLQ 30'025, elle relève qu'il est encore en projet et n'a pas encore été adopté. Ce PLQ confirme que le quartier concerné fait l'objet de développements importants et que des disponibilités foncières pour les activités scolaires dans le secteur sont nécessaires.
La réalisation d'une extension du groupe scolaire sur ces parcelles n'est donc pas exclue. L'hypothèse de la CFE selon laquelle l'espace disponible serait suffisant pour qu'elle puisse réaliser une construction en surface plutôt qu'en sous-sol ou en dehors des emprises des servitudes, n'est pas déterminante. En effet, les servitudes souterraines de restriction du droit de bâtir et de superficie, dont l'emprise correspond à celle du CEVA, l'empêchent de réaliser un projet d'envergure car elles coupent en deux le secteur de 20'000 m2. Elle admet que l'école dispose déjà de plusieurs constructions en sous-sol. Elle souligne cependant qu'à l'emplacement des emprises des servitudes, l'extension de celles-ci et la réalisation de nouvelles constructions en sous-sol sur plus d'un étage est exclue compte tenu de la profondeur des droits de 4.20 à 6.60 m. Partant, ces servitudes la limitent dans ses possibilités de construction. En cela, elles diminuent la valeur de ses parcelles et lui causent un dommage, qui doit être indemnisé.
7.2.2 S'agissant de la parcelle n° [4] RF, la recourante estime que la possibilité d'usage restreinte en raison de son étroitesse n'est pas de nature à lui dénier tout droit. En effet, la construction d'un bâtiment de logements a été autorisée sur une parcelle bien plus étroite. Elle rappelle que les servitudes privées existantes ne grèvent la parcelle qu'en surface et ne sont pas de nature à empêcher une construction en sous-sol. L'indemnité doit être calculée sur les mêmes principes et prix au m2 que ceux évoqués pour les parcelles nos[3], [1] et [2] RF.
7.2.3 Ainsi, la recourante requiert une indemnité de 20%, calculée sur les emprises des servitudes de restriction du droit de bâtir et de la servitude de superficie grevant les parcelles nos [1], [2], [3] et [4] RF, plus intérêts en application de l'art. 76 al. 5 LEx aux taux usuels dès le 15 mars 2012, pour la diminution de valeur des parcelles en raison de l'emprise des servitudes de restriction du droit de bâtir et de superficie.
7.2.4 A cette indemnité, la recourante ajoute une indemnité pour la perte de valeur de la partie restante des parcelles nos [1], [2], [3] et [4] RF. Elle estime que la dépréciation globale des parcelles doit également être indemnisée. Se basant sur l'ATF 122 II 246, elle requiert une indemnité de 15% de la valeur vénale de l'ensemble des parcelles.
7.3
7.3.1 Les CFF, quant à eux, avancent que la recourante ne démontre pas qu'un agrandissement de l'école des Contamines serait plausible et hautement vraisemblable dans un avenir proche. Le quartier dans lequel cette école est située est aménagé depuis longtemps. Ils relèvent que la recourante se prévaut pour la première fois des PLQ 29'504 et 29'237 pour justifier l'agrandissement de l'école des Contamines alors qu'ils ont été adoptés en 2007. Ils soulignent qu'un autre PLQ (30'025) est en préparation, à proximité immédiate, qui réserve un important périmètre pour la construction d'un groupe scolaire. Il n'est donc pas certain que l'école des Contamines soit mise à contribution pour l'accueil des élèves provenant des nouvelles constructions envisagées par les PLQ 29'504 et 29'237. En outre, la recourante ne fait pas état de projets alentours qui nécessiteraient d'agrandir précisément cette école ou de lui adjoindre un cycle d'orientation. Elle dispose déjà d'une salle de gymnastique, d'une salle de rythmique, d'une salle de jeux, d'un restaurant scolaire et d'une piscine. L'existence des servitudes litigieuses n'empêche donc pas la recourante de doter cette école de ce genre d'installations. Il en résulte que la nécessité de construire plus d'un niveau de sous-sol n'est pas prouvée. De plus, ils remarquent que les servitudes litigieuses ne grèvent pas l'entier des parcelles. Partant, les parcelles de la recourante ne subissent aucune diminution de leur valeur vénale du fait de la constitution des servitudes litigieuses. L'autorité inférieure a correctement motivé sa décision, laquelle doit être confirmée.
7.3.2 Par ailleurs, les CFF estiment que la présente situation de fait n'a rien à voir avec celle de l'ATF 122 II 246. Dans cet arrêt, l'expropriée, qui n'avait pas l'intention de construire à court terme, était privée de possibilités de construire. La police des constructions n'interdisait pas l'exploitation souterraine en tant que telle de la parcelle. La limitation imposée à la charge nécessitait la construction de fondations spéciales, ce qui impliquait d'importants frais supplémentaires.
7.4 Conformément à l'art. 19 let. a LEx, il y a d'abord lieu d'indemniser la pleine valeur vénale du droit exproprié (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.3).
En l'espèce, la servitude de restriction du droit de bâtir et la servitude de superficie grèvent au total 1'293 m2 de la parcelle n° [1] RF, dont 668 m2 en zone de verdure et 625 m2 en zone 3 ; 1'327 m2 de la parcelle n° [2] RF, dont 408 m2 en zone de verdure et 919 m2 en zone 3 ; 572 m2 de la parcelle n° [3] RF, dont 192 m2 en zone verdure et 380 m2 en zone 3, et 294 m2 de la parcelle n° [4] RF, entièrement en zone 3 (cf. Plans respectifs des assiettes des servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir, annexe 1 de la pièce 1 de chacun des quatre dossiers de l'autorité inférieure). Au total, les servitudes de restriction du droit de bâtir et de superficie grèvent 3'486 m2. La recourante requiert que les CFF soient condamnés à lui payer une indemnité de 20%, calculée sur les emprises de ces servitudes. L'intimée ne critique pas en particulier ce pourcentage. Il n'y a pas de motif de s'en écarter dans la mesure où ce sont des servitudes de restriction du droit de bâtir et de superficie qui ont été expropriées et non pas des emprises définitives, telles que dans la cause A-6933/2017 consid. 4 et 5.4.5 in fine, lesquelles ont été indemnisées à 100%. Partant, l'indemnité pour la pleine valeur vénale des servitudes de restriction du droit de bâtir et de superficie sur chacune de ces parcelles équivaut à 3'486 X 50 X 20/100 = 34'860 francs.
7.5 L'indemnité en cas d'expropriation partielle d'un immeuble comprend, en outre, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (cf. art. 19 let. b LEx).
7.5.1
7.5.1.1 En cas de constitution d'une servitude, l'indemnité selon l'art. 19 let. b LEx se calcule selon la méthode dite de la différence, laquelle consiste à déduire de la valeur vénale du fonds libre de servitude celle du fonds grevé de la servitude. L'indemnité à verser au propriétaire du fonds grevé correspond ainsi à la dépréciation de la parcelle, soit au montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.5.1, 131 II 458 consid. 3.3, 129 II 420 consid. 3.1.1, 122 II 246 consid. 4 ; Eggs, op. cit., no 548). L'indemnité couvre ainsi la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a ; arrêt du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 5.2.3 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, no 1183). Cette méthode, dite de la différence, est valable même s'il est peu imaginable que le propriétaire actuel exploite effectivement le sous-sol dont il est privé par la constitution d'un droit de superficie souterrain (cf. ATF 122 II 246 consid. 4c ; arrêts du TAF A-4923/2017 précité consid. 5.2.1, A-552/2016 précité consid. 6.1).
7.5.1.2 Dans l'ATF 122 II 246, le Tribunal fédéral a calculé l'indemnité pour la constitution d'une servitude pour la construction d'un tunnel ferroviaire à 7-8 m de la surface pour le S-Bahn zurichois (cf. ATF 122 II 246 consid. en faits et consid. 4, traduit au JdT 1998 I 409 et confirmé dans l'arrêt du TF 1C_322/2017 du 25 avril 2018 consid. 2.1 et 3.2 ; arrêt A-4923/2017 précité consid. 7.1.3). Le bien-fonds, supportant une église et une annexe, était presque rectangulaire et classé en zone d'habitation B (quatre étages, surface habitable de 75%). Dans la fixation du prix, que n'importe quel acheteur aurait payé, il a été tenu compte du fait que toute transformation rentable de l'église et de ses annexes, conforme au droit des constructions, était exclue. D'un point de vue économique, les bâtiments utilisés comme lieu de culte - indépendamment de leur architecture remarquable et de leur exécution coûteuse - ont par conséquent été assimilés à des biens de démolition pour l'acquisition desquels un preneur n'aurait payé qu'un prix symbolique. Dans ces circonstances, la valeur du bien-fonds s'est résumée au prix du sol en tant que terrain à bâtir et fixée à 4'000 francs / m2. La police des constructions ne limitait pas l'exploitation souterraine de la parcelle. C'est la constitution des servitudes, nécessaires à la réalisation et à la mise en service des installations ferroviaires, qui limitait l'utilisation souterraine à un seul sous-sol. En raison de la limitation imposée à la charge (1,5 kg/cm2), les fondations d'un nouveau bâtiment auraient entraîné d'importants frais supplémentaires. Vu ces frais de construction supplémentaires et la limitation à un seul sous-sol, le Tribunal fédéral a fixé la moins-value à 15% de la valeur vénale de l'ensemble de la parcelle. Les CFF ont fait valoir que l'expropriée n'envisageait ni de suspendre l'utilisation actuelle de son immeuble, ni de le vendre, ni de le reconstruire à neuf et que, par conséquent, il ne saurait être question d'un meilleur usage au sens de l'art. 20 al. 1 LEx. Or, le Tribunal fédéral a considéré que cette objection n'était pas pertinente, dans la mesure où aucune valeur économique n'était retenue pour les bâtiments actuels, que la valeur de la parcelle se concentrait dans sa qualité comme terrain à bâtir et que cette valeur était altérée par l'installation des CFF. Dans cette mesure, l'expropriée subissait bien un dommage patrimonial du fait de la constitution des servitudes, lequel devait être indemnisé.
7.5.2 En l'occurrence, il convient tout d'abord de remarquer que, dans l'affaire objet de l'ATF 122 II 246, le Tribunal fédéral a fixé une indemnité globale, calculée sur l'entier de la surface de la parcelle, sans distinguer entre le poste prévu pour le droit exproprié (art. 19 let. a LEx) et celui pour la moins-value de la partie restante (art. 19 let. b LEx). Dans notre cas, le Tribunal de céans distingue ces deux postes. En effet, dans le calcul de l'indemnité pour la moins-value de la partie restante, il convient de tenir compte du fait qu'une partie de celle-ci est inconstructible de par le droit des constructions.
7.5.2.1 La surface totale des parcelles nos [1], [2], [3] et [4] RF équivaut à 17'527 m2. Les assiettes des servitudes couvrent 3'486 m2, dont 2'218 m2 en zone de construction 3 et 1'268 m2 en zone verdure. La surface des parties restantes équivaut au total à 14'041 m2, dont 4'972 m2 en zone de construction 3 et 9'069 m2 en zone verdure. En d'autres termes, seuls 35% de la surface des parties restantes se trouvent en zone constructible, 65% se trouvant en zone de verdure. C'est donc le droit des constructions - et non pas les servitudes souterraines des CFF - qui limite l'exploitation souterraine des 9'069 m2 situés en zone inconstructible. Cette surface n'est pas dépréciée par la constitution des servitudes souterraines des CFF car de toute façon la recourante ne pourrait pas construire des souterrains à cet endroit, indépendamment du nombre de sous-sol. Les restrictions à son utilisation n'étant pas causées par la constitution des servitudes souterraines, la Ville de Genève ne peut donc pas prétendre à une indemnité de moins-value pour cette surface.
7.5.2.2 Pour les 4'972 m2 des parties restantes situés en zone de construction 3, le droit des constructions ne limite pas leur exploitation souterraine. Au contraire, c'est la constitution des servitudes qui limite leur utilisation souterraine. En effet, l'assiette supérieure des servitudes est située à une profondeur de 4.20 m pour la parcelle n° [4] RF, de 5.60 m pour la parcelle n° [2] RF, de 5.70 m pour la parcelle n° [1] RF et de 6.60 m pour la parcelle n° [3] RF. En tenant compte d'une dalle initiale sur sous-sol de 50 cm, puis d'un vide d'étage de 2.5 m et d'une dalle de 50 cm entre chaque sous-sol, c'est à-dire 3.5 m pour le 1er sous-sol, puis 3 m par sous-sol supplémentaire (cf. arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 5.3.4.1, A-6912/2017 du 18 mars 2021 consid. 5.3.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 6.3.3), seul un étage en sous-sol est réalisable sous les parcelles nos [4], [2] et [1] RF et tout juste deux étages en sous-sol sous la parcelle n° [3]. Dans cette mesure, la valeur vénale des parties restantes est diminuée par les servitudes des CFF et l'expropriée subit un dommage patrimonial, lequel doit être indemnisé. Il importe peu que la surface disponible au sein des parties constructibles reste largement suffisante pour une implantation adéquate d'autres constructions d'intérêt public. Ce qui compte, c'est que la Ville de Genève est limitée dans l'exploitation de son sous-sol, indépendamment de tout projet concret actuel. En effet, à l'instar de ce qui a été retenu dans l'ATF 122 II 246 (cf. consid. 7.5.1.2), le fait que la recourante n'ait pas de projet concret n'est pas pertinent, dans la mesure où aucune valeur économique n'est retenue pour les constructions situées sur les parcelles, que la valeur des parcelles se concentre dans leur qualité de terrain à bâtir en partie limité à des constructions d'intérêt public et que cette valeur est altérée par la constitution des servitudes litigieuses. La recourante ne fait pas valoir que celle-ci engendre une limitation imposée à la charge, ni d'autres inconvénients entraînant d'importants frais supplémentaires pour les fondations d'un nouveau bâtiment ou d'autres constructions. Vu l'absence de majoration des coûts de construction et la limitation à un seul sous-sol pour les parcelles nos [4], [2] et [1] RF et à deux sous-sols pour la parcelle n° [3] RF, le Tribunal retient que l'imposition des servitudes entraîne globalement une moins-value de 7.5% de la valeur vénale de la surface constructible des parties restantes de ces parcelles. Ce pourcentage est fixé en comparaison avec celui retenu dans l'affaire du S-Bahn zurichois susmentionnée (cf. consid. 7.5.1.2), dans laquelle la moins-value avait été fixée à 15% de la valeur vénale pour tenir compte de l'augmentation importante des frais de construction et de la limitation à un seul sous-sol (cf. ATF 122 II 246 consid. 4b). Ainsi, le montant dont est réduite la valeur vénale de la surface constructible des parties restantes est de 4'972 X 50 X 7.5% = 18'645 francs.
7.6 Finalement, à teneur de l'art. 19 let. c LEx, l'indemnité comprend le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation.
7.6.1 Il s'agit des autres préjudices que l'exproprié subit dans son patrimoine, par opposition à ceux qu'il subit en relation avec le droit exproprié, notamment des dépenses que l'expropriation rend nécessaires. On range dans cette catégorie la perte de revenus consécutive à la fin de l'exploitation de l'entreprise expropriée (cf. ATF 141 I 113 consid. 6.4, 103 Ib 293 consid. 1b). Sont aussi visés les frais de déménagement ou de réinstallation d'une entreprise, ainsi que les frais et honoraires de l'architecte chargé de planifier l'adaptation de nouveaux locaux à l'usage de l'exproprié ou les amortissements des installations devenues sans valeur (cf. 141 I 113 consid. 6.4 ; Hess/Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Band I, 1986, art. 19 n° 200 LEx).
7.6.2 En l'espèce, la recourante ne fait pas valoir de tels préjudices. Le Tribunal n'en voit pas non plus. La recourante n'a donc pas droit à une indemnité pour ce poste.
7.7
7.7.1 Selon l'art. 76 anc. al. 5 LEx, l'indemnité d'expropriation porte intérêts au taux usuel dès le jour de la prise de possession. Le Tribunal administratif fédéral a édicté une instruction sur la fixation du taux d'intérêt usuel au sens de l'art. 76 anc. al. 5 LEx (cf. Décision du 9 novembre 2009 de la Cour I, chambre I, intérêt au taux usuel ; consultable sur https://www.bvger.ch > Le Tribunal > Les missions du Tribunal administratif fédéral > Surveillance > Intérêt au taux usuel). Le taux d'intérêt usuel prévu aux art. 19bis al. 4, 76 al. 5 et 88 al. 1 LEx correspond au taux d'intérêt de référence applicable aux contrats de bail publié sur le site internet de l'Office fédéral du logement (cf. www.bwo.admin.ch Droit du bail Taux de référence Evolution du taux de référence et du taux d'intérêt moyen ; arrêts du TAF A-6933/2017 précité consid. 5.5.2, A-4923/2017 précité consid. 8.5, A-4998/2015 précité consid. 5).
7.7.2 En l'espèce, l'indemnité totale d'expropriation partielle de 53'505 francs porte intérêts à compter du 15 mars 2012, date de la prise de possession anticipée, comme suit :
- 2.5% l'an du 15 mars 2012 au 1er juin 2012 ;
- 2.25% l'an du 2 juin 2012 au 2 septembre 2013 ;
- 2% l'an du 3 septembre 2013 au 1er juin 2015 ;
- 1.75% l'an du 2 juin 2015 au 1er juin 2017 ;
- 1.5% l'an du 2 juin 2017 au 2 mars 2020 ;
- 1.25% l'an à compter du 3 mars 2020.
L'intérêt est dû jusqu'au moment où l'indemnité d'expropriation est payée à l'intimée.
8.
Pour résumer, le Tribunal retient que l'autorité inférieure a mal appliqué le droit en retenant que la Ville de Genève n'avait droit à aucune indemnité pour expropriation partielle suite à la constitution en faveur des CFF, sur chacune des quatre parcelles nos [3], [2], [1] et [4] RF d'une servitude de superficie et d'une servitude de restriction du droit à bâtir. En effet, il évalue la valeur vénale des parcelles considérées à 50 francs par m2 (cf. consid. 6.5.3 et 6.5.4). L'indemnité pour la pleine valeur vénale des servitudes de restriction du droit de bâtir et de superficie sur chacune de ces parcelles équivaut au total à 34'860 francs (art. 19 let. a LEx ; cf. consid. 7.4). Le montant dont est réduite la valeur vénale des parties restantes est de 18'645 francs (art. 19 let. b LEx ; cf. consid. 7.5.2.2). Il y a donc lieu d'admettre partiellement le recours au sens des considérants et de condamner les CFF à payer à la Ville de Genève une indemnité totale de 53'505 francs, portant intérêt au taux usuel dès le 15 mars 2012.
9.
Demeure à trancher la question des frais et dépens.
9.1
9.1.1 Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais à la charge de la partie qui succombe ne s'applique pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. Tel est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (cf. art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (cf. art. 8 ss FITAF ; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 9.1.2).
9.1.2 Aux termes de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie lorsque l'exproprié succombe intégralement ou en majeure partie (cf. arrêts du TF 1A.269/2006 du 28 février 2007 consid. 5, 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 non publié aux ATF 133 II 30, arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 8.1). Dans les procédures d'expropriation, les frais de procédure ne doivent en général pas être trop élevés (cf. arrêt du Tribunal fédéral 1E.9/2006 du 20 septembre 2006 consid. 3 ; arrêts du TAF A-471/2020 précité consid. 13.2 A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 11.2).
9.2
9.2.1 En l'espèce, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel - en dérogation à l'art. 63 PA - il appartient à l'expropriante de supporter les frais de procédure, dans la mesure où la recourante conclut à ce que les frais de procédure soient mis à la charge de celle-ci. Ils sont in casu fixés à 5'000 francs et mis à la charge de l'intimée, étant précisé qu'aucune avance de frais n'a été requise ni versée jusqu'à présent.
9.2.2 Bien qu'ayant obtenu en partie gain de cause, il ne sera pas octroyé de dépens à la recourante qui s'est défendue seule sans faire appel à un mandataire. Quant à l'intimée, et pour tenir compte de la règle générale exprimée à l'art. 116 LEx, des dépens ne lui seront pas non plus alloués.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours du 25 février 2021 est partiellement admis au sens des considérants.
2. La décision de l'autorité inférieure du 18 janvier 2021 est partiellement annulée.
3. Les chiffres 1, 2, 3 et 4 du dispositif de la décision du 18 janvier 2021 sont réformés en ce sens que les CFF sont condamnés à payer à la Ville de Genève une indemnité de 53'505 francs pour expropriation partielle suite à la constitution en faveur des CFF sur chacune des parcelles nos [1], [2], [3] et [4] du Registre foncier de la Commune de Genève, section Eaux-Vives, d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et d'une servitude de restriction du droit de bâtir. Cette indemnité porte intérêt dès le 15 mars 2012, comme suit :
- 2.5% l'an du 15 mars 2012 au 1er juin 2012 ;
- 2.25% l'an du 2 juin 2012 au 2 septembre 2013 ;
- 2% l'an du 3 septembre 2013 au 1er juin 2015 ;
- 1.75% l'an du 2 juin 2015 au 1er juin 2017 ;
- 1.5% l'an du 2 juin 2017 au 2 mars 2020 ;
- 1.25% l'an à compter du 3 mars 2020 jusqu'au moment où l'indemnité d'expropriation est payée à l'intimée.
4. Les frais de procédure de 5'000 francs sont mis à la charge de l'intimée.
Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
5. Il n'est pas alloué de dépens.
6. Le présent arrêt est adressé à la recourante, à l'intimée et à l'autorité inférieure.
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Johanna Hirsch-Sadik
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'intimée (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (acte judiciaire)