bvger · A-4923/2017 · 2018-07-03 · fr
A-4923/2017

Expropriation

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-4923/2017, A-4933/2017,
A-5464/2017, A-5469/2017
Arrêt du 3 juillet 2018
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Kathrin Dietrich, Claudia Pasqualetto Péquignot, juges,
Valérie Humbert, greffière.
Parties
Ville de Genève,
Département des constructions et de l'aménagement, Rue de l'Hôtel-de-Ville 4, Case postale 3983, 1211 Genève 3,
recourante 1 et intimée 2
contre
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA,
acquisitions et ventes-région ouest,
Avenue de la Gare 43, Case postale 345, 1001 Lausanne,
représentés par Me Benoît Carron, Bonnard Lawson, Rue du Général-Dufour 11, 1204 Genève,
intimés 1 et recourants 2,
Commission fédérale d'estimation du 1erarrondissement,,,
Adresse postale : M. Jean-Marc Strubin, Président CFE 1, Chemin du Clos-Alpestre 4, 1222 Vésenaz,
autorité inférieure.
Objet
Expropriation (constitution de servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, servitude de restriction au droit à bâtir et servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire).
Faits :
A. La Ville de Genève est propriétaire des quatre parcelles n° 1635, 1797, 1947 et 1990 du cadastre de la Commune de Genève, section Eaux-Vives.
D'une surface totale 2'624 m2, la parcelle n° 1635, voisine des parcelles n°1947 et n°1797 avec laquelle elle forme le Parc des Contamines, est sise en partie en zone de verdure (1'940 m2) et en partie en 3ème zone de construction (684 m2). Elle supporte 470 m2 d'un bâtiment abritant une école primaire d'une surface totale de 921 m2 (G663), dont 1 m2 se trouvent sur la parcelle n° 1797 et 450 m2 sur la parcelle n° 1947.
D'une surface totale de 8'459 m2, la parcelle n° 1797 est également sise en partie en zone de verdure (7'540 m2) et en partie en 3ème zone de construction (919 m2). Elle supporte 1 m2 du bâtiment G663.
D'une surface totale de 5'604 m2, la parcelle n° 1947 est également sise en partie en zone de verdure (857 m2) et en partie en 3ème zone de construction (4'747 m2). Elle supporte 450 m2 du bâtiment G663.
D'une surface totale de 840 m2, la parcelle n° 1990, sise en 3ème zone de construction, jouxte la route de Malagnou. Elle est affectée à une contre-allée, à des places de stationnement en surface, à un trottoir et constitue le chemin d'accès à l'école voisine (bâtiment F414).
B.
B.a Par décision du 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports (OFT) a approuvé les plans du projet CEVA, accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figure la Ville de Genève notamment pour les parcelles susmentionnées, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier, et prescrit que les demandes en indemnités déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (CFE). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal administratif fédéral (arrêt A-3713/2008 du 15 juin 2011 in: ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (arrêt du Tribunal fédéral 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
B.b En avril 2016, les CFF ont saisi la CFE de quatre requêtes en estimation pour la constitution, sur chacune des parcelles précitées, d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire. Ils précisaient que la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire grevait l'entier des parcelles. Les plans d'emprise produits par les CFF laissaient apparaître une assiette des servitudes de restriction du droit de bâtir et de superficie pour tunnel ferroviaire de 1'293 m2 (dont 668 m2 en zone de verdure et 625 m2 en 3ème zone) avec profondeur des droits demandés de 5.70 m pour la parcelle n°1635 ; respectivement de 1'327 m2 (dont 408 m2 en zone de verdure et 919 m2 en zone 3) ; et 5.60 m pour la parcelle n°1797 ; de 572 m2 (dont 192 m2 en zone de verdure et 380 m2 en zone 3) et 6.60 m pour la parcelle n°1947 ; ainsi que de 294 m2.et 4.20 m pour la parcelle n° 1990.
C. Au terme des procédures en estimation ouvertes par quatre ordonnances séparées toutes datées 28 avril 2016 (une pour chaque parcelle), la CFE a prononcé les quatre décisions suivantes :
C.a Le 28 juin 2017, dans la cause 9/16 concernant la parcelle n° 1947, elle a retenu, en substance, que la profondeur des droits demandés, soit 6.60 m, était susceptible de « donner lieu à une indemnisation dès lors que, par exemple, la construction d'un parking de trois étages en sous-sol ne serait plus possible, de même que la pose de sondes géothermiques ». Toutefois, l'expropriée n'ayant pas démontré avoir l'intention dans un proche avenir de construire un tel parking ni n'ayant fait état de projet d'agrandissement du bâtiment scolaire, et l'éventuelle pose de sondes géothermiques pouvant se faire en dehors du périmètre des servitudes, son intérêt digne de protection à l'exercice de sa propriété faisait défaut. La CFE a dès lors jugé que la constitution des deux servitudes n'entraînait pas de diminution de la valeur du fond de l'expropriée. S'agissant de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire, il n'était pas avéré qu'elle provoque une diminution de la valeur de l'immeuble. En conclusion, la CFE a estimé que l'expropriée ne subissait aucun dommage et n'avait droit à aucune indemnité.
C.b Dans la cause 7/16, également datée du 28 juin 2017 et concernant la parcelle n° 1990, la CFE a tenu en substance le même raisonnement, à cela près qu'elle a retenu que la profondeur des droits demandés, soit 4.20 m, empêchait la construction d'un parking de deux étages. La CFE a relevé que non seulement l'expropriée n'avait aucun projet dans un avenir proche mais que, de surcroît, la situation et les caractéristiques de la parcelle laissaient apparaître comme improbable toute construction en sous-sol. Pour le surplus, sa motivation correspond à celle développée pour la parcelle n° 1947. La CFE a donc estimé que l'expropriée ne subissait aucun dommage de la constitution des trois servitudes et n'avait droit à aucune indemnité.
C.c Le 24 août 2017, dans la cause 10/16 concernant la parcelle n° 1635, la CFE a relevé, en substance, que la profondeur des droits demandés, soit 5.70 m, était susceptible de « donner lieu à une indemnisation dès lors que, par exemple, la construction d'un parking de plus d'un étage en sous-sol ne serait plus possible, de même que la pose de sondes géothermiques ». La CFE a retenu que, bien que l'expropriée n'ait pas fait état de son intention de procéder à des travaux ou à la construction d'un parking dans un avenir proche, les servitudes l'empêcheront de procéder à un projet futur d'envergure en raison de la faible profondeur des droits demandés. En cela, les servitudes diminuent la valeur de la parcelle, ce qui justifie le versement par les CFF d'une indemnité pour expropriation. La CFE a arrêté à 2'000 francs le prix du m2 en 3ème zone compte tenu de la situation de la parcelle au centre-ville et à 50 francs le m2 en zone de verdure. Elle a évalué à 20% la diminution de la valeur de la parcelle en raison de la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction des droits de bâtir. En revanche, la CFE a estimé que la servitude de tolérance ferroviaire ne provoquait aucune diminution de valeur ; l'expropriée n'avait d'ailleurs pas allégué que l'exploitation du tunnel ferroviaire engendrerait des nuisances excessives et les CFF avaient l'obligation de respecter les normes en vigueur. Finalement, elle a octroyé une indemnité de 256'680 francs, plus intérêts à 5% dès le l'audience de conciliation, basée sur le calcul suivant : 625 m2 x 2'000 = 1'250'000 x 20% = 250'000 francs pour l'emprise en 3ème zone ; 668 m2 x 50 = 33'400 x 20% = 6'680 francs pour l'emprise en zone de verdure.
C.d Dans la cause 11/16, également datée du 24 août 2017 et concernant la parcelle n° 1797, la CFE a tenu un raisonnement identique à celui pour la parcelle 1635 et appliqué la même motivation. Elle a fixé l'indemnité à 381'430 francs plus intérêts à 5% dès le l'audience de conciliation.
D.
D.a Par deux actes distincts du 31 août 2017, la Ville de Genève (recourante 1/intimée 2 ; l'expropriée) interjette recours par devant le Tribunal administratif fédéral à l'encontre des décisions 9/16 (cause A-4923/2017) et 7/16 (cause A-4933/2017). L'expropriée conclut, sous suite de frais et dépens, à la réforme des décisions entreprises dans le sens que, une fois le recours admis, les CFF soient condamnés à l'indemniser pour la parcelle n° 1947 (décision 9/16 cause A-4923/2017), principalement, à hauteur de 572'000 francs plus intérêts dès la date d'approbation des plans, subsidiairement à hauteur de 232'800 francs plus intérêts dès la date d'approbation des plans ; et pour la parcelle 1990 (décision 7/16 cause A-4933/2017), principalement, à hauteur de 294'000 francs plus intérêts dès la date d'approbation des plans, subsidiairement à hauteur de 194'000 francs plus intérêts dès la date d'approbation des plans.
La Ville de Genève fonde son raisonnement sur l'évaluation opérée par le bureau Philippe Favarger Conseil immobilier, spécialiste en matière immobilière, auquel elle a soumis le rapport établi par le bureau Vago produit par les CFF devant l'autorité inférieure. Selon le bureau Favarger, les servitudes sur la parcelle n° 1947 ne permettent de construire que deux niveaux de sous-sol. Il relève également que les servitudes coupent en deux les propriétés de la Ville de Genève dans le secteur alors que c'est le seul périmètre dans lequel est envisageable l'implantation d'un réseau de sondes géothermiques. Il s'en suit une restriction importante des possibilités constructives qui doit être indemnisée. L'expert estime la valeur du m2 en 3ème zone à 2'400 francs et en zone de verdure à 100 francs.
Pour la parcelle n° 1990, le bureau Favarger observe que si la largeur de la parcelle (9 m) rend une construction difficile, celle-ci n'est pas impossible. L'expert a calculé le potentiel constructible et estimé la moins-value foncière résultant de l'empêchement de réaliser un deuxième niveau de sous-sol, après application d'un taux d'actualisation à 3.1%, à 194'000 francs.
La Ville de Genève pour sa part propose l'application par analogie du Règlement genevois sur le tarif des empiètements sur ou sous le domaine public du 21 décembre 1988 (RTEDP, RS-GE L 1 10.15) qui prévoit une taxe de 1'000 m2 pour les installations fixes souterraines, valeur qu'elle applique à la totalité des m2 concernés par l'assiette de la servitude (soit 572 m2 pour la parcelle n° 1947 et 294 m2 pour la parcelle n° 1990) quelle que soit la zone. Ce n'est que subsidiairement qu'elle fonde sa demande sur les valeurs retenues par le bureau Favarger.
D.b Par deux actes distincts du 26 septembre 2017, les CFF (recourante 2 /intimée 1 ; les expropriants), dûment représentés, interjettent recours par devant le Tribunal administratif fédéral à l'encontre des décisions 10/16 (cause A-5469/2017) et 11/16 (cause A-5464/2017). Les expropriants concluent à l'annulation des deux décisions et à ce qu'aucune indemnité de procédure ne soit allouée à la Ville de Genève. Ils contestent qu'une partie des parcelles se trouvent en zone de développement 3 alors qu'elles se situent en 3ème zone ordinaire, le prix retenu pour les m2 tant en zone de verdure qu'en 3ème zone ainsi que le taux d'intérêt à 5% l'an. Par ailleurs, pour la parcelle n° 1797, ils démontrent que l'assiette de la servitude est d'au maximum 919 m2 en 3ème zone, et non de 944 m2 comme l'a retenu l'autorité inférieure.
En substance, les CFF sont d'avis, s'agissant de la partie de la parcelle n°1635 située en 3ème zone, que, du fait de son affectation à usage d'école et de préau, elle n'a aucun rendement et, en conséquence, valeur vénale. A cela s'ajouterait que l'entier de la parcelle est soumise à un plan localisé de quartier (PLQ) qui limite l'utilisation de cette parcelle à des constructions et installations d'intérêt public et affecte la partie en zone de verdure à un usage de parc public. Les CFF prétendent ainsi qu'aucun projet actuel ou futur ne permet, au jour déterminant pour l'estimation, d'envisager sérieusement un meilleur rendement pour cette parcelle n° 1635.
Les griefs développés par les CFF au sujet de l'indemnisation relative à la parcelle n° 1797 sont substantiellement identiques. Ils observent encore que, cependant, rien n'indique que les servitudes empêcheront la mise en place d'un réseau de sondes géothermiques sur les 7'123 m2 encore disponibles de la parcelle n° 1797.
E.
E.a Par deux plis du 18 octobre 2017, les CFF, en réponse aux deux recours de la Ville de Genève (causes A-4923/2017 et A-4933/2017), développent en substance les mêmes arguments que ceux exposés à l'appui de leurs recours dans les causes A-5464/2017 et A-5469/2017 et concluent au rejet des recours. Au sujet de l'application du RTEDP, les expropriants estiment que la méthode retenue par le règlement est trop simple et ne prend pas assez en compte les critères et particularités propres à l'estimation de la valeur vénale en matière d'expropriation. Pour le surplus, ils relèvent qu'à deux mois d'intervalle, l'autorité inférieure a prononcé deux groupes de deux décisions incohérentes les unes par rapport aux autres concernant des prétentions d'indemnisations analogues de la Ville de Genève pour quatre parcelles de même nature dont trois directement voisines les unes des autres.
E.b Quant à la Ville de Genève, dans ses réponses du 20 novembre 2017, elle conclut au rejet des deux recours déposés par les CFF (causes A-5464/2017 et A-5469/2017) en se fondant sur le rapport du bureau Favarger qu'elle avait cité à l'appui de ses propres recours. Au sujet du PLQ, elle remarque que, d'une part, il a été adopté il y a plus de quinze ans et peut être modifié et que, d'autre part, seule la nature des constructions autorisées fait l'objet d'une restriction et non la possibilité de construire en sous-sol.
F.
F.a Dans les affaires A-4923/2017 et A-4933/2017, la Ville de Genève réplique le 15 novembre 2017, persistant entièrement dans ses conclusions. Les CFF dupliquent par actes du 12 janvier 2018. Invitée par ordonnances du 17 janvier 2018 à déposer d'éventuelles observations finales, la Ville de Genève s'exécute par plis du 7 février 2018. Intervenant en suite des observations finales de la Ville de Genève dans la cause A-4933/2017 concernant les prétendues possibilités de construire sur la parcelle 1990 en prolongement de l'immeuble existant sur la parcelle n°1988, les CFF produisent le 19 février 2018 une photo de cet immeuble.
F.b Dans les affaires A-5464/2017 et A-5469/2017, les CFF répliquent le 8 janvier 2018, maintenant leur position. La Ville de Genève duplique le 8 février 2018. Invités par ordonnances du 14 février 2018 à déposer d'éventuelles observations finales, les CFF s'exécutent par plis du 19 mars 2018.
Les autres faits, ainsi que les arguments développés par les parties à l'appui de leurs positions respectives, seront repris dans les considérants en droit ci-après, dans la mesure utile à la résolution du litige.
Droit :
1.
1.1 Conformément à l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), les décisions de la CFE peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral (cf. aussi les art. 31 et 33 let. f de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32]); le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige. La procédure est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), à moins que la LEx et la LTAF n'en disposent autrement (art. 37 LTAF et art. 77 al. 2 LEx).
1.2 Selon l'art. 78 al. 1 LEx, ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la commission leur fait subir une perte. Pour le surplus, sont applicables les exigences générales de l'art. 48 PA selon lesquelles peut interjeter recours quiconque a participé à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
Les CFF, qui ont obtenu le droit d'exproprier par décision d'approbation des plans de l'OFT du 18 mai 2008, confirmée par le Tribunal administratif fédéral puis par le Tribunal fédéral, en qualité d'expropriants, sont partie principale à la procédure et ont donc qualité pour recourir. Il en va de même de la Ville de Genève, propriétaire des quatre parcelles concernées par l'expropriation.
1.3 Déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), les recours de la Ville de Genève des 31 août 2017 et ceux des CFF du 26 septembre 2017 sont donc recevables quant à la forme.
2.
2.1 Aux termes de l'art. 24 de la loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale (PCF, RS 273), applicable par renvoi de l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait, et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (condition de la connexité). Selon la jurisprudence, il y a connexité plus précisément lorsque des prétentions portent sur des faits et des questions juridiques semblables, les demandes étant alors liées entre elles par un rapport si étroit qu'il y a un intérêt, afin d'éviter des solutions contradictoires, à les instruire et les juger en même temps (p.ex. ATF 134 III 80 consid. 7.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5433/2015 du 2 mars 2017 consid. 1.2 et les réf. citées). Une telle solution correspond au principe de l'économie de la procédure et à l'intérêt de toutes les parties.
La jonction de causes fait l'objet en principe d'une décision incidente séparée prise par le juge instructeur. Le juge dispose en ce domaine d'une grande marge d'appréciation. La décision peut être toutefois prise à chaque stade de la procédure, y compris avec l'arrêt au fond (sur l'ensemble du sujet : Jérôme Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale, 2013, no 171 ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2013, 2e éd., no 3.17).
2.2 En l'espèce, les causes A-4923/2017, A-4933/2017, A-5464/2017 et A-5469/2017 opposent les mêmes parties, dans une matière juridique identique, sur des questions de droit semblables et sur la base d'états de fait comparables.
Les conditions de la connexité sont ainsi réunies et le principe de l'économie de la procédure conduit donc à joindre ces quatre causes ; la procédure ainsi unifiée porte la référence A-4923/2017.
3. Selon l'art. 49 PA, le Tribunal administratif fédéral contrôle les décisions qui lui sont soumises sous l'angle de la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), de la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b) et de l'inopportunité (let. c). Pour ce faire, il dispose d'un plein pouvoir d'examen, ce qui signifie notamment qu'il revoit sans ne s'imposer aucune restriction si les faits pertinents ont été constatés de manière exacte. Toutefois, le Tribunal de céans s'impose une certaine retenue dans l'exercice de son contrôle lorsque la résolution du litige exige des connaissances spécifiques, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (ATF 135 II 296 consid 4.4.3, ATF 133 II 35 consid. 3; ATAF 2012/23 consid. 4, ATAF 2008/23 consid. 3.3; ATAF 2008/18 consid. 4; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n° 2.154 ss; Benjamin Schindler, in: Auer/Müller/Schindler [éd.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [Kommentar VwVG], Zurich/St-Gall 2008, n° 3 ss, 6 et 12 ad art. 49 PA). On se trouve bien dans un tel cas de figure en l'occurrence. Comme on le verra ci-après, l'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité, en particulier sur les questions techniques. Elle est d'ailleurs exclusivement composée - hormis son président et ses suppléants - de membres spécialisés en matière d'estimation et devant appartenir à différents groupes professionnels déterminés par la loi (art. 59 al. 2 LEx).
4. Dans un premier temps, il convient d'énoncer les principes régissant l'estimation de l'indemnité d'expropriation (consid. 5.1), en particulier s'agissant de l'imposition de servitudes (consid. 5.2). Dans ce contexte, il sera fait rappel de la classification des biens des collectivités publiques (consid. 5.3), puis du régime particulier de la propriété en sous-sol (consid. 6). Finalement, la Cour de céans vérifiera l'application de ces règles aux cas d'espèce (cf. consid. 7 et 8).
5. Les principes régissant l'estimation de l'indemnité d'expropriation sont les suivants.
5.1
5.1.1 A teneur de l'art. 16 LEx, l'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière. Selon l'art. 19 LEx, pour la fixation de l'indemnité, doivent être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits; l'indemnité comprend a) la pleine valeur vénale du droit exproprié, b) en cas d'expropriation partielle d'un immeuble - ou de plusieurs immeubles dépendant économiquement les uns des autres -, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (y compris la perte ou la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale de ladite partie, cf. art. 22 al. 2 LEx), et c) le montant de tous les autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation. En résumé, le versement d'une indemnité est soumis à trois conditions cumulatives: l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.1 ; Piermarco Zen-Ruffinen/Christine Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 200, n° 1129).
5.1.2 La valeur vénale d'un bien est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (arrêt du Tribunal fédéral 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). La pleine valeur vénale du droit exproprié correspond au prix de vente qui pourrait être obtenu en cas d'aliénation sur le marché, dans des conditions ordinaires (ATF 122 II 246 consid. 4a, ATF 106 Ib 223 c. 3a, ATF 102 Ib 353 c. 2 ; Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 5ème éd., Berne 2008, p. 633 ; Heinz Hess / Heinrich Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Band I, Berne 1986, n° 50 ad art. 19 LEx; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1169). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation, étant précisé que les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1169). Pour ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (Pierre Moor, Droit administratif, Vol. III, Berne, 2ème éd.,1992, n° 8.2.5.1). La possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié que celle qui en est faite par l'exproprié doit également être retenue quant à la détermination de sa valeur vénale, conformément à l'art. 20 al. 1 LEx, lorsqu'elle parait non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir ; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (ATF 134 II 49 consid. 13.3, 129 II 470 consid. 6, 114 Ib 321 consid. 3, 113 Ib 39 consid. 4b, 112 Ib 531 consid. 3).
5.1.3 En revanche, sont sans influence le prix payé par l'exproprié pour l'acquisition de son immeuble ou celui qu'il doit payer pour acquérir un objet de remplacement, les charges hypothécaires, les investissements effectués ou encore l'estimation fiscale (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1169; Maryse Pradervand-Kernen, La valeur des servitudes foncières et du droit de superficie, thèse, Fribourg 2007, n° 157). En effet, l'estimation fiscale ne reflète pas forcément le prix sur le marché au jour déterminant (voir arrêt du Tribunal fédéral 1C_589/2012 du 30 septembre 2013 consid. 6.3.3; également arrêt du Tribunal fédéral du 23 mars 1977 in : ZentralBlatt [Zbl] 78/1977 p. 553. 557). De plus, l'estimation fiscale surestime souvent les possibilités futures de classement et d'équipement, en particulier dans les zones dont l'affectation est réservée (Hess/Weibel, op. cit., n 53 ad art. 19). Selon Hänni, la valeur du marché peut correspondre à la valeur de rendement et à la valeur réelle, tandis que la valeur fiscale et la valeur d'assurance ne constituent en principe qu'un indice de la valeur du marché (Hänni, op. cit., p. 634).
La date déterminante pour l'estimation de la valeur vénale et des perspectives d'une meilleure utilisation possible opération qui requiert la prise en considération tant de la situation de fait et des caractéristiques physiques des fonds en question que de leur statut juridique (ATF 112 Ib 531 consid. 3 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6928/2015 du 20 décembre 2017 consid. 3.5) est celle de l'audience de conciliation (dies aestimandi, cf. art. 19bis LEx ;).
5.1.4 Pour déterminer la valeur vénale, plusieurs méthodes sont possibles, telles que la méthode comparative (ou statistique) qui fixe la valeur des immeubles sur la base des prix effectivement payés pour des fonds semblables; la méthode fondée sur la valeur de rendement qui détermine le capital correspondant au revenu actuel de l'objet exproprié; la méthode régressive (ou rétrospective ou déductive) qui détermine la valeur d'un terrain en fonction du rendement qui pourra être obtenu après que des bâtiments auront été édifiés ou encore la méthode fondée sur la situation de l'immeuble (méthode hédoniste). L'utilisation de la méthode statistique est prescrite lorsqu'elle peut être pratiquée car elle permet d'établir le plus sûrement le prix que serait prêt à payer un nombre indéterminé d'acheteurs intéressés sur le marché libre pour le bien-fonds en question (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a ; arrêts du Tribunal fédéral A-6928/2015 du 20 décembre 2017 consid. 3.6.2, A-6674/2014 du 7 décembre 2015 consid. 6.5.1 ; Raphaël Eggs, Les "autres préjudices" de l'expropriation, thèse, Fribourg 2013, p. 139 n° 272).
Cela étant, cette méthode donne un résultat correct pour autant que l'on dispose d'un nombre suffisant d'objets présentant des caractéristiques analogues, même si la comparaison n'exige pas que les objets soient complètement identiques quant à leur situation, leur surface, l'état des équipements et les possibilités d'utilisation. En effet, ces différences peuvent être pondérées, cas échéant, par des réductions ou des majorations (cf. ATF 122 I 168 consid. 3a ). A défaut, les autres méthodes seront utilisées. Le résultat de l'application d'une méthode peut être aussi vérifié par une autre méthode. Dans certains cas particuliers, il n'est pas rare d'en combiner plusieurs pour arriver au résultat final (cf. ATF 134 II 49 consid. 15.1). La CFE - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale et qui se révèle adéquat par rapport à l'objet en question (cf. Eggs, op. cit., n° 373 p. 140).
5.2
5.2.1 L'imposition forcée d'une servitude sur un fonds n'est pas réglée par la loi. Les servitudes n'étant pas des objets de commerce et n'ayant pas de valeur vénale en soi au sens de l'art.19 let. a LEx (cf. Pradervand-Kernen, op. cit, n° mar. 130 à 132 et Eggs, op. cit., n° 128 p. 45), l'indemnité d'expropriation doit être déterminée selon les règles de l'expropriation partielle de l'art. 19 let. b LEx. L'indemnité pleine et entière à verser au propriétaire du fonds grevé (cf. art. 16 LEx) correspond alors à la dépréciation de la partie restante. Il s'agit donc de compenser la différence entre la valeur vénale qu'avait le bien-fonds sans les servitudes et sa valeur avec (cf. ATF 131 II 458 consid. 3.3, 129 II 420 consid. 3.1.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.3.2). L'indemnité couvre donc la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation. Cette méthode, dite de la différence, est valable même s'il est peu imaginable que le propriétaire actuel exploite effectivement le sous-sol dont il est privé par la constitution d'un droit de superficie souterrain (cf. ATF 122 II 246 consid. 4).
5.2.2 Toutefois le calcul classique de la différence - utilisé pour toutes les expropriations partielles - peut donner lieu à des difficultés en cas d'expropriation par le biais de la constitution d'une servitude, particulièrement lorsque le bien-fonds grevé comporte des constructions. Dans ces cas, l'estimation est limitée à la part du fonds sur laquelle s'exercera concrètement la servitude (art. 19 let. a LEx). S'y ajoute ensuite, s'il y a lieu, une indemnité pour la dépréciation de la partie restante (art. 19 let. b LEx) cf. ATF 120 II 423 consid. 7a, voir également Pradervand-Kernen, op. cit, n° 246 et Eggs, op. cit., n° 551). En outre, l'art. 19 let. c LEx permet au propriétaire du fonds grevé de réclamer un dédommagement pour d'autres préjudices pour autant qu'ils soient pécuniaires ou patrimoniaux. En effet, la pleine indemnité prévue à l'art. 16 LEx exclut l'indemnisation d'un préjudice immatériel ou affectif (cf. ATF 112 Ib 531 consid. 4 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_173/2007 du 14 septembre 2007 consid. 2.3.2 ; Eggs, op. cit., n° 285ss p. 104ss, Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1133 p. 484 ; Hess/Weibel, op. cit, art. 19 n° 198).
5.2.3 Il ne faut pas confondre ce dommage immatériel non indemnisable au titre de la LEx avec le dommage entièrement subjectif qui se fonde sur l'intérêt spécial de l'exproprié à conserver son bien-fonds plutôt qu'à le vendre et qui est reconnu par le Tribunal fédéral dans certaines conditions (cf. ATF 113 Ib 39 consid. 2, 112 Ib 514 consid. 2 ; Eggs, op. cit., n° 340ss p. 125ss). Par ailleurs, les inconvénients psychologiques dus à la présence d'une installation souterraine peuvent être pris en compte s'ils affectent la valeur vénale (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 5 novembre 1975 consid 2c, in : ZBl 77/1976 p. 158s). Les effets indirects d'une construction souterraine sur l'usage de la surface doivent être pris en considération dans le calcul de l'indemnité (cf. Mathieu Carrel, Le régime du sous-sol en droit suisse, Fribourg 2015, n° 214 p. 75). C'est par ailleurs la raison pour laquelle les CFF prévoient, dans le groupe de servitudes imposées, une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
5.3 Au vu de la situation des parcelles, il convient encore de rappeler que les biens de l'Etat sont classés en diverses catégories : patrimoine financier, patrimoine administratif et domaine public.
5.3.1 Le patrimoine financier, appelé aussi patrimoine privé de l'Etat, est composé de biens servant indirectement à la réalisation de tâches publiques à travers leur rendement ou leur valeur (cf. ATF 143 III 242 consid. 3.5 et les réf. citées). Ce patrimoine est soumis au droit privé. Toutefois, sur le plan interne, la compétence de disposer de ce patrimoine suit des règles de droit public. Par exemple à Genève, tout aliénation d'immeuble (appartenant au patrimoine privé ou administratif) propriété d'une commune doit être approuvé par le Conseil d'Etat (cf. art. 98 al. 2 let. a Cst-GE).
Le patrimoine administratif est celui directement affecté à une tâche publique (écoles, musées, hôpitaux, etc.) et possède une valeur d'usage (cf. ATF 143 III 242 consid. 3.5 et les réf. citées). Pour qu'un bien appartienne au patrimoine administratif, il n'est pas nécessaire que l'Etat en soit propriétaire ; il suffit qu'il en ait la libre maîtrise (cf. Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, Genève/Zurich/Bâle 2011, n° 189 p. 64 et les réf. citées). Dans la mesure où la tâche publique doit être garantie, ces biens ne peuvent pas être aliénés librement, ni mis en gage ou faire l'objet d'une exécution forcée (cf. art. 9 al 1 de la loi fédérale du 4 décembre 1947 réglant la poursuite pour dettes contre les communes et autres collectivités de droit public cantonal [LPDC, RS 282.11]). Si un bien du patrimoine financier est durablement affecté à une tâche publique, il passe dans le patrimoine administratif. Cette affectation ne nécessite pas forcément un acte formel ; elle peut intervenir par actes concluants (cf. Tanquerel, op. cit. n° 193 p. 65).
Le domaine public (au sens étroit, le sens large englobant le patrimoine administratif) regroupe les biens qui peuvent être utilisés librement par tout un chacun (cf. ATF 138 I 274 consid. 2.3.2). Cette ouverture à tous le distingue du patrimoine administratif qui vise pour sa part un cercle d'utilisateurs plus limité (cf. ATF 143 I 37 consid. 6.1). Appartiennent au domaine public les espaces naturels publics, tels les cours d'eau, lacs, espaces aériens, etc., ainsi que les ouvrages affectés à un but d'intérêt général, comme les routes, les places, les ponts, etc. (cf. ég. art. 664 CC; cf. Pierre Tschannen/Ulrich Zimmerli/Markus Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4e éd. 2014, p. 469). Si l'incorporation au domaine public artificiel doit en principe faire l'objet d'une décision d'affectation, celle-ci peut intervenir sans forme particulière. Ainsi, le critère déterminant n'est pas l'inscription d'une parcelle comme bien-fonds du domaine public au Registre foncier (RF), même si le droit cantonal le prévoit, mais la destination et l'usage effectif de cette parcelle (cf. ATF 97 I 911 consid. 3b ; pour un cas genevois: arrêt de la Cour de Justice ATA/288/2004 du 6 avril 2004 consid. 2, Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 820; Moor, op. cit., p. 272). A l'instar du patrimoine administratif, le domaine public ne peut être ni aliéné, ni mis en gage ni faire l'objet d'une exécution forcée. Pour qu'une aliénation soit possible, il faut que le bien en question ait été préalablement désaffecté (cf. pour un exemple genevois arrêt du Tribunal fédéral 1C_333/2015 du 24 mai 2016).
5.3.2 Toutefois, l'appartenance du bien-fonds au patrimoine administratif ou financier n'est pas déterminante pour résoudre la question de principe de l'existence d'un dommage. Selon l'art. 7 LEx, sauf disposition contraire de la loi, les droits constitués sur les immeubles affectés à un but d'intérêt public peuvent être expropriés. Les principes généraux régissant l'indemnité d'expropriation s'appliquent également à ces biens-fonds. Un expropriant ne peut rien tirer en sa faveur du fait qu'une communauté ait maintenu une installation publique et renoncé à une utilisation plus lucrative (cf. ATF 134 II 176 consid. 11.2 et les réf. citées).
6. Comme l'autorité inférieure fait référence à l'utilité de l'exercice de la propriété en sous-sol (cf. consid. 4.4 des décisions 7/16, 9/16, 10/16 et 11/16), il y a lieu à présent d'en rappeler le régime.
6.1
6.1.1 Aux termes de l'art. 667 al. 1 CC, la propriété du sol emporte celle du dessus et du dessous, dans toute la hauteur et la profondeur utile à son exercice. Il résulte de cette disposition que, à l'instar d'une chose mobilière, un immeuble constitue un corps tridimensionnel et non pas une simple surface (cf. ATF 132 III 689 consid. 4.4.1, 132 III 353 consid. 2.1). La loi ne définit pas de façon générale l'extension verticale de la propriété. Elle se détermine au cas par cas, selon les circonstances concrètes et l'intérêt digne de protection que présente l'exercice du droit de propriété pour le propriétaire, que ce soit à utiliser lui-même cet espace ou à le maîtriser et à s'opposer aux ingérences de tiers (cf. ATF 142 II 128 consid. 2.2, 134 II 49 consid. 5.3, 132 III 689 consid. 4.4.1, 131 II 137 consid. 3.1.2). Pour mesurer la profondeur utile de la propriété, il faut tenir compte de la situation de l'immeuble, de l'utilisation envisagée, ainsi que des obstacles de nature juridique ou technique, selon le cas particulier (cf. ATF 132 III 353 consid. 2.1, 132 III 689 consid. 4.2). Par exemple, le Tribunal fédéral a jugé qu'il était peu probable qu'une association propriétaire d'un bien-fonds qui exploite sur celui-ci un cercle privé dans un bâtiment classé « monument historique » ait besoin d'une profondeur de 28-29 m alors que les parkings publics souterrains voisins les plus profonds ne dépassent pas les 18 m, si bien que les ancrages du voisin en contre-bas ne sont pas construits dans la propriété utile de l'association (cf. ATF 132 III 353). En revanche, un intérêt jusqu'à 23 m de profondeur a été reconnu pour le propriétaire d'un fonds au bénéfice d'un permis de construire un immeuble comprenant d'importantes installations en sous-sol (cf. arrêt du Tribunal fédéral 5A_639/2010 du 7 mars 2011 consid. 4).
6.1.2 L'intérêt à la maîtrise de sa propriété intègre non seulement les usages existants ou ceux qui sont planifiés avec certitude, mais également les usages auxquels on peut s'attendre à l'avenir d'après près le cours ordinaire des choses et de la vie. Ainsi, pour autant qu'elle soit suffisamment plausible, une simple potentialité d'utilisation suffit à fonder l'extension verticale de son droit de propriété; en revanche, le simple intérêt à l'octroi d'une indemnité n'est pas digne de protection (cf. Carrel, op. cit., n° 27 p. 11 ; ATF 132 III 353 consid. 4.2, 132 III 689 consid. 4.2).
6.1.3 Il incombe au propriétaire foncier de prouver qu'il a un intérêt digne de protection à l'exercice du droit de propriété sur le sous-sol considéré, et non à celui qui conteste l'intérêt du propriétaire de prouver que cet intérêt n'existe pas (cf. ATF 132 III 689 consid. 4.4.3). Il faut en effet admettre que le propriétaire est davantage à même d'établir l'existence d'un intérêt à exercer son droit de propriété dans le sous-sol de son immeuble que la partie adverse ne l'est de prouver l'absence d'un tel intérêt; il est en effet mieux placé que quiconque pour connaître la nature et les caractéristiques de son bien-fonds, et surtout l'utilisation qui en est envisagée dans un avenir prévisible (cf. ATF 132 III 353 consid. 2.1, 132 III 689 consid. 4.4.2).
6.1.4 Ce régime de la preuve induit une sorte de présomption en défaveur de la propriété privée dans le sous-sol et dans le ciel. Plus le sous-sol concerné est profond, respectivement l'altitude haute, plus cette présomption est difficile à renverser (cf. Carrel, op. cit., n° 58 p. 22). Selon l'expression de Dubey, la propriété s'effiloche vers le bas et vers le haut (cf. Jacques Dubey, Espace-Temps-Propriété, Fribourg 2012, n° 383 p. 198).
6.2
6.2.1 S'agissant de la propriété vers le bas - celle qui occupe les cas de l'espèce -, le « sous-sol juridique » se compose également de différents monopoles souterrains cantonaux, de droit ou de fait. Ce sous-sol dit régalien se définit non par sa proximité avec la surface mais plutôt par la nature des matériaux qui le composent (par exemple la régale traditionnelle des mines). Il s'agit d'une restriction de droit public cantonal aux propres droits du propriétaire sur son sous-sol (cf. art. 667 al. 2 CC ; sur cette question Carrel, op. cit., n° 87ss p. 32 ss).
6.2.2 Ainsi, à Genève, aux termes de l'art. 170 la Constitution de la République et canton de Genève du 14 octobre 2012 (entrée en vigueur le 1er juin 2013 ; Cst-GE, RS-GE A 2 00), le canton a le droit exclusif d'exploiter le sous-sol et la géothermie (al. 1), il peut l'exercer lui-même ou le confier à des tiers (al. 2). Sur cette base, le Grand Conseil genevois a adopté le 7 avril 2017 la loi sur les ressources du sous-sol (LRSS, RS-GE L 3 05). L'art. 1 LRSS traite du but et du champ d'application. L'al. 5 de cette disposition dispose que, dans les limites de l'art. 667 CC, le sous-sol fait partie du domaine public conformément à l'art. 1 let. c de la loi sur le domaine public du 24 juin 1961 (LDPu, RS-GE L 1 05). Selon l'art. 4 al. 1 LDPu, aucun droit réel ne peut être constitué sur le domaine public sans l'accord du Grand Conseil ; demeurent réservés les droits valablement constitués antérieurement à l'entrée en vigueur de la présente loi (al.2).
6.3
6.3.1 Un étage du sous-sol qui n'est ni soumis à la maîtrise régalienne du canton ni à la propriété privée - faute pour le propriétaire d'avoir prouvé un intérêt digne de protection à l'exercice de son droit - est qualifié de « sous-sol hors propriété » (« eigentumsfreier Untergrund », cf. ATF 119 Ia 390 consid. 5b ; cf. Carrel, op. cit., n° 187 p. 66 ; Blaise Knapp, L'urbanisme souterrain, in : BR/DC 1987, p. 29). Sa qualification juridique ne fait pas l'unanimité mais fait souvent référence à l'art. 664 CC (domaine public naturel pour Arthur Meier-Hayoz, Das Grundeigentum I, Berner Kommentar IV/1/2, Berne 1974, art. 667 n° 14 ; bien du domaine public ou chose sans maître pour Justin Thorens, L'étendue en profondeur de la propriété foncière, in : RDS 1970, p. 278 ; chose sans maître soumise à la haute police de l'Etat sous le territoire duquel elle se trouve pour Peter Liver, Usque ad sidera, usque ad infernos, Mélanges Philippe Meylan, Lausanne 1963, p. 3 ; Denis Piotet, Le droit privé vaudois de la propriété foncière, Lausanne 1991, n° 296 et Moor, op.cit, p. 263 ), sauf chez Viktor Scheiwiler, Das Interesse des Grundeigentürmes am Untergrund : gemäss Art. 667 Abs. I ZGB, Berne 1974). Il n'est pas utile de trancher cette question dans la mesure où il suffit d'admettre que le sous-sol hors propriété, par nature, échappe au régime prévu par le CC sur la propriété et se plie à un régime particulier, de droit public cantonal, qui se rapproche de celui du domaine public de surface.
6.3.2 En conséquence, le sous-sol hors propriété n'étant pas un immeuble au sens de l'art. 5 LEx, il ne peut faire l'objet d'une mesure d'expropriation (dans ce sens, Carrel, op. cit., n°238ss p. 82 ss), de même que le sous-sol régalien (cf. ATF 116 Ib 241 consid. 3, 101 Ib 56 consid. 3). Une expropriation partielle par création d'une servitude de superficie ne fait également aucun sens dans la mesure où le principe de l'accession - qui veut que la propriété du sol entraîne celle des constructions en surface et en sous-sol - ne peut trouver application en ce qui concerne le sous-sol hors propriété.
7. Il sied de déterminer si l'autorité inférieure a correctement appliqué le droit ainsi défini à la situation des parcelles en cause.
7.1
7.1.1 In casu, l'autorité inférieure, ainsi que la recourante 1 dans ses différentes écritures, a procédé à un amalgame entre les règles jurisprudentielles applicables pour délimiter l'ampleur de la propriété sur le sous-sol et celles qui prévalent au calcul de l'indemnité pour la constitution de servitudes. Les premières permettent de distinguer si, compte tenu de la profondeur des droits demandés, les parties du sous-sol concernées par les servitudes appartiennent encore à la sphère de propriété de l'expropriée ou sont soumises à un régime juridique hors propriété. Dans ce cas, pour que soit reconnu un intérêt digne de protection à l'exercice de son droit de propriété la plausibilité d'un usage techniquement possible du sous-sol suffit, sans qu'il soit nécessaire de déterminer si des projets concrets sont réellement prévus dans un avenir proche (cf. consid. 6.1.2). Quant aux secondes, elles ont trait au calcul de l'indemnité. C'est dans ce contexte que sera prise en compte l'éventuelle augmentation de la valeur vénale des parcelles en fonction d'une possible meilleure utilisation (cf. art. 20 al. 1 LEx), laquelle doit être non seulement plausible mais hautement vraisemblablement (cf. consid. 5.1.2). En résumé, d'hypothétiques projets suffisent pour reconnaître la propriété jusqu'à une certaine profondeur en sous-sol mais pas pour augmenter la valeur vénale lors de l'estimation d'un bien exproprié.
7.1.2 Le Tribunal observe qu'en qualité de juge de l'expropriation, il est amené à statuer sur l'existence du droit à une indemnité et sur le montant de celle-ci. La question de la propriété de la recourante 1 sur le sous-sol de ses parcelles serait du ressort du juge civil. Toutefois, compte tenu de la profondeur des droits demandés, soit de 4.20 m à 6.60 m selon les parcelles, et des règles de droit public applicables, il est difficile de nier à l'expropriée tout intérêt digne de protection à l'exploitation de son sous-sol. En revanche, elle ne se prévaut d'aucun projet concret ni actuel ni dans un proche avenir, pour aucune des parcelles concernées, si bien qu'il ne saurait être fait application de l'art. 20 al. 1 LEx. A cet égard, on ne saurait ainsi suivre le rapport Favarger qui, s'agissant de la parcelle n° 1990, procède à une estimation du dommage en extrapolant une moins-value foncière en fonction de la construction qu'il serait possible de réaliser compte tenu de la réglementation régissant ce bien-fonds. Il n'est en effet pas possible de tenir compte de projet hypothétique dans le calcul de la valeur vénale (cf. consid. 5.1.2).
Cela ne signifie pas encore que l'expropriée n'a droit à aucune indemnisation pour la constitution des servitudes sur ses parcelles.
7.1.3 Ainsi, dans un cas de restriction d'exploitation souterraine en raison d'un tunnel ferroviaire à 7-8 m de la surface (construction du S-Bahn zurichois), le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de relever que bien que le propriétaire exproprié - en l'occurrence une communauté religieuse exploitant un bâtiment comme lieu de culte - n'envisageait pas un meilleur usage de sa parcelle au sens de l'art. 20 al. 1 LEx, il subissait du fait de la constitution des servitudes un dommage qui devait être compensé. Le raisonnement de la Haute Cour consistait à considérer que l'élément déterminant est, d'un point de vue économique, l'utilité du bien-fonds en sa qualité de terrain à bâtir. Le Tribunal fédéral a admis, compte tenu de toutes les circonstances de l'espèce, une moins-value de 15% de la valeur vénale sur l'ensemble de la parcelle, et non seulement sur les m2 concernés par l'assiette des servitudes (cf. ATF 122 II 246 consid. 4).
7.2 L'autorité d'estimation doit donc dans un premier temps estimer la valeur des parcelles concernées et évaluer la dépréciation qu'elles subissent du fait de la constitution des servitudes. Pour ce faire, il est nécessaire d'examiner la nature juridique des parcelles et les règles de droit public et privé qui les régissent, ce qui ne ressort pas précisément des décisions litigieuses.
7.2.1 L'autorité inférieure a prononcé deux groupes de décisions apparemment contradictoires, dans la mesure où elles se fondent sur des motifs similaires appliqués toutefois différemment sans plus d'explication à cet égard. Dans les causes 7/16 et 9/16, pour parcelles n°1947 et 1990, elle a refusé toute indemnité en raison de l'absence de projet de construction dans un proche avenir, précisant en outre pour la parcelle n° 1990 que toute construction en sous-sol apparaissait improbable. Pour ces deux parcelles, elle a retenu que l'expropriée n'avait pas un intérêt digne de protection à l'exercice de sa propriété. Or, cette motivation a trait à la délimitation de la propriété et non à l'estimation de l'indemnité. Dans les causes 10/16 et 11/16 relatives aux parcelles n° 1635 et n° 1797, elle a admis une moins-value et octroyé une indemnité malgré l'absence de projets de construction dans un proche avenir. Invitée à se déterminer sur les actes de recours ainsi qu'à chaque stade de l'échange d'écritures, lesquelles relevaient cette contradiction, l'autorité inférieure n'a pas pris position. Déjà pour ces motifs, il se justifierait de renvoyer les causes à l'autorité inférieure afin qu'elle statue de manière cohérente sur des questions similaires en motivant ce qui les distinguent afin que l'on puisse suivre son raisonnement.
7.2.2 A cela s'ajoute que, dans les deux décisions qui reconnaissent un dommage indemnisable du fait de la constitution de la servitude de superficie et restriction de bâtir sur les parcelles concernées, l'autorité inférieure s'est livrée à une estimation que le Tribunal n'est pas en mesure de vérifier, faute de saisir les éléments sur lesquels elle s'est fondée. Or, si l'autorité inférieure dispose d'une certaine latitude de jugement dans ce domaine (cf. consid. 3), cela ne la dispense pas de motiver son appréciation. Bien au contraire, pour se prémunir de tout arbitraire, le devoir de motivation doit être proportionnel à la marge de manoeuvre conférée à l'autorité administrative, étant rappelé que, dans le présent contexte, l'autorité inférieure peut même développer sa propre méthode, pour autant qu'elle soit objective et apte à saisir les particularités de l'espèce (cf. consid.5.1.4). L'autorité inférieure a fixé le prix des m2 en zone de verdure à 50 francs, sans donner d'explication particulière et ceux en 3ème zone (qu'elle qualifie à tort de zone de développement 3) à 2'000 francs, avec pour seule motivation « compte tenu de sa situation au centre-ville ». Hormis cette précision succincte, l'autorité inférieure n'explique pas ce qui la conduit à retenir les chiffres précités.
7.2.3 Le Tribunal observe toutefois que ces chiffres se rapprochent de ceux articulés par le bureau Favarger dans son rapport. En effet, l'on constate que le prix pour le m2 en zone de verdure correspond à la valeur inférieure de la fourchette de prix proposée par le susdit bureau qui l'estime entre 50 et 100 francs le m2. L'auteur de ce rapport soutient également que, compte tenu qu'en zone 3 de développement où les prix sont contrôlés, l'Etat admet des prix situés entre 1'000 et 1'500 francs, les prix libres de la 3ème zone ordinaire sont logiquement plus élevés. Il estime qu'un prix de 2'000 francs par m2 de plancher (m2 SBP) est acceptable pour un investisseur ; pour un indice d'utilisation du sol habituel (IUS) de 1,2, il fixe à 2'400 francs le m2 pour les parcelles n° 1635, 1797 et 1947. Or, non seulement cette manière de procéder ne tient pas compte des règles de droit public auxquelles sont soumises ces parcelles (cf. consid. 5.1.2 et 5.3), mais elle se fonde sur le calcul opéré pour la parcelle n° 1990 afin d'évaluer la moins-value foncière résultant de l'empêchement de réaliser un deuxième niveau sous-sol. Cette perte, évaluée à 263'468 francs à partir d'une spéculation sur le potentiel constructible de ce bien-fonds, correspond à une charge foncière d'environ 2'000 francs par m2 de plancher, chiffre repris tel quel pour l'estimation des m2 en 3ème zone des autres parcelles (cf. page 10 du rapport qui renvoie à la page 8). Toutefois, ainsi que la Cour de céans l'a déjà dit (cf. consid. 5.1.2 et 7.1.2), l'art. 20 al. 1 LEx ne saurait trouver application en l'absence de projet concret de meilleure utilisation de la parcelle.
8.
8.1 Au vu de ce qui précède, faute de pouvoir être confirmées, les quatre décisions litigieuses doivent être annulées. Ainsi, tant les deux recours des expropriés que les deux recours des expropriants, qui concluent tous les quatre à l'annulation des décisions de l'autorité inférieure, doivent être partiellement admis au sens des considérants et les causes renvoyées à l'autorité inférieure afin qu'elle statue en tenant compte des particularités de chaque parcelle. Elle commencera par qualifier juridiquement chacune d'entre elles. En effet, si l'affectation au patrimoine financier ou administratif n'est pas déterminante pour l'application des règles régissant l'expropriation (cf. consid. 5.3.2), la distinction peut néanmoins avoir une incidence sur l'appréciation de la valeur des parcelles et leur dépréciation, étant par ailleurs rappelé que l'affectation au domaine public peut résulter d'une situation de fait (cf. consid 5.3.1). Cela étant, la difficulté à estimer la valeur de biens appartenant au patrimoine administratif d'une collectivité publique ne signifie pas que ces derniers ne subissent pas de dommage du fait de la constitution de servitudes. Il faut toutefois tenir compte de toutes les circonstances propres aux biens-fonds pour en fixer la valeur et l'éventuelle moins-value.
8.2 A cet égard, en principe, l'utilisation de la méthode statistique doit être privilégiée (cf. consid. 5.1.4). Dans le cas d'espèce, selon les chiffres publiés par l'office cantonal genevois de la statistique, 22 transactions, totalisant 29'516 m2, concernant des parcelles non bâties situées en 1ère, 2ème et 3ème zone ont été enregistrées dans le canton de Genève en 2016. Le prix moyen par m2 était de 1'432 francs, le prix minimum de 150 francs, le maximum de 3'000 francs et le prix médian de 1'225 francs le m2. Une seule transaction concernant une parcelle de 2'654 m2 située en zone de verdure a été répertoriée à 23 francs le m2. En 2015, le prix moyen des 19 transactions (totalisant 29'161 m2) effectuées en 1ère, 2ème et 3ème zone s'élevait à 1'063 francs le m2, le maximum à 3'586 francs et le prix médian à 790 francs le m2. En 2014, les 16 transactions (totalisant 8'770 m2) opérées en 1ère, 2ème et 3ème zone affichaient un prix moyen de 1640 francs le m2, un prix minimum de 805 francs, maximum de 3'608 francs et médian à 1'553 francs. Aucune opération concernant la zone de verdure n'est relevée pour 2014 et 2015 (cf. T. 05.05.1.3.01 Ventes de terrains non bâtis, par zone d'affectation, depuis 2010 et T. 05.05.1.3.02 Distribution des prix par m2 des terrains non bâtis, par zone d'affectation, disponibles sous www.ge.ch/statistique>Tableaux>05Prix>Transactions et prix de l'immobilier Terrains non bâtis).
Il ressort de ces chiffres que le prix des terrains en zone ordinaire de construction à Genève est très variable. Ces chiffres sont difficilement utilisables tels quels et doivent être pondérés par les éléments concrets de l'espèce, notamment, ainsi qu'il vient d'être dit, le statut juridique des parcelles, mais aussi les possibilités d'exploitation du sous-sol compte tenu de la loi genevoise régissant cette question (cf. consid. 6.2.2) et des règles de droit public auxquelles sont soumis les biens-fonds.
8.3 En effet, au dies aestimandi (soit le 18 janvier 2017), les parcelles étaient inscrites comme biens-fonds privés au RF et situées en partie en 3ème zone ordinaire de construction et en partie en zone de verdure. La 3ème zone est, selon l'art. 19 al. 1 de la loi genevoise d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LaLAT, RS-GE L 1 30), destinée aux grandes maisons affectées à l'habitation, au commerce et aux activités du secteur tertiaire (gabarit max. 21 m). Elle comprend pour l'essentiel la région dont la transformation en quartiers urbains est fortement avancée. La zone de verdure comprend les terrains ouverts à l'usage public et destinés au délassement ainsi que les cimetières. Les constructions ne servant pas à l'aménagement des lieux selon leur destination sont en principe interdites. Toutefois, des dérogations sont possibles pour des constructions d'utilité publique dont l'emplacement est imposé par leur destination et des exploitations agricoles (cf. art. 24 LaLAT). Par ailleurs, l'affectation et le régime d'aménagement des terrains compris à l'intérieur d'une ou plusieurs zones peuvent être précisés par divers types de plans et règlements, notamment par des plans localisés de quartier (cf. art. 13 al. 1 LaLAT et, pour le contenu de ces plans, art. 3 de la loi genevoise du 9 mars 1929 sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités [LExt, RS-GE L1 40 ]).
C'est le cas pour les parcelles n° 1635, 1947 et 1797, voisines l'une de l'autre et soumises au PLQ Contamines, adopté par le Grand Conseil genevois le 23 mai 2001. Il ressort de ce PLQ que les parties des parcelles précitées situées en 3ème zone sont destinées à des constructions et installations d'intérêt public (école et préau) et que les parties en zone verdure à un espace libre ouvert au public (parc). Par ailleurs, le PLQ fait état d'une servitude de réservation en sous-sol pour le projet de liaison ferroviaire Praille/Eaux-Vives. La partie des parcelles n° 1635, 1947 et 1797 située en 3ème zone est également soumise à un plan d'utilisation du sol (PUS). Les PUS sont des plans d'affectation spéciaux prévus à l'art. 13 al. 1 let. g LaLAT ainsi qu'aux art. 15A ss de la LEXt, qui ont pour but de maintenir et de rétablir l'habitat dans les quatre premières zones de construction, de favoriser une implantation des activités qui soit harmonieuse et équilibrée, tout en garantissant le mieux possible l'espace habitable et en limitant les nuisances qui pourraient résulter de l'activité économique. Selon le PUS, les parcelles précitées sont colloquées dans le secteur 2,3 qui prévoit 80% minimum de logements et 40% minimum d'espaces verts. Cela étant, l'art. 15A al. 3 LExt exclut des plans d'utilisation du sol la construction et la transformation de bâtiments destinés principalement à un équipement public de la Confédération, de l'Etat de Genève, de la Ville de Genève et d'établissements ou de fondations de droit public.
Quant à la parcelle n° 1990, située entièrement en 3ème zone, elle n'est pas soumise à un PLQ mais se trouve également en secteur 2,3 PUS. Il faut rappeler qu'elle est étroite (9 m), est actuellement affectée à une contre-allée, à des places de stationnement en surface, à un trottoir et constitue le chemin d'accès à l'école voisine.
8.4 Il n'est pas exclu qu'à l'issue de cette appréciation, seule une indemnité réduite soit consentie pour certaines de ces parcelles, voire aucune d'indemnité en raison de circonstances spécifiques. Le prix au m2 et l'ampleur de la dépréciation pour des terrains situés en même zone peuvent aussi différer en fonction de la situation concrète. En tout état de cause et en l'absence d'une motivation dont l'on pourrait suivre le raisonnement, le prix de 2'000 m2 le m2 en 3ème zone et une dépréciation linéaire de 20% semblent à première vue élevés à l'aune des statistiques précitées et compte tenu de la qualité juridique des parcelles. Si le pourcentage retenu, appliqué ici uniquement aux m2 concernés par l'assiette de la servitude, intègre également la compensation pour la diminution de la valeur du reste du terrain, l'autorité inférieure doit l'expliquer. En effet, l'examen de la moins-value des parties des parcelles non grevées ne ressort pas des deux décisions litigieuses retenant un dommage indemnisable du fait de la constitution des servitudes. Le Tribunal observe encore que l'autorité inférieure serait bien avisée d'étudier plus en détail dans son estimation la possibilité de s'inspirer, à défaut d'autres méthodes et à tout le moins pour certains terrains, du RTEDP. Cela étant, compte tenu de la particularité des terrains concernés, le Tribunal ne peut qu'encourager les parties à la conciliation.
8.5 Pour terminer, s'agissant du taux d'intérêt retenu que l'autorité a fixé à 5% dès le 18 janvier 2017, le Tribunal se plaît encore à rappeler que, selon l'art. 76 al. 5 LEx, l'indemnité d'expropriation doit porter intérêts au taux usuel dès le jour de la prise de possession. Le Tribunal administratif fédéral a édicté une instruction sur la fixation du taux d'intérêt usuel au sens de l'art. 76 al. 5 LEx (cf. Décision du 9 novembre 2009 de la Cour I, chambre I, intérêt au taux usuel ; consultable sur http://www.bvger.ch>Le Tribunal Missions Surveillance Intérêt au taux usuel). Le taux d'intérêt usuel prévu aux art. 19bis al. 4, 76 al. 5 et 88 al. 1 LEx correspond au taux d'intérêt de référence applicable aux contrats de bail publié sur le site internet de l'Office fédéral du logement, lequel était de 1,75% dès le 2 juin 2015 jusqu'au au 1er juin 2017 et est de 1,5% depuis le 2 juin 2017 (cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 5).
9. Il convient enfin de statuer sur les frais et les dépens au vu de l'issue de la cause (cf. consid. 8.1 ci-avant).
9.1
9.1.1 Conformément à l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque le recourant succombe intégralement ou en majeure partie, les frais et les dépens peuvent être répartis autrement. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie (cf. arrêts du Tribunal fédéral 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 et 1E.16/2005 du 14 février 2006 consid. 6; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5101/2011 du 5 mars 2012 consid. 8.1 et A-8047/2010 du 25 août 2011 consid.12.5). Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
9.1.2 Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais et dépens à la charge de la partie qui succombe ne s'applique donc pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. C'est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (art. 8 ss FITAF).
9.2
9.2.1 En l'espèce, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel - en dérogation à l'art. 63 PA - il appartient à l'expropriant de supporter les frais de procédure, lesquels sont in casu fixés à 8'000 francs. Mis à la charge des recourants 2/intimés 1, ils seront prélevés sur l'avance de frais déjà versée par eux de 6'000 francs dans la cause A-5464/2017 et de 4'000 francs dans la cause A-5469/2017. Le solde leur sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.
9.2.2 Bien qu'ayant obtenu en partie gain de cause dans la mesure où elle requérait l'annulation de deux des décisions entreprises, il ne sera pas octroyé de dépens à la recourante 1/intimée 2 qui s'est défendue seule sans faire appel à un mandataire. Quant aux recourants 2 et intimés 1, et pour tenir compte de la règle générale exprimée à l'art. 116 LEx, des dépens ne leur seront pas non plus alloués bien qu'ils aient également eu partiellement gain de cause sur le point de l'annulation de la décision attaquée.
(le dispositif de trouve à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Les recours de l'expropriée/recourante 1 et des expropriants/recourants 2 sont partiellement admis au sens des considérants.
2. Les décisions 7/16 et 9/16 du 28 juin 2017 ainsi que 10/16 et 11/16 du 24 août 2017 de la Commission fédérale d'estimation sont annulées et les affaires renvoyées à cette autorité pour instruction complémentaire et nouveau prononcé au sens des considérants.
3. Les frais de procédure de 8'000 francs sont mis à la charge des expropriants. Ils seront prélevés sur les avances de frais déjà versés par eux d'un total le 10'000 francs. Le solde de 2'000 francs leur sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante 1 (Acte judiciaire)
- aux recourants 2 (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. 7/19 ; 9/16 ; 10/16 et 11/16, acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Valérie Humbert
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF) Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :