bvger · C-2921/2014 · 2018-04-12 · fr
C-2921/2014

Tarifs des hôpitaux

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour III
C-2921/2014
Arrêt du 12 avril 2018
Composition
Madeleine Hirsig-Vouilloz (présidente du collège),
Michael Peterli, Beat Weber, juges,
Barbara Scherer, greffière.
Parties
CSS Kranken-Versicherung SA,
et 46 autres assurances,
les recourantes 2 à 38, 40 à 44 et 46 sont représentées par tarifsuisse sa, elle-même représentée par Maître Valentin Schumacher,
les recourantes 1, 39, 45 et 47 sont représentées par la CSS Assurance-Maladie,
recourantes,
contre
Hôpital Fribourgeois (HFR),
Chemin des Pensionnats 2, 1708 Fribourg,
représenté par Maître David Ecoffey,
intimé,
et
Conseil d'Etat du canton de Fribourg,
agissant par la Direction de la santé et des affaires sociales, DSAS, Route des Cliniques 17, 1701 Fribourg,
autorité inférieure.
Objet
Fixation des baserates 2012 et 2013 de l'hôpital fribourgeois pour les assureurs-maladie affiliés à tarifsuisse sa, Assura-Basis SA et Supra-1846 SA (ordonnance du 8 avril 2014, ROF 2014_041).
Faits :
A. Par ordonnance du 31 janvier 2012 fixant la liste des hôpitaux et des maisons de naissance, entrée en vigueur le 1er février 2012, le Conseil d'Etat du canton de Fribourg a admis l'Hôpital fribourgeois (ci-après : HFR ou intimé) à fournir des prestations de soins somatiques aigus (SSP pce 19 annexe 8).
B. Par courrier du 24 janvier 2012, l'HFR informe que sa direction a constaté l'échec des négociations pour le baserate 2012, les écarts entre ses attentes et les offres tarifaires des assureurs étant tels qu'il demanderait la fixation des tarifs par le Conseil d'Etat (SSP pce 19 annexe 6).
C. Le 7 février 2012, le service de la santé publique (ci-après : SSP) du canton de Fribourg invite les partenaires tarifaires à tenter de trouver, dans les meilleurs délais, un terrain d'entente concernant les tarifs hospitaliers de l'HFR et, en cas d'échec des négociations, à lui communiquer leurs prétentions tarifaires ainsi que leur dossier complet documentant et justifiant leurs prétentions (SSP pce 20).
D. Par ordonnance du 14 février 2012 fixant les tarifs provisoires des hôpitaux et des maisons de naissance (822.0.36, consultée sur le site internet de l'Etat de Fribourg), le Conseil d'Etat du canton de Fribourg fixe, avec effet au 1er janvier 2012, le tarif provisoire pour les hospitalisations somatiques aiguës de l'HFR à 10'150 francs.
E. Le 28 février 2012, tarifsuisse sa demande un prix de base 2012 de 9'199 francs pour les soins somatiques aigus de l'HFR (SSP annexe 19). Le 9 mars 2012, tarifsuisse sa transmet une version corrigée du tableau « 1 : benchmark 2012 de tarifsuisse sa » (TAF 1 annexe 16 et 17).
F. Par ordonnance du 3 avril 2012 modifiant l'ordonnance fixant les tarifs provisoires des hôpitaux et des maisons de naissance, le Conseil d'Etat confirme le tarif provisoire (baserate) de 10'150 francs pour les prestations somatiques aiguës de l'HFR (TAF pce 1 annexe 5).
G. Dans sa prise de position du 10 juillet 2012, l'HFR demande la fixation d'un tarif 2012 définitif à 10'150 francs, soit à la hauteur de ce qu'il a convenu avec HSK (SSP pce 10 annexe).
H. Le 17 décembre 2012, la Surveillance des prix recommande sur invitation (cf. courrier du 6 juillet 2012 [SSP pce 18]) pour 2012 un baserate qui ne dépasse pas 8'974 francs (SSP pce 13).
I. Les négociations menées par tarifsuisse sa et l'HFR pour convenir du prix de base 2013 échouent une nouvelle fois (cf. courriel de tarifsuisse du 1er février 2013 [TAF pce 1 annexe 21]; cf. aussi la note de la séance du 14 novembre 2012 [TAF pce 1 annexe 19], procès-verbal de la séance du 14 décembre 2012 [TAF pce 1 annexe 20]).
J. Par courrier du 11 février 2013 (TAF pce 1 annexe 24), faisant suite à celui du 21 décembre 2012 (TAF pce 1 annexe 22), le canton consulte les parties pour la fixation du tarif 2013 provisoire, précisant qu'il propose un tarif de 10'070 francs.
Tarifsuisse sa ne formule pas de remarques particulières mais souligne qu'il considère que ce tarif est trop élevé compte tenu des recommandations de la Surveillance des prix notamment (courrier du 10 janvier 2013 et courriel du 13 février 2013 [TAF pce 1 annexes 23 et 25]).
K. Par ordonnance du 12 mars 2013 fixant les tarifs provisoires des hôpitaux et des maisons de naissance, le Conseil d'Etat fixe, à partir du 1er janvier 2013, le tarif provisoire pour les hospitalisations somatiques aiguës (baserate) de l'HFR à 10'070 francs (TAF pce 1 annexe 6).
L. Le 28 octobre 2013, suite à l'invitation du canton à se déterminer sur la prise de position de l'HFR du 10 juillet 2012 (courrier du 8 octobre 2013 [SSP pce 10]), tarifsuisse sa s'oppose à la fixation d'un baserate 2012 à 10'150 francs et demande, maintenant ses déterminations antérieures, un baserate maximal de 9'199 francs, voire de 8'974 francs eu égard au tarif recommandé par la Surveillance des prix (SSP pce 8).
M. Invitée à prendre position sur des questions complémentaires (courrier du 23 octobre 2013 du SSP [SSP pce 9]), la Surveillance des prix explique le 11 novembre 2013 sa méthode de benchmarking limitée dans la phase de lancement des SwissDRG en 2012 à cinq hôpitaux non-universitaires, les raisons pour lesquelles il a pratiqué pour l'HFR une déduction pour manque de transparence de 4% et les motifs pour lesquels il ne suit pas les constatations de SwissDRG sur la différenciation des prix (SSP pce 7).
N. Le 12 décembre 2013, l'HFR, se déterminant sur les prises de position du 28 février 2012 de tarifsuisse sa et du 17 décembre 2012 de la Surveillance des prix, conclut que la méthode de benchmark préconisée par H+ Les Hôpitaux de Suisse (ci-après : H+) doit être appliquée, affinant le résultat en distinguant entre les types d'hôpitaux et validée par la conclusion de la convention avec HSK à 10'150 francs (SSP pce 6).
O. Le 26 mars 2014, tarifsuisse sa transmet au Conseil d'Etat fribourgeois les procurations des 13 mars 2014, signées par Assura Basis SA et SUPRA-1846 SA, lui permettant de représenter ces assurances dans la procédure en fixation du baserate SwissDRG de l'HFR dès le 1er janvier 2012 (SSP pce 4 et annexes).
P. Par ordonnance du 8 avril 2014 (ROF 2014_041), le Conseil d'Etat du canton de Fribourg fixe les baserates définitifs 2012 et 2013 de l'HFR pour les assureurs-maladies affiliés à tarifsuisse sa, Assura-Basis SA et SUPRA-1846 SA à respectivement 10'150 francs pour 2012 et à 10'070 francs pour 2013 (SSP pce 1). Cette ordonnance est publiée dans la feuille officielle du canton de Fribourg n° 17 du 25 avril 2014 (cf. extrait [TAF pce 1 annexe 8).
Le canton explique d'abord la détermination des coûts d'exploitations de l'HFR et constate que la valeur s'élève pour 2012, selon son calcul, à 11'098 francs, respectivement à 12'208 francs compte tenu des charges d'utilisation des investissements. Il procède ensuite à l'examen de l'économicité et rejette les benchmarkings de la Surveillance des prix et de tarifsuisse sa. Il est notamment d'avis qu'il sied de procéder à une comparaison entre établissements comparables, soit entre hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée. Il se réfère ensuite aux benchmarkings de H+ et de HSK limité aux hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée et à leur médiane pour fixer le baserate 2012 à 10'150 francs et celui de 2013 à 10'070 francs, tel que négocié entre HSK et l'HFR. Il conclut que rien ne s'oppose à que ces tarifs soient également fixés pour les autres assureurs-maladie.
Q. Le 26 mai 2014, les recourantes interjettent recours contre cette ordonnance devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : TAF ou Tribunal). Elles concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'ordonnance attaquée et principalement au renvoi de la cause pour nouveau jugement ainsi que subsidiairement à la fixation du prix de base des hospitalisations somatiques aiguës de l'HFR applicable aux recourantes dès le 1er janvier 2012 à principalement 8'974 francs (coûts des investissements compris) et subsidiairement à 9'199 francs (coûts des investissements compris), la mise en valeur d'un éventuel écart tarifaire entre le tarif provisoire et définitif étant réservée. Elles concluent également à l'accord de l'effet suspensif au recours et au maintien des tarifs provisoires pendant la durée de la procédure de recours (TAF pce 1).
Les recourantes font valoir que l'ordonnance attaquée doit être annulée parce qu'elle n'est pas conforme au droit fédéral, l'état de fait pertinent ayant été constaté de manière inexacte et incomplète et s'avérant dans son résultat comme inopportun. En premier lieu, elles reprochent au Conseil d'Etat d'avoir violé leur droit d'être entendu et qu'il a omis de demander une recommandation de la part de la Surveillance des prix pour la valeur de base 2013. Ces violations entrainent selon les recourantes l'annulation de l'ordonnance attaquée. Sur le fonds du recours, les recourantes critiquent en substance l'examen de l'économicité du tarif pratiqué. Elles font grief à l'instance précédente d'avoir écarté le benchmark de tarifsuisse sa, pourtant fondé sur un benchmarking au plan national, et le benchmark de la Surveillance des prix. Elles soutiennent qu'un abaissement conséquent du baserate de l'HRF se justifie au motif que celui-ci est parmi les plus élevés référencés par tarifsuisse sa, tout type d'hôpitaux confondus. Elles critiquent également que l'instance précédente a considéré que son comportement était incohérent en ayant demandé une valeur de 9'199 francs alors que tarifsuisse sa avait proposé lors des négociations un tarif de 9'756 francs. Elles font également grief que l'instance précédente s'est basée sur le benchmarking de la communauté d'achat HSK et que selon la jurisprudence du TAF il est erroné d'établir le benchmark sur la base de tarifs négociés.
R. Les recourantes se sont acquittées de l'avance de frais de procédure de 8'000 francs dans le délai imparti par le TAF (TAF pces 2 et 4).
S. Par décision incidente du 22 juillet 2014, le TAF n'est notamment pas entré en matière sur la requête des recourantes tendant à l'octroi de l'effet suspensif au recours ainsi qu'au maintien des baserates provisoires 2012 et 2013 pour la durée de la procédure (TAF pce 6).
T. Par réponse du 21 août 2014, la Conseillère d'Etat et Directrice de la DSAS, agissant pour le gouvernement cantonal, conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet des conclusions principales et subsidiaires des recourantes et à la confirmation de l'ordonnance contestée avec effet au 1er janvier 2012 (TAF pce 8).
En substance, le gouvernement nie une violation du droit d'être entendu des parties et estime qu'il n'y a pas de raisons suffisantes pour lui renvoyer la cause afin de fixer les baserates. Sur le fond, le gouvernement cantonal réitère que selon lui, pour un certain temps encore, une différenciation tarifaire est indispensable en fonction de la typologie des hôpitaux et qu'il faut en matière de référentiel une période de transition afin de permettre aux hôpitaux les plus chers de s'adapter au nouveau système. Il maintient du reste sa position par rapport aux benchmarkings de la Surveillance des prix et de tarifsuisse sa qu'il rejette. De plus, il soulève une nouvelle fois l'incohérence des recourantes et prétend que les demandes tarifaires de celles-ci doivent être écartées. Par ailleurs, il conteste qu'il a établi le benchmark sur la base des tarifs négociés et explique que son benchmarking s'oriente aux médianes des benchmarkings de H+ et de HSK pour les hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée qui est selon lui représentatif, comportant 15 hôpitaux. Enfin, il pense qu'une orientation aux tarifs fixés définitivement ou approuvés du même établissement doit être considérée comme recevable.
Il verse en cause notamment le classeur constitué par le SSP ainsi que le benchmarking de HSK (TAF pce 8 annexe 6).
U. Dans sa prise de position du 22 août 2014, l'HFR conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet total du recours et à la confirmation de l'ordonnance du Conseil d'Etat fixant les baserates 2012 et 2013 (TAF pce 9).
Initialement, l'intimé explique que lors des négociations 2012 et 2013 les parties ont buté sur des questions de principe, tarifsuisse sa s'étant focalisé sur son benchmark et sur la prise en compte du premier quartile. La position de principe de la Surveillance des prix étaient également connue. Selon lui, c'est donc pour motif d'économie de procédure que le Conseil d'Etat a décidé d'englober le tarif 2013 dans son ordonnance, des questions identiques devant être examinées. Sur le fond du recours, l'intimé explique que l'HFR s'est fondé sur le benchmark établi par H+/Verein SpitalBenchmark, état juin 2011 - basé sur les résultats transmis par 56 hôpitaux et cliniques, distinguant entre trois types d'hôpitaux et prenant en considération le 3e quartile - et que HSK qui représente 20% des patients de l'HFR était parfaitement sensible à cette manière de faire et a du reste accepté un baserate de 10'150 francs. L'intimé conteste le benchmarking de tarifsuisse sa, laissant notamment subsister des différences importantes entre les types d'hôpitaux et reposant sur le 1er quartile. De plus, elle remarque que les chiffres pris en considération dans le benchmark de tarifsuisse sa, dont son propre casemix et casemix index, sont faux. Elle conteste également le benchmarking de la Surveillance des prix. Enfin, elle soutient que le benchmarking opéré par le Conseil d'Etat est soutenable dans la mesure où les données de base ne sont pas encore fiables et qu'il dispose dans la phase d'introduction des SwissDRG d'une très grande marge d'appréciation.
V. Invité à prendre position (TAF pce 12), le Surveillant des prix explique dans sa prise de position du 26 septembre 2014 sa méthode d'évaluation des baserates des SwissDRG. Il insiste notamment sur l'importance de la qualité des données pour la comparaison des coûts, permettant, selon lui, de neutraliser les différences structurelles entre les établissements. Il estime en outre nécessaire une déduction pour surcapacité ainsi qu'une déduction pour manque de transparence. Il conclut que les prix de base doivent être déterminés selon sa méthode d'évaluation en deux étapes, que les hôpitaux sont tenus de communiquer leurs données dans le cadre des négociations tarifaires, que l'examen de l'économicité par le benchmarking doit être effectué sur la base de deux catégories d'hôpitaux, « hôpitaux universitaires » et « hôpitaux non-universitaires », et que le benchmarking doit inclure les coûts d'investissement. Par ailleurs, il maintient l'entier de sa recommandation du 17 décembre 2012 et conseille la fixation d'un baserate qui ne dépasse pas 8'974 francs (TAF pce 12).
W. Dans sa prise de position du 21 novembre 2014, l'Office fédéral de la santé public (OFSP) conclut à l'admission du recours et au renvoi de l'affaire au Conseil d'Etat pour nouvelle décision. Concrètement il rappelle que le groupe de comparaison des hôpitaux ne doit pas contenir des tarifs calculés sur la base de la structure AP-DRG et soutient qu'au vu de la mauvaise qualité des données de l'HFR, relevées selon le système des prestations AP-DRG v. 6.0, cet hôpital ne devrait pas faire partie des hôpitaux de référence. Il critique également que le gouvernement cantonal s'est limité aux hôpitaux du niveau 2 de la classification de l'Office fédéral de la statistique et qu'il s'est basé sur la comparaison effectuée par HSK qui reconnaît lui-même la qualité limitée des données à sa disposition. Enfin, il estime que l'argument selon lequel le baserate 2012 est inférieur au tarif calculé sur la base des coûts pour justifier son caractère économique est insuffisant, celui-ci ne garantissant pas que le tarif soit économique et corresponde au tarif d'un hôpital travaillant de manière efficace (TAF pce 14).
X. Dans ses observations finales du 19 décembre 2014, la Conseillère d'Etat et Directrice de la DSAS, maintient pour l'essentiel ses conclusions et arguments (TAF pce 17).
Le gouvernement souligne que le baserate de l'HFR a été déterminé sur la base d'un benchmarking qui fait largement abstraction des propres coûts de l'HFR et qu'en l'état, les différentes conditions nécessaires pour réaliser un benchmarking de manière idéale font défaut, la qualité des données à la base de l'ensemble des benchmarkings étant moyenne. Il estime que les différents benchmarkings - aussi ceux de tarifsuisse sa et de la Surveillance des prix - se différencient moins au niveau de la qualité des données des hôpitaux qu'au niveau des corrections opérées pour définir les coûts imputables des hôpitaux et au choix du niveau du benchmark. Pour le reste le Conseil d'Etat maintient qu'une différenciation est justifiée entre hôpitaux généraux et hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée, ces établissements ayant un statut particulier, surtout dans les cantons qui ne sont pas dotés d'un hôpital universitaire. Il estime par ailleurs qu'il est peu approprié de chercher aujourd'hui à améliorer les données 2010 et 2011 prises en compte dans les benchmarkings déterminants compte tenu du fait notamment que le cadre optimal pour un benchmarking objectif fait toujours défaut et avance qu'une fixation définitive du baserate 2012 lui permettrait de focaliser ses ressources sur la mise en place de bases solides pour un futur benchmarking optimal, qui nécessitera beaucoup de temps. S'agissant du baserate 2013, il propose, dans le cas où le Tribunal estimera que son procédé n'était pas bienfondé, de séparer les procédures et de ne retourner au canton que la fixation du baserate 2013.
Y. Dans leurs observations finales du 23 décembre 2014 (TAF pce 18), les recourantes confirment les conclusions prises dans leur recours et réitèrent leurs arguments. Elles mentionnent la jurisprudence du TAF et remarquent en substance qu'une différenciation du baserate par catégorie hospitalière ainsi qu'un référentiel basé à proximité de la médiane sont contraire à la loi et jurisprudence et qu'un benchmarking par prix n'est possible que dans des circonstances particulières qui ne sont pas remplies en l'espèce.
Z. Dans ses observations finales du 29 décembre 2014 (TAF pce 19), l'intimé maintient ses conclusions précédentes. Il discute également la jurisprudence du TAF et soutient qu'en situation actuelle, transitoire, avec une aussi mauvaise qualité des données, une comparaison limitée aux meilleurs données disponibles, soit entre les hôpitaux du même type, est pleinement soutenable aussi compte tenu du large pourvoir d'appréciation des autorités cantonales. Il remarque du reste que l'écoulement du temps ne va pas améliorer la qualité des données pour le benchmarking 2012.
AA. Par correspondance du 18 janvier 2016, CSS Assurance-maladie SA informe le TAF qu'elle-même ainsi que INTRAS Assurance-maladie SA, Arcosana SA et Sanagate SA ne sont plus représentées par tarifsuisse sa suite à la résiliation de leur convention et que toute correspondance pour elle-même et les assureurs précités devra être adressée à la CSS Assurance-maladie (TAF pce 22).
Droit :
1.
1.1 En vertu de l'art. 31 de la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal de céans connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises au vu de l'art. 33 let. i LTAF par les autorités cantonales dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours auprès de lui. Aux termes des art. 53 al. 1 et 90a al. 2 de la loi fédérale sur l'assurance maladie (LAMal, RS 832.10), les décisions prises par les gouvernements cantonaux portant sur la fixation d'une valeur tarifaire lorsqu'aucune convention n'a pu être conclue entre les fournisseurs de prestation et les assureurs (cf. art. 47 al. 1 LAMal) peuvent faire l'objet d'un recours au TAF.
En l'occurrence, le Conseil d'Etat du canton de Fribourg a émis par l'ordonnance contestée une décision au sens des art. 5 PA (cf. aussi TAF C-3705/2013 du 3 décembre 2013) et 47 al. 1 LAMal. Aucune des exceptions prévues par l'article 32 LTAF n'est réalisée. Le TAF est dès lors compétent pour examiner le présent recours.
1.2 Au regard de l'art. 37 LTAF et de l'art. 53 al. 2 LAMal, la procédure devant le TAF est principalement régie par la PA. Les dispositions particulières de l'art. 53 al. 2 let. a à e LAMal sont réservées.
1.3 Les assurances recourantes à qui l'ordonnance attaquée a été adressée et qui ont pris part à la procédure devant le Conseil d'Etat fribourgeois, sont spécialement atteintes par l'ordonnance et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il est par ailleurs de notoriété publique que les recourantes ont été représentées dans la négociation et les procédures tarifaires par tarifsuisse sa. Depuis le 13 mars 2014 SUPRA-1846 SA et Assura Basis SA se font également représentées par tarifsuisse sa (cf. procurations [SSP pce 4 et annexes]). Cette dernière est elle-même, dans le cadre de la présente procédure, dûment représentée (cf. Convention de mandat et de procuration du 2 mai 2014 [TAF pce 1 annexe 1] et extrait du registre de commerce [TAF pce 1 annexe 2]). Enfin, depuis 2016, les recourantes 1, 39, 45 et 47 se représentent elles-mêmes (TAF pce 22). En conséquence, les recourantes ont la qualité pour recourir dans la présente procédure au sens de l'art. 48 al. 1 PA.
1.4 Aux termes de l'art. 50 al. 1 PA, le délai de recours devant le TAF est de 30 jours suivant la notification de la décision.
L'ordonnance litigieuse du 8 avril 2014 a été publiée dans la Feuille officielle du canton de Fribourg n° 17 du 25 avril 2014 (TAF pce 1 annexe 8) de sorte que le recours a été déposé le lundi 26 mai 2014 en temps utile (cf. art. 20 al. 3 PA).
1.5 Les exigences de l'art. 52 PA concernant la forme et le contenu du mémoire du recours sont observées et les recourantes se sont acquittées en temps utile de l'avance de frais de procédure (cf. art. 63 al. 4 PA; TAF pces 4 à 6).
Partant, leur recours est formellement recevable et le Tribunal entre en matière sur le fond.
2. L'HFR, spécialement atteint par l'ordonnance contestée, est intimé dans la présente procédure avec qualité de partie (cf. art. 6 et 48 PA; arrêt du Tribunal fédéral A-692/2008 du 7 avril 2008 consid. 2; arrêt du TAF C-2380/2012 du 17 septembre 2015 consid. 1.3; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2011, chiffre 1487 ss; Isabelle Häner, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG), 2008, art. 38 n° 6 ss). Par ailleurs, l'intimé est représenté (cf. procuration du 13 juin 2013 [TAF pce 9 annexe 1]).
3.
3.1 Les recourantes peuvent invoquer devant le Tribunal de céans la violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ainsi que l'inopportunité (art. 49 PA). L'exception de l'art. 53 al. 2 let. e LAMal ne s'applique pas lorsque le gouvernement cantonal fixe le tarif en vertu de l'art. 47 al. 1 LAMal ; le TAF exerce dès lors dans de telles affaires un plein pouvoir d'examen (ATAF 2014/3 consid. 1.4).
3.2 Selon la jurisprudence, l'autorité de recours bénéficiant à l'instar du TAF du plein pouvoir d'examen respecte le champ d'appréciation de l'autorité inférieure. Elle doit corriger une décision inappropriée, cependant elle ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'autorité intimée et elle ne se prononce pas sur l'existence d'autres solutions (ATF 133 II 35 consid. 3, 126 V 75 consid. 6). Notamment, le tribunal fait preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque il s'agit d'interpréter des notions juridiques indéterminées ou lorsqu'il s'agit d'apprécier un état de fait nécessitant des connaissances techniques, scientifiques ou économiques spéciales (ATF 139 II 185 consid. 9.3, 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3, 128 V 159 consid. 3b/cc) que lui-même n'a pas. Dans ces situations, l'autorité de recours ne s'éloigne en principe pas des conclusions de l'autorité intimée bénéficiant des connaissances spécialisées (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3, 128 V 159 consid. 6; ATAF 2010/25 consid. 2.4.1 avec références) pour autant que l'instance précédente a examiné les points déterminants de la décision et a effectué un examen minutieux et complet des faits à établir (ATF 139 II 185 consid. 9.3, 138 II 77 consid. 6.4; cf. aussi consid. 7.4 ci-dessus).
4. Dans un premier temps, les recourantes font valoir des griefs de nature formelle qui doivent être examinés en premier lieu (notamment : ATF 138 I 232 consid. 5.1; arrêt du Tribunal fédéral 9C_692/2016 du 30 janvier 2017 consid. 4.1).
4.1 Concrètement les recourantes reprochent au Conseil d'Etat de ne pas avoir motivé sa décision, soutenant que celui-ci n'explique nulle part en quoi et pour quels motifs les exigences de la LAMal et en particulier de l'art. 59c al. 1 let. a et b de l'Ordonnance sur l'assurance-maladie (OAMal, RS 832.102) selon lequel le tarif doit notamment couvrir au plus les coûts de la prestation justifiés de manière transparente et les coûts nécessaires à la fourniture efficiente des prestations, seraient respectés.
4.1.1 Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale (Cst., RS 101), est une règle primordiale de procédure, entraînant en principe l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (ATF 132 V 387 consid. 5.1). Exceptionnellement, la violation du droit d'être entendu, pour autant qu'elle ne soit pas d'une gravité particulière pour les droits procéduraux de la partie lésée, peut être considérée comme réparée lorsque la partie a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen, en fait et en droit (ATF 137 I 195 consid. 2.3.3 et 124 V 389 consid. 5a; Auer/Malinverni/Hottelier, Droit constitutionnel suisse, Les droits fondamentaux, Volume II : Les droits fondamentaux, 3ème édition 2013, p. 620). Dans une telle situation, même en présence d'un vice grave, le renvoi de la cause à l'instance précédente peut être exclu en vertu du principe de l'économie de procédure lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et ne retarderait qu'inutilement un jugement définitif sur le litige, ce qui n'est dans l'intérêt ni de la partie lésée ni de l'autorité (ATF 137 I 195 consid. 2.3.2; 136 V 117 consid. 4.2.2.2, 132 V 387 consid. 5.1; arrêt du TF 1C_446/ 2016 du 3 janvier 2017 consid. 4.1). La réparation du vice doit cependant s'apprécier d'une manière restrictive, s'agissant d'une exception (ATF 127 V 431 consid. 3d/aa, 126 V 130 consid. 2b; Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., p. 620).
Selon la jurisprudence, la procédure de recours en matière des tarifs de l'assurance-maladie obligatoire s'oppose en principe à une guérison des violations graves du droit d'être entendu des parties, la présentation de preuves et faits nouveaux étant considérablement limitée et toute nouvelle conclusion exclue (cf. art. 53 al. 2 let. a LAMal; arrêt du TAF C-5133/2012 du 15 février 2013; voir cependant arrêt du TAF C-1087/2015 du 2 novembre 2017 consid. 5.2).
4.1.2 Le droit d'être entendu comprend notamment le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise, de produire des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (notamment : ATF 142 II 218 consid. 2.3, 132 V 268 consid. 3.1 et références). Le droit d'être entendu implique également le droit de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, dans la mesure où la partie l'estime nécessaire, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre (ATF 139 I 189 consid. 3.2, 139 II 489 consid. 3.3, 138 I 484 consid. 2.1, 138 I 154 consid. 2.3.3, 137 I 195 consid. 2.3.1). Il appartient aux parties, et non au tribunal, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part (ATF 139 I 189 consid. 3.2). Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (ATF 139 I 189 consid. 3.2 et les références; arrêt 5D_81/2015 du 4 avril 2016 consid. 2.3.2 et les références).
4.1.3 Le droit d'être entendu contient également le droit d'obtenir une décision motivée (cf. art. 35 al. 1 PA) ce qui implique que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que la partie puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (notamment : ATF 141 V 557 consid. 3.2.1, 124 V 180 consid. 1a; ATAF 2012/24 consid. 3.2.1). Dans la perspective de l'autorité de recours, l'obligation de motivation a ensuite pour but d'assurer un contrôle efficace de la décision de l'autorité inférieure. La motivation des décisions est donc un élément de la transparence de l'administration et de la justice (cf. ATF 126 I 97; Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., n° 1346). Si bien que l'autorité doit examiner les conclusions et allégations des parties et en tenir compte dans sa décision (ATF 134 I 83 consid. 4.1, 124 I 241 consid. 2 et 124 V 389 consid. 4a), elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuves et griefs invoqués et qu'elle peut se limiter à ceux qui peuvent être tenus comme pertinents (notamment : ATF 141 V 557 consid. 3.2.1, 126 I 97 consid. 2b; ATAF 2010/35 consid. 4.1.2). Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner les problèmes pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.2; 136 I 184 consid. 2.2.1; 135 V 65 consid. 2.6 et les arrêts cités; ATAF 2010/35 consid. 4.1.2).
4.1.4 En l'occurrence, force est de constater que le Conseil d'Etat fribourgeois a motivé en détail, sur plus de 10 pages, son ordonnance attaquée. Il a d'abord fait état de l'échec des négociations et décrit la consultation de la Surveillance des prix et a ensuite expliqué la détermination des baserates fixés, compte tenu des positions de la Surveillance des prix et des parties tout en expliquant les motifs pour lesquels il ne les a pas suivies. Contrairement à ce que prétendent les recourantes, les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité sont clairement compréhensibles ; de plus, le gouvernement n'avait pas l'obligation de se référer expressément à des dispositions légales déterminées (art. cf. 59c al. 1 let. a et b OAMal) dont l'interprétation était par ailleurs contestée (cf. consid. 7.1 ci-dessous; ATAF 2014/3 consid. 2 ss, notamment 2.10.3). Dès lors, le grief des recourantes, du reste très peu développé - l'intimé le souligne à juste titre - est mal fondé.
4.2
4.2.1 S'agissant de la valeur de base 2013, les recourantes reprochent en outre au Conseil d'Etat de ne pas avoir consulté la Surveillance des prix contrairement à l'art. 14 de la loi fédérale concernant la surveillance des prix (LSPr, RS 942.20). Par ailleurs, elles font grief que le gouvernement cantonal a omis de consulter au préalable les parties en violation de leur droit d'être entendu et de l'art. 47 al. 1 LAMal en particulier.
Le Conseil d'Etat ne conteste pas ces faits. Par contre, il soutient en substance qu'il a considéré qu'une nouvelle consultation de la Surveillance des prix et des parties n'apportait aucun nouvel argument décisif ni aucune nouvelle information utile vu qu'il était selon lui invraisemblable que la Surveillance des prix et les recourantes auraient modifié leur conception du benchmarking. De plus, les réflexions et les calculs qui l'ont mené à la décision concernant le baserate 2012 étaient également prépondérants et décisifs pour la fixation du baserate 2013. Par souci d'économie de procédure et dans une approche pragmatique, le Conseil d'Etat a alors décidé de regrouper les fixations des baserates 2012 et 2013.
Dans les observations finales du 19 décembre 2014, le Conseil d'Etat propose, dans le cas où le Tribunal estimera que son procédé n'était pas bienfondé, de séparer les procédures et de ne retourner au canton que la fixation du baserate 2013.
4.2.2 Le TAF ne peut suivre les arguments du gouvernement. En vertu de l'al. 1 et 2 LSPr, le gouvernement qui décide ou approuve un tarif doit consulter la Surveillance des prix et s'expliquer dans sa décision s'il s'écarte de l'avis de celle-ci (cf. aussi consid. 6.7 ci-dessous). Selon la jurisprudence, il est tenu de consulter le Surveillant des prix même s'il estime connaître la position de celui-ci. En effet, il appartient au Surveillant des prix - et non pas au gouvernement cantonal - de décider s'il souhaite formuler des (nouvelles) recommandations (cf. arrêt du Conseil fédéral du 16 juin 1997 concernant l'arrêt du gouvernement argovien n° 440 du 6 mars 1996, consid. 5). Le gouvernement a donc en l'espèce clairement violé l'art. 14 LSPr. En outre, le gouvernement devait impérativement consulter les parties en vertu du droit d'être entendu de celles-ci (cf. consid. 4.1.2 ci-dessus), spécifié, de plus, à l'art. 47 al. 1 LAMal selon lequel le gouvernement cantonal qui fixe le tarif en l'absence d'une convention tarifaire convenue doit d'abord consulter les intéressés (cf. aussi consid. 6.6 ci-dessous). Dès lors, le gouvernement aurait dû informer les parties de sa volonté de fixer les tarifs 2012 et 2013 dans une même ordonnance et les inviter à présenter leur position sur le baserate 2013. Le gouvernement cantonal a ainsi également violé le droit d'être entendu des parties. Au vu des violations commises, les arguments de l'économie de procédure et du pragmatisme ne peuvent pas être retenus.
Les violations commises par le gouvernement cantonal s'agissant du tarif 2013 sont graves et justifient un renvoi de la cause concernant ce tarif pour cette raison déjà. De plus, il n'y a pas lieu d'examiner si ces violations pouvaient exceptionnellement être réparées dans le cadre de la présente procédure vu que le Surveillant des prix et les parties ont eu l'occasion de se déterminer sur le tarif 2013 (cf. à titre d'exemple : arrêt du TAF C-1087/2015 cité consid. 5.2.2 s.). En effet, l'affaire doit également être renvoyée pour des raisons portant sur le fond de l'affaire selon les considérants ci-dessous.
5. Sur le fond du recours, il sied d'examiner si le Conseil d'Etat du canton de Fribourg a correctement fixé, entre l'HFR et les recourantes, le prix de base 2012 à 10'150 francs pour les hospitalisations somatiques aiguës de l'hôpital.
6. Il est opportun d'exposer dans les grandes lignes le système légal du financement hospitalier déterminant (cf. art. 35 ss LAMal). Il est rappelé que la révision de la LAMal relative au financement hospitalier (modification du 21 décembre 2007; RO 2008 2049) est entrée en vigueur au 1er janvier 2009 et que selon la disposition transitoire y relative, la modification du financement hospitalier devait être mise en place au 31 décembre 2011 (al. 1). L'ordonnance dont est recours doit dès lors être examinée sur la base de la LAMal révisée.
6.1 En vertu de l'art. 24 LAMal, l'assurance-maladie obligatoire des soins prend en charge les coûts des prestations définies aux art. 25 à 31 LAMal, comme notamment le séjour à l'hôpital correspondant au standard de la division commune (art. 25 al. 2 let. e LAMal).
6.2
6.2.1 Aux termes de l'art. 35 al. 1 LAMal sont admis à pratiquer à charge de l'assurance obligatoire des soins les fournisseurs de prestations qui remplissent les conditions des art. 36 à 40 (LAMal; cf. art. 35 al. 2 let. h LAMal énonçant les hôpitaux).
6.2.2 L'art. 39 al. 1 LAMal définit les critères de qualité pour les hôpitaux et autres institutions. Selon l'art. 39 al. 1 LAMal, les établissements et celles de leurs divisions qui servent au traitement hospitalier de maladies aiguës ou à l'exécution, en milieu hospitalier, de mesures médicales de réadaptation (hôpitaux) sont admis à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins lorsqu'ils remplissent les exigences des services et de l'infrastructure (let. a à c), correspondent à la planification établie par un canton ou, conjointement, par plusieurs cantons afin de couvrir les besoins en soins hospitaliers (cf. let. d; condition de la couverture des besoins en soins et condition de coordination) et figurent sur la liste cantonale fixant les catégories d'hôpitaux en fonction de leurs mandats (let. e; conditions de publicité et de transparence; ATF 126 V 172 consid. 2b et références). L'art. 39 al. 2 LAMal impose aux cantons de coordonner leurs planifications.
6.3
6.3.1 L'art. 43 al. 1 LAMal pose le principe que les fournisseurs de prestations établissent leurs factures sur la base de tarifs ou de prix.
6.3.2 Conformément à l'art. 43 al. 4 LAMal, les tarifs et les prix sont fixés par convention entre les assureurs et les fournisseurs de prestations (conventions tarifaire) ou, dans les cas prévus par la loi, par l'autorité compétente. Ceux-ci veillent à ce que les conventions tarifaires soient fixées d'après les règles applicables en économie d'entreprise et structurées de manière appropriée. En outre, au regard de l'art. 43 al. 6 LAMal, les parties à la convention et les autorités compétentes veillent à ce que les soins soient appropriés et leur qualité de haut niveau, tout en étant le plus avantageux possible (cf. ATF 131 V 133 consid. 4).
6.3.3 Selon l'art. 43 al. 7 LAMal, le Conseil fédéral peut établir des principes visant à ce que les tarifs soient fixés d'après les règles d'une saine gestion économique et structurés de manière appropriée ; il peut aussi établir des principes relatifs à leur adaptation. Il a alors édicté l'art. 59c OAMal, en vigueur depuis le 1er août 2007 (RO 2007 3573). Selon son al. 1, l'autorité d'approbation au sens de l'art. 46 al. 4 LAMal (cf. consid. 6.5 ci-dessous) vérifie que la convention tarifaire respecte notamment le fait que le tarif couvre au plus les coûts de la prestation justifiés de manière transparente ainsi que les coûts nécessaires à la fourniture efficiente des prestations (al. 1 lit. a et b). Cas échéant, en vertu de l'art. 59c al. 1 let. c OAMal, elle vérifie en outre qu'un changement de modèle tarifaire ne doit pas entraîner de coûts supplémentaires (principe de la neutralité des coûts). Selon l'art. 59c al. 3 OAMal, ces principes sont applicables par analogie lorsque l'autorité compétente fixe les tarifs notamment en vertu de l'art. 47 LAMal.
6.4 Aux termes de l'art. 46 al. 1 LAMal, les parties à une convention tarifaire sont un ou plusieurs fournisseurs de prestations, ou fédérations de fournisseurs de prestations, d'une part, et un ou plusieurs assureurs ou fédérations d'assureurs, d'autre part.
6.5 Au vu de l'art. 46 al. 4 LAMal, la convention tarifaire doit être approuvée par le gouvernement cantonal compétent ou, si sa validité s'étend à toute la Suisse, par le Conseil fédéral. L'autorité d'approbation vérifie que la convention est conforme à la loi et à l'équité et qu'elle satisfait au principe d'économie (cf. également les dispositions citées sous consid. 9.3.2 et 9.3.3 ci-dessus).
6.6 Conformément à l'art. 47 al. 1 LAMal susmentionné, si aucune convention tarifaire n'a pu être conclue entre les fournisseurs de prestations et les assureurs, le gouvernement cantonal fixe le tarif, après avoir consulté les intéressés (cf. consid. 4.2.2 ci-dessus). En outre, le gouvernement cantonal doit s'assurer que le tarif fixé soit conforme à la loi et à l'équité et à ce qu'il satisfasse au principe de l'économie au sens de l'art. 46 al. 4 LAMal (ATAF 2010/25 consid. 7, 2010/24 consid. 4.3 et références).
6.7 Au regard de l'art. 14 al. 1 et 2 LSPr cité, le gouvernement qui décide ou approuve un tarif doit également consulter la Surveillance des prix et s'expliquer dans sa décision s'il s'écarte de l'avis de celle-ci (cf. consid. 4.2.2 ci-dessus).
6.8
6.8.1 L'art. 49 LAMal expose les modalités particulières pour l'adoption des conventions tarifaires avec les hôpitaux et les maisons de naissance. Elles trouvent également application lorsque le tarif est fixé d'autorité au sens de l'art. 47 LAMal (ATAF 2014/3 consid. 2.7).
6.8.2 Selon l'art. 49 al. 1 LAMal, les parties à une convention conviennent de forfaits pour rémunérer le traitement hospitalier, y compris le séjour et les soins à l'hôpital (art. 39 al. 1 LAMal) ou dans une maison de naissance (art. 29 LAMal). En règle générale, il s'agit de forfaits par cas. Les forfaits sont liés aux prestations et se basent sur des structures uniformes pour l'ensemble de la Suisse. Les partenaires à une convention peuvent convenir que des prestations diagnostiques ou thérapeutiques ne sont pas comprises dans le forfait mais facturées séparément. Les tarifs hospitaliers sont déterminés en fonction de la rémunération des hôpitaux qui fournissent la prestation tarifiée obligatoirement assurée, dans la qualité nécessaire, de manière efficiente et avantageuse. La version allemande énonce « Die Spitaltarife orientieren sich an der Entschädigung... », en italien « si rifanno », ce qui laisse aux partenaires tarifaires et à l'autorité fixant le tarif une certaine marge d'appréciation (ATAF 2014/36 consid. 6.8).
Les dispositions transitoires de la modification de la LAMal du 21 décembre 2007 (Financement hospitalier) prescrivent à l'al. 1 l'inclusion des coûts d'investissement dans la tarification. Pour l'année 2012, l'al. 4 des dispositions finales de la modification du 22 octobre 2008 de l'OAMal dans sa teneur au 1er décembre 2011 (RO 2011 5037) dispose que les coûts d'utilisation des immobilisations seront rémunérés, dans le cas d'un modèle de rémunération de type DRG, par un supplément de 10% (ATAF 2014/36 consid. 4.9.5).
Conformément à l'art. 49 al. 3 LAMal, les rémunérations au sens de l'al. 1 ne comprennent pas les parts que représentent les coûts des prestations d'intérêt général. Ces prestations comprennent en particulier le maintien des capacités hospitalières pour des raisons de politique régionale (cf. let. a) et la recherche et la formation universitaire (cf. let. b).
6.8.3 En application de l'art. 49 al. 2 LAMal, enjoignant les partenaires tarifaires à instituer conjointement avec les cantons une organisation compétente pour l'élaboration, le développement, l'adaptation et la maintenance des structures, la société d'utilité publique SwissDRG SA a été fondée. Les structures élaborées par l'organisation et leurs adaptations (voir l'art. 59d OAMal) sont soumises par les partenaires tarifaires au Conseil fédéral pour approbation (art. 49 al. 2, 5e phrase LAMal). La version 1.0 de la structure tarifaire SwissDRG (Diagnosis Related Groups) applicable à partir du 1er janvier 2012 dans le domaine somatique aigu a été approuvée par le Conseil fédéral le 6 juillet 2011 et la version 2.0, en vigueur dès le 1er janvier 2013, le 30 novembre 2012 (cf. les communiqués de presse « Le Conseil fédéral approuve la structure tarifaire SwissDRG » des 6 juillet 2011 et 30 novembre 2012, consultés sur internet le 16 novembre 2017; s'agissant d'une description du système tarifaire de type DRG cf. notamment Constatations SwissDRG SA sur la différenciation des prix, version 1.0 du 11 mai 2012 et Constatation du Conseil d'administration de SwissDRG SA, version 2.0 du 26 mai 2016, textes consultés sur le site internet de SwissDRG le 16 novembre 2017; arrêt du TAF C-1087/2015 cité consid. 6.4.3).
6.8.4 Aux termes de l'art. 49 al. 4 LAMal, en cas d'hospitalisation, la rémunération s'effectue conformément au tarif applicable à l'hôpital au sens de art. 49 al. 1 LAMal, tant que le patient a besoin, selon l'indication médicale, d'un traitement ou de soins ou d'une réadaptation médicale en milieu hospitalier. Si cette condition n'est plus remplie, le tarif, selon l'art. 50 LAMal, qui traite de la prise en charge des coûts dans les établissements médico-sociaux, est applicable.
6.8.5 Au regard de l'art. 49 al. 5 LAMal, les rémunérations au sens de l'art. 49 al. 1 et 4 LAMal épuisent toutes les prétentions de l'hôpital quant aux prestations prévues par la loi. Cette disposition est en accord avec la protection tarifaire prévue à l'art. 44 LAMal dont l'al. 1 stipule que les fournisseurs de prestations doivent respecter les tarifs et les prix fixés par convention ou par l'autorité compétente et qu'ils ne peuvent exiger de rémunération plus élevée pour des prestations fournies en application de la présente loi (ATF 141 V 206 consid. 2.1.2).
6.8.6 Conformément à l'art. 49 al. 7 LAMal, les hôpitaux doivent disposer d'instruments de gestion adéquats ; ils doivent en particulier, selon une méthode uniforme, tenir une comptabilité analytique ainsi qu'une statistique de leurs prestations pour calculer leurs coûts d'exploitation et d'investissements et classer leurs prestations. Ces instruments doivent comprendre toutes les données nécessaires pour juger du caractère économique, pour procéder à des comparaisons entre hôpitaux et pour établir la tarification ainsi que la planification hospitalière. Les gouvernements cantonaux et les partenaires tarifaires peuvent consulter les pièces.
6.8.7 Selon l'art. 49 al. 8 LAMal, en collaboration avec les cantons, le Conseil fédéral fait procéder à l'échelle nationale à des comparaisons entre hôpitaux, qu'il publie par la suite, en ce qui concerne notamment les coûts et la qualité des résultats médicaux. Les hôpitaux et les cantons doivent livrer les documents requis à cette fin.
6.8.8 En vertu de l'art. 49a al. 1 LAMal, les rémunérations au sens de l'art. 49 al. 1 LAMal sont prises en charge par le canton et les assureurs, selon leur part respective. Au vu de l'al. 2 de la disposition, le canton fixe pour chaque année civile, au plus tard neuf mois avant le début de l'année civile, la part cantonale pour les habitants du canton. Celle-ci se monte à 55% au moins ; toutefois, avant le 1er janvier 2017, l'al. 5 des dispositions transitoires de la modification du 21 décembre 2007 (Financement hospitalier) est réservé.
7. En l'occurrence, la fixation du prix de base (baserate ou valeur de base par cas) 2012 pour les forfaits par cas liés aux prestations, fondé sur la structure tarifaire SwissDRG (cf. art. 49 al. 1, 2ème et 3ème phrase LAMal) est contestée. Dans deux arrêts de principe le Tribunal de céans s'est prononcé sur des questions controversées se posant également dans la présente affaire (ATAF 2014/3, ATAF 2014/36, voir aussi arrêt du TAF C-2350/2014 du 29 janvier 2016 consid. 3.2-3.6).
7.1 Dans le nouveau système de financement des hôpitaux, les coûts propres d'un hôpital constituent la base pour le benchmarking, respectivement pour la détermination des coûts d'exploitation pertinents pour le benchmarking et des coûts par cas pondérés selon leurs gravités (valeur de base déterminante pour le benchmarking). Par contre, le baserate à fixer ne doit pas nécessairement correspondre aux coûts effectifs de l'hôpital car aucun principe de rémunération des coûts ne s'applique ; la pratique antérieure - développée et fondée sur l'ancien art. 49 al. 1 LAMal - prenant en compte les coûts imputables n'est plus applicable (ATAF 2014/3 consid. 2.8.5) et la fixation d'un tarif uniquement au regard des coûts de l'hôpital concerné n'est pas adéquat, ni conforme au nouveau financement hospitalier selon la LAMal (arrêt du TAF C-3846/2013 et C-3892/2013 du 25 août 2015 consid. 6.2, arrêt partiel du TAF C-6391/2014 du 26 février 2015 consid. 4.8).
Il s'ensuit que les gains d'efficience des hôpitaux (ayant une valeur de base inférieure au benchmark déterminé conformément à la LAMal) ne sont pas contraires à la loi (ATAF 2014/3 consid. 2.9.4.4 et 2.9.5).
De plus, l'art. 59c al. 1 let. a OAMal cité (cf. consid. 6.3.3 ci-dessus) aux termes duquel le tarif couvre au plus les coûts de la prestation justifiés de manière transparente, doit être interprété selon la loi dans le sens que les coûts justifiés de la prestation ne sont pas ceux de l'hôpital concerné dont le tarif est examiné mais ceux de l'hôpital ayant déterminé le benchmark (et au montant duquel les tarifs hospitaliers doivent s'orienter conformément à l'art. 49 al. 1, 5e phrase LAMal; ATAF 2014/3 consid. 2.10.1).
7.2 Le tarif (baserate) selon l'art. 49 al. 1, 5e phrase LAMal est déterminé sur la base d'une comparaison avec d'autres hôpitaux qui fournissent la prestation tarifée obligatoirement assurée, dans la qualité nécessaire, de manière efficiente et avantageuse. Pour la détermination et le choix de ces hôpitaux de référence une comparaison de coûts par cas entre hôpitaux est en principe nécessaire (cf. ATAF 2014/36 consid. 3.6 et 6.7).
7.3 La disposition prévoyant que les comparaisons des frais d'exploitation des hôpitaux ne doivent s'effectuer qu'entre hôpitaux comparables (ancien art. 49 al. 7 LAMal) n'est dans le droit révisé plus maintenue. Le système de la tarification uniforme ouvre en principe la possibilité d'une comparaison des hôpitaux indépendamment de leurs types et catégories, la plus grande transparence et large comparabilité des tarifs hospitaliers étant l'un des buts de la révision de la loi (ATAF 2014/36 consid. 3.8).
7.4 Dans l'ATAF 2014/36 il est exposé quelles sont les conditions idéales d'une comparabilité des coûts par cas (consid. 4) et lesquelles de ces conditions manquent encore ou doivent être améliorées (consid. 5). Au nombre des conditions qui manquent ou respectivement qui doivent être améliorées il y a lieu de relever la comparabilité des coûts des hôpitaux à l'échelle nationale (art. 49 al. 8 LAMal), l'uniformisation du calcul des coûts et de la classification des prestations (art. 49 al. 7 LAMal) et l'amélioration et la précision de la structure tarifaire. En vue de la formation future des prix il est essentiel que l'obligation d'établir une comparaison des hôpitaux, notamment en ce qui concerne les coûts, soit le plus rapidement mise en oeuvre. Ceci implique que déjà dans la phase d'introduction la mise en oeuvre visant les objectifs déterminés par le législateur est requise. Les partenaires tarifaires et les autorités avalisant et fixant les tarifs ont toutefois la possibilité par défaut de pouvoir se fonder sur des données existantes les plus probantes et de « combler » les manquements constatés par des mesures de correction appropriées. Dans ce contexte le TAF reconnaît - au moins durant la phase de l'introduction des forfaits par cas liés aux prestations - aux autorités de première instance une importante marge de manoeuvre lors de la mise en place des règles sur la formation des prix selon l'art. 49 al. 1, 5e phrase LAMal, respectivement lors de la mise en place du benchmarking. Si le mode de procéder de l'autorité de première instance (pour fixer la valeur de base par cas) paraît soutenable la décision est confirmée même si d'autres modes paraissent mieux appropriés pour atteindre les buts visés de la loi (ATAF 2014/36 consid. 5.4; voir aussi ATAF 2014/3 consid. 10.1.4; cf. aussi consid. 3.2 ci-dessus).
7.5 Le Tribunal a examiné quelles mesures correctives dans une phase initiale de transition de système pouvaient être appropriées et acceptables (ATAF 2014/36 consid. 6). Ainsi, le choix d'une sélection représentative (échantillon) d'hôpitaux prodiguant des soins somatiques aigus peut être admis comme acceptable bien que pour la comparabilité des hôpitaux il soit préférable idéalement de partir de l'ensemble des hôpitaux (consid. 6.1). Par contre, s'agissant d'un benchmarking par groupe (par ex. en fonction des catégories d'hôpitaux), le Tribunal a notamment relevé qu'un tel benchmarking allait à l'encontre de l'idée de la plus large comparabilité possible des hôpitaux à l'échelle nationale (consid. 6.6.1) et que pour les développements futurs de la formation des prix, les catégorisations étaient peu judicieuses, la détermination de catégories posant déjà des problèmes (consid. 6.6.4). Toutefois, le TAF a admis que dans la phase introductive du nouveau système la décision d'un gouvernement cantonal pouvait se fonder pour des hôpitaux particuliers sur une comparaison limitée entre ceux-ci (consid. 6.6.6; par ex. les hôpitaux universitaires [arrêt du TAF C-2255/2013 et C-3621/2013 du 24 avril 2015 consid. 4] et les hôpitaux pour enfants [arrêts du TAF C-6392/2014 du 27 avril 2015 consid. 5.3 et références]). En outre, le Tribunal a admis que dans le cadre de la négociation et fixation du tarif il pouvait cas échéant être retenu, afin de tenir compte de la situation spécifique du fournisseur de prestations et pour des motifs d'équité, des valeurs de base par cas différenciées, se fondant sur une valeur de référence (cf. ATAF 2014/36 consid. 6.8, voir aussi consid. 3.4 et 22.3 ss).
7.6 Même si d'un point de vu idéal un benchmarking est basé sur les coûts et ne repose pas sur les prix convenus, des exceptions au principe de la comparaison de coûts sont possibles. Ainsi, aussi longtemps que les cantons ne disposent pas des données de coûts exploitables, il peut, cas échéant, être accepté à titre exceptionnel que les gouvernements s'orientent vers les tarifs fixés ou convenus pour des autres hôpitaux ; l'on parle alors d'un benchmarking des prix (sur les conditions à remplir : ATAF 2014/36 consid. 6.7; arrêts du TAF C-4190/2013 du 25 novembre 2014 consid. 3.3.3, C-3425/2013 du 29 janvier 2015 consid. 4.4.3 non publié dans les ATAF 2015/8; le benchmarking des prix n'a pas été admis : ATAF 2014/36 consid. 12).
8.
8.1 Dans le cas concret, le Conseil d'Etat a déterminé dans un premier temps une valeur de base pertinente pour le benchmarking de 12'208 francs (les coûts d'utilisation des immobilisations inclus), compte tenu de son propre calcul des coûts d'exploitation de l'HFR, basé sur les données 2010. Il a ensuite examiné l'économicité du prix et a considéré qu'afin d'assurer une comparaison entre établissements comparables, celle-ci devrait se faire au niveau des hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisé (niveau 2) de type K112. Il a de plus été d'avis qu'en matière d'application de référentiel, une période de transition et de durcissement progressif s'impose afin de permettre aux hôpitaux les plus chers d'analyser les causes du surcoût et de mettre en oeuvre des améliorations nécessaires pour s'adapter au nouveau système. Il a alors rejeté aussi bien le benchmarking de la Surveillance des prix, appuyé sur les données de cinq hôpitaux, que le benchmarking opéré par tarifsuisse sa, prenant en compte les données de 74 hôpitaux sélectionnés et pratiquant un référentiel au 1er quartile. Il a également estimé qu'une comparaison avec les autres hôpitaux fribourgeois n'était pas applicable. Le gouvernement, faute de données concrètes et dans une approche pragmatique, a finalement tenu compte des benchmarkings de H+ et de la communauté d'achat HSK pour les hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée (niveau 2), soit de leurs médianes (10'555 francs respectivement 10'060 francs) et a considéré que le baserate de 10'150 francs, négocié entre HSK et l'HFR pour 2012 (et de 10'070 francs pour 2013) et approuvé par ordonnance du 1er avril 2014, inférieur aux coûts imputables calculés, était économique et pouvait également être fixé pour les autres assureurs-maladie.
8.2 A titre initial, il est remarqué que c'est à juste titre que le gouvernement a fondé la détermination du baserate sur un examen de l'économicité et non pas sur les coûts de l'HFR. Les recourantes remarquent à ce sujet que les coûts de l'HFR, constatés tant par elles-mêmes que par le Surveillant des prix - respectivement les valeurs de base pertinentes pour le benchmarking d'après ces coûts (11'631 francs selon la Surveillance des prix [TAF pce 1 annexe 18 p. 4]) - sont supérieurs au tarif édicté ; elles ne formulent donc pas de griefs en la matière.
Le TAF n'examine par conséquent pas le calcul des coûts de l'HFR. Il tient cependant à rappeler - compte tenu notamment des remarques du Surveillant des prix et de l'OFSP - que la comparaison entre hôpitaux nécessite l'existence de données sur les coûts de qualité issues d'une comptabilité analytique conformes aux prescriptions légales de la LAMal et de l'ordonnance sur le calcul des coûts et le classement des prestations par les hôpitaux, les maisons de naissance et les établissements médico-sociaux dans l'assurance-maladie (OCP, RS 832.104).
Par ailleurs, afin de déterminer la valeur des coûts d'exploitation pertinente pour le benchmarking, le Conseil d'Etat a remarqué à juste titre qu'il n'y a pas lieu d'opérer de soustractions pour manque de transparence (ATAF 2014/36 consid. 4.5; arrêt du TAF C-4223/2013 du 26 mars 2015 consid. 5.6.2) ou surcapacités (cependant, au vu de l'art. 49 al. 3 let. a LAMal les coûts relatifs au maintien volontaire des capacités hospitalières pour des raisons de politique régionale ne doivent pas être pris en charge par l'assurance-maladie obligatoire; ATAF 2014/36 consid. 4.9.6).
8.3 S'agissant de l'examen de l'économicité du tarif 2012 fixé à 10'150 francs, il y a lieu d'examiner si les considérations du gouvernement fribourgeois sont conformes au droit et soutenables compte tenu de l'importante marge de manoeuvre dont il bénéficie afin de combler le fait que les conditions pour un benchmarking idéal n'étaient incontestablement pas encore réunies en 2012 (cf. consid. 7.4 ci-dessus), ce que le gouvernement a souligné à plusieurs reprises.
9.
9.1 L'examen de l'économicité effectué par le Conseil d'Etat fribourgeois repose sur l'idée qu'il faut pratiquer, selon le gouvernement, un benchmarking différencié pour les établissements universitaires, les hôpitaux centraux et les autres hôpitaux et que, concrètement, le benchmarking pour l'HFR doit réunir les seuls hôpitaux de soins centralisés du niveau 2 selon la typologie de l'Office fédéral de la statistique (OFS). La jurisprudence invoquée par le Conseil d'Etat concerne cependant l'ancien droit (cf. consid. 7.3 ci-dessus). Or, selon la jurisprudence du TAF, la formation de groupes de benchmark selon une typologie des hôpitaux est contraire au nouveau système de tarification uniforme, reposant dans l'idéal sur une comparaison entre hôpitaux à l'échelle nationale très large, seule une différenciation entre les hôpitaux universitaires, hôpitaux pour enfants et les autres hôpitaux étant admise dans la phase initiale (cf. consid. 7.5 ci-dessus). En outre, le TAF a relevé qu'un lien entre la typologique des hôpitaux créée par l'OFS et l'éventail des prestations effectivement fournies - pouvant cas échéant expliquer une différence de coûts entre hôpitaux inhérentes à la structure tarifaire - n'est établi ni d'une façon qualitative ni quantitative (cf. ATAF 2014/36 consid. 6.6 ss). Dès lors, le gouvernement fribourgeois, dans la mesure où il rejette les benchmarkings de la Surveillance des prix et de tarifsuisse sa pour la raison qu'ils tiennent compte d'hôpitaux qui ne sont pas, selon lui, comparables à l'HFR, ne saurait être suivi. De même, le benchmarking pratiqué par le canton compte tenu des données de HSK, limité aux seuls hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée est contraire au système de tarification.
Toutefois, le TAF a admis dans sa jurisprudence que le gouvernement cantonal peut tenir compte, pour des motifs d'équité, de la situation spécifique d'un fournisseur de prestation ; une rémunération plus importante de l'hôpital concerné peut alors se justifier lorsque ses particularités entraînent des coûts plus élevés (cf. ATAF 2014/36 consid. 6.8, voir aussi consid. 3.4 et 22.3 ss; consid. 7.5 ci-dessus). Une différence tarifaire pour un hôpital déterminé doit cependant être motivée (cf. ATAF 2014/36 consid. 6.8.6 et 22.8). En outre, dans les premières années d'introduction du nouveau système tarifaire, le TAF a reconnu qu'il peut être légitime de permettre à l'établissement en cause de s'adapter aux nouvelles conditions, afin de pouvoir analyser, cas échéant, les causes des surcoûts et de mettre en oeuvre les améliorations nécessaires. Il s'agit également d'éviter de mettre en péril la survie d'hôpitaux essentiels - tel l'HFR pour le canton de Fribourg - pour assurer la couverture suffisante des besoins de la population (cf. arrêt du TAF C-3425/2013 cité consid. 4.2.7 non publié dans les ATAF 2015/8). Toutefois, il faut se fonder dans un premier temps sur un benchmark respectant dans la mesure du possible les conditions légales, basé sur une comparaison vaste et pratiqué sans différenciation selon la typologie des hôpitaux. Evidemment, le tarif à fixer ne peut correspondre au coût par cas déterminé pour l'hôpital concerné ; en effet, il faut que l'hôpital fasse des efforts afin de pouvoir travailler avec le tarif fixé tout en couvrant ses coûts (cf. arrêt du TAF C-3425/2013 cité consid. 4.2.7 cité).
9.2 Le gouvernement cantonal défend également l'idée qu'en matière du référentiel apporté au benchmarking, il faut une période de transition et de durcissement progressif. Il rejette ainsi le référentiel au 1er quartile pratiqué par tarifsuisse sa qui est selon lui trop bas et se réfère à la méthode de la communauté d'achat HSK, pratiquant un référentiel au 40e percentile, à celle de la conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS), proposant un référentiel entre la médiane et le 40e percentile, et à celle d'H+ qui propose le 75e percentile. Finalement, il défend pour le tarif en cause la médiane (50e percentile), constatant que cela correspond aux recommandations de la CDS et que d'autres cantons ont appliqué des niveaux similaires.
9.2.1 Dans sa jurisprudence, le TAF a relevé - comme le gouvernement cantonal l'invoque d'ailleurs à juste titre - que le législateur et le Conseil fédéral n'ont pas encore concrétisé le critère de l'efficience des prestations hospitalières tarifée au sens de l'art. 49 al. 1, 5ème phrase LAMal et que les partenaires tarifaires et les cantons bénéficient - au moins dans la phase introductive du nouveau système tarifaire - d'un large pouvoir d'appréciation (ATAF 2015/8 consid. 4.2.5 s.).
9.2.2 Le Tribunal a également considéré que la stabilisation des coûts poursuivie par la révision légale et le fait que les tarifs hospitaliers ne résultent pas d'une concurrence effective entre les hôpitaux parlent en faveur d'une application stricte du critère de l'efficience des prestations fournies, soit concrètement d'une fixation d'un percentile bas (ATAF 2015/8 consid. 4.2.4, 2014/36 consid. 10.2.2-10.2.4). D'autre part, le Tribunal a considéré qu'au moins pendant la période d'introduction du changement tarifaire, il ne sied pas de fixer une échelle d'efficience trop rigoureuse afin d'assurer le financement des hôpitaux indispensables pour la couverture des besoins de la population (ATAF 2015/8 consid. 4.2.4, 2014/36 consid. 10.2.2-10.2.4). Le Conseil d'Etat remarque alors à juste titre qu'une fixation trop basse du référentiel peut mettre en péril la qualité des prestations, voire la survie de certains hôpitaux nécessaires avant même qu'ils n'aient pu entreprendre des mesures d'adaptation ce qu'il sied d'éviter (cf. aussi consid. 9.1 ci-dessus).
9.2.3 Le TAF a encore démontré que le choix d'un référentiel précis (25%, 40%, 50% ou 75%) n'explique pas quelle échelle d'efficience a été appliquée, le percentile dépendant dans une très large mesure de la méthode d'après laquelle il a été déterminé, compte tenu soit du nombre des hôpitaux, du nombre des cas ou du case mix. Ainsi, à titre d'exemple, s'agissant des données à la base du benchmarking de tarifsuisse sa, le Tribunal a établi que les valeurs du benchmark arrêté au 25e percentile varient selon la méthode appliquée autant que les valeurs arrêtées entre le 25e et le 50e percentile (ATAF 2015/8 consid. 4.3 et 4.3.3 s.).
9.2.4 Le Tribunal a également constaté qu'il ne lui appartient pas, pour l'instant au moins, de définir l'échelle de l'efficience en fixant un percentile obligatoire. En effet, les comparaisons des hôpitaux au niveau national au sens de l'art. 49 al. 8 LAMal n'étaient pas encore disponibles et plusieurs conditions permettant une comparabilité des coûts par cas étant manquantes ou devant être améliorées (ATAF 2015/8 consid. 4.2.6; cf. aussi consid. 7.4 ci-dessus). De plus, une méthode uniforme du benchmarking faisait également défaut, les différentes parties pratiquant des benchmarkings selon des méthodes très différentes s'agissant des hôpitaux de référence retenus (inclusion ou non-inclusion des hôpitaux universitaires, des hôpitaux de très petite taille ou des maisons de naissance), de la prise en compte des données sur les coûts et prestations, aussi celles intransparentes, et du percentile et de la méthode selon laquelle celui-ci est déterminée (cf. notamment : ATAF 2015/8 consid. 4.2.6 et 4.3.4). Le gouvernement soulève ces éléments à juste titre.
9.2.5 A titre d'exemple, dans l'affaire zurichoise, le TAF a estimé que la fixation du benchmark au 40e percentile était dans le cas concret soutenable notamment compte tenu du large pouvoir d'appréciation du gouvernement cantonal (ATAF 2014/36 consid. 10.3). Dans l'affaire concernant le canton de Glaris, il a considéré que la décision du canton d'appliquer le 50e percentile n'était pas contraire à la loi (ATAF 2014/36 consid. 4, 4.3 ss, surtout 4.3.5).
9.2.6 Dans le cas concret, le question de savoir si le canton pouvait retenir comme référentiel le 50e percentile (médiane) peut rester ouverte compte tenu des considérations suivantes.
9.3 Le canton de Fribourg a ensuite tenu compte du benchmark de H+ s'élevant à la médiane à 10'555 francs. Il a également pris en compte la médiane du benchmark de HSK limité aux hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée (niveau 2), se montant à 10'060 francs. Il a considéré que le benchmark de HSK a un rôle particulier, car la communauté d'achat a vraisemblablement tenu compte de ce dernier pour retenir que le baserate 2012 de 10'150 francs négocié avec l'HFR était économique. Il a encore noté que ce baserate de 10'150 francs se situe bien en dessous des coûts imputables calculés (12'208 francs) et de la médiane du benchmarking de H+ (10'555 francs) et juste en dessus de la médiane du benchmarking de HSK retenu de 10'060 francs.
Le TAF ne peut suivre les considérations du gouvernement cantonal pour les raisons ci-après :
9.3.1 La présente affaire présente des similitudes avec celle du canton de Glaris, C-3425/2013 jugée le 29 janvier 2015, partiellement publiée dans les ATAF 2015/8. Dans cette cause, le TAF a confirmé la manière de procéder du gouvernement cantonal qui a appliqué pour l'Hôpital cantonal Glaris SA, l'unique hôpital du canton figurant sur la liste hospitalière cantonale, un référentiel de 50% et s'est appuyé, faute d'un benchmarking idéal alors disponible, sur les benchmarkings du canton de Zurich (9'580 francs au 50e percentile) et de HSK (9'759 francs au 50e percentile) pour finalement fixer le prix de base 2012 à 9'750 francs tel que convenu entre l'hôpital et HSK. Le TAF a cependant expressément relevé que ce baserate de 9'750 francs était très élevé s'agissant d'une part d'un hôpital pour lequel le gouvernement n'a pas invoqué des particularités spécifiques pouvant justifier une augmentation du tarif et, d'autre part, compte tenu des baserates confirmés par le Tribunal pour les hôpitaux Triemli et Waid du canton de Zurich s'élevant à 9'480 francs. Selon le Tribunal, cette valeur base était probablement à la limite du pouvoir d'appréciation d'un gouvernement cantonal, acceptable pour la première année d'introduction du nouveau financement hospitalier (arrêt du TAF C-3425/2013 cité consid. 4.4.5 non publié dans les ATAF 2015/8).
9.3.2 Or, en l'espèce, le prix de base fixé à 10'150 francs par le gouvernement est encore plus élevé que celui confirmé pour l'hôpital cantonal Glaris SA, le dépassant de 400 francs. Le tarif de 10'150 francs est même supérieur à la médiane du benchmarking de HSK limité aux hôpitaux de soins généraux avec prise en charge centralisée (niveau 2), se montant à 10'060 francs, alors que ce benchmarking est en soi déjà critiquable (cf. consid. 9.1 ci-dessus). Le gouvernement fribourgeois a alors dépassé son pouvoir d'appréciation même s'il s'agit de la première année d'introduction du nouveau système tarifaire et que l'HFR joue, selon lui, un rôle particulier dans le canton, ce qui n'était pas le cas de l'hôpital cantonal Glaris SA, du moins le gouvernement du canton de Glaris ne l'a pas relevé ; il est rappelé qu'une différence tarifaire pour un hôpital déterminé doit être motivée (cf. ATAF 2014/36 consid. 6.8.6 et 22.8; consid. 9.1. ci-dessus).
Par ailleurs, si pour la phase d'introduction du nouveau financement hospitalier, il est admis que les gouvernements cantonaux peuvent, le cas échéant, s'appuyer à titre exceptionnel sur les tarifs fixés ou convenus pour les autres hôpitaux (cf. consid.7.6 ci-dessus), en aucun cas le benchmarking des prix ne peut se référer aux tarifs convenus pour l'établissement concerné, tel que l'a pratiqué le gouvernement fribourgeois. Ceci contrevient clairement à la loi qui prévoit une comparaison entre hôpitaux à l'échelle nationale (art. 49 al. 7 et 8 LAMal). De plus, contrairement à ce que semble prétendre le gouvernement fribourgeois, un prix convenu entre les parties tarifaires ne garantit pas qu'il soit économique, les tarifs du traitement hospitalier ne résultant pas d'une concurrence économique effective (ATAF 2014/36 consid. 10.2.3 et références).
Par conséquent, le TAF ne saurait confirmer le tarif 2012 fixé.
10.
10.1 Faute de pouvoir confirmer le tarif 2012 de 10'150 francs, il sied d'examiner si le Tribunal peut donner suite aux conclusions subsidiaires des recourantes tendant principalement à la fixation d'un baserate de 8'974 francs, tel que recommandé par la Surveillance des prix (cf. SSP pce 13), ou, subsidiairement à une valeur de 9'199 francs, comme le demande tarifsuisse sa (SSP pce 19).
10.2 Dans son arrêt de principe ATAF 2014/36 (consid. 9.2), le TAF a remarqué que la méthode de la Surveillance des prix, fondée pour les hôpitaux non-universitaires sur une comparaison des valeurs de base de cinq hôpitaux de référence des cantons de Zurich et de Thurgovie, manque de transparence et ne permet pas de déterminer si les hôpitaux sélectionnés représentent suffisamment la totalité des hôpitaux suisses travaillant d'une manière efficiente. De surcroît, le TAF a constaté que la méthode de la Surveillance de prix pour déterminer les coûts pertinents ne peut pas être suivie non plus (ATAF 2014/36 consid. 9.2, 2014/3 consid. 3 ss; arrêt du TAF C-3425/2013 cité consid. 4.4.2 non publié dans les ATAF 2015/8; s'agissant de la déduction pour manque de transparence et surcapacité : consid. 8.2 ci-dessus).
Dès lors, le TAF ne saurait fixer un baserate 2012 de 8'974 francs, tel que relevé par la Surveillance des prix.
10.3 Le TAF ne saurait par ailleurs pas non plus fixer le baserate 2012 à 9'199 francs, réclamé subsidiairement par les recourantes. Ce montant résulte du benchmarking de tarifsuisse sa qui a déterminé un benchmark sans investissements de 8'533 francs, auquel a été ajouté un supplément pour les investissements de 10% et une déduction pour intransparence de 2%.
Premièrement, selon la jurisprudence, la déduction pour intrasparence n'est pas conforme à la loi (cf. consid. 8.2 ci-dessus).
De plus, dans l'affaire du canton de Glaris, le TAF a relevé que le benchmarking de tarifsuisse sa, opérant un nivellement de tous les baserates des hôpitaux sélectionnés à un quartile (soit à 8'571 francs) afin de retenir les seuls coûts d'une prestation efficiente, n'est pas conforme à l'art. 49 al. 1, 5ème phrase LAMal. En effet, une comparaison appropriée des hôpitaux doit aussi se fonder sur les coûts des hôpitaux qui ne fournissent pas les prestations d'une manière efficiente (ATAF 2015/8 consid. 4.3.1 s.; cf. également arrêts du TAF C-4232/2014 du 26 avril 2016 consid. 5.1.7, C-5749/2013 du 31 août 2015 consid. 3.7, C-3497/2013 du 26 janvier 2015 consid. 3.8.2).
Pour ces motifs déjà, un baserate 2012 à 9'199 francs ne saurait être fixé.
Cela étant, le TAF a également constaté, dans cette l'affaire glaronnaise mentionnée, que l'on ne peut pas rejeter le benchmarking de tarifsuisse sa dans son ensemble et que le gouvernement aurait pu procéder, d'après les données de tarifsuisse sa, à une comparaison des coûts par cas (cf. arrêt du TAF C-3425/2013 cité consid. 4.4.1 non publié dans les ATAF 2015/8). Le TAF a alors relevé que la valeur de référence, compte tenu des chiffres déposés en cause et sans le nivellement critiqué, s'élevait au 50e percentile à 9'888 francs, au 40e percentile à 9'809 francs et au 25e percentile à 9'499 francs (investissements de 10% inclus; cf. al. 4 des dispositions finales de la modification du 22 octobre 2008 de l'OAMal; consid. 6.8.2 ci-dessus) dans le cas où le référentiel est déterminé en fonction du nombre des hôpitaux (ATAF 2015/8 consid. 4.3.3). Ces valeurs sont supérieures à celle réclamée par tarifsuisse sa dans la présente procédure. Partant, un baserate 2012 de 9'199 francs, plus bas que les valeurs énoncées, ne saurait être retenu.
11. En conséquence, compte tenu de toute ce qui précède, l'ordonnance attaquée doit être annulée.
Le TAF donne alors suite à la conclusion principale des recourantes et renvoie l'affaire au sens de l'art. 61 al. 1 PA au gouvernement cantonal pour nouvelle fixation des tarifs 2012 et 2013. En effet, il n'appartient pas au TAF de pratiquer un benchmarking à la place de l'autorité inférieure et de fixer un tarif qui pourrait tenir compte d'autres considérations encore (cf. notamment consid. 9.1 notamment). En matière de fixation de tarif plusieurs décisions d'appréciation doivent être prises pour lesquelles le gouvernement cantonal est compétent et non pas le Tribunal (ATAF 2015/39 consid. 20, 2014/3 consid. 10.4 en relation avec consid. 3.2.7 et 10.1.4 ; cf. aussi consid. 3.2 ci-dessus). Par ailleurs, si le TAF fixait lui-même le tarif par une décision réformatrice, les parties intéressées ne disposeraient que d'une seule instance, sans possibilité de recours (cf. art. 83 let. r de la loi sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]), ce qui serait également délicat eu égard à la garantie de l'accès au tribunal, ancrée dans l'art. 29a Cst. (ATAF 2015/39 consid. 20). Enfin, contrairement à ce que prétend le gouvernement, le TAF estime que la fixation des tarifs 2012 et 2013 ne nécessitera pas un travail administratif disproportionné, étant incontesté qu'en l'état les conditions idéales pour un benchmarking ne peuvent pas être réunies (cf. consid. 7.4 ci-dessus). Ceci n'empêche cependant pas que le canton peut se référer aux différentes données disponibles, notamment celles de tarifsuisse sa et de HSK (cf. notamment arrêt du TAF C-3425/2013 cité consid. 4.4.1 et 4.4.4 non publiés aux ATAF 2015/8) et aux tarifs confirmés par le Tribunal. Le renvoi, nécessaire pour les raisons susmentionnées, ne viole ainsi pas non plus le principe de proportionnalité qui exige que la mesure soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude), que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) et qu'il existe un rapport raisonnable entre les différents intérêts en cause (principe de la proportionnalité au sens étroit; cf. notamment ATF 142 I 76 consid. 3.5.1).
12. La question de la compensation invoquée par les recourantes ne constitue pas l'objet du présent litige et peut être convenue entre les partenaires tarifaires (cf. arrêt du TAF C-1220/2012 du 22 septembre 2015 consid. 8.2) une fois les tarifs fixés.
13. Il reste encore à examiner la participation des parties aux frais de procédure et l'allocation des dépens.
13.1
13.1.1 En vertu de l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. A titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis. Au vu de l'art. 63 al. 2 PA, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure.
L'émolument est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière (cf. art. 63 al. 4bis PA et art. 2 al. 1 du règlement concernant les frais dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF]). Dans les contestations non pécuniaires, le montant de l'émolument se situe entre 200 et 5'000 francs et dans les autres contestations entre 200 et 50'000 francs (cf. art. 3 et 4 FITAF). Selon la jurisprudence du Tribunal de céans, bien que les procédures portant sur le tarif soient de nature pécuniaire, l'émolument judiciaire est fixé selon les règles générales de l'art. 63 al. 4bis PA, dans la mesure où les données fiables permettant de déterminer la valeur litigeuse font régulièrement défaut (ATAF 2010/14 consid. 8).
13.1.2 En l'espèce, compte tenu des affaires similaires, il sied de fixer les frais de procédure à 4'000 francs (cf. arrêt du TAF C-2142/2013 du 20 octobre 2015 consid. 21.2 qui n'a pas été publié dans les ATAF 2015/39).
13.1.3 Les recourantes qui ont obtenu gain de cause compte tenu de leur conclusion principale, ne doivent pas participer aux frais de procédure. L'avance de frais de 8'000 versée (TAF pces 2 et 4) leur est restituée par la caisse du Tribunal.
13.1.4 L'intimé qui est partie à la présente procédure (cf. consid. 2 ci-dessus) et a déposé des conclusions propres a été débouté (cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n° 4.40 et 4.41 p. 254; cf. aussi arrêts du TAF C-6229/2011 du 5 mai 2014 consid. 13.1, C-1390/2008 du 9 mars 2011 consid. 8.1.4). Il doit prendre en charge les frais de procédure et versera le montant de 4'000 francs sur le compte du Tribunal. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation.
13.2
13.2.1 Selon les art. 64 PA et 7 FITAF, le Tribunal peut allouer à la partie ayant obtenu gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. En vertu de l'art. 7 al. 2 FITAF, lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion. Aux termes de l'art. 64 al. 2 PA, lorsque les dépens ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, ils sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie (cf. art. 8 al. 1 FITAF).
Le TAF fixe l'indemnité d'office dans le cas où il n'a pas reçu de décomptes (cf. art. 14 al. 2 FITAF), en tenant compte de l'importance et de la difficulté du litige, ainsi que du travail et du temps y consacré.
13.2.2 En l'espèce, les recourantes n'ayant présenté aucun décompte, le Tribunal estime qu'un forfait de 10'000 francs (TVA et frais inclus) doit leur être alloué à charge de l'intimé. Il est précisé que les recourantes 1, 39, 45 et 47 ont aussi droit aux dépens. En effet, les recourantes représentées par des avocats ont droit à des dépens qui sont une indemnité pour les frais (de représentation; cf. art. 8 al. 1 FITAF cité) nécessaires qu'elles ont encourus du fait du recours (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, Volume II : Les actes administratifs et leur contrôle, 3ème édition 2011, p. 828). La question de savoir si les coûts occasionnés étaient nécessaires s'examine à la lumière de l'état de la procédure tel qu'il se présentait aux recourantes au moment où les frais ont été engendrés (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_445/2009 du 23 février 2010 consid. 5.3; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème édition 2013, ch. 4.62 et 4.68, pp. 262 et 265 s.; Philippe Weissenberger/Astrid Hirzel, Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz (VwVG), 2ème édition 2016, art. 7 VGKE [FITAF] ch. 9 p. 1499). Or, en l'espèce, les recourantes 1, 39, 45 et 47, qui se représentent elles-mêmes depuis 2016 (TAF pce 29), ont été représentées, tout comme les autres recourantes, durant toute l'instruction de la présente cause par tarifsuisse sa, respectivement par l'avocat mandaté, ce qui justifie leur participation aux dépens.
13.2.3 Eu égard à l'art. 7 al. 3 FITAF, l'autorité intimée n'a pas droit aux dépens.
14. La présente décision est définitive. En application de l'art. 83 let. r de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110), les décisions en matière d'assurance-maladie rendues par le Tribunal de céans en vertu de l'art. 33 let. i LTAF en relation avec l'art. 53 al. 1 LAMal ne peuvent pas être attaquées devant le Tribunal fédéral (ceci même si l'art. 34 LTAF, auquel se réfère l'art. 83 let. r LTF, a été abrogé le 1er janvier 2009 et remplacé par les art. 53 al. 1 et 90a LAMal).
Le dispositif se trouve aux deux pages suivantes.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est admis dans le sens que l'ordonnance du 8 avril 2014 est annulée et l'affaire renvoyée au gouvernement cantonal pour nouvelle décision.
2.
2.1 Les frais de procédure de 4'000 francs sont mis à la charge de l'intimé. Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal dans un délai de 30 jours à compter de la date de facturation.
2.2 L'avance de frais de procédure de 8'000 francs versée par les recourantes leur sera restituée par la caisse du Tribunal.
3. L'intimé versera aux recourantes une indemnité à titre de dépens de 10'000 francs.
4. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourantes (Acte judiciaire; annexe : formulaire adresse de paiement)
- à CSS Assurance-maladie SA (Droit & Compliance, Versicherungsrecht, Tribschenstrasse 21, Case postale 2568, 6002 Lucerne) 4 exemplaires pour elle-même, INTRAS Assurance-maladie SA, Arcosana SA et Sanagate SA (Acte judiciaire)
- à l'intimé (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ROF 2014_041; Acte judiciaire)
- à l'Office fédéral de la santé publique (Recommandé)
- à la Surveillance des prix (Recommandé)
La présidente du collège :
La greffière :
Madeleine Hirsig-Vouilloz
Barbara Scherer
Expédition :