bvger · A-2229/2019 · 2020-02-19 · fr
A-2229/2019

Infrastructure ferroviaire

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-2229/2019
Arrêt du 19 février 2020
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Jürg Steiger, Jérôme Candrian, juges,
Arnaud Verdon, greffier.
Parties
1. A._______,
2. B._______,
(...),
3. C._______,
(...),
4. D._______,
(...),
5. E._______,
(...),
toutes représentées par
Maître Adrienne Favre,
Etude Pépinet 4, Place Pépinet 4,
Case postale 6919, 1002 Lausanne,
recourantes,
contre
Transports Publics de la Région Lausannoise SA, Chemin du Closel 15, Case postale, 1020 Renens VD 1,
représentée par
Maître Alain Thévenaz, Freymond, Tschumy & Associés, Rue du Grand-Chêne 5, Case postale 6852, 1002 Lausanne,
intimée,
et
Office fédéral des transports OFT,
Division Infrastructure, 3003 Berne,
autorité inférieure,
Objet
Approbation des plans ; projet des Transports publics de la région lausannoise (tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" [t1] ; trolley bus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" [BHNS] ; garage atelier du tramway "Perrelet" [GAT]).
Faits :
A. Par décision du 7 mars 2016, l'Office fédéral des transports (OFT ou autorité précédente) a donné son approbation aux plans du projet des Transports publics de la région lausannoise (TL ou intimée) relatifs à la construction du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (t1), au trolley bus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (BHNS) et au garage atelier du tramway "Perrelet" (GAT).
B. Par arrêt A-2465/2016 du 2 février 2018, le Tribunal administratif fédéral (TAF ou le Tribunal) a, d'une part, considéré que la liaison routière "Vigie-Gonin", en raison de l'absence d'approbation par mention dans le dispositif, n'avait pas été approuvée par l'OFT. D'autre part, elle ne revêtait pas la qualité d'une installation ferroviaire, l'OFT n'étant donc pas compétent pour approuver les plans y relatifs. En conséquence le recours des recourantes 1 à 5 avait été admis.
Pour les autres faits antérieurs à l'arrêt du TAF A-2465/2016 du 2 février 2018, il est fait référence à l'état de fait de dit arrêt.
C. L'intimée a recouru contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral (TF) afin de faire constater le caractère indispensable de la liaison routière, et donc sa qualité d'installation ferroviaire, pour la construction du "t1".
D. Par arrêt 1C_125/2018 du 8 mai 2019, le TF a en substance considéré que les plans de la liaison routière avaient été implicitement approuvés par l'OFT et que la liaison routière "Vigie-Gonin" était une installation ferroviaire. La cause a donc été renvoyée au Tribunal de céans.
E. L'autorité précédente, par pli du 26 août 2019, et l'intimée, par courrier du 27 août 2019, ont déposé leurs observations.
F. Par pli du 4 septembre 2019, l'intimée a requis le Tribunal de céans de notamment constater que la décision d'approbations des plans (DAP) était exécutoire hormis les plans relatifs à la liaison routière.
G. Par courrier du 9 septembre 2019, le Tribunal a informé les parties de son interprétation du renvoi du TF 1C_125/2018 (consid. 2 infra).
H. Par pli du 27 septembre 2019, les recourantes se sont déterminées, également sur les déterminations des TL et de l'OFT du 26 août 2019.
I. Par pli du 11 octobre 2019, les recourantes ont transmis au Tribunal une copie d'un article de presse selon lequel les autorités communales de Lausanne envisageraient de supprimer la liaison routière "Vigie-Gonin".
Par pli du 13 novembre 2019, les recourantes ont demandé au Tribunal de se déterminer sur l'article de journal.
J. Par pli du 27 novembre 2019, le Tribunal a répondu aux parties que les articles de journaux confirmaient certes une lecture correcte du dossier dans l'arrêt A-2465/2016, mais que lié par la qualification d'installation ferroviaire de l'arrêt 1C_125/2018 précité, seule une modification du projet par les TL et approuvée par l'OFT était de nature à entraîner une appréciation différente. Le Tribunal a également informé les parties qu'en l'absence d'une modification du projet, il serait statué au début de l'année 2020.
K. Par pli du 16 décembre 2019, l'OFT a informé le Tribunal de céans n'avoir reçu aucune modification du projet. Les TL ne se sont pas déterminés dans le délai imparti.
L. Par pli du 27 janvier 2020, les recourantes ont déposé des observations spontanées, requérant notamment le prononcé de mesures d'instruction complémentaires et la suspension de la procédure.
M. Les autres faits pertinents seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.
Droit :
1.
1.1 S'agissant d'un renvoi par le TF, il peut être renoncé à examiner les conditions de recevabilité (let. D supra).
1.2 S'agissant de la qualité pour recourir de la recourante 1, il y a lieu de renvoyer les parties au consid. 1.3.3 de l'arrêt A-2465/2016, la question pouvant continuer à souffrir de rester ouverte.
1.3 Les recourantes contestent la qualité pour agir de l'intimée, considérant que les TL n'ont plus d'intérêt actuel à agir.
1.3.1 En premier lieu, il peut être rappelé aux recourantes que ce sont elles qui ont fait recours contre la décision de l'OFT et non pas les TL. Dans la mesure où la décision qui octroie une autorisation de construire à cette entreprise de transport public est toujours attaquée devant la justice, l'intimée a toujours un intérêt actuel et donc la qualité pour agir.
1.3.2 En second lieu, le Tribunal de céans convient avec les recourantes que le risque que les mandants de l'intimée renoncent à construire la liaison routière "Vigie-Gonin", même si l'autorisation de construire est accordée, ne peut pas être totalement exclu et qu'en effet, une membre du gouvernement vaudois a publiquement déclaré "une fois que l'autorisation entrera en force, nous nous permettrons de réfléchir à des alternatives pour garantir le fonctionnement des transports publics et des voitures" (24Heures du 8 octobre 2019 p. 3). Une telle déclaration pourrait en effet laisser entendre que le canton n'entendrait pas nécessairement respecter les décisions qu'il a lui-même sollicitées des autorités administratives et judiciaires fédérales.
Par contre, il appert de cette déclaration qu'il n'y a pas lieu d'attendre une modification du projet avant l'entrée en force de la décision d'approbation des plans. Ceci correspond à la volonté du gouvernement vaudois transmise par les TL et ressortant du dossier (consid. 4.2.2 infra). De la sorte, considérer que la procédure serait devenue sans objet en raison d'un article de journal relèverait d'un procès d'intention et mettrait la sécurité du droit gravement en danger.
Il peut toutefois être relevé qu'il appartiendra dans tous les cas à l'OFT de s'assurer du respect de sa décision d'approbation des plans avant d'accorder une autorisation d'exploiter au sens de l'art. 18w de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101). En effet, sans mesures d'accompagnement routières suffisantes, la mise en site propre n'est pas possible sur la rue de Genève entre les stations ESPIC (plus précisément depuis le carrefour menant sur la rue de la Vigie) et Lausanne-Flon. L'exploitation du "t1" à cet endroit sans site propre - nonobstant la forte congestion du trafic routier (public et privé) et des problèmes de sécurité - serait donc contraire à la concession octroyée par le Conseil fédéral. Ainsi, même dans l'hypothèse où il existerait une intention cachée quant à la réalisation de la liaison routière Vigie-Gonin, force est de constater que le canton devra garantir - par des mesures d'accompagnement routières suffisantes - la mise en site propre du "t1" sur la rue de Genève faute de quoi l'autorisation d'exploiter pourrait lui être refusée ou limitée à la zone en site propre qui ne pose pas problème.
2.
2.1 Il ressort de l'arrêt du TF 1C_125/2018 que la cause a été renvoyée au Tribunal de céans afin de procéder "à l'examen du projet tel qu'approuvé par l'OFT, en d'autres termes, en incluant dans son analyse l'ensemble des aspects liés à la réalisation de la liaison routier "Vigie-Gonin" et le traitement des griefs dirigés contre cet ouvrage".
Si cette formulation peut laisser penser que l'ensemble du projet devrait être à nouveau analysé par le TAF, une telle interprétation ne serait pas défendable.
2.2 En effet, dans leur recours interjeté en avril 2016, les recourantes n'avaient pas contesté la conformité au droit des plans du "t1" à proprement parler (le tram sans les mesures routières), s'attaquant uniquement aux mesures d'accompagnement routières (liaison routière "Vigie-Gonin" et le défrichement requis pour sa construction et fermeture du Grand-Pont et de la Rue de Genève au trafic individuel motorisé [TIM]) ou aux mesures à prendre pendant les travaux. Dans ces circonstances, le renvoi du TF ne pourrait avoir pour conséquence d'élargir l'objet du litige, lequel a été déterminé par l'acte de recours du 21 avril 2016, et ce au surplus contre la volonté des parties qui s'accordent à dire ne pas s'opposer au "t1" mais aux mesures d'accompagnement routières. De plus, dans ses arrêts 1C_124/2018 et 1C_125/2018, le TF a explicitement approuvé les mesures routières (réfection et fermeture du Grand-Pont au TIM et construction du "t1" sur la Rue de Genève et fermeture de celle-ci au TIM), de sorte que les parties sont forcloses sur ce point.
2.3 Dans son arrêt A-2465/2016 consid. 3.1.8, le TAF avait annulé la DAP en tant qu'elle consacrait les expropriations précitées car elles avaient été prononcées par l'OFT en violation de sa compétence. Or, en déclarant l'OFT compétent pour approuver la liaison routière "Vigie-Gonin" et en qualifiant cette route d'installation ferroviaire, le TF a réhabilité les expropriations dans le dispositif de la DAP. Cependant, il ressort du dossier que les expropriations prononcées en lien avec la liaison routière "Vigie-Gonin" portent sur des terrains appartenant à la Commune de Lausanne (TW-L-2.8 fiches [...]) ou à une société immobilière (TW-L-2.8 fiches [...]). Or, toutes deux avaient retiré leurs oppositions devant l'autorité précédente (DAP ch. I 2.58 p. 14 et 15), n'avaient pas recouru contre la décision d'approbation des plans et étaient donc forcloses avant même l'échéance du délai de recours devant le TAF.
Ainsi, il peut être renoncé à examiner les expropriations nécessaires pour la liaison routière.
2.4 Il ressort de ce qui précède qu'en lien avec les plans de la liaison routière "Vigie-Gonin", seule la question du défrichement doit encore faire l'objet d'un examen.
3.
3.1 Dans un nouveau grief, les recourantes invoquent que sur la base de l'art. 29a Cst., le Tribunal de céans pourrait se prononcer à nouveau sur la compétence de l'OFT pour approuver la liaison routière "Vigie-Gonin" et réexaminer si cette route est une installation ferroviaire ou non au regard de "faits nouveaux".
Ce que les recourantes considèrent comme des faits nouveaux sont un article de journal reprenant des déclarations politiques, des articles sur un blog privé et une interpellation du Conseil d'état vaudois par sept parlementaires qui laisseraient entendre que le maître d'ouvrage ne considérerait pas comme nécessaire la liaison routière "Vigie-Gonin".
3.2 Le Tribunal ne saurait partager l'avis des recourantes qui considèrent que le changement d'intention allégué du maître d'ouvrage quant à la réalisation de la liaison routière "Vigie-Gonin" (consid. 1.3.2 supra) permettrait de réexaminer sa qualification d'infrastructure ferroviaire. En effet, la nécessité de cette route ne se fonde pas sur la volonté de l'intimée ou des déclarations dans la presse mais résulte des éléments au dossier, dont les RIE, les expertises en lien avec l'accessibilité du centre-ville et autres rapports techniques. De plus, sa qualité d'ouvrage ferroviaire, en raison de cette nécessité, a été admise par le TF. En conséquence, un éventuel changement d'avis du maître d'ouvrage vis-à-vis de sa demande n'est pas de nature à influer sur la qualification d'installation ferroviaire de cette liaison routière sanctionnée par le TF.
3.3 Interpellés pour déterminer si une demande de modification du projet avait été déposée par l'intimée, l'autorité précédente a répondu par la négative le 16 décembre 2019 et l'intimée ne s'est pas prononcée dans le délai imparti, se référant tacitement à la réponse de l'autorité d'approbation.
En conséquence, tant que le projet est le même que celui mis à l'enquête, examiné par les autorités spécialisées et approuvé par l'OFT, les articles de presse et les déclarations politiques (au surplus faites dans un contexte d'élections fédérales) ne sont pas relevants s'agissant de la qualification juridique d'installation ferroviaire de la liaison routière "Vigie-Gonin". Le Tribunal n'entre dès lors pas en matière sur un éventuel réexamen de la compétence de l'OFT.
4.
4.1 Dans leur recours du 21 avril 2016, les recourantes avaient requis l'établissement d'une expertise pluridisciplinaire afin d'évaluer la faisabilité et le coût d'alternatives proposées par les recourantes ainsi que la cohérence du projet litigieux dans le cadre d'un développement des transports publics non seulement à l'ouest mais également au nord et à l'est du centre de Lausanne (recours p. 27).
4.1.1 Dans l'arrêt A-2465/2016 (not. consid. 8.12 et 7.9), le Tribunal de céans avait écarté cette demande au motif que les expertises versées au dossier relevaient d'un domaine technique où le pouvoir de cognition du Tribunal est restreint et qu'elles avaient été approuvées par les autorités spécialisées. De plus, le Tribunal administratif fédéral de même que l'OFT n'étaient pas des autorités planificatrices et il n'existait aucune obligation pour le promoteur d'un tel projet de présenter des projets alternatifs.
4.1.2 Dans son arrêt 1C_124/2018 (consid. 3.2 et 5.2), le TF a reconnu la nature technique des expertises sur la mobilité figurant au dossier, confirmé que celles-ci avaient été soumises à des autorités spécialisées lesquelles n'avaient émis aucune réserve et que l'auteur d'un projet n'avait pas l'obligation de présenter des alternatives. Cet arrêt portait certes sur une cause connexe mais se référait aux mêmes documents mis à l'enquête public le 12 juin 2012 ou résultant des mêmes actes d'instruction de l'OFT et faisant l'objet de la même décision d'approbation des plans et du même arrêt A-2465/2016.
4.1.3 Dans leurs observations du 27 septembre 2019, les recourantes ont considéré que "le raisonnement du Tribunal fédéral fondé sur le rapport de causalité entre le rail et la route n'est plus admissible et qu'il convient à nouveau de nier la compétence de l'OFT à approuver la construction de cette route" (ch. 37 p. 14). Elles ont ainsi requis une expertise pluridisciplinaire "afin d'examiner toutes les variantes possibles à la construction de la rampe Vigie-Gonin à savoir notamment les variantes permettant d'absorber les besoins sans nouvelle route et variantes de construction d'une nouvelle route sans défrichement" (ch. VII p. 17).
4.1.4 Pour qualifier la liaison routière "Vigie-Gonin" d'installation ferroviaire, le TF s'est principalement fondé sur les notes DRPJ-NO-116 (rapport liaison Vigie-Gonin du 21 juillet 2014) et DRPJ-NO-081+04 (rapport de synthèse sur l'accessibilité au centre-ville de Lausanne du 27 mai 2013 ; voir arrêt du TF 1C_125/2018 consid. 4.3.1). Or, la mesure d'instruction requise par les recourantes vise justement à contredire ces notes et à démontrer que les études de trafic ne sont pas à jour et à contraindre l'intimée à proposer des alternatives au projet tel qu'approuvé par l'OFT le 7 mars 2016 (observations du 27 septembre 2019 notamment ch. 32 à 37). Il doit donc être considéré que la demande de mesure d'instruction vise, d'une part, à contourner les arrêts du TF 1C_125/2018 et 1C_124/2018 et, d'autre part, à ce que le Tribunal de céans se mue en autorité planificatrice et examine des projets alternatifs en l'absence de demande de modification du projet (consid. 3 supra). Ceci constituerait une violation du renvoi dont la portée a été définie ci-avant (consid. 2 supra).
Il y a donc lieu de rejeter la demande de procéder à une expertise complémentaire.
4.2 Dans leurs observations du 27 janvier 2020, les recourantes ont requis l'audition, à titre de témoins, du syndic de Lausanne et de la Conseillère d'état vaudoise en charge du département des infrastructures et des ressources humaines.
4.2.1 S'agissant du syndic de Lausanne, celui-ci (ou son prédécesseur) avait signé l'autorisation de défrichement en cours de procédure (voir pièce TW-K-4.2 p. 6) et la commune de Lausanne qu'il représente est forclose (consid. 2.3 supra). Son audition, sauf à rapporter un changement d'avis personnel ou d'appréciation par rapport à son prédécesseur, ne relève d'aucune nécessité quant à l'établissement des faits. Enfin, il en va de la sécurité du droit qu'en l'absence de modification du projet, une autorité qui donne un préavis positif ou signe des documents l'engageant juridiquement ne se rétracte ultérieurement. Et au demeurant, l'autorité de céans n'examine que le projet approuvé.
4.2.2 Les TL agissent sur mandat du gouvernement vaudois dans la présente procédure, de sorte que depuis le début de la procédure, il est considéré que leurs actes sont l'expression directe de leur mandant. Or, ceux-ci ont décidé de recourir devant le TF contre l'arrêt A-2465/2016 afin de faire constater la qualité d'installation ferroviaire de cette liaison routière et ont obtenu gain de cause. Par la suite aucune demande de modification du projet n'a été déposée. Dès lors, la volonté des TL et de leur mandant émanent de leurs actes. Le Tribunal ne perçoit donc pas en quoi l'audition de témoins serait utile, puisqu'il n'est nullement contesté que les TL n'ont pas introduit de demande de modification du projet. Au surplus, comme déjà mentionné (consid. 1.3.2 supra), il n'y a pas lieu de douter qu'aucune demande de modification du projet n'interviendra avant l'entrée en force de la décision d'approbation des plans.
Par appréciation anticipée des moyens de preuve, les auditions requises ne relèvent d'aucune utilité et il y a donc lieu de rejeter la demande des recourantes.
4.3 Il ressort de ce qui précède que les réquisits procéduraux des recourantes sont rejetés.
5. Il sied de résumer les positions des parties, celles-ci ayant fortement évolué entre la première opposition en 2012 et les actes déposés dans la présente procédure jusqu'en 2019.
5.1 Dans leur opposition du 12 juillet 2012, les recourantes 1 à 5 ont uniquement fait valoir des griefs de nature économiques (atteinte à leur liberté économique, gabegie annoncée au Flon en raison des travaux, suppression des places de parc) et en lien avec le trafic routier sur et autour de la plate-forme du Flon. Au stade des secondes déterminations, une éventuelle violation des règles d'aménagement du territoire apparaît, sans toutefois que le défrichement ne soit abordé. La question du défrichement n'est soulevée, à titre subsidiaire, qu'au stade de leur opposition du 12 novembre 2013 contre la modification du projet (retrait de la maison du livre et du patrimoine du projet [MLP] comme partie intégrante au projet ; arrêt A-2465/2016 let. O.a).
Les griefs relatifs à l'aménagement du territoire et du défrichement, à titre subsidiaire, ont donc été soulevés en cours de procédure d'opposition.
5.2 Dans sa décision du 7 mars 2016, l'OFT a considéré en substance que l'approbation des plans fondée sur la LCdF avait valeur de plan d'affectation de zone spéciale et que le canton de Vaud et l'Office fédéral du développement territorial (ARE) avaient à ce titre préavisé favorablement la liaison routière "Vigie-Gonin" (ch. II. B. 7.7.8.3 et le renvoi au ch. II. B. 7.25). En outre, les examens relatifs à l'impact sur l'environnement et à la circulation avaient été produits conformément aux directives applicables, de même que le défrichement avait été préavisé positivement par l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) qui avait considéré que la variante retenue pour la liaison routière "Vigie-Gonin" minimisait l'impact sur la forêt.
5.3 Dans leur recours du 21 avril 2016, les recourantes ont en substance allégué une violation de l'art. 24 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, [LAT, RS 700]) en lien avec l'art. 18 al. 5 LCdF, considérant que l'ouvrage avait des effets considérables sur l'aménagement du territoire, il aurait fallu examiner des alternatives, établir un plan sectoriel et ne pas prononcer le défrichement. De même, eu égard aux nuisances (notamment bruit et vibrations) occasionnées par la rampe, il aurait fallu établir un rapport d'impact sur l'environnement (RIE) et examiner l'atteinte au paysage du Flon. Concernant le défrichement engendré par la liaison routière "Vigie-Gonin", les recourantes ont considéré que les conditions légales pour le prononcer n'étaient pas réunies et qu'il n'aurait donc pas dû être prononcé.
5.4 Dans sa réponse du 22 juin 2016, l'OFT a allégué que les griefs des recourantes étaient infondés et proposé le rejet du recours.
Dans ses observations du 15 juillet 2016, l'intimée a notamment considéré que la DAP ne requérait pas de plan sectoriel puisque l'affectation du sol concernée par la liaison routière "Vigie-Gonin" était déjà connue. L'intimée a également souligné les expertises versées au dossier et estimé que les conditions légales pour le défrichement étaient réalisées, soulignant notamment que la surface défrichée était compensée par deux mesures, l'une consistant à élargir la forêt du Flon sur sa limite sud sur une surface de 558 m2, et l'autre, par la création d'une nouvelle surface - visant à réunir deux forêts et remettre un étang en l'état naturel - de 1'475 m2.
5.5 Dans ses observations du 26 août 2019, l'OFT a considéré que les recourantes n'avaient plus d'intérêt à recourir.
Dans leurs observations du 27 août 2019, les TL ont notamment souligné les mesures compensatoires prévues et ont proposé le rejet du recours.
5.6 Dans leurs déterminations du 27 septembre 2019, les recourantes ont allégué en substance qu'un plan sectoriel aurait dû être adopté, que le droit cantonal aurait dû être respecté, que le défrichement violait l'art. 5 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêt (LFo, RS 921.0), que le défrichement se fondait sur des études de trafic largement dépassées et que des variantes à la liaison routière "Vigie-Gonin" devaient être étudiées, et que les dimensions de la liaison routière "Vigie-Gonin" ne respectaient pas le principe de la proportionnalité.
5.7 Dans leurs déterminations du 27 janvier 2020, les recourantes n'ont pas traité du défrichement.
6.
6.1 L'art. 5 LFo pose comme principe que les défrichements sont interdits (al. 1). Toutefois, selon le deuxième alinéa, une autorisation peut être accordée à titre exceptionnel au requérant qui démontre que le défrichement répond à des exigences primant l'intérêt à la conservation de la forêt à condition que : l'ouvrage pour lequel le défrichement est sollicité ne puisse être réalisé qu'à l'endroit prévu (let. a) ; l'ouvrage remplisse, du point de vue matériel, les conditions posées en matière d'aménagement du territoire (let. b) ; le défrichement ne présente pas de sérieux dangers pour l'environnement (let. c). Les exigences de la protection de la nature et du paysage doivent être respectées (al. 4) et les dérogations à l'interdiction de défricher doivent être limitées dans le temps (al. 5). L'art. 7 LFo dispose que tout défrichement doit être compensé en nature dans la même région, avec des essences adaptées à la station (al. 1), ses alinéas suivants prévoyant un certain nombre d'exceptions ou d'alternatives.
Selon l'art. 11 LFo, l'autorisation de défricher ne dispense pas son titulaire de demander l'autorisation de construire prévue par la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (al. 1). Lorsqu'un projet de construction exige aussi bien une autorisation de défrichement qu'une autorisation exceptionnelle de construire en dehors de la zone à bâtir, cette dernière ne peut être octroyée que d'entente avec l'autorité compétente selon l'art. 6 (al. 2).
6.2 Au préalable, il doit être relevé que les autorités spécialisées ont été consultées à plusieurs reprises (voir notamment les déterminations des autorités cantonales des 15 novembre 2012, 17 septembre 2013, 4 décembre 2013 et 26 mai 2015 et de l'OFEV des 21 janvier 2013, 16 août 2013, 13 février 2014 et 30 juin 2015) en raison des modifications du projet initial et des mises à l'enquête complémentaires. De même, leurs avis se fondent principalement sur les éléments au dossier d'approbation des plans en lien avec l'approbation de la liaison routière "Vigie-Gonin" (notamment les pièces A-11, K-1, K-1.2 et TW-K-4.1). Si les avis des autorités spécialisées sont certes synthétiques, il en ressort qu'elles ont exigés de nombreuses corrections, de sorte qu'elles n'ont pas rendu des préavis abstrus ni donné leur blanc-seing aux éléments produits par les TL. A la lecture du dossier, il peut déjà être constaté que les autorités spécialisées ont rempli leur fonction avec le sérieux que l'on est en droit d'attendre d'elles.
6.3
6.3.1 Le réseau routier actuel n'est pas en mesure d'absorber de manière satisfaisante le report du TIM entraîné par la fermeture des axes dédiés au "t1" (soit les 300 derniers mètres de la rue de Genève, le reste du parcours n'étant pas concerné) et au BHNS (en particulier la rue des Terreaux), entraînant un risque de saturation en particulier au niveau du carrefour de Chauderon-Sud (voir les références citées au consid. 4.3.1 de l'arrêt du TF 1C_125/2018). Ainsi, la localisation de l'ouvrage doit permettre de garantir le fonctionnement du barreau Ouest de la petite ceinture de Lausanne et au TIM, provenant depuis ou se dirigeant vers la rue de Genève, de contourner le carrefour de Chaudron-Sud. Eu égard à la densité urbaine du centre-ville de Lausanne, la liaison routière pour laquelle le défrichement est sollicité ne peut être réalisée qu'à l'endroit prévu. Ce constat a été avalisée par les autorités spécialisées en cours de procédure devant l'OFT, notamment par l'OFEV dans ses déterminations du 21 janvier 2013 et par l'Inspection cantonale des forêts dans son préavis du 17 septembre 2013. Au surplus, la construction intervient sur des terrains de la Ville de Lausanne ou les propriétaires privés ont conclu un accord avec l'intimée et n'ont pas recouru contre la décision du 7 mars 2016 (consid. 2.3 supra), de sorte que leurs intérêts privés ne sauraient être prépondérants.
La condition de l'art. 5 al. 2 let. a LFo est en conséquence réalisée.
6.3.2 Le grief selon lequel un plan sectoriel aurait été nécessaire pour prononcer le défrichement et que l'OFT n'était donc pas compétent pour adopter la liaison routière "Vigie-Gonin" doit être écarté. En effet, le TF a respectivement déclaré que l'OFT était compétent pour approuver les plans et avalisé le concept même du tram. En se référant, tout comme l'arrêt A-2465/2016, au plan directeur cantonal vaudois, le TF a reconnu que cette mesure d'aménagement du territoire était suffisante pour un projet mené entre un canton et son chef-lieu soumis à approbation fédérale au titre de la coordination des procédures. Ainsi, l'on est en droit de considérer que le TF a, à tout le moins implicitement, traité cette question juridique préjudicielle avant de déclarer que l'OFT était comptent pour approuver les plans litigieux. Au surplus, les recourantes se méprennent sur la nature d'un plan sectoriel en considérant qu'il était nécessaire uniquement pour la forêt du Flon. En effet, si un plan sectoriel eut été nécessaire, c'est l'ensemble du projet approuvé par l'OFT le 7 mars 2016 qui aurait dû en faire l'objet, et non pas uniquement le défrichement dans un périmètre très restreint.
Il y a dès lors lieu de considérer que l'ouvrage remplit, du point de vue matériel, les conditions posées en matière d'aménagement du territoire au sens de l'art. 5 al. 2 let. b LFo, ce que les autorités spécialisées fédérales et cantonales ont par ailleurs constaté.
6.3.3 Les recourantes allèguent que le défrichement présente de sérieux risques pour l'environnement. Elles ont produit des photos des arbres présents pour démontrer la diversité des essences présentes et ainsi souligner l'importance environnementale de cette forêt. Selon les recourantes, les forêts jouent un rôle de régulateur thermique dans les milieux bâtis et que le quartier du Flon souffrirait, principalement en été, d'une disparition des arbres.
Certes, des risques ont été constatés en matière de glissement de terrain, mais ceux-ci existent déjà actuellement puisque le secteur se situe en zone ponctuelle de glissement de terrain spontanés selon la carte indicative de danger naturels. De même, de possibles atteintes à la diversité des essences d'arbres, mais aussi de l'avifaune et des chiroptères ont été mises en évidence (not. TW-K-4.1 p. 10).
Toutefois, ces risques ont été identifiés par les rapports d'impact sur l'environnement. L'intimé a ainsi proposé un certain nombre de mesures pour limiter ou compenser ces risques qui ont fait l'objet d'un examen approfondi par les autorités cantonales et fédérales spécialisées. Celles-ci ont demandé des modifications et requis des mesures supplémentaires (notamment les déterminations de l'OFEV des 21 janvier 2013, 16 août 2013, 13 février 2014, et 30 juin 2015 et des services cantonaux des 15 novembre 2012, 11 septembre 2013, 4 décembre 2013 et 26 mai 2015). Finalement, elles ont donné un préavis positif, considérant que les atteintes n'étaient pas suffisamment sérieuses ou étaient valablement compensées ou que les garanties données par l'intimée étaient suffisantes pour s'assurer d'une atteinte environnementale minimale. Enfin, le reboisement permettra une redynamisation de la forêt et la diversité des essences sera préservée. En résumé, les autorités n'ont pas nié un impact environnemental à court terme, dit impact n'étant toutefois pas suffisamment sérieux et surtout n'étant pas réalisé à moyen et long terme. En ce sens, dans son préavis du 17 septembre 2013, l'Inspection cantonale des forêts a considéré que le défrichement ne présentait pas de sérieux dangers pour l'environnement. Selon l'OFEV, "le défrichement ne présente pas de sérieux danger pour l'environnement ; cela signifie qu'aucun risque d'érosion, de glissement de terrain, d'incendie ou de chablis ne s'oppose au défrichement et que la réalisation du projet n'entraîne ni immissions, ni pollution des eaux ni aucun autre effet incompatible avec le droit environnemental fédéral" (déterminations du 13 février 2014 ch. 4.3).
S'agissant de l'effet des arbres sur la chaleur des villes, les articles produits par les recourantes tendent à démontrer qu'une ville "végétalisée" souffre moins de la chaleur qu'une ville "minéralisée" (pierre, béton, etc.), aux matériaux (notamment toits métalliques) et couleurs de construction thermiquement inadéquats ou encore à la présence de climatiseurs (forts émetteurs de chaleur). Toutefois, il y a lieu de relever que dits articles soulignent bien que c'est la conception des quartiers et villes (plus l'agencement des quartiers est organisé plus la chaleur s'accumule, de même que sont déterminants l'exposition des bâtiments, les matériaux et les couleurs de leurs murs et toits, etc.) au regard de la gestion de la chaleur qui est déterminante. Une diminution de la qualité du climat du quartier du Flon en raison du défrichement ne peut certes pas être écartée. Cela étant, eu égard aux articles produits et afin de protéger le climat du Flon lors d'épisodes de chaleur, les moyens adéquats semble plutôt relever d'une végétalisation (p. ex. ses toits plats actuellement minéralisés ou métallisés) ou d'un nouveau concept (p. ex. couleurs et matériaux des bâtiments, des rues, etc.) à l'échelle du quartier du Flon. Or, il ne relève ni de la législation forestière ni d'une procédure d'approbation des plans ferroviaire de revoir l'architecture d'un quartier complet à cette fin. Enfin, il ne doit pas être oublié que le projet vise une forte diminution du TIM (et donc une diminution de la pollution de l'air) et introduit des espaces verts sur une superficie très importante (végétalisation du site propre [TW-C-1.1 à TW-C-1.9], végétalisation du GAT [GA-K.2], etc.) en milieux construit.
A l'instar des autorités spécialisées, le Tribunal considère que la condition de l'art. 5 al. 2 let. c LFo est réalisée.
6.3.4 S'agissant de la protection de la nature et du paysage, le défrichement va modifier la configuration d'une partie du Flon. En effet, sur l'ensemble du quartier, seule une petite partie est bordée par la forêt (environ 150m), le reste du périmètre (environ 1km) se trouvant déjà entouré de bâti. Il ressort par ailleurs de l'analyse faite par l'OFEV qu'à court terme, l'impact paysager du défrichement peut être considéré comme moyen à fort en raison de la disparition temporaire des deux tiers de la surface boisée (not. TW-K-4.1 p. 10). En particulier, le défrichement définitif entraîné par la construction du giratoire (soit sur le sommet du talus en parallèle des parcelles [...]), aura pour effet d'enlever des arbres de l'horizon. Pour la partie du défrichement définitif qui se situe sur le bas du talus dans sa partie longeant les parcelles n° (...), l'impact visuel pour cette portion sera restreint puisque guère visible autrement que depuis la rue des Côtes-de-Montbenon et de la Vigie. En outre, un nouveau reboisement est prévu sur le bas du talus, de sorte que cette atteinte est passagère (TW-K-4.4).
Toutefois, il n'appert pas du dossier que le paysage du Flon ferait l'objet d'une protection particulière ou serait inscrit à l'inventaire fédéral (art. 5 LPN) ou à un inventaire cantonal ou communal. L'atteinte occasionnée par le défrichement provisoire sera limitée dans le temps. En effet, la crête du talus longeant les parcelles (...) sera reboisée, de sorte que cette atteinte diminuera avec le temps, soit au fur-et-à-mesure que les arbres repousseront. L'autorité cantonale compétente a considéré que le dossier de défrichement démontrait que les exigences de la protection de la nature et du paysage étaient respectées ou que les modifications successives du projet n'occasionnaient pas d'impact supplémentaire (déterminations des 17 septembre 2013, 4 décembre 2013 et 26 mai 2015). L'OFEV n'a émis aucune réserve au début de la procédure, se référant aux remarques du service des forêts, de la faune et de la nature du canton de Vaud (déterminations du 21 janvier 2013 ch. 4.3 p. 4). L'OFEV a toutefois mis son veto sur certaines requêtes de l'intimée faites dans le cadre des mises à l'enquête complémentaires (p. ex. l'abattage d'un arbre pour l'emprise provisoire des installations de chantier) et a demandé le remplacement de quatre cerisiers du Japon abattus en raison de la création du giratoire, ceci à des fins de protection du paysage au sens de l'art. 3 LPN (déterminations du 30 juin 2015 ch. 3.1).
Eu égard à ce qui précède, le Tribunal considère que les exigences de la protection de la nature et du paysage sont respectées au sens de l'art. 5 al. 4 LFo.
6.3.5 Il ressort de ce qui précède, que c'est à juste titre que l'autorité précédente a considéré que les conditions de l'art. 5 al. 2 et 4 LFo étaient réalisées. De la sorte, c'est à bon droit que l'autorité précédente a octroyé une exception au principe de l'interdiction de défrichement (art. 5 al. 1 LFo).
6.4 L'art. 7 LFo dispose que tout défrichement doit être compensé en nature dans la même région, avec des essences adaptées à la station (al. 1). A ce titre les recourantes ne conteste pas réellement les mesures de compensation ni leur ampleur. Certes, la zone où la compensation est prévue est éloignée d'environ 1,5 km de la zone de défrichement. Cela étant, la mesure de compensation se trouve sur le même territoire communal et dans une zone au bâti aussi dense que la ville de Lausanne, l'éloignement est très relatif. La surface définitivement défrichée (1'508m2 [TW-K-4.4]) est compensée par un reboisement in situ (558m2 [TW-K-4.6]) et dans la vallée de la jeunesse (1475m2 [TW-K-4.5]). De sorte que la surface définitivement défrichée est compensée par un reboisement plus important. S'agissant de la surface défrichée provisoirement, celle-ci est de 731m2 (TW-K-4.4) et reboisée exactement sur la même surface (TW-K-4.6). Les essences prévues sont adaptées à la station et la mesure (voir TW-K-4.1 ch. 3.2 et 4.2). Enfin, outre la compensation de la surface forestière, les mesures de compensation prévoient la renaturation d'un étang. L'OFEV et les services cantonaux ont approuvé les mesures de compensation sans émettre de réserve.
Le Tribunal considère également que les mesures de compensation prévues dans la décision d'approbation des plans sont suffisantes quantitativement et qualitativement, et donc conformes à l'art. 7 LFo.
6.5 Enfin, l'affirmation selon laquelle la largeur du viaduc serait déterminée par le projet initial d'insérer la MLP sous la liaison Vigie-Gonin doit être écartée. En effet, comme il ressort des déterminations de l'OFEV du 13 février 2014 et des pièces produites à cette fin, les dimensions finales de la liaison routière "Vigie-Gonin" ont justement été arrêtées après le retrait de la MLP du projet ferroviaire. Enfin, c'est la route qui justifie le défrichement et non pas le défrichement qui délimite les dimensions de la route. A cet égard, le Tribunal, même sous l'angle de l'opportunité, ne saurait se prononcer quant à savoir si la rampe devait avoir un ou deux trottoirs, si la limitation de vitesse prévue aurait dû être de 30 km/h et non de 50 km/h afin d'appliquer d'autres normes de construction (notamment la largeur des trottoirs), etc. Force est de constater que le projet approuvé par l'autorité précédente répond aux normes techniques applicables en la matière (ce que les recourante ne contestent pas) et qu'examiner les griefs des recourantes à ce propos reviendrait à examiner un projet alternatif, ce à quoi le Tribunal de céans n'est pas tenu (consid. 4.1.4 supra).
7.
7.1 Il ressort de ce qui précède que les conditions légales pour le prononcé du défrichement sont réalisées et que le recours doit être rejeté.
7.2 En application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, arrêtés à 1'500 francs, sont mis à la charge des recourantes. Ils sont prélevés sur le montant équivalent de l'avance de frais déjà versée le 25 mai 2016. Dans la mesure où les recourantes succombent, il n'y a pas lieu de leur allouer une indemnité à titre de dépens (art. 64 al. 1 PA a contrario).
(dispositif à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure de 1'500 francs sont mis à la charge des recourantes.
3. Il n'est pas octroyé de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourantes (acte judiciaire)
- à l'intimée (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ... ; acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Arnaud Verdon
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :