bvger · A-3825/2015 · 2016-03-16 · fr
A-3825/2015

Chemins de fer (divers)

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-3825/2015
Arrêt du 16 mars 2016
Composition
Jérôme Candrian (président du collège),
Claudia Pasqualetto Péquignot, Christoph Bandli, juges,
Cécilia Siegrist, greffière.
Parties
1. A._______ et consorts,
tous représentés par Maître Nicolas Wisard,
recourants,
contre
Chemins de fer fédéraux suisses (CFF),
Infrastructure, Droit,
Case postale 345, 1003 Lausanne,
intimés,
Office fédéral des transports OFT,
Division Infrastructure, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
CEVA tunnel de Pinchat - nuisances de chantier.
Faits :
A. A.a Le 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports (OFT) a approuvé les plans du projet ferroviaire Cornavin - Eaux-Vives - Annemasse (ci-après: le CEVA). Ce projet, d'une longueur totale de 13,760 km, s'étend sur les communes de Genève, Lancy, Carouge, Veyrier, Cologny, Chêne-Bougeries, Chêne-Bourg et Thônex. La décision d'approbation des plans accorde aux Chemins de fer fédéraux suisses (CFF) et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier. L'OFT a aussi, à cette occasion, accordé diverses dérogations et octroyé des autorisations découlant de l'application du droit fédéral. Il a également assorti son approbation de nombreuses charges et conditions.
A.b Par arrêt du 15 juin 2011 (cause A-3713/2008, publié aux ATAF 2012/23), le Tribunal administratif fédéral (ci-après: le Tribunal) a rejeté, respectivement déclaré irrecevables ou sans objet, tous les recours dirigés contre la décision d'approbation précitée. Quelques opposants déboutés ont recouru contre cet arrêt devant le Tribunal fédéral.
A.c Par quatre arrêts du 15 mars 2012 (1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011), la Ière Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté tous les recours interjetés contre l'arrêt précité du Tribunal administratif fédéral.
B. B.a Par mémoire du 10 juin 2014, A._______ et douze autres personnes (ci-après aussi: les requérants) ont formé une requête en mesures urgentes de restriction d'exploitation du chantier du tunnel de Pinchat auprès de l'OFT. A l'appui de leur requête, ils ont formulé les conclusions suivantes:
Préalablement:
Déclarer la présente requête recevable.
Ordonner la production des mesurages in situ réalisés par la Direction de projet CEVA, en particulier des relevés des capteurs et des micros installés dans la villa de Monsieur et Madame B._______.
Ordonner la production par la Direction de projet CEVA d'un relevé de fissures dans les bâtiments exposés ou déjà endommagés ou ordonner qu'un tel relevé soit effectué si cela n'a pas encore été fait.
Principalement:
Enjoindre sans délai à la Direction de projet CEVA de mettre immédiatement en oeuvre les mesures énumérées au ch. II.D de la présente requête.
Subsidiairement:
A défaut de donner intégralement suite aux conclusions ci-dessus, statuer sur la présente requête par une décision motivée selon les formes légales.
En tout état:
Placer les frais de la procédure à charge de la Direction de projet CEVA (CFF et Etat de Genève pris solidairement).
A l'appui de leurs conclusions les requérants ont précisé que depuis le 27 février 2014, les travaux de forage dans le tunnel de Pinchat engendraient des nuisances sonores non négligeables. Lesdits travaux se dérouleraient, selon eux, en dehors des horaires prévus par les dispositions légales applicables, voire jusqu'à tard dans la nuit. S'agissant de l'intensité du bruit à l'intérieur de leurs maisons, ils ont précisé qu'elle aurait atteint 50 dB(A) d'après les mesurages effectués. Les requérants ont indiqué avoir contacté à plusieurs reprises la direction de projet CEVA qui a pris position sur leurs plaintes en affirmant, pour l'essentiel, que les nuisances engendrées se trouvaient - selon les mesurages effectués - en dessous des valeurs autorisées.
Sur le plan juridique, les requérants ont indiqué pour l'essentiel que la Directive du 20 décembre 1999 pour l'évaluation des vibrations et du bruit solidien des installations de transports sur rails (EVBSR) de l'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage (OFPEP, depuis lors OFEV) devait s'appliquer par analogie à la phase de construction des installations, bien qu'elle ne règle, à l'origine, que la phase d'exploitation desdites installations.
Enfin, les requérants ont sollicité diverses mesures urgentes visant - selon eux - à limiter la production de vibrations et de bruit, mesures auxquelles renvoie leur conclusion n°4 (cf. requête en mesures urgentes du 10 juin 2014 pp. 30 à 32).
B.b Par prise de position du 10 juillet 2014, les CFF et l'Etat de Genève (ci-après aussi: le maître d'ouvrage) ont conclu principalement au rejet de la requête susmentionnée. Le maître d'ouvrage a toutefois admis la production des mesurages qu'il a annexés à sa prise de position. A l'appui de son écriture, il a précisé que les recommandations du rapport d'impact sur l'environnement (ci-après: RIE) avaient été suivies, mais a toutefois souligné qu'il était très difficile d'évaluer les nuisances sonores car aucune valeur limite n'avait été définie dans la législation. Selon le maître d'ouvrage, seule la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE, RS 814.01) serait applicable, mais aucune disposition relative aux nuisances de chantier ne figurerait dans la loi susdite. Enfin, le maître d'ouvrage a rappelé que la creuse du tunnel progressait jour après jour, de sorte qu'il a estimé à deux mois la durée d'exposition au bruit pour les requérants.
B.c Par prise de position du 8 août 2014, l'OFEV a rappelé qu'aucune valeur limite n'existait dans la législation environnementale concernant les vibrations et le bruit solidien rayonné pendant la phase de construction. S'agissant toutefois de l'évaluation des nuisances lors de la phase d'exploitation, dite autorité a expliqué que la directive EVBSR était valable, laquelle renvoie pour les vibrations à la norme allemande DIN 4150-2 ("Erschütterungen im Bauwesen, Teil 2: Einwirkungen auf Menschen in Gebäuden", 1999) qui donne également des valeurs de référence pour la phase de construction. Concernant toutefois le bruit solidien, l'OFEV a indiqué que l'EVBSR ne prévoyait pas de valeurs limites pour la phase de chantier mais a recommandé la mise en place d'un système de mesurages.
B.d Par écriture du 17 septembre 2014, l'OFT a transmis la prise de position de l'OFEV aux requérants. Dite autorité les a également invités à lui confirmer leur souhait de faire ouvrir une procédure formelle de règlement des litiges au sens de l'art. 40 al. 1 let. b de la loi fédérale sur les chemins de fer du 20 décembre 1957 (LCdF, RS 742.101).
B.e En date du 22 septembre 2014, les requérants ont confirmé à l'autorité inférieure leur demande d'ouverture d'une procédure formelle et ont sollicité l'organisation d'une inspection locale.
B.f Par courrier du 25 septembre 2014, les requérants ont confirmé que, s'agissant des bruits aériens de chantier à l'extérieur du tunnel, les mesures qui avaient été engagées dans l'enceinte dudit chantier avaient porté leurs fruits. Toutefois, ils ont sollicité le respect de la Directive sur le bruit des chantiers du 24 mars 2006 (DBC) également pour les sons solidiens ainsi que la production de mesurages et d'un planning prévisionnel.
B.g Suite à plusieurs échanges d'écritures, une inspection locale s'est tenue le 7 octobre 2014. Le maître d'ouvrage a, à cette occasion, annoncé qu'une nouvelle phase de travaux de forage bruyants surviendrait dès la mi-novembre 2014. Compte tenu de ces déclarations, les requérants ont demandé à l'OFT de rendre une décision provisionnelle imposant au maître d'ouvrage de respecter les horaires de la DBC.
B.h Par une nouvelle prise de position du 15 décembre 2014, l'OFEV a constaté que la question du bruit aérien n'était plus problématique. S'agissant cependant des vibrations et du bruit solidien rayonné, dite autorité a confirmé pour l'essentiel le contenu de sa première détermination du 8 août 2014.
B.i Suite à de nombreux échanges d'écritures, l'OFT a rendu le 22 décembre 2014 une décision incidente sur la requête de mesures provisionnelles formulée par les requérants le 7 octobre 2014. Ladite autorité a astreint le maître d'ouvrage, conformément aux demandes de l'OFEV, à faire élaborer, d'ici au 21 janvier 2015 au plus tard, un concept de mesurages.
B.j Par courrier du 5 février 2015, les requérants ont sommé l'OFT de statuer sur leur requête en mesures urgentes du 10 juin 2014 et de fixer à terme une valeur limite déterminante pour les vibrations et bruits solidiens rayonnés en phase de chantier de 55 dB(A).
B.k Suite à plusieurs échanges d'écritures et requêtes, la première série de mesurages a été transmise à l'OFT le 17 février 2015.
B.l Le 19 février 2015, les requérants ont interjeté un recours pour déni de justice avec requête de mesures provisionnelles urgentes devant le Tribunal de céans (cause A-1081/2015).
B.m Le 9 mars 2015 et après plusieurs échanges de courriers, l'OFEV a remis à l'OFT sa prise de position relative aux mesurages susdits. En bref, ladite autorité a affirmé que, sur la base des données à sa disposition, les habitants des bâtiments au sein desquels les mesurages avaient eu lieu avaient subi des immissions dérangeantes, mais pas nuisibles pour la santé. Enfin, l'OFEV a proposé diverses mesures à évaluer et à mettre en oeuvre afin de remédier à cette situation.
B.n Le 26 mars 2015, le maître d'ouvrage a transmis à l'OFT la deuxième série de mesurages. L'OFEV s'est, en date du 10 avril 2015, déterminé sur cette nouvelle série et a confirmé sa première prise de position du 9 mars 2015.
B.o Par écriture du 2 avril 2015, les requérants se sont déterminés sur la prise de position de l'OFEV en réitérant leur souhait de faire fixer par l'OFT des valeurs limites s'agissant des vibrations et du bruit solidien rayonné en phase de chantier.
B.p Le 2 avril 2015, le maître d'ouvrage a également pris position sur les constatations de l'OFEV. Il a estimé en bref qu'une suppression ou une limitation des immissions n'était pas indispensable pour ménager la santé des riverains puisque les immissions constatées étaient, selon l'OFEV, dérangeantes et non nuisibles pour la santé des requérants. Enfin, le maître d'ouvrage a discuté les mesures proposées par l'OFEV en rejetant leur utilité ainsi que leur proportionnalité.
C.
Par décision du 13 mai 2015, l'OFT a rejeté la plainte du 10 juin 2014 dans la mesure où elle n'était pas devenue sans objet et a mis un émolument de Fr. 5'000.- à la charge des requérants. A l'appui de sa décision, ladite autorité a pour l'essentiel rappelé que la législation suisse ne réglait pas exhaustivement la problématique des vibrations et des sons solidiens, d'autant plus en phase de chantier. Dite autorité a ensuite constaté que la question du bruit aérien extérieur n'était plus litigieuse et a expliqué que la fixation d'un seuil en matière de sons solidiens en phase de chantier était trop complexe, de sorte qu'elle n'interviendrait pas en tant que législateur en la matière. Pour le surplus, l'OFT a considéré que la DBC ne s'appliquait pas à la problématique des vibrations et du bruit solidien. S'agissant ensuite des mesurages, elle a considéré que deux séries avaient déjà été effectuées et transmises par le maître d'ouvrage. De plus, les autres mesures sollicitées, telles que la permanence, l'information préventive, les modalités pour diminuer le niveau sonore ainsi que le relogement préventif, ont - de l'avis de l'OFT - pour la plupart été mises en oeuvre. Pour le surplus, dite autorité a rejeté la mesure visant à réduire les horaires de travaux nocturnes et l'interruption éventuelle des forages pendant la nuit, au motif qu'elle serait disproportionnée et que l'intérêt public du chantier CEVA primait l'intérêt privé des requérants à ne pas subir de nuisances pendant la nuit. Enfin, ladite autorité a précisé que la creuse du tunnel de Pinchat était en continuel avancement et que les nuisances subies par les requérants n'étaient donc que temporaires.
D.
Par mémoire du 17 juin 2015, A._______ et 43 autres personnes (ci-après aussi: les recourants) ont interjeté recours à l'encontre de la décision de l'OFT (ci-après aussi: l'autorité inférieure) auprès du Tribunal administratif fédéral. A l'appui de leurs recours, les recourants ont pris les conclusions suivantes:
Préalablement
Déclarer le présent recours recevable.
Principalement
Annuler la décision de l'OFT du 13 mai 2015 en tant qu'elle:
- Rejette la plainte d'A._______ du 10 juin 2014.
- Met à la charge des plaignants un émolument de CHF 5'000.-.
Cela fait
Dire et constater que les valeurs d'exposition au bruit perceptible à l'intérieur des habitations, provoqué par un chantier et transmis par voie solidienne, ne peuvent excéder 45 dB(A) de jour (à savoir de 8h00 jusqu'à 17h00), respectivement 35 dB(A) de nuit (à savoir au-delà de 17h00 et jusqu'à 8h00), les week-ends et jours fériés, en LEq 1 seconde, étant précisé qu'une pause quotidienne d'une heure minimum doit nécessairement être observée à midi.
Dire et constater que tout chantier doit être assorti d'un système d'enregistrement permanent du niveau de bruit visé au chiffre 3 ci-dessus dans les habitations, ledit système devant comporter un mécanisme d'alarme sur le chantier en cas de dépassement (en Leq 1 seconde), des plafonds de 45 dB(A) de jour, respectivement de 35 dB(A) de nuit, les week-ends et jours fériés, étant déterminantes les immissions mesurées à l'intérieur des habitations.
Dire et constater que lorsqu'un chantier provoque du bruit au sens du chiffre 3 ci-dessus, sont interdites à titre préventif les techniques particulièrement bruyantes (brise-roche hydraulique ou d'autres engins générant des immissions très bruyantes), à tout le moins pendant les périodes pour lesquelles une protection accrue est requise, à savoir au-delà de 17h00 et jusqu'à 8h00, ainsi que les week-ends et les jours fériés.
Dire et constater qu'au surplus, les dispositions de la Directive sur le bruit des chantiers doivent être appliquées sur tout chantier dès lors qu'il engendre des bruits perceptibles par les humains indépendamment du mode de transmission de ces bruits.
En tout état
Placer les frais de la procédure à charge de l'Office fédéral des transports.
A l'appui de leurs conclusions, les recourants admettent, dans un premier temps, que la procédure dont il est question est devenue sans objet actuel et concret pour eux déjà au moment où l'autorité inférieure avait rendu sa décision. S'agissant toutefois de leur qualité pour recourir, ils estiment qu'il doit en l'occurrence être dérogé à l'exigence d'un intérêt actuel puisque la contestation est susceptible de se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues. En outre, les recourants expliquent que la cause soulève une question de principe qui ne pourra jamais être tranchée par les autorités administratives si elles n'agissent pas très rapidement. D'après les recourants, il ne peut être exclu que d'autres chantiers impliquant des forages ou des travaux bruyants soient à nouveau entrepris dans le secteur en question. Ensuite, ils estiment que l'intérêt public à la fixation de valeurs limites pour les immissions du bruit rayonné pendant la phase de construction est manifeste et qu'il appartient dès lors au Tribunal de céans ou à l'autorité inférieure de trancher cette question et de fixer un plafond conformément aux conclusions susmentionnées. S'agissant enfin de l'émolument de Fr. 5'000.-, les recourants estiment qu'il constitue une entrave d'accès à la justice et est dès lors infondé.
E.
Par décision du 18 juin 2015, le Tribunal de céans (cause A-1081/2015) a déclaré sans objet le recours formé pour déni de justice le 19 février 2015, au motif que la décision dont les recourants demandaient le prononcé, avait été rendue le 13 mai 2015.
F.
Par mémoire en réponse du 23 juillet 2015, les CFF (ci-après aussi: les intimés) ont, au nom de la Direction de projet CEVA et de l'Etat de Genève, pris position sur les recours susdits. A l'appui de leur réponse, les intimés concluent principalement à l'irrecevabilité de toutes les conclusions, subsidiairement au rejet de toutes les conclusions à l'exception de celle relative à l'émolument, au sujet du sort de laquelle ils s'en remettent à la justice, et plus subsidiairement encore, au renvoi de la cause à l'autorité inférieure quant à l'examen des conclusions 3 à 6 en cas d'admission de la recevabilité du recours.
S'agissant de la recevabilité du recours, les intimés soulignent en bref que, bien que les modalités de la protection contre le bruit solidien puissent constituer une question de principe, ladite question peut toutefois parfaitement être tranchée avant de perdre son actualité, sur la base des conditions concrètes des travaux concernés. Ils rappellent ensuite qu'il n'existe pas d'ordonnance ni de directive pour le bruit solidien en phase de chantier, de sorte qu'il apparaît trop compliqué pour l'OFT de faire office de législateur en la matière. Les autres normes citées par les recourants ne peuvent, de l'avis des intimés, s'appliquer par analogie au cas d'espèce. Au surplus, ils considèrent que le chantier du tunnel de Pinchat, qui a progressé plus vite que la procédure devant l'OFT, démontre que la durée des immissions litigieuses était temporaire. Enfin, les intimés considèrent que l'émolument fixé par l'autorité inférieure n'est pas illégal dans son principe.
G.
Par prise de position du 22 juillet 2015, l'autorité inférieure a conclu implicitement au rejet des recours en confirmant pour l'essentiel le contenu de ses précédentes écritures.
H.
Par ordonnance du 30 juillet 2015, le Tribunal de céans a invité les recourants à se prononcer sur la recevabilité de leurs recours.
I.
Par mémoire en réplique du 31 août 2015, les recourants ont pour l'essentiel confirmé le contenu de leurs précédentes écritures. Au surplus, ils précisent - s'agissant de la recevabilité de leurs recours - que tous les recourants ayant signé une procuration en faveur du mandataire sont domiciliés à hauteur du tunnel de Pinchat, dans le secteur (...). A l'appui de leurs dires, ils ont versé au dossier une carte permettant de localiser leurs immeubles par rapport au tunnel susmentionné. En outre, les recourants soulignent qu'ils ont tous pris part à la procédure devant l'instance inférieure et ont tous subi des nuisances. Enfin, les recourants reconnaissent qu'ils ne subissent actuellement plus de nuisances en raison des travaux réalisés dans le tunnel de Pinchat, mais ignorent si les travaux annoncés pour la suite du chantier les toucheront à nouveau, puisque les intimés ont annoncé de nouveaux travaux au mois de novembre 2015. Les recourants sont donc d'avis qu'ils disposent d'un intérêt à voir la question de principe, relative aux modalités de la protection contre le bruit solidien en phase de chantier, tranchée.
J.
Par mémoire en duplique du 30 septembre 2015, l'autorité inférieure a confirmé intégralement sa décision du 13 mai 2015 ainsi que sa prise de position du 22 juillet 2015.
K.
Par duplique du 1er octobre 2015, les intimés ont pour l'essentiel confirmé le contenu de leurs précédentes écritures. Pour le surplus, ils expliquent qu'il est possible que les recourants soient à nouveau impactés par les prochaines étapes d'excavation du tunnel de Pinchat, mais dans une mesure bien moindre que lors des phases précédentes des travaux.
L.
Le 28 octobre 2015, les recourants ont déposé leurs observations finales en confirmant leurs précédentes écritures. Ils ont, à cette occasion, indiqué que de nouvelles plaintes avaient récemment été émises par des riverains à la suite de la reprise des travaux dans le tunnel de Pinchat.
M.
M.a Par ordonnance du 13 novembre 2015, le Tribunal de céans a invité l'autorité inférieure à organiser une rencontre avec les recourants et les intimés, sous son égide et dans les meilleurs délais, de manière à déterminer: "d'une part, quels sont les travaux de chantier en cours en lien avec le tunnel de Pinchat et quels à venir; et, d'autre part, quelles mesures de précaution peuvent, le cas échéant, dans la conduite desdits travaux de chantier et dans leur durée verticale (jour/nuit) et horizontale (durée du chantier), être raisonnablement prises par les intimés". Le Tribunal a en outre invité l'autorité inférieure à lui faire connaître le résultat des discussions d'ici au 18 décembre 2015.
M.b Par écriture du 17 novembre 2015, les recourants ont sollicité du Tribunal qu'il fixe dans les plus brefs délais et par voie d'ordonnance - préalablement à la tenue d'une rencontre - des conditions-cadres pour le bon déroulement du processus de négociation.
M.c Par courrier du 18 novembre 2015, l'autorité inférieure a estimé que, sauf accord exprès de toutes les parties à la procédure, elle ne pouvait pas agir en tant que médiateur et a proposé que le Tribunal de céans intervienne en cette qualité.
M.d Par ordonnance du 19 novembre 2015, le Tribunal a invité les intimés à prendre position sur les questions de savoir quels étaient précisément les travaux de chantier en cours en lien avec le tunnel de Pinchat et lesquels étaient à venir, ainsi que quelles mesures de précaution concrètes pouvaient, le cas échéant, être rapidement prises par les intimés dans la conduite des travaux au vu des nuisances déjà subies par les recourants. Le Tribunal a indiqué qu'il serait déterminé, suite à la prise de position des intimés sur les questions susmentionnées, si une médiation s'avérerait opportune ou si l'affaire serait en état d'être jugée.
N.
N.a Le 20 novembre 2015, les recourants ont déposé une requête de mesures provisionnelles couplée à une requête de mesures superprovisionnelles urgentes en concluant principalement à enjoindre sans délai à la Direction de projet CEVA de ne plus conduire de travaux dans le tunnel de Pinchat avec des brises-roches hydrauliques ou d'autres engins générant des immissions très bruyantes en dehors de l'horaire 8h-12h/13h-19h à compter de la réception de la décision du Tribunal de céans. A l'appui de ladite requête, les recourants soulignent essentiellement que, depuis le mois d'octobre 2015, ils sont à nouveau gravement affectés par le bruit des travaux entrepris dans le tunnel de Pinchat. Selon eux, leur intérêt est actuel puisque les bruits perdurent encore aujourd'hui et que de telles nuisances vont, d'après leurs dires, se poursuivre encore durant plusieurs semaines.
N.b Par décision incidente du 24 novembre 2015, le Tribunal a rejeté la requête de mesures superprovisionnelles des recourants et a rappelé l'autorité inférieure à son devoir de veiller à l'exécution de la décision d'approbation des plans du 5 mai 2008. L'autorité inférieure a également été invitée à prendre position sur la requête de mesures provisionnelles formulée par les recourants jusqu'au 4 décembre 2015. A l'appui de sa décision, le Tribunal a estimé que la condition de l'urgence n'était en l'occurrence pas réalisée, faute d'atteinte grave et manifestement illégale à des droits fondamentaux.
N.c Le 24 novembre 2015, les intimés ont sollicité une prolongation de délai pour déposer leur prise de position jusqu'au 15 décembre 2015. Cette requête a été rejetée par le Tribunal de céans par ordonnance du 25 novembre 2015.
N.d Le 27 novembre 2015, les intimés ont déposé leur prise de position en concluant principalement à l'absence d'objet de la requête de mesures provisionnelles du 20 novembre 2015, subsidiairement, au rejet de ladite requête et, plus subsidiairement encore, à l'irrecevabilité de celle-ci à défaut d'urgence et d'intérêt actuel par rapport aux travaux en cours dans le tunnel de Pinchat, que ce soit sur le tronçon sur lequel certains travaux ont gêné des recourants jusqu'ici, ou sur le tronçon qui est trop éloigné des habitations des recourants pour que ceux-ci puissent être gênés. A l'appui de leur prise de position, les intimés ont souligné que la dernière intervention des recourants relative aux nuisances sonores datait du 16 novembre 2015, de sorte que, sans interventions depuis lors, il y avait lieu d'admettre que les recourants n'étaient plus importunés par les travaux. Selon les intimés, les travaux susceptibles de gêner les recourants sont les travaux d'excavation du stross avançant à raison de soixante mètres par semaines. Lesdits travaux ont fait, selon les déclarations des intimés, l'objet d'une information (26a) qui a été déposée dans la boîte aux lettres de tous les riverains. Ensuite, ils soulignent que la conclusion de mesures provisionnelles urgentes est formulée de manière trop générale car elle porte sur les travaux dans l'ensemble du tunnel de Pinchat tandis que les recourants ne peuvent être touchés que par une partie bien précise des travaux. En outre, ils estiment que, depuis le 23 novembre 2015, les travaux dans le tunnel en question ont dépassé la zone critique susceptible de concerner les recourants de jour comme de nuit. Les travaux devant être exécutés à l'avenir ne sont, selon les intimés, pas bruyants de sorte que d'autres mesures de précaution ne s'avèrent pas utiles.
N.e Par courrier du 2 décembre 2015, l'autorité inférieure a souligné qu'aucune nouvelle plainte n'avait été déposée s'agissant des nuisances du chantier litigieux. Ladite autorité estime qu'il n'y a dès lors pas lieu d'interrompre des travaux dits bruyants sans avoir connaissance de ces derniers et de leurs impacts sur les riverains.
N.f Par observations finales du 11 décembre 2015, les recourants ont confirmé pour l'essentiel le contenu de leurs précédentes écritures. Pour le surplus, ils expliquent ne plus pouvoir se fier aux promesses des intimés quant à la cessation des nuisances sonores pour le futur et disposent donc d'un intérêt actuel et concret au recours.
N.g Par décision incidente du 22 décembre 2015, le Tribunal a rejeté la requête de mesures provisionnelles du 20 novembre 2015 et a pris acte que les intimés assuraient en justice que les travaux susceptibles de causer une gêne aux recourants avaient pris fin et que les travaux en cours et à venir dans la partie du tunnel de Pinchat n'étaient pas des travaux bruyants. À l'appui de ladite décision, le Tribunal a considéré pour l'essentiel que la requête de mesures provisionnelles était devenue sans objet suite à la cessation des travaux bruyants. Pour le surplus, le Tribunal a annoncé qu'il gardait la cause à juger.
O.
Les autres faits et arguments de la cause seront abordés, si nécessaire, dans les considérants en droit qui suivent.
Droit :
1.
1.1 Conformément à l'article 31 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal de céans connaît des recours contre des décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités précédentes mentionnées à l'art. 33 LTAF. La décision entreprise, qui répond aux conditions de l'art. 5 al. 1 PA, a été rendue par l'Office fédéral des transports, en sa qualité d'unité de l'administration fédérale subordonnée au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et des communications (DETEC) (art. 33 let. d LTAF), et dans une matière qui n'est pas exclue du recours (art. 32 LTAF). Il s'ensuit la compétence du Tribunal administratif fédéral à connaître des recours.
1.2 Ayant été déposés en temps utile (art. 50 al. 1 PA) et dans les formes prescrites par l'art. 52 PA, les recours sont ainsi recevables, sous réserve des considérants qui suivent.
1.3 Conformément à l'art. 48 al. 1 PA, a qualité pour former recours celui qui a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire (al. 1 let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (al. 1 let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c).
1.3.1 Pour satisfaire aux exigences de l'art. 48 al. 1 let. b et c PA, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation (ATAF 2009/16 consid. 2.1, ATAF 2007/20 consid. 2.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5411/2012 du 5 mai 2015 consid. 1.3.1, A-648/2014 du 16 janvier 2015 consid. 1.3.1). Il doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée, de manière à exclure l'action populaire (ATF 137 II 30 consid. 2.2.3 ; ATAF 2012/9 consid. 4.1.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-592/2014 du 9 mars 2015 consid. 1.2.2, A 6883/2013 précité consid. 4.4, A 1936/2006 précité consid. 3.1 et réf. cit.). Cet intérêt pratique - de nature économique, idéale, matérielle ou autre - n'est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, mais peut être un intérêt de fait (ATAF 2012/13 consid. 3.2.2, ATAF 2009/16 consid. 2.1). Il n'a enfin pas besoin de correspondre à l'intérêt protégé par les normes invoquées (ATF 127 I 44 consid. 2c ; ATAF 2012/13 consid. 3.2.2).
1.3.2
1.3.2.1 Une association jouissant de la personnalité juridique peut, sans être elle-même touchée dans ses intérêts propres par la décision entreprise, être admise à agir au nom de ses membres, pour autant qu'elle ait pour but statutaire la défense de leurs intérêts, que ceux-ci soient communs à la majorité ou au moins à un grand nombre d'entre eux et, enfin, que chacun de ceux-ci ait qualité pour s'en prévaloir à titre individuel ("recours corporatif"; cf. ATF 137 II 40 consid. 2.6.4; ATAF 2010/51 consid. 6.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 3826/2013 du 12 février 2015 consid. 1.2.1, A-6883/2013 du 2 décembre 2014 consid. 4.3; Adrian Walpen, Bau und Betrieb von zivilen Flughäfen, 2005, p. 187). Elle ne peut toutefois se prévaloir de motifs d'intérêt public quand bien même elle aurait un but statutaire idéal (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5411/2012 du 5 mai 2015 consid. 1.3.1, A 4790/2012 et A-4853/2013 du 23 juillet 2014 consid. 1.3.2.1 et réf. cit.).
1.3.2.2 En l'occurrence, A._______ - qui a participé à la procédure devant l'autorité inférieure - est une association au sens des art. 60 ss du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), constituée en 1983 (cf. art. 1 des statuts). Le Tribunal retient, par conséquent, qu'A._______ est dotée de la personnalité juridique au sens du droit suisse et, partant, de la capacité d'ester en justice.
1.3.2.3 Ensuite, A._______ affirme - sans être contredite par l'autorité inférieure ou les intimés - être composée de plus de cent personnes physiques, dont plusieurs sont propriétaires ou locataires d'habitations situées dans le périmètre proche de celui du tracé de la ligne ferroviaire CEVA à Grand-Lancy (tunnel de Pinchat), à savoir à proximité de la route de la Chapelle (...). Au vu du dossier et, en particulier, de la liste des membres d'A._______, cet élément est vraisemblable et sera dès lors retenu.
Les membres de l'association, sis à proximité du chantier litigieux, ont un intérêt digne de protection à être aussi peu troublés que possible dans leur bien-être physique, psychique ou social par les travaux se déroulant sur le chantier susdit. En effet, de jurisprudence constante, le propriétaire d'un terrain directement riverain de la construction ou de l'installation litigieuse, ou dont l'immeuble se situe à une distance relativement faible de l'installation litigieuse à laquelle il s'est opposée, a en principe la qualité pour déposer un recours (cf. ATF 136 II 281 consid. 2.3.1 et réf. cit., ATF 133 II 249 consid. 1.3, ATF 121 II 171 consid. 2b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 648/2014 du 16 janvier 2015 consid. 1.3.3, A-6883/2013 du 2 décembre 2014 consid. 4.4, A 2898/2011 du 6 décembre 2012 consid. 1.2.1). Or, en l'espèce, il ressort des pièces produites par les recourants que leurs habitations se situent toutes à moins de 170 mètres du tracé ferroviaire souterrain du CEVA et, plus précisément, à hauteur du tunnel de Pinchat (cf. pièce n. 82 de la réplique des recourants).
1.3.2.4 Aux termes de ses statuts fondateurs du 29 septembre 1983, modifiés lors de l'assemblée générale du 14 mars 2012 (cf. pièce n. 2bis des annexes aux recours), A._______ a pour but de travailler à la sauvegarde du site de la Chapelle, au développement harmonieux du quartier et à la défense des intérêts de ses habitants et propriétaires. Elle ne poursuit aucun but politique, religieux ou lucratif. Il sied de préciser à ce sujet que la jurisprudence tant fédérale que cantonale reconnaît, pour des motifs d'économie de procédure, aux associations qui défendent statutairement les intérêts de leurs membres la qualité pour recourir lorsque les intérêts de ces derniers sont directement compromis. Ce recours est dit corporatif ou égoïste (cf. consid. 1.3.2.1 ci-avant). En l'occurrence les statuts d'A._______ suffisent à remplir les conditions requises par la jurisprudence susmentionnée. Les considérations qui précèdent sont d'autant plus justifiées que l'autorité inférieure avait estimé, dans sa décision d'approbation des plans du 5 mai 2008, que ladite association avait qualité pour agir. Il appert dès lors qu'A._______ a, de prime abord, la qualité pour recourir contre la décision de l'autorité inférieure sous réserve encore de la question de l'intérêt actuel au recours qui sera examinée dans les considérants qui suivent (cf. consid. 1.4.2 ci-après).
1.3.3
1.3.3.1 S'agissant des recourants n°2 à 45, il n'est pas contesté qu'ils possèdent tous un bien immobilier ou sont locataires d'un tel bien à (...) à proximité directe du chantier litigieux (cf. consid. 1.3.2.3 ci-avant). Ils subissent dès lors tous des atteintes dues au chantier du projet CEVA, bien que lesdites atteintes n'aient pas pu être documentées par tous les recourants. L'on ne saurait en effet leur reprocher cette carence, certains d'entre eux n'ayant pas le dispositif à disposition pour effectuer de tels mesurages. La distance séparant leurs habitations du tracé ferroviaire est donc suffisamment courte pour admettre le fait qu'ils subissent des nuisances.
1.3.3.2 S'agissant en revanche de la condition d'avoir pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, il y a lieu de souligner ce qui suit. Il découle de la requête en mesures urgentes de restriction d'exploitation de chantier du 10 juin 2014, que seuls certains recourants ont participé à la procédure devant l'instance inférieure. En effet, la majorité des recourants n'y ont pas pris part, puisque leurs noms ne figurent pas sur le rubrum de la requête en question. Certes, ceux-ci se sont ensuite immiscés dans la procédure de recours par l'intermédiaire de leur mandataire, en fournissant au Tribunal une procuration et en prétendant avoir déjà fait état des nuisances qu'ils subissaient dans plusieurs courriers adressés à l'autorité inférieure. Cela étant, l'on ne peut déduire de cette seule intervention que ces recourants ont réellement participé à la procédure devant l'OFT.
Il résulte cependant de la jurisprudence en la matière que, lorsque la qualité pour agir est admise pour une des parties recourantes, il n'est pas nécessaire d'examiner si les autres recourants, représentés par le même mandataire, ont également la qualité pour recourir (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 4790/2012 du 23 juillet 2014 consid. 1.3.2.2; Laurent Pfeiffer, La qualité pour recourir en droit de l'aménagement du territoire et de l'environnement, Zurich/Bâle 2013, p. 50). Il s'ensuit qu'à ce stade de la procédure, la question de l'éventuel défaut de légitimation d'une partie des recourants représentés par le même avocat peut souffrir de rester ouverte, à tout le moins s'agissant de question de savoir si ces recourants ont réellement participé à la procédure devant l'autorité inférieure.
1.4 La question qui demeure litigieuse s'agissant de la qualité pour recourir de l'ensemble des recourants réside dans le caractère actuel de l'intérêt au recours.
1.4.1 En effet, l'intérêt au recours doit en outre, selon l'art. 48 PA, être actuel: il doit non seulement exister au moment où le recours a été déposé mais également subsister lors du prononcé de la décision sur recours (ATF 128 II 34 consid. 1b). Toutefois, le Tribunal fédéral fait exceptionnellement abstraction de l'exigence d'un intérêt actuel, lorsque la contestation peut se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permet pas de la trancher avant qu'elle ne perde son actualité et que, en raison de sa portée de principe, il existe un intérêt suffisamment important à la solution de la question litigieuse. Les conditions suscitées sont cumulatives (ATF 136 II 101 consid. 1.1; arrêt du Tribunal fédéral 1C_569/2010 du 7 février 2011 consid. 1.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2474/2014 du 29 mai 2015 consid. 1.2).
1.4.2 En l'occurrence, il n'est pas contesté par les parties que l'intérêt actuel au recours fait défaut, puisque les recourants ne subissent désormais plus de nuisances dues aux travaux de chantier dans le tunnel de Pinchat. Toutefois, ils estiment qu'il y a lieu de renoncer à l'exigence d'un tel intérêt au titre de l'exception réservée par la jurisprudence susmentionnée (cf. consid. 1.4.1 ci-avant). Cela étant, les recourants ne peuvent - de l'avis du Tribunal de céans - être suivis dans leur argumentation et ce, pour les raisons qui suivent.
1.4.2.1 En effet, il n'est, dans un premier temps, ni établi ni d'ailleurs rendu plausible que la contestation dont il est ici question soit susceptible de se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues.
Il sied à cet égard de rappeler que le chantier du tunnel de Pinchat a débuté le 27 février 2014 et s'est étendu sur plusieurs mois. Ce n'est toutefois qu'au mois de juin 2014 que les recourants ont déposé auprès de l'autorité inférieure une requête en mesures urgentes de restriction d'exploitation de chantier, de sorte qu'ils ont attendu environ quatre mois avant de saisir l'autorité compétente en la matière. Pourtant, il sied déjà à ce stade de constater que les nuisances ne semblaient pas avoir cessé durant ce laps de temps, de sorte que les recourants disposaient à cette période d'un intérêt actuel à agir. Il n'est ensuite pas évident de comprendre sur la base du dossier si, suite au dépôt de ladite requête, les recourants ont également et de manière continue subi des nuisances sonores. Or il est établi qu'au plus tard au moment du dépôt des recours, soit en date du 17 juin 2015, ils ne subissaient plus aucune nuisance.
Il est vrai que dès le 21 octobre 2015, les recourants ont été impactés par de nouvelles nuisances liées à la reprise des travaux dans le tunnel de Pinchat, malgré le fait que les intimés leur avaient assuré que des nuisances semblables à celles ayant eu lieu dans le passé ne se reproduiraient plus. Ce constat pourrait en effet permettre de conclure que la contestation qui occupe le Tribunal serait susceptible de se reproduire en tout temps. Cela étant, depuis trois mois environ, les nuisances semblent avoir cessé ou ont à tout le moins été réduites de manière significative, puisqu'aucune plainte n'a été émise par les recourants depuis lors, ce qui est d'ailleurs confirmé par l'autorité inférieure (cf. observations de l'autorité inférieure du 2 décembre 2015). En outre, il ressort clairement des pièces produites par les intimés que les travaux dans le tunnel de Pinchat ont considérablement progressé, de sorte qu'ils ne peuvent plus désormais impacter les recourants ou du moins avec une telle intensité (cf. consid. 1.4.2.2 ci-après). En effet, et comme le soulignent à juste titre les intimés, il a déjà pu être constaté auparavant que, lorsque les travaux dépassent la zone de la rivière de la Drize (cf. plan annexé aux observations des intimés du 27 novembre 2015), ils n'engendrent plus de nuisances susceptibles de gêner les recourants.
L'on peine dès lors à comprendre, compte tenu des constatations qui précèdent, pour quelles raisons la contestation qui occupe actuellement le Tribunal risquerait de se reproduire à nouveau dans le futur, les intimés ayant garanti devant le Tribunal de céans que les travaux affectant les recourants étaient terminés. Il s'agit en réalité d'une promesse en justice de la part des intimés, dont le Tribunal a pris acte dans sa décision incidente du 22 décembre 2015 et qui, en cas de non-respect, pourrait être invoquée dans le cadre d'une procédure ultérieure par les recourants.
1.4.2.2 Même s'il fallait admettre que la présente contestation était susceptible de se reproduire en tout temps, force serait de constater, en second lieu, que les circonstances dans lesquelles elle se déroulerait ne seraient ni identiques ni analogues. En effet, il résulte des considérations qui précèdent (cf. consid. 1.4.2.1 ci-avant), qu'au vu de la configuration et de l'avancement des travaux en cours dans le tunnel de Pinchat, il est peu probable que de tels travaux soient à nouveau entrepris à hauteur des habitations des recourants et que des nuisances semblables à celles subies auparavant soient engendrées. Or, même si des travaux devaient à nouveau être entrepris en ce lieu, ceux-ci ne seraient pas de même envergure ni d'ailleurs de même caractère, puisque - jusqu'à la rivière de la Drize (zone critique pour les recourants) - tant la creuse de la calotte que celle du stross, qui représentent des travaux de grande envergure, sont désormais terminées.
Il est vrai qu'au-delà de la rivière de la Drize seule la creuse de la calotte est actuellement terminée, de sorte que les travaux de creuse du stross se poursuivent dès le km 66.300. Ainsi, il serait possible qu'à l'intérieur de ce périmètre d'autres riverains soient importunés par les travaux en question. Cela étant, ces riverains potentiels ne sont d'une part pas parties à la présente procédure et n'ont - à la connaissance du Tribunal - pas émis de plaintes particulières jusqu'à présent. Il n'appartient en outre pas aux recourants de s'enquérir dans le cadre de leurs recours des nuisances hypothétiques que pourraient être amenés à subir d'autres riverains. Il sied d'autre part de souligner que les circonstances dans lesquelles les travaux se déroulent à cet endroit ne peuvent pas être considérées comme identiques ou analogues à celles du cas d'espèce, puisque de multiples facteurs sont susceptibles de diverger, tels que les caractéristiques du sol, les conditions géologiques, les matériaux et machines utilisées, la distance à laquelle se trouvent les riverains ainsi que les imprévus et les aléas du chantier.
1.4.2.3 Ensuite, l'argument des recourants tendant à faire admettre que la question de principe (régime de protection contre le bruit solidien applicable en phase de chantier) ne pourrait jamais être tranchée par les autorités administratives avant la fin des travaux et donc avant qu'elle ne perde son actualité, ne convainc guère le Tribunal de céans.
1.4.2.3.1 En effet, il n'est d'une part pas certain que le régime de protection contre les bruits solidiens en phase de chantier constitue réellement une question de principe, ou du moins, une question susceptible d'être tranchée préalablement en faisant fi des circonstances du cas d'espèce (cf. à ce sujet l'art. 12 al. 2 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 [LPE, RS 814.01]; cf. également Jean-Baptiste Zufferey, Le chantier: ses nuisances, ses risques et ses déchets in: Journées suisses du droit de la construction 2011, p. 40). En outre, il n'est pas non plus établi, sur le vu des considérations qui suivent, qu'il existe un intérêt suffisamment important à la résolution de la question litigieuse. L'on en veut d'ailleurs pour preuve que l'OFEV - autorité de surveillance et législateur dans cette matière (cf. art. 6 de l'ordonnance sur la protection contre le bruit du 15 décembre 1986 [OPB, RS 814.41]) - n'a ni légiféré sur cette question ni d'ailleurs jugé utile ou souhaitable de fixer des valeurs limites alors qu'il avait la compétence d'y procéder. Afin de justifier cette lacune intentionnelle ou qualifiée, ladite autorité souligne que la complexité du phénomène de bruit dans les chantiers ne permet pas de fixer définitivement des valeurs limites. L'OFEV va même plus loin dans ses considérations en affirmant à ce sujet que les réglementations cantonales existantes qui régissent la limitation du bruit à l'aide de valeurs limites d'immissions doivent absolument être revues. Selon l'OFEV, une évaluation du bruit des chantiers par des valeurs limites est problématique car, à l'heure actuelle, ni la détermination du bruit ni les méthodes d'évaluation ne sont suffisamment éprouvées pour une mise en oeuvre (cf. DBC ch. 1.6; cf. à ce sujet Raphaël Eggs, Les "autres préjudices de l'expropriation", l'indemnisation au-delà du modèle fondé sur la valeur vénale, Genève/Zurich/Bâle, 2013, §24 n. 1027).
Ceci étant, dite autorité a - conformément au mandat que le Conseil fédéral lui a délégué - édicté la DBC qui prévoit tout une série de mesures à prendre afin de limiter au mieux le bruit des chantiers. Certes, cette directive ne peut s'appliquer à la problématique des vibrations et du bruit solidien. Il en va d'ailleurs de même de la directive EVBSR qui traite des nuisances lors de la phase d'exploitation uniquement et renvoie pour le surplus à la norme allemande DIN 4150-2 qui donne des valeurs de référence pour la phase de construction. Cependant, l'OFEV a maintes fois rappelé que les valeurs posées par cette norme allemande pour la phase de construction étaient conformes au principe de prévention de l'art. 11 LPE. Dite autorité a même considéré que si les valeurs de référence pour les vibrations selon la norme DIN4150-2 sont respectées, le bruit solidien doit être considéré comme non gênant. Il est dès lors possible de déduire de ce qui précède que l'OFEV entend s'inspirer de la norme allemande susdite pour la résolution de cas précis, sans toutefois pour autant fixer lui-même des valeurs limites. A cet égard, il sied encore de souligner que le Tribunal fédéral a déjà validé l'application de la norme DIN 4150-2 dans son arrêt concernant le tronçon ferroviaire Mattstetten - Rothrist publié aux ATF 121 I 378 (consid. 15), alors même du reste, que cette directive en était encore au stade de projet. Quant à l'EVBSR, laquelle se base sur la norme précitée, elle a également été déjà appliquée de nombreuses fois. Cette application a déjà été validée par le Tribunal de céans (arrêt du TAF A-6362/2008, du 8 septembre 2009, consid. 9, spéc. 9.2.2; voir également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3713/2008 du 15 juin 2011 consid. 15.5 et les réf. cit.
Il n'est pour le surplus pas exclu que l'OFEV édicte prochainement une directive s'agissant de la protection contre le bruit solidien et les vibrations en phase de chantier imposant - à l'image de la DBC - toute une série de mesures. Il est toutefois peu probable, compte tenu des explications de ladite autorité à ce sujet, que des valeurs limites y soient fixées. A cet égard, il sied encore de souligner qu'il existait un projet d'ordonnance sur la protection contre les vibrations du 15 janvier 2006. Or ladite ordonnance n'est à l'heure actuelle toujours pas entrée en vigueur et le projet ne figure d'ailleurs plus sur la liste des ordonnances en préparation, ce qui démontre encore une fois que l'intérêt public à voir la question litigieuse tranchée n'est pas des plus importants. Loin s'en faut.
1.4.2.3.2 En outre, et s'agissant du point de savoir si la question des valeurs limites pour le bruit solidien ne pourrait jamais être tranchée avant que l'intérêt des recourants ne perde son actualité, il y a lieu de préciser qu'il n'est pas non plus relevant. En effet, il n'est pas exclu qu'une autorité administrative puisse trancher dans un cas particulier la question de la protection contre le bruit solidien avant que l'intérêt au recours ne perde son caractère actuel pour des chantiers dont la durée ne serait pas trop brève et en tenant compte des circonstances du cas d'espèce, en soi déterminantes.
S'agissant des valeurs limites sollicitées, il y lieu de souligner qu'il n'appartient pas à l'autorité inférieure de fixer de telles valeurs, de sorte que son inaction à ce sujet ne saurait lui être reprochée. Il convient à ce sujet de rappeler que le Conseil fédéral a délégué cette compétence à l'OFEV qui, en toute connaissance de cause, a renoncé à légiférer en se contentant d'appliquer par analogie des normes qui à l'origine ne traitent pas exactement de la problématique.
Il n'est cependant pas exclu, contrairement à ce que prétendent les recourants, qu'une décision intervienne dans un cas précis de chantier engendrant des nuisances. Or, cette prise de décision se traduirait très probablement par le prononcé de mesures, basées sur les directives et recommandations précitées, afin de réduire au maximum les nuisances de chantier, mais certainement pas par la fixation de valeurs limites, puisque l'OFEV, autorité spécialisée en la matière a jusqu'à présent renoncé à le faire.
1.4.3 Enfin, il y a lieu de rendre les recourants attentifs au fait que la voie qu'ils ont empruntée afin de faire cesser les nuisances de chantier ne constitue pas la seule procédure à disposition. En effet, ils auraient déjà pu se déterminer dans le cadre de la décision d'approbation des plans, s'ils entendaient faire imposer dans ledit prononcé des charges plus précises régissant la question du bruit solidien en phase de chantier, bien qu'il apparaisse douteux que l'on puisse contester une décision d'approbation en raison des désagréments liés à une phase de chantier et non au motif du projet lui-même; ces considérations sont déduites d'une analogie avec la jurisprudence constante du Tribunal fédéral qui veut qu'en principe aucune indemnité n'est allouée pour les nuisances générées par des travaux, au contraire de celles provoquées par l'exploitation de l'installation projetée (cf. ATF 132 II 427 consid. 3 et réf. cit.; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-578/2014 du 23 juillet 2014 consid. 1.2.2.3).
Par ailleurs, en cas de nuisances évitables, les recourants auraient également pu agir devant le juge civil sur la base de l'art. 684 CC par le biais d'une action en cessation de l'atteinte ou d'une action en dommages-intérêts (cf. Raphaël Eggs, op. cit., §17 n. 748-749; Jean-Baptiste Zufferey, op. cit., pp. 29-30). Force est donc d'admettre, sur le vu des considérations qui précèdent, que les recourants avaient d'autres moyens d'action à disposition s'ils entendaient faire cesser les nuisances en question.
1.4.4 En résumé, les conditions de l'exception à l'intérêt actuel au recours ne sont ici pas remplies, de sorte que les recours du 17 juin 2015 doivent être déclarés irrecevables. En outre, les recours précités sont recevables s'agissant de la question de l'émolument de Fr. 5'000.- fixé par l'autorité inférieure, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond pour cette question.
2.
L'objet du litige porte donc uniquement sur la question de la conformité au droit de l'émolument de Fr. 5'000.- fixé par l'autorité inférieure dans le prononcé querellé.
2.1 Conformément à l'art. 49 PA, le recourant peut soulever les griefs de violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), de la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b) et de l'inopportunité (let. c). Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATAF 2014/24 consid. 2.2. et réf.cit.).
2.2 Conformément à l'art. 43 de l'ordonnance sur les émoluments de l'OFT du 25 novembre 1998 (OseOFT, RS 742.102) et dans les cas visés par l'art. 40 LCdF, les frais et l'obligation de verser des indemnités sont régis par l'ordonnance sur les frais et indemnités en procédure administrative du 10 septembre 1969 (RS 172.041.0). Aux termes de l'art. 13 al. 2 let. a ch. 1 de ladite ordonnance, sauf disposition contraire du droit fédéral applicable en la matière, l'autorité qui a rendu la décision peut exiger de la partie: un émolument de décision de 200 à 7000 francs si l'affaire met en cause des intérêts financiers importants, est d'une ampleur extraordinaire ou présente des difficultés particulières, si elle implique plusieurs parties ou si une partie a agi de manière téméraire.
2.3 En l'espèce, l'émolument de Fr. 5'000.- est justifié tant dans son principe que dans son montant. En effet, l'autorité inférieure était, compte tenu des dispositions légales qui précèdent, légitimée à percevoir un émolument avec sa décision du 13 mai 2015. En outre, l'émolument en question se situe dans le barème susmentionné (Fr. 200.- à Fr. 7'000.-) et la charge de travail fournie par l'autorité inférieure justifie manifestement le montant de cet émolument. Les recourants ne démontrent d'ailleurs pas en quoi cet émolument violerait les principes applicables (couverture des frais). En effet, à la lecture du dossier il est possible de constater que de multiples échanges d'écritures ont eu lieu dans le cadre de la procédure devant l'autorité inférieure. Dite autorité a dû en effet répondre aux sollicitations des recourants et des intimés, procéder à un long échange d'écritures, rendre des décisions incidentes, et finalement statuer sur la cause par une décision au fond. De plus, pas moins de treize requérants ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, auxquels se sont - en cours de procédure - rajoutées de nouvelles personnes, de sorte qu'il y a lieu de rendre les recourants attentifs au fait que l'émolument pour l'ensemble de ces activités aurait pu être plus élevé, considérant la marge dont disposait l'autorité inférieure. Force est également d'admettre que le montant total que doit payer chaque recourant ne représente qu'une faible somme compte tenu du nombre élevé de participants à la procédure. Partant, et compte tenu de ce qui précède, les recours doivent être rejetés sur ce point.
3.
En application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 2 et 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, arrêtés en l'occurrence à 1'500 francs, sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux. Ils seront prélevés sur l'avance de frais du même montant déjà effectuée.
Dans la mesure où les recourants succombent, il n'y a pas lieu de leur allouer une indemnité à titre de dépens (art. 64 al. 1 PA a contrario). Les intimés, quant à eux, sont constitués d'un canton et des CFF. Ces deux entités disposent en principe de personnel qualifié pour mener une telle procédure, raison pour laquelle il ne sera prononcé aucun dépens en leur faveur à la charge des recourants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3713/2008 du 15 juin 2011 consid. 35). L'autorité inférieure n'a elle-même pas droit à des dépens (art. 7 al. 3 FITAF).
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Les recours du 15 juin 2015, pour autant que recevables, sont rejetés.
2. Les frais de procédure, d'un montant de 1'500 francs, sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux. Ce montant sera entièrement prélevé sur l'avance de frais du même montant déjà effectuée.
3.
Il n'est pas alloué de dépens
4. Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (Acte judiciaire)
- aux intimés (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (Recommandé)
- au Secrétariat général du DETEC (Acte judiciaire)
- à l'Office fédéral de l'environnement OFEV
- à la Direction générale de l'environnement du canton de Genève
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège :
La greffière :
Jérôme Candrian
Cécilia Siegrist
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :