bvger · A-1137/2012 · 2013-11-06 · fr
A-1137/2012

Taxe sur la valeur ajoutée

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1137/2012
Arrêt du 6 novembre 2013
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Markus Metz, Daniel Riedo, juges,
Cédric Ballenegger, greffier.
Parties
X._______SA,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure .
Objet
TVA; aLTVA; activité de membre d'un conseil d'administration ou location de service imposable; art. 21 al. 1 2ème phrase aLTVA; période du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2009.
Faits :
A. X._______SA est une société anonyme au sens des art. 620 ss du Code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), qui a pour but le commerce de voitures. Cette société est administrée par A._______. Elle est inscrite au registre du commerce du canton de... depuis le... et immatriculée depuis le... au registre de l'Administration fédérale des contributions, en qualité d'assujettie.
B. X._______SA détient 50% des actions de la société Y._______SA, sise à... et également administrée par A._______. Y._______SA est inscrite au registre du commerce... depuis le... et a pour but l'acquisition, la possession, l'exploitation et la vente d'immeubles servant exclusivement d'établissements commerciaux dans le canton...
C. Le 20 janvier 2011, X._______SA (ci-après : la recourante) a fait l'objet d'un contrôle par l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC) portant sur des périodes fiscales allant du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2009. Lors de ce contrôle, il est apparu que des erreurs d'imposition avaient été commises, à savoir que la recourante a considéré des recettes portées au compte... comme étant des revenus résultant de l'exercice d'une activité non imposable au sein d'un conseil d'administration. L'AFC a alors réclamé à la recourante un montant total de Fr. 53'005.--, plus intérêt moratoire, par notification d'estimation n°... du...
D. Le 26 janvier 2011, la recourante s'est acquittée d'un montant de Fr. 30'226.-- en règlement d'une partie de la somme totale due conformément à la notification d'estimation du....
E. Le 3 mai 2011, la recourante a formé réclamation, par l'intermédiaire du... contre la décision de l'AFC du... En substance, elle a allégué que les recettes du compte... constituaient des rémunérations de l'activité d'un membre du conseil d'administration, considérée comme une activité dépendante et donc non soumise à la TVA.
F. Par décision du 1er février 2012, l'AFC a rejeté la réclamation de la recourante. Compte tenu du paiement survenu le 26 janvier 2011, la créance fiscale de la recourante est portée à Fr. 22'779.--, plus intérêt moratoire.
G. Par mémoire du 24 février 2012, la recourante a formé recours contre la décision de l'AFC du 1er février 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, concluant en substance à l'annulation de ladite décision, sous suite de frais et dépens.
H. Par réponse du 31 mai 2012, l'AFC a conclu au rejet du recours, sous suite de frais.
Pour autant que besoin, les autres faits seront repris dans la partie en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, le mémoire de recours du 24 février 2012 a été déposé en temps utile par le destinataire de la décision attaquée (cf. art. 48 al. 1 et 50 al. 1 PA). En outre, un examen préliminaire du recours révèle qu'il remplit les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52 PA, de sorte que le recours est recevable, sous réserve des considérations ci-dessous (cf. consid. 1.2 ci-après).
1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans, il sied d'observer ce qui suit.
1.2.1 Selon la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), dont le droit de procédure est applicable dès son entrée en vigueur à tous les cas pendants (cf. consid. 1.3 ci-après), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les trente jours qui suivent leur notification. Il en résulte que l'assujetti a droit, normalement, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet (la seconde étant soumise à des exigences de forme plus élevées), du moins s'il dépose une réclamation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.1, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 3.3.2, A-1601/2006 du 4 mars 2010 consid. 5.1.2).
En l'occurrence, l'AFC a adressé une notification d'estimation à la recourante le... Elle a qualifié cet acte de décision et a indiqué que la recourante bénéficiait de trente jours pour formuler une réclamation. Celle-ci a ainsi contesté la décision par courrier du 3 mai 2011. L'acte attaqué a été rendu sur cette base le 1er février 2012 et l'AFC l'a qualifié de décision sur réclamation.
Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, une notification d'estimation, en tant que telle, ne constitue pas une décision. En temps normal, le procédé utilisé par l'AFC n'est donc pas conforme à la LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4).
Il s'ensuit que le courrier de la recourante du 3 mai 2011 ne constitue pas une réclamation au sens de l'art. 83 LTVA, mais bien une demande de première décision au fond (cf. art. 82 al. 1 let. c) et, partant, l'on ne saurait qualifier de "décision sur réclamation" la décision de l'AFC du 1er février 2011. Il en résulte que la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans n'est en principe pas donnée.
1.2.2 Toutefois, l'acte en cause, qui représente indéniablement une décision au sens de l'art. 5 PA, est motivé. Attendu que la recourante l'a déféré directement et sans réserve au Tribunal administratif fédéral, on peut en déduire qu'elle a accepté, à tout le moins implicitement, d'avoir été privée d'une procédure de réclamation en bonne et due forme et qu'elle consent à ce que son recours soit traité comme un recours "omisso medio", par application analogique de l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 précité consid. 1.2.3, A-1017/2012 du 18 septembre 2012 consid. 1.2.3, A-6740/2011 du 6 juin 2012 consid. 1.1.4, A-5798/2011 du 29 mai 2012 consid. 1.3 et A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.3). Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent pour connaître du présent litige.
1.3 La loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.
1.3.1 Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA).
Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre 2006 au 4e trimestre 2009, la présente cause tombe matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures) et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux en vigueur depuis le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. également art. 93 et 94 aLTVA).
1.3.2 Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 1.2, A-4136/2009 du 18 mars 2011 consid. 1.2 et A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable. En outre, la possibilité d'une appréciation anticipée demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 consid. 1.4, A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2 et A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in: Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, ch. 157, p. 1126).
En l'occurrence, la présente procédure était pendante lors de l'entrée en vigueur de la LTVA, de sorte que les règles du nouveau droit de procédure doivent s'appliquer.
1.4 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, p. 73 n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6eéd., Zürich 2010, ch. 1758 ss).
Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 du 22 décembre 2011 consid. 1.3 et A-4659/2010 du 14 juin 2011 consid. 1.2).
1.5 Dans la présente cause, il appartient au Tribunal de céans d'exposer tout d'abord la notion d'opération (cf. consid. 2 ci-dessous), d'aborder ensuite le champ d'application de la TVA (cf. consid. 3 ci-dessous), la notion de contre-prestation (cf. consid. 4 ci-dessous) et finalement, de traiter l'imposition et l'assujettissement, sous l'angle de la problématique de l'indépendance (cf. consid. 5 ci-dessous).
2.
2.1 Une opération se caractérise par une livraison de biens (art. 6 aLTVA) ou une prestation de services (art. 7 aLTVA), une contre-prestation ainsi qu'un rapport d'échange entre les deux (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 consid. 2.2 et A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 2.2).
2.1.1 Selon l'art. 6 aLTVA, il y a livraison de biens lorsque le pouvoir de disposer économiquement d'un bien est accordé à une personne en son propre nom, lorsqu'un bien sur lequel des travaux ont été effectués est remis, même si ce bien n'a pas été modifié, mais simplement examiné, étalonné, réglé, contrôlé dans son fonctionnement ou traité d'une autre manière, ou lorsqu'un bien est mis à la disposition d'un tiers à des fins d'usage ou de jouissance (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6743/2009 du 3 mai 2010 consid. 2.2.1, A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 2.2, A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.1; Alois camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2e éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, ch. 199 ss p. 89 ss; voir également Alois Camenzind/ Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender/Marcel R. Jung/Simeon L. Probst, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 3e éd., Berne 2012, n. marg. 652 ss.).
2.1.2 Conformément à l'art. 7 al. 1 aLTVA, est réputée prestation de services toute prestation qui ne constitue pas la livraison d'un bien (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 217 p. 228). Par cette formule négative, le législateur, conformément au principe de généralité, fait en sorte que toute prestation entrant dans le champ de la TVA au sens technique et ne constituant pas une livraison de biens soit imposable comme prestation de services. Si cette solution permet d'assurer la cohérence du système de la TVA en évitant toute lacune, dès l'instant où une opération entre dans le champ d'application de l'impôt, elle suppose en revanche une énumération détaillée et exhaustive des prestations de services exonérées au sens impropre (art. 18 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6743/2009 du 3 mai 2010 consid. 2.2.1, A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 2.2; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 218 s. p. 228; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 275 s. p. 112 s.; voir également Camenzind/Honauer/Vallender/Jung/Probst, op. cit., n. marg. 730 ss.).
2.1.3 Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation, entre lesquelles doit exister un rapport économique étroit. La contre-prestation est donc un élément constitutif de l'opération, au même titre que l'échange entre prestation et contre-prestation (cf. ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a et 6a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.1 et les références citées; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss, Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 159 ss, p. 76 ss.; voir également Camenzind/Honauer/Vallender/Jung/Probst, op. cit., n. marg. 616 ss.). En d'autres termes, le caractère onéreux est une condition essentielle de l'opération imposable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_778/2008 du 8 avril 2009 consid. 2 et 2C_229/2008 du 13 octobre 2008 consid. 5.2). En outre, l'existence d'un lien économique entre la prestation et la contre-prestation est indispensable. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. ATF 126 II 443 consid. 6a et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 2.2.2). Pour déterminer l'existence, ainsi que l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il s'agit donc de considérer les choses d'un point de vue économique. Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe seulement une valeur d'indices et ne peuvent à eux seuls justifier une qualification fiscale ayant valeur décisive (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les nombreuses références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.1, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2 ; Stephan Kuhn/Peter Spinnler, Mehrwertsteuer, Muri/Berne 1994, p. 38 in fine et 41).
Par ailleurs, il convient ici de rappeler qu'un flux d'argent ne peut être considéré deux fois comme une contre-prestation (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-8534/2010 du 9 février 2012, consid. 3.1.3).
L'échange de prestations suppose quant à lui que plusieurs sujets participent à l'opération (fournisseur et destinataire de la prestation), respectivement que la prestation fournie quitte la sphère commerciale, raison pour laquelle un chiffre d'affaires purement interne ne relève pas de la TVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_904/2008 consid. 7.1, 2C_195/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.1 et 2A.748/2005 du 25 octobre 2006 in: Revue de droit fiscal [RF] 62/2007 p. 234 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 consid. 2.2.2 et A-2387/2007 consid. 2.2.2).
2.1.4
2.1.4.1 Lorsqu'il s'agit d'évaluer l'existence du lien économique entre la prestation et la contre-prestation, il faut en priorité se baser sur le point de vue du destinataire de la prestation imposable, ce qui correspond à la conception de la TVA comme impôt de consommation. Il convient de vérifier si la dépense est effectuée par le destinataire pour obtenir la prestation imposable par le fournisseur (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7385/2008 et A-957/2011 du 7 décembre 2011 consid. 2.2.1, A-1579/2006 du 19 novembre 2009 consid. 3.1.2, A-6152/2007du 21 août 2009 consid. 2.2.1 et les références citées; décision de la CRC du 14 juin 2005, JAAC 69.126E. 2a/dd; Riedo, op. cit., p. 230 ss.).
2.1.4.2 Les prestations sont en principe attribuées à celui qui, vis-à-vis de l'extérieur, en apparaissant comme prestataire, agit en son propre nom (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1989/2011 du 4 janvier 2012 consid. 2.2.4, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.2, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2.4 et les références citées; Ralf Imstepf, Die Zuordnung von Leistungen gemäss Art. 20 des neuen MWSTG, in: Archives de droit fiscal suisse [ASA] 78 757, p. 761 s.; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 148, ch 472 ss). La question déterminante est de se demander comment la prestation offerte apparaît pour le public de manière générale, autrement dit, comment elle est objectivement perçue par un tiers neutre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.1, A-1382/2006 et A-1383/2006 du 19 juillet 2007 consid. 3.4.2, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_518/2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008 publié in: ASA 77 567).
2.1.4.3 Par ailleurs, il convient de relever l'importance déterminante que revêt la facturation en matière de TVA. Selon un principe admis, elle constitue un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] du 11 octobre 2000 in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 65.59 consid. 3d). En outre, et suivant la « théorie des stades », la facture crée un stade distinct dans la chaîne des opérations TVA, sa valeur dépassant celle du simple titre (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 6.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.2 ; Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in : Festschrift SRK-Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 47 ss, ch. 4.2.2).
3.
3.1 Aux termes de l'art. 5 al. 1 let. a et b aLTVA, les livraisons de biens et les prestations de services fournies à titre onéreux sur le territoire suisse sont soumises à l'impôt pour autant qu'elles ne soient pas expressément "exclues de son champ" (c'est-à-dire exonérées au sens impropre, cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_979/2011 du 12 juin 2012 consid. 4). Les exceptions à l'imposition doivent cependant être appliquées de manière restrictive; plus précisément, l'interprétation qu'on leur donne doit être correcte, mais, si les méthodes usuelles (littérale, historique, systématique, téléologique) ne donnent pas de résultat univoque, la question d'une interprétation restrictive doit se poser. En effet, les exceptions sont par essence contraires au système d'un impôt général sur la consommation et il peut en résulter des distorsions de concurrence ainsi qu'un phénomène de taxe occulte, puisque les prestations exonérées au sens impropre ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. art. 38 al. 2 aLTVA; ATF 124 II 372 consid. 6a, 124 II 193 consid. 5e; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1669/2006 du 3 septembre 2010 consid. 3.2; cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 260 ch. 336 s.).
3.2 En vertu de l'art. 1 aLTVA, la Confédération perçoit à chaque stade du processus de production et de distribution un impôt général à la consommation (taxe sur la valeur ajoutée, TVA) avec déduction de l'impôt préalable. Cette même règle de base se retrouve à l'art. 1 al. 1 LTVA. Malgré son caractère général, l'impôt est soumis à un certain nombre d'exceptions. Celles-ci sont en particulier réglées à l'art. 18 aLTVA, soit l'art. 21 LTVA, qui "exclut du champ de l'impôt", c'est-à-dire, en termes techniques, exonère au sens impropre, une certain nombre de prestations. De manière concomitante, la déduction de l'impôt préalable relatif aux prestations ainsi exonérées est également exclue (art. 17 aLTVA; art. 29 al. 1 LTVA). L'impôt préalable devient ainsi un facteur de coût pour les prestataires, ce qui induit bien souvent une augmentation des prix. C'est le phénomène dit de la "taxe occulte" (cf. Riedo, op. cit., p. 77). Les exonérations (improprement dites) de ce genre sont donc critiquées par la majorité de la doctrine, raisonnement que tient aussi le Tribunal fédéral (cf. ATF 124 II 193 consid. 5e et les références citées; arrêt du Tribunal fédéral A-3395/2007 du 24 février 2009 consid. 2.1). Il se justifie ainsi d'interpréter les dispositions concernées de manière plutôt restrictive, même s'il faut d'abord chercher à en trouver le sens véritable (cf. ATF 124 II 193 consid. 5e; arrêt du Tribunal fédéral 2C_11/2008 du 16 mai 2008 consid. 2.4; 2C_613/2007 du 15 août 2008 consid. 2.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-3395/2007 du 24 février 2009 consid. 2.1, A-1470/2006 du 5 février 2009 consid. 3.4.1; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 260 ch. 336 s.).
3.3
3.3.1 La location de services, prestation dite "immatérielle", parfois plus précisément appelée "mise à disposition de personnel", est en soi considérée comme une prestation de services imposable (cf. Xavier Oberson, op. cit., ch. 125; Instructions 2008 sur la TVA, ch. 128, p. 43). Celle-ci est notamment caractérisée par les éléments suivants :
- l'entreprise bailleresse de services emploie elle-même du personnel et le met à disposition d'une tierce entreprise (locataire de services) pour effectuer certains travaux durant un certain temps ;
- l'entreprise locataire de services n'est pas juridiquement l'employeur du personnel loué, mais exerce toutefois vis-à-vis de ce personnel un certain pouvoir de direction durant la période d'engagement, comme l'obligation de surveillance et de diligence ;
- l'entreprise bailleresse de services n'est pas responsable des travaux effectués par son personnel dans l'entreprise locataire de services (cf. Brochure 610.507-22, n°21, Organisations d'entraide institutions sociales et caritatives, Berne, décembre 2007, ch. 7).
3.3.2 Toutefois, l'art. 18 ch. 12 aLTVA exonère au sens impropre la location de services, à savoir la mise à disposition de main-d'oeuvre, par des institutions religieuses ou philosophiques sans but lucratif à des fins relevant des soins aux malades, de l'assistance et de la sécurité sociale, de la protection de l'enfance et de la jeunesse, de l'éducation et de la formation, ou encore à des fins ecclésiales, caritatives ou d'utilité publique.
3.3.2.1 Pour que l'art. 18 ch. 12 aLTVA s'applique, deux conditions cumulatives doivent être réalisées : premièrement, l'existence d'une institution spécifique ne poursuivant pas de but lucratif (par exemple, un ordre religieux, un hôpital ou une université) et deuxièmement, la mise à disposition de personnel dans un but spécifique, tel un traitement médical ou de l'assistance (cf. Xavier Oberson, op. cit., ch. 125; Instructions 2008 sur la TVA, ch. 607, p. 164). Toutefois, la mise à disposition de personnel dans le but d'effectuer des tâches de conseil et d'administration (par exemple, liquider la correspondance, tenir la comptabilité, faire de la publicité), ainsi que des tâches ménagères (excepté si, concernant l'entreprise locataire de services, il s'agit d'une organisation d'utilité publique d'aide et de soins à domicile), est toujours imposable au taux normal (cf. Instructions 2008 sur la TVA, ch. 609, p. 165).
4.
4.1 A ce stade de l'analyse, il convient de rappeler que la contre-prestation joue un double rôle. D'une part, elle constitue une condition d'existence de l'opération TVA (cf. consid. 2.1.3 ci-dessous) et d'autre part, elle sert de base de calcul à l'impôt (cf. consid. 4.2 ci-dessous) (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 173 ch. 21 s. et les références citées).
4.2 Selon l'art. 33 al. 1 aLTVA, l'impôt se calcule sur la contre-prestation. Est réputé contre-prestation, tout ce que le destinataire, ou un tiers à sa place, dépense en contrepartie de la livraison de biens ou de la prestation de services (cf. art. 33 al. 2 aLTVA). L'existence et l'ampleur de la contre-prestation se détermine du point de vue du destinataire de la prestation et non pas du point de vue du fournisseur, ce qui correspond à la conception de la TVA comme impôt de consommation. Il convient de vérifier si la dépense est effectuée par le destinataire pour obtenir la prestation imposable par le fournisseur (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7385/2008 et A-957/2011 du 7 décembre 2011 consid. 2.2.1, A-1579/2006 du 19 novembre 2009 consid. 3.1.2, A-6152/2007du 21 août 2009 consid. 2.2.1 et les références citées; décision de la CRC du 14 juin 2005, JAAC 69.126E. 2a/dd; Riedo, op. cit., p. 230 ss.).
4.3 La forme de la contre-prestation ne joue pas de rôle ; la contrepartie peut consister non seulement en un montant en espèces mais également en une marchandise, en un service ou être la compensation d'une créance. Elle doit cependant être exprimée en argent, c'est-à-dire être « appréciable en argent » (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1579/2006 du 19 novembre 2009 consid. 3.3.2, A-1420/2006 du 10 avril 2008 consid. 4.1.1 ; Riedo, op. cit., p. 227).
5.
5.1
5.1.1 Conformément à l'art. 21 al. 1 aLTVA, est assujetti à l'impôt quiconque, même sans but lucratif, exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, en vue de réaliser des recettes, à condition que les livraisons de biens, les prestations de services et les prestations à soi-même effectuées sur le territoire suisse dépassent annuellement CHF 75'000.--. L'art. 21 al. 2 aLTVA énumère de manière non exhaustive les entités qui peuvent être assujetties, telles que les personnes physiques, les sociétés de personnes, les personnes morales de droit privé ou de droit public, les établissements publics non autonomes, et les collectivités de personnes n'ayant pas la capacité juridique qui effectuent des opérations sous une raison sociale commune (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_742/2008 du 11 février 2009 consid. 5.2, 2A.520/2003 du 29 juin 2004 consid. 2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.2, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2 ; cf. également les Instructions 2001 sur la TVA [Instructions 2001], ch. 6; voir encore la brochure spéciale n° 2 concernant l'assujettissement à la TVA, ch. 1.3).
5.1.2 L'activité est commerciale ou professionnelle lorsqu'elle intervient vis-à-vis des tiers, qu'elle vise à obtenir des recettes et qu'elle a un caractère durable. Exerce une telle activité de manière indépendante celui qui fournit ses prestations en son nom, en apparaissant comme prestataire vis-à-vis de l'extérieur (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_742/2008 du 11 février 2009 consid. 5.2, 2A.520/2003 du 29 juin 2004 consid. 2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 4.3, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.2).
5.2
5.2.1 Le terme « activité indépendante » en matière de TVA est une notion juridique indéterminée. Les indices qui plaident en faveur de l'existence d'une activité indépendante sont en particulier le risque entrepreneurial (de bénéfice et de perte), la liberté d'accepter ou non une tâche, respectivement un mandat, et la faculté d'organiser librement son activité. L'engagement de personnel, tout comme le fait d'effectuer des investissements importants, de disposer de ses propres locaux et d'avoir plusieurs clients différents peuvent également jouer un rôle. Pour savoir si une activité est exercée à titre indépendant du point de vue de la TVA, il sied d'évaluer l'ensemble des circonstances, les critères susmentionnés n'étant pas contraignants (cf. ATF 138 II 251 consid. 4.3.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_554/2010 du 21 septembre 2011 consid. 2.2, 2C_518/ 2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008, publié in: Archives de droit fiscal suisse [Archives] 77 567 consid. 2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 4.3.1, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.1).
D'autres indices - mais qui ne seront pas seuls déterminants - sur l'existence d'une activité indépendante peuvent résulter du traitement de la situation dans le cadre des assurances sociales et de la qualification des faits en matière d'impôts directs sur le revenu et la fortune (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.47/2006 du 6 juillet 2006 consid. 3.2, 2A.304/2003 du 14 novembre 2003, publié in: Archives 76 627 consid. 3.3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2.2, A-156/2007 du 20 avril 2009 consid. 2.2.2). Etant donné que chaque domaine de la législation vise des objectifs particuliers, des divergences peuvent survenir entre les jugements rendus en matière de TVA et ceux qui sont rendus en matière d'assurances sociales ou d'impôts directs sur le revenu et la fortune. Il est ainsi possible que la même personne soit considérée différemment suivant le domaine en cause (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 4.3.2, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2.2, A-156/2007 du 20 avril 2009 consid. 2.2.2).
La TVA étant conçue comme un impôt général sur la consommation, le terme « activité indépendante » doit être interprété de manière plutôt large (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 4.3.3, A-1989/2011 du 4 janvier 2012 consid. 2.2.3, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.1). Cette interprétation extensive s'impose d'autant plus qu'elle favorise une neutralité plus complète de l'impôt.
5.2.2 A teneur de l'art. 21 al. 1 seconde phrase aLTVA, l'activité des membres des conseils d'administration, des conseils de fondation ou d'autres personnes exerçant des fonctions analogues est considérée comme une activité dépendante.
Certes, l'administrateur d'une société jouit d'une grande liberté personnelle pour l'organisation de son travail, il est néanmoins membre d'un organe en général collectif dont l'activité et les décisions sont soumises à la loi et aux statuts de la société. En outre, il est nommé et peut être révoqué par l'assemblée générale à laquelle il doit rendre des comptes. Son indépendance économique est de plus limitée et sa rémunération consiste souvent en indemnités forfaitaires. Même s'il reçoit des sommes liées à l'importance de son travail ou aux résultats de l'entreprise (tantièmes), il n'exerce toutefois pas à proprement parler son activité à ses risques et profits. Sur le plan économique, il n'a pas la liberté de facturer les honoraires qu'il veut. Dès lors, même si elle tient du mandat, son activité n'a pas la liberté de celle d'un indépendant fournissant ses prestations sous sa seule responsabilité. Au surplus, cette solution permet de ne pas créer de divergences importantes avec d'autres domaines juridiques, notamment avec celui des assurances sociales (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 27 octobre 2000 consid. 4 b/aa in: RDAF 2001 II p. 53; voir aussi Rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national du 28 août 1996 in: FF 1996 V p. 701 ss; Avis du Conseil fédéral du 15 janvier 1997 in: FF 1997 II p. 366 ss.).
La jurisprudence précitée concerne les impôts directs, plus précisément la problématique de la double imposition intercantonale, soit des contributions qui ne sont pas du même genre que la TVA. Les règles régissant ces deux types d'impôts ne doivent pas nécessairement coïncider. Il n'est toutefois pas exclu que certaines notions puissent être interprétées de manière identique. L'exercice d'une activité indépendante est une condition essentielle pour être assujetti à la TVA. Il ne ressort pas des buts poursuivis en matière de TVA et d'impôts directs, que cette notion recouvrirait une réalité différente pour chacun de ces deux types de contributions. Dès lors, l'analyse effectuée par le Tribunal fédéral en matière de double imposition intercantonale peut être reprise en matière de TVA (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 27 octobre 2000 consid. 4 b/bb et cc in: RDAF 2001 II p. 53; Archives 64 p. 727 consid. 3 d p. 732; Archives 68 p. 508 consid. 7a p. 514-515, RDAF 1999 2ème partie p. 506 consid. 7a p. 511-512).
5.2.3 Il en résulte que la contre-prestation (honoraires, tantièmes, jetons de présence, etc.) perçue personnellement par une personne exerçant une activité de membre d'un conseil d'administration, d'un conseil de fondation ou une fonction analogue, n'est pas soumise à la TVA. Dès lors, aucun droit à la déduction de l'impôt préalable ne peut être exercé. Toutefois, si les honoraires ne sont pas versés à celui ou celle qui exerce une telle fonction, mais à l'entreprise employant ladite personne, les honoraires représentent la contrepartie d'une location de services effectuée par cette société, imposable au taux normal (cf. Instructions 2008 sur la TVA, ch. 119, p. 42).
En effet, la jurisprudence en matière d'assurances sociales qualifie les honoraires des administrateurs comme salaire déterminant à condition d'être payés en faveur des mandataires en personne (qualification en tant qu'activité dépendante avec obligation de cotisation). Dans le cas où le membre du conseil d'administration exerce son mandat comme employé d'un tiers, la rémunération y relative versée à ce dernier ne constitue pas un salaire déterminant mais le revenu provenant d'une activité indépendante (cf. ATF 133 V 498 du 28 août 2007; Bettina Kahil-Wolff, Droit des assurances sociales, in: Journal des tribunaux (JdT) 2009 I p. 63).
Par ailleurs, si les honoraires sont versés au membre du conseil d'administration ou du conseil de fondation, mais que, celui-ci : (a) doit remettre une partie ou la totalité du montant (le cas échéant sous forme de retenue sur le salaire) à son employeur (personne morale, collectivité publique ou autre institution de droit public); (b) exploite une entreprise en raison individuelle ou (c) est associé dans une société de personnes, la contre-prestation, à savoir les honoraires, ne sont pas imposables chez l'employeur. Dans ce cas, il ne s'agit donc pas d'une opération au sens de la TVA. De plus, dans une telle situation, il y a lieu de procéder à une réduction correspondante de la déduction de l'impôt préalable (cf. Instructions 2008 sur la TVA, ch. 120, p. 42-43).
6.
6.1 En l'espèce, il appert que l'objet du litige sur la question de savoir si les honoraires litigieux constituent la rémunération d'une activité dépendante non soumise à la TVA, comme le soutient la recourante ou s'il y a lieu de confirmer la vision de l'AFC, qui se prononce en faveur d'une opération imposable de location de services effectuée par cette dernière.
Compte tenu de l'objet du litige et de l'exposé en droit, il conviendra avant tout de cerner la position de l'administrateur, principalement sur le caractère dépendant ou indépendant de son activité (cf. consid. 6.2). Il sera ensuite question d'exposer la notion d'opération (cf. consid. 6.3). Finalement, il y aura lieu d'aborder la problématique du champ d'application de la TVA, en particulier des exonérations au sens impropre (cf. consid. 6.4).
6.2
6.2.1 En premier lieu, et par souci de clarté, il y a lieu de confirmer le fait que A._______, en sa qualité d'administrateur, n'a pas agi de manière indépendante. Si tel était le cas, en effet, on devrait exclure d'emblée une reprise d'impôt auprès de la recourante, seul un assujettissement et une imposition en la personne de A._______ pouvant alors entrer en ligne de compte à raison de ses prestations. Cela dit, les pièces du dossier révèlent clairement que ce dernier travaille à cent pour cent pour la recourante. Il n'est certes pas exclu qu'un employé lié à une entité par un contrat de travail puisse, le cas échéant, honorer quelques mandats privés à l'égard d'un tiers et c'est bien ce qui est en jeu en l'occurrence.
A._______ accomplit effectivement des prestations supplémentaires pour un tiers, en l'occurrence la société Y._______SA. Cependant, il est établi que dites prestations sont des opérations liées, sans contestation possible, à une activité d'administrateur. Au vu de la jurisprudence constante (cf. consid. 5.2.2 ci-dessus) et surtout de l'art. 21 al.1 seconde phrase aLTVA, ces opérations ne peuvent être qualifiées que comme des opérations faites par une entité dépendante. En outre, il n'est pas exclu que dans des cas exceptionnels, on puisse conclure à une indépendance (cf. consid. 5.2.3 ci-dessus), mais les conditions requises pour de tels cas ne sont manifestement pas réalisées. Une absence d'imposition auprès de la recourante, fondée sur le fait que A._______ aurait agi de manière indépendante doit donc être exclue. Cette argumentation possible n'est d'ailleurs même pas avancée par la recourante. Dans la suite de l'examen du litige en cause, il conviendra donc de se baser sur le fait que A._______ n'exerce qu'une activité dépendante.
6.2.2 En second lieu, il s'impose de rappeler que toutes les situations de dépendance - qui est la règle de principe - ne sont pas couvertes par l'art. 21 al. 1 seconde phrase aLTVA. En particulier, comme on l'a vu (cf. consid. 5.2.3 ci-dessus), la dépendance visée par l'art. 21 al. 1 seconde phrase, suppose que l'administrateur ait reçu lui-même, et sans obligation de les transmettre à un tiers, les honoraires perçus à raison de son activité. Si tel n'est pas le cas, il s'agit bien toujours d'une situation de dépendance, mais elle se situe en-dehors du champ d'application de l'art. 21 al. 1 seconde phrase aLTVA. Il s'agit alors de résoudre la situation à l'aide des principes du droit de la TVA, notamment sur la base d'une appréciation économique (cf. consid. 2.1.3 ci-dessus). Elle seule dira si l'on se trouve en présence ou non d'une opération TVA.
En l'occurrence, il ressort du dossier (cf. Bordereau de pièces de l'AFC; pièce 5 courrier de la recourante du 15 décembre 2011) que les montants payés par Y._______SA à la recourante n'ont pas été versés à A._______ lui-même. Ceux-ci n'ont même pas été reversés à l'intéressé par la suite, de sorte qu'il convient de tirer toutes les conséquences de cette situation. A l'évidence, le cas d'espèce ne peut être régi par l'art. 21 al. 1 seconde phrase aLTVA. Par ailleurs, comme on l'a vu, A._______ est lié à la recourante par un contrat de travail, avec un engagement à cent pour cent. Une dépendance à l'égard de la société Y._______SA, dépassant les cent pour cent, sur la base d'un contrat de travail, apparaît aussi manifestement indéfendable et non avenue.
Il résulte de ce qui précède que A._______, en sa qualité d'administrateur, n'a agi ni comme indépendant, ni comme dépendant au sens de l'art. 21 al. 1 seconde phrase aLTVA. Ayant tout de même agi de manière dépendante, mais sans tomber sous le coup de la norme précitée, il s'agit d'examiner si l'état de fait constaté donne lieu à une quelconque opération TVA imposable ou si l'activité de A._______ se situe en-dehors du champ d'application de la TVA (non-opération).
6.3
6.3.1 Dans le présent contexte, il convient de redire (cf. consid. 2.1.4.3 ci-dessus) que la facture est un document qui, compte tenu des circonstances, peut être un indice sérieux qu'il y a eu une opération de la part de celui qui l'a établie. Elle entraîne même une présomption d'opération TVA, en tout cas lorsque l'état de fait révèle un flux d'argent de sens inverse, parvenant dans la sphère de l'entrepreneur qui a dressé la facture, mouvement d'argent correspondant pleinement avec le libellé de ladite facture. En l'occurrence, il ressort de l'examen du dossier que la recourante a facturé à Y._______SA des honoraires de gestion. Cette facturation recouvre parfaitement les prestations exécutées par A._______ envers la société Y._______SA. L'auteure de la facture se révèle être la recourante et la destinataire, la société Y._______SA. Au surplus, le versement qui correspond à ces prestations a été effectué par la dite société. Toutefois, il est encore nécessaire de déterminer précisément qui est le destinataire de la contre-prestation, à savoir vers qui va le flux d'argent. En l'état, les honoraires liés à l'activité de A._______ ne sont pas payés en faveur et directement à ce dernier, mais sont versés définitivement par Y._______SA à la recourante, comme l'admet cette dernière dans son recours (cf. 3ème paragraphe du recours). Prestation et contre-prestation coexistent étroitement au sens de la jurisprudence en la matière (cf. consid. 2.1.3 ci-dessus). Entre la facturation et le flux d'argent, il existe un rapport d'échange qui est patent. Il apparaît aussi que la recourante a effectué ces prestations en son nom et pour son propre compte, de sorte que celles-ci lui sont attribuées et il en va de même pour la société Y._______SA, s'agissant du versement effectué. La présomption de l'existence d'une opération TVA entre la recourante et Y._______SA doit être confirmée.
6.3.2 Dans ces conditions, il apparaît conforme au droit fédéral de considérer qu'il y a une ou des opérations imposables entre la recourante et Y._______SA qui se situe(nt) dans le champ d'application de la TVA. Cela d'autant plus que leur qualification est aisément perceptible. On l'a vu, il ressort du dossier que la recourante a effectué des prestations en faveur de la société Y.______SA, qui se recoupent parfaitement avec celles que A._______, salarié à cent pour cent de la recourante a effectué (cf. copie du contrat de travail conclu entre la recourante et A._______, pièce 6 du bordereau de pièces relatif à la réponse de l'AFC au recours du 24 février 2012). A l'évidence, la recourante a mis à disposition son personnel, plus particulièrement A._______, au service de la société Y._______SA. Pour ce qui est de la contre-prestation, il ressort du dossier que ces prestations de services, à savoir les prestations de location de personnel sont rémunérées sous forme d'honoraires. La contrepartie consiste donc en un paiement en espèces. Cette mise à disposition se solde clairement, économiquement parlant, par une opération de location de services imposable au sens de l'art. 7 al. 1 aLTVA.
Parvenu à ce stade de l'analyse, le Tribunal de céans recherche en vain des éléments qui pourraient plaider en faveur de la recourante. En particulier, aucune allégation, aucun moyen de preuve n'est en mesure de renverser la présomption de l'opération au sens de la TVA. Certes, il n'existe apparemment pas de contrat écrit de location de main-d'oeuvre, comme l'exige pourtant la loi fédérale sur le service de l'emploi et la location de services du 6 octobre 1989 (LSE, RS 823.11). C'est le lieu de rappeler que l'existence d'une opération TVA se fonde sur une appréciation économique. En outre, les rapports de droit civil ne peuvent à eux seuls justifier une qualification fiscale ayant valeur décisive et ne sont en principe d'aucun secours pour infirmer l'existence d'une opération par ailleurs confirmée économiquement. Enfin, il y a lieu de relever l'intensité du lien entre le flux d'argent constaté et la facturation. Dès lors qu'une opération est ainsi établie, on ne saurait accorder à ce même flux une fonction autre que celle de contre-prestation à l'égard de la recourante. Comme cela a déjà été énoncé (cf. consid. 2.1.3), un même flux d'argent ne peut être considéré deux fois comme une contre-prestation. Ainsi, A._______ n'étant pas le destinataire des honoraires versés par Y._______SA, le flux d'argent en cause constitue une seule contre-prestation, qui se rapporte uniquement à la mise à disposition de personnel fournie par la recourante à Y._______SA.
Ainsi et compte tenu de la présomption très largement fondée en l'espèce, il y a lieu de considérer l'opération en cause comme une prestation de services imposable, fournie par la recourante à la société Y._______SA. C'est donc à tort que la recourante prétend qu'il faut considérer les montants litigieux comme des honoraires d'administrateur découlant d'une activité dépendante, non soumise à la TVA.
6.4
6.4.1 Demeure encore la question de savoir si les prestations de services fournies par la recourante sont imposables ou exonérées au sens impropre. Comme cela a été dit ci-dessus (cf. consid. 3.3.1), la mise a disposition de personnel est en soi considérée comme une opération imposable. Toutefois, dans certains cas précis, la mise à disposition de main-d'oeuvre est exonérée au sens impropre par l'art. 18 ch. 12 aLTVA (cf. consid. 3.3.2). Afin que ledit article s'applique, deux conditions cumulatives doivent être réalisées. D'une part, l'existence d'une institution spécifique, c'est-à-dire religieuse, hospitalière ou encore philosophique, ne poursuivant pas de but lucratif et, d'autre part, la mise à disposition de personnel dans un but spécifique également, tel un traitement médical ou de l'assistance. Etant précisé que la mise à disposition de personnel pour effectuer des tâches de conseil ou d'administration est toujours imposable au taux normal.
En l'occurrence, il appert qu'une interprétation du texte de loi ne peut aller que dans un sens, celui de l'exclusion d'une quelconque exonération au sens impropre. En effet, la recourante est une société anonyme inscrite au registre du commerce et a pour but le commerce de voitures. De toute évidence, il s'agit là d'une institution poursuivant un but lucratif. En effet, on ne saurait considérer que la recourante, spécialisée dans le commerce de voitures, a pour objectif premier d'être active dans un projet ayant un but autre que la réalisation de bénéfices. Dès lors, la première condition fait défaut, de sorte que le grief doit déjà être rejeté.
Par abondance d'examen, la deuxième condition cumulative sera toutefois examinée. Certes, la recourante met à disposition du personnel à la société Y._______SA, à savoir les services de A._______, qui effectue des tâches d'administration auprès de cette dernière. Cependant, la recourante ne fournit pas cette prestation de services dans un but spécifique, mais bien afin que A._______ remplisse sa fonction d'administrateur au sein de la société Y._______SA. En effet, une thèse prétendant que la recourante agirait dans un but spécifique, qu'il soit médical ou d'assistance, serait insoutenable.
Par conséquent, il est manifeste que les conditions permettant l'exonération au sens impropre des prestations de services effectuées par la recourante ne sont pas remplies. Il s'ensuit que la prestation de services fournie par la recourante est imposable.
6.5
6.5.1 Par ailleurs, il convient ici de rappeler que, selon un principe reconnu, l'assujetti doit se laisser opposer les suites fiscales des formes juridiques qu'il a choisies pour organiser ses relations (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.351/2004 du 1er décembre 2004 consid. 5.5 et du 25 août 1998 in: Archives vol. 65 p. 671 consid. 2d/bb; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1388/2006 du 11 octobre 2007 consid. 3.2, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2, A-1689/2006 du 13 août 2007 consid. 2.4, A-1424/2006 du 13 juillet 2007 consid. 4.2). L'administration doit elle-même en accepter les conséquences et ne peut intervenir, dans la mesure où l'organisation des relations économiques des parties concernées demeure dans les limites légales (cf. décision non publiée de la CRC 2001-119 du 8 octobre 2002 consid. 4b, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral du 26 mai 2004 in RDAF 2004 II p. 419 ss; a contrario Archives vol. 65 p. 674 consid. 2d/bb, vol. 55 p. 72 consid. 4c). En outre, il n'appartient pas à l'autorité fiscale de se substituer aux parties pour rétablir une hypothétique situation plus favorable à l'encontre des opérations qu'elles ont effectivement choisi de mener (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.249/2003 du 14 mai 2004 consid. 4.3 in fine).
En l'occurrence, la recourante et la société Y._______SA auraient certes pu aménager leurs relations différemment. En effet, les honoraires litigieux auraient pu être versés directement à l'administrateur, A._______, de telle sorte que ceux-ci n'auraient pas été soumis à la TVA. Cependant, le choix des parties s'est porté vers un mode de versement des honoraires de société à société, à savoir de Y._______SA à la recourante. Dès lors, cette décision ne peut être remise en question, malgré le fait que d'autres options, plus favorables à la recourante, eussent été possibles. L'AFC doit donc s'en tenir à la manière dont celle-ci a organisé ses relations économiques, dans la mesure où les limites légales n'ont pas été dépassées.
7. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 3'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, les avances sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario, et art. 7 al. 3 FITAF).
Le dispositif de l'arrêt figure sur la page suivante.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure d'un montant de Fr. 3'000.--, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf...; Acte judiciaire)
Le président du collège :
Le greffier :
Pascal Mollard
Cédric Ballenegger
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :