bstger · SK.2008.24 · 2009-09-10 · fr

Gestion déloyale des intérêts publics (art. 314 CP), gestion déloyale (art. 158 CP), violation du secret de fonction (art. 320 CP), abus de confiance (art. 138 CP).

Arrêt du 10 septembre 2009
Cour des affaires pénales
Composition

Les juge pénaux fédéraux Patrick Robert-Nicoud, juge
président, Sylvia Frei et Jean-Luc Bacher,
la greffière Elena Maffei
Parties

MINISTERE PUBLIC DE LA CONFEDERATION,
case postale, 3003 Berne,

et

Les parties civiles:
1.
Institution A., représentée par Me Alain Thé-
venaz,
2.
Institution B., représentée par Me Alain Thé-
venaz,


contre



C., représenté par Me Henri Baudraz,

Objet

B u n d e s s t r a f g e r i c h t
T r i b u n a l p é n a l f é d é r a l
T r i b u n a l e p e n a l e f e d e r a l e
T r i b u n a l p e n a l f e d e r a l
Numéro du dossier: SK.2008.24




- 2 -
Faits:
A.
C. a été nommé le 5 avril 1989 par le Conseil d’Etat du canton P. en tant que
professeur ordinaire à la Faculté des sciences, Institut de chimie organique de
l’Institution A. L’accusé a été chargé de l’enseignement et de la direction du
groupe de recherche au sein du laboratoire de chimie biomimétique et des pepti-
des (cl. 15 pag. 0900040137ss). Son entrée en fonction a été fixée au 1er sep-
tembre 1989 (cl. 15 pag. 0900040137). Sur le plan administratif, il a en outre été
directeur de l’Institut de chimie organique de l’Institution A. du 1er mars 1995
(cl. 15 pag. 0900040079 à 81) au 31 août 2001 (cl. 15 pag. 0900040047 à 50).
B.
Le 1er octobre 2001, la section de chimie de l’Institution A. a été transférée à
l’Institution B. (cl. 15 pag. 0900040188). C. a été nommé le 12 juillet 2001 par le
Conseil des écoles polytechniques fédérales en tant que professeur ordinaire en
chimie bio-organique avec effet au 1er octobre 2001 (0900030074ss). Dans les
faits, ce transfert n’a pas eu d’effet particulier sur l’activité de C. qui l’a poursuivie
au sein du même laboratoire et dans les mêmes locaux (cl. 15
pag. 0900040195).
Dès 1991, l’accusé a signé divers contrats de collaboration et de recherche avec
des entreprises privées (infra consid. 2.2.1) sans en référer à la direction de l'ins-
titution pour laquelle il travaillait. Il a perçu les montants provenant de sa collabo-
ration avec lesdites sociétés directement sur ses comptes privés.
C.
Le 6 avril 2000, C. a créé la Fondation F., qui a son siège a Zoug (cl. 3
pag. 04010006). Elle a été constituée par G. et Me H., avocat qui gère la domici-
liation de la fondation en son étude et qui a été chargé de demander l’exemption
fiscale de celle-ci (cl. 19 pag. 120200003 et 25; cl. 20 pag. 12170003) en tant
que fondation sans but lucratif afin de recevoir des donations faites par des tiers,
en particulier par l’industrie pharmaceutique. C. est président de la fondation,
avec pouvoir de signature individuelle. Les autres membres du conseil de fonda-
tion sont I. (Professeur de l'Hôpital J., à la retraite), G. (administrateur et caissier)
et K. (vice-présidente de la fondation). G. s’occupe de la gestion des fonds et de
l’exécution des ordres de paiement sur instruction de l'accusé (cl. 19
pag. 12020009). Le compte de la Fondation F. a été régulièrement alimenté par
des versements provenant des entreprises privées pour lesquelles l'accusé exé-
cutait des mandats privés (infra consid. 3.2.4.1). Les rapports annuels de la fon-
dation étaient établis par la fiduciaire L. à Zoug (cl. 19 pag. 12020022 et 30).
D.
Le 16 mars 2005, la société M. a versé la somme de Fr. 20'000.-- sur le compte
de l’Institution B., dans le cadre d’un contrat de recherches conclu par C. (cl. 20
pag. 12120016). Suite au courrier de la société M. du 29 mars 2005, qui expli-

- 3 -
quait que ce paiement avait été effectué par erreur (cl. 20 pag. 12120012),
l’Institution B. a été intriguée et a cherché à comprendre de quoi il en retournait.
Le fait que la facture en question ait été rédigée par l’accusé sur papier à en-tête
de l’Institution B. (cl. 20 pag. 12120013) et qu'il n'y ait aucun compte "M." ouvert
au nom de C., a poussé le service financier de ladite institution à déterminer la
cause du paiement. L’accusé a alors demandé une entrevue avec la secrétaire
générale de l'Institution B., N. Lors d’un premier entretien ayant eu lieu le 2 mai
2005, il lui a alors parlé de la Fondation F., fondation qu'il avait créée et dont il
était le président (cl. 20 pag. 12120003). Il lui a appris que les contrats avec la
société M. portaient sur des recherches payées par le budget de fonctionnement
de l’Institution B. ou par des subventions du Fonds national suisse de la recher-
che scientifique (ci-après: FNS). N. a compris que l’argent provenant de la socié-
té M. aurait dû être versé sur un compte "fonds de tiers" à l’Institution B. dont C.
aurait été ayant droit de signature et non sur les comptes bancaires privés de ce
dernier ou sur ceux de sa fondation (cl. 20 pag. 12120004). La secrétaire géné-
rale a alors écrit un mail le 4 mai 2005 au président de l’Institution B., O., pour lui
exposer la situation et lui expliquer que C. était conscient du fait qu’il y avait un
problème et qu’il était disposé à remettre le contrôle de la Fondation F. à
l’Institution B. (cl. 20 pag. 12120017).
Lors d’une deuxième entrevue avec N., le 17 mai 2005, C. lui a parlé du fait qu’il
voulait prendre sa retraite de manière anticipée. Il lui a expliqué que l’argent sur
le compte de la Fondation F. était destiné à financer son salaire et ses recher-
ches après sa retraite. N. l’a alors notamment rendu attentif aux conséquences
financières d’une retraite anticipée, à savoir une réduction du taux de calcul de la
retraite et partant de la rente (cl. 20 pag. 12120004). Après cet entretien, l’accusé
a communiqué par mail du 18 mai 2005 à la Secrétaire générale qu’il souhaitait
revoir son plan de retraite et terminer son activité à l’âge de 65 ans (cl. 3
pag. 04020001).
A l'occasion d’une séance du 24 mai 2005, le président de l’Institution B., O., a
déclaré que C. avait détourné des fonds et volé la propriété de l’Institution B., et
qu’il considérait qu’il s’agissait-là d’un abus manifeste au détriment de
l’institution. Sur requête de N., l'accusé a été d’accord de verser immédiatement
sur un fonds de tiers toutes les sommes dues, passées et futures (cl. 20
pag. 12120019).
Par courrier du 25 mai 2005, l’Institution B., agissant par l’intermédiaire de sa
Secrétaire générale, a dénoncé C. pour manquements à ses obligations profes-
sionnelles et transmis le dossier au Ministère public de la Confédération (ci-
après: MPC) comme objet de sa compétence (cl. 20 pag. 12120009).

- 4 -
E.
Le 30 mai 2005, le MPC a ouvert une enquête de police judiciaire à l’encontre de
C. pour présomption de gestion déloyale des intérêts publics au sens de
l'art. 314 CP (cl. 1 pag. 01010001). Le MPC a délivré également cinq mandats
de perquisition visant les membres du conseil de fondation de la Fondation F., le
siège de cette fondation, ainsi que le siège de la société M. L’exécution de ces
mandats a fait l’objet d’un rapport de la PJF daté du 7 juin 2005 (cl. 4
pag. 05000002 à 8) ainsi que d’un rapport complémentaire du 25 août 2005 (cl. 4
pag. 050000141 à 143).
F.
Le 11 août 2005, le MPC a présenté au Département fédéral de justice et police
une demande d’autorisation d’ouvrir une poursuite pénale à l’encontre de C. au
sens de l’art. 15 al. 1 de la loi fédérale du 14 mars 1958 sur la responsabilité de
la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (ci-
après: loi sur la responsabilité [LRCF: RS 170.32]). Le 8 novembre 2005, le Dé-
partement de justice et police a rendu une ordonnance d’autorisation de poursui-
vre pénalement l’accusé au sens de la disposition précitée (cl. 1 pag. 01020010
à 22).
G.
Le 10 octobre 2005, le MPC a rendu une ordonnance prévoyant la jonction en
mains des autorités fédérales, de la poursuite de la gestion déloyale des intérêts
publics commise par C. durant son activité au service de l’Institution A., dans le
cadre de la procédure ouverte contre ce dernier pour présomption d’infraction à
l’art. 314 CP à l’encontre de la Confédération (cl. 1 pag. 02000002 à 4). Par or-
donnance du 24 octobre 2005, le MPC a étendu l’enquête de police judiciaire
ouverte en date du 30 mai 2005, aux faits constitutifs de gestion déloyale des in-
térêts publics commis par C. dans le cadre de son activité au sein de l’Institution
A., soit du 1er septembre 1989 au 30 septembre 2001 (cl. 1 pag. 01010002).
H.
Le MPC a admis la constitution de l'Institution B. en tant que partie civile le 6 juin
2005 (cl. 22 pag.15010016), et celle de l'Institution A. le 3 novembre 2005 (cl. 22
pag. 15020119).
I.
Le 11 août 2006, la Police judiciaire fédérale (ci-après: PJF) a remis son rapport
final au sens de l’art. 104 al. 2 PPF (cl. 5 pag. 05000381 à 450). Ledit document
se fonde sur les rapports d’analyse établis précédemment par la PJF.
J.
Le 19 septembre 2006, le Juge d’instruction fédéral (ci-après: JIF) a ordonné
l’ouverture d’une instruction préparatoire (cl. 1 pag. 0100010016 à 19). Le 19 dé-
cembre 2007, le JIF a remis son rapport de clôture (cl. 28 pag. 2200000047 à
97).

- 5 -
K.
Le JIF a admis la constitution du canton P. en tant que partie civile le 3 septem-
bre 2007 (cl. 22 pag. 1500030105).
L.
Le MPC a saisi le Tribunal pénal fédéral d’un acte d’accusation daté du 24 no-
vembre 2008.
M.
Le 2 avril 2009, le MPC a ordonné la jonction en mains des autorités fédérales,
de la poursuite et du jugement de l'infraction de gestion déloyale (cl. 37
pag. 37960010).
N.
Les débats se sont tenus du 31 août au 2 septembre 2009, à Bellinzone. A leur
issue, les représentants des parties ont pris les conclusions suivantes:
N.1
Le MPC a requis que C. soit reconnu coupable d'infractions répétées aux
art. 314 CP (gestion déloyale des intérêts publics), 158 ch. 1 al. 3 CP (gestion
déloyale aggravée), d'infraction aux art. 320 CP (violation du secret de fonction)
et 138 ch. 2 CP (abus de confiance); qu'il soit condamné à une peine privative de
liberté de 20 mois avec sursis, assortie d'un délai d'épreuve de deux ans, ainsi
qu'à une peine pécuniaire ferme de 90 jours-amende; que les frais de la procé-
dure soient arrêtés aux montants mentionnés dans l'annexe à l'acte d'accusa-
tion, augmentés d'un émolument de Fr. 4'000.-- pour la rédaction de l'acte d'ac-
cusation et le soutien de l'accusation, ainsi que les frais issus des débats et d'un
émolument pour le jugement; que les frais de procédure arrêtés soient mis à la
charge du condamné; que les valeurs patrimoniales séquestrées, sises auprès
de la Banque Q. sur les comptes n° 1, au nom de C., et n° 2, au nom de la Fon-
dation F., soient confisquées comme produit ou remploi du produit des infrac-
tions (art. 70 al. 1 CP); que les valeurs patrimoniales séquestrées, sises auprès
de la Banque R. sur les comptes n° 3 et 4, tous deux au nom de la Fondation F.,
soient confisquées comme produit ou remploi du produit des infractions (art. 70
al. 1 CP); que le produit des infractions qui a été versé à K. sans contre-
prestation soit séquestré et confisqué (art. 70 al. 2 CP); que C. soit condamné à
payer une créance compensatrice d'un montant égal au dommage établi à
CHF. 1'755'158.85, sous déduction des valeurs patrimoniales confisquées
(art. 71 al. 1 CP); que le séquestre ordonné au Registre foncier sur l'immeuble
appartenant pour moitié à chacun des époux BB. soit maintenu afin de garantir le
paiement de la créance compensatrice (art. 71 al. 1 CP); que les valeurs patri-
moniales confisquées ainsi que la créance compensatrice réalisée soient resti-
tuées, respectivement allouées aux lésés selon requête des parties civiles
(art. 70 al. 1 et 73 al. 1 CP).
N.2
C. a conclu à son acquittement ainsi qu'à l'allocation d'une indemnité à titre de
dépens.

- 6 -
O.
Situation personnelle
C. a suivi des études de chimie à Z., puis à Y. (D), où il a obtenu un doctorat en
chimie en 1972. Il a fait un post-doctorat en Californie et son habilitation à Y. (D).
Il a ensuite été nommé professeur à X. (D) puis à l’Université de Z., où il a œu-
vré, de 1983 à 1988, en tant que professeur extraordinaire en chimie organique.
Il a ensuite travaillé une année à W. (D) en qualité de professeur ordinaire, avant
d’être nommé le 5 avril 1989 par le Conseil d'Etat du canton P. professeur ordi-
naire à la Faculté des sciences, Institut de chimie organique de l’Institution A.
L'accusé a travaillé pour l'Institution A. jusqu'au 1er octobre 2001, date à laquelle
a eu lieu le transfert de la section de chimie à l'Institution B. C. est demeuré actif
auprès de cette institution jusqu'au 31 décembre 2007, date à laquelle il a pris sa
retraite. Actuellement, il touche un montant total de Fr. 9'000.-- par mois au titre
de retraite (y compris une petite pension de EUR. 200.-- par mois pour l'activité
qu'il avait exercée en l'Allemagne). De plus, depuis le 1er janvier 2008, il travaille
à mi temps pour la société M. en qualité de conseiller et perçoit un revenu de
Fr. 10'000.-- par mois (cl. 37 pag. 37910020, 37910139).

C. s’est marié à AA. en 1968. Le couple a adopté deux enfants, S. et T., tous
deux maintenant majeurs et indépendants. Par jugement du 19 octobre 2000, le
Tribunal de district de YY. a prononcé le divorce de C. et AA. (cl. 2
pag. 0300000362). L'accusé a ensuite épousé en secondes noces, en date du 5
avril 2001, K. et le couple vit à V. K. est Docteur en chimie et exerce la fonction
de maître d’enseignement et de recherche (MER) à l’Institution B. (cl. 19
pag. 12010005). A partir du 1er octobre 2003, elle a réduit son taux d’occupation
de 100 à 60% (cl. 14 pag.0900030289) et consacre le 40% restant de son temps
de travail à des travaux de recherche qui concernent essentiellement la littérature
scientifique et des dessins de nouvelles molécules ou de nouveaux concepts
(cl. 19 pag. 1200010031). En cours de procédure, cette dernière a produit un cer-
tificat médical faisant état d'une incapacité de travail totale à compter du 3 juin
2009 (cl. 37 pag. 37850021). Ses revenus mensuels nets s'élèvent à Fr. 6'000.--
par mois (cl. 37 pag. 37910138).
Les époux BB. sont copropriétaires, chacun pour moitié, d'une villa à V. (cl. 18
pag. 0900070004) dont la valeur fiscale s'élève à Fr. 1'169'000.--, et qui est hy-
pothéquée à hauteur de Fr. 400'000.--. C. est également propriétaire d'un terrain
en Allemagne qui est estimé à Fr. 130'000.-- (cl. 37 pag. 37910138 et 139).
P.
Le dispositif du présent arrêt a été lu en audience publique le 10 septembre
2009. A cette occasion, il a été précisé que les questions liées aux prétentions
civiles et au sort des avoirs séquestrés feraient l'objet d'une décision ultérieure
(cf. chiffres 8 et 9 du dispositif).

- 7 -
La Cour considère en droit:
Sur les questions préjudicielles et incidentes
1.
Compétence
1.1
A l'audience de jugement, l'accusé a soulevé à nouveau la question de la compé-
tence du tribunal de céans et requis que cette thématique soit examinée dans le
jugement au fond (cl. 37 pag. 37910003).
1.2
L'art. 336 let. g CP dispose que les infractions prévues aux titres 18 et 19 CP
commises par un membre d’une autorité fédérale ou un fonctionnaire fédéral ou
contre la Confédération suisse, sont soumises à la juridiction fédérale.
En l’espèce, tombent sous le coup de cette disposition, les faits constitutifs de
gestion déloyale des intérêts publics (art. 314 CP) et de violation du secret de
fonction (art. 320 CP) reprochés à l’accusé durant son engagement auprès de
l’Institution B., soit à partir du 1er octobre 2001. S'agissant en revanche des faits
constitutifs de gestion déloyale des intérêts publics reprochés à l'accusé durant la
période où il était employé de l'Institution A., ainsi que des violations visées par le
MPC relevant des art. 138 et 158 CP, leur poursuite est en principe du ressort
des cantons.

En vertu de l'art. 18 al. 2 PPF, le MPC peut ordonner la jonction en ses mains
d'une affaire de droit fédéral soumise aussi bien à la juridiction fédérale qu’à la
juridiction cantonale. Une telle jonction suppose en principe l'émission d'une or-
donnance formelle, notifiée aux parties et sujette à recours (arrêt du Tribunal pé-
nal fédéral du 28 février 2007 consid. 1.2 et références citées).
En application de la disposition précitée, le MPC, considérant qu’il y avait lieu,
par souci d’économie de procédure et par analogie avec les règles du for
(art. 346 al. 2 CP), de poursuivre pénalement C. sous l’égide d’une seule et
même autorité judiciaire, soit du lieu où la première instruction avait été ouverte,
a ordonné la jonction en mains des autorités fédérales, de la poursuite des faits
constitutifs de gestion déloyale des intérêts publics commis durant la période où
C. était employé de l’Institution A. (cl. 1 pag. 02000002 à 4). Le 14 octobre 2005,
l'accusé a déposé contre l'ordonnance précitée une plainte qui a été rejetée par
arrêt émis le 19 décembre 2005 par la Ire Cour des plaintes du TPF (arrêt du Tri-
bunal pénal fédéral BB.2005.108 du 19 décembre 2005).

- 8 -
Par ailleurs, en date du 2 avril 2009, le MPC a également ordonné la jonction en
mains des autorités fédérales, de la poursuite et du jugement de l'infraction de
gestion déloyale (cl. 37 pag. 37960010). Par acte du 9 avril 2009, C. a déposé
plainte contre ladite ordonnance auprès de la Ire Cour des plaintes du Tribunal
pénal fédéral (cl. 37 pag. 37960003). Le dossier a été transmis à la Cour des af-
faires pénales du Tribunal pénal fédéral comme objet de sa compétence (cl. 37
pag. 37960001). Le 23 avril 2009, l'accusé a retiré sa plainte, arguant que dans
le souci d'éviter toute prolongation de la procédure, il ne requérait plus que la
question soit tranchée préalablement et séparément du fond (cl. 37
pag. 37960014).
1.3
Au vu des éléments susmentionnés, on constate que les différentes infractions
reprochées à l'accusé, quelle que soit la fonction qu'il occupait au moment de
leur commission (professeur auprès de l'Institution A. ou de l'Institution B.), en-
trent à l'évidence en concours entre elles (art. 49 CP) et doivent par conséquent
faire l'objet d'un seul jugement. Bien que les actes reprochés à C. portent sur dif-
férents contrats, conclus à des époques différentes, ils s'inscrivent dans une
seule et même affaire de droit pénal fédéral au sens de l'art. 18 PPF. En ordon-
nant de joindre en mains des autorités fédérales l'ensemble des poursuites diri-
gées contre l'accusé, le MPC n'a rien fait d'autre que d'utiliser une compétence
qui lui est expressément octroyée par la PPF. De plus, le large pouvoir d'appré-
ciation dont jouissent les autorités fédérales a été utilisé à bon escient en ce sens
que les ordonnances en question sont fidèles au principe d'économie de procé-
dure qui a inspiré l'adoption de l'art. 18 PPF (HAUSER/SCHWERI/HARTMANN,
Schweizerisches Strafprozessrecht, 6ème éd., Bâle-Genève-Munich 2005, p. 136
§ 12; Message du Conseil fédéral du 31 mars 1999 concernant la modification du
code pénal, du code pénal militaire et de la procédure pénale fédérale, FF 1999
p. 4911).
Enfin, selon la jurisprudence récente du Tribunal fédéral, les principes d'efficacité
et de célérité de la procédure pénale interdisent à la Cour des affaires pénales du
Tribunal pénal fédéral de remettre en cause sa compétence, même en l'absence
d'accord explicite entre les autorités de la Confédération et des cantons, excep-
tion faite des cas où des motifs impérieux (triftige Gründe), non donnés en l'es-
pèce, imposeraient une telle solution (ATF 133 IV 235 consid. 7.1).
1.4
Au vu de ce qui précède, la Cour est dès lors compétente pour connaître de l'en-
semble des infractions reprochées à l'accusé.


- 9 -
Sur le fond
2.
Gestion déloyale des intérêts publics

C. est accusé, en premier lieu, de gestion déloyale des intérêts publics au sens
de l'art. 314 CP, pour les actes figurant sous chiffre 1 let. a) à l) de l'acte d'accu-
sation.
Réalisent une telle infraction et sont passibles d'une peine privative de liberté de
cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire, les membres d'une autorité et les
fonctionnaires qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un
avantage illicite, auront lésé dans un acte juridique les intérêts publics qu'ils
avaient mission de défendre. En cas de peine privative de liberté, une peine pé-
cuniaire est également prononcée (art. 314 CP).
2.1
Il faut se demander tout d'abord si l'accusé doit être considéré comme un fonc-
tionnaire au sens de la disposition précitée. La notion de fonctionnaire est définie
à l'art. 110 ch. 3 CP. A teneur de cette disposition, correspondent à cette défini-
tion, les fonctionnaires et les employés d’une administration publique ainsi que
les personnes qui occupent une fonction publique à titre provisoire, ou qui sont
employés à titre provisoire par une administration publique ou encore qui exer-
cent une fonction publique temporaire.
Les actes reprochés à l'accusé, au titre de gestion déloyale des intérêts publics,
ont été accomplis alors qu'il était professeur ordinaire de l'Institution A. puis de
l'Institution B. En effet, C. a été nommé, à partir du 1er septembre 1989, profes-
seur ordinaire à la Faculté des sciences, Institut de chimie organique de l'Institu-
tion A., puis, vu le transfert de la section de chimie de l'Institution A. à l'Institution
B. en date du 1er octobre 2001, il a continué à oeuvrer pour l'Institution B. et a été
nommé le 12 juillet 2001 par le Conseil des écoles polytechniques fédérales en
tant que professeur ordinaire en chimie bio-organique avec effet au 1er octobre
2001.
En vertu de l'art. 1 de la Loi vaudoise du 6 décembre 1977 (du 6 juillet 2004) sur
l'Institution A. (ci-après: LUL; RSV 414.11), l'Institution A. est un établissement de
droit public doté de la personnalité morale. Le personnel de cet établissement est
aujourd'hui soumis à la Loi cantonale du 12 novembre 2001 sur le personnel du
canton P. (ci-après: LPers/canton P.; RSV 172.31).

- 10 -
La gestion des écoles polytechniques fédérales constitue une tâche publique de
la Confédération suisse (art. 63a al. 1 Cst, art. 27 et 27sexies aCst). A teneur des
art. 5 al. 1 et 17 al. 2 de La loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles poly-
techniques fédérales (ci-après: loi sur les EPF: RS 414.110), l'Institution B. est un
établissement autonome de droit public, dont le personnel est aujourd'hui soumis
aux dispositions de la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confé-
dération (ci-après: LPers; RS 172.220.1).
Au vu des éléments précités, l'accusé est donc un fonctionnaire au sens de
l'art. 110 ch. 3 CP.
2.2.
Comme le relève la jurisprudence du Tribunal fédéral, pour que l'infraction visée
par l'art. 314 CP puisse être retenue, il faut que des intérêts publics (qui peuvent
être financiers ou moraux), soient lésés par un acte juridique ou par les effets de
celui-ci (ATF 117 IV 286 consid. 4c; 114 IV 133 consid. 1; 109 IV 168). Il ressort
du dossier de la cause que l'accusé, alors professeur ordinaire de l'Institution
A./Institution B., a conclu toute une série de contrats avec des entreprises pri-
vées portant notamment sur des travaux de recherche et de développement né-
cessitant l'utilisation de certaines ressources humaines et matérielles de ces ins-
titutions. Il faut dès lors déterminer si et dans quelle mesure C. était habilité à
engager son institution pour pouvoir ensuite se prononcer sur la validité de tels
accords.
2.2.1
Il sied d'analyser préalablement la teneur desdits contrats:
2.2.1.1 La collaboration avec la société M.

La société M. est une société anonyme dont les actions sont en mains de la fa-
mille CC. Elle a été créée le 9 juillet 1979 dans le canton P. Elle fait partie du
groupe D. dont le président responsable est DD. La société a pour but "toute
opération entrant dans le cadre de la recherche, de la mise au point, de la pro-
duction, de la commercialisation de produits chimiques, biologiques, molécules,
substances ainsi que tout appareil et dispositif ayant trait notamment au domaine
biologique, médical, paramédical, pharmaceutique et vétérinaire; acquisition et
concession de licences". DD. en est l’administrateur président (cl. 5
pag. 05000388) et EE. le vice-président exécutif (cl. 37 pag. 37910051).
Il ressort du dossier de la cause que DD. a croisé l’accusé lors de congrès spé-
cialisés dans le domaine des peptides. La société M. étant active dans ce do-
maine de recherche, elle s’est tournée vers C. pour bénéficier de ses connais-
sances (cl. 20 pag. 12130002). En 1991, elle a demandé à l’accusé de bien vou-
loir fonctionner comme président d’un prix qu’elle parrainait. Ce dernier exerçait

- 11 -
également une activité de conseil et consultant du groupe D. sur le sujet des
peptides (cl. 20 pag. 12130002). Par la suite la société M. a signé plusieurs
contrats avec C. portant sur des recherches dans le domaine des transplanta-
tions et de Alzheimer. Il est établi que l’accusé ne travaillait pas dans les locaux
de la société M. mais dans son laboratoire de l’Institution A./Institution B. (cl. 20
pag. 12130003 et 4).

Les contrats conclus par la société M. avec C.
•
Accord de coopération du 7 mars 1991 valable une année (ci-après: A1): en
vertu de cet accord, l’accusé s’est engagé à présider le jury d'un prix institué par
la société M. et qui était décerné dans le cadre du Congrès européen sur les
Peptides. En contrepartie il était prévu que C. reçoive de la société M. un soutien
régulier, à raison de Fr. 30'000.-- par an, ainsi qu’un poste d’assistant de recher-
che à mi-temps. En outre les frais relatifs à l’activité définie par l’accord étaient
pris en charge par la société M. (cl. 4 pag. 05000017 et 18).
•
Contrat cadre de collaboration du 12 décembre 1995 (ci-après: A2): ce
contrat détermine le cadre dans lequel s’inscrivent les différents travaux sur de
nouvelles molécules dont C. a été chargé par la société M. D’une durée d’une
année, ce contrat mentionne le versement à l’accusé d’une indemnité annuelle
de Fr. 30'000.--, ainsi que des honoraires déterminés, de cas en cas, d’entente
entre les parties pour les travaux d’une certaine importance, qui lui sont deman-
dés (cl. 4 pag. 05000019 à 21). Ledit contrat a été renouvelé le 12 décembre
1996 pour valoir jusqu’au 31 octobre 1997, aux mêmes conditions (ci-dessous:
A3 [cl. 4 pag. 05000022]). Le 27 octobre 1997, l’art. 6 du contrat cadre de colla-
boration a été reformulé de la façon suivante (ci-dessous A4 [cl. 4
pag. 05000081]):
Le présent contrat est conclu pour une durée de trois ans dès le 1er novembre 1995 et se
renouvellera par tacite reconduction pour des durées additionnelles d’un an sauf résilia-
tion par écrit adressée par l’une des parties à l’autre avec un préavis de trois mois pour la
fin de la première période de trois ans ou d’une des périodes additionnelles.
En cas de résiliation, le Prof. C. s’engage, à la demande de la société M., à poursuivre
les travaux déjà commencés jusqu’au terme prévu.
•
Accord de recherche et de développement du 27 janvier 1997 (ci-après: A5):
cet accord a pour but la recherche concernant la cyclosporine A. L’accord porte
sur une durée de deux ans et prévoit, en cas de dépôt du brevet, que C. et ses
associés reçoivent chacun, de la part de la société M., pour la durée de validité
du brevet et chacun des pays où il est valable, une rémunération correspondant
à 30% des redevances nettes de la société M. et ses filiales en relation avec la

- 12 -
commercialisation du produit, après déduction des taxes et impôts et
d’éventuelles redevances à des tiers (cl. 4 pag. 05000023 à 27). Par ailleurs, sur
la base de l’annexe "schedule B", la société M. s’engage à verser Fr. 360'000.--,
soit Fr. 15'000.-- par mois, sur le budget global de recherche de Fr. 560'000.--,
les autres Fr. 180'000.-- étant payés par l’Institution A. En outre, dite annexe
mentionne que l’infrastructure des laboratoires de chimie du groupe de recherche
de l’accusé (au sein de l’Institution A.) peut être utilisée librement pour l’exécution
du projet (cl. 4 pag. 0500031).
•
Accord de recherche et de développement du 25 mars 1999 (ci-après: A6):
cet accord porte également sur deux ans. Il a le même but que celui du 27 janvier
1997 et prévoit également, en cas de dépôt du brevet, que C. et ses associés re-
cevront chacun, de la part de la société M., pour la durée de validité du brevet et
pour chacun des pays où il est valable, une rémunération correspondant à 30%
des redevances nettes reçues par la société M. et ses filiales, pour la commercia-
lisation du produit, après déduction des taxes et impôts et d’éventuelles redevan-
ces à des tiers (cl. 4 pag. 05000032 à 36).
•
Contrat de recherche du 5 juillet 1999 (ci-après: A7): ce contrat, signé par la
société M., C. et le Dr. FF. a pour objet la consolidation des accords et contrats
passés le 27 janvier 1997, le 1er juillet 1997 (qui concerne uniquement la collabo-
ration entre la société M. et FF.) et le 25 mars 1999 en un seul contrat. Il porte
sur l’étude des analogues de la cyclosporine A (CS) hydrosolubles ou non, et ses
dérivés pseudo-proline. Pour la réalisation par C. du programme de recherche, la
société M. s’est engagée à payer la somme totale de Fr. 360'000.-- selon le bud-
get joint au contrat. A titre supplémentaire, en cas de commercialisation des pro-
duits issus de l’étude par la société M. ou un de ses licenciés, il était prévu que
C. et FF. reçoivent chacun, de la part de la société M., pays par pays, pour une
durée de 10 ans dès la première vente commerciale ou, en cas de brevet, pen-
dant la durée de validité du brevet, une rémunération complémentaire corres-
pondant à 15% des redevances nettes reçues par la société M. du fait de la
commercialisation des produits, après déduction des taxes et impôts et
d’éventuelles redevances à des tiers (cl. 4 pag. 05000038 à 52).
•
Amendement du 24 juillet 2001 au contrat du 5 juillet 1999 (ci-après: A8): cet
amendement spécifie que l’étude mentionnée dans le contrat du 5 juillet 1999 a
débuté le 25 mars 1999 pour une durée initiale de deux ans et que les parties
soit la société M., C. et FF. désirent prolonger la durée de l’étude pour deux an-
née supplémentaires, soit jusqu’au 24 mars 2003. Pour la réalisation de l’étude
par C., la société M. s’est engagée à payer à l’accusé, en sus des Fr. 360'000.--
déjà versés, la somme totale de Fr. 380'000.-- pour deux ans, soit Fr. 45'000.-- à
la date de signature de l’amendement, Fr. 15'000.-- à la fin de chaque mois pen-

- 13 -
dant les 21 mois restants de l’étude, et Fr. 20'000.-- à l’acceptation du rapport fi-
nal par la société M. (cl. 4 pag. 05000080). L’annexe B "budget" mentionne un
montant total de Fr. 760'000.-- dont la moitié est prise en charge par l’Institution
A./Institution B. (cl. 4 pag. 05000080).
•
Le 14 novembre 2002, la société M. et C. ont signé un document portant sur
les conditions de collaboration concernant les activités de recherche de l’accusé
en relation avec une nouvelle méthode de traitement de la maladie d’Alzheimer
(ci-après: A9). Cet accord mentionne que C. certifie et garantit que les résultats
des recherches en question sont obtenus uniquement par lui et qu’il n’a aucune
obligation envers une tierce partie concernant lesdits résultats. Ledit document
spécifie en outre que si l’accusé devait avoir de telles obligations envers son em-
ployeur, l’Institution B., il entreprendrait de faciliter les contacts et les négocia-
tions entre l’Institution B. et la société M. afin d’arriver à un accord garantissant
une option exclusive à la société M. sur les résultats des activités susmention-
nées (cl. 4 pag. 05000082).
•
En date du 18 juillet 2003, la société M., C. et FF. ont signé un contrat de li-
cence dénommé "5" (ci-après: A10 [cl. 4 pag. 05000084 à 94]). Il y est préala-
blement expliqué que conformément à l’accord du 5 juillet 1999 et à son amen-
dement du 24 juillet 2001, FF. et C. ont terminé les activités de recherche et de
développement prévues, lesquelles ont abouti à l’identification de deux produits
potentiellement intéressants sur le plan thérapeutique, dont le produit connu sous
le nom de code "5" (un dérivé de la cyclosporine A). Il est également précisé que
la société M. a déposé une demande de brevet couvrant le produit "5" et qu’elle
souhaite poursuivre le développement pré-clinique et clinique du produit. Le
contrat spécifie en outre à ses articles 3 (licence), 5 (confidentialité) et 10 (ab-
sence de conflit d’intérêt):
FF. et C. confèrent à la société M. une licence exclusive mondiale sur le savoir-faire et la
recherche en vue de notamment développer, utiliser, fabriquer, enregistrer, commerciali-
ser et vendre les produits. En contrepartie, la société M. s’engage à payer à FF. 8% des
redevances nettes, et 2% à C.
FF. et C. garantissent que, à leur connaissance et à la date d’entrée en vigueur, tous les
droits sur le savoir-faire et sur la recherche leur appartiennent pleinement, et qu’il n’existe
aucune restriction ou empêchement au transfert desdits droits en faveur de la société M.
en relation avec le dépôt des brevets.
FF. et C. certifient que par la signature du contrat, ils ne violent aucun engagement pris à
l’égard de tiers avant la date d’entrée en vigueur.
•
Ce même 18 juillet 2003, un contrat similaire à celui portant sur "5", men-
tionne également le dépôt d’un brevet par la société M. concernant le produit

- 14 -
connu sous le nom de code "6" (ci-après: A11). Par ce contrat, dite entreprise
s’engage à payer à FF. 10% des redevances nettes et à C., 5% (cl. 4
pag. 05000095 à 105).
•
Toujours en date du 18 juillet 2003, C. a conclu avec la société M. un contrat
de "consultance" par lequel il s’est engagé envers cette dernière à lui fournir
conseil et assistance pour le développement des produits "5" et "6" (ci-après:
A12). Ce contrat est entré en vigueur rétroactivement au 1er avril 2003 et a été
conclu pour une période initiale de 3 ans, soit jusqu’au 31 mars 2006. La société
M. s’est engagée à payer à C. Fr. 60'000.-- par an, soit Fr. 15'000.-- par trimes-
tre, ainsi que les frais directement liés à l’exécution du contrat (cl. 4
pag. 05000106ss).
•
En date du 28 mai 2004, C. a conclu un contrat de services avec la société
M., pour la période du 1er juin 2004 au 31 mai 2006, par lequel il s’est engagé à
effectuer une recherche ayant pour objet la synthèse de "5", renommé "7", sur
support solide (ci-après: A13). Il est mentionné que les résultats de la recherche,
brevetables ou non brevetables, sont la propriété exclusive de la société M. et
l’accusé certifie qu’il ne contrevient à aucune règlementation ou obligation
contractuelle envers des tiers, et que les activités faisant l’objet du contrat
n’entrent pas en conflit avec d’autres obligations professionnelles. Le contrat de
services prévoit une rémunération forfaitaire de Fr. 160'000.--, toutes taxes inclu-
ses, montant payable par tranches de Fr. 20'000.-- tous les trois mois (cl. 4
pag. 05000109 à 114). Il a été dénoncé, d’entente entre les deux parties, et a pris
fin le 29 juin 2005 (cl. 21 pag. 13010040).
Il convient de préciser que les contrats conclus par l'accusé avec la société M.
mentionnaient que les droits de propriété intellectuelle sur les résultats de la re-
cherche, brevetable ou non brevetable, revenaient à cette entreprise.

2.2.1.2 La collaboration avec la société GG.

La société GG. a été créée à Tortola, aux Iles Vierges Britanniques. En Suisse,
elle est domiciliée chez HH. à U., mais elle n'est pas inscrite au registre du
commerce. La société GG. est gérée par le Dr. II. domicilié à ZZ., et par HH., de
U. Ces derniers utilisent cette société dans le cadre de la recherche et du déve-
loppement de vaccins contre les substances susceptibles de créer des dépen-
dances. A la fin des années 1990, la société GG. a repris l’entier des activités de
la société JJ., créée en Irlande (cl. 5 pag. 05000388).


- 15 -
Les contrats conclus entre la société GG. et C.
•
Accord de recherche et de développement du 1er novembre 1998 (ci-après:
B1): ce contrat a été signé le 18 janvier 1999 avec effet rétroactif au 1er novem-
bre 1998. Il lie la société JJ. et C. pour une période de trois ans, prolongé tacite-
ment jusqu’au 31 janvier 2003 (cl. 19 pag. 12080004). Le 21 mai 1998, la société
GG. a repris ce contrat à son compte (cl. 5 pag. 05000394). Le budget à la
charge de la société JJ., respectivement GG., est de Fr. 65'000.-- par année,
comprenant la rémunération de l’accusé s’élevant à Fr. 30'000.--, Fr. 25'000.--
pour le salaire d’une étudiante calculé sur la base d’un barème de l’Institution A.
(LL.) et Fr. 10'000.-- à titre forfaitaire pour l’utilisation des instruments, appareils
et consommables (cl. 22 pag. 15010048 à 56). A la demande de l’accusé, la so-
ciété JJ., respectivement GG., a effectué ses versements sur un compte intitulé
"Professeur C./Institution A." (cl. 19 pag. 12080003).
•
Contrat de consultance du 14 mars 2003 (ci-après: B2): ce contrat, passé
entre C. et la société GG., a pour objet des travaux de recherche et de dévelop-
pement d’un vaccin anti-nicotine. Il a été conclu avec effet rétroactif au 1er février
2003, pour une durée de six mois. Les honoraires prévus pour C. s’élevaient à
Fr. 2'500.-- par mois, payables pour la première fois le 14 mars 2003 (cl. 5
pag. 05000394; cl. 22 pag. 15010041 et 2).
•
Contrat de consultance du 19 décembre 2003 (ci-après: B3): ce contrat,
passé entre C. et la société GG., a pour objet des travaux de recherche et de dé-
veloppement d’un vaccin anti-nicotine. Il a remplacé le contrat du 14 mars 2003
et a été conclu pour une durée limitée, soit jusqu’au 31 juillet 2004. Les honorai-
res prévus pour C. s’élevaient à Fr. 2'500.-- par mois, toutes taxes comprises,
payables pour la première fois le 20 janvier 2004 (cl. 5 pag. 05000394; cl. 22
pag. 15010043 à 46).
Il convient de préciser que les contrats conclus par l'accusé avec les sociétés JJ.
et GG. mentionnaient que tous les droits de propriété intellectuelle sur les résul-
tats de la recherche, brevetables ou non brevetables, revenaient à ces entrepri-
ses.
2.2.1.3 La collaboration avec la société MM.

La société MM. a pour but l’assistance professionnelle dans le domaine des pro-
duits alimentaires. Elle est détenue par la société NN. (cl. 5 pag. 05000388).

La collaboration de la société MM. avec C.
De 1998 à 2002, C. a été chargé de superviser les travaux de doctorat de OO.,
doctorante et employée au centre de recherche NN., entité de la société MM.

- 16 -
Aucun contrat n’a été signé et C. effectuait cette supervision dans le cadre de
son poste de professeur à l’Institution A., respectivement à l’Institution B. Il n’était
pas rétribué pour ce faire (cl. 20 pag. 12240002ss).
Dans le cadre de ses travaux de doctorat, OO. a eu besoin de peptides, lesquels
ont été fabriqués par PP., employé de laboratoire de C. (cl. 20 pag. 12210002,
12240003). En date du 4 septembre 2001, l'accusé a adressé à la société MM.
une facture de Fr. 8'976.- pour les produits utilisés dans le cadre de la fabrication
de peptides (cl. 20 pag. 12240006). La société MM. s’est acquittée de cette fac-
ture le 21 septembre 2001 en versant la somme sur un compte bancaire de la
Fondation F., conformément au bulletin de versement joint à la facture établie par
C. (cl. 4 pag. 05000188; cl. 21 pag. 13010185).
2.2.1.4 La collaboration avec la société QQ., devenue par la suite la société RR.
La société RR. a ses origines dans trois entreprises: TT., dont la création re-
monte au milieu du 18ème siècle, SS., fondée vers 1859 et la société QQ. en
1886. En 1970, SS. et TT. ont fusionné pour former la société AAA. Le 7 mars
1996, les sociétés QQ. et AAA. ont fusionné pour devenir le groupe RR. qui est
un leader mondial dans l'offre de produits pharmaceutiques innovants. Basé à Z.,
le groupe RR. emploie plus de 96'000 collaborateurs et déploie ses activités dans
plus de 140 pays à travers le monde. La société QQ., aujourd'hui filiale de RR.,
est spécialisée dans le développement et la mise à disposition d'une large variété
de spécialités génériques.
Selon les explications de l’accusé, lors d’une conférence qu’il avait donnée chez
la société QQ. en 1984, le Dr. BBB. qui était le chef de la production pharmaceu-
tique à l’époque, l’a approché car il était intéressé par la recherche qu’effectuait à
ce moment-là C. sur la synthèse de peptides. L'accusé s’est alors engagé de
1984 à 1995, à présenter tous les trois mois auprès de la société QQ., un sémi-
naire sur les différents projets de recherche de son groupe, contre une rémunéra-
tion s'élevant à Fr. 30'000.-- par an (cl. 21 pag. 1300010364 et 5).
Les contrats conclus par la société QQ./RR. avec C.
•
"Vereinbarung" du 1er juillet 1992 (ci-après: C1) entre la société QQ. et C.,
Institut für Organische Chemie, Institution A.: ce contrat prévoyait que l’accusé
effectue une recherche dans le domaine de la synthèse de peptides avec ses
doctorants, dans son laboratoire. Tous les droits de propriété intellectuelle reve-
naient à la société QQ. Le rapport de collaboration débutait le 1er juillet 2001. La
durée du contrat était de trois ans et la rémunération de C. s’élevait à Fr. 33'000.-
par année (cl. 18 pag. 0900060128 à 33).

- 17 -
•
"Agreement" du 1er juin 1996 (ci-dessous: C2) entre la société QQ. et C., Ins-
titut de Chimie Organique, Institution A.: ce contrat prévoyait que l’accusé four-
nisse une étude concernant la "preparation of template assembled synthetic pro-
teins (TASP molecules") ; tous les droits relatifs à la propriété intellectuelle reve-
naient à la société QQ. L’accusé devait fournir au moins trois molécules TASP
dans les neuf mois qui suivaient le début de l’étude. La durée du contrat était de
deux ans et la rémunération de C. de Fr. 20'000.-- pour l’acquisition du matériel
de départ et ensuite de Fr. 80'000.-- par année (cl. 18 pag. 09000060117 à 121).
2.2.1.5 La collaboration avec la société CCC.
La société japonaise CCC. est active principalement dans le domaine du déve-
loppement de produits cosmétiques. DDD. en est le responsable des ressources
humaines (cl. 6 pag. 0500000732 et 83). Le 18 septembre 1996, l’accusé a reçu
de la société CCC. un montant de Fr. 39'216.-- correspondant aux frais de forma-
tion et de recherche du Dr. EEE. (cl. 6 pag. 0500000764). C. a en effet accueilli
au sein du laboratoire qu’il dirigeait un post-doctorant japonais dénommé EEE.
afin de lui dispenser un enseignement contre rétribution de la part de l’entreprise
CCC. (cl. 20 pag. 1200200017).
2.2.2. S'agissant de la capacité de l'auteur à engager la collectivité publique par un acte
juridique valable, on constate que doctrine et jurisprudence du Tribunal fédéral
divergent, l'une considérant que l'art. 314 CP suppose une autorisation de repré-
senter la collectivité publique, l'autre se satisfaisant de ce que l'auteur ait un pou-
voir décisionnel de fait.
2.2.2.1 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il n'est pas nécessaire que l'agent
public dispose formellement d'un pouvoir de décision. Il suffit que, par sa position
ou son rôle dans une institution chargée d'intérêts publics, l'auteur puisse in-
fluencer cette dernière à un point tel qu'elle prenne une décision contraire à ses
intérêts, respectivement favorable aux intérêts propres de l'auteur (arrêt du Tri-
bunal fédéral 6B_921/2008 du 21 août 2009, consid. 5.8; ATF 114 IV 133
consid. 1b).
2.2.2.2 Selon la doctrine dominante, l'auteur doit avoir l'autorisation formelle (Befugnis)
de représenter dans les actes juridiques, la collectivité publique (NIGGLI-
WIPRÄCHTIGER[Hrsg.], Strafgesetzbuch II, Bâle-Genève-Munich 2003, ad
art. 14 CP n°11, STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, BT II, 6ème éd.,
Berne 2008 § 57 n° 27). Il convient dès lors de déterminer si C., lorsqu'il a signé
les contrats précités, avait la capacité d'engager l'institution pour laquelle il tra-
vaillait.

- 18 -
2.2.2.3 In casu, comme on le verra plus avant, l'accusé a passé des contrats avec l'in-
dustrie privée alors que la conclusion de tels accords s'est successivement trou-
vée régie par trois ensembles de règles différentes. Il convient dès lors de déter-
miner, période par période, si C., lorsqu'il a signé les contrats précités, avait le
pouvoir d'engager l'institution pour laquelle il travaillait, en déterminant, le cas
échéant, s'il convient de retenir la conception que propose le Tribunal fédéral de
ce pouvoir de décision ou plutôt celle qu'en donne le doctrine. A cet égard, il sied
de distinguer trois périodes:
a) Première période Institution A. (du 5 avril 1989 au 31 août 2000)
L'accusé a été engagé à l'Institution A. le 1er septembre 1989. Il a signé le 1er
contrat avec la société M. le 7 mars 1991. A cette époque, il était soumis à la loi
sur l’Université du 6 décembre 1977 (ci-après: LUL; cl. 29 pag. 1900060009).
L'art. 65 LUL, dans son ancienne version, avait la teneur suivante:
"Les membres du corps enseignant nommés à plein temps ne peuvent accepter des
mandats particuliers, expertises notamment, que dans la mesure où ceux-ci ne portent
pas préjudice à leur enseignement ou à leurs recherches. Lorsqu'ils acceptent de tels
mandats, ils le font sous leur responsabilité personnelle: ils en informent leurs mandants.
Le mandat est porté à la connaissance du Rectorat. Si l'exécution du mandat entraîne
des frais pour l'Université, celle-ci en exige le remboursement (al. 2 )".
Par ailleurs, l'art. 96 du Règlement général du 9 mars 1994 de l'Institution A. (ci-
après RGUL), posait le principe d'une redevance à l'Université (overhead) sur les
revenus de travaux de recherche effectués au moyen de l'infrastructure et/ou du
personnel de l'Université. Toutefois, force est de constater que sur le plan juridi-
que, le champ d'application de cette disposition dépasse largement celui de
l'art. 65 LUL pour les revenus liés à des mandats particuliers. Il convient de pré-
ciser que s'est alors posée la question de la légalité de cet article du règlement
général (cf. rapport du 20 octobre 1999 du Conseil d'Etat du canton P. au Grand
Conseil sur les mesures Table ronde et exposé des motifs et projets de loi modi-
fiant la loi du 6 décembre 1977 sur l'Institution A., p. 30 [cl. 29
pag. 1900060044]).
b) Deuxième période Institution A. (du 1er septembre 2000 au 30 septembre
2001)
Le 1er septembre 2000, est entré en vigueur le règlement du 26 juin 2000 sur les
mandats particuliers du personnel de l’Institution A. (ci-après RMP, cl. 29
pag. 1900060101ss), concrétisant le nouvel art. 65 LUL, entré en vigueur, quant
à lui, le 1er janvier 2000 et dont la teneur a été modifiée comme suit (cf. loi du
14 décembre 1999 modifiant la LUL; [cl. 29 pag. 1900060028]):

- 19 -
"Le Conseil d'Etat fixe par règlement, après consultation du Rectorat, les conditions aux-
quelles sont soumis les mandats des membres du personnel de l'Université qui n'entrent
pas dans leur cahier des charges. Ces mandats ne doivent pas porter préjudice à leur
enseignement et à leurs recherches (al. 1). Ce règlement prévoit notamment que les
membres du personnel de l'Université doivent lui verser une part échelonnée entre 20%
et 60% des revenus perçus dans l'exécution des mandats susmentionnés (al. 2). Ces
dispositions s'appliquent également au personnel administratif et technique ainsi qu'aux
collaborateurs scientifiques de l'Université (al. 3)".

Le RMP prévoit notamment ce qui suit:
"art. 7 (modalités pratiques): Les contrats de mandats de recherche sont rédigés en la
forme écrite (al. 1). Ces contrats doivent être autorisés préalablement par le Rectorat,
s'ils engagent l'Université pour un an et plus ou si les prestations fournies par un tiers at-
teignent ou dépassent Fr. 500'000.-- (al. 2). Dans tous les cas, les contrats sont portés à
la connaissance du Rectorat par la voie de service (al. 3). Les mandats privés sont obli-
gatoirement portés à la connaissance du Rectorat par les membres du personnel de
l'Université, en respectant la voie de service (al. 4). Le Rectorat règle les modalités de la
communication des mandats privés, eu égard au devoir de discrétion pesant sur le man-
dataire (al. 5);
art. 8 (répartition des revenus provenant de l'exécution de mandats de recherche): Les
revenus des mandats de recherche sont à la disposition des subdivisions de l'Université
qui ont exécuté le mandat, sous déduction de la redevance forfaitaire prévue à l'art. 9 du
présent règlement (al. 1 ). L'éventuelle répartition du solde des revenus entre une subdi-
vision de l'Université et un membre de son personnel est réglée par un accord interne
porté à la connaissance du Rectorat (al. 2). Sont dispensés de ces redevances les man-
dats confiés par le Fonds national suisse de la recherche scientifique [FNS] et les autres
fonds dont la liste est arrêtée par le Rectorat (al. 3);
art. 9 (redevance perçue par l'Université): Une redevance de 3% du montant total des re-
venus perçus dans le cadre de l'exécution du mandat de recherche est versée à l'Univer-
sité qui l'affecte au financement de la recherche et à la couverture des frais de gestion;
art. 12 (modalités de déclaration et de perception): Les revenus des mandats de recher-
che et des mandats privés sont annoncés au 20 décembre de chaque année (al. 1). Les
membres du personnel et les subdivisions de l'Université rétrocèdent les montants décla-
rés dans un délai de 30 jours dès la réception du formulaire de déclaration (al. 2). Sur le
formulaire de déclaration des revenus perçus pour l'exécution des mandats de recherche
ou des mandats privés doivent figurer les informations suivantes: les revenus bruts effec-
tivement encaissés pendant l'année, les frais déductibles des revenus bruts au sens de
l'art. 11 al. 1 du présent règlement et l'utilisation faite de l'infrastructure universitaire
(al.3). Sur délégation du Rectorat, le service financier de l'Université contrôle la conformi-
té des déclarations aux formules et le versement des rétrocessions (al. 4).

- 20 -

c) Volet Institution B. (du 1er octobre 2001 à fin juin 2005 [fin de la période délic-
tuelle])
Le 1er octobre 2001, la section de chimie de l'Institution A. a été transférée à l'Ins-
titution B. Les rapports de travail de C., nommé en qualité de professeur ordinaire
depuis le 1er octobre 2001 auprès de l'Institution B., étaient soumis à la loi sur les
Ecoles polytechniques fédérales du 4 octobre 1991, en vigueur depuis le 1er fé-
vrier 1993 (LEPF; RS 414.110, cl. 30 pag. 1900060238ss), ainsi qu'à ses ordon-
nances et règlements d'application.
Les contrats passés par l'accusé avec l'industrie privée étaient également régis
par les Directives sur les contrats de recherche édictées par le Conseil des EPF
le 20 janvier 1988 et entrées en vigueur le 1er avril 1988 (ci-après: DCR, cl. 30
pag. 1900060548ss). Ces directives avaient notamment pour but d'assurer la
transparence en matière de gestion et de surveillance lors de l'exécution de
contrats de recherche et d'autres prestations de service scientifiques (art. 1 let. e
DCR). Elles s'appliquaient aux contrats de recherche et autres prestations scien-
tifiques conclus par les EPF avec des tiers lorsque la Confédération était de ce
fait engagée dans une activité de recherche ou scientifique (art. 2 al. 1 let. a
DCR), ou lorsque l'exécution du contrat était liée à la mise à disposition de per-
sonnel et de moyens des EPF (art. 2 al. 1 let b DCR).
L'art. 7 DCR, avait la teneur suivante:
La compétence de conclure des contrats de recherche et de prestations de services est
réglée de manière interne par chaque EPF et établissement annexe. Les contrats de por-
tée nationale sont soumis à l'approbation de la direction de l'EPF ou de la direction de
l'établissement annexe concerné (al. 1 ). Le chef d'unité est compétent pour négocier et
conclure le contrat au nom de l'Ecole. (al. 2 ). Il fera appel à l'assistance et aux conseils
des services centraux compétents, à savoir: au délégué à la valorisation et à ses servi-
ces pour les dispositions contractuelles et de propriété intellectuelle, la compatibilité avec
les stratégies de recherche définies par l'Ecole, un juste équilibre avec les missions d'en-
seignement et de recherche, la disponibilité des compétences, des contributions financiè-
res de l'Ecole, du personnel et des infrastructures existantes ainsi que des contributions
déjà investies; aux services administratifs compétents pour les questions relatives au fi-
nancement et à la gestion financière, au personnel et son statut (al. 3). Lorsque le mon-
tant de l'apport financier du tiers dépasse Fr. 50'000.--, le chef d'unité sollicite l'approba-
tion de la direction préalablement à la conclusion du contrat de mandat ou de participa-
tion. Cette approbation est donnée par le délégué à la valorisation (al. 4). Le projet de
contrat est soumis au service des relations industrielles (SRI) (al. 5). Après signature du
contrat - et quel qu'en soit le montant -, le chef d'unité en adresse une copie pour infor-
mation au SRI (al. 6). Les présentes dispositions s'appliquent également aux contrats
portant sur un transfert de technologie (al. 7).

- 21 -
En outre, l'art. 6 de l'ordonnance du 18 septembre 2003 sur le corps professoral
des écoles polytechniques fédérales (Ordonnance sur le corps professoral; RS
172.220.113.40), entrée en vigueur le 1er janvier 2004 a la teneur suivante:
Les professeurs peuvent avoir en leur propre nom, pour leur propre compte et sous leur
propre responsabilité des activités professionnelles en dehors de leurs rapports de travail
avec l'EPF, notamment en qualité d'experts, pour autant que cela ne soit pas au détri-
ment des obligations découlant de leurs rapports de travail (al. 1 ). Ils doivent obtenir l'au-
torisation du président de l'EPF exigeant au total plus d'une journée hebdomadaire pour
un emploi à plein temps (al. 2 ). Ils doivent obtenir l'autorisation du président de l'EPF
pour siéger dans un conseil d'administration ou à la direction d'une entreprise. L'autorisa-
tion leur est accordée lorsqu'aucun intérêt de l'EPF ne s'y oppose (al. 3). Si les profes-
seurs recourent à du matériel de laboratoire ou au secrétariat, pour une activité exté-
rieure à l'EPF, ils doivent dédommager l'EPF. Les deux EPF édictent les dispositions né-
cessaires (al. 4).
2.2.2.4 Au vu de ce qui précède, force est de constater que dans le cas d'espèce, lors
de la première période "Institution A.", il n'était pas interdit à l'accusé, par la rè-
glementation en vigueur, de conclure des contrats de recherche avec l'industrie
privée. A contrario il avait donc le droit de conclure de tels accords. Il est dès lors
inutile en l'occurrence de se demander si le pouvoir de conclure de l'accusé au-
rait pu n'être que de nature informelle, au sens où le définit le Tribunal fédéral. Si,
à cette l'époque, il était loisible à l'accusé de conclure des contrats avec l'indus-
trie privée, ce dernier avait cependant le devoir d'en informer l'Institution A. et de
lui rembourser les frais occasionnés par l'exécution de ces mandats. C'est dès
lors la non rétrocession desdits frais en faveur de l'Institution A. qui était de na-
ture à léser les intérêts publics de l'institution. Cela étant, lors de cette première
période considérée, la lésion des intérêts publics n'a pas découlé de la conclu-
sion d'un acte juridique valable au sens de l'art. 314 CP. En effet, en acceptant
des mandats de l'industrie privée, C. n'a pas imposé à l'Institution A. des accords
qui lui étaient financièrement défavorables ab initio mais c'est son comportement
subséquent qui est critiquable, dans la mesure où il se devait de rembourser à
l'Institution A. les frais qu'avait entraînés l'exécution des mandats privés ou à tout
le moins d'informer cette dernière de ces mandats de manière à ce qu'elle puisse
faire valoir ses droits à une indemnité.
Lors de la deuxième période, l'accusé n'avait le droit de conclure librement des
contrats avec l'industrie privée que si ceux-ci ne dépassaient pas une durée d'un
an et qu'ils ne portaient pas sur une somme supérieure à Fr. 500'000.--.
Lors de la troisième période, où l'accusé oeuvrait pour l'Institution B., il a claire-
ment outrepassé ses pouvoirs formels de conclure des contrats avec l'industrie
privée puisqu'une autorisation aurait dû être obtenue auprès du délégué à la va-

- 22 -
lorisation de l'Institution B. pour tout engagement comportant un apport financier
dépassant Fr. 50'000.--.
Les strictes restrictions à la faculté de conclure des contrats privés qu'imposaient
aux professeurs les règles en vigueur à l'Institution A. entre septembre 2000 et
2001, puis à l'Institution B., sont trop précises pour que, par leurs connaissances
techniques ou leur position, les professeurs puissent encore exercer une in-
fluence décisive (arrêt du Tribunal fédéral 6B_921/2008 du 21 août 2009, consid.
5.8; ATF 114 IV 133 consid. 1b) sur la conclusion, par leur institution, de contrats
de recherche avec l'industrie privée. Il est donc là aussi sans utilité de se de-
mander, à propos de cette troisième période, si l'accusé se serait rendu coupable
de gestion déloyale des intérêts publics sur la base de ses seuls pouvoirs infor-
mels au sens où le définit le Tribunal fédéral.
2.2.3 L'accusation soutient que le caractère répréhensible du comportement de C.
réside également dans le fait pour ce dernier d'avoir cédé, par des contrats, aux
partenaires industriels, des droits de propriété intellectuelle qui revenaient aux
institutions pour lesquelles il travaillait et qu'il a dès lors imposé à ses em-
ployeurs des accords qui leur étaient défavorables sur ce point.
2.2.3.1Il sied avant tout de rappeler que c'est uniquement pendant la première période
de son activité au sein de l'Institution A. que l'accusé avait la faculté, à la lumière
de la règlementation en vigueur, de conclure avec les partenaires industriels, des
actes juridiques au sens de l'art. 314 CP. Or durant cette première période "Insti-
tution A.", les accords prévoyant une cession de la propriété intellectuelle en fa-
veur de l'industrie privée sont les contrats A2 (renouvelé sous A3 et précisé sous
A4), A5 et A6 [tous deux unifiés sous A7], A8 [qui est un amendement de A7],
B1, C1 et C2). Dans ces conventions, il est mentionné que les résultats de la re-
cherche effectuée par C., brevetables ou non brevetables, sont la propriété ex-
clusive de la société M., respectivement de la société GG.
2.2.3.2 Il est vrai que la jurisprudence constante admet que l'intérêt public lésé au sens
de l'art. 314 CP, n'est pas nécessairement de nature financière, mais peut être
aussi un intérêt idéal (ATF 117 IV 286 consid. 4c; 114 IV 133 consid. 1; 109 IV
168 consid. 1; 101 IV 411 consid. 2; CORBOZ, Les infractions en droit suisse,
Berne 2002, ad art. 314 CP, p. 599 n°29). Dans cette optique, la perte des droits
de propriété intellectuelle sur le résultat des recherches de l'accusé, peut consti-
tuer une lésion d'un intérêt public idéal au sens de la jurisprudence.
2.2.3.3 Or on constate que durant la première période pendant laquelle l'accusé était
actif auprès de l'Institution A., la législation relative à l'institution et aux mandats
privés ne réservait pas de droit de propriété intellectuelle à l'institution. En effet,
l'exposé des motifs et projet de loi sur l'Institution A. du 13 juillet 1977 précise
uniquement, s'agissant de l'art. 65 LUL visant les mandats particuliers, qu'il pour-

- 23 -
rait se trouver qu'à l'occasion d'un tel mandat, le membre du corps enseignant ait
recours à du personnel ou à du matériel de l'Université, et qu'il paraît donc nor-
mal que celle-ci, se fondant sur l'alinéa 3, puisse exiger le remboursement des
frais ainsi entraînés (cl. 29 pag. 1900060015). Par ailleurs, les débats du Grand
Conseil vaudois sur l'art. 65 LUL mettent en exergue certaines préoccupations
quant au fait que l'exécution de mandats externes par les professeurs pourrait
nuire à la qualité de leur enseignement ou encore au fait que ces derniers, dans
la mesure où ils consacreraient une partie importante de leur temps à l'économie
privée, pourraient être tenus de verser une partie de leur revenu à un fonds de
recherche et de perfectionnement (cl. 29 pag. 1900060018). Ces comptes-
rendus de séances ne font toutefois état d'aucune inquiétude particulière quant
aux droits de propriété intellectuelle de l'Institution A. sur les résultats des re-
cherches effectuées par les professeurs qu'elle emploie. On constate que, par la
suite, le nouvel art. 70 LUL, entré en vigueur le 1er janvier 2005, a explicitement
conféré à l'Institution A. les droits de propriété intellectuelle portant sur les résul-
tats de recherche obtenus par les membres du corps enseignant dans l'exercice
de leurs activités au service de cette institution. Cette disposition a la teneur sui-
vante:
"A l'exception des droits d'auteur, l'Institution A. est titulaire des droits de propriété intel-
lectuelle portant sur toute création intellectuelle technique ainsi que sur les résultats de
recherche obtenus par les membres du corps enseignant dans l'exercice de leurs activi-
tés au service de l'Institution A. Sont réservés les accords comportant des clauses de
cession ou de licence en faveur de tiers ayant financé partiellement ou totalement les re-
cherches".
Il convient en outre de préciser que, ainsi que cela a été souligné par l'accusa-
tion, l'art. 68 aLUL prévoit l'application de certaines dispositions de la loi du 9 juin
1947 sur le statut général des fonctions publiques cantonales (ci-après: Statut),
aux membres du corps enseignant du canton P. L'art. 75 du Statut spécifie que
le Code des obligations s'applique aux inventions faites par les fonctionnaires
dans l'exercice de leurs fonctions.
Aux termes de l'art. 332 CO, les inventions brevetables ou non, que le travailleur
a faites ou auxquelles il a participé dans l'exercice de ses activités au service de
l'employeur et conformément à ses obligations contractuelles appartiennent à
l'employeur. Or en l'occurrence la Cour ne saurait considérer que l'accusé a agi
"au service de son employeur et conformément à ses obligations contractuelles"
puisqu'il a passé avec des tiers, des contrats devant précisément leur conférer
les droits de disposer des découvertes qu'il était censé faire. L'art. 332 CO n'est
dès lors pas applicable en l'espèce.
2.2.3.4 Compte tenu de ce qui précède, force est de conclure qu'en ne préservant pas la
propriété intellectuelle de l'Institution A. sur ses travaux de recherche, durant la

- 24 -
première période pendant laquelle il était actif auprès de cette institution, l'accusé
n'a pas lésé les intérêts publics au sens de l'art. 314 CP.
2.2.4 Au vu des éléments qui précèdent, on doit considérer qu'en l'espèce, aucun inté-
rêt public n'a été lésé dans un acte juridique au sens de l'art. 314 CP. C. sera dès
lors libéré de ce chef d'accusation.
3.
Gestion déloyale

La jurisprudence fédérale précise que l'art. 314 CP est une lex specialis par rap-
port à la gestion déloyale de l'art. 158 CP. Si toutes les conditions de l'art. 314
CP ne sont pas réunies, le membre d'une autorité ou le fonctionnaire qui a la
qualité de gérant des biens publics peut se rendre coupable de gestion déloyale
au sens de l'art. 158 CP (ATF 118 IV 246 consid. 2a; 81 IV 231; STRATENWERTH,
op. cit., § 57 n° 31; TRECHSEL, Schweizerisches Strafgestezbuch, Kurzkommen-
tar, ad art. 314 CP n°6). Il se justifie dès lors d'analyser le contenu des contrats
signés par C. (figurant sous chiffres 1 let. a) à l) de l'acte d'accusation) sous l'an-
gle de l'art. 158 CP.
C. est par ailleurs accusé de gestion déloyale au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 CP,
pour les actes figurant sous chiffres 2 let a) à j) de l'acte d'accusation.
Selon l'art. 158 ch. 1 CP, celui qui en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un
acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur
leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts
ou aura permis qu'ils soient lésés, est passible d'une peine privative de liberté de
trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire (ch. 1 al. 1). Si l'auteur a agi dans le
dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, le
juge pourra prononcer une peine privative de liberté de un à cinq ans (ch. 1 al. 3).
Aux termes de l'art. 158 ch. 2 CP, celui qui dans le dessein de se procurer ou de
procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura abusé du pouvoir de repré-
sentation que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et aura
ainsi porté atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté sera puni d'une peine
privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Il convient à nouveau de faire une distinction entre la première période pendant
laquelle l'accusé a travaillé pour l'Institution A. (soit du 5 avril 1989 au 30 août
2000) et où il pouvait être qualifié de gérant au sein de l'institution, et les deux
autres périodes énumérées ci-dessus (supra consid. 2.2.2.2) où il ne bénéficiait
plus de la même autonomie.

- 25 -
3.1
Première période durant laquelle l'accusé a travaillé pour l'Institution A.:
3.1.1 Selon la doctrine et la jurisprudence, seul peut avoir la position de gérant au sens
de l'art. 158 ch. 1 CP, celui qui dispose d'une indépendance suffisante et qui jouit
d'un pouvoir de disposition autonome sur les biens qui lui sont remis (ATF 120 IV
190 consid. 2a et références citées, 118 IV 144 consid. 2a, STRATEN-
WERTH/JENNY, Schweizerisches Strafrecht, BT I, Berne 2003, § 19 n°6; TRECH-
SEL, op. cit., ad art. 158 CP n°2). Ce pouvoir peut se manifester non seulement
par la passation d'actes juridiques, mais également par la défense, sur le plan in-
terne, d'intérêts patrimoniaux ou par des actes matériels; il faut cependant que le
gérant ait une autonomie suffisante sur tout ou partie de la fortune d'autrui, sur
les moyens de production ou le personnel d'une entreprise (ATF 118 IV 244
consid. 2a; 105 IV 307 consid. 2a; 102 IV 90 consid. 1b). L'art. 158 CP peut éga-
lement trouver application lorsque l'acte délictueux a été commis par un fonc-
tionnaire dans l'exercice d'une fonction publique (ATF 113 Ib 175 consid. 7b;
NIGGLI/WIPRÄCHTIGER [Hrsg], op. cit., ad art. 158 CP n° 37).
3.1.2 En l'espèce, C. a été nommé le 5 avril 1989 par le Conseil d'Etat du canton P. en
tant que professeur ordinaire à la Faculté des sciences, Institut de chimie organi-
que (ci-après: ICO) de l'Institution A. Il était chargé de l'enseignement et de la di-
rection du groupe de recherche au sein d'un laboratoire, dont il devait gérer le
budget. Il ressort des actes de la cause que le budget global de l'ICO était réparti
entre les 5-6 professeurs qui y travaillaient. De plus, les fonds provenant du FNS
étaient attribués aux professeurs nommément et mis à leur disposition sur un
compte de l'Institution A. (cl. 20 pag. 12160004). Il est établi que de 1989 à 1992,
C. a obtenu des crédits du FNS pour un montant total de Fr. 2'590'000.--
(Fr. 800'000.-- de 1989 à 1992, Fr. 890'000.-- de 1992 à 1994 et Fr. 900'000.- de
1994 à 1996 [cl. 15 pag. 0900040059: rapport d'activité pour la période 1989-
1995]). Sur le plan administratif, l'accusé a en outre été directeur de l’Institut de
chimie organique de l’Institution A. du 1er mars 1995 (cl. 15 pag. 0900040079 à
81) au 31 août 2001 (cl. 15 pag. 0900040047 à 50) et responsable de son unité
budgétaire (cl. 15 pag. 0900040280). Ces éléments confirment qu'il était chargé
de la gestion d'intérêts patrimoniaux d'un certaine importance (cf. ATF 86 IV 12).
Par ailleurs, comme on l'a vu plus haut (supra consid. 2.2.2.2), il disposait d'une
indépendance suffisante et jouissait d'un pouvoir de disposition autonome sur les
biens qui lui étaient confiés qui se manifestait par la possibilité de conclure des
actes juridiques en vertu desquels il utilisait des biens qui lui étaient remis (for-
tune [budget], matériel et personnel appartenant à l'Institution A.) (cf. ATF 123 IV
17 consid. 3b, 100 IV 167 consid. 3a).
3.1.3 Pour qu'il y ait gestion déloyale, il ne suffit pas que l'auteur ait été gérant, ni qu'il
ait violé une quelconque obligation de nature pécuniaire à l'endroit de la per-

- 26 -
sonne dont il gère tout ou partie du patrimoine; la définition légale de l'infraction
de gestion déloyale exige que l'obligation qu'il a violée soit liée à la gestion
confiée (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 118 IV 244 consid. 2b; 105 IV 307
consid. 3a; 102 IV 90 consid. 1b; 81 IV 276 consid. 2a; 80 IV 243 consid. 1;
STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°11ss).

In casu, l'accusé a signé toute une série de contrats avec l'industrie privée, en sa
qualité de Professeur à l'Institution A., Institut de chimie organique, et il a établi
les factures sur papier à en-tête de l'institution. Il a ainsi fait naître, sous la raison
sociale de son employeur, des engagements qui n'étaient en soi pas préjudicia-
bles à ce dernier ab initio, mais qui, par la suite, lui ont causé un dommage im-
portant. En effet, il ressort de l'instruction qu'aucun des contrats en cause, ni les
revenus provenant de ceux-ci n'ont été communiqués à l'Institution A., laquelle
n'a dès lors pas pu exiger le remboursement des frais occasionnés par l'utilisa-
tion de ses ressources.
Il convient d'analyser un à un et dans le détail, chacun des contrats signés par C.
pendant cette première période durant laquelle il a travaillé pour l'Institution A. et
de déterminer dans quelle mesure il a violé son obligation de veiller aux intérêts
pécuniaires de son employeur.
3.1.3.1 Pendant la première période durant laquelle il a travaillé pour l'Institution A., l'ac-
cusé a conclu les contrats de recherche suivants:
- agreement du 1er juin 1996 (C2) conclu avec la société QQ. pour une durée de
deux ans, prévoyant le versement par cette dernière d'un montant de
Fr. 20'000.-- pour l'acquisition du matériel de départ et ensuite de Fr. 80'000.--
par an (cl. 18 pag. 0900060117).
- accord de recherche et de développement du 1er novembre 1998 (B1) conclu
avec la société GG. pour une durée de trois ans (prolongé tacitement jusqu'au
31 janvier 2003) et prévoyant le versement par cette dernière d'un montant de
Fr. 65'000.-- par an (cl. 22 pag. 15010048ss, particulièrement 15010053);
- accord de recherche et de développement du 27 janvier 1997 (A5) conclu
avec la société M. pour une durée de deux ans et prévoyant le versement par
cette dernière d'un montant de Fr. 360'000.-- par an (cl. 4 pag. 05000023ss, et
notamment pag. 05000031);
- accord de recherche et de développement du 25 mars 1999 (A6) conclu avec
la société M. pour une durée de deux ans et prévoyant le versement par cette
dernière d'un montant de Fr. 360'000.-- par an (cl. 4 pag. 05000038ss);
- contrat de recherche du 5 juillet 1999 (A7) conclu avec la société M. pour une
durée de deux ans et prévoyant le versement par cette dernière d'un montant

- 27 -
forfaitaire de Fr. 360'000. Cet accord a pour objet la consolidation des accords
et contrats passés le 27 janvier 1997 (A5), le 1er juillet 1997 (qui concerne uni-
quement la collaboration entre la société M. et FF.) et le 23 mars 1999 (A6) en
un seul contrat (cl. 4 pag. 05000053ss).
C. soutient que lesdits contrats ne sauraient être considérés comme des man-
dats du fait que les travaux sur lesquels ils portaient auraient de toute façon été
effectués et qu'ils étaient déjà payés par son employeur et le FNS (cl. 21
pag. 13010125). Selon lui, le travail de son laboratoire a été valorisé en ce sens
qu'il a été financé une deuxième fois en partie au moins, par le biais des contrats
de recherche signés avec les sociétés M. et GG. (cl. 21 pag. 13010125). A l'oc-
casion des débats, il a déclaré qu'aux fins de valorisation, il examinait d'abord si
un projet en cours pouvait intéresser l'industrie privée et que, dans l'affirmative, il
le présentait à cette dernière. Il a également soutenu que c'est lui qui allait à la
recherche de partenaires industriels. Il a en outre reconnu qu'en l'espèce, comme
tout était déjà financé, il y a avait ainsi eu un double financement. Il a prétendu
qu'il avait utilisé cet argent d'une part pour des participations à des conférences
et d'autre part pour son laboratoire à Z., qu'il a conservé jusqu'en 1999, le reste
étant destiné à créer une start-up. A ce propos, il a soutenu qu'il avait réservé un
laboratoire au Biopôle de U. mais qu'ensuite il avait eu un problème de santé et
qu'il avait laissé tomber ce projet (cl. 37 pag. 37910013, 37910014).
Les contrats de recherche prévoient une activité dont les résultats sont destinés
à une entreprise privée distincte de l'institution, soit une activité exercée pour le
compte d'un tiers par un membre du personnel de l'Université ou une subdivision
de cette dernière, mais qui engage l'institution soit par la nature de l'activité, soit
par les moyens en personnel et en infrastructure mis à disposition des cher-
cheurs par l'Université. Selon les termes de l'expertise établie par le Dr. GGG. le
10 août 2009: "lorsqu'un partenaire industriel conclut un contrat de recherche
avec un chercheur universitaire, il part du présupposé que ce dernier est en droit
de conclure le contrat, et qu'il respecte les obligations qui découlent de son
contrat d'engagement. Aussi le partenaire industriel va-t-il accepter que le budget
négocié par le chercheur universitaire, ainsi que les adresses de paiement,
soient fixés d'entente avec l'employeur universitaire. Au fil des années, la société
M. a commencé à avoir certains doutes. Cela se déduit du fait que dans les
contrats conclus ultérieurement apparaît expressément un passage dans lequel
le Prof C. confirme qu'il peut disposer librement de ses droits et du résultat de
ses recherches, et qu'il n'existe pas de droits d'autrui."
Il ressort en effet des auditions de HHH., DD. et HH., que les partenaires indus-
triels de l'accusé étaient persuadés que les sommes qu'ils payaient en vertu des
contrats qu'ils avaient signés, étaient utilisés pour effectuer la recherche, notam-
ment pour payer du personnel nécessaire à l'étude en cause (cl. 19

- 28 -
pag. 12080003; cl. 20 pag. 12130004,12130005, 12140005, 1214009). Il est éga-
lement établi que les contrats de recherche ne prévoyaient pas d'indemnités en
faveur de C. pour son activité au service de l'industrie privée, mais plutôt une ré-
munération sous la forme de royalties, calculées sur les redevances qu'aurait pu
obtenir le partenaire industriel en cas de commercialisation des produits issus
des études en cause (cl. 4 pag. 05000031, 05000039, 05000054; cl. 18 pag.
0900060117; cl. 19 pag. 12140005, 1214009 à 12140011; cl. 22 pag. 15010053).
On peut dès lors considérer que l'entier du budget prévu par les contrats conclus
par C. avec les industries privées correspond à ce que l'Institution A. aurait dû
recevoir, de la part de ces dernières, en dédommagement des frais induits par la
réalisation des programmes de recherche (personnel et matériel de laboratoire);
quant à elle, l'institution assumait de facto les coûts de mise à disposition de lo-
caux ainsi que d'infrastructure.
Or il ressort du dossier de la cause que l'argent versé par les partenaires indus-
triels n'a pas été utilisé pour couvrir les frais des projets de recherche conformé-
ment au budget établi, mais il a été encaissé sur des comptes bancaires dont C.
et la Fondation F. étaient titulaires.
3.1.3.2 Durant cette même période, l'accusé a conclu divers contrats de consultance
avec ses partenaires industriels. Pour les accords en question (A1 à A4), aucun
dommage n'a été allégué. En effet, il s'agit d'une activité extérieure personnelle
n'entraînant en principe aucun frais pour l'Institution A.
3.1.3.3 Enfin, pendant cette première période où il a travaillé en qualité de chercheur de
l'Institution A., C. a encaissé des indemnités versées par ses partenaires indus-
triels en raison de l'exécution de prestations ponctuelles, facturées ensuite à ces
derniers.
En ce qui concerne la purification de peptides facturée le 13 novembre 1995 à
hauteur de Fr. 10'717.-- à la société M., C. affirme que cette activité a été effec-
tuée dans le cadre de sa recherche financée par le FNS. Il prétend avoir voulu
valoriser cette recherche en offrant des résultats potentiels à la société M. et
avoir ainsi obtenu, en plus de l'argent du Fond national et pour le même travail
effectué dans son laboratoire, une somme de Fr. 10'717.-- qu'il a utilisée pour
des dépenses scientifiques qu'il aurait dû autrement supporter avec son budget
de laboratoire (cl. 21 pag. 13010075). Lors de son audition du 24 janvier 2006
devant la PJF, C. a admis que ce travail avait été effectué par son épouse au
sein du laboratoire de l'Institution A. et avec les ressources de l'institution (cl. 21
pag. 13010076; cl. 37 pag. 37910017).
Il en va de même de la formation pratique et théorique du post-doctorant dé-
nommé EEE. facturée le 18 septembre 1996 par C. à la société CCC. pour un
montant de Fr. 39'216.-- (cl. 6 pag. 0500000764). En effet l'activité en cause a eu

- 29 -
lieu au sein du laboratoire dirigé par C. grâce aux infrastructures de l'Institution A.
(cl. 15 pag. 0900040352, 0900040353; cl. 20 pag. 1200200017, 1200200018).
Au vu de ce qui précède, il appert que les budgets établis pour déterminer la par-
ticipation financière des partenaires industriels de l'Institution A. à la réalisation
des programmes de recherche correspondent à une grande partie des coûts in-
duits par les études en question. Le comportement répréhensible de C. ne réside
pas dans le fait d'avoir signé les contrats précités mais dans l'inexécution de ses
obligations relatives au remboursement des frais causés à l'Institution A. De
même, il est constant que l'accusé était en droit de fournir des prestations scienti-
fiques ponctuelles à des industries privées, au moyen des infrastructures et du
matériel de l'Institution A., mais il était toutefois tenu d'annoncer lesdites collabo-
rations à son employeur pour que ce dernier puisse exiger le remboursement des
frais entraînés par l'exécution des mandats.
Par ses agissements, C. a violé l'obligation de gestion qui lui incombait en sa
qualité de professeur ordinaire de ladite institution. Il convient de préciser que la
Cour considère que chaque fois qu'il a conclu un nouvel accord avec ses parte-
naires industriels, l'accusé a pris une décision coupable. En effet, à chacune de
ces occasions, il a renoncé à informer l'Institution A. du contrat en question et l'a
ainsi empêchée d'exiger un dédommagement. C. a eu, à de réitérées reprises,
des comportements relevant de la gestion déloyale au sens de l'art. 158 CP.
3.1.4 Pour que l'infraction visée par l'art. 158 CP soit réalisée, il faut également qu'un
préjudice patrimonial en soit résulté pour la victime (ATF 120 IV 190 consid. 2a;
STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°15ss, TRECHSEL, op. cit., ad art. 158 CP
n°12), à savoir une véritable lésion du patrimoine, soit une diminution de l'actif,
soit une augmentation du passif, mais aussi une non-augmentation de l'actif ou
une non-diminution du passif, ou encore une mise en danger de celui-ci telle
qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur d'un point de vue économique (ATF
121 IV 104 consid. 2c et les références citées).
En l'espèce, le dommage patrimonial résulte de la non rétrocession à l'Institution
A. des sommes encaissées par C. pour l'utilisation, au profit de l'industrie privée,
des ressources de cette institution dans le cadre de projets de recherche pour
lesquels l'accusé avait engagé son employeur, ainsi que de l'utilisation du maté-
riel et du personnel de l'institution pour fournir aux partenaires industriels, des
prestations ponctuelles, sans que l'Institution A. ne soit remboursée pour ses
frais.
3.1.5 L'infraction prévue et punie par l'art. 158 CP est une infraction intentionnelle,
mais le dol éventuel suffit (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 105 IV 189 consid. 1b; 86
IV 12 consid. 5 et 6; STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°18; TRECHSEL, op. cit.,
ad art. 158 CP n°14). Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat

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dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il
s'en accommode pour le cas où il se produirait (ATF 199 IV 1 consid. 4b et les
arrêts cités). En matière de gestion déloyale cependant, il faut exiger que le dol
éventuel soit nettement et strictement caractérisé vu l'imprécision des éléments
objectifs de cette infraction (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 86 IV 12 consid. 6).
3.1.5.1 C. conteste avoir lésé les intérêts de son employeur, avoir eu l'intention de s'en-
richir ou encore avoir voulu cacher quelque chose (cl. 21 pag. 13010131,
1300010339). Il estime au contraire avoir "valorisé" la recherche au bénéfice de
l'Institution A. (cl. 21 pag. 13010125 et 126, 13010203, 13010259ss: bilan valori-
sation de la recherche par l'industrie établi par l'accusé en annexe de son audi-
tion du 26.07.2006 devant le MPC, 1300010336). Selon lui, les recherches au-
raient de toute façon été effectuées au sein de son laboratoire avec les ressour-
ces normalement à disposition (Institution A. ou FNS) et il a obtenu de l'industrie
privée, en plus de ces ressources, des fonds supplémentaires (cl. 21
pag. 13010126; pag. 13010073: ["J'estime ne jamais avoir reçu un mandat de
l'industrie. Je n'ai fait que valoriser notre travail. Avec ou sans apport financier de
l'industrie, notre travail serait resté le même. Il s'agissait du même projet concer-
nant la partie scientifique]). S'agissant de l'obligation d'informer son employeur
de ses collaborations avec le secteur privé, l'accusé soutient que d'une manière
générale, il était pris par ses recherches et leur valorisation et qu'il ne voyait pas
de raison de se renseigner sur les règles administratives en vigueur. En outre, il
estimait que les négociations faites à son arrivée avec le rectorat primaient sur
cette obligation d'annoncer (cl. 21 pag. 13010074).
3.1.5.2 Or il ressort des actes de la cause que C. a reconnu qu’il ne s’était pas comporté
conformément aux règles en vigueur à l’Institution A. en avançant pour explica-
tion de ses comportements le fait qu’il avait obtenu du rectorat, lors de son enga-
gement à l’Université, des conditions particulières lui permettant de passer des
contrats avec l’industrie privée en toute liberté (cl. 37 pag. 37910013; cl. 21 pag.
13010073). Ces conditions particulières, qui n’auraient jamais été formulées
qu’oralement (cl. 21 pag. 13010073) n’ont pas été confirmées par les responsa-
bles universitaires de l’époque (cl. 20 pag. 12220004; 12330012). Il n’y a donc
pas lieu de penser que l’accusé s’est cru au bénéfice de conditions particulières
et qu’il aurait pu faire erreur quant aux obligations qui étaient les siennes face à
l’Institution A. Toutefois, l’invocation de conditions particulières par C. indique
qu’il savait, dès son entrée en fonction à l’Institution A., que des règles en vi-
gueur à l’Université faisaient certaines obligations aux professeurs concluant des
mandats privés et qu’elles étaient suffisamment contraignantes pour qu’il eût valu
la peine d’obtenir des dérogations. Même s’il n’avait alors connu ces directives
que de façon superficielle, l'accusé devait à tout le moins savoir et comprendre,
puisqu’il s’agit là de règles simples et frappées au coin du bon sens, que les pro-

- 31 -
fesseurs concluant des mandats privés devaient indemniser l’Institution A. pour
les frais résultant de ces mandats. C. a en outre reconnu qu’à l’Institution A. il
avait eu "deux fois un contact avec un responsable de l’Université en charge des
relations industrielles" et qu’il s’était "renseigné auprès de lui quant aux règles en
vigueur pour les contrats avec l’industrie privée" (cl. 21 pag. 13010035). L'accusé
a enfin assumé des responsabilités administratives accrues dès le 1er mars 1995,
date à laquelle il a été nommé directeur de son Institut.
Ainsi donc, si l'accusé s’était cru dans son bon droit en encaissant sur ses comp-
tes ou ceux de sa fondation les profits des contrats passés avec l’industrie pri-
vée, il n’aurait pas eu besoin de tenir l’administration universitaire dans
l’ignorance des contrats passés par lui et des frais qui en ont résulté pour
l’Institution A., de façon à ce que cette dernière ne puisse exiger d’indemnité pour
ces frais. C’est en particulier lorsqu’il a rencontré, à deux reprises, des responsa-
bles de l’Institution A. en charge des relations industrielles, que C. s’est bien gar-
dé de saisir l’occasion pour informer ceux-ci des contrats passés avec la société
M., invoquant pour simple justification de ce silence, le fait que les réponses qu'il
avait reçues de ces responsables lui avaient fourni la confirmation que les activi-
tés industrielles étaient dans l'intérêt de l'institution (cl. 21 pag. 13010036). En se
gardant ainsi sciemment de faire savoir à l’Institution A. qu’il avait accepté des
mandats de recherche privés, l'accusé a pris le risque de placer l’institution dans
l'impossibilité de revendiquer le remboursement des frais occasionnés par la ré-
alisation de ces mandats et donc de causer un enrichissement illégitime de ses
propres comptes en banque ou de ceux de la Fondation F. Le caractère illégitime
de cet enrichissement n’a pas pu échapper à l'accusé qui, à l’appui des contrats
qu’il passait notamment avec la société M., établissait lui-même des budgets de-
vant être assumés par ses clients dans lesquels il calculait les coûts prévisibles,
notamment en personnel, résultant de la réalisation des mandats. Sachant que
les sommes qu’il encaissait correspondaient à une part des coûts de réalisation
des recherches qu’il effectuait à l’Institution A. pour ses clients et que ces coûts
étaient supportés dans un premier temps par les fonds de l’institution, C. ne pou-
vait pas ne pas comprendre qu’il s’enrichissait illégitimement en conservant pour
lui-même ou pour la Fondation F. l’argent perçu auprès de ses clients privés,
auxquels il faisait d’ailleurs croire qu’ils assumaient une partie desdits frais (cl. 19
pag. 12080003; cl. 20 pag. 12130004,12130005, 12140005, 12140009).
Les justifications diverses données par l'accusé pour tenter d’expliquer pourquoi
il n’avait pas respecté cette règle sont d’autant moins convaincantes qu’elles sont
peu compatibles entre elles. En effet, parmi les explications données à ses agis-
sements, en particulier celui d’encaisser, sans partage avec l’Université, le fruit
de ses mandats privés, C. a affirmé, à diverses occasions qu’il entendait faire de
la valorisation, soit vendre à l’industrie privée des projets susceptibles de

- 32 -
l’intéresser et déjà payés par le FNS ou l’Université (cl. 21 pag. 13010076;
13010078), qu’il voulait mettre de l’argent de côté pour pouvoir ensuite poursui-
vre ses activités de recherche après l’âge de la retraite en qualité de post-doc
(cl. 21 pag. 13010008, 13010058 et 13010121), ou pour fonder une start-up
(cl. 21 pag. 13010097), ou encore qu’il avait utilisé une partie de cet argent pour
prendre part à des conférences (cl. 37 pag. 37910014). Ces explications, peu
compatibles entre elles, ne sont pas crédibles, et ne sont guère corroborées par
la réalité des dépenses ayant été effectuées par l'accusé. En effet, l’argent qu'il a
encaissé a notamment servi à payer des factures privées (cl 37. pag. 37910016)
et à payer une partie de l’appartement que son épouse et lui occupaient à titre
privé (cl. 37 pag. 37910019). Quant aux dépenses en relation avec la recherche,
elles sont difficilement démontrables dans la mesure où elles auraient été réali-
sées en grande partie avec de l’argent liquide (cl. 21 pag. 13010103) ou elles ne
sont que très vaguement mises en relation directe avec une activité ayant trait à
la recherche (cl. 21 pag. 13010104ss). Ainsi, les agissements de C. se sont avé-
rés contraires à son idéal déclaré, soit "la recherche fondamentale et la valorisa-
tion de celle-ci" au profit de son établissement (cl. 21 pag. 13010097). La Cour
constate que l'accusé a multiplié les justifications les plus diverses, qu’il a prati-
qué le flou artistique et l’ambiguïté dans ses réponses aux questions posées du-
rant l’enquête en jouant notamment sur les divers sens qu’on peut donner au
terme "valorisation" et qu’il a principalement cherché à donner de lui l’image d’un
bienfaiteur désintéressé, désireux d'œuvrer en faveur d'institutions ayant des pro-
jets humanitaires, et mal compris de sa hiérarchie universitaire (cl. 20
pag. 12120038; cl. 21 pag. 1300010346). Si les diverses explications de C. n’ont
pas emporté la conviction de la Cour, elles lui ont à tout le moins permis de cons-
tater qu'il comprenait pleinement que les règles en vigueur à l’Institution A. ou à
tout le moins ce qu’il en savait n’étaient pas de nature à justifier ses comporte-
ments, dont certains se sont révélés au contraire incompatibles avec celles-là.
Ainsi, depuis son embauche à l’Institution A., l'accusé devait savoir qu’il lui in-
combait de dédommager l’institution pour l’accomplissement des mandats cau-
sant des frais à celle-ci. La règle est d’autant plus facile à assimiler et compren-
dre qu’elle est simple et n’a rien de contre-intuitif. D’ailleurs C. n’a jamais préten-
du qu’il ne connaissait ou n’avait pas saisi cette norme au moment des faits qui
lui sont reprochés. Quant à l’affirmation selon laquelle il serait impossible aux
professeurs de se tenir à jour au sujet des changements administratifs qui leur
sont communiqués (cl 21 pag. 13010074), elle est trop forfaitaire pour donner à
croire que l'accusé aurait manqué des informations spécifiques qui l’auraient
convaincu d’adopter un autre comportement que celui qui lui est reproché. Même
à penser, à l’instar de l'accusé, qu’il s’est trouvé fort occupé par ses recherches
et leur valorisation (cl. 21 pag. 13010074), la Cour considère qu'il n'était pas justi-

- 33 -
fié pour autant à se désintéresser des règles en vigueur dans l’institution qui
l’emploie et qui l'a nommé directeur d'Institut en 1995.
3.1.5.3 En conclusion, il appert que l'accusé savait qu'il accomplissait, en violation de
ses obligations contractuelles envers son employeur, des actes de nature à por-
ter atteinte aux intérêts pécuniaires de celui-ci, sur lesquels il avait le devoir de
veiller. Il a agi dans un dessein de lucre, opérant avec une totale désinvolture et
au mépris de ses obligations de chercheur et de professeur. L'intention sera dès
lors retenue à son égard, à tout le moins le dol éventuel.
3.1.6 Constitue une circonstance aggravante le fait pour l'auteur d'avoir agi dans le
dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime
(art. 158 ch. 1 al. 3 CP).
3.1.6.1 Selon la doctrine, le dessein est ce que l'auteur avait en vue; déterminer le des-
sein est une question de fait (CORBOZ, op. cit. p. 226 n°13). Par enrichissement, il
faut entendre tout avantage économique (Corboz, op. cit., p. 226 n°14ss et réfé-
rences citées). L'enrichissement est le contraire de l'appauvrissement; la juris-
prudence a d'ailleurs relevé que l'enrichissement de l'auteur et l'appauvrissement
de la victime sont normalement l'envers et l'avers de la même médaille (ATF 119
IV 210 consid. 4b). En parlant d'enrichissement, on songe tout d'abord à une
amélioration de la situation patrimoniale, c'est-à-dire (à l'inverse d'un dommage)
d'une augmentation de l'actif, d'une diminution du passif, d'une non-diminution de
l'actif ou d'une non-augmentation du passif (cf. ATF 121 IV 104 consid. 2c). L'en-
richissement réside ordinairement dans la valeur du bien obtenu, ou encore dans
sa valeur d'aliénation ou d'usage. Mais la notion est large: tout avantage patri-
monial suffit. Ainsi il y a enrichissement si l'auteur échappe à un risque patrimo-
nial concret, s'il peut utiliser une chose sans bourse délier (CORBOZ, op. cit.,
p. 226 n°14ss) ou encore s'il peut tirer profit d'une chose sans valeur (ATF 111 IV
74 consid. 1). L'enrichissement peut être seulement provisoire ou temporaire
(ATF 118 IV 27 consid. 3a). L'auteur doit vouloir son enrichissement ou de celui
d'un tiers ou s'accommoder, même s'il n'est pas sûr que cet enrichissement sur-
vienne (CORBOZ, op. cit., p. 226 n°14ss). Il faut encore que l'enrichissement
puisse être qualifié d'illégitime. Selon la jurisprudence, l'enrichissement n'est pas
illégitime si l'auteur y a droit (ou croit qu'il y a droit en raison d'une erreur de fait)
(cf. ATF 105 IV 29; CORBOZ, op. cit., p. 226 n°14ss). Si l'auteur n'est pas abso-
lument convaincu de son droit, mais agit néanmoins en acceptant l'éventualité
d'un enrichissement illégitime, le dessein doit être retenu sous la forme du dol
éventuel (ATF 105 IV 29 consid. 3a).
3.1.6.2 En l'espèce, l'accusé nie tout dessein d'enrichissement illégitime. Il fait valoir que
son but était de favoriser et valoriser la recherche fondamentale au profit des ins-
titutions pour lesquelles il travaillait (cl. 21 pag. 13010097). Or il apparaît claire-

- 34 -
ment qu'ayant fourni contre rétribution des travaux de recherche à certaines so-
ciétés, ainsi que d'autres prestations en relation avec son domaine professionnel,
C. n'a pas utilisé l'argent versé par les partenaires industriels pour couvrir tout ou
partie des frais induits par l'exécution des mandats en cause comme le pré-
voyaient les budgets, mais qu'il l'a fait verser sur des comptes bancaires dont il
est titulaire, respectivement la Fondation F.
Il convient d'examiner en détails sur quels comptes ont été versés les montants
en cause et quelle a été ensuite leur affectation.
A.1) Les fonds provenant des contrats de recherche avec la société M. (A5, A6,
A7) ont été versés du 27 mars 1997 au 27 juillet 2000 à hauteur de Fr. 635'000.--
sur le compte privé n° 8 de C. auprès de la banque III. (cl. 6 pag. 05000171, 269;
cl. 12 pag. 08050007ss, cl. 21 pag. 13010103) ouvert le 6 janvier 1997 (cl. 12
pag. 08050005) et sur lequel son épouse K. avait une procuration individuelle
depuis le 1er juillet 1997 (cl. 12 pag. 08050010). Ce compte a été débité pour de
nombreuses dépenses privées de l’accusé, dont:

Amortissement d’une dette hypothécaire (cl. 4 pag. 05000237; cl. 21
pag. 13010104): Fr. 30'000.-- le 9 mai 1997 (cl. 12 pag. 08050052); Fr. 25'000.--
le 11 novembre 1997 (cl. 12 pag. 08050069).
Transferts au crédit des comptes de K. (cl. 21 pag. 13010103, voir également let-
tre C ci-dessous); de Fr. 40'000.-- le 17 juin 1997 (cl. 12 pag. 08050056); de
Fr. 41'000.-- le 8 août 1997 (cl. 12 pag. 08050063, voir également lettre C ci-
dessous) de Fr. 29'000.-- le 3 février 1998 (cl. 12 pag. 08050076).
Virement le 31 janvier 2000 de Fr. 320'000.-- sur le compte privé n°1 que C. a
ouvert, en date du 20 janvier 2000, auprès de la banque Q., à Genève, et dont
son épouse est ayant droit économique (cl. 11 pag. 08030009ss, 08030018 [si-
gnature par K., le 20 janvier 2000, du formulaire A au sens des art. 3 et 4 CDB];
cl. 12 pag. 08050126; cl. 21 pag. 13010031).
Virement le 29 mars 2000 de Fr. 50'000.-- au crédit de l’étude de Me H., à Zoug,
pour les frais de constitution de la Fondation F. (cl. 8 pag. 08010914; cl. 21
pag. 1301103).
Virement le 26 septembre 1997 de Fr. 17'900.-- en faveur de l’agence de voyage
JJJ. pour des vacances de C. à Hawaï en septembre 1997 (cl. 4 pag. 05000260
à 63; cl. 12 pag. 08050066; cl. 21 pag. 13010180).
Virement le 22 juillet 1998 de Fr. 6'753.-- en faveur de l’agence de voyage JJJ.
pour des vacances de C. aux Iles Canaries (cl. 12 pag. 08050087; cl. 21
pag. 13010180).
Paiements d’impôts le 28 juin 1997 Fr. 2'079.-- (cl. 12 pag. 08050058); le 2 dé-
cembre 1997 Fr. 1'117.50 (cl. 12 pag. 08050071); le 10 décembre 1997

- 35 -
Fr. 1'117.50 (cl. 12 pag. 08050073); le 28 février 1998 Fr. 6'093.75 (cl. 12
pag. 08050078); le 30 mars 1998 Fr. 10'753.95 (cl. 12 pag. 08050081).
Remboursements de la carte Visa de l'accusé le 2 décembre 1997 Fr. 4'932.15
(cl. 12 pag. 08050071); le 28 février 1998 Fr. 727.65 (cl. 12 pag. 08050078); le
30 juin 1999 Fr. 8'974.90 (cl. 12 pag. 08050107).
Paiements de gérances immobilières le 30 mars 1998 Fr. 1'203.05 (cl. 12
pag. 08050081); le 21 octobre 1998 Fr. 121.50 (cl. 12 pag. 08050092); le 30 juin
1999 Fr. 2'290.05 (cl. 12 pag. 08050107).
Paiements d’assurances le 1er juillet 1997 Fr. 769.80 (cl. 12 pag. 08050060); le 2
décembre 1997 Fr. 490.50 (cl. 12 pag. 08050071); le 10 décembre 1997
Fr. 270.60 (cl. 12 pag. 08050073); le 30 mars 1998 Fr. 535.20 (cl. 12
pag. 08050081); le 22 juillet 1998 Fr. 1'649.40 (cl. 12 pag. 08050087).
Paiement du service de ses automobiles: le 2 décembre 1997 Fr. 65.-- (cl. 12
pag. 08050071).
Paiement à l'entreprise KKK.: le 3 août 1998 Fr. 6'500.-- (cl. 12 pag. 08050089).
Prélèvements privés le 29 juin 2000 Fr. 51'000.-- (cl. 12 pag. 08050136); le
18 décembre 2000 Fr. 15'944.-- (cl. 12 pag. 08050138).
Il sied de préciser que des crédits ne provenant pas de la société M. ont égale-
ment été enregistrés sur ce compte.
A.2) Les fonds provenant des contrats de consultance avec la société M., respec-
tivement du contrat cadre de collaboration du 12 décembre 1995 (supra A1 à A4
et A12) ont été versés du 22 janvier 1996 au 25 mars 2005 à hauteur de
Fr. 382'500.-- sur le compte privé n° 9 de C. auprès de la banque R. (cl. 4
pag. 0500269; cl. 21 pag. 13010102), ouvert le 26 septembre 1989 (cl. 7
pag. 08010067) et sur lequel son ex épouse AA. bénéficiait d'une procuration in-
dividuelle depuis le 28 août 1993 (cl. 7 pag. 08010065).
B) Les fonds provenant de l’activité de recherche effectuée du 1er novembre
1998 au 31 janvier 2003 en faveur de la société GG. (supra B1) ont été versés du
27 mars 1997 au 27 juillet 2000 à hauteur de Fr. 248'534.-- sur le compte privé
n° 10 de C. intitulé "Prof. C./Institution A." auprès de la banque III. (cl. 4
pag. 05000173; cl. 12 pag. 08050018, 08050148, 150, 154, 156, 158, 160, 162,
164) ouvert le 6 novembre 1998. Ces fonds ont notamment été utilisés pour les
dépenses suivantes:
Prélèvements cash pour un montant total de Fr. 107'305.-- (Fr. 14'000.-- le
29 juin 2000 [cl. 12 pag. 08050159], Fr. 44'805.-- le 18 décembre 2000 [cl. 12
pag. 08050163], Fr. 16'000.-- le 1er mars 2001 [cl. 12 pag. 08050165],
Fr. 16'500.-- le 17 avril 2001 [cl. 12 pag. 08050172], Fr. 16'000.-- le 28 juin 2001
[cl. 12 pag. 08050175].

- 36 -
Transfert de Fr. 30'000.-- en date du 28 mars 2000 sur le compte n° 8 de la ban-
que III. (cl. 12 pag. 08050157).
Transfert de Fr. 59'584.-- en faveur de la Fondation F. en date du 19 février 2002
(cl. 12 pag. 08050178).
C) En ce qui concerne la collaboration avec les sociétés QQ./RR., les fonds pro-
venant du contrat C1 ont été versés sur le compte privé n° 24 de C. auprès de la
banque R. (anc. LLL.). L’utilisation n’en est pas établie. Les fonds provenant du
contrat de recherche C2 ont été versés du 4 septembre 1996 au 2 septembre
1998 à hauteur de Fr. 180'000.-- (Fr. 60'000.-- en date du 4 septembre 1996
[cl. 6 pag. 0500000763], Fr. 40'000.-- en date du 13.05.1997 [cl. 6
pag. 0500000770], Fr. 40'000.-- en date du 2 juillet 1997 [cl. 6 pag. 0500000772],
et Fr. 40'000.-- en date du 2 septembre 1998 [cl. 6 pag. 0500000774]) sur le
compte privé n° 16 de l’accusé auprès de la banque R. (anc. LLL.) (rubr. nat.
fonds 2.164/0.83 [cl. 19 pag. 1000040034ss]). Ces fonds ont été utilisés notam-
ment pour les dépenses suivantes:
Versement de Fr. 60'000.-- en date du 20 septembre 1996 sur le compte n° 11
de K. (cl. 6 pag. 0500000766; cl. 8 pag. 08010668) dans le cadre de l'acquisition
d'un appartement à XX.
Versement de Fr. 40'000.-- en date du 13 juin 1997 sur le compte n° 8 de C. au-
près de la banque III. (cl. 6 pag. 0500000771), puis transfert de ce montant le 17
juin 1997 (voir également lettre A ci-dessus puisqu'il s'agit du même versement),
sur le compte n° 12 de K. auprès de la banque MMM. (cl. 12 pag. 08050056 et
61; cl. 21 pag. 010103), puis transfert de ce montant, le 19 juin 1997, sur le
compte n° 11 de K. auprès de la banque R., dans le cadre du remboursement
d'un crédit hypothécaire (cl. 8 pag. 08010681 et 2; cl. 19 pag. 1000040034ss).
Versement de Fr. 20'000.-- sur le compte n° 8 de C. auprès de la banque III.,
puis versement de Fr. 41'000.-- de la part de l'accusé en date du 8 août 1997
(voir également lettre A ci-dessus puisqu'il s'agit du même versement) de ce
compte auprès de la banque III. sur le compte n° 13 de K. auprès de la banque
R. (cl. 8 pag. 08010574; cl. 12 pag. 08050007 et 63).
Versement de Fr. 20'000.-- en date du 25 juillet 1997, en faveur de C. sur le
compte n° 14 (Konto C. et AA.) auprès de la banque R. (anc. LLL.), placé en ti-
tres (cl. 6 pag. 0500000773, cl. 7 pag. 08010521 et 529; cl. 19
pag. 1000040034).
Versement de Fr. 40'527.85 en date du 15 septembre 1998 sur le compte n° 13
de K. auprès de la banque R. (cl. 6 pag. 0500000775; cl. 7 pag. 08010034).

- 37 -
D) En ce qui concerne l’activité de purification de peptides, facturée Fr. 10'717.--
le 13 novembre 1995 à la société M., ce montant a été encaissé, le 19 janvier
1996, sur le compte n° 9 de C. auprès de la banque R. (cl. 21 pag. 13010086),
lequel l’a versé à K. le 13 février 1996 sur son compte n° 11 auprès de la banque
R. (cl. 10 pag. 0800011435). Cette dernière a déclaré ne pas se souvenir d’avoir
reversé ce montant à l’Institution A. pour le matériel et l’utilisation des locaux
concernant cette activité. En fait, ces Fr. 10'717.-- ont été utilisés par K. le 29 no-
vembre 1996 lors de l’acquisition d’un bien immobilier à XX. (cl. 10
pag. 0800011435).
E) Enfin, s’agissant de l’enseignement/formation en relation avec le post-
doctorant dénommé EEE., le montant de Fr. 39'216.-- versé le 17 septembre
1996 par la société CCC. sur le compte privé n° 16 de l’accusé auprès de la ban-
que R. (anc. LLL.), rubr. nat. fonds 2.164/0.83 (cl. 6 pag. 0500000764) a été
transféré le 1er octobre 1996 sur le compte n° 12 de K. auprès de la banque
MMM. (anc. NNN.) à hauteur de Fr. 39'000.-- (cl. 6 pag. 0500000767).

Au vu de ce qui précède, force est de constater que l'accusé a utilisé les fonds
provenant des partenaires industriels pour de multiples dépenses de nature pri-
vée. Il a en particulier versé des sommes importantes en faveur de son épouse
K. que celle-ci a notamment pu investir dans l'acquisition d'un bien immobilier à
XX. (cl. 21 pag. 1300010356). En outre, il a désigné cette dernière comme ayant
droit économique de son compte privé n°1 auprès de la banque Q., compte sur
lequel il a fait verser un montant de Fr. 320'000.--, provenant de l'industrie privée
(supra lettre A.1; cl. 21 pag. 1300010355).
3.1.6.3 L'accusé soutient qu'une partie importante des fonds provenant des contrats en
cause était utilisée pour des dépenses professionnelles, qu'il payait personnelle-
ment et que ces coûts se sont élevés à Fr. 550'000.-- au total (Fr. 50'000.-- par
an en cash pendant 11 ans), si l'on tient compte de toute la durée de son enga-
gement auprès de l'Institution A./Institution B. (cl. 21 pag. 13010128,
pag. 13010178). Selon ses dires, il s'agirait par exemple de tous ses trajets vers
le laboratoire de Z., de ses déplacements à des conférences, de l'argent cash
qu'il donnait à ses collaborateurs pour de petits déplacements, de cotisations à
des associations et d'acquisitions de livres (cl. 21 pag. 13010128). Ces alléga-
tions ne sont étayées par aucun élément probant. En particulier, C. a admis ne
plus être en possession des factures justifiant ces dépenses (cl. 21
pag. 13010128). L'accusé fait également valoir qu'il a utilisé sa carte de crédit
privée Visa Gold n°17, liée à son compte n° 18 auprès de la banque R., pour des
dépenses professionnelles. Or il ressort des actes de la cause que, durant la pé-
riode se situant entre le 1er janvier 1995 et le 14 mars 2006, les dépenses effec-
tuées avec ladite carte se sont élevées à Fr. 269'563.--. Le détail de ces frais a

- 38 -
fait l'objet d'une liste de la part de la PJF et elle permet de constater que même si
une partie des dépenses a un caractère professionnel, la majorité de celles-ci a
une affectation privée (cl. 5 pag. 05000316ss; cl. 21 pag. 13010102; cl. 37
pag. 37910033).
Interrogé sur ce point durant l'instruction, l'accusé n'a par ailleurs pas pu répon-
dre de façon claire en ce qui concerne les retraits en cash et l'utilisation de sa
carte de crédit privée (cl. 21 pag. 13010102; cl. 37 pag. 37910033). Or s'agissant
de dépenses opposées en compensation, il appartient à celui qui s'en prévaut de
les établir (art. 8 du Code civil suisse [CCS; RS.210], ce que C. n'a pas été en
mesure de faire en l'espèce puisqu'il s'est limité à évoquer sa participation aux
frais liés à la recherche sans fournir ni chiffres précis ni justificatifs à l'appui de
ses propos (cl. 21 pag. 13010128, 13010178 et 179).
3.1.6.4 S'agissant de son compte n° 8 auprès de la banque III., sur lequel il a fait verser
les revenus liés aux contrats signés avec la société M. les 27 janvier 1997, 25
mars et 5 juillet 1999 (A5, A6 et A7), et qui a été débité pour diverses dépenses
privées (supra consid. 3.1.6.2 lettre A), l'accusé a expliqué qu'il avait considéré
lesdits fonds comme la somme qui lui était due pour le consulting et pour le tra-
vail de valorisation qu'il avait effectué en faveur de l'Institution A. En effet, selon
lui, il avait droit à des honoraires à prélever sur les sommes versées par les par-
tenaires industriels dans le cadre des contrats de service et de recherche puis-
qu'il lui était loisible de travailler à raison de 20% de son temps pour des contrats
extérieurs. ce qui équivaudrait à un supplément de salaire de 20% (cl. 21
pag. 13010079; pag. 13010103; cl. 37 pag. 37910016). Il estimait qu'il pouvait
faire ce qu'il voulait de cet argent (cl. 21 pag. 13010103).
Cette argumentation ne saurait être suivie. En effet, il résulte des actes de la
cause qu'aucune disposition légale ne justifie un éventuel droit de C. au paie-
ment d'honoraires. S'agissant en particulier des 20% de son temps de travail qu'il
aurait eu le droit d'utiliser pour des contrats extérieurs, aucune disposition de la
LUL ou règlement de l'Institution A. ne le prévoit. Au demeurant, il sied de rappe-
ler qu'il ne s'agit pas en l'espèce d'une activité externe personnelle mais de tra-
vaux de recherche conduits au sein de l'Institution A. grâce aux ressources de
l'institution (matériel et personnel).
3.1.6.5 Pour ce qui a trait aux versements en faveur de son épouse K. pour la période de
1996 à 1998 (supra consid. 3.1.6.2 lettre C: transfert des fonds provenant des
sociétés QQ./RR. à hauteur de Fr.160'000.-- en faveur de K.), l'accusé a soutenu
lors de son audition du 26 janvier 2006 devant la PJF, qu'il s'agissait pour moitié
d'un dédommagement pour le travail que cette dernière avait effectué pour son
compte en plus de son cahier des charges, et pour l'autre moitié d'un versement

- 39 -
à titre privé dans le but de constituer une réserve en prévision de la création
d'une start-up à son nom (cl. 21 pag. 1301103, 13010127). Le 3 octobre 2007, il
a précisé devant le JIF qu'à partir de 1996, son épouse avait dû en effet le rem-
placer plusieurs fois au pied levé pour des conférences par exemple, lors de ses
incapacités de travail dues à ses problèmes de santé (vertiges positionnels)
(cl. 21 pag. 1300010357). S'agissant de l'intention de créer une start-up, il a dé-
claré le 9 février 2006 devant la PJF, qu'il avait œuvré dès 1993 à la réalisation
de ce projet (cl. 21 pag. 13010119 et 210). Par ailleurs en ce qui concerne
l’activité de purification des peptides, facturée Fr. 10'717.-- le 13 novembre 1995
à la société M., montant qui a ensuite été reversé à K., l'accusé a déclaré:"C'est
un travail qu'elle a accompli le week-end en raison de la haute toxicité des pro-
duits impliqués (peptido-mimétique). C'était une purification de substance faite au
profit d'un scientifique qui travaillait pour la société M. et qui allait assumer les
tests biologiques pour nous. Je précise que K. est spécialisée dans cette techni-
que de purification. Le montant de Fr. 10'717.-- correspond au montant qui m'a
été payé par la société M. pour ce travail-là". L'accusé a également précisé qu'il
s'agissait d'un travail lié marginalement à l'activité du laboratoire qui ne rentrait
dans aucun programme de recherche précis, et qui n'était pas prévu par le cahier
des charges de l'intéressée, même si cela pouvait être considéré comme une re-
cherche. Il a également affirmé que dans la mesure où ce travail avait pris quatre
week-ends, il estimait que K. devait être dédommagée (cl. 21 pag. 13010255).
Les allégations de l'accusé ne résistent pas à l'examen. En effet, il n'est pas
prouvé que les diverses prestations susmentionnées aient été fournies par l'inté-
ressée hors de ses heures de travail et de son cahier des charges. On doit donc
considérer que les travaux effectués par K. étaient déjà rémunérés par son sa-
laire ordinaire de maître d’enseignement et de recherche (MER) à l'Institution A.
Par ailleurs, il ressort des actes de la cause que cet argent a été utilisé par l'inté-
ressée pour financer
l'acquisition
de
son
logement à
XX.
(cl.
19
pag. 1200010023ss, 1200010028; cl. 37 pag. 37910019). Or de l'aveu même de
l'accusé la vente de cet appartement a ensuite servi à financer partiellement l'ac-
quisition du terrain pour la construction de la villa des époux BB. à V. (cl. 19
pag. 1000040004; 37 pag. 37910020). Lors de son audition du 20 juin 2007 de-
vant le JIF, K. a du reste admis que c'était l'accusé qui s'était occupé des ques-
tions relatives à l'acquisition de son logement à XX. (cl. 19 pag. 1200010028). Il
apparaît donc à la Cour que C., sous un prétexte lié à la recherche, a en réalité
investi un montant important dans le bien immobilier de son épouse, pour pouvoir
ensuite en profiter lors de l'achat de leur villa commune.
3.1.7 Sur le vu de ce qui précède, il est manifeste que C. considérait les contrats en
cause et les revenus en découlant comme une affaire purement personnelle et
qu'il entendait pouvoir disposer desdits fonds tout à fait librement. Pour ce faire, il

- 40 -
a fait verser l'argent sur ses comptes bancaires privés. Par ailleurs, il convient de
préciser que lors de son audition du 20 juin 2007 devant le JIF, l'accusé a admis
qu'il n'avait pas déclaré les versements provenant des sociétés M. et GG. au fisc.
Pris en défaut par ledit magistrat, il a reconnu que dans la mesure où il considé-
rait qu'il s'agissait de son argent, il aurait dû le déclarer au fisc, comme il l'avait
fait pour les revenus issus du consulting (cl. 21 pag. 1300010340). En date du 3
octobre 2007 toujours devant le JIF, C. a soutenu que du fait qu'il avait utilisé cet
argent pour la recherche, il n'était pas tenu de le déclarer au fisc. Puis il a admis
qu'il avait également utilisé ces fonds à des fins privées (cl. 21
pag. 13000100357).
Il ressort de l'ensemble de ces circonstances que l'accusé avait pour dessein de
se procurer un avantage auquel il n'avait pas droit et qu'il a obtenu en violation
des règles en vigueur, cela au détriment des intérêts pécuniaires de son em-
ployeur qu'il avait pour mission de défendre. Des considérations qui précèdent, il
découle que C. s'est rendu coupable d'infractions répétées de gestion déloyale
au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 CP.
3.2
Deuxième période durant laquelle l'accusé a travaillé pour l'Institution A. et
volet Institution B.:
Durant cette période, C. n'a pas toujours joui d'un pouvoir de disposition auto-
nome sur les biens qui lui étaient confiés car il n'était plus systématiquement ha-
bilité à conclure, seul, des contrats avec l'industrie privée (supra consid. 2.2.2.2).
Ses agissements doivent ainsi être analysés sous l'angle de l'art. 158 ch. 2 CP.
En effet, de par sa fonction de professeur auprès de l'Institution A., respective-
ment de l'Institution B., l'accusé avait un pouvoir de représentation bien délimité
au sens de la disposition précitée. C'est par exemple à lui qu'incombait la tâche
d'entamer les pourparlers avec les partenaires industriels en vue d'une éven-
tuelle collaboration.
3.2.1 Selon le message du Conseil fédéral, le comportement délictueux visé par
l'art. 158 ch. 2 CP consiste à abuser du pouvoir de représentation, c'est-à-dire à
l'employer sur le plan externe, dans un rapport avec autrui, mais en violation des
règles internes fixant les limites et les buts du pouvoir conféré (FF 1991 II
1018ss; CORBOZ, op. cit., ad art. 158 CP n°15). En l'espèce, l'accusé a signé
toute une série de contrats avec l'industrie privée, en mentionnant sa fonction au
sein de l'Institution A., et sa qualité de Professeur pour ce qui concerne les ac-
cords passés avec les partenaires industriels sous l'égide de l'Institution B. Par
ailleurs il a établi les factures sur papier à en-tête desdites institutions. Il a ainsi
fait naître, sous la raison sociale de ses employeurs, des engagements qui leur
ont causé un dommage important. En raison du fait que C. a outrepassé ses

- 41 -
pouvoirs de représentation, aucun des contrats en cause, ni les revenus prove-
nant de ceux-ci n'ont été communiqués à l'Institution A., respectivement l'Institu-
tion B., lesquelles n'ont dès lors pas eu l'occasion de s'opposer à la conclusion
desdits accords, ou de consentir à ces engagements vis-à-vis de l'industrie pri-
vée, en s'assurant d'être dédommagées pour les frais occasionnés par la réalisa-
tion des mandats susmentionnés. Ne connaissant pas l'existence des contrats
précités, et n'ayant pas été informées des montants versés par les partenaires
industriels, les deux institutions se sont par ailleurs trouvées dans l'impossibilité
d'exiger le remboursement des frais occasionnés par l'utilisation de leurs res-
sources
Il convient d'analyser, un à un, chacun des contrats conclus par C. pendant la
deuxième période durant laquelle il a travaillé pour l'Institution A. et durant le vo-
let Institution B., et de déterminer dans quelle mesure l'accusé a abusé de son
pouvoir de représentation au détriment desdites institutions.
3.2.1.1 Contrats de recherche conclus par C. avec l'industrie privée:
- Prolongation tacite de l'accord de recherche et de développement du 1er no-
vembre 1998 (B1) jusqu’au 31 janvier 2003 (cl. 19 pag. 12080004) (période
entre le 1er septembre 2000 et le 31 janvier 2003). Le budget à la charge de
la société JJ., respectivement la société GG., est de Fr. 65'000.-- par année,
comprenant la rémunération de l’accusé s’élevant à Fr. 30'000.--,
Fr. 25'000.-- pour le salaire d’une étudiante calculé sur la base d’un barème
de l’Institution A. (LL.) et Fr. 10'000.-- à titre forfaitaire pour l’utilisation des
instruments, appareils et consommables (cl. 22 pag. 15010048 à 56).
- amendement du 24 juillet 2001 (A8) au contrat du 5 juillet 1999 conclu avec
la société M. pour une durée de deux ans supplémentaires (par rapport au
contrat initial du 25 mars 1999) et prévoyant le versement par cette dernière
d'un montant forfaitaire de Fr. 380'000.-- (cl. 4 pag. 05000080);
- contrat de services du 28 mai 2004 (A13) conclu avec la société M. pour une
durée de deux ans et prévoyant le versement par cette dernière d'un mon-
tant forfaitaire de Fr. 160'000.-- (cl. 4 pag. 05000109ss).
3.2.1.2 S'agissant des contrats de consultance signés par C. avec ses partenaires indus-
triels durant la 2ème période pendant laquelle il a travaillé pour l'Institution A. et le
volet Institution B. (A12, B2 et B3), aucun dommage n'a été allégué.


- 42 -

3.2.1.3 Prestation ponctuelle en faveur de la société MM.:
Dans le courant de l'été 2001, l'accusé a effectué des travaux de synthèse de
peptides sur la base d'un contrat conclu avec la société MM. et facturés à cette
dernière le 30 août 2001 pour un montant de Fr. 8'976.--.
3.2.2 En l'espèce, il y a eu abus du pouvoir de représentation dans la mesure où C.
n'avait pas le pouvoir de conclure les contrats de recherche auxquels il a souscrit
sans demander une autorisation du rectorat en ce qui concerne l'Institution A. et
de la direction en ce qui concerne l'Institution B. Tel fut du moins le cas des
contrats qui engageaient l'Institution A. pour plus d'un un ou si les prestations
fournies par le tiers atteignaient ou dépassaient Fr. 500'000.--, et des contrats
comportant une contribution financière du tiers supérieure à Fr. 50'000.-- en fa-
veur de l'Institution B. (supra consid. 2.2.2.2).
3.2.3 L'abus du pouvoir de représentation doit causer un dommage au représenté, et
non pas seulement une mise en danger de ses intérêts pécuniaires (FF 1991 II
1019). In casu, le dommage résulte de la perception indue par C., des sommes
versées par l'industrie privée, pour l'utilisation à son profit des ressources de
l'Institution A. et de l'Institution B.
3.2.4 L'infraction prévue et punie par l'art. 158 CP est une infraction intentionnelle,
mais le dol éventuel suffit (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 105 IV 189 consid. 1b; 86
IV 12 consid. 5 et 6; STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°18; TRECHSEL, op. cit.,
ad art. 158 CP n°14). Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat
dommageable, mais agit néanmoins même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il
s'en accommode pour le cas où il se produirait (ATF 199 IV 1 consid. 4b et les
arrêts cités). En matière de gestion déloyale cependant, il faut exiger que le dol
éventuel soit nettement et strictement caractérisé vu l'imprécision des éléments
objectifs de cette infraction (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 86 IV 12 consid. 6).
3.2.4.1 C. conteste avoir lésé les intérêts de son employeur et avoir eu l'intention de
s'enrichir ou encore avoir voulu cacher quelque chose (cl. 21 pag. 13010131,
1300010339). Il prétend au contraire avoir valorisé la recherche au bénéfice de
l'Institution A. et de l'Institution B. (cl. 21 pag. 13010125 et 126, 13010203,
13010259ss: bilan valorisation de la recherche par l'industrie établi par l'accusé
en annexe de son audition du 26.07.2006 devant le MPC, 1300010336). Selon
lui, comme les recherches auraient de toute façon été effectuées au sein de son
laboratoire avec les ressources normalement à disposition (Institution A., Institu-
tion B. ou FNS), il a obtenu de l'industrie privée, en plus de ces ressources, des

- 43 -
fonds supplémentaires (cl. 21 pag. 13010126; pag. 13010073). S'agissant de
l'obligation d'informer son employeur de ses collaborations avec le secteur privé,
l'accusé soutient que d'une manière générale, il était pris par ses recherches et
leur valorisation et qu'il ne voyait pas de raison de se renseigner sur les règles
administratives en vigueur. En outre, il a prétendu avoir à l'Institution B. les mê-
mes droits qu'à l'Institution A. et donc bénéficier de conditions particulières lui
permettant de passer des contrats avec l'industrie privée en toute liberté (supra
consid. 3.1.5.2).
3.2.4.2 Il ressort des actes de la cause que pour ce qui a trait à la deuxième période
"Institution A.", se situant entre le 1er septembre 2000 et le 30 septembre 2001, la
règlementation en vigueur au sein de l'institution a quelque peu changé par rap-
port aux dispositions en vigueur jusqu'à ce moment-là, en ce sens que les nou-
velles directives ont fait obligation aux chercheurs de rédiger les mandats de re-
cherche par écrit et de les porter à la connaissance du rectorat, et qu'elles ont
prévu de mettre les revenus de ces mandats à la disposition des subdivisions de
l’Institution A. les ayant exécutés, déduction faite de 3% de redevances destinées
à financer la recherche et à couvrir les frais de gestion. Il s'agit manifestement de
règles qui ne sont pas difficiles à comprendre et que C., en ses qualités de Pro-
fesseur chargé de l’enseignement et de la direction du groupe de recherche au
sein du laboratoire de chimie biomimétique et des peptides ainsi que de directeur
de l’Institut de chimie organique de l’Institution A. (depuis le 1er mars 1995), se
devait de connaître et d’appliquer. L'accusé devait savoir et comprendre qu’une
partie au moins de l’argent provenant de contrats passés avec des entreprises du
secteur privé devait revenir à l’Institution A. et que, pour permettre à celle-ci de
faire valoir ses droits, il fallait à tout le moins l’informer de l’existence des contrats
ainsi conclus.
Il en va de même pour le volet Institution B. En effet, lorsqu'il a commencé à tra-
vailler pour cette institution, C. ne pouvait pas être sans savoir que les contrats
passés entre son employeur et des partenaires privés devaient être signalés au
service financier de l’institution à partir de Fr. 50'000, pour autorisation, et qu’il en
allait de même des contrats prévoyant un projet réalisé exclusivement ou princi-
palement dans l’intérêt d’un tiers ou réalisé grâce à la mise à disposition, exploi-
tation ou mise en valeur de compétences et connaissances détenues par ladite
institution. Il appert que l'accusé avait dûment été informé des règles en vigueur
à l’Institution B. ayant trait à la collaboration avec des partenaires industriels, à
tout le moins par courrier électronique. En effet, lors de son audition du 20 juillet
2006 devant le MPC, C. a déclaré: Les nouvelles directives m’ont été communi-
quées par lettre et par courriel et plus seulement par courriel comme précédem-
ment" (cl. 21 pag. 13010199). Puis en date du 26 juillet 2006, il a admis toujours
devant le MPC qu'après le transfert de la section de chimie de l'Institution A. à

- 44 -
l'Institution B., il y avait eu une séance d'information du service des relations in-
dustrielles (SRI) et que comme il se trouvait à l'étranger pour des raisons profes-
sionnelles, il n'y avait pas participé. Il a précisé que l'annonce de cette séance
avait été faite par courriel (cl. 21 pag. 13010252). En outre, selon le témoin I.,
l'accusé, avec qui il avait eu l’occasion de parler des conditions dans lesquelles
des contrats pouvaient être signés avec l’industrie privée, semblait informé des
règles du jeu et ne pas les apprécier beaucoup. En effet, à l'occasion de son au-
dition du 4 juin 2007 devant le JIF, I. a fait les déclarations suivantes: "Sur votre
question quant à savoir si C. m'a parlé du fait qu'il ne pouvait pas signer lui-
même les contrats de l'industrie privée, sans passer par l'Institution B., je pense
qu'il m'en a parlé car tout le monde parlait de ces questions. C'est la même
chose avec le fait que l'institution gardait un pourcentage pour elle-même sur les
contrats avec l'industrie privée. Tout le monde le savait en tous cas tous ceux qui
étaient dans la recherche. C'était perçu comme quelque chose de négatif et qui
n'incitait en tous cas pas à la recherche de fonds. Sur votre question quant à sa-
voir si C. m'a parlé de ces questions, je dirais que oui, certainement nous avons
dû en discuter, mais je ne pourrais pas vous donner les détails. Sur votre ques-
tion, C. voyait cela certainement de façon négative. Je me rappelle qu'il m'avait
dit qu'à son engagement de Z. à l'Institution A., il avait négocié de pouvoir traiter
avec l'industrie privée et lorsqu'il a été transféré à l'Institution B. sans qu'on lui
demande quoique ce soit, je ne sais pas si cette négociation pouvait être valable
(cl. 20 pag. 1200150025 et 26). C. savait en outre qu’en cas de conclusion de
contrat avec l’industrie privée, l’Institution B. se chargeait d’ouvrir un compte spé-
cifique, un compte dit de tiers (cl. 21 pag. 13010010), sur lequel elle gardait un
certain contrôle. L'accusé a reconnu qu’il avait délibérément choisi de laisser
l’argent provenant des mandats privés sur le comptes de sa fondation plutôt que
de le placer sur un compte de tiers de l’Institution B. notamment parce qu’il tenait
les services des relations industrielles de ladite institution pour incompétents
dans son domaine d'activité (cl. 21 pag. 13010183), mais aussi pour pouvoir dis-
poser librement des fonds à disposition (cl. 21 pag. 13010034), et ceci même
après l'âge de la retraite (cl. 21 pag. 13010010). Il a voulu ignorer l’intérêt de
l’Institution B. à ce que l’argent des mandats privés soit placé sur des comptes de
tiers: "Je ne vois aucun avantage, ni aucune raison de faire verser cet argent sur
un compte de tiers" (cl. 21 pag. 13010129) et a préféré créer une fondation, la
Fondation F., dont il s’est bien gardé de signaler l’existence à l’Institution B.
(cl. 21 pag. 13010124) et à l’intérieur de laquelle il avait le contrôle des dépenses
(cl. 21 pag. 13010194).
L'accusé a aussi reconnu qu’il avait choisi de ne pas informer l’Institution B. de
l’existence des contrats avec la société M. mais pour des raisons qui ne justifient
nullement ce manquement, soit que la recherche effectuée par le laboratoire de
C. à l’Institution B. ne s’inscrivait pas dans le même domaine de recherche que

- 45 -
celle qui était réalisée pour la société M., que le seul projet intéressant pour l'Ins-
titution B. (sur la maladie d'Alzheimer) avait été réalisé avec son accord (cl. 37
pag. 37910015), que l'année 2000 avait été très chargée, notamment en raison
de son divorce, de son remariage, de la construction de sa villa de V. et de le
prise en charge de sa dernière volée de doctorants (cl. 21 pag. 13010036) ou
encore que les travaux sur la cyclosporine étaient en relation avec un projet dé-
veloppé à l'Institution A. et ne concernaient en rien l’Institution B. (cl. 21
pag. 13010122). Bien qu’ayant soutenu devant la police fédérale qu’il n’avait pas
caché ses collaborations extérieures à l’Institution B. (cl. 21 pag. 13010122), l'ac-
cusé est conscient d’avoir manqué à l’obligation d’informer cette dernière de ses
contrats passés avec l’industrie privée et de l’avoir ainsi empêchée d’ouvrir un
compte de tiers. C’est ainsi que C. a, en date du 24 mai 2005, soit très peu de
temps après la découverte par l’Institution B. de la situation litigieuse, proposé de
verser à cette dernière Fr. 400'000.-- (cl. 21 pag. 13010183; cl. 37
pag. 37910036), ou de lui céder les pouvoirs de signature sur les comptes de la
Fondation F. (cl. 37 pag. 37910036), admettant implicitement avoir disposé, sans
droit, d’une partie au moins des revenus issus des contrats signés avec les par-
tenaires industriels. Conscient de ce que cette offre comportait une certaine re-
connaissance de responsabilité, l'accusé a ensuite feint d'avoir été poussé par
l’Institution B. à formuler cette proposition, en déplorant, sans le démontrer, que
l'institution ne lui ait pas donné la chance de s’expliquer et "de faire comprendre
son système de valorisation" (cl. 21 pag. 13010130).
Il sied encore de préciser que la signature par l'accusé de l'amendement au
contrat du 5 juillet 1999 avec la société M., est intervenue à une date (le 24 juillet
2001) qui est à cheval entre la deuxième période Institution A. et le volet Institu-
tion B. En effet, l'accord en question a été passé deux mois et sept jours avant le
transfert de la section de chimie de l'Institution A. à l'Institution B. et c'est donc la
réglementation de l'université qui est applicable, à savoir le règlement du 26 juin
2000 sur les mandats particuliers, dont l'art. 7 al 2 dispose que les contrats de
recherche doivent être autorités préalablement par le Rectorat s'ils engagent
l'institution pour un an et plus ou si les prestations fournies par un tiers atteignent
ou dépassent Fr. 500'000.-- (supra consid. 2.2.2.2). Or même si l'amendement
en cause a été conclu pour une durée de deux ans, force est de considérer qu'au
moment où il a apposé sa signature sur le document en question, C. ne pouvait
valablement engager l'Institution A. que pour deux mois et sept jours puisque le
transfert de la section de chimie a eu lieu le 1er octobre 2001. Par conséquent, il
apparaît à la Cour que l'accusé ne saurait se voir imputer la conclusion, sans au-
torisation ad hoc du contrat précité sous l'angle de l'art. 158 ch. 2 CP, eu égard
au contenu de l'art. 7 al. 2 RMP. Par contre, il est punissable pour avoir placé
l'Institution A. dans l'impossibilité d'exiger le remboursement de ses frais (art. 158
ch. 1 al. 3 CP). En outre, il est constant que dès que C. est passé sous le régime

- 46 -
de l'Institution B., il se devait de demander à son employeur l'autorisation de
maintenir le contrat de recherche en cours en vertu de l'art. 7 al. 4 DCR et, ce
faisant, de le faire connaître (supra consid. 2.2.2.2) . Il est dès lors punissable
pour avoir manqué à cette obligation, et pour avoir ainsi placé ladite institution
dans l'impossibilité de faire valoir son veto et/ou d'exiger le remboursement de
ses frais. A ce propos, il convient de relever que dans son "questionnaire per-
sonnel à l'engagement par l'Institution B.", daté du 1er septembre 2001, l'accusé
n'a mentionné aucune activité accessoire alors qu'il exécutait des mandats privés
pour ses partenaires industriels et que des montants importants étaient versés
sur ses comptes privés et sur ceux de la Fondation F. en vertu de ces accords
(cl. 14 pag. 0900030051). En outre, dans sa déclaration d'intégralité du 23 sep-
tembre 2002, il a spécifié, en sa qualité de responsable du centre financier du la-
boratoire de chimie biomimétique et des peptides qu'il n'avait: "pas de comptes
ou de fonds en dehors de ceux gérés par le Service financier de l'Institution B."
(cl. 14 pag. 0900030011), déclaration qui est contraire à la réalité des faits sus-
mentionnés. Enfin, C. n'a fait aucune mention dans son rapport d'activité pour les
années 2000-2004 (cl. 14 pag. 0900030109; cl. 21 pag. 13010122), d'un soutien
financier externe à l'institution pour la recherche qui y était réalisée, alors qu'il
avait bénéficié de tels apports durant toute cette période.
S'agissant de la prolongation tacite du contrat passé avec la société GG. le 1er
novembre 1998 (B1), on observe que ledit accord a été en vigueur pendant 13
mois sous l'empire de la deuxième période Institution A. (règlement du 26 juin
2000 sur les mandats particuliers). L'accusé était donc dans l'obligation de le si-
gnaler à l'Institution A. en vertu de l'art. 7 al. 2 RMP. En outre, on constate que le
contrat en question a été conclu initialement pour une période de trois ans, ce qui
signifie que la prolongation tacite a eu lieu le 1er novembre 2001, soit un mois
après le transfert de la section de chimie à l'Institution B. Ayant prolongé tacite-
ment ledit accord sous le régime de l'Institution B., l'accusé se devait de deman-
der à son employeur l'autorisation de prendre cet engagement puisqu'il porte sur
un montant supérieur à F. 50'000.-- (art. 7 al. 4 DCR). Il est dès lors punissable
pour avoir manqué à cette obligation, et pour avoir ainsi placé ladite institution
dans l'impossibilité de faire valoir son veto et/ou d'exiger le remboursement de
ses frais. Il sied de préciser que tout comme pour le contrat conclu le 24 juillet
2001 avec la société M., C. n'a signalé le contrat passé le 1er novembre 1998 et
la prolongation tacite de ce dernier, ni dans son questionnaire personnel à l'en-
gagement par l'Institution B. du 1er septembre 2001, ni dans sa déclaration d'in-
tégralité du 23 septembre 2002, ni encore dans son rapport d'activité pour les
années 2000-2004.
Enfin, pour ce qui a trait au contrat portant sur la prestation ponctuelle effectuée
en faveur de la société MM. dans le courant de l'été 2001, force est de constater

- 47 -
qu'au regard de l'art. 7 al. 2 RMP, l'accusé n'était pas tenu de le communiquer à
son employeur. Il ne saurait dès lors se voir imputer la conclusion de l'accord
précité sous l'angle de l'art. 158 ch. 2 CP mais il demeure toutefois punissable
pour avoir placé l'Institution A. dans l'impossibilité d'exiger le remboursement de
ses frais (art. 158 ch. 1 al. 3 CP).
3.2.4.3 En conclusion, il appert que C. avait conscience du fait qu'il accomplissait, en
violation de ses obligations contractuelles, des actes de nature pour certains à
constituer des abus successifs du pouvoir de représentation au sens de l'art. 158
ch. 2 CP et pour d'autres des actes de gestion déloyale au sens de l'art. 158 ch.
1 al. 3 CP. Il a donc agi intentionnellement, à tout le moins sous la forme du dol
éventuel.
3.2.5 A la différence de la gestion déloyale au sens strict, l'abus du pouvoir de repré-
sentation n'est punissable que si l'auteur agit dans le dessein de se procurer ou
de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (CORBOZ, op. cit., ad art. 158
CP n°19). In casu il apparaît clairement que C. a fourni contre rétribution des ré-
sultats de travaux de recherche à certaines sociétés, ainsi que d'autres presta-
tions en relation avec son domaine professionnel et il ressort de l'enquête que
l'argent versé par les partenaires industriels n'a pas été utilisé pour couvrir tout
ou partie des frais induits par la réalisation des mandats en cause, conformément
aux budgets établis, mais qu'il a été encaissé sur des comptes bancaires dont
l'accusé et la Fondation F. sont les titulaires. S'agissant de ladite fondation, il sied
de préciser que du 4 octobre 2001 au 23 décembre 2004, un montant total de
Fr. 405'000.-- a été transféré du compte de la fondation F. auprès de la banque
R. au bénéfice du compte n° 2 ouvert au nom de celle-ci auprès de la banque Q.,
à Zurich, en date du 14 février 2001 (cl. 4 pag. 05000175; cl. 11
pag. 08030158ss).
3.2.5.1 Il convient d'examiner en détails sur quels comptes ont été versés les montants
provenant des partenaires industriels et quelle a été ensuite leur affectation.
A.1) Du 25 août 2000 au 30 mars 2005, les fonds provenant de l’activité de re-
cherche et de service en faveur de la société M. (supra A7, A8, A13) ont été ver-
sés à hauteur de Fr. 670'000.-- sur le compte n° 19 de la Fondation F. auprès de
la banque R. (cl. 4 pag. 05000174 et 5; 05000269; cl. 21 pag. 13010105 et 106).
A.2) Comme on l'a vu plus haut (supra consid. 3.1.6.2), les fonds provenant des
contrats de consultance avec la société M. (supra A1, A2, A12) ont été versés du
22 janvier 1996 au 25 mars 2005 à hauteur de Fr. 382'500.-- sur le compte privé
n° 9 de C., auprès de la banque R. (cl. 4 pag. 0500269; cl. 21 pag. 13010102),
ouvert le 26 septembre 1989 (cl. 7 pag. 08010067) et sur lequel son ex épouse

- 48 -
AA. bénéficiait d'une procuration individuelle depuis le 28 août 1993 (cl. 7
pag. 08010065).
B) S'agissant des fonds provenant de l'activité de consultance en faveur de la
société GG., ils ont été versés du 2 avril 2003 au 23 juillet 2004 à hauteur de
Fr. 45'000.-- sur le compte n° 19 de la Fondation F. auprès de la banque R.
(cl. 21 pag. 13010106). ll convient de préciser que lesdits versements ont été ef-
fectués par l'Hôpital KK., avec la mention "projet nicotine", sur le compte précité
(cl. 9 pag. 08011051ss, pag. 08011078).
C) Quant au montant de Fr. 8'976.-- facturé à la société MM. le 30 août 2001
pour une synthèse de peptides effectuée au sein du laboratoire de C., il a égale-
ment été encaissé sur le compte n° 21 de la Fondation F. auprès de la banque R.
le 20 septembre 2001 (cl. 4 pag. 05000188; cl. 21 pag. 13010185 et 186).
3.2.5.2 S'agissant de l'utilisation de l'argent versé sur le compte n° 19 de la Fondation F.
auprès de la banque R., l'accusé soutient qu'il a notamment servi à financer des
opérations qu'il était difficile de subventionner avec d'autres sources. Il a précisé
que ceci constituait une contribution de la Fondation F. à l'institution et qu'il
s'agissait aussi d'une valorisation pour cette dernière (cl. 21 pag. 13010182;
cl. 37 pag. 37910016 et 18). Selon les dires de l'accusé, la fondation aurait versé
Fr. 152'712.-- à la société OOO., Fr. 70'000.-- à K., Fr. 20'000.-- au Fonds de re-
cherche des maladies cardio-vasculaires, Fr. 10'230.- à l'Institut suisse de sérum
et de vaccin, Fr. 17'010.-- au total pour des salaires de collaborateurs et
Fr. 25'000.-- pour G. (cl. 21 pag. 13010260). Il convient d'analyser en détails ces
différents postes:
A) Le 15 octobre 2000, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 10'230.-- à
l'Institut suisse de sérum et de vaccin. Lors de son audition du 26 janvier 2006
par la PJF, l'accusé a expliqué qu'il s'agissait de dépenses pour des tests immu-
nologiques mais il n'a toutefois produit aucune facture relative audit montant
(cl. 21 pag. 13010106).
B) La Fondation F. a procédé au règlement de travaux de recherche bibliogra-
phique accomplis par AA., ex épouse de l'accusé et titulaire de la société OOO.,
sur la base de documents présentés par cette dernière (facture de Fr. 4'573.-- du
12.03.2001 acceptée par C. le 15.03.2001 [cl. 19 pag. 12070013], facture de
Fr. 4'702.10 datée du 5 octobre 2001 et acceptée par C. le 8.10.2001 [cl. 19
pag. 12070011], facture de Fr. 3'497.-- datée du 7 décembre 2001 et acceptée
par C. le 11.12.2001 [cl. 19 pag. 12070010], facture de Fr. 69'940.-- du
13.05.2002 acceptée par C. le 15.05.2002 [cl. 19 pag. 12072002], facture de
Fr. 70'000.-- le 24.11.2003 [cl. 19 pag. 1207007]). C’est G. qui a procédé au rè-

- 49 -
glement des factures sur la base des ordres de paiement reçus de C. (cl. 19
pag. 12020012).
Lors de son audition du 26 janvier 2006 par la PJF, C. a déclaré que les mon-
tants précités avaient été versés à son ex épouse pour des travaux effectués par
cette dernière dans le cadre du projet Alzheimer (cl. 20 pag. 1200300008; cl. 21
pag. 13010106). En date du 20 juillet 2006, l'accusé a précisé, devant le MPC,
que la collaboration avec AA. avait permis de compenser en partie le départ de
PPP., maître assistant, numéro 3 de son laboratoire, et dont le poste n'avait pas
été repourvu. L'accusé a soutenu qu'en raison du départ de PPP., son budget
avait été réduit de Fr. 150'000.-- (cl. 20 pag. 1200300008 et 9; cl. 21
pag. 13010106, 13010203).
A ce propos, il convient de préciser que malgré les factures établies par AA., il
est difficile de croire qu'elle a effectué des recherches bibliographiques pour un
tel montant. En effet, il s'agit habituellement d'un travail qu'il est plus aisé de ré-
aliser à l'Institution B., laquelle dispose de nombreux abonnements à des revues
et peut en commander d'autres très facilement. Toutefois le doute devant profiter
à l'accusé, les coûts relatifs à ces travaux seront admis au titre de frais de re-
cherche payés par la Fondation F.
C) Le 2 mai 2001, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 3'970.-- à RRR., an-
cienne collaboratrice de C., qui avait travaillé sur le projet Alzheimer un mois
après sa thèse au sein du laboratoire de celui-ci (cl. 21 pag. 13010106).

D) Le 9 juillet 2001, la Fondation F. a versé une somme de Fr. 1'000.-- à SSS. au
titre de dédommagement forfaitaire pour un stage que celle-ci avait effectué du
14 mai au 29 juin 2001 au sein du groupe de recherche de l’institut de chimie or-
ganique de l’Institution A. C’est C. qui avait demandé à la stagiaire de lui adres-
ser une facture et lui avait assuré que le montant de Fr. 1'000.-- serait payé
(cl. 19 pag. 12030006 et 7).
E) Le 15 août 2001, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 2'200.-- en faveur
de TTT./Institution FFFF. pour un test sur un peptide que C. avait fait effectué
dans cette institution (cl. 21 pag. 13010106).
F) Le 20 décembre 2002, la Fondation F. a versé à AAAA. la somme de
Fr. 3'840.-- représentant le salaire du mois de novembre 2002 pour son activité
de doctorant au sein du laboratoire de l’accusé. A la demande de C., il avait ef-
fectué un travail pendant le mois de novembre 2002 et l’accusé lui avait deman-
dé d’établir une facture afin de percevoir son salaire. Lors de son audition du 24
août 2005 par la PJF, l'intéressé a précisé que c'était l’unique fois qu'il avait a dû

- 50 -
présenter un tel document pour pouvoir être rétribué. Habituellement, son salaire
était payé en partie par le canton P., et en partie par le FNS (cl. 19
pag. 12040003, 4 et 6).
G) Le 26 février 2003, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 20'000.-- en fa-
veur du Fonds de recherche des maladies cardio-vasculaires (cl. 5
pag. 0500000472ss, en particulier 0500000475 et 6). Il ressort des actes de la
cause que ledit versement résulte d'un arrangement entre l'accusé et I. concer-
nant le "paiement croisé" des salaires de PP. et de BBBB., biologiste à l'Hôpital
J. (cl. 20 pag. 12200007; cl. 21 pag. 13010180).
H) Le 5 mars 2003, la Fondation F. a payé la somme de Fr. 4'200.-- à LL. car,
d’entente avec C., elle avait poursuivi pour une durée de deux mois (décembre
2002 et janvier 2003) un travail de synthèse d’un vaccin anti-nicotine (TASP mo-
lécules) qu’elle avait commencé lors de la préparation de son doctorat au sein du
laboratoire de l’accusé (cl. 19 pag. 12050002). Le montant de Fr. 4'200.-- a donc
été versé à LL. pour la synthèse de cette molécule EEEE. et l’intéressée a en-
voyé à C. une facture à ce propos (cl. 19 pag. 12050007), laquelle a été accep-
tée par ce dernier.

I) Le 19 décembre 2003, la Fondation F. a versé Fr. 1'800.-- à CCCC. Il ressort
des actes de la cause que cette dernière effectuait un apprentissage de laboran-
tine en chimie au sein du laboratoire de C. et que dans le cadre de cette activité
professionnelle, celui-ci lui avait demandé de préparer un produit spécial. Esti-
mant que le travail qu’elle avait effectué dépassait les attentes que l’on pouvait
avoir à l'endroit d’une laborantine, il a décidé de lui verser une prime de fin
d’année en décembre 2003. A la demande de l’accusé, CCCC. a rédigé une fac-
ture dans laquelle sont décrits les travaux qu’elle a réalisés (cl. 19 pag. 12060002
à 5). Interrogé sur ce point le 26 janvier 2006 par la PJF, l'accusé a confirmé qu'il
s'agissait d'une prime de fin d'année pour le travail effectué en 2003 (cl. 21
pag. 13010107).
J) Le 30 janvier 2004, la Fondation F. a également payé un montant de
Fr. 70'000.-- à l'épouse de l'accusé, K. (cl. 19 pag. 12010012 et 13,
1200020053). Auditionnée le 5 août 2005 par la PJF en qualité de personne en-
tendue à titre de renseignements, l'intéressée a expliqué que ce montant de
Fr. 70'000.-- lui avait été versé pour des travaux effectués sur la maladie d'Alz-
heimer. Elle a précisé qu'en septembre 2003, elle avait réduit son pourcentage
d'activité auprès de l'Institution B. de 100% à 60% afin de dégager plus de temps
pour pouvoir se consacrer à la recherche sur la maladie d'Alzheimer et que le
montant précité, qui lui avait été versé en janvier 2004, correspondait plus ou
moins à la perte de salaire dû à son temps partiel. Selon ses dires, il s'agissait

- 51 -
donc d'un forfait pour le travail effectué au sein du laboratoire de l'accusé dans le
cadre du projet Alzheimer. C. a confirmé ces déclarations (cl. 21 pag. 13010204).
Lors de son audition du 4 juillet 2007 devant le JIF, en qualité de témoin, G. a
expliqué qu'il avait procédé au règlement de la facture de K. sur la base de
l’ordre de paiement reçu de C. (cl. 19 pag. 1200020053).
K) Enfin le 30 septembre 2004, la Fondation F. a effectué un paiement de
Fr. 25'000.-- en faveur de G. Ce dernier a reconnu avoir reçu ledit montant (notes
de frais accumulées), enregistré dans la comptabilité de la Fondation F. pour
l’exercice 2004, pour un mandat défini par C. et qui consistait à chercher des par-
tenaires de l’industrie pharmaceutique pour un projet nommé "DDDD.", ainsi que
pour son activité de conseil lors de meetings de l’accusé concernant le projet
Alzheimer ou encore la collaboration avec la société M. (cl. 19 pag. 12020041 et
42; cl. 21 pag. 13010201).
Au vu de ces différents éléments, même si tout doute n'a pas été dissipé, il peut
être admis que, comme le prétend l'accusé, les montants en question ont été af-
fectés au paiement de travaux de recherche pour la période considérée. Il s'agit
au total de Fr. 294'952.--, qui constituent toutefois un montant fort modeste en
comparaison avec la somme totale des fonds qui ont été versés à C. par les par-
tenaires industriels. Par conséquent, si ladite somme pourra être déduite du
montant du dommage causé par l'accusé à l'Institution A. et à l'Institution B. (qui
sera calculé ultérieurement conformément au chiffre 8 du dispositif du présent
arrêt), elle ne saurait être opposée en contre valeur de l'emploi illicite des valeurs
patrimoniales qui devaient revenir à ses employeurs. En effet, des sommes bien
plus importantes provenant des industries privées sont demeurées sur les comp-
tes privés de l'accusé ou sur les comptes de la Fondation F. ou encore ont été
dépensées par l'intéressé, et ceci au mépris des intérêts pécuniaires de l'Institu-
tion A. et de l'Institution B.
3.2.5.3 L'accusé soutient qu'une partie importante des fonds provenant des contrats en
cause a été utilisée pour des dépenses professionnelles, qu'il payait personnel-
lement et que ces coûts se sont élevés à Fr. 50'000.-- par année. A ce propos, il
y a lieu de se référer à ce qui a été dit au considérant 3.1.6.3. Il en va de même
pour ce qui a trait aux autres prétentions émises par l'accusé (système de valori-
sation à son unique profit, droit à d'éventuels honoraires à 20% de son temps de
travail). Sur ce dernier point, il sied néanmoins de préciser que comme l'a indiqué
le témoin N. à l'occasion des débats, en ce qui concerne l'activité au sein de l'Ins-
titution B., les professeurs peuvent disposer de 20% de leur temps de travail pour
faire de la consultance mais ceci implique qu'ils n'utilisent pas l'infrastructure de
l'institution car dans ce cas, il faudrait un retour financier pour cette dernière (cl.
37 pag. 37910036).

- 52 -
L'accusé prétend également que du 9 juillet 2001 au 24 mai 2004, il a utilisé la
carte de la banque R. Visa Business Classic n° 22 liée au compte de la Fonda-
tion F. auprès de la banque R. pour s'acquitter de frais de représentation ou de
déplacement liés à la recherche à hauteur de Fr. 30'358.-- au total (cl. 4
pag. 05000175; cl. 21 pag. 13010108). Or il ressort des relevés de débit de ladite
carte qu'il s'agit en fait uniquement de frais de repas ou d'hôtel. Interrogé sur ce
point par la PJF, l'accusé a soutenu que ces coûts concernaient des personnes
qu'il avait invitées dans le cadre de la recherche sur Alzheimer ou de conféren-
ces, ou encore qu'il s'agissait de réunions avec G. ou I. pour la Fondation F., ain-
si que d'autres rencontres professionnelles (cl. 21 pag. 13010108). Au vu de la
nature de ces dépenses, la Cour n'a pas acquis la conviction qu'elles sont liées
aux travaux de recherche menés par C. au sein de l'Institution B. Elles semblent
plutôt concerner l'activité externe personnelle de l'accusé et ces coûts ne sau-
raient donc être considérés comme une contribution de la Fondation F. aux frais
de recherche de l'institution.
3.2.6 Au vu de ce qui précède, il appert que C. considérait les contrats en cause et les
revenus en découlant comme une affaire purement personnelle et qu'il entendait
pouvoir disposer desdits fonds tout à fait librement. Pour ce faire, il a d'abord fait
usage de ses comptes bancaires privés, puis de sa Fondation F., à l’intérieur de
laquelle il avait le contrôle des dépenses (cl. 21 pag. 13010124, 13010194).
L'existence de ladite fondation n'était par ailleurs connue ni de l'Institution A. ni
de l'Institution B., et ces dernières n'avaient sur elle aucun droit de regard (cl. 21
pag.13010124). En outre, en ce qui concerne son compte privé n° 1, ouvert le 20
janvier 2000 auprès de la banque Q., et dont son épouse K. est ayant droit éco-
nomique (cl. 11 pag. 08030009ss, 08030018), l'accusé a déclaré: "Je possède
également un compte auprès de la banque Q., qui est géré par G. Le compte a
été ouvert en 2000. Il s'agit entre guillemets de ma caisse de pension. En 2000,
j'avais une dernière possibilité de faire un versement volontaire sur ma caisse de
pension. J'ai préféré placer cet argent. Il s'agit d'une somme d'environ
Fr. 300'000.--. La somme a diminué a cause de la bourse" (cl. 21
pag. 13010031). Puis lors de son audition du 3 octobre 2007, il a affirmé: "Cet
argent m'appartient en tant que professeur et pour effectuer de la recherche"
(cl. 21 pag. 1300010354).
Il ressort de l'ensemble des ces circonstances que l'accusé avait pour dessein de
se procurer un avantage auquel il n'avait pas droit et qu'il a obtenu en violation
des règles en la matière, cela au détriment des intérêts pécuniaires de son em-
ployeur qu'il avait pour mission de défendre. Des considérations qui précèdent, il
découle que C. s'est rendu coupable d'infractions répétées de gestion déloyale
au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 et ch. 2 CP.

- 53 -

4.
Abus de confiance
4.1
La Cour s’est réservé d’examiner les comportements reprochés à l’accusé sous
l’angle de l’art. 138 CP, qui définit l’abus de confiance. Aux termes de cette dis-
position, celui qui, pour se procurer ou procurer à un tiers un enrichissement illé-
gitime, se sera approprié une chose mobilière appartenant à autrui et qui lui avait
été confiée ou qui, sans droit, aura employé à son profit ou au profit d’un tiers
des valeurs patrimoniales qui lui avaient été confiées, sera puni d’une peine pri-
vative de liberté de cinq ans au plus ou d’une peine pécuniaire. Si l’auteur a agi
en qualité de fonctionnaire, la peine sera une peine privative de liberté de dix ans
ou une peine pécuniaire (ch. 2). L’abus de confiance peut dès lors se commettre
de deux façons: soit par appropriation d’une chose mobilière confiée, soit par
emploi de valeurs patrimoniales confiées. Dans ce second cas de figure, la réali-
sation de l’abus de confiance suppose que des valeurs patrimoniales soient
confiées à un individu qui les emploie à son profit ou à celui d’un tiers.
4.2
En l’espèce, l’accusé s’est vu confier, par l’Institution B., un laboratoire et du ma-
tériel devant être utilisé dans ce laboratoire. Toutefois, compte tenu du fait que le
laboratoire était accessible à une équipe de chercheurs et non pas seulement à
l’accusé, il est impossible de se convaincre que l’accusé avait une maîtrise ex-
clusive sur les biens ainsi confiés. C’est plutôt le cas de figure de la maîtrise
conjointe qui semble réalisé en l’occurrence. Or, selon la jurisprudence, en cas
de maîtrise conjointe, avec des tiers ou avec le lésé, il faut que la chose confiée
ait été remise à l’auteur de l’abus en raison d’un lien de confiance primordial
(ATF 101 IV 33). Dès lors que la Cour n’a pas de motif de croire que l’accusé
pouvait se prévaloir d’un lien de confiance primordial par rapport à tous ceux qui
avaient une certaine maîtrise sur les biens confiés, elle conclut que tous les élé-
ments constitutifs de l’abus de confiance ne sont pas réalisés en l'espèce.
4.3
De cela résulte que C. doit être acquitté de ce chef d'accusation.
5.
Violation de secret de fonction
5.1
C. est en outre prévenu du chef de violation du secret de fonction au sens de
l'art. 320 CP pour les faits décrits au chiffre 3 de l'acte d'accusation. Aux termes
de cette disposition, celui qui aura révélé un secret à lui confié en sa qualité de
membre d'une autorité ou de fonctionnaire, ou dont il avait eu connaissance à

- 54 -
raison de sa charge ou de son emploi, sera puni d'une peine privative de liberté
de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. La révélation demeure punissable
alors même que la charge ou l'emploi a pris fin (art. 320 ch. 1 al. 2 CP). La révé-
lation ne sera pas punissable si elle a été faite avec le consentement écrit de
l'autorité supérieure (art. 320 ch. 2 CP).
Il est reproché à l'accusé d'avoir intentionnellement révélé un secret dont il avait
connaissance à raison de sa charge de professeur ordinaire de l'Institution B.,
chef du laboratoire de chimie biométrique et des peptides, en transmettant à la
société M., entre le 13 novembre et fin mai 2005 au moins, le résultat des re-
cherches effectuées au sein du laboratoire qu'il dirigeait à l'Institution B., en parti-
culier les informations scientifiques nécessaires à faire breveter ou développer
les brevets existants concernant les produits "5" et "6", et en communiquant à la
société GG., entre le 13 novembre 2001 et janvier 2003 au moins, le résultat des
recherches effectuées au sein du laboratoire qu'il dirigeait à l'Institution B.
5.2
Situé au titre 18 du Code pénal suisse, l’art. 320 tend à une double protection:
d’une part, celle de la collectivité publique et, d’autre part, celle des particuliers
dont le cas est traité par l’autorité et dont les intérêts légitimes commandent qu’ils
ne subissent pas d’indiscrétions préjudiciables à ces intérêts. Dans le cas qui
nous occupe, les découvertes scientifiques de l’accusé peuvent être considérées
comme des secrets de fonction si l’on part de l’idée qu’elles sont obtenues par
des activités déployées par l’accusé dans le cadre de ses fonctions de cher-
cheur. C’est principalement d’un intérêt d’ordre économique qu’il en va en
l’espèce dans la mesure où certains des résultats de recherche obtenus par
l’accusé étaient susceptibles d’être commercialisés. Cela étant, dès lors que, par
contrats, des industries privées contribuaient au financement des recherches
ainsi effectuées, C. pouvait décemment considérer que les entreprises qui cofi-
nançaient ses recherches faisaient partie du cercle limité de personnes ayant ac-
cès aux résultats de la recherche. En effet, même si, comme cela eût dû se faire,
l’Institution B. avait pris part à la conclusion desdits contrats, l’accusé ne pouvait
en déduire que, tout en payant à cette fin, ses partenaires privés n’avaient pas le
droit d’accéder aux résultats de ses recherches. Ainsi, même à penser que les
conditions objectives de l’art. 320 CP puissent être réalisées dans le cas
d’espèce, il demeure difficile de considérer que les conditions subjectives le
soient également. Dans le doute, l’accusé doit être acquitté du chef de violation
du secret de fonction.



- 55 -
6.
Fixation de la peine
6.1.
Les actes retenus à la charge de l'accusé ont été commis avant l’entrée en vi-
gueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions régissant le droit des sanc-
tions. En application du principe énoncé à l’art. 2 al. 2 CP, il convient donc de dé-
terminer quel est le droit le plus favorable. A cette fin, il faut considérer l’ancien et
le nouveau droit dans leur ensemble et dans leur application concrète au cas
d’espèce (ATF 119 IV 145 consid. 2c; RIKLIN, Revision des Allgemeinen Teils des
Strafgesetzbuchs; Fragen des Übergangsrechts, in PJA 2006, p. 1473; HURTADO
POZO, Droit pénal, Partie générale, Genève/Zurich/Bâle 2008, p. 115 n°335-337;
TRECHSEL, op. cit., n°11 ad art. 2 CP). Le nouveau droit doit être appliqué s’il
conduit effectivement à un résultat plus favorable au condamné (ATF 114 IV 1
consid. 2a; arrêt du Tribunal fédéral 6B_202/2007 du 13 mai 2008 consid. 3.2).
L’ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. Ainsi, on ne saurait, à rai-
son d’un seul et même état de fait, appliquer l’ancien droit pour déterminer quelle
infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l’auteur
doit être puni. Si l’un et l’autre droit conduisent au même résultat, c’est l’ancien
droit qui est applicable (ATF 134 IV 82, consid. 6.2; 126 IV 5 consid. 2c; arrêt du
Tribunal fédéral 6B_33/2008 du 12 juin 2008, consid. 5.1).
6.2
L'art. 158 al. 1 ch. 3 CP, dans sa teneur en vigueur au moment de la survenance
des faits retenus à la charge de l'accusé, prévoyait une peine de réclusion de
cinq ans au plus. La nouvelle teneur de cette disposition prévoit une peine priva-
tive de liberté de un à cinq ans (modification de nature terminologique [v. arrêt du
Tribunal pénal fédéral SK.2007.27 du 30 octobre 2008, consid. 16]). Sous l'em-
pire de l’ancien droit, l'art. 158 ch. 2 CP prévoyait une peine de réclusion de cinq
ans au plus ou l'emprisonnement, alors que les peines prévues par le nouveau
droit sont la peine privative de liberté de cinq ans au plus ou la peine pécuniaire.
Pour ce qui a trait à l'art. 158 ch. 2 CP, on constate que le nouveau droit, à la dif-
férence de l'ancien, permet de renoncer à une peine privative de liberté en lui
substituant une peine pécuniaire, soit une sanction considérée généralement
comme plus favorable (RIKLIN, op. cit., eod loc.). A cela s’ajoute que la peine pé-
cuniaire peut être assortie du sursis (art. 42 CP), ce qui n’était pas le cas sous
l’ancien droit. En effet, l'ancien droit (art. 41 ch. 1 aCP) prévoyait l'octroi du sursis
pour des peines privatives de liberté uniquement et n'excédant pas dix-huit mois
tandis que le nouveau (art. 42 al. 1 CP) permet d'en assortir non seulement les
peines privatives de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus mais
également les peines pécuniaires et celles de travail d'intérêt général. Enfin, rela-
tivement aux deux infractions précitées, il sied de relever que, de manière géné-
rale, alors que sous l’ancien droit, l’octroi du sursis était subordonné à l’existence
d’un pronostic favorable, l’art. 42 al. 1 CP renverse l’ancienne formulation légale

- 56 -
en exigeant l’absence d’un pronostic défavorable (DUPUIS/GELLER/MON-
NIER/MOREILLON/PIguet, Code pénal I, Partie générale, Bâle 2008, ad art. 42 CP
n°9). La loi présume ainsi l’existence d’un pronostic favorable et cette présomp-
tion doit être renversée par le juge pour exclure le sursis. Le sursis constitue la
règle dont on ne peut s’écarter qu’en présence d’un pronostic défavorable. Il
prime en cas d’incertitude (ATF 134 IV 1 consid. 4.2.2; arrêts du Tribunal fédéral
6B_713/2007 du 4 mars 2008 consid. 2.1, publié dans SJ 130/2008, N.°22
p. 277ss; 6B_435/2007 du 12 février 2008 consid. 3.2). L'art. 43 CP prévoit enfin
de nouvelles institutions inconnues de l'ancien droit, à savoir le sursis partiel à
l'exécution d'une peine privative de liberté ou pécuniaire d'un an au moins et de
trois ans au plus.

Au vu de ce qui précède, le nouveau droit se révèle donc dans son ensemble
plus favorable à l'accusé et doit par conséquent être appliqué dans le cas
d’espèce.
6.3
La peine doit être fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en prenant en considéra-
tion les antécédents et la situation personnelle de ce dernier, ainsi que l’effet de
la peine sur son avenir (art. 47 al. 1 CP). La culpabilité est notamment détermi-
née par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concer-
né, par le caractère répréhensible de l’acte, par la motivation et les buts de
l’auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger
ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances exté-
rieures (art. 47 al. 2 CP). Les critères à prendre en considération pour la fixation
de la peine selon cette nouvelle disposition sont ainsi essentiellement les mêmes
que ceux que la jurisprudence appliquait dans le cadre de l’ancien art. 63 CP
(cf. ATF 129 IV 6 consid. 6.1). Comme sous l’ancien droit, la peine doit être fixée
de sorte qu’il existe un rapport entre la faute commise par le condamné et l’effet
que la sanction produira sur lui. Les critères déterminants sont dès lors la faute,
d’une part, les antécédents et la situation personnelle, notamment la sensibilité
du condamné à la peine, d’autre part. L’importance de la faute dépend aussi de
la liberté de décision dont disposait l’auteur; plus il lui aurait été facile de respec-
ter la norme qu’il a enfreinte, plus lourdement pèse sa décision de l’avoir trans-
gressée et partant sa faute; et vice-versa (ATF 127 IV 101 consid. 2a; 122 IV 241
consid. 1a; WIPRÄCHTIGER, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2ème éd, Bâle 2007,
ad art. 47 N. 90; STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II,
2ème éd, Berne 2006, § 6 n° 13). Le texte du nouvel art. 47 CP ajoute aux critères
mentionnés par l’ancien art. 63 CP la nécessité de prendre en considération
l’effet de la peine sur l’avenir du condamné. Il ne fait en cela que codifier la juris-
prudence selon laquelle le juge doit éviter les sanctions qui pourraient détourner
l’intéressé de l’évolution souhaitable (ATF 128 IV 73 consid. 4; ATF 127 IV 97
consid. 3; ATF 121 IV 97, consid. 2c; ATF 119 IV 125 consid. 3b; ATF 118 IV 337

- 57 -
consid 2c et consid. 2f). Sous réserve de ce que prévoient les dispositions relati-
ves au sursis, cette considération de prévention spéciale n’autorise que des tem-
péraments marginaux, l’effet de la peine devant toujours rester proportionné à la
faute (arrêt 6B_673/2007 du 15 février 2008, consid. 3.1); le juge ne saurait, par
exemple, renoncer à toute sanction en cas de délits graves (STRATEN-
WERTH/WOHLERS, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, Berne
2007, ad art. 47 CP N. 17-18; SCHWARZENEGGER/HUG/JOSITSCH, Strafen und
Massnahmen, 8ème éd., Zurich/Bâle/Genève 2007, p. 104). Comme l’ancien
art. 63, le nouvel art. 47 CP confère un certain pouvoir d’appréciation au juge (ar-
rêt 6B_207/2007 du 6 septembre 2007, consid. 4.2.1, publié in Forumpoenale,
2008, nr. 8 p. 25 ss.). En vertu du nouvel art. 50 CP – qui reprend les exigences
précédemment fixées par la jurisprudence (cf. Message du Conseil fédéral
concernant la modification du code pénal suisse du 21 septembre 1998, FF 1998
p. 1787ss, spéc. p. 1869) – le juge doit indiquer dans sa décision de quels élé-
ments, relatifs à l’acte ou à l’auteur, il tient compte pour fixer la peine, de façon
que l’on puisse vérifier si tous les aspects pertinents ont été pris en considération
et, le cas échéant, comment (arrêt du Tribunal fédéral 6B_207/2007 du 6 sep-
tembre 2007 consid. 4.2.1, publié in Forumpoenale 2008, N. 8, p. 26 ss.). Le juge
n’est pas obligé d’exprimer en chiffres ou en pourcentages l’importance qu’il ac-
corde à chacun des éléments qu’il cite, mais la motivation de son jugement doit
permettre aux parties et à l’autorité de recours de suivre le raisonnement qui l’a
conduit à adopter le quantum de la peine prononcée (cf. ATF 127 IV 101 con-
sid. 2c p. 105; STRATENWERTH/WOHLERS, op. cit., ad art. 50 CP n°2).
6.4
C. s'est rendu coupable de gestion déloyale, infraction commise à plusieurs re-
prises au détriment de ses employeurs, l'Institution A., puis l'Institution B. Il a agi
afin de se procurer, respectivement de procurer à son épouse K. un enrichisse-
ment illégitime. Cette infraction est passible d'une peine privative de liberté de
cinq ans et revêt donc une gravité manifeste.
Les agissements de l'accusé se sont écoulés sur une longue période et ont porté
sur un montant considérable, dont l'essentiel a été consacré à des dépenses pri-
vées sans rapport avec son activité professionnelle. Il ressort des faits établis
qu'il a clairement violé les normes qui l'enjoignaient à mettre à disposition de ses
employeurs les fonds recueillis auprès de l'industrie privée, normes qui lui étaient
connues et qui étaient d'ailleurs appliquées sans difficulté aucune par ses collè-
gues. Il a non seulement abusé ses employeurs mais aussi induit ses partenaires
privés en erreur en leur confirmant, suite à leurs demandes de plus en plus pres-
santes, qu'il était en droit de procéder de la sorte. Même l'intitulé de certains de
ses comptes bancaires, utilisés pour recueillir l'argent de ses partenaires privés,
était propre à leur donner l'impression qu'ils concluaient avec l'Institution A., res-
pectivement l'Institution B.; c'est d'ailleurs cette ressemblance qui a amené la

- 58 -
Fondation F. à verser par erreur une somme sur un "vrai" compte de l'Institution
B. et à révéler les agissements de C.
Tous ces éléments permettent de discerner un système: l'accusé usait de sa
bonne réputation scientifique - à laquelle contribuait sa fonction de professeur
auprès de l'Institution A., puis de l'Institution B. - et de la qualité de la logistique
offerte par ses employeurs (laboratoires, doctorants, etc…) pour conclure avec
l'industrie privée des contrats dont les charges étaient assumées par ses em-
ployeurs en terme de travail et de matériel mais dont les profits lui revenaient à
titre privé.
Si une partie des sommes ainsi détournées a été consacrée à des dépenses en
rapport plus ou moins étroit avec ses activités (congrès à l'étranger), l'essentiel a
servi des fins strictement privées (notamment l'amortissement de l'hypothèque
de K. et des prélèvements en liquide très importants). Les explications fumeuses
de l'accusé quant à la "valorisation" de son travail en faveur de ses employeurs
et à sa volonté de se constituer un laboratoire privé pour sa retraite n'ont pu que
convaincre la Cour qu'il avait agi dans un but strictement égoïste. Il est aussi ap-
paru à la Cour que, porté à tort ou à raison par la très haute idée qu'il avait de
l'intérêt collectif de ses recherches, C. semblait considérer que les institutions
pour lesquelles il travaillait se devaient, en lui abandonnant la disposition de l'ar-
gent provenant des mandats privés, de lui permettre d'en disposer comme bon
lui semblait et que les actes illicites qu'il commettait étaient le moyen de parvenir
à cette fin.
C. est maintenant à la retraite de l'Institution B., mais poursuit ses activités de
consultant pour le compte de la société M. et réalise un revenu assez important
à ce titre (Fr. 10'000.-- par mois). La société M., par la voix de son représentant,
ayant déjà laissé entendre qu'une éventuelle condamnation n'aurait pas d'in-
fluence sur la poursuite de la collaboration avec l'accusé, il convient de constater
que toute peine qui n'entraverait pas la liberté de ce dernier de poursuivre son
travail n'aurait pas d'effet trop considérable sur son avenir professionnel. Au de-
meurant, il n'a pas d'antécédents judiciaires, jouit, hormis le cas présent, d'une
réputation sans tache et il a fait preuve de coopération durant la phase de l'en-
quête. Il n'a plus eu maille à partir avec la police et la justice depuis la commis-
sion des faits susdits. Par conséquent la Cour estime qu'il devrait être sensible à
une sanction modérée, n'ayant jamais fait jusqu'ici l'objet de sanctions pénales.
Vu ce qui précède, la Cour estime qu'une peine de 20 mois sanctionne équita-
blement les actes commis par C. La Cour estime également que la plus grande
partie de cette peine, soit 18 mois, doit être prononcée sous forme de peine pri-
vative de liberté.

- 59 -
6.5
Selon l’art. 42 CP, le juge suspend en règle générale l’exécution d’une peine
pécuniaire, d’un travail d’intérêt général ou d’une peine privative de liberté de six
mois au moins et de deux ans au plus lorsqu’une peine ferme ne paraît pas né-
cessaire pour détourner l’auteur d’autres crimes ou délits (al. 1). Si, durant les
cinq ans qui précèdent l’infraction, l’auteur a été condamné à une peine privative
de liberté ferme ou avec sursis de six mois au moins ou à une peine pécuniaire
de 180 jours-amende au moins, il ne peut y avoir de sursis à l’exécution de la
peine qu’en cas de circonstances particulièrement favorables (al. 2). L’octroi du
sursis peut également être refusé lorsque l’auteur a omis de réparer le dommage
comme on pouvait raisonnablement l’attendre de lui (al. 3). Le juge peut pronon-
cer, en plus du sursis, une peine pécuniaire sans sursis ou une amende selon
l’art. 106 CP (al. 4).Sur le plan subjectif, le juge doit poser, pour l’octroi du sursis,
un pronostic quant au comportement futur de l’auteur. La question de savoir si le
sursis sera de nature à détourner l’accusé de commettre de nouvelles infractions
doit être tranchée sur la base d’une appréciation d’ensemble, tenant compte des
circonstances de l’infraction, des antécédents de l’auteur, de sa réputation et de
sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l’état d’esprit
qu’il manifeste. Le pronostic doit être posé sur la base de tous les éléments pro-
pres à éclairer l’ensemble du caractère de l’accusé et ses chances
d’amendement. Il n’est pas admissible d’accorder un poids particulier à certains
critères et d’en négliger d’autres qui sont pertinents. Le juge doit par ailleurs mo-
tiver sa décision de manière suffisante (art. 50 CP); sa motivation doit permettre
de vérifier s’il a été tenu compte de tous les éléments pertinents et comment ils
ont été appréciés (ATF 134 IV 1 consid. 4.2.1; ATF 128 IV 193 consid. 3a; 118 IV
97 consid. 2b; arrêt du Tribunal fédéral 6B_713/2007 du 4 mars 2008, consid.
2.1).

L’art. 43 CP prévoit que le juge peut suspendre partiellement l’exécution d’une
peine pécuniaire, d’un travail d’intérêt général ou d’une peine privative de liberté
d’un an au moins et de trois ans au plus afin de tenir compte de façon appropriée
de la faute de l’auteur (al. 1). La partie à exécuter ne peut excéder la moitié de la
peine (al. 2). En cas de sursis partiel à l’exécution d’une peine privative de liber-
té, la partie suspendue, de même que la partie à exécuter, doivent être de six
mois au moins. Les règles d’octroi de la libération conditionnelle ne lui sont pas
applicables (al. 3).

Les conditions objectives des art. 42 et 43 CP divergent entre elles: les peines
privatives de liberté jusqu’à une année ne peuvent être assorties du sursis par-
tiel; une peine de douze à vingt-quatre mois peut être assortie du sursis ou du
sursis partiel; le sursis complet à l’exécution d’une peine privative de liberté est
exclu, dès que celle-ci dépasse vingt-quatre mois alors que jusqu’à trente-six
mois, le sursis partiel peut être octroyé (cf. ATF 134 IV 1 consid. 5.3.2; arrêt du

- 60 -
Tribunal fédéral 6B_713/2007 du 4 mars 2008, consid. 2.2.2, publié dans SJ
2008 I p. 277ss).

En revanche, les conditions subjectives permettant l’octroi du sursis (art. 42 CP),
à savoir les perspectives d’amendement, valent également pour le sursis partiel
prévu à l’art. 43 CP dès lors que la référence au pronostic ressort implicitement
du but et du sens de cette dernière disposition (SCHNEIDER/GARRÉ, Commentaire
bâlois, vol. I, 2ème éd., Bâle 2007, n°9 ad art. 43 CP).

Dans le cas des peines privatives de liberté qui entrent dans le champ
d’application commun des art. 42 et 43 CP (soit entre un et deux ans), le sursis
ordinaire (art. 42 CP) constitue la règle et le sursis partiel (art. 43 CP) l’exception.
Celle-ci ne peut être admise que si l’octroi du sursis à l’exécution d’au moins une
partie de la peine nécessite, à des fins de prévention spéciale, que l’autre partie
de la peine soit exécutée. La situation est similaire à celle de l’examen des pers-
pectives d’amendement en cas de révocation du sursis (ATF 116 IV 97).


Ainsi, lorsque le pronostic quant au comportement futur de l’auteur n’est pas dé-
favorable, la loi exige que l’exécution de la peine soit au moins partiellement sus-
pendue. Mais s’il existe des doutes très importants au sujet du comportement fu-
tur de l’auteur, notamment au vu de condamnations antérieures, le juge peut pro-
noncer une peine assortie du sursis partiel au lieu d’un sursis total, et ceci même
si les doutes mentionnés ne suffisent pas, après appréciation globale de tous les
éléments pertinents, pour poser un pronostic défavorable. Le juge peut ainsi évi-
ter le dilemme du "tout ou rien" en cas de pronostic fortement incertain. Mais un
pronostic clairement défavorable exclut également le sursis partiel. En effet, s’il
n’existe aucune perspective que l’auteur puisse être influencé de quelque ma-
nière par un sursis complet ou partiel, la peine doit être entièrement exécutée
(ATF 134 IV 1 consid. 5.3.1 et les références citées). L’importance de l’art. 43 CP
réside dans le fait que l’effet dissuasif du sursis partiel peut parfois être renforcé
par l’exécution de l’autre partie de la peine, ce qui permet d’envisager un meilleur
pronostic. Encore faut-il que l’exécution partielle de la peine apparaisse in-
contournable pour améliorer les perspectives d’amendement. Tel n’est pas le
cas, lorsque la combinaison d’une amende au sens de l’art. 42 al. 4 CP avec le
sursis apparaît suffisante sous l’angle de la prévention spéciale. Le tribunal doit
donc examiner préalablement cette possibilité (ATF 134 IV 14 consid. 5.5.2; arrêt
du Tribunal fédéral 6B_713/2007 du 4 mars 2008, consid. 2.2.3, publié dans SJ
2008 I p. 277ss; arrêt du Tribunal fédéral 6B_435/2007 du 12 février 2008,
consid. 3.5).

6.6
En l'espèce, la peine privative de liberté infligée à C. permet aussi bien de le met-
tre au bénéfice du sursis complet (art. 42 CP) que du sursis partiel (art. 43 CP),

- 61 -
le premier étant la règle et le second l'exception. Celle-ci ne se justifie que si
l'impératif de prévention spéciale exige, en cas d'octroi du sursis à une partie de
la peine, que l'autre partie soit exécutée. Si des doutes importants demeurent
quant au comportement futur de l'accusé - en d'autres termes que le pronostic au
sujet de l'absence de pronostic défavorable est très incertain - le juge peut recou-
rir au sursis partiel dont l'effet dissuasif permet d'améliorer le pronostic.


En l'occurrence, les motifs de refuser le sursis au sens de l'art. 42 al. 2 et 3 CP
ne sont pas donnés. C. n'a pas d'antécédents judiciaires. Il a laissé à la Cour une
impression qui n'est pas défavorable - en dehors des faits pour lesquels il a été
condamné - et il a paru comprendre la nature délictuelle des faits qui lui sont re-
prochés, même s’il n’est pas certain qu’il en a pris toute la mesure. En effet, il a
persisté à justifier ses comportements par des explications fumeuses et peu
compatibles entre elles. Toutefois, au vu de l'ensemble des circonstances, une
peine privative de liberté ferme ne semble pas nécessaire pour le dissuader de
commettre de nouvelles infractions.


L'exécution de la peine peut donc être suspendue en vertu de l'art. 42 al. 1 CP,
ce qui rend l'examen du sursis partiel superflu. La durée du sursis est fixée à
deux ans, soit le minimum légal prévu par l'art. 44 al. 1 CP. A nouveau, il n’existe
pas de raison d’aller au-delà de ce minimum.

6.7
Ceci étant, la Cour n’a pas eu l’impression que l'accusé avait pleinement pris
conscience de la gravité et de la portée de ses actes, même si son intelligence lui
a permis de comprendre que les faits qui lui étaient imputés sont de nature délic-
tuelle. L’arrangement qu’il a tenté de conclure avec ses employeurs ne semblait
emporter qu'indirectement et implicitement l’aveu de sa culpabilité et l'accusé a
laissé à la Cour l’impression qu’il plaçait sa propre valeur au-delà de l’intérêt col-
lectif ou confondait celle-ci avec celui-là. Par conséquent, afin de le dissuader
clairement et définitivement de commettre de nouvelles infractions au détriment
de ses employeurs actuels ou futurs et d’ancrer en lui la conscience de la faute
commise, la Cour estime qu’il convient de lui infliger une peine complémentaire
au sens de l’art. 42 al. 4 CP, ce d'autant plus que les actes délictueux ont été
commis dans un dessein d'enrichissement. La peine pécuniaire ferme est fixée à
un dixième de la peine d’ensemble, soit 60 jours.


Compte tenu des revenus de C. (à la retraite, il réalise encore plus de Fr.19'000.-
mensuels entre sa pension et ses activités professionnelles), de sa fortune nette
hors biens immobiliers (Fr. 150'000.--), de son patrimoine immobilier estimé
(Fr. 1'169'000 de valeur fiscale pour Fr. 400'000.-- de charge hypothécaire) et de
sa situation personnelle, le montant du jour-amende est fixé à Fr. 500.--.


- 62 -
7.
Sur les frais

Concernant les frais de procédure, ceux-ci comprennent les émoluments et les
débours exposés pendant la procédure de recherche, l’instruction préparatoire,
la rédaction de l’acte d’accusation et les débats (art. 172 al. 1 PPF).
Leur quotité est déterminée par les dispositions de l’ordonnance sur les frais de
la procédure pénale fédérale (ordonnance sur les frais: RS 312.025), du règle-
ment sur les dépens et indemnités alloués devant le Tribunal pénal fédéral (RS
173.710.31) et du règlement sur les émoluments judiciaires perçus par le Tribu-
nal pénal fédéral (RS 173.710.32).
7.1
Les frais sont en principe à la charge du condamné, la Cour pouvant pour des
motifs spéciaux, les remettre totalement ou partiellement (art. 172 al. 1 PPF).
Une telle remise est notamment possible lorsque le condamné est indigent ou s’il
existe une disproportion évidente entre le montant des frais et la culpabilité du
condamné. En cas d’acquittement partiel, le condamné peut aussi être dispensé
du paiement des frais liés à des actes d’enquête spécifiquement exécutés pour
établir les frais relatifs aux infractions pour lesquelles l’acquittement est prononcé
(TPF SK.2004.13 du 6 juin 2005 consid. 12.1). S’il y a plusieurs condamnés, la
Cour décide s’ils répondent solidairement ou non des frais (art. 172 al. 1 et 2
PPF). En cas d’acquittement complet, les frais sont à la charge de la Confédéra-
tion.
Aux termes de l’art. 3 de l’ordonnance sur les frais, les émoluments doivent être
fixés en fonction de l’importance de l’affaire, des intérêts financiers en jeu, du
temps et du travail requis.
La répartition des frais, dépens et émoluments est réglée par les art. 172ss PPF
et, pour le surplus, par les art. 62 à 68 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le
Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), applicable par renvoi de l’art. 245 al. 1 PPF.
Le montant des frais judiciaires est de Fr. 200.-- au moins et de Fr. 250'000.-- au
plus. Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal pénal fédéral peut doubler
ces montants (art. 245 al. 2 PPF).
7.2
Les frais comprennent les émoluments et les débours occasionnés par la procé-
dure de recherches, l'instruction préparatoire, le rédaction de l'acte d'accusation
et les débats (art. 172 al. 1 PPF). Ils sont calculés selon les principes de l'ordon-
nance sur les frais de la procédure pénale fédérale (ordonnance sur les frais;
RS 312.025), par le règlement sur les dépens et indemnités alloués devant le
Tribunal pénal fédéral (Règlement sur les dépens; RS 173.711.31) et par le Rè-

- 63 -
glement fixant les émoluments judiciaires perçus par le Tribunal pénal fédéral
(Règlement sur les émoluments; RS 173.711.32).
7.2.1
Pour ce qui a trait aux débours dans la présente affaire, il sied de formuler les
remarques suivantes:
En ce qui concerne les frais de déplacement, leur remboursement peut être exi-
gé du condamné dans la mesure où, comme c'est le cas en l'espèce, ils sont liés
à des actes de procédure qui doivent être exécutés en dehors des locaux où
siège l'autorité.
Le MPC a exposé des frais d'intervention (interpellation/perquisitions) de la PJF
à hauteur de Fr. 1'050.--. Ce poste ne saurait toutefois être admis. En effet, de
telles prestations ne constituent pas des débours au sens de l'art. 1 al. 3 ou de
l'art. 5 de l'ordonnance sur les frais. Elles entrent dans les activités couvertes par
les émoluments prévus par cette même ordonnance et la Cour a tenu compte de
façon adéquate de ces frais supplémentaires en fixant l'émolument relatif à la
procédure de recherches.
S'agissant enfin des coûts relatifs aux recherches effectuées par l'Institut fédéral
de la propriété intellectuelle ainsi qu'à l'expertise rédigée par le Dr. GGG., ils doi-
vent être admis au titre de frais opposables au condamné.
7.2.2
A teneur de l'art. 3 de l'Ordonnance sur les frais, les émolument doivent être
fixés en fonction de l'importance de l'affaire, des intérêts financiers en jeu, du
temps et du travail requis. En l'espèce, les versions des faits souvent divergentes
de l'accusé, ont nécessité bon nombre d'interrogatoires et autres actes d'en-
quête. Il se justifie, dans les limites fixées à l'art. 4 de l'ordonnance sur les frais,
d'arrêter les émoluments à Fr. 9'000.-- pour la procédure de recherches et le
soutien à l'acte d'accusation, à Fr. 8'000.-- pour l'instruction préparatoire et à
Fr. 9'000.-- pour la procédure de jugement. S'agissant de la procédure devant la
Cour, les débours s'élèvent à Fr. 12'702.--, les indemnités pour le travail fourni
par l'interprète pendant les débats étant à la charge de l'Etat (ATF 127 I 141
consid. 3a; ATF 106 Ia 214 consid. 4b). En application de l'art. 2 du règlement
sur les frais, l'émolument sera fixé à Fr. 9'000.--.
7.3
Au total, les frais de procédure s'élèvent ainsi à Fr. 41'921.35, répartis comme
suit:
-
pour la procédure de recherches: Fr. 11'689.--, y compris un émolument de
Fr. 9'000.--

- 64 -
-
pour l'instruction préparatoire: Fr. 8'530.35, y compris un émolument de
Fr. 8'000.--
-
pour la procédure de jugement: Fr. 21'702.--, y compris un émolument de
Fr. 9'000.--.

8.
Exécution de la décision

L'exécution de la présente décision est confiée aux autorités du canton P.
















- 65 -
Par ces motifs, la Cour:
1.
Déclare C. coupable d'infractions répétées de gestion déloyale (art. 158 CP).
2.
L’acquitte des chefs d'accusation de gestion déloyale des intérêts publics
(art. 314 CP) et de violation du secret de fonction (art. 320 CP).
3. Le condamne à une peine privative de liberté de 18 mois.
4.
Le met au bénéfice du sursis, le délai d’épreuve étant fixé à deux ans.
5.
Le condamne à une peine pécuniaire ferme de 60 jours-amende au montant de
Fr. 500.-- par jour.
6.
Le condamne à participer au paiement des frais de la cause à hauteur de
Fr. 41'921,35.
7.
Confie l'exécution de la présente décision aux autorités du canton P.
8.
Dit que les questions civiles seront traitées ultérieurement.
9.
Dit que le sort des avoirs séquestrés fera l'objet d'une décision ultérieure.
Au nom de la Cour des affaires pénales
du Tribunal pénal fédéral
Le président:

La greffière:

Distribution:
- Ministère public de la Confédération, case postale, 3003 Berne
- Me Henri Baudraz,
- Me Alain Thévenaz,






- 66 -
Après son entrée en force, la décision sera communiquée au Ministère public de la
Confédération en tant qu'autorité d'exécution (version complète)



Indication des voies de recours
Le recours contre les décisions finales de la Cour pénale du Tribunal pénal fédéral doit être déposé devant
le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, dans les 30 jours qui suivent la notification de l’expédition complète
(art. 78, art. 80 al. 1, art 90 et art. 100 al. 1 LTF).
Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral et du droit international (art. 95 LTF). Le recours ne
peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en
violation du droit au sens de l’art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d’influer sur le sort de la
cause (art. 97 al. 1 LTF).