bpatger · O2019_007 · 2021-11-19 · de
Verletzungsklage gutgeheissen; Verletzungshandlungen in der Schweiz gegeben
Erfinderische Tätigkeit, Gebrauch (privater), Legitimation (passiv), Örtliche Zuständigkeit international, Unzulässige Änderung (Art. 123(2) EPÜ)

Bundespatentgericht
Tribunal fédéral des brevets
Tribunale federale dei brevetti
Tribunal federal da patentas
Federal Patent Court
O2019_007
U r t e i l v o m 1 9 . N o v e m b e r 2 0 2 1
Besetzung
Präsident Dr. iur. Mark Schweizer (Vorsitz),
Richter Dr. sc. nat. ETH Tobias Bremi (Referent),
Richter Dr. chem. Michael Kaufmann
Gerichtsschreiber Dr. iur. Lukas Abegg
Verfahrensbeteiligte
Illumina Cambridge Limited, 19 Granta Park, Great Abing-
ton, GB-CB21 6DF Cambridge, Cambridgeshire, 
vertreten durch die Rechtsanwälte Dr. iur. Andri Hess und 
lic. iur. Julian Schwaller sowie Rechtsanwältin MLaw Andrea 
Heiniger, Homburger AG, Prime Tower, Hardstrasse 201,
8005 Zürich, patentanwaltlich beraten durch Dr. Claudia Bi-
bus, E. Blum & Co. AG, Vorderberg 11, 8044 Zürich,
Klägerin
gegen
Latvia MGI Tech SIA, Dzirnavu iela 57A-4, LV-1010 Riga, 
vertreten durch Rechtsanwalt Dr. iur. Thierry Calame und
Rechtsanwältin lic. iur. Lara Dorigo, Lenz & Staehelin,
Brandschenkestrasse 24, 8027 Zürich, patentanwaltlich be-
raten durch Dr. Martin Wilming, Hepp Wenger Ryffel AG,
Friedtalweg 5, 9500 Wil,
Beklagte
Gegenstand
Patentverletzung (Unterlassung, Auskunft, Rechnungsle-
gung)


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Das Bundespatentgericht zieht in Erwägung,
1.
Am 28. Juni 2019 reichte die Klägerin die Klage ein mit folgenden Rechts-
begehren (die Unterschiede in den zunehmend enger gefassten Rechts-
begehren 1-3 sowie 4-7 sind jeweils hervorgehoben):
«1. Defendant shall be prohibited, 
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
the following product, be it alone or as part of a kit:
a modified nucleotide molecule 
comprising a purine or pyrimidine base and 
a ribose or deoxyribose sugar moiety 
having a removable 3'-OH blocking group covalently attached thereto
such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z
wherein Z comprises an azido group and is (-CR'2-N3) and
wherein each R' is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, 
arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl, heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, alkoxy, ar-
yloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label attached through a 
linking group,
or R'2 represents an alkylidene group of formula =C(R"')2 wherein each R"' may 
be the same or different and is selected from the group comprising hydrogen 
and halogen atoms and alkyl groups;
2. Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,


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from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
the following product, be it alone or as part of a kit:
a modified nucleotide molecule
comprising a purine or pyrimidine base and
a ribose or deoxyribose sugar moiety
having a removable 3'-OH blocking group covalently attached thereto 
such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z
wherein Z is azidomethyl (-CH2-N3);
3. Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in
Switzerland, storing in Switzerland
the following product, be it alone or as part of a kit:
a modified nucleotide molecule 
comprising a purine or pyrimidine base and
a ribose or deoxyribose sugar moiety
having a removable 3'-OH blocking group covalently attached thereto
such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z
wherein Z is azidomethyl (-CH2-N3) 
and wherein said base is linked to a fluorophore via a cleavable linker;
4. Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,


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from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-
ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 
nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 
acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-
otide(s), 
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
5. Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-
ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 
nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 
acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-
otide(s), 
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate, 
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
6. Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-
ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 
nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 


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acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-
otide(s), 
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof
wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-
tion of at least 20 mM;
7. Defendant shall be prohibited, 
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1 )(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1 )(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance, 
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-
ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 
nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 
acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-
otide(s),
comprising one or more fluorescently labelled nucleotides, 
wherein the fluorescent label is linked to the nucleotides via a cleavable linker,
DNA polymerase
and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 
acid or a salt thereof;
8. Defendant shall be ordered under threat of an administrative fine of CHF 
1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 
least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 
its organs pursuant to Article 292 CC in the event of non-compliance, to lay 
detailed accounts within 30 days in accordance with recognized principles of 
accounting, and grant information, as to the profits earned with Defendant's 
offering and selling of the products according to Prayers for Relief 1-7;
9. Defendant shall be ordered to pay the amount requested by Plaintiff after the 
accounts and information in accordance with Prayer for Relief 8 have been pro-
vided by Defendant; 


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With costs and indemnification (including patent attorney's expenses) to be 
borne by Defendant;
and the following Procedural Motions:
1. Proceedings shall be limited to infringement and injunctive relief (and, poten-
tially, validity) as well as provision of information and data according to Prayers 
for Relief 1 to 8, until a final judgment has been reached on these issues;
2. Proceedings shall for now be suspended as regards the claims for financial 
compensation according to Prayer for Relief 9.»
2.
Am 25. November 2019 erstattete die Beklagte die Klageantwort mit dem 
Antrag, die Klage sei abzuweisen, dies mit folgenden Begehren:
«The Complaint shall be dismissed.
All costs and fees, including the expenses for the assisting patent attorneys to 
be borne by Plaintiff.
PROCEDURAL MOTIONS
The proceedings shall first be limited to the question of Defendant's capacity to 
be sued ("Passivlegitimation'') and a preliminary decision (Vorentscheid) shall 
be rendered in this respect.
Until such decision is rendered, the proceedings shall be suspended as regards 
all other issues.»
3.
Am 26. Februar 2020 fand eine Instruktionsverhandlung statt, eine gütliche 
Einigung konnte nicht gefunden werden.
4.
Am 11. Mai 2020 erstattete die Klägerin die Replik, hielt an den bereits 
gestellten Rechtsbegehren fest, und ergänzte dabei ihre Rechtsbegehren 
wie folgt (die Unterschiede in den zunehmend enger gefassten Rechtsbe-
gehren 4a-4c, 5a-5c, 6a-6c sowie 7a-7f sind jeweils hervorgehoben, unter-
strichen verglichen mit den bereits gestellten Rechtsbegehren und kursiv
verglichen mit Rechtsbegehren 4):
«Prayer for relief 4a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4:
Defendant shall be prohibited,


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under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 4b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4a:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a)
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 4c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4b:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,


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from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with
laser light,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 5a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 5b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5a: 
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland


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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 5c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5b:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 
laser light,
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 6a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland


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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof
wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-
tion of at least 20 mM;
Prayer for relief 6b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6a:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof
wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-
tion of at least 20 mM;
Prayer for relief 6c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6b:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,


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Seite 11
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 
laser light,
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof
wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-
tion of at least 20 mM;
Prayer for relief 7a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s), 
comprising 
one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 
linked to the base of the nucleotides via a cleavable linker,
DNA polymerase
and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 
acid or a salt thereof;


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Prayer for relief 7b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7a:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
comprising
one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 
linked to the base of the nucleotides via a cleavable linker,
DNA polymerase
and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 
acid or a salt thereof;
Prayer for relief 7c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7b:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 
laser light,
comprising


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one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 
linked to the base of the nucleotides via a cleavable linker,
DNA polymerase
and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 
acid or a salt thereof;
Prayer for relief 7d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7c:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),
comprising
one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 
linked to the base of the nucleotides via an azido moiety-containing cleavable 
linker,
DNA polymerase
and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 
acid or a salt thereof;
Prayer for relief 7e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7d:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 


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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
comprising
one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 
linked to the base of the nucleotides via an azido moiety-containing cleavable 
linker,
DNA polymerase
and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 
acid or a salt thereof;
Prayer for relief 7f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7e:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 
laser light,
comprising
one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 
linked to the base of the nucleotides via an azido moiety-containing cleavable 
linker,
DNA polymerase
and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 
acid or a salt thereof.»


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5.
Am 25. Juni 2020 erstattete die Beklagte die Duplik, ohne dabei ihre 
Rechtsbegehren zu ändern.
6.
Mit Antwort vom 27. August 2020 reagierte die Klägerin auf die Duplik, wo-
bei sie die Rechtsbegehren erneut ergänzte, und zwar mit den folgenden
Hilfsbegehren:
«Prayer for relief 4d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4c:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 
incorporated nucleotide,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 4e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4d:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 


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incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-
thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 4f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4e:
Defendant shall be prohibited, under threat of an administrative fine of CHF 
1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 
least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 
its organs pursuant to Article 292 CC in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-
thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety,
wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 
incorporated nucleotide,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 5d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5c:
Defendant shall be prohibited, under threat of an administrative fine of CHF 
1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 
least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 
its organs pursuant to Article 292 CC in the event of non-compliance, 
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 


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nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination
wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 
incorporated nucleotide.
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate, 
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 5e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5d:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination
wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-
thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety.
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;
Prayer for relief 5f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5e:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland


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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination
wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-
thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety.
wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 
incorporated nucleotide.
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof; 
Prayer for relief 6d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6c:
Defendant shall be prohibited, under threat of an administrative fine of CHF 
1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 
least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 
its organs pursuant to Article 292 CC in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 
incorporated nucleotide.
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof
wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-
tion of at least 20 mM;
Prayer for relief 6e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6d:
Defendant shall be prohibited, 


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under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination, 
wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-
thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety,
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof
wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-
tion of at least 20 mM;
Prayer for relief 6f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6e:
Defendant shall be prohibited,
under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 
pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 
343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 
in the event of non-compliance,
from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-
fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 
Switzerland, storing in Switzerland 
kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 
two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 
incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of 
nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 
the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,
wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-
thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety.


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wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 
incorporated nucleotide.
wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 
nucleoside triphosphate,
said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof
wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-
tion of at least 20 mM;»
7.
Die Beklagte reagierte darauf mit Eingabe vom 24. September 2020, und 
die Klägerin ihrerseits mit Eingabe vom 21. Oktober 2020. Eine weitere 
Eingabe der Beklagten erfolgte am 5. November 2020, und mit Novenein-
gabe vom 11. November 2020 reichte die Klägerin ein Urteil des Landge-
richts Düsseldorf vom 3. November 2020 (nicht rechtskräftig) ein, mit dem
der deutsche Teil des Patents EP 1 530 578 B1 von der Klägerin in der 
ersten Instanz offenbar mit Erfolg gegen die Beklagte durchgesetzt worden 
war. Eine weitere Noveneingabe der Klägerin erfolgte am 18. November 
2021 mit einem Massnahmeurteil des Barcelona Commercial Court vom 
12. November 2021, in dem der spanische Teil des Patents EP 1 530 578 
B1 von der Klägerin in der ersten Instanz mit Erfolg gegen die Beklagte 
durchgesetzt worden war. In der gleichen Eingabe bezog die Klägerin auch 
Stellung zur Eingabe der Beklagten vom 5. November 2020. 
8.
Am 2. Dezember 2020 erstattete der Fachrichter das Fachrichtervotum. Mit 
Verfügung vom 25. Januar 2021 wurde das Verfahren ab dem 1. Februar 
2021 bis 31. Mai 2021 sistiert, weil die ursprünglich für den 12. Februar 
2021 terminierte Hauptverhandlung auf gemeinsamen Wunsch der Par-
teien verschoben wurde. Am 29. Januar 2021 nahmen die Parteien Stel-
lung zum Fachrichtervotum.
9.
Mit Eingabe vom 10. März 2021 reichte die Klägerin als weitere Novenein-
gabe eine angeblich erst kürzlich verfügbar gewordene «product and pro-
cess description» aus einem parallelen Verfahren in England ein. Die Be-
klagte verwahrte sich gegen diese Eingabe während der Sistierung. Das 
Gericht forderte darauf die Parteien auf, während der Sistierung auf weitere 
Noveneingaben zu verzichten; eine Stellungnahme zur Eingabe vom 
10. März 2021 würde als rechtzeitig erachtet, wenn sie binnen zehn Tagen 
nach dem Ende der Sistierung eingehe.


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10.
Am 1. Juni 2021 reichte die Klägerin als weitere Noven eine vorläufige Be-
urteilung des deutschen Bundespatentgerichts vom 19. Januar 2021, und 
Urteile des Nederlandstalige ondernemingsrechtbank Brussel vom 25. 
März 2021, des Landgerichts Düsseldorf vom 27. April 2021 und der Audi-
encia Provincial de Barcelona vom 5. Mai 2021 ein. Mit Eingabe vom 1. 
Juni 2021 nahm die Beklagte Stellung zur Noveneingabe vom 10. März 
2021 und reichte ihrerseits als Noven neue Unterlagen aus dem US Dis-
covery Verfahren ein, die angeblich erst seit Mitte Januar 2021 erhältlich 
waren. Die Rechtsanwälte der Beklagten wiesen darauf hin, dass Teile der 
eingereichten Unterlagen nicht ihrer Klientin bekannt gegeben dürften («at-
torneys’ eyes only»).
11.
In einer Telefonkonferenz vom 8. Juni 2021 besprachen der Präsident und 
die Parteianwälte die an der Hauptverhandlung zu beachtenden Geheim-
haltungsmassahmen. Im Wesentlichen erklärte sich die Klägerin bereit, an 
der Hauptverhandlung nicht aus den vertraulichen Unterlagen zu zitieren.
12.
Am 14. Juni 2021 fand die Hauptverhandlung statt.
Zuständigkeit
13.
Die Klägerin hat ihren Sitz in Cambridge, Grossbritannien, während die Be-
klagte ihren Sitz in Riga, Lettland, hat. Die Klage stützt sich auf die angeb-
liche Verletzung zweier Schweizer Teile von europäisch erteilten Patenten 
durch (drohende) Handlungen in der Schweiz.
Lettland ist als Mitgliedsstaat der Europäischen Union durch das Überein-
kommen über die gerichtliche Zuständigkeit und die Anerkennung und Voll-
streckung von Entscheidungen in Zivil- und Handelssachen (Lugano-Über-
einkommen, LugÜ, SR 0.275.12) gebunden, die Schweiz ist Vertragspartei 
des Übereinkommens.
Wenn eine unerlaubte Handlung oder eine Handlung, die einer unerlaubten 
Handlung gleichgestellt ist, den Gegenstand des Verfahrens bilden, kann 
eine Partei, die ihren Wohnsitz im Hoheitsgebiet eines durch das Lugano-
Übereinkommen gebundenen Staates hat, vor dem Gericht des Ortes, an 
dem das schädigende Ereignis eingetreten ist oder einzutreten droht, ver-
klagt werden (Art. 5 Nr. 3 LugÜ).


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Vorliegend behauptet die Klägerin (drohende) Patentverletzungen in der 
Schweiz, also unerlaubte Handlungen i.S.v. Art. 5 Nr. 3 LugÜ. Die örtliche 
Zuständigkeit der Schweizer Gerichte ist daher gegeben. Die Zuständigkeit 
des Bundespatentgerichts ergibt sich aus Art. 26 Abs. 1 lit. a PatGG. 
Die sachliche und örtliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts ist da-
her gegeben, was von der Beklagten auch nicht bestritten wird.
Keine Beschränkung des Verfahrens auf die Frage des Rechtsschutz-
interesses (drohende Verletzungshandlungen)
14.
Gemäss der Eventualmaxime (auch Konzentrationsgrundsatz) müssen
alle Angriffs- und Verteidigungsmittel in einem bestimmten Prozessstadium 
vorgebracht werden.1 Die Eventualmaxime zieht es nach sich, dass Vor-
bringen eventualiter formuliert und Beweismittel auch für den subsidiären 
Fall eingereicht werden müssen.
15.
Die Beklagte hat in der Klageantwort den Antrag gestellt, dass das Verfah-
ren – in Abweichung vom Konzentrationsgrundsatz – auf die Frage der 
Passivlegitimation der Beklagten zu beschränken sei. Damit meint sie, 
dass zuerst darüber zu entscheiden sei, ob die Beklagte in der Schweiz 
überhaupt Verletzungshandlungen begangen habe oder zu begehen 
drohe, was unter dem Titel des Rechtsschutzinteresses abgehandelt wird 
(nachstehend E. 24 f.). 
Bereits die Tatsache, dass das Gericht bis zu diesem Urteil nicht über die-
sen Antrag entschieden hat, zeigt, dass es den Antrag ablehnt. Das bringt 
für beide Parteien, aber natürlich v.a. für die Beklagte, die diesen Prozess 
nicht eingeleitet hat, die Beschwerlichkeit mit sich, dass sie sich zu kom-
plexen technischen Sachverhalten äussern müssen, die nicht entscheidre-
levant sind, wenn auf die Klage bereits mangels Rechtschutzinteresse 
nicht einzutreten ist.
Die Gutheissung des Antrags auf Verfahrensbeschränkung brächte aber
die Gefahr mit sich, dass das Verfahren wesentlich verzögert wird, wenn 
 
1 LEUENBERGER, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger (Hrsg.), Kommentar 
zur Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO), 3. Aufl. Zürich 2016, Art. 229 
N 1.


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das Gericht nach zweimaligem Schriftenwechsel zum Rechtsschutzinte-
resse zum Schluss kommt, dass dieses gegeben ist. Dies lässt sich vor 
dem doppelten Schriftenwechsel kaum voraussehen, da die Klägerin in der 
zweiten Rechtsschrift unbeschränkt neue Tatsachenbehauptungen und 
Beweismittel einbringen kann. In Abwägung des Interesses an einer 
schlanken, d.h. eingeschränkten, und einer schnellen, d.h. umfassenden, 
Prozessführung überwiegt nach Auffassung des Gerichts regelmässig das 
Interesse an der schnellen Prozessführung, wie sie im Konzentrations-
grundsatz ihren Niederschlag gefunden hat. Dass die Parteien gezwungen 
sind, auch für den subsidiären Fall zu argumentieren, ist eine hinzuneh-
mende Folge der Eventualmaxime.
Der Antrag der Beklagten, das Verfahren auf das Rechtsschutzinteresse 
(«Passivlegitimation») zu beschränken, ist daher abzuweisen.
Bestimmtheit des Rechtsbegehrens Nr. 1
16.
Unterlassungsklagen müssen auf das Verbot eines genau umschriebenen 
Verhaltens gerichtet sein. Die verpflichtete Partei soll erfahren, was sie 
nicht mehr tun darf, und die Vollstreckungs- oder Strafbehörden müssen 
wissen, welche Handlungen sie zu verhindern oder mit Strafe zu belegen 
haben.2
17.
In ihrem Rechtsbegehren Nr. 1 beschreibt die Klägerin das zu verbietende 
Verhalten durch eine so genannte Markush-Formel. Spezifisch:
«[…] such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z
wherein Z comprises an azido group and is (-CR'2-N3) and
wherein each R' is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, 
arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl, heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, alkoxy, 
aryloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label attached through 
a linking group,
or R'2 represents an alkylidene group of formula =C(R"')2 wherein each R"' 
may be the same or different and is selected from the group comprising hy-
drogen and halogen atoms and alkyl groups.»
 
2 BGE 142 III 587 E. 5.3 (st. Rsp.).


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Diese Umschreibung umfasst unzählige Moleküle, wobei einzelne davon –
z.B. «substituted alkyl» – auch noch völlig unbestimmt sind (es bleibt offen, 
welche Substituenten von Alkyl unter das Begehren fallen sollen und wie 
lange die Alkylkette sein soll).
Behauptet wird weiter einzig eine Verletzung durch eine Ausführungsform, 
bei der Z = Azidomethyl ist, d.h. R2 eine Methylengruppe ist. Die Klägerin 
behauptet nicht, dass die Gefahr drohe, dass die Beklagte ein anderes Mo-
lekül als Azidomethyl als Schutzgruppe verwenden wird. Daher fehlt es 
auch an einem Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung des übermässig 
breiten Rechtsbegehrens Nr. 1.
Auf Rechtsbegehren Nr. 1 ist daher mangels Bestimmtheit sowie mangels 
Rechtsschutzinteresses nicht einzutreten.
Kumulative Häufung der Rechtsbegehren
18.
Werden mehrere Rechtsbegehren gestellt, muss klar sein, in welchem Ver-
hältnis sie zueinanderstehen. Bei der eventuellen Häufung wird ein Even-
tualanspruch nur für den Fall gestellt, dass der übergeordnete Anspruch 
nicht durchdringt, womit die klagende Partei dem Gericht eine Reihenfolge 
der Beurteilung vorgibt. Unzulässig, weil gegen das Bestimmtheitsgebot 
verstossend, ist eine alternative Häufung, d.h. die klagende Partei macht 
mehrere Ansprüche geltend, überlasst es jedoch dem Gericht zu entschei-
den, über welchen bzw. welche davon befunden wird.3 Zulässig ist eine 
kumulative Häufung, wenn für die einzelnen Ansprüche das gleiche Gericht 
sachlich zuständig und dieselbe Verfahrensart anwendbar ist4 und die wei-
teren Prozessvoraussetzungen, insbesondere das Rechtsschutzinteresse, 
gegeben sind.
Stellt eine Partei kumulativ mehrere Unterlassungsbegehren, so fehlt es ihr 
an einem Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung eines Unterlassungs-
begehrens, das enger ist als ein anderes kumulativ gestelltes Unterlas-
sungsbegehren, d.h. alle Merkmale des anderen Unterlassungsbegehrens 
und mindestens ein zusätzliches Merkmal umfasst oder mindestens ein 
Merkmal des anderen Unterlassungsbegehrens weiter präzisiert. Die 
blosse Möglichkeit, dass das Klagepatent später einmal eingeschränkt 
 
3 BGE 142 III 683 E. 5.3.2.
4 BGE 142 III 683 E. 5.3.2.


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werden könnte, genügt nicht für ein aktuelles Rechtsschutzinteresse. Hin-
gegen besteht grundsätzlich ein Rechtsschutzinteresse an der Gutheis-
sung eines Unterlassungsbegehrens, das etwas Anderes verbietet als ein 
anderes kumulativ gestelltes Unterlassungsbegehren, d.h. mindestens ein 
Merkmal eines anderen kumulativ gestellten Unterlassungsbegehrens
nicht umfasst.
19.
Die Klägerin stellt vorliegend mit der Klageschrift kumulativ sieben Unter-
lassungsbegehren (Rechtsbegehren Nr. 1-7) und in der Replik eventualiter 
zu den Unterlassungsbegehren Nr. 4 bis 6 jeweils drei Eventualbegehren 
(Rechtsbegehren Nr. 4a-c, 5a-c, 6a-c) und sechs Eventualbegehren zu 
Rechtsbegehren Nr. 7 (Nr. 7a-f).
Rechtsbegehren Nr. 3 umfasst alle Merkmale gemäss Rechtsbegehren Nr. 
2 sowie das zusätzliche Merkmal «and wherein said base is linked to a 
fluorophore via a cleavable linker». Damit fehlt es an einem Rechtsschutz-
interesse an Rechtsbegehren Nr. 3, wenn Rechtsbegehren Nr. 2 gutge-
heissen wird. Wird Rechtsbegehren Nr. 2 abgewiesen, besteht hingegen 
ein Interesse an der Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 3.
Rechtsbegehren Nr. 4 umfasst nicht alle Merkmale von Rechtsbegehren 
Nr. 2 oder 3. Die Klägerin hat daher ein Interesse an dessen Gutheissung 
neben der Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 2 oder 3. Rechtsbegehren 
Nr. 5 hingegen umfasst alle Merkmale von Rechtsbegehren Nr. 4 und ein 
zusätzliches Merkmal («wherein the substrate for incorporation of fluoro-
scently labelled nucleotide is a nucleoside triphosphate»). Falls Rechtsbe-
gehren Nr. 4 gutheissen wird, fehlt es daher an einem Rechtsschutzinte-
resse an Rechtsbegehren Nr. 5. Dasselbe gilt für Rechtsbegehren Nr. 6 im 
Verhältnis zu Nr. 5; auch Rechtsbegehren Nr. 6 umfasst alle Merkmale ge-
mäss Begehren Nr. 5 sowie ein zusätzliches Merkmal.
Hingegen ist Rechtsbegehren Nr. 7 auf etwas Anderes gerichtet als 
Rechtsbegehren Nr. 6 und auch als Rechtsbegehren Nr. 4 und 5, denn 
während der Reagenzienkit gemäss Rechtsbegehren Nr. 4-6 einen «buffer 
comprising ascorbic acid or a salt thereof» enthalten muss, genügt es ge-
mäss Nr. 7, dass er einen «buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof 
or a supply of ascorbic acid or a salt thereof» enthält. Rechtsbegehren Nr. 
7 ist also in diesem Punkt breiter als die Rechtsbegehren Nr. 4-6 (enthält 
aber anderen zusätzliche Merkmale von Rechtsbegehren Nr. 6).


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Nicht zu übersehen ist, dass die Kumulation von Unterlassungsansprüchen 
in Verbindung mit Eventualanträgen das Gericht und die Gegenpartei er-
heblich belastet. Vorliegend stellt die Klägerin nicht weniger als 22 Unter-
lassungsbegehren (mit der Stellungnahme zur Duplik sogar 31). Irgend-
wann ist die Schwelle erreicht, bei der ausufernde Rechtsbegehren gegen 
das Verhalten nach Treu und Glauben im Prozess (Art. 52 ZPO) verstos-
sen.
Weitere Eventualbegehren gemäss Stellungnahme zur Duplik
20.
Nach nunmehr gefestigter Rechtsprechung haben die Parteien im ordentli-
chen Verfahren wie auch im vereinfachten Verfahren zweimal unbe-
schränkt die Möglichkeit, sich zur Sache zu äussern und namentlich neue 
Tatsachen in den Prozess einzuführen. Danach haben sie nur noch unter 
den eingeschränkten Voraussetzungen von Art. 229 Abs. 1 ZPO das Recht, 
neue Tatsachen und Beweismittel vorzubringen.5 Die Neuformulierung von 
Patentansprüchen im Zivilprozess ist dem Vorbringen von Noven gleich zu 
achten.6
Gemäss Art. 229 Abs. 1 lit. b ZPO werden neue Tatsachen und Beweismit-
tel berücksichtigt, wenn sie ohne Verzug vorgebracht wurden und bereits 
vor Abschluss des Schriftenwechsels oder vor der letzten Instruktionsver-
handlung vorhanden waren, aber trotz zumutbarer Sorgfalt nicht vorher 
vorgebracht werden konnten (unechte Noven).
Bringt die Beklagte in der Duplik neue Tatsachenbehauptungen und/oder 
Beweismittel ein, so ist der Sorgfaltsnachweis gemäss Art. 229 Abs. 1 lit. b 
ZPO erfüllt, wenn «die Dupliknoven für diese Noveneingabe kausal sind 
(…). Erforderlich ist einerseits, dass (erst) die Dupliknoven das Vorbringen 
der unechten Noven veranlasst haben, andererseits, dass die unechten 
Noven in technischer bzw. thematischer Hinsicht als Reaktion auf die Dup-
liknoven aufzufassen sind».7
21.
Die Klägerin reicht mit ihrer Stellungnahme zur Duplik vom 27. August 2020 
weiter eingeschränkte Ansprüche des Klagepatents EP 412 ein (Hilfsan-
 
5 BGE 146 III 55 E. 2.3.1 – «Durchflussmessfühler».
6 BGE 146 III 416 E. 4.1 m.w.H – «Gelenkpfanne».
7 BGE 146 III 55 E. 2.5.2 – «Durchflussmessfühler».


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sprüche 7-9). Auf diese inter partes geänderten Ansprüche stützen sich er-
sichtlich die Unterlassungsbegehren Nr. 4d-f, 5d-f und 6d-f, welche die Klä-
gerin ebenfalls mit der Stellungnahme zur Duplik einreicht.
Der Aktenschluss trat für die Klägerin mit der Replik ein. Die mit der Stel-
lungnahme zur Duplik eingereichten geänderten Ansprüche könnten nur 
berücksichtigt werden, wenn die Voraussetzungen von Art. 229 Abs. 1 ZPO 
erfüllt wären; insbesondere, wenn die Änderungen durch neue tatsächliche 
Behauptungen in der Duplik verursacht wurden. Die Klägerin äussert sich 
mit keinem Wort dazu, weshalb die neuen Ansprüche gemäss Stellung-
nahme zur Duplik novenrechtlich zulässig sein sollten. Es ist auch nicht 
ersichtlich, welche neuen tatsächlichen Behauptungen in der Duplik die 
Änderungen der geltend gemachten Ansprüche rechtfertigen.
Die mit der Stellungnahme zur Duplik geänderten Ansprüche können daher 
nicht berücksichtigt werden. Sollten sich die rechtzeitig in den Prozess ein-
geführten Ansprüche alle als ungültig erweisen, erübrigt sich deshalb auch 
eine Prüfung der Rechtsbegehren Nr. 4d-f, 5d-f und 6d-f, da sich diese 
nicht auf einen rechtzeitig eingebrachten Patentanspruch stützen können.
Neue tatsächliche Behauptungen und Beweismittel gemäss Stellung-
nahme zur Duplik
22.
Die Klägerin reicht mit der Stellungnahme zur Duplik zahlreiche neue Be-
weismittel ein. Teilweise handelt es sich dabei um echte Noven, die zuläs-
sigerweise eingebracht werden können (z.B. Verfügung vom 13. Juni 
2020). Andere Beweismittel, die keine echten Noven sind, d.h. bereits im 
Zeitpunkt der Erstattung der Replik existierten, sind nur beachtlich, wenn 
ihre Einreichung durch neue tatsächliche Behauptungen in der Duplik ver-
ursacht wurde (vorne, E. 20). Die Beklagte beantragt, die Stellungnahme 
zur Duplik vom 27. August 2020 sei vollumfänglich nicht zu beachten.
23.
Zahlreiche der mit der Stellungnahme zur Duplik eingereichten Beweismit-
tel sind für die Urteilsbegründung nicht wesentlich. Ob sie zu beachten wä-
ren, kann daher offenbleiben.
Wesentlich ist Beilage 51 zur Stellungnahme zur Duplik, ein Wikipedia-Ar-
tikel zu Fluorescein. Dieser wurde eingereicht als Antwort auf die neue Be-
hauptung in der Duplik, Song et al., Photobleaching Kinetics of Fluorescein 
in Quantitative Fluorescence Microscopy, Biophysical Journal 1995, 2588-


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2600 belege, dass Photobleichung nach wenigen Mikrosekunden eintreten
könne (dazu hinten, E. 65). Da kausal verursacht und thematisch bezogen 
auf eine neue tatsächliche Behauptung in der Duplik, ist diese Beilage 51 
zu berücksichtigen.
Rechtsschutzinteresse
24.
Das Patent verschafft seinem Inhaber das Recht, anderen zu verbieten, 
die Erfindung gewerbsmässig zu benützen. Als Benützung gelten insbe-
sondere das Herstellen, das Lagern, das Anbieten, das Inverkehrbringen, 
die Ein-, Aus- und Durchfuhr sowie der Besitz zu diesen Zwecken (Art. 8 
Abs. 1 und 2 PatG).
Wer eine Erfindung widerrechtlich benützt, kann zivil- und strafrechtlich zur 
Verantwortung gezogen werden (Art. 66 lit. a PatG). Wer durch eine der in 
Art. 66 genannten Handlungen bedroht oder in seinen Rechten verletzt ist, 
kann auf Unterlassung oder auf Beseitigung des rechtswidrigen Zustandes 
klagen (Art. 72 PatG).
Der Patentinhaber ist in seinen Rechten bedroht, wenn das Verhalten des 
Beklagten die künftige Patentverletzung ernsthaft befürchten lässt.8 Lehre 
und Rechtsprechung unterscheiden zwischen Erstbegehungs- und Wie-
derholungsgefahr. Analoge Eingriffe in der Vergangenheit sind ein Indiz für 
einen bevorstehenden Eingriff (Wiederholungsgefahr). 
Wenn noch keine Verletzung stattgefunden hat, ist zu prüfen, ob konkrete 
Anhaltspunkte dafür bestehen, dass eine Patentverletzung bevorsteht. Sol-
che Anhaltspunkte können Ankündigungen des angeblichen Verletzers 
sein, dessen Anfragen an Lieferanten und Abnehmer oder Vorbereitungs-
handlungen wie Aufträge an Werbeagenturen oder Insertionsaufträge.9 Be-
reits erfolgte Verletzungen im Ausland können ein Hinweis auf künftige Ver-
letzungen in der Schweiz sein, wenn das entsprechende Produkt üblicher-
weise in allen Ländern in der gleichen Ausstattung angeboten wird und die 
ausländische Verletzerin, bzw. eine ihrer Konzerngesellschaften, auch in 
der Schweiz tätig ist.10
 
8 BGE 124 III 72 E. 2a – «Contra-Schmerz».
9
DAVID
et al., 
in: von Büren/David 
(Hrsg.), 
Der Rechtsschutz 
im 
Immaterialgüterrecht (SIWR I/2), 3. Aufl. 2011, RZ 272.
10 SHK PatG-SCHWEIZER, Art. 72 N 11.


O2019_007
Seite 29
Nach Rechtsprechung und herrschender Lehre führt die fehlende Bedro-
hung in den Rechten zum Nichteintreten, da es an einem Rechtsschutzin-
teresse fehlt (vgl. Art. 59 Abs. 2 lit. a ZPO).11
25.
Die Klägerin behauptet, es hätten bereits Verletzungshandlungen in der 
Schweiz stattgefunden. Insbesondere werde ein Sequenziergerät der Be-
klagten am Health 2030 Genome Center auf dem Campus Biotech in Genf 
betrieben, das nur mit Reagenzien (Kits) der Beklagten funktioniere. Auch 
biete die Beklagte auf ihrer Website, die sich auch an Kunden aus der
Schweiz richte, patentverletzende Dienstleistungen an. Die Beklagte be-
streitet, dass sie auf dem Gebiet der Schweiz patentverletzende Handlun-
gen begeht. Sie erbringe nur «after-sales services» wie Reparaturen und 
Schulungen, die nicht patentverletzend seien. Die Sequenziergeräte und 
Reagenzien würden von anderen Konzerngesellschaften geliefert. Die Klä-
gerin habe schlicht die falsche Gesellschaft eingeklagt.
Es ist in diesem Stadium des Verfahrens unstrittig, dass das in Genf betrie-
bene 
Sequenziergerät 
«MGISEQ-2000» 
(heutige 
Bezeichnung: 
«DNBSEQ-G400») nicht von der Beklagten, sondern einer anderen Kon-
zerngesellschaft, entweder BGI Complete Genomics Hong Kong Co. Ltd., 
Hongkong, oder MGI Tech Co., Ltd., Shenzen, China, geliefert wurde. An-
dererseits lässt sich das Sequenziergerät nur mit den dazugehörigen, aus 
dem Konzern der Beklagten stammenden, Reagenzien betreiben. Die ge-
genteilige Behauptung der Beklagten ist durch das Benutzerhandbuch, in 
dem gezeigt wird, dass der Barcode der Reagenzienkits gescannt werden 
muss, bevor diese in die Maschine eingesetzt werden, widerlegt. Nicht aus 
dem Konzern der Beklagten stammende Kits können nicht erfolgreich ge-
scannt werden; sie können nicht oder nur unter Umgehung der Benut-
zungsvorschriften eingesetzt werden.
Die Klägerin behauptet nicht, dass sie die Reagenzien, die sie analysiert 
hat, in der Schweiz erworben hat. M.a.W. ist es ihr offenbar nicht gelungen, 
einen Testkauf in der Schweiz zu tätigen. Die Beklagte ihrerseits behauptet, 
dass die in die Schweiz gelieferten Reagenzien (Kits) durch die MGI Inter-
national Sales Co., Hong Kong, geliefert würden, was die Klägerin nicht 
ausdrücklich bestreitet. Sie bemerkt dazu nur, dass die Ausführungen der 
Beklagten ausweichend seien.
 
11 BGE 140 III 297, nicht publ. E. 2.3.2 – «Keytrader».


O2019_007
Seite 30
Für ihre weitere Argumentation stützt sich die Klägerin auf Broschüren für 
u.a. das Sequenziergerät DNBSEQ-G400, die sie aus Zürich «von der MGI 
Website» heruntergeladen habe, ohne allerdings die URL anzugeben, von 
der die Broschüren stammen (mutmasslich en.mgitech.cn). Es ist aller-
dings nach Überzeugung des Gerichts erstellt, dass diese Broschüren 
nicht länderspezifisch sind, sondern (in der gleichen Sprache, hier Eng-
lisch) weltweit identisch zum Herunterladen angeboten werden. Nicht be-
stritten ist, dass die Broschüren aus dem Konzern der Beklagten stammen 
und mit Wissen einer Konzerngesellschaft der Beklagten im Internet ver-
fügbar gemacht wurden.
In der Broschüre zum Sequenziergerät DNBSEQ-G400, die insgesamt 
sechs Seiten umfasst, findet sich die nachstehend eingeblendete Weltkarte 
mit Beschriftungen, die sich ähnlicher Weise auch auf der unter 
en.mgitech.ch zugänglichen Website findet.
Abbildung 1: Weltkarte aus der Broschüre für den DNBSEQ-G400 Sequenzierer
Die Beschriftungen zeigen die weltweiten Konzerngesellschaften bzw. Nie-
derlassungen des beklagtischen Konzerns. In Riga, Lettland, befindet sich 
die Beklagte. Als ihre Aufgaben werden angegeben «Qualification Center», 
«After-sales Service Center», «Training Center» und «Logistics Center». 
Auch die Niederlassung/Tochtergesellschaft in Hong Kong ist gemäss der 
Karte ein «Logistics Center» und «After-sales Service Center», und die 
MGI International Sales Co., Hong Kong, liefert nach Angaben der Beklag-
ten die angegriffenen Reagenzien in die Schweiz.
Die «After-sales Services» werden direkt unter der Weltkarte näher erläu-
tert (siehe nachstehende Abbildung).


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Abbildung 2: Umschreibung der After-sales Services
Gemäss dem ersten Punkt der Aufzählung bietet die Beklagte gratis Instal-
lation und Validierung [der gekauften Sequenzierer], inklusive aller dazu 
benötigter Reagenzien, an. Die für die Validierung benötigten Reagenzien 
sind die gleichen wie die für den produktiven Betrieb benötigten.
Die Beklagte bestreitet, dass die Verwendung der Reagenzien bei der Va-
lidierung – selbst wenn deren gewerbliche Nutzung patentverletzend wäre 
– patentverletzend sei. Die Reagenzien würden die Obhut der Beklagten 
nicht verlassen, der von der Beklagten mit der Validierung beauftragte 
Techniker würde diese selbst verwenden.
Die Verwendung der Reagenzien zur Validierung der Sequenziergeräte 
fällt unter die gemäss Art. 8 PatG dem Patentinhaber vorbehaltenen Hand-
lungen. Es handelt sich um eine gewerbsmässige Benutzung. Keine der 
Ausnahmen wie Forschungsprivileg, Unterricht oder Privatgebrauch (vgl. 
Art. 9 Abs. 1 PatG) greift. Dass der Techniker die Reagenzien nicht dem 
Kunden überlässt, ändert daran nichts. Ebenfalls müssen die Reagenzien, 
die unstrittig nicht in der Schweiz hergestellt werden, in die Schweiz einge-
führt werden, wenn ein Sequenziergerät in der Schweiz validiert werden 
soll. Bereits die Einfuhr – die wie erwähnt nicht zu rein privaten Zwecken 
erfolgt – ist eine dem Patentinhaber vorbehaltene Handlung (Art. 8 Abs. 2 
PatG). 
Das Angebot, die zur Validierung benötigten Reagenzien zu liefern oder 
eine Validierung unter Verwendung der Reagenzien vorzunehmen, ist 
ebenfalls dem Patentinhaber vorbehalten. Die Frage ist, ob sich dieses An-
gebot an Kunden aus der Schweiz richtet.
Das Angebot findet sich in einer englischsprachigen Broschüre, die von ei-
ner Website herunterladen werden kann, die auch aus der Schweiz zu-
gänglich ist. Mutmasslich handelt es sich um eine Website, die unter einem 
Domainnamen zugänglich ist, der unter der länderspezifischen Top Level 
Domain für China («.cn») registriert ist. Die bereitgestellten Informationen 


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sind aber weder sprachlich noch inhaltlich auf China beschränkt, sondern 
richten sich ersichtlich an weltweite Kundschaft.
Die Website ist nicht spezifisch auf die Schweiz ausgerichtet.12 Weder ist 
die Website in einer Landessprache verfasst, noch sind Preise in Schwei-
zer Franken angegeben oder ein Kontakt (Telefon, Adresse) in der 
Schweiz. Bei der Benutzung von Marken im Internet betont das Bundesge-
richt, dass die blosse Abrufbarkeit einer Internetseite aus der Schweiz noch 
nicht bedeute, dass die auf dieser Seite dargestellten Zeichen in der 
Schweiz gebraucht werden.13 Übertragen auf ein patentverletzendes An-
gebot auf einer Internetseite bedeutet dies, dass die blosse Tatsache, dass 
die entsprechende Seite auch aus der Schweiz abgerufen werden kann, 
noch nicht ohne weiteres eine Patentverletzung in der Schweiz begründet.
Andererseits betont das Bundesgericht auch, dass die Möglichkeit, Endge-
räte basierend auf der geographischen Zuordnung der von ihnen verwen-
deten Internet-Protokoll Adressen vom Zugriff auf eine Website auszu-
schliessen inzwischen derart gebräuchlich und ohne technische Schwie-
rigkeiten umsetzbar ist, dass das so genannte «Geoblocking» bei der Ab-
wägung des Interesses der Internetnutzer an einem umfassenden Zugang 
zu den angebotenen Informationen und dem Interesse der Inhaber territo-
rial beschränkter Schutzrechte an deren Durchsetzung zu berücksichtigen 
ist.14 Bei der Interessenabwägung ebenfalls zu berücksichtigen ist, dass es 
für Dritte oft kaum möglich ist, mit hinreichender Sicherheit zu erkennen, 
welche Konzerngesellschaft eines global tätigen Konzerns in welchem 
Land welche Aufgaben übernimmt. Es gilt der Gefahr entgegenzutreten, 
dass international tätige Konzerne durch die Verwendung komplexer Struk-
turen die Durchsetzung berechtigter Interessen ins Leere laufen lassen; 
ähnlich einem Hütchenspieler, der die Kugel immer gerade dort erscheinen 
lässt, wo es seinen Interessen am besten dient.
Kaum ins Gewicht fällt die Tatsache, dass die Website und die Broschüren 
zu den Sequenziergeräten in englischer Sprache verfasst sind. In der 
Hochtechnologie, wozu die vorliegende Technik der Genomsequenzierung 
 
12 Vgl. zu den Kriterien den Art. 3 der für den Gebrauch von Marken im Internet 
verabschiedeten Joint Recommendation Concerning Provisions on the Protection 
of Marks, and Other Industrial Property Rights in Signs, on the Internet der 
Verbandsstaaten der Pariser Verbandsübereinkunft und der World Intellectual 
Property Organisation von 2001.
13 BGE 146 III 225 E. 3.3.1 – «Merck».
14 BGE 146 III 225 E. 3.3.3 – «Merck».


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Seite 33
gehört, hat sich die Verwendung von Englisch als lingua franca durchge-
setzt. Die angesprochenen Verkehrskreise kommunizieren auf Englisch. 
Aus der Verwendung der englischen Sprache lässt sich daher weder etwas 
für noch gegen die Ausrichtung auf den Schweizer Markt ableiten.
Auf der Website und in den Produktbroschüren fehlt jeder Hinweis, dass 
die fraglichen Dienstleistungen, namentlich auch die Validierung inklusive 
dazu benötigter Reagenzien, nicht in der Schweiz angeboten würden. 
Ebenfalls sind Besucher aus der Schweiz nicht durch technische Massnah-
men wie Geoblocking am Besuch der Website gehindert. Die Beklagte wird 
in den Produktbroschüren als europäische Vertreterin gelistet, ohne dass 
genauer gesagt würde, welche Länder zu Europa gehören. Damit ist die 
Schweiz, die zwar kein Mitglied der Europäischen Union ist, aber geogra-
phisch in Europa liegt, mitgemeint.
Die Beklagte in Riga, die angeblich keine Produkte in die Schweiz liefert, 
wird auf der Website und den Produktbroschüren genauso als «Logistics 
Center» bezeichnet wie die Tochtergesellschaft in Hong Kong, die nach 
klägerischer Auskunft tatsächlich in die Schweiz liefert. Dass die Klägerin 
unter den Umständen den Eindruck erhielt, dass die Beklagte – deren Sitz 
viel näher an der Schweiz liegt als Hong Kong – die innerhalb des beklag-
tischen Konzerns für die Belieferung der Schweiz zuständige Gesellschaft 
sei, ist daher verständlich. Diesen Rechtsschein, den sie bzw. ihre Kon-
zerngesellschaften verursacht hat, muss die Beklagte gegen sich gelten 
lassen.
Ebenfalls muss sich die Beklagte anrechnen lassen, dass in den Produkt-
broschüren Validierungsdienstleistungen unter Verwendung der angegrif-
fenen Reagenzien angeboten werden, ohne dass es einen Hinweis gäbe, 
dass diese Dienstleistungen nicht auch in der Schweiz erbracht würden 
und ohne dass versucht wird, Besucher aus der Schweiz am Besuch der 
Website zu hindern. Dadurch entsteht bei Dritten der Eindruck, dass die 
Beklagte – als «europäische Vertreterin» des beklagtischen Konzerns be-
zeichnet – diese Dienstleistungen auch in der Schweiz anbietet.
Durch das Angebot der Validierung inklusive der dazu benötigten Reagen-
zien verletzt die Beklagte daher die Ausschliesslichkeitsrechte der Patent-
inhaberin in der Schweiz, soweit die Reagenzien ein rechtsbeständiges 
Patent verletzen. Durch die Bezeichnung der Beklagten als «europäische 
Vertreterin» und «Logistics Center» entsteht zudem der Eindruck, dass die 


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Beklagte – wie ihre ebenfalls als «Logistics Center» bezeichnete Schwes-
tergesellschaft in Hong Kong – zukünftig auch Reagenzien in die Schweiz 
liefern wird. Damit bestehen konkrete Hinweise auf eine bevorstehende 
Verletzung in der Schweiz.
Die Klägerin hat daher ein Rechtsschutzinteresse daran, dass der Beklag-
ten das Angebot, der Vertrieb etc. der angeblich patentverletzenden Rea-
genzien in der Schweiz verboten wird, soweit die angebotenen Produkte 
tatsächlich in den Schutzbereich der geltend gemachten Patente fallen.
26.
Hingegen fehlt es an einem Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung 
des Auskunfts- und Rechnungslegungsbegehrens Nr. 8. Die Klägerin 
konnte nicht nachweisen, dass die Beklagte bereits Reagenzien-Kits in der 
Schweiz verkauft hat. Die drohende Rechtsverletzung ergibt sich wie vor-
stehend dargelegt aus dem Angebot, neu installierte Sequenziergeräte un-
ter Verwendung von Reagenzien-Kits zu validieren. 
Der Verkauf der Sequenziergeräte an sich ist nicht klagepatentverletzend. 
Es wird auch nicht behauptet, dass die Sequenziergeräte nur verkauft wür-
den, weil klagepatentgemässe Kits angeboten werden, m.a.W. es wird 
nicht behauptet, dass es nicht möglich wäre, die Sequenziergeräte mit Kits 
mit anderer Chemie zu betreiben, die nicht in den Schutzbereich der gel-
tend gemachten Ansprüche fällt. 
Die Validierung der Sequenziergeräte ist eine dem Verkauf nachgelagerte 
Dienstleistung, die «gratis» angeboten wird, d.h. im Verkaufspreis enthal-
ten ist. Es lässt sich nicht behaupten, dass die Beklagte an den für die 
Validierung verwendeten Kits Geld verdient. Entsprechend fehlt es an ei-
nem Rechtsschutzinteresse des für die Vorbereitung der finanziellen Wie-
dergutmachungsansprüche gestellten Auskunfts- und Rechnungslegungs-
begehrens.
Klagepatente
27.
Die Klage stützt sich auf die schweizerischen Teile von zwei europäischen 
Patenten, nämlich auf EP 1 530 578 B1 (im Folgenden EP 578) und auf EP 
1 828 412 B2 (im Folgenden EP 412).
Das Klagepatent EP 578 wurde am 22. August 2003 unter Beanspruchung 
dreier britischer und US-amerikanischer Prioritäten angemeldet und am 13. 


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März 2013 erteilt. Es ist für die Schweiz in Kraft und war Gegenstand eines 
Einspruchsverfahrens. Die Einspruchsabteilung hat den Einspruch mit Ent-
scheidung vom 9. Dezember 2015 zurückgewiesen. Dagegen wurde Be-
schwerde eingelegt, die jedoch kurz vor der mündlichen Verhandlung zu-
rückgenommen und das Beschwerdeverfahren entsprechend abgeschrie-
ben wurde. Deshalb sind die Ansprüche für die Schweiz in Kraft, wie sie 
als Patentschrift B1 veröffentlicht wurden.
Das Klagepatent EP 412 wurde am 13. Dezember 2005 unter Beanspru-
chung zweier britischer Prioritäten angemeldet und am 28. November 2012 
erteilt. Es ist ebenfalls für die Schweiz in Kraft und war Gegenstand eines 
Einspruchsverfahrens. In erster Instanz wurde das Patent mit Entschei-
dung vom 9. Januar 2019 in geänderter Form aufrechterhalten. Dagegen
wurde Beschwerde eingelegt, aber auch in diesem Fall wurde kurz vor der 
mündlichen Verhandlung die Beschwerde zurückgenommen, das Be-
schwerdeverfahren abgeschrieben und die Entscheidung der Einspruchs-
abteilung über die Aufrechterhaltung in geänderter Form rechtskräftig. Des-
halb sind die Ansprüche für die Schweiz in Kraft, wie sie als Patentschrift 
B2 veröffentlicht wurden.
Technischer Hintergrund
28.
Die anschliessende Zusammenfassung folgt weitgehend der Darstellung 
durch die Klägerin in der Klageschrift, RZ 10-33. Die Beklagte bestreitet 
diese Ausführungen nicht, fügt ihr aber noch eigene Ausführungen hinzu.
Diese finden sich auszugsweise in den letzten Absätzen dieses Abschnitts.
Polynukleotide wie die DNA (Desoxyribonukleinsäure) und die RNA (Ribo-
nukleinsäure) sind langkettige Moleküle, die aus kleineren Einheiten, den 
Nukleotiden, bestehen. Die Sequenz der Nukleotide innerhalb eines Po-
lynukleotidstrangs kodiert die genetische Information.
Jedes Nukleotid besteht aus drei verschiedenen chemischen Untereinhei-
ten: einem Zuckermolekül mit fünf Kohlenstoffatomen (Pentose), einer 
stickstoffhaltigen Base und einer Phosphatgruppe. Die fünf Kohlenstoff-
atome des Zuckers sind von 1' bis 5' nummeriert. Hat der Zucker eine Hyd-
roxylgruppe (OH) an der 2'-Position, wird er Ribosezucker genannt; hat er 
nur ein Wasserstoffatom (H) an der 2'-Position, wird er Desoxyribosezucker 
genannt. Während die DNA als Zuckermoleküle Desoxyribose enthält, ent-
hält die RNA Ribose.


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Abbildung 3: Chemische Struktur von Nukleotiden (aus der Klageschrift, RZ 11)
Zusammen bilden der Zucker und die Base ein Nukleosid. Durch zusätzli-
che Anlagerung von einer, zwei oder drei Phosphatgruppen an die 5'-Posi-
tion des Zuckers wird ein Nukleotid gebildet, d.h. Nukleosidmonophosphat, 
Nukleosiddiphosphat oder Nukleosidtriphosphat sind Nukleotide.
Die Bausteine für die Synthese von DNA oder RNA sind Desoxyribonukle-
osidtriphosphate (abgekürzt als dNTPs) und Ribonukleosidtriphosphate 
(abgekürzt als NTPs).
Die stickstoffhaltige Base ist an die 1'-Position der Ribose- oder Desoxyri-
bose-Zuckerkomponente gebunden. Die vier verschiedenen stickstoffhalti-
gen Basen sind Adenin (A), Cytosin (C), Guanin (G) und Thymin (T).
Je nach ihrer spezifischen Stickstoffbase – Adenin, Cytosin, Guanin oder 
Thymin – werden die folgenden Desoxynukleosidtriphosphate (dNTPs) un-
terschieden: dATP, dCTP, dGTP und dTTP.
In der DNA sind die Nukleotide durch jeweils eine Phosphatgruppe am 5'-
Kohlenstoffatom der Desoxyribose eines Nukleotids mit dem 3'-Kohlen-
stoffatom der Desoxyribose des nächsten Nukleotids verbunden. Die Des-
oxyribose bildet zusammen mit den angehängten Phosphatgruppen das 
Zucker-Phosphat-Grundgerüst der DNA, während die Abfolge der aufei-
nanderfolgenden unterschiedlichen Basen – eine pro Nukleotid – die ge-
netische Information kodiert.


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Seite 37
Die DNA besteht aus zwei spiralförmigen Polynukleotidsträngen in Form 
einer Doppelhelix. Jeder der beiden Polynukleotidstränge besteht aus ei-
ner Sequenz von Nukleotiden (in der nachstehenden Abbildung 4 durch die 
farbigen Querbalken dargestellt).
Abbildung 4: Schematische Darstellung der Doppelhelixstruktur der DNA (aus Klageschrift, 
RZ 17)
Die beiden komplementären Stränge setzen sich durch Basenpaarung zu-
sammen, wobei Wasserstoffbrücken zwischen den Basen gebildet werden. 
Cytosin (C) paart sich mit Guanin (G) und Adenin (A) mit Thymin (T).
29.
Die komplementäre Basenpaarung der DNA ermöglicht es, ein doppel-
strängiges DNA-Molekül aus einer einzelsträngigen Vorlage zu rekon-
struieren. In der Natur wird dieses Prinzip zur Replikation von DNA ge-
nutzt. Zunächst werden die beiden DNA-Stränge getrennt. Anschlies-
send synthetisiert das Enzym DNA-Polymerase zwei neue, komple-
mentäre DNA-Stränge, die zusammen mit den Einzelsträngen («Temp-
lates») zwei neue, doppelsträngige DNA-Moleküle bilden.
Die DNA-Polymerase synthetisiert neue DNA-Stränge in der Richtung von 
5' nach 3', indem sie freie Nukleotide in Form von dNTPs an das 3'-Ende 
des neuen DNA-Strangs anhängt, wie in der nachfolgenden Abbildung dar-
gestellt.


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Abbildung 5: Schematische Darstellung der Synthese neuer DNA-Doppelstränge (aus der 
Klageschrift, RZ 20)
Der Startpunkt der DNA-Replikation wird durch die Hybridisierung eines 
kleinen Oligonukleotids (manchmal als «Primer» bezeichnet; typischer-
weise 10-30 Basen) mit dem Template-DNA-Einzelstrang bestimmt, 
wodurch die Synthese des komplementären Strangs durch die DNA-Poly-
merase in Gang gesetzt wird. Ein Synthesezyklus führt dazu, dass ein wei-
teres Nukleotid in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird. Das Nuk-
leotid, das in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird, hat eine Base, 
die komplementär zur Base des Nukleotids auf dem Template-DNA-Strang 
ist – wie vorne erwähnt, A paart sich mit T, C paart sich mit G.
30.
Die Prinzipien der DNA-Replikation können auch für die Sequenzierung 
von DNA genutzt werden, d. h. für die Bestimmung der spezifischen 
Nukleotidsequenz in einem bestimmten DNA-Fragment.
Aus dem zu analysierenden DNA-Fragment wird ein Einzelstrang extra-
hiert, und die Stelle, an der die Sequenzierung beginnen soll, wird mit ei-
nem speziell ausgewählten Primer vorgegeben. Mit Hilfe der DNA-Poly-
merase wird dann, ausgehend vom an den Template-DNA-Einzelstrang 
hybridisierten Primer, ein komplementärer Strang aufgebaut, indem nach-
einander komplementäre Nukleotide angefügt werden. Mit Hilfe geeigneter 
Methoden kann bestimmt werden, welche Nukleotide an den komplemen-
tären Strang angefügt werden. Die modifizierten Nukleotide können bei-
spielsweise spezifische fluoreszierende Markierungen enthalten, die den 


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Seite 39
verschiedenen Basen entsprechen. Da jede Base nur an eine bestimmte 
andere Base bindet, kann aus der Sequenz der Nukleotide im komplemen-
tären Strang auf die Nukleotidsequenz des analysierten DNA-Fragments 
geschlossen werden.
Die DNA-Sequenzierung kann daher durch Synthese des zum zu analysie-
renden DNA-Einzelstrang komplementären Strangs erfolgen. Dieses Ver-
fahren wird als Sequenzierung durch Synthese (SBS für «Sequencing by 
Synthesis») bezeichnet.
31.
Das von der Klägerin, bzw. ihren Gruppengesellschaften, verwendete
SBS-Verfahren nutzt die DNA-Replikation durch DNA-Polymerase, um 
einzelsträngige Template-Stränge zu sequenzieren, die an einer festen 
Oberfläche, z. B. auf einem Array, befestigt sind. Im Gegensatz zur her-
kömmlichen DNA-Replikation wird beim SBS-Verfahren schrittweise 
nur ein Nukleotid an den wachsenden DNA-Strang angehängt und 
dann pausiert. Die Replikationsreaktion wird also nach jeder Zugabe 
eines Nukleotids angehalten, und die Identität des neu hinzugefügten 
Nukleotids wird vor der Anbindung eines weiteren Nukleotids zu dem 
wachsenden DNA-Strang bestimmt. Der Prozess wird durch die Ver-
wendung modifizierter Nukleotide unterbrochen, die eine blockierende 
Gruppe enthalten, die den weiteren Einbau von Nukleotiden durch die 
DNA-Polymerase verhindert. Die Blockierungsgruppe ist abtrennbar
angebracht und kann daher nach der jeweiligen Identitätsbestimmung 
entfernt werden, so dass ein weiterer Zyklus der DNA-Replikation (und 
Sequenzierung) stattfinden kann.
Die modifizierten Nukleotide, die in dem SBS-Verfahren der Klägerin
verwendet werden, enthalten eine abtrennbar gebundene 3'-Blockie-
rungsgruppe und eine abspaltbare fluoreszierende Markierung. Die 
Fluoreszenzsignale kennzeichnen das jeweilige modifizierte Nukleotid 
und können daher zur Identifizierung des eingebauten Nukleotids ver-
wendet werden, während die 3'-Blockierungsgruppe sicherstellt, dass 
jeweils pro Schritt nur ein einziges Nukleotid von der DNA-Polymerase 
an den wachsenden DNA-Strang angefügt wird.
Jedes der vier verschiedenen Nukleotide wird mit einer spezifischen 
Fluoreszenzmarkierung versehen. Die Identität des eingebauten Nuk-
leotids wird dann anhand der Farbe des von der Fluoreszenzmarkie-
rung erzeugten Fluoreszenzsignals festgestellt.


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Nach der Bestimmung der Identität des eingebauten Nukleotids werden 
die fluoreszierende Markierung und die 3'-Blockierungsgruppe abge-
spalten, und der Prozess wird durch die Hinzufügung eines weiteren 
Nukleotids zu dem wachsenden DNA-Strang fortgesetzt, gefolgt vom 
Nachweis dieses weiteren Nukleotids. Der Replikations- und Detekti-
onszyklus wird wiederholt, um eine Nukleotidsequenz des DNA-Frag-
ments zu bestimmen.
Das SBS-Verfahren, das in der nachstehenden Abbildung schematisch 
dargestellt ist, umfasst somit drei Phasen, die für jedes Nukleotid in den 
Template-DNA-Einzelsträngen wiederholt werden: (i) Nukleotid-Inkorpo-
ration, (ii) Detektion und (iii) Abspaltung
Während des Nukleotid-Inkorporationsphase baut die DNA-Poly-
merase ein einzelnes modifiziertes Nukleotid (d. h. modifiziertes dATP, 
dCTP, dGTP und dTTP) in jeden der wachsenden DNA-Stränge auf 
dem festen Träger ein. Um die DNA-Synthese nach jedem Replikati-
onszyklus zu unterbrechen, verwendet das SBS-Verfahren der Klägerin
modifizierte Nukleotide, die mit einer entfernbaren Blockierungsgruppe 
an der 3'-(OH)-Position und einer fluoreszierenden Markierung verse-
hen sind. Die Blockierungsgruppe verhindert, dass mehr als ein Nukle-
otid in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird, wodurch die Iden-
tität jedes neu im jeweiligen Schritt einzeln eingebauten Nukleotids fest-
gestellt werden kann. Bei jedem Sequenzierungszyklus werden in der 
Inkorporationsphase frische fluoreszenzmarkierte und blockierte Nuk-
leotide hinzugefügt und in den wachsenden DNA-Strang eingebaut
(von der Beklagten nicht bestritten).
Nach dem Einbau eines einzelnen komplementären Nukleotids in den 
wachsenden DNA-Strang wird die Identität des Nukleotids durch Bildge-
bung der festen Oberfläche, an die die Vorlage und die wachsenden DNA-
Stränge gebunden sind, bestimmt (Detektionsphase). Die Identität des 
eingebauten Nukleotids wird nachgewiesen, indem der Fluoreszenzmarker 
durch kurzwelliges Licht angeregt und die Wellenlänge des abgestrahlten 
Lichts bestimmt wird (s. nachstehend E. 32 zur Fluoreszenz).
Nach der Bildgebung werden sowohl die Fluoreszenzmarkierung als auch 
die 3'-Blockierungsgruppe vom wachsenden DNA-Strang durch Zugabe 
von geeigneten Chemikalien abgespalten. Durch die Abspaltung der Flu-
oreszenzmarkierung wird das ehemalige Fluoreszenzsignal aus dem 
wachsenden DNA-Strang entfernt, während durch die Abspaltung der 3'-


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Blockierungsgruppe eine freie 3'-OH-Gruppe bereitgestellt wird, die es er-
möglicht, ein weiteres Nukleotid durch die DNA-Polymerase an den wach-
senden Strang anzufügen. Das Verfahren kann daher durch Anhängen ei-
nes weiteren, wiederum fluoreszenzmarkierten und blockierten Nukleo-
tids an den wachsenden DNA-Strang fortgesetzt werden. Der Replikations-
nachweiszyklus wird so oft wie erforderlich wiederholt, um die Sequenz des 
DNA-Fragments zu bestimmen.
Abbildung 6: Schematische Darstellung der drei Phasen des klägerischen SBS-Verfahrens 
(aus der Klageschrift, RZ 32)
32.
Fluoreszenz ist die Emission von Licht durch eine Substanz, die zuvor Licht 
absorbiert hat. Solche Substanzen werden als Fluorophore bezeichnet.
Das emittierte Licht hat bei Fluoreszenz eine grössere Wellenlänge und 
damit eine geringere Energie als die zuvor absorbierte Strahlung. Nach-
dem ein Elektron ein hochenergetisches Photon absorbiert hat, wird das 
System elektronisch und schwingungsmässig angeregt. Das System ent-
spannt sich schwingungsmässig, d.h. Energie wird teilweise dissipiert, und 
fluoresziert schliesslich spontan und spinerlaubt mit der verbleibenden 
Energie bei einer längeren Wellenlänge.
Ein Fluorophor kann einen Fluoreszenzprozess wiederholt durchlaufen –
theoretisch beliebig oft. Dies ist nützlich, weil es bedeutet, dass ein Fluoro-
phormolekül ein Signal mehrfach erzeugen kann. In Wirklichkeit ist das Flu-
orophor jedoch häufig aufgrund seiner strukturellen Instabilität während 
des angeregten Zustands anfällig für Degradation. Besonders eine inten-
sive Bestrahlung kann dazu führen, dass der Fluorophor seine Struktur so 


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verändert, dass er nicht mehr in der gleichen Weise oder sogar gar nicht 
mehr fluoreszieren kann – dieser Effekt wird als Photobleichung bezeich-
net. Ob und wie schnell ein Fluorophor gebleicht wird, hängt unter anderem 
von der Intensität der Belichtung ab (unter Verweis auf Fuller et al., The 
challenges of sequencing by synthesis, Nature Biotechnology 2009, 1013-
1023, 1019).
Ein wichtiger Faktor für die Degradation von Fluorophoren in Lösung ist die 
Anwesenheit von gelöstem Sauerstoff. Molekularer Sauerstoff neigt dazu, 
andere Strukturen zu schädigen, indem er oxidativ hochreaktive Sauer-
stoffspezies zur Verfügung stellt (Dittrich et al., Photo bleaching and stabi-
lization of fluorophores used for single-molecule analysis with one- and 
two-photon excitation, Appl. Phys. B 2001, 829-837, 831). Aus diesem 
Grund werden daher häufig Antioxidantien eingesetzt, um die schädli-
chen Auswirkungen von reaktiven Sauerstoffspezies auf Fluorophore zu 
verringern.
Eine weitere Auswirkung reaktiver Sauerstoffspezies ist die Photobeschä-
digung («Photodamage»). Dies ist etwas Anderes als die Photobleichung. 
Der Begriff Photodamage wird verwendet, um die Schädigung anderer Mo-
leküle als des Fluorophors durch die von der starken Lichteinstrahlung er-
zeugten reaktiven Sauerstoffspezies zu bezeichnen (vgl. EP 412 Abs. 
[0005]). Eines der Moleküle im klägerischen SBS-Verfahren, das durch 
Photodamage beschädigt werden kann, ist der zu replizierende DNA-Ein-
zelstrang (das Template).
Rechtsbeständigkeit von Klagepatent EP 1 530 578 B1
33.
Die EP 578 betrifft modifizierte Nukleotide mit einer entfernbaren Schutz-
gruppe (Abs. [0001]), insbesondere zur Verwendung in einem Sequencing-
by-Synthesis Verfahren, bei dem an das zu sequenzierende Polynukleotid 
sukzessive komplementäre Nukleotide angehängt werden (Abs. [0004]). 
Konkret geht es in der EP 578 darum, für derartige Verfahren geeignete 
Nukleotide mit reversiblen Blockierungsgruppen, die unter DNA-kompatib-
len Bedingungen entfernt werden können, bereitzustellen (Abs. [0013]).
Der geltend gemachte unabhängige Erzeugnisanspruch 1 der EP 578 lau-
tet in der Merkmalsgliederung der Klägerin, die von der Beklagten akzep-
tiert wird:


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1. A modified nucleotide molecule 
1.1 comprising a purine or pyrimidine base and 
1.2 a ribose or deoxyribose sugar moiety 
1.3 having a removable 3’-OH blocking group covalently attached thereto, 
1.3.1 
such that the 3’ carbon atom has attached a group of the structure -
O-Z
1.3.2
wherein Z is any of -C(R’)2-N(R")2, C(R’)2-N(H)R", and -C(R’)2-N3, 
1.3.3 
wherein each R" is or is part of a removable protecting group;
1.3.4a each R’ is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, 
arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl, heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, 
alkoxy, aryloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label 
attached through a linking group; 
1.3.4b or (R’)2 represents an alkylidene group of formula =C(R’’’)2 wherein 
each R’’’ may be the same or different and is selected from the group 
comprising hydrogen and halogen atoms and alkyl groups; and 
1.3.5 
wherein said molecule may be reacted to yield an intermediate in 
which each R" is exchanged for H, which intermediate dissociates 
under aqueous conditions to afford a molecule with a free 3’OH.
Massgeblicher Fachmann
34.
Die Kenntnisse und Fähigkeiten des massgeblichen Fachmannes sind in 
zwei Schritten zu bestimmen: Zuerst ist das für die zu beurteilende Erfin-
dung massgebliche Fachgebiet, anschliessend sind Niveau und Umfang 
der Fähigkeiten und Kenntnisse des Fachmannes des entsprechenden 
Fachgebiets zu bestimmen. Das massgebliche Fachgebiet bestimmt sich 
nach dem technischen Gebiet, auf dem das von der Erfindung gelöste 
Problem liegt.15
Die Fähigkeiten und Kenntnisse des Fachmannes umschreibt das Bundes-
gericht mit der Formulierung, der durchschnittlich gut ausgebildete Fach-
mann, auf den bei der Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit abgestellt 
werde, sei «weder ein Experte des betreffenden technischen Sachgebiets 
noch ein Spezialist mit hervorragenden Kenntnissen. Er muss nicht den 
gesamten Stand der Technik überblicken, jedoch über fundierte Kenntnisse 
 
15 BPatGer, Urteil S2019_003 vom 15. August 2019, E. 21.


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Seite 44
und Fähigkeiten, über eine gute Ausbildung sowie ausreichende Erfahrung 
verfügen und so für den in Frage stehenden Fachbereich gut gerüstet 
sein».16 Was dem fiktiven Fachmann fehlt, ist jede Fähigkeit des assoziati-
ven oder intuitiven Denkens.17
Als allgemeines Fachwissen gelten grundsätzlich nur Lehrbücher und all-
gemeine Nachschlagewerke,18 normalerweise aber nicht wissenschaftliche 
Publikationen oder der Offenbarungsgehalt von Patentanmeldungen.19 Da-
ran ändert auch die Zitierung von wissenschaftlichen Publikationen oder 
Patentanmeldungen in späteren Patentanmeldungen nichts, denn diese Zi-
tierungen sind kein verlässliches Mass dafür, ob das entsprechende Wis-
sen tatsächlich zum allgemeinen Fachwissen gezählt werden kann. Erst 
wenn eine technische Lehre Eingang in Lehrbücher oder allgemeine Nach-
schlagewerke gefunden hat, kann normalerweise davon ausgegangen 
werden, dass sie Teil des allgemeinen Fachwissens ist.
Nach der Rechtsprechung des EPA können wissenschaftliche Veröffentli-
chungen oder der Offenbarungsgehalt von Patentanmeldungen aus-
nahmsweise dem allgemeinen Fachwissen zugerechnet werden, wenn ein 
technisches Gebiet so neu ist, dass es noch keinen Eingang in Lehrbücher 
gefunden hat20 oder wenn eine Serie von Veröffentlichungen übereinstim-
mend zeigt, dass eine Technologie allgemein bekannt war.21
35.
In der Klage definiert die Klägerin den massgeblichen Fachmann nicht, we-
der für EP 578 noch für EP 412. Die Beklagte äussert sich in der Klageant-
wort dahingehend, dass der Fachmann im vorliegenden Fall ein Biochemi-
ker (oder Chemiker mit Spezialisierung auf Biochemie) mit Hochschulab-
schluss und mehrjähriger praktischer Erfahrung in der biochemischen In-
dustrie sei. Während seines Studiums habe er regelmässig eigene prakti-
sche Erfahrungen mit den klassischen Sequenzierungsmethoden, wie z. 
B. der Sanger-Methode, gesammelt. Er kenne auch die neueren Methoden 
und habe diese möglicherweise schon während seines Studiums oder in 
seiner weiteren beruflichen Laufbahn angewendet. Der Fachmann verfüge
auch über ein solides chemisches Wissen hinsichtlich der Bereitstellung 
 
16 BGE 120 II 71 E. 2.
17 BGE 120 II 312 E. 4b – «cigarette d‘un diamètre inférieur»; CR-PI-LBI-
SCHEUCHZER, Art. 1 N 122.
18 BPatGer, Urteil O2018_008 vom 2. Februar 2021, E. 17 – «Tiotropium COPD 
Inhalationskapseln».
19 SHK PatG-SCHWEIZER, Art. 1 N 45. 
20 T 772/89 vom 18 Oktober 1991, E. 3.3; T 1347/11 vom 29. Oktober 2013, E. 4.
21 T 151/05 vom 22. November 2007, E. 3.4.1; T 412/09 vom 9. Mai 2012, E. 2.1.3.


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Seite 45
der entsprechenden Grundbausteine, wie Nukleotide und Nukleoside. Dies 
geschehe in der Regel nicht biochemisch, d.h. enzymatisch, sondern mit-
tels klassischer Synthesemethoden der organischen Chemie. Bei Bedarf 
werde der Fachmann daher zur Klärung von Detailfragen im Zusammen-
hang mit der chemischen Synthese von Nukleotiden oder Nukleosiden auf 
das Fachwissen eines organischen Chemikers zurückgreifen oder ein 
Team mit einem solchen Chemiker bilden.
Die Klägerin stimmt dem insofern zu, als dass der Fachmann einen Dok-
tortitel in Chemie, Molekularbiologie oder einer eng verwandten Disziplin 
und mindestens fünf Jahre praktische akademische oder industrielle Labo-
rerfahrung in der Forschung und Entwicklung von DNA-Sequenzierungs-
technologien habe und in einem Team arbeite. Hingegen wendet die Klä-
gerin ein, die Ausführungen der Beklagten zu den Kenntnissen des Fach-
manns über klassische Synthesemethoden der organischen Chemie seien 
rückblickend in Kenntnis der Erfindung von EP 578 formuliert.
36.
Die Parteien sind sich demnach einig, dass es sich beim Fachmann um 
einen Chemiker oder Biochemiker handelt, der mehrere Jahre Erfahrung 
im Gebiet des Sequencing-by-Synthesis hat, und der in einem Team arbei-
tet, d.h. gegebenenfalls im gleichen Team arbeitende Kollegen mit etwas 
anderem Hintergrund für Spezialfragen konsultieren wird. Davon ist in der 
Folge auszugehen.
Nicht zum allgemeinen Fachwissen des so definierten Fachmanns gehört 
die Veröffentlichungsschrift WO91/06678 («WO 678», im Einspruchsver-
fahren D25, auch als «Tsien» bezeichnet) sowie die wissenschaftliche Ver-
öffentlichung Kraevskii et al., Substrate Inhibitors of DNA Biosynthesis, 
MOLBBJ 1987, 25-29 («Kraevskii et al. 1987»).
Die Beklagte legt nicht überzeugend dar, dass es sich beim Gebiet der Er-
findung um ein derart junges technisches Gebiet handelt, dass die Gegen-
stände einschlägiger Patentanmeldungen noch nicht Eingang in Lehrbü-
cher gefunden haben, und sie zeigt auch nicht auf, dass eine Serie von 
Veröffentlichungen übereinstimmend zeigt, dass eine Technologie allge-
mein bekannt war. Konkret begründet die Beklagte ihr Argument, die Pa-
tentanmeldung WO 678 gehöre zum allgemeinen Fachwissen damit, dass 
die WO 678 bis zum Prioritätszeitpunkt in 46 später angemeldeten Patent-
familien zitiert worden sei, und bis heute sogar in 865 Patentveröffentli-
chungen.


O2019_007
Seite 46
Massgeblich für die Frage, was zum Prioritätszeitpunkt dem allgemeinen 
Fachwissen zuzurechnen ist, sind höchstens die Zitate bis zum Prioritäts-
zeitpunkt (und damit auch nicht die von der Beklagten ins Feld geführte 
Verleihung des Nobelpreises an einen der Autoren, da diese nach dem Pri-
oritätszeitpunkt erfolgte). Diese Zitate zeigen nur, dass die WO 678 als 
Stand der Technik genannt wurde, nicht aber, ob die von der Beklagten aus 
der WO 678 als allgemeines Fachwissen behauptete technische Lehre in 
den zitierenden Dokumenten als allgemein bekannte Technologie darge-
stellt wird. Auch die Tatsache, dass die WO 678 mehr als 10 Jahre vor dem 
Prioritätszeitpunkt veröffentlicht wurde, und offenbar keinen Eingang in 
Lehrbücher gefunden hat22 obwohl es sich bei dem Gebiet der Biotechno-
logie schon damals um ein sich rasch entwickelndes technisches Gebiet 
handelte, bei der man eine regelmässige Überarbeitung der einschlägigen 
Lehrbücher erwarten würde, zeigt, dass die von der Beklagten behauptet
konkrete Offenbarung aus der WO 678 zum Prioritätszeitpunkt noch nicht 
zum allgemeinen Fachwissen gehörte.
All dies bedeutet selbstverständlich nicht, dass die Offenbarung der 
WO 678 nicht zum Stand der Technik gehört. Es bedeutet nur, dass die 
technische Lehre der WO 678 nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzu-
rechnen ist, und dass entsprechend, wenn die WO 678 als Stand der Tech-
nik im Zusammenhang mit der erfinderischen Tätigkeit berücksichtigt wer-
den soll, zu begründen ist, weshalb der Fachmann gerade dieses Doku-
ment beigezogen bzw. als Ausgangspunkt seiner Entwicklung genommen 
hätte.
Warum die wissenschaftliche Veröffentlichung Kraevskii et al. 1987 aus-
nahmsweise als zum allgemeinen Fachwissen gehörend zu berücksichti-
gen sein soll, begründet die Beklagte auf den entsprechenden Einwand der 
Klägerin nur damit, dass dieses Dokument in der WO 678 zitiert werde. 
Letztere gehört aber nicht zum allgemeinen Fachwissen, weswegen dieses 
Argument ins Leere läuft.
Erfinderische Tätigkeit
37.
Die Beklagte erhebt die Einrede der fehlenden Rechtsbeständigkeit des 
Klagepatents EP 578 und macht dabei ausschliesslich geltend, der Gegen-
stand der EP 578 beruhe nicht auf erfinderischer Tätigkeit. 
 
22 Die Beklagte hat keine entsprechenden Fundstellen in Lehrbüchern vorgelegt.


O2019_007
Seite 47
38.
Was sich in naheliegender Weise aus dem Stand der Technik ergibt, ist 
keine patentierbare Erfindung (Art. 1 Abs. 2 PatG). Um «eine unzulässige 
ex-post-Betrachtung auszuschliessen», verlangt das Bundesgericht eine 
nachvollziehbare Methode der Beurteilung.23
Dazu bedarf es mindestens der Feststellung der Erfindung, des Standes 
der Technik sowie des massgeblichen Fachmannes und seines Wissens 
und Könnens.24
Das Bundespatentgericht wendet bei der Beurteilung der erfinderischen 
Tätigkeit in der Regel den vom Europäischen Patentamt (EPA) entwickel-
ten Aufgabe-Lösungs-Ansatz an.25 Der Aufgabe-Lösungs-Ansatz gliedert 
sich in drei Phasen: i) Ermittlung des «nächstliegenden Stands der Tech-
nik», ii) Bestimmung der zu lösenden «objektiven technischen Aufgabe» 
und iii) Prüfung der Frage, ob die beanspruchte Erfindung angesichts des 
als Ausgangspunkt verwendeten Stands der Technik («nächstliegender 
Stand der Technik») und der objektiven technischen Aufgabe für die Fach-
person naheliegend gewesen wäre.26
Trotz des Superlativs «nächstliegend» kann es, auch nach der Rechtspre-
chung der Beschwerdekammern des EPA,27 mehrere «nächstliegende» 
Entgegenhaltungen geben, die «gleich weit entfernt» sind von der Erfin-
dung.28 Dann muss für die Feststellung, dass die beanspruchte technische 
Lehre nicht naheliegend ist, der Aufgabe-Lösungs-Ansatz ausgehend von 
allen Ausgangspunkten durchgeführt werden. Das Bundesgericht hält da-
bei fest, dass es «nicht wesentlich sein [kann], welches von regelmässig 
mehreren naheliegenden Elementen im Stande der Technik zum Aus-
gangspunkt der allein entscheidenden Frage genommen wird, ob die Fach-
person schon mit geringer geistiger Anstrengung auf die Lösung des Streit-
patents kommen kann».29
 
23 BGer, Urteil 4C.52/2005 vom 18. Mai 2005, E. 2.3 – «Kunststoffdübel».
24 BGer, a.a.O.
25 BPatGer, Urteil O2013_008 vom 25. August 2015, E. 4.4 – «elektrostatische 
Pulversprühpistole»; Urteil S2017_001 vom 1. Juni 2017, E. 4.6 –
«Valsartan/Amlodipin Kombinationspräparat»; Urteil O2015_011 vom 29. August 
2017, E. 4.5.1 – «Fulvestrant».
26 Richtlinien für die Prüfung im EPA, Ausgabe November 2019, G-VII, 5.
27 Vgl. Beschwerdekammer des EPA, Entscheidung T 967/97 vom 25. Oktober 
2001.
28 BPatGer, Urteil S2017_001 vom 1. Juni 2017, E. 4.6.
29 BGE 138 III 111 E. 2.2 – «Induktionsherd».


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Seite 48
Ausgangspunkt der Beurteilung («nächstliegender Stand der Tech-
nik»): WO 02/29003
39.
Im ersten Schritt des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes ist der nächstliegende 
Stand der Technik im Sinne eines besten Ausgangspunkts für die Beurtei-
lung der erfinderischen Tätigkeit zu bestimmen.
40.
Die Beklagte führt im Zusammenhang mit der erfinderischen Tätigkeit zu-
nächst aus, auf Basis welcher Argumente die EP 578 von der Einspruchs-
abteilung zu Unrecht aufrechterhalten wurde. Diese Ausführungen bleiben 
von der Klägerin unkommentiert.
Als Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit nimmt 
die Beklagte die WO 02/29003 (im Einspruchsverfahren D9, auch als «Ju 
et al.» bezeichnet, in der Folge WO 003).
Bei der Diskussion der erfinderischen Tätigkeit wird von der Beklagten in 
einem ersten Schritt unter Bezugnahme auf diverse Entgegenhaltungen, 
insbesondere WO 678 (auch «Tsien»), ein Buch von Greene und Wuts 
(Greene/Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, Hoboken, USA, 1. 
Aufl 1999 (Wiley and Sons), im Einspruchsverfahren D16, in der Folge 
Greene/Wuts 1999), sowie Kraevskii et al. 1987, umfangreich der techno-
logische Hintergrund dargelegt, dies jedoch ohne Bezugnahme auf das 
Ausgangsdokument WO 003. Die Erläuterungen beschränken sich dabei 
nicht auf die allgemeinen Prinzipien des Sequencing-by-Synthesis Verfah-
rens, sondern es wird im Detail auf die spezifischen Verfahren beispiels-
weise beschrieben in der WO 678 eingegangen, auf Auswahlkriterien für 
Schutzgruppen unter Bezugnahme auf Greene/Wuts 1999 und Kraevskii 
et al. 1987, auf die Prinzipien bei der Entfernung der Schutzgruppe und der 
Verhinderung der Wechselwirkung mit der DNA Polymerasereaktion und 
die Einführung der Schutzgruppe, wiederum jeweils unter Bezugnahme auf 
die genannten Dokumente aber nicht auf die WO 003.
Bei der Diskussion der erfinderischen Tätigkeit ist vom Offenbarungsgehalt 
des Ausgangsdokuments auszugehen, unabhängig davon, ob man den 
vom Bundespatentgericht in der Regel verwendeten Problem-Lösungsan-
satz verwendet oder nicht. Dieser Offenbarungsgehalt ist gegebenenfalls 
zu ergänzen durch das allgemeine Fachwissen. Die Ausführungen der Be-
klagten beziehen sich auf Literatur, die nicht zum allgemeinen Fachwissen 


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Seite 49
gezählt und daher nicht berücksichtigt werden kann (vgl. dazu vorne im 
Detail E. 34). Würde man derartige auf die zu beurteilende Erfindung schie-
lende Ausführungen losgelöst vom Ausgangsdokument und dafür unter Be-
zugnahme auf andere Dokumente bei der Diskussion der erfinderischen 
Tätigkeit zulassen, würde infolge des dadurch eingenommenen Blickwin-
kels eine rückschauende Betrachtungsweise eingeführt. Gleichzeitig 
würde der Offenbarungsgehalt von weiteren Dokumenten, neben dem Aus-
gangsdokument und den ausdrücklichen angeführten Sekundärdokumen-
ten, in die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit einfliessen, was eben-
falls nicht zulässig ist.
41.
Die Klägerin bestreitet nicht, dass WO 003 ein geeigneter Ausgangspunkt 
für die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit für EP 578 ist. Tatsächlich 
betrifft WO 003 wie EP 578 ein Sequencing-by-Synthesis Verfahren und 
wird auch in der Patentschrift EP 578 bei der Diskussion des Standes der 
Technik erwähnt (Abs. [0008]-[0011]). Auch im Einspruchsverfahren wurde 
die erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 003 beurteilt. Die WO 003 
ist zweifellos ein geeigneter Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfin-
derischen Tätigkeit.
Objektive technische Aufgabe
42.
In der zweiten Phase des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes wird die zu lösende 
technische Aufgabe objektiv bestimmt. Hierfür werden das Patent, der 
nächstliegende Stand der Technik und die zwischen der beanspruchten Er-
findung und dem nächstliegenden Stand der Technik bestehenden Unter-
schiede in Bezug auf die (strukturellen oder funktionellen) Merkmale unter-
sucht (die auch als Unterscheidungsmerkmal(e) der beanspruchten Erfin-
dung bezeichnet werden), anschliessend wird die aus diesen Unterschei-
dungsmerkmalen resultierende technische Wirkung bestimmt und dann die 
technische Aufgabe formuliert.30
43.
Als Unterscheidungsmerkmal der Erfindung zu WO 003 identifiziert die Be-
klagte die genaue Art der Schutzgruppe, d.h. die Merkmale 1.3.1-1.3.5.
Das Unterscheidungsmerkmal habe, so die Beklagte, keine technische 
Wirkung. Die Beispiele gemäss EP 578 zeigten nicht, dass sich die Schutz-
 
30 BPatGer, Urteil S2019_007 vom 1. Oktober 2019, E. 32 – «Tadalafil 5 mg».


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Seite 50
gruppe bei milden Bedingungen lösen liesse, ohne die DNA zu denaturie-
ren. Typische für SBS-Verfahren verwendete Primer hätten eine minimale 
Länge von zehn Basenpaaren. Deren Schmelzpunkt liege je nach Salzkon-
zentration der Lösung zwischen 43,5°C und 48°C. Gemäss EP 578 würden 
die Schutzgruppen während 15 Minuten bei 65°C gelöst und mit einer TE-
Bufferlösung ausgewaschen. Bei diesen Temperaturen werde der Pri-
mer/DNA Duplex komplett geschmolzen. Wenn nur einer der DNA-Stränge 
an den Microbeads angebracht sei, werde der andere Strang zusammen 
mit der Schutzgruppe entfernt und der Zyklus unterbrochen. Das Verfahren 
gemäss EP 578 funktioniere nur, weil die Hairpin-Methode verwendet 
werde, die eine vollständige Denaturierung der DNA verhindere. Daher sei 
die zu lösende Aufgabe die Bereitstellung eines alternativen Nukleotidmo-
leküls.
Die Klägerin entgegnet, die WO 003 verlange, dass der wachsende DNA-
Strang die Wasch-, Detektions- und Spaltungsschritte überstehe, ohne von 
der DNA-Matrize gelöst zu werden (WO 003, S. 41:17-19). WO 003 zeige 
jedoch nicht in ausführbarer Weise, wie dieses Ziel erreicht werden könne. 
Die technische Wirkung des Unterscheidungsmerkmals zwischen dem 
nächstliegenden Stand der Technik WO 003 und den erteilten Ansprüchen 
von EP 578 sei eine 3'-OH-Blockierungsgruppe, die ohne Denaturierung 
der DNA-Matrize und der wachsenden DNA-Stränge, d.h. in einer wässri-
gen Umgebung unter Bedingungen, die mit DNA und DNA-Sequenzierung 
durch Synthese kompatibel sind, gelöst werden könne. Das sich daraus 
ergebende objektive technische Problem sei die Bereitstellung von Verbin-
dungen mit verbesserten Eigenschaften, die an den DNA-Strang angefügt
werden können und die eine Blockierungsgruppe enthalten, die ohne De-
naturierung der DNA entfernt werden könne. 
Dieses Problem werde durch das Klagepatent EP 578 glaubhaft gelöst. 
Das Anfügen an den DNA-Strang erfolge bei für SBS-Verfahren üblichen 
Bedingungen, mit einem gewöhnlichen Puffer bei einer Temperatur von 
65°C während 10-15 Minuten. Die Entfernung der Blockierungsgruppe er-
folge mit in Wasser gelöstem TCEP (Tris-(2-Carboxyethyl) Phosphin-Tri-
natriumsalz) in einer Konzentration von 0,1 M während 15 Minuten bei der 
gleichen Temperatur (65°C). Es gebe keinen Grund, die Eignung dieser 
Bedingungen für das Anfügen an den DNA-Strang in Frage zu stellen. Taq-
Polymerase, eine beispielhafte Polymerase, die routinemässig in der PCR 
verwendet werde, werde normalerweise 15 Minuten lang bei 68°C bis 72°C 
inkubiert. Es sei offensichtlich, dass unter diesen Bedingungen, die eine 
DNA-Synthese ermöglichen, die Verbindung von Basenpaaren möglich 


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Seite 51
sein müsse. Daher gebe es keinen Grund, daran zu zweifeln, dass die Ent-
fernung der Blockierungsgruppen mit einer wässrigen Lösung bei der glei-
chen Temperatur wie im vorangegangenen Schritt (die Temperatur werde 
wahrscheinlich der Einfachheit halber beibehalten), durchgeführt werden 
könne, ohne die DNA zu denaturieren. Daher sei glaubhaft, dass die Of-
fenbarung von EP 578 das objektive technische Problem löse.
44.
Tatsächlich offenbart die WO 003 selbst für die spezifisch genannten 
Schutzgruppen nur schematische Bedingungen für die Entfernung der 
Schutzgruppe (siehe insbesondere Figur 14) und somit keine ausführbaren
chemischen Bedingungen. Die in WO 003 konkret beschriebenen Bedin-
gungen sind nicht nachweislich so, dass sie die DNA nicht denaturieren.
Die Beklage führt dazu aus, die WO 003 verweise im Zusammenhang mit 
der Entfernung der MOM-Gruppe auf Ireland/Varney, Approach to the Total 
Synthesis of Chlorothricolide: Synthesis of (±)-19,20-Dihydro-24-0-methyl-
chlorothricolide, Methyl Ester, Ethyl Carbonate, J. Org. Chem. 1986, 635-
648 («Ireland/Varney 1987»), und bei Entfernung unter den dort genann-
ten Bedingungen sei die Entfernung kompatibel mit SBS (d.h. die Diskus-
sion der erfinderischen Tätigkeit der Entscheidung des EPA).
Tatsächlich verweist die WO 003 an mehreren Stellen für die Entfernung 
der MOM-Schutzgruppe auf diese wissenschaftliche Veröffentlichung. Sie 
hält dabei fest, unter Bezugnahme auf Figur 14, die dort genannten Reak-
tionsbedingungen seien «ziemlich mild und spezifisch und würden die 
DNA-Template Einheiten nicht abbauen» (WO 003, S. 58:32-S. 59:4), 
ohne einen konkreten Nachweis zu erbringen. Auf der von der Beklagten 
angerufenen Seite 640 der Veröffentlichung Ireland/Varney 1987 werden 
aber genau wie in der Figur 14 der WO 003 nur schematische Bedingungen 
angegeben, und insbesondere wird zur Hauptsache mit Acetonitril als Lö-
sungsmittel gearbeitet sowie mit LiBF4. Damit erschöpft sich die Aussage 
in der WO 003 in einem Vorschlag ohne konkreten Nachweis, dass auch 
tatsächlich die Kompatibilität mit DNA gegeben ist. Der Fachmann konnte 
angesichts des zur Hauptsache organischen Lösungsmittels und der an-
gegebenen beachtlich hohen Temperatur von 70°C nicht eindeutig davon 
ausgehen, dass diese Entfernung der MOM-Schutzgruppe tatsächlich die 
DNA nicht denaturiert. Zudem sind die Bedingungen, soweit überhaupt of-
fenbart, nicht rein wässrig.
Die objektive technische Aufgabe ist entsprechend nicht die Bereitstellung 
einer Alternative, sondern – im Wesentlichen der Klägerin folgend – die 


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Bereitstellung eines verbesserten Nukleotidmoleküls mit einer Blockie-
rungsgruppe an der 3’-OH-Stelle, die kompatibel mit dem SBS-Verfahren 
ist und insbesondere nicht zur Denaturierung der DNA führt, wenn die 
Schutzgruppe entfernt wird.
Diese Aufgabe wird durch EP 578 auch glaubhaft gelöst. 
Die Beklagte meint dazu, die Aufgabe sei generell und insbesondere be-
züglich des Arguments der Denaturierung als die Bereitstellung einer Alter-
native zu sehen. Die EP 578 löse ausgehend von WO 003 gar kein Prob-
lem, denn die Denaturierung werde in der WO 003 bereits durch die dort 
verwendete Hairpin-Methode verhindert. Dieses Argument überzeugt des-
wegen nicht, weil in WO 003 die Verhinderung der Denaturierung auch 
beim Verfahren nach diesem Dokument, also mit der Hairpin-Methode, als 
wesentlich hervorgehoben wird (S.42:17-19, eingeleitet mit «The funda-
mental requirements for such a system to work are…»). Entgegen der Be-
hauptung der Beklagten in in der Klageantwort sagt WO 003 nicht, dass 
ein «self priming» DNA-Strang (also mit Hairpin) das Risiko der Denaturie-
rung vermeidet. WO 003 sagt in Anspruch 9 «attached primer comprises a 
stable loop» und in Seiten 47-49, «Construction of a Surface Containing 
Immobilized Self-primed DNA Moiety», dass ein «looped primer»
vorhanden ist und dass «the looped primer (B) is designed to contain a 
very stable loop». Das betrifft den Hairpin selber und den Primer. Wesent-
lich für das Funktionieren der SBS ist aber, dass die Paarung von Matri-
zenstrang und Komplementärstrang (also die Nicht-Denaturierung) unmit-
telbar bei dem neu einzubauenden Nukleotid, und zwar zu dem Zeitpunkt, 
zu dem dieses neue Nukleotid eingebaut wird, auch nach Trennung der 
Stränge und anschliessendem Re-pairing gewährleistet ist, und zwar ohne 
Misalignments. In Fig. 6B, die auf Seiten 47-49 von WO 003 angesprochen 
wird, ist das die Position des Komplementärstrangs, die mit «C-OR-3'» an-
gegeben ist. Nach der Ansicht des Gerichts nimmt die Bedeutung und Wir-
kung des Hairpins in der Verhinderung der Denaturierung mit anschlies-
sendem Re-pairing ohne Misalignments in der Umgebung des neu einzu-
bauenden Nukleotids mit zunehmender räumlicher Distanz zwischen den 
beiden (also mit zunehmender Zahl der bereits vorhandenen, mit dem Mat-
rizenstrang gepaarten Nukleotide des Komplementärstrangs) ab. Die Ge-
fahr der Denaturierung der gepaarten DNA hängt dann stärker von der Ten-
denz von Matrizen- und Komplementärstrang ohne Misaligment zu disso-
ziieren als von der Anwesenheit des Hairpins ab. Die Beklagte erwähnt, 
dass «should a separation nevertheless occur, the two partial strands can 


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easily be reunited», blendet aber die von der Klägerin in diesem Zusam-
menhang erwähnten möglichen Misalignments aus. WO 003 gibt demnach 
dem Fachmann keine Sicherheit, dass unter Verwendung der Hairpin-Me-
thode die beiden Stränge in der unmittelbaren Nachbarschaft jedes neu 
einzubauenden Nukleotids, und zwar zum Zeitpunkt seines Einbaus, kor-
rekt 
und 
ohne 
Misalignments gepaart sind.
45.
In der dritten Phase des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes gilt es zu klären, ob 
sich im Stand der Technik insgesamt eine Lehre findet, welche den mit der 
objektiven technischen Aufgabe befassten Fachmann veranlassen würde 
(nicht nur könnte, sondern würde), den nächstliegenden Stand der Technik 
unter Berücksichtigung dieser Lehre zu ändern oder anzupassen und somit 
zu etwas zu gelangen, was unter den Patentanspruch fällt, und das zu er-
reichen, was mit der Erfindung erreicht wird.31
46.
Ausgehend von der WO 003 baut die Beklagte ihre Argumentation darauf 
auf, das Ausgangsdokument suggeriere, 
–
dass die Schutzgruppe klein sein müsse, 
–
dass die Abspaltung der Schutzgruppe unter milden Bedingungen 
in wässriger Umgebung gegeben sein müsse, 
–
dass die Entfernung der Schutzgruppe nicht zu einer irreversiblen 
Denaturierung der DNA führen dürfe, 
–
dass es keine Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-Einheiten sein 
dürften, 
–
dass bevorzugte Schutzgruppen nicht verzweigt seien und nicht 
mehr als vier Atome in der Kette hätten, sowie 
–
dass die bevorzugte Schutzgruppe in der WO 003, die Gruppe 
MOM (Methoxymethyl), ein geschütztes Hemiacetal sei.
Nach Ansicht der Klägerin ist die einzige eindeutige Aussage in WO 003 zu 
den Schutzgruppen, dass es keine Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-
Einheiten sein dürften, alle anderen von der Beklagten vorgetragenen As-
pekte seien nicht eindeutig der WO 003 zu entnehmen.
 
31 So genannter «could/would approach», BPatGer, Urteil S2017_001 vom 1. Juni 
2017, E. 4.6.


O2019_007
Seite 54
47.
Tatsächlich zielt die Darstellung der Beklagten zu sehr auf das Ergebnis 
der von ihr gewünschten mangelnden erfinderischen Tätigkeit ab. 
WO 003 offenbart tatsächlich Folgendes:
–
die Schutzgruppen für die 3’-OH-Gruppe sollen klein sein (S. 5:11-
12, aber auch S. 5:26-28 sowie S. 20:22-24 und S. 43:27-28), ohne 
jedoch zu definieren, was unter «klein» zu verstehen ist, z.B. wel-
che chemische Struktur oder wie viele Atome in einer chemischen 
Struktur noch als klein zu gelten haben;
–
die Schutzgruppen sollen während der Polymerasereaktion stabil 
sein, die Erkennung des Nukleotid-Analogen nicht beeinträchtigen
und abgespalten werden können (S. 25:28-S. 26:2);
–
mit der Schutzgruppe sollen alle vier Nukleotide geschützt werden 
können, die entsprechenden Analoge sollen effizient und zuverläs-
sig in die DNA eingebaut werden können, die Schutzgruppen sollen 
mit hoher Ausbeute entfernt werden können und die wachsende 
Kette soll Waschen, Detektion und Abspaltung ohne Schaden über-
stehen (S. 42:8-19);
–
das Nukleotid-Analoge soll strukturell und funktional ähnlich sein 
zum ursprünglichen Nukleotid (S. 20:1-4);
–
die Schutzgruppe soll nicht elektrophil sein, insbesondere ungeeig-
net seien Ester- und Keton-Gruppen (S. 6:6-14);
–
geeignete mögliche konkrete Schutzgruppen seien Allyl und MOM-
Gruppen (S. 25:28).
Weitere Angaben zu den Schutzgruppen bzw. den Nukleotid-Analoga sind 
der WO 003 nicht zu entnehmen. Insbesondere fehlt ein Hinweis darauf, 
dass die Abspaltung der Schutzgruppe unter milden Bedingungen in wäss-
riger Umgebung möglich sein muss. Es wird einzig gesagt, dass die 
Schutzgruppen mit hoher Ausbeute entfernt werden können, ohne den 
DNA-Strang oder andere Schritte negativ zu beeinflussen.
Auch wird nicht näher definiert, wann eine Schutzgruppe «klein» ist. Dass 
die Schutzgruppen nicht verzweigt sein dürfen oder nur eine minimale An-
zahl von Atomen aufweisen dürfen ist der WO 003 ebenfalls nicht eindeutig 
zu entnehmen; es lässt sich höchstens aufgrund der beiden Beispiele ver-
muten. Die Beklagte argumentiert diesbezüglich, die WO 678 erläutere, 
was unter «klein» zu verstehen sei. Da aber, wie vorne in E. 34 dargelegt, 


O2019_007
Seite 55
die WO 678 nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzurechnen ist, kann da-
rauf nicht abgestellt werden.
Was die Hinweise auf nicht geeignete Systeme angeht, so wird nicht nur 
ausdrücklich auf Probleme mit Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-Grup-
pen hingewiesen, sondern allgemein darauf hingewiesen, dass elektro-
phile Schutzgruppen nicht geeignet seien. Die Beklagte argumentiert dies-
bezüglich, es komme auf die Position des elektrophilen Zentrums an, was 
sich aus der Referenz auf Canard et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995,
10859-10863 an der besagten Stelle in WO 003 auf S. 6:6-10 ergebe. 
Die Vorbehalte gegenüber elektrophilen Gruppen sind in der Offenbarung 
der WO 003 aber nicht auf eine bestimmte Position einer solchen elektro-
philen Gruppe beschränkt. Zum einen ergibt sich aus dem Text der WO 003 
an der angegebenen Stelle für sich keine ausdrückliche solche Einschrän-
kung, zum anderen offenbart auch der Verweis auf Canard et al. 1995 keine 
eindeutige derartige Lehre. In Canard et al. 1995 wird auf der von der Be-
klagten angezogenen Seite 10863, linke Spalte, Mitte des 2. Absatzes nur 
darüber spekuliert, dass es in der Nähe des 3' Endes der DNA in der Poly-
merase eine starke nukleophile Gruppe geben dürfte. Es findet sich keine 
Aussage, dass dies beschränkt ist auf elektrophile Zentren, die unmittelbar 
an die 3'-O-Einheit angekoppelt sind. Ein elektrophiles Zentrum, das eine 
Position weiter von der 3'-O-Einheit gelegen ist, ist immer noch in der Nähe
des 3' Endes der DNA. Das ist im Zusammenhang mit der spezifisch in EP 
578 beanspruchten Lösung wichtig, soweit die beanspruchte Auswahl ei-
nes Azids betroffen ist, da das Azid als Gruppe elektrophile und nukleophile 
Eigenschaften vereint.
48.
In ihrer weiteren Argumentation verweist die Beklagte zunächst auf 
Greene/Wuts 1999 und behauptet, der Fachmann wisse aus diesem Lehr-
buch, dass – unter Berücksichtigung der von ihr vertretenen in der WO 003 
suggerierten Hinweise auf mögliche geeignete Schutzgruppen – eine Liste 
von nur zwölf Kandidaten resultiere, und unter diesen sei auch das bean-
spruchte Azidomethyl.
Als Standardlehrbuch zählt Greene/Wuts 1999 zum allgemeinen Fachwis-
sen. Allerdings ist die generelle Eignung eines zum allgemeinen Fachwis-
sen zählenden Lösungsmittels nur dann Veranlassung zu seiner Heranzie-


O2019_007
Seite 56
hung, wenn für den Fachmann erkennbar ist, dass eine technische Aus-
gangslage besteht, in der sich der Einsatz des betreffenden Lösungsmittels 
als objektiv zweckmässig darstellt. 32
Bei Greene/Wuts 1999 handelt es sich um ein 800-seitiges Buch, und um
die möglichen Schutzgruppen auf eine kleine Zahl zu beschränken, wird 
die Diskussion auf fast 40 Seiten dieses Buches dazu benutzt, eine Liste 
von zwölf angeblich vernünftigerweise möglichen Schutzgruppen zusam-
menzustellen. Diese Liste enthält die Azidomethylgruppe. 
Im Standardlehrbuch Greene/Wuts 1999 gibt es keinen Hinweis darauf, 
dass die in dem betreffenden Abschnitt erwähnten Schutzgruppen für den 
Schutz von Nukleotiden oder Nukleotidanaloga geeignet sind, geschweige 
denn, dass sie in einem SBS-Verfahren, oder allgemeiner in einem DNA-
Syntheseprozess, verwendet werden können. Die Bedingungen in einem 
DNA-Syntheseprozess/SBS sind so speziell, dass es ohne einen solchen 
Zusammenhang keinen Hinweis darauf gibt, dass die Verwendung der ent-
sprechenden Lösung objektiv zweckmässig ist und vom Fachmann mit sei-
nem allgemeinen Allgemeinwissen tatsächlich in Betracht gezogen werden 
würde (nicht nur könnte). Die Reaktionsbedingungen, die in Greene/Wuts 
1999 für die Entfernung der Azidomethylgruppe als Schutzgruppe für Phe-
nole offenbart werden, sind mit LiAlH4 beziehungsweise H2 über Pd-C 
keine Reaktionsbedingungen, die der Fachmann als kompatibel im Zusam-
menhang mit einem SBS Verfahren erkennen kann. Alternativen zu diesen 
Reaktionsbedingungen sind Greene/Wuts 1999 nicht zu entnehmen. 
Die Beklagte bestreitet, dass die Bedingungen bei SBS-Verfahren speziell 
seien, und dass der Fachmann die Schutzgruppen für phenolische Grup-
pen nicht in Betracht gezogen hätte. Dabei stützt sich die Beklagte einer-
seits erneut auf allgemeines Fachwissen wie belegt durch die WO 678. Da 
dieses Dokument aber nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzuordnen ist 
(E. 34) kann darauf nicht abgestellt werden. Andererseits stützt sich die 
Beklagte auf das Argument, in Greene/Wuts 1999 werde ausgeführt, dass 
die Schutzgruppen für alkoholische Endgruppen auch für phenolische End-
gruppen angeschaut werden sollten. Daraus auch den Umkehrschluss zu 
ziehen, dass die Schutzgruppen für Phenole genauso gut für Alkohole ge-
eignet sind, geht aber über den Offenbarungsgehalt von Greene/Wuts 
1999 hinaus.
 
32 BGH, Urteil X ZR 59/16 vom 27. März 2018 – «Kinderbett».


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Seite 57
Greene/Wuts 1999 erwähnen tatsächlich auf Seite 260 die Azidomethyl-
gruppe als Schutzgruppe unter Verweis auf Loubinoux et al., Protection of 
Phenols by the Azidomethylene Group – Application to the Synthesis of 
Unstable Phenols, Tetrahedron 1988, S. 6055-6064 (Loubinoux et al. 
1988). Lobinoux et al. 1988 beschreiben «methods of protection of phenolic 
hydroxyls which allow the return to phenol under the gentlest conditions 
possible». Die angesprochene «Introduction» von Loubinoux et al. 1988 
zeigt eine offensichtlich nichtwässerige Reaktionssequenz zur Einführung 
des Azidomethyls über ein Aryloxymethylchlorid; dies aber nicht in einem 
Zusammenhang, der es dem Fachmann nahelegen würde, diese Gruppe 
als Schutzgruppe in wässerigem Milieu für Nukleotide oder Nukleotidana-
loga in einem SBS oder allgemeiner in einem DNA-Syntheseprozess ein-
zusetzen. Die Azidomethylgruppe als Schutzgruppe wird in Greene/Wuts 
1999 nicht im Zusammenhang mit aliphatischen Alkoholen, sondern nur mit 
im Zusammenhang mit phenolischen Alkoholen erwähnt. Das Buch enthält 
keinen Hinweis, dass Schutzgruppen für phenolische Alkohole auch für 
aliphatische Alkohole verwendet werden können. Das mag durch die Ent-
stehungsgeschichte des Buchs erklärbar sein (so die Beklagte in ihrer Dup-
lik RZ 100), ändert aber nichts daran, dass dieser Hinweis fehlt. Aliphati-
sche Alkohole verfügen, dessen ist sich der Fachmann bewusst, über eine 
andere Reaktivität als phenolische Alkohole. Entsprechend lassen sich 
auch Schutzgruppen nicht einfach von der einen auf die andere Gruppe 
übertragen. Das Standardwerk Greene/Wuts 1999 offenbart daher die 
Azidomethylgruppe als Schutzgruppe für aliphatische Alkohole nicht, ge-
schweige denn für aliphatische Alkohole an Zuckerbausteinen, die eine 
chemisch herausfordernde Gruppe von Alkoholen sind, und schon gar 
nicht für Nukleotide oder Nukleotidanaloga.
Zu guter Letzt stützt sich die Auswahl der gemäss Darstellung der Beklag-
ten vom Fachmann ernsthaft in Betracht gezogenen Schutzgruppen aus 
der Vielzahl der in Greene/Wuts 1999 offenbarten Schutzgruppen auf Kri-
terien, die aus den in E. 47 genannten Gründen dem Ausgangsdokument 
WO 003 nicht entnommen werden können.
Die Berücksichtigung des Buches Greene/Wuts 1999, obwohl dieses in 
ganz allgemeinem Zusammenhang mit Schutzgruppen in der EP 578 er-
wähnt wird (Abs. [0090]), gibt dem Fachmann daher keinen Hinweis auf 
geeignete Systeme zur Lösung der vorstehend genannten objektiven Auf-
gabe.


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Seite 58
49.
Die Beklagte argumentiert weiter, die Azidomethyl-Schutzgruppe an der 3’-
OH-Stelle gemäss Anspruch sei naheliegend im Lichte der Publikation 
Zavgorodny et al. (1991), 1-Alkylthioalkylation of Nucleoside Hydroxyl 
Functions and Its Synthetic Applications: A New Versatile Method in Nu-
cleoside Chemistry, Tetrahedron Letters 1991, 7593- 7596 (D12 im Ein-
spruchsverfahren, in der Folge Zavgorodny et al. 1991).
Zavgorodny et al. 1991 beschreibt die 1-Alkylthioalkylierung von Nukleo-
sid-Hydroxylfunktionen und synthetische Anwendungen davon. Unter an-
derem wird beschrieben, wie ein Nukleosid an der 3’-OH Stelle ausgehend 
von der 1-Alkylthioalkyl-Form über ein entsprechendes Halogenid in eine 
geschützte Form gebracht wird, wobei die Schutzgruppe X an der 3’-OH-
Stelle mit zwischengeschalteter Methylengruppe aus einer grossen 
Gruppe ausgewählt werden kann. In dieser Gruppe für X wird unter ande-
rem auch N3 erwähnt, und die entsprechende Alkylform mit dazwischen 
geschalteten Methylengruppe ist eine Azidomethylgruppe an der 3’-OH-
Position als Schutzgruppe. Die Komponenten werden als nützliche spezi-
fisch geschützte Synthons beschrieben, und die Entfernung der entspre-
chenden Schutzgruppen X wird ebenfalls kurz angesprochen. So auch für 
die als von besonderem Interesse hervorgehobene Azidomethylgruppe als 
Schutzgruppe, dort wird gesagt, dass sie unter sehr spezifischen und mil-
den Bedingungen entfernt werden kann, namentlich mit Triphenylphosphin 
in wässrigem Pyridin bei 20 °C.
Beim in der WO 003 beschriebenen und den Ausgangspunkt bildenden 
Verfahren beziehungsweise den dort beschriebenen Systemen geht es um 
Nukleotide. Nukleotide unterscheiden sich von Nukleosiden dadurch, dass 
erstere an der 5’-OH-Stelle eine Phosphat-, Diphosphat- oder Triphosphat-
gruppe aufweisen. Nukleotide sind mit anderen Worten Nukleosid-Mono-, 
Di-, resp. Triphosphate. Von besonderer Bedeutung sind die Triphosphate, 
weil sie das typische Substrat für die in der SBS verwendeten Polymerasen 
sind.
Damit betrifft das Dokument Zavgorodny et al. 1991 zwar nicht genau das 
gleiche Gebiet wie die WO 003, aber zumindest ein benachbartes Gebiet
und würde vom Fachmann bei der Suche nach einer Lösung der objektiven 
Aufgabe, ein verbessertes Nukleotidmolekül mit einer Schutzgruppe an der 
3’-OH-Stelle, die kompatibel mit dem SBS-Verfahren ist und insbesondere 
nicht zur Denaturierung der DNA führt, wenn die Schutzgruppe entfernt 
wird, berücksichtigt.


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Seite 59
Zavgorodny et al. 1991 beschreibt mehrere mögliche Schutzgruppen für 
Nukleoside. Entscheidend, ist ob der Fachmann spezifisch die Azidome-
thylgruppe als Schutzgruppe ernsthaft für Zwecke der Verwendung in ei-
nem Verfahren gemäss der WO 003 in Betracht gezogen hätte (nicht nur 
könnte).
Abbildung 7: Grafik aus Zavgorodny et al. 1991 (S. 7594)
Konkret wird als Schutzgruppe «X» in Zavgorodny et al. 1991 eine Liste 
von 20 Möglichkeiten angegeben (s. die vorstehend eingeblendete Grafik 
auf S. 7594). Darunter findet sich auch -OCH3, d.h. die Methoxymethyl-
Gruppe aus der WO 003. Die ebenfalls aufgeführte Azidomethylgruppe ist 


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Seite 60
in dieser Liste auch nicht die einzige, die vom Fachmann als kleine Schutz-
gruppe erkannt wird, es gibt noch kleinere und weitere vergleichbar grosse 
Schutzgruppen.
Aus der Liste gemäss S. 7594 ergibt sich entsprechend kein Hinweis spe-
zifisch auf die Azidomethylgruppe, die den Fachmann veranlassen würde, 
gerade auf diese Schutzgruppe zurückzugreifen. Naheliegender wäre, in 
der Liste eine Bestätigung zu sehen, dass die Methoxymethyl-Gruppe ge-
eignet ist. Gegebenenfalls würde der Fachmann eine noch kleinere 
Schutzgruppe aus der Liste auszuwählen, wenn für ihn die «Kleinheit» der 
Schutzgruppe von derart zentraler Bedeutung ist, wie die Beklagte behaup-
tet.
50.
Nun findet sich in Zavgorodny et al. 1991, S. 7595 unten, die Bemerkung:
«Azidomethyl group is of special interest since it can he removed under 
very specific and mild conditions, viz. with triphenylphosphine in aqueous 
pyridine at 20° C». Die Beklagte argumentiert, dass dieser Hinweis spezi-
fisch auf Azidomethyl den Fachmann veranlasst hätte, gerade diese 
Schutzgruppe unter den Bedingungen gemäss Ausgangsdokument 
WO 003 einzusetzen.
Nach Überzeugung des Gerichts trifft dies nicht zu. Während Triphenylp-
hosphin in wässrigem Pyridin für die organische Synthese mild sein mag, 
hätte der Fachmann die Entschützungsbedingungen von Zavgorodny et 
al.1991 im Zusammenhang mit SBS, bei der die funktionelle makromole-
kulare Interaktion verschiedener Komponenten (Template- und Primer-
DNA, Polymerase) nicht gestört werden darf, nicht ohne weiteres als mild 
betrachtet. Der Fachmann weiss, dass Pyridin ein starkes Denaturierungs-
mittel für Duplex-DNA ist, insbesondere bei den Konzentrationen, die er-
forderlich sind, um eine Azidomethylgruppe mit Triphenylphosphin, das un-
löslich in Wasser ist, zu entschützen. Der Begriff «aqueous pyridine» von 
Zavgorodny et al. 1991 bedeutet «wässeriges Pyridin»; Pyridin ist also die 
Hauptkomponente. Die tatsächlichen Mischungsverhältnisse offenbart 
Zavgorodny et al. 1991 nicht. Die Forderung der Anwesenheit von Wasser 
bei Zavgorodny et al. 1991 ist nach Ansicht des Gerichts nicht primär durch 
eine Funktion als Cosolvens für seine Reaktanden bedingt; seine Reaktan-
den 4 und 5 mit X = N3 (siehe vorne) und insbesondere das Triphenylphos-
phin wären auch in wasserfreiem Pyridin löslich gewesen. Die Notwendig-
keit von Wasser bei Zavgorodny et al. 1991 ist durch seine dem Fachmann 


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bekannte Funktion als Coreagens in der Staudinger-Reaktion zur Reduk-
tion des Azids bedingt (mit Reaktionsgleichung (53)). Der Fachmann wäre 
vermutlich in der Lage gewesen, den Anteil Pyridin in dem «wässerigen 
Pyridin» von Zavgorodny et al. 1991 so weit zu verringern, dass eine dop-
pelsträngige DNA, die ein neu eingebautes azidhaltiges Nukleotid enthält, 
nicht denaturiert und gleichzeitig das zur Entfernung dieses Azids benötigte 
Triphenylphosphin nicht völlig unlöslich wird. Er hätte vermutlich auch die 
Mitverwendung von Salz in Betracht gezogen, was zum Anmelde/Priori-
tätstag eine fachübliche Massnahme zur Ermöglichung DNA-Strangpaa-
rung, und damit zur Umkehr der Denaturierung, war. Er hätte dann aber 
nicht mehr davon ausgehen können, dass er immer noch die von 
Zavgorodny et al. 1991 angegebene Entfernung des Azids «under mild 
conditions» und «at ~20°» erreicht: Das ist eine Frage der Reaktionskine-
tik, die sowohl von der Konzentration des Reduktionsmittels Triphenylphos-
phin als auch von der Art des Lösungsmittels abhängt. Das Gericht ist der 
Auffassung, dass der Fachmann das Azidomethyl von Zavgorodny et al. 
1991 aufgrund der geringen Grösse und der Abwesenheit von Ketogrup-
pen als eine von mehreren möglichen 3'-Blockierungsgruppen für die SBS 
von WO 003 erkannt hätte, aber sofern er auch gleichzeitig die syntheti-
sche Zugänglichkeit von 3'-Azidomethylnucleotiden erkannt hätte (siehe 
unten). Das Gericht ist aber nicht der Auffassung, dass er erkannt hätte, 
dass Triphenylphosphin auch in einem Lösungsmittel, das gegenüber 
Zavgorodny an Pyridin abgereichert (d.h. an Wasser angereichert) und 
eventuell an Salz angereichert ist (siehe vorne), immer noch genügend lös-
lich und genügend kinetisch schnell sein könnte, um weiterhin die Azid-
gruppe «under mild conditions» und «at ~20°» zu entfernen. Erst die 
Carell-Deklaration beschreibt, dass ein geeignetes Mischungsverhältnis 
Pyridin/Wasser 50:50 ist. Deren Ergebnisse sind aber strittig. Auf jeden Fall
stand die Carell-Deklaration dem Fachmann zum Anmelde-/Prioritätszeit-
punkt der EP 578 nicht zur Verfügung und sie war auch nicht Teil seines 
allgemeinen Fachwissens. 
Die Beklagte behauptet, dass WO 678 den Fachmann zur Verwendung von 
Pyridin (0,1 M Pyridin/Pyridinumchlorid-Puffer) anregen würde. Die Be-
klagte verweist auf eine beispielhafte Entschützungsreaktion mit einer an-
deren Schutzgruppe (2,4-Dinitrobenzolsulfenyl-Fluoreszenzblocker-Grup-
pen). Die WO 678 ist jedoch weder Teil des allgemeinen Fachwissens 
(vorne, E. 34), noch wurde dieses Dokument von der Beklagten als drittes 
zu kombinierendes Dokument eingeführt. Ausserdem sind die Bedingun-
gen in WO 678 nicht mit den Bedingungen vergleichbar, die erforderlich 
sind für die Entschützung einer Azidomethyl-Schutzgruppe wie in 


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Zavgorodny et al. 1991 beschrieben. Triphenylphosphin ist in Wasser un-
löslich, und 0,1 M Pyridin würde nicht annähernd ausreichen, um eine Ent-
fernung der Schutzgruppe zu erreichen.
Auch die weiteren Dokumente, die die Beklagte beizieht helfen nicht weiter. 
Zavgorodny et al., S,X-Acetals in Nucleoside Chemistry. III. Synthesis of 2' 
-and 3'-0-Azidomethyl Derivatives of Ribonucleosides, Nucleosides, Nucle-
otides and Nucleic Acids 2000, 1977-1991 (im Folgenden Zavgorodny et 
al. 2000), offenbart hinsichtlich der Entschützung durch Reduktion der 
Azidomethylgruppe nichts mehr als Zavgorodny et al. 1991. Gololobov/Ka-
sukhin, Recent Advances in the Staudinger Reaction, Tetrahedron 1992, 
1353-1406 (Gololobov 1992) offenbar an der zitierten Stelle auf Seite 
1376 mit bereits angesprochener Reaktionsgleichung (53) zunächst nur 
das Wesen der Staudinger-Reaktion, dass hierzu typischerweise Triphe-
nylphosphin verwendet werden kann und dass eine stöchiometrische 
Menge Wasser, bezogen auf das Azid, erforderlich ist. Das ist nicht mehr 
als das, was der Fachmann mit seinem allgemeinen Fachwissen schon 
Zavgorodny et al. 1991 oder 2000 entnehmen konnte.
Die Beklagte bringt auch auf, dass Gololobov 1992 die Art der Reste am 
Phosphin generisch offenlasse und damit dem Fachmann auch wasserlös-
liche Reste und somit wasserlösliche Phosphine «readily apparent» wären. 
Gololobov 1992 offenbart seine tatsächlich untersuchten Phosphine 
(«2.1.1. Phosphorus(III) compounds»); es ist fraglich, inwieweit der Fach-
mann diese als wasserlöslich verstanden hätte. Nach Ansicht des Gerichts 
führt Gololobov 1992 den Fachmann weder zu wasserlöslichen Resten am 
Phosphin oder wasserlösliche Phosphinen noch zu einer in haupsächlich 
oder gar völlig wässerigem Milieu durchgeführten Staudinger-Reaktion hin.
Polushin et al., Synthesis of Oligonucleotides Containing 2'-Azido- and 2'-
Amino-2'-deoxyuridine Using Phosphotriester Chemistry, Tetrahedron Let-
ters 1996, 3227-3230 (Polushin et al. 1996) offenbart das «more water 
soluble» Tris(2-carboxyethyl)phosphin-hydrochlorid (TCEP-HCl) als Re-
duktionsmittel zur Reduktion von Azid «in less than 10 min at room tempe-
rature». Polushin et al. 1996 behandeln aber gleich wie Kraevskii et al. 
1987 direkt an den Ribosering gebundenes Azid (also nicht Azidomethyl
als Blockierungsgruppe für ein an den Ribosering gebundenes Hydroxy). 
Bei Kraevskii et al. 1987 bestätigt die Beklagte selber, dass die Eigenschaf-
ten von direkt an die Ribose gebundenem Azid «fundamentally differ from 
those of the azidomethyl group -CH2-N3 according to the patent» [also EP 


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578] (Fussnote zu Klageantwort RZ 109). Der Entschützungserfolg von Po-
lushin et al. 1996 mit TCEP-HCl war demnach für den Fachmann nicht di-
rekt auf die Azidomethylgruppe von Zavgorodny et al. 1991 / Zavgorodny 
et al. 2000 extrapolierbar. 
Die Beklagte führt als Nachweis, dass eine Staudinger-Reaktion in rein 
wässerigem Milieu durchgeführt werden kann, auch Saxon und Bertozzi 
2000, Cell Surface Engineering by a Modified Staudinger Reaction 287, pp. 
2007-2010 an (Saxon 2000). Dieses Argument wurde von der Klägerin in 
der Replik nicht kommentiert. Der Unterschied zwischen Saxon 2000 und 
Polushin et al. 1996 ist, dass Saxon 2000 in WO 003 im Kontext der Ver-
knüpfung der DNA mit einer festen Oberfläche mittels Azid-Phosphin-Re-
aktion zitiert wird, während Polushin et al. 1996 eine unabhängig aufzufin-
dende Drittreferenz ist. 
Saxon 2000 offenbart ein wasserlösliches Triphenylphosphin 5, das in nur 
15% Gesamtausbeute (57% x 69% x 37%) aus 3-Amino-4-carboxymethyl-
benzoesäure hergestellt wird. Es enthält an einem der drei Phenyle eine 
ortho-Carboxymethylgruppe die bewirkt, dass das Phosphin 5 die Azid-
gruppe nicht mittels Staudinger-Reaktion bis zum freien Amin reduziert; 
das intermediäre Iminophosphoran reagiert stattdessen mit der ortho-Car-
boxymethylgruppe zu einer Carboxamidgruppe, was die kovalente Ver-
knüpfung an die Zelloberfläche ermöglicht (siehe Fig. 3B und Legende zu 
Fig. 5). Das Azid von Saxon 2000 hat die Struktur -NH-CO-CH2-N3, wäh-
renddem Azidomethyl als Blockierungsgruppe für das Ribose-3'-Hydoxy 
gemäss Zavgorodny die Struktur -O-CH2-N3 hat. Die Beklagte hat nicht dar-
gelegt, inwiefern der Fachmann dieses umständlich herzustellende Phos-
phin 5 von Saxon 2000, das nicht zur Reduktion von Azid zu Amino offen-
bart ist und an einem anderen Typ von Azid eingesetzt wird, für die Zwecke 
von Zavgorodny ret al. 1991/2000 in Betracht gezogen hätte, und es er-
scheint dem Gericht auch nicht wahrscheinlich, dass er das getan hätte. 
Andererseits erwähnt Saxon 2000 TCEP (analog zu Polushin et al. 1996, 
siehe vorstehend), aber nur als Reduktionsmittel für Disulfid, nicht für Azid 
oder gar Azidomethyl (Seite 2009, linke Spalte mitte). Nach Ansicht des 
Gerichts hat der Verweis von WO 003 auf Saxon 2000 also keine zusätzli-
che Relevanz im Hinblick der Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit ge-
genüber der Kombination von WO 003 mit Zavgorodny et al. 1991 oder 
2000.


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Zavgorodny et al. 1991 und 2000 offenbaren nur die Einführung von Azido-
methyl auf der Stufe des Nukleosids. Eine synthetische Methodologie zur 
direkten Einführung von Azidomethyl in ein Nukleotid ist nicht aktenkundig. 
Die Beklagte bestätigt, dass es bevorzugt ist, erst das 3'-Azidomethyl in ein 
Nucleosid einzuführen und erst danach die Phosphatgruppen zur Bildung 
des Nukleotids einzuführen. Die Position der Beklagten in der Klageantwort
RZ 228 ist, dass “nucleotides are nothing other than nucleoside derivatives 
that are modified with phosphate groups at the 5'-position». Nach der Po-
sition der Beklagten hätte der Fachmann also vorhergesehen, dass die ge-
mäss Zavgorodny et al. 1991 und 2000 mit Azidomethyl 3'-modifizierten 
Nukleoside anschliessend zu den entsprechenden Nukleotiden, insbeson-
dere Nukleosid-5'-Triphosphaten, umgewandelt werden können, ohne 
dass dabei die 3'-Azidomethyl-Gruppe in Mitleidenschaft gezogen wird. Ein 
entsprechender Nachweis ist nicht aktenkundig und die Position der Be-
klagten erscheint rückschauend.
51.
Die umfangreichen Untersuchungen von Professor Carell, die die Beklagte 
vorlegt, gehören, wie gesagt, nicht zum Stand der Technik und sie machen 
auch weder eine direkte Aussage noch lassen sie eine indirekte Aussage 
zu, ob ausgehend von der WO 003 erfinderische Tätigkeit gegeben ist. In-
teressanterweise ist dem Gutachten keine Aussage zu entnehmen, dass 
nach Ansicht des Experten ausgehend von WO 003 bei Betrachtung der 
Reaktionsbedingungen von Zavgorodny et al. 1991 zur Entfernung der 
Azidomethyl-Schutzgruppe erkennbar war, dass diese Schutzgruppe ohne 
weiteres auch für das Verfahren gemäss der WO 003 geeignet wäre. Da-
von ausgehend, dass die experimentellen Resultate in diesem Bericht kor-
rekt sind, zeigen diese allenfalls auf, dass die Reaktionsbedingungen ge-
mäss Zavgorodny et al. 1991 mit dem Prozess gemäss WO 003 kompatibel 
wären, aber nicht, dass dies für den Fachmann vor dem Prioritätsdatum 
naheliegend erkennbar war.
52.
Damit der beruht der Gegenstand des geltend gemachten unabhängigen 
Anspruchs 1 von EP 578 auf erfinderischer Tätigkeit. Andere Nichtigkeits-
gründe werden von der Beklagten nicht geltend gemacht.
Diese Beurteilung deckt sich mit der Beurteilung der Einspruchsabteilung 
in der Entscheidung vom 9. Dezember 2015 und mit jener des Landgerichts 
Düsseldorf vom 3. November 2020 (Aktenzeichen 4a O 31/19). Das Land-
gericht Düsseldorf ist zwar nicht mit technischen Richtern besetzt und zur 


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Prüfung der Rechtsbeständigkeit eigentlich nicht zuständig. Jedoch be-
fasst sich das Urteil im Rahmen der Prüfung, ob das Verletzungsverfahren 
wegen des parallelen Nichtigkeitsverfahrens ausgesetzt werden muss, ver-
tieft mit der Rechtsbeständigkeit des deutschen Teils von EP 1 530 578 B1 
und kommt im Wesentlichen auf Basis der gleichen Dokumente und Argu-
mente wie in diesem Verfahren zum Schluss, dass der Gegenstand von EP 
1 530 578 B1 auf erfinderischer Tätigkeit beruhe.
Rechtsbeständigkeit von Klagepatent EP 1 828 412 B2
53.
EP 412 betrifft ein Verfahren für die DNA-Sequenzierung mit einem beson-
deren Additiv (Abs. [0001]), insbesondere zur Verwendung in einem Se-
quencing-by-Synthesis-Verfahren mit Fluoreszenzdetektion (Abs. [0002]-
[0003]). 
Konkret geht es in der EP 412 darum, für derartige Verfahren ein Additiv 
bereitzustellen, bei dem die Fluoreszenz auch über mehrere Zyklen erhal-
ten bleibt (Abs. [0005] sowie [0008]).
Der geltend gemachte unabhängige Anspruch 1 der EP 412 lautet in der 
Merkmalsgliederung der Klägerin, die von der Beklagten akzeptiert wird:
1. A method of sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid 
comprising repeating the steps of:
1.1 (a) incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a 
strand of nucleic acid complementary to said template nucleic acid; and
1.2 (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucleo-
tide(s), 
1.2.1 wherein the steps of determining the identity of the incorporated 
nucleotide(s) is carried out in a buffer which comprises ascorbic 
acid, or a salt thereof.
Massgeblicher Fachmann
54.
In der Klageantwort umschreibt die Beklagte den Fachmann als Biochemi-
ker (oder Chemiker mit Spezialisierung auf Biochemie) mit Hochschulab-
schluss und mehrjähriger praktischer Erfahrung in der biochemischen In-
dustrie. Während seines Studiums hat er regelmässig eigene praktische 
Erfahrungen mit den klassischen Sequenzierungsmethoden. Er kennt auch 


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die neueren Methoden und verfügt auch über solide chemische Kenntnisse 
hinsichtlich der Bereitstellung der entsprechenden Grundbausteine, wie 
Nukleotide und Nukleoside. Der Fachmann kennt als Teil seines Hinter-
grundwissens auch die mit der Sequenzierung verbundene Chemie, z. B. 
die Farbstoff- und Radikalchemie, insbesondere das Phänomen des 
Photo-Bleichens und Massnahmen zu dessen Verhinderung.
Gegen diese Definition des Fachmanns wehrt sich die Klägerin nicht aus-
drücklich. 
Da sie nicht grundsätzlich unangemessen erscheint, wird der Beurteilung 
der EP 412 diese Definition des Fachmanns zugrunde gelegt.
Zulässigkeit von Änderungen (Art. 123 (2) EPÜ)
55.
Nach Art. 26 Abs. 1 lit. c PatG stellt das Gericht auf Klage hin die Nichtigkeit 
des Patents fest, wenn der Gegenstand des Patents über den Inhalt des 
Patentgesuchs in der für das Anmeldedatum massgebenden Fassung hin-
ausgeht. Damit wurde der Nichtigkeitsgrund gemäss Art. 138 Abs. 1 lit. c 
EPÜ 2000 in das nationale Recht überführt.33 
Diese beiden Bestimmungen knüpfen ihrerseits – soweit es um das euro-
päische Erteilungsverfahren geht – an Art. 123 (2) EPÜ an, wo die Zuläs-
sigkeit von Änderungen im Anmeldeverfahren eingeschränkt wird. Demge-
mäss dürfen die europäische Patentanmeldung und das europäische Pa-
tent nicht in der Weise geändert werden, dass ihr Gegenstand über den 
Inhalt der Anmeldung in der ursprünglich eingereichten Fassung hinaus-
geht (vgl. auch Art. 58 Abs. 2 PatG). Mit dieser Regelung soll ausgeschlos-
sen werden, dass der Patentinhaber seine Position verbessert, indem er 
für Gegenstände Schutz beansprucht, die in der ursprünglichen Anmel-
dung nicht offenbart worden sind. Dem Anmelder soll es verwehrt sein, 
nachträgliche Änderungen oder Weiterentwicklungen in das Anmeldever-
fahren einzubringen und damit ein Schutzrecht zu erlangen, das am Stand 
der Technik zur Zeit der Anmeldung gemessen wird. Auch wird darauf hin-
gewiesen, dass dieses Änderungsverbot im Dienst der Rechtssicherheit 
 
33 BGE 146 III 177 E. 2.1.1.


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stehe: Die Öffentlichkeit soll nicht durch Patentansprüche überrascht wer-
den, die aufgrund der ursprünglich eingereichten Fassung nicht zu erwar-
ten waren.34
Dabei ist unter dem «Gegenstand des Patents» nicht der «Schutzbereich» 
nach Art. 69 EPÜ zu verstehen, wie er durch die Patentansprüche bestimmt 
wird. Vielmehr geht es um den «Gegenstand» im Sinne von Art. 123 (2) 
EPÜ, also einschliesslich der gesamten Offenbarung in der Beschreibung 
und in den Zeichnungen. Gemäss der Rechtsprechung der Beschwerde-
kammern des Europäischen Patentamts (EPA) erlaubt diese Bestimmung 
eine Änderung nach der Anmeldung nur im Rahmen dessen, was der Fach-
mann der Gesamtheit der Anmeldeunterlagen in ihrer ursprünglich einge-
reichten Fassung unter Heranziehung des allgemeinen Fachwissens – ob-
jektiv und bezogen auf den Anmeldetag – unmittelbar und eindeutig ent-
nehmen kann. Dieser Prüfmassstab wird als «Goldstandard» bezeichnet.35
Das unzulässige Hinausgehen über den Offenbarungsgehalt kann sowohl 
im Hinzufügen als auch im Weglassen von Informationen bestehen.36 Nach 
der ständigen Rechtsprechung der Beschwerdekammern des EPA ist es 
nicht zulässig, bei der Änderung eines Anspruchs ein isoliertes Merkmal 
aus einer Reihe von Merkmalen herauszugreifen, die ursprünglich nur in 
Kombination miteinander (z.B. in einer bestimmten Ausführungsform in der 
Beschreibung) offenbart wurden. Eine derartige Änderung stellt eine so ge-
nannte Zwischenverallgemeinerung dar, indem sie zwar den beanspruch-
ten Gegenstand an sich weiter einschränkt, aber dennoch auf eine nicht 
offenbarte Kombination von Merkmalen gerichtet ist, die breiter ist als der 
ursprünglich offenbarte Kontext.37
Eine solche Zwischenverallgemeinerung ist nur zu rechtfertigen, wenn kei-
nerlei eindeutig erkennbare funktionale oder strukturelle Verbindung zwi-
schen den Merkmalen der spezifischen Kombination besteht bzw. das her-
ausgegriffene Merkmal nicht untrennbar mit diesen Merkmalen verknüpft 
ist.38 Sie ist mithin nur zulässig, wenn der Fachmann aus der Anmeldung 
in der ursprünglich eingereichten Fassung zweifelsfrei erkennen kann, 
dass das herausgegriffene Merkmal keinen engen Zusammenhang mit den 
 
34 BGE 146 III 177 E. 2.1.1 und 2.1.2.
35 BGE 146 III 177 E. 2.1.3 mit Hinweisen.
36 BGE 146 III 177 E. 2.1.3.
37 BGer, Urteil 4A_490/2020 vom 25. Mai 2021, E. 7.1.2, unter Hinweis auf 
T 219/09 vom 27. September 2010 E. 3.1.
38 BGer, Urteil 4A_490/2020 vom 25. Mai 2021, E. 7.1, unter Hinweis auf 
T 2489/13 vom 18. April 2018 E. 2.3; T 1944/10 vom 14. März 2014 E. 3.2; 
T 219/09 vom 27. September 2010 E. 3.1.


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übrigen Merkmalen des Ausführungsbeispiels aufweist, sondern sich un-
mittelbar und eindeutig auf den allgemeineren Kontext bezieht.39
Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 1
56.
Der ursprünglich eingereichte Anspruch 1 lautete wie folgt (WO 
2006/064199 A1):
1. A method of detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached to a 
polynucleotide molecule, wherein the method includes a detection step, which 
requires repeated or prolonged exposure to intense illumination, and wherein 
detection of the fluorescent moiety is carried out in a buffer which comprises 
one or more antioxidants.
Der Anspruch wurde wie folgt geändert:
1. A method of detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached to a polynu-
cleotide molecule, wherein the method includes a detection step which requires re-
peated or prolonged exposure to intense illumination, and sequencing at least two nu-
cleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of:
(a) incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of nucleic 
acid complementary to said template nucleic acid; and
(b) determining the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s), wherein 
detection of the fluorescent moiety the steps of determining the identity of the incorpo-
rated nucleotide(s) is carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants 
which comprises ascorbic acid, or a salt thereof.
Die Beklagte macht im Kern geltend, dass es nicht zulässig sei, das Merk-
mal «fluorescent moiety incorporated in or attached to a polynucleotide 
molecule» wegzulassen, dass es nicht zulässig sei, das Merkmal «detec-
tion step which requires repeated or prolonged exposure to intense illumi-
nation» wegzulassen, und dass es keine Basis gebe für das Merkmal 
«comprising repeating the steps of».
Die Klägerin argumentiert dagegen, indem sie sich insbesondere auf 
S. 4:5-15 der ursprünglich eingereichten Unterlagen stützt, sowie für die 
Wiederholung der Schritte auf das allgemeine Prinzip des SBS und dazu 
 
39 BGer, Urteil 4A_490/2020 vom 25. Mai 2021, E. 7.1, unter Hinweis auf 
T 2489/13 vom 18. April 2018 E. 2.3; T 2185/10 vom 21. Oktober 2014 E. 4.3; 
T 962/98 vom 15. Januar 2004 E. 2.5.


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insbesondere auf S. 2:14-19 sowie S. 8:27-S. 9:3 der ursprünglich einge-
reichten Unterlagen.
57.
Die angerufene Textstelle auf S. 4:5-15 der ursprünglichen Anmeldung 
WO 2006/064199 A1 lautet wie folgt:
Preferably the method is a sequencing reaction, particularly a sequencing-by-
synthesis reaction. In particular the method of invention is of particular utility in 
a method of sequencing a template nucleic acid comprising incorporating one
or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of nucleic acid comple-
mentary to said template nucleic acid and determining the identity of the base 
present in one or more of the incorporated nucleotide(s), wherein the step of 
determining the identity of the base present in the incorporated nucleotide(s) is 
carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants.
Hier wird im Wesentlichen der Gegenstand von Anspruch 1 in der jetzigen
Fassung offenbart. 
Etwas davor, auf S. 3:12-18 WO 2006/064199 A1, wird unmittelbar unter 
dem Titel «Beschreibung der Erfindung» ein «erster Aspekt» der Erfindung 
beschrieben: 
In a first aspect the invention provides a method of detecting a fluorescent moi-
ety incorporated in or attached to a polynucleotide molecule, wherein the 
method includes a detection step which requires repeated or prolonged expo-
sure to intense illumination, and wherein detection of the fluorescent moiety is 
carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants.
Dies entspricht im Wesentlichen dem Gegenstand von Anspruch 1 wie ur-
sprünglich eingereicht. 
Nach Überzeugung des Gerichts versteht ein Fachmann die Offenbarung 
auf S. 4:5-15 nicht so, dass es sich dabei um eine eingeschränkte Fassung 
dieser allgemeinen Formulierung handelt. Darauf deutet zwar die Verwen-
dung des bestimmten Artikels «preferably the method […]» hin. Aber die 
Wiederholung, dass der Detektionsschritt in einer Pufferlösung ausgeführt 
wird, die ein oder mehrere Antioxidantien enthält, ergibt nur Sinn, wenn der 
Abschnitt auf S. 4:5-15 eine eigenständige Ausführungsform der Erfindung 
beschreibt. Würde es sich bloss um eine spezifischere Form des bereits 
auf S. 3:12-18 offenbarten «ersten Aspekts» der Erfindung handeln, 
bräuchte die Zugabe des Antioxidans nicht erneut betont zu werden, denn 


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diese findet sich bereits beim «ersten Aspekt» der Erfindung. Die Offenba-
rung auf S. 4:5-15 der ursprünglichen Anmeldung WO 2006/064199 A1 
umschreibt daher eine eigenständige Ausführungsform der Erfindung, die 
nicht notwendigerweise alle Merkmale des auf S. 3:12-18 beschriebenen 
ersten Aspekts der Erfindung umfassen muss.
Das Merkmal «detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached 
to a polynucleotide molecule» wurde entsprechend nicht weggelassen, 
sondern ersetzt durch die zulässig als Verfahrensschritt formulierte Formu-
lierung «incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a 
strand of nucleic acid complementary to said template nucleic acid», die 
sich auf Seite 4:5-15 findet.
Die ursprünglich eingereichte Anmeldung beschlägt zur Hauptsache ein 
SBS-Sequenzierungsverfahren (S.4:16-19). Der Fachmann weiss, dass
SBS-Verfahren gekennzeichnet sind durch «aufeinanderfolgende Zyklen 
der Inkorporation und Detektion», d.h. «Nukleotide [die] nacheinander ein-
gebaut und in der Sequenzierungsreaktion identifiziert werden»; so offen-
bart auf S.1:14-19 und S. 8: 27-S. 9:3 der ursprünglichen Anmeldung 
WO 2006/064199 A1. Der Fachmann, der gemäss E. 54 Erfahrung in klas-
sischen Sequenzierungsverfahren und Kenntnis neuerer Sequenzierungs-
verfahren hat, versteht, dass sich ein Sequenzierungsverfahren «umfas-
send die Wiederholung der Schritte (a) und (b)» im Sinne des erteilten An-
spruchs 1 auf die aufeinanderfolgenden Zyklen – d. h. die Wiederholung –
des Einbaus und des Nachweises fluoreszenzmarkierter Nukleotide in ei-
nem SBS-Verfahren bezieht. Damit ist das Merkmal «repeating the steps 
of (a) … and (b) …» in der ursprünglichen Anmeldung unmittelbar und ein-
deutig offenbart.
Die weitere Behauptung der Beklagten, dass der Anspruch durch die Weg-
lassung des Merkmals «including a detection step which requires repeated 
or prolonged exposure to intense illumination» unzulässig geändert wurde, 
trifft ebenfalls nicht zu. 
Wie bereits erläutert beschlägt die Erfindung die Verbesserung bekannter 
SBS-Sequenzierungsverfahren. Entsprechend versteht der Fachmann, 
wenn er den erteilten Anspruch 1 liest, dass die Bestimmung der in Schritt 
(a) eingebauten fluoreszenzmarkierten Nukleotide in Schritt (b) auf der Flu-
oreszenzmarkierung des eingebauten Nukleotids und deren Detektion be-
ruht. Er weiss, dass der Nachweis der Fluoreszenzmarkierung eine Be-
leuchtung erfordert. Diese muss intensiv genug sein, um die Identifikation 


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zu ermöglichen. Nichts anderes verlangt auch das im ursprünglichen An-
spruch enthaltene Merkmal der «repeated […] exposure to intense illuma-
tion». Mangels Definition, was «intense» sowie «repeated or prolonged»
i.S.d. Anspruchs bedeutet, kann darunter funktional nur eine Beleuchtung 
verstanden werden, die ausreichend intensiv und anhaltend oder wieder-
holt ist, um ihren Zweck – die Bestimmung der fluoreszenzmarkierten Nuk-
leotide zu ermöglichen – zu erfüllen. Dies liest der Fachmann aus den ge-
nannten Gründen implizit im erteilten Anspruch mit. 
Die Bemerkung der Beklagten, dass der Anspruch nicht auf Bestimmung 
durch Beleuchtung beschränkt ist geht fehl, da der Anspruch die Verwen-
dung fluoreszenzmarkierter Nukleotide verlangt. Patentansprüche sind ge-
mäss Rechtsprechung des Bundespatentgerichts40 nach den Grundsätzen
von Treu und Glauben,41 d.h. der Bereitschaft, den Anspruch zu verstehen 
und ihm einen vernünftigen technischen Sinn zu geben, zu lesen.42 Dabei 
ist grundsätzlich vom Patentanspruch als Ganzes auszugehen. Die fluo-
reszenzmarkierten Nukleotide werden für den Fachmann erkennbar einge-
setzt, um die damit markierten Nukleotide zu bestimmen, und dies ge-
schieht durch Beleuchtung. Der Fachmann würde daher keine anderen 
Methoden in Betracht ziehen, um die fluoreszierend markierten Nukleoti-
den zu bestimmen.
Anspruch 1 wurde entsprechend nicht unzulässig geändert. Diese Beurtei-
lung deckt sich mit der Entscheidung der Einspruchsabteilung vom 30. No-
vember 2015.
Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 2
58.
Anspruch 2 ist die Basis für Unterlassungsbegehren Nr. 5. Da auf dieses 
nicht eingetreten wird (hinten, E. 95) erübrigt es sich, die angeblich unzu-
lässigen Änderungen an Anspruch 2 zu beurteilen. 
 
40 BPatGer, Urteil O2020_001 vom 9. Juni 2021, E. 24 – «Injektionspen».
41 BGE 107 II 366 E. 2 – «Liegemöbel-Gestell».
42 Die ständige Rechtsprechung der Beschwerdekammern des EPA, verwendet 
den Ausdruck «with a mind willing to understand», z.B. T 190/99 vom 6. März 
2001, E. 2.4: «He [the skilled person] should try […] to arrive at an interpretation 
of the claim which is technically sensible and takes into account the whole 
disclosure of the patent (Article 69 EPC). The patent must be construed by a mind 
willing to understand not a mind desirous of misunderstanding.»


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Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 15
59.
Anspruch 15 bezieht sich auf einen «Kit», der unter anderem ein fluores-
zenzmarkiertes Nukleotid enthält, wobei das Fluoreszenzlabel durch einen 
abtrennbaren Verbinder («cleavable linker») mit dem Nukleotid verbunden 
ist. Die Beklagte behauptet, für den allgemeinen Begriff des «cleavable lin-
kers» gebe es keine Offenbarung in der ursprünglichen Anmeldung. Die 
von der Einspruchsabteilung herangezogene Textstelle auf S. 7:3-12 von 
WO 2006/064199 A1 nenne nur spezifische Beispiele von derartigen Lin-
kern. Die Verallgemeinerung auf einen generischen «cleavable linker» 
könne darauf nicht gestützt werden.
Ein SBS-Verfahren nach der Offenbarung der WO 2006/064199 A1 kann, 
das ist dem Fachmann bekannt, nur sinnvoll durchgeführt werden, wenn 
der Linker für das Fluoreszenzlabel so angebunden ist, dass es jeweils 
nach der Detektion entfernt werden kann. Wenn entsprechend im Zusam-
menhang mit einem SBS-Verfahren wie beispielsweise auf Seite 4:5-15 
von einem «fluorescently labelled nucleotide» die Rede ist, dann versteht 
der Fachmann das so, dass das Fluoreszenzlabel mit einem «cleavable 
linker» am Nukleotid befestigt sein muss. Die ursprüngliche Anmeldung 
verwendet dazu den Begriff «geeigneter Linker» (S. 7:4). Im Gesamtzu-
sammenhang der ursprünglichen Anmeldung ist für den Fachmann daher 
unmittelbar und eindeutig offenbart, dass es sich bei den «geeigneten Lin-
kern» um spaltbare (abtrennbare) Linker handeln muss, ohne dass diese 
auf die spezifischen Beispiele eingeschränkt sind. 
Anspruch 15 wurde entsprechend auch nicht unzulässig geändert.
Neuheit
60.
Eine Erfindung muss neu gegenüber dem gesamten Stand der Technik 
sein (Art. 1 Abs. 1, Art. 7 Abs. 1 PatG). Den Stand der Technik bildet alles, 
was vor dem Anmelde- oder dem Prioritätsdatum der Öffentlichkeit durch 
schriftliche oder mündliche Beschreibung, durch Benützung oder in sons-
tiger Weise zugänglich gemacht worden ist (Art. 7 Abs. 2 PatG).


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Eine Erfindung ist nur dann nicht neu, wenn sämtliche Merkmale der Erfin-
dung vor dem massgeblichen Datum in einer einzigen Entgegenhaltung 
offenbart wurden.43
Der Offenbarungsgehalt einer Entgegenhaltung ist aus Sicht des massge-
blichen Fachmanns zu bestimmen. Dabei ist auf die Kenntnisse und Fä-
higkeiten des Fachmanns am massgeblichen Datum (Anmelde- oder Prio-
ritätstag) der zu prüfenden Erfindung abzustellen.44
61.
Die Beklagte behauptet, die Erfindung gemäss Anspruch 1 sei durch die 
Patentschrift US 6,355,420 B1 (in der Folge US 420) neuheitsschädlich 
vorweggenommen. In dem in US 420 beschriebenen Verfahren gehe es 
ebenfalls um ein Verfahren zur Sequenzierung von DNA (Verweis auf 
Spalte 6:28-38), wobei die beschriebene Technik darauf beruhe, dass je-
des einzelne Nukleotid in der DNA zusammen mit seiner Position auf dem 
Strang individuell untersucht werden könne (Verweis auf Spalte 6:46-63). 
Das im Zusammenhang mit Figur 8A stehende Beispiel wird erläutert, bei 
dem ein DNA Strang durch einen Nanokanal geführt wird, wobei der DNA-
Strang beziehungsweise die einzelnen Einheiten jeweils mit einem Akzep-
torfluorophor (100) markiert sind, und sukzessive durch diesen Kanal ver-
schoben werden. An einer bestimmten Position dieses Nanokanals sind 
Donorfluorophore (96) stationär positioniert, die fähig sind, messbar mit 
den Akzeptorfluorophoren über Förster-resonance-energy transfer (FRET) 
in Wechselwirkung zu treten. Diese Energieübertragung findet nur statt, 
wenn der energetisch aufgeladene Donor und der Akzeptor in unmittelba-
rer räumliche Nähe kommen. Wenn dies der Fall ist, wird strahlungslos 
über Dipol-Dipol-Wechselwirkungen Energie übertragen und der Akzeptor 
angeregt, worauf dieser Fluoreszenz zeigt. 
 
43 BGE 133 III 229 E. 4.1 – «kristalline Citaloprambase»; BPatGer, Urteil 
O2016_001 vom 4. Juli 2019, E. 30 – «matière à injection céramique».
44 BGE 144 III 337 E. 2.2.2 – «Fulvestrant II».


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Abbildung 8: Fig. 8A und 8B aus US 420
Anspruch 1 sei nicht auf die abwechselnde Wiederholung der Schritte (a) 
und (b) beschränkt (also (a1)(b1)(a2)(b2)…) sondern erfasse auch die Wie-
derholung von Schritt (a) und anschliessende Wiederholung von Schritt (b) 
(also (a1)(a2)(a3)… (b1)(b2)(b3)…). Genau dies offenbare US 420.
Die Klägerin führt dagegen aus, dass es in der US 420 darum gehe, voll-
ständig synthetisierte DNA mit gelabelten Nukleotiden durch den Nanoka-
nal zu ziehen und die gelabelten Nukleotide selektiv einzeln auszulesen. 
Es fehle entsprechend an der anspruchsgemässen abwechselnden Wie-
derholung der Schritte von (a) Inkorporation von fluoreszenzmarkierten 
Nukleotiden und (b) Detektion der Identität dieser fluoreszenzmarkierten 
Nukleotiden.
62.
Die natürliche Lesart des Anspruchswortlauts «repeating the steps of: (a) 
… ; and (b) …» ist, dass die Schritte (a) und (b) nacheinander durchgeführt 
und dann wiederholt werden, d.h. die Sequenz (a1)(b1)(a2)(b2)… (vgl. vorne 
E. 57). Wäre die von der Beklagten angeführte Wiederholung zuerst des 
Schrittes (a) und dann des Schrittes (b) beabsichtigt, müsste es heissen 
«repeating the steps of: (a) … ; and then (b) …». 
Zuzugestehen ist, dass die von der Beklagten vertretene Lesart des An-
spruchs durch seinen Wortlaut nicht geradezu ausgeschlossen ist. Auch 
wenn es nicht die natürliche Lesart ist, liesse sie sich grundsätzlich mit dem 
Anspruchswortlaut vereinbaren. Patentansprüche sind aber nach Treu und 
Glauben und mit dem Bestreben, ihnen einen vernünftigen Sinn zu geben, 
zu lesen (vorne E. 57). Im Gesamtzusammenhang der Offenbarung des 
Klagepatents EP 412, das auf eine Verbesserung des SBS-Verfahrens ge-
richtet ist, kann der Anspruch nur dahingehend verstanden werden, dass 


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zuerst ein einzelner Inkorporationsschritt (a) und anschliessend ein einzel-
ner Detektionsschritt (b) durchgeführt werden. Würden in einem SBS-Ver-
fahren, wie es in EP 412 beschrieben ist, zuerst mehrere Inkorporations-
schritte ausgeführt, könnte im anschliessenden Detektionsschritt das Flu-
oreszenzleuchten nicht mehr einem bestimmten Nukleotid zugeordnet wer-
den. Dazu ist eine Methode des selektiven Auslesens notwendig, wie sie 
US 420 offenbart. In EP 412 fehlt jedoch jeglicher Hinweis auf eine derar-
tige Methode, sie wird nicht einmal in Betracht gezogen. Für den Fach-
mann ist daher eindeutig, dass der Anspruch 1 auf eine abwechselnde Wie-
derholung der Schritte (a) und (b) gerichtet und auch darauf beschränkt ist.
Da eine solche abwechselnde Wiederholung in der US 420 unstrittig nicht 
offenbart ist, ist der Gegenstand von Anspruch 1 neu gegenüber dem Aus-
führungsbeispiel gemäss Fig. 8A und zugehöriger Beschreibung von US 
420.
Erfinderische Tätigkeit
Ausgangspunkte («nächstliegender Stand der Technik»)
63.
Die Beklagte behauptet mangelnde erfinderische Tätigkeit ausgehend von 
WO 00/70073 (in der Folge WO 073), von WO 00/18957 (im Einspruchs-
verfahren D9, in der Folge WO 957), von Braslavsky et al., Sequence in-
formation can be obtained from single DNA molecules, PNAS 2003, 3960-
3964 (in der Folge Braslavsky et al. 2003) und von WO 00/06770 (im Ein-
spruchsverfahren D1, in der Folge WO 770).
Alle genannten Entgegenhaltungen beschlagen SBS-Verfahren und sind 
grundsätzlich als Ausgangspunkte für die Entwicklung, die zum bean-
spruchten Gegenstand führt, geeignet. Die Klägerin bestreitet denn auch 
nicht ausdrücklich, dass die erfinderische Tätigkeit ausgehend von jedem 
der genannten Entgegenhaltungen zu prüfen ist. Nachfolgend ist daher von 
jedem Ausgangspunkt zu prüfen, ob die Erfindung für den Fachmann na-
heliegend war.
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/70073
64.
In einem ersten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderische 
Tätigkeit ausgehend von WO 073, und kombiniert dabei als Sekundärdo-
kument mit der wissenschaftlichen Publikation Van Dijk et al., Combining 


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Optical Trapping and Single-Molecule Fluorescence Spectroscopy: Enhan-
ced Photobleaching of Fluorophores; J. Phys. Chem. B, 2004, 6479-6484 
(in der Folge Van Dijk et al. 2004).
Die Patentanmeldung WO 073 offenbart ein SBS-Verfahren und bean-
sprucht ein solches auch ausdrücklich (S. 5:15-24; S. 10:3-6, Anspruch 1). 
Dabei werden bevorzugt markierte Nukleotidanaloga eingesetzt (siehe An-
spruch 14). Fluoreszenzmarkierung ist nur eine der bevorzugten Möglich-
keiten, das beschriebene Verfahren umzusetzen (z.B. Anspruch 15).
Für den jeweils vorzunehmenden einzelnen Schritt im SBS-Verfahren of-
fenbart die WO 073 die Verwendung eines sogenannten «extension me-
dium», das neben einem für die DNA-Polymerase geeigneten Puffer und 
den Nukleotidanaloga auch Dithiothreitol (1,4-Dimercapto-2,3-butandiol, 
DTT) enthält (S. 17:27-S. 18:2). 
DTT, dies ist dem Fachmann bekannt, wirkt in wässrigen Lösungen als Re-
duktionsmittel und damit als Antioxidans. 
Die WO 073 offenbart zu DTT nur, dass es Bestandteil des für den spezi-
fisch offenbarten Typ der DNA-Polymerase («Sequenase» von ThermoFis-
her Scientific Inc.) geeigneten Mediums ist. Diese Offenbarung erfolgt nicht 
im spezifischen Zusammenhang mit Nukleotidanaloga mit Fluoreszenzla-
bel, diese werden erst danach beschrieben (S. 18:11-13 sowie 24-30). Da-
mit offenbart WO 073 weder, welche Funktion das DTT in diesem Medium 
übernimmt, noch offenbart die Anmeldung, dass DTT irgendeinen Einfluss 
auf die Fluoreszenzdetektion haben könnte, und wenn ja welchen. Den-
noch findet die Detektion in Anwesenheit dieses Mediums mit DTT statt 
(S. 18:1).
Damit unterscheidet sich der vom geltend gemachten Anspruch 1 bean-
spruchte Gegenstand von der Offenbarung der WO 073 dadurch, dass im 
Rahmen von Schritt (b) die Bestimmung der Identität des eingebauten flu-
oreszenzmarkierten Nukleotides in einem Puffer durchgeführt wird, der 
DTT, aber nicht Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält.
Die Zugabe eines derartigen Puffers hat gemäss Abs. [0013] und
Abs. [0029] der EP 412 die technische Wirkung, dass der Signalverlust, der 
ansonsten bei wiederholten Zyklen erfolgt, verringert wird, indem der DNA-
Matrizenstrang (Template Strand) vor Lichtschäden geschützt wird.


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Dass diese technische Wirkung tatsächlich eintritt, hat die Klägerin im Er-
teilungsverfahren nachgewiesen. Diese Daten wurden im Einspruchsver-
fahren in Form einer Erklärung erneut eingereicht. Die Laboruntersuchung 
gemäss Tabelle 1 von Beilage 37 und 38 zur Klageantwort vergleicht über 
mehrere Zyklen das Fluoreszenzsignal in einem SBS-Verfahren, das wie 
beansprucht einen Puffer mit Ascorbinsäure verwendet, mit einem Puffer 
mit DTT nach dem Stand der Technik. Die nach 20 Zyklen verbleibende 
Signalintensität beträgt bei Verwendung eines DTT-Puffers nur ca. 65% 
gegenüber ca. 90% verbleibende Signalintensität bei einem Ascorbin-
säure-Puffer. Die Verwendung von Ascorbinsäure führt auch zu einer bes-
seren Genauigkeit des Sequenzierungsnachweises. Die Fehlerquote nach 
35 Sequenzierungszyklen beträgt beim DTT-Puffer rund 1% und beim As-
corbinsäure-Puffer rund 0,35%.
Bereits die Einspruchsabteilung anerkannte ausgehend von den Daten von 
Beilage 38 zur Klageantwort einen technischen Effekt. Sie hat ihn aber of-
fenbar nur in der Verringerung des Photobleachings gesehen, nicht spezi-
fisch in dem besagten Schutz des DNA-Matrizenstrangs vor Lichtschäden 
bei wiederholten Zyklen.
Die Beklagte bestreitet die Resultate gemäss der Laboruntersuchung nicht 
als solche, d.h. sie bestreitet nicht, dass der DTT-Puffer zum besseren Flu-
oreszenzsignal und zur geringeren Fehlerquote führt. Sie merkt an, dass 
gemäss WO 073 bei Verwendung eines DTT-Puffers mindestens 14 Nuk-
leotide erfolgreich inkorporiert werden können, d.h. mindestens 13 Zyklen 
durchgeführt werden können (unter Verweis auf Anspruch 1 i.V.m. Fig. 
1A/C, Fig. 2, S. 16:22-23, S. 17:21-23). Akzeptiert man das, so ist es tat-
sächlich nicht erst die Erfindung gemäss EP 412, die ein SBS-Verfahren 
mit mehreren Zyklen ermöglicht. Aber die Erfindung ermöglicht verglichen 
mit der Verwendung eines DTT-Puffers und bei Annahme eines in beiden 
Fällen gleichen, noch akzeptablen Signalintensitätsverlusts mehr Zyklen 
und eine geringere Fehlerquote. Das objektive technische Problem kann 
daher nicht einfach in der Bereitstellung eines alternativen Puffers gesehen 
werden, wie das die Beklagte vorschlägt, denn das würde voraussetzen, 
dass das Unterscheidungsmerkmal keine technische Wirkung hat. 
Die Beklagte formuliert das Problem zudem auch noch als die Verhinde-
rung von Licht-induzierten Artefakten und der negativen Wirkungen von 
Photobleichung. Eine derart formulierte Aufgabe enthält bereits Hinweise


O2019_007
Seite 78
auf die Lösung, die der WO 073 nicht entnommen werden können. Damit 
würde eine unzulässige rückschauende Betrachtungsweise eingeführt.45
Als objektiv zu lösendes technisches Problem muss damit die Bereitstel-
lung eines verbesserten SBS-Verfahrens und eines Kits zur Verwendung 
in einem derartigen Verfahren, bei dem die Identität der eingebauten Nuk-
leotide über mehrere Zyklen mit einer geringen Fehlerquote mit hoher 
Empfindlichkeit bestimmt werden kann, gesehen werden. Eine vergleich-
bare objektive Aufgabe wurde auch von der Einspruchsabteilung verwen-
det, dort allerdings ausgehend von WO 00/06770.
65.
Bei dem SBS-Verfahren, um das es in der Klagepatentschrift EP 412 geht, 
werden in jeder Inkorporationsphase, nachdem die Fluoreszenzmarkie-
rung des zuletzt eingebauten und bereits identifizierten Nukleotides ent-
fernt wurde, neue fluoreszenzmarkierte Nukleotide, die noch nie beleuchtet 
wurden, hinzugefügt und in den wachsenden DNA-Strang eingebaut. Das 
deutet darauf hin, dass Photobleichung ein geringeres Problem sein wird, 
denn jeder Fluorophor wird nur einmal zur Identifikation angeregt (beleuch-
tet).
Die Beklagte führt dazu aus, dass der Anspruch 1 nicht auf Verfahren be-
schränkt sei, bei denen in jeder Inkorporationsphase neue fluoreszenzmar-
kierte Nukleotide hinzugefügt werden. Es ist richtig, dass der Wortlaut des 
Anspruchs dies nicht ausdrücklich verlangt. Aber wie schon wiederholt fest-
gehalten, ist der Anspruch eindeutig auf die Verwendung in einem SBS-
Verfahren gerichtet, und in einem solchen Verfahren werden die fluores-
zenzmarkierte Nukleotide jeweils nur einmal angeregt. Die im Anspruch 
verlangte Wiederholung der Inkorporations- und Detektionsphasen impli-
ziert, dass in jeder Inkorporationsphase neue fluoreszenzmarkierte Nukle-
otide beigegeben werden, da sonst offensichtlich gar keine eindeutige 
Identifikation möglich wäre.
Die Beklagte behauptet weiter, bereits eine einmalige kurze Anregung von 
Fluorophoren könne zu Photobleichung führen. Unter Hinweis auf Song et 
al., Photobleaching Kinetics of Fluorescein in Quantitative Fluorescence 
Microscopy, Biophysical Journal 1995, 2588-2600 (in der Folge Song et al. 
 
45
Urteil BPatGer O2028_004 vom 14. Dezember 2020, E. 105 –
«Laserflüssigkeitsstrahllenkungsverfahren».


O2019_007
Seite 79
1995) behauptet die Klägerin, Photobleichung könne nach wenigen Mikro-
sekunden eintreten. 
Bei dem von Song et al. 1995 untersuchten Fluorophor handelt es sich um 
Fluorescein, das bekannt ist für sehr starke Photobleichung. Die Resultate 
von Song et al. 1995 sind daher nicht auf beliebige Fluorophore übertrag-
bar; wenn der Fachmann etwas aus Song et al. 1995 lernt, dann in erster 
Linie, Fluorescein nicht in Anwendungen zu benutzen, bei denen es starker 
Lichtstrahlung ausgesetzt ist. Song et al. 1995 taugt nicht als Nachweis 
dafür, dass relevantes Photobleichen generell bereits bei einmaliger Anre-
gung von wenigen Mikrosekunden ein Problem darstellt. Wie schnell ein 
Fluorophor gebleicht wird, hängt von der Intensität und der Dauer der Be-
lichtung ab (vorn, E. 32). Es ist wohl möglich, eine derart intensive Beleuch-
tung zu wählen, dass der Fluorophor in Mikrosekunden gebleicht wird. 
Song et al. macht aber keine Aussage dazu, ob das für Fluorescein beo-
bachtete Photobleichen einer Anwendung als Fluoreszenzmarkierung in ei-
nem SBS-Verfahren im Weg stehen würde; das behauptet die Beklagte 
auch nicht. Es ist entsprechend bei der Aktenlage davon auszugehen, dass 
der Fachmann im Wissen um die mögliche schädigende Wirkung der Ein-
strahlung bei einem SBS-Verfahren selbst bei Verwendung von Flu-
orescein eine Einstrahlung festlegen kann, die für die Identifikation genügt, 
aber nicht zu intensiv oder andauernd ist.
Van Dijk et al. 1995 beschlägt, wie bereits der Titel anzeigt, die Photoblei-
chung von Fluorophoren. Der Fachmann würde dieses Dokument zur Lö-
sung des objektiven Problems, ein SBS-Verfahren mit einer geringeren 
Fehlerquote bei der Bestimmung der Identität der eingebauten Nukleotide 
bereitzustellen, nicht beiziehen, weil er Photobleichen im Zusammenhang 
mit SBS-Verfahren ausgehend von der WO 073 gar nicht als Problem er-
kennt. Zudem beschlägt die Publikation Van Dijk et al. 1995, wie bereits 
aus Titel und Zusammenfassung ersichtlich, Probleme, die mit der intensi-
ven Beleuchtung infolge des so genannten optischen «Trapping» im Zu-
sammenhang stehen, und mit Photobleichung bei derartigen Verfahren.
Bei den von Van Dijk et al. durchgeführten Experimenten wird ein mit einem 
ersten Laser («trapping laser») gehaltenes Molekül mit einem zweiten La-
ser zur Fluoreszenz angeregt (fluorescence excitation laser). Es wurde be-
fürchtet, dass die hohe Intensität des «trapping lasers» zu verstärkter Pho-
tobleichung führen könnte. Van Dijk et al. 1995 führen in dem in der Replik 
RZ 288 angesprochenen überbrückenden Paragraphen auf Seite 6482, 
linke auf rechte Spalte (dieser Abschnitt geht bis zum ersten Satz auf Seite 


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Seite 80
6483 und schliesst Fig. 6 ein) in seinem Fall die Verringerung des Photob-
leachings auf die reduzierende Wirkung des Antioxidans auf das durch die 
doppelte Einstrahlung und Mehrfachanregung gebildete Radikalkation 
(»dye cation») zurück. Diese Wirkung des Antioxidans hängt nicht von der 
Anwesenheit von Sauerstoff ab, und Van Dijk et al. 1995 schliessen, dass 
keine Triplett-Zustände (und somit auch nicht die Bildung von Singlett-Sau-
erstoff) involviert sind. Das Photobleaching, das Van Dijk et al. 1995 mit 
u.a. Ascorbinsäure verringern kann, ist also nicht das üblich verstandene 
Photobleaching von Fluorophoren, das typischerweise Singlett-Sauerstoff 
involviert. Die Fluoreszenzdetektion gemäss der WO 073 arbeitet nicht 
nach dem in Van Dijk et al. 1995 verwendeten Prinzip der doppelten Ein-
strahlung für Trapping. Auch deshalb würde der Fachmann Van Dijk et al. 
1995 nicht beiziehen.
Selbst wenn der Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 ausgehend 
von WO 073 hinzuziehen würde, würde es nicht ohne erfinderische Tätig-
keit zur Lösung des objektiven technischen Problems führen. Die Übertrag-
barkeit der Erkenntnisse aus Van Dijk et al. 2004 mit dem Verfahren ge-
mäss WO 073 ist für den Fachmann nicht erkennbar. Der Fachmann weiss 
nicht, ob die im spezifischen Zusammenhang der Trapping-Technologie 
gefundenen Vorteile auch im Zusammenhang mit der einfachen Fluores-
zenzdetektion in einem Verfahren gemäss der WO 073 erhalten werden 
können. Beim Verfahren gemäss der WO 073 geht es im Gegensatz zu 
Van Dijk et al. 2004 nicht darum, das gleiche System mehrfach oder konti-
nuierlich über lange Zeit anzuregen, sondern jeweils nach jedem Synthe-
seschritt (Zyklus) ein neues Fluoreszenzmolekül anzuregen. Noch weniger 
kann der Fachmann erkennen, dass diese Vorteile des Verfahrens gemäss
Van Dijk et al. 2004 auch unter den spezifischen chemischen Bedingungen 
von SBS gemäss WO 073 erhalten werden können und vor allem auch die 
Schädigung des DNA-Einzelstrangs (Template) reduziert werden kann. 
Die Kombination von WO 073 und Van Dijk et al. 1995 ist daher nicht na-
heliegend, weil der Fachmann ausgehend von WO 073 Van Dijk et al. 1995 
nicht beiziehen würde, und wenn er es dennoch täte, würde der Fachmann 
nicht erkennen, das die Ergebnisse von Van Dijk et al. 1995 auf die chemi-
schen und physikalischen Bedingungen gemäss WO 073 übertragbar sind
und die in der EP 412 beschriebenen unerwarteten Wirkungen zeigt.


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Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/18957
66.
In einem zweiten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend von WO 957, und kombiniert dabei als Sekun-
därdokument mit der wissenschaftlichen Publikation Dittrich et al., Photo 
bleaching and stabilization of fluorophores used for single-molecule analy-
sis with one- and two-photon excitation, Appl. Phys. B 2001), 829-837 (in 
der Folge Dittrich et al. 2001).
67.
Die WO 957 betrifft ein Verfahren zur Amplifikation beziehungsweise zur 
Sequenzierung von Nukleinsäuren, wobei ein Kolonieprimer eingesetzt 
wird, der mit der Nukleinsäure hybridisiert, beide an einem Träger befestigt 
werden, und anschliessend die Nukleinsäure unter Ausbildung von Kolo-
nien amplifiziert wird, sowie gegebenenfalls anschliessend eine Sequenz-
bestimmung an dieser Kolonie durchgeführt wird. Die Beklagte bezieht sich 
hinsichtlich der Offenbarung des Sequenzierverfahrens in der Tabelle der 
Klageantwort RZ 448 und in der Klageantwortbeilage 41 spezifisch auf 
Seite 31, Zeile 16 bis Seite 32, Zeile 8. Diese Passage offenbart sämtliche 
Merkmale des Anspruchs 1 der EP 412 mit Ausnahme des Merkmals, dass 
die Detektion in Anwesenheit eines Puffers durchgeführt wird, der Ascor-
binsäure oder ein Salz davon umfasst.
Es gibt dabei verschiedene Ausführungsbeispiele, unter anderem Bei-
spiel 4, bei dem ein DNA-Template zusammen mit einem Oligonukleotid an 
einem Glasträger befestigt wird (S. 56:23-S. 66:26). Unter anderem wird 
dabei die Anzahl der durch das Template erzeugten Kopien jeder Kolonie 
durch Fluoreszenzdetektion überprüft, wobei aber nicht angegeben wird, 
wie dabei konkret vorgegangen wird. 
Es gibt einen Hinweis, dass ein Anti-Bleichmittel («anti-bleaching reagent»)
eingesetzt wurde (S. 66:19-23), ohne dass erkennbar wäre, um was für ein 
chemisches System es sich dabei handelt. Im Zusammenhang mit diesem 
Unterschied ist festzuhalten, dass die einzige Textstelle mit dem Hinweis 
auf ein Anti-Bleichmittel bei einer Fluoreszenzdetektion bei Beispiel 4 ge-
geben wird, und bei Beispiel 4 geht es nicht um ein Sequenzierverfahren 
mit den anspruchsgemässen Schritten, sondern nur um die Fluoreszenz-
bestimmung der Anzahl Kopien in jeder Kolonie. Eine Sequenzierung im 
Zusammenhang mit Fluoreszenzdetektion wird bei diesem Beispiel nicht 
erwähnt.


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Seite 82
Die Offenbarung des Anti-Bleichmittels in WO 957 erfolgt daher nicht im 
Zusammenhang mit einem SBS-Verfahren. Es fehlen die anspruchsge-
mässen Schritte (a) Inkorporation und (b) Detektion.
Die Beklagte gibt nicht an warum die im Rahmen von Beispiel 4 im Zusam-
menhang mit einer Bestimmung der Anzahl Kopien einer Kolonie verwen-
dete Fluoreszenzdetektion mit einem Anti-Bleichmittel gleichermassen An-
wendung finden kann oder soll, wenn eine Sequenzbestimmung gemäss 
besagter Passage von Seiten 31/32 durchgeführt werden soll.
Damit ist dem Dokument WO 957 keine unmittelbare und eindeutige Of-
fenbarung eines Anti-Bleichmittels während einer zyklischen Sequenzbe-
stimmung zu entnehmen. 
Die Entgegenhaltung WO 957 ist daher weiter weg von der beanspruchten 
Erfindung als WO 073, weil das von WO 957 offenbarte Sequenzierverfah-
ren überhaupt kein Antioxidans oder Sauerstofffänger mitverwendet, noch 
weniger unter Verwendung einer Pufferlösung, die das Antioxidans oder 
den Sauerstofffänger enthält. Dennoch lässt sich als objektive Aufgabe 
ausgehend von WO 957 die gleiche Aufgabe wie ausgehend von WO 073 
formulieren, nämlich die Bereitstellung eines verbesserten Sequenzierver-
fahrens und eines Kits zur Verwendung in einem derartigen Verfahren, bei 
dem die Identität der eingebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit ei-
ner geringen Fehlerquote mit hoher Empfindlichkeit bestimmt werden 
kann. 
68.
Die wissenschaftliche Publikation Dittrich et al. 2001 ist aus dem Gebiet 
der Physik, auch was das Publikationsorgan Applied Physics B anbelangt, 
und betrifft entsprechend allgemeine physikalisch-spektroskopische For-
schung. Es wird zwar im Zusammenhang mit der beschriebenen Einzelmo-
lekül-Fluoreszenzspektroskopie auf Anwendungen im Bereich der Biologie 
allgemein hingewiesen (S. 829). Hinweise auf spezifische biologische Sys-
teme, für die die Resultate dieser Publikation relevant sein könnten, gibt es 
aber nicht. Insbesondere gibt es keine Hinweise auf Fluoreszenzmessun-
gen an entsprechend markierten, geschweige denn laufend synthetisier-
ten, DNA-Molekülen oder SBS-Techniken. 
Die Publikation adressiert gemäss Zusammenfassung Probleme, die im 
Zusammenhang mit Einzelmolekül-Fluoreszenzspektroskopie, insbeson-


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Seite 83
dere konfokale Fluoreszenzkorrelationsspektroskopie (FCS) und Zwei-
quantenanregung stehen. Bei den durchgeführten Experimenten geht es 
immer um Zweiquantenanregung.
Gemäss ständiger Rechtsprechung des europäischen Patentamts, der 
diesbezüglich gefolgt wird, berücksichtigt der Fachmann naheliegend Do-
kumente des gleichen Gebiets wie das Ausgangsdokument, der benach-
barten Gebiete sowie Dokumente von übergeordnetem generellerem Ge-
biet, wenn dort die gleichen oder ähnlichen Probleme angesprochen wer-
den.46
Es handelt sich bei der Publikation Dittrich et al. 2001 jedoch weder um 
eine Publikation des gleichen Gebietes wie jenes des Ausgangsdoku-
ments, noch eines benachbarten Gebietes oder eines übergeordneten Ge-
bietes mit gleicher oder ähnlicher Fragestellung. Die Fluoreszenzdetektion 
gemäss der WO 957 arbeitet auch nicht nach dem in Dittrich et al. 2001
verwendeten Prinzip der Zweiquantenanregung oder der FCS.
Bei der Suche nach der Lösung der objektiven technischen Aufgabe gibt 
es entsprechend für den Fachmann keine Motivation, ein Dokument wie 
Dittrich et al. 2001 beizuziehen, denn im Ausgangsdokument wird das 
Problem von Photobleichung bei einem sequenziellen Syntheseverfahren 
zur Sequenzierung nicht angesprochen, und aus den in E. 65 genannten 
Gründen würde der Fachmann das Problem der Photobleichung im Zu-
sammenhang mit SBS-Verfahren gar nicht als solches erkennen.
Bereits der Beizug des Dokuments Dittrich et al. 2001 würde entsprechend 
erfinderische Tätigkeit erfordern.
Selbst wenn der Fachmann die Entgegenhaltung Dittrich et al. 2001 aus-
gehend von WO 957 hinzuziehen würde, gäbe es keinen Hinweis, ohne 
erfinderische Tätigkeit zur beanspruchten Lehre zu gelangen.
Zunächst müsste der Fachmann ausgehend von der WO 957 erkennen, 
dass die Zugabe des Anti-Bleichmittels für die Fluoreszenzdetektion aus 
dem Beispiel 4 auch im Zusammenhang mit dem im gleichen Dokument 
an besagter Stelle von Seiten 31/32 offenbarten Sequenzierungsverfahren 
 
46 T 176/84 vom 22. November 1985, Leitsatz; T 195/84 vom 10. Oktober 1985, 
Leitsatz.


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mit Zyklen mit fluoreszenzmarkierten DNA-Einzelsträngen Anwendung fin-
den könnte. 
Dazu gibt es keine Hinweise, und solche Hinweise werden von der Beklag-
ten auch nicht vorgetragen. 
Zudem ist die Übertragbarkeit der Erkenntnisse aus Dittrich et al. 2001 auf 
ein Verfahren gemäss der WO 957 für den Fachmann nicht erkennbar. Der 
Fachmann weiss nicht, ob die im spezifischen Zusammenhang der Zwei-
quantenanregung oder der FCS-Technologie gefundenen Vorteile auch im 
Zusammenhang mit der einfachen Fluoreszenzdetektion in einem Verfah-
ren gemäss der WO 957 erhalten werden können. Beim Verfahren gemäss 
der WO 957 (das aber wie dargelegt bereits durch eine Kombination von 
mehreren Textstellen im Ausgangsdokument zu konstruieren wäre) geht es 
im Gegensatz zu Dittrich et al. 2001 nicht darum, das gleiche System mehr-
fach oder kontinuierlich über lange Zeit anzuregen, sondern jeweils nach 
jedem Syntheseschritt (Zyklus) ein neues Fluoreszenzmolekül anzuregen. 
Noch weniger kann der Fachmann erkennen, dass diese Vorteile von Dit-
trich et al. 2001 auch unter den spezifischen chemischen Bedingungen ei-
nes zyklischen Synthese- und Sequenzierungsverfahrens im Sinne von 
SBS-Verfahren erhalten werden können, und vor allem auch nicht, dass 
die Schädigung des DNA-Einzelstrangs (Template) reduziert werden kann. 
69.
Die Beklagte verweist im Zusammenhang mit dem Angriff ausgehend von 
WO 957 auch auf Van Dijk et al. 2004 und auf Song et al. 1995. 
Abgesehen davon, dass substanziierte Verweise auf spezifische Textstel-
len in Van Dijk et al. 2004 und Song et al. 1995 fehlen, gilt das vorne im 
Zusammenhang mit der Offenbarung von van Dijk et al. 2004 und seiner
Kombination mit dem Ausgangsdokument WO 073 dargelegte für die Kom-
bination von Van Dijk et al. 2004 mit WO 957 mutatis mutandis. Der Fach-
mann würde auch ausgehend von der WO 957 nicht ohne erfinderische 
Tätigkeit auf dieses Sekundärdokument zurückgreifen, weil in diesem in 
einem völlig anderen Gebiet eine andere Detektionstechnologie beschrie-
ben wird.
Dem Dokument Song et al. 1995 kann weder ein Hinweis auf Ascorbin-
säure entnommen werden, noch Hinweise auf einen Detektionspuffer im 
Zusammenhang mit fluoreszenzmarkierter DNA, geschweige denn einen 
Hinweis auf SBS-Verfahren.


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Ausgehend von WO 957 kombiniert mit Dittrich et al. 2001, Van Dijk et al. 
2004 oder Song et al. 1995 beruht der beanspruchte Gegenstand deshalb 
auf erfinderischer Tätigkeit.
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von Braslavsky et al. 2003
70.
In einem dritten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderische 
Tätigkeit ausgehend von Braslavsky et al. 2003 und kombiniert dabei als 
Sekundärdokument mit der wissenschaftlichen Publikation Van Dijk et al. 
2004 oder mit Dittrich et al. 2001.
71.
Die wissenschaftliche Publikation Braslavsky et al. 2003 beschreibt ein 
Verfahren zur Bestimmung der Sequenzinformation von DNA an einzelnen 
Molekülen (Titel). Dabei wird so vorgegangen, dass der zu untersuchende 
einzelsträngige DNA-Abschnitt mit einem mit Cy3-fluoreszenzmarkierten 
Primer gepaart wird und anschliessend an einer Oberfläche immobilisiert 
wird (Kapitel «Sample Preparation»). 
Für die Sequenzierung werden zunächst die an der Oberfläche befestigten 
DNA-Abschnitte über die Einstrahlung mit grünem Laserlicht lokalisiert 
(das grüne Laserlicht aktiviert die Fluoreszenz von Cy3 am Primer) und 
anschliessend wird die Fluoreszenzmarkierung am Primer wiederum durch 
Einstrahlung mit dem grünen Laser gebleicht, d.h. die Fluoreszenzmarkie-
rung am Primer sozusagen «gelöscht» (Kapitel beginnend im unteren Ab-
satz der rechten Spalte auf S. 3961 sowie Fig. 3a).


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Abbildung 9: Schematische Darstellung der Verdoppelung des Einzelstrangs während der 
ersten Schritte der Sequenzierung (Fig. 3a aus Braslavsky et al. 2003)
Anschliessend wird ein mit Cy3-fluoreszenzmarkiertes Nukleotid-Triphos-
phat zusammen mit Polymerase zugegeben, bis es direkt oder indirekt am 
Primer und gepaart angebunden an den DNA-Abschnitt eingebaut ist (vgl. 
Fig. 3a Zeile 2). Danach wird die Kette bis zum nächsten A oder G im Ein-
zelstrang (Template) verlängert und umgestellt auf ein komplementäres 
Cy5-fluoreszenzmarkiertes Nukleotid-Triphosphat. Dessen erfolgter Ein-
bau wird ebenfalls über die Einstrahlung mit grünem Laser detektiert, wo-
bei aber die Fluoreszenz des Cy5-Farbstoffs nicht direkt angeregt wird, 
sondern zunächst der Cy3-Farbstoff des ersten Cy3-fluoreszenzmarkierten 
Nukleotid-Triphosphats als Spender angeregt, die Anregung lokal übertra-
gen auf den neu eingebauten Cy5-Farbstoff (über Einzelpaar-Foerster-
Energieübertragung) und die Fluoreszenz von letzterem zur Identifikation 
detektiert wird (vgl. Fig. 3a Zeile 3). Um die Photobleichung zu verringern, 
wird bei jeder grünen Bestrahlung – ausser bei der absichtlichen Löschung 
des Cy3-Primers – ein Sauerstoffabsorptionssystem («oxygen scavenging 
system») hinzugefügt. Der Cy5-Akzeptor fluoresziert nach Aufnahme der 
Anregungsenergie vom Cy3-Donor, was die Identifikation des eingebauten 
Nukleotids ermöglicht. Bei Braslavsky et al. 2003 wird also der Cy3-Donor 
bei jedem Zyklus, der den Einbau eines Cy5-markierten Nukleotids bein-
haltet, in Anwesenheit des Sauerstoffabsorptionssystems mit Grün belich-
tet. Der ständig vorhandene Cy3-Donor wird also mehrmals mit Grün be-
lichtet. Der Cy5-Akzeptor jedes neu eingebauten Nukleotids wird bei des-
sen Identifikation nicht mit rotem Laserlicht belichtet, er wird stattdessen 


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mittels der Einzelpaar-Foerster-Energieübertragung vom belichteten Cy3-
Donor zur Fluoreszenz angeregt (vg. Fig. 3a Zeilen 2 und 3). Erst nach 
erfolgter Identifikation jedes neu eingebauten Cy5-markierten Nukleotids 
wird sein Cy5-Akzeptor durch Bleichen mit rotem Laserlicht in Abwesenheit 
des Sauerstoffabsorptionssystems zerstört. Jeder neu eingebaute Cy5-Ak-
zeptor wird also nur einmal mit Grün belichtet und anschliessend nur ein-
mal mit Rot belichtet (vgl. Fig. 3a Zeile 4). Der ständig vorhandene Cy3-
Donor erfährt bei dieser Zerstörung des Cy5-Donors die rote Belichtung 
mit, soll aber gegenüber rotem Licht unempfindlich sein. Angaben zur che-
mischen Natur des Sauerstoffabsorptionssystems werden keine gemacht, 
sondern nur ein Hinweis auf eine Literaturstelle (ref. 27) gegeben. 
Abbildung 10: Fig. 3b und c aus Braslavsky et al. 2003
Der von der Klägerin in der Replik RZ 304 behauptete Widerspruch zwi-
schen dem in diesem Dokument erwähnten Bleichen und der Anwesenheit 
eines Sauerstoffabsorptionssystems während der Einstrahlung mit grünem 
Laserlicht bei den Identifikationsschritten mit Einzelpaar-Foerster-Energie-
übertragung gibt es entsprechend nicht, denn absichtliches Bleichen er-
folgt bei Einstrahlung mit grünem Laser nur für den Cy3-Farbstoff am Pri-


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Seite 88
mer für die Lokalisierung des Templates und anschliessend bei Einstrah-
lung mit grünem Laser nicht mehr. Das absichtliche Bleichen in den folgen-
den Schritten erfolgt durch Einstrahlung mit rotem Laser gezielt nur für die 
selektive Löschung der Cy5-Farbstoffe. Anwesenheit des Sauerstoffab-
sorptionssystems beim Belichten mit Grün einerseits und Bleichen mit Rot 
anderseits betreffen verschiedene Unterschritte innerhalb des einzelnen 
Zyklus. Braslavsky et al. 2003 setzt innerhalb jedes einzelnen Zyklus beim 
Belichten mit Grün ein erstes Medium mit Sauerstoffabsorptionssystem
und beim anschliessenden Belichten mit Rot ein zweites Medium ohne 
Sauerstoffabsorptionssystem ein.
Somit offenbart Braslavsky et al. 2003 alle Merkmale des geltend gemach-
ten Anspruchs 1, mit der Ausnahme, dass der Detektionsschritt nicht in ei-
ner Pufferlösung mit Ascorbinsäure oder einem Salz davon ausgeführt 
wird, sondern in Anwesenheit eines nicht näher bestimmten Sauerstofffän-
gers (Die Referenz 27 aus Braslavsky et al. 2003 wurde von der Klägerin 
als Beilage 60 verspätet eingereicht und wird weder als echtes noch als 
unechtes Novum berücksichtigt).
Im Ausgangsdokument Braslavsky et al. 2003 wird die Zugabe eines Sau-
erstofffängers nicht nur erwähnt, sondern auch experimentell umgesetzt. 
Es fehlen aber Angaben dazu, ob die Signalintensität über mehrere Zyklen 
stabil bleibt und wie hoch die Fehlerquote nach mehreren Zyklen ist. Wie 
vorne, E. 644 dargelegt, führt die Zugabe spezifisch von Ascorbinsäure zu 
einer geringeren Fehlerquote und zu einem geringeren Signalintensitäts-
verlust über mehrere Zyklen.
Entsprechend lautet die zu lösende Aufgabe auch hier, ein verbessertes 
Sequenzierverfahren und ein entsprechendes Kit zur Verwendung in einem 
solchen Sequenzierverfahren bereitzustellen, bei dem die Identität der ein-
gebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit einer geringen Fehlerquote 
mit geringerem Signalintensitätsverlustt bestimmt werden kann.
72.
Van Dijk et al. 2004 beschäftigt sich ebenfalls mit der Verhinderung von 
Photobleichen bei Fluoreszenz, und vergleicht dabei verschiedene Mög-
lichkeiten für deren Verhinderung, konkret Entgasen, Zugabe von DTT so-
wie Zugabe von Ascorbinsäure (siehe insbesondere Tabelle 1). Dabei ist 
aber festzuhalten, dass die Resultate für den verwendeten speziellen Auf-
bau gegeben werden, bei dem nicht einfach nur Fluoreszenz ausgelöst 
wird, sondern bei dem ganz gezielt mit zwei Lasern gearbeitet wird, eben 


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mit einem Laser zur Lokalisierung des Farbstoffs («trapping laser») und mit 
einem Fluoreszenz auslösenden Anregungslaser («fluorescence excitation 
laser»). Es wird ausdrücklich ausgeführt, dass die Resultate für diese spe-
zielle Situation gegeben werden (S. 6480, linke Spalte, 2. Absatz).
Geht man davon aus, dass ausgehend von Braslavsky at al. 2003 der 
Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 naheliegend beiziehen 
würde, so würde er aus diesem Dokument erkennen, dass er als «oxygen 
scavenger» entweder Ascorbinsäure oder DTT einsetzen kann. Für die 
speziellen Bedingungen mit den zwei Lasern scheinen beide Systeme As-
corbinsäure und DTT geeignet zu sein. Angesichts der unterschiedlichen 
Konzentrationen ist aber nicht eindeutig klar, welches der beiden Systeme 
effektiv wirksamer ist.
Ausgehend von Braslavsky at al. 2003 könnte damit der Fachmann tat-
sächlich die Ascorbinsäure aus Van Dijk et al. 2004 als Sauerstoffabsorpti-
onssystem in Betracht ziehen. Er würde dies aber nicht, weil er einerseits 
erkennt, dass es keine eindeutige Präferenz für Ascorbinsäure in Van Dijk 
et al. 2004 gibt, und weil andererseits nicht klar ist, ob die Verhinderung 
von Photobleichen unter den speziellen Bedingungen der Einstrahlung mit 
zwei Lasern gemäss Van Dijk at al. 2004 auf die Situation der einfachen 
Einstrahlung mit FRET gemäss Braslavsky et al. 2003 übertragbar ist.
Im Zusammenhang mit der Kombination dieser beiden Dokumente ist nun 
entscheidend, dass, wie vorne in E. 64 dargelegt, nachgewiesen werden 
konnte, dass nicht nur ein gegebenenfalls auftretendes Photobleichen, 
sondern eben und vor allem auch eine Photodamage, d. h. eine Schädi-
gung des DNA-Template, durch die Zugabe von Ascorbinsäure verhindert 
werden kann.
Eine solche Wirkung wird in keinem der beiden Dokumente erwähnt und 
ergibt sich auch nicht implizit aus einem der Dokumente. Diese zusätzliche 
Wirkung wird entsprechend auch durch keines der beiden Dokumente na-
hegelegt.
Es stellt sich dann die Frage, ob dieser zusätzliche Effekt nur als Bonusef-
fekt qualifiziert, wie die Beklagte in der Duplik RZ 135 meint. Der Recht-
sprechung des europäischen Patentamts folgend kann das Vorliegen von 
erfinderischer Tätigkeit wegen eines Bonuseffekts nur dann verneint wer-
den, wenn eine Einbahnstrassensituation vorliegt, d.h. wenn für die unter 
Berücksichtigung der Primärüberlegungen getroffene Auswahl für den 


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Fachmann nur eine einzige Möglichkeit bestand, und wenn dann die zu-
sätzlich geltend gemachte Wirkung automatisch auftritt.47
Vorliegend hiesse das, dass ein Bonuseffekt gegeben wäre, wenn für den 
Fachmann ausgehend vom Primärdokument Braslavsky at al. 2003 bei 
Kombination mit Van Dijk at al. 2004 die Auswahl von Ascorbinsäure für die 
Verhinderung von Photobleichen die einzig ernsthaft in Betracht gezogene 
von verschiedenen Möglichkeiten darstellt (Einbahnstrassensituation), und 
der zusätzliche Effekt der Verhinderung von Photodamage dann gewisser-
massen als Begleiterscheinung automatisch auftritt.
Dies ist aber wie vorstehend dargelegt nicht der Fall, denn der Fachmann 
würde ausgehend von Braslavsky at al. 2003 bei Kombination mit Van Dijk 
at al. 2004 nicht allein die Verwendung von Ascorbinsäure ernsthaft in Be-
tracht ziehen, sondern genauso DTT. Eine eindeutige Präferenz für Ascor-
binsäure ist nicht erkennbar.
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/70073, WO 00/18957 o-
der Braslavsky et al.
73.
In einem vierten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend von WO 073, WO 957 oder Braslavsky et al. 
2003, und kombiniert dabei als Sekundärdokument mit WO 02/086165 (in 
der Folge WO 165) oder WO 2004/085546 A1 (in der Folge WO 546), oder 
Parshad et al., Fluorescence light-induced chromosome damage and its 
prevention in mouse cells in culture, PNAS 1978, S. 1830-33 (in der Folge 
Parshad et al. 1978).
74.
Aus den, E. 70-72 ergibt sich, dass von den drei im vierten Ansatz vorge-
tragenen Ausgangsdokumenten die Entgegenhaltung Braslavksy at al. 
2003 der geeignetste Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfinderischen 
Tätigkeit ist, da in diesem Dokument konkret ein repetitives Sequenzierver-
fahren mit Fluoreszenzdetektion einzelner eingebauter Nukleotide be-
schrieben wird, und die Zugabe eines «oxygen scavenger systems» zur 
Verhinderung von Photobleichen beschrieben wird.
 
47 T 192/82 vom 22. März 1984, Leitsatz, sowie T 1936/13 vom 27. Juni 2017, E. 
2.4.3.


O2019_007
Seite 91
Die folgende Diskussion beschränkt sich deshalb auf die Diskussion aus-
gehend von Braslavsky et al. 2003.
Zu Unterschied und objektiver Aufgabe ausgehend von diesem Dokument 
sei auf die Diskussion vorne verwiesen, d.h. die zu lösende Aufgabe be-
steht darin, ein verbessertes Sequenzierverfahren und ein entsprechendes 
Kit zur Verwendung in einem solchen Sequenzierverfahren bereitzustellen, 
bei dem die Identität der eingebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit 
einer geringen Fehlerquote mit hoher Empfindlichkeit bestimmt werden 
kann.
75.
Die Frage, ob der Fachmann ausgehend von Braslavsky et al. 2003 oder 
WO 073 die WO 165 beiziehen würde, kann offenbleiben, denn geht man 
davon aus, dass er das Dokument beiziehen würde, würde er aus diesem 
Dokument nicht mehr als auf Seite 12, letzter Absatz überbrückend und auf 
die nächste Seite eine lange Liste von möglichen Antioxidantien entneh-
men. Dabei wird Ascorbinsäure in dieser langen Liste ohne besondere Be-
vorzugung erwähnt.
Wie vorne dargelegt (E. 64), gibt es den zusätzlichen unerwarteten Effekt 
der Verhinderung von Photodamage. Auch bei Berücksichtigung von WO 
165 liegt ausgehend von Braslavsky et al. 2003 kein Bonuseffekt vor, denn 
wie bei der Kombination mit Van Dijk et al. 2004 (hier sogar noch eindeuti-
ger) liegt keine Einbahnstrassensituation vor, da in der WO 165 Ascorbin-
säure ohne Bevorzugung in einer langen Liste genannt wird.
Entsprechend kann die Kombination von Braslavsky et al. 2003 oder 
WO 073 mit WO 165 die beanspruchte Erfindung nicht nahelegen.
76.
Analog gilt dies auch für die WO 546. Auch bei diesem Dokument geht es 
nur um die Verringerung von Photobleichung, nicht um Photodamage. 
Auch hier findet sich auf Seite 9 nur eine lange Liste von möglichen Mitteln
zur Verhinderung der Fluoreszenzintensität und der von der Beklagten zu-
sätzlich angezogene Anspruch 35 ist, insbesondere bei Betrachtung der 
Ansprüche 33-35, nichts anderes als diese Liste, und in dieser Liste wird 
Ascorbinsäure ohne besondere Bevorzugung erwähnt. 
Aus den im Zusammenhang mit der WO 165 dargelegten Gründen beruht 
auch bei Beizug von WO 546, sofern dieser überhaupt erfolgen würde, der


O2019_007
Seite 92
Gegenstand des geltend gemachten Anspruchs auf erfinderischer Tätig-
keit.
77.
Auch beim Dokument Parshad et al. 1978 kann offenbleiben, ob der Fach-
mann dieses Dokument hinzuziehen würde. Wenn er dies täte, würde er 
feststellen, dass es hier um fluoreszenzinduzierte Chromosomenschädi-
gung geht, und nicht um ein Sequenzierverfahren wie im Ausgangsdoku-
ment. 
Dieses Dokument beschäftigt sich mit der Beschädigung von Chromatiden 
in Zellen in einem speziellen Medium durch Fluoreszenzlicht bei einer Be-
strahlungsdauer von 20 Stunden (siehe Zusammenfassung). Dies bedeu-
tet, dass es in diesem Dokument um eine völlig andere Technologie geht 
als bei jedem der von der Beklagten verwendeten Ausgangsdokumente. 
Es geht nicht um ein Sequenzierverfahren und schon gar nicht um eines, 
bei dem Fluoreszenzfarbstoffe für die Sequenzierung in die DNA eingebaut 
werden.
Damit gehört das Dokument Parshad et al. 1978 weder zum gleichen Ge-
biet wie die Ausgangsdokumente, noch zu einem benachbarten Gebiet 
noch zu einem übergeordneten generellen Gebiet mit der gleichen Zielset-
zung. Der Fachmann würde entsprechend dieses Dokument als Sekun-
därdokument nicht ohne erfinderisch tätig zu sein beiziehen.
Selbst wenn es beiziehen würde, würde er dann feststellen, dass er daraus 
keine sinnvollen Erkenntnisse für die Verbesserung der Lehre des Aus-
gangsdokuments gewinnen kann. Bei einem Sequenzierverfahren mit Ein-
bau von Bausteinen mit Fluoreszenzfarbstoffen werden die einzelnen und 
isolierten Moleküle optisch ausgelesen, wobei kurzzeitig für die Identifika-
tion angestrahlt wird und die Fluoreszenz detektiert wird. Im Gegensatz 
dazu wird in diesem Sekundärdokument Parshad et al. 1978 nicht mit Licht 
zur Erzeugung von Fluoreszenz in der Probe angeregt, sondern vielmehr 
wird als Lichtquelle eine Fluoreszenzlichtquelle eingesetzt. Obwohl der Ti-
tel glauben machen könnte, dass es im Sekundärdokument um etwas Ähn-
liches geht wie im Primärdokument, ist das bei genauer Betrachtung über-
haupt nicht der Fall, weil im Sekundärdokument die Einstrahlung nicht mit 
dem Ziel der Erzeugung von Fluoreszenz erfolgt. 
Weiter werden in diesem Sekundärdokument nicht einzelne Stränge durch 
kurzzeitige Einstrahlung analysiert, sondern es wird geschaut, inwiefern 


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Seite 93
eine kontinuierliche Einstrahlung über eine Zeitdauer von 20 Stunden, wie 
sie in einem Sequenzierverfahren offensichtlich niemals zur Anwendung 
käme, Chromatiden in einer Zelle, d. h. in ihrem natürlichen, in entspre-
chende Proteine und andere Biomoleküle eingebetteten, Umfeld auf diese 
Einstrahlung reagieren. Dass die Wirkung von Ascorbinsäure in diesem 
völlig anderen Umfeld auch nur schon ähnlich sein könnte, wie wenn As-
corbinsäure bei einem Sequenzierverfahren eingesetzt würde, kann nicht 
erkannt werden.
Eine direkte Übertragbarkeit von Erkenntnissen aus diesem Sekundärdo-
kument auf das Verfahren gemäss Primärdokument kann der Fachmann 
entsprechend nicht annehmen. Ausgehend vom Dokument Braslavsky et 
al. 2003 und auf der Suche nach einem geeigneten Sauerstoffabsorptions-
system würde der Fachmann beim Blick in dieses Sekundärdokument nicht 
ohne erfinderische Tätigkeit erkennen, dass die dort in einem anderen Zu-
sammenhang eingesetzt Ascorbinsäure als Sauerstoffabsorptionssystem
im Verfahren gemäss Ausgangsdokument besonders vorteilhaft wäre.
Entsprechend kann auch die Kombination mit Parshad et al. 1978 die be-
anspruchte Erfindung nicht nahelegen.
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/06770
78.
In einem fünften Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend von WO 770 und kombiniert dabei als Sekun-
därdokument mit Van Dijk et al. 2003 oder Dittrich et al. 2001. Sie bezieht 
sich dabei wesentlich auf die Ausführungen in der Entscheidung der Ein-
spruchsabteilung.
79.
Die WO 770 beschreibt eine Vorrichtung für die Einzelmolekülspektrosko-
pie, bei der die einzelnen Moleküle an einem stationären Träger fixiert sind 
(Zusammenfassung und Anspruch 1 sowie Seite 5:25). Die einzelnen Mo-
leküle werden fluoreszenzmarkiert und es wird beschrieben, dass die Tech-
nologie für ein Sequenzierverfahren von Polynukleotiden eingesetzt wer-
den kann (S. 9:3-23). Dabei weist das Verfahren an einer Template-Nukle-
insäure folgende, sich wiederholende Schritte auf: Einbau eines fluores-
zenzmarkierten Nukleotids zu einem komplementären Strang und optische 
Bestimmung des eingebauten Systems nach Entfernung der fluoreszenz-


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markierten Reagenzien (S. 9:11-23). Um nachzuweisen, dass die Fluores-
zenz durch ein einzelnes Molekül verursacht wird, wird auf den auf Pho-
tobleichung zurückzuführenden Signalabfall abgestellt (S. 15:23-28 sowie 
S. 17:16-25).
Damit unterscheidet sich der beanspruchte Gegenstand, wie dies in der 
Entscheidung der Einspruchsabteilung vom 30. November 2015 korrekt 
festgehalten wird, von der Offenbarung der WO 770 dadurch, dass die Be-
stimmung der Identität der eingebauten Nukleotide in einem Puffer durch-
geführt wird, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält.
80.
Die Zugabe von Ascorbinsäure führt nachweislich dazu, dass das Fluores-
zenzsignal in einem SBS-Verfahren auch über mehrere Zyklen stabil bleibt
und Fehlerquote bei der Identitätsbestimmung daher sinkt (vorne, E. 64).
Die WO 770 offenbart Fluoreszenzdetektion, nicht aber, dass das Fluores-
zenzsignal über mehrere Zyklen durch die Zugabe von irgendwelchen Che-
mikalien verbessert werden könnte. Im Gegenteil, bei der WO 770 beruht 
die Detektion gerade darauf, dass das Photobleichung dazu verwendet 
wird, das Nutzsignal (eines einzelnen Moleküls) vom Störsignal (mehrerer
Moleküle) zu unterscheiden.
Wegen der nachgewiesenen technischen Wirkung kann die Aufgabe nicht 
als Bereitstellung einer Alternative formuliert werden. Sie kann aber auch 
nicht formuliert werden als Bereitstellung einer höheren Signalintensität 
über mehrere Zyklen, da eine derartige Fragestellung bereits einen Hin-
weis gibt, der der WO 770 nicht entnommen werden kann. 
Die zu lösende Aufgabe besteht daher darin, ein verbessertes Sequenzier-
verfahren und ein entsprechendes Kit zur Verwendung in einem derartigen 
Verfahren bereitzustellen, bei dem die Identität der eingebauten Nukleotide 
auch über mehrere Zyklen mit geringer Fehlerquote mit hoher Empfindlich-
keit bestimmt werden kann (so ähnlich auch die Einspruchsabteilung).
81.
Aus den bereits ausführlich dargelegten Gründen hat der Fachmann keine 
Motivation, überhaupt Van Dijk et al. 2004 beizuziehen, um die technische 
Aufgabe zu lösen. Bei SBS-Verfahren stellt sich das Problem der Photo-
bleichung – bei angemessen eingestellter Lichtintensität – gar nicht, ent-
sprechend würde der Fachmann auch keine Massnahmen zur Reduktion 
der Bleichung in Betracht ziehen. 


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Selbst wenn der Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 ausgehend 
von WO 770 hinzuziehen würde, würde nicht ohne erfinderische Tätigkeit 
zur beanspruchten Lehre gelangen.
Die Kompatibilität der Erkenntnisse des Dokuments Van Dijk et al. 2004 mit 
dem Verfahren gemäss WO 770 ist für den Fachmann nicht erkennbar. Im 
Gegenteil, die WO 770 lehrt explizit vom Dokument Van Dijk et al. 2003
weg («teaching away»). Bei der WO 770 geht es darum, gezielt Photoblei-
chung dafür zu nutzen, das Signal der einzelnen markierten Nukleotide im 
einzelnen Molekül von Hintergrundsignalen zu unterscheiden. Die Zugabe 
eines Mittels zur Verhinderung von Photobleichung liefe diesem Prinzip ge-
nau zuwider, entsprechend würde der Fachmann das Dokument Van Dijk
et al. 2003 bei der Suche nach einer Lösung zum obigen Problem verwer-
fen. 
Auch die wissenschaftliche Publikation Dittrich et al. 2001 gilt dasselbe wie 
für Van Dijk et al. 2003. Da Photobleichung kein Problem darstellt, würde 
der Fachmann diese Publikation nicht beiziehen. Die Kompatibilität der Er-
kenntnisse des Dokuments Dittrich et al. 2001 mit dem Verfahren gemäss 
WO 770 ist für den Fachmann zudem nicht erkennbar. Im Gegenteil, die 
WO 770 lehrt aus den bei der Diskussion von Van Dijk et al. 2003 genann-
ten Gründen von Dittrich et al. 2001 weg. 
82.
Zusammenfassend beruht der Gegenstand der geltend gemachten An-
sprüche 1 und 15 der EP 412 auf erfinderischer Tätigkeit. 
Verletzung
83.
Die Beklagte hat in der Klageantwort darzulegen, welche Tatsachenbe-
hauptungen der Klägerin im Einzelnen anerkannt oder bestritten werden
(Art. 222 Abs. 2 ZPO).
Klagepatent EP 578
84.
In der Klageantwort bestreitet die Beklagte unter dem Titel «die angegriffe-
nen Nukleotide, Reagenzien-Kits und Verfahren verletzen EP 578 nicht» 
ausschliesslich, dass die von der Klägerin vorgebrachten Beweismittel
tauglich seien, eine Verletzung nachzuweisen. Auch in der Duplik, unter 


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dem Titel «keine Verletzung von EP 578», bestreitet die Beklagte aus-
schliesslich, dass die Klägerin bewiesen habe, dass das Klagepatent 578 
verletzt sei (Duplik RZ 41 ff.; exemplarisch der Titel vor RZ 48 «Plaintiff fai-
led to establish infringement by MGl’s unlabelled dNTPs» (Hervorhebung 
hinzugefügt).
Auf spezifische Frage des Präsidenten an der Hauptverhandlung, ob die 
Beklagte bestreite, eine Azidomethyl-Blockierungsgruppe zu verwenden, 
antwortete der Vertreter der Beklagten wörtlich «what I am saying is that it 
has not been proven that it is used».
Damit fehlt es an einer eigentlichen Bestreitung der Verletzung. Die Be-
klagte bestreitet zwar den Nachweis der Verletzung, aber nicht die Verlet-
zung als solche. Als unbestrittene tatsächliche Behauptung bedarf die Be-
hauptung, dass der Reagenzien-Kit «DNBSEQ-500RS» (vormals «MGI-
SEQ-500RS High throughput Sequencing Kit Model: PE 100») der Beklag-
ten in den Schutzbereich des Klagepatents EP 578 fällt, daher keines Be-
weises.
85.
Erachtet man einen Beweis dennoch als notwendig, so ist er aus den im 
Fachrichtervotum genannten Gründen erbracht.
Die Klägerin stützt sich zum Nachweis der Verletzung des Klagepatents 
EP 578 durch den Kit «MGISEQ-2000RS» auf eine Analyse durch die Eu-
rofins EAG Materials Sciences, LLC (in der Folge «Eurofins»). Die Resul-
tate der Analyse sind in einer Erklärung von Mary Dothage vom 25. Juni 
2019 («Erklärung Dothage 2019») zusammengefasst und werden in einer 
Erklärung des Parteiexperten Dr. Floyd Romesberg vom gleichen Datum
(«Erklärung Romesberg 2019») eingeordnet. Die Klägerin behauptet 
substantiiert die Nachmachung der einzelnen Merkmale der Ansprüche 1 
und 25 unter Bezugnahme auf die Erklärung Dothage 2019 und verwendet 
die Erklärung Romesberg 2019 zur Bestätigung ihrer Position. Die Be-
klagte bestreitet, dass diese Parteigutachten zum Beweis geeignet seien, 
sie behauptet aber nicht, dass die rapportierten Untersuchungen nicht mit 
den berichteten Ergebnissen durchgeführt worden seien.
Die Beklagte bestreitet den Eingriff in den Schutzbereich von Klagepatent
EP 578 einerseits mit dem Argument, das von der Klägerin für die Analyse 


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verwendete Reagenzien-Kit sei zum Zeitpunkt der Analyse bereits abge-
laufen gewesen, entsprechend könne nicht mehr gewährleistet sein, dass 
die Produkteigenschaften zum Zeitpunkt der Analyse intakt gewesen seien.
Dieses Argument überzeugt nicht. Die Beklagte legt noch nicht einmal dar, 
in welcher Hinsicht das Produkt nach Ablauf nicht mehr die für die Frage 
des Eingriffs in den Schutzbereich relevanten Eigenschaften aufweisen 
sollte. Es ist aus technischer Sicht nicht nachvollziehbar, inwiefern ein Pro-
dukt dieser Art innerhalb von ein paar wenigen Monaten nach Ablauf des 
Ablaufdatums in eine verletzende Ausführungsform abbauen könnte. Der 
Berücksichtigung der Erklärungen Dothage 2019 und Romesberg 2019 
steht dieses Argument entsprechend nicht entgegen. Zudem reicht die Klä-
gerin in ihrer Replik Analysen von weiteren Mustern des gleichen Reagen-
zien-Kits ein, die die gleichen Resultate zeigen (zweite Erklärung von Mary 
Dothage vom 8. Januar 2020, «Erklärung Dothage 2020», und zweite Er-
klärung von Floyd Romesberg vom 7. Mai 2020, «Erklärung Romesberg 
2020»).
Weiter führt die Beklagte zu ihrer Verteidigung aus, dass die von der Klä-
gerin vorgelegten Analysen keine eindeutigen Rückschlüsse auf die bean-
spruchten Strukturen zuliessen, da der auf «click»-Chemie beruhende Test 
für die Identifikation von Azidgruppen ohne weiteres auch bei anderen 
Strukturen mit Azidgruppen, aber anderer Konnektivität als beansprucht,
positive Resultate liefern könne, und weil die Flüssigchromatographie mit 
Massenspektrometrie-Kopplung-Analysen nur rudimentär seien, und die 
reine Existenz von Ausschlägen («Peaks») für ein bestimmtes Verhältnis 
von Masse und Ladung nicht genügen könne für den Beweis der behaup-
teten Azid-blockierten Nukleotide.
Dazu ist zu bemerken, dass diese Behauptungen kaum substanziiert sind 
und keine auch nur ansatzweise plausible ebenfalls für das zugrundelie-
gende SBS-Verfahren geeignete Strukturen vorgeschlagen werden, die 
tatsächlich bei beiden Tests der Klägerin die gleichen Resultate wie die 
beanspruchte Struktur liefern könnten. Weiter behauptet die Beklagte nicht 
konkret, eine alternative Struktur zu verwenden, die bei den berichteten 
Tests zu den gleichen Ergebnissen wie die anspruchsgemässe Struktur 
führen würde. Die Beklagte hat nicht bestritten, dass mit der auf dem Etikett 
des dunklen Behälter des Kits «BGISEQ-500RS High Troughput Sequen-
cing Kit Model: PE100» erscheinenden Abkürzung »dNTP» «deoxyribonu-


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Seite 98
cleoside triphosphate» gemeint ist. Sie hat stattdessen ausdrücklich bestä-
tigt, dass «dNTP» eine häufig verwendete Abkürzung für «deoxyribonucle-
otide triphosphate» ist.
In der Duplik führt die Beklagte im Zusammenhang mit den beiden neuen 
Parteigutachten Dothage 2020 und Romesberg 2020 weiter ergänzend 
aus, diese liessen keinen Schluss auf die Struktur der Moleküle in der an-
gegriffenen Ausführungsform zu, da für die nicht-markierten Systeme die 
Massenspektroskopie keine Aussagen über die Struktur zuliessen, da die 
UV/Vis-Spektren an den markierten Systemen durch den Fluoreszenzfarb-
stoff dominiert seien und wesentliche Unterschiede aufwiesen. Die mas-
senspektroskopischen Daten mit den Hüllkurven über die Isotopen enthiel-
ten keine Strukturinformation, und das Fragmentierungsmuster erlaube 
ebenfalls keine Rückschlüsse auf die Struktur, zumal die relevante Schutz-
gruppe an der 3’ Position eine Masse aufweise, die im dargestellten m/z-
Fenster gar nicht vorkomme.
Gemäss Bericht Dothage II wurden die nicht-markierten Systeme der 
Probe MGISEQ-2000RS wie folgt analysiert: von Jena Bioscience GmbH 
wurden vier Proben mit strukturell eindeutig definierten, an der 3’-OH-Stelle 
mit Azidomethyl geschützten Nukleotiden 3’-O-azidomethyl-dATP, 3’-O-
azidomethyl-dCTP, 3’-O-azidomethyl-dGTP, und 3’-O-azidomethyl-dTTP 
individuell unter Verwendung von Flüssigchromatographie mit Massen-
spektrometrie-Kopplung auf ihre Masse untersucht. Anschliessend wurde 
aus diesen vier individuellen Systemen ein Gemisch «Jena 3-AZM-dNTPs 
Mix» hergestellt, und bei diesem ebenfalls die Massen der vier geschützten 
Nukleotide 3’-O-azidomethyl-dATP, 3’-O-azidomethyl-dCTP, 3’-O-azido-
methyl-dGTP, und 3’-O-azidomethyl-dTTP bestimmt. Dann wurde die nicht-
markierte Mischung aus dem MGISEQ-2000RS Kit der gleichen Messung 
unterzogen. Es wurden im Rahmen der Messgenauigkeit für alle vier Nuk-
leotide exakt die gleichen Massen bestimmt.
Bei den markierten Systemen wurde so vorgegangen, dass das spezifi-
sche, hinsichtlich Struktur bestimmte und bekannte, und ebenfalls an der 
3’-OH-Stelle mit Azidomethyl geschützte Referenzsystem «Illumina Label-
led dNTP» unter Zuhilfenahme von Flüssigchromatographie mit Massen-
spektrometrie-Kopplung (LC/MS) untersucht wurde. Anschliessend wurde 


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die markierte Mischung aus dem MGISEQ-2000RS Kit der gleichen Mes-
sung unterzogen, und der bei der gleichen Elutionszeit48 wie das Referenz-
system eluierende Peak wies die gleiche Masse auf wie das Referenzsys-
tem.
Abbildung 11: Struktur des «Illumina Labelled dNTP» (aus Dothage II RZ 22)
Zusätzlich wurde hier nun aber auch noch bei der bei der gleichen Eluti-
onszeit wie das Referenzsystem eluierende Peak einer UV/VIS49 Untersu-
chung unterzogen, und die entsprechenden Spektren (Dothage II, Fig. 1) 
der MGI-Probe und des Referenzsystems sind im Rahmen der Mess-
genauigkeit identisch.
 
48 Elutionszeit: Zeit, die in der Flüssig-Chromatographie benötigt wird, um eine 
bestimmte Substanz, die an ein festes Adsorptionsmaterial adsorbiert vorliegt, von 
diesem zu lösen und beim Ausgang erscheinen zu lassen. 
49 UV/VIS: elektromagnetische Wellen des ultravioletten (UV) und des sichtbaren 
(englisch visible, VIS) Lichts.


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Abbildung 12: Fig. 1 aus Dothage II
Des Weiteren wurde die Isotopen-Hüllkurve von Referenzsystem und des 
bei der gleichen Elutionszeit wie das Referenzsystem eluierenden Peaks 
bestimmt. Tatsächlich sind die gemessenen Hüllkurven (Dothage II, Fi-
gur 2) im Rahmen der Messgenauigkeit identisch.
Abbildung 13: Fig. 2 aus Dothage II


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Zu guter Letzt wurde das Massenspektrometrie-Fragmentierungsmuster 
des Referenzsystems bestimmt und jenes des bei der gleichen Elutionszeit 
wie das Referenzsystem eluierenden Peaks. Die Fragmentierungsmuster 
(Dothage II, Figur 3) sind im Rahmen der Messgenauigkeit identisch.
Abbildung 14: Fig. 3 aus Dothage II
UV/VIS-Spektrum sowie Fragmentierungsmuster im Massenspektrum ha-
ben einen analytischen Fingerprint-Charakter, d.h. sie erlauben zwar je-
weils für sich allein betrachtet keinen Rückschluss auf eine bestimmte 
Struktur und Konnektivität, sie sind aber für ein bestimmtes System indivi-
duell charakterisierend. Entsprechend erlauben beide Methoden, wenn 
analoge Messungen unter gleichen Bedingungen mit einem Referenzsys-
tem mit bekannter Struktur verglichen werden, und der gleiche Fingerab-
druck erhalten wird, mit sehr hoher Verlässlichkeit den Rückschluss, dass 
es sich um das strukturell gleiche System wie das Referenzsystem handelt. 
Sowohl UV/VIS-Spektren als auch Fragmentierungsmuster im Massen-
spektrum sind für eine bestimmte Molekül-Topologie so gut wie einzigartig 
und charakterisierend, und dabei spielt es auch keine Rolle, ob der Aus-
schnitt des Fragmentierungsmusters auch soweit heruntergeht, bis das 
Signal des Azids als Fragment erkennbar ist.
Diese Vergleichsmessungen mit einem strukturell eindeutig bestimmten 
Referenzsystem werden weiter bestätigt durch die identische Masse be-
stimmt durch Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Kopplung, 
sowie durch die identische Isotopen-Hüllkurve. 


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Die Verwendung der «Click» Chemie für die Charakterisierung der fluores-
zenzmarkierten Probe «BGI PE 100 dNTP Mix» aus dem besagten dunklen 
Behälter des Kits «BGISEQ-500RS High Troughput Sequencing Kit Model: 
PE100» in der Analyse Dothage 2019 bestätigt zudem zusätzlich auch 
noch die gleichzeitige Anwesenheit von Azid-Gruppen und von Fluorophor
in ein- und demselben Molekül, weil die Fluoreszenz per «Click» Chemie 
auf die Oberfläche von Beads immobilisiert werden konnte, genauso wie 
beim authentischen fluoreszenzmarkierten Referenzsystem «Illumina In-
corporation Mix» (Dothage 2019 RZ 7-40, Figuren 1 und 3).
Angesichts dieser erdrückenden Analyselage ist mit an Sicherheit grenzen-
der Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass in der markierten Probe 
der angegriffenen Ausführungsform das gleiche Molekül wie im Referenz-
system «Illumina Labelled dNTP» enthalten ist. Die rein theoretischen und 
spekulativen Ausführungen der Beklagten vermögen den Beweis nicht zu 
erschüttern. Das Regelbeweismass der vollen Überzeugung verlangt keine 
absolute Gewissheit. Es genügt, wenn das Gericht am Vorliegen der be-
haupteten Tatsache keine ernsthaften Zweifel mehr hat oder allenfalls ver-
bleibende Zweifel als leicht erscheinen,50 und dies ist vorliegend der Fall.
86.
Weiter behauptet die Beklagte, ein Eingriff in den Schutzbereich könne 
ausgeschlossen werden, weil die Klägerin selber behaupte, die Gruppe R’’ 
gemäss EP 578 gebe es nicht, diese sei aber Anspruchsmerkmal.
Gemäss Anspruch 1 kann im Rest -O-Z die Gruppe Z durch eine der drei 
Möglichkeiten -C(R’)2-N(R")2, C(R’)2-N(H)R", oder -C(R’)2-N3 gemäss drit-
tem Absatz des Anspruchs verwirklicht sein. 
Wird, wie bei der behaupteten angegriffenen Ausführungsform, die dritte 
Möglichkeit einer Azidomethyl-Gruppe verwirklicht (-C(R’)2-N3 mit R’ = Was-
serstoff, vgl. Anspruch 4), dann kommt die Definition des Rests R’’ und sei-
ner Eigenschaften gemäss letztem Absatz des Anspruchs nicht zum Zuge, 
da dieser Rest R’’ dann gar nicht vorkommt und nicht die betrachtete Alter-
native umsetzt.
Die angegriffene Ausführungsform MGISEQ-2000RS High Throughput Se-
quencing Set, bzw. DNBSEQ-500RS High Throughput Sequencing Set, 
der Beklagten greift daher nach Überzeugung des fachkundig besetzten 
 
50 BGE 132 II 321 E. 3.2.


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Seite 103
Gerichts in den Schutzbereich von Anspruch 1 und Anspruch 25 des Kla-
gepatents EP 578 ein, soweit man dies überhaupt als bestritten ansieht.
87.
Die Klägerin hat die Beklagte auch der Teilnahme an der Verletzung der 
unabhängigen Verfahrensansprüche 12 und 17 der EP 578 bezichtigt. Sie 
hat hierzu das Health 2030 Genome Center in Genf, als direkten Verletzer 
dieser Ansprüche identifiziert. Es ist offenbar unstrittig, dass dass Health 
2030 Genome Center die Verfahren der Ansprüche 12 und 17 gewerblich 
nutzt. Die vorstehend diskutierten Kits müssen für die Durchführung dieser 
Verfahren geeignet sein. Anspruch 12 fordert nur, dass ein Nukleotid ein-
gebaut wird, das den Einbau weiterer Nukleotide verhindert oder blockiert 
(«the incorporation of said nucleotide preventing or blocking introduction of 
subsequent nucleoside or nucleotides»). Nach den vorstehenden Erläute-
rungen betreffend die Zusammensetzung der Kits muss davon ausgegan-
gen werden, dass sich die Kits für die Durchführung des Verfahrens von 
Anspruch 12 eignen, weil sie 3'-blockierte Deoxyribosenukleotid-Triphos-
phate enthalten. 
Anspruch 17 fordert weiter, dass ein Nukleotid gemäss einem der Ansprü-
che 6 bis 10 eingebaut wird (d.h. es enthält eine 3'-OH-Blockierungsgruppe 
und ein detektierbares Label) und dass danach die Blockierungsgruppe 
und das detektierbare Label entfernt werden. Die Klägerin hat konkret be-
hauptet, dass die von der Beklagten angebotenen Kits auch die für die Ent-
fernung von 3'-Blockierungsgruppe und detektierbarem Label erforderli-
chen Reagenzien enthalten. Die Beklagte bestreitet dies nur insoweit, als 
sie behauptet, nicht die Lieferantin der Kits zu sein, die in dem vom Health 
2030 Genom Center betriebenen Sequenziergerät eingesetzt werden und 
dass die CoolMPS-Kits kein «detectable label linked to the molecule 
through the blocking group by a cleavable or non-cleavable linker» enthal-
ten.
Die Aktivitäten der Beklagten in der Schweiz, oder sich auf das Territorium 
der Schweiz auswirkend, wurden vorne in E. 25 detailliert dargelegt. Das 
Fehlen des detektierbaren Labels am Nukleotid, das mit einem spaltbaren 
oder nicht-spaltbaren Linker angebunden ist, wird nur für die CoolMPS-Kits 
(gleich nachstehend) bestritten. Dort ist tatsächlich nicht nachgewiesen, 
dass das Merkmal verwirklicht wird, siehe nachstehende E. 88. Für die 
«herkömmlichen», nicht CoolMPS, Kits, ist die Verletzung des Verfahrens-
anspruchs 17 unbestritten und die verletzenden Handlungen auf dem Ter-
ritorium der Schweiz nachgewiesen.


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Seite 104
88.
In der Replik richtet die Klägerin neu zusätzlich die Klage auch noch gegen 
eine zweite Ausführungsform, das von der Beklagten angeblich neu ange-
botene Produkt «CoolMPS»51, und stützt sich dabei auf eine vorabveröf-
fentliche wissenschaftliche Publikation (Drmanac et al., CoolMPSTM: Ad-
vanced massively parallel sequencing using antibodies specific to each na-
tural nucleobase, BioRxiv Preprint 20. Februar 2020, in der Folge Preprint 
2020), der unter Mitwirkung der Gruppe der Beklagten entstanden sei und 
diese zweite Ausführungsform beschreibe. Die Verletzung der EP 578 wird 
bei dieser zweiten Ausführungsform insbesondere gestützt auf Figur 2 die-
ses Preprint 2020 sowie die Erläuterungen in der Erklärung Romesberg 
2020 zu diesem Preprint 2020.
Abbildung 15: Fig. 2 aus Preprint 2020
Die Beklagte behauptet in der Duplik, dass die entsprechenden Behaup-
tungen der Klägerin nicht genügend substanziiert seien, und begründet 
dies im Einzelnen ihrerseits nicht besonders ausführlich wie folgt: aus dem 
Preprint 2020 gehe nicht hervor, dass die dort vorgestellten Antikörper nur 
für mit einer Azidomethyl Gruppe geschützte dNTPs spezifisch seien, und 
die Zitate aus der Erklärung Romesberg 2020 würden dies ebenfalls nicht 
stützen.
89.
Auch hier bestreitet die Beklagte nicht ausdrücklich, dass die Ausführungs-
form «CoolMPS» die Anspruchsmerkmale erfülle, sondern behauptet nur, 
dass die Klägerin nicht substanziiert die Verletzung behauptet habe und 
eine Stützung auf den Preprint 2020 nicht genügen könne. Damit hat die 
Verletzung auch in Bezug auf «CoolMPS» als unbestritten zu gelten.
Das Preprint 2020 beschreibt ein Verfahren, das darauf beruht, dass an-
stelle von fluoreszenzmarkierten Nukleotiden, bei denen die Markierung je-
weils nach jedem Schritt entweder entfernt oder ausgebleicht werden 
 
51 MPS: Massively Parallel Sequencing.


O2019_007
Seite 105
muss, für die Detektion und Identifikation mit fluoreszenzmarkierten Anti-
körpern gearbeitet wird. Das als CoolMPS bezeichnete Verfahren arbeitet 
mit Nukleotiden, die an der 3’-OH Position mit Azidomethyl-Gruppen blo-
ckiert sind, und es wird ausdrücklich darauf hingewiesen, dass gerade 
diese Gruppe besonders geeignet sei, weil sie klein sei und damit die Se-
lektivität des Antikörpers weniger durch diese Gruppe und mehr durch die 
entsprechende Struktur des jeweils eingebauten Nukleotides dominiert 
werde. Die Antikörper sind also spezifisch auf diese Blockierung ausgelegt. 
Es wird zudem ausdrücklich ausgeführt, dass diese Blockierung mit den 
verwendeten Immunogenen eingesetzt werde, und dass, wenn diese Blo-
ckierung nicht vorhanden ist, die Antikörper auch nicht bänden.
Abbildung 16: Fig. 1 aus Preprint 2020
Diese Aussagen lassen keinen anderen Schluss zu, als dass das 
CoolMPS-Verfahren nicht anders als mit Nukleotiden, die an der 3’-OH Po-
sition mit Azidomethyl-Gruppen blockiert sind, sinnvoll eingesetzt werden 
kann, und damit auch dieses Verfahren in den Schutzbereich von Anspruch 
1 eingreift. 
Nicht eingegriffen wird dagegen in die Verfahrensansprüche 12 und 17, 
unabhängig davon, ob die behaupteten Handlungen als Teilnahmehand-
lung qualifizieren, da sich diese Ansprüche jeweils auf die voranstehenden 
Ansprüche 6 und 10 zurück beziehen, und gemäss diesen Ansprüchen 
muss es am Nukleotid ein detektierbares Label haben, das mit einem spalt-
baren oder nicht-spaltbaren Linker angebunden ist. Dass dies bei 
CoolMPS der Fall sei, wird von der Klägerin nicht behauptet.


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Seite 106
Gleiches gilt für den Anspruch 25, da sich auch dieser nur auf Nukleotide 
gemäss einem der Ansprüche 6-10 bezieht, und bei den Nukleotiden ge-
mäss diesen von Anspruch 1 abhängigen Unteransprüche muss es am 
Nukleotid ein detektierbares Label haben, das mit einem spaltbaren oder 
nicht-spaltbaren Linker angebunden ist, und dass dies bei der zweiten Aus-
führungsform der Fall sei, wird von der Klägerin nicht behauptet.
90.
Zusammenfassend greifen beide angegriffenen Ausführungsformen in den
Schutzbereich des Klagepatents EP 578 ein, soweit man dies überhaupt 
als bestritten erachtet.
Klagepatent EP 412
91.
Auch in Bezug auf das Klagepatent EP 412 bestreitet die Beklagte nicht 
ausdrücklich, dass die angegriffenen Ausführungsformen in den Schutzbe-
reich der geltend gemachten Ansprüche fallen, insbesondere Ascorbin-
säure bzw. ein Salz davon enthalten, sondern nur, dass die Klägerin dies 
zweifelsfrei nachgewiesen habe. Damit hat auch der Eingriff in den Schutz-
bereich des Klagepatents EP 412 als unbestritten zu gelten.
92.
Soweit man den Eingriff in den Schutzbereich als bestritten ansieht, ist er 
aus den im Fachrichtervotum genannten Gründen bewiesen. 
Die in der Klage angegriffene Ausführungsform ist auch hier das reagent 
kit «BGISEQ-500RS High throughput Sequencing Kit Model: PE 100»/
«DNBSEQ-500RS».
Die Klage stützt sich betreffend Verwirklichung der Anspruchsmerkmale 
der EP 412 ebenfalls auf die Analyse durch Eurofins, Ergebnisse gemäss 
Erklärung Dothage 2019 und erläutert in Romesberg 2019. Die Klägerin 
behauptet substanziiert die Nachmachung der einzelnen Merkmale von 
Anspruch 1 und behauptet die Nachmachung von Anspruch 15 gerichtet 
auf ein Kit unter Bezugnahme auf die Argumente im Zusammenhang mit 
Anspruch 1, jeweils unter Bezugnahme auf die Erklärung Dothage 2019
und verwendet die Erklärung Romesberg zur Bestätigung ihrer Position.
Im Zusammenhang mit dem Anspruchsmerkmal der Ascorbinsäure wird 
spezifisch darauf verwiesen, dass eine Probe mit Teststreifen des Typs 


O2019_007
Seite 107
«Quantofix® Ascorbic acid test strip» untersucht wurde, und zwar abgesi-
chert durch Quervergleiche mit Pufferproben ohne Ascorbinsäure, sowie 
Referenzproben mit Ascorbinsäure (50 ppm, 100 ppm, 75 ppm, 500 ppm) 
sowie als weitere Referenzprobe ein Muster des Produkts der Klägerin. 
Weiter wird eine Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Kopp-
lung-Analyse vorgelegt, die anhand der gemessenen Massen die Anwe-
senheit von Ascorbinsäure in der Probe belegen soll, wiederum abgesi-
chert durch parallele Messungen an Pufferproben mit Ascorbinsäure, Puf-
ferproben ohne Ascorbinsäure sowie ein Muster des Produkts der Klägerin.
Die Beklagte behauptet wie bereits beim Eingriff in den Schutzbereich von 
EP 578, das von der Klägerin für die Analyse verwendete Reagenzien-Kit
sei zum Zeitpunkt der Analyse bereits abgelaufen gewesen, entsprechend 
sei nicht mehr gewährleistet, dass die Produkteigenschaften zum Zeitpunkt 
der Analyse intakt gewesen seien. Dieses Argument ist aus den vorne, 
E. 85, genannten Gründen nicht überzeugend. Es gibt keinen technisch 
nachvollziehbaren Grund, warum sich in den Kits der Beklagten nach de-
ren Ablaufdatum Ascorbinsäure bilden sollte, die vor Ablauf dort nicht ent-
halten war.
93.
Weiter behauptet die Beklagte, die Analyse mit den Teststreifen sei nur ein 
schneller Test auf die Anwesenheit von Ascorbinsäure. Wie der Test funk-
tioniere, sei nicht bekannt, und es sei entsprechend nicht möglich, zu über-
prüfen, ob der Test spezifisch sei. Es sei allgemein bekannt, dass derartige 
Schnelltests anfällig seien auf Störfaktoren, und Interferenzen seien ge-
mäss Angabe des Herstellers durch Maskierung oder Fällung zu vermei-
den. Aus den Erklärungen Dothage 2019 und 2020 gehe nicht hervor, dass 
derartige Massnahmen getroffen worden seien. Zu den Flüssigchromato-
graphie mit Massenspektrometrie-Kopplung-Analysen äussert sich die Be-
klagte nicht.
Die Klägerin reagiert darauf ausführlich in der Replik, wobei sie unter an-
derem darauf hinweist, dass die Messungen exakt unter Berücksichtigung 
der Herstellerinstruktionen durchgeführt worden seien, und dass es in die-
sen keine Hinweise gäbe, dass Interferenzen durch Fällung oder Maskie-
rung zu vermeiden seien.
Die Beklagte erwidert, es gebe sehr ähnliche Systeme zu Ascorbinsäure, 
die in diesem Test ebenfalls ansprechen würden, und dass der Hersteller 


O2019_007
Seite 108
auf Rückfrage bestätigt habe, dass derartige ähnliche Systeme ebenfalls 
ansprechen würden.
Dazu meint die Klägerin unter anderem, dass diese ähnlichen Systeme 
aber in der Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Kopplungs-
Analyse nicht unentdeckt geblieben wären, da die ähnlichen Systeme bei 
der Flüssigchromatographie eine andere Elutionszeit hätten. Die Beklagte 
behauptet, in der stationären Phase würden die von ihr erwähnten ähnli-
chen Systeme bei der gleichen Elutionszeit erscheinen .
94.
Die Klägerin stützt ihre Behauptungen auf experimentelle Nachweise für 
die Anwesenheit von Ascorbinsäure, und zwar mit Absicherung mit ver-
schiedenen Referenzproben. Zudem ergänzt sie die Bestimmung durch 
Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Messungen, die von 
der Beklagten bezüglich ihrer korrekten Durchführung nicht bestritten wer-
den.
Die Beklagte auf der anderen Seite beschränkt sich darauf, generell abs-
trakt zu behaupten, die Analysen könnten theoretisch auch zum gleichen 
Resultat führen, obwohl keine Ascorbinsäure enthalten sei, wobei sie ins-
besondere mit dem theoretischen Beispiel der möglicherweise enthaltenen 
Erythorbinsäure, einem Diastereomer der Ascorbinsäure, versucht, an den 
Resultaten Zweifel zu wecken. Bezeichnenderweise behauptet sie nie aus-
drücklich, keine Ascorbinsäure zu verwenden. Würde sie Erythorbinsäure
verwenden, würde sich die Frage aufdrängen, ob eine Verletzung durch 
äquivalente Mittel vorliegt.
Die Analysen der Klägerin unter Verwendung der Teststreifen wurde un-
strittig korrekt durchgeführt. Die Teststreifen zeigen Ascorbinsäure als Be-
standteil auf. Dies bei beiden untersuchten Proben, und die Vergleiche mit 
den Referenzen sind stimmig. Sogar die Konzentration lässt sich ungefähr 
abschätzen. 
Die Resultate unter Verwendung der Teststreifen werden bestätigt durch 
Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Kopplungs-Messun-
gen, und diese Messungen wurden so durchgeführt, dass das Massen-
spektrum bei der zu untersuchenden Probe bei jener Elutionszeit aufge-
nommen wurde, bei der auch die Ascorbinsäure in der Referenz erschien. 
Damit ist im Sinne eines Fingerprints davon auszugehen, dass auch in der 
Probe Ascorbinsäure enthalten ist.


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Seite 109
Es ist theoretisch tatsächlich nicht auszuschliessen, dass in der Probe nicht 
Ascorbinsäure, sondern Erythorbinsäure enthalten ist. Es ist auch theore-
tisch nicht auszuschliessen, dass beim verwendeten stationären Material 
der Flüssigchromatographie beide Systeme exakt bei der gleichen Eluti-
onszeit erscheinen. 
Dem Fachmann ist bekannt, dass Ascorbinsäure und Erythorbinsäure zwar 
beide als Antioxidantien wirken, sich aber in einem biologischen Umfeld 
nicht identisch verhalten. So wirkt nur Ascorbinsäure als Vitamin C im Kör-
per, dagegen Erythorbinsäure nicht. Es ist entsprechend noch nicht einmal 
klar, ob im Rahmen der Detektion bei der gleichzeitigen Anwesenheit der 
chiralen Moleküle der Nukleinsäure wie beansprucht die beiden Systeme 
effektiv die gleiche Wirkung zeigen. Von der Beklagten wird auch nicht be-
hauptet, dass dies der Fall sei.
Die Herstellerin der Teststreifen hat, obwohl ausdrücklich gefragt wurde, ob 
der Streifen auch auf Isoascorbinsäure anspricht (d.h. auf Erythorbin-
säure), interessanterweise nicht gesagt, dass der Streifen identisch auf 
Erythorbinsäure wie auf Ascorbinsäure reagiere, sondern nur ausgeführt, 
dass der Test auch auf andere starke Reduktionsmittel positiv reagieren 
könne, und dass, wenn Ascorbinsäure und andere Reduktionsmittel paral-
lel vorlägen, das Ergebnis verfälscht und ein zu hoher Wert angezeigt wer-
den könne. Es wird also nur eine Aussage dazu gemacht, wie der Test re-
agiert, wenn neben Ascorbinsäure noch andere Systeme vorliegen. Dies 
führt aber nicht aus dem Schutzbereich der geltend gemachten Ansprüche,
denn es genügt, wenn Ascorbinsäure enthalten ist. Diese Aussage lässt 
zudem nicht den Schluss zu, dass der Streifen bei vollständiger Abwesen-
heit von Ascorbinsäure und bei Anwesenheit von nur Erythorbinsäure 
ebenfalls anzeigt, und vor allem ist nicht anzunehmen, dass der Teststrei-
fen dann auch dermassen stimmig und analog zu den Referenzproben an-
geben würde. Es gibt auch keine konkreten Gegenversuche, die aufzeigen, 
dass der verwendete Teststreifen auf Proben ausschliesslich mit Erythor-
binsäure genau gleich reagiert wie auf Proben mit nur Ascorbinsäure.
Analoges gilt für die Aussagen der Beklagten zur Flüssigchromatographie-
Analyse. Die Klägerin dokumentiert, dass bei der gleichen Elutionszeit er-
scheinende Systeme einer massenspektroskopischen Untersuchung un-
terzogen wurden. Unterschiedliche Moleküle eluieren normalerweise bei 
verschiedenen Elutionszeiten. Das gilt auch für Diastereomere. Eine Aus-
sage, dass die in den Analysen der Klägerin verwendete stationäre Phase 


O2019_007
Seite 110
nicht in der Lage sein soll, Diastereomere hinsichtlich Elutionszeit zu dis-
kriminieren, lässt sich der von der Beklagten diesbezüglich nachgereichten 
Dokumentation nicht entnehmen, geschweige denn gibt es irgendwelche 
weitergehenden Nachweise, dass dies für die hier konkret zur Diskussion 
stehenden beiden Systeme der Fall sein soll.
Soweit man es überhaupt als bestritten erachtet, dass die angegriffenen 
Ausführungsformen Ascorbinsäure enthalten, vermag die Kritik der Beklag-
ten an den vorgelegten Beweismitteln keine vernünftigen Zweifel daran zu 
wecken, dass die Kits der Beklagten Ascorbinsäure enthalten. Die bloss 
theoretische Möglichkeit, dass das Stereoisomer der Ascorbinsäure (Ery-
thorbinsäure) enthalten ist, genügt nicht, den Beweis zu erschüttern, zumal 
es der Beklagten als Herstellerin der angegriffenen Ausführungsformen ein 
leichtes wäre, nachzuweisen, welches Antioxidans (falls überhaupt) sie tat-
sächlich verwendet.
Zusammenfassung/zu gewährende Rechtsbegehren
95.
Ein Rechtsschutzinteresse der Klägerin an einem Unterlassungsurteil ist 
gegeben. Die geltend gemachten Ansprüche beider Klagepatente sind 
rechtsbeständig und verletzt.
Auf Rechtsbegehren Nr. 1 ist mangels Bestimmtheit und Rechtsschutzin-
teresse nicht einzutreten (vorne, E. 7). Rechtsbegehren Nr. 2 ist gutzu-
heissen. Damit entfällt das Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung 
des engeren Rechtsbegehrens Nr. 3 (vorne, E. 19).
Rechtsbegehren Nr. 4 ist gutzuheissen. Damit entfällt das Rechtsschutz-
interesse an der Gutheissung der engeren Rechtsbegehren Nr. 5 und 6 
(vorne, E. 19).
Rechtsbegehren Nr. 7 ist dagegen wieder gutzuheissen, da es auf etwas 
Anderes gerichtet ist als Nr. 4 (vorne, E. 19).
Kosten und Entschädigungsfolgen
96.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten- und Entschä-
digungsfolgen zu regeln (Art. 106 ZPO). 


O2019_007
Seite 111
Die Klägerin beziffert den Streitwert mit CHF 1 Mio., was von der Beklagten 
«für Zwecke der Streitwertbestimmung» akzeptiert wird.
Ausgehend von einem Streitwert von CHF 1 Mio. und unter Berücksichti-
gung der aussergewöhnlichen Komplexität der Streitsache ist die Gerichts-
gebühr auf CHF 60’000 festzusetzen, auch wenn die finanziellen Wieder-
gutmachungsansprüche nicht beurteilt werden (vgl. Art. 1 KR-PatGer). Die 
Gerichtskosten sind aus dem Vorschuss der Klägerin zu beziehen; die Be-
klagte hat der Klägerin die Kosten zu erstatten (vgl. Art. 106 Abs. 1 ZPO).
97.
Zwar wird auf eine Mehrheit der klägerischen Rechtsbegehren nicht einge-
treten. Es ist aber nicht zu übersehen, dass die Klägerin in der Hauptsache 
obsiegt; sie erhält den beantragten Unterlassungstitel im breitest beantrag-
ten Umfang. Das Nichteintreten auf den Auskunfts- und Rechnungsle-
gungsanspruch fällt angesichts der bisher geringen wirtschaftlichen Aktivi-
tät der Beklagten in der Schweiz kaum ins Gewicht. Es rechtfertigt sich, der 
Beklagten 90% der Kosten und der Klägerin 10% der Kosten aufzuerlegen. 
Die Gerichtsgebühr ist mit dem von der Klägerin geleisteten Kostenvor-
schuss zu verrechnen und die Beklagte hat der Klägerin die Kosten im Um-
fang von 90% (CHF 54’000) zu ersetzen (vgl. Art. 106 Abs. 1 ZPO).
Im entsprechend reduzierten Umfang ist die Beklagte entschädigungs-
pflichtig. Die Parteientschädigung für die berufsmässige rechtsanwaltliche 
Vertretung ist auf CHF 60’000 festzusetzen (vgl. Art. 5 KR-PatGer), ent-
sprechend hat die Beklagte der Klägerin per Saldo CHF 48’000 zu erstat-
ten.
98.
Die Auslagen für die patentanwaltliche Unterstützung im Prozess können 
praxisgemäss als notwendige Auslagen erstattet werden (Art. 32 PatGG
i.V.m. Art. 3 lit. a KR-PatGer; entspricht Art. 95 Abs. 3 lit. a ZPO), allerdings 
nur bis zur tatsächlichen Höhe, oder, wenn diese die Entschädigung für die 
berufsmässige anwaltliche Vertretung gemäss Tarif übersteigt, «von der 
Grössenordnung her im Bereich der rechtsanwaltlichen Entschädigung» 
des Anwalts gemäss KR-PatGer. 52
 
52
BPatGer, 
Urteil 
O2016_009 
vom 
18. Dezember 
2018, 
E. 64 
–
«Durchflussmessfühler»; Urteil S2018_001 vom 23. Mai 2018, E. 5; Urteil 
O2015_009 vom 21. März 2018, E. 11.2; Urteil O2012_43 vom 10. Juni 2016, 
E. 5.5. 


O2019_007
Seite 112
Für die patentanwaltliche Beratung macht
die Klägerin insgesamt 
CHF 290’032.70 geltend. Die Beklagte beantragt, den Ersatz für die not-
wendigen Auslagen für den Patentanwalt auf die tarifliche Entschädigung 
für die berufsmässige rechtsanwaltliche Vertretung zu kürzen. Sie selbst 
macht Auslagen für den Patentanwalt von CHF 113’455.40 geltend.
Aus der durch die Patentanwälte der Klägerin eingereichten Übersicht geht 
nicht hervor (i) wie viele Stunden für welche Arbeiten aufgewendet wurden, 
(ii) wann (Datum) die Leistungen erbracht wurden, (iii) wer Leistungserbrin-
ger war; und (iv) ob die Rechnungsbeträge die Mehrwertsteuer umfassen. 
Die Übersicht listet einzig die gestellten Rechnungen nach Datum und mit 
dem Gesamtbetrag auf. Bereits mangels Substanziierung sind die Ausla-
gen nicht im vollen Umfang ersatzfähig.
Der vorliegende Streitfall ist zweifelsfrei in technischer Hinsicht ausseror-
dentlich komplex; nicht nur werden zwei Klagepatente aus unterschiedli-
chen Patentfamilien geltend gemacht, sondern der Stand der Technik be-
schlägt auch mehrere technische Gebiete – neben der Biochemie insbe-
sondere auch die physikalische Chemie (Fluoreszenz). Dennoch scheint 
der Aufwand von rund CHF 290’000 nicht nur unsubstanziiert, sondern 
auch unangemessen hoch, was sich auch an den CHF 50’000 zeigt, die 
alleine für die Vorbereitung der und Anwesenheit an der Hauptverhandlung 
in Rechnung gestellt werden. 
Unter Berücksichtigung der grossen Schwierigkeit des Falles, die vor allem 
durch die technischen Fragen bedingt ist, rechtfertigt es sich, den Ersatz 
für notwendige Auslagen für die patentanwaltliche Unterstützung in einer 
den tariflichen Rahmen für die rechtsanwaltliche Vertretung leicht überstei-
genden Höhe von CHF 80’000 zu gewähren. Per Saldo hat die Beklagte 
der Klägerin diese Auslagen in der Höhe von CHF 64’000 zu ersetzen.
Die Beklagte ist demnach zu verpflichten, der Klägerin eine reduzierte Par-
teientschädigung 
von 
insgesamt 
CHF 118’000
(CHF 54’000 
plus 
CHF 64’000) zu bezahlen.
Das Bundepatentgericht beschliesst:
1. 
Der Antrag der Beklagten, das Verfahren auf das Rechtsschutzinte-
resse («Passivlegitimation») zu beschränken, wird abgewiesen.
2. 
Schriftliche Mitteilung an die Parteien mit nachfolgendem Urteil.


O2019_007
Seite 113
Das Bundespatentgericht erkennt:
1. 
Auf die Rechtsbegehren Nr. 1, 3, 5, 6, 8 und 9 wird nicht eingetreten.
2. 
In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 2 wird der Beklagten unter 
Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber 
CHF 5’000 gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung 
ihrer Organe mit Busse gemäss Art. 292 ZGB im Falle der Zuwider-
handlung verboten, das folgende Erzeugnis in der Schweiz herzustel-
len, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der 
Schweiz in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern, sei es 
allein oder als Teil eines Kits:
ein modifiziertes Nukleotidmolekül
umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und
eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckerkomponente
mit einer entfernbaren 3'-OH-Blockierungsgruppe, die kovalent daran 
gebunden ist 
so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -OZ ge-
bunden ist
wobei Z Azidomethyl (-CH2-N3) ist.
3. 
In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 4 wird der Beklagten unter 
Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber 
CHF 5’000 gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung 
ihrer Organe mit Busse gemäss Art. 292 ZGB im Falle der Zuwider-
handlung verboten, in der Schweiz herzustellen, in die Schweiz einzu-
führen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz anzubieten, in 
der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu bringen, 
oder in der Schweiz zu lagern:
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden eines Nuk-
leinsäure-Einzelstrangs (Template nucleic acid), umfassend die Wie-
derholung der Schritte: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszierend 
markierter Nukleotide in einen Nukleinsäurestrang, der komplementär 
zu dem Nukleinsäure-Einzelstrang (Template nucleic acid) ist, und (b) 


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Seite 114
Bestimmung der Identität eines oder mehrerer der eingebauten Nuk-
leotide, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz 
davon enthält.
4. 
In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 7 wird der Beklagten unter 
Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber 
CHF 5’000 gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung 
ihrer Organe mit Busse gemäss Art. 292 ZGB im Falle der Zuwider-
handlung verboten, in der Schweiz herzustellen, in die Schweiz einzu-
führen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz anzubieten, in 
der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu bringen, 
oder in der Schweiz zu lagern:
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden eines Nuk-
leinsäure-Einzelstrangs (Template), umfassend die Wiederholung der 
Schritte: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszierend markierter 
Nukleotide in einen Nukleinsäurestrang, der komplementär zu dem 
Nukleinsäure-Einzelstrang (Template nucleic acid) ist, und (b) Bestim-
mung der Identität eines oder mehrerer der eingebauten Nukleotide,
umfassend ein oder mehrere fluoreszierend markierte Nukleotide, 
wobei die fluoreszierende Markierung über einen spaltbaren Linker an 
die Nukleotide gebunden ist,
DNA-Polymerase
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält, oder 
eine Versorgung mit Ascorbinsäure oder einem Salz davon.
5. 
Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf CHF 60’000.
6. 
Die Kosten werden zu 10% der Klägerin und zu 90% der Beklagten 
auferlegt. Die Gerichtsgebühr wird mit dem von der Klägerin geleiste-
ten Kostenvorschuss verrechnet und die Beklagte hat der Klägerin die 
Kosten im Umfang von 90% (CHF 54’000) zu ersetzen
7. 
Die Beklagte wird verpflichtet, der Klägerin eine reduzierte Parteient-
schädigung von CHF 118’000 zu bezahlen.
8. 
Schriftliche Mitteilung an die Parteien unter Beilage des Protokolls der 
Hauptverhandlung sowie an das Eidgenössische Institut für Geistiges 


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Seite 115
Eigentum (nach Eintritt der Rechtskraft), je gegen Empfangsbestäti-
gung.
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bun-
desgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in Zivilsachen geführt werden 
(Art. 72 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 
[BGG, SR 173.110]). Die Frist ist gewahrt, wenn die Beschwerde spätes-
tens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu des-
sen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplo-
matischen oder konsularischen Vertretung übergeben worden ist (Art. 48 
Abs. 1 BGG). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und 
hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die 
Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismit-
tel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizule-
gen (vgl. Art. 42 BGG).
St. Gallen, 19. November 2021
Im Namen des Bundespatentgerichts
Präsident
Gerichtsschreiber
Dr. iur. Mark Schweizer
Dr. iur. Lukas Abegg
Versand: 23. November 2021