bpatger · O2020_011 · 2022-11-02 · de
Verletzungsklage gutgeheissen; drohende Verletzungshandlungen
Erfinderische Tätigkeit, Gebrauch (gewerblicher), Lugano Übereinkommen, Mittelbare Patentverletzung, Patentnichtigkeit Einrede, Rechtsbegehren, Rechtsschutzinteresse, Unzulässige Änderung (Art. 123(2) EPÜ)

Bu n d esp aten tg eri ch t 
Tri b u n al féd éral d es b revets 
Tri b u n al e fed eral e d ei brevetti 
Tri b u n al fed eral d a p aten tas 
F ed eral P aten t Co u rt 
 
 
 
 
O2020_011 
 
Te i l u r t e i l v o m 2 . N o v e m b e r 2 0 2 2 
Besetzung 
Präsident Dr. iur. Mark Schweizer (Vorsitz), 
Richter Dr. sc. nat. ETH Tobias Bremi (Referent), 
Richter Dr. chem. Michael Kaufmann 
Gerichtsschreiber MLaw Sven Bucher 
Verfahrensbeteiligte 
Illumina Cambridge Limited, 19 Granta Park, Great Abing-
ton, GB-CB21 6DF Cambridge, Cambridgeshire, 
vertreten durch Rechtsanwalt Dr. iur. Andri Hess, Rechtsan-
walt lic. iur. Julian Schwaller und/oder MLaw Andrea Heini-
ger, Homburger AG, Prime Tower, Hardstrasse 201, 
8005 Zürich, patentanwaltlich beraten durch Dr. Claudia Bi-
bus, E. Blum & Co. AG, Vorderberg 11, 8044 Zürich, 
Klägerin 
gegen 
Witec AG, Industriestrasse 12, 6210 Sursee, 
vertreten durch Rechtsanwalt Dr. iur. Thierry Calame, Lenz & 
Staehelin, Brandschenkestrasse 24, 8027 Zürich, patentan-
waltlich beraten durch Dr. Martin Wilming, Hepp Wenger Ryf-
fel AG, Friedtalweg 5, 9500 Wil, 
Beklagte 
Gegenstand 
Patentverletzung (Unterlassung, Auskunft, Rechnungsle-
gung); «Sequencing by Synthesis II» 
 
 


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Seite 2 
Das Bundespatentgericht zieht in Erwägung: 
Prozessgeschichte 
1. 
Am 7. August 2020 reichte die Klägerin eine Klage betreffend Patentverlet-
zung ein und stellte folgende Rechtsbegehren: 
«1. Der Beklagten sei 
 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss 
Art. 292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
 
das folgende Erzeugnis in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszu-
führen, in der Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der 
Schweiz in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern: 
– 
ein modifiziertes Nukleotidmolekül 
– 
umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und 
– 
eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckereinheit 
– 
mit einer entfernbaren 3'-OH Blockierungsgruppe, die kovalent daran ge-
bundenen ist, 
– 
so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -O-Z gebun-
den ist 
– 
wobei es sich bei Z um Azidomethyl (-CH2-N3) handelt; 
1a. Hilfsweise (eventualiter) zu Rechtsbegehren 1: 
 
Der Beklagten sei 


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– 
und wobei die Base mittels eines spaltbaren Linkers mit einem Fluorophor 
verknüpft ist; 
2. 
Der Beklagten sei 
 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz 
anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu 
bringen, oder in der Schweiz zu lagern: 
 
ein Kit umfassend: 
– eine Mehrzahl verschiedener modifizierter Nukleotidmoleküle 
– umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und 
– eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckereinheit 
– mit einer entfernbaren 3'-OH Blockierungsgruppe, die kovalent daran ge-
bundenen ist, 
– so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -O-Z gebun-
den ist 
– wobei es sich bei Z um Azidomethyl (-CH2-N3) handelt 
– und wobei die Base mittels eines spaltbaren Linkers mit einem Fluorophor 
verknüpft ist 
– Verpackungsmaterial dafür; 
3. Der Beklagten sei 
 
das folgende Erzeugnis in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszu-
führen, in der Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der 
Schweiz in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern: 
– ein modifiziertes Nukleotidmolekül 
– umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und 
– eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckereinheit 
– mit einer entfernbaren 3'-OH Blockierungsgruppe, die kovalent daran ge-
bundenen ist, 
– so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -O-Z gebun-
den ist 
– wobei es sich bei Z um Azidomethyl (-CH2-N3) handelt 
– und wobei die Base mittels eines spaltbaren Linkers mit einem Fluorophor 
verknüpft ist 
 
zur Verwendung bei der Sequenzierung durch Synthese (sequencing-by-syn-
thesis); 


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Seite 4 
4. 
Der Beklagten sei 
 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit einem Erzeugnis, das Erzeugnis 
umfassend: 
– ein modifiziertes Nukleotidmolekül 
– umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und 
– eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckereinheit 
– mit einer entfernbaren 3'-OH Blockierungsgruppe, die kovalent daran ge-
bundenen, 
– so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -O-Z gebun-
den ist 
– wobei es sich bei Z um Azidomethyl (-CH2-N3) handelt; 
4a. Hilfsweise (eventualiter) zu Rechtsbegehren 4: 
 
Der Beklagten sei 
 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit einem Erzeugnis, das Erzeugnis 
umfassend: 
– ein modifiziertes Nukleotidmolekül 
– umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und 
– eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckereinheit 
– mit einer entfernbaren 3'-OH Blockierungsgruppe, die kovalent daran ge-
bundenen ist, 
– so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -O-Z gebun-
den ist 
– wobei es sich bei Z um Azidomethyl (-CH2-N3) handelt 
– und wobei die Base mittels eines spaltbaren Linkers mit einem Fluorophor 
verknüpft ist; 


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Seite 5 
5. 
Der Beklagten sei 
 
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden einer Template-
Nukleinsäure in einem Sequenzierungsverfahren durch Synthese (sequen-
cing-by-synthesis), wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden 
Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nuk-
leotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären 
Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide, 
 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
5a. Hilfsweise (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5: 
 
Der Beklagten sei, 
 
wobei das Substrat zum Einbau der fluoreszenzmarkierten Nukleotide ein 
Nukleosidtriphosphat ist, 
 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
5b. Hilfsweise (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5a: 
 
Der Beklagten sei, 


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wobei die Template-Nukleinsäure in einem Array vorliegt, 
 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält, 
 
wobei der Puffer einen pH-Wert von etwa 7 aufweist, 
 
wobei die Kits für den sukzessiven Einbau von mindestens 16 Nukleotiden 
und für die Bestimmung der Identität der Base in jedem der eingebauten Nuk-
leotide vorgesehen sind; 
6. 
Der Beklagten sei 
 
umfassend 
 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenz-
markierung über einen spaltbaren Linker mit den Nukleotiden verknüpft ist, 
 
DNA-Polymerase 
 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
7. 
Der Beklagten sei, 


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ein Sequenziergerät zur Verwendung mit Kits zur Sequenzierung von min-
destens zwei Nukleotiden einer Template-Nukleinsäure in einem Sequenzie-
rungsverfahren durch Synthese (sequencing-by-synthesis), wobei das Ver-
fahren die die folgenden, sich wiederholenden Schritte umfasst: (a) Einbau 
eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nukleotide in einen zu der besag-
ten Template-Nukleinsäure komplementären Nukleinsäure-strang, und (b) 
Bestimmung der Identität von einem oder mehreren der eingebauten Nukle-
otide 
 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
7a. Hilfsweise (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7: 
 
Der Beklagten sei 
 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit Kits zur Sequenzierung von min-
destens zwei Nukleotiden einer Template-Nukleinsäure in einem Sequenzie-
rungsverfahren durch Synthese (sequencing-by-synthesis), wobei das Ver-
fahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines 
oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nukleotide in einen zu der besagten 
Template-Nukleinsäure komplementären Nukleinsäure-strang, und (b) Be-
stimmung der Identität von einem oder mehreren der eingebauten Nukleotide, 
 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
7b. Hilfsweise (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7a: 
 
Der Beklagten sei 


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rungsverfahren durch Synthese (sequencing-by-synthesis), wobei das Ver-
fahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines 
oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nukleotide in einen zu der besagten 
Template-Nukleinsäure komplementären Nukleinsäurestrang, und (b) Be-
stimmung der Identität von einem oder mehreren der eingebauten Nukleotide, 
 
wobei die Kits für den sukzessiven Einbau von mindestens 16 Nukleotiden 
und für die Bestimmung der Identität der Base in jedem der eingebauten Nuk-
leotide vorgesehen sind; 
8. 
Die Beklagte sei 
 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss 
Art. 292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verpflichten, 
 
der Klägerin die Informationen gemäss dem Gesuch um vorsorgliche Mass-
nahmen zu erteilen; 
9. 
Die Beklagte sei 
 
innerhalb von 30 Tagen nach anerkannten Grundsätzen der Rechnungsle-
gung detailliert Rechenschaft abzulegen und Auskunft zu erteilen über die 
Bruttoeinnahmen, die mit dem Anbieten und Verkaufen der Produkte gemäss 
den Rechts-begehren 1-7b durch die Beklagte erzielt wurden 
10. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin einen nach erfolgter Rech-
nungslegung und Auskunftserteilung gemäss Rechtsbegehren 8 und 9 zu be-
ziffernden Betrag zu bezahlen, mindestens jedoch CHF 75'000 
11. unter Kosten- und Entschädigungsfolgen (inkl. Kosten der mitwirkenden Pa-
tentanwältin) zu Lasten der Beklagten» 
2. 
Die Klageantwort erfolgte am 20. Oktober 2020. Die Beklagte stellte fol-
gende Rechtsbegehren: 
«The complaint shall be dismissed in its entirety. 
All costs and fees, including the expenses for the assisting patent attorney, to be 
borne by Plaintiff.» 


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3. 
Anlässlich der Instruktionsverhandlung vom 8. März 2021 beantragten die 
Parteien die Sistierung des Verfahrens bis 12. April 2021, worauf die bean-
tragte Sistierung vom Gericht verfügt wurde. Nach zweimaliger Verlänge-
rung der Sistierung nahm das Gericht das Verfahren mit Verfügung vom 
17. Mai 2021 wieder auf und setzte der Klägerin eine Frist zur Replik. 
4. 
Mit Replik vom 29. Juni 2021 hielt die Klägerin an ihren Rechtsbegehren 
fest und stellte zusätzliche Hilfsanträge. Mit Duplik vom 13. September 
2021 hielt die Beklagten an ihren Rechtsbegehren fest und stellte folgen-
den prozessualen Anträge: 
«Procedural Motion 
1. Only the redacted versions of Enlosures 62-65 shall be made available in pub-
licly accessible files while the nonredacted versions of Enclosures 62-65 shall 
be kept confidential. 
2. To the extent Enclosures 62-65 shall be discussed in the public hearing, appro-
priate measures shall be taken and in any event only redacted versions of En-
closures 62-65 shall be made available. 
3. To the extent Enclosures 62-65 shall be mentioned in the judgment, the respec-
tive passages shall be redacted and only such redacted version of the judgment 
shall be made publicly available.» 
5. 
Am 8. Oktober 2021 erstattete die Klägerin ihre Stellungnahme zu den No-
ven in der Duplik. Sie hielt an den Anträgen gemäss Replik grundsätzlich 
fest, korrigierte aber die Rechtsbegehren 5j, 6g, 6h, 6i, 6j, 6k, 6l und 7i 
dahingehend, dass sie die Bezeichnung «azido moiety-containing cleava-
ble» Linker auf «phosphine-cleavable azide-containing» Linker abänderte. 
Es handle sich um einen offensichtlichen Kopierfehler, zumal die geänder-
ten Rechtsbegehren auf den Hilfsanträgen 9 und 11 basierten. Mit der Stel-
lungnahme zum Fachrichtervotum vom 31. Januar 2022 korrigierte die Klä-
gerin die Nummerierung der Rechtsbegehren 6e, 6i und 6l. Aus dem Ge-
sagten resultieren die folgenden Hilfsanträge: 


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«Rechtsbegehren 5c, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5b [Teilnahme 
an Verletzung von AR1]: 
 
Der Beklagten sei, 
 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide, 
 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 5d, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5c [Teilnahme an 
Verletzung von AR2]: 
Der Beklagte sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 5e, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5d [Teilnahme an 
Verletzung von AR3]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 


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herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 5f, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5e [Teilnahme an 
Verletzung von AR4]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 5g, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5f [Teilnahme an 
Verletzung von AR5]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 


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herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure in einem Sequenzierungsverfahren durch 
Synthese, wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholen-den Schritte 
umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nukleotide in 
einen 
zu 
der 
besagten 
Template-Nukleinsäure 
komplementären 
Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder 
mehreren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 5h, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5g [Teilnahme an 
Verletzung von AR6 und AR7]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung mit Laserlicht, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 5i, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5h [Teilnahme an 
Verletzung von AR8]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 


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herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden einer Template-Nuk-
leinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte 
umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierten Nukleotids in 
einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären Nukleinsäu-
restrang, und (b) Bestimmung der Identität des einen oder mehreren eingebau-
ten Nukleotids, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 5j, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 5i [Teilnahme an 
Verletzung von AR9]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide und Entfernung der Fluoreszenzmarkie-
rung(en), 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 6a, subsidiär (eventualiter) zum Rechtsbegehren 6 [AR10 + 
AR1]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 


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Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide, 
umfassend 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenzmar-
kierung über einen spaltbaren Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6b, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6a [AR10 + AR2]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
umfassend 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenzmar-
kierung über einen spaltbaren Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6c, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6b [AR10 + AR3]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 


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Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
umfassend 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenzmar-
kierung über einen spaltbaren Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6d, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6c [AR10 + AR4]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist, 
umfassend 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenzmar-
kierung über einen spaltbaren Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 


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Rechtsbegehren 6e(1), subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6d [AR10 + 
AR5]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
umfassend 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenzmar-
kierung über einen spaltbaren Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6e(2), subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6e(1) [AR10 + 
AR6/AR7]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung mit Laserlicht, 


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umfassend 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenzmar-
kierung über einen spaltbaren Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6f, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6e(2) [AR10 + 
AR8]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden einer Template-Nuk-
leinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte 
umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierten Nukleotids in 
einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären Nukleinsäu-
restrang, und (b) Bestimmung der Identität des einen oder mehreren eingebau-
ten Nukleotids, 
umfassend 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Fluoreszenzmar-
kierung über einen spaltbaren Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6g, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6f [AR10 + AR9]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-


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ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide und Entfernung der Fluoreszenzmarkie-
rung(en), 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6h, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6g [AR11 + AR1]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide, 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6i(1), subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6h [AR11 + 
AR2]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 


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Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäure-strang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder der 
mehreren eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6i(2), subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6i(1) [AR11 + 
AR3]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 


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Seite 20 
Rechtsbegehren 6j, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6i(2) [AR11 + 
AR4]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist, 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6k, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6j [AR11 + AR5]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder der 
mehreren eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist, 


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Seite 21 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6l(1), subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6k [AR11 + 
AR6/AR7]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung mit Laserlicht, 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 6l(2), subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 6l(1) [AR11 + 
AR8]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
herzustellen, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Ver-
kehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern 
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden einer Template-Nuk-
leinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte 
umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierten Nukleotids in 


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einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären Nukleinsäu-
restrang, und (b) Bestimmung der Identität des einen oder mehreren eingebau-
ten Nukleotids, 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
umfassend 
DNA-Polymerase 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält bzw. Ascor-
binsäure oder einem Salz davon bereitstellt; 
Rechtsbegehren 7c, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7b [Gerät zur 
Teilnahme an Verletzung AR1]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 7d, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7c [Gerät zur 
Teilnahme an Verletzung AR2]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-


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Seite 23 
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 7e, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7d [Gerät zur 
Teilnahme an Verletzung AR3]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 7f, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7e [Gerät zur Teil-
nahme an Verletzung AR4]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-


O2020_011 
Seite 24 
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 7g, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7f [Gerät zur Teil-
nahme an Verletzung AR5]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung, 
wobei in Schritt (a) die fluoreszenzmarkierten Nukleotide eine Azidomethyl-
gruppe umfassen, die kovalent an die 3'O-Position der Zuckereinheit gebunden 
ist 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 7h, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7g [Gerät zur 
Teilnahme an Verletzung AR6/AR7]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 


O2020_011 
Seite 25 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide durch Beleuchtung mit Laserlicht, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 7i, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7h [Gerät zur Teil-
nahme an Verletzung AR8]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden einer Template-Nuk-
leinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte 
umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierten Nukleotids in 
einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären Nukleinsäu-
restrang, und (b) Bestimmung der Identität des einen oder mehreren eingebau-
ten Nukleotids, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält; 
Rechtsbegehren 7j, subsidiär (eventualiter) zu Rechtsbegehren 7i [Gerät zur Teil-
nahme an Verletzung AR9]: 
Der Beklagten sei, 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5'000 ge-
mäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 
292 ZGB im Falle der Zuwiderhandlung zu verbieten, 
in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz an-
zubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu brin-
gen, oder in der Schweiz zu lagern 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit 
Kits zur Sequenzierung durch aufeinanderfolgende Zyklen der Sequenzierung 
durch Synthese (sequencing-by-synthesis) von mindestens zwei Nukleotiden 
einer Template-Nukleinsäure, wobei das Verfahren die folgenden, sich wieder-
holenden Schritte umfasst: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkier-
ter Nukleotide in einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementä-


O2020_011 
Seite 26 
ren Nukleinsäurestrang, und (b) Bestimmung der Identität von einem oder meh-
reren der eingebauten Nukleotide und Entfernung der Fluoreszenzmarkie-
rung(en), 
wobei in Schritt (a) die Fluoreszenzmarkierung über einen phosphinspaltbaren 
azidhaltigen Linker mit der Base der Nukleotide verknüpft ist, 
wobei in Schritt (b) eine Beleuchtung angewendet wird, um die Fluoreszenz-
markierung des eingebauten Nukleotids anzuregen, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon 
enthält» 
6. 
Die Beklagte nahm mit Eingabe vom 22. Oktober 2021 Stellung zur Stel-
lungnahme der Klägerin zu den Dupliknoven. 
7. 
Das Fachrichtervotum wurde den Parteien am 15. Dezember 2021 zur 
Stellungnahme zugestellt. Die Stellungnahmen der Parteien erfolgten je 
am 31. Januar 2022. 
8. 
Am 2. März 2022, am 7. März 2022 und am 21. März 2022 erfolgten No-
veneingaben der Klägerin. Die Beklagte reichte am 6. Mai 2022 und am 
16. Mai 2022 Noveneingaben ein, zu denen die Klägerin jeweils mit Einga-
ben vom 19. Mai 2022 und vom 26. Mai 2022 Stellung nahm. 
9. 
Die Hauptverhandlung fand am 20. Juni 2022 statt. Im Anschluss an die 
Hauptverhandlung wurde das Verfahren sistiert bis zum Vorliegen der 
schriftlichen Begründung des Urteils im Beschwerdeverfahren (Aktenzei-
chen 4A_11/2022) gegen das Teilurteil O2019_007 vom 19. November 
2021. Die Sistierung wurde mit Verfügung vom 22. August 2022 aufgeho-
ben. 
Zuständigkeit 
10. 
Die Klägerin hat ihren Sitz in Cambridge, Grossbritannien, während die Be-
klagte ihren Sitz in Sursee, Kanton Luzern, hat. Die Klage stützt sich auf 
die angebliche Verletzung zweier Schweizer Teile von europäisch erteilten 
Patenten durch drohende Handlungen in der Schweiz. 
Grossbritannien ist per 31. Januar 2020 aus der Europäischen Union aus-
getreten und nach Ablauf der Übergangsperiode bis Ende Dezember 2021 


O2020_011 
Seite 27 
nicht gebunden durch das Übereinkommen über die gerichtliche Zustän-
digkeit und die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen in Zi-
vil- und Handelssachen (Lugano-Übereinkommen, LugÜ, SR 0.275.12), da 
es noch nicht Mitglied geworden ist bzw. werden konnte. 
Auch wenn man das Lugano-Übereinkommen als nicht mehr anwendbar 
erachtet – es wird vertreten, dass es auf Verfahren, die vor dem 1. Januar 
2021 eingeleitet wurden, nach wie vor Anwendung findet1 – ergibt sich die 
internationale Zuständigkeit der Schweiz aus Art. 109 Abs. 2 IPRG. Inner-
halb der Schweiz ist das Bundespatentgericht sachlich zuständig, da sich 
die geltend gemachten Ansprüche auf die (angebliche) Verletzung zweier 
Schweizer Teile europäischer Patente stützen (vgl. Art. 26 Abs. 1 lit. a 
PatGG). 
Die sachliche und örtliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts ist da-
her gegeben, was von der Beklagten auch nicht bestritten wird. 
Bestimmtheit der Unterlassungsbegehren 
11. 
Rechtsbegehren müssen grundsätzlich so formuliert sein, dass sie ohne 
Änderungen ins Urteilsdispositiv übernommen werden können. Entspre-
chend kann eine Unterlassungsklage nur in demjenigen Umfang geschützt 
werden, in dem sie auf das Verbot eines genügend bestimmten Verhaltens 
gerichtet ist.2 Die verpflichtete Partei soll erfahren, was sie nicht mehr tun 
darf, und die Vollstreckungs- oder Strafbehörden müssen wissen, welche 
Handlungen sie zu verhindern oder mit Strafe zu belegen haben.3 Die be-
hauptete Verletzungs- oder Ausführungsform ist so zu beschreiben, dass 
durch blosse tatsächliche Kontrolle ohne weiteres festgestellt werden 
kann, ob die verbotene Ausführung vorliegt. Die Verletzungsform ist als re-
ale technische Handlung durch bestimmte Merkmale so zu umschreiben, 
dass es keiner Auslegung rechtlicher oder mehrdeutiger technischer Be-
griffe bedarf.4 Werden technische Begriffe in der Urteilsbegründung defi-
niert, ist es aber nicht notwendig, die Definitionen in das Urteilsdispositiv 
 
1 Siehe Bundesamt für Justiz, Auswirkungen des «Brexit» auf das Lugano-
Übereinkommen, 
Version 
vom 
16. 
Februar 
2022, 
zugänglich 
unter 
www.bj.admin.ch/bj/de/home/wirtschaft/privatrecht/lugue-2007/brexit-
auswirkungen.html (zuletzt besucht am 22. Oktober 2022). 
2 BGer, Urteil 5A_658/2014 vom 5. Mai 2015, E. 3.3. 
3 BGE 142 III 587 E. 5.3. 
4 BGE 131 III 70 E. 3.3 – «Sammelhefter V». 


O2020_011 
Seite 28 
aufzunehmen.5 Die blosse Wiederholung des Anspruchswortlauts im 
Rechtsbegehren ist zulässig, wenn der Anspruchswortlaut – allenfalls nach 
seiner Auslegung – so klar ist, dass im Vollstreckungsverfahren keine er-
neute rechtliche Auslegung notwendig ist und die Verletzung durch bloss 
tatsächliche Kontrolle festgestellt werden kann.6 
Die genügende Bestimmtheit des Rechtsbegehrens ist Prozessvorausset-
zung und damit von Amtes wegen zu prüfen, wobei das Bundespatentge-
richt eine unzureichende Bestimmtheit mangels entsprechender Rüge nur 
sehr zurückhaltend annimmt. Folge der mangelnden Bestimmtheit ist 
Nichteintreten auf die Klage.7 
Von der mangelnden Bestimmtheit der Rechtsbegehren zu unterscheiden 
ist die Einrede, die Rechtsbegehren würden ein Verhalten verbieten, das 
nicht in den Schutzbereich der geltend gemachten Patentansprüche falle 
(so genannte «überschiessende» Rechtsbegehren). Diese Einrede bezieht 
sich auf die materielle Begründetheit der Klage. Sie wird nur auf entspre-
chende Einrede hin geprüft. Ihre Gutheissung führt zur (teilweisen) Abwei-
sung der Klage.8 
12. 
Die Beklagte macht summarisch geltend, die Unterlassungsbegehren der 
Klage seien unbestimmt, da sie bloss die Patentansprüche wiederholten. 
Wie vorstehend ausgeführt ist es nicht per se unzulässig, in den Rechts-
begehren bloss den Anspruchswortlaut zu wiederholen. Die Beklagte be-
gründet nicht, inwiefern das in den Unterlassungsbegehren umschriebene 
Verhalten in einem eventuellen Verletzungsverfahren nicht durch eine 
bloss tatsächliche Kontrolle ohne erneute rechtliche Auslegung der ver-
wendeten Begriffe überprüft werden könnte. Dies ist auch nicht dermassen 
offensichtlich, dass das Gericht ohne konkrete Rüge von Amtes wegen auf 
die Klage nicht eintritt. 
 
5 BPatGer, Urteil O2016_009 vom 18. Dezember 2018, E. 54 – «Durchfluss-
messfühler»; Teilurteil O2020_017 vom 17. August 2022, E. 12 – 
«Anschlusselement». 
6 BPatGer, Urteil O2013_033 vom 30. Januar 2013, Regeste und E. 17 – 
«couronne dentée»; Teilurteil O2020_017 vom 17. August 2022, E. 13 – 
«Anschlusselement» 
7 BPatGer, Urteil O2012_004 vom 24. August 2012, E. 9 – «Leichtbeton»; 
S2012_003 vom 2. Februar 2012, E. 14 – «Spannzangendichtungsvorrichtung». 
8 BPatGer, Urteil O2017_007 vom 1. November 2019, E. 15 – «animierte Lunge». 


O2020_011 
Seite 29 
Rechtsbegehren Nr. 7c bis 7j gemäss Replik seien unbestimmt, weil nicht 
klar sei, welche Sequenziergeräte als «for use with kits» qualifizierten. Ob-
wohl dieser Einwand auch gegen die ursprünglichen Rechtsbegehren 7, 
7a und 7b gemäss Klage hätte vorgebracht werden können, verzichtet die 
Klägerin darauf. 
Entgegen der Auffassung der Beklagten ist hinreichend bestimmt, ob ein 
Sequenziergerät «für die Verwendung mit Kits» ist. Ein Sequenziergerät ist 
dann «für die Verwendung mit Kits», wenn es geeignet ist, mit den (in den 
fraglichen Rechtsbegehren selber näher umschriebenen) Kits betrieben zu 
werden; unabhängig davon, ob es dazu bestimmt ist. Entgegen der Posi-
tion der Beklagten in RZ 349 umfassen diese Rechtsbegehren also nicht 
Sequenziergeräte, die für die Verwendung mit Kits «neither intended nor 
suitable» sind. Der Begriff «(geeignet) für die Verwendung mit Kits» mag 
breit sein, aber er ist nicht unbestimmt. Die Kits selber müssen gemäss den 
fraglichen Rechtsbegehren zur Sequenzierung von mindestens zwei Nuk-
leotiden einer Matrizen-Nukleinsäure in einem Sequencing-by-Synthesis-
Verfahren geeignet sein und müssen einen Puffer enthalten, der Ascorbin-
säure oder ein Salz davon enthält. Ob ein Sequenziergerät für die Verwen-
dung mit solchen Kits geeignet («suitable») ist ergibt sich (beispielhaft er-
läutert am angegriffenen Sequenziergerät DNBSEQ-G400) aus der Typen-
bezeichnung (z.B. «DNBSEQ» = DNA nanoball sequencing, siehe Seite 8 
der Produktportfoliobroschüre der Beklagten), der zugehörigen Broschüre 
der MGI und insbesondere der zugehörigen Bedienungsanleitung. Die Be-
klagte verhält sich im Widerspruch zum Dispositiv, wenn die von ihr ausge-
lieferten Sequenziergeräte im Zeitpunkt ihrer Auslieferung geeignet sind, 
mit den näher umschriebenen Kits verwendet zu werden. Nimmt der Kunde 
eigenmächtig und ohne Wissen der Beklagten Veränderungen an einer 
Maschine vor, die im Zeitpunkt der Auslieferung nicht geeignet war, mit den 
Kits betrieben zu werden, so ist die Beklagte dafür nicht verantwortlich, 
wenn sie nicht dazu angestiftet hat oder wissen musste, dass diese Verän-
derungen vorgenommen werden würden. Die von der Beklagten in RZ 43 
der Duplik aufgeworfenen rhetorischen Fragen, wann ein Sequenziergerät 
für die Verwendung mit solchen Kits geeignet ist, lassen sich daher eindeu-
tig beantworten. Wird das Sequenziergerät vor seiner Auslieferung so pro-
grammiert, dass es nicht mehr mit Kits betrieben werden kann, die vom 
Dispositiv erfasst werden, so darf die Beklagte solche Sequenziergeräte 
verkaufen, wenn sie nicht dazu anstiftet oder damit rechnen muss, dass 
der Kunde die Programmierung wieder so ändert, dass die Maschine sich 
mit den näher umschriebenen Kits betreiben lässt. 


O2020_011 
Seite 30 
13. 
In der Duplik macht die Beklagte zudem geltend, die Rechtsbegehren wür-
den Produkte erfassen, deren zukünftiger Vertrieb in der Schweiz noch 
nicht einmal behauptet sei. Der Klägerin fehle es an einem Rechtsschutz-
interesse an einem Erlass eines derart breiten Verbots. 
Rechtsbegehren Nr. 1 ist auf das Verbot des Vertriebs etc. eines Produkts 
gerichtet, das ein modifiziertes Nukleotidmolekül umfasst, das sich neben 
anderen Merkmalen dadurch auszeichnet, dass an das 3'-Kohlenstoffatom 
eine Gruppe der Struktur -O-Z gebunden ist, wobei es sich bei Z um Azido-
methyl (-CH2-N3) handelt. Im erteilten Anspruch 1 des Klagepatents 
EP 1 530 578 B1 wird ein modifiziertes Nukleotidmolekül selber bean-
sprucht, wobei «Z» dagegen durch eine Markush-Formel definiert ist, die 
unzählige Moleküle erfasst, und die restlichen Merkmale des beanspruch-
ten modifizierten Nukleotidmoleküls identisch sind mit den besagten ande-
ren Merkmalen des Rechtsbegehrens 1. Rechtsbegehren Nr. 1 ist daher 
enger als der erteilte Anspruch 1 und umfasst nur solche Produkte wie die-
jenigen der MGI Tech Co., Ltd., Shenzen, China, um die es hier geht, die 
Azidomethyl als Blockierungsgruppe verwenden. Unter den Umständen ist 
Rechtsbegehren Nr. 1 nicht «viel zu breit» formuliert, wie die Beklagte pau-
schal behauptet.9 
Rechtsbegehren Nr. 5 ist auf Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei 
Nukleotiden einer Template-Nukleinsäure in einem Sequenzierungsverfah-
ren durch Synthese mit bestimmten Merkmalen gerichtet, wobei die Kits 
einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält. 
Nachdem unstrittig ist (dazu hinten, E. 85), dass die Kits der MGI Tech Co., 
Ltd., Ascorbinsäure enthalten, ist nicht ersichtlich, weshalb die Klägerin 
kein Rechtsschutzinteresse am Erlass eines auf solche Kits gerichteten 
Vertriebsverbots haben sollte. 
Kumulative Häufung der Rechtsbegehren 
14. 
Werden mehrere Rechtsbegehren gestellt, muss klar sein, in welchem Ver-
hältnis sie zueinanderstehen. Bei der eventuellen Häufung wird ein Even-
tualanspruch nur für den Fall gestellt, dass der übergeordnete Anspruch 
nicht durchdringt, womit die klagende Partei dem Gericht eine Reihenfolge 
 
9 Hingegen wäre die blosse Wiederholung der Markush-Formel des Anspruchs im 
Rechtsbegehren 
unzulässig, 
siehe 
BPatGer, 
Urteil 
O2019_007 
vom 
19. November 2021, E. 17 – «sequence-by-synthesis». 


O2020_011 
Seite 31 
der Beurteilung vorgibt. Unzulässig, weil gegen das Bestimmtheitsgebot 
verstossend, ist eine alternative Häufung, d.h. die klagende Partei macht 
mehrere Ansprüche geltend, überlasst es jedoch dem Gericht zu entschei-
den, über welchen bzw. welche davon befunden wird.10 Zulässig ist eine 
kumulative Häufung, wenn für die einzelnen Ansprüche das gleiche Gericht 
sachlich zuständig und dieselbe Verfahrensart anwendbar ist11 und die wei-
teren Prozessvoraussetzungen, insbesondere das Rechtsschutzinteresse, 
gegeben sind. 
Stellt eine Partei kumulativ mehrere Unterlassungsbegehren, so fehlt es ihr 
an einem Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung eines Unterlassungs-
begehrens, das enger ist als ein anderes kumulativ gestelltes Unterlas-
sungsbegehren, d.h. alle Merkmale des anderen Unterlassungsbegehrens 
und mindestens ein zusätzliches Merkmal umfasst oder mindestens ein 
Merkmal des anderen Unterlassungsbegehrens weiter präzisiert. Die 
blosse Möglichkeit, dass das Klagepatent später einmal eingeschränkt 
werden könnte, genügt nicht für ein aktuelles Rechtsschutzinteresse. Hin-
gegen besteht grundsätzlich ein Rechtsschutzinteresse an der Gutheis-
sung eines Unterlassungsbegehrens, das etwas Anderes verbietet als ein 
anderes kumulativ gestelltes Unterlassungsbegehren, d.h. mindestens ein 
Merkmal eines anderen kumulativ gestellten Unterlassungsbegehrens 
nicht umfasst.12 
15. 
Die Beklagte wendet ein, die Unterlassungsbegehren Nr. 2, 3 und 6 ge-
mäss Klage würden das gleiche Verhalten erfassen wie die Unterlassungs-
begehren Nr. 1/1a oder Nr. 5/5a und der Klägerin fehle deshalb ein Rechts-
schutzinteresse an der Gutheissung dieser Begehren, wenn Rechtsbegeh-
ren Nr. 1/1a oder Nr. 5/5a gutgeheissen würden. 
Die Klägerin stellt Rechtsbegehren Nr. 1, 2, 3 und 6 kumulativ nebeneinan-
der. Rechtsbegehren Nr. 2 ist enger als Rechtsbegehren Nr. 1; es ersetzt 
in dem in Nr. 1 umschriebenen Verhalten das Merkmal «product» durch 
das engere Merkmal «kit» und es fügt dem in Nr. 1 umschriebenen Verhal-
ten die Merkmale «a plurality of different modified nucleotide molecule» 
 
10 BGE 142 III 683 E. 5.3.2. 
11 BGE 142 III 683 E. 5.3.2. 
12 BPatGer, Urteil O2019_007 vom 19. November 2021, E. 17 – «sequence-by-
synthesis» 


O2020_011 
Seite 32 
und «packaging materials» hinzu. Wird Rechsbegehren Nr. 1 gutgeheis-
sen, fehlt es der Klägerin entsprechend an einem rechtlich geschützten In-
teresse der Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 2. 
Rechtsbegehren Nr. 3 fügt Rechtsbegehren Nr. 1 das zusätzliche Merkmal 
«zur Verwendung bei der Sequenzierung durch Synthese (sequencing-by-
synthesis)» hinzu und ist damit enger als Rechtsbegehren Nr. 1. Entspre-
chend fehlt es der Klägerin bei Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 1 an 
einem rechtlich geschützten Interesse, dass zusätzlich Rechtsbegehren 
Nr. 3 gutgeheissen wird. 
Rechtsbegehren Nr. 6 steht neben Rechtsbegehren Nr. 5, die beide auf 
das Klagepatent EP 412 gestützt sind und sich gegen Kits richten, welche 
die Lehre von EP 412 verwirklichen. Rechtsbegehren Nr. 6 fügt Rechtsbe-
gehren Nr. 5 einerseits ein Merkmal hinzu («umfassend eine DNA-Poly-
merase»), erweitert aber andererseits das Merkmal «Puffer, der Ascorbin-
säure oder ein Salz davon enthält» auf «Puffer, der Ascorbinsäure oder ein 
Salz davon enthält bzw. Ascorbinsäure oder ein Salz davon bereitstellt». 
Damit erfasst Rechtsbegehren Nr. 6 auch Reagenzien-Kits, die im Ver-
kaufszeitpunkt keine Ascorbinsäure enthalten, aber Ascorbinsäure z.B. 
durch eine Umwandlungsreaktion bereitstellen. Rechtsbegehren Nr. 6 ist 
daher auf etwas anderes als Rechtsbegehren Nr. 5 gerichtet und die Klä-
gerin hat entsprechend ein Interesse daran, dass es selbst dann gutge-
heissen wird, wenn Rechtsbegehren Nr. 5 gutgeheissen wird. 
Rechtsschutzinteresse / drohende Verletzungshandlungen 
16. 
Das Patent verschafft seinem Inhaber das Recht, anderen zu verbieten, 
die Erfindung gewerbsmässig zu benützen. Als Benützung gelten insbe-
sondere das Herstellen, das Lagern, das Anbieten, das Inverkehrbringen, 
die Ein-, Aus- und Durchfuhr sowie der Besitz zu diesen Zwecken (Art. 8 
Abs. 1 und 2 PatG). 
Wer eine Erfindung widerrechtlich benützt, kann zivil- und strafrechtlich zur 
Verantwortung gezogen werden (Art. 66 lit. a PatG). Wer durch eine der in 
Art. 66 genannten Handlungen bedroht oder in seinen Rechten verletzt ist, 
kann auf Unterlassung oder auf Beseitigung des rechtswidrigen Zustandes 
klagen (Art. 72 PatG). 


O2020_011 
Seite 33 
Der Patentinhaber ist in seinen Rechten bedroht, wenn das Verhalten des 
Beklagten die künftige Patentverletzung ernsthaft befürchten lässt.13 Lehre 
und Rechtsprechung unterscheiden zwischen Erstbegehungs- und Wie-
derholungsgefahr. Analoge Eingriffe in der Vergangenheit sind ein Indiz für 
einen bevorstehenden Eingriff (Wiederholungsgefahr). 
Wenn noch keine Verletzung stattgefunden hat, ist zu prüfen, ob konkrete 
Anhaltspunkte dafür bestehen, dass eine Patentverletzung bevorsteht. Sol-
che Anhaltspunkte können Ankündigungen des angeblichen Verletzers 
sein, dessen Anfragen an Lieferanten und Abnehmer oder Vorbereitungs-
handlungen wie Aufträge an Werbeagenturen oder Insertionsaufträge.14 
Bereits erfolgte Verletzungen im Ausland können ein Hinweis auf künftige 
Verletzungen in der Schweiz sein, wenn das entsprechende Produkt übli-
cherweise in allen Ländern in der gleichen Ausstattung angeboten wird und 
die ausländische Verletzerin, bzw. eine ihrer Konzerngesellschaften, auch 
in der Schweiz tätig ist.15 Bei Teilnahmehandlungen muss eine konkrete 
Haupttat nicht bereits erfolgt sein; es genügt, wenn eine widerrechtliche 
Haupttat droht.16 
Nach Rechtsprechung und herrschender Lehre führt die fehlende Bedro-
hung in den Rechten zum Nichteintreten, da es an einem Rechtsschutzin-
teresse fehlt (vgl. Art. 59 Abs. 2 lit. a ZPO).17 Ob man unter dem Titel 
«Rechtsschutzinteresse» oder «Verletzungshandlungen» prüft, ob auf-
grund der Umstände ernsthaft davon auszugehen ist, dass Verletzungs-
handlungen in der Schweiz drohen, spielt im Ergebnis keine Rolle.18 
17. 
Zunächst macht die Beklagte gestützt auf ihre befristete Abstandserklärung 
geltend, der Klägerin mangle es an einem Rechtsschutzinteresse. Im 
Schriftenwechsel mit der Klägerin vom März und April 2020 habe sie der 
Klägerin mitgeteilt, dass sie keines der von der Klägerin bezeichneten Pro-
dukte verkauft habe oder besitze und versicherte «mindestens bis zum 
31. August 2021 keine MGI sequencing reagent kits anzubieten und zu 
 
13 BGE 124 III 72 E. 2a – «Contra-Schmerz». 
14 DAVID et al., in: von Büren/David (Hrsg.), Der Rechtsschutz im 
Immaterialgüterrecht (SIWR I/2), 3. Aufl. 2011, RZ 272. 
15 SHK PatG-SCHWEIZER, Art. 72 N 11. 
16 BPatGer, Teilurteil O2020_017 vom 17. August 2022, E. 75 – 
«Anschlusselement». 
17 BGE 140 III 297, nicht publ. E. 2.3.2 – «Keytrader». 
18 Vgl. BGer, Urteil 4A_11/2022 vom 27. Juni 2022, E. 2.3 – «Sequence-by-
Synthesis». 


O2020_011 
Seite 34 
vertreiben, es sei denn, das schweizerische Bundespatentgericht aner-
kenne die Ungültigkeit der Patente EP 1 530 578 und EP 1 828 412 oder 
es wird ein Vergleich mit unserer Lieferantin erzielt, der auch einen gewis-
sen Vertrieb durch die Witec AG zulässt.» Die Befristung der Abstandser-
klärung rühre daher, dass die Beklagte davon ausgegangen sei, dass das 
Urteil im Verfahren O2019_007 im Sommer 2021 veröffentlicht werden 
würde und sie dann zu diesem Zeitpunkt gewusst hätte, ob die strittigen 
Produkte die Klagepatente verletzen. Für den Fall, dass die Produkte die 
Klagepatente verletzen, würde die Beklagte natürlich nicht sofort mit dem 
Vertrieb von solchen Produkten in der Schweiz beginnen, nachdem sie zu-
vor freiwillig davon abgesehen habe. Daher bestehe auch nach Ablauf der 
Befristung keine Gefahr von Verletzungshandlungen durch die Beklagte, 
denn sie würde nicht auf Risiko verletzende Produkte vertreiben. Der Klä-
gerin mangle es daher an einem Rechtsschutzinteresse. 
Dass die Beklagte eine bis zum 31. August 2021 befristete Abstandserklä-
rung («cease and desist») abgegeben hat, ist im vorliegenden Verfahren 
unstrittig. Fraglich ist, ob das Rechtsschutzinteresse der Klägerin dadurch 
wegfällt, dass die Beklagte in ihren Rechtsschriften beteuert, keine rele-
vanten MGI Produkte zu vertreiben, nachdem die Befristung der Abstand-
serklärung abgelaufen ist. Dies ist zu verneinen. Einerseits sind in Rechts-
schriften vorgetragene Behauptungen und Absichtsbekundungen keine 
verbindlichen Erklärungen. Andererseits lässt sich aus einem befristeten, 
freiwilligen Verzicht nicht ableiten, dass nach Ablauf der Befristung weiter-
hin freiwillig auf Verletzungshandlungen verzichtet wird. Dies gilt auch dort, 
wo die Befristung einzig dazu diente, ein Urteil abzuwarten, von dem sich 
die Parteien Rechtssicherheit versprechen. Trotz der Beteuerung der Be-
klagten, nach Ablauf der Befristung keine patentverletzenden Produkte zu 
vertreiben, sieht sich die Klägerin nach Ablauf der Frist mit der Gefahr kon-
frontiert, dass die Beklagte ebendies tut. 
Der Beklagten hätte es offen gestanden, eine unbefristete Abstandserklä-
rung abzugeben. Dies hat sie indes nicht getan, sondern sich damit be-
gnügt, in nicht bindender Weise zu beteuern, keine relevanten Produkte zu 
vertreiben, und zwar selbst heute noch, obwohl das Teilurteil des Bundes-
patentgerichts im Verfahren O2019_007 zwischen der Klägerin und der 
Latvia MGI Tech SIA, Riga, Lettland, inzwischen rechtskräftig geworden ist 
und das Bundesgericht die Beurteilung des hiesigen Gerichts bestätigt hat, 
dass die schweizerischen Teile von EP 1 530 578 B1 und EP 1 828 412 B2 
zumindest im geltend gemachten Umfang rechtsbeständig sind.19 Das 
 
19 BGer, Urteil 4A_11/2022 vom 27. Juni 2022. 


O2020_011 
Seite 35 
Rechtsschutzinteresse der Klägerin entfällt durch die befristete Abstands-
erklärung mithin nicht. 
18. 
Zu den Verletzungshandlungen trägt die Klägerin vor, die Beklagte habe, 
bevor sie die Abstandserklärung abgegeben hat, eine Reihe von MGI DNA 
Sequenziergeräten («MGI DNA sequencing platforms»), wie den 
DNBSEQ-T7 Genetic Sequencer, den DNBSEQ-G400 Genetic Sequenzer 
und den DNBSEQ-G50 Genetic Sequencer zusammen mit den benötigten 
MGI-Reagenzien («MGI sequencing reagent kits») angeboten und vertrie-
ben. Das Anbieten und Verkaufen von MGI-Reagenzien sei eine direkte 
Patentverletzung sowie mittelbare Verletzung der Methodenansprüche. 
Ausserdem verletze das Anbieten und Verkaufen von MGI-Sequenzierge-
räten mittelbar die Verfahrensansprüche der Klagepatente. 
Die Klägerin stützt sich bei ihrem Vorbringen auf eine Portfoliobroschüre 
der Beklagten vom 15. Januar 2020, in der die drei vorgenannten Sequen-
ziergeräte abgebildet sind, auf einen Auszug der Internetseite der Beklag-
ten, aufgerufen am 27. Januar 2020, aus dem die Auflistung von neun MGI 
Produkten ersichtlich ist, auf einen LinkedIn-Beitrag der Beklagten, in dem 
neben einem kurzen Text die drei vorgenannten Sequenziergeräte abge-
bildet sind sowie auf zwei Produktbroschüren der Beklagten. Die MGI-Se-
quenziergeräte würden mit der expliziten Anleitung verkauft, dass sie nur 
zusammen mit den MGI-Reagenzien («MGI sequencing reagent kits») ge-
braucht werden sollen. Ein Exemplar des Kits «MGISEQ-2000RS High-
throughput Sequencing Kit Model: PE150» traf «on or about December 2nd 
2019» im Eurofins-Labor ein. Dieses Kit wurde also zu dem Datum von 
MGI hergestellt und hätte durch die Beklagte vor der Abgabe ihrer «cease 
and desist»-Erklärung mit Startdatum 6. März 2020 angeboten werden 
können. Ein Exemplar des Kits «DNBSEQ-G400RS High-throughput Se-
quencing Kit Model: PE100» wurde erst am 30. September 2020 mittels 
«saisie contrefaçon» in Frankreich beschlagnahmt. Die Beklage bestreitet 
aber in der Duplik vom 13. September 2021 nicht, dass dieses Kit bereits 
vor dem 6. März 2020 von MGI hergestellt wurde; auch dieses Kit hätte 
also von ihr vor der Abgabe ihrer «cease and desist»-Erklärung angeboten 
werden können. 
Strittig ist zwischen den Parteien, ob die Beklagte solche Reagenzien-Kits 
tatsächlich angeboten hat. Ein Verkauf solcher Kits durch die Beklagte ist 
nicht aktenkundig. Die beiden von der Klägerin analysierten Kits hat die 


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Klägerin unbestritten nicht in der Schweiz und nicht von der Beklagten be-
zogen: Das Kit «MGISEQ-2000RS High-throughput Sequencing Kit Model: 
PE150» wurde von MGI International Sales Co., Limited bezogen und das 
Kit «DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit Model: PE100» 
stammte aus der «saisie contrefaçon» in Frankreich (siehe vorne). Die Klä-
gerin stützt sich in ihrer Argumentation vorwiegend auf einen LinkedIn-Bei-
trag der Beklagten, in dem diese schreibt: «NGS more affordable than ever 
before. Witec is happy to introduce you the ground-breaking DNBseq tech-
nology and high-grade NGS instruments from MGI. Increased accuracy, 
decreased duplicates, reduced index hoping, flexible and affordable are 
some highlights of the MGI sequencers and its technology. Get in touch 
with us to learn more about the great advantages of the DNBseq technol-
ogy, NGS instruments, kits & running cost. #NGS». 
 
Abbildung 1: LinkedIn-Beitrag der Beklagten 
Die Beklagte entgegnet, der LinkedIn-Beitrag sei kein Anbieten der Rea-
genzien. Die Erwähnung der «kits» im letzten Satz des LinkedIn-Beitrags 
sei kein Anbieten, sondern eine Einladung, Informationen über die Funkti-
onsweise der Sequenziergeräte einzuholen beziehungsweise zu erfahren, 
welche Kits gebraucht werden könnten. Der Beitrag sage indes keinesfalls, 


O2020_011 
Seite 37 
dass Reagenzien direkt bei der Beklagten bezogen werden könnten oder 
dass sie solche anbiete. 
19. 
Die Beklagte betreibt ein kaufmännisch geführtes Unternehmen und ver-
treibt Instrumente und Reagenzien im Schweizer Life Science Markt. Die 
relevanten Produkte fallen in den Kerngeschäftsbereich der Beklagten. Sie 
hat mithin ein wirtschaftliches Interesse am Verkauf der relevanten Pro-
dukte und ist als gewerbliche Anbieterin mindestens an der Vermittlung von 
potentiellen Kunden interessiert. Es widerspricht der allgemeinen Le-
benserfahrung, dass eine kommerziell tätige Gesellschaft in ihrem Kernbe-
reich Informationen der Öffentlichkeit bloss aus ideellen Gründen zur Ver-
fügung stellt und Interessierte zu bloss objektiven Aufklärungszwecken be-
rät, ohne damit zumindest indirekt finanzielle Interessen zu verfolgen. Für 
Handelsgesellschaften steht nicht eine ausgewogene und breite Informa-
tion über ihr Tätigkeitsgebiet – hier die «sequence-by-synthesis»-Techno-
logie – im Mittelpunkt, sondern es geht in erster Linie darum, Interesse an 
Produkten zu generieren, um diese zu verkaufen und damit Geld zu ver-
dienen. Dazu kommt, dass die Beklagte NGS-Systeme («Next Generation 
Sequencing») als «more affordable than ever before» anpreist; eine offen-
sichtlich auf den Verkauf (oder das Leasing) der Produkte gerichtete Aus-
sage. 
Der LinkedIn-Beitrag kann nach dem Gesagten nur dahingehend verstan-
den werden, dass es der Beklagten darum geht, das Kaufinteresse des 
massgeblichen Marktes in Bezug auf «DNBseq technology, NGS instru-
ments, kits» zu fördern. Das Kaufinteresse an den Reagenzien zu fördern 
kann im vorliegenden Zusammenhang nur den Zweck haben, diese später 
zu vermitteln oder selber anzubieten. Nach Überzeugung des Gerichts 
droht daher ein zukünftiges Inverkehrbringen der angegriffenen Ausfüh-
rungsformen durch die Beklagte. Im Rahmen der freien Beweiswürdigung 
darf dabei auch berücksichtigt werden, dass die Beklagte zwar eine zeitlich 
befristete Unterlassungserklärung abgegeben hat, bis das Bundespatent-
gericht 
die 
Rechtsbeständigkeit 
der 
Klagepatente 
im 
Verfahren 
O2019_007 prüfen konnte. Nachdem das Teilurteil in dem Verfahren aber 
rechtskräftig geworden ist, trifft sie keine Anstalten, die Unterlassungser-
klärung unbefristet abzugeben. Wenn die Beklagte tatsächlich keine Ab-
sicht hätte, die angegriffenen Ausführungsformen in der Schweiz zu ver-
treiben, ist nicht einzusehen, weshalb sie nicht eine entsprechende Unter-
lassungserklärung abgeben kann, nachdem die Rechtslage geklärt ist. 


O2020_011 
Seite 38 
Das Anbieten ist der Patentinhaberin vorbehalten (Art. 8 Abs. 2 PatG). Da 
das Anbieten der Reagenzien durch die Beklagte droht, ist das Rechts-
schutzinteresse an den Unterlassungsbegehren Nr. 1, 3, 5 und 6 zu beja-
hen (vgl. Art. 66 Bst. a i.V.m Art. 72 Abs. 1 PatG). 
20. 
Von der Beklagten blieb unbestritten, dass sie Informationen zu bestimm-
ten MGI-Sequenziergeräten für kurze Zeit auf ihrer Homepage aufschaltete 
und diese Geräte anbot. Hinzu kommt, dass sich die Beklagte auf Seite 3 
ihrer «portfolio selection Q1|2020» als «distributor for a number of instru-
ment and reagent producers from around the globe in the Swiss life science 
market» vorstellt. Im selben Portfolio werden auf den S. 5, 7-8 die Sequen-
ziergeräte DNBSEQ-G50 / G400 und T7 als neue Produkte vorgestellt. Fer-
ner prangt das Logo der Beklagten auf der Produktbroschüre des Sequen-
ziergeräts DNBSEQ-G400. Daraus ergibt sich für das Gericht zweifellos, 
dass die Beklagte Sequenziergeräte der MGI Tech, Co., Ltd., in der 
Schweiz angeboten hat. 
 
Abbildung 2: Titelblatt der Produktbroschüre für das Sequenziergerät DNBSEQ-G400 


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Seite 39 
Die Klägerin hat dieses Angebot, und auch den allfälligen Verkauf der Pro-
dukte, als Teilnahme an der Verletzung der Verfahrensansprüche beider 
Streitpatente eingestuft. Sie beruft sich darauf, dass Schritt 4 der Beschrei-
bung der Gensequenzierung der Broschüren der Sequenziergeräte «MGI-
SEQ-200» und «MGISEQ-2000» (heutige Bezeichnungen: «DNBSEQ-
G50» resp. «DNBSEQ-G400») zeige, dass die Reagent-Kit-ID der Rea-
genzienkits gescannt werden müsse, bevor diese in die Maschine einge-
setzt werden könnten und damit, dass sich diese Sequenziergeräte nur mit 
MGI-Reagenzien betreiben liessen. Nicht von MGI Tech Co., Ltd., stam-
mende Reagenzien könnten nicht erfolgreich gescannt werden und somit 
nicht verwendet werden. Die Beklagte hat das in der Klageantwort bestrit-
ten, ohne Begründung, und es als «irrelevant» eingestuft. 
Für die Beurteilung, ob der Vertrieb der MGI-Sequenziergeräte eine Teil-
nahme an der Verletzung der Verfahrensansprüche der Streitpatente dar-
stellt, ist es nach Ansicht des Gerichts relevant, ob das Scannen einer Kit-
ID den Endbenutzer zwingt, die Kits der Beklagten einzusetzen, wenn 
diese Kits selber in den Schutzbereich der Erzeugnisansprüche der Streit-
patente eingreifen und die Verfahrensansprüche der Streitpatente wiede-
rum auf die beanspruchten Erzeugnisse oder auf deren Merkmale Bezug 
nehmen. 
Der besagte Schritt 4 der Beschreibung des «Gene Sequencing» zeigt, 
dass eine ID der erwähnten «cartridge» des Kits gescannt und diese 
«cartridge» dann in das Sequenziergerät eingeführt wird. 
 


O2020_011 
Seite 40 
 
Abbildung 3:Schritt 4 der Beschreibung des «Gene Sequencing» aus der Broschüre für das 
Sequenziergerät DNBSEQ-G50 
Die Herstellerin der Sequenziergeräte, MGI Tech Co., Ltd., weist die An-
wender der Sequenziergeräte in der Bedienungsanleitung der Sequenzier-
geräte damit ausdrücklich an, nur die «reagent kits» der Herstellerin zu 
verwenden. 
 
Abbildung 4: Hinweis aus dem Benutzerhandbuch für das Sequenziergerät DNBSEQ-G400 
Die Beklagte spricht in der Duplik vom 13. September 2021 die Bedie-
nungsanleitung an, gemäss der die ID der «reagent kits» gescannt werde. 
Diese Seite zeigt, dass eine auf der «cartridge» angebrachte ID gescannt 
werden muss. 


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Abbildung 5: Abbildung des Scannens der ID von Seite 33 der Bedienungsanleitung des 
Sequenziergeräts MGISEQ-2000RS (= DNBSEQ-G400) 
Gemäss der angesprochenen Bedienungsanleitung ist also mit «reagent 
kit» die «cartridge» gemeint. Nach Aktenlage enthält das «Well No. 10» der 
«cartridge» bereits den «imaging buffer» oder das «scanning reagent», in 
dem sich auch die Ascorbinsäure befindet. Daneben umfasst ein «sequen-
cing kit» oder «sequencing reagent kit» neben einer «cartridge» auch meh-
rere Phiolen («vials»), darunter eine Phiole «dNTPs Mix» und eine Phiole 
«dNTPs Mix II». Eine genaue Ansicht eines vollständigen Kits «DNBSEQ-
G400 RS High-throughput Sequencing Kit Model: FCL PE100» für das Se-
quenziergerät DNBSEQ-G400 ist in den von der Klägerin angesprochenen 
«detailed photographs» aus der «saisie-contrefaçon» wiedergegeben. 


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Abbildung 6: Photographie des vollständigen Kits «DNBSEQ-G400 RS High-throughput 
Sequencing Kit Model: FCL PE100» aus der «saisie-contrefaçon» 
Die Photographie zeigt oben die «cartridge» und unten die Phiolen (vials). 
Der Inhalt der Phiolen, insbesondere der Phiolen «dNTPs Mix» und 
«dNTPs Mix II» muss vor Einführen der «cartridge» in das Sequenziergerät 
in die verschiedenen restlichen Kammern oder «wells» der «cartridge» ein-
gefüllt werden, ansonsten ist die «cartridge» nicht für die Sequenzierung 
funktionsfähig. Ein Scannen einer ID der Phiolen ist aber nicht aktenkun-
dig, es findet also keine Kontrolle über die Herkunft der in die «cartridge» 
einzufüllenden Reagenzien statt. Es ist also theoretisch möglich, eine auf 
der «cartridge» angebrachte ID zu scannen (die nur die «cartridge» oder 
das gesamte «sequencing kit» oder «sequencing reagent kit» identifizieren 
mag), aber trotzdem andere Reagenzien als die aus den zugehörigen Phi-
olen in die restlichen Kammern einzufüllen. 
Nach Überzeugung des Gerichts würde der Endbenutzer der Sequenzier-
geräte dies in einem produktiven Umfeld aber nicht tun. Die Anweisung aus 
dem Benutzerhandbuch, die zur Verwendung der Reagenzien-Kits der MGI 
Tech Co., Ltd., auffordert, würde ihn bereits davon abhalten. Noch wichtiger 
ist, dass der Endbenutzer die Zusammensetzung der originalen Reagen-
zien der MGI Tech Co, Ltd. nicht kennt und daher auch nicht ersetzen kann. 
Sich ausreichende Kenntnisse über die genaue chemische Zusammenset-
zung der Reagenzien zu verschaffen, ist alles andere als trivial – wie ge-
rade auch die im vorliegenden Verfahren eingereichten Analysen der an-
gegriffenen Ausführungsformen zeigen – und übersteigt nach Ansicht des 


O2020_011 
Seite 43 
Gerichts das entsprechende Vermögen eines typischen Endbenutzers. 
Zum Ersatz der MGI-Reagenzien wäre die Analyse aller Phiolen der Kits 
nötig, was äusserst aufwendig und fehlerbehaftet wäre. 
Der faktische Zwang, die von der Beklagen angebotenen oder eventuell 
verkauften Sequenziergeräte der MGI Tech Co., Ltd., auch mit Reagenzien 
der MGI zu betreiben, und damit die Teilnahme an der Verletzung der Ver-
fahrensansprüche der Streitpatente, ergibt sich daher nicht nur aus dem 
Scannen der Cartridge-ID, sondern auch aus der besagten ausdrücklichen 
Anweisung, nur MGI-Reagenzien zu verwenden und insbesondere aus 
dem Unvermögen des typischen Endbenutzers, geeignete alternative Re-
agenzien zu identifizieren und zu beschaffen. 
Die Beklagte musste mithin wissen, dass die von ihr offerierten Sequen-
ziergeräte nur mit den dazugehörigen Reagenzien betrieben werden kön-
nen und dass der Betrieb mit anderen Reagenzien als gegen die Benut-
zungsvorschriften aus der Bedienungsanleitung verstossend verstanden 
würde, soweit sie überhaupt funktionieren würde. Der Beklagten muss mit-
hin auch bewusst sein, dass die Käufer der Sequenziergeräte sich die zum 
Betrieb notwendigen MGI-Reagenzien beschaffen mussten, selbst wenn 
die Beklagte selbst diese nicht anbieten würde. 
Die Beklage hat auch ausgeführt, dass die Hardware solcher Sequenzier-
geräte «essentially consists of a flow cell, some pumps and a fluorescence 
detector. The hardware per se is universally applicable». Es sei die zuge-
hörige Software, die bestimme, welche Kits auf einem Gerät eingesetzt 
werden könnten. 
Auf den verkauften Sequenziergeräten ist offensichtlich bereits eine Soft-
ware installiert (vgl. nur Bedienungsanleitung). MGI Tech Co., Ltd. vertreibt 
keine Sequenziergeräte ohne vorinstallierte Software. Dass die mit der von 
der MGI Tech Co., Ltd. programmierten Software ausgelieferten Sequen-
ziergeräte nicht geeignet wären, mit MGI-Reagenzien betrieben zu wer-
den, wird nicht behauptet und wäre auch nicht glaubhaft. 
Indem Dritte die von der Beklagten angebotenen Sequenziergeräte mit den 
dazugehörigen Reagenzien-Kits betreiben, verletzen sie den Verfahrens-
anspruch 1 von EP 1 828 412 B2. Der Verkauf der Sequenziergeräte an 
sich ist nicht klagepatentverletzend. Die Sequenziergeräte können indes 
nur mit den dazugehörigen Reagenzien und damit patentverletzend betrie-


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ben werden, was die Beklagte wissen muss. Durch das Anbieten der Se-
quenziergeräte droht die patentverletzende Inbetriebnahme. Nicht notwen-
dig ist, dass eine widerrechtliche Haupttat bereits erfolgt ist.20 
21. 
In einer Noveneingabe vom 6. Mai 2022 bringt die Beklagte vor, MGI Tech 
Co., Ltd., habe neue Reagenzien-Kits unter der Bezeichnung «HotMPS 
High-throughput Sequencing Kit» eingeführt, die zur Verwendung mit dem 
DNBSEQ-G400 Sequenziergerät bestimmt seien. Um mit dem HotMPS-Kit 
zu funktionieren, müsse die Software des Sequenziergeräts aktualisiert 
werden und dieses funktioniere anschliessend nicht mehr mit den her-
kömmlichen StandardMPS- und CoolMPS-Kits. 
Es bleibt unklar, was die Beklagte daraus zu ihren Gunsten ableiten will. 
Sie behauptet nicht, dass der neue HotMPS-Kit nicht in den Schutzbereich 
der Klagepatente falle; mangels jeglicher Angaben zur Zusammensetzung 
des HotMPS-Kits ist eine entsprechende Beurteilung weder dem Gericht 
noch der Klägerin möglich. Soweit die Beklagte damit ihren Standpunkt un-
termauern will, dass die Software der von ihr kurzzeitig angebotenen Se-
quenziergeräte so verändert werden kann, dass es nicht mehr möglich ist, 
die Geräte mit patentverletzenden Reagenzien zu betreiben, so kann hier 
nur wiederholt werden, was bereits in E. 12 gesagt wurde: soweit es nach 
einer Aktualisierung der Software tatsächlich nicht mehr möglich ist, die 
Sequenziergeräte mit den patentverletzenden Chemikalien zu betreiben, 
und die Beklagte nicht dazu anstiftet oder damit rechnen muss, dass die 
Betreiber der Geräte die Aktualisierung einfach rückgängig machen kön-
nen, begründet der Vertrieb der Geräte auch keine Mitwirkung an einer Pa-
tentverletzung, da es eine Haupttat dann nicht geben kann. Die Beklagte 
ist frei, solche Sequenziergeräte anzubieten und zu verkaufen. 
Mit dem drohenden Verkauf der Sequenziergeräte, die mit den Standard-
MPS- und CoolMPS-Kits der MGI Tech Co., Ltd. betrieben werden können, 
droht die Beklagte aber, i.S.v. Art. 66 lit. d PatG an patentverletzenden 
Handlungen Dritter mitzuwirken. Die Klägerin hat ein rechtlich geschütztes 
Interesse daran, dass dies der Beklagten verboten wird. 
 
 
20 BPatGer, Teilurteil O2020_017 vom 17. August 2022, E. 75 – 
«Anschlusselement». 


O2020_011 
Seite 45 
Klagepatente 
22. 
Die Klage stützt sich auf die schweizerischen Teile von zwei europäischen 
Patenten, nämlich auf EP 1 530 578 B1 (im Folgenden EP 578) und auf 
EP 1 828 412 B2 (im Folgenden EP 412). 
Das Klagepatent EP 578 wurde am 22. August 2003 unter Beanspruchung 
dreier britischer und US-amerikanischer Prioritäten angemeldet und am 13. 
März 2013 erteilt. Es ist für die Schweiz in Kraft und war Gegenstand eines 
Einspruchsverfahrens. Die Einspruchsabteilung hat den Einspruch mit Ent-
scheidung vom 9. Dezember 2015 zurückgewiesen. Dagegen wurde Be-
schwerde eingelegt, die jedoch kurz vor der mündlichen Verhandlung zu-
rückgenommen und das Beschwerdeverfahren entsprechend abgeschrie-
ben wurde. Deshalb sind die Ansprüche für die Schweiz in Kraft, wie sie 
als Patentschrift B1 veröffentlicht wurden. 
Das Klagepatent EP 412 wurde am 13. Dezember 2005 unter Beanspru-
chung zweier britischer Prioritäten angemeldet und am 28. November 2012 
erteilt. Es ist ebenfalls für die Schweiz in Kraft und war Gegenstand eines 
Einspruchsverfahrens. In erster Instanz wurde das Patent mit Entschei-
dung vom 9. Januar 2019 in geänderter Form aufrechterhalten. Dagegen 
wurde Beschwerde eingelegt, aber auch in diesem Fall wurde kurz vor der 
mündlichen Verhandlung die Beschwerde zurückgenommen, das Be-
schwerdeverfahren abgeschrieben und die Entscheidung der Einspruchs-
abteilung über die Aufrechterhaltung in geänderter Form rechtskräftig. Des-
halb sind die Ansprüche für die Schweiz in Kraft, wie sie als Patentschrift 
B2 veröffentlicht wurden. 
Technischer Hintergrund 
23. 
Die anschliessende Zusammenfassung folgt weitgehend der Darstellung 
durch die Klägerin in der Klageschrift, RZ 15-38. Die Beklagte bestreitet 
diese Ausführungen nicht, fügt ihr aber noch eigene Ausführungen hinzu. 
Diese finden sich auszugsweise in den letzten Absätzen dieses Abschnitts. 
Polynukleotide wie die DNA (Desoxyribonukleinsäure) und die RNA (Ribo-
nukleinsäure) sind langkettige Moleküle, die aus kleineren Einheiten, den 
Nukleotiden, bestehen. Die Sequenz der Nukleotide innerhalb eines Po-
lynukleotidstrangs kodiert die genetische Information. 


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Jedes Nukleotid besteht aus drei verschiedenen chemischen Untereinhei-
ten: einem Zuckermolekül mit fünf Kohlenstoffatomen (Pentose), einer 
stickstoffhaltigen Base und einer Phosphatgruppe. Die fünf Kohlenstoff-
atome des Zuckers sind von 1' bis 5' nummeriert. Hat der Zucker eine Hyd-
roxylgruppe (OH) an der 2'-Position, wird er Ribosezucker genannt; hat er 
nur ein Wasserstoffatom (H) an der 2'-Position, wird er Desoxyribosezucker 
genannt. Während die DNA als Zuckermoleküle Desoxyribose enthält, ent-
hält die RNA Ribose. 
 
 
Abbildung 7: Chemische Struktur von Nukleotiden (aus der Klageschrift, RZ 16) 
Zusammen bilden der Zucker und die Base ein Nukleosid. Durch zusätzli-
che Anlagerung von einer, zwei oder drei Phosphatgruppen an die 5'-Posi-
tion des Zuckers wird ein Nukleotid gebildet, d.h. Nukleosidmonophosphat, 
Nukleosiddiphosphat oder Nukleosidtriphosphat sind Nukleotide. 
Die Bausteine für die Synthese von DNA oder RNA sind Desoxyribonukle-
osidtriphosphate (abgekürzt als dNTPs) und Ribonukleosidtriphosphate 
(abgekürzt als NTPs). 
Die stickstoffhaltige Base ist an die 1'-Position der Ribose- oder Desoxyri-
bose-Zuckerkomponente gebunden. Die vier verschiedenen stickstoffhalti-
gen Basen sind Adenin (A), Cytosin (C), Guanin (G) und Thymin (T). 
Je nach ihrer spezifischen Stickstoffbase – Adenin, Cytosin, Guanin oder 
Thymin – werden die folgenden Desoxynukleosidtriphosphate (dNTPs) un-
terschieden: dATP, dCTP, dGTP und dTTP. 


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In der DNA sind die Nukleotide durch jeweils eine Phosphatgruppe am 5'-
Kohlenstoffatom der Desoxyribose eines Nukleotids mit dem 3'-Kohlen-
stoffatom der Desoxyribose des nächsten Nukleotids verbunden. Die Des-
oxyribose bildet zusammen mit den angehängten Phosphatgruppen das 
Zucker-Phosphat-Grundgerüst der DNA, während die Abfolge der aufei-
nanderfolgenden unterschiedlichen Basen – eine pro Nukleotid – die ge-
netische Information kodiert. 
Die DNA besteht aus zwei spiralförmigen Polynukleotidsträngen in Form 
einer Doppelhelix. Jeder der beiden Polynukleotidstränge besteht aus ei-
ner Sequenz von Nukleotiden (in der nachstehenden Abbildung 8 durch die 
farbigen Querbalken dargestellt). 
 
Abbildung 8: Schematische Darstellung der Doppelhelixstruktur der DNA (aus Klageschrift, 
RZ 22) 
Die beiden komplementären Stränge setzen sich durch Basenpaarung zu-
sammen, wobei Wasserstoffbrücken zwischen den Basen gebildet werden. 
Cytosin (C) paart sich mit Guanin (G) und Adenin (A) mit Thymin (T). 
24. 
Die komplementäre Basenpaarung der DNA ermöglicht es, ein doppel-
strängiges DNA-Molekül aus einer einzelsträngigen Vorlage («template 
strand») zu rekonstruieren. In der Natur wird dieses Prinzip zur Repli-
kation von DNA genutzt. Zunächst werden die beiden DNA-Stränge ge-
trennt. Anschliessend synthetisiert das Enzym DNA-Polymerase zwei 
neue, komplementäre DNA-Stränge, die zusammen mit den Einzel-
strängen zwei neue, doppelsträngige DNA-Moleküle bilden. 


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Die DNA-Polymerase synthetisiert neue DNA-Stränge in der Richtung von 
5' nach 3', indem sie freie Nukleotide in Form von dNTPs an das 3'-Ende 
des neuen DNA-Strangs anhängt, wie in der nachfolgenden Abbildung dar-
gestellt. 
 
Abbildung 9: Schematische Darstellung der Synthese neuer DNA-Doppelstränge (aus der 
Klageschrift, RZ 25) 
Der Startpunkt der DNA-Replikation wird durch die Hybridisierung eines 
kleinen Oligonukleotids (manchmal als «Primer» bezeichnet; typischer-
weise 10-30 Basen) mit dem Template-DNA-Einzelstrang bestimmt, 
wodurch die Synthese des komplementären Strangs durch die DNA-Poly-
merase in Gang gesetzt wird. Ein Synthesezyklus führt dazu, dass ein wei-
teres Nukleotid in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird. Das Nuk-
leotid, das in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird, hat eine Base, 
die komplementär zur Base des Nukleotids auf dem Template-DNA-Strang 
ist – wie vorne erwähnt, A paart sich mit T, C paart sich mit G. 
25. 
Die Prinzipien der DNA-Replikation können auch für die Sequenzierung 
von DNA genutzt werden, d. h. für die Bestimmung der spezifischen 
Nukleotidsequenz in einem bestimmten DNA-Fragment. 
Aus dem zu analysierenden DNA-Fragment wird ein Einzelstrang extra-
hiert, und die Stelle, an der die Sequenzierung beginnen soll, wird mit ei-
nem speziell ausgewählten Primer vorgegeben. Mit Hilfe der DNA-Poly-
merase wird dann, ausgehend vom an den Template-DNA-Einzelstrang 


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Seite 49 
hybridisierten Primer, ein komplementärer Strang aufgebaut, indem nach-
einander komplementäre Nukleotide angefügt werden. Mit Hilfe geeigneter 
Methoden kann bestimmt werden, welche Nukleotide an den komplemen-
tären Strang angefügt werden. Die modifizierten Nukleotide können bei-
spielsweise spezifische fluoreszierende Markierungen enthalten, die den 
verschiedenen Basen entsprechen. Da jede Base nur an eine bestimmte 
andere Base bindet, kann aus der Sequenz der Nukleotide im komplemen-
tären Strang auf die Nukleotidsequenz des analysierten DNA-Fragments 
geschlossen werden. 
Die DNA-Sequenzierung kann daher durch Synthese des zum zu analysie-
renden DNA-Einzelstrang komplementären Strangs erfolgen. Dieses Ver-
fahren wird als Sequenzierung durch Synthese (SBS für «Sequencing by 
Synthesis») bezeichnet. 
26. 
Das von der Klägerin, bzw. ihren Gruppengesellschaften, verwendete 
SBS-Verfahren nutzt die DNA-Replikation durch DNA-Polymerase, um 
einzelsträngige Template-Stränge zu sequenzieren, die an einer festen 
Oberfläche, z. B. auf einem Array, befestigt sind. Im Gegensatz zur her-
kömmlichen DNA-Replikation wird beim SBS-Verfahren schrittweise 
nur ein Nukleotid an den wachsenden DNA-Strang angehängt und 
dann pausiert. Die Replikationsreaktion wird also nach jeder Zugabe 
eines Nukleotids angehalten, und die Identität des neu hinzugefügten 
Nukleotids wird vor der Anbindung eines weiteren Nukleotids zu dem 
wachsenden DNA-Strang bestimmt. Der Prozess wird durch die Ver-
wendung modifizierter Nukleotide unterbrochen, die eine blockierende 
Gruppe enthalten, die den weiteren Einbau von Nukleotiden durch die 
DNA-Polymerase verhindert. Die Blockierungsgruppe ist abtrennbar 
angebracht und kann daher nach der jeweiligen Identitätsbestimmung 
entfernt werden, so dass ein weiterer Zyklus der DNA-Replikation (und 
Sequenzierung) stattfinden kann. 
Die modifizierten Nukleotide, die in dem SBS-Verfahren der Klägerin 
verwendet werden, enthalten eine abtrennbar gebundene 3'-Blockie-
rungsgruppe und eine abspaltbare fluoreszierende Markierung. Die 
Fluoreszenzsignale kennzeichnen das jeweilige modifizierte Nukleotid 
und können daher zur Identifizierung des eingebauten Nukleotids ver-
wendet werden, während die 3'-Blockierungsgruppe sicherstellt, dass 
jeweils pro Schritt nur ein einziges Nukleotid von der DNA-Polymerase 
an den wachsenden DNA-Strang angefügt wird. 


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Jedes der vier verschiedenen Nukleotide wird mit einer spezifischen 
Fluoreszenzmarkierung versehen. Die Identität des eingebauten Nuk-
leotids wird dann anhand der Farbe des von der Fluoreszenzmarkie-
rung erzeugten Fluoreszenzsignals festgestellt. 
Nach der Bestimmung der Identität des eingebauten Nukleotids werden 
die fluoreszierende Markierung und die 3'-Blockierungsgruppe abge-
spalten, und der Prozess wird durch die Hinzufügung eines weiteren 
Nukleotids zu dem wachsenden DNA-Strang fortgesetzt, gefolgt vom 
Nachweis dieses weiteren Nukleotids. Der Replikations- und Detekti-
onszyklus wird wiederholt, um eine Nukleotidsequenz des DNA-Frag-
ments zu bestimmen. 
Das SBS-Verfahren, das in der nachstehenden Abbildung schematisch 
dargestellt ist, umfasst somit drei Phasen, die für jedes Nukleotid in den 
Template-DNA-Einzelsträngen wiederholt werden: (i) Nukleotid-Inkorpo-
ration, (ii) Detektion und (iii) Abspaltung 
Während des Nukleotid-Inkorporationsphase baut die DNA-Poly-
merase ein einzelnes modifiziertes Nukleotid (d. h. modifiziertes dATP, 
dCTP, dGTP und dTTP) in jeden der wachsenden DNA-Stränge auf 
dem festen Träger ein. Um die DNA-Synthese nach jedem Replikati-
onszyklus zu unterbrechen, verwendet das SBS-Verfahren der Klägerin 
modifizierte Nukleotide, die mit einer entfernbaren Blockierungsgruppe 
an der 3'-(OH)-Position und einer fluoreszierenden Markierung verse-
hen sind. Die Blockierungsgruppe verhindert, dass mehr als ein Nukle-
otid in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird, wodurch die Iden-
tität jedes neu im jeweiligen Schritt einzeln eingebauten Nukleotids fest-
gestellt werden kann. Bei jedem Sequenzierungszyklus werden in der 
Inkorporationsphase frische fluoreszenzmarkierte und blockierte Nuk-
leotide hinzugefügt und in den wachsenden DNA-Strang eingebaut 
(von der Beklagten nicht bestritten). 
Nach dem Einbau eines einzelnen komplementären Nukleotids in den 
wachsenden DNA-Strang wird die Identität des Nukleotids durch Bildge-
bung der festen Oberfläche, an die die Vorlage und die wachsenden DNA-
Stränge gebunden sind, bestimmt (Detektionsphase). Die Identität des 
eingebauten Nukleotids wird nachgewiesen, indem der Fluoreszenzmarker 
durch kurzwelliges Licht angeregt und die Wellenlänge des abgestrahlten 
Lichts bestimmt wird (s. nachstehend E. 27 zur Fluoreszenz). 


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Seite 51 
Nach der Bildgebung werden sowohl die Fluoreszenzmarkierung als auch 
die 3'-Blockierungsgruppe vom wachsenden DNA-Strang durch Zugabe 
von geeigneten Chemikalien abgespalten. Durch die Abspaltung der Flu-
oreszenzmarkierung wird das ehemalige Fluoreszenzsignal aus dem 
wachsenden DNA-Strang entfernt, während durch die Abspaltung der 3'-
Blockierungsgruppe eine freie 3'-OH-Gruppe bereitgestellt wird, die es er-
möglicht, ein weiteres Nukleotid durch die DNA-Polymerase an den wach-
senden Strang anzufügen. Das Verfahren kann daher durch Anhängen ei-
nes weiteren, wiederum fluoreszenzmarkierten und blockierten Nukleo-
tids an den wachsenden DNA-Strang fortgesetzt werden. Der Replikations-
nachweiszyklus wird so oft wie erforderlich wiederholt, um die Sequenz des 
DNA-Fragments zu bestimmen. 
 
 
Abbildung 10: Schematische Darstellung der drei Phasen des klägerischen SBS-
Verfahrens (aus der Klageschrift) 
27. 
Fluoreszenz ist die Emission von Licht durch eine Substanz, die zuvor Licht 
absorbiert hat. Solche Substanzen werden als Fluorophore bezeichnet. 
Das emittierte Licht hat bei Fluoreszenz eine grössere Wellenlänge und 
damit eine geringere Energie als die zuvor absorbierte Strahlung. Nach-
dem ein Elektron ein hochenergetisches Photon absorbiert hat, wird das 
System elektronisch und schwingungsmässig angeregt. Das System ent-
spannt sich schwingungsmässig, d.h. Energie wird teilweise dissipiert, und 
fluoresziert schliesslich spontan und spinerlaubt mit der verbleibenden 
Energie bei einer längeren Wellenlänge. 


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Seite 52 
Ein Fluorophor kann einen Fluoreszenzprozess wiederholt durchlaufen – 
theoretisch beliebig oft. Dies ist nützlich, weil es bedeutet, dass ein Fluoro-
phormolekül ein Signal mehrfach erzeugen kann. In Wirklichkeit ist das Flu-
orophor jedoch häufig aufgrund seiner strukturellen Instabilität während 
des angeregten Zustands anfällig für Degradation. Besonders eine inten-
sive Bestrahlung kann dazu führen, dass der Fluorophor seine Struktur so 
verändert, dass er nicht mehr in der gleichen Weise oder sogar gar nicht 
mehr fluoreszieren kann – dieser Effekt wird als Photobleichung bezeich-
net. 
Ein wichtiger Faktor für die Degradation von Fluorophoren in Lösung ist die 
Anwesenheit von gelöstem Sauerstoff. Molekularer Sauerstoff neigt dazu, 
andere Strukturen zu schädigen, indem er oxidativ hochreaktive Sauer-
stoffspezies zur Verfügung stellt (Klageantwort vom 20. Oktober 2020, Dit-
trich et al., Photo bleaching and stabilization of fluorophores used for sin-
gle-molecule analysis with one- and two-photon excitation, Appl. Phys. B 
2001, 829-837, 831). Aus diesem Grund werden daher häufig Antioxidan-
tien eingesetzt, um die schädlichen Auswirkungen von reaktiven Sauer-
stoffspezies auf Fluorophore zu verringern. 
Eine weitere Auswirkung reaktiver Sauerstoffspezies ist die Photobeschä-
digung («Photodamage»). Dies ist etwas Anderes als die Photobleichung. 
Der Begriff Photodamage wird verwendet, um die Schädigung anderer Mo-
leküle als des Fluorophors durch die von der starken Lichteinstrahlung er-
zeugten reaktiven Sauerstoffspezies zu bezeichnen (vgl. EP 412 Abs. 
[0005]). Eines der Moleküle im klägerischen SBS-Verfahren, das durch 
Photodamage beschädigt werden kann, ist der zu replizierende DNA-Ein-
zelstrang (das Template). 
Rechtsbeständigkeit von Klagepatent EP 1 530 578 B1 
28. 
Die EP 578 betrifft modifizierte Nukleotide mit einer entfernbaren Schutz-
gruppe (Abs. [0001]), insbesondere zur Verwendung in einem Sequencing-
by-Synthesis Verfahren, bei dem an das zu sequenzierende Polynukleotid 
sukzessive komplementäre Nukleotide angehängt werden (Abs. [0004]). 
Konkret geht es in der EP 578 darum, für derartige Verfahren geeignete 
Nukleotide mit reversiblen Blockierungsgruppen, die unter DNA-kompatib-
len Bedingungen entfernt werden können, bereitzustellen (Abs. [0013]). 


O2020_011 
Seite 53 
29. 
In Bezug auf die der Diskussion zu Grunde zu legende Merkmalsanalyse 
sind sich die Parteien vorliegend nicht einig. Nach Auffassung der Beklag-
ten fehlt bei den angegriffenen Kits die R’’ Gruppe und die Klägerin lasse 
die Merkmale 1.3.3 und 1.3.4 bei ihrer Merkmalsgliederung unzulässiger-
weise weg. Die Klägerin meint dazu, ihre Rechtsbegehren beschränkten 
sich auf modifizierte Nucleotide, die die Azidomethylgruppe gemäss der 
dritten Alternative des Merkmals 1.3.2 des Anspruchs 1 enthielten, d. h. Z 
als -C(R')2N3 definiert. Da sie den unabhängigen Anspruch 1 nur in dieser 
dritten Alternative geltend mache, wie sie in der Merkmalstabelle der Kla-
geschrift gezeigt sei, seien diese Merkmale die einzigen, die für die An-
spruchsauslegung und die weitere Diskussion in Betracht gezogen werden 
müssten. Offensichtlich sei der Rest R'' irrelevant, da er in der dritten Alter-
native von Anspruch 1 nicht vorkomme. 
Die Argumente der Klägerin mögen für die Frage des Eingriffs in den 
Schutzbereich richtig sein. Da aber vorliegend wegen der entsprechenden 
Einrede der Beklagten auch die Rechtsbeständigkeit des Klagepatents 
EP 578 zu prüfen ist, und für diese auch die Alternativen zu prüfen wären, 
die im Anspruch genannt aber gemäss Behauptung der Klägerin nicht ver-
letzt werden, wenn entsprechende Behauptungen der Beklagten vorlägen, 
wird, wie bereits vorne in der Frage der Verletzung des Anspruchs 1 der 
EP 578 durch die Kits, in der Folge die Merkmalsanalyse aus dem Paral-
lelverfahren O 2019_007 verwendet, die alle Merkmale von Anspruch 1 
auflistet: 
1. A modified nucleotide molecule 
1.1 comprising a purine or pyrimidine base and 
1.2 a ribose or deoxyribose sugar moiety 
1.3 having a removable 3’-OH blocking group covalently attached thereto, 
1.3.1 such that the 3’ carbon atom has attached a group of the structure -
O-Z 
1.3.2 
wherein Z is any of -C(R’)2-N(R")2, C(R’)2-N(H)R", and -C(R’)2-N3, 
1.3.3 wherein each R" is or is part of a removable protecting group; 
1.3.4a each R’ is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, 
arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl, heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, 
alkoxy, aryloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label 
attached through a linking group; 


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Seite 54 
1.3.4b or (R’)2 represents an alkylidene group of formula =C(R’’’)2 wherein 
each R’’’ may be the same or different and is selected from the group 
comprising hydrogen and halogen atoms and alkyl groups; and 
1.3.5 wherein said molecule may be reacted to yield an intermediate in 
which each R" is exchanged for H, which intermediate dissociates 
under aqueous conditions to afford a molecule with a free 3’OH. 
Massgeblicher Fachmann 
30. 
Die Kenntnisse und Fähigkeiten des massgeblichen Fachmannes sind in 
zwei Schritten zu bestimmen: Zuerst ist das für die zu beurteilende Erfin-
dung massgebliche Fachgebiet, anschliessend sind Niveau und Umfang 
der Fähigkeiten und Kenntnisse des Fachmannes des entsprechenden 
Fachgebiets zu bestimmen. Das massgebliche Fachgebiet bestimmt sich 
nach dem technischen Gebiet, auf dem das von der Erfindung gelöste 
Problem liegt.21 
Die Fähigkeiten und Kenntnisse des Fachmannes umschreibt das Bundes-
gericht mit der Formulierung, der durchschnittlich gut ausgebildete Fach-
mann, auf den bei der Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit abgestellt 
werde, sei «weder ein Experte des betreffenden technischen Sachgebiets 
noch ein Spezialist mit hervorragenden Kenntnissen. Er muss nicht den 
gesamten Stand der Technik überblicken, jedoch über fundierte Kenntnisse 
und Fähigkeiten, über eine gute Ausbildung sowie ausreichende Erfahrung 
verfügen und so für den in Frage stehenden Fachbereich gut gerüstet 
sein».22 Was dem fiktiven Fachmann fehlt, ist jede Fähigkeit des assozia-
tiven oder intuitiven Denkens.23 
Als allgemeines Fachwissen gelten grundsätzlich nur Lehrbücher und all-
gemeine Nachschlagewerke,24 normalerweise aber nicht wissenschaftli-
che Publikationen oder der Offenbarungsgehalt von Patentanmeldungen.25 
Erst wenn eine technische Lehre Eingang in Lehrbücher oder allgemeine 
 
21 BPatGer, Urteil S2019_003 vom 15. August 2019, E. 21. 
22 BGE 120 II 71 E. 2. 
23 BGE 120 II 312 E. 4b – «cigarette d‘un diamètre inférieur»; CR-PI-LBI-
SCHEUCHZER, Art. 1 N 122. 
24 BPatGer, Urteil O2018_008 vom 2. Februar 2021, E. 17 – «Tiotropium COPD 
Inhalationskapseln». 
25 SHK PatG-SCHWEIZER, Art. 1 N 45. 


O2020_011 
Seite 55 
Nachschlagewerke gefunden hat, kann normalerweise davon ausgegan-
gen werden, dass sie Teil des allgemeinen Fachwissens ist. 
Nach der Rechtsprechung des EPA können wissenschaftliche Veröffentli-
chungen oder der Offenbarungsgehalt von Patentanmeldungen aus-
nahmsweise dem allgemeinen Fachwissen zugerechnet werden, wenn ein 
technisches Gebiet so neu ist, dass es noch keinen Eingang in Lehrbücher 
gefunden hat26 oder wenn eine Serie von Veröffentlichungen übereinstim-
mend zeigt, dass eine Technologie allgemein bekannt war.27 
31. 
In der Klage definiert die Klägerin den massgeblichen Fachmann nicht, we-
der für EP 578 noch für EP 412. Die Beklagte äussert sich in der Klageant-
wort dahingehend, dass der Fachmann im vorliegenden Fall ein Biochemi-
ker (oder Chemiker mit Spezialisierung auf Biochemie) mit Hochschulab-
schluss und mehrjähriger praktischer Erfahrung in der biochemischen In-
dustrie sei. Während seines Studiums habe er regelmässig eigene prakti-
sche Erfahrungen mit den klassischen Sequenzierungsmethoden, wie z. 
B. der Sanger-Methode, gesammelt. Er kenne auch die neueren Methoden 
und habe diese möglicherweise schon während seines Studiums oder in 
seiner weiteren beruflichen Laufbahn angewendet. Der Fachmann verfüge 
auch über ein solides chemisches Wissen hinsichtlich der Bereitstellung 
der entsprechenden Grundbausteine, wie Nukleotide und Nukleoside. Dies 
geschehe in der Regel nicht biochemisch, d.h. enzymatisch, sondern mit-
tels klassischer Synthesemethoden der organischen Chemie. Bei Bedarf 
werde der Fachmann daher zur Klärung von Detailfragen im Zusammen-
hang mit der chemischen Synthese von Nukleotiden oder Nukleosiden auf 
das Fachwissen eines organischen Chemikers zurückgreifen oder ein 
Team mit einem solchen Chemiker bilden. 
Die Klägerin stimmt dem in der Replik insofern zu, als dass der Fachmann 
einen Doktortitel in Chemie, Molekularbiologie oder einer eng verwandten 
Disziplin und mindestens fünf Jahre praktische akademische oder industri-
elle Laborerfahrung in der Forschung und Entwicklung von DNA-Sequen-
zierungstechnologien habe und in einem Team arbeite. Hingegen wendet 
die Klägerin ein, die Ausführungen der Beklagten zu den Kenntnissen des 
Fachmanns über klassische Synthesemethoden der organischen Chemie 
seien rückblickend in Kenntnis der Erfindung von EP 578 formuliert. 
 
26 T 772/89 vom 18 Oktober 1991, E. 3.3; T 1347/11 vom 29. Oktober 2013, E. 4. 
27 T 151/05 vom 22. November 2007, E. 3.4.1; T 412/09 vom 9. Mai 2012, E. 2.1.3. 


O2020_011 
Seite 56 
32. 
Die Parteien sind sich demnach einig, dass es sich beim Fachmann um 
einen Chemiker oder Biochemiker handelt, der mehrere Jahre Erfahrung 
im Gebiet des Sequencing-by-Synthesis hat, und der in einem Team arbei-
tet, d.h. gegebenenfalls im gleichen Team arbeitende Kollegen mit etwas 
anderem Hintergrund für Spezialfragen konsultieren wird. Davon ist in der 
Folge auszugehen. 
Allgemeines Fachwissen 
33. 
Wissen aus Lehrbüchern des technischen Gebiets des einschlägigen 
Fachmanns gehört normalerweise zum allgemeinen Fachwissen.28 Wis-
senschaftliche Publikationen oder der Offenbarungsgehalt von Patentan-
meldungen oder Patentschriften gehören dagegen normalweise nicht zum 
allgemeinen Fachwissen.29 Erst wenn eine technische Lehre Eingang in 
Lehrbücher oder allgemeine Nachschlagewerke gefunden hat, kann davon 
ausgegangen werden, dass sie Teil des allgemeinen Fachwissens ist. 
Wissenschaftliche Veröffentlichungen oder der Offenbarungsgehalt von 
Patentanmeldungen oder Patentschriften können ausnahmsweise dem all-
gemeinen Fachwissen zugerechnet werden, wenn ein technisches Gebiet 
so neu ist, dass es noch keinen Eingang in Lehrbücher gefunden hat oder 
wenn eine Serie von Veröffentlichungen übereinstimmend zeigt, dass eine 
Technologie allgemein bekannt war.30 
Das allgemeine Fachwissen ist substanziiert zu behaupten und im Bestrei-
tungsfall zu beweisen.31 
 
28 BPatGer, Urteil O2018_008 vom 2. Februar 2021, E. 17 – «Tiotropium COPD 
Inhalationskapseln». 
29 BPatGer, Urteil O2019_007 vom 19. November 2021, E. 34 – «sequence by 
synthesis». 
30 BPatGer, Urteil O2019_007 vom 19. November 2021, E. 34, unter Hinweis auf 
T 772/89 vom 18 Oktober 1991, E. 3.3; T 1347/11 vom 29. Oktober 2013, E. 4; T 
151/05 vom 22. November 2007, E. 3.4.1; T 412/09 vom 9. Mai 2012, E. 2.1.3; 
BPatGer, Urteil S2021_005 vom 15. Dezember 2021, E. 16 – «Deferasirox». 
31 BPatGer, Urteil O2013_033 vom 30. Januar 2014, E. 31; BGer, Urteil 
4A_142/2014 vom 2. Oktober 2014, E. 5 – «couronne dentée II». 


O2020_011 
Seite 57 
34. 
Während sich die Parteien bei der Umschreibung der Person des massge-
blichen Fachmanns weitgehend einig sind, ist strittig, was dem allgemeinen 
Fachwissen dieses Fachmanns zuzurechnen ist. 
Nicht zum allgemeinen Fachwissen des so definierten Fachmanns gehört 
die Veröffentlichungsschrift WO91/06678 («WO 678», im Einspruchsver-
fahren D25, auch als «Tsien et al.» bezeichnet) sowie die wissenschaftliche 
Veröffentlichung Kraevskii et al., Substrate Inhibitors of DNA Biosynthesis, 
MOLBBJ 1987, 25-29 («Kraevskii et al. 1987»). 
Die Beklagte legt nicht überzeugend dar, dass es sich beim Gebiet der Er-
findung um ein derart junges technisches Gebiet handelt, dass die Gegen-
stände einschlägiger Patentanmeldungen noch nicht Eingang in Lehrbü-
cher gefunden haben. Die Klägerin weist zu Recht darauf hin, dass die 
WO 678 mehr als elf Jahre vor dem Prioritätsdatum des Klagepatents 
EP 578 veröffentlicht wurde und ihre Lehre bis zum Prioritätsdatum nicht 
nachweislich Eingang in Standard-Lehrbücher gefunden hat, obwohl es 
sich bei dem Gebiet der Biotechnologie schon damals um ein sich rasch 
entwickelndes technisches Gebiet handelte, bei dem man eine regelmäs-
sige Überarbeitung der einschlägigen Lehrbücher erwarten würde. Die Be-
klagte zeigt auch nicht auf, dass eine Serie von Veröffentlichungen über-
einstimmend zeigt, dass eine Technologie allgemein bekannt war. 
Konkret begründet die Beklagte ihr Argument, die Patentanmeldung 
WO 678 gehöre zum allgemeinen Fachwissen, damit, dass die WO 678 in 
865 Patentveröffentlichungen zitiert worden sei. Einer der Erfinder von 
WO 678 sei Roger Y. Tsien, der 2008 den Nobelpreis für Chemie erhalten 
habe. Es sei deshalb unrealistisch anzunehmen, dass ein Fachmann auf 
dem Gebiet des Sequencing-by-Synthesis 2002 die Lehre von WO 678 
nicht gekannt habe. 
Massgeblich ist das Wissen des Fachmanns im Prioritätszeitpunkt. Zitie-
rungen von WO 678 nach dem Prioritätsdatum können nicht als Nachweis 
für das allgemeine Fachwissen im Prioritätsdatum dienen. Bis zum Priori-
tätsdatum wurde WO 678 in 46 Patentveröffentlichungen (nicht Patentfa-
milien) zitiert, was zwar relativ viel ist, über einen Zeitraum von elf Jahren 
aber auch nicht so viel, dass daraus geschlossen werden könnte, dass 
WO 678 zum allgemeinen Fachwissen gehörte. Ebenso wenig erlaubt die 
Tatsache, dass einer der Erfinder der Lehre gemäss WO 678 mehrere 
Jahre nach dem Prioritätsdatum den Nobelpreis erhalten hat, den Schluss 


O2020_011 
Seite 58 
darauf, dass der Inhalt von WO 678 im Prioritätszeitpunkt zum allgemeinen 
Fachwissen gehörte, zumal Roger Y. Tsien den Nobelpreis nicht für seine 
Beiträge zur Technologie des Sequencing-by-Synthesis erhalten hat, son-
dern für die Entdeckung und Weiterentwicklung des grün fluoreszierenden 
Proteins, das nichts mit SBS zu tun hat. 
All dies bedeutet selbstverständlich nicht, dass die Offenbarung der 
WO 678 nicht zum Stand der Technik gehört. Es bedeutet nur, dass die 
technische Lehre der WO 678 nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzu-
rechnen ist, und dass entsprechend, wenn die WO 678 als Stand der Tech-
nik im Zusammenhang mit der erfinderischen Tätigkeit berücksichtigt wer-
den soll, zu begründen ist, weshalb der Fachmann gerade dieses Doku-
ment beigezogen bzw. als Ausgangspunkt seiner Entwicklung genommen 
hätte. 
Warum die wissenschaftliche Veröffentlichung Kraevskii et al. 1987 aus-
nahmsweise als zum allgemeinen Fachwissen gehörend zu berücksichti-
gen sein soll, begründet die Beklagte auf den entsprechenden Einwand der 
Klägerin nur damit, dass dieses Dokument in der WO 678 zitiert werde. 
Letztere gehört aber nicht zum allgemeinen Fachwissen, weswegen dieses 
Argument ins Leere läuft. 
Im Zusammenhang mit der angeblich fehlenden erfinderischen Tätigkeit 
beim Klagepatent EP 412 nennt die Beklagte die WO 2002/0006622 
(«WO 622», auch «Bradley») als Beleg für das allgemeine Fachwissen im 
Prioritätszeitpunkt, namentlich dafür, dass es üblich gewesen sei, chemi-
sche Antioxidantien wie Ascorbinsäure in Puffern für die fluoreszierende 
Bildgebung zu verwenden, wenn analytische Experimente mit fluoreszenz-
markierten Nukleinsäuresträngen durchgeführt wurden. Die EP 41 selber 
sage in Abs. [0006], dass es üblich gewesen sei, chemische Antioxidantien 
wie Ascorbinsäure (Vitamin C) in Puffern für die fluoreszierende Bildge-
bung zu verwenden. Die Klägerin kontert, in WO 622 gehe es um eine 
gänzlich andere Technologie, namentlich um Nukleinsäure-Hybridisie-
rungs-Assays, die völlig verschieden seien von der Nukleinsäuresequen-
zierung. WO 622 zeige die Verwendung von u.a. Ascorbinsäure zur Ver-
meidung von Photobleichung der Fluorophore; der Schutz der DNA-Temp-
late vor lichtinduzierten Schäden (Photodamage) sei in WO 622 weder of-
fenbart noch durch WO 622 nahegelegt. Dass WO 622 irrelevant sei für die 
Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit des Gegenstandes von EP 412 
zeige sich auch daran, dass die Beklagte WO 622 in diesem Zusammen-
hang gar nicht zitiere. 


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Seite 59 
Tatsächlich ist es so, dass die Beklagte auf WO 622 keine massgeblichen 
Argumente stützt. Es kann deshalb offenbleiben, ob die Lehre von WO 622 
ausnahmsweise zum allgemeinen Fachwissen gehört, obwohl es sich da-
bei nicht um ein Standard-Lehrbuch handelt. 
Erfinderische Tätigkeit 
35. 
Die Beklagte erhebt die Einrede der fehlenden Rechtsbeständigkeit des 
Klagepatents EP 578 und macht dabei ausschliesslich geltend, der Gegen-
stand der EP 578 beruhe nicht auf erfinderischer Tätigkeit. 
36. 
Was sich in naheliegender Weise aus dem Stand der Technik ergibt, ist 
keine patentierbare Erfindung (Art. 1 Abs. 2 PatG). Um «eine unzulässige 
ex-post-Betrachtung auszuschliessen», verlangt das Bundesgericht eine 
nachvollziehbare Methode der Beurteilung.32 
Dazu bedarf es mindestens der Feststellung der Erfindung, des Standes 
der Technik sowie des massgeblichen Fachmannes und seines Wissens 
und Könnens.33 
Das Bundespatentgericht wendet bei der Beurteilung der erfinderischen 
Tätigkeit in der Regel den vom Europäischen Patentamt (EPA) entwickel-
ten Aufgabe-Lösungs-Ansatz an.34 Der Aufgabe-Lösungs-Ansatz gliedert 
sich in drei Phasen: i) Ermittlung des «nächstliegenden Stands der Tech-
nik», ii) Bestimmung der zu lösenden «objektiven technischen Aufgabe» 
und iii) Prüfung der Frage, ob die beanspruchte Erfindung angesichts des 
als Ausgangspunkt verwendeten Stands der Technik («nächstliegender 
Stand der Technik») und der objektiven technischen Aufgabe für die Fach-
person naheliegend gewesen wäre.35 
Trotz des Superlativs «nächstliegend» kann es, auch nach der Rechtspre-
chung der Beschwerdekammern des EPA,36 mehrere «nächstliegende» 
 
32 BGer, Urteil 4C.52/2005 vom 18. Mai 2005, E. 2.3 – «Kunststoffdübel». 
33 BGer, a.a.O. 
34 BPatGer, Urteil O2013_008 vom 25. August 2015, E. 4.4 – «elektrostatische 
Pulversprühpistole»; Urteil S2017_001 vom 1. Juni 2017, E. 4.6 – 
«Valsartan/Amlodipin Kombinationspräparat»; Urteil O2015_011 vom 29. August 
2017, E. 4.5.1 – «Fulvestrant». 
35 Richtlinien für die Prüfung im EPA, Ausgabe November 2019, G-VII, 5. 
36 Vgl. Beschwerdekammer des EPA, Entscheidung T 967/97 vom 25. Oktober 
2001. 


O2020_011 
Seite 60 
Entgegenhaltungen geben, die «gleich weit entfernt» sind von der Erfin-
dung.37 Dann muss für die Feststellung, dass die beanspruchte technische 
Lehre nicht naheliegend ist, der Aufgabe-Lösungs-Ansatz ausgehend von 
allen Ausgangspunkten durchgeführt werden. Das Bundesgericht hält da-
bei fest, dass es «nicht wesentlich sein [kann], welches von regelmässig 
mehreren naheliegenden Elementen im Stande der Technik zum Aus-
gangspunkt der allein entscheidenden Frage genommen wird, ob die Fach-
person schon mit geringer geistiger Anstrengung auf die Lösung des Streit-
patents kommen kann».38 
Ausgangspunkt der Beurteilung («nächstliegender Stand der Tech-
nik»): WO 02/29003 
37. 
Im ersten Schritt des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes ist der nächstliegende 
Stand der Technik im Sinne eines besten Ausgangspunkts für die Beurtei-
lung der erfinderischen Tätigkeit zu bestimmen. 
Als Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit nimmt 
die Beklagte die WO 02/29003 (im Einspruchsverfahren D9, auch als «Ju 
et al.» bezeichnet, in der Folge WO 003). 
Bei der Diskussion der erfinderischen Tätigkeit wird von der Beklagten in 
einem ersten Schritt unter Bezugnahme auf diverse Entgegenhaltungen, 
insbesondere WO 678 (auch «Tsien et al.»), ein Buch von Greene und 
Wuts (Greene/Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 1. Aufl 1999 
Hoboken, USA, im Einspruchsverfahren D16, in der Folge Greene/Wuts 
1999), sowie Kraevskii et al. 1987, umfangreich der technologische Hinter-
grund dargelegt, dies jedoch ohne Bezugnahme auf das Ausgangsdoku-
ment WO 003. Die Erläuterungen beschränken sich dabei nicht auf die all-
gemeinen Prinzipien des Sequencing-by-Synthesis Verfahrens, sondern 
es wird im Detail auf die spezifischen Verfahren beispielsweise beschrie-
ben in der WO 678 eingegangen, auf Auswahlkriterien für Schutzgruppen 
unter Bezugnahme auf Greene/Wuts 1999 und Kraevskii et al. 1987, auf 
die Prinzipien bei der Entfernung der Schutzgruppe und der Verhinderung 
der Wechselwirkung mit der DNA Polymerasereaktion und die Einführung 
der Schutzgruppe, wiederum jeweils unter Bezugnahme auf die genannten 
Dokumente aber nicht auf die WO 003. 
 
37 BPatGer, Urteil S2017_001 vom 1. Juni 2017, E. 4.6. 
38 BGE 138 III 111 E. 2.2 – «Induktionsherd». 


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Seite 61 
Bei der Diskussion der erfinderischen Tätigkeit ist vom Offenbarungsgehalt 
des Ausgangsdokuments auszugehen, unabhängig davon, ob man den 
vom Bundespatentgericht in der Regel verwendeten Problem-Lösungsan-
satz verwendet oder nicht. Dieser Offenbarungsgehalt ist gegebenenfalls 
zu ergänzen durch das allgemeine Fachwissen. Die Ausführungen der Be-
klagten beziehen sich auf Literatur, die nicht zum allgemeinen Fachwissen 
gezählt und daher nicht berücksichtigt werden kann (vgl. dazu vorne, 
E. 34). Würde man derartige auf die zu beurteilende Erfindung schielende 
Ausführungen losgelöst vom Ausgangsdokument und dafür unter Bezug-
nahme auf andere Dokumente bei der Diskussion der erfinderischen Tätig-
keit zulassen, würde infolge des dadurch eingenommenen Blickwinkels 
eine rückschauende Betrachtungsweise eingeführt. Gleichzeitig würde der 
Offenbarungsgehalt von weiteren Dokumenten, neben dem Ausgangsdo-
kument und den ausdrücklichen angeführten Sekundärdokumenten, in die 
Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit einfliessen, was ebenfalls nicht zu-
lässig ist. 
38. 
Die Klägerin bestreitet nicht, dass WO 003 ein geeigneter Ausgangspunkt 
für die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit für EP 578 ist. Tatsächlich 
betrifft WO 003 wie EP 578 ein Sequencing-by-Synthesis Verfahren und 
wird auch in der Patentschrift EP 578 bei der Diskussion des Standes der 
Technik erwähnt (Abs. [0008]-[0011]). Auch im Einspruchsverfahren wurde 
die erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 003 beurteilt. Die WO 003 
ist zweifellos ein geeigneter Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfin-
derischen Tätigkeit. 
Objektive technische Aufgabe 
39. 
In der zweiten Phase des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes wird die zu lösende 
technische Aufgabe objektiv bestimmt. Hierfür werden das Patent, der 
nächstliegende Stand der Technik und die zwischen der beanspruchten Er-
findung und dem nächstliegenden Stand der Technik bestehenden Unter-
schiede in Bezug auf die (strukturellen oder funktionellen) Merkmale unter-
sucht (die auch als Unterscheidungsmerkmal(e) der beanspruchten Erfin-
dung bezeichnet werden), anschliessend wird die aus diesen Unterschei-
dungsmerkmalen resultierende technische Wirkung bestimmt und dann die 
technische Aufgabe formuliert.39 
 
39 BPatGer, Urteil S2019_007 vom 1. Oktober 2019, E. 32 – «Tadalafil 5 mg». 


O2020_011 
Seite 62 
40. 
Als Unterscheidungsmerkmal der Erfindung zu WO 003 identifiziert die Be-
klagte die genaue Art der Schutzgruppe, d.h. die Merkmale 1.3.1-1.3.5. Die 
WO 003 habe als solche Schutzgruppen «small chemical moieties» wie 
etwa Methoxy, Methoxymethyl (im Folgenden «MOM») und Allyl. Das Un-
terscheidungsmerkmal habe, so die Beklagte, keine technische Wirkung. 
Die Beispiele gemäss EP 578 zeigten nicht, dass sich die Schutzgruppe 
bei milden Bedingungen lösen liesse, ohne die DNA zu denaturieren. Typi-
sche für SBS-Verfahren verwendete Primer hätten eine minimale Länge 
von zehn Basenpaaren. Deren Schmelzpunkt liege je nach Salzkonzentra-
tion der Lösung zwischen 43,5°C und 48°C. Gemäss EP 578 würden die 
Schutzgruppen während 15 Minuten bei 65°C gelöst und mit einer TE-Buf-
ferlösung ausgewaschen. Bei diesen Temperaturen werde der Primer/DNA 
Duplex komplett geschmolzen. Wenn nur einer der DNA-Stränge an den 
Microbeads angebracht sei, werde der andere Strang zusammen mit der 
Schutzgruppe entfernt und der Zyklus unterbrochen. Das Verfahren ge-
mäss EP 578 funktioniere nur, weil die Hairpin-Methode verwendet werde, 
die eine vollständige Denaturierung der DNA verhindere. Daher sei die zu 
lösende Aufgabe die Bereitstellung eines alternativen Nukleotidmoleküls. 
Die Klägerin entgegnet, die WO 003 verlange, dass der wachsende DNA-
Strang die Wasch-, Detektions- und Spaltungsschritte überstehe, ohne von 
der DNA-Template gelöst zu werden (WO 003, S. 41:17-19). WO 003 zeige 
jedoch nicht in ausführbarer Weise, wie dieses Ziel erreicht werden könne. 
Die technische Wirkung des Unterscheidungsmerkmals zwischen dem 
nächstliegenden Stand der Technik WO 003 und den erteilten Ansprüchen 
von EP 578 sei eine 3'-OH-Blockierungsgruppe, die ohne Denaturierung 
der DNA-Matrize und der wachsenden DNA-Stränge, d.h. in einer wässri-
gen Umgebung unter Bedingungen, die mit DNA und DNA-Sequenzierung 
durch Synthese kompatibel sind, gelöst werden könne. Das sich daraus 
ergebende objektive technische Problem sei die Bereitstellung von Verbin-
dungen mit verbesserten Eigenschaften, die an den DNA-Strang angefügt 
werden können und die eine Blockierungsgruppe enthielten, die ohne De-
naturierung der DNA entfernt werden könne. 
Dieses Problem werde durch das Klagepatent EP 578 glaubhaft gelöst. 
Das Anfügen an den DNA-Strang erfolge bei für SBS-Verfahren üblichen 
Bedingungen, mit einem gewöhnlichen Puffer bei einer Temperatur von 
65°C während 10-15 Minuten. Die Entfernung der Blockierungsgruppe er-
folge mit in Wasser gelöstem TCEP (Tris-(2-Carboxyethyl) Phosphin-Tri-
natriumsalz) in einer Konzentration von 0,1 M während 15 Minuten bei der 


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Seite 63 
gleichen Temperatur (65°C). Es gebe keinen Grund, die Eignung dieser 
Bedingungen für das Anfügen an den DNA-Strang in Frage zu stellen. 
41. 
Tatsächlich offenbart die WO 003 selbst für die spezifisch genannten 
Schutzgruppen nur schematische Bedingungen für die Entfernung der 
Schutzgruppe (siehe insbesondere Figur 14) und somit keine ausführbaren 
chemischen Bedingungen. Die in WO 003 konkret beschriebenen Bedin-
gungen sind nicht nachweislich so, dass sie die DNA nicht denaturieren. 
Die Beklage führt dazu aus, die WO 003 verweise im Zusammenhang mit 
der Entfernung der MOM-Gruppe auf Ireland/Varney, Approach to the Total 
Synthesis of Chlorothricolide: Synthesis of (±)-19,20-Dihydro-24-0-methyl-
chlorothricolide, Methyl Ester, Ethyl Carbonate, J. Org. Chem. 1986, 635-
648 («Ireland/Varney 1986»), und bei Entfernung unter den dort genann-
ten Bedingungen sei die Entfernung kompatibel mit SBS. 
Tatsächlich verweist die WO 003 an mehreren Stellen für die Entfernung 
der MOM-Schutzgruppe auf diese wissenschaftliche Veröffentlichung. Sie 
hält dabei fest, unter Bezugnahme auf Figur 14, die dort genannten Reak-
tionsbedingungen seien «ziemlich mild und spezifisch und würden die 
DNA-Template Einheiten nicht abbauen» (WO 003, S. 58:32-S. 59:4), 
ohne aber einen konkreten Nachweis zu erbringen. Auf der von der Be-
klagten angerufenen Seite 640 der Veröffentlichung Ireland/Varney 1986 
werden wie in der Figur 14 der WO 003 nur schematische Bedingungen 
angegeben, und insbesondere wird zur Hauptsache mit Acetonitril als Lö-
sungsmittel gearbeitet sowie mit LiBF4. Damit erschöpft sich die Aussage 
in der WO 003 in einem Vorschlag ohne konkreten Nachweis, dass auch 
tatsächlich die Kompatibilität mit DNA gegeben ist. Der Fachmann konnte 
angesichts des zur Hauptsache organischen Lösungsmittels und der an-
gegebenen hohen Temperatur von 70°C nicht eindeutig davon ausgehen, 
dass diese Entfernung der MOM-Schutzgruppe tatsächlich die DNA nicht 
denaturiert. Zudem sind die Bedingungen, soweit überhaupt offenbart, 
nicht rein wässrig. 
Die objektive technische Aufgabe ist entsprechend nicht die Bereitstellung 
einer Alternative, sondern – im Wesentlichen der Klägerin folgend – die 
Bereitstellung eines verbesserten Nukleotidmoleküls mit einer Blockie-
rungsgruppe an der 3’-OH-Stelle, die kompatibel mit dem SBS-Verfahren 
ist und insbesondere nicht zur Denaturierung der DNA führt, wenn die 
Schutzgruppe entfernt wird. 


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Seite 64 
Diese Aufgabe wird durch EP 578 auch glaubhaft gelöst. 
Die Beklagte meint dazu, die Aufgabe sei generell und insbesondere be-
züglich des Arguments der Denaturierung als die Bereitstellung einer Alter-
native zu sehen. Die EP 578 löse ausgehend von WO 003 gar kein Prob-
lem, denn die Denaturierung werde in der WO 003 bereits durch die dort 
verwendete Hairpin-Methode verhindert. Dieses Argument überzeugt des-
wegen nicht, weil in WO 003 die Verhinderung der Denaturierung auch 
beim Verfahren nach diesem Dokument, also mit der Hairpin-Methode, als 
wesentlich hervorgehoben wird (S.42:17-19, eingeleitet mit «The funda-
mental requirements for such a system to work are …»). Entgegen der Be-
hauptung der Beklagten in der Klageantwort sagt WO 003 nicht, dass ein 
«self priming» DNA-Strang (also mit Hairpin) das Risiko der Denaturierung 
vermeidet. WO 003 sagt in Anspruch 9 «attached primer comprises a sta-
ble loop» und in Seiten 47-49, «Construction of a Surface Containing Im-
mobilized Self-primed DNA Moiety», dass ein «looped primer» vorhanden 
ist und dass «the looped primer (B) is designed to contain a very stable 
loop». Das betrifft den Hairpin selber und den Primer. Wesentlich für das 
Funktionieren der SBS ist aber, dass die Paarung von Template und Kom-
plementärstrang (also die Nicht-Denaturierung) unmittelbar bei dem neu 
einzubauenden Nukleotid, und zwar zu dem Zeitpunkt, in dem dieses neue 
Nukleotid eingebaut wird, auch nach Trennung der Stränge und anschlies-
sendem Re-pairing gewährleistet ist, und zwar ohne Misalignments. In Fig. 
6B, die auf Seiten 47-49 von WO 003 angesprochen wird, ist das die Posi-
tion des Komplementärstrangs, die mit «C-OR-3'» angegeben ist. Nach der 
Ansicht des Gerichts nimmt die Bedeutung und Wirkung des Hairpins in 
der Verhinderung der Denaturierung mit anschliessendem Re-pairing ohne 
Misalignments in der Umgebung des neu einzubauenden Nukleotids mit 
zunehmender räumlicher Distanz zwischen den beiden (also mit zuneh-
mender Zahl der bereits vorhandenen, mit dem Template gepaarten Nuk-
leotide des Komplementärstrangs) ab. Die Gefahr der Denaturierung der 
gepaarten DNA hängt dann stärker von der Tendenz von Matrizen- und 
Komplementärstrang ohne Misaligment zu dissoziieren ab als von der An-
wesenheit des Hairpins. Die Beklagte erwähnt, dass «should a separation 
nevertheless occur, the two partial strands can easily be reunited», blendet 
aber die von der Klägerin in diesem Zusammenhang erwähnten möglichen 
Misalignments aus. WO 003 gibt demnach dem Fachmann keine Sicher-
heit, dass unter Verwendung der Hairpin-Methode die beiden Stränge in 
der unmittelbaren Nachbarschaft jedes neu einzubauenden Nukleotids, 
und zwar zum Zeitpunkt seines Einbaus, korrekt und ohne Misalignments 
gepaart sind. 


O2020_011 
Seite 65 
42. 
In der dritten Phase des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes gilt es zu klären, ob 
sich im Stand der Technik insgesamt eine Lehre findet, welche den mit der 
objektiven technischen Aufgabe befassten Fachmann veranlassen würde 
(nicht nur könnte, sondern würde), den nächstliegenden Stand der Technik 
unter Berücksichtigung dieser Lehre zu ändern oder anzupassen und somit 
zu etwas zu gelangen, was unter den Patentanspruch fällt, und das zu er-
reichen, was mit der Erfindung erreicht wird.40 
43. 
Ausgehend von der WO 003 baut die Beklagte ihre Argumentation darauf 
auf, das Ausgangsdokument suggeriere, 
– 
dass die Schutzgruppe klein sein müsse, 
– 
dass die Abspaltung der Schutzgruppe unter milden Bedingungen 
in wässriger Umgebung gegeben sein müsse, 
– 
dass die Entfernung der Schutzgruppe nicht zu einer irreversiblen 
Denaturierung der DNA führen dürfe, 
– 
dass es keine Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-Einheiten sein 
dürften, 
– 
dass bevorzugte Schutzgruppen nicht verzweigt seien und nicht 
mehr als vier Atome in der Kette hätten, sowie 
– 
dass die bevorzugte Schutzgruppe in der WO 003, die Gruppe 
MOM (Methoxymethyl), ein geschütztes Hemiacetal, sei. 
 
Nach Ansicht der Klägerin ist die einzige eindeutige Aussage in WO 003 zu 
den Schutzgruppen, dass es keine Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-
Einheiten sein dürften, alle anderen von der Beklagten vorgetragenen As-
pekte seien nicht eindeutig der WO 003 zu entnehmen. 
44. 
Tatsächlich zielt die Darstellung der Beklagten zu sehr auf das Ergebnis 
der von ihr gewünschten mangelnden erfinderischen Tätigkeit ab. 
WO 003 offenbart Folgendes: 
– 
die Schutzgruppen für die 3’-OH-Gruppe sollen klein sein (S. 5:11-
12, aber auch S. 5:26-28 sowie S. 20:22-24 und S. 43:27-28), ohne 
 
40 So genannter «could/would approach», BPatGer, Urteil S2017_001 vom 1. Juni 
2017, E. 4.6. 


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Seite 66 
jedoch zu definieren, was unter «klein» zu verstehen ist, z.B. wel-
che chemische Struktur oder wie viele Atome in einer chemischen 
Struktur noch als klein zu gelten haben; 
– 
die Schutzgruppen sollen während der Polymerasereaktion stabil 
sein, die Erkennung des Nukleotid-Analogen nicht beeinträchtigen 
und abgespalten werden können (S. 25:28-S. 26:2); 
– 
mit der Schutzgruppe sollen alle vier Nukleotide geschützt werden 
können, die entsprechenden Analoge sollen effizient und zuverläs-
sig in die DNA eingebaut werden können, die Schutzgruppen sollen 
mit hoher Ausbeute entfernt werden können und die wachsende 
Kette soll Waschen, Detektion und Abspaltung ohne Schaden über-
stehen (S. 42:8-19); 
– 
das Nukleotid-Analoge soll strukturell und funktional ähnlich sein 
zum ursprünglichen Nukleotid (S. 20:1-4); 
– 
die Schutzgruppe soll nicht elektrophil sein, insbesondere ungeeig-
net seien Ester- und Keton-Gruppen (S. 6:6-14); 
– 
geeignete mögliche konkrete Schutzgruppen seien Allyl- und MOM-
Gruppen (S. 25:28). 
 
Weitere Angaben zu den Schutzgruppen bzw. den Nukleotid-Analoga sind 
der WO 003 nicht zu entnehmen. Insbesondere fehlt ein Hinweis darauf, 
dass die Abspaltung der Schutzgruppe unter milden Bedingungen in wäss-
riger Umgebung möglich sein muss. Es wird einzig gesagt, dass die 
Schutzgruppen mit hoher Ausbeute entfernt werden können, ohne den 
DNA-Strang oder andere Schritte negativ zu beeinflussen. 
Auch wird nicht näher definiert, wann eine Schutzgruppe «klein» ist. Dass 
die Schutzgruppen nicht verzweigt sein dürfen oder nur eine minimale An-
zahl von Atomen aufweisen dürfen ist der WO 003 ebenfalls nicht eindeutig 
zu entnehmen; es lässt sich höchstens aufgrund der beiden Beispiele ver-
muten. Die Beklagte argumentiert diesbezüglich, die WO 678 erläutere, 
was unter «klein» zu verstehen sei. Da aber, wie vorne in E. 34 dargelegt, 
die WO 678 nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzurechnen ist, kann da-
rauf nicht abgestellt werden. 
Was die Hinweise auf nicht geeignete Systeme angeht, so wird nicht nur 
ausdrücklich auf Probleme mit Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-Grup-
pen hingewiesen, sondern allgemein darauf hingewiesen, dass elektro-
phile Schutzgruppen nicht geeignet seien. Die Beklagte argumentiert dies-
bezüglich, es komme auf die Position des elektrophilen Zentrums an, was 


O2020_011 
Seite 67 
sich aus der Referenz auf Canard et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 
10859-10863 an der besagten Stelle in WO 003 auf S. 6:6-10 ergebe. 
Die Vorbehalte gegenüber elektrophilen Gruppen sind in der Offenbarung 
der WO 003 aber nicht auf eine bestimmte Position einer solchen elektro-
philen Gruppe beschränkt. Zum einen ergibt sich aus dem Text der WO 003 
an der angegebenen Stelle für sich keine ausdrückliche solche Einschrän-
kung, zum anderen offenbart auch der Verweis auf Canard et al. 1995 keine 
eindeutige derartige Lehre. In Canard et al. 1995 wird auf der von der Be-
klagten angezogenen Seite 10863, linke Spalte, Mitte des 2. Absatzes nur 
darüber spekuliert, dass es in der Nähe des 3' Endes der DNA in der Poly-
merase eine starke nukleophile Gruppe geben dürfte. Es findet sich keine 
Aussage, dass dies beschränkt ist auf elektrophile Zentren, die unmittelbar 
an die 3'-O-Einheit angekoppelt sind. Ein elektrophiles Zentrum, das eine 
Position weiter von der 3'-O-Einheit gelegen ist, ist immer noch in der Nähe 
des 3' Endes der DNA. Das ist im Zusammenhang mit der spezifisch in 
EP 578 beanspruchten Lösung wichtig, soweit die beanspruchte Auswahl 
eines Azids betroffen ist, da das Azid als Gruppe elektrophile und nukleo-
phile Eigenschaften vereint. 
45. 
In ihrer weiteren Argumentation verweist die Beklagte zunächst auf 
Greene/Wuts 1999 und behauptet, der Fachmann wisse aus diesem Lehr-
buch, dass – unter Berücksichtigung der von ihr vertretenen in der WO 003 
suggerierten Hinweise auf mögliche geeignete Schutzgruppen – eine Liste 
von nur zwölf Kandidaten resultiere, und unter diesen sei auch das bean-
spruchte Azidomethyl. 
Als Standardlehrbuch zählt Greene/Wuts 1999 zum allgemeinen Fachwis-
sen. Allerdings ist die generelle Eignung eines zum allgemeinen Fachwis-
sen zählenden Lösungsmittels nur dann Veranlassung zu seiner Heranzie-
hung, wenn für den Fachmann erkennbar ist, dass eine technische Aus-
gangslage besteht, in der sich der Einsatz des betreffenden Lösungsmittels 
als objektiv zweckmässig darstellt. 41 
Bei Greene/Wuts 1999 handelt es sich um ein 800-seitiges Buch, und um 
die möglichen Schutzgruppen auf eine kleine Zahl zu beschränken, wird 
die Diskussion auf fast 40 Seiten dieses Buches dazu benutzt, eine Liste 
 
41 BGH, Urteil X ZR 59/16 vom 27. März 2018 – «Kinderbett». 


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Seite 68 
von fünf angeblich vernünftigerweise möglichen Schutzgruppen zusam-
menzustellen. Diese Liste enthält die Azidomethylgruppe. 
Im Standardlehrbuch Greene/Wuts 1999 gibt es keinen Hinweis darauf, 
dass die in dem betreffenden Abschnitt erwähnten Schutzgruppen für den 
Schutz von Nukleotiden oder Nukleotidanaloga geeignet sind, geschweige 
denn, dass sie in einem SBS-Verfahren, oder allgemeiner in einem DNA-
Syntheseprozess, verwendet werden können. Die Bedingungen in einem 
DNA-Syntheseprozess/SBS sind so speziell, dass es ohne einen solchen 
Zusammenhang keinen Hinweis darauf gibt, dass die Verwendung der ent-
sprechenden Lösung objektiv zweckmässig ist und vom Fachmann mit sei-
nem allgemeinen Allgemeinwissen tatsächlich in Betracht gezogen werden 
würde (nicht nur könnte). Die Reaktionsbedingungen, die in Greene/Wuts 
1999 für die Entfernung der Azidomethylgruppe als Schutzgruppe für Phe-
nole offenbart werden, sind mit LiAlH4 beziehungsweise H2 über Pd-C 
keine Reaktionsbedingungen, die der Fachmann als kompatibel im Zusam-
menhang mit einem SBS Verfahren erkennen kann. Alternativen zu diesen 
Reaktionsbedingungen sind Greene/Wuts 1999 nicht zu entnehmen. 
Die Beklagte bestreitet, dass die Bedingungen bei SBS-Verfahren speziell 
seien, und dass der Fachmann die Schutzgruppen für phenolische Grup-
pen nicht in Betracht gezogen hätte. Dabei stützt sich die Beklagte einer-
seits erneut auf allgemeines Fachwissen wie belegt durch die WO 678. Da 
dieses Dokument aber nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzuordnen ist 
(E. 34) kann darauf nicht abgestellt werden. Andererseits stützt sich die 
Beklagte auf das Argument, in Greene/Wuts 1999 werde ausgeführt, dass 
die Schutzgruppen für alkoholische Endgruppen auch für phenolische End-
gruppen angeschaut werden sollten. Daraus auch den Umkehrschluss zu 
ziehen, dass die Schutzgruppen für Phenole genauso gut für Alkohole ge-
eignet sind, geht aber über den Offenbarungsgehalt von Greene/Wuts 
1999 hinaus. 
Greene/Wuts 1999 erwähnen tatsächlich auf Seite 260 die Azidomethyl-
gruppe als Schutzgruppe unter Verweis auf Loubinoux et al., Protection of 
Phenols by the Azidomethylene Group – Application to the Synthesis of 
Unstable Phenols, Tetrahedron 1988, S. 6055-6064 (Loubinoux et al. 
1988). Loubinoux et al. 1988 beschreiben «methods of protection of phe-
nolic hydroxyls which allow the return to phenol under the gentlest condi-
tions possible». Die angesprochene «Introduction» von Loubinoux et al. 
1988 zeigt eine offensichtlich nichtwässerige Reaktionssequenz zur Ein-
führung des Azidomethyls über ein Aryloxymethylchlorid; dies aber nicht in 


O2020_011 
Seite 69 
einem Zusammenhang, der es dem Fachmann nahelegen würde, diese 
Gruppe als Schutzgruppe in wässerigem Milieu für Nukleotide oder Nukle-
otidanaloga in einem SBS oder allgemeiner in einem DNA-Synthesepro-
zess einzusetzen. Die Azidomethylgruppe als Schutzgruppe wird in 
Greene/Wuts 1999 nicht im Zusammenhang mit aliphatischen Alkoholen, 
sondern nur mit im Zusammenhang mit phenolischen Alkoholen erwähnt. 
Das Buch enthält keinen Hinweis, dass Schutzgruppen für phenolische Al-
kohole auch für aliphatische Alkohole verwendet werden können. Das mag 
durch die Entstehungsgeschichte des Buchs erklärbar sein (so die Be-
klagte in der Duplik), ändert aber nichts daran, dass dieser Hinweis fehlt. 
Aliphatische Alkohole verfügen, dessen ist sich der Fachmann bewusst, 
über eine andere Reaktivität als phenolische Alkohole. Entsprechend las-
sen sich auch Schutzgruppen nicht einfach von der einen auf die andere 
Gruppe übertragen. Das Standardwerk Greene/Wuts 1999 offenbart daher 
die Azidomethylgruppe als Schutzgruppe für aliphatische Alkohole nicht, 
geschweige denn für aliphatische Alkohole an Zuckerbausteinen, die eine 
chemisch herausfordernde Gruppe von Alkoholen sind, und schon gar 
nicht für Nukleotide oder Nukleotidanaloga. 
Zu guter Letzt stützt sich die Auswahl der gemäss Darstellung der Beklag-
ten vom Fachmann ernsthaft in Betracht gezogenen Schutzgruppen aus 
der Vielzahl der in Greene/Wuts 1999 offenbarten Schutzgruppen auf Kri-
terien, die aus den in E. 44 genannten Gründen dem Ausgangsdokument 
WO 003 nicht entnommen werden können. 
Die Berücksichtigung des Buches Greene/Wuts 1999, obwohl dieses in 
ganz allgemeinem Zusammenhang mit Schutzgruppen in der EP 578 er-
wähnt wird (Abs. [0090]), gibt dem Fachmann daher keinen Hinweis auf 
geeignete Systeme zur Lösung der vorstehend genannten objektiven Auf-
gabe. 
46. 
Die Beklagte argumentiert weiter, die Azidomethyl-Schutzgruppe an der 3’-
OH-Stelle gemäss Anspruch sei naheliegend im Lichte der Publikation 
Zavgorodny et al. (1991), 1-Alkylthioalkylation of Nucleoside Hydroxyl 
Functions and Its Synthetic Applications: A New Versatile Method in Nu-
cleoside Chemistry, Tetrahedron Letters 1991, 7593- 7596 (D12 im Ein-
spruchsverfahren, in der Folge Zavgorodny et al. 1991). 


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Seite 70 
Zavgorodny et al. 1991 beschreibt die 1-Alkylthioalkylierung von Nukleo-
sid-Hydroxylfunktionen und synthetische Anwendungen davon. Unter an-
derem wird beschrieben, wie ein Nukleosid an der 3’-OH Stelle ausgehend 
von der 1-Alkylthioalkyl-Form über ein entsprechendes Halogenid in eine 
geschützte Form gebracht wird, wobei die Schutzgruppe X an der 3’-OH-
Stelle mit zwischengeschalteter Methylengruppe aus einer grossen 
Gruppe ausgewählt werden kann. In dieser Gruppe für X wird unter ande-
rem auch N3 erwähnt, und die entsprechende Alkylform mit dazwischen 
geschalteten Methylengruppe ist eine Azidomethylgruppe an der 3’-OH-
Position als Schutzgruppe. Die Komponenten werden als nützliche spezi-
fisch geschützte Synthons beschrieben, und die Entfernung der entspre-
chenden Schutzgruppen X wird ebenfalls kurz angesprochen. So auch für 
die als von besonderem Interesse hervorgehobene Azidomethylgruppe als 
Schutzgruppe, dort wird gesagt, dass sie unter sehr spezifischen und mil-
den Bedingungen entfernt werden kann, namentlich mit Triphenylphosphin 
in wässrigem Pyridin bei 20 °C. 
Beim in der WO 003 beschriebenen und den Ausgangspunkt bildenden 
Verfahren beziehungsweise den dort beschriebenen Systemen geht es um 
Nukleotide. Nukleotide unterscheiden sich von Nukleosiden dadurch, dass 
erstere an der 5’-OH-Stelle eine Phosphat-, Diphosphat- oder Triphosphat-
gruppe aufweisen. Nukleotide sind mit anderen Worten Nukleosid-Mono-, 
Di-, resp. Triphosphate. Von besonderer Bedeutung sind die Triphosphate, 
weil sie das typische Substrat für die in der SBS verwendeten Polymerasen 
sind. 
Damit betrifft das Dokument Zavgorodny et al. 1991 zwar nicht genau das 
gleiche Gebiet wie die WO 003, aber zumindest ein benachbartes Gebiet 
und würde vom Fachmann bei der Suche nach einer Lösung der objektiven 
Aufgabe, ein verbessertes Nukleotidmolekül mit einer Schutzgruppe an der 
3’-OH-Stelle, die kompatibel mit dem SBS-Verfahren ist und insbesondere 
nicht zur Denaturierung der DNA führt, wenn die Schutzgruppe entfernt 
wird, berücksichtigt. 
Zavgorodny et al. 1991 beschreibt mehrere mögliche Schutzgruppen für 
Nukleoside. Entscheidend, ist ob der Fachmann spezifisch die Azidome-
thylgruppe als Schutzgruppe ernsthaft für Zwecke der Verwendung in ei-
nem Verfahren gemäss der WO 003 in Betracht gezogen hätte (nicht nur 
könnte). 


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Seite 71 
 
Abbildung 11: Grafik aus Zavgorodny et al. 1991 (S. 7594) 
Konkret wird als Schutzgruppe «X» in Zavgorodny et al. 1991 eine Liste 
von 20 Möglichkeiten angegeben (s. die vorstehend eingeblendete Grafik 
auf S. 7594). Darunter findet sich neben N3 auch -OCH3, d.h. die Methoxy-
methyl-Gruppe aus der WO 003. Die ebenfalls aufgeführte Azidomethyl-
gruppe ist in dieser Liste auch nicht die einzige, die vom Fachmann als 
kleine Schutzgruppe erkannt wird, es gibt noch kleinere und weitere ver-
gleichbar grosse Schutzgruppen. 
Aus der Liste gemäss S. 7594 ergibt sich entsprechend kein Hinweis spe-
zifisch auf die Azidomethylgruppe, die den Fachmann veranlassen würde, 


O2020_011 
Seite 72 
gerade auf diese Schutzgruppe zurückzugreifen. Naheliegender wäre, in 
der Liste eine Bestätigung zu sehen, dass die Methoxymethyl-Gruppe ge-
eignet ist. Gegebenenfalls würde der Fachmann eine noch kleinere 
Schutzgruppe aus der Liste auszuwählen, wenn für ihn die «Kleinheit» der 
Schutzgruppe von derart zentraler Bedeutung ist, wie die Beklagte behaup-
tet. 
47. 
Nun findet sich in Zavgorodny et al. 1991, S. 7595 unten, die Bemerkung: 
«Azidomethyl group is of special interest since it can he removed under 
very specific and mild conditions, viz. with triphenylphosphine in aqueous 
pyridine at 20° C». Die Beklagte argumentiert, dass dieser Hinweis spezi-
fisch auf Azidomethyl den Fachmann veranlasst hätte, gerade diese 
Schutzgruppe unter den Bedingungen gemäss Ausgangsdokument 
WO 003 einzusetzen. 
Nach Überzeugung des Gerichts trifft dies nicht zu. Während Triphenylp-
hosphin in wässrigem Pyridin für die organische Synthese mild sein mag, 
hätte 
der 
Fachmann 
die 
Entschützungsbedingungen 
von 
Zavgorodny et al.1991 im Zusammenhang mit SBS, bei der die funktionelle 
makromolekulare Interaktion verschiedener Komponenten (Template- und 
Primer-DNA, Polymerase) nicht gestört werden darf, nicht ohne weiteres 
als mild betrachtet. Der Fachmann weiss, dass Pyridin ein starkes Dena-
turierungsmittel für Duplex-DNA ist, insbesondere bei den Konzentratio-
nen, die erforderlich sind, um eine Azidomethylgruppe mit Triphenylphos-
phin, das unlöslich in Wasser ist, zu entschützen. Der Begriff «aqueous 
pyridine» von Zavgorodny et al. 1991 bedeutet «wässeriges Pyridin»; Py-
ridin ist also die Hauptkomponente. Die tatsächlichen Mischungsverhält-
nisse offenbart Zavgorodny et al. 1991 nicht. Die Forderung der Anwesen-
heit von Wasser bei Zavgorodny et al. 1991 ist nach Ansicht des Gerichts 
nicht primär durch eine Funktion als Cosolvens für seine Reaktanden be-
dingt; seine Reaktanden 4 und 5 mit X = N3 (siehe vorne) und insbesondere 
das Triphenylphosphin wären auch in wasserfreiem Pyridin löslich gewe-
sen. Die Notwendigkeit von Wasser bei Zavgorodny et al. 1991 ist durch 
seine dem Fachmann bekannte Funktion als Coreagens in der Staudinger-
Reaktion zur Reduktion des Azids bedingt, vgl. dazu die Ausführungen der 
Beklagten selber im Zusammenhang mit Gololobov et al., Recent Advan-
ces in the Staudinger Reaction, Tetrahedron 2019, S. 1353-1406 (in der 
Folge Gololobov et al. 1992, S. 1376, Zeilen 2-9) und die dortige Reakti-
onsgleichung 53 (nachstehend abgebildet). 


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Seite 73 
 
Abbildung 12: Gololobov et al. 1992, S. 1376, Zeilen 2-9. 
Die Qualifikation von Gololobov at al. 1992 als allgemeines Fachwissen ist 
zwar bestritten, die Beklagte zeigt aber unter Bezugnahme auf die Stan-
dardlehrwerke Streitwieser et al., Organische Chemie, 2. Aufl. Weinheim 
1994 sowie Clayden et al., Organic Chemistry, Oxford 2001 überzeugend 
auf, dass die Staudinger-Reaktion und die Rolle von Wasser als Reagens 
zum Prioritätszeitpunkt zum allgemeinen Fachwissen zählte. 
Der Fachmann weiss somit, dass für die Staudinger-Reaktion eine stöchi-
ometrische Menge Wasser, bezogen auf das Azid, vorhanden sein muss, 
d.h. gleich viel Mol Wasser wie Mol Azidomethyl, aber auch nicht mehr. 
Der Fachmann wäre vermutlich in der Lage gewesen, den Anteil Pyridin in 
dem «wässerigen Pyridin» von Zavgorodny et al. 1991 so weit zu verrin-
gern, dass eine doppelsträngige DNA, die ein neu eingebautes azidhalti-
ges Nukleotid enthält, nicht denaturiert und gleichzeitig das zur Entfernung 
dieses Azids benötigte Triphenylphosphin nicht völlig unlöslich wird. Er 
hätte vermutlich auch die Mitverwendung von Salz in Betracht gezogen, 
was zum Anmelde/Prioritätstag eine fachübliche Massnahme zur Ermögli-
chung DNA-Strangpaarung, und damit zur Umkehr der Denaturierung, war. 
Er hätte dann aber nicht mehr davon ausgehen können, dass er immer 
noch die von Zavgorodny et al. 1991 angegebene Entfernung des Azids 
«under mild conditions» und «at ~20°» erreicht: Das ist eine Frage der Re-
aktionskinetik, die sowohl von der Konzentration des Reduktionsmittels 
Triphenylphosphin als auch von der Art des Lösungsmittels abhängt. Das 
Gericht ist der Auffassung, dass der Fachmann das Azidomethyl von 


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Seite 74 
Zavgorodny et al. 1991 aufgrund der geringen Grösse und der Abwesen-
heit von Ketogruppen als eine von mehreren möglichen 3'-Blockierungs-
gruppen für die SBS von WO 003 erkannt hätte, aber sofern er auch gleich-
zeitig die synthetische Zugänglichkeit von 3'-Azidomethylnucleotiden er-
kannt hätte (siehe unten). Das Gericht ist aber nicht der Auffassung, dass 
er erkannt hätte, dass Triphenylphosphin auch in einem Lösungsmittel, das 
gegenüber Zavgorodny et al. 1991 an Pyridin abgereichert (d.h. an Wasser 
angereichert) und eventuell an Salz angereichert ist (siehe vorne), immer 
noch genügend löslich und genügend kinetisch schnell sein könnte, um 
weiterhin die Azidgruppe «under mild conditions» und «at ~20°» zu entfer-
nen. 
Die Beklagte behauptet, dass WO 678 den Fachmann zur Verwendung von 
Pyridin (0,1 M Pyridin/Pyridinumchlorid-Puffer) anregen würde. Die Be-
klagte verweist auf eine beispielhafte Entschützungsreaktion mit einer an-
deren Schutzgruppe (2,4-Dinitrobenzolsulfenyl-Fluoreszenzblocker-Grup-
pen). Die WO 678 ist jedoch weder Teil des allgemeinen Fachwissens 
(vorne, E. 34), noch wurde dieses Dokument von der Beklagten als drittes 
zu kombinierendes Dokument eingeführt. Ausserdem sind die Bedingun-
gen in WO 678 nicht mit den Bedingungen vergleichbar, die erforderlich 
sind für die Entschützung einer Azidomethyl-Schutzgruppe wie in 
Zavgorodny et al. 1991 beschrieben. Triphenylphosphin ist in Wasser un-
löslich, und 0,1 M Pyridin würde nicht annähernd ausreichen, um eine Ent-
fernung der Schutzgruppe zu erreichen. 
Auch die weiteren Dokumente, die die Beklagte beizieht, helfen nicht wei-
ter. Zavgorodny et al., S,X-Acetals in Nucleoside Chemistry. III. Synthesis 
of 2' -and 3'-0-Azidomethyl Derivatives of Ribonucleosides, Nucleosides, 
Nucleotides and Nucleic Acids 2000, 1977-1991 (im Folgenden 
Zavgorodny et al. 2000), offenbart hinsichtlich der Entschützung durch 
Reduktion der Azidomethylgruppe nichts mehr als Zavgorodny et al. 1991. 
Gololobov et al. 1992 offenbart an der zitierten Stelle auf Seite 1376 mit 
bereits angesprochener Reaktionsgleichung (53) zunächst nur das Wesen 
der Staudinger-Reaktion, dass hierzu typischerweise Triphenylphosphin 
verwendet werden kann und dass eine stöchiometrische Menge Wasser, 
bezogen auf das Azid, erforderlich ist. Das ist nicht mehr als das, was der 
Fachmann mit seinem allgemeinen Fachwissen schon Zavgorodny et al. 
1991 oder 2000 entnehmen konnte. 


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Seite 75 
Die Beklagte bringt auch auf, dass Gololobov et al. 1992 die Art der Reste 
am Phosphin generisch offenlasse und damit dem Fachmann auch was-
serlösliche Reste und somit wasserlösliche Phosphine «readily apparent» 
wären. Gololobov et al. 1992 offenbart seine tatsächlich untersuchten 
Phosphine («2.1.1. Phosphorus(III) compounds»); es ist fraglich, inwieweit 
der Fachmann diese als wasserlöslich verstanden hätte. Nach Ansicht des 
Gerichts führt Gololobov et al. 1992 den Fachmann weder zu wasserlösli-
chen Resten am Phosphin oder wasserlösliche Phosphinen noch zu einer 
in haupsächlich oder gar völlig wässerigem Milieu durchgeführten Staudin-
ger-Reaktion hin. 
Polushin et al., Synthesis of Oligonucleotides Containing 2'-Azido- and 2'-
Amino-2'-deoxyuridine Using Phosphotriester Chemistry, Tetrahedron Let-
ters 1996, 3227-3230 (Polushin et al. 1996) offenbart das «more water 
soluble» Tris(2-carboxyethyl)phosphin-hydrochlorid (TCEP-HCl) als Re-
duktionsmittel zur Reduktion von Azid «in less than 10 min at room tempe-
rature». Polushin et al. 1996 behandeln aber gleich wie Kraevskii et al. 
1987 direkt an den Ribosering gebundenes Azid (also nicht Azidomethyl 
als Blockierungsgruppe für ein an den Ribosering gebundenes Hydroxy). 
Bei Kraevskii et al. 1987 bestätigt die Beklagte selber, dass die Eigenschaf-
ten von direkt an die Ribose gebundenem Azid «fundamentally differ from 
those of the azidomethyl group -CH2-N3 according to the patent» [also EP 
578] (Fussnote zu Klageantwort RZ 118). Der Entschützungserfolg von Po-
lushin et al. 1996 mit TCEP-HCl war demnach für den Fachmann nicht di-
rekt auf die Azidomethylgruppe von Zavgorodny et al. 1991 / Zavgorodny 
et al. 2000 extrapolierbar. 
Die Beklagte führt als Nachweis, dass eine Staudinger-Reaktion in rein 
wässerigem Milieu durchgeführt werden kann, auch Saxon und Bertozzi 
2000, Cell Surface Engineering by a Modified Staudinger Reaction 287, pp. 
2007-2010 an (Saxon/Bertozzi 2000). Dieses Argument wurde von der 
Klägerin in der Replik nicht kommentiert. Der Unterschied zwischen Sa-
xon/Bertozzi 2000 und Polushin et al. 1996 ist, dass Saxon/Bertozzi 2000 
in WO 003 im Kontext der Verknüpfung der DNA mit einer festen Oberflä-
che mittels Azid-Phosphin-Reaktion zitiert wird, während Polushin et al. 
1996 eine unabhängig aufzufindende Drittreferenz ist. 
Saxon/Bertozzi 2000 offenbart ein wasserlösliches Triphenylphosphin 5, 
das in nur 15% Gesamtausbeute (57% x 69% x 37%) aus 3-Amino-4-car-
boxymethylbenzoesäure hergestellt wird. Es enthält an einem der drei Phe-


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Seite 76 
nylene eine ortho-Carboxymethylgruppe, die bewirkt, dass das Triphenylp-
hosphin 5 die Azidgruppe nicht mittels Staudinger-Reaktion bis zum freien 
Amin reduziert; das intermediäre Iminophosphoran reagiert stattdessen mit 
der ortho-Carboxymethylgruppe zu einer Carboxamidgruppe, was die 
kovalente Verknüpfung an die Zelloberfläche ermöglicht (siehe Fig. 3B und 
Legende zu Fig. 5). Das Azid von Saxon/Bertozzi 2000 hat die Struktur -
NH-CO-CH2-N3, währenddem Azidomethyl als Blockierungsgruppe für das 
Ribose-3'-Hydoxy gemäss Zavgorodny et al. 1991 die Struktur -O-CH2-N3 
hat. Die Beklagte hat nicht dargelegt, inwiefern der Fachmann dieses um-
ständlich herzustellende Triphenylphosphin 5 von Saxon/Bertozzi 2000, 
das nicht zur Reduktion von Azid zu Amino offenbart ist und an einem an-
deren Typ von Azid eingesetzt wird, für die Zwecke von Zavgorodny et al. 
1991/2000 in Betracht gezogen hätte, und es erscheint dem Gericht auch 
nicht wahrscheinlich, dass er das getan hätte. 
Andererseits erwähnt Saxon/Bertozzi 2000 TCEP (analog zu Polushin et 
al. 1996, siehe vorstehend), aber nur als Reduktionsmittel für Disulfid, nicht 
für Azid oder gar Azidomethyl (Seite 2009, linke Spalte mitte). Nach Ansicht 
des Gerichts hat der Verweis von WO 003 auf Saxon/Bertozzi 2000 also 
keine zusätzliche Relevanz im Hinblick der Beurteilung der erfinderischen 
Tätigkeit gegenüber der Kombination von WO 003 mit Zavgorodny et al. 
1991 oder 2000. 
Zavgorodny et al. 1991 und 2000 offenbaren nur die Einführung von Azido-
methyl auf der Stufe des Nukleosids. Eine synthetische Methodologie zur 
direkten Einführung von Azidomethyl in ein Nukleotid ist nicht aktenkundig. 
Die Beklagte bestätigt, dass es bevorzugt ist, erst das 3'-Azidomethyl in ein 
Nucleosid einzuführen und erst danach die Phosphatgruppen zur Bildung 
des Nukleotids einzuführen. Die Position der Beklagten in der Klageantwort 
RZ 237 ist, dass “nucleotides are nothing other than nucleoside derivatives 
that are modified with phosphate groups at the 5'-position». Nach der Po-
sition der Beklagten hätte der Fachmann also vorhergesehen, dass die ge-
mäss Zavgorodny et al. 1991 und 2000 mit Azidomethyl 3'-modifizierten 
Nukleoside anschliessend zu den entsprechenden Nukleotiden, insbeson-
dere Nukleosid-5'-Triphosphaten, umgewandelt werden können, ohne 
dass dabei die 3'-Azidomethyl-Gruppe in Mitleidenschaft gezogen wird. Ein 
entsprechender Nachweis ist nicht aktenkundig und die Position der Be-
klagten erscheint rückschauend. 


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Seite 77 
48. 
Die Beklagte legt mit der Duplik tein Protokoll der Befragung von Dr. John 
Milton vom 15. Januar 2021 aus einem Patentverletzungsverfahren vor 
dem US District Court for the Northern District of California ins Recht. Das 
Protokoll der Befragung unterliegt einer «protective order» des US District 
Courts und ist nur für die an diesem Verfahren beteiligten Parteivertreter 
und Gerichtspersonen einsehbar. Im Wesentlichen, dies kann ohne Verlet-
zung von Vertraulichkeitsbestimmungen gesagt werden, macht Dr. Milton, 
einer der Erfinder der EP 578, die Aussage, dass die Verwendung von 
Azidomethyl als Schutzgruppe in einem SBS-Verfahren naheliegend sei. 
Dasselbe bestätigen die weiteren Miterfinder Xiaohai Liu, Colin Barnes und 
Joseph S. Brennan. 
49. 
Ob eine Erfindung auf erfinderischer Tätigkeit beruht, beurteilt sich danach, 
ob sie für den fiktiven Fachmann, eine hypothetische Rechtsfigur, im An-
melde- oder Prioritätszeitpunkt naheliegend war (vgl. Art. 1 Abs. 2 PatG/ 
Art. 56 EPÜ). Der fiktive Fachmann weiss zwar sehr viel – ihm ist der ge-
samte Stand der Technik zugänglich – aber er ist geradezu erschreckend 
phantasielos.42 Das Bundesgericht formuliert, die erfinderische Tätigkeit 
sei an den Fähigkeiten eines Konstrukteurs, nicht an jenen eines Erfinders 
zu messen.43 Die Lehre betont, die Fähigkeiten des fiktiven Fachmanns 
dürften nicht mit demjenigen überdurchschnittlich qualifizierter Fachperso-
nen gleichgesetzt werden, wie es Gerichtsgutachter häufig seien.44 
Daraus, dass die Befragungen der Miterfinder der Lehre gemäss Klagepa-
tent EP 578 der Position der Klägerin widersprechen und die Relevanz des 
eingebrachten Standes der Technik und die daraus gezogenen Schlüsse 
bestätigen, kann daher nicht geschlossen werden, dass diese Lehre für 
den fiktiven Fachmann naheliegend ist. Dies deckt sich mit der Auffassung 
des High Court of Justice of England and Wales in einem Urteil vom 20. Ja-
nuar 2021 ([2021] EWHC 57 (Pat), RZ 214 f.) zu den Aussagen von Dr. Liu 
(«I [sc. der Richter] will not place any weight on this deposition, because 
Dr. Liu is one of the inventors. It is unlikely that he represents the notional 
skilled person armed only with general technical knowledge.»). 
 
42 SHK PatG-SCHWEIZER/ZECH, Art. 1 N 44. 
43 BGE 120 II 71 E. 2 – «Wegwerfwindel». 
44 KÄMPF, Die schutzfähige Erfindung gemäss Art. 1 Abs. 2 PatG und ihre 
Beurteilung im amtlichen Vorprüfungsverfahren insbesondere durch die 
Beschwerdekammern, SMI 1984, S. 23 ff., 29; GRASSI, Der Fachmann im 
Patentrecht, sic! 1999, S. 547 ff., 530. 


O2020_011 
Seite 78 
50. 
Damit der beruht der Gegenstand des geltend gemachten unabhängigen 
Anspruchs 1 von EP 578 auf erfinderischer Tätigkeit. Andere Nichtigkeits-
gründe werden von der Beklagten nicht geltend gemacht. 
Dies deckt sich mit der Beurteilung der Einspruchsabteilung in der Ent-
scheidung vom 9. Dezember 2015, jener des Landgerichts Düsseldorf vom 
3. November 2020 (Aktenzeichen 4a O 31/19) und des High Court of Jus-
tice of England and Wales in seinem Urteil vom 20. Januar 2021 ([2021] 
EWHC 57 (Pat)). Das Landgericht Düsseldorf ist zwar nicht mit technischen 
Richtern besetzt und zur Prüfung der Rechtsbeständigkeit eigentlich nicht 
zuständig. Jedoch befasst sich das Urteil im Rahmen der Prüfung, ob das 
Verletzungsverfahren wegen des parallelen Nichtigkeitsverfahrens ausge-
setzt werden muss, vertieft mit der Rechtsbeständigkeit des deutschen 
Teils von EP 1 530 578 B1 und kommt im Wesentlichen auf Basis der glei-
chen Dokumente und Argumente wie in diesem Verfahren zum Schluss, 
dass der Gegenstand von EP 1 530 578 B1 auf erfinderischer Tätigkeit 
beruhe. 
Rechtsbeständigkeit von Klagepatent EP 1 828 412 B2 
51. 
EP 412 betrifft ein Verfahren für die DNA-Sequenzierung mit einem beson-
deren Additiv (Abs. [0001]), insbesondere zur Verwendung in einem Se-
quencing-by-Synthesis-Verfahren mit Fluoreszenzdetektion (Abs. [0002]-
[0003]). Der Zusatz eines Antioxidans im Puffer während des Detektions-
schritts soll den Signalverlust verhindern, der ansonsten über aufeinander-
folgende Zyklen der Nukleotidinkorporation auftritt und ermöglichen, mehr 
Sequenzierungszyklen unter Verwendung der gleichen Template-DNA 
durchzuführen (Abs. [0013]). 
Der geltend gemachte unabhängige Anspruch 1 der EP 412 lautet in der 
Merkmalsgliederung der Klägerin, die von der Beklagten akzeptiert wird: 
1. A method of sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid 
comprising repeating the steps of: 
1.1 (a) incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a 
strand of nucleic acid complementary to said template nucleic acid; and 
1.2 (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucleo-
tide(s), 


O2020_011 
Seite 79 
1.2.1 wherein the steps of determining the identity of the incorporated 
nucleotide(s) is carried out in a buffer which comprises ascorbic 
acid, or a salt thereof. 
Massgeblicher Fachmann 
52. 
In der Klageantwort umschreibt die Beklagte den Fachmann als Biochemi-
ker (oder Chemiker mit Spezialisierung auf Biochemie) mit Hochschulab-
schluss und mehrjähriger praktischer Erfahrung in der biochemischen In-
dustrie. Während seines Studiums hat er regelmässig eigene praktische 
Erfahrungen mit den klassischen Sequenzierungsmethoden. Er kennt auch 
die neueren Methoden und verfügt auch über solide chemische Kenntnisse 
hinsichtlich der Bereitstellung der entsprechenden Grundbausteine, wie 
Nukleotide und Nukleoside. Der Fachmann kennt als Teil seines Hinter-
grundwissens auch die mit der Sequenzierung verbundene Chemie, z. B. 
die Farbstoff- und Radikalchemie, insbesondere das Phänomen des Pho-
tobleichens und Massnahmen zu dessen Verhinderung. Die Klägerin 
stimmt dieser Umschreibung zu; da sie nicht grundsätzlich unangemessen 
erscheint, wird der Beurteilung der EP 412 diese Definition des Fachmanns 
zugrunde gelegt. 
Zulässigkeit von Änderungen (Art. 123 (2) EPÜ) 
53. 
Nach Art. 26 Abs. 1 lit. c PatG stellt das Gericht auf Klage hin die Nichtigkeit 
des Patents fest, wenn der Gegenstand des Patents über den Inhalt des 
Patentgesuchs in der für das Anmeldedatum massgebenden Fassung hin-
ausgeht. Damit wurde der Nichtigkeitsgrund gemäss Art. 138 Abs. 1 lit. c 
EPÜ 2000 in das nationale Recht überführt.45 
Diese beiden Bestimmungen knüpfen ihrerseits – soweit es um das euro-
päische Erteilungsverfahren geht – an Art. 123 (2) EPÜ an, wo die Zuläs-
sigkeit von Änderungen im Anmeldeverfahren eingeschränkt wird. Demge-
mäss dürfen die europäische Patentanmeldung und das europäische Pa-
tent nicht in der Weise geändert werden, dass ihr Gegenstand über den 
Inhalt der Anmeldung in der ursprünglich eingereichten Fassung hinaus-
geht (vgl. auch Art. 58 Abs. 2 PatG). Mit dieser Regelung soll ausgeschlos-
sen werden, dass der Patentinhaber seine Position verbessert, indem er 
 
45 BGE 146 III 177 E. 2.1.1. 


O2020_011 
Seite 80 
für Gegenstände Schutz beansprucht, die in der ursprünglichen Anmel-
dung nicht offenbart worden sind. Dem Anmelder soll es verwehrt sein, 
nachträgliche Änderungen oder Weiterentwicklungen in das Anmeldever-
fahren einzubringen und damit ein Schutzrecht zu erlangen, das am Stand 
der Technik zur Zeit der Anmeldung gemessen wird. Auch wird darauf hin-
gewiesen, dass dieses Änderungsverbot im Dienst der Rechtssicherheit 
stehe: Die Öffentlichkeit soll nicht durch Patentansprüche überrascht wer-
den, die aufgrund der ursprünglich eingereichten Fassung nicht zu erwar-
ten waren.46 
Dabei ist unter dem «Gegenstand des Patents» nicht der «Schutzbereich» 
nach Art. 69 EPÜ zu verstehen, wie er durch die Patentansprüche bestimmt 
wird. Vielmehr geht es um den «Gegenstand» im Sinne von Art. 123 (2) 
EPÜ, also einschliesslich der gesamten Offenbarung in der Beschreibung 
und in den Zeichnungen. Gemäss der Rechtsprechung der Beschwerde-
kammern des Europäischen Patentamts (EPA) erlaubt diese Bestimmung 
eine Änderung nach der Anmeldung nur im Rahmen dessen, was der Fach-
mann der Gesamtheit der Anmeldeunterlagen in ihrer ursprünglich einge-
reichten Fassung unter Heranziehung des allgemeinen Fachwissens – ob-
jektiv und bezogen auf den Anmeldetag – unmittelbar und eindeutig ent-
nehmen kann. Dieser Prüfmassstab wird als «Goldstandard» bezeichnet.47 
Das unzulässige Hinausgehen über den Offenbarungsgehalt kann sowohl 
im Hinzufügen als auch im Weglassen von Informationen bestehen.48 Nach 
der ständigen Rechtsprechung der Beschwerdekammern des EPA ist es 
nicht zulässig, bei der Änderung eines Anspruchs ein isoliertes Merkmal 
aus einer Reihe von Merkmalen herauszugreifen, die ursprünglich nur in 
Kombination miteinander (z.B. in einer bestimmten Ausführungsform in der 
Beschreibung) offenbart wurden. Eine derartige Änderung stellt eine so ge-
nannte Zwischenverallgemeinerung dar, indem sie zwar den beanspruch-
ten Gegenstand an sich weiter einschränkt, aber dennoch auf eine nicht 
offenbarte Kombination von Merkmalen gerichtet ist, die breiter ist als der 
ursprünglich offenbarte Kontext.49 
Eine solche Zwischenverallgemeinerung ist nur zu rechtfertigen, wenn kei-
nerlei eindeutig erkennbare funktionale oder strukturelle Verbindung zwi-
 
46 BGE 146 III 177 E. 2.1.1 und 2.1.2. 
47 BGE 146 III 177 E. 2.1.3 mit Hinweisen. 
48 BGE 146 III 177 E. 2.1.3. 
49 BGer, Urteil 4A_490/2020 vom 25. Mai 2021, E. 7.1.2, unter Hinweis auf 
T 219/09 vom 27. September 2010 E. 3.1. 


O2020_011 
Seite 81 
schen den Merkmalen der spezifischen Kombination besteht bzw. das her-
ausgegriffene Merkmal nicht untrennbar mit diesen Merkmalen verknüpft 
ist.50 Sie ist mithin nur zulässig, wenn der Fachmann aus der Anmeldung 
in der ursprünglich eingereichten Fassung zweifelsfrei erkennen kann, 
dass das herausgegriffene Merkmal keinen engen Zusammenhang mit den 
übrigen Merkmalen des Ausführungsbeispiels aufweist, sondern sich un-
mittelbar und eindeutig auf den allgemeineren Kontext bezieht.51 
Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 1 
54. 
Der ursprünglich eingereichte Anspruch 1 lautete wie folgt (WO 
2006/064199 A1): 
1. A method of detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached to a 
polynucleotide molecule, wherein the method includes a detection step, which 
requires repeated or prolonged exposure to intense illumination, and wherein 
detection of the fluorescent moiety is carried out in a buffer which comprises 
one or more antioxidants. 
Der Anspruch wurde wie folgt geändert: 
1. A method of detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached to a polynu-
cleotide molecule, wherein the method includes a detection step which requires re-
peated or prolonged exposure to intense illumination, and sequencing at least two nu-
cleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of: 
(a) incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of nucleic 
acid complementary to said template nucleic acid; and 
(b) determining the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s), wherein 
detection of the fluorescent moiety the steps of determining the identity of the incorpo-
rated nucleotide(s) is carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants 
which comprises ascorbic acid, or a salt thereof. 
Die Beklagte macht im Kern geltend, dass es nicht zulässig sei, das Merk-
mal «fluorescent moiety incorporated in or attached to a polynucleotide 
 
50 BGer, Urteil 4A_490/2020 vom 25. Mai 2021, E. 7.1, unter Hinweis auf 
T 2489/13 vom 18. April 2018 E. 2.3; T 1944/10 vom 14. März 2014 E. 3.2; 
T 219/09 vom 27. September 2010 E. 3.1. 
51 BGer, Urteil 4A_490/2020 vom 25. Mai 2021, E. 7.1, unter Hinweis auf 
T 2489/13 vom 18. April 2018 E. 2.3; T 2185/10 vom 21. Oktober 2014 E. 4.3; 
T 962/98 vom 15. Januar 2004 E. 2.5. 


O2020_011 
Seite 82 
molecule» wegzulassen, dass es nicht zulässig sei, das Merkmal «detec-
tion step which requires repeated or prolonged exposure to intense illumi-
nation» wegzulassen, und dass es keine Basis gebe für das Merkmal 
«comprising repeating the steps of». 
Die Klägerin argumentiert dagegen, indem sie sich insbesondere auf 
S. 4:5-15 der ursprünglich eingereichten Unterlagen stützt, sowie für die 
Wiederholung der Schritte auf das allgemeine Prinzip des SBS und dazu 
insbesondere auf S. 2:14-19 sowie S. 8:27-S. 9:3 der ursprünglich einge-
reichten Unterlagen. 
55. 
Die angerufene Textstelle auf S. 4:5-15 der ursprünglichen Anmeldung 
WO 2006/064199 A1 lautet wie folgt: 
Preferably the method is a sequencing reaction, particularly a sequencing-by-
synthesis reaction. In particular the method of invention is of particular utility in 
a method of sequencing a template nucleic acid comprising incorporating one 
or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of nucleic acid comple-
mentary to said template nucleic acid and determining the identity of the base 
present in one or more of the incorporated nucleotide(s), wherein the step of 
determining the identity of the base present in the incorporated nucleotide(s) is 
carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants. 
Hier wird im Wesentlichen der Gegenstand von Anspruch 1 in der jetzigen 
Fassung offenbart. 
Etwas davor, auf S. 3:12-18 WO 2006/064199 A1, wird unmittelbar unter 
dem Titel «Beschreibung der Erfindung» ein «erster Aspekt» der Erfindung 
beschrieben: 
In a first aspect the invention provides a method of detecting a fluorescent moi-
ety incorporated in or attached to a polynucleotide molecule, wherein the 
method includes a detection step which requires repeated or prolonged expo-
sure to intense illumination, and wherein detection of the fluorescent moiety is 
carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants. 
Dies entspricht im Wesentlichen dem Gegenstand von Anspruch 1 wie ur-
sprünglich eingereicht. 
Nach Überzeugung des Gerichts versteht ein Fachmann die Offenbarung 
auf S. 4:5-15 nicht so, dass es sich dabei um eine eingeschränkte Fassung 


O2020_011 
Seite 83 
dieser allgemeinen Formulierung handelt. Darauf deutet zwar die Verwen-
dung des bestimmten Artikels «preferably the method […]» hin. Aber die 
Wiederholung, dass der Detektionsschritt in einer Pufferlösung ausgeführt 
wird, die ein oder mehrere Antioxidantien enthält, ergibt nur Sinn, wenn der 
Abschnitt auf S. 4:5-15 eine eigenständige Ausführungsform der Erfindung 
beschreibt. Würde es sich bloss um eine spezifischere Form des bereits 
auf S. 3:12-18 offenbarten «ersten Aspekts» der Erfindung handeln, 
bräuchte die Zugabe des Antioxidans nicht erneut betont zu werden, denn 
diese findet sich bereits beim «ersten Aspekt» der Erfindung. Die Offenba-
rung auf S. 4:5-15 der ursprünglichen Anmeldung WO 2006/064199 A1 
umschreibt daher eine eigenständige Ausführungsform der Erfindung, die 
nicht notwendigerweise alle Merkmale des auf S. 3:12-18 beschriebenen 
ersten Aspekts der Erfindung umfassen muss. Das Bundesgericht hat die-
ses Verständnis in seinem Urteil vom 27. Juni 2022 ausdrücklich bestä-
tigt.52 
Das Merkmal «detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached 
to a polynucleotide molecule» wurde entsprechend nicht weggelassen, 
sondern ersetzt durch die zulässig als Verfahrensschritt formulierte Formu-
lierung «incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a 
strand of nucleic acid complementary to said template nucleic acid», die 
sich auf Seite 4:5-15 findet. 
Die ursprünglich eingereichte Anmeldung beschlägt zur Hauptsache ein 
SBS-Sequenzierungsverfahren (S.4:16-19). Der Fachmann weiss, dass 
SBS-Verfahren gekennzeichnet sind durch «aufeinanderfolgende Zyklen 
der Inkorporation und Detektion», d.h. «Nukleotide [die] nacheinander ein-
gebaut und in der Sequenzierungsreaktion identifiziert werden»; so offen-
bart auf S.1:14-19 und S. 8: 27-S. 9:3 der ursprünglichen Anmeldung 
WO 2006/064199 A1. Der Fachmann, der gemäss E. 32 Erfahrung in klas-
sischen Sequenzierungsverfahren und Kenntnis neuerer Sequenzierungs-
verfahren hat, versteht, dass sich ein Sequenzierungsverfahren «umfas-
send die Wiederholung der Schritte (a) und (b)» im Sinne des erteilten An-
spruchs 1 auf die aufeinanderfolgenden Zyklen – d. h. die Wiederholung – 
des Einbaus und des Nachweises fluoreszenzmarkierter Nukleotide in ei-
nem SBS-Verfahren bezieht. Damit ist das Merkmal «repeating the steps 
of (a) … and (b) …» in der ursprünglichen Anmeldung unmittelbar und ein-
deutig offenbart. 
 
52 BGer, Urteil 4A_11/2022 vom 27. Juni 2022, E. 4.2.2 – «Sequence-by-
Synthesis». 


O2020_011 
Seite 84 
Die weitere Behauptung der Beklagten, dass der Anspruch durch die Weg-
lassung des Merkmals «including a detection step which requires repeated 
or prolonged exposure to intense illumination» unzulässig geändert wurde, 
trifft ebenfalls nicht zu. 
Wie bereits erläutert beschlägt die Erfindung die Verbesserung bekannter 
SBS-Sequenzierungsverfahren. Entsprechend versteht der Fachmann, 
wenn er den erteilten Anspruch 1 liest, dass die Bestimmung der in Schritt 
(a) eingebauten fluoreszenzmarkierten Nukleotide in Schritt (b) auf der Flu-
oreszenzmarkierung des eingebauten Nukleotids und deren Detektion be-
ruht. Er weiss, dass der Nachweis der Fluoreszenzmarkierung eine Be-
leuchtung erfordert. Diese muss intensiv genug sein, um die Identifikation 
zu ermöglichen. Nichts anderes verlangt auch das im ursprünglichen An-
spruch enthaltene Merkmal der «repeated […] exposure to intense illuma-
tion». Mangels Definition, was «intense» sowie «repeated or prolonged» 
i.S.d. Anspruchs bedeutet, kann darunter funktional nur eine Beleuchtung 
verstanden werden, die ausreichend intensiv und anhaltend oder wieder-
holt ist, um ihren Zweck – die Bestimmung der fluoreszenzmarkierten Nuk-
leotide zu ermöglichen – zu erfüllen. Dies liest der Fachmann aus den ge-
nannten Gründen implizit im erteilten Anspruch mit. 
Die Bemerkung der Beklagten, dass der Anspruch nicht auf Bestimmung 
durch Beleuchtung beschränkt ist geht fehl, da der Anspruch die Verwen-
dung fluoreszenzmarkierter Nukleotide verlangt. Patentansprüche sind ge-
mäss Rechtsprechung des Bundespatentgerichts53 nach den Grundsätzen 
von Treu und Glauben,54 d.h. der Bereitschaft, den Anspruch zu verstehen 
und ihm einen vernünftigen technischen Sinn zu geben, zu lesen.55 Dabei 
ist grundsätzlich vom Patentanspruch als Ganzes auszugehen. Die fluo-
reszenzmarkierten Nukleotide werden für den Fachmann erkennbar einge-
setzt, um die damit markierten Nukleotide zu bestimmen, und dies ge-
schieht durch Beleuchtung. Der Fachmann würde daher keine anderen 
Methoden in Betracht ziehen, um die fluoreszierend markierten Nukleoti-
den zu bestimmen. 
 
53 BPatGer, Urteil O2020_001 vom 9. Juni 2021, E. 24 – «Injektionspen». 
54 BGE 107 II 366 E. 2 – «Liegemöbel-Gestell». 
55 Die ständige Rechtsprechung der Beschwerdekammern des EPA, verwendet 
den Ausdruck «with a mind willing to understand», z.B. T 190/99 vom 6. März 
2001, E. 2.4: «He [the skilled person] should try […] to arrive at an interpretation 
of the claim which is technically sensible and takes into account the whole 
disclosure of the patent (Article 69 EPC). The patent must be construed by a mind 
willing to understand not a mind desirous of misunderstanding.» 


O2020_011 
Seite 85 
Anspruch 1 wurde entsprechend nicht unzulässig geändert. Diese Beurtei-
lung deckt sich mit derjenigen des Bundesgerichts.56 
Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 15 
56. 
Anspruch 15 bezieht sich auf einen «Kit», der unter anderem ein fluores-
zenzmarkiertes Nukleotid enthält, wobei das Fluoreszenzlabel durch einen 
abtrennbaren Verbinder («cleavable linker») mit dem Nukleotid verbunden 
ist. Die Beklagte behauptet, für den allgemeinen Begriff des «cleavable lin-
kers» gebe es keine Offenbarung in der ursprünglichen Anmeldung. Die 
von der Einspruchsabteilung herangezogene Textstelle auf S. 7:3-12 von 
WO 2006/064199 A1 nenne nur spezifische Beispiele von derartigen Lin-
kern. Die Verallgemeinerung auf einen generischen «cleavable linker» 
könne darauf nicht gestützt werden. 
Ein SBS-Verfahren nach der Offenbarung der WO 2006/064199 A1 kann, 
das ist dem Fachmann bekannt, nur sinnvoll durchgeführt werden, wenn 
der Linker für das Fluoreszenzlabel so angebunden ist, dass es jeweils 
nach der Detektion entfernt werden kann. Wenn entsprechend im Zusam-
menhang mit einem SBS-Verfahren wie beispielsweise auf Seite 4:5-15 
von einem «fluorescently labelled nucleotide» die Rede ist, dann versteht 
der Fachmann das so, dass das Fluoreszenzlabel mit einem «cleavable 
linker» am Nukleotid befestigt sein muss. Die ursprüngliche Anmeldung 
verwendet dazu den Begriff «geeigneter Linker» (S. 7:4). Im Gesamtzu-
sammenhang der ursprünglichen Anmeldung ist für den Fachmann daher 
unmittelbar und eindeutig offenbart, dass es sich bei den «geeigneten Lin-
kern» um spaltbare (abtrennbare) Linker handeln muss, ohne dass diese 
auf die spezifischen Beispiele eingeschränkt sind. 
Anspruch 15 wurde entsprechend auch nicht unzulässig geändert. 
Neuheit 
57. 
Eine Erfindung muss neu gegenüber dem gesamten Stand der Technik 
sein (Art. 1 Abs. 1, Art. 7 Abs. 1 PatG). Den Stand der Technik bildet alles, 
was vor dem Anmelde- oder dem Prioritätsdatum der Öffentlichkeit durch 
 
56 BGer, Urteil 4A_11/2022 vom 27. Juni 2022, E. 4.2.2 – «sequence-by-
synthesis». 


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Seite 86 
schriftliche oder mündliche Beschreibung, durch Benützung oder in sons-
tiger Weise zugänglich gemacht worden ist (Art. 7 Abs. 2 PatG). 
Eine Erfindung ist nur dann nicht neu, wenn sämtliche Merkmale der Erfin-
dung vor dem massgeblichen Datum in einer einzigen Entgegenhaltung 
offenbart wurden.57 
Der Offenbarungsgehalt einer Entgegenhaltung ist aus Sicht des massge-
blichen Fachmanns zu bestimmen. Dabei ist auf die Kenntnisse und Fä-
higkeiten des Fachmanns am massgeblichen Datum (Anmelde- oder Prio-
ritätstag) der zu prüfenden Erfindung abzustellen.58 
58. 
Die Beklagte behauptet, die Erfindung gemäss Anspruch 1 sei durch die 
Patentschrift US 6,355,420 B1 (in der Folge US 420) neuheitsschädlich 
vorweggenommen. In dem in US 420 beschriebenen Verfahren gehe es 
ebenfalls um ein Verfahren zur Sequenzierung von DNA (Verweis auf 
Spalte 6:28-38), wobei die beschriebene Technik darauf beruhe, dass je-
des einzelne Nukleotid in der DNA zusammen mit seiner Position auf dem 
Strang individuell untersucht werden könne (Verweis auf Spalte 6:46-63). 
Das im Zusammenhang mit Figur 8A stehende Beispiel wird erläutert, bei 
dem ein DNA Strang durch einen Nanokanal geführt wird, wobei der DNA-
Strang beziehungsweise die einzelnen Einheiten jeweils mit einem Akzep-
torfluorophor (100) markiert sind, und sukzessive durch diesen Kanal ver-
schoben werden. An einer bestimmten Position dieses Nanokanals sind 
Donorfluorophore (96) stationär positioniert, die fähig sind, messbar mit 
den Akzeptorfluorophoren über Förster-resonance-energy transfer (FRET) 
in Wechselwirkung zu treten. Diese Energieübertragung findet nur statt, 
wenn der energetisch aufgeladene Donor und der Akzeptor in unmittelba-
rer räumliche Nähe kommen. Wenn dies der Fall ist, wird strahlungslos 
über Dipol-Dipol-Wechselwirkungen Energie übertragen und der Akzeptor 
angeregt, worauf dieser Fluoreszenz zeigt. 
 
57 BGE 133 III 229 E. 4.1 – «kristalline Citaloprambase»; BPatGer, Urteil 
O2016_001 vom 4. Juli 2019, E. 30 – «matière à injection céramique». 
58 BGE 144 III 337 E. 2.2.2 – «Fulvestrant II». 


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Seite 87 
 
Abbildung 13: Fig. 8A und 8B aus US 420 
Anspruch 1 sei nicht auf die abwechselnde Wiederholung der Schritte (a) 
und (b) beschränkt (also (a1)(b1)(a2)(b2)…) sondern erfasse auch die Wie-
derholung von Schritt (a) und anschliessende Wiederholung von Schritt (b) 
(also (a1)(a2)(a3)… (b1)(b2)(b3)…). Genau dies offenbare US 420. 
Die Klägerin führt dagegen aus, dass es in der US 420 darum gehe, voll-
ständig synthetisierte DNA mit gelabelten Nukleotiden durch einen Nano-
kanal zu ziehen und die gelabelten Nukleotide selektiv einzeln auszulesen. 
Es fehle entsprechend an der anspruchsgemässen abwechselnden Wie-
derholung der Schritte von (a) Inkorporation von fluoreszenzmarkierten 
Nukleotiden und (b) Detektion der Identität dieser fluoreszenzmarkierten 
Nukleotide. 
59. 
Die natürliche Lesart des Anspruchswortlauts «repeating the steps of: (a) 
… ; and (b) …» ist, dass die Schritte (a) und (b) nacheinander durchgeführt 
und dann wiederholt werden, d.h. die Sequenz (a1)(b1)(a2)(b2)… (vgl. vorne 
E. 55). Wäre die von der Beklagten angeführte Wiederholung zuerst des 
Schrittes (a) und dann des Schrittes (b) beabsichtigt, müsste es heissen 
«repeating the steps of: (a) … ; and then (b) …». 
Zuzugestehen ist, dass die von der Beklagten vertretene Lesart des An-
spruchs durch seinen Wortlaut nicht geradezu ausgeschlossen ist. Auch 
wenn es nicht die natürliche Lesart ist, liesse sie sich grundsätzlich mit dem 
Anspruchswortlaut vereinbaren. Patentansprüche sind aber nach Treu und 
Glauben und mit dem Bestreben, ihnen einen vernünftigen Sinn zu geben, 
zu lesen (vorne E. 55). Im Gesamtzusammenhang der Offenbarung des 
Klagepatents EP 412, das auf eine Verbesserung des SBS-Verfahrens ge-
richtet ist, kann der Anspruch nur dahingehend verstanden werden, dass 


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Seite 88 
zuerst ein einzelner Inkorporationsschritt (a) und anschliessend ein einzel-
ner Detektionsschritt (b) durchgeführt werden. Würden in einem SBS-Ver-
fahren, wie es in EP 412 beschrieben ist, zuerst mehrere Inkorporations-
schritte ausgeführt, könnte im anschliessenden Detektionsschritt das Flu-
oreszenzleuchten nicht mehr einem bestimmten Nukleotid zugeordnet wer-
den. Dazu ist eine Methode des selektiven Auslesens notwendig, wie sie 
US 420 offenbart. In EP 412 fehlt jedoch jeglicher Hinweis auf eine derar-
tige Methode, sie wird nicht einmal in Betracht gezogen. Für den Fach-
mann ist daher eindeutig, dass der Anspruch 1 auf eine abwechselnde Wie-
derholung der Schritte (a) und (b) gerichtet und auch darauf beschränkt ist. 
Dies wird vom Bundesgericht in seinem Urteil vom 27. Juni 2022 ausdrück-
lich bestätigt.59 
Da eine solche abwechselnde Wiederholung in der US 420 unstrittig nicht 
offenbart ist, ist der Gegenstand von Anspruch 1 neu gegenüber dem Aus-
führungsbeispiel gemäss Fig. 8A und zugehöriger Beschreibung von US 
420. 
Erfinderische Tätigkeit 
Ausgangspunkte («nächstliegender Stand der Technik») 
60. 
Die Beklagte behauptet mangelnde erfinderische Tätigkeit ausgehend von 
WO 00/70073 (in der Folge WO 073), von WO 00/18957 (im Einspruchs-
verfahren D9, in der Folge WO 957), von Braslavsky et al., Sequence in-
formation can be obtained from single DNA molecules, PNAS 2003, 3960-
3964 (in der Folge Braslavsky et al. 2003) und von WO 00/06770 (im Ein-
spruchsverfahren D1, in der Folge WO 770). 
Alle genannten Entgegenhaltungen beschlagen SBS-Verfahren und sind 
grundsätzlich als Ausgangspunkte für die Entwicklung, die zum bean-
spruchten Gegenstand führt, geeignet. Die Klägerin bestreitet denn auch 
nicht ausdrücklich, dass die erfinderische Tätigkeit ausgehend von jedem 
der genannten Entgegenhaltungen zu prüfen ist. Nachfolgend ist daher von 
jedem Ausgangspunkt zu prüfen, ob die Erfindung für den Fachmann na-
heliegend war. 
 
59 BGer, Urteil 4A_11/2022 vom 27. Juni 2022, E. 5.2.1 – «Sequence-by-
Synthesis». 


O2020_011 
Seite 89 
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/70073 
61. 
In einem ersten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderische 
Tätigkeit ausgehend von WO 073, und kombiniert dabei als Sekundärdo-
kument mit der wissenschaftlichen Publikation Van Dijk et al., Combining 
Optical Trapping and Single-Molecule Fluorescence Spectroscopy: Enhan-
ced Photobleaching of Fluorophores; J. Phys. Chem. B, 2004, 6479-6484 
(in der Folge Van Dijk et al. 2004). 
Die Patentanmeldung WO 073 offenbart ein SBS-Verfahren und bean-
sprucht ein solches auch ausdrücklich (S. 5:15-24; S. 10:3-6, Anspruch 1). 
Dabei werden bevorzugt markierte Nukleotidanaloga eingesetzt (siehe An-
spruch 14). Fluoreszenzmarkierung ist nur eine der bevorzugten Möglich-
keiten, das beschriebene Verfahren umzusetzen (z.B. Anspruch 15). 
Für den jeweils vorzunehmenden einzelnen Schritt im SBS-Verfahren of-
fenbart die WO 073 die Verwendung eines sogenannten «extension me-
dium», das neben einem für die DNA-Polymerase geeigneten Puffer und 
den Nukleotidanaloga auch Dithiothreitol (1,4-Dimercapto-2,3-butandiol, 
DTT) enthält (S. 17:27-S. 18:2). 
DTT, dies ist dem Fachmann bekannt, wirkt in wässrigen Lösungen als Re-
duktionsmittel und damit als Antioxidans. 
Die WO 073 offenbart zu DTT nur, dass es Bestandteil des für den spezi-
fisch offenbarten Typ der DNA-Polymerase («Sequenase» von ThermoFis-
her Scientific Inc.) geeigneten Mediums ist. Diese Offenbarung erfolgt nicht 
im spezifischen Zusammenhang mit Nukleotidanaloga mit Fluoreszenzla-
bel, diese werden erst danach beschrieben (S. 18:11-13 sowie 24-30). Da-
mit offenbart WO 073 weder, welche Funktion das DTT in diesem Medium 
übernimmt, noch offenbart die Anmeldung, dass DTT irgendeinen Einfluss 
auf die Fluoreszenzdetektion haben könnte, und wenn ja welchen. Den-
noch findet die Detektion in Anwesenheit dieses Mediums mit DTT statt 
(S. 18:1). 
Damit unterscheidet sich der vom geltend gemachten Anspruch 1 bean-
spruchte Gegenstand von der Offenbarung der WO 073 dadurch, dass im 
Rahmen von Schritt (b) die Bestimmung der Identität des eingebauten flu-
oreszenzmarkierten Nukleotides in einem Puffer durchgeführt wird, der 
DTT, aber nicht Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält. 


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Seite 90 
Die Zugabe eines derartigen Puffers hat gemäss Abs. [0013] und 
Abs. [0029] der EP 412 die technische Wirkung, dass der Signalverlust, der 
ansonsten bei wiederholten Zyklen erfolgt, verringert wird, indem der DNA-
Matrizenstrang (Template Strand) vor Lichtschäden geschützt wird. 
Dass diese technische Wirkung tatsächlich eintritt, hat die Klägerin im Er-
teilungsverfahren nachgewiesen. Diese Daten wurden im Einspruchsver-
fahren in Form einer Erklärung erneut eingereicht. Die Laboruntersuchung 
gemäss Tabelle 1 der Erklärung von Kay Klausing vom 24. April 2008 ver-
gleicht über mehrere Zyklen das Fluoreszenzsignal in einem SBS-Verfah-
ren, das wie beansprucht einen Puffer mit Ascorbinsäure verwendet, mit 
einem Puffer mit DTT nach dem Stand der Technik. Die nach 20 Zyklen 
verbleibende Signalintensität beträgt bei Verwendung eines DTT-Puffers 
nur ca. 65% gegenüber ca. 90% verbleibende Signalintensität bei einem 
Ascorbinsäure-Puffer. Die Verwendung von Ascorbinsäure führt auch zu 
einer besseren Genauigkeit des Sequenzierungsnachweises. Die Fehler-
quote nach 35 Sequenzierungszyklen beträgt beim DTT-Puffer rund 1% 
und beim Ascorbinsäure-Puffer rund 0,35%. 
Bereits die Einspruchsabteilung anerkannte ausgehend von den Daten der 
Erklärung von Kay Klausing einen technischen Effekt. Sie hat ihn aber of-
fenbar nur in der Verringerung der Photobleichung gesehen, nicht spezi-
fisch in dem Schutz des DNA-Matrizenstrangs vor Lichtschäden bei wie-
derholten Zyklen (Photodamage). 
Die Beklagte bestreitet die Resultate gemäss der Laboruntersuchung von 
Kay Klausing nicht als solche, d.h. sie bestreitet nicht, dass der Ascorbin-
säure-Puffer zum besseren Fluoreszenzsignal und zur geringeren Fehler-
quote führt. Sie merkt an, dass gemäss WO 073 bei Verwendung eines 
DTT-Puffers mindestens 14 Nukleotide erfolgreich inkorporiert werden kön-
nen, d.h. mindestens 13 Zyklen durchgeführt werden können (unter Ver-
weis auf Anspruch 1 i.V.m. Fig. 1A/C, Fig. 2, S. 16:22-23, S. 17:21-23). Ak-
zeptiert man das, so ist es tatsächlich nicht erst die Erfindung gemäss 
EP 412, die ein SBS-Verfahren mit mehreren Zyklen ermöglicht. Aber die 
Erfindung ermöglicht verglichen mit der Verwendung eines DTT-Puffers 
und bei Annahme eines in beiden Fällen gleichen, noch akzeptablen Sig-
nalintensitätsverlusts mehr Zyklen und eine geringere Fehlerquote. Das 
objektive technische Problem kann daher nicht einfach in der Bereitstellung 
eines alternativen Puffers gesehen werden, wie das die Beklagte vor-
schlägt, denn das würde voraussetzen, dass das Unterscheidungsmerk-
mal keine technische Wirkung hat. 


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Seite 91 
Die Beklagte formuliert das Problem zudem auch noch als die Verhinde-
rung von Licht-induzierten Artefakten und der negativen Wirkungen von 
Photobleichung. Eine derart formulierte Aufgabe enthält bereits Hinweise 
auf die Lösung, die der WO 073 nicht entnommen werden können. Damit 
würde eine unzulässige rückschauende Betrachtungsweise eingeführt.60 
Als objektiv zu lösendes technisches Problem muss damit die Bereitstel-
lung eines verbesserten SBS-Verfahrens und eines Kits zur Verwendung 
in einem derartigen Verfahren, bei dem die Identität der eingebauten Nuk-
leotide über mehrere Zyklen mit einer geringen Fehlerquote mit hoher 
Empfindlichkeit bestimmt werden kann, gesehen werden. Eine vergleich-
bare objektive Aufgabe wurde auch von der Einspruchsabteilung verwen-
det, dort allerdings ausgehend von WO 00/06770. 
62. 
Bei dem SBS-Verfahren, um das es in der Klagepatentschrift EP 412 geht, 
werden in jeder Inkorporationsphase, nachdem die Fluoreszenzmarkie-
rung des zuletzt eingebauten und bereits identifizierten Nukleotides ent-
fernt wurde, neue fluoreszenzmarkierte Nukleotide, die noch nie beleuchtet 
wurden, hinzugefügt und in den wachsenden DNA-Strang eingebaut. Das 
deutet darauf hin, dass Photobleichung ein geringeres Problem sein wird, 
denn jeder Fluorophor wird nur einmal zur Identifikation angeregt (beleuch-
tet). 
Die Beklagte führt dazu aus, dass der Anspruch 1 nicht auf Verfahren be-
schränkt sei, bei denen in jeder Inkorporationsphase neue fluoreszenzmar-
kierte Nukleotide hinzugefügt werden. Es ist richtig, dass der Wortlaut des 
Anspruchs dies nicht ausdrücklich verlangt. Aber wie schon wiederholt fest-
gehalten, ist der Anspruch eindeutig auf die Verwendung in einem SBS-
Verfahren gerichtet, und in einem solchen Verfahren werden die fluores-
zenzmarkierten Nukleotide jeweils nur einmal angeregt. Die im Anspruch 
verlangte Wiederholung der Inkorporations- und Detektionsphasen impli-
ziert, dass in jeder Inkorporationsphase neue fluoreszenzmarkierte Nukle-
otide beigegeben werden, da sonst offensichtlich gar keine eindeutige 
Identifikation möglich wäre. 
Van Dijk et al. 1995 beschlägt, wie bereits der Titel anzeigt, die Photoblei-
chung von Fluorophoren. Der Fachmann würde dieses Dokument zur Lö-
sung des objektiven Problems, ein SBS-Verfahren mit einer geringeren 
 
60 Vgl. BPatGer, Urteil O2028_004 vom 14. Dezember 2020, E. 105 – 
«Laserflüssigkeitsstrahllenkungsverfahren». 


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Seite 92 
Fehlerquote bei der Bestimmung der Identität der eingebauten Nukleotide 
bereitzustellen, nicht beiziehen, weil er Photobleichen im Zusammenhang 
mit SBS-Verfahren ausgehend von der WO 073 gar nicht als Problem er-
kennt. Zudem beschlägt die Publikation Van Dijk et al. 1995, wie bereits 
aus Titel und Zusammenfassung ersichtlich, Probleme, die mit der intensi-
ven Beleuchtung infolge des so genannten optischen «Trapping» im Zu-
sammenhang stehen, und mit Photobleichung bei derartigen Verfahren. 
Bei den von Van Dijk et al. durchgeführten Experimenten wird ein mit einem 
ersten Laser («trapping laser») gehaltenes Molekül mit einem zweiten La-
ser zur Fluoreszenz angeregt (fluorescence excitation laser). Es wurde be-
fürchtet, dass die hohe Intensität des «trapping lasers» zu verstärkter Pho-
tobleichung führen könnte. Van Dijk et al. 1995 führen in dem überbrücken-
den Paragraphen auf Seite 6482, linke auf rechte Spalte (dieser Abschnitt 
geht bis zum ersten Satz auf Seite 6483 und schliesst Fig. 6 ein) die Ver-
ringerung des Photobleachings auf die reduzierende Wirkung des Antioxi-
dans auf das durch die doppelte Einstrahlung und Mehrfachanregung ge-
bildete Radikalkation («dye cation») zurück. Diese Wirkung des Antioxi-
dans hängt nicht von der Anwesenheit von Sauerstoff ab, und Van Dijk et 
al. 1995 schliessen, dass keine Triplett-Zustände (und somit auch nicht die 
Bildung von Singlett-Sauerstoff) involviert sind. Das Photobleaching, das 
Van Dijk et al. 1995 mit u.a. Ascorbinsäure verringern kann, ist also nicht 
das üblich verstandene Photobleaching von Fluorophoren, das typischer-
weise Singlett-Sauerstoff involviert. Die Fluoreszenzdetektion gemäss der 
WO 073 arbeitet nicht nach dem in Van Dijk et al. 1995 verwendeten Prin-
zip der doppelten Einstrahlung für Trapping. Auch deshalb würde der Fach-
mann Van Dijk et al. 1995 nicht beiziehen. 
Selbst wenn der Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 ausgehend 
von WO 073 hinzuziehen würde, würde es nicht ohne erfinderische Tätig-
keit zur Lösung des objektiven technischen Problems führen. Die Übertrag-
barkeit der Erkenntnisse aus Van Dijk et al. 2004 mit dem Verfahren ge-
mäss WO 073 ist für den Fachmann nicht erkennbar. Der Fachmann weiss 
nicht, ob die im spezifischen Zusammenhang der Trapping-Technologie 
gefundenen Vorteile auch im Zusammenhang mit der einfachen Fluores-
zenzdetektion in einem Verfahren gemäss der WO 073 erhalten werden 
können. Beim Verfahren gemäss der WO 073 geht es im Gegensatz zu 
Van Dijk et al. 2004 nicht darum, das gleiche System mehrfach oder konti-
nuierlich über lange Zeit anzuregen, sondern jeweils nach jedem Synthe-
seschritt (Zyklus) ein neu eingefügtes Fluoreszenzmolekül anzuregen. 
Noch weniger kann der Fachmann erkennen, dass diese Vorteile des Ver-


O2020_011 
Seite 93 
fahrens gemäss Van Dijk et al. 2004 auch unter den spezifischen chemi-
schen Bedingungen von SBS gemäss WO 073 erhalten werden können 
und vor allem auch die Schädigung des DNA-Einzelstrangs (Template) re-
duziert werden kann. 
Die Kombination von WO 073 und Van Dijk et al. 1995 ist daher nicht na-
heliegend, weil der Fachmann ausgehend von WO 073 Van Dijk et al. 1995 
nicht beiziehen würde, und wenn er es dennoch täte, würde der Fachmann 
nicht erkennen, das die Ergebnisse von Van Dijk et al. 1995 auf die chemi-
schen und physikalischen Bedingungen gemäss WO 073 übertragbar sind 
und die in der EP 412 beschriebenen unerwarteten Wirkungen zeigt. 
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/18957 
63. 
In einem zweiten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend von WO 957, und kombiniert dabei als Sekun-
därdokument mit der wissenschaftlichen Publikation Dittrich et al., Photo 
bleaching and stabilization of fluorophores used for single-molecule analy-
sis with one- and two-photon excitation, Appl. Phys. B 2001), 829-837 (in 
der Folge Dittrich/Schwille 2001). 
64. 
Die WO 957 betrifft ein Verfahren zur Amplifikation beziehungsweise zur 
Sequenzierung von Nukleinsäuren, wobei ein Kolonieprimer eingesetzt 
wird, der mit der Nukleinsäure hybridisiert, beide an einem Träger befestigt 
werden, und anschliessend die Nukleinsäure unter Ausbildung von Kolo-
nien amplifiziert wird, sowie gegebenenfalls anschliessend eine Sequenz-
bestimmung an dieser Kolonie durchgeführt wird. Die Beklagte bezieht sich 
hinsichtlich der Offenbarung des Sequenzierverfahrens in der Tabelle der 
Klageantwort RZ 447 und in WO 957. Diese Passage offenbart sämtliche 
Merkmale des Anspruchs 1 der EP 412 mit Ausnahme des Merkmals, dass 
die Detektion in Anwesenheit eines Puffers durchgeführt wird, der Ascor-
binsäure oder ein Salz davon umfasst. 
Es gibt dabei verschiedene Ausführungsbeispiele, unter anderem Bei-
spiel 4, bei dem ein DNA-Template zusammen mit einem Oligonukleotid an 
einem Glasträger befestigt wird (S. 56:23-S. 66:26). Unter anderem wird 
dabei die Anzahl der durch das Template erzeugten Kopien jeder Kolonie 
durch Fluoreszenzdetektion überprüft, wobei aber nicht angegeben wird, 
wie dabei konkret vorgegangen wird. 


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Seite 94 
Es gibt einen Hinweis, dass ein Anti-Bleichmittel («anti-bleaching reagent») 
eingesetzt wurde (S. 66:19-23), ohne dass erkennbar wäre, um was für ein 
chemisches System es sich dabei handelt. Im Zusammenhang mit diesem 
Unterschied ist festzuhalten, dass die einzige Textstelle mit dem Hinweis 
auf ein Anti-Bleichmittel bei einer Fluoreszenzdetektion bei Beispiel 4 ge-
geben wird, und bei Beispiel 4 geht es nicht um ein Sequenzierverfahren 
mit den anspruchsgemässen Schritten, sondern nur um die Fluoreszenz-
bestimmung der Anzahl Kopien in jeder Kolonie. Eine Sequenzierung im 
Zusammenhang mit Fluoreszenzdetektion wird bei diesem Beispiel nicht 
erwähnt. 
Die Offenbarung des Anti-Bleichmittels in WO 957 erfolgt daher nicht im 
Zusammenhang mit einem SBS-Verfahren. Es fehlen die anspruchsge-
mässen Schritte (a) Inkorporation und (b) Detektion. 
Die Beklagte gibt nicht an, warum die im Rahmen von Beispiel 4 im Zu-
sammenhang mit einer Bestimmung der Anzahl Kopien einer Kolonie ver-
wendete Fluoreszenzdetektion mit einem Anti-Bleichmittel gleichermassen 
Anwendung finden kann oder soll, wenn eine Sequenzbestimmung ge-
mäss besagter Passage von Seiten 31/32 durchgeführt werden soll. 
Damit ist dem Dokument WO 957 keine unmittelbare und eindeutige Of-
fenbarung eines Anti-Bleichmittels während einer zyklischen Sequenzbe-
stimmung zu entnehmen. 
Die Entgegenhaltung WO 957 ist daher weiter weg von der beanspruchten 
Erfindung als WO 073, weil das von WO 957 offenbarte Sequenzierverfah-
ren überhaupt kein Antioxidans oder Sauerstofffänger mitverwendet, noch 
weniger unter Verwendung einer Pufferlösung, die das Antioxidans oder 
den Sauerstofffänger enthält. Dennoch lässt sich als objektive Aufgabe 
ausgehend von WO 957 die gleiche Aufgabe wie ausgehend von WO 073 
formulieren, nämlich die Bereitstellung eines verbesserten Sequenzierver-
fahrens und eines Kits zur Verwendung in einem derartigen Verfahren, bei 
dem die Identität der eingebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit ei-
ner geringen Fehlerquote mit hoher Empfindlichkeit bestimmt werden 
kann. 


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Seite 95 
65. 
Die wissenschaftliche Publikation Dittrich/Schwille 2001 ist aus dem Gebiet 
der Physik, auch was das Publikationsorgan Applied Physics B anbelangt, 
und betrifft entsprechend allgemeine physikalisch-spektroskopische For-
schung. Es wird zwar im Zusammenhang mit der beschriebenen Einzelmo-
lekül-Fluoreszenzspektroskopie auf Anwendungen im Bereich der Biologie 
allgemein hingewiesen (S. 829). Hinweise auf spezifische biologische Sys-
teme, für die die Resultate dieser Publikation relevant sein könnten, gibt es 
aber nicht. Insbesondere gibt es keine Hinweise auf Fluoreszenzmessun-
gen an entsprechend markierten, geschweige denn laufend synthetisier-
ten, DNA-Molekülen oder SBS-Techniken. 
Die Publikation adressiert gemäss Zusammenfassung Probleme, die im 
Zusammenhang mit Einzelmolekül-Fluoreszenzspektroskopie, insbeson-
dere konfokale Fluoreszenzkorrelationsspektroskopie (FCS) und Zwei-
quantenanregung stehen. Bei den durchgeführten Experimenten geht es 
immer um Zweiquantenanregung. 
Gemäss ständiger Rechtsprechung des europäischen Patentamts, der 
diesbezüglich gefolgt wird, berücksichtigt der Fachmann naheliegend Do-
kumente des gleichen Gebiets wie das Ausgangsdokument, der benach-
barten Gebiete sowie Dokumente von übergeordnetem generellerem Ge-
biet, wenn dort die gleichen oder ähnlichen Probleme angesprochen wer-
den.61 
Es handelt sich bei der Publikation Dittrich/Schwille 2001 jedoch weder um 
eine Publikation des gleichen Gebietes wie jenes des Ausgangsdoku-
ments, noch eines benachbarten Gebietes oder eines übergeordneten Ge-
bietes mit gleicher oder ähnlicher Fragestellung. Die Fluoreszenzdetektion 
gemäss der WO 957 arbeitet auch nicht nach dem in Dittrich/Schwille 2001 
verwendeten Prinzip der Zweiquantenanregung oder der FCS. 
Bei der Suche nach der Lösung der objektiven technischen Aufgabe gibt 
es entsprechend für den Fachmann keine Motivation, ein Dokument wie 
Dittrich/Schwille 2001 beizuziehen, denn im Ausgangsdokument wird das 
Problem von Photobleichung bei einem sequenziellen Syntheseverfahren 
zur Sequenzierung nicht angesprochen, und aus den in E. 62 genannten 
 
61 T 176/84 vom 22. November 1985, Leitsatz; T 195/84 vom 10. Oktober 1985, 
Leitsatz. 


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Seite 96 
Gründen würde der Fachmann das Problem der Photobleichung im Zu-
sammenhang mit SBS-Verfahren gar nicht als solches erkennen. 
Bereits der Beizug des Dokuments Dittrich/Schwille 2001 würde entspre-
chend erfinderische Tätigkeit erfordern. 
Selbst wenn der Fachmann die Entgegenhaltung Dittrich/Schwille 2001 
ausgehend von WO 957 hinzuziehen würde, gäbe es keinen Hinweis, ohne 
erfinderische Tätigkeit zur beanspruchten Lehre zu gelangen. 
Zunächst müsste der Fachmann ausgehend von der WO 957 erkennen, 
dass die Zugabe des Anti-Bleichmittels für die Fluoreszenzdetektion aus 
dem Beispiel 4 auch im Zusammenhang mit dem im gleichen Dokument 
an besagter Stelle von Seiten 31/32 offenbarten Sequenzierungsverfahren 
mit Zyklen mit fluoreszenzmarkierten DNA-Einzelsträngen Anwendung fin-
den könnte. 
Dazu gibt es keine Hinweise, und solche Hinweise werden von der Beklag-
ten auch nicht vorgetragen. 
Zudem ist die Übertragbarkeit der Erkenntnisse aus Dittrich/Schwille 2001 
auf ein Verfahren gemäss der WO 957 für den Fachmann nicht erkennbar. 
Der Fachmann weiss nicht, ob die im spezifischen Zusammenhang der 
Zweiquantenanregung oder der FCS-Technologie gefundenen Vorteile 
auch im Zusammenhang mit der einfachen Fluoreszenzdetektion in einem 
Verfahren gemäss der WO 957 erhalten werden können. Beim Verfahren 
gemäss der WO 957 (das aber wie dargelegt bereits durch eine Kombina-
tion von mehreren Textstellen im Ausgangsdokument zu konstruieren 
wäre) geht es im Gegensatz zu Dittrich/Schwille 2001 nicht darum, das 
gleiche System mehrfach oder kontinuierlich über lange Zeit anzuregen, 
sondern jeweils nach jedem Syntheseschritt (Zyklus) ein neues Fluores-
zenzmolekül anzuregen. 
Noch weniger kann der Fachmann erkennen, dass diese Vorteile von Dit-
trich/Schwille 2001 auch unter den spezifischen chemischen Bedingungen 
eines zyklischen Synthese- und Sequenzierungsverfahrens im Sinne von 
SBS-Verfahren erhalten werden können, und vor allem auch nicht, dass 
die Schädigung des DNA-Einzelstrangs (Template) reduziert werden kann. 


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Seite 97 
66. 
Die Beklagte verweist im Zusammenhang mit dem Angriff ausgehend von 
WO 957 auch auf van Dijk et al. 2004. 
Abgesehen davon, dass substanziierte Verweise auf spezifische Textstel-
len in van Dijk et al. 2004 fehlen, gilt das vorne im Zusammenhang mit der 
Offenbarung von van Dijk et al. 2004 und seiner Kombination mit dem Aus-
gangsdokument WO 073 dargelegte für die Kombination von Van Dijk et 
al. 2004 mit WO 957 mutatis mutandis. Der Fachmann würde auch ausge-
hend von der WO 957 nicht ohne erfinderische Tätigkeit auf dieses Sekun-
därdokument zurückgreifen, weil in diesem in einem völlig anderen Gebiet 
eine andere Detektionstechnologie beschrieben wird. 
Ausgehend von WO 957 kombiniert mit Dittrich/Schwille 2001 oder van Dijk 
et al. 2004 beruht der beanspruchte Gegenstand deshalb auf erfinderi-
scher Tätigkeit. 
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von Braslavsky et al. 2003 
67. 
In einem dritten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderische 
Tätigkeit ausgehend von Braslavsky et al. 2003 und kombiniert dabei als 
Sekundärdokument mit der wissenschaftlichen Publikation van Dijk et al. 
2004 oder mit Dittrich/Schwille 2001, sowie, erstmals in der Duplik, mit US 
6,544,797 B1 (US 797, von den Parteien auch als «Buechler et al.» be-
zeichnet). 
68. 
Die wissenschaftliche Publikation Braslavsky et al. 2003 beschreibt ein 
Verfahren zur Bestimmung der Sequenzinformation von DNA an einzelnen 
Molekülen (Titel). Dabei wird so vorgegangen, dass der zu untersuchende 
einzelsträngige DNA-Abschnitt mit einem mit Cy3-fluoreszenzmarkierten 
Primer gepaart wird und anschliessend an einer Oberfläche immobilisiert 
wird (Kapitel «Sample Preparation»). 
Für die Sequenzierung werden zunächst die an der Oberfläche befestigten 
DNA-Abschnitte über die Einstrahlung mit grünem Laserlicht lokalisiert 
(das grüne Laserlicht aktiviert die Fluoreszenz von Cy3 am Primer) und 
anschliessend wird die Fluoreszenzmarkierung am Primer wiederum durch 
Einstrahlung mit dem grünen Laser gebleicht, d.h. die Fluoreszenzmarkie-
rung am Primer sozusagen «gelöscht» (Kapitel beginnend im unteren Ab-
satz der rechten Spalte auf S. 3961 sowie Fig. 3a). 


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Seite 98 
 
Abbildung 14: Schematische Darstellung der Verdoppelung des Einzelstrangs während der 
ersten Schritte der Sequenzierung (Fig. 3a aus Braslavsky et al. 2003) 
Anschliessend wird ein mit Cy3-fluoreszenzmarkiertes Nukleotid-Triphos-
phat zusammen mit Polymerase zugegeben, bis es direkt oder indirekt am 
Primer und gepaart angebunden an den DNA-Abschnitt eingebaut ist (vgl. 
Fig. 3a Zeile 2). Danach wird die Kette bis zum nächsten A oder G im Ein-
zelstrang (Template) verlängert und umgestellt auf ein komplementäres 
Cy5-fluoreszenzmarkiertes Nukleotid-Triphosphat. Dessen erfolgter Ein-
bau wird ebenfalls über die Einstrahlung mit grünem Laser detektiert, wo-
bei aber die Fluoreszenz des Cy5-Farbstoffs nicht direkt angeregt wird, 
sondern zunächst der Cy3-Farbstoff des ersten Cy3-fluoreszenzmarkierten 
Nukleotid-Triphosphats als Spender angeregt, die Anregung lokal übertra-
gen auf den neu eingebauten Cy5-Farbstoff (über Einzelpaar-Foerster-
Energieübertragung) und die Fluoreszenz von letzterem zur Identifikation 
detektiert wird (vgl. Fig. 3a Zeile 3). Um die Photobleichung zu verringern, 
wird bei jeder grünen Bestrahlung – ausser bei der absichtlichen Löschung 
des Cy3-Primers – ein Sauerstoffabsorptionssystem («oxygen scavenging 
system») hinzugefügt. Der Cy5-Akzeptor fluoresziert nach Aufnahme der 
Anregungsenergie vom Cy3-Donor, was die Identifikation des eingebauten 
Nukleotids ermöglicht. Bei Braslavsky et al. 2003 wird also der Cy3-Donor 
bei jedem Zyklus, der den Einbau eines Cy5-markierten Nukleotids bein-
haltet, in Anwesenheit des Sauerstoffabsorptionssystems mit Grün belich-
tet. Der ständig vorhandene Cy3-Donor wird mithin mehrmals mit Grün be-
lichtet. Der Cy5-Akzeptor jedes neu eingebauten Nukleotids wird bei des-
sen Identifikation nicht mit rotem Laserlicht belichtet, er wird stattdessen 


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Seite 99 
mittels der Einzelpaar-Foerster-Energieübertragung vom belichteten Cy3-
Donor zur Fluoreszenz angeregt (vg. Fig. 3a Zeilen 2 und 3). Erst nach 
erfolgter Identifikation jedes neu eingebauten Cy5-markierten Nukleotids 
wird sein Cy5-Akzeptor durch Bleichen mit rotem Laserlicht in Abwesenheit 
des Sauerstoffabsorptionssystems zerstört. Jeder neu eingebaute Cy5-Ak-
zeptor wird also nur einmal mit Grün belichtet und anschliessend nur ein-
mal mit Rot belichtet (vgl. Fig. 3a Zeile 4). Der ständig vorhandene Cy3-
Donor erfährt bei dieser Zerstörung des Cy5-Donors die rote Belichtung 
mit, soll aber gegenüber rotem Licht unempfindlich sein. Angaben zur che-
mischen Natur des Sauerstoffabsorptionssystems werden keine gemacht, 
sondern nur ein Hinweis auf einen Aufsatz von Ishii et al., Fluorescence 
resonance energy transfer between single fluorophores attached to a 
coiled-coil protein in aqueous solution, Chemical Physics 1999, S. 163-173 
(Ishii et al. 1999). Ishii et al. 1999 verwenden ein enzymatisches Sauer-
stoffadsorptionssystem enthaltend Glukose, Katalase, Glucoseoxidase 
und 2-Mercaptoethanol. 
 
Abbildung 15: Fig. 3b und c aus Braslavsky et al. 2003 


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Seite 100 
Absichtliches Bleichen erfolgt bei Einstrahlung mit grünem Laser nur für 
den Cy3-Farbstoff am Primer für die Lokalisierung des Templates und an-
schliessend bei Einstrahlung mit grünem Laser nicht mehr. Das absichtli-
che Bleichen in den folgenden Schritten erfolgt durch Einstrahlung mit ro-
tem Laser gezielt nur für die selektive Löschung der Cy5-Farbstoffe. Anwe-
senheit des Sauerstoffabsorptionssystems beim Belichten mit Grün einer-
seits und Bleichen mit Rot anderseits betreffen verschiedene Unterschritte 
innerhalb des einzelnen Zyklus. Braslavsky et al. 2003 setzt innerhalb je-
des einzelnen Zyklus beim Belichten mit Grün ein erstes Medium mit Sau-
erstoffabsorptionssystem und beim anschliessenden Belichten mit Rot ein 
zweites Medium ohne Sauerstoffabsorptionssystem ein. 
Somit offenbart Braslavsky et al. 2003 alle Merkmale des geltend gemach-
ten Anspruchs 1, mit der Ausnahme, dass der Detektionsschritt nicht in ei-
ner Pufferlösung mit Ascorbinsäure oder einem Salz davon ausgeführt 
wird, sondern in Anwesenheit eines enzymatischen Sauerstoffadsorptions-
systems. 
Im Ausgangsdokument Braslavsky et al. 2003 wird die Zugabe eines Sau-
erstofffängers nicht nur erwähnt, sondern auch experimentell umgesetzt. 
Es fehlen aber Angaben dazu, ob die Signalintensität über mehrere Zyklen 
stabil bleibt und wie hoch die Fehlerquote nach mehreren Zyklen ist. Wie 
vorne, E. 61 dargelegt, führt die Zugabe spezifisch von Ascorbinsäure zu 
einer geringeren Fehlerquote und zu einem geringeren Signalintensitäts-
verlust über mehrere Zyklen. 
Entsprechend lautet die zu lösende Aufgabe auch hier, ein verbessertes 
Sequenzierverfahren und ein entsprechendes Kit zur Verwendung in einem 
solchen Sequenzierverfahren bereitzustellen, bei dem die Identität der ein-
gebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit einer geringen Fehlerquote 
mit geringerem Signalintensitätsverlust bestimmt werden kann. 
69. 
Van Dijk et al. 2004 beschäftigt sich ebenfalls mit der Verhinderung von 
Photobleichen bei Fluoreszenz, und vergleicht dabei verschiedene Mög-
lichkeiten für deren Verhinderung, konkret Entgasen, Zugabe von DTT so-
wie Zugabe von Ascorbinsäure (siehe insbesondere Tabelle 1). Dabei ist 
aber festzuhalten, dass die Resultate für den verwendeten speziellen Auf-
bau gegeben werden, bei dem nicht einfach nur Fluoreszenz ausgelöst 
wird, sondern bei dem ganz gezielt mit zwei Lasern gearbeitet wird, eben 
mit einem Laser zur Lokalisierung des Farbstoffs («trapping laser») und mit 


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Seite 101 
einem Fluoreszenz auslösenden Anregungslaser («fluorescence excitation 
laser»). Es wird ausdrücklich ausgeführt, dass die Resultate für diese spe-
zielle Situation gegeben werden (S. 6480, linke Spalte, 2. Absatz). 
Geht man davon aus, dass ausgehend von Braslavsky at al. 2003 der 
Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 naheliegend beiziehen 
würde, so würde er aus diesem Dokument erkennen, dass er als «oxygen 
scavenger» entweder Ascorbinsäure oder DTT einsetzen kann. Für die 
speziellen Bedingungen mit den zwei Lasern scheinen beide Systeme As-
corbinsäure und DTT geeignet zu sein. Angesichts der unterschiedlichen 
Konzentrationen ist aber nicht eindeutig klar, welches der beiden Systeme 
effektiv wirksamer ist. 
Ausgehend von Braslavsky at al. 2003 könnte damit der Fachmann tat-
sächlich die Ascorbinsäure aus Van Dijk et al. 2004 als Sauerstoffabsorpti-
onssystem in Betracht ziehen. Er würde dies aber nicht, weil er einerseits 
erkennt, dass es keine eindeutige Präferenz für Ascorbinsäure in Van Dijk 
et al. 2004 gibt, und weil andererseits nicht klar ist, ob die Verhinderung 
von Photobleichen unter den speziellen Bedingungen der Einstrahlung mit 
zwei Lasern gemäss Van Dijk at al. 2004 auf die Situation der einfachen 
Einstrahlung mit FRET gemäss Braslavsky et al. 2003 übertragbar ist. 
Im Zusammenhang mit der Kombination dieser beiden Dokumente ist nun 
entscheidend, dass, wie vorne in E. 61 dargelegt, nachgewiesen werden 
konnte, dass nicht nur ein gegebenenfalls auftretendes Photobleichen, 
sondern eben und vor allem auch eine Photodamage, d. h. eine Schädi-
gung des DNA-Template, durch die Zugabe von Ascorbinsäure verhindert 
werden kann. 
Eine solche Wirkung wird in keinem der beiden Dokumente erwähnt und 
ergibt sich auch nicht implizit aus einem der Dokumente. Diese zusätzliche 
Wirkung wird entsprechend auch durch keines der beiden Dokumente na-
hegelegt. 
Es stellt sich dann die Frage, ob dieser zusätzliche Effekt nur als Bonusef-
fekt qualifiziert, wie die Beklagte in der Duplik meint. Der Rechtsprechung 
des europäischen Patentamts folgend kann das Vorliegen von erfinderi-
scher Tätigkeit wegen eines Bonuseffekts nur dann verneint werden, wenn 
eine Einbahnstrassensituation (oder besser eigentlich eine «Einwegsitua-
tion») vorliegt, d.h. wenn für die unter Berücksichtigung der Primärüberle-
gungen getroffene Auswahl für den Fachmann nur eine einzige Möglichkeit 


O2020_011 
Seite 102 
bestand, und wenn dann die zusätzlich geltend gemachte Wirkung auto-
matisch auftritt.62 
Vorliegend hiesse das, dass ein Bonuseffekt gegeben wäre, wenn für den 
Fachmann ausgehend vom Primärdokument Braslavsky at al. 2003 bei 
Kombination mit Van Dijk at al. 2004 die Auswahl von Ascorbinsäure für die 
Verhinderung von Photobleichen die einzig ernsthaft in Betracht gezogene 
von verschiedenen Möglichkeiten darstellt (Einbahnstrassensituation), und 
der zusätzliche Effekt der Verhinderung von Photodamage dann gewisser-
massen als Begleiterscheinung automatisch auftritt. 
Dies ist aber wie vorstehend dargelegt nicht der Fall, denn der Fachmann 
würde ausgehend von Braslavsky at al. 2003 bei Kombination mit Van Dijk 
at al. 2004 nicht allein die Verwendung von Ascorbinsäure ernsthaft in Be-
tracht ziehen, sondern genauso DTT. Eine eindeutige Präferenz für Ascor-
binsäure ist nicht erkennbar. 
Daher ist der Gegenstand von EP 412 ausgehend von Braslavsky et al. 
2003 in Kombination mit van Dijk et al. 2004 erfinderisch. 
70. 
Dasselbe gilt auch für die Kombination von Braslavsky et al. 2003 mit Dit-
trich/Schwille 2001. Aus den im Zusammenhang mit der erfinderischen Tä-
tigkeit ausgehend von WO 957 diskutierten Gründen würde der Fachmann 
Dittrich/Schwille 2001 schon gar nicht ohne erfinderische Tätigkeit zuzie-
hen. Es handelt sich bei dieser Veröffentlichung weder um eine Publikation 
des gleichen Gebietes wie jenes des Ausgangsdokuments, noch eines be-
nachbarten Gebietes oder eines übergeordneten Gebietes mit gleicher o-
der ähnlicher Fragestellung. 
Selbst wenn der Fachmann die Entgegenhaltung Dittrich/Schwille 2001 
ausgehend von Braslavsky et al. 2003 hinzuziehen würde, gäbe es keinen 
Hinweis, ohne erfinderische Tätigkeit zur beanspruchten Lehre zu gelan-
gen. Die Übertragbarkeit der Erkenntnisse aus Dittrich/Schwille 2001 auf 
ein Verfahren gemäss Braslavsky et al. 2003 ist für den Fachmann nicht 
erkennbar. 
 
62 T 192/82 vom 22. März 1984, Leitsatz, sowie T 1936/13 vom 27. Juni 2017, E. 
2.4.3. 


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Seite 103 
 
Abbildung 16: Tabelle 1 aus Dittrich/Schwille 2001 
Aus Tabelle 1 aus Dittrich/Schwille 2001 (S. 836) ist ersichtlich, dass As-
corbinsäure nur bei der Zwei-Photonen-Anregung (two-photon excitation, 
TPE) zu einer besseren Signalstärke führt, nicht aber bei der Ein-Photo-
nen-Anregung (one-photon excitation, OPE). Der Wert ηmax ist die maxi-
male Fluoreszenszausbeute, als Anzahl Fluoreszenzphotonen pro Molekül 
und Sekunde. Je grösser der Wert von ηmax ist, desto grösser ist die Pho-
tonenzählrate und damit das Fluoreszenzsignal. Für die OPE-Experimente 
zeigen die Kommentare in der Tabelle, dass bei Sauerstoffentfernung die 
Photobleichung abnimmt, aber der Anteil des Farbstoffs im nicht fluores-
zierenden Triplett-Zustand zunimmt. Der Gesamteffekt ist, dass ηmax ähn-
lich ist wie beim Kontrollversuch unter Luftathmosphäre (erste Zeile). As-
corbinsäure führte zu einer Verringerung von ηmax, weil zwar die Photoblei-
chung verringert, dies aber durch den höheren Triplett-Anteil wieder aus-
geglichen wurde. Der mit Abstand höchste ηmax wurde für MEA (2-Mercap-
toethylamin) beobachtet, das vor Photobleichung schützte und den Triplet-
Zustand verringerte. Nur bei den TPE-Experimenten zeigt Ascorbinsäure 
den höchsten ηmax-Wert. 
Der Fachmann hatte keinen Anlass, die Ergebnisse der TPE-Experimente 
auf das Verfahren gemäss Braslavsky et al. 2003 zu übertragen, da es sich 
bei der Two-Photon-Excitation um ein sehr spezielles Verfahren handelt, 
das bei Braslavsky et al. 2003 nicht angewandt wird. Die OPE-Ergebnisse 
zeigen nicht, dass die Zugabe von Ascorbinsäure zu einem verbesserten 
Signal führt. Tatsächlich war das von Dittrich/Schwille 2001 gemessene 
Signal bei der Zugabe von Ascorbinsäure sogar schlechter als das im Kon-
trollversuch erhaltene Signal. Die bei weitem beste Methode zur Verbesse-
rung des Signals in den OPE-Experimenten war die Zugabe von MEA. 


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Seite 104 
Wenn überhaupt etwas, legt Dittrich/Schwille 2001 die Verwendung von 
MEA nahe, nicht die von Ascorbinsäure. 
Auf jeden Fall kann der Fachmann nicht erkennen, dass die Vorteile von 
Ascorbinsäure bei den TPE-Experimenten aus Dittrich/Schwille 2001 auch 
unter den spezifischen chemischen Bedingungen eines zyklischen Syn-
these- und Sequenzierungsverfahrens im Sinne von SBS-Verfahren erhal-
ten werden können, und vor allem auch nicht, dass die Schädigung des 
DNA-Einzelstrangs (Template) reduziert werden kann, denn bei Dit-
trich/Schwille 2001 geht es einzig um die Verringerung der Photobleichung 
der Fluorophore, nicht um den Schutz des biologischen Materials im Sinne 
der Verhinderung von Photodamage. 
71. 
Die Beklagte behauptet weiter, der Gegenstand des geltend gemachten 
Anspruchs von EP 412 sei naheliegend ausgehend von Braslavsky et al. 
2003 in Kombination mit US 797 (auch «Buechler»). 
US 797 widmet sich der Stabilisierung von fluoreszierenden Konjugaten, 
insbesondere die Stabilisierung von biologischen Reagenzien, wie Protei-
nen, Peptiden, Ligandenanaloga und Nukleinsäuren, die mit einem fluores-
zierenden Molekül oder einem fluoreszierenden Partikel konjugiert sind 
(Sp. 1:8-12). Ein Problem mit fluoreszierenden Konjugaten für die Verwen-
dung in Assays sei, dass die Konjugate häufig nicht stabil seien. Die Reak-
tivität lasse im Laufe der Zeit bei der Lagerung in Umgebungslicht («white 
light») nach, so dass sich die Funktion oder die Eigenschaften eines biolo-
gischen Reagens in einem fluoreszierenden Konjugat mit der Zeit änder-
ten. So nehme beispielsweise die Bindungsaffinität eines mit einem fluo-
reszierenden Signal verbundenen Antikörpers häufig mit der Zeit ab 
(Sp. 2:43-55, Sp. 5:29-35). 
Das Umgebungslicht führe zur Bildung von Singlett-Sauerstoff oder Radi-
kalen, die auf biologische Reagenzien wirken. Der Mechanismus für die 
Abnahme der Wirksamkeit hänge mit der Erzeugung reaktiver Spezies 
durch die fluoreszierenden Moleküle zusammen (Sp. 6:16-24). Die Erzeu-
gung von Triplett-Zuständen von Fluoreszenzfarbstoffen könne zur Bildung 
einer Vielzahl von Radikalspezies führen, einschliesslich, aber nicht be-
schränkt auf Singlett-Sauerstoff, Superoxid-Radikale, Hydroxyl-Radikale 
und organische Radikale. Es sei bekannt, dass diese Radikalspezies bio-
logische Zellen und Proteine schädigen könnten. Infolgedessen verringere 
sich die Wirksamkeit eines Antikörpers bei der Bindung an einen Analyten 


O2020_011 
Seite 105 
oder eines Peptids oder Ligandenanalogons bei der Bindung an einen An-
tikörper (Sp. 6:53-55). 
Das Problem werde gelöst durch ein fluoreszierendes Konjugat, das ein 
biologisches Reagens, ein fluoreszierendes Molekül und ein Mittel zur Ver-
hinderung des phototoxischen Abbaus des biologischen Reagens um-
fasse. Das Mittel zur Verhinderung des phototoxischen Abbaus könne eine 
vernetzende Substanz mit einem langen molekularen Abstand umfassen, 
wobei die vernetzende Substanz das fluoreszierende Molekül und das bi-
ologische Reagenz miteinander verbinde, ein Protein, einen Quencher für 
Singlett-Sauerstoff, einen Quencher für ein freies Radikal, ein Sauerstoff-
adsorptionssystem oder eine Kombination davon (Sp. 3:8-15). 
In US 797 wird offenbart, dass die besten Resultate mit Ascorbat und Tro-
lox63 erzielt wurden. Separate Experimente hätten gezeigt, dass Trolox al-
lein und Ascorbat allein gegen lichtinduzierte Inaktivierung geschützt hät-
ten, ohne dass dazu allerdings Daten dazu genannt würden (Sp. 17:59-
67). Ascorbat wird auch in der Tabelle 2 genannt, die Radikalenfänger auf-
listet, allerdings zusammen mit einer Vielzahl weiterer Moleküle (Tabelle 2 
nennt über 100 Substanzen). 
Die Beklagte argumentiert, US 797 beschlage das Problem der Beschädi-
gung biologischer Reagenzien durch Lichteinstrahlung. US 797 offenbare 
in Sp. 7:42-47 Lösungen, die Nukleinsäuren und Singlett-Sauerstoff und/o-
der einen Radikaquencher enthielten, um die Inaktivierung zu verhindern. 
Geeignete Schutzadditive hierzu umfassten «a system of catalase, glucose 
oxidase and glucose» und Thiolascorbat. Die angesprochene Passage 
sagt «to minimize or prevent the inactivation or slow the rate of hybridiza-
tion of the nucleic acid to a complementary nucleic acid strand», was ein 
ähnliches Gebiet wie die SBS ist. Das erste dieser beiden Schutzadditive 
ist in der von der Beklagten ebenfalls angesprochenen Sp. 7:14-17 be-
schrieben und wird von ihr offenbar als das «known oxygen scavenger sys-
tem of Braslavsky et al.» betrachtet (was nicht genau stimmt, das System 
von Braslavsky et al. 2003 enthält gemäss seinem Verweis auf Ishii et al, 
zusätzlich noch 2-Mercaptoethanol). Der Fachmann würde nach Ansicht 
der Beklagten in US 797 nach Alternativen hierzu suchen und, auf der Su-
che nach Modifikationen des Antioxidans von Braslavsky et al. 2003, auch 
auf die im experimentellen Teil speziell untersuchten Antioxidantien Trolox 
 
63 Trolox ist ein wasserlösliches Vitamin-E-Derivat mit der chemischen 
Bezeichnung 
6-Hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchroman-2-carbonsäure. 
Es 
ist 
bekannt für seine ausgeprägt antioxidative Aktivität. 


O2020_011 
Seite 106 
und Ascorbinsäure stossen, namentlich Beispiele 2, 4, 5, 6, 9 und 10. Diese 
sechs der elf Experimente verwendeten (auch) Ascorbat. Die Wahl von As-
corbat als Antioxidans sei daher naheliegend. 
Die Klägerin hält dagegen, US 797 betreffe weder ein SBS-Verfahren noch 
die DNA-Sequenzierung im Allgemeinen, sondern in erster Linie Fluoro-
phore, die mit Antikörpern und nicht mit Nukleinsäuren konjugiert seien. In 
jedem Beispiel der US 797 sei das biologische Molekül ein Antikörper. 
Noch grundsätzlicher gehe es in US 797 um die langfristige Lagerung von 
mit Fluorophoren konjugierten Antikörpern und um die Lichtschäden, die 
entstehen können, wenn solche Antikörper vor ihrer Verwendung in einem 
Assay unter Umgebungsbedingungen (z. B. unter normalem Weisslicht) 
gelagert werden. Es würden keine Daten offenbart, die dem Fachmann 
nützliche Informationen über die Wirksamkeit eines Glucoseoxidase-Sau-
erstofffängersystems wie das von Braslavsky et al. 2003 unter Verwendung 
von Ascorbinsäure in einem wie auch immer gearteten Fluoreszenzdetek-
tionsschritt lieferten. 
US 797 beschlägt das Problem der Lichtschäden an biologischen Reagen-
zien, die mit Fluorophoren konjugiert sind, bei der Lagerung unter Umge-
bungslicht. Dies lässt sich nicht mit der wiederholten Einstrahlung mit ei-
nem monochromatischen Laser in dem SBS-Verfahren von Braslavsky et 
al. vergleichen, wo die gesamte Intensität auf der grünen, FRET-anregen-
den Wellenlänge des Donors Cy3 ist. Der Fachmann würde US 797 zur 
Lösung der Aufgabe, ein verbessertes Sequenzierverfahren, bei dem die 
Identität der eingebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit einer gerin-
gen Fehlerquote mit geringerem Signalintensitätsverlust bestimmt werden 
kann, nicht für die Kombination mit Braslavsky et al. 2003 heranziehen. 
Selbst wenn der Fachmann US 797 heranziehen würde, führt ihn US 797 
nicht ohne erfinderische Tätigkeit zur Verwendung von Ascorbinsäure. 
Richtig ist, dass US 797 das Problem der Photodamage am biologischen 
Reagens beschlägt und nicht das Problem der Photobleichung der Fluoro-
phore. Bei US 797 zeigt sich das Problem aber in einem ganz anderen 
Zusammenhang, nämlich wie gesagt bei der langfristigen Lagerung von 
konjugierten Reagenzien unter Umgebungslicht. Die Beispiele von US 797 
betreffen ausschliesslich konjugierte Antikörper, nicht Nukleinsäuren. Die 
angesprochenen Beispiele 2, 5 und 9 verwenden offenbar Natriumascorbat 
in Kombination mit dem besagten angeblichen «known oxygen scavenger 
system of Braslavsky et al.», und allenfalls auch in Kombination mit Trolox, 
hinsichtlich Verhinderung von Inaktivierung unter Umgebungslicht («room 


O2020_011 
Seite 107 
light»). Diese Beispiele machen also keinen Vergleich zwischen Ascorbat 
und dem angeblichen Braslavsky-System. Das angesprochene Beispiel 10 
vergleicht eine Kombination von Ascorbat und Trolox (offenbar auch Ascor-
bat alleine und Trolox alleine) mit einer Blindprobe ohne Antioxidantien, 
aber nicht mit dem angeblichen Braslavsky-System, bei weissem Unge-
bungslicht oder unter im Wesentlichen dunkler Umgebung («dim green 
lights»). Keines der angesprochenen Beispiele macht also einen Vergleich 
zwischen Ascorbat, optional in Kombination mit Trolox, und dem behaup-
teten Braslavsky-System. Die angesprochenen Beispiele geben also nicht 
den unter dem «Problem-Solution-Approach» erforderlichen Zeiger von 
angeblichem Braslavsky-System auf 1) Ascorbat alleine, 2) auf die Kombi-
nation von Ascorbat mit Trolox, oder 3) auf die Kombination von einem von 
1) oder 2) mit dem angeblichen Braslavsky-System im Kontext der Laser-
Belichtung von Nukleinsäuren gemäss Braslavsky et al. 2003. Es ist nicht 
naheliegend, eine für die Verhinderung der Inaktivierung von Fluoro-
phor/Antikörper-Konjugaten offenbarte Lösung (Ascorbat, allenfalls in 
Kombination mit Trolox) auf das Sequenzierverfahren von Braslavsky et al. 
zu übertragen, das unter ganz anderen Bedingungen abläuft und wo es 
Schäden am DNA-Einzelstrang (Template) zu verhindern gilt, dessen 
Struktur mit denen eines Antikörpers nicht vergleichbar ist. US 797 offen-
bart zudem eine Vielzahl von Antioxidantien (über 100). Die Wahl von As-
corbinsäure (Ascorbat) erscheint rückwirkend, auch wenn es in sechs von 
elf Experimenten verwendet wird. Ascorbat alleine, ohne weitere Antioxi-
dantien, wird nur in einem Experiment verwendet, zu dem keine Daten of-
fenbart werden. Erst in Kenntnis der erfolgreichen Verwendung von Ascor-
binsäure in einem Puffer für ein Sequenzierverfahren erscheint dessen 
Wahl angesichts von WO 979 gegebenenfalls naheliegend. 
Der Gegenstand des geltend gemachten Anspruchs von EP 412 ist daher 
erfinderisch ausgehend von Braslavsky et al. 2003 in Verbindung mit 
US 797. 
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/70073, WO 00/18957 o-
der Braslavsky et al. 
72. 
In einem vierten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend von WO 073, WO 957 oder Braslavsky et al. 
2003, und kombiniert dabei als Sekundärdokument mit WO 02/086165 (in 
der Folge WO 165) oder WO 2004/085546 A1 (in der Folge WO 546), oder 
Parshad et al., Fluorescence light-induced chromosome damage and its 


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Seite 108 
prevention in mouse cells in culture, PNAS 1978, S. 1830-33 (in der Folge 
Parshad et al. 1978). 
73. 
Aus den, E. 68 genannten Gründen ergibt sich, dass von den drei im vier-
ten Ansatz vorgetragenen Ausgangsdokumenten die Entgegenhaltung 
Braslavksy at al. 2003 der geeignetste Ausgangspunkt für die Beurteilung 
der erfinderischen Tätigkeit ist, da in diesem Dokument konkret ein repeti-
tives Sequenzierverfahren mit Fluoreszenzdetektion einzelner eingebauter 
Nukleotide beschrieben wird, und die Zugabe eines «oxygen scavenger 
systems» zur Verhinderung von Photobleichen beschrieben wird. 
Die folgende Diskussion beschränkt sich deshalb auf die Diskussion aus-
gehend von Braslavsky et al. 2003. 
Zu Unterschied und objektiver Aufgabe ausgehend von diesem Dokument 
sei auf die Diskussion vorne verwiesen, d.h. die zu lösende Aufgabe be-
steht darin, ein verbessertes Sequenzierverfahren und ein entsprechendes 
Kit zur Verwendung in einem solchen Sequenzierverfahren bereitzustellen, 
bei dem die Identität der eingebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit 
einer geringen Fehlerquote mit hoher Empfindlichkeit bestimmt werden 
kann. 
74. 
Die Frage, ob der Fachmann ausgehend von Braslavsky et al. 2003 oder 
WO 073 die WO 165 beiziehen würde, kann offenbleiben, denn geht man 
davon aus, dass er das Dokument beiziehen würde, würde er aus diesem 
Dokument nicht mehr als auf Seite 12, letzter Absatz überbrückend und auf 
die nächste Seite eine lange Liste von möglichen Antioxidantien entneh-
men. Dabei wird Ascorbinsäure in dieser langen Liste ohne besondere Be-
vorzugung erwähnt. 
Wie vorne dargelegt (E. 61), verhindert die Zugabe von Ascorbinsäure zum 
Puffer die Beschädigung der Templates durch Lichteinstrahlung, worauf es 
weder in Braslavsky et al. 2003 noch in WO 073 oder WO 165 einen Hin-
weis gibt. Auch bei Berücksichtigung von WO 165 liegt ausgehend von 
Braslavsky et al. 2003 kein Bonuseffekt vor, denn wie bei der Kombination 
mit Van Dijk et al. 2004 (hier sogar noch eindeutiger) liegt keine Ein-
bahnstrassensituation vor, da in der WO 165 Ascorbinsäure ohne Bevor-
zugung in einer langen Liste genannt wird. 


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Seite 109 
Entsprechend kann die Kombination von Braslavsky et al. 2003 oder 
WO 073 mit WO 165 die beanspruchte Erfindung nicht nahelegen. 
75. 
Analog gilt dies auch für die WO 546. Auch bei diesem Dokument geht es 
nur um die Verringerung von Photobleichung, nicht um Photodamage. 
Auch hier findet sich auf Seite 9 nur eine lange Liste von möglichen Mitteln 
zur Verhinderung der Fluoreszenzintensität und der von der Beklagten zu-
sätzlich angezogene Anspruch 35 ist, insbesondere bei Betrachtung der 
Ansprüche 33-35, nichts anderes als diese Liste, und in dieser Liste wird 
Ascorbinsäure ohne besondere Bevorzugung erwähnt. 
Aus den im Zusammenhang mit der WO 165 dargelegten Gründen beruht 
auch bei Beizug von WO 546, sofern dieser überhaupt erfolgen würde, der 
Gegenstand des geltend gemachten Anspruchs auf erfinderischer Tätig-
keit. 
76. 
Auch beim Dokument Parshad et al. 1978 kann offenbleiben, ob der Fach-
mann dieses Dokument hinzuziehen würde. Wenn er dies täte, würde er 
feststellen, dass es hier um fluoreszenzinduzierte Chromosomenschädi-
gung geht, und nicht um ein Sequenzierverfahren wie im Ausgangsdoku-
ment. 
Dieses Dokument beschäftigt sich mit der Beschädigung von Chromatiden 
in Zellen in einem speziellen Medium durch Fluoreszenzlicht bei einer Be-
strahlungsdauer von 20 Stunden (siehe Zusammenfassung). Dies bedeu-
tet, dass es in diesem Dokument um eine völlig andere Technologie geht 
als bei jedem der von der Beklagten verwendeten Ausgangsdokumente. 
Es geht nicht um ein Sequenzierverfahren und schon gar nicht um eines, 
bei dem Fluoreszenzfarbstoffe für die Sequenzierung in die DNA eingebaut 
werden. 
Damit gehört das Dokument Parshad et al. 1978 weder zum gleichen Ge-
biet wie die Ausgangsdokumente, noch zu einem benachbarten Gebiet 
noch zu einem übergeordneten generellen Gebiet mit der gleichen Zielset-
zung. Der Fachmann würde entsprechend dieses Dokument als Sekun-
därdokument nicht ohne erfinderisch tätig zu sein beiziehen. 
Selbst wenn es beiziehen würde, würde er dann feststellen, dass er daraus 
keine sinnvollen Erkenntnisse für die Verbesserung der Lehre des Aus-


O2020_011 
Seite 110 
gangsdokuments gewinnen kann. Bei einem Sequenzierverfahren mit Ein-
bau von Bausteinen mit Fluoreszenzfarbstoffen werden die einzelnen und 
isolierten Moleküle optisch ausgelesen, wobei kurzzeitig für die Identifika-
tion angestrahlt wird und die Fluoreszenz detektiert wird. Im Gegensatz 
dazu wird in diesem Sekundärdokument Parshad et al. 1978 nicht mit Licht 
zur Erzeugung von Fluoreszenz in der Probe angeregt, sondern vielmehr 
wird als Lichtquelle eine Fluoreszenzlichtquelle eingesetzt. Obwohl der Ti-
tel glauben machen könnte, dass es im Sekundärdokument um etwas Ähn-
liches geht wie im Primärdokument, ist das bei genauer Betrachtung über-
haupt nicht der Fall, weil im Sekundärdokument die Einstrahlung nicht mit 
dem Ziel der Erzeugung von Fluoreszenz erfolgt. 
Weiter werden in diesem Sekundärdokument nicht einzelne Stränge durch 
kurzzeitige Einstrahlung analysiert, sondern es wird geschaut, inwiefern 
eine kontinuierliche Einstrahlung über eine Zeitdauer von 20 Stunden, wie 
sie in einem Sequenzierverfahren offensichtlich niemals zur Anwendung 
käme, Chromatiden in einer Zelle, d. h. in ihrem natürlichen, in entspre-
chende Proteine und andere Biomoleküle eingebetteten, Umfeld auf diese 
Einstrahlung reagieren. Dass die Wirkung von Ascorbinsäure in diesem 
völlig anderen Umfeld auch nur schon ähnlich sein könnte, wie wenn As-
corbinsäure bei einem Sequenzierverfahren eingesetzt würde, kann nicht 
erkannt werden. 
Eine direkte Übertragbarkeit von Erkenntnissen aus diesem Sekundärdo-
kument auf das Verfahren gemäss Primärdokument kann der Fachmann 
entsprechend nicht annehmen. Ausgehend vom Dokument Braslavsky et 
al. 2003 und auf der Suche nach einem geeigneten Sauerstoffabsorptions-
system würde der Fachmann beim Blick in dieses Sekundärdokument nicht 
ohne erfinderische Tätigkeit erkennen, dass die dort in einem anderen Zu-
sammenhang eingesetzt Ascorbinsäure als Sauerstoffabsorptionssystem 
im Verfahren gemäss Ausgangsdokument besonders vorteilhaft wäre. 
Entsprechend kann auch die Kombination mit Parshad et al. 1978 die be-
anspruchte Erfindung nicht nahelegen. 
Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/06770 
77. 
In einem fünften Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend von WO 770 und kombiniert dabei als Sekun-


O2020_011 
Seite 111 
därdokument mit Van Dijk et al. 2004 oder Dittrich/Schwille 2001. Sie be-
zieht sich dabei wesentlich auf die Ausführungen in der Entscheidung der 
Einspruchsabteilung. 
78. 
Die WO 770 beschreibt eine Vorrichtung für die Einzelmolekülspektrosko-
pie, bei der die einzelnen Moleküle an einem stationären Träger fixiert sind 
(Zusammenfassung und Anspruch 1 sowie Seite 5:25). Die einzelnen Mo-
leküle werden fluoreszenzmarkiert und es wird beschrieben, dass die Tech-
nologie für ein Sequenzierverfahren von Polynukleotiden eingesetzt wer-
den kann (S. 9:3-23). Dabei weist das Verfahren an einer Template-Nukle-
insäure folgende, sich wiederholende Schritte auf: Einbau eines fluores-
zenzmarkierten Nukleotids zu einem komplementären Strang und optische 
Bestimmung des eingebauten Systems nach Entfernung der fluoreszenz-
markierten Reagenzien (S. 9:11-23). Um nachzuweisen, dass die Fluores-
zenz durch ein einzelnes Molekül verursacht wird, wird auf den auf Pho-
tobleichung zurückzuführenden Signalabfall abgestellt (S. 15:23-28 sowie 
S. 17:16-25). 
Damit unterscheidet sich der beanspruchte Gegenstand, wie dies in der 
Entscheidung der Einspruchsabteilung vom 30. November 2015 korrekt 
festgehalten wird, von der Offenbarung der WO 770 dadurch, dass die Be-
stimmung der Identität der eingebauten Nukleotide in einem Puffer durch-
geführt wird, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält. 
79. 
Die Zugabe von Ascorbinsäure führt dazu, dass das Fluoreszenzsignal in 
einem SBS-Verfahren auch über mehrere Zyklen stabil bleibt und Fehler-
quote bei der Identitätsbestimmung daher sinkt (vorne, E. 61). 
Die WO 770 offenbart Fluoreszenzdetektion, nicht aber, dass das Fluores-
zenzsignal über mehrere Zyklen durch die Zugabe von irgendwelchen Che-
mikalien verbessert werden könnte. Im Gegenteil, bei der WO 770 beruht 
die Detektion gerade darauf, dass das Photobleichung dazu verwendet 
wird, das Nutzsignal (eines einzelnen Moleküls) vom Störsignal (mehrerer 
Moleküle) zu unterscheiden. 
Wegen der nachgewiesenen technischen Wirkung kann die Aufgabe nicht 
als Bereitstellung einer Alternative formuliert werden. Sie kann aber auch 
nicht formuliert werden als Bereitstellung einer höheren Signalintensität 


O2020_011 
Seite 112 
über mehrere Zyklen, da eine derartige Fragestellung bereits einen Hin-
weis gibt, der der WO 770 nicht entnommen werden kann. 
Die zu lösende Aufgabe besteht daher darin, ein verbessertes Sequenzier-
verfahren und ein entsprechendes Kit zur Verwendung in einem derartigen 
Verfahren bereitzustellen, bei dem die Identität der eingebauten Nukleotide 
auch über mehrere Zyklen mit geringer Fehlerquote mit hoher Empfindlich-
keit bestimmt werden kann (so ähnlich auch die Einspruchsabteilung). 
80. 
Aus den bereits ausführlich dargelegten Gründen hat der Fachmann keine 
Motivation, überhaupt Van Dijk et al. 2004 beizuziehen, um die technische 
Aufgabe zu lösen. Bei SBS-Verfahren stellt sich das Problem der Photob-
leichung – bei angemessen eingestellter Lichtintensität – gar nicht, ent-
sprechend würde der Fachmann auch keine Massnahmen zur Reduktion 
der Bleichung in Betracht ziehen. 
Selbst wenn der Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 ausgehend 
von WO 770 hinzuziehen würde, würde nicht ohne erfinderische Tätigkeit 
zur beanspruchten Lehre gelangen. 
Die Kompatibilität der Erkenntnisse des Dokuments Van Dijk et al. 2004 mit 
dem Verfahren gemäss WO 770 ist für den Fachmann nicht erkennbar. Im 
Gegenteil, die WO 770 lehrt explizit vom Dokument Van Dijk et al. 2003 
weg («teaching away»). Bei der WO 770 geht es darum, gezielt Photoblei-
chung dafür zu nutzen, das Signal der einzelnen markierten Nukleotide im 
einzelnen Molekül von Hintergrundsignalen zu unterscheiden. Die Zugabe 
eines Mittels zur Verhinderung von Photobleichung liefe diesem Prinzip zu-
wider, entsprechend würde der Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 
2003 bei der Suche nach einer Lösung zum obigen Problem verwerfen. 
Auch die wissenschaftliche Publikation Dittrich/Schwille 2001 gilt dasselbe 
wie für Van Dijk et al. 2003. Da Photobleichung kein Problem darstellt, 
würde der Fachmann diese Publikation nicht beiziehen. Die Kompatibilität 
der Erkenntnisse des Dokuments Dittrich/Schwille 2001 mit dem Verfahren 
gemäss WO 770 ist für den Fachmann zudem nicht erkennbar. Im Gegen-
teil, die WO 770 lehrt aus den bei der Diskussion von Van Dijk et al. 2003 
genannten Gründen von Dittrich/Schwille 2001 weg. 
81. 
Zusammenfassend beruhen die Gegenstände der geltend gemachten An-
sprüche 1 und 15 der EP 412 auf erfinderischer Tätigkeit. 


O2020_011 
Seite 113 
Eingriff in den Schutzbereich 
82. 
Die Beklagte hat in der Klageantwort darzulegen, welche Tatsachenbe-
hauptungen der Klägerin im Einzelnen anerkannt oder bestritten werden 
(Art. 222 Abs. 2 ZPO). Ein qualifiziertes (begründetes) Bestreiten kann ver-
langt werden bei einem Informationsgefälle zwischen den Parteien, wenn 
die an sich behauptungsbelastete Partei den massgebenden Tatsachen 
ferner steht als die Gegenpartei und dieser ergänzende Angaben zum Ge-
schehensablauf zumutbar sind.64 
Klagepatent EP 578 
83. 
In der Klageantwort bestreitet die Beklagte unter dem Titel «die angegriffe-
nen Nukleotide, Reagenzien-Kits und Verfahren verletzen EP 578 nicht» 
ausschliesslich, dass die von der Klägerin vorgebrachten Beweismittel 
tauglich seien, eine Verletzung nachzuweisen. Auch in der Duplik, unter 
dem Titel «keine Verletzung von EP 578», bestreitet die Beklagte aus-
schliesslich, dass die Klägerin bewiesen habe, dass das Klagepatent 
EP 578 verletzt sei. 
Damit fehlt es an einer eigentlichen Bestreitung der Verletzung. Die Be-
klagte bestreitet zwar den Nachweis der Verletzung, aber nicht die Verlet-
zung als solche. Als unbestrittene tatsächliche Behauptung bedarf die Be-
hauptung, dass der Reagenzien-Kit «MGISEQ-2000RS High throughput 
Sequencing Kit Model: PE150» in den Schutzbereich des Klagepatents EP 
578 fällt, daher keines Beweises. 
Die Bestreitungen der Beklagten sind auch deshalb nicht überzeugend, 
weil die Herstellerin der Reagenzien-Kits, die MGI Tech Co., Ltd., Shenzen, 
China, in ausländischen Verfahren zugestanden hat, dass diese modifi-
zierte Nukleotidmoleküle gemäss Anspruch 1 enthalten, die am dritten C-
Atoms des Zuckers eine Azidomethylgruppe als Blockiergruppe aufweisen 
(Landgericht Düsseldorf, Urteil 4a O 31/19 vom 3. November 2020, S. 26 
f.; Landgericht Düsseldorf, Urteil 4a O 27/20 vom 27. April 2021, S. 19 ff., 
insb. S. 22; Urteil [2021] EWHC 57 (Pat) des High Court of Justice for Eng-
land and Wales vom 20. Januar 2021, E. 14: «Claims 1, 7, 12, 20 and 24 
 
64 BGer, Urteil 4A_36/2021 vom 1. November 2021, E. 5.1.3 (nicht publ. in BGE 
148 III 11), unter Hinweis auf BGE 133 III 43 E. 4.1; Urteile 4A_251/2020 vom 29. 
September 2020 E. 3.7.1, 4A_296/2017 vom 30. November 2017 E. 1.4.5. 


O2020_011 
Seite 114 
of the 578 patent (claim set A) are alleged to be infringed by all three sys-
tems. MGI does not admit infringement of claim 20 (claim set A) by the two 
colour or DNBSEQ E variants. The other allegations are admitted.»). 
84. 
Erachtet man einen Beweis dennoch als notwendig, so wird verwiesen auf 
die Begründung im Teilurteil O2019_007 vom 19. November 2021, E. 85 ff. 
Klagepatent EP 412 
85. 
Auch in Bezug auf das Klagepatent EP 412 bestreitet die Beklagte nicht 
ausdrücklich, dass die angegriffenen Ausführungsformen in den Schutzbe-
reich der geltend gemachten Ansprüche fallen, insbesondere Ascorbin-
säure bzw. ein Salz davon enthalten, sondern nur, dass die Klägerin dies 
zweifelsfrei nachgewiesen habe. Damit hat auch der Eingriff in den Schutz-
bereich des Klagepatents EP 412 als unbestritten zu gelten. 
Es kommt hinzu, dass die Bestreitungen der Beklagten zum fehlenden 
Nachweis des Vorhandenseins von Ascorbinsäure im Puffer der angegrif-
fenen Reagenzien auf jeden Fall keine begründete Bestreitung der vorge-
worfenen Verletzungshandlungen ist. Die Beklagte argumentiert, die von 
der Klägerin verwendeten Analysemethoden seien nicht geeignet, die Ste-
reoisomere der Ascorbinsäure zu unterscheiden. Die beobachteten Sig-
nale könnten auch durch L-Isoascorbinsäure verursacht worden sein. Da-
mit wird wie bereits gesagt nicht die Verletzung als solche bestritten, son-
dern nur deren Nachweis. 
Soweit die Beklagte sich implizit auf den Standpunkt stellt, die Reagenzien 
für die von ihr vertriebenen Sequenziergeräte enthielten L-Isoascorbin-
säure, ist die Bestreitung unbegründet. Die Beklagte ist dem Sachverhalt 
näher als die Klägerin, es besteht ein offensichtliches Informationsgefälle. 
Zwar stellt sie die angegriffenen Reagenzien nicht selbst her, aber sie ist 
Vertriebspartnerin der Herstellerin in der Schweiz. Die Herstellerin ist er-
sichtlich an der Instruktion des vorliegenden Verfahrens beteiligt, was sich 
unter anderem daran zeigt, dass eine Vertreterin der MGI Tech Co., Ltd., 
an der Hauptverhandlung teilgenommen hat. Als Vertriebspartnerin ist die 
Beklagte für die Inverkehrsetzung in der Schweiz verantwortlich, sie kann 
sich nicht auf den Standpunkt zurückziehen, die Zusammensetzung der 
von ihr (zukünftig) vertriebenen Reagenzien nicht zu kennen. 


O2020_011 
Seite 115 
Bei den Vorwürfen der Klägerin handelt es sich nicht um blosse Spekulati-
onen, sondern um durch grundsätzlich geeignete Analysen untermauerte 
konkrete Behauptungen. Unter den Umständen darf man von der Beklag-
ten verlangen, dass sie belegt, welches anderes Antioxidans in den MGI-
Kits verwendet wird, wenn sie behauptet, dass es sich nicht um Ascorbin-
säure handelt.65 Es gibt kein zivilprozessuales Recht, den Gegner «auflau-
fen» und «dumm sterben» zu lassen.66 
86. 
Soweit man den Eingriff in den Schutzbereich als bestritten ansieht, ist er 
aus den im Teilurteil O2019_007 vom 19. November 2021, E. 92 ff., ge-
nannten Gründen bewiesen. 
Auskunfts- und Rechnungslegungsbegehren 
87. 
Gemäss Rechtsprechung des Bundespatentgerichts bildet Art. 66 lit. b 
PatG die materiellrechtliche Grundlage für den Auskunfts- und Rechnungs-
legungsanspruch auch wenn es um Informationen geht, die der Bezifferung 
der finanziellen Forderungen des Patentinhabers dienen.67 Trotz Kritik in 
der Lehre68 hält das Bundespatentgericht vor allem aus prozessökonomi-
schen Gründen an dieser Rechtsprechung fest.69 Müsste bereits in der ers-
ten Stufe der Stufenklage insbesondere auch zum Verschulden plädiert 
und eventuell Beweis erhoben werden, würde das Verfahren erheblich 
kompliziert und verlängert. 
Der Umfang dieses Auskunfts- und Rechnungslegungsanspruchs ergibt 
sich aus seinem Zweck, der Patentinhaberin den Nachweis ihrer finanziel-
len Gutmachungsansprüche zu ermöglichen, soweit sie die Beweislast 
trägt.70 Daraus folgt, dass die Beklagte nur soweit zur Auskunft verpflichtet 
werden kann, als die Auskünfte (und Unterlagen) geeignet sind, den von 
ihr mit den patentverletzenden Produkten erzielten Bruttoumsatz zu bezif-
fern. Hingegen hat die Klägerin keinen Rechtsanspruch darauf, dass die 
 
65 Unbestritten ist, dass die Reagenzien irgendein Antioxidans enthalten; die 
Beklagte bestreitet nur, dass der Klägerin der Nachweis gelungen ist, dass es sich 
um Ascorbinsäure handelt. 
66 Kuko ZPO-OBERHAMMER, Art. 52 N 6 (Verstoss gegen Treu und Glauben). 
67 BPatGer, Urteil O2012_008 vom 25. August 2015, E. 5.4 – «elektrostatische 
Pulversprühpistole». 
68 Baechler, Die Stufenklage, sic! 2017, 1 ff., 9. 
69 BPatGer, Urteil O2015_018 vom 15. Juni 2018, E. 58 – «instrument d’écriture». 
70 BPatGer, Teilurteil O2017_007 vom 1. November 2019, E. 85 – «animierte 
Lunge». 


O2020_011 
Seite 116 
Beklagte ihre Gestehungskosten darlegt, da dafür die Beklagte die Beweis-
last trägt. 
88. 
Die Klägerin verlangt Auskunft über Abnehmer von MGI-Reagenzien-Kits 
(genaue Bezeichnungen gemäss Rechtsbegehren Nr. 1 des [zurückgezo-
genen] Massnahmebegehrens) sowie Rechnungslegung über verkaufte 
Produkte gemäss den Rechtsbegehren Nr. 1 bis 7 (Rechtsbegehren Nr. 9). 
Die Klägerin konnte nicht nachweisen, dass die Beklagte patentgemässe 
Reagenzien bereits angeboten hat; ihr Rechtsschutzinteresse ergibt sich 
ausschliesslich aus der drohenden zukünftigen Verletzung (Erstbege-
hungsgefahr). Entsprechend fehlt es ihr an einem Rechtsschutzinteresse 
daran, die Abnehmer der Reagenzien-Kits zu erfahren. Rechtsbegehren 
Nr. 8 ist daher abzuweisen. 
Hingegen hat die Beklagte, wenn auch nur kurzzeitig, Sequenziergeräte 
angeboten, die zur Verwirklichung der Verfahrensansprüche der 
Klagepatente geeignet sind (vorne, E. 20). Es ist zwar unwahrscheinlich, 
aber nicht ausgeschlossen, dass die Beklagte bereits ein oder mehrere 
Sequenziergeräte verkauft hat. Entsprechend hat die Klägerin ein 
Interesse daran, dass die Beklagte Rechnung legt über bereits erfolgte 
Verkäufe von Sequenziergeräten gemäss Rechtsbegehren Nr. 4 und 7. 
Rechtsbegehren Nr. 9 ist daher in dem Umfang gutzuheissen, als es sich 
auf die Sequenziergeräte bezieht. 
Zusammenfassung/zu gewährende Rechtsbegehren 
89. 
Ein Rechtsschutzinteresse der Klägerin an einem Unterlassungsurteil ist 
gegeben. Die geltend gemachten Ansprüche beider Klagepatente sind 
rechtsbeständig und verletzt. 
Rechtsbegehren Nr. 1 ist gutzuheissen. Damit entfällt das Rechtsschutz-
interesse an der Gutheissung der engeren Rechtsbegehren Nr. 2 und 3, 
auf die entsprechend nicht einzutreten ist (vorne, E. 15). 
Das auf den Vertrieb der Sequenziergeräte gerichtete Rechtsbegehren 
Nr. 4 ist gutzuheissen. 


O2020_011 
Seite 117 
Rechtsbegehren Nr. 5, das sich gegen die Kits mit Ascorbinsäure richtet, 
ist gutzuheissen, ebenso Nr. 6, das neben Nr. 5 steht und etwas anderes 
verbietet (vorne, E. 15). 
Rechtsbegehren Nr. 7, das sich gestützt auf Klagepatent EP 412 gegen 
den Vertrieb der Sequenziergeräte richtet, ist gutzuheissen. 
Auf Rechtsbegehren Nr. 8 (Auskunft über Abnehmer von Reagenzien) ist 
mangels Nachweises, dass bereits Reagenzien angeboten wurden, nicht 
einzutreten. 
Rechtsbegehren Nr. 9 ist teilweise gutzuheissen, soweit die Rechnungs-
legung sich auf den Verkauf von Sequenziergeräten gemäss Rechtsbe-
gehren Nr. 4 und 7 bezieht. 
Vollstreckungsmittel 
90. 
Gemäss Art. 343 Abs. 1 ZPO kann eine Verpflichtung zum Tun, Unterlas-
sen oder Dulden durch indirekten Zwang (Ordnungsbusse, Bestrafung 
nach Art. 292 StGB) vollstreckt werden. Auf Antrag der obsiegenden Partei 
kann bereits das erkennende Gericht Vollstreckungsmassnahmen anord-
nen (Art. 236 Abs. 3 ZPO). 
Die Bestrafung wegen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen 
(Art. 292 StGB) und das Ordnungsgeld nach Art. 343 Abs. 1 lit. b und c 
ZPO können nach h.L. verbunden werden, eine Verbindung wird aber we-
gen der Rechtsklarheit «nicht empfohlen».71 Die Ordnungsbusse nach 
Art. 343 Abs. 1 lit. b und c ZPO kann als Zwangsgeld auch gegen juristi-
sche Personen verhängt werden, während sich die Ungehorsamkeitsstrafe 
nach Art. 292 StGB nur an natürliche Personen richtet.72 
91. 
Vorliegend hat die Klägerin beantragt, die Verpflichtungen zum Tun und 
Unterlassen gemäss den Rechtsbegehren Nr. 1, 4, 5, 7 und 9 mit der An-
drohung von Ordnungsbusse gegenüber der Beklagten und Ungehorsam-
keitsstrafe gegen deren Organe zu verbinden. In der deutschen Überset-
zung gemäss der Rechtsbegehren der Klägerin vom 22. Februar 2022 hat 
sich ein offensichtlicher Fehler eingeschlichen. Gemeint ist offensichtlich 
 
71 STAEHELIN, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger (Hrsg.), Kommentar zur 
Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO), 3. Aufl. Zürich 2016, Art. 343 N 18 
m.W.H. 
72 BSK ZPO-ZINSLI, Art. 343 N 15, 20. 


O2020_011 
Seite 118 
die Bestrafung nach Art. 292 StGB, nicht Art. 292 ZGB. In der englischen 
Fassung der Rechtsbegehren wird die Abkürzung «CC» verwendet, die so-
wohl für «Criminal Code» wie auch für «Civil Code» stehen kann. 
Die Androhung der Vollstreckungsmassnahmen bereits durch das erken-
nende Gericht ist sachgerecht, da dadurch ein eventuelles Vollstreckungs-
verfahren beschleunigt wird. Da sich Ordnungsbusse und Ungehorsam-
keitsstrafe nicht an die gleichen Personen richten, besteht auch nicht die 
von der Lehre kritisierte Gefahr der fehlenden Rechtsklarheit. 
Die Anträge auf Androhung von indirektem Zwang gemäss Rechtsbegeh-
ren Nr. 1, 4, 5, 7 und 9 sind entsprechend gutzuheissen, wobei ausdrück-
lich zu erwähnen ist, dass die Bestrafung nach Art. 292 StGB mit Busse 
erfolgt. 
Kosten und Entschädigungsfolgen 
92. 
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten- und Entschä-
digungsfolgen zu regeln (Art. 106 ZPO). 
Die Klägerin beziffert den Streitwert in ihrer Klage gesamthaft mit 
CHF 1 Mio., 
wovon 
CHF 25’000 
auf 
das 
Massnahmeverfahren 
(S2020_004) entfallen. Den Streitwert des Hauptverfahrens beziffert sie mit 
CHF 975’000, was von der Beklagten «für Zwecke der Streitwertbestim-
mung» akzeptiert wird. 
Ausgehend von einem Streitwert von CHF 975’000 und unter Berücksich-
tigung der aussergewöhnlichen Komplexität der Streitsache ist die Ge-
richtsgebühr auf CHF 60’000 festzusetzen, auch wenn die finanziellen 
Wiedergutmachungsansprüche nicht beurteilt werden (vgl. Art. 1 KR-Pat-
Ger). Die Gerichtskosten sind aus dem Vorschuss der Klägerin zu bezie-
hen; die Beklagte hat der Klägerin die Kosten zu erstatten (vgl. Art. 106 
Abs. 1 ZPO). 
93. 
Die Unterlassungsbegehren der Klägerin werden in einem erheblichen 
Umfang gutgeheissen; sie erhält den beantragten Unterlassungstitel im 
breitest beantragten Umfang. Ihr Auskunftsbegehren wird teilweise gutge-
heissen. Zwar obsiegt die Klägerin nicht vollumfänglich, es ist aber nicht zu 
übersehen, dass sie zur Hauptsache obsiegt. Es rechtfertigt sich, der Be-
klagten 90% der Kosten und der Klägerin 10% der Kosten aufzuerlegen. 


O2020_011 
Seite 119 
Die Gerichtsgebühr ist mit dem von der Klägerin geleisteten Kostenvor-
schuss zu verrechnen und die Beklagte hat der Klägerin die Kosten im Um-
fang von 90% (CHF 54’000) zu ersetzen (vgl. Art. 106 Abs. 1 ZPO). 
Im entsprechend reduzierten Umfang ist die Beklagte entschädigungs-
pflichtig. Die Parteientschädigung für die berufsmässige rechtsanwaltliche 
Vertretung ist auf CHF 60’000 festzusetzen (vgl. Art. 5 KR-PatGer), ent-
sprechend hat die Beklagte der Klägerin per Saldo CHF 48’000 zu erstat-
ten (0,9 * CHF 60’000 – 0,1 * CHF 60’000). 
94. 
Die Auslagen für die patentanwaltliche Unterstützung im Prozess können 
praxisgemäss als notwendige Auslagen erstattet werden (Art. 32 PatGG 
i.V.m. Art. 3 lit. a KR-PatGer; entspricht Art. 95 Abs. 3 lit. a ZPO), allerdings 
nur bis zur tatsächlichen Höhe, oder, wenn diese die Entschädigung für die 
berufsmässige anwaltliche Vertretung gemäss Tarif übersteigt, «von der 
Grössenordnung her im Bereich der rechtsanwaltlichen Entschädigung» 
des Anwalts gemäss KR-PatGer. 73 
Für die patentanwaltliche Beratung macht die Klägerin insgesamt 
CHF 237’811.50 geltend. Die Beklagte beantragt, den Ersatz für die not-
wendigen Auslagen für den Patentanwalt auf die tarifliche Entschädigung 
für die berufsmässige rechtsanwaltliche Vertretung zu kürzen. Sie selbst 
macht Auslagen für den Patentanwalt von CHF 70’116.05 geltend. 
Der vorliegende Streitfall ist zweifelsfrei in technischer Hinsicht ausseror-
dentlich komplex; nicht nur werden zwei Klagepatente aus unterschiedli-
chen Patentfamilien geltend gemacht, sondern der Stand der Technik be-
schlägt auch mehrere technische Gebiete – neben der Biochemie insbe-
sondere auch die physikalische Chemie (Fluoreszenz). Gleichwohl ist zu 
berücksichtigen, dass der Parallelprozess (O2019_007) dieselben Klage-
patente zum Gegenstand hatte, die Klägerin sowie die Vertreter beider Par-
teien identisch sind und dass der Prozessstoff in weiten Teilen übernom-
men werden konnte. Das zeigt sich auch an den bedeutend tieferen Aus-
lagen der Beklagten. Der Aufwand von rund CHF 240’000 scheint vor die-
sem Hintergrund unangemessen hoch. 
 
73 
BPatGer, 
Urteil 
O2016_009 
vom 
18. Dezember 
2018, 
E. 64 
– 
«Durchflussmessfühler»; Urteil S2018_001 vom 23. Mai 2018, E. 5; Urteil 
O2015_009 vom 21. März 2018, E. 11.2; Urteil O2012_43 vom 10. Juni 2016, 
E. 5.5. 


O2020_011 
Seite 120 
Unter Berücksichtigung der grossen Schwierigkeit des Falles, die vor allem 
durch die technischen Fragen bedingt ist, rechtfertigt es sich, den Ersatz 
für die Kosten der notwendigen Unterstützung durch den Patentanwalt hö-
her zu bemessen als die tarifliche Entschädigung des Rechtsanwalts und 
auf CHF 80’000 festzulegen. Per Saldo hat die Beklagte der Klägerin als 
Ersatz 
für 
notwendige 
Auslagen 
CHF 65’000 
zu 
erstatten 
(0,9 * CHF 80’000 – 0,1 * CHF 70’116.05, gerundet). 
Die Beklagte ist demnach zu verpflichten, der Klägerin eine reduzierte Par-
teientschädigung 
von 
insgesamt 
CHF 113’000 
(CHF 48’000 
plus 
CHF 65’000) zu bezahlen. 
 
Das Bundespatentgericht erkennt: 
1. In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 1 wird der Beklagten unter An-
drohung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5’000 
gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe 
gemäss Art. 292 StGB mit Busse im Falle der Zuwiderhandlung verbo-
ten, das folgende Erzeugnis in die Schweiz einzuführen, aus der 
Schweiz auszuführen, in der Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu 
verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu bringen, oder in der 
Schweiz zu lagern: 
− ein modifiziertes Nukleotidmolekül 
− umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und 
− eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckereinheit 
− mit einer entfernbaren 3'-OH Blockierungsgruppe, die kovalent da-
ran gebundenen ist, 
− so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -O-Z 
gebunden ist, 
− wobei es sich bei Z um Azidomethyl (-CH2-N3) handelt. 
2. In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 4 wird der Beklagten unter An-
drohung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5’000 
gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe 
gemäss Art. 292 StGB mit Busse im Falle der Zuwiderhandlung verbo-
ten, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 


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Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz 
in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern: 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit einem Erzeugnis, das Erzeug-
nis umfassend: 
− 
ein modifiziertes Nukleotidmolekül 
 
− 
umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und 
− 
eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckereinheit 
− 
mit einer entfernbaren 3'-OH Blockierungsgruppe, die kovalent da-
ran gebundenen, 
− 
so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -O-Z 
gebunden ist, 
− 
wobei es sich bei Z um Azidomethyl (-CH2-N3) handelt. 
3. In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 5 wird der Beklagten unter An-
drohung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5’000 
gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe 
gemäss Art. 292 StGB mit Busse im Falle der Zuwiderhandlung verbo-
ten, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz 
in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern: 
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden einer Temp-
late-Nukleinsäure in einem Sequenzierungsverfahren durch Synthese 
(sequencing-by-synthesis), 
wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte um-
fasst: 
(a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nukleotide in 
einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären 
Nukleinsäurestrang, und 
(b) Bestimmung der Identität von einem oder mehreren der eingebau-
ten Nukleotide, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz 
davon enthält. 
4. In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 6 wird der Beklagten unter An-
drohung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5’000 
gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe 


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gemäss Art. 292 StGB mit Busse im Falle der Zuwiderhandlung verbo-
ten, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz 
in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern: 
Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden einer Temp-
late-Nukleinsäure in einem Sequenzierungsverfahren durch Synthese 
(sequencing-by-synthesis), 
wobei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte um-
fasst: 
(a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nukleotide in 
einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären 
Nukleinsäurestrang, und 
(b) Bestimmung der Identität von einem oder mehreren der eingebau-
ten Nukleotide, 
umfassend 
− 
ein oder mehrere fluoreszenzmarkierte Nukleotide, wobei die Flu-
oreszenzmarkierung über einen spaltbaren Linker mit den Nukle-
otiden verknüpft ist, 
− 
DNA-Polymerase 
− 
und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält 
bzw. Ascorbinsäure oder einem Salz davon bereitstellt. 
5. In Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 7 wird der Beklagten unter An-
drohung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 5’000 
gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Organe 
gemäss Art. 292 StGB mit Busse im Falle der Zuwiderhandlung verbo-
ten, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz anzubieten, in der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz 
in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern: 
ein Sequenziergerät zur Verwendung mit Kits zur Sequenzierung von 
mindestens zwei Nukleotiden einer Template-Nukleinsäure in einem Se-
quenzierungsverfahren durch Synthese (sequencing-by-synthesis), wo-
bei das Verfahren die folgenden, sich wiederholenden Schritte umfasst: 
(a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszenzmarkierter Nukleotide in 
einen zu der besagten Template-Nukleinsäure komplementären 
Nukleinsäurestrang, und 


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(b) Bestimmung der Identität von einem oder mehreren der eingebau-
ten Nukleotide, 
wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz 
davon enthält. 
6. Auf die Rechtsbegehren Nr. 2, 3 und 8 wird nicht eingetreten. 
7. In teilweiser Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 9 wird die Beklagte 
unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zu-
widerhandlung gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. c ZPO, mindestens aber CHF 
5’000 gemäss Art. 343 Abs. 1 lit. b ZPO, sowie der Bestrafung ihrer Or-
gane gemäss Art. 292 StGB mit Busse im Falle der Zuwiderhandlung 
verpflichtet, innerhalb von 60 Tagen nach Rechtskraft dieses Urteils 
nach anerkannten Grundsätzen der Rechnungslegung detailliert Re-
chenschaft abzulegen und Auskunft zu erteilen über die Bruttoeinnah-
men, die mit dem In-Verkehr-Bringen der Sequenziergeräte gemäss 
Dispositiv Ziff. 2 und 5 erzielt wurden. 
8. Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf CHF 60’000. 
9. Die Kosten werden zu 10% der Klägerin und zu 90% der Beklagten auf-
erlegt. Die Gerichtsgebühr wird mit dem von der Klägerin geleisteten 
Kostenvorschuss verrechnet und die Beklagte hat der Klägerin die Kos-
ten im Umfang von 90% (CHF 54’000) zu ersetzen 
10. Die Beklagte wird verpflichtet, der Klägerin eine reduzierte Parteient-
schädigung von CHF 113’000 zu bezahlen. 
11. Schriftliche Mitteilung an die Parteien unter Beilage des Verhandlungs-
protokolls sowie an das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum 
(nach Eintritt der Rechtskraft), je gegen Empfangsbestätigung. 
Rechtsmittelbelehrung: 
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bun-
desgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in Zivilsachen geführt werden 
(Art. 72 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 
[BGG, SR 173.110]). Die Frist ist gewahrt, wenn die Beschwerde spätes-
tens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu des-
sen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplo-
matischen oder konsularischen Vertretung übergeben worden ist (Art. 48 
Abs. 1 BGG). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und 
hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die 


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Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismit-
tel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizule-
gen (vgl. Art. 42 BGG). 
 
St. Gallen, 2. November 2022 
Im Namen des Bundespatentgerichts 
Präsident 
Gerichtsschreiber 
 
 
Dr. iur. Mark Schweizer 
MLaw Sven Bucher 
 
Versand: 3. November 2022