bger · 1C_392/2025 · 2026-06-09 · fr
Refus d'autorisation de construire; ordre de remise en état,
Aménagement du territoire et droit public des constructions


Bundesgericht

Tribunal fédéral

Tribunale federale

Tribunal federal

1C_392/2025

Arrêt du 9 juin 2026

Ire Cour de droit public

Composition

MM. les Juges fédéraux Haag, Président,

Chaix et Merz.

Greffière : Mme Tornay Schaller.

Participants à la procédure

1. A.A.________,

2. B.A.________,

tous les deux représentés par Maîtres Guillaume Francioli et Manuel Jaquier,

recourants,

contre

Département du territoire du canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8,

Commune de Confignon,

Promenade des Rêveries 2, 1232 Confignon.

Objet

recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, du 3 juin 2025 (A/3570/2023-LCI, ATA/621/2025).

Faits :

A.

A.A.________ et B.A.________, agriculteurs, sont copropriétaires de la parcelle n° 11'040 de la commune de Confignon. Le premier est aussi propriétaire de la parcelle adjacente n° 11'041.

Ces parcelles sont situées en zone de développement 3, avec pour zone d'affectation primaire (ou zone de fond) la zone agricole. Un plan localisé de quartier (PLQ), référencé sous n° 30'087 Cherpines, a été mis à l'enquête publique du 11 octobre au 11 novembre 2024. Le 8 mars 2026, le corps électoral de Confignon a rejeté le préavis favorable du Conseil municipal relatif au projet de PLQ.

B.

Le 29 juin 2021, A.A.________ et B.A.________ ont conclu un contrat de bail à loyer avec l'ancien département des infrastructures, avec un terme prévu au 31 décembre 2023, portant sur la location d'une majeure partie de la parcelle n° 11'040 (10'032 m2 sur 11'955 m2), afin de permettre un stockage des terres liées aux travaux de l'extension du tramway Genève - Saint-Julien.

Le 24 septembre 2021, à la suite d'une dénonciation, le Département du territoire du canton de Genève (ci-après: Département) a ouvert un dossier d'infraction sous le numéro I-7'810 portant sur la parcelle n° 11'040. Étaient en cause plusieurs éléments constructifs situés sur la parcelle, soit une zone de dépôt, l'aménagement d'un parking au nord, l'aménagement d'un parking en enrobé et la construction d'une base de vie en containers au sud.

Le 13 mai 2022, après avoir réalisé un reportage photographique de la parcelle n° 11'040 le 3 mai 2022, le Département a ordonné à A.A.________ et B.A.________ de déposer une requête d'autorisation de construire concernant l'aménagement d'une zone de dépôt clôturée et l'aménagement d'un parking clôturé au nord de la parcelle n° 11'040 (surface S4).

C.

Parallèlement, le 3 mai 2022, un collaborateur du Département a effectué un transport sur place sur la parcelle n° 11'041. Il a constaté l'aménagement d'une zone de dépôt de matériel et la construction d'un dépôt en bois et en containers au nord de la parcelle, ainsi que l'entreposage de plusieurs containers, la construction d'un couvert à voitures et l'installation d'une clôture bâchée. Une procédure d'infraction a été ouverte sous le numéro I-8'111.

Par décision du 17 juin 2022, le Département a ordonné à B.A.________ de rétablir une situation conforme au droit d'ici au 29 août 2022 en procédant à l'enlèvement des éléments constatés le 3 mai 2022 sur la parcelle n° 11'041 et à la remise en état du terrain naturel.

D.

Le 24 août 2022, A.A.________ a déposé une demande définitive d'autorisation de construire, en vue de la mise en conformité partielle des infractions I-7'810 et I-8'111. Le projet portait sur l'aménagement d'une surface de dépôt de matériel sur les parcelles n os 11'040 et 11'041 pour une durée provisoire de 54 mois.

Lors de l'instruction de la requête, l'Office de l'urbanisme, l'Office cantonal de la nature et de l'agriculture, le Service de géologie, sols et déchets et la commune ont préavisé défavorablement le projet.

Par décision du 29 septembre 2023, le Département a refusé de délivrer l'autorisation de construire sollicitée, faisant siens les préavis défavorables précités. A.A.________ et B.A.________ ont recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après: TAPI) contre le refus de délivrer l'autorisation de construire (cause A/3570/2023).

Par décisions séparées du 13 octobre 2023, le Département a ordonné à A.A.________ et B.A.________ de rétablir une situation conforme au droit, d'ici au 8 décembre 2023, en procédant à la suppression, à l'évacuation et à la démolition de la zone de dépôt au nord de la parcelle n° 11'040, y compris les clôtures (1), et du parking au nord de la parcelle (2) ainsi qu'en procédant à la remise en état du terrain naturel. Une amende de 1'000 francs a en outre été infligée à chacun des intéressés. Le montant des amendes tenait compte de la gravité de l'infraction commise et notamment du fait que la zone concernée se situait hors de la zone à bâtir. A.A.________ et B.A.________ ont recouru auprès du TAPI contre la décision de remise en état de la parcelle n° 11'040 et les amendes de 1'000 francs infligées à chacun d'eux, concluant à leur annulation (cause A/3787/2023).

Par jugement du 27 juin 2024, le TAPI a rejeté les recours concernant les causes A/3570/2023 et A/3787/2023. Par arrêt ATA/621/2025 du 3 juin 2025, la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours déposé par A.A.________ et B.A.________ contre le jugement du 27 juin 2024.

E.

En parallèle, par décision du 6 octobre 2023, le Département a ordonné à B.A.________ la remise en conformité au droit de la parcelle n° 11'041, en procédant à la suppression de la zone de dépôt de matériel, du dépôt en bois et en containers au nord de la parcelle ainsi que des containers, du couvert à voitures, de la clôture bâchée et à la remise en état du terrain naturel. Une amende de 2'000.- lui a en outre été infligée.

Par courrier du 16 février 2024, s'excusant de l'erreur d'adressage, le Département a annulé les décisions des 17 juin 2022 et 6 octobre 2023 adressées par erreur à B.A.________. Par décision du 15 mars 2024, le Département a ordonné à A.A.________ la remise en état de la parcelle n° 11'041 (I-8'111) et a prononcé une amende de 2'000 francs.

Le 17 avril 2024, A.A.________ a recouru auprès du TAPI contre cette décision (cause A/1296/2024).

Par jugement du 31 octobre 2024, le TAPI a déclaré irrecevable le recours portant sur la cause A/1296/2024, pour défaut de motivation. Par arrêt ATA/622/2025 du 3 juin 2025, la Cour de justice a admis le recours contre ce jugement et a renvoyé la cause au TAPI pour permettre au recourant de compléter la motivation de son recours en application de l'art. 65 al. 2 de la loi genevoise sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA; rsGE E 5 10).

F.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A.________ et B.A.________ demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt ATA/621/2025 du 3 juin 2025, d'octroyer l'autorisation de construire et d'annuler l'ordre de remise en état du 13 octobre 2023. Ils concluent subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale de dernière instance pour nouvelle décision au sens des considérants.

La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Office fédéral du développement territorial et le Département concluent au rejet du recours. Les recourants répliquent.

Par ordonnance du 4 août 2025, le Juge présidant de la I re Cour de droit public du Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif en ce qui concerne l'ordre de remise en état.

Considérant en droit :

1.

Dirigé contre une décision finale (
art. 90 LTF
) prise en dernière instance cantonale (
art. 86 al. 1 let
. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (
art. 82 let. a LTF
) et déposé en temps utile (
art. 100 al. 1 LTF
), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les
art. 82 ss LTF
, aucune des exceptions prévues à l'
art. 83 LTF
n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant la Cour de justice. En tant que destinataires de l'ordre de remise en état et du refus d'octroyer l'autorisation de construire sollicitée, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué et peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que la décision attaquée soit annulée (
art. 89 al. 1 LTF
).

Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a en principe lieu d'entrer en matière sur le recours.

2.

Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se prévalent d'une violation de leur droit d'être entendus (
art. 29 al. 2 Cst.
), à deux titres.

2.1.
Les recourants reprochent d'abord à la cour cantonale d'avoir renoncé à effectuer un transport sur place.

2.1.1.
Le droit d'être entendu garanti par l'
art. 29 al. 2 Cst.
comprend notamment le droit de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (
ATF 148 II 73
consid. 7.3.1;
145 I 167
consid. 4.1). De jurisprudence constante, l'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (
ATF 145 I 167
consid. 4.1;
144 II 427
consid. 3.1.3). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle tire des conclusions insoutenables (
ATF 148 IV 39
consid. 2.3.5;
143 IV 500
consid. 1.1).

Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'
art. 106 al. 2 LTF
(
ATF 146 I 62
consid. 3).

2.1.2.
En l'espèce, la cour cantonale a considéré que le transport sur place n'était pas nécessaire car les reportages photographiques versés au dossier ainsi que les préavis rendus par les instances spécialisées étaient suffisants pour apprécier l'impact visuel, sonore et environnemental des installations et amas de terre présents sur les parcelles en cause. L'instance précédente a ajouté que les recourants ne sauraient prétendre de bonne foi que le reportage photographique et les préavis ne seraient plus d'actualité au vu de l'année écoulée depuis les faits litigieux, les intéressés ayant au contraire indiqué, dans leur acte de recours, que la situation était restée inchangée depuis plusieurs années; au demeurant, dans leur réplique, ils n'ont pas expliqué ni documenté en quoi la situation aurait changé depuis une année. La Cour de justice a ajouté qu'elle disposait d'un dossier complet qui lui permettait de statuer en connaissance de cause car les recourants s'étaient exprimés de manière circonstanciée par écrit sur l'objet du litige et avaient produit des pièces; il en allait de même du Département et de la commune.

Les recourants soutiennent au contraire qu'un transport sur place serait nécessaire pour évaluer le faible impact visuel et sonore des installations et des amas de terres présents sur la parcelle n° 11'040; cette mesure d'instruction devait aussi permettre de recenser précisément les constructions et installations concernées pour pouvoir déterminer celles qui étaient conformes à la zone et celles qui pourraient bénéficier d'une dérogation.

Ces éléments ressortent cependant des plans et des nombreuses photographies figurant dans le dossier. Ainsi, les recourants ne démontrent pas que la Cour de justice aurait procédé à une appréciation anticipée des preuves entachée d'arbitraire en renonçant à procéder à une inspection locale. Dans ces conditions, le grief de la violation du droit d'être entendu peut être rejeté.

2.2.
Les recourants font aussi grief à la cour cantonale d'avoir insuffisamment motivé son arrêt.

2.2.1.
Le droit d'être entendu implique aussi pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (
ATF 142 II 154
consid. 4.2 et les arrêts cités). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision. En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'
art. 29 al. 2 Cst.
si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (
ATF 141 V 557
consid. 3.2.1). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'
art. 106 al. 2 LTF
(
ATF 146 I 62
consid. 3).

2.2.2.
En l'occurrence, les recourants reprochent à la Cour de justice de ne pas avoir procédé à une analyse détaillée de chaque construction et de chaque élément de l'aménagement litigeux pour déterminer s'il était conforme à la zone agricole et d'avoir utilisé le conditionnel pour qualifier certains aménagements. Ils lui font aussi grief de leur reprocher de ne pas avoir expliqué en quoi ce matériel serait indispensable pour leur activité agricole. Ils critiquent encore le fait que la cour cantonale a retenu qu'ils avaient un intérêt important au maintien des aménagements, tout en niant leur conformité à la zone agricole.

Partant, les recourants confondent défaut de motivation et caractère éventuellement erroné du raisonnement (cf.
ATF 141 V 557
consid. 3.2.1). La lecture de l'arrêt attaqué permet de comprendre sans difficulté la motivation retenue par la Cour de justice sur la non-conformité à la zone agricole des aménagements litigieux (voir infra consid. 5) et la proportionnalité de l'ordre de remise en état (voir infra consid. 6). Cela n'a d'ailleurs pas échappé aux recourants, qui sont précisément en mesure d'attaquer la décision sur ces points. Par conséquent, le grief de la violation du droit d'être entendu s'avère mal fondé dans la faible mesure de sa recevabilité.

3.

Les recourants reprochent ensuite à la cour cantonale de ne pas avoir confirmé le refus du TAPI de joindre les causes A/3570/2023 et A/1296/2024. Ils font valoir une application arbitraire de l'
art. 70 LPA
.

3.1.
Lorsque le Tribunal fédéral revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal uniquement sous l'angle de l'arbitraire, il ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible. En outre, pour qu'une décision soit annulée au titre de l'arbitraire, il ne suffit pas qu'elle se fonde sur une motivation insoutenable; encore faut-il qu'elle apparaisse arbitraire dans son résultat (
ATF 148 II 465
consid. 8.1).

3.2.
L'
art. 70 LPA
prévoit que l'autorité peut, d'office ou sur requête, joindre en une même procédure des affaires qui se rapportent à une situation identique ou à une cause juridique commune (al. 1). La jonction n'est toutefois pas ordonnée si la première procédure est en état d'être jugée alors que la ou les autres viennent d'être introduites (al. 2).

3.3.
En l'espèce, les recourants soutiennent qu'il y aurait une dichotomie temporelle entre les procédures A/3570/2023 et A/1296/2024, qui soulèverait un risque concret de décisions contradictoires. Ils n'exposent cependant pas en quoi consisterait ce risque. Ce grief ne résiste par conséquent pas à l'examen. De plus, l'
art. 70 LPA
est de nature potestative et n'oblige pas le juge à joindre des causes quand bien même celles-ci seraient connexes (arrêt 1C_108/2026 du 2 mars 2026 consid. 4 et l'arrêt cité). S'ajoute à cela que, comme le relèvent les recourants, la cause A/1296/2024 a été renvoyée au TAPI, de sorte qu'elle n'est pas au même stade d'avancement que la procédure litigieuse. Or la jonction n'est possible que dans la mesure où elle ne retarde pas indûment l'instruction du premier recours (GRODECKI/JORDAN, Code annoté de procédure administrative genevoise, 2017, n° 894 ad
art. 70 LPA
p. 237). Il s'ensuit que la cour cantonale pouvait sans arbitraire confirmer le refus de jonction des causes.

Mal fondé, le grief doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.

4.

Sur le fond, les recourants soutiennent que, comme la demande de régularisation se rapporte à une autorisation de construire limitée dans le temps, la Cour de justice aurait dû appliquer les normes de la loi générale sur les zones de développement du 29 juin 1957 (LGZD; rsGE L 1 35). Ils font valoir une application arbitraire de l'art. 2 al. 1 LGZD.

4.1.
En droit genevois, selon l'art. 12 al. 4 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT; rsGE L 1 30), en vue de favoriser l'urbanisation, la restructuration de certains territoires, l'extension des villages ou de zones existantes, la création de zones d'activités publiques ou privées, le Grand Conseil peut délimiter des périmètres de développement, dits zones de développement, dont il fixe le régime d'affectation. Le Grand Conseil peut créer des zones de développement vouées à des affectations spécifiques qui précisent celles visées aux art. 19, 30 et 30A LaLAT ou au besoin s'en écartent. À l'intérieur de ces périmètres, le Conseil d'État peut, en vue de la délivrance d'une autorisation de construire, autoriser le département à faire application des normes résultant de la zone de développement, en lieu et place de celles de la zone à laquelle elle se substitue.

L'art. 2 al. 1 LGZD prévoit que la délivrance d'autorisations de construire selon les normes d'une zone de développement est subordonnée, sous réserve des demandes portant sur des objets de peu d'importance ou provisoires, à l'approbation préalable par le Conseil d'État d'un plan localisé de quartier au sens de l'art. 3 LGZD, assorti d'un règlement (let. a) et des conditions particulières applicables au projet, sauf pour des demandes portant sur des objets à édifier dans les périmètres de développement de la 5e zone résidentielle (let. b).

L'octroi d'une dérogation à l'obligation préalable d'adoption d'un plan localisé de quartier en application de l'art. 2 al. 2 LGZD n'est pas envisageable lorsque la zone de développement 3 se substitue à la zone agricole. En effet, lorsque la zone de fond est agricole, l'octroi d'une dérogation à l'obligation d'adopter un plan localisé de quartier pour délivrer directement une autorisation de construire pour un objet relevant d'une zone à bâtir contreviendrait à l'obligation de planifier tirée de l'
art. 2 LAT
(cf.
ATF 124 II 252
consid. 3; arrêt 1C_416/2018 du 15 juillet 2019 consid. 6.2).

4.2.
En l'espèce, l'instance précédente a rappelé que les parcelles nos 11'040 et 11'041 étaient situées en zone de développement 3, avec comme zone d'affectation primaire la zone agricole; un plan localisé de quartier (PLQ) était certes en cours d'élaboration dans la zone concernée mais les parcelles litigieuses n'étaient pas situées dans le périmètre d'un PLQ en force; par conséquent, c'étaient les normes applicables à la zone d'affectation primaire, soit en l'occurrence la zone agricole, qui trouvaient application, et non pas celles de la zone de développement.

Les recourants reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir pris en compte le fait que l'aménagement litigieux des parcelles était provisoire jusqu'à ce que le Conseil d'État adopte le PLQ et que les parcelles litigieuses changent d'affectation. Il est vrai que l'art. 2 al. 1 LGZD permet l'application des normes de la zone de développement sans PLQ en cas de demandes provisoires. L'utilisation de cette possibilité relève toutefois d'une appréciation des circonstances locales. Dans la mesure où il ne s'agit pas d'un projet temporaire s'intégrant dans une zone bâtie déjà largement densifiée mais d'aménagements dans une zone agricole vide de construction, la cour cantonale n'a pas fait preuve d'arbitraire en ne permettant pas l'application des normes de la zone de développement sans qu'un PLQ soit entré en force.

5.

Les recourants soutiennent encore que la cour cantonale aurait violé les
art. 16 et 22 LAT
(RS 700) en confirmant le refus d'autorisation de construire. Ils font valoir qu'une partie des éléments stockés sur la parcelle n° 11'040 serait liée à leur activité agricole de maraîchers et devrait pouvoir bénéficier d'une autorisation de construire en vertu des
art. 22, 16 et 16a LAT
.

5.1.
Selon l'
art. 22 LAT
, aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente (al. 1). L'autorisation est délivrée si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone et si le terrain est équipé (al. 2).

Selon l'
art. 16a LAT
, sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice (al. 1). Celles qui servent au développement interne d'une exploitation agricole ou d'une exploitation pratiquant l'horticulture productrice le sont également. Le Conseil fédéral règle les modalités (al. 2). Les constructions et installations dépassant le cadre de ce qui peut être admis au titre du développement interne peuvent être déclarées conformes à l'affectation de la zone et autorisées lorsqu'elles seront implantées dans une partie de la zone agricole que le canton a désignée à cet effet moyennant une procédure de planification (al. 3).

Selon l'art. 34 al. 1 à 3 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1), sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui servent à l'exploitation tributaire du sol ou au développement interne, ou qui sont - dans les parties de la zone agricole désignées à cet effet conformément à l'
art. 16a al. 3 LAT
- nécessaires à une exploitation excédant les limites d'un développement interne et qui sont utilisées pour la garde d'animaux de rente (al. 1 let. a) ou au logement indispensable à l'entreprise agricole, y compris le logement destiné à la génération qui prend sa retraite (al. 3).

L'
art. 34 al. 4 OAT
prévoit qu'une autorisation ne peut être délivrée que si la construction ou l'installation est nécessaire à l'exploitation en question (let. a); si aucun intérêt prépondérant ne s'oppose à l'implantation de la construction ou de l'installation à l'endroit prévu (let. b), et s'il est prévisible que l'exploitation pourra subsister à long terme (let. c).

La pesée des intérêts exigée à l'
art. 34 al. 4 let. b OAT
doit se faire à l'aune des buts et principes de l'aménagement du territoire énoncés aux
art. 1 et 3 LAT
, en particulier l'intérêt public tendant à prévenir le mitage du territoire (arrêt 1C_341/2019 du 24 août 2020 consid. 3.1.3).

5.2.
En l'occurrence, la demande d'autorisation porte sur l'aménagement d'une surface de dépôt de matériel, déjà réalisé, sur les parcelles nos 11'040 et 11'041, sises en zone agricole, pour une durée provisoire de 54 mois. La Cour de justice a considéré que les installations projetées ne pouvaient pas être considérées comme conformes à la zone agricole, si bien que la délivrance d'une autorisation de construire ordinaire n'était pas possible.

Pour ce faire, elle s'est fondée notamment sur le reportage photographique du 3 mai 2022 duquel il ressort que des affiches de C.________ SA, active dans la location, le montage et le démontage dans le domaine de l'échafaudage, ont été posées sur le pourtour de la partie nord de la parcelle n° 11'041; le matériel déposé semblait donc résulter de la location d'espaces de stockage à des tiers. L'instance précédente a aussi pris en compte le préavis défavorable de l'Office de l'urbanisme qui avait exposé, sans être contredit en cours de procédure par les recourants, que l'usage proposé à titre provisoire aurait trait au stockage de matériel de chantier, à une cabane de chantier et au stationnement de camionnettes sans lien avec l'activité agricole. L'instance précédente en a déduit que la destination de la construction en cause ne correspondait pas à la vocation agricole du sol et qu'elle ne servait ni à la préparation, ni au stockage ni à la vente de produits agricoles; la construction ne servait du reste pas non plus au logement indispensable à l'entreprise agricole des recourants.

La Cour de justice a ajouté que l'Office de l'urbanisme et l'Office cantonal de la nature et de l'agriculture, instance spécialisée en matière d'agriculture, avaient préavisé défavorablement le projet, relevant d'une part que les aménagements projetés n'étaient pas conformes à la zone, faute d'informations tangibles de la part du requérant sur son projet agricole à Perly et, d'autre part, que la nature et le volume du matériel stocké apparaissaient sans rapport avec l'activité agricole des requérants.

5.3.
Face à ce raisonnement détaillé, les recourants se contentent de relever sommairement que les affiches de C.________ SA sont fixées sur le pourtour de la partie nord de la parcelle n° 11'041, alors que l'ordre de remise en état litigieux se rapporte à la parcelle n° 11'040. Cette remarque manque de pertinence dans la mesure où la demande d'autorisation de construire déposée par les recourants porte sur les parcelles n os 11'040 et 11'401.

Pour le reste, alors que la cour cantonale le leur avait déjà reproché, les recourants ne fournissent toujours aucune explication sur les objets qu'ils souhaitent stocker. Ils n'exposent toujours pas en quoi le matériel déposé (matériel de chantier, cabane de chantier, camionnette non agricole, clôtures) aurait un lien avec une activité agricole. Ils n'expliquent pas non plus en quoi ce matériel serait indispensable pour leur activité agricole ni même en quoi il consisterait concrètement.

Dans ces circonstances, ils ne parviennent pas à démontrer que la Cour de justice aurait violé le droit fédéral en confirmant la non-conformité à la zone et en validant le refus d'autorisation. Mal fondé, le grief doit être écarté.

6.

Les recourants se plaignent enfin du caractère disproportionné de l'ordre de remise en état (
art. 5 al. 2 Cst.
) et d'une application arbitraire des art. 129 et 130 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; rsGE L 5 05).

6.1.
Lorsque l'état d'une construction, d'une installation ou d'une autre chose n'est pas conforme aux prescriptions de la LCI, des règlements qu'elle prévoit ou des autorisations délivrées en application de ces dispositions légales ou réglementaires, le département peut notamment en ordonner la remise en état, la réparation, la modification, la suppression ou la démolition (
art. 129 let
. e et 130 LCI).

6.2.
Selon la jurisprudence, l'ordre de supprimer une construction ou une installation réalisée sans droit et pour laquelle une autorisation ne pouvait être accordée n'est en soi pas contraire au principe de la proportionnalité. Celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit en effet s'attendre à ce que celle-ci se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (
ATF 123 II 248
consid. 4a). Toutefois, l'autorité peut renoncer à une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (
ATF 132 II 21
consid. 6;
123 II 248
consid. 3a/bb).

Le Tribunal fédéral examine en principe librement si une restriction de la propriété répond à un intérêt public et respecte le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui, ou de trancher de pures questions d'appréciation (
ATF 147 I 393
consid. 5.3.2). Le Tribunal fédéral doit alors examiner, dans le cadre des griefs soulevés (
art. 106 al. 2 LTF
), si la décision attaquée se prononce de façon complète sur les motifs d'intérêt public invoqués pour justifier l'atteinte au droit de propriété et si, dans la pesée des intérêts, les intérêts privés ont été pris en considération de manière adéquate (cf.
ATF 126 I 219
consid. 2c).

6.3.
En l'espèce, l'ordre de remise en état porte sur la zone de dépôt et le parking aménagés dans la partie nord de la parcelle n° 11'040, y compris les clôtures. La remise en état du terrain naturel a aussi été ordonnée.

Pour la cour cantonale, l'intérêt privé des recourants à maintenir les lieux en l'état ne l'emporte pas sur l'intérêt public à la préservation des zones agricoles et à la distinction essentielle entre espace bâti et non-bâti; cet intérêt public était fondamental, tandis que l'intérêt des recourants à continuer l'exploitation des aménagements réalisés, même s'il était important, ne saurait se voir reconnaître un poids prépondérant dans la balance des intérêts en présence, compte tenu de l'affectation agricole de la zone concernée; en outre et surtout, il apparaissait douteux que les aménagements réalisés soient nécessaires à la poursuite de leurs activités, au vu des éléments constatés le 3 mai 2022 lors du transport sur place, en particulier la présence d'affiches d'une société active dans la location, le montage et le démontage d'échafaudages ainsi que le stationnement de camionnettes et de voitures de type berline sans lien avec l'activité agricole des intéressés; il y avait aussi lieu de tenir compte du respect de la loi et du principe de l'égalité devant elle.

La Cour de justice a aussi pris en compte dans la pesée des intérêts l'atteinte portée au sol par les installations litigieuses. Elle s'est fondée sur le préavis du Service de géologie, sol et déchets (autorité spécialisée en matière de protection de l'environnement) qui avait considéré que le projet constituait une atteinte portée au sol non admissible, puisque les recourants n'avaient pas démontré que le projet n'avait pas d'incidence durable sur la fertilité des sols; quand bien même les recourants contestaient ce point de vue, ils n'apportaient aucune preuve de ce que la qualité des sols serait préservée; ils se limitaient en effet à soutenir que tel serait le cas dans la mesure où l'installation ne serait que temporaire, ce qui n'était toutefois pas suffisant pour s'écarter de l'avis de l'instance spécialisée.

6.4.
Pour contrer cette argumentation, les recourants soutiennent que l'ordre de remise en état ne remplirait pas la règle de la nécessité. Ils affirment que la Cour de justice aurait dû examiner la possibilité de réduire la durée de validité de l'autorisation de construire ou de soumettre l'autorisation de construire à une charge comme celle de devoir évacuer les aménagements dans un délai déterminé à partir du déménagement de l'entreprise agricole sur la commune de Perly. Ils précisent à cet égard que A.A.________ a déposé une demande d'autorisation pour transformer une serre en un hangar de stockage à Perly, publiée dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève du 25 mars 2025.

Les recourants perdent cependant de vue que les mesures alternatives qu'ils proposent ne sont pas aptes à atteindre le but d'intérêt public visé, en ce sens qu'il n'est pas démontré que les installations litigieuses ne portent pas atteinte à la fertilité du sol. Dans ce sens, tant le Service de géologie, sol et déchets que la commune ont indiqué dans leurs préavis négatifs que l'utilisation faite des parcelles n'était pas admissible puisqu'elle pouvait dégrader la qualité du sol et prétériter l'usage prévu pour des espaces publics plantés sur la parcelle.

Les recourants reprochent aussi à la cour cantonale de ne pas avoir respecté la condition de la proportionnalité au sens étroit en ne prenant pas en compte la limite temporelle de 54 mois que contient la demande d'autorisation de construire. Ils font aussi valoir que la cour cantonale aurait dû prendre en compte dans sa pesée des intérêts le passage prochain de la parcelle n° 11'040 en zone constructible avec l'adoption prochaine du PLQ. Ils affirment que, comme la parcelle litigieuse ne va pas rester en zone agricole

ad aeternam
, le retour à un territoire agricole exploitable serait abusif car la destination future de la zone sera urbaine et constructible. Le PLQ en question n'a toutefois toujours pas été adopté. Lors de la votation du 8 mars 2026, le corps électoral de Confignon a d'ailleurs rejeté le préavis favorable du Conseil municipal relatif au projet de PLQ. De plus, la mise en oeuvre d'une zone de développement à la suite de l'adoption d'un PLQ prend du temps, ce qui laisse une période durant laquelle la parcelle concernée conservera sa vocation agricole. Ainsi, les surfaces de la parcelle n° 11'040 louées par l'État de Genève pour la réalisation de la première étape de l'extension du tramway ont dû être rendues à l'agriculture à la fin du chantier en 2023, malgré le projet de PLQ. Par ailleurs, comme l'a relevé la cour cantonale, si, en cas d'adoption du PLQ, la zone concernée se verra certes appliquer les normes de la zone de développement et non plus celles de la zone agricole, cela ne signifie pas nécessairement qu'une construction y sera érigée. En effet, des espaces libres, privés ou publics, notamment des places, promenades et espaces verts sont prévues dans les PLQ. Ainsi, il existe un intérêt à ce que la qualité des sols soit conservée malgré l'adoption future d'un PLQ.

6.5.
En définitive, les recourants ne parviennent pas à démontrer que l'ordre de supprimer les aménagements litigieux réalisés sans droit et pour lesquels une autorisation ne peut être accordée serait contraire au principe de la proportionnalité. La Cour de justice n'a donc pas violé le principe de la proportionnalité en confirmant l'ordre de remise en état litigieux. Elle n'a pas non plus appliqué arbitrairement les art. 129 et 130 LCI.

7.

Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourants qui succombent (
art. 65 et 66 al. 1 LTF
). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (
art. 68 al. 3 LTF
).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.

Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.

2.

Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourants.

3.

Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants, au Département du territoire du canton de Genève, à la commune de Confignon, à la Cour de justice du canton de Genève (Chambre administrative) ainsi qu'à l'Office fédéral du développement territorial.

Lausanne, le 9 juin 2026

Au nom de la Ire Cour de droit public

du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Haag

La Greffière : Tornay Schaller