bger · 9C 689/2022 · 2023-04-12 · fr

Rappels d'impôt et amendes pour l'impôt à la source, périodes fiscales 2008 à 2013 | Finances publiques & droit fiscal

Bundesgericht II. Offentlich-rechtliche Abteilung 12.04.2023 9C 689/2022 (9C_689/2022)
Tribunal fédéral IIe Cour de droit public 12.04.2023 9C 689/2022 (9C_689/2022)
Tribunale federale II Corte di diritto pubblico 12.04.2023 9C 689/2022 (9C_689/2022)

Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
9C_689/2022
Arrêt du 12 avril 2023
IIIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mmes les Juges fédéraux Parrino, Président, Stadelmann, Moser-Szeless, Beusch et Scherrer Reber.
Greffière : Mme Vuadens.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par M e Xavier Oberson et
M e Lysandre Papadopoulos,
recourante,
contre
1. Administration fiscale cantonale du canton de Genève, rue du Stand 26, 1204 Genève,
2. Administration fédérale des contributions, Eigerstrasse 65, 3003 Berne,
intimées.
Objet
Impôt à la source; rappels d'impôt et amendes pour soustraction d'impôt, périodes fiscales 2008 à 2013,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 14 décembre 2021 (ATA/1368/2021).
Faits :
A.
A.a.
A.________ SA (ci-après: la Société) est une société anonyme inscrite au registre du commerce de Genève, canton dans lequel elle a son siège. Elle a pour but statutaire toutes prestations médicales au chevet du patient. Elle emploie des médecins qui sont pour la plupart domiciliés en France et assujettis à l'impôt à la source en Suisse sur les revenus de leur activité.
La Société rémunère les médecins qu'elle emploie à hauteur de 42,25 % des honoraires acquittés par les patients. Toutefois, lorsque les patients ne sont que de passage en Suisse, ce sont eux qui rétribuent directement le médecin qui effectue la consultation, en espèces et sans envoi de facture (système dit des montants "encaissés sur place" ou "ESP"). Dans ce cas, la Société prélève 50 fr. par consultation, à titre de frais administratifs.
A.b.
Pour l'impôt à la source des périodes fiscales 2008 à 2013, la Société a remis à l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) les décomptes des mois de janvier à décembre, comportant les montants des retenues brutes totales, la commission de perception, ainsi que le montant d'impôt à verser. Elle a également remis, pour chaque année, les listes récapitulatives de tous les salariés soumis à l'impôt à la source, qui comportaient, pour chacun d'eux, les prestations soumises, l'impôt retenu et les retenues totales. Pour certains des employés, des prestations soumises à l'impôt à la source étaient mentionnées, mais aucun impôt n'avait été prélevé.
Entre 2009 et 2014, l'Administration cantonale a adressé à la Société des bordereaux d'impôt à la source pour les périodes fiscales 2008 à 2013, établis sur la base des décomptes produits par la Société. Ces bordereaux sont entrés en force.
A la suite d'un contrôle effectué du 11 au 13 novembre 2014 dans les locaux de la Société, l'Administration cantonale l'a informée, par courrier du 5 décembre 2014, qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel et en soustraction d'impôt concernant l'impôt à la source des périodes fiscales 2004 à 2013, parce qu'il était apparu, lors du contrôle, que la Société n'aurait pas prélevé l'impôt à la source correctement. Un nouveau contrôle a eu lieu les 18 et 19 décembre 2014, au cours duquel la Société a transmis à l'Administration cantonale les jours de consultation de chaque médecin employé pour les années 2006 à 2013 et la liste des ESP pour les années 2004 à 2013. Au cours de la procédure, la Société a expliqué que les médecins qu'elle employait étaient payés à l'acte et qu'ils travaillaient sur appel, selon des durées variables qui n'étaient pas prévisibles. En raison de ces particularités, elle prélevait l'impôt à la source sur la base du salaire annuel. Pour ce faire, son système informatique effectuait chaque mois une correction du taux, pour qu'en fin d'exercice, le prélèvement de l'impôt corresponde au taux annuel prévu pour la rémunération annuelle globale versée aux médecins concernés. L'annualisation des revenus des médecins pour fixer un revenu déterminant pour le taux, que l'Administration cantonale lui reprochait de ne pas avoir effectuée, n'était pas prévue par la loi et relevait d'une pratique qui n'avait été instaurée qu'à partir de l'année 2014. Quant aux montants encaissés sur place par les médecins, la Société était d'avis qu'ils n'étaient pas soumis à l'impôt à la source, puisque les médecins étaient directement payés par les patients de passage. Cette manière de procéder aurait été validée par les services de l'AVS.
B.
B.a.
Par courriers des 5 août, 20 et 23 décembre 2016, l'Administration cantonale a clôturé la procédure en rappel et soustraction d'impôt à la source pour les périodes fiscales 2006 à 2013. Elle a estimé que la Société avait fait preuve de négligence, d'une part, en ne convertissant pas les revenus des médecins sur une année afin de déterminer le taux de l'impôt applicable et, d'autre part, en s'abstenant de prélever l'impôt à la source sur les montants que les médecins encaissaient sur place (ESP). L'Administration cantonale lui a par conséquent notifié des bordereaux de rappels d'impôt à la source (à hauteur de 273'712 fr. 20 pour 2006, de 312'936 fr. 70 pour 2007, de 272'450 fr. 80 pour 2008, de 344'946 fr. 92 pour 2009, de 341'241 fr. 15 pour 2010, de 333'070 fr. pour 2011, de 448'474 fr. 94 pour 2012 et de 370'884 fr. 75 pour 2013), ainsi que des bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt, lesquelles correspondaient, pour chaque période fiscale, à un tiers de l'impôt soustrait. A ces bordereaux était jointe une liste qui, pour chaque année, indiquait, par médecin, les reprises, le nombre de jours travaillés, le montant des prestations déclarées, ainsi que ce même montant, annualisé sur 240 jours.
B.b.
Par décision du 20 octobre 2017, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations que la Société avait élevées contre ces bordereaux de rappels d'impôt et d'amendes pour soustraction d'impôt. Elle a notamment indiqué que lors du second contrôle qu'elle avait effectué les 18 et 19 décembre 2014, elle avait constaté qu'indépendamment des montants encaissés sur place, le taux d'imposition que la Société avait appliqué à certains collaborateurs n'était pas adéquat, parce que les prestations avaient été imposées au taux annuel correspondant auxdites prestations. Il en résultait des taux systématiquement trop faibles et des situations aberrantes de collaborateurs réalisant des revenus de plusieurs milliers de francs en quelques jours, sans aucun prélèvement d'impôt à la source.
Le 20 novembre 2017, la Société a recouru contre cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif), concluant à son annulation.
Au cours de la procédure devant le Tribunal administratif, l'Administration cantonale a indiqué qu'elle n'entendait pas révéler, compte tenu du secret fiscal, si elle avait déjà récupéré de l'impôt à la source auprès de certains médecins et que, s'il s'avérait qu'un montant devait avoir été prélevé deux fois, à savoir chez le médecin et ensuite réclamé à la Société, il appartiendrait au contribuable de "réclamer à son encontre". Elle a aussi relevé que, pour les médecins soumis à l'impôt à la source, elle avait tenu compte des retenues déjà effectuées auprès de la Société et que, pendant les années litigieuses, cinquante-trois demandes de rectifications de l'impôt à la source avaient été formées par dix-neuf médecins, sur un total de septante-sept contribuables faisant l'objet de reprises dans le cadre de la procédure de rappel d'impôt contre la Société. Aucun médecin n'avait déclaré les revenus provenant des montants encaissés sur place.
B.c.
Par jugement du 14 janvier 2019, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours, annulé les rappels d'impôt et les amendes des périodes fiscales 2006 et 2007, dit que les revenus des médecins devaient être annualisés sur 231 jours (correspondant au nombre de jours travaillés par année à Genève), au lieu de 240, pour fixer le revenu déterminant pour le taux de l'impôt, et confirmé pour le surplus les reprises et les amendes fixées par l'Administration cantonale pour les périodes fiscales 2008 à 2013.
La Société a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), concluant, principalement, à son annulation concernant les rappels d'impôt et les amendes des périodes fiscales 2008 à 2013; subsidiairement, à ce que les amendes soient recalculées pour tenir compte du fait que le Tribunal administratif avait réduit la base de calcul de 240 à 231 jours pour fixer le revenu déterminant pour le taux de l'impôt.
B.d.
Par arrêt du 26 novembre 2019, la Cour de justice a partiellement admis le recours, en ce sens qu'elle a ordonné à l'Administration cantonale de recalculer le montant des amendes pour tenir compte de la base de calcul de 231 jours. Elle a confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.
La Société a recouru contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Elle ne remettait plus en cause le fait qu'elle aurait dû prélever l'impôt à la source sur les montants encaissés sur place, mais contestait toujours l'annualisation des revenus des médecins pour déterminer le taux d'impôt à la source applicable. A titre préalable, elle faisait valoir, d'une part, que la Cour de justice avait commis un déni de justice formel en refusant d'examiner si les conditions d'un rappel d'impôt étaient remplies et, d'autre part, soutenait qu'il était exclu de mener une procédure en rappel d'impôt à l'encontre du débiteur de la prestation imposable, seule pouvant être engagée à son encontre une procédure en paiement complémentaire d'impôt à la source.
Le Tribunal fédéral a statué le 27 avril 2021 (cause 2C_60/2020). En substance, il a constaté qu'entre 2009 et 2014, l'Administration cantonale avait notifié à la Société des bordereaux d'impôt, qui revêtaient la qualité de décisions et qui étaient entrés en force. Par conséquent, depuis lors, seule une procédure en rappel d'impôt était susceptible d'être ouverte, laquelle pouvait être dirigée contre la Société en tant que débitrice des prestations imposables. Le Tribunal fédéral a en revanche admis le grief de déni de justice formel. Il a par conséquent annulé l'arrêt de la Cour de justice du 26 novembre 2019 s'agissant des rappels d'impôt et lui a renvoyé la cause pour qu'elle examine si les conditions du rappel d'impôt étaient remplies. L'issue de la procédure en rappel d'impôt étant déterminante pour celle en soustraction d'impôt, le Tribunal fédéral a également annulé l'arrêt sur ce point et renvoyé la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision.
B.e.
A la suite de cet arrêt du Tribunal fédéral, la Cour de justice a repris l'instruction. Dans ses déterminations, la Société a notamment relevé que l'Administration cantonale avait admis que l'impôt à la source avait déjà fait l'objet de reprises auprès des médecins. Dans ces circonstances, il n'y avait plus de perte fiscale, de sorte qu'un rappel d'impôt auprès d'elle était exclu. Elle requérait subsidiairement des mesures d'instruction supplémentaires pour éclaircir ce point.
La Cour de justice a statué le 14 décembre 2021. Elle a considéré que les conditions du rappel d'impôt étaient remplies, parce que c'était seulement lors des contrôles effectués en 2014 que l'Administration cantonale avait découvert que la Société n'avait pas prélevé d'impôt à la source correctement, causant ainsi une perte fiscale à la collectivité. Elle a par ailleurs confirmé que les conditions de la soustraction d'impôt étaient réalisées, le montant des amendes devant simplement être recalculé pour tenir compte de l'annualisation des revenus sur une base de 231 jours.
Par conséquent, la Cour de justice a partiellement admis le recours, annulé le jugement du Tribunal administratif du 14 janvier 2019 dans le sens des considérants, renvoyé le dossier à l'Administration cantonale pour établissement de nouveaux bordereaux d'amende pour l'impôt à la source 2008 à 2013 dans le sens des considérants et confirmé le jugement pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 14 décembre 2021 concernant les rappels d'impôt et les amendes pour l'impôt à la source des périodes fiscales 2008 à 2013, de clore sans reprise la procédure en rappel d'impôt et de prononcer le non-lieu de la procédure en soustraction d'impôt; subsidiairement, de modifier le montant des reprises d'impôt en tenant compte d'une base de calcul de 120 jours travaillés, de modifier en conséquence le montant des amendes si celles-ci devaient être confirmées sur le principe et de renvoyer si nécessaire la présente cause à l'une des autorités judiciaires inférieures ou à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions.
L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie à l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours. La Société a déposé des observations.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
1.1.
L'arrêt attaqué, rendu par une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale (
art. 86 al. 1 let
. d et al. 2 LTF), concerne l'impôt à la source. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'
art. 83 LTF
n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte (cf. aussi l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14], renvoyant au Titre 4 de la LHID notamment).
1.2.
D'après l'
art. 90 LTF
, le recours au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure et qui sont qualifiées de décisions finales. Un arrêt de renvoi constitue en principe une décision incidente, pour lequel un recours n'est ouvert qu'aux conditions des
art. 92 et 93 LTF
(
ATF 138 I 143
consid. 1.2). La jurisprudence qualifie toutefois un arrêt de renvoi de décision finale si l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'a aucune marge de manoeuvre, par exemple, en matière fiscale, s'il ne lui reste plus qu'à calculer le montant de l'impôt en appliquant les règles définies dans l'arrêt de renvoi (cf.
ATF 138 I 143
consid. 1.2;
135 V 141
consid. 1.1). En l'espèce, l'arrêt attaqué est partiellement un arrêt de renvoi, puisqu'il annule partiellement le jugement du 14 janvier 2019 du Tribunal administratif et qu'il renvoie la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule les amendes. Ce renvoi ne laisse toutefois aucune marge de manoeuvre à l'Administration cantonale, de sorte que l'arrêt attaqué doit être considéré dans son entier comme une décision finale.
1.3.
Pour le surplus, le recours a été interjeté en temps utile (
art. 100 al. 1 LTF
) et dans les formes prescrites par la loi (
art. 42 LTF
), par la recourante, débitrice de la prestation imposable, qui a qualité pour recourir en vertu de l'
art. 89 al. 1 LTF
(arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 1.4). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (
art. 106 al. 1 LTF
). Selon l'
art. 106 al. 2 LTF
toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (
ATF 146 I 62
consid. 3;
142 II 369
consid. 2.1). Le Tribunal fédéral examine en principe librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi fédérale ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas son pouvoir d'examen se limite aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf.
ATF 144 II 313
consid. 5.3;
134 II 207
consid. 2).
2.2.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (
art. 105 al. 1 LTF
), sous réserve des cas prévus à l'
art. 105 al. 2 LTF
. Selon l'
art. 97 al. 1 LTF
, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'
art. 95 LTF
et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (
ATF 147 I 73
consid. 2.2;
145 V 188
consid. 2;
142 II 355
consid. 6). Conformément aux exigences de motivation de l'
art. 106 al. 2 LTF
qui viennent d'être rappelées, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions sont réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques appellatoires portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (cf.
ATF 147 IV 73
consid. 4.1.2;
140 III 264
consid. 2.3;
137 II 353
consid. 5.1).
II. Objet du litige
3.
Le litige concerne des rappels d'impôt à la source et des amendes pour soustraction d'impôt à la source qui ont été notifiés à la recourante pour les périodes fiscales 2008 à 2013.
III. Droit applicable
4.
4.1.
L'impôt à la source est régi en droit fédéral par la LIFD et la LHID, qui sont applicables en l'espèce dans leur teneur en vigueur durant les périodes fiscales litigieuses (arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 3 et 4). Certaines des dispositions de ces lois consacrées à l'impôt à la source ont été modifiées par la loi fédérale sur la révision de l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative du 16 décembre 2016 et sont entrées en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2018 1813; FF 2015 625). Comme les périodes fiscales litigieuses sont antérieures à ces modifications, il sera fait référence à l'aLIFD et à l'aLHID pour mentionner les dispositions de ces lois dont la teneur a été modifiée au 1er janvier 2021. Au niveau réglementaire, l'ordonnance du Département fédéral des finances sur l'impôt à la source du 19 octobre 1993, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2013, est applicable (RO 1993 3324).
4.2.
En droit cantonal genevois, c'est l'ancienne loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (ci-après: "aLISP", en vigueur jusqu'au 31 décembre 2020) qui est applicable aux périodes fiscales litigieuses, ainsi que l'ancien règlement y relatif, du 12 décembre 1994 (ci-après: aRISP).
IV. Système de perception de l'impôt à la source des travailleurs
5.
Il convient de commencer par présenter brièvement et de manière très générale le système de perception de l'impôt à la source des travailleurs.
5.1.
Les travailleurs étrangers qui, sans être au bénéfice d'un permis d'établissement, sont, au regard du droit fiscal, domiciliés ou en séjour en Suisse, sont assujettis à un impôt perçu à la source sur le revenu de leur activité lucrative dépendante effectuée en Suisse, respectivement dans le canton (
art. 83 al. 1 1
e phrase aLIFD;
art. 32 al. 1 1
e phrase aLHID;
art. 1 al. 1 1
e phrase aLISP), de même que les travailleurs qui, sans être domiciliés ni en séjour en Suisse, y exercent une activité lucrative dépendante pendant de courtes périodes, durant la semaine ou comme frontaliers (art. 91 al. 1 aLIFD; art. 35 al. 1 let. a aLHID; art. 7 aLISP). L'impôt à la source est prélevé selon les mêmes règles pour les deux catégories de travailleurs (cf. les renvois de l'art. 91 al. 1 aLIFD aux art. 83 à 86 aLIFD, de l'art. 36 al. 1 aLHID aux art. 32 et 33 aLHID et de l'art. 7 aLISP aux art. 2 à 4 aLISP).
5.2.
L'impôt à la source des travailleurs est calculé sur le revenu brut, lequel comprend tous les revenus provenant de l'activité pour le compte d'autrui (cf. art. 84 al. 1 et 2 aLIFD; art. 32 al. 1 et 3 aLHID; art. 2 al. 1 et 2 aLISP). Il se substitue à l'impôt fédéral direct, et à l'impôt cantonal et communal perçus selon la procédure ordinaire (art. 87 et 99 aLIFD; art. 32 al. 1 et 35 al. 2 aLHID; art. 17 aLISP). La retenue comprend par conséquent les impôts fédéral, cantonal et communal (cf. art. 33 al. 1 aLHID; art. 3 al. 2 aLISP).
Les cantons établissent leurs barèmes d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (dans le canton de Genève, cf. art. 3 aLISP). Les barèmes fédéraux, que l'Administration fédérale des contributions établit d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (art. 85 al. 1 aLIFD), sont ensuite incorporés aux barèmes cantonaux (art. 85 al. 2 aLIFD). Comme les barèmes de l'impôt sur le revenu sont progressifs, les barèmes de l'impôt à la source le sont également (GUIDO JUD/PATRICK MEIER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar, 4e éd. 2022, n° 4 ad art. 85 DBG).
5.3.
Alors que l'impôt sur le revenu est perçu selon une procédure de taxation mixte, laquelle implique le dépôt d'une déclaration d'impôt par le contribuable, l'impôt à la source repose sur le principe de l'auto-taxation (
ATF 135 II 274
consid. 3.3). Il est perçu par le débiteur de la prestation imposable (à savoir, lorsqu'il concerne le revenu du travail, l'employeur du contribuable; arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.1), lequel a notamment l'obligation de retenir l'impôt dû, de le verser périodiquement à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt (art. 100 al. 1 let. a et c LIFD; art. 37 al. 1 let. a et c LHID; art. 18 al. 1 let. a et c aLISP).
Le débiteur de la prestation imposable est responsable du paiement de l'impôt à la source (
art. 88 al. 3 LIFD
;
art. 37 al. 1 LHID
; art. 18 al. 3 aLISP). En contrepartie, il reçoit une commission de perception (
art. 100 al. 2 et 3 LIFD
;
art. 37 al. 3 LHID
; art. 18 al. 4 aLISP).
5.4.
Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu dans le cadre d'une procédure en paiement complémentaire de l'impôt (cf.
art. 138 al. 1 LIFD
;
art. 49 al. 3 LHID
; art. 21 al. 1 aLISP). La seule condition pour exiger ce paiement complémentaire est que le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune (arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.3). Quand une décision fixant l'impôt à la source a été prononcée et qu'elle est entrée en force, seule une procédure en rappel d'impôt peut entrer en considération pour percevoir l'impôt à la source manquant (arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.2 et 6.3). Cette procédure peut être dirigée contre le débiteur de la prestation imposable (arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.4).
V. Griefs relatifs à l'établissement des faits
6.
Invoquant l'
art. 97 al. 1 LTF
, la recourante fait valoir que la Cour de justice a établi certains faits de manière arbitraire.
6.1.
Lorsque la partie recourante s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire (
art. 9 Cst.
) que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (
ATF 148 IV 39
consid. 2.3.5;
147 V 35
consid. 4.2;
140 III 264
consid. 2.3).
6.2.
La recourante soutient d'abord que la Cour de justice est tombée dans l'arbitraire dans ses constatations relatives à l'annualisation des revenus des médecins pour fixer les taux de l'impôt. Elle lui reproche d'avoir considéré de manière insoutenable que le point de savoir si la directive de l'Administration cantonale sur l'imposition à la source prévoyait ou non, dans sa version applicable durant les périodes fiscales litigieuses, que les revenus d'activité de travailleurs imposés à la source devaient être annualisés pour déterminer le taux de l'impôt n'était pas déterminant pour le sort du litige. Elle lui fait aussi grief d'avoir arbitrairement suggéré que tous les médecins qu'elle employait exerçaient une activité pour d'autres entités ou en tant qu'indépendants, alors qu'en réalité, une partie d'entre eux travaillaient exclusivement pour elle.
Comme on le verra ci-après (cf. ci-dessous consid. 8.3), les appréciations des juges précédents concernant ces points ne sont pas déterminantes pour le sort de la cause. Elles échappent donc d'emblée à l'arbitraire pour cette raison déjà.
6.3.
La recourante reproche aussi aux juges précédents d'avoir arbitrairement qualifié de contrats de travail les conventions qui la liaient aux médecins, alors qu'il s'agirait de contrats de franchise.
La qualification juridique d'un contrat est toutefois une question de droit et non une question d'établissement des faits. Au demeurant, on ne voit pas, et la recourante ne l'explique pas, ce qu'elle entend tirer de ce grief, dès lors qu'elle n'a jamais contesté que les médecins étaient assujettis à l'impôt à la source en tant que travailleurs et qu'elle ne remet plus en cause le fait que les montants encaissés sur place constituaient aussi des revenus réalisés dans le cadre de leur travail.
VI. Rappels d'impôt
7.
Dans l'arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021, le Tribunal fédéral a constaté que, comme l'Administration cantonale avait notifié à la recourante des bordereaux d'impôt à la source pour les années 2008 à 2013, qui étaient assimilables à des décisions et qui étaient entrés en force, c'était bien par la voie de la procédure de rappel d'impôt que l'Administration cantonale devait procéder pour récupérer l'impôt à source qui aurait été insuffisamment prélevé. Ce point, définitivement tranché, n'est à juste titre plus remis en cause par la recourante. Celle-ci conteste en revanche la réalisation des conditions du rappel d'impôt à la source et invoque une violation de l'
art. 151 al. 1 LIFD
, de l'
art. 53 al. 1 1
e phrase LHID et de l'art. 59 al. 1 de la loi cantonale genevoise du 4 octobre 2001 de la procédure fiscale (LPFisc; rs/GE D 3 17).
7.1.
Aux termes de ces dispositions, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
7.2.
La procédure de rappel d'impôt porte sur la perception d'impôts qui n'ont pas pu être prélevés par l'administration fiscale au cours de la taxation. Elle est le pendant, en faveur du fisc, de la révision en faveur du contribuable (
ATF 148 V 277
consid. 4.2.2;
144 II 359
consid. 4.5.1). La décision sur rappel d'impôt fixe le supplément à payer en lien avec l'élément qui n'a - à tort - pas été imposé et ne représente pas une prétention fiscale de nature différente de la créance primitive d'impôt (
ATF 148 V 277
consid. 4.2.2;
144 II 359
consid. 4.5.1).
7.3.
Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Il faut encore qu'il existe un motif de rappel d'impôt (
ATF 144 II 359
consid. 4.5.1;
141 I 78
consid. 7.2.1). La recourante conteste la réalisation de ces deux conditions. Comme le rappel d'impôt suppose en premier lieu l'existence d'une perte fiscale pour la collectivité (MARTIN E. LOOSER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar, 4e éd. 2022, n° 5a ad art. 151 DBG), il convient de commencer par l'examen de cette condition (consid. 8 ci-après), avant de traiter celle du motif de rappel d'impôt (consid. 9 ci-après).
8.
Le rappel d'impôt peut intervenir lorsqu'une taxation incomplète est entrée en force. Dans ce cas, la condition de la perte fiscale est remplie dès que la taxation est entrée en force en étant incomplète.
8.1.
En l'occurrence, la recourante soutient que la condition de la perte fiscale n'est remplie ni en lien avec l'absence de prélèvement à la source sur les montants encaissés sur place (ci-après consid. 8.2), ni en raison du fait qu'elle s'est abstenue d'annualiser les revenus des médecins sur une année pour calculer un revenu déterminant pour le taux (ci-après consid. 8.3).
8.2.
A juste titre, la recourante ne conteste plus qu'elle aurait dû prélever l'impôt à la source sur les montants encaissés sur place par les médecins. Ces montants représentent en effet une part du revenu de leur activité lucrative dépendante et étaient donc aussi soumis à l'impôt (supra consid. 5.2). Elle fait en revanche valoir qu'il n'y a pas de perte fiscale pour la collectivité publique, dans la mesure où l'Administration cantonale a, depuis lors, déjà récupéré l'impôt directement auprès de dix-neuf médecins.
Comme la condition de la perte fiscale est réalisée au moment où la taxation est entrée en force en étant incomplète, le fait que l'Administration cantonale ait par la suite récupéré l'impôt dû sur ces montants n'affecte pas la réalisation de cette condition. Le grief est donc rejeté. Cela étant, le point de savoir comment il faut régler l'éventuel double encaissement de l'impôt par l'Administration cantonale sera traité ci-après, lors de l'examen du grief de violation du droit d'être entendu que la recourante soulève également (infra consid. 12 et 13).
8.3.
Citant l'
art. 127 al. 1 Cst.
, la recourante soutient que le principe consistant à annualiser les revenus des travailleurs pour établir un revenu déterminant pour le taux ne repose sur aucune base légale et que, par conséquent, aucune perte fiscale ne peut être retenue du fait qu'elle n'y a pas procédé.
8.3.1.
Il convient de relever au préalable que, sur le plan terminologique, lorsque la Cour de justice retient que les revenus des médecins doivent être "annualisés" pour fixer le revenu déterminant pour le taux de l'impôt à la source applicable, il ne s'agit pas véritablement d'une annualisation, mais plutôt d'une extrapolation du revenu effectivement réalisé. Le mécanisme appliqué par l'Administration cantonale consiste en effet à déterminer quel revenu les médecins employés de la recourante - qui travaillaient sur appel, selon des durées variables et pas forcément tous les jours - auraient réalisé s'ils avaient exercé leur activité à plein temps (à savoir, dans le canton de Genève, durant 231 jours, supra let. B.c.), afin d'appliquer au revenu effectivement réalisé le taux d'impôt applicable à ce revenu extrapolé. L'Administration fédérale des contributions utilise du reste le terme d'"extrapolation" ou de "conversion" pour désigner le mécanisme consistant à convertir le revenu d'une activité lucrative exercée à temps partiel en revenu d'activité à plein temps afin de déterminer le taux d'impôt applicable (cf. la Circulaire n° 45 du 12 juin 2019 sur l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative des travailleurs, ch. 6.4 et ch. 7.3.2). Comme toutefois tant les autorités inférieures que la recourante parlent d'annualisation, on s'en tiendra à ce terme dans le présent arrêt.
8.3.2.
Le principe de la légalité est cardinal en droit fiscal, où il est érigé en droit constitutionnel indépendant à l'
art. 127 al. 1 Cst.
(
ATF 148 I 210
consid. 3.2.4;
146 II 97
consid. 2.2.4;
144 II 454
consid. 3.4;
143 I 227
consid. 4.2). Selon cette disposition, les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, doivent être définis par la loi. Le principe de la légalité ne concerne pas seulement les impôts au sens propre du terme, c'est-à-dire les contributions publiques abstraites (sur la définition de l'impôt, cf. au surplus
ATF 135 I 130
consid. 2;
122 I 305
consid. 4b), mais toutes les contributions publiques, qu'elles soient fédérales, cantonales ou communales. S'agissant des contributions publiques de la Confédération, l'
art. 127 al. 1 Cst.
se recoupe avec l'
art. 164 al. 1 let
. d Cst., selon lequel les dispositions fondamentales relatives à la qualité de contribuable, à l'objet des impôts et au calcul du montant des impôts doivent être édictées sous la forme d'une loi fédérale (
ATF 142 II 182
consid. 2.2.1;
141 V 509
consid. 7.1.1;
138 V 32
consid. 3.1.1).
L'expression "mode de calcul" comprend la détermination de la base de calcul de l'impôt, ainsi que son barème. Les taux d'un impôt font donc partie des principes généraux qui régissent le régime fiscal au sens de l'
art. 127 al. 1 Cst.
(FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Constitution fédérale, Commentaire, 2021, n° 28 ad
art. 127 Cst.
; URS BEHNISCH, in Bundesverfassung, Kommentar, 2015, n° 3 ad art. 127 BV; KLAUS A. VALLENDER/RENÉ WIEDERKEHR, in Die schweizerische Bundesverfassung, 3e éd. 2014, n° 8 ad art. 127 BV; ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, Bd I, 9e éd. 2001, p. 131 n° 119 et nbp. 213). Par conséquent, une autorité ne peut pas, sans violer le principe de la légalité, appliquer à un élément imposable un taux d'impôt plus élevé que celui qui résulte de l'application des principes définis dans la loi formelle.
L'exigence d'une base légale formelle en droit fiscal ne signifie pas qu'une délégation à l'organe exécutif soit totalement exclue. Une norme de délégation doit être suffisamment précise pour que le contribuable puisse cerner les contours de la contribution qui lui est réclamée. L'exigence de densité normative est toutefois élevée pour les impôts au sens propre du terme, car la base légale doit être précise et contenir tous les éléments essentiels au régime fiscal mis en place (cf.
ATF 143 I 227
consid. 4.2;
136 I 142
consid. 3.1). La jurisprudence a en revanche assoupli les exigences de densité normative en ce qui concerne le mode de calcul des contributions causales, en admettant que la compétence d'en fixer le montant peut être déléguée à l'exécutif lorsqu'il s'agit d'une contribution dont la quotité est limitée par des principes constitutionnels contrôlables, tels que ceux de la couverture des frais et d'équivalence (
ATF 143 I 227
consid. 4.2.1;
135 I 130
consid. 7.2;
131 II 271
consid. 6.1).
8.3.3.
Compte tenu du grief de la recourante, il convient de vérifier si le principe consistant à annualiser les revenus périodiques de travailleurs imposés à la source pour déterminer le taux de l'impôt repose sur une base légale formelle.
8.3.4.
Les dispositions de l'aLIFD consacrées au taux de l'impôt à la source sont les art. 85 aLIFD (Principe régissant l'établissement du barème) et 86 aLIFD (Structure du barème). Dans l'aLHID, les dispositions correspondantes sont les art. 32 et 33 aLHID et, en droit cantonal genevois, les art. 3 et 4 aLISP.
Or, ces dispositions ne prévoient nullement le principe selon lequel les revenus de l'activité lucrative dépendante de travailleurs imposés à la source doivent être annualisés aux fins de la détermination du taux de l'impôt.
8.3.5.
La Cour de justice retient que l'annualisation litigieuse trouverait sa base légale à l'art. 209 al. 3 aLIFD (actuel
art. 40 al. 3 LIFD
) et à l'art. 63 al. 3 aLHID (actuel
art. 15 al. 3 LHID
). Ces dispositions, qui prévoient que, pour les revenus à caractère périodique, le taux de l'impôt se détermine compte tenu d'un revenu calculé sur douze mois, s'appliquent toutefois lorsque l'assujettissement illimité à l'impôt d'un contribuable naît ou cesse en cours de période fiscale (cf. BEAT KÖNIG/CHRISTIAN MADUZ, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar, 4e éd. 2022, n° 8 ss ad art. 40 DBG; MARC BUGNON, in Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, n° 59 ss ad
art. 40 LIFD
). La règle de l'annualisation qu'elles prévoient est une règle d'imposition dans le temps, destinée à assurer que les contribuables concernés soient imposés selon leur capacité économique (
art. 127 al. 2 Cst.
), dès lors que l'impôt sur le revenu est un impôt à taux progressifs (cf. arrêts 2C_977/2020 du 6 mai 2022 consid. 6.3.2 destiné à la publication; 2C_84/2008 du 18 février 2008 consid. 1.2). Même si l'impôt à la source est aussi un impôt à taux progressifs (supra consid. 5.2), l'annualisation litigieuse n'a rien à voir avec une question d'imposition dans le temps (supra consid. 8.3.1), de sorte que cet arrêt n'est pas applicable au cas d'espèce. En outre, la plupart des médecins employés par la recourante étaient résidents français et donc assujettis à l'impôt de manière
limitée
en Suisse (cf. art. 5 al. 1 let. a en lien avec l'
art. 6 al. 2 LIFD
;
art. 4 al. 2 let. a LHID
), ce qui exclut de toute manière d'emblée pour eux l'application des art. 209 al. 3 aLIFD et 63 al. 3 aLHID.
Il n'y a donc pas de base légale pour l'annualisation litigieuse dans l'aLIFD et l'aLHID. Cette conclusion est encore corroborée par le fait que la situation a changé au 1er janvier 2021, avec l'entrée en vigueur de la révision du droit de l'imposition à la source (supra consid. 4.1). Depuis cette date en effet, de nouveaux alinéas 4 ont été introduits aux
art. 85 LIFD
et 33 LHID, lesquels prévoient que l'Administration fédérale des contributions a notamment la compétence de déterminer comment le travail à temps partiel ou l'activité lucrative accessoire doivent être pris en compte et quels sont les éléments déterminants pour le calcul du taux de l'impôt. Dans son Message, le Conseil fédéral précise du reste que l'introduction de ces dispositions a été motivée par la volonté d'inscrire "maintenant (...) au niveau de la loi" une délégation de compétence à l'Administration fédérale en la matière (Message concernant la loi fédérale sur la révision de l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative du 28 novembre 2014, FF 2015 644 ch. 2.1).
8.3.6.
La Cour de justice se fonde aussi sur l'art. 1 al. 3 aOIS et justifie encore l'annualisation litigieuse au nom de l'application d'un principe général du droit, en s'appuyant sur l'
ATF 131 II 562
.
Toutefois, le fait que l'art. 1 al. 3 aOIS prévoyait que les revenus périodiques réguliers soient convertis sur une année pour déterminer le taux ne pallie pas l'absence de base légale formelle dans l'aLIFD. Quant à l'
ATF 131 II 562
, le Tribunal fédéral y a admis que l'absence, dans l'ancienne loi fédérale du 18 décembre 1998 sur les jeux de hasard et les maisons de jeu, de disposition prévoyant l'annualisation du produit brut réalisé par une maison de jeux n'ayant été assujettie à l'impôt sur le produit brut des jeux que durant une partie de la période fiscale, était constitutive d'une lacune proprement dite et que le fait de combler cette lacune n'était pas contraire au principe de la légalité. En effet, dans le système fiscal suisse, l'annualisation des revenus pour fixer le taux de l'impôt était un principe généralement admis pour l'imposition des revenus à caractère périodique soumis à un taux progressif (consid. 3.7 de l'arrêt) et il s'agissait donc "simplement" de "compléter les règles relatives [...] à l'imposition dans le temps" (cf. consid. 3.8 de l'arrêt). Comme l'annualisation litigieuse n'est pas liée à une question d'imposition dans le temps, le principe général énoncé dans cet arrêt (qui mentionne du reste l'art. 209 al. 3 aLIFD au consid. 3.7) n'entre pas en ligne de compte en l'espèce.
8.3.7.
Le grief de violation de l'
art. 127 al. 1 Cst.
est donc fondé. Il en découle que la Cour de justice ne pouvait pas retenir l'existence d'une perte fiscale du fait que la recourante n'y a pas procédé.
8.3.8.
Cela ne veut pas encore dire qu'il n'y a pas eu de perte fiscale induite par la méthode que la recourante a utilisée pour prélever l'impôt à la source. Il ressort en effet des faits établis que l'Administration cantonale a constaté que, dans certains cas et indépendamment des montants encaissés sur place, la méthode de prélèvement de l'impôt utilisée par la recourante a notamment eu comme conséquence que des prestations pourtant soumises à l'impôt n'ont fait l'objet d'aucun prélèvement (supra let. B.b; cf. aussi let. A.b, fin du premier paragraphe). Il faut donc déterminer dans quelle mesure il y a eu une perte fiscale liée à la méthode utilisée par la recourante pour prélever l'impôt sur les revenus de ses médecins. A cet effet, il faut recalculer les retenues d'impôt correspondant à la rémunération annuelle globale des médecins pour chaque période litigieuse (sans procéder à aucune annualisation) et comparer les retenues ainsi obtenues avec celles que la recourante a effectivement opérées. Le Tribunal fédéral n'a pas à procéder lui-même à ces calculs. Le dossier devra donc être renvoyé à l'Administration cantonale pour qu'elle y procède (pour les détails, voir aussi infra consid. 13).
9.
La recourante conteste également la réalisation d'un motif de rappel d'impôt.
9.1.
Un motif de rappel d'impôt existe en premier lieu lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète (cf. le texte des
art. 151 al. 1 LIFD
, 53 al. 1 1e phrase LHID et 59 al. 1 LPFisc). Selon la jurisprudence, il s'agit de la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque là, à savoir des faits ou moyens de preuves qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (cf.
ATF 148 V 277
consid. 4.2.2;
144 II 359
consid. 4.5.1). L'autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l'autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie, lorsqu'il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (
ATF 144 II 359
consid. 4.5.1). En d'autres termes, l'autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires au moment de procéder à la taxation que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Des inexactitudes qui ne sont que décelables, sans être flagrantes, ne permettent pas de considérer que certains faits ou moyens de preuve étaient déjà connus des autorités au moment de la taxation (cf. arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 non publié dans l'
ATF 140 I 68
; 2C_396/2022 du 7 décembre 2022 consid. 6.1.4 et les références). La rupture du lien de causalité en raison de la négligence de l'autorité fiscale est toutefois soumise à des exigences sévères et ne peut intervenir qu'en cas de négligence grave (cf. notamment arrêts 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 9.1, in RDAF 2020 II 200; 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 non publié in
ATF 140 I 68
; 2C_1023/2013 du 8 juillet 2014 consid. 3.2, in RF 69/2014 p. 735, traduit in RDAF 2015 II 254).
9.2.
Cette jurisprudence a été développée dans le cadre de procédures de rappel d'impôts prélevés selon la procédure ordinaire. Or, l'impôt à la source est prélevé selon une procédure qui n'implique pas le dépôt d'une déclaration d'impôt de la part du contribuable (supra consid. 5.3). Appliquée mutatis mutandis à la procédure d'impôt à la source, cette jurisprudence implique qu'une procédure de rappel d'impôt à la source n'est exclue que si l'autorité fiscale a fait preuve d'une négligence grave en s'abstenant de récupérer l'impôt à la source insuffisamment prélevé au cours d'une procédure en paiement complémentaire de l'impôt. Tel est par exemple le cas si les documents qu'elle avait à disposition contenaient des erreurs flagrantes dans la manière dont l'impôt à la source a été prélevé. Si ces erreurs n'étaient que décelables et que des décisions de taxation sont entrées en force en étant incomplètes, alors une procédure en rappel d'impôt à la source reste possible.
9.3.
En l'espèce, il ressort des faits constatés que, dans les listes récapitulatives que la recourante a transmises à l'Administration cantonale en accompagnement des décomptes d'impôt, pour certains médecins, des prestations soumises à l'impôt à la source étaient mentionnées, mais qu'aucun impôt à la source n'avait été prélevé.
Sur la base de ces documents, l'Administration cantonale ne pouvait pas se rendre compte que la recourante ne prélevait jamais d'impôt à la source sur les montants encaissés sur place. En effet, il ressort aussi des faits constatés que la recourante considérait à l'époque que les montants encaissés sur place ne faisaient pas partie des prestations soumises à l'impôt à la source (supra let. A.b in fine). Elle n'a du reste jamais prétendu qu'elle aurait mentionné les montants encaissés sur place dans les listes récapitulatives. Aucune négligence ne peut donc être retenue à l'encontre de l'Administration cantonale du fait qu'elle n'a pas réclamé de paiement complémentaire de l'impôt à la source sur les montants encaissés sur place.
Pour le reste, l'Administration cantonale aurait pu déceler, en examinant le détail de ces listes, que, pour certains médecins, certaines prestations pourtant mentionnées comme étant soumises à l'impôt n'avaient fait l'objet d'aucun prélèvement. Ces éléments ne sont toutefois pas flagrants, de sorte que l'on ne peut pas retenir une négligence grave de la part de l'Administration cantonale.
9.4.
Par conséquent, la Cour de justice n'a pas violé les
art. 151 al. 1 LIFD
, 53 al. 1 1e phrase LHID et 59 al. 1 LPFisc en considérant que la condition du motif de rappel d'impôt était remplie.
10.
Il découle de ce qui précède que c'est à bon droit que la Cour de justice a estimé que les conditions du rappel d'impôt étaient remplies s'agissant de l'absence de prélèvement d'impôt à la source sur les montants encaissés sur place. Les griefs de la recourante sur ce point sont par conséquent rejetés. La Cour de justice a en revanche violé le droit fédéral et le droit cantonal harmonisé en confirmant les rappels d'impôts liés à l'annualisation des revenus pour déterminer le taux d'impôt applicable, parce que cette annualisation, dénuée de toute base légale pour les périodes fiscales litigieuses, est contraire à l'
art. 127 al. 1 Cst.
VII. Soustraction d'impôt
11.
La recourante conteste la réalisation des conditions de la soustraction d'impôt.
11.1.
Selon l'
art. 175 al. 1 par. 2 LIFD
, celui qui, tenu de percevoir un impôt à la source, ne le retient pas ou ne retient qu'un montant insuffisant, que ce soit intentionnellement ou par négligence, est puni d'une amende. En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (
art. 175 al. 2 LIFD
). Les mêmes règles prévalent en droit harmonisé (
art. 56 al. 1 par. 2 et 4 LHID
; art. 26 aLISP).
11.2.
La soustraction lors de la perception de l'impôt à la source consiste, selon le texte de la disposition, à ne pas retenir du tout ou à ne pas retenir un montant suffisant d'impôt à la source que l'on est tenu de percevoir (élément objectif), intentionnellement ou par négligence (élément subjectif; arrêt 2C_60/32020 du 27 avril 2021 consid. 9.2 et les références).
11.3.
Agit par négligence celui qui, par une imprévoyance coupable, ne se rend pas compte ou ne tient pas compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand le contribuable n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, ce par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle (
ATF 135 II 86
consid. 4.3). Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral (cf.
art. 105 al. 1 LTF
), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (cf.
ATF 141 IV 369
consid. 6.3;
137 IV 1
consid. 4.2.3;
135 IV 152
consid. 2.3.2).
11.4.
En l'occurrence, la recourante n'a pas prélevé d'impôt à la source sur tous les revenus d'activité des médecins. La condition objective de la soustraction d'impôt à la source est donc réalisée. En tant que débitrice des prestations imposables responsable du paiement de l'impôt, elle ne pouvait pas ignorer que l'ensemble du revenu brut global réalisé par les médecins était soumis à l'impôt à la source. Elle a donc fait preuve de négligence en s'abstenant de prélever l'impôt sur certaines prestations et sur les montants encaissés sur place.
11.5.
C'est donc en vain que la recourante soutient que la Cour de justice a violé le droit en retenant que les conditions de la soustraction d'impôt à la source étaient réalisées.
VIII. Grief de la violation du droit d'être entendu en lien avec un éventuel double prélèvement de l'impôt sur les montants encaissés sur place
12.
La recourante soutient encore que l'Administration cantonale a déjà récupéré de l'impôt à la source pour les périodes fiscales litigieuses auprès de dix-neuf médecins. Elle reproche à la Cour de justice d'avoir violé son droit d'être entendue (
art. 29 al. 2 Cst.
) et la maxime inquisitoire en refusant d'instruire ce point, alors qu'il serait déterminant sur le montant de sa créance.
12.1.
La Cour de justice a refusé d'examiner si et dans quelle mesure l'Administration cantonale avait déjà récupéré de l'impôt à la source auprès des médecins, au motif que ce point n'était pas décisif pour juger de l'existence d'une perte fiscale, que l'existence de telles rectifications ne ressortait pas du dossier, que l'Administration cantonale avait assuré à plusieurs reprises qu'elle n'entendait pas prélever l'impôt à la source à double et qu'elle avait en outre indiqué que les rectifications opérées ne concernaient pas les montants encaissés sur place.
12.2.
Il est vrai que la condition de la perte fiscale n'est pas affectée par une éventuelle récupération de l'impôt à la source auprès des médecins (cf. supra consid. 8.2). Il n'en reste pas moins que l'Administration cantonale ne saurait conserver deux fois l'impôt à la source qui n'a pas été prélevé en suffisance par la recourante. Or, l'arrêt attaqué n'est pas clair quant au point de savoir si des médecins ont déjà fait l'objet de reprises d'impôt sur les mêmes éléments que ceux qui font l'objet de la procédure de rappel d'impôt à l'encontre de la recourante; en outre, même s'il n'y a pas de raison de penser que l'Administration cantonale entendrait conserver deux fois l'impôt, la situation doit être clarifiée, de même que la procédure à suivre s'il s'avère que les mêmes montants ont été réclamés qu'à un médecin. Dans ces circonstances, il incombait à la Cour de justice de clarifier ce point et de prévoir une solution pour garantir qu'il n'y aurait pas de prélèvement à double. En y renonçant, elle a violé le droit d'être entendue de la recourante (sur les conséquences, infra consid. 13).
IX. Conséquences, frais et dépens
13.
13.1.
Il découle des considérants qui précèdent que le recours est rejeté s'agissant du bien-fondé du rappel d'impôt et de l'existence d'une soustraction d'impôt liés à l'absence de prélèvement d'impôt sur les montants encaissés sur place. Le recours est en revanche admis s'agissant du bien-fondé des rappels d'impôt à la source et de l'existence d'une soustraction d'impôt liés à l'absence d'annualisation des revenus pour la fixation des taux.
Le recours est donc partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule dans la procédure de réclamation les rappels d'impôt et les amendes. A cet effet, elle devra recalculer les montants d'impôt à la source à prélever sur l'entier du revenu global brut réalisé par chaque médecin lors de chaque période fiscale litigieuse, sans annualisation du revenu pour la détermination du taux. Les montants d'impôt à la source à rappeler équivaudront à la différence positive entre les montants d'impôts ainsi recalculés et les montants prélevés par la recourante. Les amendes pour soustraction d'impôt à la source seront ensuite recalculées, pour qu'elles correspondent à un tiers des montants soustraits.
Une fois les montants de rappels d'impôt établis, l'Administration cantonale devra encore vérifier dans quelle mesure des montants d'impôt à la source ont déjà fait l'objet de reprises auprès des médecins concernés. Si c'est le cas et que les décisions de reprises notifiées aux médecins sont déjà entrées en force, l'Administration cantonale devra alors retrancher les montants en question des montants réclamés à la recourante, pour éviter un double prélèvement. Si en revanche les décisions notifiées aux médecins ne sont pas entrées en force, pour éviter un double prélèvement, l'Administration cantonale ne pourra réclamer les montants concernés qu'auprès de la recourante exclusivement. Cette solution se justifie par le fait que seule la recourante est légalement responsable du paiement de l'impôt à la source (supra consid. 5.3).
13.2.
Au vu de l'issue du recours, les frais judiciaires seront répartis par moitié entre la recourante et le canton de Genève (
art. 66 al. 1 et 4 LTF
). Des dépens réduits seront alloués à la recourante (
art. 68 al. 1 et 2 LTF
).
14.
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage des
art. 67 et 68 al. 5 LTF
et renverra la cause à l'instance précédente pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure antérieure.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 14 décembre 2021 est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration cantonale dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante à raison de 10'000 fr. et à la charge du canton de Genève à raison de 10'000 fr.
3.
La recourante a droit à une indemnité de dépens réduite, fixée à 10'000 fr., à la charge du canton de Genève.
4.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure antérieure.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section et à l'Administration fédérale des contributions.
Lucerne, le 12 avril 2023
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Parrino
La Greffière : Vuadens