bger · 1C_230/2024 · 2025-07-10 · fr
Autorisation de construire (aménagement du site du Vengeron),
Aménagement du territoire et droit public des constructions


Bundesgericht

Tribunal fédéral

Tribunale federale

Tribunal federal

1C_230/2024

Arrêt du 10 juillet 2025

Ire Cour de droit public

Composition

MM. les Juges fédéraux Haag, Président,

Kneubühler et Merz.

Greffier : M. Hausammann.

Participants à la procédure

A.________ SA,

représentée par Me Lionel Halpérin, avocat,

recourante,

contre

Département du territoire de la République et canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8,

Département du territoire de la République et canton de Genève, Office cantonal de l'eau, case postale 206, 1211 Genève 8, représenté par Me Nicolas Wisard, avocat, Etude BMG Avocats,

Office fédéral des routes,

Service juridique, case postale, 3003 Berne.

Objet

recours contre l'arrêt de la 3ème section de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 6 février 2024

(A/3722/2022-LCI - ARA/181/2024).

Faits :

A.

A.________ SA (ci-après: la société) est propriétaire de la parcelle n° 2'120 de la commune de Pregny-Chambésy (GE). Située au bord du lac, elle accueille une villa avec piscine ainsi qu'un port privé.

En avril 2021, un projet de loi n° 12969 modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de Bellevue et de Pregny-Chambésy a été déposé devant le Grand Conseil genevois. Cette loi impliquait la création d'une zone industrielle et artisanale, d'une zone sportive et d'une zone de verdure, destinées à un port pour les embarcations professionnelles et à l'aménagement d'une zone de délassement au lieu-dit "Le Vengeron". Elle a été adoptée le 25 février 2022 puis est entrée en vigueur le 30 avril 2022, aucun recours n'ayant été formé à son encontre. Ce site avait été identifié dans le cadre d'une étude préliminaire de localisation et de morphologie des aménagements lacustres (EPLMAL) menée en 2014 en lien avec la fiche C09 du Plan directeur cantonal (PDCn) 2030 concernant la gestion des rives et des usages lacustres. Une notice d'impact sur l'environnement (NIE) avait en outre été établie.

B.

Le 18 mai 2021, l'office cantonal de l'eau (ci-après: OCEau) du département du territoire a déposé une requête en autorisation de démolir des constructions existantes sur la rive, ainsi qu'une requête portant sur l'aménagement du site du Vengeron (plage, port, accès à l'eau, renaturation), sur la construction d'un bâtiment d'ateliers et d'une base de loisirs avec buvette, des pompes à chaleur et panneaux solaires et l'abattage d'arbres. Les objectifs cantonaux de ce projet étaient de libérer le port de la Rade à l'aval du jet d'eau de Genève, de créer un port pour les entreprises lacustres et d'opérer la mise en conformité légale du site. À l'échelle du site, cela permettrait de maintenir les activités en place, d'améliorer l'accès à l'eau et de reconfigurer l'embouchure du ruisseau du Vengeron. Les surfaces de renaturation intégrées au projet étaient composées de la renaturation de l'embouchure du Vengeron, de la création de deux îles pour les oiseaux et de la renaturation de la rive du Vengeron.

Diverses études ont été réalisées dans le cadre de l'instruction menée par l'office cantonal des autorisations de construire (ci-après: OAC) et un rapport d'impact sur l'environnement (ci-après: RIE) a été rendu en mai 2021. Les différents offices et commissions cantonaux consultés, ainsi que les communes concernées ont émis des préavis favorables.

Par décisions du 11 octobre 2022, l'OAC a délivré les autorisations sollicitées. En tant que propriétaire de la parcelle jouxtant au sud le périmètre concerné, la société a recouru contre ces décisions auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après: TAPI). Ce dernier a déclaré irrecevable le recours contre la décision autorisant la démolition des constructions existantes sur la rive, ainsi que rejeté le recours à l'encontre de la décision autorisant les aménagements du site du Vengeron. Le recours interjeté auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice, portant uniquement sur l'autorisation des aménagements du site du Vengeron, a été rejeté par arrêt du 6 février 2024.

C.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal du 6 février 2024 et l'autorisation de construire les aménagements sur le site du Vengeron. À titre préalable, elle requiert l'effet suspensif à son recours, ce qui lui a été accordé par ordonnance présidentielle du 17 mai 2024.

La Cour de justice renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Interpellé, l'Office fédéral des routes (ci-après: OFROU) indique n'avoir aucune remarque à formuler. L'OAC et l'OCEau concluent à l'irrecevabilité du recours, respectivement à son rejet. L'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV) se détermine et considère que le projet est conforme au droit fédéral de l'environnement, sous réserve de questions encore ouvertes relatives aux places d'amarrage pour la navigation de plaisance. L'Office fédéral du développement territorial (ci-après: ARE) se détermine aussi et estime que le projet apparaît conforme à la planification cantonale adoptée. Dans une réplique du 20 février 2025, la recourante persiste dans ses conclusions. Le 24 février 2025, l'OCEau en fait de même et se détermine notamment sur la question des places d'amarrage pour la navigation de plaisance. La recourante et l'OCEau font encore valoir d'ultimes observations sur cette question.

Considérant en droit :

1.

Dirigé contre une décision finale (
art. 90 LTF
) prise en dernière instance cantonale (
art. 86 al. 1 let
. d LTF) dans une cause de droit public (
art. 82 let. a LTF
), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les
art. 82 ss LTF
, aucune des exceptions prévues à l'
art. 83 LTF
n'étant réalisée. La recourante, qui a participé à la procédure devant l'instance précédente, est propriétaire d'une parcelle directement voisine du site destiné à accueillir le projet. Disposant dès lors d'un intérêt digne de protection à la modification ou à l'annulation de l'arrêt confirmant le maintien du projet, la qualité pour recourir lui est reconnue (cf.
art. 89 al. 1 LTF
). Sous réserve d'une motivation suffisante des griefs, les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies si bien qu'il convient d'entrer en matière.

2.

La recourante se plaint d'une violation du droit fédéral en lien avec la protection des eaux, au motif que le projet envisage de remblayer et de modifier la rive afin d'y construire de nouveaux quais, de réaliser des digues et des îles artificielles.

2.1.
Aux termes de l'art. 39 al. 1 de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20), il est interdit d'introduire des substances solides dans les lacs, même si elles ne sont pas de nature à polluer l'eau. Il s'agit d'une prescription quantitative afin que les lacs ne soient pas assimilés à des décharges, que les processus naturels d'atterrissement ne soient pas accélérés artificiellement et que l'intégrité de la zone littorale, qui constitue la partie du lac la plus productive au plan biologique, soit garantie (cf. Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage [OFEFP; actuellement OFEV], Aide à l'exécution, Informations concernant la protection des eaux, Matériaux d'excavation non pollués: immersion dans les lacs autorisée par LEaux, 1999, p. 1; cf. aussi Message du 29 avril 1987 du Conseil fédéral concernant l'initiative populaire "pour la sauvegarde de nos eaux" et la révision de la loi fédérale sur la protection des eaux, in FF 1987 1081, pp. 1166 et 1167). Il résulte de l'esprit de la LEaux que les déversements dans les lacs ne doivent être autorisés que dans des cas exceptionnels et que toute intervention soit opérée avec modération et ménagement (cf. Karine Salibian Kolly, in Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, 2016, n° s 24 et 25 ad
art. 39 LEaux
).

2.2.
L'
art. 39 al. 2 LEaux
instaure deux exceptions à l'interdiction de remblayage. L'autorité cantonale peut autoriser le remblayage pour des constructions qui ne peuvent être érigées en un autre lieu et qui sont situées dans une zone bâtie, lorsque des intérêts publics prépondérants l'exigent et que l'objectif visé ne peut pas être atteint autrement (let. a); s'il permet une amélioration du rivage (let. b). Un remblayage consiste en l'action de mettre des matériaux ou du remblai pour hausser ou combler un lac (Karine Salibian Kolly, op. cit., n° 27 ad
art. 39 LEaux
).

Les remblayages doivent en outre être réalisés le plus naturellement possible; la végétation riveraine détruite doit être remplacée (cf.
art. 39 al. 3 LEaux
). Cette disposition légale poursuit le même objectif que celui de l'art. 21 al. 1 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1er juillet 1966 (LPN; RS 451), selon lequel la végétation des rives ne doit pas être essartée ni recouverte ou détruite d'une autre manière (cf. Karine Salibian Kolly, op. cit., n° 83 ad
art. 39 LEaux
). Pour être admis, le remplacement de la végétation riveraine doit l'être autant sur le plan quantitatif que qualitatif; un biotope du même type ou d'un autre type doit être recréé ailleurs (cf. Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse - Étude de droit matériel, 2008, p. 181). Aux termes de l'
art. 22 al. 2 LPN
, l'autorité cantonale compétente peut toutefois autoriser la suppression de la végétation existante sur des rives dans le cas de projets qui ne peuvent être réalisés ailleurs et qui ne contreviennent pas à la législation en matière de police des eaux et de protection des eaux. L'introduction de substances solides dans les lacs (cf.
art. 39 LEaux
) constitue notamment une atteinte autorisée au sens de la LEaux (cf. arrêt 1C_654/2021 du 28 novembre 2022 consid. 6.5.1).

2.3.
La loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700) dispose que les zones à protéger comprennent les lacs et leurs rives (
art. 17 al. 1 let. a LAT
). Par ailleurs, dans l'énumération des principes régissant l'aménagement, elle prévoit, à propos de la préservation du paysage, qu'il convient notamment de tenir libres les bords des lacs et des cours d'eau et de faciliter au public l'accès aux rives et le passage le long de celles-ci (
art. 3 al. 2 let
. c LAT). Cela ne signifie pas que les lacs et leurs rives doivent, en vertu du droit fédéral, rester libres de constructions ou d'installations. Celles-ci peuvent être admises - sur la base d'une autorisation ordinaire au sens de l'
art. 22 al. 2 let. a LAT
, le cas échéant après l'adoption d'un plan d'affectation spécial (par exemple pour un port ou des installations nautiques importantes), ou au contraire sur la base d'une dérogation selon les
art. 24 ss LAT
- si leur implantation sur le lac ou sur la rive est justifiée par des intérêts prépondérants ou si elle est imposée par leur destination (
ATF 132 II 10
consid. 2.4 avec les références; arrêt 1C_452/2022 du 7 novembre 2024 consid. 3.6). Les conséquences sur l'aménagement entraînées par des installations portuaires justifient une planification d'affectation, voire directrice pour les grands projets soumis à l'étude d'impact sur l'environnement (cf. arrêt 1C_405/2016 du 30 mai 2018 consid. 3.1).

2.4.
La zone portuaire et l'amélioration de l'accès à l'eau du Vengeron a été intégrée dans la planification directrice 2030 relative à la gestion des divers usages des eaux publiques et des rives lacustres (cf. PDCn 2030, fiche C09, p. 296). Le 25 février 2022, le Grand Conseil genevois a adopté le projet de loi n° 12969 du 28 avril 2021 modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de Bellevue et de Pregny-Chambésy pour y créer notamment les aménagements portuaires sur le site du Vengeron. Le projet litigieux a dès lors fait l'objet d'un plan d'affectation selon les règles cantonales sur la modification des limites de zones (cf. art. 15 ss de la loi cantonale d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 [LaLAT; RS/GE L 1 30]), permettant en particulier la participation du public et la garantie d'une procédure d'opposition. Aucun recours n'a été formé à cette occasion.

À titre liminaire, il convient d'examiner la portée de ce plan d'affectation et s'il contient des dispositions contraignantes pour la procédure d'octroi du permis de construire. Dans une telle hypothèse, la force obligatoire du plan d'affectation empêcherait de le remettre en question au stade de la procédure d'autorisation de construire, sous réserve de l'existence d'un motif justifiant un contrôle préjudiciel (cf.
art. 21 al. 2 LAT
).

2.5.
Le projet de loi n° 12969 du Conseil d'État du 28 avril 2021 à l'attention du Grand Conseil (au sens de l'art. 16 al. 5 LaLAT) dispose, à son art. 2b al. 6, que les remblais strictement nécessaires à la réalisation des sous-secteurs prévus par le plan n° 30085A-506-540 peuvent être autorisés. Avec le plan définissant les sous-secteurs et les précisions y relatives, cette prescription constitue la partie généralement contraignante du plan d'aménagement.

Ce document était accompagné d'un exposé des motifs qui, au vu de son contenu matériel, peut être assimilé à un rapport d'aménagement au sens de l'art. 47 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT, RS 700.1; cf. arrêt 1C_288/2022 du 9 octobre 2023 consid. 3.4). Cet exposé des motifs comprend cependant aussi des prescriptions détaillées des aménagements envisagés (ch. 2) et se réfère aux études techniques qui ont été réalisées (ch. 3), à savoir une étude préliminaire de localisation et de morphologie des aménagements lacustres (EPLMAL) et une notice d'impact sur l'environnement (NIE). Il ressort de cette NIE et de l'arrêt attaqué qu'un rapport d'impact sur l'environnement, au sens de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement du 19 octobre 1988 (OEIE; RS 814.011), n'a été établi qu'à l'occasion du dépôt de la requête d'autorisation de construire en mai 2021, conformément au chiffre 13.2 de l'annexe au règlement cantonal sur les évaluations environnementales du 2 novembre 2022 (REE; RS/GE K 1 70.05; cf. aussi ch. 13.2 de l'annexe à l'OEIE confiant la procédure décisive au droit cantonal pour les installations de ports industriels avec installations fixes de chargement et de déchargement). Cela étant, comme indiqué dans l'exposé des motifs, la planification a été expressément établie pour le secteur du Vengeron (cf. p. 26) et constitue donc un plan d'affectation spécial au sens de l'art. 5 al. 3

in fine
OEIE, de sorte que la procédure de planification aurait dû être considérée comme la procédure décisive lors de laquelle une étude d'impact sur l'environnement aurait dû être réalisée (
ATF 150 II 133
consid. 5.1 et 5.3). Aucune irrégularité à cet égard n'a toutefois été soulevée dans le cadre de la procédure contre le plan d'aménagement et ne peut plus l'être dans la procédure d'octroi du permis de construire. Du reste, il appert que la NIE contenait déjà tous les renseignements nécessaires pour apprécier l'impact sur l'environnement du plan d'affectation (cf. art. 18 al. 1 REE), l'exposé des motifs soulignant que la qualité de cet instrument était équivalente à un véritable rapport d'impact sur l'environnement. Enfin, il appert que l'étude de l'impact sur l'environnement avait été réalisée avant l'adoption en février 2022 du projet de loi précité valant planification.

Pour satisfaire aux exigences de limiter les remblais (cf. art. 2b al. 6 de la loi précitée n° 12969) et de procéder à une pesée d'intérêts avant l'autorisation, les études menées dans le cadre de la planification ont impliqué une analyse précise du contenu possible du futur projet ainsi que des délimitations à l'intérieur des zones nouvellement créées (cf. p. 17 de l'exposé des motifs). Le projet de plan a ainsi prévu des sous-périmètres pour certaines des affectations prévues et précisé d'emblée le type d'interventions constructives admissibles dans l'idée de limiter les remblais autant que possible. Le plan d'affectation définit par conséquent le cadre maximal dans lequel le projet qui sera soumis à autorisation de construire devra s'intégrer, en prévoyant d'ores et déjà une analyse et optimisation des futures installations tout en laissant subsister une très légère marge de manoeuvre pour tenir compte d'ajustements techniques (cf. p. 26 de l'exposé des motifs). Cet instrument s'assimile, en ce sens, à un plan de quartier détaillé qui se rapporte à un projet concret. Un tel plan d'affectation spécial détaillé peut contenir des éléments d'une décision préalable en matière de droit des constructions ayant les effets d'un permis de construire proprement dit, dont la légalité ne peut plus être vérifiée dans le cadre de la procédure d'octroi du permis de construire (
ATF 145 II 176
consid. 4 et 131 II 103 consid. 2.4.1; Aemisegger/Kissling, in: Commentaire pratique LAT: Planifier l'affectation, 2016, n° 79 des remarques préliminaires sur la planification d'affectation).

2.6.
En l'espèce, il s'agit d'examiner si la question litigieuse des remblais a été réglée de manière contraignante dans la planification de détail. Sur ce point, l'exposé des motifs indique qu'un accent particulier a été porté aux conditions légales à l'introduction de remblais dans le lac (cf.
art. 39 LEaux
). L'objectif de cette planification était de libeller les spécifications du projet de manière à donner aux sous-périmètres considérés à la fois l'habilitation requise pour la réalisation des installations projetées ainsi qu'un régime d'affectation contraignant. Même si, au stade de l'autorisation de construire, les projets pourront être conçus avec une emprise moindre, le plan définit l'ampleur maximale des constructions sur le lac. Cette planification visait aussi à définir de manière contraignante les prescriptions constructives (remblais/pilotis), bien que les études de détail précédant les autorisations de construire pourront remplacer les interventions initialement prévues en remblais par des installations en pilotis (cf. ch. 6.2, pp. 26 et 27 de l'exposé des motifs).

Dans un chapitre dédié à la conformité à la réglementation applicable aux interventions dans le lac (ch. 8.1.1 de l'exposé des motifs), intégrant un examen complet des aspects environnements sur la base de la NIE, la question des remblais de la rive et des digues de protection a expressément été examinée, conformément au principe de coordination (cf.
art. 25a al. 4 LAT
). En particulier les conditions d'application de l'
art. 39 al. 2 let. a LEaux
et le choix du site du Vengeron ont fait l'objet d'un examen approfondi basé sur l'étude EPLMAL. L'exposé des motifs comprenait en outre le plan d'aménagement de la rive, montrant les différents secteurs et sous-secteurs du projet et renvoyant aux conditions listées au chapitre 6.2 de la NIE pour les futurs projets de construction, ainsi qu'une description détaillée des aménagements terrestres et lacustres envisagés (ch. 2, pp. 10ss). S'agissant plus précisément des substances solides à introduire dans le lac, ce document a retenu qu'environ 5'400 m² de fonds lacustres seront occupés par les remblais nécessaires pour le port et ses ouvrages de protection, ainsi que 1'100 m² pour les accès à l'eau (cf. p. 33); une excavation de l'ordre de 1'100 m² serait également nécessaire (cf. p. 13).

Un second projet de loi n° 12968 (au sens de l'art. 16 al. 5 LaLAT), relatif à un crédit d'investissement pour la construction du site du Vengeron et l'octroi d'une concession d'occupation des eaux publiques (PL 12968), a été déposé simultanément le 28 avril 2021 au Grand Conseil genevois. Selon son exposé des motifs, les remblais nécessaires à la réalisation des digues du port et des îles artificielles ont été évalués à 6'050 m² pour les secteurs port, loisirs et baignade, auxquels sont venus s'ajouter approximativement 17'600 m² pour le secteur renaturation avec ses deux îles. Reprenant les études ayant été menées, cet exposé des motifs a estimé à 26'000 m³ le volume des remblais pour les secteurs port, loisirs et baignade, ainsi qu'à 23'500 m³ et 94'000 m³ pour les deux îles artificielles, soit un total de 137'600 m³, légèrement inférieur à ce qui a finalement été retenu dans le permis de construire (143'500 m³). L'exposé des motifs comprenait en outre un descriptif technique des aménagements portuaires et terrestres à son chiffre 4, ainsi que le plan des aménagements projetés du 7 décembre 2020 correspondant à celui qui a été retenu dans la demande définitive du permis de construire. Ces prescriptions sont très détaillées et ont fait l'objet d'une mise à l'enquête publique et d'une procédure d'opposition (cf. art. 16 al. 5 et 6 LaLAT). Dans la mesure où elles ont été établies de manière à pouvoir appréhender toutes les problématiques environnementales posées par les installations projetées, en particulier s'agissant de la question des remblais (cf.
art. 39 LEaux
), il ne fait guère de doute qu'elles sont contraignantes pour tout futur projet de construction.

Ces projets de loi se basaient par ailleurs sur un rapport final d'avant-projet d'aménagement qui avait été établi en mai 2019 par le Service du lac, de la renaturation des cours d'eaux et de la pêche. Celui-ci a remanié le premier avant-projet, réalisé en février 2017, afin d'intégrer les remarques exprimées lors de la première enquête publique. Les échanges menés dans ce cadre avec les associations, les usagers et les services administratifs ont permis de positionner et de dimensionner de façon précise les installations et équipements portuaires, conduisant à l'élaboration de plans détaillés. Cet avant-projet comprenait ainsi les coupes du projet et de ses différentes variantes (dont la variante "pont" intégrant le projet de traversée du lac qui a finalement été retenue dans la demande de permis de construire), en particulier des ouvrages lacustres (enrochements, digues et mesures de renaturation) et des deux îles aux oiseaux projetées, ainsi qu'un bilan des surfaces à déblayer et à remblayer. Ce rapport final fournit des indications précises quant à l'emplacement et aux dimensions des îles artificielles, des digues, des berges ou encore des quais. Cet avant-projet remanié a en outre donné lieu à une enquête publique ouverte du 13 décembre 2019 au 18 janvier 2020.

2.7.
Il appert dans ces conditions que la procédure de planification a délimité de manière contraignante le dimensionnement et l'emplacement des futurs ouvrages lacustres et des îles artificielles, ainsi que les besoins en remblaiement. Même si une certaine marge de manoeuvre a été laissée au stade ultérieur de l'autorisation de construire et que les dimensions des installations et remblaiements ont légèrement varié, le niveau de détail contenu dans cette planification spéciale correspond en définitive à un véritable permis de construire. Compte tenu de la volonté appuyée du planificateur d'accorder une portée contraignante à son plan, le maître d'ouvrage devait pouvoir compter sur la possibilité de réaliser le projet d'aménagement du site du Vengeron sans obstacles supplémentaires.

Il s'ensuit que les différentes critiques de la recourante relatives à l'introduction de substances solides dans le Lac Léman (cf.
art. 39 LEaux
), qui ont fait l'objet d'un examen détaillé au stade de la planification, ne pouvaient plus être soulevées dans le cadre de la procédure de permis de construire ultérieure (cf. arrêt 1C_821/2013 du 30 mars 2015 consid. 4, in DEP 2015 p. 301). La recourante ne fait en outre pas valoir un motif qui justifierait un contrôle préjudiciel de la planification relative au site du Vengeron. Rien n'indique à cet égard qu'elle n'aurait pas eu la possibilité de participer à la procédure d'opposition antérieure (cf. art. 16 al. 4 et 5 LaLAT) afin de défendre ses intérêts (cf.
ATF 148 II 417
consid. 3.3;
123 II 337
consid. 3a; arrêts 1C_283/2016 du 11 janvier 2017 consid. 4.3; 1C_507/2015 du 18 mai 2016 consid. 3.2) ou que les circonstances ou les conditions légales se seraient sensiblement modifiées depuis l'adoption du plan au point que celui-ci pourrait être devenu illégal et que l'intérêt à son réexamen ou à son adaptation l'emporte sur les intérêts contraires à la sécurité du droit et à la stabilité du plan (cf.
art. 21 al. 2 LAT
;
ATF 148 II 417
consid. 3.3;
145 II 83
consid. 5.1;
144 II 41
consid. 5.1).

Dans ces conditions et dans la mesure où la Cour de justice est néanmoins entrée en matière sur les critiques de la recourante, il convient de rejeter le recours sans qu'il soit nécessaire d'examiner plus en avant les griefs de fond. L'arrêt querellé du 6 février 2024 est partant confirmé.

3.

Au vu des éléments qui précèdent, le recours est rejeté. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (cf.
art. 66 al. 1 LTF
). Il n'est pas alloué de dépens (
art. 68 al. 3 LTF
).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.

Le recours est rejeté.

2.

Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.

Il n'est pas alloué de dépens.

4.

Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Office cantonal des autorisations de construire et à l'Office cantonal de l'eau du Département du territoire de la République et canton de Genève, à l'Office fédéral des routes, à la 3ème section de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, à l'Office fédéral de l'environnement et à l'Office fédéral du développement territorial.

Lausanne, le 10 juillet 2025

Au nom de la Ire Cour de droit public

du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Haag

Le Greffier : Hausammann