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**Case Identifier:** 1d838175-9d61-54c6-b11f-d8e02aad1db2
**Source:** Genève (GE)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2013-04-16
**Language:** fr
**Title:** Genève Cour de justice (Cour de droit public) Chambre administrative 16.04.2013 A/185/2010
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/GE_Gerichte/GE_CJ_013_A-185-2010_2013-04-16.pdf

## Full Text

R É P U B L I Q U E  E T  
 

C A N T O N  D E  G E N È V E  

P O U V O I R  J U D I C I A I R E  

A/185/2010-ICC ATA/240/2013  

COUR DE JUSTICE 

Chambre administrative  

Arrêt du 16 avril 2013 

1
ère

 section 

   dans la cause 

 

Madame V______ 
représentée par Me Nicole Fragnière Meyer, avocate 

contre 

ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE 
 

_________ 

Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 

7 novembre 2011 (JTAPI/1275/2011) 

- 2/13 - 

A/185/2010 

EN FAIT 

1.  Le 2 mars 2005, Monsieur B______ a cédé par donation à son épouse, 
Madame V______, la copropriété pour une moitié de 2 parts de copropriété de la 
parcelle n° ______- soumise au régime de la propriété par étages (ci-après : PPE) 
- de l’immeuble sis _______, rue R______ à Genthod. La valeur brute de la part 
de copropriété cédée s’élevait à CHF 304'000.-. 

2.  Le 30 août 2006, Mme V______ a acquis la seconde moitié des parts de 
copropriété de son mari pour une valeur de CHF 565'575.-. 

3.  Dans le courant du mois de mai 2008, Mme V______ a vendu sa part de 
copropriété sur l’immeuble de Genthod. Elle l’avait occupé jusque-là comme 
résidence principale.  

4.  Le gain immobilier réalisé à l’occasion de cette vente a fait l’objet d’un 
bordereau d’impôt sur les bénéfices et gains immobiliers (ci-après : IBGI) 
nº ______ établi par l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC) le 22 
décembre 2008. Le montant de CHF 217'637,50 fixé par ce bordereau a été 
entièrement payé par Mme V______. 

5.  En septembre 2009, Mme V______ a acquis, comme résidence principale, 
un appartement à Coppet dans le canton de Vaud. 

6.  Par courrier du 4 décembre 2009, elle en a informé l’AFC. Elle souhaitait en 
conséquence faire valoir le réinvestissement du produit de la vente de son 
précédent logement et invitait l’AFC à lui rembourser le montant de l’impôt 
correspondant à ce réinvestissement. 

7.  Par décision sur réclamation du 10 décembre 2009, l’AFC a mis Mme 
V______ au bénéfice d’un remploi partiel au sens de l’art 85 de la loi générale sur 
les contributions publiques du 9 novembre l887 (LCP - D 3 05). L’achat du bien à 
Coppet lui permettait de bénéficier de la perception différée mais uniquement 
pour l’impôt relatif au bénéfice qui avait été effectivement investi en plus du 
montant de la valeur d’acquisition du bien aliéné. 

  Le montant de l’impôt s’élevait à CHF 124'442,35, le solde de 
CHF 93'195,15 (soit CHF 217'637,50 - CHF 124'442,35, pour un remploi d’un 
montant de CHF 314'273.- sur la base d’une valeur d’acquisition de l’immeuble 
de Coppet de CHF 1'183'848.-) ne devant être payé que lors de l’aliénation du 
bien de remplacement, même en cas de résultat négatif, ou lors de toute 
modification de la nature du bien (location, mise à disposition, etc.). Dès lors que 
le bordereau nº ______ avait été soldé, CHF 93'195,15 lui seraient remboursés. 

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8.  Le 11 janvier 2010, Mme V______ a interjeté recours contre la décision sur 
réclamation précitée auprès de la commission cantonale de recours en matière 
administrative, devenue le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première 
instance (ci-après : TAPI). Elle a conclu à l’annulation de cette décision et du 
bordereau nº ______. Un nouveau bordereau IBGI devait être établi, fixant un 
impôt de CHF 124'442,25 [recte : CHF 124’442,35] déjà acquitté. Enfin, une 
nouvelle décision constatant le remploi partiel et fixant le montant du gain 
immobilier réinvesti y relatif devait être rendue. 

 a. L’AFC avait admis que les conditions d’un remploi partiel étaient satisfaites 
et que le montant de CHF 93'195,15 devait lui être remboursé. Ces points 
n’étaient pas contestés, pas plus que le calcul de l’impôt dû sur la part du gain 
immobilier non réinvesti dans l’achat de l’appartement de Coppet. L’impôt 
s’élevant à CHF 124’442,35 demeurait acquis à l’AFC.  

 b. La décision sur réclamation était contestée, d’une part car elle n’annulait pas 
le bordereau du 22 décembre 2008 et d’autre part, car elle retenait que le solde de 
CHF 93'195,15 devrait être payé lors de l’aliénation ou de la modification de la 
nature du bien de remplacement. 

 c. Selon l’art. 12 al. 3 let. e de la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts 
directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID - RS 642.14), 
l’imposition du gain immobilier était différée en cas d’aliénation de l’habitation 
ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l’aliénateur, dans la 
mesure où le produit ainsi obtenu était affecté, dans un délai approprié, à 
l’acquisition ou à la construction en Suisse d’une habitation servant au même 
usage. Le gain immobilier réinvesti dans l’achat d’un nouveau logement n’était 
pas imposable lors de la vente de l’ancienne habitation, mais au moment de la 
vente ultérieure du nouveau logement ou lorsque les conditions ayant justifié le 
différé d’imposition n’étaient plus satisfaites. L’impôt frappant le gain immobilier 
réinvesti était alors établi au taux tenant compte de la durée de possession des 
deux immeubles. Le différé de droit fédéral avait pour effet qu’aucun gain n’était 
réputé réalisé fiscalement au moment du transfert de propriété. 

  Le droit genevois ne prévoyait pas un différé d’imposition du gain réinvesti 
mais un différé de perception de l’impôt. En effet, selon l’art. 85 al. 1 à 4 LCP, en 
cas de remploi, l’impôt relatif au bénéfice effectivement réinvesti était remboursé 
et n’était exigible que lors de l’aliénation de l’immeuble de remplacement. Le 
transfert de propriété en situation de remploi constituait un transfert imposable 
seulement au moment de la revente de l’immeuble de remplacement. Son montant 
restait inchangé et ne tenait pas compte de la durée de détention de ce dernier. 
L’art. 85 LCP n’était dès lors pas conforme au droit fédéral et, faute de 
modifications dans le délai de huit ans fixé par le législateur fédéral à l’art. 72 
al. 1 LHID, l’art. 12 LHID était directement applicable depuis le 1er janvier 2001 
conformément à l’art. 72 al. 2 LHID. 

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 d. Du fait de la pratique de l’AFC, son gain immobilier réinvesti dans 
l’appartement de Coppet n’avait pas bénéficié d’une imposition différée, la 
perception de l’impôt y relatif de CHF 93'195,15 étant simplement remise à plus 
tard. Pourtant, selon le différé d’imposition prévu par le droit fédéral, le montant 
de cet impôt ne pouvait être calculé et un bordereau supplémentaire émis qu’une 
fois que les conditions ayant justifié le différé ne seraient plus remplies, à savoir 
s’il était revendu ou s’il ne lui servait plus de résidence principale. Cet impôt 
devait en outre tenir compte de la durée de possession de l’appartement de 
Genthod et de celui de Coppet, éléments qui n’étaient pas encore connus.  

  L’AFC n’avait pas annulé le bordereau nº ______ et le montant d’IBGI dû 
suite à la vente de l’appartement de Genthod demeurait de CHF 217'637,50 
(correspondant à la somme de l’impôt dû sur le gain immobilier non réinvesti de 
CHF 124'442,35 et de l’impôt de CHF 93'195,15 frappant le gain immobilier 
réinvesti dans l’achat de l’appartement de Coppet). Dès lors que le maintien de la 
créance d’impôt de CHF 93'195,15 - et du bordereau dont il découlait - violait le 
droit fédéral, ledit bordereau devait être annulé et un nouveau devait être émis, 
d’un montant de CHF 124'442,35 correspondant au montant d’impôt dû sur la part 
du gain immobilier qui n’avait pas fait l’objet d’un remploi.  

9.  Le 22 juillet 2010, l’AFC a conclu au rejet du recours. 

  En concluant à l’annulation du bordereau IBGI du 22 décembre 2008, 
Mme V______ avait en réalité contesté le taux auquel l’impôt différé avait été 
calculé. L’art. 12 al. 3 let. e LHID n’avait pas pour but d’harmoniser les bases de 
calcul de l’impôt, prérogative laissée aux cantons. Le remboursement de l’impôt 
prévu en droit genevois et l’exigibilité de la créance fiscale au moment de 
l’aliénation du bien de remplacement sur la base d’une durée de possession 
antérieurement constatée constituaient bien une manière de différer l’impôt au 
sens de la LHID. Elle maintenait ainsi le bordereau IBGI du 22 décembre 2008 en 
différant l’exigibilité de la créance relative à la part du gain résultant de 
l’aliénation de l’immeuble de Genthod admise en remploi d’un montant de 
CHF 93'195,15. 

10.  Mme V______ a répliqué le 19 août 2010, persistant dans ses conclusions et 
dans ses arguments. 

  L’AFC s’était trompée en arguant que sa contestation portait sur le taux qui 
entrait dans le périmètre de la souveraineté cantonale et en soutenant que les 
dispositions de l’art. 85 LCP consacraient un différé de perception, alors que le 
droit fédéral imposait un différé d’imposition du gain réinvesti. Selon l’art. 12 
al. 3 let. e LHID, aucun impôt ne pouvait être arrêté à la date de la vente de 
l’immeuble objet du remploi, les éléments fondant cet impôt (gain et durée de 
possession) ne pouvant être déterminés à ce moment-là. 

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  Le législateur fédéral avait voulu restreindre la marge de manœuvre des 
cantons en matière de remploi immobilier. Le Tribunal fédéral avait ensuite 
confirmé la nécessité d’avoir une solution fédérale contraignante en la matière. Ce 
caractère contraignant, qui devait prévaloir pour l’ensemble de la Suisse, avait en 
outre été avalisé par la conférence suisse des impôts ainsi que par la commission 
de l’économie et des redevances du Conseil national. Il s’agissait de promouvoir 
la mobilité des contribuables, ou à tout le moins de ne pas l’entraver. 

11.  L’AFC a dupliqué le 4 octobre 2010 et persisté dans sa décision. 

  Mme V______ alléguait à tort qu’il découlait de l’art. 12 al. 3 let. e LHID 
qu’aucun impôt ne pouvait être arrêté à la date de la vente de l’immeuble objet du 
remploi car, ni le Tribunal fédéral ni le législateur n’avaient voulu empêcher les 
cantons de calculer un impôt lors de la vente d’un bien immobilier objet d’un 
remploi. 

  Rien ne s’opposait à l’imposition des gains immobiliers lorsque les moyens 
employés pour financer l’objet de remplacement ne dépassaient pas les coûts 
d’investissement de l’immeuble aliéné, dans la mesure où l’imposition du gain 
d’aliénation, sans report d’imposition, n’amoindrissait pas les moyens nécessaires 
au remploi. Si, dans le cas de Mme V______, les coûts d’investissement de 
l’immeuble aliéné avaient dépassé la valeur d’acquisition du bien de 
remplacement, il fallait néanmoins constater que la valeur de ce dernier était 
inférieure à la valeur d’aliénation du bien remplacé. Ainsi, l’AFC avait tenu 
compte du fait qu’elle avait dû utiliser une partie de son gain pour financer 
l’appartement de Coppet, cette part du gain faisant l’objet d’un report d’impôt 
sous la forme d’un remboursement de l’IBGI trop perçu lors de l’aliénation de 
l’appartement de Genthod. Le bordereau du 22 décembre 2008 ne devait donc pas 
être annulé, Mme V______ ayant réalisé un gain immobilier dont elle disposait 
toujours en partie « à côté du gain réinvesti dans sa villa sise à Genthod » [recte : 
dans son appartement de Coppet]. 

  Le législateur fédéral avait voulu encourager la mobilité professionnelle 
entre les cantons. Celle-ci était toutefois déjà assurée par l’art. 5 de l’ordonnance 
sur l’application de la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs dans les 
rapports intercantonaux du 9 mars 2001 (OHID - RS 642.141). 

12.  Par jugement du 7 novembre 2011, le TAPI a rejeté le recours. 

 a. L’imposition différée visait le gain réalisé lors de l’aliénation du bien objet 
de remploi. L’imposition différée au sens de l’art. 12 al. 3 let. e LHID visait le 
gain déterminé en fonction de la valeur et de la durée de possession du premier 
bien aliéné et non le gain réalisé lors d’une future aliénation du bien acquis en 
remploi, ni la durée de possession de celui-ci. Il ne pouvait dès lors s’agir d’un 

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allégement fiscal sur le gain réinvesti qui serait accordé en fonction de la durée de 
possession du bien acquis en remploi. 

 b. L’art. 12 LHID imposait aux cantons une seule méthode de calcul quant aux 
conditions d’accorder le remploi, à savoir « la méthode absolue », (selon laquelle, 
contrairement à la méthode proportionnelle, l’imposition du gain n’était pas 
différée lorsque le montant réinvesti dans l’acquisition de l’objet de remplacement 
était inférieur aux dépenses d’investissement (prix d’acquisition et impenses) de 
l’immeuble aliéné) afin d’éviter des privilèges fiscaux indus. Cette disposition ne 
prescrivait en revanche pas au législateur cantonal une modalité précise de 
l’imposition différée de la tranche du gain immobilier réinvesti. Les cantons 
disposaient donc d’une marge de manœuvre importante, même s’ils ne pouvaient 
pas prévoir des règles qui iraient à l’encontre du but du remploi ou du principe 
général de l’art. 12 LHID selon lequel toute aliénation d’immeuble était 
imposable. 

  Le Tribunal fédéral n’avait pas examiné la question qui se posait dans le 
cadre du recours déposé par Mme V______. Il n’avait fait que valider la 
conformité au droit fédéral de la « méthode absolue ». Seule cette méthode, 
appliquée notamment à Genève, était conforme aux principes de l’harmonisation 
fiscale. Les méthodes de calcul relatives conduisaient à un privilège indu qui 
n’était pas couvert par l’art. 12 al. 3 let. e LHID. 

 c. L’art. 85 al. 4 LCP était la conséquence logique du droit fédéral. Cette 
disposition prescrivait une méthode de remploi et une modalité de l’imposition 
différée qui s’inscrivaient parfaitement dans l’esprit et le but de l’art. 12 al. 3 
LHID et la mobilité préconisée par le législateur était respectée. 

  Lorsque, comme pour Mme V______, les moyens employés pour financer 
l’objet de remplacement n’engageaient pas la totalité du gain d’aliénation de 
l’immeuble d’origine, l’imposition du gain immobilier dans son intégralité n’allait 
pas à l’encontre de l’acquisition de l’objet de remplacement et par conséquent de 
la mobilité, dans la mesure où l’impôt relatif au gain réinvesti était remboursé dès 
que les conditions de remploi étaient réunies. L’imposition de la totalité du gain 
d’aliénation avec le report de l’impôt relatif au gain réinvesti n’amoindrissait ni 
les moyens nécessaires au remploi, ni la mobilité. En sus de l’objet de 
remplacement, Mme V______ disposait encore d’une partie de son gain. Cette 
partie de son gain, considérée comme définitivement réalisé, devait être imposé. 

 d. L’interprétation de l’art. 12 al. 3 LHID proposée par Mme V______ allait à 
l’encontre du but de cette disposition car elle conduisait à un avantage fiscal indu. 
Selon son raisonnement, le gain réalisé lors de l’aliénation du bien objet du 
remploi échapperait à l’impôt, à tout le moins pour la partie correspondant au 
remploi, du fait qu’on ne tiendrait pas compte de la durée de possession du bien 
aliéné. La durée de possession de ce bien serait prolongée et le taux d’impôt 

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moins élevé, ce qui n’était pas le but de cette disposition, l’art. 85 LCP étant 
conforme au droit fédéral. 

13.  Par acte posté le 23 décembre 2011, Mme V______ a recouru contre ce 
jugement auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : 
la chambre administrative). Elle a conclu, « sous suite de dépens », à l’annulation 
de celui-ci et de la décision sur réclamation, ainsi que du bordereau du 
22 décembre 2008 ; à l’établissement d’un nouveau bordereau de taxation IBGI 
d’un montant de CHF 124'442,25 déjà acquitté et au prononcé d’une nouvelle 
décision constatant le remploi partiel, le remboursement de CHF 93'195,15 et 
fixant le montant du gain immobilier réinvesti. 

  Le litige portait uniquement sur la manière de mettre en œuvre le remploi. 

  En maintenant le bordereau du 22 décembre 2008 et en décidant que l’impôt 
sur le gain réinvesti s’élèverait à CHF 93'195,15, seule sa perception étant différée 
dans le temps, l’AFC puis le TAPI avaient violé l’art. 12 al. 3 let. e LHID. 

14.  Le 24 janvier 2012, le TAPI a transmis son dossier au juge délégué sans 
formuler d’observations. 

15.  Le 8 février 2012, l’AFC a conclu au rejet du recours et renvoyé à ses 
écritures précédentes. Le TAPI avait constaté la conformité de l’art. 85 LCP au 
droit fédéral. 

16.  Le 9 février 2012, le juge délégué a accordé à Mme V______ et à l’AFC un 
délai au 9 mars 2012 pour formuler toutes requêtes ou observations 
complémentaires. Cette dernière l’a informé, le 7 mars 2012, qu’elle n’en avait 
pas. 

17.  Le 9 mars 2012, Mme V______ a persisté dans ses conclusions. 

  Selon un article paru dans la Tribune de Genève le 5 mars 2012, l’AFC avait 
modifié sa pratique en matière de remploi depuis 2010. La plus-value réalisée sur 
la vente d’un bien soumis au remploi n’était plus taxée mais additionnée à la plus-
value réalisée sur le bien acquis en réinvestissement, le taux d’imposition 
applicable étant déterminé par l’addition des durées pendant lesquelles les 
immeubles considérés avaient été occupés par leur propriétaire à titre de résidence 
principale. Si elle était avérée, cette nouvelle pratique serait conforme aux 
prescriptions de l’art. 12 al. 3 LHID et confirmerait le bien-fondé de son recours 
du 23 décembre 2011. En outre, un changement de pratique devait s’appliquer 
immédiatement, y compris aux affaires pendantes au moment où ce changement 
était adopté. 

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18.  Le 3 mai 2012, le juge délégué a imparti à l’AFC un délai au 25 mai 2012, 
reporté au 10 juin 2012, pour se déterminer sur l’existence de sa nouvelle 
pratique. 

19.  Le 11 juin 2012, l’AFC a persisté dans ses conclusions. 

  Jusqu’ici, sa pratique consistait à différer la perception de l’IBGI jusqu’à 
l’aliénation de l’immeuble de remplacement. La perception du bordereau 
initialement émis était différée jusqu’à la vente de l’immeuble de remplacement, 
mais uniquement à hauteur du montant ayant bénéficié du remploi. Le taux 
applicable était fonction de la seule durée de possession de l’immeuble 
initialement aliéné, qui avait bénéficié du remploi. Cette pratique avait été 
appliquée à Mme V______. 

  Dans le courant de l’année 2010, l’AFC s’était interrogée sur la 
compatibilité de l’art. 85 LCP et de la pratique qui en découlait avec le droit 
fédéral. Suite à cet examen, elle avait modifié sa pratique pour introduire un 
différé d’imposition en lieu et place du différé de perception, à savoir que lors du 
premier transfert de propriété, en cas de remploi, elle considérait désormais 
qu’aucun gain n’était réputé réalisé au plan fiscal. Le gain immobilier réinvesti 
dans l’achat d’un nouveau bien immobilier n’était pas imposable lors de la vente 
de l’ancienne habitation, mais lors de la vente du bien de remplacement. Le taux 
de l’impôt se déterminait en cumulant les durées de possession des deux biens. 

  Au moment de ce changement de pratique, un examen exhaustif de toutes 
les causes pendantes concernées n’avait pas été effectué, raison pour laquelle le 
dossier de Mme V______, qui avait été gardé à juger par le TAPI, n’avait pas été 
retiré. Le TAPI, dans son jugement du 7 novembre 2011, avait conclu à la 
compatibilité de l’art. 85 LCP et de la pratique de l’AFC avec le droit fédéral et 
donc remis en cause la modification de pratique adoptée. Suite à ce jugement et au 
recours déposé par Mme V______, l’AFC avait suspendu « le traitement des cas 
d’application fondés sur l’art. 85 LCP » dans l’attente de l’arrêt de la chambre 
administrative. 

  Si cette dernière confirmait à son tour la conformité au droit fédéral de 
l’ancienne pratique, l’AFC l’appliquerait à nouveau à l’ensemble des 
contribuables concernés. Si au contraire la chambre administrative infirmait la 
position du TAPI, la nouvelle méthode serait appliquée à Mme V______. 

20.  Mme V______ a formulé des observations complémentaires le 27 juillet 
2012 et persisté dans ses conclusions. 

  L’AFC s’était interrogée sur une question qui était précisément l’objet du 
litige et avait reconnu la non-conformité de l’art. 85 LCP au droit fédéral 
harmonisé. Depuis 2010, elle avait accordé aux contribuables concernés le 

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bénéfice de l’art. 12 al. 3 let. e LHID qu’elle-même réclamait dans le cadre de 
cette procédure. Pourtant, elle n’avait pas été mise au bénéfice de la nouvelle 
pratique qui devait pourtant s’appliquer immédiatement à elle, l’AFC persistant 
même à défendre une pratique qui n’était plus la sienne. 

  L’AFC avait violé le principe de la bonne foi et de l’égalité de traitement. Si 
elle avait été mise au bénéfice de la nouvelle pratique, elle aurait retiré son recours 
déposé auprès du TAPI. 

21.  L’AFC a répondu le 21 septembre 2012, persistant dans les termes et 
conclusions de ses écritures. 

  L’égalité de traitement entre les contribuables était garantie puisqu’elle avait 
suspendu le traitement des dossiers pendants. Par ailleurs, elle ne s’était pas 
comportée sciemment de manière contraire aux règles de la bonne foi. 

22.  Invitée par le juge délégué à se prononcer sur ce dernier courrier, 
Mme V______ n’a pas fait usage de cette possibilité. 

23.  Sur quoi, la cause a été gardée à juger. 

EN DROIT 

1.  Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est 
recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - 
LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 
12 septembre 1985 - LPA - E 5 10). 

2.  Le litige porte sur la manière dont l’AFC a mis en œuvre le remploi dans le 
cadre de l’IGBI, suite à la vente par Mme V______ de son appartement de 
Genthod en 2008. Il est toutefois apparu en cours de procédure devant la chambre 
de céans que l’AFC avait changé sa pratique en matière de remploi.  

3. a. Un changement de pratique doit reposer sur des motifs sérieux et objectifs 
(ATF 135 I 79 consid. 3 ; 127 I 49 consid. 3c ; 127 II 289 consid. 3 e les arrêts 
cités ; Arrêt du Tribunal fédéral 2C_887/2010 du 28 avril 2011 consid. 8.1), 
d’autant plus solides que l’application du droit reconnue comme fausse ou 
obsolète a été pratiquée pendant longtemps. La modification ne doit pas se 
produire dans le sens d’un changement temporaire, momentané, ou d’une 
dérogation particulière, mais au contraire elle doit valoir en tant que nouvelle 
ligne directrice, de façon fondée, pour tous les états de faits analogues dans le 
futur. Si ces conditions sont remplies, un changement de pratique ne rentre en 
contradiction ni avec le principe de la sécurité du droit ni avec celui de l’égalité du 
droit (Arrêt du Tribunal fédéral 2A.517/2002 du 21 mai 2003 consid. 3.2 et la 

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jurisprudence citée in RDAF 2003 II 359 ss). Pour que l’égalité de traitement soit 
respectée, il convient que le changement de pratique s’applique immédiatement, y 
compris aux affaires pendantes au moment où il intervient (T. TANQUEREL, 
op. cit., 2011, p. 204 nº 603 et la jurisprudence citée).  

 b. Le principe de la bonne foi entre administration et administré, consacré par 
les art. 9 et 5 al. 3 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 
18 avril 1999 (Cst. - RS 101), exige que l’une et l’autre se comportent 
réciproquement de manière loyale. En particulier, l’administration doit s’abstenir 
de toute attitude propre à tromper l’administré. Elle ne saurait tirer aucun avantage 
des conséquences d’une incorrection ou insuffisance de sa part (ATF 129 I 161 
consid. 4 p. 170 ; 129 II 361 consid. 7.1 p. 381 ; Arrêts du Tribunal fédéral 
1C_534/2009 du 2 juin 2010 ; 9C_115/2007 du 22 janvier 2008 consid. 4.2 ; 
ATA/141/2012 du 13 mars 2012 ; T. TANQUEREL, Manuel de droit 
administratif, 2011, p. 193 n. 568).  

4. a. Dans le cas d’espèce, l’AFC a indiqué le 11 juin 2012 s’être interrogée dans 
le courant de l’année 2010 sur la compatibilité de l’art. 85 LCP et la pratique qui 
en découlait au regard du droit fédéral harmonisé. Elle a alors modifié sa pratique, 
sans toutefois l’appliquer immédiatement à la recourante, dont la cause avait été 
gardée à juger par le TAPI. L’intimée explique cet oubli par le fait qu’elle n’avait 
pas procédé à un examen exhaustif de toutes les causes pendantes concernées. Ce 
faisant, l’AFC a violé les principes de l’égalité de traitement et de la bonne foi, 
Mme V______ et les autres contribuables concernés comme elle par une situation 
de remploi ayant fait l’objet d’une taxation de l’IBGI calculée différemment. 

 b. Avant d’être interpellée par le juge délégué le 3 mai 2012, l’intimée n’a en 
outre jamais annoncé son changement de pratique. C’est en effet la recourante qui 
en a pris connaissance en lisant la presse locale le 5 mars 2012. L’AFC, qui avait 
alors déjà modifié sa pratique, a ainsi laissé le TAPI juger la cause sans lui 
communiquer cette information pourtant essentielle pour l’issue du litige. 
L’intimée, qui avait l’opportunité de reconsidérer ou de retirer sa décision puis 
d’en notifier une nouvelle (art. 67 al. 2 LPA), a devant cette instance continué à 
défendre une pratique qui n’était pourtant plus la sienne. Elle en a fait de même 
devant la chambre de céans. Ce comportement est à l’évidence contraire au 
principe de la bonne foi.  

 c. Après avoir laissé la recourante et le TAPI dans l’ignorance de sa nouvelle 
pratique, l’AFC a suspendu le traitement des cas d’application de l’art. 85 LCP au 
motif que le jugement rendu par cette juridiction la mettait dans l’embarras. 
L’intimée a créé une situation d’insécurité juridique à laquelle il ne peut être mis 
fin aujourd’hui qu’en lui renvoyant la cause, afin qu’elle examine la situation de 
Mme V______ à la lumière de sa nouvelle pratique dès lors que celle-ci est 
conforme au droit fédéral (voir infra consid. 6). 

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5. a. L’impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de 
l’aliénation de tout ou partie d’un immeuble faisant partie de la fortune privée du 
contribuable ou d’un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit 
de l’aliénation soit supérieur aux dépenses d’investissement (prix d’acquisition ou 
autre valeur s’y substituant, impenses). L’imposition est différée : en cas 
d’aliénation de l’habitation (maison ou appartement) ayant durablement et 
exclusivement servi au propre usage de l’aliénateur, dans la mesure où le produit 
ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l’acquisition ou à la 
construction en Suisse d’une habitation servant au même usage (art. 12 LHID). 

 b. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, les cantons n’ont aucune marge 
de manœuvre s’agissant du réinvestissement du produit de la vente dans un objet 
de remplacement au sens de l’art. 12 al. 3 let. e LHID. La méthode absolue 
s’applique, selon laquelle le report de l’imposition n’est accordée que pour la 
partie du gain qui est investie dans l’acquisition de l’objet de remplacement après 
la réaffectation des coûts d’investissement de l’objet vendu. Cela signifie que le 
gain qui n’est pas à nouveau investi est soumis immédiatement à l’imposition 
(ATF 137 II 419 in RDAF II 2012 111 consid. 2.2.1 et la jurisprudence citée). 
Selon la méthode absolue, le report de l’impôt n’est accordé que pour la part du 
gain réinvestie dans l’objet de remplacement, en sus du montant des frais 
d’investissement. Lorsque les moyens employés pour financer l’objet de 
remplacement ne dépassent pas les coûts d’investissement de l’immeuble aliéné, 
l’imposition complète du gain immobilier ne va pas à l’encontre de l’acquisition 
de l’objet de remplacement (Arrêt du Tribunal fédéral 2A.311/2003 in RDAF II 
2004 262 consid. 4.3 et 5.3). 

 c. Selon la méthode absolue, le report s’applique seulement pour la part du 
montant issu de la vente effectivement réinvestie dans le bien de remplacement. 
Cette part est la différence entre le montant déboursé pour acquérir le nouvel 
immeuble et les dépenses consenties pour acquérir et améliorer le bien remplacé. 
Lorsque les dépenses consenties sur le premier immeuble (frais d’acquisition et 
impenses) ont été plus importante que le montant déboursé pour acquérir le 
nouveau bien, l’entier du gain est imposé (B. VERREY, L’imposition différée du 
gain immobilier : harmonisation fédérale et droit cantonal comparé, 2011, p. 219 
nº 262). En d’autres termes, le gain immobilier réalisé lors de l’aliénation de 
l’immeuble n’est imposable que dans la mesure où le produit de l’aliénation n’est 
pas affecté au remploi. Le différé d’imposition est accordé dans la mesure où le 
gain immobilier n’est pas à la libre disposition de l’aliénateur, parce qu’il a été 
affecté à l’acquisition d’un objet de remplacement. La partie du produit de 
l’aliénation qui est à la libre disposition de l’aliénateur est en revanche imposée 
lors de la réalisation du gain et à un moment où les liquidités nécessaires au 
paiement de l’impôt sont à disposition du débiteur de cette contribution (circulaire 
nº 19 du 31 août 2001 de la conférence suisse des impôts). 

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6.  S’agissant de sa nouvelle pratique, l’AFC a introduit un différé d’imposition 
en lieu et place du différé de perception. Selon les explications de l’intimée, cela 
implique que lors du premier transfert de propriété et en cas de remploi, elle 
considère qu’aucun gain n’est réputé réalisé au plan fiscal. Le gain immobilier 
réinvesti dans l’achat d’un nouveau bien immobilier n’est pas imposable lors de la 
vente de l’ancienne habitation, mais lors de la vente ultérieure du bien de 
remplacement. Dans ce cas, le taux de l’impôt ses détermine en cumulant les 
durées de possession des deux biens immobiliers. 

  Dans la limite des principes rappelés ci-dessus, la nouvelle pratique de 
l’AFC est conforme au droit et doit être admise. Dans le cas d’espèce, cela 
implique que, comme elle l’avait fait précédemment, elle imposera 
immédiatement le gain qui n’a pas été réinvesti, ce que Mme V______ n’a jamais 
contesté. La part du montant issu de la vente de l’immeuble de Genthod qui a 
effectivement été réinvestie dans l’immeuble de Coppet, à savoir la différence 
entre le montant déboursé pour acquérir ce nouvel immeuble et les dépenses 
consenties pour acquérir et améliorer celui de Genthod, sera par contre imposée 
ultérieurement. 

7.  Au vu de ce qui précède, le recours sera admis, le jugement attaqué annulé 
et la cause renvoyée à l’AFC pour nouvelle décision. 

8.  Un émolument de CHF 2'000.- sera mis à la charge de l’AFC qui, par son 
attitude, a prolongé la procédure (art. 87 al. 1 LPA). Vu l'issue du litige, une 
indemnité de procédure de CHF 1'500.- sera allouée à la recourante, à la charge de 
l’Etat de Genève (art. 87 al. 2 LPA). 

 

* * * * * 

PAR CES MOTIFS 

LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE 

à la forme : 

déclare recevable le recours interjeté le 23 décembre 2011 par Madame V______ contre 
le jugement du Tribunal administratif de première instance du 7 novembre 2011 ; 

au fond : 

l’admet ; 

annule le jugement du TAPI du 7 novembre 2011, la décision sur réclamation du 
10 décembre 2009 et le bordereau du 22 décembre 2008 ; 

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renvoie la cause à l’administration fiscale cantonale pour nouvelle décision au sens des 
considérants ; 

met un émolument de CHF 2'000.- à la charge de l’administration fiscale cantonale ; 

alloue à Madame V______ une indemnité de procédure de CHF 1'500.-, à la charge de 
l’Etat de Genève ; 

dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 
2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui 
suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière 
de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens 
de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé 
au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux 
conditions de l’art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, 
invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l’envoi ;  

communique le présent arrêt à Me Nicole Fragnière Meyer, avocate de la recourante, à 
l'administration fiscale cantonale ainsi qu’au Tribunal administratif de première 
instance. 

Siégeants : M. Thélin, président, Mme Hurni, M. Verniory, juges. 

Au nom de la chambre administrative : 

le greffier-juriste : 
 
 

F. Scheffre 

 le président siégeant : 
 
 

Ph. Thélin 
 
 

 

Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties. 

 

Genève, le  
 
 
 
 

 la greffière :