# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** 0bbfece0-25a5-50bd-9f89-d6ed4e102b66
**Source:** Vaud (VD)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2010-08-04
**Language:** fr
**Title:** Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 04.08.2010 FI.2009.0001
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/VD_Omni/VD_TC_031_FI-2009-0001_2010-08-04.html

## Full Text

r

  	
  TRIBUNAL CANTONAL

  COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

  
	
   

  	
  Arrêt du 4 août 2010

  
	
  Composition

  	
  M. Xavier Michellod, président;  MM. Bernard Jahrmann et Alain
  Maillard, assesseurs; Mme Magali Gabaz, greffière.

  

 

	
  Recourante

  	
   

  	
  X.________ SA, à représentée par Pierre-Alain GUILLAUME, Avocat, à Lausanne,  

  

   

	
  Autorité intimée

  	
   

  	
  Administration
  cantonale des impôts,  

  

   

	
  Autorité concernée

  	
   

  	
  Administration
  fédérale des contributions, Division principale
  DAT,  

  

   

 

	
  Objet

  	
       Impôt cantonal et communal (soustraction)' Impôt fédéral direct
  (soustraction)      

  
	
   

  	
  Recours X.________ SA c/ décision de
  l'Administration cantonale des impôts du 4 décembre 2008

  

 

Vu les faits suivants

A.                               
X.________ SA (ci-après: X.________) est une
société anonyme créée le 15 février 1990 et inscrite au Registre du commerce du
canton de Vaud le 20 février de la même année. Son siège est à St-Sulpice. Son
capital-actions se monte à 300'000 fr. et est entièrement libéré. Il est
composé de 390 actions nominatives de 500 fr. et de 1'050 actions nominatives
de 100 francs. Son but tel qu'inscrit au registre du commerce était d'abord la
"conception, fabrication et commercialisation de produits
informatiques". Il a par la suite été modifié le 22 juin 2006 et est
défini actuellement comme suit: "services informatiques dans le domaine de
la finance, notamment l'installation de systèmes et location d'espaces
informatiques, service de bureau, conseils, gestion de projets, support et
assistance, formation des utilisateurs."

Son conseil d'administration est
composé de deux personnes, M. A.Y.________, administrateur président, et Mme B.Y.________,
administratrice et secrétaire. A.Y.________ détient 197 actions à 500 fr. et
665 actions à 100 fr. de X.________. Son épouse en détient quant à elle 193
actions à 500 fr. et 385 actions à 100 francs. Ces deux personnes sont également
domiciliées à St-Sulpice. X.________ a en fait ses locaux dans l'immeuble
propriété des époux Y.________. 

A.Y.________ a une formation de
base dans le génie civil acquise dans son pays d'origine, la Roumanie. Après
son arrivée en Suisse, il a entrepris des études post-grades en informatique,
en statistiques et en génie civil. Il a également obtenu un MBA de la faculté
des Hautes Etudes commerciales de l'Université de Lausanne.

Aux dires du prénommé, X.________ a
été créée pour des raisons d'image dans l'optique de la vente de produits et
pour couvrir le risque d'une éventuelle faillite. Au début de son activité,
elle n'avait pas d'employés, ni de locaux. Ce n'est qu'en 1995 qu'A.Y.________
a acquis la propriété de St-Sulpice précitée, dans laquelle il a installé les
locaux de X.________ et que, dès 1998 environ, la société a eu des employés.
Toujours aux dires de l'intéressé, la société a encaissé son premier chiffre
d'affaires en 1995.

Au départ, X.________ concluait des
contrats avec des clients suisses ou internationaux, comme par exemple avec la
société Z.________ (Luxembourg) SA selon un contrat signé le 15 août 1996. 

B.                              
Le 12 mars 1991, A.Y.________ a constitué la
société X.________ Romania SA (ci-après: A.X.________) dont le siège est situé
en Roumanie. M. A.Y.________ en détient quasiment l'entier du capital-actions
(entre 98 et 99%).

Les relations entre X.________ et A.X.________
sont régies par un contrat du 10 février 1993. Ce contrat indique notamment ce
qui suit:

"(…) Préambule

Les sociétés A.X.________
et X.________ conviennent:

-         
de développer des programmes informatiques pour
les milieux financiers et bancaires ci-après dénommés le PRODUIT (…)

Dans le cadre de
ce projet:

-         
X.________ est chargée de la commercialisation
dans tous ses aspects et sera la seule responsable de la vente et de la
distribution du PRODUIT ainsi que seul partenaire contractuelle du client.

-         
A.X.________ s'occupe du développement, de la
production, de l'installation, de la maintenance et du suivi technique, mais
n'apparaîtra pas officiellement en tant que partenaire commercial ou
fournisseur envers le client. (…)

OBLIGATIONS DE
X.________ (…)

Logistique
de fonctionnement

X.________ assure
la prise en charge de tous les frais relatifs au déplacement, hébergement et
formation des spécialistes nécessaires, aux développements, aux tests, à la
mise en place, à la production et au support client du PRODUIT. (…)

X.________ prend
en charge d'une manière intégrale tous les frais engendrés par l'utilisation
des moyens logistiques par le personnel de A.X.________ en déplacement hors de
Roumanie. (…)

OBLIGATIONS DE
A.X.________

Ressources

A.X.________ met
à disposition du projet les ressources humaines et techniques nécessaires au
développement, aux tests, à la production et au support technique du PRODUIT.
(…)

Personnel

A.X.________
emploie à ses frais des informaticiens/techniciens, pour le développement, l'installation,
la maintenance et le support technique du PRODUIT sur les sites désignés par X.________.
(…)

A.X.________
garantit, sur la base des invitations faites par X.________, la disponibilité
du personnel nécessaire muni d'un visa pour tous les pays en question.

DISPOSITIONS
GENERALES

Rémunération

A.X.________
établit ses factures à X.________ en fonction des prestations fournies sur une
base mensuelle et/ou trimestrielle dans la monnaie de son choix. (…)

Visas

X.________
accepte de faire les invitations nécessaires pour le personnel A.X.________
provenant de Roumanie dans les pays où la présence de ses spécialistes est
requise. (…)

Propriété
du PRODUIT

X.________ est la
seule responsable du PRODUIT et des programmes source afférents et elle déteint
tous les droits qui relèvent de la protection de la propriété intellectuelle.
(…)

D'une manière
générale A.X.________ est responsable de la protection générale des données
informatiques concernant le PRODUIT. (…)

Licence

X.________ est
l'unique propriétaire du PRODUIT, elle est seule habilitée à distribuer des
licences d'exploitation ou à céder tout autre droit qui relèvent de la
propriété intellectuelle.

Durée du
contrat

Le présent
contrat prend effet le 10 février 1993 et est conclu pour une durée indéterminée.
(…)

Résiliation

La résiliation de
ce contrat peut se faire avec un préavis d'une année pour la fin d'une année
calendaristique sous la forme d'une lettre recommandée avec avis de réception.
(…)"

A.X.________ employait à ses débuts
entre huit à dix personnes dont le salaire s'élevait à trente dollars
américains par mois. Ce chiffre a par la suite augmenté à quarante, puis a
encore progressé les années suivantes. Comme le prévoit le contrat précité, des
employés de A.X.________ ont régulièrement été mis à disposition de X.________
que ce soit pour travailler en Suisse – ils venaient alors en principe au
bénéfice d'un permis "étudiant" dont l'obtention se faisait plus
rapidement qu'un visa – ou en France par exemple. Ce fut notamment le cas entre
1992 et 1997, années durant lesquelles six employés de A.X.________ ont
travaillé à Paris au développement d'un programme pour la société Z.________ (France)
Sàrl. Ces employés logeaient dans un appartement loué par X.________. La société
Z.________ (France) Sàrl s'était portée garante du bail de cet appartement. En
outre, tous les frais liés à ce personnel étaient assumés par X.________. 

C.                              
Le 3 novembre 1997, A.Y.________ a obtenu une
licence de pilote. Le 19 juin 1998, X.________ a acquis un avion de type Piper
Dakota PA 28-236 pour le prix de 67'000 francs. Cet achat a été partiellement
réglé au moyen d'une somme de 50'000 fr. prélevée sur un compte bancaire (no
151803-91) détenu par X.________ auprès du Crédit Suisse. Dans les livres
comptables de X.________, cet avion n'a jamais été porté à l'actif du bilan.
Quant au montant de 50'000 fr., il trouve sa contre-partie au débit du compte
courant de l'actionnaire.

Interrogé sur la différence entre
le prix de vente et le montant de 50'000 fr. précité, ainsi que sur le règlement
du prix de vente, A.Y.________ a indiqué que le prix mentionné sur le contrat
était faux et qu'il avait déboursé en réalité 40'000 ou 50'000 fr. pour cet
avion. Quant au règlement, il a exposé penser qu'il avait été fait avec
l'argent du groupe, tout en précisant qu'il n'y avait pas de séparation entre
son patrimoine et celui de la société à l'époque, son unique but étant de la
faire fonctionner.

D.                              
En 1999, A.Y.________ a créé plusieurs nouvelles
entités juridiques, dont le détail est le suivant:

- 8 mars 1999: X.________
International SA (ci-après: B.X.________), dont le siège est à Ruggell
(Liechstenstein). Cette société a été constituée et est représentée par A.________
et Partner Trust reg., à Ruggell également. Son capital-actions est de
50'000 fr. et a été entièrement versé par A.Y.________, qui est d'ailleurs
membre de son conseil d'administration avec une signature individuelle. Ce
conseil d'administration comporte en outre deux membres, avec signature
collective à deux, A.________, et C.________, tous deux domiciliés à Ruggell. Le
but social de cette société est "toutes activités en relation avec des
produits informatiques, soit notamment la conception, le développement, la
fabrication, la commercialisation et le service après-vente de matériel et de
logiciels informatiques". Sur le plan fiscal, une telle société doit un
impôt de base de 1'000 fr. par an, plus quatre pourcents sur les dividendes
distribués.

Selon les explications d'A.Y.________,
cette société a été créée dans le but de vendre les produits de A.X.________
aux clients étrangers, X.________ ne vendant plus uniquement qu'aux clients
suisses.

Dès sa création, la gestion de B.X.________
s'est effectuée depuis la Suisse, soit depuis les locaux de X.________ à
St-Sulpice. A.Y.________ a nié ce fait, mais a confirmé la présence des
fichiers de gestion de B.X.________ dans les disques durs de X.________ en
précisant qu'ils s'y trouvaient à titre de copie.

- 8 mars 1999: D.________ AG, dont
le siège est à Ruggell. Cette société a le même capital-actions (aussi versé
par A.Y.________) que B.X.________, les mêmes représentants et les membres du
conseil d'administration, à l'exception d'A.Y.________ qui n'y siège pas et du
fait que cette fois, les membres du conseil d'administration disposent d'une
signature individuelle. Son but social est "toutes activités dans le
domaine de l'aéronautique et du transport, notamment l'achat d'avions et la
commercialisation de vols d'affaires".

Après la constitution de cette
société, l'appareil Piper Dakota acquis en 1998 a été porté à l'actif de son
bilan pour un montant de 63'593 fr. 50, montant comprenant une facture de la
société E.________ Services SA par 13'593 fr. 50. La demande de modification de
l'inscription dans le registre matricule suisse des aéronefs est quant à elle
intervenue le 3 janvier 2000. Sur cette demande, on peut lire que le nouveau
propriétaire est D.________ AG et que l'exploitant est X.________.

Dès sa création, la gestion de D.________
AG s'est également effectuée depuis la Suisse, soit depuis les locaux de X.________
à St-Sulpice. A.Y.________ a nié ce fait, mais a confirmé la présence des
fichiers de gestion de D.________ AG dans les disques durs de X.________ en
précisant qu'ils s'y trouvaient à titre de copie.

- 12 mai 1999: Fondation F.________,
dont le siège est à Ruggell également. Son objet est de gérer sa fortune et de
faire des prestations aux bénéficiaires désignés par le conseil de fondation,
dont les membres sont A.________ et C.________, à Ruggell et G.________, à
Pully. Ces membres ont une signature collective à deux. La fondation est
représentée par A.________ et Partner Trust reg., à Ruggell. Quant à son
capital de fondation, il se monte à 30'000 francs.

- 31 mai 1999: Etablissement H.________,
dont le siège est à Vaduz (Liechtenstein). Son conseil d'administration est
composé de Mes I________ et J.________, à Vaduz, et de Me G.________, à
Lausanne. Son capital est de 30'000 fr. et son but est le placement et
l'administration de la fortune de l'établissement et, seulement dans ce cadre
en particulier, aussi des acquisitions, l'administration et l'exploitation de
biens immobiliers, titre de participation et droit, ainsi que la mise en œuvre
de toutes les affaires en relation avec ce but. Il est en outre précisé dans le
but que l'activité menée ne sera pas exercée sous une forme commerciale. 

Depuis le 9 juin 1999, cet
établissement détient l'entier du capital-actions de B.X.________ grâce à un
prêt consenti par la Fondation F.________.

Il convient encore de préciser ici
qu'A.Y.________ est l'ayant droit économique de la fondation et de
l'établissement précités.

- 25 juin 1999: K_______ SA, dont
le siège est à Genève. Son capital-actions se monte à 250'000 francs. Quant à
son but, il consiste dans l'achat, l'administration et la vente d'avions,
l'activité dans le domaine de l'aéronautique et du transport aérien et le
commerce avec des avions et commercialisation de vols d'affaires. A sa
création, son administrateur était L_____, remplacé par la suite par M.________.

Aux dires d'A.Y.________, K_______ SA
a été créée pour acquérir et exploiter l'avion qui appartenait auparavant à X.________
et pour acquérir un nouvel avion. Il a également indiqué ce qui suit au sujet
de la création de cette société et de sa sœur liechtensteinoise: 

"J'avais
besoin d'un avion pour gérer mes affaires, c'est pourquoi j'ai constitué deux
sociétés. M. N.________ m'a conseillé de procéder de la sorte, celui-ci étant
d'avis que le fisc vaudois aurait refusé de passer par la société l'acquisition
de l'avion et les frais inhérents. Ces sociétés font partie du groupe de mes
sociétés et ne servent que celui-ci"

Ainsi, en juin 1999, le groupe X.________
se composait selon l'organigramme suivant:

C'est à une date indéterminée que
l'Etablissement H.________ a acquis l'entier des capital-actions des sociétés D.________
AG et K_______ SA. Tout comme pour celui de B.X.________, les fonds servant à
ces acquisitions lui ont été prêtés par la Fondation F.________.

A propos de la constitution de ces
sociétés, le conseil de X.________ avait rédigé une note le 13 janvier 1999
dont il ressort ce qui suit:

"X.________
(const. sociétés)

Dangereux

Pas de double
facturation pour services fournis par la suisse à des suisses

Société roumaine:
à vendre en faisant un bénéfice

Noir?

Facturation aux
étrangers; pas de problème

Brevets

Achet de
royalties

Achat de services
"bidon"→contrats
de sociétés de pays de l'Est"

E.                              
Le 7 mai 1999, K_______ SA a acquis un avion de
type Pilatus PC-12/45 pour le prix de 2'953'315 dollars américains. Cet achat a
été financé par deux prêts, l'un d'un montant de 3'400'000 fr. octroyé par la
société de financement GEFA, selon une confirmation de prêt du 15 février 2000,
et l'autre d'une somme de 1'560'000 fr. accordé par l'Etablissement H.________.

En ce qui concerne ces deux prêts,
il convient de préciser ce qui suit:

Prêt GEFA: Aux dires de M. A.Y.________,
cette société a accepté de lui accorder un prêt à la condition que la société
acquérante soit suisse. C'est pourquoi il a été contraint de créer la société K_______
SA alors qu'il détenait déjà la société D.________ AG.

Prêt H.________: La convention de
prêt entre les deux entités a formellement été signée le 20 mai 2001. Afin
d'établir son contenu, l'avocat de X.________ a été consulté. Il ressort ainsi
d'un fax qu'il a adressé à ce propos à X.________ ce qui suit: 

"Mon cher,

Afin de renforcer
le caractère vraisemblable du contrat de prêt H.________/K_______, je propose
d'y apporter les modifications et/ou adjonctions suivantes (…)"

En outre, les fonds prêtés par
l'Etablissement H.________ lui avaient préalablement été prêtés par la
Fondation F.________.

F.                               
Par convention du 15 janvier 2000, K_______ SA a
cédé l'exploitation du Pilatus à D.________ AG pour le prix annuel de 600'000
fr., TVA en sus, payable par trimestre d'avance, à réception des factures
adressées par K_______ SA. Dès 2001, le montant de la redevance a été augmenté
à 720'000 fr. par an.

G.                              
Dans le courant de l'année 2001, M. A.Y.________
a entrepris des démarches afin de transférer les droits de propriété
intellectuelle de ses produits détenus jusqu'alors par X.________ selon le
contrat du 10 février 1993 à l'Etablissement H.________. Dans cette optique, un
projet de contrat de distribution et de licence pour logiciel a été établi
entre les deux sociétés. Dans le fax accompagnant ce projet, le conseil de X.________
tient les propos suivant:

" (…) Par
ailleurs, je t’informe ci-après du résultat de mon entretien téléphonique de
cette semaine avec mon correspondant au Liechtenstein au sujet de ces contrats:

a. Registre du
commerce : bien qu’il ne l’estime pas réellement indispensable, mon
correspondant souhaiterait que le but social de H.________ mentionné au
Registre du commerce soit modifié pour inclure une activité commerciale (ce qui
n’est pas le cas actuellement), et ce notamment si les redevances envisagées
devaient atteindre des montants importants; cela implique notamment que H.________
sera désormais astreinte à la révision de ses comptes, d’où des frais
supplémentaires;

b. Provenance des
droits sur les logiciels : comme je l’avais également relevé, mon correspondant
considère qu’il est impératif de pouvoir établir de quelle manière H.________
est devenue titulaire des droits qu’elle prétend concéder à des tiers; il ne serait
en effet pas crédible que H.________ puisse concéder des droits dont elle ne
peut justifier l’acquisition ; j’ai évoqué la possibilité d’un contrat par
lequel la société roumaine pourrait céder ces droits à H.________; cela lui
paraît parfaitement acceptable, bien que l’identité des noms (X.________
Roumania/X.________ SA/X.________ International AG) soit susceptible de faire
naître des soupçons sur la réalité de l’opération; si aucune autre solution ne
peut être trouvée pour justifier la propriété, par H.________, des droits sur
les logiciels, un contrat entre X.________ (Roumanie) et H.________ devrait
donc être envisagé;

c. ainsi que je
l’ai déjà fait à plusieurs reprises, mon correspondant attire ton attention sur
le soupçon que pourra également faire naître auprès du fisc l’utilisation d’une
structure qui permet à une société suisse (X.________ SA) de transférer à une
entité “off-shore” des montants importants; il convient donc d’une part de
rédiger les contrats de manière soigneuse et crédible et d’autre part de
s’apprêter à répondre aux questions qui vont inévitablement être posées à ce
sujet; sans doute faudrait-il également prévoir une documentation annexe (par
exemple un échange de correspondances) susceptible d’étayer la réalité du
contrat; comme discuté lundi dernier, je laisse à M. N.________ le soin de nous
indiquer si, à son avis, le dossier est suffisamment complet et crédible du
point de vue fiscal; (…)"

Toujours à ce sujet, le conseil de X.________
a rencontré M. N.________ au mois de juin 2001. Il ressort ce qui suit des
notes prises par le conseil lors de cet entretien:

"X.________
– propriété intellectuelle

O.________ → H.________: non (trop évident)

prêt → dr. roumanie: non (pas poss.
d'établir un contrat)

TSA (Romania)→ H.________: il va étudier et me
redit"

Le 12 juin 2001, le conseil de X.________
a rencontré M. A.Y.________. La note de cet entretien indique ce qui suit: 

"X.________
/ Licence de propriété intellectuelle

Transfet Roumanie
→ H.________ (contrat non
signé!)

→Tél. N.________ pour savoir si faisable que O.________ vende les dts
de PI ou bien X.________ Roumanie ?"

Le 29 novembre 2001, le conseil de X.________
a encore adressé un fax à A.Y.________ au sujet des contrats de licence et la
facturation des redevances de licence à X.________. Dans ce fax, il est proposé
à A.Y.________ de constituer une société aux Etats-Unis, à laquelle H.________
aurait concédé une licence qu'elle-même aurait ensuite concédé à X.________ en
lui facturant des redevances. Ces redevances seraient ensuite reversées par la
société américaine à H.________.

Cependant, aucun des projets
susmentionnés n'a abouti.

H.                              
Entre 1995 et 2002, X.________ a régulièrement
déposé sa déclaration d'impôts. Les périodes fiscales 1995 à 1999 ont fait
l'objet d'une taxation définitive. Les périodes 2000 à 2002 sont quant à elles
restées provisoires.

Le 12 décembre 1995, X.________ a
déposé sa déclaration d'impôt 1995 portant sur les années de calcul 1993-1994.
Elle y a déclaré un bénéfice net global de 9'214 fr. et un capital imposable de
300'000 francs. L'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) a notifié
le 19 novembre 1996 à X.________ deux décisions de taxation définitive. Celle
concernant l'impôt cantonal et communal fixe le bénéfice imposable à 9'200 fr.
et le capital imposable à 213'000 fr. compte tenu d'un capital global de
300'000 francs. Les chiffres retenus au niveau de l'impôt fédéral direct sont
identiques.

Dans une nouvelle déclaration
d'impôts 1995, datée du 12 novembre 1996, X.________ a déclaré un bénéfice
imposable de 4'770 fr. et un capital imposable de 323'198 francs. Par décisions
de taxation définitive du 26 juin 1997, l'ACI a arrêté, en matière d'impôt
cantonal et communal, le bénéfice net imposable à 4'700 fr. et le capital
imposable à 372'000 francs. En matière d'impôt fédéral direct, les mêmes
chiffres ont été pris en compte.

Pour la période fiscale 1996, X.________
a déposé sa déclaration d'impôt le 12 mai 1997. Elle y déclare un bénéfice net
imposable de 11'065 fr. et un capital total imposable de 383'264 francs. Dans
ses décisions de taxation définitive, que ce soit pour l'impôt cantonal et
communal ou l'impôt  fédéral, l'ACI a repris tels quels les chiffres annoncés
par la contribuable.

X.________ a déposé sa déclaration
d'impôt 1997 le 4 juin 1998. Cette année-là, elle a déclaré un bénéfice net
imposable de 27'900 fr. et un capital total imposable de 411'223 francs.
Une nouvelle fois, l'ACI a repris les chiffres annoncés tels quels dans ses
décisions de taxation définitive.

La déclaration d'impôt 1998 a été
déposée par X.________ le 1er décembre 1998. Les chiffres annoncés
par cette dernière à titre de bénéfice net imposable, soit 38'896 fr., et de
capital imposable, soit 452'120 fr., ont à nouveau servi de base de calcul pour
les décisions de taxation définitive de l'ACI, et cela sans modification.

Le 29 février 2000, X.________ a
déposé sa déclaration d'impôt 1999. Elle y déclare un bénéfice net imposable de
20'575 fr. et un capital imposable de 470'695 francs. L'ACI n'a pas revu ces
montants dans ses décisions de taxation définitive du 7 avril 2000.

En ce qui concerne les déclarations
d'impôt 2000, 2001 et 2002, datées respectivement des 29 janvier 2001, 19
juillet 2002 et 10 septembre 2003, là encore, dans ses décisions de taxation
provisoire, l'ACI a repris les chiffres annoncés par la contribuable, soit:

2000,
bénéfice: 20'000 fr.; capital: 490'000 francs

2001,
bénéfice: 166'500 fr.; capital: 657'000 francs

2002,
bénéfice: 148'900 fr.; capital: 806'000 francs

I.                                  
A la suite d'un contrôle périodique de l'ACI et
d'une enquête préliminaire de la Division d'enquêtes fiscales spéciales
(ci-après: DEF) de l'Administration fédérale des contributions, cette dernière
a été autorisée le 26 juillet 2003 par le Chef du département fédéral des
finances à mener une enquête sur X.________, A.Y.________ et B.Y.________, au
motif qu'il existait un soupçon fondé de graves infractions fiscales.

Dans le cadre de cette enquête de
nombreux documents ont été saisis lors de perquisitions qui se sont déroulées
en septembre 2003 dans les locaux de X.________, au domicile du couple Y.________
et chez des tiers.

Le 7 septembre 2004, l'ACI a
informé X.________ de l'ouverture à son encontre d'une procédure pour
soustraction d'impôts et l'a invitée à collaborer au redressement des
éventuelles taxations inexactes. Les conseils de la société ont manifesté le
souhait de celle-ci de collaborer à la procédure menée par courrier adressé à
l'ACI le 15 septembre 2004.

Par la suite, la DEF a procédé à
trois reprises à l'audition d'A.Y.________, soit les 28 septembre 2004 et 28
janvier et 14 juin 2005. 

La DEF a rendu son rapport le 21
septembre 2006. Sous un chapitre 3 – Résultats
d'enquête, on peut notamment lire ceci:

"3.1 Constatations
générales et observations

Les principales
soustractions d’impôt ont été réalisées notamment au travers de trois procédés.

Le premier a
consisté à intercaler entre X.________ SA, à St-Sulpice, et ses clients une
société-écran, en l’occurrence X.________ International AG dont le siège social
est au Liechtenstein, à Ruggell plus précisément. Cette société était chargée
de traiter les affaires commerciales avec les clients sis en dehors du
territoire suisse. L’activité effective de cette société n’a jamais été
déployée au Liechtenstein bien au contraire, c’est X.________ SA, à St-Sulpice
et son personnel qui a déployé cette activité en Suisse.

Le second procédé
était lié à des frais de sous-traitance en relation avec des projets de
dévelopement (sic) informatique. Ces projets sensés (sic) être effectués par X.________
Romania, à Bucarest étaient facturés à X.________ SA, à St-Sulpice et à X.________
International AG, à Ruggell. En réalité, les montants facturés par X.________
Romania n’ont jamais été encaissés par ladite société (voir à ce sujet le
chapitre 3.3 ci-dessous).

Le troisième
procédé était lié à l’utilisation d’un aéronef de type PC-12. Ces frais
considérés comme commerciaux étaient facturés par D.________ AG, à Ruggell (qui
fait également partie du groupe) à X.________ SA, à St-Sulpice et à X.________
International AG, à Ruggell. Or, il s’avère que la plus grande partie de ces
frais relevait d’un usage strictement privé.

Finalement, les
fonds dégagés par les deux premiers procédés ont en grande partie été versés
sur des comptes numériques ainsi que sur des comptes dont le titulaire est la
fondation de famille F.________, au Liechtenstein. Ces fonds ont notamment
permis à cette fondation de détenir et de financer la holding, soit
l’établissement H.________, au Liechtenstein qui à son tour a créé et financé X.________
International AG et D.________ AG, à Ruggell ainsi que K.________ SA, à Genève.
Ces entités, bénéficiant d’un statut fiscal privilégié, ont donc acquitté un
impôt dérisoire sur le revenu et la fortune en question alors même que M. A.Y.________
qui apparaît comme le seul et unique bénéficiaire économique n’a jamais
acquitté d’impôt sur ces éléments (Durchgriff). (…)"

J.                                
Le 11 octobre 2007, l'ACI a adressé à la
contribuable une décision de rappel d'impôts et de taxation définitive, ainsi
qu'un prononcé d'amendes, concernant l'impôt cantonal et communal (périodes
fiscales 1999, 2000, 2001 et 2002) et l'impôt fédéral direct (périodes fiscales
1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001 et 2002). Le dispositif de cette
décision a la teneur suivante:

"Par ces
motifs,

vu, d’une part,
les articles 109, 128 Loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux
(aLI) et les articles 207ss, 242, 243, 248, 249 alinéa 1, 250ss Loi du 4
juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI),

vu, d’autre part,
les articles 151ss, 175, 176, 181 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’impôt
fédéral direct (LIFD),

l’Administration
cantonale des impôts,

respectivement
l’Administration cantonale de l’impôt fédéral direct:

A.           En
matière d’impôt cantonal et communal

I.            procède au rappel de l’impôt cantonal et communal et à la taxation
définitive suivants à l’endroit de X.________ SA, société contribuable
7’370/527:

Impôts sur
le bénéfice

Compléments
d’impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les
éléments imposés et déclarés

	
  Années

  	
  Canton

  	
  Commune

  	
  Total

  
	
   

  	
   

  	
  St-Sulpice

  	
   

  
	
   

  	
  Fr.

  	
  Fr.

  	
  Fr.

  
	
  1999

  	
  154'291.00

  	
  59'802.70

  	
  214'093.70

  
	
  2000

  	
  171'891.90

  	
  66'624.80

  	
  238'516.70

  
	
  2001

  	
  366'963.70

  	
  156'457.40

  	
  523'421.10

  
	
  2002

  	
  357'049.45

  	
  166'069.50

  	
  523'118.95

  
	
  Totaux

  	
  1'050'196.05

  	
  448'954.40

  	
  1'499'150.45

  

 

	
  Récapitulation
  générale (canton et commune)

  	
  Totaux

  
	
   

  	
  Fr.

  
	
  Compléments
  d'impôt cantonal

  	
  1'050'196.05

  
	
  Complément
  d'impôt communal

  	
  448'954.40

  
	
  Total des
  compléments d'impôts

  	
  1'499'150.45

  

 

II.            prononce à l'encontre de X.________ SA, société contribuable 7'370/527, des
peines d'amendes de 

a) Fr. 321'100.-- (trois cent vingt et un mille cent francs)
pour les soustractions d’impôt cantonal et communal commises durant la période
fiscale 1999, à savoir:

Fr.        231'400.--          pour le canton et

Fr         89'700.--           pour la commune de
St-Sulpice,

b) Fr. 238'500.-- (deux cent trente huit mille cinq cents
francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la
période fiscale 2000, à savoir:

Fr.        171'900.--          pour le canton et

Fr         66'600.--           pour la commune de
St-Sulpice,

c) Fr. 523'400.-- (cinq cent vingt trois mille quatre cents
francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la
période fiscale 2001, à savoir:

Fr.        366'900.--          pour le canton et

Fr         156'500.--          pour la commune de St-Sulpice,

d) Fr. 523'100.-- (cinq cent vingt trois mille cent francs)
pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la période
fiscale 2002, à savoir: -

Fr.        357'000.--          pour le canton et

Fr         166'100.—        pour la commune de
St-Sulpice,

	
  Récapitulation
  des amendes cantonales et communales

  	
  Totaux

  
	
   

  	
  Fr.

  
	
  Amendes
  cantonales

  	
  1'127'200.00

  
	
  Amendes
  communales

  	
  478'900.00

  
	
  Total des amendes

  	
  1'606'100.00

  

 

B.           En matière d'impôt fédéral
direct

III.           procède au rappel de l'impôt fédéral direct et à la taxation définitive
suivants à l'endroit de X.________ SA, société contribuable 7'370/527:

Impôts sur
le bénéfice

Compléments
d’impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les
éléments imposés et déclarés

	
  Années

  	
  Dus

  	
  Facturés

  	
  Complément à payer

  
	
   

  	
  Fr.

  	
  Fr.

  	
  Fr.

  
	
  1995

  	
  32'222.40

  	
  333.95

  	
  31'888.45

  
	
  1996

  	
  44'198.00

  	
  399.30

  	
  43'798.70

  
	
  1997

  	
  69'531.00

  	
  1'448.75

  	
  68'082.25

  
	
  1998

  	
  98'625.50

  	
  3'298.00

  	
  95'327.50

  
	
  1999

  	
  73'185.00

  	
  1'742.50

  	
  71'442.50

  
	
  2000

  	
  81'413.00

  	
  1'700.00

  	
  79'713.00

  
	
  2001

  	
  268'676.50

  	
  14'152.50

  	
  254'524.00

  
	
  2002

  	
  260'304.00

  	
  12'656.50

  	
  247'647.50

  
	
  Totaux

  	
  928'155.40

  	
  35'731.50

  	
  892'423.90

  

 

IV.          prononce à l'encontre de X.________ SA, société contribuable 7'370/527, des
peines d'amendes de 

a)         Fr. 47'800.-- (quarante sept mille huit cents
francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la
période fiscale 1995,

b)         Fr. 65'600.-- (soixante cinq mille six cents
francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la
période fiscale 1996,

c)         Fr. 102'100.-- (cent deux mille cent francs) pour
les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la période fiscale
1997,

d)         Fr. 142'900.-- (cent quarante deux mille neuf
cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la
période fiscale 1998,

e)         Fr. 107'100.-- (cent sept mille cent francs) pour
les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la période fiscale
1999,

f)          Fr. 79'700.-- (septante neuf mille sept cents
francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct tentées durant la période
fiscale 2000,

g)         Fr. 254'500.-- (deux cent cinquante quatre mille
cinq cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct tentées durant
la période fiscale 2001 et

h)         Fr. 247’600.-- (deux cent quarante sept mille six
cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct tentées durant la
période fiscale 2002.

 

	
  Récapitulation
  des amendes pour l'impôt fédéral direct

  	
  Totaux

  
	
   

  	
  Fr.

  
	
  Année 1995

  	
  47'800.00

  
	
  Année 1996

  	
  65'600.00

  
	
  Année 1997

  	
  102'100.00

  
	
  Année 1998

  	
  142'900.00

  
	
  Année 1999

  	
  107'100.00

  
	
  Année 2000

  	
  79'700.00

  
	
  Année 2001

  	
  254'500.00

  
	
  Année 2002

  	
  247'600.00

  
	
  Total des
  amendes

  	
  1'047'300.00

  

 

	
  Total
  général (ICC et IFD)

  	
  Fr. 5'044'974.35

  

 

V.                     
laisse les
frais de l'enquête pénale fiscale à la charge de l'Etat;

VI.                   
dit que
l'exécution des la présente décision / du présent prononcé se fera
ultérieurement par bordereau(x) d'impôts, de petites différences dues aux
arrondis étant réservées;

VII.                  
précise que
les compléments d'impôts calculés ne tiennent pas compte des paiements
effectués, mais correspondent à la différence entre les éléments imposables et
les éléments imposés et déclarés."

Cette décision était notamment
accompagnée d'un tableau des reprises de bénéfice libellé comme suit:

Tableau supprimé

Le 15 novembre 2007, X.________,
par son conseil, a interjeté réclamation contre la décision précitée. Cette
réclamation n'était pas motivée au motif qu'il en avait été convenu ainsi avec
le responsable de la division de l'inspection fiscale selon un courriel échangé
entre les parties le 11 octobre 2007. 

Par courrier du 20 décembre 2007,
l'ACI a accusé réception de la réclamation et a imparti un délai au 31 janvier
2008 à X.________ pour déposer sa réclamation motivée.

Compte tenu des pourparlers
transactionnels entrepris, le conseil de la contribuable a proposé en date du 4
janvier 2008 à l'ACI que la motivation de la réclamation ne soit déposée que si
les parties n'arrivaient pas à s'entendre et a dès lors requis que le délai
imparti par courrier du 20 décembre 2007 soit suspendu.

Par courrier du 23 janvier 2008, le
conseil de X.________ a notamment indiqué ce qui suit à l'ACI:

"Je fais
suite à votre courrier du 20 décembre 2007 ainsi qu'à ma missive du 4 janvier
2008.

Mme P.________
m'a indiqué qu'une entrevue a été fixée au mardi 1er avril 2008 aux
fins de discuter de la suite à donner à la procédure dirigée contre notre
mandante citée en marge.

J'en déduis que
la proposition contenue dans mon courrier du 4 janvier 2008 a été acceptée par
votre Administration. Partant, X.________ SA n'est pas requise de vous faire
parvenir d'ici au 31 janvier 2008 la motivation de sa réclamation du 15
novembre 2007.

Vous m'obligeriez
en me faisant savoir si ma compréhension à ce sujet n'est pas correcte."

Les parties se sont rencontrées
lors d'un entretien qui a eu lieu le 1er avril 2008. A cette
occasion, les pourparlers transactionnels ont échoué.

K.                              
Par décision du 4 décembre 2008, l'ACI a rejeté
la réclamation formée par X.________ le 15 novembre 2007.

Par acte du 5 janvier 2009, X.________
a recouru contre cette décision et a conclu à ce qui suit:

1. A la forme

Déclarer bon et
recevable le présent recours.

2. Au fond

a)
Principalement

- Admettre le
présent recours et annuler la décision sur réclamation rendue le 4 décembre
2008 par l’Administration cantonale des impôts.

- Dire que
l’Administration cantonale des impôts doit convenir avec X.________ SA d’un
délai raisonnable pour motiver la réclamation du 15 novembre 2007.

- Mettre les
frais de la procédure à la charge de l’Administration cantonale des impôts.

- Accorder à X.________
SA un équitable émolument de procédure.

b)
Subsidiairement

- Ordonner un
second échange d’écritures.

- Admettre le
présent recours et annuler la décision sur réclamation rendue le 4 décembre 2008
par l’Administration cantonale des impôts.

- Mettre les
frais de la procédure à la charge de l’Administration cantonale des impôts.

- Accorder à X.________
SA un équitable émolument de procédure.

c) Plus
subsidiairement encore

- Inviter X.________
SA à déposer auprès du Tribunal de Céans un mémoire complétif.

- Admettre le
présent recours et annuler la décision sur réclamation rendue le 4 décembre
2008 par l’Administration cantonale des impôts.

- Mettre les
frais de la procédure à la charge de l’Administration cantonale des impôts.

- Accorder à X.________
SA un équitable émolument de procédure.

L'ACI et l'AFC ont conclu au rejet
du recours.

Lors d'un deuxième échange d'écritures,
les parties ont maintenu leurs conclusions.

La cour a statué par voie de
circulation, après que sa composition a été annoncée aux parties.

Les arguments de ces dernières
seront repris ci-dessous dans la mesure utile. Il en va de même des éléments
contenus dans la décision sur réclamation.

Considérant en droit

1.                               
Interjeté en temps utile et en la forme, devant une
autorité compétente pour en connaître, le présent recours est recevable
(art. 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral
direct [LIFD; RS 642.11], art. 3 de l'Arrêté d'application dans le Canton de
Vaud de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (AVFLID,
RSV 658.11.1) ainsi que 79 et 95 de la loi sur la procédure administrative du
28 octobre 2008 (ci-après: LPA-VD; RSV 173.36), applicables par renvoi de l'art.
199 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI; RSV
642.11]).

Le litige a trait à l'impôt cantonal
et communal, ainsi qu'à l'impôt fédéral direct. A l’instar de l’ACI, et comme
la jurisprudence le lui permet, la cour de céans tranchera les recours aussi
bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, que l’impôt
fédéral direct, d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509
consid. 8.3 p. 511).

2.                               
Le recours tend à l'annulation de la décision
sur réclamation rendue le 4 décembre 2008. En ce sens, il conclut dès lors à ce
qu'aucune reprise d'impôts ou amende ne soit prononcée à l'encontre de la
recourante. 

3.                               
Préalablement à l'examen du fond du litige, il
convient d'examiner la question de la prescription, quand bien même aucune des
parties n'aurait soulevé cette exception, ce moyen devant être examiné
d'office, lorsque l'Etat est le créancier dans le litige en cause (Commentaire
romand de la LIFD [CR], Masmejan, n. 22 ad art. 120, p. 1185).

En l'espèce, deux prescriptions
entrent en ligne de cause: la prescription du droit de taxer (3.1) et la
prescription de la poursuite pénale (3.2).

a) Compte tenu des périodes
fiscales en cause, la question du droit applicable se pose.

Concernant la prescription du droit
de taxer, la jurisprudence a arrêté que ce sont les règles du droit en vigueur
au moment de la naissance de la créance d'impôt qui sont applicables (RDAF 2000
II 212; ATF 2P.411/1998 et 2A.568/1998 du 23 novembre 2001; RDAF 2002 II 89;
RDAF 2003 II 497).

En l'espèce, en ce qui concerne
l'impôt fédéral direct, les reprises et amendes ont trait aux périodes fiscales
1995 à 2002. La LIFD étant entrée en vigueur le 1er janvier 1995,
elle s'applique à toute la période en cause.

Les reprises et amendes concernant
l'impôt cantonal et communal portent quant à elles sur les périodes fiscales
1999-2002. L'actuelle LI est entrée en vigueur le 1er janvier 2001
et a abrogé l'ancienne loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux
(ci-après: aLI). En l'occurrence, au vu des périodes fiscales litigieuses, les
dispositions de l'aLI doivent s'appliquer aux années 1999 et 2000 y compris. En
revanche, ce seront celles de l'actuelle LI qui s'appliqueront aux années 2001
et 2002.

3.1.1) En matière d'impôt fédéral
direct, l'art. 120 LIFD dispose que le droit de procéder à la taxation se
prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale (al. 1). La
prescription ne court pas ou est suspendue notamment pendant la durée des
procédures de réclamation, de recours ou de révision (al. 2, let. a). Elle est
interrompue notamment par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou faire
valoir la créance d'impôt (al. 3, let. a). Elle est acquise, dans tous les cas,
quinze ans après la fin de la période fiscale. 

L'art. 120 LIFD réserve
l'application de l'art. 152 LIFD relatif au rappel d'impôt. Selon cette
dernière disposition, le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt
s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation
n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la
taxation entrée en force était incomplète (al. 1). Le droit de procéder au
rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à
laquelle il se rapporte (al. 3).

En l'espèce, les périodes fiscales
1995 à 1999 y compris ont fait l'objet d'une taxation définitive, de sorte que,
pour les modifier, ce sont les dispositions sur le rappel d'impôts qui sont
applicables. Dès lors que l'ACI a introduit une procédure de rappel d'impôt en
notifiant à la recourante un avis d'ouverture d'une procédure pour soustraction
fiscale le 7 septembre 2004, la prescription de dix ans de l'art. 152 LIFD
n'était pas acquise pour la plus ancienne période fiscale en cause, soit 1995.
Elle ne l'est ainsi également pas pour les autres périodes litigieuses. Il en
va de même de la prescription absolue du droit de taxer.

En ce qui concerne les périodes
fiscales 2000 à 2002, les taxations en cause ne sont que provisoires. C'est dès
lors l'art. 120 LIFD qui trouve application dans ce cas. L'ACI ayant notifié
l'avis d'ouverture d'une procédure pour soustraction fiscale le 7 septembre
2004 à la recourante, elle a valablement interrompu la prescription. La prescription
absolue n'est en outre pas acquise.

3.1.2) En matière d'impôts cantonal
et communal, l'art. 98a al. 1 aLI prévoyait que, sous
réserve des art. 107 ss aLI (cas de révision) et 128 ss (cas de soustraction),
le droit de procéder à une taxation se prescrivait quatre ans après la fin de
la période de taxation. L'art. 98a al. 2 let. a aLI précisait que la
prescription ne courrait pas ou était suspendue pendant la durée des procédures
de réclamation, de recours et de révision. Enfin, aux termes de l'art. 98a al.
4 aLI, la prescription était acquise, dans tous les cas, douze ans après la fin
de la période de taxation. Quant à la procédure de révision des décisions
définitives, l’art. 109 aLI énonçait que l’autorité de taxation pouvait réviser
la taxation dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au
plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision en cause
lorsqu’elle découvrait des faits nouveaux importants ou des preuves qu’elle
n’avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de
recours. Quand le motif de révision était lié à une soustraction, l'art. 133
aLI prévoyait un délai de prescription de quatre ans après la fin de la période
de taxation (cf. TA, arrêt FI.1996.0053 du 2 septembre 1997, consid. 4).

Le droit actuellement en vigueur (art.
170 al. 1 LI) indique en revanche que le droit de procéder à la taxation se
prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale, les art. 208
(cas du rappel d'impôt) et 254 (prescription de la poursuite pénale) LI étant
réservés. 

En l'occurrence, en ce qui concerne
l'impôt cantonal et communal, seule la période fiscale 1999 a fait l'objet
d'une taxation définitive. L'examen de la prescription doit donc dans ce cas se
faire à l'aune des dispositions sur la révision, soit les art. 109 et 133 aLI. Cependant,
le motif de révision dans ce cas est lié à une soustraction. C'est donc le
délai de l'art. 133 aLI qu'il convient d'appliquer. La prescription du droit de
taxer concernant cette période fiscale arrivait donc à échéance à fin 2003. Dès
lors que les mesures spéciales d'enquête au sens de l'art. 190 LIFD ne
constituent pas encore l'ouverture d'une procédure en soustraction fiscale et
ainsi, n'interrompent pas la prescription (CR, op. cit., Sansonetti, n. 11 ad
art. 190, p. 1569), c'est à tort que l'ACI a, en l'espèce, procédé à une
révision de la période fiscale 1999, cette dernière étant prescrite au moment
de l'ouverture formelle de l'enquête en septembre 2004. La décision attaquée
doit donc être modifiée sur ce point.

En revanche, en ce qui concerne la
période fiscale 2000, tant le délai de prescription relatif que celui absolu de
l'art. 98a aLI ont été respectés. Il en va de même des périodes fiscales 2001
et 2002 au regard de l'art. 170 al. 1 LI.

3.2) Les règles de droit transitoire
en matière de prescription de la poursuite pénale divergent de celles du droit
de taxer. Selon la jurisprudence, les dispositions nouvelles sur la
prescription pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en
vigueur et jugées après, à moins que l'ancien droit ne soit plus favorable à
l'auteur de l'infraction (ATF 129 IV 49: principe de la lex mitior). Il
conviendra donc pour les périodes fiscales litigieuses de comparer, lorsque
cela est nécessaire, l'effet de l'ancien et du nouveau droit pour déterminer le
droit le plus favorable.

3.2.1) En matière d'impôt fédéral
direct, comme mentionné ci-dessus, toutes les périodes fiscales litigieuses
sont soumises aux dispositions de la LIFD, car postérieures à son entrée en
vigueur. En matière de prescription pénale, celle-ci indique à son art. 184 ce
qui suit:

"1 La
poursuite pénale se prescrit:

a. en cas de
violation des obligations de procédure par deux ans et en cas de tentative de
soustraction d’impôt par quatre ans à compter de la clôture définitive de la
procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la
tentative de soustraction a été commise;

b. en cas de
soustraction d’impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale
pour laquelle la taxation n’a pas été effectuée ou l’a été de façon incomplète,
ou pour laquelle l’impôt à la source n’a pas été perçu conformément à la loi,
ou par dix ans à compter de la fin de l’année civile au cours de laquelle une
restitution d’impôt illégale ou une remise d’impôt injustifiée a été obtenue,
ou des biens ont été dissimulés ou distraits dans la procédure d’inventaire.

2 La prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à
la poursuite du contribuable ou de l’une des personnes visées à l’art. 177.
L’interruption est opposable tant au contribuable qu’à ces autres personnes. Un
nouveau délai commence à courir à chaque interruption; la prescription ne peut
toutefois être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale."

En l'espèce, pour les périodes
fiscales 1995 à 1999, une décision de taxation définitive avait été rendue,
avant que l'ACI ouvre une procédure pour soustraction fiscale. Pour ces
périodes, on est donc en présence d'une soustraction consommée. En revanche,
pour les périodes fiscales 2000 à 2002, seule une décision de taxation
provisoire avait été rendue, de sorte que l'on n'est en présence que d'une
tentative de soustraction. En notifiant en septembre 2004 un avis d'ouverture
d'enquête, l'ACI a valablement interrompu la prescription de l'art. 184 al. 1
let. d LIFD concernant les années fiscales 1995 à 1999. De toute manière, la
prescription relative de cet article arrivait à échéance, pour la plus ancienne
période en cause, en 2005. En outre, la prescription absolue pour ces périodes
ne sera atteinte au plus tôt qu'à fin 2010. Pour les périodes fiscales 2000 à
2002, conformément à l'art. 184 al. 1 let. a LIFD, la prescription n'a pas
commencé à courir.

3.2.2) En ce qui concerne l'impôt
cantonal et communal, la question du droit applicable se pose, les périodes
fiscales litigieuses portant sur les années 1999 à 2002.

La LI règle la question de la
prescription de la procédure pénale à son art. 254, dont la teneur est calquée
sur le modèle de l'art. 184 LIFD.

Sous l'empire de l'ancien droit,
l'art. 133 aLI prévoyait que la contravention était prescrite quatre ans après
la période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par
tout avis informant le contribuable d'une enquête en cours (al. 1), sauf si
aucune suite ne lui était donnée dans le délai d'une année. Selon la
jurisprudence, l'art. 133 al. 2 aLI devait être interprété en ce sens que
l'avis interruptif de la prescription devait être validé par une opération
d'instruction dans le délai d'une année (arrêts FI.1996.0057 du 5 novembre
1996; FI.1996.0088 du 17 juin 1997). L'art. 133 aLI ne prévoyait aucun délai de
prescription absolue. Selon la jurisprudence, l'art. 98a al. 4 aLI - qui
prévoyait un délai de prescription absolue de douze ans - était applicable à la
contravention (arrêts FI.1998.0009 du 14 décembre 2000 consid. 2; FI.1996.0088
du 17 juin 1997; FI.1996.0070 du 24 août 1999). 

En résumé, les art. 133 aLI et 98a al.
4 aLI qui prévoyaient des délais plus courts que la nouvelle loi (quatre ans au
lieu de dix et douze ans au lieu de quinze) se révèlent plus favorables au
contribuable; ils s’appliqueront donc aux périodes fiscales 1999 et 2000. En ce
qui concerne les périodes fiscales 2001 et 2002 se sont en revanche les
dispositions de la nouvelle LI qui doivent être appliquées.

En l'espèce, comme déjà mentionné
ci-dessus en relation avec la prescription du droit de taxer, l'autorité
intimée n'était pas en droit de poursuivre la recourante pour la période
fiscale 1999, celle-ci étant atteinte pas la prescription relative de l'art.
133 aLI au moment de l'ouverture de l'enquête. La décision devra donc être
modifiée sur ce point. Pour le surplus, la période fiscale 2000 n'est quant
elle pas prescrite, que ce soit de manière relative ou absolue, la prescription
absolue étant atteinte en 2012. On précisera à ce propos que l'aLI ne faisait
pas de distinction entre soustraction tentée ou consommée, de sorte que c'est
bien l'art. 133 aLI qui s'applique également dans ce cas. En outre, en ce qui
concerne les périodes fiscales 2001 et 2002, dès lors qu'elles n'avaient pas
fait l'objet d'une taxation définitive, la prescription n'a pas commencé à
courir.

4.                               
La recourante, dans un premier grief, reproche à
l'autorité intimée d'avoir violé son droit d'être entendue en la privant du
droit de faire valoir ses arguments contre la décision du 11 octobre 2007 et du
droit de produire des preuves à l'appui de ses arguments, dès lors qu'elle a
rendu la décision sur réclamation sans attendre sa motivation.

4.1) Tel qu’il est garanti par
l’art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération
suisse du 18 avril 1999 (ci-après : Cst.; RS 101), le droit
d’être entendu comprend le droit pour l’intéressé de s’expliquer avant qu’une décision
ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de
nature à influer sur le sort de la décision, celui d’avoir accès au dossier, de
participer à l’administration des preuves essentielles et de se déterminer sur
son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF
129 II 497 consid. 2.2 p. 504; 126 I 15; 124 I 49 et les réf. cit.).
En outre, pour autant qu’elle ne soit pas d’une gravité particulière, une
violation du droit d’être entendu en instance inférieure est réparée lorsque
l’intéressé a eu la faculté de se faire entendre en instance supérieure par une
autorité disposant d’un plein pouvoir d’examen en fait et en droit (ATF 130 II
530 consid. 7.3 p. 562; 127 V 431 consid. 3d/aa
pp. 437 s.; 126 V 130 consid. 2b pp. 131 s. et les
arrêts cités).

Aux termes de l'art. 132 al. 1
LIFD, le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation
écrite contre la décision de taxation dans les trente jours qui suivent sa
notification. En matière d'impôt cantonal et commune, les art. 185 et 186 LI
prévoient la même chose. Dès lors que la décision de taxation ne doit pas
contenir une motivation, mais simplement indiquer les modifications apportées à
la déclaration, il n'est pas exigé que la réclamation, qui doit néanmoins être
formulée par écrit, soit motivée, sous réserve du cas particulier de la
taxation d'office. Il suffit donc que le réclamant exprime – au moins
implicitement – sa volonté d'attaquer la décision. Cela n'empêche pas que l'on
puisse attendre du réclamant qu'il exprime, au cours de la procédure de
réclamation, quels sont les points contestés et les griefs soulevés à
l'encontre de la décision litigieuse (CR, op. cit., Casanova, n. 18 ad. art.
120 LIFD).

4.2) En l'espèce, il convient tout
d'abord de relever que la motivation d'une réclamation n'est pas une condition
de forme de sa recevabilité. Comme corollaire, on doit admettre qu'être en
présence d'une réclamation écrite sans motivation ne signifie pas encore une
violation du droit d'être entendu. Dès lors, dans l'absolu, l'autorité intimée
était en droit de statuer sur la réclamation sans disposer d'une motivation
écrite de celle-ci, si la recourante avait auparavant pu exposer son point de
vue de telle manière à ce que son droit d'être entendu soit respecté. Et
l'occurrence, tel est bien le cas. En effet, la recourante, dans le cadre de la
procédure de réclamation, s'est entretenue avec l'autorité intimée, dans
l'espoir de trouver une solution transactionnelle au litige les opposant. Il ne
fait pas doute que, lors de cet entretien, elle a pu exposer son point de vue
et motiver sa réclamation. Il est évident que sans expliciter les motivations
d'une réclamation, on ne peut tenter une transaction. Par ailleurs, durant la
procédure d'enquête pour soustraction, ainsi que pendant la période des mesures
spéciales entreprises par l'AFC, la recourante a, à de nombreuses reprises, eu
l'occasion de s'exprimer sur les griefs soulevés à son encontre. En
particulier, elle a été auditionnée à trois reprises par l'AFC et l'ACI. Enfin,
et bien qu'un tel droit lui ait été donné, elle a renoncé à se déterminer sur
la rapport de l'AFC, rapport sur lequel l'ACI s'est ensuite basé pour rendre sa
décision du 11 octobre 2007. En conséquence, le droit d'être entendu de la
recourante a été largement respecté dans la cadre de la procédure de première
instance et aucune violation à cet égard ne peut être constatée, de sorte que,
mal fondé, ce premier grief doit être rejeté.

On relèvera en outre que, de toute
manière, même si une telle violation avait dû être constatée, elle aurait pu
être réparée en deuxième instance, la cours de céans disposant d'un plein
pouvoir d'examen en fait et en droit.

5.                               
Avant d'examiner le bien-fondé des reprises
opérées par l'autorité intimée, il convient au préalable de rappeler quelques
conditions juridiques déterminantes, étant à nouveau précisé qu'en matière
d'impôt cantonal et commune, tant les dispositions de l'ancienne que de la
nouvelle LI sont applicables au regard des périodes fiscales en cause.

5.1) En droit
fiscal suisse, le bénéfice net ou le rendement net imposable de la société
anonyme correspond au solde du compte de résultat, compte tenu du solde reporté
de l'exercice précédent (58 al. 1 LIFD, 54 al. 1 aLI, 94 al. 1 LI). Il comprend
notamment tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de
pertes et profits qui ne servent pas à couvrir les frais généraux autorisés par
l'usage commercial (58 al. 1 let. b LIFD, 54 al. 1 let. b aLI, 94 al. 1 let. b
LI), ainsi que les amortissements et les provisions (54 al. 1 let. c LI). Une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l’usage
commercial lorsqu’il existe entre celle-ci et l’activité commerciale exercée
par l’entreprise une connexité objective (CR, op. cit., Danon, n. 65 ad art.
57-58). Cette connexité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un
gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le
droit commercial (ATF 2A.473/2005 du 16 février 2006, consid. 3.2). 

Ce texte exprime le choix du législateur
de renvoyer, par principe, au droit comptable en ce qui concerne la
détermination du bénéfice imposable. Le droit comptable constitue en ce domaine
un "Massgeblichkeitsprinzip" ou "principe de la
déterminance". Ce résultat comptable est celui qui ressort des comptes
individuels établis conformément aux dispositions de droit commercial. Il
s’agit en premier lieu des art. 957 ss. CO qui fixent les règles générales
applicables à la comptabilité commerciale. Ce cadre législatif, qui date de
1936, s’applique à tous les sujets de droit astreints à tenir une comptabilité.
Le droit de la société anonyme est toutefois régi par des règles spéciales
(art. 662 à 673) plus récentes, qui complètent ou dérogent aux art. 957 ss. (CR,
op. cit., Danon, n. 4 ad art. 57-58)

En principe, en l'absence de lacune
matérielle ou d'irrégularité formelle permettant de mettre en doute la force
probante d'une comptabilité, celle-ci bénéficie d'une présomption d'exactitude.
Ainsi, le contribuable et l'autorité fiscale sont tous deux  liés par le bilan
annuel et le compte de pertes et profits établis conformément aux principes
comptables. En revanche, si les principes comptables sont violés et que le
compte de pertes et profits ne reflète pas le bénéfice réel de la société
anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur, comme au détriment du
contribuable (TF 2A.195/2005 du 16 février 2005, consid. 2.1 ; Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen
Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, Archives 37, 137, 142). Le fardeau de la preuve est alors renversé et il incombe au
contribuable d'apporter d'une autre manière la preuve de l'exactitude de sa
comptabilité, la seule vraisemblance n'étant pas suffisante. En revanche, la
commission d'une soustraction fiscale doit être prouvée par l'autorité fiscale.

5.2) Pour les périodes fiscales 1995 à
2000, qui ont fait l’objet d’une taxation définitive et exécutoire, la reprise
est soumise aux conditions du rappel, qui seule autorise la réouverture par
l’autorité fiscale d’une taxation entrée en force.

Sur le plan procédural, on relève que
le rappel d’impôt est notifié à l’issue d’une procédure de révision au
détriment du contribuable. Il s’agit d’une voie de droit extraordinaire qui
permet exceptionnellement de remettre en cause une décision entrée en force (v.
arrêts FI 1995.0046 du 13 juin 1996, FI 1994.0065 du 18 août 1995, FI 1993.0053
du 20 décembre 1994, FI 1993.0016 du 10 mai 1994). 

En matière d'impôt direct cantonal et
communal, la procédure de révision était, jusqu’au 31 décembre 2000, réglée aux
art. 107 à 109 aLI. L’art. 109 al. 1, première phrase, aLI permettait à
l'autorité de taxation de réviser la taxation définitive en défaveur du
contribuable dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais
au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision,
lorsqu'elle découvrait des faits nouveaux importants ou des preuves qu'elle
n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours.
Selon la jurisprudence du Tribunal administratif (arrêts FI 1993.0100 du 28
octobre 1994 et FI 1993.0101 du 15 mars 1995), cette règle exigeait seulement
que la procédure de révision soit entamée dans le délai de trois mois dès la
découverte du motif de révision, mais non pas que la décision arrêtant la
taxation révisée soit prise à cette échéance. Toutefois, lorsque le motif de
révision était lié à une soustraction, le délai unique de l'art. 133 aLI, soit
quatre ans après la fin de la période de taxation, était seul applicable (cf.
TA, arrêt FI.1996.0053 du 2 septembre 1997, consid. 4). Cette disposition a été
remplacée par l’art. 207 al. 1 LI, qui dispose que lorsque des moyens de preuve
ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir
qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou
qu'une taxation passée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée
ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité
fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris
les intérêts. Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et
précise concernant ses éléments imposables et que l'autorité fiscale en a admis
l'évaluation, un rappel d'impôt est exclu, même si cette évaluation était
insuffisante. 

Tant s’agissant de l’ancien que du
nouveau texte, on entend par faits nouveaux des faits antérieurs à la décision
de taxation, mais découverts après seulement. Ce motif de révision est
admissible pour autant que l'autorité n'ait pas été en mesure, en faisant preuve
de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, de
les faire valoir déjà auparavant dans la procédure de taxation, de réclamation
ou de recours (de manière générale, cf. les art. 136, notamment let. d, et 137,
notamment let. b, OJF et, sur cette question, Jean-François Poudret,
Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Berne 1992, vol. V,
ad art. 136 n° 5, p. 17 et ss, 137 nos 2.2 et 2.3, p. 26 ss. et les références
citées; v. aussi, Pierre Moor, Droit administratif, II, Berne 1991, n° 2.4.4.1;
Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème édition, Bâle et
Francfort-sur-le-Main 1991, nos 1300 et ss; v. aussi, Hugo Casanova, Le rappel
d'impôt, in RDAF 1999 II 1 et ss). Entre autres conditions, il faudrait par
conséquent, pour que la voie de la révision soit ouverte, que l'autorité se
soit fondée, dans sa première décision, sur des indications erronées du
contribuable ou qu'elle ait, postérieurement à cette dernière, découvert des
faits nouveaux concluants, qui se sont produits avant la décision entrée en
force, et qu'elle ait été empêchée sans sa faute, en ayant fait preuve de toute
la diligence requise, de retenir dans sa décision. Les faits et preuves
invoqués doivent être pertinents; selon Moor, ils le sont s'il y a lieu
d'admettre qu'ils eussent amenés à une décision différente s'ils avaient été
connus à temps (ibid., p. 230; v. en outre plus généralement sur cette
question, Ursina Beerli-Bonorand, Die ausserordentliche Rechtsmittel in der
Verwaltungsrechtspflege des Bundes und der Kantone, Zürich 1985, pp. 96-97).

En matière d'impôt fédéral direct, la
LIFD prévoit à son art. 151 al. 1, le rappel d'impôt, notamment lorsque des
moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent
d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû
l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète. Contrairement à ce
qui prévalait antérieurement sous le régime de l'AIFD, le rappel d'impôt ne
dépend plus exclusivement de la commission d'une infraction fiscale (voir FI
1996.0053 consid. 4b du 2 septembre 1997; au surplus sur ce point Hugo
Casanova, Änderungen rechtskräftiger Verfügungen und Entscheide, in Archives
61, 447 ss., spéc. p. 453 s.; v. aussi Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der
Steuerharmonisierung, Berne 1995, p. 234 ss; voir aussi Känzig/Behnisch, Die
direkte Bundessteuer, no 26, dans lequel est rappelé le système mis en oeuvre
par l'AIFD, et 33 s. ad art. 126 AIFD qui décrivent le nouveau régime de la LIFD).

5.3) On rappellera que la procédure de
taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p.
255). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de
recours en matière fiscale (art. 142 al. 4 LIFD; art. 201 LI). 

L'autorité doit vérifier la
déclaration (cf. art. 123 et 126 LIFD, 172 et 176 LI). Elle doit déterminer
d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en
cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Dès lors,
si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant
l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable
qu'il apporte la preuve du contraire (cf. ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266;
92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle
et Francfort s/Main 1998, n° 8 p. 393; Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de
droit fiscal suisse 3ème éd., Berne 1994, p. 58/59) ; dans sa
jurisprudence, le Tribunal administratif a confirmé plusieurs fois ce principe
(v. arrêts FI 2002.0043 du 10 mars 2003 ; FI 2000.0003 du 29 juin
2000 ; FI 1997.0049 du 15 avril 1999 ; FI 1992.0082 du 12 février
1993). En effet, les parties ont l'obligation de collaborer à l'établissement
de la taxation (cf. art. 126 al. 1 LIFD, 90 al. 2 aLI et 176 al. 1 LI ; v.
Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune,
2e éd., Lausanne 1998, p. 142; Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen
Steuerrecht I/1, ad art. 42 LHID, n° 2, p. 496) ; cette obligation s’étend
du reste à la procédure de rappel d’impôt (art. 153 al. 3 LIFD et 209 al. 3
LI ; cf. Klaus A. Vallender, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht
I/2b, ad art. 153 LIFD n° 4, p. 415). S’agissant du fardeau de la preuve, on
retient dans la règle qu’il appartient à l'autorité de taxation d'établir les
faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent (ATF 105 Ib
382) ; le contribuable, pour sa part, doit alléguer et prouver les faits
qui suppriment ou réduisent cette créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257).
Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction
d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de
l'art. 8 CC selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont
elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière
fiscale (v. Xavier Oberson, in: Les procédures en droit fiscal, OREF, 1997, pp.
136-137). 

Le fisc et le contribuable sont donc
tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les
allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit
en apportant des preuves ou indices positifs contraires ; l'omission ou
l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant
de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont
vraisemblables (v., outre Rivier, ibid., Walter Ryser / Bernard Rolli, Précis
de droit fiscal suisse, Berne 2001, 4e éd., p. 462). Le Tribunal administratif
a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (articles 142 al. 4 LIFD et
201 LI) et peut demander un complément d'instruction. Il apprécie les preuves
apportées par les parties et a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine
(ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).

5.4) En droit fédéral, la soustraction
fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée
insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation
qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner
l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments
nécessaires à une taxation correcte (Arch. 52, p. 454; Arch. 54, p. 660; Arch.
56, p. 345). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes
conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore
entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par
l'art. 176 LIFD.

La réalisation des éléments objectifs
de la soustraction fiscale suppose, d’une part, que les montants non déclarés
constituent des éléments imposables, d’autre part, que ces montants soient
entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal
fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé
lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de
son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite;
il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante
(ATF du 22 novembre 1992, Arch. 63, p. 208).

La condition subjective de la
soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive,
soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction
consommée qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la
tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle
(RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Arch. 54, p. 662; Arch. 44, p. 55;
ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à
l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que
celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7,
consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il
est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient
du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est
établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de
manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale
et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel,
qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B
101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la
déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les
soustraire à l'impôt (ATF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2 n° 3). La
jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur
à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou
incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Arch. 56, p. 138). La
négligence est définie par l’art. 18 CP. Ainsi, un contribuable commet une
infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans
se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte.
L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des
précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle.
Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la
prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et
obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer
l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).

En droit cantonal, les conditions de
la soustraction sont les mêmes, l’ancienne LI n'opérant toutefois pas de
distinction entre la soustraction consommée et la tentative de soustraction
suivant l'entrée en force ou non de la taxation. Ainsi, l'art. 128 aLI consacre
uniquement une infraction de mise en danger qui est achevée lorsque le
contribuable a accompli tous les actes nécessaires à la soustraction, même si
les irrégularités commises n'ont pas abouti à une taxation définitive au
préjudice de l'Etat.

6.                               
Après ces quelques considérations générales, il
convient d'examiner dans le détail les reprises effectuées par l'ACI et
entièrement contestées par la recourante. On précisera d'ores et déjà ici que,
en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal, la période fiscale 1999, comme
mentionné ci-dessus, est prescrite tant au niveau du droit de taxer qu'en
matière de poursuite pénale. En conséquence, même si les reprises effectuées
devaient être confirmées, elles ne pourraient concerner cette période fiscale.

Dans sa décision sur réclamation,
l'ACI a déterminé deux groupes de reprises, les charges non justifiées
commercialement et le chiffre d'affaires non comptabilisé.

6.1) Charges non justifiées
commercialement.

6.1.1) Frais de sous-traitance non
probants

6.1.1.1) Sous ce poste, l'ACI a repris
le deux tiers des montants inscrits dans le compte no 4460 intitulé
"sous-traitant" de X.________ de 1995 à 2002. Ce compte correspond
aux factures émises par A.X.________ à l'égard de X.________ pour les
prestations qu'elle aurait effectuées pour elle durant les années 1995 à 2002. 

Ce compte 4460 présentait les montants
suivants:

	
  1995

  	
  1996

  	
  1997

  	
  1998

  	
  1999

  	
  2000

  	
  2001

  	
  2002

  
	
  486'100 fr.

  	
  660'000 fr.

  	
  1'022'424
  fr. 60

  	
  1'172'000
  USD

  	
  470'000 USD

  	
  434'794 fr.
  50

  	
  870'173 fr

  	
  709'086 fr.

  

 

6.1.1.2) L'ACI a repris deux tiers de
ces montants au motif en substance que la facturation de ces frais de
sous-traitant "était fictive et avait pour but de permettre à
l'actionnaire ultime du groupe de prélever des liquidités sur les comptes de X.________
et de créditer ces montants sur des comptes dont il était l'ayant droit
économique."

Selon l'ACI, la facturation de A.X.________
comportait deux volets. Un premier volet, non contesté, correspondant aux coûts
de fonctionnement de A.X.________ et qui étaient facturés mensuellement à X.________
qui les payait par virement bancaire. Ce chiffre d'affaires de A.X.________
était comptabilisé dans le compte de charge de X.________ sous un poste 3000
intitulé "Fournitures". Le deuxième volet a trait au compte 4460
précité. Sous ce compte, X.________ comptabilisait des factures de A.X.________,
établies a posteriori, mais qui ne figuraient pas en tant que recettes dans les
comptes de A.X.________. Le montant des factures était bien prélevé du compte
de X.________, mais en espèce ou sous forme de chèque, et n'était pas versé à A.X.________.
L'ACI a résumé de la manière suivante le système de prélèvement de ces
montants:

"a)
comptabilisation de factures fictives (par tranche variant de CHF 100’000.- à
CHF 400’000.-).

Ecriture de type
“frais de sous-traitance à c/c X.________ Romania”.

b) Prélèvement en
espèces de fonds sur les comptes bancaires en vue du règlement de ces factures
contre remise d’une quittance fictive soi-disant établie par X.________ Romania
(système pratiqué jusqu’en 2000)

Ecriture de type “c/c
X.________ Romania à liquidités”

c) Dès 2000, une
étape supplémentaire est ajoutée pour X.________ SA, M. A.Y.________ se
substituant à X.________ SA à l’égard de X.________ Romania en reprenant à son
nom et en partie les dettes correspondantes inscrites au bilan de la société
suisse.

Ecriture de type “c/c
X.________ Romania à c/c actionnaire”

d) L’actionnaire
prélève les fonds en espèces sur les comptes bancaires de X.________. 

Ecriture de type “c/c
actionnaire à liquidités”.

Dès lors que A.X.________ n'avait pas
enregistré de recettes, l'ACI a cherché à connaître la destination de ces fonds
sortis des comptes de X.________. Selon l'ACI, seule une partie de la version
d'A.Y.________ sur ce point est correcte en ce sens qu'une part de ces fonds,
évaluée à un tiers par l'ACI, a servi à payer les employés roumains de A.X.________
au noir. Quant à l'autre partie, l'ACI a déterminé que, contrairement à ce qu'a
soutenu A.Y.________, soit que ces fonds servaient pour le roulement du groupe,
ils avaient en réalité été versés sur des comptes bancaires dont le seul ayant
droit économique était A.Y.________, ce qui démontrait que ces charges
n'étaient pas justifiées commercialement.

6.1.1.3) La recourante conteste ce
point de vue à plusieurs titres:

Tout d'abord, elle considère que l'ACI
a effectué sa reprise de deux tiers précitée en se fondant sur l'hypothèse que
les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le
groupe X.________ appartiennent à X.________. Or, selon elle, cette hypothèse
est fausse. Elle appuie son raisonnement sur un avis de droit qu'elle avait
requis de M. Cherpillod, professeur en droit à l'Université de Lausanne, en
2004. On peut en extraire les passages suivants:

"I. Faits

Les faits qui m’ont
été exposés sont les suivants.

A. M. A.Y.________,
citoyen roumain, et vivant en Suisse depuis les années 80, a eu l’idée d’une
plate-forme et de logiciels notamment pour le traitement d’ordres en bourse et
d’autres opérations au moyen d’une plate-forme utilisée par des courtiers.

B. Au début des
années 90, les sociétés X.________ (ci-après S.________), à St-Sulpice, et X.________
Roumanie (ci-après A.X.________SA) ont été constituées.

C. A.X.________SA
s’est chargée du développement des logiciels, avec un personnel assez nombreux
en Roumanie (40 personnes aujourd’hui). S.________ se chargeait du contact avec
la clientèle et du marketing. Il s’agit d’une petite société qui n’emploie que
quelques employés.

D. Une société de
droit du Liechtenstein, X.________, (ci-après B.X.________) a été constituée en
1999.

E. Suite à la
constitution de B.X.________, le marketing à l’échelon international a été fait
par l’entremise de celle société. En revanche, le développement informatique
s’est poursuivi chez A.X.________SA.

F. Jusqu’à la fin
des années 90, aucun document n’a été établi pour régir les relations entre les
diverses sociétés mentionnées ci-dessus.

G. Par la suite, un
projet de contrat entre X et B.X.________ prévoyait que X, titulaire des droits
sur le logiciel, cédait ses droits à B.X.________ au Liechtenstein; la
rémunération de cette cession n’était pas spécifiée. Un deuxième projet de
contrat entre B.X.________ et A.X.________SA prévoyait une licence en faveur de
A.X.________SA pour l’Europe. Un troisième projet prévoyait une sous-licence
concédée par A.X.________SA à une société suisse pour la distribution sur un
territoire non défini.

H. Il s’agissait
seulement de projets, qui n’ont jamais été conclus formellement. Ils n’ont même
jamais été suivi d’effets comme tels (en particulier, A.X.________SA ne s’est
jamais occupée de la commercialisation ou du marketing du logiciel; en outre,
aucune redevance n’a jamais été versée par A.X.________SA à B.X.________).

I. Les activités de
vente ont été exécutées par S.________ (et également B.X.________ depuis 1999).

J. En ce qui
concerne le développement du logiciel, il a été confié à des développeurs en
Roumanie, qui sont devenus employés de A.X.________SA dès sa création. Tous les
développeurs sont des employés de A.X.________SA. Le travail de développement
est donc entièrement exécuté en Roumanie par des employés de A.X.________SA.
C’est A.X.________SA qui les rémunère, à l’exception d’une rémunération additionnelle
qui a été virée par S.________ sur des comptes de sociétés offshore.

K. La maintenance
des logiciels est exécutée en Roumanie par des employés de A.X.________SA (par
un système de remote access, et par détachement d’un employé on site si nécessaire
le cas échéant).

L. A.X.________SA, n’ayant
aucune activité de vente, a régulièrement été «alimentée» par des versements
effectués par S.________. Ainsi, des montants importants ont été payés par S.________
à A.X.________SA, notamment pour lui rembourser des frais.

M. B.X.________, de
son côté, a eu seulement des revenus provenant de la vente à des tiers, et n’a
jamais reçu de versement de A.X.________SA ni de S.________.

N. Aucun apport de
droits ni aucune cession n’ont été spécifiés.(…)

II. Question

La question qui
m’est soumise est de savoir qui est titulaire des droits de propriété
intellectuelle sur les logiciels commercialisés par S.________ et B.X.________.(…)

d) Conclusions

En résumé, on
parvient aux conclusions suivantes:

a) A.X.________SA
est titulaire originaire des droits d’auteur portant sur les logiciels;

b) en application du
droit roumain, auquel renvoient les art. 117 et 122 LDIP, A.X.________SA est
demeurée titulaire des droits sur les logiciels;

c) en application du
droit suisse, les règles d’interprétation des contrats portant sur des droits
d’auteur conduisent à admettre l’existence d’une licence par laquelle A.X.________SA
a concédé à S.________ (et à B.X.________) le droit de distribuer les logiciels
qu’elle avait créés. Ce droit s’analyse comme une licence de distribution. La
licence n’impliquant qu’une simple autorisation d’exploiter à l’exclusion de
toute cession proprement dite, il en résulte qu’en droit suisse également, on
doit considérer que A.X.________SA est donc restée seule titulaire des droits
d’auteur sur les logiciels."

Dès lors que, pour la recourante, elle
ne détient pas les droits de propriété intellectuelle des produits du groupe,
c'est sa rémunération dans le cadre de la distribution des produits X.________
qui sont taxés. Sur la base d'une expertise qu'elle a fait réaliser aussi en
2004 par une fiduciaire chargée d'examiner la répartition internationale des
produits du secteur informatique du groupe X.________, la recourante prétend
qu' "à supposer que les bénéfices nets de B.X.________ soient à [lui]
imputer fiscalement (comme le soutient l'ACI dans la décision querellée), le
principe de pleine concurrence qui doit être respecté entre proches [car
l'actionnaire majoritaire des deux sociétés est A.Y.________] a pour effet
que [son] bénéfice net "consolidé" n'est pas supérieur à celui
qui a effectivement été comptabilisé et déclaré (…)".

Deuxièmement, la recourante, dans
l'hypothèse où il serait admis que les droits de propriété intellectuelle lui
appartiennent, allègue que les charges comptabilisées étaient justifiées
commercialement. Pour ce faire, elle se fonde à nouveau sur deux expertises
qu'elle a requises et qui ont été rendues en août 2009, respectivement par
Silvio Munari, professeur honoraire à la Faculté des Hautes Etudes commerciales
de Lausanne, et par la fiduciaire déjà mandatée en 2004. Selon elle, ces
expertises "permettent de démontrer à satisfaction de droit que, d'une
part, A.X.________SA a effectivement fourni des prestations considérables à S.________-B.X.________,
ces prestations représentant un travail de plus de 1'000 années/hommes et que,
d'autre part, les sommes passées en charges chez S.________-B.X.________ et
payées à A.X.________SA pour ses prestations de développement sont inférieures
au prix du marché pour des prestations comparables."

Enfin, la recourante soutient
encore que, si l'on devait admettre qu'une partie des charges de sous-traitance
est excessive, la procédure de rappel d'impôt ne serait pas ouverte au motif
que cet excès serait le résultat d'une sous-évalutation des montants
imposables. Or, selon la doctrine, ce cas ne saurait donner lieu à un rappel
d'impôt, sauf si les éléments à la base de l'évaluation étaient faux ou
incomplets.

6.1.1.4) En réponse aux arguments
soulevés par la recourante, l'autorité intimée a relevé que l'expertise du Pr.
Cherpillod reposait sur des faits erronés, dès lors qu'il n'était pas au
courant qu'il existait un contrat du 10 février 1993 régissant les relations
entre X.________ et A.X.________. Dès lors, elle considère que cette expertise
n'est en l'espèce pas pertinente, tout comme celle de la fiduciaire qui s'était
basée sur celle du Pr. Cherpillod. Sur ce point, l'autorité intimée souligne
encore qu'en vertu du principe de "Massgeblichkeits", la recourante
ne peut soutenir aujourd'hui que ces charges sont consécutives à des redevances
de licence, alors qu'elle les a toujours comptabilisées dans un compte
sous-traitant. En ce qui concerne l'application des règles sur le rappel
d'impôt au cas d'espèce, l'ACI conteste le raisonnement de la recourante en ce
sens qu'elle considère qu'il existe bien des faits nouveaux justifiant un
rappel. Elle en voit ainsi notamment dans le fait que les charges litigieuses
étaient fondées sur des fausses factures, fait qu'il n'était pas possible de
vérifier pour un taxateur, ou encore dans sa découverte d'une entité off-shore
au Liechtenstein, ou enfin dans la découverte du fait que la société D.________
AG était un société qui dépendait économiquement de l'actionnaire de X.________.
Enfin, l'autorité intimée considère que l'expertise de la fiduciaire d'août
2009 ne peut être suivie pour démontrer que les charge étaient justifiées
commercialement, dès lors que cette expertise a été rédigée en faisant fi des
principes comptables et des règles fiscales suisses.

6.1.1.5) En l'espèce, sur la base
des éléments mis en exergue par l'autorité intimée, il ne fait pas de doute que
la recourante a augmenté de manière injustifiée, par des factures fictives, le
compte no 4460 et a ainsi cherché à diminuer son bénéfice imposable.

Comme le démontre l'ACI, on ne peut
suivre la recourante lorsqu'elle allègue que ce poste couvre sa rémunération
dans le cadre de la distribution des produits X.________. A la lecture de
l'expertise du Pr. Cherpillod, il est clair que ce dernier ne détenait pas tous
les documents lui permettant d'établir à qui appartenaient les droits de
propriété intellectuelle sur les logiciels du groupe X.________. Les pièces au
dossier démontrent l'existence d'un contrat entre X.________ et A.X.________,
signé le 10 février 1993, régissant leur relation et notamment la question de
la propriété des logiciels du groupe X.________. Ce contrat indique très
précisément que X.________ "est l'unique propriétaire du PRODUIT, elle
est seule habilitée à distribuer des licences d'exploitation ou à céder tout
autre droit qui relèvent de la propriété intellectuelle". Or, il n'est
aucunement fait mention de cette pièce essentielle dans l'expertise du Pr.
Cherpillod, produit par la recourante. Fondée sur un état de fait erroné et
surtout, rédigée uniquement à la demande de la recourante, cette expertise ne
peut être suivie dans le cas d'espèce. Ainsi, le contrat de 1993 n'ayant jamais
été résilié – toutes les démarches entreprises dans ce sens en 2001 n'ont pas
abouti – c'est à bon droit que l'ACI a considéré que X.________ était la
propriétaire des droits de propriété intellectuelle sur les produits du groupe X.________.

En outre, cet argument de la
recourante ne peut de toute manière être suivi pour un autre motif. L'art. 58
al. 1 let. a LIFD dispose que le bénéfice imposable correspond au solde du
compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Comme
déjà mentionné, ce texte exprime le choix du législateur de renvoyer, par
principe, au droit comptable en ce qui concerne la détermination du bénéfice
imposable. Autrement dit, le droit comptable constitue en ce domaine un Massgeblichkeitsprinzip
ou, si l'on préfère un "principe de déterminance" (CR, op. cit.,
Danon, n. 3 ad art. 57-58, p. 716). Matériellement, le renvoi au droit
comptable a pour conséquence que l'ensemble des normes et principes comptables
est repris par le droit fiscal (ibidem, n. 34, p. 727). Formellement, la
détermination du résultat imposable se base sur le bilan commercial tel
qu'établi concrètement par la personne morale assujettie (ibidem, n. 47, p.
730). Cette autorité formelle du droit comptable déploie un effet contraignant
pour le contribuable en ce sens notamment qu'il est lié par son mode de comptabilisation
(ibidem, n. 51, p. 731). Ainsi, dans le cas présent, la recourante ne peut
prétendre que les sommes comptabilisées dans le compte litigieux seraient des
redevances de licence, alors qu'elle les a toujours été comptabilisées à titre
de frais de sous-traitance. Dès lors, même si l'on avait admis que X.________
n'était pas propriétaire des droits de propriété intellectuelle sur les
logiciels créés par le groupe X.________, son explication aurait de toute
manière dû être rejetée pour ce motif-ci.

Il n'en va pas autrement de l'autre
argument soulevé par X.________ pour démontrer que ces charges étaient
justifiées commercialement. Comme le relève à juste titre l'ACI, on ne peut se
fier à l'expertise comptable de 2009 produite par la recourante. A nouveau,
cette expertise n'est le fait que de la recourante et en outre, elle ne
respecte aucunement les principes comptables suisses ou les règles fiscales
suisses. Sa portée est donc nulle.

Enfin, le dernier argument de la
recourante selon lequel la procédure de révision ne serait pas applicable au
motif que l'on est uniquement en présence d'une sous-évaluation d'une charge,
ce qui ne constitue pas un motif de révision, il doit à nouveau être écarté. En
effet, c'est à bon droit que l'ACI a procédé à une révision des décisions de
taxation entrées en force. Contrairement à ce que soutient la recourante, il
existe bien des faits nouveaux justifiant une telle opération. L'autorité
intimée, lorsqu'elle a procédé aux taxations litigieuses, l'a fait sur la base
des documents que lui avait été remis par la recourante et sur lesquels elle
était censée pouvoir se fier. Or, après les décisions de taxation, elle a
découvert, ce qu'elle n'était pas en mesure de faire avant, que les factures
justifiant les frais de sous-traitance étaient fictives et que la recourante
avait mis en place tout un système de transfert de fonds à une entité
off-shore. 

En conclusion, c'est à bon droit
que l'ACI a repris une partie des montants comptabilisés dans le compte
"frais de sous-traitance". Son appréciation de la quotité de la
reprise peut également être confirmée au vu des motifs complets et convaincants
avancés et auxquels il convient d'adhérer. La décision attaquée doit donc être
confirmée sur ce point.

6.1.2) Frais relatifs à un aéronef
non justifiés commercialement

6.1.2.1) L'ACIa repris sous ce
poste 80% des montants figurant dans le compte 4310 intitulé "Frais
location d'avion" de X.________ pour les années 2000 à 2002 correspondant
aux factures émises par D.________ AG pour les frais de location du Pilatus
PC-12/45.

Ce compte 4310 présentait les
montants suivants:

 

	
  2000

  	
  2001

  	
  2002

  
	
  151'200
  fr.

  	
  339'624
  fr. 16

  	
  186'732
  fr.

  

 

6.1.2.2) L'ACI a justifié la
reprise précitée en avançant que la plupart des vols effectués et facturés
n'avaient aucun caractère commercial. Pour preuve, elle a relevé les éléments
suivants en se référant tant au compte de X.________ que de S.________, ces
deux sociétés usant de l'avion:

- tous les frais relatifs à
l'utilisation du premier avion acquis, soit le Piper Dakota, de 1998 à 2000,
ont été soit transférés, soit extournés, vers le compte privé de l'actionnaire A.Y.________,
soit comptabilisés directement dans ce compte privé.

- A.Y.________, de son propre aveu,
a constitué les sociétés D.________ AG et K_______ SA sur le conseil de sa
fiduciaire qui doutait que l'autorité fiscale vaudoise accepte que les frais
d'avion soit admis tels quels dans la société principale du groupe, soit X.________.

- Sur la base des données établies
par le DEF, les clients du groupe se trouvent à Genève (11), Lausanne (4),
Neuchâtel (2), St-Gall (1), Lugano (1), Luxembourg (2), Milan (1) et
Neuilly-sur-Seine (1). Si l'on met en relation le siège de ces clients et celui
de A.X.________, avec le nombre de vols à destination de ces sièges pour les
années en cause, il appert qu'en 2000, sur 220 destinations, 185 n'avaient pas
de lien avec les clients du groupe, en 2001, sur 123 destinations, 75 n'avaient
aucun lien avec les clients du groupe et en 2002, sur 132 destinations, 111
n'avaient aucun lien avec un client, soit en moyenne près de 80% des
destinations.

- S'agissant des déplacements en
Suisse, la justification commerciale pour X.________ de prendre en charges des
frais de location d'un avion pour des déplacements de St-Sulpice à Genève n'est
pas avérée.

- M. A.Y.________ a admis que
l'avion en cause a été utilisé à l'occasion de vacances familiales, mais les
comptes de D.________ AG ne présentent aucune part privée compensant cet usage.

- Un tiers des vols ont été
effectués le week-end.

- L'enquête menée a en outre permis
de démontrer que la facturation des frais de location de l'avion était pour le
moins fantaisiste.

6.1.2.3) Dans son recours, X.________
allègue que cette reprise de l'autorité intimée doit être annulée.

En premier lieu, l'ACI n'a pas
démontré que les frais facturés ne lui auraient pas permis de réaliser son but
statutaire. En ce sens, les charges comptabilisées sont donc justifiées
commercialement.

Deuxièmement, la recourante
considère que ces vols étaient justifiés car ils ont servi à transporter du
matériel ou des employés, pour prendre part à des foires professionnelles en
Europe, pour se déplacer auprès de clients en Suisse et en Europe ou encore
pour transporter des clients potentiels ou pour des opérations de marketing.

Enfin, X.________ soutient qu'il
est parfois nécessaire d'assurer un service de dépannage dans les locaux de ses
clients, ce qui justifie l'usage d'un avion privé, le transport aérien public
n'étant pas assez fiable au niveau de ses horaires.

6.1.2.4) En réponse aux arguments
de la recourante, l'ACI a relevé dans des déterminations qu'aucune preuve n'a
été apportée quant à l'utilité des vols en cause. En outre, les déclarations de
la recourante ne sont pas du tout corroborées par les chiffres établis par le
DEF en ce sens par exemple qu'il n'y aucun vol à destination du Liechtenstein
entre 2000 et 2002, de sorte qu'il n'est pas plausible que X.________ ait
transporté du matériel ou des employés dans ce pays, comme elle l'affirme.

Quant à l'utilisation de cet avion
à des fins de marketing, l'autorité intimée rejette cette théorie dans la mesure
où X.________ doit se voir imputer les frais tels qu'elle les a toujours
comptabilisés, soit à titre de frais de location d'avion et non de frais
publicitaires. De toute manière, même à titre de frais publicitaires, les
montants en cause ne sauraient être admis, de telles dépenses avec un avion
privé consistant généralement à soutenir financièrement le hobby d'une
actionnaire, ce qui apparaît être le cas en l'espèce, la participation assidue
d'A.Y.________ à des rallyes s'apparentant plutôt à un loisir.

Enfin, en ce qui concerne les
dépannages à l'étranger, l'ACI considère que cette justification n'est pas
plausible. En effet, ce n'est pas A.Y.________ qui aurait pu se charger de ces
dépannages puisqu'il prétend ne rien connaître à l'informatique. Il aurait donc
fallu aller chercher des employés qualifiés en Roumanie. Or, en 2000 par
exemple, seul deux des vols litigieux ont été à destination de la Roumanie.

6.1.2.5) En l'occurrence, compte
tenu des éléments au dossier, le tribunal fait sienne l'argumentation de
l'autorité intimée qu'il juge complète et convaincante. On relèvera tout
particulièrement sur ce point que l'enquête du DEF a permis d'établir
qu'environ 80% des vols effectués entre 2000 et 2002 n'avaient pas pour
destination le siège d'un des client du groupe X.________. Ce point permet
d'établir qu'il y a eu surfacturation des frais de location d'un avion dans le
cas d'espèce. De plus, aucun des arguments de la recourante n'est étayé
sérieusement, de telle sorte qu'ils ne peuvent être que rejetés. Les reprises
effectuées par l'autorité intimée sous ce poste doivent donc être confirmées.

6.2) Chiffre d'affaires non
comptabilisé

6.2.1) Cette reprise a pour objet
d'attribuer à la recourante le résultat comptabilisé dans les comptes de B.X.________
dès 1999, date de sa création, ainsi que les charges non justifiées
commercialement de celle-ci, soit les frais de sous-traitance non probants et
les frais d'avion. Cette reprise peut se résumer ainsi:

	
   

  	
  1999

  	
  2000

  	
  2001

  	
  2002

  	
  Total

  
	
  Résultat
  annuel B.X.________

  	
  27'922
  fr.

  	
  10'004
  fr.

  	
  1'770'359
  fr.

  	
  1'255'632
  fr.

  	
  3'063'917
  fr.

  
	
  Frais de
  sous-traitance non probants

  	
  513'500
  fr.

  	
  224'562
  fr.

  	
  0

  	
  700'000
  fr.

  	
  1'438'062
  fr.

  
	
  ./. Part admise
  de 1/3

  	
  - 171'167
  fr.

  	
  - 74'854
  fr.

  	
  -

  	
  - 233'333
  fr

  	
  - 479'354
  fr.

  
	
  Frais
  d'avion non justifiés

  	
   

  	
  459'050
  fr.

  	
  465'230
  fr.

  	
  711'345
  fr.

  	
  1'635'625
  fr.

  
	
  ./. Part admise
  de 20%

  	
   

  	
  - 91'810
  fr.

  	
  - 93'046
  fr.

  	
  - 142'269
  fr.

  	
  - 327'125
  fr.

  
	
  Total

  	
  370'255
  fr.

  	
  526'952
  fr.

  	
  2'994'357
  fr.

  	
  2'142'543
  fr.

  	
  5'331'125 fr.

  

 

6.2.2) En ce qui concerne le
résultat annuel de B.X.________, l'autorité intimée considère, dans sa décision
sur réclamation, que cette société n'a pas d'existence propre et qu'il est
insolite qu'elle relève du droit liechtensteinois. En réalité, cette
localisation de la société a permis à X.________ de réaliser une économie
d'impôt indue puisqu'elle découlait de la seule existence de B.X.________. En
outre, pour l'ACI, il existe une véritable perméabilité entre les deux
structures, ce qui démontre également le caractère insolite de B.X.________. En
résumé, l'autorité intimée estime qu'il convient de faire application du
principe du "Durchgriff" et d'imputer les résultats de B.X.________ à
son propriétaire économique. Pour fonder son raisonnement, l'ACI s'est basé sur
les indices suivants recueillis par le DEF:

"- B.X.________
a été constituée au Liechtenstein, pays dont les règles juridiques favorisent
la domiciliation fictive des sociétés (Revue fiscale 2006, p. 534);

- B.X.________,
société sise au Liechtenstein, est détenue en cascade par un établissement
liechtensteinois, lui-même détenu par une fondation liechtensteinoise (…), dont
M. A.Y.________ est ayant droit économique mais qui ne figurent pas dans l’état
des titres de ce dernier (…); cette structure permet à M. A.Y.________ de
dissimuler qu’il est l’ayant droit économique de B.X.________;

- M. A.Y.________
est également l’ayant droit économique de X.________ SA dont il détient avec
son épouse l’entier du capital-actions;

- Selon les
extraits du registre du commerce, le but social de B.X.________ est identique à
celui de X.________ SA (…);

- Jusqu’au 8 mars
1999, date de la création de B.X.________, les factures concernant les clients
étrangers étaient comptabilisées dans les comptes de X.________ SA (…). Depuis
cette date, ces mêmes transactions sont comptabilisées dans les comptes de B.X.________
et n’apparaissent plus dans les comptes de X.________ SA alors que les factures
adressées par B.X.________ font encore référence au contrat signé en 1996 par X.________
SA (et non B.X.________) avec le client étranger (…); M. A.Y.________ a d’ailleurs
confirmé en audition que “de manière générale, au début X.________ SA vendait
pour des clients suisses et internationaux. A partir de 1999, X.________
International AG vendait aux clients internationaux” (…);

- Comme précisé
ci-dessus, un contrat régissait les relations entre X.________ SA et X.________
Romania concernant les droits sur le logiciel développé par cette dernière pour
le compte de X.________ SA qui, à teneur dudit contrat détenait tous les droits
sur le PRODUIT développé par X.________ Romania (…); selon un projet de contrat
entre X.________ International SA et X.________ Romania reproduisant le même schéma
que pour la relation X.________ SA/X.________ Romania, les droits sur le
logiciel 1******** étaient propriété de B.X.________ (…);

- M. A.Y.________
est administrateur de B.X.________ et signe individuellement pour la société;
les autres administrateurs, MM. A.________ et C.________ ne sont que des hommes
de paille et n’interviennent pas dans la gestion de la société (pièces … d’où
il ressort que les administrateurs ne font que réceptionner les contrats
conclus par la société ou donner de simp