# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** 5010148c-4f84-587a-9785-f13176e0650a
**Source:** Vaud (VD)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2025-03-31
**Language:** fr
**Title:** Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 31.03.2025 AC.2023.0425
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/VD_Omni/VD_TC_031_AC-2023-0425_2025-03-31.html

## Full Text

TRIBUNAL CANTONAL

  COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

  
	
   

  	
  Arrêt du 31 mars 2025 

  
	
  Composition

  	
  Mme Annick Borda, présidente;
  Mme Danièle Revey et M. Alain Thévenaz, juges; Mme Fabia Jungo,
  greffière. 

  

 

	
  Recourant

  	
   

  	
  Office fédéral de l'environnement
  OFEV, à Berne, 

  

   

	
  Autorités intimées

  	
  1.

  	
  Municipalité de Noville, représentée
  par Me Daniel GUIGNARD, avocat à Lausanne,   

  	 

	
   

  	
  2.

  	
  Direction générale du territoire et
  du logement, à Lausanne,  

  

   

	
  Autorité concernée

  	
   

  	
  Direction générale de
  l'environnement DGE-BIODIV, à Lausanne,   

  

   

	
  Constructeurs

  	
  1.

  	
  A.________, à ********,  

  	 

	
   

  	
  2.

  	
  B.________, à ********, 

  tous deux représentés par Me Sarah PERRIER,
  avocate à Lausanne. 

  

   

 

	
  Objet

  	
  Permis de construire           

  
	
   

  	
  Recours Office fédéral de l'environnement c/ décision de
  la Municipalité de Noville du 24 juin 2016 et toute décision de la Synthèse
  CAMAC du 14 juin 2016 autorisant l'adjonction d'une véranda sur la parcelle
  n° 911 (CAMAC 160669). 

  

 

Vu les faits suivants:

A.                    
A.________ et B.________ sont propriétaires de la parcelle n° 911 du
registre foncier de la commune de Noville. D'une surface de 376 m2,
ce bien-fonds est situé dans le hameau des Grangettes, lui-même compris dans la
vaste zone des Grangettes formée par le delta du Rhône à l'endroit de son
embouchure dans le Lac Léman. La parcelle n° 911 comporte actuellement une
habitation (n° ECA 197) de 77 m2 d'emprise au sol et un
bâtiment annexe (n° ECA B109) de 9 m2, le solde étant en nature
de jardin pour 245 m2 et d'accès et place privée pour 45 m2.
La parcelle précitée est située à environ 35 m du domaine public constituant la
rive du Lac Léman. Elle est entourée de parcelles construites de maisons
d'habitation, à l'exception de son flanc sud-ouest qui borde la zone dévolue au
camping des Grangettes. La maison d'habitation présente sur la parcelle n° 911
constitue la résidence principale A.________ et B.________.

B.                    
Ce bien-fonds fait l'objet des mesures de protection suivantes:

-     
inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels
d'importance nationale (ci-après: IFP), objet n° 1502: Les Grangettes; 

-     
inventaire fédéral des zones alluviales d'importance nationale
(ci-après: IZA), objet n° 123: Les Grangettes;

-     
inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance
nationale (ci-après: IBN), objet VD21: Les Grangettes; 

-     
inventaire fédéral des sites marécageux d'une beauté particulière et
d'importance nationale (ci-après: ISM), objet n° 289: Les Grangettes;

-     
inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs
d'importance internationale et nationale (ci-après: IROEM), objet n° 8:
Les Grangettes;

-     
inventaire cantonal des monuments naturels et sites (ci-après: IMNS),
objet n° 183: Les Grangettes, les "Iles" du Rhône, forêts et
bosquets du secteur Crebelly-Dézaley;

-     
inventaire cantonal des zones alluviales d'importance nationale,
régionale et locale, objet n° 123: Les Grangettes;

-       inventaire
cantonal des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale,
régionale et locale, objet VD21 Les Grangettes.

C.                    
La parcelle n° 911 s'inscrit à l'intérieur du périmètre du plan
directeur cantonal des rives du Lac Léman, approuvé par le Grand Conseil le 7
mars 2000, et du plan d'affectation cantonal n° 291 – Commune de Noville –
Site marécageux de Noville, approuvé par le département compétent le 20 mai
1997 (ci-après: le PAC n° 291). 

Le PAC n° 291, selon l'art. 1er de
son règlement, regroupe, coordonne et met en application l'ensemble des mesures
de protection concernant les marais et le site marécageux d'une beauté
particulière et présentant un intérêt national. Il a pour but de garantir la
sauvegarde des biotopes, des zones tampons et des biocénoses qui les
caractérisent, de favoriser l’amélioration des valeurs biologiques du site et
la réparation des atteintes qu’il a subies, de maintenir un paysage proche de
l’état naturel et enfin de permettre le maintien des activités humaines dans la
mesure où celles-ci sont compatibles avec les buts de protection. A cet effet,
le plan comprend plusieurs affectations distinctes du territoire, à savoir une zone
des biotopes protégés, une zone des prairies tampon, deux zones lacustres, une
zone agricole protégée, une zone de plage, une zone de port et du chantier
naval, une zone du camping, une zone des Fourches et une zone du hameau des Grangettes,
des Territoires occupés par les constructions isolées et leurs abords (ces six
dernières affectations étant liées à des activités humaines), ainsi que l'aire
forestière. 

La parcelle n° 911 est concernée par l'art. 10
du PAC n° 291, qui réglemente la zone du hameau des Grangettes. Ce hameau
est formé d'une dizaine de constructions constituant un noyau assez compact
dans le site et composé de maisons individuelles implantées le long de la rive.
La zone du hameau est destinée à permettre le maintien des constructions et
installations existantes ainsi qu'à garantir un accès au lac depuis Noville
(al. 1). Elle est soumise à l'élaboration d'un plan partiel d'affectation
communal dans un délai de trois ans après l'approbation du PAC (al. 2). Le plan
partiel d'affectation définit les conditions dans lesquelles les bâtiments
existants peuvent être transformés et de quelle manière de modestes
agrandissements ou constructions annexes peuvent être réalisés (al. 3). 

Le PAC n° 291 bis, approuvé en parallèle le 20
juin 2002, règle les circulations dans le secteur du site marécageux de
Noville.

D.                    
Le plan partiel d'affectation du "Hameau des Grangettes"
(ci-après: le PPA) et son règlement (ci-après: le RPPA), en vigueur depuis le 5
mars 2010, concrétisent l'art. 10 du PAC n° 291. Selon l'art. 8 PPA, les
constructions existantes peuvent être entretenues, transformées voire agrandies
dans les limites des périmètres définis sur le plan (al. 1). Les parties de
périmètres de construction en trait continu ne permettent pas d'agrandissement
des constructions en plan (al. 2). Les parties de périmètres de construction en
traitillés permettent de légers agrandissements en plan (al. 3). 

E.                    
Le 10 mars 2016, A.________ et B.________ ont déposé auprès de la
Municipalité de Noville (ci-après: la municipalité) une demande de permis de
construire en vue de l'adjonction d'une véranda à l'immeuble existant. Selon le
questionnaire de demande de permis de construire, la surface bâtie du bâtiment
concerné passait de 54 m2 à 74 m2. Selon le projet, le
couvert en tuiles à un pan d'environ 3 m sur 4.5 m abritant la
terrasse présente devant la façade sud-ouest devait être supprimé au profit de
la construction d'une véranda allongée de plan trapézoïdal de 6.30 m et 7 m
sur sa face longue et 2.67 m, respectivement 3.50 m sur sa face
courte adossée à la maison. Le projet prévoyait également l'extension de la
surface de la terrasse extérieure présente devant la façade sud-ouest pour la
prolonger jusqu'à l'extrémité de la véranda. Dans le questionnaire de demande
de permis de construire, il était indiqué, au chiffre 12, que le projet n'était
pas situé hors des zones à bâtir.

Le projet été mis à l'enquête publique du 9 avril au
8 mai 2016.

Le 14 juin 2016, la Centrale des autorisations en
matière de construction (CAMAC) a délivré sa synthèse. La Direction générale de
l'environnement, Direction des ressources et du patrimoine naturel, Biodiversité
et paysage (DGE/DIRNA/BIODIV) a délivré son autorisation spéciale. Elle a
relevé que la véranda était créée dans le périmètre des constructions
principales concernant les façades avec extension possible et que les vitrines
de la véranda pouvaient présenter un danger mortel de collision pour les oiseaux.
Elle a estimé que des solutions étaient envisageables à cet égard comme l'utilisation
d'un verre non réfléchissant; par conséquent, elle a délivré l'autorisation
spéciale en la soumettant à deux conditions, la première consistant à porter
une attention particulière pour éviter les collisions et la seconde à éviter la
dispersion de plantes toxiques envahissantes lors du chantier. L'Etablissement
cantonal d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels (ECA) a
également délivré une autorisation spéciale. En revanche, le Service du
développement territorial (SDT; désormais Direction générale du territoire et
du logement - DGTL) n'a pas été consulté dans ce cadre et n'a donc délivré
aucune autorisation.

Le 24 juin 2016, la municipalité a finalement
délivré à A.________ et B.________ le permis de construire sollicité. L'autorisation
précisait qu'une dérogation à l'art. 8 RPPA, périmètre des constructions, était
octroyée, les propriétaires souhaitant regrouper les surfaces d'extension sur
un seul côté, en un seul tenant.

Le permis d'habiter provisoire a été délivré le 12
juin 2017 par la municipalité. Le permis d'habiter définitif date du 7 août
2023.

F.                    
Le 26 septembre 2023, la Cour de droit administratif et public du
Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP ou la Cour) a communiqué à l'Office
fédéral de l’environnement (ci-après: l'OFEV) un arrêt par lequel elle
admettait un recours à l'encontre d’un ordre de la municipalité tendant à
l'éradication de plantations invasives et l'élagage d'arbres sur la parcelle n° 401
notamment (arrêt AC.2023.0036 du 25 septembre 2023). 

Le 4 octobre 2023, l'OFEV a adressé un courriel à la
municipalité, indiquant avoir appris qu'une villa nouvelle avait été érigée sur
une parcelle du hameau des Grangettes en 2015/2016, que dite parcelle se
trouvait dans un site marécageux d'importance nationale ainsi que dans une zone
alluviale d'importance nationale et qu'elle n'avait aucune trace d'une
communication ou d'une autorisation concernant cette parcelle dans ses
archives. Elle requérait ainsi que l'autorisation délivrée lui soit
communiquée. La municipalité a transmis à l’OFEV l'autorisation de construire
correspondante le 9 octobre 2023. Le même jour, l'OFEV a pris contact avec la
DGE/DIRNA/BIODIV afin que lui soit transmise notamment la décision
d'approbation du PPA Hameau des Grangettes, ce que cette dernière autorité a
fait le 10 octobre 2023.

Le 12 octobre 2023, l'OFEV a demandé à la
municipalité de lui transmettre tous les permis de construire délivrés au cours
des dix dernières années pour des constructions érigées au sein du site
marécageux des Grangettes. La municipalité a répondu à cette demande le 2
novembre 2023 en y joignant dix permis de construire, dont celui délivré le 24 juin
2016 objet de la présente affaire. 

G.                    
Le 4 décembre 2023, l'OFEV a déposé un recours à la CDAP à l'encontre de
la décision d'octroi du permis de construire du 24 juin 2016 et des
autorisations cantonales spéciales délivrées dans le cadre de la synthèse CAMAC
du 14 juin 2016. Il a conclu à l'annulation de la décision municipale et des
autorisations spéciales et au rétablissement de l'état conforme à la loi.

Le 7 mars 2014, la municipalité a déposé sa réponse,
concluant en substance à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son
rejet.

B.________ et A.________ (ci-après: les
constructeurs) ont déposé une réponse le 22 avril 2024 et conclu à
l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

Le 22 mai 2024, la DGE a déposé sa réponse, se
remettant à justice quant à la recevabilité du recours et concluant, au fond, à
son rejet. Le même jour, la DGTL a également déposé sa réponse dans laquelle
elle n'a pas pris de conclusions formelles, mais a invité la Cour à examiner la
recevabilité du recours et énoncé qu'un permis de construire délivré en dehors
de la zone à bâtir en l'absence de l'autorisation cantonale spéciale est nul de
plein droit.

Le 12 août 2024, l'OFEV a déposé une réplique,
confirmant les conclusions de son recours.

La municipalité a dupliqué le 26 septembre 2024.

Les constructeurs ont dupliqué le 17 octobre 2024.

La Cour a tenu audience avec inspection locale le 11
février 2025. On extrait les éléments suivants du compte rendu de cette séance:

"Il est constaté que la
véranda litigieuse est une pièce de vie, chauffée, ouverte sur le reste du
logement (cuisine) et accueillant un espace à manger ainsi qu'un petit séjour.
Elle est entièrement vitrée en façades sud-est et sud-ouest et la partie
supérieure de sa façade nord-ouest comporte des ouvertures horizontales. Elle
est complétée au sud par un deck. 

 

La DGE considère que le verre
utilisé est de type réfléchissant alors qu'elle avait requis l'utilisation de
verre non-réfléchissant dans un but de protection des oiseaux. Le propriétaire
expose n'avoir jamais eu de problèmes en lien avec les oiseaux. La parcelle ne
se trouve pas dans un couloir migratoire. Il n'a par ailleurs jamais constaté
l'existence de batraciens sur sa parcelle, bien qu'ils soient audibles au loin.
L'OFEV relève que dans un site marécageux protégé, qui doit être maintenu
intact, chaque construction constitue une atteinte. 

Le tribunal se rend enfin à
l'intérieur du bâtiment et constate que le rez-de-chaussée est occupé par une
cuisine récemment rénovée, dont un important îlot central."

Les parties se sont encore déterminées le 3 mars
2025 (OFEV et municipalité), le 5 mars 2025 (constructeurs) et le 10 mars 2025
(DGTL et DGE). Les constructeurs ont relevé que le Tribunal avait constaté, à
l'audience, la présence de trois enfants gardés par la constructrice dans le
cadre de son activité professionnelle et que les ouvertures horizontales
constatées sur la partie supérieure de la façade nord-ouest sont des fenêtres;
ils estiment que le mur blanc qui clôt la façade nord-ouest se reflète directement
dans les parois vitrées de la véranda et crée un obstacle visuel pour les
oiseaux, de même que la poutre en bois traversant la petite paroi vitrée;
enfin, ils considèrent que le rez-de-chaussée de la villa, hors véranda, ne
permet pas d'y créer un salon ni un espace suffisant pour faire de l'accueil
familial de jour. 

Considérant en droit:

1.                     
Le recours formé par l'OFEV est dirigé à l'encontre de la décision de la
municipalité le 24 juin 2016 délivrant une autorisation de construire et à
l'encontre de la synthèse CAMAC comprenant les autorisations spéciales
délivrées par les instances cantonales le 14 juin 2016. Le Tribunal examinera
tout d'abord la recevabilité du recours.

2.                     
En premier lieu, il convient d'examiner la qualité pour recourir de
l'OFEV. 

a) En vertu de l'art. 49 al. 2 de la Constitution
fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), la
Confédération veille à ce que les cantons respectent le droit fédéral. 

Afin d'assurer l'exécution correcte et uniforme du
droit fédéral, le législateur a prévu, à l'art. 89 al. 2 let. a de la loi du 17
juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), qu'ont qualité pour
recourir devant le Tribunal fédéral notamment la Chancellerie fédérale, les
départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les
unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer
la législation fédérale dans leur domaine d'attribution. La doctrine précise à
cet égard que, sur la base de cette disposition, les offices fédéraux sont
habilités à recourir, mais que le droit fédéral doit le prévoir dans une loi ou
dans une ordonnance (cf. Aubry Girardin, Commentaire LTF, 3e éd.,
2022, n. 75 ad art. 89). En vertu de l'art. 111 al. 2 LTF, si une autorité
fédérale a la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, elle peut
recourir devant les autorités cantonales précédentes ou, pour autant qu'elle le
demande, participer à la procédure devant celles-ci.

Un office fédéral n'est admis à recourir que dans un
domaine qui relève de sa compétence. Le Tribunal fédéral a en particulier
considéré que le recours de l'Office fédéral de l’énergie (OFEN), qui
intervient hors d'un cas d'application de la loi fédérale du 30 septembre 2026
sur l’énergie (LEne; RS 730.0), doit être déclaré irrecevable (arrêt du TF
1A.124/2005 du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4). De même, l'Office fédéral du
développement territorial (OFDT/ARE) n'a pas qualité pour recourir sur la base
de l'art. 48 l’ordonnance du 28 juin 2000 sur l’aménagement du territoire (OAT;
RS 700.1) lorsque c'est l'application du droit fédéral de la protection de
l'environnement qui est en jeu (Tanquerel, Le recours des offices fédéraux en
matière d'aménagement du territoire et d'environnement, in: Mélanges en
l'honneur de Pierre Moor: théorie du droit, droit administratif, organisation
du territoire, Berne 2005, p. 766).

b) D'après l'art. 12g al. 2 de la loi fédérale du 1er
juillet 1966 sur la protection de la nature et les paysages (LPN; RS 451),
intitulé "Recours des cantons et de l'office fédéral compétent",
l'office compétent a la qualité pour recourir contre les décisions cantonales
au sens de l'art. 12 al. 1 LPN et peut faire usage des voies de droit fédérales
et cantonales. 

Cette disposition est entrée en vigueur le 1er
juillet 2007; il s'agit en réalité d'une reprise du texte de l'ancien art. 12b al.
2 LPN, introduit le 1er février 1996 (FF 2005 5041, p. 5067).
Elle confère à l'office compétent le droit de recourir en matière de LPN sur
les décisions prises en exécution de tâches fédérales. Contrairement aux autres
lois fédérales instaurant un droit de recours des offices fédéraux dans le
domaine de l'environnement (voir art. 56 al. 1 de la loi fédérale du 7 octobre
1983 sur la protection de l’environnement [LPE; RS 814.01], art. 67a de la loi
fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux [LEaux; RS 814.20], art.
46 al. 2 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts [LFo; RS 921.0] et
art. 29 al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 2003 sur l’application du génie
génétique au domaine non humain [LGG; RS 814.91] qui prévoient que l'office
compétent est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par le
droit fédéral et le droit cantonal contre les décisions rendues par des
autorités cantonales en "application de la présente loi ou de ses
dispositions [ou: actes] d’exécution"), l'art. 12g al. 2 LPN
contient une formulation différente s'agissant des décisions concernées. Il
renvoie en effet aux décisions cantonales au sens de l'art. 12 al. 1 LPN, ce
qui indique que l'habilitation concerne exclusivement le recours contre les
décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les
art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (Grodecki/Pfeiffer, in Moor/Favre/Flückiger (éd.),
Loi sur la protection de l'environnement, Berne 2010, n. 9 ad art. 56 LPE).

L'art. 2 LPN définit ce qu'il faut entendre par
l'accomplissement d'une tâche de la Confédération au sens de l'art. 78 al. 2
Cst. Cet article n'est toutefois pas exhaustif. Selon une jurisprudence constante,
une tâche fédérale peut également exister lorsqu'une autorité cantonale a pris
une décision, par exemple lors de l'octroi d'une dérogation au droit de
l'aménagement du territoire selon l'art. 24 de la loi fédérale du
22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) (ATF 112 Ib
70 consid. 4b). L'autorisation de défrichement est expressément mentionnée à
l'art. 2 al. 1 let. b LPN (ATF 121 II 190 consid. 3c/cc). La protection
des biotopes selon les art. 18 ss LPN est une tâche fédérale confiée aux
cantons (ATF 133 II 220 consid. 2.2). Il en va de même pour l'autorisation
d'interventions techniques dans un cours d'eau selon les art. 8 ss de la loi
fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0) ou l'octroi
d'autorisations relevant du droit de la pêche (ATF 110 lb 160 consid. 2). Font
également partie des tâches fédérales la protection des eaux et la garantie de
débits résiduels convenables (TF 1C_262/2011 du 15 novembre 2012 consid. 1.1,
non publié dans: ATF 139 II 28), la protection des marais et des sites
marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (ATF 118 Ib 11
consid. 2e) ainsi que des mammifères et des oiseaux sauvages (ATF 136 II 101
consid. 1.1), même si ce sont les autorités cantonales ou communales qui
décident. La condition pour l'existence d'une "tâche fédérale" est
donc en premier lieu que la décision attaquée concerne une matière juridique
qui relève de la compétence de la Confédération et qui est réglée par le droit
fédéral.

Le droit de recours de l'OFEV est considéré comme
abstrait: il n'est pas nécessaire pour l'office concerné de démontrer un
intérêt particulier à contester la décision (ATF 136 II 359 consid. 1.2;
Keller, Commentaire LPN, 2ème éd. 2019, n. 5 ad art. 12g LPN, p.
359). Il permet par ailleurs à l'office de contester non seulement les
décisions cantonales de dernière instance, mais également celles des instances
inférieures. La qualité pour agir sur le plan cantonal n'est donc pas limitée à
la dernière instance et existe pour toutes les autorités cantonales précédentes
(Bovey, op. cit., n. 18 ad art. 111 LTF; Keller, op. cit., n. 7 ad art.
12g LPN, p. 359 s.; FF 1991 III 1151, p. 1157). Il s'agit toutefois d'une
faculté donnée à l'autorité fédérale, qui n'est pas obligée d'épuiser les
instances cantonales. Une renonciation à recourir devant une instance cantonale
ne privera pas l'autorité fédérale de son droit de recourir devant les instances
cantonales ultérieures ou devant le Tribunal fédéral. Par conséquent, l'office
n'a pas non plus d'obligation de participer à la procédure antérieure (ATF 136
II 359 consid. 1.2; 116 Ib 418 consid. 3h; voir aussi arrêt TF 1C_184/2021 du
23 septembre 2021 consid. 2.3; Tanquerel, op. cit., p. 772;
Bovey, op. cit., n. 22 ad art. 111).

Les art. 12g al. 2 et 12 al. 1 LPN ne mentionnent
que les décisions des autorités cantonales. Chaque canton est toutefois libre
d'organiser les compétences de ses autorités comme il l'entend. Dans le canton
de Vaud, l'art. 114 al. 1 de la loi du 4 décembre 1985 sur l’aménagement du
territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11) prévoit que la compétence de
délivrer les permis de construire appartient à la municipalité. L'intervention
de la commune dans ce domaine ne porte toutefois pas préjudice au droit des
autorités fédérales de recourir contre les décisions des autorités inférieures,
qu'elles soient communales ou cantonales (voir, pour la LPE: Grodecki/Pfeiffer,
op. cit., n. 15 ad art. 56 LPE).

c) Au niveau cantonal, selon l'art. 75 let. b de la
loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), a
qualité pour former recours toute autre personne ou autorité que la loi
autorise à recourir.

d) Il résulte de ce qui précède que l'OFEV, en tant
qu'office fédéral compétent pour l'exécution de la LPN en matière de protection
de la nature et du paysage (art. 23 al. 1 let. a et al. 2 de l'ordonnance
du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage [OPN; RS
451.1]), est l'office compétent au sens de l'art. 12g LPN pour se
plaindre des décisions cantonales et communales en cette matière (cf. ég. TF
1C_86/2020 du 22 avril 2021 consid. 6.1; Tanquerel, op. cit., p. 772). La
qualité pour recourir doit lui être reconnue même s'il n'a pas formé opposition
dans la procédure préalable aux décisions litigieuses. L'office intervient par
ailleurs dans des domaines recouvrant la définition de tâche de la
Confédération, singulièrement la protection des marais et des sites marécageux
d'une beauté particulière et d'importance nationale, ainsi que des mammifères
et des oiseaux sauvages. La qualité pour recourir à l'encontre des actes
attaqués doit partant lui être reconnue.

3.                     
Il convient ensuite d'examiner si l'OFEV pouvait encore contester dans
son recours des actes qui sont datés de plus de 7 ans au moment du dépôt du
recours.

A ce sujet, l'OFEV se prévaut de l'absence totale de
notification des actes litigieux, qui ne lui auraient été communiqués qu'à sa
demande le 2 novembre 2023, en violation en particulier des art. 24g
LPN, 27 al. 2 let. e et f OPN et 46 OAT. Il convient dès lors de se pencher sur
l'existence d'une obligation de notification des autorisations cantonales
spéciales et du permis de construire.

a) aa) Selon l'art. 95 al. 1 LPA-VD, le recours au
Tribunal cantonal s'exerce dans les 30 jours dès la notification de la décision
ou du jugement attaqués. 

La
question du respect du délai de recours et de ses conséquences dépend
directement de l'existence d'une obligation des autorités de notifier leurs
décisions. En l'absence d'obligation de communiquer les décisions
cantonales des instances inférieures à l'OFEV, il ne serait pas admissible
d'admettre un recours de l'OFEV après l'écoulement du délai de recours cantonal
ordinaire, quand bien même l'office ne se serait pas vu notifier la décision
(Grodecki/Pfeiffer, op. cit., n. 31 ad art. 56 LPE; Loretan, Kommentar zom
Umweltschutzgesetz, 2e éd., Zurich 1996, état mars 2002, n. 16 ad
art. 56 LPE).

bb) Selon
l'art. 112 al. 4 LTF, dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité
pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles
décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. Selon le Message
concernant la révision totale de la procédure judiciaire fédérale du 28 février
2001, les décisions cantonales ne devront en principe pas être communiquées
d'office aux autorités fédérales, sauf dans les cas spécifiés par une
ordonnance du Conseil fédéral. Une obligation de communiquer toute décision aux
autorités fédérales ne pourra être prévue que de manière très ponctuelle, par
exemple lorsque la mise en œuvre de normes particulièrement délicates est en
cause (FF 2001 4000, sp. 4147). Sur cette base, le Conseil fédéral a édicté
l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la notification des
décisions cantonales de dernière instance en matière de droit public (RS 173.110.47),
qui fait obligation aux autorité cantonales de notifier sans délai et
gratuitement aux autorités fédérales ayant qualité pour recourir les décisions
de dernière instance qui peuvent être attaquées devant le Tribunal fédéral,
notamment par un recours en matière de droit public (art. 1 al. 1 let. c).
Selon cette ordonnance, une obligation de notification n'existe que pour les
décisions de dernières instance cantonale (voir aussi ATF 136 II 359 consid.
1.2). Le Message précité n'exclut toutefois pas d'obliger des autorités
cantonales inférieures à communiquer leurs décisions aux autorités fédérales
(Bovey, op. cit., n. 66-68 ad art. 112). 

cc) L'art. 27 al. 1 et 2 OPN, intitulé "Communication
des textes légaux et des décisions" prévoit que les cantons
communiquent à l'OFEV, l'OFC (Office fédéral de la culture) ou à l'OFROU (Office
fédéral des routes) leurs actes normatifs concernant la protection de la
nature, la protection du paysage et la conservation des monuments historiques
(al. 1). Les autorités compétentes communiquent en outre à l'OFEV les décisions
suivantes (al. 2): 

"a.          exceptions relatives aux dispositions de la
protection des espèces (art. 22, al. 1 et 3, LPN; art. 20, al. 3);

b.            suppression de la
végétation des rives (art. 22, al. 2 et 3, LPN);

c.            décisions de constatation dans le domaine de la
protection des biotopes et des espèces (art. 14, al. 4);

d.            décisions concernant la remise en état (art. 24e LPN);

e.            décisions concernant les constructions, les
installations et les modifications de la configuration du terrain dans les
biotopes d’importance nationale (art. 18a LPN) ou les sites marécageux (art.
23b LPN);

f.            approbation de plans d’affectation (art. 26 de la loi
du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire) s’ils portent atteinte à des
paysages, des sites naturels, des biotopes ou des sites marécageux d’importance
nationale."

L'art. 27 al. 2 let. e OPN a été introduit par le
ch. II 1 de l'ordonnance du 2 février 2000 relative à la loi fédérale sur la
coordination et la simplification des procédures de décision, et est entré en
vigueur le 1er mars 2000 (RO 2000 703). Cet article impose aux
autorités cantonales de communiquer à l'OFEV une série de décisions relatives
aux constructions dans les biotopes et sites marécageux. Quant à l'art. 27 al.
2 let. f OPN, qui porte sur l'approbation des plans d'affectation, il a été
introduit par le ch. II de l’ordonnance du 2 avril 2014 et est entré en vigueur
le 1er mai 2014 (RO 2014 909).

L'objectif poursuivi par l'art. 27 al. 2 OPN est
d'assurer un droit de recours effectif des offices fédéraux, dans le contexte
d'un besoin d'amélioration de la surveillance fédérale dans le domaine de la
protection du paysage et de la nature. Cet objectif trouve sa source dans le
rôle de surveillance de la Confédération vis-à-vis des cantons, prévu à l'art.
24g al. 1 LPN depuis le 1er septembre 2014 et, de manière générale,
à l'art. 49 al. 2 Cst. (Martenet, in: Martenet/Dubey (éd.),
Commentaire romand de la Constitution fédérale, 2021, n. 66 ss ad art. 49 Cst.;
Biaggini, BV Kommentar, 2e éd., Zurich 2017, n. 26 ad art. 49;
cf. ég. TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2 et les références
citées). L'obligation de notification découlant de l'art. 27 al. 2 OPN va plus
loin que celle de l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la
notification des décisions cantonales de dernière instance en matière de droit
public. Cet article s'adresse en effet à toutes les autorités compétentes, à
savoir également aux autorités cantonales inférieures (Keller, op. cit., n. 8
ad art. 12g LPN; voir aussi Tanquerel, op cit., p. 773). Il en est ainsi
également dans le domaine de l'aménagement du territoire, où le Tribunal
fédéral est arrivé à la même solution s'agissant de l'obligation de notifier
une décision d'approbation d'un plan d'affectation sur la base de l'art. 46 OAT
(voir arrêt TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2, où le Conseil
d'Etat tessinois avait omis de notifier à l'ARE un plan d'affectation n'ayant
pas fait l'objet d'un recours cantonal).

b) En l'espèce, lors de l'octroi du permis de
construire en 2016, l'art. 27 al. 2 let. e OPN était applicable et les
autorités vaudoises étaient donc en principe tenues de notifier leurs décisions
à l'OFEV. La municipalité et la DGE ont donc procédé en violation du droit
fédéral et l'office est autorisé à se prévaloir d'un défaut de notification des
décisions litigieuses lors de leur adoption. 

aa) Selon l’art. 44 LPA-VD, les décisions sont en
principe notifiées à leurs destinataires sous pli recommandé ou par acte
judiciaire (al. 1). Si les circonstances l'exigent, notamment lors de décisions
rendues en grand nombre, l'autorité peut notifier ses décisions sous pli simple
ou sous une autre forme. La notification doit dans tous les cas intervenir par
écrit (al. 2). L'autorité peut notifier ses décisions par voie de publication
du dispositif dans la Feuille des avis officiels à une partie dont le lieu de
séjour est inconnu (al. 3 let. a) ou à un grand nombre de participants qui ne
peuvent pas être identifiés sans frais excessifs (al. 3 let. b).

Une notification irrégulière ne doit en principe entraîner
aucun préjudice pour les parties (ATF 138 I 49 consid. 8.3.2; voir, en droit fédéral, art. 49 LTF et 38
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS
172.021]). S'il s'agit d'un acte émanant d'une autorité, le fardeau de la
preuve de la notification et de sa date incombe en principe à l'autorité qui
entend en tirer une conséquence juridique (ATF 122 I 97 consid. 3b). L'autorité
supporte ainsi les conséquences de l'absence de preuves en ce sens que si la
notification ou sa date sont contestées, et qu'il existe effectivement un doute
à ce sujet, comme cela peut se présenter lors de la notification d'un acte sous
pli simple, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de
l'envoi (ATF 103 V 63 consid. 2 et 3). Cela ne suffit pas encore au
constat que le recours a été déposé en temps utile. Il y a donc lieu
d’examiner, d’après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a
réellement été induite en erreur par l’irrégularité de la notification et a, de
ce fait, subi un préjudice. Il convient à cet égard de s’en tenir aux règles de
la bonne foi qui imposent une limite à l’invocation du vice de forme. En vertu
de ce principe, la partie intéressée est tenue de se renseigner sur l’existence
et le contenu de la décision dès qu’elle peut en soupçonner l’existence, sous
peine de se voir opposer l’irrecevabilité d’un éventuel moyen pour cause de
tardiveté (ATF 139 IV 228 consid. 1.3; 111 V 149 consid. 4c; TF 1C_268/2021 du
26 novembre 2021 consid. 2.1; 2C_884/2019 du 10 mars 2020 consid. 7.2).

Selon la jurisprudence, un recours d'un office
fédéral est recevable s'il a été déposé trente jours après la notification de
la décision cantonale, elle-même notifiée à l'office fédéral recourant à sa
demande avec deux mois de retard (TF 6A.75/2003 du 5 décembre 2003 consid. 1).
L'ARE a également été admis à recourir en novembre 2019 contre une décision
d'approbation d'un plan d'affectation datant de mars 2015 alors que cette
décision ne lui avait pas été notifiée par le Conseil d'Etat (TF 1C_672/2020 du
2 septembre 2021 consid. 2 et 3). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a
considéré qu'il n'appartenait pas à l'ARE de parcourir les feuilles officielles
des différents cantons à la recherche d'éventuelles décisions relatives à la
délimitation des zones à bâtir (consid. 3.2). Le fait que l'ARE s'était vu
notifier des arrêts de la dernière instance de recours cantonale rendus à
l'encontre du plan d'affectation concerné n'était pas déterminant car il
s'agissait d'arrêts de renvoi, donc de décisions incidentes au sens de l'art.
93 LTF. L'ARE pouvait se limiter à prendre connaissance du dispositif de ces
arrêts et, sans violer le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) et sans
s'exposer au reproche de grave négligence procédurale, n'était pas tenu
d'examiner ces affaires plus avant, considérant qu'un recours au Tribunal
fédéral paraissait d'emblée irrecevable au vu de la nature incidente de ces
décisions (consid. 3.4). L'examen du bien-fondé du recours au regard du
principe fondamental de la séparation du bâti et du non-bâti l'emporte sur la
sécurité du droit (consid. 3.5).

bb) Dans le cas
présent, rien ne permet de retenir que l'OFEV aurait eu connaissance des
décisions entreprises, ou de leur contenu, avant leur communication par
courriel le 2 novembre 2023. En particulier, le fait que divers arrêts aient
été rendus précédemment par la CDAP concernant le secteur des Grangettes, mais
en lien avec d'autres parcelles du site, ne peut pas fonder une violation de
son devoir de se renseigner qui pourrait aujourd'hui être opposé à l'OFEV. On
ne saurait attendre de l'office fédéral concerné qu'après notification d'un
arrêt relatif à un secteur, il procède à un examen étendu des constructions de
toutes les parcelles alentour afin de déterminer si celles-ci ont fait l'objet
de décisions qui ne lui ont pas été notifiées. 

Il en est de même s'agissant de l'arrêt rendu par la
CDAP le 24 décembre 2015 (AC.2015.0026) dont se prévaut la municipalité. Selon
elle, l'OFEV aurait dû recourir contre les décisions litigieuses à la suite du
prononcé de cet arrêt, qui portait sur d'autres parcelles du site des
Grangettes. Cela étant, la municipalité perd de vue que, dans la mesure où la
cause précitée concernait un cas d'assujettissement à la loi fédérale du 4
octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11), cette question n'entrait
pas dans les compétences de l'OFEV qui ne s'est, à juste titre, pas vu notifier
l'arrêt. Le simple fait que d'autres offices fédéraux ont été destinataires de
l'arrêt ne permet pas de retenir automatiquement que l'OFEV en avait
connaissance, ni que ces offices auraient dû le transmettre à l'OFEV qui
n'était pas concerné par l'objet de l'affaire. On ne peut donc aujourd'hui
reprocher à l'OFEV de n'avoir pas recouru à l'encontre des décisions
litigieuses immédiatement après le prononcé de cet arrêt du 24 décembre 2015
par la CDAP.

Il est encore relevé que les documents reçus
régulièrement par l'OFEV en lien avec l'obligation qui incombe aux cantons de
rendre compte de l'état de la protection des zones alluviales, des sites
marécageux et des sites de reproduction de batraciens (cf. art. 3 al.
1, art. 5 et 10 de l'ordonnance fédérale du 28 octobre 1992 sur les zones
alluviales [Ordonnance sur les zones alluviales; OZA; RS 451.31]; art. 3
al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance fédérale du 1er mai 1996 sur la
protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance
nationale [OSM; RS 451.35]; art. 5 al. 1 et 2, art. 8 et 13 de l'ordonnance
fédérale du 15 juin 2001 sur la protection des sites de reproduction de
batraciens d'importance nationale [OBat; RS 451.34]) font uniquement état
d'éléments généraux en lien avec la protection de ces sites et ne contiennent
aucun détail relatif aux nouvelles constructions (cf. rapports des années 2018
et 2021 dans le cadre des enquêtes OFEV). Ils ne permettent dès lors pas non
plus de fonder un devoir de l'OFEV de se renseigner plus avant, en tout cas
s'agissant d'actes d'exécution tels qu'un permis de construire, sur le
développement du secteur en question et de faire partir un délai de recours. 

Il s'ensuit que, bien que formé plusieurs années
après leur prononcé, le recours contre les décisions des 14 et 24 juin 2016 a
été déposé en temps utile. L'importance des biens juridiques protégés,
constatée par plusieurs inventaires fédéraux et cantonaux consacrant des objets
d'importance nationale, voire internationale, a pour conséquence que leur
protection l'emporte sur la sécurité du droit.

Il convient donc d'entrer en matière sur le fond
dans le cadre du recours déposé à l'encontre du permis de construire et des
autorisations cantonales y relatives.

4.                     
La DGTL considère que le permis de construire octroyé le 24 juin 2016
est nul faute de délivrance d'une autorisation spéciale par l'autorité
cantonale compétente pour les constructions hors zone à bâtir.

a) Au sens de l'art. 22 LAT, aucune construction ou
installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité
compétente (al. 1). L'autorisation est délivrée si (al. 2) la construction ou
l'installation est conforme à l'affectation de la zone (let. a) et si le
terrain est équipé (let. b). L'art. 103 LATC prévoit qu'aucun travail de
construction ou de démolition, en surface ou en sous-sol, modifiant de façon
sensible la configuration, l'apparence ou l'affectation d'un terrain ou d'un
bâtiment, ne peut être exécuté avant d'avoir été autorisé (al. 1).

Aux termes de l'art. 25 al. 2 LAT, pour tous les
projets de construction situés hors de la zone à bâtir, l'autorité cantonale
compétente décide si ceux-ci sont conformes à l'affectation de la zone ou si
une dérogation peut être accordée. Dans ce cadre, l'art. 120 al. 1 let. a LATC,
prévoit que les constructions hors des zones à bâtir ne peuvent être
construites, reconstruites, agrandies, transformées ou modifiées dans leur
destination, sans autorisation spéciale; l'autorité compétente est le
département cantonal (cf. art. 81 al. 1 et 121 let. a LATC).
Dans le canton de Vaud, la DGTL (respectivement l'ancien SDT dans le cas
présent) est l'autorité compétente selon l'art. 25 al. 2 LAT pour décider si
les projets situés hors de la zone à bâtir sont conformes à l'affectation de la
zone ou si une dérogation peut être accordée (cf. art. 4 al. 3 let. a
LATC). Sans autorisation cantonale préalable, un permis de construire délivré
par une commune hors de la zone à bâtir ne peut déployer aucun effet. Il est
radicalement nul (ATF 132 II 21 consid. 3.2.2; ATF 111 Ib 213 consid. 5; TF
1C_537/2011 du 26 avril 2012 consid. 2.2.1; CDAP AC.2019.0203 du 2 juin 2020 consid. 3a
et les références citées).

b) La construction litigieuse est sise
en zone de hameaux. Il convient d'examiner en premier lieu le régime juridique
qui est applicable à cette zone.

aa) Selon l'art. 14 LAT, les plans
d’affectation règlent le mode d’utilisation du sol (al. 1); ils délimitent
en premier lieu les zones à bâtir, les zones agricoles et les zones à protéger
(al. 2). Cette disposition pose le principe fondamental de la séparation
entre secteur bâti et non bâti. Les zones à bâtir sont définies par
l'art. 15 LAT, les zones agricoles par l'art. 16 LAT, les zones à
protéger par l'art. 17 LAT. Outre cela, le droit cantonal peut prévoir
d’autres zones d’affectation (art. 18 al. 1 LAT) et ainsi subdiviser,
modifier, combiner et compléter les types de base du droit fédéral (zone de
construction, zone agricole et zone de protection). Toutefois, ces zones
doivent respecter la distinction fondamentale entre les zones constructibles et
non constructibles et donc être affectées soit à la zone à bâtir, soit à la
zone qui n'est pas à bâtir (cf. ATF 143 II 588 consid. 2.5.1 in RDAF
2018 I 351; cf. aussi Muggli, in Aemisegger, Moor, Ruch, Tschannen [éds],
Commentaire pratique LAT: planifier l'affectation, 2016, n° 11 ad
art. 18 LAT). Cela étant, le terme de zone "à bâtir" ne doit pas
faire croire, par opposition, qu'il est impossible de construire dans les zones
qui ne sont pas "à bâtir". Dans ces dernières, les constructions ne
sont pas exclues a priori, mais ne sont admises que si elles sont
conformes à l'affectation de la zone – art. 22 LAT –, ou que si leur
implantation est imposée par leur destination, et encore à la condition
qu'aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose – art. 24 LAT – (cf. CDAP AC.2019.0049
du 2 juillet 2020 consid. 2b/cc et les nombreuses références citées).

Des zones nouvellement définies au sens de l'art. 18 LAT se révèlent notamment adéquates lorsque doit
être pris en considération, en zone non constructible, un besoin spécifique
d'affectation, ou, à l'inverse, en zone constructible, un besoin particulier de
protection (Waldmann/Hänni, Raumplanungsgesetz, n. 4 ad art. 18, p. 429).
Ainsi, les autres zones de l'art. 18 LAT destinées à
répondre à des besoins spécifiques hors des zones à bâtir, telles que les zones
de maintien de l'habitat rural ou d'extraction, ou celles qui englobent de
grandes surfaces non construites, comme les aires de délassement ou les zones
réservées à la pratique de sports ou de loisirs en plein air (ski, golf, etc.),
sont en principe imposées par leur destination à l'emplacement prévu par le
plan d'affectation; elles sont clairement à l'extérieur des zones à bâtir de l'art. 15 LAT et, sous réserve de leur affectation
spécifique, obéissent au régime de la zone non constructible (TF 1C_483/2012 du
30 août 2013 consid. 3.2 et références citées).

bb) La possibilité, pour les cantons, de délimiter
des zones de hameaux a été introduite dans l'ordonnance sur l'aménagement du
territoire du 2 octobre 1989, entrée en vigueur le 20 octobre 1989 (aOAT; RO
1989 p. 1985). L'art. 23 aOAT avait en effet la teneur suivante: 

"Art. 23   Petites entités urbanisées hors de la zone à
bâtir

Pour assurer le maintien de
petites entités urbanisées sises hors de la zone à bâtir, des zones spéciales
au sens de l'article 18 LAT (telles les zones de hameaux ou les zones de
maintien de l'habitat rural) peuvent être délimitées, lorsque la carte ou le
texte du plan directeur cantonal (art. 8 LAT) le prévoit."

Cette norme - qui correspond, depuis le 1er
septembre 2000, à l'actuel art. 33 OAT - avait
été conçue pour s'appliquer aux petites entités urbanisées qui devaient
clairement être distinguées des véritables villages; c'est pourquoi, dans le
titre de l'art. 23 aOAT, il était indiqué que ces entités se trouvaient
"hors de la zone à bâtir". Néanmoins, le renvoi à l'art. 18 LAT
signifiait que ces zones spéciales pouvaient être soit des zones à bâtir (art.
15 LAT), soit des zones agricoles (art. 16 LAT), soit des zones à protéger
(art. 17 LAT), les cantons étant chargés de concevoir les solutions adéquates,
en prévoyant le cas échéant des régimes mixtes, certaines parcelles ou parties
de parcelles étant soumises à une réglementation de zone à bâtir et d'autres à
une réglementation de zone non constructible (cf.
Bandli/Bühlmann/Nicati/Tschannen, Zur neuen Raumplanungs-verordnung des Bundes,
BR/DC 1990 p. 24). Une zone de hameau peut être qualifiée de "zone à bâtir
particulière ou à constructibilité restreinte" (cf. Muggli, Commentaire
pratique LAT: Planifier l'affectation, Zurich 2016, n. 24 ad art. 18 LAT). 

Dans le canton de Vaud, le législateur avait adopté
l'art. 50a LATC, introduit par la loi du 4 février 1998, puis modifié le
16 août 2002, et enfin abrogé avec effet au 1er septembre 2018, qui
prévoyait que les communes pouvaient définir des zones spéciales, "a) pour
assurer le maintien de petites entités urbanisées sises hors de la zone à bâtir
(zones de hameaux, zones de maintien de l’habitat rural, etc.) ou b) pour permettre
l’exercice d’activités spécifiques (sports, loisirs, extraction de gravier
etc.) dont la localisation s’impose hors de la zone à bâtir".

Depuis le 1er septembre 2018, les autres zones selon
l'art. 18 al.1 LAT sont régies par l'art. 32 LATC qui dispose
que les plans peuvent contenir d'autres zones, notamment celles du domaine
public destinées à la réalisation d'espaces publics pour les véhicules et les
piétons (al. 1) et qu'ils peuvent prévoir des zones spéciales destinées à
des activités spécifiques prévues dans le cadre du plan directeur cantonal
(al. 2).

cc) Selon l’art. 17 al. 1 LAT, les zones à protéger
comprennent les cours d’eau, les lacs et leurs rives (let. a); les paysages
d’une beauté particulière, d’un grand intérêt pour les sciences naturelles ou
d’une grande valeur en tant qu’éléments du patrimoine culturel (let. b); les
localités typiques, les lieux historiques, les monuments naturels ou culturels
(let. c); les biotopes des animaux et des plantes dignes d’être protégés
(let. d) (voir aussi art. 31 LATC). Comme les zones spéciales de l'art. 18 LAT,
les zones à protéger de l'art. 17 LAT peuvent se superposer à d'autres
zones d'affectation (art. 15, 16 ou 18 LAT) et appartenir ou non à la zone à
bâtir (Jeannerat/Moor, Commentaire pratique LAT: Planifier l'affectation,
Zurich 2016, n. 9 ad art. 17 LAT).

c) En l’occurrence, le hameau des
Grangettes s'inscrit à l'intérieur d'un site marécageux d'importance nationale,
qui est en principe inconstructible. Il se situe dans une zone d'un grand
intérêt environnemental, concernée par plusieurs inventaires fédéraux et
biotopes d'importance nationale. A ce titre, il répond à la définition de zone
à protéger au sens de l'art. 17 LAT. En sus de cette affectation, le hameau
constitue également une zone spéciale selon l'art. 18 LAT (voir la mesure C22
du Plan directeur cantonal consacrée aux petites entités urbanisées [hameaux]).
Il est composé d'une dizaine de constructions à usage d'habitation, ainsi que
de quelques annexes. Il constitue donc un petit noyau de bâtiments relativement
compacts, mais isolés de toutes autres constructions, hormis la zone de camping
située directement à l'ouest. Il est implanté en bordure directe de la rive du
lac, à l'écart de toute agglomération, infrastructure publique (écoles,
transports publics) ou services (commerces, etc.), et constitue à ce titre une
incongruité construite au milieu du site protégé des Grangettes. Son
affectation en zone de hameau par le PAC n° 291, reprise par le PPA des
Grangettes, avait manifestement pour but de régulariser les constructions
existantes qui étaient par ailleurs non conformes aux buts de protection
cumulés des inventaires fédéraux régissant le site. Le simple fait que le PPA
reconnaisse la légalité des constructions et pose des prescriptions à bâtir
particulières, distinctes de celles régissant la zone agricole (art. 16a ss
LAT) ou des art. 24 ss LAT, ne signifie pas encore que l'on se trouve en zone
constructible au sens de l'art. 15 LAT. Bien au contraire, le sens de la zone
spéciale telle que conçue par les planificateurs communal et cantonal avait ici
pour but d'échapper aux prescriptions des art. 24 ss LAT afin de poser un
régime de conformité à la zone de non bâtir différent de celui prescrit à
défaut par la LAT. 

Quant à l'art. 23 RPPA, qui habilite
la municipalité, dans le cadre des art. 85 et 85a LATC (relatifs aux
dérogations en zone à bâtir), à autoriser des dérogations au règlement pour
autant que des motifs d'intérêt public ou des circonstances objectives le
justifient, il ne saurait à lui seul fonder le caractère constructible de la
zone (voir TF 1C_483/2012 du 30 août 2013 consid. 3.3). On pourrait
aussi se demander si cet article n'est pas contraire au droit fédéral, question
qui peut toutefois demeurer indécise dans le cadre de la présente procédure.

d) Comme on l'a vu ci-dessus, l'art. 25 al. 2 LAT
exige que, pour tous les projets de construction situés hors de la zone à
bâtir, l'autorité cantonale compétente décide si ceux-ci sont conformes à
l'affectation de la zone ou si une dérogation peut être accordée. Il importe
ainsi peu que le projet soit ou non conforme aux prescriptions du RPPA
régissant la zone de hameau. Même en cas d'autorisation délivrée dans le cadre
de l'art. 22 LAT, la décision appartient à l'autorité cantonale. Seule la
qualification de la zone, en l'occurrence inconstructible, est déterminante.

Dans le cas présent, le questionnaire de demande du
permis de construire indiquait que la construction n'était pas située hors des
zones à bâtir. Le projet n'a donc pas été soumis à autorisation du SDT. La
synthèse CAMAC du 14 juin 2016 ne contenait aucune détermination de ce service
et encore moins de décision de sa part au titre d'autorité compétente pour les
constructions hors zone à bâtir. Dans ces conditions, force est de constater
que l'autorisation de construire délivrée par la municipalité est nulle de
plein droit. 

5.                     
Indépendamment de la nullité du permis de construire litigieux, il
découle des considérants qui suivent que les décisions entreprises devraient de
toute façon être annulées pour les motifs développés ci-dessous.

6.                     
L'OFEV s'oppose à la délivrance de l'autorisation de construire
litigieuse au motif qu'elle serait contraire à la protection instaurée par
plusieurs inventaires fédéraux, au périmètre desquels appartient la parcelle
n° 401. Il invoque à cet effet l'inventaire des sites marécageux d'une
beauté particulière et d'importance nationale n° 289 (ISM), l'inventaire
fédéral des zones alluviales d'importance nationale n° 123 (IZA),
l'inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance
nationale n° VD21 (IBN) et l'inventaire fédéral des réserves d'oiseaux
d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale n° 8
(IROEM), tous désignés sous l'appellation "Les Grangettes".

Dans son recours, l'OFEV déclare qu'il conteste la
décision municipale rendue, ainsi que la synthèse du 14 juin 2016 établie par
la CAMAC. Or cette synthèse contenait plusieurs autorisations des instances
cantonales sans que l'OFEV ne précise clairement la décision qu'il souhaite
entreprendre. Au vu des motifs invoqués à l'appui de son recours, le Tribunal
considère qu'il conteste manifestement l'autorisation spéciale délivrée par la
DGE/DIRNA/BIODIV, à l'exclusion de la décision rendue par l'ECA.

7.                     
a) Selon l'art. 78 al. 5 Cst., les
marais et les sites marécageux d'une beauté particulière qui présentent un
intérêt national sont protégés; il est interdit d'y aménager des installations
ou d'en modifier le terrain; font exception les installations qui servent à la
protection de ces espaces ou à la poursuite de leur exploitation à des fins
agricoles. L'art. 78 al. 5 Cst. prévoit donc une interdiction
absolue de modification, tant pour les marais que pour les sites marécageux, et
n'autorise des exceptions que si elles servent à la protection ou à
l'exploitation agricole actuelle. 

Le législateur a concrétisé cette
disposition par l'adoption des art. 23a ss LPN (en vigueur depuis le
1er février 1996 [RO 1996 214]). Contrairement à l'art. 78 al. 5
Cst., selon ces dispositions, il convient de distinguer, d'une part, le régime
applicable aux marais d'une beauté particulière et d'importance nationale, pour
lesquels l'art. 23a LPN renvoie aux art. 18a, 18c et 18d LPN qui concernent les
biotopes, et, d'autre part, les sites marécageux d'importance nationale
régis par les art. 23b à 23d LPN. 

L'art. 23b al. 1 LPN définit un
site marécageux comme "un paysage proche de l'état naturel, caractérisé
par la présence de marais. Une étroite relation écologique, visuelle,
culturelle ou historique unit les marais au reste du site".
L'al. 2 de cette disposition précise les conditions auxquelles un site
marécageux est d'une beauté particulière et d'importance nationale. L'al. 3
prévoit que le Conseil fédéral désigne les sites marécageux répondant à ces
conditions. Selon l'art. 23c LPN, la protection a pour but général de sauvegarder
les éléments naturels et culturels des sites marécageux qui leur confèrent leur
beauté particulière et leur importance nationale (al. 1). Les cantons veillent
à la concrétisation et à la mise en œuvre des buts de la protection (al. 2). 

Quant à l'art. 23d LPN, il est formulé ainsi:

"Aménagement et exploitation
des sites marécageux

1 L'aménagement et
l'exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne
portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux.

2 Sont en
particulier admis à la condition prévue à l'al. 1:

a. l'exploitation
agricole et sylvicole;

b. l'entretien
et la rénovation de bâtiments et d'installations réalisés légalement;

c. les mesures
visant à protéger l'homme contre les catastrophes naturelles;

d. les
installations d'infrastructure nécessaires à l'application des let. a à c
ci-dessus."

L'OSM a été édictée sur la base de ces dispositions.
Selon l'art. 4 al. 1 de cette ordonnance, le paysage sera protégé contre les
modifications qui portent atteinte à la beauté du site marécageux ou à son
importance nationale (let. a); les éléments et les structures caractéristiques
des sites marécageux seront sauvegardés, notamment les éléments
géomorphologiques, les biotopes, les éléments culturels ainsi que les
constructions et les structures traditionnelles de l'habitat (let. b); les
espèces végétales et animales protégées en vertu de l'art. 20 OPN, ainsi que
les espèces végétales et animales menacées et rares figurant dans les Listes
rouges publiées ou approuvées par l'office fédéral seront particulièrement
ménagées (let. c). Selon l'art. 5 al. 2 OSM, les cantons veillent notamment à
ce que les plans et les prescriptions qui règlent le mode d’utilisation du sol
au sens de la législation en matière d’aménagement du territoire soient
conformes à la présente ordonnance (let. a), à ce que les biotopes au sens de
l'art. 18 al. 1bis LPN, qui se trouvent à l'intérieur d'un site
marécageux soient désignés (let. b), à ce que l’aménagement et l’exploitation
admissibles selon l’art. 23d, al. 2, LPN, ne portent pas atteinte aux
éléments caractéristiques des sites marécageux (let. c) et à ce que des
installations et constructions, autres que celles relatives à l’aménagement et
l’exploitation réglés sous lettre c, qui ne servent ni à l’entretien des
biotopes, ni au maintien des habitats typiques, ne soient érigées ou agrandies
que si elles ont une importance nationale, ne puissent être réalisées qu’à
l’endroit prévu et n’entrent pas en contradiction avec les buts visés par la
protection (let. d).

b) Le Tribunal fédéral a relevé
que les marais et sites marécageux d'une beauté particulière et d'un intérêt
national bénéficient en vertu de la Constitution d'une protection absolue dans
le sens d'une interdiction de toute modification, sous réserve de l'exception
prévue à l'art. 78 al. 5 Cst. in fine. La jurisprudence et la doctrine
considèrent que le législateur, en recourant aux termes "dans la mesure
où ils ne portent pas atteinte" dans l'art. 23d LPN, est allé à la
limite de la constitutionnalité, l'art. 78 al. 5 Cst. limitant les aménagements
à ceux qui servent à la protection de l'objet ou à son exploitation agricole.
De manière générale, il convient donc de donner une interprétation restrictive
aux aménagements permis par l'art. 23d LPN, qui sera ainsi aussi proche que
possible de l'esprit de l'art. 78 al. 5 Cst. (ATF 138 II 281 consid.
6.3; 138 II 23 consid. 3.3.;
1C_502/2016 du 21 février 2018, consid. 4 et les références citées). 

Appliquant l'art. 23d LPN, le Tribunal fédéral a
jugé que l'exploitation traditionnelle paysanne de la tourbe, effectuée à la
main et destinée aux besoins personnels de l'exploitant, peut être maintenue
dans un site marécageux à la condition qu'elle ne porte pas atteinte aux
hauts-marais et aux bas-marais d'importance nationale compris dans le périmètre
du site et que la couche de tourbe restante, ainsi que la forme des lieux à la
fin de l'exploitation, permettent leur régénération (ATF 124 II 19 consid. 5c).

Le Tribunal fédéral a en revanche écarté toute
possibilité d'agrandir une construction dans le périmètre d'un site marécageux,
ce même sur la base de l’art. 23d al. 2 let. b LPN. Cela exclut a
fortiori la construction de nouveaux bâtiments, sans qu'il soit nécessaire
d'examiner de plus près la compatibilité avec les objectifs de protection (ATF
138 II 23). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a indiqué qu'il serait trop
général d'affirmer qu'il aurait reconnu, dans son précédent arrêt 1C_43/2010 du
25 octobre 2010, que, dans un cas concret, on pourrait admettre avec retenue
une atteinte à un site marécageux (par ex. en cas de brèche dans la continuité
du tissu bâti, ce qu'il n'avait d'ailleurs pas retenu dans l'arrêt en question,
qui concernait une zone attenante à la zone à bâtir). Cette jurisprudence a été
confirmée en relation avec un projet d’infrastructure routière (ATF 138 II
281). Le Tribunal fédéral a également jugé que des maisons de vacances datant
pour la plupart des années 1960 et construites de manière légale ne
constituaient pas une occupation typique du paysage marécageux au sens des art.
4 al. 1 let. b et 5 al. 2 let. d OSM, pour la conservation de laquelle de
nouvelles constructions et installations pourraient éventuellement être
autorisées. Une reconstruction de telles maisons sur la base de l'art. 23d
al. 2 let. b LPN n’a donc pas été admise. À cet égard, le tribunal précise que
les termes "entretien" et "rénovation" au sens de la lettre
b ne comprennent que les mesures de conservation et de modernisation des
bâtiments existants dans le cadre de leur durée de vie normale. En revanche, la
reconstruction donnerait lieu à un bâtiment entièrement neuf, dont la durée de
vie (contrairement au bâtiment précédent) n'est pas encore (même partiellement)
écoulée. Dans cette mesure, on ne peut considérer que l'état antérieur est
rétabli car la durée de l'atteinte à l'objectif de protection est
considérablement prolongée. En outre, l'expérience a montré que l'utilisation
de nouvelles technologies et de nouveaux matériaux de construction permet de
créer des bâtiments plus durables. De plus, la reconstruction s'accompagne de
modifications du sol et de perturbations (dues aux engins de chantier, etc.)
qui ne sont pas admissibles dans le paysage de tourbières. Pour toutes ces
raisons, il semble justifié de ne pas autoriser la reconstruction d'un bâtiment
détruit, même s'il existe d'autres maisons de vacances dans les environs (TF 1C_515/2012
du 17 septembre 2013 consid. 5).

Dans un arrêt récent 1C_601/2022 du 9 juillet 2024,
le Tribunal fédéral s'est penché sur la conformité à l'art. 23d al. 2 let. b
LPN du remplacement des lames de bois composant la terrasse d'un cabanon de
vacances. Dans ce cadre, il a tout d'abord rappelé que la garantie
constitutionnelle de la propriété (art. 26 Cst.) permet de conserver les
constructions et installations légalement érigées - dans le cadre de leur durée
de vie normale - et d'effectuer les travaux d'entretien nécessaires. Cette
garantie inclut tous les travaux d'entretien (réparations) et de modernisation
(rénovations), dans la mesure où l'étendue, l'apparence, la destination et la
valeur de l'installation restent inchangées. En revanche, les mesures visant à
accroître le confort ou à embellir les pièces, à améliorer l'éclairage ou à
raccorder des équipements de bureau n'en font pas partie (consid. 5.3). Dans le
cadre de l'art. 23d LPN, les notions d'entretien et de rénovation, qui sont
expressément autorisées par la loi, doivent être interprétées de manière
restrictive et limitées à l'essence des droits acquis garantis par la
Constitution (consid. 5.4). Le Tribunal fédéral précise ensuite que, dans le
cas d'une terrasse en bois, l'application d'un produit de protection du bois
serait à qualifier de simple entretien. En revanche, le fait de remplacer ne
serait-ce que quelques planches pourries par de nouvelles planches constitue
une étape vers la rénovation. Le remplacement de l'entier des lames de la
terrasse, même au-delà des simples planches pourries, constitue un
renouvellement de la construction visant à exploiter sa durée de vie normale,
qui peut être autorisé. La rénovation trouve ses limites en particulier lorsque
les éléments porteurs d'une maison ou le toit sont renouvelés dans leur ensemble
ou de manière ciblée en plusieurs étapes afin de prolonger l'utilisation du
bâtiment au-delà de sa durée de vie normale (consid. 5.4). 

A ce propos, selon l'aide à l'exécution de l'OFEV
"Constructions et installations dans les sites marécageux"
(L'environnement pratique n° 1610, 2016), la rénovation d'un bâtiment ou d'une
installation équivaut à sa remise en état ou à son assainissement (énergétique
p. ex.). Volume, apparence générale et affectation ne doivent subir aucune
modification (p. 17). 

Toujours selon la jurisprudence, l'interdiction
constitutionnelle d'aménager des installations ou d'en modifier le terrain dans
les sites marécageux d'importance nationale est immédiatement applicable (ATF
139 II 243 consid. 10.7; 127 II 184 consid. 5b/aa; 123 II 248
consid. 3a/aa) et impérative: elle n'autorise pas à procéder
dans chaque cas particulier à une pesée des intérêts entre cette interdiction
constitutionnelle et d'autres intérêts. Cela signifie que si un projet est
contraire aux objectifs de protection, il est inadmissible indépendamment du
poids des autres intérêts en jeu (ATF 138 II 281 consid. 6.2 et 6.5; 127
II 184 consid. 5b, et les références citées; 1C_515/2012 du 17
septembre 2013 consid. 5.4). La protection fédérale des sites
marécageux prime le droit cantonal et les plans d'aménagement cantonaux
(art. 49 al. 1 Cst.), même lorsque ceux-ci ont été adoptés sous l'empire
de la LAT (ATF 127 II 184 consid. 5b/aa; cf. aussi arrêt 1C_489/2011
du 21 juin 2012 consid. 2.1). Ces règles du droit fédéral
s'imposent donc aux cantons qui ne peuvent pas prévoir, dans leur
réglementation (loi cantonale, plan d'affectation cantonal ou communal),
d'autoriser des constructions dans un site marécageux qui ne correspondraient
pas aux exigences de l'art. 23d LPN (art. 46 al. 1 Cst.; ATF
127 II 184 consid. 5b/aa).

De la comparaison avec les prescriptions de l'art.
24c al. 2 LAT, il ressort que, dans le cadre de l'art. 23d LPN, n'entrent en
considération ni un changement partiel de la construction existante
(agrandissement ou modification partielle de son but), ni une reconstruction.
La protection des sites marécageux d'une beauté particulière prévoit donc une
garantie de la situation acquise plus restreinte que celle de l'art. 24c al. 2
LAT et se limite à la conservation de la substance au moyen de l'entretien
(régulier) et de la rénovation (sous forme des mesures nécessaires au maintien
de la construction et à sa modernisation dans le cadre de sa durée de vie
normale) (Keller, Commentaire LPN, op. cit., n. 14 ad art. 23d LPN).

c) En l'espèce, la parcelle litigieuse s'inscrit
dans l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et
d'importance nationale des Grangettes (ISM, objet n° 289), dont la
description est la suivante:

"Formé sur le delta du Rhône,
à son embouchure dans le lac Léman, le site des Grangettes est le dernier
témoin de l'immense paysage marécageux qui s'étendait autrefois dans la majeure
partie de la vallée du Rhône. Il constitue néanmoins une des plus grandes
régions marécageuses de ce type en Suisse et représente le dernier site
d'importance nationale sur un delta lacustre au nord des Alpes. Une part
importante figure à l'inventaire des zones alluviales d'importance nationale.

Les bas marais et les forêts
riveraines occupent pratiquement toute la rive. Vers l'intérieur, ils sont
remplacés par de vastes forêts alluviales, des bas marais et des cordons boisés
signalant les anciens bras du fleuve. Le Vieux Rhône en est le principal
exemple; traversant tout le site, il présente des stades d'atterrissement
variables selon les secteurs. Ces bras morts rappellent l'ancienne dynamique
naturelle du delta.

Les bas marais offrent une grande
diversité : tous les types de végétation propres à ces milieux sont
représentés, de la roselière au bas marais acide. Une partie des marais,
notamment le vaste ensemble du Gros Brasset, est entretenu comme pré à litière.
Durant ce siècle, les forêts humides, naturelles ou non (plantation de
peupliers), se sont développées de manière importante, au détriment des marais.
Le potentiel de revitalisation de la zone alluviale demeure cependant grand.

Les étangs, canaux et gouilles
dispersés dans le site contribuent à sa diversité, tant au niveau paysager que
biologique. Des bosquets, souvent humides, ponctuent certains terrains
agricoles, de même que des restes de marais et forêts marécageuses, en particulier
aux Saviez, à Perrausa et au Clos de la Delèze.

Des terres agricoles (production
maraîchère, maïs, betteraves, etc.), quelques vergers, des pâturages, des
friches et des étangs de gravières caractérisent le site. Le hameau des
Grangettes et quelques constructions agricoles (ferme de Perrausa, ancienne
ferme de l'Essert) participent à la structure du paysage. 

Malgré les atteintes subies au
cours du temps (endiguement du Rhône, drainage, boisements artificiels,
extension des cultures, etc.), le site des Grangettes représente pour la flore
et la faune un milieu unique, d'une valeur exceptionnelle. Il sert de refuge à
de nombreuses espèces rares ou menacées, dont la survie dépend de la protection
du site. C'est également une réserve d'importance nationale et internationale
pour les oiseaux d'eau et les migrateurs (OROEM, convention de Ramsar)."

Il convient donc d'examiner si la construction
litigieuse respecte les conditions de l'art. 23d LPN applicable aux sites
inscrits dans l'ISM.

L'habitation contestée ne poursuit pas un but
d'exploitation agricole ou sylvicole ni ne constitue une mesure visant à
protéger l'homme contre les catastrophes naturelles. Les cas prévus à l'art.
23d al. 2 let. a, c et d LPN ne sont donc manifestement pas applicables à la
présente situation. Elle n'a pas d'autre justification que celle d'offrir une
habitation personnelle à ses propriétaires et ne poursuit donc pas un but
d'importance nationale au sens de l'art. 5 al. 2 let. d OSM. 

Sur la base du permis de construire litigieux, la
construction en cause a fait l'objet d'un agrandissement significatif sous la
forme de l'ajout d'une véranda chauffée constituant une pièce de vie
supplémentaire. La terrasse adjacente a par ailleurs été modifiée par la pose
d'un deck. Ces aménagements ne constituent manifestement pas un simple
entretien de la maison existante. La nouvelle véranda ne saurait non plus être
assimilée à une rénovation au sens de la jurisprudence citée plus haut, mais
constitue une transformation et un agrandissement de la construction conduisant
à son embellissement avec une augmentation de son emprise au sol. Le gabarit,
l'utilisation et l'aspect du bâtiment s'en trouvent modifiés après
intervention. La question est plus délicate s'agissant de la pose du nouveau deck.
Son étendue ne semble pas singulièrement plus grande que celle de la terrasse
en dallage préexistante et on pourrait admettre que, malgré la modification des
matériaux qui le composent et donc de son aspect visuel, cet aménagement entre
encore dans la définition d'une simple rénovation. Il n'en demeure pas moins
que la véranda ne respecte pas les conditions de l'art. 23d al. 2 let. b LPN,
qui prohibe la transformation, respectivement la rénovation augmentant la durée
de vie normale d'un immeuble dans le périmètre des sites marécageux
d'importance nationale. C'est encore le lieu de relever que, indépendamment de
la conformité du PPA au droit fédéral, la véranda n'est manifestement pas non
plus conforme au périmètre d'extension des constructions principales prévues
par ce plan. Au final, contraires aux buts de protection de l'art. 78 al. 5
Cst., les transformations litigieuses n'auraient pas dû être autorisées,
indépendamment des autres intérêts en jeu. 

8.                     
A cela s'ajoute que la construction litigieuse entre en conflit avec la
protection découlant des autres inventaires régissant le périmètre, tel que
cela découle des considérations qui suivent.

a) Selon l'art. 18 al. 1 LPN, "la disparition
d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien
d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres
mesures appropriées". La notion de biotope est ainsi juridiquement définie
par cette disposition comme un "espace vital suffisamment étendu"
(sur cette problématique, voir Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en
droit suisse, thèse de l'Université de Lausanne, 2008, ch. 1.2 p. 8 ss et 1.3
p. 20 notamment). L'al. 1bis de l'art. 18 LPN introduit - de
manière exemplative - la notion plus restrictive de biotope "digne de
protection" dans les termes suivants: "il y a lieu de protéger tout
particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations
végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et
autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des
conditions particulièrement favorables pour les biocénoses." 

S'agissant des mesures générales de
sauvegarde des biotopes dignes de protection, l'art. 18 al. 1ter LPN
dispose que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes
d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte
doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure
protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat
(voir aussi l'art. 14 al. 7 OPN). Selon la lettre
de l'art. 18 al. 1ter in fine LPN, la pesée des intérêts doit
être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues,
celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est
inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al.
1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au
biotope (1ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts
soit effectuée (2e étape). Si, sur cette base, le biotope ne
l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il
faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le
remplacement adéquat (3e étape) (arrêt TF 1C_182/2022 du 20 octobre
2023 consid. 11.1). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en
ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade
de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la
situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Sidi-Ali, op.
cit., p. 123). 

La protection des
biotopes n'a ainsi pas de caractère absolu: ils sont soumis à une pesée des
intérêts qu'ils n'emportent pas aveuglément (Sidi-Ali, op. cit., ch.
3.1.4.2 p. 119 et la référence citée, soit Arnold Marti, Das Schutzkonzept
des Natur- und Heimatschutzgesetzes auf dem Prüfstand, in RSJ 2008 p. 81 ss,
spéc. p. 84 ss; Fahrländer, Commentaire LPN, 2e éd.,
Zurich/Bâle/Genève 2019, n. 28 ad art. 18a LPN). Dans la pesée des intérêts,
l'appréciation doit intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause;
l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de
valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non,
l'atteinte d'ordre technique pouvant donc plus facilement être admise sur une
parcelle constructible (TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1;
Sidi-Ali, op. cit., p. 105).  

b) Si l'art. 18 LPN instaure une
protection générale, l'art. 21 LPN introduit en sus une protection spéciale -
accrue - en faveur de la végétation des rives. Cette disposition précise ainsi
que la végétation des rives (roselières et jonchères, végétation
alluviale et autres formations végétales naturelles riveraines) ne doit pas
être essartée ni recouverte ou détruite d’une autre manière (al. 1). Dans la
mesure du possible, les cantons veillent à ce que les rives soient
couvertes d’une végétation suffisante ou du moins à ce que soient réalisées les
conditions nécessaires à son développement (al. 2). S'agissant des exceptions
possibles à l'interdiction de défrichement prévue à l'art. 21 al. 1 LPN, l'art.
22 LPN dispose notamment que l'autorité cantonale compétente peut autoriser la
suppression de la végétation existant sur des rives dans le cas de projets qui
ne peuvent être réalisés ailleurs et qui ne contreviennent pas à la législation
en matière de police des eaux et de protection des eaux (al. 2). 

c) La législation fédérale contient également des
prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés
comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN,
art. 16 et 17 OPN), les cantons devant cependant
aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance
régionale et locale (art. 18b LPN). 

Aux termes de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription
d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que
l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé
le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de
remplacement adéquates. 

Il ne peut être garanti à un propriétaire d'utiliser
la totalité des possibilités de construire découlant du règlement communal des
constructions en présence d'un biotope, même d'importance régionale (TF
1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.2.3).

d) L'OZA s'inscrit dans le
cadre des inventaires des biotopes d'importance nationale prévus par l'art. 18a
LPN. Elle dispose à son art. 4 al. 1 que les objets doivent être "conservés
intacts"; font notamment partie de ce but la conservation et le
développement de la flore et de la faune indigènes typiques des zones
alluviales et des éléments écologiques indispensables à leur existence (let.
a), la conservation et, pour autant que ce soit judicieux et faisable, le
rétablissement de la dynamique naturelle du régime des eaux et du charriage
(let. b) et la conservation des particularités géomorphologiques des objets
(let. c). L'art. 4 al. 2 OZA admet néanmoins des dérogations au but visé par la
protection, mais uniquement pour des projets dont l’emplacement s’impose
directement par leur destination et qui sont destinés à assurer la sécurité de
l’homme face aux effets dommageables de l’eau ou qui servent un autre intérêt
public prépondérant d’importance nationale également. L’auteur de l’atteinte
doit être tenu de prendre toutes mesures possibles pour assurer la protection, la
reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat de la zone alluviale. 

Selon le Guide d'application de l'ordonnance sur les
zones alluviales, édité en juin 1995 par l'OFEFP (désormais l'OFEV), les
constructions destinées à l'habitation ne font pas parties des activités
admises dans les zones alluviales dès lors que cet usage n'est pas mentionné
dans les activités admises dans le site. Toute installation non liée au site
devrait être déplacée à l'extérieur de l'objet lorsque l'occasion se présente
et toute nouvelle implantation est exclue (F.5, p. 25).

Selon le descriptif de l'OFEV sur sa page internet
dédiée, les zones alluviales sont des espaces riverains de cours d’eau et de
lacs, proches de l’état naturel. Elles sont façonnées par les eaux, dont la
dynamique d’écoulement, d’érosion et de sédimentation conduit à la création
d’une grande variété de milieux naturels sur une petite surface. Par
conséquent, les zones alluviales sont très riches en espèces. Leur protection
est donc primordiale à la sauvegarde de la biodiversité: 10 % des espèces
animales indigènes dépendent des zones alluviales; 84 % de toutes les espèces
animales indigènes peuvent vivre dans cet écosystème. Depuis 1850, environ 90 %
des zones alluviales ont été détruites suite aux aménagements de cours d’eau et
à l’utilisation intensive du territoire. Les zones alluviales de plaine ont
subi les plus grandes pertes. Les zones alluviales sont un maillon essentiel de
l’infrastructure écologique nationale.

e) L'OBat a également été adoptée en application des
art. 18a al. 1 et 3 LPN. L'OBat distingue les objets fixes et les objets
itinérants (art. 1 al. 2). Selon l'art. 2 OBat, les objets fixes comprennent le
plan d'eau de reproduction et des surfaces naturelles et quasi naturelles
attenantes (secteur A) ainsi que d'autres habitats terrestres et corridors de
migration des batraciens (secteur B). Il appartient aux cantons de fixer les
limites précises des objets fixes (art. 5 al. 1 OBat). Les cantons disposent d'un
délai de sept ans pour s'exécuter (art. 9 OBat). Tant qu'ils n’ont pas pris de
mesures de protection et d’entretien, ils veillent, par des mesures immédiates
appropriées, à ce que l’état des objets fixes ne se détériore pas et à ce que
la fonctionnalité des objets itinérants soit conservée (art. 10 OBat). Si la
délimitation n'a pas encore eu lieu, l’autorité cantonale prend, sur demande,
une décision de constatation de l’appartenance d’un bien-fonds à un objet
protégé (art. 5 al. 3 OBat). 

En vertu de l'art. 6 OBat, étant donné qu’ils
constituent des sites de reproduction appropriés et de qualité pour les
batraciens et qu’ils servent de points d’appui garantissant aux espèces de
batraciens menacées une survie à long terme et une possibilité d’expansion
future, les objets fixes doivent être conservés intacts et la fonctionnalité
des objets itinérants doit être préservée (al. 1). La protection vise en particulier
à conserver et à valoriser:
l’objet en tant que site de reproduction de batraciens (let. a); les
populations de batraciens qui donnent à l’objet sa valeur (let. b); l’objet en
tant qu’élément du réseau de biotopes (let. c) (al. 2). Si la conservation et la
valorisation des populations de diverses espèces de batraciens s’excluent, les
priorités définies dans la description des objets sont applicables (al. 3).
L'art. 7 OBat fixe les dérogations possibles aux buts de protection. Pour les
objets fixes, de telles dérogations ne sont admises que pour des projets dont
l’emplacement s’impose par leur destination et qui servent un intérêt public
prépondérant d’importance nationale également. Celui qui déroge aux buts de la
protection doit être tenu de prendre toutes mesures possibles pour assurer la
protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L'art. 11
OBat prescrit que les cantons veillent, chaque fois que l’occasion se présente,
à ce que les atteintes déjà portées à l’objet soient réparées dans la mesure du
possible. 

Les sites de reproduction des batraciens sont aussi
considérés comme des biotopes. A ce titre, leur protection n'est pas absolue et
est soumise à une pesée des intérêts en présence (Fahrländer, op. cit., n. 29
ad art. 18a LPN). 

Selon le Guide d'application de l'IBN publié par
l'OFEFP en 2002, dans le secteur A, la protection de la nature est strictement
prioritaire par rapport aux autres utilisations (p. 14). Outre les plans d'eau,
les habitats terrestres sont également importants (p. 23).

9.                     
L'art. 1er al. 1 let. a de la loi fédérale du 20
juin 1986 sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages
(loi sur la chasse, LChP; RS 922.0) prévoit que la diversité des espèces et
celle des biotopes des mammifères et oiseaux indigènes et migrateurs vivant à
l'état sauvage doit être conservée. L'art. 11 LChP prescrit dans ce but que le
Conseil fédéral, après avoir consulté les cantons, délimite des réserves de
sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale (al. 1).
D’entente avec les cantons, il délimite des districts francs fédéraux ainsi que
des réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance nationale (al.
2). Le Conseil fédéral édicte les dispositions concernant la protection dans
les réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale
et nationale, ainsi que dans les districts francs fédéraux (al. 6). 

Dans les réserves d'oiseaux d'eau et migrateurs, il
s'agit notamment de ne pas déranger, traquer ou attirer hors de la zone les
animaux, selon l'art. 5 al. 1 let. b de l'ordonnance du 21 janvier 1991 sur les
réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et
nationale (OROEM; RS 922.32). L'art. 6 OROEM prévoit que, dans
l’accomplissement de leurs tâches, la Confédération et les cantons veillent à
assurer la prise en compte de la protection visée par les réserves d’oiseaux
d’eau et de migrateurs. Dans le cas particulier où d’autres intérêts sont en
jeu, la décision sera prise sur la base d’une appréciation de tous les intérêts
(al. 1). Les réserves d’oiseaux d’eau et de migrateurs doivent être prises en
considération lors de l’élaboration de plans directeurs et de plans
d’affectation (al. 2). D'autres dispositions visant en particulier la
protection des biotopes prévue aux art. 18 ss LPN sont réservées (al. 3).

Selon la jurisprudence, la mise en œuvre de la
protection des oiseaux d'eau et migrateurs doit faire l'objet d'une pesée
d'intérêts (ATF 145 II 70 consid. 6.5-6.8). Les prescriptions applicables à un
site constituant une réserve d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance
internationale doivent être coordonnées avec d'autres mesures de protection
fondées sur les art. 18 ss LPN, qu'elles n'excluent nullement (TF 1A.46/2005 du
23 juin 2005 consid. 4). 

10.                  
a) Dans le cas présent, la parcelle litigieuse s'inscrit à l'intérieur
du périmètre de l'inventaire fédéral des zones alluviales d'importance
nationale (IZA, objet n° 123) des Grangettes, qui comprend le delta du
Rhône, ainsi que les cours et plan d'eau du Rhône, du Grand Canal et du Lac
Léman.

Comme vu ci-dessus, selon l'art. 4 OZA, les objets
doivent être conservés intacts, des dérogations au but visé par la protection
ne sont admises que pour des projets dont l’emplacement s’impose directement
par leur destination et qui sont destinés à assurer la sécurité de l’homme face
aux effets dommageables de l’eau ou qui servent un autre intérêt public
prépondérant d’importance nationale également. L'emprise nouvelle au sol de la
véranda n'est pas favorable à la conservation et au développement de la flore
et de la faune indigènes typiques ni à la dynamique naturelle des eaux, encore
moins à son rétablissement. Au demeurant, elle ne poursuit manifestement pas un
but d'importance nationale. Ces éléments sont manifestement contraires aux buts
de protection de l'OZA.

b) A cela s'ajoute que la parcelle litigieuse est
sise à l'intérieur du secteur A de l'inventaire des sites de reproduction des
batraciens d'importance nationale (IBN) n° VD21 depuis 2001. Selon cet
inventaire, huit catégories d'amphibiens font l'objet d'un peuplement décrit
comme allant d'une taille moyenne à une très grande taille dans la zone.

La municipalité semble vouloir tirer argument du
fait que la parcelle litigieuse n'a été classée à l'inventaire cantonal des
sites de reproduction de batraciens que le 1er novembre 2017, de
sorte que les limites précises des objets fixes protégés par l'inventaire
fédéral n'auraient pas pu être définies avant cette date. En réalité, on
observe que la délimitation des secteurs A et B de l'inventaire cantonal est
pratiquement identique à celle fixée par l'IBN et que la parcelle litigieuse se
situe clairement à l'intérieur du secteur A, de sorte que le canton a confirmé
le bien-fondé des délimitations posées par l'IBN. A ce sujet, le Tribunal
fédéral a de toute façon jugé que l'absence de délimitation précise par le
canton, alors que celui-ci était tenu de le faire au maximum dans les sept ans
dès l'adoption de l'inventaire fédéral (délai que le canton de Vaud n'a au
demeurant pas respecté en l'espèce), n'avait pas d'incidence sur le fait que
l'examen de l'autorisation litigieuse devait se faire sous l'angle des buts de
protection de l'art. 6 OBat puisque la parcelle se situait dans le périmètre de
l'IBN (ATF 146 II 376 consid. 4.4-4.5). 

Le secteur protégé par l'IBN est ici caractérisé par
de grandes populations d'amphibiens, notamment de crapauds communs, de
grenouilles rousses, de tritons alpestres et de sonneurs à ventre jaune. Contrairement
à ce que soutient la municipalité, les objets fixes ne sont pas constitués que
des plans d'eau, mais aussi des surfaces naturelles et quasi naturelles
attenantes (art. 2 OBat). Dans la perspective d'un retour progressif de la zone
protégée à un usage conforme aux buts de protection de l'inventaire, la
nouvelle emprise au sol de la véranda a réduit la part de la surface d'habitat
mis à disposition des amphibiens. L'existence d'une construction largement
vitrée est également susceptible d'augmenter les nuisances lumineuses pour la
faune transitant sur ou à proximité de la parcelle. Ce nouvel élément de
construction est donc contraire au but de conservation intact des objets fixes
prescrit par l'art. 6 al. 1 OBat. Au surplus, une fois de plus, la villa ne
sert pas un intérêt public d'importance nationale de sorte que ses
transformations ne pourraient de toute façon pas être autorisées dans la pesée
préstructurée des intérêts prescrite par l'art. 7 OBat.

c) La villa litigieuse entre encore en conflit avec
la protection des oiseaux d'eau et des oiseaux migrateurs. 

Le périmètre de l'inventaire fédéral de la réserve
d'oiseaux d'eau et migrateurs d'importance internationale et nationale des
Grangettes (IROEM, objet n° 8) s'étend sur toute la partie est du Haut Lac
Léman jusqu'à hauteur de Saint-Gingolph au sud et de Saint-Saphorin au nord. Au
sud, la réserve couvre également les terres émergées autour de l'embouchure du
Rhône jusqu'à plusieurs centaines de mètres de la rive. Elle est caractérisée
par une vaste surface d'eau, par des zones humides étendues et des forêts alluviales
dans le delta du Rhône. De très nombreux oiseaux d'eau et limicoles passent
chaque année l'hiver dans la zone. La réserve a pour objectif de protection la
conservation de zones de tranquillité pour le séjour et l'alimentation de
l'avifaune, en particulier pour les oiseaux d’eau migrateurs et les limicoles, et
la conservation du site en tant que lieu de reproduction et de mue pour les
oiseaux d'eau et en tant que biotope diversifié pour les oiseaux et les
mammifères sauvages. 

Comme le relève l'OFEV, une maison est susceptible
de provoquer diverses perturbations tout au long de l'année. Les émissions
lumineuses sont gênantes pour les oiseaux, dont certaines espèces protégées
sont très sensibles aux perturbations, mais elles affectent aussi les insectes
qui sont une de leurs sources de nourriture. La transformation de l'habitation
litigieuse est donc aussi susceptible de contribuer à une aggravation des
nuisances pour les oiseaux en présentant des risques de collision contre ses larges
baies vitrées et en augmentant singulièrement les émissions lumineuses
susceptibles de déranger la faune. 

d) La garantie de la
propriété (art. 26 Cst.) n'est pas absolue et doit ici céder le pas devant les
intérêts contraires à la sauvegarde du site marécageux et du milieu caractéristique
des zones alluviales, qui accueillent notamment amphibiens et oiseaux d'eau.
L'interdiction d'agrandir une habitation constitue par ailleurs une mesure
appropriée, nécessaire et proportionnée pour remédier à l'aggravation de
l'atteinte au site marécageux.

e) Au final, pour tous les motifs qui précèdent et
en raison de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 49 Cst.), l’existence
d’une planification cantonale autorisant les transformations ou agrandissements
sur la parcelle en question n’a pas d’incidence sur le résultat de l’examen des
conditions légales applicables au site marécageux protégé et à ses biotopes. Il
en résulte que les planificateurs communal et cantonal n'avaient pas
adéquatement tenu compte des intérêts en présence pour élaborer le PPA du
Hameau des Grangettes. C'est ainsi en violation de l'art. 78 al. 5 Cst., de ses
dispositions d'application, en particulier l'art. 23d LPN, et de celles
régissant les inventaires fédéraux pertinents que le permis de construire
contesté a été délivré. Il en résulte que la construction litigieuse est
matériellement illégale, que la DGE singulièrement n'aurait pas dû délivrer son
autorisation et que, si le permis de construire n'avait pas été nul, il aurait
de toute façon dû être annulé. 

11.                  
En vertu de l'art. 7 al. 6 in fine LChP, lorsque des projets
affectent des zones protégées d’importance internationale et nationale, il y a
lieu de demander le préavis de l’Office fédéral de l’environnement. Selon
l'OFEV, cette disposition ne s'adresse pas qu'aux autorités fédérales dans la
mesure où cette obligation découle déjà de l'art. 62a al. 1 de la loi fédérale
du 21 mars 1997 sur l’organisation du gouvernement et de l’administration
(LOGA; RS 172.010). L'art. 6 al. 1bis OROEM prévoit en outre que,
lorsque des autorités fédérales autres que l'OFEV sont compétentes pour
l’exécution, la collaboration de ce dernier est régie par les art. 62a
et 62b LOGA. Les autorités communale et cantonale auraient donc violé
l'obligation de consulter l'OFEV dans le cadre de la procédure d'autorisation
de construire concernée. Au vu du sort du recours, la question de la violation
de l'art. 7 al. 6 LChP peut toutefois rester ouverte. 

12.                  
L'OFEV conclut encore à la remise en état de la parcelle concernée. La
municipalité, la DGE, la DGTL, ainsi que les constructeurs s'y opposent,
arguant du fait que cela violerait le principe de la proportionnalité et de la
bonne foi.

Le présent recours est dirigé contre les décisions des
14 et 24 juin 2016, dont on a vu qu'elles étaient illégales. Ces décisions,
seuls objets du recours, ne portent pas sur la question de la remise en état
des installations litigieuses. Selon le principe de l’unité de la procédure, ne
peuvent être examinés et jugés par le Tribunal en principe que les rapports
juridiques à propos desquels l’autorité administrative s’est prononcée
préalablement, d’une manière qui la lie sous forme de décision. L’objet du litige
peut être réduit devant l’autorité de recours, mais pas étendu, ni modifié
(art. 79 LPA-VD applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD; ATF 136 V 362
consid. 3.4.2 p. 365). Dans ces conditions, l'examen des conséquences de
l’annulation du permis de construire, en particulier sous l'angle de la bonne
foi des constructeurs et de la proportionnalité d'une remise en état sortent du
cadre de la contestation et le Tribunal ne peut examiner cette question dans le
présent arrêt. Contrairement à ce que semble soutenir l'OFEV, l'art. 8 OSM en
particulier, qui prévoit que les cantons veillent à ce que les atteintes déjà
portées à des objets soient réparées le mieux possible chaque fois que
l’occasion s’en présente, ne permet pas de parvenir à une autre conclusion.

Par conséquent, la question de la remise en état
devra être examinée ultérieurement par l'autorité cantonale compétente. 

13.                  
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. La
décision cantonale est réformée en ce sens que l'autorisation ne peut être
délivrée par la DGE. L'autorisation de construire municipale est nulle. La
conclusion tendant à la remise en état est irrecevable. 

Selon les art. 49 al. 1 et 55 al. 2 LPA-VD, les
frais et les dépens sont en principe mis à la charge de la partie qui succombe.
D'après la jurisprudence en la matière, lorsque la procédure met en présence,
outre le recourant et l'autorité intimée, une ou plusieurs autres parties dont
les intérêts sont opposés à ceux du recourant, c'est en principe à cette partie
adverse déboutée, à l'exclusion de la collectivité publique dont la décision
est annulée ou modifiée, d'assumer les frais et dépens (CDAP AC.2015.0296,
AC.2015.0297 du 8 février 2017 consid. 9 et les références). Dans le cas
présent, l'OFEV obtient gain de cause sur le principe. Sa conclusion tendant à
la remise en état est toutefois irrecevable. Par conséquent, un émolument de
justice réduit d'un quart sera mis à la charge des constructeurs, qui
succombent s'agissant de l'autorisation de construire. Le solde de l'émolument
restera à la charge de l'Etat puisqu'aucuns frais ne peuvent être exigés de la
Confédération (art. 52 al. 1 LPA-VD). Succombant partiellement, l'OFEV versera
des dépens réduits aux constructeurs. La municipalité, dont la décision est
nulle, n'a pas droit à des dépens.

 

Par ces motifs

 la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

 

I.                      
Le recours déposé à l'encontre des décisions de la Direction générale de
l'environnement, Biodiversité et paysage du 14 juin 2016 et de la décision de
la Municipalité de Noville du 24 juin 2016 est admis.

II.                     
La décision de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et
paysage du 14 juin 2016 est réformée en ce sens que l'autorisation n'est pas
délivrée.

III.                   
L'autorisation de construire délivrée par la Municipalité de Noville le 24
juin 2016 est nulle.

IV.                   
La conclusion tendant à la remise en état est irrecevable dans la
présente procédure.

V.                    
Un émolument de 2'250 (deux mille deux cent cinquante) francs est mis à
la charge solidaire de A.________ et B.________.

VI.                   
L'Office fédéral de l'environnement versera à A.________ et B.________,
créanciers solidaires, une indemnité de 750 (sept cent cinquante) francs à
titre de dépens.

Lausanne, le 31 mars 2025

 

La
présidente:                                                                                          La greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux participants à la
procédure mentionnés en tête de ce document ainsi qu'à l'Office fédéral du
développement territorial (ARE).

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa
notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000
Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des
articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS
173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss
LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,
indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.
Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.
Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,
pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la
décision attaquée.