# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** e1ed32d3-20b4-5f52-838a-967290167afc
**Source:** Vaud (VD)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2008-07-09
**Language:** fr
**Title:** Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 09.07.2008 FI.2007.0136
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/VD_Omni/VD_TC_031_FI-2007-0136_2008-07-09.html

## Full Text

TRIBUNAL CANTONAL

  COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

  
	
   

  	
  Arrêt du 9 juillet 2008

  
	
  Composition

  	
  M. Rémy Balli, président, Mme Lydia Masmejan, juge suppléante,
  M. Guy Dutoit, assesseur, Mme Caroline Rohrbasser, greffière.

  

 

	
  Recourante

  	
   

  	
  X.________, à 1.********, représentée par Fiduciaire Michel Favre SA, à
  Lausanne,  

  

   

	
  Autorité intimée

  	
   

  	
  Administration
  cantonale des impôts,  

  

   

	
  Autorité concernée

  	
   

  	
  Administration
  fédérale des contributions, Division
  principale DAT,  

  

   

 

	
  Objet

  	
  Rappel d'impôts et taxations définitives;
  impôt cantonal et communal; impôt fédéral direct.

  
	
   

  	
  Recours X.________ c/ décision de
  l'Administration cantonale des impôts du 13 septembre 2007 (reprises d'impôt
  et prononcés d'amendes - ICC, IFD - périodes fiscales 1995-2000)

  

 

Vu les faits suivants

A.                               
La société X.________, à 1.********,
dont Monsieur Y.________ est l¿administrateur et l¿actionnaire unique, a été constituée à la suite d'une convention
du  2 mars 1994 entre Monsieur Y.________ (actionnaire
unique) et Messieurs Z.________, A.________ ainsi qu¿un troisième cocontractant
dont l¿identité n¿est pas révélée dans la Convention (ayants droit économiques
futurs). Cette société a été inscrite le 3 mai 1994 au Registre du Commerce.

B.                              
Selon l¿art. 2 de ladite
convention, la société a pour but les conseils de management, de gestion
financière et d¿administration dans tous les domaines économiques de sociétés,
qu¿elles soient de services, commerciales et de production, l¿administration de
toutes sociétés, la gestion de patrimoine et de biens, l¿implantation,
l¿organisation et le développement d¿entreprises, l¿étude et la conception de
projets sur leurs aspects économiques, juridiques et financiers.

C.                              
Période fiscale 1995

Dans sa déclaration d¿impôt 1995,
datée du 9 juillet 1996, la société a déclaré un bénéfice imposable de
32'852 fr. et un capital imposable de 212'210 francs. Le 12 novembre
1997, l¿Office d¿impôt des personnes morales (ci-après : OIPM) a notifié à
la société une décision de taxation définitive concernant l¿impôt cantonal et
communal sur le bénéfice et le capital de la période fiscale 1995 fixant le
bénéfice imposable à 32'800 fr. au taux de 32'800 fr. et le capital
imposable à 212'000 fr. au taux de 197'500 francs. Le même jour, elle
a notifié à la société une décision de taxation définitive concernant  l¿impôt
fédéral direct sur le bénéfice et le capital de la période fiscale 1995 fixant
le bénéfice imposable à 32'800 fr. et le capital imposable à 212'000.- francs.

D.                              
Période fiscale 1996

Dans sa déclaration d¿impôt 1996
datée du 11 septembre 1997, la société a déclaré un bénéfice imposable de
30'905 fr. et un capital imposable de 189'615 francs. Le
15 décembre 1997, l¿OlPM a notifié à la société une décision de taxation
définitive concernant l¿impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le
capital de la période fiscale 1996 fixant le bénéfice imposable à
30'900 fr. au taux de 30'900 fr. et le capital imposable à
189'000 fr. au taux de 200'900 francs. Le même jour, elle a notifié à
la société une décision de taxation définitive concernant l¿impôt fédéral
direct sur le bénéfice et le capital de la période fiscale 1996 fixant le
bénéfice imposable à 30'900 fr. et le capital imposable à
189'000 francs.

E.                              
Période fiscale 1997

Dans sa déclaration d¿impôt 1997,
datée du 2 juin 1998, la société a déclaré un bénéfice imposable de
32'200 fr. un capital imposable de 218'315 francs.

F.                               
Période fiscale 1998

Dans sa déclaration d¿impôt 1998,
datée du 20 mai 1999, la société a déclaré un bénéfice imposable de
22'015 fr. et d¿un capital imposable de 236'830 francs.

G.                              
Période fiscale 1999

Dans sa déclaration d¿impôt 1999,
datée du 15 février 2000, la société a déclaré un bénéfice imposable nul et un
capital imposable de 150'187 francs.

H.                              
Période fiscale 2000

La société a déposé la déclaration
d¿impôt 2000, datée du 20 avril 2001, en faisant état d¿un bénéfice imposable
nul et d¿un capital total imposable de 172'129 francs.

I.                                  
Le 15 novembre 2000, l¿ACI a
envoyé à la société un avis d¿ouverture d¿une procédure pénale pour
soustraction. Au terme de l¿instruction, elle a envoyé à la société le 1er juin
2004 un avis de prochaine clôture de l¿enquête pour soustraction d¿impôt
portant sur les déclaration allant de 1995 à 2000, avec en annexe les détails
des reprises envisagées. Le 9 février 2006, la société a été entendue par
l¿ACI.

J.                                
Le 3 août 2006, la société, par
l¿intermédiaire de son mandataire de l¿époque, a contesté une partie des
reprises envisagées par l¿ACI dans l¿avis de prochaine clôture. Elle a
également admis expressément certaines reprises envisagées par l¿autorité
fiscale.

K.                              
En date du 5 mars 2007, l¿ACI a
notifié à la société une décision de rappel d¿impôts, taxation définitive et
prononcé d¿amendes concernant l¿impôt cantonal et communal sur le bénéfice et
le capital des périodes fiscales 1995 à 2000 et l¿impôt fédéral direct sur le
bénéfice et le capital des mêmes période pour un montant de 390'302 fr.
65.

Elle a procédé aux rappels et
taxations définitives suivants :

a) En matière d¿impôt cantonal et
communal :

Période fiscale 1995 (taxation
définitive) ¿ rappel d¿impôt 

Bénéfice imposable :                  407'600 fr.

Au lieu du bénéfice imposé :      32'800 fr.

Capital imposable :                     486'000 fr.

Au lieu du capital imposé :         212'000 fr.

Période fiscale 1996 (taxation
définitive) ¿ rappel d¿impôt

Bénéfice imposable :                  304'800 fr.

Au lieu du bénéfice imposé :      30'900 fr.

Capital imposable :                     631'000 fr.

Au lieu du capital imposé :         189'000 fr.

 

Période fiscale 1997 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  128'900 fr.

Au lieu du bénéfice déclaré :      32'200 fr.

Capital imposable :                     637'000 fr.

Au lieu du capital déclaré :         218'000 fr.

Période fiscale 1998 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  0 fr.

Au lieu du bénéfice déclaré :      22'000 fr.

Capital imposable :                     455'000 fr.

Au lieu du capital déclaré :         236'000 fr.

Période fiscale 1999 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  0 fr.
sans changement

Capital imposable :                     443'000 fr.

Au lieu du capital déclaré :         150'000 fr.

Période fiscale 2000 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  0 fr.
sans changement

Capital imposable :                     424'000 fr.

Au lieu du capital déclaré :         172'000 fr.

b) En matière d¿impôt fédéral
direct :

Période fiscale 1995 (taxation
définitive) ¿ rappel d¿impôt 

Bénéfice imposable :                  407'600 fr.

Au lieu du bénéfice imposé :      32'800 fr.

Capital imposable :                     486'000 fr.

Au lieu du capital imposé :         212'000 fr.

Période fiscale 1996 (taxation
définitive) ¿ rappel d¿impôt

Bénéfice imposable :                  304'800 fr.

Au lieu du bénéfice imposé :      30'900 fr.

Capital imposable :                     631'000 fr.

Au lieu du capital imposé :         189'000 fr.

Période fiscale 1997 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  128'900 fr.

Au lieu du bénéfice déclaré :      32'200 fr.

Capital imposable :                     637'000 fr.

Au lieu du capital déclaré :         218'000 fr.

Période fiscale 1998 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  0 fr.

Au lieu du bénéfice déclaré :      22'000 fr.

Période fiscale 1999 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  0 fr.
sans changement

Période fiscale 2000 (taxation non
enregistrée) ¿ décision de taxation définitive.

Bénéfice imposable :                  0 fr.
sans changement

La totalité des compléments d¿impôt en
matière cantonale et communale a été fixée 233'527 fr. et, en matière
d¿impôt fédéral direct à 72'675 fr. 45.

Dans la même décision, l¿ACI a
prononcé les amendes suivantes :

Fixation de la peine pour l¿impôt
cantonal et communal

S¿agissant des périodes fiscales 1995
et 1996, l¿amende a été fixée au montant correspondant à l¿impôt cantonal et
communal soustrait, conformément à l¿art. 242 LI (soustraction consommée x
1 / faute moyenne x 1) et au principe de la lex mitior, soit : 

Pour la période fiscale 1995 : à
23'977 fr. 55 (114'178.90 x 1 x 1 x 21% d¿éléments de bénéfice soustraits)
arrondi à 23'900 francs.

Pour la période fiscale 1996 : à
26'062 fr. 45  (84'072.50 x 1 x 1 x 31 % d¿éléments de bénéfice
soustraits) arrondi à 26'000 francs.

S¿agissant de la période 1997,
l¿amende sera fixée à la moitié du montant de l¿impôt cantonal et communal
soustrait, conformément aux dispositions des articles 128 a LI et 242 al. 1 et
4 LI et au principe de la lex mitior (soustraction tentée [%]/ faute moyenne [
x 1]), soit à 12'885 fr. (30'319¿70 x 1/2 x 1 x 85 % d¿éléments de
bénéfice soustraits) arrondi à 12'800 francs. 

Fixation de la peine pour
l¿IFD :

S¿agissant des périodes fiscales 1995
et 1996, l¿amende a été fixée au montant correspondant à l¿IFD soustrait,
conformément à l¿art. 175 LIFD (soustraction consommée x 1/faute moyenne x1),
soit :

Pour la période fiscale 1995 : à
7'775 fr. 80 (37'027.55 x 1 x 1 x 21% d¿éléments de bénéfice
soustraits) arrondi à 7'700 francs.

Pour la période fiscale 1996 : à 8'432 fr. 35
(27'201.15 x 1 x 1 x 31% d¿éléments de bénéfice soustraits) arrondi à
8'400 francs.

S¿agissant de la période fiscale 1997,
l¿amende a été fixée aux deux tiers du montant de l¿impôt fédéral direct
soustrait, conformément aux dispositions des art. 175 et 176 LI (soustraction
tentée x 2/3 / faute moyenne x 1), soit 5'331 fr. 30 (9'408.75 x 2/3 x 1 x
85% d¿éléments de bénéfice soustraits) arrondis à 5'300 francs.

Par ces motifs, l¿ACI, respectivement
l¿Administration cantonale de l¿impôt fédéral direct a procédé en matière d¿impôt cantonal et communal, au rappel de l¿impôt cantonal
et communal et à la taxation définitive suivants :

 

	
  Impôt
  sur le bénéfice

  
	
  Compléments
  d'impôts correspondant à la différence entre les éléments imposables et les
  éléments imposés et déclarés

  
	
  Années

  	
  Cantons

  	
  Commune
  de 1.********

  	
  Totaux

  
	
  1995

  	
   62'944
  fr. 80 

  	
   51'234
  fr. 10 

  	
  114'178
  fr. 90 

  
	
  1996

  	
   46'347
  fr. 65 

  	
   37'724
  fr. 85 

  	
    84'072
  fr. 50 

  
	
  1997

  	
   16'714
  fr. 70 

  	
   13'605
  fr. 00 

  	
    30'319
  fr. 70 

  
	
  1998

  	
   
  -2'167 fr. 20 

  	
    -1'764
  fr. 00 

  	
     -3'931
  fr. 20 

  
	
  1999

  	
    
     -   

  	
       
  -   

  	
   

  
	
  2000

  	
       
  -   

  	
       
  -   

  	
   

  
	
  2001

  	
       
  -   

  	
       
  -   

  	
   

  
	
  Totaux

  	
  123'839
  fr. 95 

  	
  100'799
  fr. 95 

  	
  224'639
  fr. 90 

  
	
   

  	
   

  	
   

  	
   

  
	
  Impôts
  sur le capital

  
	
  Compléments
  d'impôts correspondant à la différence entre les éléments imposables et les
  éléments imposés et déclarés

  
	
  Années

  	
  Cantons

  	
  Commune
  de 1.********

  	
  Totaux

  
	
  1995

  	
    
  706 fr. 90 

  	
    
  575 fr. 40 

  	
    1'282
  fr. 30 

  
	
  1996

  	
  1'140
  fr. 35 

  	
    
  928 fr. 20 

  	
    2'068
  fr. 55 

  
	
  1997

  	
  1'081
  fr. 05 

  	
    
  879 fr. 90 

  	
    1'960
  fr. 95 

  
	
  1998

  	
    
  565 fr. 05 

  	
    
  459 fr. 90 

  	
    1'024
  fr. 95 

  
	
  1999

  	
    
  755 fr. 90 

  	
    
  615 fr. 30 

  	
    1'371
  fr. 20 

  
	
  2000

  	
    
  650 fr. 15 

  	
    
  529 fr. 20 

  	
    1'179
  fr. 35 

  
	
  2001

  	
       
  -   

  	
       
  -   

  	
  ¿¿-¿

  
	
  Totaux

  	
  4'899
  fr. 40 

  	
   3'987
  fr. 90 

  	
    8'887
  fr. 30 

  
	
   

  	
   

  	
   

  	
   

  
	
  Récapitulation
  générale (canton et commune)

  	
  Totaux

  
	
  Complément
  d'impôt cantonal

  	
   

  	
  128'739
  fr. 35 

  
	
  Complément
  d'impôt communal

  	
   

  	
  104'787
  fr. 85 

  
	
   

  	
   

  	
   

  	
  233'527 fr. 20 

  

 

En matière d¿impôt fédéral direct au
rappel de l¿impôt fédéral directe et à la taxation définitive suivants :

 

	
  Impôt
  sur le bénéfice

  
	
  Compléments
  d'impôts correspondant à la différence entre les éléments imposables et les
  éléments imposés et déclarés

  
	
  Années

  	
  Dus

  	
  Facturés

  	
  Compléments

  
	
  1995

  	
  39'944
  fr. 80 

  	
    2'917
  fr. 25 

  	
  37'027
  fr. 55 

  
	
  1996

  	
  29'870
  fr. 40 

  	
    2'669
  fr. 25 

  	
  27'201
  fr. 15 

  
	
  1997

  	
  12'219
  fr. 30 

  	
    2'810
  fr. 55 

  	
    9'408
  fr. 75 

  
	
  1998

  	
       
  -   

  	
    1'870
  fr. 00 

  	
   -1'870
  fr. 00 

  
	
  1999

  	
       
  -   

  	
        
  -   

  	
       
  -   

  
	
  2000

  	
    
     -   

  	
        
  -   

  	
       
  -   

  
	
  2001

  	
       
  -   

  	
        
  -   

  	
       
  -   

  
	
  Totaux

  	
  82'034
  fr. 50 

  	
  10'267
  fr. 05 

  	
  71'767
  fr. 45 

  
	
   

  	
   

  	
   

  	
   

  
	
  Impôts
  sur le capital

  
	
  Compléments
  d'impôts correspondant à la différence entre les éléments imposables et les
  éléments imposés et déclarés

  
	
  Années

  	
  Dus

  	
  Facturés

  	
  Totaux

  
	
  1995

  	
    
  388 fr. 80 

  	
    
  169 fr. 60 

  	
     
   219 fr. 20 

  
	
  1996

  	
    
  504 fr. 80 

  	
    
  151 fr. 20 

  	
       353
  fr. 60 

  
	
  1997

  	
    
  509 fr. 60 

  	
    
  174 fr. 40 

  	
       335
  fr. 20 

  
	
  Totaux

  	
  1'403
  fr. 20 

  	
     495
  fr. 20 

  	
       908
  fr. 00 

  
	
   

  	
   

  	
   

  	
   

  
	
  Récapitulation
  générale (canton et commune)

  	
  Totaux

  
	
  Complément
  d'impôt sur le bénéfice

  	
  71'767
  fr. 45 

  
	
  Complément
  d'impôt sur le capital

  	
      
  908 fr. 00 

  
	
   

  	
   

  	
   

  	
  72'675 fr. 45 

  

 

L.                               
Le 14 mars 2007, l¿OIPM a notifié les
décisions de taxation définitives concernant l¿impôt cantonal, communal et l¿impôt
fédéral direct pour les périodes fiscales 1995 à 2000, sur la base de la
précédente décision du 5 mars 2007.

M.                              
Le 20 mars 2007, la société, par
l¿intermédiaire de son (nouveau) mandataire, la fiduciaire Michel Favre SA (à
1.********), a interjeté une réclamation contre la décision de rappel d¿impôts,
taxation définitive et prononcé d¿amendes du 5 mars 2007, ainsi que contre les
décisions de taxations et les amendes notifiées le 14 mars 2007. 

N.                              
Le 13 septembre 2007, l¿ACI a rendu
une décision sur réclamation par laquelle elle a rejeté la réclamation.

O.                             
Le 15 octobre 2007, la société X.________
a déposé, par l¿intermédiaire de son mandataire, la Fiduciaire Favre à
1.********, un recours au Tribunal administratif  « contre la décision sur
réclamation de l¿ACI du 13 septembre 2007 rejetant la réclamation du 20 mars
2007 à l¿encontre de la décision rendue le 5 mars 2007 sur les rappels d¿impôt
des périodes fiscales 1995 à 2000 ». Elle conclut à : « 1.
admettre le recours 2. Supprimer les reprises opérées par l¿ACI pour les années
1995 à 2000, dans la mesure des arguments développés ». Elle n¿a toutefois
pas contesté les amendes. Elle a requis « une audition de la Cour en lien
avec le recours déposé par M. Y.________ à 2.********, notamment bénéficiaire
désigné des prestations appréciables en argent querellées ».

P.                              
L¿avance de frais a été effectuée en
temps utile.

Q.                             
L¿autorité intimée a déposé ses
déterminations le 7 janvier 2008, concluant au rejet du recours.

R.                              
Dans son mémoire complémentaire du 1er
février 2008, la recourante a contesté les arguments figurant dans la
détermination de l¿ACI du 7 janvier 2008.

S.                              
Le premier janvier 2008, la cause a
été transmise en l'état à la Cour de droit administratif et public du Tribunal
cantonal (ci-après: CDAP) (art. 2 des dispositions transitoires accompagnant la
novelle LJPA du 12 juin 2007).

T.                               
Répondant favorablement à la
réquisition d¿audition du recourant, la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal a tenu une audience d'instruction et de plaidoirie le 13
juin 2008 dans ses locaux. Elle a entendu M. Y.________, administrateur et
actionnaire unique de la société, son conseil, la Fiduciaire Favre à 1.********
ainsi qu'un inspecteur et deux juristes de l¿ACI
qui représentaient aussi l'Administration fédérale des contributions. Au cours
de cette audience, la société a précisé qu'elle ne contestait pas les amendes
et a formellement admis que celles-ci seraient simplement adaptées aux
éventuelles corrections établies sur les reprises dans le présent arrêt par la
Cour de céans. En outre, l¿administrateur de la recourante et l'ACI ont déclaré
ce qui suit à l'audience:

J¿ai une
formation d¿employé de banque et ai suivi des cours de comptabilité, mais je ne
me suis pas présenté aux examens de diplôme. J¿ai travaillé comme cadre à la
B.________. Après 30 ans de service, j¿ai quitté B.________ pour fonder X.________.
Je n¿étais alors plus salarié de B.________. La société existe toujours. Je
travaille environ à 80 % et ai encore plusieurs clients dont je gère le
portefeuille, nonobstant le décès de M. Z.________. Je n¿exerce pas d¿autre
activité en dehors de la société X.________. X.________ emploie une autre
employée, une secrétaire qui est présente au minimum trois matinées par
semaine.

Concernant les
frais de voyage et de représentation (reprise 1.07), je relève que sur la somme
de 13'483 fr., j¿ai notamment remboursé la somme que 452 fr. 60 le 26
mars 1996, somme qui avait été débitée sur la carte de crédit de X.________
pour des frais privés."

L¿ACI fait la
déclaration suivante:

"Après
vérification dans le Grand Livre 1996, on trouve effectivement un montant de
452 fr. 60. Nous admettons dès lors que la reprise de cette somme n¿a pas lieu
d¿être."

M. Y.________
apporte les précisions suivantes:

"Pour
pouvoir prouver tous ces frais professionnels, je devrais faire des recherches.
Il faut également tenir compte que tout ceci remonte à plus de huit ans. Je
relève également que l¿administration fiscale admet de nos jours l¿inclusion,
dans les frais de représentation, des frais engagés pour une épouse dont la
présence permet de donner un caractère moins formel à une rencontre
professionnelle. Il m¿arrivait également d¿emmener certains clients dans les
environs de ma résidence secondaire. J¿ai pris des repas avec ces clients dans
la région. Il s¿agissait de clients relativement proches et qui connaissaient
mon épouse. J¿aimerais encore ajouter que l¿activité de gestion de fortune ne permet
pas une délimitation claire entre activité privée et activité professionnelle.

S¿agissant de la
rémunération de clients non enregistrés (reprise 1.10), il convient de rappeler
que X.________ a été créée dans le but de gérer les patrimoines privés de MM.
Z.________ et A.________. Les sommes litigieuses provenaient du compte de
garantie qui avait été créé et alimenté afin de garantir le salaire prévu par
mon contrat en cas de revenu insuffisant de la société. Ces sommes ont été
prélevées en liquide directement sur ce compte avec la signature de deux
personnes autorisées. L¿organe de révision était au courant de ces prélèvements
puisqu¿il était en possession d¿un double de mon contrat."

L¿administration
cantonale des impôts précise ce qui suit:

"Nous avons eu
connaissance de l¿existence de ces montants grâce à la procédure d¿instruction
dans l¿affaire C.________. Nous avons dès lors considéré qu¿il s¿agissait de
prestations appréciables en argent."

Questionné sur la
reprise 1.03, M. Y.________ expose ce qui suit:

"Concernant
la question de mon affiliation au plan de la Caisse de prévoyance de la B.________
et de ses sociétés affiliées (reprise 1.03), j¿ai passé une convention avec
B.________ au moment de mon départ. L¿art. 10 de cet accord prévoit que je peux
rester affilié à cette caisse. Cet accord avait pour seule conséquence de
substituer X.________ à B.________ pour le paiement de la part patronale."

M. Y.________
produit cette clause.

"Vous me
dites que la B.________ n¿était pas en droit de passer une telle convention. Je
l¿ignorais. Je ne suis pas un spécialiste LPP et c¿est de bonne foi que j¿ai
accepté de rester dans le plan de prévoyance professionnelle de la B.________.
J¿avais d¿ailleurs pris des renseignements auprès de la D.________ qui était
prête à m¿offrir des conditions similaires si B.________ avait refusé de me
garder dans son plan de prévoyance professionnelle."

S¿agissant des
reprises 1.05 et 1.06, l¿Administration cantonale des impôts, l¿Administration
fédérale des contributions et X.________ se déclarent d¿accord de porter le
forfait annuel des frais de représentation pour les années 1997, 1998, 1999 et
2000 de 6'000 à 9'600 francs.

S¿agissant des
honoraires non facturés non enregistrés (reprise 1.09), M. Y.________ expose ce
qui suit:

"Nous
facturions à nos clients une commission de gestion. Pour ce faire, nous avions
besoin du résultat de leur position au 31 décembre, laquelle nous était
communiquée dans le courant du mois de janvier suivant. Par souci d¿égalité,
nous avons chaque année passé les commissions de l¿année antérieure dans
l¿année en cours. Cela ne changeait dès lors rien au résultat de la société.
Nous avions de plus l¿accord de l¿organe de contrôle. Suite à la demande du
fisc, nous avons changé de méthode. Maintenant, nous passons les montants
effectifs en transitoire. J¿estime que l¿ancienne méthode était toute aussi
correcte que celle qui nous a été imposée par l¿administration fiscale."

La recourante
produit un tableau établi par son ancien mandataire.

Sur la base de ce
tableau, la recourante précise ce qui suit:

"Si nous
sommes cohérents, nous devons, compte tenu de la méthode préconisée par
l¿Administration cantonale des impôts, déduire la somme de 150'591 francs pour
l¿année 1995."

Répondant à une
question du président, l¿Administration cantonale des impôts s¿exprime en ces
termes: 

"Il ne nous
est pas possible d¿effectuer un audit complet dans chaque dossier. De plus,
nous devons appliquer le principe de déterminence. Nous avons constaté la
méthode appliquée par la recourante en 1997, soit deux ans après la
constitution de la société. Il faut qu¿il y ait un doute pour que nous
procédions à un examen poussé du dossier du contribuable. Or, en l¿espèce,
aucun élément ne permettait de penser qu¿il y avait une erreur dans l¿enregistrement
et la facturation."

M. Y.________
répond ce qui suit:

"Au vu des
bilans, il était possible de s¿en rendre compte sans procéder à un examen
poussé."

L¿Administration
cantonale des impôts précise ce qui suit:

"Le taxateur
n¿a pas la compétence pour vérifier tout cela."

U.                              
A l'issue de l'audience, la Cour a
délibéré à huis-clos.

Considérant en droit

1.                               
a) Conformément
à l'art. 199 al. 1 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux
(LI ; RSV 642.11), la CDAP, qui a remplacé le Tribunal administratif, est
compétente pour connaître des recours contre des décisions sur réclamation
prises par l'ACI. Elle est également compétente pour statuer sur les recours
interjetés contre des décisions sur réclamation prises en application de la loi
fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD ; RS
642.11), en vertu de l'art. 140 LIFD et de l'art. 3 de l'arrêté d'application
dans le Canton de Vaud de la LIFD. (RSV 658.11.1)

b) Déposé dans le délai de 30 jours
prescrit par les art. 200 LI, 134 al. 2 aLI et 140 LIFD, le recours est
recevable en la forme.

c) A l¿instar de l¿ACI, et comme la
jurisprudence lui permet de le faire, la Cour tranchera les recours aussi bien
pour ce qui concerne l¿impôt cantonal et communal, d¿une part, que pour l¿impôt
fédéral direct, d¿autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509
consid. 8.3 p. 511). 

2.                               
a) Dans son recours, la société X.________
ne conteste pas les amendes. Elle ne fait valoir aucun argument contre les
amendes infligées pour soustraction fiscale. Elle ne conteste pas
l'appréciation de la faute ni le montant des amendes fixées. Elle ne dit ainsi
pas quelle modification devrait être apportée à la décision attaquée sur ce
point, les raisons qui justifieraient de telles modifications et n'apporte
aucun élément qui n'aurait pas été déjà pris en compte par l'autorité intimée.
Faute de contestation et de motivation sur ce point, le recours ne porte que
sur les rappels et reprises d¿impôt. 

b) Le litige porte donc exclusivement
sur les taxations définitives et les rappels d¿impôts des périodes fiscales
1995 à 2000 en matière d¿impôt cantonal et communal ainsi qu¿en matière d¿impôt
fédéral direct. Toutefois, l¿amende étant directement liée au montant de la
reprise ou du rappel, la Cour ordonnera, le cas échéant, à l¿ACI d¿adapter les
amendes aux nouveaux rappels et taxations définitives, dans l¿hypothèse où
ceux-ci devaient être annulés.

c) En tant qu¿il protège le droit de
l¿accusé de ne pas s¿incriminer lui-même (selon l¿adage «nemo tenetur se ipsum
accusare vel procedere»), l¿art. 6 de la convention du 4 novembre 1950 de
sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH;
RS 0.101) s¿applique à la procédure fiscale de caractère pénal; en
revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n¿entre pas dans
le champ d¿application de cette disposition; partant, la maxime précitée ne
vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l¿homme
Ferrazzini c. Italie du 12 juillet 2001, Recueil 2001-VII p. 327, par. 29, et
J.B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III p. 455 ; ATF 132 I 140
consid. 2.1 p. 145/146; 121 II 257 consid. 4b p. 264, et les références citées;
ATF 2P.34 et 2A.67/2004 du 17 février 2005, consid. 4.2). Afin d¿éviter que les
renseignements obtenus dans la procédure de taxation ¿ à laquelle le
contribuable a le devoir de collaborer ¿ ne soient utilisés pour les besoins de
la procédure pénale dans laquelle l¿accusé a le droit de se taire, le Tribunal
statuait en deux étapes: il rendait un arrêt partiel sur la taxation, avant de
se prononcer, par un arrêt séparé, sur les amendes (cf. arrêts FI.2005.0191,
consid. 2; FI.2005.0206 du 12 juin 2006, consid. 1; FI.2004.0038 du 18 avril
2006, consid. 1a; FI.2005.0003 du 21 juin 2005). Le 17 juillet 2006, la Chambre
fiscale du Tribunal a estimé que, pour des motifs liés à l¿économie de la
procédure, il convenait toutefois de laisser au contribuable le choix d¿opter
soit pour une procédure unifiée (dans laquelle le Tribunal, dans la même
composition, statue à la fois sur la taxation et les amendes), soit pour une
procédure séparée. 

d) En l¿espèce toutefois,  le recours
ne porte que sur les reprises effectuées par l'ACI dans les revenus et la
fortune déclarés du recourant pour les périodes fiscales 1995 à 2000 et les
rappels d'impôts et taxations définitives y relatifs. L¿affaire n'a dès lors
pas à être traitée en deux étapes, soit un arrêt partiel sur la taxation, puis
une procédure séparée sur les amendes, comme le prévoit une jurisprudence
constante afin d'éviter que les renseignements obtenus du contribuable dans la
procédure de taxation - à laquelle il a le devoir de collaborer - soient
utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l'accusé dispose
du droit de se taire (arrêts FI.2005.0003 du 21 juin 2005 et FI.2005.0206;
arrêt du ATF 2A.67/2004 & 2P.34/2004 du 17 février 2005, consid. 4.2., Cour
CEDH, arrêt J.B. c. Suisse du 3 mai 2001, in RDAF 2001 II 1, cons. 64 et ss).
In casu, la recourante a admis expressément à l'audience le principe de
procédure unifiée.

3.                               
La première question qui se pose dans
ce litige est celle de la prescription, qui selon le Tribunal fédéral doit être
examinée d¿office (ATF 106 Ib 364 ; Yersin / Noël, Commentaire de la loi
sur l¿impôt fédéral direct, Lausanne 2007, ad art. 120, no 22). Deux types de
prescription distinctes entrent en considération dans la présente
affaire : la prescription du droit de taxer que nous étudierons aux
considérants 3.a et 3.b et la prescription de la poursuite pénale que nous étudierons
aux considérant 3.c et 3.d.

a) En matière d¿impôt  fédéral direct,
la LIFD est entrée en vigueur le 1er janvier 1995; elle a abrogé
l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 sur la perception d'un impôt
fédéral direct (AIFD; art. 201 LIFD). In casu les rappels d¿impôt et les
reprises concernent les périodes fiscales  postérieures à l'entrée en vigueur
de la LIFD ; La LIFD est donc applicable en ce qui concerne la
prescription du droit de taxer.

L¿art. 120 LIFD détermine la
prescription du droit de taxer qui est de 5 ans à compter de la fin de la
période fiscale. Il faut toutefois réserver le cas du rappel d¿impôt :
lorsque les moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l¿autorité
fiscale lui permettent d¿établir qu¿une taxation n¿a pas été effectuée, alors
qu¿elle aurait dû l¿être, ou qu¿une taxation entrée en force est incomplète, ou
qu¿une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou un délit
commis contre l¿autorité fiscale, cette dernière peut introduire une procédure
de rappel d¿impôt dans un délai de dix ans après la fin de la période fiscale
pour laquelle la taxation n¿a pas été effectuée alors qu¿elle aurait dû l¿être
ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (art. 151 et
152). A l¿instar du droit de taxer, le droit de procéder au rappel de l¿impôt
s¿éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se
rapporte. Ainsi les prescriptions absolues du droit de taxer et du droit de
procéder au rappel sont identiques.

In casu, l¿ACI a notifié un avis
d¿ouverture d¿une procédure pénale pour soustraction qui selon l¿art. 120 al. 2
let. d interrompt le délai de prescription. Pour la période la plus ancienne
(1995), la prescription absolue du droit de taxer et du rappel n¿arrivera à
échéance qu¿à fin 2010.

b) En matière  d¿impôt cantonal et
communal, la LI est entrée en vigueur le 1er janvier 2001; elle a
abrogé la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI). Les
rappels d¿impôt et les reprises se rapportent tous à des périodes fiscales
antérieures à l'entrée en vigueur de la LI. Se pose donc la question de savoir
si l¿on applique les anciennes ou les nouvelles dispositions de prescription du
droit de taxer aux périodes litigieuses.

Dans sa jurisprudence, le Tribunal
fédéral a considéré que la prescription du droit de taxer et du droit de
percevoir l¿impôt était une institution de droit matériel, même si, d¿un point
de vue systématique, elle était classée dans le chapitre de la procédure. Il en
a conclu que les règles concernant la prescription sont celles du droit en
vigueur au moment de la naissance de la créance d¿impôt (RDAF 2000 II
212 ; ATF 2P.411/1998 et 2A.568/1998, du 23 novembre 2001 ; RDAF 2002
II 89 ; RDAF 2003 II 497, 499). Ce sont donc les anciennes dispositions
topiques qui s¿appliquent en matière cantonale pour la prescription du droit de
taxer.

A cet égard, l¿art. 109 aLI prévoit
que l¿autorité de taxation peut réviser la taxation définitive dans les trois
mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre
ans dès la communication de la décision en cause lorsqu¿elle découvre des faits
nouveaux importants ou des preuves qu¿elle n¿avait pu invoquer dans la
procédure de taxation, de réclamation ou de recours. L¿ACI a donc introduit
dans les délais la révision des taxations par son avis d¿ouverture d¿une
procédure pénale pour soustraction le 15 novembre 2000 pour l¿ensemble des
périodes litigieuses. 

L¿art. 98 a al. 4 aLI qui détermine la
prescription absolue du droit de taxer  prévoit que la prescription est
acquise, dans tous les cas, douze ans après la fin de la période de taxation
(prescription absolue). La période fiscale 1995 est donc atteinte par la
prescription absolue  et celle de 1996 le sera à fin 2008. 

c) Concernant la prescription de la
poursuite pénale qui s¿applique au prononcé des amendes, les règles de droit
transitoires en matière de prescription divergent de celle du droit de taxer.
Selon la jurisprudence, les dispositions nouvelles sur la prescription pénale
sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur et jugées
après, à moins que l'ancien droit ne soit plus favorable à l'auteur de
l'infraction (ATF 129 IV 49) (lex mitior). Les prononcés d'amendes litigieux
concernent les périodes fiscales 1995, 1996 et 1997.

En matière d¿impôt  fédéral direct, la
LIFD est entrée en vigueur le 1er janvier 1995; elle a abrogé
l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 sur la perception d'un impôt
fédéral direct (AIFD; art. 201 LIFD). In casu les prononcés d¿amendes litigieux
concernent tous des infractions commises sous l¿égide du nouveau droit ;
la LIFD est donc applicable pour examiner la prescription de la poursuite
pénale déterminante pour le prononcé des amendes

La LIFD règle la question de la
prescription de la poursuite pénale à son art. 184, dont la teneur est la
suivante:

"Art. 184

1 La
poursuite pénale se prescrit:

a.           
En cas de violation des obligations de procédure par deux ans et en cas de
tentative de soustraction d¿impôt par quatre ans à compter de la clôture
définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de
procédure ou la tentative de soustraction a été commise;

b.          
En cas de soustraction d¿impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la
période fiscale pour laquelle la taxation n¿a pas été effectuée ou l¿a été de
façon incomplète (¿).

2 La
prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite
du contribuable ou de l¿une des personnes visées à l¿art. 177. L¿interruption
est opposable tant au contribuable qu¿à ces autres personnes. Un nouveau délai
commence à courir à chaque interruption; prescription ne peut toutefois être
prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale".

Dans le domaine du droit harmonisé, on
distingue la soustraction consommée de la tentative. Est punissable d¿une
amende pour soustraction consommée, le contribuable qui, intentionnellement ou
par négligence, fait en sorte qu¿une taxation ne soit pas effectuée alors
qu¿elle devrait l¿être, ou qu¿une taxation entrée en force soit incomplète
(art. 175 al. 1 LIFD, 56 al. 1 LHID, 242 al. 1 LI). Pour qu¿il y ait
soustraction, il faut que soient réunis trois éléments: une double condition
objective ¿ la soustraction d¿un montant d¿impôt en violation d¿une obligation légale
incombant au contribuable ¿ et une condition subjective ¿ la faute (ATF
2P.92/2005 du 30 janvier 2006 consid. 3.2; 2P.241 et 2A.235/1998, du 29 mai
1998 reproduit in: Revue fiscale 2000 p. 122, consid. 5b/cc p. 125). L¿auteur
d¿une tentative de soustraction fiscale n¿est en effet amendable que s¿il a agi
avec intention, à l¿exclusion de la simple négligence (ATF 2A.481/2003 du 18
août 2004, consid. 3; 2A.351/2002 du 5 novembre 2002, reproduit in: RDAF 2003
II p. 632, consid. 3). 

La tentative de soustraction (art. 176
LIFD, 56 al. 2 LHID, 243 LI) se situe entre les actes préparatoires d¿une
soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée, qui
l¿est. Elle commence en général par le dépôt de la déclaration qui contient des
renseignements inexacts (ou par l¿omission intentionnelle de déposer cette
déclaration) et s¿achève par l¿entrée en force de la décision de taxation,
grâce à laquelle la soustraction est consommée. Il y a donc tentative de
soustraction lorsque les actes du contribuable, tendant à ce qu¿indûment la
taxation ne soit pas effectuée ou soit incomplète, sont découverts avant
l¿entrée en force de la taxation (ATF 2A.719/2004 du 11 mai 2005, consid. 4;
2A.351/2002 du 5 novembre 2002, consid. 3; 2A.232/1995, du 2 avril 1996,
reproduit in: Archives 66 p. 458, consid. 6a p. 466). La poursuite de la
tentative de soustraction doit ainsi être introduite avant l¿entrée en force de
la taxation. Si la poursuite est introduite ultérieurement, la soustraction
sera alors consommée et réprimable comme telle (ATF 2A.719/2004 précité,
consid. 4, et les références citées). Il suit de là qu¿une tentative de
soustraction ne peut être établie et le montant de l¿impôt soustrait fixé
qu¿après l¿entrée en force de la décision de taxation. La poursuite de
l¿infraction peut et doit être introduite pendant la procédure de taxation,
mais ne peut être terminée qu¿avec la fin définitive de celle-ci. En cas de
litige, la procédure de taxation est prolongée devant le Tribunal administratif
comme autorité cantonale de recours (cf. art. 140ss LIFD, 50 LHID, 4 LJPA),
voire devant le Tribunal fédéral (jusqu'au 31 décembre 2006: recours de droit
administratif art. 97 aOJ et recours de droit public art. 84 al. 1 OJ; dès le 1er
janvier 2007: recours en matière de droit public art. 82 al. LTF);
Subséquemment, la prescription de la tentative de soustraction ne commence à
courir qu¿après le terme définitif de la procédure de taxation, le cas échéant,
des procédures de recours, celles-ci étant en outre soumises à la prescription
du droit de taxer (art. 120 LIFD, 47 LHID). Le point de départ du délai de
prescription de la tentative de soustraction est la même pour ce qui est de la
prescription relative ou absolue (cf. art. 184 LIFD; ATF 2A.719/2004, précité,
consid. 4, faisant référence à l¿ATF du 10 août 1998, reproduit in: Archives 68
p. 416 consid. 2b p. 421).

In casu, pour les périodes fiscales
1995 et 1996 l¿ACI avait notifié à la recourante des décisions définitives de
taxation, avant d¿ouvrir après coup une procédure pour soustraction. On se
trouve ainsi en présence d¿une soustraction consommée. En revanche, pour la
période 1997, aucune taxation définitive n¿avait encore été notifiée, et l¿on
se trouve donc en présence d¿une tentative de soustraction. C¿est ce qu¿a
considéré, à juste titre, l¿ACI.

La prescription de l¿art. 184 al. 2
LIFD, concernant les périodes fiscales 1995 et 1996 a été interrompue par un
avis d¿ouverture d¿enquête le 15 novembre 2000. La prescription absolue pour
ces deux périodes respectives ne sera donc atteinte par la prescription absolue
qu¿a fin 2010, respectivement 2011. Pour la période fiscale 1997 la procédure
de taxation est prolongée devant la CDAP comme autorité cantonale de recours
(cf. art. 140ss LIFD, 50 LHID, 4 LJPA), voire devant le Tribunal fédéral (art.
146 LIFD; art. 82 ss LTF). Subséquemment, la prescription de la tentative de
soustraction ne commencera à courir qu¿après le terme définitif de la procédure
de taxation, le cas échéant, des procédures de recours, celles-ci étant en
outre soumises à la prescription du droit de taxer (art. 120 LIFD, 47 LHID). La
prescription absolue du droit de taxer sera atteinte à fin 2012.

d) En matière  d¿impôt cantonal et
communal, la LI est entrée en vigueur le 1er janvier 2001; elle a
abrogé la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI). Les
prononcés d'amendes litigieux se rapportent tous à des périodes fiscales
antérieures à l'entrée en vigueur de la LI. La question se pose donc de savoir
si l¿on applique les prescriptions du nouveau droit ou de l¿ancien droit sur ce
point. Selon le principe de la lex mitior applicable aux prescriptions de la
poursuite pénale, (cf. supra consid. 3.c.), on retiendra la prescription la
plus favorable au recourant, c¿est-à-dire la plus courte.

La LI règle la question de la
prescription de la procédure pénale à son art. 254, dont la teneur est la
suivante:

"Art. 254 - Prescription de la poursuite
pénale

1 La poursuite
pénale se prescrit:

a.           
en cas de violation des obligations de procédure par deux ans et en cas de
tentative de soustraction d¿impôt par quatre ans à compter de la clôture
définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de
procédure ou la tentative de soustraction a été commise;

b.          
en cas de soustraction d¿impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la
période fiscale pour laquelle la taxation n¿a pas été effectuée ou l¿a été de
façon incomplète (¿).

2 La
prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite
du contribuable ou de l¿une des personnes visées à l¿art. 244. L¿interruption
est opposable tant au contribuable qu¿à ces autres personnes. Un nouveau délai
commence à courir à chaque interruption; la prescription ne peut toutefois être
prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale."

Sous l'empire de l'ancien droit,
l'art. 133 aLI prévoyait que la contravention est prescrite quatre ans après la
période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par
tout avis informant le contribuable d'une enquête en cours (al. 1), sauf si
aucune suite ne lui est donnée dans le délai d'une année. Selon la
jurisprudence, l'art. 133 al. 2 aLI doit être interprété en ce sens que l'avis
interruptif de la prescription doit être validé par une opération d'instruction
dans le délai d'une année (arrêts FI.1996.0057 du 5 novembre 1996; FI.1996.0088
du 17 juin 1997). L'art. 133 aLI ne prévoit aucun délai de prescription
absolue. Selon la jurisprudence, l'art. 98a al. 4 aLI qui prévoit un délai de
prescription absolue de douze ans est applicable à la contravention (arrêts
FI.1998.0009 du 14 décembre 2000 consid. 2; FI.1996.0088 du 17 juin 1997;
FI.1996.0070 du 24 août 1999). 

En résumé, les art. 133 aLI et 98 a
al. 4 aLI qui prévoient des délais plus courts que la nouvelle loi (quatre ans
au lieu de dix et douze ans au lieu de quinze) se révèlent plus favorables au
contribuable; ils s¿appliqueront donc à toutes les périodes litigieuses. 

Selon ces dispositions, la
prescription de la poursuite pénale a été atteinte à fin 2007 pour la période
1995 et sera atteinte à fin 2008 pour la période 1996, selon l¿art. 98 al. 4
aLI. A l¿instar du rappel d¿impôt concernant l¿année 1995 en matière cantonale
et communale, l¿amende correspondante est prescrite.

4.                               
Il convient d¿étudier maintenant le
bien-fondé des reprises opérées par l¿autorité intimée, en rappelant au
préalable quelques considérations juridiques déterminantes.

a) En droit fiscal suisse, le bénéfice
net ou le rendement net imposable de la société anonyme correspond au solde du
compte de résultat, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (58
al. 1 LIFD, 54 al. 1 aLI). Il comprend notamment tous les prélèvements opérés
avant le calcul du solde du compte de pertes et profits qui ne servent pas à
couvrir les frais généraux autorisés par l'usage commercial (58 al. 1 lettre b
LIFD, 54 al. 1 lettre b aLI), ainsi que les amortissements, les provisions et
tout avantage procuré à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage
commercial (art. 49 al. 1 lettre c AIFD, 54 al. 1 lettre c LI). Ce texte
exprime le choix du législateur de renvoyer, par principe au droit comptable en
ce qui concerne la détermination du bénéfice imposable. Le droit comptable
constitue en ce domaine un « Massgeblichkeitprinzip » ou « principe
de la déterminance ». Ce résultat comptable est celui qui ressort des
comptes individuels établis conformément aux dispositions de droit commercial.
Il s¿agit en premier lieu des art. 957 ss. CO qui fixent les règles générales
applicable à la comptabilité commerciale. Ce cadre législatif, qui date de
1936, s¿applique à tous les sujets de droit astreints à tenir une comptabilité.
Le droit de la société anonyme est toutefois régi par des règles spéciales
(art. 662 à 673) plus récentes, qui complètent ou dérogent aux art. 957 ss.
(Yersin/Noël, Commentaire LIFD, ad art. 57-58, no 4)

En principe, en l'absence de lacune
matérielle ou d'irrégularité formelle permettant de mettre en doute la force
probante d'une comptabilité, celle-ci bénéficie d'une présomption d'exactitude.
Ainsi, le contribuable et les autorités fiscales sont l'un et l'autre liés par
le bilan annuel et le compte de pertes et profits établis conformément aux
principes comptables (Rivier, op. cit., p. 237). En revanche, si les principes
comptables sont violés et que le compte de pertes et profits ne reflète pas le
bénéfice réel de la société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur,
comme au détriment du contribuable (arrêt du TF du 16 février 2005, 2A. 195/2005, cons. 2.1 ; Francis Cagianut,
Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, Archives
37, 137, 142) Le fardeau de la preuve est alors renversé et il incombe au
contribuable d'apporter d'une autre manière la preuve de l'exactitude de sa
comptabilité, la seule vraisemblance n'étant pas suffisante. En revanche, la
commission d'une soustraction fiscale doit être prouvée par l'autorité fiscale.

b) Pour les périodes fiscales 1995 et
1996 qui ont fait l¿objet d¿une taxation définitive et exécutoire, la reprise
est donc soumise aux conditions du rappel, qui seule autorise la réouverture
par l¿autorité fiscale d¿une taxation entrée en force.

Sur le plan procédural, on relève que
le rappel d¿impôt est notifié à l¿issue d¿une procédure de révision au
détriment du contribuable. Il s¿agit d¿une voie de droit extraordinaire qui
permet exceptionnellement de remettre en cause une décision entrée en force (v.
arrêts FI 1995.0046 du 13 juin 1996, FI 1994.0065 du 18 août 1995, FI 1993.0053
du 20 décembre 1994, FI 1993.0016 du 10 mai 1994). 

En matière d'impôt direct cantonal et
communal, la procédure de révision était, jusqu¿au 31 décembre 2000, réglée aux
art. 107 à 109 aLI. L¿art. 109 al. 1, première phrase, aLI permettait à
l'autorité de taxation de réviser la taxation définitive en défaveur du
contribuable « (...)dans les trois mois dès la découverte du motif de
révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la
décision, lorsqu'elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves
qu'elle n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de
recours ». Selon la jurisprudence du Tribunal administratif (arrêts FI
1993.0100 du 28 octobre 1994 et FI 1993.0101 du 15 mars 1995), cette règle
exigeait seulement que la procédure de révision soit entamée dans le délai de
trois mois dès la découverte du motif de révision, mais non pas que la décision
arrêtant la taxation révisée soit prise à cette échéance. Cette disposition a
été remplacée par l¿art. 207 al. 1 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts
directs cantonaux (ci-après : LI), en vigueur depuis le 1er
janvier 2001. A teneur de cette disposition : «Lorsque des moyens de
preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent
d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû
l'être, ou qu'une taxation passée en force est incomplète ou qu'une taxation
non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre
l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été
perçu, y compris les intérêts. Lorsque le contribuable a déposé une déclaration
complète et précise concernant ses éléments imposables et que l'autorité
fiscale en a admis l'évaluation, un rappel d'impôt est exclu, même si cette
évaluation était insuffisante. » 

Tant s¿agissant de l¿ancien que du
nouveau texte, on entend par faits nouveaux des faits antérieurs à la décision
de taxation, mais découverts après seulement. Ce motif de révision est
admissible pour autant que l'autorité n'ait pas été en mesure, en faisant
preuve de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des
circonstances, de les faire valoir déjà auparavant dans la procédure de
taxation, de réclamation ou de recours (de manière générale, cf. les articles
136, notamment let. d, et 137, notamment let. b, OJF et, sur cette question,
Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation
judiciaire, Berne 1992, vol. V, ad art. 136 n° 5, p. 17 et ss, 137 nos 2.2 et
2.3, p. 26 et ss; références citées; v. aussi, Pierre Moor, Droit
administratif, II, Berne 1991, n° 2.4.4.1; Blaise Knapp, Précis de droit
administratif, 4ème édition, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991 nos 1300 et ss;
v. aussi, Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II 1 et ss). Entre
autres conditions, il faudrait par conséquent, pour que la voie de la révision
soit ouverte, que l'autorité se soit fondée, dans sa première décision, sur des
indications erronées du contribuable ou qu'elle ait, postérieurement à cette
dernière, découvert des faits nouveaux concluants, qui se sont produits avant
la décision entrée en force, et qu'elle ait été empêchée sans sa faute, en
ayant fait preuve de toute la diligence requise, de retenir dans sa décision.
Les faits et preuves invoqués doivent être pertinents; selon Moor, ils le sont
s'il y a lieu d'admettre qu'ils eussent amenés à une décision différente s'ils
avaient été connus à temps (ibid., p. 230; v. en outre plus généralement sur
cette question, Ursina Beerli-Bonorand, Die ausserordentliche Rechtsmittel in
der Verwaltungsrechtspflege des Bundes und der Kantone, Zürich 1985, pp.
96-97).

On rappellera par ailleurs que
l'ancienne LI distingue l'hypothèse de la révision (que l'on peut appeler
rappel d'impôt, lorsqu'elle intervient en défaveur du contribuable), de celle
de la soustraction d'impôt. A l'inverse de l'AIFD, qui, comme on le verra
ci-dessous, ne permettait pas à l'autorité fiscale de revenir sur une taxation
définitive hormis la constatation d'une soustraction (v. FI 1996.0053, déjà
cité), cette solution est également consacrée par la LIFD (v. notamment art.
151 ss LIFD, qui ne présuppose plus l'existence d'une faute; v. au surplus sur
ce point Hugo Casanova, Änderungen rechtskräftiger Verfügungen und Entscheide,
in Archives 61, 447 ss., spéc. p. 453 s.; v. aussi Thomas Meister,
Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Berne 1995, p. 234 ss; v. aussi
Känzig/Behnisch, Die direkte Bundessteuer, no 26, dans lequel est rappelé le
système mis en oeuvre par l'AIFD, et 33 s. ad. art. 126 AIFD qui décrivent le
nouveau régime de la LIFD, FI99/0073 du 12 avril 2000).

S'agissant du droit fédéral, la LIFD,
en vigueur depuis le 1er janvier 1995, prévoit, à son art. 151 al. 1, le rappel
d'impôt, notamment « lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque
là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a
pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en
force est incomplète(...)». Contrairement à ce qui prévalait antérieurement
sous le régime de l'AIFD, le rappel d'impôt ne dépend plus exclusivement de la
commission d'une infraction fiscale.

c) On rappellera que la procédure de
taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p.
255). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de
recours, en matière fiscale (art. 142 al. 4 LIFD; art. 201 LI). Le recours à
l'art. 6 CEDH, disposition dont la jurisprudence a, notamment, tiré le droit de
tout prévenu de se taire durant son procès, est dénué de pertinence, car cette
disposition ne s'applique qu'aux procédures de droit pénal fiscal et non aux
procédures purement fiscales, telles la procédure de taxation et le rappel
d¿impôt (ATF 2A.67/2004 et 2P.34/2004 du 17 février 2005, consid. 4.2. et les
références citées). 

L'autorité doit vérifier la
déclaration (cf. art. 123 et 126 LIFD, 172 et 176 LI). Elle doit déterminer
d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en
cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Dès lors, si
des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant
l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable
qu'il apporte la preuve du contraire (cf. ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266;
92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle
et Francfort s/Main 1998, n° 8 p. 393; Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de
droit fiscal suisse 3ème éd., Berne 1994, p. 58/59) ; dans sa
jurisprudence, le Tribunal administratif a confirmé plusieurs fois ce principe
(v. arrêts FI 2002.0043 du 10 mars 2003 ; FI 2000.0003 du 29 juin
2000 ; FI 1997.0049 du 15 avril 1999 ; FI 1992.0082 du 12 février
1993). En effet, les parties ont l'obligation de collaborer à l'établissement
de la taxation (cf. art. 126 al. 1 LIFD, 90 al. 2 aLI et 176 al. 1 LI ; v.
Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune,
2e éd., Lausanne 1998, p. 142; Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen
Steuerrecht I/1, ad art. 42 LHID, n° 2, p. 496) ; cette obligation s¿étend
du reste à la procédure de rappel d¿impôt (art. 153 al. 3 LIFD et 209 al. 3
LI ; cf. Klaus A. Vallender, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht
I/2b, ad art. 153 LIFD n° 4, p. 415). S¿agissant du fardeau de la preuve, on retient
dans la règle qu¿il appartient à l'autorité de taxation d'établir les faits qui
fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent (ATF 105 Ib 382) ; le
contribuable, pour sa part, doit alléguer et prouver les faits qui suppriment
ou réduisent cette créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257). Ainsi, la
justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d¿une recette
doit être établie par le contribuable ; ce principe est issu de l'art. 8 du
code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC; RS 210), selon lequel chaque partie
doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit,
disposition applicable par analogie en matière fiscale (v. Xavier Oberson, in:
Les procédures en droit fiscal, OREF, 1997, pp. 136-137). 

Le fisc et le contribuable sont donc
tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les
allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit
en apportant des preuves ou indices positifs contraires ; l'omission ou
l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant
de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont
vraisemblables (v., outre Rivier, ibid., Walter Ryser / Bernard Rolli, Précis
de droit fiscal suisse, Berne 2001, 4e éd., p. 462). Le Tribunal administratif
a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (articles 142 al. 4 LIFD et
201 LI) et peut demander un complément d'instruction. Il apprécie les preuves
apportées par les parties et a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine
(ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).

d) En droit fédéral, la soustraction
fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée
insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation
qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner
l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments
nécessaires à une taxation correcte (Arch. 52, p. 454; Arch. 54, p. 660; Arch.
56, p. 345). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes
conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore
entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par
l'art. 176 LIFD.

La réalisation des éléments objectifs
de la soustraction fiscale suppose, d¿une part, que les montants non déclarés
constituent des éléments imposables, d¿autre part, que ces montants soient
entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal
fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé
lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de
son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite;
il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante
(ATF du 22 novembre 1992, Arch. 63, p. 208).

La condition subjective de la
soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive,
soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction
consommée qui est déjà punissable lorsqu¿elle est commise par négligence, la
tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle
(RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Arch. 54, p. 662; Arch. 44, p. 55;
ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à
l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que
celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7,
consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée
lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était
conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette
conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a
aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper
l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant
par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114
Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas
indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a
intention de les soustraire à l'impôt (ATF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2
n° 3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin
inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont
fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Arch. 56, p.
138). La négligence est définie par l¿art. 18 du Code pénal (CP). Ainsi, un
contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance
coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences
de son acte. L¿imprévoyance est coupable quand l¿auteur de l¿acte n¿a pas usé
des précautions commandées par les circonstances et par sa situation
personnelle. Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant
à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et
obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer
l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).

En droit cantonal, les conditions de
la soustraction sont les mêmes, l¿ancienne LI n'opérant toutefois pas de
distinction entre la soustraction consommée et la tentative de soustraction
suivant l'entrée en force ou non de la taxation. Ainsi, l'art. 128 aLI consacre
uniquement une infraction de mise en danger qui est achevée lorsque le
contribuable a accompli tous les actes nécessaires à la soustraction, même si
les irrégularités commises n'ont pas abouti à une taxation définitive au
préjudice de l'Etat.

5.                               
Ces considérations générales
exposées, il convient d'examiner poste par poste les reprises qui demeurent
contestées.

Dans son recours,
la société se réfère à sa correspondance du 3 août 2006, dans laquelle elle a
admis certaines reprises. La Cour se limitera à l¿examen des seules reprises
contestées.

a) Frais de voyage, représentation.
Frais de représentation non justifiés commercialement (Reprise 1.07)

L¿ACI a procédé à la reprise de frais
de représentation pour 2869 fr. en 1995, 3684 fr. en 1996,
523 fr. en 1997, 2710 fr. en 1998, 1288 fr. en 1999 et
2409 fr. en 2000 soit au total 13483 francs. Elle a établi un détail
desdites reprises dans un tableau figurant en annexe de sa décision sur
réclamation du 13 septembre 2007.

Conformément aux principes juridiques
exposés ci-dessus, le contribuable doit alléguer et prouver les faits qui
suppriment ou réduisent une créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257). Ainsi,
la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d¿une
recette doit être établie par le contribuable ; ce principe est issu de l'art.
8 CC, selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle
entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière
fiscale (v. Xavier Oberson, in: Les procédures en droit fiscal, OREF, 1997, pp.
136-137).

A l'audience tenue le 13 juin 2008
dans les locaux de la CDAP, le recourrant a précisé et démontré que la facture
"Boutique E.________, 3.********" de 452 fr. 61 comptabilisée en
1996 et qui a fait l'objet d'une reprise par l'ACI a été remboursée à la
société la même année. Par la voie de ses représentants, l'ACI l'a admis et
s'est déclarée d'accord de renoncer à la reprise de ce montant.

Pour le surplus, les frais de
représentation qui ont fait l¿objet d¿un rappel correspondent clairement, en
fonction des dates et des lieux, à des frais de nature privée. Nous sommes bien
en présence de frais privés que le contribuable a sciemment comptabilisé à tort
dans la société pour en abaisser le bénéfice imposable. Il n¿a jamais apporté
la preuve que ces dépenses manifestement privées revêtaient un caractère
professionnel. Sous réserve du montant de 452 fr. 61 pour l'année 1996, la
recourante n'a pas apporté de preuve supplémentaire à l¿audience du 13 juin
2008 pour démontrer le caractère professionnel des dépenses litigieuses. Elle a
simplement fait valoir que l'activité professionnelle de M. Y.________
l'obligeait à recevoir des clients durant le week-end sans démontrer toutefois
que les dépenses reprises revêtaient effectivement un caractère professionnel. 

Or, en comptabilisant ces frais dans
la société, elle ne pouvait ignorer qu¿il s¿agissait de frais à caractère privé
et l¿on se trouve dès lors bien en présence d¿une soustraction justifiant un
rappel d¿impôt pour l¿année 1996. Le recourant n¿ayant apporté aucune
justification du caractère professionnel des dépenses incriminées, aucune
d¿entre elles ne peut être portée en déduction du bénéfice de l¿entreprise et
le montant de la reprise doit être confirmé, sous réserve de la période 1995
qui, en matière cantonale et communale est atteinte par la prescription du
droit de taxer et du montant de 452 fr. 61 pour l'année 1996 admis par
l'ACI à l'audience du 13 juin 2008.

Selon la jurisprudence du Tribunal
fédéral, une société octroie une distribution dissimulée de bénéfice à son
actionnaire lorsque celle-ci prend en charges ses dépenses privées (ATF,
2A.55/2001 du 6 mars 2002, RF 2002 816, 817 ; Yersin/Noël, Commentaire
LIFD, ad art. 57-58, no 151). Les dépenses privées totalisant le montant de 13'030 fr.
prises en charge par la société constitue donc une distribution dissimulée de
bénéfice qui doivent donc être ajoutées aux revenus du recourant et considérées
comme des dépenses d'emploi de son propre revenu. En raison du caractère répété
des dépenses privées comptabilisées dans les charges de la société, le
caractère intentionnel de la soustraction est confirmé. Toutefois, en raison de
la prescription atteinte en matière cantonale et communale pour la période
fiscale 1995, le rappel concernant l¿impôt cantonal et communal 1995 et
l¿amende correspondante doivent être annulés.

b) Rémunération des clients non
enregistrés (Reprise 1.10)

L¿ACI a repris trois gratifications
annuelles de respectivement 70'000 fr. en 1995, 75'000 fr. en 1996 et
75'000 fr. en 1997 que le recourant a prélevées sur un compte bloqué
« 4.******** » de la Société F.________, société financière à 1.********
(compte mentionné dans la convention, art. 13). Dans une correspondance du 24
janvier 2001, Monsieur Y.________ a reconnu par l¿intermédiaire de sa
mandataire G.________, n¿avoir pas déclaré des « prélèvements effectués
sur le compte bloqué pensant un peu légèrement, il est vrai, qu¿ils
représentaient une juste rémunération de son dévouement à ses clients
importants et très exigeants. »

Dans son recours du 15 octobre 2007,
M. Y.________ actionnaire unique de la société X.________ admet tout à fait que
« lesdits montant perçus soient repris dans son propre chef (il ne peut
par ailleurs en aller autrement), ce dernier ne peut accepter que ces sommes
constituent des prestations appréciables en argent faites par X.________ ».

Selon les pièces du dossier et les
renseignements donnés à l'audience du 13 juin 2008, il apparaît que les sommes
contestées proviennent d'un compte de garantie bloqué qui garantissait à M.
Y.________ des revenus suffisants dans l'hypothèse où la société ne réaliserait
pas un bénéfice suffisant. Les montants contestés ont été retirés en espèce
avec l'accord écrit de M. Z.________ et A.________, mais à l'insu de l'organe
de contrôle de la société. 

En droit fiscal, une société effectue
une distribution dissimulée de bénéfice lorsque celle-ci renonce à un produit
réalisé dans le cadre d¿une transaction commerciale avec un tiers en faveur de
l¿actionnaire (Archives 30 101 ; 56, 103 = RDAF 1989 271, Archives 63, 61
= RDAF 1995 47 ; RDAF 1996 172 ; RDAF 1996 87 ; TF arrêt du 2
juin 2003, 2A.347/2002). Dans cette hypothèse, la société s¿appauvrit en
omettant de comptabiliser ces recettes dans son compte de résultat. Il en va
typiquement ainsi lorsque celle-ci transfère à son actionnaire des ristournes,
des commissions, des bonifications versées par des fournisseurs
contractuellement ou à bien plaire. On rattache, enfin également à cette
catégorie le versement de recettes sur un « compte noir »
n¿apparaissant pas dans la comptabilité de l¿entreprise (Yersin / Noël,
Commentaire LIFD, ad art. 57-58, no 156).

Conformément à l¿art. 58 LIFD et 54 f
aLI, ces produits entrent en considération pour le calcul du bénéfice
imposable. Ils devront également être imposés auprès de l¿actionnaire unique
qui a reconnu les avoir touchés, sans les mentionner dans sa déclaration d¿impôt.

En omettant de déclarer ces revenus,
la société a bien commis une soustraction consommée pour les périodes fiscale
1995 et 1996, ce qui justifie le rappel d¿impôt, sous réserve de la période
1995 atteinte par la prescription du droit de taxer en matière d¿impôt cantonal
et communal. Pour la période 1997, on se trouve en présence d¿une tentative de
soustraction. 

En raison de la prescription atteinte
en matière cantonale et communale pour la période fiscale 1995, le rappel
concernant l¿impôt cantonal et communal 1995 et l¿amende correspondante doivent
être annulés.

c) Non admission de l¿affiliation de
Monsieur Y.________ au plan de la Caisse de prévoyance de la B.________ et de
ses société affiliées (ancien employeur) (Reprise 1.03).

M. Y.________, actionnaire unique et
salarié de X.________ est resté affilié auprès de la Caisse de prévoyance de la
B.________ et des ses sociétés affiliées, soit la caisse de prévoyance de son
ancien employeur. Il a déduit dans la société les cotisations correspondantes.
Considérant que M. Y.________ devait être impérativement affilié auprès de
l¿institution de prévoyance de son propre employeur X.________, c¿est-à-dire
auprès de la Fondation collective LPP de la D.________ assurance en fonction
d¿un plan minimal LPP, l¿ACI n¿a admis pour les périodes 1995 à 2000 que la
déduction des primes que l¿employé et l¿employeur auraient pu verser sur la
base du salaire coordonné LPP et de reprendre les cotisations supplémentaires
en temps que distributions dissimulées de bénéfice.

abc) Les contributions ordinaires
versées par l¿indépendant pour sa propre prévoyance sont déductibles au titre
de frais justifiés par l¿usage commercial au sens de l¿art. 59 let. b LIFD, à
concurrence de la part employeur (part patronale) qu¿il verse pour son
personnel selon le règlement de prévoyance, alors que «la part salariale» est
déductible à titre privé selon l¿art. 33 let. d (Circulaire adaptant l¿AIFD à
la LPP, Archives, 510, ch. II). La «part patronale» équivaut à 50% de la
contribution ordinaire annuelle (art. 66 al. 1 LPP et 331 al. 3 CO) lorsque
l¿indépendant n¿a pas de personnel ou n¿est pas assuré avec son personnel
auprès de la même caisse de pension (Agner/Jung/Steinmann Commentaire LIFD ad
art. 33, N16 ; Locher, Kommentar, ad art. 27, N 61 et les références
citées). En matière d¿AVS, la part patronale de la contribution ordinaire de
l¿indépendant est aussi déduite du revenu déterminant soumis à cotisations
selon l¿art. 9 al. 2 let. e LAVS (ATF 115 V 337, consid. 2a = RF 1990,444), le
Tribunal fédéral ayant même admis la déductibilité des rachats à certaines
conditions (cf. ATF 129 V 293 = RF 2004,144 ; cf. aussi, Directives OFAS m
les cotisations, n° 110). La déduction selon l¿art. 27 al. 2 let. c (et 33 al.
1 let. d)  des contributions de l¿indépendant affectées à sa propre prévoyance
est subordonnée au respect des principes particuliers ancrés dans la LPP. Dans
le respect du principe de collectivité (art. 1 al. 3 LPP), l¿art. 44 LPP oblige
l¿indépendant qui veut participer au 2ème pilier à s¿assurer à l¿institution de
prévoyance en faveur de son personnel, à celle de son association
professionnelle ou, à défaut, à l¿institution supplétive (ATF 13111627,
consid. 4.1 et les références citées) ; la LPP donne ainsi le choix à
l¿indépendant de s¿assurer auprès de l¿institution de prévoyance de son
association professionnelle sur la base d¿un plan maximum, alors que son
personnel est assuré auprès d¿une autre institution de prévoyance avec un plan
minimum. Le principe de collectivité interdit toutefois à l¿indépendant d¿être
seul assuré (ou seulement avec ses associés) sur la base du plan de prévoyance
(art. le al. 2 OPP 2) ; il doit effectivement être assuré avec tout ou
partie des membres de son association professionnelle ou des ses employés (Yersin
/ Noël, Commentaire LIFD, ad art. 27 no 40 et ad art. 59 no12 qui renvoie au
commentaire de l¿art. 27 sur ce point).

Il ressort de ces considérations
juridiques, que l¿administrateur d¿une société ne peut déduire dans les comptes
de la société les cotisations versées à sa propre caisse de prévoyance,
différentes de celle de son personnel ou des membres de son association
professionnelle. De tels versements constituent bien une distribution
dissimulée de bénéfice au sens de l¿art. 58 let. b qui doivent également être
imposés auprès de l¿actionnaire sur la base des art. 20 al. 1 let. c LIFD et 20
al. 1 let. e aLI. La reprise en question opérée auprès de la société par
l¿autorité fiscale est donc justifiée. La solution, consistant à n¿admettre en
déduction que les primes que l¿employé et l¿employeur auraient pu verser sur la
base du salaire coordonné LPP est au demeurant tout à fait correcte. Après
vérification, il apparaît que les calculs effectués par l¿autorité intimée sur
ce point aux pages 14 et 15 de sa décision sur réclamation sont justes et
doivent donc être confirmés, sous réserve de la période fiscale prescrite en
droit cantonal (cf. supra). 

A l¿inverse des reprises traitées en
amont, cette déduction non justifiée par l¿usage commercial n¿est pas constitutive
d¿une soustraction. Cette qualification de soustraction n¿a d¿ailleurs pas été
retenue par l¿ACI pour cette reprise. La question se pose donc de savoir si des
éléments nouveaux permettaient à l¿autorité fiscale de procéder à un rappel
d¿impôt pour les périodes 1995 (en matière fédérale puisqu¿en matière cantonale
il y a prescription) et 1996. Il ressort du dossier que l¿état de pièces au
moment de la taxation ne permettait pas de relever l¿affiliation de M. Y.________
à une caisse de prévoyance différente de celle de son personnel. Les moyens de
preuve qui certes existaient au moment de la taxation déjà, ne sont parvenus à
la connaissance de l¿autorité fiscale qu¿après l¿entrée en force de la taxation
(Yersin / Noël, ad art. 151 no 9).

Sous réserve de la prescription
atteinte pour la période 1995 en matière cantonale et communale, les rappels et
les taxations définitives concernant la reprise 1.10 doivent être confirmés.

Compte tenu de l¿avantage illégal
procuré à l¿administrateur de la société dans les mesures de prévoyance, la
prestation doit être qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice et doit
faire l¿objet d¿une reprise auprès de son bénéficiaire, M. Y.________.

d) Reprise des frais de représentation
comptabilisés de 17'500 fr. par année pour les périodes fiscales 1997 à
2000 et admission à bien plaire d¿un forfait de 6'000 fr. par année pour
les dites périodes (Reprise 1.06).

L¿ACI a partiellement refusé un
forfait de 17'500 fr. perçu par M. Y.________, administrateur unique de la
société, au titre de frais de représentation. Elle a admis dans un premier
temps, à bien plaire un montant de 6000 fr., et repris la différence soit 11'500 fr. pour les périodes
fiscales 1997 à 2000, tant dans les comptes de la société que chez M.
Y.________. 

La recourante a contesté cette
reprise. Elle a fait valoir une proposition de l¿ACI, dans le cadre d¿une
négociation sur l¿ensemble du dossier, de diminuer la reprise à 7'900 fr.
dans l¿hypothèse où la recourante renoncerait à contester les autres points litigieux.
Celle-ci n¿admet pas que l¿autorité fiscale ait retiré sa proposition suite à
la volonté de la société de maintenir son recours.

Au cours de l¿audience du 13 juin
2008, l¿ACI a finalement admis une déduction forfaitaire de 9'600 francs. Elle
a donc admis, avec la recourante, que la reprise sur ce poste soit limitée à
7'900 francs.

Suite à cet accord porté au
procès-verbal de l'audience du 13 juin 2008, ce point n'est plus contesté et
n'a pas besoin d'être examiné par la Cour de céans.

e) Sous compte 6000 « Honoraires
non facturés non enregistrés » (Reprise 1.09) 

Dans sa comptabilité, la société a
enregistré au moment de la facturation (n + 1) des honoraires pour les
prestations de service ayant été accomplies et terminées durant des exercices
antérieurs (exercice n). L¿autorité intimée a contesté ce mode de
comptabilisation. Elle a considéré que les honoraires facturés au début de
l¿exercice n+1 pour des prestations de services accomplies et achevées durant
l¿exercice n, et dont les montants exacts étaient connus de manière exacte au
tout début de l¿exercice n+1 auraient dû être enregistrés dans les comptes de
l¿exercice n. Elle a donc corrigé en conséquence les comptes de la société en
vue de l¿établissement du bénéfice imposable, en opérant une reprise globale de
252'963 fr. pour les périodes fiscales 1995 à 2000. A l¿appui de sa reprise,
elle a produit le tableau explicatif suivant :

	
   

  	
  1995

  	
  1996

  	
  1997

  	
  1998

  	
  1999

  	
  2000

  	
  Total

  	
   

  
	
  Produit
  à recevoir n-1

  	
  0.00
  

  	
  -274'163.00
  

  	
  -441'647.00
  

  	
  -419'250.00
  

  	
  -219'063.00
  

  	
  -293'135.00
  

  	
   

  	
   

  
	
  Produit
  à recevoir n

  	
  274'163.00
  

  	
  441'647.00
  

  	
  419'250.00
  

  	
  219'063.00
  

  	
  293'135.00
  

  	
  252'633.00
  

  	
  1'899'891.00
  

  	
  Cap.
  Total repris

  
	
  Variation
  à reprendre

  	
  274'163.00
  

  	
  167'484.00
  

  	
  -22'397.00
  

  	
  -200'187.00
  

  	
  74'072.00
  

  	
  -40'502.00
  

  	
  252'633.00
  

  	
  Bén.
  Total repris

  

La recourante conteste cette reprise,
au motif qu¿elle s¿en est toujours tenue à la même méthode de bouclement et
qu¿aucun « substrat en terme de matière imposable n¿a pu échapper à
l¿autorité de taxation ».

Au cours de l¿audience du 13 juin
2008, elle a fait valoir subsidiairement, dans l¿hypothèse où le mode de
comptabilisation devait être corrigé dans le sens voulu par l¿autorité intimée,
qu¿un montant de 150'591 fr. comptabilisé en 1995 mais correspondant à des
prestations effectuée en 1994 devrait être déduit du bénéfice 1995. 

X.________ est une société anonyme
soumise aux art. 662 a ss du code des obligations (CO; RS 220) régissant
l¿établissement régulier des comptes annuels. Il ne s¿agit pas d¿une raison
individuelle soumise aux seuls art. 957 CO qui n'imposent pas de méthode
comptable particulière (Gérald Bourquin, Comptabilité commerciale, in:
L'Expert-comptable suisse, 1997, p. 889 ss, no 2.2.5, p. 892). 

En droit fiscal suisse, le bénéfice
net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de
résultats (art. 58 al. 1 LIFD). Les comptes annuels de la société anonyme sont
dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce; ils
doivent être complets, clairs et faciles à consulter (art. 662a et 959 CO). Si
ces principes ne sont pas respectés et que le compte de résultat ne reflète pas
le bénéfice réel de la société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur
comme au détriment du contribuable (Francis Cagianut, Bedeutung der
kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, in: Archives 37, p. 137
ss, p. 142) (Arrêt du TF du 16 février 2006, 2P.195/2005, cons. 3.1).

L¿unité de principe entre résultat
comptable et bénéfice imposable a pour conséquence que ce sont les principes de
comptabilisation et d¿évaluation prévus par le droit comptable qui déterminent
le bénéfice imposable.

En droit fiscal suisse, le principe de
déterminance comporte un aspect matériel et un aspect formel. 

Le principe de déterminance matériel
implique qu'en renvoyant au droit comptable, le droit fiscal reprend à son
compte tous les principes comptables applicables, codifiés ou non, qu'ils se
rapportent au principe de comptabilisation ou d'évaluation.
Le droit fiscal incorpore ainsi les règles comptables et les principes
d'établissement des états financiers qu'il reprend à son compte. Cet aspect
matériel du principe de déterminance joue un rôle théorique et pratique de
premier plan, notamment parce qu'il a pour conséquence que ce sont les règles
et les principes comptables applicables qui déterminent la base de calcul de
l'impôt. Cette facette du principe de déterminance entraîne
les conséquences suivantes:

- Une écriture exigée par le droit
commercial doit être retenue en droit fiscal.

- Une écriture prohibée en comptabilité
commerciale ne peut être autorisée en droit fiscal.

Au-delà de la reprise des principes
comptables, il est en effet admis que les autorités fiscales ont l'obligation
de corriger les écritures qui violeraient le droit commercial.
Ces corrections de bilan doivent intervenir d'office
même si en pratique les autorités fiscales ne modifient les comptes que lorsque
les erreurs sont manifestes et importantes (Glauser P.-M., IFRS et droit fiscal Les normes true and fair
et le principe de déterminance en droit fiscal suisse actuel in Archives 74,
530, 534).

Les autorités fiscales ne peuvent
s'écarter de la comptabilité que si celle-ci est établie en violation des
dispositions impératives du droit commercial ou des prescriptions du droit
fiscal (Rivier, op. cit., p. 351; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle
2007, p. 87).

La question qui se pose est donc celle
de savoir si l¿enregistrement au moment de la facturation (n + 1) des
honoraires pour les prestations de service ayant été accomplies et terminées
durant des exercices antérieurs (exercice n) viole les dispositions impératives
du droit commercial ou des prescriptions du droit fiscal.

Selon les principes généraux de la
comptabilité commerciale, le bilan doit indiquer séparément à l¿actif, dans les
actifs circulant  les créances résultant de ventes et de prestations de
services (Rivier Jean-Marc, la fiscalité de l¿entreprise [société anonyme],
Lausanne, 1994, p. 195).

Le principe de la délimitation dans le
temps ou délimitation périodique nécessite que charges et produits relatifs à
une période donnée (p. ex. intérêts, loyers) soient déterminés et imputés en
conséquence. Dès lors, charges et produits concernant des périodes antérieures
seront, dès qu¿ils sont connus, comptabilisés comme tels. Les délimitations par
nature et dans le temps voient cependant leur champ d¿application réduit par le
principe d¿imparité. L¿imparité signifie une disparité, c¿est-à-dire une
inégalité dans le traitement de la présentation de bénéfices et pertes, à
savoir : les bénéfices ne peuvent être saisis que s¿ils sont réalisés, les
pertes devant être enregistrées, même si elles ne sont pas encore réalisées. En
plus de cela, il sera tenu compte des pertes à craindre par la constitution de
provisions pour risques. Le principe d¿imparité et le principe de réalisation
sont notamment issus du principe de prudence. Les frontières entre délimitation
par nature et délimitation dans le temps d¿une part, et évaluation, d¿autre
part, sont mouvantes (Chambre fiduciaire, Manuel suisse d¿audit, Tome I, 1998,
p. 16). Il  y a lieu d¿accorder une importance toute particulière à la
délimitation périodique des charges c¿est-à-dire à la saisie intégrale des
engagements, des comptes de régularisation passifs et des provisions en raison
du principe de prudence et d¿imparité. 

Conformément au principe de la
réalisation applicable à la tenue régulière des comptes de la SA, un produit
est réputé réalisé normalement lors de la livraison d¿une marchandise ou de
l¿exécution d¿une prestation (Chambre fiduciaire, Manuel suisse d¿audit, Tome
I, 1998, p. 16). Les recettes des exercices futurs doivent en principe être
comptabilisés non au moment de leur encaissement mais dès que l¿entreprise
acquiert une créance ferme (Rivier Jean-Marc, la fiscalité de l¿entreprise [société
anonyme], Lausanne, 1994, p. 195)

Les créances découlant de livraisons
ou de prestations doivent être enregistrées immédiatement (principe de la
réalisation) ; la non-comptabilisation de celle-ci dépasserait la limite
admissible (Chambre fiduciaire, Manuel suisse d¿audit, Tome I, 1998, p. 140).
Les créances sont comptabilisées lorsque les transactions sous-jacentes
(livraisons de marchandises ou prestations de services) sont à ce point
exécutées, qu¿elles donnent naissance à une contrepartie pour l¿entreprise
fournisseur. Il n¿est pas toujours facile de concrétiser ce moment précis. 

Les comptes de régularisation servent
aussi bien à la détermination correcte de l¿état du patrimoine et des dettes à
la date du bilan qu¿à la délimitation périodique au compte de profits et
pertes, des charges et des produits. Ces comptes on un caractère de court
terme. Les comptes de régularisation actifs comprend les actifs transitoires
(charges payées d¿avance imputables au nouvel exercice) et les actifs anticipés
qui comprennent les produits afférents à l¿exercice en cours qui ne seront
encaissés qu¿ultérieurement, tels qu¿intérêts de capitaux, locations,
commissions et remise sur le chiffre d¿affaire (Chambre fiduciaire, Manuel
suisse d¿audit, Tome I, 1998, p. 179).

Il ressort de ces considérations sur
le droit comptable que la recourante aurait dû comptabiliser les créances
résultant de ses prestations de service au moment de leur exécution, le cas
échéant, dans les comptes de régularisation de manière à donner un aperçu aussi
sûr que possible du patrimoine et des résultats de la société.

La comptabilisation des créances au
moment de la facturation viole les principes applicables en droit comptable,
notamment celui de la réalisation et de la périodicité. Elle a pour effet que
les comptes de la société ne donnent plus un aperçu aussi sûr que possible du
patrimoine et des résultat de la société. Elle permet au contribuable d¿étaler
librement son bénéficie sur les périodes fiscales en choisissant
avantageusement le moment de la comptabilisation par l¿établissement de la
facture.

Il ressort d¿ailleurs des comptes de
la société, qu¿à partir de 2001, celle-ci a changé sa méthode de
comptabilisation dans le temps en enregistrant dans sa comptabilité les
produits à recevoir dans le compte « Actifs transitoire et débiteurs
divers », respectivement « Débiteurs ». En l¿espèce, l¿ACI n¿a
pas retenu la soustraction sur ce point. La contribuable n¿a pas violé de
manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la
taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur
tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (Arch. 52, p. 454; Arch.
54, p. 660; Arch. 56, p. 345). Au vu du cons. 4.3 concernant la soustraction,
la Cour de céans est également d¿avis que la soustraction ne doit pas être
retenue sur ce point.

La question se pose alors de savoir
s¿il y a des éléments nouveaux qui justifient les rappels portant sur les
périodes 1995 et 1996. Le Tribunal de céans considère
que tel n¿est pas le cas. Au moment de la taxation, un examen succinct des
comptes de la société aurait permis de relever l¿absence de comptes
transitoires dans lesquels sont comptabilisés les produits à recevoir. En faisant preuve de
l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, l¿autorité fiscale aurait pu faire valoir ce point auparavant dans
la procédure de taxation. Dans ces conditions, les rappels « honoraires
non facturés non enregistrés 1.09 »  de 274'163 fr. et
167'484 fr. opérés sur les taxation définitives de respectivement 1995 et
1996 sont annulées. Seules sont possibles les reprises concernant les périodes
1997, 1998, 1999 et 2000 qui étaient encore provisoires au moments de la
reprise. Il s'ensuit que l'allégation d'une déduction supplémentaire de
150'591 fr. sur la période fiscale 1995, ainsi que formulée en cours
d'audience par la recourante, devient sans objet.

En définitive, il apparaît
toutefois que, conformément au tableau ci-dessous, la reprise finale  reste
identique, que l¿on opère la correction depuis 1995 ou depuis 1997 comme le
préconise la Cour de céans. La reprise finale sur le bénéfice correspond
finalement dans les deux cas au total des produits à recevoir de l¿année 2000
(dernière année de reprise) :

	
   

  	
  1995

  	
  1996

  	
  1997

  	
  1998

  	
  1999

  	
  2000

  	
  Total

  	
   

  
	
  Produit
  à recevoir n-1

  	
  0.00
  

  	
  00
  

  	
  00
  

  	
  -419'250.00
  

  	
  -219'063.00
  

  	
  -293'135.00
  

  	
   

  	
   

  
	
  Produit
  à recevoir n

  	
  00
  

  	
  00
  

  	
  419'250.00
  

  	
  219'063.00
  

  	
  293'135.00
  

  	
  252'633.00
  

  	
  1'899'891.00
  

  	
  Cap.
  Total repris

  
	
  Variation
  à reprendre

  	
  00
  

  	
  00
  

  	
  419¿250
  

  	
  -200'187.00
  

  	
  74'072.00
  

  	
  -40'502.00
  

  	
  252'633.00
  

  	
  Bén.
  Total repris

  

 

En conclusion, au vu des ces
considérations, le montant de la reprise 1.09 de l¿ACI est donc confirmé.

6.                               
En conclusion, la Cour constate qu¿en
matière cantonale et communale, les rappels d¿impôt concernant la période 1995
sont prescrits. 

Il en va de même pour l¿amende
infligée pour la soustraction de l¿impôt cantonal et communal de cette période
qui doit être annulée, au même titre que les rappels d¿impôt en matière
cantonale et communale de cette période.

En outre, certaines reprises doivent
être annulées au vu des considérants ci-dessus.

Le recours est en conséquence
partiellement admis. La décision attaquée sera dès lors annulée et la cause
renvoyée à l¿autorité intimée pour qu¿elle rende une nouvelle décision au sens
des considérants, dans laquelle elle adaptera les amendes à la nouvelle
décision. N'ayant obtenu que très partiellement gain de cause, le recourant
supportera l¿essentiel des frais de justice. Il n'a par ailleurs pas droit à
l'allocation de dépens.

Par ces motifs

 la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

I.                                  
En matière d¿impôt fédéral direct.

a) Le recours est partiellement admis.

b) La décision de l¿Administration cantonale des impôts du 13 septembre
2007 est annulée, le dossier étant retourné pour qu¿elle rende une nouvelle
décision dans le sens des considérants.

II.                                
En matière d¿impôt cantonal et
communal

a) Le recours est partiellement admis.

b) La décision de l¿Administration cantonale des impôts du 13 septembre
2007 est annulée, le dossier  étant retourné pour qu¿elle rende une nouvelle
décision dans le sens des considérants.

III.                               
Un émolument de 7'000 (sept
mille) francs est mis à la charge de la recourante.

IV.                             
Il n¿est pas alloué de dépens.

dl/Lausanne, le 9 juillet 2008

 

Le président:                                                                                             La
greffière:

 

 

 

 

Le présent arrêt est communiqué aux
destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

 

 

 

Il peut faire l'objet, dans les trente
jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en
matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du
17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours
constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,
indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.
Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l¿acte attaqué viole le droit.
Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour
autant qu¿elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision
attaquée.