# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** 965ea24e-b701-5184-9f4b-4d05e9be560c
**Source:** Bundespatentgericht ()
**Court Level:** federal
**Decision Date:** 2021-11-19
**Language:** de
**Title:** Entscheid O2019_007
**Docket/Reference:** O2019_007
**URL:** https://www.bundespatentgericht.ch/rechtsprechung/entscheidanzeige/172/

## Full Text

B u n d e s p a t e n t g e r i c h t

T r i b u n a l   f é d é r a l   d e s   b r e v e t s

T r i b u n a l e   f e d e r a l e   d e i   b r e v e t t i

T r i b u n a l   f e d e r a l   d a   p a t e n t a s

F e d e r a l   P a t e n t   C o u r t

O2019_007

Besetzung

Verfahrensbeteiligte

U r t e i l   v o m   1 9 .   N o v e m b e r   2 0 2 1

Präsident Dr. iur. Mark Schweizer (Vorsitz),
Richter Dr. sc. nat. ETH Tobias Bremi (Referent),
Richter Dr. chem. Michael Kaufmann
Gerichtsschreiber Dr. iur. Lukas Abegg

Illumina Cambridge Limited, 19 Granta Park, Great Abing-
ton, GB-CB21 6DF Cambridge, Cambridgeshire, 

vertreten durch die Rechtsanwälte Dr. iur. Andri Hess und 
lic. iur. Julian Schwaller sowie Rechtsanwältin MLaw Andrea 
Heiniger, Homburger AG, Prime Tower, Hardstrasse 201,
8005 Zürich, patentanwaltlich beraten durch Dr. Claudia Bi-
bus, E. Blum & Co. AG, Vorderberg 11, 8044 Zürich,

Klägerin

gegen

Latvia MGI Tech SIA, Dzirnavu iela 57A-4, LV-1010 Riga,  

vertreten durch Rechtsanwalt Dr. iur. Thierry Calame und
Rechtsanwältin lic. iur. Lara Dorigo, Lenz & Staehelin,
Brandschenkestrasse 24, 8027 Zürich, patentanwaltlich be-
raten durch Dr. Martin Wilming, Hepp Wenger Ryffel AG,
Friedtalweg 5, 9500 Wil,

Beklagte

Gegenstand

Patentverletzung (Unterlassung, Auskunft, Rechnungsle-
gung)

O2019_007

Das Bundespatentgericht zieht in Erwägung,

1.
Am 28. Juni 2019 reichte die Klägerin die Klage ein mit folgenden Rechts-
begehren (die Unterschiede in den zunehmend enger gefassten  Rechts-
begehren 1-3 sowie 4-7 sind jeweils hervorgehoben):

«1. Defendant shall be prohibited, 

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

the following product, be it alone or as part of a kit:

a modified nucleotide molecule 

comprising a purine or pyrimidine base and 

a ribose or deoxyribose sugar moiety 

having a removable 3'-OH blocking group covalently attached thereto

such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z

wherein Z comprises an azido group and is (-CR'2-N3) and

wherein each R' is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, 

arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl, heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, alkoxy, ar-

yloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label attached through a 

linking group,

or R'2 represents an alkylidene group of formula =C(R"')2 wherein each R"' may 

be the same or different and is selected from the group comprising hydrogen 

and halogen atoms and alkyl groups;

2. Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

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from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

O2019_007

Switzerland, storing in Switzerland 

the following product, be it alone or as part of a kit:

a modified nucleotide molecule

comprising a purine or pyrimidine base and

a ribose or deoxyribose sugar moiety

having a removable 3'-OH blocking group covalently attached thereto 

such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z

wherein Z is azidomethyl (-CH2-N3);

3. Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in

Switzerland, storing in Switzerland

the following product, be it alone or as part of a kit:

a modified nucleotide molecule 

comprising a purine or pyrimidine base and

a ribose or deoxyribose sugar moiety

having a removable 3'-OH blocking group covalently attached thereto

such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z

wherein Z is azidomethyl (-CH2-N3) 

and wherein said base is linked to a fluorophore via a cleavable linker;

4. Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

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from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-

ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 

nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 

acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-

otide(s), 

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

5. Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-

ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 

nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 

acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-

otide(s), 

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate, 

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

6. Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-

ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 

nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 

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acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-

otide(s), 

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof

wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-

tion of at least 20 mM;

7. Defendant shall be prohibited, 

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1 )(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1 )(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance, 

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid compris-

ing repeating the steps of (a) incorporating one or more fluorescently labelled 

nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic 

acid and (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucle-

otide(s),

comprising one or more fluorescently labelled nucleotides, 

wherein the fluorescent label is linked to the nucleotides via a cleavable linker,

DNA polymerase

and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 

acid or a salt thereof;

8.  Defendant  shall  be  ordered  under  threat  of  an  administrative  fine  of  CHF 

1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 

least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 

its  organs  pursuant  to  Article  292  CC  in  the  event  of  non-compliance,  to  lay 

detailed accounts within 30 days in accordance with recognized principles of 

accounting,  and  grant  information,  as  to  the  profits  earned  with  Defendant's 

offering and selling of the products according to Prayers for Relief 1-7;

9. Defendant shall be ordered to pay the amount requested by Plaintiff after the 

accounts and information in accordance with Prayer for Relief 8 have been pro-

vided by Defendant; 

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With  costs  and  indemnification  (including  patent  attorney's  expenses)  to  be 

borne by Defendant;

and the following Procedural Motions:

1. Proceedings shall be limited to infringement and injunctive relief (and, poten-

tially, validity) as well as provision of information and data according to Prayers 

for Relief 1 to 8, until a final judgment has been reached on these issues;

2. Proceedings shall for now be suspended as regards the claims for financial 

compensation according to Prayer for Relief 9.»

2.
Am 25. November 2019 erstattete die Beklagte die Klageantwort mit dem 
Antrag, die Klage sei abzuweisen, dies mit folgenden Begehren:

«The Complaint shall be dismissed.

All costs and fees, including the expenses for the assisting patent attorneys to 

be borne by Plaintiff.

PROCEDURAL MOTIONS

The proceedings shall first be limited to the question of Defendant's capacity to 

be sued ("Passivlegitimation'') and a preliminary decision (Vorentscheid) shall 

be rendered in this respect.

Until such decision is rendered, the proceedings shall be suspended as regards 

all other issues.»

3.
Am 26. Februar 2020 fand eine Instruktionsverhandlung statt, eine gütliche 
Einigung konnte nicht gefunden werden.

4.
Am  11.  Mai  2020  erstattete  die  Klägerin  die  Replik,  hielt  an  den  bereits 
gestellten Rechtsbegehren fest, und ergänzte dabei ihre Rechtsbegehren 
wie folgt (die Unterschiede in den zunehmend enger gefassten Rechtsbe-
gehren 4a-4c, 5a-5c, 6a-6c sowie 7a-7f sind jeweils hervorgehoben, unter-
strichen verglichen mit den bereits gestellten Rechtsbegehren und kursiv
verglichen mit Rechtsbegehren 4):

«Prayer for relief 4a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4:

Defendant shall be prohibited,

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under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 4b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4a:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a)

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 4c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4b:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

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from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with

laser light,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 5a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 5b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5a: 

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 5c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5b:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 

laser light,

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 6a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof

wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-

tion of at least 20 mM;

Prayer for relief 6b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6a:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof

wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-

tion of at least 20 mM;

Prayer for relief 6c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6b:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

Seite 10

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from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 

laser light,

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof

wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-

tion of at least 20 mM;

Prayer for relief 7a, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s), 

comprising 

one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 

linked to the base of the nucleotides via a cleavable linker,

DNA polymerase

and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 

acid or a salt thereof;

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Prayer for relief 7b, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7a:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

comprising

one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 

linked to the base of the nucleotides via a cleavable linker,

DNA polymerase

and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 

acid or a salt thereof;

Prayer for relief 7c, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7b:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 

laser light,

comprising

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one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 

linked to the base of the nucleotides via a cleavable linker,

DNA polymerase

and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 

acid or a salt thereof;

Prayer for relief 7d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7c:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s),

comprising

one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 

linked to the base of the nucleotides via an azido moiety-containing cleavable 

linker,

DNA polymerase

and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 

acid or a salt thereof;

Prayer for relief 7e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7d:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

comprising

one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 

linked to the base of the nucleotides via an azido moiety-containing cleavable 

linker,

DNA polymerase

and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 

acid or a salt thereof;

Prayer for relief 7f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 7e:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination with 

laser light,

comprising

one or more fluorescently labelled nucleotides, wherein the fluorescent label is 

linked to the base of the nucleotides via an azido moiety-containing cleavable 

linker,

DNA polymerase

and a buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof, or a supply of ascorbic 

acid or a salt thereof.»

Seite 14

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5.
Am  25.  Juni  2020  erstattete  die  Beklagte  die  Duplik,  ohne  dabei  ihre 
Rechtsbegehren zu ändern.

6.
Mit Antwort vom 27. August 2020 reagierte die Klägerin auf die Duplik, wo-
bei sie die Rechtsbegehren erneut ergänzte, und zwar mit den folgenden
Hilfsbegehren:

«Prayer for relief 4d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4c:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 

incorporated nucleotide,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 4e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4d:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

Seite 15

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incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-

thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 4f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 4e:

Defendant  shall  be  prohibited,  under  threat  of  an  administrative  fine  of  CHF 

1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 

least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 

its organs pursuant to Article 292 CC in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-

thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety,

wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 

incorporated nucleotide,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 5d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5c:

Defendant  shall  be  prohibited,  under  threat  of  an  administrative  fine  of  CHF 

1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 

least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 

its organs pursuant to Article 292 CC in the event of non-compliance, 

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

Seite 16

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nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination

wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 

incorporated nucleotide.

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate, 

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 5e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5d:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination

wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-

thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety.

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof;

Prayer for relief 5f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 5e:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

Seite 17

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kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination

wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-

thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety.

wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 

incorporated nucleotide.

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof; 

Prayer for relief 6d, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6c:

Defendant  shall  be  prohibited,  under  threat  of  an  administrative  fine  of  CHF 

1,000 per day of non-compliance pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at 

least CHF 5,000 pursuant to Article 343(1)(b) CCP, as well as punishment of 

its organs pursuant to Article 292 CC in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 

incorporated nucleotide.

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof

wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-

tion of at least 20 mM;

Prayer for relief 6e, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6d:

Defendant shall be prohibited, 

Seite 18

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under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination, 

wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-

thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety,

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof

wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-

tion of at least 20 mM;

Prayer for relief 6f, subsidiarily (eventualiter) to prayer for relief 6e:

Defendant shall be prohibited,

under threat of an administrative fine of CHF 1,000 per day of non-compliance 

pursuant to Article 343(1)(c) CCP, but of at least CHF 5,000 pursuant to Article 

343(1)(b) CCP, as well as punishment of its organs pursuant to Article 292 CC 

in the event of non-compliance,

from manufacturing, importing into Switzerland, exporting from Switzerland, of-

fering in Switzerland, selling in Switzerland, putting in circulation otherwise in 

Switzerland, storing in Switzerland 

kits for sequencing by successive cycles of sequencing-by-synthesis at least 

two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of (a) 

incorporating  one  or  more  fluorescently  labelled  nucleotides  into  a  strand  of 

nucleic acid complementary to said template nucleic acid and (b) determining 

the identity of one or more of the incorporated nucleotide(s) by illumination,

wherein in step (a) the fluorescently labelled nucleotides comprise an azidome-

thyl group covalently attached at the 3'O-position of the sugar moiety.

Seite 19

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wherein in step (b) illumination is applied to excite the fluorescent label of the 

incorporated nucleotide.

wherein the substrate for incorporation of fluorescently labelled nucleotide is a 

nucleoside triphosphate,

said kits comprising a buffer that comprises ascorbic acid or a salt thereof

wherein the ascorbic acid or salt thereof is present in the buffer at a concentra-

tion of at least 20 mM;»

7.
Die Beklagte reagierte darauf mit Eingabe vom 24. September 2020, und 
die  Klägerin  ihrerseits  mit  Eingabe  vom  21.  Oktober  2020.  Eine  weitere 
Eingabe der Beklagten erfolgte am 5. November 2020, und mit Novenein-
gabe vom 11. November 2020 reichte die Klägerin ein Urteil des Landge-
richts Düsseldorf vom 3. November 2020 (nicht rechtskräftig) ein, mit dem
der  deutsche Teil  des  Patents EP  1 530  578  B1  von  der  Klägerin  in  der 
ersten Instanz offenbar mit Erfolg gegen die Beklagte durchgesetzt worden 
war. Eine  weitere  Noveneingabe der  Klägerin erfolgte am 18.  November 
2021 mit einem  Massnahmeurteil des  Barcelona  Commercial  Court  vom 
12. November 2021, in dem der spanische Teil des Patents EP 1 530 578 
B1  von  der  Klägerin  in  der  ersten  Instanz  mit  Erfolg gegen die  Beklagte 
durchgesetzt worden war. In der gleichen Eingabe bezog die Klägerin auch 
Stellung zur Eingabe der Beklagten vom 5. November 2020. 

8.
Am 2. Dezember 2020 erstattete der Fachrichter das Fachrichtervotum. Mit 
Verfügung vom 25. Januar 2021 wurde das Verfahren ab dem 1. Februar 
2021 bis  31.  Mai  2021  sistiert,  weil  die  ursprünglich  für  den  12.  Februar 
2021  terminierte  Hauptverhandlung  auf  gemeinsamen Wunsch  der  Par-
teien verschoben wurde. Am 29. Januar 2021 nahmen die Parteien Stel-
lung zum Fachrichtervotum.

9.
Mit Eingabe vom 10. März 2021 reichte die Klägerin als weitere Novenein-
gabe eine angeblich erst kürzlich verfügbar gewordene «product and pro-
cess description» aus einem parallelen Verfahren in England ein. Die Be-
klagte verwahrte sich gegen diese Eingabe während der Sistierung. Das 
Gericht forderte darauf die Parteien auf, während der Sistierung auf weitere 
Noveneingaben  zu  verzichten;  eine  Stellungnahme  zur  Eingabe  vom 
10. März 2021 würde als rechtzeitig erachtet, wenn sie binnen zehn Tagen 
nach dem Ende der Sistierung eingehe.

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10.
Am 1. Juni 2021 reichte die Klägerin als weitere Noven eine vorläufige Be-
urteilung des deutschen Bundespatentgerichts vom 19. Januar 2021, und 
Urteile des  Nederlandstalige  ondernemingsrechtbank  Brussel  vom  25. 
März 2021, des Landgerichts Düsseldorf vom 27. April 2021 und der Audi-
encia  Provincial de  Barcelona vom 5.  Mai 2021  ein.  Mit  Eingabe vom 1. 
Juni  2021  nahm  die  Beklagte  Stellung  zur  Noveneingabe  vom  10.  März 
2021 und reichte ihrerseits als Noven neue Unterlagen aus dem US Dis-
covery Verfahren ein, die angeblich erst seit Mitte Januar 2021 erhältlich 
waren. Die Rechtsanwälte der Beklagten wiesen darauf hin, dass Teile der 
eingereichten Unterlagen nicht ihrer Klientin bekannt gegeben dürften («at-
torneys’ eyes only»).

11.
In einer Telefonkonferenz vom 8. Juni 2021 besprachen der Präsident und 
die Parteianwälte die an der Hauptverhandlung zu beachtenden Geheim-
haltungsmassahmen. Im Wesentlichen erklärte sich die Klägerin bereit, an 
der Hauptverhandlung nicht aus den vertraulichen Unterlagen zu zitieren.

12.
Am 14. Juni 2021 fand die Hauptverhandlung statt.

Zuständigkeit

13.
Die Klägerin hat ihren Sitz in Cambridge, Grossbritannien, während die Be-
klagte ihren Sitz in Riga, Lettland, hat. Die Klage stützt sich auf die angeb-
liche Verletzung zweier Schweizer Teile von europäisch erteilten Patenten 
durch (drohende) Handlungen in der Schweiz.

Lettland ist als Mitgliedsstaat der Europäischen Union durch das Überein-
kommen über die gerichtliche Zuständigkeit und die Anerkennung und Voll-
streckung von Entscheidungen in Zivil- und Handelssachen (Lugano-Über-
einkommen, LugÜ, SR 0.275.12) gebunden, die Schweiz ist Vertragspartei 
des Übereinkommens.

Wenn eine unerlaubte Handlung oder eine Handlung, die einer unerlaubten 
Handlung gleichgestellt ist, den Gegenstand des Verfahrens bilden, kann 
eine Partei, die ihren Wohnsitz im Hoheitsgebiet eines durch das Lugano-
Übereinkommen gebundenen Staates hat, vor dem Gericht des Ortes, an 
dem das schädigende Ereignis eingetreten ist oder einzutreten droht, ver-
klagt werden (Art. 5 Nr. 3 LugÜ).

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Vorliegend  behauptet  die  Klägerin  (drohende)  Patentverletzungen  in  der 
Schweiz, also unerlaubte Handlungen i.S.v. Art. 5 Nr. 3 LugÜ. Die örtliche 
Zuständigkeit der Schweizer Gerichte ist daher gegeben. Die Zuständigkeit 
des Bundespatentgerichts ergibt sich aus Art. 26 Abs. 1 lit. a PatGG. 

Die sachliche und örtliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts ist da-
her gegeben, was von der Beklagten auch nicht bestritten wird.

Keine Beschränkung des Verfahrens auf die Frage des Rechtsschutz-
interesses (drohende Verletzungshandlungen)

14.
Gemäss  der Eventualmaxime  (auch  Konzentrationsgrundsatz)  müssen
alle Angriffs- und Verteidigungsmittel in einem bestimmten Prozessstadium 
vorgebracht werden.1 Die Eventualmaxime zieht es nach sich, dass Vor-
bringen eventualiter formuliert und Beweismittel auch für den subsidiären 
Fall eingereicht werden müssen.

15.
Die Beklagte hat in der Klageantwort den Antrag gestellt, dass das Verfah-
ren  – in Abweichung  vom  Konzentrationsgrundsatz  – auf  die  Frage  der 
Passivlegitimation  der  Beklagten  zu  beschränken  sei.  Damit  meint  sie, 
dass  zuerst darüber  zu  entscheiden  sei, ob  die  Beklagte  in der  Schweiz 
überhaupt  Verletzungshandlungen  begangen  habe oder  zu  begehen 
drohe, was unter dem Titel des Rechtsschutzinteresses abgehandelt wird 
(nachstehend E. 24 f.). 

Bereits die Tatsache, dass das Gericht bis zu diesem Urteil nicht über die-
sen Antrag entschieden hat, zeigt, dass es den Antrag ablehnt. Das bringt 
für beide Parteien, aber natürlich v.a. für die Beklagte, die diesen Prozess 
nicht eingeleitet hat, die Beschwerlichkeit mit sich, dass sie sich zu kom-
plexen technischen Sachverhalten äussern müssen, die nicht entscheidre-
levant  sind,  wenn  auf  die  Klage  bereits  mangels  Rechtschutzinteresse 
nicht einzutreten ist.

Die  Gutheissung  des Antrags  auf  Verfahrensbeschränkung  brächte  aber
die Gefahr mit sich, dass das Verfahren wesentlich verzögert wird, wenn 

1 LEUENBERGER, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger (Hrsg.),  Kommentar 
zur  Schweizerischen  Zivilprozessordnung  (ZPO),  3.  Aufl.  Zürich  2016,  Art.  229 
N 1.

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das  Gericht  nach  zweimaligem  Schriftenwechsel  zum  Rechtsschutzinte-
resse  zum  Schluss kommt,  dass  dieses  gegeben  ist.  Dies  lässt  sich  vor 
dem doppelten Schriftenwechsel kaum voraussehen, da die Klägerin in der 
zweiten  Rechtsschrift  unbeschränkt  neue  Tatsachenbehauptungen  und 
Beweismittel  einbringen  kann.  In  Abwägung  des  Interesses  an  einer 
schlanken, d.h. eingeschränkten, und einer schnellen, d.h. umfassenden, 
Prozessführung überwiegt nach Auffassung des Gerichts regelmässig das 
Interesse  an  der  schnellen  Prozessführung,  wie  sie  im  Konzentrations-
grundsatz ihren Niederschlag gefunden hat. Dass die Parteien gezwungen 
sind,  auch  für  den  subsidiären  Fall  zu argumentieren,  ist  eine  hinzuneh-
mende Folge der Eventualmaxime.

Der Antrag  der  Beklagten, das  Verfahren auf das  Rechtsschutzinteresse 
(«Passivlegitimation») zu beschränken, ist daher abzuweisen.

Bestimmtheit des Rechtsbegehrens Nr. 1

16.
Unterlassungsklagen müssen auf das Verbot eines genau umschriebenen 
Verhaltens  gerichtet  sein.  Die  verpflichtete  Partei  soll erfahren,  was  sie 
nicht mehr tun darf, und die Vollstreckungs- oder Strafbehörden müssen 
wissen, welche Handlungen sie zu verhindern oder mit Strafe zu belegen 
haben.2

17.
In ihrem Rechtsbegehren Nr. 1 beschreibt die Klägerin das zu verbietende 
Verhalten durch eine so genannte Markush-Formel. Spezifisch:

«[…] such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure -O-Z

wherein Z comprises an azido group and is (-CR'2-N3) and

wherein each R' is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, 

arylalkyl, alkenyl, alkynyl,  aryl,  heteroaryl, heterocyclic, acyl,  cyano, alkoxy, 

aryloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label attached through 

a linking group,

or R'2 represents an  alkylidene group of formula =C(R"')2 wherein  each R"' 

may be the same or different and is selected from the group comprising hy-

drogen and halogen atoms and alkyl groups.»

2 BGE 142 III 587 E. 5.3 (st. Rsp.).

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Diese Umschreibung umfasst unzählige Moleküle, wobei einzelne davon –
z.B. «substituted alkyl» – auch noch völlig unbestimmt sind (es bleibt offen, 
welche Substituenten von Alkyl unter das Begehren fallen sollen und wie 
lange die Alkylkette sein soll).

Behauptet wird weiter einzig eine Verletzung durch eine Ausführungsform, 
bei der Z = Azidomethyl ist, d.h. R2 eine Methylengruppe ist. Die Klägerin 
behauptet nicht, dass die Gefahr drohe, dass die Beklagte ein anderes Mo-
lekül  als Azidomethyl  als  Schutzgruppe  verwenden  wird.  Daher  fehlt  es 
auch an einem Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung des übermässig 
breiten Rechtsbegehrens Nr. 1.

Auf Rechtsbegehren Nr. 1 ist daher mangels Bestimmtheit sowie mangels 
Rechtsschutzinteresses nicht einzutreten.

Kumulative Häufung der Rechtsbegehren

18.
Werden mehrere Rechtsbegehren gestellt, muss klar sein, in welchem Ver-
hältnis sie zueinanderstehen. Bei der eventuellen Häufung wird ein Even-
tualanspruch  nur  für  den  Fall  gestellt,  dass  der übergeordnete Anspruch 
nicht durchdringt, womit die klagende Partei dem Gericht eine Reihenfolge 
der  Beurteilung  vorgibt.  Unzulässig,  weil  gegen  das  Bestimmtheitsgebot 
verstossend, ist eine alternative Häufung, d.h. die klagende Partei macht 
mehrere Ansprüche geltend, überlasst es jedoch dem Gericht zu entschei-
den,  über  welchen  bzw.  welche  davon  befunden  wird.3 Zulässig  ist  eine 
kumulative Häufung, wenn für die einzelnen Ansprüche das gleiche Gericht 
sachlich zuständig und dieselbe Verfahrensart anwendbar ist4 und die wei-
teren Prozessvoraussetzungen, insbesondere das Rechtsschutzinteresse, 
gegeben sind.

Stellt eine Partei kumulativ mehrere Unterlassungsbegehren, so fehlt es ihr 
an einem Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung eines Unterlassungs-
begehrens,  das  enger  ist  als  ein  anderes  kumulativ  gestelltes  Unterlas-
sungsbegehren, d.h. alle Merkmale des anderen Unterlassungsbegehrens 
und  mindestens  ein  zusätzliches  Merkmal  umfasst oder  mindestens  ein 
Merkmal  des  anderen  Unterlassungsbegehrens  weiter präzisiert.  Die 
blosse  Möglichkeit,  dass  das  Klagepatent  später  einmal  eingeschränkt 

3 BGE 142 III 683 E. 5.3.2.
4 BGE 142 III 683 E. 5.3.2.

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werden könnte, genügt nicht für ein aktuelles Rechtsschutzinteresse. Hin-
gegen  besteht  grundsätzlich  ein  Rechtsschutzinteresse  an  der  Gutheis-
sung eines Unterlassungsbegehrens, das etwas Anderes verbietet als ein 
anderes kumulativ gestelltes Unterlassungsbegehren, d.h. mindestens ein 
Merkmal  eines  anderen  kumulativ  gestellten  Unterlassungsbegehrens
nicht umfasst.

19.
Die Klägerin stellt vorliegend mit der Klageschrift kumulativ sieben Unter-
lassungsbegehren (Rechtsbegehren Nr. 1-7) und in der Replik eventualiter 
zu den Unterlassungsbegehren Nr. 4 bis 6 jeweils drei Eventualbegehren 
(Rechtsbegehren  Nr. 4a-c,  5a-c,  6a-c)  und  sechs  Eventualbegehren  zu 
Rechtsbegehren Nr. 7 (Nr. 7a-f).

Rechtsbegehren Nr. 3 umfasst alle Merkmale gemäss Rechtsbegehren Nr. 
2  sowie  das  zusätzliche  Merkmal  «and  wherein  said  base  is  linked  to  a 
fluorophore via a cleavable linker». Damit fehlt es an einem Rechtsschutz-
interesse  an  Rechtsbegehren  Nr.  3,  wenn  Rechtsbegehren  Nr.  2  gutge-
heissen wird. Wird Rechtsbegehren Nr. 2 abgewiesen, besteht hingegen 
ein Interesse an der Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 3.

Rechtsbegehren  Nr. 4 umfasst nicht alle Merkmale  von Rechtsbegehren 
Nr. 2 oder 3. Die Klägerin hat daher ein Interesse an dessen Gutheissung 
neben der Gutheissung von Rechtsbegehren Nr. 2 oder 3. Rechtsbegehren 
Nr. 5 hingegen umfasst alle Merkmale von Rechtsbegehren Nr. 4 und ein 
zusätzliches  Merkmal («wherein the substrate for incorporation of fluoro-
scently labelled nucleotide is a nucleoside triphosphate»). Falls Rechtsbe-
gehren Nr. 4 gutheissen wird, fehlt es daher an einem Rechtsschutzinte-
resse an Rechtsbegehren Nr. 5. Dasselbe gilt für Rechtsbegehren Nr. 6 im 
Verhältnis zu Nr. 5; auch Rechtsbegehren Nr. 6 umfasst alle Merkmale ge-
mäss Begehren Nr. 5 sowie ein zusätzliches Merkmal.

Hingegen  ist  Rechtsbegehren  Nr.  7  auf  etwas  Anderes gerichtet  als 
Rechtsbegehren  Nr.  6 und  auch  als  Rechtsbegehren  Nr.  4  und  5,  denn 
während der Reagenzienkit gemäss Rechtsbegehren Nr. 4-6 einen «buffer 
comprising ascorbic acid or a salt thereof» enthalten muss, genügt es ge-
mäss Nr. 7, dass er einen «buffer comprising ascorbic acid or a salt thereof 
or a supply of ascorbic acid or a salt thereof» enthält. Rechtsbegehren Nr. 
7 ist also in diesem Punkt breiter als die Rechtsbegehren Nr. 4-6 (enthält 
aber anderen zusätzliche Merkmale von Rechtsbegehren Nr. 6).

Seite 25

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Nicht zu übersehen ist, dass die Kumulation von Unterlassungsansprüchen 
in Verbindung mit Eventualanträgen das Gericht und die Gegenpartei er-
heblich belastet. Vorliegend stellt die Klägerin nicht weniger als 22 Unter-
lassungsbegehren (mit  der  Stellungnahme  zur  Duplik  sogar  31).  Irgend-
wann ist die Schwelle erreicht, bei der ausufernde Rechtsbegehren gegen 
das Verhalten nach Treu und Glauben im Prozess (Art. 52 ZPO) verstos-
sen.

Weitere Eventualbegehren gemäss Stellungnahme zur Duplik

20.
Nach nunmehr gefestigter Rechtsprechung haben die Parteien im ordentli-
chen  Verfahren  wie  auch  im  vereinfachten  Verfahren  zweimal  unbe-
schränkt die Möglichkeit, sich zur Sache zu äussern und namentlich neue 
Tatsachen in den Prozess einzuführen. Danach haben sie nur noch unter 
den eingeschränkten Voraussetzungen von Art. 229 Abs. 1 ZPO das Recht, 
neue Tatsachen und Beweismittel vorzubringen.5 Die Neuformulierung von 
Patentansprüchen im Zivilprozess ist dem Vorbringen von Noven gleich zu 
achten.6

Gemäss Art. 229 Abs. 1 lit. b ZPO werden neue Tatsachen und Beweismit-
tel berücksichtigt, wenn sie ohne Verzug vorgebracht wurden und bereits 
vor Abschluss des Schriftenwechsels oder vor der letzten Instruktionsver-
handlung  vorhanden  waren,  aber  trotz  zumutbarer  Sorgfalt  nicht  vorher 
vorgebracht werden konnten (unechte Noven).

Bringt die Beklagte in der Duplik neue Tatsachenbehauptungen und/oder 
Beweismittel ein, so ist der Sorgfaltsnachweis gemäss Art. 229 Abs. 1 lit. b 
ZPO erfüllt,  wenn «die  Dupliknoven für diese Noveneingabe  kausal sind 
(…). Erforderlich ist einerseits, dass (erst) die Dupliknoven das Vorbringen 
der  unechten  Noven  veranlasst  haben,  andererseits,  dass  die  unechten 
Noven in technischer bzw. thematischer Hinsicht als Reaktion auf die Dup-
liknoven aufzufassen sind».7

21.
Die Klägerin reicht mit ihrer Stellungnahme zur Duplik vom 27. August 2020 
weiter  eingeschränkte Ansprüche  des  Klagepatents  EP  412  ein  (Hilfsan-

5 BGE 146 III 55 E. 2.3.1 – «Durchflussmessfühler».
6 BGE 146 III 416 E. 4.1 m.w.H – «Gelenkpfanne».
7 BGE 146 III 55 E. 2.5.2 – «Durchflussmessfühler».

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O2019_007

sprüche 7-9). Auf diese inter partes geänderten Ansprüche stützen sich er-
sichtlich die Unterlassungsbegehren Nr. 4d-f, 5d-f und 6d-f, welche die Klä-
gerin ebenfalls mit der Stellungnahme zur Duplik einreicht.

Der Aktenschluss trat für die Klägerin mit der Replik ein.  Die mit der Stel-
lungnahme  zur  Duplik  eingereichten  geänderten Ansprüche  könnten  nur 
berücksichtigt werden, wenn die Voraussetzungen von Art. 229 Abs. 1 ZPO 
erfüllt wären; insbesondere, wenn die Änderungen durch neue tatsächliche 
Behauptungen in der Duplik verursacht wurden. Die Klägerin äussert sich 
mit  keinem  Wort  dazu,  weshalb  die  neuen Ansprüche  gemäss  Stellung-
nahme  zur  Duplik novenrechtlich  zulässig  sein  sollten.  Es  ist  auch  nicht 
ersichtlich,  welche  neuen  tatsächlichen Behauptungen  in  der  Duplik  die 
Änderungen der geltend gemachten Ansprüche rechtfertigen.

Die mit der Stellungnahme zur Duplik geänderten Ansprüche können daher 
nicht berücksichtigt werden. Sollten sich die rechtzeitig in den Prozess ein-
geführten Ansprüche alle als ungültig erweisen, erübrigt sich deshalb auch 
eine  Prüfung  der  Rechtsbegehren  Nr.  4d-f,  5d-f  und  6d-f,  da  sich  diese 
nicht auf einen rechtzeitig eingebrachten Patentanspruch stützen können.

Neue tatsächliche Behauptungen und Beweismittel gemäss Stellung-
nahme zur Duplik

22.
Die Klägerin reicht mit der Stellungnahme zur Duplik zahlreiche neue Be-
weismittel ein. Teilweise handelt es sich dabei um echte Noven, die zuläs-
sigerweise  eingebracht  werden  können  (z.B.  Verfügung  vom  13.  Juni 
2020). Andere Beweismittel, die keine echten Noven sind, d.h. bereits im 
Zeitpunkt der Erstattung der Replik existierten, sind nur beachtlich, wenn 
ihre Einreichung durch neue tatsächliche Behauptungen in der Duplik ver-
ursacht wurde (vorne, E. 20). Die Beklagte beantragt, die Stellungnahme 
zur Duplik vom 27. August 2020 sei vollumfänglich nicht zu beachten.

23.
Zahlreiche der mit der Stellungnahme zur Duplik eingereichten Beweismit-
tel sind für die Urteilsbegründung nicht wesentlich. Ob sie zu beachten wä-
ren, kann daher offenbleiben.

Wesentlich ist Beilage 51 zur Stellungnahme zur Duplik, ein Wikipedia-Ar-
tikel zu Fluorescein. Dieser wurde eingereicht als Antwort auf die neue Be-
hauptung in der Duplik, Song et al., Photobleaching Kinetics of Fluorescein 
in Quantitative Fluorescence Microscopy, Biophysical Journal 1995, 2588-

Seite 27

2600 belege, dass Photobleichung nach wenigen Mikrosekunden eintreten
könne (dazu hinten, E. 65). Da kausal verursacht und thematisch bezogen 
auf eine neue tatsächliche Behauptung in der Duplik, ist diese Beilage 51 
zu berücksichtigen.

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Rechtsschutzinteresse

24.
Das  Patent  verschafft seinem  Inhaber  das  Recht,  anderen  zu  verbieten, 
die  Erfindung  gewerbsmässig  zu  benützen. Als  Benützung  gelten  insbe-
sondere das Herstellen, das Lagern, das Anbieten, das Inverkehrbringen, 
die Ein-, Aus- und Durchfuhr sowie der Besitz zu diesen Zwecken (Art. 8 
Abs. 1 und 2 PatG).

Wer eine Erfindung widerrechtlich benützt, kann zivil- und strafrechtlich zur 
Verantwortung gezogen werden (Art. 66 lit. a PatG). Wer durch eine der in 
Art. 66 genannten Handlungen bedroht oder in seinen Rechten verletzt ist, 
kann auf Unterlassung oder auf Beseitigung des rechtswidrigen Zustandes 
klagen (Art. 72 PatG).

Der Patentinhaber ist in seinen Rechten bedroht, wenn das Verhalten des 
Beklagten die künftige Patentverletzung ernsthaft befürchten lässt.8 Lehre 
und  Rechtsprechung  unterscheiden  zwischen  Erstbegehungs- und  Wie-
derholungsgefahr. Analoge Eingriffe in der Vergangenheit sind ein Indiz für 
einen bevorstehenden Eingriff (Wiederholungsgefahr). 

Wenn noch keine Verletzung stattgefunden hat, ist zu prüfen, ob konkrete 
Anhaltspunkte dafür bestehen, dass eine Patentverletzung bevorsteht. Sol-
che  Anhaltspunkte  können  Ankündigungen  des  angeblichen  Verletzers 
sein, dessen Anfragen an Lieferanten und Abnehmer oder Vorbereitungs-
handlungen wie Aufträge an Werbeagenturen oder Insertionsaufträge.9 Be-
reits erfolgte Verletzungen im Ausland können ein Hinweis auf künftige Ver-
letzungen in der Schweiz sein, wenn das entsprechende Produkt üblicher-
weise in allen Ländern in der gleichen Ausstattung angeboten wird und die 
ausländische  Verletzerin, bzw. eine ihrer  Konzerngesellschaften,  auch in 
der Schweiz tätig ist.10

8 BGE 124 III 72 E. 2a – «Contra-Schmerz».
9 DAVID et  al., 
in:  von  Büren/David 
Immaterialgüterrecht (SIWR I/2), 3. Aufl. 2011, RZ 272.
10 SHK PatG-SCHWEIZER, Art. 72 N 11.

(Hrsg.),  Der  Rechtsschutz 

im 

Seite 28

                                                
O2019_007

Nach Rechtsprechung und herrschender Lehre führt die fehlende Bedro-
hung in den Rechten zum Nichteintreten, da es an einem Rechtsschutzin-
teresse fehlt (vgl. Art. 59 Abs. 2 lit. a ZPO).11

25.
Die  Klägerin  behauptet,  es  hätten  bereits  Verletzungshandlungen  in  der 
Schweiz stattgefunden. Insbesondere werde ein Sequenziergerät der Be-
klagten am Health 2030 Genome Center auf dem Campus Biotech in Genf 
betrieben, das nur mit Reagenzien (Kits) der Beklagten funktioniere. Auch 
biete  die  Beklagte  auf  ihrer  Website,  die  sich  auch  an  Kunden  aus  der
Schweiz  richte,  patentverletzende  Dienstleistungen an.  Die  Beklagte  be-
streitet, dass sie auf dem Gebiet der Schweiz patentverletzende Handlun-
gen begeht. Sie erbringe nur «after-sales services» wie Reparaturen und 
Schulungen, die nicht patentverletzend  seien.  Die Sequenziergeräte  und 
Reagenzien würden von anderen Konzerngesellschaften geliefert. Die Klä-
gerin habe schlicht die falsche Gesellschaft eingeklagt.

Es ist in diesem Stadium des Verfahrens unstrittig, dass das in Genf betrie-
bene  Sequenziergerät 
(heutige  Bezeichnung: 
«MGISEQ-2000» 
«DNBSEQ-G400») nicht von der Beklagten, sondern einer anderen Kon-
zerngesellschaft, entweder BGI Complete Genomics Hong Kong Co. Ltd., 
Hongkong, oder MGI Tech Co., Ltd., Shenzen, China, geliefert wurde. An-
dererseits lässt sich das Sequenziergerät nur mit den dazugehörigen, aus 
dem Konzern der Beklagten stammenden, Reagenzien betreiben. Die ge-
genteilige Behauptung der Beklagten ist durch das Benutzerhandbuch, in 
dem gezeigt wird, dass der Barcode der Reagenzienkits gescannt werden 
muss, bevor diese in die Maschine eingesetzt werden, widerlegt. Nicht aus 
dem Konzern der Beklagten stammende Kits können nicht erfolgreich ge-
scannt  werden;  sie  können  nicht  oder  nur  unter  Umgehung  der  Benut-
zungsvorschriften eingesetzt werden.

Die Klägerin behauptet nicht, dass sie die Reagenzien, die sie analysiert 
hat, in der Schweiz erworben hat. M.a.W. ist es ihr offenbar nicht gelungen, 
einen Testkauf in der Schweiz zu tätigen. Die Beklagte ihrerseits behauptet, 
dass die in die Schweiz gelieferten Reagenzien (Kits) durch die MGI Inter-
national  Sales  Co.,  Hong  Kong, geliefert  würden,  was  die  Klägerin nicht 
ausdrücklich bestreitet. Sie bemerkt dazu nur, dass die Ausführungen der 
Beklagten ausweichend seien.

11 BGE 140 III 297, nicht publ. E. 2.3.2 – «Keytrader».

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Für ihre weitere Argumentation stützt sich die Klägerin auf Broschüren für 
u.a. das Sequenziergerät DNBSEQ-G400, die sie aus Zürich «von der MGI 
Website» heruntergeladen habe, ohne allerdings die URL anzugeben, von 
der  die  Broschüren  stammen  (mutmasslich  en.mgitech.cn).  Es  ist  aller-
dings  nach  Überzeugung  des  Gerichts  erstellt,  dass  diese  Broschüren 
nicht  länderspezifisch  sind,  sondern  (in  der  gleichen  Sprache,  hier  Eng-
lisch) weltweit identisch zum Herunterladen angeboten werden. Nicht be-
stritten ist, dass die Broschüren aus dem Konzern der Beklagten stammen 
und mit Wissen einer Konzerngesellschaft der Beklagten im Internet ver-
fügbar gemacht wurden.

In  der  Broschüre  zum  Sequenziergerät  DNBSEQ-G400,  die  insgesamt 
sechs Seiten umfasst, findet sich die nachstehend eingeblendete Weltkarte 
mit  Beschriftungen,  die  sich  ähnlicher  Weise  auch  auf  der  unter 
en.mgitech.ch zugänglichen Website findet.

Abbildung 1: Weltkarte aus der Broschüre für den DNBSEQ-G400 Sequenzierer

Die Beschriftungen zeigen die weltweiten Konzerngesellschaften bzw. Nie-
derlassungen des beklagtischen Konzerns. In Riga, Lettland, befindet sich 
die Beklagte. Als ihre Aufgaben werden angegeben «Qualification Center», 
«After-sales Service Center», «Training Center» und «Logistics Center». 
Auch die Niederlassung/Tochtergesellschaft in Hong Kong ist gemäss der 
Karte  ein  «Logistics  Center»  und  «After-sales  Service  Center»,  und  die 
MGI International Sales Co., Hong Kong, liefert nach Angaben der Beklag-
ten die angegriffenen Reagenzien in die Schweiz.

Die «After-sales Services» werden direkt unter der Weltkarte näher erläu-
tert (siehe nachstehende Abbildung).

Seite 30

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Abbildung 2: Umschreibung der After-sales Services

Gemäss dem ersten Punkt der Aufzählung bietet die Beklagte gratis Instal-
lation  und  Validierung  [der  gekauften Sequenzierer],  inklusive aller  dazu 
benötigter Reagenzien, an. Die für die Validierung benötigten Reagenzien 
sind die gleichen wie die für den produktiven Betrieb benötigten.

Die Beklagte bestreitet, dass die Verwendung der Reagenzien bei der Va-
lidierung – selbst wenn deren gewerbliche Nutzung patentverletzend wäre 
– patentverletzend sei. Die Reagenzien würden die Obhut der Beklagten 
nicht  verlassen,  der  von  der  Beklagten  mit  der  Validierung  beauftragte 
Techniker würde diese selbst verwenden.

Die  Verwendung  der  Reagenzien  zur  Validierung  der  Sequenziergeräte 
fällt unter die gemäss Art. 8 PatG dem Patentinhaber vorbehaltenen Hand-
lungen.  Es handelt sich um eine gewerbsmässige Benutzung.  Keine der 
Ausnahmen  wie Forschungsprivileg, Unterricht oder Privatgebrauch (vgl. 
Art. 9 Abs. 1 PatG) greift. Dass der Techniker die Reagenzien nicht dem 
Kunden überlässt, ändert daran nichts. Ebenfalls müssen die Reagenzien, 
die unstrittig nicht in der Schweiz hergestellt werden, in die Schweiz einge-
führt  werden,  wenn ein  Sequenziergerät in der Schweiz validiert werden 
soll. Bereits die Einfuhr – die wie erwähnt nicht zu rein privaten Zwecken 
erfolgt – ist eine dem Patentinhaber vorbehaltene Handlung (Art. 8 Abs. 2 
PatG). 

Das Angebot, die  zur  Validierung  benötigten  Reagenzien  zu  liefern  oder 
eine  Validierung  unter  Verwendung  der  Reagenzien  vorzunehmen,  ist 
ebenfalls dem Patentinhaber vorbehalten. Die Frage ist, ob sich dieses An-
gebot an Kunden aus der Schweiz richtet.

Das Angebot findet sich in einer englischsprachigen Broschüre, die von ei-
ner  Website  herunterladen  werden  kann, die  auch  aus  der  Schweiz  zu-
gänglich ist. Mutmasslich handelt es sich um eine Website, die unter einem 
Domainnamen zugänglich ist, der unter der länderspezifischen Top Level 
Domain für China («.cn») registriert ist. Die bereitgestellten Informationen 

Seite 31

O2019_007

sind aber weder sprachlich noch inhaltlich auf China beschränkt, sondern 
richten sich ersichtlich an weltweite Kundschaft.

Die Website ist nicht spezifisch auf die Schweiz ausgerichtet.12 Weder ist 
die Website in einer Landessprache verfasst, noch sind Preise in Schwei-
zer  Franken  angegeben  oder  ein  Kontakt  (Telefon,  Adresse)  in  der 
Schweiz. Bei der Benutzung von Marken im Internet betont das Bundesge-
richt, dass die blosse Abrufbarkeit einer Internetseite aus der Schweiz noch 
nicht  bedeute,  dass  die  auf  dieser  Seite  dargestellten  Zeichen  in  der 
Schweiz gebraucht  werden.13 Übertragen auf ein  patentverletzendes An-
gebot auf einer Internetseite bedeutet dies, dass die blosse Tatsache, dass 
die entsprechende Seite auch aus der Schweiz abgerufen  werden kann, 
noch nicht ohne weiteres eine Patentverletzung in der Schweiz begründet.

Andererseits betont das Bundesgericht auch, dass die Möglichkeit, Endge-
räte basierend auf der geographischen Zuordnung der von ihnen verwen-
deten  Internet-Protokoll  Adressen  vom  Zugriff  auf  eine  Website  auszu-
schliessen inzwischen derart gebräuchlich und ohne technische  Schwie-
rigkeiten umsetzbar ist, dass das so genannte «Geoblocking» bei der Ab-
wägung des Interesses der Internetnutzer an einem umfassenden Zugang 
zu den angebotenen Informationen und dem Interesse der Inhaber territo-
rial beschränkter Schutzrechte an deren Durchsetzung zu berücksichtigen 
ist.14 Bei der Interessenabwägung ebenfalls zu berücksichtigen ist, dass es 
für Dritte oft kaum möglich ist, mit hinreichender Sicherheit zu erkennen, 
welche  Konzerngesellschaft  eines  global  tätigen  Konzerns  in  welchem 
Land  welche Aufgaben  übernimmt.  Es  gilt  der  Gefahr  entgegenzutreten, 
dass international tätige Konzerne durch die Verwendung komplexer Struk-
turen  die  Durchsetzung  berechtigter  Interessen  ins  Leere  laufen lassen; 
ähnlich einem Hütchenspieler, der die Kugel immer gerade dort erscheinen 
lässt, wo es seinen Interessen am besten dient.

Kaum ins Gewicht fällt die Tatsache, dass die Website und die Broschüren 
zu  den  Sequenziergeräten  in  englischer  Sprache  verfasst  sind.  In  der 
Hochtechnologie, wozu die vorliegende Technik der Genomsequenzierung 

12 Vgl. zu den Kriterien den Art. 3 der für den Gebrauch von Marken im Internet 
verabschiedeten Joint Recommendation Concerning Provisions on the Protection 
of  Marks,  and  Other  Industrial  Property  Rights  in  Signs,  on  the  Internet  der 
Verbandsstaaten  der  Pariser  Verbandsübereinkunft  und  der  World  Intellectual 
Property Organisation von 2001.
13 BGE 146 III 225 E. 3.3.1 – «Merck».
14 BGE 146 III 225 E. 3.3.3 – «Merck».

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gehört, hat sich die Verwendung von Englisch als lingua franca durchge-
setzt.  Die  angesprochenen  Verkehrskreise  kommunizieren  auf  Englisch. 
Aus der Verwendung der englischen Sprache lässt sich daher weder etwas 
für noch gegen die Ausrichtung auf den Schweizer Markt ableiten.

Auf der Website und in den Produktbroschüren fehlt jeder Hinweis, dass 
die fraglichen Dienstleistungen, namentlich auch die Validierung inklusive 
dazu  benötigter  Reagenzien,  nicht  in  der  Schweiz  angeboten  würden. 
Ebenfalls sind Besucher aus der Schweiz nicht durch technische Massnah-
men wie Geoblocking am Besuch der Website gehindert. Die Beklagte wird 
in den Produktbroschüren als europäische Vertreterin gelistet, ohne dass 
genauer gesagt würde, welche Länder zu Europa gehören. Damit ist die 
Schweiz, die zwar kein Mitglied der Europäischen Union ist, aber geogra-
phisch in Europa liegt, mitgemeint.

Die Beklagte in Riga, die angeblich keine Produkte in die Schweiz liefert, 
wird auf der Website und den Produktbroschüren genauso als «Logistics 
Center»  bezeichnet  wie  die  Tochtergesellschaft  in  Hong  Kong,  die  nach 
klägerischer Auskunft tatsächlich in die Schweiz liefert. Dass die Klägerin 
unter den Umständen den Eindruck erhielt, dass die Beklagte – deren Sitz 
viel näher an der Schweiz liegt als Hong Kong – die innerhalb des beklag-
tischen Konzerns für die Belieferung der Schweiz zuständige Gesellschaft 
sei,  ist daher  verständlich. Diesen  Rechtsschein,  den  sie  bzw.  ihre  Kon-
zerngesellschaften  verursacht  hat,  muss  die  Beklagte  gegen  sich  gelten 
lassen.

Ebenfalls muss sich die Beklagte anrechnen lassen, dass in den Produkt-
broschüren Validierungsdienstleistungen unter Verwendung der angegrif-
fenen Reagenzien angeboten werden, ohne dass es einen Hinweis gäbe, 
dass  diese  Dienstleistungen  nicht  auch  in  der  Schweiz  erbracht  würden 
und ohne dass versucht wird, Besucher aus der Schweiz am Besuch der 
Website  zu hindern.  Dadurch  entsteht  bei  Dritten der  Eindruck,  dass  die 
Beklagte – als «europäische Vertreterin» des beklagtischen Konzerns be-
zeichnet – diese Dienstleistungen auch in der Schweiz anbietet.

Durch das Angebot der Validierung inklusive der dazu benötigten Reagen-
zien verletzt die Beklagte daher die Ausschliesslichkeitsrechte der Patent-
inhaberin  in  der  Schweiz,  soweit  die  Reagenzien  ein  rechtsbeständiges 
Patent verletzen. Durch die Bezeichnung der Beklagten als «europäische 
Vertreterin» und «Logistics Center» entsteht zudem der Eindruck, dass die 

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Beklagte – wie ihre ebenfalls als «Logistics Center» bezeichnete Schwes-
tergesellschaft in Hong Kong – zukünftig auch Reagenzien in die Schweiz 
liefern  wird.  Damit  bestehen  konkrete  Hinweise  auf  eine  bevorstehende 
Verletzung in der Schweiz.

Die Klägerin hat daher ein Rechtsschutzinteresse daran, dass der Beklag-
ten das Angebot, der Vertrieb etc. der angeblich patentverletzenden Rea-
genzien in der Schweiz verboten wird, soweit die angebotenen Produkte 
tatsächlich in den Schutzbereich der geltend gemachten Patente fallen.

26.
Hingegen  fehlt  es  an  einem  Rechtsschutzinteresse  an  der  Gutheissung 
des  Auskunfts- und  Rechnungslegungsbegehrens  Nr.  8.  Die  Klägerin 
konnte nicht nachweisen, dass die Beklagte bereits Reagenzien-Kits in der 
Schweiz verkauft hat. Die drohende Rechtsverletzung ergibt sich wie vor-
stehend dargelegt aus dem Angebot, neu installierte Sequenziergeräte un-
ter Verwendung von Reagenzien-Kits zu validieren. 

Der Verkauf der Sequenziergeräte an sich ist nicht klagepatentverletzend. 
Es wird auch nicht behauptet, dass die Sequenziergeräte nur verkauft wür-
den,  weil  klagepatentgemässe  Kits  angeboten  werden,  m.a.W.  es  wird 
nicht behauptet, dass es nicht möglich wäre, die Sequenziergeräte mit Kits 
mit anderer Chemie zu betreiben, die nicht in den Schutzbereich der gel-
tend gemachten Ansprüche fällt. 

Die Validierung der Sequenziergeräte ist eine dem Verkauf nachgelagerte 
Dienstleistung, die «gratis» angeboten wird, d.h. im Verkaufspreis enthal-
ten  ist. Es  lässt  sich  nicht  behaupten,  dass  die  Beklagte  an  den  für  die 
Validierung verwendeten Kits Geld verdient. Entsprechend fehlt es an ei-
nem Rechtsschutzinteresse des für die Vorbereitung der finanziellen Wie-
dergutmachungsansprüche gestellten Auskunfts- und Rechnungslegungs-
begehrens.

Klagepatente

27.
Die Klage stützt sich auf die schweizerischen Teile von zwei europäischen 
Patenten, nämlich auf EP 1 530 578 B1 (im Folgenden EP 578) und auf EP 
1 828 412 B2 (im Folgenden EP 412).

Das Klagepatent EP 578 wurde am 22. August 2003 unter Beanspruchung 
dreier britischer und US-amerikanischer Prioritäten angemeldet und am 13. 

Seite 34

O2019_007

März 2013 erteilt. Es ist für die Schweiz in Kraft und war Gegenstand eines 
Einspruchsverfahrens. Die Einspruchsabteilung hat den Einspruch mit Ent-
scheidung vom 9. Dezember 2015 zurückgewiesen. Dagegen wurde Be-
schwerde eingelegt, die jedoch kurz vor der mündlichen Verhandlung zu-
rückgenommen und das Beschwerdeverfahren entsprechend abgeschrie-
ben wurde. Deshalb sind die Ansprüche für die Schweiz  in  Kraft, wie sie 
als Patentschrift B1 veröffentlicht wurden.

Das Klagepatent EP 412 wurde am 13. Dezember 2005 unter Beanspru-
chung zweier britischer Prioritäten angemeldet und am 28. November 2012 
erteilt. Es ist ebenfalls für die Schweiz in Kraft und war Gegenstand eines 
Einspruchsverfahrens.  In  erster  Instanz  wurde  das  Patent  mit  Entschei-
dung vom 9. Januar 2019 in geänderter Form aufrechterhalten. Dagegen
wurde Beschwerde eingelegt, aber auch in diesem Fall wurde kurz vor der 
mündlichen  Verhandlung  die  Beschwerde  zurückgenommen,  das  Be-
schwerdeverfahren abgeschrieben und die Entscheidung der Einspruchs-
abteilung über die Aufrechterhaltung in geänderter Form rechtskräftig. Des-
halb sind die Ansprüche für die Schweiz in Kraft, wie sie als Patentschrift 
B2 veröffentlicht wurden.

Technischer Hintergrund

28.
Die anschliessende Zusammenfassung folgt  weitgehend  der  Darstellung 
durch  die  Klägerin  in  der Klageschrift,  RZ 10-33.  Die  Beklagte  bestreitet 
diese Ausführungen nicht, fügt ihr aber noch eigene Ausführungen hinzu.
Diese finden sich auszugsweise in den letzten Absätzen dieses Abschnitts.

Polynukleotide wie die DNA (Desoxyribonukleinsäure) und die RNA (Ribo-
nukleinsäure) sind langkettige Moleküle, die aus kleineren Einheiten, den 
Nukleotiden,  bestehen.  Die  Sequenz  der  Nukleotide  innerhalb  eines  Po-
lynukleotidstrangs kodiert die genetische Information.

Jedes Nukleotid besteht aus drei verschiedenen chemischen Untereinhei-
ten:  einem  Zuckermolekül  mit  fünf  Kohlenstoffatomen  (Pentose),  einer 
stickstoffhaltigen  Base  und  einer  Phosphatgruppe.  Die  fünf  Kohlenstoff-
atome des Zuckers sind von 1' bis 5' nummeriert. Hat der Zucker eine Hyd-
roxylgruppe (OH) an der 2'-Position, wird er Ribosezucker genannt; hat er 
nur ein Wasserstoffatom (H) an der 2'-Position, wird er Desoxyribosezucker 
genannt. Während die DNA als Zuckermoleküle Desoxyribose enthält, ent-
hält die RNA Ribose.

Seite 35

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Abbildung 3: Chemische Struktur von Nukleotiden (aus der Klageschrift, RZ 11)

Zusammen bilden der Zucker und die Base ein Nukleosid. Durch zusätzli-
che Anlagerung von einer, zwei oder drei Phosphatgruppen an die 5'-Posi-
tion des Zuckers wird ein Nukleotid gebildet, d.h. Nukleosidmonophosphat, 
Nukleosiddiphosphat oder Nukleosidtriphosphat sind Nukleotide.

Die Bausteine für die Synthese von DNA oder RNA sind Desoxyribonukle-
osidtriphosphate  (abgekürzt  als  dNTPs)  und  Ribonukleosidtriphosphate 
(abgekürzt als NTPs).

Die stickstoffhaltige Base ist an die 1'-Position der Ribose- oder Desoxyri-
bose-Zuckerkomponente gebunden. Die vier verschiedenen stickstoffhalti-
gen Basen sind Adenin (A), Cytosin (C), Guanin (G) und Thymin (T).

Je nach ihrer spezifischen Stickstoffbase – Adenin, Cytosin, Guanin oder 
Thymin – werden die folgenden Desoxynukleosidtriphosphate (dNTPs) un-
terschieden: dATP, dCTP, dGTP und dTTP.

In der DNA sind die Nukleotide durch jeweils eine Phosphatgruppe am 5'-
Kohlenstoffatom  der  Desoxyribose  eines  Nukleotids  mit  dem  3'-Kohlen-
stoffatom der Desoxyribose des nächsten Nukleotids verbunden. Die Des-
oxyribose  bildet  zusammen  mit  den  angehängten  Phosphatgruppen  das 
Zucker-Phosphat-Grundgerüst  der  DNA,  während  die Abfolge  der  aufei-
nanderfolgenden unterschiedlichen Basen – eine pro Nukleotid – die ge-
netische Information kodiert.

Seite 36

Die DNA besteht aus  zwei spiralförmigen Polynukleotidsträngen in Form 
einer Doppelhelix. Jeder der beiden Polynukleotidstränge besteht aus ei-
ner Sequenz von Nukleotiden (in der nachstehenden Abbildung 4 durch die 
farbigen Querbalken dargestellt).

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Abbildung 4: Schematische Darstellung der Doppelhelixstruktur der DNA (aus Klageschrift, 
RZ 17)

Die beiden komplementären Stränge setzen sich durch Basenpaarung zu-
sammen, wobei Wasserstoffbrücken zwischen den Basen gebildet werden. 
Cytosin (C) paart sich mit Guanin (G) und Adenin (A) mit Thymin (T).

29.
Die komplementäre Basenpaarung der DNA ermöglicht es, ein doppel-
strängiges DNA-Molekül aus einer einzelsträngigen Vorlage zu rekon-
struieren. In der Natur wird dieses Prinzip zur Replikation von DNA ge-
nutzt. Zunächst werden die beiden DNA-Stränge  getrennt. Anschlies-
send  synthetisiert  das  Enzym  DNA-Polymerase  zwei  neue,  komple-
mentäre DNA-Stränge, die zusammen mit den Einzelsträngen («Temp-
lates») zwei neue, doppelsträngige DNA-Moleküle bilden.

Die DNA-Polymerase synthetisiert neue DNA-Stränge in der Richtung von 
5' nach 3', indem sie freie Nukleotide in Form von dNTPs an das 3'-Ende 
des neuen DNA-Strangs anhängt, wie in der nachfolgenden Abbildung dar-
gestellt.

Seite 37

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Abbildung 5: Schematische Darstellung der Synthese neuer DNA-Doppelstränge (aus der 
Klageschrift, RZ 20)

Der  Startpunkt  der  DNA-Replikation  wird  durch  die  Hybridisierung  eines 
kleinen  Oligonukleotids  (manchmal  als  «Primer»  bezeichnet;  typischer-
weise  10-30  Basen)  mit  dem Template-DNA-Einzelstrang bestimmt, 
wodurch die Synthese des komplementären Strangs durch die DNA-Poly-
merase in Gang gesetzt wird. Ein Synthesezyklus führt dazu, dass ein wei-
teres Nukleotid in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird. Das Nuk-
leotid, das in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird, hat eine Base, 
die komplementär zur Base des Nukleotids auf dem Template-DNA-Strang 
ist – wie vorne erwähnt, A paart sich mit T, C paart sich mit G.

30.
Die Prinzipien der DNA-Replikation können auch für die Sequenzierung 
von  DNA  genutzt  werden,  d.  h.  für  die  Bestimmung  der  spezifischen 
Nukleotidsequenz in einem bestimmten DNA-Fragment.

Aus  dem  zu  analysierenden  DNA-Fragment  wird  ein  Einzelstrang  extra-
hiert, und die Stelle, an der die Sequenzierung beginnen soll, wird mit ei-
nem  speziell  ausgewählten  Primer  vorgegeben.  Mit  Hilfe  der  DNA-Poly-
merase  wird  dann,  ausgehend  vom  an  den  Template-DNA-Einzelstrang 
hybridisierten Primer, ein komplementärer Strang aufgebaut, indem nach-
einander komplementäre Nukleotide angefügt werden. Mit Hilfe geeigneter 
Methoden kann bestimmt werden, welche Nukleotide an den komplemen-
tären  Strang  angefügt  werden.  Die modifizierten  Nukleotide  können  bei-
spielsweise  spezifische  fluoreszierende  Markierungen  enthalten, die  den 

Seite 38

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verschiedenen Basen entsprechen. Da jede Base nur an eine bestimmte 
andere Base bindet, kann aus der Sequenz der Nukleotide im komplemen-
tären Strang auf die  Nukleotidsequenz  des analysierten DNA-Fragments 
geschlossen werden.

Die DNA-Sequenzierung kann daher durch Synthese des zum zu analysie-
renden DNA-Einzelstrang komplementären Strangs erfolgen. Dieses Ver-
fahren wird als Sequenzierung durch Synthese (SBS für «Sequencing by 
Synthesis») bezeichnet.

31.
Das von der Klägerin, bzw. ihren Gruppengesellschaften, verwendete
SBS-Verfahren nutzt die DNA-Replikation durch DNA-Polymerase, um 
einzelsträngige Template-Stränge zu sequenzieren, die an einer festen 
Oberfläche, z. B. auf einem Array, befestigt sind. Im Gegensatz zur her-
kömmlichen  DNA-Replikation  wird  beim SBS-Verfahren schrittweise 
nur  ein  Nukleotid  an  den  wachsenden  DNA-Strang  angehängt  und 
dann  pausiert.  Die  Replikationsreaktion  wird  also  nach  jeder  Zugabe 
eines Nukleotids angehalten, und die Identität des neu hinzugefügten 
Nukleotids wird  vor der Anbindung eines weiteren Nukleotids  zu  dem 
wachsenden  DNA-Strang  bestimmt.  Der  Prozess  wird  durch  die  Ver-
wendung modifizierter Nukleotide unterbrochen, die eine blockierende 
Gruppe enthalten, die den weiteren Einbau von Nukleotiden durch die 
DNA-Polymerase  verhindert.  Die  Blockierungsgruppe  ist  abtrennbar
angebracht und kann daher nach der jeweiligen Identitätsbestimmung 
entfernt werden, so dass ein weiterer Zyklus der DNA-Replikation (und 
Sequenzierung) stattfinden kann.

Die  modifizierten  Nukleotide,  die  in  dem  SBS-Verfahren  der  Klägerin
verwendet  werden,  enthalten  eine  abtrennbar gebundene  3'-Blockie-
rungsgruppe  und  eine  abspaltbare  fluoreszierende  Markierung.  Die 
Fluoreszenzsignale kennzeichnen das jeweilige modifizierte Nukleotid 
und können daher zur Identifizierung des eingebauten Nukleotids ver-
wendet werden, während die 3'-Blockierungsgruppe  sicherstellt, dass 
jeweils pro Schritt nur ein einziges Nukleotid von der DNA-Polymerase 
an den wachsenden DNA-Strang angefügt wird.

Jedes  der  vier  verschiedenen  Nukleotide  wird mit  einer  spezifischen 
Fluoreszenzmarkierung versehen. Die Identität des eingebauten Nuk-
leotids  wird dann  anhand  der  Farbe  des  von  der  Fluoreszenzmarkie-
rung erzeugten Fluoreszenzsignals festgestellt.

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Nach der Bestimmung der Identität des eingebauten Nukleotids werden 
die  fluoreszierende  Markierung  und  die  3'-Blockierungsgruppe  abge-
spalten,  und  der  Prozess  wird  durch  die  Hinzufügung  eines  weiteren 
Nukleotids  zu  dem  wachsenden  DNA-Strang  fortgesetzt,  gefolgt  vom 
Nachweis  dieses  weiteren  Nukleotids.  Der  Replikations- und  Detekti-
onszyklus wird wiederholt, um eine Nukleotidsequenz des DNA-Frag-
ments zu bestimmen.

Das SBS-Verfahren, das in der nachstehenden Abbildung schematisch 
dargestellt ist, umfasst somit drei Phasen, die für jedes Nukleotid in den 
Template-DNA-Einzelsträngen wiederholt werden: (i) Nukleotid-Inkorpo-
ration, (ii) Detektion und (iii) Abspaltung

Während  des Nukleotid-Inkorporationsphase baut  die  DNA-Poly-
merase ein einzelnes modifiziertes Nukleotid (d. h. modifiziertes dATP, 
dCTP,  dGTP  und  dTTP)  in  jeden  der  wachsenden  DNA-Stränge  auf 
dem  festen Träger  ein.  Um  die  DNA-Synthese  nach jedem  Replikati-
onszyklus zu unterbrechen, verwendet das SBS-Verfahren der Klägerin
modifizierte Nukleotide, die mit einer entfernbaren Blockierungsgruppe 
an der 3'-(OH)-Position und einer fluoreszierenden Markierung verse-
hen sind. Die Blockierungsgruppe verhindert, dass mehr als ein Nukle-
otid in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird, wodurch die Iden-
tität jedes neu im jeweiligen Schritt einzeln eingebauten Nukleotids fest-
gestellt werden kann. Bei jedem Sequenzierungszyklus werden in der 
Inkorporationsphase frische fluoreszenzmarkierte und  blockierte  Nuk-
leotide  hinzugefügt  und  in  den  wachsenden  DNA-Strang  eingebaut
(von der Beklagten nicht bestritten).

Nach  dem  Einbau  eines  einzelnen  komplementären  Nukleotids  in  den 
wachsenden DNA-Strang wird die Identität des Nukleotids durch Bildge-
bung der festen Oberfläche, an die die Vorlage und die wachsenden DNA-
Stränge  gebunden  sind,  bestimmt (Detektionsphase).  Die  Identität  des 
eingebauten Nukleotids wird nachgewiesen, indem der Fluoreszenzmarker 
durch kurzwelliges Licht angeregt und die Wellenlänge des abgestrahlten 
Lichts bestimmt wird (s. nachstehend E. 32 zur Fluoreszenz).

Nach der Bildgebung werden sowohl die Fluoreszenzmarkierung als auch 
die  3'-Blockierungsgruppe  vom  wachsenden  DNA-Strang  durch  Zugabe 
von geeigneten Chemikalien abgespalten. Durch die Abspaltung der Flu-
oreszenzmarkierung  wird  das  ehemalige  Fluoreszenzsignal  aus  dem 
wachsenden DNA-Strang entfernt,  während durch die Abspaltung der 3'-

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Blockierungsgruppe eine freie 3'-OH-Gruppe bereitgestellt wird, die es er-
möglicht, ein weiteres Nukleotid durch die DNA-Polymerase an den wach-
senden Strang anzufügen. Das Verfahren kann daher durch Anhängen ei-
nes weiteren, wiederum fluoreszenzmarkierten und blockierten Nukleo-
tids an den wachsenden DNA-Strang fortgesetzt werden. Der Replikations-
nachweiszyklus wird so oft wie erforderlich wiederholt, um die Sequenz des 
DNA-Fragments zu bestimmen.

Abbildung 6: Schematische Darstellung der drei Phasen des klägerischen SBS-Verfahrens 
(aus der Klageschrift, RZ 32)

32.
Fluoreszenz ist die Emission von Licht durch eine Substanz, die zuvor Licht 
absorbiert  hat. Solche  Substanzen  werden  als Fluorophore bezeichnet.
Das  emittierte  Licht  hat  bei  Fluoreszenz  eine  grössere  Wellenlänge  und 
damit eine geringere  Energie als die  zuvor absorbierte  Strahlung.  Nach-
dem ein Elektron ein  hochenergetisches Photon absorbiert hat, wird das 
System elektronisch und schwingungsmässig angeregt. Das System ent-
spannt sich schwingungsmässig, d.h. Energie wird teilweise dissipiert, und 
fluoresziert  schliesslich  spontan  und  spinerlaubt  mit  der  verbleibenden 
Energie bei einer längeren Wellenlänge.

Ein Fluorophor kann einen Fluoreszenzprozess wiederholt durchlaufen –
theoretisch beliebig oft. Dies ist nützlich, weil es bedeutet, dass ein Fluoro-
phormolekül ein Signal mehrfach erzeugen kann. In Wirklichkeit ist das Flu-
orophor  jedoch  häufig  aufgrund  seiner  strukturellen  Instabilität  während 
des angeregten Zustands anfällig für Degradation. Besonders eine inten-
sive Bestrahlung kann dazu führen, dass der Fluorophor seine Struktur so 

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verändert, dass er nicht mehr in der gleichen Weise oder sogar gar nicht 
mehr fluoreszieren kann – dieser Effekt wird als Photobleichung bezeich-
net. Ob und wie schnell ein Fluorophor gebleicht wird, hängt unter anderem 
von der  Intensität der Belichtung ab (unter  Verweis auf  Fuller et al., The 
challenges of sequencing by synthesis, Nature Biotechnology 2009, 1013-
1023, 1019).

Ein wichtiger Faktor für die Degradation von Fluorophoren in Lösung ist die 
Anwesenheit von gelöstem Sauerstoff. Molekularer Sauerstoff neigt dazu, 
andere  Strukturen  zu  schädigen,  indem  er  oxidativ  hochreaktive  Sauer-
stoffspezies zur Verfügung stellt (Dittrich et al., Photo bleaching and stabi-
lization  of  fluorophores  used  for  single-molecule  analysis  with  one- and 
two-photon  excitation,  Appl.  Phys.  B  2001,  829-837,  831).  Aus  diesem 
Grund  werden  daher  häufig  Antioxidantien eingesetzt,  um  die  schädli-
chen Auswirkungen  von  reaktiven  Sauerstoffspezies  auf  Fluorophore  zu 
verringern.

Eine weitere Auswirkung reaktiver Sauerstoffspezies ist die Photobeschä-
digung («Photodamage»). Dies ist etwas Anderes als die Photobleichung. 
Der Begriff Photodamage wird verwendet, um die Schädigung anderer Mo-
leküle als des Fluorophors durch die von der starken Lichteinstrahlung er-
zeugten  reaktiven  Sauerstoffspezies  zu  bezeichnen (vgl.  EP  412  Abs. 
[0005]). Eines  der  Moleküle  im  klägerischen  SBS-Verfahren,  das  durch 
Photodamage beschädigt werden kann, ist der zu replizierende DNA-Ein-
zelstrang (das Template).

Rechtsbeständigkeit von Klagepatent EP 1 530 578 B1

33.
Die EP 578 betrifft modifizierte Nukleotide mit einer entfernbaren Schutz-
gruppe (Abs. [0001]), insbesondere zur Verwendung in einem Sequencing-
by-Synthesis Verfahren, bei dem an das zu sequenzierende Polynukleotid 
sukzessive komplementäre Nukleotide angehängt werden (Abs. [0004]). 

Konkret geht es in der  EP 578 darum, für derartige  Verfahren geeignete 
Nukleotide mit reversiblen Blockierungsgruppen, die unter DNA-kompatib-
len Bedingungen entfernt werden können, bereitzustellen (Abs. [0013]).

Der geltend gemachte unabhängige Erzeugnisanspruch 1 der EP 578 lau-
tet in der Merkmalsgliederung der Klägerin, die von der Beklagten akzep-
tiert wird:

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1. A modified nucleotide molecule 

1.1 comprising a purine or pyrimidine base and 

1.2 a ribose or deoxyribose sugar moiety 

1.3 having a removable 3’-OH blocking group covalently attached thereto, 

1.3.1 

such that the 3’ carbon atom has attached a group of the structure -

O-Z

1.3.2 wherein Z is any of -C(R’)2-N(R")2, C(R’)2-N(H)R", and -C(R’)2-N3, 

1.3.3  wherein each R" is or is part of a removable protecting group;

1.3.4a  each R’ is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, 

arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl,  heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, 

alkoxy, aryloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label 

attached through a linking group; 

1.3.4b or (R’)2 represents an alkylidene group of formula =C(R’’’)2 wherein 

each R’’’ may be the same or different and is selected from the group 

comprising hydrogen and halogen atoms and alkyl groups; and 

1.3.5  wherein  said  molecule  may  be  reacted  to  yield  an  intermediate  in 

which  each  R"  is  exchanged  for  H,  which  intermediate  dissociates 

under aqueous conditions to afford a molecule with a free 3’OH.

Massgeblicher Fachmann

34.
Die Kenntnisse und Fähigkeiten des massgeblichen Fachmannes sind in 
zwei Schritten zu bestimmen: Zuerst ist das für die zu beurteilende Erfin-
dung massgebliche  Fachgebiet,  anschliessend  sind  Niveau  und  Umfang 
der  Fähigkeiten  und  Kenntnisse  des  Fachmannes  des  entsprechenden 
Fachgebiets zu bestimmen. Das massgebliche Fachgebiet bestimmt sich 
nach  dem  technischen  Gebiet,  auf  dem  das  von  der  Erfindung  gelöste 
Problem liegt.15

Die Fähigkeiten und Kenntnisse des Fachmannes umschreibt das Bundes-
gericht mit der Formulierung, der durchschnittlich gut ausgebildete Fach-
mann, auf den bei der Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit abgestellt 
werde, sei «weder ein Experte des betreffenden technischen Sachgebiets 
noch  ein  Spezialist  mit  hervorragenden  Kenntnissen.  Er  muss  nicht  den 
gesamten Stand der Technik überblicken, jedoch über fundierte Kenntnisse 

15 BPatGer, Urteil S2019_003 vom 15. August 2019, E. 21.

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und Fähigkeiten, über eine gute Ausbildung sowie ausreichende Erfahrung 
verfügen  und  so  für  den  in  Frage  stehenden  Fachbereich  gut  gerüstet 
sein».16 Was dem fiktiven Fachmann fehlt, ist jede Fähigkeit des assoziati-
ven oder intuitiven Denkens.17

Als allgemeines Fachwissen gelten grundsätzlich nur Lehrbücher und all-
gemeine Nachschlagewerke,18 normalerweise aber nicht wissenschaftliche 
Publikationen oder der Offenbarungsgehalt von Patentanmeldungen.19 Da-
ran  ändert  auch  die Zitierung  von  wissenschaftlichen  Publikationen  oder 
Patentanmeldungen in späteren Patentanmeldungen nichts, denn diese Zi-
tierungen sind kein verlässliches Mass dafür, ob das entsprechende Wis-
sen  tatsächlich zum  allgemeinen  Fachwissen  gezählt  werden  kann.  Erst 
wenn eine technische Lehre Eingang in Lehrbücher oder allgemeine Nach-
schlagewerke  gefunden  hat,  kann  normalerweise  davon  ausgegangen 
werden, dass sie Teil des allgemeinen Fachwissens ist.

Nach der Rechtsprechung des EPA können wissenschaftliche Veröffentli-
chungen oder  der  Offenbarungsgehalt  von  Patentanmeldungen aus-
nahmsweise dem allgemeinen Fachwissen zugerechnet werden, wenn ein 
technisches Gebiet so neu ist, dass es noch keinen Eingang in Lehrbücher 
gefunden hat20 oder wenn eine Serie von Veröffentlichungen übereinstim-
mend zeigt, dass eine Technologie allgemein bekannt war.21

35.
In der Klage definiert die Klägerin den massgeblichen Fachmann nicht, we-
der für EP 578 noch für EP 412. Die Beklagte äussert sich in der Klageant-
wort dahingehend, dass der Fachmann im vorliegenden Fall ein Biochemi-
ker (oder Chemiker mit Spezialisierung auf Biochemie) mit Hochschulab-
schluss und mehrjähriger praktischer Erfahrung in der biochemischen In-
dustrie sei. Während seines Studiums habe er regelmässig eigene prakti-
sche  Erfahrungen  mit  den  klassischen  Sequenzierungsmethoden,  wie  z. 
B. der Sanger-Methode, gesammelt. Er kenne auch die neueren Methoden 
und habe diese möglicherweise schon während seines Studiums oder in 
seiner weiteren beruflichen Laufbahn angewendet. Der Fachmann verfüge
auch  über  ein  solides  chemisches  Wissen  hinsichtlich  der  Bereitstellung 

16 BGE 120 II 71 E. 2.
17 BGE  120  II  312  E.  4b  – «cigarette  d‘un  diamètre  inférieur»;  CR-PI-LBI-
SCHEUCHZER, Art. 1 N 122.
18 BPatGer, Urteil O2018_008 vom 2. Februar 2021, E. 17 – «Tiotropium COPD 
Inhalationskapseln».
19 SHK PatG-SCHWEIZER, Art. 1 N 45. 
20 T 772/89 vom 18 Oktober 1991, E. 3.3; T 1347/11 vom 29. Oktober 2013, E. 4.
21 T 151/05 vom 22. November 2007, E. 3.4.1; T 412/09 vom 9. Mai 2012, E. 2.1.3.

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der entsprechenden Grundbausteine, wie Nukleotide und Nukleoside. Dies 
geschehe in der Regel nicht biochemisch, d.h. enzymatisch, sondern mit-
tels klassischer  Synthesemethoden der organischen Chemie.  Bei  Bedarf 
werde der Fachmann daher zur Klärung von Detailfragen im Zusammen-
hang mit der chemischen Synthese von Nukleotiden oder Nukleosiden auf 
das  Fachwissen  eines  organischen  Chemikers  zurückgreifen  oder  ein 
Team mit einem solchen Chemiker bilden.

Die Klägerin stimmt dem insofern zu, als dass der Fachmann einen Dok-
tortitel in Chemie, Molekularbiologie oder einer eng verwandten Disziplin 
und mindestens fünf Jahre praktische akademische oder industrielle Labo-
rerfahrung in der Forschung und Entwicklung von DNA-Sequenzierungs-
technologien habe und in einem Team arbeite. Hingegen wendet die Klä-
gerin ein, die Ausführungen der Beklagten zu den Kenntnissen des Fach-
manns über klassische Synthesemethoden der organischen Chemie seien 
rückblickend in Kenntnis der Erfindung von EP 578 formuliert.

36.
Die Parteien  sind  sich demnach einig, dass es  sich beim Fachmann um 
einen Chemiker oder Biochemiker handelt, der mehrere Jahre Erfahrung 
im Gebiet des Sequencing-by-Synthesis hat, und der in einem Team arbei-
tet, d.h. gegebenenfalls im gleichen Team arbeitende Kollegen mit etwas 
anderem Hintergrund für Spezialfragen konsultieren wird. Davon ist in der 
Folge auszugehen.

Nicht zum allgemeinen Fachwissen des so definierten Fachmanns gehört 
die  Veröffentlichungsschrift WO91/06678  («WO 678»,  im  Einspruchsver-
fahren D25, auch als «Tsien» bezeichnet) sowie die wissenschaftliche Ver-
öffentlichung Kraevskii  et  al.,  Substrate  Inhibitors  of  DNA  Biosynthesis, 
MOLBBJ 1987, 25-29 («Kraevskii et al. 1987»).

Die Beklagte legt nicht überzeugend dar, dass es sich beim Gebiet der Er-
findung um ein derart junges technisches Gebiet handelt, dass die Gegen-
stände  einschlägiger  Patentanmeldungen  noch  nicht  Eingang  in  Lehrbü-
cher  gefunden  haben,  und  sie  zeigt auch  nicht  auf,  dass  eine  Serie  von 
Veröffentlichungen  übereinstimmend  zeigt,  dass  eine  Technologie  allge-
mein bekannt war. Konkret begründet die Beklagte ihr Argument, die Pa-
tentanmeldung WO 678 gehöre zum allgemeinen Fachwissen damit, dass 
die WO 678 bis zum Prioritätszeitpunkt in 46 später angemeldeten Patent-
familien  zitiert  worden  sei,  und  bis  heute  sogar  in  865  Patentveröffentli-
chungen.

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Massgeblich für die Frage, was zum Prioritätszeitpunkt dem allgemeinen 
Fachwissen zuzurechnen ist, sind höchstens die Zitate bis zum Prioritäts-
zeitpunkt  (und  damit  auch  nicht  die  von  der  Beklagten  ins  Feld  geführte 
Verleihung des Nobelpreises an einen der Autoren, da diese nach dem Pri-
oritätszeitpunkt erfolgte).  Diese  Zitate  zeigen  nur,  dass  die  WO 678 als 
Stand der Technik genannt wurde, nicht aber, ob die von der Beklagten aus 
der WO 678 als allgemeines Fachwissen behauptete technische Lehre in 
den  zitierenden  Dokumenten als allgemein bekannte Technologie darge-
stellt wird. Auch die Tatsache, dass die WO 678 mehr als 10 Jahre vor dem 
Prioritätszeitpunkt  veröffentlicht wurde,  und  offenbar  keinen  Eingang  in 
Lehrbücher gefunden hat22 obwohl es sich bei dem Gebiet der Biotechno-
logie schon damals um ein sich rasch entwickelndes technisches Gebiet 
handelte, bei der man eine regelmässige Überarbeitung der einschlägigen 
Lehrbücher erwarten würde, zeigt, dass die von der Beklagten behauptet
konkrete Offenbarung aus der WO 678 zum Prioritätszeitpunkt noch nicht 
zum allgemeinen Fachwissen gehörte.

All  dies  bedeutet  selbstverständlich  nicht,  dass  die  Offenbarung der 
WO 678  nicht  zum  Stand  der Technik  gehört.  Es  bedeutet  nur,  dass  die 
technische Lehre  der WO 678 nicht  dem allgemeinen Fachwissen  zuzu-
rechnen ist, und dass entsprechend, wenn die WO 678 als Stand der Tech-
nik im Zusammenhang mit der erfinderischen Tätigkeit berücksichtigt wer-
den soll, zu begründen ist, weshalb der Fachmann gerade dieses Doku-
ment beigezogen bzw. als Ausgangspunkt seiner Entwicklung genommen 
hätte.

Warum  die  wissenschaftliche  Veröffentlichung Kraevskii  et  al. 1987 aus-
nahmsweise als zum allgemeinen Fachwissen gehörend zu berücksichti-
gen sein soll, begründet die Beklagte auf den entsprechenden Einwand der 
Klägerin  nur  damit,  dass  dieses  Dokument  in  der WO 678 zitiert  werde. 
Letztere gehört aber nicht zum allgemeinen Fachwissen, weswegen dieses 
Argument ins Leere läuft.

Erfinderische Tätigkeit

37.
Die  Beklagte  erhebt  die  Einrede  der  fehlenden  Rechtsbeständigkeit  des 
Klagepatents EP 578 und macht dabei ausschliesslich geltend, der Gegen-
stand der EP 578 beruhe nicht auf erfinderischer Tätigkeit. 

22 Die Beklagte hat keine entsprechenden Fundstellen in Lehrbüchern vorgelegt.

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38.
Was  sich  in naheliegender  Weise  aus  dem  Stand  der Technik  ergibt,  ist 
keine patentierbare Erfindung (Art. 1 Abs. 2 PatG). Um «eine unzulässige 
ex-post-Betrachtung  auszuschliessen»,  verlangt  das  Bundesgericht  eine 
nachvollziehbare Methode der Beurteilung.23

Dazu bedarf es mindestens der Feststellung der Erfindung, des Standes 
der Technik sowie des massgeblichen Fachmannes und seines Wissens 
und Könnens.24

Das  Bundespatentgericht  wendet  bei  der  Beurteilung  der  erfinderischen 
Tätigkeit in der Regel den vom Europäischen Patentamt (EPA) entwickel-
ten Aufgabe-Lösungs-Ansatz  an.25 Der Aufgabe-Lösungs-Ansatz  gliedert 
sich in drei Phasen: i) Ermittlung des «nächstliegenden Stands der Tech-
nik»,  ii)  Bestimmung  der  zu  lösenden «objektiven technischen Aufgabe» 
und iii) Prüfung der Frage, ob die beanspruchte Erfindung angesichts des 
als  Ausgangspunkt  verwendeten  Stands  der  Technik  («nächstliegender 
Stand der Technik») und der objektiven technischen Aufgabe für die Fach-
person naheliegend gewesen wäre.26

Trotz des Superlativs «nächstliegend» kann es, auch nach der Rechtspre-
chung  der  Beschwerdekammern  des  EPA,27 mehrere  «nächstliegende» 
Entgegenhaltungen  geben,  die  «gleich  weit  entfernt»  sind  von  der  Erfin-
dung.28 Dann muss für die Feststellung, dass die beanspruchte technische 
Lehre nicht naheliegend ist, der Aufgabe-Lösungs-Ansatz ausgehend von 
allen Ausgangspunkten durchgeführt werden. Das Bundesgericht hält da-
bei fest, dass es «nicht wesentlich sein [kann], welches von regelmässig 
mehreren  naheliegenden Elementen  im  Stande  der  Technik  zum  Aus-
gangspunkt der allein entscheidenden Frage genommen wird, ob die Fach-
person schon mit geringer geistiger Anstrengung auf die Lösung des Streit-
patents kommen kann».29

23 BGer, Urteil 4C.52/2005 vom 18. Mai 2005, E. 2.3 – «Kunststoffdübel».
24 BGer, a.a.O.
25 BPatGer,  Urteil  O2013_008  vom  25.  August  2015,  E.  4.4  – «elektrostatische 
Pulversprühpistole»;  Urteil  S2017_001  vom  1.  Juni  2017,  E.  4.6  –
«Valsartan/Amlodipin Kombinationspräparat»; Urteil O2015_011 vom 29. August 
2017, E. 4.5.1 – «Fulvestrant».
26 Richtlinien für die Prüfung im EPA, Ausgabe November 2019, G-VII, 5.
27 Vgl.  Beschwerdekammer  des  EPA,  Entscheidung  T  967/97  vom 25.  Oktober 
2001.
28 BPatGer, Urteil S2017_001 vom 1. Juni 2017, E. 4.6.
29 BGE 138 III 111 E. 2.2 – «Induktionsherd».

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Ausgangspunkt  der  Beurteilung  («nächstliegender  Stand  der  Tech-
nik»): WO 02/29003

39.
Im  ersten  Schritt  des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes  ist  der  nächstliegende 
Stand der Technik im Sinne eines besten Ausgangspunkts für die Beurtei-
lung der erfinderischen Tätigkeit zu bestimmen.

40.
Die Beklagte führt im Zusammenhang mit der erfinderischen Tätigkeit zu-
nächst aus, auf Basis welcher Argumente die EP 578 von der Einspruchs-
abteilung zu Unrecht aufrechterhalten wurde. Diese Ausführungen bleiben 
von der Klägerin unkommentiert.

Als Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit nimmt 
die Beklagte die WO 02/29003 (im Einspruchsverfahren D9, auch als «Ju 
et al.» bezeichnet, in der Folge WO 003).

Bei der Diskussion der erfinderischen Tätigkeit wird von der Beklagten in 
einem ersten  Schritt unter  Bezugnahme auf diverse  Entgegenhaltungen, 
insbesondere  WO  678 (auch  «Tsien»),  ein  Buch  von  Greene  und  Wuts 
(Greene/Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, Hoboken, USA, 1. 
Aufl  1999  (Wiley  and  Sons), im  Einspruchsverfahren  D16,  in  der  Folge 
Greene/Wuts 1999), sowie Kraevskii et al. 1987, umfangreich der techno-
logische  Hintergrund  dargelegt,  dies jedoch  ohne  Bezugnahme  auf  das 
Ausgangsdokument WO 003. Die Erläuterungen beschränken sich dabei 
nicht auf die allgemeinen Prinzipien des Sequencing-by-Synthesis Verfah-
rens, sondern es wird im Detail auf die spezifischen Verfahren beispiels-
weise beschrieben in der WO 678 eingegangen, auf Auswahlkriterien für 
Schutzgruppen unter  Bezugnahme auf Greene/Wuts 1999 und Kraevskii 
et al. 1987, auf die Prinzipien bei der Entfernung der Schutzgruppe und der 
Verhinderung  der Wechselwirkung  mit  der  DNA  Polymerasereaktion  und 
die Einführung der Schutzgruppe, wiederum jeweils unter Bezugnahme auf 
die genannten Dokumente aber nicht auf die WO 003.

Bei der Diskussion der erfinderischen Tätigkeit ist vom Offenbarungsgehalt 
des  Ausgangsdokuments  auszugehen,  unabhängig  davon,  ob  man  den 
vom Bundespatentgericht in der Regel verwendeten Problem-Lösungsan-
satz verwendet oder nicht. Dieser Offenbarungsgehalt ist gegebenenfalls 
zu ergänzen durch das allgemeine Fachwissen. Die Ausführungen der Be-
klagten beziehen sich auf Literatur, die nicht zum allgemeinen Fachwissen 

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gezählt  und  daher  nicht  berücksichtigt  werden  kann (vgl.  dazu  vorne  im 
Detail E. 34). Würde man derartige auf die zu beurteilende Erfindung schie-
lende Ausführungen losgelöst vom Ausgangsdokument und dafür unter Be-
zugnahme  auf  andere  Dokumente  bei  der  Diskussion  der  erfinderischen 
Tätigkeit zulassen, würde infolge des dadurch eingenommenen Blickwin-
kels eine  rückschauende  Betrachtungsweise  eingeführt.  Gleichzeitig 
würde der Offenbarungsgehalt von weiteren Dokumenten, neben dem Aus-
gangsdokument und den ausdrücklichen angeführten Sekundärdokumen-
ten, in die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit einfliessen, was eben-
falls nicht zulässig ist.

41.
Die Klägerin bestreitet nicht, dass WO 003 ein geeigneter Ausgangspunkt 
für die Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit für EP 578 ist. Tatsächlich 
betrifft WO 003 wie  EP  578 ein  Sequencing-by-Synthesis  Verfahren und 
wird auch in der Patentschrift EP 578 bei der Diskussion des Standes der 
Technik erwähnt (Abs. [0008]-[0011]). Auch im Einspruchsverfahren wurde 
die erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 003 beurteilt. Die WO 003 
ist zweifellos ein geeigneter Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfin-
derischen Tätigkeit.

Objektive technische Aufgabe

42.
In der zweiten Phase des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes wird die zu lösende 
technische  Aufgabe  objektiv  bestimmt.  Hierfür  werden  das  Patent,  der 
nächstliegende Stand der Technik und die zwischen der beanspruchten Er-
findung und dem nächstliegenden Stand der Technik bestehenden Unter-
schiede in Bezug auf die (strukturellen oder funktionellen) Merkmale unter-
sucht (die auch als Unterscheidungsmerkmal(e) der beanspruchten Erfin-
dung bezeichnet werden), anschliessend wird die aus diesen Unterschei-
dungsmerkmalen resultierende technische Wirkung bestimmt und dann die 
technische Aufgabe formuliert.30

43.
Als Unterscheidungsmerkmal der Erfindung zu WO 003 identifiziert die Be-
klagte  die  genaue Art  der  Schutzgruppe,  d.h.  die  Merkmale  1.3.1-1.3.5.
Das  Unterscheidungsmerkmal  habe,  so  die  Beklagte, keine  technische 
Wirkung. Die Beispiele gemäss EP 578 zeigten nicht, dass sich die Schutz-

30 BPatGer, Urteil S2019_007 vom 1. Oktober 2019, E. 32 – «Tadalafil 5 mg».

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O2019_007

gruppe bei milden Bedingungen lösen liesse, ohne die DNA zu denaturie-
ren. Typische für SBS-Verfahren verwendete Primer hätten eine minimale 
Länge von zehn Basenpaaren. Deren Schmelzpunkt liege je nach Salzkon-
zentration der Lösung zwischen 43,5°C und 48°C. Gemäss EP 578 würden 
die Schutzgruppen während 15 Minuten bei 65°C gelöst und mit einer TE-
Bufferlösung  ausgewaschen.  Bei  diesen  Temperaturen  werde  der  Pri-
mer/DNA Duplex komplett geschmolzen. Wenn nur einer der DNA-Stränge 
an den Microbeads angebracht sei, werde der andere Strang zusammen 
mit der Schutzgruppe entfernt und der Zyklus unterbrochen. Das Verfahren 
gemäss  EP 578  funktioniere  nur,  weil  die  Hairpin-Methode  verwendet 
werde, die eine vollständige Denaturierung der DNA verhindere. Daher sei 
die zu lösende Aufgabe die Bereitstellung eines alternativen Nukleotidmo-
leküls.

Die Klägerin entgegnet, die WO 003 verlange, dass der wachsende DNA-
Strang die Wasch-, Detektions- und Spaltungsschritte überstehe, ohne von 
der DNA-Matrize gelöst zu werden (WO 003, S. 41:17-19). WO 003 zeige 
jedoch nicht in ausführbarer Weise, wie dieses Ziel erreicht werden könne. 
Die  technische  Wirkung  des  Unterscheidungsmerkmals  zwischen  dem 
nächstliegenden Stand der Technik WO 003 und den erteilten Ansprüchen 
von  EP  578  sei eine  3'-OH-Blockierungsgruppe, die  ohne  Denaturierung 
der DNA-Matrize und der wachsenden DNA-Stränge, d.h. in einer wässri-
gen Umgebung unter Bedingungen, die mit DNA und DNA-Sequenzierung 
durch  Synthese  kompatibel  sind,  gelöst  werden  könne.  Das  sich  daraus 
ergebende objektive technische Problem sei die Bereitstellung von Verbin-
dungen mit verbesserten Eigenschaften, die an den DNA-Strang angefügt
werden können und die eine Blockierungsgruppe enthalten, die ohne De-
naturierung der DNA entfernt werden könne. 

Dieses  Problem  werde  durch  das  Klagepatent  EP 578  glaubhaft  gelöst. 
Das Anfügen an den DNA-Strang erfolge bei für SBS-Verfahren üblichen 
Bedingungen,  mit  einem  gewöhnlichen  Puffer  bei  einer  Temperatur  von 
65°C während 10-15 Minuten. Die Entfernung der Blockierungsgruppe er-
folge  mit  in Wasser  gelöstem TCEP  (Tris-(2-Carboxyethyl)  Phosphin-Tri-
natriumsalz) in einer Konzentration von 0,1 M während 15 Minuten bei der 
gleichen  Temperatur  (65°C). Es  gebe  keinen  Grund,  die  Eignung  dieser 
Bedingungen für das Anfügen an den DNA-Strang in Frage zu stellen. Taq-
Polymerase, eine beispielhafte Polymerase, die routinemässig in der PCR 
verwendet werde, werde normalerweise 15 Minuten lang bei 68°C bis 72°C 
inkubiert.  Es  sei  offensichtlich, dass unter diesen  Bedingungen, die  eine 
DNA-Synthese  ermöglichen,  die  Verbindung  von  Basenpaaren  möglich 

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sein müsse. Daher gebe es keinen Grund, daran zu zweifeln, dass die Ent-
fernung der Blockierungsgruppen mit einer wässrigen Lösung bei der glei-
chen Temperatur wie im vorangegangenen Schritt (die Temperatur werde 
wahrscheinlich  der  Einfachheit  halber  beibehalten),  durchgeführt  werden 
könne, ohne die DNA zu denaturieren. Daher sei glaubhaft, dass die Of-
fenbarung von EP 578 das objektive technische Problem löse.

44.
Tatsächlich offenbart  die  WO  003  selbst  für  die  spezifisch  genannten 
Schutzgruppen  nur  schematische  Bedingungen  für  die  Entfernung  der 
Schutzgruppe (siehe insbesondere Figur 14) und somit keine ausführbaren
chemischen Bedingungen. Die in WO 003 konkret beschriebenen Bedin-
gungen sind nicht nachweislich so, dass sie die DNA nicht denaturieren.
Die Beklage führt dazu aus, die WO 003 verweise im Zusammenhang mit 
der Entfernung der MOM-Gruppe auf Ireland/Varney, Approach to the Total 
Synthesis of Chlorothricolide: Synthesis of (±)-19,20-Dihydro-24-0-methyl-
chlorothricolide, Methyl Ester, Ethyl Carbonate, J. Org. Chem. 1986, 635-
648 («Ireland/Varney 1987»), und bei Entfernung unter den dort genann-
ten Bedingungen sei die Entfernung kompatibel mit SBS (d.h. die Diskus-
sion der erfinderischen Tätigkeit der Entscheidung des EPA).

Tatsächlich verweist die WO 003 an mehreren Stellen für die Entfernung 
der MOM-Schutzgruppe auf diese wissenschaftliche Veröffentlichung. Sie 
hält dabei fest, unter Bezugnahme auf Figur 14, die dort genannten Reak-
tionsbedingungen  seien  «ziemlich  mild  und  spezifisch  und  würden  die 
DNA-Template  Einheiten  nicht  abbauen» (WO  003,  S. 58:32-S. 59:4), 
ohne einen konkreten Nachweis zu erbringen. Auf der von der Beklagten 
angerufenen Seite 640 der  Veröffentlichung Ireland/Varney  1987 werden 
aber genau wie in der Figur 14 der WO 003 nur schematische Bedingungen 
angegeben, und insbesondere wird zur Hauptsache mit Acetonitril als Lö-
sungsmittel gearbeitet sowie mit LiBF4. Damit erschöpft sich die Aussage 
in der WO 003 in einem Vorschlag ohne konkreten Nachweis, dass auch 
tatsächlich die Kompatibilität mit DNA gegeben ist. Der Fachmann konnte 
angesichts des zur Hauptsache organischen Lösungsmittels und der an-
gegebenen beachtlich hohen Temperatur von 70°C nicht eindeutig davon 
ausgehen, dass diese Entfernung der MOM-Schutzgruppe tatsächlich die 
DNA nicht denaturiert. Zudem sind die Bedingungen, soweit überhaupt of-
fenbart, nicht rein wässrig.

Die objektive technische Aufgabe ist entsprechend nicht die Bereitstellung 
einer Alternative,  sondern  – im  Wesentlichen  der  Klägerin  folgend  – die 

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O2019_007

Bereitstellung  eines  verbesserten  Nukleotidmoleküls  mit  einer  Blockie-
rungsgruppe an der 3’-OH-Stelle, die kompatibel mit dem SBS-Verfahren 
ist  und  insbesondere  nicht  zur  Denaturierung  der  DNA  führt,  wenn  die 
Schutzgruppe entfernt wird.

Diese Aufgabe wird durch EP 578 auch glaubhaft gelöst. 

Die Beklagte meint dazu, die Aufgabe sei generell und insbesondere be-
züglich des Arguments der Denaturierung als die Bereitstellung einer Alter-
native zu sehen. Die EP 578 löse ausgehend von WO 003 gar kein Prob-
lem, denn die Denaturierung werde in der WO 003 bereits durch die dort 
verwendete Hairpin-Methode verhindert. Dieses Argument überzeugt des-
wegen  nicht,  weil  in  WO  003  die  Verhinderung  der  Denaturierung  auch 
beim Verfahren nach diesem Dokument, also mit der Hairpin-Methode, als 
wesentlich hervorgehoben  wird  (S.42:17-19,  eingeleitet  mit  «The  funda-
mental requirements for such a system to work are…»). Entgegen der Be-
hauptung der  Beklagten in  in der Klageantwort  sagt WO 003 nicht, dass 
ein «self priming» DNA-Strang (also mit Hairpin) das Risiko der Denaturie-
rung vermeidet. WO 003 sagt in Anspruch 9 «attached primer comprises a 
stable loop» und in Seiten 47-49,  «Construction of a Surface  Containing 
Immobilized  Self-primed  DNA  Moiety»,  dass  ein  «looped  primer»
vorhanden  ist  und  dass  «the  looped  primer (B)  is  designed  to  contain a 
very stable loop». Das betrifft den Hairpin selber und den Primer. Wesent-
lich für das Funktionieren der SBS ist aber, dass die  Paarung von Matri-
zenstrang und Komplementärstrang (also die Nicht-Denaturierung) unmit-
telbar bei dem neu einzubauenden Nukleotid, und zwar zu dem Zeitpunkt, 
zu  dem dieses  neue  Nukleotid  eingebaut  wird,  auch  nach Trennung  der 
Stränge und anschliessendem Re-pairing gewährleistet ist, und zwar ohne 
Misalignments. In Fig. 6B, die auf Seiten 47-49 von WO 003 angesprochen 
wird, ist das die Position des Komplementärstrangs, die mit «C-OR-3'» an-
gegeben ist. Nach der Ansicht des Gerichts nimmt die Bedeutung und Wir-
kung  des  Hairpins  in der  Verhinderung der  Denaturierung  mit  anschlies-
sendem Re-pairing ohne Misalignments in der Umgebung des neu einzu-
bauenden Nukleotids mit zunehmender räumlicher Distanz zwischen den 
beiden (also mit zunehmender Zahl der bereits vorhandenen, mit dem Mat-
rizenstrang gepaarten Nukleotide des Komplementärstrangs) ab. Die Ge-
fahr der Denaturierung der gepaarten DNA hängt dann stärker von der Ten-
denz von Matrizen- und Komplementärstrang ohne Misaligment zu disso-
ziieren als  von  der Anwesenheit  des  Hairpins  ab.  Die  Beklagte erwähnt, 
dass «should a separation nevertheless occur, the two partial strands can 

Seite 52

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easily be reunited», blendet aber die von der Klägerin in diesem Zusam-
menhang erwähnten möglichen Misalignments aus. WO 003 gibt demnach 
dem Fachmann keine Sicherheit, dass unter Verwendung der Hairpin-Me-
thode  die  beiden  Stränge  in  der  unmittelbaren  Nachbarschaft  jedes  neu 
einzubauenden Nukleotids, und zwar zum Zeitpunkt seines Einbaus, kor-
ohne 
und 
rekt 
Misalignments gepaart sind.

45.
In der dritten Phase des Aufgabe-Lösungs-Ansatzes gilt es zu klären, ob 
sich im Stand der Technik insgesamt eine Lehre findet, welche den mit der 
objektiven technischen Aufgabe befassten Fachmann veranlassen würde 
(nicht nur könnte, sondern würde), den nächstliegenden Stand der Technik 
unter Berücksichtigung dieser Lehre zu ändern oder anzupassen und somit 
zu etwas zu gelangen, was unter den Patentanspruch fällt, und das zu er-
reichen, was mit der Erfindung erreicht wird.31

46.
Ausgehend von der WO 003 baut die Beklagte ihre Argumentation darauf 
auf, das Ausgangsdokument suggeriere, 

– dass die Schutzgruppe klein sein müsse, 
– dass die Abspaltung der Schutzgruppe unter milden Bedingungen 

in wässriger Umgebung gegeben sein müsse, 

– dass die Entfernung der Schutzgruppe nicht zu einer irreversiblen 

Denaturierung der DNA führen dürfe, 

– dass es keine Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-Einheiten sein 

dürften, 

– dass  bevorzugte  Schutzgruppen  nicht  verzweigt  seien  und  nicht 

mehr als vier Atome in der Kette hätten, sowie 

– dass  die  bevorzugte  Schutzgruppe  in  der  WO  003,  die  Gruppe 

MOM (Methoxymethyl), ein geschütztes Hemiacetal sei.

Nach Ansicht der Klägerin ist die einzige eindeutige Aussage in WO 003 zu 
den Schutzgruppen, dass es keine Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-
Einheiten sein dürften, alle anderen von der Beklagten vorgetragenen As-
pekte seien nicht eindeutig der WO 003 zu entnehmen.

31 So genannter «could/would approach», BPatGer, Urteil S2017_001 vom 1. Juni 
2017, E. 4.6.

Seite 53

                                                
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47.
Tatsächlich zielt  die Darstellung der  Beklagten  zu sehr auf das  Ergebnis 
der von ihr gewünschten mangelnden erfinderischen Tätigkeit ab. 

WO 003 offenbart tatsächlich Folgendes:

– die Schutzgruppen für die 3’-OH-Gruppe sollen klein sein (S. 5:11-
12, aber auch S. 5:26-28 sowie S. 20:22-24 und S. 43:27-28), ohne 
jedoch zu definieren, was unter «klein» zu verstehen ist, z.B. wel-
che chemische Struktur oder wie viele Atome in einer chemischen 
Struktur noch als klein zu gelten haben;

– die  Schutzgruppen  sollen  während  der  Polymerasereaktion  stabil 
sein, die Erkennung des Nukleotid-Analogen nicht beeinträchtigen
und abgespalten werden können (S. 25:28-S. 26:2);

– mit der Schutzgruppe sollen alle vier Nukleotide geschützt werden 
können, die entsprechenden Analoge sollen effizient und zuverläs-
sig in die DNA eingebaut werden können, die Schutzgruppen sollen 
mit  hoher Ausbeute  entfernt  werden  können  und  die  wachsende 
Kette soll Waschen, Detektion und Abspaltung ohne Schaden über-
stehen (S. 42:8-19);

– das  Nukleotid-Analoge  soll  strukturell  und  funktional  ähnlich  sein 

zum ursprünglichen Nukleotid (S. 20:1-4);

– die Schutzgruppe soll nicht elektrophil sein, insbesondere ungeeig-

net seien Ester- und Keton-Gruppen (S. 6:6-14);

– geeignete mögliche konkrete Schutzgruppen seien Allyl und MOM-

Gruppen (S. 25:28).

Weitere Angaben zu den Schutzgruppen bzw. den Nukleotid-Analoga sind 
der WO 003 nicht zu entnehmen. Insbesondere fehlt ein Hinweis darauf, 
dass die Abspaltung der Schutzgruppe unter milden Bedingungen in wäss-
riger  Umgebung  möglich sein  muss.  Es  wird  einzig  gesagt,  dass  die 
Schutzgruppen  mit  hoher  Ausbeute  entfernt  werden  können,  ohne  den 
DNA-Strang oder andere Schritte negativ zu beeinflussen.

Auch wird nicht näher definiert, wann eine Schutzgruppe «klein» ist. Dass 
die Schutzgruppen nicht verzweigt sein dürfen oder nur eine minimale An-
zahl von Atomen aufweisen dürfen ist der WO 003 ebenfalls nicht eindeutig 
zu entnehmen; es lässt sich höchstens aufgrund der beiden Beispiele ver-
muten. Die  Beklagte  argumentiert diesbezüglich,  die  WO  678 erläutere, 
was unter «klein» zu verstehen sei. Da aber, wie vorne in E. 34 dargelegt, 

Seite 54

O2019_007

die WO 678 nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzurechnen ist, kann da-
rauf nicht abgestellt werden.

Was die Hinweise auf nicht geeignete Systeme angeht, so wird nicht nur 
ausdrücklich auf Probleme mit Schutzgruppen mit Ester- oder Keton-Grup-
pen  hingewiesen,  sondern  allgemein  darauf  hingewiesen,  dass  elektro-
phile Schutzgruppen nicht geeignet seien. Die Beklagte argumentiert dies-
bezüglich, es komme auf die Position des elektrophilen Zentrums an, was 
sich aus der Referenz auf Canard et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995,
10859-10863 an der besagten Stelle in WO 003 auf S. 6:6-10 ergebe. 

Die Vorbehalte gegenüber elektrophilen Gruppen sind in der Offenbarung 
der WO 003 aber nicht auf eine bestimmte Position einer solchen elektro-
philen Gruppe beschränkt. Zum einen ergibt sich aus dem Text der WO 003 
an der angegebenen Stelle für sich keine ausdrückliche solche Einschrän-
kung, zum anderen offenbart auch der Verweis auf Canard et al. 1995 keine 
eindeutige derartige Lehre. In Canard et al. 1995 wird auf der von der Be-
klagten angezogenen Seite 10863, linke Spalte, Mitte des 2. Absatzes nur 
darüber spekuliert, dass es in der Nähe des 3' Endes der DNA in der Poly-
merase eine starke nukleophile Gruppe geben dürfte. Es findet sich keine 
Aussage, dass dies beschränkt ist auf elektrophile Zentren, die unmittelbar 
an die 3'-O-Einheit angekoppelt sind. Ein elektrophiles Zentrum, das eine 
Position weiter von der 3'-O-Einheit gelegen ist, ist immer noch in der Nähe
des 3' Endes der DNA. Das ist im Zusammenhang mit der spezifisch in EP 
578 beanspruchten Lösung wichtig, soweit die beanspruchte Auswahl ei-
nes Azids betroffen ist, da das Azid als Gruppe elektrophile und nukleophile 
Eigenschaften vereint.

48.
In  ihrer  weiteren  Argumentation  verweist  die  Beklagte  zunächst  auf 
Greene/Wuts 1999 und behauptet, der Fachmann wisse aus diesem Lehr-
buch, dass – unter Berücksichtigung der von ihr vertretenen in der WO 003 
suggerierten Hinweise auf mögliche geeignete Schutzgruppen – eine Liste 
von nur zwölf Kandidaten resultiere, und unter diesen sei auch das bean-
spruchte Azidomethyl.

Als Standardlehrbuch zählt Greene/Wuts 1999 zum allgemeinen Fachwis-
sen. Allerdings ist die generelle Eignung eines zum allgemeinen Fachwis-
sen zählenden Lösungsmittels nur dann Veranlassung zu seiner Heranzie-

Seite 55

O2019_007

hung,  wenn für den Fachmann erkennbar ist, dass eine  technische Aus-
gangslage besteht, in der sich der Einsatz des betreffenden Lösungsmittels 
als objektiv zweckmässig darstellt. 32

Bei Greene/Wuts 1999 handelt es sich um ein 800-seitiges Buch, und um
die möglichen Schutzgruppen auf eine kleine Zahl  zu beschränken,  wird 
die Diskussion auf fast 40 Seiten dieses Buches dazu benutzt, eine Liste 
von zwölf angeblich vernünftigerweise möglichen Schutzgruppen zusam-
menzustellen. Diese Liste enthält die Azidomethylgruppe. 

Im  Standardlehrbuch  Greene/Wuts  1999  gibt  es  keinen  Hinweis darauf, 
dass die in dem betreffenden Abschnitt erwähnten Schutzgruppen für den 
Schutz von Nukleotiden oder Nukleotidanaloga geeignet sind, geschweige 
denn, dass sie in einem SBS-Verfahren, oder allgemeiner in einem DNA-
Syntheseprozess, verwendet werden können. Die Bedingungen in einem 
DNA-Syntheseprozess/SBS sind so speziell, dass es ohne einen solchen 
Zusammenhang keinen Hinweis darauf gibt, dass die Verwendung der ent-
sprechenden Lösung objektiv zweckmässig ist und vom Fachmann mit sei-
nem allgemeinen Allgemeinwissen tatsächlich in Betracht gezogen werden 
würde (nicht nur könnte). Die Reaktionsbedingungen, die in Greene/Wuts 
1999 für die Entfernung der Azidomethylgruppe als Schutzgruppe für Phe-
nole  offenbart  werden,  sind  mit  LiAlH4 beziehungsweise  H2 über  Pd-C 
keine Reaktionsbedingungen, die der Fachmann als kompatibel im Zusam-
menhang mit einem SBS Verfahren erkennen kann. Alternativen zu diesen 
Reaktionsbedingungen sind Greene/Wuts 1999 nicht zu entnehmen. 

Die Beklagte bestreitet, dass die Bedingungen bei SBS-Verfahren speziell 
seien, und dass der Fachmann die Schutzgruppen für phenolische Grup-
pen nicht in Betracht gezogen hätte. Dabei stützt sich die Beklagte einer-
seits erneut auf allgemeines Fachwissen wie belegt durch die WO 678. Da 
dieses Dokument aber nicht dem allgemeinen Fachwissen zuzuordnen ist 
(E.  34)  kann  darauf  nicht  abgestellt  werden. Andererseits  stützt  sich  die 
Beklagte auf das Argument, in Greene/Wuts 1999 werde ausgeführt, dass 
die Schutzgruppen für alkoholische Endgruppen auch für phenolische End-
gruppen angeschaut werden sollten. Daraus auch den Umkehrschluss zu 
ziehen, dass die Schutzgruppen für Phenole genauso gut für Alkohole ge-
eignet  sind,  geht  aber  über  den  Offenbarungsgehalt  von  Greene/Wuts 
1999 hinaus.

32 BGH, Urteil X ZR 59/16 vom 27. März 2018 – «Kinderbett».

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Greene/Wuts 1999  erwähnen  tatsächlich auf  Seite 260  die Azidomethyl-
gruppe als Schutzgruppe unter Verweis auf Loubinoux et al., Protection of 
Phenols  by  the Azidomethylene  Group  – Application  to  the  Synthesis  of 
Unstable  Phenols,  Tetrahedron  1988,  S.  6055-6064 (Loubinoux  et  al. 
1988). Lobinoux et al. 1988 beschreiben «methods of protection of phenolic 
hydroxyls  which  allow  the  return  to  phenol  under  the  gentlest  conditions 
possible». Die  angesprochene  «Introduction» von  Loubinoux  et  al.  1988 
zeigt eine offensichtlich nichtwässerige Reaktionssequenz zur Einführung 
des Azidomethyls über ein Aryloxymethylchlorid; dies aber nicht in einem 
Zusammenhang, der es dem Fachmann nahelegen würde, diese Gruppe 
als Schutzgruppe in wässerigem Milieu für Nukleotide oder Nukleotidana-
loga in einem SBS oder allgemeiner in einem DNA-Syntheseprozess ein-
zusetzen. Die Azidomethylgruppe als  Schutzgruppe wird in Greene/Wuts 
1999 nicht im Zusammenhang mit aliphatischen Alkoholen, sondern nur mit 
im Zusammenhang mit phenolischen Alkoholen erwähnt. Das Buch enthält 
keinen  Hinweis,  dass  Schutzgruppen  für  phenolische Alkohole  auch  für 
aliphatische Alkohole verwendet werden können. Das mag durch die Ent-
stehungsgeschichte des Buchs erklärbar sein (so die Beklagte in ihrer Dup-
lik RZ 100), ändert aber nichts daran, dass dieser Hinweis fehlt. Aliphati-
sche Alkohole verfügen, dessen ist sich der Fachmann bewusst, über eine 
andere  Reaktivität  als  phenolische  Alkohole.  Entsprechend  lassen  sich 
auch  Schutzgruppen  nicht  einfach  von  der  einen  auf  die  andere  Gruppe 
übertragen.  Das  Standardwerk  Greene/Wuts  1999  offenbart  daher die 
Azidomethylgruppe  als  Schutzgruppe für  aliphatische Alkohole nicht,  ge-
schweige  denn  für  aliphatische Alkohole  an  Zuckerbausteinen,  die  eine 
chemisch  herausfordernde  Gruppe  von  Alkoholen  sind,  und  schon  gar 
nicht für Nukleotide oder Nukleotidanaloga.

Zu guter Letzt stützt sich die Auswahl der gemäss Darstellung der Beklag-
ten  vom Fachmann ernsthaft  in  Betracht gezogenen  Schutzgruppen aus 
der Vielzahl der in Greene/Wuts 1999 offenbarten Schutzgruppen auf Kri-
terien, die aus den in E. 47 genannten Gründen dem Ausgangsdokument 
WO 003 nicht entnommen werden können.

Die  Berücksichtigung  des  Buches  Greene/Wuts  1999,  obwohl  dieses  in 
ganz allgemeinem Zusammenhang mit Schutzgruppen in der EP 578 er-
wähnt  wird  (Abs.  [0090]), gibt  dem  Fachmann  daher keinen  Hinweis  auf 
geeignete Systeme zur Lösung der vorstehend genannten objektiven Auf-
gabe.

Seite 57

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49.
Die Beklagte argumentiert weiter, die Azidomethyl-Schutzgruppe an der 3’-
OH-Stelle  gemäss  Anspruch  sei  naheliegend  im  Lichte  der  Publikation 
Zavgorodny  et  al.  (1991),  1-Alkylthioalkylation  of  Nucleoside  Hydroxyl 
Functions  and  Its  Synthetic Applications: A  New  Versatile Method  in  Nu-
cleoside  Chemistry, Tetrahedron  Letters 1991,  7593- 7596  (D12  im  Ein-
spruchsverfahren, in der Folge Zavgorodny et al. 1991).

Zavgorodny et al. 1991 beschreibt die 1-Alkylthioalkylierung von Nukleo-
sid-Hydroxylfunktionen und synthetische Anwendungen davon.  Unter an-
derem wird beschrieben, wie ein Nukleosid an der 3’-OH Stelle ausgehend 
von der 1-Alkylthioalkyl-Form über ein entsprechendes Halogenid in eine 
geschützte Form gebracht wird, wobei die Schutzgruppe X an der 3’-OH-
Stelle  mit  zwischengeschalteter  Methylengruppe  aus  einer  grossen 
Gruppe ausgewählt werden kann. In dieser Gruppe für X wird unter ande-
rem  auch  N3 erwähnt,  und  die  entsprechende Alkylform  mit  dazwischen 
geschalteten  Methylengruppe  ist  eine Azidomethylgruppe  an  der  3’-OH-
Position als Schutzgruppe. Die Komponenten werden als nützliche spezi-
fisch geschützte Synthons beschrieben, und die Entfernung der entspre-
chenden Schutzgruppen X wird ebenfalls kurz angesprochen. So auch für 
die als von besonderem Interesse hervorgehobene Azidomethylgruppe als 
Schutzgruppe, dort wird gesagt, dass sie unter sehr spezifischen und mil-
den Bedingungen entfernt werden kann, namentlich mit Triphenylphosphin 
in wässrigem Pyridin bei 20 °C.

Beim  in  der  WO  003  beschriebenen  und  den Ausgangspunkt  bildenden 
Verfahren beziehungsweise den dort beschriebenen Systemen geht es um 
Nukleotide. Nukleotide unterscheiden sich von Nukleosiden dadurch, dass 
erstere an der 5’-OH-Stelle eine Phosphat-, Diphosphat- oder Triphosphat-
gruppe aufweisen. Nukleotide sind mit anderen Worten Nukleosid-Mono-, 
Di-, resp. Triphosphate. Von besonderer Bedeutung sind die Triphosphate, 
weil sie das typische Substrat für die in der SBS verwendeten Polymerasen 
sind.

Damit betrifft das Dokument Zavgorodny et al. 1991 zwar nicht genau das 
gleiche Gebiet wie die WO 003, aber zumindest ein benachbartes Gebiet
und würde vom Fachmann bei der Suche nach einer Lösung der objektiven 
Aufgabe, ein verbessertes Nukleotidmolekül mit einer Schutzgruppe an der 
3’-OH-Stelle, die kompatibel mit dem SBS-Verfahren ist und insbesondere 
nicht  zur  Denaturierung  der  DNA  führt,  wenn  die  Schutzgruppe  entfernt 
wird, berücksichtigt.

Seite 58

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Zavgorodny  et  al.  1991  beschreibt  mehrere mögliche  Schutzgruppen für 
Nukleoside.  Entscheidend, ist ob der Fachmann spezifisch die Azidome-
thylgruppe als Schutzgruppe ernsthaft für Zwecke der Verwendung in ei-
nem Verfahren gemäss der WO 003 in Betracht gezogen hätte (nicht nur 
könnte).

Abbildung 7: Grafik aus Zavgorodny et al. 1991 (S. 7594)

Konkret wird als Schutzgruppe «X» in Zavgorodny et al. 1991 eine Liste 
von 20 Möglichkeiten angegeben (s. die vorstehend eingeblendete Grafik 
auf  S. 7594).  Darunter  findet  sich  auch  -OCH3,  d.h.  die  Methoxymethyl-
Gruppe aus der WO 003. Die ebenfalls aufgeführte Azidomethylgruppe ist 

Seite 59

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in dieser Liste auch nicht die einzige, die vom Fachmann als kleine Schutz-
gruppe erkannt wird, es gibt noch kleinere und weitere vergleichbar grosse 
Schutzgruppen.

Aus der Liste gemäss S. 7594 ergibt sich entsprechend kein Hinweis spe-
zifisch auf die Azidomethylgruppe, die den Fachmann veranlassen würde, 
gerade auf diese  Schutzgruppe zurückzugreifen. Naheliegender  wäre, in 
der Liste eine Bestätigung zu sehen, dass die Methoxymethyl-Gruppe ge-
eignet  ist.  Gegebenenfalls  würde  der  Fachmann eine noch  kleinere 
Schutzgruppe aus der Liste auszuwählen, wenn für ihn die «Kleinheit» der 
Schutzgruppe von derart zentraler Bedeutung ist, wie die Beklagte behaup-
tet.

50.
Nun findet sich in Zavgorodny et al. 1991, S. 7595 unten, die Bemerkung:
«Azidomethyl  group  is of  special  interest  since it  can  he  removed  under 
very specific and mild conditions, viz. with triphenylphosphine in aqueous 
pyridine at 20° C». Die Beklagte argumentiert, dass dieser Hinweis spezi-
fisch  auf  Azidomethyl  den  Fachmann  veranlasst  hätte,  gerade  diese 
Schutzgruppe  unter  den  Bedingungen  gemäss  Ausgangsdokument 
WO 003 einzusetzen.

Nach Überzeugung des Gerichts trifft dies nicht zu. Während Triphenylp-
hosphin in wässrigem Pyridin für die organische Synthese mild sein mag, 
hätte der  Fachmann  die  Entschützungsbedingungen  von  Zavgorodny  et 
al.1991 im Zusammenhang mit SBS, bei der die funktionelle makromole-
kulare  Interaktion  verschiedener  Komponenten  (Template- und  Primer-
DNA, Polymerase) nicht gestört werden darf, nicht ohne weiteres als mild 
betrachtet. Der Fachmann weiss, dass Pyridin ein starkes Denaturierungs-
mittel für Duplex-DNA  ist, insbesondere bei den Konzentrationen, die er-
forderlich sind, um eine Azidomethylgruppe mit Triphenylphosphin, das un-
löslich in Wasser ist, zu entschützen. Der Begriff «aqueous pyridine» von 
Zavgorodny et al. 1991 bedeutet «wässeriges Pyridin»; Pyridin ist also die 
Hauptkomponente.  Die  tatsächlichen  Mischungsverhältnisse  offenbart 
Zavgorodny et al. 1991 nicht. Die Forderung der Anwesenheit von Wasser 
bei Zavgorodny et al. 1991 ist nach Ansicht des Gerichts nicht primär durch 
eine Funktion als Cosolvens für seine Reaktanden bedingt; seine Reaktan-
den 4 und 5 mit X = N3 (siehe vorne) und insbesondere das Triphenylphos-
phin wären auch in wasserfreiem Pyridin löslich gewesen. Die Notwendig-
keit von Wasser bei Zavgorodny et al. 1991 ist durch seine dem Fachmann 

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bekannte Funktion als Coreagens in der Staudinger-Reaktion zur Reduk-
tion des Azids bedingt (mit Reaktionsgleichung (53)). Der Fachmann wäre 
vermutlich in  der  Lage  gewesen,  den Anteil Pyridin in  dem  «wässerigen 
Pyridin» von Zavgorodny et al. 1991 so weit zu verringern, dass eine dop-
pelsträngige DNA, die ein neu eingebautes azidhaltiges Nukleotid enthält, 
nicht denaturiert und gleichzeitig das zur Entfernung dieses Azids benötigte 
Triphenylphosphin nicht völlig unlöslich wird. Er hätte vermutlich auch die 
Mitverwendung  von  Salz  in  Betracht  gezogen,  was  zum Anmelde/Priori-
tätstag  eine  fachübliche  Massnahme  zur  Ermöglichung  DNA-Strangpaa-
rung, und damit zur  Umkehr der Denaturierung, war.  Er  hätte dann aber 
nicht  mehr  davon  ausgehen  können,  dass  er  immer  noch  die  von 
Zavgorodny  et  al.  1991  angegebene  Entfernung  des Azids  «under  mild 
conditions» und «at ~20°» erreicht: Das ist eine Frage der Reaktionskine-
tik, die sowohl von der Konzentration des Reduktionsmittels Triphenylphos-
phin als auch von der Art des Lösungsmittels abhängt. Das Gericht ist der 
Auffassung, dass der Fachmann das Azidomethyl von  Zavgorodny  et al. 
1991 aufgrund der geringen Grösse und der Abwesenheit von Ketogrup-
pen als eine von mehreren möglichen 3'-Blockierungsgruppen für die SBS 
von WO 003 erkannt hätte, aber sofern er auch gleichzeitig die syntheti-
sche  Zugänglichkeit  von  3'-Azidomethylnucleotiden  erkannt  hätte  (siehe 
unten). Das Gericht ist aber nicht der Auffassung, dass er erkannt hätte, 
dass  Triphenylphosphin  auch  in  einem  Lösungsmittel,  das  gegenüber 
Zavgorodny  an  Pyridin  abgereichert  (d.h.  an  Wasser  angereichert)  und 
eventuell an Salz angereichert ist (siehe vorne), immer noch genügend lös-
lich  und  genügend  kinetisch  schnell sein  könnte,  um  weiterhin  die Azid-
gruppe  «under  mild  conditions» und  «at  ~20°» zu  entfernen.  Erst  die 
Carell-Deklaration  beschreibt,  dass  ein  geeignetes  Mischungsverhältnis 
Pyridin/Wasser 50:50 ist. Deren Ergebnisse sind aber strittig. Auf jeden Fall
stand die Carell-Deklaration dem Fachmann zum Anmelde-/Prioritätszeit-
punkt der EP 578 nicht zur Verfügung und sie war auch nicht Teil seines 
allgemeinen Fachwissens. 

Die Beklagte behauptet, dass WO 678 den Fachmann zur Verwendung von 
Pyridin  (0,1  M  Pyridin/Pyridinumchlorid-Puffer)  anregen  würde.  Die  Be-
klagte verweist auf eine beispielhafte Entschützungsreaktion mit einer an-
deren  Schutzgruppe  (2,4-Dinitrobenzolsulfenyl-Fluoreszenzblocker-Grup-
pen).  Die  WO 678  ist  jedoch  weder  Teil  des  allgemeinen  Fachwissens 
(vorne, E. 34), noch wurde dieses Dokument von der Beklagten als drittes 
zu kombinierendes Dokument eingeführt.  Ausserdem sind die Bedingun-
gen  in  WO 678  nicht  mit  den  Bedingungen  vergleichbar,  die  erforderlich 
sind  für  die  Entschützung  einer  Azidomethyl-Schutzgruppe  wie  in 

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Zavgorodny et al. 1991 beschrieben. Triphenylphosphin ist in Wasser un-
löslich, und 0,1 M Pyridin würde nicht annähernd ausreichen, um eine Ent-
fernung der Schutzgruppe zu erreichen.

Auch die weiteren Dokumente, die die Beklagte beizieht helfen nicht weiter. 
Zavgorodny et al., S,X-Acetals in Nucleoside Chemistry. III. Synthesis of 2' 
-and 3'-0-Azidomethyl Derivatives of Ribonucleosides, Nucleosides, Nucle-
otides and Nucleic Acids 2000, 1977-1991 (im Folgenden Zavgorodny et 
al.  2000),  offenbart  hinsichtlich  der  Entschützung  durch  Reduktion  der 
Azidomethylgruppe nichts mehr als Zavgorodny et al. 1991. Gololobov/Ka-
sukhin,  Recent Advances  in the  Staudinger  Reaction, Tetrahedron 1992, 
1353-1406  (Gololobov  1992)  offenbar  an  der  zitierten  Stelle  auf  Seite 
1376  mit  bereits  angesprochener  Reaktionsgleichung  (53)  zunächst  nur 
das Wesen  der Staudinger-Reaktion,  dass  hierzu  typischerweise Triphe-
nylphosphin  verwendet  werden  kann und  dass  eine  stöchiometrische 
Menge Wasser, bezogen auf das Azid, erforderlich ist. Das ist nicht mehr 
als  das,  was  der  Fachmann  mit  seinem  allgemeinen  Fachwissen  schon 
Zavgorodny et al. 1991 oder 2000 entnehmen konnte.

Die Beklagte bringt auch auf, dass Gololobov 1992 die Art der Reste am 
Phosphin generisch offenlasse und damit dem Fachmann auch wasserlös-
liche Reste und somit wasserlösliche Phosphine «readily apparent» wären. 
Gololobov 1992  offenbart  seine  tatsächlich  untersuchten  Phosphine 
(«2.1.1. Phosphorus(III) compounds»); es ist fraglich, inwieweit der Fach-
mann diese als wasserlöslich verstanden hätte. Nach Ansicht des Gerichts 
führt Gololobov 1992 den Fachmann weder zu wasserlöslichen Resten am 
Phosphin oder wasserlösliche Phosphinen noch zu einer in haupsächlich 
oder gar völlig wässerigem Milieu durchgeführten Staudinger-Reaktion hin.

Polushin et al., Synthesis of Oligonucleotides Containing 2'-Azido- and 2'-
Amino-2'-deoxyuridine Using Phosphotriester Chemistry, Tetrahedron Let-
ters  1996,  3227-3230  (Polushin  et  al. 1996)  offenbart das  «more  water 
soluble» Tris(2-carboxyethyl)phosphin-hydrochlorid  (TCEP-HCl)  als  Re-
duktionsmittel zur Reduktion von Azid «in less than 10 min at room tempe-
rature».  Polushin  et  al.  1996  behandeln aber  gleich  wie  Kraevskii  et  al. 
1987 direkt  an  den  Ribosering gebundenes Azid  (also nicht Azidomethyl
als Blockierungsgruppe für ein an den Ribosering gebundenes Hydroxy). 
Bei Kraevskii et al. 1987 bestätigt die Beklagte selber, dass die Eigenschaf-
ten von direkt an die Ribose gebundenem Azid «fundamentally differ from 
those of the azidomethyl group -CH2-N3 according to the patent» [also EP 

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578] (Fussnote zu Klageantwort RZ 109). Der Entschützungserfolg von Po-
lushin et al. 1996 mit TCEP-HCl war demnach für den Fachmann nicht di-
rekt auf die Azidomethylgruppe von Zavgorodny et al. 1991 / Zavgorodny 
et al. 2000 extrapolierbar. 

Die  Beklagte  führt  als  Nachweis,  dass  eine  Staudinger-Reaktion  in  rein 
wässerigem  Milieu  durchgeführt  werden  kann,  auch  Saxon  und  Bertozzi 
2000, Cell Surface Engineering by a Modified Staudinger Reaction 287, pp. 
2007-2010 an (Saxon 2000). Dieses Argument wurde von der Klägerin in 
der Replik nicht kommentiert. Der Unterschied zwischen Saxon 2000 und 
Polushin et al. 1996 ist, dass Saxon 2000 in WO 003 im Kontext der Ver-
knüpfung der DNA mit einer festen Oberfläche mittels Azid-Phosphin-Re-
aktion zitiert wird, während Polushin et al. 1996 eine unabhängig aufzufin-
dende Drittreferenz ist. 

Saxon 2000 offenbart ein wasserlösliches Triphenylphosphin 5, das in nur 
15% Gesamtausbeute (57% x 69% x 37%) aus 3-Amino-4-carboxymethyl-
benzoesäure hergestellt wird. Es enthält an einem der drei Phenyle eine 
ortho-Carboxymethylgruppe die bewirkt,  dass  das  Phosphin  5  die Azid-
gruppe  nicht  mittels  Staudinger-Reaktion  bis  zum  freien Amin  reduziert; 
das intermediäre Iminophosphoran reagiert stattdessen mit der ortho-Car-
boxymethylgruppe zu  einer  Carboxamidgruppe,  was  die  kovalente  Ver-
knüpfung an die Zelloberfläche ermöglicht (siehe Fig. 3B und Legende zu 
Fig. 5). Das Azid von Saxon 2000 hat die Struktur -NH-CO-CH2-N3, wäh-
renddem Azidomethyl  als  Blockierungsgruppe  für  das  Ribose-3'-Hydoxy 
gemäss Zavgorodny die Struktur -O-CH2-N3 hat. Die Beklagte hat nicht dar-
gelegt, inwiefern der Fachmann dieses umständlich herzustellende Phos-
phin 5 von Saxon 2000, das nicht zur Reduktion von Azid zu Amino offen-
bart ist und an einem anderen Typ von Azid eingesetzt wird, für die Zwecke 
von Zavgorodny  ret  al. 1991/2000 in Betracht gezogen hätte, und es er-
scheint dem Gericht auch nicht wahrscheinlich, dass er das getan hätte. 

Andererseits erwähnt Saxon 2000 TCEP (analog zu Polushin et al. 1996, 
siehe vorstehend), aber nur als Reduktionsmittel für Disulfid, nicht für Azid 
oder  gar Azidomethyl  (Seite  2009,  linke  Spalte  mitte). Nach Ansicht  des 
Gerichts hat der Verweis von WO 003 auf Saxon 2000 also keine zusätzli-
che Relevanz im Hinblick der Beurteilung der erfinderischen Tätigkeit ge-
genüber  der  Kombination  von  WO  003  mit  Zavgorodny  et  al.  1991  oder 
2000.

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Zavgorodny et al. 1991 und 2000 offenbaren nur die Einführung von Azido-
methyl auf der Stufe des Nukleosids. Eine synthetische Methodologie zur 
direkten Einführung von Azidomethyl in ein Nukleotid ist nicht aktenkundig. 
Die Beklagte bestätigt, dass es bevorzugt ist, erst das 3'-Azidomethyl in ein 
Nucleosid einzuführen und erst danach die Phosphatgruppen zur Bildung 
des Nukleotids einzuführen. Die Position der Beklagten in der Klageantwort
RZ 228 ist, dass “nucleotides are nothing other than nucleoside derivatives 
that are modified with phosphate groups at the 5'-position». Nach der Po-
sition der Beklagten hätte der Fachmann also vorhergesehen, dass die ge-
mäss  Zavgorodny  et  al.  1991 und 2000  mit Azidomethyl  3'-modifizierten 
Nukleoside anschliessend zu den entsprechenden Nukleotiden, insbeson-
dere  Nukleosid-5'-Triphosphaten, umgewandelt  werden  können,  ohne 
dass dabei die 3'-Azidomethyl-Gruppe in Mitleidenschaft gezogen wird. Ein 
entsprechender  Nachweis  ist  nicht  aktenkundig und die  Position der  Be-
klagten erscheint rückschauend.

51.
Die umfangreichen Untersuchungen von Professor Carell, die die Beklagte 
vorlegt, gehören, wie gesagt, nicht zum Stand der Technik und sie machen 
auch weder eine direkte Aussage noch lassen sie eine indirekte Aussage 
zu, ob ausgehend von der WO 003 erfinderische Tätigkeit gegeben ist. In-
teressanterweise ist dem Gutachten keine Aussage  zu entnehmen, dass 
nach Ansicht des  Experten ausgehend  von WO 003 bei  Betrachtung der 
Reaktionsbedingungen  von  Zavgorodny  et  al. 1991  zur  Entfernung  der 
Azidomethyl-Schutzgruppe erkennbar war, dass diese Schutzgruppe ohne 
weiteres auch für das Verfahren gemäss der WO 003 geeignet wäre. Da-
von ausgehend, dass die experimentellen Resultate in diesem Bericht kor-
rekt sind, zeigen diese allenfalls auf, dass die Reaktionsbedingungen ge-
mäss Zavgorodny et al. 1991 mit dem Prozess gemäss WO 003 kompatibel 
wären, aber nicht, dass  dies für den Fachmann vor dem Prioritätsdatum 
naheliegend erkennbar war.

52.
Damit der beruht der Gegenstand des geltend gemachten unabhängigen 
Anspruchs 1 von EP 578 auf erfinderischer Tätigkeit. Andere Nichtigkeits-
gründe werden von der Beklagten nicht geltend gemacht.

Diese Beurteilung deckt sich mit der Beurteilung der Einspruchsabteilung 
in der Entscheidung vom 9. Dezember 2015 und mit jener des Landgerichts 
Düsseldorf vom 3. November 2020 (Aktenzeichen 4a O 31/19). Das Land-
gericht Düsseldorf ist zwar nicht mit technischen Richtern besetzt und zur 

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Prüfung  der  Rechtsbeständigkeit  eigentlich  nicht  zuständig.  Jedoch  be-
fasst sich das Urteil im Rahmen der Prüfung, ob das Verletzungsverfahren 
wegen des parallelen Nichtigkeitsverfahrens ausgesetzt werden muss, ver-
tieft mit der Rechtsbeständigkeit des deutschen Teils von EP 1 530 578 B1 
und kommt im Wesentlichen auf Basis der gleichen Dokumente und Argu-
mente wie in diesem Verfahren zum Schluss, dass der Gegenstand von EP 
1 530 578 B1 auf erfinderischer Tätigkeit beruhe.

Rechtsbeständigkeit von Klagepatent EP 1 828 412 B2

53.
EP 412 betrifft ein Verfahren für die DNA-Sequenzierung mit einem beson-
deren Additiv  (Abs. [0001]),  insbesondere  zur  Verwendung  in einem  Se-
quencing-by-Synthesis-Verfahren  mit  Fluoreszenzdetektion  (Abs. [0002]-
[0003]). 

Konkret geht es in der EP 412 darum, für derartige Verfahren ein Additiv 
bereitzustellen, bei dem die Fluoreszenz auch über mehrere Zyklen erhal-
ten bleibt (Abs. [0005] sowie [0008]).

Der geltend gemachte unabhängige Anspruch 1 der EP 412 lautet in der 
Merkmalsgliederung der Klägerin, die von der Beklagten akzeptiert wird:

1.  A method of sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid 

comprising repeating the steps of:

1.1 (a) incorporating one or more fluorescently  labelled nucleotides into  a 

strand of nucleic acid complementary to said template nucleic acid; and

1.2 (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucleo-

tide(s), 

1.2.1  wherein the steps of determining the identity of the incorporated 

nucleotide(s) is carried out in a buffer which comprises ascorbic 

acid, or a salt thereof.

Massgeblicher Fachmann

54.
In der Klageantwort umschreibt die Beklagte den Fachmann als Biochemi-
ker (oder Chemiker mit Spezialisierung auf Biochemie) mit Hochschulab-
schluss und mehrjähriger praktischer Erfahrung in der biochemischen In-
dustrie. Während  seines  Studiums  hat  er  regelmässig eigene  praktische 
Erfahrungen mit den klassischen Sequenzierungsmethoden. Er kennt auch 

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die neueren Methoden und verfügt auch über solide chemische Kenntnisse 
hinsichtlich  der  Bereitstellung  der  entsprechenden  Grundbausteine,  wie 
Nukleotide  und  Nukleoside.  Der  Fachmann  kennt  als  Teil  seines  Hinter-
grundwissens auch die mit der Sequenzierung verbundene Chemie, z. B. 
die  Farbstoff- und  Radikalchemie,  insbesondere  das  Phänomen  des 
Photo-Bleichens und Massnahmen zu dessen Verhinderung.

Gegen diese Definition des Fachmanns wehrt sich die Klägerin nicht aus-
drücklich. 

Da sie nicht grundsätzlich unangemessen erscheint, wird der Beurteilung 
der EP 412 diese Definition des Fachmanns zugrunde gelegt.

Zulässigkeit von Änderungen (Art. 123 (2) EPÜ)

55.
Nach Art. 26 Abs. 1 lit. c PatG stellt das Gericht auf Klage hin die Nichtigkeit 
des Patents fest, wenn der Gegenstand des Patents über den Inhalt des 
Patentgesuchs in der für das Anmeldedatum massgebenden Fassung hin-
ausgeht. Damit wurde der Nichtigkeitsgrund gemäss Art. 138 Abs. 1 lit. c 
EPÜ 2000 in das nationale Recht überführt.33  

Diese beiden Bestimmungen knüpfen ihrerseits – soweit es um das euro-
päische Erteilungsverfahren geht – an Art. 123 (2) EPÜ an, wo die Zuläs-
sigkeit von Änderungen im Anmeldeverfahren eingeschränkt wird. Demge-
mäss dürfen die europäische Patentanmeldung und das europäische Pa-
tent nicht  in der Weise  geändert  werden, dass ihr  Gegenstand über den 
Inhalt  der Anmeldung in  der ursprünglich  eingereichten  Fassung  hinaus-
geht (vgl. auch Art. 58 Abs. 2 PatG). Mit dieser Regelung soll ausgeschlos-
sen werden, dass der Patentinhaber seine Position verbessert, indem er 
für  Gegenstände  Schutz  beansprucht,  die  in  der  ursprünglichen Anmel-
dung  nicht  offenbart  worden  sind.  Dem Anmelder  soll  es  verwehrt  sein, 
nachträgliche Änderungen oder Weiterentwicklungen in das Anmeldever-
fahren einzubringen und damit ein Schutzrecht zu erlangen, das am Stand 
der Technik zur Zeit der Anmeldung gemessen wird. Auch wird darauf hin-
gewiesen,  dass  dieses  Änderungsverbot  im  Dienst  der  Rechtssicherheit 

33 BGE 146 III 177 E. 2.1.1.

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stehe: Die Öffentlichkeit soll nicht durch Patentansprüche überrascht wer-
den, die aufgrund der ursprünglich eingereichten Fassung nicht zu erwar-
ten waren.34

Dabei ist unter dem «Gegenstand des Patents» nicht der «Schutzbereich» 
nach Art. 69 EPÜ zu verstehen, wie er durch die Patentansprüche bestimmt 
wird.  Vielmehr  geht es  um den «Gegenstand» im Sinne  von Art. 123 (2) 
EPÜ, also einschliesslich der gesamten Offenbarung in der Beschreibung 
und in den Zeichnungen. Gemäss der Rechtsprechung der Beschwerde-
kammern des Europäischen Patentamts (EPA) erlaubt diese Bestimmung 
eine Änderung nach der Anmeldung nur im Rahmen dessen, was der Fach-
mann der Gesamtheit der Anmeldeunterlagen in ihrer ursprünglich einge-
reichten Fassung unter Heranziehung des allgemeinen Fachwissens – ob-
jektiv und bezogen auf den Anmeldetag – unmittelbar und eindeutig ent-
nehmen kann. Dieser Prüfmassstab wird als «Goldstandard» bezeichnet.35

Das unzulässige Hinausgehen über den Offenbarungsgehalt kann sowohl 
im Hinzufügen als auch im Weglassen von Informationen bestehen.36 Nach 
der  ständigen  Rechtsprechung der  Beschwerdekammern des EPA ist  es 
nicht  zulässig,  bei  der  Änderung  eines Anspruchs  ein isoliertes  Merkmal 
aus einer Reihe von Merkmalen herauszugreifen, die ursprünglich nur in 
Kombination miteinander (z.B. in einer bestimmten Ausführungsform in der 
Beschreibung) offenbart wurden. Eine derartige Änderung stellt eine so ge-
nannte Zwischenverallgemeinerung dar, indem sie zwar den beanspruch-
ten Gegenstand  an  sich  weiter einschränkt, aber dennoch auf eine nicht 
offenbarte Kombination von Merkmalen gerichtet ist, die breiter ist als der 
ursprünglich offenbarte Kontext.37

Eine solche Zwischenverallgemeinerung ist nur zu rechtfertigen, wenn kei-
nerlei eindeutig erkennbare funktionale oder  strukturelle  Verbindung  zwi-
schen den Merkmalen der spezifischen Kombination besteht bzw. das her-
ausgegriffene Merkmal nicht untrennbar mit diesen Merkmalen verknüpft 
ist.38 Sie ist mithin nur zulässig, wenn der Fachmann aus der Anmeldung 
in  der  ursprünglich  eingereichten  Fassung  zweifelsfrei  erkennen  kann, 
dass das herausgegriffene Merkmal keinen engen Zusammenhang mit den 

34 BGE 146 III 177 E. 2.1.1 und 2.1.2.
35 BGE 146 III 177 E. 2.1.3 mit Hinweisen.
36 BGE 146 III 177 E. 2.1.3.
37 BGer,  Urteil  4A_490/2020 vom  25.  Mai  2021,  E.  7.1.2,  unter  Hinweis  auf 
T 219/09 vom 27. September 2010 E. 3.1.
38 BGer,  Urteil  4A_490/2020 vom  25.  Mai  2021,  E.  7.1,  unter  Hinweis  auf 
T 2489/13  vom  18.  April  2018  E.  2.3;  T  1944/10  vom  14. März  2014  E.  3.2; 
T 219/09 vom 27. September 2010 E. 3.1.

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übrigen  Merkmalen  des Ausführungsbeispiels  aufweist,  sondern sich un-
mittelbar und eindeutig auf den allgemeineren Kontext bezieht.39

Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 1

56.
Der  ursprünglich  eingereichte  Anspruch  1 
2006/064199 A1):

lautete  wie 

folgt  (WO 

1. A method of detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached to a 

polynucleotide molecule, wherein the method includes a detection step, which 

requires repeated or prolonged exposure to intense illumination, and wherein 

detection of the fluorescent moiety is carried out in a  buffer which comprises 

one or more antioxidants.

Der Anspruch wurde wie folgt geändert:

1. A method of detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached to a polynu-

cleotide  molecule,  wherein  the  method  includes  a  detection  step  which  requires  re-

peated or prolonged exposure to intense illumination, and sequencing at least two nu-

cleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of:

(a) incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of nucleic 

acid complementary to said template nucleic acid; and

(b) determining the identity of one  or more of  the incorporated  nucleotide(s), wherein 

detection of the fluorescent moiety the steps of determining the identity of the incorpo-

rated nucleotide(s) is carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants 

which comprises ascorbic acid, or a salt thereof.

Die Beklagte macht im Kern geltend, dass es nicht zulässig sei, das Merk-
mal  «fluorescent  moiety  incorporated  in  or  attached  to  a  polynucleotide 
molecule» wegzulassen, dass es nicht zulässig sei, das Merkmal «detec-
tion step which requires repeated or prolonged exposure to intense illumi-
nation»  wegzulassen,  und  dass  es  keine  Basis  gebe für  das  Merkmal 
«comprising repeating the steps of».

Die  Klägerin  argumentiert  dagegen,  indem  sie  sich  insbesondere  auf 
S. 4:5-15  der  ursprünglich  eingereichten  Unterlagen  stützt,  sowie  für  die 
Wiederholung der Schritte auf das allgemeine Prinzip des SBS und dazu 

39 BGer,  Urteil  4A_490/2020 vom  25. Mai  2021,  E.  7.1,  unter  Hinweis  auf 
T 2489/13  vom  18.  April  2018  E.  2.3;  T  2185/10  vom  21.  Oktober  2014  E.  4.3; 
T 962/98 vom 15. Januar 2004 E. 2.5.

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insbesondere auf S. 2:14-19 sowie S. 8:27-S. 9:3 der ursprünglich einge-
reichten Unterlagen.

57.
Die  angerufene  Textstelle  auf  S. 4:5-15  der  ursprünglichen  Anmeldung 
WO 2006/064199 A1 lautet wie folgt:

Preferably the method is a sequencing reaction, particularly a sequencing-by-

synthesis reaction. In particular the method of invention is of particular utility in 

a method of sequencing a template nucleic acid comprising incorporating one

or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of nucleic acid comple-

mentary to said template nucleic acid and determining the identity of the base 

present in one or more of the incorporated nucleotide(s), wherein the step of 

determining the identity of the base present in the incorporated nucleotide(s) is 

carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants.

Hier wird im Wesentlichen der Gegenstand von Anspruch 1 in der jetzigen
Fassung offenbart. 

Etwas davor, auf S. 3:12-18 WO 2006/064199 A1, wird unmittelbar unter 
dem Titel «Beschreibung der Erfindung» ein «erster Aspekt» der Erfindung 
beschrieben: 

In a first aspect the invention provides a method of detecting a fluorescent moi-

ety  incorporated  in  or  attached  to  a  polynucleotide  molecule,  wherein  the 

method includes a detection step which requires repeated or prolonged expo-

sure to intense illumination, and wherein detection of the fluorescent moiety is 

carried out in a buffer which comprises one or more antioxidants.

Dies entspricht im Wesentlichen dem Gegenstand von Anspruch 1 wie ur-
sprünglich eingereicht. 

Nach Überzeugung des Gerichts versteht ein Fachmann die Offenbarung 
auf S. 4:5-15 nicht so, dass es sich dabei um eine eingeschränkte Fassung 
dieser allgemeinen Formulierung handelt. Darauf deutet zwar die Verwen-
dung des bestimmten Artikels «preferably the method […]» hin. Aber die 
Wiederholung, dass der Detektionsschritt in einer Pufferlösung ausgeführt 
wird, die ein oder mehrere Antioxidantien enthält, ergibt nur Sinn, wenn der 
Abschnitt auf S. 4:5-15 eine eigenständige Ausführungsform der Erfindung 
beschreibt. Würde es sich bloss um eine spezifischere Form des bereits 
auf  S.  3:12-18 offenbarten  «ersten  Aspekts»  der  Erfindung  handeln, 
bräuchte die Zugabe des Antioxidans nicht erneut betont zu werden, denn 

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diese findet sich bereits beim «ersten Aspekt» der Erfindung. Die Offenba-
rung  auf  S. 4:5-15 der  ursprünglichen  Anmeldung  WO 2006/064199 A1 
umschreibt daher eine eigenständige Ausführungsform der Erfindung, die 
nicht notwendigerweise alle Merkmale des auf S. 3:12-18 beschriebenen 
ersten Aspekts der Erfindung umfassen muss.

Das Merkmal «detecting a fluorescent moiety incorporated in or attached 
to  a  polynucleotide  molecule»  wurde  entsprechend  nicht  weggelassen, 
sondern ersetzt durch die zulässig als Verfahrensschritt formulierte Formu-
lierung «incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a 
strand of nucleic acid complementary to  said template nucleic  acid», die 
sich auf Seite 4:5-15 findet.

Die  ursprünglich eingereichte Anmeldung  beschlägt  zur  Hauptsache  ein 
SBS-Sequenzierungsverfahren (S.4:16-19).  Der  Fachmann  weiss,  dass
SBS-Verfahren  gekennzeichnet  sind  durch  «aufeinanderfolgende  Zyklen 
der Inkorporation und Detektion», d.h. «Nukleotide [die] nacheinander ein-
gebaut und in der Sequenzierungsreaktion identifiziert werden»; so offen-
bart  auf  S.1:14-19  und  S.  8: 27-S. 9:3 der  ursprünglichen  Anmeldung 
WO 2006/064199 A1. Der Fachmann, der gemäss E. 54 Erfahrung in klas-
sischen Sequenzierungsverfahren und Kenntnis neuerer Sequenzierungs-
verfahren hat,  versteht,  dass  sich  ein  Sequenzierungsverfahren  «umfas-
send die Wiederholung der Schritte (a) und (b)» im Sinne des erteilten An-
spruchs 1 auf die aufeinanderfolgenden Zyklen – d. h. die Wiederholung –
des Einbaus und des Nachweises fluoreszenzmarkierter Nukleotide in ei-
nem SBS-Verfahren bezieht. Damit ist das Merkmal «repeating the steps 
of (a) … and (b) …» in der ursprünglichen Anmeldung unmittelbar und ein-
deutig offenbart.

Die weitere Behauptung der Beklagten, dass der Anspruch durch die Weg-
lassung des Merkmals «including a detection step which requires repeated 
or prolonged exposure to intense illumination» unzulässig geändert wurde, 
trifft ebenfalls nicht zu. 

Wie bereits erläutert beschlägt die Erfindung die Verbesserung bekannter 
SBS-Sequenzierungsverfahren.  Entsprechend versteht  der  Fachmann, 
wenn er den erteilten Anspruch 1 liest, dass die Bestimmung der in Schritt 
(a) eingebauten fluoreszenzmarkierten Nukleotide in Schritt (b) auf der Flu-
oreszenzmarkierung des eingebauten Nukleotids und deren Detektion be-
ruht.  Er  weiss,  dass der  Nachweis  der  Fluoreszenzmarkierung  eine  Be-
leuchtung erfordert. Diese muss intensiv genug sein, um die Identifikation 

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zu ermöglichen. Nichts anderes verlangt auch das im ursprünglichen An-
spruch enthaltene Merkmal der «repeated […] exposure to intense illuma-
tion».  Mangels  Definition,  was «intense» sowie «repeated or prolonged»
i.S.d. Anspruchs bedeutet, kann darunter funktional nur eine Beleuchtung 
verstanden werden, die ausreichend intensiv und anhaltend oder wieder-
holt ist, um ihren Zweck – die Bestimmung der fluoreszenzmarkierten Nuk-
leotide zu ermöglichen – zu erfüllen. Dies liest der Fachmann aus den ge-
nannten Gründen implizit im erteilten Anspruch mit. 

Die Bemerkung der Beklagten, dass der Anspruch nicht auf Bestimmung 
durch Beleuchtung beschränkt ist geht fehl, da der Anspruch die Verwen-
dung fluoreszenzmarkierter Nukleotide verlangt. Patentansprüche sind ge-
mäss Rechtsprechung des Bundespatentgerichts40 nach den Grundsätzen
von Treu und Glauben,41 d.h. der Bereitschaft, den Anspruch zu verstehen 
und ihm einen vernünftigen technischen Sinn zu geben, zu lesen.42 Dabei 
ist grundsätzlich  vom  Patentanspruch als Ganzes auszugehen. Die fluo-
reszenzmarkierten Nukleotide werden für den Fachmann erkennbar einge-
setzt,  um  die  damit  markierten  Nukleotide  zu  bestimmen,  und  dies  ge-
schieht  durch  Beleuchtung.  Der  Fachmann  würde  daher  keine  anderen 
Methoden in Betracht ziehen, um die fluoreszierend markierten Nukleoti-
den zu bestimmen.

Anspruch 1 wurde entsprechend nicht unzulässig geändert. Diese Beurtei-
lung deckt sich mit der Entscheidung der Einspruchsabteilung vom 30. No-
vember 2015.

Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 2

58.
Anspruch 2 ist die Basis für Unterlassungsbegehren Nr. 5. Da auf dieses 
nicht eingetreten wird (hinten, E. 95) erübrigt es sich, die angeblich unzu-
lässigen Änderungen an Anspruch 2 zu beurteilen. 

40 BPatGer, Urteil O2020_001 vom 9. Juni 2021, E. 24 – «Injektionspen».
41 BGE 107 II 366 E. 2 – «Liegemöbel-Gestell».
42 Die  ständige  Rechtsprechung  der  Beschwerdekammern  des  EPA,  verwendet 
den  Ausdruck  «with  a  mind  willing  to  understand»,  z.B.  T  190/99  vom  6.  März 
2001, E. 2.4: «He [the skilled person] should try […] to arrive at an interpretation 
of  the  claim  which  is  technically  sensible  and  takes  into  account  the  whole 
disclosure of the patent (Article 69 EPC). The patent must be construed by a mind 
willing to understand not a mind desirous of misunderstanding.»

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Zulässigkeit der Änderungen am ursprünglichen Anspruch 15

59.
Anspruch 15 bezieht sich auf einen «Kit», der unter anderem ein fluores-
zenzmarkiertes Nukleotid enthält, wobei das Fluoreszenzlabel durch einen 
abtrennbaren Verbinder («cleavable linker») mit dem Nukleotid verbunden 
ist. Die Beklagte behauptet, für den allgemeinen Begriff des «cleavable lin-
kers»  gebe  es  keine Offenbarung in der ursprünglichen Anmeldung.  Die 
von der Einspruchsabteilung herangezogene Textstelle auf S. 7:3-12 von 
WO 2006/064199 A1 nenne nur spezifische Beispiele von derartigen Lin-
kern.  Die  Verallgemeinerung  auf  einen  generischen  «cleavable  linker» 
könne darauf nicht gestützt werden.

Ein SBS-Verfahren nach der Offenbarung der WO 2006/064199 A1 kann, 
das ist dem Fachmann bekannt, nur sinnvoll durchgeführt werden, wenn 
der  Linker  für  das  Fluoreszenzlabel  so  angebunden ist,  dass  es jeweils 
nach der Detektion entfernt werden kann. Wenn entsprechend im Zusam-
menhang  mit  einem SBS-Verfahren wie  beispielsweise  auf  Seite  4:5-15 
von einem «fluorescently labelled nucleotide» die Rede ist, dann versteht 
der  Fachmann  das  so,  dass das  Fluoreszenzlabel  mit einem  «cleavable 
linker»  am  Nukleotid  befestigt  sein  muss.  Die  ursprüngliche Anmeldung 
verwendet  dazu  den  Begriff  «geeigneter  Linker»  (S. 7:4).  Im  Gesamtzu-
sammenhang der ursprünglichen Anmeldung ist für den Fachmann daher 
unmittelbar und eindeutig offenbart, dass es sich bei den «geeigneten Lin-
kern» um spaltbare (abtrennbare) Linker handeln muss, ohne dass diese 
auf die spezifischen Beispiele eingeschränkt sind. 

Anspruch 15 wurde entsprechend auch nicht unzulässig geändert.

Neuheit

60.
Eine  Erfindung  muss  neu  gegenüber  dem  gesamten  Stand  der  Technik 
sein (Art. 1 Abs. 1, Art. 7 Abs. 1 PatG). Den Stand der Technik bildet alles, 
was vor dem Anmelde- oder dem Prioritätsdatum der Öffentlichkeit durch 
schriftliche oder mündliche Beschreibung, durch Benützung oder in sons-
tiger Weise zugänglich gemacht worden ist (Art. 7 Abs. 2 PatG).

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Eine Erfindung ist nur dann nicht neu, wenn sämtliche Merkmale der Erfin-
dung  vor  dem  massgeblichen  Datum  in  einer  einzigen  Entgegenhaltung 
offenbart wurden.43

Der Offenbarungsgehalt einer Entgegenhaltung ist aus Sicht des massge-
blichen Fachmanns zu bestimmen. Dabei ist auf die Kenntnisse und Fä-
higkeiten des Fachmanns am massgeblichen Datum (Anmelde- oder Prio-
ritätstag) der zu prüfenden Erfindung abzustellen.44

61.
Die Beklagte behauptet, die Erfindung gemäss Anspruch 1 sei durch die 
Patentschrift  US 6,355,420  B1  (in  der  Folge  US  420)  neuheitsschädlich 
vorweggenommen. In  dem  in  US 420 beschriebenen  Verfahren  gehe  es 
ebenfalls  um  ein  Verfahren  zur  Sequenzierung  von  DNA  (Verweis  auf 
Spalte 6:28-38), wobei die beschriebene Technik darauf beruhe, dass je-
des einzelne Nukleotid in der DNA zusammen mit seiner Position auf dem 
Strang individuell untersucht werden könne (Verweis auf Spalte 6:46-63). 
Das im Zusammenhang mit Figur 8A stehende Beispiel wird erläutert, bei 
dem ein DNA Strang durch einen Nanokanal geführt wird, wobei der DNA-
Strang beziehungsweise die einzelnen Einheiten jeweils mit einem Akzep-
torfluorophor (100) markiert sind, und sukzessive durch diesen Kanal ver-
schoben  werden. An  einer  bestimmten  Position  dieses  Nanokanals  sind 
Donorfluorophore  (96)  stationär  positioniert,  die  fähig sind,  messbar  mit 
den Akzeptorfluorophoren über Förster-resonance-energy transfer (FRET) 
in  Wechselwirkung  zu  treten.  Diese  Energieübertragung  findet nur  statt, 
wenn der energetisch aufgeladene Donor und der Akzeptor in unmittelba-
rer  räumliche  Nähe  kommen.  Wenn  dies  der  Fall  ist,  wird strahlungslos 
über Dipol-Dipol-Wechselwirkungen Energie übertragen und der Akzeptor 
angeregt, worauf dieser Fluoreszenz zeigt. 

43 BGE  133  III  229  E.  4.1  – «kristalline  Citaloprambase»;  BPatGer,  Urteil 
O2016_001 vom 4. Juli 2019, E. 30 – «matière à injection céramique».
44 BGE 144 III 337 E. 2.2.2 – «Fulvestrant II».

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Abbildung 8: Fig. 8A und 8B aus US 420

Anspruch 1 sei nicht auf die abwechselnde Wiederholung der Schritte (a) 
und (b) beschränkt (also (a1)(b1)(a2)(b2)…) sondern erfasse auch die Wie-
derholung von Schritt (a) und anschliessende Wiederholung von Schritt (b) 
(also (a1)(a2)(a3)… (b1)(b2)(b3)…). Genau dies offenbare US 420.

Die Klägerin führt dagegen aus, dass es in der US 420 darum gehe, voll-
ständig synthetisierte DNA mit gelabelten Nukleotiden durch den Nanoka-
nal zu ziehen und die gelabelten Nukleotide selektiv einzeln auszulesen. 
Es fehle entsprechend an der anspruchsgemässen  abwechselnden Wie-
derholung  der  Schritte  von  (a)  Inkorporation  von  fluoreszenzmarkierten 
Nukleotiden  und  (b)  Detektion  der  Identität  dieser  fluoreszenzmarkierten 
Nukleotiden.

62.
Die natürliche Lesart des Anspruchswortlauts «repeating the steps of: (a) 
… ; and (b) …» ist, dass die Schritte (a) und (b) nacheinander durchgeführt 
und dann wiederholt werden, d.h. die Sequenz (a1)(b1)(a2)(b2)… (vgl. vorne 
E. 57). Wäre die von der Beklagten angeführte Wiederholung zuerst des 
Schrittes (a) und dann des Schrittes (b) beabsichtigt, müsste es heissen 
«repeating the steps of: (a) … ; and then (b) …». 

Zuzugestehen ist, dass die  von der  Beklagten  vertretene Lesart des An-
spruchs  durch  seinen Wortlaut  nicht  geradezu  ausgeschlossen  ist. Auch 
wenn es nicht die natürliche Lesart ist, liesse sie sich grundsätzlich mit dem 
Anspruchswortlaut vereinbaren. Patentansprüche sind aber nach Treu und 
Glauben und mit dem Bestreben, ihnen einen vernünftigen Sinn zu geben, 
zu  lesen  (vorne  E.  57).  Im  Gesamtzusammenhang der  Offenbarung des 
Klagepatents EP 412, das auf eine Verbesserung des SBS-Verfahrens ge-
richtet ist, kann der Anspruch nur dahingehend verstanden werden, dass 

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zuerst ein einzelner Inkorporationsschritt (a) und anschliessend ein einzel-
ner Detektionsschritt (b) durchgeführt werden. Würden in einem SBS-Ver-
fahren, wie es in EP 412 beschrieben ist, zuerst mehrere Inkorporations-
schritte ausgeführt, könnte im anschliessenden Detektionsschritt das Flu-
oreszenzleuchten nicht mehr einem bestimmten Nukleotid zugeordnet wer-
den. Dazu ist eine Methode des selektiven Auslesens notwendig, wie sie 
US 420 offenbart. In EP 412 fehlt jedoch jeglicher Hinweis auf eine derar-
tige  Methode,  sie  wird  nicht  einmal  in  Betracht  gezogen.  Für  den  Fach-
mann ist daher eindeutig, dass der Anspruch 1 auf eine abwechselnde Wie-
derholung der Schritte (a) und (b) gerichtet und auch darauf beschränkt ist.

Da eine solche abwechselnde Wiederholung in der US 420 unstrittig nicht 
offenbart ist, ist der Gegenstand von Anspruch 1 neu gegenüber dem Aus-
führungsbeispiel gemäss  Fig. 8A und zugehöriger  Beschreibung  von  US 
420.

Erfinderische Tätigkeit

Ausgangspunkte («nächstliegender Stand der Technik»)

63.
Die Beklagte behauptet mangelnde erfinderische Tätigkeit ausgehend von 
WO 00/70073 (in der Folge WO 073), von WO 00/18957 (im Einspruchs-
verfahren D9, in der Folge WO 957), von Braslavsky et al., Sequence in-
formation can be obtained from single DNA molecules, PNAS 2003, 3960-
3964 (in der Folge Braslavsky et al. 2003) und von WO 00/06770 (im Ein-
spruchsverfahren D1, in der Folge WO 770).

Alle  genannten  Entgegenhaltungen  beschlagen  SBS-Verfahren  und  sind 
grundsätzlich  als  Ausgangspunkte  für  die  Entwicklung,  die zum  bean-
spruchten Gegenstand führt, geeignet. Die Klägerin bestreitet denn auch 
nicht ausdrücklich, dass die erfinderische Tätigkeit ausgehend von jedem 
der genannten Entgegenhaltungen zu prüfen ist. Nachfolgend ist daher von 
jedem Ausgangspunkt zu prüfen, ob die Erfindung für den Fachmann na-
heliegend war.

Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/70073

64.
In einem ersten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderische 
Tätigkeit ausgehend von WO 073, und kombiniert dabei als Sekundärdo-
kument mit der wissenschaftlichen Publikation Van Dijk et al., Combining 

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Optical Trapping and Single-Molecule Fluorescence Spectroscopy: Enhan-
ced Photobleaching of Fluorophores; J. Phys. Chem. B, 2004, 6479-6484 
(in der Folge Van Dijk et al. 2004).

Die  Patentanmeldung WO  073  offenbart  ein  SBS-Verfahren  und  bean-
sprucht ein solches auch ausdrücklich (S. 5:15-24; S. 10:3-6, Anspruch 1). 
Dabei werden bevorzugt markierte Nukleotidanaloga eingesetzt (siehe An-
spruch 14). Fluoreszenzmarkierung ist nur eine der bevorzugten Möglich-
keiten, das beschriebene Verfahren umzusetzen (z.B. Anspruch 15).

Für den jeweils vorzunehmenden einzelnen Schritt im SBS-Verfahren of-
fenbart die WO 073 die Verwendung eines sogenannten «extension me-
dium», das neben einem für die DNA-Polymerase geeigneten Puffer und 
den  Nukleotidanaloga auch  Dithiothreitol  (1,4-Dimercapto-2,3-butandiol, 
DTT) enthält (S. 17:27-S. 18:2). 

DTT, dies ist dem Fachmann bekannt, wirkt in wässrigen Lösungen als Re-
duktionsmittel und damit als Antioxidans. 

Die WO 073 offenbart zu DTT nur, dass es Bestandteil des für den spezi-
fisch offenbarten Typ der DNA-Polymerase («Sequenase» von ThermoFis-
her Scientific Inc.) geeigneten Mediums ist. Diese Offenbarung erfolgt nicht 
im spezifischen Zusammenhang mit Nukleotidanaloga mit Fluoreszenzla-
bel, diese werden erst danach beschrieben (S. 18:11-13 sowie 24-30). Da-
mit offenbart WO 073 weder, welche Funktion das DTT in diesem Medium 
übernimmt, noch offenbart die Anmeldung, dass DTT irgendeinen Einfluss 
auf  die Fluoreszenzdetektion  haben  könnte, und  wenn  ja  welchen.  Den-
noch  findet  die  Detektion  in Anwesenheit  dieses  Mediums  mit  DTT  statt 
(S. 18:1).

Damit  unterscheidet  sich  der  vom  geltend gemachten Anspruch  1  bean-
spruchte Gegenstand von der Offenbarung der WO 073 dadurch, dass im 
Rahmen von Schritt (b) die Bestimmung der Identität des eingebauten flu-
oreszenzmarkierten  Nukleotides  in  einem  Puffer  durchgeführt  wird,  der 
DTT, aber nicht Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält.

Die  Zugabe  eines  derartigen  Puffers  hat  gemäss  Abs. [0013]  und
Abs. [0029] der EP 412 die technische Wirkung, dass der Signalverlust, der 
ansonsten bei wiederholten Zyklen erfolgt, verringert wird, indem der DNA-
Matrizenstrang (Template Strand) vor Lichtschäden geschützt wird.

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Dass diese technische Wirkung tatsächlich eintritt, hat die Klägerin im Er-
teilungsverfahren nachgewiesen. Diese Daten wurden im Einspruchsver-
fahren in Form einer Erklärung erneut eingereicht. Die Laboruntersuchung 
gemäss Tabelle 1 von Beilage 37 und 38 zur Klageantwort vergleicht über 
mehrere Zyklen das Fluoreszenzsignal in einem SBS-Verfahren, das wie 
beansprucht einen Puffer mit Ascorbinsäure verwendet, mit einem Puffer 
mit  DTT nach  dem Stand  der Technik.  Die  nach 20  Zyklen  verbleibende 
Signalintensität  beträgt  bei  Verwendung  eines  DTT-Puffers nur  ca.  65% 
gegenüber  ca.  90%  verbleibende  Signalintensität  bei  einem  Ascorbin-
säure-Puffer. Die Verwendung von Ascorbinsäure führt auch zu einer bes-
seren Genauigkeit des Sequenzierungsnachweises. Die Fehlerquote nach 
35 Sequenzierungszyklen beträgt beim DTT-Puffer rund 1% und beim As-
corbinsäure-Puffer rund 0,35%.

Bereits die Einspruchsabteilung anerkannte ausgehend von den Daten von 
Beilage 38 zur Klageantwort einen technischen Effekt. Sie hat ihn aber of-
fenbar nur in der Verringerung des Photobleachings gesehen, nicht spezi-
fisch in dem besagten Schutz des DNA-Matrizenstrangs vor Lichtschäden 
bei wiederholten Zyklen.

Die Beklagte bestreitet die Resultate gemäss der Laboruntersuchung nicht 
als solche, d.h. sie bestreitet nicht, dass der DTT-Puffer zum besseren Flu-
oreszenzsignal und zur geringeren Fehlerquote führt. Sie merkt an, dass 
gemäss WO 073 bei Verwendung eines DTT-Puffers mindestens 14 Nuk-
leotide erfolgreich inkorporiert werden können, d.h. mindestens 13 Zyklen 
durchgeführt  werden  können  (unter  Verweis  auf  Anspruch  1  i.V.m.  Fig. 
1A/C, Fig. 2, S. 16:22-23, S. 17:21-23). Akzeptiert man das, so ist es tat-
sächlich nicht erst die Erfindung gemäss EP 412, die ein SBS-Verfahren 
mit mehreren Zyklen ermöglicht. Aber die Erfindung ermöglicht verglichen 
mit der Verwendung eines DTT-Puffers und bei Annahme eines in beiden 
Fällen  gleichen,  noch  akzeptablen  Signalintensitätsverlusts  mehr Zyklen 
und eine geringere Fehlerquote. Das objektive technische Problem kann 
daher nicht einfach in der Bereitstellung eines alternativen Puffers gesehen 
werden, wie das die Beklagte vorschlägt, denn das würde voraussetzen, 
dass das Unterscheidungsmerkmal keine technische Wirkung hat. 

Die Beklagte formuliert das Problem zudem auch noch als die Verhinde-
rung  von  Licht-induzierten Artefakten  und  der  negativen  Wirkungen von 
Photobleichung. Eine derart formulierte Aufgabe enthält bereits Hinweise

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auf die Lösung, die der WO 073 nicht entnommen werden können. Damit 
würde eine unzulässige rückschauende Betrachtungsweise eingeführt.45

Als objektiv zu lösendes technisches Problem muss damit die Bereitstel-
lung eines verbesserten SBS-Verfahrens und eines Kits zur Verwendung 
in einem derartigen Verfahren, bei dem die Identität der eingebauten Nuk-
leotide  über  mehrere  Zyklen  mit  einer  geringen  Fehlerquote  mit  hoher 
Empfindlichkeit bestimmt werden kann, gesehen werden. Eine vergleich-
bare objektive Aufgabe wurde auch von der Einspruchsabteilung verwen-
det, dort allerdings ausgehend von WO 00/06770.

65.
Bei dem SBS-Verfahren, um das es in der Klagepatentschrift EP 412 geht, 
werden  in  jeder  Inkorporationsphase,  nachdem  die  Fluoreszenzmarkie-
rung  des  zuletzt  eingebauten  und  bereits  identifizierten  Nukleotides  ent-
fernt wurde, neue fluoreszenzmarkierte Nukleotide, die noch nie beleuchtet 
wurden, hinzugefügt und in den wachsenden DNA-Strang eingebaut. Das 
deutet darauf hin, dass Photobleichung ein geringeres Problem sein wird, 
denn jeder Fluorophor wird nur einmal zur Identifikation angeregt (beleuch-
tet).

Die Beklagte führt dazu aus, dass der Anspruch 1 nicht auf Verfahren be-
schränkt sei, bei denen in jeder Inkorporationsphase neue fluoreszenzmar-
kierte Nukleotide hinzugefügt werden. Es ist richtig, dass der Wortlaut des 
Anspruchs dies nicht ausdrücklich verlangt. Aber wie schon wiederholt fest-
gehalten,  ist  der Anspruch eindeutig auf  die  Verwendung  in  einem  SBS-
Verfahren gerichtet,  und  in einem solchen  Verfahren  werden die fluores-
zenzmarkierte  Nukleotide jeweils  nur  einmal  angeregt.  Die  im Anspruch 
verlangte Wiederholung der Inkorporations- und  Detektionsphasen impli-
ziert, dass in jeder Inkorporationsphase neue fluoreszenzmarkierte Nukle-
otide  beigegeben  werden,  da  sonst  offensichtlich  gar  keine  eindeutige 
Identifikation möglich wäre.

Die Beklagte behauptet weiter, bereits eine einmalige kurze Anregung von 
Fluorophoren könne zu Photobleichung führen. Unter Hinweis auf Song et 
al.,  Photobleaching  Kinetics  of  Fluorescein  in  Quantitative  Fluorescence 
Microscopy, Biophysical Journal 1995, 2588-2600 (in der Folge Song et al. 

45 Urteil  BPatGer  O2028_004  vom  14.  Dezember  2020,  E.  105  –
«Laserflüssigkeitsstrahllenkungsverfahren».

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1995) behauptet die Klägerin, Photobleichung könne nach wenigen Mikro-
sekunden eintreten. 

Bei dem von Song et al. 1995 untersuchten Fluorophor handelt es sich um 
Fluorescein, das bekannt ist für sehr starke Photobleichung. Die Resultate 
von Song et al. 1995 sind daher nicht auf beliebige Fluorophore übertrag-
bar; wenn der Fachmann etwas aus Song et al. 1995 lernt, dann in erster 
Linie, Fluorescein nicht in Anwendungen zu benutzen, bei denen es starker 
Lichtstrahlung  ausgesetzt  ist.  Song  et  al.  1995  taugt  nicht  als  Nachweis 
dafür, dass relevantes Photobleichen generell bereits bei einmaliger Anre-
gung von  wenigen  Mikrosekunden ein  Problem darstellt. Wie schnell ein 
Fluorophor gebleicht wird, hängt von der Intensität und der Dauer der Be-
lichtung ab (vorn, E. 32). Es ist wohl möglich, eine derart intensive Beleuch-
tung  zu  wählen,  dass  der Fluorophor  in  Mikrosekunden  gebleicht  wird. 
Song et al. macht aber keine Aussage dazu, ob das für Fluorescein beo-
bachtete Photobleichen einer Anwendung als Fluoreszenzmarkierung in ei-
nem  SBS-Verfahren  im  Weg  stehen  würde; das  behauptet  die  Beklagte 
auch nicht. Es ist entsprechend bei der Aktenlage davon auszugehen, dass 
der Fachmann im Wissen um die mögliche schädigende Wirkung der Ein-
strahlung  bei  einem  SBS-Verfahren  selbst  bei  Verwendung  von  Flu-
orescein eine Einstrahlung festlegen kann, die für die Identifikation genügt, 
aber nicht zu intensiv oder andauernd ist.

Van Dijk et al. 1995 beschlägt, wie bereits der Titel anzeigt, die Photoblei-
chung von Fluorophoren. Der Fachmann würde dieses Dokument zur Lö-
sung  des  objektiven  Problems,  ein  SBS-Verfahren  mit  einer  geringeren 
Fehlerquote bei der Bestimmung der Identität der eingebauten Nukleotide 
bereitzustellen, nicht beiziehen, weil er Photobleichen im Zusammenhang 
mit SBS-Verfahren ausgehend von der WO 073 gar nicht als Problem er-
kennt. Zudem beschlägt die Publikation Van  Dijk et  al.  1995, wie  bereits 
aus Titel und Zusammenfassung ersichtlich, Probleme, die mit der intensi-
ven  Beleuchtung infolge des  so genannten optischen «Trapping» im Zu-
sammenhang  stehen,  und  mit  Photobleichung bei  derartigen  Verfahren.
Bei den von Van Dijk et al. durchgeführten Experimenten wird ein mit einem 
ersten Laser («trapping laser») gehaltenes Molekül mit einem zweiten La-
ser zur Fluoreszenz angeregt (fluorescence excitation laser). Es wurde be-
fürchtet, dass die hohe Intensität des «trapping lasers» zu verstärkter Pho-
tobleichung führen könnte. Van Dijk et al. 1995 führen in dem in der Replik 
RZ  288  angesprochenen  überbrückenden  Paragraphen  auf  Seite  6482, 
linke auf rechte Spalte (dieser Abschnitt geht bis zum ersten Satz auf Seite 

Seite 79

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6483 und schliesst Fig. 6 ein) in seinem Fall die Verringerung des Photob-
leachings auf die reduzierende Wirkung des Antioxidans auf das durch die 
doppelte  Einstrahlung  und Mehrfachanregung  gebildete  Radikalkation 
(»dye cation») zurück. Diese Wirkung des Antioxidans hängt nicht von der 
Anwesenheit von Sauerstoff ab, und Van Dijk et al. 1995 schliessen, dass 
keine Triplett-Zustände (und somit auch nicht die Bildung von Singlett-Sau-
erstoff) involviert sind. Das  Photobleaching, das  Van Dijk et al. 1995 mit 
u.a. Ascorbinsäure verringern kann, ist also nicht das üblich verstandene 
Photobleaching von Fluorophoren, das typischerweise Singlett-Sauerstoff 
involviert.  Die  Fluoreszenzdetektion  gemäss  der  WO  073  arbeitet  nicht 
nach dem in Van Dijk et al. 1995 verwendeten Prinzip der doppelten Ein-
strahlung für Trapping. Auch deshalb würde der Fachmann Van Dijk et al. 
1995 nicht beiziehen.

Selbst wenn der Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 ausgehend 
von WO 073 hinzuziehen würde, würde es nicht ohne erfinderische Tätig-
keit zur Lösung des objektiven technischen Problems führen. Die Übertrag-
barkeit der Erkenntnisse aus Van Dijk et al. 2004 mit dem Verfahren ge-
mäss WO 073 ist für den Fachmann nicht erkennbar. Der Fachmann weiss 
nicht,  ob  die  im  spezifischen  Zusammenhang  der  Trapping-Technologie 
gefundenen Vorteile auch im Zusammenhang mit der einfachen Fluores-
zenzdetektion  in  einem  Verfahren  gemäss der  WO  073  erhalten  werden 
können.  Beim  Verfahren  gemäss  der  WO 073  geht  es  im  Gegensatz  zu 
Van Dijk et al. 2004 nicht darum, das gleiche System mehrfach oder konti-
nuierlich über lange Zeit anzuregen, sondern jeweils nach jedem Synthe-
seschritt (Zyklus) ein neues Fluoreszenzmolekül anzuregen. Noch weniger 
kann der Fachmann erkennen, dass diese Vorteile des Verfahrens gemäss
Van Dijk et al. 2004 auch unter den spezifischen chemischen Bedingungen 
von SBS gemäss WO 073 erhalten werden können und vor allem auch die 
Schädigung des DNA-Einzelstrangs (Template) reduziert werden kann. 

Die Kombination von WO 073 und Van Dijk et al. 1995 ist daher nicht na-
heliegend, weil der Fachmann ausgehend von WO 073 Van Dijk et al. 1995 
nicht beiziehen würde, und wenn er es dennoch täte, würde der Fachmann 
nicht erkennen, das die Ergebnisse von Van Dijk et al. 1995 auf die chemi-
schen und physikalischen Bedingungen gemäss WO 073 übertragbar sind
und die in der EP 412 beschriebenen unerwarteten Wirkungen zeigt.

Seite 80

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Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/18957

66.
In  einem  zweiten Ansatz argumentiert  die Beklagte  mangelnde  erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend von WO 957, und kombiniert dabei als Sekun-
därdokument mit der  wissenschaftlichen Publikation Dittrich  et al.,  Photo 
bleaching and stabilization of fluorophores used for single-molecule analy-
sis with one- and two-photon excitation, Appl. Phys. B 2001), 829-837 (in 
der Folge Dittrich et al. 2001).

67.
Die WO 957  betrifft ein  Verfahren zur Amplifikation  beziehungsweise zur 
Sequenzierung  von  Nukleinsäuren,  wobei  ein  Kolonieprimer  eingesetzt 
wird, der mit der Nukleinsäure hybridisiert, beide an einem Träger befestigt 
werden, und anschliessend die  Nukleinsäure unter Ausbildung von Kolo-
nien amplifiziert wird, sowie gegebenenfalls anschliessend eine Sequenz-
bestimmung an dieser Kolonie durchgeführt wird. Die Beklagte bezieht sich 
hinsichtlich der Offenbarung des Sequenzierverfahrens in der Tabelle der 
Klageantwort  RZ  448  und  in  der  Klageantwortbeilage 41  spezifisch  auf 
Seite 31, Zeile 16 bis Seite 32, Zeile 8. Diese Passage offenbart sämtliche 
Merkmale des Anspruchs 1 der EP 412 mit Ausnahme des Merkmals, dass 
die Detektion in Anwesenheit eines Puffers durchgeführt wird, der Ascor-
binsäure oder ein Salz davon umfasst.

Es  gibt  dabei  verschiedene  Ausführungsbeispiele,  unter  anderem  Bei-
spiel 4, bei dem ein DNA-Template zusammen mit einem Oligonukleotid an 
einem  Glasträger  befestigt  wird  (S. 56:23-S. 66:26).  Unter  anderem  wird 
dabei die Anzahl der durch das Template erzeugten Kopien jeder Kolonie 
durch Fluoreszenzdetektion überprüft,  wobei aber nicht angegeben wird, 
wie dabei konkret vorgegangen wird. 

Es gibt einen Hinweis, dass ein Anti-Bleichmittel («anti-bleaching reagent»)
eingesetzt wurde (S. 66:19-23), ohne dass erkennbar wäre, um was für ein 
chemisches System es sich dabei handelt. Im Zusammenhang mit diesem 
Unterschied ist festzuhalten, dass die einzige Textstelle mit dem Hinweis 
auf ein Anti-Bleichmittel bei einer Fluoreszenzdetektion bei Beispiel 4 ge-
geben wird, und bei Beispiel 4 geht es nicht um ein Sequenzierverfahren 
mit den anspruchsgemässen Schritten, sondern nur um die Fluoreszenz-
bestimmung der Anzahl  Kopien in jeder  Kolonie. Eine Sequenzierung  im 
Zusammenhang mit Fluoreszenzdetektion  wird  bei diesem  Beispiel nicht 
erwähnt.

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Die  Offenbarung  des Anti-Bleichmittels  in  WO 957 erfolgt  daher nicht im 
Zusammenhang  mit  einem  SBS-Verfahren.  Es  fehlen  die  anspruchsge-
mässen Schritte (a) Inkorporation und (b) Detektion.

Die Beklagte gibt nicht an warum die im Rahmen von Beispiel 4 im Zusam-
menhang mit einer Bestimmung der Anzahl Kopien einer Kolonie verwen-
dete Fluoreszenzdetektion mit einem Anti-Bleichmittel gleichermassen An-
wendung finden kann oder soll, wenn eine Sequenzbestimmung gemäss 
besagter Passage von Seiten 31/32 durchgeführt werden soll.

Damit ist dem Dokument WO 957 keine unmittelbare und eindeutige Of-
fenbarung eines Anti-Bleichmittels während einer zyklischen Sequenzbe-
stimmung zu entnehmen. 

Die Entgegenhaltung WO 957 ist daher weiter weg von der beanspruchten 
Erfindung als WO 073, weil das von WO 957 offenbarte Sequenzierverfah-
ren überhaupt kein Antioxidans oder Sauerstofffänger mitverwendet, noch 
weniger unter  Verwendung  einer  Pufferlösung,  die  das Antioxidans  oder 
den  Sauerstofffänger enthält.  Dennoch  lässt  sich  als  objektive  Aufgabe 
ausgehend von WO 957 die gleiche Aufgabe wie ausgehend von WO 073 
formulieren, nämlich die Bereitstellung eines verbesserten Sequenzierver-
fahrens und eines Kits zur Verwendung in einem derartigen Verfahren, bei 
dem die Identität der eingebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit ei-
ner  geringen  Fehlerquote  mit  hoher  Empfindlichkeit bestimmt  werden 
kann.  

68.
Die  wissenschaftliche Publikation  Dittrich  et  al.  2001 ist  aus  dem  Gebiet 
der Physik, auch was das Publikationsorgan Applied Physics B anbelangt, 
und  betrifft  entsprechend  allgemeine  physikalisch-spektroskopische  For-
schung. Es wird zwar im Zusammenhang mit der beschriebenen Einzelmo-
lekül-Fluoreszenzspektroskopie auf Anwendungen im Bereich der Biologie 
allgemein hingewiesen (S. 829). Hinweise auf spezifische biologische Sys-
teme, für die die Resultate dieser Publikation relevant sein könnten, gibt es 
aber nicht. Insbesondere gibt es keine Hinweise auf Fluoreszenzmessun-
gen  an  entsprechend markierten,  geschweige denn laufend synthetisier-
ten, DNA-Molekülen oder SBS-Techniken. 

Die  Publikation  adressiert  gemäss  Zusammenfassung  Probleme,  die  im 
Zusammenhang  mit  Einzelmolekül-Fluoreszenzspektroskopie,  insbeson-

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dere  konfokale  Fluoreszenzkorrelationsspektroskopie  (FCS)  und  Zwei-
quantenanregung stehen.  Bei den durchgeführten Experimenten geht es 
immer um Zweiquantenanregung.

Gemäss  ständiger  Rechtsprechung  des  europäischen  Patentamts,  der 
diesbezüglich gefolgt wird, berücksichtigt der Fachmann naheliegend Do-
kumente des gleichen Gebiets wie das Ausgangsdokument, der benach-
barten Gebiete sowie Dokumente von übergeordnetem generellerem Ge-
biet, wenn dort die gleichen oder ähnlichen Probleme angesprochen wer-
den.46

Es handelt  sich  bei der Publikation  Dittrich et al. 2001 jedoch weder um 
eine  Publikation  des  gleichen  Gebietes  wie  jenes  des  Ausgangsdoku-
ments, noch eines benachbarten Gebietes oder eines übergeordneten Ge-
bietes mit gleicher oder ähnlicher Fragestellung. Die Fluoreszenzdetektion 
gemäss der WO 957 arbeitet auch nicht nach dem in Dittrich et al. 2001
verwendeten Prinzip der Zweiquantenanregung oder der FCS.

Bei der Suche nach der Lösung der objektiven technischen Aufgabe gibt 
es entsprechend für den Fachmann keine  Motivation, ein  Dokument  wie 
Dittrich  et  al.  2001 beizuziehen,  denn  im  Ausgangsdokument  wird  das 
Problem von Photobleichung bei einem sequenziellen Syntheseverfahren 
zur Sequenzierung nicht angesprochen, und aus den in E. 65 genannten 
Gründen  würde  der  Fachmann  das  Problem  der  Photobleichung  im  Zu-
sammenhang mit SBS-Verfahren gar nicht als solches erkennen.

Bereits der Beizug des Dokuments Dittrich et al. 2001 würde entsprechend 
erfinderische Tätigkeit erfordern.

Selbst wenn der Fachmann die Entgegenhaltung Dittrich et al. 2001 aus-
gehend  von WO  957 hinzuziehen  würde,  gäbe  es  keinen  Hinweis,  ohne 
erfinderische Tätigkeit zur beanspruchten Lehre zu gelangen.

Zunächst müsste der Fachmann ausgehend von der WO 957 erkennen, 
dass  die Zugabe des Anti-Bleichmittels für die  Fluoreszenzdetektion aus 
dem Beispiel 4 auch im Zusammenhang mit dem im gleichen Dokument 
an besagter Stelle von Seiten 31/32 offenbarten Sequenzierungsverfahren 

46 T 176/84 vom 22. November 1985, Leitsatz; T 195/84 vom 10. Oktober 1985, 
Leitsatz.

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mit Zyklen mit fluoreszenzmarkierten DNA-Einzelsträngen Anwendung fin-
den könnte. 

Dazu gibt es keine Hinweise, und solche Hinweise werden von der Beklag-
ten auch nicht vorgetragen. 

Zudem ist die Übertragbarkeit der Erkenntnisse aus Dittrich et al. 2001 auf 
ein Verfahren gemäss der WO 957 für den Fachmann nicht erkennbar. Der 
Fachmann weiss nicht, ob die im spezifischen Zusammenhang der Zwei-
quantenanregung oder der FCS-Technologie gefundenen Vorteile auch im 
Zusammenhang mit der einfachen Fluoreszenzdetektion in einem Verfah-
ren gemäss der WO 957 erhalten werden können. Beim Verfahren gemäss 
der WO 957 (das aber wie dargelegt bereits durch eine Kombination von 
mehreren Textstellen im Ausgangsdokument zu konstruieren wäre) geht es 
im Gegensatz zu Dittrich et al. 2001 nicht darum, das gleiche System mehr-
fach oder kontinuierlich über lange Zeit anzuregen, sondern jeweils nach 
jedem Syntheseschritt (Zyklus) ein neues Fluoreszenzmolekül anzuregen. 

Noch weniger kann der Fachmann erkennen, dass diese Vorteile von Dit-
trich et al. 2001 auch unter den spezifischen chemischen Bedingungen ei-
nes  zyklischen  Synthese- und  Sequenzierungsverfahrens  im  Sinne  von 
SBS-Verfahren erhalten  werden  können,  und vor allem  auch nicht,  dass 
die Schädigung des DNA-Einzelstrangs (Template) reduziert werden kann. 

69.
Die Beklagte verweist im Zusammenhang mit dem Angriff ausgehend von 
WO 957 auch auf Van Dijk et al. 2004 und auf Song et al. 1995. 

Abgesehen davon, dass substanziierte Verweise auf spezifische Textstel-
len in Van Dijk et al. 2004 und Song et al. 1995 fehlen, gilt das vorne im 
Zusammenhang mit der Offenbarung von van Dijk et al. 2004 und seiner
Kombination mit dem Ausgangsdokument WO 073 dargelegte für die Kom-
bination von Van Dijk et al. 2004 mit WO 957 mutatis mutandis. Der Fach-
mann  würde  auch  ausgehend von der WO  957 nicht  ohne  erfinderische 
Tätigkeit auf  dieses  Sekundärdokument  zurückgreifen,  weil  in  diesem  in 
einem völlig anderen Gebiet eine andere Detektionstechnologie beschrie-
ben wird.

Dem  Dokument  Song  et  al.  1995 kann  weder  ein Hinweis  auf Ascorbin-
säure entnommen  werden, noch  Hinweise auf einen  Detektionspuffer im 
Zusammenhang mit fluoreszenzmarkierter DNA, geschweige denn einen 
Hinweis auf SBS-Verfahren.

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Ausgehend von WO 957 kombiniert mit Dittrich et al. 2001, Van Dijk et al. 
2004 oder Song et al. 1995 beruht der beanspruchte Gegenstand deshalb 
auf erfinderischer Tätigkeit.

Erfinderische Tätigkeit ausgehend von Braslavsky et al. 2003

70.
In einem dritten Ansatz argumentiert die Beklagte mangelnde erfinderische 
Tätigkeit ausgehend von Braslavsky et al. 2003 und kombiniert dabei als 
Sekundärdokument mit der wissenschaftlichen Publikation Van Dijk et al. 
2004 oder mit Dittrich et al. 2001.

71.
Die  wissenschaftliche  Publikation  Braslavsky  et  al.  2003 beschreibt  ein 
Verfahren zur Bestimmung der Sequenzinformation von DNA an einzelnen 
Molekülen (Titel). Dabei wird so vorgegangen, dass der zu untersuchende 
einzelsträngige DNA-Abschnitt  mit  einem  mit  Cy3-fluoreszenzmarkierten 
Primer gepaart wird und anschliessend an einer Oberfläche immobilisiert 
wird (Kapitel «Sample Preparation»). 

Für die Sequenzierung werden zunächst die an der Oberfläche befestigten 
DNA-Abschnitte  über  die  Einstrahlung  mit  grünem  Laserlicht  lokalisiert 
(das  grüne  Laserlicht  aktiviert  die Fluoreszenz  von  Cy3  am  Primer) und 
anschliessend wird die Fluoreszenzmarkierung am Primer wiederum durch 
Einstrahlung mit dem grünen Laser gebleicht, d.h. die Fluoreszenzmarkie-
rung am Primer sozusagen «gelöscht» (Kapitel beginnend im unteren Ab-
satz der rechten Spalte auf S. 3961 sowie Fig. 3a).

Seite 85

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Abbildung 9: Schematische Darstellung der Verdoppelung des Einzelstrangs während der 
ersten Schritte der Sequenzierung (Fig. 3a aus Braslavsky et al. 2003)

Anschliessend wird ein mit Cy3-fluoreszenzmarkiertes Nukleotid-Triphos-
phat zusammen mit Polymerase zugegeben, bis es direkt oder indirekt am 
Primer und gepaart angebunden an den DNA-Abschnitt eingebaut ist (vgl. 
Fig. 3a Zeile 2). Danach wird die Kette bis zum nächsten A oder G im Ein-
zelstrang  (Template)  verlängert  und  umgestellt  auf  ein  komplementäres 
Cy5-fluoreszenzmarkiertes  Nukleotid-Triphosphat.  Dessen  erfolgter  Ein-
bau wird ebenfalls über die Einstrahlung mit grünem Laser detektiert, wo-
bei  aber  die  Fluoreszenz  des  Cy5-Farbstoffs  nicht  direkt  angeregt  wird, 
sondern zunächst der Cy3-Farbstoff des ersten Cy3-fluoreszenzmarkierten 
Nukleotid-Triphosphats als Spender angeregt, die Anregung lokal übertra-
gen  auf  den  neu  eingebauten  Cy5-Farbstoff  (über  Einzelpaar-Foerster-
Energieübertragung) und die Fluoreszenz von letzterem zur Identifikation 
detektiert wird (vgl. Fig. 3a Zeile 3).  Um die Photobleichung zu verringern, 
wird bei jeder grünen Bestrahlung – ausser bei der absichtlichen Löschung 
des Cy3-Primers – ein Sauerstoffabsorptionssystem («oxygen scavenging 
system») hinzugefügt. Der Cy5-Akzeptor fluoresziert nach Aufnahme der 
Anregungsenergie vom Cy3-Donor, was die Identifikation des eingebauten 
Nukleotids ermöglicht. Bei Braslavsky et al. 2003 wird also der Cy3-Donor 
bei jedem Zyklus, der den Einbau eines Cy5-markierten Nukleotids bein-
haltet, in Anwesenheit des Sauerstoffabsorptionssystems mit Grün belich-
tet. Der ständig vorhandene Cy3-Donor wird also mehrmals mit Grün be-
lichtet. Der Cy5-Akzeptor jedes neu eingebauten Nukleotids wird bei des-
sen Identifikation nicht  mit  rotem Laserlicht belichtet, er  wird  stattdessen 

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mittels der Einzelpaar-Foerster-Energieübertragung vom belichteten Cy3-
Donor zur Fluoreszenz angeregt (vg. Fig. 3a Zeilen 2 und 3).  Erst nach 
erfolgter  Identifikation  jedes neu  eingebauten  Cy5-markierten  Nukleotids 
wird sein Cy5-Akzeptor durch Bleichen mit rotem Laserlicht in Abwesenheit 
des Sauerstoffabsorptionssystems zerstört. Jeder neu eingebaute Cy5-Ak-
zeptor wird also nur einmal mit Grün belichtet und anschliessend nur ein-
mal mit Rot belichtet  (vgl. Fig. 3a Zeile 4). Der ständig vorhandene Cy3-
Donor  erfährt  bei  dieser  Zerstörung  des  Cy5-Donors  die  rote  Belichtung 
mit, soll aber gegenüber rotem Licht unempfindlich sein. Angaben zur che-
mischen Natur des Sauerstoffabsorptionssystems werden keine gemacht, 
sondern nur ein Hinweis auf eine Literaturstelle (ref. 27) gegeben. 

Abbildung 10: Fig. 3b und c aus Braslavsky et al. 2003

Der von der Klägerin in der Replik RZ 304 behauptete Widerspruch zwi-
schen dem in diesem Dokument erwähnten Bleichen und der Anwesenheit 
eines Sauerstoffabsorptionssystems während der Einstrahlung mit grünem 
Laserlicht bei den Identifikationsschritten mit Einzelpaar-Foerster-Energie-
übertragung  gibt  es  entsprechend nicht,  denn  absichtliches  Bleichen  er-
folgt bei Einstrahlung mit grünem Laser nur für den Cy3-Farbstoff am Pri-

Seite 87

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mer für die Lokalisierung des Templates und anschliessend bei Einstrah-
lung mit grünem Laser nicht mehr. Das absichtliche Bleichen in den folgen-
den Schritten erfolgt durch Einstrahlung mit rotem Laser gezielt nur für die 
selektive  Löschung  der  Cy5-Farbstoffe. Anwesenheit  des  Sauerstoffab-
sorptionssystems beim Belichten mit Grün einerseits und Bleichen mit Rot 
anderseits  betreffen  verschiedene  Unterschritte  innerhalb  des  einzelnen 
Zyklus. Braslavsky et al. 2003 setzt innerhalb jedes einzelnen Zyklus beim 
Belichten  mit  Grün  ein  erstes  Medium  mit  Sauerstoffabsorptionssystem
und  beim  anschliessenden  Belichten  mit  Rot  ein  zweites Medium  ohne 
Sauerstoffabsorptionssystem ein.

Somit offenbart Braslavsky et al. 2003 alle Merkmale des geltend gemach-
ten Anspruchs 1, mit der Ausnahme, dass der Detektionsschritt nicht in ei-
ner  Pufferlösung  mit  Ascorbinsäure  oder  einem  Salz  davon  ausgeführt 
wird, sondern in Anwesenheit eines nicht näher bestimmten Sauerstofffän-
gers (Die Referenz 27 aus Braslavsky et al. 2003 wurde von der Klägerin 
als  Beilage 60  verspätet eingereicht und  wird  weder als echtes  noch als 
unechtes Novum berücksichtigt).

Im Ausgangsdokument Braslavsky et al. 2003 wird die Zugabe eines Sau-
erstofffängers nicht  nur  erwähnt,  sondern auch experimentell umgesetzt. 
Es fehlen aber Angaben dazu, ob die Signalintensität über mehrere Zyklen 
stabil bleibt und wie hoch die Fehlerquote nach mehreren Zyklen ist. Wie 
vorne, E. 644 dargelegt, führt die Zugabe spezifisch von Ascorbinsäure zu 
einer geringeren Fehlerquote und zu einem geringeren Signalintensitäts-
verlust über mehrere Zyklen.

Entsprechend  lautet die zu  lösende Aufgabe auch  hier,  ein  verbessertes 
Sequenzierverfahren und ein entsprechendes Kit zur Verwendung in einem 
solchen Sequenzierverfahren bereitzustellen, bei dem die Identität der ein-
gebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit einer geringen Fehlerquote 
mit geringerem Signalintensitätsverlustt bestimmt werden kann.

72.
Van  Dijk et al.  2004 beschäftigt  sich  ebenfalls  mit  der Verhinderung  von 
Photobleichen  bei Fluoreszenz,  und  vergleicht  dabei  verschiedene  Mög-
lichkeiten für deren Verhinderung, konkret Entgasen, Zugabe von DTT so-
wie Zugabe von Ascorbinsäure (siehe insbesondere Tabelle 1). Dabei ist 
aber festzuhalten, dass die Resultate für den verwendeten speziellen Auf-
bau  gegeben  werden,  bei  dem  nicht  einfach  nur  Fluoreszenz  ausgelöst 
wird, sondern bei dem ganz gezielt mit zwei Lasern gearbeitet wird, eben 

Seite 88

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mit einem Laser zur Lokalisierung des Farbstoffs («trapping laser») und mit 
einem Fluoreszenz auslösenden Anregungslaser («fluorescence excitation 
laser»). Es wird ausdrücklich ausgeführt, dass die Resultate für diese spe-
zielle Situation gegeben werden (S. 6480, linke Spalte, 2. Absatz).

Geht  man  davon  aus,  dass  ausgehend  von  Braslavsky  at  al.  2003  der 
Fachmann  das  Dokument  Van  Dijk  et  al.  2004  naheliegend  beiziehen 
würde, so würde er aus diesem Dokument erkennen, dass er als «oxygen 
scavenger»  entweder Ascorbinsäure  oder  DTT  einsetzen  kann.  Für  die 
speziellen Bedingungen mit den zwei Lasern scheinen beide Systeme As-
corbinsäure und DTT geeignet zu sein. Angesichts der unterschiedlichen 
Konzentrationen ist aber nicht eindeutig klar, welches der beiden Systeme 
effektiv wirksamer ist.

Ausgehend  von  Braslavsky  at  al.  2003  könnte damit  der  Fachmann  tat-
sächlich die Ascorbinsäure aus Van Dijk et al. 2004 als Sauerstoffabsorpti-
onssystem in Betracht ziehen. Er würde dies aber nicht, weil er einerseits 
erkennt, dass es keine eindeutige Präferenz für Ascorbinsäure in Van Dijk 
et al. 2004 gibt, und weil andererseits nicht klar ist, ob die Verhinderung 
von Photobleichen unter den speziellen Bedingungen der Einstrahlung mit 
zwei Lasern gemäss Van Dijk at al. 2004 auf die Situation der einfachen 
Einstrahlung mit FRET gemäss Braslavsky et al. 2003 übertragbar ist.

Im Zusammenhang mit der Kombination dieser beiden Dokumente ist nun 
entscheidend, dass, wie vorne in E. 64 dargelegt, nachgewiesen werden 
konnte,  dass  nicht  nur  ein  gegebenenfalls  auftretendes  Photobleichen, 
sondern eben und vor allem auch eine Photodamage, d. h. eine Schädi-
gung des DNA-Template, durch die Zugabe von Ascorbinsäure verhindert 
werden kann.

Eine solche Wirkung wird in keinem der beiden Dokumente erwähnt und 
ergibt sich auch nicht implizit aus einem der Dokumente. Diese zusätzliche 
Wirkung wird entsprechend auch durch keines der beiden Dokumente na-
hegelegt.

Es stellt sich dann die Frage, ob dieser zusätzliche Effekt nur als Bonusef-
fekt qualifiziert, wie die Beklagte in der Duplik RZ 135 meint. Der Recht-
sprechung des europäischen Patentamts folgend kann das Vorliegen von 
erfinderischer Tätigkeit wegen eines Bonuseffekts nur dann verneint wer-
den, wenn eine Einbahnstrassensituation vorliegt, d.h. wenn für die unter 
Berücksichtigung  der  Primärüberlegungen  getroffene  Auswahl  für  den 

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Fachmann nur eine einzige Möglichkeit bestand, und wenn dann die zu-
sätzlich geltend gemachte Wirkung automatisch auftritt.47

Vorliegend hiesse das, dass ein Bonuseffekt gegeben wäre, wenn für den 
Fachmann  ausgehend  vom  Primärdokument  Braslavsky  at  al.  2003  bei 
Kombination mit Van Dijk at al. 2004 die Auswahl von Ascorbinsäure für die 
Verhinderung von Photobleichen die einzig ernsthaft in Betracht gezogene 
von verschiedenen Möglichkeiten darstellt (Einbahnstrassensituation), und 
der zusätzliche Effekt der Verhinderung von Photodamage dann gewisser-
massen als Begleiterscheinung automatisch auftritt.

Dies ist aber wie vorstehend dargelegt nicht der Fall, denn der Fachmann 
würde ausgehend von Braslavsky at al. 2003 bei Kombination mit Van Dijk 
at al. 2004 nicht allein die Verwendung von Ascorbinsäure ernsthaft in Be-
tracht ziehen, sondern genauso DTT. Eine eindeutige Präferenz für Ascor-
binsäure ist nicht erkennbar.

Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/70073, WO 00/18957 o-
der Braslavsky et al.

73.
In  einem  vierten Ansatz  argumentiert  die  Beklagte  mangelnde  erfinderi-
sche  Tätigkeit  ausgehend  von  WO  073,  WO  957  oder  Braslavsky  et  al. 
2003, und kombiniert dabei als Sekundärdokument mit WO 02/086165 (in 
der Folge WO 165) oder WO 2004/085546 A1 (in der Folge WO 546), oder 
Parshad  et  al.,  Fluorescence  light-induced  chromosome  damage  and  its 
prevention in mouse cells in culture, PNAS 1978, S. 1830-33 (in der Folge 
Parshad et al. 1978).

74.
Aus den, E. 70-72 ergibt sich, dass von den drei im vierten Ansatz vorge-
tragenen  Ausgangsdokumenten  die  Entgegenhaltung Braslavksy  at  al. 
2003 der geeignetste Ausgangspunkt für die Beurteilung der erfinderischen 
Tätigkeit ist, da in diesem Dokument konkret ein repetitives Sequenzierver-
fahren  mit  Fluoreszenzdetektion  einzelner  eingebauter  Nukleotide  be-
schrieben  wird,  und  die  Zugabe  eines  «oxygen  scavenger  systems»  zur 
Verhinderung von Photobleichen beschrieben wird.

47 T 192/82 vom 22. März 1984, Leitsatz, sowie T 1936/13 vom 27. Juni 2017, E. 
2.4.3.

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Die folgende Diskussion beschränkt sich deshalb auf die Diskussion aus-
gehend von Braslavsky et al. 2003.

Zu Unterschied und objektiver Aufgabe ausgehend von diesem Dokument 
sei auf die Diskussion vorne verwiesen, d.h. die zu lösende Aufgabe be-
steht darin, ein verbessertes Sequenzierverfahren und ein entsprechendes 
Kit zur Verwendung in einem solchen Sequenzierverfahren bereitzustellen, 
bei dem die Identität der eingebauten Nukleotide über mehrere Zyklen mit 
einer  geringen  Fehlerquote  mit  hoher  Empfindlichkeit bestimmt  werden 
kann.

75.
Die Frage, ob der Fachmann ausgehend von Braslavsky et al. 2003 oder 
WO 073 die WO 165 beiziehen würde, kann offenbleiben, denn geht man 
davon aus, dass er das Dokument beiziehen würde, würde er aus diesem 
Dokument nicht mehr als auf Seite 12, letzter Absatz überbrückend und auf 
die nächste  Seite eine lange Liste  von möglichen Antioxidantien entneh-
men. Dabei wird Ascorbinsäure in dieser langen Liste ohne besondere Be-
vorzugung erwähnt.

Wie vorne dargelegt (E. 64), gibt es den zusätzlichen unerwarteten Effekt 
der Verhinderung von Photodamage. Auch bei Berücksichtigung von WO 
165 liegt ausgehend von Braslavsky et al. 2003 kein Bonuseffekt vor, denn 
wie bei der Kombination mit Van Dijk et al. 2004 (hier sogar noch eindeuti-
ger) liegt keine Einbahnstrassensituation vor, da in der WO 165 Ascorbin-
säure ohne Bevorzugung in einer langen Liste genannt wird.

Entsprechend  kann  die  Kombination  von  Braslavsky  et  al.  2003  oder 
WO 073 mit WO 165 die beanspruchte Erfindung nicht nahelegen.

76.
Analog gilt dies auch für die WO 546. Auch bei diesem Dokument geht es 
nur  um die  Verringerung  von  Photobleichung,  nicht  um  Photodamage. 
Auch hier findet sich auf Seite 9 nur eine lange Liste von möglichen Mitteln
zur Verhinderung der Fluoreszenzintensität und der von der Beklagten zu-
sätzlich  angezogene Anspruch  35  ist,  insbesondere  bei  Betrachtung  der 
Ansprüche 33-35, nichts anderes als diese Liste, und in dieser Liste wird 
Ascorbinsäure ohne besondere Bevorzugung erwähnt. 

Aus den im Zusammenhang mit der WO 165 dargelegten Gründen beruht 
auch bei Beizug von WO 546, sofern dieser überhaupt erfolgen würde, der

Seite 91

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Gegenstand  des  geltend  gemachten Anspruchs  auf erfinderischer Tätig-
keit.

77.
Auch beim Dokument Parshad et al. 1978 kann offenbleiben, ob der Fach-
mann dieses Dokument hinzuziehen würde. Wenn er dies täte, würde er 
feststellen,  dass  es  hier  um  fluoreszenzinduzierte  Chromosomenschädi-
gung geht, und nicht um ein Sequenzierverfahren wie im Ausgangsdoku-
ment. 

Dieses Dokument beschäftigt sich mit der Beschädigung von Chromatiden 
in Zellen in einem speziellen Medium durch Fluoreszenzlicht bei einer Be-
strahlungsdauer von 20 Stunden (siehe Zusammenfassung). Dies bedeu-
tet, dass es in diesem Dokument um eine völlig andere Technologie geht 
als  bei  jedem  der  von  der  Beklagten  verwendeten Ausgangsdokumente. 
Es geht nicht um ein Sequenzierverfahren und schon gar nicht um eines, 
bei dem Fluoreszenzfarbstoffe für die Sequenzierung in die DNA eingebaut 
werden.

Damit gehört das Dokument Parshad et al. 1978 weder zum gleichen Ge-
biet  wie  die Ausgangsdokumente,  noch  zu  einem  benachbarten  Gebiet 
noch zu einem übergeordneten generellen Gebiet mit der gleichen Zielset-
zung.  Der  Fachmann  würde  entsprechend  dieses  Dokument  als  Sekun-
därdokument nicht ohne erfinderisch tätig zu sein beiziehen.

Selbst wenn es beiziehen würde, würde er dann feststellen, dass er daraus 
keine  sinnvollen  Erkenntnisse  für  die  Verbesserung  der  Lehre  des Aus-
gangsdokuments gewinnen kann. Bei einem Sequenzierverfahren mit Ein-
bau von Bausteinen mit Fluoreszenzfarbstoffen werden die einzelnen und 
isolierten Moleküle optisch ausgelesen, wobei kurzzeitig für die Identifika-
tion  angestrahlt  wird  und  die  Fluoreszenz  detektiert  wird.  Im  Gegensatz 
dazu wird in diesem Sekundärdokument Parshad et al. 1978 nicht mit Licht 
zur Erzeugung von Fluoreszenz in der Probe angeregt, sondern vielmehr 
wird als Lichtquelle eine Fluoreszenzlichtquelle eingesetzt. Obwohl der Ti-
tel glauben machen könnte, dass es im Sekundärdokument um etwas Ähn-
liches geht wie im Primärdokument, ist das bei genauer Betrachtung über-
haupt nicht der Fall, weil im Sekundärdokument die Einstrahlung nicht mit 
dem Ziel der Erzeugung von Fluoreszenz erfolgt. 

Weiter werden in diesem Sekundärdokument nicht einzelne Stränge durch 
kurzzeitige  Einstrahlung  analysiert,  sondern  es  wird  geschaut,  inwiefern 

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eine kontinuierliche Einstrahlung über eine Zeitdauer von 20 Stunden, wie 
sie  in  einem  Sequenzierverfahren  offensichtlich  niemals  zur Anwendung 
käme,  Chromatiden  in  einer  Zelle,  d.  h.  in  ihrem  natürlichen, in entspre-
chende Proteine und andere Biomoleküle eingebetteten, Umfeld auf diese 
Einstrahlung  reagieren.  Dass  die  Wirkung  von Ascorbinsäure  in  diesem 
völlig anderen Umfeld auch nur schon ähnlich sein könnte, wie wenn As-
corbinsäure bei einem Sequenzierverfahren eingesetzt würde, kann nicht 
erkannt werden.

Eine direkte Übertragbarkeit von Erkenntnissen aus diesem Sekundärdo-
kument auf das Verfahren gemäss Primärdokument kann der  Fachmann 
entsprechend nicht annehmen. Ausgehend vom Dokument Braslavsky et 
al. 2003 und auf der Suche nach einem geeigneten Sauerstoffabsorptions-
system würde der Fachmann beim Blick in dieses Sekundärdokument nicht 
ohne erfinderische Tätigkeit erkennen, dass die dort in einem anderen Zu-
sammenhang  eingesetzt Ascorbinsäure  als  Sauerstoffabsorptionssystem
im Verfahren gemäss Ausgangsdokument besonders vorteilhaft wäre.

Entsprechend kann auch die Kombination mit Parshad et al. 1978 die be-
anspruchte Erfindung nicht nahelegen.

Erfinderische Tätigkeit ausgehend von WO 00/06770

78.
In  einem  fünften Ansatz  argumentiert  die  Beklagte  mangelnde  erfinderi-
sche Tätigkeit ausgehend  von WO 770 und kombiniert dabei als  Sekun-
därdokument mit Van Dijk et al. 2003 oder Dittrich et al. 2001. Sie bezieht 
sich dabei wesentlich auf die Ausführungen in der Entscheidung der Ein-
spruchsabteilung.

79.
Die WO 770 beschreibt eine Vorrichtung für die Einzelmolekülspektrosko-
pie, bei der die einzelnen Moleküle an einem stationären Träger fixiert sind 
(Zusammenfassung und Anspruch 1 sowie Seite 5:25). Die einzelnen Mo-
leküle werden fluoreszenzmarkiert und es wird beschrieben, dass die Tech-
nologie für ein Sequenzierverfahren von Polynukleotiden eingesetzt wer-
den kann (S. 9:3-23). Dabei weist das Verfahren an einer Template-Nukle-
insäure  folgende,  sich  wiederholende  Schritte  auf:  Einbau  eines  fluores-
zenzmarkierten Nukleotids zu einem komplementären Strang und optische 
Bestimmung des eingebauten Systems nach Entfernung der fluoreszenz-

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markierten Reagenzien (S. 9:11-23). Um nachzuweisen, dass die Fluores-
zenz durch ein einzelnes Molekül verursacht wird, wird auf den auf Pho-
tobleichung zurückzuführenden Signalabfall abgestellt (S. 15:23-28 sowie 
S. 17:16-25).

Damit  unterscheidet  sich  der  beanspruchte  Gegenstand,  wie  dies  in  der 
Entscheidung  der  Einspruchsabteilung  vom  30.  November  2015  korrekt 
festgehalten wird, von der Offenbarung der WO 770 dadurch, dass die Be-
stimmung der Identität der eingebauten Nukleotide in einem Puffer durch-
geführt wird, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält.

80.
Die Zugabe von Ascorbinsäure führt nachweislich dazu, dass das Fluores-
zenzsignal in einem SBS-Verfahren auch über mehrere Zyklen stabil bleibt
und Fehlerquote bei der Identitätsbestimmung daher sinkt (vorne, E. 64).

Die WO 770 offenbart Fluoreszenzdetektion, nicht aber, dass das Fluores-
zenzsignal über mehrere Zyklen durch die Zugabe von irgendwelchen Che-
mikalien verbessert werden könnte. Im Gegenteil, bei der WO 770 beruht 
die  Detektion  gerade  darauf,  dass  das  Photobleichung dazu  verwendet 
wird, das Nutzsignal (eines einzelnen Moleküls) vom Störsignal (mehrerer
Moleküle) zu unterscheiden.

Wegen der nachgewiesenen technischen Wirkung kann die Aufgabe nicht 
als Bereitstellung einer Alternative formuliert werden. Sie kann aber auch 
nicht  formuliert  werden  als  Bereitstellung  einer  höheren  Signalintensität 
über  mehrere  Zyklen, da  eine  derartige  Fragestellung  bereits einen  Hin-
weis gibt, der der WO 770 nicht entnommen werden kann. 

Die zu lösende Aufgabe besteht daher darin, ein verbessertes Sequenzier-
verfahren und ein entsprechendes Kit zur Verwendung in einem derartigen 
Verfahren bereitzustellen, bei dem die Identität der eingebauten Nukleotide 
auch über mehrere Zyklen mit geringer Fehlerquote mit hoher Empfindlich-
keit bestimmt werden kann (so ähnlich auch die Einspruchsabteilung).

81.
Aus den bereits ausführlich dargelegten Gründen hat der Fachmann keine 
Motivation, überhaupt Van Dijk et al. 2004 beizuziehen, um die technische 
Aufgabe zu lösen. Bei SBS-Verfahren stellt sich das Problem der Photo-
bleichung – bei angemessen eingestellter Lichtintensität – gar nicht, ent-
sprechend würde der Fachmann auch keine Massnahmen zur Reduktion 
der Bleichung in Betracht ziehen. 

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Selbst wenn der Fachmann das Dokument Van Dijk et al. 2004 ausgehend 
von WO 770 hinzuziehen würde, würde nicht ohne erfinderische Tätigkeit 
zur beanspruchten Lehre gelangen.

Die Kompatibilität der Erkenntnisse des Dokuments Van Dijk et al. 2004 mit 
dem Verfahren gemäss WO 770 ist für den Fachmann nicht erkennbar. Im 
Gegenteil,  die WO 770 lehrt explizit  vom Dokument Van  Dijk et al. 2003
weg («teaching away»). Bei der WO 770 geht es darum, gezielt Photoblei-
chung dafür zu nutzen, das Signal der einzelnen markierten Nukleotide im 
einzelnen Molekül von Hintergrundsignalen zu unterscheiden. Die Zugabe 
eines Mittels zur Verhinderung von Photobleichung liefe diesem Prinzip ge-
nau zuwider, entsprechend würde der Fachmann das Dokument Van Dijk
et al. 2003 bei der Suche nach einer Lösung zum obigen Problem verwer-
fen. 

Auch die wissenschaftliche Publikation Dittrich et al. 2001 gilt dasselbe wie 
für Van Dijk et al. 2003. Da Photobleichung kein Problem darstellt, würde 
der Fachmann diese Publikation nicht beiziehen. Die Kompatibilität der Er-
kenntnisse des Dokuments Dittrich et al. 2001 mit dem Verfahren gemäss 
WO 770 ist für den Fachmann zudem nicht erkennbar. Im Gegenteil, die 
WO 770 lehrt aus den bei der Diskussion von Van Dijk et al. 2003 genann-
ten Gründen von Dittrich et al. 2001 weg. 

82.
Zusammenfassend  beruht  der  Gegenstand  der geltend  gemachten  An-
sprüche 1 und 15 der EP 412 auf erfinderischer Tätigkeit. 

Verletzung

83.
Die  Beklagte  hat  in  der  Klageantwort  darzulegen,  welche  Tatsachenbe-
hauptungen der  Klägerin im Einzelnen anerkannt oder bestritten  werden
(Art. 222 Abs. 2 ZPO).

Klagepatent EP 578

84.
In der Klageantwort bestreitet die Beklagte unter dem Titel «die angegriffe-
nen  Nukleotide,  Reagenzien-Kits und  Verfahren  verletzen EP 578 nicht» 
ausschliesslich,  dass  die  von  der  Klägerin  vorgebrachten  Beweismittel
tauglich  seien,  eine  Verletzung  nachzuweisen. Auch  in  der  Duplik,  unter 

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dem  Titel  «keine  Verletzung  von  EP  578»,  bestreitet  die  Beklagte  aus-
schliesslich, dass die Klägerin bewiesen habe, dass das Klagepatent 578 
verletzt sei (Duplik RZ 41 ff.; exemplarisch der Titel vor RZ 48 «Plaintiff fai-
led to establish infringement by MGl’s unlabelled dNTPs» (Hervorhebung 
hinzugefügt).

Auf spezifische Frage des Präsidenten an der  Hauptverhandlung, ob die 
Beklagte  bestreite,  eine Azidomethyl-Blockierungsgruppe  zu  verwenden, 
antwortete der Vertreter der Beklagten wörtlich «what I am saying is that it 
has not been proven that it is used».

Damit  fehlt  es  an  einer  eigentlichen  Bestreitung  der Verletzung.  Die  Be-
klagte bestreitet zwar den Nachweis der Verletzung, aber nicht die Verlet-
zung als solche. Als unbestrittene tatsächliche Behauptung bedarf die Be-
hauptung,  dass  der  Reagenzien-Kit  «DNBSEQ-500RS»  (vormals  «MGI-
SEQ-500RS High throughput Sequencing Kit Model: PE 100») der Beklag-
ten in den Schutzbereich des Klagepatents EP 578 fällt, daher keines Be-
weises.

85.
Erachtet man einen Beweis dennoch als notwendig, so ist er aus den im 
Fachrichtervotum genannten Gründen erbracht.

Die  Klägerin  stützt  sich  zum  Nachweis  der  Verletzung  des  Klagepatents 
EP 578 durch den Kit «MGISEQ-2000RS» auf eine Analyse durch die Eu-
rofins EAG Materials Sciences, LLC (in der Folge «Eurofins»). Die Resul-
tate der Analyse sind in einer Erklärung von Mary Dothage vom 25. Juni 
2019 («Erklärung Dothage 2019») zusammengefasst und werden in einer 
Erklärung des Parteiexperten Dr. Floyd Romesberg vom gleichen Datum
(«Erklärung  Romesberg 2019»)  eingeordnet. Die  Klägerin  behauptet 
substantiiert die Nachmachung der einzelnen Merkmale der Ansprüche 1 
und 25 unter Bezugnahme auf die Erklärung Dothage 2019 und verwendet 
die  Erklärung  Romesberg 2019 zur  Bestätigung  ihrer  Position. Die  Be-
klagte bestreitet, dass diese Parteigutachten zum Beweis geeignet seien, 
sie behauptet aber nicht, dass die rapportierten Untersuchungen nicht mit 
den berichteten Ergebnissen durchgeführt worden seien.

Die Beklagte bestreitet den Eingriff in den Schutzbereich von Klagepatent
EP 578 einerseits mit dem Argument, das von der Klägerin für die Analyse 

Seite 96

O2019_007

verwendete Reagenzien-Kit sei zum Zeitpunkt der Analyse bereits abge-
laufen gewesen, entsprechend könne nicht mehr gewährleistet sein, dass 
die Produkteigenschaften zum Zeitpunkt der Analyse intakt gewesen seien.

Dieses Argument überzeugt nicht. Die Beklagte legt noch nicht einmal dar, 
in welcher Hinsicht das Produkt nach Ablauf nicht mehr die für die Frage 
des  Eingriffs  in  den  Schutzbereich  relevanten  Eigenschaften  aufweisen 
sollte. Es ist aus technischer Sicht nicht nachvollziehbar, inwiefern ein Pro-
dukt dieser Art innerhalb von ein paar wenigen Monaten nach Ablauf des 
Ablaufdatums in eine verletzende Ausführungsform abbauen könnte. Der 
Berücksichtigung  der  Erklärungen  Dothage  2019  und  Romesberg  2019 
steht dieses Argument entsprechend nicht entgegen. Zudem reicht die Klä-
gerin in ihrer Replik Analysen von weiteren Mustern des gleichen Reagen-
zien-Kits ein, die die gleichen Resultate zeigen (zweite Erklärung von Mary 
Dothage vom 8. Januar 2020, «Erklärung Dothage 2020», und zweite Er-
klärung von Floyd Romesberg vom 7. Mai 2020, «Erklärung Romesberg 
2020»).

Weiter führt die Beklagte zu ihrer Verteidigung aus, dass die von der Klä-
gerin vorgelegten Analysen keine eindeutigen Rückschlüsse auf die bean-
spruchten Strukturen zuliessen, da der auf «click»-Chemie beruhende Test 
für  die  Identifikation  von  Azidgruppen  ohne  weiteres  auch  bei  anderen 
Strukturen  mit Azidgruppen, aber anderer  Konnektivität  als  beansprucht,
positive Resultate liefern könne, und weil die Flüssigchromatographie mit 
Massenspektrometrie-Kopplung-Analysen  nur  rudimentär  seien,  und  die 
reine Existenz von Ausschlägen («Peaks») für ein bestimmtes Verhältnis 
von Masse und Ladung nicht genügen könne für den Beweis der behaup-
teten Azid-blockierten Nukleotide.

Dazu ist zu bemerken, dass diese Behauptungen kaum substanziiert sind 
und keine auch nur ansatzweise plausible ebenfalls für das zugrundelie-
gende  SBS-Verfahren geeignete  Strukturen  vorgeschlagen  werden,  die 
tatsächlich bei  beiden  Tests  der  Klägerin  die  gleichen  Resultate  wie  die 
beanspruchte Struktur liefern könnten. Weiter behauptet die Beklagte nicht 
konkret,  eine  alternative  Struktur  zu  verwenden,  die  bei  den  berichteten 
Tests  zu  den  gleichen  Ergebnissen  wie  die  anspruchsgemässe  Struktur 
führen würde. Die Beklagte hat nicht bestritten, dass mit der auf dem Etikett 
des dunklen Behälter des Kits «BGISEQ-500RS High Troughput Sequen-
cing Kit Model: PE100» erscheinenden Abkürzung »dNTP» «deoxyribonu-

Seite 97

O2019_007

cleoside triphosphate» gemeint ist. Sie hat stattdessen ausdrücklich bestä-
tigt, dass «dNTP» eine häufig verwendete Abkürzung für «deoxyribonucle-
otide triphosphate» ist.

In der Duplik führt die Beklagte im Zusammenhang mit den beiden neuen 
Parteigutachten Dothage  2020 und  Romesberg  2020 weiter  ergänzend 
aus, diese liessen keinen Schluss auf die Struktur der Moleküle in der an-
gegriffenen Ausführungsform zu, da für die nicht-markierten Systeme die 
Massenspektroskopie keine Aussagen über die Struktur zuliessen, da die 
UV/Vis-Spektren an den markierten Systemen durch den Fluoreszenzfarb-
stoff dominiert  seien und  wesentliche  Unterschiede  aufwiesen. Die  mas-
senspektroskopischen Daten mit den Hüllkurven über die Isotopen enthiel-
ten  keine  Strukturinformation,  und  das  Fragmentierungsmuster  erlaube 
ebenfalls keine Rückschlüsse auf die Struktur, zumal die relevante Schutz-
gruppe an der 3’ Position eine Masse aufweise, die im dargestellten m/z-
Fenster gar nicht vorkomme.

Gemäss  Bericht  Dothage  II  wurden  die  nicht-markierten  Systeme  der 
Probe MGISEQ-2000RS wie folgt analysiert: von Jena Bioscience GmbH 
wurden vier Proben mit strukturell eindeutig definierten, an der 3’-OH-Stelle 
mit  Azidomethyl  geschützten  Nukleotiden  3’-O-azidomethyl-dATP,  3’-O-
azidomethyl-dCTP,  3’-O-azidomethyl-dGTP,  und  3’-O-azidomethyl-dTTP 
individuell  unter  Verwendung  von  Flüssigchromatographie  mit  Massen-
spektrometrie-Kopplung auf ihre Masse untersucht. Anschliessend wurde 
aus diesen vier individuellen Systemen ein Gemisch «Jena 3-AZM-dNTPs 
Mix» hergestellt, und bei diesem ebenfalls die Massen der vier geschützten 
Nukleotide  3’-O-azidomethyl-dATP,  3’-O-azidomethyl-dCTP,  3’-O-azido-
methyl-dGTP, und 3’-O-azidomethyl-dTTP bestimmt. Dann wurde die nicht-
markierte Mischung aus dem MGISEQ-2000RS Kit der gleichen Messung 
unterzogen. Es wurden im Rahmen der Messgenauigkeit für alle vier Nuk-
leotide exakt die gleichen Massen bestimmt.

Bei  den  markierten  Systemen  wurde  so  vorgegangen,  dass  das  spezifi-
sche, hinsichtlich Struktur bestimmte und bekannte, und ebenfalls an der 
3’-OH-Stelle mit Azidomethyl geschützte Referenzsystem «Illumina Label-
led dNTP» unter Zuhilfenahme von Flüssigchromatographie mit Massen-
spektrometrie-Kopplung (LC/MS) untersucht wurde. Anschliessend wurde 

Seite 98

die markierte Mischung aus dem MGISEQ-2000RS Kit der gleichen Mes-
sung unterzogen, und der bei der gleichen Elutionszeit48 wie das Referenz-
system eluierende Peak wies die gleiche Masse auf wie das Referenzsys-
tem.

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Abbildung 11: Struktur des «Illumina Labelled dNTP» (aus Dothage II RZ 22)

Zusätzlich wurde hier nun aber auch noch bei der  bei der gleichen Eluti-
onszeit wie das Referenzsystem eluierende Peak einer UV/VIS49 Untersu-
chung unterzogen, und die entsprechenden Spektren (Dothage II, Fig. 1) 
der  MGI-Probe  und  des  Referenzsystems  sind  im  Rahmen  der  Mess-
genauigkeit identisch.

48 Elutionszeit: Zeit,  die  in  der  Flüssig-Chromatographie  benötigt  wird,  um  eine 
bestimmte Substanz, die an ein festes Adsorptionsmaterial adsorbiert vorliegt, von 
diesem zu lösen und beim Ausgang erscheinen zu lassen. 
49 UV/VIS: elektromagnetische Wellen des ultravioletten (UV) und des sichtbaren 
(englisch visible, VIS) Lichts.

Seite 99

                                               
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Abbildung 12: Fig. 1 aus Dothage II

Des Weiteren wurde die Isotopen-Hüllkurve von Referenzsystem und des 
bei der gleichen Elutionszeit wie das Referenzsystem eluierenden Peaks 
bestimmt.  Tatsächlich  sind  die  gemessenen  Hüllkurven  (Dothage  II,  Fi-
gur 2) im Rahmen der Messgenauigkeit identisch.

Abbildung 13: Fig. 2 aus Dothage II

Seite 100

Zu  guter  Letzt  wurde  das  Massenspektrometrie-Fragmentierungsmuster 
des Referenzsystems bestimmt und jenes des bei der gleichen Elutionszeit 
wie das Referenzsystem eluierenden Peaks. Die Fragmentierungsmuster 
(Dothage II, Figur 3) sind im Rahmen der Messgenauigkeit identisch.

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Abbildung 14: Fig. 3 aus Dothage II

UV/VIS-Spektrum sowie Fragmentierungsmuster im Massenspektrum ha-
ben  einen  analytischen  Fingerprint-Charakter,  d.h.  sie  erlauben  zwar  je-
weils  für  sich  allein  betrachtet  keinen  Rückschluss  auf  eine  bestimmte 
Struktur und Konnektivität, sie sind aber für ein bestimmtes System indivi-
duell  charakterisierend.  Entsprechend  erlauben  beide  Methoden,  wenn 
analoge Messungen unter gleichen Bedingungen mit einem Referenzsys-
tem mit bekannter Struktur verglichen werden, und der gleiche Fingerab-
druck erhalten wird, mit sehr hoher Verlässlichkeit den Rückschluss, dass 
es sich um das strukturell gleiche System wie das Referenzsystem handelt. 
Sowohl  UV/VIS-Spektren  als  auch  Fragmentierungsmuster  im  Massen-
spektrum sind für eine bestimmte Molekül-Topologie so gut wie einzigartig 
und charakterisierend, und dabei spielt es auch keine Rolle, ob der Aus-
schnitt  des  Fragmentierungsmusters  auch  soweit  heruntergeht,  bis  das 
Signal des Azids als Fragment erkennbar ist.

Diese  Vergleichsmessungen  mit  einem  strukturell  eindeutig  bestimmten 
Referenzsystem werden weiter bestätigt durch die  identische Masse be-
stimmt durch Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Kopplung, 
sowie durch die identische Isotopen-Hüllkurve. 

Seite 101

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Die Verwendung der «Click» Chemie für die Charakterisierung der fluores-
zenzmarkierten Probe «BGI PE 100 dNTP Mix» aus dem besagten dunklen 
Behälter des Kits «BGISEQ-500RS High Troughput Sequencing Kit Model: 
PE100»  in  der  Analyse  Dothage  2019 bestätigt  zudem  zusätzlich  auch 
noch die gleichzeitige Anwesenheit von Azid-Gruppen und von Fluorophor
in ein- und demselben Molekül, weil die Fluoreszenz per «Click» Chemie 
auf die Oberfläche von Beads immobilisiert werden konnte, genauso wie 
beim authentischen  fluoreszenzmarkierten  Referenzsystem «Illumina  In-
corporation Mix» (Dothage 2019 RZ 7-40, Figuren 1 und 3).

Angesichts dieser erdrückenden Analyselage ist mit an Sicherheit grenzen-
der Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass in der markierten Probe 
der angegriffenen Ausführungsform das gleiche Molekül wie im Referenz-
system «Illumina Labelled dNTP» enthalten ist. Die rein theoretischen und 
spekulativen Ausführungen der Beklagten vermögen den Beweis nicht zu 
erschüttern. Das Regelbeweismass der vollen Überzeugung verlangt keine 
absolute Gewissheit. Es genügt, wenn das Gericht am Vorliegen der be-
haupteten Tatsache keine ernsthaften Zweifel mehr hat oder allenfalls ver-
bleibende Zweifel als leicht erscheinen,50 und dies ist vorliegend der Fall.

86.
Weiter  behauptet  die  Beklagte,  ein  Eingriff  in  den  Schutzbereich  könne 
ausgeschlossen werden, weil die Klägerin selber behaupte, die Gruppe R’’ 
gemäss EP 578 gebe es nicht, diese sei aber Anspruchsmerkmal.

Gemäss Anspruch 1 kann im Rest -O-Z die Gruppe Z durch eine der drei 
Möglichkeiten  -C(R’)2-N(R")2, C(R’)2-N(H)R",  oder  -C(R’)2-N3 gemäss  drit-
tem Absatz des Anspruchs verwirklicht sein. 

Wird,  wie  bei  der  behaupteten  angegriffenen Ausführungsform,  die  dritte 
Möglichkeit einer Azidomethyl-Gruppe verwirklicht (-C(R’)2-N3 mit R’ = Was-
serstoff, vgl. Anspruch 4), dann kommt die Definition des Rests R’’ und sei-
ner Eigenschaften gemäss letztem Absatz des Anspruchs nicht zum Zuge, 
da dieser Rest R’’ dann gar nicht vorkommt und nicht die betrachtete Alter-
native umsetzt.

Die angegriffene Ausführungsform MGISEQ-2000RS High Throughput Se-
quencing  Set,  bzw. DNBSEQ-500RS High  Throughput  Sequencing  Set, 
der  Beklagten  greift daher  nach  Überzeugung  des fachkundig  besetzten 

50 BGE 132 II 321 E. 3.2.

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Gerichts in den Schutzbereich von Anspruch 1 und Anspruch 25 des Kla-
gepatents EP 578 ein, soweit man dies überhaupt als bestritten ansieht.

87.
Die Klägerin hat die Beklagte auch der Teilnahme an der Verletzung der 
unabhängigen Verfahrensansprüche 12 und 17 der EP 578 bezichtigt. Sie 
hat hierzu das Health 2030 Genome Center in Genf, als direkten Verletzer 
dieser Ansprüche identifiziert.  Es ist offenbar unstrittig, dass dass Health 
2030 Genome Center die Verfahren der Ansprüche 12 und 17 gewerblich 
nutzt. Die vorstehend diskutierten Kits müssen für die Durchführung dieser 
Verfahren geeignet sein. Anspruch 12 fordert nur, dass ein Nukleotid ein-
gebaut wird, das den Einbau weiterer Nukleotide verhindert oder blockiert 
(«the incorporation of said nucleotide preventing or blocking introduction of 
subsequent nucleoside or nucleotides»). Nach den vorstehenden Erläute-
rungen betreffend die Zusammensetzung der Kits muss davon ausgegan-
gen werden, dass sich die Kits für die Durchführung des Verfahrens  von 
Anspruch 12 eignen,  weil  sie 3'-blockierte Deoxyribosenukleotid-Triphos-
phate enthalten. 

Anspruch 17 fordert weiter, dass ein Nukleotid gemäss einem der Ansprü-
che 6 bis 10 eingebaut wird (d.h. es enthält eine 3'-OH-Blockierungsgruppe 
und  ein  detektierbares  Label)  und  dass  danach  die  Blockierungsgruppe 
und das detektierbare Label entfernt werden. Die Klägerin hat konkret be-
hauptet, dass die von der Beklagten angebotenen Kits auch die für die Ent-
fernung  von  3'-Blockierungsgruppe  und  detektierbarem  Label  erforderli-
chen Reagenzien enthalten. Die Beklagte bestreitet dies nur insoweit, als 
sie behauptet, nicht die Lieferantin der Kits zu sein, die in dem vom Health 
2030 Genom Center betriebenen Sequenziergerät eingesetzt werden und 
dass  die  CoolMPS-Kits kein  «detectable  label  linked  to  the  molecule 
through the blocking group by a cleavable or non-cleavable linker» enthal-
ten.

Die Aktivitäten der Beklagten in der Schweiz, oder sich auf das Territorium 
der Schweiz auswirkend, wurden vorne in E. 25 detailliert dargelegt. Das 
Fehlen des detektierbaren Labels am Nukleotid, das mit einem spaltbaren 
oder nicht-spaltbaren Linker angebunden ist, wird nur für die CoolMPS-Kits 
(gleich  nachstehend) bestritten.  Dort  ist  tatsächlich  nicht  nachgewiesen, 
dass  das  Merkmal  verwirklicht  wird,  siehe  nachstehende  E.  88.  Für  die 
«herkömmlichen», nicht CoolMPS, Kits, ist die Verletzung des Verfahrens-
anspruchs 17 unbestritten und die verletzenden Handlungen auf dem Ter-
ritorium der Schweiz nachgewiesen.

Seite 103

O2019_007

88.
In der Replik richtet die Klägerin neu zusätzlich die Klage auch noch gegen 
eine zweite Ausführungsform, das von der Beklagten angeblich neu ange-
botene Produkt «CoolMPS»51, und stützt sich dabei auf eine vorabveröf-
fentliche  wissenschaftliche  Publikation  (Drmanac  et  al.,  CoolMPSTM: Ad-
vanced massively parallel sequencing using antibodies specific to each na-
tural nucleobase,  BioRxiv Preprint 20. Februar 2020, in der Folge Preprint 
2020), der unter Mitwirkung der Gruppe der Beklagten entstanden sei und 
diese zweite Ausführungsform beschreibe. Die Verletzung der EP 578 wird 
bei dieser zweiten Ausführungsform insbesondere gestützt auf Figur 2 die-
ses  Preprint  2020  sowie  die  Erläuterungen  in  der  Erklärung  Romesberg 
2020 zu diesem Preprint 2020.

Abbildung 15: Fig. 2 aus Preprint 2020

Die Beklagte behauptet in der Duplik, dass die entsprechenden Behaup-
tungen  der  Klägerin  nicht  genügend  substanziiert  seien,  und  begründet 
dies im Einzelnen ihrerseits nicht besonders ausführlich wie folgt: aus dem 
Preprint 2020 gehe nicht hervor, dass die dort vorgestellten Antikörper nur 
für mit einer Azidomethyl Gruppe geschützte dNTPs spezifisch seien, und 
die Zitate aus der Erklärung Romesberg 2020 würden dies ebenfalls nicht 
stützen.

89.
Auch hier bestreitet die Beklagte nicht ausdrücklich, dass die Ausführungs-
form «CoolMPS» die Anspruchsmerkmale erfülle, sondern behauptet nur, 
dass  die  Klägerin nicht  substanziiert  die  Verletzung behauptet habe  und 
eine Stützung auf den Preprint 2020 nicht genügen könne. Damit hat die 
Verletzung auch in Bezug auf «CoolMPS» als unbestritten zu gelten.

Das Preprint 2020 beschreibt ein Verfahren, das darauf beruht, dass an-
stelle von fluoreszenzmarkierten Nukleotiden, bei denen die Markierung je-
weils  nach  jedem  Schritt  entweder  entfernt  oder  ausgebleicht  werden 

51 MPS: Massively Parallel Sequencing.

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muss, für die Detektion und Identifikation mit fluoreszenzmarkierten  Anti-
körpern gearbeitet wird. Das als CoolMPS bezeichnete Verfahren arbeitet 
mit Nukleotiden, die an der 3’-OH Position mit Azidomethyl-Gruppen blo-
ckiert  sind,  und  es  wird  ausdrücklich  darauf  hingewiesen,  dass  gerade 
diese Gruppe besonders geeignet sei, weil sie klein sei und damit die Se-
lektivität des Antikörpers weniger durch diese Gruppe und mehr durch die 
entsprechende  Struktur  des  jeweils  eingebauten  Nukleotides  dominiert 
werde. Die Antikörper sind also spezifisch auf diese Blockierung ausgelegt. 
Es  wird  zudem  ausdrücklich ausgeführt, dass diese  Blockierung mit den 
verwendeten Immunogenen eingesetzt werde, und dass, wenn diese Blo-
ckierung nicht vorhanden ist, die Antikörper auch nicht bänden.

Abbildung 16: Fig. 1 aus Preprint 2020

Diese  Aussagen  lassen  keinen  anderen  Schluss  zu,  als  dass  das 
CoolMPS-Verfahren nicht anders als mit Nukleotiden, die an der 3’-OH Po-
sition mit Azidomethyl-Gruppen blockiert sind, sinnvoll eingesetzt werden 
kann, und damit auch dieses Verfahren in den Schutzbereich von Anspruch 
1 eingreift. 

Nicht  eingegriffen  wird  dagegen  in  die  Verfahrensansprüche 12  und  17, 
unabhängig davon, ob  die  behaupteten  Handlungen als Teilnahmehand-
lung qualifizieren, da sich diese Ansprüche jeweils auf die voranstehenden 
Ansprüche  6  und  10  zurück  beziehen,  und  gemäss  diesen Ansprüchen 
muss es am Nukleotid ein detektierbares Label haben, das mit einem spalt-
baren  oder  nicht-spaltbaren  Linker  angebunden  ist.  Dass  dies  bei 
CoolMPS der Fall sei, wird von der Klägerin nicht behauptet.

Seite 105

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Gleiches gilt für den Anspruch 25, da sich auch dieser nur auf Nukleotide 
gemäss einem der Ansprüche 6-10 bezieht, und bei den Nukleotiden ge-
mäss  diesen  von Anspruch  1  abhängigen  Unteransprüche  muss  es  am 
Nukleotid ein detektierbares Label haben, das mit einem spaltbaren oder 
nicht-spaltbaren Linker angebunden ist, und dass dies bei der zweiten Aus-
führungsform der Fall sei, wird von der Klägerin nicht behauptet.

90.
Zusammenfassend greifen beide angegriffenen Ausführungsformen in den
Schutzbereich des Klagepatents EP 578 ein, soweit man dies überhaupt 
als bestritten erachtet.

Klagepatent EP 412

91.
Auch in Bezug auf das Klagepatent EP 412 bestreitet die Beklagte nicht 
ausdrücklich, dass die angegriffenen Ausführungsformen in den Schutzbe-
reich  der  geltend  gemachten  Ansprüche  fallen,  insbesondere  Ascorbin-
säure bzw. ein Salz davon enthalten, sondern nur, dass die Klägerin dies 
zweifelsfrei nachgewiesen habe. Damit hat auch der Eingriff in den Schutz-
bereich des Klagepatents EP 412 als unbestritten zu gelten.

92.
Soweit man den Eingriff in den Schutzbereich als bestritten ansieht, ist er 
aus den im Fachrichtervotum genannten Gründen bewiesen. 

Die in der Klage angegriffene Ausführungsform ist auch hier das reagent 
kit  «BGISEQ-500RS  High  throughput  Sequencing  Kit  Model:  PE  100»/
«DNBSEQ-500RS».

Die  Klage  stützt  sich  betreffend  Verwirklichung  der Anspruchsmerkmale 
der EP 412 ebenfalls auf die Analyse durch Eurofins, Ergebnisse gemäss 
Erklärung  Dothage  2019  und erläutert  in  Romesberg  2019. Die  Klägerin 
behauptet  substanziiert  die  Nachmachung  der  einzelnen  Merkmale  von 
Anspruch 1 und behauptet die Nachmachung von Anspruch  15 gerichtet 
auf ein Kit unter Bezugnahme auf die Argumente im Zusammenhang mit 
Anspruch 1,  jeweils  unter  Bezugnahme  auf  die  Erklärung  Dothage 2019
und verwendet die Erklärung Romesberg zur Bestätigung ihrer Position.

Im  Zusammenhang  mit  dem Anspruchsmerkmal  der Ascorbinsäure  wird 
spezifisch  darauf  verwiesen,  dass  eine  Probe  mit  Teststreifen  des  Typs 

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«Quantofix® Ascorbic acid test strip» untersucht wurde, und zwar abgesi-
chert  durch  Quervergleiche  mit  Pufferproben  ohne Ascorbinsäure,  sowie 
Referenzproben mit Ascorbinsäure (50 ppm, 100 ppm, 75 ppm, 500 ppm) 
sowie  als  weitere  Referenzprobe  ein  Muster  des  Produkts  der  Klägerin. 
Weiter wird eine Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Kopp-
lung-Analyse  vorgelegt,  die  anhand  der  gemessenen  Massen die Anwe-
senheit  von Ascorbinsäure  in  der  Probe belegen  soll,  wiederum  abgesi-
chert durch parallele Messungen an Pufferproben mit Ascorbinsäure, Puf-
ferproben ohne Ascorbinsäure sowie ein Muster des Produkts der Klägerin.

Die Beklagte behauptet wie bereits beim Eingriff in den Schutzbereich von 
EP 578, das von der Klägerin für die Analyse verwendete Reagenzien-Kit
sei zum Zeitpunkt der Analyse bereits abgelaufen gewesen, entsprechend 
sei nicht mehr gewährleistet, dass die Produkteigenschaften zum Zeitpunkt 
der Analyse  intakt  gewesen  seien. Dieses  Argument ist  aus  den  vorne, 
E. 85, genannten  Gründen  nicht  überzeugend. Es  gibt  keinen  technisch 
nachvollziehbaren Grund, warum sich in den Kits der Beklagten nach de-
ren Ablaufdatum Ascorbinsäure bilden sollte, die vor Ablauf dort nicht ent-
halten war.

93.
Weiter behauptet die Beklagte, die Analyse mit den Teststreifen sei nur ein 
schneller Test auf die Anwesenheit von Ascorbinsäure. Wie der Test funk-
tioniere, sei nicht bekannt, und es sei entsprechend nicht möglich, zu über-
prüfen, ob der Test spezifisch sei. Es sei allgemein bekannt, dass derartige 
Schnelltests  anfällig  seien  auf Störfaktoren,  und  Interferenzen  seien  ge-
mäss Angabe des Herstellers durch  Maskierung oder Fällung zu vermei-
den. Aus den Erklärungen Dothage 2019 und 2020 gehe nicht hervor, dass 
derartige Massnahmen getroffen worden seien. Zu den Flüssigchromato-
graphie mit Massenspektrometrie-Kopplung-Analysen äussert sich die Be-
klagte nicht.

Die Klägerin reagiert darauf ausführlich in der Replik, wobei sie unter an-
derem darauf hinweist, dass die Messungen exakt unter Berücksichtigung 
der Herstellerinstruktionen durchgeführt worden seien, und dass es in die-
sen keine Hinweise gäbe, dass Interferenzen durch Fällung oder Maskie-
rung zu vermeiden seien.

Die Beklagte erwidert, es gebe sehr ähnliche Systeme zu Ascorbinsäure, 
die in diesem Test ebenfalls ansprechen würden, und dass der Hersteller 

Seite 107

O2019_007

auf Rückfrage bestätigt habe, dass derartige ähnliche Systeme ebenfalls 
ansprechen würden.

Dazu  meint die  Klägerin  unter  anderem,  dass  diese  ähnlichen  Systeme 
aber in der Flüssigchromatographie mit Massenspektrometrie-Kopplungs-
Analyse nicht unentdeckt geblieben wären, da die ähnlichen Systeme bei 
der Flüssigchromatographie eine andere Elutionszeit hätten. Die Beklagte 
behauptet, in der stationären Phase würden die von ihr erwähnten ähnli-
chen Systeme bei der gleichen Elutionszeit erscheinen .

94.
Die Klägerin stützt  ihre  Behauptungen auf experimentelle  Nachweise für 
die Anwesenheit  von Ascorbinsäure,  und  zwar  mit Absicherung  mit  ver-
schiedenen  Referenzproben.  Zudem  ergänzt  sie  die  Bestimmung  durch 
Flüssigchromatographie  mit  Massenspektrometrie-Messungen,  die  von 
der Beklagten bezüglich ihrer korrekten Durchführung nicht bestritten wer-
den.

Die Beklagte auf der anderen Seite beschränkt sich darauf, generell abs-
trakt zu behaupten, die Analysen könnten theoretisch auch zum gleichen 
Resultat führen, obwohl keine Ascorbinsäure enthalten sei, wobei sie ins-
besondere mit dem theoretischen Beispiel der möglicherweise enthaltenen 
Erythorbinsäure, einem Diastereomer der Ascorbinsäure, versucht, an den 
Resultaten Zweifel zu wecken. Bezeichnenderweise behauptet sie nie aus-
drücklich, keine Ascorbinsäure zu verwenden. Würde sie Erythorbinsäure
verwenden,  würde  sich  die  Frage  aufdrängen,  ob  eine  Verletzung  durch 
äquivalente Mittel vorliegt.

Die Analysen  der  Klägerin  unter  Verwendung  der Teststreifen  wurde  un-
strittig korrekt durchgeführt. Die Teststreifen zeigen Ascorbinsäure als Be-
standteil auf. Dies bei beiden untersuchten Proben, und die Vergleiche mit 
den Referenzen sind stimmig. Sogar die Konzentration lässt sich ungefähr 
abschätzen. 

Die  Resultate  unter  Verwendung  der Teststreifen  werden bestätigt  durch 
Flüssigchromatographie  mit  Massenspektrometrie-Kopplungs-Messun-
gen,  und  diese  Messungen  wurden  so  durchgeführt,  dass  das  Massen-
spektrum bei der  zu untersuchenden  Probe bei jener Elutionszeit aufge-
nommen wurde, bei der auch die Ascorbinsäure in der Referenz erschien. 
Damit ist im Sinne eines Fingerprints davon auszugehen, dass auch in der 
Probe Ascorbinsäure enthalten ist.

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O2019_007

Es ist theoretisch tatsächlich nicht auszuschliessen, dass in der Probe nicht 
Ascorbinsäure, sondern Erythorbinsäure enthalten ist. Es ist auch theore-
tisch nicht auszuschliessen, dass beim verwendeten stationären Material 
der  Flüssigchromatographie  beide  Systeme  exakt bei  der  gleichen  Eluti-
onszeit erscheinen. 

Dem Fachmann ist bekannt, dass Ascorbinsäure und Erythorbinsäure zwar 
beide  als Antioxidantien wirken,  sich  aber  in  einem  biologischen  Umfeld 
nicht identisch verhalten. So wirkt nur Ascorbinsäure als Vitamin C im Kör-
per, dagegen Erythorbinsäure nicht. Es ist entsprechend noch nicht einmal 
klar, ob im Rahmen der Detektion bei der gleichzeitigen Anwesenheit der 
chiralen Moleküle der Nukleinsäure wie beansprucht die beiden Systeme 
effektiv die gleiche Wirkung zeigen. Von der Beklagten wird auch nicht be-
hauptet, dass dies der Fall sei.

Die Herstellerin der Teststreifen hat, obwohl ausdrücklich gefragt wurde, ob 
der  Streifen  auch  auf  Isoascorbinsäure  anspricht  (d.h.  auf  Erythorbin-
säure), interessanterweise  nicht  gesagt,  dass  der  Streifen  identisch  auf 
Erythorbinsäure wie auf Ascorbinsäure reagiere, sondern nur ausgeführt, 
dass  der Test  auch  auf  andere  starke  Reduktionsmittel  positiv  reagieren 
könne, und dass, wenn Ascorbinsäure und andere Reduktionsmittel paral-
lel vorlägen, das Ergebnis verfälscht und ein zu hoher Wert angezeigt wer-
den könne. Es wird also nur eine Aussage dazu gemacht, wie der Test re-
agiert,  wenn neben Ascorbinsäure noch andere Systeme vorliegen.  Dies 
führt aber nicht aus dem Schutzbereich der geltend gemachten Ansprüche,
denn  es genügt,  wenn Ascorbinsäure  enthalten  ist.  Diese Aussage  lässt 
zudem nicht den Schluss zu, dass der Streifen bei vollständiger Abwesen-
heit  von  Ascorbinsäure  und  bei  Anwesenheit  von  nur  Erythorbinsäure 
ebenfalls anzeigt, und vor allem ist nicht anzunehmen, dass der Teststrei-
fen dann auch dermassen stimmig und analog zu den Referenzproben an-
geben würde. Es gibt auch keine konkreten Gegenversuche, die aufzeigen, 
dass der verwendete Teststreifen auf Proben ausschliesslich mit Erythor-
binsäure genau gleich reagiert wie auf Proben mit nur Ascorbinsäure.

Analoges gilt für die Aussagen der Beklagten zur Flüssigchromatographie-
Analyse. Die Klägerin dokumentiert, dass bei der gleichen Elutionszeit er-
scheinende  Systeme  einer  massenspektroskopischen  Untersuchung  un-
terzogen  wurden.  Unterschiedliche  Moleküle  eluieren  normalerweise  bei 
verschiedenen Elutionszeiten. Das gilt auch für Diastereomere. Eine Aus-
sage, dass die in den Analysen der Klägerin verwendete stationäre Phase 

Seite 109

O2019_007

nicht in der Lage sein soll, Diastereomere hinsichtlich Elutionszeit zu dis-
kriminieren, lässt sich der von der Beklagten diesbezüglich nachgereichten 
Dokumentation nicht entnehmen, geschweige denn gibt es irgendwelche 
weitergehenden Nachweise, dass dies für die hier konkret zur Diskussion 
stehenden beiden Systeme der Fall sein soll.

Soweit man es überhaupt als bestritten erachtet, dass die angegriffenen 
Ausführungsformen Ascorbinsäure enthalten, vermag die Kritik der Beklag-
ten an den vorgelegten Beweismitteln keine vernünftigen Zweifel daran zu 
wecken,  dass  die  Kits  der  Beklagten Ascorbinsäure  enthalten.  Die  bloss 
theoretische Möglichkeit, dass das Stereoisomer der Ascorbinsäure (Ery-
thorbinsäure) enthalten ist, genügt nicht, den Beweis zu erschüttern, zumal 
es der Beklagten als Herstellerin der angegriffenen Ausführungsformen ein 
leichtes wäre, nachzuweisen, welches Antioxidans (falls überhaupt) sie tat-
sächlich verwendet.

Zusammenfassung/zu gewährende Rechtsbegehren

95.
Ein  Rechtsschutzinteresse  der  Klägerin  an  einem Unterlassungsurteil  ist 
gegeben.  Die  geltend  gemachten  Ansprüche  beider  Klagepatente  sind 
rechtsbeständig und verletzt.

Auf Rechtsbegehren Nr. 1 ist mangels Bestimmtheit und Rechtsschutzin-
teresse nicht einzutreten (vorne, E. 7). Rechtsbegehren Nr. 2 ist gutzu-
heissen. Damit entfällt das Rechtsschutzinteresse an der Gutheissung 
des engeren Rechtsbegehrens Nr. 3 (vorne, E. 19).

Rechtsbegehren Nr. 4 ist gutzuheissen. Damit entfällt das Rechtsschutz-
interesse an der Gutheissung der engeren Rechtsbegehren Nr. 5 und 6 
(vorne, E. 19).

Rechtsbegehren Nr. 7 ist dagegen wieder gutzuheissen, da es auf etwas 
Anderes gerichtet ist als Nr. 4 (vorne, E. 19).

Kosten und Entschädigungsfolgen

96.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten- und Entschä-
digungsfolgen zu regeln (Art. 106 ZPO). 

Seite 110

O2019_007

Die Klägerin beziffert den Streitwert mit CHF 1 Mio., was von der Beklagten 
«für Zwecke der Streitwertbestimmung» akzeptiert wird.

Ausgehend von einem Streitwert von CHF 1 Mio. und unter Berücksichti-
gung der aussergewöhnlichen Komplexität der Streitsache ist die Gerichts-
gebühr auf CHF 60’000 festzusetzen, auch wenn die finanziellen Wieder-
gutmachungsansprüche nicht beurteilt werden (vgl. Art. 1 KR-PatGer). Die 
Gerichtskosten sind aus dem Vorschuss der Klägerin zu beziehen; die Be-
klagte hat der Klägerin die Kosten zu erstatten (vgl. Art. 106 Abs. 1 ZPO).

97.
Zwar wird auf eine Mehrheit der klägerischen Rechtsbegehren nicht einge-
treten. Es ist aber nicht zu übersehen, dass die Klägerin in der Hauptsache 
obsiegt; sie erhält den beantragten Unterlassungstitel im breitest beantrag-
ten  Umfang.  Das  Nichteintreten  auf  den  Auskunfts- und  Rechnungsle-
gungsanspruch fällt angesichts der bisher geringen wirtschaftlichen Aktivi-
tät der Beklagten in der Schweiz kaum ins Gewicht. Es rechtfertigt sich, der 
Beklagten 90% der Kosten und der Klägerin 10% der Kosten aufzuerlegen. 
Die  Gerichtsgebühr  ist  mit  dem  von  der Klägerin  geleisteten  Kostenvor-
schuss zu verrechnen und die Beklagte hat der Klägerin die Kosten im Um-
fang von 90% (CHF 54’000) zu ersetzen (vgl. Art. 106 Abs. 1 ZPO).

Im  entsprechend  reduzierten  Umfang  ist  die  Beklagte  entschädigungs-
pflichtig. Die Parteientschädigung für die berufsmässige rechtsanwaltliche 
Vertretung  ist  auf  CHF  60’000  festzusetzen  (vgl. Art. 5  KR-PatGer),  ent-
sprechend hat die Beklagte der Klägerin per Saldo CHF 48’000 zu erstat-
ten.

98.
Die Auslagen für die patentanwaltliche Unterstützung im Prozess können 
praxisgemäss  als  notwendige Auslagen  erstattet  werden  (Art.  32  PatGG
i.V.m. Art. 3 lit. a KR-PatGer; entspricht Art. 95 Abs. 3 lit. a ZPO), allerdings 
nur bis zur tatsächlichen Höhe, oder, wenn diese die Entschädigung für die 
berufsmässige  anwaltliche  Vertretung  gemäss  Tarif  übersteigt,  «von  der 
Grössenordnung  her  im  Bereich  der  rechtsanwaltlichen  Entschädigung» 
des Anwalts gemäss KR-PatGer. 52

52 BPatGer,  Urteil  O2016_009  vom  18. Dezember  2018,  E. 64  –
«Durchflussmessfühler»;  Urteil  S2018_001  vom  23.  Mai  2018,  E.  5;  Urteil 
O2015_009  vom  21.  März  2018,  E.  11.2;  Urteil  O2012_43  vom  10.  Juni  2016, 
E. 5.5. 

Seite 111

                                                
O2019_007

Für  die  patentanwaltliche  Beratung  macht die  Klägerin 
insgesamt 
CHF 290’032.70 geltend. Die Beklagte beantragt, den Ersatz für die not-
wendigen Auslagen für den Patentanwalt auf die tarifliche Entschädigung 
für die berufsmässige  rechtsanwaltliche  Vertretung  zu kürzen. Sie  selbst 
macht Auslagen für den Patentanwalt von CHF 113’455.40 geltend.

Aus der durch die Patentanwälte der Klägerin eingereichten Übersicht geht 
nicht hervor (i) wie viele Stunden für welche Arbeiten aufgewendet wurden, 
(ii) wann (Datum) die Leistungen erbracht wurden, (iii) wer Leistungserbrin-
ger war; und (iv) ob die Rechnungsbeträge die Mehrwertsteuer umfassen. 
Die Übersicht listet einzig die gestellten Rechnungen nach Datum und mit 
dem Gesamtbetrag auf. Bereits mangels Substanziierung sind die Ausla-
gen nicht im vollen Umfang ersatzfähig.

Der vorliegende Streitfall ist zweifelsfrei in technischer Hinsicht ausseror-
dentlich komplex; nicht  nur  werden  zwei  Klagepatente aus  unterschiedli-
chen Patentfamilien geltend gemacht, sondern der Stand der Technik be-
schlägt auch mehrere technische Gebiete – neben der Biochemie insbe-
sondere auch die  physikalische  Chemie (Fluoreszenz).  Dennoch  scheint 
der Aufwand  von  rund  CHF  290’000  nicht  nur  unsubstanziiert,  sondern 
auch unangemessen  hoch,  was  sich auch  an den CHF 50’000  zeigt,  die 
alleine für die Vorbereitung der und Anwesenheit an der Hauptverhandlung 
in Rechnung gestellt werden.  

Unter Berücksichtigung der grossen Schwierigkeit des Falles, die vor allem 
durch die technischen Fragen bedingt ist, rechtfertigt es sich, den Ersatz 
für notwendige Auslagen für die patentanwaltliche Unterstützung in einer 
den tariflichen Rahmen für die rechtsanwaltliche Vertretung leicht überstei-
genden Höhe von CHF 80’000 zu gewähren. Per Saldo hat die Beklagte 
der Klägerin diese Auslagen in der Höhe von CHF 64’000 zu ersetzen.

Die Beklagte ist demnach zu verpflichten, der Klägerin eine reduzierte Par-
teientschädigung  von 
(CHF 54’000  plus 
CHF 64’000) zu bezahlen.

insgesamt  CHF 118’000

Das Bundepatentgericht beschliesst:

1.  Der Antrag  der  Beklagten,  das  Verfahren  auf  das  Rechtsschutzinte-
resse («Passivlegitimation») zu beschränken, wird abgewiesen.

2.  Schriftliche Mitteilung an die Parteien mit nachfolgendem Urteil.

Seite 112

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Das Bundespatentgericht erkennt:

1.  Auf die Rechtsbegehren Nr. 1, 3, 5, 6, 8 und 9 wird nicht eingetreten.

2. 

In  Gutheissung  von  Rechtsbegehren  Nr. 2  wird  der Beklagten  unter 
Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung  gemäss  Art.  343  Abs.  1  lit.  c  ZPO,  mindestens  aber 
CHF 5’000 gemäss Art.  343 Abs. 1  lit.  b ZPO, sowie  der Bestrafung 
ihrer  Organe mit Busse  gemäss Art. 292  ZGB im  Falle der Zuwider-
handlung verboten, das folgende Erzeugnis in der Schweiz herzustel-
len, in die Schweiz einzuführen, aus der Schweiz auszuführen, in der 
Schweiz  anzubieten,  in  der  Schweiz  zu  verkaufen,  sonst  in  der 
Schweiz in Verkehr zu bringen, oder in der Schweiz zu lagern, sei es 
allein oder als Teil eines Kits:

ein modifiziertes Nukleotidmolekül

umfassend eine Purin- oder Pyrimidinbase und

eine Ribose- oder Desoxyribose-Zuckerkomponente

mit einer entfernbaren 3'-OH-Blockierungsgruppe, die kovalent daran 
gebunden ist 

so dass an das 3'-Kohlenstoffatom eine Gruppe der Struktur -OZ ge-
bunden ist

wobei Z Azidomethyl (-CH2-N3) ist.

3. 

In  Gutheissung  von  Rechtsbegehren  Nr.  4  wird  der  Beklagten  unter 
Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung  gemäss  Art.  343  Abs.  1  lit.  c  ZPO,  mindestens  aber 
CHF 5’000 gemäss Art.  343 Abs. 1  lit.  b ZPO, sowie  der Bestrafung 
ihrer  Organe mit Busse  gemäss Art. 292  ZGB im  Falle der Zuwider-
handlung verboten, in der Schweiz herzustellen, in die Schweiz einzu-
führen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz anzubieten, in 
der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu bringen, 
oder in der Schweiz zu lagern:

Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden eines Nuk-
leinsäure-Einzelstrangs (Template nucleic acid), umfassend die Wie-
derholung der Schritte: (a) Einbau eines oder mehrerer fluoreszierend 
markierter Nukleotide in einen Nukleinsäurestrang, der komplementär 
zu dem Nukleinsäure-Einzelstrang (Template nucleic acid) ist, und (b) 

Seite 113

O2019_007

Bestimmung der Identität eines oder mehrerer der eingebauten Nuk-
leotide, 

wobei die Kits einen Puffer umfassen, der Ascorbinsäure oder ein Salz 
davon enthält.

4. 

In  Gutheissung  von  Rechtsbegehren  Nr.  7  wird  der  Beklagten  unter 
Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1’000 pro Tag der Zuwider-
handlung  gemäss  Art.  343  Abs.  1  lit.  c  ZPO,  mindestens  aber 
CHF 5’000 gemäss Art.  343 Abs. 1  lit.  b ZPO, sowie  der Bestrafung 
ihrer  Organe mit Busse  gemäss Art. 292  ZGB im  Falle der Zuwider-
handlung verboten, in der Schweiz herzustellen, in die Schweiz einzu-
führen, aus der Schweiz auszuführen, in der Schweiz anzubieten, in 
der Schweiz zu verkaufen, sonst in der Schweiz in Verkehr zu bringen, 
oder in der Schweiz zu lagern:

Kits zur Sequenzierung von mindestens zwei Nukleotiden eines Nuk-
leinsäure-Einzelstrangs (Template), umfassend die Wiederholung der 
Schritte:  (a)  Einbau  eines  oder  mehrerer  fluoreszierend  markierter 
Nukleotide  in  einen  Nukleinsäurestrang,  der  komplementär  zu  dem 
Nukleinsäure-Einzelstrang (Template nucleic acid) ist, und (b) Bestim-
mung der Identität eines oder mehrerer der eingebauten Nukleotide,

umfassend ein oder mehrere fluoreszierend markierte Nukleotide, 

wobei die fluoreszierende Markierung über einen spaltbaren Linker an 
die Nukleotide gebunden ist,

DNA-Polymerase

und einen Puffer, der Ascorbinsäure oder ein Salz davon enthält, oder 
eine Versorgung mit Ascorbinsäure oder einem Salz davon.

5.  Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf CHF 60’000.

6.  Die  Kosten  werden zu 10% der  Klägerin und  zu 90% der  Beklagten 
auferlegt. Die Gerichtsgebühr wird mit dem von der Klägerin geleiste-
ten Kostenvorschuss verrechnet und die Beklagte hat der Klägerin die 
Kosten im Umfang von 90% (CHF 54’000) zu ersetzen

7.  Die Beklagte wird verpflichtet, der Klägerin eine reduzierte Parteient-

schädigung von CHF 118’000 zu bezahlen.

8.  Schriftliche Mitteilung an die Parteien unter Beilage des Protokolls der 
Hauptverhandlung sowie an das Eidgenössische Institut für Geistiges 

Seite 114

Eigentum  (nach  Eintritt  der  Rechtskraft),  je  gegen  Empfangsbestäti-
gung.

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Rechtsmittelbelehrung:

Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bun-
desgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in Zivilsachen geführt werden 
(Art. 72 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 
[BGG, SR 173.110]). Die Frist ist gewahrt, wenn die Beschwerde spätes-
tens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu des-
sen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplo-
matischen oder konsularischen Vertretung übergeben worden ist  (Art. 48 
Abs. 1 BGG). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und 
hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die 
Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismit-
tel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizule-
gen (vgl. Art. 42 BGG).

St. Gallen, 19. November 2021

Im Namen des Bundespatentgerichts

Präsident

Gerichtsschreiber

Dr. iur. Mark Schweizer

Dr. iur. Lukas Abegg

Versand: 23. November 2021

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