# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** 3251b3a6-c0eb-5eb4-8f6d-49242d87d440
**Source:** Vaud (VD)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2025-03-31
**Language:** fr
**Title:** Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 31.03.2025 AC.2023.0427
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/VD_Omni/VD_TC_031_AC-2023-0427_2025-03-31.html

## Full Text

TRIBUNAL CANTONAL

  COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

  
	
   

  	
  Arrêt du 31 mars 2025 

  
	
  Composition

  	
  Mme Annick Borda, présidente;
  Mme Danièle Revey et M. Alain Thévenaz, juges; Mme Fabia Jungo,
  greffière. 

  

 

	
  Recourant

  	
   

  	
  Office fédéral de l'environnement
  OFEV, à Berne, 

  

   

	
  Autorités intimées

  	
  1.

  	
  Municipalité de Noville, représentée
  par Me Daniel GUIGNARD, avocat à Lausanne,

  	 

	
   

  	
  2.

  	
  Département des institutions, du
  territoire et du sport (DITS), représenté par la Direction générale du
  territoire et du logement (DGTL), à Lausanne, 

  

 

	
  Autorité concernée

  	
   

  	
  Direction générale de
  l'environnement (DGE-BIODIV), à Lausanne,

  

   

	
  Constructrice

  	
   

  	
  A.________, à ********, représentée par Me Denis BETTEMS, avocat à Lausanne.  

  

   

 

	
  Objet

  	
  Permis de construire  

  
	
   

  	
  Recours Office fédéral de l'environnement c/ décision de
  la Municipalité de Noville du 23 juillet 2015 et toute décision de la
  Synthèse CAMAC du 15 juillet 2015 autorisant la démolition du bâtiment ECA n° 220
  et l'agrandissement du chantier naval sur la parcelle n° 883 (CAMAC 155057),
  ainsi que contre le PPA du "Port de plaisance et du chantier naval"
  approuvé le 17 avril 2007 par le Département des institutions et des
  relations extérieures. 

  

 

Vu les faits suivants:

A.                    
La société A.________ est propriétaire de la parcelle n° 883 du
cadastre de la Commune de Noville (ci-après: la commune). Ce bien-fonds, d'une
surface de 44'377 m2, est situé dans la vaste zone des
Grangettes formée par le delta du Rhône à l'endroit de son embouchure dans le Lac
Léman. 

Un chantier naval y est exploité, comprenant un
bâtiment ECA n° 394 ainsi qu'un bassin - ou darse - dans lequel se trouve
également un port privé communiquant avec un bras du Vieux-Rhône; cette rivière
longe la parcelle à l'ouest et se jette dans le lac Léman environ 300 m
plus au nord. Le chantier naval paraît être exploité depuis 1903. La partie
nord de la parcelle accueille d'une part des places d'amarrage sur le
Vieux-Rhône et d'autre part des bâtiments (ex ECA n° 220 et ECA
n° 394) depuis respectivement 1955 et 1969 au plus tard, comme en
attestent les photographies aériennes tirées du géoportail fédéral (carte
SWISSIMAGE Voyage dans le temps); un bâtiment situé à l'emplacement de l'ancien
ECA n° 220 est visible sur une photographie aérienne de 1935. Le port
(darse) a été érigé au plus tard en 1986 dans sa partie sud et a été agrandi au
plus tard en 1992. Le bâtiment ECA n° 394 a fait l'objet d'un
agrandissement autorisé par permis de construire délivré le 4 mars 1981. La
propriétaire est également au bénéfice d'une concession pour usage d'eau depuis
le 4 avril 1990 et qui a été renouvelée jusqu'au 31 décembre 2049 par décision
rendue le 8 janvier 2020 par le département compétent.

B.                    
La parcelle n° 883 fait l'objet des mesures de protection
suivantes: 

-     
inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels
d'importance nationale (ci-après: IFP), objet n° 1502: Les Grangettes; 

-     
inventaire fédéral des zones alluviales d'importance nationale
(ci-après: IZA), objet n° 123: Les Grangettes (correspondant grosso
modo à la partie située en aire forestière);

-     
inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance
nationale (ci-après: IBN), objet VD21: Les Grangettes (secteur A au sud de la
parcelle et secteur B au nord de la parcelle); 

-     
inventaire fédéral des sites marécageux d'une beauté particulière et
d'importance nationale (ci-après: ISM), objet n° 289: Les Grangettes,
depuis 1996;

-     
inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale, objet VD 1382:
Gros Brasset, pour son angle nord-ouest;  

-     
inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs
d'importance internationale et nationale (ci-après: IROEM), objet n° 8:
Les Grangettes;

-     
inventaire cantonal des monuments naturels et sites (ci-après: IMNS),
objet n° 183: Les Grangettes, les "Iles" du Rhône, forêts et
bosquets du secteur Crebelly-Dézaley;

-     
inventaire cantonal des zones alluviales d'importance nationale,
régionale et locale, objet n° 123: Les Grangettes; 

-       inventaire
cantonal des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale,
régionale et locale, objet VD21 Les Grangettes.

C.                    
a) La parcelle n° 883 s'inscrit à l'intérieur du périmètre du plan
d'affectation cantonal n° 291 – Commune de Noville – Site marécageux de
Noville, approuvé par le département compétent le 20 mai 1997 (ci-après: le PAC
n° 291). 

Le PAC n° 291, selon l'art. 1er de
son règlement, regroupe, coordonne et met en application l'ensemble des mesures
de protection concernant les marais et le site marécageux d'une beauté
particulière et présentant un intérêt national. Il a pour but de garantir la
sauvegarde des biotopes, des zones tampons et des biocénoses qui les
caractérisent, de favoriser l’amélioration des valeurs biologiques du site et
la réparation des atteintes qu’il a subies, de maintenir un paysage proche de
l’état naturel et enfin de permettre le maintien des activités humaines dans la
mesure où celles-ci sont compatibles avec les buts de protection. A cet effet, le
plan comprend plusieurs affectations distinctes du territoire, à savoir une zone
des biotopes protégés, une zone des prairies tampon, deux zones lacustres, une
zone agricole protégée, une zone de plage, une zone de port et du chantier
naval, une zone du camping, une zone des Fourches, une zone du hameau des Grangettes, des Territoires occupés par les constructions
isolées et leurs abords (ces six dernières affectations étant liées à des
activités humaines), ainsi que l'aire forestière.

La parcelle n° 883 est concernée par l'art. 8
du règlement du PAC n° 291 (ci-après: le RPAC), qui réglemente la zone du
port et du chantier naval qui occupe près de la moitié de sa surface, à l'ouest.
Cette zone est destinée à permettre le maintien des bâtiments et installations
existants tout en respectant le site marécageux (al. 1). Elle est soumise à
l'élaboration d'un plan partiel d'affectation communal (PPA) dans un délai de
trois ans après l'approbation du présent plan (al. 2). Le PPA prévoit notamment:
(a) des places d'amarrage pour bateaux de plaisance sur une surface de
25'600 m2, mais au maximum 125 places dont 25 pour les
visiteurs; (b) des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et
d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire et installations sanitaires;
(c) les installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage
aménagées dans la darse sur une surface de 6'450 m2; (d) l'aire
forestière est préservée (al. 3). 

En outre, près de la moitié est de la parcelle
n° 883 est affectée à l'aire forestière au sens de l'art. 12 RPAC qui
prévoit ce qui suit: l'aire forestière est soumise à la législation forestière.
Elle est divisée en deux secteurs dont les limites peuvent légèrement varier au
cours du temps: (a) le secteur de la forêt tampon est destiné à la restauration
et la conservation de groupements forestiers proches de l'état naturel en
bordure des biotopes protégés. L'aménagement de clairières conformes aux
objectifs de protection est admis. (b) Le secteur de la forêt à vocation mixte
est destiné à permettre le développement de peuplements caractéristiques des
forêts alluviales dans leur composition et leur structure, tout en conservant
ses fonctions de production et d'espace de détente (al. 1). Un plan
d'aménagement forestier et des plans de gestion forestière sont élaborés en
temps utile. Ils tiennent compte des buts du présent plan (al. 2). 

Le PAC n° 291 bis, approuvé en parallèle le 20
juin 2002, règle les circulations dans le secteur du site marécageux de
Noville.

b) Par arrêt du 7 mars 2000 (1A.14/1999), le
Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par les précédents propriétaires de
la parcelle n° 883 contre l'arrêt rendu le 10 décembre 1998 par l'ancien
Tribunal administratif (devenu le 1er janvier 2008 la Cour de droit
administratif et public du Tribunal cantonal - CDAP; TA AC.98/0067) réformant
très partiellement le RPAC de sorte à régler de manière moins restrictive
l'affectation du port privé dans le bassin aménagé sur la parcelle. Dans cet
arrêt également notifié à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), le
Tribunal fédéral mentionnait que le nouvel art. 8 RPAC, tel que modifié par le
Tribunal administratif, destinait la zone du port et du chantier naval au
maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site
marécageux et en la soumettant à l'élaboration d'un PPA prévoyant notamment les
installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage aménagées
dans la darse sur une surface de 6'450 m2 (art. 8 al. 3 let. c RPAC)
ainsi que des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et
d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire avec installations sanitaires
(art. 8 al. 3 let. b RPAC). 

c) Le Plan partiel d'affectation du "Port de
plaisance et du Chantier naval" au lieu-dit "Vieux-Rhône" et son
règlement ont été approuvés le 17 avril 2007 par l'ancien Département des
institutions et des relations extérieures (désormais le Département des
institutions, du territoire et du sport - DITS) (ci-après: le PPA et le RPPA)
après avoir été mis à l'enquête publique du 25 novembre 2005 au 3 janvier 2006.
Le rapport 47 OAT établi à l'occasion de l'adoption du PPA expose notamment que
le Plan partiel d'affectation doit tenir compte à la fois des besoins du
chantier naval visant à optimiser son fonctionnement, et des contraintes du
PAC, qui prévoit le maintien de l'activité du chantier naval, dans la mesure où
elle reste compatible avec la protection de la nature visée par le Plan
d'affectation cantonal. 

Le PPA prévoit une zone du chantier naval avec un
périmètre de construction A englobant le bâtiment ECA n° 394 et
permettant son extension en direction du nord et de l'est. La zone du chantier
naval est régie par les art. 13 à 22 RPPA. En particulier, il est prévu ce qui
suit: 

"Art. 14   Bâtiments
existants

1 Le bâtiment existant
n° 220 peut faire l'objet d'un entretien courant. Il devra être démoli en
cas d'agrandissement du bâtiment n° 394 et du transfert des
activités dans le périmètre de construction A. Seules subsisteront la pompe à
matière fécale et la pompe hydraulique pour l'installation de mise à l'eau des
bateaux, qui seront abritées dans un local technique de 20 m2 -
l'implantation de ces équipements étant imposée par leur destination.

2 Le bâtiment existant
n° 394 peut être remplacé ou agrandi dans la limite définie par le
périmètre de construction A. 

Art. 15    Possibilités de
construire

Les constructions existante et
nouvelle doivent totaliser au plus une surface au sol de 1'820 m2. 

Art. 16    Périmètre de
construction A

La nouvelle construction doit être
érigée à l'intérieur de son périmètre de construction. 

(...)

Art. 18    Hauteur des
constructions, nombre de niveaux et forme de la toiture 

1 La hauteur des
constructions à la corniche est limitée à 9 mètres par rapport au niveau du
terrain naturel ou aménagé en remblai (voir art. 21) et le nombre de niveaux
n'est pas limité.

2 La toiture des
constructions est à 2 pans présentant une faible inclinaison. 

(...)

Art. 22    Transition au
secteur des bas-marais

1 Une bande de terrain
d'une largeur de 10 mètres assure la transition entre le chantier naval et
le secteur des bas-marais. Elle permet de préserver la valeur écologique du
secteur naturel. Elle doit garantir les alimentations en eau et permettre d'éviter
les dérives de produits toxiques. Aucun dépôt, même temporaire, n'y sera
toléré. 

2 Une bande de 3 mètres
réalisée en matériaux pierreux et servant de surface de roulement peut être
autorisée. En dehors de la surface de roulement, la bande définie restante doit
être libre de toute infrastructure et gérée comme une prairie extensive. Les
modifications du terrain naturel ne sont pas autorisées. 

3 Une clôture
délimitant le site naturel ou un autre moyen de délimitation peut être édifiée
en bordure de l'aire de transition. Elle devra être intégrée au site et être
perméable au passage de la faune."

D.                    
Le 6 mars 2015, la propriétaire de la parcelle n° 883 a déposé
auprès de la Municipalité de Noville (ci-après: la municipalité) une demande de
permis de construire portant sur la démolition du bâtiment ECA n° 220
et l'agrandissement du bâtiment ECA n° 394 sur cette parcelle. Le bâtiment
ECA n° 220, d'une surface de 699 m2 et situé à moins de
10 m de la lisière forestière à l'ouest d'une part et du Vieux-Rhône au
sud-ouest d'autre part, était démoli au profit de l'agrandissement, en
direction du nord et dans le périmètre de construction A (art. 16 RPPA), du
bâtiment ECA n° 394; une petite partie de celui-ci (appentis) était
démolie afin de permettre son agrandissement, la partie faisant l'objet de la
demande de permis occupant une surface de 994 m2. La nouvelle
partie du bâtiment ECA n° 394 atteignait une hauteur de 9 m à la
corniche et de 10.90 m au faîte. 

Le projet a été mis à l'enquête publique du 29 avril
au 28 mai 2015. 

Le 15 juillet 2015, la Centrale des autorisations en
matière de construction (CAMAC) a délivré sa synthèse, dont il ressort
essentiellement que tous les services de l'Etat consultés ont délivré les
autorisations spéciales requises, à certaines conditions impératives. En
particulier, la division Hors zone à bâtir du Service du développement
territorial (SDT; désormais la Direction générale du
territoire et du logement, DGTL) précisait que la parcelle n° 883 se
trouvait à l'intérieur du PPA "Port de plaisance et chantier naval",
destiné à préciser les modalités d'application du PAC n° 291 pour la zone
du port et du chantier naval; étant destiné à une activité spécifique dont la
localisation s'impose hors de la zone à bâtir, ce PPA devait être considéré
comme une zone spéciale au sens de l'art. 50a de la loi du 4 décembre 1985
sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11) et donc
situé hors de la zone à bâtir. Quant à la Direction générale de
l'environnement, Direction des ressources et du patrimoine naturels, section
Biodiversité et paysage (DGE/DIRNA/BIODI), il y a lieu de considérer qu'elle a
délivré l'autorisation spéciale requise, dès lors que le projet a été modifié
en date du 6 juillet 2015 pour réduire la surface construite de 1'848 m2
à 1'820 m2, conformément au PPA.

La municipalité a délivré le permis de construire le
23 juillet 2015 et le permis d'exploiter le 3 juillet 2017. 

E.                    
La société A.________ a repris par contrat du 22 juin 2016 les actifs et
passifs de la raison individuelle B.________. 

F.                    
Le 26 septembre 2023, la Cour de droit administratif et public du
Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP ou la Cour) a communiqué à l'Office
fédéral de l’environnement (ci-après: l'OFEV) un arrêt par lequel elle
admettait un recours à l'encontre d’un ordre de la municipalité tendant à
l'éradication de plantations invasives et l'élagage d'arbres sur la parcelle n° 401
notamment (arrêt AC.2023.0036 du 25 septembre 2023). 

Les 4 et 9 octobre 2023, l'OFEV a adressé un
courriel à la municipalité, demandant que lui soient transmises les
autorisations concernées, qu'il a reçues les 9 et 10 octobre 2024. 

Le 12 octobre 2023, l'OFEV a demandé à la
municipalité de lui transmettre tous les permis de construire délivrés au cours
des dix dernières années pour des constructions érigées au sein du site
marécageux des Grangettes. La municipalité a répondu à cette demande le 2
novembre 2023 en y joignant dix permis de construire, dont celui délivré le 23
juillet 2015 objet de la présente affaire.

G.                    
Le 4 décembre 2023, l'OFEV a déposé un recours à la CDAP à l'encontre de
la décision d'octroi du permis de construire du 23 juillet 2015 et des
autorisations cantonales spéciales délivrées dans le cadre de la synthèse CAMAC
du 15 juillet 2015, ainsi qu'à l'encontre du PPA Port de plaisance et du
Chantier naval adopté par la Commune de Noville le 15 novembre 2007 et approuvé
par le département cantonal compétent le 17 avril 2007. Il a conclu à
l'annulation de la décision municipale et des autorisations spéciales, au
rétablissement de l'état conforme à la loi, ainsi qu'à l'annulation du PPA dans
la mesure de sa non-conformité avec le droit fédéral. 

Dans sa réponse du 5 mars 2024, la municipalité a
conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. 

Dans sa réponse du 21 mars 2024, la propriétaire a
conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. 

Dans sa réponse du 22 mai 2024, la DGTL a conclu à
l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La DGE s'est
déterminée le même jour, s'en remettant à justice quant à la recevabilité du
recours et concluant, au fond, à son rejet. 

Le 12 août 2024, l'OFEV a déposé une réplique,
confirmant les conclusions de son recours. 

La municipalité a dupliqué le 26 septembre 2024 et
la propriétaire le 8 novembre 2004. Dans sa duplique, celle-ci a requis la mise
en œuvre d'une expertise relative à la protection des batraciens en lien avec
l'éloignement du bâtiment de la lisière forestière et du chenal (suppression du
bâtiment ECA n° 220 au profit de l'agrandissement du bâtiment ECA
n° 394) et avec la couverture en gravier de la surface entourant les
bâtiments. 

La Cour a tenu audience avec inspection locale le 11
février 2025. On extrait les éléments suivants du compte rendu de cette séance:

"Le tribunal et les parties
se déplacent sur la parcelle n° 883. La Cour visite le nouveau hangar, d'une
taille importante et plus élevé que le bâtiment préexistant sur son flanc sud.
Le nouveau hangar sert au stockage des bateaux durant la saison hivernale; il
contient également une machine servant à mettre les bateaux à l'eau. La
propriétaire explique que le radier a pu être aménagé sur le gravier existant,
celui-ci étant suffisamment tassé sans qu'il n'ait été nécessaire de prévoir de
pieux. 

Au nord-ouest du hangar se trouve
un tunnel agricole gris qui aurait été aménagé il y a environ 30 ans selon les
déclarations de la propriétaire. Une étroite bande herbeuse sépare le tunnel et
le nouveau hangar de la limite du bas-marais au nord. 

La propriétaire explique que cette
bande herbeuse est fauchée une fois par année, en automne; aucune barrière
n'entrave la faune. La place située à l'ouest du hangar, gravillonnée, sert à
l'entreposage hivernal des bateaux, soit de la fin de l'automne à Pâques
environ. Un bateau à la fois peut être sorti de l'eau ou mis à l'eau et les
mouvements sont donc peu nombreux. 

Au sud-ouest de la place
gravillonnée, à proximité du canal, se trouve encore un container abritant les
locaux techniques et, au bord de l'eau, une grue. 

La DGE précise que le secteur du
biotope est recensé dans le PAC mais qu'aucune zone tampon n'a été prévue. 

L'OFEV détaille les trois périodes
importantes pour les batraciens: en premier lieu, en fin d'hiver et début de
printemps, les adultes se déplacent vers les sites de reproduction (étangs)
avant de retourner occuper l'ensemble de leur territoire; ensuite, vers le mois
de juin, les jeunes quittent l'eau pour occuper l'ensemble de leur territoire;
enfin, vers octobre et novembre, les batraciens s'abritent pour l'hiver, dans
des cavités situées dans le sol. Le nouveau bâtiment (hangar) constitue à cet
égard une barrière plus importante pour les déplacements des batraciens. Les
conditions permettant une nouvelle construction selon l'ordonnance sur les
batraciens ne sont pas remplies. S'agissant du site marécageux, le chantier
naval constitue une atteinte existante, alors que la législation topique exige
de supprimer les atteintes à chaque fois qu'une occasion se présente. Le
nouveau bâtiment est par ailleurs implanté plus près du bas-marais; de ce fait,
il peut réduire la surface disponible pour certains oiseaux, qui ne nichent par
exemple pas à moins de 50 m d'un bâtiment. La lumière émanant du bâtiment
constitue par ailleurs un dérangement pour les oiseaux. Enfin, certaines
espèces peuvent être affectées par la hauteur du bâtiment. 

La propriétaire précise n'avoir
jamais observé de batraciens dans le hangar ou à proximité de celui-ci. 

La DGTL explique qu'il a été
considéré, lors de l'adoption du PPA, qu'une surface bâtie de 1'820 m2
bénéficiait de la garantie de la situation acquise; la suppression de l'ancien
hangar au profit de la construction du nouveau hangar était possible pour
autant que la surface maximale soit respectée, ce qui était le cas en
l'espèce.  

S'agissant de sa conclusion
tendant à la remise en état, l'OFEV précise que la parcelle doit à terme être
restituée au site marécageux. Cette échéance doit être fixée en tenant compte
du principe de proportionnalité et conjointement à des mesures de valorisation
du site." 

Les parties se sont encore
déterminées le 3 mars 2025 (OFEV et municipalité) et le 10 mars 2025
(constructrice, DGTL et DGE). L'OFEV recommande une modification du compte
rendu en lien avec les périodes importantes pour les batraciens en ce sens que
pour la période du mois de juin, il est important de noter que les jeunes
batraciens sont particulièrement sensibles à un microclimat défavorable, comme
celui des places asphaltées et recouvertes de gravier en plein soleil. La
constructrice complète le compte rendu au sujet des conséquences financières
liées à la démolition du hangar (perte sèche annuelle d'au minimum 200'000 fr.
et risque de fermeture définitive d'une entreprise plus que centenaire),
précise que ce n'est pas la bande herbeuse située entre le hangar et le tunnel
qui est fauchée une fois l'an mais le grand terrain situé au nord du nouvel
hangar, ajoute que ce nouvel hangar ne bénéficie d'aucun éclairage artificiel
et rappelle sa réquisition de mise en œuvre d'une expertise au sujet de la
problématique des batraciens, déjà formulée dans sa duplique. 

Considérant en droit:

1.                     
Le recours est formé par l'OFEV et dirigé à l'encontre de plusieurs
actes distincts, à savoir la synthèse CAMAC comprenant les autorisations
spéciales délivrées par les instances cantonales le 15 juillet 2015, dont l'ancien
SDT et la DGE, l'autorisation de construire rendue par la municipalité le 23
juillet 2015 et le PPA "Port de plaisance et du Chantier naval" au
lieu-dit "Vieux Rhône" approuvé par le département le 17 avril 2007.
Il y a ainsi lieu d'examiner la recevabilité du recours, contestée tant par la
municipalité que par la DGTL et la propriétaire de la parcelle litigieuse, et
de la distinguer cas échéant en fonction des actes attaqués. La DGE s'en est
remise à justice sur ce point.

2.                     
En premier lieu, il convient d'examiner la qualité pour recourir de
l'OFEV. 

a) En vertu de l'art. 49 al. 2 de la Constitution
fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), la
Confédération veille à ce que les cantons respectent le droit fédéral. 

Afin d'assurer l'exécution correcte et uniforme du
droit fédéral, le législateur a prévu, à l'art. 89 al. 2 let. a de la loi du 17
juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), qu'ont qualité pour
recourir devant le Tribunal fédéral notamment la Chancellerie fédérale, les
départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les
unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer
la législation fédérale dans leur domaine d'attribution. La doctrine précise à
cet égard que, sur la base de cette disposition, les offices fédéraux sont
habilités à recourir, mais que le droit fédéral doit le prévoir dans une loi ou
dans une ordonnance (cf. Aubry Girardin, Commentaire LTF, 3e éd.,
2022, n. 75 ad art. 89). En vertu de l'art. 111 al. 2 LTF, si une autorité
fédérale a la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, elle peut
recourir devant les autorités cantonales précédentes ou, pour autant qu'elle le
demande, participer à la procédure devant celles-ci.

Un office fédéral n'est admis à recourir que dans un
domaine qui relève de sa compétence. Le Tribunal fédéral a en particulier
considéré que le recours de l'Office fédéral de l’énergie (OFEN), qui
intervient hors d'un cas d'application de la loi fédérale du 30 septembre 2026
sur l’énergie (LEne; RS 730.0), doit être déclaré irrecevable (TF 1A.124/2005
du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4). De même, l'Office fédéral du développement
territorial (OFDT/ARE) n'a pas qualité pour recourir sur la base de l'art. 48 l’ordonnance
du 28 juin 2000 sur l’aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) lorsque c'est
l'application du droit fédéral de la protection de l'environnement qui est en
jeu (Tanquerel, Le recours des offices fédéraux en matière d'aménagement du
territoire et d'environnement, in: Mélanges en l'honneur de Pierre Moor:
théorie du droit, droit administratif, organisation du territoire, Berne 2005,
p. 766).

b) D'après l'art. 12g al. 2 de la loi fédérale du 1er
juillet 1966 sur la protection de la nature et les paysages (LPN; RS 451),
intitulé "Recours des cantons et de l'office fédéral compétent",
l'office compétent a la qualité pour recourir contre les décisions cantonales
au sens de l'art. 12 al. 1 LPN et peut faire usage des voies de droit fédérales
et cantonales. 

Cette disposition est entrée en vigueur le 1er
juillet 2007; il s'agit en réalité d'une reprise du texte de l'ancien art. 12b al.
2 LPN, introduit le 1er février 1996 (FF 2005 5041, p. 5067).
Elle confère à l'office compétent le droit de recourir en matière de LPN sur
les décisions prises en exécution de tâches fédérales. Contrairement aux autres
lois fédérales instaurant un droit de recours des offices fédéraux dans le
domaine de l'environnement (voir art. 56 al. 1 de la loi fédérale du 7 octobre
1983 sur la protection de l’environnement [LPE; RS 814.01], art. 67a de la loi
fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux [LEaux; RS 814.20], art.
46 al. 2 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts [LFo; RS 921.0] et
art. 29 al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 2003 sur l’application du génie
génétique au domaine non humain [LGG; RS 814.91] qui prévoient que l'office
compétent est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par le
droit fédéral et le droit cantonal contre les décisions rendues par des
autorités cantonales en "application de la présente loi ou de ses
dispositions [ou: actes] d’exécution"), l'art. 12g al. 2 LPN
contient une formulation différente s'agissant des décisions concernées. Il
renvoie en effet aux décisions cantonales au sens de l'art. 12 al. 1 LPN, ce
qui indique que l'habilitation concerne exclusivement le recours contre les
décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les
art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (Grodecki/Pfeiffer, in Moor/Favre/Flückiger (éd.),
Loi sur la protection de l'environnement, Berne 2010, n. 9 ad art. 56 LPE).

L'art. 2 LPN définit ce qu'il faut entendre par
l'accomplissement d'une tâche de la Confédération au sens de l'art. 78 al. 2
Cst. Cet article n'est toutefois pas exhaustif. Selon une jurisprudence constante,
une tâche fédérale peut également exister lorsqu'une autorité cantonale a pris
une décision, par exemple lors de l'octroi d'une dérogation au droit de
l'aménagement du territoire selon l'art. 24 de la loi fédérale du
22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) (ATF 112 Ib
70 consid. 4b). L'autorisation de défrichement est expressément mentionnée à
l'art. 2 al. 1 let. b LPN (ATF 121 II 190 consid. 3c/cc). La protection
des biotopes selon les art. 18 ss LPN est une tâche fédérale confiée aux
cantons (ATF 133 II 220 consid. 2.2). Il en va de même pour l'autorisation
d'interventions techniques dans un cours d'eau selon les art. 8 ss de la loi
fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0) ou l'octroi
d'autorisations relevant du droit de la pêche (ATF 110 lb 160 consid. 2). Font
également partie des tâches fédérales la protection des eaux et la garantie de
débits résiduels convenables (TF 1C_262/2011 du 15 novembre 2012 consid. 1.1,
non publié dans: ATF 139 II 28), la protection des marais et des sites
marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (ATF 118 Ib 11
consid. 2e) ainsi que des mammifères et des oiseaux sauvages (ATF 136 II 101
consid. 1.1), même si ce sont les autorités cantonales ou communales qui
décident. La condition pour l'existence d'une "tâche fédérale" est
donc en premier lieu que la décision attaquée concerne une matière juridique
qui relève de la compétence de la Confédération et qui est réglée par le droit
fédéral.

Le droit de recours de l'OFEV est considéré comme
abstrait: il n'est pas nécessaire pour l'office concerné de démontrer un
intérêt particulier à contester la décision (ATF 136 II 359 consid. 1.2;
Keller, Commentaire LPN, 2ème éd. 2019, n. 5 ad art. 12g LPN, p.
359). Il permet par ailleurs à l'office de contester non seulement les
décisions cantonales de dernière instance, mais également celles des instances
inférieures. La qualité pour agir sur le plan cantonal n'est donc pas limitée à
la dernière instance et existe pour toutes les autorités cantonales précédentes
(Bovey, op. cit., n. 18 ad art. 111 LTF; Keller, op. cit., n. 7 ad art.
12g LPN, p. 359 s.; FF 1991 III 1151, p. 1157). Il s'agit toutefois d'une
faculté donnée à l'autorité fédérale, qui n'est pas obligée d'épuiser les
instances cantonales. Une renonciation à recourir devant une instance cantonale
ne privera pas l'autorité fédérale de son droit de recourir devant les
instances cantonales ultérieures ou devant le Tribunal fédéral. Par conséquent,
l'office n'a pas non plus d'obligation de participer à la procédure antérieure
(ATF 136 II 359 consid. 1.2; 116 Ib 418 consid. 3h; voir aussi arrêt TF 1C_184/2021
du 23 septembre 2021 consid. 2.3; Tanquerel, op. cit., p. 772;
Bovey, op. cit., n. 22 ad art. 111).

Les art. 12g al. 2 et 12 al. 1 LPN ne mentionnent
que les décisions des autorités cantonales. Chaque canton est toutefois libre
d'organiser les compétences de ses autorités comme il l'entend. Dans le canton
de Vaud, l'art. 114 LATC prévoit que la compétence de délivrer les permis de construire
appartient à la municipalité. L'intervention de la commune dans ce domaine ne
porte toutefois pas préjudice au droit des autorités fédérales de recourir
contre les décisions des autorités inférieures, qu'elles soient communales ou
cantonales (voir, pour la LPE: Grodecki/Pfeiffer, op. cit., n. 15 ad art. 56
LPE).

c) Au niveau cantonal, selon l'art. 75 let. b de la
loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), a
qualité pour former recours toute autre personne ou autorité que la loi
autorise à recourir.

d) Il résulte de ce qui précède que l'OFEV, en tant
qu'office fédéral compétent pour l'exécution de la LPN en matière de protection
de la nature et du paysage (art. 23 al. 1 let. a et al. 2 de l'ordonnance
du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage [OPN; RS
451.1]), est l'office compétent au sens de l'art. 12g LPN pour se
plaindre des décisions cantonales et communales en cette matière (cf. ég. TF
1C_86/2020 du 22 avril 2021 consid. 6.1; Tanquerel, op. cit., p. 772). La
qualité pour recourir doit lui être reconnue même s'il n'a pas formé opposition
dans la procédure préalable aux décisions litigieuses. L'office intervient par
ailleurs dans des domaines recouvrant la définition de tâche de la
Confédération, singulièrement la protection des marais et des sites marécageux
d'une beauté particulière et d'importance nationale, ainsi que des mammifères
et des oiseaux sauvages. La qualité pour recourir à l'encontre des actes
attaqués doit partant lui être reconnue.

3.                     
Il convient ensuite d'examiner si l'OFEV pouvait encore contester dans
son recours des actes qui étaient datés respectivement de plus de huit ans
(permis de construire) et de plus de quinze ans (plan partiel d'affectation).  

A ce sujet, l'OFEV se prévaut de l'absence totale de
notification des actes litigieux, qui ne lui auraient été communiqués qu'à sa
demande le 2 novembre 2023, en violation en particulier des art. 24g LPN, 27
al. 2 let. e et f OPN et 46 OAT. Il convient dès lors de se pencher sur
l'existence d'une obligation de notification, en distinguant, d'une part, le
cas des autorisations cantonales spéciales et du permis de construire des 15 et
23 juillet 2015 et, d'autre part, le cas de l'approbation du PPA Port de plaisance
et du Chantier naval.  

a) aa) Selon l'art. 95 al. 1 LPA-VD, le recours au
Tribunal cantonal s'exerce dans les 30 jours dès la notification de la décision
ou du jugement attaqués. 

La
question du respect du délai de recours et de ses conséquences dépend
directement de l'existence d'une obligation des autorités de notifier leurs
décisions. En l'absence d'obligation de communiquer les décisions
cantonales des instances inférieures à l'OFEV, il ne serait pas admissible
d'admettre un recours de l'OFEV après l'écoulement du délai de recours cantonal
ordinaire, quand bien même l'office ne se serait pas vu notifier la décision (Grodecki/Pfeiffer,
op. cit., n. 31 ad art. 56 LPE; Loretan, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, 2e
éd., Zurich 1996, état mars 2002, n. 16 ad art. 56 LPE).

bb) Selon
l'art. 112 al. 4 LTF, dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité
pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles
décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. Selon le Message
concernant la révision totale de la procédure judiciaire fédérale du 28 février
2001, les décisions cantonales ne devront en principe pas être communiquées
d'office aux autorités fédérales, sauf dans les cas spécifiés par une
ordonnance du Conseil fédéral. Une obligation de communiquer toute décision aux
autorités fédérales ne pourra être prévue que de manière très ponctuelle, par
exemple lorsque la mise en œuvre de normes particulièrement délicates est en
cause (FF 2001 4000, sp. 4147). Sur cette base, le Conseil fédéral a édicté
l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la notification des
décisions cantonales de dernière instance en matière de droit public (RS 173.110.47),
qui fait obligation aux autorité cantonales de notifier sans délai et
gratuitement aux autorités fédérales ayant qualité pour recourir les décisions
de dernière instance qui peuvent être attaquées devant le Tribunal fédéral,
notamment par un recours en matière de droit public (art. 1 al. 1 let. c).
Selon cette ordonnance, une obligation de notification n'existe que pour les
décisions de dernières instance cantonale (voir aussi ATF 136 II 359 consid.
1.2). Le Message précité n'exclut toutefois pas d'obliger des autorités
cantonales inférieures à communiquer leurs décisions aux autorités fédérales
(Bovey, op. cit., n. 66-68 ad art. 112). 

cc) L'art. 27 al. 1 et 2 OPN, intitulé "Communication
des textes légaux et des décisions", prévoit que les cantons
communiquent à l'OFEV, l'OFC (Office fédéral de la culture) ou à l'OFROU (Office
fédéral des routes) leurs actes normatifs concernant la protection de la
nature, la protection du paysage et la conservation des monuments historiques
(al. 1). Les autorités compétentes communiquent en outre à l'OFEV les décisions
suivantes (al. 2): 

"a.          exceptions relatives aux dispositions de la
protection des espèces (art. 22, al. 1 et 3, LPN; art. 20, al. 3);

b.            suppression de la
végétation des rives (art. 22, al. 2 et 3, LPN);

c.            décisions de constatation dans le domaine de la
protection des biotopes et des espèces (art. 14, al. 4);

d.            décisions concernant la remise en état (art. 24e LPN);

e.            décisions concernant les constructions, les
installations et les modifications de la configuration du terrain dans les
biotopes d’importance nationale (art. 18a LPN) ou les sites marécageux (art.
23b LPN);

f.            approbation de plans d’affectation (art. 26 de la loi
du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire) s’ils portent atteinte à des
paysages, des sites naturels, des biotopes ou des sites marécageux d’importance
nationale."

L'art. 27 al. 2 let. e OPN a été introduit par le
ch. II 1 de l'ordonnance du 2 février 2000 relative à la loi fédérale sur la
coordination et la simplification des procédures de décision, et est entré en
vigueur le 1er mars 2000 (RO 2000 703). Cet article impose aux
autorités cantonales de communiquer à l'OFEV une série de décisions relatives
aux constructions dans les biotopes et sites marécageux. Quant à l'art. 27 al.
2 let. f OPN, qui porte sur l'approbation des plans d'affectation, il a été
introduit par le ch. II de l’ordonnance du 2 avril 2014 et est entré en vigueur
le 1er mai 2014 (RO 2014 909).

L'objectif poursuivi par l'art. 27 al. 2 OPN est
d'assurer un droit de recours effectif des offices fédéraux, dans le contexte
d'un besoin d'amélioration de la surveillance fédérale dans le domaine de la
protection du paysage et de la nature. Cet objectif trouve sa source dans le
rôle de surveillance de la Confédération vis-à-vis des cantons, prévu à l'art.
24g al. 1 LPN depuis le 1er septembre 2014 et, de manière générale,
à l'art. 49 al. 2 Cst. (Martenet, in: Martenet/Dubey (éd.),
Commentaire romand de la Constitution fédérale, 2021, n. 66 ss ad art. 49 Cst.;
Biaggini, BV Kommentar, 2e éd., Zurich 2017, n. 26 ad art. 49;
cf. ég. TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2 et les références
citées). L'obligation de notification découlant de l'art. 27 al. 2 OPN va plus
loin que celle de l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la
notification des décisions cantonales de dernière instance en matière de droit
public. Cet article s'adresse en effet à toutes les autorités compétentes, à
savoir également aux autorités cantonales inférieures (Keller, op. cit., n. 8
ad art. 12g LPN; voir aussi Tanquerel, op cit., p. 773). Il en est ainsi
également dans le domaine de l'aménagement du territoire, où le Tribunal
fédéral est arrivé à la même solution s'agissant de l'obligation de notifier
une décision d'approbation d'un plan d'affectation sur la base de l'art. 46 OAT
(voir arrêt TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2, où le Conseil
d'Etat tessinois avait omis de notifier à l'ARE un plan d'affectation n'ayant
pas fait l'objet d'un recours cantonal).

b) En l'espèce, il convient de distinguer le cas des
décisions en lien avec le permis de construire et l'adoption du plan partiel
d'affectation. 

S'agissant du plan partiel d'affectation du "Port
de plaisance et du Chantier naval" adopté par le Conseil général de
Noville le 26 septembre 2006 et approuvé par le département compétent le 17
avril 2007, ce plan est antérieur à l'entrée en vigueur, le 1er mai
2014, de l'art. 27 al. 2 let. f OPN, qui prévoit une obligation de
communication des plans d'affectation à l'OFEV. Il s'ensuit que, lors de
l'adoption du plan litigieux, il n'existait, dans la législation fédérale,
aucune obligation pour les autorités concernées de notifier leurs décisions à
l'office. Par conséquent, à défaut d'une telle obligation, il ne peut être
reproché au Conseil général de Noville et au département de n'avoir pas
transmis leurs décisions respectives à l'OFEV et celui-ci, qui ne peut se
prévaloir d'un défaut de notification, n'est plus en mesure de remettre en
question les décisions portant sur le plan d'affectation dans le cadre du
présent recours. 

A cet égard, l'OFEV se méprend lorsqu'il se réfère à
l'art. 46 OAT, dans son état en vigueur au 1er janvier 2013, pour
justifier d'un défaut de communication à son égard de la décision d'approbation
du plan d'affectation. L'art. 46 OAT ne
concerne que l'ARE et ne saurait fonder une obligation de communication des
autorités concernées à l'OFEV, ni une obligation dérivée de communication de
l'ARE à l'OFEV des décisions émanant des autorités cantonales potentiellement
notifiées au premier cité. Chaque office n'exerce en effet sa surveillance sur
les autorités cantonales qu'à l'intérieur de son domaine de compétence (arrêt
du TF 1A.124/2005 du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4; voir aussi Tanquerel,
op. cit., p. 766).

c) Cette situation doit être distinguée de celle des
autorisations spéciales et du permis de construire datés des 15 et 23 juillet
2015. Lors de la reddition de ces décisions, l'art. 27 al. 2 let. e OPN était
applicable et les autorités vaudoises étaient donc en principe tenues de
notifier leurs décisions à l'OFEV. La municipalité et la DGE ont donc procédé
en violation du droit fédéral et l'office est autorisé à se prévaloir d'un
défaut de notification des décisions litigieuses lors de leur adoption.

aa) Selon l’art. 44 LPA-VD, les décisions sont en
principe notifiées à leurs destinataires sous pli recommandé ou par acte
judiciaire (al. 1). Si les circonstances l'exigent, notamment lors de décisions
rendues en grand nombre, l'autorité peut notifier ses décisions sous pli simple
ou sous une autre forme. La notification doit dans tous les cas intervenir par
écrit (al. 2). L'autorité peut notifier ses décisions par voie de publication
du dispositif dans la Feuille des avis officiels à une partie dont le lieu de
séjour est inconnu (al.  3 let. a) ou à un grand nombre de participants
qui ne peuvent pas être identifiés sans frais excessifs (al. 3 let. b).

Une notification irrégulière ne doit en principe entraîner
aucun préjudice pour les parties (ATF 138 I 49 consid. 8.3.2; voir, en droit fédéral, art. 49 LTF et 38
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS
172.021]). S'il s'agit d'un acte émanant d'une autorité, le fardeau de la
preuve de la notification et de sa date incombe en principe à l'autorité qui
entend en tirer une conséquence juridique (ATF 122 I 97 consid. 3b). L'autorité
supporte ainsi les conséquences de l'absence de preuves en ce sens que si la
notification ou sa date sont contestées, et qu'il existe effectivement un doute
à ce sujet, comme cela peut se présenter lors de la notification d'un acte sous
pli simple, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de
l'envoi (ATF 103 V 63 consid. 2 et 3). Cela ne suffit pas encore au
constat que le recours a été déposé en temps utile. Il y a donc lieu
d’examiner, d’après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a
réellement été induite en erreur par l’irrégularité de la notification et a, de
ce fait, subi un préjudice. Il convient à cet égard de s’en tenir aux règles de
la bonne foi qui imposent une limite à l’invocation du vice de forme. En vertu
de ce principe, la partie intéressée est tenue de se renseigner sur l’existence
et le contenu de la décision dès qu’elle peut en soupçonner l’existence, sous
peine de se voir opposer l’irrecevabilité d’un éventuel moyen pour cause de
tardiveté (ATF 139 IV 228 consid. 1.3; 111 V 149 consid. 4c; TF 1C_268/2021 du
26 novembre 2021 consid. 2.1; 2C_884/2019 du 10 mars 2020 consid. 7.2).

Selon la jurisprudence, un recours d'un office
fédéral est recevable s'il a été déposé trente jours après la notification de
la décision cantonale, elle-même notifiée à l'office fédéral recourant à sa
demande avec deux mois de retard (TF 6A.75/2003 du 5 décembre 2003 consid. 1).
L'ARE a également été admis à recourir en novembre 2019 contre une décision
d'approbation d'un plan d'affectation datant de mars 2015 alors que cette
décision ne lui avait pas été notifiée par le Conseil d'Etat (TF 1C_672/2020 du
2 septembre 2021 consid. 2 et 3). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a
considéré qu'il n'appartenait pas à l'ARE de parcourir les feuilles officielles
des différents cantons à la recherche d'éventuelles décisions relatives à la
délimitation des zones à bâtir (consid. 3.2). Le fait que l'ARE s'était vu
notifier des arrêts de la dernière instance de recours cantonale rendus à
l'encontre du plan d'affectation concerné n'était pas déterminant car il
s'agissait d'arrêts de renvoi, donc de décisions incidentes au sens de l'art.
93 LTF. L'ARE pouvait se limiter à prendre connaissance du dispositif de ces
arrêts et, sans violer le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) et sans
s'exposer au reproche de grave négligence procédurale, n'était pas tenu
d'examiner ces affaires plus avant, considérant qu'un recours au Tribunal
fédéral paraissait d'emblée irrecevable au vu de la nature incidente de ces
décisions (consid. 3.4). L'examen du bien-fondé du recours au regard du
principe fondamental de la séparation du bâti et du non-bâti l'emporte sur la
sécurité du droit (consid. 3.5).

bb) Dans le cas présent, rien ne permet de retenir
que l'OFEV aurait eu connaissance des décisions entreprises, ou de leur
contenu, avant leur communication le 2 novembre 2023. En particulier, le fait
que divers arrêts aient été rendus précédemment par la CDAP concernant le
secteur des Grangettes, mais en lien avec d'autres parcelles du site, ne peut
pas fonder une violation de son devoir de se renseigner qui pourrait aujourd'hui
être opposé à l'OFEV. On ne saurait attendre de l'office fédéral concerné qu'après
notification d'un arrêt relatif à un secteur, il procède à un examen étendu des
constructions de toutes les parcelles alentour afin de déterminer si celles-ci
ont fait l'objet de décisions qui ne lui ont pas été notifiées.  

Il en est de même s'agissant de l'arrêt rendu par la
CDAP le 24 décembre 2015 (AC.2015.0026) dont se prévaut la municipalité. Selon
elle, l'OFEV aurait dû recourir contre les décisions litigieuses à la suite du
prononcé de cet arrêt, qui portait sur d'autres parcelles du site des
Grangettes. Cela étant, la municipalité perd de vue que, dans la mesure où la
cause précitée concernait un cas d'assujettissement à la loi fédérale du 4
octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11), cette question n'entrait
pas dans les compétences de l'OFEV qui ne s'est, à juste titre, pas vu notifier
l'arrêt. Le simple fait que d'autres offices fédéraux ont été destinataires de
l'arrêt ne permet pas de retenir automatiquement que l'OFEV en avait
connaissance, ni que ces offices auraient dû le transmettre à l'OFEV qui
n'était pas concerné par l'objet de l'affaire. On ne peut donc aujourd'hui
reprocher à l'OFEV de n'avoir pas recouru à l'encontre des décisions
litigieuses immédiatement après le prononcé de cet arrêt du 24 décembre 2015
par la CDAP.

Au demeurant, contrairement
à ce qu'invoque la municipalité, les documents reçus régulièrement par l'OFEV
en lien avec l'obligation qui incombe aux cantons de rendre compte de l'état de
la protection des zones alluviales, des sites marécageux et des sites de
reproduction de batraciens (cf. art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance
fédérale du 28 octobre 1992 sur les zones alluviales [Ordonnance sur les zones
alluviales; OZA; RS 451.31]; art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance
fédérale du 1er mai 1996 sur la protection des sites marécageux
d'une beauté particulière et d'importance nationale [OSM; RS 451.35]; art. 5
al. 1 et 2, art. 8 et 13 de l'ordonnance fédérale du 15 juin 2001 sur la
protection des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale
[OBat; RS 451.34]) font uniquement état d'éléments généraux en lien avec la
protection de ces sites et ne contiennent aucun détail relatif aux nouvelles
constructions (cf. rapports des années 2018 et 2021 dans le cadre des enquêtes
OFEV). Ils ne permettent dès lors pas non plus de fonder un devoir de l'OFEV de
se renseigner plus avant, en tout cas s'agissant d'actes d'exécution tels qu'un
permis de construire, sur le développement du secteur en question et de faire
partir un délai de recours. 

Le même constat s'impose s'agissant de l'arrêt du
Tribunal fédéral relatif à la disposition du PAC 291 en lien avec le chantier
naval exploité sur la parcelle n° 883 (TF 1A.14/1999 du 7 mars 2000): cet
arrêt portait sur une disposition d'un plan d'affectation cantonal qui devait
encore être concrétisée dans un plan d'affectation communal dans le délai
prescrit par le PAC. Bien que l'OFEV ait été consulté dans le cadre de cette
procédure et que l'arrêt du Tribunal fédéral lui ait été notifié, il n'en
découle encore pas qu'il lui incombait de s'enquérir de l'adoption du PPA ni
d'en vérifier la teneur. 

Il s'ensuit que, bien que formé plusieurs années
après leur prononcé, le recours contre les décisions des 15 et 23 juillet 2015
a été déposé en temps utile. L'importance des biens juridiques protégés,
constatée par plusieurs inventaires fédéraux et cantonaux consacrant des objets
d'importance nationale, voire internationale, a pour
conséquence que leur protection l'emporte sur la sécurité du droit.

Il convient donc d'entrer en matière sur le fond
dans le cadre du recours déposé à l'encontre du permis de construire et des
autorisations cantonales y relatives. 

4.                     
L'OFEV s'oppose à la délivrance de l'autorisation de construire
litigieuse au motif qu'elle serait contraire à la protection instaurée par
plusieurs inventaires fédéraux, au périmètre desquels appartient la parcelle
n° 883. Il invoque à cet effet l'inventaire des sites marécageux d'une
beauté particulière et d'importance nationale n° 289 (ISM), l'inventaire
fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale
n° VD21 (IBN) et l'inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de
migrateurs d'importance internationale et nationale n° 8 (IROEM), tous
désignés sous l'appellation "Les Grangettes". 

Pour la municipalité, la construction litigieuse ne
porte pas atteinte au site marécageux et les travaux n'ont causé aucune
atteinte au paysage ni aux éléments et structures caractéristiques du site. La
DGTL relève en particulier que le PPA a été examiné par les instances
cantonales compétentes pour la protection de la nature et que la Commission
paritaire des Grangettes, chargée de la bonne application du PAC et composée
notamment de spécialistes en matière d'environnement, a retenu dans le rapport
OAT du PPA que la solution retenue diminuait la pression sur le milieu naturel;
la DGTL considère que les travaux litigieux portent une atteinte modeste au
droit fédéral. Enfin, la propriétaire estime que l'autorisation contestée
respecte le PPA et a eu pour effet de concentrer les espaces bâtis en un seul
endroit, créant une zone de transition et améliorant sensiblement la qualité du
site. 

5.                     
a) Selon l'art. 78 al. 5 Cst., les
marais et les sites marécageux d'une beauté particulière qui présentent un
intérêt national sont protégés; il est interdit d'y aménager des installations
ou d'en modifier le terrain; font exception les installations qui servent à la
protection de ces espaces ou à la poursuite de leur exploitation à des fins
agricoles. L'art. 78 al. 5 Cst. prévoit donc une interdiction
absolue de modification, tant pour les marais que pour les sites marécageux, et
n'autorise des exceptions que si elles servent à la protection ou à
l'exploitation agricole actuelle. 

Le législateur a concrétisé cette
disposition par l'adoption des art. 23a ss LPN (en vigueur depuis le
1er février 1996 [RO 1996 214]). Contrairement à l'art. 78 al. 5
Cst., selon ces dispositions, il convient de distinguer, d'une part, le régime
applicable aux marais d'une beauté particulière et d'importance nationale, pour
lesquels l'art. 23a LPN renvoie aux art. 18a, 18c et 18d LPN qui concernent les
biotopes, et, d'autre part, les sites marécageux d'importance nationale
régis par les art. 23b à 23d LPN. 

L'art. 23b al. 1 LPN définit un
site marécageux comme "un paysage proche de l'état naturel, caractérisé
par la présence de marais. Une étroite relation écologique, visuelle,
culturelle ou historique unit les marais au reste du site".
L'al. 2 de cette disposition précise les conditions auxquelles un site
marécageux est d'une beauté particulière et d'importance nationale. L'al. 3
prévoit que le Conseil fédéral désigne les sites marécageux répondant à ces
conditions. Selon l'art. 23c LPN, la protection a pour but général de sauvegarder
les éléments naturels et culturels des sites marécageux qui leur confèrent leur
beauté particulière et leur importance nationale (al. 1). Les cantons veillent
à la concrétisation et à la mise en œuvre des buts de la protection (al. 2). 

Quant à l'art. 23d LPN, il est formulé ainsi:

"Aménagement et exploitation
des sites marécageux

1 L'aménagement et
l'exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne
portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux.

2 Sont en
particulier admis à la condition prévue à l'al. 1:

a. l'exploitation
agricole et sylvicole;

b. l'entretien
et la rénovation de bâtiments et d'installations réalisés légalement;

c. les mesures
visant à protéger l'homme contre les catastrophes naturelles;

d. les
installations d'infrastructure nécessaires à l'application des let. a à c
ci-dessus."

L'OSM a été édictée sur la base de ces dispositions.
Selon l'art. 4 al. 1 de cette ordonnance, le paysage sera protégé contre les
modifications qui portent atteinte à la beauté du site marécageux ou à son
importance nationale (let. a); les éléments et les structures caractéristiques
des sites marécageux seront sauvegardés, notamment les éléments
géomorphologiques, les biotopes, les éléments culturels ainsi que les
constructions et les structures traditionnelles de l'habitat (let. b); les
espèces végétales et animales protégées en vertu de l'art. 20 OPN, ainsi que
les espèces végétales et animales menacées et rares figurant dans les Listes
rouges publiées ou approuvées par l'office fédéral seront particulièrement
ménagées (let. c). Selon l'art. 5 al. 2 OSM, les cantons veillent notamment à
ce que les plans et les prescriptions qui règlent le mode d’utilisation du sol
au sens de la législation en matière d’aménagement du territoire soient
conformes à la présente ordonnance (let. a), à ce que les biotopes au sens de l'art.
18 al. 1bis LPN, qui se trouvent à l'intérieur d'un site marécageux
soient désignés (let. b), à ce que l’aménagement et l’exploitation admissibles
selon l’art. 23d, al. 2, LPN, ne portent pas atteinte aux éléments
caractéristiques des sites marécageux (let. c) et à ce que des installations et
constructions, autres que celles relatives à l’aménagement et l’exploitation
réglés sous lettre c, qui ne servent ni à l’entretien des biotopes, ni au
maintien des habitats typiques, ne soient érigées ou agrandies que si elles ont
une importance nationale, ne puissent être réalisées qu’à l’endroit prévu et
n’entrent pas en contradiction avec les buts visés par la protection (let. d).

b) Le Tribunal fédéral a relevé
que les marais et sites marécageux d'une beauté particulière et d'un intérêt
national bénéficient en vertu de la Constitution d'une protection absolue dans
le sens d'une interdiction de toute modification, sous réserve de l'exception
prévue à l'art. 78 al. 5 Cst. in fine. La jurisprudence et la doctrine
considèrent que le législateur, en recourant aux termes "dans la mesure
où ils ne portent pas atteinte" dans l'art. 23d LPN, est allé à la
limite de la constitutionnalité, l'art. 78 al. 5 Cst. limitant les aménagements
à ceux qui servent à la protection de l'objet ou à son exploitation agricole.
De manière générale, il convient donc de donner une interprétation restrictive
aux aménagements permis par l'art. 23d LPN, qui sera ainsi aussi proche que
possible de l'esprit de l'art. 78 al. 5 Cst. (ATF 138 II 281 consid.
6.3; 138 II 23 consid. 3.3.;
1C_502/2016 du 21 février 2018 consid. 4 et les références citées). 

Appliquant l'art. 23d LPN, le Tribunal fédéral a
jugé que l'exploitation traditionnelle paysanne de la tourbe, effectuée à la
main et destinée aux besoins personnels de l'exploitant, peut être maintenue
dans un site marécageux à la condition qu'elle ne porte pas atteinte aux
hauts-marais et aux bas-marais d'importance nationale compris dans le périmètre
du site et que la couche de tourbe restante, ainsi que la forme des lieux à la
fin de l'exploitation, permettent leur régénération (ATF 124 II 19 consid. 5c).

Le Tribunal fédéral a en revanche écarté toute
possibilité d'agrandir une construction dans le périmètre d'un site marécageux,
ce même sur la base de l’art. 23d al. 2 let. b LPN. Cela exclut a
fortiori la construction de nouveaux bâtiments, sans qu'il soit nécessaire
d'examiner de plus près la compatibilité avec les objectifs de protection (ATF
138 II 23). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a indiqué qu'il serait trop
général d'affirmer qu'il aurait reconnu, dans son précédent arrêt 1C_43/2010 du
25 octobre 2010, que, dans un cas concret, on pourrait admettre avec retenue
une atteinte à un site marécageux (par ex. en cas de brèche dans la continuité
du tissu bâti, ce qu'il n'avait d'ailleurs pas retenu dans l'arrêt en question,
qui concernait une zone attenante à la zone à bâtir). Cette jurisprudence a été
confirmée en relation avec un projet d’infrastructure routière (ATF 138 II
281). Le Tribunal fédéral a également jugé que des maisons de vacances datant
pour la plupart des années 1960 et construites de manière légale ne
constituaient pas une occupation typique du paysage marécageux au sens des art.
4 al. 1 let. b et 5 al. 2 let. d OSM, pour la conservation de laquelle de
nouvelles constructions et installations pourraient éventuellement être
autorisées. Une reconstruction de telles maisons sur la base de l'art. 23d
al. 2 let. b LPN n’a donc pas été admise. À cet égard, le tribunal précise que
les termes "entretien" et "rénovation" au sens de la lettre
b ne comprennent que les mesures de conservation et de modernisation des
bâtiments existants dans le cadre de leur durée de vie normale. En revanche, la
reconstruction donnerait lieu à un bâtiment entièrement neuf, dont la durée de
vie (contrairement au bâtiment précédent) n'est pas encore (même partiellement)
écoulée. Dans cette mesure, on ne peut considérer que l'état antérieur est
rétabli car la durée de l'atteinte à l'objectif de protection est
considérablement prolongée. En outre, l'expérience a montré que l'utilisation
de nouvelles technologies et de nouveaux matériaux de construction permet de
créer des bâtiments plus durables. De plus, la reconstruction s'accompagne de
modifications du sol et de perturbations (dues aux engins de chantier, etc.)
qui ne sont pas admissibles dans le paysage de tourbières. Pour toutes ces
raisons, il semble justifié de ne pas autoriser la reconstruction d'un bâtiment
détruit, même s'il existe d'autres maisons de vacances dans les environs (TF 1C_515/2012
du 17 septembre 2013 consid. 5).

Dans un arrêt récent 1C_601/2022 du 9 juillet 2024,
le Tribunal fédéral s'est penché sur la conformité à l'art. 23d al. 2 let. b
LPN du remplacement des lames de bois composant la terrasse d'un cabanon de
vacances. Dans ce cadre, il a tout d'abord rappelé que la garantie
constitutionnelle de la propriété (art. 26 Cst.) permet de conserver les
constructions et installations légalement érigées - dans le cadre de leur durée
de vie normale - et d'effectuer les travaux d'entretien nécessaires. Cette
garantie inclut tous les travaux d'entretien (réparations) et de modernisation
(rénovations), dans la mesure où l'étendue, l'apparence, la destination et la
valeur de l'installation restent inchangées. En revanche, les mesures visant à
accroître le confort ou à embellir les pièces, à améliorer l'éclairage ou à
raccorder des équipements de bureau n'en font pas partie (consid. 5.3). Dans le
cadre de l'art. 23d LPN, les notions d'entretien et de rénovation, qui sont
expressément autorisées par la loi, doivent être interprétées de manière
restrictive et limitées à l'essence des droits acquis garantis par la
Constitution (consid. 5.4). Le Tribunal fédéral précise ensuite que, dans le
cas d'une terrasse en bois, l'application d'un produit de protection du bois
serait à qualifier de simple entretien. En revanche, le fait de remplacer ne
serait-ce que quelques planches pourries par de nouvelles planches constitue
une étape vers la rénovation. Le remplacement de l'entier des lames de la
terrasse, même au-delà des simples planches pourries, constitue un
renouvellement de la construction visant à exploiter sa durée de vie normale,
qui peut être autorisé. La rénovation trouve ses limites en particulier lorsque
les éléments porteurs d'une maison ou le toit sont renouvelés dans leur ensemble
ou de manière ciblée en plusieurs étapes afin de prolonger l'utilisation du
bâtiment au-delà de sa durée de vie normale (consid. 5.4). 

A ce propos, selon l'aide à l'exécution de l'OFEV
"Constructions et installations dans les sites marécageux"
(L'environnement pratique n° 1610, 2016), la rénovation d'un bâtiment ou d'une
installation équivaut à sa remise en état ou à son assainissement (énergétique
p. ex.). Volume, apparence générale et affectation ne doivent subir aucune
modification (p. 17). 

Toujours selon la jurisprudence, l'interdiction
constitutionnelle d'aménager des installations ou d'en modifier le terrain dans
les sites marécageux d'importance nationale est immédiatement applicable (ATF
139 II 243 consid. 10.7; 127 II 184 consid. 5b/aa; 123 II 248
consid. 3a/aa) et impérative: elle n'autorise pas à procéder
dans chaque cas particulier à une pesée des intérêts entre cette interdiction
constitutionnelle et d'autres intérêts. Cela signifie que si un projet est
contraire aux objectifs de protection, il est inadmissible indépendamment du
poids des autres intérêts en jeu (ATF 138 II 281 consid. 6.2 et 6.5; 127
II 184 consid. 5b, et les références citées; 1C_515/2012 du 17
septembre 2013 consid. 5.4). La protection fédérale des sites
marécageux prime le droit cantonal et les plans d'aménagement cantonaux
(art. 49 al. 1 Cst.), même lorsque ceux-ci ont été adoptés sous l'empire
de la LAT (ATF 127 II 184 consid. 5b/aa; cf. aussi arrêt 1C_489/2011
du 21 juin 2012 consid. 2.1). Ces règles du droit fédéral
s'imposent donc aux cantons qui ne peuvent pas prévoir, dans leur
réglementation (loi cantonale, plan d'affectation cantonal ou communal),
d'autoriser des constructions dans un site marécageux qui ne correspondraient
pas aux exigences de l'art. 23d LPN (art. 46 al. 1 Cst.; ATF
127 II 184 consid. 5b/aa).

De la comparaison avec les prescriptions de l'art.
24c al. 2 LAT, il ressort que, dans le cadre de l'art. 23d LPN, n'entrent en
considération ni un changement partiel de la construction existante
(agrandissement ou modification partielle de son but), ni une reconstruction.
La protection des sites marécageux d'une beauté particulière prévoit donc une
garantie de la situation acquise plus restreinte que celle de l'art. 24c al. 2
LAT et se limite à la conservation de la substance au moyen de l'entretien
(régulier) et de la rénovation (sous forme des mesures nécessaires au maintien
de la construction et à sa modernisation dans le cadre de sa durée de vie
normale) (Keller, Commentaire LPN, op. cit., n. 14 ad art. 23d LPN).

c) En l'espèce, la parcelle litigieuse s'inscrit
dans l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et
d'importance nationale des Grangettes (ISM, objet n° 289), dont la
description est la suivante: 

"Formé sur le delta du Rhône,
à son embouchure dans le lac Léman, le site des Grangettes est le dernier
témoin de l'immense paysage marécageux qui s'étendait autrefois dans la majeure
partie de la vallée du Rhône. Il constitue néanmoins une des plus grandes
régions marécageuses de ce type en Suisse et représente le dernier site
d'importance nationale sur un delta lacustre au nord des Alpes. Une part
importante figure à l'inventaire des zones alluviales d'importance nationale.

Les bas marais et les forêts
riveraines occupent pratiquement toute la rive. Vers l'intérieur, ils sont
remplacés par de vastes forêts alluviales, des bas marais et des cordons boisés
signalant les anciens bras du fleuve. Le Vieux Rhône en est le principal
exemple; traversant tout le site, il présente des stades d'atterrissement
variables selon les secteurs. Ces bras morts rappellent l'ancienne dynamique
naturelle du delta.

Les bas marais offrent une grande
diversité : tous les types de végétation propres à ces milieux sont
représentés, de la roselière au bas marais acide. Une partie des marais,
notamment le vaste ensemble du Gros Brasset, est entretenu comme pré à litière.
Durant ce siècle, les forêts humides, naturelles ou non (plantation de
peupliers), se sont développées de manière importante, au détriment des marais.
Le potentiel de revitalisation de la zone alluviale demeure cependant grand.

Les étangs, canaux et gouilles
dispersés dans le site contribuent à sa diversité, tant au niveau paysager que
biologique. Des bosquets, souvent humides, ponctuent certains terrains
agricoles, de même que des restes de marais et forêts marécageuses, en particulier
aux Saviez, à Perrausa et au Clos de la Delèze.

Des terres agricoles (production
maraîchère, maïs, betteraves, etc.), quelques vergers, des pâturages, des
friches et des étangs de gravières caractérisent le site. Le hameau des
Grangettes et quelques constructions agricoles (ferme de Perrausa, ancienne
ferme de l'Essert) participent à la structure du paysage. 

Malgré les atteintes subies au
cours du temps (endiguement du Rhône, drainage, boisements artificiels,
extension des cultures, etc.), le site des Grangettes représente pour la flore
et la faune un milieu unique, d'une valeur exceptionnelle. Il sert de refuge à
de nombreuses espèces rares ou menacées, dont la survie dépend de la protection
du site. C'est également une réserve d'importance nationale et internationale
pour les oiseaux d'eau et les migrateurs (OROEM, convention de Ramsar)."

Il convient donc d'examiner si la construction
litigieuse respecte les conditions de l'art. 23d LPN applicable aux sites
inscrits dans l'ISM. 

d) Le hangar litigieux ne poursuit pas un but
d'exploitation agricole ou sylvicole ni ne constitue une mesure visant à
protéger l'homme contre les catastrophes naturelles. Les cas prévus à l'art.
23d al. 2 let. a, c et d LPN ne sont donc manifestement pas applicables à la
présente situation. 

Le hangar à bateaux litigieux constitue une nouvelle
construction, érigée entre 2015 et 2017, sur la base des décisions qui font
l'objet du recours. On ne saurait considérer qu'il s'agit d'une rénovation ou
de l'entretien d'une construction existante qui pourraient cas échéant être
autorisés sur la base de l'art. 23d al. 2 let. b LPN au bénéfice de la
situation acquise. Ce bâtiment ne peut par ailleurs pas être considéré comme un
cas de reconstruction d'un bâtiment existant, puisqu'il a été érigé en remplacement
d'un hangar de même dimension mais situé initialement à un autre endroit. Quoi
qu'il en soit, le Tribunal fédéral a considéré que la reconstruction n'était
pas couverte par le libellé de l'art. 23d al. 2 LPN, le législateur ayant
voulu limiter la garantie de la situation acquise dans les sites marécageux à
la conservation de la substance proprement dite dans le cadre de la durée de
vie normale d'une construction (arrêt 1C_515/2012 précité, consid. 5.6). A cet
égard, on observe que l'art. 23d LPN est plus restrictif que l'art. 24c al. 2
LAT. La construction litigieuse a été motivée par le but économique de la constructrice
et ne sert pas à la protection du site marécageux (art. 23d LPN) ni ne poursuit
un but d'importance nationale (art. 5 al. 2 let. d OSM). Le bâtiment ne
correspond en outre pas à une occupation typique et traditionnelle du site
marécageux des Grangettes. Si, selon le descriptif de l'ISM, le hameau
participe avec les constructions agricoles présentes sur le site à la structure
du paysage et qu'il résulte de l'IFP n° 1502 que seuls les petites granges
ou chalets des anciens prés marécageux, où l'on fauchait l'herbe dure comme
litière, sont mentionnés au titre de constructions traditionnelles du site
(IFP, ch. 2.4), le site du chantier naval n'est pas même évoqué dans le
descriptif de l'ISM ni dans celui de l'IFP. Or, selon le Tribunal fédéral, les
constructions et installations qui ne servent pas à la protection des biotopes
et qui ne font pas partie des éléments caractéristiques du paysage marécageux
constituent en principe une atteinte à la beauté du paysage (art. 4 al. 1 let.
a OSM; TF 1C_515/2012 du 17 septembre 2013 consid. 5.6). Tout au plus
pourrait-on considérer que les bâtiments historiques du hameau, qui existaient
au moment de l'inventaire de l'objet, contribuent à la structure
caractéristique décrite. Le nouveau bâtiment du chantier naval n'en fait pas
partie, bien que le chantier préexistât pourtant à l'ISM, dans lequel il n'a
toutefois pas été mentionné. 

Dans ces conditions, la construction litigieuse
s'oppose à l'interdiction de bâtir consacrée par les art. 78 al. 5 Cst. et 23d
LPN dans les sites marécageux d'importance nationale. Contraire aux objectifs
de protection, elle n'aurait donc pas dû être autorisée, indépendamment des
autres intérêts en jeu. 

6.                     
A cela s'ajoute que la construction litigieuse entre en conflit avec la
protection découlant des autres inventaires régissant le périmètre, tel que
cela découle des considérations qui suivent.

a) Selon l'art. 18 al. 1 LPN, "la disparition
d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien
d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres
mesures appropriées". La notion de biotope est ainsi juridiquement définie
par cette disposition comme un "espace vital suffisamment étendu"
(sur cette problématique, voir Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en
droit suisse, thèse de l'Université de Lausanne, 2008, ch. 1.2 p. 8 ss et 1.3
p. 20 notamment). L'al. 1bis de l'art. 18 LPN introduit - de
manière exemplative - la notion plus restrictive de biotope "digne de
protection" dans les termes suivants: "il y a lieu de protéger tout
particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations
végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et
autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des
conditions particulièrement favorables pour les biocénoses." 

S'agissant des mesures générales de
sauvegarde des biotopes dignes de protection, l'art. 18 al. 1ter LPN
dispose que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes
d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte
doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure
protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat
(voir aussi l'art. 14 al. 7 OPN). Selon la lettre
de l'art. 18 al. 1ter in fine LPN, la pesée des intérêts doit
être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues,
celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est
inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al.
1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au
biotope (1ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts
soit effectuée (2e étape). Si, sur cette base, le biotope ne
l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il
faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le
remplacement adéquat (3e étape) (arrêt TF 1C_182/2022 du 20 octobre
2023 consid. 11.1). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en
ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade
de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la
situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Sidi-Ali, op.
cit., p. 123). 

La protection des
biotopes n'a ainsi pas de caractère absolu: ils sont soumis à une pesée des
intérêts qu'ils n'emportent pas aveuglément (Sidi-Ali, op. cit., ch.
3.1.4.2 p. 119 et la référence citée, soit Arnold Marti, Das Schutzkonzept
des Natur- und Heimatschutzgesetzes auf dem Prüfstand, in RSJ 2008 p. 81 ss,
spéc. p. 84 ss; Fahrländer, Commentaire LPN, 2e éd.,
Zurich/Bâle/Genève 2019, n. 28 ad art. 18a LPN). Dans la pesée des intérêts,
l'appréciation doit intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause;
l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de
valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non,
l'atteinte d'ordre technique pouvant donc plus facilement être admise sur une
parcelle constructible (TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1;
Sidi-Ali, op. cit., p. 105).  

b) Si l'art. 18 LPN instaure une
protection générale, l'art. 21 LPN introduit en sus une protection spéciale -
accrue - en faveur de la végétation des rives. Cette disposition précise ainsi
que la végétation des rives (roselières et jonchères, végétation
alluviale et autres formations végétales naturelles riveraines) ne doit pas
être essartée ni recouverte ou détruite d’une autre manière (al. 1). Dans la
mesure du possible, les cantons veillent à ce que les rives soient
couvertes d’une végétation suffisante ou du moins à ce que soient réalisées les
conditions nécessaires à son développement (al. 2). S'agissant des exceptions
possibles à l'interdiction de défrichement prévue à l'art. 21 al. 1 LPN, l'art.
22 LPN dispose notamment que l'autorité cantonale compétente peut autoriser la
suppression de la végétation existant sur des rives dans le cas de projets qui
ne peuvent être réalisés ailleurs et qui ne contreviennent pas à la législation
en matière de police des eaux et de protection des eaux (al. 2). 

c) La législation fédérale contient également des
prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés
comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN,
art. 16 et 17 OPN), les cantons devant cependant
aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance
régionale et locale (art. 18b LPN).

Aux termes de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription
d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que
l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé
le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de
remplacement adéquates. 

Il ne peut être garanti à un propriétaire d'utiliser
la totalité des possibilités de construire découlant du règlement communal des
constructions en présence d'un biotope, même d'importance régionale (TF
1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.2.3).

d) L'OBat a été adoptée en application des art. 18a
al. 1 et 3 LPN. L'OBat distingue les objets fixes et les objets itinérants
(art. 1 al. 2). Selon l'art. 2 OBat, les objets fixes comprennent le plan d'eau
de reproduction et des surfaces naturelles et quasi naturelles attenantes
(secteur A) ainsi que d'autres habitats terrestres et corridors de migration
des batraciens (secteur B). Il appartient aux cantons de fixer les limites
précises des objets fixes (art. 5 al. 1 OBat). Les cantons disposent d'un délai
de sept ans pour s'exécuter (art. 9 OBat). Tant qu'ils n’ont pas pris de
mesures de protection et d’entretien, ils veillent, par des mesures immédiates
appropriées, à ce que l’état des objets fixes ne se détériore pas et à ce que
la fonctionnalité des objets itinérants soit conservée (art. 10 OBat). Si la
délimitation n'a pas encore eu lieu, l’autorité cantonale prend, sur demande,
une décision de constatation de l’appartenance d’un bien-fonds à un objet
protégé (art. 5 al. 3 OBat). 

En vertu de l'art. 6 OBat, étant donné qu’ils
constituent des sites de reproduction appropriés et de qualité pour les
batraciens et qu’ils servent de points d’appui garantissant aux espèces de
batraciens menacées une survie à long terme et une possibilité d’expansion
future, les objets fixes doivent être conservés intacts et la fonctionnalité
des objets itinérants doit être préservée (al. 1). La protection vise en particulier
à conserver et à valoriser:
l’objet en tant que site de reproduction de batraciens (let. a); les
populations de batraciens qui donnent à l’objet sa valeur (let. b); l’objet en
tant qu’élément du réseau de biotopes (let. c) (al. 2). Si la conservation et la
valorisation des populations de diverses espèces de batraciens s’excluent, les
priorités définies dans la description des objets sont applicables (al. 3).
L'art. 7 OBat fixe les dérogations possibles aux buts de protection. Pour les
objets fixes, de telles dérogations ne sont admises que pour des projets dont
l’emplacement s’impose par leur destination et qui servent un intérêt public
prépondérant d’importance nationale également. Celui qui déroge aux buts de la
protection doit être tenu de prendre toutes mesures possibles pour assurer la
protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L'art. 11
OBat prescrit que les cantons veillent, chaque fois que l’occasion se présente,
à ce que les atteintes déjà portées à l’objet soient réparées dans la mesure du
possible. 

Les sites de reproduction des batraciens sont aussi
considérés comme des biotopes. A ce titre, leur protection n'est pas absolue et
est soumise à une pesée des intérêts en présence (Fahrländer, op. cit., n. 29
ad art. 18a LPN). 

Selon le Guide d'application de l'IBN publié par
l'OFEFP en 2002, dans le secteur A, la protection de la nature est strictement
prioritaire par rapport aux autres utilisations (p. 14). Le secteur B
correspond quant à lui essentiellement à des surfaces agricoles et forestières
et remplit diverses fonctions, en particulier celles de premier habitat
terrestre, de couloir de déplacement et de zone-tampon; il peut être inclus
dans une zone de protection paysagère qui le préserve des atteintes
consécutives à de nouvelles constructions (p. 14). Outre les plans d'eau, les
habitats terrestres sont également importants; les surfaces inexploitées avec
des cachettes, les surfaces agricoles extensives et les boisements naturels
fournissent de bons habitats terrestres aux amphibiens (p. 23). 

7.                     
L'art. 1er al. 1 let. a de la loi fédérale du 20
juin 1986 sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages
(loi sur la chasse, LChP; RS 922.0) prévoit que la diversité des espèces et
celle des biotopes des mammifères et oiseaux indigènes et migrateurs vivant à
l'état sauvage doit être conservée. L'art. 11 LChP prescrit dans ce but que le
Conseil fédéral, après avoir consulté les cantons, délimite des réserves de
sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale (al. 1).
D’entente avec les cantons, il délimite des districts francs fédéraux ainsi que
des réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance nationale (al.
2). Le Conseil fédéral édicte les dispositions concernant la protection dans
les réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale
et nationale, ainsi que dans les districts francs fédéraux (al. 6). 

Dans les réserves d'oiseaux d'eau et migrateurs, il
s'agit notamment de ne pas déranger, traquer ou attirer hors de la zone les
animaux, selon l'art. 5 al. 1 let. b de l'ordonnance du 21 janvier 1991 sur les
réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et
nationale (OROEM; RS 922.32). L'art. 6 OROEM prévoit que, dans
l’accomplissement de leurs tâches, la Confédération et les cantons veillent à
assurer la prise en compte de la protection visée par les réserves d’oiseaux
d’eau et de migrateurs. Dans le cas particulier où d’autres intérêts sont en
jeu, la décision sera prise sur la base d’une appréciation de tous les intérêts
(al. 1). Les réserves d’oiseaux d’eau et de migrateurs doivent être prises en
considération lors de l’élaboration de plans directeurs et de plans
d’affectation (al. 2). D'autres dispositions visant en particulier la
protection des biotopes prévue aux art. 18 ss LPN sont réservées (al. 3).

Selon la jurisprudence, la mise en œuvre de la
protection des oiseaux d'eau et migrateurs doit faire l'objet d'une pesée
d'intérêt (ATF 145 II 70 consid. 6.5-6.8). Les prescriptions applicables à un
site constituant une réserve d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance
internationale doivent être coordonnées avec d'autres mesures de protection
fondées sur les art. 18 ss LPN, qu'elles n'excluent nullement (TF 1A.46/2005 du
23 juin 2005 consid. 4). 

8.                     
a) aa) Dans le cas présent, la parcelle n° 883 s'inscrit à
l'intérieur du périmètre de l'inventaire fédéral des sites de reproduction de
batraciens d'importance nationale (IBN, objet VD21: Les Grangettes; secteur A
au sud de la parcelle et secteur B au nord de la parcelle) depuis 2001. La
partie concernée par les constructions litigieuses se situe en secteur B. Selon
cet inventaire, huit catégories d'amphibiens font l'objet d'un peuplement
décrit comme allant d'une taille moyenne à une très grande taille dans la zone.

La municipalité semble
vouloir tirer argument du fait que la parcelle litigieuse n'a été classée à
l'inventaire cantonal des sites de reproduction de batraciens que le 1er
novembre 2017, de sorte que les limites précises des objets fixes protégés par
l'inventaire fédéral n'auraient pas pu être définies avant cette date. En
réalité, on observe que la délimitation des secteurs A et B de l'inventaire
cantonal est identique à celle fixée par l'IBN et que la partie construite de la
parcelle litigieuse se situe clairement à l'intérieur du secteur B, de sorte
que le canton a confirmé le bien-fondé des délimitations posées par l'IBN. A ce
sujet, le Tribunal fédéral a de toute façon jugé que l'absence de délimitation
précise par le canton, alors que celui-ci était tenu de le faire au maximum
dans les sept ans dès l'adoption de l'inventaire fédéral (délai que le canton
de Vaud n'a au demeurant pas respecté en l'espèce), n'avait pas d'incidence sur
le fait que l'examen de l'autorisation litigieuse devait se faire sous l'angle
des buts de protection de l'art. 6 OBat puisque la parcelle se situait dans le
périmètre de l'IBN (ATF 146 II 376 consid. 4.4-4.5). 

Les autorités communale et cantonales et la
constructrice considèrent que l'environnement naturel a dûment été pris en
compte. La constructrice requiert par ailleurs la mise en œuvre d'une expertise
tendant à démontrer d'une part qu'en éloignant un bâtiment de la lisière
forestière et du chenal (Vieux-Rhône), elle n'avait en aucun cas pu péjorer la
situation qui prévalait et avait au contraire amélioré le cheminement des
batraciens, qui n'ont plus à traverser une zone de travail située entre deux
bâtiments, et d'autre part que le fait que la surface entourant les bâtiments
est presque entièrement recouverte de gravier est favorable au déplacement
terrestre des batraciens.

bb) Le secteur protégé par l'IBN est ici caractérisé
par de grandes populations d'amphibiens, notamment de crapauds communs, de
grenouilles rousses, de tritons alpestres et de sonneurs à ventre jaune. Contrairement
à ce que soutient la municipalité, les objets fixes ne sont pas constitués que
des plans d'eau, mais aussi des surfaces naturelles et quasi naturelles
attenantes (art. 2 OBat). La construction du hangar litigieux a réduit ou à
tout le moins modifié la surface terrestre mise à disposition des amphibiens
pour leurs déplacements, compte tenu de la suppression d'une surface identique
à l'ouest, et ce même si la surface concernée était déjà recouverte de graviers
et n'était donc plus entièrement naturelle. Cette modification est contraire au
but de conservation intact des objets fixes prescrit par l'art. 6 al. 1 OBat.
Qui plus est, la surface occupée par l'ancien hangar est restée artificielle.
Or l'OFEV a relevé en audience que les jeunes batraciens sont particulièrement
sensibles, lorsqu'ils quittent les zones de ponte vers le mois de juin, à un
microclimat défavorable comme celui des places asphaltées et recouvertes de
gravier en plein soleil. Au surplus, une fois de plus, la construction du
hangar ne sert pas un intérêt public d'importance nationale de sorte qu'elle ne
pourrait de toute façon pas être autorisée dans la pesée préstructurée des
intérêts prescrite par l'art. 7 OBat.

cc) Vu que le recours doit de toute manière être
admis pour les motifs développés ci-dessus sous consid. 4 et 5, il n'y a pas
lieu de donner suite à la requête de la constructrice tendant à la mise en
œuvre d'une expertise relative à la protection des batraciens en lien avec
l'éloignement du bâtiment de la lisière forestière et du chenal (suppression du
bâtiment ECA n° 220 au profit de l'agrandissement du bâtiment ECA
n° 394) et avec la couverture en gravier de la surface entourant les
bâtiments.

b) La parcelle litigieuse s'inscrit en outre dans le
périmètre de l'inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs
d'importance internationale et nationale (IROEM, objet n° 8: Les
Grangettes). 

Le périmètre de cet inventaire fédéral s'étend sur
toute la partie est du Haut Lac Léman jusqu'à hauteur de Saint-Gingolph au sud
et de Saint-Saphorin au nord. Au sud, la réserve couvre également les terres
émergées autour de l'embouchure du Rhône jusqu'à plusieurs centaines de mètres
de la rive. Elle est caractérisée par une vaste surface d'eau, par des zones
humides étendues et des forêts alluviales dans le delta du Rhône. De très
nombreux oiseaux d'eau et limicoles passent chaque année l'hiver dans la zone.
La réserve a pour objectif de protection la conservation de zones de
tranquillité pour le séjour et l'alimentation de l'avifaune, en particulier
pour les oiseaux d’eau migrateurs et les limicoles, et la conservation du site
en tant que lieu de reproduction et de mue pour les oiseaux d'eau et en tant
que biotope diversifié pour les oiseaux et les mammifères sauvages. 

Comme l'a relevé l'OFEV lors de l'audience, le
nouveau bâtiment est implanté plus près du bas-marais, situé juste au nord; de
ce fait, il peut réduire la surface disponible pour certains oiseaux, qui ne
nichent par exemple pas à moins de 50 m d'un bâtiment. La lumière et les
activités émanant du bâtiment constituent par ailleurs un dérangement pour les
oiseaux. Enfin, le vol de certaines espèces peut être affecté par la hauteur du
bâtiment. Qui plus est, il ne ressort pas de la décision entreprise et de la
synthèse CAMAC qu'une pesée des intérêts aurait été faite sur la base de l'art.
6 al. 1 OROEM. En particulier, ni l'une ni l'autre ne relève que la parcelle
concernée est inscrite à l'inventaire IROEM. 

9.                     
La garantie de la propriété (art. 26 Cst.) n'est pas absolue et doit ici
céder le pas devant les intérêts contraires à la sauvegarde du site marécageux,
qui accueille notamment amphibiens et oiseaux d'eau. L'interdiction de
construire un nouveau hangar dans le cadre de l'exploitation d'un chantier
naval constitue par ailleurs une mesure appropriée, nécessaire et proportionnée
pour remédier à l'aggravation de l'atteinte au site marécageux.

Au final, pour tous les motifs qui précèdent et en
raison de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 49 Cst.), l’existence
d’une planification cantonale autorisant la construction sur la parcelle en
question n’a pas d’incidence sur le résultat de l’examen des conditions légales
applicables au site marécageux protégé et à ses biotopes. Il en résulte que les
planificateurs communal et cantonal n'avaient pas adéquatement tenu compte des
intérêts en présence pour élaborer le PPA du Port de plaisance et du Chantier naval.
C'est ainsi en violation de l'art. 78 al. 5 Cst., de ses dispositions
d'application, en particulier l'art. 23d LPN, et de celles régissant les
inventaires fédéraux pertinents que le permis de construire contesté a été
délivré. Il en résulte que la construction litigieuse est matériellement
illégale, qu'elle n'aurait pas dû être autorisée et que le permis de construire
doit être annulé. 

10.                  
En vertu de l'art. 7 al. 6 in fine LChP, lorsque des projets
affectent des zones protégées d’importance internationale et nationale, il y a
lieu de demander le préavis de l’Office fédéral de l’environnement. Selon
l'OFEV, cette disposition ne s'adresse pas qu'aux autorités fédérales dans la
mesure où cette obligation découle déjà de l'art. 62a al. 1 de la loi fédérale
du 21 mars 1997 sur l’organisation du gouvernement et de l’administration
(LOGA; RS 172.010). L'art. 6 al. 1bis OROEM prévoit en outre que,
lorsque des autorités fédérales autres que l'OFEV sont compétentes pour
l’exécution, la collaboration de ce dernier est régie par les art. 62a
et 62b LOGA. Les autorités communale et cantonale auraient donc violé
l'obligation de consulter l'OFEV dans le cadre de la procédure d'autorisation
de construire concernée. Au vu du sort du recours, la question de la violation
de l'art. 7 al. 6 LChP peut toutefois rester ouverte. 

11.                  
L'OFEV conclut encore à ce que soit ordonné le rétablissement de l'état
conforme à la loi. La municipalité, la DGE, la DGTL, ainsi que la propriétaire
s'y opposent, arguant du fait que cela violerait le principe de la
proportionnalité et de la bonne foi.

Le présent recours est dirigé contre les décisions
spéciales cantonales du 15 juillet 2015 et l'autorisation de construire
délivrée le 23 juillet 2015, dont on a vu qu'elles étaient illégales et doivent
donc être réformées. Ces décisions, seuls objets du recours, ne portent pas sur
la question de la remise en état des installations litigieuses. Selon le
principe de l’unité de la procédure, ne peuvent être examinés et jugés par le
Tribunal en principe que les rapports juridiques à propos desquels l’autorité administrative
s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la lie sous forme de décision.
L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité de recours, mais pas
étendu, ni modifié (art. 79 LPA-VD applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD;
ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365). Dans ces conditions, l'examen des
conséquences de l’annulation du permis de construire, en particulier sous
l'angle de la bonne foi des constructeurs et de la proportionnalité d'une
remise en état sortent du cadre de la contestation et le Tribunal ne peut
examiner cette question dans le présent arrêt. Contrairement à ce que semble
soutenir l'OFEV, l'art. 8 OSM en particulier, qui prévoit que les cantons
veillent à ce que les atteintes déjà portées à des objets soient réparées le mieux
possible chaque fois que l’occasion s’en présente, ne permet pas de parvenir à
une autre conclusion.

Par conséquent, la question de la remise en état
devra être examinée ultérieurement par l'autorité cantonale compétente. 

12.                  
Il résulte des considérants qui précèdent que le recours est irrecevable
s'agissant du plan partiel d'affectation. Concernant les décisions portant sur
l'autorisation de construire, le recours est admis et conduit à la réforme des
décisions attaquées en ce sens qu'aussi bien les autorisations cantonales
spéciales que l'autorisation de construire municipale ne sont pas délivrées. La
conclusion tendant à la remise en état est irrecevable. 

Selon les art. 49 al. 1 et 55 al. 2 LPA-VD, les
frais et les dépens sont en principe mis à la charge de la partie qui succombe.
D'après la jurisprudence en la matière, lorsque la procédure met en présence,
outre le recourant et l'autorité intimée, une ou plusieurs autres parties dont
les intérêts sont opposés à ceux du recourant, c'est en principe à cette partie
adverse déboutée, à l'exclusion de la collectivité publique dont la décision
est annulée ou modifiée, d'assumer les frais et dépens (CDAP AC.2015.0296,
AC.2015.0297 du 8 février 2017 consid. 9 et les références). Dans le cas
présent, l'OFEV n'obtient que partiellement gain de cause puisque deux de ses
conclusions sont déclarées irrecevables. Par conséquent, seul un émolument de
justice réduit de moitié sera mis à la charge de la constructrice, qui succombe
s'agissant de l'autorisation de construire. Le solde de l'émolument restera à
la charge de l'Etat puisqu'aucuns frais ne peuvent être exigés de la
Confédération (art. 52 al. 1 LPA-VD). Succombant partiellement, l'OFEV versera
des dépens réduits à la constructrice. La municipalité, dont la décision est
entièrement annulée, n'a pas droit à des dépens.

 

 

Par ces motifs

 la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

I.                      
Le recours déposé à l'encontre des décisions d'adoption du PPA
"Port de plaisance et du chantier naval" par la Commune de Noville le
26 septembre 2006 et d'approbation par le Département des institutions et des
relations extérieures le 17 avril 2007 est irrecevable. 

II.                     
Le recours déposé à l'encontre des décisions du Service du développement
territorial et de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et
paysage, du 15 juillet 2015 et de la décision de la Municipalité de Noville du
23 juillet 2015 est admis.  

III.                   
Par conséquent, les décisions du Service du développement territorial et
de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et paysage, du 15
juillet 2015 et la décision de la Municipalité de Noville du 23 juillet 2015
sont réformées en ce sens que les autorisations ne sont pas délivrées. 

IV.                   
La conclusion tendant à la remise en état est irrecevable dans la
présente procédure. 

V.                    
Un émolument de 1'500 (mille cinq cents) francs est mis à la charge de A.________.

VI.                   
L'Office fédéral de l'environnement versera à A.________ une indemnité
de 1'500 (mille cinq cents) francs à titre de dépens.

Lausanne, le 31 mars 2025

La
présidente:                                                                                          La greffière:

Le présent arrêt est communiqué
aux participants à la procédure mentionnés en tête de ce document ainsi
qu'à l'Office fédéral du développement territorial (ARE).

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa
notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000
Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des
articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS
173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss
LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,
indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.
Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.
Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,
pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la
décision attaquée.