# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** 3d7753cf-4189-5c71-8624-763cc75d6d1d
**Source:** Vaud (VD)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2025-03-31
**Language:** fr
**Title:** Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 31.03.2025 AC.2023.0428
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/VD_Omni/VD_TC_031_AC-2023-0428_2025-03-31.html

## Full Text

ic

  	
  TRIBUNAL CANTONAL

  COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

  
	
   

  	
  Arrêt du 31 mars 2025

  
	
  Composition

  	
  Mme Annick Borda, présidente;
  Mme Danièle Revey et M. Alain Thévenaz, juges; Mme Fabia Jungo,
  greffière. 

  

 

	
  Recourant

  	
   

  	
  Office fédéral de l'environnement
  OFEV, à Berne, 

  

   

	
  Autorités intimées

  	
  1.

  	
  Municipalité de Noville, représentée
  par Me Daniel GUIGNARD, avocat à Lausanne, 

  	 

	
   

  	
  2.

  	
  Direction générale du territoire et
  du logement, à Lausanne,

  

   

	
  Autorité concernée

  	
   

  	
  Direction générale de
  l'environnement (DGE-BIODIV), à Lausanne, 

  

   

	
  Constructeurs

  	
  1.

  	
  A.________, à ********,  

  	 

	
   

  	
  2.

  	
  B.________, à ********,  

  tous deux représentés
  par Me Jérôme REYMOND, avocat à Lausanne.   

  

   

 

	
  Objet

  	
  Permis de construire           

  
	
   

  	
  Recours Office fédéral de l'environnement c/ décision de
  la Municipalité de Noville du 8 février 2018 et toute décision de la Synthèse
  CAMAC du 30 janvier 2018 autorisant la transformation de la villa (ECA n°
  391) en deux appartements, démolition de 2 annexes et construction d'une
  nouvelle annexe sur la parcelle n° 892 (CAMAC 171954). 

  

 

Vu les faits suivants:

A.                    
A.________ et B.________ (ci-après: les constructeurs) sont tous deux
copropriétaires pour une demie de la parcelle n° 892 du registre foncier
de la commune de Noville. Selon les indications figurant actuellement au
cadastre, ce bien-fonds, d'une surface de 2'414 m2, supporte un
bâtiment d'habitation (123 m2; n° ECA 391), une annexe (32 m2;
n° ECA 823), le solde étant en nature de jardin (2'259 m2). Ce
terrain est situé dans la vaste zone des Grangettes formée par le delta du
Rhône à l'endroit de son embouchure dans le Lac Léman.

B.                    
Ce bien-fonds fait l'objet des mesures de protection suivantes:

-     
inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels
d'importance nationale (ci-après: IFP), objet n° 1502: Les Grangettes; 

-     
inventaire fédéral des zones alluviales d'importance nationale
(ci-après: IZA), objet n° 123: Les Grangettes;

-     
inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance
nationale (ci-après: IBN), objet VD21: Les Grangettes; 

-     
inventaire fédéral des sites marécageux d'une beauté particulière et
d'importance nationale (ci-après: ISM), objet n° 289: Les Grangettes;

-     
inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs
d'importance internationale et nationale (ci-après: IROEM), objet n° 8:
Les Grangettes;

-     
inventaire cantonal des monuments naturels et sites (ci-après: IMNS),
objet n° 183: Les Grangettes, les "Iles" du Rhône, forêts et
bosquets du secteur Crebelly-Dézaley;

-     
inventaire cantonal des zones alluviales d'importance nationale,
régionale et locale, objet n° 123: Les Grangettes;

-       inventaire
cantonal des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale,
régionale et locale, objet VD21 Les Grangettes.

C.                    
La parcelle n° 892 s'inscrit à l'intérieur du périmètre du plan
directeur cantonal des rives du Lac Léman, approuvé par le Grand Conseil le 7
mars 2000, et du plan d'affectation cantonal n° 291 – Commune de Noville –
Site marécageux de Noville, approuvé par le département compétent le 20 mai
1997 (ci-après: le PAC n° 291). 

D.                    
Le PAC n° 291, selon l'art. 1er de son règlement, regroupe,
coordonne et met en application l'ensemble des mesures de protection concernant
les marais et le site marécageux d'une beauté particulière et présentant un
intérêt national. Il a pour but de garantir la sauvegarde des biotopes, des
zones tampons et des biocénoses qui les caractérisent, de favoriser
l’amélioration des valeurs biologiques du site et la réparation des atteintes
qu’il a subies, de maintenir un paysage proche de l’état naturel et enfin de
permettre le maintien des activités humaines dans la mesure où celles-ci sont
compatibles avec les buts de protection. A cet effet, le
plan comprend plusieurs affectations distinctes du territoire, à savoir une zone
des biotopes protégés, une zone des prairies tampon, deux zones lacustres, une
zone agricole protégée, une zone de plage, une zone de port et du chantier
naval, une zone du camping, une zone des Fourches, une zone du hameau des Grangettes, des Territoires occupés par les constructions
isolées et leurs abords (ces six dernières affectations étant liées à des
activités humaines), ainsi que l'aire forestière. 

La parcelle n° 892 est colloquée dans les Territoires
occupés par les constructions isolées et leurs abords. Selon l'art. 13 du
règlement du PAC n° 291, les constructions isolées existantes et leurs
abords sont régis par la législation fédérale et cantonale applicable aux
constructions situées hors des zones à bâtir. La protection du site marécageux
doit être considérée comme un intérêt général essentiel (al. 1). D'éventuels
droits de superficie ou concessions réglant l'utilisation de ces constructions
ne peuvent être prolongés que si aucun intérêt public ne s'y oppose (al. 2).

Le PAC n° 291 bis, approuvé en parallèle le 20
juin 2002, règle les circulations dans le secteur du site marécageux de
Noville.

E.                    
A l'achat de la parcelle précitée par les constructeurs en octobre 2016,
celle-ci était construite d'une villa de trois niveaux habitables, à savoir un
rez-de-chaussée de plan carré intégrant un grand garage, surmonté d'un premier
étage d'une surface correspondant environ aux deux tiers du rez-de-chaussée, le
solde de la partie supérieure du rez-de-chaussée étant coiffé par une terrasse
couverte. Deux tiers du premier étage étaient encore surmontés d'un étage de
comble compris sous un toit à deux pans en éternit. Les façades de la villa
étaient en crépi de couleur rose et les volets verts pastel. La terrasse était
recouverte par deux couverts distincts hétéroclites et disgracieux, l'un
métallique, l'autre en bois, toute la construction présentant par ailleurs des
signes extérieurs de vétusté manifeste. Le bien-fonds était occupé par deux
constructions annexes, l'une située parallèlement à la maison à l'ouest servant
de local technique et l'autre se trouvant à l'angle sud-ouest de la parcelle,
constituant une ancienne remise en bois.

F.                    
Les constructeurs ont élaboré un avant-projet de modification de la
villa, selon des plans du 12 juin 2017. Le 13 septembre 2017, le Service du
développement territorial (SDT; actuellement la Direction générale du
territoire et du logement, DGTL) a préavisé négativement le rehaussement de la
toiture prévue par ce projet en raison du fait qu'il ne concourrait pas au
respect du bâtiment. 

G.                    
Après modification du projet, les constructeurs ont déposé le 9 octobre
2017 auprès de la Municipalité de Noville (ci-après: la municipalité) une
demande de permis de construire pour la transformation de la villa (n° ECA
391), la démolition de deux annexes (nos ECA B1018 et B1019) et
la construction d'une nouvelle annexe. Selon le formulaire de demande de permis
de construire, la surface bâtie était modifiée en ce sens que 31 m2
étaient supprimés et 41.85 m2 ajoutés, de sorte que la surface bâtie
passait de 146.8 m2 à 157.65 m2. La surface brute utile
des planchers consacrés au logement passait de 180.4 m2 à
248.85 m2. Le projet prévoyait le réaménagement des espaces
intérieurs du rez-de-chaussée et du premier étage; le garage existant au
rez-de-chaussée était transformé en pièces habitables. L'étage des combles
était entièrement détruit et reconstruit avec une surélévation du toit de 45 cm
(contre 114 cm selon l'avant-projet), la pente de celui-ci étant conservée à
l'identique. L'entier de la construction faisait l'objet d'une isolation
périphérique. Les couverts coiffant la terrasse du premier étage étaient
entièrement supprimés. La rambarde en béton protégeant la terrasse était
remplacée par une barrière en lames de bois verticales sur tout son pourtour et
celui de son prolongement sous forme de balcon en façade nord. Les deux annexes
existantes étaient démolies au profit de la construction d'une nouvelle annexe
à l'ouest de la villa dans un gabarit plus important que la précédente.

Le projet a été mis à l'enquête publique du 1er
au 30 novembre 2017. 

Le 30 janvier 2018, la Centrale des autorisations en
matière de construction (CAMAC) a rendu sa synthèse, dont il ressort que les
instances cantonales consultées ont délivré les autorisations spéciales
requises. En particulier, le SDT, Division Hors zone à bâtir (SDT/HZB2;
désormais Direction générale du territoire et du logement, DGTL), a procédé à
une analyse du projet sous l'angle de l'art. 24c de la loi fédérale du 22 juin
1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) et de l'art. 42 de
l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1). Il
a constaté que les bâtiments, aussi bien principal qu'annexes, étaient tous
trois antérieurs au 1er juillet 1972 et qu'aucun agrandissement de
la surface habitable n'avait été effectué jusqu'à ce jour. Il a conclu qu'aussi
bien les cadres qualitatif que quantitatif posés par ces articles étaient
respectés, de sorte qu'il a délivré l'autorisation requise. La Direction
générale de l'environnement, Direction des ressources et du patrimoine naturel,
Biodiversité et paysages (DGE/DRINA/BIODIV), a fait une brève analyse du projet
et considéré que sa réalisation n'exercerait pas d'effet négatif sur des
espèces ou des milieux naturels. Au vu de la sensibilité du site, plusieurs
points devaient néanmoins être pris en compte afin de garantir la protection
des écosystèmes environnants. Elle a donc délivré l'autorisation spéciale
requise, mais l'a subordonnée aux conditions suivantes:

						
						

"C1. Aucun élargissement ni revêtement imperméable du chemin d'accès ne
sont autorisés. Les bacs à fleur et les bordures en béton le long du chemin
d'accès seront supprimés et évacués. Aucun stationnement de véhicules le long
de la route n'est autorisé.

C2. La DGE-BIODIV constate que le
projet prévoit des barrières vitrées sur les terrasses. Les barrières vitrées
sont souvent des pièges mortels pour les oiseaux. Une attention particulière
sera portée pour éviter les collisions. Une brochure éditée par la Station Ornithologique
Suisse apporte les informations nécessaires à la prise en compte de cette
problématique : […]

La DGE-BIODIV demande que toutes
les mesures nécessaires pouvant éviter des collisions avec les oiseaux soient
prises.

C3. Aucun revêtement de terrasse
au sud de la maison (côté marais) ne sera mis en place. La remise en « herbe »
de cet espace est souhaitée.

C4. Aucune clôture ni éclairage
extérieur ne seront installés, ceci afin d'éviter d'entraver la libre
circulation de la faune.

C5. Des précautions particulières
doivent être prises pendant la phase de chantier. Pas de coulées de produits,
de stockage de déchets, aucun stockage de matériau dans les zones sensibles
(prairies tampons, marais…).

C6. L'entretien de la parcelle par
les propriétaires se fera préférentiellement de manière extensive (pas
d'engrais ni produits phytosanitaires, fauche tardive de surfaces de prairies
fleuries...).

C7. Aucun chat ne sera présent sur
la parcelle, ceci afin de préserver la petite faune.

CB. Les chantiers sont aujourd'hui
les sources de dispersion des plantes exotiques envahissantes les plus
importantes (renouées asiatiques, buddleja, solidages, etc.).

A la suite des travaux et pendant
3 ans, un contrôle doit être effectué par le maître d'ouvrage pour constater
qu'aucune plante exotique ne s'est développée sur les surfaces réaménagées. En
cas d'apparition de ces plantes, les travaux d'élimination seront entrepris à
la charge du maître de l'ouvrage.

(Prévention de la propagation des
plantes exotiques envahissantes conformément à l'art 15, al. 2, et art. 52, al.
1 de l'ODE, RS 814.911)."

Le projet a encore suscité la délivrance de quatre
autres autorisations cantonales spéciales par le Service de la sécurité civile
et militaire, Protection civile (DSS/SSCM/PCI), par l'Etablissement cantonal
d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels (ECA), par la Direction
des ressources et du patrimoine naturel, Ressources en eau et économie
hydraulique, Eaux souterraines – Hydrogéologie (DGE/DIREV/AUR), et enfin par la
Direction des ressources et du patrimoine naturel, Inspection cantonale des forêts
du 3ème arrondissement (DGR/DIRNA/FO03), la villa se situant à moins de 10
mètres de la forêt.

La municipalité a délivré le permis de construire
sollicité en date du 8 février 2018.

Le permis d'habiter définitif a été octroyé le 17
avril 2019.

H.                    
Le 6 juillet 2020, la Direction générale du territoire et du logement
(DGTL) a écrit aux constructeurs pour les informer que son attention avait été
attirée sur le fait que la villa était mise en location pour des séjours de
courte durée (séjours touristiques). Elle a considéré que cela ne constituait
pas un changement d'affectation et que cette activité n'était donc pas soumise
à autorisation; la mise en location de courte durée pour des séjours
touristiques sans offre de service particulier pouvait être assimilée à un
usage d'habitation et n'était pas considérée comme ayant un impact plus
important sur la zone à protéger qu'un usage du bâtiment en tant qu'habitation
à l’année. Elle a toutefois constaté que le garde-corps du balcon supérieur en
façade nord avait été réalisé en verre plutôt qu'en barreaux de bois et indiqué
que cet élément devrait être modifié.

I.                      
Le 26 septembre 2023, la Cour de droit administratif et public du
Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP ou la Cour) a communiqué à l'Office
fédéral de l’environnement (ci-après: l'OFEV) un arrêt par lequel elle
admettait un recours à l'encontre d’un ordre de la municipalité tendant à
l'éradication de plantations invasives et l'élagage d'arbres sur la parcelle n° 401
de Noville notamment (arrêt AC.2023.0035 du 25 septembre 2023). 

Le 4 octobre 2023, l'OFEV a
adressé un courriel à la municipalité, indiquant avoir appris qu'une villa
avait été érigée sur la parcelle n° 401 de la commune en 2015/2016, que
dite parcelle se trouvait dans un site marécageux d'importance nationale ainsi
que dans une zone alluviale d'importance nationale et qu'elle n'avait aucune trace
d'une communication ou d'une autorisation concernant cette parcelle dans ses
archives. Elle requérait ainsi que l'autorisation délivrée lui soit
communiquée.

La municipalité a transmis à l’OFEV l'autorisation
de construire correspondante le 9 octobre 2023. Le même jour, l'OFEV a pris
contact avec la DGE-BIODIV afin que lui soient transmis l'approbation du PPA
Hameau des Grangettes et l'autorisation spéciale, respectivement le préavis,
concernant la demande de permis de construire litigieux. Ces documents, ainsi
que des explications complémentaires, lui ont été remis le 10 octobre 2023.

Le 12 octobre 2023, l'OFEV a demandé à la
municipalité de lui transmettre tous les permis de construire délivrés au cours
des dix dernières années pour des constructions érigées au sein du site
marécageux des Grangettes. La municipalité a répondu à cette demande le 2
novembre 2023 en y joignant dix permis de construire, dont celui délivré le 8
février 2018 objet de la présente affaire. 

J.                     
Le 4 décembre 2023, l'OFEV a déposé un recours à la CDAP à l'encontre de
la décision d'octroi du permis de construire du 8 février 2018 et des
autorisations cantonales spéciales délivrées dans le cadre de la synthèse CAMAC
du 30 janvier 2018. Il a conclu à l'annulation de la décision municipale et des
autorisations spéciales et au rétablissement de l'état conforme à la loi.

Les constructeurs se sont brièvement déterminés le
30 janvier 2024. 

Le 5 mars 2024, la municipalité a déposé sa réponse,
concluant en substance à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son
rejet.

Les constructeurs ont répondu au recours le 24 avril
2024 et conclu à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet, le permis de
construire concerné étant confirmé, subsidiairement les travaux étant
régularisés.

Le 22 mai 2024, la DGE a
déposé sa réponse, se remettant à justice quant à la recevabilité du recours et
concluant, au fond, à son rejet. Le même jour, la DGTL a également déposé sa
réponse et conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.

Le 11 juillet 2024, l'OFEV a
déposé une réplique, confirmant les conclusions de son recours.

Les constructeurs ont déposé une duplique le 2
septembre 2024 et la municipalité le 26 septembre 2024.

La
Cour a tenu audience avec inspection locale le 11 février 2025. On extrait les
éléments suivants du compte rendu de cette séance:

"Il est constaté que le
bâtiment existant a fait l'objet de modifications esthétiques ainsi que d'un
léger rehaussement de sa toiture. Deux annexes du bâtiment, l'une au
nord-ouest, l'autre au sud-est, ont été démolies et remplacées par une nouvelle
annexe comprenant garage et local technique. Selon les propriétaires, les
combles existants abritaient deux chambres avant rénovation. A l'exception d'un
garage au nord-est (dans le corps du bâtiment) transformé en surface habitable,
aucun changement de l'affectation n'a été fait. Tous les murs d'origine ont été
conservés hormis la partie supérieure du mur au nord, qui est tombée lorsque le
toit a été enlevé. Les propriétaires montrent des photographies de l'état avant
les travaux, qu'ils produiront devant le tribunal. 

Les propriétaires expliquent avoir
destiné ce bâtiment au logement de leur famille mais qu'en raison de la
scolarité de leurs trois enfants et selon le souhait de ceux-ci, ils préfèrent
rester pour le moment domiciliés en ville. Le bâtiment comporte quatre chambres
et deux canapés-lits, permettant d'accueillir dix personnes. Un espace
indépendant se trouve au rez-de-chaussée, comportant notamment une petite
cuisine. Ils louent actuellement le bâtiment à des tiers au moyen de la
plateforme Airbnb - des statistiques pouvant être produites - et l'utilisent
eux-mêmes pour des séjours ponctuels; il est aussi mis à disposition des autres
membres de leur famille, en particulier les parents du propriétaire qui
utilisent fréquemment l'espace indépendant du rez. 

Au nord du bâtiment se trouve une
large place gravillonnée. Les propriétaires expliquent avoir enlevé les bacs de
béton se trouvant le long de l'allée d'accès et avoir gravillonné la place afin
de permettre le parcage de véhicules. Le Tribunal observe que cette place est
bien plus étendue que celle prévue sur les plans du projet tel qu'autorisé.

Au sud du bâtiment se trouve un
deck séparé du marais par une bande herbeuse. La terrasse coiffant le
rez-de-chaussée ainsi que celle au-dessus du 1er étage sont munies d'un
garde-corps en verre sur lequel sont appliqués deux autocollants anti-collision
d'oiseaux de taille réduite. 

La DGE relève qu'elle avait
expressément prohibé la création d'une terrasse au sud et que les garde-corps
en verre ne sont pas conformes; avec la DGTL, ces autorités expliquent avoir
autorisé un concept global, consistant en la rénovation avec un léger agrandissement
sous condition de supprimer les deux dépendances et qu'aucune terrasse ne soit
aménagée au sud. 

L'OFEV considère que le bâtiment
tel que rénové s'apparente à une nouvelle construction, alors que le droit
d'entretenir/rénover les bâtiments existants dans un site marécageux est limité
à la durée de vie de la construction. En outre, le bâtiment se trouve isolé au
milieu d'un site protégé et l'affectation en location va également à l'encontre
de la protection. Il ne s'agit pas d'un tourisme doux; le bâtiment est implanté
immédiatement à côté du marais et son utilisation engendre du bruit, des
mouvements de personnes et de véhicules ainsi que de la lumière, notamment. Ces
nuisances sont susceptibles d'être plus intenses en cas d'occupation par des
logeurs ponctuels dans un but de loisirs plutôt qu'en cas d'occupation
régulière par une seule famille.

Les propriétaires déclarent
sélectionner strictement leurs locataires, refusant désormais de louer la villa
à des groupes de jeunes. La municipalité confirme n'avoir jamais reçu de
plainte du voisinage ou des passants en lien avec l'occupation de cette maison."

Les parties se sont encore
déterminées sur le contenu du compte rendu d'audience respectivement le 3 mars
2025 (OFEV et municipalité), le 5 mars 2025 (constructeurs, qui ont encore
produit les photographies montrées à l'audience) et le 10 mars 2025 (DGTL et
DGE). Les constructeurs ont notamment précisé que l'annexe n'abritait pas un
garage mais un réduit, que le bâtiment était loué de manière irrégulière, qu'à
la place de la terrasse au sud se trouvait précédemment une dalle de béton bien
plus profonde, les travaux ayant conduit selon eux à une nette amélioration de
la situation, le nouvel état étant bien plus perméable, qu'ils avaient précisé lorsque
le Tribunal et les parties se trouvaient sur la terrasse qu'il n'y avait pas de
lumière nuisible et que la DGTL avait admis la location à des tiers par
décision du 6 juillet 2020, si bien que l'objet du recours ne pouvait être
étendu à la mise en location. 

Considérant en droit:

1.                     
Le recours est formé par l'OFEV et dirigé à l'encontre de plusieurs
actes distincts, à savoir la synthèse CAMAC comprenant les autorisations
spéciales délivrées par les instances cantonales le 30 janvier 2018, dont l'ancien
SDT et la DGE, et l'autorisation de construire rendue par la municipalité le 8
février 2018. Il y a ainsi lieu d'examiner la recevabilité du recours,
contestée tant par la municipalité que par la DGTL et les constructeurs. La DGE
s'en est remise à justice sur ce point.

2.                     
En premier lieu, il convient d'examiner la qualité pour recourir de
l'OFEV. 

a) En vertu de l'art. 49 al. 2 de la Constitution
fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), la
Confédération veille à ce que les cantons respectent le droit fédéral. 

Afin d'assurer l'exécution correcte et uniforme du
droit fédéral, le législateur a prévu, à l'art. 89 al. 2 let. a de la loi du 17
juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), qu'ont qualité pour
recourir devant le Tribunal fédéral notamment la Chancellerie fédérale, les
départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les
unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer
la législation fédérale dans leur domaine d'attribution. La doctrine précise à
cet égard que, sur la base de cette disposition, les offices fédéraux sont
habilités à recourir, mais que le droit fédéral doit le prévoir dans une loi ou
dans une ordonnance (cf. Aubry Girardin, Commentaire LTF, 3e éd.,
2022, n. 75 ad art. 89). En vertu de l'art. 111 al. 2 LTF, si une autorité
fédérale a la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, elle peut
recourir devant les autorités cantonales précédentes ou, pour autant qu'elle le
demande, participer à la procédure devant celles-ci.

Un office fédéral n'est admis à recourir que dans un
domaine qui relève de sa compétence. Le Tribunal fédéral a en particulier
considéré que le recours de l'Office fédéral de l’énergie (OFEN), qui
intervient hors d'un cas d'application de la loi fédérale du 30 septembre 2026
sur l’énergie (LEne; RS 730.0), doit être déclaré irrecevable (TF 1A.124/2005
du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4). De même, l'Office fédéral du développement
territorial (OFDT/ARE) n'a pas qualité pour recourir sur la base de l'art. 48
OAT lorsque c'est l'application du droit fédéral de la protection de
l'environnement qui est en jeu (Tanquerel, Le recours des offices fédéraux en
matière d'aménagement du territoire et d'environnement, in: Mélanges en
l'honneur de Pierre Moor: théorie du droit, droit administratif, organisation
du territoire, Berne 2005, p. 766).

b) D'après l'art. 12g al. 2 de la loi fédérale du 1er
juillet 1966 sur la protection de la nature et les paysages (LPN; RS 451),
intitulé "Recours des cantons et de l'office fédéral compétent",
l'office compétent a la qualité pour recourir contre les décisions cantonales
au sens de l'art. 12 al. 1 LPN et peut faire usage des voies de droit fédérales
et cantonales. 

Cette disposition est entrée en vigueur le 1er
juillet 2007; il s'agit en réalité d'une reprise du texte de l'ancien art. 12b al.
2 LPN, introduit le 1er février 1996 (FF 2005 5041, p. 5067).
Elle confère à l'office compétent le droit de recourir en matière de LPN sur
les décisions prises en exécution de tâches fédérales. Contrairement aux autres
lois fédérales instaurant un droit de recours des offices fédéraux dans le
domaine de l'environnement (voir art. 56 al. 1 de la loi fédérale du 7 octobre
1983 sur la protection de l’environnement [LPE; RS 814.01], art. 67a de la loi
fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux [LEaux; RS 814.20], art.
46 al. 2 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts [LFo; RS 921.0] et
art. 29 al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 2003 sur l’application du génie
génétique au domaine non humain [LGG; RS 814.91] qui prévoient que l'office
compétent est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par le
droit fédéral et le droit cantonal contre les décisions rendues par des
autorités cantonales en "application de la présente loi ou de ses
dispositions [ou: actes] d’exécution"), l'art. 12g al. 2 LPN
contient une formulation différente s'agissant des décisions concernées. Il
renvoie en effet aux décisions cantonales au sens de l'art. 12 al. 1 LPN, ce
qui indique que l'habilitation concerne exclusivement le recours contre les
décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les
art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (Grodecki/Pfeiffer, in Moor/Favre/Flückiger (éd.),
Loi sur la protection de l'environnement, Berne 2010, n. 9 ad art. 56 LPE).

L'art. 2 LPN définit ce qu'il faut entendre par
l'accomplissement d'une tâche de la Confédération au sens de l'art. 78 al. 2
Cst. Cet article n'est toutefois pas exhaustif. Selon une jurisprudence constante,
une tâche fédérale peut également exister lorsqu'une autorité cantonale a pris
une décision, par exemple lors de l'octroi d'une dérogation au droit de
l'aménagement du territoire selon l'art. 24 LAT (ATF 112
Ib 70 consid. 4b). L'autorisation de défrichement est expressément mentionnée à
l'art. 2 al. 1 let. b LPN (ATF 121 II 190 consid. 3c/cc). La protection
des biotopes selon les art. 18 ss LPN est une tâche fédérale confiée aux
cantons (ATF 133 II 220 consid. 2.2). Il en va de même pour l'autorisation
d'interventions techniques dans un cours d'eau selon les art. 8 ss de la loi
fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0) ou l'octroi
d'autorisations relevant du droit de la pêche (ATF 110 lb 160 consid. 2). Font
également partie des tâches fédérales la protection des eaux et la garantie de
débits résiduels convenables (TF 1C_262/2011 du 15 novembre 2012 consid. 1.1,
non publié dans: ATF 139 II 28), la protection des marais et des sites
marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (ATF 118 Ib 11
consid. 2e) ainsi que des mammifères et des oiseaux sauvages (ATF 136 II 101
consid. 1.1), même si ce sont les autorités cantonales ou communales qui
décident. La condition pour l'existence d'une "tâche fédérale" est
donc en premier lieu que la décision attaquée concerne une matière juridique
qui relève de la compétence de la Confédération et qui est réglée par le droit
fédéral.

Le droit de recours de l'OFEV est considéré comme
abstrait: il n'est pas nécessaire pour l'office concerné de démontrer un
intérêt particulier à contester la décision (ATF 136 II 359 consid. 1.2;
Keller, Commentaire LPN, 2ème éd. 2019, n. 5 ad art. 12g LPN, p.
359). Il permet par ailleurs à l'office de contester non seulement les
décisions cantonales de dernière instance, mais également celles des instances
inférieures. La qualité pour agir sur le plan cantonal n'est donc pas limitée à
la dernière instance et existe pour toutes les autorités cantonales précédentes
(Bovey, op. cit., n. 18 ad art. 111 LTF; Keller, op. cit., n. 7 ad art.
12g LPN, p. 359 s.; FF 1991 III 1151, p. 1157). Il s'agit toutefois d'une
faculté donnée à l'autorité fédérale, qui n'est pas obligée d'épuiser les
instances cantonales. Une renonciation à recourir devant une instance cantonale
ne privera pas l'autorité fédérale de son droit de recourir devant les instances
cantonales ultérieures ou devant le Tribunal fédéral. Par conséquent, l'office
n'a pas non plus d'obligation de participer à la procédure antérieure (ATF 136
II 359 consid. 1.2; 116 Ib 418 consid. 3h; voir aussi arrêt TF 1C_184/2021 du
23 septembre 2021 consid. 2.3; Tanquerel, op. cit., p. 772;
Bovey, op. cit., n. 22 ad art. 111).

Les art. 12g al. 2 et 12 al. 1 LPN ne mentionnent
que les décisions des autorités cantonales. Chaque canton est toutefois libre
d'organiser les compétences de ses autorités comme il l'entend. Dans le canton
de Vaud, l'art. 114 al. 1 de la loi du 4 décembre 1985 sur l’aménagement du
territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11) prévoit que la compétence de
délivrer les permis de construire appartient à la municipalité. L'intervention
de la commune dans ce domaine ne porte toutefois pas préjudice au droit des
autorités fédérales de recourir contre les décisions des autorités inférieures,
qu'elles soient communales ou cantonales (voir, pour la LPE: Grodecki/Pfeiffer,
op. cit., n. 15 ad art. 56 LPE).

c) Au niveau cantonal, selon l'art. 75 let. b de la
loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), a
qualité pour former recours toute autre personne ou autorité que la loi
autorise à recourir.

d) Il résulte de ce qui précède que l'OFEV, en tant
qu'office fédéral compétent pour l'exécution de la LPN en matière de protection
de la nature et du paysage (art. 23 al. 1 let. a et al. 2 de l'ordonnance
du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage [OPN; RS
451.1]), est l'office compétent au sens de l'art. 12g LPN pour se
plaindre des décisions cantonales et communales en cette matière (cf. ég. TF
1C_86/2020 du 22 avril 2021 consid. 6.1; Tanquerel, op. cit., p. 772). La
qualité pour recourir doit lui être reconnue même s'il n'a pas formé opposition
dans la procédure préalable aux décisions litigieuses. L'office intervient par
ailleurs dans des domaines recouvrant la définition de tâche de la
Confédération, singulièrement la protection des marais et des sites marécageux
d'une beauté particulière et d'importance nationale, ainsi que des mammifères
et des oiseaux sauvages. La qualité pour recourir à l'encontre des actes
attaqués doit partant lui être reconnue.

3.                     
Il convient ensuite d'examiner si l'OFEV pouvait encore contester dans
son recours des actes qui étaient datés de plus de sept ans (permis de
construire et synthèse CAMAC) au moment du dépôt du recours. 

A ce sujet, l'OFEV se prévaut de l'absence totale de
notification des actes litigieux, qui ne lui auraient été communiqués qu'à sa
demande le 2 novembre 2023, en violation en particulier des art. 24g LPN et 27
al. 2 let. e et f OPN. Il convient dès lors de se pencher sur l'existence d'une
obligation de notification. 

a) aa) Selon l'art. 95 al. 1 LPA-VD, le recours au
Tribunal cantonal s'exerce dans les 30 jours dès la notification de la décision
ou du jugement attaqués. 

La
question du respect du délai de recours et de ses conséquences dépend
directement de l'existence d'une obligation des autorités de notifier leurs
décisions. En l'absence d'obligation de communiquer les décisions
cantonales des instances inférieures à l'OFEV, il ne serait pas admissible
d'admettre un recours de l'OFEV après l'écoulement du délai de recours cantonal
ordinaire, quand bien même l'office ne se serait pas vu notifier la décision (Grodecki/Pfeiffer,
op. cit., n. 31 ad art. 56 LPE; Loretan, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, 2e
éd., Zurich 1996, état mars 2002, n. 16 ad art. 56 LPE).

bb) Selon
l'art. 112 al. 4 LTF, dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité
pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles
décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. Selon le Message
concernant la révision totale de la procédure judiciaire fédérale du 28 février
2001, les décisions cantonales ne devront en principe pas être communiquées
d'office aux autorités fédérales, sauf dans les cas spécifiés par une
ordonnance du Conseil fédéral. Une obligation de communiquer toute décision aux
autorités fédérales ne pourra être prévue que de manière très ponctuelle, par
exemple lorsque la mise en œuvre de normes particulièrement délicates est en
cause (FF 2001 4000, sp. 4147). Sur cette base, le Conseil fédéral a édicté
l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la notification des
décisions cantonales de dernière instance en matière de droit public (RS 173.110.47),
qui fait obligation aux autorité cantonales de notifier sans délai et
gratuitement aux autorités fédérales ayant qualité pour recourir les décisions
de dernière instance qui peuvent être attaquées devant le Tribunal fédéral,
notamment par un recours en matière de droit public (art. 1 al. 1 let. c).
Selon cette ordonnance, une obligation de notification n'existe que pour les
décisions de dernières instance cantonale (voir aussi ATF 136 II 359 consid.
1.2). Le Message précité n'exclut toutefois pas d'obliger des autorités
cantonales inférieures à communiquer leurs décisions aux autorités fédérales
(Bovey, op. cit., n. 66-68 ad art. 112). 

cc) L'art. 27 al. 1 et 2 OPN, intitulé "Communication
des textes légaux et des décisions", prévoit que les cantons
communiquent à l'OFEV, l'OFC (Office fédéral de la culture) ou à l'OFROU (Office
fédéral des routes) leurs actes normatifs concernant la protection de la
nature, la protection du paysage et la conservation des monuments historiques
(al. 1). Les autorités compétentes communiquent en outre à l'OFEV les décisions
suivantes (al. 2): 

"a.          exceptions relatives aux dispositions de la
protection des espèces (art. 22, al. 1 et 3, LPN; art. 20, al. 3);

b.            suppression de la
végétation des rives (art. 22, al. 2 et 3, LPN);

c.            décisions de constatation dans le domaine de la
protection des biotopes et des espèces (art. 14, al. 4);

d.            décisions concernant la remise en état (art. 24e LPN);

e.            décisions concernant les constructions, les
installations et les modifications de la configuration du terrain dans les
biotopes d’importance nationale (art. 18a LPN) ou les sites marécageux (art.
23b LPN);

f.            approbation de plans d’affectation (art. 26 de la loi
du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire) s’ils portent atteinte à des
paysages, des sites naturels, des biotopes ou des sites marécageux d’importance
nationale."

L'art. 27 al. 2 let. e OPN a été introduit par le
ch. II 1 de l'ordonnance du 2 février 2000 relative à la loi fédérale sur la
coordination et la simplification des procédures de décision, et est entré en
vigueur le 1er mars 2000 (RO 2000 703). Cet article impose aux
autorités cantonales de communiquer à l'OFEV une série de décisions relatives
aux constructions dans les biotopes et sites marécageux. Quant à l'art. 27 al.
2 let. f OPN, qui porte sur l'approbation des plans d'affectation, il a été
introduit par le ch. II de l’ordonnance du 2 avril 2014 et est entré en vigueur
le 1er mai 2014 (RO 2014 909).

L'objectif poursuivi par l'art. 27 al. 2 OPN est
d'assurer un droit de recours effectif des offices fédéraux, dans le contexte
d'un besoin d'amélioration de la surveillance fédérale dans le domaine de la
protection du paysage et de la nature. Cet objectif trouve sa source dans le
rôle de surveillance de la Confédération vis-à-vis des cantons, prévu à l'art.
24g al. 1 LPN depuis le 1er septembre 2014 et, de manière générale,
à l'art. 49 al. 2 Cst. (Martenet, in: Martenet/Dubey (éd.),
Commentaire romand de la Constitution fédérale, 2021, n. 66 ss ad art. 49 Cst.;
Biaggini, BV Kommentar, 2e éd., Zurich 2017, n. 26 ad art. 49;
cf. ég. TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2 et les références
citées). L'obligation de notification découlant de l'art. 27 al. 2 OPN va plus
loin que celle de l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la
notification des décisions cantonales de dernière instance en matière de droit
public. Cet article s'adresse en effet à toutes les autorités compétentes, à
savoir également aux autorités cantonales inférieures (Keller, op. cit., n. 8
ad art. 12g LPN; voir aussi Tanquerel, op cit., p. 773). Il en est ainsi
également dans le domaine de l'aménagement du territoire, où le Tribunal
fédéral est arrivé à la même solution s'agissant de l'obligation de notifier
une décision d'approbation d'un plan d'affectation sur la base de l'art. 46 OAT
(voir arrêt TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2, où le Conseil
d'Etat tessinois avait omis de notifier à l'ARE un plan d'affectation n'ayant
pas fait l'objet d'un recours cantonal).

b) Lorsque les décisions attaquées ont été rendues -
le 30 janvier 2018 s'agissant des décisions de la DGTL et de la DGE et le 8
février 2018 s'agissant du permis de construire -, l'art. 27 al. 2 let. e OPN
était applicable et les autorités vaudoises étaient donc en principe tenues de
notifier leurs décisions à l'OFEV. La municipalité, la DGTL et la DGE ont donc
procédé en violation du droit fédéral et l'office est autorisé à se prévaloir
d'un défaut de notification des décisions litigieuses lors de leur adoption. 

aa) Selon l’art. 44 LPA-VD, les décisions sont en
principe notifiées à leurs destinataires sous pli recommandé ou par acte
judiciaire (al. 1). Si les circonstances l'exigent, notamment lors de décisions
rendues en grand nombre, l'autorité peut notifier ses décisions sous pli simple
ou sous une autre forme. La notification doit dans tous les cas intervenir par
écrit (al. 2). L'autorité peut notifier ses décisions par voie de publication
du dispositif dans la Feuille des avis officiels à une partie dont le lieu de
séjour est inconnu (al. 3 let. a) ou à un grand nombre de participants qui
ne peuvent pas être identifiés sans frais excessifs (al. 3 let. b).

Une notification irrégulière ne doit en principe entraîner
aucun préjudice pour les parties (ATF 138 I 49 consid. 8.3.2; voir, en droit fédéral, art. 49 LTF et 38
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS
172.021]). S'il s'agit d'un acte émanant d'une autorité, le fardeau de la
preuve de la notification et de sa date incombe en principe à l'autorité qui
entend en tirer une conséquence juridique (ATF 122 I 97 consid. 3b). L'autorité
supporte ainsi les conséquences de l'absence de preuves en ce sens que si la
notification ou sa date sont contestées, et qu'il existe effectivement un doute
à ce sujet, comme cela peut se présenter lors de la notification d'un acte sous
pli simple, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de
l'envoi (ATF 103 V 63 consid. 2 et 3). Cela ne suffit pas encore au
constat que le recours a été déposé en temps utile. Il y a donc lieu
d’examiner, d’après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a
réellement été induite en erreur par l’irrégularité de la notification et a, de
ce fait, subi un préjudice. Il convient à cet égard de s’en tenir aux règles de
la bonne foi qui imposent une limite à l’invocation du vice de forme. En vertu
de ce principe, la partie intéressée est tenue de se renseigner sur l’existence
et le contenu de la décision dès qu’elle peut en soupçonner l’existence, sous
peine de se voir opposer l’irrecevabilité d’un éventuel moyen pour cause de
tardiveté (ATF 139 IV 228 consid. 1.3; 111 V 149 consid. 4c; TF 1C_268/2021 du
26 novembre 2021 consid. 2.1; 2C_884/2019 du 10 mars 2020 consid. 7.2).

Selon la jurisprudence, un recours d'un office
fédéral est recevable s'il a été déposé trente jours après la notification de
la décision cantonale, elle-même notifiée à l'office fédéral recourant à sa
demande avec deux mois de retard (TF 6A.75/2003 du 5 décembre 2003 consid. 1).
L'ARE a également été admis à recourir en novembre 2019 contre une décision
d'approbation d'un plan d'affectation datant de mars 2015 alors que cette décision
ne lui avait pas été notifiée par le Conseil d'Etat (TF 1C_672/2020 du 2
septembre 2021 consid. 2 et 3). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a considéré
qu'il n'appartenait pas à l'ARE de parcourir les feuilles officielles des
différents cantons à la recherche d'éventuelles décisions relatives à la
délimitation des zones à bâtir (consid. 3.2). Le fait que l'ARE s'était vu
notifier des arrêts de la dernière instance de recours cantonale rendus à
l'encontre du plan d'affectation concerné n'était pas déterminant car il
s'agissait d'arrêts de renvoi, donc de décisions incidentes au sens de l'art.
93 LTF. L'ARE pouvait se limiter à prendre connaissance du dispositif de ces
arrêts et, sans violer le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) et sans
s'exposer au reproche de grave négligence procédurale, n'était pas tenu
d'examiner ces affaires plus avant, considérant qu'un recours au Tribunal
fédéral paraissait d'emblée irrecevable au vu de la nature incidente de ces
décisions (consid. 3.4). L'examen du bien-fondé du recours au regard du
principe fondamental de la séparation du bâti et du non-bâti l'emporte sur la
sécurité du droit (consid. 3.5).

bb) Dans le cas
présent, rien ne permet de retenir que l'OFEV aurait eu connaissance des
décisions entreprises, ou de leur contenu, avant leur communication par
courriel le 2 novembre 2023. Sur ce point, s'il est
vrai que l'OFEV s'est vu transmettre l'arrêt AC.2023.0036 le 26 septembre 2023,
les informations reçues à cette occasion se limitaient à l'existence d'une
construction érigée sur la parcelle d'autres propriétaires en 2015-2016, dans un
autre secteur du site des Grangettes. Ces éléments ne lui permettaient pas
d'évaluer la teneur exacte des décisions correspondantes et leur motivation,
respectivement si les décisions lui avaient en réalité cas échéant été
notifiées et, partant, de déterminer l'opportunité de déposer un recours. L'office
a alors procédé conformément à son devoir de se renseigner en requérant plus
d'information à cet égard seulement quelques jours plus tard. Ce n'est que
lorsqu'il s'est effectivement vu transmettre les décisions concernées que le
délai de recours s'est alors mis à courir. A fortiori, le fait que
d'autres arrêts ont été rendus depuis l'année 2014 concernant le secteur des
Grangettes, mais en lien avec d'autres parcelles, ne peut non plus fonder une
violation de son devoir de se renseigner qui pourrait aujourd'hui lui être
opposé. On ne saurait attendre de l'office fédéral concerné qu'après
notification d'un arrêt relatif à un secteur, il procède à un examen étendu des
constructions de toutes les parcelles alentour afin de déterminer si celles-ci
ont fait l'objet de décisions qui ne lui ont pas été notifiées. 

La municipalité se prévaut encore de l'arrêt rendu
par la CDAP le 24 décembre 2015 (AC.2015.0026). Selon elle, l'OFEV aurait dû
recourir contre les décisions litigieuses à la suite du prononcé de cet arrêt,
qui portait sur d'autres parcelles du site des Grangettes. Cela étant, la
municipalité perd de vue que, dans la mesure où la cause précitée concernait un
cas d'assujettissement à la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier
rural (LDFR; RS 211.412.11), cette question n'entrait pas dans les compétences
de l'OFEV qui ne s'est, à juste titre, pas vu notifier l'arrêt. Le simple fait
que d'autres offices fédéraux ont été destinataires de l'arrêt ne permet pas de
retenir automatiquement que l'OFEV en avait connaissance, ni que ces offices
auraient dû le transmettre à l'OFEV qui n'était pas concerné par l'objet de
l'affaire. On ne peut donc aujourd'hui reprocher à l'OFEV de n'avoir pas
recouru à l'encontre des décisions litigieuses immédiatement après le prononcé
de cet arrêt du 24 décembre 2015 par la CDAP.

Au demeurant, contrairement
à ce qu'invoque la municipalité, les documents reçus régulièrement par l'OFEV
en lien avec l'obligation qui incombe aux cantons de rendre compte de l'état de
la protection des zones alluviales, des sites marécageux et des sites de
reproduction de batraciens (cf. art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance
fédérale du 28 octobre 1992 sur les zones alluviales [Ordonnance sur les zones
alluviales; OZA; RS 451.31]; art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance
fédérale du 1er mai 1996 sur la protection des sites marécageux
d'une beauté particulière et d'importance nationale [OSM; RS 451.35]; art. 5
al. 1 et 2, art. 8 et 13 de l'ordonnance fédérale du 15 juin 2001 sur la
protection des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale
[OBat; RS 451.34]) font uniquement état d'éléments généraux en lien avec la
protection de ces sites et ne contiennent aucun détail relatif aux nouvelles
constructions (cf. rapports des années 2018 et 2021 dans le cadre des enquêtes
OFEV). Ils ne permettent dès lors pas non plus de fonder un devoir de l'OFEV de
se renseigner plus avant, en tout cas s'agissant d'actes d'exécution tels qu'un
permis de construire, sur le développement du secteur en question et de faire
partir un délai de recours. 

Il s'ensuit que, bien que formé plusieurs années
après leur prononcé, le recours contre les décisions des 30 janvier et 8
février 2018 a été déposé en temps utile. L'importance des biens juridiques
protégés, constatée par plusieurs inventaires fédéraux et cantonaux consacrant
des objets d'importance nationale, voire internationale, a pour conséquence que
leur protection l'emporte sur la sécurité du droit.

Il convient donc d'entrer en matière sur le fond
dans le cadre du recours déposé à l'encontre du permis de construire et des
autorisations cantonales y relatives.

4.                     
L'OFEV s'oppose à la délivrance de l'autorisation de construire
litigieuse au motif qu'elle serait contraire à la protection instaurée par
plusieurs inventaires fédéraux, au périmètre desquels appartient la parcelle
n° 892. Il invoque à cet effet l'inventaire des sites marécageux d'une
beauté particulière et d'importance nationale n° 289 (ISM) et l'inventaire
fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale
n° VD21 (IBN), tous deux désignés sous l'appellation "Les
Grangettes".

Dans son recours, l'OFEV déclare qu'il conteste la
décision municipale rendue, ainsi que la synthèse du 30 janvier 2018 établie par
la CAMAC. Or cette synthèse contenait plusieurs autorisations des instances
cantonales sans que l'OFEV ne précise clairement la décision qu'il souhaite
entreprendre. Au vu des motifs invoqués à l'appui de son recours, le Tribunal
considère qu'il conteste manifestement les autorisations spéciales délivrées
par la DGTL et la DGE/DIRNA/BIODIV, à l'exclusion des décisions prises par
l'ECA ou les autres sections de la DGE. 

Pour la municipalité et les constructeurs, les
travaux litigieux ne portent atteinte ni au paysage, ni aux éléments et
structures caractéristiques du site marécageux, et ne portent pas atteinte à un
site de reproduction des batraciens. La DGE et la DGTL relèvent que la parcelle
n° 892 se situe dans un "Territoire occupé par les constructions
isolées et leurs abords" et que cette zone est construite de longue date;
la DGTL précise que le bâtiment ECA n° 391 a été érigé bien avant la date
de référence du 1er janvier 1972 et qu'elle a estimé qu'elle
bénéficiait de la garantie de la situation acquise et pouvait faire l'objet de
rénovation, de transformation partielle, d'agrandissement mesuré ou de
reconstruction au sens de l'art. 24c al. 2 LAT. S'agissant des batraciens, la
DGE relève encore que les aménagements litigieux ne sont pas de nature à
occasionner une atteinte supplémentaire à la fonctionnalité du biotope ni à
faire obstacle à la migration des batraciens. 

5.                     
a) Selon l'art. 78 al. 5 Cst., les
marais et les sites marécageux d'une beauté particulière qui présentent un
intérêt national sont protégés; il est interdit d'y aménager des installations
ou d'en modifier le terrain; font exception les installations qui servent à la
protection de ces espaces ou à la poursuite de leur exploitation à des fins
agricoles. L'art. 78 al. 5 Cst. prévoit donc une interdiction
absolue de modification, tant pour les marais que pour les sites marécageux, et
n'autorise des exceptions que si elles servent à la protection ou à
l'exploitation agricole actuelle. 

Le législateur a concrétisé cette
disposition par l'adoption des art. 23a ss LPN (en vigueur depuis le
1er février 1996 [RO 1996 214]). Contrairement à l'art. 78 al. 5
Cst., selon ces dispositions, il convient de distinguer, d'une part, le régime
applicable aux marais d'une beauté particulière et d'importance nationale, pour
lesquels l'art. 23a LPN renvoie aux art. 18a, 18c et 18d LPN qui concernent les
biotopes, et, d'autre part, les sites marécageux d'importance nationale
régis par les art. 23b à 23d LPN. 

L'art. 23b al. 1 LPN définit un
site marécageux comme "un paysage proche de l'état naturel, caractérisé
par la présence de marais. Une étroite relation écologique, visuelle,
culturelle ou historique unit les marais au reste du site".
L'al. 2 de cette disposition précise les conditions auxquelles un site
marécageux est d'une beauté particulière et d'importance nationale. L'al. 3
prévoit que le Conseil fédéral désigne les sites marécageux répondant à ces
conditions. Selon l'art. 23c LPN, la protection a pour but général de sauvegarder
les éléments naturels et culturels des sites marécageux qui leur confèrent leur
beauté particulière et leur importance nationale (al. 1). Les cantons veillent
à la concrétisation et à la mise en œuvre des buts de la protection (al. 2). 

Quant à l'art. 23d LPN, il est formulé ainsi:

"Aménagement et exploitation
des sites marécageux

1 L'aménagement et
l'exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne
portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux.

2 Sont en
particulier admis à la condition prévue à l'al. 1:

a. l'exploitation
agricole et sylvicole;

b. l'entretien
et la rénovation de bâtiments et d'installations réalisés légalement;

c. les mesures
visant à protéger l'homme contre les catastrophes naturelles;

d. les
installations d'infrastructure nécessaires à l'application des let. a à c
ci-dessus."

L'OSM a été édictée sur la base de ces dispositions.
Selon l'art. 4 al. 1 de cette ordonnance, le paysage sera protégé contre les
modifications qui portent atteinte à la beauté du site marécageux ou à son
importance nationale (let. a); les éléments et les structures caractéristiques
des sites marécageux seront sauvegardés, notamment les éléments
géomorphologiques, les biotopes, les éléments culturels ainsi que les
constructions et les structures traditionnelles de l'habitat (let. b); les
espèces végétales et animales protégées en vertu de l'art. 20 OPN, ainsi que
les espèces végétales et animales menacées et rares figurant dans les Listes
rouges publiées ou approuvées par l'office fédéral seront particulièrement
ménagées (let. c). Selon l'art. 5 al. 2 OSM, les cantons veillent notamment à
ce que les plans et les prescriptions qui règlent le mode d’utilisation du sol
au sens de la législation en matière d’aménagement du territoire soient
conformes à la présente ordonnance (let. a), à ce que les biotopes au sens de
l'art. 18 al. 1bis LPN, qui se trouvent à l'intérieur d'un site
marécageux soient désignés (let. b), à ce que l’aménagement et l’exploitation
admissibles selon l’art. 23d, al. 2, LPN, ne portent pas atteinte aux
éléments caractéristiques des sites marécageux (let. c) et à ce que des
installations et constructions, autres que celles relatives à l’aménagement et
l’exploitation réglés sous lettre c, qui ne servent ni à l’entretien des
biotopes, ni au maintien des habitats typiques, ne soient érigées ou agrandies
que si elles ont une importance nationale, ne puissent être réalisées qu’à
l’endroit prévu et n’entrent pas en contradiction avec les buts visés par la
protection (let. d).

b) Le Tribunal fédéral a relevé
que les marais et sites marécageux d'une beauté particulière et d'un intérêt
national bénéficient en vertu de la Constitution d'une protection absolue dans
le sens d'une interdiction de toute modification, sous réserve de l'exception
prévue à l'art. 78 al. 5 Cst. in fine. La jurisprudence et la doctrine
considèrent que le législateur, en recourant aux termes "dans la mesure
où ils ne portent pas atteinte" dans l'art. 23d LPN, est allé à la
limite de la constitutionnalité, l'art. 78 al. 5 Cst. limitant les aménagements
à ceux qui servent à la protection de l'objet ou à son exploitation agricole.
De manière générale, il convient donc de donner une interprétation restrictive
aux aménagements permis par l'art. 23d LPN, qui sera ainsi aussi proche que
possible de l'esprit de l'art. 78 al. 5 Cst. (ATF 138 II 281 consid.
6.3; 138 II 23 consid. 3.3.;
1C_502/2016 du 21 février 2018 consid. 4 et les références citées). 

Appliquant l'art. 23d LPN,
le Tribunal fédéral a jugé que l'exploitation traditionnelle paysanne de la
tourbe, effectuée à la main et destinée aux besoins personnels de l'exploitant,
peut être maintenue dans un site marécageux à la condition qu'elle ne porte pas
atteinte aux hauts-marais et aux bas-marais d'importance nationale compris dans
le périmètre du site et que la couche de tourbe restante, ainsi que la forme
des lieux à la fin de l'exploitation, permettent leur régénération (ATF 124 II
19 consid. 5c).

Le Tribunal fédéral a en revanche écarté toute
possibilité d'agrandir une construction dans le périmètre d'un site marécageux,
ce même sur la base de l’art. 23d al. 2 let. b LPN. Cela exclut a
fortiori la construction de nouveaux bâtiments, sans qu'il soit nécessaire
d'examiner de plus près la compatibilité avec les objectifs de protection (ATF
138 II 23). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a indiqué qu'il serait trop
général d'affirmer qu'il aurait reconnu, dans son précédent arrêt 1C_43/2010 du
25 octobre 2010, que, dans un cas concret, on pourrait admettre avec retenue
une atteinte à un site marécageux (par ex. en cas de brèche dans la continuité
du tissu bâti, ce qu'il n'avait d'ailleurs pas retenu dans l'arrêt en question,
qui concernait une zone attenante à la zone à bâtir). Cette jurisprudence a été
confirmée en relation avec un projet d’infrastructure routière (ATF 138 II
281). Le Tribunal fédéral a également jugé que des maisons de vacances datant
pour la plupart des années 1960 et construites de manière légale ne
constituaient pas une occupation typique du paysage marécageux au sens des art.
4 al. 1 let. b et 5 al. 2 let. d OSM, pour la conservation de laquelle de
nouvelles constructions et installations pourraient éventuellement être
autorisées. Une reconstruction de telles maisons sur la base de l'art. 23d
al. 2 let. b LPN n’a donc pas été admise. À cet égard,
le tribunal précise que les termes "entretien" et
"rénovation" au sens de la lettre b ne comprennent que les mesures de
conservation et de modernisation des bâtiments existants dans le cadre de leur
durée de vie normale. En revanche, la reconstruction donnerait lieu à un
bâtiment entièrement neuf, dont la durée de vie (contrairement au bâtiment
précédent) n'est pas encore (même partiellement) écoulée. Dans cette mesure, on
ne peut considérer que l'état antérieur est rétabli car la durée de l'atteinte
à l'objectif de protection est considérablement prolongée. En outre,
l'expérience a montré que l'utilisation de nouvelles technologies et de nouveaux
matériaux de construction permet de créer des bâtiments plus durables. De plus,
la reconstruction s'accompagne de modifications du sol et de perturbations
(dues aux engins de chantier, etc.) qui ne sont pas admissibles dans le paysage
de tourbières. Pour toutes ces raisons, il semble justifié de ne pas autoriser
la reconstruction d'un bâtiment détruit, même s'il existe d'autres maisons de
vacances dans les environs (TF 1C_515/2012 du 17 septembre 2013 consid. 5).

Dans un arrêt récent 1C_601/2022 du 9 juillet 2024,
le Tribunal fédéral s'est penché sur la conformité à l'art. 23d al. 2 let. b
LPN du remplacement des lames de bois composant la terrasse d'un cabanon de
vacances. Dans ce cadre, il a tout d'abord rappelé que la garantie
constitutionnelle de la propriété (art. 26 Cst.) permet de conserver les
constructions et installations légalement érigées - dans le cadre de leur durée
de vie normale - et d'effectuer les travaux d'entretien nécessaires. Cette
garantie inclut tous les travaux d'entretien (réparations) et de modernisation
(rénovations), dans la mesure où l'étendue, l'apparence, la destination et la
valeur de l'installation restent inchangées. En revanche, les mesures visant à
accroître le confort ou à embellir les pièces, à améliorer l'éclairage ou à
raccorder des équipements de bureau n'en font pas partie (consid. 5.3). Dans le
cadre de l'art. 23d LPN, les notions d'entretien et de rénovation, qui sont
expressément autorisées par la loi, doivent être interprétées de manière
restrictive et limitées à l'essence des droits acquis garantis par la
Constitution (consid. 5.4). Le Tribunal fédéral précise ensuite que, dans le
cas d'une terrasse en bois, l'application d'un produit de protection du bois
serait à qualifier de simple entretien. En revanche, le fait de remplacer ne
serait-ce que quelques planches pourries par de nouvelles planches constitue
une étape vers la rénovation. Le remplacement de l'entier des lames de la
terrasse, même au-delà des simples planches pourries, constitue un
renouvellement de la construction visant à exploiter sa durée de vie normale,
qui peut être autorisé. La rénovation trouve ses limites en particulier lorsque
les éléments porteurs d'une maison ou le toit sont renouvelés dans leur ensemble
ou de manière ciblée en plusieurs étapes afin de prolonger l'utilisation du
bâtiment au-delà de sa durée de vie normale (consid. 5.4). 

A ce propos, selon l'aide à l'exécution de l'OFEV
"Constructions et installations dans les sites marécageux"
(L'environnement pratique n° 1610, 2016), la rénovation d'un bâtiment ou d'une
installation équivaut à sa remise en état ou à son assainissement (énergétique
p. ex.). Volume, apparence générale et affectation ne doivent subir aucune
modification (p. 17). 

Toujours selon la jurisprudence, l'interdiction
constitutionnelle d'aménager des installations ou d'en modifier le terrain dans
les sites marécageux d'importance nationale est immédiatement applicable (ATF
139 II 243 consid. 10.7; 127 II 184 consid. 5b/aa; 123 II 248
consid. 3a/aa) et impérative: elle n'autorise pas à procéder
dans chaque cas particulier à une pesée des intérêts entre cette interdiction
constitutionnelle et d'autres intérêts. Cela signifie que si un projet est
contraire aux objectifs de protection, il est inadmissible indépendamment du
poids des autres intérêts en jeu (ATF 138 II 281 consid. 6.2 et 6.5; 127
II 184 consid. 5b, et les références citées; 1C_515/2012 du 17
septembre 2013 consid. 5.4). La protection fédérale des sites
marécageux prime le droit cantonal et les plans d'aménagement cantonaux
(art. 49 al. 1 Cst.), même lorsque ceux-ci ont été adoptés sous l'empire
de la LAT (ATF 127 II 184 consid. 5b/aa; cf. aussi arrêt 1C_489/2011
du 21 juin 2012 consid. 2.1). Ces règles du droit fédéral
s'imposent donc aux cantons qui ne peuvent pas prévoir, dans leur
réglementation (loi cantonale, plan d'affectation cantonal ou communal),
d'autoriser des constructions dans un site marécageux qui ne correspondraient
pas aux exigences de l'art. 23d LPN (art. 46 al. 1 Cst.; ATF
127 II 184 consid. 5b/aa).

De la comparaison avec les prescriptions de l'art.
24c al. 2 LAT, il ressort que, dans le cadre de l'art. 23d LPN, n'entrent en
considération ni un changement partiel de la construction existante
(agrandissement ou modification partielle de son but), ni une reconstruction.
La protection des sites marécageux d'une beauté particulière prévoit donc une
garantie de la situation acquise plus restreinte que celle de l'art. 24c al. 2
LAT et se limite à la conservation de la substance au moyen de l'entretien
(régulier) et de la rénovation (sous forme des mesures nécessaires au maintien
de la construction et à sa modernisation dans le cadre de sa durée de vie
normale) (Keller, Commentaire LPN, op. cit., n. 14 ad art. 23d LPN).

c) En l'espèce, la parcelle litigieuse s'inscrit
dans l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et
d'importance nationale des Grangettes (ISM, objet n° 289), dont la
description est la suivante:

"Formé sur le delta du Rhône,
à son embouchure dans le lac Léman, le site des Grangettes est le dernier
témoin de l'immense paysage marécageux qui s'étendait autrefois dans la majeure
partie de la vallée du Rhône. Il constitue néanmoins une des plus grandes
régions marécageuses de ce type en Suisse et représente le dernier site
d'importance nationale sur un delta lacustre au nord des Alpes. Une part
importante figure à l'inventaire des zones alluviales d'importance nationale.

Les bas marais et les forêts
riveraines occupent pratiquement toute la rive. Vers l'intérieur, ils sont
remplacés par de vastes forêts alluviales, des bas marais et des cordons boisés
signalant les anciens bras du fleuve. Le Vieux Rhône en est le principal
exemple; traversant tout le site, il présente des stades d'atterrissement
variables selon les secteurs. Ces bras morts rappellent l'ancienne dynamique
naturelle du delta.

Les bas marais offrent une grande
diversité : tous les types de végétation propres à ces milieux sont
représentés, de la roselière au bas marais acide. Une partie des marais,
notamment le vaste ensemble du Gros Brasset, est entretenu comme pré à litière.
Durant ce siècle, les forêts humides, naturelles ou non (plantation de
peupliers), se sont développées de manière importante, au détriment des marais.
Le potentiel de revitalisation de la zone alluviale demeure cependant grand.

Les étangs, canaux et gouilles
dispersés dans le site contribuent à sa diversité, tant au niveau paysager que
biologique. Des bosquets, souvent humides, ponctuent certains terrains
agricoles, de même que des restes de marais et forêts marécageuses, en particulier
aux Saviez, à Perrausa et au Clos de la Delèze.

Des terres agricoles (production
maraîchère, maïs, betteraves, etc.), quelques vergers, des pâturages, des
friches et des étangs de gravières caractérisent le site. Le hameau des
Grangettes et quelques constructions agricoles (ferme de Perrausa, ancienne
ferme de l'Essert) participent à la structure du paysage. 

Malgré les atteintes subies au
cours du temps (endiguement du Rhône, drainage, boisements artificiels,
extension des cultures, etc.), le site des Grangettes représente pour la flore
et la faune un milieu unique, d'une valeur exceptionnelle. Il sert de refuge à
de nombreuses espèces rares ou menacées, dont la survie dépend de la protection
du site. C'est également une réserve d'importance nationale et internationale
pour les oiseaux d'eau et les migrateurs (OROEM, convention de Ramsar)."

Il convient donc d'examiner si la construction
litigieuse respecte les conditions de l'art. 23d LPN applicable aux sites
inscrits dans l'ISM.

d) L'habitation contestée ne poursuit pas un but
d'exploitation agricole ou sylvicole ni ne constitue une mesure visant à
protéger l'homme contre les catastrophes naturelles. Les cas prévus à l'art.
23d al. 2 let. a, c et d LPN ne sont donc manifestement pas applicables à la
présente situation. La villa litigieuse n'a pas d'autre
justification que celle d'offrir une habitation personnelle à ses propriétaires
- ainsi qu'à leurs locataires - et ne poursuit donc pas un but d'importance
nationale au sens de l'art. 5 al. 2 let. d OSM.

Sur la base du permis de construire litigieux, la
construction en cause a notamment fait l'objet d'importantes transformations
intérieures qui ont conduit à une augmentation de la surface habitable: en
effet, celle-ci est passée de 180.4 m2 à 248.85 m2 à
la faveur notamment de la transformation du garage existant à l'angle nord-est
du rez-de-chaussée en deux chambres. Le volume du bâtiment a par ailleurs été
augmenté du fait du rehaussement de la toiture des combles de 45 centimètres. Le
niveau des combles a en outre été entièrement enlevé et reconstruit à neuf. Ces
aménagements ne constituent manifestement pas un simple entretien de la
construction. Ils ne sauraient non plus être assimilés à une rénovation au sens
de la jurisprudence citée plus haut. Ces travaux constituent en réalité des
éléments de plus-value pour la construction existante, avec pour conséquence
que le gabarit, l'utilisation et l'aspect du bâtiment s'en trouvent modifiés
après intervention. En outre, la suppression de deux annexes et leur
"remplacement" par une seule annexe, de gabarit plus important, quand
bien même d'une surface totale identique, constitue une (démolition et)
nouvelle construction contraire à la protection des sites marécageux. Vu leur
nature et hormis l'isolation périphérique qui pourrait vraisemblablement être
admise à titre d'assainissement énergétique, ces aménagements ne respectent pas
les conditions de l'art. 23d al. 2 let. b LPN, qui prohibe la transformation,
respectivement la rénovation augmentant la durée de vie normale d'un immeuble
dans le périmètre des sites marécageux d'importance nationale.

Dans ces conditions, les travaux litigieux
s'opposent à l'interdiction de bâtir consacrée par les art. 78 al. 5 Cst. et
23d LPN dans les sites marécageux d'importance nationale. Contraires aux
objectifs de protection, ils n'auraient donc pas dû être autorisés,
indépendamment des autres intérêts en jeu. Il en résulte que le permis de
construire doit être annulé. 

6.                     
A cela s'ajoute que la construction litigieuse entre en conflit avec la
protection découlant d'un autre inventaire régissant le périmètre, à savoir
l'inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance
nationale, tel que cela découle des considérations qui suivent.

a) Selon l'art. 18 al. 1 LPN, "la disparition
d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien
d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres
mesures appropriées". 

S'agissant des mesures générales de
sauvegarde des biotopes dignes de protection, l'art. 18 al. 1ter LPN
dispose que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes
d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte
doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure
protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat
(voir aussi l'art. 14 al. 7 OPN). Selon la lettre
de l'art. 18 al. 1ter in fine LPN, la pesée des intérêts doit
être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues,
celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est
inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al.
1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au
biotope (1ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts
soit effectuée (2e étape). Si, sur cette base, le biotope ne
l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il
faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le
remplacement adéquat (3e étape) (arrêt TF 1C_182/2022 du 20 octobre
2023 consid. 11.1). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en
ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade
de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la
situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Sidi-Ali, op.
cit., p. 123). 

La protection des biotopes n'a ainsi
pas de caractère absolu: ils sont soumis à une pesée des intérêts qu'ils
n'emportent pas aveuglément (Sidi-Ali, op. cit., ch. 3.1.4.2 p. 119
et la référence citée, soit Arnold Marti, Das Schutzkonzept des Natur- und
Heimatschutzgesetzes auf dem Prüfstand, in RSJ 2008 p. 81 ss, spéc. p. 84 ss;
Fahrländer, Commentaire LPN, 2e éd., Zurich/Bâle/Genève 2019, n. 28
ad art. 18a LPN). Dans la pesée des intérêts, l'appréciation doit intégrer l'affectation
planifiée du terrain en cause; l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas
la même, pour des biotopes de valeur équivalente, selon que le milieu se trouve
en zone à bâtir ou non, l'atteinte d'ordre technique pouvant donc plus
facilement être admise sur une parcelle constructible (TF 1C_126/2020 du 15
février 2021 consid. 6.1; Sidi-Ali, op. cit., p. 105).  

b) La législation fédérale contient également des
prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés
comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN,
art. 16 et 17 OPN), les cantons devant cependant
aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance
régionale et locale (art. 18b LPN). 

Aux termes de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription
d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que
l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé
le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de
remplacement adéquates. 

Il ne peut être garanti à un propriétaire d'utiliser
la totalité des possibilités de construire découlant du règlement communal des
constructions en présence d'un biotope, même d'importance régionale (TF
1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.2.3).

c) L'OBat a également été adoptée en application des
art. 18a al. 1 et 3 LPN. L'OBat distingue les objets fixes et les objets
itinérants (art. 1 al. 2). Selon l'art. 2 OBat, les objets fixes comprennent le
plan d'eau de reproduction et des surfaces naturelles et quasi naturelles
attenantes (secteur A) ainsi que d'autres habitats terrestres et corridors de
migration des batraciens (secteur B). Il appartient aux cantons de fixer les
limites précises des objets fixes (art. 5 al. 1 OBat). Les cantons disposent
d'un délai de sept ans pour s'exécuter (art. 9 OBat). Tant qu'ils n’ont pas
pris de mesures de protection et d’entretien, ils veillent, par des mesures
immédiates appropriées, à ce que l’état des objets fixes ne se détériore pas et
à ce que la fonctionnalité des objets itinérants soit conservée (art. 10 OBat).
Si la délimitation n'a pas encore eu lieu, l’autorité cantonale prend, sur
demande, une décision de constatation de l’appartenance d’un bien-fonds à un
objet protégé (art. 5 al. 3 OBat). 

En vertu de l'art. 6 OBat, étant donné qu’ils
constituent des sites de reproduction appropriés et de qualité pour les
batraciens et qu’ils servent de points d’appui garantissant aux espèces de
batraciens menacées une survie à long terme et une possibilité d’expansion
future, les objets fixes doivent être conservés intacts et la fonctionnalité
des objets itinérants doit être préservée (al. 1). La protection vise en particulier
à conserver et à valoriser:
l’objet en tant que site de reproduction de batraciens (let. a); les
populations de batraciens qui donnent à l’objet sa valeur (let. b); l’objet en
tant qu’élément du réseau de biotopes (let. c) (al. 2). Si la conservation et la
valorisation des populations de diverses espèces de batraciens s’excluent, les
priorités définies dans la description des objets sont applicables (al. 3).
L'art. 7 OBat fixe les dérogations possibles aux buts de protection. Pour les
objets fixes, de telles dérogations ne sont admises que pour des projets dont
l’emplacement s’impose par leur destination et qui servent un intérêt public
prépondérant d’importance nationale également. Celui qui déroge aux buts de la
protection doit être tenu de prendre toutes mesures possibles pour assurer la
protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L'art. 11
OBat prescrit que les cantons veillent, chaque fois que l’occasion se présente,
à ce que les atteintes déjà portées à l’objet soient réparées dans la mesure du
possible. 

Les sites de reproduction des batraciens sont aussi
considérés comme des biotopes. A ce titre, leur protection n'est pas absolue et
est soumise à une pesée des intérêts en présence (Fahrländer, op. cit., n. 29
ad art. 18a LPN). 

Selon le Guide d'application de l'IBN publié par
l'OFEFP en 2002, dans le secteur A, la protection de la nature est strictement
prioritaire par rapport aux autres utilisations (p. 14). Outre les plans d'eau,
les habitats terrestres sont également importants (p. 23).

d) Dans le cas présent, la parcelle litigieuse est
sise à l'intérieur du secteur B de l'inventaire des sites de reproduction des batraciens
d'importance nationale (IBN) n° VD21 depuis 2001. Selon cet inventaire,
huit catégories d'amphibiens font l'objet d'un peuplement décrit comme allant
d'une taille moyenne à une très grande taille dans la zone.

La municipalité semble vouloir tirer argument du
fait que la parcelle litigieuse n'a été classée à l'inventaire cantonal des
sites de reproduction de batraciens que le 1er novembre 2017, de
sorte que les limites précises des objets fixes protégés par l'inventaire
fédéral n'auraient pas pu être définies avant cette date. En réalité, on
observe que la délimitation des secteurs A et B de l'inventaire cantonal est
identique à celle fixée par l'IBN et que la partie construite de la parcelle
litigieuse se situe clairement à l'intérieur du secteur B, de sorte que le
canton a confirmé le bien-fondé des délimitations posées par l'IBN. A ce sujet,
le Tribunal fédéral a de toute façon jugé que l'absence de délimitation précise
par le canton, alors que celui-ci était tenu de le faire au maximum dans les
sept ans dès l'adoption de l'inventaire fédéral (délai que le canton de Vaud
n'a au demeurant pas respecté en l'espèce), n'avait pas d'incidence sur le fait
que l'examen de l'autorisation litigieuse devait se faire sous l'angle des buts
de protection de l'art. 6 OBat puisque la parcelle se situait dans le périmètre
de l'IBN (ATF 146 II 376 consid. 4.4-4.5). 

Le secteur protégé par l'IBN est ici caractérisé par
de grandes populations d'amphibiens, notamment de crapauds communs, de
grenouilles rousses, de tritons alpestres et de sonneurs à ventre jaune. Les
objets fixes ne sont pas constitués que des plans d'eau, mais aussi des
surfaces naturelles et quasi naturelles attenantes (art. 2 OBat). L'augmentation
de l'occupation de la parcelle par les aménagements extérieurs (agrandissement
autorisé de la terrasse par rapport à la zone précédemment dallée, à l'ouest) a
réduit la part de la surface d'habitat terrestre mise à disposition des
amphibiens. Cette modification est contraire au but de conservation intact des
objets fixes prescrit par l'art. 6 al. 1 OBat. La transformation de la maison a
conduit à sa mise en location pour des séjours de courte durée. L'OFEV peut
être suivi lorsqu'il voit dans la location de la villa à des tiers - même
occasionnelle - un risque de pression supplémentaire sur le milieu et la faune
qui l'habite. Il paraît en effet plus difficile de garantir que des locataires
présents pour une durée limitée prennent tous dans la même proportion la mesure
des impacts possibles de leurs comportements sur la faune présente aux
alentours de la villa. Le risque de débordements à cet égard semble donc accru.
Au surplus, une fois de plus, la transformation de la villa ne sert pas un
intérêt public d'importance nationale de sorte qu'elle ne pourrait de toute
façon pas être autorisée dans la pesée préstructurée des intérêts prescrite par
l'art. 7 OBat. C'est également le lieu de relever qu'il a été constaté lors de
l'inspection locale que les constructeurs ont construit une terrasse au sud du
bâtiment, à proximité immédiate du bas-marais, alors que la DGE l'avait
expressément prohibé dans la synthèse CAMAC; quand bien même une zone bétonnée
se trouvait déjà à cet endroit, il ressort des plans que la terrasse actuelle
présente une surface largement supérieure. La zone gravillonnée au nord a également
été largement agrandie sans autorisation, limitant là aussi la surface
naturelle à disposition des batraciens. Ce dernier point n'est toutefois pas
l'objet des décisions litigieuses.

7.                     
La garantie de la propriété (art. 26 Cst.) n'est pas absolue et doit ici
céder le pas devant les intérêts contraires à la sauvegarde du site marécageux
et des batraciens qu'il accueille. L'interdiction d'agrandir la surface bâtie
et la surface consacrée au logement et d'effectuer des travaux dépassant la
rénovation constitue par ailleurs une mesure appropriée, nécessaire et
proportionnée pour remédier à l'aggravation de l'atteinte au site marécageux.

Au final, pour tous les motifs qui précèdent et en
raison de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 49 Cst.), l’existence
d’une planification cantonale renvoyant à la législation applicable à la zone
agricole n’a pas d’incidence sur le résultat de l’examen des conditions légales
applicables au site marécageux protégé et à ses biotopes. C'est ainsi en
violation de l'art. 78 al. 5 Cst., de ses dispositions d'application, en
particulier l'art. 23d LPN, et de celles régissant notamment l'inventaire
fédéral des sites de reproduction des batraciens que le permis de construire
contesté a été délivré. Il en résulte que les transformations litigieuses sont
matériellement illégales, qu'elles n'auraient pas dû être autorisées et que le
permis de construire doit être annulé. 

8.                     
L'OFEV conclut encore à la remise en état intégrale de la parcelle
concernée, à savoir la suppression "des changements apportés à la
parcelle n° 892". La municipalité, la DGE, la DGTL, ainsi que les
constructeurs s'y opposent, arguant du fait que cela violerait le principe de
la proportionnalité et de la bonne foi.

Le présent recours est dirigé contre les décisions
spéciales cantonales du 30 janvier 2018 et l'autorisation de construire
délivrée le 8 février 2018, dont on a vu qu'elles étaient illégales et doivent
donc être réformées. Ces décisions, seuls objets du recours, ne portent pas sur
la question de la remise en état des installations litigieuses. Selon le
principe de l’unité de la procédure, ne peuvent être examinés et jugés par le
Tribunal en principe que les rapports juridiques à propos desquels l’autorité
administrative s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la lie sous
forme de décision. L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité de
recours, mais pas étendu, ni modifié (art. 79 LPA-VD applicable par renvoi de
l'art. 99 LPA-VD; ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365). Dans ces conditions,
l'examen des conséquences de l’annulation du permis de construire, en
particulier sous l'angle de la bonne foi des constructeurs et de la
proportionnalité d'une remise en état sortent du cadre de la contestation et le
Tribunal ne peut examiner cette question dans le présent arrêt. Contrairement à
ce que semble soutenir l'OFEV, l'art. 8 OSM en particulier, qui prévoit que les
cantons veillent à ce que les atteintes déjà portées à des objets soient
réparées le mieux possible chaque fois que l’occasion s’en présente, ne permet
pas de parvenir à une autre conclusion.

Par conséquent, la question de la remise en état
devra être examinée ultérieurement par l'autorité cantonale compétente. 

9.                     
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à
la réforme des décisions attaquées en ce sens qu'aussi bien les autorisations
cantonales spéciales que l'autorisation de construire municipale ne sont pas
délivrées. La conclusion tendant à la remise en état est irrecevable.

Selon les art. 49 al. 1 et 55 al. 2 LPA-VD, les
frais et les dépens sont en principe mis à la charge de la partie qui succombe.
D'après la jurisprudence en la matière, lorsque la procédure met en présence,
outre le recourant et l'autorité intimée, une ou plusieurs autres parties dont
les intérêts sont opposés à ceux du recourant, c'est en principe à cette partie
adverse déboutée, à l'exclusion de la collectivité publique dont la décision
est annulée ou modifiée, d'assumer les frais et dépens (CDAP AC.2015.0296,
AC.2015.0297 du 8 février 2017 consid. 9 et les références). Dans le cas
présent, l'OFEV obtient gain de cause sur le principe. Sa conclusion tendant à
la remise en état est toutefois irrecevable. Par conséquent, un émolument de
justice réduit d'un quart sera mis à la charge des constructeurs, qui
succombent s'agissant de l'autorisation de construire. Le solde de l'émolument
restera à la charge de l'Etat puisqu'aucuns frais ne peuvent être exigés de la
Confédération (art. 52 al. 1 LPA-VD). Succombant partiellement, l'OFEV versera
des dépens réduits aux constructeurs. La municipalité, dont la décision est
entièrement annulée, n'a pas droit à des dépens.

 

Par ces motifs

 la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

 

I.                      
Le recours déposé à l'encontre des décisions du Service du développement
territorial et de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et
paysage, du 30 janvier 2018 et la décision de la Municipalité de Noville du 8
février 2018 est admis. 

II.                     
Les décisions du Service du développement territorial et de la Direction
générale de l'environnement, Biodiversité et paysage, du 30 janvier 2018 et la
décision de la Municipalité de Noville du 8 février 2018 sont réformées en ce
sens que les autorisations ne sont pas délivrées.

III.                   
La conclusion tendant à la remise en état est irrecevable dans la
présente procédure. 

IV.                   
Un émolument de 2'250 (deux mille deux cent cinquante) francs est mis à
la charge solidaire de A.________ et B.________. 

V.                    
L'Office fédéral de l'environnement versera à A.________ et B.________,
créanciers solidaires, une indemnité de 750 (sept cent cinquante) francs à
titre de dépens.

Lausanne, le 31 mars 2025

 

La
présidente:                                                                                          La greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure mentionnés
en tête de ce document ainsi qu'à l'Office fédéral du développement territorial
(ARE).

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa
notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000
Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des
articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS
173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss
LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,
indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.
Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.
Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,
pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la
décision attaquée.