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**Case Identifier:** 84fd349e-d5a4-5c3c-9f73-0406a335e068
**Source:** Genève (GE)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2021-12-14
**Language:** fr
**Title:** Genève Cour de justice (Cour de droit public) Chambre administrative 14.12.2021 A/4638/2017
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/GE_Gerichte/GE_CJ_013_A-4638-2017_2021-12-14.pdf

## Full Text

R É P U B L I Q U E  E T  
 

C A N T O N  D E  G E N È V E  

P O U V O I R  J U D I C I A I R E  
A/4638/2017-ICCIFD ATA/1368/2021  

COUR DE JUSTICE 

Chambre administrative 

Arrêt du 14 décembre 2021 

4ème section 

dans la cause 

 

A______ SA 
représentée par Mes Xavier Oberson et Gregory Clerc, avocats 

contre 

ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE 
 
et 
 
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS 
 

_________ 

Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 
14 janvier 2019 (JTAPI/36/2019) 

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EN FAIT 

1)  A______ SA (ci-après : la société) est une société anonyme inscrite au 
registre du commerce de Genève, canton dans lequel elle a son siège. Elle a pour 
but statutaire toutes prestations médicales au chevet du patient. 

2)  La société emploie des médecins dont la plupart sont domiciliés en France 
et soumis à l’impôt à la source (ci-après : IS) en Suisse. Les médecins sont payés 
par la société, sur la base d’une rétribution de 42,25 % des honoraires acquittés 
par les patients. Dans le cas de patients de passage en Suisse, ceux-ci rétribuent 
toutefois directement le médecin par un « encaissé sur place » (ci-après : ESP), 
sans envoi de facture, la société prélevant une retenue forfaitaire de CHF 50.- par 
consultation à titre de frais administratifs. 

3)  Pour l’IS des années 2008 à 2013, la société a remis à l’administration 
fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) les décomptes des mois de janvier à 
décembre, comportant les montants des retenues brutes totales, la commission de 
perception ainsi que le montant à verser. 

4)  La société a également remis, pour chaque année concernée, les listes 
récapitulatives de tous les salariés soumis à l’IS, qui comportaient, pour chacun de 
ceux-ci, les prestations soumises, l’impôt retenu et les retenues totales. Pour 
certains des employés, des prestations soumises étaient mentionnées, mais aucun 
impôt n’était retenu. 

5)  Sur cette base, entre 2009 et 2014, l’AFC-GE a régulièrement notifié à la 
société, en tant que débitrice de la prestation imposable (ci-après : DPI), des 
bordereaux d’IS de CHF 348'205.35 le 19 mai 2009 pour 2008, de 
CHF 441'726.15 le 25 février 2010 pour 2009, de CHF 379'624.- le 10 février 
2011 pour 2010, de CHF 369'827.55 le 14 février 2012 pour 2011, 
de CHF 385'963.40 le 5 février 2013 pour 2012 et de CHF 448'091.- le 
11 février 2014 pour 2013. Ces bordereaux sont entrés en force. 

6)  Par courrier du 21 octobre 2014, l’AFC-GE a informé la société de 
l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction d’impôt pour l’impôt 
cantonal et communal (ci-après : ICC) et l’impôt fédéral direct (ci-après : IFD) 
des années 2004 à 2013. Des éléments avaient été portés à sa connaissance 
permettant d’envisager des déclarations inexactes ou incomplètes, si bien qu’un 
contrôle était prévu dans ses locaux, du 11 au 13 novembre 2014, au cours duquel 
elle sollicitait que lui soient remis divers documents, à savoir notamment le grand 
livre, le plan comptable, le journal des écritures avec les pièces justificatives, les 
relevés mensuels des comptes bancaires et les listes de l’assurance-vieillesse et 
survivants (ci-après : AVS). 

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7)  Ce contrôle a eu lieu dans les locaux de la société du 11 au 
13 novembre 2014. 

8)  Par courrier du 5 décembre 2014, l’AFC-GE a informé la société de 
l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction d’impôt pour l’IS 2004 à 
2013. Lors du contrôle effectué dans ses locaux, elle avait constaté que l’IS sur les 
salaires versés à ses employés durant les périodes concernées n’avait pas été 
correctement prélevé. Un nouveau contrôle devait avoir lieu du 18 au 
19 décembre 2014, au cours duquel elle la priait de mettre à sa disposition, pour 
les années concernées, l’ensemble des écritures comptables liées aux opérations 
libellées « ESP » ainsi que le montant des prestations effectivement facturées pour 
chaque médecin dans ce cadre. 

9)  Lors du contrôle effectué dans les locaux de la société les 18 et 19 décembre 
2014, plusieurs documents ont été remis à l’AFC-GE, à savoir les jours de 
consultation de chaque médecin employé pour les années 2006 à 2013, les 
horaires 2014 par médecin et par jour de travail, la liste des ESP pour les années 
2004 à 2013 pour chaque médecin ainsi que les rétributions versées par mois pour 
l’année 2013. 

10)  Le 22 janvier 2015, l’AFC-GE a requis de la société de lui indiquer le 
nombre de jours de travail effectué par chaque médecin pour les années 2004 à 
2013. 

11)  Le 4 février 2015, la société a transmis à l’AFC-GE le tableau général du 
nombre de jours de consultation des différents médecins pour les années 2006 à 
2013, précisant qu’était pris en compte chaque jour où un médecin avait effectué 
une prestation facturable. 

12)  Le 24 mars 2015, les dirigeants de la société ont été reçus dans les locaux de 
l’AFC-GE. 

13)  Le 28 avril 2015, la société a expliqué à l’AFC-GE, comme elle avait eu 
l’occasion de le mentionner lors de l’entretien du 24 mars 2015, que les 
spécificités du cas d’espèce rendaient extrêmement difficile la détermination du 
taux applicable aux médecins assujettis à l’IS. Lesdits médecins étaient payés à 
l’acte et travaillaient sur appel selon des durées variables, certains d’entre eux 
pouvant travailler deux jours par année, et d’autres plus de deux cent trente jours. 
Leur taux d’activité dépendait de la fréquence à laquelle ils étaient sollicités et ne 
pouvait être déterminé à l’avance. D’autres facteurs, variables et imprévisibles, 
comme les saisons ou les épidémies, influaient aussi sur leur travail. Il n’existait 
pas de salaire annuel, mensuel, semestriel ou quotidien fixe, le mode de 
rémunération consistant en un pourcentage des honoraires encaissés, calculé en 
fonction des actes médicaux réalisés. Lorsqu’un patient ne s’acquittait pas de sa 
facture, elle ne percevait rien et le médecin non plus. Il en résultait un fréquent 

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décalage entre le travail effectué et le montant de la rémunération, les factures 
qu’elle encaissait dans le mois pouvant concerner plusieurs mois de travail. 

  En raison de ces particularités, elle prélevait l’IS sur la base du salaire 
annuel. Pour ce faire, son système informatique effectuait chaque mois une 
correction du taux pour qu’en fin d’exercice le prélèvement de l’IS corresponde 
au taux annuel prévu pour la rémunération annuelle globale versée aux médecins 
concernés, étant précisé que certains médecins exerçaient également une autre 
activité professionnelle en parallèle, pour une entité de son groupe, une entité 
tierce ou en tant qu’indépendants en Suisse ou en France. D’ailleurs, la distinction 
entre les personnes ayant une activité accessoire et celles n’en ayant pas ne 
figurait pas dans la loi. Dans le premier cas, il appartenait au médecin concerné de 
l’indiquer et d’entreprendre les démarches nécessaires notamment d’un point de 
vue fiscal, et non à son employeur. Ce n’était qu’en 2014 qu’une nouvelle 
directive en matière d’IS incluait le principe d’annualisation et prévoyait une 
rubrique dans laquelle l’employé devait mentionner s’il exerçait ou non une 
activité à temps complet, ce qui n’était pas le cas durant les périodes fiscales en 
cause. Au regard de la spécificité de son cas, elle partait ainsi du principe que les 
médecins avaient le cas échéant demandé une rectification et que le prélèvement 
final de l’IS était correct, ce dont elle ne pouvait être tenue pour responsable. 

  Pour les ESP, l’IS n’était pas prélevé, étant donné que les médecins étaient 
uniquement payés par les patients de passage, cette manière de procéder ayant été 
validée par les services de l’AVS. 

14)  Par courriel du 29 juin 2015, l’AFC-GE a remis à la société une « ébauche 
de simulation des éventuels suppléments d’IS pour l’année 2013 », qui 
mentionnait les noms des collaborateurs concernés, les revenus annualisés pour le 
taux d’imposition sur la base de deux cent quarante jours de travail ainsi que le 
montant des ESP non déclarés. 

15)  Le 5 août 2016, l’AFC-GE a informé la société de la clôture de la procédure 
en rappel et soustraction d’impôt pour l’IS 2013, lui notifiant un bordereau de 
supplément d’impôt de CHF 370'884.75 et un bordereau d’amende de 
CHF 123'628.-. 

  Elle a annexé au bordereau de rappel d’impôt une liste récapitulative pour 
2013 pour chaque médecin indiquant les prestations soumises, l’impôt retenu et 
les retenues totales. 

  Par ailleurs, l’amende correspondait au tiers du montant d’impôt soustrait, la 
société ayant commis une négligence en n’usant pas des précautions nécessaires 
commandées par les circonstances. Ses explications, l’incidence de la peine et sa 
bonne collaboration étaient pris en compte pour la fixation de l’amende. 

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16)  Le 5 septembre 2016, la société a élevé réclamation contre ces bordereaux 
de rappel d’impôt et d’amende, concluant à leur annulation. Le bordereau de 
rappel d’impôt et la liste annexée ne détaillaient pas le calcul du taux de l’IS, pas 
plus que les bases légales applicables. 

17) a. Les 20 et 23 décembre 2016, l’AFC-GE a informé la société de la clôture 
des procédures en rappel et soustraction d’impôt pour l’IS 2006 à 2012, lui 
notifiant les bordereaux correspondants. 

 b. Les bordereaux de supplément d’impôt étaient de CHF 273'712.20 pour 
2006, de CHF 312'936.70 pour 2007, de CHF 272'450.80 pour 2008, de 
CHF 344'946.92 pour 2009, de CHF 341'241.15 pour 2010, de CHF 333'070.- 
pour 2011 et de CHF 448'474.94 pour 2012. 

  Elle a joint à ces bordereaux une liste, pour chacune des années concernées, 
indiquant, par médecin, les reprises, le nombre de jours travaillés, le montant des 
prestations déclarées ainsi que ce même montant annualisé sur deux cent quarante 
jours. 

 c. Elle lui a également notifié des bordereaux d’amende de CHF 91'237.- pour 
2006, de CHF 104'312.- pour 2007, de CHF 90'817.- pour 2008, de 
CHF 114'982.- pour 2009, de CHF 113'747.- pour 2010, de CHF 111'023.- pour 
2011 et de CHF 149'491.- pour 2012. 

  Les amendes correspondaient au tiers du montant d’impôt soustrait, la 
société ayant commis une négligence en n’usant pas des précautions nécessaires 
commandées par les circonstances. Ses explications, l’incidence de la peine et sa 
bonne collaboration étaient pris en compte pour la fixation de l’amende. 

18)  Le 20 janvier 2017, la société a élevé réclamation contre ces bordereaux de 
rappel d’impôt et d’amende, concluant à leur annulation. 

  Elle reprenait ses précédents arguments, précisant que certains de ses 
médecins exerçaient une autre activité en parallèle, ce dont il n’avait pas été tenu 
compte. Il était également inexact de prétendre que tous les médecins qu’elle 
employait travaillaient deux cent quarante jours par année, au regard de la 
spécificité et la pénibilité de la profession de médecin urgentiste, qui requérait de 
prendre en compte tout au plus cent quatre-vingts jours de travail par année. 
L’absence de base légale mentionnée dans les décisions litigieuses démontrait leur 
manque de fondement juridique, ce qui ne pouvait lui être imputé, pas davantage 
que le manque de clarté du système d’IS. 

19)  Par décision du 20 octobre 2017, l’AFC-GE a rejeté les réclamations de la 
société, confirmant les bordereaux de rappel d’impôt et d’amende pour l’IS 2006 à 
2013. 

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  Lors du contrôle effectué dans les locaux de la société du 11 au 
13 novembre 2014 pour l’ICC et l’IFD, il était apparu qu’elle n’avait pas 
correctement prélevé l’IS sur les salaires versés à certains collaborateurs, qui 
avaient été rétribués en argent liquide directement par les patients lors de 
consultations, ces ESP n’ayant pas été soumis à l’IS. Lors du deuxième contrôle 
s’étant déroulé dans les mêmes locaux les 18 et 19 décembre 2014 afin de 
déterminer les rémunérations non soumises à l’IS, des grilles horaires et des 
tableaux indiquant pour chaque collaborateur le nombre de jours de consultations 
effectués durant les périodes 2006 à 2013 lui avaient été remis. Il avait été 
constaté sur la base des informations fournies que le taux d’imposition appliqué à 
certains collaborateurs, indépendamment des ESP non imposés, n’était pas 
adéquat, puisque les prestations soumises à l’IS avaient été imposées au taux 
annuel correspondant à ces prestations, même si elles n’avaient été réalisées que 
durant quelques jours par mois. Il en résultait des taux systématiquement trop 
faibles et des situations aberrantes de collaborateurs réalisant des revenus de 
plusieurs milliers de francs en quelques jours sans le prélèvement d’aucun IS. Le 
24 mars 2015, un nouvel entretien avait eu lieu, au cours duquel les problèmes 
précédemment constatés avaient été rappelés à la société, de même que la 
nécessité d’annualiser les revenus perçus par les médecins afin de déterminer les 
taux applicables, au demeurant illustrés par des exemples. Il lui avait également 
été rappelé que le taux d’impôt se déterminait compte tenu d’un revenu annualisé 
sur une base de deux cent quarante jours. 

  Dans la mesure où ils constituaient une partie du revenu de l’activité 
lucrative dépendante des collaborateurs de la société, les ESP, d’un montant total 
de CHF 1'392'765.- pour les années concernées, devaient être soumis à l’IS, ce qui 
n’avait pas été le cas, puisque la différence conservée par les collaborateurs, bien 
que constituant un revenu de leur activité lucrative dépendante, n’avait pas été 
imposée à la source, en violation des dispositions légales applicables. Par ailleurs, 
les taux appliqués n’étaient pas corrects, puisque s’agissant de revenus 
périodiques réguliers, ils devaient être convertis sur une année, étant précisé que 
les collaborateurs concernés n’effectuaient pour le compte de la société qu’un 
nombre de jours de travail limité durant l’année. Il n’était pas contesté que la 
rémunération de chaque collaborateur pouvait différer d’un jour à l’autre, du fait 
du mode de calcul des salaires qu’elle avait librement choisi et d’un nombre de 
consultations variant chaque jour. S’agissant toutefois des collaborateurs 
concernés, ceux-ci n’effectuaient qu’un nombre de jours de travail limité durant 
l’année et n’étaient pas engagés à plein temps. Dès lors, les barèmes disponibles 
pour l’IS étaient adéquats et des annualisations devaient être effectuées pour 
déterminer le taux d’imposition applicable. 

  Conformément à la pratique, il s’agissait de prendre en compte une base de 
deux cent quarante jours de travail par an, les spécificités de la profession ne 
permettant pas d’aboutir à un nombre inférieur. À cela s’ajoutait que certains de 

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ses collaborateurs avaient travaillé plus de deux cent vingt jours en 2012 et même 
plus de deux cent soixante en 2013, ce qui allait à l’encontre de ses arguments. 

  Étant donné que la société devait procéder aux retenues d’IS de manière 
adéquate, elle ne pouvait se défausser de sa responsabilité au motif que ses 
collaborateurs auraient dû lui signaler leurs autres sources de revenus. Il n’était 
pas non plus question d’autres revenus qui auraient dû faire l’objet d’une taxation 
complémentaire, mais bien des revenus d’activités lucratives dépendantes qu’elle 
avait versés et qui auraient dû faire l’objet de retenus d’IS plus élevées. Par 
ailleurs, quasiment aucun des collaborateurs pour lesquels des reprises avaient été 
effectuées n’exerçait exclusivement au sein de la société, si bien que les 
arguments en lien avec un traitement identique de tous ses collaborateurs étaient 
infondés. 

  Les amendes étaient également justifiées tant dans leur principe que dans 
leur quotité, dès lors que les organes de la société avaient fait preuve de 
négligence en omettant de prélever l’IS de manière suffisante, ce dont le montant 
de l’amende, fixé au minimum légal, tenait compte. Sa bonne collaboration et 
l’incidence financière de la peine étaient également pris en compte. 

  L’argument selon lequel ses collaborateurs n’auraient pas pu lui expliquer 
comment l’IS devait être prélevé dans sa situation au vu de ses particularités et de 
sa complexité ne pouvait pas non plus être suivi, des explications lui ayant été 
fournies à l’occasion de l’entretien du 24 mars 2015 sur la manière dont elle aurait 
dû imposer les prestations reçues, soit en soumettant l’intégralité des 
rémunérations, y compris les ESP, et en annualisant pour le taux d’imposition 
lesdites rémunérations sur une base de deux cent quarante jours de travail, ce qui 
avait du reste été effectué lors de l’édition des bordereaux litigieux. 

20)  Le 20 novembre 2017, la société a recouru auprès du Tribunal administratif 
de première instance (ci-après : TAPI) contre cette décision, concluant à son 
annulation ainsi qu’à celle des bordereaux y relatifs. 

  Elle reprenait ses précédents arguments, indiquant que l’AFC-GE avait 
ignoré les particularités de son cas, pourtant déterminantes pour le calcul de l’IS. 
L’annualisation pratiquée par l’AFC-GE ne reposait sur aucune base légale, les 
directives applicables jusqu’en 2013 ne la mentionnant pas non plus. Ce n’était 
que depuis 2014 que ce principe avait été consacré pour le contribuable exerçant 
plusieurs activités à temps partiel et que la formule y relative contenait une partie 
spécifique dans laquelle l’employé devait mentionner son taux d’activité et la 
perception d’un revenu de la part d’un ou de plusieurs employeurs. Ainsi, en 
l’absence de barème « à l’acte », elle avait prélevé l’IS sur la base du salaire 
annuel, ce qui permettait de prendre en compte de manière optimale le caractère 
variable des rémunérations perçues ainsi que des particularités de chaque cas. En 
tout état de cause, si une annualisation devait être retenue, elle devait se baser non 

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sur deux cent quarante jours comme l’avait estimé l’AFC-GE, mais sur cent vingt 
jours, eu égard à la statistique fédérale de l’observatoire suisse de la santé, qui 
attestait que le taux d’activité des médecins de premier recours en médecine 
privée était de 50 % en cas d’activité dans un cabinet situé à proximité d’un centre 
universitaire. 

  La méthode de calcul de l’AFC-GE était en outre arbitraire et contraire à 
l’égalité de traitement, puisqu'avait été appliqué, sans distinction, le procédé 
d’annualisation à tous les médecins, y compris à ceux travaillant exclusivement 
pour elle. 

  La décision relative aux ESP était également erronée, dès lors que les 
médecins étaient payés directement par les patients, de sorte qu’elle n’avait pas à 
prélever d’IS, une telle pratique ayant été admise par l’AVS. 

  S’agissant des amendes, elle ne devait pas supporter les conséquences du 
manque de clarté, voire des faiblesses juridiques du système de l’IS, l’AFC-GE 
n’ayant jamais pu lui indiquer selon quelles modalités exactes devaient s’effectuer 
les prélèvements. Une éventuelle négligence de la part des médecins qui auraient 
rempli leurs déclarations de manière incorrecte ne pouvait pas non plus lui être 
imputée, dès lors qu’il ne lui appartenait pas de remettre en doute la véracité des 
indications fournies par ses employés ni de procéder à des investigations 
supplémentaires. 

21)  Le 26 février 2018, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours. 

  S’agissant des ESP, les médecins ne pouvaient être considérés comme 
indépendants sous l’angle du droit fiscal, de sorte qu’il ne leur appartenait pas 
d’annoncer leurs revenus à ce titre. Il s’agissait de salaires versés par la société en 
tant qu’employeur, sur lesquels l’IS devait être perçu. 

  Au vu des dispositions légales applicables durant les périodes fiscales 
concernées, des annualisations devaient être effectuées pour déterminer le taux 
d’imposition applicable. Par ailleurs, dans la mesure où de nombreux médecins 
travaillaient plus de cent vingt jours, il ne se justifiait pas de retenir une telle base 
d’imposition. 

22)  Le TAPI a tenu une audience de comparution personnelle des parties le 
12 septembre 2018. 

 a. Selon les représentants de l’AFC-GE, avant l’adoption de la directive de 
2014, dans les cas d’emploi à temps partiel, elle ne se posait pas la question de 
savoir si l’employé travaillait également pour un autre employeur et annualisait 
systématiquement le taux, l’entrée en vigueur en 2014 de la nouvelle directive 
n’ayant pas modifié cette situation. C’étaient ces instructions qui étaient données à 
l’employeur à charge pour l’employé, si nécessaire, de contacter l’autorité fiscale 

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en fin d’année afin qu’il soit procédé aux rectifications utiles, à la baisse ou à la 
hausse. L’information donnée visait en réalité les employés à temps complet, dont 
les employeurs pouvaient rectifier en fin d’année l’imposition, s’agissant du 
barème à appliquer, annuel ou horaire journalier, ce qui n’était pas le cas pour les 
employés à temps partiel, pour lesquels aucune rectification de la part de 
l’employeur n’était possible. En 2014, compte tenu de l’introduction d’un 
nouveau barème et de l’adoption de directives fédérales plus claires, la directive 
2014 avait été adoptée afin que l’imposition se fasse de manière plus conforme à 
la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes 
du 14 décembre 1990 (LHID - RS 642.14). 

  Dès qu’il y avait plus d’un employeur, le taux annualisé était applicable, en 
considération du fait que l’employeur principal ne pouvait pas connaître les 
éventuels autres employeurs. Une annualisation du taux évitait en outre qu’en fin 
d’année un employé ne se retrouve avec une imposition supplémentaire trop 
importante. Auparavant, la prise en compte de revenus étrangers n’était pas 
expressément prévue, ce qui était le cas selon la directive 2014. Une situation 
comme celle de la société ne s’était jamais présentée, puisqu’en cas de doute les 
employeurs la contactaient en général et il était discuté de ce qui était 
envisageable. Dans des cas similaires, notamment s’agissant des sociétés de 
location de services dans le bâtiment, le taux était toujours annualisé, les 
entreprises en cause ne pouvant pas se permettre de ne pas prélever en suffisance 
l’IS. Pour effectuer les reprises en lien avec les ESP, elle s’était basée sur les 
chiffres fournis par la société. Par ailleurs, le risque qu’un patient ne paie pas ou 
seulement tardivement la facture qui lui était adressée était inhérent à toute 
activité professionnelle. Dans le cadre de la présente procédure, le calcul du 
« gross up » (calcul en dedans) n’avait pas été effectué, en considération du fait 
que la société se retournerait ensuite auprès des médecins concernés, étant précisé 
qu’elle n’entendait pas communiquer à ce sujet compte tenu du secret fiscal. S’il 
s’avérait qu’un montant avait été imposé à double, à savoir chez le médecin et 
ensuite réclamé à la société, il appartenait au contribuable de réclamer à son 
encontre. Dans le cadre du contrôle, il avait été décidé d’appliquer un taux 
annualisé du fait qu’elle disposait du nombre de jours travaillés par les médecins. 
D’autres barèmes étaient applicables, en fonction des informations fournies, mais 
n’avaient pas pu l’être en l’occurrence, puisque les chiffres retenus n’avaient pas 
été contestés par la production d’une nouvelle liste récapitulative corrective par la 
société, seul document qui lui aurait permis de corriger le préavis de reprise. 

 b. Les représentants de la société ont indiqué que, depuis 2001, la majeure 
partie de ses médecins étaient domiciliés à l’étranger. Les ESP représentaient 
environ 2 % de ses activités. La société ne se renseignait en outre pas sur la 
qualité d’indépendant de ses médecins. Ceux-ci étaient payés à l’acte et ne 
percevaient pas de revenus périodiques pouvant être annualisés. 

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23)  Par courrier du 24 septembre 2018, l’AFC-GE a précisé qu’elle n’avait 
effectué aucune reprise s’agissant des médecins domiciliés à Genève, qui n’étaient 
pas soumis à l’IS. Entre son courriel du 29 juin 2015 et la clôture de la procédure 
en rappel et soustraction d’IS s’était écoulé plus d’un an, période durant laquelle 
la société ne lui avait fait parvenir aucune proposition. 

  S’agissant des médecins soumis à l’IS, il ressortait des listes récapitulatives 
annexées aux bordereaux qu’elle avait tenu compte des retenues IS déjà effectuées 
par la société. En outre, après vérification, il s’avérait que pendant les années 
litigieuses, cinquante-trois demandes de rectifications avaient été présentées par 
dix-neuf contribuables distincts, sur un total de septante-sept contribuables qui 
avaient fait l’objet d’une reprise dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt 
de la présente procédure. Aucun médecin n’avait déclaré les ESP. 

  Avant l’adoption de la directive 2014, elle avait clairement indiqué lors de 
l’audience que sa pratique était, dans le cas d’une activité à temps partiel et 
l’existence de plusieurs employeurs, l’annualisation systématique du taux. La 
situation n’avait pas changé depuis l’adoption de ladite directive, les 
modifications apportées ne concernant que l’adaptation des bases de calcul des 
barèmes de l’IS. 

  La société ne pouvait pas non plus avancer qu’aucune explication ne lui 
avait été fournie, dès lors que pour chaque année fiscale concernée, une liste 
récapitulative avait été annexée aux bordereaux. 

24)  Le 10 octobre 2018, la société a indiqué qu’elle avait eu connaissance de 
deux cas dans lesquels ses médecins, domiciliés à Genève, avaient fait l’objet de 
reprises. Par ailleurs, il n’était pas acceptable que l’AFC-GE effectue des reprises 
sur des médecins soumis à l’IS et à son égard, sous peine d’un paiement à double 
de l’impôt, pour le même revenu. L’AFC-GE n’avait pas non plus indiqué qu’elle 
rembourserait les contribuables concernés. En outre, l’AFC-GE n’était pas 
habilitée à ouvrir à son encontre une procédure en rappel d’impôt, qui ne pouvait 
être dirigée que contre le contribuable, le DPI étant, quant à lui, soumis à la 
procédure en paiement complémentaire, qui était désormais prescrite pour les 
années 2006 à 2008. 

25)  Les 19 novembre et 3 décembre 2018, l’AFC-GE a précisé que pour les 
périodes fiscales 2006 et 2007, aucun bordereau n’avait été édité, dès lors qu’elle 
partait du principe que les listes récapitulatives des contribuables issues de son 
dossier informatique faisaient office de bordereaux. Les affirmations de la société 
étaient erronées, dès lors qu’une procédure en rappel et soustraction d’impôt 
pouvait être ouverte à l’encontre d’un employeur n’ayant pas prélevé l’IS sur le 
salaire de ses employés ou l’ayant prélevé de manière insuffisante. La prescription 
n’était ainsi pas acquise, les périodes fiscales litigieuses ayant déjà fait l’objet 
d’une taxation. Il en allait de même de la prescription des amendes. En outre, la 

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présente procédure concernait uniquement les médecins soumis à l’IS et non ceux 
soumis au rôle ordinaire, étant rappelé que deux procédures en rappel d’impôt 
ouvertes à l’encontre de médecins portaient sur les ESP, non inclus dans la 
procédure ouverte à l’encontre de la société. Les rectifications qui concernaient 
les dix-neuf contribuables, à leur demande, n’étaient pas en lien avec les ESP. Par 
conséquent, contrairement à ce que soutenait la société, elle n’entendait 
aucunement prélever deux fois l’impôt. 

26)  Le 8 janvier 2019, la société a expliqué que, dans les relations entre 
l’AFC-GE et le DPI, il n’existait pas de bordereaux, mais des décomptes. 
L’AFC-GE ne pouvait ainsi procéder par un rappel d’impôt qu’à l’encontre de 
taxations, soit dans sa relation avec le seul contribuable, et non la concernant en 
tant que DPI. 

27)  Par jugement du 14 janvier 2019, le TAPI a partiellement admis le recours 
de la société. 

  Pour l’IS 2006 et 2007, bien que l’AFC-GE ait qualifié la procédure de 
rappel d’impôt, il s’agissait d’un paiement complémentaire à l’IS insuffisamment 
perçu, en l’absence de décision fixant le montant de l’impôt préalablement 
notifiée à la société, pour lequel le délai de prescription, de cinq ans, était échu le 
5 décembre 2014. Les bordereaux d’impôt devaient ainsi être annulés pour ces 
deux années. Il en allait différemment des autres années fiscales, pour lesquelles 
l’AFC-GE avait notifié à la société des bordereaux d’IS avant l’échéance du délai 
de prescription du droit de taxer. Il s’agissait dans ce cas d’un rappel d’impôt, 
dont le délai d’ouverture n’était pas échu et dont le bien-fondé n’était en outre pas 
contesté. 

  Les bases légales et réglementaires applicables permettaient de procéder à 
l’annualisation de revenus périodiques soumis à l’IS pour le calcul du taux 
d’imposition, que l’employé travaillât ou non à plein temps. Le fait qu’avant 2014 
les directives soient muettes à ce sujet n’était pas déterminant. La spécificité de la 
profession de médecin urgentiste ne changeait rien au fait que les revenus 
découlant des consultations se renouvelaient durant les années en cause, même s’il 
n’était pas possible de définir précisément cette régularité. La rémunération devait 
ainsi être qualifiée de périodique et être annualisée pour déterminer le taux 
d’imposition. Pour le calcul du taux, il devait être tenu compte d’une activité à 
plein temps, du fait que les médecins de premier recours travaillaient plus de 
quarante-cinq heures par semaine, sur la base d’une durée annuelle de deux cent 
trente et un jours correspondant aux jours travaillés par année à Genève. La 
société n’ayant pas procédé à une telle annualisation, elle avait effectué des 
retenues d’IS insuffisantes. Il en allait de même des ESP, qui étaient soumis à l’IS 
en tant que revenu de l’activité salariée, indépendamment de la dénomination du 
rapport juridique entre le médecin et la société et de l’avis des services de l’AVS, 
qui ne liait pas l’AFC-GE. 

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  Le fait que l’AFC-GE ait annualisé le revenu de l’ensemble des médecins 
travaillant pour la société, sans égard à leur taux d’activité, pouvait certes paraître 
critiquable sous l’angle de l’égalité de traitement. Il n’en demeurait pas moins que 
les barèmes d’IS étaient limitativement prévus par la réglementation applicable et 
établis compte tenu d’un revenu horaire, mensuel ou annuel, un système tel que 
pratiqué par la société étant inconnu. Par nature schématique, les barèmes ne 
pouvaient prendre en compte la situation individuelle de chaque médecin. 

  S’agissant des amendes, elles n’étaient prescrites en application ni du 
nouveau ni de l’ancien droit, celles relatives aux années 2006 et 2007 n’entrant 
plus en considération. Durant les années en cause, la société avait prélevé des 
montants d’IS insuffisants, comme précédemment indiqué. Elle ne pouvait se 
prévaloir du manque de clarté des normes légales et des directives applicables et, 
en cas de doute, il lui appartenait de contacter l’AFC-GE, ce qu’elle n’avait pas 
fait. Ses organes avaient ainsi commis une faute, à tout le moins par négligence, 
qui lui était imputable. La quotité des amendes retenue par l’AFC-GE constituait 
la sanction minimale incompressible, si bien qu’elle était confirmée. 

28)  Par acte du 15 février 2019, la société a recouru auprès de la chambre 
administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre 
ce jugement, concluant principalement à son annulation concernant les rappels 
d’impôt et les amendes pour l’IS 2008 à 2013 et à l’octroi d’une indemnité de 
procédure, subsidiairement à la modification des reprises en tenant compte de la 
base de calcul de deux cent trente-et-un jours et à la modification des amendes en 
tenant compte de celle des reprises. 

  Elle reprenait ses précédents arguments, précisant que, contrairement à ce 
qu’avait retenu le TAPI, la période IS 2008 était prescrite, la procédure en rappel 
d’impôt ne pouvant être dirigée contre le DPI mais uniquement contre le 
contribuable, ce qu’elle avait du reste indiqué devant les premiers juges, qui 
avaient à tort considéré qu’elle n’avait pas contesté l’ouverture de la procédure en 
rappel d’impôt. 

  Il ne pouvait être question d’annualisation du revenu en considérant 
simplement qu’il suffisait a posteriori de demander une rectification de l’IS. En 
cette matière, il fallait au contraire tenir compte des principes constitutionnels, la 
charge fiscale des non-résidents ne devant pas différer de manière importante de 
celle des contribuables imposés selon la procédure ordinaire. À cela s’ajoutait 
qu’aucune disposition légale ne prévoyait une annualisation des revenus 
périodiques réguliers en cas d’assujettissement de moins d’une année. Une telle 
annualisation des revenus des médecins soumis à l’IS ayant une activité à temps 
partiel constituait en outre une inégalité de traitement par rapport à leurs confrères 
soumis à l’impôt ordinaire. La question de savoir si un médecin exerçait ou non 
une autre activité relevait de sa sphère privée et n’avait pas à être communiquée à 
son employeur, à qui il n’appartenait pas de mener des investigations à ce sujet. 

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Subsidiairement, il convenait de retenir non pas deux cent trente et un jours 
travaillés, mais cent vingt jours, sur la base de la statistique de l’observatoire 
suisse de la santé. 

  Le principe des amendes était contesté, en l’absence de faute commise, dès 
lors qu’il ne lui appartenait pas de supporter le manque de clarté et les faiblesses 
juridiques du système de l’IS. Subsidiairement, le jugement du TAPI était erroné 
en tant qu’il maintenait en l’état, sans les corriger, les amendes relatives aux 
années 2008 à 2013, puisqu’il avait modifié la base de calcul retenue. 

29)  Le 22 mars 2019, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours. 

  Le litige ne portait pas sur le bien-fondé de l’ouverture de la procédure en 
rappel d’impôt, question que la société n’avait pas contestée dans son recours au 
TAPI, mais évoquée en lien avec la qualité de contribuable dans des échanges 
ultérieurs d’écritures. En tout état de cause, le contribuable qui était partie à la 
présente procédure était bien la société, soit le DPI responsable du prélèvement 
correct de l’IS. Dès lors qu’elle avait notifié en date du 19 mai 2009 le bordereau 
d’IS 2008, la procédure ouverte le 5 décembre 2014 relevait du rappel d’impôt, 
dont le délai de prescription n’était pas échu. 

  Les médecins travaillaient selon une grille horaire et une durée de travail 
convenues, de sorte que les revenus étaient obtenus de manière régulière pendant 
les périodes concernées ou acquis à intervalles réguliers. Le raisonnement du 
TAPI était fondé sur la législation en vigueur en matière d’IS, qui permettait de 
procéder à l’annualisation des revenus périodiques pour le calcul du taux 
d’imposition, la méthode proposée par la société ne reposant sur aucun 
fondement. 

  Une personne physique exerçant plusieurs activités à temps partiel se voyait 
imposer au rôle ordinaire sur la base du cumul des revenus, qui déterminait le 
taux, de sorte que dans un tel cas l’annualisation n’avait pas lieu d’être. Aux fins 
d’assurer le respect du principe de la capacité contributive des personnes imposées 
à l’IS exerçant plusieurs activités à temps partiel, chacune de ces activités était 
imposée pour elle-même, sans cumul, et donc annualisée, afin d’obtenir un taux 
correct. Le principe d’égalité de traitement était ainsi respecté, puisqu’elle opérait 
une rectification. 

  Elle se ralliait aux développements et conclusions du TAPI pour le surplus. 

30)  Dans sa réplique du 2 mai 2019, la société a persisté dans les conclusions et 
termes de son recours. 

  En alléguant devant le TAPI que le médecin était le contribuable et qu’elle 
était le DPI, elle avait contesté le bien-fondé de l’ouverture de la procédure en 
rappel d’impôt à son encontre. Contrairement à ce que prétendait l’AFC-GE, les 

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bordereaux concernaient le contribuable, et non le DPI, qui se voyait remettre un 
décompte, de sorte que les dispositions en matière de rappel d’impôt ne lui étaient 
pas applicables. 

31)  Par arrêt du 26 novembre 2019 (ATA/1726/2019), la chambre 
administrative a partiellement admis le recours de la société, annulé le jugement 
entrepris au sens des considérants et renvoyé le dossier à l’AFC-GE pour 
l’établissement de nouveaux bordereaux d’amende pour l’IS 2008 à 2013. 

32)  Le 27 avril 2021 (2C_60/2020), le Tribunal fédéral a admis le recours de la 
société en tant qu’il portait sur l’IFD et l’ICC 2008 à 2013, annulé l’arrêt du 
26 novembre 2019 et renvoyé la cause à la chambre administrative pour qu’elle 
procède dans le sens des considérants. 

  L’AFC-GE avait notifié à la société des bordereaux d’impôt, à juste titre 
qualifiés de décisions, qui étaient entrés en force faute d’avoir été contestés. L’on 
se trouvait dès lors dans le cadre d’une procédure en rappel d’impôt, dirigée 
contre le DPI, pour laquelle la prescription n’était pas atteinte, pour aucune des 
périodes fiscales concernées, soit 2008 à 2013. Avant de vérifier le bien-fondé des 
reprises, l’autorité cantonale devait toutefois contrôler si les conditions du rappel 
d’impôt étaient réunies, même si le TAPI ne s’était pas prononcé sur ce point. La 
cause devait par conséquent être renvoyée à l’autorité précédente pour qu’elle 
procède à l’établissement des faits, puis se prononce sur lesdites conditions et 
rende une nouvelle décision. Pour les amendes, qui n’étaient prescrites pour 
aucune des périodes fiscales en cause, ni sous l’ancien ni sous le nouveau droit, la 
société ne contestait plus qu’elle n’avait pas retenu, à tort, l’IS sur les ESP. Elle 
contestait toutefois, dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt, 
l’annualisation des revenus des médecins qu’elle employait pour la détermination 
du taux d’imposition. Le point de savoir si la société avait retenu un montant d’IS 
insuffisant en lien avec ces revenus, entraînant une perte fiscale, supposait donc 
de connaître quelle méthode de calcul devait être appliquée, ce qui devait être 
déterminé dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt, dont il convenait de 
connaître l’issue avant de pouvoir statuer sur l’existence d’une soustraction 
fiscale. 

33)  Le 11 juin 2021, devant la chambre administrative, l’AFC-GE a conclu au 
rejet du recours. 

  La procédure en rappel et soustraction d’impôt litigieuse avait été ouverte à 
l’encontre de la société au motif que l’IS retenu était insuffisant, après 
l’apparition, dans le cadre de la procédure en rappel et soustraction d’impôt pour 
l’ICC et l’IFD 2004 à 2013, de l’absence de retenue d’IS sur les ESP. Pour les 
années encore litigieuses, la société lui avait remis les décomptes des mois de 
janvier à décembre et les listes récapitulatives correspondantes, documents sur 
lesquels elle s’était fondée pour établir les bordereaux d’IS entrés en force. Elle 

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n’avait alors pas eu connaissance de l’absence de prélèvement de l’IS sur les 
prestations reçues en espèces par les médecins lors de consultations de patients de 
passage en Suisse, les documents susmentionnés ne lui ayant pas non plus permis 
de constater que les prestations soumises à l’IS n’avaient pas été imposées aux 
taux correct. Elle ne disposait en particulier d’aucun moyen de se rendre compte 
que l’annualisation des revenus des médecins pour la détermination du taux 
n’avait pas été effectuée ni que la société avait procédé à des prélèvements d’IS à 
des taux annuels alors que certaines prestations n’avaient été réalisées que durant 
quelques jours par mois, ce qui n’avait été mis en évidence que lors du contrôle 
dans les locaux de la société. 

  Elle avait alors été mise en possession des tableaux récapitulant les 
montants facturés aux patients par les médecins et du tableau général de leurs 
jours de consultation pour les années en cause. Avant de disposer des horaires et 
du nombre de jours travaillés, qui étaient variables de mois en mois, elle n’avait 
pas eu la possibilité de déterminer, au moyen des décomptes et des listes 
récapitulatives remises, que les prestations soumises à l’IS n’avaient pas été 
imposées au taux correct et n’avait, dans ce cadre, aucune raison de procéder à des 
investigations complémentaires au moment de la notification des bordereaux d’IS, 
en l’absence d’inexactitude flagrante. Il s’ensuivait qu’elle était légitimée à ouvrir 
une procédure en rappel d’impôt lors de la découverte de nouveaux éléments, 
apparus à l’occasion du contrôle sur place, qui lui permettaient de supposer que la 
société n’avait pas procédé à une retenue complète de l’IS sur le salaire de ses 
employés pour les années litigieuses. Cette omission constituait une violation 
d’une obligation légale lui incombant entraînant une perte fiscale pour la 
collectivité, si bien que les conditions objectives d’une soustraction fiscale étaient 
réalisées. Elle persistait par ailleurs dans ses précédentes écritures, auxquelles elle 
se référait. 

34)  Le 25 juin 2021, la société a conclu à l’annulation du jugement du TAPI 
concernant les rappels d’impôt et les amendes pour l’IS 2008 à 2013 et à l’octroi 
d’une indemnité de procédure, subsidiairement à la modification des reprises en 
tenant compte de la base de calcul de cent vingt jours et à la modification des 
amendes en tenant compte de celle des reprises. 

  Les conditions pour ouvrir une procédure en rappel d’impôt n’étaient pas 
réalisées. Elle avait ainsi rempli les déclarations d’IS pour les années 2008 à 2013 
conformément aux directives en vigueur, comme elle le faisait de manière 
constante depuis plus de vingt ans. Aucun reproche n’ayant été formulé à son 
encontre au sujet de sa manière de procéder jusqu’alors, elle n’avait aucune raison 
d’interroger l’AFC-GE, ce d’autant moins au regard du droit applicable, qui ne 
laissait aucun doute sur le montant d’IS à prélever. 

  Les critiques de l’AFC-GE n’avaient été initiées que fin 2014, à la suite de 
l’adoption de la directive de 2014, ce qui ne pouvait constituer un motif de rappel 

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d’impôt, lequel ne pouvait pas non plus pallier une instruction déficiente au cours 
de la procédure ordinaire de taxation. Dans ce cadre, le dossier contenait déjà des 
listes récapitulatives, qui indiquaient, pour de nombreux médecins, un impôt 
« 0.00 », ainsi que le revenu correspondant dans chaque cas. Au vu de ces 
éléments, l’AFC-GE devait se rendre compte que l’IS n’était pas prélevé et que 
les revenus étaient extrêmement bas, si bien que la question de savoir si ces 
médecins disposaient d’une source de revenus accessoires devait se poser. 
L’AFC-GE ne lui ayant jamais demandé de renseignements complémentaires à ce 
sujet, elle ne pouvait à présent se prévaloir de ces éléments pour justifier un rappel 
d’impôt. De surcroît, la question de savoir si un médecin exerçait une autre 
activité ressortissait à sa sphère privée et il n’avait pas à communiquer une telle 
information à son employeur ni à l’indiquer dans la formule remise à ce dernier 
avant 2014. En définitive, elle avait, du point de vue fiscal, rempli toutes ses 
obligations et il appartenait à l’AFC-GE de procéder aux investigations 
nécessaires, ce qu’elle n’avait pas fait. Par ailleurs, en tant que l’annualisation des 
revenus des médecins pour la détermination du taux d’imposition ne trouvait pas 
application pour les périodes concernées, aucune taxation n’était « à tort » restée 
incomplète. À cela s’ajoutait que l’IS ayant fait l’objet d’une rectification pour 
dix-neuf contribuables, comme l’avait indiqué l’AFC-GE, celle-ci entendait 
encaisser deux fois l’impôt, de sorte qu’il n’en résultait aucune perte fiscale pour 
la collectivité. Par conséquent, toute ouverture d’une procédure en rappel d’impôt 
était exclue. 

  À défaut, des mesures d’instruction devaient être ordonnées. Il convenait en 
particulier de déterminer si l’ouverture des procédures en rappel et soustraction 
d’impôt n’était pas fondée sur une nouvelle appréciation juridique du dossier, en 
établissant le contenu de celui-ci au moment de la taxation ordinaire, de vérifier 
l’existence d’une perte fiscale, au regard des rectifications apportées pour 
dix-neuf contribuables ou encore d’établir si le substrat fiscal n’avait pas fait 
l’objet d’une taxation auprès des médecins concernés. En tant que de besoin, la 
cause devait être renvoyée au TAPI, afin de garantir le respect du double degré de 
juridiction. 

  Sur le fond, la société reprenait les arguments développés dans ses 
précédentes écritures. S’agissant des amendes, elle n’en contestait pas la quotité, 
mais les éléments constitutifs de l’infraction, qui n’étaient pas réalisés puisque les 
conditions pour ouvrir les procédures en rappel d’impôt n’étaient pas remplies. 
L’AFC-GE ne pouvait pas lui reprocher l’application d’une méthode erronée, dès 
lors que cette autorité n’avait pas su lui expliquer comment procéder et s’était 
abstenue, comme le TAPI, de mentionner les bases légales applicables. 

35)  Dans sa réplique du 29 juillet 2021, la société a persisté dans les conclusions 
et termes de son recours. 

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  Les éléments mentionnés par l’AFC-GE pour justifier l’ouverture de la 
procédure en rappel d’impôt n’étaient pas pertinents, dès lors que la 
problématique des ESP n’était plus litigieuse. De plus, le rappel d’impôt 
n’équivalait pas à un nouvel examen complet de la taxation, mais ne portait que 
sur les points pour lesquels l’autorité fiscale disposait de nouveaux éléments, et il 
devait se limiter aux aspects au sujet desquels les conditions légales étaient 
remplies. Même si l’AFG-GE avait considéré que les conditions du rappel 
d’impôt étaient réalisées pour les ESP, lesdites conditions ne permettaient pas 
d’étendre la procédure en rappel d’impôt sur la question de savoir si les revenus 
globaux des médecins devaient être extrapolés pour la détermination du taux 
d’imposition. L’AFC-GE ne pouvait pas non plus se prévaloir des pièces 
produites après l’initiation du contrôle pour soutenir qu’elle n’avait pas 
connaissance de tous les détails qui l’intéressaient et justifier a posteriori 
l’ouverture de la procédure de rappel d’impôt. La question était seulement de 
savoir si l’AFC-GE aurait dû se rendre compte au moment de l’émission des 
bordereaux d’un élément de fait essentiel à la lecture du dossier et procéder, le cas 
échéant, aux investigations requises. 

36)  Invitée à se déterminer, l’administration fédérale des contributions 
(ci-après : AFC-CH) ne s’est pas prononcée sur le recours. 

37)  Sur quoi, la cause a été gardée à juger, ce dont les parties ont été informées. 

EN DROIT 

1)  La recevabilité du recours ayant déjà été admise, il n’y a pas lieu d’y 
revenir. 

2) a. Le présent arrêt fait suite à celui du Tribunal fédéral du 27 avril 2021 
(2C_60/2020). 

  En application du principe de l’autorité de l’arrêt de renvoi du Tribunal 
fédéral, l’autorité cantonale à laquelle la cause est renvoyée par celui-ci est tenue 
de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l’arrêt du Tribunal 
fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le 
Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n’ont pas été attaquées devant 
lui ou l’ont été sans succès. La motivation de l’arrêt de renvoi détermine dans 
quelle mesure la cour cantonale est liée à la première décision, décision de renvoi 
qui fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle 
motivation juridique (arrêt du Tribunal 6B_904/2020 du 7 septembre 2020 
consid. 1.1 et les références citées ; ATA/1179/2021 du 2 novembre 2021 
consid. 2). 

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 b. En l’espèce, à la suite de l’arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, demeurent 
litigieuses les conditions permettant l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt 
pour l’IS 2008 à 2013, de même que, pour lesdites périodes, la méthode de 
détermination du taux d’IS et les amendes pour soustraction fiscale, étant précisé 
que le fait pour la recourante de ne pas avoir retenu l’IS sur les ESP n’est plus 
contesté. 

  Comme l’a relevé le Tribunal fédéral, le droit de procéder au rappel d’impôt 
pour les années 2008 à 2013 n’est pas prescrit, pas plus que l’infraction de 
soustraction d’impôt pour les mêmes années. 

  Par ailleurs, s’agissant du droit applicable, il sera renvoyé aux considérants 
de l’arrêt du Tribunal fédéral y relatif, étant précisé qu’il s’agit de celui en vigueur 
pendant les périodes fiscales en cause. 

3)  Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l’autorité 
fiscale lui permettent d’établir qu’une taxation n’a pas été effectuée, alors qu’elle 
aurait dû l’être, ou qu’une taxation entrée en force est incomplète ou qu’une 
taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis 
contre l’autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l’impôt qui n’a pas été 
perçu, y compris les intérêts (art. 151 al. 1 de la loi fédérale sur l’impôt fédéral 
direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11 ; art. 53 al. 1 LHID ; art. 59 al. 1 
de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17). 

  Le rappel d’impôt est le pendant, en faveur du fisc, de la révision en faveur 
du contribuable. Cette procédure porte sur la perception d’impôts qui n’ont pas pu 
être prélevés par l’administration fiscale au cours de la taxation ordinaire. Le 
rappel d’impôt n’est soumis qu’à des conditions objectives : il implique qu’une 
taxation n’a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la 
collectivité publique a subi une perte fiscale. Il suppose aussi l’existence d’un 
motif de rappel, qui peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de 
preuve inconnus jusque-là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient 
pas du dossier dont disposait l’autorité fiscale au moment de la taxation. Le rappel 
d’impôt ne peut porter que sur les points pour lesquels l’autorité fiscale dispose de 
nouveaux éléments (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 et les références citées arrêt du 
Tribunal fédéral 2C_116/2021 du 8 juillet 2021 consid. 6.1). 

  Selon la jurisprudence, l’autorité fiscale peut, en principe, considérer que la 
déclaration d’impôt est exacte et complète et elle n’est pas tenue, à défaut 
d’indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En 
raison de la maxime inquisitoire, l’autorité doit cependant procéder à une analyse 
plus approfondie lorsqu’il ressort manifestement du dossier que les faits 
déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l’autorité fiscale aurait dû se 
rendre compte de l’état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité 
adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est 

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interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d’impôt font 
défaut (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_116/2021 
précité consid. 6.2). Par ailleurs, la décision sur rappel d’impôt fixe le supplément 
à payer par le contribuable en lien avec l’élément qui n’a – à tort – pas été imposé 
et ne représente pas une prétention fiscale de nature différente de la créance 
primitive d’impôt (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1). 

4)  L’IS est notamment perçu sur le revenu de l’activité des travailleurs qui, 
sans être domiciliés ni en séjour en Suisse au regard du droit fiscal, exercent une 
activité lucrative dépendante dans le canton pendant de courtes périodes, durant la 
semaine ou comme frontaliers (art. 91 aLIFD, art. 35 al. 1 aLHID et art. 7 de la loi 
sur l’imposition à la source des personnes physiques et morales du 
23 septembre 1994 [LISP - D 3 20], dans leur teneur avant le 1er janvier 2014). 
L’IS se substitue à l’IFD perçu selon la procédure ordinaire (art. 99 aLIFD ; 
art. 35 al. 2 aLHID ; art. 17 aLISP). Le système d’imposition à la source se fonde 
sur le principe de l’auto-taxation (ATF 135 II 274 consid. 3.3). L’IS est perçu en 
une fois par le DPI, à savoir l’employeur du contribuable, qui a l’obligation de 
retenir l’impôt dû, de remettre au contribuable un relevé ou une attestation et de 
verser périodiquement les impôts à l’autorité fiscale compétente (art. 100 al. 1 
let. a à c LIFD). Il est responsable du paiement de l’IS et reçoit en contrepartie 
une commission de perception (art. 100 al. 2 et 3 LIFD ; art. 37 LHID ; art. 18a 
LISP). Dans le système d’imposition à la source, le DPI a les obligations 
formelles et matérielles liées au rapport juridique d’impôt à la place du 
contribuable, la doctrine parlant à ce sujet de substitution fiscale. Celle-ci est dite 
cumulative du point de vue formel, car le contribuable reste soumis à l’obligation 
de collaborer et de fournir des renseignements selon l’art. 136 LIFD. Du point de 
vue matériel, la substitution était, sous l’ancien droit, au niveau de l’IFD, dite 
« privative » ou exclusive, en ce sens que le contribuable n’assumait aucune 
responsabilité solidaire (arrêt du Tribunal fédéral 2C_60/2020 précité consid. 6.1 
et les références citées). Le DPI se substitue au contribuable également pour l’ICC 
(arrêt du Tribunal fédéral 2C_713/2019 du 30 avril 2020 consid. 4.1). Toutefois, 
si les impôts retenus sont insuffisants, la différence peut être exigée du 
contribuable (art. 38 al. 3 aLHID ; art. 21 al. 2 aLISP). 

5) a. En l’espèce, la recourante conteste les conditions d’ouverture de la 
procédure en rappel d’impôt, qui ne seraient pas réunies pour l’IS 2008 à 2013. 

  Il ressort du dossier que l’autorité intimée a informé la recourante de 
l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction d’impôt concernant 
spécifiquement l’IS 2004 à 2013 par courrier du 5 décembre 2014, après un 
contrôle effectué dans ses locaux du 11 au 13 novembre 2014 concernant l’ICC et 
l’IFD pour les mêmes périodes, qui avait mis en évidence que les ESP n’avaient 
pas été soumis à l’IS. Un nouveau contrôle a été effectué au siège de la société du 
18 au 19 décembre 2014 lors duquel il est apparu non seulement que la recourante 

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n’avait pas soumis les salaires des médecins percevant l’ESP à l’IS, mais 
également que le taux appliqué par la recourante pour le prélèvement de l’IS de 
ses employés n’était pas correct. 

 b. La recourante allègue que ces éléments n’étaient pas nouveaux, dès lors 
qu’ils ressortaient déjà des décomptes d’IS pour les années concernées et des 
listes récapitulatives, documents régulièrement remis à l’autorité intimée, laquelle 
pouvait se rendre compte du taux appliqué puisque pour certains de ses employés, 
l’impôt était de « 0.00 ». Même s’il n’est pas contesté que la recourante a remis 
ces documents à l’AFC-GE en sa qualité de DPI et que pour certains employés 
aucun IS n’était perçu, ces seuls éléments ne présentaient pas d’inexactitudes 
flagrantes au point de permettre à l’autorité fiscale de se rendre compte de 
l’insuffisance du prélèvement d’IS opéré, tant s’agissant des ESP – même si cet 
élément n’est plus litigieux – que du taux appliqué. En effet, ce n’est que lors de 
la remise des documents à l’occasion du contrôle du mois de décembre 2014, à 
savoir les jours de consultation de chaque médecin, les horaires par médecin et par 
jour de travail, la liste des ESP pour chaque médecin, les rétributions versées par 
mois ainsi que, le 4 février 2015, le tableau général du nombre de jours de 
consultation des différents médecins que l’AFC-GE a été en mesure de se rendre 
compte que les prestations soumises à l’IS n’avaient pas été imposées au taux 
correct, en particulier que l’annualisation des revenus des médecins n’avait pas été 
effectué et que la recourante avait en réalité procédé à des prélèvement d’IS à des 
taux annuels, et ce alors même que certaines prestations n’avaient été réalisées 
que durant quelques jours par mois. Ces éléments ne ressortaient ainsi pas des 
documents remis par la recourante à l’occasion de la taxation ordinaire, si bien 
que l’AFC-GE n’avait pas à effectuer des investigations complémentaires, ce 
d’autant moins au regard du rôle du DPI en matière d’IS. 

  La recourante soutient que ce n’est que lors de l’entrée en vigueur de la 
directive 2014 que l’autorité intimée aurait décidé de procéder à une annualisation 
des salaires pour le taux d’IS, ce que ses représentants auraient admis lors de leur 
audition. Elle se méprend toutefois sur le sens et la portée des déclarations desdits 
représentants devant le TAPI, lesquels ont, au contraire, expliqué que le taux était 
systématiquement annualisé et que l’entrée en vigueur de cette directive n’avait 
rien changé de ce point de vue, laquelle avait été adoptée afin que l’imposition se 
fasse de manière plus conforme à la LHID. Ce faisant, la recourante ne saurait 
prétendre que l’AFC-GE n’aurait, avant 2014, pas procédé de manière conforme à 
la LHID, ce qui ne ressort pas des déclarations de ses représentants. Ceux-ci ont 
également expliqué que des instructions dans le sens d’une annualisation avaient 
été données avant même l’adoption de la directive 2014 et qu’une situation 
comme celle de la recourante ne s’était jamais présentée, puisqu’en cas de doute, 
les employeurs contactaient l’AFC-GE. La recourante ne saurait ainsi se prévaloir 
du fait qu’elle n’avait pas connaissance desdites instructions, ce que rien ne 
permet d’affirmer, le fait qu’elle aurait procédé d’une autre manière pendant près 

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de vingt ans démontrant au surplus que la méthode appliquée n’était pas 
reconnaissable par l’autorité fiscale. La recourante ne peut pas non plus affirmer 
que l’absence de rubrique correspondante dans la formule remise par le salarié à 
l’employeur ne lui permettait pas de savoir si ses employés exerçaient ou non une 
autre activité pour le compte d’un employeur tiers, ni du fait qu’une telle 
information ressortirait à leur vie privée, étant donné que l’annualisation 
systématique pratiquée, comme l’ont indiqué les représentants de l’autorité 
intimée, permettait de pallier un tel déficit d’information, afin de simplifier la 
procédure. Enfin, c’est également en vain que la recourante se prévaut d’un 
manque de clarté de la méthode à appliquer, au regard des spécificités de son cas, 
puisque rien ne l’empêchait, en raison desdites spécificités, de prendre contact 
avec l’AFC-GE avant d’appliquer sa propre méthode pour déterminer le taux, 
étant encore rappelé qu’aucun élément du dossier ne permet d’affirmer que 
l’autorité intimée n’aurait pas su la renseigner sur la méthode à appliquer. 

  Au vu de ces éléments découverts lors des contrôles effectués dans les 
locaux de la recourante et qui constituent une violation de ses obligations légales, 
l’autorité intimée était fondée à ouvrir une procédure en rappel d’impôt pour l’IS 
2008 à 2013 à son encontre. 

 c. La recourante soutient qu’il n’en serait résulté aucune perte fiscale pour la 
collectivité, dès lors que l’IS aurait fait l’objet d’une rectification pour 
dix-neuf contribuables et que l’AFC-GE entendait encaisser à double l’impôt. Un 
tel raisonnement ne saurait être suivi et ne repose pas sur le dossier. Outre qu’il 
s’agit seulement d’une partie des employés de la recourante, et non pas de la 
totalité de ceux qui sont concernés, l’AFC-GE a indiqué à plusieurs reprises 
durant la procédure qu’elle n’entendait pas prélever deux fois l’IS et que les 
rectifications en cause n’étaient pas en lien avec les ESP. Les retenues 
insuffisantes de l’IS pour les années en cause ont par conséquent bien entraîné une 
perte fiscale pour la collectivité, de sorte que de ce point de vue également, 
l’AFC-GE était fondée à ouvrir une procédure en rappel d’impôt pour les années 
2008 à 2013. Il sera au surplus rappelé que la recourante, en tant que DPI, se 
substitue, dans le système de l’IS en vigueur lors des périodes fiscales en cause, 
au contribuable et que l’autorité fiscale peut exiger du DPI le paiement de l’impôt 
soustrait. 

 d. La recourante requiert, subsidiairement, des mesures d’instruction 
supplémentaires pour déterminer si les conditions d’ouverture de la procédure de 
rappel d’impôt sont réalisées. Il n’y a toutefois pas lieu d’y donner suite, puisque 
l’ensemble des éléments pertinents permettant d’admettre la réalisation desdites 
conditions figurent au dossier, comme précédemment mentionné, tant lors des 
taxations initiales, entrées en force, que lors de l’ouverture de la procédure en 
rappel et soustraction d’impôt. Il ne se justifie pas non plus de renvoyer le dossier 
à l’autorité précédente, dès lors que la chambre de céans dispose du même 

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pouvoir d'examen en fait et en droit que le TAPI (art. 54 LPFisc ; art. 61 al. 1 de la 
loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA-GE - E 5 10 ; 
arrêt du Tribunal fédéral 8C_257/2019 du 12 mai 2020 consid. 5.2). 

6)  La recourante conteste l’annualisation du revenu pour la détermination du 
taux d’IS effectué par l’autorité intimée. 

 a. Selon l’art. 91 aLIFD, les travailleurs qui, sans être domiciliés ni en séjour 
en Suisse, y exercent une activité lucrative dépendante pendant de courtes 
périodes, durant la semaine ou comme frontaliers, sont soumis à l’IS sur le revenu 
de leur activité, conformément aux art. 83 à 86 aLIFD. L’impôt est calculé sur le 
revenu brut, qui comprend tous les revenus provenant d’une activité pour le 
compte d’autrui, y compris les revenus accessoires (art. 84 aLIFD). L’AFC-CH 
établit le barème des retenues d’après les taux de l’IFD et fixe, en accord avec 
l’autorité cantonale, les taux qui doivent être incorporés dans le barème cantonal 
au titre de l’IFD (art. 85 al. 1 et 2 aLIFD). La retenue comprend par conséquent 
les impôts fédéral, cantonal et communal, les mêmes modalités de retenue à la 
source étant imposées aux cantons par les art. 2 al. 1 let. c LHID, 32 à 34 aLHID 
(art. 2 ss aLISP). L’IS se substitue à l’IFD perçu selon la procédure ordinaire 
(art. 99 aLIFD) et par conséquent également à l’ICC perçu selon la procédure 
ordinaire (ATF 136 II 241 consid. 10.3). D’après l’art 86 aLIFD, le barème tient 
compte des frais professionnels (art. 26 LIFD) et des primes et cotisations 
d’assurances (art. 33 al. 1 let. d, f et g LIFD) sous forme de forfait, ainsi que des 
charges de famille du contribuable (art. 35 et 36 LIFD). 

 b. Selon l’art. 209 al. 3 aLIFD, dans sa teneur au moment des périodes fiscales 
en cause et qui correspond désormais à l’art. 40 al. 3 LIFD, si les conditions 
d’assujettissement ne sont remplies que durant une partie de la période fiscale, 
l’impôt est prélevé sur les revenus obtenus durant cette période. Pour les revenus à 
caractère périodique, le taux de l’impôt se détermine compte tenu d’un revenu 
calculé sur douze mois ; les revenus à caractère non périodique sont soumis à un 
impôt annuel entier, mais ne sont pas convertis en un revenu annuel pour le calcul 
du taux. L’art. 63 al. 3 aLHID (désormais art. 15 al. 3 LHID) avait la même 
teneur. Sur le plan cantonal, il en va de même de l’art. 62 al. 3 de la loi sur 
l’imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP - D 3 08), 
applicable à compter du 1er janvier 2010, et de l’art. 2 al. 4 de l’ancienne loi 
sur l’imposition dans le temps des personnes physiques du 31 août 2000 
(aLIPP-II - D 3 12), applicable jusqu’au 31 janvier 2009. 

  Les revenus à caractère périodique correspondent à des revenus obtenus à 
intervalles réguliers (mensuellement, trimestriellement ou semestriellement) au 
cours de la période fiscale. Les revenus acquis en une seule fois au cours de la 
période fiscale correspondent en revanche à des revenus à caractère non 
périodique (Yves NOËL/Florence AUBRY GIRARDIN [éd.], Impôt fédéral 
direct, Commentaire romand, 2ème éd., 2017, p. 912 n. 26 et 30 ad art. 40 LIFD). 

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Si le revenu a influencé la situation économique du contribuable pendant toute la 
période d’assujettissement, ce revenu aura un caractère périodique ; il sera 
considéré comme non périodique s’il n’a influencé la situation économique du 
contribuable que pendant une partie de la période d’assujettissement 
(Yves NOËL/Florence AUBRY GIRARDIN [éd.], op. cit., p. 913 n. 30 ad art. 40 
LIFD). Le salaire mensuel, également celui provenant d’une activité à temps 
partiel, est un revenu à caractère périodique (Yves NOËL/Florence AUBRY 
GIRARDIN [éd.], op. cit., p. 913 n. 34 ad art. 40 LIFD). 

  Dans sa teneur en vigueur jusqu’au 31 décembre 2013, l’art. 1 al. 3 de 
l’ordonnance du département fédéral des finances sur l’imposition à la source 
dans le cadre de l’IFD du 19 octobre 1993 (OIS - RS 642.118.2) traitant des 
barèmes pour les travailleurs prévoyait que l’AFC-CH établissait les barèmes et 
les déductions applicables pour la taxation annuelle. Pour déterminer le taux, les 
revenus périodiques réguliers étaient convertis sur une année. 

 c. Dans le système fiscal suisse, l’annualisation des revenus pour fixer le taux 
de l’impôt se présente comme un principe généralement admis pour l’imposition 
des revenus à caractère périodique soumis à un taux progressif (ATF 131 II 562 
consid. 3.7). La règle de l’annualisation des revenus est destinée à garantir le 
respect des principes constitutionnels de l’égalité de traitement entre contribuables 
et de l’imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2 de la Constitution 
fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 - Cst. - RS 101). Le principe 
de la capacité contributive exige en effet que chaque contribuable participe à la 
couverture des dépenses publiques compte tenu de sa situation personnelle et en 
fonction de ses moyens, avec une charge fiscale adaptée à sa substance 
économique (ATF 131 II 562 consid. 3.7 et les références citées). Dans un cas 
concernant l’impôt sur le produit des jeux en application de l’ancienne loi fédérale 
sur les jeux de hasard et les maisons de jeu du 18 décembre 1998 
(aLMJ - RS 935.52), le Tribunal fédéral a considéré que l’absence de règle 
d’annualisation avait valeur de lacune proprement dite que les autorités étaient 
fondées et tenues de combler dans une perspective d’interprétation conforme à la 
Cst. Une telle manière de faire n’avait pour effet ni d’étendre la qualité de 
contribuable, ni de créer de nouvelles matières imposables ou de nouveaux faits 
générateurs d’imposition, mais visait à compléter les règles relatives à la 
procédure de taxation et à l’imposition dans le temps. L’impôt sur le produit brut 
des jeux devait ainsi être prélevé selon les mêmes bases d’imposition pour tous les 
contribuables, quelle que soit la durée de leur assujettissement (ATF 131 II 562 
consid. 3.8). 

7)  Les barèmes, de même que les déductions sociales, ont pour but d’adapter, 
de manière schématique, la charge d’impôt à la situation personnelle et 
économique particulière de chaque catégorie de contribuable, conformément au 
principe de l’imposition selon la capacité économique de l’art. 127 al. 2 Cst. Ce 

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sont autant d’ajustements légaux de la charge fiscale qui montrent que le 
législateur a distingué les catégories de contribuables en fonction de leur capacité 
économique de façon à établir entre elles et, sous cet angle restreint, une certaine 
égalité de traitement. La réglementation légale en matière de déductions comprend 
nécessairement un certain schématisme en raison de la multiplicité des situations 
individuelles à considérer, ce qui est toutefois, de manière générale, compatible 
avec les principes ancrés à l’art. 127 Cst. Le Tribunal fédéral a retenu à plusieurs 
reprises qu’il n’était pas réalisable, pour des raisons pratiques, de traiter chaque 
contribuable de façon exactement identique d’un point de vue mathématique et 
que, de ce fait, le législateur était autorisé à choisir des solutions schématiques. 
S’il n’est pas possible de réaliser une égalité absolue, il suffit que la 
réglementation n’aboutisse pas de façon générale à une charge sensiblement plus 
lourde ou à une inégalité systématique à l’égard de certaines catégories de 
contribuables (ATF 141 II 338 consid. 4.5 et les références citées ; arrêt du 
Tribunal fédéral 2C_380/2020 du 19 novembre 2020 consid. 4.3). 

8) a. En l’espèce, contrairement à ce que soutient la recourante, l’annualisation 
des revenus des médecins travaillant pour son compte en vue du calcul du taux 
d’imposition de l’IS repose bien sur les bases légales et réglementaires 
susmentionnées, qui prévoient expressément ce principe, lequel constitue au 
demeurant une règle généralement admise en droit fiscal suisse, indépendamment 
d’une activité à plein temps ou à temps partiel. Il importe ainsi peu que, comme 
l’allègue la recourante, les directives applicables pendant les périodes fiscales 
litigieuses ne prévoyaient rien à ce sujet. 

  La recourante ne peut pas non plus être suivie lorsqu’elle se prévaut de 
l’absence de périodicité des revenus perçus par ses médecins, en raison de leur 
irrégularité. S’il est vrai que leur rémunération peut être variable en fonction du 
nombre et de la durée des consultations effectuées dans l’année, il n’en demeure 
pas moins que les médecins qu’elle a engagés sur la base d’un contrat de travail 
offrent leurs prestations selon un horaire déterminé d’entente avec la recourante, 
pour un nombre de jours déterminés par année, une telle situation se renouvelant 
d’année en année. Ainsi, en tant qu’ils ont été obtenus à intervalles réguliers par 
les différents médecins qu’elle emploie, sur plusieurs années, les revenus perçus 
par ceux-ci doivent être qualifiés de périodiques. C’est dès lors à juste titre que 
l’AFC-GE a procédé à l’annualisation de leur rémunération pour déterminer le 
taux d’imposition, ce qu’a également confirmé le TAPI. 

 b. La recourante conteste le nombre de jours retenus par le TAPI pour procéder 
à une annualisation, indiquant que seuls cent vingt jours devaient être retenus, ce 
qui correspond à une activité à temps partiel, conformément à une étude de 
l’observatoire suisse de la santé. Une telle argumentation ne repose sur aucun 
fondement, ce d’autant moins que la recourante a indiqué que les médecins qu’elle 
employait avaient également une autre activité pour le compte d’autres entités ou 

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en qualité d’indépendants, de sorte qu’ils n’exerçaient ainsi techniquement pas 
une activité à temps partiel. En retenant une activité exercée à plein temps pendant 
deux cent trente et un jours de travail par année civile sur la base du nombre légal 
de semaines de vacances par année, du nombre de jours travaillés par semaine et 
de jours fériés légaux à Genève, le TAPI, dont le raisonnement ne prête pas le 
flanc à la critique, a ainsi correctement procédé à l’annualisation des revenus des 
médecins pour la détermination du taux de l’IS, de sorte que le grief de la 
recourante sera également écarté. 

 c. Il en va de même de l’inégalité de traitement et de l’arbitraire invoqués. En 
particulier, l’AFC-GE n’apparaît pas avoir traité de manière différente les 
médecins soumis à l’IS, lesquels ont vu leur revenu systématiquement annualisé, 
comme ses représentants l’ont indiqué devant le TAPI, étant précisé que, d’une 
part, l’imposition à la source des étrangers non établis repose selon la 
jurisprudence sur des motifs objectifs (ATF 124 I 247 consid. 6) et, d’autre part, 
l’établissement de barèmes repose nécessairement sur un certain schématisme qui 
ne permet pas de prendre en compte chaque particularité, comme la fixation, en 
l’espèce, du salaire des médecins par rapport à un pourcentage du montant facturé 
aux patients. Ces griefs seront également écartés, de sorte que le jugement du 
TAPI sera confirmé sur le point considéré. 

9)  La recourante conteste les amendes infligées par l’autorité intimée pour 
soustraction d’impôt, arguant qu’aucune faute ne lui serait imputable. 

 a. Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu’une soustraction 
ou une tentative de soustraction d’impôt a été commise au profit d’une personne 
morale, celle-ci est punie d’une amende (art. 181 al. 1 LIFD ; art. 57 al. 1 LHID ; 
art. 74 al. 1 LPFisc). 

  Ces dispositions renvoient respectivement aux art. 175 al. 1 LIFD, 56 al. 1 
LHID et 69 al. 1 LPFisc pour définir l’infraction de soustraction fiscale. Aux 
termes de celles-ci, est puni d’une amende le contribuable qui, intentionnellement 
ou par négligence, fait en sorte qu’une taxation ne soit pas effectuée alors qu’elle 
devrait l’être, ou qu’une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu’il y ait 
soustraction, il faut qu’il y ait soustraction d’un montant d’impôt en violation 
d’une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier, ainsi 
qu’un lien de causalité entre le comportement illicite et la perte fiscale subie par la 
collectivité (arrêt du Tribunal fédéral 2C_1006/2020 du 20 octobre 2021 
consid. 8.1). 

  Pour qu’une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors 
être réunis : la soustraction d’un montant d’impôt, la violation d’une obligation 
légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier. Les deux premières 
conditions sont des éléments constitutifs objectifs de la soustraction fiscale, tandis 

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que la faute en est un élément constitutif subjectif (ATA/1179/2021 précité 
consid. 4). 

  Lorsque la soustraction d’impôt est commise par une personne morale, la 
faute ne peut être qu’un attribut de la personne physique, en l’espèce d’un organe 
de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci 
(ATF 135 II 86 consid. 4.2 et les références citées). La soustraction est punissable 
aussi bien lorsqu’elle est commise intentionnellement que lorsqu’elle l’est par 
négligence. Agit par négligence celui qui, par une imprévoyance coupable, ne se 
rend pas compte ou ne tient pas compte des conséquences de son acte. 
L’imprévoyance est coupable quand le contribuable n’a pas usé des précautions 
commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, ce par quoi l’on 
entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle 
(ATF 135 II 86 consid. 4.3). 

 b. La quotité de l’amende est, en général, fixée au montant de l’impôt 
soustrait. Si la faute est légère, l’amende peut être réduite jusqu’au tiers de ce 
montant ; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2 LIFD ; 
art. 56 al. 2 LHID ; art. 69 al. 2 LPFisc). Il convient notamment de réduire le 
montant de l’amende lorsque le contribuable a agi par négligence, celle-ci devant 
être considérée comme un cas de faute légère (ATA/685/2021 du 29 juin 2021 
consid. 11a). 

10)  En l’espèce, c’est à juste titre que le TAPI a retenu que l’action pénale 
n’était prescrite ni sous l’angle de l’ancien ni sous celui du nouveau droit, ce qui 
n’est du reste pas litigieux. Il résulte en outre de ce qui précède, en particulier des 
éléments mentionnés en lien avec les conditions d’ouverture de la procédure en 
rappel d’impôt, que les conditions objectives de l’infraction de soustraction 
d’impôt sont réalisées, puisqu’en ne procédant pas à l’annualisation des 
rémunérations de ses employés pour la détermination du taux d’IS et en 
n’effectuant aucun prélèvement en lien avec les ESP, la recourante a prélevé un 
montant d’IS insuffisant pour les années 2008 à 2013, créant ainsi un dommage 
pour la collectivité. 

  La recourante se prévaut d’un manque de clarté des dispositions légales 
applicables, l’AFC-GE n’ayant pas été en mesure de lui expliquer la manière de 
procéder à la détermination du taux de l’impôt. Comme précédemment expliqué, 
outre le fait qu’il ne ressort pas du dossier que tel aurait été le cas, la recourante, 
en sa qualité d’employeur et de DPI, ne pouvait ignorer le contenu des 
dispositions légales et réglementaires susmentionnées, applicables pendant les 
périodes fiscales en cause, indépendamment de l’existence ou non de directives en 
la matière. Si elle n’était pas certaine de la méthode à utiliser pour le prélèvement 
de l’IS, il lui appartenait de prendre contact avec l’AFC-GE, comme l’aurait fait 
tout employeur dans la même situation, et non pas de procéder selon une méthode 
qui lui était propre. C’est dès lors à juste titre que l’AFC-GE, tout comme le 

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TAPI, a reconnu que ses organes avaient commis une faute, à tout le moins par 
négligence, qui lui est imputable. 

  S’agissant de la quotité des amendes infligées, que la recourante ne conteste 
pas, elle correspond au minimum, incompressible, prévu par la loi, soit le tiers du 
montant d’impôt soustrait, de sorte qu’elle sera également confirmée. Toutefois, 
étant donné que le TAPI a procédé à une correction, en faveur de la recourante, de 
la base de calcul retenue pour l’IS, en se fondant sur deux cent trente et un jours et 
non sur deux cent quarante jours comme l’avait fait l’autorité intimée, le montant 
des amendes doit être adapté en conséquence, de sorte que le recours sera très 
partiellement admis, sur ce seul point, et le dossier renvoyé à l’AFC-GE pour 
l’établissement de nouveaux bordereaux d’amende pour l’IS 2008 à 2013. Il 
appartiendra ainsi à l’AFC-GE de réduire proportionnellement le montant desdites 
amendes sur la base des reprises en matière d’IS, lesquelles doivent être effectuées 
en annualisant le revenu des médecins sur deux cent trente-et-un jours. 

11)  Vu l’issue du litige, un émolument de CHF 1'000.- sera mis à la charge de la 
recourante, qui succombe dans une très large mesure (art. 87 al. 1 LPA), et une 
indemnité de procédure de CHF 500.- lui sera allouée, étant donné qu’elle 
n'obtient que très partiellement gain de cause (art. 87 al. 2 LPA). 

 

* * * * * 

PAR CES MOTIFS 

LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE 

à la forme : 

déclare recevable le recours interjeté le 15 février 2019 par A______ SA contre le 
jugement du Tribunal administratif de première instance du 14 janvier 2019 ; 

 

au fond : 

l’admet partiellement ; 

annule le jugement entrepris dans le sens des considérants ; 

renvoie le dossier à l’administration fiscale cantonale pour l’établissement de nouveaux 
bordereaux d’amende pour l’impôt à la source 2008 à 2013 au sens des considérants ; 

confirme le jugement entrepris pour le surplus ; 

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met un émolument de CHF 1'000.- à la charge de A______ SA ; 

alloue une indemnité de procédure de CHF 500.- à A______ SA, à la charge de l’État de 
Genève (administration fiscale cantonale) ; 

dit que conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 
2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui 
suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière 
de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens 
de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé 
au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux 
conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, 
invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ; 

communique le présent arrêt à Mes Xavier Oberson et Gregory Clerc, avocats de la 
recourante, à l’administration fiscale cantonale, à l’administration fédérale des 
contributions ainsi qu’au Tribunal administratif de première instance. 

Siégeant : M. Verniory, président, Mmes Krauskopf et McGregor, juges. 

Au nom de la chambre administrative : 

le greffier-juriste : 
 
 

F. Scheffre 
 

 le président siégeant : 
 
 

J.-M. Verniory 
 

 

Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties. 

 

Genève, le  
 
 
 

 la greffière :