# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** 4843bab0-e2d7-5e8d-b9c3-b2a94c59cf83
**Source:** Bundesverwaltungsgericht ()
**Court Level:** federal
**Decision Date:** 2010-11-29
**Language:** fr
**Title:** Bundesverwaltungsgericht 29.11.2010 A-7083/2008
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/CH_BVGer/CH_BVGE_001_A-7083-2008_2010-11-29.pdf

## Full Text

Cour I
A-7083/2008 et A-7084/2008
{T 0/2}

A r r ê t  d u  2 9  n o v e m b r e  2 0 1 0

Pascal Mollard (président du collège), 
Markus Metz, Daniel Riedo, juges, 
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.

X._______,
représenté par Maître Marc Zürcher, place Pury 3, 
case postale 2271, 2001 Neuchâtel 1,
recourant,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, 
Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

TVA; 1er trimestre 2000 au 2ème trimestre 2006; taxation 
par estimation (menuiserie); marge brute.

B u n d e s v e r w a l t u n g s g e r i c h t

T r i b u n a l  a d m i n i s t r a t i f  f é d é r a l

T r i b u n a l e  a m m i n i s t r a t i v o  f e d e r a l e

T r i b u n a l  a d m i n i s t r a t i v  f e d e r a l

Composit ion

Parties

Objet

A-7083/2008

Faits :

A.
L'entreprise  individuelle  X._______  à  A._______  a  pour  but 
l'exploitation  d'une  entreprise  de  menuiserie.  En  raison  de  cette 
activité,  X._______  (ci-après:  l'assujetti)  est  immatriculé  au  registre 
des  contribuables  de  l'AFC  depuis  le  1er  janvier  1995  en  tant 
qu'assujetti TVA.

B.
L'AFC  effectua  un  contrôle  sur  place  auprès  de  la  fiduciaire  de 
l'assujetti  en  date  des  1er  et  2  décembre  2005.  Par  courrier  du  2 
décembre  2005,  l'administration  demanda  des  renseignements  à 
l'assujetti  à propos de certaines factures.  Par lettre du 14 décembre 
2005, réceptionnée par l'assujetti le lendemain, l'AFC avertit l'assujetti  
que le contrôle fiscal continuerait en 2006 et lui communiqua par dite 
lettre  qu'elle  faisait  valoir  toutes  créances  fiscales  pour  les  années 
2000 et suivantes. En janvier 2006, la fiduciaire de l'assujetti remis un 
tableau "excel" en guise de réponse au courrier du 2 décembre 2005. 
L'AFC  reprit  le  contrôle  sur  place  en  date  des  26  octobre  et  30 
novembre  2006.  Lors  de  celui-ci,  l'AFC  constata  diverses  erreurs 
d'application de la TVA, des manquements dans la comptabilité, ainsi 
que l'insuffisance  des marges par  rapport  à  celles  constatées dans 
d'autres  entreprises  de  la  même  branche,  ce  qui  amena  l'AFC  à 
procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par 
l'assujetti au cours des périodes allant du 1er trimestre 2000 au 2ème 
trimestre 2006.

Afin  de  respecter  le  changement  de  régime  fiscal  intervenu  au  1er 
janvier 2001, l'AFC scinda sa créance en deux parties. Pour la période 
allant du 1er trimestre au 4ème trimestre 2000, à savoir celle régie par 
l'aOTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 12'494.-, 
plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2004 (décompte complémentaire 
[DC]  n°  XXXXXX  du  12  février  2007),  lui  fut  réclamé  et,  pour  la 
période allant du 1er trimestre 2001 au 2ème trimestre 2006, à savoir 
celle régie par l'aLTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires 
de  Fr. 20'974.-,  plus  intérêt  moratoire  dès  le  30  avril  2004  (DC  n° 
YYYYYY du 12 février 2007), fut également revendiqué par l'AFC.

C.
Par courriers  du  23  mars  2007,  l'assujetti,  par  l'intermédiaire  de  sa 

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fiduciaire,  contesta  les  reprises  TVA susmentionnées.  L'AFC  rendit, 
par actes du 22 juin 2007, deux décisions formelles dans lesquelles 
elle confirma ses rappels d'impôt de Fr. 12'494.- et de Fr. 20'974.-.

D.
Par  lettres  du  4  juillet  2007,  l'assujetti  déposa  deux  réclamations 
contre les décisions précitées, en contestant l'estimation des chiffres 
d'affaires  non  comptabilisés  et  en  estimant  qu'il  n'existait  pas  de 
raisons  valables  de  recourir  à  la  méthode  d'estimation,  puisque  la 
comptabilité était suffisante.

E.
Par communication du 30 mai 2008, la division Droit de l'AFC précisa 
qu'elle allait réexaminer le résultat du contrôle sur place et demanda 
des compléments à la division Contrôle externe de l'AFC, car en l'état  
du dossier, il n'était pas possible de démontrer que les éléments ayant  
conduit à la taxation par estimation se retrouvaient sur l'ensemble de 
la période contrôlée en détail.

Par  note  interne  du  12  août  2008  – figurant  au  dossier  officiel  de 
l'AFC –, la division Droit de l'AFC constata, après nouvel examen du 
dossier,  que pour  chaque année (2000,  2001,  2002,  2003 et  2004), 
certains  paiements  n'étaient  pas  dûment  comptabilisé  et  le  chiffre 
d'affaires  y  relatif  n'était  pas  déclaré. De plus,  les  chiffres  d'affaires 
réalisés (tels que déclarés) étaient nettement insuffisants compte tenu 
des bénéfices bruts  constatés dans la  branche et  l'AFC confirma le 
caractère non probant de la comptabilité.

F.
L'AFC rendit  deux décisions sur  réclamation le  6 octobre  2008,  par 
lesquelles  elle  persista  à  réclamer  les  sommes  de  Fr. 12'494.-  et 
Fr. 20'974.-,  pour  les  périodes  allant  du  1er  trimestre  2000  au  2e 
trimestre 2006, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2004 (échéance 
moyenne).

G.
Par envoi  recommandé du 7 novembre 2008,  l'assujetti  (ci-après: le 
recourant),  par  l'intermédiaire  de  son  mandataire,  a  interjeté  deux 
recours  auprès  du  Tribunal  administratif  fédéral  (TAF)  contre  les 
décisions sur réclamation de l'AFC du 6 octobre 2008. Il  conteste le 
calcul  du  chiffre  d'affaires  par  estimation,  en  apportant  des 
justifications  pour  chaque  élément  non  comptabilisé  et  en  estimant 

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que sa comptabilité était  régulièrement tenue. Toutefois, le recourant 
limite l'objet de son recours au montant de la marge brute telle que 
retenue  par  l'AFC,  la  considérant  trop  élevée  et  en  apportant  des 
explications à propos de ses faibles marges.

H.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a répondu par courriers du 2 
février 2009. Renonçant à déposer une réponse proprement dite, elle 
se réfère à ses décisions sur réclamation du 6 octobre 2008 et estime 
que les explications du recourant quant à ses faibles marges ne sont 
pas convaincantes, les pièces qui pourraient justifier ses dires faisant 
notamment défaut. L'AFC confirme avoir agi dans les limites de son 
pouvoir d'appréciation en prenant pour base de calcul une marge de 
23% et conclut au rejet des recours, avec suite de frais.

I.
Par ordonnance du 31 août 2010, le TAF a imparti un délai à l'autorité 
inférieure  afin  qu'elle  produise  la  lettre  signature  avec  avis  de 
réception  du  14  décembre  2005.  L'AFC  a  remis  dit  document  par 
courrier du 2 septembre 2010.

Les  autres  faits  seront  repris,  pour  autant  que  besoin,  dans  les 
considérants qui suivent.

Droit :

1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale 
du 17 juin 2005 sur le TAF (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 
31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative 
(PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. 
En  particulier,  les  décisions  rendues  par  l'AFC  peuvent  être 
contestées  devant  le  TAF conformément  à  l'art.  33  let.  d  LTAF. La 
procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose 
pas autrement (art. 37 LTAF).

En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues 
le 6 octobre 2008 et ont été notifiées le 8 octobre 2008 à la fiduciaire 
du  recourant.  Les  recours  ont  été  adressés  au  TAF le  7  novembre 
2008. Les recours sont ainsi intervenus dans le délai légal prescrit par  

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l'art. 50 PA. En outre, ils satisfont aux exigences posées à l'art. 52 PA. 
Ils sont par conséquent recevables et il convient d'entrer en matière.

1.2 La  loi  fédérale  du  12  juin  2009  régissant  la  taxe  sur  la  valeur 
ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. 
Les  dispositions  de  l'ancien  droit  ainsi  que  leurs  dispositions 
d'exécution  demeurent  applicables  à  tous  les  faits  et  rapports 
juridiques ayant  pris  naissance avant  leur  abrogation (art.  112 al. 1 
LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 
1er trimestre 2001 au 2ème trimestre 2006, la présente cause tombe 
ainsi matériellement sous le coup de la loi sur la TVA du 2 septembre 
1999 (aLTVA de 1999, RS 2000 1300 et les modifications ultérieures). 
S'agissant des périodes allant du 1er au 4ème trimestre 2000, ce sont  
les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur 
la  valeur  ajoutée  (aOTVA,  RO  1994  1464  et  les  modifications 
ultérieures) qui trouvent application (art. 93 et 94 aLTVA).

Sur le plan de la procédure, le nouveau droit de procédure s'applique 
à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA 
(art.  113  al.  3  LTVA;  concernant  l'interprétation  restrictive  de  cette 
disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6986/2008 du 
3 juin 2010 consid. 1.2 et A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). 
S'agissant  de l'appréciation des preuves,  l'art. 81 al. 3  LTVA n'entre 
pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable 
(cf.  arrêt  du  Tribunal  administratif  fédéral  A-4417/2007  du  10  mars 
2010 consid. 1.3.2). Enfin,  la  possibilité  d'une appréciation anticipée 
des preuves demeure admissible,  même dans le  nouveau droit  et  a 
fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral 
A-4785/2007  du  23  février  2010  consid.  5.5;  Message  du  Conseil 
fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 dans la Feuille 
fédérale  [FF]  2008  p.  6394  s.;  PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE 
TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).

1.3 D'après l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 
décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art.  4 PA, il y a lieu de 
réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite 
unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent 
les  mêmes  questions  de  droit  (ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ 
KNEUBÜHLER,  Prozessieren  vor  dem  Bundesverwaltungsgericht,  Bâle 
2008,  ch.  3.17),  une  telle  solution  répondant  à  l'économie  de 
procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 131 V 224 

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consid. 1,  128  V  126 consid. 1  et  les  références citées,  122  II  368 
consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la 
même décision,  qu'ils  concernent  les  mêmes parties  et  les  mêmes 
questions  de  droit,  il  convient,  pour  des  raisons  d'économie  de 
procédure,  de  les  traiter  ensemble  (arrêts  du  Tribunal  administratif  
fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 1.3, ainsi 
que A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2).

En  l'occurrence,  le  recourant  a  déposé  deux  recours,  contestant 
formellement  les  deux décisions  rendues sur  réclamation par  l'AFC. 
Celles-ci  présentent  une  étroite  unité  dans  les  faits  et  posent  les 
mêmes questions de droit, dans la mesure où elles concernent toutes 
deux la question de la taxation par estimation du chiffre d'affaires du 
recourant. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, 
l'une  réglant  la  question  précitée  sous  l'angle  de  l'aOTVA  et  la 
seconde  réglant  la  même  question  mais  cette  fois  sous  l'angle  de 
l'aLTVA, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de rendre 
une seule et même décision en la matière, de procéder à une jonction 
de cause, sans qu'il ne se justifie de rendre une décision incidente de 
jonction séparément  susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a  PA a 
contrario),  celle-ci  ne  pouvant  causer  aucun  préjudice  irréparable. 
Partant, il convient de réunir les causes A-7083/2008 et A-7084/2008 
et de rendre un seul arrêt en la matière.

2.
2.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris 
l'excès  ou  l'abus  du  pouvoir  d'appréciation  (art.  49  let.  a  PA),  la 
constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b  
PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; cf. MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. 
cit., n. 2.149;  ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN,  Allgemeines 
Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/Bâle/Genève 2006, n. marg. 1758 ss). 
Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié  
par  les  motifs  invoqués  (cf. art.  62  al.  4  PA) ni  par  l'argumentation 
juridique développée dans la décision entreprise (cf. PIERRE MOOR, Droit 
administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la 
maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral 
définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12  
PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits 
(cf. art. 13 PA) et motiver leur recours (cf. art. 52 PA). En conséquence, 
l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine 
les  questions  de  droit  non  invoquées  que  dans  la  mesure  où  les 

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arguments des parties ou le dossier l'y invitent clairement (cf. ATF 122 
V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Jurisprudence des autorités 
administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; ALFRED 
KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege 
des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, no 677).

2.2 Le  Tribunal  administratif  fédéral  s'impose  toutefois  une  certaine 
retenue  dans  son  examen en  matière  de  taxation  par  estimation  et 
reprend ainsi la jurisprudence en la matière de la Commission fédérale 
de  recours  en  matière  de  contributions  (CRC)  (arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A-1546/2006  du  30  avril  2008  consid. 2.5.4,  A-
1397/2006 et A-1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, A-1535/2006 
du 14 mars 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 24 octobre 2005, 
publiée dans la JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée 
dans  la  JAAC  67.122  consid.  2c/cc).  Par  contre,  pour  voir  si  les 
conditions  d'une  taxation  par  estimation  sont  réunies,  l'examen  du 
Tribunal administratif fédéral – à l'instar de la CRC – est illimité (arrêt  
du Tribunal  fédéral  2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; 
arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 
4  mars  2010  consid.  2.6.1,  A-1454/2006  du  26  septembre  2007 
consid. 2.1; décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée dans la 
JAAC  68.73  consid.  1c;  voir  également  MOLLARD/OBERSON/TISSOT 
BENEDETTO, op. cit., p. 881 s. ch. 277 s.).

2.3 Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé 
aux  investigations  requises  en  vertu  du  principe  inquisitoire,  elle 
appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans 
ce  cadre,  et  à  défaut  de disposition  spéciale  en la  matière,  le  juge 
s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 
210),  en  vertu  duquel  quiconque  doit  prouver  les  faits  qu'il  allègue 
pour  en  déduire  un  droit.  Autrement  dit,  il  incombe  à  l'administré 
d'établir  les faits  qui sont  de nature à lui  procurer un avantage et  à 
l'administration  de  démontrer  l'existence  de  ceux  qui  imposent  une 
obligation  en  sa  faveur. Le  défaut  de  preuve va au  détriment  de  la 
partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (arrêt du Tribunal 
fédéral  9C_267/2007  du  4  septembre  2007  consid.  1.3;  arrêts  du 
Tribunal administratif  fédéral A-2682/2007 du 7 octobre 2010 consid. 
2.5.1,  A-1604/2006  du  4  mars  2010  consid.  3.5,  A-1557/2006  du  3 
décembre 2009 consid. 1.6, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5, A-
1596/2006 du 2 avril  2009 consid. 1.4;  MOOR,  op. cit.,  p. 263 ;  BLAISE 
KNAPP, Précis de droit administratif, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991, 

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n° 2021,  p. 419;  PATRICK L.  KRAUSKOPF/KATRIN EMMENEGGER,  in : 
Waldmann/Weissenberger  [éd.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz 
über das Verwaltungsverfahren,  Zurich/Bâle/Genève 2009, ad art.  12 
n. 208).

3.
3.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l’impôt ont lieu 
selon le principe de l’auto-taxation (art. 37 aOTVA et 46 aLTVA; arrêts 
du  Tribunal  administratif  fédéral  A-2998/2009 du 11 novembre  2010 
consid. 2.4, A-6642/2008 du 8 novembre 2010 consid. 2, avec renvois; 
ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER,  System  des  schweizerischen 
Steuerrechts,  6e éd.,  Zurich  2002, p.  421ss).  Cela  signifie  que 
l’assujetti  lui-même  est  tenu  de  déclarer  spontanément  l’impôt  et 
l’impôt préalable à l’AFC et qu’il doit verser à celle-ci l’impôt dû (impôt 
sur le chiffre d’affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours 
qui suivent l’expiration de la période de décompte (arrêts du Tribunal 
fédéral  2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7,  2A.109/2005 
du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-
2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4, A-5460/2008 du 12 mai 
2010  consid.  2.5.1).  En  d’autres  mots,  l’administration  n’a  pas  à 
intervenir à cet effet. L’AFC n’établit le montant de l’impôt à la place de 
l’assujetti  que  si  celui-ci  ne  remplit  pas  ses  obligations  (cf.  ALOIS 
CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel  du  nouvel  impôt  sur  la  taxe  à  la 
valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. 
française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L’assujetti doit ainsi 
établir  lui-même  la  créance  fiscale  le  concernant;  il  est  seul 
responsable  de  l’imposition  complète  et  exacte  de  ses  opérations 
imposables et du calcul correct de l’impôt préalable (cf. Commentaire 
du  Département  fédéral  des  finances  de  l’Ordonnance  régissant  la 
taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 [Commentaire DFF], p. 37; 
arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2, 
2A.304/2003  du  14  novembre  2003  consid.  3.5;  arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A-4072/2007  du  11  mars  2009  consid.  2.1,  A-
6150/2007  du  26  février  2008  consid.  2.4).  Enfin,  il  incombe  à 
l'assujetti  lui-même  d'examiner  et  de  contrôler  s'il  remplit  les 
conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-
1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 
consid. 3.1 à 3.3).

3.2 Selon  l’art.  47  al.  1  aOTVA,  respectivement  58  al.  1  aLTVA, 
l’assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits 

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importants pour la détermination de l’assujettissement ainsi que pour 
le  calcul  de  l’impôt  et  celui  de  l’impôt  préalable  puissent  y  être 
constatés  aisément  et  de  manière  sûre.  L’AFC  peut  rédiger  des 
prescriptions spéciales à ce sujet,  ce qu’elle a fait avec l’édition des 
"Instructions  à  l'usage des assujettis  TVA" de l'automne 1994 et  du 
printemps  1997  (Instructions,  ch.  870  ss),  respectivement  avec  la 
brochure "TVA Organisation comptable" de février 1994. L’assujetti doit 
être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir  
de  la  pièce  justificative  jusqu’au  décompte  TVA  en  passant  par  la 
comptabilité  (et  vice-versa)  doit  pouvoir  être  garanti  sans  perte  de 
temps importante (art. 47 al. 1 aOTVA en relation avec le ch. 882 des 
Instructions,  respectivement  la  brochure  "TVA  Organisation 
comptable",  p. 11;  Archives  de  droit  fiscal  suisse  [Archives]  vol.  66 
p. 67 consid. 2a; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 
3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). Les Instructions 2001 
sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, 
ont repris les mêmes principes (ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 
2C_426/2007  du  22  novembre 2007,  publié  dans  la  Revue  de  droit 
administratif  et  de  droit  fiscal [RDAF]  2008,  2ème  partie,  p.  20  ss 
consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 
novembre 2010  consid. 2.5.3,  A-5875/2009  du  16 juin  2010  consid. 
3.2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). 

En  substance,  l'AFC  attire  l'attention  de  l'intéressé  sur  le  fait  que 
toutes les recettes et  toutes les dépenses doivent être enregistrées, 
dans  l'ordre  chronologique  et  accompagnées  d'un  libellé  approprié, 
dans  les  livres  de  caisse,  de  comptes  de  chèques  postaux  et  de 
banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements 
doivent  être  additionnés  de façon  suivie  et  les  soldes  des  comptes 
doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés 
avec  les  espèces  en  caisse  relevées  régulièrement,  les  avis  de 
situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes 
bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte 
d'exploitation  et  d'un  bilan,  sont  plus  crédibles  et  constituent  de 
meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan 
de  clôture  (ch. 872  ss  des  Instructions,  ch. 881 ss  des Instructions 
2001). De plus, une comptabilité qui n’est pas tenue correctement, de 
même  que  l’absence  de  bouclements,  de  documents  et  de  pièces 
justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des 
répercussions  préjudiciables  et  entraîner  un  calcul  de  la  TVA  par 

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approximation  (ch.  881  des  Instructions,  ch.  892  des  Instructions 
2001).

3.3 Conformément à l’art. 47 al. 2 aOTVA, l’assujetti doit conserver en 
bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives,  
papiers d’affaires et  autres documents. Il  est également précisé que 
lorsque,  au  terme  du  délai  de  conservation,  la  créance  fiscale  à 
laquelle se rapportent les pièces précitées n’est pas encore prescrite, 
cette obligation subsiste jusqu’à la survenance de la prescription (art.  
47 al. 2 in fine aOTVA; cf. également les ch. 938 ss des Instructions). 
Sous l'angle de l'aLTVA, l'art. 58 al. 2 aLTVA reprend pour l'essentiel 
les termes de l'aOTVA mais la durée de conservation des pièces a été 
portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss des Instructions 2001; 
WILLI LEUTENEGGER, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die 
Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA).

4.
4.1 Aux termes de l’art. 48 aOTVA, respectivement 60 aLTVA, si  les 
documents  comptables  font  défaut  ou  sont  incomplets  ou  si  les 
résultats présentés par l’assujetti ne correspondent manifestement pas 
à la réalité, l’AFC procède à une estimation dans les limites de son 
pouvoir d’appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 
juillet  2008  consid. 4,  2A.552/2006  du  1er  février  2007  consid. 3.2; 
arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A-5949/2008  du  18  octobre 
2010  consid.  6.1,  A-5875/2009  du  16  juin  2010  consid.  3.4,  A-
5460/2008  du  12  mai  2010  consid.  2.5.3,  A-1475/2006  du  20 
novembre  2008  consid. 2.3,  A-1634/2006  du  31  mars  2006  consid. 
3.6). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de 
règles  formelles  concernant  la  tenue  de  la  comptabilité  sont  d'une 
gravité  telle  que  la  véracité  matérielle  des  résultats  comptables  est 
remise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 
consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif  fédéral A-4344/2008 du 9 
septembre 2010 consid. 4.3.2, A-705/2008 du 12 avril 2010 consid. 2.4 
et 4.1, A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 4.3). Ainsi, la taxation 
par estimation est une sorte de taxation d’office que l’autorité se voit 
dans l’obligation d’utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin,  
une  taxation  externe  intervient  lorsque  les  résultats  présentés  ne 
correspondent  manifestement  pas  à  la  réalité,  soit  que  des  indices 
peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent 
pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, 
soit  les  résultats  comptables  présentés  s'écartent  sensiblement  des 

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résultats  obtenus  au  moyen  des  coefficients  expérimentaux,  le 
contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable 
les circonstances particulières à l'origine de cette différence (arrêts du 
Tribunal  administratif  fédéral  A-4344/2008  du  9  septembre  2010 
consid. 4.3.3,  A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 4.2; JAAC 
68.73  consid.  2b;  PASCAL MOLLARD,  TVA  et  taxation  par  estimation, 
dans : Archives vol. 69, p. 542 ss).

4.2 Lorsqu’elle  procède  par  voie  d’évaluation,  l’autorité  de  taxation 
doit choisir la méthode d’estimation qui lui permet le plus possible de 
tenir compte des conditions particulières prévalant dans l’entreprise en 
cause (arrêt  du Tribunal  fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 
consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5949/2008 du 18 
octobre 2010 consid. 6.4.1,  A-2682/2007 du 7  octobre 2010 consid. 
2.4.2,  A-1857/2007  et  A-1911/2007  du  6  avril  2010  consid.  5.1,  A-
1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 4.1 et les nombreuses références 
citées; voir également JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 
consid. 4a  et  b ;  MOLLARD,  op.  cit.,  p. 550 ss).  Entrent  en  ligne  de 
compte,  d’une  part,  les  méthodes  qui  tendent  à  compléter  ou 
reconstruire  une  comptabilité  déficiente  et,  d’autre  part,  celles  qui 
s’appuient sur des chiffres d’expérience en relation avec des résultats 
partiels  incontestés  ressortant  de  la  comptabilité  (arrêt  du  Tribunal 
fédéral  2A.253/2005 du 3 février  2006 consid. 4.2; arrêt  du Tribunal 
administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.7.2; 
NICOLAS SCHALLER/YVES SUDAN/PIERRE SCHEUNER/PASCAL HUGUENOT,  TVA 
annotée, Genève Zurich Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et 
les références citées).

4.3 Dans  la  procédure  de  recours,  l’assujetti  peut  contester  et 
remettre  en  cause,  d'une  part  la  réalisation  des  conditions  de 
l'estimation  et,  d'autre  part,  l’estimation  du  chiffre  d’affaires  aval  en 
tant  que telle.  Si  les  conditions  de la  taxation  par  voie  d’estimation 
sont remplies, c’est à lui qu’il revient de fournir les moyens de preuve 
nécessaires,  afin  d'attester  du  caractère  manifestement  inexact  de 
l’estimation  effectuée  par  l'administration  (arrêts  du  Tribunal  fédéral 
2C_429/2009  du  9  novembre  2009  consid.  3,  2C_430/2008  du  18 
février 2009 consid. 5.2, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 
4.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-281/2009 du 14 octobre 
2010 consid. 5.2, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.7 et 6.2, A-
1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4, A-1721/2006 du 6 mars 2007 
consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b dans la RDAF 2000, 2e partie, p. 

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350). Dans la mesure où l’AFC a le  droit  et  le  devoir  de rectifier  le  
montant dû par voie d’estimation, il  appartient au contribuable, qui a 
présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l’incapacité d’établir 
que l’estimation faite par l’administration ne correspond manifestement 
pas à la réalité, de supporter les désavantages d’une situation illégale 
qu'il a lui-même créée (ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal 
fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 
28  février  2007  consid.  3.3  in  fine,  2A.253/2005  du  3  février  2006 
consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif  fédéral A-281/2009 du 14 
octobre 2010 consid. 5.2, A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 
7.3.2;  JAAC  67.82  consid.  4a/cc).  L'assujetti  doit  ainsi  supporter 
l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de 
sa  violation  du  devoir  d'auto-taxation  (arrêt  du  Tribunal  fédéral 
2C_309/2009  et  2C_310/2009  du  1er  février  2010  consid.  2.2).  Ce 
n’est  qu’au  moment  où  l’assujetti  apporte  la  preuve  du  fait  que 
l’instance  précédente  a  commis  de  très  importantes  erreurs 
d’appréciation lors de l’estimation que le Tribunal de céans remplace 
par  sa  propre  appréciation  celle  de  l’instance  précédente  (entre 
autres,  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A-5949/2008  du  18 
octobre 2010 consid. 6.5, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2).

5.
En  l'espèce,  sans  remettre  en  cause  son  assujettissement  ni  les 
corrections  touchant  l'impôt  préalable  (voir  lettre  du  23  mars  2007, 
pièce  n°  4  du  dossier  de  l'AFC),  le  recourant  conteste  la  marge 
bénéficiaire brute telle  qu'elle  a été fixée par  l'AFC. Dès lors,  avant 
d'examiner la pertinence de la marge retenue par l'administration dans 
l'estimation du chiffre d'affaires du recourant (consid. 5.2 ci-dessous), 
il  sied  au  Tribunal  de  céans  de  rappeler  le  cadre  dans  lequel  la 
taxation par estimation est intervenue (consid. 5.1 ci-dessous).

5.1 L'autorité fiscale a procédé à une estimation du chiffre d'affaires 
du recourant en raison de la comptabilité incomplète de l'activité de ce 
dernier, une partie du chiffre d'affaires réalisé n'étant pas déclaré, ce 
que  le  recourant  confirme  d'ailleurs  en  partie.  De  plus,  l'AFC  a 
constaté que les marges de bénéfice présentées ne correspondaient 
manifestement pas à la réalité, celles-ci étant très faibles par rapport à 
celles  d'autres  entreprises  de  la  même  branche.  Dès  lors,  les 
conditions d'une estimation par l'AFC étaient manifestement réalisées 
sur  le  principe,  quelles  que  soient  les  conditions  (alternatives) 

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considérées pour la mise en oeuvre d'une estimation (voir consid. 4.1 
ci-dessus).

5.2 A  propos  de  l'estimation  elle-même,  le  recourant  conteste 
l'utilisation par l'AFC des coefficients d'expérience, soutenant qu'ils ne 
peuvent  lui  être  appliqués  dans  le  calcul  de  sa  marge  bénéficiaire 
brute.

5.2.1 Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base en effet sur 
des coefficients expérimentaux, afin de se rapprocher le plus possible 
de la  réalité  de la  branche concernée (sur  la  notion de ces chiffres 
d'expérience,  voir  les  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A-
2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3123/2008 
du 27 avril  2010 consid. 2.8.1 et  A-5754/2008 du 5 novembre 2009 
consid. 2.8, publié in ATAF 2009/60). Le fait que l'AFC se fonde sur les 
moyennes en vigueur  dans la  branche ne signifie  toutefois  pas que 
tous les entrepreneurs concernés sont obligés de moduler leurs prix 
de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est  
néanmoins  nécessaire  que  l'assujetti  qui  présente  une  structure  de 
coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des 
pièces  justificatives.  Comme  vu  ci-dessus  (consid.  4.1),  la 
jurisprudence  et  la  doctrine  ont  même  admis  que  des  résultats 
comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par 
estimation  en  cas  de  disproportion  manifeste  entre  les  résultats 
comptabilisés  et  le  chiffre  d'affaires  qui  aurait  pu  être  obtenu selon 
l'expérience,  si  cette  divergence  ne  peut  pas  être  expliquée  de 
manière plausible (arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet  
2008  consid.  4.3  in  fine;  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A-
2184/2008 et A-2185/2008 du 3 juin 2010 consid. 6.2.3, A-1600/2006 
du 27 novembre 2007 consid. 5.4;  MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, 
op. cit., p. 873, ch. 257, PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, 
in  Archives  vol.  69  p.  544  et  les  nombreuses  références  de 
jurisprudence citées).

5.2.2 L'assujetti  a – conformément à une demande en ce sens (voir 
les  art.  26  à  28  PA)  –  un  droit  d'être  entendu  sur  ces  chiffres 
d'expérience. Il découle de ce droit, la possibilité pour le recourant de 
consulter le dossier spécial y afférent (ATF 122 I 109 consid. 2a, 131 V 
35 consid. 4.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.485/2004 du 18 mai 2005 
consid.  9  et  les  références  citées;  arrêts  du  Tribunal  administratif  
fédéral A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.5, A-1857/2007 et A-

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1911/2007 du 6 avril 2010 consid. 6.2.3; voir également les décisions 
CRC 2002-158  du  8  juin  2004  consid. 4d  et  CRC 2002-117  du  18 
juillet 2003 consid. 1d, ainsi que la décision incidente CRC 2003-054 
du 19 septembre 2003). Eu égard au secret fiscal (concernant la TVA, 
voir  l'art.  44  aOTVA,  respectivement  l'art.  55  aLTVA),  la  personne 
sollicitant un droit à la consultation dudit dossier ne doit cependant se 
voir accorder le droit de consulter les données et les chiffres invoqués 
à  titre  comparatif  que  dans  la  mesure  où  ceux-ci  ne  peuvent  pas 
ensuite être mis en relation avec certains assujettis identifiables (ATF 
105  Ib  181  consid.  4b).  La  communication  des  chiffres  est  ainsi 
admissible,  pour  autant  que  l'identification  des  entreprises  de 
comparaison  ne  soit  pas  possible  (arrêt  du  Tribunal  fédéral 
2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.5, publié dans la RDAF 
2007  II  p.  140  ss,  ainsi  que  le  commentaire  de  XAVIER OBERSON ET 
JACQUES PITTET dans les Archives vol. 77 p. 45 ss). En outre, l'octroi du 
droit  de  consulter  les  pièces  ne  doit  pas  conduire  à  dévoiler  des 
secrets  d'affaires  ou  d'entreprise  d'autres  assujettis,  même  lorsque 
ces pièces sont  anonymisées (arrêt  du Tribunal fédéral  2A.651/2005 
du 21 novembre 2006 consid. 2.9.1; ATAF 2009/60 consid. 2.8.5). La 
question de savoir dans quelle mesure les données contenues dans le 
dossier  concerné  peuvent  être  utiles  à  l'assujetti  pour  attaquer  la 
procédure de taxation par estimation n'est  pas décisive. Il  n'est  pas 
non plus déterminant de savoir si elle a informé l'assujetti au sujet des 
fondements  de sa reprise  fiscale,  si  elle  lui  a  démontré  de manière 
détaillée quels aspects ont été pris en considération pour le calcul du 
chiffre d'affaires et comment les valeurs comparatives compilées ont 
été utilisées (arrêt  du Tribunal  fédéral  précité  du 21 novembre 2006 
consid. 2.9.3; voir également MARTIN KOCHER, Einsichtnahme auch in ein 
vertrauliches "Spezialdossier" der ESTV – Neue Rechtspraxis erlaubt 
vertiefte  Akteneinsicht  –  noch  ungeklärte  Aufdeckungspflicht,  dans: 
l'Expert comptable 2007 n° 3 p. 201 ss, en particulier le consid. 3.2.3).

En  la  présente  cause,  il  suffit  d'observer  que  le  recourant  n'a  pas 
requis  la  production  du dossier  spécial  et  que  ce  dernier  ne devait 
donc pas, au vu de ce qui précède, lui  être spontanément présenté, 
dès  lors  que  les  chiffres  d'expérience  établis  ne  sont  pas,  en  soi, 
contestés  (arrêt  du Tribunal  administratif  fédéral  A-2998/2009 du 11 
novembre 2010 consid. 2.2.1).

5.2.3 En l'occurrence, pour calculer la marge bénéficiaire brute telle 
qu'elle ressort  du chiffre d'affaires réalisé compte tenu des matières 

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utilisées et des salaires, l'AFC s'est référée aux chiffres déclarés par 
le recourant pour chaque année (voir le tableau en p. 7 de la décision 
sur réclamation du 6 octobre 2008). L'autorité fiscale a alors constaté 
que les marges présentées ne correspondent manifestement pas à la 
réalité.  Des  chiffres  déclarés,  une  disproportion  manifeste  et 
importante  existe  entre  les  résultats  comptabilisés  et  le  chiffre 
d'affaires  qui  aurait  pu  être  obtenu  selon  l'expérience,  sans  que  le  
recourant puisse expliquer cette divergence de manière plausible. Le 
recourant  fait  valoir  que  la  marge  retenue  par  l'autorité  fiscale  ne 
correspond pas à sa situation. Néanmoins, le fait que l'AFC se base 
sur la marge en vigueur dans la branche (marge bénéficiaire brute de 
30%)  ne  signifie  pas  que  tous  les  entrepreneurs  de  la  branche 
menuiserie et vitrerie soient obligés de moduler leurs prix de manière 
à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. L'AFC a d'ailleurs, 
au  vu  de  la  situation  du  recourant,  revu  à  la  baisse  la  marge  en 
vigueur dans le domaine d'activité concerné, à savoir en prenant une 
marge bénéficiaire brute de 23%, ceci afin de se rapprocher le plus 
possible  de  la  réalité  de  l'activité  du  recourant.  A  cet  effet,  l'AFC 
précise que la marge retenue de 23% est légèrement inférieure à la 
limite du quartile  inférieur (25,8%) dans lequel  se trouvent un quart 
des données les plus faibles de l'échantillon.

Concernant la situation du recourant, il  est nécessaire que l'assujetti 
qui  présente  une  structure  de  coûts  inhabituelle  par  rapport  à  la 
moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. Lors de son 
recours, le recourant a fourni des explications relatives à la modicité 
de sa marge brute, mais celles-ci ne se basent que sur les chiffres qui 
ressortent de ses comptes pertes et profits des périodes litigieuses et 
qui ont déjà été repris par l'AFC dans le calcul de la marge brute. Par  
ailleurs,  la  planification  financière  interne  à  laquelle  le  recourant  se 
réfère  dans  son  recours  ne  ressort  d'aucune  pièce  justificative 
permettant  d'étayer  les  chiffres  retenus.  Même  si  ces  indications 
justifient partiellement la structure du chiffre d'affaires du recourant, ce 
que  confirme  l'AFC,  le  recourant  ne  fait  que  contester  la  marge 
retenue,  sans  apporter  d'autres  explications  (pièces  à  l'appui) 
confirmant les marges qu'il prétend réaliser.

Conformément  à  la  situation  juridique  exposée  ci-dessus,  on 
rappellera  que  c'est  au  recourant  de  fournir  les  moyens  de  preuve 
nécessaires,  afin  d'attester  du  caractère  manifestement  erroné  de 
l'estimation  effectuée  par  l'administration.  Or,  en  l'occurrence,  les 

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recours ne contiennent que des allégations et ne sont pas assortis de 
documents justificatifs  aptes  à démontrer  leur  bien-fondé aussi  bien 
qu'à annuler l'estimation de l'AFC. Le recourant étant dans l'incapacité 
d'établir  que  l'estimation  faite  par  l'administration  ne  correspond 
manifestement  pas  à  la  réalité,  il  lui  revient  d'en  supporter  les 
désavantages.  De  plus,  le  recourant  doit  s'accommoder  de 
l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne, puisqu'il  est 
lui-même responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par 
voie d'estimation (voir consid. 4.3 ci-dessus; voir également l'arrêt du 
Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5).

En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de 
son  pouvoir  d'appréciation,  lorsqu'elle  a  procédé  à  l'estimation  des 
chiffres d'affaires du recourant et ce dernier n'a pas réussi à établir à 
l'évidence que le  résultat  auquel  est  parvenu l'autorité  fiscale serait  
manifestement contraire à la réalité. En effet, les griefs eux-mêmes ne 
représentent  finalement  que  de  pures  allégations  sans  preuves  et 
s'avèrent donc sans fondement.

6.
Les considérations qui  précèdent conduisent  le Tribunal  administratif 
fédéral à rejeter les recours. Vu l'issue de la cause, en application de 
l'art. 63 al.  1  PA et  de l'art.  1  ss  du Règlement  du 21 février  2008 
concernant  les  frais,  dépens  et  indemnités  fixés  par  le  Tribunal 
administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par 
Fr. 5'250.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis 
à la charge du recourant qui succombe. L'autorité de recours impute, 
dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. 
Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée au recourant (art. 64 
al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Les causes A-7083/2008 et A-7084/2008 sont jointes.

2.
Les recours sont rejetés.

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3.
Les  frais  de  procédure,  par  Fr. 5'250.-,  sont  mis  à  la  charge  du 
recourant  et  imputés  sur  les  avances  de  frais  déjà  versées  de 
Fr. 2'250.- et Fr. 3'000.-.

4.
Il n'est pas alloué de dépens.

5.
Le présent arrêt est adressé : 

- au recourant (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. _______; Acte judiciaire)

Le président du collège : La greffière :

Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex

Indication des voies de droit :

La  présente  décision  peut  être  attaquée  devant  le  Tribunal  fédéral, 
1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public,  
dans les trente jours qui suivent la notification (art.  82 ss, 90 ss et 100 
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le  
mémoire  doit  être  rédigé  dans  une  langue  officielle,  indiquer  les 
conclusions,  les  motifs  et  les  moyens  de  preuve,  et  être  signé.  La 
décision  attaquée  et  les  moyens  de  preuve  doivent  être  joints  au 
mémoire,  pour  autant  qu'ils  soient  en mains de la  partie  recourante 
(voir art. 42 LTF).

Expédition :

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