# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** 44955c8d-69b4-5393-99fa-d911f80188d3
**Source:** Vaud (VD)
**Court Level:** cantonal
**Decision Date:** 2017-11-09
**Language:** fr
**Title:** Vaud Tribunal cantonal Cour de droit administratif et public 09.11.2017 AC.2016.0049
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/VD_Omni/VD_TC_031_AC-2016-0049_2017-11-09.html

## Full Text

TRIBUNAL CANTONAL

  COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

  
	
   

  	
  Arrêt du 9 novembre 2017 

  
	
  Composition

  	
  M. Eric Brandt, président; Mmes Renée-Laure Hitz et Mme
  Silvia Uehlinger, assesseurs; Mme Leticia Blanc greffière.

  

 

	
  Recourante

  	
   

  	
  A.________ à ******** représentées
  par Me Christine GRAA, avocate, à Lausanne,  

  

   

	 
	
  Autorités intimées

  	
  1.

  	
  Direction des travaux de la Ville de
  Lausanne, représentée par Me Daniel PACHE, avocat, à Lausanne,   

  
	
   

  	
  2.

  	
  Service Immeubles, Patrimoine et
  Logistique, Section monuments et sites,  

  	 

							

   

	
  Autorité concernée

  	
   

  	
  Direction générale de
  l'environnement, DIRNA-BIODIV,  

  

   

 

	
  Objet

  	
  Permis de construire           

  
	
   

  	
  Recours A.________ et consort c/ décision de la Direction
  des travaux de la Ville de Lausanne du 12 janvier 2016 (écartant leur
  opposition et autorisant la construction d'une serre tempérée/carnivore et
  l'aménagement de 10 places deux-roues sur la parcelle n°5081, propriété de la
  Commune de Lausanne)

  

 

Vu les faits suivants:

A.                    
La Commune de Lausanne est propriétaire de la parcelle n°5081, formant
le parc de Milan et la colline de Montriond. La partie de la parcelle n°5081
longée par l’avenue de Cour est partiellement construite. Les bâtiments de
l'établissement primaire de Floréal sont situés à l'angle formé par l'avenue de
Cour et l'avenue Beauregard. Plus à l’ouest, l’ancienne maison Auboin (fin
XVIIIème) est utilisée pour le Centre de vie enfantine de la Chenille (ECA
1204), avec un pavillon en bois (ECA 18’212A), puis la villa Verdeil (bâtiment
ECA 1203) et ses annexes, qui forme avec les bâtiments récents situés plus à
l’ouest (bâtiment ECA 18’793), le Foyer de Cour de la Fondation "La
Rambarde". 

B.                    
a) L’entrée sud du parc de Milan donne accès aux musées et jardins
botaniques cantonaux de Lausanne, aménagés sur le flanc sud-ouest de la Colline
de Montriond et sur l'espace situé au pied de la colline jusqu'aux
constructions donnant sur l'avenue de Cour (notamment les annexes de la villa
Verdeil). Le jardin botanique a été conçu et aménagé sur les bases des plans de
l'architecte Alphonse Laverrière, en collaboration avec le paysagiste Charles
Lardet. Selon le rapport historique de Joëlle Neuschwander Feihl de mai 2000, le
programme élaboré par le professeur Florian Cosanday, nommé à la tête de
l’Institut de botanique de l’Université de Lausanne, prévoyait de diviser le
jardin en trois secteurs:

1.     Une
plate-forme pouvant recevoir 2'500 à 3'000 espèces "pharmaceutiques"
pour l'enseignement universitaire, mais auquel le public a toujours voué une
curiosité particulière. 

2.     Un
"alpinetum" ensemble de rocailles que la pente naturelle au Sud et à
l'Ouest de la colline permettrait de réaliser avec des avantages multiples,
pour les plantes de rochers et les fleurs des Alpes. 

3.     Des pelouses,
des talus gazonnés où seraient distribués des buissons, arbustes, arbres
bosquets…

Un certain nombre d'ouvrages de
caractère spécial serait envisagé: bassin, marre, pépinière, couches avec les
inévitables lieux de dépôt de terre, d'humus et de décombres

b) Le projet prévoyait de limiter les constructions du
jardin botanique au strict nécessaire à savoir: un bâtiment de service
comprenant un bureau pour le directeur avec une bibliothèque courante, des
dossiers et herbiers du jardin ainsi qu’une salle pour les jardiniers comprenant
les fichiers des graines et les vestiaires, ainsi que des locaux pour les
semis, le repiquage et pour leur matériel de réparation des outils. Le
programme à l'origine ne prévoyait aucun bâtiment spécifique pour une serre. Le
jardin botanique devait présenter des conditions nécessaires à l'enseignement
de la botanique mais aussi des conditions favorables à l'agrément du public,
les deux activités devant pouvoir se conjuguer harmonieusement dans le même
cadre. 

c) Les travaux d'aménagement du jardin botanique
commencèrent au cours de l'été 1941 et se sont achevés en 1945-1946. Le projet
réalisé comporte un portique d'entrée permettant d'accéder au jardin botanique
par le Parc de Milan, qui donne accès à une place de forme rectangulaire
laquelle forme un espace intermédiaire comprenant à son angle nord-est,
l'escalier qui conduit à l'allée principale, d’une longueur d'environ 90 mètres,
et qui se termine par le portique rattaché au pavillon d'origine, orné de la
mosaïque de Marcel Poncet, abritant les différents locaux de service prévus
dans le programme. Au début de l'allée, sur le côté nord, au pied de la
rocaille, un plan d'eau est aménagé. L'allée principale est bordée de
plates-bandes avec des aménagements de buis et des cheminements permettant
d'observer les différentes plantes se développant dans les carreaux. Une annexe
à la villa Verdeil a été construite pendant les travaux d'aménagement du jardin
botanique, en empiétant légèrement sur le côté sud des plates-bandes, telles
qu’elles avaient été conçues à l’origine par l’architecte Laverrière modifiant
ainsi la composition d’origine de la plate-bande. Le jardin botanique se
développe ensuite pour l’essentiel sur le flanc sud et sud-ouest de la Colline
de Montriond avec de nombreux ouvrages et aménagements, tels que le grand
rocher bordant le plan d’eau, un banc semi-circulaire, un grand escalier, un
puit avec une succession de terrasses, un escalier de tuf, une pergola et les
rocailles, qui forment l’élément principal du jardin selon le professeur
Cosandey. Le rapport historique de Joëlle Neuschwander Feihl précise en
conclusion que la volonté des autorités d’insérer le jardin dans l’espace
urbain et d’en faire une attraction, un but de promenade, s’est remarquée par
le soin avec lequel les différents objets construits ont été conçus, agencés et
réalisés, non seulement pour les bâtiments et le portique d’entrée, mais aussi
pour les ouvrages de soutènement, les cheminements et les éléments de
mobiliers, qui scandent la composition.  L’historienne reprend sur ce point une
citation du professeur Florian Cosandey : « Du point de vue
universitaire, la culture des collections botaniques ne nécessitait pas autant
de travaux d’architecture, mais nous avons voulu donner à notre jardin, le
caractère d’un parc, s’harmonisant avec les promenades de notre ville ».

d) Au début des années 1960, l'enseignement et la
recherche en zoologie botanique et biologie végétale était à l'étroit dans le
Palais de Rumine. Dans l'impossibilité de trouver des locaux supplémentaires à
proximité, il a été proposé de construire un nouveau bâtiment dans le jardin botanique.
Le bâtiment du Musée, construit en 1965, est un bâtiment rectangulaire de deux
niveaux avec une annexe au nord-ouest d'un seul niveau comprenant une serre éclairée
zénithalement par quatre coupoles de verre; l’annexe empiète sur le côté sud
des plates-bandes telles qu’elles avaient été conçues par l’architecte
Laverrière. En 1971, la municipalité a autorisé la construction d'une serre du
type "bloc système Boss" d'une surface d'environ 60 m2,
implantée à l'extrémité Est de l'allée du jardin, formant une sorte de
terminaison à la perspective de l'allée. La serre accueille les plantes
tropicales et les plantes succulentes. En 1982, des travaux ont été entrepris
dans le bâtiment de service des jardiniers (pavillon) qui a été partiellement
transformé en orangerie par la pose de tabatières dans le toit et par la
suppression de la dalle du plafond de l'ancien bureau. Une deuxième serre a été
créée en 1985 dans l'annexe nord-ouest du musée pour aménager une serre sous
toiture avec l'installation de huit nouvelles coupoles en toiture. La serre
accueille actuellement les plantes tropicales et les plantes succulentes, alors
que la première serre prévue de l'annexe est destinée aux plantes de climat
méditerranéen. Selon le rapport historique de Joëlle Neuschwander Feihl, ces
travaux ont altéré la composition d’origine du jardin botanique.

C.                    
a) Pour répondre aux nouveaux besoins des musées et jardins botaniques cantonaux,
les architectes Demetriades et Papadaniel ont remis, en date du 4 décembre 2000,
un rapport préliminaire pour la réalisation d'un projet de serre chaude. Des
études avaient été engagées depuis 1988 et avaient révélé la situation précaire
de l'Institut de botanique systématique et de géo-botanique de l'Université de
Lausanne ainsi que celle des musées et jardins botaniques cantonaux. Ces études
mettaient en évidence le besoin urgent de concevoir une nouvelle serre
garantissant des conditions de travail au niveau universitaire. Le programme
devait comprendre:

-     une serre
chaude pour les plantes tropicales;

-     une serre
froide pour les plantes succulentes (actuellement dans le bâtiment de
l'Institut de Botanique);

-     une serre
tempérée pour les plantes carnivores;

-     une
orangerie;

-    
des places de rempotage et de culture en relation avec les divers climats.

b) Un rapport des "musées et jardins botaniques
cantonaux" du mois d'avril 2000 confirmait l'urgence de remplacer la serre
actuelle par une nouvelle serre répondant à des impératifs d'exploitation,
d'exposition au public et de maintenance des plantes. Les surfaces maximales
souhaitées étaient de l'ordre de 600 à 700 m2 mais devaient être
adaptées à la position de l'implantation et en rapport avec la volumétrie des
bâtiments existants. La nouvelle serre devait assumer deux fonctions
interactives essentielles:

-      exposition
des plantes et information au public (lieu de visite, attrait touristique,
information et enseignement auprès de l'Ecole normale, des écoles primaires,
secondaire, etc…);

-     
fonction de recherche, de maintenance et d'exploitation.

c) Le rapport préliminaire des architectes
Demetriades et Papadaniel analyse cinq variantes de nouvelles implantations. La
première variante (n°1) prévoyait de construire la serre sur l'espace situé à
l’arrière de l'école Floréal, dans le prolongement est de l'axe de l'allée
principale du jardin botanique. Cette position ne compromettait pas la qualité
des espaces extérieurs de l’établissement scolaire tout en respectant les normes
concernant la proportion des espaces extérieurs par rapport au nombre de
classes ou d’élèves. D’autres variantes ont été étudiées pour implanter la
nouvelle serre sur le flanc sud de la Colline de Montriond (n°2, n°3a et 3b et
n°4), ainsi qu’à l’emplacement actuel des nouveaux locaux du Foyer de Cour (n°5).
Toutefois, aucune suite n'a été donnée au rapport préliminaire de 4 décembre
2000, vraisemblablement en raison de la situation financière du canton à
l’époque. 

D.                    
a) En date du 21 juillet 2015, le Service Immeuble Patrimoine et
Logistique a déposé une demande de permis de construire auprès de la
Municipalité de Lausanne (ci-après: la municipalité) en vue de la construction
d'une nouvelle serre tempérée du jardin botanique. Le projet de serre est prévu
sur le côté sud des plates-bandes longeant l'allée principale du jardin botanique,
en parallèle avec l'annexe de la Villa Verdeil. Le projet de serre, de forme
rectangulaire, présente une longueur de 33.67 mètres sur une largeur de 5.60
mètres. Il est séparé en deux parties avec à l'est les plantes carnivores sur 159
m2 et à l'ouest, une serre tempérée sur 102 m2. Le projet
comprend en outre une galerie. 

La demande de permis de construire a été déposée en
juillet 2015. Dans un courrier adressé le 18 septembre 2015 au bureau
d’architecture mandaté par l’Etat, la Direction des travaux de la Ville de
Lausanne a signalé que le jardin botanique figurait au recensement ICOMOS des
parcs et jardins historiques de la Suisse avec une note *1*, qu’il était
inscrit à l’inventaire cantonal et que la déléguée à la protection du
patrimoine bâti ainsi que le Service des parcs et domaines avaient formulé un
préavis négatif, qui serait communiqué au Conservateur cantonal des Monuments
et Sites (ci-après le Conservateur cantonal). Il était précisé qu’une solution
alternative aurait été trouvée par le SIPAL-Architecture et le SIPAL-Monuments
et Sites, d’entente avec le Service communal des écoles et la Commission
immobilière, pour permettre la construction de la serre à l’arrière du collège
de Floréal sans porter atteinte au jardin botanique. La Direction des travaux
recommandait d’envisager ce nouvel emplacement de manière préférentielle. La
Direction du SIPAL répondait le 25 septembre 2015 que l’alternative visant à
implanter la serre à l’arrière du collège de Floréal avait été étudiée mais que
cette solution n’avait pas été retenue pour ne pas prétériter un éventuel
besoin d’extension futur du collège et aussi parce que l’autorité politique
souhaitait privilégier l’implantation de la serre dans le périmètre qui a déjà
fait l’objet d’une convention d’utilisation au bénéfice de l’Etat.  

b) Le projet a été soumis à l'enquête publique du 9
octobre au 9 novembre 2015 et il a soulevé, en date du 2 novembre 2015,
l'opposition de l'association A.________ ainsi que celle de la section vaudoise
de A.________. Il était reproché au projet de serre de détruire le dispositif
et les qualités des aménagements d'origine du jardin botanique en détruisant la
perspective de l'allée principale, ainsi que la composition axiale voulues par
l'architecte. 

c) La Centrale des autorisations (CAMAC) a délivré
le 1er décembre 2015 la synthèse des différents préavis et
autorisations cantonales requises par le projet. Le préavis du SIPAL, section Monuments
et Sites, comporte une description détaillée du site relevant l’ensemble de ses
qualités et conduit implicitement à un préavis négatif du Conservateur cantonal. 

Le préavis du SIPAL se termine par une décision
autorisant le projet, formulée dans les termes suivants :

« La position du Conservateur
cantonal des monuments et sites s’opposant à ce projet a été soumise à l’accord
du Conseil d’Etat. Ce dernier n’ayant pas suivi l’analyse du Conservateur
cantonal, le Département en charge de la protection des monuments et des sites
valide le projet présenté dans le cadre de ce dossier et délivre l’autorisation
spéciale au sens des art. 17 et 51 de la loi sur la protection de la nature,
des monuments et des sites. »

c) Lors de ses séances des 17 décembre 2015 et 7 janvier
2016, la municipalité a décidé de délivrer le permis de construire et de lever
l'opposition de la Section vaudoise de A.________.

E.                    
a) L’association A.________ ainsi que sa Section vaudoise ont contesté
la décision communale par le dépôt d'un recours auprès de la Cour de droit
administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après : le tribunal ou
CDAP), concluant à son admission et à l'annulation de la décision municipale du
12 janvier 2016 et subsidiairement à son renvoi à l'autorité de première instance
pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La municipalité a déposé
un mémoire de réponse en date du 11 avril 2016 en concluant au rejet du recours.
Le Service Immeubles Patrimoine et Logistique (ci-après : le service ou
SIPAL) a déposé des observations le 19 avril 2016 en concluant également au
rejet du recours. 

b) Le tribunal a tenu une audience en date du 28
avril 2016 au terme de laquelle les parties ont donné leur accord à
l'engagement de pourparlers transactionnels et à la suspension de la procédure.
Ces pourparlers n'ont pas abouti et le tribunal a sollicité l'avis de la
Commission cantonale consultative d'urbanisme et d'architecture (ci-après :
la CCUA ou la Commission), qui s'est déterminée le 24 février 2017. Le préavis
de la Commission (n°226/2017) comporte les extraits suivants:

"
(…) 1/2. La décision attaquée devant la Cour de droit
administratif et public du Tribunal cantonal est celle de la Direction des
travaux de la Ville de Lausanne du 12 janvier 2016, écartant l'opposition de
l'Association A.________ autorisant la construction d'une serre tempérée et
pour plantes carnivores (ainsi que l'aménagement de 10 places deux-roues) sur
la parcelle no 5081, propriété de la Commune de Lausanne.

Le
Syndic de Lausanne et le Conseil d'Etat vaudois ont manifestement soutenu le
projet, contre l'avis de certains services spécialisés.

1/3. Le projet en question est une construction de type serre, de 30 m. de
longueur et 5.60 m. de large. Il représente environ 190m2 de SBP avec une
petite mezzanine/balcon. Il serait posé à même le sol, avec des fondations
ponctuelles ; la toiture à deux pans serait symétrique et le faîte à environ 6
m. de hauteur.

Cette construction n'a certainement pas un
caractère aussi pérenne que les autres bâtiments principaux déjà réalisés sur
le site du Jardin Botanique. Le projet revêt un caractère essentiellement
fonctionnel, dicté très certainement par des possibilités d'investissement
limitées (CHF 580'000.00 annoncés).

L'emplacement
choisi pour la réalisation de la serre ne nécessite aucun terrassement ou
mouvement de terre particulier.

Le Conservateur des Monuments historiques du Canton
de Vaud et la Déléguée à la protection du patrimoine bâti de la Ville de
Lausanne ont préavisé négativement ce projet. Il porterait atteinte à
l'ensemble conçu par l'architecte Alphonse Laverriere dans les années 1930. Il
risquerait de créer un effet de corridor dans le jardin, alors que le site
devrait conserver toute sa valeur architecturale. La plate-bande qui serait
supprimée formerait une vision ouverte à la promenade le long de l'allée
principale et la nouvelle serre limiterait cette perspective en modifiant le
concept original du Jardin Botanique.

C'est
également, en substance, ce que les recourantes, l'Association A.________ et la
Section vaudoise de A.________ soutiennent devant la CDAP ; sans être opposées
à une serre, elles s'opposent à son emplacement.

La Commission a pris connaissance des multiples
études et variantes qui ont déjà été effectuées depuis de nombreuses années,
afin de trouver une solution d'implantation pour cette nouvelle serre.
Certaines sont situées hors zone à bâtir ou empiètent sur les terrains du
collège de Floréal voisin, hors du périmètre défini pour le jardin botanique
mais toujours à l'intérieur de cette même parcelle N° 5081.

II. Concept historique et réalisations

La Commission a essayé de comprendre les enjeux
historiques du Jardin Botanique de Lausanne et des différentes interventions
effectuées entre sa conception, à la fin des années 1930 et aujourd'hui, afin
de pouvoir mettre en contexte le projet de nouvelle serre. Au dossier de la
CDAP figure un plan de 1939 avec le concept de l'architecte Alphonse Laverrière
pour le site de Montriond.

La serre serait implantée dans la partie
horizontale du jardin, dans une zone constructible, en bordure Ouest de l'allée
principale. Cette allée est l'un des éléments structurant du projet initial des
concepteurs du Jardin Botanique. Ceux-ci soit l'architecte Alphonse Laverrière,
le paysagiste Charles Lardet et le rocailleur Alfred Jordan, ont collaboré
étroitement avec le botaniste Florian Cosandey pour mettre en place le Jardin
Botanique de Lausanne.

L'aménagement paysager très caractéristique de la
partie Sud-Ouest de la colline de Montriond constitue certainement la partie la
plus intéressante de ce jardin. Le portique d'entrée, en relation directe avec
l'aménagement de la Place de Milan, l'escalier amenant à l'allée principale et
le pavillon en Z, dans la perspective de l'allée sont également des éléments
représentatifs du concept et de l'époque. Le jardin botanique a été inauguré en
1946, juste après la deuxième guerre mondiale.

En 1967 un nouveau bâtiment (ECA n° 14846) a
toutefois été ajouté aux constructions et aménagements existants, pour
accueillir le Musée Botanique. Ce bâtiment, avant tout fonctionnel, n'a pas du
tout la valeur patrimoniale des constructions originales. Il est même, au grand étonnement de la CCCUA, inscrit à l'inventaire en note 2, tout
comme l'ensemble du Jardin Botanique.

Sur
la même parcelle 5081, l'on trouve encore d'autres constructions mais elles
sont totalement dissociées du jardin botanique, comme la Villa Verdeil ou le
Collège de Montriond (Floréal) achevé en 1957. Les limites physiques de ces
différentes propriétés sont claires (même si elles ne figurent pas au
parcellaire foncier).

III. Visite du site

La
Commission s'est rendue sur le site et a effectué une visite approfondie. Elle
a pu se rendre compte de la situation et des infrastructures existantes, même
si les activités botaniques sont plutôt au repos au mois de janvier.

Le
concept général des aménagements paysagers et en particulier tous les parcours
dans les rocailles de la colline de Montriond sont restés très fidèles au
concept original.

Au bas, l'allée principale qui structure l'ensemble
a été conçue de manière assez simple par l'architecte Laverrière, avec
cheminement principal et deux passages se répondant de part et d'autre. Du côté
amont, l'allée est bordée d'un jardin géométrique et du côté Lac, par le jardin
naturaliste, sommaire mais intéressant. Ce concept résulte du plan d'ensemble
de la colline de Montriond avec son parcours du jardin botanique, qui se fait
par une première promenade (une ceinture) puis des promenades intérieures.
L'ensemble de la colline est assurément digne d'intérêt, tout particulièrement
sur les hauteurs d'où !a vue est très spectaculaire.

Au pied du coteau, le portique d'accès est en
décalage par rapport à l'axe de l'allée principale, qu'on ne découvre dans sa
perspective qu'après être monté l'escalier d'une quinzaine de marches. Lorsque
l'on accède à cette plate-forme, on est confronté à droite à la nouvelle serre
dont le fronton se situerait à environ 5 m. du palier supérieur. En poursuivant
l'allée, on découvre, sur la droite, le bâtiment du Musée Botanique érigé en
1967. Dans l'axe et dans la perspective de l'allée principale se trouve le
portique du pavillon qui toutefois a complétement perdu sa substance originale
et qui est encombré par une serre bricolée et un dépôt.

Au niveau foncier, le Jardin Botanique est érigé
sur la grande parcelle 5081 (105'729 m2). On relèvera l'existence d'un DDP pour
les constructions en aval (villa Verdeil), dont la limite passe exactement en
limite de ces bâtiments, qui sont toutefois sans accès vers le secteur du
musée. Cette villa est en note 3 mais elle est peu visible et on l'a dit, ne
semble pas concernée par le projet, ne faisant déjà plus partie de l'ensemble.
Il ne semble de ce fait pas utile de l'intégrer dans la réflexion. Le collège
de Montriond occupe lui toute la zone Est de cette même parcelle.

Les serres réalisées dans la partie Est du jardin
ne font pas partie du concept de départ et elles ont été rajoutées après coup.
En plus d'être en très mauvais état, l'une d'elles a phagocyté le pavillon en Z
au bout de l'allée, lui faisant perdre sa valeur. C'est très regrettable.

La Commission, en plus des perspectives fournies
avec le dossier, a essayé de se représenter l'impact volumétrique de la
nouvelle serre à l'emplacement proposé. Elle a également tenté de comprendre
les différentes contraintes du site qui conditionnent fortement l'implantation
de cette nouvelle construction.

Selon le plan d'affectation qui définit les zones
constructibles, celles-ci sont très limitées dans le Jardin Botanique ; le
bâtiment du Musée Botanique, construit en 1967, a déjà largement utilisé le
potentiel constructif du site. Les règles d'affectation sont, en vert, la zone
parc non constructible pour toute la partie de la colline de Montriond, et, en
bleu, la zone d'utilité publique constructible pour l'essentiel dans la zone à
proximité du musée. Il n'apparaît pas, par rapport au règlement en vigueur,
qu'il y ait beaucoup de possibilités d'implanter un nouveau bâtiment. La serre
dans son  projet actuel viendrait en limite de la zone
d'utilité publique. La forme du projet semble dictée par cette nécessité
d'alignement.

L'on
a constaté qu'un aulne moribond, situé au milieu de la plate-bande serait voué
à disparaître. Compte tenu de son état et du lierre grimpant qui l'a
complétement envahi, il est de toute façon condamné à court terme.

IV. Discussion.

La Commission a essayé d'évaluer l'ensemble des
intérêts en jeu pour une prise de position qui soit aussi objective que
possible. L'on voit bien les besoins du Musée à maintenir les collections de
plantations à proximité, en hiver ; la nouvelle serre comprendrait au moins
deux climats avec une certaine hauteur pour les plantes (serre carnivore
tropicale à l'Est et une autre partie moins chauffée) ; elle répondrait sans
doute au problème de capacités du jardin botanique par rapport à ses ambitions
à le redynamiser. On peut donc parfaitement comprendre la nécessité de la
construction d'une nouvelle serre et la volonté de mettre en valeur des
collections botaniques particulières, telles que les plantes carnivores.

L'intérêt et la valeur principale du Jardin
Botanique résident dans l'aménagement paysager de la magnifique colline de
Montriond. Les constructions des bâtiments, que ce soit le pavillon en Z,
aujourd'hui sans intérêt, ou le Musée Botanique, ne présentent en revanche pas
de réelle valeur patrimoniale. Il est regrettable qu'il n'y ait pas eu de
réflexion d'ensemble depuis les aménagements inaugurés en 1946, malgré la
réalisation de nouvelles constructions, en particulier le bâtiment du Musée
Botanique ou les deux serres dans la partie Est du site, mais qui ne font plus
partie du concept original.

La
réalisation du Musée Botanique a donc en 1967 modifié l'impact de l'allée
principale avec le positionnement de l'entrée du Musée. Comme on l'a déjà
évoqué, le pavillon qui abritait au départ les bureaux des jardiniers est
aujourd'hui totalement réduit en dépendance sans intérêt.

Le projet de serre proposé répond avant tout à un
besoin fonctionnel sans ambition architecturale en rapport avec un Jardin
Botanique classé en note 2 à l'inventaire. La Commission peut certes regretter
la banalisation de ce projet de serre qui semble avoir été dicté, avant tout,
par des impératifs liés à l'emplacement et financiers. La serre en elle-même
n'entraîne toutefois pas une atteinte qu'on pourrait qualifier de définitive,
par rapport au jardin. Elle ne dégrade pas beaucoup plus l'environnement que le
bâti récent ne le fait déjà (le jardin rudimentaire au Sud-Ouest serait surtout
mis sous serre). L'opération peut donc être tenue pour limitée du moins si elle
permet d'enlever les serres provisoires en plastique, mettant en cela un peu
d'ordre dans un milieu déjà bien dégradé.

Cette
nouvelle serre, en plus de répondre aux besoins de présentation des plantes
tropicales, devra nécessairement remplacer les deux serres en bout de course
situées autour du pavillon. Dans le cas contraire, cette nouvelle serre ne
ferait que rajouter au « bricolage » et sa présence serait incompréhensible.

V. Questions posées par la CDAP dans son courrier
du 9 décembre 2016

(a)
Principes à respecter pour l'intégration dans le périmètre
du jardin botanique compte tenu des règles en vigueur et des qualifications LPNMS
et ISOS. 

Sous
l'angle des critères de la LPNMS, la colline de Montriond et le Jardin
Botanique sont en note 2 à l'inventaire cantonal. L'objet est donc d'intérêt
régional, mais ce sont fondamentalement les aménagements paysagers du jardin et
des enrochements autour de la colline de Montriond qui présentent de l'intérêt
pour le site. Ceux-ci datent de 1946 et sont restés très authentiques par
rapport au concept de départ.

Certes,
dans le projet de Laverrière, Lardet et Jordan, le jardin naturaliste, le
jardin géométrique et les deux ouvrages de l'époque (portique et pavillon) formaient
un tout. Le périmètre du bas a toutefois été dénaturé. Les interventions
ultérieures (Musées Botanique, serres) ont porté atteinte au concept original
et la note 2 n'est pas justifiée pour ces constructions. 

Sous
l'angle de l'ISOS, les caractéristiques du périmètre environnant sont définies
par la colline accueillant sur ses flancs le jardin botanique. Un objectif de
sauvegarde maximum a été émis, la conservation prévoyant des espaces libres
mais aussi la 

«suppression des altérations». Comme déjà évoqué, dans la partie inférieure du
Jardin Botanique, les interventions ultérieures (Musée Botanique, serres) ont
déjà dénaturé le concept orignal, et la note 2 n'est pas justifiée pour ces
constructions. Dans cette perspective, l'implantation de la nouvelle serre ne
peut qu'aller de pair avec la suppression des serres existantes.

(b)
Déterminer si ces principes d'affectation sont pris en
compte par le projet et sinon, quelles modifications devraient être apportées dans
ce sens

Les
serres sont souvent un élément important et incontournable dans un jardin
botanique. Dans certains cas, comme par exemple au Jardin Botanique de Genève,
la serre devient un élément représentatif qui participe à l'identité du lieu.

Dans
le cas qui nous concerne, la serre semble avant tout fonctionnelle, mais
certainement pas représentative, en relation avec un Jardin Botanique classé en
note 2 à l'inventaire. On peut concevoir qu'elle ait une durée de vie plus
limitée, réversible et démontable à moyen terme.

Quant
aux deux serres existantes à l'Est du Jardin Botanique qui ne sont qu'en partie
cadastrées, elles devraient être démontées et remplacées par la nouvelle serre.

(c)
Nécessité d'une modification des règles d'affectation pour
assurer l'intégration selon les principes de la lettre (a) ci-dessus.

Le périmètre constructible dans le Jardin
Botanique est contraignant. Dans ce contexte, l'emplacement prévu est
pratiquement le seul possible, ou du moins celui qui prétérite le moins les
autres infrastructures du Jardin. Même si certaines études antérieures ont
proposé d'autres emplacements, il est évident qu'elles se sont, chaque fois,
heurtées à la réglementation en vigueur. 

L'on
pourrait bien sûr suggérer une nouvelle étude urbanistique et paysagère. Mais
l'on est conscient que cette ambition ne serait pas sans danger s'il s'agit de
sauver rapidement le jardin, en tant que projet pédagogique.

Compte
tenu que les premières études d'implantation d'une serre dans le Jardin
Botanique datent de plus de 15 ans et vu la lenteur administrative inévitable
pour toute modification de la réglementation, la Commission ne recommande pas
cette stratégie. Ainsi, l'emplacement prévu pour la réalisation de la serre,
même s'il n'est pas idéal, permet néanmoins d'envisager une concrétisation dans
des délais raisonnables.

VI. Préavis : conclusion

La CCCUA est ainsi consciente que si elle
suggérait des refontes trop ambitieuses du projet, elles pourraient bloquer ce
besoin d'agrandissement, apparu depuis les années 1980. Elle insiste surtout
sur le fait que l'élimination des « verrues » est l'élément essentiel pour
accepter le projet.

Une vision trop catégorique ou le renvoi à
d'autres études poserait problème ; elle pourrait paradoxalement empêcher que
le jardin ne soit rapidement redynamisé pour intéresser à nouveau le public, avec
les plantes carnivores qui en sont l'un des pôles. Le fait de ne rien faire sur
la durée approfondirait même la situation actuelle, qui ne favorise pas les
visites (les serres actuelles du musée sont difficilement visitables, tout
particulièrement pour les classes d'écoliers).

Après
avoir pondéré l'ensemble des enjeux, la Commission se rend à l'évidence que les
contraintes d'implantation sont limitées compte tenu de la réglementation en
vigueur. Les enjeux financiers, politiques et de programmation ne sont pas du
ressort de la Commission, mais les études réalisées depuis de nombreuses années
semblent démontrer qu'aucune proposition n'a été convaincante aux emplacements
proposés.

La CCCUA estime
ainsi que, puisque les possibilités d'implantation alternatives se sont
révélées infructueuses, le positionnement, l'échelle et la qualité de
l'architecture du projet restent admissibles. La condition est que les annexes
et les serres en fin de vie soient retirées. Dans une optique de plus long
terme, la CCCUA recommande qu'une réflexion sérieuse soit réalisée par la suite
sur l'ensemble du site, pour anticiper d'autres interventions."

c) La possibilité a été donnée aux parties de se
déterminer sur le préavis et l'Association A.________, avec sa section vaudoise,
ont produit une expertise privée réalisée par l'historien de l'art Frédéric
Phyton. L'expertise a été soumise à la Commission qui a rendu un nouveau
préavis (n°226 b/17) en date du 18 mai 2017, formulé dans les termes suivants: 

"Le
2 mai 2017, M. le Juge instructeur de la CDAP a réinterpelé la CCUA en ces
termes: "A la suite du dépôt de votre préavis du 2 mars 2017, le Tribunal
a recueilli l'avis des parties et l'association recourante s'est déterminée le
28 avril 2017 en produisant une pièce nouvelle à savoir une expertise privée de
Frédéric Python concernant l'évaluation patrimoniale et l'impact du projet de
construction de la serre dans le jardin botanique de Lausanne".

La
CDAP demande à la CCCUA si la pièce nouvelle produite par l'association
recourante est de nature à modifier le préavis du 2 mars 2017 ou si les
éléments mentionnés dans l'expertise privée permettent à la CCCUA de maintenir
ses conclusions.

La
CCCUA a dans son précédent préavis du 2 mars 2017 tenu compte du fait que le
projet de serre n'avait certes pas de réelles qualités architecturales ; elle a
également tenu compte du fait que la serre devait prendre place dans un lieu de
grande valeur mais aussi partiellement abîmé.

Elle
a reconnu les besoins du Musée botanique, soutenus par le SIPAL et le Conseil
d'Etat, Musée qui ne dispose que de peu de moyens financiers.

Vu
cette tension entre les différents intérêts, la CCCUA a proposé une synthèse:
admettre la serre moyennant que les annexes laissées en fin de vie soient retirées.

L'étude de M. Python
ne tient pas compte de l'ensemble de ces intérêts et n'amène donc pas la CCCUA
à revoir son préavis."

Les parties ont eu également la possibilité de se
déterminer sur le préavis complémentaire de la Commission. 

Considérant en droit:

1.                     
a) A.________ fait partie des organisations de protection de la nature,
du paysage ou du patrimoine ayant qualité pour déposer un recours en matière de
droit public en vertu de l'art. 12 al. 1 et 2 de la loi fédérale sur la
protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) en relation avec l'art. 1er
de l'ordonnance du 27 juin 1990 relative à la désignation des organisations
habilitées à recourir (ODO; RS 814.076) et le ch. 5 de l'annexe à cette
ordonnance. L'habilitation prévue par l'art. 12 al. 1 LPN concerne toutefois
exclusivement le recours contre des décisions prises dans l'accomplissement de
tâches de la Confédération selon les art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (arrêt
1C_426/2009 du 17 mars 2010 consid. 1 et les arrêts cités). D'une manière générale,
cette notion ne couvre pas toute application du droit fédéral susceptible de
préjudicier la protection de la nature et du paysage. Au contraire, une tâche
concrète de la Confédération doit être en jeu dans l'exécution de laquelle il y
a lieu de ménager l'aspect caractéristique des paysages, des localités et des
sites évocateurs du passé ou, lorsque l'intérêt général prévaut, d'en préserver
l'intégrité (cf. art. 3 al. 1 LPN; arrêt 1A.185/2006 du 5 mars 2007 consid. 5.1
in ZBl 109/2008 p. 327; arrêt 1A.71/1993 du 12 avril 1994 consid. 2a in ZBl
96/1995 p. 144). 

b) Le projet litigieux est une construction publique
cantonale, destinée aux musées et jardins botaniques cantonaux et ne concerne
pas un ouvrage ou une installation de la Confédération au sens de l'art. 2 al.
1 let. a LPN. Il s'implante en zone à bâtir et ne requiert aucune autorisation
relevant du droit fédéral selon l'art. 2 al. 1 let. b LPN (cf. arrêt
1A.115/2001 du 8 octobre 2001 consid. 1e). Le fait qu'il prenne place dans une
ville inscrite à l'inventaire fédéral au sens de l’art. 5 LPN ne suffit pas en
soi pour admettre que l'octroi de l'autorisation de construire litigieuse
relève de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération. La loi fédérale
sur la protection de la nature et du paysage n'impose pas directement aux
cantons de protéger les sites naturels ou les monuments historiques, même s'ils
sont reconnus d'importance nationale; les règles pertinentes relèvent du droit
cantonal selon l'art. 78 al. 2 Cst. et les cantons ne reçoivent du législateur
fédéral aucun mandat à cet égard (ATF 121 II 190 consid. 3c/bb p. 197; 120 Ib
27 consid. 2c/cc p. 32). La protection des monuments historiques n'est ainsi
une tâche fédérale que lorsqu'elle concerne des objets d'importance nationale
(cf. arrêt 1A.278/2000 du 26 avril 2001 consid. 1b/aa in fine). Lausanne est
mentionnée depuis le 2 novembre 2005 en tant que ville dans l'annexe à
l'ordonnance concernant l'inventaire fédéral des sites construits d'importance
nationale à protéger en Suisse (OISOS; RS 451.12). Cela ne signifie pas encore
que tous les immeubles de la ville présentant un intérêt architectural ou
historique seraient protégés et que toute intervention sur ceux-ci relèverait
de l'accomplissement d'une tâche fédérale. En vertu de l'art. 6 al. 1 LPN,
l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral
indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas
d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution
ou de remplacement adéquates; cette protection renforcée n'emporte pas une
interdiction absolue de construire dans un périmètre aussi étendu que celui de
la Ville de Lausanne (ATF 127 II 273 consid. 4c p. 281; cf. JÖRG LEIMBACHER,
Commentaire LPN, 1997, n. 5ss ad art. 6 LPN). 

Pour déterminer ce que signifie, dans un cas
d'espèce, l'obligation de conserver intact un site protégé, il faut se référer
à la description du contenu de la protection dans l'inventaire (ATF 123 II 256
consid. 6a p. 263). En l’espèce, l’inventaire ISOS de la Commune de Lausanne a
été établi en septembre 2013. Il recense le Parc de Milan et la Colline de Montriond
comme un périmètre environnant PE XX avec un objectif de
sauvegarde « a ». La description de l’inventaire mentionne la
Colline de Montriond accueillant sur ses flancs des plantages et le jardin botanique
cantonal, et les nombreux cheminements aménagés généralement fin XVIII début
XXème siècle, comme site à protéger. Mais, elle ne fait pas état de la
perspective de l’allée centrale du jardin botanique comme un élément essentiel
à sauvegarder, ni du portique d’entrée ou du pavillon à l’est de l’allée. La
question de savoir si la recourante A.________ peut se voir reconnaître la
qualité pour recourir en application de l’art. 12 LPN peut toutefois rester
ouverte dès lors que le recours formé par sa section vaudoise apparaît
recevable. 

c) En effet, la qualité pour recourir de la section
vaudoise de A.________ a été admise par le Tribunal administratif et par la
Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal sur la base de
l'art. 90 de la loi sur la protection de la nature et des monuments et des
sites du 10 décembre 1969 (LPNMS; RSV 450.11), lorsque les intérêts protégés
par cette législation sont mis en cause par le recours (voir les arrêts AC.2009.0209
du 26 mai 2010, consid. 1b; AC.2009.0001 du 26 février 2010; AC.2009.0260 du 4
février 2010 et les références citées; AC.2008.0276 du 21 juillet 2009;
AC.2004.0277 du 20 juin 2005; ainsi que les arrêts AC.2000.0122 du 9 septembre
2004, AC.1997.0049 du 24 juillet 1998, AC.1997.0208 du 8 octobre 1998 et
AC.1994.0102 du 3 mai 1995). En l'espèce, le bâtiment projeté se situe sur un
jardin qui a obtenu la note *2* au recensement architectural du canton de Vaud.
Selon la brochure, la note *2* recense les monuments d'importance régionale. Le
monument est ainsi mis à l'inventaire et a une valeur qui justifierait un
classement. La décision attaquée porte donc sur des travaux à réaliser sur les
jardins botaniques mis à l'inventaire au sens de l’art. 49 LPNMS, de sorte qu'elle
entre dans le champ d'application de la législation cantonale sur la protection
de la nature, des monuments et des sites et le recours est recevable dans la
mesure où il émane de la Section vaudoise de l'association A.________. 

2.                     
a) Les recourantes invoquent les différentes bases légales justifiant à
leur avis la protection du site du jardin botanique. Elles se réfèrent tout
d'abord à la clause d'esthétique de la législation cantonale sur l’aménagement
du territoire, puis au dispositif prévu par la législation cantonale sur la
protection des monuments et des sites notamment en ce qui concerne la
protection générale et l'inventaire ainsi que le recensement architectural.
Elles font référence également au recensement des jardins d'intérêt historique
(ICOMOS), à l'inventaire des sites construits d'importance nationale (ISOS);
elles invoquent également les dispositions du règlement communal sur le plan
général d'affectation concernant l'esthétique et la protection des objets, des
sites ou des ensembles figurant au recensement architectural ou des jardins
d'intérêt historique. 

Les recourantes estiment que l'application de ces
différentes règles devait conduire au refus du permis de construire. Elles
relèvent que dans la synthèse CAMAC, le Conservateur cantonal avait exposé de
manière détaillée les qualités du site. Elles font également état des critiques
de la Déléguée communale à la protection du patrimoine bâti. Elles soutiennent
aussi que l'agencement géométrique de l'allée centrale du jardin relevé par
l'inventaire ICOMOS serait anéanti par le projet contesté et que la vue depuis
le haut de la Colline de Montriond en serait gravement altérée. Selon les
recourantes, le projet aurait pour conséquence d'abîmer un ensemble
architectural digne de protection en estimant qu'il ne s'intègre pas dans le
site et n'en respecterait ni l'originalité ni le caractère. Les recourantes
estiment que la première variante étudiée dans le cadre de l'étude préliminaire
des architectes Demetriades et Papadaniel, dans le prolongement de l'allée
centrale à l'arrière du collège de Floréal, présentait de meilleures qualités
d'intégration. Les recourantes estiment aussi que le projet, autorisé sur la
base d'une décision du Conseil d'Etat, contre l'avis du Conservateur cantonal,
ne respecterait pas les règles de répartition des compétences prévues par
l'art. 17 LPNMS. La décision autorisant le projet contesté ne tiendrait pas
compte non plus des règles fédérales, cantonales et communales ayant pour but
un aménagement du territoire harmonieux et respectueux de la valeur des sites
et monuments. La décision attaquée ne serait pas le fruit d'une pesée
consciencieuse des intérêts qui aurait dû amener l'autorité à reconnaître les
qualités du site en particulier l'existence d'un intérêt public prépondérant à
la préservation du site du jardin botanique que ce soit en raison de sa qualité
intrinsèque ou de l'attachement de la population. 

b) La loi sur la protection de la nature des
monuments et des sites de 1969 a notamment pour but de ménager l'aspect caractéristique
du paysage et des localités, sites évocateurs du passé et de protéger et
conserver les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art ou de
l'architecture et les antiquités immobilières situées ou trouvées dans le
canton (art. 1 let. b et c LPNMS). La LPNMS distingue, d'une part, la
protection spéciale de la nature et des sites (chapitre III) de la protection
spéciale des monuments historiques et des antiquités (chapitre V). La
protection spéciale est organisée par l'établissement d'un inventaire des
monuments naturels et des sites comprenant la description de l'objet inscrit et
les mesures de protection déjà prises ou à assurer (art. 12 et 13 LPNMS).
L'inventaire n'est pas exhaustif (art. 14 LPNMS) et il est public (art. 15
LPNMS). Le propriétaire d'un objet mis à l'inventaire a l'obligation d'annoncer
au département en charge les travaux qu'il envisage d'y apporter (art. 16
LPNMS). Le département compétent peut alors soit autoriser les travaux annoncés
soit ouvrir une enquête en vue du classement (art. 17 LPNMS). L'enquête doit
être ouverte les trois mois suivant l'annonce des travaux projetés à défaut de
quoi les travaux sont réputés autorisés (art. 18 LPNMS). 

Des mesures comparables sont prévues pour la protection
spéciale des monuments historiques et des antiquités. Un inventaire est dressé
de tous les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art et de
l'architecture et des antiquités immobilières situés dans le canton qui
méritent d'être conservés (art. 49 LPNMS). L'inventaire comprend la désignation
de l'objet inscrit, cas échéant de ses abords et l'intérêt qu'il présente avec
les dangers qui le menacent, cas échéant des photographies ou un relevé et les
mesures de protection déjà prises ou les mesures de conservation de
restauration nécessaires (art. 50 LPNMS). Les dispositions des art. 14 et 19
LPNMS sont également applicables à l'inventaire des monuments historiques et
des antiquités prévues par l'art. 49 LPNMS. L'inventaire n'est ainsi pas exhaustif
et il est public, le propriétaire de l'objet étant tenu d'annoncer au département
compétent les travaux envisagés, le département pouvant soit autoriser les
travaux soit ouvrir une enquête en vue du classement dans les trois mois dès
l'annonce des travaux (art. 14 et 18 LPNMS). 

c) En l'espèce, le Parc de Milan avec la Colline de
Montriond sont, d'une part, inscrits à l'inventaire des monuments naturels et
des sites (IMNS) au sens des art. 12 et ss LPNMS et, d'autre part, à
l'inventaire des monuments historiques et des antiquités au sens des art. 49 et
ss LPNMS. L’emprise et le périmètre de l'inventaire IMNS sur le jardin botanique
n'apparaît pas très clairement sur la base du relevé figurant au guichet
cartographique cantonal. Il semble en effet que la partie du jardin botanique
située de part et d'autre de l'allée principale n'est pas comprise dans le
périmètre de l'inventaire cantonal, en tout cas la partie prévue pour la
construction de la serre. Mais, cette question n'est pas déterminante dès lors
que l'autorité compétente en matière de protection de la nature des monuments
et des sites n'est pas intervenue et n'envisage pas un classement du Parc de
Milan et de son jardin botanique. 

La Colline de Montriond ainsi que le jardin
botanique font aussi l'objet de l'inventaire des monuments historiques au sens
des art. 49 et ss LPNMS. Une fiche du recensement architectural, élaborée en
1998, mentionne la note *2* attribuée à l'ensemble. Mais dans ce cas également,
le Conseil d'Etat, et par conséquent le département en charge de la protection
du patrimoine, a renoncé à ouvrir une procédure de classement, de sorte que les
travaux sont réputés autorisés en application de l'art. 18 LPNMS, applicable
par le renvoi de l'art. 51 LPNMS. Les recourantes ne semblent pas contester expressément,
dans leur recours, les décisions refusant d'ouvrir une enquête publique en vue
du classement du jardin botanique. Elles estiment en revanche que la valeur
attribuée au site par le recensement architectural et par les différents
inventaires cantonaux et fédéraux justifierait de refuser le permis de
construire. 

a) L'art. 3 al. 2 let. b LAT prévoit que les
autorités chargées de l'aménagement du territoire doivent notamment tenir
compte de la nécessité de préserver le paysage et veiller à ce que les
constructions prises isolément ou dans leur ensemble ainsi que les
installations s'intègrent dans le paysage. La jurisprudence a précisé que la
portée de cette disposition dépend avant tout du degré de protection que
requiert le paysage en question. S'il s'agit d'un site sensible, porté à
l'inventaire ou présentant des caractéristiques particulières, une exigence
d'intégration plus élevée qu'en présence d'un paysage de moindre intérêt peut
se justifier (Waldmann/Hanni,
Raumplanungsgesetz, 2006, n. 27 ad art. 3 LAT, p. 85). Par ailleurs, le
Tribunal fédéral a relevé qu'une construction ou une installation s'intègre
dans le paysage lorsque son implantation et ses dimensions n'affectent ni les
caractéristiques, ni l'équilibre du site et si, par sa forme et les matériaux
utilisés, elle en respecte l'originalité (DFJP/OFAT, Etude relative à la LAT,
Berne 1981, n. 28 ad art. 3 LAT). La jurisprudence fédérale a interprété
l'art. 3 al. 2 let. b LAT comme une disposition de droit fédéral directement
applicable, permettant d'interdire un projet de construction dans le cadre de
la procédure de demande de permis de construire pour des motifs touchant le
défaut d'intégration au paysage. 

Mais, pour qu'un projet puisse être interdit sur la
base de l'art. 3 al. 2 let. b LAT, il doit porter une atteinte grave à un
paysage d'une valeur particulière qui serait inacceptable dans le cadre d'une
appréciation soigneuse des divers intérêts en présence (arrêt 1C_82/2008 du 28
mai 2008 consid. 6.3 non publié in ATF 134 II 117; 1A.92/1998 du 30 décembre
1998 consid. 5 publié in RDAF 1999 I p. 410). La clause générale d'esthétique
dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire peut renforcer la
mise en œuvre de ce principe (Pierre Tschannen,
Commentaire de la LAT, n. 50 ad art. 3 LAT).

L'art. 86 LATC est une clause générale d'esthétique
et d'intégration des constructions. Cette disposition prévoit que la
municipalité veille à ce que les constructions, quelle que soit leur
destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un
aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1).
Elle refuse le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de
compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier
ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique,
artistique ou culturelle (al. 2). L'alinéa 3 de cette disposition prévoit que
les règlements communaux doivent contenir des dispositions en vue d'éviter
l'enlaidissement des localités et de leurs abords.

Pour appliquer et interpréter les dispositions
relatives à l’esthétique des constructions, l'autorité communale peut se
référer aux documents de la protection de l'inventaire ISOS, à l'inventaire des
monuments naturels et des sites prévus par les art. 12 et suivants de la loi
vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et
des sites (LPNMS; RSV 450.11), ainsi qu'aux critères d'évaluation qui ont été
utilisés pour procéder au recensement architectural des bâtiments du canton au
sens de l'art. 30 du règlement d'application du 22 mars 1989 de la LPNMS
(RLPNMS; RSV 450.11.1). Dans ce cadre, l’inventaire ISOS a toutefois une
portée propre, qui a été récemment précisée et développée par le Tribunal
fédéral (AC.2016.0005 du 3 mai 2016 consid. 3). 

b) Selon la jurisprudence, les inventaires fédéraux
prévus à l'art. 5 LPN;‑ dont fait partie l'ISOS (art. 1 de
l'ordonnance fédérale du 9 septembre 1981 concernant l'Inventaire fédéral des
sites construits à protéger en Suisse - OISOS; RS 451.12) – sont assimilés
matériellement à des conceptions et à des plans sectoriels au sens de l'art. 13
al. 1 LAT. Dans le cadre de leur obligation générale de planifier de l'art. 2
LAT, les cantons doivent tenir compte, dans leur planification directrice, de
ces inventaires en tant que forme spéciale des conceptions et plans sectoriels
de la Confédération au sens de l’art. 13 LAT (voir l’art. 6 al. 4 LAT). Ainsi,
en raison de la force obligatoire des plans directeurs pour les autorités (art.
9 LAT), les conditions de protection figurant dans les inventaires fédéraux
doivent se retrouver dans les plans d'affectation (art. 14 ss LAT), dont la
conformité au plan directeur cantonal doit être examinée par l’autorité
d’approbation en vertu de l’art. 26 al. 2 LAT. L’inventaire ISOS doit ainsi
être transcrit dans les plans directeurs cantonaux, puis dans la planification
locale au moyen des instruments prévus à l'art. 17 LAT. Ces mesures lient non
seulement les autorités dans l'exécution de leurs tâches, mais également les
particuliers (ATF 135 II 209 consid. 2.1 p. 213; arrêts 1C_545/2014 du 22
mai 2015 consid. 5.3; 1C_130/2014 du 6 janvier 2015 consid. 3.2). L'art. 4a
OISOS, introduit le 14 avril 2010, confirme d’ailleurs expressément que les
cantons tiennent compte de l'ISOS lors de l'établissement de leurs plans
directeurs, conformément aux art. 6 à 12 LAT. L’art. 28 RLPNMS prévoit une
règle similaire pour les objets protégés en application de la LPNMS en
précisant que les autorités communales prennent les mesures appropriées pour
protéger les paysages, localités ou sites construits dignes d'être sauvegardés
selon la loi en élaborant leurs plans directeurs ou d'affectation ou
lorsqu'elles délivrent un permis de construire.

En l’espèce, le plan directeur cantonal prévoit une
mesure E11 intitulée "Patrimoine naturel et développement
régional", qui est formulée dans les termes suivants:

"Dans la mesure où les
objectifs de sauvegarde sont respectés, les autorités compétentes soutiennent
la mise en valeur économique du patrimoine naturel. La synergie avec les
acteurs du patrimoine et de l’économie est recherchée. Les inventaires relatifs
à la protection du patrimoine naturel sont intégrés dans toutes les
planifications et constituent des données de base pour les projets cantonaux ou
communaux. Le Plan directeur cantonal synthétise ces inventaires en deux
catégories, les inventaires contraignants et les inventaires d'alerte."

Les inventaires culturels et naturels sont ainsi
présentés selon leur effet (contraignant ou d’alerte) en une seule liste, car
plusieurs d’entre eux concernent ces deux dimensions. La mesure E11 du PDcn
(2008) précise la distinction entre effet contraignant et effet d’alerte dans
les termes suivants: 

"- Effet
contraignant : inventaire, planification ou mesure induisant des restrictions
d’usage d’un bien‐fonds
(directement opposable à un tiers). Effets directs sur l’affectation du sol.

- Effet d’alerte : inventaire,
planification ou mesure restreignant les possibilités d'aménagement et de
modification des objets qu’il protège. Se traduit généralement par des
dispositions permettant d'assurer leur protection."

c) L'inventaire ISOS est mentionné dans la liste des
inventaires ayant un effet d’alerte, tout comme les inventaires cantonaux
prévus aux art. 12ss et 49 ss LPNMS. Cela signifie que ces inventaires n’ont
pas en eux-mêmes un effet juridique sur le statut du sol. Mais, ils doivent
être pris en considération lors de l’élaboration d’un plan d’affectation par
des dispositions permettant d’assurer la mise en œuvre des objectifs de
protection. L’inventaire peut dans cette mesure lier les particuliers car la
procédure d’approbation des plans d’affectation assure la protection juridique
prévue par l’art. 33 LAT, nécessaire à la validité des mesures restrictives qui
en découlent; cette procédure permet d’assurer la pesée globale des intérêts à
prendre en considération dans la procédure de planification, dont celui des
propriétaires grevés (art. 3 OAT). Ainsi, les objectifs de protection résultant
de l'inventaire ISOS doivent en principe être transcrits dans la planification
locale pour déployer un effet juridique contraignant (ATF 135 II 209 consid.
2.1 p. 213). En revanche, dans le cadre de la procédure de demande de permis de
construire, l’inventaire intervient comme un élément d’appréciation à prendre
en considération dans le cadre de la pesée des intérêts requise par
l’application de la clause d’esthétique ou des dispositions communales
relatives à l’intégration des constructions ou encore celles concernant la
protection du milieu bâti. 

aa) L’inventaire ISOS est fondé sur une méthode
d’analyse des sites construits et de leur environnement. Les sites sont
considérés dans leur globalité, c’est-à-dire que l’inventaire tient non
seulement compte de la valeur intrinsèque des éléments du site, mais aussi de
la qualité de leur relation. Le site est ainsi divisé en différents périmètres
(P) et en ensembles construits (E), en périmètres environnants (PE) et en
échappées dans l'environnement (EE). Les critères retenus portent sur les
qualités historiques et spatiales du tissu, ainsi que sur l'état, la
signification et l'objectif de sauvegarde de chacune des composantes du site.
Les périmètres et les ensembles se différencient par leur taille, mais souvent
également par l’évidence et l'intensité de leur cohésion spatiale ou historique.
Selon les explications relatives à l’ISOS:

-    le périmètre P est une composante bâtie de
taille honorable, pouvant être perçue comme entité de par ses caractéristiques
historico-architecturales et spatiales ou de par sa spécificité régionale;

-    un ensemble E est une composante bâtie de
petite taille, pouvant être perçue comme entité de par ses caractéristiques
historico-architecturales et spatiales ou de par sa spécificité régionale;

-    un périmètre environnant PE est une aire
limitée dans son extension, en général en rapport étroit avec les constructions
à protéger; espaces verts, par exemple les vergers, prés ou surfaces herbeuses,
coteaux viticoles, parcs, etc;

-    une échappée dans l’environnement EE est une
aire ne présentant pas de limites clairement définies mais jouant un rôle
important dans les rapports entre espaces construits et paysage, par exemple
premier plan/arrière-plan, terrains agricoles attenants, versant de colline,
rives, espace fluvial, etc. 

L'appréciation de la valeur des périmètres
environnants PE et des échappées dans l’environnement EE est définie par des
catégories d’inventaires et des objectifs de sauvegarde :

-    La catégorie d’inventaire "a"
signifie qu’il s’agit d’une partie indispensable du site construit, libre de construction
ou dont les constructions participent à l’état d’origine de l’environnement.

-    La catégorie d’inventaire "b" indique
qu’il s’agit d’une partie sensible pour l’image du site, souvent construite. 

-    L’objectif de sauvegarde "a"
préconise la sauvegarde de l’état existant en tant qu’espace agricole libre, la
conservation de la végétation et des constructions anciennes essentielles pour
l’image du site, la suppression des altérations.

-    L’objectif de sauvegarde "b"
préconise la sauvegarde des caractéristiques essentielles pour les composantes
attenantes au site. 

Cette appréciation est complétée par une évaluation
de la qualité spatiale, de la qualité historico-architecturale et de la
signification dans le périmètre ou dans le site. Ces critères sont évalués sur
trois niveaux; par exemple, la qualité spatiale peut être
"prépondérante" (X), "évidente" (/) ou "peu
évidente" ( ).

bb) Selon l'art. 1 OISOS, l'inventaire fédéral des
sites construits comprend les objets énumérés en annexe. La Commune de Lausanne
est mentionnée dans l'annexe à l'OISOS en tant que ville depuis 2005. Lausanne
fait donc partie d'un inventaire fédéral d'objets d'importance nationale au
sens de l'art. 5 LPN. Le plan général d’affectation de Commune de Lausanne a
été approuvé en 2006. Même si la description de l’inventaire conforme à l’art.
5 LPN n’a été publiée qu’en 2014, l'art. 6 al. 1 LPN accordait déjà en 2006 une
portée juridique à l’inscription de la ville de Lausanne à l’inventaire ISOS en
précisant que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas
d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution
ou de remplacement adéquat. 

cc) Selon la description de l’inventaire publiée en
2014 pour la Ville de Lausanne, l'ensemble du Parc de Milan avec la Colline de
Montriond est répertorié comme un périmètre environnant PE sous chiffre XX
avec la description suivante:

"Important espace public
verdoyant, multifonctionnel et très fréquenté; à l'Ouest, parc de Milan, grande
surface plane engazonnée, cernée d'une majestueuse allée de feuillus, vaste
fontaine circulaire; à l'Est, colline de Montriond, éminence boisée dans sa
partie Nord et accueillant sur ses flancs des plantages et le Jardin Botanique
cantonal, nombreux chemins aménagés généralement fin XVIII début XXème siècle,
complété au cours du XXème siècle."

Le musée botanique cantonal est répertorié comme un
objet individuel sous le n° XX.0.6 avec la description suivante:

"Musée botanique cantonal,
construction très modeste de type modulaire au sein du Jardin Botanique aménagé
en 1937-46, bâtiment de deux niveaux appuyé contre la pente, béton, toit plat,
1967."

Le musée est mentionné sous la rubrique
"observations" indiquant qu'il s'agit d'un élément qualitativement
neutre. En revanche, le portique d’entrée tout comme le pavillon à l’est de
l’allée centrale ne sont pas mentionnés dans l’inventaire. S'agissant de
l'ensemble du Parc de Milan avec la Colline de Montriond, il bénéficie de la
catégorie d'inventaire "ab" recensé avec une signification
prépondérante et un objectif de sauvegarde "a". Selon les
explications relatives à l'ISOS, l'objectif de sauvegarde "a" préconise
la sauvegarde de l'état existant en tant qu'espace agricole ou libre". Il
implique la conservation de la végétation et des constructions anciennes
essentielles pour l'image du site et la suppression des altérations. Il doit
être relevé que l'allée centrale et les plates-bandes situées de chaque côté de
cette allée ne figurent pas dans la description de l'inventaire ISOS. Sans
dénier la valeur architecturale de l’allée centrale du jardin botanique, le
tribunal constate qu’elle n’est pas désignée comme faisant partie des objets
significatifs à protéger dans le périmètre environnant PE XX,
alors que le bâtiment du musée contigu au jardin fait l’objet d’une
appréciation. 

d) Il est vrai que l'ensemble de la Colline de Montriond,
avec les aménagements du jardin botanique, est référencé comme jardin certifié
ICOMOS sous la référence 132-62. La fiche de l'inventaire ICOMOS comporte une
description des parties constituantes du jardin botanique, en mentionnant le
portique d'entrée, les chemins et cours en graviers et dalles de pierres, les
murets et les escaliers en appareil de pierres, la rocaille, le bassin rond, la
pièce d'eau, le bassin rectangulaire en simili-pierres, les bancs de bois, les
couches en béton et les serres. La fiche précise aussi que le jardin comporte
une collection de 6'000 espèces sur une surface de 1,8 ha comprenant notamment
un arboretum, un alpinum, des plantes aquatiques, des plantes utilitaires, des
plantes médicinales, des plantes grasses, des plantes carnivores et des plantes
de serre tropicales. La fiche souligne que le jardin est composé d'un parc
paysagé et d'un jardin régulier avec un parterre délimité par des traits de
chèvres-feuilles nains. Au titre des remarques générales, la fiche mentionne
que le jardin botanique s'étale sur la partie sud de la Colline de Montriond
qu'il s'agit d'un très bel aménagement qui fait un tout avec la Colline de
Montriond et la place de Milan. En ce qui concerne la substance historique, il
est précisé qu'il s'agit d'un aménagement typique et bien préservé. La
protection du jardin résulte d’une inscription à l'inventaire du 11 février
2002 sur l'ensemble du jardin avec une note 2 au recensement. 

e) Le musée et le jardin botanique sont aussi
répertoriés en tant que biens culturels d'importance nationale (A) en
application de la loi fédérale sur la protection des biens culturels en cas de
conflit armé, de catastrophe ou de situation d'urgence du 20 juin 2014 (LPBC;
RS 520.3); mais cette inscription n’a pas été effectuée en raison de la qualité
des aménagements extérieurs et de la configuration des lieux, mais pour la
valeur de la collection du musée (Inventaire suisse des biens culturels
d’importance nationale, 2009 p 406;  http://www.babs.admin.ch/fr/aufgabenbabs/kgs/inventar/a-objekte.html).

f) La réglementation communale prévoit encore une
règle spécifique pour les objets figurants dans un recensement. L’art. 73 du
règlement du plan général d'affectation communal du 26 juin 2006 (RPGA) prévoit
que tous travaux concernant des bâtiments, des objets ou des sites figurant au
recensement architectural ou au recensement des jardins d'intérêt historique
doivent faire l'objet d'un préavis du délégué communal à la protection du
patrimoine bâti précisant ses déterminations (al. 2); sur la base de ce préavis
la municipalité peut alors imposer des restrictions au droit de bâtir et
interdire les constructions, transformations ou démolitions (al. 3). En
l'espèce, la déléguée à la protection du patrimoine bâti a délivré le 21
octobre 2015 le préavis suivant:

"Le
Jardin botanique figure au recensement ICOMOS des parcs et jardins historiques
de la Suisse avec une note *1* (intérêt national)

L'ensemble, musée et jardin botanique cantonaux, a
été inscrit à l'inventaire des monuments historiques non classés le 11 février
2002

Selon
l'ISOS, le Jardin botanique est compris dans le « périmètre environnant » n°
XX, avec un objectif de sauvegarde « a »

Le projet de construire une serre destinée à
abriter la collection de plantes carnivores propriété du jardin botanique
cantonal, est en soi séduisant. Cependant, force est de constater que la serre
qui est soumise à enquête publique ne peut être réalisée qu'en portant atteinte
au concept de jardin botanique développé par l'architecte Alphonse Laverrière.
L'emplacement choisi condamne ce qui subsiste des broderies géométriques de
petits buis du côté sud de l'allée principale. La perspective qui ouvre vers l'est
sur le pavillon édifié à l'extrémité de l'allée principale serait bordée en son
côté sud par une construction de plus de 30 mètres de longueur, créant ainsi un
effet de corridor. De plus, les gabarits mettent en évidence la proximité
défavorable de la serre avec la couronne du feuillu implanté à droite de
l'entrée ; il serait regrettable de devoir la tailler pour y « encastrer » une
construction nouvelle.

En raison de l'impact négatif de cette nouvelle serre sur le site du
jardin botanique et de la disparition de certains éléments caractéristiques du
dessin de ce jardin, nous formulons un préavis défavorable à ce projet.
Nous invitons ses promoteurs à envisager un emplacement qui porte moins
atteinte au Jardin botanique et préserve mieux le potentiel d'évolution des
bâtiments du musée, ceci en collaboration avec les instances en charge de la
conservation du patrimoine, en particulier le conservateur cantonal des
monuments.

Il faut encore rappeler que la réglementation
communale comporte à l'art. 69 RPGA une règle comparable à la clause
d'esthétique de l'art. 86 LATC en précisant que les constructions,
transformations ou démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le
caractère d'un quartier, d'un site, d'une place ou d'une rue ou de nuire à
l'aspect d'un édifice de l'art historique, culturel ou architectural sont
interdites.

d) Il ressort de ces explications que la décision
sur l'admissibilité du projet de serre dans le jardin botanique est de la
compétence exclusive de la municipalité. Les autorisations requises par la mise
à l'inventaire du site, en tant qu’ensemble construit en tant que jardin
historique bénéficiant d'une note *2* au recensement architectural, n'a pas
suscité une opposition du département compétent de l'Etat de Vaud en vue de
l'ouverture d'une enquête publique pour classement. Il n'en demeure pas moins
que la valeur du site, telle qu'elle résulte du recensement et de l'inventaire,
doit être prise en considération par la municipalité pour appliquer la clause
d'esthétique, tout comme la valeur attribuée au site par l'inventaire ISOS (voir
l’art. 28 RLPNMS ainsi que les arrêts AC.2016.0005 du 3 mars 2016 consid. 3f; AC.2015.0174
du 27 novembre consid. 4c; AC.2013.0397 du 19 août 2014, consid. 5d;
AC.2010.0141 du 16 novembre 2011, consid. 4b; .2008.0328 du 27 novembre 2009
consid. 4, AC.2007.0147 du 31 juillet 2008, consid. 3c, AC.2006.0113 du 12 mars
2007, consid. 7c/cc, AC.2004.0031 du 21 février 2006; AC.2004.0003 du 29
décembre 2005 consid. 2c; 4b AC.2002.0128 du 12 mars 2004 consid. 4b et
AC.2000.0122 du 9 septembre 2004 consid. 3c).

Pour effectuer cette appréciation, l'autorité
communale doit procéder à une pesée de l'ensemble des intérêts en jeux dont
font partie les valeurs intrinsèques du site et les différentes qualifications
portées à ce site par les inventaires cantonaux et fédéraux, mais aussi la
fonction et l'utilité publiques du projet en cause et sa destination ainsi que
l'environnement dans le cadre duquel il s'insère et l'ensemble des autres
circonstances pertinentes à prendre en considération pour juger de
l'admissibilité du projet. En ce qui concerne l'insertion du projet dans le
site, le tribunal a requis l'avis de la Commission qui a formulé un préavis
favorable en tenant compte du fait que la serre permettrait de remplacer les
deux serres existantes, qu'il s'agit d'une construction d'une durée de vie plus
limitée, réversible et démontable à moyen terme, sans que des solutions
alternatives d'implantation puissent entrer en ligne de compte dans des délais
raisonnables pour répondre aux besoins du musée, déjà avérés il y a plus de
quinze ans. 

A ces différents éléments, le tribunal relève encore
que la serre est conforme à la destination du jardin botanique. Elle présente
une utilité évidente pour répondre aux besoins à la fois de la science mais
aussi du public en rendant plus attractive la visite du jardin botanique. Elle peut
améliorer la lisibilité du jardin botanique, encore peu connu de la population
lausannoise, depuis la place de Milan. Par ailleurs, le jardin botanique n’a
pas pour vocation de figer la conception et la réalisation de l'architecte
Laverrière, mais il est appelé à s'adapter aux différents besoins. Il n’est pas
une exposition d'une œuvre architecturale inamovible et immuable, mais
l'aménagement d'un espace pour répondre aux besoins de la science et de
l'éducation et à l'attrait du public en matière de botanique, qui sont en
évolution. Aussi, l’absence d’un emplacement réservé à une serre résulte
probablement d’une erreur de conception du jardin botanique à l’origine, lors
de l’élaboration du programme en 1937. La serre (jardin d’hiver) du jardin
botanique de Genève a été construite en 1911 et on ne pouvait donc pas ignorer
au moment de la conception du jardin botanique de Lausanne, la nécessité d’un
tel élément.

Les recourantes insistent sur le fait que la
variante n° 1, établie par les architectes Demetriades et Papadaniel dans le
rapport préliminaire du 4 décembre 2000, serait nettement préférable et
permettrait de conserver intacte la conception d’origine de l’allée centrale
avec la perspective donnant sur le portique des locaux de service. Mais, cette
variante n’est pas réalisable sans une modification des règles d’affectation.
En effet, l’implantation prévue pour la variante n°1 dans le rapport préliminaire
des architectes Demetriades et Papadaniel s’appuie sur la façade est du
pavillon et empiète de manière non négligeable sur la zone de parcs et espaces
de détente inconstructible (art. 138 RPGA), alors que seule la partie sud-est de
la serre serait comprise dans la zone d’utilité publique réservée aux
constructions et installations publiques (art. 127 RPGA). 

Cela étant précisé, l’avis de la Commission insiste
sur le fait que la serre envisagée est une construction légère qui n’entraîne
pas une atteinte définitive par rapport à la conception du jardin, car on peut
concevoir que la serre ait une durée de vie limitée et soit réversible et
démontable à moyen terme. C’est d’ailleurs le sens de la proposition
transactionnelle présentée par le SIPAL aux recourantes tendant à limiter la
durée de vie de la serre à un délai de l’ordre de 15 ans environ, ce qui
correspond vraisemblablement aux intentions de l’Etat par rapport à cet
investissement limité. 

Cette période de 15 ans représente d’ailleurs le
délai qui a été nécessaire pour élaborer le projet contesté et correspond
vraisemblablement à la période qui sera nécessaire pour permettre une nouvelle
réflexion et pour voir aboutir une nouvelle planification. La Commission
recommande aussi dans ses conclusions « qu’une réflexion sérieuse soit
réalisée par la suite sur l’ensemble du site pour anticiper d’autres
interventions ». Elle insiste sur ce point dans les termes suivants:

« Il est regrettable qu’il n’y
ait pas eu de réflexion d’ensemble depuis les aménagements inaugurés en 1946,
malgré la réalisation de nouvelles constructions, en particulier du musée
botanique ou les deux serres dans la partie est du site, mais qui ne font plus
partie du concept original »

La Commission relève aussi que la construction
de la nouvelle serre permet de remplacer les deux serres provisoires aménagées
autour du pavillon dont « l’élimination » est un élément essentiel
pour accepter le projet ». 

En définitive et en résumé, les éléments à prendre
en considération dans la pesée des intérêts sont les suivants:

- Le site du jardin botanique présente des qualités
architecturales et d’aménagements paysagers évidentes, qui ont justifié sa mise
à l’inventaire au sens des art. 49 ss LPNMS avec une note *2* au recensement
architectural; il figure aussi au recensement ICOMOS des parcs et jardins
historique de la Suisse avec une note *1* (intérêt national). Le recensement
ICOMOS n’a toutefois pas une portée juridique propre en dehors de la mise à l’inventaire
cantonale, qui retient un intérêt régional et non pas un intérêt national. Le
périmètre de l’inventaire IMNS au sens de l’art. 12 LPNMS ne semble pas
s’étendre à la partie ouest de l’allée centrale du jardin botanique sur laquelle
le projet de serre est prévu.

- L’inventaire ISOS s’attache à la protection de
l’ensemble du Parc de Milan avec la Colline de Montriond, mais ne fait pas
mention de l’allée principale du jardin botanique au pied de la colline. Et
l’inventaire des biens culturels d’importance nationale a pour objet les
collections du musée et non pas l’aménagement paysager du jardin botanique en
tant qu’un ouvrage architectural à protéger. 

- Le projet de serre est limité en surface et en
volumétrie par rapport à l’ensemble du jardin botanique dont les éléments les
plus caractéristiques sont la rocaille, les itinéraires sur la Colline de
Montriond avec leurs nombreux aménagements, tels que la pergola et l’escalier
principal notamment, qui restent intacts avec le projet contesté, de sorte
qu’on ne saurait parler d’une atteinte sensible au site.

- Le projet de serre prend place sur une partie
seulement des plates-bandes situées sur le côté sud de l’allée principale, en
parallèle avec l’annexe de la villa Verdeil, et comble en quelque sorte une lacune
dans la conception du jardin botanique, qui ne prévoyait pas d’emplacement pour
la construction de serres à l’origine.

- Le projet de serre est une construction légère,
réversible et démontable, prévue pour une période limitée (vraisemblablement 15
ans) et pour répondre aux besoins considérés déjà comme urgents en 2000, tout
en permettant d’engager une réflexion sur l’ensemble du périmètre du jardin
botanique pour anticiper les nouveaux besoins et, le cas échéant, adapter les
règles de la planification communale aux nouveaux besoins des musées et jardins
botaniques cantonaux.

- La réalisation du projet de serre permet de
remplacer avantageusement les deux serres « bricolées » autour du
pavillon à l’est de l’allée centrale, qui portent atteinte aux qualités
architecturales de la construction, elle apporte ainsi une amélioration de la
situation actuelle.  

- Le projet de serre est conforme à la destination
du jardin botanique. Il présente une utilité évidente pour répondre aux besoins
de la science, mais aussi du public en rendant plus attractive la visite du
jardin botanique. Il améliore la lisibilité du jardin botanique depuis la place
de Milan.

- Chargée de se prononcer sur les questions relevant
de l’urbanisme et de l’architecture, notamment dans le domaine de la protection
des sites (art. 16 al. 1 LATC), la Commission, composée d’experts et de
professionnels éprouvés, a formulé un préavis favorable au projet. 

Dans ces circonstances et indépendamment de la
valeur des aménagements extérieurs liés à la conception originale du jardin
botanique par l'architecte Laverrière, la municipalité est restée dans les
limites de son pouvoir d'appréciation en délivrant le permis de construire. Il
convient de rappeler que ce pouvoir d’appréciation est protégé par la garantie
constitutionnelle de l’autonomie communale, à laquelle le Tribunal fédéral
accorde une importance toujours plus grande. La jurisprudence récente formule
la garantie de l’autonomie communale dans les termes suivants :

« (…) l'autorité communale
qui apprécie les circonstances locales dans le cadre de l'octroi d'une
autorisation de construire, en matière d'esthétique des constructions,
bénéficie d'une liberté d'appréciation particulière, que l'autorité de recours
contrôle avec retenue (cf. art. 3 al. 2 LAT). Dans la mesure où la décision
communale repose sur une appréciation soutenable des circonstances pertinentes,
l'instance de recours doit la respecter. En dépit de son pouvoir d'examen
complet, elle ne peut intervenir et, cas échéant, substituer sa propre
appréciation à celle des autorités communales que si celle-ci n'est
objectivement pas soutenable ou contrevient au droit supérieur » (arrêt
1C_92/2015 du 18 novembre 2015 consid. 3.1.3 et les arrêts cités; dans ce sens:
Olivier Schuler, Kognition zwischen Rechtsweggarantie und Gemeindeautonomie in
bau- und planungsrechtlichen Verfahren, 2015, p. 75-77). 

Il est vrai que la déléguée à la protection du
patrimoine bâti a formulé un préavis défavorable au projet en date du 21
octobre 2015. Mais la municipalité n’est pas liée par le préavis (art. 73 al. 3
RPGA), qui est l’un des éléments pris en considération dans la pesée des
intérêts. De la même manière, le canton n’est pas lié par le préavis du Conservateur
cantonal, qui fait aussi partie des éléments pris en considération dans le
cadre de la pesée des intérêts à effectuer pour autoriser le projet contesté en
application des art. 18 et 51 LPNMS. Au demeurant, le Conservateur cantonal a
donné son accord à la proposition transactionnelle formulée par le SIPAL à
l’issue de l’audience du 28 avril 2016, tendant à limiter l’utilisation de la
nouvelle serre à une durée de l’ordre de 15 ans environ à l’emplacement prévu
et pour engager dans ce délais les études nécessaires permettant de trouver une
solution alternative (détermination du SIPAL du 13 juillet 2017). Aussi, le
SIPAL a confirmé, dans ses déterminations du 28 mars 2017, qu’il faisait sienne
la recommandation de la Commission pour engager une réflexion sur l’ensemble du
site afin d’établir les besoins et anticiper d’autres interventions. 

Cela étant précisé, la Commission a relevé que la
durée de vie limitée de la serre, ainsi que son caractère réversible et
démontable à moyen terme (avis de la Commission n° 226/2017 p. 5), résultait de
sa conception. Le projet est posé à même le sol, avec des fondations
ponctuelles, et ne nécessite aucun terrassement ou mouvement de terre; ainsi,
sa durée de vie est nécessairement plus limitée que les bâtiments du musée déjà
réalisés sur le site (avis de la Commission n°226/2017 p.2). En revanche,
l’obligation de démolir les deux serres à proximité du pavillon ne ressort pas
clairement du permis de construire, tout comme la nécessité d’engager des
études sur l’ensemble du site pour déterminer les nouveaux besoins et pour
coordonner et anticiper les nouvelles interventions, de sorte que la décision communale
devra être réformée sur ce point.

3.                     
Les recourantes demandent que la Commission fédérale des monuments
historiques soit saisie, pour le motif qu’elle est spécialisées dans le domaine
historique et paysager. Or, les expertises prévues par l’art. 7 LPN concernent
des tâches de la Confédération et il est douteux que le projet de serre
temporaire en cause puisse constituer une tâche de la Confédération. 

En tous les cas, la perspective de l’allée centrale du
jardin botanique n’est pas mentionnée dans la description des objets à protéger
selon l’inventaire ISOS. Aussi, la partie du jardin botanique aménagée sur les
flancs sud et ouest de la Colline de Montriond est conservée intacte; il s’agit
d’ailleurs des éléments caractéristiques du jardin botanique constitués par les
nombreux cheminements sur les flancs de la Colline de Montriond - mentionnés
dans l’inventaire ISOS - avec les aménagements qui leur sont liés (rocaille, pergola,
escaliers etc.), lesquels ne sont pas touchés par le projet contesté. Il est
douteux que l’on soit en présence d’une altération sensible du site du Parc de
Milan et de la Colline de Montriond, qui font l’objet de la protection principale
de l’inventaire ISOS. 

Le tribunal a déjà demandé l’avis de la Commission,
expressément requis par les associations recourantes. Si la Commission ne présentait
pas, dans sa composition, les compétences requises pour se prononcer sur le
projet litigieux, il est certain que les associations recourantes se seraient
abstenues de demander son intervention. Enfin, pour apprécier la valeur du site
du point de vue historique et paysager, le tribunal dispose déjà des préavis de
la déléguée lausannoise à la protection de patrimoine bâti, de l’avis du Conservateur
cantonal ainsi que de l’expertise privée produite par les associations
recourantes. Il ne parait donc pas nécessaire de solliciter un avis
supplémentaire sur cette question.

4.                     
a) Les associations recourantes relèvent encore que le plan général
d’affectation de la Commune de Lausanne de 2006 est entré en vigueur en 2008 et
que la Commune de Lausanne a été inscrite à l’inventaire ISOS en 2014. Elles
estiment que les circonstances prévalant au moment de l’adoption du plan
général d’affectation se seraient modifiées au point de justifier une
adaptation du plan des zones pour prendre en compte les impératifs de
conservation qui résulteraient de l’inventaire ISOS. Le plan général d’affectation
ne serait pas conforme à la jurisprudence fédérale qui impose la prise en considération
de l’inventaire ISOS dans les plans d’affectation, ni d’ailleurs à la mesure
C11 du plan directeur cantonal qui fixe les modalités et conditions dans
lesquelles cet inventaire doit être pris en considération dans la planification
communale. Comme la planification communale serait ainsi « obsolète »,
la décision prise en application de cette planification ne devrait pas être
maintenue.

b) En l’espèce, la ville de Lausanne est inscrite à
l’inventaire ISOS depuis le 2 novembre 2005 en tant que ville d’importance
nationale au sens de l'annexe 1 à l'ordonnance concernant l'inventaire fédéral
des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse (OISO). Il est
vrai toutefois que la ville de Lausanne n’a fait l'objet d'une description des
objets à protéger, des dangers qui pourraient les menacer et des buts de
protection au sens de l’art. 5 al. 1 LPN que depuis décembre 2014. 

c) La question de savoir si la publication de la documentation
décrivant les objets à protéger impose on non une révision du plan général
d’affectation au sens de l’art. 21 al. 2 LAT peut toutefois rester ouverte. En
effet, les recourantes n’indiquent pas en quoi la planification communale
serait contraire à la description de l’inventaire ISOS pour le projet contesté.
La description de l’inventaire ISOS concernant le Parc de Milan et la Colline
de Montriond ne porte pas sur les aménagements spécifiques du jardin botanique
constitués par le porche d’entrée, l’allée centrale et le pavillon à son
extrémité est, mais bien sur les cheminements se trouvant sur les flancs de la
Colline de Montriond qui, comme cela a déjà été relevé, ne sont pas touchés par
le projet contesté. Alors même que la description de l’inventaire ISOS
s’attache à décrire le bâtiment du musée, il n’est toutefois fait aucune
référence à la conception architecturale du jardin au pied de la colline, en
particulier à la perspective de l’allée centrale aboutissant au pavillon des
jardiniers, ni même au portique d’entrée. La description de l’inventaire
comporte une abondante documentation photographiq e (295 photographies) et le
tribunal constate que ni le portique d’entrée, ni l’allée principale et ni le
pavillon situé à son extrémité ne font l’objet d’une photographie. Pour le
surplus, le plan général d’affectation de 2006 classe les flancs sud et
sud-ouest de la Colline de Montriond en zone de parc, qui est en quelque sorte
une zone de verdure ou une zone de protection au sens de l’art. 17 al, 1 let. c
LAT. Les associations recourantes n’indiquent pas en quoi cette mesure de
planification ne serait pas appropriée par rapport aux impératifs de protection
résultant de la description de l’inventaire ISOS pour le Parc de Milan et la Colline
de Montriond. 

5.                     
Les associations recourantes critiquent l’autorisation délivrée pour
l’abattage d’un aulne glutineux d’un diamètre de 50 – 60 cm. Elles reprochent à
la municipalité d’avoir autorisé sans aucune compensation l’abattage de cet
arbre en se fondant sur la législation cantonale sur la protection de la nature
et des sites.

Selon l’art. 5 LPNMS, les arbres que les communes
désignent par voie de classement ou de règlement communal sont protégés s’ils
doivent être maintenus soit en raison de leur valeur esthétique, soit en raison
des fonctions biologiques qu'ils assurent (let. b). Par exemple, les arbres
formés par une ancienne haie de Thuyas non entretenue avec un diamètre
supérieur à 30 cm ne présentent aucune qualité esthétique et ne remplissent pas
de fonctions biologiques déterminantes et n'entrent pas dans le champ de
protection de l'art. 5 LPNMS et elles ne permettent pas de bénéficier de la
protection du règlement communal sur les arbres (arrêt AC.2010.0329 du 29 avril
2011). L’art. 56 RPGA précise que tout arbre d’essence majeure est protégé sur
le territoire communal, c’est-à-dire, les arbres qui peuvent atteindre 10 m de
haut, présentant un caractère de longévité spécifique et ayant une valeur
dendrologique reconnue (art, 25 RPGA), le terme dendrologique signifiant
« la science ou l’étude des arbres ».

a) Les arbres “protégés” ne peuvent être abattus
qu'à certaines conditions. L’art. 6 LPNMS fixe les conditions suivantes: 

Art. 6   Abattage des arbres protégés

1 L'autorisation d'abattre des arbres ou arbustes protégés devra
être notamment accordée pour les arbres dont l'état sanitaire n'est pas
satisfaisant et pour les arbres, les haies et boqueteaux lorsqu'ils empêchent
une exploitation agricole rationnelle ou lorsque des impératifs techniques ou
économiques l'imposent (création de routes, chemins, canalisation de ruisseau,
etc.).

2 L'autorité communale peut exiger des plantations de compensation
ou, si les circonstances ne le permettent pas, percevoir une contribution aux
frais d'arborisation. Un règlement communal en fixe les modalités et le
montant.

3 Le règlement d'application fixe au surplus les conditions dans
lesquelles les communes pourront donner l'autorisation d'abattage. 

La liste de l'art. 6 al. 1 LPNMS est complétée, en
exécution de son al. 3, par l'art. 15 du règlement d'application du 10 décembre
1969 de la LPNMS (RLPNMS; RS 450.11.1). Cette disposition précise les
conditions auxquelles les communes peuvent donner l'autorisation d'abattage un
arbre protégé: 

Art. 15   Abattage (loi, art. 6, al. 3)

1 L'abattage ou l'arrachage des arbres, cordons boisés,
boqueteaux, ou haies vives classés est autorisé par la municipalité lorsque: 

1.  la plantation prive un local
d'habitation préexistant de son ensoleillement normal dans une mesure
excessive;

2.  la plantation nuit notablement à
l'exploitation rationnelle d'un bien-fonds ou d'un domaine agricoles;

3.  le voisin subit un préjudice
grave du fait de la plantation;

4.  des impératifs l'imposent tels
que l'état sanitaire d'un arbre, la sécurité du trafic, la stabilité des rives
bordant un cours d'eau, la création d'une route ou la canalisation d'un
ruisseau.

2 Dans la mesure du possible, la taille et l'écimage seront
ordonnés en lieu et place de l'abattage ou de l'arrachage.

b) La jurisprudence a encore précisé que les
communes avaient conservé la compétence de compléter les dispositions de la
réglementation cantonale fixant les conditions d’abattage sur la base de l'art.
98 LPNMS (AC.2012.0379 du 14 novembre 2013 consid. 2b). L’art. 59 prévoit dans
ce cadre que si le quota des arbres exigibles selon l’art. 53 RPGA n’est pas
rempli, l’autorisation d’abattage implique l’obligation de replanter. L’art. 53
LPNMS exige au minimum un arbre d’essence majeure pour chaque tranche ou
fraction de 500 m2 de surface de parcelle, le choix des essences se portant si
possible sur des essences indigènes. La municipalité a autorisé en l’espèce
l’abattage de l’arbre sans exiger de compensation. 

c) Pour statuer sur une demande d'autorisation
d'abattage, l'autorité communale doit procéder à une pesée complète des
intérêts en présence et déterminer si l'intérêt public à la protection de
l'arbre classé l'emporte sur les intérêts publics ou privés qui lui sont
opposés. Dans le cadre de cette pesée d'intérêts, il convient notamment de
tenir compte de l'importance de la fonction esthétique ou biologique des plantations
en cause, de leur âge, de leur situation dans l'agglomération et de leur état
sanitaire (cf. AC.2000.0138 du 27 mars 2001). Parmi les différents intérêts en
jeu figure également l'intérêt, concrétisé par la planification locale, à la
densification des constructions (cf. AC.2008.0333 du 15 octobre 2009 consid.
4a; ATF 1C_24/2009 du 29 avril 2009 consid. 5.3). Lorsque la protection
instaurée par le droit communal procède non pas d'un classement individuel des
arbres, mais d'un règlement général déclarant protégés les plantes revêtant
certaines caractéristiques, il faut tenir compte du caractère schématique de la
protection et analyser les caractéristiques et la valeur de la plantation pour
statuer sur l’autorisation d’abattage en rapport avec une construction et sur le
remplacement éventuel de la plantation (arrêt AC.1997.0084 du 2 décembre 1997
consid. 6c).

L'intérêt à la conservation d'un arbre protégé doit
en outre être comparé à l'intérêt visant à permettre une utilisation
rationnelle des terrains à bâtir conforme aux plans des zones et aux objectifs
de développement définis par les plans directeurs; autrement dit, même si cela
ne résulte pas explicitement du texte de la loi, il y a lieu d'interpréter de
manière objective les intérêts du constructeur, au regard des droits conférés
au propriétaire du bien-fonds par les plans et règlements d’aménagement en
vigueur (cf. AC.2010.0264 du 14 février 2011 consid. 2b, relatif à l'abattage
de 37 arbres; AC.2011.0020 du 21 novembre 2011 consid. 4a; AC.2009.0289 du 31
mai 2010 consid. 8, relatif à l'abattage de 54 arbres; AC.2009.0254 du 12 mai
2010 consid. 5; AC.2008.0317 du 18 septembre 2009 consid. 4b, relatif à
l'abattage d'une trentaine d'arbres; AC.2007.0102 du 23 décembre 2008 consid.
8; AC.2007.0159 du 4 mars 2008 consid. 2; AC.1997.0010 du 2 avril 1997; l'arrêt
AC.1995.0051 invoque l'ATF 116 Ib 203 consid. 5g, qui concerne un biotope, pour
l'appliquer par analogie au cas des arbres). 

En l’espèce, lors de l’inspection locale, Dominique
Iseli, spécialiste nature et paysage, a précisé que l’arbre en question est « vieux
et devra vraisemblablement être remplacé d’ici cinq à dix ans ». Il a
relevé que l’arbre était beau, mais pas remarquable, car complétement envahi
par le lierre; aussi, pour la faune, « la conservation de cet arbre à
cet endroit n’était pas ce qu’il y a de mieux ». De son côté, la Commission
a relevé lors de la visite des lieux qu’un  « aulne moribond,
situé au milieu de la platebande serait voué à disparaître. Compte tenu de son
état et du lierre grimpant qui l’a complétement envahi, il est de toute façon
condamné à court terme. » Le tribunal a aussi constaté que l’arbre ne présentait
pas des qualités esthétiques justifiant son maintien.

En autorisant l’abattage de l’arbre, la municipalité
est restée dans les limites d’une pesée consciencieuse des intérêts en
présence. L’arbre en question ne présente pas une grande valeur esthétique, il
est condamné à court terme et n’a pas de valeur pour la faune à cet
emplacement. De plus, cet arbre ne fait pas partie de la conception d’origine
du jardin botanique dessiné par l’architecte Laverrière. La municipalité pouvait
considérer, sans excéder son pouvoir d’appréciation, que l’intérêt visant à
répondre aux besoins urgents des musées et jardins botaniques cantonaux primait
sur l’intérêt à la conservation de cette plantation, vouée de toute manière à
disparaître à court terme. Au surplus, la municipalité pouvait considérer que la
proportion d’un arbre par 500 m2 requise selon l’art. 53 RPGA était déjà respectée
sur la parcelle n°5081, compte tenu de l’arborisation abondante sur la Colline
de Montriond et dans le Parc de Milan.

6.                     
Les associations recourantes invoquent encore différents griefs, ayant
trait à l’arbitraire, ainsi qu’à la précision des plans et à la motivation de
la décision

a) En ce qui concerne le grief d’arbitraire, les
recourantes reprochent à la municipalité de n’avoir développé aucun motif
justifiant la construction de la serre, alors que les éléments du dossier
devaient conduire à un refus du permis de construire. Les motifs pour écarter
la solution alternative à l’arrière du collège de Floréal répondaient à des
impératifs d’ordre pratique plutôt qu’à un éventuel besoin d’extension ;
et l’intervention du Conseil d’Etat était critiquable car la décision
d’autoriser les travaux en application de l’art 17 LPNMS relevait de la
compétence du Conservateur cantonal en application d’une délégation de
compétence.

En l’espèce, le grief d’arbitraire soulevé par les
recourantes se confond avec les griefs soulevés au fond pour s’opposer au
projet de serre, à la différence que le pouvoir d’examen du tribunal limité à
l’arbitraire est beaucoup plus restreint que le libre examen requis par l’art.
33 al. 3 let. b LAT. En ce qui concerne les motifs invoqués pour ne pas retenir
la solution de la variante 1 du rapport préliminaire des architectes Demetriades
et Papadaniel, le tribunal a déjà constaté que les règles d’affectation,
actuellement en vigueur, ne permettent pas d’autoriser la construction de la
serre à l’arrière du collège de Floréal, car l’angle nord-ouest de la serre
empièterait clairement sur la zone de verdure assurant la protection du parc et
de la colline. 

b) S’agissant de la délégation de compétence
accordée au Conservateur cantonal pour autoriser les travaux en application de
l’art. 17 LPNMS, le tribunal constate que cette délégation est partielle,
c’est-à-dire qu’elle ne comporte que la compétence d’autoriser les travaux et
non pas celle d’interdire les travaux aux monuments et sites portés à l’inventaire.
Le refus implique en effet l’ouverture d’une procédure de classement avec des
conséquences financières que l’autorité politique doit accepter expressément. 

Le fait que le Conseil d’Etat se prononce sur
l’autorisation était donc nécessaire pour savoir si un classement de l’objet
devait être envisagé et l’autorisation refusée. Comme membre du Conseil d’Etat,
le chef du département concerné a statué pour décider si les travaux devaient
ou non être autorisés. Le Conservateur cantonal ne pouvait à lui seul prendre
la décision de les refuser, la délégation de compétence étant insuffisante à
cet égard. Au surplus, le Conservateur cantonal a bien donné son accord à la
solution visant à autoriser la serre pour une durée limitée de 15 ans, de sorte
qu’il y a concordance entre la prise de position du Conservateur cantonal et la
décision du chef du département compétent avec la solution qui est retenue en
définitive. 

b) Les recourantes relèvent que les plans du projet
de serre mis à l’enquête publique ne mentionneraient pas les canalisations
d’eau et d’égouts. Le dossier serait alors incomplet, la municipalité n’aurait donc
pas pu former son opinion en connaissance de cause. Il est vrai que l’art. 69
al. 1 ch. 5 RLATC prévoit que le dossier de la demande de permis de construire
doit comprendre les plans des canalisations d’eau et d’égouts et que les plans
du projet de serre mis à l’enquête publique ne comportent pas d’indications à
cet égard. Toutefois, le permis de construire contesté fixe en annexe des
« charges avant exécution » sur lequel la condition suivante est
inscrite : « Un plan du réseau d’évacuation des eaux sera transmis
au service d’assainissement pour approbation avant le démarrage des travaux ».
La municipalité était habilitée à poser une telle condition en application de
l’art. 117 LATC. Au surplus, les éléments techniques du dossier des
canalisations ne présentent pas une influence déterminante dans la pesée des
intérêts à prendre en considération pour statuer sur la demande de permis de
construire.

c) Les associations recourantes se plaignent d’un
déni de justice formel par le fait que la décision communale ne serait pas
suffisamment motivée.

Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
Cst. implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision.
Selon la jurisprudence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement,
les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à
ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et
l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer
et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les
parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent
pertinents (ATF 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183; 138 I 232 consid. 5.1 p. 238 et
les références).

Le droit d'exiger qu’une décision défavorable soit
motivée tend à éviter que l'autorité ne se laisse guider par des considérations
subjectives ou dépourvues de pertinence. L'objet et la précision des motifs à
fournir dépend de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du
cas; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins
brièvement les motifs qui l'ont guidée (ATF 112 Ia 107 consid. 2b p. 109; voir
aussi ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445; 126 I 97 consid. 2b p. 102; 125 II
369 consid. 2c p. 372). L'autorité peut se limiter à l'examen des questions
décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier
correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient et que
l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 138 IV 81 consid. 2.2 p.
84; 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 130 II 530
consid. 4.3 p. 540; 125 II 369 consid. 2c p. 372 et les références). La motivation
peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision
(arrêts 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434;
2C_14/2014 du 27 août 2014 consid. 3.2, non publié in ATF 140 II 345).

Les recourantes relèvent le fait que la décision
attaquée renvoie aux déterminations du SIPAL en ce qui concerne les aspects
relatifs à la protection du patrimoine et que ces déterminations ne seraient
pas compréhensibles pour le motif qu’elles comportent à la fois une description
du site faite par le Conservateur cantonal et ensuite une explication selon
laquelle le Conseil d’Etat a décidé de renoncer au classement du jardin
botanique et a autorisé le projet sans exp