# Swiss Caselaw Document

**Case Identifier:** be9cc5e2-db7e-597d-a46c-6d0def6f28a6
**Source:** Bundesverwaltungsgericht ()
**Court Level:** federal
**Decision Date:** 2010-03-11
**Language:** fr
**Title:** Bundesverwaltungsgericht 11.03.2010 B-4905/2009
**Docket/Reference:** 
**URL:** https://entscheidsuche.ch/docs/CH_BVGer/CH_BVGE_001_B-4905-2009_2010-03-11.pdf

## Full Text

Cour II
B-4905/2009
{T 0/2}

A r r ê t  d u  1 1  m a r s  2 0 1 0

Jean-Luc Baechler (président du collège), 
Francesco Brentani, Hans Urech, juges, 
Fabienne Masson, greffière.

X._______,
recourant,

contre

Fonds National Suisse FNS,
Wildhainweg 3, case postale 8232, 3001 Berne,
autorité inférieure.

Encouragement à la recherche, mise au concours dans 
le cadre de SystemsX.ch.

B u n d e s v e r w a l t u n g s g e r i c h t

T r i b u n a l  a d m i n i s t r a t i f  f é d é r a l

T r i b u n a l e  a m m i n i s t r a t i v o  f e d e r a l e

T r i b u n a l  a d m i n i s t r a t i v  f e d e r a l

Composit ion

Parties

Objet

B-4905/2009

Faits :

A.
Dans le cadre de la seconde mise au concours "2nd Call for Proposals 
for Projects  within the Framework of  SystemsX.ch"  du 15 septembre 
2008 du Fonds national suisse de la recherche scientifique (ci-après : 
le  FNS ou l'autorité  inférieure),  X._______ a  déposé un projet  RTD 
(Recherche, Technologie et Développement) intitulé "(...)".

B.
Par  décision  du  17 juin  2009,  le  FNS  a  rejeté  la  demande  de 
X._______.  Il  a  expliqué  que,  en  raison  du  nombre  important  de 
projets RTD déposés et  des moyens limités à disposition,  le  groupe 
d'évaluation  s'était  vu  contraint  de  procéder  à  une  sélection 
rigoureuse ;  aussi,  seuls  les  projets  présentés  de  manière 
convaincante et dont la composante en biologie systémique ainsi que 
la  plus-value  escomptée  étaient  clairement  reconnaissables  ont  été 
acceptés. Le FNS a en outre motivé son refus par le fait que le projet 
du  prénommé  avait  déjà  été  rejeté  lors  de  la  première  mise  au 
concours  de  SystemsX.ch  et  que  les  problèmes  originaux  n'avaient 
pas été modifiés de manière significative. Il a en particulier relevé que 
"after  the evaluation of  the revised proposal  the panel  comes to the 
conclusion  that  it  has  not  significantly  altered  the  fundamental 
problems outlined in  the original  assessment. (…) The panel  doubts 
that in the given situation it will be possible to define a mathematical 
model of the system (...)".

C.
Par  mémoire  du  31 juillet  2009,  mis  à  la  poste  le  même  jour, 
X._______  (ci-après :  le  recourant)  recourt  contre  cette  décision 
auprès  du Tribunal  administratif  fédéral  en  concluant,  sous  suite  de 
dépens,  à  son  annulation  et  à  ce  qu'une  nouvelle  évaluation 
scientifique soit  faite de son projet de recherche ; subsidiairement,  il 
conclut  au  renvoi  de  la  cause  à  l'autorité  inférieure  pour  nouvelle 
décision. À l'appui  de ses conclusions,  il  fait  valoir  une constatation 
inexacte des faits pertinents, car le FNS n'aurait pas tenu compte du 
fait que le projet déposé lors de la seconde mise au concours différait 
de celui de la première, intitulé "(...)". Le FNS aurait en outre omis de 
prendre  en  considération  que  le  champ  de  la  seconde  mise  au 
concours  se  distinguait  également  de  la  première.  Par  ailleurs,  le 

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recourant invoque une violation du droit ainsi qu'un excès et un abus 
du  pouvoir  d'appréciation  puisque,  en  dépit  de  la  contradiction 
manifeste entre les opinions du comité exécutif scientifique (Scientific 
Executive  Board,  SEB)  de  SystemsX.ch  et  du  FNS,  une  rencontre 
n'avait pas été organisée avant la notification de la décision du 17 juin 
2009 ; il renvoie aux avis des experts de SystemsX.ch ayant tous trois 
formulé  des  appréciations  positives  de  son  projet  ainsi  qu'à  la 
conclusion du SEB de SystemsX.ch indiquant que dit comité "shows 
fairly strong support for the proposal".

D.
Invité à se prononcer sur le recours, le FNS en propose le rejet, avec 
suite  de  frais  et  dépens,  dans  sa  réponse  du  21 octobre  2009.  Il 
rappelle  que  le  projet  du  recourant  a  été  écarté  principalement  au 
motif qu'il présentait une focalisation sur les "(...)" ; en l'occurrence, la 
contribution  à  SystemsX.ch  ne  s'avérait  pas  suffisamment  décisive. 
L'autorité inférieure estime que la requête du recourant a été évaluée 
de manière détaillée et examinée en fonction des critères probants à 
satisfaire.  Rien  n'indiquerait  que  ses  organes  auraient  commis  une 
constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. S'agissant du 
reproche de mauvaise appréciation, le FNS observe que la décision a 
été prise dans le respect total des règles de procédure applicables, les 
responsables  ayant  décidé  explicitement  de  ne  pas  organiser  une 
séance  de  conciliation  vu  qu'il  n'y  avait  aucune  divergence 
substantielle dans les expertises reçues. Par ailleurs, il  relève, d'une 
part,  que  le  Panel  biologie  des  systèmes  (ci-après :  le  Panel)  doit 
pouvoir rendre une décision indépendante sans être lié aux avis des 
experts  et,  d'autre  part,  que  la  décision  matérielle  univoque  prouve 
que  le  Panel  ne  se  trouvait  pas  en  l'espèce  face  à  une  situation 
d'évaluation ambiguë ou qui laissait place à un doute. 

E.
Dans  sa  réplique  du  26 novembre  2009,  le  recourant  reprend  pour 
l'essentiel l'argumentation développée dans son mémoire de recours 
du  31 juillet  2009.  Il  explique  ne  pas  comprendre  les  motifs  de 
l'annulation de la séance destinée à aplanir les divergences. En outre, 
il déclare que le FNS, à aucun moment, ne justifie pour quelles raisons 
il a considéré que son projet n'entrait pas dans le champ de la biologie 
systémique,  renvoyant  à  la  définition  de  celle-ci  ainsi  qu'à  diverses 
opinions scientifiques. Enfin, il affirme que l'argumentation développée 
dans la réponse du 21 octobre 2009 n'explique pas les attendus qui 

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ont conduit à ne pas prendre en compte les appréciations positives de 
son projet.

F.
Dans sa duplique du 11 janvier 2010, le FNS explique en premier lieu 
que la question de savoir si le projet du recourant entre dans le champ 
de la biologie systémique a été longuement discutée lors de la séance 
des 27 et  28 avril  2009 au terme de laquelle  le  Panel  a finalement 
décidé de rejeter le projet, renvoyant au procès-verbal de dite séance. 
Il  rappelle  qu'il  existe  trois  expertises  du  projet  – rédigées  par  des 
membres du Panel  avant  la  séance – dont  l'une compare le  second 
projet avec le premier et les deux autres évaluent le projet d'un point 
de  vue  scientifique.  Selon  le  procès-verbal,  les  deux  experts  ayant 
évalué le projet auraient relativisé les conclusions de leurs expertises 
lors de la séance des 27 et 28 avril 2009, à la suite de la présentation 
du  projet  par  le  recourant  ainsi  que  de  la  ronde  de  discussions : 
"Based  on  the  presentation  and  the  discussions  with  the  main 
applicant,  A._______  declares  that  he  was  in  a  wrong  impression 
when  he  wrote  this  assessment.  B._______  also  states  that  – in 
contrast  to  his  written  assessment –  it  is  hard  to  defend  that  this 
project fits to the systems biology initiative". Aux yeux du FNS, il  est 
donc clair que le Panel s'est également fondé sur les expertises pour 
rendre sa décision, leur poids étant toutefois faible puisqu'elles ont été 
relativisées  par  les  personnes  qui  les  ont  rédigées.  S'agissant  de 
l'annulation  de  la  séance  d'élimination  des  divergences  entre  les 
responsables de SystemsX.ch et le FNS, ce dernier rappelle que les 
deux organes ont pu constater leur concordance de vues concernant 
les évaluations lors de la séance du 27 mars 2009. Il  explique qu'ils 
ont décidé d'un commun accord que la séance prévue le 5 mai 2009 
n'avait plus lieu d'être car il n'y avait plus de divergences. Il considère 
que  celles-ci  ont  par  conséquent  été  aplanies  avant  la  prise  de 
décision.  Il  rappelle  enfin  que  la  décision  finale  revient  au  Panel 
biologie des systèmes.

Les  arguments  avancés  de  part  et  d'autre  au  cours  de  la  présente 
procédure  seront  repris  plus  loin  dans la  mesure  où cela  se  révèle 
nécessaire.

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Droit :

1.
Le  Tribunal  administratif  fédéral  examine  d'office  et  librement  la 
recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATAF 2007/6 consid. 1).

1.1 En  vertu  de  l'art. 31  de  la  loi  du  17 juin  2005  sur  le  Tribunal 
administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal administratif fédéral 
connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi 
fédérale  du  20 décembre  1968  sur  la  procédure  administrative  (PA, 
RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF.

L'art. 13 al. 4  de la  loi  fédérale du 7  octobre 1983 sur  la  recherche 
(LR, RS 420.1) prévoit que la procédure de recours est régie par les 
dispositions générales de la procédure fédérale. L'acte attaqué est une 
décision au sens de l'art. 5 al. 1 let. c PA qui émane d'une autorité au 
sens  de  l'art. 33  let. h  LTAF.  Aucune  des  clauses  d'exception  de 
l'art. 32  LTAF  n'étant  par  ailleurs  réalisée,  le  Tribunal  administratif 
fédéral  est  donc  compétent  pour  statuer  sur  le  présent  recours  (cf. 
également  dans  le  même  sens :  art. 31  du  règlement  du  FNS  du 
14 décembre  2007  relatif  aux  octrois  de  subsides,  approuvé  le 
13 février  2008  par  le  Conseil  fédéral  [ci-après :  le  règlement  des 
subsides]  et  art. 7  du  règlement  concernant  les  requêtes  pour 
SystemsX.ch entré en vigueur le 3 juillet 2007 [ci-après : le règlement 
SystemsX.ch]). 

1.2 Le  recourant,  qui  a  pris  part  à  la  procédure  devant  l'autorité 
inférieure,  est  spécialement  atteint  par  la  décision  attaquée et  a un 
intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. La 
qualité pour recourir doit dès lors être reconnue au recourant (art. 48 
al. 1 let. a à c PA). Les dispositions relatives au délai de recours, à la 
forme et au contenu du mémoire de recours (art. 50 et 52 PA) ainsi 
que  les  autres  conditions  de  recevabilité  (art. 44 ss  PA)  sont 
respectées. 

Le recours est donc recevable.

2.
En application de l'art. 13 al. 2 LR, le requérant peut former un recours 
pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir 

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d'appréciation, ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète des 
faits pertinents mais non pour inopportunité de la décision attaquée. 
Le Tribunal administratif fédéral dispose d'un pouvoir d'examen limité 
en cette matière dans la mesure où il s'agit de subventions accordées 
selon le pouvoir d'appréciation de l'autorité. En effet,  nul  ne peut se 
prévaloir  d'un  droit  à  un  subside  (art. 1  al. 3  du  règlement  des 
subsides) ;  dans  le  cadre  de  son  pouvoir  d'appréciation,  le  FNS 
dispose  d'une  certaine  marge  de  manoeuvre  lorsqu'il  décide 
d'accorder  ou  non  une  aide.  Mais  cela  ne  signifie  pas  qu'il  est 
totalement libre dans sa prise de décision. Il doit choisir une solution 
appropriée  tenant  compte  des  principes  généraux  du  droit  (cf.  FRITZ 
GYGI, Verwaltungsrecht, Berne 1986, p. 154). Ainsi, l'autorité est tenue 
au respect de la Constitution et doit  en particulier se conformer aux 
principes d'égalité de traitement et de proportionnalité ; de surcroît, la 
décision  ne  doit  pas  être  arbitraire.  Selon  la  jurisprudence,  une 
décision  est  arbitraire  lorsqu'elle  viole  gravement  une  norme  ou  un 
principe  juridique  clair  et  indiscuté,  ou  lorsqu'elle  contredit  d'une 
manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité ; le Tribunal 
fédéral  ne  s'écarte  de  la  solution  retenue  que  si  elle  apparaît 
insoutenable,  en  contradiction  manifeste  avec  la  situation  effective, 
adoptée  sans  motifs  objectifs  et  en  violation  d'un  droit  certain.  En 
outre,  il  ne  suffit  pas  que  les  motifs  de  la  décision  critiquée  soient 
insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son 
résultat (ATF 132 I 13 consid. 5.1). Il  n'y a pas arbitraire du seul fait 
qu'une autre interprétation de la loi soit possible ou même préférable 
(ATF 120 Ia 369 consid. 3a). 

Par ailleurs, en sa qualité d'autorité judiciaire, le tribunal n'est pas une 
autorité  supérieure  d'encouragement  de la  recherche scientifique,  ni 
une  instance  de  surveillance  en  la  matière  (cf. arrêt  du  Tribunal 
administratif  fédéral  B-6801/2007 du 2 juillet  2008 consid. 4.1  et  les 
réf.  cit.).  Dès  lors,  le  Tribunal  administratif  fédéral  fait  preuve  de 
retenue  et  tient  compte  de  l'expérience  et  des  connaissances 
spécifiques des organes membres du FNS, comme les commissions 
de recherche,  et  des  experts  invités  ainsi  que de l'autonomie  de  la 
politique de recherche du FNS (cf. JACQUES MATILE in : Revue de droit 
administratif  et  de  droit  fiscal,  1994,  p. 421 ss ; arrêts  de  l'ancienne 
Commission  fédérale  de  recours  en  matière  d'encouragement  à  la 
recherche  [CRER],  par  exemple  Jurisprudence  des  autorités 
administratives de la Confédération [JAAC] 67.10 consid. 1).

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C'est  pourquoi  l'autorité  de  recours  ne  substitue  pas  sa  propre 
appréciation à celle de l'autorité inférieure. Elle examine seulement si 
cette  dernière  a  exercé  son  pouvoir  d'appréciation  conformément  à 
ses obligations, c'est-à-dire dans le respect des principes d'un État de 
droit,  en  particulier  de  l'interdiction  de  l'arbitraire  et  de  l'égalité  de 
traitement  (cf. décision  de  l'ancienne  Commission  de  recours  DFE 
98/LH-038 du 28 septembre 1998 consid. 2.2 et 2.4).

Cette  retenue  ne  s'avère  cependant  admissible  qu'à  l'égard  de 
l'évaluation proprement dite du projet présenté. Dans la mesure où le 
recourant  conteste  l'interprétation  et  l'application  de  prescriptions 
légales ou s'il  se plaint  de vices de procédure,  l'autorité  de recours 
doit examiner les griefs soulevés avec pleine cognition, sous peine de 
déni de justice formel (ATAF 2007/37 consid. 2.2 et les réf. cit.).

3.
À  teneur de  l'art. 6  al. 1  let. d  LR,  la  Confédération  encourage  la 
recherche selon la présente loi et selon des lois spéciales en allouant 
des subventions aux institutions chargées d'encourager la recherche. 
Le  FNS  utilise  les  subventions  qui  lui  sont  allouées  par  la 
Confédération  notamment  pour  soutenir  des  projets  de  recherche 
(art. 8 al. 1 let. a LR). Dans l'exercice des tâches qui lui sont dévolues, 
il  veille  en  particulier  à  la  qualité  scientifique  de  la  recherche,  à  la 
diversité des opinions et des méthodes scientifiques, au maintien d'un 
lien étroit  entre l'enseignement et la recherche ainsi  qu'à un rapport 
judicieux entre la recherche fondamentale et  la  recherche appliquée 
correspondant  à  ses  tâches  (art. 2  let. a  à  d  LR).  Les  institutions 
chargées d'encourager la recherche fixent la procédure régissant les 
décisions relatives aux subsides ; cette procédure doit  répondre aux 
exigences des art. 10 et 26 à 38 (art. 13 al. 1 LR). Ainsi, les statuts et 
règlements  du  FNS – qui,  conformément  à  l'art. 7  al. 2  LR,  doivent 
être approuvés par le Conseil fédéral lorsqu'ils règlent des tâches pour 
lesquelles les moyens de la Confédération sont utilisés – arrêtent de 
manière  détaillée  les  conditions  d'octroi  des  subsides.  Plus 
précisément,  celles-ci  sont  énumérées  dans  le  règlement  des 
subsides  ainsi  que,  s'agissant  du  programme  ad  hoc,  dans  le 
règlement  SystemsX.ch,  édicté  par  le  Conseil  national  de  la 
recherche, organe scientifique du FNS (art. 21 des statuts du FNS), en 
application de l'art. 46 du règlement des subsides. 

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Le  règlement  SystemsX.ch  régit  l'organisation,  le  traitement  et 
l'examen des requêtes déposées dans le cadre de SystemsX.ch – qui 
se  définit  comme  une  initiative  nationale  concernant  la  recherche 
coopérative  en  biologie  des  systèmes –  ainsi  que  le  contrôle  de 
l'avancement  du  projet  global  SystemsX.ch  au  FNS  (art. 1  al. 1  du 
règlement  SystemsX.ch).  Aux  termes  de  l'art. 4  dudit  règlement,  le 
Panel  biologie  des  systèmes  ou  son  comité  est  responsable  de 
l'examen  scientifique  des  requêtes  remises  à  cet  effet  (al. 1) ; 
SystemsX.ch donne une recommandation  concernant  la  contribution 
thématique des différentes requêtes au projet global SystemsX.ch et 
la transmet au Panel biologie des systèmes (al. 2). Conformément à 
l'art. 6  du règlement,  le  Panel  biologie des systèmes ou son comité 
décide,  sous réserve de la  ratification par  la  Présidence du Conseil 
national de la recherche, de l'admission ou du rejet de la requête. En 
cas d'admission,  il  fixe le montant  du soutien financier  alloué par la 
Confédération (al. 1). Les divergences d'opinion entre le Panel biologie 
des systèmes et SystemsX.ch doivent être aplanies avant la prise de 
décision. La décision revient au Panel biologie des systèmes (al. 2). La 
Présidence du Conseil  national  de  la  recherche ratifie  les  décisions 
dudit Panel ou de son comité (al. 3). Le Panel biologie des systèmes 
se compose de huit  à  douze expertes et  experts  du domaine de la 
biologie  des  systèmes,  travaillant  en  principe  – mais  pas 
exclusivement – à l'étranger  et  de deux déléguées ou délégués des 
Divisions II, III et IV du Conseil national de la recherche (art. 10 al. 1 
du règlement SystemsX.ch) ; si nécessaire, le Panel peut faire appel à 
des experts supplémentaires (al. 4). L'art. 15 du règlement délimitant 
les  tâches  et  compétences  du  Panel  indique  que  ce  dernier  est 
responsable  de  l'évaluation  scientifique  des  requêtes  admises  sous 
SystemsX.ch pour des "RTD Projects" (al. 1).

4.
Le  recourant  reproche  en  premier  lieu  au  FNS  une  constatation 
inexacte des faits pertinents. Selon lui, le fait que l'autorité inférieure 
soit  parvenue  à  la  conclusion  que  les  problèmes  fondamentaux 
soulignés  lors  de  la  première  mise  au  concours  n'avaient  pas  été 
suffisamment  corrigés  démontre  manifestement  qu'elle  n'a  tenu 
compte  ni  du  fait  que  le  champ  de  la  seconde  mise  au  concours 
différait de celui de la première, ni du fait que le second projet n'était 
pas le même que le premier. 

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La  constatation  des  faits  est  inexacte  lorsque  l'autorité  a  omis 
d'administrer  la  preuve  d'un  fait  pertinent,  a  apprécié  de  manière 
erronée  le  résultat  de  l'administration  d'un  moyen  de  preuve  ou  a 
fondé  sa  décision  sur  des  faits  erronés,  en  contradiction  avec  les 
pièces,  par  exemple  (BENOÎT BOVAY,  Procédure  administrative,  Berne 
2000, p. 395 s.).

Or,  dans  ses  mémoires  de  recours  et  de  réplique,  le  recourant 
reproche moins à l'autorité inférieure d'avoir fondé sa décision sur des 
faits erronés que d'avoir estimé que les modifications apportées entre 
les premier et second projets n'étaient pas suffisantes au regard des 
exigences posées par la deuxième mise au concours. Il s'avère donc 
que ce n'est pas la constatation des faits pertinents en tant que telle 
qui est en cause mais plutôt l'appréciation opérée par le FNS.

Dans ces circonstances, la Cour de céans fera preuve de la retenue 
qu'elle s'impose en pareil cas (cf. supra consid. 2).

4.1 Le recourant fait remarquer que le champ de la seconde mise au 
concours diffère de la première en ce sens qu'elle inclut la génomique, 
ce  qui  n'était  pas  le  cas  de  la  première,  comme  cela  ressort  du 
document de mise au concours. Il rappelle le contenu dudit document 
qui  précise  que  les  demandes  dans  le  domaine  de  la  biologie 
systémique  à  l'interface  de  la  génomique  seraient  particulièrement 
encouragées,  la  génomique  constituant  l'un  des  principes 
fondamentaux  de  la  biologie  systémique.  Il  estime  ainsi  que 
l'élargissement du champ de la seconde mise au concours et le  fait 
qu'il  dépose un nouveau projet  imposait  au FNS de procéder à une 
nouvelle  analyse  du  projet  tenant  compte  des  nouveaux  critères 
délimités par la seconde mise au concours ; il déduit de la conclusion 
à laquelle le FNS est parvenu que cela n'a pas été le cas. Le recourant 
relève  enfin  que  les  expertises  tant  du  Panel  que  de  SystemsX.ch 
étaient favorables à son projet et reproche à l'autorité inférieure de ne 
pas avoir démontré que son projet n'entre pas dans la définition de la 
biologie systémique.

Sur ce grief, le FNS rappelle les raisons du refus dans sa réponse du 
21 octobre 2009 : la requête du recourant ne peut pas bénéficier d'un 
soutien dans le cadre de la deuxième proposition d'encouragement de 
l'initiative SystemsX.ch car le projet présente une focalisation sur les 
"(...)",  certes  importants  en soi  mais  qui,  dans  le  cadre  du plan  de 

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recherche proposé par le recourant, seraient élaborés à un stade qui 
ne peut pas être directement attribué respectivement au domaine et à 
l'interface de la biologie systémique. En l'occurrence, la contribution à 
SystemsX.ch  ne  s'avère  pas  suffisamment  décisive.  De  plus,  les 
doutes émis sur la faisabilité des modèles mathématiques projetés ont 
fait  pencher  la  balance  du  côté  du  rejet  de  la  requête.  L'autorité 
inférieure  ajoute  que  le  fait  que  la  deuxième  mise  au  concours  de 
SystemsX.ch  englobe  la  "Systems  Biology  at  the  interface  to 
genomics" n'est pas contesté et qu'il était dès lors sans autre possible 
de déposer une requête dans le domaine de la génomique ; toutefois, 
les chances de voir un tel projet de recherche financé dans le cadre 
du programme dépendent du fait que la recherche doit correspondre 
respectivement  à  l'objectif  principal  de  l'initiative  et  à  la  définition 
même de la biologie systémique. Or, il ajoute que le Panel a considéré 
que  cette  condition  n'était  pas  remplie,  raison  pour  laquelle  il  a 
recommandé  le  rejet  de  la  requête.  Le  FNS  expose  en  outre  la 
procédure  de  décision :  le  choix  des  projets  soutenus  relève 
également d'une comparaison entre les différents projets soumis ; le 
Panel, composé de personnes très qualifiées sur le plan scientifique, 
se  fonde  non  seulement  sur  des  expertises  mais  aussi  sur  les 
présentations  effectuées par  les  requérants  lors  de sa  séance ainsi 
que  sur  la  discussion  que  dit  Panel  mène  pour  chaque  requête  en 
séance  plénière.  Selon  le  FNS,  cette  façon  de  procéder  permet  de 
garantir la qualité et l'indépendance des décisions d'encouragement. Il 
soutient que, dans le cas du recourant,  le Panel n'a pas simplement 
repris  les  évaluations  telles  quelles  mais  a  respecté  cette 
indépendance.  Il  rappelle  enfin  que  les  deux  prises  de  position 
positives émanant des membres du Panel ont été relativisées lors des 
discussions ce qui a entraîné le retrait explicite des recommandations 
en question.

4.2 En l'espèce,  il  est  vrai,  comme l'a  soulevé le  recourant,  que  la 
décision comporte clairement une comparaison entre les première et 
deuxième mises au concours ainsi qu'entre les deux projets soumis à 
ces occasions par le recourant ; elle rappelle notamment les raisons 
pour  lesquelles  le  premier  projet  avait  été  rejeté.  Nonobstant,  il  ne 
ressort  pas  de  la  décision  attaquée  que  le  FNS  se  serait  fondé 
uniquement sur son évaluation du projet lors de la première mise au 
concours pour justifier le rejet sans s'appuyer sur les critères et buts 
propres  à  la  seconde  mise  au  concours.  Au  contraire,  l'autorité 
inférieure  a  expliqué,  dans  sa  décision,  en  quoi  le  deuxième projet 

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présenté par le recourant ne pouvait pas être retenu sur la base des 
exigences  posées  lors  de  la  seconde  mise  au  concours ;  elle  a 
complété ses arguments dans les mémoires de réponse et de duplique 
en  tenant  compte  des  avis  – relativisés –  des  différents  experts  du 
Panel  biologie  des  systèmes.  Si  le  FNS  ne  renvoie  que  peu  aux 
expertises produites par SystemsX.ch, il convient toutefois de relever 
que celles-ci  ont  été transmises au Panel  avant  qu'il  se détermine ; 
ainsi, les trois prises de position détaillées des experts du Panel ont 
été  établies  notamment  sur  la  base  de  la  recommandation  de 
SystemsX.ch  concernant  la  contribution  thématique  des  différentes 
requêtes  au  projet  global  SystemsX.ch  et  des  expertises  les 
accompagnant. 

Il  en  résulte  que  les  considérations  du  FNS  exposées  dans  ses 
diverses  déterminations  apparaissent  convaincantes  et  justifiées. Le 
FNS, qui dispose d'une grande liberté d'appréciation pour ce qui a trait 
à  l'évaluation  scientifique  des  divers  projets  soumis  et  dont  les 
décisions découlent également d'une comparaison entre eux, explique 
de façon claire et détaillée pour quelles raisons le projet du recourant 
n'a  pas  rencontré  son  approbation  et  pourquoi  les  modifications 
apportées au premier projet n'ont pas été jugées suffisantes dans le 
cadre de la seconde mise au concours.

4.3 Sur le vu de ce qui précède, le Tribunal de céans, sur la base des 
explications du FNS et faisant preuve de la retenue qui prévaut en la 
matière dont rien ne justifie l'abandon, doit  admettre que la décision 
ne  se  révèle  pas  arbitraire,  que  l'évaluation  de  l'autorité  inférieure 
s'avère correcte et appropriée et que, contrairement à ce que soutient 
le  recourant,  le  FNS  n'a  pas  perdu  de  vue  que  les  deux  projets 
différaient l'un de l'autre, tout comme les critères et buts des mises au 
concours ; il  appert  en effet que dite autorité a évalué le projet à la 
lumière des exigences posées par la seconde mise au concours d'une 
manière  soutenable  et  que  le  jugement  de  qualité  repose  sur  une 
appréciation correcte des faits pertinents. Il n'y a dès lors pas lieu de 
s'en écarter. 

5.
Le  recourant  fait  ensuite  valoir  un  excès  et  un  abus  du  pouvoir 
d'appréciation par l'autorité inférieure. Il lui reproche d'avoir rendu une 
décision négative à son encontre malgré des divergences subsistant 
entre le Panel biologie des systèmes et SystemsX.ch, alors même que 

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le  règlement de ce dernier  impose que les divergences doivent  être 
aplanies.

L'autorité  commet  un  excès  du  pouvoir  d'appréciation  lorsqu'elle  se 
reconnaît à tort un pouvoir d'appréciation dans un domaine où la loi ne 
lui en accorde pas (excès positif) ou, au contraire, qu'elle s'estime liée 
par  la  réglementation  qu'elle  applique  alors  qu'en  réalité  celle-ci  lui 
accorde une certaine liberté d'appréciation (excès négatif). L'autorité 
commet  un  abus  du  pouvoir  d'appréciation  tout  en  respectant  les 
conditions et les limites légales, si elle ne se fonde pas sur des motifs 
sérieux et objectifs, se laisse guider par des éléments non pertinents 
ou étrangers au but des règles, ou viole des principes généraux tels 
que l'interdiction de l'arbitraire, l'égalité, la bonne foi ou le principe de 
la proportionnalité (BOVAY, op. cit., p. 394 s.). 

Bien  plus  qu'un  abus  ou  un  excès  du  pouvoir  d'appréciation,  le 
recourant  objecte,  en  fait,  à  l'autorité  inférieure  d'avoir  violé  le  droit 
fédéral  en annulant la séance prévue par le règlement SystemsX.ch 
destinée  à  aplanir  les  divergences  entre  le  Panel  et  SystemsX.ch, 
étant rappelé que les règlements édictés par le FNS sont assimilés au 
droit  fédéral  (cf. arrêt  de  l'ancienne  CRER  5/2002  du  23 juin  2003 
consid. IIIB ; cf. MATILE, op. cit., p. 427). Ce grief doit être examiné avec 
pleine cognition.

5.1 Le  recourant  relève  que  SystemsX.ch  était  parvenu  à  la 
conclusion que son projet entrait dans le champ de la seconde mise 
au concours, a rendu un rapport extrêmement positif et l'a fermement 
soutenu. Dès lors, il  est selon lui difficile de comprendre, d'une part, 
pourquoi  la  séance  de  conciliation  a,  dans  le  cas  particulier,  été 
annulée  et,  d'autre  part,  sur  quelle  base le  FNS peut  se  dispenser 
d'appliquer  le  règlement  SystemsX.ch  même  d'un  commun  accord 
avec le SEB, relevant que dit règlement ne prévoit pas de dérogation. 

Le  FNS  reconnaît  qu'une  recommandation  positive  concernant  la 
requête du recourant est parvenue au Panel. Il  ne conteste pas non 
plus que les opinions divergentes entre les responsables de ce dernier 
et ceux de SystemsX.ch doivent être aplanies conformément à l'art. 6 
al. 2  du  règlement  SystemsX.ch.  Il  affirme  toutefois  que  dite 
prescription a été respectée en l'espèce : le 27 mars 2009 a eu lieu un 
meeting  au  terme  duquel  les  participants  sont  parvenus  à  la 
conclusion  que  la  séance  d'élimination  des  divergences  prévue  le 

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5 mai 2009 n'avait  plus lieu d'être. Il  souligne que le Panel se fonde 
non  seulement  sur  des  expertises,  mais  également  sur  les 
présentations effectuées par les requérants devant le Panel, ainsi que 
sur la discussion que le Panel mène pour chaque requête en séance 
plénière. Il considère sur cette base que la procédure permet au FNS 
de prendre ses décisions en toute indépendance après examen des 
expertises,  et  ce même si,  au  final,  dites décisions procèdent  d'une 
évaluation  différente ;  le  cas  contraire  signifierait  que  le  Panel  ne 
pourrait que confirmer les avis d'experts dont il dispose. 

L'art. 4 du règlement SystemsX.ch portant sur l'examen des requêtes 
prévoit  que  le  Panel  biologie  des  systèmes  ou  son  comité  est 
responsable de l'examen scientifique des requêtes admises à cet effet 
et  que  SystemsX.ch  donne  une  recommandation  concernant  la 
contribution  thématique  des  différentes  requêtes  au  projet  global 
SystemsX.ch puis  la  transmet  au Panel  biologie  des  systèmes. Aux 
termes  de  l'art. 5  al. 1  let. a  à  c  du  règlement  SystemsX.ch,  les 
requêtes qui ont été admises à l'examen scientifique font l'objet d'une 
évaluation par le Panel biologie des systèmes en fonction des critères 
suivants :  contribution  au  progrès  de  la  biologie  des  systèmes  et  à 
l'intégration planifiée dans le projet global SystemsX.ch étant précisé 
que  le  Panel  tient  également  compte,  dans  sa  réflexion,  de  la 
recommandation de SystemsX.ch ; qualité  scientifique des requêtes, 
notamment  plus-value  scientifique  par  rapport  à  la  somme  des 
différents groupes de recherche ; planification financière et sécurité du 
financement  (coûts  globaux,  fonds  propres,  contributions  fédérales). 
En plus des éléments définis précédemment s'appliquent les critères 
scientifiques habituels  définis  dans  le  règlement  des  subsides : 
importance  scientifique  et  actualité  de  la  requête,  originalité  de  la 
question  abordée,  adéquation  de  la  méthodologie,  prestations 
scientifiques  antérieures  de  la  requérante  ou  du  requérant, 
compétences  scientifiques  de  ceux-ci  par  rapport  à  l'objet  de  la 
requête et potentiel de réalisation (art. 5 al. 2 let. a à f du règlement 
SystemsX.ch). Conformément  à  l'art. 6  al. 1  du même règlement,  le 
Panel  biologie  des  systèmes  ou  son  comité  décide  ensuite  – sous 
réserve de la ratification par la Présidence du Conseil national de la 
recherche – de l'admission ou du rejet  de la  requête. L'al. 2 de dite 
norme prévoit  que les  divergences d'opinion  entre  le  Panel  biologie 
des systèmes et SystemsX.ch doivent être aplanies avant la prise de 
décision. La décision revient au Panel biologie des systèmes.

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5.2 L'art. 6 al. 2 du règlement SystemsX.ch ne pose pas de conditions 
particulières  quant  à  la  forme  que  prend  la  discussion  destinée  à 
aplanir  les  divergences  mais  dispose  uniquement  que  celle-ci  doit 
avoir lieu avant la prise de décision.

En l'espèce, il apparaît, à la lecture du procès-verbal de la séance du 
27 mars  2009,  que  cette  rencontre  s'est  déroulée  en  présence  de 
deux  représentants  du  FNS  appartenant  au  Panel  biologie  des 
systèmes  et  de  membres  de  SystemsX.ch.  Ces  derniers  ont  eu  la 
possibilité,  à  cette  occasion,  d'apporter  leurs  commentaires 
additionnels, leur recommandation ayant déjà été transmise au Panel 
le 20 mars 2009 ; les représentants du FNS ont en outre eu la faculté 
de poser des questions spécifiques en relation avec les observations 
reçues  de  SystemsX.ch.  Ainsi,  force  est  de  constater  que  les 
éventuelles divergences ont pu être discutées. À cet égard, s'il est vrai 
que  la  séance  prévue  expressément  le  5 mai  2009  pour 
l'aplanissement des divergences a été annulée, il  n'en demeure pas 
moins  que  les  deux  organes  se  sont  réunis,  conformément  au 
règlement idoine après que leurs experts respectifs ont transmis des 
avis éventuellement divergents et avant que la décision ne soit rendue.

Par conséquent, il sied de reconnaître avec l'autorité inférieure qu'une 
discussion telle que prévue à l'art. 6 al. 2 du règlement SystemsX.ch a 
bien eu lieu.

5.3 Nonobstant,  ni  le  procès-verbal  ni  aucun  autre  document  ne 
rapporte clairement que l'un des deux organes se serait rallié à l'avis 
de l'autre s'agissant du projet du recourant, même si l'on admet que la 
décision  commune  d'annuler  la  séance  du  5 mai  2009  destinée  à 
l'aplanissement  des  divergences  en  constitue  indubitablement  un 
indice  et  que  le  protocole  de  la  séance  du  27 mars  2009  relève 
expressément qu'une telle rencontre n'est pas nécessaire si  les avis 
des deux organes concordent. La question se pose dès lors de savoir 
si  une décision  peut  être  rendue par  le  FNS alors  que  les  organes 
compétents  échouent  à  aplanir  les  divergences  ou  si  la  discussion 
menée dans ce but doit impérativement aboutir à un accord. En effet, 
l'art. 6  al. 2  du  règlement  SystemsX.ch  ne  précise  pas  en  termes 
explicites de quoi il en retourne lorsque les divergences, malgré une 
discussion, ne sont pas ou ne peuvent pas être aplanies. 

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Le  règlement  SystemsX.ch  définit  précisément  les  tâches  et 
compétences de chaque organe : SystemsX.ch est invité à émettre à 
l'attention  du  Panel  biologie  des  systèmes  une  recommandation 
portant  uniquement  sur  la  contribution  thématique  des  différentes 
requêtes  au  projet  global  SystemsX.ch ; de  plus,  il  doit  participer  à 
l'aplanissement  des  divergences  qui  pourraient  subsister  avec  le 
Panel. Quant à ce dernier, il est responsable de l'examen scientifique 
des  requêtes  (art. 4  al. 1,  5  al. 1  et  15  al. 1  du  règlement  dont  le 
contenu est  repris  aux chiffres 2.2 et  3.1.7 du document  relatif  à  la 
mise  au  concours) ; les  critères  à  la  base  de  cette  évaluation  sont 
fixés  à  l'art. 5.  De  surcroît,  il  est  clairement  prescrit  que  le  Panel 
décide,  sous réserve de la  ratification par  la  Présidence du Conseil 
national  de  la  recherche,  de  l'admission  ou  du  rejet  de  la  requête 
(art. 6 al. 1). 

De la sorte, force est de constater que SystemsX.ch n'est appelé à se 
prononcer que sur un seul (la contribution thématique) des nombreux 
critères  servant  à  l'évaluation  des  requêtes,  tous  les  autres  étant 
laissés  à l'appréciation  du Panel  exclusivement. Ainsi  faisant,  il  faut 
bien admettre que la portée de la recommandation de SystemsX.ch en 
est fortement relativisée. Qui plus est, si l'al. 2 de l'art. 6 du règlement 
idoine  complète  l'exigence  d'aplanissement  des  divergences  par  la 
précision  que  la  décision  revient  au  Panel,  c'est  précisément  parce 
qu'un désaccord  insurmontable  entre  ce  dernier  et  les  membres de 
SystemsX.ch sur un seul des critères d'évaluation ne doit pas conduire 
à un blocage insoluble sur le tout. 

Ainsi,  il  appert  que  l'exigence  posée  par  l'art. 6  al. 2  du  règlement 
SystemsX.ch réside uniquement  dans une  tentative  d'aplanissement 
des divergences pouvant subsister quant à la contribution thématique 
d'une requête et non dans un accord effectif entre les deux organes ; 
le  Panel  dispose  donc  de  la  capacité  de  rendre  sa  décision  sur 
l'ensemble  du  projet  soumis  malgré  la  subsistance  – après 
discussion –  d'éventuelles  divergences  sur  la  question  de  la 
contribution thématique de la requête.

5.4 Sur  le  vu  de  ce  qui  précède,  même  dans  l'hypothèse  où  l'on 
admettrait que des divergences aient pu subsister après la séance du 
27 mars 2009, force est de constater que le FNS n'a pas enfreint le 
règlement en annulant la séance du 5 mai 2009 d'un commun accord 
avec SystemsX.ch.

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6.
Il résulte des considérants qui précèdent que la décision attaquée ne 
viole  pas  le  droit  fédéral  et  ne  traduit  pas  un excès ou un abus du 
pouvoir d'appréciation. Elle ne relève pas non plus d'une constatation 
inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 13 al. 2 LR). Partant, 
mal fondé, le recours doit être rejeté.

7.
Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, comprenant l'émolument 
judiciaire et les débours, doivent être mis à la charge du recourant qui 
succombe (art. 63 al. 1  PA et  art. 1  al. 1  du règlement  du 21 février 
2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal 
administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est 
calculé  en  fonction  de  la  valeur  litigieuse,  de  l'ampleur  et  de  la 
difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur 
situation financière (art. 2 al. 1 1ère phrase et 4 FITAF).

En l'espèce, les frais de procédure doivent être fixés à Fr. 1'000.-. Ils 
sont compensés par l'avance de frais du même montant versée par le 
recourant le 13 août 2009.

8.
Compte tenu de l'issue de la procédure, le recourant n'a pas droit  à 
des dépens (art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1 FITAF a contrario).

Le FNS conclut à l'octroi de dépens. Toutefois, les autorités fédérales 
et,  en  règle  générale,  les  autres  autorités  parties  n'y  ont  pas  droit 
(art. 7 al. 3 FITAF). Il en résulte que l'autorité inférieure n'a pas droit 
à des dépens.

9.
Le présent arrêt est définitif (art. 83 let. k de la loi du 17 juin 2005 sur 
le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]).

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Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les  frais  de  procédure,  d'un  montant  de  Fr. 1'000.-,  sont  mis  à  la 
charge du recourant. Ce montant est compensé par l'avance de frais 
déjà versée de Fr. 1'000.-. 

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé : 

- au recourant (Recommandé ; annexes en retour)
- à l'autorité inférieure (Recommandé ; annexe : dossier en retour)

Le président du collège : La greffière :

Jean-Luc Baechler Fabienne Masson

Expédition : 25 mars 2010

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