Chiến tranh Pháp–Đại Nam

Chiến tranh Pháp–Đại Nam hoặc chiến tranh Pháp–Việt, hay còn được gọi là Pháp xâm lược Đại Nam là một cuộc chiến tranh giữa nhà Nguyễn của Đại Nam và Đệ Nhị Đế chế Pháp (về sau Đệ Tam Cộng hoà Pháp kế tục), diễn ra từ năm 1858 đến năm 1884. Do sự yếu kém của nhà Nguyễn cùng với ưu thế công nghệ của Pháp, cuộc chiến kết thúc bằng thắng lợi của Pháp. Pháp xâm chiếm toàn bộ lãnh thổ Đại Nam và thiết lập bộ máy cai trị, bắt đầu thời kỳ Pháp thuộc trong lịch sử Việt Nam.
Bối cảnh.
Trong cuộc chiến chống lại triều đình Tây Sơn, Nguyễn Ánh giành được nhiều sự giúp đỡ của người Pháp, đặc biệt là giám mục Pigneau de Béhaine (hay còn gọi là Bá Đa Lộc) để củng cố quân đội và tạo cho mình một thế đứng vững vàng. Cũng đồng thời lúc đó vua Quang Trung của Tây Sơn đột ngột qua đời, nhà Tây Sơn rơi vào cảnh "cốt nhục tương tàn", triều đình nhanh chóng suy yếu và mất lòng dân. Nguyễn Ánh ra sức tấn công và đến năm 1802 đánh bại hoàn toàn Tây Sơn, lên ngôi hoàng đế, lập ra triều đại nhà Nguyễn.
Sau khi diệt xong nhà Tây Sơn, nhà Nguyễn vẫn có quan hệ tốt với Pháp, đặc biệt, những người Pháp như Chaigneau, Vannier và Despiau làm quan tại triều, Gia Long (Nguyễn Ánh) cho mỗi người 50 lính hầu và khi chầu thì không cần lạy Hoàng đế.
Năm 1817, chính phủ Pháp phái chiếc "Cybèle" tới Đại Nam để thăm dò bàn giao. Thuyền trưởng là Achille De Kergariou nói rằng vua Louis XVIII sai sang xin thi hành những điều ước do Bá Đa Lộc ký năm 1787 về việc nhường cửa Đà Nẵng và đảo Côn Lôn. Vua Gia Long sai quan ra trả lời rằng những điều ước ấy nước Pháp trước đã không thi hành thì nay bỏ, không nói đến nữa. Tuy nhiên, sự bành trướng của châu Âu ở Đông Nam Á khiến Gia Long e ngại, nhất là sau khi người Anh đánh chiếm được Singapore. Nhà vua thấy rằng cần phải giao hảo với người Tây phương nhưng không thể biệt đãi một quốc gia đặc biệt nào. Năm 1819, John White, một thương gia Hoa Kỳ tới Gia Định và được hứa hẹn sẽ dành cho mọi sự dễ dàng khi buôn bán ở Đại Nam.
Vị vua kế tục Gia Long là Minh Mạng không có cảm tình với người Pháp như thái độ chung của người Á Đông lúc đó, coi người châu Âu là bọn man di, quân xâm lược. Ngoài ra ông cũng không thích cả Công giáo của châu Âu. Trong thời kỳ Minh Mạng nắm quyền, tín đồ Công giáo bị đàn áp quyết liệt. Với những người Pháp đã từng giúp vua Gia Long, Minh Mạng tỏ thái độ lạnh nhạt nên khi Chaigneau trở lại Đại Nam không được trọng dụng nữa. Minh Mạng cho Chaigneau hay rằng không cần phải ký thương ước giữa hai chính phủ, người Đại Nam vẫn đối xử tốt đẹp với người Pháp là đủ, ông chỉ thỏa thuận mua bán với người Pháp nhưng không chấp nhận xây dựng đặt quan hệ ngoại giao chính thức với nước Pháp, quốc thư của Pháp xin cho ông Chaigneau làm Lãnh sự Pháp ở Đại Nam không được nhà vua đếm xỉa đến.
Vào giữa thế kỷ 19, ở Đại Nam đã có khoảng 300.000 người theo đạo Kitô. Hầu hết các giám mục và linh mục đều nói tiếng Pháp hoặc tiếng Tây Ban Nha. Hầu hết người Đại Nam thời bấy giờ không thích và nghi ngờ cộng đồng Kitô giáo. Người Pháp lại bắt đầu cảm thấy có trách nhiệm đảm bảo tính mạng cho họ. Việc triều đình Đại Nam sách nhiễu các Kitô hữu cuối cùng giúp Pháp có một lý do để tấn công Đại Nam. Sự căng thẳng càng ngày càng gia tăng. Do những việc cấm đạo và tàn sát giáo dân của vua Minh Mạng mà ngay trong năm 1838 đã có sĩ quan Hải quân Fourichon đề nghị nước Pháp gửi Hải quân tới can thiệp nhưng bị Ngoại trưởng Pháp là Guizot bác bỏ. Dư luận Pháp thì sôi động vì sự ngược đãi giáo dân của Minh Mạng nên ủng hộ đề nghị dùng vũ lực. Khi Thiệu Trị nối ngôi có thái độ mềm mỏng hơn, cho thả một số linh mục bị bắt và tỏ ý sẽ cho tàu sang Châu Âu mua bán nhưng sự kiện đụng độ tại Đà Nẵng năm 1847 giữa tàu Pháp và Đại Nam khiến nhà vua tức giận và ông ra lệnh xử tử ngay tại chỗ tất cả người Âu bắt được tại Đại Nam.
Khi Tự Đức lên cầm quyền, triều đình vẫn không cải cách quốc gia, không có một biện pháp nào đối phó với phương Tây, ngược lại chỉ cấm đạo và cấm mua bán quyết liệt hơn trước. Nhân vụ An Phong công Hồng Bảo mưu phản, tìm cách liên hệ với các giáo sĩ để soán ngôi mà nhà vua cho công bố 2 đạo dụ cấm đoán Công giáo các năm 1848 và 1851, từ 1848-1860, đã có hàng vạn giáo dân bị tàn sát hay lưu đày.
Ngày 16 tháng 9 năm 1856, tàu chiến "Catinat" đưa phái viên Pháp mang quốc thư đến Đà Nẵng nhằm thiết lập quan hệ ngoại giao với Đại Nam để có thể thông thương và tự do truyền đạo, nhưng triều đình Huế lo ngại không chịu tiếp. Thất bại trong việc thiết lập quan hệ ngoại giao cùng với việc dò xét tình hình nội bộ triều đình, theo tác giả Nguyễn Thế Anh là nhằm phục vụ âm mưu xâm lược Đại Nam, ngày 26 tháng 9 năm 1856, hải quân Pháp khai hỏa bắn phá các đồn lũy rồi kéo lên khóa tất cả các đại bác bố trí ở trên bờ, sau đó tàu nhổ neo bỏ đi. Một tháng sau, ngày 24 tháng 10, chiến hạm "Capricieuse" lại cập bến cảng Đà Nẵng xin được gặp các quan lại trong triều để thương lượng, nhưng cũng bị cự tuyệt. Cuối cùng, ngày 23 tháng 1 năm 1857, một phái viên tên là Montigny của Napoléon III cập bến Đà Nẵng yêu cầu được tự do truyền đạo và buôn bán. Theo Thomazi, thực ra đây chỉ là một chuyến đi dọn đường sẵn cho cuộc can thiệp vũ trang khi đánh xong Nhà Thanh ( Trung Quốc lúc bấy giờ ) . Cho nên, ngay trước khi Montigny đến Đà Nẵng một tháng, Bộ trưởng Hải quân Pháp là Hamelin đã tiếp viện thêm cho hạm đội Pháp ở Thái Bình Dương, và Bộ trưởng Ngoại giao nước Pháp là Walewski cũng đã ra lệnh cho Phó Đô đốc Rigault de Genouilly, lúc đó đang chỉ huy hạm đội Pháp tham gia cuộc tấn công Trung Quốc, sau khi bắn phá và chiếm cứ xong Quảng Châu phải kéo ngay quân xuống đánh Đại Nam. Tác giả Nguyễn Thế Anh nhận định: rõ ràng việc cử Montigny sang triều đình Huế chỉ có giá trị ngoại giao hình thức, còn mọi kế hoạch đều đã được sắp đặt từ trước, chỉ đợi thời cơ và kiếm cớ để nổ súng. Vấp phải thái độ của triều đình Huế cương quyết cự tuyệt không tiếp, trước khi rút lui về nước, ông đã đe dọa sẽ dùng vũ lực để trừng phạt nếu không đình chỉ việc cấm đạo, đồng thời ông cũng cấp báo về nước yêu cầu cử binh chiếm gấp Nam Kỳ. Trước khi xuống tàu về nước, ông còn đưa giáo sĩ Pellerin về Pháp yêu cầu Napoleon III cử binh sang Đại Nam để bênh vực những người theo đạo. Pellerin kêu gọi Napoleon III đưa quân sang xâm lược Việt Nam và ông sẽ làm người dẫn đường cho quân Pháp. Hội truyền giáo ngoại quốc ở Paris ủng hộ cuộc vận động của Pellerin. Tây Ban Nha đang bất bình vì linh mục Diaz bị giết nên sẵn lòng liên minh với Pháp đánh Đại Nam.
Ngày 22 tháng 4 năm 1857, Napoleon III quyết định lập ra Hội đồng Nam Kì để xét lại Hiệp ước Versailles đã được ký kết năm 1787 giữa Pigneau de Behaine, đại diện cho Nguyễn Ánh và Montmorin, đại diện cho Louis XVI. Âm mưu của Pháp lúc đó là muốn dựa vào Hiệp ước Versailles để "hợp pháp hóa" việc mang quân sang đánh chiếm Đại Nam. Nhưng trong thực tế thì hiệp ước đó đã bị thủ tiêu ngay sau khi ký kết, Chính phủ Pháp lúc đó không có điều kiện thi hành vì còn lo đối phó với ngọn sóng cách mạng đang dâng cao trong nước. Họ không thể dựa vào cớ thi hành hiệp ước để đưa quân chiếm đóng Đà Nẵng, Côn Đảo, đòi độc quyền thương mại và tự do truyền đạo ở Đại Nam như các điều khoản của hiệp ước đã ghi. Mặc dù vậy, người Pháp vẫn quyết định cử quân sang đánh chiếm Đại Nam, lập luận rằng việc đem quân đánh chiếm Nam Kỳ đã từ lâu nằm trong dự kiến của nước Pháp, đến nay thi hành chẳng qua chỉ là tiếp tục truyền thống cũ, trung thành với một "quốc sách" đã được các chính phủ tiếp tục theo đuổi qua các thời kì mà thôi. Tháng 7 năm 1857, Napoleon III quyết định can thiệp vào Đại Nam bằng vũ lực. Pháp đã lấy cớ trả thù việc triều đình Huế không tiếp nhận quốc thư của Pháp do tàu chiến "Catina" đem đến tháng 9 năm 1856, vì cho là "làm nhục quốc kì" Pháp. Mặt khác, họ còn lấy cớ "bênh vực đạo", "truyền bá văn minh công giáo" để tranh thủ sự đồng tình ủng hộ của dư luận công giáo ở Pháp và Đại Nam. Có quan điểm cho rằng nguyên nhân sâu xa bên trong của âm mưu xâm lược là do nhu cầu tìm kiếm thị trường và căn cứ ở Viễn Đông, nhất là ở miền Nam Trung Quốc, của chủ nghĩa tư bản Pháp đang chuyển mạnh lên con đường đế quốc thực dân, đó là cuộc chạy đua giành giật thị trường giữa Pháp với các nước tư bản khác ở khu vực Viễn Đông, đặc biệt với Anh.
Năm 1857, Hoàng đế Pháp Napoléon III đã thành lập Ủy hội Nghiên cứu Nam Kỳ ("Commission de la Cochinchine") gồm nhiều nhân vật thông thạo vùng Viễn Đông và Ủy hội này đã bày tỏ ý kiến nước Pháp phải chiếm cứ ba thương cảng Sài Gòn, Đà Nẵng, Kẻ Chợ để có lợi cho Pháp trên cả 3 phương diện tinh thần, chính trị và thương mại. Hoàng đế Napoléon III đã tán thành ý kiến của Ủy hội.Tháng 11 năm 1857, hoàng đế Napoleon III của Pháp ra lệnh Đô đốc Charles Rigault de Genouilly đem một đoàn viễn chinh sang trừng phạt Đại Nam.
Cùng lúc đó, Tự Đức lại cho xử tử hai nhà truyền giáo Tây Ban Nha. Đây không phải là đầu tiên nhưng cũng không phải là sự cố mới nhất, và lần trước chính phủ Pháp đã bỏ qua các hành động khiêu khích kiểu này. Nhưng lần này, Tự Đức hành xử không đúng thời gian, vì hiện đang diễn ra cuộc Chiến tranh Nha phiến lần thứ 2. Quân đoàn viễn chinh của Anh và Pháp được gửi đến vùng Viễn Đông để trừng phạt Nhà Thanh, và kết quả là người Pháp có thừa quân trong tay để can thiệp vào tình hình Đại Nam.
Các chiến dịch.
Nam Kỳ.
Ngày 1 tháng 9 năm 1858, liên quân Pháp và Tây Ban Nha có khoảng 3000 binh lính cùng sĩ quan, 14 chiến thuyền đã cập bến tại Tourane (Đà Nẵng) và chiếm được bán đảo Sơn Trà cùng 2 xã Mĩ Thị và Cẩm Lệ để tấn công ra Huế nhưng bị quân đội Đại Nam cầm chân tại đây trong 5 tháng, sau đó buộc phải rút đi hai phần ba số quân vào Gia Định chiếm Sài Gòn vì quân đội không quen khí hậu ở đây nên bị dịch tả và sốt rét rất nhiều.
Tháng 6 năm 1862, vua Tự Đức ký hiệp ước nhượng ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ cho Pháp. Năm 1867, Pháp chiếm nốt ba tỉnh miền Tây kế tiếp để tạo thành một lãnh thổ thuộc địa Cochinchine (Nam Kỳ). Sau khi củng cố vị trí vững chắc ở Nam Kỳ, từ năm 1873 đến năm 1886, Pháp xâm chiếm nốt những phần còn lại của Đại Nam qua những cuộc chiến phức tạp ở Bắc Kỳ. Miền Bắc khi đó rất hỗn độn do những mối bất hòa giữa người Việt và người Hoa lưu vong. Chính quyền Đại Nam không thể kiểm soát nổi mối bất hòa này. Cả Trung Hoa và Pháp đều coi khu vực này thuộc tầm ảnh hưởng của mình và gửi quân đến đó.
Sau khi giao chiến một thời gian, quân Pháp đã đuổi được phần lớn quân Thanh về Trung Quốc, tuy nhiên tại một số tỉnh, quân Thanh vẫn còn có mặt và đe doạ sự có mặt của người Pháp ở Bắc Kỳ. Chính phủ Pháp đã sai Fournier sang Thiên Tân ký với Lý Hồng Chương bản sơ bộ về Hoà ước Thiên Tân, trong nội dung bản hoà ước sơ bộ giữa Pháp và nhà Thanh năm 1884, đã có điều khoản nhà Thanh công nhận quyền bảo hộ của Pháp ở Đại Nam. Ngày 6 tháng 6 năm 1884, Hòa ước Patenôtre được ký kết tại kinh đô Huế gồm có 19 điều khoản, chia nước Đại Nam làm ba xứ: Bắc Kỳ, Trung Kỳ và Nam Kỳ dưới ba chế độ khác nhau. Mỗi kỳ có một chế độ cai trị riêng như là ba nước riêng biệt. Nam Kỳ là thuộc địa Pháp, Bắc Kỳ và Trung Kỳ thuộc sự bảo hộ của Pháp nhưng triều đình nhà Nguyễn trên danh nghĩa vẫn được quyền kiểm soát. Đầu năm 1858, Đô đốc Charles Rigault de Genouilly tiến quân để đánh chiếm Đà Nẵng để buộc triều Nguyễn phải chấp nhận cho các nhà truyền đạo Pháp độc quyền giảng đạo tại Đại Nam. Người Pháp tin là mục tiêu sẽ đạt được khi Đà Nẵng thất thủ, sau đó thì tùy vị Đô đốc toàn quyền quyết định các quan hệ với nhà Nguyễn. Chính sách của Pháp lúc này chỉ dừng lại ở việc chiếm 1 căn cứ dành cho việc thương lượng.
Dù cho các giáo sĩ khẳng định là người Pháp sẽ được giáo dân nổi dậy ủng hộ nhưng trên thực tế họ chỉ nhận được sự thờ ơ. Đô đốc Rigault de Genouilly thấy triều đình không muốn thương nghị mà lại chuẩn bị kháng cự, quân Pháp lại nhiễm dịch tả cũng như sốt rét rất nhiều nên ông quyết định gửi báo cáo về Paris và thay đổi mục tiêu xuống phía Nam. Ngày 18 tháng 2 năm 1859, Đô đốc Rigault de Genouilly chiếm được thành Gia Định.
Năm 1860, xung đột với nhà Thanh khiến 2 chính phủ Anh và Pháp phải quyết định cử lực lượng viễn chinh sang Trung Hoa, kể cả nhóm quân Pháp tại Nam Kỳ, chỉ còn một số rất ít quân Pháp và Tây Ban Nha ở lại chống cự các cuộc tấn công của Nguyễn Tri Phương ở Nam Kỳ.
Chính phủ Pháp khi đó muốn rút quân khỏi Nam Kỳ nhưng Đô đốc Rigault de Genouilly để quyền chỉ huy lại cho tướng François Page và trở về Paris, cố gắng biện hộ cho sự chiếm đóng tại Gia Định. Bộ trưởng Hải quân Pháp là ông Chasseloup-Laubat cũng tán thành ý kiến của Rigault de Genouilly. Do đó mà sau khi Hòa ước Bắc Kinh với Trung Hoa được ký, đô đốc Léonard Charner (mới thay François Page) đem 1 hạm đội gồm 70 chiến hạm và 3.500 người tới Nam Kỳ.
Tháng 2 năm 1861, quân Pháp chiếm Đại đồn Chí Hòa, Mỹ Tho thất thủ trong tháng 4. Trong suốt năm 1861, Đô đốc Charner tiếp tục mở rộng việc chiếm đóng quanh Gia Định và Mỹ Tho cũng như bắt đầu xây dựng bộ máy hành chính để quản lý khu vực chiếm đóng. Khi Đại đồn thất thủ, triều đình lập tức cho ông Nguyễn Bá Nghi làm "Khâm sai Đại thần" thay Nguyễn Tri Phương. Bá Nghi thấy thế không chống đỡ nổi với quân Pháp nên gởi tấu về xin giảng hòa. Trong lúc này, Thiếu tướng Louis-Adolphe Bonard thay thế Charner vẫn tiếp tục cho quân Pháp chiếm thêm Biên Hòa và Bà Rịa tháng 12 năm 1861, Vĩnh Long tháng 3 năm 1862. Triều đình phải cử Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp tới giảng hòa và miễn cưỡng chịu ký hiệp ước nhường 3 tỉnh miền Đông với đảo Côn Lôn cho quân Pháp và phải bồi thường chiến phí 4.000.000 đồng bạc trong 10 năm cùng việc mở cửa thông thương ở Đà Nẵng, Ba Lạt và Quảng Yên.
Đất Gia Định là vùng khai nghiệp và cũng là nơi cung cấp lương thực của triều Nguyễn nên vua Tự Đức vẫn cố gắng điều đình chuộc lại. Ông bèn sai Phan Thanh Giản làm "Chánh sứ" cùng các ông Phạm Phú Thứ và Ngụy Khắc Đản sang Pháp thương nghị.
Tại Pháp lúc này, ngoại trừ những người có quan hệ với "Hội Ngoại quốc truyền giáo" và các công ty làm ăn ở Á Đông, không mấy ai quan tâm tới xứ Nam Kỳ, kể cả Hoàng đế Napoléon III. Tuy nhiên, do sự nỗ lực vận động của Bộ trưởng Hải quân Pháp là ông Chasseloup-Laubat mà sau đó, Thiếu tướng De la Grandière trở thành Thống soái Pháp tại Nam Kỳ và ông này cự tuyệt mọi lời đề nghị chuộc đất của nhà Nguyễn. Khi người Pháp chiếm được đất Gia Định, sự kháng cự được tổ chức mau chóng bởi các quan lại trung thành với triều đình với các lãnh tụ như Trương Định, Nguyễn Hữu Huân, Phan Văn Đạt...đã khiến người Pháp gặp phải nhiều sự khó khăn. Cuối năm 1861, Nguyễn Trung Trực đã đốt cháy chiến hạm "Espérance" trong trận Nhật Tảo, các đồn nhỏ cũng bị tấn công. Trong 3 năm rưỡi, quân Pháp thiệt hại tới 2.000 người.
Tuy nhiên, lúc này phía Pháp lại được triều đình Huế chấp nhận thương thuyết do kinh thành đang thiếu lương thực trầm trọng bởi thóc gạo ở Nam Kỳ bị phong tỏa và cuộc nổi dậy của Lê Duy Phụng nổ ra khắp các tỉnh Đông Bắc Kỳ. Do đó mà Hòa ước Nhâm Tuất được ký ngày 5 tháng 6 năm 1862 tại Sài Gòn và vì nhiều lý do mà Hòa ước này đã bị phản đối quyết liệt ở cả Pháp lẫn Đại Nam
Vua Tự Đức hy vọng bằng thiện chí của mình sẽ có thể đi tới sửa đổi các điều khoản của Hòa ước và chỉ 5 tháng sau đó, triều đình bắt đầu yêu cầu sửa đổi nhưng sau khi các cuộc nổi dậy ở Nam Kỳ do họ ngầm tổ chức bị Pháp dập tắt cũng như quân nổi loạn của Lê Duy Phụng hoành hành dữ dội trên đất Bắc thì các yêu cầu này đành phải bỏ. Dù ông Phan Thanh Giản ra sức giao hảo thân thiện với phía Pháp nhưng Thiếu tướng De la Grandière viện cớ các tỉnh miền Tây có liên hệ với các tổ chức chống Pháp ở miền Đông nên tháng 7 năm 1867 quân Pháp vẫn tập kết ở Mỹ Tho định tấn công 3 tỉnh Vĩnh Long, An Giang và Hà Tiên. Quá trình cụ thể được tổng đốc Vĩnh Long Trương Văn Uyển tường thuật lại như sau:
Cho rằng không chống nổi, Phan Thanh Giản khuyên các quan ở 3 tỉnh nên đầu hàng còn ông viết sớ về triều tạ tội, di chúc cho con cháu quyết không được nhận quan chức gì của Pháp ở Nam Kỳ rồi nhịn ăn mà từ trần ngày 5 tháng 7 năm 1867. Không cần có Hiệp ước mới, Lục tỉnh Nam Kỳ đã biến thành thuộc địa của nước Pháp.
Bắc Kỳ, 1873.
Sau khi chiếm Nam Kỳ, người Pháp thấy sông Cửu Long không thuận tiện cho việc giao thông với Vân Nam. Năm 1868, Đại úy Garnier gặp 1 thương nhân Pháp là Jean Dupuis tại Hán Khẩu. Dupuis được Garnier cho biết rằng theo sông Hồng ở Bắc Kỳ có thể tới được Vân Nam khá thuận lợi nên đã tổ chức 1 đoàn thuyền và tự tiện lên Hà Nội, thuê thuyền nhỏ dỡ hàng hóa để thông thương sang Vân Nam (năm 1872). Khi trở về, bởi có lệnh cấm từ trước nên Jean Dupuis bị các quan địa phương ngăn cản, Dupuis cho rằng có lệnh của các quan Trung Hoa là đủ. Nguyễn Tri Phương ra Bắc yết thị cấm không cho người Việt và Hoa kiều giao thiệp với người tây, không cho chở hàng đi Vân Nam và đòi Jean Dupuis phải rời khỏi Bắc Kỳ. Triều đình yêu cầu phía Pháp bắt Dupuis vì theo Hiệp ước Nhâm Tuất năm 1862 thì Hà Nội không phải nơi thông thương nhưng Dupuis kiên quyết ở lại. Triều đình phải cử quan Khâm sai Lê Tuấn cùng Nguyễn Văn Tường và Nguyễn Tăng Doãn tới Sài Gòn thương nghị. Đô đốc Marie Jules Dupré yêu cầu Francis Garnier (lúc này đã lên chức Đại tá) ra Bắc để giải quyết vụ Dupuis. Garnier khi gặp Nguyễn Tri Phương có đề nghị ký 1 bản thương ước mở sông Hồng cho việc thông thương nhưng Nguyễn Tri Phương từ chối do chưa rõ ý kiến của triều đình Huế.
Đại tá Garnier sau đó gửi cho các quan chức Đại Nam 1 bản tối hậu thư trong đó ông yêu cầu quân nhà Nguyễn phải giải giáp và cho Jean Dupuis tự do đi lại. Khi không nhận được thư trả lời đúng hẹn, ngày 20 tháng 11 năm 1873, quân Pháp bắt đầu tấn công. Nguyễn Tri Phương chỉ huy quân lính phòng thủ nhưng chẳng bao lâu thì thành Hà Nội thất thủ, ông bị thương nặng. Bị quân Pháp bắt, Nguyễn Tri Phương nhịn ăn và qua đời sau đó. Con trai ông là Nguyễn Lâm cũng tử trận. Sau khi Hà Nội thất thủ, quân Pháp chia nhau đi lấy các thành Nam Định, Phủ Lý, Hải Dương và Ninh Bình. Không lâu sau, Đại tá Garnier bị quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc phục kích ở Cầu Giấy và bị giết ngay tại chỗ.
Triều đình khi nhận được tin lập tức cho 2 Lê Tuấn và Nguyễn Văn Tường đi thương nghị với Đô đốc Marie Jules Dupré. Đô đốc Pháp không được chính phủ ủng hộ trong vụ Bắc Kỳ nên bằng lòng trả các thành lại cho các quan địa phương và ký Hòa ước mới. Sau vụ đụng độ ở Bắc Kỳ, quyền tự quyết về Ngoại giao của Đại Nam bị buộc phải giao cho người Pháp.
Hà Nội, 1873.
Ngày 19 tháng 11 năm 1873, Garnier gửi tối hậu thư ra lệnh cho quan binh trong thành Hà Nội phải hạ vũ khí đầu hàng và nộp thành.. Cùng ngày, Garnier và Dupuis lên kế hoạch đánh thành Hà Nội, theo đó thì từ 6 giờ sáng ngày 20 tháng 11, các pháo thuyền "Scorpion" và "Espignole" dưới sự chỉ huy của thuyền trưởng Balny d' Avricourt bắt đầu pháo kích vào hai cửa thành phía Bắc và phía Đông cùng các cơ sở chính quyền trong thành Hà Nội; đặc biệt tập trung pháo kích hương về doanh trại chỉ huy của khâm sai đại thần Nguyễn Tri Phương, dinh phủ của Tổng đốc Hà Ninh và cột cờ. Tới 6 giờ 30, quân Pháp sẽ ngừng pháo kích. Garnier cùng phụ tá De Trentinian chỉ huy 25 thủy bộ binh với hai khẩu sơn pháo phối hợp với các thủy thủ của phó thuyền trưởng Esmez tấn công cửa thành số 2 phía Nam và sẽ bắt liên lạc với cánh quân của Bain cùng với 2 phụ tá Hautefeuille và Perrin sau khi cánh quân này tấn công phá cửa thành số 1 phía Đông. Cả hai toán quân này tổng cộng gồm 90 người. Dupuis bố trí quân và thủ hạ của mình sát gần cửa thành phía Đông trong giai đoạn bắn phá của 2 pháo thuyền. Ngay sau khi ngưng pháo kích, toán binh lính đánh thuê Trung Quốc và các thủ hạ của ông ta sẽ chiếm đóng lầu canh hình bán nguyệt nơi cổng thành phía Đông rồi đóng chốt ở phía Bắc chận giữ đường rút lui tháo chạy của quan binh triều đình.
Ngày 20 tháng 11 năm 1873, từ lúc 5 giờ sáng, lực lượng phối hợp do Francis Garnier và Jean Dupuis chỉ huy chuẩn bị lần cuối trước khi tấn công vào thành Hà Nội. Đúng 6 giờ sáng, hai pháo thuyền trên sông Hồng từ khoảng cách 1.200 mét bắt đầu bắn phá vào thành Hà Nộị, tới 6 giờ 30, cuộc pháo kích ngừng. Toán quân của Dupuis chiếm đóng cổng thành phía Bắc, trong khi đích thân Dupuis chỉ huy một toán quân chiếm đóng lầu canh hình bán nguyệt và mở cổng thành. Đội quân đặc nhiệm của Garnier chia thành hai cánh: cánh quân thứ nhất do phó thuyền trưởng Bain de la Coquerie chỉ huy 30 binh sĩ kèm theo một khẩu sơn pháo lấy từ tàu chiến Decrès kéo tới dàn trận trước cổng thành phía Tây-Nam để nghi binh, giả tấn công vào mặt này nhằm đánh lạc hướng quan binh trong thành. Cánh quân thứ hai gồm có 27 thủy bộ binh do chuẩn úy Trentinian chỉ huy và nột đội thủy quân biệt phái 29 người do phó thuyền trưởng Esmez chỉ huy, cùng với 3 khẩu trọng pháo và 19 binh sĩ trừ bị của tàu "Decrès", có nhiệm vụ tấn cổng vào thành ở cửa Đông-Nam. Trại đóng quân nơi Trường Thi do 10 binh sĩ canh giữ dưới quyền chỉ huy của kỹ sư Bouiller.
Garnier dẫn đầu toán quân thứ hai tấn công mặt Đông-Nam. Tháp canh mặt này bị chiếm ngay sau khi cổng thành bị phá vỡ, toán quân của Garnier tràn vào thành mà chỉ gặp những sức kháng cự yếu ớt không gây thiệt hại nào đáng kể. Đích thân khâm sai Nguyễn Tri Phương đứng trên tháp canh để đốc thúc binh sĩ chống trả dù đã bị bắn trọng thương ở bụng nhưng chỉ sau một giờ giao chiến, quan binh triều đình tan rã, thành Hà Nội bị quân Pháp chiếm.
Hải Dương.
Để duy trì đường thông thương ra biển và kiểm soát đường cái quan Hà Nội-Huế, Garnier lại cử thuyền trưởng Adrien-Paul Balny d'Avricourt đi Hải Dương và Ninh Bình. Tổng đốc Hải Dương từ chối không chịu xuống chiến hạm "Espignole" để gặp Balny. Quân Pháp đổ bộ lên bờ, quan binh trong thành kháng cự mạnh nhưng không gây được thiệt hại nào cho đối phương. Quân Pháp tiếp tục công thành, cửa thành bị vỡ, quân trong thành rút chạy, thành Hải Dương bị mất vào tay quân Pháp chỉ trong vòng hơn một tiếng đồng hồ giao tranh giữa hai bên.
Đổng suất quân vụ Lê Hữu Thương, Tổng đốc Hải Dương Đặng Xuân Bảng, Bố chính Nguyễn Hữu Chánh bỏ thành chạy ra huyện Gia Lộc và Cẩm Giàng. Quân Pháp phá hủy, đốt hết binh trại trong thành, chiếm đoạt kho lương và tiền bạc rồi đặt chuẩn úy Tritinian và 15 lính thủy bộ ở lại giữ thành, tổ chức việc cai trị, mộ thêm lính bản xứ địa phương để phòng giữ an ninh.
Ninh Bình.
Đinh ninh toán binh sĩ của Balny vẫn còn ở Phủ Lý, Garnier sai chuẩn úy Hautefeuille với một thuyền chạy máy hơi nước nhỏ với 8 thủ thủ và 2 lính dân vệ người An Nam tăng cường để Balny chuẩn bị tiến chiếm thành Hải Dương.
Khi đến Phủ Lý thì Hautefeuille hay tin thành Hải Dương đã bị toán quân của Balny chiếm, nên 5 tháng 12 Hautefeuille theo dòng sông Đáy chạy tàu ra Kẻ Sở để phá bỏ các chướng ngại vật, cũng như đưa toán lính đi theo của mình lên bờ sông để giải tán rất nhiều dân phu do quan lại địa phương bắt đi đắp lũy, làm bè tre hỏa công, đóng cọc nhằm ngăn chận quân Pháp vượt qua sông. Một phó lãnh binh điều khiển nhóm dân phu lao dịch bị Hautefeuille bắt giữ nhưng rồi được tha ngay sau đó. Sáng sớm ngày 5 tháng 12 năm 1873 (16 tháng 10 âm lịch năm Quý Dậu), tàu của Hautefeuille đến trước thành Ninh Bình, bắn hai phát trọng pháo vào thành rồi chờ đợi trời sáng và phản ứng của quân trú thành.
Quân trú phòng xuất hiện rất đông trên bờ thành. Dân quân tự vệ chuẩn bị chèo ghe ra bao vây tàu máy của Hautefeuille nhưng bị giải tán ngaỵ. Hautefeuille dẫn quân nhảy lên bờ tiến đến cổng thành. Các ụ công sự trước cổng thành đã bị bỏ trống không có người chống giữ. Dân quân tự vệ ào ra bao vây toán quân của Hautefeuille nhưng e sợ không dám tấn công. Quân Pháp bắn đại bác từ tàu hơi nước lên bờ giải tán nhóm dân quân. Hautefeuille vượt nhanh qua cầu trước cổng thành. Tuần phủ Nguyễn Vũ đang đứng dưới lọng che trong nhà tiếp khách bên ngoài vòng thành để đón Hautefeuille nhưng bị Hautefeuille xông tới bắt làm con tin để quân Pháp vào thành một cách an toàn và bắt trói tất cả các quan chức trong thành, thành Ninh Bình với 1.700 quân thất thủ.
Ngày 09 tháng 12 năm 1873, Francis Garnier rời Hà Nội đi tàu Scorpion với 40 quân binh và thủy thủ đoàn, kéo theo một thuyền buồm chuyên chở đạn dược tới Ninh Bình vào buổi chiều, vào thành Ninh Bình khen ngợi Hautefeuille, sắp xếp để lại cho Hautefeuille 10 bộ binh thay cho 7 thủy thủ cũ để giữ thành Ninh Bình.
Nam Định.
Ngày hôm sau, 10 tháng 12 năm 1873, Francis Garnier đem quân thẳng tiến xuống Nam Định. Vào lúc 9 giờ sáng, tàu chiến "Scorpion" tới một khuỷu sông gần thành Nam Định thì rơi vào ổ phục kích của quân Nguyễn nhưng không bị thiệt hại nào đáng kể. Đồng thời đạn đại pháo từ trong thành bắn ra nhưng hầu hết đều không bắn trúng được tàu chiến "Scorpion". Nhiều thủy thủ leo lên cột buồm tàu bắn trả khiến cho tiếng súng trong thành và từ các ổ phục kích phải chấm dứt. Toán của Bouxin gồm có 15 binh sĩ và một khẩu trọng pháo đổ bộ lên bờ để dụ quân trú phòng kéo tới phòng thủ cổng thành phía nam, nhưng quân binh trên thành chống trả mạnh khiến cho toán quân Bouxin không thể tiến lên. Trước tình hình đó Garnier đích thân dẫn đầu một toán 15 binh sĩ đổ bộ lên bờ trước cửa thành phía Đông, trong khi một toán khác do Bouillet chỉ huy đổ bộ vào phố thị buôn bán của tỉnh Nam Định và ngăn ngừa quân An Nam tấn công đường rút lui toán quân của Bouxin.
Trước cổng thành phía Đông, Garnier dùng đại bác bắn phá cửa thành nhưng đại bác lại bị hỏng sau ba phát đạn. Garnier liền dùng một trong các con ngựa dùng làm chướng ngại vật chận ngang cầu trước cổng vào thành để làm thang trèo vào bên trong. Garnier dẫn đầu leo lên bờ thành, quân lính trong thành hoảng sợ rút lui tìm đường chạy trốn về phía cổng thành phía Nam. Thành Nam Định bị thất thủ.
Cầu Giấy.
Ngay sau khi thành Hà Nội thất thủ, triều đình Huế phái Trần Đình Túc, Trương Gia Hội cùng hai giáo sĩ Gia Tô là Sohier và Danzelger ra Hà Nội để điều đình với Garnier nhưng Garnier đã cho quân binh đánh chiếm thêm nhiều nơi khác ở Bắc Kỳ. Hà Nội, Hải Dương, Ninh Bình, Nam Định nối nhau thất thủ. Tự Đức liền khiến Tam Tuyên tổng thống Hoàng Tá Viêm sung tiết chế Bắc Kỳ quân vụ và tham tán Tôn Thất Thuyết đem theo 1.000 quân đến đóng ở phủ Từ Sơn tỉnh Bắc Ninh lo việc phòng ngự. Tuy nhiên, quân tăng phái triều đình ra đến Thanh Hóa thì phải ngưng lại vì thành Ninh Bình đã bị quân Pháp đánh chiếm.
Trong khi Garnier đánh chiếm thành Nam Định thì ở Sơn Tây, Quân cờ đen do Lưu Vĩnh Phúc chỉ huy hoạt động mạnh và đánh chiếm lại đồn phòng thủ của quân Pháp ở Phủ Hoài và nhiều tiền đồn ở sát Hà Nội chỉ vài cây số. Garnier phải cử tàu Scorpion chở 15 lính tăng viện cho Bain de la Coquerie và ngay sau đó tàu này phải ra cửa Cấm chờ tàu "Decrès" chở quân tăng viện từ Sài Gòn ra.
Ngày 18 tháng 12 năm 1873, sau khi cử y sĩ Harmand giữ chức quản trị quân sự cùng với 25 lính thủy giữ thành Nam Định, Garnier quay trở về Hà Nội để dự trù một cuộc hành quân phản công ở Phủ Hoài vào ngày 21 tháng 12 năm 1873. Tuy nhiên, vào buổi chiều ngày 19 tháng 12 năm 1873, Garnier phải đón tiếp đoàn thương nghị của triều đình Huế do Trần Đình Túc, Trương Gia Hội cầm đầu cùng với 2 giáo sĩ Gia Tô, Garnier liền niêm yết cáo thị tạm ngừng chiến để thương nghị tìm giải pháp hòa bình.
Tới ngày 21 tháng 12, Garnier đang ngồi nghị bàn với phái đoàn của triều đình Huế thì được khẩn báo là quân binh triều đình cùng với quân Cờ đen ở Sơn Tây phối hợp đang tiến đến cổng thành Hà Nội. Garnier dẫn một toán quân ra chặn đánh, nhưng bị Quân cờ đen phục kích và giết chết tại Cầu Giấy.
Đại tá Thomazi, nhà sử học Đông Dương thuộc Pháp, ghi lại những giờ phút cuối cùng của Garnier như sau:
"Giữa ngày 21 tháng 12 năm ấy, khi đang bàn luận với các sứ bộ An Nam thì viên thông dịch vào báo rằng quân Cờ Đen (tức quân Lưu Vĩnh Phúc) đang đánh thành ở cửa Tây. Garnier kéo ra trận tiền nơi lính Tây đang nã súng, buộc quân Cờ Đen phải rút lui sau lùm tre. Liền đó một cỗ pháo nòng 40-mm được kéo ra. Garnier gọi một toán lính hơn một chục người rồi giao cho ba người kéo cỗ súng ra ngoài cổng thành đuổi theo quân địch. Vì súng thì nặng nên không đi nhanh được, Garnier sau ra lệnh bỏ lại với vài tên lính. Chín tên lính còn lại thì Garnier chia thành ba nhóm. Hai nhóm truy kích vòng ra hai phía tả hữu còn Garnier thì dẫn nhóm trực chỉ lối giữa. Đuổi khoảng 1 km rưỡi thì Garnier trượt chân ngã xuống ở chân dốc đê. Một toán quân Cờ Đen ẩn đằng sau đê ùa ra, súng bắn tràn. Lúc đó Garnier đã bỏ xa hai người lính hộ vệ 100 mét. Một người trúng đạn chết; người kia cũng bị thương. Garnier gào to: "Hỡi những binh sĩ dũng cảm, hãy lại đây với tôi, tôi sẽ đánh cho chúng một trận chí tử!" Sau đó Garnier cố tự vệ dùng súng côn bắn sáu phát. Quân địch ùa đến bổ vây dùng giáo và kiếm đâm chém, chặt đầu rồi bỏ chạy, để lại một thi thể đầy thương tích rùng rợn. Hai toán lính truy kích nghe tiếng súng liền sấn vào nhưng chỉ kịp cướp lấy cái thây đầy máu của Garnier đem lại về thành Hà Nội."
Chiến dịch cuối cùng.
Các năm 1876 và 1880, để đối phó với quân Pháp, sứ bộ Đại Nam do Phạm Thận Duật đi đầu đã sang Trung Hoa cầu viện sự giúp đỡ từ nhà Thanh. Triều đình cũng chiêu nạp quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc, phong ông này làm Đề đốc cùng các quan chống cự quân Pháp khiến họ lo ngại. Trong khi đó, tình trạng mất an ninh ở Bắc Kỳ bởi các lượng lượng người Hoa, nhất là quân Cờ Đen khiến chính phủ Pháp phải lựa chọn hoặc là đặt sự bảo hộ hoàn toàn ở Bắc Kỳ hoặc là phải rút lui. Lựa chọn thứ 2 có thể làm nước Pháp tổn thất danh dự nặng nề nên ngay từ năm 1879, Thượng tướng Bernard Jauréguiberry đã yêu cầu gởi thêm 6.000 người sang Bắc Kỳ áp đặt nền bảo hộ nhưng chính phủ Pháp đã từ chối. Thống đốc Nam Kỳ Le Myre de Vilers trong năm 1882 đã yêu cầu Đại tá Henry Rivière ra Bắc với 233 binh sĩ để bảo vệ các thương gia Pháp trước quân cướp tống tiền người Hoa. Khi tới Hà Nội ngày 3 tháng 4 năm 1882, Henry Rivière đã có ý chiếm thành. Le Myre de Vilers đã tỏ ý phản đối việc làm của Rivière nhưng lại có trách nhiệm phải che chở Henry Rivière.
Cuối năm 1882, quân Thanh do các tướng Tạ Kính Bưu và Đường Cảnh Tùng vượt biên giới sang đóng ở Bắc Ninh và Sơn Tây. Triều Nguyễn khi đó đã yêu cầu nhà Thanh can thiệp trong khi Đại sứ Pháp ở Bắc Kinh thương thảo với Tổng đốc Trực Lệ Lý Hồng Chương về 1 sự phân chia Bắc Kỳ dọc theo sông Hồng giữa 2 nước. Đại tá Rivière sau đó đã cho quân đi đánh chiếm nhiều nơi như Hòn Gai và Nam Định nhưng sau đó các quan viên triều Nguyễn như Trương Quang Đản, Bùi Ân Niên, Hoàng Kế Viêm đe doạ kéo quân bao vây người Pháp ở Hà Nội. Trong khi xuất quân phá vây, Rivière bị quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc hạ sát sáng ngày 19 tháng 5 năm 1883. 4 ngày trước cái chết của Rivière, Quốc hội Pháp thông qua 1 khoản ngân sách 5.500.000 franc cho phép gởi thêm quân lực tới xứ Bắc Kỳ.
Hiểu rằng vấn đề Bắc Kỳ chỉ có thể giải quyết ở Huế, bộ chỉ huy Pháp muốn lợi dụng những biến loạn xảy ra khi vua Tự Đức băng hà ngày 17 tháng 7 năm 1883, tướng Courbet đem hạm đội đi đánh cửa Thuận An buộc triều đình phải xin hưu chiến và chấp nhận ký kết Hiệp ước Harmand. Dù vậy, phái chủ chiến của Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường chỉ coi đây là 1 kế hoãn binh mà thôi. Thuyết và Tường đã cổ vũ thành lập những đội nghĩa quân chống Pháp, đắp đồn xung quanh kinh thành và cho xây dựng căn cứ Tân Sở. Trong khi hàng vạn nhân công đang xây dựng căn cứ trong miền rừng núi Quảng Trị thì vua Hiệp Hoà chủ trương hoà giải bị cho là nhu nhược và bị ép phải tự tử. Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường lập Kiến Phúc kế vị.
Trong năm 1884 quân Pháp được tiếp viện dồi dào đã chiếm được nhiều tỉnh giàu có của Bắc Kỳ. Tháng 5 năm 1884, Hiệp ước Thiên Tân được ký giữa Lý Hồng Chương và đại diện Pháp Fournier cam kết quân Thanh phải rút hết về nước và tôn trọng các hiệp ước đã ký giữa triều Nguyễn và người Pháp. Triều Nguyễn cũng phải chấp nhận sửa đổi một số điều kiện trong Hiệp ước Harmand và ký với Jules Patenôtre, lãnh sự Pháp tại Bắc Kinh Hiệp ước Patenôtre ngày 6 tháng 6 năm 1884. Với Hiệp ước Patenôtre thì việc thiết lập nền bảo hộ của Pháp trên nước Đại Nam không còn bị ngăn cản nữa.
Thành Hà Nội, 1882.
Quân đội Pháp dưới quyền Trung tá hạm trưởng Henri Rivière rời Sài Gòn ngày 26 tháng 3 năm 1882 với 2 tàu chiến "Drac" và "Parseval", chở theo 2 đại đội thủy bộ binh do thiếu tá Chanu chỉ huy, một toán biệt phái xạ thủ An Nam, 5 tàu sà-lúp máy hơi nước, mỗi binh sĩ được trang bị 200 viên đạn. Trước khi lên đường, Henri Rivière được lệnh phải tuân thủ hiệp định đã ký và chỉ được dùng vũ lực trong trường hợp cần thiết, tuy nhiên người ta cũng hiểu rằng chỉ cần có phản ứng nhỏ của quan lại Đại Nam thì Rivière lập tức hành động. Đại đội quân binh Pháp tới Hải Phòng ngày 2 tháng 4 rồi dùng tàu sà-lúp đưa quân đến Hà Nội ngày 3 tháng 4 năm 1882, rồi đóng quân ở Đồn Thủy hiện đang có 2 đại đội thủy bộ binh đóng giữ dưới sự chỉ huy của tiểu đoàn trưởng Berthe de Villers. Tổng số quân Pháp đóng ở ngoài thành Hà Nội lúc này là 600 bộ binh gồm 450 lính thủy quân lục chiến, 130 lính thủy và 20 lính bản xứ.
Được tin quân Pháp động binh, quan binh Bắc Kỳ lo phòng bị chống giữ. Henri Rivière không được tổng đốc Hà Ninh Hoàng Diệu tiếp đón long trọng có ý không hài lòng và gợi sự ra bằng cách cho rằng các việc sửa soạn phòng bị của quan binh triều đình ở Bắc Kỳ là có tính cách thù địch và khiêu khích.
Ngày 25 tháng 4 năm 1882, vào lúc 5 giờ sáng. H.Rivière gởi tối hậu thư đến Tổng đốc Hoàng Diệu hạn đến 8 giờ sáng thì trong thành phải giải giáp và các quan lại phải đến trình diện tại Đồn Thủy nếu không Rivière sẽ chiếm thành. Trước đó triều đình Huế đã phái ngay Tả thị lang bộ Hộ Nguyễn Thành Ý vào Sài Gòn biện bạch về những lý do khiến cho người Pháp phải động binh đồng thời cũng gửi khẩn thư lệnh cho quan binh Bắc Kỳ phải giữ nguyên trạng thành Hà Nội như đã có trước khi các đội quân của Henri Rivière kéo đến nhưng khẩn thư này tới quá trễ. Quân quan nhà Nguyễn trong thành Hà Nội tổ chức chống cự đơn độc mà không có sự chi viện kịp thời của các cánh quân từ Sơn Tây (Hoàng Kế Viêm, Lưu Vĩnh Phúc) và Bắc Ninh (Trương Quang Đản), mặc dù cánh quân của Hoàng Kế Viêm và Lưu Vĩnh Phúc đóng ở Phủ Hoài (Dịch Vọng, Từ Liêm) cách Hà Nội không xa.
Đúng 8 giờ 15, các pháo thuyền "Fanfare", "Surprise", "Massue" và "Carbine" từ bờ sông Hồng bắn đại bác vào thành. Tới 10 giờ 45, quân Pháp đổ bộ tấn công vào thành. Vào lúc 11 giờ thì quân Pháp chiếm được thành. Thiếu tá Berthe des Villers và 3 binh sĩ Pháp bị thương. Trong thành Hà Nội, Hoàng Diệu cùng lãnh binh Hồ Văn Phong chỉ huy phòng thủ cửa Bắc, đề đốc Lê Văn Trinh giữ của Đông, lãnh binh Lê Trực giữ cửa Tây và lãnh binh Nguyễn Đình Đường giữ cửa Nam. Phía quân triều đình có 40 tử trận và chỉ có 20 bị thương, vì đa số đã binh lính đều bỏ thành chạy trốn. Ở cửa Đông và cửa Nam, Lê Văn Trinh và Nguyễn Đình Đường sợ hãi bỏ trốn. Tổng đốc Hoàng Diệu cố gắng chống cự nhưng quân Pháp đã tràn vào thành, ông gửi di biểu về triều đình rồi treo cổ tự vẫn dưới một cái cây trước Võ Miếu, thọ 54 tuổi.
Nam Định, 1883.
Ngày 23 tháng 3 năm 1883, Henri Rivière để Berthe de Villers cùng 400 quân ở lại Hà Nội để chỉ huy quân Pháp tiến tới Nam Định. Tới ngày 25 thì Rivière đến Nam Định, một lần nữa kịch bản chiếm thành Hà Nội được lặp lại khi tổng đốc Nam Định không tới gặp Rivière theo thư yêu cầu và lập tức quân Pháp chiếm thành Nam Định vào ngày 27 tháng 3. Thiệt hại nặng nhất của quân Pháp trong trận này là cái chết của trung tá Carreau. Sự kiện này đã khiến chính phủ Pháp lo lắng và một lần nữa ra lệnh cho quân Pháp chỉ được can thiệp khi thực sự cần thiết. Quyết định của chính phủ Pháp chứng tỏ người Pháp vẫn đang lưỡng lự trước việc mở một cuộc chiến tranh toàn diện ở Đại Nam.
Trong lúc Rivière ở Nam Định thì tại Hà Nội, lực lượng của de Villers bị 4.000 quân tấn công trong đêm ngày 26 và 27 tháng 3. Tuy quân Pháp ở Hà Nội đẩy lui được hai cuộc tấn công buổi đêm này nhưng tình hình nghiêm trọng vẫn buộc Rivière phải trở về Hà Nội ngày 2 tháng 4 đồng thời đề nghị đô đốc Mayer, chỉ huy hải quân Pháp ở Trung Quốc, đưa quân ứng cứu.
Việc Rivière đánh chiếm Nam Định đánh dấu một bước leo thang quan trọng thể hiện tham vọng của người Pháp tại Bắc Kỳ, và có hệ quả nghiêm trọng. Nhà Thanh bắt đầu ngầm hỗ trợ chính quyền nhà Nguyễn chống lại sự xâm lược của thực dân Pháp. Sự can thiệp của quân Thanh tại Bắc Kỳ cuối cùng dẫn đến cuộc chiến tranh Pháp-Thanh sau này.
Cầu Giấy, 1883.
Sau khi nhận được yêu cầu cứu viện của Rivière, chỉ huy hải quân Pháp ở Trung Quốc là đô đốc Mayer lập tức đưa quân Pháp tới ứng cứu, lực lượng này tới Hà Nội ngày 14 tháng 5 năm 1883. Trong lúc đó người Pháp ở Hà Nội tiếp tục bị tấn công bởi một lực lượng mạnh từ 15 cho tới 20.000 quân. Sau khi quân tiếp viện của Mayer tới nơi, lực lượng Pháp bắt đầu quay lại phản công. Ngày 15, người Pháp đốt khu vực đồn trú của quân Cờ đen, một ngày sau đó quân Pháp dưới sự chỉ huy của Berthe de Villers tiến tới ngã ba sông Đuống (canal des Rapides). Tuy nhiên Henri Rivière vẫn cảm thấy bất an và trong lúc chờ lực lượng cứu viện cho phép người Pháp chiếm Bắc Ninh và Sơn Tây, Rivière quyết định vào ngày 19 tháng 5 sẽ rút khỏi Hà Nội để tiến về Phủ Hoài theo hướng Sơn Tây. Tối ngày 18, Rivière cho triệu tập các sĩ quan Pháp để thông báo quyết định chuyển quân, ông ta cho rằng hành động này của quân Pháp không có gì bất thường nên sẽ ít bị đối phương chú ý. Tuy nhiên Rivière không ngờ rằng kế hoạch của mình đã bị một người hầu gốc Hoa nghe được.
4 giờ sáng ngày 19 tháng 5, lực lượng Pháp do Berthe de Villers chỉ huy bắt đầu xuất phát, Henri Rivière cũng có mặt trong đội quân này, cùng lúc một nhóm quân Pháp do đại úy Jacquin chỉ huy được lệnh canh chừng cho cuộc hành quân. Tới 6 giờ sáng thì các cuộc đụng độ giữa hai bên bắt đầu và quân Pháp chiếm được Cầu Giấy. Được thông báo trước về kế hoạch của người Pháp, quân Cờ đen của Lưu Vĩnh Phúc đã phục sẵn với đại bác ở khu vực làng Hạ Yên Khê (còn gọi là Hạ Yên Quyết) bên trái Cầu Giấy. Khi quân Pháp tiến gần làng thì lính Cờ đen bắt đầu nổ súng làm Berthe de Villers thiệt mạng. Nhận thấy đối phương với lực lượng đông đảo có dấu hiệu chặn đường rút lui của mình, Rivière ra lệnh cho quân Pháp vừa đánh vừa lùi, một loạt lính Pháp cùng hai sĩ quan Brisis và Clerc bị giết, một số khác bị thương. Trong khi đang lùi quân thì một khẩu đại bác của quân Pháp bị rơi xuống ruộng lúa buộc Rivière phải chỉ huy quân kéo khẩu súng lên đường vì không muốn nó lọt vào tay quân Cờ đen. Bất ngờ quân Cờ đen nổ súng vào vị trí của Rivière khiến ông ta tử vong cùng viên đại úy Jacquin và một lính thủy có tên Moulun. Sau khi Rivière chết, quân Cờ đen tiến tới cắt đầu và tay của ông ta để làm chiến lợi phẩm.
Đến 9 giờ 30 thì tàn quân Pháp rút về tới thành Hà Nội trong sự truy đuổi ráo riết của quân Cờ đen. Quân Pháp trong thành buộc phải cố thủ và phái người tới Hải Phòng xin tiếp viện.
Thuận An, 1883.
Lợi dụng sự lục đục trong nội bộ triều đình nhà Nguyễn sau khi Tự Đức băng hà, Courbet trở lại vịnh Đà Nẵng cùng với chiến hạm "Bayard" vào tối ngày 16 tháng 8 và đã lên kế hoạch tấn công vào pháo đài Trấn Hải cạnh cửa biển Thuận An pháo đài vào ngày 18 tháng 8. Ngày 17 tháng 8, quân Pháp bắt đầu tập trận. Quân Pháp dùng thuyền đi ngược sông Hương lúc 8 giờ sáng ngày 18 tháng 8. "Bayard" là soái hạm của Pháp trong trận này. "Bayard" tiến sâu vào trong đất liền để có thể nã pháo vào các pháo đài lớn ở phía nam và phía bắc từ khoảng cách 2000 mét. "Châteaurenault" cách đó một chút về phía đông, và tấn công các pháo đài phía Nam. "Atalante" neo ở phía tây "Bayard", được giao nhiệm vụ tấn công các pháo đài lớn nằm ở phía Bắc. Chiến hạm "Drac" neo tại sườn phía tây hạm đội Pháp bắn đạn vào các pháo đài nhỏ ở cuối các vị trí địch quân. "Lynx" và "Vipère" đã neo ở giữa "Atalante" và "Drac" để bảo vệ cuộc đổ bộ.
Trong buổi sáng, người Pháp đã chiếm được pháo lũy ở phía Bắc. Tuy nhiên, pháo đài Nam vẫn còn trong tay Đại Nam. Trong buổi chiều, để chuẩn tấn công pháo đài Nam, chiến hạm "Lynx" và "Vipère" vượt qua đập sông cách táo bạo. Đại bác quân Đại Nam từ trong thành bắn ra nhưng không trúng phát nào, và lại bị hai tàu chiến bắn trở lại. Ngoài biển, "Bayard" và "Châteaurenault" được bổ sung thêm nhằm chiếm được pháo đài cách nhanh nhất. Người Pháp có vũ khí hiện đại hơn còn quân Đại Nam tuy bắn trả lại suốt ngày hôm đó, nhưng do vũ khí quá thua kém, trình độ quá lỗi thời nên đến cuối ngày các pháo lũy đều bị đạn pháo quân Pháp phá hủy, lực lượng phòng thủ bị tổn thất rất nghiêm trọng mà quân Pháp không bị thiệt hại gì, quan trấn thành là Lê Sĩ, Lê Chuẩn tử trận, Lâm Hoành, Trần Thúc Nhân nhảy xuống sông tự tử.
Tổn thất Đại Nam trong cuộc oanh tạc và đỗ bộ tiếp theo có lẽ lên tới 2500 lính bị giết hoặc bị thương. Thương vong Pháp, ngược lại chẳng bao nhiêu, khi chỉ có vài chục người bị thương. Vào ngày hôm sau, Courbet cùng quân sĩ ăn mừng thắng trận, đối với các sĩ quan và thủy thủ đoàn "Lynx" và "Vipère", đều được khen thưởng đặc biệt.
Quân Pháp chiếm được đóng cửa Thuận An (Huế). Dưới sức ép quân sự của Pháp, ngày 25 tháng 8, nhà Nguyễn phải chấp thuận ký hòa ước với Pháp, theo đó chấp thuận sự bảo hộ của Pháp tại Bắc Kỳ.
Bắc Lệ, 1884.
Hay tin Hiệp ước Giáp Thân và Hiệp ước Thiên Tân đã được ký kết, quân Pháp ở Bắc Kỳ rất vui và nhẹ nhõm vì cho rằng chiến tranh, vậy là đã kết thúc. Bởi theo tờ quy ước của Trung tá Fournier ký với Tổng đốc Trực Lệ Lý Hồng Chương ở Thiên Tân, thì quân Thanh ở Lạng Sơn, Thất Khê và Cao Bằng sẽ phải rút hết về nước. Tin vậy, nên ngày 13 tháng 6 năm 1884, Thống tướng Millot phái Thiếu tá Dugenne dẫn hơn ngàn binh lính và khoảng ngần ấy phu khuân vác, từ Phủ Lạng Thương kéo lên tiếp quản các tỉnh thành trên.Ngày 22 tháng 6, đoàn quân Pháp đi đến đồn Bắc Lệ. Nhưng khi quân Pháp đến bờ sông Hóa (một nhánh của sông Thương), cách cầu Quan Âm khoảng 8 dặm thì bị chặn lại. Ở phía bên kia cầu, quân Thanh và quân khởi nghĩa người Việt do Nguyễn Thiện Thuật, Tạ Hiện, Phạm Huy Quang cùng chỉ huy, vẫn còn đang đóng giữ.
Ngày 23, sau khi thăm dò được một quãng sông không sâu lắm, dưới làn mưa đạn, quân Pháp vẫn cố vượt sông. Trước tình thế căng thẳng, tướng nhà Thanh sai quân đưa thư, đại ý nói rằng đã biết có hòa ước, nhưng vì chưa được lệnh rút quân về, vậy xin hoãn lại mấy ngày nữa để đợi chỉ dụ của Bắc Kinh.
Sách "Việt Nam sử lược" của Trần Trọng Kim viết:
"Thống tướng Millot tiếp được tin quân Pháp thua ở Bắc Lệ, liền sai thiếu tướng De Négrier đem 2 đại đội quân bộ, 2 đội pháo binh và một toán công binh đi đường Phủ Lạng Thương qua làng Kép, lên tiếp ứng cho trung tá Dugenne. Khi tiếp được quân của trung tá rồi, thiếu tướng Millot triệu thiếu tướng De Négrier về Hà Nội, để chờ lệnh và quân ở bên Pháp sang."
"(Nhưng) Trung tá Dugenne không chịu; đến quá trưa, trung tá cho người đưa thư sang bảo quân Tàu rằng trong một giờ nữa mà quân Tàu không rút về thì quân Pháp cứ việc tiến lên. Đoạn rồi trung tá truyền lệnh tiến binh; đi được một lúc, thì quân Tàu phục hai bên đường bắn ra. Quân Pháp dàn trận đánh nhau đến tối. Sáng ngày hôm sau, quân Pháp thấy quân Tàu sắp vây cả bốn mặt, bèn rút quân về bên này sông Thương, để đợi quân cứu viện ở Hà Nội lên. Trận ấy quân Pháp bị 28 người tử trận, 46 người bị thương, còn những phu phen chết không biết bao nhiêu mà kể."
Trận đánh này có tiếng vang rất lớn ở Pháp và Đại Nam thời bấy giờ, khiến thực dân Pháp rất hoang mang, lo ngại. Đây thật sự là một thất bại nặng nề của quân Pháp, một thắng lợi to lớn của liên quân Việt–Thanh. Cho nên khi nhận được tin, thủ tướng Jules Ferry liền đánh điện khẩn cho Lý Hồng Chương, để phản đối kịch liệt sự việc này. Và sau đó, đã hai lần (12 tháng 7 và 19 tháng 8) Jules Ferry gửi tối hậu thư đòi quân Thanh phải rút ngay khỏi Bắc Kỳ và phải đòi thường thiệt hại cho Pháp 250 triệu francs (khoản tiền này sau cứ giảm dần đi). Nhưng mặc dù tình hình giao thiệp giữa Pháp và Thanh rất căng thẳng, nhưng cả đôi bên đều muốn dùng con đường thương thuyết để tránh một cuộc chiến tranh lớn. Nhưng trước những yêu sách quá đáng của Pháp, triều đình Bắc Kinh không thể nào nhượng bộ được nữa, cuối cùng, cuộc chiến tranh Pháp-Thanh cũng đã nổ ra (tháng 8 năm 1884).
Sau trận Bắc Lệ, Trung tướng Millot bị triệu hồi, Thiếu tướng Brière de l'Isle lên thay thế, để tiếp tục công việc đánh dẹp và bình định Bắc Kỳ.
Các hòa ước.
Nhâm Tuất, 1862.
Hòa ước Nhâm Tuất được ký ngày 5 tháng 6 năm 1862 tại Sài Gòn giữa đại diện triều Nguyễn (thời vua Tự Đức) là chính sứ Phan Thanh Giản và phó sứ Lâm Duy Hiệp (hay Thiếp) với đại diện của Pháp là thiếu tướng Bonard và đại diện của Tây Ban Nha là đại tá Don Carlos Palanca Guttiere.
Theo G. Taboulet thì tàu "Forbin" đưa sứ bộ rời Huế vào ngày 28 tháng 5 năm 1862, đến Sài Gòn vào ngày 3 tháng 6 năm 1862, qua ngày 5 tháng 6 năm 1862 (9 tháng 5 âm lịch năm Nhâm Tuất) thì hai bên ký bản hòa ước trên tàu chiến Duy-pe-rơ của Pháp đậu ở bến Sài Gòn. Ký hòa ước xong, triều đình sai ông Phan Thanh Giản làm tổng đốc Vĩnh Long, ông Lâm Duy Hiệp làm tuần phủ Khánh Thuận, để giao thiệp với các quan nước Pháp ở Gia Định. Tháng 2 năm Quý Hợi (1863), thiếu tướng Bonard và đại tá Palanca ra Huế gặp vua Tự Đức để công nhận sự giảng hòa của ba nước. Xong rồi thiếu tướng Bonard về Pháp nghỉ, Hải quân thiếu tướng De la Grandière sang thay.
Sử gia Phạm Văn Sơn cho rằng:
Giáp Tuất, 1874.
Sau khi ký Hoà ước Nhâm Tuất 1862, Pháp chiếm đóng và cai trị 3 tỉnh miền Đông Nam Kỳ và quyết định xâm chiếm và lấy nốt 3 tỉnh miền Tây còn lại của Nam Kỳ, đến năm 1867 họ đã lấy nốt thành công 3 tỉnh còn lại sau khi Kinh lược sứ Phan Thanh Giản biết không chống đỡ nổi đã quyết định giao các thành cho Pháp. Sau khi củng cố Nam Kỳ, nhân sự rối ren ở Bắc Kỳ, Pháp đã quyết định từng bước tiến ra với mục đích chiếm lấy Bắc Kỳ. Để mục đích được thuận lợi, Pháp ra những yêu sách rất ngang ngược với triều đình Huế về các quyền lợi ở Bắc Kỳ rồi đưa quân ra và chiếm lần lượt các thành Hà Nội, Nam Định, Ninh Bình, Hải Dương. Tình hình diễn ra ở Bắc Kỳ cũng như sự chiếm đóng các tỉnh Tây Nam Kỳ dẫn tới vi phạm vào bản Hòa ước Nhâm Tuất 1862 mà hai bên đã ký, và dẫn tới việc Pháp thay thế hiệp ước mới bằng bản Hoà ước Giáp Tuất 1874 có lợi hơn cho Pháp.
Đây là bản hiệp định thứ hai giữa triều Nguyễn và Pháp, được ký vào ngày 15 tháng 3 năm 1874 với đại diện của triều Nguyễn là Lê Tuấn - Chính sứ toàn quyền đại thần, Nguyễn Văn Tường - Phó sứ toàn quyền đại thần và đại diện của Pháp là Dupré - Toàn quyền đại thần, Thống đốc Nam Kỳ. Hoà ước gồm có 22 điều khoản với nội dung chính là thay thế bản Hòa ước Nhâm Tuất 1862, công nhận chủ quyền vĩnh viễn của Pháp ở Nam Kỳ, lệ thuộc về chủ quyền ngoại giao, mở cửa cho Pháp tự do buôn bán tại các cảng biển và trên sông Hồng cùng tự do truyền đạo.
Quý Mùi, 1883.
Đầu thập niên 1880, tình hình ở Bắc Kỳ càng rắc rối khi Pháp chủ trương xâm lăng và tìm cách gây hấn. Năm 1882 thủ phủ Hà Nội thất thủ; Pháp chiếm toàn miền trung châu Bắc Kỳ. Các tỉnh Vân Nam, Quảng Đông, Quảng Tây của Trung Quốc được đặt vào tình trạng báo động. Một mặt nhà Thanh cho tăng cường việc phòng bị biên ải. Mặt khác quân Thanh vượt biên giới vào Bắc Kỳ khi triều đình Huế gửi thư cầu viện. Dưới danh nghĩa giúp nhà Nguyễn, quân Tàu mở đầu cuộc Chiến tranh Pháp-Thanh. Trong khi đó quân Việt tại các tỉnh Bắc Kỳ phối hợp với quân Thanh cùng đánh Pháp.
Cũng vào thời gian này, vua Tự Đức băng hà ngày 19 Tháng Bảy, 1883 lại không có con nối ngôi. Việc triều đình rối ren, các quan phụ chính thì tranh nhau quyền lợi khiến vua Dục Đức ở ngôi chỉ 3 ngày (20 - 23 tháng Bảy) rồi vua Hiệp Hoà ở ngôi bốn tháng (30 tháng 7 - 30 tháng 11) tiếp theo nhau bị phế. Lợi dụng tình thế, ngày 20 tháng 8 năm 1883, quân Pháp tấn công và chiếm lấy cửa Thuận An, khống chế cửa ngõ thủy lộ chính lên kinh đô Huế. Trong hoàn cảnh nguy ngập bị Pháp uy hiếp sát kinh thành, triều đình cử Nguyễn Trọng Hợp - Thượng thư bộ lại ra Thuận An để điều đình với Pháp. Tổng ủy Jules Harmand ra tối hậu thư với nhiều yêu sách ngang ngược và khắc nghiệt. Tổng cộng có 27 điều khoản; Harmand gia hạn cho triều đình Huế phải trả lời trong 24 giờ đồng hồ, nếu không sẽ khai hỏa đánh lên kinh thành. Thư của Harmand đe dọa: "Đế quốc An Nam, hoàng triều, cùng các vương công, đại thần sẽ tự tuyên án tử hình cho chính mình. Cái tên Đại Nam sẽ bị xóa khỏi lịch sử..." nếu vua quan nhà Nguyễn không chấp nhận toàn phần những điều kiện nêu ra. Lúc này, triều đình Huế đang ở thế thua, không làm được gì hơn ngoài việc phải ký chấp nhận 27 điều khoản do Pháp đưa ra.
Hoà ước Harmand được hai bên ký kết ngày 23 Tháng Bảy âm lịch triều Hiệp Hòa, tức ngày 25 tháng 8 năm 1883.
Giáp Thân, 1884.
Sau khi ký Hoà ước Quý Mùi 1883, trong nội bộ triều đình Huế tiếp tục lục đục, các vị vua Hiệp Hòa, Kiến Phúc, Hàm Nghi kế tiếp nhau lên ngôi trong thời gian ngắn. Lúc này, ở Bắc Kỳ quân Pháp đang đánh nhau với quân nhà Thanh và đã đuổi được phần lớn quân Thanh về Trung Quốc, tuy nhiên tại một số tỉnh quân Thanh vẫn còn có mặt và đe doạ sự có mặt của người Pháp ở Bắc Kỳ. Chính phủ Pháp đã sai Fournier sang Thiên Tân ký với Lý Hồng Chương bản sơ bộ về Hoà ước Thiên Tân 1884, trong nội dung bản hoà ước sơ bộ giữa Pháp và nhà Thanh năm 1884, đã có điều khoản nhà Thanh công nhận quyền bảo hộ của Pháp ở Đại Nam. Dựa vào bản sơ bộ này, mà sau này là bản chính thức Hòa ước Thiên Tân 1885, Chính phủ Pháp đã sai Patenôtre-Đại diện Cộng hoà Pháp đến Huế sửa lại Hòa ước Quý Mùi 1883 trước đó giữa Pháp và nhà Nguyễn.
Ngày 6 tháng 6 năm 1884, hòa ước Patenôtre được ký kết tại kinh đô Huế gồm có 19 điều khoản. Đại diện các phía nhà Nguyễn là Phạm Thận Duật - Toàn quyền đại thần, Tôn Thất Phan - Phó Toàn quyền đại thần, Nguyễn Văn Tường - Phụ chính đại thần và phía Pháp là Jules Patenôtre - Sứ thần Cộng hoà Pháp.
Hậu quả.
Tuy một số quan lại, tướng lĩnh nhà Nguyễn cùng một số sĩ phu yêu nước còn nổi dậy chống lại người Pháp, nhưng đến cuối thế kỷ 19, các lực lượng này cơ bản đã bị trấn áp. Cuộc chiến chống Pháp xâm lược của người Việt hoàn toàn thất bại. Nước Đại Nam sau gần 460 năm giành lại độc lập (tính từ khi khởi nghĩa Lam Sơn đánh đuổi quân Minh thành công) lại bị mất nước, rơi vào tay nước ngoài đô hộ.
Sau các Hòa ước Harmand và Patrenôtre, nhà Nguyễn chỉ còn cai quản Trung Kỳ với chế độ bảo hộ, không có quyền tự chủ về quân đội, tài chính, ngoại giao. Vua nhà Nguyễn chỉ lo việc cúng tế, khi nhóm họp các quan thì phải dưới quyền chỉ huy của Khâm sứ người Pháp không mang triều phục.
Về hình thức, bộ máy triều đình Huế không thay đổi (vẫn có vua, Cơ mật viện, các Thượng thư...) nhưng về bản chất đã hoàn toàn thay đổi. Tuy không bị người Pháp xóa sổ, nhưng đây chỉ còn là triều đình bù nhìn, trên thực tế không có quyền hành, chỉ là những viên chức phục vụ theo chính sách của Pháp. Thỉnh thoảng họ được mở hội nghị Cơ mật viện hoặc Hội đồng thượng thư do Khâm sứ Trung kỳ chủ tọa làm tư vấn lấy lệ. Do không có quân đội, Bộ Binh trong triều đình Huế cũng bị bãi bỏ.
Người Pháp mở rộng lãnh thổ thuộc địa tại bán đảo Đông Dương sau khi đã xâm chiếm Campuchia (1863). Sau khi chiếm Đại Nam không lâu, Pháp chính thức thôn tính Lào (1893), áp đặt sự thống trị trên toàn bộ Đông Dương.
Nguyên nhân nhà Nguyễn thất bại.
Có những phân tích khác nhau về nguyên nhân Việt Nam mất vào tay người Pháp nói chung và trách nhiệm của các vua nhà Nguyễn nói riêng.
Sự trì trệ của đất nước và việc nhà Nguyễn mất lòng dân.
Trong "Việt Sử tân biên", Phạm Văn Sơn cho rằng Việt Nam mất vào tay thực dân Pháp là một tất yếu lịch sử, hoặc ít ra cũng do trình độ dân trí Việt Nam khi đó quá thấp kém so với người Pháp. Do nhà Nguyễn không thực hiện cải cách nên Việt Nam thời đó vẫn là nước nông nghiệp phong kiến trình độ lạc hậu, kém xa các nước phương Tây đã thực hiện công nghiệp hóa.
Tuy nhiên, Nguyễn Phan Quang cho rằng triều Nguyễn thua Pháp không phải là tất yếu mà do lúng túng về đường lối chính trị được thể hiện qua mặt quân sự và vấn đề tôn giáo và các mâu thuẫn nội bộ. Việc ngăn cấm Công giáo đồng nghĩa với việc ngăn chặn phương Tây có mặt tại Việt Nam đã gây phá vỡ khối đại đoàn kết dân tộc và là lý do khiến phương Tây nổ súng xâm lược. Suốt hơn 20 năm kể từ khi ký Hiệp ước Nhâm Tuất (1862), triều Nguyễn đã không thể giải quyết mâu thuẫn giữa cải cách mới có thể chống Pháp thành công và muốn chống Pháp thành công thì phải cải cách nên đã để mất dần lãnh thổ.
Vấn đề thuế khóa cao, lao dịch nặng và đời sống khó khăn của người dân cũng khiến nhà Nguyễn mất lòng dân. Thời kỳ hai triều vua đầu tiên là Gia Long và Minh Mạng, đất nước mới ra khỏi chiến tranh nên lẽ ra cần giảm thuế, miễn lao dịch để sức dân được khôi phục. Nhưng Gia Long lại đánh thuế quá nặng và bắt dân chúng lao dịch quá nhiều, thuế khóa và lao dịch tăng lên gấp ba so với nhà Tây Sơn, đồng thời huy động hàng vạn dân phu để xây các công trình lớn như thành Phú Xuân và đào kênh Vĩnh Tế. Đến thời Minh Mạng thì lại phung phí ngân khố và nhân lực vào những chiến dịch quân sự lớn ở Chân Lạp. Gánh nặng thuế khóa, lao dịch và chiến tranh đổ lên người dân khiến số cuộc nổi dậy của người dân vào thời kỳ đó nhiều hơn hẳn các triều đại trước.
Theo Phan Huy Lê thì nguyên nhân mất nước của nhà Nguyễn là rất đa dạng, từ tư duy bảo thủ của vua quan, khoa học kỹ thuật lạc hậu cho tới việc nhà Nguyễn không được lòng dân, tất cả cùng tạo nên kết cục thất bại:
Giáo sư Nguyễn Phan Quang có ý kiến như sau:
Gia Long lên ngôi là nhờ chiến thắng sau cuộc nội chiến với nhà Tây Sơn chứ không phải bằng một chiến thắng chống giặc ngoại xâm lẫy lừng như các vương triều trước. Sự lên ngôi không đủ chính danh là một trở lực không nhỏ trong việc cai trị. Ở Bắc Hà, nhiều sĩ phu, quan lại vẫn xem nhà Lê là chính thống, coi nhà Nguyễn là kẻ cướp ngôi. Tư tưởng “phò Lê” đã được dùng để kích thích các cuộc nổi dậy chống lại triều đình nhà Nguyễn ở miền bắc Việt Nam mãi tới mấy chục năm sau, như lời nhận xét của một người nước ngoài: "“Cách xử sự của nhà vua mới (vua Gia Long) đối với triều đại nhà Lê đã bị truất ngôi mà ông ta hứa phục hồi làm cho người Đàng Ngoài ghét bỏ ông ta. Thuế má nặng nề và sự nhũng nhiễu của quan lại càng làm tăng thêm sự bất bình đến cực độ; do đó đã hình thành nên nhiều phe phái đứng đầu là những hậu duệ của các triều đại cũ đã từng trị vì xứ Đàng Ngoài trước đây”" Năm 1821, trong dịp tuần thú Bắc Hà, vua Minh Mạng ban chiếu kêu gọi các sĩ phu ra giúp triều đình, trông ngóng mãi mà không có ai, lại ra thêm chỉ dụ mời gọi cũng chỉ có vài người đến yết kiến. Nhà vua phải than rằng: "“Trẫm nghe nói trong một ấp mười nhà tất có người trung tín. Huống chi bấy nhiêu địa hạt, đất rộng người đông, vốn có tiếng là văn học. Năm trước từng xuống chiếu tìm người tài giỏi giúp việc, đến nay chưa thấy ai hưởng ứng... Nay trẫm dừng chân ở Bắc Thành đã hàng tháng mà vẫn yên lặng không nghe gì…”"
Ở phía Nam thì nhiều người lại nhớ về nhà Tây Sơn. Hành động trả thù nhà Tây Sơn một cách thái quá của Nguyễn Ánh đã tạo ra những ấn tượng xấu, khiến lòng dân bị ảnh hưởng, nhất là ở những nơi mà người dân còn dành nhiều tình cảm cho nhà Tây Sơn như Bình Định. Nhiều cuộc khởi nghĩa do các cựu tướng lĩnh của triều Tây Sơn lãnh đạo đã nổ ra, đe dọa nghiêm trọng đến sự ổn định của đất nước.
Giáo sư Trần Văn Giàu đã tổng kết sự lạc hậu, trì trệ trong cách cai trị của nhà Nguyễn như sau:
Việc Gia Long từng cầu viện Pháp.
Một nguyên nhân khác mà các nhà sử học Việt Nam Dân chủ Cộng hòa (1945–1975) quy trách nhiệm cho các vua Nguyễn đối với việc mất nước, đó là việc Nguyễn Ánh đã "cõng rắn cắn gà nhà" và Tự Đức đã "bán rẻ đất nước" cho thực dân.
Trong bài "“Nên học sử ta”", Nguyễn Ái Quốc phê phán hành động cầu viện Pháp của Nguyễn Ánh trước đó 50 năm (ký Hiệp ước Versailles (1787) cắt đất cho Pháp, gửi con trai sang Pháp làm con tin để nhờ quân Pháp sang đánh nhà Tây Sơn) đã gián tiếp gây tai họa cho đất nước: 
Về phía Pháp, sử gia Pháp cuối thế kỷ 19 là Gosselin cho rằng:
Giáo sư Trần Văn Giàu đã tổng kết: Nhà Nguyễn lập nên bằng cầu viện quân sự nước ngoài, nên tính chính thống và uy tín kém hẳn so với các triều đại khác. Vì lợi ích cá nhân, lợi ích gia tộc, Gia Long đã phạm tội "“cõng rắn cắn gà nhà, rước voi về giày mả tổ”". Gia Long ban đầu cầu viện Xiêm, được Xiêm giúp cho 3 vạn quân (có sách nói là 6 vạn), nhưng bị Tây Sơn đánh bại. Gia Long lại quay sang cầu viện Pháp, cam kết cắt đất Đà Nẵng và Côn Lôn để Pháp đồng ý cho quân sang đánh Tây Sơn, đó chính là Hiệp ước Versailles (1787). Cầu viện Pháp bằng Hiệp ước Versailles đã tạo thành một “nghiệp chướng” cho triều đình Nguyễn.
Do nhiều yếu tố, đặc biệt là cuộc Cách mạng Pháp năm 1789 lật đổ Hoàng gia, nên nước Pháp đã không thi hành Hiệp ước Versailles 1787. Tuy nhiên, Hiệp ước Versailles do giám mục Bá Đa Lộc cầu viện Pháp mà có vẫn trở thành một di họa đối với Việt Nam. Về sau, Pháp đã dựa vào hiệp ước này để làm cớ yêu cầu nhà Nguyễn cắt đất, và sau đó xâm lược Việt Nam vào năm 1858. Sau này tác giả Faure chép truyện Bá Đa Lộc, có nuối tiếc rằng nếu Hiệp ước thành sự thực thì Pháp có thể chiếm Việt Nam sớm hơn mấy chục năm:
Nhà Nguyễn không có chiến lược kháng chiến hợp lý.
Nếu phân tích kỹ thì đúng là quân Pháp có trang bị vũ khí vượt trội so với quân nhà Nguyễn, nhưng sự vượt trội này không phải là quá lớn, và có những khó khăn mà quân Pháp thời đó không giải quyết được:
Nhìn chung, quân Pháp có ưu thế về trang bị nhưng lại có nhược điểm về quân số, thời tiết và địa hình. Kết quả chiến đấu thực tế cho thấy quân Việt Nam hoàn toàn có thể đánh bại Pháp nếu dùng chiến thuật hợp lý (tập kích ban đêm, phục kích, đặt bẫy...). Tuy không có trận nào thắng to, nhưng quân Pháp vốn không đông, nên nhiều trận thắng nhỏ gộp lại cũng đủ làm quân Pháp tổn thất nặng. Nếu vua quan nhà Nguyễn biết hiệu triệu nhân dân, chi viện cho các nhóm nghĩa quân địa phương kiên trì kháng chiến, trường kỳ tiêu hao sinh lực địch thì quân Pháp sẽ phải thấy khó mà rút về nước, và Việt Nam đã không mất nước. Tuy vậy, vua quan nhà Nguyễn không biết hiệu triệu nhân dân, áp dụng chiến lược hợp lý và kiên trì kháng chiến; cũng không hề biết tận dụng lợi thế về nhân lực và vật lực do chiến tranh diễn ra trên lãnh thổ Việt Nam. So ra thì trong Chiến tranh Đông Dương (1945–1954), Pháp còn có ưu thế trang bị lớn hơn nhiều, nhưng lần này thì Việt Nam lại thắng chứ không bại (nhờ áp dụng chiến lược hợp lý).
Sự suy thoái của quân đội nhà Nguyễn.
Năm 1822, Đại sứ Anh John Crawfurd sang thăm Việt Nam đã có ghi chép về quân đội nhà Nguyễn thời Minh Mạng. Họ được trang bị súng hỏa mai, lưỡi lê hoặc giáo. Súng được bảo quản tốt, quân lính có kỷ luật và diễn tập theo chiến thuật châu Âu. Tuy nhiên, Crawfurd cho rằng lính nhà Nguyễn không có đủ can đảm. Sự cưỡng bức phục vụ quân đội gây ra nhiều hệ lụy, tinh thần và kỹ năng của quân lính kém cỏi. Ông đánh giá rằng quân Nguyễn chỉ đe dọa được các nước nhỏ kế bên, họ không có cơ hội nào để chống lại một quân đội châu Âu đầu thế kỷ 19. Thậm chí, Crawfurd tin rằng, ở châu Á, Việt Nam là quốc gia dễ bị chinh phục bởi châu Âu nhất. Hai vùng Bắc Thành và Gia Định Thành nằm cách xa, hay có nổi loạn. Các đồn binh và kho vũ khí, kể cả kinh đô, đều nằm sát bờ biển, rất dễ bị tập kích. Miền Trung phụ thuộc vào các nguồn cung và lương thực từ miền Bắc và miền Nam theo tuyến đường biển vốn dễ bị hải quân đối phương cắt đứt. Crawfurd cho rằng, đối với thời Minh Mạng, chỉ cần một lực lượng quân châu Âu với 5.000 người, và một đội tàu chiến cỡ nhỏ cũng đủ sức chinh phục nước này. Crawfurd đã dự đoán viễn cảnh mà nước Việt Nam bị cai trị bởi châu Âu, nhất là người Pháp (điều này 60 năm sau đã trở thành sự thật)
Sau thời Minh Mạng, quân đội nhà Nguyễn càng ngày càng lạc hậu do các vị vua sau này không quan tâm mấy đến việc võ bị. Dưới thời Tự Đức, công tác quốc phòng của nhà Nguyễn có sự tương phản rõ rệt với các triều trước. Một trong các lý do khiến tình hình quân đội suy sút là vấn đề tài chính. Thời kỳ Gia Long và Minh Mạng, các cuộc chiến với Xiêm và các cuộc nổi dậy trong nước đã dần khiến ngân khố cạn kiệt, nên sang thời Tự Đức, vũ khí và trang thiết bị mới gần như không có. Về thủy binh, không tàu hơi nước nào được đóng mới, thủy quân thậm chí không đủ khả năng bảo vệ bờ biển chống hải tặc. Việc giảng dạy binh pháp không chú trọng tới sách vở phương Tây nữa mà quay trở lại với "Binh thư yếu lược" của Trần Hưng Đạo. Đời sống quân lính không được quan tâm thoả đáng, lương thực lại bị ăn bớt. Do đó tinh thần chiến đấu của quân sĩ không cao.
Nhà sử học Trần Trọng Kim đã nhận xét về việc võ bị thời Tự Đức:
Việc không bắt kịp với thành tựu mới của khoa học phương Tây thời Tự Đức khiến quân sự Việt Nam bị lạc hậu nhiều so với phương Tây. Do đó, khi bị người Pháp đánh năm 1858, khoảng cách về trang thiết bị giữa quân nhà Nguyễn và quân Pháp đã khá xa.
Đến thập niên 1860, quân đội nhà Nguyễn đã rất suy thoái. Năm 1873, quân Pháp kéo ra Bắc Bộ, chỉ với vài trăm lính đã đánh tan tác quân Nguyễn, chiếm được nhiều vùng. Tiêu biểu như trận thành Ninh Bình, chỉ 8 lính Pháp cũng đã chiếm được tòa thành do 1700 lính Nguyễn phòng thủ mà không chịu thuơng vong nào (vì quân Nguyễn đã bỏ chạy hết sau khi nghe tiếng đạn pháo, không ai dám bắn trả). 
Không chống nổi quân Pháp, ngay cả các nhóm thổ phỉ như quân Cờ đen mà quân chính quy nhà Nguyễn cũng không thể đánh dẹp được, để nhóm này cướp phá khắp nhiều tỉnh Bắc bộ. Cuối cùng nhà Nguyễn phải quay sang trả tiền để thuê nhóm này giúp chống Pháp. Một võ tướng bấy giờ là Ông Ích Khiêm không đồng tình khi triều đình Huế thuê quân Cờ Đen chống chọi với Pháp. Ông cũng chê trách các võ quan Việt bất tài, khi có biến thì phải nhờ vào người Tàu để đánh giặc. Ông có làm bài thơ chê trách sự xa xỉ, hèn nhát của các quan trong triều:
Thái độ của vua quan nhà Nguyễn.
Sự lạc hậu của nước Việt thời nhà Nguyễn là một nguyên nhân mất nước vào tay Pháp. Tuy nhiên, nguyên nhân này không phải là duy nhất, một nguyên nhân khác được phân tích tỉ mỉ là thái độ bạc nhược của vua quan nhà Nguyễn thời Tự Đức khi cho rằng đem quân đội đánh Pháp thì không có cơ hội thắng. Nhưng mặt khác họ lại chủ quan, cho rằng nước Pháp ở xa quá nên không thể chiếm trọn nước Việt, họ nghĩ rằng chỉ cần cắt đất một số nơi để Pháp lập hải cảng và truyền đạo, bồi thường chiến phí cho Pháp thì họ sẽ rút quân. Thế là chính sách của nhà Nguyễn đi vào sự khiếp nhược: chỉ lo cắt đất cầu hòa với Pháp, khi có thời cơ cũng không dám chủ động tiến công địch. Quân dân một số nơi tự tổ chức kháng chiến, thu được thắng lợi ban đầu nhưng triều đình lại mặc kệ, không chi viện cũng không khen thưởng, nên sau đó cũng dần thất bại. Tiêu biểu như một số sự kiện:
Tại Khiêm Lăng có tấm bia ở Bi đình nặng trên 20 tấn do Tự Đức tự dựng cho mình. Trong văn bia này Tự Đức tự trách mình về việc để mất nước vì thiếu sáng suốt mà mong yên ổn, không lo phòng bị từ phía biển Đông. Ông bất đắc dĩ phải đánh dẹp, nhưng càng đánh dẹp càng loạn. Những quan đại thần được sai đi bàn định điều ước lại ""không hiểu vì lý do gì lại dễ dàng lập thành hòa nghị. Bỗng chốc đem cả nhân dân cùng đất đai của các triều nhọc nhằn gây dựng cho giặc hết...". Tự Đức nhận trách nhiệm "không sáng suốt trong việc biết người, ấy là của ta; dùng người không đúng chỗ, cũng là tội của ta; hàng trăm việc không làm được; đều là tội của ta cả...". Ông "nuốt nước mắt, đành chịu tội với tôn miếu và nhân dân". Ông nói rằng "Ta thực sự một mai chết đi thì tự thẹn trí khôn không bằng con cáo"".
Nhà sử học Phạm Văn Sơn nhận xét:
Về phía Pháp, sử gia Gosselin nói rằng các hoàng đế An Nam phải chịu trách nhiệm về sự đổ vỡ và xuống dốc của đất nước họ. Dân xứ này, quan lại, binh lính xứng đáng có được những vị vua có giá trị, có khí phách hơn thế. Chính quyền nhà Nguyễn đã mù quáng vì không dự liệu, không chuẩn bị gì để chống trả cuộc xâm chiếm của Pháp.
Trong bài thơ Lịch sử nước ta, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã phê phán: