vgaraujov/thesis-chile huggingface dataset:
Lipopolisacárido afecta el transporte mucociliar alterando el mecanismo de liberación de ATP que regula la actividad ciliar en las vías respiratorias de ratón

En el epitelio mucociliado, la eficiencia del transporte mucociliar (TMC) es determinada por la frecuencia de batido ciliar (FBC) y la actividad coordinada del movimiento de los cilios. Señales químicas producidas localmente por el epitelio como el adenosin trifosfato (ATP), pueden modificar la actividad ciliar del epitelio respiratorio, por su interacción con los receptores purinergicos P2Y. Lipopolisacarido (LPS) un componente de la pared bacteriana, un conocido agente inflamatorio, cuyos efectos están mediados por el receptor TLR4, sin embargo hay poca evidencia sobre los efectos de LPS sobre la actividad ciliar y los mecanismos de liberación de ATP en epitelio respiratorio. Para estudiar el efecto de LPS en la actividad ciliar y las vías de señalización involucradas, utilizamos cultivos primarios de epitelio ciliado de tráquea de ratón. La FBC fue determinada mediante videomicroscopia y el ATP extracelular fue medido mediante el ensayo de luceferin luciferasa, en condiciones control y en presencia de fármacos antagonistas e inhibidores de las distintas vías de señalización. También determinamos la velocidad de transporte mucociliar por el movimiento de las microesferas sobre el epitelio de la tráquea.En este estudio, determinamos que LPS incrementa la FBC y la velocidad de transporte de las microesferas. El incremento en la FBC está asociado a un incremento en ATP extracelular. El incremento de la FBC fue bloqueado mediante el uso de apirasa, enzima que hidroliza el ATP extracelular. La participación de la vía de señalización TLR fue evaluado en el efecto de LPS sobre la FBC. Mediante PCR e inmunofluorescencia detectamos la expresion del receptor TLR4 en los cultivos primarios. Antagonistas de NF-κB no lograron bloquear el incremento de la FBC inducido por LPS, sugiriendo que la activación de este factor de transcripción no participa en el incremento de la FBC.Usando antagonistas de receptores purinergicos P2X7 (P2X7R) y Panexina 1 (Panx1), determinamos que ambos participan en el mecanismo de liberación de ATP inducido por LPS. Adicionalmente, establecimos mediante el ensayo de captación de colorante, que LPS induce apertura de Panx1. Un quelante de Ca2+, BAPTA-AM bloquea el incremento en la FBC y la liberación de ATP inducido por LPS. Antagonistas específicos de la vía de señalización P2Y, bloquean el incremento en la FBC inducido por LPS. Estos resultados sugieren que LPS induce liberación de ATP al extracelular por un mecanismo que involucra la participación de Panx1 y P2X7R y luego este ATP activa la vía de señalización mediada por la vía de señalización P2Y. En conclusión, nuestros resultados demuestran que LPS es una señal química que participa en la regulación de la actividad del batido ciliar, aumentando la FBC y la velocidad del transporte mucociliar en células ciliadas de tráquea de ratón. Estos resultados dan evidencias del mecanismo por el cual factores ambientales pueden inducir una respuesta fisiológica funcional que afecta el clearance mucociliar.
Biogeografía histórica reciente de los vertebrados del "Hotspot" de Chile mediterráneo: dinámicas de distribución y nicho climático de linajes intraespecíficos, desde el último máximo glacial hasta el presente

Biodiversity losses under the species level (i.e. cryptic diversity) may have been severely undersestimated in future global climate change scenarios. Therefore, it’s important to characterize diversity units at this level, and also understand its ecological responses to climatic forcings. We have chosen an endemic rodent from a highly endangered area as a model to look for cryptic distributional responses below the species level: Phyllotis darwini in the central Chile biodiversity hotspot. This area harbors a high amount of endemic species, and it’s known to have experienced vegetational displacements between two mountain systems during and after the Last Glacial Maximum. We’ve implemented an approach which integrates phylogeographic information into species distribution models. Our major findings are that the species is compossed of two major phylogroups: one of them has a broad distribution mainly accros valley but also in mountain ranges, meanwhile the other displays a disjunct distribution across both mountain ranges and always above a 1500 m altitude limit. Lineage distribution model under LGM climatic conditions sugget that both lineages were codistributed in the southern portion of P. darwini’s current geographic range, and mainly at the valley and coast. We’ve concluded that present distribution of lineages in P. darwini is the consequence of this cryptic distributional response to climate change after LGM, with a postglacial colonization with strict altitudinal segregation of both phylogroups.
Evaluating the role of light and of a circadian clock in the virulence of the necrotrophic fungus Botrytis cinerea

Disease establishment and progression depends on many variable factors, being environmental signals key elements that regulate development and behavior. Recently, it has been suggested that the susceptibility of the host and the virulent potential of the hostile organism seem to differ with light-dark cycles occurring within a 24-hour day, which suggests that the outcome of the plant-pathogen interaction might be controlled by light and by an endogenous timekeeping mechanism. Circadian clocks allow organisms to anticipate predictable daily changes and a few reports in plants exemplify anticipatory mechanisms, as for example defense responses by the time when the pathogen attack is most likely to happen. Nevertheless, this concept has never been evaluated in pathogens, like fungi.Surprisingly, the only fungus in which a circadian clock has been molecularly characterized is the non-pathogenic ascomycete Neurospora crassa, while on the other hand, molecular mechanisms linking light sensing and virulence have never been evaluated in necrotrophic fungi. Therefore, we have studied the role of light and circadian regulation in the necrotrophic fungus Botrytis cinerea, which ranks as the second most important phytopathogen according to its economic and scientific importance. In this thesis, I report how light modulates phenotypical responses and how activates changes in gene expression in B. cinerea. By generating a knockout strain for the putative blue light photoreceptor and transcription factor BcWCL1 we have shown that it mediates some, but not all light responses. Also, this mutant is more sensitive to oxidative stress in a light dosis-dependent manner. Using Arabidopsis thaliana as a host plant, we show an altered infection process for the Δbcwcl1 strain when light is present.In addition, we have characterized a functional circadian clock in B. cinerea, demonstrating that the BcFRQ1 protein and a transcriptional complex formed by BcWCL1 and BcWCL2 are part of the circuitry of an oscillator. By generating a Δfrq1 strain, we unveiled that this protein not only serves an important circadian role, but that it also has additional functions, impacting sexual/asexual developmental decisions. Taking advantage of the clock mutants that we generated and of available plant arrhythmic ecotypes, we provide compelling evidence that the outcome of the plant- fungal pathogen interaction varies with the time of day, in a manner that is largely dependent on the fungal clock. To our knowledge, these results provide the first evidence of a functional light and circadian machinery in a pathogenic fungus, confirming that components of the circadian clock (including the putative photoreceptor BcWCL1) modulate the plant-pathogen interaction from a fungal perspective. Finally, this work open up the basis for environmental and natural ways to control this major and worldwide necrotrophic fungal plant pathogen.
Identificación y caracterización de genes de proteínas con repeticiones de pentatricopéptidos (PPR) necesarias para la edición de transcritos mitocondriales en Arabidopsis thaliana

La edición de RNA es un tipo de procesamieto post-transcripcional que altera la identidad de nucleótidos en las moléculas de RNA. En organelos de plantas con flores, la edición de RNA cambia citosinas a uracilos. Más de 400 sitios en mitocondrias de angiospermas son individualmente identificados por proteínas altamente específicas, pero ninguno de estos factores están codificados en el genoma mitocondrial. Todos estos factores de reconocimiento pertenecen a la familia de proteínas con repeticiones de pentatricopéptido (PPR). El principal objetivo de este trabajo es identificar nuevos Factores de Edición Mitocondrial (MEFs). Para lograr este objetivo, se utilizaron los siguientes criterios: (i) Disponibilidad de secuencias de ESTs o cDNAs de genes PPR en bases de datos, (ii) destinación mitocondrial predicha por distintos algoritmos, (iii) proteínas PPR pertenecientes a la subfamilia PLS con motivos E, E+ o DYW, y (iv) reducida identidad de secuencia con otras proteínas PPR de Arabidopsis. Utilizando estos criterios, cinco genes PPR candidatos fueron seleccionados. Tres de nuestros candidatos, en experimentos de localización subcelular muestran localización en mitocondrias. Plantas mutantes homocigotas en cada uno de los genes candidatos fueron analizadas con la aproximación de SNaPshot. Esta metodología permite evaluar masivamente los niveles de edición en organelos de Arabidopsis, encontrando alteraciones en la edición de diversos transcritos mitocondriales en tres líneas mutantes analizadas. Desde ese momento las proteínas codificados por los genes candidatos fueron nombradas MEF25, MEF26 y MEF31. MEF25 participa en la edición de un sitio en el transcrito nad1. MEF26 es necesaria para la edición completa del sitio cox3-311 y de la edición parcial del sitio nad4-166. MEF31 facilita la edición de un sitio en el transcrito orfX.Los defectos en la edición en las mutantes mef25, mef26 and mef31 fueron confirmados por secuenciación de productos de RT-PCR, análisis de una segunda línea mutante o ensayos de complementación. La edición de los sitios diana de estos factores MEF genera un cambio en la naturaleza del aminoácido que finalmente estará presente en la proteína funcional. Sin embargo, el fenotipo de las plantas mutantes mef25, mef26 and mef31 es indistinguibles de las plantas silvestres, sugiriendo que la edición de sus sitios diana no es esencial al menos bajo condiciones estándar de crecimiento. Por otra parte, recientemente ha sido propuesto un código para el reconocimiento del RNA mediado por las proteínas PPR. Usando este código, los dianas predichos para los factores MEF25, MEF26 y MEF31 son coincidentes con los dianas experimentales identificados en este estudio.
Encender la noche : una experiencia escénica de inclusión desde la oscuridad

El presente documento constituye una memoria de obra que consigna el trabajo de investigación teórico-práctico realizado en el marco del Magíster en Artes de la Universidad Católica de Chile, entre los años 2013 y 2014. La investigación se desarrolla sobre la base del desarrollo de una experiencia escénica de carácter inclusivo, en la que la acción pueda ser percibida por todos, cuestionando el diálogo con el espacio de representación a través de la desjerarquización de los sentidos y enfocado hacia un público de espectadores que ven, ciegos y con visión reducida. La problematización del espacio escénico en torno al concepto de oscuridad eje sobre el que se trabajará la condición de ceguera a través del texto narrativo Ray Bradbury, "Encender la noche", se presentará vinculada a los planteamientos teóricos de Le Bretón, Fisher Lichte, Dubatti, Féral y Lehmann, fundamentalmente.
Mito, ideas y agencia en la modernización de la guitarra de Andrés Segovia

En esta tesis busco desmitificar la modernización de la guitarra realizada por Andrés Segovia, así como deconstruir los esencialismos con los que normalmente son pensados tanto su figura como el repertorio que comisionó. En el primer capítulo, analizo la posición que Segovia ocupa en la historia de la guitarra como un “mito fundacional”, examinando como se fue conformando para luego ser aceptado como oficial. En esto intervinieron su agencia, la de los criterios espacialmente la del musicólogo Adolfo Salazar y factores políticos, sociales y culturales como la Guerra Civil Española y el desarrollo de la industria discográfica. En el segundo capítulo, presento las ideas que se encuentran en la conformación del “repertorio segoviano”. Por un lado, desarrollo el gusto conservador y nacionalista de Segovia, el cual está vinculado al de la derecha española de comienzos del siglo XX. Muestro, además, la influencia que ejercitó en los compositores durante el proceso creativo. Sin embargo, la agencia de estos músicos no puede ser negada. Ejemplo de esto son la obra y acciones del brasileño Heitor Villa-Lobos, quien negoció activamente sus ideas modernistas con las contradictorias ideologías a las que se enfrentó incluida la de Segovia. En el tercer capítulo, cuestiono las ideas modernizadoras de Segovia, mostrando algunas de sus inconsistencias. Además, prolongo que la necesidad del español por posicionar la guitarra como un instrumento de concierto, es la actualización de una preocupación transversal a toda la historia de la música, estando presente en guitarristas tanto anteriores como posteriores a él.
Propuesta de reducción y mezcla de música electroacústica multicanal a formato estéreo : caso de estudio, reducción de una obra de 8 a 2 canales

Esta tesis trata de una propuesta de mezcla para reducir una obra electroacústica de 8 canales a 2, cuyo objetivo es lograr mantener y rescatar las principales características del formato multicanal. Para esto se ha realizado una investigación bibliográfica sobre localización de audio y los indicios que nos ayudan a ubicar una fuente en el espacio, también el espacio como recurso musical, los primeros antecedentes de la música electroacústica, la espacialización multicanal y su desarrollo, y finalmente, la mezcla de audio y su proceso de masterización. La cual se realiza en 3 etapas , análisis descriptivo, reducción de canales y mezcla final. Para esto se realizaron algunas pruebas en un programa multicanal, de manera de ir ordenando la propuesta.
Música, cuerpo en escena y computación afectiva : posibles interacciones y consecuencias perceptuales

Un problema que merece especial atención es el de la percepción musical del bailarín en su accionar dancístico. En este marco general, y enfocándose especialmente en la creación instantánea e interactivo de música electroacústica para situaciones escénico-corporales, el uso de la "computación afectiva" puede resultar de utilidad para observar y estudiar la emergencia de posibles consecuencias perceptuales en el cuerpo en escena. por medio de la investigación práctica se estudió de que manera este tipo de inteligencia computacional, que se relaciona con, surge de, o influencia deliberadamente al mundo de los afectos, otorga a un computador dotado de una interfaz, posibilidades expresivas para responder efectivamente, a través de la música, al cuerpo en escena. en búsqueda de la elaboración de una tipología elemental que nutriera a este sistema, se dialogó con la técnica de análisis de movimiento descrita por Rudolf Laban, de manera de catalogar los movimientos desde su expresividad, y así responder creativamente a éstos. Finalmente, se observó la aplicación de un sistema de estas características a un caso de estudio que considerara un modelo reflexivo músico-danza, y que permitiera mirar y profundizar en el ciclo percepción-atención-acción qué ocurre en el cuerpo en escena al momento de la interpretación corporal.
En la brevedad del instante: la experiencia estética en y desde el paisaje natural chileno

En esta memoria de obra que culmina mi Magíster en Artes de la Pontificia Universidad Católica de Chile, me propuse realizar un análisis de la experiencia estética en y desde el paisaje natural chileno, en la brevedad del instante, a partir de mi obra y desde mi propia experiencia intransferible, teniendo en cuenta el paisaje chileno y nuestros procesos de identificación con el mismo. Ello implico analizar y reflexionar sobre la percepción y experiencia estética que se ha desarrollado en y desde el paisaje, y el proceso creativo, tanto en Chile como en especial aquel desplegad en la teoría del arte asiático, homologado con la trayectoria de mi obra. Esta percepción y experiencia personal sienta como base el recorrido que he realizado en el espacio territorial chileno y de los circundantes latinoamericanos. Y cómo esta relación se expresa, tanto en la creación de paisajes personales, como en el trabajo de mi obra. La percepción estética en mi trabajo es elemental, ya que toda mi obra plástica anterior, así como la desarrollada en el Magíster en Artes, gira en torno al proceso de conceptualizar mi trabajo: cómo hacer ver plásticamente la importancia y el poder de la experiencia estética del paisaje chileno natural en y desde él. Aquí la percepción tiene un lugar preponderante, tomando conciencia de sí misma gracias al entorno; en este caso, dentro del paisaje, en y desde el paisaje natural.
El modelo abstracto : la invención y lo tangible en la práctica de la pintura

La presente Memoria tiene como objetivo indagar en la idea y pinturas del Modelo Abstracto por medio de la descripción y análisis de antecedentes artísticos, del proyecto de obra y las pinturas que lo conforman, así como de sus procesos de elaboración y el uso de modelos a la hora de pintar. El título Modelo y Abstracto, surge del giro que lleva a cabo el autor en su producción plástica, al problematizarla a partir de referentes visuales y preguntarse cómo lograr que nuevas imágenes surjan durante la ejecución de una obra, una que aparenta ser naturaleza muerta pero que estaría liberada de objetos reconocibles. El objetivo tras proceder así, vino de la necesidad de realizar una obra cuyo tema fuese justamente la relación entre modelos tangibles e inventados, y cómo se generarían las representaciones plásticas de éstos.
La utilización del color, el trazo y la retícula en la producción de obra

Esta Memoria da ideas de cómo establecer “reglas” para la producción de una serie de obras de arte visual a partir de la utilización de tres medios: la retícula, el trazo y el color. En mi práctica de taller tengo interés en cuestiones formales que en esta Memoria serán visualizadas dentro de un contexto. El uso del color adquiere mayor importancia contextual que la retícula y el trazo en esta investigación, en ese sentido la pragmática del color esbozada en Cromofobia (Batchelor, 2001) es significativa para este trabajo. La referencia a artistas chilenos, crea un panorama que refresca y retroalimenta mi propia práctica de estudio a la vez que refleja un interés más amplio sobre los problemas de la interacción entre color, retícula y trazo. Las obras referentes, de Paula de Solminihac (1974-) y Gerardo Pulido (1975-), establecen “reglas” que posteriormente determinan un repertorio a utilizar dentro del área productiva del arte visual.
Multi-physics model of a magneto-rheological damper and experimental validation

Esta investigación tiene por objetivo entender, mediante simulación numérica, el comportamiento de disipadores MR de alta capacidad para aplicaciones sísmicas en edificios de altura. Un ejemplo de ello corresponde al disipador a escala reducida previamente desarrollado e instalado en el edificio Parque Araucano, hasta el último gran sismo del 27 de Febrero de 2010 en Chile. Más específicamente, modelos multi-físicos de elementos finitos se usan para investigar el comportamiento magnético y de la dinámica de fluidos de disipadores MR para reducir el costo de desarrollo y experimentación de nuevos diseños. En este modelo, el campo magnético es representado por las bien conocidas ecuaciones de Maxwell, mientras que la dinámica de fluidos está controlada por las ecuaciones de Navier-Stokes.En nuestra representación simplificada, ambos campos están acoplados mediante la viscosidad del fluido magneto-reológico a usar, la cual depende de la intensidad de campo magnético. Para probar su validez, el modelo FE aquí desarrollado fue usado para predecir el comportamiento experimental del disipador MR de 15 [ton], previamente sometido a una serie de ensayos pseudo-estáticos y dinámicos. Además, el modelo numérico es usado para el diseño de un nuevo disipador MR de alta capacidad, 97 [ton], cuyos ensayos experimentales iniciales se presentan en este documento.La fabricación de este disipador involucró diversos desafíos técnicos, como el uso de bobinas externas al cilindro y el confinamiento del flujo magnético en una trayectoria predefinida. Resultados numéricos y experimentales para el disipador MR de 15 [ton] muestran muy buena concordancia, lo que estimula el uso del modelo aquí propuesto. Las diferencias entre resultados numéricos y experimentales se deben principalmente al modelo elegido para la constitutiva fuerza-velocidad, el cual desprecia la compresibilidad del fluido. Finalmente, el modelo numérico fue también usado para desarrollar análisis paramétricos y de sensibilidad para parámetros críticos de diseño de un disipador MR.
Point-spread function reconstruction at NICI adaptive optics system

Para lograr las metas científicas actuales de la astronomía, tales como el estudio de estrellas en formación, la detección de exoplanetas o el descubrimiento de gemelos del planeta Tierra, una nueva generación de telescopios extremadamente grandes está siendo desarrollada. Estos telescopios debe ser capaces de proveer imágenes en límite de difracción. Para este propósito ellos estarán equipados con sistemas de óptica adaptativa que corregirán las perturbaciones de fase causados por las turbulencias atmosféricas y que afectan la resolución angular del sistema de imágenes del telescopio. Sin embargo, la corrección entregada por el sistema de óptica adaptativa no es perfecta y técnicas de post-procesamiento de imágenes son necesarias para obtener imágenes en límite de difracción.La reconstrucción de la función de dispersión de punto es una de las técnicas desarrolladas con este propósito. Este trabajo de tesis explorará la implementación de un algoritmo específico de reconstrucción de la función de dispersión de punto basado en los datos de telemetría del sistema de óptica adaptativa colectados durante observaciones y entregará la implementación para un caso del mundo real, aplicando el algoritmo al Near-Infrared Coronographic Imager que se encuentra en operaciones en el telescopio Gemini Sur. Los resultados obtenidos muestran consistencia en la estimación del parámetro de Fried r0 y en la PSF de larga exposición para cada observación. La precisión de la estimación de la PSF de larga exposición es 95%, lo que permite imágenes en límite de difracción utilizando deconvolución.