vgaraujov/thesis-chile huggingface dataset:
Analytical and Clinical Validation for RT-qPCR Detection of SARS-CoV-2 Without RNA Extraction

Background: The recent COVID-19 pandemic has posed an unprecedented challenge to laboratory diagnosis, based on the amplification of SARS-CoV-2 RNA. With global contagion figures exceeding 4 million persons, the shortage of reagents for RNA extraction represents a bottleneck for testing globally. We present the validation results for an RT-qPCR protocol without prior RNA extraction. Due to its simplicity, this protocol is suitable for widespread application in resource-limited settings. Methods: Optimal direct protocol was selected by comparing RT-qPCR performance under a set of thermal (65, 70, and 95° for 5, 10, and 30 min) and amplification conditions (3 or 3.5 uL loading volume; 2 commercial RT-qPCR kits with a limit of detection below 10 copies/reaction) in nasopharyngeal swabs stored at 4°C in sterile Weise's buffer pH 7.2. The selected protocol was evaluated for classification concordance with a standard protocol (automated RNA extraction) in 130 routine samples and 50 historical samples with Cq values near to the clinical decision limit. Results: Optimal selected conditions for direct protocol were: thermal shock at 70°C for 10 min, loading 3.5 ul in the RT-qPCR. Prospective evaluation in 130 routine samples showed a 100% classification concordance with the standard protocol. The evaluation in historical samples, selected because their Cqs were at the clinical decision limit, showed 94% concordance with our confirmatory standard, which includes manual RNA extraction. Conclusions: Our results validate the use of this direct RT-qPCR protocol as a safe alternative for SARS-CoV-2 diagnosis in the case of a shortage of reagents for RNA extraction, with minimal clinical impact.
Influencia de los cambios de uso/cobertura del suelo y el clima en el ciclo del nitrógeno en dos lagos costeros de Chile central a partir de la colonización española

El “Antropoceno” se caracteriza por pertubaciones de origen humano que conllevan impactos globales. Por ejemplo, los cambios de uso/cobertura del suelo (LUCC) son conocidos por perturbar el ciclo del N a partir de la Revolución Industrial pero especialmente desde la Gran Aceleración (1950 CE) en adelante. Sin embargo, existen incertezas asociadas a la magnitud del impacto y su efecto acoplado con los cambios climáticos actuales (i.e megasequía, disminución de las precipitaciones) y acoplamientos con otros ciclos biogeoquímicos (e.g. ciclo del Carbono). Este impacto ha cambiado la disponibilidad de N en los ecosistemas terrestres y acuáticos y sus enlaces. Los sedimentos lacustres contienen información de las condiciones paleoambientales del lago y su cuenca en el momento en que se depositaron, y el análisis de los isótopos estables de N (δ15N) en los sedimentos permiten reconstruir los cambios en la disponibilidad de N a través del tiempo. En este trabajo, usamos una aproximación multiproxy que incluye análisis sedimentológicos, geoquímicos e isotópicos (δ15N, δ13C) de los sedimentos lacustres, columna de agua y suelo-vegetación de la cuenca y la reconstrucción delos LUCC entre 1975 y 2016 a partir de imágenes satelitales. El objetivo de esta tesis fue evaluar el rol de LUCC como principal control del ciclo del N en el sistema cuenca-lago durante las últimas centurias en Chile central. Nuestros principales resultados muestran que valores más positivos de δ15N en los sedimentos lacustres están relacionados con grandes aportes de N de la cuenca, que a su vez son mayores cuanto mayor la superficie agrícola y/o los pastizales, mientras que tanto las plantaciones forestales como los bosques favorecen la retención de nutrientes en la cuenca (lo que se ve reflejado en un δ15N más negativo). Esta tesis plantea un cambio de estado en la dinámica del N asociado a la introducción y expansión de las plantaciones forestales o bosques, los que retienen el Nitrógeno en las cuencas mientras que el clima juega un rol secundario.
Espacios políticos como arenas discursivas : poder e influencia en la priorización del desarrollo territorial en el sur de Chile

Investigación cualitativa basada en la teoría fundamentada. El enfoque de espacios políticos es construido a partir de la información recogida entre 2010 y 2013 mediante entrevistas semiestructuradas y revisión bibliográfica. A ella se le aplicó análisis temáticos que conducen a la distinción de categorías, temas, subtemas y tópicos analíticos triangulados con fuentesoficiales, estadísticas y juicio de expertos. La aplicación del enfoque de espacios políticos aborda el carácter dinámico de las influencias que inciden en la toma de decisiones que ligan el territorio con las actividades productivas. Así, el territorio es tematizado en función de los intereses de cada actor, enfatizando las asimetrías en la distribución debeneficios y perjuicios en función de las capacidades de escalamiento y de los recursos disponibles para cada participante de este espacio por afirmar su propia tematización. Los casos estudiados presentan una alta fragmentaciónentre grupos de actores. Esto se debe a que los intereses se encuentran circunscritos a aspectos muy específicos que generan tensiones al interior debloques supuestamente homogéneos. Así es como surgen grupos de proximidad que tienen como objetivo afirmar sus propios discursos y obstaculizar la difusión de aquellos que les incomodan. El recurso a los espacios políticos permite reconocer ámbitos en que incluso actores en posiciones periféricas respecto a quienes usualmente tienen autoridad para establecer prioridades de desarrollo logran incidir, incorporando sus intereses de modo que terminan siendo aceptadas por los demás.
Relación entre la formación inicial, las creencias y las prácticas de instrucción matemática desplegadas por docentes en formación de educación básica.

La calidad de los profesores es un elemento clave para el logro de aprendizajes en el aula escolar. Para esto la formación inicial docente (FID) debiera ser rigurosa, centrada en conocimientos disciplinarios y didácticos, con énfasis en las prácticas, de manera que el estudiante de pedagogía adquiera habilidades y competencias necesarias para desempeñarse de forma efectiva en el aula escolar. Considerando el sistema de creencias como un factor crucial en la FID, dado el efecto que tiene en las decisiones y acciones que un profesor toma y hace, en el aula escolar (PI), esta tesis se planteó como objetivo determinar en qué medida características del proceso de la FID se relacionan con las creencias sobre PI matemática y PI al diseñar tareas matemáticas de estudiantes de pedagogía de Educación Básica. Para esto se analizaron las oportunidades entregadas en las asignaturas de matemática y didáctica de la matemática, se obtuvo información sobre las creencias y PI de 426 estudiantes de pedagogía de 18 programas de FID de Educación Básica de Chile. Los resultados muestran que estudiantes que tienen más oportunidades ligadas al aula escolar presentan perfiles de creencias y de PI matemáticas que promueven la autonomía en la clase de matemática.
De la manzana a la unidad vecinal análisis de los sectores 1A y 2A del Conjunto Juan Antonio Ríos

La actual tesis presenta una mirada sobre cómo pensamos los espacios comunes de los conjuntos de vivienda moderna obrera en la actualidad, no solo como partes constitutivas de una misma pieza urbana, sino también la relación con la ciudad. El estudio parte con estudios de los conjuntos obreros de la primera instancia del modernismo en Santiago, como también de otros momentos de los conjuntos modernos en Santiago, como los conjuntos CORVI, CORMU y Bloques C – y cómo los conjuntos obreros modernos presentan una calidad de espacios comunes distinta de las otras tipologías dentro de. Con el crecimiento de la densidad habitacional, de la población, de los automóviles, así como la incorporación de nuevas formas de transporte, como los buses, se han transformado en una amenaza para conjuntos sociales modernos y como una consecuencia de la ciudad contemporánea, estos conjuntos se han transformado optando por cerrarse en si mismo como mecanismo de defesa. Este nuevo cerramiento se ha manifestado en la creación de nuevos límites, del trazado. Estos cambios han terminado por poner en jaque los principios, valores y la imagen que se tenía de ellos originalmente: una serie de edificios y viviendas sobre un gran plano de áreas verdes, abierto a todo público y en donde se desarrollarían las actividades humanas. La tesis estudia específicamente la tipología de Conjuntos Obreros bajo la ley de la Caja de Habitación Popular, enfocándose en los sectores 1A y 2A del Conjunto Juan Antonio Ríos en la comuna de Independencia y pretende formalizar la relación entre trazado, espacio público y espacio común, a través de operaciones urbanas. En primer lugar, se justifica en el análisis de los conjuntos modernos, la diversidad de espacios comunes que presenta los conjuntos obreros del primer momento del modernismo. En segundo punto el análisis de los sectores 1A y 2A y finalmente, un proyecto de arquitectura centrado en sus cuatro piezas constitutivas: El parque lineal del conjunto, el shared space de la Av. Pdte. Eduardo Frei Montalva, Salomón Sack como el eje central del proyecto, la feria de las calles Enrique Soro y Alcalde German Domínguez. De manera que, se busca que el proyecto sea capaz de integrar los sectores 1A y 2A del conjunto Juan Antonio Ríos a la ciudad, así como crear identidad al conjunto, mantener los valores del urbanismo moderno que le dieron forma, como la diversidad de espacios comunes.
Quantum sensing using NV centers in diamond

This thesis is focused on understanding the interaction of nitrogen vacancy (NV) defect in diamond with its environment as well as its applications in nanotechnology and biophysics. First, we study the hyperfine interaction due to nearby 13C carbon and 15N nitrogen isotopes in the vicinity of the Level Anti-Crossing (LAC), we propose an experimental method at room temperature free of microwave, in which it is possible to find the sign of the Fermi contact term, using the coupling between nuclear spins 1/2 and electronic spin 1. For this, a three-dimensional coil system was constructed to study the fluorescence close to the LAC. Second we describe an experiment in order to use the NV center as a sensor for chemical reactions, in specific to measure the pH and relate it’s macroscopic measurement with experiments like Ramsey interferometry and change in the spectrum, in order to observe changes on the charge state and T2 . Finally, we show a way to functionalize a nanodiamond hosting a NV defect, and use it as a biomarker for amyloid β, an Alzheimer desease related compound. We show that using this functionalized nanodiamonds might enable the development of longer experiments in biophysics due to the photostability of the NV defect compared to regular biomarkers that are widely used in biology. This works paves the way for performing unltrasensitive and reliable detection of cells involved in the pathogenesis of the Alzheimer desease.
Nivel de literacidad en salud de población adulta con enfermedades no transmisibles: análisis de la Encuesta Nacional de Salud 2009 y 2016

Antecedentes: La alta prevalencia actual de enfermedades no transmisibles (ENT) como la Hipertensión Arterial, Diabetes Mellitus y cáncer, explican el 71% de la mortalidad a nivel mundial. Este impacto no se restringe a la letalidad, sino también a las repercusiones que afectan el bienestar de las personas, sus familias y la sociedad en general, además de la sobrecarga al que se somete al sistema de salud. La manera en que las ENT impactan en el estado de salud de los individuos varía significativamente entre ciertos grupos, lo que no puede ser explicado sólo por la resolutividad del sistema de salud, la interacción con el medio ambiente o las conductas individuales. Uno de los factores que media en la relación entre estos determinantes y los resultados obtenidos en salud es la literacidad en salud (LS), concepto que engloba “el conjunto de habilidades que requieren los individuos y las comunidades para comprender y utilizar adecuadamente la información pertinente a su salud”. Objetivo: Identificar la prevalencia del bajo nivel de literacidad en salud de la población con ENT y su relación con variables sociodemográficas e indicadores intermedios de automanejo. Método: Estudio transversal descriptivo-analítico, realizado a través del análisis secundario de las bases de datos de la Encuesta Nacional de Salud (ENS) 2009 y 2016, específicamente del ítem del módulo psicosocial que sondea autoeficacia literaria. Los resultados se contrastan con la literatura disponible. Resultados: Se evidencian diferencias significativas del nivel de LS entre grupos según edad, zona y nivel educacional. Los crónicos presentan mayor prevalencia de bajo nivel de LS que la población general. Esto se asocia a una proporción mayor de personas con hemoglobina glicosilada alterada, peor estado de salud autorreportado y menor nivel reportado de actividad física. Estas diferencias podrían ser explicadas desde el marco de los Determinantes Sociales de la Salud.
Rol de la ciencia en políticas sanitarias: análisis de la regulación chilena de medicinas alternativas con la homeopatía como caso de estudio

Introducción: Mientras la incorporación de la ciencia ha contribuido significativamente a la medicina, algunas medicinas alternativas (MA) han sido acusadas de pseudocientíficas, destacando, entre ellas, la homeopatía. Mientras otros países han dejado de financiarla, en Chile es reconocida por el MINSAL y practicada en sus centros. Objetivo: Analizar la relación entre conocimiento científico y políticas chilenas de medicinas alternativas, con énfasis en la homeopatía. Métodos: (1) Descripción de las regulaciones, (2) exploración de la visión, motivación y rol asignado a la ciencia por actores vinculados a su diseño o implementación a través de un análisis clásico de contenido de entrevistas y (3) determinación del consenso científico actual sobre la homeopatía ejecutando un scoping review de revisiones sistemáticas y declaraciones de instituciones científicas. Resultados: Para la elaboración de los decretos no se efectuaron revisiones sistemáticas ni independientes de la evidencia. El consenso científico reconoce a la homeopatía como implausible teóricamente, no habiendo demostrado empíricamente un efecto más allá del placebo. Los entrevistados poseen una visión (1) pronunciadamente positiva de la MA en desmedro de la medicina convencional (MC) y (2) prescriptiva de un pluralismo médico, (3) consideran la existencia de una “lucha de poderes” entre medicinas, (4) afirman que las MA requerirían un abordaje evaluativo “distinto” y (5) presumen una relación causal entre eficacia terapéutica y demanda poblacional. Discusión: Estos factores pueden explicar la omisión de la ciencia en la formulación de políticas. Resulta útil plantear una Estructura Compleja de Intervención en Salud (ECIS) constituida por una subestructura epistémica (SE) y una asistencial (SA). Ante críticas hacia la SA de la MC, participantes del MINSAL plantean la incorporación de MA con ECIS peculiares mutuamente inconmensurables. Esto puede resultar perjudicial y no es necesario, al ser posible corregir la SA vigente preservando los beneficios de la SE científica propia de la MC.
Fomento lector a personas en situación de discapacidad en Chile

El objetivo del presente trabajo es analizar cómo las políticas públicas del Estado Chileno se han encargado de fomentar la lectura estética en las personas en situación de discapacidad, puesto que la lectura es un derecho social. Para esto, se realizan dos estudios cualitativos complementarios: una revisión documental de las políticas vigentes, y una consulta a expertos del escenario político y académico. Los resultados develan una escasa articulación de los temas y la necesidad de redefinir los conceptos de lectura y discapacidad, junto con potenciar recursos y abrir espacios de lectura inclusivos.
Razonamiento químico en el aula : caracterización del razonamiento químico que subyace a las explicaciones individuales y colectivas construidas por estudiantes de enseñanza media en el tópico de disoluciones

El siguiente compendio de artículos reúne los resultados obtenidos del desarrollo de esta tesis doctoral, centrada en la visibilización del razonamiento que subyace a las explicaciones elaboradas por los estudiantes en el aula de química. El propósito de esta investigación fue contribuir con evidencia empírica a la caracterización del razonamiento individual y colectivo elicitado durante el proceso de aprendizaje de la química en etapa escolar. La investigación se realizó en el contexto educacional chileno, en un establecimiento de la Región Metropolitana de dependencia particular subvencionada, cuyos participantes cursaban segundo año de enseñanza media. Los datos fueron recopilados mediante grabaciones de audio y video para acceder a las interacciones de aula, además de recolectar las producciones escritas de los 78 estudiantes participantes del estudio. El estudio se llevó a cabo mediante una propuesta posicionada desde un enfoque sociocultural del aprendizaje, integrando visiones de razonamiento desde la psicología educativa, filosofía de la ciencia y educación química (Grotzer, 2003; Russ, Scherr, Hammer, & Mikeska, 2008; Sevian & Talanquer, 2014). El análisis cualitativo de los 75 estudios de caso permitió visibilizar, mediante la construcción de diagramas, el razonamiento subyacente a las explicaciones escritas por los estudiantes. Del mismo modo, el análisis a las interacciones de aula abrió paso a caracterizar la manera en que las intervenciones docentes modelan el razonamiento colectivo en el aula de química. Se espera que los resultados de esta tesis doctoral contribuyan al trabajo de investigadores y docentes interesados en promover formas complejas de razonamiento en el aprendizaje de la química escolar.
The role of interacting stellar winds feeding Sagittarius A*.

The central parsec of the Milky Way is among the most enigmatic regions in the entire Galaxy. The existence of the central super-massive black hole, Sgr A*, and its proximity allow us to use it as a laboratory for understanding the astrophysics of galactic nuclei, in general. Although it is well known that this is a very hostile environment due to the presence of tens ofWolf-Rayet (WR) stars with strong outflows, the recent detection of cold gas (-104 K) has challenged our understanding of the gas dynamics and thermodynamics of the region. The so-called G2 source, the dusty sources in the IRS 13E cluster, as well as the disc-like structure in the immediate vicinity of Sgr A* are examples of such cold material. In this thesis, we present a detailed study of the formation of cold gas as a potential result of the collision of the many stellar winds, which are constantly taking place. The main aims of this study are: i) testing the hypothesis of G2 being a gaseous clump formed in a massive binary system, ii) constraining the initial properties and final fate of clumps formed in unstable wind interactions, iii) establishing whether it is possible or not for the system of WR stars orbiting Sgr A* to reach and remain in a steady state between the supplying and inflowing/outflowing material. We find that the properties and dynamics of the clumps produced in the known massive binaries are not consistent with G2’s, ruling out this hypothesis. Additionally, we perform adaptive-mesh refinement hydrodynamical simulations of idealised stellar wind collisions in order to characterise the clump formation process. The results show that clumps formed through thin-shell instabilities are not massive enough to impact significantly the state of the material enclosed within the inner parsec. Finally, the simulation of the complete system of WR stars orbiting Sgr A* shows that the natural outcome of its long-term evolution is the accumulation of material at its centre. Thus, we speculate that the WR stars and their outflows could explain all the phenomenology related to the activity of Sgr A* inferred from observations without the need of invoking external agents.
Forward and reverse genetic approaches to unveil novel regulators of the Neurospora crassa circadian clock

All organisms in which circadian clocks have been characterized exhibit a common molecular circuit, which is based on a positive element able to activate the expression of a negative one that then represses the action of the former, inhibiting its own expression. This system is capable of sustaining oscillations under several external perturbations, but the compensation mechanisms remain unknown. Studies in mammals, Drosophila and Arabidopsis have revealed some new transcriptional inputs, maintaining the central clock circuitry, by modulating the expression of several of the core-clock components. In Neurospora crassa the core-clock central circuit has been well characterized but the participation of other associated transcriptional components remain unknown. In this chapter, we are trying to identify these novel transcriptional networks controlling the clock in N. crassa through a reverse genetic screen based on luminescent circadian reporters and a Neurospora Knockout collection of transcription factors. Thus, we have defined a set of 8 transcriptional regulators that modulate circadian features in our experimental conditions, which fall in a broad range of functions or processes. Finally, we selected the KO strain for the transcription factor for kpr-16 to defying its circadian behavior to environmental changes; this strain shown a remarkable period lengthening of ~2 hours and by literature are associated to temperature sensibility. We demonstrated that in absence of this transcription factor the Neurospora clock was unable to respond to temperature changes over the compensation temperature range, showing the further usefulness of this kind of approach.
Notemyprogress : an educational tool to support learners self-regulation strategies in MOOCS.

A pesar de que se ha demostrado que la autorregulación es una de las habilidades claves para que los estudiantes sean exitosos en un Curso Masivo Abierto en Línea (Massive Open Online Courses - MOOCs), las plataformas donde se ofrecen los MOOCs actualmente (ej. Coursera, edX, Udacity, FutureLearn, MiriadaX) no ofrecen los mecanismos suficientes para apoyar las estrategias que utilizan los estudiantes para autorregularse. Además, las soluciones encontradas en la bibliografía dirigidas a apoyar dichas estrategias en MOOCs, son aún escasas. Además, las pocas soluciones existentes no han evaluado el impacto sobre la autorregulación de los estudiantes debido, en parte, a la falta de métricas e indicadores. Con el fin de contribuir a esta problemática, esta tesis propone el diseño y evaluación de una solución tecnológica que apoye las estrategias de autorregulación de los estudiantes en MOOCs. Para alcanzar este objetivo se definieron dos preguntas de investigación: (1) ¿Qué características deben considerarse para el diseño de una herramienta educacional que apoye las estrategias de autorregulación efectivas para el aprendizaje en MOOCs?, (2) ¿Qué efecto tendría la herramienta educacional en las estrategias de autorregulación de los estudiantes y en sus logros?. La principal contribución de esta tesis es la herramienta NoteMyProgress, una herramienta web diseñada como un complemento a las plataforma MOOCs para apoyar las estrategias de autorregulación de los estudiantes. El diseño de la herramienta NoteMyProgress siguió la metodología basada en el diseño (Design-based Research) y su impacto fue evaluado en un caso de estudio con dos MOOCs ofrecidos por la Pontificia Universidad Católica de Chile en la plataforma Coursera. Esta tesis también contribuye con: un análisis de las métricas y funcionalidades utilizadas por las soluciones actuales para apoyar la autorregulación; y 3 de casos de estudio donde se evalúa el diseño e impacto de NoteMyProgress en la estrategias de autorregulación de los estudiantes en un MOOC.