Árið 1996 var Pútín kallaður til starfa í Moskvu og varð árið 1998 forstjóri nýju rússnesku leyniþjónustunnar , FSB . Hann starfaði þar í eitt ár en árið 1999 skipaði Boris Jeltsín , forseti Rússlands , Pútín forsætisráðherra . Jeltsín lýsti því jafnframt yfir að hann vildi að Pútín yrði eftirmaður sinn . Pútín var nánast óþekktur þegar hann varð forsætisráðherra og fáir bjuggust við því að hann myndi endast lengi í embættinu , en hann varð fljótt vinsæll meðal rússneskrar alþýðu vegna óbilgirni sinnar í stríði Rússa við aðskilnaðarsinna í Téténíu .
Hver var forseti Rússlands á undan Pútín ?
 Boris Jeltsín  árið 1999 skipaði Boris Jeltsín , forseti Rússlands  Boris Jeltsín