THÔNG TƯ LIÊN TỊCH

Sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 18/6/2008

hướng dẫn thực hiện Nghị định số 80/2007NĐ-CP ngày 19/5/2007 của Chính phủ

về doanh nghiệp khoa học và công nghệ

_____________________

Căn cứ Nghị định số 28/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Khoa học và Công nghệ;

Căn cứ Nghị định số 118/2008/NĐ-CP ngày 27/11/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Căn cứ Nghị định số 61/2012/NĐ-CP ngày 10/8/2012 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nội vụ;

Căn cứ Nghị định số 80/2007/NĐ-CP ngày 19/5/2007 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ;

Căn cứ Nghị định số 96/2010/NĐ-CP ngày 20/9/2010 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 115/2005/NĐ-CP ngày 05/9/2005 quy định cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của tổ chức khoa học và công nghệ công lập và Nghị định số 80/2007/NĐ-CP ngày 19/5/2007 về doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 18/6/2008 hướng dẫn thực hiện Nghị định số 80/2007/NĐ-CP về doanh nghiệp khoa học và công nghệ (sau đây viết tắt là Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT-BKHCN-BTC-BNV) như sau:

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT-BKHCN-BTC-BNV, như sau:

1. Bổ sung điểm 1.3, khoản 1, mục I như sau:

“1.3. Doanh nghiệp đang hoạt động theo Luật Doanh nghiệp (bao gồm cả những doanh nghiệp thành lập trước ngày Nghị định số 80/2007/NĐ-CP ngày 19/5/2007 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ có hiệu lực thi hành), có quyền sở hữu hoặc sử dụng hợp pháp kết quả khoa học và công nghệ (KH&CN) và đáp ứng các quy định về việc chứng nhận doanh nghiệp KH&CN”.

2. Sửa đổi, bổ sung khoản 5, mục I như sau:

“5. Điều kiện để được chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN

Doanh nghiệp được chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN khi đáp ứng các điều kiện sau:

5.1. Đối tượng thành lập doanh nghiệp KH&CN hoàn thành việc ươm tạo và làm chủ công nghệ từ kết quả KH&CN được sở hữu, sử dụng hợp pháp hoặc sở hữu hợp pháp công nghệ để trực tiếp sản xuất thuộc các lĩnh vực: công nghệ thông tin - truyền thông, đặc biệt công nghệ phần mềm tin học; công nghệ sinh học, đặc biệt công nghệ sinh học phục vụ nông nghiệp, thủy sản và y tế; công nghệ tự động hóa; công nghệ vật liệu mới, đặc biệt công nghệ nano; công nghệ bảo vệ môi trường; công nghệ năng lượng mới; công nghệ vũ trụ và một số công nghệ khác do Bộ Khoa học và Công nghệ quy định.

5.2. Chuyển giao công nghệ hoặc trực tiếp sản xuất trên cơ sở công nghệ đã ươm tạo và làm chủ hay sở hữu hợp pháp công nghệ quy định tại điểm 5.1, khoản 5, mục I trên đây”.

3. Sửa đổi tên khoản 1 và sửa đổi, bổ sung điểm 1.1, 1.2 khoản 1, mục II như sau:

“1. Thành lập mới và chứng nhận doanh nghiệp KH&CN

1.1. Trình tự thành lập mới và chứng nhận doanh nghiệp KH&CN

a) Các đối tượng quy định tại điểm 1.1, khoản 1, mục I Thông tư này thành lập doanh nghiệp KH&CN theo trình tự sau:

- Thành lập doanh nghiệp và đăng ký doanh nghiệp theo quy định của Luật Doanh nghiệp;

- Đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN tại Sở Khoa học và Công nghệ địa phương nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính.

b) Các đối tượng quy định tại điểm 1.3, khoản 1, mục I Thông tư này lập hồ sơ đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN theo quy định tại điểm 1.2 và 1.3, khoản 1, mục II Thông tư này”.

1.2. Hồ sơ đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN

a) Hồ sơ gồm:

- Giấy đề nghị chứng nhận doanh nghiệp KH&CN (theo mẫu tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này);

- Bản sao Giấy Chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (Bản sao có chứng thực trong trường hợp Hồ sơ được gửi qua đường bưu điện);

- Dự án sản xuất, kinh doanh (những nội dung liên quan đến kết quả KH&CN là cơ sở đề nghị chứng nhận doanh nghiệp KH&CN).

b) Số lượng hồ sơ: 01 bộ.

c) Hồ sơ được nộp trực tiếp hoặc qua đường bưu điện về Sở Khoa học và Công nghệ địa phương nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính”.

4. Sửa đổi, bổ sung tiết đ, điểm 2.1, khoản 2, mục II như sau:

“đ) Đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN tại Sở Khoa học và Công nghệ địa phương nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính”.

5. Sửa đổi, bổ sung điểm 2.2, khoản 2, mục II như sau:

“2.2. Hồ sơ đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN

a) Hồ sơ gồm:

- Giấy đề nghị chứng nhận doanh nghiệp KH&CN (theo mẫu tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này);

- Quyết định phê duyệt Đề án của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền;

- Bản sao Giấy Chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (Bản sao có chứng thực trong trường hợp Hồ sơ được gửi qua đường bưu điện);

b) Số lượng hồ sơ: 01 bộ.

c) Hồ sơ được nộp trực tiếp hoặc qua đường bưu điện về Sở Khoa học và Công nghệ địa phương nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính”.

6. Sửa đổi, bổ sung khoản 3, mục II như sau:

“3. Thẩm định, cấp, thu hồi, hủy bỏ hiệu lực, cấp lại, sửa đổi, bổ sung Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và danh mục sản phẩm, hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN

3.1. Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xem xét, cấp, thu hồi, hủy bỏ hiệu lực, cấp lại, sửa đổi, bổ sung Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và danh mục sản phẩm, hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN cho các doanh nghiệp đặt trụ sở chính tại địa phương.

Đối với trường hợp doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực an ninh, quốc phòng, có ảnh hưởng lớn đến sức khỏe cộng đồng, bảo vệ môi trường, doanh nghiệp được thành lập từ tổ chức KH&CN công lập thuộc đối tượng đăng ký hoạt động KH&CN tại Bộ Khoa học và Công nghệ và các trường hợp khác theo đề nghị của Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Bộ Khoa học và Công nghệ tiến hành đánh giá, thẩm định hồ sơ và gửi kết quả để Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện việc chứng nhận doanh nghiệp KH&CN.

3.2. Thẩm định, cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và danh mục sản phẩm, hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN.

a) Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương kiểm tra sự phù hợp của hồ sơ nêu tại điểm 1.2, khoản 1, mục II; điểm 2.2, khoản 2, mục II Thông tư này và thẩm định hồ sơ theo các điều kiện quy định tại khoản 5, mục I Thông tư này để cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và danh mục sản phẩm, hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN (Mẫu Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN theo Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư này).

b) Thời gian xem xét, cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN tối đa là 30 (ba mươi) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ của doanh nghiệp.

Trường hợp không cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN, trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc, Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phải trả lời doanh nghiệp bằng văn bản và nêu rõ lý do.

3.3. Thu hồi, hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN

a) Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định thu hồi, hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN trong các trường hợp sau:

- Doanh nghiệp KH&CN bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và bị xóa tên trong sổ đăng ký kinh doanh;

- Doanh nghiệp KH&CN bị phát hiện có hành vi kê khai không trung thực, không chính xác nội dung trong hồ sơ đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN;

- Doanh nghiệp KH&CN không đáp ứng điều kiện quy định tại khoản 5, mục I Thông tư này;

- Doanh nghiệp KH&CN không thực hiện chế độ báo cáo về tình hình hoạt động theo quy định;

- Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN được cấp không đúng thẩm quyền, trình tự theo quy định.

b) Đối với trường hợp bị thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN, doanh nghiệp không tiếp tục được hưởng những hỗ trợ, ưu đãi; trường hợp bị thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN do kê khai không trung thực, không chính xác nội dung trong hồ sơ đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN, doanh nghiệp bị truy thu toàn bộ các khoản kinh phí, những lợi ích khác đã được hưởng và bị xử lý theo quy định của pháp luật.

3.4. Cấp lại, sửa đổi, bổ sung Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN

a) Trường hợp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN bị mất, doanh nghiệp KH&CN có trách nhiệm khai báo với cơ quan công an xã, phường, thị trấn nơi mất và thông báo ít nhất 03 (ba) lần trên phương tiện thông tin đại chúng. Trong thời hạn 30 (ba mươi) ngày kể từ ngày có thông báo lần cuối, doanh nghiệp đăng ký cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN, hồ sơ gồm:

- Văn bản đề nghị cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN của người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp;

- Văn bản, tài liệu chứng minh doanh nghiệp đã thông báo về việc mất Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN trên phương tiện thông tin đại chúng.

b) Trường hợp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN bị rách, nát, doanh nghiệp KH&CN đăng ký cấp lại, hồ sơ bao gồm:

- Văn bản đề nghị cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN của người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp;

- Bản chính Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN.

c) Trường hợp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN bị tiêu hủy, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp có văn bản đề nghị để được cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN trong đó nêu rõ lý do;

d) Trường hợp doanh nghiệp KH&CN thay đổi thông tin liên quan đến tên gọi, đăng ký doanh nghiệp, người đứng đầu doanh nghiệp đề nghị cấp bổ sung, sửa đổi Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN, hồ sơ bao gồm:

- Văn bản đề nghị cấp bổ sung, sửa đổi Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN của người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp;

- Bản chính Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN;

- Văn bản, tài liệu chứng minh về sự thay đổi thông tin liên quan đến đăng ký doanh nghiệp.

đ) Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xem xét, cấp lại, bổ sung, sửa đổi Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ đề nghị của doanh nghiệp.

e) Số lượng hồ sơ: 01 bộ.

g) Hồ sơ được nộp trực tiếp hoặc qua đường bưu điện về Sở Khoa học và Công nghệ địa phương nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính”.

3.5. Kinh phí cho việc thẩm định, cấp, thu hồi, hủy bỏ hiệu lực, cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN được lấy từ nguồn kinh phí hoạt động thường xuyên do ngân sách nhà nước cấp hàng năm cho Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm xây dựng dự toán kinh phí để thực hiện nhiệm vụ này”.

7. Sửa đổi, bổ sung tiết a, điểm 4.3, khoản 4, mục II như sau:

“4.3. Chính sách đối với cán bộ, công chức, viên chức

a) Cán bộ, công chức, viên chức thuộc tổ chức KH&CN công lập đã được bổ nhiệm vào ngạch hoặc ký hợp đồng làm việc, hợp đồng lao động không xác định thời hạn được tiếp tục ký hợp đồng lao động không xác định thời hạn khi sang làm việc tại doanh nghiệp KH&CN và được chuyển xếp lương theo thang, bảng lương của doanh nghiệp với hệ số lương bằng hoặc cao hơn gần nhất với hệ số lương được hưởng trước khi chuyển sang làm việc tại doanh nghiệp KH&CN. Cán bộ, công chức, viên chức được bảo lưu hệ số lương trong thời gian tối đa 18 tháng kể từ ngày chuyển sang làm việc tại doanh nghiệp KH&CN nếu có mức lương tại doanh nghiệp KH&CN thấp hơn mức lương đang được hưởng tại tổ chức KH&CN, sau đó được sắp xếp lại theo thang, bảng lương áp dụng đối với doanh nghiệp”.

8. Sửa đổi, bổ sung khổ thứ nhất điểm 1.1, khoản 1, mục III như sau:

“Doanh nghiệp KH&CN được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại điểm 1.2, khoản 1, mục III Thông tư liên tịch này nếu đáp ứng điều kiện: Doanh nghiệp KH&CN có tỷ lệ doanh thu từ việc sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN trên tổng doanh thu của doanh nghiệp (sau đây viết tắt là tỷ lệ doanh thu) trong năm thứ nhất đạt từ 30% trở lên, năm thứ hai đạt từ 50% trở lên và từ năm thứ ba trở đi đạt từ 70% trở lên. Năm thứ nhất được hiểu là năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có thu nhập chịu thuế”.

9. Sửa đổi, bổ sung điểm 1.2, khoản 1, mục III như sau:

“1.2. Mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp KH&CN được hưởng chế độ ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, cụ thể như sau:

a) Doanh nghiệp KH&CN được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong thời gian 15 năm kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có doanh thu từ hoạt động KH&CN;

b) Doanh nghiệp KH&CN được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có thu nhập chịu thuế.

Trong thời gian được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp, năm nào doanh nghiệp KH&CN có đủ điều kiện về tỷ lệ doanh thu nêu trên thì được miễn hoặc giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, năm nào không đạt điều kiện về tỷ lệ doanh thu thì không được miễn, giảm thuế và phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất hiện hành”.

10. Bổ sung khoản 6, mục III như sau:

“6. Các ưu đãi về đất đai:

6.1. Ngoài các hình thức khác về giao đất, thuê đất theo quy định của pháp luật đất đai, doanh nghiệp KH&CN được lựa chọn việc sử dụng đất theo một trong hai hình thức sau:

a) Cho thuê đất và miễn tiền thuê đất;

b) Giao đất có thu tiền sử dụng đất và được miễn tiền sử dụng đất.

Doanh nghiệp KH&CN chỉ được miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đối với diện tích đất sử dụng cho mục đích KH&CN theo quy hoạch được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Trường hợp sử dụng diện tích đất cho nhiều mục đích khác nhau, trong đó có một phần diện tích đất sử dụng cho mục đích KH&CN thì doanh nghiệp KH&CN được miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đối với phần diện tích đất sử dụng vào mục đích KH&CN.

6.2. Khi được Nhà nước giao đất và được miễn tiền sử dụng đất, hoặc được Nhà nước cho thuê đất và được miễn tiền thuê đất, doanh nghiệp KH&CN không được tính giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị tài sản của dự án đầu tư; không có quyền chuyển đổi, chuyển nhượng, tặng, cho, cho thuê quyền sử dụng đất; không được thế chấp, bảo lãnh bằng quyền sử dụng đất để vay vốn; không được góp vốn bằng quyền sử dụng đất để hợp tác sản xuất, kinh doanh.

6.3. Trường hợp doanh nghiệp KH&CN được nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất và được miễn tiền sử dụng đất hoặc được Nhà nước cho thuê đất và được miễn tiền thuê đất để thực hiện Dự án đầu tư nhưng sau đó được cấp có thẩm quyền cho phép chuyển nhượng Dự án thì nghĩa vụ tài chính được thực hiện như sau:

a) Đối với Bên chuyển nhượng không được tính số tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đã được miễn vào giá chuyển nhượng.

b) Đối với Bên nhận chuyển nhượng nếu tiếp tục thực hiện Dự án thì tiếp tục được miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất theo quy định của pháp luật về đầu tư cho thời gian còn lại của Dự án. Trong trường hợp này, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện việc thu hồi lại đất đã giao cho doanh nghiệp KH&CN (cũ) để giao đất hoặc cho thuê đất đối với Chủ đầu tư mới theo quy định của pháp luật về đất đai.

6.4. Doanh nghiệp KH&CN phải sử dụng đất được giao hoặc thuê đúng mục đích và các quy định của pháp luật về đất đai. Trường hợp sử dụng đất không đúng mục đích thì bị thu hồi đất theo quy định của pháp luật về đất đai, đồng thời phải nộp ngân sách nhà nước toàn bộ tiền sử dụng đất, tiền thuê đất được miễn theo giá đất tại thời điểm bị thu hồi tương ứng khoảng thời gian sử dụng không đúng mục đích.

6.5. Trường hợp doanh nghiệp KH&CN có nguyện vọng được nộp tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai thì Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét, quyết định theo thẩm quyền giao đất, cho thuê đất để thực hiện dự án theo quy định của pháp luật về đất đai.

Trong trường hợp này doanh nghiệp KH&CN được tính giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị tài sản của dự án đầu tư và có các quyền và nghĩa vụ như tổ chức kinh tế được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất theo quy định của pháp luật hiện hành về đất đai.”

11. Sửa đổi, bổ sung khoản 5, mục IV như sau:

“5. Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm:

a) Thẩm định, cấp, thu hồi, hủy bỏ hiệu lực, cấp lại, sửa đổi, bổ sung Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và cấp bổ sung, sửa đổi danh mục sản phẩm hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN;

b) Công bố công khai quy trình, thủ tục, mẫu biểu đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN trên Trang thông tin điện tử của cơ quan;

c) Sao gửi Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN (trong trường hợp cấp, cấp lại, sửa đổi, bổ sung Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN) hoặc thông báo bằng văn bản (trong trường hợp thu hồi, hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN) cho cơ quan quản lý có liên quan, cơ quan thuế địa phương nơi doanh nghiệp KH&CN đặt trụ sở chính trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày cấp, cấp lại, thu hồi, hủy bỏ hiệu lực, sửa đổi, bổ sung Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN;

d) Dự toán kinh phí vào kế hoạch KH&CN hàng năm để thực hiện việc thẩm định, cấp, thu hồi, hủy bỏ hiệu lực, cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và cấp bổ sung, sửa đổi danh mục sản phẩm hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN;

đ) Hàng năm, báo cáo bằng văn bản về tình hình đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KH&CN; kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp KH&CN tại địa phương về Bộ Khoa học và Công nghệ trước ngày 15 tháng 12”.

12. Sửa đổi, bổ sung khoản 6, mục IV như sau:

“6. Cơ quan quản lý thuế căn cứ vào danh mục sản phẩm, hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN đã được quy định tại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và bản kê khai thuế của doanh nghiệp KH&CN để áp dụng chế độ ưu đãi về thuế đối với doanh nghiệp KH&CN theo quy định tại Thông tư liên tịch này”.

13. Sửa đổi, bổ sung Phụ lục số I về mẫu Giấy đề nghị chứng nhận doanh nghiệp KH&CN bằng Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư liên tịch này.

Điều 2. Hiệu lực thi hành

1. Thông tư liên tịch này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 11 năm 2012.

2. Doanh nghiệp KH&CN được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN trước ngày 01 tháng 01 năm 2009 thì tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm cả thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% và thời gian miễn thuế, giảm thuế) cho thời gian còn lại theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11.

Doanh nghiệp KH&CN được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN sau ngày 01 tháng 01 năm 2009 thì được hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong thời gian 15 năm từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có doanh thu từ hoạt động KH&CN và tiếp tục được hưởng thời gian miễn thuế, giảm thuế cho các năm còn lại theo quy định.

Trong thời gian được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp, năm nào doanh nghiệp KH&CN không đạt điều kiện về tỷ lệ doanh thu thì không được miễn thuế, giảm thuế và phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất hiện hành.

3. Doanh nghiệp KH&CN được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN và đã được cơ quan có thẩm quyền cho thuê đất có thu tiền thuê đất hoặc giao đất có thu tiền sử dụng đất và đã bàn giao đất thực tế trước ngày 06/11/2010 thì được thực hiện như sau:

Đối với trường hợp doanh nghiệp KH&CN được Nhà nước giao đất đã nộp tiền sử dụng đất hoặc được Nhà nước cho thuê đất đã nộp tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê thì không được hoàn trả lại số tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đã nộp cho thời gian giao đất hoặc cho thuê đất.

Đối với trường hợp doanh nghiệp KH&CN được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất hoặc nhà nước cho thuê đất theo hình thức nộp tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê nhưng đến ngày 06/11/2010 mà người sử dụng đất chưa nộp hoặc nộp một phần số tiền sử dụng đất hoặc số tiền thuê đất phải nộp thì phải tiếp tục nộp số tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất còn thiếu cho thời gian thuê đất đến ngày 06/11/2010 và bị phạt chậm nộp theo quy định của Luật Quản lý thuế.

Đối với trường hợp doanh nghiệp KH&CN được Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì được miễn tiền thuê đất cho thời gian còn lại kể từ ngày 06/11/2010.

Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc phát sinh, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ánh về Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ để xem xét, giải quyết theo quy định./.